(57)【要約】  【解決手段】  未熟終止コドン（ＰＴＣ）のリードスルーの促進、およびＰＴＣを有するメッセンジャーＲＮＡｓ（ｍＲＮＡｓ）のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）の抑制によって、個体において免疫応答を生成するための、かつ／または異常細胞（例えば増殖性細胞など）の表面でネオアンチゲンの発現を誘導するための組成物および方法が特に提供される。  【選択図】      なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫応答の生成を必要とする個体において免疫応答を生成する方法であって、１）未熟終止コドンの生成をもたらすフレームシフト突然変異を有するｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する一定量の化合物と、２）未熟終止コドン（ＰＴＣ）をもたらすフレームシフト突然変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する一定量の化合物とを前記個体に投与する工程を有し、前記量は前記ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳をもたらすために十分である、方法。
【請求項２】
異常細胞の表面で１またはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導する方法であって、１）未熟終止コドンの生成をもたらすフレームシフト突然変異を有するｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物と、２）未熟終止コドン（ＰＴＣ）をもたらすフレームシフト突然変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物とを前記細胞に接触させる工程を有し、前記未熟終止コドンのリードスルー及び前記ｍＲＮＡのＮＭＤの抑制は、前記ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳及び前記細胞の表面での１またはそれ以上のネオアンチゲンの発現をもたらす、方法。
【請求項３】
請求項１または請求項２記載の方法において、前記フレームシフト突然変異をもつｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質は非機能性である、方法。
【請求項４】
請求項１記載の方法において、前記免疫応答は、免疫細胞による前記ｍＲＮＡの翻訳から処理されたタンパク質の認識によって媒介される、方法。
【請求項５】
請求項４記載の方法において、前記免疫細胞はＴ細胞またはＢ細胞である、方法。
【請求項６】
請求項４記載の方法において、前記免疫応答は、クラスＩまたはクラスＩＩ主要組織適合抗原複合体（ＭＨＣ）分子によって媒介される、方法。
【請求項７】
請求項１または３〜６のいずれか一項記載の方法において、前記免疫応答はＴ細胞によって媒介される、方法。
【請求項８】
請求項１または３〜６のいずれか一項記載の方法において、前記免疫応答はＢ細胞によって媒介される、方法。
【請求項９】
請求項５または請求項７記載の方法において、前記Ｔ細胞はγδＴ細胞、αβＴ細胞、またはナチュラルキラーＴ細胞である、方法。
【請求項１０】
請求項１または３〜６のいずれか一項記載の方法において、前記免疫応答は炎症応答である、方法。
【請求項１１】
請求項１〜１０のいずれか一項記載の方法において、前記ｍＲＮＡは増殖性細胞において発現する、方法。
【請求項１２】
請求項１〜１１のいずれか一項記載の方法において、前記増殖性細胞は癌細胞である、方法。
【請求項１３】
請求項１２記載の方法において、前記癌は、結腸癌、乳癌、膵臓癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ血管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝細胞腫、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎生期癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽細胞腫、メルケル細胞癌、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、網膜芽細胞腫；白血病、例えば、急性リンパ性白血病および急性骨髄性白血病、慢性白血病；真性赤血球増加症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、及び重鎖病から成る群から選択される、方法。
【請求項１４】
請求項１〜１３のいずれか一項記載の方法において、ｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する前記化合物は小分子化学化合物である、方法。
【請求項１５】
請求項１４記載の方法において、ｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する前記化合物はアタルレンである、方法。
【請求項１６】
請求項１〜１５のいずれか一項記載の方法において、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する前記化合物は阻害核酸ではない、方法。
【請求項１７】
請求項１〜１６のいずれか一項記載の方法において、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する前記化合物は、小分子化学化合物、抗体、または非抗体結合ポリペプチドである、方法。
【請求項１８】
請求項１〜１７のいずれか一項記載の方法において、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する前記化合物は、ＵＰＦ３Ａ、ＵＰＦ３Ｂ、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、及び／またはＳＭＧ−７ポリペプチドの機能を抑制する、方法。
【請求項１９】
請求項１〜１８のいずれか一項記載の方法において、前記方法は、さらに、１またはそれ以上の免疫チェックポイント分子を抑制する化合物を投与する工程を有する、方法。
【請求項２０】
請求項１９記載の方法において、前記免疫チェックポイント分子は、ＣＴＬＡ４、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、またはＴＩＭ３のうちの１またはそれ以上である、方法。
【請求項２１】
請求項２０記載の方法において、１またはそれ以上の免疫チェックポイント分子を抑制する前記化合物はアンタゴニスト抗体である、方法。
【請求項２２】
請求項２１記載の方法において、前記アンタゴニスト抗体は、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである、方法。
【請求項２３】
請求項１〜２２のいずれか一項記載の方法において、前記方法は、さらに、１またはそれ以上のエピジェネティック修飾化合物を投与する工程を有する、方法。
【請求項２４】
請求項２３記載の方法において、前記エピジェネティック修飾化合物は、ボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン、５−アゾシチジン、パノビノスタット、及び／またはベリノスタットのうちの１またはそれ以上である、方法。
【請求項２５】
請求項１〜２４のいずれか一項記載の方法において、前記個体は哺乳動物である、方法。
【請求項２６】
請求項２５記載の方法において、前記哺乳動物はヒトである、方法。
【請求項２７】
免疫応答の生成を必要とする個体において免疫応答を生成する方法であって、１）未熟終止コドンの生成をもたらすナンセンス突然変異を有するｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する一定量の化合物と、２）ナンセンス突然変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物とを前記個体に投与する工程を有し、前記量は前記ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳をもたらすために十分である、方法。
【請求項２８】
異常細胞の表面で１またはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導する方法であって、１）未熟終止コドンの生成をもたらすナンセンス突然変異を有するｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物と、２）ナンセンス突然変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物とを前記細胞に接触させる工程を有し、前記未熟終止コドンのリードスルー及びナンセンス突然変異を有するｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）の抑制は、前記ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳及び前記細胞の表面での１またはそれ以上のネオアンチゲンの発現をもたらす、方法。
【請求項２９】
請求項２７または請求項２８記載の方法において、前記ナンセンス突然変異をもつｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質は腫瘍抑制遺伝子ではない、方法。
【請求項３０】
請求項２７または請求項２８記載の方法において、前記ナンセンス突然変異をもつｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質は、ジストロフィン、α−Ｌ−イズロニダーゼ、及び／または嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子（ＣＦＴＲ）タンパク質のうちの１またはそれ以上ではない、方法。
【請求項３１】
請求項２７記載の方法において、前記免疫応答は、免疫細胞による前記ｍＲＮＡの翻訳から処理されたタンパク質の認識によって媒介される、方法。
【請求項３２】
請求項３１記載の方法において、前記免疫細胞はＴ細胞またはＢ細胞である、方法。
【請求項３３】
請求項３１記載の方法において、前記免疫応答は、クラスＩまたはクラスＩＩ主要組織適合抗原複合体（ＭＨＣ）分子によって媒介される、方法。
【請求項３４】
請求項２７または２８〜３３のいずれか一項記載の方法において、前記免疫応答はＴ細胞によって媒介される、方法。
【請求項３５】
請求項２７または２８〜３３のいずれか一項記載の方法において、前記免疫応答はＢ細胞によって媒介される、方法。
【請求項３６】
請求項３３または請求項３５記載の方法において、前記Ｔ細胞はγδＴ細胞、αβＴ細胞、またはナチュラルキラーＴ細胞である、方法。
【請求項３７】
請求項２７または２９〜３５のいずれか一項記載の方法において、前記免疫応答は炎症応答である、方法。
【請求項３８】
請求項２７〜３７のいずれか一項記載の方法において、前記ｍＲＮＡは増殖性細胞において発現する、方法。
【請求項３９】
請求項２７〜３８のいずれか一項記載の方法において、前記増殖性細胞は癌細胞である、方法。
【請求項４０】
請求項３９記載の方法において、前記癌は、結腸癌、乳癌、膵臓癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ血管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝細胞腫、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎生期癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽細胞腫、メルケル細胞癌、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、網膜芽細胞腫；白血病、例えば、急性リンパ性白血病および急性骨髄性白血病、慢性白血病；真性赤血球増加症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、及び重鎖病から成る群から選択される、方法。
【請求項４１】
請求項２７〜４０のいずれか一項記載の方法において、前記方法は、さらに、１またはそれ以上の免疫チェックポイント分子を抑制する化合物を投与する工程を有する、方法。
【請求項４２】
請求項４１記載の方法において、前記免疫チェックポイント分子は、ＣＴＬＡ４、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、またはＴＩＭ３のうちの１またはそれ以上である、方法。
【請求項４３】
請求項４２記載の方法において、１またはそれ以上の免疫チェックポイント分子を抑制する前記化合物はアンタゴニスト抗体である、方法。
【請求項４４】
請求項４３記載の方法において、前記アンタゴニスト抗体は、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである、方法。
【請求項４５】
請求項２７〜４４のいずれか一項記載の方法において、前記方法は、さらに、１またはそれ以上のエピジェネティック修飾化合物を投与する工程を有する、方法。
【請求項４６】
請求項４５記載の方法において、前記エピジェネティック修飾化合物は、ボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン、５−アゾシチジン、パノビノスタット、及び／またはベリノスタットのうちの１またはそれ以上である、方法。
【請求項４７】
請求項２７〜４６のいずれか一項記載の方法において、ｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する前記化合物は小分子化学化合物である、方法。
【請求項４８】
請求項４７記載の方法において、ｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する前記化合物はアタルレンである、方法。
【請求項４９】
請求項２７〜４８のいずれか一項記載の方法において、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する前記化合物は阻害核酸ではない、方法。
【請求項５０】
請求項２７〜４９のいずれか一項記載の方法において、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する前記化合物は、小分子化学化合物、抗体、または非抗体結合ポリペプチドである、方法。
【請求項５１】
請求項２７〜５０のいずれか一項記載の方法において、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する前記化合物は、ＵＰＦ３Ａ、ＵＰＦ３Ｂ、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６、及び／またはＳＭＧ−７ポリペプチドの機能を抑制する、方法。
【請求項５２】
請求項２７〜５１のいずれか一項記載の方法において、前記個体は哺乳動物である、方法。
【請求項５３】
請求項５２記載の方法において、前記哺乳動物はヒトである、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、この参照によりその開示内容の全体が本明細書に組み込まれる、２０１５年１２月２３日付で出願された米国特許仮出願第６２／３８７，５６５号に対する優先権を主張する。
【０００２】
本発明は、異常細胞においてナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構の制御に関連する経路を調節して異常細胞に対する免疫応答を誘導するための組成物および方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
過去２０年の癌治療の開発でなされた進歩にもかかわらず、免疫系を誘導して異常増殖細胞を攻撃することに基づく治療は、腫瘍の進行（転移性疾患への進行を含む）を遅らせることにおいて限られた成功しか収めていない。この理由の一つは、一つには免疫系が異物と認識する抗原を癌細胞が発現しないために、癌細胞に対する免疫系による自然に起こる応答が弱いということにある。ほとんどの場合、免疫応答を全身に引き起こすのに、従来の癌ワクチンは腫瘍細胞で発現した弱免疫原性抗原に依存する。しかし、最良の癌ワクチンでさえ一時的に疾患の進行を遅らせることにしか効果的でなく、ごく一部はそれを逆転させることが可能であることが示されている。
【０００４】
したがって、癌細胞の表面でネオアンチゲンの発現を誘導するための、改良された組成物および方法が特に必要とされている。そのような新規な抗原は、個体において、個体の全身の癌細胞の破壊および排除に至る、強力な免疫応答を引き起こすことができると思われる。
【０００５】
本明細書を通して、様々な特許、特許出願およびその他の種類の刊行物（例えば、学術論文、電子データベースエントリー等）が引用される。本明細書において引用される全ての特許、特許出願、およびその他の刊行物の開示内容は、あらゆる目的において、その参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本明細書に提供される本発明は、特に、未熟終止コドン（ｐｒｅｍａｔｕｒｅ  ｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ  ｃｏｄｏｎ：ＰＴＣ）のリードスルーの促進、およびＰＴＣを有するメッセンジャーＲＮＡｓ（ｍｅｓｓｅｎｇｅｒ  ＲＮＡｓ：ｍＲＮＡｓ）のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ｎｏｎｓｅｎｓｅ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｄｅｃａｙ：ＮＭＤ）の抑制によって、個体において免疫応答を生成するための、かつ／または異常細胞（例えば増殖性細胞など）の表面でネオアンチゲンの発現を誘導するための組成物および方法を開示する。
【０００７】
