【手続補正書】
【提出日】平成19年9月25日(2007.9.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ネットワーク・システムで相互作用する複数の作用物質に支配されているネットワーク・システムにおける接続性を解明する方法であって、
a.  システムにおける作用物質の相互作用を記述するための1組の相互作用モデルを提供する段階と、
b.  システムにおける作用物質の相互作用を最も良くモデル化する相互作用モデルを1組の相互作用モデルから選択する段階と、
c.  選択されたモデルをネットワークの接続性に関連付ける段階
とを含む方法。
【請求項２】
ネットワーク・システムは、化学的システム、生化学的システム、および生物学的システムのうちの少なくとも1つを含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
複数の作用物質は少なくとも1つの組成物を含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
組成物は、薬学的に活性な組成物を含む、請求項3記載の方法。
【請求項５】
組成物は、患者への投与が政府の規制機関によって承認されている実体を含む、請求項3記載の方法。
【請求項６】
組成物は、確立された安全プロファイル、認識されている薬理学プロファイル、および認識されている毒性プロファイルのうちの少なくとも1つを有する実体を含む、請求項3記載の方法。
【請求項７】
請求項1記載のネットワーク・システムと相互作用する相互作用物質を同定する方法であって、
d.  ネットワークの接続性に基づいてネットワーク・システム中で相互作用する相互作用物質を同定する段階
をさらに含む方法。
【請求項８】
相互作用物質は、複数の作用物質のうちの1つではない、請求項7記載の方法。
【請求項９】
相互作用物質は、薬学的に活性な組成物の少なくとも一部である、請求項7記載の方法。
【請求項１０】
以下を含む、薬学的に活性な組成物：
請求項9記載の同定された相互作用物質と、
ネットワークにおける別の作用物質と相互作用物質との相互作用に基づいて同定される該別の作用物質。
【請求項１１】
薬学的に活性な組成物を使用して生物内で相互作用を生じさせる方法であって、
請求項9記載の相互作用物質を同定する段階と、
相互作用物質を、ネットワーク・システムにおける別の作用物質と相互作用物質との相互作用に基づいて同定された該別の作用物質と組み合わせて薬学的に活性な組成物を生成する段階と、
ネットワーク・システムを有する生物に薬学的に活性な組成物を投与する段階
とを含む方法。
【請求項１２】
相互作用物質は、患者への投与が政府の規制機関によって承認されている実体を含む、請求項9記載の方法。
【請求項１３】
請求項1記載の特定のネットワーク・システムで相互作用する相互作用物質を同定する方法であって、
d.  複数のネットワーク・システムのそれぞれについて段階a、b、およびcを繰り返す段階と、
e.  複数のネットワーク・システムのうちの少なくとも1つの接続性に基づいて特定のネットワーク・システムで相互作用する相互作用物質を同定する段階とを含む方法。
【請求項１４】
相互作用物質は、複数の作用物質のうちの1つではない、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
特定のネットワーク・システムは、複数のネットワーク・システムのうちの1つではない、請求項13記載の方法。
【請求項１６】
相互作用物質は、薬学的に活性な組成物の少なくとも一部である、請求項13記載の方法。
【請求項１７】
以下を含む、薬学的に活性な組成物：
請求項16記載の同定された相互作用物質と、
特定のネットワークにおける別の作用物質と相互作用物質との相互作用に基づいて同定される、該別の作用物質。
【請求項１８】
薬学的に活性な組成物を使用して生物内で相互作用を生じさせる方法であって、
請求項16記載の相互作用物質を同定する段階と、
相互作用物質を、ネットワーク・システムにおける別の作用物質と相互作用物質との相互作用に基づいて同定される該別の作用物質と組み合わせて、薬学的に活性な組成物を生成する段階と、
特定のネットワーク・システムを有する生物に薬学的に活性な組成物を投与する段階
とを含む方法。
【請求項１９】
相互作用物質は、患者への投与が政府の規制機関によって承認されている実体を含む、請求項13記載の方法。
【請求項２０】
