【手続補正書】
【提出日】平成19年1月26日(2007.1.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単一の生物種における複数の異なる生物によって示される表現型と該単一の生物種のゲノム中の1以上の特定遺伝子座とを関連付ける方法であって、該方法が、
該表現型に関する複数の表現型値を取得すること、ここで、該複数の表現型値中の各表現型値は該複数の異なる生物中の１つの異なる生物に関するものであり、
ハプロタイプマップ中のハプロタイプブロックを採点すること、ここで、該採点は、
(i)該ハプロタイプブロックに関して同一のハプロタイプを共有する該複数の異なる生物中の生物から取得した複数の表現型値中の表現型値の変化と、
(ii)該ハプロタイプブロックに関して同一のハプロタイプを共有しない該複数の異なる生物中の生物から取得した複数の表現型値中の表現型値の変化、
との間の相応関係を表し、
該ハプロタイプマップは複数のハプロタイプブロックを含み、該ハプロタイプマップ中の各ハプロタイプブロックは前記ゲノムの異なる部分を含み；および、
該ハプロタイプマップ中の該複数のハプロタイプブロックにおける各ハプロタイプブロックについて前記採点を繰り返すこと；該複数のハプロタイプブロックにおいて、該複数のハプロタイプブロック中の他の全てのハプロタイプブロックよりも良い点数を有する1以上のハプロタイプブロックを同定すること；及び、前記表現型と、同定された該１以上のハプロタイプブロック内の該ゲノムの各部分とを関連付けることにより、該表現型と１以上の特定遺伝子座とを関連付けること
を含む上記方法。
【請求項２】
前記複数のハプロタイプブロック中のハプロタイプブロックが複数の連続的な一塩基多型を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
前記ハプロタイプブロック中の各一塩基多型が、該ハプロタイプブロック中の別の一塩基多型の閾値距離内にある、請求項2に記載の方法。
【請求項４】
前記閾値距離が10メガベース以下である請求項3に記載の方法。
【請求項５】
前記閾値距離が1メガベース以下である請求項3に記載の方法。
【請求項６】
前記複数のハプロタイプブロック中のハプロタイプブロックが複数のハプロタイプを含み、かつ該ハプロタイプブロックによって表されるハプロタイプのカットオフパーセンテージ未満のものが該ハプロタイプブロック中に1度だけ出現する、請求項1に記載の方法。
【請求項７】
前記カットオフパーセンテージが5％〜30％の範囲内である請求項6に記載の方法。
【請求項８】
前記カットオフパーセンテージが15％〜25％の範囲内である請求項6に記載の方法。
【請求項９】
前記方法が前記採点の前に前記ハプロタイプマップを作成するステップをさらに含む、請求項1に記載の方法。
【請求項１０】
前記作成が、
(i)複数の連続的な一塩基多型を有する候補ハプロタイプブロックを同定すること、ここで、該候補ハプロタイプブロック中の各一塩基多型は該候補ハプロタイプブロック中の別の一塩基多型の閾値距離内にある、
(ii)前記候補ハプロタイプブロックに点数を割付けること、
(iii)前記同定ステップ(i)と前記割付ステップ(ii)とを可能な全ての候補ハプロタイプブロックが同定されるまで繰り返し、それにより、候補ハプロタイプブロックのセットを作成すること、
(iv)ハプロタイプマップのために候補ハプロタイプブロックのセット中で最高点を有する候補ハプロタイプブロックを選択すること、
(v)前記選択した候補ハプロタイプブロックと、該選択した候補ハプロタイプブロックの全てもしくは一部を上乗せした各候補ハプロタイプブロックとを、前記候補ブロックのセットから除去すること、
(vi)前記選択ステップ(iv)と前記除去ステップ(v)とを候補ハプロタイプブロックが前記候補ハプロタイプブロックのセット中に完全に残らなくなるまで繰り返すこと、ここで前記ハプロタイプマップはステップ(iv)の反復において選択された各候補ハプロタイプブロックを含む、
を含む請求項9に記載の方法。
【請求項１１】
前記点数が、前記ブロックによって表されるハプロタイプ数の2乗で、前記候補ハプロタイプブロック中の一塩基多型の数を割算したものである、請求項10に記載の方法。
【請求項１２】
前記点数が、ブロックによって表されるハプロタイプ数で、前記候補ハプロタイプブロック中の一塩基多型の数を割算したものである、請求項10に記載の方法。
【請求項１３】
前記ハプロタイプブロックの採点が、該ハプロタイプブロックに点数Sを割付けることを含み、ここで、Sは、
【数１】
2006519436.tif 000001
であり、ΣDintraは、前記ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有する前記複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和であり、ΣDinterは、該ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有しない該複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記ハプロタイプブロックの採点が、該ハプロタイプブロックに点数Sを割付けることを含み、ここで、Sは、
【数２】
2006519436.tif 000002
であり、ΣDintraは、前記ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有する前記複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和であり、ΣDinterは、該ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有しない該複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和である、請求項1に記載の方法。
【請求項１５】
前記ハプロタイプブロックの採点が点数Sを割付けることを含み、ここで、Sは比
