【誤訳訂正書】
【提出日】平成19年10月9日(2007.10.9)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
多重プライマーに基づく増幅のための方法であって、
前記増幅を、標的富化プライマーの少なくとも第一対及び第二対並びに標的増幅プライマー（前記標的増幅プライマーはＦＳＰ及びＲＳＰを含む。）の少なくとも第一対を含む反応混合物中にて行うことを含み、並びに
ａ．第一増幅反応［前記第一増幅反応は、
ｉ）鋳型としての、少なくとも１つの病原因子からの核酸（前記核酸は前記病原因子からの少なくとも１つの標的配列を含む。）；
ｉｉ）前記核酸にハイブリダイズし、前記少なくとも１つの標的配列を囲う前記標的富化プライマーの第一対；
ｉｉｉ）前記核酸にハイブリダイズし、前記少なくとも１つの標的配列を囲う前記標的富化プライマーの第二対（前記標的富化プライマーの第二対は少なくとも１つの標的配列に近接して位置し、前記標的富化プライマーの第二対の各々は５’末端に標的増幅プライマーの１つの配列に対応するスーパープライマー結合タグを含む。）；及び
ｉｖ）第一増幅反応が複数の第一増幅産物を生産するような、第一増幅反応のための増幅試薬と条件（前記第一増幅産物の少なくとも部分はスーパープライマー結合タグの少なくとも１つの相補物を含み、これにより少なくとも１つのスーパープライマー結合部位を形成する。）
を使用する。］、及び
ｂ．第二増幅反応［前記第二増幅反応は、
ｉ）鋳型としての、前記少なくとも１つのスーパープライマー結合部位を含む第一増幅産物の前記部分；
ｉｉ）第一増幅産物の前記部分上の前記スーパープライマー結合部位に結合する、前記標的増幅プライマーの第一対；及び
ｉｉｉ）第二増幅反応が少なくとも１つの標的配列を含む複数の第二増幅産物を生産するような、第二増幅反応のための増幅試薬と条件
を使用する。］
を含む、前記方法。
【請求項２】
前記標的富化プライマーの第一対がＲｏ及びＦｏプライマーを含み、前記標的富化プライマーの第二対がＦｉ及びＲｉプライマーを含み、及び前記標的増幅プライマーの第一対がＦＳＰとＲＳＰを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
Ｆｉ上の前記スーパープライマー結合タグが、ＦＳＰが前記Ｆｉプライマー上のスーパープライマー結合タグの相補物に結合するように、ＦＳＰの配列と同一であり、及びＲｉ上の前記スーパープライマー結合タグが、ＲＳＰが前記Ｒｉプライマー上のスーパープライマー結合タグの相補物に結合するように、ＲＳＰの配列と同一である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
標的富化プライマーの第一対の各々の長さが、１０−４０ヌクレオチド、１０−３０ヌクレオチド及び１０−２０ヌクレオチドから成る群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
標的富化プライマーの第二対の各々の長さが、１０−４０ヌクレオチド、１０−３０ヌクレオチド及び１０−２０ヌクレオチドから成る群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
標的富化プライマーの第一対の各々の長さが１０−２０ヌクレオチドであり、及び標的富化プライマーの第二対の各々の長さが３０−４０ヌクレオチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
標的増幅プライマーの第一対の各々の長さが１０−２０ヌクレオチドであり、及び標的富化プライマーの第二対の各々の長さが３０−４０ヌクレオチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
標的富化プライマーが低濃度で存在し、及び標的増幅プライマーが高濃度で存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記低濃度が０．００２μＭ−０．２μＭの濃度であり、及び前記高濃度が０．２μＭ−１．０μＭの濃度である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
標的富化プライマーが標的配列の指数増幅には十分でない濃度で存在し、及び標的増幅プライマーが標的配列の指数増幅に十分な濃度で存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
標的富化プライマーの各々が同じ濃度で使用する、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
標的富化プライマーの少なくとも１つを他の標的富化プライマーより高い濃度で使用する、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
標的増幅プライマーの各々が同じ濃度で使用される、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