したがって、一部の態様では、免疫応答の生成を必要とする個体において免疫応答を生成する方法であって、前記個体に、１）未熟終止コドンの生成をもたらすフレームシフト突然変異を有するｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する一定量の化合物；および２）未熟終止コドン（ＰＴＣ）をもたらすフレームシフト突然変異を有するｍＲＮＡの前記ナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する一定量の化合物を投与する工程を有し、前記量は前記ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳をもたらすために十分である方法が提供される。その他の態様では、異常細胞の表面で１若しくはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導するための方法であって、前記方法は、前記細胞を、１）未熟終止コドンの生成をもたらすフレームシフト突然変異を有するｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物；および２）未熟終止コドン（ＰＴＣ）をもたらすフレームシフト突然変異を有するｍＲＮＡの前記ナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物と接触させる工程を有し、前記未熟終止コドンのリードスルーおよび前記ｍＲＮＡのＮＭＤの抑制は、前記ｍＲＮＡのタンパク質への前記翻訳および前記細胞の前記表面での１若しくはそれ以上のネオアンチゲンの発現をもたらす方法が提供される。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、フレームシフト突然変異を含むｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質は非機能性である。一部の実施形態では、免疫応答は、免疫細胞によるｍＲＮＡの翻訳から処理されたタンパク質の認識によって媒介される。一部の実施形態では、免疫細胞はＴ細胞またはＢ細胞である。一部の実施形態では、免疫応答は、クラスＩまたはクラスＩＩ主要組織適合抗原複合体（ｍａｊｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ｃｏｍｐｌｅｘ：ＭＨＣ）分子によって媒介される。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、免疫応答はＴ細胞に媒介される。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、免疫応答はＢ細胞に媒介される。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、Ｔ細胞はγδＴ細胞、αβＴ細胞またはナチュラルキラーＴ細胞である。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、免疫応答は炎症応答である。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ｍＲＮＡは増殖性細胞で発現する。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、増殖性細胞は癌細胞である。一部の実施形態では、癌は、結腸癌、乳癌、膵臓癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ血管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝細胞腫、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎生期癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽細胞腫、メルケル細胞癌、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、網膜芽細胞腫；白血病、例えば、急性リンパ性白血病および急性骨髄性白血病、慢性白血病；真性赤血球増加症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、および重鎖病から成る群から選択される。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物は、小分子化学化合物である。一部の実施形態では、ｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物はアタルレンである。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物は、阻害核酸ではない。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物は、小分子化学化合物、抗体、または非抗体結合ポリペプチドである。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物は、ＵＰＦ３Ａ、ＵＰＦ３Ｂ、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６および／またはＳＭＧ−７ポリペプチドの機能を抑制する。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、前記方法は、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を抑制する化合物の投与をさらに有する。一部の実施形態では、免疫チェックポイント分子はＣＴＬＡ４、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、若しくはＴＩＭ３の１またはそれ以上である。一部の実施形態では、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を抑制する化合物はアンタゴニスト抗体である。一部の実施形態では、アンタゴニスト抗体は、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、前記方法は１若しくはそれ以上のエピジェネティック修飾化合物の投与をさらに有する。一部の実施形態では、エピジェネティック修飾化合物はボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン；５−アゾシチジン、パノビノスタット、および／またはベリノスタットの１若しくはそれ以上である。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、個体は哺乳動物である。一部の実施形態では、哺乳動物はヒトである。
【０００８】
その他の態様では、免疫応答の生成を必要とする個体において免疫応答を生成する方法であって、前記個体に、１）未熟終止コドンの生成をもたらすナンセンス突然変異を有するｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する一定量の化合物；および２）ナンセンス突然変異を有するｍＲＮＡの前記ナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物を投与する工程を有し、前記量は前記ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳をもたらすために十分である方法が本明細書において提供される。さらなる態様では、異常細胞の表面で１若しくはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導するための方法であって、前記方法が、前記細胞を、１）未熟終止コドンの生成をもたらすナンセンス突然変異を有するｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物；および２）ナンセンス突然変異を有するｍＲＮＡの前記ナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物と接触させる工程を有し、前記未熟終止コドンのリードスルーおよびナンセンス突然変異を有するｍＲＮＡの前記ナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）の抑制が、前記ｍＲＮＡのタンパク質への翻訳および前記細胞の前記表面での１若しくはそれ以上のネオアンチゲンの発現をもたらす方法が、本明細書において提供される。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ナンセンス突然変異を含むｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質は腫瘍抑制遺伝子ではない。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ナンセンス突然変異を含むｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質は、ジストロフィン、α−Ｌ−イズロニダーゼ、および／または嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子（ｃｙｓｔｉｃ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ  ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ  ｃｏｎｄｕｃｔａｎｃｅ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ：ＣＦＴＲ）タンパク質の１若しくはそれ以上ではない。一部の実施形態では、免疫応答は、免疫細胞によるｍＲＮＡの翻訳から処理されたタンパク質の認識によって媒介される。一部の実施形態では、免疫細胞はＴ細胞またはＢ細胞である。一部の実施形態では、免疫応答は、クラスＩまたはクラスＩＩ主要組織適合抗原複合体（ｍａｊｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ｃｏｍｐｌｅｘ：ＭＨＣ）分子によって媒介される。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、免疫応答はＴ細胞に媒介される。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、免疫応答はＢ細胞に媒介される。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、Ｔ細胞はγδＴ細胞、αβＴ細胞またはナチュラルキラーＴ細胞である。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、免疫応答は炎症応答である。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ｍＲＮＡは増殖性細胞で発現する。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、増殖性細胞は癌細胞である。一部の実施形態では、癌は、結腸癌、乳癌、膵臓癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ血管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平��筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝細胞腫、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎生期癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽細胞腫、メルケル細胞癌、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、網膜芽細胞腫；白血病、例えば、急性リンパ性白血病および急性骨髄性白血病、慢性白血病；真性赤血球増加症、リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、および重鎖病から成る群から選択される。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、前記方法は、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を抑制する化合物の投与をさらに有する。一部の実施形態では、免疫チェックポイント分子はＣＴＬＡ４、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、またはＴＴＭ３の１若しくはそれ以上である。一部の実施形態では、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を抑制する化合物はアンタゴニスト抗体である。一部の実施形態では、アンタゴニスト抗体は、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブ、トレメリムマブ、またはアベルマブである。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、前記方法は１若しくはそれ以上のエピジェネティック修飾化合物の投与をさらに有する。一部の実施形態では、エピジェネティック修飾化合物はボリノスタット、ロミデプシン、デシタビン；５−アゾシチジン、パノビノスタット、および／またはベリノスタットの１若しくはそれ以上である。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物は、小分子化学化合物である。一部の実施形態では、ｍＲＮＡにおいて未熟終止コドンのリードスルーを促進する化合物はアタルレンである。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物は、阻害核酸ではない。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物は、小分子化学化合物、抗体、または非抗体結合ポリペプチドである。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）を抑制する化合物は、ＵＰＦ３Ａ、ＵＰＦ３Ｂ、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６および／またはＳＭＧ−７ポリペプチドの機能を抑制する。本明細書に開示される実施形態のいずれかの一部の実施形態では、個体は哺乳動物である。一部の実施形態では、哺乳動物はヒトである。
【０００９】
本明細書に記載される態様および実施形態の各々は、実施形態または態様の状況から明示的にまたは明確に除外される場合を除いて、一緒に使用されることができる。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】図１は、抗ＰＤ−１抗体および抗ＣＴＬＡ−４抗体と組み合わせたＰＴＣ１２４（アタルレン）およびＮＭＤＩ１４の投与の腫瘍量（ｍｍ３）への効果を比較するグラフである。
【図２】図２は、ＰＴＣ１２４（アタルレン）およびＮＭＤＩ１４および／または抗ＰＤ−１投与の腫瘍量（ｍｍ３）への効果を比較するグラフである。
【図３】図３は、処置後の免疫細胞の浸潤を示す腫瘍組織切片の顕微鏡写真の画像である。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
癌免疫療法のチェックポイント阻害の効力に対する主な障害は、広範な免疫編集を受けた後期癌が発現する強力な腫瘍ネオアンチゲンが不足していることに関する。このプロセスは腫瘍のライフサイクルの早期に起こり、免疫原性抗原かまたは強い腫瘍特異的抗原を発現し、したがって細胞傷害性Ｔ細胞によって標的化される腫瘍細胞集団を除去する。したがって、成熟した腫瘍は、複数の免疫逃避戦略（例えば弱い腫瘍抗原だけを発現するなど）を展開し、したがって細胞傷害性Ｔ細胞に効果的に標的化されにくい腫瘍細胞から主に成る。チェックポイント阻害が癌の免疫治療様式として近年成功しているにもかかわらず、これらの薬物の効力は、強い腫瘍ネオアンチゲンの利用可能性に非常に相関している。特に、これらの薬物が最も効果的である腫瘍は、最大突然変異荷重を有する腫瘍、例えば黒色腫および非小細胞肺癌（ｎｏｎ−ｓｍａｌｌ  ｃｅｌｌ  ｌｕｎｇ  ｃａｎｃｅｒ：ＮＳＣＬＣ）であり、これらは両方とも、それぞれＵＶ損傷および喫煙という環境によって誘発される強い突然変異特性を有する。
【００１２】
免疫療法の進歩と並行して、腫瘍ワクチン開発の努力によって、腫瘍試料で実施したＲＮＡｓｅｑ／ｅｘｏｍｅシークエンシングによって突然変異した転写物を同定し、次にそれを強いネオアンチゲンとして機能する能力について選択し、次にワクチン開発の基礎として使用する現在のアプローチが導かれた。これらの突然変異検出方法の性質のために、検出されたｍＲＮＡ種の圧倒的大多数は、ヌクレオチドの移行および転換によって生成された、コード配列（ｃｏｄｉｎｇ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）にミスセンス突然変異を含む種であり、これはサイレント置換かまたは単一アミノ酸置換のいずれかをもたらす。これらのタンパク質はネオアンチゲンとして機能する能力を有するが、その後さらに一層強いネオアンチゲンとして機能する可能性のある、アミノ酸が２若しくはそれ以上異なる変異ｍＲＮＡ種を同定することがはるかに好ましいと思われる。
【００１３】
強い腫瘍ネオアンチゲンを誘導するための腫瘍ｍＲＮＡｓのより望ましいプールは、未熟終止コドン（ＰＴＣ）を含むプールであると思われる。これらのｍＲＮＡ種は、はるかにより多くの有害突然変異、例えば挿入、欠失、ナンセンス突然変異およびノンストップ（終了の遅れた）突然変異などを含む。しかし、逆説的に、これらの同じＰＴＣを含む種は、非常に不安定であり、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）経路によって迅速に分解される、したがってそれらは通常、それらの存在量が非常に低いかまたは完全に存在しないためにＲＮＡ配列中で検出不可能であり、仮にタンパク質に翻訳されたとしても稀である。ＰＴＣを含むｍＲＮＡｓは、リーディングフレームの変化および／または代わりの終止コドンの使用が原因で、野生型配列とは異なる多くのアミノ酸をコードする可能性を有する。タンパク質がＰＴＣを含むｍＲＮＡ種から転写されることができれば、それらは非常に異なる配列をもつタンパク質をコードすることができるので、それらは波外れて強力な腫瘍ネオアンチゲンの供給源となると思われる。腫瘍においてＮＭＤ経路を封鎖し、ＰＴＣリードスルーを促進することを目的とした治療的アプローチは、ＰＴＣを含む転写物を翻訳させ、強いネオアンチゲンを生体内で発現させることができると思われる。
【００１４】
したがって、本発明は、とりわけ、未熟終止コドン（ＰＴＣ）を有する１若しくはそれ以上のメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）分子を発現する細胞を有する個体において、それらの細胞の表面で１若しくはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導することにより、免疫応答を生成するための方法および組成物を提供する。本発明は、一部分、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）の調節に関連する分子経路の抑制が、ＰＴＣｓを有するｍＲＮＡｓの「リードスルー」およびその後の、対応する野生型タンパク質と時には著しく異なるアミノ酸配列を有するポリペプチドへの翻訳をもたらすという、本発明者らの発見に基づく。理論に縛られるものではないが、タンパク質分解と、主要組織適合抗原複合体（ＭＨＣ）分子による細胞表面でのこれらのペプチドの提示は、免疫系の成分、例えばＴ細胞による攻撃に対して高度に抗原性の標的となる可能性がある。下にさらに説明されるように、ＰＴＣリードスルーを促進し、ＮＭＤを抑制する化合物の組合せは、生体内モデルで腫瘍細胞の複製を効果的に抑制しただけでなく、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子に対して特異的な化合物を治療計画に加えることは、抗増殖性効果を相乗的に強化した。よって、本明細書に開示される本発明の態様は、急速に分裂する細胞の超変異性の性質のために、過剰増殖性細胞を特徴とする疾患、例えば癌などの治療に対して特定の有用性を有する。癌細胞は、一つには、弱抗原性または非抗原性ペプチドだけをその表面に提示することによって免疫系に検知されることを回避する。したがって、一実施形態では、本明細書に開示される組成物および方法は、癌細胞の表面でネオアンチゲンの発現を誘導し、それにより癌細胞を免疫系による攻撃を受けやすくするための効果的な方法を提供する。
【００１５】
２．一般的技法
本発明の実践は、特に明記しない限り、分子生物学、微生物学、細胞生物学、生化学／生物化学、核酸化学、および免疫学の従来の技法を用い、それらは当業者に周知である。そのような技法は、文献、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ｆｏｕｒｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）およびＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ｔｈｉｒｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ａｎｄ  Ｒｕｓｓｅｌ，２００１）、（本明細書中では共同で「Ｓａｍｂｒｏｏｋ」と呼ぶ）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７、２０１４年までの補遺を含む）；ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｓｅｃｏｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，ｅｄ．，２０１４），Ｂｅａｕｃａｇｅ  ｅｔ  ａｌ．ｅｄｓ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  &  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，２０００、（２０１４年までの補遺を含む）、Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  ａｎｄ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｃｅｌｌｓ（Ｍａｋｒｉｄｅｓ，ｅｄ．，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｂ．Ｖ．，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，２００３）、およびＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｈｏｒｇａｎ  Ｋ  ａｎｄ  Ｓ．Ｓｈａｗ（１９９４）（２０１４年までの補遺を含む）などに詳細に説明されている。
【００１６】
ＩＩ．定義
本明細書において、「未熟終止コドン」（ＰＴＣ）または「未熟停止コドン」とは、突然変異の結果としての（内因性終止コドンの前の）停止コドンのｍＲＮＡへの導入をさす。
【００１７】
