【手続補正書】
【提出日】平成18年12月13日(2006.12.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
感染症にかかった被検体または感染症に関連した感染症状を持つ被検体のプロフィール・データ・セットを、ＲＮＡ源を提供する被検体から得た試料に基づいて決定するための方法であって、
表１の少なくとも２つの構成要素に対応するＲＮＡの量を測定して、各構成要素の基準に到達させるために増幅を用いることを含み、
前記プロフィール・データ・セットは、各構成要素の基準から構成され、実質的に再現可能な測定条件下で増幅がおこなわれる、プロフィール・データ・セットを決定するための方法。
【請求項２】
前記すべての構成要素の増幅効率が２パーセント以内である、請求項１に記載のプロフィール・データ・セットを決定するための方法。
【請求項３】
前記すべての構成要素の増幅効率が１パーセント未満である、請求項１に記載のプロフィール・データ・セットを決定するための方法。
【請求項４】
前記試料が前記被検体から得た血液、血液分画、体液、細胞群、および組織からなる群から選択される、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
ＲＮＡ源を提供する被検体から得た試料に基づいて、該被検体での感染症または感染症に関連した感染症状を、特徴づける方法であって、
複数のメンバーのプロフィール・データ・セットを評価することを含み、各々のメンバーは、構成要素の測定が全身性感染の不確徴の特徴づけを可能にするように選択された複数の構成要素からなる一つのパネル内の一つの異なるＲＮＡ構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が、実質的に再現性のある測定条件下で得られる、方法。
【請求項６】
前記評価が、前記プロフィール・データ・セットを前記パネルの基線プロフィール・データ・セットと比較することを、さらに含み、前記基線プロフィール・データ・セットが、特徴づけられる感染症または該感染症に関連した感染症状に関連がある、請求項５に記載の、被検体での感染症または感染症に関連した感染症状を特徴づけるための方法。
【請求項７】
すべての構成要素の増幅効率が実質的に同程度である、請求項１〜６のうちのいずれか1項に記載の、被検体での感染症または感染症に関連した感染症状を特徴づけるための方法。
【請求項８】
ＲＮＡ源を提供する被検体での感染症または感染症に関連した感染症状を、前記被検体から得た第１の試料に基づいて、評価するための方法であって、
前記試料から、複数のメンバーを含む第１のプロフィール・データ・セットを、前記試料から導き出すステップであり、各々のメンバーは、構成要素の測定が感染症または感染に関連した感染症状の評価を可能にするように選択された複数の構成要素から構成される１枚のパネルにある異なるＲＮＡ構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が実質的に再現性のある測定条件下で得られるステップと、
前記パネルに対する較正されたプロフィール・データを生成するステップであり、前記較正されたプロフィール・データの各メンバーが前記第１のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記パネルの基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーとの関数であり、また前記基線プロフィール・データ・セットが、評価される前記感染症または感染症に関連した感染症状と関連しているステップと、
を有し、
前記較正されたプロフィール・データが前記第１のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・データ・セットとの比較であることによって、前記被検体の前記感染症または感染症に関連した感染症状の評価が得られる、方法。
【請求項９】
治療介入前または治療介入後に、前記１種類以上の他の試料が取られる、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
年齢、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちのすくなくとも１つに関して、前記基線プロトフィール・データ・セットが、前記第１の試料が取られた時の前記被検体の生物学的状態とは異なる生物学的状態に、前記被検体がある時に取られた１種類以上の他の試料に由来する、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記基線プロフィール・データ・セットが、１以上の異なる被検体から得た１種類以上の他の試料に由来する、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
前記１種類以上の他の試料が、被験体と同じように、年齢層、性別、民族性、地理学的位置、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちの少なくとも１つを持つ、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記関数が数学的関数であり、単純な差とは異なる、請求項８に記載の方法。
【請求項１４】