標的増幅プライマーの少なくとも１つが、他の標的増幅プライマーより高い濃度で使用される、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
より高濃度の前記標的増幅プライマーが検出のための手段を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記第一増幅反応についての条件が標的富化工程の少なくとも２回の完全なサイクルを含み、及び前記第二増幅工程についての条件が標的増幅工程の少なくとも２回の完全なサイクルを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
標的富化工程が増幅に関する以下の条件：９２−９４℃における０．５−１分間、５０−５５℃における１−２．５分間及び７０−７２℃における０．５−１分間を含み、及び標的増幅工程が増幅に関する以下の条件：９４℃における１５−３０秒間、５０−５５℃における１５−３０秒間及び７２℃における１５−３０秒間を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記第一増幅反応についての条件が標的富化工程の少なくとも２回の完全なサイクル及び選択的増幅工程の少なくとも２回の完全なサイクルを含み、及び前記第二増幅工程についての条件が標的増幅工程の少なくとも２回の完全なサイクルを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
標的富化工程が増幅に関する以下の条件：９２−９４℃における０．５−１分間、５０−５５℃における１−２．５分間及び７０−７２℃における０．５−１分間を含み、選択的増幅工程が増幅に関する以下の条件：９２−９４℃における１５−３０秒間、７０−７２℃における１−２分間を含み、及び標的増幅工程が増幅に関する以下の条件：９４℃における１５−３０秒間、５０−５５℃における１５−３０秒間及び７２℃における１５−３０秒間を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記選択的増幅が、スーパープライマー結合部位を含む第一増幅産物の生産の方に偏る、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
標的富化プライマーの第一対の各々の長さが１０−２０ヌクレオチドであり、及び標的富化プライマーの第二対の各々の長さが３０−４０ヌクレオチドである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
３又はそれ以上の標的富化プライマー対をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
２又はそれ以上の標的増幅プライマー対をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記病原因子が、ウイルス及び細菌から成る群より選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２５】
前記病原因子が、アデノウイルス、インフルエンザＡ型、インフルエンザＢ型、パラインフルエンザ１型、パラインフルエンザ３型及び呼吸器合胞体ウイルス、ＳＡＲＳ、及び（コクサッキーウイルスＡ型、コクサッキーウイルスＢ型、ライノウイルス及びエコーウイルスを含む）エンテロウイルスから成る群より選択されるウイルスである、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記病原因子が、マイコプラスマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）種及びクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）種から成る群より選択される細菌である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記病原因子が、標的富化プライマーの第一対及び第二対の適切な設計によって選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記正又は逆スーパープライマーの少なくとも１つが、検出のための手段をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記検出のための手段が、化学的エレメント、酵素エレメント、蛍光エレメント又は放射標識エレメントから成る群より選択される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記標的配列を検出することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
検出方法が直接検出方法である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記検出方法が、
ａ．検出オリゴヌクレオチドの少なくとも一つのセットを提供すること（検出オリゴヌクレオチドの各々のセットは、前記増幅産物内の特定標的配列に結合することができるヌクレオチド配列を有し、及びシグナル生成のための第一手段を含む。）；
