【手続補正書】
【提出日】平成19年2月27日(2007.2.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含む単離されたポリペプチドであって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、以下：
（ａ）配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または前述のポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項２】  請求項１に記載のポリペプチドであって、ここで該ポリペプチドが、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項３】  請求項１に記載のポリペプチドの少なくとも５つのアミノ酸残基をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリペプチドが、卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含み、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示される配列を有するポリヌクレオチド配列または前述のポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】  前記ポリヌクレオチドが、前記ポリペプチドの免疫原性部分をコードする、請求項３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項５】  請求項３または４に記載のポリヌクレオチドに相補的な、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】  請求項３〜請求項５のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
【請求項７】  請求項６に記載の発現ベクターで形質転換されたか、またはトランスフェクトされた、宿主細胞。
【請求項８】  請求項１または２に記載のポリペプチドを生理学的に受容可能なキャリアと組み合わせて含有する、薬学的組成物。
【請求項９】  請求項１に記載のポリペプチドを非特異的免疫応答エンハンサーと組み合わせて含む、ワクチン。
【請求項１０】  請求項８に記載の薬学的組成物または請求項９に記載のワクチンであって、ここで前記ポリペプチドが、配列番号３９１に示される配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を含む、薬学的組成物またはワクチン。
【請求項１１】  薬学的組成物であって、以下：
（ａ）卵巣腫瘍ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含み、ここで該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または前述のポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸を含有する、ポリヌクレオチド；ならびに生理学的に受容可能なキャリア、を含む、薬学的組成物。
【請求項１２】  請求項３または４に記載のポリヌクレオチドあるいは請求項１１に記載の薬学的組成物であって、ここで前記ポリヌクレオチドが、配列番号３９１に示される配列または前述の配列の相補体を含む、ポリヌクレオチドまたは薬学的組成物。
【請求項１３】  ワクチンであって、以下：
（ａ）卵巣腫瘍ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含み、ここで該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または前述のポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸を含有する、ポリヌクレオチド；および
（ｂ）非特異的免疫応答エンハンサー
を含む、ワクチン。
【請求項１４】  前記ポリヌクレオチドが、配列番号３９１に示される配列を含む、請求項１３に記載のワクチン。
【請求項１５】  薬学的組成物であって、以下：
（ａ）卵巣癌腫タンパク質に特異的に結合する抗体であって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、抗体、ならびに
（ｂ）生理学的に受容可能なキャリア
を含有する、薬学的組成物。
【請求項１６】  患者における卵巣癌の発達を阻害するための方法であって、該方法が、以下：
（ａ）卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含む卵巣癌腫ポリペプチドであって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、卵巣癌腫ポリペプチド；および
（ｂ）（ａ）に列挙されるようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；ならびに
（ｃ）配列番号３９１に示されるまたは該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む卵巣癌腫タンパク質に特異的に結合する抗体；
からなる群より選択される、薬剤。
【請求項１７】  前記薬剤が、請求項８、１１または１５のいずれか１項に記載の薬学的組成物、あるいは請求項９、１３または１４のいずれか１項に記載のワクチンの中に存在する、請求項１６に記載の薬剤。
【請求項１８】  請求項１または２に記載のポリペプチドを少なくとも１つ含む、融合タンパク質。
【請求項１９】  請求項１８に記載の融合タンパク質をコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項２０】  請求項１８に記載の融合タンパク質または請求項１９に記載のポリヌクレオチドを生理学的に受容可能なキャリアと組み合わせて含有する、薬学的組成物。
【請求項２１】  請求項１８に記載の融合タンパク質または請求項１９に記載のポリヌクレオチドを非特異的な免疫応答エンハンサーと組み合わせて含む、ワクチン。
