【誤訳訂正書】
【提出日】平成19年2月16日(2007.2.16)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】特許請求の範囲
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  WWドメイン含有ポリペプチドのリン酸化リガンドへの結合を調節することを含む、タンパク質−タンパク質相互作用のメディエートする方法。
【請求項２】  WWドメイン含有ポリペプチドがPin1、NEDD4、YAP、FE65、フォーミン結合タンパク質、ジストロフィン、ウトロピン、Ess1p/Ptflp、Rsp5、Pub1、Dodo、Msb1、ORF1、YKB2、DP71、C38D4.5、P9659.21、Yo61、Yfx1、ZK1248.15、KO15c11、CD45AP、FBP11、FBP21、FBP23、FBP28およびFBP30からなる群から選択される、請求項１記載の方法。
【請求項３】  リガンドがNIMA、Cdc25C、Cdc27、Plk1、Myt1、Rab4、タウタンパク質、アミロイド前駆体タンパク質、Weel、Mos、Sox3、Xbr-lb、MP75(E-MAP-115)、MP110(Cdc5)、MP68およびMP30からなる群から選択される、請求項１記載の方法。
【請求項４】  WWドメイン含有ポリペプチドのリガンドへの結合が阻害される、請求項１記載の方法。
【請求項５】  阻害が、リン酸化リガンド模倣物がWWドメイン含有ポリペプチドに結合し、それによりWWドメインポリペプチドのリガンドへの結合を阻害する競合的阻害を含む、請求項４記載の方法。
【請求項６】  リン酸化リガンドがホスホセリンまたはホスホスレオニンペプチド、またはペプチド模倣または小有機分子を含む、請求項４記載の方法。
【請求項７】  リン酸化リガンドが配列番号８、１０、１３、２０および２９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項６記載の方法。
【請求項８】  阻害が、WWドメイン含有ポリペプチドのリン酸化、またはWWドメイン含有ポリペプチドの脱リン酸化の阻害を含み、それによりWWドメイン含有ポリペプチドのリガンドへの結合を阻害する、請求項４記載の方法。
【請求項９】  WW含有ポリペプチドのリガンドへの結合が促進される、請求項１記載の方法。
【請求項１０】  促進がリガンドのリン酸化を含み、それによりWWドメイン含有ポリペプチドのリン酸化リガンドへの結合を促進する、請求項９記載の方法。
【請求項１１】  促進が、WWドメイン含有ポリペプチドの脱リン酸化またはドメイン含有ポリペプチドのリン酸化の阻害を含み、それによりWWドメイン含有ポリペプチドのリガンドへの結合を促進する、請求項９記載の方法。
【請求項１２】  Pin1 WWドメインの有糸分裂調節タンパク質への結合のメディエートを含む、細胞生育の調節法。
【請求項１３】  調節された細胞生育が細胞増殖である、請求項１２記載の方法。
【請求項１４】  Pin1 WWドメインが、リン酸化NIMAに結合し、それにより細胞増殖をもたらす、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】  Pin1 WWドメインを脱リン酸化し、それによりPin1 WWドメインをリン酸化有糸分裂調節タンパク質に結合させ、細胞増殖をもたらす、請求項１３記載の方法。
【請求項１６】  細胞生育を阻害する、請求項１２記載の方法。
【請求項１７】  Pin1 WWドメインのリン酸化Cdc25Cへの結合を阻害し、それにより細胞生育を阻害する、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】  Pin1 WWドメインをリン酸化し、それによりPin1 WWドメインはリン酸化有糸分裂調節タンパク質に結合せず、細胞死をもたらす、請求項１６記載の方法。
【請求項１９】  Pin1 WWドメインのリン酸化リガンドへの結合の阻害を含む、Pin1プロリル−ペプチジルcis-transイソメラーゼ活性の阻害法。
【請求項２０】  Pin1 WWドメインをリン酸化し、それによりWWドメインのリン酸化リガンドへの結合が阻害される、請求項１９記載の方法。
【請求項２１】  配列番号３３のSer16がリン酸化される、請求項２０記載の方法。
【請求項２２】  NEDD4 WWドメインのリン酸化リガンドへの結合のメディエートを含む、タンパク質分解の調節法。
【請求項２３】  NEDD4 WWドメインのホスホセリンまたはホスホスレオニンリガンドへの結合の阻害を含み、それによりユビキチンリガーゼ活性が阻害される、タンパク質分解が阻害されている請求項２２記載の方法。
【請求項２４】  ジストロフィンのWWドメインとリン酸化リガンドの相互作用の調節法。
【請求項２５】  WWドメイン含有タンパク質とリン酸化リガンドの相互作用を調節することを含む、哺乳類における神経退行性疾患の調節法。
【請求項２６】  リン酸化リガンドがタウタンパク質およびアミロイド前駆体タンパク質を含む群から選択される、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】  Pin1 WWドメインのリン酸化タウへの結合をメディエートすることを含む、アルツハイマー病におけるタウの機能の調節法。
【請求項２８】  Pin1 WWドメインのリン酸化スレオニン２３１タウへの結合の促進を含み、それによりリン酸化タウが微小管に結合し、微小管結合をもたらす、請求項２７記載の方法。
【請求項２９】  a)WWドメイン含有ポリペプチドを１個以上の試験物質と接触させる、
b)試験物質とWWドメイン含有ポリペプチドを相互作用に適当な条件下に維持する、そして
c)試験物質をWWドメイン含有ポリペプチドの間の相互作用を測定する、
段階を含み、相互作用が、試験物質がWWドメイン含有ポリペプチドとリガンドの間の相互作用の調節をすることを示すものである、WWドメイン含有ポリペプチドとリン酸化リガンドの相互作用を調節する物質の同定法。
【請求項３０】  WWドメイン含有ポリペプチドがPin1、NEDD4、YAP、FE65、フォーミン結合タンパク質、ジストロフィン、ウトロピン、Ess1p/Ptflp、Rsp5、Pub1、Dodo、Msb1、ORF1、YKB2、DP71、C38D4.5、P9659.21、Yo61、Yfx1、ZK1248.15、KO15c11、CD45AP、FBP11、FBP21、FBP23、FBP28およびFBP30からなる群から選択される、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】  リガンドがタウタンパク質、Cdc25C、Cdc27、Plk1、NIMA、Myt1、Rab4、アミロイド前駆体タンパク質、Weel、Mos、Sox3、Xbr-lb、MP75(E-MAP-115)、MP110(Cdc5)、MP68およびMP30からなる群から選択される、請求項２９記載の方法。
【請求項３２】  物質がWWドメインとリガンドの間の相互作用を促進する、請求項２９記載の方法。
【請求項３３】  物質がWWドメインとリガンドの間の相互作用を阻害する、請求項２９記載の方法。
【請求項３４】  請求項２９の方法により同定された物質。
【請求項３５】  a)リガンドおよびWWドメインと１個以上の試験物質を接触させ、それにより組合わせを作る、
b)段階a)の組合わせをリガンドとWWドメインの相互作用に適した条件下に維持する；
c)段階b)における組合わせの相互作用の量を測定する；そして
d)段階c)の相互作用の量と、リガンドとWWドメインの間の相互作用に適した条件下で試験物質の非存在下での相互作用の量と比較する
段階を含む、WWドメインとリン酸化されているリガンドの相互作用を調節する試験物質の同定法であって、該相互作用の差が試験物質がリガンドとWWドメインの間の相互作用を調節することを示す方法。