本明細書において「ナンセンス突然変異」は、転写されたｍＲＮＡにおいて、そして末端切断され不完全で通常非機能性のタンパク質生成物においてＰＴＣまたはナンセンスコドンとなる、ＤＮＡの配列中の点突然変異である。ナンセンス突然変異は、多様な疾患、特に遺伝的に受け継いだ疾患の根底にある遺伝的突然変異である。例えば、癌において、ナンセンス突然変異は一般に後天性であるか、または腫瘍の体細胞突然変異である。一部の実施形態では、ナンセンス突然変異は体細胞突然変異である。別の実施形態では、ナンセンス突然変異は生殖細胞系列の突然変異ではない。
【００１８】
「ノンストップ突然変異」は、内因性終止コドンの点突然変異であり、３’非翻訳領域へのｍＲＮＡの継続的かつ不適切な翻訳を引き起こす。ノンストップ突然変異は、異常なアミノ酸配列の組み込みおよび下流の終止コドンの利用を引き起こす。一部の実施形態では、ノンストップ突然変異は体細胞突然変異である。別の実施形態では、ノンストップ突然変異は生殖細胞系列の突然変異ではない。
【００１９】
「フレームシフト突然変異」とは、オープンリーディングフレーム内の１若しくはそれ以上のヌクレオチドの欠失または挿入、例えば、コード領域のリーディングフレームが１個または２個のヌクレオチドだけ移動するような、１個のヌクレオチドまたは２個のヌクレオチドの欠失または挿入をさす。よって、フレームシフト突然変異を有するｍＲＮＡから翻訳されたポリペプチドのアミノ酸配列は、対応する野生型配列とは非常に異なっている。一部の実施形態では、フレームシフト突然変異はＰＴＣを生成する。一部の実施形態では、フレームシフト突然変異は、＋１または＋２のフレームシフト突然変異を引き起こすヌクレオチドまたはジヌクレオチドの欠失である。しかし、フレームシフト突然変異が生じるのであれば、任意の数のヌクレオチドの欠失が起こり得る。あるいは、１若しくはそれ以上のヌクレオチドの挿入がフレームシフトを生じさせる可能性があり、そのような突然変異も本発明の一部をなす。フレームシフトを生じさせるその他の遺伝子組み換え、例えば、エクソンスキッピングまたはイントロン配列の保持を引き起こすスプライス部位突然変異、あるいは異なる位置からの翻訳開始を引き起こすヌクレオチド配列の変更、あるいはコード領域外、例えばイントロン内または５’若しくは３’非翻訳領域などの突然変異なども本発明の一部をなし、この突然変異は誤翻訳および変異タンパク質の産生をもたらす可能性がある。この種類の遺伝子突然変異では、変異タンパク質は、完全に変異アミノ酸配列となり、野生型配列は含まない。一部の実施形態では、フレームシフト突然変異は、未熟終止コドン（それがｍＲＮＡの初期に起こる場合）またはあるいは遅れた終止コドン（それが内因性終止コドンの近くで起こる場合）を引き起こすことができる。一部の実施形態では、フレームシフト突然変異は体細胞突然変異である。別の実施形態では、フレームシフト突然変異は生殖細胞系列の突然変異ではない。
【００２０】
「非機能性」ポリペプチドとは、本明細書において、対応する非変異（野生型）ポリペプチドと比較して、１若しくはそれ以上の突然変異が原因で、細胞状況において機能を実行することができないポリペプチドをさす。「機能性」ポリペプチドは、対応する非変異（野生型）ポリペプチドと比較して、たとえそれが１若しくはそれ以上の変異アミノ酸を有することがあるとしても、細胞機能を少なくともある程度実行することのできるポリペプチドである。
【００２１】
用語「リードスルー」とは、本明細書において、リボソーム翻訳で未熟終止コドンを読み飛ばすこと、またはアミノ酸を置換すること、または未熟終止コドンを有するｍＲＮＡの分解を抑制することを意味する。
【００２２】
本明細書において、用語「ポリペプチド」は、タンパク質、ペプチド、ポリペプチドの断片、および融合ポリペプチドを含む。
【００２３】
用語「患者」または「個体」は、本明細書において同義的に使用され、処置するべき被験体をさす。一部の実施形態では、個体は哺乳動物である。その他の実施形態では、哺乳動物はヒトである。一部の例では、本発明の方法は、実験動物、獣医学用途、および疾患の動物モデルの開発に使用され、それには、限定されるものではないが、マウス、ラット、およびハムスターを含むげっ歯類、および霊長類が挙げられる。
【００２４】
「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、または「を特徴とする」と同義である移行語「有する（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、包括的またはオープンエンドであり、追加の列挙されていない要素または方法工程を排除するものではない。一方、移行句「から成る」は、請求項に指定されていないどんな要素、工程、または構成成分も排除する。移行句「から本質的になる」は、特許請求される本発明の指定された材料または工程「および基本的かつ新規な１または複数の特徴に実質的に影響を及ぼさない材料または工程」に請求項の範囲を制限する。
【００２５】
本明細書において別に定義されない限り、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明の属する分野の当業者によって一般に理解されているのと同じ意味を有する。
【００２６】
本明細書において、単数の用語「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに別のものをさす場合を除いて、複数の言及を含む。
【００２７】
ＩＩＩ．組成物
未熟終止コドン（ＰＴＣ）突然変異は、塩基の置換またはフレームシフト突然変異によって、センスコドンが３つの停止コドン（ＵＡＡ、ＵＡＧ、またはＵＧＡ）の１つに変わる突然変異である。酵母、ヒト遺伝障害、および免疫グロブリンファミリーの遺伝子発現の研究によって、翻訳を最小化し、そのような連鎖停止突然変異を含むナンセンスＲＮＡｓのＲＮＡ安定性を調節するＲＮＡ監視機構が同定された。この監視機構は、「ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構」（「ＮＭＤ）」と呼ばれる。例えば、Ｈｅｎｔｚｅ  &  Ｋｕｌｏｚｉｋ，Ｃｅｌｌ  ９６：３０７−３１０（１９９９）；Ｃｕｌｂｅｒｔｓｏｎ，Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １５：７４−８０（１９９９）；およびＬｉ  &  Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ８：１３５−１４１（１９９８）を参照されたい。ＮＭＤは、正常細胞（例えば、Ｂ細胞およびＴ細胞）と遺伝子突然変異を含む細胞（すなわち細胞の増殖を制御する遺伝子に突然変異を含む細胞）の両方で使用できる転写後機構である。
【００２８】
ＮＭＤに関与するタンパク質の多くは種間で保存されないが、サッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（酵母）では、ＮＭＤに３つの主な要素：ＵＰＦ１、ＵＰＦ２およびＵＰＦ３（ヒトではＵＰＦ３ＡおよびＵＰＦ３Ｂ）があり、ＮＭＤ経路の保存されたコアを構成する（Ｂｅｈｍ−Ａｎｓｍａｎｔ  &  Ｉｚａｕｒｒａｌｄｅ，２００６，Ｇｅｎｅｓ  &  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ２０（４）：３９１−３９８）。これらの要素の３つ全てが、アップフレームシフト（ＵＰＦ）タンパク質と呼ばれるトランス作用性の要素である。哺乳動物では、ＵＰＦ２およびＵＰＦ３は、同様にＮＭＤで機能するその他のタンパク質とともに、スプライシングの後にｍＲＮＡと結合した「エクソン−エクソン接合部複合体」（ｅｘｏｎ−ｅｘｏｎ  ｊｕｎｃｔｉｏｎ  ｃｏｍｐｌｅｘ：ＥＪＣ）の一部である。ＵＰＦ１リン酸化は、タンパク質ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６およびＳＭＧ−７によって制御される。
【００２９】
異常な転写物を検出するプロセスは、ｍＲＮＡの翻訳の間に行われる。哺乳動物において異常な転写物を検出するための一般的なモデルは、第１回の翻訳の間に、スプライシングが起こった後に、リボソームがｍＲＮＡと結合したエクソン−エクソン接合部複合体を除去することを示唆する。この第１回の翻訳の後に、これらのタンパク質のいずれかがｍＲＮＡと結合しているならば、ＮＭＤは活性化されている。ＰＴＣの下流に位置するエクソン−エクソン接合部複合体は、リボソームがそれらに到達する前に放出されるので転写物から除去されない。翻訳の終了は、ｍＲＮＡ上でＵＰＦ１、ＳＭＧ１および終結因子、ｅＲＦ１およびｅＲＦ２から成る複合体の集合を引き起こす。転写物がＰＴＣを含むためにＥＪＣがｍＲＮＡの左側にある場合、ＵＰＦ１はＵＰＦ２およびＵＰＦ３と接触し、ＵＰＦ１のリン酸化を誘発する。
【００３０】
脊椎動物では、最後のエクソン−接合部複合体の終止コドンに対する位置が、通常、転写物がＮＭＤを受けるかどうかを決定する。終止コドンが最終のエクソン−接合部複合体の下流かまたは約５０ヌクレオチド以内にあるならば、転写物は正常に翻訳される。しかし、終止コドンがエクソン−接合部複合体の約５０ヌクレオチドよりもさらに上流にある場合、転写物はＮＭＤによって下方制御される（Ｌｅｗｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１００：１８９−１９２）。次に、リン酸化されたＵＰＦ１は、ＵＰＦ１の脱リン酸化を促進するＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６およびＳＭＧ−７と相互作用する。ＳＭＧ−７は、ｍＲＮＡ崩壊の細胞質部位であるＰボディに集積するので、ＮＭＤの終止エフェクター（ｔｅｒｍｉｎａｔｉｎｇ  ｅｆｆｅｃｔｏｒ）であると思われる。酵母とヒト細胞の両方において、ｍＲＮＡ崩壊の主な経路は、５ｆキャップの除去により開始され、その後にエキソリボヌクレアーゼ酵素であるＸＲＮ１による分解が続く。ｍＲＮＡを分解させるその他の経路は、３’−５’の脱アデニル化による。
【００３１】
したがって、理論に縛られるものではないが、本発明の一態様では、ＰＴＣを有するｍＲＮＡのポリペプチドへの翻訳を誘導するためにＮＭＤ経路を回避する方法が少なくとも２つある：１）ＰＴＣのリードスルーを促進し、したがってリボソームによる第１回の翻訳の間にｍＲＮＡと会合する全てのＥＪＣｓの除去を確実にする化合物を提供する；および／または２）ＮＭＤ分解複合体と会合する１若しくはそれ以上のタンパク質（例えば、限定されるものではないが、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６および／またはＳＭＧ−７など）を抑制する。
【００３２】
Ａ．ＰＴＣリードスルーを促進する化合物
ＰＴＣを有するｍＲＮＡのリードスルーを促進することのできるどんな化合物も本発明での使用に適している。現在までに最も多く報告された、哺乳類細胞で活性であるＰＴＣリードスルー化合物は、アミノグリコシドクラスの抗生物質に属していた。特定の種類のアミノグリコシドは、ほぼ同族のトランスファーＲＮＡ（ｔｒａｎｓｆｅｒ  ＲＮＡ：ｔＲＮＡ）によるランダムアミノ酸の挿入によって、リボソームにＰＴＣ突然変異を読み飛ばすように誘導することができる。アミノグリコシドの治療可能性は、実験室で異なる遺伝モデル、例えば嚢胞性線維症（例えば、Ｄｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００２，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．８０．５９５−６０４参照）、筋ジストロフィー（例えば、Ｌｏｕｆｒａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４，Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ．Ｔｈｒｏｍｂ．Ｖａｓｅ．Ｂｉｏｌ．２４：６７１−６７６参照）、ハーラー症状群（Ｋｅｅｌｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．１０：２９１−２９９）、シスチン症（Ｈｅｌｉｐ−Ｗｏｏｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００２，Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｔａｂ．７５：１２８−１３３）、脊髄性筋萎縮症（Ｓｏｓｓｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．９：１１３−１２０）、毛細血管拡張性運動失調（Ｌａｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０１：１５６７６−１５６８１）、および１型アッシャー症状群（Ｒｅｂｉｂｏ−Ｓａｂｂａｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００７，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１２２：３７３−３８１）などについて評価されてきた。臨床試験も、アミノグリコシドが一部の機能的タンパク質の産生を誘導することができることを示す；しかし、治療上の利益は不明なままである（例えば、Ｐｏｌｉｔａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００３，Ａｃｔａ  Ｍｙｏｌ．２２：１５−２１参照）。
【００３３】
より効率的な非アミノグリコシドリードスルー化合物である、アタルレン（以前はＰＴＣ１２４として公知）は、ルシフェラーゼに基づくハイスループットスクリーニング（ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ：ＨＴＳ）アッセイを用いて、８００，０００を超える化学物質および類似体をスクリーニングすることにより、総合的に開発された（例えば、Ｗｅｌｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００７，Ｎａｔｕｒｅ．４４７：８７−９１参照）。嚢胞性線維症の第１相臨床研究により、アタルレンが一般に良好な耐容性を示し、アミノグリコシドよりも効率的なリードスルー活性を有すると思われることが確認された（Ｈｉｒａｗａｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００７，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．４７：４３０−４４４）。さらに、ＰＴＣ１２４は、正常な停止コドンのリボソームリードスルーを誘導しない。
【００３４】
したがって、一実施形態では、ＰＴＣリードスルーを促進する化合物は、式Ｉの１，２，４−オキサジアゾール安息香酸化合物：
【化１】
2019505579.tif 000002
またはその製薬上許容される塩、水和物、包接体、プロドラッグ、多形体、立体異性体（エナンチオマー、ジアステレオマー、ラセミ化合物または立体異性体の混合物を含む）であり、上式で：
Ｚは、置換若しくは非置換のアリール、置換若しくは非置換のヘテロアリール、置換若しくは非置換のシクロアルキル、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換の複素環、置換若しくは非置換のアリールアルキルであり；
Ｒ１は、水素、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のシクロアルキル、置換若しくは非置換のヘテロシクロアルキル、置換若しくは非置換のアリール、置換若しくは非置換のヘテロアリール、−（ＣＨ２ＣＨ２）ｎＯＲ６または任意の生物加水分解性基であり；
Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５およびＲ６は独立に、水素、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル；置換若しくは非置換のシクロアルキル、置換若しくは非置換のヘテロシクロアルキル、置換若しくは非置換のアリール、置換若しくは非置換のヘテロアリール、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、ハロゲン、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨＦ２、ＣＮ、ＣＯＯＨ、ＣＯＯＲ７、ＳＯ２Ｒ７、ＮＯ２、ＮＨ２、またはＮ（Ｒ７）２であり；
Ｒ７の各出現は独立に、水素、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル；置換若しくは非置換のシクロアルキル、置換若しくは非置換のヘテロシクロアルキル、置換若しくは非置換のアリール、置換若しくは非置換のヘテロアリール、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、ハロゲンまたはＣＦ３であり；かつ
ｎは、１〜７の整数である。
【００３５】
さらなる実施形態では、ＰＴＣリードスルーを促進する化合物は、３−［５−（２−フルオロフェニル）−１，２，４−オキサジアゾール−３−イル］安息香酸である。
【００３６】
一部の態様では、ＰＴＣリードスルーを促進する化合物は小分子である。小分子は、好ましくは本明細書に定義される結合ポリペプチドまたは抗体以外の有機分子である。有機小分子は、既知の方法論を用いて同定し、化学合成することができる（例えば、国際公開第００／００８２３号パンフレットおよび同第００／３９５８５号パンフレット参照）。有機小分子は、通常約２０００ダルトン未満のサイズ、あるいは約１５００、７５０、５００、２５０、または２００ダルトン未満のサイズであり、本明細書に記載されるＰＴＣリードスルーを促進することのできるかかる有機小分子は、過度の実験を行うことなく周知の技法を用いて同定することができる。この点で、ＰＴＣリードスルーを促進することのできる分子について有機小分子ライブラリーをスクリーニングするための技法は当分野で周知であることに注目される（例えば、米国特許出願公開第２００４／０２１４１９３号および２００３／００４９６６６号；および国際公開第２００１／０４４５１６号パンフレットを参照、それらの開示内容は、この参照により本明細書に組み込まれる）。
【００３７】
有機小分子、例えば、アルデヒド、ケトン、オキシム、ヒドラゾン、セミカルバゾン、カルバジド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、Ｎ−置換ヒドラジン、ヒドラジド、アルコール、エーテル、チオール、チオエーテル、ジスルフィド、カルボン酸、エステル、アミド、尿素、カルバミン酸塩、炭酸塩、ケタール、チオケタール、アセタール、チオアセタール、ハロゲン化アリール、アリールスルホン酸、ハロゲン化アルキル、アルキルスルホン酸、芳香族化合物、複素環化合物、アニリン、アルケン、アルキン、ジオール、アミノアルコール、オキサゾリジン、オキサゾリン、チアゾリジン、チアゾリン、エナミン、スルホンアミド、エポキシド、アジリジン、イソシアネート、塩化スルホニル、ジアゾ化合物、酸塩化物、または同様のものであってよい。
【００３８】
一部の態様では、小分子化学化合物は、コンビナトリアル化学ライブラリーの成分である。コンビナトリアル化学ライブラリーは、より小さいサブユニットまたはモノマーから成る化学化合物の複数の種のコレクションである。コンビナトリアルライブラリーのサイズは多様であり、数百から数十万の異なる種の化学化合物に及ぶ。ライブラリーの種類も多様であり、炭水化物、オリゴヌクレオチド、および有機小分子等の化合物からなるオリゴマーライブラリーおよびポリマーライブラリーが含まれる。かかるライブラリーは、多様な用途、例えば化学化合物の固定化およびクロマトグラフィー分離など、ならびにＰＴＣリードスルーを促進することのできるリガンドを同定し特徴づけるための、または目的の生物活性（例えば、限定されるものではないが、ＰＴＣを有するｍＲＮＡの翻訳）を媒介するための用途を有する。
【００３９】
固相担体上の化合物のライブラリーを合成するための様々な技法が当分野で公知である。固相担体は、一般にサブユニットまたはモノマーと結合してライブラリーの化合物を形成するように官能化された表面をもつポリマー物体である。１つのライブラリーの合成は、一般に多数の固相担体を伴う。コンビナトリアルライブラリーを作製するために、慎重に制御された所定の一連の化学反応で、固相担体を１若しくはそれ以上の化合物のサブユニットと、そして１若しくはそれ以上の数の試薬と反応させる。言い換えると、ライブラリーサブユニットを固相担体上で「成長させる」。ライブラリーが大きくなるほど、必要とされる反応の数が増え、ライブラリーを構成する化合物の複数の種の化学組成の経過を追う仕事を複雑にする。一部の実施形態では、小分子は、約２０００ダルトン未満のサイズ、あるいは約１５００、７５０、５００、２５０または２００ダルトン未満のサイズである。
【００４０】
