(57)【要約】  本明細書に提供されるのは、腫瘍を治療する方法であり、デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）またはその抗原結合断片を含む１つ以上の免疫介在性がん治療薬を有効量で投与することを含む。画像分析を用いる腫瘍試料切片の分析および遺伝子発現により、免疫介在性がん治療薬が有効となるような患者が同定された。デュルバルマブは、腫瘍細胞および免疫細胞マーカー（例えば、ＰＤ−Ｌ１およびＣＤ８）を用いる画像分析ならびに遺伝子発現（例えば、ＩＦＮγ）によって特徴づけられた非小細胞肺がんの治療時に有効であった。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫介在性がん治療薬を同定された腫瘍を有する患者に投与することを含む治療方法であって、ここで前記患者は、腫瘍細胞を含む前記患者の組織試料からの組織切片を特徴づけることによって同定され、ここで前記組織切片は、２つ以上の検出可能な親和性試薬と接触され、ここで前記特徴づけは、
（ａ）前記組織切片の、癌マーカーに特異的に結合する第１の親和性試薬を検出する第１の画像チャネル内の第１の検出可能なシグナルを測定するステップと；
（ｂ）前記組織切片の、免疫細胞マーカーに特異的に結合する第２の親和性試薬を検出する第２の画像チャネル内の第２の検出可能なシグナルを測定するステップと；
（ｃ）腫瘍を特徴づけるため、第１の検出可能な親和性試薬からの検出可能なシグナルを含む前記組織切片の領域内の前記第２の画像チャネル内の検出可能なシグナルの測定を用いるステップと、を含み、
ここで前記第２の画像チャネル内での前記測定により、前記患者が免疫介在性がん治療薬を含む治療に対する応答性を示すとして同定される、治療方法。
【請求項２】
腫瘍を、免疫介在性がん治療薬に対する応答性を示すとして特徴づける方法であって、
（ａ）２つ以上の検出可能な親和性試薬と接触された、腫瘍細胞を含む組織試料からの組織切片の、癌マーカーに特異的に結合する第１の親和性試薬を検出する第１の画像チャネル内の第１の検出可能なシグナルを測定するステップと；
（ｂ）前記組織切片の、免疫細胞マーカーに特異的に結合する第２の親和性試薬を検出する第２の画像チャネル内の第２の検出可能なシグナルを測定するステップと；
（ｃ）腫瘍を特徴づけるため、前記第１の検出可能な親和性試薬からの検出可能なシグナルを含む組織切片の領域内の前記第２の画像チャネル内の検出可能なシグナルの測定を用いるステップと、を含み、
ここで前記第２の画像チャネル内での前記測定により、前記腫瘍が免疫介在性がん治療薬に対して応答性を示すことが示される、方法。
【請求項３】
前記組織試料ががん患者に由来する、請求項２または３に記載の方法。
【請求項４】
前記第２の画像チャネル内での前記測定により、前記患者が免疫介在性がん治療薬向けの治療に対して応答性を示すことが示される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
ステップ（ａ）が、デジタル画像の第１の画像チャネルを生成することを含み、ここで前記第１の画像チャネルのピクセル値が前記組織切片中の陽性染色腫瘍細胞の局所密度を示す、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
ステップ（ｂ）が、前記デジタル画像の第２の画像チャネルを生成することを含み、ここで前記第２の画像チャネルのピクセル値が前記組織切片中の陽性染色免疫細胞の局所密度を示す、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ステップ（ｃ）が、前記第１の画像チャネルを用いて、前記デジタル画像中の領域を分割することを含む、請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
前記分割することにより、前記デジタル画像の総ピクセルが、前記第１の画像チャネル内のピクセル値が所定の第１のチャネルの閾値よりも大きい場合の前記領域に割り当てられる、請求項８に記載の方法。
【請求項９】
ステップ（ｃ）が、前記がん患者が前記免疫介在性がん治療薬に対する応答性を有することを、前記分割された領域内の前記第２の画像チャネルのピクセル値の統計学的特性を利用することにより予測することをさらに含む、請求項７または８に記載の方法。
【請求項１０】
前記統計学的特性が、前記第２の画像チャネル内のピクセル値が所定の第２のチャネルの閾値より大きい場合の前記領域内のピクセルの相対数である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記検出可能な親和性試薬の１つ以上が、抗体および検出可能なレポーターを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記第１の親和性試薬が、ＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する抗体を含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記第２の親和性試薬が、ＣＤ８、ＣＤ３、ＦＯＸＰ３、およびＣＤ４からなる群から選択される免疫細胞マーカーに特異的に結合する抗体を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ピクセル値により細長い免疫細胞が同定される、請求項６〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
細長い免疫細胞が、前記細胞の境界ボックスの長さ対幅比により測定される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記細長い免疫細胞が、約２．３より大きい長さ対幅比および０．０００００９８ｍｍ未満の幅を有する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
腫瘍細胞の近隣における免疫細胞のピクセル値が測定される、請求項６〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記分割することにより、２つの部分領域からなる領域が生成され、ここで前記第１の部分領域は、前記第１および第２の画像チャネル内の共局在化されたピクセルを含み、前記第２の部分領域は、前記第１の閾値より大きい前記第１の画像チャネル内のピクセル値を有するピクセルまたは第２の閾値より大きい前記第２の画像チャネル内のピクセル値を有するピクセルの１つ以上を含み、かつ前記第２の部分領域内の前記ピクセル値は、前記第１の部分領域の前記ピクセル値を正規化するために用いられる、請求項７〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記閾値が、所定の閾値または参照値である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記正規化が、前記第１の部分領域の前記ピクセル値の合計を前記第２の部分領域の前記ピクセル値によって除することにより実施される、請求項１８または１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記組織切片中の腫瘍細胞が、タンパク質の参照と比べての減少量によって同定される、請求項４〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記タンパク質がＭＨＣ複合体である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記検出可能なレポーターが蛍光レポーターである、請求項１１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記第１および第２の検出可能な親和性試薬が、異なる放射波長を有する蛍光レポーターを含む、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記検出可能な親和性試薬の１つ以上が核酸プローブを含む、請求項１〜１０および１４〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記第１および第２の検出可能な親和性試薬がオリゴヌクレオチドプローブである、請求項１〜１０および１４〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記組織切片を１つ以上の検出可能な親和性試薬と接触させることは、インサイチュハイブリダイゼーションを含む、請求項１〜１０および１４〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記オリゴヌクレオチドプローブが、第１のＲＮＡおよび第２のＲＮＡを検出する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
陽性細胞が、ＲＮＡの参照と比べての増加量によって同定される、請求項２５に記載の方法。
【請求項３０】
２つ以上の検出可能な親和性試薬と接触された前記組織切片に隣接した組織切片内部で測定される遺伝子発現値の使用を含む、請求項１〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
ＩＦＮγの遺伝子発現が測定される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を、デュルバルマブ、またはその抗原結合断片を投与することを含む治療に対する応答性を示すとして特徴づける方法であって、
（ａ）２つ以上の検出可能な親和性試薬と接触された、組織切片の、ＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する第１の親和性試薬を検出する第１の画像チャネル内の第１の検出可能なシグナルを測定するステップと；
（ｂ）第２の親和性試薬を検出する、前記組織切片の第２の画像チャネル内の第２の検出可能なシグナルを測定するステップと；
（ｃ）前記腫瘍を特徴づけるため、前記第１の検出可能な親和性試薬からの検出可能なシグナルを含む前記組織切片の領域内の前記第２の画像チャネル内での測定を用いるステップと、を含み、
ここで前記第２の画像チャネル内での前記測定により、前記ＮＳＣＬＣがデュルバルマブ療法を含む治療に対して応答性を示すことが示される、方法。
【請求項３３】
デュルバルマブ、またはその抗原結合断片を非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者に投与することを含む治療方法であって、ここで前記患者は、腫瘍細胞を含む前記患者の組織試料からの組織切片を特徴づけることにより同定され、ここで前記組織切片は、２つ以上の検出可能な親和性試薬と接触され、ここで前記特徴づけは、
（ａ）前記組織切片の、ＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する第１の親和性試薬を検出する第１の画像チャネル内の第１の検出可能なシグナルを測定するステップと；
（ｂ）前記組織切片の、免疫細胞マーカーに特異的に結合する第２の親和性試薬を検出する第２の画像チャネル内の第２の検出可能なシグナルを測定するステップと；
（ｃ）前記腫瘍を特徴づけるため、前記第１の検出可能な親和性試薬からの検出可能なシグナルを含む組織切片の領域内の前記第２の画像チャネル内の検出可能なシグナルの測定を用いるステップと、を含み、
ここで前記第２の画像チャネル内での前記測定により、前記患者がデュルバルマブ療法を含む治療に対する応答性を示すとして同定される、方法。
【請求項３４】
免疫介在性がん治療薬を腫瘍を有する患者に投与することを含む治療方法であって、ここで前記患者は、腫瘍細胞を含む前記患者の組織試料からの組織切片を特徴づけることにより同定され、ここで前記特徴づけは、
（ａ）腫瘍細胞を含む組織試料からの第１の組織切片中のＰＤ−Ｌ１＋免疫細胞の密度を測定するステップと；
（ｂ）前記組織試料からの第２の切片中のタンパク質または遺伝子の発現レベルを測定するステップと；
（ｃ）ステップ（ａ）および（ｂ）にて得られた前記測定値に基づくスコアを生成するステップと、を含み、
ここで閾値よりも大きいスコアにより、前記患者が免疫介在性がん治療薬を含む治療に対する応答性を示すとして同定される、方法。
【請求項３５】
腫瘍を免疫介在性がん治療薬に対する応答性を示すとして特徴づける方法であって、
（ａ）腫瘍細胞を含む組織試料からの第１の組織切片中のＰＤ−Ｌ１＋免疫細胞の密度を測定するステップと；
（ｂ）前記組織試料からの第２の切片中のタンパク質または遺伝子の発現レベルを測定するステップと；
（ｃ）ステップ（ａ）および（ｂ）にて得られた前記測定値に基づくスコアを生成するステップと、を含み、
ここで閾値よりも大きいスコアは、前記腫瘍が免疫介在性がん治療薬に対して応答性を示すことを示す、方法。
【請求項３６】
タンパク質のレベルが、ステップ（ａ）における細胞の密度を示す、請求項３４または３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記タンパク質が、抗ＣＤ８、抗ＣＤ３、抗ＦＯＸＰ３、および抗ＣＤ４からなる群から選択される抗体を用いて検出される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
細長い免疫細胞のみが測定される、請求項３４〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
腫瘍細胞の近隣における免疫細胞のみが測定される、請求項３４〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
ＩＦＮγの遺伝子発現が、ステップ（ｂ）において測定される、請求項３４または３５に記載の方法。
【請求項４１】
ステップ（ａ）および（ｂ）における前記測定が、同じ組織切片に対して実施される、請求項３４〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
ステップ（ａ）における前記測定が、抗ＰＤＬ１および抗ＣＤ８を用いる二重免疫組織化学染色を含む、請求項３４〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）をデュルバルマブ、またはその抗原結合断片を投与することを含む治療に対する応答性を示すとして特徴づける方法であって、
（ａ）腫瘍細胞を含む組織試料からの第１の組織切片中のＰＤ−Ｌ１＋免疫細胞の密度を測定するステップと；
（ｂ）前記組織試料からの第２の切片中のＩＦＮγの発現レベルを測定するステップと；
（ｃ）ステップ（ａ）および（ｂ）にて得られた前記測定値に基づくスコアを生成するステップと、を含み、
ここで閾値よりも大きいスコアは、前記非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）がデュルバルマブ療法を含む治療に対して応答性を示すことを示す、方法。
【請求項４４】
デュルバルマブ、またはその抗原結合断片を非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者に投与することを含む治療方法であって、ここで前記患者は、腫瘍細胞を含む前記患者の組織試料からの組織切片を特徴づけることにより同定され、ここで前記特徴づけは、
（ａ）腫瘍細胞を含む組織試料からの第１の組織切片中のＰＤ−Ｌ１＋免疫細胞の密度を測定するステップと；
（ｂ）前記組織試料からの第２の切片中のＩＦＮγの発現レベルを測定するステップと；
（ｃ）ステップ（ａ）および（ｂ）にて得られた前記測定値に基づくスコアを生成するステップと、を含み、
ここで閾値よりも大きいスコアにより、前記患者がデュルバルマブ療法を含む治療に対する応答性を示すとして同定される、方法。
【請求項４５】
免疫介在性がん治療薬を腫瘍を有する患者に投与することを含む治療方法であって、ここで前記患者は、腫瘍細胞を含む前記患者の組織試料からの組織切片を特徴づけることにより同定され、ここで前記特徴づけは、
（ａ）腫瘍細胞を含む組織試料からの組織切片中の免疫細胞およびＰＤ−Ｌ１＋細胞を含む領域の面積を測定するステップと；
（ｂ）前記面積を前記ＰＤ−Ｌ１＋細胞を含む面積に正規化するステップと、を含み、
ここで閾値よりも大きい正規化された面積により、前記患者が免疫介在性がん治療薬を含む治療に対する応答性を示すとして同定される、方法。