【請求項３６】  WWドメインが、Pin1、NEDD4、YAP、FE65、フォーミン結合タンパク質、ジストロフィン、ウトロピン、Ess1p/Ptflp、Rsp5、Pub1、Dodo、Msb1、ORF1、YKB2、DP71、C38D4.5、P9659.21、Yo61、Yfx1、ZK1248.15、KO15c11、CD45AP、FBP11、FBP21、FBP23、FBP28およびFBP30WWドメインからなる群から選択されるポリペプチドのWWドメインである、請求項３５記載の方法。
【請求項３７】  リガンドがタウタンパク質、Cdc25C、Cdc27、Plk1、NIMA、Myt1、Rab4、アミロイド前駆体タンパク質、Weel、Mos、Sox3、Xbr-lb、MP75(E-MAP-115)、MP110(Cdc5)、MP68およびMP30からなる群から選択される、請求項３５記載の方法。
【請求項３８】  請求項３５の方法により同定された物質。
【請求項３９】  アミノ酸が２３位のチロシン、３４位のトリプトファン、１４位のアルギニン、１６位のセリン、１８位のセリンからなる群から選択されるものであるアミノ酸の修飾を含む、変異Pin1 WWドメイン。
【請求項４０】  修飾アミノ酸がアラニン、グルタミン酸またはフェニルアラニンからなる群から選択されるアミノ酸残基による置換を含む、請求項３９記載の変異体。
【請求項４１】  a)医薬とWWドメイン含有ポリペプチドまたはそのフラグメントを、医薬／WWドメイン複合体の形成に適した条件下で合わせる；そして
b)段階a)の医薬／WWドメイン複合体を哺乳類に投与し、医薬／WWドメイン複合体とリン酸化リガンドが相互作用し、それにより状態を軽減する
段階を含む、WWドメイン含有ポリペプチドのリガンドであるリン酸化リガンドの変化によりもたらされる状態である、哺乳類の状態を処置するための医薬の送達法。
【請求項４２】  a)WWドメインと相互作用する医薬を提供する；
b)個体に医薬を投与し、医薬がWWドメインと結合し、それによりWWドメインとリン酸化リガンドの間の相互作用を調節する
段階を含む、個体におけるWWドメイン含有タンパク質とリン酸化リガンドの間の相互作用の調節法。
【請求項４３】  WWドメイン含有ペプチドとリン酸化リガンドの調節ドメインとの結合を調節することを含む、タンパク質−タンパク質相互作用の調製法。
【請求項４４】  WWドメイン含有ポリペプチドとリン酸化リガンドの調節ドメインの結合をメディエートすることを含む、細胞生育の調節法。
【請求項４５】  WWドメイン含有ポリペプチドがPin1である、請求項４４記載の方法。
【請求項４６】  Pin1 WWドメインの、リン酸化リガンド調節ドメインへの結合の阻害を含む、Pin1プロリル−ペプチジルcis-transイソメラーゼ活性の阻害法。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００５】
また本発明に包含されるのはリン酸化リガンド配列であり、本明細書ではリン酸化リガンド模倣物またはリン酸化偽リガンドと呼ぶ。リン酸化リガンド模倣物は、ホスホセリンまたはホスホスレオニン残基(複数もある)を含み、リガンドがWWドメイン含有ポリペプチドと相互作用するか、それと結合する、したがってWWドメイン含有ポリペプチドの活性を調節するように十分な長さであり、十分なアミノ酸同一性を共有するアミノ酸配列、ペプチド、ペプチド模倣物またはポリペプチドである。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００６】
WWドメインに対するリン酸化リガンドまたはリガンド模倣物、またはWWドメイン含有ポリペプチドの活性を調節する方法は、リガンドと相互作用するWWドメインまたはWWドメイン模倣物の提供を含み、リン酸化リガンド、リガンド模倣物、WWドメインポリペプチドまたはWWドメイン模倣物の活性が調節(例えば、阻害または促進)される。活性は、リガンドとWWドメインの間の結合活性；WWドメインポリペプチドの酵素的／調節活性、またはそれらの両方であり得る。具体的な態様において、リガンドの調節ドメインは、WWドメインまたはWWドメイン含有ポリペプチドと相互作用(例えば結合)する。例えば、Pin1のプロリル−ペプチジルcis-transイソメラーゼ活性またはNedd4のユビキチンリガーゼ活性は、WWドメインのリン酸化リガンドへの続く結合を増加できる。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１０】
本発明の更なる態様は、リガンドのWWドメインへの結合のメディエートを含む、WWドメイン含有ポリペプチドのリン酸化リガンドの機能の調節法を包含する。特に本発明により包含されるのは、微小管結合を導くWWドメインのタウへの結合がタウの微小管への結合をもたらす、Pin1のWWドメインのタウのリン酸化スレオニン２３１への結合の促進を含む、アルツハイマー病における過リン酸化タウタンパク質の活性の調節法である。他の本発明の方法は、ジストロフィンのWWドメインとリン酸化リガンドの間の相互作用の調節法に関する。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１３】
本発明はまた、WWドメインポリペプチドのセリン残基のリン酸化を調節することを含む、タンパク質分解の調節法に関する。特に、WWドメイン含有ポリペプチドはユビキチンリガーゼNedd4である。一つの態様において、セリン残基のリン酸化はWWドメイン含有ポリペプチドとリガンドの結合を導き、ポリペプチド分解を開始する。他の態様において、WWドメイン含有ポリペプチドのセリン残基の脱リン酸化は、WWドメイン含有ポリペプチドとリガンドの結合を防止し、したがってポリペプチド分解を防止する。本発明の方法によるタンパク質分解の調節は、細胞生育の調節をもたらすことができる。更に別の態様において、タンパク質分解の調節は細胞生育の調節を導く。特に、ユビキチン経路によるCdc25分解の阻害は、細胞死をもたらす。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１４】
本発明の更に別の態様において、哺乳類にリガンドの調節に有効な一定量のWWドメイン含有ポリペプチドを挿入し、それにより状態を軽減することを含む、状態がWWドメイン含有ポリペプチドに対するリガンドの変化に由来し、リガンドがホスホセリンまたはホスホスレオニンリガンドである、哺乳類におけるWWドメイン含有ポリペプチドメディエート状態の処置法に関する。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１７】
本明細書に記載の本発明は、シグナル伝達または調節タンパク質とそのリン酸化リガンドの間の結合相互作用のような、タンパク質−タンパク質相互作用を調節するための組成物および方法を提供する。本方法は、WWドメイン含有ペプチドとそのリン酸化リガンドの間の相互作用の阻害または促進を可能にする。本明細書に記載の方法は、細胞生育の調節；細胞分解に関するタンパク質の標的化；アルツハイマー病、拳闘家痴呆、ダウン症、パーキンソン病、ピック病のような神経退行性疾患において、タウが微小管に結合し、微小管結合を促進または回復させる機能の回復；WWドメイン含有ポリペプチドとそのリン酸化リガンドの相互作用を変える物質の同定；および哺乳類における疾患状態を処置するための、医薬のWWドメイン含有ポリペプチドのリガンドへの標的化に有用であり得る。本方法は、ホスホセリン／ホスホスレオニン結合モジュール(WWドメイン含有ポリペプチド)とその細胞性リガンドの相互作用への接近の手段を提供する。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１８】