本明細書中の態様のいずれかに記載の小分子剤は、固相支持体上で実行することのできるどんな種類の化学反応からも誘導することができる。かかる化学反応としては、限定されるものではないが、ブタジエンのトラッピングを含む２＋２環化付加；イソキサゾリン、フランおよび修飾ペプチドの合成を含む［２＋３］環化付加；ジオール、アルデヒドおよびケトンの固定化を含むアセタール形成；アルデヒドの誘導体化、プロパンジオールの合成を含むアルドール縮合；アルデヒドの誘導体化を含むベンゾイン縮合；ベンゾジアゼピンおよびヒダントイン、チアゾリジン、ターン模倣体、ポルフィリン、フタロシアニンを含む環化縮合反応；ジエステルの環化を含むディークマン環化；アクリル酸の誘導体化を含むディールス・アルダー反応；アルケンへのアルコールの付加を含む求電子付加；アルデヒドの誘導体化を含むグリニャール反応；二置換アルケンの合成を含むヘック反応；ｉｎ  ｓｉｔｕでの酸化ニトリルの合成を含むヘンリー反応（２＋３環化付加を参照）；フェロモンおよびペプチドの合成（アルケンの水素付加）を含む接触水素化；スルファニルケトン、ビシクロ［２．２．２］オクタンの合成を含むマイケル反応；アリールエーテル、ホスホン酸ペプチジルおよびチオエーテルの合成を含む光延反応；キノロンの合成を含む求核芳香族置換；アルデヒドおよびケトンの合成を含む酸化；ペンチノールによるノルボルナジエンの環化を含むポーソン・カーン環化付加；ヘリセンの合成を含む光化学的環化；アルデヒドおよび塩化アシルの誘導体化を含む有機金属化合物による反応；カルボニル、カルボン酸、エステルおよびニトロ基の還元を含む、複合水素化物およびスズ化合物による還元；カルボキシル基の還元を含むＳｏａｉ反応；ビフェニル誘導体の合成を含むスティル反応；置換シクロヘキサノンの合成を含むストーク反応；キノロンの合成を含む還元的アミノ化；フェニル酢酸誘導体の合成を含む鈴木反応；ならびにアルデヒド、フェロモン、およびスルファニルケトンの反応を含むウィッティヒ・ホーナー反応が挙げられる。
【００４１】
化学ライブラリーの合成ならびにそれらのライブラリーの個々の化合物の個々の固相担体へのデコンボリューションが開示されている参考文献は、米国特許出願第２００９／００３２５９２号；Ｎｅｅｄｅｌｓ  ｅｔ  ａｌ，（１９９３），Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：１０７００−１０７０４；および国際公開第ＷＯ９７／１５３９０号パンフレットに見出すことができ、それらの開示内容はこの参照により本明細書に組み込まれる。
【００４２】
特定の実施形態では、本明細書に開示される方法で用いるＰＴＣリードスルーを促進するための化合物は、
【化２】
2019505579.tif 000003
である。
【００４３】
一部の実施形態では、本明細書に開示される方法のいずれかで使用するために適したＰＴＣリードスルーを促進するための化合物は、限定されるものではないが、アミカシン、Ｇ４１８（ジェネティシン）、ゲンタマイシン、またはパロモマイシンなどのアミノグリコシドである。その他の実施形態では、ＰＴＣリードスルー化合物は、限定されるものではないが、ＮＢ５４、ＮＢ７４、ＮＢ８４、またはＴＣ００７などのアミノグリコシド誘導体である。さらなる実施形態では、ＰＴＣリードスルーを促進するための化合物は、限定されるものではないが、ネガマイシンまたはタイロシンなどの非アミノグリコシドである（この参照により本明細書に組み込まれるＢｉｄｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｍｏｌｅｃ．Ｍｅｄ．１８（１１）：６７９−８８；ＭｃＫｉｎｎｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５，ＡＣＳ  Ｍｅｄ．Ｌｅｔ，６：９３０−９５５；およびＤｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，２０６（１０）：２２８５−９７も参照）。
【００４４】
さらなる実施形態では、本明細書に開示される方法で用いるＰＴＣリードスルーを促進するための化合物は、
【化３】
2019505579.tif 000004
である。
【００４５】
さらに他の実施形態では、本明細書に開示される方法で用いるＰＴＣリードスルーを促進するための化合物は、ネガマイシン誘導体、例えば、限定されるものではないが
【化４】
2019505579.tif 000005
であり得る。
【００４６】
本明細書に開示される方法での使用に適切なさらなるＰＴＣリードスルー薬物としては、限定されるものではないが、イセパマイシン、トブラマイシン、ＲＴＣ＃１、ＲＴＣ＃２、ＲＴＣ＃３、ＲＴＣ＃４、ＲＴＣ＃７、ＲＴＣ＃９、ＲＴＣ＃１０、ＲＴＣ＃１１、ＲＴＣ＃１６、ＲＴＣ＃１７、クリトシン（ｃｌｉｔｏｃｉｎ）、マクロライドスピラマイシン、マクロライドジョサマイシン、マクロライドタイロシン、ＮＢ３０、ストレプトマイシン、ハイグロマイシン、ピューロマイシン（ｐｕｒｏｍｙｃｏｎ）、リビドマイシン、ＴＣ００１、ＴＣ００３、ＴＣ０３２、ＪＬ０２２、ＪＬ０２３、ハイグロマイシンＢ、カナマイシンＡ、カナマイシンＢおよびその「ＪＬ」誘導体、ネオマイシンおよびその「ＴＣ」誘導体、パロアミン（ｐａｒｏａｍｉｎｅ）およびその合成誘導体、パロモマイシンおよびその「ＮＢ」誘導体、またはオレアンドマイシン（ｏｌｅａｎｄｏｍｙｃｏｎ）が挙げられる（Ｌｅｅ  &  Ｄｏｕｇｈｅｒｔｙ，２０１２，Ｐｈａｒｍａｃｏｌ&Ｔｈｅｒａｐ．，１３６：２２７−６６参照、この参照によりその開示内容は本明細書に組み込まれる）。その他のＰＴＣリードスルー薬物としては、ネガマイシンおよびゲンタマイシンが挙げられる。
【００４７】
本発明で用いるＰＴＣリードスルーを促進するために適したその他の化合物は、米国特許出願公開第２０１５／０２７４６７４号、２０１５／００５１２５１号、２０１３／０２１７７１７号、２０１２／００８７８９６号、２０１１／００４６１３６号、２０１１／０００３８４３号、２０１０／００９３８６７号、２００８／０２０７５３８号、２００７／０２０３１２３号、２００６／０１６６９２６号、および２００６／０１６７２６３号；国際公開第２０１５／１３４７１１号パンフレット、同第２０１５／１０９２４８号パンフレット、同第２０１３／１４２３４６号パンフレット、同第２０１２／０１６９３０号パンフレット、同第２００８／１０１９３５号パンフレット、同第２００４／００９５５８号パンフレット、同第２００４／００９６１０号パンフレット、同第２００４／００９５３３号パンフレット、および同第２０１４／０５５６４４号パンフレット；ならびに米国特許第８，１６３，７８２号明細書および同第６，９９２，０９６号明細書に見出すことができ、その開示内容の各々はこの参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
【００４８】
Ｂ．ＮＭＤ複合体を抑制する化合物
さらなる態様では、化合物は、ＮＭＤ分解複合体と会合している１若しくはそれ以上のタンパク質のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構に関連する１若しくはそれ以上の分子の発現および機能を調節する。本明細書において、語句「ＮＭＤ分解複合体」とは、ＰＴＣを有するｍＲＮＡのＮＭＤに関与する細胞内タンパク質のいずれか１つをさす（例えば、限定されるものではないが、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ＵＰＦ３ＢＩ、ＲＮＰＳ１、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＲＥＮＴ１、ＲＥＮＴ２、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６および／またはＳＭＧ−７の１若しくはそれ以上など）。したがって、化合物は１若しくはそれ以上のＮＭＤ分解複合体タンパク質の機能を抑制し、それによりＰＴＣを有するｍＲＮＡをポリペプチドに翻訳させる。
【００４９】
候補化合物は、限定されるものではないが、小分子化学化合物（例えば上記の小分子のいずれか）、抗体、タンパク質、またはその任意の組合せであり得る。一実施形態では、化合物は阻害核酸ではない（例えば、限定されるものではないが、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは低分子干渉ＲＮＡ（ｓｍａｌｌ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ  ＲＮＡ：ｓｉＲＮＡ）など）。別の実施形態では、化合物は、米国特許出願公開第２０１３／０２２４２３７号に開示される化合物のどれでもない。
【００５０】
１．抗体
一部の態様では、化合物は、１若しくはそれ以上のＮＭＤ分解複合体タンパク質（例えば、限定されるものではないが、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ＵＰＦ３ＢＩ、ＲＮＰＳ１、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＲＥＮＴ１、ＲＥＮＴ２、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６および／またはＳＭＧ−７など）と結合し（例えば優先結合し）、この化合物は抗体である。一部の実施形態では、抗体はＮＭＤ分解複合体タンパク質アンタゴニストであり、ＮＭＤを抑制することができる。
【００５１】
抗体の変異体は、抗体の活性に実質的に影響を及ぼすことなく、当分野で公知の情報に基づいて作製することもできる。例えば、抗体変異体は、抗体分子中の少なくとも１つのアミノ酸残基を異なる残基で置き換えることができる。抗体に関して、置換突然変異誘発の最も興味深い部位は一般に超可変領域が挙げられるが、フレームワーク領域（ｆｒａｍｅｗｏｒｋ  ｒｅｇｉｏｎ：ＦＲ）の変化も企図される。
【００５２】
抗体に関して、１種類の置換変異体は、親抗体（例えば、ヒト化若しくはヒト抗体）の１若しくはそれ以上の超可変領域残基を置換することを含む。一般に、さらなる開発のために選択された、結果として得られる１または複数の変異体は、それらを生成した親抗体と比較して改善された生物学的特性を有する。かかる置換変異体を生成するための簡便な方法は、ファージディスプレイを用いる親和性成熟を含む。手短に言えば、数個の超可変領域部位（例えば、６〜７部位）を突然変異させて、各部位の起こり得る全てのアミノ置換を生成する。このように生成された抗体は、各粒子内部に内包されたＭ１３の遺伝子ＩＩＩ産物との融合物として線維状ファージ粒子から提示される。ファージディスプレイされた変異体は、次に本明細書に開示されるその生物活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。修飾のための候補超可変領域部位を同定するために、アラニンスキャニング変異誘発を実施して、抗原結合に大きく寄与している超可変領域残基を同定することができる。
【００５３】
抗体のアミノ酸配列変異体をコードする核酸分子は、当分野で公知の多様な方法によって調製することができる。これらの方法としては、限定されるものではないが、天然源からの単離（天然に存在するアミノ酸配列変異体の場合）または以前に調製された抗体の変異体または非変異体のオリゴヌクレオチド介在性（または部位特異的）突然変異誘発、ＰＣＲ突然変異誘発、およびカセット突然変異誘発による調製が挙げられる。
【００５４】
本発明の免疫グロブリンポリペプチドのＦｃ領域で１若しくはそれ以上のアミノ酸修飾を導入し、それによってＦｃ領域変異体を生成することが望ましい。Ｆｃ領域変異体は、１若しくはそれ以上のアミノ酸位置にヒンジシステインのアミノ酸修飾を含むアミノ酸修飾（例えば、置換）を有するヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のＦｃ領域）を有することができる。
【００５５】
変更された（すなわち、改良または縮小された）Ｃｌｑ結合および／または補体依存性細胞傷害（Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ  Ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ：ＣＤＣ）を含むＦｃ領域変異体は、国際公開第９９／５１６４２号パンフレット（この参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。かかる変異体は、Ｆｃ領域のアミノ酸位置の１若しくはそれ以上にアミノ酸置換を有することができる。Ｄｕｎｃａｎ  &  Ｗｉｎｔｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ  ３２２：７３８−４０（１９８８）；米国特許第５，６４８，２６０号明細書；米国特許第５，６２４，８２１号明細書；およびＦｃ領域変異体に関する国際公開第９４／２９３５１号パンフレットも参照されたい。これらの各々の開示内容は、この参照により本明細書に組み込まれる。
【００５６】
２．非抗体結合ポリペプチド
一部の態様では、化合物は、１若しくはそれ以上のＮＭＤ分解複合体タンパク質（例えば、限定されるものではないが、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ＵＰＦ３ＢＩ、ＲＮＰＳ１、ｅＩＦ４ＡＩＩＩ、ＭＬＮ５１、Ｙ１４／ＭＡＧＯＨヘテロダイマー、ＲＥＮＴ１、ＲＥＮＴ２、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６および／またはＳＭＧ−７）と結合し（例えば優先結合し）、この化合物は非抗体結合ポリペプチドである。一部の実施形態では、非抗体結合ポリペプチドはＮＭＤ分解複合体タンパク質アンタゴニストであり、ＮＭＤを抑制することができる。
【００５７】
結合ポリペプチドは、既知のポリペプチド合成方法論を用いて化学的に合成されてもよく、または組換え技術を用いて調製および精製されてもよい。結合ポリペプチドは、通常、少なくとも約５アミノ酸長、あるいは少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００アミノ酸長以上であり、かかる結合ポリペプチドは、標的、例えば本明細書において考察されるＮＭＤ分解複合体の任意の成分との結合が可能である。
【００５８】
結合ポリペプチドは、過度の実験を行うことなく周知の技法を用いて同定することができる。この点で、ポリペプチド標的と結合することのできる結合ポリペプチドについてポリペプチドライブラリーをスクリーニングする技法は当分野で周知であることに注目される（例えば、米国特許第５，５５６，７６２号明細書、同第５，７５０，３７３号明細書、同第４，７０８，８７１号明細書、同第４，８３３，０９２号明細書、同第５，２２３，４０９号明細書、同第５，４０３，４８４号明細書、同第５，５７１，６８９号明細書、同第５，６６３，１４３号明細書；国際公開第８４／０３５０６号パンフレットおよび同第８４／０３５６４号パンフレット；Ｇｅｙｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，８１：３９９８−４００２（１９８４）；Ｇｅｙｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，８２：１７８−１８２（１９８５）；Ｇｅｙｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ，，１０２：２５９−２７４（１９８７）；Ｃｌａｃｋｓｏｎ，Ｔ．ｅｔ  ａｌ，（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４；Ｋａｎｇ，Ａ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．，（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８８：８３６３、およびＳｍｉｔｈ，Ｇ．Ｐ．（１９９１）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２：６６８参照、これらの各々の開示内容は、この参照により本明細書に組み込まれる）。
【００５９】
ペプチドライブラリーを生成し、これらのライブラリーをスクリーニングするための方法も、米国特許第５，７２３，２８６号明細書、同第５，４３２，０１８号明細書、同第５，５８０，７１７号明細書、同第５，４２７，９０８号明細書、同第５，４９８，５３０号明細書、同第５，７７０，４３４号明細書、同第５，７３４，０１８号明細書、同第５，６９８，４２６号明細書、同第５，７６３，１９２号明細書、および同第５，７２３，３２３号明細書に開示されている。これらの各々の開示内容は、この参照により本明細書に組み込まれる。
【００６０】
結合ポリペプチドを修飾して、その抑制効果および／または治療効果を向上させることができる（例えば、親和性の向上、半減期、安定性、およびクリアランス速度などの薬物動態特性の改善、毒性の低下等を含む）。かかる修飾としては、限定されるものではないが、グリコシル化、ペグ化、天然に存在しないが機能的に同等なアミノ酸、連結基での置換等が挙げられる。
【００６１】
Ｃ．医薬組成物
また、ＰＴＣリードスルーを促進する化合物および本明細書に開示されるＮＭＤ複合体を抑制する化合物のいずれかを有する医薬組成物が本明細書において提供される。本発明の医薬組成物には、錠剤、カプセル剤、顆粒剤、粉末、ペレット、カプレット、ミニタブレット、トローチ剤、ミニタブレットおよび／またはペレットを充填したカプセル剤、多層錠剤、懸濁液用の顆粒、小袋に充填した顆粒または粉末の１若しくはそれ以上が含まれてよい。他の実施形態では、本発明の組成物をコーティングしてフィルムコート錠を得ることができる。
【００６２】
本発明の組成物は、製薬賦形剤と混合し、選択的にその他の製薬上許容される賦形剤とともに、糖と一緒にＰＴＣリードスルーを促進する化合物およびＮＭＤ複合体を抑制する化合物の水性溶液またはアルコール溶液とともにそれらを造粒することによって調製することができる。顆粒剤は、乾燥させ、潤滑させ、適した剤形に変換させることができる。
【００６３】
ＰＴＣのリードスルーを促進する化合物およびＮＭＤ複合体を抑制する化合物またはそれらの製薬上許容される塩の安定した固体医薬組成物は、直接圧縮、湿式または乾式造粒、スラギング、ホットメルト造粒、ホットメルト押出、流動床造粒、押出−球状化、噴霧乾燥および溶媒蒸発などの製薬技術分野の当業者に公知のプロセスによって調製することができる。一実施形態では、ＰＴＣリードスルーを促進する化合物およびＮＭＤ複合体を抑制する化合物またはそれらの製薬上許容される塩の安定な組成物は、１または複数の化合物と１若しくはそれ以上の糖および１若しくはそれ以上の製薬上許容される賦形剤を乾式／湿式造粒し、任意選択で顆粒剤をその他の賦形剤と混合することによって調製される。
【００６４】
製薬上許容される賦形剤には、１若しくはそれ以上の結合剤、増量剤、滑沢剤、可溶化剤、安定剤、崩壊剤、磨砕剤などが含まれてよい。
【００６５】
適した「希釈剤」には、ラクトース、微結晶性セルロース、リン酸カルシウム、デキストリン、デキストロース、デキストレート（ｄｅｘｔｒａｔｅｓ）、マンニトール、ソルビトール、スクロースなどの１若しくはそれ以上が含まれてよい。特に、希釈剤は、ラクトースおよび微結晶性セルロースである。希釈剤は、組成物の顆粒外部および／または顆粒内部の部分に存在することができる。
【００６６】
適した「崩壊剤」には、クロスポビドン（ポリプラスドン）、低置換ヒドロキシプロピルセルロース、カルメロース、カルボキシスターチナトリウム、カルメロースカルシウム、コーンスターチ（ｃｏｍ  ｓｔａｒｃｈ）、部分アルファタイズド（ｐａｒｔｉａｌｌｙ−ａｌｐｈａｔｉｚｅｄ）デンプン、クロスカルメロースナトリウム、グリコール酸ナトリウムデンプンなどの１若しくはそれ以上が含まれてよい。特に、崩壊剤はクロスポビドンである。崩壊剤は、組成物の顆粒外部および／または顆粒内部の部分に存在することができる。
【００６７】
適した「結合剤」には、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリビニルピロリドン（ポビドンＫ３０）、ポリビニルアルコール、これらの部分鹸化物、デンプンなどの１若しくはそれ以上が含まれてよい。特に、結合剤はポリビニルピロリドンである。
【００６８】
適した「可溶化剤」には、ポロキサマー、ポリエチレングリコール、ポリソルベート、ラウリル硫酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセリル、グリセリルモノオレエート、レシチン、ポリオキシエチレンアルキルエステル（ｐｏｌｙｏｘｙｔｈｙｌｅｎｅ  ａｌｋｙｌ  ｅｓｔｅｒ）、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリオキシエチレン脂肪酸エステルなどの１若しくはそれ以上が含まれてよい。特に、可溶化剤はポロキサマーおよびグリセリルモノオレエートである。
【００６９】
適した「安定剤」には、クエン酸、酒石酸、フマル酸、マレイン酸、ビタミンＥ酢酸塩などの１若しくはそれ以上が含まれてよい。特に、安定剤はビタミンＥ酢酸塩である。
【００７０】
適した「滑沢剤／磨砕剤」には、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、パルミチン酸、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、ステアリルフマル酸ナトリウム、ベヘン酸グリセリル、タルクなどの１若しくはそれ以上が含まれる。