【請求項４６】
腫瘍を免疫介在性がん治療薬に対する応答性を示すとして特徴づける方法であって、
（ａ）腫瘍細胞を含む組織試料からの組織切片中の免疫細胞およびＰＤ−Ｌ１＋細胞を含む領域の面積を測定するステップと；
（ｂ）前記面積を前記ＰＤ−Ｌ１＋細胞を含む面積に正規化するステップと、を含み、
ここで閾値よりも大きい正規化された面積は、前記腫瘍が免疫介在性がん治療薬に対して応答性を示すことを示す、方法。
【請求項４７】
前記第１の組織切片に隣接した第２の組織切片中での遺伝子発現を測定するステップをさらに含み、ここで前記遺伝子は、腫瘍細胞−免疫細胞相互作用に関連する、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
ＩＦＮγの遺伝子発現が測定される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
ステップ（ａ）における前記免疫細胞がＣＤ８＋免疫細胞である、請求項４５〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
ステップ（ａ）における前記免疫細胞が細長いＣＤ８＋免疫細胞である、請求項４５〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
ステップ（ａ）における前記免疫細胞がＣＤ３＋免疫細胞である、請求項４５〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
ステップ（ａ）における前記免疫細胞がＣＤ４＋陽性免疫細胞である、請求項４５〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
ステップ（ａ）における前記免疫細胞がＦＯＸＰ３＋陽性免疫細胞である、請求項４５〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）をデュルバルマブ、またはその抗原結合断片を投与することを含む治療に対する応答性を示すとして特徴づける方法であって、
（ａ）腫瘍細胞を含む組織試料からの組織切片中の免疫細胞およびＰＤ−Ｌ１＋細胞を含む領域の面積を測定するステップと；
（ｂ）前記面積を前記ＰＤ−Ｌ１＋細胞を含む面積に正規化するステップと、を含み、
ここで閾値よりも大きい正規化された面積は、前記非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）がデュルバルマブ療法を含む治療に対して応答性を示すことを示す、方法。
【請求項５５】
デュルバルマブ、またはその抗原結合断片を非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者に投与することを含む治療方法であって、ここで前記患者は、腫瘍細胞を含む前記患者の組織試料からの組織切片を特徴づけることにより同定され、ここで前記特徴づけは、
（ａ）腫瘍細胞を含む組織試料からの組織切片中の免疫細胞およびＰＤ−Ｌ１＋細胞を含む領域の面積を測定するステップと；
（ｂ）前記面積を前記ＰＤ−Ｌ１＋細胞を含む面積に正規化するステップと、を含み、
ここで閾値よりも大きい正規化された面積により、前記患者がデュルバルマブ療法を含む治療に対する応答性を示すとして同定される、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表
本願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出されている配列表を含み、本明細書でその全体が参照により援用される。２０１６年１２月７日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、Ｂ７Ｈ１−４５５−ＰＣＴ＿ＳＬ．ｔｘｔという名称であり、サイズが８，４８１バイトである。
【背景技術】
【０００２】
がんは、主要な地球規模での健康上の負担であり続けている。がんの治療が進歩しているにもかかわらず、より有効かつ低毒性な治療、特に既存の治療薬に対して耐性を示す進行性疾患またはがんを有する患者においては満たされない医学的必要性が存続している。
【０００３】
腫瘍制御における免疫系、特にＴ細胞媒介性細胞傷害性の役割は、十分に理解されている。がん患者においては、Ｔ細胞が腫瘍成長および生存を疾患の初期および後期ステージの双方で制御するという証拠は増えつつある。しかし、がん患者において、腫瘍特異的Ｔ細胞応答は開始し、維持することが困難である。
【０００４】
今日まで多大な関心が払われている２つのＴ細胞経路は、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原−４（ＣＴＬＡ−４、ＣＤ１５２）およびプログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１、Ｂ７−Ｈ１またはＣＤ２７４としても既知）を介してシグナル伝達する。
【０００５】
ＣＴＬＡ４は、活性化Ｔ細胞で発現され、ＣＤ２８媒介性Ｔ細胞活性化後、Ｔ細胞応答を抑制するための共阻害剤（ｃｏ−ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）として機能する。ＣＴＬＡ４は、ＴＣＲの会合後、ナイーブおよびメモリＴ細胞の初期活性化の振幅を調節し、抗腫瘍免疫および自己免疫の双方に影響する中心的阻害経路の一部をなすと考えられる。ＣＴＬＡ４は、Ｔ細胞で排他的に発現され、そのリガンドのＣＤ８０（Ｂ７．１）およびＣＤ８６（Ｂ７．２）の発現は、主に抗原提示細胞、Ｔ細胞、および他の免疫媒介性細胞に制限される。ＣＴＬＡ４シグナル伝達経路を遮断する拮抗性抗ＣＴＬＡ４抗体は、Ｔ細胞活性化を増強することが報告されている。かかる抗体の１つであるイピリムマブは、転移性メラノーマの治療を目的として２０１１年に食品医薬品局（ＦＤＡ）によって認可された。別の抗ＣＴＬＡ４抗体であるトレメリムマブは、進行性メラノーマの治療を目的として第ＩＩＩ相試験で試験されたが、患者の全生存の増加は、当時の標準治療（テモゾロミドまたはダカルバジン）と比べて有意ではなかった。
【０００６】
ＰＤ−Ｌ１はまた、Ｔ細胞活性化の制御に関与する受容体およびリガンドの複雑系の一部である。正常組織内では、ＰＤ−Ｌ１は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞、マクロファージ、間葉幹細胞、骨髄由来肥満細胞、ならびに様々な非造血細胞で発現される。その正常な機能は、その２つの受容体であるプログラム死１（ＰＤ−１またはＣＤ２７９としても既知）およびＣＤ８０（Ｂ７−１またはＢ７．１としても既知）との相互作用を介して、Ｔ細胞活性化および耐性の間での平衡を調節することである。ＰＤ−Ｌ１はまた、腫瘍によって発現され、複数の部位で作用し、宿主免疫系による検知および除去を腫瘍が回避することを助ける。ＰＤ−Ｌ１は、広範囲のがんにおいて高頻度で発現される。一部のがんでは、ＰＤ−Ｌ１の発現は、生存の低下および好ましくない予後に関連している。ＰＤ−Ｌ１とその受容体との相互作用を遮断する抗体は、インビトロでＰＤ−Ｌ１依存性の免疫抑制効果を軽減し、抗腫瘍Ｔ細胞の細胞傷害性活性を増強することができる。デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）は、ヒトＰＤ−Ｌ１に特異的なヒトモノクローナル抗体であり、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１およびＣＤ８０受容体双方への結合を遮断することができる。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
肺がん患者の生存を改善することは、医学的治療法の改善にもかかわらず、困難なままである。肺がんを特徴づける方法は、患者を層別化し、それにより彼らを迅速に有効な治療法に導くために有用である。肺がんを有する対象の応答性を予測するための方法の改善は、肺がんを治療するための新たな組成物および方法として急務である。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
簡単な概要
一態様では、本発明は、免疫介在性がん治療薬（例えば、デュルバルマブ、トレメリムマブなどの１つ以上）を、腫瘍を有すると同定された患者（例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者）に投与することを含む治療方法を提供し、ここで患者は、腫瘍細胞を含有する患者の組織試料からの組織切片を特徴づけることにより同定され、ここで組織切片は、２つ以上の検出可能な親和性試薬と接触され、ここで特徴づけは、（ａ）組織切片の、癌マーカー（例えばＰＤ−Ｌ１）に特異的に結合する第１の親和性試薬を検出する第１の画像チャネル内の第１の検出可能なシグナルを測定するステップと；（ｂ）組織切片の、免疫細胞マーカー（例えば、ＣＤ８、ＣＤ３、ＦＯＸＰ３、およびＣＤ４の１つ以上）に特異的に結合する第２の親和性試薬を検出する第２の画像チャネル内の第２の検出可能なシグナルを測定するステップと；（ｃ）腫瘍を特徴づけるため、第１の検出可能な親和性試薬からの検出可能なシグナルを有する組織切片の領域内の第２の画像チャネル内の検出可能なシグナルの測定を用いるステップと、を含み、ここで第２の画像チャネル内での測定により、患者（例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者）は、免疫介在性がん治療薬（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１または抗ＣＴＬＡ−４治療薬の１つ以上）を含む治療に対する応答性を示すとして同定される。
【０００９】
別の態様では、本発明は、腫瘍（例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ））を、免疫介在性がん治療薬（例えば、デュルバルマブ、トレメリムマブなどの１つ以上）に対する応答性を示すとして特徴づける方法であって、（ａ）２つ以上の検出可能な親和性試薬と接触された、腫瘍細胞を含有する組織試料からの組織切片の、癌マーカー（例えばＰＤ−Ｌ１）に特異的に結合する第１の親和性試薬を検出する第１の画像チャネル内の第１の検出可能なシグナルを測定するステップと；（ｂ）組織切片の、免疫細胞マーカー（例えば、ＣＤ８、ＣＤ３、ＦＯＸＰ３、およびＣＤ４の１つ以上）に特異的に結合する第２の親和性試薬を検出する第２の画像チャネル内の第２の検出可能なシグナルを測定するステップと；（ｃ）腫瘍（例えば非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ））を特徴づけるため、第１の検出可能な親和性試薬からの検出可能なシグナルを有する組織切片の領域内の第２の画像チャネル内の検出可能なシグナルの測定を用いるステップと、を含み、ここで第２の画像チャネル内の測定により、腫瘍が免疫介在性がん治療薬（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１または抗ＣＴＬＡ−４治療薬の１つ以上）に対して応答性を示すことが示される、方法を提供する。
【００１０】
別の態様では、本発明は、免疫介在性がん治療薬（例えば、デュルバルマブ、トレメリムマブなどの１つ以上）を、腫瘍を有する患者（例えば非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者）に投与することを含む治療方法を提供し、ここで患者は、腫瘍細胞を含有する患者の組織試料からの組織切片を特徴づけることにより同定され、ここで特徴づけは、（ａ）腫瘍細胞を含有する組織試料からの第１の組織切片中のＰＤ−Ｌ１＋免疫細胞の密度を測定するステップと；（ｂ）組織試料からの第２の切片中のタンパク質または遺伝子（例えばＩＦＮγ）の発現レベルを測定するステップと；（ｃ）ステップ（ａ）および（ｂ）にて得られた測定値に基づくスコアを生成するステップと、を含み、ここで閾値よりも大きいスコアにより、患者（例えば非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者）は、免疫介在性がん治療薬（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１または抗ＣＴＬＡ−４治療薬の１つ以上）を含む治療に対する応答性を示すとして同定される。
【００１１】
別の態様では、本発明は、腫瘍（例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ））を免疫介在性がん治療薬（例えば、デュルバルマブ、トレメリムマブなどの１つ以上）に対する応答性を示すとして特徴づける方法であって、（ａ）腫瘍細胞を含有する組織試料からの第１の組織切片中のＰＤ−Ｌ１＋免疫細胞の密度を測定するステップと；（ｂ）組織試料からの第２の切片中のタンパク質または遺伝子（例えばＩＦＮγ）の発現レベルを測定するステップと；（ｃ）ステップ（ａ）および（ｂ）にて得られた測定値に基づくスコアを生成するステップと、を含み、ここで閾値よりも大きいスコアは、腫瘍（例えば非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ））が免疫介在性がん治療薬（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１または抗ＣＴＬＡ−４治療薬の１つ以上）に対して応答性を示すことを示す、方法を提供する。
【００１２】
別の態様では、本発明は、免疫介在性がん治療薬（例えば、デュルバルマブ、トレメリムマブなどの１つ以上）を、腫瘍を有する患者（例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者）に投与することを含む治療方法を提供し、ここで患者は、腫瘍細胞を含有する患者の組織試料からの組織切片を特徴づけることにより同定され、ここで特徴づけは、（ａ）腫瘍細胞を含有する組織試料からの組織切片中の免疫細胞およびＰＤ−Ｌ１＋細胞を含有する領域の面積を測定するステップと；（ｂ）その面積をＰＤ−Ｌ１＋細胞を含有する面積に正規化するステップと、を含み、ここで閾値より大きい正規化された面積により、患者（例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者）は、免疫介在性がん治療薬（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１または抗ＣＴＬＡ−４治療薬の１つ以上）を含む治療に対する応答性を示すとして同定される。
【００１３】
別の態様では、本発明は、腫瘍（例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ））を免疫介在性がん治療薬（例えば、デュルバルマブ、トレメリムマブなどの１つ以上）に対する応答性を示すとして特徴づける方法であって、（ａ）腫瘍細胞を含有する組織試料からの組織切片中の免疫細胞およびＰＤ−Ｌ１＋細胞を含有する領域の面積を測定するステップと；（ｂ）その面積をＰＤ−Ｌ１＋細胞を含有する面積に正規化するステップと、を含み、ここで閾値より大きい正規化された面積は、腫瘍（例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ））が免疫介在性がん治療薬（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１または抗ＣＴＬＡ−４治療薬の１つ以上）に対して応答性を示すことを示す、方法を提供する。
【００１４】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、組織試料は、がん患者に由来する。様々な実施形態では、第２の画像チャネル内の測定は、患者が免疫介在性がん治療薬向けの治療に対して応答性を示すことを示す。
【００１５】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ステップ（ａ）はデジタル画像の第１の画像チャネルを生成することを含み、ここで第１の画像チャネルのピクセル値は、組織切片中の陽性染色腫瘍細胞の局所密度を示す。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ステップ（ｂ）は、デジタル画像の第２の画像チャネルを生成することを含み、ここで第２の画像チャネルのピクセル値は、組織切片中の陽性染色腫瘍細胞の局所密度を示す。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ステップ（ｃ）は、デジタル画像中の領域を第１の画像チャネルを用いて分割することを含む。様々な実施形態では、分割することにより、デジタル画像の総ピクセルが、第１の画像チャネルにおけるピクセル値が所定の第１のチャネルの閾値より大きいような領域に割り当てられる。
