【手続補正書】
【提出日】平成19年4月11日(2007.4.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  大腸菌（Ｅ．  ｃｏｌｉ）ｒＲＮＡヌクレオチド位１９８６−２０６４に対応する放線菌核酸標的領域に、高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下で特異的にハイブリダイズし、検出可能なプローブ：標的二重鎖（ｄｕｐｌｅｘ）を形成し、１００ヌクレオチドまでの長さを有し、そして配列番号１０またはその相補体（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）の配列内に含まれる、少なくとも１７の隣接するヌクレオチオドを含む、オリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項２】  前記プローブが、配列番号１０の配列内に含まれる、少なくとも２５の隣接するヌクレオチドを含む、請求項１のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項３】  前記プローブが、配列番号１０の配列内に含まれる、少なくとも２９の隣接するヌクレオチドを含む、請求項２のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項４】  高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件が、０．４８  Ｍ  リン酸ナトリウム緩衝液、０．１％  ドデシル硫酸ナトリウム、各１  ｍＭのＥＤＴＡおよびＥＧＴＡにより提供される、請求項１のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項５】  高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件が、０．６  Ｍ  ＬｉＣｌ、１％  ラウリル硫酸リチウム、６０  ｍＭ  コハク酸リチウム、並びに各１０  ｍＭのＥＤＴＡおよびＥＧＴＡにより提供される、請求項１のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項６】  前記オリゴヌクレオチドプローブがＤＮＡを含む、請求項１のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項７】  前記オリゴヌクレオチドプローブが少なくとも１つのヌクレオチド類似体（ａｎａｌｏｇ）を含む、請求項１のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項８】  前記の少なくとも１つのヌクレオチド類似体が、リボース部分の２’位に、メトキシ基を含む、請求項７のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項９】  前記オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号１またはその相補体、配列番号２またはその相補体、および配列番号３またはその相補体からなる群より選択される配列を有する、請求項１のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項１０】  前記配列が、配列番号２または配列番号３より提供され、前記オリゴヌクレオチドがヘルパーオリゴヌクレオチドである、請求項９のオリゴヌクレオチド。
【請求項１１】  さらに検出可能標識を含む、請求項９のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項１２】  検出可能標識が、化学発光標識または放射標識である、請求項１１のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項１３】  前記配列が、配列番号１より提供される、請求項９のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項１４】  さらに検出可能標識を含む、請求項１３のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項１５】  検出可能標識が、アクリジニウムエステルである、請求項１４のオリゴヌクレオチドプローブ。
【請求項１６】  放線菌細菌の核酸を検出するためのプローブ組成物であって：
大腸菌２３Ｓ  ｒＲＮＡヌクレオチド位１９８６−２０６４に対応する放線菌核酸標的領域に、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし、検出可能な標的：プローブ二重鎖を形成する、オリゴヌクレオチドプローブ
ここで、前記オリゴヌクレオチドプローブは、１００ヌクレオチド塩基までの長さを有し、そして配列番号１０またはその相補体の配列内に含まれる、少なくとも１７の隣接するヌクレオチオドを含み、そして