ｂ．前記検出オリゴヌクレオチドを、前記第二増幅産物と接触させ、インキュベートすること；
ｃ．シグナル生成のための前記第一手段を刺激して、第一シグナルを生産すること；及び
ｄ．前記第一シグナルを検出すること
を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記第一シグナルが前記病原因子に特有であり、及び前記第一シグナルが前記病原因子を特定するために使用される、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
第一シグナル生成のための前記手段が、蛍光標識、化学標識、酵素標識又は放射標識である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
第一シグナル生成のための前記手段が蛍光ミクロスフェアである、請求項３２に記載の方法。
【請求項３６】
前記方法が間接検出方法である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３７】
多重プライマーに基づく、少なくとも１つの標的配列の増幅のための方法であって、
前記増幅を、標的富化プライマーの少なくとも第一対及び標的増幅プライマー（前記標的増幅プライマーはＦＳＰ及びＲＳＰを含む。）の少なくとも第一対を含む反応混合物中にて行うことを含み、並びに
ａ．第一増幅反応［前記第一増幅反応は、
ｉ）鋳型としての、少なくとも１つの標的配列を含む核酸；
ｉｉ）前記核酸にハイブリダイズし、前記標的配列を囲う前記標的富化プライマーの第一対（前記標的富化プライマーの第一対の各々は５’末端に標的増幅プライマーの１つの配列に対応するスーパープライマー結合タグを含む。）；及び
ｉｉｉ）第一増幅反応が複数の第一増幅産物を生産するような、第一増幅反応のための増幅試薬と条件（第一増幅産物の少なくとも部分はスーパープライマー結合タグの少なくとも１つの相補物を含み、これにより少なくとも１つのスーパープライマー結合部位を形成する。）；
を使用する。］、及び
ｂ．第二増幅反応［前記第二増幅反応は、
ｉ）鋳型としての、前記少なくとも１つのスーパープライマー結合部位を含む第一増幅産物の前記部分；
ｉｉ）第一増幅産物の前記部分上の前記スーパープライマー結合部位に結合する、前記標的増幅プライマーの第一対；及び
ｉｉｉ）第二増幅反応が標的配列を含む複数の第二増幅産物を生産するような、第二増幅反応のための増幅試薬と条件；
を使用する。］
を含む、前記方法。
【請求項３８】
前記標的富化プライマーの第一対がＦｉ及びＲｉプライマーを含み、及び前記標的増幅プライマーの第一対がＦＳＰとＲＳＰを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
Ｆｉ上の前記スーパープライマー結合タグが、ＦＳＰが前記Ｆｉプライマー上のスーパープライマー結合タグの相補物に結合するように、ＦＳＰの配列と同一であり、及びＲｉ上のスーパープライマー結合タグが、ＲＳＰが前記Ｒｉプライマー上のスーパープライマー結合タグの相補物に結合するように、ＲＳＰの配列と同一である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
標的富化プライマーの第一対の各々の長さが、１０−４０ヌクレオチド、１０−３０ヌクレオチド及び１０−２０ヌクレオチドから成る群より選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
標的富化プライマーが低濃度で存在し、及び標的増幅プライマーが高濃度で存在する、請求項３７に記載の方法。
【請求項４２】
前記低濃度が０．００２μＭ−０．２μＭの濃度であり、及び前記高濃度が０．２μＭ−１．０μＭの濃度である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
標的富化プライマーが標的配列の指数増幅には十分でない濃度で存在し、及び標的増幅プライマーが標的配列の指数増幅に十分な濃度で存在する、請求項３７に記載の方法。
【請求項４４】
標的富化プライマーの各々が同じ濃度で使用される、請求項３７に記載の方法。
【請求項４５】
標的富化プライマーの少なくとも１つが他の標的富化プライマーより高い濃度で使用する、請求項３７に記載の方法。
【請求項４６】
標的増幅プライマーの各々が同じ濃度で使用される、請求項３７に記載の方法。
【請求項４７】
標的増幅プライマーの少なくとも１つが、他の標的増幅プライマーより高い濃度で使用される、請求項３７に記載の方法。
【請求項４８】
より高濃度の前記標的増幅プライマーが検出のための手段を含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記第一増幅反応についての条件が標的富化工程の少なくとも２回の完全なサイクルを含み、及び前記第二増幅工程についての条件が標的増幅工程の少なくとも２回の完全なサイクルを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項５０】
