【手続補正書】
【提出日】平成19年5月18日(2007.5.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
目的のタンパク質を検出し、および／または操作するための方法であって、
目的のタンパク質およびアシル担体タンパク質（ＡＣＰ）またはその断片を含む融合タンパク質を、
補酵素Ａ（ＣｏＡ）型基質、ここでＣｏＡのホスホパンテテイニル部分はＡＣＰ融合タンパク質に転移でき、リンカーを通じて連結されているラベルを有する、および
ホロ−アシル担体タンパク質合成酵素（ＡＣＰＳ）もしくはその相同物と接触させ、その結果ＡＣＰＳがラベルを融合タンパク質へ転移させること、ならびに
そのラベルを検出しおよび／または操作するために設計されたシステムにおいてそのラベルを用いて、得られたそのラベルされた融合タンパク質を検出しおよび／またはさらに操作すること、
を含む方法。
【請求項２】
得られたラベルされた融合タンパク質を、生体外もしくは生体内でラベルを連続的にモニターするために設計されたシステムにおいて連続的にモニターすることができる、請求項１記載の、目的のタンパク質を検出するための方法。
【請求項３】
請求項２記載の、生体外で目的のタンパク質を検出するための方法。
【請求項４】
請求項２記載の、生体内の細胞中の目的のタンパク質を検出するための方法。
【請求項５】
ラベルされた融合タンパク質を、ラベルを精製するために設計されたシステム中で精製し、およびさらなる工程において目的のタンパク質をラベルされた融合タンパク質から切断する、請求項１記載の、目的のタンパク質を操作するための方法。
【請求項６】
ラベルされた融合タンパク質を、ラベルを固定するために設計されたシステム中で固体支持体に固定する、請求項１記載の、目的のタンパク質を操作するための方法。
【請求項７】
ＡＣＰＳがＥ．ｃｏｌｉ由来のＡＣＰＳである、請求項１記載の、目的のタンパク質を操作するための方法。
【請求項８】
ＡＣＰＳ相同物が、ＥｎｔＤ、Ｓｆｐ、Ｐｓｆ−１、Ｇｓｐ、ＬＹＳ５、Ｂｌｉ、Ｌｐａ−１４、およびＮｓｈＣから成る群より選択される、請求項１記載の、目的のタンパク質を操作するための方法。
【請求項９】
ＡＣＰがＥ．ｃｏｌｉのアシル担体タンパク質である、請求項１記載の、目的のタンパク質を操作するための方法。
【請求項１０】
ＡＣＰがStreptomyces種由来である、請求項１記載の、目的のタンパク質を操作するための方法。
【請求項１１】
ＡＣＰが野生型ＡＣＰのＡＣＰ変異体であって、１個以上のアミノ酸置換、欠失または付加により野生型ＡＣＰと異なるが、ＡＣＰＳにより触媒される反応において、ラベルされた４’−ホスホパンテテインに対するアクセプターとして働く性質を依然として保持している、請求項１記載の、目的のタンパク質を操作するための方法。
【請求項１２】
ＡＣＰが、ホスホパンテテイン誘導体と結合するセリン残基を含むＡＣＰ断片であって、かつそのようなホスホパンテテイン誘導体を受容する機能を保持している、請求項１記載の、目的のタンパク質を操作するための方法。
【請求項１３】
目的のタンパク質が１２〜５０００個のアミノ酸から成ることを特徴とする、目的のタンパク質およびアシル担体タンパク質（ＡＣＰ）またはその断片を含むラベルされた融合タンパク質。
【請求項１４】
目的のタンパク質が５０〜１０００個のアミノ酸から成ることを特徴とする、請求項１３記載の融合タンパク質。
【請求項１５】
目的のタンパク質が、酵素、ＤＮＡ結合タンパク質、転写調節タンパク質、膜タンパク質、核レセプタータンパク質、核局在信号タンパク質、タンパク質補助因子、抗体、膜ポンプタンパク質、膜チャネルタンパク質、膜担体タンパク質、運動タンパク質、シグナル伝達に関与するタンパク質、核タンパク質、リボソームタンパク質、小単量体ＧＴＰアーゼ、ＡＴＰ結合カセットタンパク質、細胞内構造タンパク質、タンパク質を特定の細胞内区画へ向かわせる原因である配列を有するタンパク質、一般にラベルとしてまたは親和性タグとして用いられるタンパク質、およびそのようなタンパク質のドメインもしくはサブドメインから成る群より選択されることを特徴とする、請求項１３記載の融合タンパク質。
