【手続補正書】
【提出日】平成18年12月26日(2006.12.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーを検出するためのオリゴヌクレオチドにおいて、位置23での残基がN6−メチル−デオキシアデノシンであり、そして位置24での残基がN6−tert−ブチル−ベンジル−デオキシアデノシンである配列番号８のオリゴヌクレオチド又はその相補体。
【請求項２】
配列番号９又はその相補体の核酸にハイブリダイズする核酸を含んで成る日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーを検出するためのオリゴヌクレオチド。
【請求項３】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号10又はその相補体の少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含んで成る請求項２記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号15もしくは74、又はその相補体を含んで成る請求項３記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項５】
配列番号15又は74の位置24での残基がN6−アルキル−デオキシアデノシンである請求項４記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項６】
配列番号15又は74の位置24での残基がN6−tert−ブチル−ベンジル−デオキシアデノシンである請求項５記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項７】
配列番号29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39及び40から成る群から選択された配列を含んで成るオリゴヌクレオチド。
【請求項８】
配列番号29又はその相補体、配列番号30又はその相補体、配列番号31又はその相補体、配列番号32又はその相補体、配列番号33又はその相補体、配列番号34又はその相補体、配列番号35又はその相補体、配列番号36又はその相補体、配列番号37又はその相補体、配列番号38又はその相補体、配列番号39又はその相補体、又は配列番号40又はその相補体にハイブリダイズする少なくとも10個の連続したヌクレオチドの配列を含んで成るオリゴヌクレオチド。
【請求項９】
配列番号41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54及び55から成る群から選択された配列を含んで成るオリゴヌクレオチド。
【請求項１０】
配列番号56、57、58、59、60、61、62及び63から成る群から選択された配列を含んで成るオリゴヌクレオチド。
【請求項１１】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号68、又は配列番号69の相補体にハイブリダイズする請求項８記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１２】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号64、65、66及び67から成る群から選択される配列を含んで成る請求項11記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１３】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号64、65、66及び67から成る群から選択される請求項12記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１４】
請求項１〜13のいずれか１項記載のオリゴヌクレオチドを含んで成る反応混合物。
【請求項１５】
前記反応混合物が、DNAポリメラーゼを含んで成る請求項14記載の反応混合物。
【請求項１６】
配列番号16又はその相補体の核酸にハイブリダイズする核酸を含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号17又はその相補体の少なくとも20個の連続ヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号２、９及び17、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド；或いは配列番号８、15、25及び74、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを更に含んでなる、請求項14又は15に記載の混合物。
【請求項１７】
配列番号29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39及び40から成る群から選択された配列を含んで成るオリゴヌクレオチドを含んで成るベクター。
【請求項１８】
日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸の検出のためのキットであって、
ａ）請求項１に記載の第１核酸プライマー：
ｂ）請求項２〜６のいずれか１項記載の第２核酸プライマー；及び
ｃ）配列番号16又はその相補体の核酸にハイブリダイズする核酸を含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号17又はその相補体の少なくとも20個の連続ヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号２、９及び17、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド；或いは配列番号８、15、25及び74、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド、である核酸プローブ；
を含んで成るキット。
【請求項１９】
