【手続補正書】
【提出日】平成19年4月11日(2007.4.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の核酸分子であって、
（ａ）該複数はＮの核酸分子よりなり；
（ｂ）該複数の核酸分子の各々は、Ｚ塩基対のゲノム中の配列に特異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列を有し；および
（ｃ）該複数の核酸分子の少なくともＰ％は、
（ｉ）Ｋヌクレオチドの長さを有し；
（ｉｉ）該ゲノムに由来する表示に存在する、または存在すると予測される少なくとも１つの核酸分子に特異的にハイブリダイズし、該表示は該ゲノムの複雑性のＲ％超を有し；および
（ｉｉｉ）該ゲノムに対してＬ１ヌクレオチドのＸ以下の正確なマッチおよび該ゲノムに対してＬ１ヌクレオチドのＹ以上の正確なマッチを有し；かつ
（Ａ）Ｎ≧５００；
（Ｂ）Ｚ≧１×１０８；
（Ｃ）３００≧Ｋ≧３０；
（Ｄ）７０≧Ｒ≧０．００１；
（Ｅ）Ｐ＝（Ｎ×Ｒ＋（３×シグマ））／Ｎ；
（Ｆ）シグマは（Ｎ×Ｒ×（１−Ｒ））の平方根であり；
（Ｇ）（ｌｏｇ４（Ｚ）＋２）に最も近い整数≧Ｌ１≧ｌｏｇ４（Ｚ）に最も近い整数；
（Ｈ）ＸはＤ１×（Ｋ−Ｌ１＋１）に最も近い整数であり；
（Ｉ）ＹはＤ２×（Ｋ−Ｌ１＋１）に最も近い整数であり；
（Ｊ）１．５≧Ｄ１≧１；および
（Ｋ）１≧Ｄ２≧０．５
である該核酸分子。
【請求項２】
Ｎが少なくとも５００；少なくとも１，０００；少なくとも２，５００；少なくとも５，０００；少なくとも１０，０００；少なくとも２５，０００；少なくとも５０，０００；少なくとも８５，０００；少なくとも１９０，０００；少なくとも３５０，０００；および少なくとも５５０，０００の核酸分子よりなる群から選択される請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項３】
Ｚが少なくとも３×１０８、少なくとも１×１０９、少なくとも１×１０１０および少なくとも１×１０１１よりなる群から選択される請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項４】
前記ゲノムが哺乳動物ゲノムである請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項５】
前記ゲノムがヒトゲノムである請求項４記載の複数の核酸分子。
【請求項６】
Ｒが０．００１、１、２、４、１０、１５、２０、３０，４０、５０および７０よりなる群から選択される請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項７】
Ｐが少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも９７、および少なくとも９９よりなる群から選択される請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項８】
Ｄ１が１である請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項９】
Ｄ２が１である請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項１０】
Ｌ１が１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および２４よりなる群から選択される請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項１１】
前記複数の核酸分子の前記Ｐ％の各々が、さらに、前記ゲノムに対してＬ２ヌクレオチドのＡ以下の正確なマッチ、および該ゲノムに対してＬ２ヌクレオチドのＢ以上の正確なマッチを有し；および
ここで、
（ａ）Ｌ１＞Ｌ２≧ｌｏｇ４（Ｚ）−３に最も近い整数；
