【手続補正書】
【提出日】平成19年5月7日(2007.5.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つの連続配列；及びＢ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つの連続配列を含み、Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも二つは、アラビノヌクレオチドである、オリゴヌクレオチド。
【請求項２】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つの配列の３’位に、ヌクレオチド間結合によって結合したＡ型立体配座幾何学形状を有する少なくとも一つのヌクレオチドをさらに含む、
請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３】  該オリゴヌクレオチドの３’末端におけるヌクレオチド間結合が、３’−５’ホスホジエステル結合、２’−５’ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、Ｓｐホスホロチオエート結合、Ｒｐホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、３’−デオキシ−３’−アミノホスホロアミデート結合、３’−メチレンホスホネート結合、メチレン（メチルイミノ）結合、ジメチルヒドラジノ結合、アミド３結合、アミド４結合またはボラノホスフェート結合である、請求項２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４】  該ヌクレオチド間結合が、２’−５’ホスホジエステル結合、３’−メチレンホスホネート結合、Ｓｐホスホロチオエート結合またはメチレン（メチルイミノ）結合である、請求項３に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項５】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つの配列の３’位に、ヌクレオチド間結合によって結合したＡ型立体配座幾何学形状を有する少なくともニつのヌクレオチドをさらに含む、
請求項２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項６】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくともニつが、それぞれ、リン酸基ヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、ホスホロジチオエートヌクレオチド間結合またはボラノホスフェートヌクレオチド間結合によって互いに結合している請求項２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項７】  Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−フルオロヌクレオチド、または式ＩまたはII
【化１】
2002543215.tif 000001
[式中、Ｅは、Ｃ1−Ｃ10アルキル、Ｎ（Ｑ1）（Ｑ2）またはＮ＝Ｃ（Ｑ1）（Ｑ2）であり；
Ｑ1およびＱ2は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ1−Ｃ10アルキル、ジアルキルアミノアルキル、窒素保護基、束縛されたまたは束縛されていない結合基、固体支持体へのリンカーであり、または
Ｑ1およびＱ2は、一緒になって、窒素保護基中、またはＮおよびＯより選択される少なくとも１個の追加のヘテロ原子を含むことができる環構造中で結合していて；
Ｒ3は、ＯＸ、ＳＸまたはＮ（Ｘ）2であり；
Ｘは、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ1−Ｃ8アルキル、Ｃ1−Ｃ8ハロアルキル、Ｃ（＝ＮＨ）Ｎ（Ｈ）Ｚ、Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＺまたはＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）Ｚであり；
Ｚは、ＨまたはＣ1−Ｃ8アルキルであり；
Ｌ1、Ｌ2およびＬ3は、約４〜約７個の炭素原子を有する、または約３〜約６個の炭素原子および酸素、窒素および硫黄より選択される１個または２個のヘテロ原子を有する環系を形成し、そしてここにおいて、該環系は、脂肪族、不飽和脂肪族、芳香族、または飽和または不飽和の複素環式であり；
Ｙは、１〜約１０個の炭素原子を有するアルキルまたはハロアルキル、２〜約１０個の炭素原子を有するアルケニル、２〜約１０個の炭素原子を有するアルキニル、６〜約１４個の炭素原子を有するアリール、Ｎ（Ｑ1）（Ｑ2）、Ｏ（Ｑ1）、ハロ、Ｓ（Ｑ1）またはＣＮであり；
ｑ1は、それぞれ独立して、２〜１０であり；
ｑ2は、それぞれ独立して、０または１であり；
ｍは、０、１または２であり；
ｐは、０〜１０であり；そして
ｑ3は、１〜１０であり、但し、ｐが０である場合、ｑ3は１より大であるという条件付である]
で示される２’−置換基を有するヌクレオチドである請求項２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項８】  Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、式Ｉの２’−置換基を有し、ｐが０である、請求項７に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項９】  Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆリボヌクレオチド、２’−Ｏ−（Ｃ1−Ｃ6アルキル）リボヌクレオチド、または２’−Ｏ−（Ｃ1−Ｃ6置換アルキル）リボヌクレオチドであって、その置換がＣ1−Ｃ6エーテル、Ｃ1−Ｃ6チオエーテル、アミノ、アミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）またはアミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）2である請求項２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１０】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−ＣＮアラビノヌクレオチド、２’−Ｆアラビノヌクレオチド、２’−Ｃｌアラビノヌクレオチド、２’−Ｂｒアラビノヌクレオチド、２’−Ｎ3アラビノヌクレオチド、２’−ＯＨアラビノヌクレオチド、２’−Ｏ−ＣＨ3アラビノヌクレオチドまたは２’−デヒドロ−２’−ＣＨ3アラビノヌクレオチドである請求項２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１１】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆアラビノヌクレオチド、２’−ＯＨアラビノヌクレオチドまたは２’−Ｏ−ＣＨ3アラビノヌクレオチドである請求項１０に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１２】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆアラビノヌクレオチドまたは２’−ＯＨアラビノヌクレオチドである請求項１１に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１３】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆアラビノヌクレオチドである請求項１２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１４】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−ＣＮアラビノヌクレオチド、２’−Ｆアラビノヌクレオチド、２’−Ｃｌアラビノヌクレオチド、２’−Ｂｒアラビノヌクレオチド、２’−Ｎ3アラビノヌクレオチド、２’−ＯＨアラビノヌクレオチド、２’−Ｏ−ＣＨ3アラビノヌクレオチドまたは２’−デヒドロ−２’−ＣＨ3アラビノヌクレオチドであり、
Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆリボヌクレオチド、２’−Ｏ−（Ｃ1−Ｃ6アルキル）リボヌクレオチド、または２’−Ｏ−（Ｃ1−Ｃ6置換アルキル）リボヌクレオチドであって、その置換がＣ1−Ｃ6エーテル、Ｃ1−Ｃ6チオエーテル、アミノ、アミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）またはアミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）2である請求項２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１５】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆアラビノヌクレオチドまたは２’−ＯＨアラビノヌクレオチドであり、
Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｏ−（Ｃ1−Ｃ6置換アルキル）リボヌクレオチドであって、その置換がＣ1−Ｃ6エーテル、Ｃ1−Ｃ6チオエーテル、アミノ、アミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）またはアミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）2である請求項１４に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１６】  Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−アルキルアミノ置換ヌクレオチドである請求項１５に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１７】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つの配列の５’位に、ヌクレオチド間結合によって結合したＡ型立体配座幾何学形状を有する少なくとも一つのヌクレオチドをさらに含む、
請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１８】  前記オリゴヌクレオチドの５’末端におけるヌクレオチド間の結合が、３’−５’ホスホジエステル結合、２’−５’ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、Ｓｐホスホロチオエート結合、Ｒｐホスホロチオエート結合、ホスホロジチオエート結合、３’−デオキシ−３’−アミノホスホロアミデート結合、３’−メチレンホスホネート結合、メチレン（メチルイミノ）結合、ジメチルヒドラジノ結合、アミド３結合、アミド４結合またはボラノホスフェート結合である請求項１７に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１９】  前記ヌクレオチド間の結合が、２’−５’ホスホジエステル結合、３’−メチレンホスホネート結合、Ｓｐホスホロチオエート結合、またはメチレン（メチルイミノ）結合である請求項１８に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２０】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つの配列の５’位に、ヌクレオチド間結合によって結合したＡ型立体配座幾何学形状を有する少なくともニつのヌクレオチドをさらに含む、
請求項１７に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２１】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも二つが、それぞれ、リン酸基ヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、ホスホロジチオエートヌクレオチド間結合またはボラノホスフェートヌクレオチド間結合によって互いに結合している請求項１７に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２２】  Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−フルオロヌクレオチド、または式ＩまたはII
【化２】
2002543215.tif 000002
[式中、Ｅは、Ｃ1−Ｃ10アルキル、Ｎ（Ｑ1）（Ｑ2）またはＮ＝Ｃ（Ｑ1）（Ｑ2）であり；
Ｑ1およびＱ2は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ1−Ｃ10アルキル、ジアルキルアミノアルキル、窒素保護基、束縛されたまたは束縛されていない結合基、固体支持体へのリンカーであり、または
Ｑ1およびＱ2は、一緒になって、窒素保護基中、またはＮおよびＯより選択される少なくとも１個の追加のヘテロ原子を含むことができる環構造中で結合していて；
Ｒ3は、ＯＸ、ＳＸまたはＮ（Ｘ）2であり；
Ｘは、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ1−Ｃ8アルキル、Ｃ1−Ｃ8ハロアルキル、Ｃ（＝ＮＨ）Ｎ（Ｈ）Ｚ、Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＺまたはＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）Ｚであり；
Ｚは、ＨまたはＣ1−Ｃ8アルキルであり；
Ｌ1、Ｌ2およびＬ3は、約４〜約７個の炭素原子を有する、または約３〜約６個の炭素原子および酸素、窒素および硫黄より選択される１個または２個のヘテロ原子を有する環系を形成し、そしてここにおいて、該環系は、脂肪族、不飽和脂肪族、芳香族、または飽和または不飽和の複素環式であり；
Ｙは、１〜約１０個の炭素原子を有するアルキルまたはハロアルキル、２〜約１０個の炭素原子を有するアルケニル、２〜約１０個の炭素原子を有するアルキニル、６〜約１４個の炭素原子を有するアリール、Ｎ（Ｑ1）（Ｑ2）、Ｏ（Ｑ1）、ハロ、Ｓ（Ｑ1）またはＣＮであり；
ｑ1は、それぞれ独立して、２〜１０であり；
ｑ2は、それぞれ独立して、０または１であり；
ｍは、０、１または２であり；
ｐは、０〜１０であり；そして
ｑ3は、１〜１０であり、但し、ｐが０である場合、ｑ3は１より大であるという条件付である]
