【手続補正書】
【提出日】平成19年8月6日(2007.8.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  核酸配列の配列を決定する方法であって、
核酸配列と蛍光標識オリゴヌクレオチドプライマーとを、デオキシヌクレオシドトリホスフェート、少なくとも１種のジデオキシヌクレオシドトリホスフェート及びＤＮＡポリメラーゼの存在下でハイブリダイズすることにより、伸長した標識プライマーの混合物を形成する工程であって、該ＤＮＡポリメラーゼは、該プライマーの伸長を終結させるジデオキシヌクレオシドトリホスフェートが取り込まれるまで、該デオキシヌクレオシドトリホスフェートにより該プライマーを伸長する工程、
該伸長したプライマーの混合物を分離する工程、及び、
形成した該伸長したプライマーの混合物を蛍光的に測定することにより、該核酸配列の配列を決定する工程、
を含み、
該蛍光標識オリゴヌクレオチドプライマーは、
配列を決定する核酸配列の一部に相補的であり、かつ、ポリメラーゼにより伸長可能な３’端を有するオリゴヌクレオチド配列、及び、
該オリゴヌクレオチドに結びついたエネルギー移動蛍光色素であって、
２５０ｎｍ〜４００ｎｍの波長に吸収極大を有する供与体色素、及び、
該供与体色素より放出される励起エネルギーを吸収し、かつ、これに応答して発光することができる受容体色素であって、５００ｎｍよりも大きい発光極大を有する受容体色素、
を含むエネルギー移動蛍光色素、
を含んでいることを特徴とする方法。
【請求項２】  核酸配列の配列を決定する方法であって、
核酸配列と蛍光標識オリゴヌクレオチドプライマーとを、デオキシヌクレオシドトリホスフェート、少なくとも１種のジデオキシヌクレオシドトリホスフェート及びＤＮＡポリメラーゼの存在下でハイブリダイズすることにより、伸長した標識プライマーの混合物を形成する工程であって、該ＤＮＡポリメラーゼは、該プライマーの伸長を終結させるジデオキシヌクレオシドトリホスフェートが取り込まれるまで、該デオキシヌクレオシドトリホスフェートにより該プライマーを伸長する工程、
該伸長したプライマーの混合物を分離する工程、及び、
形成した該伸長したプライマーの混合物を蛍光的に測定することにより、該核酸配列の配列を決定する工程、
を含み、
該蛍光標識オリゴヌクレオチドプライマーは、
配列を決定する核酸配列の一部に相補的であり、かつ、ポリメラーゼにより伸長可能な３’端を有するオリゴヌクレオチド配列、及び、
該オリゴヌクレオチドに結びついたエネルギー移動蛍光色素であって、
クマリン又はピレン環構造を有する色素のクラスのメンバーである供与体色素、及び、
該供与体色素より放出される励起エネルギーを吸収し、かつ、これに応答して発光することができる受容体色素であって、５００ｎｍよりも大きい発光極大を有する受容体色素、
を含むエネルギー移動蛍光色素、
を含んでいることを特徴とする方法。
【請求項３】  核酸配列の配列を決定する方法であって、
核酸配列とプライマーとを、デオキシヌクレオシドトリホスフェート、少なくとも１種の蛍光標識ジデオキシヌクレオシドトリホスフェート及びＤＮＡポリメラーゼの存在下でハイブリダイズすることにより、伸長したプライマーの混合物を形成する工程であって、該ＤＮＡポリメラーゼは、該プライマーの伸長を終結させる蛍光標識ジデオキシヌクレオシドトリホスフェートが該伸長したプライマーへ取り込まれるまで、該デオキシヌクレオシドトリホスフェートにより該プライマーを伸長する工程、
該伸長したプライマーの混合物を分離する工程、及び、
該分離された伸長したプライマーの混合物に結びついた該蛍光標識ジデオキシヌクレオチドを検出することにより、該核酸配列の配列を決定する工程、
を含み、
該蛍光標識ジデオキシヌクレオシドトリホスフェートは、
ジデオキシヌクレオシドトリホスフェート、及び、
該ジデオキシヌクレオシドトリホスフェートに結びついたエネルギー移動蛍光色素であって、
２５０ｎｍ〜４００ｎｍの波長に吸収極大を有する供与体色素、及び、
該供与体色素より放出される励起エネルギーを吸収し、かつ、これに応答して発光することができる受容体色素であって、５００ｎｍよりも大きい発光極大を有する受容体色素、
を含むエネルギー移動蛍光色素、
を含んでいることを特徴とする方法。
【請求項４】  核酸配列の配列を決定する方法であって、
核酸配列とプライマーとを、デオキシヌクレオシドトリホスフェート、少なくとも１種の蛍光標識ジデオキシヌクレオシドトリホスフェート及びＤＮＡポリメラーゼの存在下でハイブリダイズすることにより、伸長したプライマーの混合物を形成する工程であって、該ＤＮＡポリメラーゼは、該プライマーの伸長を終結させる蛍光標識ジデオキシヌクレオシドトリホスフェートが該伸長したプライマーへ取り込まれるまで、該デオキシヌクレオシドトリホスフェートにより該プライマーを伸長する工程、
該伸長したプライマーの混合物を分離する工程、及び、
