【手続補正書】
【提出日】平成19年1月10日(2007.1.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
乳癌患者の、乳癌の再発がない長期生存の可能性の予測を補助する方法であって、該方法は、該患者より得られた乳癌組織サンプルにおける１つ以上の予後診断用ＲＮＡ転写物もしくはそれらの発現産物の発現レベルであって、該乳癌組織サンプルにおける全てのＲＮＡ転写物もしくはそれらの発現産物の発現レベルに対して、またはＲＮＡ転写物もしくはそれらの発現産物の基準セットの発現レベルに対して正規化される、発現レベルを決定する工程を包含し、ここで、該予後診断用ＲＮＡ転写物は：
【化１】
2006516897.tif 000001
からなる群より選択される１つ以上の遺伝子の転写物であり、
ここで：
【化２】
2006516897.tif 000002
のうちの１つ以上の発現は、乳癌の再発がない長期生存の可能性の減少を示し、そして：
【化３】
2006516897.tif 000003
のうちの１つ以上の発現は、乳癌の再発がない長期生存の可能性の増加を示す、方法。
【請求項２】
少なくとも２つの前記予後診断用ＲＮＡ転写物またはそれらの発現産物の発現レベルを決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも５つの前記予後診断用ＲＮＡ転写物またはそれらの発現産物の発現レベルを決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１０個の前記予後診断用ＲＮＡ転写物またはそれらの発現産物の発現レベルを決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
少なくとも１５個の前記予後診断用転写物またはそれらの発現産物の発現レベルを決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記乳癌が、浸潤性乳癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記１つ以上の予後診断用ＲＮＡ転写物の発現レベルが決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記ＲＮＡが、前記患者の、固定蝋包埋乳癌組織検体から単離される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記ＲＮＡが、コア生検組織または細針吸引細胞から単離される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
アレイであって、以下の遺伝子：
【化４】
2006516897.tif 000004
のうちの２つ以上にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、アレイ。
【請求項１１】
前記遺伝子のうちの少なくとも３つにハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項１０に記載のアレイ。
【請求項１２】
前記遺伝子のうちの少なくとも５つにハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項１０に記載のアレイ。
【請求項１３】
前記遺伝子のうちの少なくとも１０個にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、請求項１０に記載のアレイ。
【請求項１４】
請求項１０に記載のアレイであって、以下の遺伝子：
【化５】
2006516897.tif 000005
にハイブリダイズするポリヌクレオチドを含む、アレイ。
【請求項１５】
前記ポリヌクレオチドが、ｃＤＮＡである、請求項１０または請求項１４に記載のアレイ。
【請求項１６】
前記ｃＤＮＡが、約５００塩基長〜約５０００塩基長である、請求項１５に記載のアレイ。
【請求項１７】
前記ポリヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドである、請求項１０または請求項１４に記載のアレイ。
【請求項１８】
前記オリゴヌクレオチドが、約２０塩基長〜約８０塩基長である、請求項１７に記載のアレイ。
【請求項１９】
固体表面が、ガラスである、請求項１０または請求項１４に記載のアレイ。
【請求項２０】
約３３０，０００個のオリゴヌクレオチドを含む、請求項１９に記載のアレイ。
【請求項２１】
浸潤性乳癌と診断された患者の、乳癌の再発がない長期生存の可能性の予測を補助する方法であって、以下の工程：
（１）該患者より得られた乳癌組織サンプルにおける、以下：
【化６−１】
2006516897.tif 000006
【化６−２】
2006516897.tif 000007
からなる群より選択される遺伝子もしくは遺伝子セットのＲＮＡ転写物もしくは発現産物の発現レベルであって、該乳癌組織サンプルにおける全てのＲＮＡ転写物もしくはそれらの発現産物の発現レベルに対して、またはＲＮＡ転写物もしくはそれらの発現産物の基準セットの発現レベルに対して正規化される、発現レベルを決定する工程；
（２）工程（１）において得られたデータを統計学的分析に供する工程；ならびに
（３）該長期生存の可能性が、増加したかまたは減少したかを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２２】
エストロゲンレセプター（ＥＲ）陽性浸潤性乳癌と診断された患者の、乳癌の再発がない長期生存の可能性の予測を補助する方法であって、以下の工程：
（１）以下：
【化７】
2006516897.tif 000008
