【手続補正書】
【提出日】平成19年11月9日(2007.11.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  単離された乳癌関連ポリペプチドであって、該ポリペプチドは、
乳癌を伴うヒトの血清において、乳癌のないヒトの血清においてよりも高い濃度で検出可能であること；ならびに
（ｉ）約１６ｋＤの分子量を有し、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）の存在下でアニオンイオン交換樹脂に結合しないこと、
（ｉｉ）約１７ｋＤ、約３０ｋＤまたは約３５ｋＤの分子量を有し、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）の存在下でアニオン交換樹脂に結合し、そして５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）中の２５ｍＭの塩化ナトリウムの存在下でアニオンイオン交換樹脂から溶出すること、
（ｉｉｉ）約２０ｋＤ、約２４ｋＤまたは約３５ｋＤの分子量を有し、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）の存在下でアニオン交換樹脂に結合し、そして５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）中の５０ｍＭの塩化ナトリウムの存在下で該イオン交換樹脂から溶出すること、
（ｉｖ）約３５ｋＤの分子量を有し、５０ｍＭリン酸ナトリウムｐＨ７の存在下でアニオン交換樹脂に結合し、そして５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）中の５０ｍＭの塩化ナトリウムの存在下で該イオン交換樹脂から溶出すること、
（ｖ）約１８ｋＤまたは約７１ｋＤの分子量を有し、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）の存在下でアニオン交換樹脂に結合し、そして５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）中の１００ｍＭの塩化ナトリウムの存在下でイオン交換樹脂から溶出すること、
（ｖｉ）約１２ｋＤの分子量を有し、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）の存在下でアニオン交換樹脂に結合し、そして５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）中の１５０ｍＭの塩化ナトリウムの存在下でイオン交換樹脂から溶出すること、
（ｖｉｉ）約４２ｋＤまたは約５６ｋＤの分子量を有し、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）の存在下でアニオン交換樹脂に結合し、そして５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）中の２００ｍＭの塩化ナトリウムの存在下でイオン交換樹脂から溶出すること、あるいは
（ｖｉｉｉ）約３５ｋＤの分子量を有し、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）の存在下でアニオン交換樹脂に結合し、そして５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．０）中の４００ｍＭの塩化ナトリウムの存在下でイオン交換樹脂から溶出すること、
という特徴を包含する、ポリペプチド。
【請求項２】  前記条項（ｉ）、（ｉｉｉ）または（ｖｉｉ）のポリペプチドは、ニッケルＳＥＬＤＩチップに対する親和性を有するとさらに特徴づけられる、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】  前記条項（ｉｉ）、（ｉｖ）または（ｖ）のポリペプチドは、ＷＣＸ−２  ＳＥＬＤＩチップに対する親和性を有するとさらに特徴づけられる、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項４】  前記条項（ｖｉ）のポリペプチドは、ＳＡＸ−２  ＳＥＬＤＩチップに対する親和性を有するとさらに特徴づけられる、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項５】  前記条項（ｖｉｉｉ）のポリペプチドは、銅ＳＥＬＤＩチップに対する親和性を有するとさらに特徴づけられる、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項６】  非免疫グロブリンタンパク質であるというさらなる特徴を包含する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項７】  非アルブミンタンパク質であるというさらなる特徴を包含する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項８】  さらにエピトープを含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項９】  個体における癌を診断することを補助するための方法であって、
該個体から単離されたサンプル中で、請求項１に記載のポリペプチドが存在することまたは存在しないことを検出する工程であって、該ポリペプチドは、存在する場合には該個体における癌の指標であり、存在しない場合には該個体において癌が存在しないことの指標である、工程、
を包含する、方法。
【請求項１０】  前記癌は乳癌である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】  前記サンプルは、乳房組織を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】  前記サンプルは体液を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】  前記体液は、血液、血清、血漿、汗、涙液、尿、腹腔液、リンパ液、膣分泌物、精子、髄液、腹水、唾液、痰、および乳房浸出物からなる群より選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】  前記体液は血清である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】  個体における癌を診断することを補助するための方法であって、該方法は以下の工程：
（ａ）該個体からのサンプルに、癌関連タンパク質と特異的に結合する結合部分と接触させて、結合部分−癌関連タンパク質複合体を生成する工程であって、該結合部分は、請求項１に記載のポリペプチドに特異的に結合する、工程；および
（ｂ）該複合体が存在することまたは存在しないことを検出する工程であって、該複合体は、存在する場合には該個体における癌の存在の指標であり、存在しない場合には該個体において癌が存在しないことの指標である、工程、
を包含する、方法。
【請求項１６】  前記結合部分は抗体である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】  前記抗体は、モノクローナル抗体である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】  前記抗体は、ポリクローナル抗体である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】  前記抗体は、検出可能な部分で標識される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】  前記検出可能な部分は、放射能標識、ハプテン標識、蛍光標識および酵素標識からなる群より選択されるメンバーを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】  請求項１に記載のポリペプチドに特異的に結合する、単離された結合部分。
【請求項２２】  前記部分は、抗体、該抗体の抗原結合フラグメント、または生合成抗体結合部位である、請求項２１に記載の結合部分。
【請求項２３】  前記結合部分は、モノクローナル抗体である、請求項２１に記載の結合部分。
【請求項２４】  請求項２１に記載の結合部分を薬学的に受容可能なキャリア中に含む、薬学的組成物。