該分離された伸長したプライマーの混合物に結びついた該蛍光標識ジデオキシヌクレオチドを検出することにより、該核酸配列の配列を決定する工程、
を含み、
該蛍光標識ジデオキシヌクレオシドトリホスフェートは、
ジデオキシヌクレオシドトリホスフェート、及び、
該ジデオキシヌクレオシドトリホスフェートに結びついたエネルギー移動蛍光色素であって、
クマリン又はピレン環構造を有する色素のクラスのメンバーである供与体色素、及び、
該供与体色素より放出される励起エネルギーを吸収し、かつ、これに応答して発光することができる受容体色素であって、５００ｎｍよりも大きい発光極大を有する受容体色素、
を含むエネルギー移動蛍光色素、
を含んでいることを特徴とする方法。
【請求項５】  前記供与体色素が、３００ｎｍ〜４００ｎｍの波長に吸収極大を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】  前記供与体色素が、３５０ｎｍ〜４００ｎｍの波長に吸収極大を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項７】  前記受容体色素が、５５０ｎｍよりも大きい波長に発光極大を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】  前記受容体色素が、５００ｎｍ〜７００ｎｍの波長に発光極大を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】  前記受容体色素が、前記供与体色素の吸収極大よりも少なくとも１５０ｎｍ大きい波長に発光極大を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】  前記受容体色素が、フルオレセイン、ローダミン、不斉性ベンゾキサンテン、キサンテン、シアニン、フタロシアニン及びスクアライン色素からなる群より選ばれる色素のクラスのメンバーである、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】  前記受容体色素が、４，７−ジクロロフルオレセイン色素、不斉性ベンゾキサンテン色素、ローダミン、４，７−ジクロロローダミン色素、カルボキシローダミン、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルカルボキシローダミン、カルボキシＲ１１０、カルボキシＲ６Ｇ、カルボキシ−Ｘ−ローダミン及びＣｙ５からなる群より選ばれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】  前記受容体色素が、Ｒ１１０、ＲＧ６、ＴＡＭＲＡ及びＲＯＸからなる群より選ばれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】  前記エネルギー移動色素が、前記供与体色素を前記受容体色素へ結びつけるリンカーを更に含んでいる、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】  前記供与体色素が、クマリン、ピレン及びピレンスルホネートからなる群より選ばれる、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】  前記供与体色素が、３００ｎｍよりも大きい波長に吸収極大を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項１６】  前記供与体色素が、３５０ｎｍ〜４００ｎｍの波長に吸収極大を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項１７】  前記受容体色素が、５５０ｎｍよりも大きい波長に発光極大を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項１８】  前記受容体色素が、５００ｎｍ〜７００ｎｍの波長に発光極大を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項１９】  前記受容体色素が、前記供与体色素の吸収極大よりも少なくとも１５０ｎｍ大きい波長に発光極大を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項２０】  前記受容体色素が、フルオレセイン、ローダミン、不斉性ベンゾキサンテン、キサンテン、シアニン、フタロシアニン及びスクアライン色素からなる群より選ばれる色素のクラスのメンバーである、請求項３に記載の方法。
【請求項２１】  前記受容体色素が、４，７−ジクロロフルオレセイン色素、不斉性ベンゾキサンテン色素、ローダミン、４，７−ジクロロローダミン色素、カルボキシローダミン、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルカルボキシローダミン、カルボキシＲ１１０、カルボキシＲ６Ｇ、カルボキシ−Ｘ−ローダミン及びＣｙ５からなる群より選ばれる、請求項３に記載の方法。
