【手続補正書】
【提出日】平成19年4月27日(2007.4.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドが、以下：
（ａ）ヌクレオチド残基番号８４６〜３９１１の配列番号２の配列を含むポリヌクレオチド；
（ｂ）ヌクレオチド残基番号５０３〜３６６７の配列番号４の配列を含むポリヌクレオチド；
（ｃ）ヌクレオチド残基番号８４６〜４８８９の配列番号６の配列を含むポリヌクレオチド；
（ｄ）ヌクレオチド残基番号８４６〜４７７８の配列番号８の配列を含むポリヌクレオチド；
（ｅ）ヌクレオチド残基番号８４６〜４７７８の配列番号１０の配列を含むポリヌクレオチド；
（ｆ）ヌクレオチド残基番号６１４〜３７２７の配列番号１２の配列を含むポリヌクレオチド；
（ｇ）ヌクレオチド残基番号７３５〜３８８１の配列番号１４の配列を含むポリヌクレオチド；
（ｈ）ヌクレオチド残基番号７３５〜４７５７の配列番号１６の配列を含むポリヌクレオチド；
（ｉ）ヌクレオチド残基番号５１４〜３６２７の配列番号１８の配列を含むポリヌクレオチド；および
（ｊ）ＴがＵでもあり得る、（ａ）〜（ｉ）のうちのいずれか１つのポリヌクレオチド、
からなる群より選択される、ポリヌクレオチド。
【請求項２】
請求項１の（ａ）〜（ｉ）のいずれか１つのポリヌクレオチドに完全に相補的な、ポリヌクレオチド。
【請求項３】
配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７または１９に示されるポリペプチド配列をコードする、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む、組換え発現ベクター。
【請求項５】
請求項４に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項６】
１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質の産生に十分な条件下で、請求項５に記載の宿主細胞を培養する工程を包含する、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７または１９）を産生するためのプロセス。
【請求項７】
そのように産生された１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質を回収する工程をさらに包含する、請求項６に記載のプロセス。
【請求項８】
前記タンパク質が、クロマトグラフィーを使用して回収される、請求項７に記載のプロセス。
【請求項９】
請求項６〜８のいずれか一項に記載のプロセスによって産生された、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質。
【請求項１０】
薬学的に受容可能なキャリアおよび請求項９に記載のタンパク質を含む、組成物。
【請求項１１】
前記１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質が、配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７または１９を含む、単離された１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質。
【請求項１２】
１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７または１９）上のエピトープに免疫特異的に結合する、抗体またはそのフラグメント。
【請求項１３】
モノクローナルである、請求項１２に記載の抗体またはそのフラグメント。
【請求項１４】
請求項１３に記載の抗体を産生する、ハイブリドーマ。
【請求項１５】
前記モノクローナル抗体が組換えタンパク質である、請求項１３に記載の抗体またはそのフラグメント。
【請求項１６】
単鎖モノクローナル抗体である、請求項１５に記載の抗体またはそのフラグメント。
【請求項１７】
請求項１２、１３、１５または１６のいずれか一項に記載の抗体またはそのフラグメントであって、該フラグメントが、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆｖフラグメント、またはＳｆｖフラグメントである、抗体またはそのフラグメント。
【請求項１８】
ヒト抗体である、請求項１２に記載の抗体またはそのフラグメント。
【請求項１９】
因子で標識されている、請求項１２、１３、１５、１６、１７または１８のいずれか一項に記載の抗体またはそのフラグメント。
【請求項２０】
請求項１９に記載の抗体またはそのフラグメントであって、前記細胞傷害剤が、放射性同位体、化学治療剤および毒素からなる群より選択される、抗体またはそのフラグメント。
【請求項２１】
請求項２０に記載の抗体またはそのフラグメントであって、前記放射性同位体が、２１１Ａｔ、１３１Ｉ、１２５Ｉ、９０Ｙ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、１５３Ｓｍ、２１２Ｂｉ、３２ＰおよびＬｕの放射性同位体からなる群より選択される、抗体またはそのフラグメント。
【請求項２２】