前記ハイブリダイゼーション条件下で、前記オリゴヌクレオチドプローブは、コリネバクテリウム・アクアティクム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｑｕａｔｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・ジェイキエウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｊｅｉｋｉｅｕｍ）、コリネバクテリウム・キセロシス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｘｅｒｏｓｉｓ）、ミクロコッカス・ルテウス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｔｅｕｓ）、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）、マイコバクテリウム・ケロナイ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｈｅｌｏｎａｅ）、マイコバクテリウム・テライ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｒｒａｅ）、マイコバクテリウム・イントラセルラレ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・シミアイ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｍｉａｅ）、鳥型結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・スクロフラセウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｃｒｏｆｕｌａｃｅｕｍ）、マイコバクテリウム・ゴルドナイ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｏｒｄｏｎａｅ）、マイコバクテリウム・カンサイ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｋａｎｓａｓｉｉ）、スメグマ菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｍｅｇａｔｉｓ）、マイコバクテリウム・フォルツイツム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｏｒｔｕｉｔｕｍ）、マイコバクテリウム・ガストリ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇａｓｔｒｉ）、マイコバクテリウム・キセノピ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｘｅｎｏｐｉ）、マイコバクテリウム・マリヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍａｒｉｎｕｍ）およびチモテ菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｈｌｅｉ）に存在する核酸に特異的にハイブリダイズする
を含む、前記プローブ組成物。
【請求項１７】  前記オリゴヌクレオチドプローブが、１００ヌクレオチド塩基までの長さを有し、そして配列番号１０またはその相補体の配列内に含まれる、少なくとも２５の隣接するヌクレオチドを含む、請求項１のプローブ組成物。
【請求項１８】  オリゴヌクレオチドプローブがＤＮＡを含む、請求項１６のプローブ組成物。
【請求項１９】  前記高ストリンジェンシー条件が、０．４８  Ｍ  リン酸ナトリウム緩衝液、０．１％  ドデシル硫酸ナトリウム、各１  ｍＭのＥＤＴＡおよびＥＧＴＡにより提供される、請求項１６のプローブ組成物。
【請求項２０】  前記高ストリンジェンシー条件が、０．６  Ｍ  ＬｉＣｌ、１％  ラウリル硫酸リチウム、６０  ｍＭ  コハク酸リチウム、並びに各１０  ｍＭのＥＤＴＡおよびＥＧＴＡにより提供される、請求項１６のプローブ組成物。
【請求項２１】  前記オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号１またはその相補体の配列を含む、請求項１６のプローブ組成物。
【請求項２２】  前記オリゴヌクレオチドプローブの長さが６０塩基までである、請求項１６のプローブ組成物。
【請求項２３】  前記オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号１の長さおよび配列を有する、請求項１６のプローブ組成物。
【請求項２４】  前記オリゴヌクレオチドプローブが、さらに検出可能標識を含む、請求項１６のプローブ組成物。
【請求項２５】  前記オリゴヌクレオチドプローブが、さらに検出可能標識を含む、請求項２２のプローブ組成物。
【請求項２６】  前記オリゴヌクレオチドプローブが、さらに検出可能標識を含む、請求項２３のプローブ組成物。
【請求項２７】  検出可能標識が、化学発光標識または放射標識である、請求項２４、２５または２６のいかなる１つでもよいプローブ組成物。
【請求項２８】  化学発光標識がアクリジニウムエステルである、請求項２７のプローブ組成物。
【請求項２９】  前記ハイブリダイゼーション条件下で、検出可能プローブ：標的二重鎖の形成を促進する、少なくとも１つのヘルパーオリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項２７のプローブ組成物。