【００１６】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ステップ（ｃ）は、がん患者が免疫介在性がん治療薬に対する応答を有することを、分割された領域内の第２の画像チャネルのピクセル値の統計学的特性を用いることにより予測することをさらに含む。様々な実施形態では、統計学的特性は、第２の画像チャネル内のピクセル値が所定の第２のチャネルの閾値よりも大きいような領域内のピクセルの相対数である。
【００１７】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ピクセル値は、細長い免疫細胞を特定する。様々な実施形態では、細長い免疫細胞は、細胞の境界ボックスの長さ対幅比により評価される。特定の実施形態では、細長い免疫細胞は、約２．３より大きい長さ対幅比および０．０００００９８ｍｍ未満の幅を有する。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、腫瘍細胞の近隣における免疫細胞のピクセル値が測定される。
【００１８】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、分割することにより、２つの部分領域からなる領域が生成され、ここで第１の部分領域は、第１および第２の画像チャネル内の共局在化されたピクセルを含み、第２の部分領域は、第１の閾値より大きい第１の画像チャネル内のピクセル値を有するピクセルまたは第２の閾値より大きい第２の画像チャネル内のピクセル値を有するピクセルの１つ以上を含み、また第２の部分領域内のピクセル値は、第１の部分領域のピクセル値を正規化するため、用いられる。様々な実施形態では、閾値は、所定の閾値または参照値である。様々な実施形態では、正規化は、第１の部分領域のピクセル値の和を第２の部分領域のピクセル値で除することによってなされる。
【００１９】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、検出可能な親和性試薬の１つ以上は、抗体および検出可能なレポーターを含む。様々な実施形態では、第１の親和性試薬は、ＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する抗体を含む。様々な実施形態では、第２の親和性試薬は、ＣＤ８、ＣＤ３、ＦＯＸＰ３、および抗ＣＤ４からなる群から選択される免疫細胞マーカーに特異的に結合する抗体を含む。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、検出可能なレポーターは、蛍光レポーターである。様々な実施形態では、第１および第２の検出可能な親和性試薬は、異なる放射波長を有する蛍光レポーターを含む。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、組織切片中の腫瘍細胞は、参照と比べて量が減少したタンパク質により同定される。様々な実施形態では、タンパク質は、ＭＨＣ複合体である。
【００２０】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、検出可能な親和性試薬の１つ以上は、核酸プローブを含む。様々な実施形態では、第１および第２の検出可能な親和性試薬は、オリゴヌクレオチドプローブである。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、組織切片を１つ以上の検出可能な親和性試薬と接触させることは、インサイチュハイブリダイゼーションを含む。様々な実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは、第１のＲＮＡおよび第２のＲＮＡを検出する。特定の実施形態では、陽性細胞は、参照と比べて量が増加したＲＮＡにより同定される。
【００２１】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、本方法は、２つ以上の検出可能な親和性試薬と接触された組織切片に隣接した組織切片内部で測定された遺伝子発現値の使用を含む。様々な実施形態では、ＩＦＮγの遺伝子発現が測定される。
【００２２】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、タンパク質のレベルは、ステップ（ａ）における細胞の密度を示す。様々な実施形態では、タンパク質は、抗ＣＤ８、抗ＣＤ３、抗ＦＯＸＰ３、および抗ＣＤ４からなる群から選択される抗体で検出される。
【００２３】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、細長い免疫細胞のみが測定される。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、腫瘍細胞近辺の免疫細胞のみが測定される。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ＩＦＮγの遺伝子発現は、ステップ（ｂ）で測定される。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ステップ（ａ）および（ｂ）における測定は、同じ組織切片に対して実施される。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ステップ（ａ）における測定は、抗ＰＤＬ１および抗ＣＤ８での二重免疫組織化学染色を含む。
【００２４】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、本方法は、第１の組織切片に隣接した第２の組織切片中での遺伝子発現を測定することをさらに含み、ここで遺伝子は、腫瘍細胞−免疫細胞相互作用に関連する。様々な実施形態では、ＩＦＮγの遺伝子発現が測定される。
【００２５】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ステップ（ａ）における免疫細胞は、ＣＤ８＋免疫細胞である。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ステップ（ａ）における免疫細胞は、細長いＣＤ８＋免疫細胞である。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ステップ（ａ）における免疫細胞は、ＣＤ３＋免疫細胞である。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ステップ（ａ）における免疫細胞は、ＣＤ４＋陽性免疫細胞である。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、ステップ（ａ）における免疫細胞は、ＦＯＸＰ３＋陽性免疫細胞である。
【００２６】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）またはその抗原結合断片が、約１ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、１５ｍｇ／ｋｇ、または２０ｍｇ／ｋｇの用量で、ＰＤ−Ｌ１−またはＰＤ−Ｌ１＋ＮＳＣＬＣを有すると同定された患者に投与される。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、トレメリムマブまたはその抗原結合断片が、約１ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇの用量で、ＰＤ−Ｌ１−またはＰＤ−Ｌ１＋ＮＳＣＬＣを有すると同定された患者に投与される。特定の実施形態では、デュルバルマブは２０ｍｇ／ｋｇで投与され、トレメリムマブは１ｍｇ／ｋｇで投与される。特定の実施形態では、デュルバルマブは２０ｍｇ／ｋｇで４週毎に投与され、トレメリムマブは１ｍｇ／ｋｇで投与される。
【００２７】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、デュルバルマブは、４週毎に投与される。本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、デュルバルマブは、２週毎に投与される。
【００２８】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、デュルバルマブ、またはその抗原結合断片、およびトレメリムマブ、またはその抗原結合断片は、同時に投与される。一部の実施形態では、デュルバルマブ、またはその抗原結合断片は、静脈内注射により投与される。他の実施形態では、トレメリムマブ、またはその抗原結合断片は、静脈内注射により投与される。
【００２９】
本明細書で詳述される任意の態様の様々な実施形態では、投与の結果、デュルバルマブ、またはその抗原結合断片の単独投与と比べて、腫瘍応答が増強されるか、腫瘍サイズが減少するか、または目標応答速度が増加する。特定の実施形態では、投与により、腫瘍サイズが、ベースラインに対して、少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、９０％またはそれ以上、例えば最大１００％減少する。
【００３０】
本特許または出願ファイルは、カラーで実行される少なくとも１つの図面を含む。カラー図面付きのこの特許または特許出願公開のコピーは、要求時および必要な料金の支払い時、特許庁によって提供される。
【図面の簡単な説明】
【００３１】
【図１】ＰＤ−Ｌ１の状態に基づく応答速度を表すグラフである。理論に拘束されない限り、ＰＤ−Ｌ１の状態単独に応じた層別化は、適中率および正確度に関する要求を満たすのに十分でない場合がある。
【図２】組織切片の画像分析（右パネル）を用いてのヒートマップ（左パネル）の作成を表す。
【図３】ＰＤ−Ｌ１およびＣＤ８の細胞密度間の関係を表すグラフである。観察される最大に注意されたい。
【図４】ＰＤ−Ｌ１−ＣＤ８の関係を説明するために作成されたモデルであり、Ｔ細胞集団と腫瘍との相互作用についての単純な数値シミュレーションモデルが実行された。実行された主な機構は、腫瘍へのＴ細胞のフロー、Ｔ細胞によるインターフェロンγ（ＩＦＮγ）の産生と、その後のＴ細胞を殺滅するかまたはそれらの増殖を少なくとも低減する、腫瘍細胞によるＰＤ−Ｌ１応答である。
【図５Ａ−５Ｃ】患者応答に関する患者組織試料における測定値を選択するための例示的なプロトコルを表す。図５Ａは、特定の陽性適中率（ＰＰＶ）および陰性適中率（ＮＰＶ）カットオフを有する決定木の選択を示すグラフ表示である。この特定例では、選択される決定木は、「病理学者のＰＤ−Ｌ１腫瘍細胞膜スコアを用いて、３×Ｍ１＋２×Ｍ２＋１×Ｍ３と定義されるＤｅｆ＿Ｓｃｏｒｅ＿Ｓｉｍｐｌｅ」である。図５Ｂは、選択された決定木における患者応答を示すカプラン・マイヤープロットである。図５Ｃは、選択されたモデルの安定性を検証または評価するための一連のプロットである。
【図６Ａ−６Ｃ】最適化された評価測定を伴うモデルを示す。図６Ａは、最適なＰ値：「腫瘍コア（ＴＣ）内のＣＤ８＋細長いリンパ球（ｅｌｏｎｇａｔｅｄ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ）の密度およびＴＣ内のＰＤ−Ｌ１＋浸潤リンパ球の密度の最小＞２．４１／ｍｍ２」を伴うモデルを示すカプラン・マイヤープロットである。図６Ｂは、ＣＤ８＋細長いリンパ球またはＰＤ−Ｌ１＋浸潤リンパ球での層別化を示すグラフである。両密度（ＴＣ内のＣＤ８＋細長いリンパ球またはＰＤ−Ｌ１＋浸潤リンパ球）の少なくとも一方が高い（＞２．４１／ｍｍ２）場合、デュルバルマブ療法は有効である可能性が高い。図６Ｃは、応答者の最適な真陽性率（ＴＰＲ）を伴うモデル「注釈付き領域（ＡＡ）内のＰＤ−Ｌ１＋浸潤リンパ球の密度＞２．４１／ｍｍ２」を示すカプラン・マイヤープロットである。
【図７Ａ−７Ｄ】最適化された評価特徴量が最適化されたＭ−スコアおよびＨ−スコア３より上位であったことを示す。図７Ａは、本試験からの読み取りを用いて模倣および最適化された、病理学者によって用いられる層別子（ｓｔｒａｔｉｆｉｅｒ）Ｍ−スコアを示すカプラン・マイヤープロットである（ＰＤ−Ｌ１＋対ＰＤ−Ｌ１−）。図７Ｂは、本試験からの読み取りを用いて模倣および最適化された層別子Ｈ−スコア３を示すカプラン・マイヤープロットである。図７Ｃは、Ｍ−スコア読み取り（ｘ）とＭ−スコア病理学者（ｙ）とを比較するプロットである。Ｍ−スコア読み取りおよびＭ−スコア病理学者は、強力な一貫性を示した（スピアマン順位相関係数＝０．８３）。図７Ｄは、Ｈ−スコア３読み取り（ｘ）とＨ−スコア３病理学者（ｙ）とを比較するプロットである。Ｈ−スコア３読み取りおよびＨ−スコア３病理学者は、強力な一貫性を示した（スピアマン順位相関係数＝０．８５）。
【図８Ａ−８Ｃ】免疫介在性がん治療薬に対する患者応答を示す測定のモデルの分析を示す。図８Ａは、モデル「細長いＣＤ８＋細胞またはＰＤ−Ｌ１＋浸潤細胞の最小＞２．４１／ｍｍ２」におけるカプラン・マイヤープロットである。図８Ｂは、モデル「ＩＦＮγ＞−１１．８またはＴＣ内の全ＣＤ８＋細胞＞３１８．７／ｍｍ２」におけるカプラン・マイヤープロットである。図８Ｃは、モデル「ＩＦＮγ＞−１２．２またはＴＣ内のＣＤ８＋細長い細胞＞１３／ｍｍ２」におけるカプラン・マイヤープロットである。
【図９】「Ｂａｔｔｌｅ  ｆｉｅｌｄ  ２計算」測定値を判定する仕方を示す模式図を示す。
【図１０Ａ−１０Ｂ】ＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈ群とＰＤ−Ｌ１−ｌｏｗ群との間の遺伝子発現における差異を示す。特に、これら２群間の遺伝子発現における差異は、免疫経路に関与する遺伝子において特に強化された。図１０Ａは、モンテカルロシミュレーション群から有意に異なって発現された遺伝子の数を示すプロットである。図１０Ｂは、ＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈとＰＤ−Ｌ１−ｌｏｗとの間で異なって発現されている遺伝子の発現値の例示的分布を示すプロットである。
【図１１Ａ−１１Ｂ】全コホートおよびＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈ群の有意な遺伝子発現のスピアマン相関係数および対応する遺伝子発現値（ＩＨＣ染色ＰＤ−Ｌ１＋腫瘍細胞によって導かれたＰＤ−Ｌ１ＴｕＣｅＴＣを除く）を示すｃｈｏｒｄダイアグラムを示す。８０の免疫関連遺伝子セットにおける発現値間で有意な相関（絶対スピアマン順位相関係数＞０．７およびＰ値＜０．０５）が認められた。図１１Ａは、全コホートにおけるｃｈｏｒｄダイアグラム可視化である。図１１Ｂは、ＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈにおけるｃｈｏｒｄダイアグラム可視化である。
【発明を実施するための形態】
【００３２】
用語「ａ」または「ａｎ」の実体は、その実体の１つ以上を指すことは認められるべきであり、例えば「抗体（ａｎ  ａｎｔｉｂｏｄｙ）」は、１つ以上の抗体を表すように理解される。このように、用語「ａ」（または「ａｎ」）、「１つ以上（ｏｎｅ  ｏｒ  ｍｏｒｅ）」、および「少なくとも１つ（ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｏｎｅ）」は、本明細書中で交換可能に用いられ得る。
【００３３】