請求項２０に記載の抗体またはそのフラグメントであって、前記化学治療剤が、タキソール、アクチノマイシン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ゲロニン、およびカリケアマイシンからなる群より選択される、抗体またはそのフラグメント。
【請求項２３】
請求項２０に記載の抗体またはそのフラグメントであって、前記毒素が、ジフテリア毒素、エノマイシン、フェノマイシン、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素（ＰＥ）Ａ、ＰＥ４０、アブリン、アブリンＡ鎖、マイトゲリン、モデシンＡ鎖、およびα−サルシンからなる群より選択される、抗体またはそのフラグメント。
【請求項２４】
請求項１２、１３、および１５〜２３のいずれか一項に記載の抗体またはそのフラグメントであって、該抗体またはそのフラグメントが、薬学的に受容可能なキャリアをさらに含む、抗体またはそのフラグメント。
【請求項２５】
請求項１５または１６に記載のモノクローナル抗体をコードするポリヌクレオチドを含む、ベクター。
【請求項２６】
試験サンプル内の１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）またはポリヌクレオチド（配列番号２）の存在を検出するためのインビトロの方法であって、以下：
該サンプルを、それぞれ１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質またはポリヌクレオチドに特異的に結合する、抗体またはポリヌクレオチドそれぞれと接触させる工程；および
それらに対する該サンプル中の１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質またはポリヌクレオチドそれぞれの結合を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項２７】
前記ポリヌクレオチドがｍＲＮＡである、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記ポリヌクレオチドが、逆転写によって該サンプルから産生されるｃＤＮＡである、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
請求項２６〜２８のいずれか一項に記載の方法であって、前記検出する工程が、対応する正常なサンプル中の１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質またはポリヌクレオチドの存在に対して、該１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質またはポリヌクレオチドに特異的に結合する抗体またはポリヌクレオチドの結合の量を比較する工程を包含する、方法。
【請求項３０】
請求項２９に記載の方法であって、前記正常な組織サンプルと比較して増加した試験サンプル中の１０９Ｐ１Ｄ４ポリヌクレオチドまたはタンパク質の存在は、癌の存在の指標を提供する、方法。
【請求項３１】
請求項３０に記載の方法であって、前記癌が、白血病、ならびに前立腺、精巣、腎臓、脳、骨、皮膚、卵巣、胸、膵臓、結腸、および肺の癌からなる群より選択され、前記試験サンプルおよび正常な組織サンプルが、血清、血液または尿、ならびに前立腺、精巣、腎臓、脳、骨、皮膚、卵巣、胸、膵臓、結腸、および肺の組織からなる群より選択される、方法。
【請求項３２】
１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）を発現する細胞の増殖を阻害するインビトロの方法であって、有効量の請求項１２、１３、または１５〜２４のいずれか一項に記載の抗体を該細胞に提供し、それによって、該細胞の増殖が阻害される、方法。
【請求項３３】
細胞傷害剤を１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）を発現する細胞に送達するインビトロの方法であって、有効量の請求項１９〜２４のいずれか一項に記載の抗体を該細胞に提供する工程を包含する、方法。
【請求項３４】
１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）に対する免疫応答を誘導する方法であって、該方法が、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質エピトープを提供する工程；該エピトープを免疫系Ｔ細胞またはＢ細胞と接触させ、これによって、該免疫系Ｔ細胞またはＢ細胞が誘導する工程を包含する、方法。
【請求項３５】
請求項３４に記載の方法であって、前記免疫系細胞が、Ｂ細胞であり、それによって、該誘導されるＢ細胞が、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質に特異的に結合する抗体を産生する、方法。
【請求項３６】
請求項３４に記載の方法であって、前記免疫系細胞が、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）であるＴ細胞であり、それによって、該活性化ＣＴＬが、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質を発現する自己細胞を殺傷する、方法。