標的富化工程が増幅に関する以下の条件：９２−９４℃における０．５−１分間、５０−５５℃における１−２．５分間及び７０−７２℃における０．５−１分間を含み、及び標的増幅工程が増幅に関する以下の条件：９４℃における１５−３０秒間、５０−５５℃における１５−３０秒間及び７２℃における１５−３０秒間を含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記第一増幅反応についての条件が標的富化工程の少なくとも２回の完全なサイクル及び選択的増幅工程の少なくとも２回の完全なサイクルを含み、及び前記第二増幅工程についての条件が標的増幅工程の少なくとも２回の完全なサイクルを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項５２】
標的富化工程が増幅に関する以下の条件：９２−９４℃における０．５−１分間、５０−５５℃における１−２．５分間及び７０−７２℃における０．５−１分間を含み、選択的増幅工程が増幅に関する以下の条件：９２−９４℃における１５−３０秒間、７０−７２℃における１−２分間を含み、及び標的増幅工程が増幅に関する以下の条件：９４℃における１５−３０秒間、５０−５５℃における１５−３０秒間及び７２℃における１５−３０秒間を含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記選択的増幅が、スーパープライマー結合部位を含む第一増幅産物の生産の方に偏る、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
標的富化プライマーの第一対の各々の長さが１０−２０ヌクレオチドであり、及び標的富化プライマーの第二対の各々の長さが３０−４０ヌクレオチドである、請求項５２に記載の方法。
【請求項５５】
２又はそれ以上の標的増幅プライマー対をさらに含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項５６】
前記病原因子が、ウイルス及び細菌から成る群より選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項５７】
前記病原因子が、アデノウイルス、インフルエンザＡ型、インフルエンザＢ型、パラインフルエンザ１型、パラインフルエンザ３型及び呼吸器合胞体ウイルス、ＳＡＲＳ、及び（コクサッキーウイルスＡ型、コクサッキーウイルスＢ型、ライノウイルス及びエコーウイルスを含む）エンテロウイルスから成る群より選択されるウイルスである、請求項３７に記載の方法。
【請求項５８】
前記病原因子が、マイコプラスマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）種及びクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）種から成る群より選択される細菌である、請求項３７に記載の方法。
【請求項５９】
前記病原因子が、標的富化プライマーの第一対及び第二対の適切な設計によって選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項６０】
前記正又は逆スーパープライマーの少なくとも１つが、検出のための手段をさらに含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項６１】
前記検出のための手段が、化学的エレメント、酵素エレメント、蛍光エレメント又は放射標識エレメントから成る群より選択される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記標的配列を検出することをさらに含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項６３】
検出方法が直接検出方法である、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
前記検出方法が、
ａ．検出オリゴヌクレオチドの少なくとも一つのセットを提供すること（検出オリゴヌクレオチドの各々のセットは、前記増幅産物内の特定標的配列に結合することができるヌクレオチド配列を有し、及びシグナル生成のための第一手段を含む。）；
ｂ．前記検出オリゴヌクレオチドを、前記第二増幅産物と接触させ、インキュベートすること；
ｃ．シグナル生成のための前記第一手段を刺激して、第一シグナルを生産すること；及び
ｄ．前記第一シグナルを検出すること
を含む、請求項６２に記載の方法。
【請求項６５】
前記第一シグナルが前記病原因子に特有であり、及び前記第一シグナルが前記病原因子を特定するために使用される、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
第一シグナル生成のための前記手段が、蛍光標識、化学標識、酵素標識又は放射標識である、請求項６４に記載の方法。
【請求項６７】
第一シグナル生成のための前記手段が蛍光ミクロスフェアである、請求項６４に記載の方法。
【請求項６８】
前記方法が間接検出方法である、請求項６２に記載の方法。
【請求項６９】