本明細書に提供されるのは、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を含むがんを、免疫介在性がん治療薬（例えば、デュルバルマブまたはデュルバルマブおよびトレメリムマブ）を用いて治療し、かつがんまたは腫瘍を１つ以上の免疫介在性がん治療薬を用いる治療に対する応答性を示すとして同定するための方法である。本明細書に記載の通り、がんが、がん患者からの腫瘍試料の組織切片の分析、例えば組織切片の画像分析（例えば免疫組織化学染色）や遺伝子発現分析を用いて特徴づけられ得ることが見出されている。イメージング分析から得られる様々な測定値のモデリングにより、どの患者が免疫介在性がん治療薬（例えば、デュルバルマブまたはデュルバルマブおよびトレメリムマブ）に応答する可能性を有するかが示された。特に、進行性ＮＳＣＬＣ患者におけるデュルバルマブ療法に対して予測的な測定値は、ＣＤ８＋細長いリンパ球の密度（１／ｍｍ２）（例えば、２．３を超える長さ対幅比および０．０００００９８ｍｍより小さい幅）；ＣＤ８＋細胞の密度（１／ｍｍ２）；ＰＤ−Ｌ１＋リンパ球浸潤腫瘍領域（腫瘍細胞の集団）の密度（１／ｍｍ２）；ＰＤ−Ｌ１＋腫瘍細胞の密度（１／ｍｍ２）；「Ｂａｔｔｌｅ  ｆｉｅｌｄ  ２」と称される、ＣＤ８＋リンパ球およびＰＤ−Ｌ１＋腫瘍細胞の共局在スコア（図９を参照）；ＩＦＮγ遺伝子発現値；およびそれらの組み合わせを含んだ。本発明は、少なくとも一部にはこれらの発見に基づく。提供される方法は、有効量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片を単独でまたは別の免疫介在性がん治療薬（例えばトレメリムマブ）と組み合わせて投与し、がん患者からの腫瘍試料の組織切片の画像分析から得られる測定値の１つ以上に応じて特徴づけられるがんを治療することを含む。本明細書で用いられるとき、用語「治療する（ｔｒｅａｔ）」、「治療する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、「治療」などは、それに関連した障害および／または症状を低減または寛解することを指す。不可能でないにせよ、障害または状態の治療が、それに関連した障害、状態または症状が完全に除去されることを要求しないことは理解されるであろう。
【００３４】
ＮＳＣＬＣには、扁平上皮がん、腺がん、および大細胞（未分化）がんという３つの主なサブタイプがある。他のサブタイプは、腺扁平上皮がんおよび肉腫様癌を含む。ＮＳＣＬＣは、ＫＲＡＳまたは上皮成長因子受容体に突然変異を含み得る。かかる突然変異は、当該技術分野で公知であり、例えば、Ｒｉｅｌｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ａｍ  Ｔｈｏｒａｃ  Ｓｏｃ．２００９  Ａｐｒ  １５；６（２）：２０１−５（参照により本明細書中に援用される）によって記載されている。
【００３５】
プログラム細胞死−１／プログラム細胞死リガンド−１（ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１）経路および細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原４（ＣＴＬＡ−４）経路ブロックの組み合わせは２つの区画を標的にする、すなわち、抗ＰＤ−Ｌ１／抗ＰＤ−１は、腫瘍微小環境内で作用し、Ｔ細胞機能の阻害を遮断する一方で、抗ＣＴＬＡ−４は、リンパ系区画内で作用し、腫瘍反応性Ｔ細胞の数およびレパートリーを拡大する（Ｇａｊｅｗｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０１３；１４：１０１４−２２；Ｋｖｉｓｔｂｏｒｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉ  Ｔｒａｎｓｌ  Ｍｅｄ  ２０１４；６：２５４ｒａ１２８）。メラノーマに対するニボルマブ（３週毎に１ｍｇ／ｋｇ）＋イピリムマブ（３週毎に３ｍｇ／ｋｇ）の試験では、ＰＤ−Ｌ１陽性（ＰＤ−Ｌ１＋）およびＰＤ−Ｌ１陰性（ＰＤ−Ｌ１−）双方の腫瘍において、組み合わせによる進行のない生存は、いずれかの薬剤単独による場合に匹敵するかまたはそれより大きい（Ｌａｒｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２０１５；３７３：２３−３４）。しかし、組み合わせの場合、いずれかの薬剤単独を受ける場合と比べてより高い百分率の患者が、治療に関連したグレード３／４の有害事象（ＡＥ）を経験した。さらに、同じ用量およびスケジュールが、ＮＳＣＬＣでは耐容性があるように思われず（Ａｎｔｏｎｉａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２０１４；３２：Ｓｕｐｐｌ：８０２３．ａｂｓｔｒａｃｔ）、臨床活性を維持しながら、組み合わせレジメンの毒性を最小化するためのこの集団における至適用量選択の必要性が強調された。
【００３６】
デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）は、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１およびＣＤ８０への結合をブロックするが（Ａｎｔｏｎｉａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２０１４；３２：Ｓｕｐｐｌ：８０２３．ａｂｓｔｒａｃｔ）、プログラム細胞死リガンド２（ＰＤ−Ｌ２）に結合しないことで、感受性動物モデルにて認められるＰＤ−Ｌ２ブロックに起因する潜在的な免疫関連毒性を回避する（Ｍａｔｓｕｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｒｅｓ  Ｃｏｍｍｕｎ  ２００８；３６５：１７０−５；Ｍａｔｓｕｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２００４；１７２：２５３０−４１）、選択的な高親和性ヒトＩｇＧ１モノクローナル抗体（ｍＡｂ）である。進行中の第１／２相試験では、デュルバルマブ単独療法は、管理しやすい耐容性特性を伴う、進行性ＮＳＣＬＣを有する患者において耐久性応答をもたらしており、２週毎（ｑ２ｗ）の１０ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブによる確認された／未確認の客観的奏効率（ＯＲＲ）が、ＰＤ−Ｌ１＋患者において２７％、ＰＤ−Ｌ１−患者において５％であった（Ｒｉｚｖｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２０１５；３３：Ｓｕｐｐｌ：８０３２．ａｂｓｔｒａｃｔ）。その試験では、用量漸増相中に最大耐容量（ＭＴＤ）に達することがなく、用量拡大コホートが１０ｍｇ／ｋｇの用量（ｑ２ｗ）を用いて開始された。トレメリムマブ（ＣＰ−６７５，２０６）は、ＣＴＬＡ−４の選択的ヒトＩｇＧ２  ｍＡｂ阻害剤であり（Ｒｉｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２００５；２３：８９６８−７７）；それはＣＴＬＡ−４阻害を通じてＴ細胞活性を促進するが、制御性Ｔ細胞を直接的に枯渇させるように思われない（Ｔａｒｈｉｎｉ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ２０１３；５：２１５−２９）。デュルバルマブとトレメリムマブとの組み合わせは、強力な前臨床データに基づき、それは２つの経路が非重複性であることを示し、それは双方を標的化することが相加的または相乗的効果を有し得ることを示唆する（Ｓｔｅｗａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０１３；１９０：Ｓｕｐｐｌ：２１４．７）。第１ｂ相試験の用量漸増部分の結果は、本明細書に記載され、それは進行性ＮＳＣＬＣを有する患者におけるこの組み合わせの耐容性および抗腫瘍活性をＰＤ−Ｌ１の発現状態にかかわらず評価している。
【００３７】
「デュルバルマブ」（「ＭＥＤＩ４７３６」とも呼ばれる）は、ＰＤ−Ｌ１ポリペプチドに選択的に結合し、かつ配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域の少なくとも一部および／または配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域の少なくとも一部を含む抗体またはその抗原結合断片を意味する。
【００３８】
本明細書に提供される方法において用いられるデュルバルマブ（またはその抗原結合断片）に関する情報は、米国特許第８，７７９，１０８号明細書（その開示はその全体が参照により本明細書中に援用される）中に見出され得る。デュルバルマブの結晶化可能断片（Ｆｃ）ドメインは、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）の媒介に関与する補体成分Ｃ１ｑおよびＦｃγ受容体への結合を低下させるＩｇＧ１重鎖の定常ドメイン内に三重突然変異を有する。デュルバルマブは、ＰＤ−Ｌ１に対して選択的であり、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１およびＣＤ８０受容体への結合を遮断する。デュルバルマブは、インビトロでヒトＴ細胞活性化のＰＤ−Ｌ１媒介性抑制を軽減することができ、Ｔ細胞依存性機構を介して異種移植片モデルでの腫瘍成長を阻害する。
【００３９】
本明細書に提供される方法において用いられるデュルバルマブは、重鎖および軽鎖または重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含む。具体的な態様では、本明細書に提供される方法において用いられるデュルバルマブまたはその抗原結合断片は、配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域および配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。具体的な態様では、本明細書に提供される方法において用いられるデュルバルマブまたはその抗原結合断片は、重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含み、ここで重鎖可変領域は配列番号３〜５のＫａｂａｔ定義のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含み、またここで軽鎖可変領域は配列番号６〜８のＫａｂａｔ定義のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含む。当業者であれば、当業者に公知のＣｈｏｔｈｉａ−定義、Ａｂｍ−定義または他のＣＤＲ定義を容易に同定できることになる。具体的な態様では、本明細書に提供される方法において用いられるデュルバルマブまたはその抗原結合断片は、米国特許第８，７７９，１０８号明細書（その全体が参照により本明細書に援用される）に開示される通りの２．１４Ｈ９ＯＰＴ抗体の可変重鎖ＣＤＲ配列および可変軽鎖ＣＤＲ配列を含む。
【００４０】
「トレメリムマブ」は、ＣＴＬＡ４ポリペプチドに選択的に結合し、かつ配列番号９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域の少なくとも一部および／または配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域の少なくとも一部を含む抗体またはその抗原結合断片を意味する。代表的な抗ＣＴＬＡ４抗体は、例えば、米国特許第６，６８２，７３６号明細書；米国特許第７，１０９，００３号明細書；米国特許第７，１２３，２８１号明細書；米国特許第７，４１１，０５７号明細書；米国特許第７，８２４，６７９号明細書；米国特許第８，１４３，３７９号明細書；米国特許第７，８０７，７９７号明細書；および米国特許第８，４９１，８９５号明細書（トレメリムマブはその中の１１．２．１である）（参照により本明細書に援用される）に記載されている。トレメリムマブは、代表的な抗ＣＴＬＡ４抗体である。トレメリムマブ配列は下の配列表中に提供される。
【００４１】
本明細書に提供される方法において用いられるトレメリムマブ（またはその抗原結合断片）に関する情報は、米国特許第６，６８２，７３６号明細書中に見出され得（ここでそれは１１．２．１と称される）、その開示はその全体が参照により本明細書中に援用される。トレメリムマブ（ＣＰ−６７５、２０６、ＣＰ−６７５、ＣＰ−６７５２０６、およびチシリムマブとしても公知）は、ＣＴＬＡ４に対して高度に選択的であり、かつＣＴＬＡ４のＣＤ８０（Ｂ７．１）およびＣＤ８６（Ｂ７．２）への結合を遮断するヒトＩｇＧ２モノクローナル抗体である。トレメリムマブはインビトロでの免疫活性化をもたらすことが示されており、またトレメリムマブで治療された一部の患者が腫瘍退縮を示している。
【００４２】
本明細書に提供される方法において用いられるトレメリムマブおよびその抗原結合断片は、重鎖および軽鎖または重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含む。具体的な態様では、本明細書に提供される方法において用いられるトレメリムマブまたはその抗原結合断片は、配列番号９のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域および配列番号１０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。具体的な態様では、本明細書に提供される方法において用いられるトレメリムマブまたはその抗原結合断片は、重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含み、ここで重鎖可変領域は配列番号１１〜１３のＫａｂａｔ定義のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含み、また軽鎖可変領域は配列番号１４〜１６のＫａｂａｔ定義のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含む。当業者であれば、当業者に公知のＣｈｏｔｈｉａ−定義、Ａｂｍ−定義または他のＣＤＲ定義を容易に同定できることになる。具体的な態様では、本明細書に提供される方法において用いられるトレメリムマブまたはその抗原結合断片は、米国特許第６，６８２，７３６号明細書（その全体が参照により本明細書に援用される）に開示される、１１．２．１抗体の可変重鎖ＣＤＲ配列および可変軽鎖ＣＤＲ配列を含む。
【００４３】
用語「抗原結合断片」はインタクトな抗体の一部を指し、および／またはインタクトな抗体の抗原決定可変領域を指す。抗体の抗原結合機能が完全長抗体の断片によって果たされ得ることは公知である。抗体断片の例として、限定はされないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖ断片、直鎖抗体、一本鎖抗体、二重特異性抗体、および抗体断片から形成される多特異性抗体が挙げられる。
【００４４】
特定の態様では、ＮＳＣＬＣを呈する患者に、デュルバルマブまたはその抗原結合断片およびトレメリムマブまたはその抗原結合断片が投与される。デュルバルマブまたはその抗原結合断片およびトレメリムマブまたはその抗原結合断片は、患者に依然として利益をもたらす間、１回限りまたは低頻度に投与され得る。さらなる態様では、患者は追加的な継続用量での投与を受ける。継続用量は、患者の年齢、体重、臨床評価、腫瘍量、および／または主治医の判断を含む他の要素に応じて、様々な時間間隔で投与され得る。
【００４５】
デュルバルマブまたはその抗原結合断片の投与間隔は４週毎であり得る。トレメリムマブまたはその抗原結合断片の投与間隔は４週毎であり得る。トレメリムマブまたはその抗原結合断片の投与間隔は１２週毎であり得る。トレメリムマブまたはその抗原結合断片の投与間隔は６サイクルに対して４週毎、次いで１２週毎であり得る。
【００４６】
特定の態様では、デュルバルマブまたはその抗原結合断片は、トレメリムマブまたはその抗原結合断片とほぼ同じ頻度で投与される。特定の態様では、デュルバルマブまたはその抗原結合断片は、トレメリムマブまたはその抗原結合断片の約３倍の頻度で投与される。
【００４７】
一部の実施形態では、少なくとも２用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片およびトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。一部の実施形態では、少なくとも３用量、少なくとも４用量、少なくとも５用量、少なくとも６用量、少なくとも７用量、少なくとも８用量、少なくとも９用量、少なくとも１０用量、または少なくとも１５回以上の用量が患者に投与され得る。一部の実施形態では、デュルバルマブまたはその抗原結合断片は、４週間の治療期間にわたり、８週間の治療期間にわたり、１６週間の治療期間にわたり、２０週間の治療期間にわたり、２４週間の治療期間にわたり、または１年以上の治療期間にわたり投与される。一部の実施形態では、トレメリムマブまたはその抗原結合断片は、４週間の治療期間にわたり、８週間の治療期間にわたり、１２週間の治療期間にわたり、１６週間の治療期間にわたり、２０週間の治療期間にわたり、２４週間の治療期間にわたり、３６週間の治療期間にわたり、４８週間の治療期間にわたり、または１年以上の治療期間にわたり投与される。
