【手続補正書】
【提出日】平成19年4月24日(2007.4.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌と診断された被験体の、化学療法に対する応答を予測することを補助するための方法であって、以下：
該被検体から得られた癌細胞を含む生物学的サンプルにおいて、１つ以上の予後診断用ＲＮＡ転写物またはそれらの発現産物の発現レベルを決定する工程であって、ここで該予後診断用ＲＮＡ転写物が、以下：
【化１】
2007507222.tif 000001
からなる群より選択される１つ以上の遺伝子の転写物であり、ここで、
（ａ）以下の１つ以上：
【化２】
2007507222.tif 000002
またはその対応する発現産物の、あらゆる単位の発現の増加に対して、該被検体が、増大した応答の可能性を有すると予測され；そして
（ｂ）以下の１つ以上：
【化３】
2007507222.tif 000003
またはその対応する発現産物の、あらゆる単位の発現の増加に対して、該被検体が、低下した応答の可能性を有すると予測される
工程を包含する、方法。
【請求項２】
前記応答が臨床応答である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
請求項２に記載の方法であって、前記予後診断用ＲＮＡ転写物が、以下：
【化４】
2007507222.tif 000004
からなる群より選択される１つ以上の遺伝子の転写物であり、ここで：
（ａ）以下の１つ以上：
【化５】
2007507222.tif 000005
またはその対応する発現産物の、あらゆる単位の発現の増加に対して、前記被検体が、増大した応答の可能性を有すると予測され；そして
（ｂ）以下の１つ以上：
【化６】
2007507222.tif 000006
またはその対応する発現産物の、あらゆる単位の発現の増加に対して、前記被検体が、低下した応答の可能性を有すると予測される、
方法。
【請求項４】
前記応答が病原性応答である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、前記予後診断用ＲＮＡ転写物が、以下：
【化７】
2007507222.tif 000007
からなる群より選択される１つ以上の遺伝子の転写物であり；そして
（ａ）以下の１つ以上：
【化８】
2007507222.tif 000008
またはその対応する発現産物の、あらゆる単位の発現の増加に対して、前記被検体が、増大した応答の可能性を有すると予測され；そして
（ｂ）以下の１つ以上：
【化９】
2007507222.tif 000009
またはその対応する発現産物の、あらゆる単位の発現の増加に対して、前記被検体が、低下した応答の可能性を有すると予測される、
方法。
【請求項６】
前記被検体がヒトの患者である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記癌が、乳癌、卵巣癌、胃癌、結腸直腸癌、前立腺癌、膵臓癌、および肺癌からなる群より選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記癌が乳癌である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記癌が浸潤性乳癌である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記癌が、病期ＩＩ期または病期ＩＩＩ期の乳癌である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記化学療法が新補助化学療法である、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記化学療法が、投与に適切なタキサン誘導体を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１３】
前記タキサンが、ドセタキセルまたはパクリタキセルである、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記タキサンがドセタキセルである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記化学療法が、投与に適切なアントラサイクリン誘導体を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１６】
前記アントラサイクリン誘導体がドキソルビシンである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記化学療法が、投与に適切なトポイソメラーゼインヒビターを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１８】
前記トポイソメラーゼインヒビターが、カンプトテシン、トポテカン、イリノテカン、２０−Ｓ−カンプトテシン、９−ニトロ−カンプトテシン、９−アミノ−カンプトテシン、およびＧＩ１４７２１１からなる群より選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記化学療法が、投与に適切な少なくとも２つの化学療法剤を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項２０】
前記化学療法剤が、タキサン誘導体、アントラサイクリン誘導体およびトポイソメラーゼインヒビターからなる群より選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも２つの前記予後診断用転写物、またはそれらの発現産物の発現レベルを決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
少なくとも５つの前記予後診断用転写物またはそれらの発現産物の発現レベルを決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
全ての前記予後診断用転写物またはそれらの発現産物の発現レベルを決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記生物学的サンプルが、癌細胞を含有する組織サンプルである、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記組織が、固定されて、パラフィン包理されているか、または新鮮であるか、または凍結している、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記組織が、細針生検、コア生検、または他の型の生検由来である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記組織サンプルが、微細針吸引、気管支洗浄、または経気管支生検によって得られる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記予後診断用ＲＮＡ転写物の発現レベルが、ＲＴ−ＰＣＲによって決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記発現産物の発現レベルが、免疫組織化学によって決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