【請求項１６】
目的のタンパク質が、ヒト、他の高等哺乳動物、真核生物種、バクテリア種、またはウイルス源に由来することを特徴とする、請求項１３記載の融合タンパク質。
【請求項１７】
目的のタンパク質が、サルモネラ、ミコバクテリア、ブドウ球菌、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、ヒトインフルエンザウイルス、肝炎ウイルス、またはコロナウイルスに由来することを特徴とする、請求項１３記載の融合タンパク質。
【請求項１８】
目的のタンパク質が、ガン、心臓血管病、精神障害、アルツハイマー、肥満、ウイルス感染、またはバクテリア感染において役割を果たすことを特徴とする、請求項１３記載の融合タンパク質。
【請求項１９】
適当な条件下において酵素切断を受けやすいリンカーを通じて連結されているＡＣＰおよび目的のタンパク質を含むことを特徴とする、請求項１３記載の融合タンパク質。
【請求項２０】
ＡＣＰおよびニューロキニン−１レセプターを含む請求項１３記載の融合タンパク質。
【請求項２１】
請求項１記載の方法において調製された、請求項１３記載の融合タンパク質。
【請求項２２】
式（Ｉ）または（II）：
【化１】
2007509608.tif 000001
［ 式中、
「ラベル」は、ラベルを検出し、および／または操作するために設計されたシステムにおいて融合タンパク質の検出および／または操作に適したラベル分子であり、そして
Ｒは、１〜３００個の炭素原子を有する直鎖または分岐鎖アルキレン基であり、次の修飾（ａ）〜（ｆ）：
（ａ）１個以上の炭素原子が酸素により置き換えられており；
（ｂ）１個以上の炭素原子が水素原子を持つ窒素原子により置き換えられ、また隣接する炭素原子がオキソにより置き換えられて、アミド官能基−ＮＨ−ＣＯ−を表し；
（ｃ）１個以上の炭素原子が酸素により置き換えられ、また隣接する炭素原子がオキソにより置き換えられて、エステル官能基−Ｏ−ＣＯ−を表し；
（ｄ）２個の隣接する炭素原子間の結合が２重または３重結合であって、官能基−ＣＨ＝ＣＨ−または−Ｃ≡Ｃ−を表し；
（ｅ）１個以上の炭素原子がフェニレン、飽和または不飽和シクロアルキレン、飽和または不飽和ビシクロアルキレン、架橋ヘテロ芳香族または架橋飽和または不飽和ヘテロシクリル基により置き換えられており；
（ｆ）２個の隣接する炭素原子がジスルフィド結合−Ｓ−Ｓ−により置き換えられており；
の２個以上の組み合わせが存在し、場合によっては置換基を含む］の請求項２２記載のラベルされたＣｏＡ型基質。
【請求項２３】
Ｒは、１〜３００個の炭素原子を有する直鎖または分岐鎖アルキレン基であり、修飾（ａ）〜（ｆ）の２個の組み合わせが存在し、場合によっては置換基を含む、請求項２２記載のラベルされたＣｏＡ型基質。
【請求項２４】
請求項２２記載のラベルされたＣｏＡ型基質であって、「ラベル」が次：
（１）分光学的プローブ；
（２）放射性ラベルされた分子；
（３）相手と特異的に結合できる特異的な結合対の一方である分子。
（４）他の生体分子と相互作用すると想定される分子；
（５）他の生体分子と相互作用すると想定される分子のライブラリー；
（６）他の生体分子と架橋できる分子；
（７）Ｈ２Ｏ２とアスコルビン酸に曝露されるとヒドロキシルラジカルを生成できる分子；
（８）光照射により反応性ラジカルを生成できる分子；
（９）固形支持体に共有結合した分子；
（１０）相補的な鎖と塩基対を形成できる核酸またはその誘導体；
（１１）リピッドまたは膜に挿入される性質を有する他の疎水性分子；
（１２）望ましい酵素学的、化学的、または物理的性質を有する生体分子；および
（１３）（１）〜（１２）の性質の任意の組み合わせを有する分子、
からなる群より選択される、請求項２２記載のラベルされたＣｏＡ型基質。
【請求項２５】
「ラベル」がビオチン、ジゴキシゲニン、Ｃｙ−３、およびＣｙ−５から選択される、請求項２２記載のラベルされたＣｏＡ型基質。
【請求項２６】
請求項１記載の方法における請求項２２記載のラベルされたＣｏＡ型基質の使用。