ａ．診断を必要とする被験者から、疾患因子を含むことが疑われる試料を提供すること；
ｂ．前記試料から、前記疾患因子からの標的配列を含む核酸を単離すること；
ｃ．前記核酸を、請求項１又は３７のいずれかに記載のプライマーに基づく増幅方法に供すること；
ｄ．前記疾患因子からの前記標的配列を検出すること
を含む、被験者において疾患因子の存在を診断する方法。
【請求項７０】
疾患因子が、ウイルス及び細菌から成る群より選択される、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記疾患因子が、アデノウイルス、インフルエンザＡ型、インフルエンザＢ型、パラインフルエンザ１型、パラインフルエンザ３型及び呼吸器合胞体ウイルス、ＳＡＲＳ、及び（コクサッキーウイルスＡ型、コクサッキーウイルスＢ型、ライノウイルス及びエコーウイルスを含む）エンテロウイルスから成る群より選択されるウイルスである、請求項６９に記載の方法。
【請求項７２】
前記疾患因子が、マイコプラスマ菌種及びクラミジア菌種から成る群より選択される細菌である、請求項６９に記載の方法。
【請求項７３】
検出方法が直接検出方法である、請求項６９に記載の方法。
【請求項７４】
前記検出方法が、
ａ．検出オリゴヌクレオチドの少なくとも一つのセットを提供すること（検出オリゴヌクレオチドの各々のセットは、前記増幅産物内の特定標的配列に結合することができるヌクレオチド配列を有し、及びシグナル生成のための第一手段を含む。）；
ｂ．前記検出オリゴヌクレオチドを、前記第二増幅産物と接触させ、インキュベートすること；
ｃ．シグナル生成のための前記第一手段を刺激して、第一シグナルを生産すること；及び
ｄ．前記第一シグナルを検出すること
を含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項７５】
前記第一シグナルが前記疾患因子に特有であり、及び前記第一シグナルが前記疾患因子を特定するために使用される、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
第一シグナル生成のための前記手段が、蛍光標識、化学標識、酵素標識又は放射標識である、請求項７４に記載の方法。
【請求項７７】
第一シグナル生成のための前記手段が蛍光ミクロスフェアである、請求項７４に記載の方法。
【請求項７８】
前記方法が間接検出方法である、請求項６９に記載の方法。
【請求項７９】
ａ．診断を必要とする被験者から、疾患因子又は二次疾患因子を含むことが疑われる試料を提供すること；
ｂ．前記試料から、前記疾患因子又は二次疾患因子又はこの両方からの標的配列を含む核酸を単離すること；
ｃ．前記核酸を、請求項１又は３８のいずれかに記載のプライマーに基づく増幅方法に供すること；
ｄ．前記疾患因子又は二次疾患因子からの前記標的配列を検出すること
を含む、被験者において疾患因子及び二次疾患因子の存在を鑑別的に診断するための方法。
【請求項８０】
疾患因子又は二次疾患因子が、ウイルス及び細菌から成る群より選択される、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記疾患因子又は二次疾患因子が、アデノウイルス、インフルエンザＡ型、インフルエンザＢ型、パラインフルエンザ１型、パラインフルエンザ３型及び呼吸器合胞体ウイルス、ＳＡＲＳ、及び（コクサッキーウイルスＡ型、コクサッキーウイルスＢ型、ライノウイルス及びエコーウイルスを含む）エンテロウイルスから成る群より選択されるウイルスである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８２】
前記疾患因子又は二次疾患因子が、マイコプラスマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）種及びクラミジア（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）種から成る群より選択される細菌である、請求項７９に記載の方法。
【請求項８３】
検出方法が直接検出方法である、請求項７９に記載の方法。
【請求項８４】
前記検出方法が、
ａ．検出オリゴヌクレオチドの少なくとも一つのセットを提供すること（検出オリゴヌクレオチドの各々のセットは、前記増幅産物内の特定標的配列に結合することができるヌクレオチド配列を有し、及びシグナル生成のための第一手段を含む。）；
ｂ．前記検出オリゴヌクレオチドを、前記第二増幅産物と接触させ、インキュベートすること；
ｃ．シグナル生成のための前記第一手段を刺激して、第一シグナルを生産すること；及び
ｄ．前記第一シグナルを検出すること
を含む、請求項７９に記載の方法。
【請求項８５】
前記第一シグナルが前記疾患因子及び二次疾患因子に特有であり、及び前記第一シグナルが前記疾患因子を特定するために使用される、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
第一シグナル生成のための前記手段が、蛍光標識、化学標識、酵素標識又は放射標識である、請求項８４に記載の方法。
【請求項８７】