(図面の簡単な説明)
図１は、Pin1 WWドメインのリンタンパク質(pSer)への、リンペプチドによるが、しかし非リン酸化(Ser)またはプロリンリッチ(Pro)ペプチドによるものではない結合の競合のグラフ的提示である。
図２は、選択WWドメインのアミノ酸配列アラインメントである。Pin1／ヒト(配列番号１)；Ess1/S.c.(配列番号２)；Nedd4/マウス(配列番号３)；Dmd/ヒト(配列番号４)；FbpII/マウス(配列番号５)；FE65/ラット(配列番号６)およびYap/マウス（配列番号７)。頭部および底部の線は、そのままのPin1のX線構造要素、および単離YAP WWドメインにおけるNMR構造要素を各々示す。黒色囲中の白文字は、変異がリンタンパク質との相互作用に影響するPin1WWドメインにおける残基を定義する。白色囲中の黒文字は、変異が検出可能に影響しない残基を定義する。配列上の数はヒトPin1配列を参照する。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２２】
本明細書で使用する“WWドメイン含有ポリペプチド”なる用語は、リン酸化リガンドに結合するタンパク質(本明細書ではまたポリペプチドとも言う)を意味する。例えば本発明により包含されるWWドメイン含有ポリペプチドは、Pin1、Nedd4、YAP、FE65、フォーミン結合タンパク質、ジストロフィン、ウトロピン、Ess1p/Ptflp、Rsp5、Pub1、Dodo、Msb1、ORF1、YKB2、DP71、C38D4.5、P9659.21、Yo61、Yfx1、ZK1248.15、KO15c11、CD45AP、FBP11、FBP21、FBP23、FBP28およびFBP30を含む(Rotin, D. Curr. Topics Microbiol. Immunol. 228:115 (1998))。これらのWWドメイン含有タンパク質のヌクレオチドおよびアミノ酸配列に関するデータベースアクセッションナンバーは、既知である(Rotin, D. Curr. Topics Microbiol. Immunol. 228:115 (1998))。発見されるであろう任意のさらなるWWドメイン含有タンパク質が本発明の範囲内であることは理解される。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２３】
本明細書で使用する用語としての“WWドメイン含有ポリペプチド”は、またPin1、Nedd4、YAP、FE65、フォーミン結合タンパク質、ジストロフィン、ウトロピン、Ess1p/Ptflp、Rsp5、Pub1、Dodo、Msb1、ORF1、YKB2、DP71、C38D4.5、P9659.21、Yo61、Yfx1、ZK1248.15、KO15c11、CD45AP、FBP11、FBP21、FBP23、FBP28およびFBP30のような既知のWWドメイン含有ポリペプチドと同一のアミノ酸配列を含む、WWドメインと配列および構造同一性を示すポリペプチドを含み得る。(図６)(例えば、それらの教示の全体を本明細書に包含させる、Hunter, T., et al., WO97/17986 (1997); Rotin, D. Curr. Topics Microbiol. Immunol. 228:115 (1998)参照)。配列同一性は、例えば、Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)(Altshul, S. F., et al., J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990))およびFASTA(Pearson, W. R., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:2444-2448 (1988))アルゴリズムを含む、当分野で既知のデータベースサーチストラテジーを使用して決定できる。一つの態様において、BLASTパラメーターは、それらが、対応する既知のWWドメイン配列と少なくとも約６０％配列同一性、好ましくは少なくとも約７０％配列を有する配列を産生するように設定する。他の対応において、配列同一性パーセントは、少なくとも約８５％、さらに別の態様において少なくとも約９５％である。このような分子はまた本明細書ではWWドメイン模倣分子と呼び、約４０アミノ酸残基の、３重鎖βシートにおける二つの不変のトリプトファン(W)を伴う、高度に保存された領域により特徴付けられている(Sudol, M. Prog. Biophys. Mol. Biol. 65:113 (1996); Rotin, D. Curr. Topics Microbiol. Immunol. 228:115 (1998))。このように、WWドメイン模倣分子は本明細書に記載のWWドメインと構造類似性を有するか、またはコンセンサス配列LxxGWtx6Gtx(Y/F)(Y/F)h(N/D)Hx(T/S)tT(T/S)tWxtPt(配列番号４０)(その教示を本明細書にその全体を引用して包含させるRotin, D., Curr Top. Microbiol. Immunol. 228:115-133 (1998)に記載のように、x＝任意のアミノ酸、t＝ターンライクまたは極性残基、およびh＝疎水性アミノ酸)を含む。例えば、WWドメイン模倣分子のWWドメインはコンセンサス配列LPxGWExxxxxxxGxxYYxNHxTxTxxP(配列番号４０)(x＝任意のアミノ酸)を含むことができる(図６)。WWドメイン模倣分子は、約３８−４０アミノ酸長であり得るか、それらは３８−４０アミノ酸長より短いかまたは長いことがあり得る。WWドメイン模倣分子は、ホスホセリン／ホスホスレオニンリガンドと相互作用でき、またはそれらと結合でき、したがって、リン酸化リガンドの活性を調節する。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２４】
本明細書に記載の分子のWWドメインまたはWWドメイン含有ポリペプチド機能的相当物が、本発明の範囲内であるとまた考える。本明細書に記載の“機能的相当物”なるフレーズは、本明細書に記載のWWドメインまたはWWドメイン含有ポリペプチド(Pin1、Nedd4のような)の相互作用(例えば、結合、酵素活性)を模倣する、または、例えば、Pin1またはNedd4のようなWWドメイン含有ポリペプチドとヌクレオチドまたはアミノ酸配列同一性を示す任意の分子(例えば、ポリペプチドおよびポリペプチドをコードする核酸配列)を意味する。Pin1のヌクレオチドおよび導き出されるアミノ酸は既知である(その教示を全体を本明細書に包含させるHunter, T., et al., WO97/17986 (1997)参照)。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２５】
本発明は、WWドメイン含有ポリペプチドとリン酸化リガンドの結合の調節を含む、タンパク質−タンパク質相互作用のメディエートする方法に関する。例えば、WWドメイン含有タンパク質(例えば、Pin1、Nedd4)はリン酸化リガンド(例えば、Cdc25c、NIMA、タウ、Weel、Myt１)を、リン酸化リガンドの調節ドメインと相互作用することにより調節(例えば結合)できる(図７参照)。リン酸化リガンドの“調節ドメイン”は、例えば有糸分裂および／または細胞死(例えば、アポトーシス)の間の細胞性または生理学的プロセスの間の変化(例えば、リン酸化および／または脱リン酸化状態における変化)に付されるリン酸化リガンドのドメインである。したがって、リン酸化リガンドの“調節ドメイン”は、これらの変化(例えば、リン酸化)に付されるアミノ酸、またはアミノ酸をコードする核酸を意味する。リン酸化リガンドの調節ドメインは、リン酸化リガンドのアミノ末端またはカルボキシ末端であり得る。
