【手続補正書】
【提出日】平成19年7月27日(2007.7.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細菌性外膜タンパク質の細胞外ループであるキャリアタンパク質内に、所定のパッセンジャーポリペプチドを遺伝子発現してディスプレイする、発現ベクターであって、
生物学的実体の外表面上に、
(a) 所定のリガンドと相互作用することが可能な該パッセンジャーポリペプチド、及び
(b) 該細胞外ループの末端
を生じる該発現ベクター。
【請求項２】
前記キャリアタンパク質のＮ末端及びＣ末端がペプチドリンカーを介して融合していることを特徴とする、請求項１記載の発現ベクター。
【請求項３】
前記細胞外ループの末端に前記所定のリガンドが接近可能である請求項１記載の発現ベクター。
【請求項４】
前記細菌外膜タンパク質がＯｍｐＡまたはＯｍｐＸである請求項１記載の発現ベクター。
【請求項５】
前記ポリペプチドがＯｍｐＡの第１細胞外ループ内に発現する請求項４記載の発現ベクター。
【請求項６】
前記ポリペプチドがＯｍｐＸの第２細胞外ループ内に発現する請求項４記載の発現ベクター。
【請求項７】
前記ポリペプチドがＯｍｐＸの第３細胞外ループ内に発現する請求項４記載の発現ベクター。
【請求項８】
前記ポリペプチドがストレプトアビジンまたはＴ７結合性ペプチドである請求項１記載の発現ベクター。
【請求項９】
前記生物学的実体が細菌細胞、酵母細胞または哺乳動物細胞である請求項１記載の発現ベクター。
【請求項１０】
生物学的実体が細菌細胞である請求項１記載の発現ベクター。
【請求項１１】
前記細菌細胞が大腸菌、ソネ赤痢菌、志賀赤痢菌、フレクスナー赤痢菌、サルモネラ菌、腸炎菌、エンテロバクター・エアロゲネス、セラチア・マルセッセンス、ペスト菌、または肺炎桿菌である請求項１０記載の発現ベクター。
【請求項１２】
低コピー複製起点をさらに含むことを特徴とする請求項１記載の発現ベクター。
【請求項１３】
前記低コピー複製起点がｐ１５Ａ複製起点である請求項１２記載の発現ベクター。
【請求項１４】
殺菌性抗生物質耐性タンパク質をコードする遺伝子をさらに含むことを特徴とする請求項１記載の発現ベクター。
【請求項１５】
前記殺菌性抗生物質耐性タンパク質をコードする遺伝子がクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼをコードすることを特徴とする請求項１４記載の発現ベクター。
【請求項１６】
少なくとも１つのＳｆｉＩエンドヌクレアーゼ制限酵素部位をさらに含むことを特徴とする請求項１記載の発現ベクター。
【請求項１７】
アラビノースａｒａＢＡＤ大腸菌オペロンプロモーターをさらに含むことを特徴とする請求項１記載の発現ベクター。
【請求項１８】
発現がＬ−アラビノースの添加で誘導され、かつアラビノースの除去及びグルコースの添加によって停止することを特徴とする、請求項１７記載の発現ベクター。
【請求項１９】
請求項１記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項２０】
前記キャリアタンパク質がロイシンをコードするコドンを少なくとも１つ含む核酸分子によってコードされ、該ロイシンがバリン、イソロイシン、またはトリフルオロロイシンをコードする置換コドンで置換されていることを特徴とする、請求項１記載の発現ベクター。
【請求項２１】
前記ロイシンをコードするコドンがすべて置換されていることを特徴とする請求項２０記載の発現ベクター。
【請求項２２】
試料中の所定のリガンドを検出、モニター、または測定するためのアッセイ方法であって、
発現ベクターを誘導して、細菌性外膜タンパク質の細胞外ループであるキャリアタンパク質内に、所定のパッセンジャーポリペプチドを遺伝子発現してディスプレイさせる工程であって、該発現ベクターが、生物学的実体の外表面上に、(a) 所定のリガンドと相互作用することが可能な該パッセンジャーポリペプチドと、(b) 該細胞外ループの末端とを生じることが可能な発現ベクターである、該工程；
該パッセンジャーポリペプチドと該試料とを接触させる工程、及び、
該パッセンジャーポリペプチドが該リガンドと相互作用するかどうかを観察する工程
を含むことを特徴とする、該アッセイ方法。
【請求項２３】
前記パッセンジャーポリペプチドが酵素の基質であることを特徴とする請求項２２記載のアッセイ方法。
【請求項２４】
前記リガンドが前記酵素基質であることを特徴とする請求項２３記載のアッセイ方法。
【請求項２５】
前記パッセンジャーポリペプチドが標識を有することを特徴とする請求項２２記載のアッセイ方法。
【請求項２６】
前記標識が蛍光剤であることを特徴とする請求項２５記載のアッセイ方法。
【請求項２７】
前記末端が前記標識を有する自由末端であることを特徴とする請求項２５記載のアッセイ方法。
【請求項２８】
前記標識が検出できなくなることが、前記パッセンジャーポリペプチドと前記リガンドとが反応したことを示す、請求項２５記載のアッセイ方法。
【請求項２９】
前記生物学的実体がフローサイトメトリーによって定量されることを特徴とする請求項２２記載のアッセイ方法。
【請求項３０】
前記生物学的実体が蛍光性分子または発光性レポーター分子を発現することを特徴とする請求項２２記載のアッセイ方法。
【請求項３１】
前記リガンドが第二の生物学的実体または粒子と結合していることを特徴とする請求項２２記載のアッセイ方法。
