【手続補正書】
【提出日】平成19年4月2日(2007.4.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１つの免疫原性部分を含む、単離されたポリペプチドであって、ここで該腫瘍タンパク質は、以下：
（ａ）以下の配列番号：
【化１】
2002543769.tif 000001
に列挙される配列；
（ｂ）以下の配列番号：
【化２】
2002543769.tif 000002
のいずれか１つに列挙される配列に対して中程度のストリンジェント条件下でハイブリダイズする配列；および
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列の相補鎖、
からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列を含む、
ポリペプチド。
【請求項２】  請求項１に記載の単離されたポリペプチドであって、ここで該ポリペプチドは、以下の配列番号：
【化３】
2002543769.tif 000003
のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項３】  以下の配列番号：
【化４】
2002543769.tif 000004
のいずれか１つに列挙される配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項４】  肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１５アミノ酸残基をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、該改変体は抗原特異的抗血清と反応する改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／または挿入において異なり、ここで該腫瘍タンパク質は、以下の配列番号：
【化５】
2002543769.tif 000005
のいずれか１つに列挙される配列または該配列のいずれかの相補鎖を含むポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項５】  肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、ここで該腫瘍タンパク質は、以下の配列番号：
【化６】
2002543769.tif 000006
のいずれか１つに列挙される配列、または該配列のいずれかの相補鎖を含むポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項６】  単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドが、以下の配列番号：
【化７】
2002543769.tif 000007
のいずれか１つに列挙される配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項７】  単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドが、中程度のストリンジェント条件下で、以下の配列番号：
【化８】
2002543769.tif 000008
のいずれか１つに列挙される配列に対してハイブリダイズする配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項８】  請求項４〜７のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドと相補的な、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】  請求項４〜８のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
【請求項１０】  請求項９に記載の発現ベクターを用いて形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
【請求項１１】  以下の配列番号：
【化９】
2002543769.tif 000009
のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補鎖、によりコードされるアミノ酸配列を含む肺腫瘍タンパク質に特異的に結合する、単離された抗体、またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１２】  請求項１に記載の少なくとも１つのポリペプチドを含む、融合タンパク質。
【請求項１３】  請求項１２に記載の融合タンパク質であって、ここで該融合タンパク質は、該融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを用いてトランスフェクトされた宿主細胞において、該融合タンパク質の発現を増大する発現エンハンサーを含む、融合タンパク質。
【請求項１４】  請求項１２に記載の融合タンパク質であって、ここで該融合タンパク質は、請求項１に記載のポリペプチド内に存在しないＴヘルパーエピトープを含む、融合タンパク質。
【請求項１５】  前記融合タンパク質がアフィニティータグを含む、請求項１２に記載の融合タンパク質。
【請求項１６】  請求項１２に記載の融合タンパク質をコードする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１７】  薬学的組成物であって、該薬学的組成物は、生理学的に受容可能なキャリア、および以下：
（ａ）請求項１に記載のポリペプチド；
（ｂ）請求項４に記載のポリヌクレオチド；
（ｃ）請求項１１に記載の抗体；
（ｄ）請求項１２に記載の融合タンパク質；および
（ｅ）請求項１６に記載のポリヌクレオチド、
からなる群より選択される少なくとも１つの成分を含む、薬学的組成物。
【請求項１８】  免疫促進剤および以下：
（ａ）請求項１に記載のポリペプチド；
（ｂ）請求項４に記載のポリヌクレオチド；
（ｃ）請求項１１に記載の抗体；
（ｄ）請求項１２に記載の融合タンパク質；および
（ｅ）請求項１６に記載のポリヌクレオチド、
からなる群より選択される少なくとも１つの成分を含む、ワクチン。
【請求項１９】  前記免疫促進剤がアジュバントである、請求項１８に記載のワクチン。
【請求項２０】  前記免疫促進剤が主にＩ型応答を誘導する、請求項１８に記載のワクチン。
【請求項２１】  患者において癌の発達を阻害するための請求項１７に記載の組成物であって、該組成物は、有効量で存在する、組成物。
【請求項２２】  患者において癌の発達を阻害するための組成物であって、該組成物は、請求項１８に記載のワクチンの有効量を含む、組成物。
【請求項２３】  薬学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤と組み合わせて、請求項１に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞を含む、薬学的組成物。
【請求項２４】  前記抗原提示細胞が樹状細胞またはマクロファージである、請求項２３に記載の薬学的組成物。
【請求項２５】  肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１つの免疫原性部分を含むポリペプチドを発現する抗原提示細胞を含むワクチンであって、ここで該腫瘍タンパク質は、免疫促進剤と組み合わせて、以下：
（ａ）以下の配列番号：
【化１０】
2002543769.tif 000010
に列挙される配列；
（ｂ）中程度のストリンジェント条件下で、以下の配列番号：
【化１１】
2002543769.tif 000011
のいずれか１つに列挙される配列に対してハイブリダイズする配列；および
（ｃ）（ｉ）または（ｉｉ）の配列の相補鎖、
からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列を含む、ワクチン。
【請求項２６】  前記免疫促進剤がアジュバントである、請求項２５に記載のワクチン。
【請求項２７】  前記免疫促進剤が主にＩ型応答を誘導する、請求項２５に記載のワクチン。
【請求項２８】  前記抗原提示細胞が樹状細胞である、請求項２５に記載のワクチン。
【請求項２９】  患者における癌の発達を阻害するための組成物であって、該組成物は、肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１つの免疫原性部分を含むポリペプチドを発現する抗原提示細胞の有効量を含み、ここで該腫瘍タンパク質は、以下：
（ａ）以下の配列番号：
【化１２】
2002543769.tif 000012
に列挙される配列；
（ｂ）中程度のストリンジェント条件下で、以下の配列番号：
【化１３】
2002543769.tif 000013
のいずれか１つに列挙される配列に対してハイブリダイズする配列；および
（ｃ）以下の配列番号：
【化１４】
2002543769.tif 000014
のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチドによりコードされる（ｉ）または（ｉｉ）の配列の相補鎖、
からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列を含み、それによって該患者における癌の発達を阻害する、組成物。
【請求項３０】  前記抗原提示細胞が樹状細胞である、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３１】  前記癌が肺癌である、請求項２１、２２および２９のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項３２】  生物学的サンプルから腫瘍細胞を除去するための方法であって、該方法は、肺腫瘍タンパク質と特異的に反応するＴ細胞と生物学的サンプルを接触させる工程を包含し、ここで該腫瘍タンパク質が以下：
（ｉ）以下の配列番号：
【化１５】
2002543769.tif 000015
のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド；および
（ｉｉ）該ポリヌクレオチドの相補鎖；
からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列を含み、ここで該接触の工程が、該サンプルから抗原を発現している細胞の除去を可能にするのに十分な条件下および時間で実施される、方法。
【請求項３３】  前記生物学的サンプルが血液またはその分画である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】  患者における癌の発達を阻害するための組成物であって、請求項３２に記載の方法に従って処置された生物学的サンプルを含む、組成物。
【請求項３５】  肺腫瘍タンパク質に特異的なＴ細胞を、Ｔ細胞の刺激および／または増殖を可能にするのに十分な条件下および時間で、刺激および／または増殖するための方法であって、Ｔ細胞を、以下：
（ａ）肺腫瘍タンパク質またはその改変体の少なくとも免疫原性部分を含むポリペプチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下：
（ｉ）以下の配列番号：
【化１６】
2002543769.tif 000016
に列挙される配列；
（ｉｉ）以下の配列番号：
【化１７】
2002543769.tif 000017
のいずれか１つに列挙される配列に、中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列；および
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）の配列の相補鎖；
からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド；
（ｂ）（ａ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および
（ｃ）（ａ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞；
からなる群より選択される少なくとも１つの成分と接触させる工程を包含する、方法。
【請求項３６】  請求項３５に記載の方法に従って調製されるＴ細胞を含む、単離されたＴ細胞集団。
【請求項３７】  患者における癌の発達を阻害するための組成物であって、該組成物は、請求項３６に記載のＴ細胞集団の有効量を含む、組成物。
【請求項３８】  患者における癌の発達を阻害するための組成物であって、該組成物は、有効量の増殖したＴ細胞を含み、該Ｔ細胞は、患者から単離されたＣＤ４+および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞を、以下からなる群より選択される少なくとも１つの成分と共にインキュベートすることによって増殖され：
（ｉ）肺腫瘍タンパク質またはその改変体の、少なくとも１つの免疫原性部分を含むポリペプチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド：
（１）以下の配列番号：
【化１８】
2002543769.tif 000018
に列挙される配列；
（２）以下の配列番号：
【化１９】
2002543769.tif 000019
のいずれか１つに列挙される配列に対して、中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列；および
（３）（１）または（２）の配列の相補鎖；
（ｉｉ）（ｉ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および
（ｉｉｉ）（ｉ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞；
そして、それによって該患者における癌の発達を阻害する、組成物。
【請求項３９】  患者における癌の発達を阻害するための組成物であって、該組成物は、有効量のクローニングされたＴ細胞を含み、該Ｔ細胞は、
（ａ）患者から単離されたＣＤ４+および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞を、以下からなる群より選択される少なくとも１つの成分と共にインキュベートし、その結果Ｔ細胞が増殖する工程：
（ｉ）肺腫瘍タンパク質またはその改変体の、少なくとも１つの免疫原性部分を含むポリペプチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド：
（１）以下の配列番号：
【化２０】
2002543769.tif 000020
に列挙される配列；
（２）以下の配列番号：
【化２１】
2002543769.tif 000021
のいずれか１つに列挙される配列に対して、中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列；および
（３）（１）または（２）の配列の相補鎖；
（ｉｉ）（ｉ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および
（ｉｉｉ）（ｉ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞；
（ｂ）少なくとも１つの増殖した細胞をクローニングして、クローンＴ細胞を提供する工程；
によって産生され、それによって該患者における癌の発達を阻害する、
組成物。
【請求項４０】  患者における癌の存在または非存在を決定するための組成物であって、肺腫瘍タンパク質に結合する結合剤を含み、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下の配列番号：
【化２２】
2002543769.tif 000022
のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含み、
ここで、該結合剤に結合するポリペプチドの量は、患者から得られた生物学的サンプルにおける検出を意図されるものであり、ここで該サンプルが該結合剤と接触され、そして該検出されたポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較し、該患者における癌の存在または非存在を決定する、組成物。
【請求項４１】  前記結合剤が抗体である、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４２】  前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４３】  前記癌が肺癌である、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４４】  患者における癌の進行のモニターを補助するための方法であって、以下の工程：
（ａ）患者から、第１の時点で得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質に結合する結合剤に接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下の配列番号：
【化２３】
2002543769.tif 000023
のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；
（ｂ）該サンプルにおいて、該結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工程；
（ｃ）該患者から、次の時点で得られた生物学的サンプルを使用して、工程（ａ）および（ｂ）を繰り返す工程；ならびに
（ｄ）工程（ｃ）において検出された該ポリペプチドの量を、工程（ｂ）において検出された該量と比較し、それから該患者における該癌の進行をモニターする工程、
を包含する、方法。
