【手続補正書】
【提出日】平成19年10月15日(2007.10.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
幹細胞成長因子活性を有するポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチドであって、配列番号９、１１、１２、３１または３３のヌクレオチド配列またはそれらの成熟タンパク質コード部分、または幹細胞成長因子活性を保持するポリペプチドをコードするそれらの断片、類縁体、変異体もしくは誘導体を含むポリヌクレオチド。
【請求項２】
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、配列番号９、１１、１２、３１または３３のヌクレオチド配列の相補体にハイブリダイズする、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３】
配列番号９、１１、１２、３１または３３のヌクレオチド配列と約８５％よりも高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項４】
配列番号９、１１、１２、３１または３３のヌクレオチド配列と約９０％よりも高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項５】
配列番号９、１１、１２、３１または３３のヌクレオチド配列と約９２％よりも高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項６】
前記ポリヌクレオチド配列は、配列番号４７のヌクレオチド配列から構成されない、請求項１、２または３のいずれかに記載のポリヌクレオチド配列。
【請求項７】
配列番号９、１１、１２、３１または３３の成熟タンパク質コード配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項８】
配列番号９、１１、１２、３１または３３のヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】
（Ａ）配列番号３２の少なくともアミノ酸残基２２〜２７９を含むアミノ酸配列、もしくは配列番号３４の少なくともアミノ酸残基２２〜２７２を含むアミノ酸配列を有するポリペプチド、又は
（Ｂ）配列番号３２の少なくともアミノ酸残基２２〜２７９を含むアミノ酸配列、もし
くは配列番号３４の少なくともアミノ酸残基２２〜２７２を含むアミノ酸配列中に、１個または数個のアミノ酸の欠失、置換もしくは挿入を含むアミノ酸配列を有し、かつ造血幹細胞又は造血前駆細胞の増殖もしくは生存を支持する活性を有するポリペプチド
をコードするＤＮＡであって、但しＣ末端アミノ酸配列は、配列番号４６のアミノ酸配列を含まない、請求項１に記載のＤＮＡ。
【請求項１０】
（ａ）配列番号３１の少なくともヌクレオチド５７４〜１３４７を含むＤＮＡ、又は
（ｂ）ストリンジェントな条件下で、配列番号３１のヌクレオチド配列または該配列から調製されるプローブとハイブリダイズ可能であり、かつ造血幹細胞又は造血前駆細胞の増殖もしくは生存を支持する活性を有するＤＮＡである、請求項１に記載のＤＮＡ。
【請求項１１】
ストリンジェントな条件は、６×ＳＳＣ／５×デンハルト溶液、０．５％ＳＤＳおよび６８℃（ＳＳＣ ３Ｍ ＮａＣｌ、０．３Ｍ クエン酸ナトリウム）、５０×デンハルト溶液／１％ＢＳＡ／１％ポリビニルピロリドン、１％フィコール４００、又は６×ＳＳＣ、５×デンハルト、０．５％ＳＤＳ、５０％ホルムアミドおよび４２℃である、請求項１０に記載のＤＮＡ。
【請求項１２】
（ａ）配列番号３３の少なくともヌクレオチド３２１〜１０７４を含むＤＮＡ、又は
（ｂ）ストリンジェントな条件下で、配列番号３３のヌクレオチド配列または該配列から調製されるプローブとハイブリダイズ可能であり、かつ造血幹細胞又は造血前駆細胞の増殖もしくは生存を支持する活性を有するＤＮＡである、請求項１に記載のＤＮＡ。
【請求項１３】
ストリンジェントな条件は、６×ＳＳＣ／５×デンハルト溶液、０．５％ＳＤＳおよび６８℃（ＳＳＣ ３Ｍ ＮａＣｌ、０．３Ｍ クエン酸ナトリウム）、５０×デンハルト溶液／１％ＢＳＡ／１％ポリビニルピロリドン、１％フィコール４００、又は６×ＳＳＣ、５×デンハルト、０．５％ＳＤＳ、５０％ホルムアミドおよび４２℃である、請求項１２に記載のＤＮＡ。