第一シグナル生成のための前記手段が蛍光ミクロスフェアである、請求項８４に記載の方法。
【請求項８８】
前記方法が間接検出方法である、請求項７９に記載の方法。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００７】
多重ＰＣＲは、遺伝子座特異的プライマーの多数のセットを使用して、１つの反応で多数の生物からの標的配列の増幅を可能にする。従って、多重ＰＣＲは鑑別診断に適する。しかし、多重ＰＣＲ法には限界がある。多重ＰＣＲ法に関連する２つの主要な問題が存在する。１つは、増幅する各々の標的配列（又は遺伝子座）がそれ自体の増幅効率を有することである。遺伝子座特異的増幅効率は、プライマー標的の組成物、標的に対するプライマーの結合親和性、プライマーのプライミング効率及び反応成分の利用率を含む多数の因子によって決定される。１つの反応において多数の標的遺伝子座を一緒にすることは、選択的増幅又は一部の増幅反応の阻害を生じさせる、様々なプライマーセットの間での不適合性を導入し得る。２番目の問題は、プライマー対遺伝子座の最適比率の特定である。プライマー濃度を高く設定しすぎた場合、プライマー二量体及びバックグラウンド増幅が起こる。しかし、プライマー濃度が低すぎると、標的配列の所望指数増幅が起こらない。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２３】
第一又は第二濃縮プライマー対の少なくとも１つにおける各々のプライマーは、この５’末端にスーパープライマー結合タグをさらに含む。スーパープライマー結合タグは、標的増幅プライマー（ＲＳＰ及びＦＳＰ）の配列と同一のオリゴヌクレオチド配列である。ＴｅｍＰＣＲ工程における増幅の間に、スーパープライマー結合タグを含むプライマー対はこの相補物にコピーされて、標的配列の指数増幅を可能にする標的増幅プライマー（ＲＳＰ及びＦＳＰ）の少なくとも１つの対のための結合部位を創造する。図１Ａに示す実施態様では、第二標的富化プライマー対はスーパープライマー結合タグを含み、ＦｉはＦＳＰの配列と同一のスーパープライマー結合タグを含み、ＲｉはＲＳＰの配列と同一のスーパープライマー結合タグを含む。外側プライマーは所望するスーパープライマーオリゴヌクレオチドタグを含むことができ、操作原理は上述したのと同じである。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２６】
標的富化プライマーは標的配列の濃縮（すなわち制限増幅）のために低濃度で使用され、一方標的増幅プライマーは標的配列の指数増幅のために高濃度で使用される。増幅及び検出のために便利ないかなる標的配列も選択できるので、入れ子（ｎｅｓｔｅｄ）プライマーの配列は標的配列の側面に位置する核酸配列の性質によってのみ指令される。従って、標的富化プライマーはこれらの組成物に関して最小限の制約で設計することができる。オリゴヌクレオチドタグを含まない少なくとも１セットの入れ子プライマー（図１ＡにおけるＦｏｕｔ及びＲｏｕｔのような）の使用は、初期逆転写反応の効率を上昇させ得る。多数のセットの標的富化プライマーは、入れ子プライマーが標的配列濃縮を与えるように共同して働くためのより多くの機会と組合せを可能にすることにより、アッセイの感受性と特異性を高め得る。加えて、標的富化プライマーは低濃度で存在し、標識されておらず、標的配列の指数増幅の責任を担わないので、標的富化プライマーの設計は、標的富化プライマーの様々な組合せに関する適合性について重大な問題を生じさせない。以下で論じるように、指数増幅によって実施される。Ｔｅｍ−ＰＣＲのこの側面は、付加的な疾患因子及び二次疾患因子を検出するためのアッセイの簡単で迅速な改変を可能にする。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２８】
標的増幅プライマーの２セット以上も使用し得る。標的増幅プライマーの２セット以上を使用するときは、標的増幅プライマーの多数のセットを、これらが指数増幅段階で互いに適合性であるように選択する。言い換えると、スーパープライマーの多数のセットは、増幅された標的核酸上のスーパープライマー結合タグに結合するとき同様のＴｍを有し、同様の増幅効率を有する。１又はそれ以上の疾患因子又は二次疾患因子が異なる力価／濃度で存在するときは、多重標的増幅プライマーを使用し得る。力価に有意の差がある場合は、標的増幅プライマーの１セットだけを使用すると、高い力価の病原因子の選択的増幅が起こり得る。これは、低力価で存在する病原因子に関して偽陰性診断をもたらすことがある。標的増幅プライマーの多重セットを使用することによってこのような偏った増幅を回避し得る。１つの実施態様では、標的増幅プライマーの２−８セットを使用する。代替的実施態様では、標的増幅プライマーの２−６セットを使用する。さらにもう１つの代替的実施態様では、標的富化プライマーの２−４セットを使用する。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３０】
