【手続補正書】
【提出日】平成18年11月16日(2006.11.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  ポリヌクレオチドの混合物中における標的ポリヌクレオチド配列に沿ったオリゴヌクレオチドプライマーの選択的伸長方法であって、その方法が、
（ａ）前記混合物、修飾を有するオリゴヌクレオチドプライマー、およびその修飾に対する結合物質を組合せて用意し、ここで結合物質はオリゴヌクレオチドに結合して標的ポリヌクレオチド配列に沿ったオリゴヌクレオチドの伸長を抑制するものであり、そして
（ｂ）前記組合せの温度を、結合物質を不可逆的に変性して、特定の標的ポリヌクレオチド配列に沿ってオリゴヌクレオチドプライマーを伸長させるのに十分なレベルに調整することからなる方法。
【請求項２】  鋳型ポリヌクレオチドに沿ったオリゴヌクレオチドの伸長を制御する方法であって、その方法が、
（ａ）媒体中にて(ｉ)鋳型ポリヌクレオチド、(ii)少なくとも一部分においてその鋳型ポリヌクレオチドの一部分とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであって、そのオリゴヌクレオチドは修飾部分を含むもの、(iii)鋳型ポリヌクレオチドに沿ったオリゴヌクレオチドの伸長に必要な全ての試薬、および（iv）前記修飾部分に対する結合物質であって、結合物質が修飾部分に結合して鋳型ポリヌクレオチドに沿ったオリゴヌクレオチドの伸長を抑制するもの、を組合せて用意し、そして
（ｂ）その組合せの温度を上昇させてオリゴヌクレオチドから結合物質を不可逆的に解離させ、鋳型ポリヌクレオチドに沿ってオリゴヌクレオチドを伸長させることからなる方法。
【請求項３】  修飾部分が修飾ヌクレオチドである請求項２に記載の方法。
【請求項４】  修飾ヌクレオチドが非天然のヌクレオチドであるかまたは非天然の基を含む請求項３に記載の方法。
【請求項５】  鋳型ポリヌクレオチドがＤＮＡまたはＲＮＡである請求項２に記載の方法。
【請求項６】  増幅方法の一部である請求項２に記載の方法。
【請求項７】  増幅方法が、ポリメラーゼ連鎖反応、単一プライマー増幅または転写をベースにした核酸増幅からなる群から選択される請求項６に記載の方法。
【請求項８】  結合物質がタンパク質である請求項２に記載の方法。
【請求項９】  結合物質が抗体である請求項２に記載の方法。
【請求項１０】  （ａ）(ｉ)標的ポリヌクレオチド配列を含有すると推測される媒体、(ii)その標的ポリヌクレオチド配列の増幅を実施するために必要な全ての試薬を組合せて用意し、ここでその試薬はヌクレオチドポリメラーゼ、ヌクレオシド三リン酸および標的ポリヌクレオチド配列に沿って伸長可能な少なくとも１つのプライマーを含むものであり、そして
（ｂ）前記組合せを標的ポリヌクレオチド配列の増幅条件に付することからなり、
前記プライマーが修飾部分を含み、その修飾部分に対する結合物質が前記組合せに包含され、結合物質が修飾部分に結合して標的ポリヌクレオチド配列に沿ったオリゴヌクレオチドの伸長を抑制しうるものであり、温度サイクル過程中における温度上昇により結合物質をプライマーから不可逆的に放出して、これによりプライマーを標的ポリヌクレオチド配列と結合させ、これに沿って伸長させることを特徴とする、標的ポリヌクレオチド配列の増幅方法。
【請求項１１】  修飾部分が修飾ヌクレオチドである請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】  標的ヌクレオチドが非天然のヌクレオチドであるかまたは非天然の基を含む請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】  標的ポリヌクレオチドがＤＮＡまたはＲＮＡである請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】  唯一つのプライマーを用いて、標的配列がその５′末端において、そのプライマーとハイブリダイズする標的配列の３′末端の配列とハイブリダイズしうる少なくとも１０塩基配列を含むことを特徴とする、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】  第１および第２プライマーを用いて、伸長した第１プライマーが第２プライマーの鋳型であり、伸長した第２プライマーが第１プライマーの鋳型であることを特徴とする請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】  結合物質がタンパク質である請求項１０に記載の方法。
【請求項１７】  結合物質が抗体である請求項１０に記載の方法。
【請求項１８】  標的ポリヌクレオチドのポリヌクレオチド配列（標的配列）の増幅方法であって、その方法が
（ａ）第１オリゴヌクレオチドプライマー（第１プライマー）を標的配列の３′末端とハイブリダイズさせ、
（ｂ）ポリメラーゼおよびヌクレオチド三リン酸の存在下にて第１プライマーを少なくとも標的配列に沿って伸長させて、伸長した第１プライマーを形成させ、ここで第１プライマーが（１）伸長した第１プライマーまたは（２）伸長した第２オリゴヌクレオチドプライマー（第２プライマー）とハイブリダイズして、これに沿って伸長しうるものであり、伸長した第２プライマーが標的配列と相補的なポリヌクレオチド（相補的ポリヌクレオチド）とハイブリダイズしてこれに沿って伸長しうる第２プライマーの伸長の結果として生じたものであり、