【請求項１４】
ＤＮＡである、請求項１、２または３のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
【請求項１５】
請求項１、２または３のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドの相補体を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１６】
請求項１、２または３のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項１７】
請求項１、２または３のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
【請求項１８】
請求項１、２または３のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを発現するように遺伝子操作された宿主細胞。
【請求項１９】
宿主細胞中で請求項１、２または３のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドの発現を制御する調節配列と操作的に連結された、該ポリヌクレオチドを含むように遺伝子操作された宿主細胞。
【請求項２０】
内因性ポリヌクレオチドの発現を増加させる異種調節配列を含むように遺伝子操作された、請求項１９に記載の宿主細胞。
【請求項２１】
幹細胞成長因子活性を有するポリペプチドを製造する方法であって、前記ポリペプチドの発現を可能にする条件下で、培地中にて、請求項１９に記載の宿主細胞を成長させ、および前記宿主細胞または前記培地から前記ポリペプチドを単離する方法。
【請求項２２】
請求項２１に記載の方法により製造されるポリペプチド。
【請求項２３】
配列番号１０、１３、１６、３２または３４のアミノ酸配列またはそれらの成熟タンパク質部分、または幹細胞成長因子活性を保持するそれらの断片、類縁体、変異体もしくは誘導体を含む単離されたポリペプチド。
【請求項２４】
請求項２のポリヌクレオチドによりコードされる、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項２５】
配列番号１０、１３、１６、３２または３４のアミノ酸配列と約８５％よりも高い配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項２６】
配列番号１０、１３、１６、３２または３４のアミノ酸配列と約９２％よりも高い配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項２７】
前記ポリペプチドは、配列番号４８のアミノ酸配列から構成されない、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項２８】
配列番号１０、１３、１６、３２または３４の成熟タンパク質部分を含む単離されたポリペプチド。
【請求項２９】
前記ポリペプチドは、ラミニン型ＥＧＦ様ドメイン、膜攻撃複合体構成成分／パーフォリンドメイン、および神経下垂体ホルモンシグナチュアの群から選択される１つまたはそれ以上のモチーフを含む、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項３０】
請求項１〜１５のいずれか１項に記載のＤＮＡの発現産物であり、造血幹細胞又は造血前駆細胞の増殖もしくは生存を支持する活性を有するポリペプチドであって、但しＣ末端アミノ酸配列は、配列番号４６のアミノ酸配列を含まないポリペプチド。
【請求項３１】
配列番号３２の少なくともアミノ酸残基２２〜２７９を含むアミノ酸配列、又は配列番号３２の少なくともアミノ酸残基２２〜２７９を含むアミノ酸配列中に、１個又は数個のアミノ酸の欠失、置換もしくは挿入を含むアミノ酸配列を有する、請求項８に記載のポリペプチド。
【請求項３２】
配列番号３４の少なくともアミノ酸残基２２〜２７２を含むアミノ酸配列、又は配列番号３４の少なくともアミノ酸残基２２〜２７２を含むアミノ酸配列中に、１個又は数個のアミノ酸の欠失、置換もしくは挿入を含むアミノ酸配列を有する、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項３３】
ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、デキストラン、ポリ（Ｎ−ビニル−ピロリドン）、ポリプロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド／エチレンオキシドのコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオールおよびポリビニルアルコールからなる群から選択される１つまたはそれ以上の修飾剤により修飾される、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項３４】
配列番号１０または１３由来の少なくとも１０個の連続アミノ酸を含む、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項３５】
配列番号１０または１３のＣ末端の１７個のアミノ酸由来の少なくとも１０個の連続アミノ酸を含む、請求項２３に記載のポリペプチド。
【請求項３６】
生物活性を有するポリペプチドであって、少なくとも２７２個のアミノ酸を含み、かつ配列番号１０と少なくとも９８％の同一性を有するポリペプチド。
【請求項３７】
幹細胞成長因子活性を有する単離されたポリペプチドであって、配列番号１０、１３、または１６と少なくとも９０％の同一性を有し、かつアミノ酸配列ＧＩＥＶＴＬＡＥＧＬＴＳＶＳＱＲＴＱＰＴＰＣＲＲＲＹＬ（配列番号２９）（ここで、Ａ＝アラニン、Ｃ＝システイン、Ｄ＝アスパラギン酸、Ｅ＝グルタミン酸、Ｆ＝フェニルアラニン、Ｇ＝グリシン、Ｈ＝ヒスチジン、Ｉ＝イソロイシン、Ｋ＝リシン、Ｌ＝ロイシン、Ｍ＝メチオニン、Ｎ＝アスパラギン、Ｐ＝プロリン、Ｑ＝グルタミン、Ｒ＝アルギニン、Ｓ＝セリン、Ｔ＝トレオニン、Ｖ＝バリン、Ｗ＝トリプトファン、Ｙ＝チロシン）を欠くポリペプチド。
【請求項３８】
幹細胞成長因子活性を有する単離されたポリペプチドであって、配列番号１０、１３、または１６と少なくとも９０％の同一性を有し、かつアミノ酸配列ＧＩＥＶＴＬＡＥＧＬＴＳＶＳＱＲＴＱＰＴＰＣＲＲＲＹＬ（配列番号２９）（ここで、Ａ＝アラニン、Ｃ＝システイン、Ｄ＝アスパラギン酸、Ｅ＝グルタミン酸、Ｆ＝フェニルアラニン、Ｇ＝グリシン、Ｈ＝ヒスチジン、Ｉ＝イソロイシン、Ｋ＝リシン、Ｌ＝ロイシン、Ｍ＝メチオニン、Ｎ＝アスパラギン、Ｐ＝プロリン、Ｑ＝グルタミン、Ｒ＝アルギニン、Ｓ＝セリン、Ｔ＝トレオニン、Ｖ＝バリン、Ｗ＝トリプトファン、Ｙ＝チロシン）由来の任意の１０個の連続アミノ酸を欠くポリペプチド。
【請求項３９】
幹細胞成長因子活性を有する単離されたポリペプチドであって、アミノ酸配列ＳＶＳＶＳＴＶＨ（配列番号２７）またはＶＳＶＳＴＶＨ（配列番号２８）（ここで、Ａ＝アラニン、Ｃ＝システイン、Ｄ＝アスパラギン酸、Ｅ＝グルタミン酸、Ｆ＝フェニルアラニン、Ｇ＝グリシン、Ｈ＝ヒスチジン、Ｉ＝イソロイシン、Ｋ＝リシン、Ｌ＝ロイシン、Ｍ＝メチオニン、Ｎ＝アスパラギン、Ｐ＝プロリン、Ｑ＝グルタミン、Ｒ＝アルギニン、Ｓ＝セリン、Ｔ＝トレオニン、Ｖ＝バリン、Ｗ＝トリプトファン、Ｙ＝チロシン）を有するポリペプチド。
【請求項４０】
請求項２３〜請求項３９のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項４１】
請求項２３に記載のポリペプチドを含むキット。
【請求項４２】
幹細胞または生殖細胞の生存を維持するか、又はその増殖を促進するのに有効な量の請求項２３に記載のポリペプチドを含む培地。
【請求項４３】
請求項２３に記載のポリペプチド、および薬学的に許容可能な担体または希釈剤を含む組成物。
【請求項４４】
薬学的組成物である、請求項４３に記載の組成物。
【請求項４５】
造血幹細胞又は造血前駆細胞の増殖もしくは生存を支持する効果を有する薬学的組成物であって、
（Ａ）配列番号３２の少なくともアミノ酸残基２２〜２７９を含むアミノ酸配列、もしくは配列番号３４の少なくともアミノ酸残基２２〜２７２を含むアミノ酸配列を有するポリペプチド、又は
（Ｂ）配列番号３２の少なくともアミノ酸残基２２〜２７９を含むアミノ酸配列、もしくは配列番号３４の少なくともアミノ酸残基２２〜２７２を含むアミノ酸配列中に、１個または数個のアミノ酸の欠失、置換もしくは挿入を含むアミノ酸配列を有し、かつ造血幹