【請求項３７】
請求項３４に記載の方法であって、前記免疫系細胞が、ヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ）であるＴ細胞であり、それによって、該活性化ＨＴＬが、ＣＴＬの細胞傷害活性を促進するサイトカインまたはＢ細胞の活性を生じる抗体を分泌する、方法。
【請求項３８】
被験体における免疫応答を誘導するための医薬の調製のための、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）エピトープの使用。
【請求項３９】
請求項３８に記載の使用であって、前記免疫応答が、Ｂ細胞の活性化を含み、該活性化Ｂ細胞が、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）に特異的に結合する抗体を産生する、使用。
【請求項４０】
請求項３８に記載の使用であって、前記免疫応答が、Ｔ細胞の活性化を含み、該活性化Ｔ細胞が、活性化された場合に、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）を発現する自己細胞を殺傷する細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）である、使用。
【請求項４１】
請求項３８に記載の使用であって、前記免疫応答が、Ｔ細胞の活性化を含み、該活性化Ｔ細胞が、活性化された場合に、ＣＴＬの細胞傷害活性を促進するサイトカインまたはＢ細胞の活性を生じる抗体を分泌するヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ）である、使用。
【請求項４２】
１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）を発現する細胞に因子を送達する医薬の調製のための、抗体の使用であって、該抗体が、請求項１９〜２４のいずれか一項に記載の抗体を含む、使用。
【請求項４３】
１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）を発現する細胞の増殖を阻害する医薬の調製のための、有効量の請求項１２、１３、または１５〜２４のいずれか一項に記載の抗体の使用。
【請求項４４】
１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）を含む、被験体における免疫応答を誘導するための組成物。
【請求項４５】
請求項４４に記載の組成物であって、前記免疫応答が、Ｂ細胞の活性化を含み、該活性化Ｂ細胞が、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）に特異的に結合する抗体を産生する、組成物。
【請求項４６】
請求項４４に記載の組成物であって、前記免疫応答が、Ｔ細胞の活性化を含み、該活性化Ｔ細胞が、活性化された場合に、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）を発現する自己細胞を殺傷する細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）である、組成物。
【請求項４７】
請求項４４に記載の組成物であって、前記免疫応答が、Ｔ細胞の活性化を含み、該活性化Ｔ細胞が、活性化された場合に、ＣＴＬの細胞傷害活性を促進するサイトカインまたはＢ細胞の活性を生じる抗体を分泌するヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ）である、組成物。
【請求項４８】
請求項１９〜２４のいずれか一項に記載の抗体を含む、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）を発現する細胞に因子を送達するための、組成物。
【請求項４９】
請求項１２、１３、または１５〜２４のいずれか一項に記載の抗体を含む、１０９Ｐ１Ｄ４タンパク質（配列番号３）を発現する細胞の増殖を阻害するための、組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４２３】
全長遺伝子およびＥＳＴ配列を用いて、８つの転写改変体を同定し、１０９Ｐ１４Ｄ  ｖ．２、ｖ．３、ｖ．４、ｖ．５、ｖ．６、ｖ．７、ｖ．８およびｖ．９と表した。元の転写物中のエキソンの境界である１０９Ｐ１Ｄ４  ｖ．１を表ＬＩに示した。１０９１Ｄ４  ｖ．１と比較して、転写改変体１０９Ｐ１Ｄ４  ｖ．３は、改変体１０９Ｐ１Ｄ４  ｖ．１から２０６９〜２３９５がスプライシングされている。１０９Ｐ１Ｄ４  ｖ．５は、１つのエキソンが改変体１０９Ｐ１Ｄ４  ｖ．１の５’に付加し、１０９Ｐ１Ｄ４  ｖ．１の５’末端へ２ｂｐ伸長し、そして１０９Ｐ１Ｄ４  ｖ．１の３’末端へ２８８ｂｐ伸長した。理論上は、空間的規則におけるエキソンの各々異なる組み合わせ（例えば、ｖ．５のエキソン１とｖ．３もしくはｖ．４のエキソン１およびエキソン２）は、潜在的なスプライス改変体である。