【誤訳訂正１３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２７】
リン酸化リガンドの“ドメイン”(例えば、調節または触媒的)は、例えば、調節ドメインまたは触媒的ドメインに関して上記のような、特徴的な物理的、構造的(例えば、アミノ酸、核酸)または機能的(例えば、結合、リン酸化)特性を有するリン酸化リガンドの領域である。本明細書で使用するための、リガンド、およびそれらの調節および触媒的ドメインの核酸およびアミノ酸配列は、例えば、GenBankまたはEMBLのような公的にアクセスできるデータベースにおいて、当業者により容易に確認できる(例えば、Kumagai et al., Science 273:1377-1380 (1996); Izumi, T. et al., Mol. Biol. Cell 6:215 (1995); Ye, X. S. et al., EMBO J. 14:986 (1995); Lu, et al., EMBO J. 13:2103-2113 (1994); Lester, L. B., Recent Prog. Horm Res. 52:409-429 (1997)参照)。リガンドは、ホスホセリン、ホスホスレオニン、またはホスホセリンとホスホスレオニン残基の両方を含むタンパク質、ポリペプチド、ペプチドまたはペプチド模倣物であり得る。リガンドは、WWドメイン含有ポリペプチドの天然リガンド、またはリガンド模倣物であり得る。天然リガンドは、WWドメインに結合することが既知のリン酸化リガンドを言及すると意味する。例えば、Cdc25cはPin1のWWドメインに対する天然リガンドである。リン酸化リガンド模倣物は、合成または天然有機産物であり、WWドメイン含有ポリペプチドの天然リガンドと構造的類似性を共有し、WWドメイン含有ポリペプチドと相互作用し、したがってWWドメイン含有ポリペプチドの活性を調節する、タンパク質、ポリペプチド、ペプチドまたはペプチド模倣物である。リン酸化セリンまたはスレオニン残基に隣接したプロリン残基を有する天然リガンドまたはリガンド模倣物は、WWドメインに結合できる。その教示の全体を本明細書に包含させる、Nguyan, J. T. et al., Science 282:の207-211(1998)の方法にしたがって、天然リガンド中のプロリン残基は、非天然N−置換残基で置換され得、結合親和性が促進されたリガンド模倣物を産生する。
【誤訳訂正１４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２８】
WWドメイン含有ポリペプチドとリン酸化リガンドの間の相互作用は、WWドメインとリン酸化リガンドの間の相互作用(例えば結合)の増加により、またはWWドメインとリン酸化リガンドの間の相互作用(例えば結合)の阻害により調節できる。例えば、Pin1と有糸分裂リンタンパク質の間の結合相互作用は、リン酸化リガンド模倣物により完全に阻害できる。例えば、Pin1の場合、リン酸化ペプチドPintideは、Pin1のWWドメインに対する天然リガンドの結合と競合するリガンド模倣物である(実施例４参照)。競合阻害は、WWドメイン含有ポリペプチドが、その天然リガンドと相互作用するのを競合、変更、または防止するリン酸化リガンド模倣物の能力である。同様に、Pin1のWWドメインとリン酸化リガンドの間の相互作用を、WWドメインおよび標的リガンドにおける特異的アミノ残基のリン酸化により増加できる。用語“調節”は、WWドメイン／リガンド相互作用非存在下におけるWWドメイン含有ポリペプチドの活性より高い（増大または促進または増加活性）または低い（低下または縮小または減少）生物学的活性を意味するためにここで使用する。本明細書で定義のように、WWドメインまたはWWドメイン含有ポリペプチドに関して活性を言及する場合、結合活性(例えば、リガンドと相互作用する能力)または酵素的(例えば、ホスホセリン／スレオニン−プロリン結合を異性体化する能力またはリガーゼ活性)活性または両方である。WWドメインまたはWWドメイン含有ポリペプチドに関して言及する場合、酵素的、触媒的または調節活性は、交換可能に使用される。WWドメインまたはWWドメイン含有ポリペプチドの酵素的、触媒的、または調節活性は、リガンドまたはWWドメイン含有ポリペプチドの活性を制御できる。例えば、Pin1のWWドメインのホスホセリン残基への、PintideまたはCdc25のような有糸分裂細胞抽出物タンパク質への結合は、Pin1のペプチジルプロピルcis-transイソメラーゼ活性(例えば、調節活性)の増加を導く。リンタンパク質またはリンペプチド特性およびWWドメインのリガンドへの結合の親和性は、当分野で既知の結合および調節アッセイを使用して決定でき、インビボ活性は実施例１−１０に記載のように測定できる。例えば、Pin1のインビトロ調節活性は、その教示を本明細書に引用して包含させるLu et al., U.S. Serial No. 60/058,164 (1997)に記載のように測定できる。
【誤訳訂正１５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２９】
本明細書に記載のリガンドの活性は、WWドメインへの結合に続いて調節できる。リガンドの調節は、タンパク質−タンパク質相互作用を調節し、例えば、細胞シグナル伝達経路の活性化または不活性化をもたらす。細胞シグナル伝達経路の活性化または不活性化は、リガンドの生理学的機能の回復を導き得る。特に、Pin1のWWドメインは、過リン酸化タウと相互作用でき、それにより、神経退行性疾患におけるPinの微小管機能および結合を回復させる。タウタンパク質は、アルツハイマー病、大脳皮質基底核変性症、拳闘家痴呆、ダウン症、前頭側頭型痴呆および第１７染色体に関連したパーキンソン病、混乱を伴うプリオン病、進行性核上麻痺、亜急性硬化性汎脳炎を含むいくつかの神経退行性疾患と関連する(Spillantini, M. G., et al., TINS 21:428-432 (1998))。本発明の方法は、これらの神経退行性疾患の処置に使用できる。具体的に、アルツハイマー病において、Pin1のWWドメインの、タウのリン酸化スレオニン２３１への結合が、Pin1がリン酸化タウの機能(例えば、微小管に結合し、微小管結合を促進する)を十分に回復させることを可能にする(実施例１１)。Pin1のWWドメインはまたアミロイド前駆体タンパク質のリン酸化スレオニン６６８に結合し、アミロイド前駆体タンパク質に付随した神経退行性疾患疾患の処置に使用できる。WWドメイン含有ポリペプチドのWWドメインはまたホスホセリンまたはホスホスレオニンリガンドと相互作用(例えば結合)し、それによりWWドメインポリペプチドの立体配置または活性を変える。例えば、Pin1のプロリル−ペプチジルcis-transイソメラーゼ活性は、Cdc25cのようなリン酸化リガンドの結合の結果として変わる(例えば増加する)。このように、WWドメイン含有ポリペプチドの活性はリン酸化リガンドと相互作用(例えば結合)した後、変わる(例えば増加または減少する)ことができる。
【誤訳訂正１６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４３】
本発明はまた、WWドメイン含有ポリペプチドと１個以上の試験物質を接触させる；試験物質とWWドメイン含有ポリペプチドを相互作用に適した条件下に維持する；そして試験物質とWWドメイン含有ポリペプチドの間の相互作用を測定する段階を含む、WWドメイン含有ポリペプチドとリン酸化リガンドの相互作用を調節する物質の同定法を提供する。試験物質とWWドメイン含有ポリペプチドの間の相互作用は、試験物質がWWドメイン含有ポリペプチドとリガンドの間の相互作用を調節することを示す。相互作用は、試験物質の存在下および非存在下に測定できる。１種またはそれ以上の試験物質を同時にまたは連続して評価できる。本発明の方法により同定された試験物質は、変えられたWWドメイン含有ポリペプチド／リガンド相互作用によりもたらされる状態の疾患の処置に使用できる。