【００４８】
一部の実施形態では、デュルバルマブまたはその抗原結合断片およびトレメリムマブまたはその抗原結合断片は、同じ日に投与される。一部の実施形態では、デュルバルマブまたはその抗原結合断片は、トレメリムマブまたはその抗原結合断片と同時に投与される。他の実施形態では、デュルバルマブまたはその抗原結合断片は、トレメリムマブまたはその抗原結合断片の投与から約１時間後に投与される。
【００４９】
患者に投与されるべきデュルバルマブまたはその抗原結合断片の量およびトレメリムマブまたはその抗原結合断片の量は、患者の年齢、体重、臨床的評価、腫瘍組織量および／または主治医の判断を含む他の要素などの様々なパラメータに依存することになる。
【００５０】
特定の態様では、患者は、デュルバルマブまたはその抗原結合断片が１つ以上の用量で投与され、ここで用量は約１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者は、デュルバルマブまたはその抗原結合断片が１つ以上の用量で投与され、ここで用量は約３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者は、デュルバルマブまたはその抗原結合断片が１つ以上の用量で投与され、ここで用量は約１０ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者は、デュルバルマブまたはその抗原結合断片が１つ以上の用量で投与され、ここで用量は約１５ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者は、デュルバルマブまたはその抗原結合断片が１つ以上の用量で投与され、ここで用量は約２０ｍｇ／ｋｇである。
【００５１】
特定の態様では、患者は、デュルバルマブまたはその抗原結合断片が少なくとも２用量で投与され、ここで用量は約１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者は、デュルバルマブまたはその抗原結合断片が少なくとも２用量で投与され、ここで用量は約３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者は、デュルバルマブまたはその抗原結合断片が少なくとも２用量で投与され、ここで用量は約１０ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者は、デュルバルマブまたはその抗原結合断片が少なくとも２用量で投与され、ここで用量は約１５ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者は、デュルバルマブまたはその抗原結合断片が少なくとも２用量で投与され、ここで用量は約２０ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態では、少なくとも２用量は、約４週離れて投与される。
【００５２】
特定の態様では、患者には、少なくとも３用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者には、少なくとも３用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者には、少なくとも３用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約１０ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者には、少なくとも３用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約１５ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者には、少なくとも３用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約２０ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態では、少なくとも３用量は約４週毎に投与される。
【００５３】
特定の態様では、患者には、１用量以上のトレメリムマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者には、１用量以上のトレメリムマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者には、１用量以上のトレメリムマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約１０ｍｇ／ｋｇである。
【００５４】
特定の態様では、患者には、少なくとも２用量のトレメリムマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者には、少なくとも２用量のトレメリムマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者には、少なくとも２用量のトレメリムマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約１０ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態では、少なくとも２用量は約４週毎に投与される。一部の実施形態では、少なくとも２用量は約１２週毎に投与される。
【００５５】
特定の態様では、患者には、少なくとも３用量のトレメリムマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者には、少なくとも３用量のトレメリムマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様では、患者には、少なくとも３用量のトレメリムマブまたはその抗原結合断片が投与され、ここで用量は約１０ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態では、少なくとも３用量は約４週毎に投与される。一部の実施形態では、少なくとも３用量は約１２週毎に投与される。
【００５６】
特定の態様では、本明細書に提供される方法に従うデュルバルマブもしくはその抗原結合断片および／またはトレメリムマブもしくは抗原結合断片の投与は、非経口投与を介する。例えば、デュルバルマブもしくはその抗原結合断片および／またはトレメリムマブもしくは抗原結合断片は、静脈内注入または皮下注射により投与され得る。一部の実施形態では、投与は静脈内注入によるものである。
【００５７】
特定の態様では、１ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および１ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。特定の態様では、１ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および３ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。特定の態様では、１ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および１０ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。
【００５８】
特定の態様では、３ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および１ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。特定の態様では、３ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および３ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。特定の態様では、３ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および１０ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。
【００５９】
特定の態様では、１０ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および１ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。特定の態様では、１０ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および３ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。特定の態様では、１０ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および１０ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。
【００６０】
特定の態様では、１５ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および１ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。特定の態様では、１５ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および３ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。特定の態様では、１５ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および１０ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。
【００６１】
特定の態様では、２０ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および１ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。特定の態様では、２０ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および３ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。特定の態様では、２０ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および１０ｍｇ／ｋｇのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が患者に投与される。
【００６２】
本明細書に提供される方法は、腫瘍成長を低減、遅延または安定化させ得る。一部の態様では、低減または遅延は、統計学的に有意であり得る。腫瘍成長における低減は、ベースラインでの患者の腫瘍の成長の、予想される腫瘍成長に対する、大患者集団に基づく予想される腫瘍成長に対する、または対照集団の腫瘍成長に対する比較により、評価され得る。特定の態様では、腫瘍応答は、デュルバルマブまたはデュルバルマブおよびトレメリムマブの投与後、検出可能である。特定の態様では、腫瘍応答は、固形癌効果判定基準（ＲＥＣＩＳＴ）を用いて評価される。
【００６３】
特定の態様では、（抗腫瘍活性に関する）「客観的奏効」は、確認された完全または部分奏効（ＣＲまたはＰＲ）と定義される。特定の態様では、２４週目の「疾病管理」は、ＣＲ、ＰＲ、または安定疾患（ＳＤ）の≧２４週の持続時間と定義される。２４週目の客観的奏効率（ＯＲＲ）および疾病管理率（ＤＣＲ）が評価され、９５％信頼区間（ＣＩ）が正確な二項分布を用いて算出される。
【００６４】
特定の態様では、患者は、疾病管理（ＤＣ）を達成する。疾病管理は、完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）、または安定疾患（ＳＤ）であり得る。
【００６５】
「完全奏効」（ＣＲ）、「部分奏効」（ＰＲ）、および「安定疾患」（ＳＤ）は、下の表１に定義されるように判定され得る。
【００６６】
【表１】
2019505488.tif 000003
【００６７】
特定の態様では、デュルバルマブまたはその抗原結合断片の投与により、進行のない生存（ＰＦＳ）が増加し得る。
【００６８】
特定の態様では、デュルバルマブまたはその抗原結合断片の投与により、全生存（ＯＳ）が増加し得る。
【００６９】
一部の実施形態では、患者は、少なくとも１つの化学療法剤を用いる治療を予め受けている。一部の実施形態では、患者は、少なくとも２つの化学療法剤を用いる治療を予め受けている。化学療法剤として、例えば限定はされないが、ベムラフェニブ、エルロチニブ、アファチニブ、セツキシマブ、カルボプラチン、ベバシズマブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、および／またはペメトレキセドであり得る。
【００７０】
一部の実施形態では、ＮＳＣＬＣは、少なくとも１つの化学療法剤に対して難治性または耐性を示す。一部の実施形態では、同腫瘍は、少なくとも２つの化学療法剤に対して難治性または耐性を示す。同腫瘍は、例えば限定はされないが、ベムラフェニブ、エルロチニブ、アファチニブ、セツキシマブ、カルボプラチン、ベバシズマブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、および／またはペメトレキセドのうちの１つ以上に対して難治性または耐性を示し得る。一部の実施形態では、ＮＳＣＬＣはＰＤ−Ｌ１に対して陰性である。一部の実施形態では、ＮＳＣＬＣはＰＤ−Ｌ１に対して陽性である。
【００７１】
一部の実施形態では、患者は、デュルバルマブまたはその抗原結合断片およびトレメリムマブまたはその抗原結合断片の投与前に、米国東海岸がん臨床試験グループ（Ｅａｓｔｅｒｎ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｇｒｏｕｐ）（ＥＣＯＧ）（Ｏｋｅｎ  ＭＭ，ｅｔ  ａｌ．Ａｍ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．５：６４９−５５（１９８２））の０または１のパフォーマンスステータスを有する。
【００７２】
本明細書に提供される方法によると、デュルバルマブまたはその抗原結合断片およびトレメリムマブまたはその抗原結合断片の投与により、一部の初期データ中に示されるような望ましい薬物動態学的パラメータが得られ得る。総薬物暴露は、「曲線下面積」（ＡＵＣ）を用いて評価され得る。「ＡＵＣ（τ）」は時刻０から時刻τまでの投与間隔のＡＵＣを指す一方、「ＡＵＣ（ｉｎｆ）」は無限時間までのＡＵＣを指す。投与により、ＡＵＣ（τ）が約６００〜約３，０００μｇ／ｍＬ＊日のデュルバルマブまたはその抗原結合断片および約２５０〜約３５０μｇ／ｍＬ＊日のトレメリムマブまたはその抗原結合断片が得られ得る。投与により、最高観測濃度（Ｃｍａｘ）が約６０〜約３００μｇ／ｍＬのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および約２５〜約３５μｇ／ｍＬのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が得られ得る。投与により、Ｃｔｒｏｕｇｈ（最低血漿薬物濃度）が約５〜約４０μｇ／ｍＬのデュルバルマブまたはその抗原結合断片および約４〜約６μｇ／ｍＬのトレメリムマブまたはその抗原結合断片が得られ得る。
【００７３】
