【手続補正書】
【提出日】平成18年12月1日(2006.12.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも1つのポリペプチドの発現を可能にする条件下で、組換え核酸分子をプラスチドに導入し、それによってプラスチド中でポリペプチドを産生する段階を含む、プラスチド中でポリペプチドを産生する方法であって、
組換え核酸分子が、少なくとも1つのポリペプチドをコードする少なくとも1つの異種ポリヌクレオチドをコードするヌクレオチド配列を含み、
異種ポリヌクレオチドが、形質転換するプラスチドゲノムにおける葉緑体コドン使用頻度を反映するように改変された少なくとも1つのコドンをヌクレオチド配列中に含む、方法。
【請求項２】
プラスチドが藻類プラスチドである、請求項1記載の方法。
【請求項３】
ヌクレオチド配列が、プラスチドにおいて機能するプロモーターおよび5'非翻訳領域（5'UTR）を含み、5'UTRが少なくとも一つのリボソーム結合部位（RBS）を含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４】
プロモーターがatpA、psbA、psbD、またはrbcLプロモーターである、請求項3記載の方法。
【請求項５】
5'UTRがatpA、psbA、psbD、またはrbcLの5'UTRである、請求項3または4記載の方法。
【請求項６】
組換え核酸分子がベクター中に含まれる、請求項1から5のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
ベクターが、プラスチドのゲノムデオキシリボ核酸（DNA）との相同組換えを受け得るDNAのヌクレオチド配列を含む、請求項6記載の方法。
【請求項８】
ベクターが原核生物の複製起点をさらに含む、請求項7記載の方法。
【請求項９】
複製起点が大腸菌（E. coli）で機能する、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
異種ポリヌクレオチドが、各コドンの3番目のヌクレオチド位置におけるAT傾向が66％を超えるコドンを含む、請求項1から9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
ヌクレオチド配列中の大部分のコドンが、形質転換するプラスチドゲノムにおけるコドン使用頻度を反映するように偏っている、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
プラスチドが葉緑体である、請求項1から11のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
葉緑体が藻類種に存在する、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
藻類が微小藻類または大型藻類である、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
微小藻類がクラミドモナスである、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
クラミドモナスがクラミドモナス・ラインハルティである、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
異種ポリヌクレオチドが、抗体または抗体のサブユニットをコードする、請求項1から16のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
異種ポリヌクレオチド配列が、第1のポリペプチドおよび任意で第2のポリペプチドをコードする、請求項1から17のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
第1および第2のポリペプチドがプラスチド内で共発現される、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
第1および第2のポリペプチドが、多量体である複合体を形成する、請求項18または19記載の方法。
【請求項２１】
多量体が二量体である、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
第1のポリペプチドが免疫グロブリン重鎖またはその可変領域を含み、かつ第2のポリペプチドが免疫グロブリン軽鎖またはその可変領域を含む、請求項18から21のいずれか一項記載の方法。
【請求項２３】
異種ポリヌクレオチドが、第1のポリペプチドおよび第2のポリペプチドを含む融合タンパク質を含むポリペプチドをコードする、請求項1から16のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
融合タンパク質が単鎖抗体である、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
単鎖抗体が、軽鎖可変領域に作動可能に連結された全長重鎖タンパク質を含む、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
単鎖抗体が配列番号:16、配列番号:43、または配列番号:48に示されるアミノ酸配列を有する、請求項24記載の方法。
【請求項２７】