からなる群より選択される遺伝子セットの遺伝子のＲＮＡ転写物もしくは発現産物の発現レベルを決定する工程であって、ここで、ＥＲ陽性癌における以下の遺伝子：
【化８】
2006516897.tif 000009
の発現は、手術後の癌の再発がない生存の可能性の減少を示し、そして、以下の遺伝子：
【化９】
2006516897.tif 000010
の発現は、手術後の癌の再発がない生存についてのより良い予後診断用を示す、工程；
（２）工程（１）において得られたデータを統計学的分析に供する工程；ならびに
（３）該長期生存の可能性が、増加したかまたは減少したかを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２３】
前記統計学的分析が、コックス比例ハザードモデルを使用して行われる、請求項２１または請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
エストロゲンレセプター（ＥＲ）陰性浸潤性乳癌と診断された患者の、乳癌の再発がない長期生存の可能性の予測を補助を予測する方法であって、以下の遺伝子セット：
【化１０−１】
2006516897.tif 000011
の遺伝子のＲＮＡ転写物もしくは発現産物の発現レベルを決定する工程であって、ここで、以下の遺伝子：
【化１０−２】
2006516897.tif 000012
の発現は、癌の再発がない生存の可能性の減少を示し、そして以下の遺伝子：
【化１０−３】
2006516897.tif 000013
の発現が、癌の再発がない生存についてのより良い予後を示す、工程を包含する、方法。
【請求項２５】
患者についての個人化ゲノムプロファイルを作成する方法であって、以下の工程：
（ａ）該患者より得られた乳房組織から抽出されたＲＮＡを遺伝子発現分析に供する工程；
（ｂ）表１〜表５のいずれか１つに列挙される乳癌遺伝子セットから選択される１つ以上の遺伝子の発現レベルを決定する工程であって、ここで、該発現レベルは、制御遺伝子に対して正規化され、必要に応じて、乳癌基準組織セットにおいて見出される量と比較される、工程；および
（ｃ）該遺伝子発現分析によって得られたデータを要約する報告書を作成する工程、
を包含する、方法。
【請求項２６】
前記乳房組織が、乳癌細胞を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記乳房組織が、固定パラフィン包埋生検サンプルから得られる、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記ＲＮＡが、フラグメント化される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記報告書が、前記患者の長期生存の可能性の予測を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項３０】
前記報告書が、前記患者の処置様式についての推奨を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項３１】
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による表５Ａおよび表５Ｂに列挙される遺伝子の増幅のための方法であって、表５Ａおよび表５Ｂに列挙されるアンプリコンならびに表６Ａ〜表６Ｆに列挙されるプライマー−プローブのセットを使用することによって、該ＰＣＲを行う工程を包含する、方法。
【請求項３２】
表５Ａおよび表５Ｂに列挙される、ＰＣＲアンプリコン。
【請求項３３】
表６Ａ〜表６Ｆに列挙される、ＰＣＲプライマー−プローブのセット。
【請求項３４】
予後診断方法であって、以下：
（ａ）患者より得られた乳癌細胞を含むサンプルを、以下：
【化１１】
2006516897.tif 000014
からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子のＲＮＡ転写物またはそれらの産物の発現レベルの定量分析に供する工程、および
（ｂ）該遺伝子またはそれらの産物の正規化された発現レベルが規定の発現閾値より上に上昇する場合、乳癌の再発がない長期生存の可能性の減少を有する可能性が高いと該患者を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項３５】
予後診断方法であって、以下：
（ａ）患者より得られた乳癌細胞を含むサンプルを、以下：
【化１２】
2006516897.tif 000015
からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子のＲＮＡ転写物の発現レベルの定量分析に供する工程、および
（ｂ）該遺伝子またはそれらの産物の正規化された発現レベルが規定の発現閾値より上に上昇する場合、乳癌の再発がない長期生存の可能性の増加を有する可能性が高いと該患者を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項３６】
前記遺伝子のＲＮＡ転写物のレベルが、２つ以上のハウスキーピング遺伝子のＲＮＡ転写物または産物の平均レベルと比較して正規化される、請求項１に記載の方法。
【請求項３７】
前記ハウスキーピング遺伝子が、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）、Ｃｙｐ１、アルブミン、アクチン、チューブリン、シクロフィリンヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＲＰＴ）、Ｌ３２、２８Ｓ、および１８Ｓからなる群より選択される、請求項３４または請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記サンプルが、検出限界の上に存在する全ての遺伝子の包括的遺伝子発現分析に供される、請求項３４または請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