前記関数が、前記基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーに対する前記第１のプロフィール・データ・セットの対応メンバーの比率の第２の関数である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記関数が対数関数である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記較正されたプロフィール・データの各メンバーが、Ｄ＝Ｆ（１．１）−Ｆ（．９）でＦは前記第２の関数とした場合に量Ｄを上回る量で変化する値を有するならば、生物学的意義を有する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記第１の試料の獲得および前記第１のプロフィール・データ・セットの定量が、第１の位置で実行され、前記較正されたプロフィール・データの生成が、第２の位置でデジタル記憶媒体上に格納されたデータベースにアクセスするためにネットワークを使用することを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１８】
前記試料から定量化された第１のプロフィール・データ・セットを反映するために、前記データベースを更新することをさらに含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
ネットワークを使用することが、グローバル・コンピュータ・ネットワークへのアクセスを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
ＲＮＡ源を提供する被検体由来の第１の試料に基づいて、前記被検体の感染症または感染症に関連した感染症状を指し示す指標を与える方法であって、
前記第１の試料からプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記プロフィール・データ・セットは複数のメンバーを含み、各メンバーは  全身性感染の不確徴の特徴づけを可能にするように選択された複数の構成要素からなる一つのパネル内の一つの異なるＲＮＡ構成要素の量の定量的基準であり、前記パネルが表１の遺伝子発現パネルの構成要素のうち少なくとも２つを含みステップと、
前記プロフィール・データ・セットを導き出すステップで、実質的に再現性のある測定条件下で各々の構成要素に対してそのような基準を達成するステップと、
前記プロフィール・データ・セットの少なくとも１つの基準のマッピングを与える指数関数に対する前記プロフィール・データ・セットの少なくとも１つの基準を、全身性感染の不確徴  の少なくとも１つの基準に適用することで、前記被検体の前記感染症または感染症に関連した感染症状に関係する指標を生成するステップと、
を含む方法。
【請求項２１】
他の試料の少なくとも１つから、各々が全身性感染の不確徴の特徴づけを可能にするように選択された複数の構成要素からなる一つのパネル内の一つの異なるＲＮＡ構成要素の量の定量的基準である複数のメンバーを含む少なくとも１つの別のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記少なくとも１つの他の試料が、少なくとも１つの時点で、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露に関して、前記第１の試料のものとは異なる環境下で取られた、同一の被検体に由来するものである、ステップと、
前記少なくとも１つの他のプロフィール・データ・セット由来の少なくとも１つの基準を、前記第１の試料のものとは異なる環境下で前記被検体の前記感染症または感染症に関連した感染症状に関係する少なくとも１つの他の指標を生産するように、異なる環境下で前記少なくとも１つの他のプロフィール・データ・セットの前記少なくとも１つの基準からのマッピングを前記感染症または感染症に関連した感染症状の１つの基準に提供する指数関数に適用するステップと、
をさらに含む、請求項２０に記載の指標を与える方法。
【請求項２２】
被検体の感染症または感染症に関連した感染症状を、前記被検体のＲＮＡ源を提供する第１の試料に基づいて、評価する方法であって、
前記試料から第１のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記第１のプロフィール・データ・セットは複数のメンバーを含み、各々のメンバーは、構成要素の測定が感染症または感染症に関連した感染症状の評価を可能にするように選択された複数の構成要素から構成される１枚のパネルにある異なるＲＮＡ構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が、実質的に再現性のある測定条件下で得られる、ステップと、
前記パネルに対する較正されたプロフィール・データを生成するステップであり、前記較正されたプロフィール・データの各メンバーが前記第１のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記パネルの基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーとの関数であり、さらに前記基線プロフィール・データ・セットの各々のメンバーは、前記パネルにある前記構成要素の一つの量の複数の被検体の関連したセットに関して決定される規範的な基準であり、また基線プロフィール・データ・セットは、評価される前記感染症または感染症に関連した感染症状に関連する、ステップと、
を有し、