【請求項４５】  前記結合剤が抗体である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】  前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】  前記癌が肺癌である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４８】  患者における癌の存在または非存在を決定するための組成物であって、該組成物は、肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含み、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下の配列番号：
【化２４】
2002543769.tif 000024
のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含み、
ここで該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量は、患者から得られた生物学的サンプルにおける検出を意図され、ここで該サンプルは、オリゴヌクレオチドと接触され、そして該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする該ポリヌクレオチドの量を所定のカットオフ値と比較し、該患者における癌の存在または非存在を決定する、組成物。
【請求項４９】  前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする前記ポリヌクレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して決定される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５０】  前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする前記ポリヌクレオチドの量が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して決定される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項５１】  患者における癌の進行のモニターを補助するための方法であって、以下の工程：
（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドに接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下の配列番号：
【化２５】
2002543769.tif 000025
のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；
（ｂ）該サンプルにおいて、該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を検出する工程；
（ｃ）該患者から、次の時点で得られた生物学的サンプルを使用して、工程（ａ）および（ｂ）を繰り返す工程；ならびに
（ｄ）工程（ｃ）において検出された該ポリヌクレオチドの量を、工程（ｂ）において検出された該量と比較し、それから該患者における該癌の進行をモニターする工程、
を包含する、方法。
【請求項５２】  前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする前記ポリヌクレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して決定される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】  前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする前記ポリヌクレオチドの量が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して決定される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】  診断キットであって、以下：
（ａ）請求項１１に記載の１つ以上の抗体；および
（ｂ）レポーター基を含む検出試薬、
を備える、キット。
【請求項５５】  前記抗体が固体支持体上に固定化される、請求項５４に記載のキット。
【請求項５６】  前記検出試薬が、抗免疫グロブリン、プロテインＧ、プロテインＡまたはレクチンを含む、請求抗５４に記載のキット。
【請求項５７】  前記レポーター基が、放射性同位体、蛍光基、発光基、酵素、ビオチンおよび色素粒子からなる群より選択される、請求項５４に記載のキット。
【請求項５８】  肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドに、中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする１０〜４０の連続したヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下の配列番号：
【化２６】
2002543769.tif 000026
のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチドのいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、オリゴヌクレオチド。
【請求項５９】  請求項５８に記載のオリゴヌクレオチドであって、ここで該オリゴヌクレオチドが、以下の配列番号：
【化２７】
2002543769.tif 000027
のいずれか１つに列挙される１０〜４０の連続したヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチド。
【請求項６０】  診断キットであって、以下：
（ａ）請求項５９に記載のオリゴヌクレオチド；および
（ｂ）ポリメラーゼ連鎖反応またはハイブリダイゼーションアッセイにおける使用のための診断試薬、
を備える、キット。
【請求項６１】  患者における癌の存在または非存在の決定を補助するための方法であって、以下の工程：
（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質に結合する結合剤に接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下の配列番号：
【化２２】
2002543769.tif 000028
のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；
（ｂ）該サンプルにおいて、該結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工程；および
（ｃ）該ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較し、それから該患者における癌の存在または非存在を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項６２】  前記結合剤が抗体である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】  前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】  前記癌が肺癌である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６５】  患者における癌の存在または非存在の決定を補助するための方法であって、以下の工程：
（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドに接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下の配列番号：
【化２４】
2002543769.tif 000029
のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；
（ｂ）該サンプルにおいて、該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする該ポリヌクレオチドの量を検出する工程；および
（ｃ）該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする該ポリヌクレオチドの量を所定のカットオフ値と比較し、それから該患者における癌の存在または非存在を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項６６】  前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする前記ポリヌクレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して決定される、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】  前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする前記ポリヌクレオチドの量が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して決定される、請求項６５に記載の方法。