【手続補正書】
【提出日】平成19年5月18日(2007.5.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体がＥＧＦＲインヒビターを用いる処置に応答する可能性を予測するのを補助するための方法であって、該方法は、患者から得られる癌細胞を含む生物学的サンプルにおいて、１種以上の予後ＲＮＡ転写物またはそれらの発現産物の発現レベルを決定する工程を包含し、ここで該予後転写物は、以下、：ｈＣＲＡ  ａ；ＬＡＭＣ２；Ｂ２Ｍ；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＬＭＹＣ；ＣＫＡＰ４；ＴＡＧＬＮ；Ｆｕｒｉｎ；ＤＨＦＲ；ＣＣＮＤ３；ＴＩＴＦ１；ＦＵＳ；ＦＬＴ１；ＴＩＭＰ２；ＲＡＳＳＦ１；ＷＩＳＰ１；ＶＥＧＦＣ；ＧＰＸ２；ＣＴＳＨ；ＡＫＡＰ１２；ＡＰＣ；ＲＰＬ１９；ＩＧＦＢＰ６；Ｂａｋ；ＣｙｃｌｉｎＧ１；Ｈｅｐｓｉｎ１；ＭＭＰ２；ＸＩＡＰ；ＭＵＣ１；ＳＴＭＹ３；ＰＤＧＦＲｂ；ＧＳＴｐ；ｐ５３Ｒ２；ＤＰＹＤ；ＩＧＦＢＰ３；ＭＭＰ９；ＲＲＭ；ＫＲＴ１７；ＰＤＧＦＲａ；ＥＰＨＸ１；Ｅ２Ｆ１；ＨＮＦ３Ａ；ｍＧＳＴ１；ＳＴＡＴ３；ＩＧＦ１Ｒ；ＥＧＦＲ；ｃｄｃ２５Ａ；ＲＰＬＰＯ；ＹＢ−１；ＣＫＡＰ４；Ｋｉｔｌｎｇ；ＨＥＲ２；Ｓｕｒｆａｃｔ  Ａ；ＢＴＣ；ＰＧＫ１；ＭＴＡ１；ＦＯＬＲ１；Ｃｌａｕｄｉｎ  ４；ＥＭＰ１からなる群より選択される、１種以上の遺伝子の転写物であって、ここで、
（ａ）ｈＣＲＡ  ａ；ＬＡＭＣ２；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＣＫＡＰ４；ＴＡＧＬＮ；Ｆｕｒｉｎ；ＦＵＳ；ＦＬＴ１；ＴＩＭＰ２；ＲＡＳＳＦ１；ＷＩＳＰ１；ＶＥＧＦＣ；ＧＰＸ２；ＡＫＡＰ１２；ＲＰＬ１９；ＩＧＦＢＰ６；ＭＭＰ２；ＳＴＭＹ３；ＰＤＧＦＲｂ；ＧＳＴｐ；ＩＧＦＢＰ３；ＭＭＰ９；ＫＲＴ１７；ＰＤＧＦＲａ；ＩＧＦ１Ｒ；ｃｄｃ２５Ａ；ＲＰＬＰＯ；ＹＢ−１；ＣＫＡＰ４、ＥＭＰ１または対応する発現産物の１種以上の上昇した発現の全ての単位について、該被験体は、ＥＧＦＲインヒビターを用いる処置に応答する可能性が減少することが予期される方法であって、そして、
（ｂ）Ｂ２Ｍ；ＬＭＹＣ；ＤＨＦＲ；ＣＣＮＤ３；ＴＩＴＦ１；ＣＴＳＨ；ＡＰＣ；Ｂａｋ；ＣｙｃｌｉｎＧ１；Ｈｅｐｓｉｎ１；ＸＩＡＰ；ＭＵＣ１；ｐ５３Ｒ２；ＤＰＹＤ；ＲＲＭ；ＥＰＨＸ１；Ｅ２Ｆ１；ＨＮＦ３Ａ；ｍＧＳＴ１；ＳＴＡＴ３；ＥＧＦＲ；Ｋｉｔｌｎｇ；ＨＥＲ２；Ｓｕｒｆａｃｔ  Ａ；ＢＴＣ；ＰＧＫ１；ＭＴＡ１；ＦＯＬＲ１；Ｃｌａｕｄｉｎ  ４または対応する発現産物の１種以上の上昇した発現の全ての単位について、該被験体は、ＥＧＦＲインヒビターを用いる処置に応答する可能性が増加することが予期される、方法。
【請求項２】
前記被験体が、ヒト患者である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記予後転写物またはそれらの発現産物のうちの少なくとも２種の発現レベルを決定する工程を包含する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記予後転写物またはそれらの発現産物のうちの少なくとも５種の発現レベルを決定する工程を包含する、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記予後転写物またはそれらの発現産物のすべての発現レベルを決定する工程を包含する、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記癌が、卵巣癌、結腸癌、膵臓癌、非小細胞肺癌、乳癌、ならびに頭部癌および頸部癌からなる群より選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