【数３】
2006519436.tif 000003
の負、逆数、負の逆数、対数もしくは負の対数であり、ΣDintraは、前記ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有する前記複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和であり、ΣDinterは、該ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有しない該複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和である、請求項1に記載の方法。
【請求項１６】
ΣDintraまたはΣDinterが累乗される、請求項15に記載の方法。
【請求項１７】
前記累乗が1/2、2または10乗である、請求項16に記載の方法。
【請求項１８】
前記ハプロタイプブロックの採点が点数Sを割付けることを含み、ここで、Sは、下記の比
【数４】
2006519436.tif 000004
の負、逆数、負の逆数、対数または負の対数であり、ここで、ΣDintraは、前記ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有する前記複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和であり、ΣDinterは、該ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有しない該複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和であり、ΣDintraまたはΣDinterが累乗される、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記累乗が1/2、2または10乗である、請求項18に記載の方法。
【請求項２０】
前記１以上の特定遺伝子座における特定遺伝子座が0.5メガベース以下の長さを有する、請求項1に記載の方法。
【請求項２１】
前記1以上の特定遺伝子座における特定遺伝子座が0.5メガベース〜2.0メガベースの長さを有する、請求項1に記載の方法。
【請求項２２】
前記1以上の特定遺伝子座における特定遺伝子座が10メガベース以下の長さを有する、請求項1に記載の方法。
【請求項２３】
前記表現型が糖尿病、癌、喘息、統合失調症、関節炎、多発性硬化症、またはリウマチ性疾患である、請求項1に記載の方法。
【請求項２４】
前記表現型が自己免疫疾患または遺伝病である請求項1に記載の方法。
【請求項２５】
前記複数の表現型値がマイクロアレイ発現データを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項２６】
前記単一の生物種が動物、植物、ショウジョウバエ（Drosophila）、酵母、ウイルス、またはシー・エレガンス（C.elegans）である、請求項1に記載の方法。
【請求項２７】
前記単一の生物種がマウスまたはヒトである、請求項1に記載の方法。
【請求項２８】
前記単一の生物種における前記複数の異なる生物が5〜1000個体の生物である、請求項1に記載の方法。
【請求項２９】
前記単一の生物種における前記複数の異なる生物が10〜100個体の生物である、請求項1に記載の方法。
【請求項３０】
前記単一の生物種における前記複数の異なる生物が20〜75個体の生物である、請求項1に記載の方法。
【請求項３１】
前記方法が、
(i)前記複数のハプロタイプブロックにおいて、該複数のハプロタイプブロックにおける他の全てのまたは大部分のハプロタイプブロックよりも良い点数を有する前記1以上のハプロタイプブロック中のハプロタイプを選択すること；
(ii)前記ハプロタイプで表される前記単一の生物種における前記複数の異なる生物中の生物のサブセットについての遺伝子型データを用いて、該単一の生物種についての二次ハプロタイプマップを作成すること；
(iii)前記二次ハプロタイプマップ中のハプロタイプブロックを採点すること、ここで該採点は、(a)該ハプロタイプブロックに関して同一のハプロタイプを共有する該生物のサブセットから取得した複数の表現型値中の表現型値の変化と、(b)該ハプロタイプブロックに関して同一のハプロタイプを共有しない該生物のサブセットから取得した複数の表現型値中の表現型値の変化、との間の相応関係を表す；
(iv)前記二次ハプロタイプマップ中の各ハプロタイプブロックについて前記採点ステップ(iii)を繰り返すこと、
(v)該二次ハプロタイプマップ中の他の全てのハプロタイプブロックよりも良い点数を有する1以上の第2ハプロタイプブロックを同定すること；および
(vi)ステップ(i)で選択されたハプロタイプを含むハプロタイプブロック中には存在しない、同定された前記1以上の第2ハプロタイプブロックに由来する遺伝子座を同定すること、を含む請求項1に記載の方法。
【請求項３２】
前記複数の表現型値が前記複数の生物中の複数の細胞構成要素の富化値の測定値を表す、請求項1に記載の方法。
【請求項３３】
前記複数の表現型値中の表現型が(i)該複数の生物中の生物における細胞内構成要素の天然の発現値と(ii)該生物を擾乱剤に暴露した後の該生物における該細胞構成要素の発現値との間の示差的な発現値を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項３４】
前記擾乱剤が薬理学的剤である請求項33に記載の方法。
【請求項３５】
前記擾乱剤が1000ダルトン以下の分子量を有する化合物である、請求項33に記載の方法。
【請求項３６】
前記複数の異なる生物中の生物が、前記単一の生物種のメンバー、該単一の生物種のメンバーに由来する細胞組織、または該単一の生物種の該メンバーに由来する細胞培養物である、請求項1に記載の方法。
【請求項３７】
