【手続補正書】
【提出日】平成19年5月11日(2007.5.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  細胞におけるＰＤＺタンパク質とＰＬタンパク質の結合を阻害する拮抗剤を細胞に導入し、それによって生物機能を調節することを含む、内皮細胞又は造血系細胞の生物機能を調節する方法。
【請求項２】  ＰＬタンパク質が、ＣＤ６、ＣＤ４９Ｅ、ＣＤ４９Ｆ、ＣＤ１３８、Ｃｌａｓｐ−１、Ｃｌａｓｐ−４、ＶＣＡＭ−１、Ｃｌａｓｐ−２、ＣＤ９５、ＤＮＡＭ−１、ＣＤ８３、ＣＤ４４、ＣＤ９７、ＣＤ３、ＣＤ４、ＤＯＣＫ２、ＣＤ３４、ＦｃｅＲＩｂ及びＦａｓリガンドから成る群から選択される請求項１の方法。
【請求項３】  ＰＬタンパク質が、Ｘ−Ｓ−Ｘ−Ａ、Ｘ−Ａ−Ｄ／Ｅ−Ｖ、Ｘ−Ｖ／Ｉ／Ｌ−Ｘ＊−Ｖ、又はＸ−Ｓ／Ｔ−Ｘ−Ｆから選択されるカルボキシ末端アミノ酸モチーフを有し、その際、Ｘはアミノ酸であり、Ｘ＊は非芳香族アミノ酸である請求項１の方法。
【請求項４】  ＰＬタンパク質が、Ｘ−Ｓ−Ｘ−Ａ、Ｘ−Ａ−Ｄ／Ｅ−Ｖ、Ｘ−Ｖ／Ｉ／Ｌ−Ｘ＊−Ｖ、又はＸ−Ｓ／Ｔ−Ｘ−Ｆから選択されるカルボキシ末端アミノ酸モチーフを有し、その際、Ｘはアミノ酸であり、Ｘ＊は非芳香族アミノ酸である請求項１の方法。
【請求項５】  ＰＬタンパク質が、ＣＤ６、ＣＤ４、ＣＤ４９Ｅ、ＣＤ４９Ｆ、ＣＤ１３８、Ｃｌａｓｐ−１、Ｃｌａｓｐ−４、ＶＣＡＭ−１、Ｃｌａｓｐ−２、ＣＤ９５、ＤＮＡＭ−１、ＣＤ８３、ＣＤ４４、ＣＤ９７、ＣＤ３ｎ、ＤＯＣＫ２、ＣＤ３４、ＦｃｅＲＩｂ及びＦａｓリガンドから成る群から選択される請求項１の方法。
【請求項６】  拮抗剤がＰＬ阻害剤配列ペプチドのペプチド模倣体である請求項１の方法。
【請求項７】  該物質が、膜貫通トランスポータアミノ酸配列及びＰＬ配列を含む融合ポリペプチドである請求項１の方法。
【請求項８】  膜貫通トランスポータアミノ酸配列が、ＨＩＶのｔａｔ、ショウジョウバエのアンテナペディア、単純ヘルペスウイルスのＶＰ２２及び抗ＤＮＡのＣＤＲ２並びに３から成る群から選択される請求項７の方法。
【請求項９】  試験化合物がＰＤＺタンパク質とＰＬタンパク質との間の結合の阻害剤であるかどうかを決定する方法であって：
ａ）それらが複合体を形成する条件下で、ｉ）ＰＤＺタンパク質由来の配列を有するＰＤＺドメインポリペプチドとｉｉ）ＰＬペプチドを接触させること、ここで、ＰＬペプチドは、ＣＤ６、ＣＤ４９Ｅ、ＣＤ４９Ｆ、ＣＤ１３８、Ｃｌａｓｐ−１、Ｃｌａｓｐ−４、ＣＤ４、ＶＣＡＭ−１、Ｃｌａｓｐ−２、ＣＤ９５、ＤＮＡＭ−１、ＣＤ８３、ＣＤ４４、ＣＤ９７、ＣＤ３ｎ、ＤＯＣＫ２、ＣＤ３４、ＦｃｅＲＩｂ及びＦａｓリガンドから成る群から選択されるＰＬタンパク質のＣ末端配列を含み、ここで、前記接触は試験化合物の存在下及び非存在下で行われる；及び