【００７１】
本発明によるＰＴＣリードスルーを促進するための化合物およびＮＭＤ複合体を抑制する化合物はどれも、１若しくはそれ以上の製薬上許容される担体または賦形剤を使用して従来法で製剤化することができる。一部の実施形態では、所与治療計画の薬物投与のために複数の投与経路を使用することができる。例えば、ＰＴＣリードスルーを促進するための化合物は、経口投与することができ、一方、ＮＭＤを抑制するための化合物は静脈内投与することができる。よって、本発明に従って使用する化合物は、例えば、経口、舌下、頬側、非経口、直腸、膣、または鼻腔内投与の１若しくはそれ以上用に、あるいは吸入または吹送（口または鼻のいずれかを通る）による投与に適した形態で、あるいは局所投与、好ましくは眼への局所投与に適した形態で製剤化することができる。別の実施形態では、ＰＴＣリードスルーを促進するための化合物およびＮＭＤ複合体を抑制する化合物は、局所または皮下投与用に製剤化される。
【００７２】
経口投与用に、医薬組成物は、例えば、結合剤（例えば、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドンまたはヒドロキシプロピルメチルセルロース）；増量剤（例えば、ラクトース、微結晶性セルロースまたはリン酸カルシウム）；滑沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルクまたはシリカ）；崩壊剤（例えば、ジャガイモデンプンまたはグリコール酸ナトリウムデンプン（ｓｏｄｉｕｍ  ｓｔａｒｃｈ  ｇｌｙｃｏｌｌａｔｅ）；または湿潤剤（例えば、ラウリル硫酸ナトリウム）などの製薬上許容される賦形剤とともに従来手段によって調製された錠剤またはカプセル剤の形態をとることができる。錠剤は、当分野で周知の方法によってコーティングすることができる。経口投与用の液体調製物は、例えば、溶液、シロップ剤または懸濁液の形態をとることができるか、あるいは、それらは使用前に水またはその他の適した媒体で構成するための乾燥製品として提供することができる。かかる液体調製物は、沈殿防止剤（例えば、ソルビトールシロップ、メチルセルロースまたは硬化食用脂）；乳化剤（例えば、レシチンまたはアラビアガム）；非水性媒体（例えば、アーモンド油、油性エステルまたはエチルアルコール）；および防腐剤（例えば、メチル若しくはプロピル−ｐ−ヒドロキシベンゾエートまたはソルビン酸）などの製薬上許容される添加剤とともに従来手段によって調製することができる。
【００７３】
頬側投与用には、組成物は、従来法で製剤化された錠剤またはトローチ剤の形態をとることができる。
【００７４】
本発明に従って使用するＰＴＣリードスルーを促進し、かつ／またはＮＭＤ複合体を抑制するための化合物は、注射、便利に静脈内、筋肉内、腫瘍内、または皮下注射によって、例えばボーラス注射または静脈内持続注入によって、非経口投与用に製剤化することができる。注射用製剤は、単位剤形で、例えば、アンプルまたは多用量型容器中で、任意選択で防腐剤を添加して提供することができる。非経口投与用組成物は、油性または水性媒体中の懸濁液、溶液または乳濁液のような形態をとることができ、懸濁剤、安定化剤および／または分散剤などの調合剤を含むことができる。あるいは、有効成分は、使用前に適した媒体、例えば、滅菌パイロジェンフリー水または等張生理食塩水で構成するための粉末、結晶または凍結乾燥固体などの乾燥形態であってよい。それらは、例えば、滅菌アンプルまたはバイアル中に提供することができる。
【００７５】
本発明に従って使用するＰＴＣリードスルーを促進し、ＮＭＤ複合体を抑制するための化合物はまた、例えばカカオバターまたはその他のグリセリドなどの従来の坐剤ベースを含有する、坐剤または保持浣腸などの直腸組成物に製剤化することもできる。
【００７６】
舌下投与用の錠剤は、従来の方法で製剤化することができる。
【００７７】
鼻腔内投与には、本発明に従って使用するＰＴＣリードスルーを促進し、ＮＭＤ複合体を抑制するための化合物は、例えば、スプレーまたは液滴の形態で、または粉末として提供される、例えば溶液、懸濁液または乳濁液の形態の液体として使用することができる。好ましくは、鼻腔内投与用の調製物は、注入器から、あるいは加圧パックまたはネブライザーから適した噴射剤を用いてスプレーまたはエアロゾルの形態で送達される。
【００７８】
吸入による投与には、本発明に従って使用するＰＴＣリードスルーを促進し、ＮＭＤ複合体を抑制するための化合物は、適した噴射剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、テトラフルオロエタン、ヘプタフルオロプロパン、二酸化炭素またはその他の適したガスの使用によって、加圧パックまたはネブライザーからのエアロゾルスプレーの形態で簡便に送達することができる。加圧エアロゾルの場合、投薬単位は、計量された量を送達するための弁を設けることによって決めることができる。吸入器または注入器で使用するための、例えばゼラチン製カプセルおよびカートリッジは、本発明の化合物と、ラクトースまたはデンプンなどの適した粉末基剤の粉末混合物を含有するように製剤化することができる。
【００７９】
局所投与には、医薬組成物は、眼への局所投与に適したクリーム、ゲル、ローション、フォームまたは液滴の形態で提供される液体、例えば溶液、懸濁液または乳濁液（例えばナノ粒子またはリポソームを含有する乳濁液）であってよい。
【００８０】
組成物は、単位剤形で製剤化することができ、各投薬量は有効成分を約５ｍｇ〜約１００ｍｇ以上、例えば約１ｍｇ以上約５ｍｇ以下、１ｍｇ以上約１０ｍｇ以下、約１ｍｇ以上約２０ｍｇ以下、約１ｍｇ以上約３０ｍｇ以下、約１ｍｇ以上約４０ｍｇ以下、約１ｍｇ以上約５０ｍｇ以下、約１ｍｇ以上約６０ｍｇ以下、約１ｍｇ以上約７０ｍｇ以下、約１ｍｇ以上約８０ｍｇ以下、または約１ｍｇ以上約９０ｍｇ以下のいずれかを含み、これらの値の間の任意の範囲を含む。用語「単位剤形」とは、個体に対する一回投薬量として適した物理的に別個の単位をさし、各単位は、望ましい治療効果を生じるように計算された所定量の活性物質を適した医薬賦形剤または担体を伴って含む。
【００８１】
ＩＶ．本発明の方法
一部の態様では、免疫応答の生成を必要とする個体において免疫応答を生成する方法および／または異常細胞の表面で１若しくはそれ以上のネオアンチゲンの発現を誘導する方法が本明細書において提供される。ＮＭＤは、未熟終止コドン（ＰＴＣｓ）を有するｍＲＮＡｓを検出し除去する真核細胞の進化的に保存されたｍＲＮＡ監視経路である。理論に縛られるものではないが、ＮＭＤが腫瘍細胞で抑制される場合の遺伝子発現の上方制御は、治療上有用な腫瘍抗原性の強化となる、つまり、新しい生成物は、腫瘍拒絶の一因となる免疫応答を誘発することのできる、効果的な腫瘍抗原として機能する。抑制は、上記のＰＴＣリードスルーを促進するための化合物と、ＮＭＤ分解複合体を抑制するための化合物の一方または両方の有効量を、それを必要とする個体に投与することによって達成される。一実施形態では、ＰＴＣのリードスルーおよびＮＭＤ分解複合体の抑制の後にｍＲＮＡから翻訳されるタンパク質は非機能性タンパク質である。有効量は、下記および本明細書中に記載の機能をもたらすことができる。
【００８２】
一部の実施形態では、個体に投与される、ＰＴＣリードスルーの促進およびＮＭＤ分解複合体の抑制のための化合物の量は、以下の範囲のいずれかに含まれる：約０．５〜約５ｍｇ／ｋｇ、約５〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約１０〜約１５ｍｇ／ｋｇ、約１５〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約２０〜約２５ｍｇ／ｋｇ、約２０〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約２５〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約５０〜約７５ｍｇ／ｋｇ、約５０〜約１００ｍｇ／ｋｇ、約７５〜約１００ｍｇ／ｋｇ、約１００〜約１２５ｍｇ／ｋｇ、約１２５〜約１５０ｍｇ／ｋｇ、約１５０〜約１７５ｍｇ／ｋｇ、約１７５〜約２００ｍｇ／ｋｇ、約２００〜約２２５ｍｇ／ｋｇ、約２２５〜約２５０ｍｇ／ｋｇ、約２５０〜約３００ｍｇ／ｋｇ、約３００〜約３５０ｍｇ／ｋｇ、約３５０〜約４００ｍｇ／ｋｇ、約４００〜約４５０ｍｇ／ｋｇ、または約４５０〜約５００ｍｇ／ｋｇ。一部の実施形態では、個体に投与される治療上有効な量（例えば、単位剤形）中のテロメラーゼ抑制剤の量は、約５ｍｇ〜約５００ｍｇの範囲内、例えば約３０ｍｇ〜約３００ｍｇまたは約５０ｍｇ〜約２００ｍｇまたは約１０ｍｇ〜約１００ｍｇである。
【００８３】
その他の実施形態では、個体に投与される、ＰＴＣリードスルーの促進およびＮＭＤ分解複合体の抑制のための化合物の濃度は、希釈されている（約０．１ｍｇ／ｍｌ）かまたは濃縮されていて（約２００ｍｇ／ｍｌ）、それには、例えば約０．１〜約２００ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１８０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１６０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１４０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１２０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１００ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約８０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約６０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約４０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約２０ｍｇ／ｍｌ、約０．１〜約１０ｍｇ／ｍｌ、約２〜約４０ｍｇ／ｍｌ、約４〜約３５ｍｇ／ｍｌ、約６〜約３０ｍｇ／ｍｌ、約８〜約２５ｍｇ／ｍｌ、約１０〜約２０ｍｇ／ｍｌ、約１２〜約１５ｍｇ／ｍｌのいずれか、あるいは約０．１ｍｇ／ｍｌ、０．２ｍｇ／ｍｌ、０．３ｍｇ／ｍｌ、０．４ｍｇ／ｍｌ、０．５ｍｇ／ｍｌ、０．６ｍｇ／ｍｌ、０．７ｍｇ／ｍｌ、０．８ｍｇ／ｍｌ、０．９ｍｇ／ｍｌ、１ｍｇ／ｍｌ、１．１ｍｇ／ｍｌ、１．２ｍｇ／ｍｌ、１．３ｍｇ／ｍｌ、１．４ｍｇ／ｍｌ、１．５ｍｇ／ｍｌ、１．６ｍｇ／ｍｌ、１．７ｍｇ／ｍｌ、１．８ｍｇ／ｍｌ、１．９ｍｇ／ｍｌ、２ｍｇ／ｍｌ、２．１ｍｇ／ｍｌ、２．２ｍｇ／ｍｌ、２．３ｍｇ／ｍｌ、２．４ｍｇ／ｍｌ、または２．５ｍｇ／ｍｌのいずれかが含まれる。
【００８４】
一部の実施形態では、ＰＴＣリードスルーの促進およびＮＭＤ分解複合体の抑制のための化合物の濃度は、少なくとも約０．１ｍｇ／ｋｇ、０．２ｍｇ／ｋｇ、０．３ｍｇ／ｋｇ、０．４ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ、１．３ｍｇ／ｋｇ、１．５ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、６ｍｇ／ｋｇ、７ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、９ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、１１ｍｇ／ｋｇ、１２ｍｇ／ｋｇ、１３ｍｇ／ｋｇ、１４ｍｇ／ｋｇ、１５ｍｇ／ｋｇ、１６ｍｇ／ｋｇ、１７ｍｇ／ｋｇ、１８ｍｇ／ｋｇ、１９ｍｇ／ｋｇ、２０ｍｇ／ｋｇ、２１ｍｇ／ｋｇ、２２ｍｇ／ｋｇ、２３ｍｇ／ｋｇ、２４ｍｇ／ｋｇ、２５ｍｇ／ｋｇ、２６ｍｇ／ｋｇ、２７ｍｇ／ｋｇ、２８ｍｇ／ｋｇ、２９ｍｇ／ｋｇ、３０ｍｇ／ｋｇ、３１ｍｇ／ｋｇ、３２ｍｇ／ｋｇ、３３ｍｇ／ｋｇ、３３．３ｍｇ／ｋｇ、３４ｍｇ／ｋｇ、３５ｍｇ／ｋｇ、３６ｍｇ／ｋｇ、３７ｍｇ／ｋｇ、３８ｍｇ／ｋｇ、３９ｍｇ／ｋｇ、４０ｍｇ／ｋｇ、４１ｍｇ／ｋｇ、４２ｍｇ／ｋｇ、４３ｍｇ／ｋｇ、４４ｍｇ／ｋｇ、４５ｍｇ／ｋｇ、４６ｍｇ／ｋｇ、４７ｍｇ／ｋｇ、４８ｍｇ／ｋｇ、４９ｍｇ／ｋｇ、５０ｍｇ／ｋｇ、５１ｍｇ／ｋｇ、５２ｍｇ／ｋｇ、５３ｍｇ／ｋｇ、５４ｍｇ／ｋｇ、５５ｍｇ／ｋｇ、５６ｍｇ／ｋｇ、５７ｍｇ／ｋｇ、５８ｍｇ／ｋｇ、５９ｍｇ／ｋｇ、６０ｍｇ／ｋｇ、６１ｍｇ／ｋｇ、６２ｍｇ／ｋｇ、６３ｍｇ／ｋｇ、６４ｍｇ／ｋｇ、６５ｍｇ／ｋｇ、６６ｍｇ／ｋｇ、６７ｍｇ／ｋｇ、６８ｍｇ／ｋｇ、６９ｍｇ／ｋｇ、７０ｍｇ／ｋｇ、７１ｍｇ／ｋｇ、７２ｍｇ／ｋｇ、７３ｍｇ／ｋｇ、７４ｍｇ／ｋｇ、７５ｍｇ／ｋｇ、７６ｍｇ／ｋｇ、７７ｍｇ／ｋｇ、７８ｍｇ／ｋｇ、７９ｍｇ／ｋｇ、８０ｍｇ／ｋｇ、８１ｍｇ／ｋｇ、８２ｍｇ／ｋｇ、８３ｍｇ／ｋｇ、８４ｍｇ／ｋｇ、８５ｍｇ／ｋｇ、８６ｍｇ／ｋｇ、８７ｍｇ／ｋｇ、８８ｍｇ／ｋｇ、８９ｍｇ／ｋｇ、９０ｍｇ／ｋｇ、９１ｍｇ／ｋｇ、９２ｍｇ／ｋｇ、９３ｍｇ／ｋｇ、９４ｍｇ／ｋｇ、９５ｍｇ／ｋｇ、９６ｍｇ／ｋｇ、９７ｍｇ／ｋｇ、９８ｍｇ／ｋｇ、９９ｍｇ／ｋｇ、１００ｍｇ／ｋｇ、１１０ｍｇ／ｋｇ、１２０ｍｇ／ｋｇ、１３０ｍｇ／ｋｇ、１４０ｍｇ／ｋｇ、１５０ｍｇ／ｋｇ、１６０ｍｇ／ｋｇ、１７０ｍｇ／ｋｇ、１８０ｍｇ／ｋｇ、１９０ｍｇ／ｋｇ、２００ｍｇ／ｋｇ、２１０ｍｇ／ｋｇ、２２０ｍｇ／ｋｇ、２３０ｍｇ／ｋｇ、２４０ｍｇ／ｋｇ、または２５０ｍｇ／ｋｇのいずれかである。
【００８５】
さらなる実施形態では、本明細書に開示される方法のいずれかによるＰＴＣリードスルーおよびＮＭＤ分解複合体の抑制を促進するための１若しくはそれ以上の化合物による処置は、ＰＴＣリードスルーおよびＮＭＤ分解複合体の抑制を促進するための１若しくはそれ以上の化合物で処置しない腫瘍と比較して、腫瘍サイズの少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３３．３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の低下をもたらす。
【００８６】
一部の実施形態では、本明細書に開示される方法のいずれかによるＰＴＣリードスルーおよびＮＭＤ分解複合体の抑制を促進するための１若しくはそれ以上の化合物による処置は、ＰＴＣリードスルーおよびＮＭＤ分解複合体の抑制を促進するための１若しくはそれ以上の化合物で処置しない腫瘍でのＴ細胞応答と比較して、少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３３．３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、ＣＤ３＋、および／またはＣＤ４５＋エフェクターＴ細胞応答（例えば、腫瘍内Ｔ細胞浸潤）のいずれかを示す。
【００８７】
別の実施形態では、本明細書に開示される方法のいずれかによるＰＴＣリードスルーおよびＮＭＤ分解複合体の抑制を促進するための１若しくはそれ以上の化合物による処置は、ＰＴＣリードスルーおよびＮＭＤ分解複合体の抑制を促進するための１若しくはそれ以上の化合物で処置しない個体と比較して、少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３３．３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の腫瘍抑制効果をもたらす。
【００８８】
Ａ．免疫応答の生成
本明細書に記載される方法によって誘発される免疫応答は、免疫細胞によるＰＴＣを含むｍＲＮＡの翻訳から生成される処理されたタンパク質の認識に媒介される。一部の実施形態では、免疫細胞は、骨髄の造血幹細胞に由来するリンパ球の主な種類であるＴ細胞またはＢ細胞である。Ｂ細胞は液性免疫応答に関与し、Ｔ細胞は細胞媒介性免疫応答に関与する。Ｂ細胞とＴ細胞は、特定の標的を認識する受容体分子を有する。Ｔ細胞は、抗原が処理されて、主要組織適合抗原複合体（ＭＨＣ）分子と一緒に提示された後に、「非自己」標的、例えば（ｓｕｃｈ）ナンセンスまたはフレームシフト突然変異に起因するＰＴＣを含有するｍＲＮＡから翻訳されたタンパク質を認識する。Ｔ細胞には２つの主なサブタイプがある：キラーＴ細胞およびヘルパーＴ細胞である。キラーＴ細胞はクラスＩ  ＭＨＣ分子と結合した抗原だけを認識し、一方、ヘルパーＴ細胞はクラスＩＩ  ＭＨＣ分子と結合した抗原だけを認識する。これらの２つの抗原提示機構は、２種類のＴ細胞の異なる役割を反映する。３番目のマイナーなサブタイプは、ＭＨＣ受容体と結合していない無傷の抗原を認識するγδＴ細胞である（Ｈｏｌｔｍｅｉｅｒ  &  Ｋａｂｅｌｉｔｚ，（２００５）、Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ａｌｌｅｒｇｙ，８６：１５１−８３）。
【００８９】
したがって、本明細書に開示される方法のどれでも、免疫応答は、Ｂ細胞かまたはＴ細胞と、クラスＩ  ＭＨＣ分子またはクラスＩＩ  ＭＨＣ分子のいずれかによって提示される新規な抗原によって媒介されることができる。例えば、キラーＴ細胞は、損傷を受けたか機能障害である細胞を死滅させるＴ細胞の下位集団である。キラーＴ細胞は、別の細胞のＭＨＣクラスＩ受容体との複合体において、そのＴ細胞受容体（Ｔ  ｃｅｌｌ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ：ＴＣＲ）がこの特定の抗原と結合した時に活性化される。次に、Ｔ細胞は、ＭＨＣ  Ｉ受容体がこの抗原を有する細胞を探して全身を移動する。活性化したＴ細胞がそのような細胞と接触する時、それは細胞毒素、例えばパーフォリンなどを放出し、それが標的細胞の細胞膜に穴を形成し、イオン、水および毒素を侵入させる。Ｔ細胞活性化は緊密に制御され、一般に非常に強いＭＨＣ／抗原活性化シグナル、または「ヘルパー」Ｔ細胞によって提供されるさらなる活性化シグナルを必要とする。
【００９０】
Ｂ細胞に関して、これらの細胞は、抗体がその表面で特定の外来抗原と結合する時に標的を同定する。この抗原／抗体複合体は、Ｂ細胞に取り込まれ、タンパク質分解によってペプチドに処理される。次に、Ｂ細胞はこれらの抗原ペプチドをその表面ＭＨＣクラスＩＩ分子に提示する。このＭＨＣと抗原の組合せは、リンホカインを放出し、Ｂ細胞を活性化させる、適合するヘルパーＴ細胞を引き寄せる。活性化したＢ細胞は次に分裂を始めるので、その子孫（形質細胞）は、この抗原を認識する数百万コピーの抗体を分泌する。これらの抗体は血漿およびリンパ液中を循環し、抗原を発現している病原体と結合し、それらを補体活性化によって破壊するように、または食細胞によって取込みおよび破壊するように標識する。
【００９１】
所与化合物が本明細書に開示される方法に従って投与された場合に免疫応答を誘発するかどうかは、限定されるものではないが、フローサイトメトリー計数、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、ならびにＴｒｅｇ応答をはじめとする、当分野で公知のどんな方法によっても測定することができる。
【００９２】
Ｂ．異常細胞
本明細書に開示される方法の一部の態様では、１若しくはそれ以上の新規な抗原の発現が異常細胞の表面で誘導される。特定の実施形態では、異常細胞は、過剰増殖性細胞、例えば癌などである。
【００９３】
本発明の組成物および方法によって予防および／または治療することのできる癌としては、限定されるものではないが、ヒト肉腫および癌腫、例えば、癌腫、例えば、結腸癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、軟骨腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ血管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、肝細胞腫、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎生期癌、ウィルムス腫瘍、メルケル細胞腫瘍、子宮頸癌、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽細胞腫、メルケル細胞癌、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起細胞腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、網膜芽細胞腫、白血病、例えば、急性リンパ性白血病および急性骨髄性白血病（骨髄芽球性、前骨髄球性、骨髄単球性、単球性および赤白血病）；慢性白血病（慢性骨髄性（顆粒球性）白血病および慢性リンパ性白血病）；ならびに真性赤血球増加症、リンパ腫（ホジキン病および非ホジキン病）、多発性骨髄腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、および重鎖病が挙げられる。
【００９４】
