【手続補正書】
【提出日】平成19年1月17日(2007.1.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプルからポリマー強度データを解析するための方法であって、
該サンプルに含まれる個々の標識されたポリマーから強度プロファイルを取得する工程、
個々の標識されたポリマーから個々の強度プロファイルを、アラインメント基準点に関して整列させる工程、
整列された個々の強度プロファイルを組み合わせて、集団プロファイルを生成する工程、
該集団プロファイルにおいてピークを選択して、ピークに寄与する個々の強度プロファイルを取得する工程、
該ピークに寄与する個々の強度プロファイルを組み合わせて、ピークプロファイルを生成する工程、および
該集団プロファイルと該ピークプロファイルを比較する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記サンプルが、
（ａ）（ｉ）親ポリマーの異なるサイズのフラグメント；または
（ｉｉ）異なる配列を有するポリマー
を必要に応じて含むポリマーの不均一混合物；あるいは
（ｂ）ゲルマトリックスに包埋されたポリマー
を含む、方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法であって、前記プロファイルが、強度  対  長さプロファイルである、方法。
【請求項４】
請求項１に記載の方法であって、前記強度データが、蛍光強度データであり、強度プロファイルが、蛍光強度プロファイルである、方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法であって、前記ポリマーが、
（ａ）配列特異的プローブで標識されるか、または
（ｂ）配列非特異的標識で標識されるか、必要に応じて、骨格標識され、
必要に応じて、前記アラインメント基準点が、必要に応じて個々のプロファイルの中点である分子基準点の中心である、方法。
【請求項６】
コンピューターに実装された、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法であって、前記ポリマーが、
（ａ）核酸であり、
（ｂ）完全に引き伸ばされるか、
（ｃ）部分的に引き伸ばされるか、または
（ｄ）均一に引き伸ばされ、
該核酸は、必要に応じて、（ｉ）ＤＮＡまたは（ｉｉ）ＲＮＡであって、
該ＤＮＡは、必要に応じて、核ゲノムＤＮＡ、ミトコンドリアＤＮＡ、またはｃＤＮＡであり、該ＲＮＡは、必要に応じて、ｍＲＮＡである、
方法。
【請求項８】
請求項１に記載の方法であって、前記アラインメント基準点が、
内部基準点であり、または必要に応じて、
（ｉ）分子基準点の中央であるか
（ｉｉ）個々のポリマーに結合される配列特異的プローブであるか、または
（ｉｉｉ）個々のポリマーに結合される配列非特異的プローブである、
方法。
【請求項９】
請求項１に記載の方法であって、前記強度プロファイルが、
流動中の個々のポリマーから取得されるか、または、
固体支持体に固定される個々のポリマーから取得される、
方法。
【請求項１０】
請求項１に記載の方法であって、前記集団プロファイルが、
（ｉ）累積集団プロファイルであるか、または
（ｉｉ）平均集団プロファイルである、
方法。
【請求項１１】
請求項１に記載の方法であって、前記ピークプロファイルが、
（ｉ）累積ピークプロファイルであるか、または
（ｉｉ）平均ピークプロファイルである、
方法。
【請求項１２】
請求項１に記載の方法であって、前記ピークが、
（ｉ）強度に基づいて選択されるか、または
（ｉｉ）前記集団プロファイルにおける該ピークのミラーイメージピークの存在に基づいて選択される、
方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法であって、前記サンプル中のポリマーが、個々の強度プロファイルを整列させるより前に、サイズによって分類される、方法。
【請求項１４】
請求項１に記載の方法であって、前記集団プロファイルに似ているピークプロファイルが、非指向性プロファイルを示す、方法。
【請求項１５】
請求項１に記載の方法であって、前記集団プロファイルからのピークのサブセットよりなるピークプロファイルが、推定指向性プロファイルを示す、方法。
【請求項１６】
請求項１５に記載の方法であって、
（ａ）前記推定指向性プロファイルを反転させて、推定反転プロファイルを生成し、該推定反転プロファイルと該推定指向性プロファイルを組み合わせて、推定非指向性プロファイルを生成して、そして前記集団プロファイルと該推定非指向性プロファイルを比較する工程であって、ここで、該集団プロファイルと同一である推定非指向性プロファイルは、該推定指向性プロファイルが指向性プロファイルであり、該推定反転プロファイルが反転プロファイルであり、かつ該推定非指向性プロファイルが非指向性プロファイルであることを示す、
工程
（ｂ）該アラインメント基準点が、分子基準点の中央である場合、該ピークプロファイルにおける個々のピークが、該集団プロファイルにおいて対応するミラーイメージピークを有するか否かを決定する工程であって、ここで、必要に応じて、該対応するミラーイメージの存在が、該推定指向性プロファイルが指向性プロファイルであることを示し、さらに必要に応じて、該集団プロファイルから該ミラーイメージピークプロファイルを差し引くことを包含し、さらに必要に応じて、該指向性プロファイルを反転させ、該指向性プロファイルと該反転プロファイルと組み合わせて非指向性プロファイルを生成して、そして、該非指向性プロファイルを該集団プロファイルと比較することを包含する、工程；
（ｃ）該アラインメント基準点が、分子基準点の中央である場合、該指向性ピークが、該集団プロファイルにおいて対応するミラーイメージピークを有するか否かを決定する工程であって、必要に応じて、該ミラーイメージピークに寄与する個々の強度プロファイルを取得し、そして、該ミラーイメージピークに寄与する個々の強度プロファイルを組み合わせて、ミラーイメージピークプロファイルを生成することをさらに包含し、必要に応じて、該集団プロファイルと該ミラーイメージピークプロファイルを比較することをさらに包含し、必要に応じて、該ミラーイメージピークプロファイルが、該ピークプロファイルのミラーイメージであるか否かを決定することをさらに包含し、必要に応じて、該ミラーイメージピークプロファイルを反転させ、そして、該ミラーイメージピークプロファイルを該ピークプロファイルと組み合わせることをさらに包含し、但し、ここで該ミラーイメージピークプロファイルは、該ピークプロファイルのミラーイメージであり、
必要に応じて、ここで、該ミラーイメージピークプロファイルが、（ｉ）累積ミラーイメージピークプロファイルであるか、または（ｉｉ）平均ミラーイメージピークプロファイルであり、
必要に応じて、該集団プロファイルから該ミラーイメージピークプロファイルを差し引くことをさらに包含し、
必要に応じて、該集団プロファイルから該ピークプロファイルおよび該ミラーイメージピークプロファイルを差し引くことをさらに包含し、
必要に応じて、別のピークが、該ピークプロファイルおよび該ミラーイメージピークプロファイルを差し引いた後に、該集団プロファイルにおいて残るかどうかを決定することをさらに包含し、必要に応じて、該別のピークの存在が、該サンプルが異なるポリマーを含むことを示す、工程；ならびに
（ｄ）該集団プロファイルから該ピークプロファイルを差し引く工程
を包含する、方法。
【請求項１７】
請求項１に記載の方法であって、前記ピークが、
（ｉ）強度  対  長さプロファイルにおいて認識できるか、または
（ｉｉ）ビンカウント（ｂｉｎ  ｃｏｕｎｔｓ）に対応する、
方法。