Ｔｅｍ−ＰＣＲ法において使用する標的富化プライマーは、入れ子プライマー適用に関して当技術分野で一般的に知られるような２段階ＰＣＲ反応では使用されない。Ｔｅｍ−ＰＣＲでは、１段階ＰＣＲ反応において標的富化プライマーを使用する。標的富化プライマー低濃度で存在するので、標的富化プライマーは、標的増幅のためではなく標的富化のために働く。標的富化プライマーの濃度は標的配列の指数増幅のためには十分でない。標的富化プライマーはまた、局所鋳型構造を明らかにするのに役立ち、これ故増幅の感受性及び／又は効率を高める。センス標的配列の指数増幅はＦＳＰ及びＲＳＰを用いて達成される。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３１】
本明細書の中で使用する、標的富化プライマーの濃度を表すために用いるときの「低濃度」は、所与の標的配列の指数増幅には十分でないが、所与の標的配列の標的富化には十分であるプライマーの濃度を意味する。この低濃度は、増幅すべき標的配列を含む核酸のヌクレオチド配列に依存して異なり得る。１つの実施態様では、標的富化プライマーの濃度は０．００２μＭ−０．２μＭ未満の範囲内である。もう１つの実施態様では、標的富化プライマーの濃度は０．００２μＭ−０．１５μＭの範囲内である。代替的実施態様では、標的富化プライマーの濃度は０．００２μＭ−０．１μＭの範囲内である。さらにもう１つの代替的実施態様では、標的富化プライマーの濃度は０．００２μＭ−０．０５μＭの範囲内である。増幅すべき標的配列を含む核酸配列の性質が、指数増幅を伴わない標的富化のために規定した範囲より低い又は高い標的富化プライマー濃度を必要とする場合は、上述した範囲の外側の他の濃度範囲も使用し得る。様々な標的富化プライマーを異なる濃度（すなわち比率）で又は同じ濃度で使用し得る。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３２】
本明細書の中で使用する、標的増幅プライマー（ＦＳＰ及びＲＳＰ）の濃度を表すために用いるときの「高濃度」は、所与の標的配列の指数増幅のために十分であるプライマーの濃度を意味する。標的増幅プライマーの濃度は０．２μＭ−２．０μＭの範囲内である。もう１つの実施態様では、標的増幅プライマーの濃度は０．２μＭ−１．０μＭの範囲内である。代替的実施態様では、標的増幅プライマーの濃度は０．２μＭ−０．８μＭの範囲内である。さらにもう１つの代替的実施態様では、標的増幅プライマーの濃度は０．２μＭ−０．４μＭの範囲内である。増幅すべき標的配列を含む核酸配列の性質が、指数増幅のために規定した範囲より低い又は高い標的増幅プライマー濃度を必要とする場合は、上述した範囲の外側の他の濃度範囲も使用し得る。スーパープライマーは異なる濃度（すなわち比率）で又は同じ濃度で使用し得る。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３３】
原則として、所与の標的配列の指数増幅を達成するために、０．２μＭの範囲のプライマー濃度が一般にプライマー濃度についての出発点として使用される。標的富化プライマー及び標的増幅プライマーは、ここで論じるように互いに対して様々な比率で使用し得る。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３４】
標的富化プライマーの２セットを使用するときの増幅工程において（図１Ａ）、標的富化プライマーの２セットは４個の可能な増幅産物を生産し、これらの各々は標的配列：Ｆｏｕｔ／Ｒｏｕｔ；Ｆｏｕｔ／Ｒｉｎ；Ｆｉｎ／Ｒｏｕｔ；及びＦｉｎ／Ｒｉｎを含む。スーパープライマー結合タグは、図１ＡにおけるＦｉｎ又はＲｉｎプライマーのような、スーパープライマー結合タグを含む標的富化プライマーを用いて増幅される増幅産物に組み込まれる。しかし、スーパープライマー結合タグは標的増幅プライマーの配列と同一であるので、スーパープライマー結合タグは、この時点では標的増幅プライマーによる指数増幅のために有用でない。スーパープライマー結合部位を作製するためには、スーパープライマー結合タグを含む増幅産物を１回目の増幅とは反対の方向で２回目の増幅をしなければならない。多重増幅プロトコール（以下で述べる）は、増幅産物へのスーパープライマー結合タグの組込みを可能にする多段階手順を利用する。これらの段階を標的富化工程及び選択的増幅工程と称する。標的富化工程は、それ自体で又は選択的増幅工程と組み合わせて使用し得る。標的富化及び選択的増幅工程は、低濃度の標的富化プライマーが標的富化のためにこれらプライマーのハイブリダイゼーション標的にハイブリダイズするのに必要な条件を与えるように最適化される。これらの工程は、標的増幅プライマーによって実施される指数増幅手順のための基礎として役立つ十分な増幅産物を生産する。したがって、使用する低濃度において、標的富化プライマーは、スーパープライマー結合タグがその中に組み込まれた標的特異的配列を生産する。これらのスーパープライマー結合タグは、標的配列の指数増幅のために標的増幅プライマーが使用するためのスーパープライマー結合配列を生産する。生じた増幅された標的配列は、以下で述べるような標的特異的レポーターオリゴヌクレオチド（検出オリゴヌクレオチドとも称される。）を用いて検出することができる。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３５】