前記生物学的サンプルが、癌細胞を含む組織サンプルである、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
前記組織が、固定組織、パラフィン包埋組織、または新鮮な組織、または凍結組織である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記組織が、細針生検、針生検、または他の型の生検に由来する、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記組織サンプルが、細針吸引、気管支洗浄、または経気管支生検によって得られる、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記予後ＲＮＡ転写物の発現レベルが、ＲＴ−ＰＣＲによって決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記発現産物の発現レベルが、免疫組織化学によって決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記発現産物の発現レベルが、プロテオミクス技術によって決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
予後ＲＮＡ転写物またはそれらの発現産物を測定するためのアッセイが、キットの形態で提供される、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＥＧＦＲインヒビターが、抗体または抗体フラグメントである、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＥＧＦＲインヒビターが、低分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
固体表面上に固定化された、以下：ｈＣＲＡ  ａ；ＬＡＭＣ２；Ｂ２Ｍ；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＬＭＹＣ；ＣＫＡＰ４；ＴＡＧＬＮ；Ｆｕｒｉｎ；ＤＨＦＲ；ＣＣＮＤ３；ＴＩＴＦ１；ＦＵＳ；ＦＬＴ１；ＴＩＭＰ２；ＲＡＳＳＦ１；ＷＩＳＰ１；ＶＥＧＦＣ；ＧＰＸ２；ＣＴＳＨ；ＡＫＡＰ１２；ＡＰＣ；ＲＰＬ１９；ＩＧＦＢＰ６；Ｂａｋ；ＣｙｃｌｉｎＧ１；Ｈｅｐｓｉｎ１；ＭＭＰ２；ＸＩＡＰ；ＭＵＣ１；ＳＴＭＹ３；ＰＤＧＦＲｂ；ＧＳＴｐ；ｐ５３Ｒ２；ＤＰＹＤ；ＩＧＦＢＰ３；ＭＭＰ９；ＲＲＭ；ＫＲＴ１７；ＰＤＧＦＲａ；ＥＰＨＸ１；Ｅ２Ｆ１；ＨＮＦ３Ａ；ｍＧＳＴ１；ＳＴＡＴ３；ＩＧＦ１Ｒ；ＥＧＦＲ；ｃｄｃ２５Ａ；ＲＰＬＰＯ；ＹＢ−１；ＣＫＡＰ４；Ｋｉｔｌｎｇ；ＨＥＲ２；Ｓｕｒｆａｃｔ  Ａ；ＢＴＣ；ＰＧＫ１；ＭＴＡ１；ＦＯＬＲ１；Ｃｌａｕｄｉｎ  ４；ＥＭＰ１の１種以上の遺伝子に対してハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、アレイ。
【請求項１８】