Ｃ．チェックポイント阻害剤
本明細書に開示される方法のいずれかの一部の実施形態では、この方法は、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を抑制する１若しくはそれ以上の化合物の投与をさらに有する。免疫チェックポイントは、シグナル（共刺激分子）を大きくするかまたはシグナルを小さくする免疫系の分子である。チェックポイント阻害剤は、癌細胞が免疫系による検出から逃れる主な方法の１つを克服するように設計されている。Ｔリンパ球は、疾患の徴候について細胞を日常的にモニターする。細胞の表面の抗原が、その細胞が異常であることを示唆する場合、Ｔ細胞は、さらなる分子の発現を増加させることを含む免疫応答を開始させて、免疫応答が身体の正常な組織に損傷を与えることを防ぐ。これらの分子は免疫チェックポイントとして公知である。
【００９５】
癌細胞は、しばしば免疫チェックポイント分子を用いて免疫系による攻撃から逃れるかまたはそれを抑制する。このように、癌細胞の表面での免疫チェックポイント分子の発現は、Ｔ細胞などの免疫細胞がそれらを「異物」または「異常」と認識することを防ぐ。したがって、チェックポイント阻害剤は、Ｔ細胞の認識による免疫系の活性化を導く阻害性免疫チェックポイント分子を遮断する化合物である。
【００９６】
阻害性チェックポイント分子は、最初に進行性黒色腫に適応した２つのチェックポイント阻害薬、イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（商標）；ＣＴＬＡ−４を標的化することによって免疫系を活性化させる働きをするモノクローナル抗体）、およびペムブロリズマブ（Ｋｅｙｔｒｕｄａ（商標）；プログラム細胞死１（ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  ｃｅｌｌ  ｄｅａｔｈ：ＰＤ−１）受容体を標的にするヒト化抗体）の有効性のために、次第に癌免疫療法の新しい標的と考えられるようになってきた。ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（商標））として公知の別のチェックポイント阻害剤は、免疫応答の抑制を妨げるＰＤ−１とプログラム細胞死リガンド１（ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  ｃｅｌｌ  ｄｅａｔｈ  ｌｉｇａｎｄ  １：ＰＤ−Ｌ１）との間の相互作用を遮断する。
【００９７】
１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害することのできるどんな分子も本明細書に開示される方法で使用することができる。これらには、限定されるものではないが、抗体若しくはその機能断片、阻害ポリペプチド、小分子化学化合物、および／または阻害核酸（例えば、限定されるものではないが、アンチセンスオリゴヌクレオチド、低分子干渉ＲＮＡｓ（ｓｉＲＮＡｓ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡｓ（ｓｍａｌｌ  ｈａｉｒｐｉｎ  ＲＮＡｓ：ｓｈＲＮＡｓ）、および／またはリボザイムのような触媒核酸など）が含まれる。１若しくはそれ以上の免疫チェックポイント分子を阻害することのできるどんな分子も本明細書に開示される方法で使用することができる。これらには、限定されるものではないが、抗体若しくはその機能断片、阻害ポリペプチド、小分子化学化合物、および／または阻害核酸（例えば、限定されるものではないが、アンチセンスオリゴヌクレオチド、低分子干渉ＲＮＡｓ（ｓｉＲＮＡｓ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡｓ（ｓｍａｌｌ  ｈａｉｒｐｉｎ  ＲＮＡｓ：ｓｈＲＮＡｓ）、および／またはリボザイムのような触媒核酸など）が含まれる。本明細書に開示される方法のいずれで使用するチェックポイント阻害剤によって標的化するのに適した免疫チェックポイント分子には、限定されるものではないが、アデノシンＡ２Ａ受容体（Ａ２ＡＲ）、Ｂ７−Ｈ３（別名ＣＤ２７６；例えば、ＭＧＡ２７１）、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ｔ−ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ４：ＣＴＬＡ４；別名ＣＤ１５２；例えば、イピリムマブ；ＡＧＥＮ−１８８４（Ａｇｅｎｕｓ））、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１；別名ＣＤ２７４；例えば、ＭＤＸ−１１０５（Ｂｒｉｓｔｏｌ  Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ＷＢＰ−３１５５（Ｃ−ｓｔｏｎｅ）、ＬＹ３３０００５４（Ｅｌｉ  Ｌｉｌｌｙ））、プログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ−１；別名ＣＤ２７９；例えば、ペムブロリズマブ、ＳＨＲ−１２１０（Ｉｎｃｙｔｅ）、ＳＴＩ−Ａ１１１０（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）、ＲＥＧＮ２８１０（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）、ＣＴ−０１１（ピディリズマブ；Ｃｕｒｅｔｅｃｈ）、ＰＤＲ−００１（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＢＧＢ−Ａ３１７（ＢｅｉＧｅｎｅ）、ＴＳＲ−０４２（Ｔｅｓａｒｏ）、ＥＮＵＭＣ−８（Ｅｎｕｍｅｒａｌ）、ＭＧＤ−０１３（Ｍａｃｒｏｇｅｎｉｃｓ；ＰＤ１およびＬａｇ３の二重特異性抗体）、Ｂ７−Ｈ４（別名ＶＴＣＮ１）、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン含有タンパク質３（Ｔ−ｃｅｌｌ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ａｎｄ  ｍｕｃｉｎ−ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ−３：ＴＩＭ３；別名ＨＡＶＣＲ２）、ＢおよびＴリンパ球アテニュエーター（Ｂ  ａｎｄ  Ｔ  Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  Ａｔｔｅｎｕａｔｏｒ：ＢＴＬＡ；別名ＣＤ２７２）、インドールアミン−ピロール２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ｋｉｌｌｅｒ−ｃｅｌｌ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ−ｌｉｋｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ：ＫＩＲｓ；例えば、リリルマブ）、リンパ球活性化遺伝子３（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ−ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｇｅｎｅ  ３：Ｌ���Ｇ−３；例えばＢＭＳ−９８６０１６）、ＩｇおよびＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体（ＴＩＧＩＴ；別名ＷＵＣＡＭおよびＶｓｔｍ３）、ＩＬＴ−３、ＩＬＴ−４、および／またはＴ細胞活性化のＶ−ドメインＩｇ抑制因子（ＶＩＳＴＡ）の１若しくはそれ以上が含まれる。
【００９８】
一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、アンタゴニスト抗体、例えば、限定されるものではないが、イピリムマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ニボルマブ（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）、ペンブロリズマブ（Ｍｅｒｃｋ）デュルバルマブ（Ｍｅｄｉｍｍｕｎｅ）、アテゾリズマブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）、トレメリムマブ（Ｍｅｄｉｍｍｕｎｅ）、および／または  アベルマブ（Ｐｆｉｚｅｒ）の１若しくはそれ以上である。
【００９９】
これらのようなアンタゴニスト抗体は癌の治療に対していくらかの見込みがあることが示されたが、モノクローナル抗体の個体への投与も、望ましくない免疫反応のための有害事象および重い副作用に関連していた。具体的には、モノクローナル抗体の投与は、急性アナフィラキシー、血清病および抗体の生成などの免疫反応のリスクを有する。その上、その特異的標的に関係したモノクローナル抗体に関連する有害作用が多数あり、それには、感染症および癌、自己免疫疾患、ならびに臓器特異的な有害事象、例えば心毒性、肝炎、間質性肺炎、および大腸炎などが含まれる。同時に複数の免疫チェックポイントタンパク質を標的にするために、免疫チェックポイント治療を受けている個体に２若しくはそれ以上のモノクローナル抗体を投与することはよくある。残念なことに、副作用および毒性のリスクは、治療計画の一部として個体に投与されたモノクローナル抗体の数によって指数関数的に増加する。したがって、腫瘍増殖を抑制するその能力に関して、免疫チェックポイントタンパク質を標的とするために複数のモノクローナル抗体を現在使用しているが、複数のモノクローナル抗体の投与に関連する有害作用をまだ生じていない治療計画よりも効果的かまたは同程度に効果的な治療計画が非常に必要とされている。
【０１００】
下でさらに考察されるように、一部の実施形態では、１若しくはそれ以上のＰＴＣリードスルーおよびナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構の抑制を促進するための化合物と、免疫チェックポイントタンパク質を阻害する１若しくはそれ以上の化合物（例えば抗体、例えば、モノクローナル抗体など）の組合せを投与することによって、個体において腫瘍増殖を抑制するための方法が本明細書に開示される。免疫チェックポイント阻害剤化合物に添加されるＰＴＣリードスルー促進／ＮＭＤ抑制化合物の組合せは、１若しくはそれ以上のＰＴＣリードスルーの促進およびナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構の抑制のための化合物の組合せを投与しない、２若しくはそれ以上の抗体に基づく免疫チェックポイント阻害治療の組合せと比較して、腫瘍増殖を抑制するのに同程度に効果的であるかまたはそれよりも効果的である。さらに、１若しくはそれ以上のＰＴＣリードスルーの促進およびナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構の抑制のための化合物と、本明細書に記載される方法による免疫チェックポイントタンパク質を阻害する化合物の組合せの投与は、２若しくはそれ以上の抗体に基づく免疫チェックポイント阻害治療（例えば、抗ＰＤ−１抗体と抗ＣＴＬＡ−４抗体の組合せ）だけの投与と比較して、副作用および有害事象を低下させる（例えば、副作用および有害事象の約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％のいずれか（これらの百分率間にある全ての値を含む）が低下する）。
【０１０１】
別の実施形態では、本明細書に開示される方法のいずれかによって投与された１若しくはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を抑制する１若しくはそれ以上の化合物と組み合わせた、１若しくはそれ以上のＰＴＣリードスルーを促進するための化合物および１若しくはそれ以上のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物は、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を抑制する１若しくはそれ以上の化合物と組み合わせた、１若しくはそれ以上のＰＴＣリードスルーを促進するための化合物および１若しくはそれ以上のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物で処理していない腫瘍と比較して、少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３３．３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の腫瘍抑制効果を提供する。一実施形態では、ＰＴＣリードスルー抑制剤は、アタルレン（ＰＴＣ１２４）であり、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物は、ＮＭＤＩ１４である。別の実施形態では、ＰＴＣリードスルー抑制剤（例えば、アタルレン）およびナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）は、ＰＤ−１に対する抗体と組み合わせて投与される。別の実施形態では、ＰＴＣリードスルー抑制剤（例えば、アタルレン）およびナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）は、ＣＴＬＡ−４に対する抗体と組み合わせて投与される。さらなる実施形態では、ＰＴＣリードスルー抑制剤（例えば、アタルレン）およびナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）と、免疫チェックポイントタンパク質を抑制する単一の化合物（例えば、抗ＰＤ−１抗体または抗ＣＴＬＡ−４抗体）の組合せは、免疫チェックポイントタンパク質を抑制する２若しくはそれ以上の化合物の組合せ（例えば、抗ＰＤ−１抗体と抗ＣＴＬＡ−４抗体の組合せ）だけの投与と比較して、腫瘍増殖を抑制するのに同程度に効果的であるかまたはそれよりも効果的である。
【０１０２】
さらなる実施形態では、本明細書に開示される方法のいずれかに従って投与される、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を抑制する２若しくはそれ以上の化合物と組み合わせた、１若しくはそれ以上のＰＴＣリードスルーを促進するための化合物および１若しくはそれ以上のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物は、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質を抑制する２若しくはそれ以上の化合物と組み合わせた、１若しくはそれ以上のＰＴＣリードスルーを促進するための化合物および１若しくはそれ以上のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物で処理していない腫瘍と比較して、少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３３。３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の腫瘍抑制効果を提供する。一実施形態では、ＰＴＣリードスルー抑制剤は、アタルレン（ＰＴＣ１２４）であり、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物は、ＮＭＤＩ１４である。別の実施形態では、ＰＴＣリードスルー抑制剤（例えば、アタルレン）およびナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）は、ＰＤ−１に対する抗体およびＣＴＬＡ−４に対する抗体と組み合わせて投与される。
【０１０３】
別の実施形態では、本明細書に開示される方法のいずれかによる、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質（例えば、抗ＰＤ−１および／または抗ＣＴＬＡ−４）を抑制する１若しくはそれ以上の化合物と組み合わせて投与された、１若しくはそれ以上のＰＴＣリードスルーを促進するための化合物（例えば、アタルレン）および１若しくはそれ以上のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）は、１若しくはそれ以上の免疫チェックポイントタンパク質（例えば、抗ＰＤ−１および／または抗ＣＴＬＡ−４）を抑制する１若しくはそれ以上の化合物と組み合わせて投与された、１若しくはそれ以上のＰＴＣリードスルーを促進するための化合物（例えば、アタルレン）および１若しくはそれ以上のナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物（例えば、ＮＭＤＩ１４）で処理していない腫瘍と比較して、少なくとも約１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３３．３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の腫瘍抑制効果を提供する。
【０１０４】
Ｄ．エピジェネティック修飾化合物
本明細書に開示される方法のいずれかの一部の実施形態では、この方法は、１若しくはそれ以上のエピジェネティック修飾化合物の投与をさらに有する。本明細書において、「エピジェネティック」は、細胞内で染色体および遺伝子に課せられる物理的変化をさすものであり、該変化は染色体のＤＮＡおよび遺伝子の機能に影響を及ぼし、遺伝子のＤＮＡのヌクレオチド配列は変更しない。エピジェネティック修飾の代表例としては、限定されるものではないが、メチル化およびアセチル化などのＤＮＡの共有結合化学修飾ならびにＤＮＡ−ＤＮＡ高次コイルの非共有結合非化学修飾およびヒストンのような染色体タンパク質との会合が挙げられる。エピジェネティック変化の結果の代表的な限定されない例としては、ＲＮＡｓと、そのため特定の遺伝子によって生成されたタンパク質産物のレベルの増加または低下、および／または転写因子が遺伝子プロモーターと結合する方法の変化が挙げられる。
【０１０５】
本発明の方法で用いる適したエピジェネティック修飾化合物としては、限定されるものではないが、ヒストンデアセチラーゼ（ｈｉｓｔｏｎｅ  ｄｅａｃｅｔｙｌａｓｅ：ＨＤＡＣ）阻害剤、アゾシチジン、ＢＥＴ阻害剤、ＥＺＨ２阻害剤、および／またはｄｏｔｌＬの１若しくはそれ以上が挙げられる。一部の実施形態では、エピジェネティック修飾化合物は、ボリノスタット（Ｍｅｒｃｋ）、ロミデプシン（Ｃｅｌｇｅｎｅ）、デシタビン（大塚製薬）；および５−アゾシチジン（Ｃｅｌｇｅｎｅ）、パノビノスタット（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、またはベリノスタット（Ｓｐｅｃｔｒｕｍ）の１若しくはそれ以上である。
【０１０６】
Ｅ．癌治療
本発明の方法は、補助的状況で実行することができる。「補助的状況」とは、個体が増殖性疾患の病歴、特に癌を有し、一般に（必ずしもそうではないが）治療に応答性であった臨床状況をさす。その治療には、限定されるものではないが、手術、放射線療法、および／または化学療法が含まれる。しかし、増殖性疾患の病歴のために、これらの個体はその疾患になる危険性が高いと考えられる。「補助的状況」での処置または投与とは、その後の処置方法をさす。
【０１０７】
本明細書に提供される方法は、「ネオアジュバントな状況」で実行することもできる、つまり、この方法は、一次／根治治療の前に実行することができる。一部の態様では、個体は以前に処置されている。その他の態様では、個体は以前に処置されていない。一部の態様では、この処置は第一選択治療である。
【０１０８】
一部の態様では、本明細書に記載される方法のいずれもが、治療上有効な量の抗癌剤治療を必要とする個体に投与することを含む。本明細書において、「治療上有効な量」または「治療上有効な投薬量」の抗癌剤治療は、有益なまたは望ましい結果をもたらすために十分な量である。治療使用には、有益なまたは望ましい結果としては、癌に起因する１若しくはそれ以上の症状を減らす、癌に罹患している患者の生活の質を高める、癌を治療するために必要なその他の薬物療法の用量を減らす、標的化によるなど別の薬物療法の効果を増強する、疾患の進行を遅らせる、および／または生存を延ばすなどの臨床結果が挙げられる。有効な投薬量は、１回若しくはそれ以上の投与で投与することができる。本発明の目的において、抗癌剤治療の有効な投薬量は、直接にまたは間接的に治療処置を達成するために十分な量である。臨床状況で理解されるように、抗癌剤治療の治療上有効な投薬量は、別の抗癌剤治療と併用して達成されてもよいし、達成されなくてもよい。
【０１０９】