Ｔｅｍ−ＰＣＲ増幅手順の結果は、標的富化プライマーによる標的配列の特異的濃縮、及び続く、スーパープライマー結合タグを含む増幅産物をコピーすることによって提供されるスーパープライマー結合部位を利用した標的増幅プライマーによる標的配列の指数増幅である。標的配列の各々の指数増幅は、標的増幅プライマーの１又はそれ以上のセットによって実施されるので、増幅条件は、標的増幅プライマーだけを考慮して標準化し、最適化することができる。従って、現在当技術分野で公知の多重増幅法の場合のように、指数増幅反応条件の不適合性を懸念する必要はない。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４３】
上述したように、標的増幅プライマーは各々の標的配列の指数増幅のために使用する。標的増幅プライマーの配列は、これらがいかなる公知のＧｅｎＢａｎｋ配列とも明らかな相同性を共有しないように選択する。加えて、標的増幅プライマーの配列は、効率的な増幅反応を与えるために増幅産物内のスーパープライマー結合部位への結合に関して比肩し得るＴｍを共有するように選択する。最後に、標的増幅プライマーの配列は、熱安定性ＤＮＡポリメラーゼに関するプライミング能力が、増幅すべき各々の標的配列に特異的な標的富化プライマーを上回るように選択し得る。
【誤訳訂正１３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４５】
工程（ｉ）は、疾患因子及び／又は二次疾患因子の核酸がＤＮＡではない場合に逆転写反応が起こることを可能にする。工程（ｉｉ）は、ＰＣＲ酵素機能を活性化させる。この手法は、より低い温度（５０℃）ではＰＣＲ酵素機能は逆転写反応を実施することのみ適格であるが、高温ではＰＣＲ酵素機能がポリメラーゼ機能を果たすことができる、「ホットスタート」ＰＣＲとして知られている。ポリメラーゼ機能の阻害を解除するためにＰＣＲ酵素機能のインキュベーションが必要である。工程（ｉｉｉ）の第一増幅は、標的富化プライマーがこれらの標的にハイブリダイズして、標的富化工程をプライムするように設計する。明白であるように、標的富化プライマーがこれらの標的にハイブリダイズするための付加的な時間が必要である（工程（ｉｖ）の５０−５５℃、１５秒間と比較して５０−５５℃で２．５分間）。標的富化プライマーはより低温で使用するので、より長い時間を用いる。工程（ｉｖ）の標的増幅反応は、標的増幅プライマーを使用する（より高濃度で）指数増幅相である。標的増幅プライマーは高濃度で存在するので、標的増幅プライマーと標的の間で長いハイブリダイゼーション時間は必要としない。工程（ｖ）は、完全な二本鎖増幅産物を生産するための最終延長工程である。工程（ｖ）は随意であり、必ずしも含める必要はない。
【誤訳訂正１４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４７】
この実施態様において、様々な工程の目的は上述した通りである。しかし、第一増幅反応は、最終的にスーパープライマー結合部位を含む増幅産物を生じさせる、スーパープライマー結合タグを組み込んだ増幅産物の生産を上昇させるために加えられた付加的な３段階サイクリング工程を含む。付加される３段階サイクリング工程では、ハイブリダイゼーション温度を７０−７２℃に上昇させる（工程（ｉｉｉ）の５０−５５℃に比較して）。ハイブリダイゼーション時間も、低濃度の標的富化プライマーがこれらの標的にハイブリダイズする機会を与えるために上述したように上昇させる。この高いハイブリダイゼーション温度は、一定の長さの標的富化プライマーだけがこれらの標的にハイブリダイズするのに十分なだけ安定であることを許容する。この実施態様では、Ｆｏｕｔ及びＲｏｕｔプライマーは２０ヌクレオチド以下の長さを持つように選択され、一方Ｆｉｎ及びＲｉｎプライマー（この実施態様ではスーパープライマー結合タグを含む）は少なくとも３０−４０ヌクレオチドの長さである。従って、Ｆｏｕｔ及びＲｏｕｔプライマーは７０−７２℃で熱安定ではなく、これらが標的にハイブリダイズしないことを意味する。しかし、Ｆｉｎ及びＲｉｎプライマーがより長いことは、これらのプライマーが７０−７２℃で熱安定であり、標的にハイブリダイズすることを確実にする。この選択的増幅工程では、Ｆｉｎ及びＲｉｎプライマーは、増幅によって創造された増幅産物の初期セット中の相補的配列に、これらの長さ全体（４０ヌクレオチド）に沿って、Ｆｉｎ及びＲｉｎプライマーを組み込んだ初期増幅産物の反対方向にハイブリダイズする。標的富化工程において、Ｆｉｎ及びＲｉｎプライマーは、工程（ｖ）において指数増幅の量を上昇させる、スーパープライマー結合タグを含む高い量の増幅産物を生産する。従って、工程（ｉｖ）は、スーパープライマー結合タグを含む増幅産物を生産する方向に偏った選択的増幅工程である。この選択的増幅は、より高いＧＣ含量を構築する必要なしに又は熱安定性を高めるための修飾ヌクレオチドを使用する必要なしに実施される。次に、工程（ｉｖ）の増幅産物を上述した指数増幅に供する。