【誤訳訂正１７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４７】
本明細書で使用する“阻害剤”なる用語は、リガンドと相互作用するWWドメイン含有ポリペプチド、またはWWドメイン活性またはリガンド活性、または任意のそれらの組合わせを遮断、減少、拮抗、妨害、限定、低下、縮小または干渉する、または、別にそして付加的に、WWドメインポリペプチドとリガンドの結合を妨害しまたは妨げ、それによりWWドメインまたはリガンドが作用するのを防止する物質を意味する。例示の目的で、Pin1の阻害剤はPin1がリン酸化リガンドに結合、またはホスホセリン／ホスホスレオニン−プロリン結合を異性化する能力を減少できる。
【誤訳訂正１８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５３】
本発明の一つの態様において、WWドメイン、WWドメイン含有ポリペプチド、リガンドまたは試験物質は、タンパク質、ポリペプチドおよびペプチドを含む化合物である。本発明のタンパク質、ポリペプチドおよびペプチドは、天然に存在するアミノ酸(例えばL−アミノ酸)、非天然アミノ酸(D−アミノ酸)および、本明細書でペプチドアナログ、誘導体または模倣物と呼ぶ、阻害剤または刺激剤ペプチドを生理学的および生化学的に模倣する小分子を含む(Saragovi, H. U. et al., BioTechnology, 10:773-778 (1992))。本発明のタンパク質、ポリペプチドまたはペプチドは、直鎖造または環状立体配置であり得る。
【誤訳訂正１９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５８】
環状基は、飽和または不飽和であり、不飽和である場合、芳香族または非芳香族であり得る。ヘテロ環式基は、典型的に、１個以上の窒素、酸素および／または硫黄ヘテロ原子を含み、例えば、フラザニル、フリル、イミダゾリジニル、イミダゾリル、イミダゾリニル、イソチアゾリル、イソキサゾリル、モルホリニル(例えばモルホリノ)、オキサゾリル、ピペラジニル(例えば１−ピペラジニル)、ピペリジル(例えば１−ピペリジル、ピペラジノ)、ピラニル、ピラジニル、ピラゾリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリル、ピラダジニル、ピリジル、ピリミジニル、ピロリジニル(例えば、１−ピロリジニル)、ピロリニル、ピロリル、チアジアゾリル、チアゾリル、チエニル、チオモルホリニル(例えばチオホルホリノ)およびトリアゾリルである。ヘテロ環基は、置換または非置換であり得る。基が置換されている場合、置換基はアルキル、アルコキシ、ハロゲン、酸素、または置換または非置換フェニルであり得る(その教示を本明細書に引用して包含させるU.S. Patent No. 5,654,276およびU.S. Patent No. 5,643,873参照)。
【誤訳訂正２０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００６４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００６４】
本明細書で同定したようなWWドメインリガンド相互作用を変える(例えば阻害または刺激)物質の同定は、発癌を導く明確な経路において、および新規、特異的およびより有効な処置レジメの開発に重要であり得る。
【誤訳訂正２１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００６５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００６５】
あるWWドメイン含有ポリペプチドは、シグナル伝達経路の形質転換に重要な役割を担い、例えば、細胞分裂およびアポトーシス(例えばPin1)、およびタンパク質分解(例えばNedd4)をメディエートする。本発明のWWドメインおよび変異体、およびそれらの活性を変える物質は、転移癌における細胞拡散のような事象の評価、干渉および処置に使用できることが本発明の更なる態様である。
【誤訳訂正２２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７０】
上記WWドメイン、リガンド、試験物質、医薬／WWドメイン複合体およびWWドメインと相互作用するように設計された医薬の生理学的に活性な誘導体、アナログまたは模倣物は、有効性分としての有効な量のWWドメイン、リガンド、医薬／ドメイン複合体、または医薬と共に組成物中に製剤できる。このような組成物は薬学的に許容できる担体を含み、本明細書で医薬組成物と呼ぶ。本発明の阻害剤または刺激剤組成物は、静脈内、非経腸的、経口的、経鼻的に、吸入により、インプラントにより、注入によりまたは坐薬により投与できる。投与の形態は、好ましくは標的細胞の位置にである。阻害剤または刺激剤組成物は、１回量、または長期間にわたり、所望の効果を付与するのに充分な量の阻害剤のレベルを達成する１回以上の量で投与できる。
【誤訳訂正２３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７６】
本発明のWWドメインは、WWドメインベクターをコードする１個以上の核酸配列を含むベクターの使用により、細胞に送達できる。本明細書で使用するベクターは、ウイルスおよび非ウイルスベクターを含み得る。非ウイルスベクターの例は、脂質またはリポソームである(その教示を本明細書に引用して包含させるU.S. Patent No. 5,676,954)。あるいは、DNAを細胞に、例えば、(Tyan, E. F., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 90:11478-11482 (1993))に記載のように、遺伝子銃を介して挿入できる。核酸配列をウイルスベクターのゲノムに包含させ得る。インビトロで、本明細書に記載のWWドメイン、またはWWドメインをコードする核酸配列を含むウイルスベクターを細胞と接触させ、感染を起し得る。次いで、細胞を、例えば、インビトロでの非制限的細胞生育の試験のために、使用し、または治療的使用のために患者にインプラントし得る。細胞は、造血細胞のような移動性、または固体腫瘍または繊維芽細胞のような非移動性であり得る。細胞は、患者(例えば、血液、骨髄)から得た生物学的サンプルに存在し得、アルツハイマー病または筋ジストロフィーのような疾患の処置に使用し、または細胞培養から得、細胞増殖、細胞死またはタンパク質分解経路のインビボおよびインビトロシステムでの解析に使用する。WWドメインまたはWWドメインをコードする核酸配列を含むウイルスベクターを接触させた後、当分野で行われている既知の方法にしたがって、サンプルを細胞または患者に戻すかまたは再適用できる。患者または実験動物モデル(例えば、ラット、マウス、サル、チンパンジー)への送達の場合、このような処置法は、ある場合、エキソビボ処置または治療と呼ばれる。しばしば、細胞を患者または動物から標的とし、本発明の活性化変異体を含むウイルスベクターと接触させた後、患者または動物に戻す。エキソビボ遺伝子治療は、例えば、Kasid, et al., Proc. Natl. Acd. Sci. USA 87:473 (1990); Rosenberg, et al., New Engl. J. Med. 323:570 (1990); Williams, et al., Nature 310476 (1984); Dick, et al., Cell 42:71 (1985); Keller, et al., Nature 318:149 (1985)およびAnderson, et al. U.S. Patent No. 5,399,346 (1994)に記載されている。