前記較正されたプロフィール・データが前記第１のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・データ・セットとの比較であることから、前記被検体の前記感染症または感染症に関連した感染症状の評価が提供される、方法。
【請求項２３】
被検体の感染症または感染症に関連した感染症状を、前記被検体の第１の試料および所定の指標細胞群に由来する第２の試料に基づいて評価するもので、該試料がＲＮＡ源を提供する方法であって、
前記第１の試料またはその一部分を前記所定の指標細胞群に適用するステップと、
前記試料から第１のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記第１のプロフィール・データ・セットは複数のメンバーを含み、各々のメンバーは、構成要素の測定が感染症または感染症に関連した感染症状の評価を可能にするように選択された複数の構成要素から構成される１枚のパネルにある異なるＲＮＡ構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が、実質的に再現性のある測定条件下で得られる、ステップと、
前記パネルに対する較正されたプロフィール・データを生成するステップであり、前記較正されたプロフィール・データの各メンバーが、前記第１のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記パネルの基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーとの関数であり、さらに前記基線プロフィール・データ・セットの各々のメンバーは、前記パネルにある前記構成要素の一つの量の複数の被検体の関連したセットに関して決定される規範的な基準であり、また基線プロフィール・データ・セットは、評価される前記感染症または感染症に関連した感染症状に関連する、ステップと、
を有し、
前記較正されたプロフィール・データが前記第１のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・データ・セットとの比較であることから、前記被検体の前記感染症または感染症に関連した感染症状の評価が提供される、方法。
【請求項２４】
前記複数の被検体の関連したセットが、複数の健康な被検体からなるセットである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記第１の試料と前記１種類以上の他の試料とを取る間隔が少なくとも１２ヶ月を超えてから、前記１種類以上の他の試料が取られる、請求項８、２２、または２３のうちのいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
第１の因子が投与された標的細胞群に由来し、かつＲＮＡ源を提供する試料に基づいて、前記第１の因子によって影響を受けた前記標的細胞群の感染症または感染症に関連した感染症状を評価する方法であって、
前記試料から第１のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記第１のプロフィール・データ・セットは複数のメンバーを含み、各々のメンバーは、構成要素の測定が前記第１の因子による影響を受けた感染症または感染症に関連した感染症状の評価を可能にするように選択された複数の構成要素から構成される１枚のパネルにある異なるＲＮＡ構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が、実質的に再現性のある測定条件下で得られる、ステップと、
前記パネルに対する較正されたプロフィール・データを生成するステップであり、前記較正されたプロフィール・データの各メンバーが、前記第１のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記パネルの基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーとの関数であり、前記基線データ・セットの各メンバーは、前記パネルにある前記構成要素の一つの量の複数の標的細胞群の関連したセットに関して決定される規範的な基準であり、また基線プロフィール・データ・セットは、評価される前記感染症または感染症に関連した感染症状に関連する、ステップと、
を有し、
前記較正されたプロフィール・データが前記第１のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・データ・セットとの比較であることから、前記第１の因子による影響を受けた前記標的細胞群の感染症または感染症に関連した感染症状の評価が提供される、方法。
【請求項２７】
前記複数の標的細胞群からなる関連したセットが、複数の健康な被検体からなるセットである、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記複数の標的細胞群からなる関連したセットは、共通して、年齢層、性別、民族性、地理学的位置、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露のうちの少なくとも１つの特性を持つ、請求項２０、２２、２３、または２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記複数の標的細胞群からなる関連したセットの感染症または感染症に関連した感染症状を評価するために臨床指数が用いられており、少なくとも１種類の他の臨床指標のコンテクストにある前記較正されたプロフィール・データを解釈することをさらに含む、請求項８、２０、２２、２３、または２６に記載の方法。