前記複数のハプロタイプブロック中のハプロタイプブロックが、複数の制限断片長多型、マイクロサテライトマーカー、ショートタンデムリピート、塩基配列長多型、またはDNAメチル化を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項３８】
コンピュータシステムと協働して使用するためのコンピュータプログラム製品であって、該コンピュータプログラム製品がコンピュータ読取り可能な記憶媒体と、その製品中に格納されたコンピュータプログラム機構を含み、
該コンピュータプログラム機構が、
単一の生物種における複数の異なる生物のゲノム配列における変異を記録保存するための遺伝子型データベースと；
表現型に関する複数の表現型値であって、該複数の表現型値中の各表現型値は前記複数の異なる生物中の１の異なる生物に関するものである、前記表現型値と；
複数のハプロタイプブロックを含むハプロタイプマップであって、該ハプロタイプマップ中の各ハプロタイプブロックが前記単一の生物種のゲノムの異なる部分を含む、前記ハプロタイプマップと；ならびに
前記複数の異なる生物によって示される表現型と前記単一の生物種のゲノムにおける1以上の特定遺伝子座とを関連付けるための表現型/ハプロタイプ処理モジュールとを含み、
該表現型/ハプロタイプ処理モジュールが表現型/ハプロタイプ比較サブルーチンを含み、
該表現型/ハプロタイプ比較サブルーチンが、
前記ハプロタイプマップ中のハプロタイプブロックを採点するための命令であって、該採点が、(i)該ハプロタイプブロックに関して同一のハプロタイプを共有する該複数の異なる生物中の生物から取得した複数の表現型値中の表現型値の変化と、(ii)該ハプロタイプブロックに関して同一のハプロタイプを共有しない該複数の異なる生物中の生物から取得した複数の表現型値中の表現型値の変化、との間の相応関係を表す、前記命令と；
前記ハプロタイプマップ中の前記複数のハプロタイプブロックにおける各ハプロタイプブロックについて採点するための前記命令を再実行するための命令と；
前記複数のハプロタイプブロックにおいて、該複数のハプロタイプブロック中の他の全てのハプロタイプブロックよりも良い点数を有する1以上のハプロタイプブロックを同定するための命令と、
前記表現型と前記同定された1以上のハプロタイプブロック中の前記ゲノムの各部分とを関連付けることにより、該表現型と1以上の特定遺伝子座とを関連付けるための命令、とを含む前記コンピュータプログラム製品。
【請求項３９】
前記複数のハプロタイプブロック中のハプロタイプブロックが複数の連続的な一塩基多型を含む、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４０】
前記ハプロタイプブロック中の各一塩基多型が、該ハプロタイプブロック中の他の一塩基多型の閾値距離内にある、請求項39に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４１】
前記閾値距離が10メガベース以下である請求項40に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４２】
前記閾値距離が１メガベース以下である請求項40に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４３】
前記複数のハプロタイプブロック中のハプロタイプブロックが複数のハプロタイプを含み、かつ該ハプロタイプブロックによって表されるハプロタイプのカットオフパーセンテージ未満のものが該ハプロタイプブロック中に１度だけ出現する、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４４】
前記カットオフパーセンテージが5％〜30％の範囲内である、請求項43に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４５】
前記カットオフパーセンテージが15％〜25％の範囲内である、請求項43に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４６】
前記表現型/ハプロタイプ処理モジュールがハプロタイプマップ誘導サブルーチンをさらに含み、ここで該ハプロタイプマップ誘導サブルーチンが前記遺伝子型データベースを用いて該ハプロタイプマップを作成するための命令を含む、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４７】
作成するための前記命令が、
(i)複数の連続的な一塩基多型を有する候補ハプロタイプブロックを同定するための命令であって、該候補ハプロタイプブロック中の各一塩基多型が該候補ハプロタイプブロックにおける別の一塩基多型の閾値距離内にある、前記命令と；
(ii)前記候補ハプロタイプブロックに点数を割付けるための命令と；
(iii)前記遺伝子型データベース内の可能な全ての候補ハプロタイプブロックが同定されるまで、同定のための前記命令と割付けのための前記命令とを再実行し、それによって、未廃棄の候補ハプロタイプのセットを作成するための命令と；
(iv)ハプロタイプマップのために候補ハプロタイプブロックのセット中で最高点を有する候補ハプロタイプブロックを選択するための命令と；
(v)選択した候補ハプロタイプブロックと該選択した候補ハプロタイプブロックの全体または一部を上乗せする各候補ハプロタイプブロックとを、前記候補ハプロタイプブロックのセットから除去するための命令と；
(vi)候補ハプロタイプブロックが前記候補ハプロタイプブロックのセット中に完全に残らなくなるまで選択のための前記命令と除去ステップのための前記命令とを再実行するための命令であって、該ハプロタイプマップが選択された各候補ハプロタイプブロックを含む、前記命令、
を含む請求項46に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４８】
前記点数が、前記候補ハプロタイプブロック中の一塩基多型の数を、該ブロックによって表されるハプロタイプ数の2乗で割算したものである、請求項47に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４９】