【誤訳訂正２４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８２】
本発明は、Cdc25のリン酸化形が、Nedd4 WWドメインと特異的に相互作用できることを示す。これらの結果は、ユビキチンリガーゼのWWドメインがpSer含有配列に結合し、リガーゼの触媒的ドメインを標的とし、基質をリン酸化してタンパク質分解を開始させる、新規ユビキチン化機構を証明する。この機構は、有糸分裂の後期の段階でCdc25Cの分解に使用できる(Hein, C. et al., Mol. Micro 18:77-87 (1995); Galan, J. et al., EMBO J 16:5847-5854 (1997); Marchal, C. et al. Mol. Cell Biol 18:314-321 (1998); Nefsky, B. et al., EMBO J 15:1301 (1996))。３つの哺乳類Nedd4様遺伝子が同定されており、各々４つのWWドメインを含む(Rotin, D. Curr Top. Microbiol. Immunol 228:115 (1998); Pirezzi, G. et al., J. Biol. Chem. 272:14611 (1997))。pSer配列に対するNedd4 WWドメインの親和性はPin1 WWドメインよりも高くないが、複数WWドメインが、リガーゼのリン酸化基質に対する親和性を増加させおよび／または酵素を基質の範囲と相互作用させる。
【誤訳訂正２５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８４】
本発明は、WWドメインが非常に制御された新規pSer結合モジュールであることを示す。Pin1のWWドメインのアミノ酸Tyr23およびTrp34は、ホスホセリンまたはホスホスレオニン結合に重要であり、Ser16は触媒的活性の調節に重要である。トリプトファン残基はしばしばpSerのホスフェート基との相互作用のメディエートに使用される(Copley, R. R. et al., J. Mol. Biol. 242:321 (1994))。例えば、pKID/KIX複合体のNMR構造において、相互作用はpKID中のpSerのホスフェート部分とKIXにおけるTyr残基のヒドロキシル基間の水素結合相互作用により安定化される(Radharkrisham, I. et al., Cell 91:741 (1997))。更に、本発明は、Pin1のWWドメインのリガンドへの結合、およびLysではなくTyrと類推されるもののAla置換は、pKIDとKIXの間の相互作用を、LysとpSerの近接にもかかわらず妨害することを示す。したがって、Pin1 WWドメインとリンタンパク質の間の相互作用は、Tyr23のヒドロシル基とpSerのホスフェートの間の水素結合相互作用により安定化され、これらの相互作用は、陰性に荷電したホスフェート基、およびTyr23側鎖との水素結合相互作用のため、Ser16のリン酸化により妨害されるようである。
【誤訳訂正２６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８５】
Pin1 WWドメインの結合および調節に重要な３つのアミノ酸残基(Ser16；Tyr23；Tyr24)は、ジストロフィンにおけるもののような、他のWWドメインのサブセットにも見られる(Rotin, D., Curr. Top. Microbiol. Immunol. 228:115 (1998))。ジストロフィンは、DuchenneおよびBecker筋ジストロフィーを担う遺伝子のタンパク質生産物である。Pin1と同様に、ジストロフィンはまた膜タンパク質のグループに付随する(Bonneman, C. G. et al., Curr. Opin. Pediatr. 8:569); Winder, S. J., J. Muscle Res. Cell. Motil 18:617 (1997))。リン酸化は、ジストロフィン複合体の形成を調節することが示唆されている(Lunse, M. et al., Biochem J. 293:243 (1993); Shemanko, C. S. et al. Mol. Bell Biochem 152:63 (1995))。
【誤訳訂正２７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８６】
PPIaseはPro残基の前のペプチド結合に対する回転を触媒し、それにより基質の立体配置を調節する(Dolinski, K. et al., Proc. Natl. Acad sci: USA 94:13093 (1997))。Pin1は、リン酸化Ser／The-Proペプチド結合の異性体化およびリンタンパク質の調節された活性に必要である、独得なPPIaseである(Schutkowski, M. et al., Biochemistry 37:5566 (1998); Shen, M. et al. Genes & Development 12:706 (1998))。PPIase陰性変異体残基は、Pin1のリンタンパク質に対する親和性を減少させ、PPIase活性がリンタンパク質結合に影響できることを示す。しかし、PPIaseドメインは、WWドメインよりリンペプチドに対して約１０倍低い親和性を有し、PPIaseドメイン単独ではin vitroでタンパク質基質と相互作用できず、またはin vivoでPin1機能を行うことができない。本発明は、PPIaseドメイン単独がリンペプチドに結合でき、またpSer/Thr-Pro特異的PPIaseをインビトロで示すことを示す。これらの結果は、更なるターゲティング機能がPPIaseドメインの特異性の付与に必要であることを示す。興味深いことに、WWドメインはリンペプチドにより高い親和性を示し、直接有糸分裂リンタンパク質と相互作用する。更に、リンタンパク質に結合する能力を妨害されたWWドメイン点変異は、細胞内のPin1機能を無くす。これらの結果は、pSer-Proモチーフにより、WWドメインがターゲティングドメインとして機能し、酵素と基質の間の有効な相互作用を可能にすることを示す。
【誤訳訂正２８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８８】
SH2ドメインは非レセプターチロシンキナーゼによる受動的リン酸化の産生に重要であることは証明されている(Songyang, Z. et al., Nature 373:536 (1995); Mayer, B. J. et al., Curr Biol. 5:296 (1995))。これらのキナーゼのSH2ドメインはそれ自身の触媒ドメインによりリン酸化されたホスホチロシン残基に結合することを選ぶ。得られる基質の高いリン酸化は複数部位である(Songyang, Z. et al., Nature 373:536 (1995); Mayer, B. J. et al., Curr Biol. 5:296 (1995))。WWドメインは、複数部位で有糸分裂キナーゼによりリン酸化されているタンパク質の前進的異性体化を促進できる。前進的異性体化は、Pin1の高親和性WWドメインの、基質タンパク質上のSerリン酸化部位への結合により引金を引かれる。結合したら、高局所濃度が、低親和性触媒的PPIaseドメインに立体的に接近可能な全ての部位の異性体化を駆動する。これは、有糸分裂リンタンパク質の調和した“全か無か”の活性、続く連続有糸分裂事象を産生する手段を提供する。