ｂ）試験化合物の存在下及び非存在下にて複合体の形成を検出することを含むここで、試験化合物非存在下に比べて試験化合物存在下での複合体形成が少ないことは、試験化合物がＰＤＺタンパク質−ＰＬタンパク質の結合の阻害剤であることを示す、前記方法。
【請求項１０】  ＰＤＺドメインポリペプチドが融合ポリペプチドである請求項９の方法。
【請求項１１】  阻害剤が、ＣＤ６、ＣＤ４９Ｅ、ＣＤ４９Ｆ、ＣＤ１３８、Ｃｌａｓｐ−１、Ｃｌａｓｐ−４、ＶＣＡＭ−１、Ｃｌａｓｐ−２、ＣＤ９５、ＤＮＡＭ−１、ＣＤ８３、ＣＤ４４、ＣＤ４、ＣＤ９７、ＣＤ３ｎ、ＤＯＣＫ２、ＣＤ３４、ＦｃｅＲＩｂ及びＦａｓリガンドから成る群から選択されるＰＬペプチドから成る群から選択されるペプチドとＰＤＺドメインのポリペプチドとの結合を低下させることを特徴とするＰＤＺタンパク質とＰＬタンパク質の結合の前記阻害剤。
【請求項１２】  ａ）ＣＤ６、ＣＤ４９Ｅ、ＣＤ４９Ｆ、ＣＤ１３８、Ｃｌａｓｐ−１、Ｃｌａｓｐ−４、ＶＣＡＭ−１、Ｃｌａｓｐ−２、ＣＤ９５、ＤＮＡＭ−１、ＣＤ８３、ＣＤ４４、ＣＤ９７、ＣＤ３ｎ、ＣＤ４、ＤＯＣＫ２、ＣＤ３４、ＦｃｅＲＩｂ及びＦａｓリガンドから選択されるＰＬタンパク質のＣ末端配列の３〜約２０の残基である配列を含むペプチドであり；
ｂ）Ｘがアミノ酸であり、Ｘ＊が非芳香族アミノ酸である、モチーフ、Ｘ−Ｓ−Ｘ−Ａ、Ｘ−Ａ−Ｄ／Ｅ−Ｖ、Ｘ−Ｖ／Ｉ／Ｌ−Ｘ＊−Ｖ、又はＸ−Ｓ／Ｔ−Ｘ−Ｆを有するペプチドであり；
ｃ）（ａ）又は（ｂ）項のペプチドのペプチド模倣体であり；又は
ｄ）分子量１ｋＤ未満の小型有機分子である
請求項１１の阻害剤。
【請求項１３】  細胞においてＰＤＺタンパク質とＰＬタンパク質の結合を阻害する拮抗剤を細胞に導入することを含む、造血系細胞の生物機能を調節する方法であって、ここで、
（ａ）ＰＬタンパク質は、ＤＮＡＭ−１であり、且つＰＤＺタンパク質はＭＰＰ１、ＭＰＰ２、ＤＬＧ１、ＮｅＤＬＧ、ＰＳＤ９５、ＬＩＭ、ＡＦ６、４１．８若しくはＲＧＳ１２であり；又は
（ｂ）ＰＬタンパク質はＬＰＡＰであり、且つＰＤＺタンパク質はＤＬＧ１若しくはＭＩＮＴ１である、前記方法。
【請求項１４】  ＰＬタンパク質がＤＮＡＭ−１であり、且つＰＤＺタンパク質がＰＳＤ９５又はＭＰＰ２である請求項１３の方法。
【請求項１５】  ＰＤＺタンパク質が、ＣＡＳＫ、ＭＰＰ１、ＤＬＧ１、ＰＳＤ９５、ＮｅＤＬＧ、ＳＹＮ１ａ、ＴＡＸ４３、ＬＤＰ、ＬＩＭ、ＬＩＭＫ、ＡＦ６、ＰＴＮ−４、ｐｒＩＬ１６、４１．８、ＲＧＳ１２、ＤＶＬ１、ＴＡＸ４０、ＴＬＡＭ１、ＭＩＮＴ１、ＫＩＡＡ０３０３、ＴＡＸ２、及びＫＩＡＡ０５６１から成る群から選択される請求項１の方法。
【請求項１６】  試験化合物がＰＤＺタンパク質とＰＬタンパク質との間の結合の作動薬であるかどうかを決定する方法であって：