【請求項２２】  前記受容体色素が、Ｒ１１０、ＲＧ６、ＴＡＭＲＡ及びＲＯＸからなる群より選ばれる、請求項３に記載の方法。
【請求項２３】  前記エネルギー移動色素が、前記供与体色素を前記受容体色素へ結びつけるリンカーを更に含んでいる、請求項３に記載の方法。
【請求項２４】  前記供与体色素が、クマリン、ピレン及びピレンスルホネートからなる群より選ばれる、請求項３に記載の方法。
【請求項２５】  核酸配列の配列を決定する方法であって、
核酸配列と蛍光標識オリゴヌクレオチドプライマーとを、デオキシヌクレオシドトリホスフェート、少なくとも１種のジデオキシヌクレオシドトリホスフェート及びＤＮＡポリメラーゼの存在下でハイブリダイズすることにより、伸長した標識プライマーの混合物を形成する工程であって、該ＤＮＡポリメラーゼは、該プライマーの伸長を終結させるジデオキシヌクレオシドトリホスフェートが取り込まれるまで、該デオキシヌクレオシドトリホスフェートにより該プライマーを伸長する工程、
該伸長したプライマーの混合物を分離する工程、及び、
形成した該伸長したプライマーの混合物を蛍光的に測定することにより、該核酸配列の配列を決定する工程、
を含み、
該蛍光標識オリゴヌクレオチドプライマーは、
配列を決定する核酸配列の一部に相補的であり、かつ、ポリメラーゼにより伸長可能な３’端を有するオリゴヌクレオチド配列、及び、
ＤＹＥ１０２、ＤＹＥ１０４、ＤＹＥ１０６、ＤＹＥ１０８、ＤＹＥ１１８及びＤＹＥ１２０からなる群より選ばれるエネルギー移動蛍光色素、
を含んでいることを特徴とする方法。
【請求項２６】  核酸配列の配列を決定する方法であって、
核酸配列とプライマーとを、デオキシヌクレオシドトリホスフェート、少なくとも１種の蛍光標識ジデオキシヌクレオシドトリホスフェート及びＤＮＡポリメラーゼの存在下でハイブリダイズすることにより、伸長したプライマーの混合物を形成する工程であって、該ＤＮＡポリメラーゼは、該プライマーの伸長を終結させる蛍光標識ジデオキシヌクレオシドトリホスフェートが該伸長したプライマーへ取り込まれるまで、該デオキシヌクレオシドトリホスフェートにより該プライマーを伸長する工程、
該伸長したプライマーの混合物を分離する工程、及び、
該分離された伸長したプライマーの混合物に結びついた該蛍光標識ジデオキシヌクレオチドを検出することにより、該核酸配列の配列を決定する工程、
を含み、
該蛍光標識ジデオキシヌクレオシドトリホスフェートは、
ジデオキシヌクレオシドトリホスフェート、及び、
ＤＹＥ１０２、ＤＹＥ１０４、ＤＹＥ１０６、ＤＹＥ１０８、ＤＹＥ１１８及びＤＹＥ１２０からなる群より選ばれるエネルギー移動蛍光色素、
を含んでいることを特徴とする方法。
【請求項２７】 オリゴヌクレオチドを検出する方法であって、
エネルギー移動色素で標識した、異なる大きさのオリゴヌクレオチドのシリーズを形成する工程、
該標識オリゴヌクレオチドのシリーズを大きさに基づいて分離する工程、及び
２５０〜４５０ｎｍの波長を有する光を用いて該エネルギー移動色素の供与体色素を励起し、該エネルギー移動色素の受容体色素により発する光を約５００ｎｍよりも大きい波長において測定することにより、該分離した標識オリゴヌクレオチドを検出する工程
を含んでいることを特徴とする方法。
【請求項２８】 前記エネルギー移動色素の供与体色素の励起を、約３００〜４５０ｎｍの波長を有する光を用いて行う、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】 前記エネルギー移動色素の供与体色素の励起を、３５０〜４００ｎｍの波長を有する光を用いて行う、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】 前記エネルギー移動色素の受容体色素により発する光が、５５０ｎｍよりも大きい波長を有する、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】 前記エネルギー移動色素の受容体色素により発する光が、５００〜７００ｎｍの波長を有する、請求項２７に記載の方法。
【請求項３２】 前記エネルギー移動色素の受容体色素により発する光が、前記供与体色素を励起するために使用する光の波長よりも少なくとも１５０ｎｍ大きい波長を有する、請求項２７に記載の方法。
【請求項３３】 前記受容体色素が、フルオレセイン、ローダミン、不斉性ベンゾキサンテン、キサンテン、シアニン、フタロシアニン及びスクアライン色素からなる群より選ばれる色素のクラスのメンバーである、請求項２７に記載の方法。
【請求項３４】 前記供与体色素が、クマリン又はピレン環構造を有する色素クラスのメンバーである、請求項２７に記載の方法。
【請求項３５】 前記エネルギー移動色素が、前記供与体色素を前記受容体色素へ結びつけるリンカーを含んでいる、請求項２７に記載の方法。
【請求項３６】 核酸配列の配列を決定する方法であって、