本明細書に提供される通り、デュルバルマブまたはその抗原結合断片はまた、遊離（可溶性）ＰＤ−Ｌ１レベルを低下させ得る。遊離（可溶性）ＰＤ−Ｌ１は、（例えばデュルバルマブによって）結合されていないＰＤ−Ｌ１を指す。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは少なくとも６５％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは少なくとも８０％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは少なくとも９０％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは少なくとも９５％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは少なくとも９９％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、デュルバルマブまたはその抗原結合断片およびトレメリムマブまたはその抗原結合断片の投与後、検出不能である。
【００７４】
一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、デュルバルマブまたはその抗原結合断片の単回投与後、少なくとも６５％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、デュルバルマブまたはその抗原結合断片の単回投与後、少なくとも８０％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、デュルバルマブまたはその抗原結合断片の単回投与後、少なくとも９０％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、デュルバルマブまたはその抗原結合断片の単回投与後、少なくとも９５％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、デュルバルマブまたはその抗原結合断片の単回投与後、少なくとも９９％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、デュルバルマブまたはその抗原結合断片の単回投与後、検出不能である。
【００７５】
一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、２用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片の投与後、少なくとも６５％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、２用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片の投与後、少なくとも８０％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、２用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片の投与後、少なくとも９０％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、２用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片の投与後、少なくとも９５％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、２用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片の投与後、少なくとも９９％低下する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１レベルは、２用量のデュルバルマブまたはその抗原結合断片の投与後、検出不能である。
【００７６】
本明細書に提供されるデュルバルマブまたはその抗原結合断片およびトレメリムマブまたはその抗原結合断片の双方を用いた固形腫瘍を有する患者の治療（すなわち併用療法）は相乗効果をもたらし得る。本明細書で使用されるとき、用語「相乗」は、治療薬の組み合わせ（例えば、デュルバルマブまたはその抗原結合断片およびトレメリムマブまたはその抗原結合断片の組み合わせ）を指し、単一の治療薬の相加的効果より有効である。
【００７７】
治療薬の組み合わせ（例えば、デュルバルマブまたはその抗原結合断片およびトレメリムマブまたはその抗原結合断片の組み合わせ）の相乗効果により、より低用量の１つ以上の治療薬の使用および／または前記治療薬の固形腫瘍を有する患者へのより低頻度の投与が許容される。より低用量の治療薬を利用する能力および／または前記治療薬をより低頻度に投与する能力により、固形腫瘍の治療における前記治療薬の有効性が低下することなく、前記治療薬の被験者への投与に関連した毒性が低下する。さらに、相乗効果により、固形腫瘍の管理、治療、または寛解における治療薬の改善された有効性がもたらされ得る。治療薬の組み合わせの相乗効果により、いずれかの単一治療の使用に関連した有害または不必要な副作用が回避または低減され得る。
【００７８】
併用療法では、デュルバルマブまたはその抗原結合断片は、任意選択的にトレメリムマブまたはその抗原結合断片と同じ医薬組成物中に含まれ得るか、あるいは別の医薬組成物中に含まれ得る。この後者の場合、デュルバルマブまたはその抗原結合断片を含む医薬組成物は、トレメリムマブまたはその抗原結合断片を含む医薬組成物の投与に対する前投与、同時投与、または後投与に適している。特定の場合、デュルバルマブまたはその抗原結合断片は、別の組成物中のトレメリムマブまたはその抗原結合断片と重複する時点に投与される。
【００７９】
一態様では、がん（例えば非小細胞肺がん）を患う対象は、治療方法を選択する過程で試験されてもよい。腫瘍試料切片は、画像分析（例えば、腫瘍細胞および免疫細胞マーカー、例えばＰＤ−Ｌ１およびＣＤ８を用いる）および遺伝子発現（例えばＩＦＮγ）を用いて評価される。免疫介在性がん治療薬が有効となるような患者は、かかる分析を用いて同定される。かかる患者は、デュルバルマブ、またはその抗原結合断片がトレメリムマブまたはその抗原結合断片と組み合わせて投与される。
【００８０】
マーカー（例えば、ＰＤ−Ｌ１およびＣＤ８）の発現を評価するため、腫瘍試料（例えば、ベースラインで実施された保存された（ａｒｃｈｉｖａｌ）腫瘍または新しい腫瘍生検）が用いられる。「マーカー」は、疾患または障害に関連した発現レベルまたは活性における改変を有する任意のタンパク質またはポリヌクレオチドを意味する。本発明の方法において有用なマーカーは、腫瘍細胞マーカー（例えばＰＤ−Ｌ１）および免疫細胞マーカー（例えば、ＣＤ８、ＣＤ３、ＦＯＸＰ３、およびＣＤ４）を含む。
【００８１】
組織試料を処理するための方法は、当該技術分野で公知であり、免疫組織化学染色（ＩＨＣ）およびインサイチュハイブリダイゼーションを含む。一般に、組織試料または組織試料切片は、固定され、検出可能な親和性試薬と接触され、それにより組織（例えば細胞）の１つ以上のマーカーまたは特徴の検出が可能になる。「検出する」は、検出されるべき分析物の存在、不在または量を同定することを指す。本明細書で用いられるとき、「検出可能な親和性試薬」は、標的に特異的に結合し、検出可能なシグナルを生成する組成物または化合物を意味する。一部の実施形態では、検出可能な親和性試薬は、（例えば、細胞または他の組織構造を検出する）色素または染色である。他の実施形態では、検出可能な親和性試薬は、検出可能な部分に共有結合された標的に特異的に結合する薬剤（例えば、化合物または組成物）を含む。特定の実施形態では、標的に特異的に結合する薬剤は、抗体または核酸（例えばオリゴヌクレオチドプローブ）である。「検出可能な部分」は、目的の分子に連結されるとき、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的手段を介して後者を検出可能にする組成物を意味する。例えば、有用な標識として、放射性同位体、磁気ビーズ、金属ビーズ、コロイド状粒子、蛍光色素、高電子密度試薬、酵素、ビオチン、ジゴキシゲニン、またはハプテンが挙げられる。
【００８２】
一例では、ホルマリン固定パラフィン包埋試料のＰＤ−Ｌ１免疫組織化学（ＩＨＣ）染色が、ＶｅｎｔａｎａＰＤ−Ｌ１  ＳＰ２６３ウサギｍＡｂアッセイを用いる自動化ＢｅｎｃｈＭａｒｋ  ＵＬＴＲＡ（登録商標）プラットフォーム上で実施された（Ｒｅｂｅｌａｔｔｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２０１５；３３：Ｓｕｐｐｌ：８０３３．ａｂｓｔｒａｃｔ）。ＮＳＣＬＣ患者におけるデュルバルマブ単剤療法試験に基づき、臨床評価が行われた（Ｒｉｚｖｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２０１５；３３：Ｓｕｐｐｌ：８０３２．ａｂｓｔｒａｃｔ）。腫瘍細胞の≧２５％が任意の強度でＰＤ−Ｌ１についての膜染色を示した場合、試料は陽性とみなされた。ＣＤ８＋リンパ球の自動化スコアリングでは、デジタル化ＩＨＣスライドに適用されるＤｅｆｉｎｉｅｎｓ  Ｄｅｖｅｌｏｐｅｒ  ＸＤ２．１．４ソフトウェアが用いられた。
【００８３】
画像分析の方法は、当該技術分野で公知であり、例えば、米国特許第８，６９９，７６９号明細書、米国特許第８，８７９，８１９号明細書、米国特許第９，０６０，６７２号明細書；および米国特許出願公開第２０１３００１６８８６号明細書、米国特許出願公開第２０１４０１６９６５４号明細書、米国特許出願公開第２０１４０２２８７０７号明細書、および米国特許出願公開第２０１３０１５６２７９号明細書に記載され、それらの各々は参照により本明細書に援用される。本発明の方法では、画像分析は、がん患者の組織ブロックから生成される組織切片中の関連対象（例えば、ＣＤ８陽性および陰性免疫細胞、ＣＤ８陰性腫瘍細胞、ＰＤ−Ｌ１陽性および陰性腫瘍細胞、ＰＤ−Ｌ１陽性および陰性マクロファージ、線維芽細胞、ネクローシス領域）の定量化のために用いられる。組織切片は、２つの色（二重ＩＨＣ染色）を用いて２つの抗体（ＰＤ−Ｌ１および抗ＣＤ８など）で染色されてもよい。あるいは、２つの連続切片は、１つの抗体で各々染色されたものを得てもよい。２つの連続切片は、仮想二重染色画像を生成するため、画像分析により自動的に整列される。レポーターからのシグナルは、（例えば、蛍光レポーターにおける放射波長による）シグナル検出に特異的な画像チャネルを用いることにより検出され得る。二重染色においては、各レポーターにおけるシグナルは、各レポーターのシグナル検出に特異的な画像チャネルを用いて検出される。
【００８４】
使用可能な統計的測定は、限定はされないが、所与の領域内の所与のタイプの細胞の平均密度および平均百分率を含む。別の測定は、１つのバイオマーカーで染色された陽性細胞および別のバイオマーカーで染色された陽性細胞の空間発生率の測定を含む。この手法では、ＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍浸潤性免疫細胞が測定される。これらは、近傍空間に少なくとも所定数の腫瘍細胞を有するＰＤ−Ｌ１陽性免疫細胞である。用いられる領域は、病理学者による全スライドの注釈付き組織領域、病理学者による注釈付き腫瘍領域、細胞密度ヒートマップ画像を作成するための矩形小領域（２０×スライド解像度で約６４ピクセルサイズ）であり、ここで各ヒートマップのピクセル値は、組織切片の領域内の細胞のかかる測定値を表す。
【００８５】
本明細書に記載の通り、「免疫細胞によって包含される陽性腫瘍内部の領域」のような新規な特徴や特徴の新しい組み合わせが導入され得る。この手法を用いて、デュルバルマブ（抗ＰＤ−Ｌ１）を用いる治療、ならびにデュルバルマブおよびトレメリムマブ（抗ＣＴＬＡ４）の併用療法に対する患者の応答について予測的な染色組織スライドのデジタル画像から、新規な痕跡が抽出された。痕跡は、隣接組織切片の内部で測定される遺伝子発現値とさらに組み合わせることができる。これらの発現値は、腫瘍細胞−免疫細胞相互作用に関与する遺伝子から測定される。様々な実施形態では、痕跡は、染色ＰＤ−Ｌ１およびＣＤ８陽性細胞および／またはＩＦＮγの遺伝子発現測定に基づく。例示的な痕跡は、ＣＤ８＋細長いリンパ球の密度（１／ｍｍ２）（例えば、２．３を超える長さ対幅比および０．０００００９８ｍｍより小さい幅）；ＣＤ８＋細胞の密度（１／ｍｍ２）；ＰＤ−Ｌ１＋リンパ球浸潤腫瘍領域（腫瘍細胞の集団）の密度（１／ｍｍ２）；ＰＤ−Ｌ１＋腫瘍細胞の密度（１／ｍｍ２）；「Ｂａｔｔｌｅ  ｆｉｅｌｄ  ２」と称される、ＣＤ８＋リンパ球およびＰＤ−Ｌ１＋腫瘍細胞の共局在スコア（図９参照）；ＩＦＮγ遺伝子発現値、の１つ以上を含んでもよい。特定の実施形態では、領域（例えば、Ｂａｔｔｌｅ  ｆｉｅｌｄ  ２内）は、少なくとも１つの特定タイプの細胞を含む０．００００３１３６ｍｍ２タイルの倍数である。
【００８６】
マーカー（例えばＩＦＮγ）の遺伝子発現または活性の上方または下方制御は、当該技術分野で公知の任意の手段により測定されてもよい。例えば、遺伝子発現の上方または下方制御は、ｍＲＮＡレベルを測定することにより検出されてもよい。ｍＲＮＡ発現は、ノーザンブロッティング、スロットブロッティング、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応、または遺伝子チップハイブリダイゼーション技術により測定されてもよい。遺伝子チップハイブリダイゼーション技術における核酸アレイを作製する例として、米国特許第５，７４４，３０５号明細書および米国特許第５，１４３，８５４号明細書を参照のこと。遺伝子発現を測定するためのＴＡＱＭＡＮ（登録商標）法の使用方法の例として、Ｅｓｔａｂｌｉｓｈｉｎｇ  ａｎｄ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎ  ＨＥＫ−２９３  ｃｅｌｌ  ｌｉｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ  ａｕｔｏｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔｌｙ  ｔａｇｇｅｄ  β−ａｃｔｉｎ（ｐＥＹＦＰ−ＡＣＴＩＮ）  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｎｅｕｒｏｋｉｎｉｎ  ｔｙｐｅ  １  ｒｅｃｅｐｔｏｒ（ＮＫ１−Ｒ）  Ｈｒｏｖａｔ，Ａ；Ｚａｖｅｃ，ＡＢ；Ｐｏｇａｃｎｉｋ，Ａ；Ｆｒａｎｇｅｚ，Ｒ；Ｖｒｅｃｌ，Ｍ  ２０１０  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  ＆  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｌｅｔｔｅｒｓ  １，５５−６９、Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｅｓ  ｏｆ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  ａｎｄ  ａｎｔｉａｐｏｐｔｏｔｉｃ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ｓｐｏｒａｄｉｃ  ａｎｄ  ｃｏｌｉｔｉｓ−ｒｅｌａｔｅｄ  ｍｏｕｓｅ  ｃｏｌｏｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｍｏｄｅｌｓ  Ｓｖｅｃ，Ｊ；Ｅｒｇａｎｇ，Ｐ；Ｍａｎｄｙｓ，Ｖ；Ｋｍｅｎｔ，Ｍ；Ｐａｃｈａ，Ｊ  ２０１０  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  １，４４−５３、およびＰｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｅｍｏｄｉｎ  ａｎｄ  ｄｉｃｈｌｏｒｏ−ｒｉｂｏｆｕｒａｎｏｓｙｌｂｅｎｚｉｍｉｄａｚｏｌｅ  ｍｏｄｕｌａｔｅ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ａｃｃｕｍｕｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ  ｏｆ  ｃｉｓｐｌａｔｉｎ  ｉｎ  ａ  ｓｃｈｅｄｕｌｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｍａｎｎｅｒ  Ｋｕｒｏｋａｗａ，Ｔ；Ｈｅ，ＧＡ；Ｓｉｄｄｉｋ，ＺＨ  ２０１０  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ  ａｎｄ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ３，４２７−４３６を参照のこと。
【００８７】
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）において標的に選択的に結合するプライマーは、ＰＣＲ反応においてハイブリダイズし、バックグラウドを超える標的を検出するのに十分なシグナルを生成する経験的に決定するプライマーに基づいて選択され得るか、またはＭａｎｉａｔｉｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｓｅｃｔｉｏｎ  １１．４６，１９８９に記載のようにプライマー：標的二本鎖の融解温度を用いて予測され得る。同様に、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）または関連方法においてＰＣＲ産物を検出するためのプローブは、経験的に選択または予測され得る。かかるプライマーおよびプローブ（集合的に「オリゴヌクレオチド」）は、１０〜３０の間またはそれを超えるヌクレオチド長であってもよい。
【００８８】
マーカー（例えばＩＦＮγ）の遺伝子発現または活性の上方または下方制御は、タンパク質レベルを検出することにより測定されてもよい。タンパク質発現レベルを検出するための方法は、酵素結合免疫吸着アッセイ、ウエスタンブロッティング、タンパク質アレイ、および銀染色などの免疫に基づくアッセイを含む。
【００８９】
組織分析からの測定値を用いて、疾患応答における有病率および適中率を考慮することで、モデルを作成することができる。データモデリングの方法は、当該技術分野で公知であり、例えば、米国特許第８，６９９，７６９号明細書、米国特許第８，８７９，８１９号明細書、米国特許第９，０６０，６７２号明細書；および米国特許出願公開第２０１３００１６８８６号明細書、米国特許出願公開第２０１４０１６９６５４号明細書、米国特許出願公開第２０１４０２２８７０７号明細書、および米国特許出願公開第２０１３０１５６２７９号明細書（それらの各々は参照により本明細書に援用される）において記載されている。様々な実施形態では、単純な数値シミュレーションモデルが、免疫細胞（例えばＴ細胞）集団と腫瘍細胞との相互作用に基づいて作成される。特定の実施形態では、以下の測定：腫瘍へのＴ細胞のフロー、Ｔ細胞によるＩＦＮγの産生と、その後のＴ細胞を殺滅しかつ／またはそれらの増殖を少なくとも低減する、腫瘍細胞によるＰＤ−Ｌ１応答の１つ以上に関するデータがモデルに組み込まれる。モデルは、固定ステップサイズで単純な常（共役）微分方程式ソルバーを用いるソフトウェア（例えばＤｅｆｉｎｉｅｎｓ  Ｍｉｎｅｒ）を用いて解析され得る。各モデルの実行においては、腫瘍細胞（例えばＰＤ−Ｌ１＋）および免疫細胞（例えばＣＤ８＋Ｔ細胞）の量などの定常状態パラメータが監視され得る。一実施形態では、免疫介在性がん治療薬（例えばデュルバルマブ）に対する患者応答は、交差検証（２倍）を用いて、浅い決定木の森によりすべての特徴に関して予測される。森は、訓練および試験される決定（回帰）木からなる。一実施形態では、訓練セットは、（それが応答者の５０％を含むことを保証するため）層別化され、（応答者の試料を非応答者の試料のサイズまで引き上げることにより）平衡化されるような方法で作成される。深さ１または２の決定木は、訓練セットに対して訓練され、すべてのデータに適用される。このフレームワークは、評価値に応じて木を選択する可能性をもたらす。最終の木を選択するためのより系統的な方法は、評価特徴量を最適化することによる。後者においては、このルールセットは、閾値を適用し、評価特徴量の１つをさらに最適化する可能性をもたらす。特定の実施形態では、陽性適中率（ＰＰＶ）、陰性適中率（ＮＰＶ）、応答者の真陽性率（ＴＰＲ）および対応するログランク検定のＰ値に対する１つ以上の閾値は、ＰＰＶ＞０．４、ＮＰＶ＞０．９、ＴＰＲ＞０．７およびＰ値＜０．０１のように設定される。
【００９０】
一部の実施形態では、選択されるモデルは、（例えば、データを２つの等しいサイズの層別化されたサブセットに無作為に１０００回分割することにより）頑健性について確認される。次いで、モデルは、１０００の試験セットについて適用および評価される。特定のＰＰＶおよびＮＰＶを念頭に置いて、木を選択することができる（Ｄｅｆｉｎｉｅｎｓ  Ｉｍａｇｅ  Ｍｉｎｅｒソフトウェア）。選択された決定木において患者応答を示すカプラン・マイヤープロットが作成される。加えて、選択されたモデルの安定性は、統計学的解析を用いて検証または評価される。木の深さは、２、３、４、５、６またはそれ以上、例えばすべてのパラメータに至るまで増加され、類似的に評価され得る。
【００９１】
さらなる実施形態では、作成されるモデルは、最適化および評価される。様々な実施形態では、カットオフは、全患者生存率のカプラン・マイヤー分析のＰ値を０．０５未満に保持しながら有病率および適中率を最適化することによって決定される：１）最小（注釈付き腫瘍コアにおけるＡ、注釈付き腫瘍コアにおけるＣ）＞２．４；２）全スライドにおけるＢ＞７００；３）全スライドにおけるＣ＞５；４）注釈付き腫瘍コアにおけるＤ＞７５；５）Ｅ＞８０；６）Ｅ＞８１または−１／ＩＦＮＧ＞０．０９７５６。
【００９２】
特に定義されない限り、本明細書で用いられるすべての科学技術用語は、本発明が属する当該技術分野の当業者により一般的に理解されている意味を有する。以下の参考文献は、当業者に本発明で用いられる用語の多くの一般的定義を提供する：Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（２ｎｄ  ｅｄ．１９９４）；Ｔｈｅ  Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒ  ｅｄ．，１９８８）；Ｔｈｅ  Ｇｌｏｓｓａｒｙ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，５ｔｈ  Ｅｄ．，Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ（１９９１）；およびＨａｌｅ  ＆  Ｍａｒｈａｍ，Ｔｈｅ  Ｈａｒｐｅｒ  Ｃｏｌｌｉｎｓ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９１）。
【００９３】
本発明の実施には、別段の指示がない限り、当業者の範囲内に十分に含まれる、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学および免疫学の通常の技術が用いられる。かかる技術は、文献、例えば、“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”，ｓｅｃｏｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，１９８９）；“Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”（Ｇａｉｔ，１９８４）；“Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ”（Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，１９８７）；“Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ”“Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”（Ｗｅｉｒ，１９９６）；“Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  Ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｃｅｌｌｓ”（Ｍｉｌｌｅｒ  ａｎｄ  Ｃａｌｏｓ，１９８７）；“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”（Ａｕｓｕｂｅｌ，１９８７）；“ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ”，（Ｍｕｌｌｉｓ，１９９４）；“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”（Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９１）に十分に説明されている。これらの技術は、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの作製に適用可能であり、それ故、本発明の作製および実施において考慮されてもよい。特定の実施形態にとって特に有用な技術は、以下のセクションにて考察されることになる。
【００９４】
以下の実施例は、本発明のアッセイ、スクリーニング、および治療方法の作製および使用方法についての完全な開示および説明を当業者に提供するために提示され、発明者がその発明とみなすような範囲を限定することは意図されない。
【実施例】
【００９５】
実施例１：進行性非小細胞肺がんを有する患者におけるデュルバルマブおよびトレメリムマブの併用治療を評価する試験。
プログラム細胞死リガンド−１（ＰＤ−Ｌ１）および細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原４（ＣＴＬＡ−４）免疫チェックポイントは、抗腫瘍Ｔ細胞活性を阻害する。抗ＰＤ−Ｌ１抗体デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）および抗ＣＴＬＡ−４抗体トレメリムマブは、ＰＤ−Ｌ１陰性腫瘍を有する患者において単独療法よりも大きい抗腫瘍活性を提供し得る。この試験では、過去に治療した局在進行性または転移性ＮＳＣＬＣを有する患者におけるＣＴＬＡ−４阻害剤トレメリムマブと組み合わせたデュルバルマブの安全性および抗腫瘍活性を検討した。確認された局在進行性または転移性ＮＳＣＬＣを有する免疫療法ナイーブ患者を試験に含めた。特に、患者は、（免疫組織化学アッセイを用いて評価した）ＰＤ−Ｌ１の発現とは無関係に適格であった。抗腫瘍活性においては、客観的奏効は確認された完全または部分奏効（ＣＲまたはＰＲ）と定義し、２４週目の疾病管理はＣＲ、ＰＲ、または安定疾患（ＳＤ）の持続時間が≧２４週と定義した。２４週目の客観的奏効率（ＯＲＲ）および疾病管理率（ＤＣＲ）を評価し、正確な二項分布を用いて９５％信頼区間（ＣＩ）を算出した。試験薬は、１３用量のデュルバルマブ（Ｄ）を４週毎（ｑ４ｗ）、６用量をｑ４ｗ、次いで３用量のトレメリムマブ（Ｔ）を１２週毎（ｑ１２ｗ）、静脈内投与した。デュルバルマブ３ｍｇ／ｋｇ（Ｄ３）〜２０ｍｇ／ｋｇ（Ｄ２０）とトレメリムマブ１ｍｇ／ｋｇ（Ｔ１）〜３ｍｇ／ｋｇ（Ｔ３）との複数の組み合わせについて探索した。特に、４週毎（ｑ４ｗ）の３、１０、１５、もしくは２０ｍｇ／ｋｇまたはｑ２ｗの１０ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブ用量は、１、３、もしくは１０ｍｇ／ｋｇをｑ４ｗの６用量として、次いでｑ１２ｗの３用量としてのトレメリムマブと組み合わせた（例えば、Ｄ１５  ｑ４ｗ／Ｔ１０の組み合わせを含む）。漸増期の間、Ｄ１０  ｑ２ｗについても、Ｔ１またはＴ３と組み合わせて試験した。
【００９６】
ＰＤ−Ｌ１−およびＰＤ−Ｌ１＋腫瘍の双方を有する患者において、抗腫瘍活性が認められ、投与コホート間で幾つかの差異が記録された。試験治療は、１２か月間または進行性疾患まで、ＤＬＴもしくは他の許容できない毒性、中止された同意、または他の理由での中断であった。疾病管理（すなわち、完全奏効［ＣＲ］、部分奏効［ＰＲ］、または安定疾患［ＳＤ］）を１２か月治療期間の終了まで達成し、維持した患者は、フォローアップに入った。フォローアップ期間中に進行性疾患が記録された場合、１回の再治療を施し、患者は、彼らの疾患に対して他の治療を受けていないが、試験の適格性判断基準を満たした。
【００９７】
ベースラインで実施した保存された腫瘍または新しい腫瘍の生検は、ＰＤ−Ｌ１およびＣＤ８の発現について評価した。ホルマリン固定パラフィン包埋試料のＰＤ−Ｌ１免疫組織化学（ＩＨＣ）染色は、Ｖｅｎｔａｎａ  ＰＤ−Ｌ１  ＳＰ２６３ウサギｍＡｂアッセイを用いる自動化ＢｅｎｃｈＭａｒｋ  ＵＬＴＲＡ（登録商標）プラットフォーム上で実施した（Ｒｅｂｅｌａｔｔｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２０１５；３３：Ｓｕｐｐｌ：８０３３．ａｂｓｔｒａｃｔ）。臨床評価は、ＮＳＣＬＣ患者におけるデュルバルマブ単独療法試験に基づいて行った（Ｒｉｚｖｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２０１５；３３：Ｓｕｐｐｌ：８０３２．ａｂｓｔｒａｃｔ）。腫瘍細胞の≧２５％が任意の強度でＰＤ−Ｌ１についての膜染色を示した場合、試料は陽性とみなされた。ＣＤ８＋リンパ球の自動化スコアリングでは、デジタル化ＩＨＣスライドに適用されるＤｅｆｉｎｉｅｎｓ  Ｄｅｖｅｌｏｐｅｒ  ＸＤ２．１．４ソフトウェアを用いた。
【００９８】
実施例２：デュルバルマブおよびトレメリムマブの組み合わせは腫瘍生検での痕跡を有する進行性非小細胞肺がんを有する患者を治療するために有効である。
がん患者に対する免疫療法は、有望な治療オプションを拓くが、それらに応答する患者の亜群を同定することは課題である。ＮＳＣＬＣ後期患者においては、現在用いられる最良の層別子は、病理学者により手作業で判定される、膜上にＰＤ−Ｌ１を発現している細胞の割合である、ＰＤ−Ｌ１状態に対するカットオフである。この方法の不便性および制限は過度の単純化を含むが、特に免疫系の重要性が最小化され、またそれがマニュアル試験であり、その課題によって代表される複雑性および統計学的精度をカバーしない可能性があることが理由である。さらに、ＰＤ−Ｌ１状態による層別化は、適中率および正確度に関する要件を満たすのに十分でない場合がある（Ｒｉｚｖｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ３３，２０１５（ｓｕｐｐｌ；ａｂｓｔｒ  ８０３２）；図１）。
【００９９】
臨床試験の患者をデュルバルマブ療法に対する彼らの応答に従って層別化するため、痕跡がＰＤ−Ｌ１およびＣＤ８染色組織試料に由来し得るか否かを検査するための試験を実施した。肺がん患者のコホートからの組織試料を、抗ＰＤ−Ｌ１に基づく免疫療法に対する彼らの薬剤応答を遡及的に予測するために検討した。陽性適中率は、ＰＤ−Ｌ１単独療法においては約０．５であり、ＰＤ−Ｌ１／ＣＴＬＡ４併用療法においては約０．７に上昇し、有病率は５０％を超え、それはデータを組織試料から抽出する検出力を示している。
【０１００】
試験の別の目的は、Ｔ細胞とがん細胞との相互作用、および特にはＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞とＰＤ−Ｌ１＋もしくはＰＤ−Ｌ１−腫瘍細胞との相互作用への洞察を得ることであった。臨床試験の幾つかのモデル仮説を検証するため、単純であるが定量的なシステムの免疫学的モデルを開発し、定常状態の結果を、免疫組織化学（ＩＨＣ）イメージングおよび経路相互作用データベース（ＰＩＤ）のデータに対する遺伝子発現の測定結果と比較した。
【０１０１】
方法
応答予測のための層別化アルゴリズムは、ＰＤ−Ｌ１染色組織切片の視覚的な病理学者スコアリング；Ｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  Ｎｅｔｗｏｒｋ  Ｌａｎｇｕａｇｅスクリプトを用いてＤｅｆｉｎｉｅｎｓのデータフィケーションチームによって計算された、ＰＤ−Ｌ１およびＣＤ８の染色およびデジタル化組織切片の基本的読み取り；基本的読み取りの様々な組み合わせ（例えば、掛け算、加算、最小値など）；ならびに分割および分類された画像の画像マイニングを通じて得られるヒートマップからの特徴に対して実行した。
【０１０２】
データフィケーション
データフィケーションワークフローは、ＣＤ８＋リンパ球、ＣＤ８＋浸潤リンパ球、ＣＤ８＋細長いリンパ球、ＰＤ−Ｌ１＋腫瘍細胞（さらに、染色が弱い膜、中程度の膜および強い膜に対応するＭ１、Ｍ２、Ｍ３亜群）、ＰＤ−Ｌ１＋リンパ球、およびＰＤ−Ｌ１＋浸潤リンパ球などの細胞集団の細胞密度（細胞／ｍｍ２）および百分率を含む、組織切片における基本的特徴を同定するようにセットアップした。密度および百分率は、病理学者からの注釈付き領域内部、すなわち注釈付き領域（ＡＡ）、腫瘍コア（ＴＣ）、侵襲性辺縁部（ＩＭ）および腫瘍領域（ＴＲ）内部（画像分析により誘導された）で測定した。
【０１０３】
ヒートマップの作成
ヒートマップは、以下のルールに従って定義される、腫瘍細胞（赤）、リンパ球ＣＤ８−（青）およびリンパ球ＣＤ８＋（緑）の密度を計算することにより作成した（図２）。
【０１０４】
細胞数／タイル（１２８×１２８ピクセルすなわち約０．００４ｍｍ２）：
・リンパ球ＣＤ８＋：データフィケーションのルールセットにより陽性と定義
・腫瘍細胞：リンパ球ＣＤ８＋およびピクセル面積＞１２０および絶対値（長さ−幅）＜０．３×長さ
・リンパ球ＣＤ８−は、リンパ球ＣＤ８＋およびピクセル面積＜１２５およびピクセル面積＞３６および絶対値（長さ−幅）＜０．３×長さと定義した
【０１０５】
それらルールの理論的根拠は、リンパ球ＣＤ８＋が褐色染色の腫瘍細胞によって認識され、大きく丸くて染色されないものと定義され、リンパ球ＣＤ８−が小さく丸くて染色されないものと定義される点である。
【０１０６】
画像マイニング
異なる細胞集団の相互作用によりスライドをスコア化するため、以下のステップに従い、空間統計学の計算を行った。１．ヒートマップをＣＤ８画像分析（Ｄｅｆｉｎｉｅｎｓ  Ｉｍａｇｅ  Ｍｉｎｅｒ  Ｎｅｘｔ  Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎツール）から作成し、ＣＤ８＋／−Ｔ細胞および腫瘍細胞を同定した。２．各ヒートマップのピクセルについて、その近隣を考慮することにより特徴ベクターを計算した。３．目的変数なしのクラスター分析をヒートマップのピクセルのオブジェクトに対して実施した。４．患者の特徴ベクターを相対面積／集団／患者の計算により作成した。
【０１０７】
システム生物学およびモデリング
ＰＤ−Ｌ１−ＣＤ８関係における観察される最大についての説明モデルを作成するため（図３）、Ｔ細胞集団と腫瘍との相互作用についての単純な数値シミュレーションモデルを実行した。実行した主な機構は、腫瘍へのＴ細胞のフロー、Ｔ細胞によるＩＦＮγの産生と、その後のＴ細胞を殺滅しかつ／またはそれらの増殖を少なくとも低減する、腫瘍細胞によるＰＤ−Ｌ１応答であった。モデルの単純化したグラフ表示を図４に示す。
【０１０８】
モデルは、固定ステップサイズで単純な常（共役）微分方程式ソルバーを用いるＤｅｆｉｎｉｅｎｓ  Ｍｉｎｅｒソフトウェアにおいて解析した。各モデルの実行においては、ＰＤ−Ｌ１＋腫瘍およびＣＤ８＋Ｔ細胞の量などの定常状態パラメータを報告する。
【０１０９】
デュルバルマブ治療応答予測における結果
デュルバルマブ療法に対する患者の応答は、２倍交差検証を用いる浅い決定木の森により、（上記の）すべての特徴に対して予測した。森は、次のように、訓練および試験した１０００ＣＡＲＴ決定（回帰）木からなる。
【０１１０】
訓練セットは、（それが応答者の５０％を含むことを保証するため）層別化し、（応答者の試料を非応答者の試料のサイズまで引き上げることにより）平衡化させるような方法で作成した。深さ１または２の決定木は、訓練セットに対して訓練し、すべてのデータに対して適用した。
【０１１１】
このフレームワークは、評価値に従う木を選択する可能性をもたらす。最終の木を選択するためのより系統的な方法は、評価特徴量を最適化することによる。後者においては、このルールセットは、閾値を適用し、評価特徴量の１つをさらに最適化する可能性をもたらす。陽性適中率（ＰＰＶ）、陰性適中率（ＮＰＶ）、応答者の真陽性率（ＴＰＲ）および対応するログランク検定のＰ値に対する閾値は、ＰＰＶ＞０．４、ＮＰＶ＞０．９、ＴＰＲ＞０．７およびＰ値＜０．０１のように設定した。
【０１１２】
さらに、選択したモデルは、データを２つの等しいサイズの層別化されたサブセットに無作為に１０００回分割することにより、頑健性について確認した。次いで、モデルは、１０００の試験セットに対して適用および評価した。特定のＰＰＶおよびＮＰＶを念頭に置いて、Ｄｅｆｉｎｉｅｎｓ  Ｉｍａｇｅ  Ｍｉｎｅｒソフトウェアにおいて木を選択することができる（図５Ａ）。選択した決定木において患者応答を示すカプラン・マイヤープロットを作成する（図５Ｂ）。最後に、選択したモデルの安定性は、統計学的解析を用いて検証または評価する（図５Ｃ）。木の深さは、２まで増加させ、類似的に評価することができる。
【０１１３】
上の画像マイニングの項で説明したヒートマップ特徴を含む手順を繰り返した。モデルによって選択したヒートマップ特徴は、ＣＤ８＋細胞および腫瘍細胞の密度の合計に対する腫瘍細胞密度の平均比である（ＨＭ＿ＩｎｖａｓｉｖｅＭａｒｇｉｎ−ｏ＿ｒｇ５）。
【０１１４】
作成したモデルを最適化および評価した。モデル「腫瘍コア（ＴＣ）内のＣＤ８＋細長いリンパ球の密度およびＴＣ内のＰＤ−Ｌ１＋浸潤リンパ球の密度の最小＞２．４１／ｍｍ２」は、最適なＰ値を有した（図６Ａ）。この組み合わせた読み取り特徴に対する閾値の意味は、層別化をいかに適用するかによって示された。両密度（腫瘍コア（ＴＣ）内のＣＤ８＋細長いまたはＰＤ−Ｌ１＋浸潤リンパ球）の少なくとも一方が高い（＞２．４１ｍｍ２）場合、デュルバルマブ療法は有効である可能性が高かった（図６Ｂ）。別モデル「ＣＤ８＋細長いリンパ球またはＰＤ−Ｌ１＋浸潤リンパ球での層別化」においても、予測される治療応答者が同定された（図６Ｃ）。これに関連して、そのルールセットは、最適化するための自由度を提供し、最適化にとって理想的な評価特徴量については考察可能である。
【０１１５】
他の特徴を試験することのないように、病理学者によって用いられる腫瘍細胞の染色の染色強度および割合（例えば、ＰＤ−Ｌ１＋対ＰＤ−Ｌ１−）の半定量的尺度である層別子のＭ−スコアを模倣および最適化するため、データフィケーション結果を用いた（図７Ａ）。しかし、上に示す最適化された評価特徴量は、最適化されたＭ−スコアを上回った。同様に、Ｈ−スコア３もまた評価した（図７Ｂ）。Ｈ−スコア３がＭ−スコアよりも正確な層別子であるが、Ｈ−スコア３がまた最適化されたＰ値または応答者の真陽性率（ＴＰＲ）を伴うモデルの正確度に達しないことが認められた。実施した極めて多数の品質検査の１つが、病理学者によって評価されるスコアとデータフィケーションにより評価されるスコアとの間の関係を評価することであった。ここでＭ−スコアおよびＨ−スコア３は、病理学者により評価され、かつデータフィケーションにより評価されるとき、強力な一貫性が示した（図７Ｃおよび７Ｄ）。
【０１１６】
デュルバルマブおよびトレメリムマブに対する患者応答に十分に対応する測定値は、「細長いＣＤ８＋細胞またはＰＤ−Ｌ１＋浸潤細胞の最小＞２．４１／ｍｍ２」（図８Ａ）；「ＩＦＮγ＞−１１．８またはＴＣ内のすべてのＣＤ８＋細胞＞３１８．７／ｍｍ２」（図８Ｂ）；「ＩＦＮγ＞−１２．２またはＴＣ内のＣＤ８＋細長い細胞＞１３／ｍｍ２」（図８Ｃ）を含んだ。一実施形態では、ＰＤ−Ｌ１＋浸潤細胞は、１つ以上のＰＤ−Ｌ１＋およびＣＤ８＋細胞が重複する場合、またはＰＤ−Ｌ１＋およびＣＤ８＋染色の重複が１つ以上のＰＤ−Ｌ１＋およびＣＤ８＋細胞もしくはＰＤ−Ｌ１＋およびＣＤ８＋染色の総ピクセル面積によって除される場合のピクセル面積である「Ｂａｔｔｌｅ  Ｆｉｅｌｄ  ２計算」測定値を用いて判定した（図９）。
【０１１７】
ＮＳＣＬＣ  ＰＩＤデータに対する遺伝子発現分析もまた実施した。免疫系経路に関与する選択遺伝子について処理した遺伝子発現データをＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＨＧ  Ｕ１３３ｐｌｕｓ  ２プラットフォーム上で生成するとともに、癌遺伝子および腫瘍サプレッサー遺伝子を分析に組み込んだ。
【０１１８】
遺伝子の発現は、ＩＨＣにより以前に定義した、ＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈおよびＰＤ−Ｌ１−ｌｏｗの２群間で比較した。これら２群間での遺伝子発現における差異は、特に免疫経路に関与する遺伝子において強化された。事実、３８中の１２の免疫関連遺伝子は、ＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈとＰＤ−Ｌ１−ｌｏｗとの間で差次的に発現され（マン・ホイットニー；Ｐ値≦０．０５）、それは群間での差異を示した。
【０１１９】
差異におけるこの強化が偶然に生じる可能性が極めて低いことを証明するため、モンテカルロシミュレーションを適用した。データをＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈおよびＰＤ−Ｌ１−ｌｏｗと同じサイズの２群に無作為に１０００回分割し、それらの発現値における差異の有意性を毎回チェックした。有意に異なって発現された遺伝子の数の中央値は、３８中２であった。ＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈとＰＤ−Ｌ１−ｌｏｗとの間で有意に異なる発現値を有する遺伝子の数の偽発見率は、１％未満であった（図１０Ａに示す通り）。結果を解釈すると、ＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈ群における免疫系の活性が特に高いことが見出された（図１０Ｂ）。
【０１２０】
ＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈ群は、遺伝子発現値間の正および負相関係数の数および強度がさらに異なった。全コホート（図１１Ａ）およびＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈ（図１１Ｂ）におけるｃｈｏｒｄダイアグラム可視化を用いて、８０の免疫関連遺伝子セットにおける発現値間で有意な相関（絶対スピアマン順位相関係数＞０．７およびＰ値＜０．０５）が認められた。ＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈにおいて、全コホートと比べてより有意でかつ負の相関が認められ、ＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈが特別な亜群を表すことがさらに示された。
【０１２１】
要するに、ＮＳＣＬＣ患者のＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）治療における異なる層別子の評価を可能にする、Ｉｍａｇｅ  Ｍｉｎｅｒによりアクセス可能なフレームワークを作成した。フレームワークでは、層別子を決定木の形態で生成し、それらの評価測定を最適化し、最適な層別子を、無作為に引き出されるサブセットに対するその安定性について試験する。Ｔ細胞−腫瘍相互作用の数値モデリングの結果によると、基本的な区画モデルが、以下のパラメータ：１．腫瘍に対するＣＤ８＋細胞の流動；２．ＰＤ−Ｌ１を生成可能な「活性」腫瘍サイズ；３．ＰＤ−Ｌ１＋腫瘍細胞と接触状態にあるときのＣＤ８＋細胞の「死滅」率、により駆動されることが示された。
【０１２２】
ＣＤ８＋細胞の流動がＰＤ−Ｌ１＋腫瘍サイズに比例する場合のパラメータ設定において、ＣＤ８−ＰＤ−Ｌ１の観測最大を再現することは可能であった。理論に拘束されない限り、免疫系の活性が増加されるとき、それは腫瘍のＰＤ−Ｌ１回避能を増強する。この知見は、ＰＤ−Ｌ１回避を用いて免疫応答に迅速に適応させる腫瘍細胞の自然淘汰により、説明され得る。
【０１２３】
例えばＰＤ−Ｌ１およびＣＤ８染色画像を共記載することを含む、ＰＤ−Ｌ１およびＣＤ８マーカー付近の情報を用いて追加的なヒートマップ特徴を作成するための画像マイニング手法を用いて、さらなる精緻化を行うことができる。理論に拘束されない限り、これは潜在的にはより精緻な層別化をもたらし得る。本試験の別の目標は、ＰＩＤデータ上に免疫療法に対する潜在的な応答者の痕跡を見出すことであった。ＰＤ−Ｌ１−ｈｉｇｈは、特に能動免疫系を有するコホートの特殊な亜群と定義した。この亜群にて認められる特殊な腫瘍微小環境は、免疫療法が有効である可能性が高い場合、適応免疫応答の特性を反映する。
【０１２４】
当業者は、本明細書に記載される開示の具体的態様に対する多数の均等物を理解するかまたは通常の実験を少し用いて確認することができるであろう。かかる均等物は、以下の特許請求の範囲によって包含されることが意図される。
【０１２５】
前述の発明は、理解を明瞭にすることを意図して、図面および実施例を介して、ある程度詳細に説明されているが、添付の特許請求の範囲の範囲内で特定の変更および修飾がなされ得ることは明白であろう。
【０１２６】
様々な出版物が本明細書に引用され、それらの開示はそれら全体が参照により援用される。
【０１２７】
配列表
配列番号１  デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）ＶＬ
【化１】
2019505488.tif 000004
配列番号２  デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）ＶＨ
【化２】
2019505488.tif 000005
配列番号３−デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）ＶＨ  ＣＤＲ１
ＲＹＷＭＳ
配列番号４−デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）ＶＨ  ＣＤＲ２
ＮＩＫＱＤＧＳＥＫＹＹＶＤＳＶＫＧ
配列番号５−デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）ＶＨ  ＣＤＲ３
ＥＧＧＷＦＧＥＬＡＦＤＹ
配列番号６−デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）ＶＬ  ＣＤＲ１
ＲＡＳＱＲＶＳＳＳＹＬＡ
配列番号７−デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）ＶＬ  ＣＤＲ２
ＤＡＳＳＲＡＴ
配列番号８−デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）ＶＬ  ＣＤＲ３
ＱＱＹＧＳＬＰＷＴ
配列番号９  トレメリムマブ  ＶＬ
【化３】
2019505488.tif 000006
配列番号１０  トレメリムマブ  ＶＨ
【化４】
2019505488.tif 000007
配列番号１１−トレメリムマブ  ＶＨ  ＣＤＲ１
ＧＦＴＦＳＳＹＧＭＨ
配列番号１２−トレメリムマブ  ＶＨ  ＣＤＲ２
ＶＩＷＹＤＧＳＮＫＹＹＡＤＳＶ
配列番号１３−トレメリムマブ  ＶＨ  ＣＤＲ３
ＴＡＶＹＹＣＡＲＤＰＲＧＡＴＬＹＹＹＹＹＧＭＤＶ
配列番号１４−トレメリムマブ  ＶＬ  ＣＤＲ１
ＲＡＳＱＳＩＮＳＹＬＤ
配列番号１５−トレメリムマブ  ＶＬ  ＣＤＲ２
ＡＡＳＳＬＱＳ
配列番号１６−トレメリムマブ  ＶＬ  ＣＤＲ３
ＱＱＹＹＳＴＰＦＴ
【図１】
2019505488.tif 000008
【図２】
2019505488.tif 000009
【図３】
2019505488.tif 000010
【図４】
2019505488.tif 000011
【図６Ａ】
2019505488.tif 000012
【図６Ｂ】
2019505488.tif 000013
【図６Ｃ】
2019505488.tif 000014
【図７Ａ】
2019505488.tif 000015
【図７Ｂ】
2019505488.tif 000016
【図７Ｃ】
2019505488.tif 000017
【図７Ｄ】
2019505488.tif 000018
【図８Ａ】
2019505488.tif 000019
【図８Ｂ】
2019505488.tif 000020
【図８Ｃ】
2019505488.tif 000021
【図９】
2019505488.tif 000022
【図１０】
2019505488.tif 000023
【配列表】
2019505488000001.app
【国際調査報告】
2019505488.tif 000024
2019505488.tif 000025
2019505488.tif 000026
2019505488.tif 000027