（ｂ）ＡはＤ３×（（Ｋ−Ｌ２＋１）×（Ｚ／４Ｌ２））に最も近い整数であり；
（ｃ）ＢはＤ４×（（Ｋ−Ｌ２＋１）×（Ｚ／４Ｌ２））に最も近い整数であり；
（ｄ）４≧Ｄ３≧１；および
（ｅ）１＞Ｄ４≧０．５
である請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項１２】
Ｄ３≦３、２または１．５である請求項１１記載の複数の核酸分子。
【請求項１３】
前記複数の核酸分子の前記Ｐ％が、前記表示に存在する、または存在すると予測される少なくとも１つの核酸分子に対して、少なくとも９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９または１００％の配列同一性を有する請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項１４】
Ｋが４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１４０、１６０、１８０、２００および２５０よりなる群から選択される請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項１５】
複数の核酸分子であって、
（ａ）該複数は少なくとも１００の核酸分子よりなり；
（ｂ）該複数の核酸分子の各々は少なくともＺ塩基対のゲノム中の配列に少なくとも９０％同一であるヌクレオチド配列を有し；および
（ｃ）該複数の核酸分子の少なくともＰ％は、
（ｉ）Ｋヌクレオチドの長さ；
（ｉｉ）該ゲノムに由来する表示に存在する、または存在すると予測される少なくとも１つの核酸分子に対して少なくとも９０％配列同一性であって、該表示は該ゲノムの複雑性のＲ％以下を有する、配列同一性；および
（ｉｉｉ）該表示に対してＬ１ヌクレオチドのＸ以下の正確なマッチ、および該表示に対してＬ１ヌクレオチドのＹ以上の正確なマッチ；
を有し；および
（Ａ）Ｚ≧１×１０８；
（Ｂ）３００≧Ｋ≧３０；
（Ｃ）７０≧Ｒ≧０．００１；
（Ｄ）Ｐ≧９０−Ｒ；
（Ｅ）（ｌｏｇ４（（Ｚ×Ｒ）／１００）＋２）に最も近い整数≧Ｌ１≧ｌｏｇ４（（Ｚ×Ｒ）／１００）に最も近い整数；
（Ｆ）ＸはＤ１×（Ｋ−Ｌ１＋１）に最も近い整数であり；
（Ｇ）ＹはＤ２×（Ｋ−Ｌ１＋１）に最も近い整数であり；
（Ｈ）１．５≧Ｄ１≧１；および
（Ｉ）１＞Ｄ２≧０．５；
である該複数の核酸分子。
【請求項１６】
少なくとも５００；少なくとも１，０００；少なくとも２，５００；少なくとも５，０００；少なくとも１０，０００；少なくとも２５，０００；少なくとも５０，０００；少なくとも８５，０００；少なくとも１９０，０００；少なくとも３５０，０００；または少なくとも５５０，０００の核酸分子を含む請求項１５記載の複数の核酸分子。
【請求項１７】
Ｚが少なくとも３×１０８、少なくとも１×１０９、少なくとも１×１０１０および少なくとも１×１０１１よりなる群から選択される請求項１５記載の複数の核酸分子。
【請求項１８】
前記ゲノムが哺乳動物ゲノムである請求項１５記載の複数の核酸分子。
【請求項１９】
前記ゲノムがヒトゲノムである請求項１８記載の複数の核酸分子。
【請求項２０】
Ｒが０．００１、１、２、４、１０、１５、２０、３０、４０、５０および７０よりなる群から選択される請求項１５記載の複数の核酸分子。
【請求項２１】
Ｐが少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも９７および少なくとも９９よりなる群から選択される請求項１５記載の複数の核酸分子。
【請求項２２】
Ｄ１が１である請求項１５記載の複数の核酸分子。
【請求項２３】
Ｄ２が１である請求項１５記載の複数の核酸分子。
【請求項２４】
Ｌ１が１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３および２４よりなる群から選択される請求項１５記載の複数の核酸分子。