核酸配列とオリゴヌクレオチドプライマーとを、デオキシヌクレオシドトリホスフェート、エネルギー移動色素で標識した少なくとも１種のジデオキシヌクレオシドトリホスフェート及びＤＮＡポリメラーゼの存在下でハイブリダイズすることにより、伸長したプライマーの混合物を形成する工程であって、該ＤＮＡポリメラーゼは、プライマーの伸長を終結させる蛍光標識ジデオキシヌクレオシドトリホスフェートが該伸長したプライマーへ組み込まれるまで、該デオキシヌクレオシドトリホスフェートにより該プライマーを伸長する工程、
該伸長したプライマーの混合物を分離する工程、
２５０〜４５０ｎｍの波長を有する光を用いて該エネルギー移動色素の供与体色素を励起し、該エネルギー移動色素の受容体色素により発する光を５００ｎｍよりも大きい波長において測定することにより、該伸長したプライマーを検出して、該核酸配列の配列を決定する工程
を含んでいることを特徴とする方法。
【請求項３７】 前記エネルギー移動色素の供与体色素の励起を、３００〜４５０ｎｍの波長を有する光を用いて行う、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】 前記エネルギー移動色素の励起を、３５０〜４００ｎｍの波長を有する光を用いて行う、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】 前記エネルギー移動色素の受容体色素により発する光が、５５０ｎｍよりも大きい波長を有する、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】 前記エネルギー移動色素の受容体色素により発する光が、５００〜７００ｎｍの波長を有する、請求項３６に記載の方法。
【請求項４１】 前記エネルギー移動色素の受容体色素により発する光が、前記供与体色素を励起するために使用する光の波長よりも少なくとも１５０ｎｍ大きい波長を有する、請求項３６に記載の方法。
【請求項４２】 前記受容体色素が、フルオレセイン、ローダミン、不斉性ベンゾキサンテン、キサンテン、シアニン、フタロシアニン及びスクアライン色素からなる群より選ばれる色素のクラスのメンバーである、請求項３６に記載の方法。
【請求項４３】 前記供与体色素が、クマリン又はピレン環構造を有する色素クラスのメンバーである、請求項３６に記載の方法。
【請求項４４】 前記エネルギー移動色素が、前記供与体色素を前記受容体色素へ結びつけるリンカーを含んでいる、請求項３６に記載の方法。
【請求項４５】 核酸配列の配列を決定する方法であって、
核酸配列と、エネルギー移動色素で標識したオリゴヌクレオチドプライマーとを、デオキシヌクレオシドトリホスフェート、少なくとも１種のジデオキシヌクレオシドトリホスフェート及びＤＮＡポリメラーゼの存在下でハイブリダイズすることにより、伸長した標識プライマーの混合物を形成する工程であって、該ＤＮＡポリメラーゼは、プライマーの伸長を終結させるジデオキシヌクレオシドトリホスフェートが組み込まれるまで、該デオキシヌクレオシドトリホスフェートにより該プライマーを伸長する工程、
該伸長したプライマーの混合物を分離する工程、
２５０〜４５０ｎｍの波長を有する光を用いて該エネルギー移動色素の供与体色素を励起し、該エネルギー移動色素の受容体色素により発する光を５００ｎｍよりも大きい波長において測定することにより、該伸長したプライマーを検出して、該核酸配列の配列を決定する工程
を含んでいることを特徴とする方法。
【請求項４６】 前記エネルギー移動色素の供与体色素の励起を、３００〜４５０ｎｍの波長を有する光を用いて行う、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】 前記エネルギー移動色素の供与体色素の励起を、３５０〜４００ｎｍの波長を有する光を用いて行う、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】 前記エネルギー移動色素の受容体色素により発する光が、５５０ｎｍよりも大きい波長を有する、請求項４５に記載の方法。
【請求項４９】 前記エネルギー移動色素の受容体色素により発する光が、５００〜７００ｎｍの波長を有する、請求項４５に記載の方法。
【請求項５０】 前記エネルギー移動色素の受容体色素により発する光が、前記供与体色素を励起するために使用する光の波長よりも少なくとも１５０ｎｍ大きい波長を有する、請求項４５に記載の方法。
【請求項５１】 前記受容体色素が、フルオレセイン、ローダミン、不斉性ベンゾキサンテン、キサンテン、シアニン、フタロシアニン及びスクアライン色素からなる群より選ばれる色素のクラスのメンバーである、請求項４５に記載の方法。
【請求項５２】 前記供与体色素が、クマリン又はピレン環構造を有する色素クラスのメンバーである、請求項４５に記載の方法。
【請求項５３】 前記エネルギー移動色素が、前記供与体色素を前記受容体色素へ結びつけるリンカーを含んでいる、請求項４５に記載の方法。