請求項1記載の特定の組成物の相互作用の潜在的なメカニズムを解明する方法であって、複数の作用物質が少なくとも1つの組成物を含む、以下の段階をさらに含む方法：
ネットワークの接続性に基づいて特定のシステムにおける特定の組成物の相互作用の潜在的なメカニズムを同定する段階。
【請求項２１】
特定の組成物が少なくとも1つの組成物のうちの1つではない、請求項16記載の方法。
【請求項２２】
特定の組成物は、患者への投与が政府の規制機関によって承認されている実体を含む、請求項16記載の方法。
【請求項２３】
複数の作用物質に支配されているネットワーク・システムにおける接続性を解明する方法であって、
a.  システムにおける作用物質の相互作用を記述するための1組の相互作用モデルを提供する段階と、
b.  システムにおける複数の作用物質のうちの少なくとも1つの相互作用を判定する段階と、
c.  作用物質の相互作用を最も良くモデル化する相互作用モデルを1組の相互作用モデルから選択する段階と、
d.  選択されたモデルをネットワークの接続性に関連付ける段階
とを含む方法。
【請求項２４】
相互作用を判定する段階は、ハイスループット・スクリーニング法を使用する段階を含む、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
複数の作用物質は、少なくとも3つの作用物質を含む方法であって、
各相互作用モデルが、システムにおける作用物質の特定の相互作用を最も良くモデル化する少なくとも1つの相互作用モデルを1組の相互作用モデルから選択する段階と、
選択された各モデルをネットワークの接続性に関連付ける段階
とをさらに含む、請求項23記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも1つの相互作用モデルはLoewe加法モデルである、請求項1記載の方法。
【請求項２７】
Loeweの加法モデルが、以下の組合せ濃度CX、CYでの効果レベルIに対する制約によって表される、請求項26記載の方法：
2007507047.tif 000001
式中、CX、CYは特定の組合せ処理用の2つの作用物質の濃度であり、ECX、ECYはそれぞれ、2つの作用物質の有効濃度である。
【請求項２８】
少なくとも1つの相互作用モデルは独立モデルである、請求項1記載の方法。
【請求項２９】
独立モデルが、以下の式によって表される、請求項28記載の方法：
I = X + Y - XYγ
式中、Iは、それぞれ濃度CXおよびCYでの組成物XおよびYの組合せの予想される阻害率であり；Xは、濃度CXでの化合物Xの単一で予想される阻害率であり；Yは、濃度CYでの化合物Yの単一で予想される阻害率であり；ガンマ（γ）は、相互作用パラメータであり、単一作用物質が相互作用して組合せ効果を生じる程度を表し；
γは、以下の式で表される値：
γ=1、
γ=(X∞+Y∞-1)/(X∞Y∞)、
γ=1/max(X∞,Y∞)、
γ=0、
γ=(X∞+Y∞)/(X∞Y∞)、または
ネットワーク・システムにおける作用物質の特定の相互作用に対応する他の任意の値を有してもよい。
【請求項３０】
少なくとも1つの相互作用モデルはGrecoの相乗作用モデルである、請求項1記載の方法。
【請求項３１】
Grecoの相乗作用モデルが以下の制約によって表される、請求項30記載の方法：
2007507047.tif 000002
式中、Iは、それぞれ濃度CXおよびCYでの組成物XおよびYの組合せの予想される阻害率であり；CX、CYは特定の組合せ処理用の2つの作用物質の濃度であり；ECX、ECYは、単一作用物質の有効濃度であり（指定された濃度での場合と同じレベルの効果を生じうる単一作用物質濃度）；アルファ（α）は、相乗相互作用の強度を表し、-1から無限大の値を有する、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
少なくとも1つの相互作用モデルは増強作用モデルである、請求項1記載の方法。
【請求項３３】
増強作用モデルは以下の式によって表され、
I = X(C'X)
式中、Iは、それぞれ濃度CXおよびCYでの組成物XおよびYの組合せの予想される阻害率であり；Xは、濃度CXでの化合物Xの単一で予想される阻害率であり；Yは、濃度CYでの化合物Yの単一で予想される阻害率であり；
C'XはCX(1+CY/C0)πであり、C0は、増強作用が重要になるしきい値Y濃度であり、パイ（π）は、生じる相乗作用の程度を支配する増強作用指数である。
【請求項３４】