複数の前記遺伝子にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項１７に記載のアレイ。
【請求項１９】
前記遺伝子のうちの少なくとも５種にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項１８に記載のアレイ。
【請求項２０】
前記遺伝子のうちの少なくとも１０種にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項１８に記載のアレイ。
【請求項２１】
前記遺伝子のうちの少なくとも１５種にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項１８に記載のアレイ。
【請求項２２】
前記遺伝子の全てにハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項１８に記載のアレイ。
【請求項２３】
同一の遺伝子にハイブリダイズする２種以上のポリヌクレオチドを含む、請求項１８に記載のアレイ。
【請求項２４】
前記ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１種が、イントロンベースの配列を含み、その発現は、対応するエクソン配列の発現と関連する、請求項１８に記載のアレイ。
【請求項２５】
前記ポリヌクレオチドが、ｃＤＮＡである、請求項１７に記載のアレイ。
【請求項２６】
前記ｃＤＮＡが、約５００〜約５０００塩基長である、請求項２５に記載のアレイ。
【請求項２７】
前記ポリヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドである、請求項１７に記載のアレイ。
【請求項２８】
前記オリゴヌクレオチドが、約２０〜約８０塩基長である、請求項２７に記載のアレイ。
【請求項２９】
約３３０，０００オリゴヌクレオチドを含む、請求項２８に記載のアレイ。
【請求項３０】
前記固体表面が、ガラスである、請求項１７に記載のアレイ。
【請求項３１】
患者についての個別のゲノムプロファイルを調製する方法であって、以下：
（ａ）該患者から得られた癌細胞から抽出されたＲＮＡを、遺伝子発現分析に供する工程：
（ｂ）以下、：ｈＣＲＡ  ａ；ＬＡＭＣ２；Ｂ２Ｍ；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＬＭＹＣ；ＣＫＡＰ４；ＴＡＧＬＮ；Ｆｕｒｉｎ；ＤＨＦＲ；ＣＣＮＤ３；ＴＩＴＦ１；ＦＵＳ；ＦＬＴ１；ＴＩＭＰ２；ＲＡＳＳＦ１；ＷＩＳＰ１；ＶＥＧＦＣ；ＧＰＸ２；ＣＴＳＨ；ＡＫＡＰ１２；ＡＰＣ；ＲＰＬ１９；ＩＧＦＢＰ６；Ｂａｋ；ＣｙｃｌｉｎＧ１；Ｈｅｐｓｉｎ１；ＭＭＰ２；ＸＩＡＰ；ＭＵＣ１；ＳＴＭＹ３；ＰＤＧＦＲｂ；ＧＳＴｐ；ｐ５３Ｒ２；ＤＰＹＤ；ＩＧＦＢＰ３；ＭＭＰ９；ＲＲＭ；ＫＲＴ１７；ＰＤＧＦＲａ；ＥＰＨＸ１；Ｅ２Ｆ１；ＨＮＦ３Ａ；ｍＧＳＴ１；ＳＴＡＴ３；ＩＧＦ１Ｒ；ＥＧＦＲ；ｃｄｃ２５Ａ；ＲＰＬＰＯ；ＹＢ−１；ＣＫＡＰ４；Ｋｉｔｌｎｇ；ＨＥＲ２；Ｓｕｒｆａｃｔ  Ａ；ＢＴＣ；ＰＧＫ１；ＭＴＡ１；ＦＯＬＲ１、ＥＭＰ１からなる群より選択される１種以上の遺伝子の、組織における発現レベルを決定する工程であって、ここで、該発現レベルは、コントロール遺伝子（単数または複数）に対して標準化され、そして必要に応じて、対応する癌関連組織セットにおいて見出される量と比較される、工程：ならびに
（ｃ）該遺伝子発現分析によって得られたデータを要約する報告を作成する工程、を包含する方法。