細胞又は造血前駆細胞の増殖もしくは生存を支持する活性を有するポリペプチド
を含む、請求項４４に記載の薬学的組成物。
【請求項４６】
請求項２３に記載のポリペプチドに結合する抗体。
【請求項４７】
配列番号１０、１３、１６、３２または３４のアミノ酸配列を有するポリペプチドに特異的に結合する、請求項１９に記載の抗体。
【請求項４８】
配列番号４８のアミノ酸配列を有するポリペプチドに結合しない、請求項２０に記載の抗体。
【請求項４９】
ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、抗体断片、キメラ抗体、またはヒト化抗体である、請求項１９に記載の抗体。
【請求項５０】
請求項１７に記載の抗体を含むキット。
【請求項５１】
試料中の請求項１に記載のポリヌクレオチドを検出する方法であって、
ａ）前記ポリヌクレオチドに結合して複合体を形成する化合物と、前記試料とを、前記複合体を形成するのに十分な時間接触させ、
ｂ）前記複合体を検出し、
その結果複合体が検出されると、前記ポリヌクレオチドが検出される、前記方法。
【請求項５２】
試料中の請求項１に記載のポリヌクレオチドを検出する方法であって、
ａ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下にある前記試料を、かかる条件下で前記ポリヌクレオチドにアニーリングする核酸プライマーと接触させ、
ｂ）前記ポリヌクレオチドの少なくとも一部を含む産物を増幅させ、
ｃ）前記産物を検出し、それにより前記試料中の前記ポリヌクレオチドを検出する、
前記方法。
【請求項５３】
前記ポリヌクレオチドは、請求項２３に記載のポリペプチドをコードするＲＮＡ分子であり、前記方法は、アニーリングしたＲＮＡ分子をｃＤＮＡポリヌクレオチドへ逆転写することをさらに含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
試料中の請求項２３に記載のポリペプチドを検出する方法であって、
ａ）前記ポリペプチドに結合して複合体を形成する化合物と、前記試料とを、前記複合体を形成する条件で、かつそれを形成するのに十分な時間接触させ、
ｂ）前記複合体の形成を検出し、その結果複合体の形成が検出されると、前記ポリペプチドが検出される、前記方法。
【請求項５５】
請求項２３に記載のポリペプチドに結合する化合物を同定する方法であって、
ａ）ポリペプチド／化合物複合体を形成する条件下で、かつそれを形成するのに十分な時間、前記化合物を前記ポリペプチドと接触させ、
ｂ）前記複合体を検出し、その結果前記ポリペプチド／化合物複合体が検出されると、前記ポリペプチドに結合する化合物が同定される、前記方法。
【請求項５６】
請求項２３に記載のポリペプチドに結合する化合物を同定する方法であって、
ａ）ポリペプチド／化合物複合体を形成するのに十分な時間、細胞中で前記化合物を前記ポリペプチドと接触させ（ここで、前記複合体は、細胞中のレポーター遺伝子配列の発現を駆動する）、
ｂ）前記レポーター遺伝子配列の発現を検出することにより、前記複合体を検出し、そ
の結果前記ポリペプチド／化合物複合体が検出されると、前記ポリペプチドに結合する化合物が同定される、前記方法。
【請求項５７】
アレイの表面に付着した、請求項１に記載のポリヌクレオチド、または請求項１に記載のポリヌクレオチドの特有セグメントを含む核酸アレイ。
【請求項５８】
前記アレイは、請求項１に記載のポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドの特有セグメントに対する完全マッチを検出する、請求項５７に記載のアレイ。
【請求項５９】
前記アレイは、請求項１に記載のポリヌクレオチド、該ヌクレオチドの特有セグメントに対するミスマッチを検出する、請求項５７に記載のアレイ。
【請求項６０】
請求項２３に記載の幹細胞成長因子様ポリペプチドの活性または発現の増大が必要な患者を治療するための、薬学的に許容可能な担体または希釈剤を含む組成物であって、
（ａ）治療に役立つ量の前記ポリペプチドのアゴニスト、
（ｂ）治療に役立つ量の前記ポリペプチド、又は