【請求項２２】  薬学的組成物であって、以下：
（ａ）卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含む卵巣癌腫ポリペプチドを発現する抗原提示細胞であって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、抗原提示細胞、ならびに；
（ｂ）薬学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤；
を含む、薬学的組成物。
【請求項２３】  ワクチンであって、以下：
（ａ）卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含む卵巣癌腫ポリペプチドを発現する抗原提示細胞であって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、抗原提示細胞；ならびに
（ｂ）非特異的な免疫応答エンハンサー；
を含む、ワクチン。
【請求項２４】  ワクチンであって、以下：
（ａ）抗イディオタイプ抗体またはその抗原結合フラグメントであって、該抗原結合フラグメントが、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む卵巣癌腫タンパク質に特異的に結合する抗体によって特異的に結合する、抗イディオタイプ抗体またはその抗体結合フラグメント；ならびに
（ｂ）非特異的免疫応答エンハンサー
を含む、ワクチン。
【請求項２５】  前記免疫応答エンハンサーがアジュバントである、請求項２３または請求項２４に記載のワクチン。
【請求項２６】  薬学的組成物であって、以下：
（ａ）卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含む卵巣癌腫ポリペプチドと特異的に反応するＴ細胞であって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、Ｔ細胞；ならびに
（ｂ）生理学的に受容可能なキャリア；
を含む、薬学的組成物。
【請求項２７】  ワクチンであって、以下：
（ａ）卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含む卵巣癌腫ポリペプチドと特異的に反応するＴ細胞であって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、Ｔ細胞；ならびに
（ｂ）非特異的な免疫応答エンハンサー；
を含む、ワクチン。
【請求項２８】  患者における卵巣癌の発達を阻害するための方法において使用するための、請求項２０もしくは２２に記載の薬学的組成物、または請求項２１、２３、２４もしくは２７のいずれか１項に記載のワクチン。
【請求項２９】  Ｔ細胞を刺激および／または拡大するためのエキソビボで行われる方法であって、該方法は、Ｔ細胞を、以下：
（ａ）卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含む卵巣癌腫ポリペプチドであって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、卵巣癌腫ポリペプチド；
（ｂ）該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；ならびに／または
（ｃ）Ｔ細胞の刺激および／または拡大を可能にするのに十分な条件下および時間において、該ポリペプチドを発現する抗原提示細胞；
と接触させる工程を包含する、方法。
【請求項３０】  前記Ｔ細胞が、拡大の前にクローン化される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】  哺乳動物においてＴ細胞を刺激および／または拡大するための方法において使用するための薬学的組成物またはワクチンであって：
（ａ）１つ以上の、以下：
（ｉ）卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含む卵巣癌腫ポリペプチドであって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、卵巣癌腫ポリペプチド；
（ｉｉ）卵巣癌腫ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；あるいは
（ｉｉｉ）卵巣癌腫ポリペプチドを発現する抗原提示細胞；ならびに
（ｂ）生理学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤、あるいは非特異的免疫応答エンハンサー、
を含有する薬学的組成物またはワクチン。
【請求項３２】  Ｔ細胞を調製するための方法であって、該方法が、以下の工程：
（ａ）Ｔ細胞を増殖するように、患者から単離されたＣＤ４+Ｔ細胞を、以下：
（ｉ）卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含む卵巣癌腫ポリペプチドであって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、卵巣癌腫ポリペプチド；
（ｉｉ）卵巣癌腫ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；または
（ｉｉｉ）卵巣癌腫ポリペプチドを発現する抗原提示細胞；
のうちの１つ以上とインキュベートする工程、
を包含する、方法。
【請求項３３】  増殖したＴ細胞のうちの１つ以上をクローニングする工程をさらに包含する、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】  患者における卵巣癌の発達を阻害するための方法において使用するためのＴ細胞であって、ここで該Ｔ細胞は、請求項３２もしくは３３に記載の方法によって、または哺乳動物に、
（ａ）以下：
（ｉ）卵巣癌腫タンパク質の少なくとも免疫原性部分または抗原特異的な抗血清と反応するための改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換、欠失、付加および／もしくは挿入において異なるその改変体を含む卵巣癌腫ポリペプチドであって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、卵巣癌腫ポリペプチド；