一部の態様では、本明細書に記載される処置方法のいずれもが、１若しくはそれ以上の追加の抗癌剤治療を個体に投与することをさらに有することができる。様々な種類の抗癌剤を使用することができる。限定されない例としては：放射線治療、アルキル化剤（例えば、シスプラチン、カルボプラチン、またはオキサリプラチン）、代謝拮抗剤（例えば、アザチオプリンまたはメルカプトプリン）、アントラサイクリン系薬剤、植物アルカロイド（例えば、ビンカアルカロイド類（例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、またはビンデシン）およびタキサン類（例えば、パクリタキセル、タキソール、またはドセタキセル）を含む）、トポイソメラーゼ抑制剤（例えば、カンプトセシン、イリノテカン、トポテカン、アムサクリン、エトポシド、リン酸エトポシド、またはテニポシド）、ポドフィロトキシン（およびその誘導体、例えばエトポシドおよびテニポシドなど）、抗体（例えば、モノクローナルまたはポリクローナル）、チロシンキナーゼ抑制剤（例えば、メシル酸イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標）またはＧｌｉｖｅｃ（登録商標）））、ホルモン処置、可溶性受容体およびその他の抗悪性腫瘍薬（例えば、ダクチノマイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、ブレオマイシン、メクロレタミン、シクロホスファミド、クロラムブシル、またはイホスファミド）が挙げられる。
【０１１０】
Ｆ．Ｔ細胞アゴニスト
本明細書に開示される方法のいずれかの一部の実施形態では、この方法は、Ｔ細胞を活性化させる１若しくはそれ以上の化合物の投与をさらに有する。これらのポリペプチドは、しばしば「刺激チェックポイント分子」と呼ばれ、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）受容体スーパーファミリーおよびＢ７−ＣＤ２８スーパーファミリーのメンバーである。本発明での使用に適切なＴ細胞アゴニストの限定されない例としては、限定されるものではないが、ＣＤ２７の活性化因子（例えば、ＣＤＸ−１１２７（Ｃｅｌｌｄｅｘ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ））、ＧＩＴＲ、Ｂ７−Ｈ３、ＣＤ２８（例えば、ＴＧＮ１４１２）、ＣＤ４０、インターロイキン−２受容体サブユニットβ（ＩＬＲ２Ｐ；別名ＣＤ１２２；例えば、ＮＫＴＲ−２１４）、ＣＤ１３７（別名ＴＮＦＲＳＦ９、４−１ＢＢ、リンパ球活性化により誘導されたもの（ＩＬＡ））、ＩＣＯＳ、および／またはＯＸ４０（別名ＣＤ１３４およびＴＮＦＲＳＦ４；例えば、ＭＥＤＩ０５６２、ＭＥＤＩ６４６９およびＭＥＤＩ６３８３（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ））が挙げられる。
【０１１１】
Ｇ．分子アジュバント
本明細書に開示される方法のいずれかの一部の実施形態では、この方法は、１若しくはそれ以上の分子アジュバントの投与をさらに有する。本明細書において、「分子アジュバント」とは、免疫応答を強化する分子をさし、それには、限定されるものではないが、樹状細胞を活性化させる作用物質が含まれる。分子アジュバントとしては、限定されるものではないが、樹状細胞がそれに対する受容体を有するタンパク質、脂質、核酸、炭水化物、または化学化合物を挙げることができる。その受容体の占有率は、細胞内シグナル伝達と、樹状細胞の表現型の変化を導き、後に続く免疫応答の質または量の改善をもたらす。分子アジュバントの限定されない例としては、ＴＮＦ受容体スーパーファミリー（ＴＮＦ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ：ＴＮＦＲＳＦ）アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体（Ｔｏｌｌ−ｌｉｋｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ：ＴＬＲ）リガンド、および細胞内ＤＮＡセンサーアゴニストが挙げられる。
【０１１２】
１．分子アジュバントとしてのＴＮＦＲＳＦアゴニスト
ＴＮＦＲＳＦは、樹状細胞、マクロファージ、およびＴ細胞上の多くの重要な受容体を含む。例えば、表面抗原分類４０、（ｃｌｕｓｔｅｒ  ｏｆ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ  ４０：ＣＤ４０）は、抗原提示細胞に見出される共刺激タンパク質であり、それらの活性化に必要とされる。ＴＨ細胞上のＣＤ１５４（ＣＤ４０Ｌ）とＣＤ４０の結合は、抗原提示細胞を活性化させ、様々な下流効果を誘導する。ＣＤ４０Ｌは、ＤＣｓでのＣＤ８０およびＣＤ８６の発現を強く情報制御し、ＣＤ４＋Ｔ細胞をＴｈ１細胞へと分化させる。
【０１１３】
分子アジュバントとして大きな可能性を有することが示されたその他のＴＮＦＲＳＦアゴニストとしては、限定されるものではないが、４−ＩＢＢ、ＣＤ３０、ヘルペス・ウイルス・エントリー・メディエーター、ＣＤ４０、ＣＤ２７、およびグルココルチコイド誘導ＴＮＦＲ関連タンパク質（ｇｌｕｃｏｃｏｒｔｉｃｏｉｄ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ＴＮＦＲ−ｒｅｌａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ：ＧＩＴＲ）が挙げられ、そのリガンドは、それぞれ、４−１ＢＢＬ、ＣＤ３０Ｌ、ＬＩＧＨＴ、ＣＤ２７Ｌ／ＣＤ７０、およびＧＩＴＲＬである（Ｓｏ  ｅｔ  ａｌ，（２００６），Ｉｎｔ．Ｊ．Ｈｅｍａｔｏｌ．８３，１−１１）。
【０１１４】
２．ＴＬＲアゴニスト
用語「Ｔｏｌｌ様受容体」（または「ＴＬＲ」）とは、本明細書において、微生物生成物を感知し、かつ／または適応免疫応答を開始させる、タンパク質のＴｏｌｌ様受容体ファミリーのメンバーまたはその断片をさす。一実施形態では、ＴＬＲは樹状細胞（ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌ：ＤＣ）を活性化させる。Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲｓ）は、最初に病原性微生物を認識する自然免疫系のセンサとして同定された、パターン認識受容体のファミリーである。ＴＬＲｓは、ロイシンリッチリピートのエクトドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内ＴＩＲ（Ｔｏｌｌ／ＩＬ−ＩＲ）ドメインを含む、保存された膜貫通分子のファミリーを有する。ＴＬＲｓは、しばしば「ＰＡＭＰｓ」（病原体関連分子パターン）と呼ばれる、異なった構造を微生物において認識する。ＴＬＲｓとのリガンド結合は、炎症および免疫性に関与する因子の産生を誘導する細胞内シグナル伝達経路のカスケードを引き起こす。
【０１１５】
ヒトでは、１０個のＴＬＲが同定されている。細胞の表面で発現するＴＬＲｓには、ＴＬＲ−１、−２、−４、−５、および−６が含まれ、一方ＴＬＲ−３、−７／８、および−９は、ＥＲ区画で発現する。ヒト樹状細胞サブセットは、独特のＴＬＲ発現パターンに基づいて同定することができる。例として、骨髄系または「従来の」ＤＣ（ｍＤＣ）のサブセットは、刺激を受けるとＴＬＲｓ１〜８を発現し、活性化マーカー（例えば、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＭＨＣクラスＩおよびＩＩ、ＣＣＲ７）のカスケード、炎症促進性サイトカインおよびケモカインが産生される。この刺激および結果として生じる発現は、抗原特異的ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の初回抗原刺激となる。これらのＤＣは、抗原を取り込む能力が強化され、その抗原を適切な形態でＴ細胞に提示する。対照的に、形質細胞様ＤＣ（ｐＤＣ）のサブセットは、活性化されるとＴＬＲ７およびＴＬＲ９のみを発現し、その結果、ＮＫ細胞ならびにＴ細胞が活性化される。死滅しつつある腫瘍細胞はＤＣの機能に悪影響を及ぼす可能性があるため、ＴＬＲアゴニストによるＤＣの活性化は、癌の治療への免疫療法アプローチにおいて抗腫瘍免疫の初回刺激に有益であり得ることが示唆されている。また、放射線照射および化学療法を用いる乳癌の治療の成功にはＴＬＲ４の活性化が必要であることも示唆されている。
【０１１６】
当分野で公知であり、本発明での用途が見出されるＴＬＲアゴニストとしては、限定されるものではないが、以下が挙げられる：Ｐａｍ３Ｃｙｓ、ＴＬＲ−１／２アゴニスト；ＣＦＡ、ＴＬＲ−２アゴニスト；ＭＡＬＰ２、ＴＬＲ−２アゴニスト；Ｐａｍ２Ｃｙｓ、ＴＬＲ−２アゴニスト；ＦＳＬ−１、ＴＬＲ−２アゴニスト；Ｈｉｂ−ＯＭＰＣ、ＴＬＲ−２アゴニスト；ポリリボイノシン酸（ｐｏｌｙｒｉｂｏｓｉｎｉｃ）：ポリリボシチジル酸（ポリＩ：Ｃ）、ＴＬＲ−３アゴニスト；ポリアデノシン−ポリウリジル酸（ポリＡＵ）、ＴＬＲ−３アゴニスト；ポリ−Ｌ−リジンおよびカルボキシメチルセルロースで安定化させたポリイノシン−ポリシチジル酸（Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標））、ＴＬＲ−３アゴニスト；モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、ＴＬＲ−４アゴニスト；ＬＰＳ、ＴＬＲ−４アゴニスト；細菌フラジェリン、ＴＬＲ−５アゴニスト；シアリル−Ｔｎ（ＳＴｎ）、いくつかのヒト癌細胞上のＭＵＣ１ムチンと会合した炭水化物およびＴＬＲ−４アゴニスト；イミキモド、ＴＬＲ−７アゴニスト；レシキモド、ＴＬＲ−７／８アゴニスト；ロキソリビン、ＴＬＲ−７／８アゴニスト；および非メチル化ＣｐＧジヌクレオチド（ＣｐＧ−ＯＤＮ）、ＴＬＲ−９アゴニスト。
【０１１７】
３．細胞内ＤＮＡセンサーアゴニスト
ｃＧＡＳ−ＳＴＩＮＧ経路は、細胞質ＤＮＡの存在を検出し、それに応答して、炎症性遺伝子の発現を誘発するために機能する自然免疫系の成分である。ＤＮＡは通常細胞の核に見出される。ＤＮＡの細胞質ゾルへの局在は、腫瘍形成またはウイルス感染に関連する。ｃＧＡＳ−ＳＴＩＮＧ経路は、細胞質ＤＮＡを検出し、免疫応答を誘導する働きをする。
【０１１８】
ＤＮＡと結合すると、タンパク質サイクリックＧＭＰ−ＡＭＰシンターゼ（ｃＧＡＳ）は、ＡＭＰおよびＧＭＰの二量体化を誘発してサイクリックＧＭＰ−ＡＭＰ（ｃＧＡＭＰ）を形成する。ｃＧＡＭＰは、インターフェロン遺伝子刺激因子（Ｓｔｉｍｕｌａｔｏｒ  ｏｆ  Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  Ｇｅｎｅｓ：ＳＴＩＮＧ）と結合し、それはＴＢＫ１に１型ＩＦＮ応答を誘導する下流の転写因子ＩＲＦ３、および、ＩＲＦ３とは独立にＣＣＬ２およびＣＣＬ２０などのケモカインを誘導するＳＴＡＴ６をリン酸化させるように誘発する（Ｂｕｒｄｅｔｔｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１，Ｎａｔｕｒｅ  ４７８，５１５−１８）。ＳＴＩＮＧによって活性化されたシグナル伝達経路は連合して細胞質ゾルで異所性ＤＮＡを有する細胞に対する自然免疫応答を誘導する。ＳＴＩＮＧ活性が失われると、マウス胚線維芽細胞の特定のウイルスによる感染と戦う能力が抑制され、より一般には、導入された細胞質ＤＮＡに対する１型ＩＦＮの応答を必要とする（Ｉｓｈｉｋａｗａ、ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｎａｔｕｒｅ  ４６１，７８８−９２）。
【０１１９】
ＤＮＡは、ワクチンによってコードされる抗原に対する免疫応答を後押しする強力なアジュバントであることが示された。ｃＧＡＭＰは、ＳＴＩＮＧのＩＲＦ３活性化によって、インターフェロンの転写を刺激する。このことにより、ｃＧＡＭＰは炎症応答を後押しすることのできる有望なワクチンアジュバントとなる（Ｄｉｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３，Ｃｅｌｌ  Ｒｅｐ．，３（５）：１３５５−６１）。研究により、ニワトリ抗原、オボアルブミン（ＯＶＡ）にコードされるワクチンが、ｃＧＡＭＰとともに、生体内でＳＴＩＮＧ依存性の方法で抗原特異的Ｔ細胞およびＢ細胞を活性化させることができたことが示された。ＯＶＡペプチドで刺激されると、ＯＶＡ＋ｃＧＡＭＰでワクチン接種したマウス由来のＴ細胞は、ＯＶＡだけを与えた動物と比較して、ＩＦＮ−ｇおよびＩＬ−２が増加したことが示された（Ｘｉａｏ−Ｄｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３４１（６１５２）：１３９０−９４）。さらに、特有の２’−５’リン酸ジエステル結合に起因するｃＧＡＭＰの安定性の向上は、ｃＧＡＭＰを生体内適用のためのＤＮＡに対する好ましいアジュバントにする。
【０１２０】
Ｈ．微小環境調節因子
本明細書に開示される方法のいずれかの別の実施形態では、この方法は、１若しくはそれ以上の微小環境調節因子の投与をさらに有する。「微小環境調節因子」は、腫瘍増殖を支持する免疫抑制性腫瘍微小環境を生成することのできる因子をさす（Ｉｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３，Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ  Ｔｈｅｒ．，Ｓ１３）。そのような１つの調節因子は、これもチェックポイントタンパク質（上記参照）として同定されたインドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）である。ＩＤＯは、必須アミノ酸トリプトファンを分解する代謝経路の第一段階で動作する、２つのイソ型（ＩＤＯ１およびＩＤＯ２）をもつ酵素である。ＩＤＯは、免疫系のエフェクターＴ細胞を停止させることによってその免疫調節効果を発揮する（Ｓｍｉｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｃｏｖ．２０１２；２（８）：７７２−７３５）。また、ＩＤＯの発現は、その主な機能が免疫反応の終わりにＴ細胞性免疫を停止させることであるＴ細胞のサブセットである、制御性Ｔ細胞を直接活性化させる。
【０１２１】
別の微小環境調節因子は、トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＴＤＯ）である。ＴＤＯは、ヒト身体でトリプトファンの流れの生理学的調節において中心的な役割を果たす。それはキヌレニン経路に沿ってトリプトファン分解の最初の律速段階を触媒し、それにより全身のトリプトファンレベルを調節する。トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼがヒト腫瘍のかなりの部分で発現することは示されている（Ｐｉｌｏｔｔｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２，Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  ｏｆ  Ａｍｅｒｉｃａ  １０９（７）：２４９７−５０２）。同じ研究で、腫瘍によるトリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ発現は、免疫マウスによるその拒絶を防いだ。同グループの開発したトリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ抑制剤は、これらのマウスがトリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ発現腫瘍を拒絶する能力を回復させ、トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ抑制剤が癌治療に可能性を示すことを実証した。
【０１２２】
本発明の方法で用いるのに適したその他の微小環境調節因子としては、限定されるものではないが、ＩＤＯ、ＴＤＯ、ＣＤ７３、ＣＯＸ２抑制剤、ＣＤ３９抑制剤、およびＡ２Ａ受容体アゴニストを挙げることができる。
【０１２３】
Ｉ．ケモカイン受容体アンタゴニスト
本明細書に開示される方法のいずれかのさらにその他の実施形態では、この方法は、１若しくはそれ以上のケモカイン受容体アンタゴニストの投与をさらに有する。ケモカイン受容体は、主に白血球の表面に見られる７回膜貫通ドメインを含むＧタンパク質共役型受容体である。ケモカイン受容体は、それらが結合するケモカインの４つの異なるサブファミリーに対応する異なるファミリー：ＣＸＣケモカイン受容体、ＣＣケモカイン受容体、ＣＸ３Ｃケモカイン受容体およびＸＣケモカイン受容体に分けられる。
【０１２４】
一部の実施形態では、本発明の方法は、ＣＸＣケモカイン受容体ファミリーのケモカイン受容体の１若しくはそれ以上のアンタゴニストを含む。適したＣＸＣファミリーメンバー標的としては、ＣＸＣＲ１（別名ＩＬ８ＲＡまたはＣＤ１８１）が挙げられ、これは腫瘍の生存およびＣＸＣＲ４（別名フーシンまたはＣＤ１８４）に必要な細胞増殖および血管形成において役割を果たすと考えられている。
【０１２５】
他の実施形態では、本発明の方法は、限定されるものではないが、ＣＣＲ２、ＣＣＲ５、および／またはＣＣＲ４を挙げることのできる、ＣＣケモカイン受容体（またはβケモカイン受容体）ファミリーのケモカイン受容体の１若しくはそれ以上のアンタゴニストを含む。
【０１２６】
Ｊ．サイトカイン治療
本明細書に開示される方法のいずれかの別の実施形態では、本方法は、１若しくはそれ以上のサイトカイン治療の投与をさらに有する。サイトカインは、免疫応答を調節する能力を有する、腫瘍に存在する多くの種類の細胞によって産生されるタンパク質の大きなグループである。これらの免疫調節作用により、サイトカインは免疫応答を引き起こす薬物として使用される。サイトカインの２つの一般に使用されるグループは、インターフェロンおよびインターロイキンである。
【０１２７】
本発明での使用に適切なサイトカイン治療の限定されない例としては、限定されるものではないが、Ｉ型ＩＦＮ（ＩＦＮα）、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＦＮγ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−２１、ＦＬＴ３、および／または抗ＴＧＦβが挙げられる。これらのタンパク質の受容体（例えば、ＩＬ−２Ｒ、ＩＬ−７Ｒ、ＩＬ−１５Ｒ、ＩＬ−１０Ｒ、ＩＬ−１２Ｒ、またはＩＬ−２１Ｒ等）も、（例えば、活性化薬（例えば、小分子）、抗体、またはポリペプチドを用いて）標的化することができる。
【０１２８】
Ｋ．その他の免疫療法
本明細書に開示される方法を用いる使用に適したその他の免疫療法としては、限定されるものではないが、免疫原性化学療法、ＸＲＴ、腫瘍溶解性ウイルス、寒冷療法、ＴＡＣＥ、免疫調節薬の腫瘍内注射、発癌経路（ＭＡＰＫ、βカテニン、ＰＩ３Ｋ／ＰＴＥＮ、ＦＧＦＲ３等）に対する標的化治療、エピジェネティック治療、ＣＳＦ１／ＣＳＦＲ１枯渇抗体および抗ＣＣＲ４（例えば、モガムリズマブ；協和）、抗ＩＬ−８／ＩＬ−８Ｒ、抗ＣＣＲ２、抗ＣＣＲ５、抗ＣＸＣＲ１／ＣＸＣＲ２、抗ＣＴＬＡ４、抗ＣＣＲ４、抗ＣＣＲ８、抗ＣＤ２５、抗ＫＩＲ、抗ＮＫＧ２ａ、抗ＮＫＧ２ＤＬ（ＭＩＣＡ）、アルギナーゼ、ＩＤＯ／ＴＤＯ、アデノシン、Ａ２ＡＲ、ＣＤ３９、ＣＤ７３、ＰＩ３Ｋγ、抗ＮＫＧ２Ｄ、ＣＤ９４、ならびにＣＤ４７／ＳＩＲＰａ、Ｍｅｒ／Ａｘｌ／Ｔｙｒｏ３、ＴＩＭ３、ＭＦＧ−Ｅ８／ＧＡＳ６、および／またはＤＤ１αの１若しくはそれ以上を活性化または抑制するための治療が挙げられる。免疫療法に関するさらなる情報は、Ａｄａｍｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５，Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ．Ｄｉｓｃ，１４：６０３−２２；Ｗｅｉｎｍａｎｎ，２０１６，ＣｈｅｍＭｅｄＣｈｅｍ，１１：４５０−６６；およびＺｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６，Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃ．Ｔｏｄａｙ，２１（６）：１０２７−３６に見出すことができ、その開示内容はこの参照により本明細書に組み込まれる。
【０１２９】
本願を通して記載されるあらゆる最大数値限定は、それよりも低いあらゆる数値限定を、そのような低い数値限定が本明細書に明示的に記載されているかのように含むことが意図される。本願を通して記載されるあらゆる最小数値限定は、それよりも高いあらゆる数値限定を、そのような高い数値限定が本明細書に明示的に記載されているかのように含む。本願を通して記載されるあらゆる数値範囲は、そのような広い数値範囲内にあるそれよりも狭いあらゆる数値範囲を、そのような狭い数値範囲が全て本明細書に明示的に記載されているかのように含む。
【０１３０】
本発明は、例証として記載されるものであり制限を意味するものでない以下の実施例を参照することにより、さらに理解することができる。
【０１３１】
実施例
【実施例１】
【０１３２】
ＰＴＣリードスルー化合物（ＲＴＣｓ）とナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構抑制剤（ＮＭＤＩｓ）の組合せによる同系免疫正常マウスの腫瘍の処置