ａ）それらが複合体を形成する条件下で、ｉ）ＰＤＺドメインポリペプチドとｉｉ）ＰＬペプチドを接触させること、ここで、ＰＬペプチドは、ＣＤ６、ＣＤ４９Ｅ、ＣＤ４９Ｆ、ＣＤ１３８、Ｃｌａｓｐ−１、Ｃｌａｓｐ−４、ＣＤ４、ＶＣＡＭ−１、Ｃｌａｓｐ−２、ＣＤ９５、ＤＮＡＭ−１、ＣＤ８３、ＣＤ４４、ＣＤ９７、ＣＤ３ｎ、ＤＯＣＫ２、ＣＤ３４、ＦｃｅＲＩｂ及びＦａｓリガンドから成る群から選択されるＰＬタンパク質のＣ末端配列を含み、ここで、前記接触は試験化合物の存在下及び非存在下で行われる；及び
ｂ）試験化合物の存在下及び非存在下にて複合体の形成を検出することを含む、ここで、試験化合物非存在下に比べて試験化合物存在下での複合体形成が増加することは、試験化合物がＰＤＺタンパク質−ＰＬタンパク質の結合の作動薬であることを示す、前記方法。
【請求項１７】  アッセイ・プレートに付着されたＰＤＺタンパク質のアレイ。
【請求項１８】  前記アッセイ・プレートがマイクロタイター・プレートである、請求項１７に記載のアレイ。
【請求項１９】  ＰＤＺドメイン・ポリペプチドとＰＤＺリガンド・タンパク質（ＰＬ）の間の相互作用を検出する方法であって、以下のステップ：
（ａ）ＰＤＺドメイン・ペプチドをＰＬタンパク質と接触させ；そして
（ｂ）上記ＰＤＺドメインと上記ＰＬタンパク質の間の結合を検出する
を含み、ここで、上記ＰＤＺドメイン・ポリペプチドは固定化され、かつ、上記ＰＬタンパク質は可溶化されているか、又はその逆である
前記方法。
【請求項２０】  前記ＰＤＺドメイン・ポリペプチドがドメインに融合されて、支持体への固定化が容易にされている、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】  前記融合タンパク質が、固定化されたＰＤＺ融合タンパク質のアレイの一部である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】  トランスメンブラン・トランスポーター・アミノ酸配列に結合されているＰＬペプチド。
【請求項２３】  Ｃ−末端モチーフＥ−Ｓ／Ｔ−Ｘ−Ｖ／Ｉを含有する、請求項２２に記載のＰＬペプチド。
【請求項２４】  Ｘ−Ｓ−Ｘ−Ａ、Ｘ−Ａ−Ｄ／Ｅ−Ｖ、Ｘ−Ｖ／Ｉ／Ｌ−Ｘ*−Ｖ、及びＸ−Ｓ／Ｔ−Ｘ−Ｆ｛式中、Ｘはいずれかのアミノ酸であり、そしてＸ*はいずれかの非芳香族アミノ酸である。｝から選ばれるＣ−末端モチーフを含有する請求項２２に記載のＰＬペプチド。
【請求項２５】  前記トランスメンブラン・トランスポーター・アミノ酸配列は、ＨＩＶ  ｔａｔ、ドロソフィラ・アンテナペディア（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ａｎｔｅｎａｐｅｄｉａ）、単純ヘルペス・ウイルスＶＰ２２又は抗−ＤＮＡ  ＣＤＲ２及び３トランスポーター・アミノ酸配列である、請求項２２に記載のＰＬペプチド。