で示される２’−置換基を有するヌクレオチドである請求項１７に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２３】  Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、式Ｉの２’−置換基を有し、ｐが０である、請求項２２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２４】  Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆリボヌクレオチド、２’−Ｏ−（Ｃ1−Ｃ6アルキル）リボヌクレオチド、または２’−Ｏ−（Ｃ1−Ｃ6置換アルキル）リボヌクレオチドであって、その置換がＣ1−Ｃ6エーテル、Ｃ1−Ｃ6チオエーテル、アミノ、アミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）またはアミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）2である請求項１７に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２５】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−ＣＮアラビノヌクレオチド、２’−Ｆアラビノヌクレオチド、２’−Ｃｌアラビノヌクレオチド、２’−Ｂｒアラビノヌクレオチド、２’−Ｎ3アラビノヌクレオチド、２’−ＯＨアラビノヌクレオチド、２’−Ｏ−ＣＨ3アラビノヌクレオチドまたは２’−デヒドロ−２’−ＣＨ3アラビノヌクレオチドである請求項１７に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２６】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆアラビノヌクレオチド、２’−ＯＨアラビノヌクレオチドまたは２’−Ｏ−ＣＨ3アラビノヌクレオチドである請求項２５に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２７】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆアラビノヌクレオチドまたは２’−ＯＨアラビノヌクレオチドである請求項２６に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２８】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆアラビノヌクレオチドである請求項２７に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項２９】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−ＣＮアラビノヌクレオチド、２’−Ｆアラビノヌクレオチド、２’−Ｃｌアラビノヌクレオチド、２’−Ｂｒアラビノヌクレオチド、２’−Ｎ3アラビノヌクレオチド、２’−ＯＨアラビノヌクレオチド、２’−Ｏ−ＣＨ3アラビノヌクレオチドまたは２’−デヒドロ−２’−ＣＨ3アラビノヌクレオチドであり、
Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆリボヌクレオチド、２’−Ｏ−（Ｃ1−Ｃ6アルキル）リボヌクレオチド、または２’−Ｏ−（Ｃ1−Ｃ6置換アルキル）リボヌクレオチドであって、その置換がＣ1−Ｃ6エーテル、Ｃ1−Ｃ6チオエーテル、アミノ、アミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）またはアミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）2である請求項１７に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３０】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｆアラビノヌクレオチドまたは２’−ＯＨアラビノヌクレオチドであり、
Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−Ｏ−（Ｃ1−Ｃ6置換アルキル）リボヌクレオチドであって、その置換がＣ1−Ｃ6エーテル、Ｃ1−Ｃ6チオエーテル、アミノ、アミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）またはアミノ（Ｃ1−Ｃ6アルキル）2である請求項２９に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３１】  Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つが、２’−アルキルアミノ置換ヌクレオチドである請求項３０に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３２】  Ａ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドの少なくとも一つの配列の３’または５’位に、ヌクレオチド間結合によって結合したＢ型立体配座幾何学形状を有する少なくとも一つのヌクレオチドをさらに含む、
請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３３】  Ｂ型立体配座幾何学形状を有するヌクレオチドが、３’−５’ホスホジエステル、２’−５’ホスホジエステル、ホスホロチオエート、Ｓｐホスホロチオエート、Ｒｐホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、３’−デオキシ−３’−アミノホスホロアミデート、３’−メチレンホスホネート、メチレン（メチルイミノ）、ジメチルヒドラジノ、アミド３、アミド４またはボラノホスフェートヌクレオチド間結合によって前記オリゴヌクレオチドに結合している請求項３２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３４】  前記ヌクレオチド間の結合が、２’−５’ホスホジエステル結合、３’−メチレンホスホネート結合、Ｓｐホスホロチオエート結合、またはメチレン（メチルイミノ）結合である請求項３３に記載のオリゴヌクレオチド
【請求項３５】  該ヌクレオチド配列の少なくとも一つが、Ｃ３’エンド型パッカーを有し；そして
該ヌクレオチドの少なくとも一つが、Ｃ２’エンド型パッカーまたはＯ４’エンド型パッカーを有し、但し、該ヌクレオチドは、２’−デオキシエリスロペントフラノシルヌクレオチドではないという条件付であるオリゴヌクレオチド。
【請求項３６】  前記Ｃ３’エンド型パッカーを有する前記ヌクレオチドの少なくとも一つが、前記Ｃ２’エンド型パッカーまたはＯ４’エンド型パッカーを有するヌクレオチドの少なくとも一つに３’位に結合している請求項３５に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３７】  前記Ｃ３’エンド型パッカーを有する前記ヌクレオチドの少なくとも一つが、前記Ｃ２’エンド型パッカーまたはＯ４’エンド型パッカーを有するヌクレオチドの少なくとも一つに５’位に結合している請求項３５に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３８】  前記Ｃ３’エンド型パッカーを有する前記ヌクレオチドの少なくとも一つが、前記Ｃ２’エンド型パッカーまたはＯ４’エンド型パッカーを有する前記ヌクレオチドの少なくとも一つに３’位に結合していて；そして
前記Ｃ３’エンド型パッカーを有する前記ヌクレオチドの少なくとも一つが、前記Ｃ２’エンド型パッカーまたはＯ４’エンド型パッカーを有する前記ヌクレオチドの少なくとも一つに５’位に結合している請求項３５に記載のオリゴヌクレオチド。