【請求項３０】
前記少なくとも１種類の他の臨床指標が、血液化学、尿検査、Ｘ線もしくは他の放射線学的または代謝学的造影技術、他の化学的検定、ならびに理学的所見からなる群から選択される、請求項８、２０、２２、２３、または２６に記載の方法。
【請求項３１】
前記１種類以上の他の試料が治療介入前または治療介入後に採取される、請求項２２、２３、または２６のうちのいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】
前記第１の試料と前記１種類以上の他の試料とを取る間隔が少なくとも１ヶ月を超えてから、前記１種類以上の他の試料が取られる、請求項８、２２、または２３のうちのいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
第２の因子によって影響を受けた標的細胞群の感染症または感染症に関連した感染症状に関連して、第１の因子によって影響を受けた標的細胞群の感染症または感染症に関連した感染症状を、前記第１の因子が投与された前記標的細胞群に由来し、かつＲＮＡ源を提供する第１の試料と、前記第２の因子が投与された前記標的細胞群に由来し、かつＲＮＡ源を提供する第２の試料と、に基づいて評価する方法であって、
前記第１の試料から第１のプロフィール・データ・セットを導き出し、かつ前記第２の試料から第２のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記第１のプロフィール・データ・セットおよび前記第２のプロフィール・データ・セットは、複数のメンバーを含み、各々のメンバーは、構成要素の測定が感染症または感染症に関連した感染症状の評価を可能にするように選択された、かつ前記第２の因子に関連して前記第１の因子に影響された複数の構成要素から構成される１枚のパネルにある異なるＲＮＡ構成要素の量の定量的基準であり、各構成要素に対するそのような基準が、実質的に再現性のある測定条件下で得られる、ステップと、
前記パネルに対して第１の較正プロフィール・データ・セットと第２の較正プロフィール・データ・セットとを生成するステップであり、（ｉ）前記第１の較正プロフィール・データ・セットの各メンバーは、前記第１のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記パネルの基線プロフィール・データ・セットの対応メンバーとの関数であり、（ｉｉ）前記第２の較正プロフィール・データ・セットの各メンバーは、前記パネルに対する前記第２のプロフィール・データ・セットの対応メンバーと前記基線プロフィール・データ・セットとの関数であり、複数の被検体の関連したセットに関して決定された前記パネルの複数の構成要素のうちの一つの量の規範的な基準であり、さらに前記基線プロフィール・データ・セットは、評価される前記感染症または感染症に関連した感染症状に関連している、ステップと、
を有し、
前記第１および第２の較正プロフィール・データ・セットが、前記第１のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・セットとの比較ならび前記第２のプロフィール・データ・セットと前記基線プロフィール・データ・セットとの比較であることから、前記第２の因子によって影響を受けた前記標的細胞群の感染症または感染症に関連した感染症状に関連して、前記第１の因子によって影響を受けた前記標的細胞群の  感染症または感染症に関連した感染症状の評価が与えられる、方法。
【請求項３４】
前記第１の因子が第１の薬物であり、また前記第２の因子が第２の薬物である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記第１の因子が薬物であり、また前記第２の因子が複合混合物である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記第１の因子が薬物であり、また前記第２の因子が栄養補助食品である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３７】
前記第１および第２のプロフィール・データ・セットをデジタル記憶媒体に格納するステップをさらに有する、請求項１〜４、２２、２３、２６〜３３のうちのいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
前記基線プロフィール・データ・セットが、前記第１の試料とは異なる環境下で同一の被検体から得た１種類以上の他の試料に由来する、請求項８、２２、２３、または３３のうちのいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
前記第１の試料が前記被検体の血液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液以外の前記被検体の組織または体液に由来する、請求項２２、２３、３３のうちのいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
前記第１の試料が前記被検体の組織または体液に由来し、前記基線プロフィール・データ・セットが血液に由来する、請求項２０、２２、２３、または２６のうちのいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
被検体に由来し、かつＲＮＡ源である前記第１の試料に基づいて、全身性感染の不確徴を持つ前記被検体の炎症状態を示す指標を与える方法であって、