前記遺伝子のＲＮＡ転写物のレベルが、アッセイされた遺伝子の全てまたはその一部のＲＮＡ転写物または産物の平均シグナルと比較して正規化される、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
前記ＲＮＡ転写物のレベルが、定量ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）によって決定され、そして前記シグナルが、Ｃｔ値である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
前記アッセイされた遺伝子が、少なくとも５０の癌関連遺伝子を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記アッセイされた遺伝子が、少なくとも１００の癌関連遺伝子を含む、請求項３９に記載の方法
【請求項４３】
前記患者が、ヒトである、請求項３４または請求項３５に記載の方法。
【請求項４４】
前記サンプルが、固定パラフィン包埋組織（ＦＰＥＴ）サンプルであるか、または新鮮組織サンプルもしくは凍結組織サンプルである、請求項４２に記載の方法。
【請求項４５】
前記サンプルが、細針生検、コア生検、または他の型の生検由来の組織サンプルである、請求項４２に記載の方法。
【請求項４６】
前記定量分析が、ｑＲＴ−ＰＣＲによって行われる、請求項４２に記載の方法。
【請求項４７】
前記定量分析が、前記遺伝子産物を定量することによって行われる、請求項４２に記載の方法。
【請求項４８】
前記産物が、免疫組織化学またはプロテオミクス技術によって定量される、請求項４５に記載の方法。
【請求項４９】
前記患者が、乳癌の再発がない長期生存の可能性の減少を有することを示す報告書を作成する工程をさらに包含する、請求項３４に記載の方法。
【請求項５０】
前記患者が乳癌の再発がない長期生存の可能性の増加を有することを示す、報告書を作成する工程をさらに包含する、請求項３５に記載の方法。
【請求項５１】
キットであって、請求項１、３４および３５のいずれか１項に記載の方法を行うのに適切な、（１）抽出用緩衝液／試薬およびプロトコル；（２）逆転写用緩衝液／試薬およびプロトコル；ならびに（３）ｑＰＣＲ用緩衝液／試薬およびプロトコル、のうちの１つ以上を備える、キット。
【請求項５２】
浸潤性乳癌と診断された患者の、乳癌の再発がない長期生存の可能性を予測するためのシステムであって、以下：
（１）該患者より得られた乳癌組織サンプルにおける、以下：
【化１３−１】
2006516897.tif 000016
【化１３−２】
2006516897.tif 000017
からなる群より選択される遺伝子もしくは遺伝子セットのＲＮＡ転写物もしくは発現産物の発現レベルであって、該乳癌組織サンプルにおける全てのＲＮＡ転写物もしくはそれらの発現産物の発現レベルに対して、またはＲＮＡ転写物もしくはそれらの発現産物の基準セットの発現レベルに対して正規化される、発現レベルを決定するための手段；
（２）工程（１）において得られたデータを統計学的分析に供するための手段；ならびに
（３）該長期生存の可能性が、増加したかまたは減少したかを決定するための手段、
を備える、システム。
【請求項５３】
エストロゲンレセプター（ＥＲ）陽性浸潤性乳癌と診断された患者の、乳癌の再発がない長期生存の可能性を予測するためのシステムであって、以下：
（１）以下：
【化１４】
2006516897.tif 000018
からなる群より選択される遺伝子セットの遺伝子のＲＮＡ転写物もしくは発現産物の発現レベルを決定するための手段であって、ここで、ＥＲ陽性癌における以下の遺伝子：
【化１５】
2006516897.tif 000019
の発現は、手術後の癌の再発がない生存の可能性の減少を示し、そして、以下の遺伝子：
【化１６】
2006516897.tif 000020
の発現は、手術後の癌の再発がない生存についてのより良い予後診断用を示す、手段；
（２）工程（１）において得られたデータを統計学的分析に供するための手段；ならびに
（３）該長期生存の可能性が、増加したかまたは減少したかを決定するための手段、
を備える、システム。
【請求項５４】
エストロゲンレセプター（ＥＲ）陰性浸潤性乳癌と診断された患者の、乳癌の再発がない長期生存の可能性を予測するためのシステムであって、以下の遺伝子セット：
【化１７−１】
2006516897.tif 000021
の遺伝子のＲＮＡ転写物もしくは発現産物の発現レベルを決定するための手段であって、ここで、以下の遺伝子：
【化１７−２】
2006516897.tif 000022
の発現は、癌の再発がない生存の可能性の減少を示し、そして以下の遺伝子：
【化１７−３】
2006516897.tif 000023
の発現が、癌の再発がない生存についてのより良い予後を示す、手段を備える、システム。
【請求項５５】
患者についての個人化ゲノムプロファイルを作成するためのシステムであって、以下：
（ａ）該患者より得られた乳房組織から抽出されたＲＮＡを遺伝子発現分析に供するための手段；
（ｂ）表１〜表５のいずれか１つに列挙される乳癌遺伝子セットから選択される１つ以上の遺伝子の発現レベルを決定するための手段であって、ここで、該発現レベルは、制御遺伝子に対して正規化され、必要に応じて、乳癌基準組織セットにおいて見出される量と比較される、手段；および
（ｃ）該遺伝子発現分析によって得られたデータを要約する報告書を作成するための手段、
を備える、システム。