前記点数が、前記候補ハプロタイプブロック中の一塩基多型の数を、該ブロックによって表されるハプロタイプ数で割算したものである、請求項47に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５０】
前記ハプロタイプブロックを採点するための前記命令が、点数Sを該ハプロタイプブロックに割付けるための命令を含み、ここで、Sは、
【数５】
2006519436.tif 000005
であり、ΣDintraは、前記ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有する前記複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和であり、ΣDinterは、該ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有しない該複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和である、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５１】
採点のための前記命令が点数Sを前記ハプロタイプブロックに割付けるための命令を含み、ここで、Sは、
【数６】
2006519436.tif 000006
であり、ΣDintraは、前記ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有する前記複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和であり、ΣDinterは、該ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有しない該複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和である、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５２】
採点のための前記命令が点数Sを割付けるための命令を含み、ここで、Sが下記の比
【数７】
2006519436.tif 000007
の負、逆数、負の逆数、対数または負の対数であり、ΣDintraは、前記ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有する前記複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和であり、ΣDinterは、該ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有しない該複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和である、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５３】
ΣDintraまたはΣDinterが累乗される、請求項51に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５４】
前記累乗が1/2、2または10乗である請求項53に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５５】
前記ハプロタイプブロックを採点するための前記命令が点数Sを割付けるための命令を含み、ここで、Sが下記の比
【数８】
2006519436.tif 000008
の負、逆数、負の逆数、対数または負の対数であり、ΣDintraは、前記ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有する前記複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和であり、ΣDinterは、該ハプロタイプブロック中に同一のハプロタイプを共有しない該複数の生物中の生物に関する前記複数の表現型値中の表現型値の差の総和であり、ΣDintraまたはΣDinterが累乗される、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５６】
前記累乗が1/2、2または10乗である請求項55に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５７】
前記1以上の特定遺伝子座における特定の遺伝子座が0.5メガベース以下の長さを有する、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５８】
前記1以上の特定遺伝子座における特定遺伝子座が0.5メガベース〜2.0メガベースの長さを有する、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５９】
前記1以上の特定遺伝子座における特定遺伝子座が10メガベース以下の長さを有する、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６０】
前記表現型が糖尿病、癌、喘息、統合失調症、関節炎、多発性硬化症、またはリウマチ性疾患である、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６１】
前記表現型が自己免疫疾患または遺伝病である請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６２】
前記複数の表現値がマイクロアレイ発現データを含む、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６３】
前記単一の生物種が動物、植物、ショウジョウバエ（Drosophila）、酵母、ウイルス、またはシー・エレガンス（C.elegans）である、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６４】