【請求項３０】  前記の少なくとも１つのヘルパーオリゴヌクレオチドが、少なくとも１つのヌクレオチド類似体を含む、請求項２９のプローブ組成物。
【請求項３１】  前記の少なくとも１つのヌクレオチド類似体が、２’位に配置されるメトキシ基を有するリボース部分を含む、請求項３０のプローブ組成物。
【請求項３２】  前記の少なくとも１つのヘルパーオリゴヌクレオチドが、配列番号２および配列番号３からなる群より選択される配列を有する、請求項２９のプローブ組成物。
【請求項３３】  試験試料中の放線菌類の存在を検出するための方法であって：
（ａ）大腸菌２３Ｓ  ｒＲＮＡヌクレオチド位１９８６−２０６４に対応する放線菌核酸標的領域に、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし、検出可能な標的：プローブ二重鎖を形成し、１００ヌクレオチド塩基までの長さを有し、そして配列番号１０またはその相補体の配列内に含まれる、少なくとも２５の隣接するヌクレオチオドを含み、そして前記ハイブリダイゼーション条件下で、コリネバクテリウム・アクアティクム、コリネバクテリウム・ジェイキエウム、コリネバクテリウム・キセロシス、ミクロコッカス・ルテウス、プロピオニバクテリウム・アクネス、マイコバクテリウム・ケロナイ、マイコバクテリウム・テライ、マイコバクテリウム・イントラセルラレ、マイコバクテリウム・シミアイ、鳥型結核菌、マイコバクテリウム・スクロフラセウム、マイコバクテリウム・ゴルドナイ、マイコバクテリウム・カンサイ、スメグマ菌、マイコバクテリウム・フォルツイツム、マイコバクテリウム・ガストリ、マイコバクテリウム・キセノピ、マイコバクテリウム・マリヌムおよびチモテ菌に存在する核酸に特異的にハイブリダイズする、オリゴヌクレオチドプローブを含むプローブ組成物を、前記試験試料に提供し；
（ｂ）高ストリンジェンシー条件下で、試験試料中に存在する可能性がある、いかなる放線菌核酸も、前記プローブ組成物とハイブリダイズさせ、プローブ：標的二重鎖を形成し；そして
（ｃ）試験試料中の放線菌類の存在の指標として、前記プローブ：標的二重鎖を検出する
工程を含む、前記方法。
【請求項３４】  前記試験試料が細菌を含む可能性があり、そして工程（ａ）の前に、前記試験試料中に存在する可能性がある、いかなる細菌からも核酸を放出させる工程がある、請求項３３の方法。
【請求項３５】  前記試験試料が溶解物である、請求項３３の方法。
【請求項３６】  前記高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件が、０．４８  Ｍ  リン酸ナトリウム緩衝液、０．１％  ドデシル硫酸ナトリウム、各１  ｍＭのＥＤＴＡおよびＥＧＴＡにより提供される、請求項３３の方法。
【請求項３７】  前記高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件が、０．６  Ｍ  ＬｉＣｌ、１％  ラウリル硫酸リチウム、６０  ｍＭ  コハク酸リチウム、並びに各１０  ｍＭのＥＤＴＡおよびＥＧＴＡにより提供される、請求項３３の方法。
【請求項３８】  オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号１の長さおよび配列を有する、請求項３３の方法。
【請求項３９】  オリゴヌクレオチドプローブが検出可能標識を含む、請求項３８の方法。
【請求項４０】  検出可能標識がアクリジニウムエステルであり、そして検出工程が、発光測定を行い、いかなる前記プローブ：標的二重鎖も検出することを含む、請求項３９の方法。
【請求項４１】  前記プローブ組成物が、プローブ：標的二重鎖の形成を促進する、少なくとも１つのヘルパーオリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項３９の方法。
【請求項４２】  前記の少なくとも１つのヘルパーオリゴヌクレオチドが、配列番号２および配列番号３からなる群より選択される、請求項４１の方法。
【請求項４３】  試験試料中の放線菌核酸の存在を検出するためのキットであって：
大腸菌２３Ｓ  ｒＲＮＡヌクレオチド位１９８６−２０６４に対応する放線菌核酸標的領域に、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし、検出可能な標的：プローブ二重鎖を形成し、１００ヌクレオチド塩基までの長さを有し、そして配列番号１０またはその相補体の配列内に含まれる、少なくとも２５の隣接するヌクレオチオドを含み、そして前記ハイブリダイゼーション条件下で、コリネバクテリウム・アクアティクム、コリネバクテリウム・ジェイキエウム、コリネバクテリウム・キセロシス、ミクロコッカス・ルテウス、プロピオニバクテリウム・アクネス、マイコバクテリウム・ケロナイ、マイコバクテリウム・テライ、マイコバクテリウム・イントラセルラレ、マイコバクテリウム・シミアイ、鳥型結核菌、マイコバクテリウム・スクロフラセウム、マイコバクテリウム・ゴルドナイ、マイコバクテリウム・カンサイ、スメグマ菌、マイコバクテリウム・フォルツイツム、マイコバクテリウム・ガストリ、マイコバクテリウム・キセノピ、マイコバクテリウム・マリヌムおよびチモテ菌に存在する核酸に特異的にハイブリダイズする、オリゴヌクレオチドプローブを含むプローブ組成物
を含む、前記キット。