【請求項３２】
前記パッセンジャーポリペプチドと前記リガンドとの反応により、前記生物学的実体と第二の生物学的実体または粒子との複合体が形成されることを特徴とする請求項３１記載のアッセイ方法。
【請求項３３】
前記複合体がフローサイトメトリー、蛍光検出、または顕微鏡観察によって定量されることを特徴とする請求項３２記載のアッセイ方法。
【請求項３４】
前記パッセンジャーポリペプチドがAsn-Xaa-Arg-Gly-Pheであり、ここでXaaはいずれの天然に存在するアミノ酸であってもよいことを特徴とする請求項２２記載のアッセイ方法。
【請求項３５】
前記パッセンジャーポリペプチドがＣ−反応性タンパク質に結合可能であることを特徴とする請求項３４記載のアッセイ方法。
【請求項３６】
前記パッセンジャーポリペプチドが配列番号９９，配列番号２１０，配列番号２１１，配列番号２１２，配列番号２１３，配列番号２１４，配列番号２１５，配列番号２１６，配列番号２１７，配列番号２１８，配列番号２１９，配列番号２２０，配列番号２２１，配列番号２２２，配列番号２２３，配列番号２２４，配列番号２２５，配列番号２２６，配列番号２２７，配列番号２２８，配列番号２２９，配列番号２３０，配列番号２３１，配列番号２３２，配列番号２３３，配列番号２３４，配列番号２３５，配列番号２３６，配列番号２３７，配列番号２３８，配列番号２３９，配列番号２４０，配列番号２４１，配列番号２４２，配列番号２４３，配列番号２４４、配列番号２４５，配列番号２４６，配列番号２４７，配列番号２４８，配列番号２４９，配列番号２５０，配列番号２５１，配列番号２５２，配列番号２５３，配列番号２５４，または配列番号２５６のアミノ酸配列を含むことを特徴とする請求項２２記載のアッセイ方法。
【請求項３７】
前記パッセンジャーポリペプチドが配列番号９９，配列番号２１０，配列番号２１１，配列番号２１２，配列番号２１３，配列番号２１４，配列番号２１５，配列番号２１６，配列番号２１７，配列番号２１８，配列番号２１９，配列番号２２０，配列番号２２１，配列番号２２２，配列番号２２３，配列番号２２４，配列番号２２５，配列番号２２６，配列番号２２７，配列番号２２８，配列番号２２９，配列番号２３０，配列番号２３１，配列番号２３２，配列番号２３３，配列番号２３４，配列番号２３５，配列番号２３６，配列番号２３７，配列番号２３８，配列番号２３９，配列番号２４０，配列番号２４１，配列番号２４２，配列番号２４３，配列番号２４４、配列番号２４５，配列番号２４６，配列番号２４７，配列番号２４８，配列番号２４９，配列番号２５０，配列番号２５１，配列番号２５２，配列番号２５３，配列番号２５４，または配列番号２５６のアミノ酸配列からなることを特徴とする請求項２２記載のアッセイ方法。
【請求項３８】
アミノ酸配列Asn-Xaa-Arg-Gly-Pheを含み、ここでXaaはいずれの天然に存在するアミノ酸であってもよいことを特徴とする、単離されたポリペプチド。
【請求項３９】
前記ポリペプチドがＣ−反応性タンパク質に結合可能であることを特徴とする請求項３８記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４０】
配列番号９９，配列番号２１０，配列番号２１１，配列番号２１２，配列番号２１３，配列番号２１４，配列番号２１５，配列番号２１６，配列番号２１７，配列番号２１８，配列番号２１９，配列番号２２０，配列番号２２１，配列番号２２２，配列番号２２３，配列番号２２４，配列番号２２５，配列番号２２６，配列番号２２７，配列番号２２８，配列番号２２９，配列番号２３０，配列番号２３１，配列番号２３２，配列番号２３３，配列番号２３４，配列番号２３５，配列番号２３６，配列番号２３７，配列番号２３８，配列番号２３９，配列番号２４０，配列番号２４１，配列番号２４２，配列番号２４３，配列番号２４４、配列番号２４５，配列番号２４６，配列番号２４７，配列番号２４８，配列番号２４９，配列番号２５０，配列番号２５１，配列番号２５２，配列番号２５３，配列番号２５４，または配列番号２５６のアミノ酸配列を含むことを特徴とする請求項３８記載の単離されたポリペプチド。
【請求項４１】
配列番号９９，配列番号２１０，配列番号２１１，配列番号２１２，配列番号２１３，配列番号２１４，配列番号２１５，配列番号２１６，配列番号２１７，配列番号２１８，配列番号２１９，配列番号２２０，配列番号２２１，配列番号２２２，配列番号２２３，配列番号２２４，配列番号２２５，配列番号２２６，配列番号２２７，配列番号２２８，配列番号２２９，配列番号２３０，配列番号２３１，配列番号２３２，配列番号２３３，配列番号２３４，配列番号２３５，配列番号２３６，配列番号２３７，配列番号２３８，配列番号２３９，配列番号２４０，配列番号２４１，配列番号２４２，配列番号２４３，配列番号２４４、配列番号２４５，配列番号２４６，配列番号２４７，配列番号２４８，配列番号２４９，配列番号２５０，配列番号２５１，配列番号２５２，配列番号２５３，配列番号２５４，または配列番号２５６のアミノ酸配列からなることを特徴とする請求項３８記載の単離されたポリペプチド。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】発明の名称
【補正方法】変更
【補正の内容】
【発明の名称】発現ベクター、ポリペプチドディスプレイライブラリ、並びにそれらの作製及び使用方法