（ｃ）伸長した第１プライマーを標的配列から解離させ、
（ｄ）第１プライマーまたは第２プライマーを伸長した第１プライマーの３′末端とハイブリダイズさせ、
（ｅ）第１プライマーまたは第２プライマーを伸長した第１プライマーに沿って伸長させ、
（ｆ）伸長した第１プライマーまたは伸長した第２プライマーを伸長した第１プライマーから解離させ、
（ｇ）第１プライマーを伸長した第１プライマーまたは伸長した第２プライマーの３′末端とハイブリダイズさせ、そして
（ｈ）工程（ｅ）〜（ｇ）を反復温度サイクルにより繰り返すことからなり、
第１プライマーおよび第２プライマーの少なくとも１つがその一部において標的ポリヌクレオチドと結合する修飾ヌクレオチドを含み、その修飾ヌクレオチドに対する抗体を前記組合せ中に包含させ、その抗体は修飾ヌクレオチドに結合して、標的配列に沿って前記プライマーの少なくとも１つが伸長するのを抑制しうるものであり、且つ抗体を前記温度サイクル過程中における温度上昇によりプライマーの少なくとも１つから不可逆的に放出させ、これによりプライマーの少なくとも１つを標的ポリヌクレオチド配列と結合させてこれに沿って伸長させることを特徴とする方法。
【請求項１９】  修飾ヌクレオチドが非天然のヌクレオチドであるかまたは非天然の基を含む請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】  標的ポリヌクレオチドがＤＮＡまたはＲＮＡである請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】  第１プライマーのみを用いて、標的配列がその５′末端において、そのプライマーとハイブリダイズする標的配列の３′末端の配列とハイブリダイズしうる少なくとも１０塩基配列を含むことを特徴とする、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】  第１プライマーおよび第２プライマーが異なり、伸長した第１プライマーが第２プライマーの鋳型であり、そして伸長した第２プライマーが第１プライマーの鋳型であることを特徴とする請求項１８に記載の方法。
【請求項２３】  修飾ヌクレオチドがオリゴヌクレオチドプライマーの３′末端部分にある請求項１８に記載の方法。
【請求項２４】  標的ポリヌクレオチドの標的配列の検出方法であって、その方法が
（ａ）(ｉ) 第１オリゴヌクレオチドプライマー（第１プライマー）を標的配列の３′末端とハイブリダイズさせ、
(ii) ポリメラーゼおよびヌクレオチド三リン酸の存在下にて第１プライマーを少なくとも標的配列に沿って伸長させて、伸長した第１プライマーを形成させ、第１プライマーが（１）伸長した第１プライマーまたは（２）伸長した第２オリゴヌクレオチドプライマー（第２プライマー）とハイブリダイズして、これに沿って伸長しうるものであり、伸長した第２プライマーが標的配列と相補的なポリヌクレオチド（相補的ポリヌクレオチド）とハイブリダイズしてこれに沿って伸長しうる第２プライマーの伸長の結果として生じたものであり、
(iii) 伸長した第１プライマーを標的配列から解離させ、
(iv) 第１プライマーまたは第２プライマーを伸長した第１プライマーの３′末端とハイブリダイズさせ、
(ｖ) 第１プライマーまたは第２プライマーを伸長した第１プライマーに沿って伸長させ、
(vi) その伸長した第１プライマーまたは伸長した第２プライマーを伸長した第１プライマーから解離させ、
(vii) 第１プライマーを伸長した第１プライマーまたは伸長した第２プライマーの３′末端とハイブリダイズさせ、そして
(viii) 工程（ｖ）〜（vii）を繰り返すことからなる方法により標的配列を増幅させ、次いで
（ｂ）伸長した第１プライマーおよび／または伸長した第２プライマーを検出することからなり、
第１プライマーおよび第２プライマーの少なくとも１つがその一部において標的ポリヌクレオチドと結合する修飾ヌクレオチドを含み、その修飾ヌクレオチドに対する抗体を前記組合せ中に包含させ、その抗体は修飾ヌクレオチドに結合して、標的配列に沿って前記プライマーの少なくとも１つが伸長するのを抑制しうるものであり、且つ抗体を前記温度サイクル過程中における温度上昇により前記プライマーの少なくとも１つから不可逆的に放出させ、これにより前記プライマーの少なくとも１つを標的ポリヌクレオチド配列と結合させてこれに沿って伸長させることを特徴とする方法。
【請求項２５】  工程(ｖ)〜(vii)の繰り返しが反復温度サイクルにより実施される請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】  標的ポリヌクレオチドがＤＮＡまたはＲＮＡである請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】  第１プライマーのみを用いて、標的配列がその５′末端において、その第１プライマーとハイブリダイズする標的配列の３′末端の配列とハイブリダイズしうる少なくとも１０塩基配列を含むことを特徴とする、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】  第１プライマーおよび第２プライマーが異なり、伸長した第１プライマーが第２プライマーの鋳型であり、そして伸長した第２プライマーが第１プライマーの鋳型であることを特徴とする請求項２４に記載の方法。