前記第１の試料からプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記プロフィール・データ・セットが複数のメンバーを含み、各メンバーが、前記構成要素の測定が前記炎症状態を示すようにして、選択された複数の構成要素から構成される１枚のパネルにある異なるＲＮＡ構成要素の量の定量的基準であり、前記パネルが表１の遺伝子発現パネルの構成要素のうち少なくとも２つを含む、ステップと、
前記プロフィール・データ・セットを導き出すステップで、実質的に再現性のある測定条件下で各々の構成要素に対してそのような基準を達成するステップと、
前記プロフィール・データ・セットから得た少なくとも１つの基準のマッピングを前記炎症状態の少なくとも１つの基準に与える指数関数に適用することで、前記試料の炎症状態に関連した指標を生成するステップと、
を有し、
前記指数関数は、前記パネルの基線プロフィール・データ・セットからのデータを使用し、前記基線データ・セットの各メンバーは、前記パネルの構成要素の一つの量の、複数の被検体の関連したセットに関して決定された規範的な基準であり、前記基線データ・セットが、評価すべき前記炎症状態と関連している、方法。
【請求項４２】
前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む２つの構成要素を有する、請求項２０、２１、４１のうちのいずれか１項に記載の指標を与える方法。
【請求項４３】
前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む３つの構成要素を有する、請求項２０、２１、４１のうちのいずれか１項に記載の指標を与える方法。
【請求項４４】
前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む４つの構成要素を有する、請求項２０、２１、４１のうちのいずれか１項に記載の指標を与える方法。
【請求項４５】
前記指数関数が、疾患状態、重症度、または疾病経過を含む５つの構成要素を有する、請求項２０、２１、４１のうちのいずれか１項に記載の指標を与える方法。
【請求項４６】
前記指数関数が、前記指数関数が、式：Ｉ＝ΣＣｉＭｉＰ（ｉ）（式中、Ｉは指標、Ｍｉはプロフィール・データ・セットのメンバーｉの値、Ｃｉは定数、およびＰ（ｉ）はＭｉが引き上げられた指数）を持つ複数の項の線形和として構成され、前記データ・セット内のメンバー数までの整数の値ｉに対して、上記合計が形成される、請求項４２〜４５に記載の指標を与える方法。
【請求項４７】
前記値ＣｉおよびＰ（ｉ）を、統計的手法、例えば潜在クラス模型化を用いて決定し、臨床的、実験的に導き出された前記全身性感染の不確徴に関係する潜在クラス模型化を含むデータと相関させる、請求項４６に記載の指標を与える方法。
【請求項４８】
複数の被検体の関連したセットに関して決定された規範的値に対して、前記指標を与えることで、該指標が前記規範的値に関連して解釈される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４９】
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約２パーセント未満である、請求項４１に記載の方法。
【請求項５０】
前記定量的基準が増幅によって決定され、前記測定条件は全ての構成要素についての増幅効率の差が約１パーセント未満である、請求項４１に記載の指標を与える方法。
【請求項５１】
実質的に再現可能な前記測定条件が５パーセントを上回る再現性の範囲内である、請求項１〜５０のうちのいずれか１項に記載の指標を与える方法。
【請求項５２】
実質的に再現可能な前記測定条件は、３パーセントを上回る再現性の範囲内である、請求項１〜５０のうちのいずれか１項に記載のプロフィール・データ・セットを決定するための方法。
【請求項５３】
前記炎症状態が前記被検体の部分的な組織に関連して評価され、前記第１の試料が前記部分的な組織のものとは異なるタイプの組織または体液に由来する、請求項４１に記載の方法。
【請求項５４】
他の試料の少なくとも１つから、少なくとも１つの別のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記少なくとも１つの他のプロフィール・データ・セットが複数のメンバーを含み、各メンバーが、前記構成要素の測定が前記炎症状態を示すようにして、選択された複数の構成要素から構成される１枚のパネルにある異なるＲＮＡ構成要素の量の定量的基準であり、前記少なくとも１つの他の試料は、少なくとも１つの時点で、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露に関して、前記第１の試料のものとは異なる環境下で取られた、同一の被検体に由来する、ステップと、
前記少なくとも１つの他のプロフィール・データの少なくとも１つの基準に由来するマッピングを、異なる環境下で前記感染症状の少なくとも１つの基準に提供する指数関数に対して、前記第１の試料のものとは異なる環境下で前記被検体の前記感染症または感染症に関連した感染症状に関係する少なくとも１つの他の指標を生産するように、前記少なくとも１つの他のプロフィール・データ・セット由来の少なくとも１つの基準を適用する、ステップと、
をさらに含む、請求項４１に記載の指標を提供する方法。
【請求項５５】
感染症にかかった被検体または感染症に関連した感染症状を持つ被検体への治療介入を導くために指標を用いる方法であって、