前記発現産物の発現レベルが、プロテオミクス技術によって決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
前記予後診断用ＲＮＡ転写物またはそれらの発現産物の測定のためのアッセイが、キットの形態で提供される、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
アレイであって、固体表面上に固定化された以下の遺伝子：
【化１０】
2007507222.tif 000010
の１つ以上にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、アレイ。
【請求項３３】
複数の前記遺伝子にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項３２に記載のアレイ。
【請求項３４】
アレイであって、固体表面上に固定化された以下の遺伝子：
【化１１】
2007507222.tif 000011
の１つ以上にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、アレイ。
【請求項３５】
複数の前記遺伝子にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項３４に記載のアレイ。
【請求項３６】
アレイであって、固体表面上に固定化された以下の遺伝子：
【化１２】
2007507222.tif 000012
の１つ以上にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、アレイ。
【請求項３７】
複数の前記遺伝子にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項３６に記載のアレイ。
【請求項３８】
前記ポリヌクレオチドがｃＤＮＡである、請求項３２、３４、または３６のいずれか１項に記載のアレイ。
【請求項３９】
前記ポリヌクレオチドがオリゴヌクレオチドである、請求項３２、３４、または３６のいずれか１項に記載のアレイ。
【請求項４０】
少なくとも５つの前記ポリヌクレオチドを含む、請求項３２、３４、または３６のいずれか１項に記載のアレイ。
【請求項４１】
少なくとも１０個の前期ポリヌクレオチドを含む、請求項３２、３４、または３６のいずれか１項に記載のアレイ。
【請求項４２】
少なくとも１５個の前期ポリヌクレオチドを含む、請求項３２、３４、または３６のいずれか１項に記載のアレイ。
【請求項４３】
全ての前記遺伝子の全てとハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項３２、３４、または３６のいずれか１項に記載のアレイ。
【請求項４４】
同一遺伝子にハイブリダイズする２つ以上のポリヌクレオチドを含む、請求項３２、３４、または３６のいずれか１項に記載のアレイ。
【請求項４５】
少なくとも１つの前記ポリヌクレオチドが、対応するエキソン配列の発現に相関して発現するイントロンベースの配列を含む、請求項３２、３４、または３６のいずれか１項に記載のアレイ。
【請求項４６】
患者についての個人化されたゲノムプロフィールを作成する方法であって、以下の工程：
（ａ）該患者から得られた癌細胞から抽出されたＲＮＡを遺伝子発現分析に供する工程；
（ｂ）以下：
【化１３】
2007507222.tif 000013
からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルを決定する工程であって、ここで該発現レベルは、対照遺伝子に対して正規化され、そして必要に応じて、対応する癌参照組織セットにおいて見出された量と比較される、工程；そして
（ｃ）該遺伝子発現分析によって得られたデータをまとめた報告を作成する工程
を包含する、方法。
【請求項４７】
前記癌細胞が固形腫瘍から得られる、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記固形腫瘍が、乳癌、卵巣癌、胃癌、結腸直腸癌、膵臓癌、および肺癌からなる群より選択される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記癌細胞が、固定され、パラフィン包理された前期腫瘍の生検サンプルから得られる、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記ＲＮＡが断片化されている、請求項４６に記載の方法。
【請求項５１】
前記データが、前記患者に対する処置様式における推奨を提供することが意図される、請求項４６に記載の方法。
【請求項５２】
請求項５１に記載の方法であって、ここで以下の１つ以上：
【化１４】
2007507222.tif 000014
またはその対応する発現産物のうちの発現の増加が決定された場合に、前記データが、前記被検体が化学療法に対して増大した応答の可能性を有するという予測を提供することが意図される、方法。
【請求項５３】
前記患者が化学療法剤で処置されることが意図される、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記患者が、補助的化学療法に供されることが意図される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記患者が、新補助化学療法に供されることが意図される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
前記新補助化学療法が、投与に適切なタキサン誘導体を含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記タキサンが、ドセタキセルまたはパクリタキセルである、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記化学療法が、投与に適切な付加的な抗癌剤をさらに含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５９】
前記付加的な抗癌剤が、アントラサイクリン系の抗癌剤の一種である、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記付加的な抗癌剤がドキソルビシンである、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記付加的な抗癌剤がトポイソメラーゼインヒビターである、請求項５８に記載の方法。
【請求項６２】
請求項５１に記載の方法であって、ここで以下の１つ以上：
【化１５】
2007507222.tif 000015
またはその対応する発現産物の発現の増加が決定された場合に、前記報告が、前記被検体が化学療法に対して低下した応答の可能性を有するという予測を含む、方法。
【請求項６３】
表３に列挙されるＰＣＲプライマー−プローブセット。
【請求項６４】
表４に列挙されるＰＣＲアンプリコン。