単鎖抗体が配列番号:15、配列番号:42、または配列番号:47に示されるヌクレオチド配列によってコードされる、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
異種ポリヌクレオチドが、第2のポリペプチドをコードする第2のヌクレオチド配列に、第3のヌクレオチド配列を介して作動可能に連結された、第1のポリペプチドをコードする第1のヌクレオチド配列を含む、請求項23記載の方法。
【請求項２９】
第3のヌクレオチド配列がリンカーペプチドをコードする、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
異種ポリヌクレオチドが、免疫グロブリン可変領域、免疫グロブリン定常領域、またはそれらの組み合わせを含むポリペプチドをコードする、請求項23記載の方法。
【請求項３１】
異種ポリヌクレオチドがレポータータンパク質をコードする、請求項1から16のいずれか一項記載の方法。
【請求項３２】
レポータータンパク質が蛍光タンパク質またはルシフェラーゼを含む、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
蛍光タンパク質が緑色蛍光タンパク質である、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
異種ポリヌクレオチドが、配列番号:1、配列番号:2をコードするヌクレオチド配列、配列番号:45、または配列番号:46をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項32記載の方法。
【請求項３５】
ポリペプチドをプラスチドから単離する段階をさらに含む、請求項1から34のいずれか一項記載の方法。
【請求項３６】
核酸分子が、少なくとも一つのポリペプチドをコードする少なくとも一つの異種ポリヌクレオチドに作動可能に連結された、少なくとも一つのリボソーム結合部位（RBS）をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項1から35のいずれか一項記載の方法。
【請求項３７】
少なくとも一つのポリペプチドが哺乳類ポリペプチドである、請求項1から36のいずれか一項記載の方法。
【請求項３８】
少なくとも一つの異種ポリヌクレオチドの、開始コドンにおけるプロモーターおよび5'UTRへの作動可能な連結を可能にするように位置するクローニング部位をさらに含む、請求項3記載の方法または請求項3に付随する場合の請求項4から37のいずれか一項記載の方法。
【請求項３９】
配列番号:16、配列番号:43、配列番号:46、または配列番号:48に示されるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項４０】
請求項1から38のいずれか一項記載の方法において有用なポリヌクレオチドを含む細胞。
【請求項４１】
植物細胞である、請求項40記載の細胞。
【請求項４２】
ポリヌクレオチドがプラスチド内にある、請求項41記載の細胞。
【請求項４３】
ポリヌクレオチドが、発現可能なポリヌクレオチドに作動可能に連結されている、請求項42記載の細胞。
【請求項４４】
発現可能なポリヌクレオチドが少なくとも第1のポリペプチドをコードする、請求項42記載の細胞。
【請求項４５】
発現可能なポリヌクレオチドが、第1のポリペプチドおよび少なくとも第2のポリペプチドをコードする、請求項44記載の細胞。
【請求項４６】
第1のポリペプチドおよび第2のポリペプチドが同一でない、請求項45記載の細胞。
【請求項４７】
第1のポリペプチドおよび第2のポリペプチドが融合タンパク質を含む、請求項45記載の細胞。
【請求項４８】
発現可能なポリヌクレオチドが、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47に示されるヌクレオチド配列、またはそれらの組み合わせを含む、請求項43記載の細胞。
【請求項４９】
請求項40から48のいずれか一項記載の植物細胞を含む、トランスジェニック植物。
【請求項５０】
藻類種または被子植物である、請求項49記載のトランスジェニック植物。
【請求項５１】
被子植物が単子葉植物または双子葉植物である、請求項50記載のトランスジェニック植物。
【請求項５２】
観賞植物、タバコ、カノーラ、イネ、ダイズ、ジャガイモ、ワタ、トマト、またはウキクサである、請求項49記載のトランスジェニック植物。
【請求項５３】
請求項49から52のいずれか一項記載のトランスジェニック植物から得られる植物細胞または組織、該植物の切り枝、もしくは該植物により産生された種子、または該植物から得られた植物材料を含む組成物。
【請求項５４】
プラスチド発現用に偏ったコドンであるポリヌクレオチドを含む、請求項49から52のいずれか一項記載のトランスジェニック植物により産生された花粉。
【請求項５５】
葉緑体ゲノムDNAとの相同組換えを受け得る葉緑体ゲノムDNAのヌクレオチド配列；
原核生物起点；および
第2のリボソーム結合部位（RBS）に作動可能に連結された第1のRBS
を含み、
第1のRBSが、作動可能に連結された発現可能なポリヌクレオチドの葉緑体中での翻訳を指示し得、かつ第2のRBSが、作動可能に連結された発現可能なポリヌクレオチドの原核生物中での翻訳を指示し得る、プラスチド/原核生物シャトルベクター。