前記単一の生物種がマウスまたはヒトである、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６５】
前記単一の生物種における前記複数の異なる生物が5〜1000個体の生物である、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６６】
前記単一の生物種における前記複数の異なる生物が10〜100個体の生物である、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６７】
前記単一の生物種における前記複数の異なる生物が20〜75個体の生物である、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６８】
前記表現型/ハプロタイプ処理モジュールが、
(i)前記複数のハプロタイプブロックにおいて、該複数のハプロタイプブロックにおける他の全てのまたは大部分のハプロタイプブロックよりも良い点数を有する前記1以上のハプロタイプブロック中のハプロタイプを選択するための命令と；
(ii)前記ハプロタイプで表される前記単一の生物種における前記複数の異なる生物中の生物のサブセットについての遺伝子型データを用いて該単一の生物種についての二次ハプロタイプマップを作成するための命令と；
(iii)前記二次ハプロタイプマップ中のハプロタイプブロックを採点するための命令であって、該採点が、(a)該ハプロタイプブロックに関して同一のハプロタイプを共有する前記生物のサブセットから取得した複数の表現型値中の表現型値の変化と、(b)該ハプロタイプブロックに関して同一のハプロタイプを共有しない前記生物のサブセットから取得した複数の表現型値中の表現型値の変化、との相応関係を表す、前記命令と；
(iv)前記二次ハプロタイプマップ中の各ハプロタイプブロックについての採点のための前記命令(iii)を再実行するための命令と、
(v)該二次ハプロタイプマップ中の他の全てのハプロタイプブロックよりも良い点数を有する1以上の二次ハプロタイプブロックを同定するための命令と；
(vi)(i)の選択に関する前記命令によって選択されたハプロタイプを含むハプロタイプブロック中に存在しない、同定された前記1以上の第2ハプロタイプブロックに由来する遺伝子座を同定するための命令、をさらに含む、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６９】
前記複数の表現型値が前記複数の生物中の複数の細胞構成要素の富化値の測定値を表す、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項７０】
前記複数の表現型値中の表現型が(i)該複数の生物中の一生物における細胞内構成要素の天然の発現値と(ii)該生物を擾乱剤に暴露した後の該生物における該細胞構成要素の発現値との間の示差的な発現値であるを表す、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項７１】
前記擾乱剤が薬理学的剤である請求項70に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項７２】
前記擾乱剤が1000ダルトン以下の分子量を有する化合物である、請求項70に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項７３】
前記複数の異なる生物中の生物が、前記単一の生物種のメンバー、前記単一の生物種のメンバー由来の細胞組織、または前記単一の生物種の前記メンバー由来の細胞培養物である、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項７４】
前記複数のハプロタイプブロック中のハプロタイプブロックが複数の制限断片長多型、マイクロサテライトマーカー、ショートタンデムリピート、塩基配列長多型、またはDNAメチル化を含む、請求項38に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項７５】
複数の異なる生物によって示される表現型と、単一の生物種のゲノム中の1以上の特定遺伝子座とを関連付けるためのコンピュータシステムであって、該コンピュータシステムが、
中央処理装置；
中央処理装置と結合した記憶装置、記憶装置貯蔵部位；
前記単一の生物種における前記複数の異なる生物のゲノム配列中の変異を記録保存するための遺伝子型データベース；
表現型に関する複数の表現型値であって、前記複数の表現型値中の各表現型値が前記複数の異なる生物中の1の異なる生物に関するものである、前記表現型値；
複数のハプロタイプブロックを含むハプロタイプマップであって、該ハプロタイプマップ中の各ハプロタイプブロックは前記単一の生物種のゲノムの異なる部分を含む、前記ハプロタイプマップ；
および、表現型/ハプロタイプ処理モジュールを含み、ここで、該表現型/ハプロタイプ処理モジュールが表現型/ハプロタイプ比較サブルーチンを含み、
該表現型/ハプロタイプ比較サブルーチンが、
該ハプロタイプマップ中のハプロタイプブロックを採点するための命令であって、該採点が、(i)該ハプロタイプブロックに関して同一のハプロタイプを共有する前記複数の異なる生物中の生物から取得した複数の表現型値中の表現型値の変化と、(ii)該ハプロタイプブロックに関して同一のハプロタイプを共有しない前記複数の異なる生物中の生物から取得した複数の表現型値中の表現型値の変化、との間の相応関係を表す、前記命令と；該ハプロタイプマップ中の該複数のハプロタイプブロックにおける各ハプロタイプブロックについて採点するための該命令を再実行するための命令と
；該複数のハプロタイプブロックにおける他の全てのハプロタイプブロックよりも良い点数を有する1以上のハプロタイプブロックを該複数のハプロタイプブロック中で同定するための命令と；
前記表現型と、同定された前記1以上のハプロタイプブロック中の前記ゲノムの各部分とを関連付けることにより、該表現型と1以上の特定遺伝子座とを関連付けるための命令、とを含む、上記コンピュータシステム。