請求項２０、２１、４１、または５４のいずれかに記載の指標を与えるステップと、  前記指標を、複数の被検体の関連したセットに関して決定された前記指標の規範的値と比較して差を求めるステップと、前記指標と前記指標の規範的値との差を用いて、治療介入を導くステップと、
を含む、治療介入を導くために指標を用いる方法。
【請求項５６】
前記治療介入が微生物特異的治療である、請求項５５に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
【請求項５７】
前記治療介入が細菌特異的治療である、請求項５５に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
【請求項５８】
前記治療介入が真菌特異的治療である、請求項５５に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
【請求項５９】
前記治療介入がウイルス特異的治療である、請求項５５に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
【請求項６０】
前記治療介入が真核寄生生物特異的治療である、請求項５５に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
【請求項６１】
前記治療介入が宿主免疫系に向けられている、請求項５５に記載の、治療介入を導くために指標を用いる方法。
【請求項６２】
感染症にかかった患者または感染症に関連した感染症状を持つ患者の対象とする病原体のクラス内の病原体の種類を、前記被検体由来であり、かつＲＮＡ源を提供する少なくとも１つの試料に基づいて、区別する方法であって、
前記被検体に対して、請求項１に記載の少なくとも１つのプロフィール・データ・セットを決定するステップと、前記対象とする病原体の前記クラス内の複数の試料からなる少なくとも１つの関連したセットに関連して決定された前記プロフィール・データ・セットを少なくとも１つの基線プロフィール・データ・セットと比較して、差を求めるステップと、
前記対象とする病原体の前記クラス内の複数の試料からなる少なくとも１つの関連したセットに関連して決定された前記被検体に対して、請求項１に記載の少なくとも１つのプロフィール・データ・セットを決定するステップと、前記対象とする病原体の前記クラス内の複数の試料からなる少なくとも１つの関連したセットに関連して決定された前記プロフィール・データ・セットを少なくとも１つの基線プロフィール・データ・セットと比較して、差を求めるステップと、前記差を用いて、前記被検体に対する前記  少なくとも１つのプロフィール・データ・セット内の前記病原体の種類を、前記少なくとも１つの基線プロフィール・データ・セットの前記病原体のクラスから区別する、ステップと、前記差を用いて、前記被検体に対する前記少なくとも１つのプロフィール・データ・セット内の前記病原体の種類を、前記少なくとも１つの基線プロフィール・データ・セットの前記病原体のクラスから区別する、ステップと、
を含む、病原体のクラス内の病原体の種類を区別する方法。
【請求項６３】
感染症にかかった患者または感染症に関連した感染症状を持つ患者の対象とする病原体のクラス内の病原体の種類を、前記被検体の少なくとも１つの試料に基づいて、区別するために指標を用いる方法であって、
前記被検体に対して請求項２０、２１、４１、または５４のいずれかに記載の少なくとも１つの指標を与えるステップと、
前記少なくとも１つの指標を、複数の被検体からなる少なくとも１つの関連したセットに関連して決定された前記指標の少なくとも１つの規範的値と比較して、
少なくとも１つの差を得るステップと、
前記少なくとも１つの指標と前記指標に対する前記少なくとも１つの規範的値との前記少なくとも１つの差を用いて、前記病原体のクラスに由来する前記病原体の種類を区別する、ステップと、
を含む、病原体のクラス内の病原体の種類を区別するために指標を用いる方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
別の実施形態は、他の試料の少なくとも１つから、各々が全身性感染の不確徴の特徴づけを可能にするように選択された複数の構成要素からなる一つのパネル内の一つの異なるＲＮＡ構成要素の量の定量的基準である複数のメンバーを含む少なくとも１つの別のプロフィール・データ・セットを導き出すステップであり、前記少なくとも１つの他の試料が、少なくとも１つの時点で、栄養学的既往歴、症状、臨床指標、投薬、身体活動、体重、および環境曝露に関して、前記第１の試料のものとは異なる環境下で取られた、同一の被検体に由来するものである、ステップと、
前記少なくとも１つの他のプロフィール・データ・セット由来の少なくとも１つの基準を、前記第１の試料のものとは異なる環境下で前記被検体の前記感染症または感染症に関連した感染症状に関係する少なくとも１つの他の指標を生産するように、異なる環境下で前記少なくとも１つの他のプロフィール・データ・セットの前記少なくとも１つの基準からのマッピングを前記感染症または感染症に関連した感染症状の１つの基準に提供する指数関数に適用するステップと、
をさらに含む、指標を与える方法、
を提供する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８７】
表１．  感染性疾患遺伝子発現パネルに関連する主要感染性疾患または炎症性状態
当業者は、本出願で明瞭に表現される原理に従って、他のパネルを構築して実験的に検証することが可能である。