【請求項３２】
前記癌細胞が、固形腫瘍から得られる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
上記固形腫瘍が、乳癌、卵巣癌、胃癌、結腸直腸癌、膵臓癌、および肺癌からなる群より選択される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記癌細胞が、固定サンプル、パラフィン包埋生検サンプルから得られる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
前記ＲＮＡが、フラグメント化されている、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記データは、前記患者がＥＧＦＲインヒビターを用いる処置に応答する可能性の予想を含むことを意図される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３７】
前記データは、前記患者の処置様式についての推奨を含むことを意図される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
以下、Ｂ２Ｍ；ＬＭＹＣ；ＤＨＦＲ；ＣＣＮＤ３；ＴＩＴＦ１；ＣＴＳＨ；ＡＰＣ；Ｂａｋ；ＣｙｃｌｉｎＧ１；Ｈｅｐｓｉｎ１；ＸＩＡＰ；ＭＵＣ１；ｐ５３Ｒ２；ＤＰＹＤ；ＲＲＭ；ＥＰＨＸ１；Ｅ２Ｆ１；ＨＮＦ３Ａ；ｍＧＳＴ１；ＳＴＡＴ３；ＥＧＦＲ；Ｋｉｔｌｎｇ；ＨＥＲ２；Ｓｕｒｆａｃｔ  Ａ；ＢＴＣ；ＰＧＫ１；ＭＴＡ１；ＦＯＬＲ１；Ｃｌａｕｄｉｎ  ４または対応する発現産物の１種以上の発現の上昇が決定される場合、前記報告が、前記被験体は、ＥＧＦＲインヒビターを用いる処置に応答する可能性が増加するという予測を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３９】
前記患者は、ＥＧＦＲインヒビターを用いて処置されることを意図される、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
以下、ｈＣＲＡ  ａ；ＬＡＭＣ２；Ｂ２Ｍ；ＳＴＡＴ５Ｂ；ＬＭＹＣ；ＣＫＡＰ４；ＴＡＧＬＮ；Ｆｕｒｉｎ；ＤＨＦＲ；ＣＣＮＤ３；ＴＩＴＦ１；ＦＵＳ；ＦＬＴ１；ＴＩＭＰ２；ＲＡＳＳＦ１；ＷＩＳＰ１；ＶＥＧＦＣ；ＧＰＸ２；ＣＴＳＨ；ＡＫＡＰ１２；ＡＰＣ；ＲＰＬ１９；ＩＧＦＢＰ６；Ｂａｋ；ＣｙｃｌｉｎＧ１；Ｈｅｐｓｉｎ１；ＭＭＰ２；ＸＩＡＰ；ＭＵＣ１；ＳＴＭＹ３；ＰＤＧＦＲｂ；ＧＳＴｐ；ｐ５３Ｒ２；ＤＰＹＤ；ＩＧＦＢＰ３；ＭＭＰ９；ＲＲＭ；ＫＲＴ１７；ＰＤＧＦＲａ；ＥＰＨＸ１；Ｅ２Ｆ１；ＨＮＦ３Ａ；ｍＧＳＴ１；ＳＴＡＴ３；ＩＧＦ１Ｒ；ＥＧＦＲ；ｃｄｃ２５Ａ；ＲＰＬＰＯ；ＹＢ−１；ＣＫＡＰ４；Ｋｉｔｌｎｇ；ＨＥＲ２；Ｓｕｒｆａｃｔ  Ａ；ＢＴＣ；ＰＧＫ１；ＭＴＡ１；ＦＯＬＲ１；Ｃｌａｕｄｉｎ  ４；ＥＭＰ１からなる群より選択される遺伝子を、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により増幅するための方法であって、表３に列挙される対応するアンプリコン、および表４に列挙される対応するプライマープローブセットを使用して、該ＰＣＲを実行する工程を包含する、方法。
【請求項４１】
表４に列挙される、ＰＣＲプライマープローブセット。
【請求項４２】
表３に列挙される、ＰＣＲアンプリコン。