【誤訳訂正２９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００９２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００９２】
NEDD WWドメイン
NEDD4ならびにその酵母ホモログRsp5およびPub1は３個または４個のWWドメインを含むユビキチンタンパク質リガーゼである(Rotin, D. Curr. Top Microbil.. 228:115-133 (1998))。Nedd4酵母ホモログは、典型的Proリッチモチーフを含まないリンタンパク質ウラシルパーミアーゼおよび、Cdc25Cをユビキチン化する(Hein, C., et al., Mol. Micro. 18:77-87 (1995))(Rotin, D. Curr. Top Microbil.. 228:115-133 (1998))。Pin1 WWドメインと対照的に、Nedd4 WWドメイン−２は、HeLa細胞抽出物とのGSTプルダウン実験においてわずかなMPM-2抗原にしか結合しなかった。他のリンタンパク質との相互作用を検出するために、Nedd4 WWドメイン−１および−２を使用して、３２Pまたは３５S標識細胞融解物と結合させた。HeLa細胞を、記載のように、一晩３２Pオルトホスフェートまたは３５SMetで標識した(Lu, K. P., et al., J. Biol Chem. 268:8769 (1993))。細胞を、ホスファターゼ阻害剤有りまたは無しの融解緩衝液に融解した(４０mMリン酸グリセロール、５０mM  NaF、１０mM  NaVO４および２μMオカダ酸)(Shen, M. et al., Genes & Dev. 12:706 (1998))。脱リン酸化実験のために、先に記載のように、３個のSerホスファターゼ’(CIP、PP1およびPP2A)を融解物に３０分、３０℃で、ホスファターゼ阻害剤の非存在下または存在下添加した(Lu, K. P., et al., J. Biol. Chem 268:8769 (1993))。
【誤訳訂正３０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００９３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００９３】
コントロールGSTは、数個のマイナー標識したタンパク質にした結合せず、一方Nedd4 WWドメインは標識融解物からのタンパク質の同様のサブセットに結合した。細胞融解物をSerホスファターゼと前処理したとき、WWドメインが殆どの細胞性タンパク質に結合する能力は、約１０倍減少した。結合は、リン酸阻害剤を包含させた場合、コントロールで観察されるもののほぼ半分まで回復した。同様の結果が、Pin1またはジストロフィンWWドメインとの間で観察されたが、リンタンパク質の異なるサブセットでは観察されなかった。これらの結果は、異なるWWドメインがリン酸化依存的方法で、異なるリンタンパク質のサブセットと相互作用することを示す。
【誤訳訂正３１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００９５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００９５】
実施例２
リガンドのリン酸化に依存したWWドメイン結合およびリン酸化リガンドの脱リン酸化からの保護
Pin1のWWドメインと特異的リン酸化リガンドの間の相互作用を試験した。リン酸化依存的相互作用を検出するために、Cdc25C、Plk1およびPin1リガンドをインビトロ転写および３５SMetの存在下での翻訳により合成し、Xenopus中間期または有糸分裂抽出物とインキュベートするか、または有糸分裂抽出物とインキュベートし、続いてウシ腸ホスファターゼで処理した(M＋CIP)。タンパク質複合体をSDSゲルで、直接(インプット)、または最初にN末端WWドメイン(アミノ酸１−５４)またはC末端PPIaseドメイン(アミノ酸４７−１６３)または全Pin1タンパク質でのGSTプルダウンに付して分離した(Shen, M. et al., Genes & Dev 12:706 (1998))。標識タンパク質−GSTビーズ複合体を徹底的に洗浄し、結合タンパク質を、標準法を使用してSDS−PAGEおよびオートラジオグラフィーで分析した。
【誤訳訂正３２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００９６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００９６】
WWドメイン結合がその標的の脱リン酸化を保護するかを測定するために、３５S標識(His)６エピトープ標識Cdc25Cを有し分裂抽出物によりリン酸化し、GST融合タンパク質ビーズまたはNi−NTAビーズにより沈殿させた。単離したCdc25Cを、次いでコントロール緩衝液またはCIPとインキュベートし、続いてSDS含有ゲルおよびオートラジオグラフィーで分離した。
【誤訳訂正３３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１０２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１０２】
PintideはPin1およびそのWWドメインがリンペプチドMPM２抗原と結合するのを、同様の親和性で防止した(Pin1＋pSer；WW＋Pser;図１)。有意な競合が５０μMで検出され、完全な競合が２５０−５００μMで観察された(図１)。PintideとWWドメインリンペプチド結合の間の競合は、漸増濃度のプロリンリッチペプチド(WW＋Pro  図１)または非リン酸化ペプチド(Pin1＋Ser；WW＋Ser；図１)で観察されなかった。これらの結果は、Pintideのような小ホスホセリン含有ペプチドが、プロリンリッチではなくリンタンパク質と、Pin1またはそのWWドメインへの結合において、リン酸化依存的方法で競合できることを証明する。
【誤訳訂正３４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１０４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１０４】
Pintideおよびその非リン酸化相同物を合成し、確立された方法を使用して、GST−Pin1またはPin1のGST−WWドメインと、結合緩衝液中でインキュベートした(Shen, M. et al., Genes & Dev 12:706 (1998))。１時間のインキュベーション後、有糸分裂HeLa細胞抽出物を添加し、GSTプルダウン実験に付し、続いてMPM-2抗体を使用した免疫ブロッティング分析に付した。半定量的データを得るために、免疫ブロットのフィルムを、主要Pin1結合タンパク質である５５Kdaの領域でスキャンし、データをImageQuan(ScanJetII CX)を使用して分析した。ペプチド結合定数を蛍光分極アッセイを使用して測定した(Jiskoot, W. et al., Anal Biochem 196:421 (1991))。ペプチドをFluorescein Amine Labeling Lit(Pan Vera Corp.)を使用してN末端でフルオレッセイン標識し、製造者の指示にしたがってTLCで精製した。非特異的標識を防止するために、Pintideアナログ(WFYpSPFLE、配列番号８)および非リン酸化コントロールを使用した。種々の濃度のPin1および変異タンパク質を０.１μMの標識ペプチドと、５０mM  HEPES、pH７.４、１００mM  NaCl、２％グリセロール含有結合緩衝液中でインキュベートした。蛍光分極値を、Pan Vera Beacon 2000システムを、製造者により記載のように使用して得た。
