【手続補正書】
【提出日】平成19年4月16日(2007.4.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ．特定のヌクレオチド配列に対してアフィニティーを示すポリペプチド
ｂ．ＤＮＡ修飾酵素
ｃ．細胞内輸送活性を有する領域
を含むキメラポリペプチドであって、そのＤＮＡ修飾酵素がクラスＩＩ型またはそのサブユニットもしくは機能性フラグメントから由来の制限エンドヌクレアーゼである、キメラポリペプチド。
【請求項２】
領域ａ．、ｂ．およびｃ．が互いに共有結合されている請求項１記載のポリペプチド。
【請求項３】
細胞内輸送活性がペプチド、ポリペプチド、脂質および炭水化物からなる群から選択される請求項２記載のポリペプチド。
【請求項４】
ポリペプチドａ．およびポリペプチドｂ．の活性が同一分子内にある請求項１記載のポリペプチド。
【請求項５】
特異的ヌクレオチド結合活性を有するポリペプチド、および酵素的ＤＮＡ修飾活性を含むポリペプチドが、制限エンドヌクレアーゼまたはそのサブユニットもしくは機能性フラグメントである、請求項１および４記載のポリペプチド。
【請求項６】
制限エンドヌクレアーゼが、ＥｃｏＲＶ、ＰｖｕＩＩ、ＨｉｎｆＩおよびそれらのサブユニットおよび機能性フラグメントからなる群より選択される、請求項１ないし５のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項７】
エンドヌクレアーゼ活性は修飾されているが、核酸結合の特異性は天然酵素と同等である請求項１ないし６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項８】
細胞内輸送領域が、単純ヘルペスウイルスのＶＰ２２、ＨＩＶ−１のＴａｔ、Ｈｉｖ−１のＲｅｖ、アンテナペディアホメオドメイン、およびそれらのフラグメントからなる群から選択されるペプチドを少なくとも１つ含む、請求項１ないし７のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項９】
ペプチド：ＹＧＲＫＫＲＲＱＲＲＲ、またはその点突然変異体もしくは機能性突然変異体を含むＨＩＶ−１  Ｔａｔプロテインから派生した請求項８記載のポリペプチド。
【請求項１０】
特異的ヌクレオチド結合アフィニティーを備えたポリペプチドおよびＤＮＡ修飾酵素がＥｃｏＲＶ、ＰｖｕＩＩおよびＨｉｎｆＩ、またはそれらのサブユニットもしくは機能性フラグメントから選択されるクラスＩＩ制限エンドヌクレアーゼをコードする一本鎖ポリペプチドにより表わされ、細胞内輸送機能がＨＩＶ−１  ｔａｔのアミノ酸配列に含まれるペプチドである、請求項５ないし９のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
制限エンドヌクレアーゼのサブユニットが、一本鎖のタンパク質として共有結合している請求項１０記載のポリペプチド。
【請求項１２】
配列ＩＤＮ２（ＳＣＰＶＵＴＡＴ）を含む請求項１１記載のポリペプチド。
【請求項１３】
非天然アミノ酸を含む請求項１ないし１２のいずれか一項に記載のキメラポリペプチド。
【請求項１４】
請求項１ないし１２のいずれか一項に含まれるポリペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１５】
配列ＩＤＮ１を含む請求項１４記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項１６】
請求項１４または１５に記載のポリヌクレオチド配列を含むベクター。
【請求項１７】
請求項１６に記載のベクターで形質転換された細胞。
【請求項１８】
治療上使用するための、請求項１ないし１３のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項１４または１５記載のポリヌクレオチド、請求項１６記載のベクター、請求項１７記載の細胞。
【請求項１９】