この実施例は、ＰＴＣリードスルー促進化合物とナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構抑制剤（ＮＭＤＩ）の組合せによるナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）経路の抑制が、免疫応答の生成および腫瘍の収縮をもたらすことを示す。
【０１３３】
材料および方法
同系免疫正常腫瘍モデルは、ネズミ癌細胞株で作成する。その例としては、数ある中でも、膵臓（ＰａｎＯ２）、前立腺（ＲＭ１）、結腸（ＣＴ−２６、Ｃｏｌｏｎ−２６、ＭＣ３８−２６）、腎臓（Ｒｅｎｃａ）、膀胱（ＭＢＴ−２）、肺（ＬＬ／２、ＫＬＮ２０５）、黒色腫（Ｂ１６ＢＬ６、Ｂ１６Ｆ１０、Ｓ９１）、乳房（４Ｔ１、ＥＭＴ６、ＪＣ）、線維肉腫（ＷＥＨＩ−１６４）、白血病（Ｃ１４９８、Ｌ１２１０）、肝臓（Ｈ２２、Ｈｅｐａｌ−６）、リンパ腫（Ａ２０、ＥＬ−４、Ｅ．Ｇ&−ＯＶＡ、Ｌ５１７８−Ｒ、Ｐ３８８Ｄ１）、肥満細胞種（Ｐ８１５）、骨髄腫（ＭＰＣ−１１）、神経芽腫（Ｎｅｕｒｏ−２ａ）が挙げられる（ｗｏｒｌｄ  ｗｉｄｅ  ｗｅｂ．ｃｒｏｗｎｂｉｏ．ｃｏｍ／ｏｎｃｏｌｏｇｙ／ｉｎ−ｖｉｖｏ−ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ｓｙｎｇｅｎｅｉｃ−ｔｕｍｏｕｒ−ｍｏｄｅｌｓ／）。マウスに、注射後約４〜６週に腫瘍となる腫瘍細胞の懸濁液を皮下注射する。
【０１３４】
早期に確立されたマウス腫瘍での処置の効力を試験するため、グループあたり１０匹のマウスのコホートに、薬物（または偽対照）を３日目〜７日目に投与開始するか、または腫瘍が触知できる時に投与する。薬物は、４〜６週でマウスが屠殺されるまでまたは腫瘍のサイズが３〜５ｃｍになるまで、または潰瘍化するまで毎日１回、毎日２回、週に数回または連続的に投与される。処置の間、週に３回カリパスによる三次元測定を用いて腫瘍量を求める。屠殺後に腫瘍を収集し、秤量して最終腫瘍量を決定する。
【０１３５】
その他の担腫瘍コホートを早期の時点で屠殺して腫瘍での免疫Ｔ細胞応答を調べる。フローサイトメトリー計数、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答ならびにＴｒｅｇ応答を用いて腫瘍内免疫応答を評価する。治癒した動物に同じ腫瘍で再負荷して、メモリー抗腫瘍応答（ｍｅｍｏｒｙ  ａｎｔｉ−ｔｕｍｏｒ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ）がネオアンチゲンに対して誘導されるかどうかを判定する。
【０１３６】
同じ腫瘍細胞株をインビトロで薬物処理してネオアンチゲンを同定する。ＲＮＡｓｅｑを処置の前後に実施し、コンピュータによって分析してネオアンチゲンを予測する。これらの同じ薬物処理細胞株を用いて、担腫瘍薬物処置動物から得たＴ細胞を刺激して、ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞応答の低下を示す。
【０１３７】
この薬物がＲＴＣとＮＭＤＩの組合せである場合、グループあたり１０匹のマウスのコホートを、腹腔内注射、強制経口投与または薬物（ＤＭＳＯに再懸濁）を用いるその他の投与経路によって、１０または１００ｍｇ／ｋｇの薬物で処置し、注射は３０ｍｇ／ｋｇの濃度で毎日２〜４回実施する。
【実施例２】
【０１３８】
ＲＴＣｓ、ＮＭＤＩｓ、および免疫療法薬の組合せによる同系免疫正常マウスの腫瘍の処置
この実施例は、ＲＴＣｓ、ＮＭＤＩｓ、および免疫療法薬の組合せによる同系免疫正常マウスの腫瘍の処置の効果を示す。これらのアプローチ（局所または全身）をチェックポイント阻害などの免疫療法剤と組み合わせることにより、生体内での強い腫瘍ネオアンチゲンの生成に起因して、癌免疫療法の効力を大いに増強することができた。以前は隠されていたこれらの強い内因性腫瘍抗原を呼び起こすことにより、各個体の腫瘍に固有のこれらの突然変異に対する免疫を駆り立てるその他のアプローチ（チェックポイント阻害、免疫アジュバント）の併用によってさらに増加させることのでき得る、一連の新たな免疫監視が誘導される可能性が高い。
【０１３９】
現在、チェックポイント阻害は、現行の細胞溶解性Ｔ細胞が腫瘍を根絶するその仕事を完了することを可能にするためにＴ細胞阻害経路の除去だけを必要とする進行中の適応免役をもつ免疫学的に「熱い」腫瘍をもつ個体に対する大きな治療上の進歩となっている。ＰＴＣリードスルーは、内因性ワクチンの作用によって新しいＴ細胞増殖を推進し、チェックポイント阻害の利益を受ける患者の可能な数を広げることによって、免疫学的に「冷たい」腫瘍を「熱い」腫瘍に変換する可能性を有する。
【０１４０】
材料および方法
使用した癌のマウスモデルは上記のとおりである。
【０１４１】
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴｒｅｇ応答の評価は、上記のとおりである。
【０１４２】
この薬物がＲＴＣとＮＭＤＩの組合せである場合、グループあたり１０匹のマウスのコホートを、腹腔内注射、強制経口投与または薬物（ＤＭＳＯに再懸濁）を用いるその他の投与経路によって、１０または１００ｍｇ／ｋｇの薬物で処置し、注射は３０ｍｇ／ｋｇの濃度で毎日２〜４回実施する（Ｋｅｙａｌｉ  ｅｔ  ａｌ．２０１２）。ＮＭＤＩｓの例は、（Ｍａｒｔｉｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｃａｎｃｅｒ  ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２０１４）を含む。
【０１４３】
１若しくはそれ以上の免疫療法薬との組合せは、腫瘍に対する免疫応答を強化する薬物（特にＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１および／またはＣＴＬＡ４の調節因子）を含む（Ｃｕｒｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ，２０１０；Ｄｕｒａｉｓｗａｍｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ２０１３）。これらには、限定されるものではないが：チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ４、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＴＩＧＩＴ、および／またはＶＩＳＴＡの抑制剤）、Ｔ細胞アゴニスト（例えば、ＣＤ２７、ＯＸ−４０、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、Ｂ７−Ｈ３、および／またはＣＤ１３７のアゴニスト）、分子アジュバント：（例えば、ＣＤ４０、ＴＬＲリガンド、および／または細胞内ＤＮＡセンサーアゴニスト（ＳＴＩＮＧ）、微小環境調節因子（例えば、ＣＤ７３、ＩＤＯ、ＴＤＯ、ＣＯＸ２抑制剤、ＣＤ３９抑制剤、Ａ２Ａ受容体アゴニスト）、ケモカイン受容体アンタゴニスト（例えば、ＣＸＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ５、ＣＣＲ４、および／またはＣＸＣＲ４のアンタゴニスト）、および／またはサイトカイン治療（例えば、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、ＩＦＮγ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、および／または抗ＴＧＦβ）を挙げることができる。
【実施例３】
【０１４４】
ＲＴＣおよびＮＭＤＩとエピジェネティック修飾薬の組合せ
この実施例は、ＲＴＣｓ、ＮＭＤＩｓ、およびエピジェネティック修飾薬の組合せによる同系免疫正常マウスの腫瘍の処置の効果を示す。１若しくはそれ以上のエピジェネティック修飾薬の添加は、ネオアンチゲンの免疫認識を向上させる可能性がある。
【０１４５】
材料および方法
使用した癌のマウスモデルは上記のとおりである。
【０１４６】
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴｒｅｇ応答の評価は、上記のとおりである。
【０１４７】
エピジェネティック修飾薬による腫瘍の処置は、免疫応答に関与する遺伝子の抑制を除去することができる。ＲＴＣおよびＮＭＤＩとエピジェネティック修飾薬の組合せは、ネオアンチゲンの認識を向上させる。エピジェネティック修飾薬の限定されない例としては、限定されるものではないが、ＨＤＡＣ抑制剤、アゾシチジン、ＢＥＴ抑制剤、ＥＺＨ２抑制剤、および／またはｄｏｔｌＬ抑制剤（例えば、ピノメトスタット（ｐｉｎｏｍｅｔｏｓｔａｔ））が挙げられる。
【実施例４】
【０１４８】
ＲＴＣおよびＮＭＤＩと放射線治療の組合せ
この実施例は、ＲＴＣｓ、ＮＭＤＩｓ、および放射線治療の組合せによる同系免疫正常マウスの腫瘍の処置の効果を示す。放射線治療（ＲＴ）の前のＲＴＣおよびＮＭＤＩ薬物による処置は、免疫賦活性の細胞死の前に腫瘍でのネオアンチゲンの発現を増加させ、ネオアンチゲン提示の強化をもたらす。
【０１４９】
材料および方法
使用した癌のマウスモデルは上記のとおりである。
【０１５０】
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴｒｅｇ応答の評価は、上記のとおりである。
【０１５１】
腫瘍を標的にした放射線治療（ＲＴ）中のＲＴＣおよびＮＭＤＩによる連続的な処置は、突然変異誘発およびＤＮＡ損傷を通してネオアンチゲンを生成する可能性がある。細胞死の間のこれらの抗原の放出は、免疫応答を誘発する炎症誘発性シグナルと併せて腫瘍特異的Ｔ細胞を活性化させる。放射線治療は、腫瘍微小環境に影響を及ぼし、活性化Ｔ細胞の浸潤を強化し、腫瘍拒絶の障壁を克服することができる。ＲＴＣおよびＮＭＤＩ薬ならびに免疫療法薬（実施例４）とＲＴの組合せは、ネオアンチゲンの発現を増強することにより、個々の患者において免疫応答の誘導（抗原提示）相とエフェクター相の両方で放射線の作用を増強させる。（Ｄｅｍａｒｉａ  ｅｔ  ａｌ，ＪＡＭＡ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ２０１５）。
【実施例５】
【０１５２】
ＲＴＣおよびＮＭＤＩと化学療法の組合せ
この実施例は、ＲＴＣｓ、ＮＭＤＩｓ、および化学療法の組合せによる同系免疫正常マウスの腫瘍の処置の効果を示す。化学療法の前のＲＴＣおよびＮＭＤＩ薬物による処置は、免疫賦活性の細胞死の前に腫瘍でのネオアンチゲンの発現を増加させ、ネオアンチゲン提示の強化をもたらす。
【０１５３】
材料および方法
使用した癌のマウスモデルは上記のとおりである。
【０１５４】
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴｒｅｇ応答の評価は、上記のとおりである。
【０１５５】
化学療法の間のＲＴＣおよびＮＭＤＩによる連続処置は、突然変異誘発およびＤＮＡ損傷を通してネオアンチゲンを生成する可能性があり、細胞死の間のこれらの抗原の放出は、免疫応答を誘発する炎症誘発性シグナルと併せて腫瘍特異的Ｔ細胞を活性化させる可能性がある。化学療法は、腫瘍微小環境に影響を及ぼし、活性化Ｔ細胞の浸潤を強化し、腫瘍拒絶の障壁を克服することができる。ＲＴＣおよびＮＭＤＩ薬ならびに免疫療法薬（実施例４）と化学療法の組合せは、ネオアンチゲンの発現を増強することにより、個々の患者において免疫応答の誘導相とエフェクター相の両方で化学療法の作用を増強させる。
【実施例６】
【０１５６】
ＲＴＣおよびＮＭＤＩと腫瘍溶解性ウイルスの組合せ
この実施例は、ＲＴＣｓ、ＮＭＤＩｓ、および腫瘍溶解性ウイルスの組合せによる同系免疫正常マウスの腫瘍の処置の効果を示す。
【０１５７】
材料および方法
使用した癌のマウスモデルは上記のとおりである。
【０１５８】
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴｒｅｇ応答の評価は、上記のとおりである。
【０１５９】
免疫原性細胞死を誘導するその他のアプローチには、腫瘍細胞を選択的に死滅させる腫瘍溶解性ウイルスの使用が含まれる。よって、患者をＲＴＣおよびＮＭＤＩで前処置することは、腫瘍溶解性ウイルスが誘導されたネオアンチゲンの抗原提示を改善し、その後のＴ細胞応答の強化を可能にする。
【実施例７】
【０１６０】
ＲＴＣおよびＮＭＤＩとワクチン療法の組合せ
この実施例は、ＲＴＣｓ、ＮＭＤＩｓ、およびワクチン療法の組合せによる同系免疫正常マウスの腫瘍の処置の効果を示す。
【０１６１】
材料および方法
使用した癌のマウスモデルは上記のとおりである。
【０１６２】
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴｒｅｇ応答の評価は、上記のとおりである。
【０１６３】
ネオアンチゲンワクチン接種は、癌の潜在的に効果的なワクチンアプローチとなっている。現在まで、これらのネオアンチゲンはアミノ酸置換を含んでいたが、ＲＴＣおよびＮＭＤＩ化合物は、単一アミノ酸置換以上にネオアンチゲンの範囲を広げると思われる。ＲＴＣおよびＮＭＤＩ、あるいはこれらの生成物をコードするＤＮＡまたはＲＮＡから生成された異常なペプチドは、個別化されたワクチンの成分を表す。ＲＴＣまたはＮＭＤＩで処置した患者腫瘍の転写プロファイリングは、そのようなワクチンを生成するために使用することができ得る候補異常リードスルータンパク質を提供する。ＲＴＣおよびＮＭＤＩで処置した全腫瘍は、全細胞ワクチンのベースとしても使用することができる。誘導されたネオアンチゲンに対するそのようなワクチンは、その他のワクチンに加えて、これらの実施例中の薬剤のどれとでも組み合わせることができる。
【実施例８】
【０１６４】
ＲＴＣおよびＮＭＤＩとＣＡＲ−Ｔ細胞または患者由来腫瘍浸潤リンパ球（ｔｕｍｏｒ  ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ：ＴＩＬｓ）の組合せ
この実施例は、ＲＴＣｓ、ＮＭＤＩｓ、およびＣＡＲ−Ｔ細胞または患者由来腫瘍浸潤リンパ球による同系免疫正常マウスの腫瘍の処置の効果を示す。
【０１６５】
材料および方法
使用した癌のマウスモデルは上記のとおりである。
【０１６６】
腫瘍サイズ、腫瘍内免疫応答、ＣＤ４およびＣＤ８エフェクターＴ細胞応答、およびＴｒｅｇ応答の評価は、上記のとおりである。
【０１６７】
ＲＴＣおよびＮＭＤＩで処置した患者で誘発された、これらの薬物によって生成されたネオアンチゲンを認識するＴ細胞が誘導される。これらの特異的Ｔ細胞は、生体外で増やして患者に直接再注入することもでき、またはそのＴＣＲｓをクローン化し、再注入用のＣＡＲ−Ｔ細胞を操作することもできる。
【実施例９】
【０１６８】
免疫療法薬およびリードスルー抑制剤化合物（ＲＴＣ）と組み合わせたＮＭＤＩのマウス腫瘍モデルでの使用
この実施例は、ＲＴＣ、免疫療法薬、およびナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構を抑制する化合物の組合せの有効性を担腫瘍Ｃ５７ＢＬ／６マウスの処置について評価した。
【０１６９】
材料および方法
動物：雌６〜８週齢（接種時の推定年齢）Ｃ５７ＢＬ／６マウスは、Ｓｈａｎｇｈａｉ  Ｌｉｎｇｃｈａｎｇ  Ｂｉｏ−Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｃｏ．Ｌｔｄ（ＬＣ，Ｓｈａｎｇｈａｉ，中国）より入手した。動物は、１２時間の明サイクルおよび１２時間の暗サイクルで２０〜２６℃で収容した。
【０１７０】
細胞培養：ＭＣ３８腫瘍細胞をインビトロで、１０％ウシ胎児血清を添加したＤＭＥＭ培地中の単層培養として空気中５％ＣＯ２雰囲気下３７℃で維持した。腫瘍細胞は、週に２回、常に継代培養した。腫瘍接種のために、対数増殖期の細胞を収集し、計数した。
【０１７１】
治療化合物：抗ＰＤ−１および抗ＣＴＬＡ−４抗体は、抗ＣＤ８抗体のようにＢｉｏＸＣｅｌｌより入手した。ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構抑制剤ＮＭＤＩ１４（４，５−ジメチル−２−［［２−（１，２，３，４−テトラヒドロ−６，７−ジメチル−３−オキソ−２−キノキサリニル）アセチル］アミノ］−３−チオフェンカルボン酸エチルエステル、エチル２−｛［（６，７−ジメチル−３−オキソ−１，２，３，４−テトラヒドロ−２−キノキサリニル）アセチル］アミノ｝−４，５−ジメチル−３−チオフェンカルボキシラート）は、ＣｈｅｍＢｒｉｄｇｅ  Ｃｏｒｐ．（カリフォルニア州Ｌａ  Ｊｏｌｌａ）より入手した。ＲＴＣアタルレン（ＰＴＣ１２４）は、Ｓｅｌｌｅｃｋ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ（テキサス州Ｈｏｕｓｔｏｎ）より入手した。化合物は、表１に示されるように配合した。
【０１７２】
【表１】
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【０１７３】
腫瘍接種：腫瘍形成のために、０．１ｍＬのＰＢＳ中のＭＣ３８腫瘍細胞（１×１０６）を、各マウスの右下横腹に皮下接種した。平均腫瘍サイズが約５０ｍｍ３に達すると処置を開始した。化合物を投与した。各調査グループの動物の数を表２に示す。腫瘍細胞接種の日付を０日目と表した。
【０１７４】
グループ割り当て：グループ分けおよび処置の前に、全ての動物を秤量し、カリパスを用いて腫瘍量を測定した。定誤差を最小化するために、腫瘍量を数値パラメータとして用いて、選択した動物を指定されたグループに無作為化した。グループ分けは、ＳｔｕｄｙＤｉｒｅｃｔｏｒ（商標）ソフトウェア（Ｓｔｕｄｙｌｏｇ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．米国カリフォルニア州）を使用することによって実施した。グループごとの腫瘍量の変動が最小である、１つの最適な無作為化デザイン（Ｍａｔｃｈｅｄ分布によって生成）を、グループの割り当てのために選択した。
【０１７５】
【表２】
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【０１７６】
ＦＡＣＳ分析：腫瘍細胞を各処置群から単離し、ＦＡＣＳ分析を当分野で周知の方法に従って実施した。ＦＡＣＳ分析に使用した試薬を下の表３に示す。
【０１７７】
【表３】
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【０１７８】
免疫組織化学（ＩＨＣ）：腫瘍試料由来のホルマリン固定パラフィン包埋（Ｆｏｒｍａｌｉｎ−ｆｉｘｅｄ  ｐａｒａｆｆｉｎ−ｅｍｂｅｄｄｅｄ：ＦＦＰＥ）組織を４μｍに切片化した。抗原賦活化（Ａｎｔｉｇｅｎ  ｒｅｔｒｉｅｖａｌ：ＡＲ）を１００℃でｐＨ９．０のＥＤＴＡ緩衝液中、２０分間実行した。一次抗体（検証された濃度で希釈）、ＲＴ６０分＋二次抗体（即時使用可能）、ＲＴ６０分＋Ｂｏｎｄ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｒｅｆｉｎｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ。使用した抗体および試薬を表４に示す。
【０１７９】
【表４】
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【０１８０】
結果：
腫瘍細胞接種後、罹患率および死亡率、ならびに、移動性などの通常の挙動、食物および水の消費の目測、体重増加／減少、眼／毛の光沢の無さおよびその他の異常な作用への腫瘍増殖および処置の影響について動物を毎日チェックした。腫瘍量は週に２回、カリパスを用いて少なくとも二次元で測定し、次式を用いて体積をｍｍ３で表した：Ｖ＝０．５ａ×ｂ２（式中、ａおよびｂはそれぞれ腫瘍の長径と短径である）。
【０１８１】
調査の過程にわたる各処置群の平均腫瘍量を表５に示し、腫瘍量の抑制率を表６に示す。
【０１８２】
【表５】
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【０１８３】
【表６】
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【０１８４】
表６に示されるように、ＰＴＣ１２４およびナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構抑制剤と、抗ＰＤ−１および抗ＣＴＬＡ−４免疫療法の組合せは、ほぼ７５％の腫瘍量の抑制をもたらした（図１も参照）、これは免疫療法だけか、またはそれらの組合せのいずれかによって達成された結果よりも大きい（図２）。
【０１８５】
図３に示されるように、免疫組織化学分析は、ＮＭＤを抑制する化合物と組み合わせたＰＴＣリードスルー抑制剤による処置によって、かなりの数の腫瘍組織浸潤ＣＤ３＋免疫細胞がもたらされることを示した。図３はまた、処置をＰＤ−１に対する抗体およびＣＴＬＡ−４に対する抗体と組み合わせた場合にこの効果が増強されたことも示す。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【国際調査報告】
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