【誤訳訂正３５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１０８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１０８】
実施例６
WWドメイン変異体はリンタンパク質結合に影響を及ぼす
WWドメイン結合特異性の構造的基礎を決定するために、部位特異的変異誘発、続いて分子モデリングをPin1結晶構造に基づいて実施した(Macias, M. J. et al., Nature 382: 646(1996); Ranganathan, R. et al., Cell 89: 875(1997))。Pin1のWWドメインではなく、PPIaseドメインは、活性部位に保存された基本区画を有し、ホスセリンの認識にとって重要である(Yaffe, M. B. et al., Science 278: 1957(1997); Schutkowski, M. et al., Biochemistry 37: 5566(1998))。WWドメインは、疎水性のクレフトを有する。分子の表面の疎水性パッチはタンパク質タンパク質相互作用表面をしばしば示唆している(Janin, J. et al., J. Biol. Chem. 265: 16027(1990); Clackson, T. et al., Science 267:383(1995); Young, L. et al., Protein Sci. 3:717(1994))。Pin1のWWドメインにおける疎水性クラスターは、PEG分子を封さし、それは、それぞれ逆平行βシートの３個の異なる鎖に位置するSer−１６、Tyr−２３およびTrp−３４と密な接触を形成する(図２)(Macias, M. J. et al., Nature 382: 646(1996); Ranganathan, R. et al., Cell 89:875(1997))。
【誤訳訂正３６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１１８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１１８】
インビボの３２Pラベルの実験によれば、細胞がG１／S境界で停止したとき、SDSゲル上で単一のゆっくり移動する種類のものをおもに示し、Pin1が過リン酸化された(hyperphosphorylated)ことを示している。細胞が有糸分裂で停止されたとき、Pin1は脱リン酸化した。これは、SDSゲル上で急速に移動するPin1の低分子量の種類のものの出現によって指摘される。細胞周期中のPin1脱リン酸化の動態をさらに決定するために、HeLa細胞溶解物を、G１／S停止からの開放の後の様々な時期に収集し、実施例２に記載のように、高分解能SDS−PAGE、続いてPin1抗体を使用するイムノブロッティング分析に付した。前記のように(Shen, M. et al., Genes & Dev 12: 706(1998))、総Pin1レベルは、細胞周期中に変動しなかった。しかし、Pin1の２個の異なる分子量形態が検出された。より急速に移動する、Pin1の低分子量形態は、細胞周期依存性であり、細胞が有糸分裂を進行しているときまたはノコダゾールによって有糸分裂で停止したときにのみ現れた。これらの動態データは、Pin1のリンタンパク質を結合する能力と強く相関していた(Shen, M et al., Genes & Dev 12: 706(1998))。これらの結果は、Pin1の急速に移動する種類のものの出現がPin1の脱リン酸化した形態であり、Pin1が細胞周期調節された方法によってリン酸化されることを示している。リン酸化は、Pin1のホスホセリンリガンドとの相互作用を防止する。
【誤訳訂正３７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１２９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１２９】
プロリンの前にあるセリンまたはスレオニン(Ser／Thr−Pro)のリン酸化は、プロリル異性化率を変化させ、プロリルイソメラーゼPin1の結合部位を作成する(Lu, K.P. et al., Nature 380: 544-547 (1996); Yaffe, M.B. et al., Science 278 1957-1960 (1997); Shen, M. et al., Genes Dev 12: 706-720 (1998); Schutkowski, M. et al., Biochemistry 37: 5566-5575 (1998); Crenshaw, D.G. et al., S. Embo J 17. 1315-1327 (1998))。Pin1は、特異的にリン酸化Ser／Thr−Pro結合を異性化し、幾つかの有糸分裂リンタンパク質の機能を調節する(Lu, K.P. et al., Nature 380: 544-547 (1996); Yaffe, M.B. et al., Science 278: 1957-1960 (1997); Shen, M. et al., Genes Dev, 12: 706-720 (1998))。
【誤訳訂正３８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】図面の簡単な説明
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【図面の簡単な説明】
【図１】  Pin1 WWドメインのリンタンパク質(pSer)への、リンペプチドによるが、しかし非リン酸化(Ser)またはプロリンリッチ(Pro)ペプチドによるものではない結合の競合のグラフ的提示である。
【図２】  選択WWドメインのアミノ酸配列アラインメントである。Pin1／ヒト(配列番号１)；Ess1/S.c.(配列番号２)；Nedd4/マウス(配列番号３)；Dmd/ヒト(配列番号４)；FbpII/マウス(配列番号５)；FE65/ラット(配列番号６)およびYap/マウス（配列番号７)。頭部および底部の線は、そのままのPin1のX線構造要素、および単離YAP WWドメインにおけるNMR構造要素を各々示す。黒色囲中の白文字は、変異がリンタンパク質との相互作用に影響するPin1WWドメインにおける残基を定義する。白色囲中の黒文字は、変異が検出可能に影響しない残基を定義する。配列上の数はヒトPin1配列を参照する。
【図３】  YEPベクターにおいてPin1またはその変異cDNAで置換された、十分に機能化されたPTF１ゲノムフラグメントを記載する。HAタグをN末端に添加し、タンパク質発現を検出した。
【図４】  図４Aは、Pin1抗体(Pin1 Ab)を使用した酵素結合免疫収着検定法により検出したPin1のタウペプチドへの結合親和性のグラフ的提示である。図４Bは、Pin1とリン酸化(pT231)または非リン酸化(T231)タウペプチドの結合親和性のグラフ的提示である。
【図５】  図５Aは、タウ誘導チューブリン結合に影響するPin1の無能のグラフ的提示である。図５Bは、リン酸化タウ(pTau)の、Pin1Y２３A変異体存在下ではなく、Pin1存在下での、微小管結合の能力のグラフ的提示である。
【図６】  ６番目のアミノ酸から始まるPin1のWWドメイン／ヒト(配列番号３３)；ESS1/9C(配列番号３４)；Yap/ヒト(配列番号３５)；Nedd4/マウス(配列番号３６)；RSPS/9C(配列番号３７)；Dmd/ヒト(配列番号３８)；FE65/ラット(配列番号３９)およびコンセンサス(配列番号４２)のアミノ酸配列を示す。
【図７】  リン酸化リガンドの調節ドメインとの相互作用による、タンパク質−タンパク質相互作用のWWドメイン調節を記載する。