適当な賦形剤、乳化剤または希釈剤と組み合わせた、有効成分として請求項１ないし１３のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む医薬組成物。
【請求項２０】
腫瘍性疾病または該疾病の疾病素質の予防用、治療用または診断用医薬の調製のための、請求項１８記載のキメラ分子、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞の使用。
【請求項２１】
請求項１ないし１３のいずれか一項に記載のキメラポリペプチドを用いて単離された細胞を処理することを本質的に含む、その細胞のゲノム中の特定部位を修飾する方法。
【請求項２２】
請求項１ないし１３のいずれか一項に記載のキメラポリペプチドの使用に基づく請求項２１記載の方法であって、単離された細胞のゲノム中の特定部位に導入される修飾がＤＮＡ二本鎖切断である、請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
本質的に、以下の工程：
ｉ）請求項１ないし１３のいずれかに記載のキメラポリペプチドと共に単離された細胞をインキュベートする工程
ｉｉ）ラジカル生成物質の存在下にて、任意の組成物または組成物の集合物（ライブラリー）を添加する工程
ｉｉｉ）細胞応答を特徴づけおよび／または測定する工程
を含む、細胞システムにおけるゲノム修復活性を調節でき、または細胞周期の制御およびチェックポイントの活性を調節できる組成物のスクリーニング方法。
【請求項２４】
請求項２１および２２記載の方法を使用し、または請求項１ないし１３のいずれか一項に記載のキメラポリペプチドを使用し、インビトロでＤＮＡ修復およびチェックポイント機構を活性化する方法。
【請求項２５】
本質的に、以下の工程：
ａ）試験サンプルの単離された細胞を任意にて培養する工程、
ｂ）これらの細胞を、任意ではあるが適当な対照となる細胞系と並行して、請求項１ないし１３のいずれか一項に記載のキメラポリペプチドと一緒にインキュベートする工程、
ｃ）細胞応答の特徴づけおよび／または測定する工程、
を含む、インビトロでのＤＮＡ修復および細胞周期の制御およびチェックポイント経路における遺伝的欠陥を診断する方法。
【請求項２６】
工程ｉｉｉ）およびｃ）の各々での細胞応答が、コロニー形成活性、細胞内タンパク質から成る生化学マーカーのリン酸化状態または発現レベル、それらタンパク質の核もしくは細胞質レベルの局在化、細胞集団の総ＤＮＡ量、細胞増殖から選択される、請求項２３および２５記載の方法。
【請求項２７】
細胞内タンパク質が、ｐ５３、ＡＴＭ、Ｃｈｋ１、Ｃｈｋ２、ＢＲＣＡ−１、ＢＲＣＡ−２、Ｎｂｓ１、Ｍｒｅ１１、Ｒａｄ５０、Ｒａｄ５１およびヒストンからなる群から選択される請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
腫瘍に対する遺伝的疾病素質のインビトロ診断、または放射線感受性に対する診断のための請求項２６または２７記載の方法。
【請求項２９】
単離された細胞において細胞周期の停止を誘導するための、請求項１ないし１３のいずれか一項に記載のキメラ分子の使用。
【請求項３０】
神経芽腫起源から単離された細胞においてアポトーシスを誘導するための、請求項１ないし１３のいずれか一項に記載のキメラ分子の使用。
【請求項３１】
特異的ＤＮＡ結合活性を示すが、ヌクレアーゼ活性が損なわれている対照としてのキメラポリペプチドを含む管を組み合わせた、請求項１ないし１３のいずれか一項に記載のキメラポリペプチドを含む、単離された細胞でのＤＮＡ修復系または制御系における細胞周期（チェックポイント）について遺伝的欠陥を診断するキット。
【請求項３２】
請求項１ないし１３のいずれか一項に記載のキメラポリペプチドが配列ＩＤＮ２を有し、対照としてのポリペプチドがポリペプチドＳＣ３４である、請求項３１記載のキット。
【請求項３３】
単離された細胞において腫瘍に対する疾病素質を測定する、遺伝的欠陥をインビトロ診断するための請求項３２記載のキット。
【請求項３４】
腫瘍の放射線感受性を診断するための請求項３３記載のキット。