【請求項２５】
前記複数の核酸分子の前記Ｐ％の各々が、さらに、前記ゲノムに対してＬ２ヌクレオチドのＡ以下の正確なマッチ、および該ゲノムに対してＬ２ヌクレオチドのＢ以上の正確なマッチを有し；および
（ａ）Ｌ１＞Ｌ２≧ｌｏｇ４（Ｚ）−３に最も近い整数；
（ｂ）ＡはＤ３×（（Ｋ−Ｌ２＋１）×（Ｚ／４Ｌ２））に最も近い整数であり；
（ｃ）ＢはＤ４×（（Ｋ−Ｌ２＋１）×（Ｚ／４Ｌ２））に最も近い整数であり；
（ｄ）４≧Ｄ３≧１；および
（ｅ）１＞Ｄ４≧０．５；
である請求項１５記載の複数の核酸分子。
【請求項２６】
前記複数の核酸分子の前記Ｐ％が前記表示に存在する、または存在すると予測される少なくとも１つの核酸分子に対して少なくとも９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９または１００％の配列同一性を有する請求項１５記載の複数の核酸分子。
【請求項２７】
Ｋが４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１４０、１６０、１８０、２００および２５０よりなる群から選択される請求項１５記載の複数の核酸分子。
【請求項２８】
前記表示が前記ゲノムの配列特異的切断によって生じる請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項２９】
配列特異的切断が制限エンドヌクレアーゼによって達成される請求項２８記載の複数の核酸分子。
【請求項３０】
前記表示が化合物表示である請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項３１】
前記複数の核酸分子が固相の表面に固定化された請求項１記載の複数の核酸分子。
【請求項３２】
前記固相がナイロン膜、ニトロセルロース膜、ガラススライド、およびマイクロスフィアよりなる群から選択される請求項３１記載の複数の核酸分子。
【請求項３３】
前記固相上の前記複数の核酸分子の位置が公知である請求項３１記載の複数の核酸分子。
【請求項３４】
前記複数の核酸分子がマイクロアレイ上にある請求項３３記載の複数の核酸分子。
【請求項３５】
前記複数の核酸分子がマイクロスフィアに固定化されている請求項３３記載の複数の核酸分子。
【請求項３６】
（ａ）請求項１記載の複数の核酸分子に試料をハイブリダイズさせ；次いで、
（ｂ）該複数の核酸分子のいずれに該試料がハイブリダイズするかを決定する；
ことを包含する、核酸試料を分析する方法。
【請求項３７】
前記試料が表示である請求項３６記載の方法。
【請求項３８】
前記複数の核酸分子が固相の表面に固定化された請求項３６記載の方法。
【請求項３９】
前記固相がナイロン膜、ニトロセルロース膜、ガラススライド、およびマイクロスフィアよりなる群から選択される請求項３８記載の方法。
【請求項４０】
前記固相上の前記複数の核酸分子の位置が公知である請求項３８記載の方法。
【請求項４１】
前記複数の核酸分子がマイクロアレイ上にある請求項４０記載の方法。
【請求項４２】
前記複数の核酸分子がマイクロスフィアに固定化された請求項３８記載の方法。
【請求項４３】
２つのゲノムの間のゲノム配列のコピー数変動を分析する方法であって、
（ａ）第一のゲノムおよび第二のゲノムを供し；
（ｂ）少なくとも１つの同一制限酵素を用いて各ゲノムの検出可能に標識された表示を調製し；
（ｃ）該表示を請求項１または３１記載の複数の核酸分子と接触させて、該表示および該複数の核酸分子の間のハイブリダイゼーションを可能とし；次いで、
（ｄ）該表示のハイブリダイゼーションのレベルを比較することを包含し、
ここに、該レベルの差が、該メンバーによって標的とされるゲノム配列に関して２つのゲノムの間のコピー数変動を示す、該方法。
【請求項４４】