（ｃ）治療に役立つ量の前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
を含む組成物。
【請求項６１】
請求項２３に記載の幹細胞成長因子様ポリペプチドの活性または発現の減少が必要な患者を治療するための、薬学的に許容可能な担体または希釈剤を含む組成物であって、
（ａ）治療に役立つ量の前記ポリペプチドのアンタゴニスト、
（ｂ）治療に役立つ量の、前記ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の発現を抑制するポリヌクレオチド、又は
（ｃ）治療に役立つ量の、前記幹細胞成長因子様ポリペプチドと、そのリガンドに関して競合するポリペプチド
を含む組成物。
【請求項６２】
幹細胞又は生殖細胞の増殖もしくは生存を支持する方法であって、前記細胞の生存を維持するか、又はその増殖を促進するのに有効な量の請求項２３に記載のポリペプチドと、前記細胞を接触させる方法。
【請求項６３】
前記細胞は、始原生殖細胞、生殖系幹細胞、胚性幹細胞、造血幹細胞、造血前駆細胞、多分化能性細胞、または全能性細胞である、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
前記ポリペプチドは、配列番号１０、１３、または１６のアミノ酸配列を含むか、又は配列番号１０、１３、または１６の配列に対して９０％の同一性のアミノ酸配列を含む、請求項６２に記載の方法。
【請求項６５】
前記幹細胞成長因子様ポリペプチドは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１０、１３、または１６をコードするポリヌクレオチドの相補体にハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされる、請求項６２に記載の方法。
【請求項６６】
幹細胞又は生殖細胞の増殖もしくは生存を支持するのに有効な量で、請求項２３に記載のポリペプチドを発現するように遺伝子操作されたストローマ細胞。
【請求項６７】
前記細胞は、始原生殖細胞、生殖系幹細胞、胚性幹細胞、造血幹細胞、造血前駆細胞、多分化能性細胞、または全能性細胞である、請求項６６に記載のストローマ細胞。
【請求項６８】
幹細胞又は生殖細胞の増殖もしくは生存を支持するのに有効な量で、請求項２３に記載
のポリペプチドを発現するように遺伝子操作された細胞を含む移植片。
【請求項６９】
前記細胞は、始原生殖細胞、生殖系幹細胞、胚性幹細胞、造血幹細胞、造血前駆細胞、多分化能性細胞、または全能性細胞である、請求項６８に記載の移植片。
【請求項７０】
受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−７１９８のもとで、２０００年６月２６日に、産業技術総合研究所の生命工学技術研究所（郵便番号３０５−８５６６、日本国茨城県つくば市東１−１−３）に寄託したプラスミドのタンパク質コードｃＤＮＡ挿入物を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７２】
適切な宿主細胞中で、請求項７０に記載のポリヌクレオチドにより発現される成熟ポリペプチド。
【請求項７３】
受託番号ＦＥＲＭ ＢＰ−７１９７のもとで、２０００年６月２６日に、産業技術総合研究所の生命工学技術研究所（郵便番号３０５−８５６６、日本国茨城県つくば市東１−１−３）に寄託したプラスミドのタンパク質コードｃＤＮＡ挿入物を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７４】
適切な宿主細胞中で、請求項７３に記載のポリヌクレオチドにより発現される成熟ポリペプチド発現産物。
【請求項７５】
幹細胞又は生殖細胞の増殖もしくは生存を支持する方法であって、前記細胞を、請求項１、２又は３のいずれかに記載のポリヌクレオチドを発現するように遺伝子操作された宿主細胞とともに、前記ポリヌクレオチドを発現させることが可能な条件下で共培養し、前記ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドを宿主細胞に産生させて、該ポリペプチドを幹細胞又は生殖細胞と接触させることを含む方法。
【請求項７６】
宿主細胞が前記ポリヌクレオチドで形質転換したストローマ細胞である、請求項７５に記載の方法。