−請求項７又は８記載のオリゴヌクレオチド、及び
−核酸の増幅のために有用な試薬を、少なくとも１つの容器に含む、フラビウィルスの核酸の増幅のためのキット。
【請求項２０】
−請求項７又は８記載のオリゴヌクレオチド、及び
−オリゴヌクレオチド、及び前記核酸により形成されるハイブリッドの検出のために有用な試薬を、少なくとも１つの容器に含む、フラビウィルスの核酸の増幅のためのキット。
【請求項２１】
請求項８〜11のいずれか１項記載のオリゴヌクレオチドを含んで成る、セントルイス脳炎ウィルスの検出のためのキット。
【請求項２２】
請求項８〜11のいずれか１項記載のオリゴヌクレオチドを含んで成る、黄熱病ウィルスの検出のためのキット。
【請求項２３】
請求項８〜11のいずれか１項記載のオリゴヌクレオチドを含んで成る、デング熱ウィルスの検出のためのキット。
【請求項２４】
日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸の検出方法であって、
ａ）サンプルと、
−配列番号16又はその相補体の核酸にハイブリダイズする核酸を含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号17又はその相補体の少なくとも20個の連続ヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号２、９及び17、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド；或いは配列番号８、15、25及び74、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである、検出できるようラベルされた核酸プローブ、
−請求項１〜６のいずれか１項記載のプライマー、及び
−5’→3’エキソヌクレアーゼ活性を有する鋳型−依存性核酸ポリメラーゼとを、前記鋳型−依存性核酸ポリメラーゼによる、検出できるようラベルされた核酸プローブの断片化を可能にする条件下で接触せしめ；そして
ｂ）日本脳炎血清グループのメンバーの核酸の存在を示す前記検出できるようなラベルされた核酸プローブの断片化を検出することを含んで成る方法。
【請求項２５】
前記検出できるようラベルされたプローブが、蛍光成分を含んで成る請求項24記載の方法。
【請求項２６】
前記検出できるようラベルされたプローブがさらに、消光剤を含んで成る請求項25記載の方法。
【請求項２７】
日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸が、請求項１〜６のいずれか１項記載の少なくとも１つのプライマー、又は配列番号２、９及び17、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドのプライマーを用いて増幅される請求項24記載の方法。
【請求項２８】
フラビウィルスの核酸の増幅方法であって、請求項１〜13のいずれか１項記載の少なくとも１つのオリゴヌクレオチドが、鋳型としてフラビウィルスの核酸を用いて延長される方法。
【請求項２９】
サンプル中の日本脳炎ウィルス血清グループのメンバー又はデング熱ウィルス、黄熱病ウィルス、モンタナ筋炎白質脳炎ウィルス、又はモドックウィルスの核酸の検出方法であって、
ａ）前記サンプルと、請求項１〜13のいずれか１項記載の核酸プローブ、或いは配列番号16又はその相補体の核酸にハイブリダイズする核酸を含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号17又はその相補体の少なくとも20個の連続ヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号２、９及び17、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド；或いは配列番号８、15、25及び74、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであるプローブとを接触せしめ；そして
ｂ）日本脳炎ウィルス血清グループのメンバー又はデング熱ウィルス、黄熱病ウィルス、モンタナ筋炎白質脳炎ウィルス、又はモドックウィルスの核酸への前記核酸プローブのハイブリダイゼーションを検出し、それにより、日本脳炎ウィルス血清グループのメンバー又はデング熱ウィルス、黄熱病ウィルス、モンタナ筋炎白質脳炎ウィルス、又はモドックウィルスの核酸の存在を検出することを含んで成る方法。
【請求項３０】
サンプル中の日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸の検出方法であって、
ａ）前記日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸を、請求項１〜９のいずれか１項記載の核酸グローブ、又は配列番号16又はその相補体の核酸にハイブリダイズする核酸を含んで成るオリゴヌクレオチド又は配列番号17又はその相補体の少なくとも20個の連続ヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチドのプローブ、及び5’→3’エキソヌクレアーゼ活性を有する鋳型−依存性DNAポリメラーゼの存在下で増幅し；そして
ｂ）前記プローブの断片化を検出し、それにより、前記日本脳炎ウィルス血清のグループのメンバーの核酸の存在を検出することを含んで成る方法。
【請求項３１】
日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸の検出方法であって、
ａ）サンプルと、固体支持体に共有結合される、請求項１〜９のいずれか１項記載の核酸プライマー又はプローブ、或いは配列番号16又はその相補体の核酸にハイブリダイズする核酸を含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号17又はその相補体の少なくとも20個の連続ヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号２、９及び17、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド；或いは配列番号８、15、25及び74、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであるプライマー又はプローブとを、日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸による前記核酸プライマー又はプローブのハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、接触せしめ；
ｂ）前記固体支持体に共有結合される同じプライマー又はプローブではない、請求項１〜９のいずれか１項記載の検出できるようラベルされたプライマー又はプローブ、或いは配列番号16又はその相補体の核酸にハイブリダイズする核酸を含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号17又はその相補体の少なくとも20個の連続ヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号２、９及び17、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド；或いは配列番号８、15、25及び74、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであるプライマー又はプローブと接触せしめ；そして
ｃ）前記日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸への前記検出できるようラベルされたプライマー又はプローブのハイブリダイゼーションを検出することにより、日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸を検出することを含んで成る方法。
【請求項３２】
サンプル中の日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸の量を定量化するための方法であって、
ａ）日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーを検出するために、サンプルと、配列番号16又はその相補体の核酸にハイブリダイズする核酸を含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号17又はその相補体の少なくとも20個の連続ヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号２、９及び17、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド；或いは配列番号８、15、25及び74、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである蛍光ラベルされた核酸プローブ、及び5’→3’エキソヌクレアーゼ活性を有する鋳型−依存性核酸ポリメラーゼとを接触せしめ；
ｂ）前記蛍光ラベルされた核酸プローブの断片化の量を、5’→3’エキソヌクレアーゼ活性を有する鋳型−依存性核酸ポリメラーゼにより検出し、ここで前記蛍光ラベルされたプローブの断片化の量がサンプルに依存する日本脳炎血清グループのメンバーの核酸の量に比例し；そして
ｃ）対照反応における蛍光ラベルされたプローブにより放される蛍光の量に、蛍光ラベルされたプローブにより放される蛍光の量を比較することにより、蛍光ラベルされたプローブの断片化の量を決定することを含んで成る方法。
【請求項３３】
日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸の検出方法であって、
ａ）日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの核酸を増幅し；
ｂ）前記日本脳炎ウィルス血清グループのメンバーの増幅された核酸に、配列番号16又はその相補体の核酸にハイブリダイズする核酸を含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号17又はその相補体の少なくとも20個の連続ヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド；配列番号２、９及び17、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド；或いは配列番号８、15、25及び74、又はそれらの相補体のいずれかに含まれる少なくとも16個の連続ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドである検出できるようラベルされたプローブをハイブリダイズし；そして
ｃ）前記検出できるラベルされたプローブを検出し、それにより、日本脳炎血清グループのメンバーの核酸を検出することを含んで成る方法。
【請求項３４】
セントルイス脳炎ウィルスの検出方法であって、
ａ）請求項７〜11のいずれか１項記載の少なくとも１つのオリゴヌクレオチドにより、セントルイス脳炎ウィルスの核酸を増幅し；そして
ｂ）前記増幅された核酸を検出し、それにより、セントルイス脳炎ウィルスを検出することを含んで成る方法。
【請求項３５】
黄熱病ウィルスの検出方法であって、
ａ）請求項７〜11のいずれか１項記載の少なくとも１つのオリゴヌクレオチドにより、黄熱病ウィルスの核酸を増幅し；そして
ｂ）前記増幅された核酸を検出し、それにより、黄熱病ウィルスを検出することを含んで成る方法。
【請求項３６】
デング熱ウィルスの検出方法であって、
ａ）請求項７〜11のいずれか１項記載の少なくとも１つのオリゴヌクレオチドにより、デング熱ウィルスの核酸を増幅し；そして
ｂ）前記増幅された核酸を検出し、それにより、デング熱ウィルスを検出することを含んで成る方法。
【請求項３７】
前記検出が、配列番号16又はその相補体の核酸にハイブリダイズする核酸を含んで成るオリゴヌクレオチド、又は配列番号17又はその相補体の少なくとも20個の連続ヌクレオチドであるプローブを用いて行われる請求項34〜36のいずれか１項記載の方法。