前記２つの表示が区別可能に標識された請求項４３記載の方法。
【請求項４５】
前記表示を前記複数の核酸分子と同時に接触させる請求項４４記載の方法。
【請求項４６】
２つのゲノムの間のゲノム配列のメチル化状態を比較する方法であって、
（ａ）第一および第二のゲノムを提供する工程；
（ｂ）少なくとも１つの同一酵素を用いて各ゲノムの検出可能に標識された表示を調製し、ここで、該表示はメチル化感受性方法によって調製する工程；
（ｃ）該表示を請求項１または３１記載の複数の核酸分子と接触させて、該表示および該複数の核酸分子の間のハイブリダイゼーションを可能とする工程；および
（ｄ）該表示のハイブリダイゼーションのレベルを比較する工程を包含する方法であって、
ここで、該レベルの差は、該メンバーによって標的化されたゲノム配列に関して２つのゲノムの間のメチル化状態の差を示す、方法。
【請求項４７】
前記メチル化感受性方法が、第一の制限酵素を用いて第一の表示を、および第二の制限酵素を用いて第二の表示を調製する工程を包含し、ここで、該第一および第二の制限酵素は同一制限部位を認識するが、一方はメチル化感受性であって、他方はそうではない請求項４６記載の方法。
【請求項４８】
前記メチル化感受性方法が、メチル化されたゲノムに由来する表示が非メチル化ゲノムに由来する表示と区別できるように、非メチル化感受性制限酵素で表示を作成した後に、メチル−Ｃ配列の化学的切断を含む請求項４６記載の方法。
【請求項４９】
（ａ）Ｋヌクレオチドの長さ；
（ｂ）少なくともＺ塩基対のゲノムに由来する表示に存在する、または存在すると予測される少なくとも１つの核酸分子に対して少なくとも９０％の配列同一性；および
（ｃ）該ゲノムに対してＬ１ヌクレオチドのＸ以下の正確なマッチ、および該ゲノムに対してＬ１ヌクレオチドのＹ以上の正確なマッチ；
を有し、
ここで、
（ｉ）Ｚ≧１×１０８；
（ｉｉ）３００≧Ｋ≧３０；
（ｉｉｉ）（ｌｏｇ４（Ｚ）＋２）に最も近い整数≧Ｌ１≧ｌｏｇ４（Ｚ）に最も近い整数；
（ｉｖ）ＸはＤ１×（Ｋ−Ｌ１＋１）に最も近い整数；
（ｖ）ＹはＤ２×（Ｋ−Ｌ１＋１）に最も近い整数；
（ｖｉ）１．５≧Ｄ１≧１；および
（ｖｉｉ）１＞Ｄ２≧０．５；
であるオリゴヌクレオチドを同定する方法であって、
（Ａ）該ゲノムを制限酵素でｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ切断して、複数の予測された核酸分子を生じさせる工程、
（Ｂ）各々が包括的に２００ないし１，２００塩基対の長さを有する予測された核酸分子を同定することによって該ゲノムの実質的表示を生じさせる工程；
（Ｃ）包括的に３０ないし３００ヌクレオチドの長さ、および（Ｂ）における予測された核酸分子に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するオリゴヌクレオチドを選択する工程；
（Ｄ）該オリゴヌクレオチドで起こるＬ１ヌクレオチドの全てのストレッチを同定する工程；および
（Ｅ）該ゲノムで起こる該ストレッチの各々の回数の数が（ｃ）の要件を満たすことを確認する工程、を包含する、方法。
【請求項５０】
工程（Ｅ）が：
前記ゲノムの圧縮されたトランスフォームを提供する工程；
該ゲノムに関連する情報を含む補助的データ構造を提供する工程；および
該圧縮されたトランスフォームおよび補助的データ構造を用いてＬ１ヌクレオチドについての単語カウントを決定する工程、
を包含する請求項４９記載の方法。
【請求項５１】
工程（Ｅ）が：
前記ゲノムの圧縮されたトランスフォームを提供する工程；
最後のヌクレオチドで開始し、第一のヌクレオチドまで反復当たり１文字で進行して、Ｌ１ヌクレオチドの前記ストレッチの各ヌクレオチドを通じて反復する工程であって、ここに、特定の反復に対応するヌクレオチドは指標ヌクレオチドとして貯蔵される、工程であって、該反復は、さらに：