（ｉｉ）卵巣癌腫ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；または
（ｉｉｉ）卵巣癌腫ポリペプチドを発現する抗原提示細胞；
のうちの１つ以上；および
（ｂ）非特異的免疫応答エンハンサー、
を含む薬学的組成物またはワクチンを投与する工程を包含する方法によって得ることができ、それによって、該哺乳動物におけるＴ細胞を刺激および／または拡大する、Ｔ細胞。
【請求項３５】  患者における癌の存在または非存在を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを卵巣癌腫タンパク質に結合する結合剤と接触させる工程であって、ここで該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含有する、工程；
（ｂ）該サンプルにおいて、該結合剤と結合するポリペプチドの量を検出する工程；ならびに
（ｃ）予め決定されたカットオフ値に対するポリペプチドの量を比較し、そしてそれから該患者中の癌の該存在または該非存在を決定する工程；
を包含する、方法。
【請求項３６】  患者における癌の進行をモニタリングするための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）最初の時点に患者から得られた生物学的サンプルを卵巣癌腫タンパク質に結合する結合剤と接触させる工程であって、ここで該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；
（ｂ）該サンプルにおいて該結合剤と結合するポリペプチドの量を検出する工程；
（ｃ）後の時点に該患者から得られた生物学的サンプルを用いて工程（ａ）および工程（ｂ）を繰り返す工程；ならびに
（ｄ）工程（ｃ）で検出されたポリペプチドの量を工程（ｂ）で検出された量と比較し、そしてそれから該患者におけるの該癌の進行をモニタリングする工程；
を包含する、方法。
【請求項３７】  前記結合剤が抗体であり、好ましくは、モノクローナル抗体である、請求項３５または３６に記載の方法。
【請求項３８】  前記癌が卵巣癌である、請求項３５〜３７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】  患者における癌の存在または非存在を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを卵巣癌腫タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；
（ｂ）該サンプルにおいて該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を検出する工程；ならびに
（ｃ）予め決定されたカットオフ値に対して該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドの量を比較し、そしてそれから該患者における癌の該存在または該非存在を決定する工程；
を包含する、方法。
【請求項４０】  患者における癌の進行をモニタリングするための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを卵巣癌腫タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させる工程であって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程；
（ｂ）該サンプルにおいて、該オリゴヌクレオチドとハイブリダイズするポリペプチドの量を検出する工程；
（ｃ）後の時点に該患者から得られた生物学的サンプルを用いて工程（ａ）および工程（ｂ）を繰り返す工程；ならびに
（ｄ）工程（ｃ）で検出された該ポリヌクレオチドの量を工程（ｂ）で検出された該量と比較し、そしてそれから該患者におけるの該癌の進行をモニタリングする工程；
を包含する、方法。
【請求項４１】  前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする前記ポリヌクレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応またはハイブリダイゼーションアッセイを用いて決定される、請求項３９または４０に記載の方法。
【請求項４２】  診断用のキットであって、以下：
（ａ）１つ以上の抗体あるいは配列番号３９１に示されるポリヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む卵巣癌腫タンパク質に特異的に結合するその抗原結合フラグメント；ならびに
（ｂ）レポーター基を含む検出試薬；
を含む、診断用のキット。
【請求項４３】  前記抗体が、固体支持体上で固定され、好ましくは該固体支持体は、ニトロセルロース、ラテックスまたはプラスチック材料を含む、請求項４２に記載のキット。
【請求項４４】  前記検出試薬が、抗免疫グロブリン、プロテインＧ、プロテインＡまたはレクチンを含む、請求項４２または４３に記載のキット。
【請求項４５】  前記レポーター基が、放射性同位体、蛍光基、発光基、酵素、ビオチンおよび色素粒子からなる群より選択される、請求項４２〜４４のいずれか１項に記載のキット。
【請求項４６】  診断用のキットであって、以下：
（ａ）中程度にストリンジェントな条件下で卵巣癌腫タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズする１０〜４０ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであって、ここで、該卵巣癌腫タンパク質が、配列番号３９１に示されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチドの相補体によってコードされるアミノ酸配列を含む、オリゴヌクレオチド；ならびに
（ｂ）ポリメラーゼ連鎖反応またはハイブリダイゼーションアッセイで使用するための診断試薬；
を含む、診断用のキット。