相互作用モデルを選択する段階は、最小二乗法に基づいて相互作用モデルを選択する段階を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３５】
ネットワークの接続性に基づいてハイスループット・スクリーニングを準備する段階をさらに含む、請求項1記載のハイスループット・スクリーニングを準備する方法。
【請求項３６】
作用物質の相互作用からネットワーク・システムにおける接続性を解明するために、コンピュータ・システム上で使用されるコンピュータ・プログラム製品であって、コンピュータ可読プログラム・コードが以下を含む、コンピュータ・プログラム製品：
a.  作用物質の相互作用に関するデータを収集するモジュールと、
b.  各モデルがネットワークの特定の接続性を表す1組の相互作用モデルのそれぞれについてシステムにおける作用物質の予想される相互作用を算出するプログラム・コードと、
c.  作用物質の算出された予想される相互作用に基づいて作用物質の相互作用を最も良くモデル化する相互作用モデルを選択するための、プログラム・コード。
【請求項３７】
少なくとも1つの相互作用モデルはLoewe加法モデルである、請求項36記載のコンピュータ・プログラム製品。
【請求項３８】
Loeweの加法モデルは、以下の式のように、組合せ濃度CX、CYでの効果レベルIに対する制約によって表される、請求項37記載のコンピュータ・プログラム製品：
2007507047.tif 000003
式中、CX、CYは特定の組合せ処理用の2つの作用物質の濃度であり、ECX、ECYはそれぞれ、2つの作用物質の有効濃度である。
【請求項３９】
少なくとも1つの相互作用モデルは独立モデルである、請求項36記載のコンピュータ・プログラム製品。
【請求項４０】
独立モデルは以下の式によって表される、請求項39記載のコンピュータ・プログラム製品：
I = X + Y - XYγ
式中、Iは、それぞれ濃度CXおよびCYでの組成物XおよびYの組合せの予想される阻害率であり；Xは、濃度CXでの化合物Xの単一で予想される阻害率であり；Yは、濃度CYでの化合物Yの単一で予想される阻害率であり；ガンマ（γ）は、相互作用パラメータであり、単一作用物質が相互作用して組合せ効果を生じる程度を表し；かつ
γは、以下の式で表される値：
γ=1、
γ=(X∞+Y∞-1)/(X∞Y∞)、
γ=1/max(X∞,Y∞)、
γ=1/min(X∞,Y∞)、
γ=0、
γ=(X∞+Y∞)/(X∞Y∞)、または
ネットワーク・システムにおける作用物質の特定の相互作用に対応する他の任意の値を有してもよい。
【請求項４１】
少なくとも1つの相互作用モデルはGrecoの相乗作用モデルである、請求項36記載のコンピュータ・プログラム製品。
【請求項４２】
Grecoの相乗作用モデルは以下によって表される、請求項41記載のコンピュータ・プログラム製品：
2007507047.tif 000004
式中、Iは、それぞれ濃度CXおよびCYでの組成物XおよびYの組合せの予想される阻害率であり；CX、CYは特定の組合せ処理用の2つの作用物質の濃度であり、ECX、ECYは、単一作用物質の「有効濃度」であり（指定された濃度での場合と同じレベルの効果を生じうる単一作用物質濃度）；アルファ（α）は、相乗相互作用の強度を表し、-1から無限大の値を有する。
【請求項４３】
少なくとも1つの相互作用モデルは増強作用モデルである、請求項36記載のコンピュータ・プログラム製品。
【請求項４４】
増強作用モデルが以下の式によって表される、請求項43記載のコンピュータ・プログラム製品：
I = X(C'X)
式中、Iは、それぞれ濃度CXおよびCYでの組成物XおよびYの組合せの予想される阻害率であり；Xは、濃度CXでの化合物Xの単一で予想される阻害率であり；Yは、濃度CYでの化合物Yの単一で予想される阻害率であり；
C'XはCX(1+CY/C0)πであり、C0は、増強作用が重要になるしきい値Y濃度であり、パイ（π）は、生じる相乗作用の程度を支配する増強作用指数である。
【請求項４５】
相互作用モデルを選択するプログラム・コードが、最小二乗法を実施するプログラム・コードを含む、請求項36記載のコンピュータ・プログラム製品。
【請求項４６】
システムにおける接続性を解明するために、ネットワーク・システムにおける作用物質の相互作用を記述する相互作用モデルを作成する方法であって、
a.  システムにおける作用物質の相互作用をシミュレートして応答曲面を作成する段階と、
b.  応答曲面に基づいて相互作用モデルを作成する段階
とを含む方法。