該トランスフォーム内の連続した範囲のヌクレオチドを示すサーチ領域を規定する工程；
該サーチ範囲で起こる該指標ヌクレオチドに先行するヌクレオチドの回数の数をカウントする工程、を包含し；
ここで、該指標ヌクレオチドに先行するヌクレオチドの出現が該サーチ範囲で起こらない場合、該反復を終了する；および
Ｌ１ヌクレオチドの該ストレッチの第一のヌクレオチドがカウントされる回数の数を出力する工程であって、この数は該ゲノムで出現するＬ１ヌクレオチドの該ストレッチの回数の数と同等である、工程、
を包含する請求項４９記載の方法。
【請求項５２】
補助的データ構造を提供する工程をさらに包含し、該補助的データ構造は：
前記圧縮されたトランスフォーム中の特定の所定の位置まで、およびそれを含めて、該トランスフォーム中で出現した各ヌクレオチドのランニング合計を維持するＫ間隔データ構造；および
速いルックアップアクセスを圧縮されたトランスフォームに提供する辞書カウントデータ構造を含み；
ここに、前記カウントする工程および前記規定する工程は、該補助的データ構造および該圧縮されたトランスフォームを用いて行われる請求項５１記載の方法。
【請求項５３】
該トランスフォームは該カウンティングが実行される間は圧縮されたままである請求項５２記載の方法。
【請求項５４】
前記圧縮解除されたトランスフォーム中の３つの文字ごとに圧縮されてバイトを形成するように該圧縮されたトランスフォームが圧縮され、該カウンティングは該反復の１つの間にせいぜい１つのそのようなバイトを圧縮解除する請求項５２記載の方法。
【請求項５５】
前記ゲノムが少なくとも３０億文字を含む請求項５１記載の方法。
【請求項５６】
前記圧縮されたトランスフォームが前記ゲノムのＢｕｒｒｏｗｓ−Ｗｈｅｅｌｅｒトランスフォームである請求項５１記載の方法。
【請求項５７】
前記トランスフォームに基づくデータを提供する工程をさらに包含し、ここに、前記規定する工程は該データおよび前記標識ヌクレオチドを用いて前サーチ領域を規定する工程を包含する、請求項５１記載の方法。
【請求項５８】
さらに、
前記トランスフォームに基づくデータを提供する工程；および
先行ヌクレオチドカウントを決定する工程であって、該先行ヌクレオチドカウントは、前記サーチ領域の開始前に該トランスフォームで起こる指標ヌクレオチドに先行するヌクレオチドの回数の数である、工程、
を包含する方法であって、
ここに、前記規定する工程は、該データ、該指標ヌクレオチド、および該先行ヌクレオチドカウントを用いて、該サーチ領域を規定する工程を包含する、請求項５１記載の方法。
【請求項５９】
前記先行ヌクレオチドカウントが、Ｋ間隔を用いて得られ、該Ｋ間隔は前記トランスフォームに沿った所定の位置に貯蔵され、特定の所定の位置まで、およびそれを含めて、該トランスフォームで出現した各ヌクレオチドのランニング合計を維持する、請求項５８記載の方法。
【請求項６０】
各々が請求項４９記載の方法によって生産される複数のオリゴヌクレオチドであって、該複数は、少なくとも５００オリゴヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチド。
【請求項６１】
各々が請求項４９記載の方法によって生産される複数のオリゴヌクレオチドであって、該複数は、少なくとも１，０００オリゴヌクレオチド；少なくとも２，５００オリゴヌクレオチド；少なくとも５，０００オリゴヌクレオチド；少なくとも１０，０００オリゴヌクレオチド；少なくとも２５，０００オリゴヌクレオチド；少なくとも５０，０００オリゴヌクレオチド；少なくとも８５，０００オリゴヌクレオチド；少なくとも１９０，０００オリゴヌクレオチド；少なくとも３５０，０００オリゴヌクレオチド；または少なくとも５５０，０００オリゴヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチド。