【手続補正書】
【提出日】平成18年11月24日(2006.11.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的中の配列変化を決定する方法であって：
ａ）標的を１又は複数の特異的開裂試薬と接触させることによって当該標的をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬により参照生物分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記ａ）及びｂ）で生成したフラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記ａ）で生成したフラグメントと前記ｂ）で生成したフラグメントとの間で質量シグナルの違いを決定する工程；及び
ｅ）前記質量シグナルの違いから配列変化候補の減少した組を決定し、それによって前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程、
を含む、標的生物分子中の配列変化を決定する方法。
【請求項２】
前記生物分子が核酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記候補配列をスコア付けする工程及び前記標的核酸分子中の配列変化を決定する工程をさらに含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
ａ）前記標的生物分子と前記参照生物分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｂ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ａ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；及び
ｃ）候補配列である、前記コンポマー・ウィットネスに対応する配列変化の減少した組を決定し、前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程
を含む、減少した配列変化候補の組を決定する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
前記質量シグナルの違いが消失シグナル、追加シグナル、強度が異なるシグナルとして示され、そして／又は異なるシグナル対ノイズ比を有するとして示される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項６】
前記質量を質量分析によって決定する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項７】
特異的開裂試薬がＲＮＡｓｅである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項８】
特異的開裂試薬がグリコシラーゼである、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
参照核酸分子に対する標的核酸分子中の後成的変化を決定する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項１０】
複数の標的核酸分子中の１又は複数の塩基の位置における配列変化を決定するための方法であって：
ａ）前記標的核酸分子を１又は複数の特異的開裂試薬と接触させることにより当該分子をフラグメントに開裂する工程；
ｂ）同じ開裂試薬を使用し１又は複数の参照核酸分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションする工程；
ｃ）前記ａ）及びｂ）で生成したフラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｄ）前記標的核酸分子と前記１つ以上の参照核酸分子の間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｅ）コンポマー・ウィットネスである、前記異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｆ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補配列である配列変化を決定する工程；
ｇ）前記候補配列をスコア付けする工程；及び
ｈ）複数の標的核酸分子中の配列変化を決定する工程
を含む、複数の標的核酸分子中の１又は複数の塩基位置における配列変化の決定方法。
【請求項１１】
前記特異的開裂試薬がＲＮａｓｅ、ＲＮａｓｅＰｈｙＭ、ＲＮａｓｅＡ、ニワトリ肝臓ＲＮａｓｅ（ＲＮａｓｅＣＬ３）、及びクサビチンの中から選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
特異的開裂試薬がグリコシラーゼである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
記録可能媒体；及び
ａ）標的生物分子を１又は複数の特異的開裂試薬と接触させることにより標的生物分子をフラグメントに開裂することにより生成された標的生物分子フラグメントの質量シグナルを決定する工程、及び同じ開裂試薬を用いて参照生物分子をフラグメントにする開裂を行うかシミュレーションすることにより生成された参照生物分子フラグメントの質量シグナルを決定する工程；
ｂ）前記標的生物分子で生成したフラグメントと前記参照生物分子で生成したフラグメントとの間で前記質量シグナルの違いを決定する工程；並びに
ｃ）前記質量シグナルの違いから配列変化候補の減少した組を決定し、それによって前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程
を含む方法、を行うためのコンピュータによって実行可能である前記記録可能媒体上の複数のコンピュータ読み取り可能なプログラム命令を含む、標的中の配列変化を決定するためのコンピュータ読み取り可能な媒体上に記録されたプログラム命令を実行するコンピュータで使用するためのプログラム製品。
【請求項１４】
前記コンピュータ実行可能な方法が前記候補配列をスコア付けする工程及び前記標的生物分子中の配列変化を決定する工程をさらに含む、請求項１３に記載のプログラム製品。
【請求項１５】
前記コンピュータ実行可能な方法の減少した配列変化の組を決定する工程が：
ａ）前記標的生物分子及び前記参照生物分子の間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｂ）コンポマー・ウィットネスである、工程ａ）で同定された前記異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；及び
ｃ）候補配列である、前記コンポマー・ウィットネスに対応する配列変化の減少した組を決定し、前記参照生物分子と比較した前記標的中の配列変化を決定する工程
をさらに含む、請求項１３に記載のプログラム製品。
【請求項１６】
前記出力シグナルの違いが消失シグナル、追加シグナル、強度が異なるシグナルとして示され、及び／又は異なるシグナル対ノイズ比を有するとして示される、請求項１６に記載のプログラム製品。
【請求項１７】
前記質量を質量分析によって決定する、請求項１３に記載のプログラム製品。
【請求項１８】
１つ又は複数の標的核酸分子中の配列変化を同定するためのコンピュータをベースとした方法であって：
ａ）参照配列及び１又は複数の特異的開裂試薬の同一性をコンピュータに入力する工程；
ｂ）同じ開裂試薬と標的核酸分子との反応によって生じるフラグメントの質量を入力する工程；
ｃ）前記標的核酸分子と前記参照核酸分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｄ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ｃ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；
ｅ）各コンポマー・ウィットネスに対応する候補配列である配列変化を決定する工程；
ｇ）前記候補配列をスコア付けする工程；及び
ｈ）１つ又は複数の標的核酸分子中の配列変化を決定する工程
を含む、１つ又は複数の標的核酸分子中の配列変化を同定するためのコンピュータをベースとした方法。
【請求項１９】
試料中の標的核酸分子中の配列変化のハイスループット分析用システムであって：
１又は複数の特異的開裂試薬の存在下で反応混合物中の標的核酸分子に対して断片化反応を行う処理ステーション；
前記処理ステーション由来の得られた断片化生成物を該反応生成物の質量を決定する質量測定ステーションに移すロボットシステム；及び
請求項１８に記載の方法を行って前記試料中の標的核酸分子中の１又は複数の位置における配列変化を同定する、前記質量測定ステーションからのデータを処理するデータ分析システム
を含む、試料中の標的核酸分子中の配列変化のハイスループット分析用システム。
【請求項２０】
前記質量測定ステーションが質量分光計である、請求項１９に記載のシステム。
【請求項２１】
ａ）前記標的生物分子及び前記参照生物分子との間で異なるフラグメントを同定する工程；
ｂ）コンポマー・ウィットネスである、前記工程ａ）で同定された異なるフラグメントに対応するコンポマーを決定する工程；及び
ｃ）候補配列である、前記コンポマー・ウィットネスに対応する配列変化の減少した組を決定し、前記参照生物分子と比較した前記標的中の前記配列変化を決定する工程、
を含む、減少した配列変化候補の組を決定する請求項２又は３に記載の方法。
【請求項２２】
質量シグナルの前記違いが消失シグナル、追加シグナル、強度が異なるシグナルとして示され、そして／又は異なるシグナル対ノイズ比を有するとして示される、請求項２もしくは３もしくは２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記質量を質量分析によって決定する、請求項２もしくは３もしくは２１に記載の方法。