【請求項２５】  個体における癌を処置するための、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】  前記癌は乳癌である、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】  請求項１に記載のタンパク質をコードする単離された核酸配列、またはそれに相補的な配列。
【請求項２８】  少なくとも１５ヌクレオチドを含み、かつ請求項２７に記載の核酸に対して、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズし得る、単離された核酸配列。
【請求項２９】  請求項２８に記載の核酸を含む、発現ベクター。
【請求項３０】  請求項２８に記載の核酸を、薬学的に受容可能なキャリアと混合して含む、組成物。
【請求項３１】  請求項２９に記載の核酸を、薬学的に受容可能なキャリアと混合して含む、組成物。
【請求項３２】  個体における癌を処置するための組成物であって、該組成物は、請求項２８に記載の核酸を含む、組成物。
【請求項３３】  前記癌は乳癌である、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３４】  ヒトにおいて乳癌が存在することまたは存在しないことを検出することを補助するための方法であって、該方法は、
該ヒトの組織または体液のサンプル中に核酸分子が存在することまたは存在しないことを検出して、それにより、それぞれ、該ヒトにおいて乳癌が存在することまたは存在しないことを示す工程であって、該核酸分子は、請求項１に記載の乳癌関連タンパク質の少なくとも一部をコードする核酸配列を含むか、または該乳癌関連タンパク質を認識し得かつ該乳癌関連タンパク質に特異的に結合され得る核酸配列を含む、工程、
を包含する、方法。
【請求項３５】  前記方法は、前記核酸分子に特異的にハイブリダイズし得る標識されたハイブリダイゼーションプローブと前記サンプルとを反応させる工程を包含する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】  個体において癌が存在することまたは存在しないことを検出することを補助するための方法であって、該方法は、
該個体からのサンプルを、請求項１に記載のポリペプチドをコードする標的核酸に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブに対して特異的ハイブリダイゼーション条件下で曝露する工程、および
該核酸プローブを含む二重鎖が存在することまたは存在しないことを検出する工程であって、該二重鎖の存在は、該個体における癌の指標であり、該二重鎖が存在しないことは、該個体において癌が存在しないことの指標である、工程、
を包含する、方法。
【請求項３７】  前記核酸プローブに前記サンプルを曝露する工程の前に、該サンプルにおける前記標的核酸を増幅する工程をさらに包含する、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】  前記癌は乳癌である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】  前記核酸プローブは、検出可能な部分で標識される、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】  前記検出可能な部分は、放射能標識、ハプテン標識、蛍光標識および酵素標識からなる群より選択されるメンバーを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】  乳癌が存在することまたは存在しないことを検出するためまたは乳癌の治療処置の効力を評価するためのキットであって、該キットは、以下：
哺乳動物からの組織または体液のサンプルを受けるための容器；
請求項１に記載の乳癌関連タンパク質に特異的に結合する結合部分；
該乳癌関連タンパク質に結合した該結合部分を検出するための手段；および
参照サンプル、
を組み合わせて備える、キット。
【請求項４２】  前記参照サンプルは、正常な乳房サンプルの指標である、請求項４１に記載のキット。
【請求項４３】  哺乳動物における癌を診断することを補助するための方法であって、該方法は以下の工程：
配列番号１；配列番号２；配列番号３；配列番号４；配列番号５；配列番号６；配列番号７；配列番号８；配列番号９；配列番号１０；配列番号１１：配列番号１２：配列番号１３；配列番号１４；配列番号１５；配列番号１６；配列番号１７：配列番号１８；配列番号１９；配列番号２０；配列番号２１．配列番号２２；および配列番号２３からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むことを特徴とするタンパク質が存在することまたは存在しないことを、該哺乳動物から単離されたサンプル中において検出する工程であって、該タンパク質は、存在する場合には該哺乳動物における癌の指標であり、存在しない場合には該哺乳動物において癌が存在しないことの指標である、工程、
を包含する、方法。
【請求項４４】  前記癌は乳癌である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】  前記サンプルは、乳房組織を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】  前記サンプルは、体液を含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】  前記体液は、血液、血清、血漿、汗、涙液、尿、腹腔液、リンパ液、膣分泌物、精子、髄液、腹水、唾液、痰、および乳房浸出物からなる群より選択される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】  哺乳動物における癌を診断することを補助するための方法であって、該方法は以下の工程：
（ａ）該哺乳動物に由来するサンプルを、癌関連タンパク質に特異的に結合する結合部分と接触させて、結合部分−癌関連タンパク質複合体を生成させる工程であって、該結合部分は、配列番号５、配列番号２２および配列番号２３からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質に特異的に結合する、工程；および
（ｂ）該複合体が存在することまたは存在しないことを検出する工程であって、該複合体は、存在する場合には該哺乳動物における癌の存在の指標であり、存在しない場合には該哺乳動物において癌が存在しないことの指標である、工程、
を包含する、方法。
【請求項４９】  前記癌は乳癌である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】  前記結合部分は、抗体、抗体フラグメントおよび生合成抗体結合部位からなる群より選択される、請求項４８に記載の方法。
【請求項５１】  前記結合部分は、抗体である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５２】  前記抗体は、モノクローナル抗体である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】  前記結合部分は、検出可能な部分で標識される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５４】  前記タンパク質の検出可能な量が存在しないことは、癌が存在しないことの指標である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５５】  請求項４３に記載の方法であって、以下のさらなる工程：
（ｃ）前記サンプル中における前記タンパク質の量を測定する工程；および
（ｄ）該サンプル中の該タンパク質の量と、哺乳動物における癌の指標である閾値とを比較する工程であって、該閾値以上の該サンプル中の該タンパク質の量は、該哺乳動物における該癌の存在の指標であり、該閾値未満の該タンパク質の量は、該哺乳動物において該癌が存在しないことの指標である、工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項５６】  哺乳動物において癌が存在することまたは存在しないことを検出することを補助するための方法であって、該方法は以下：
該哺乳動物の組織または体液のサンプルにおいて核酸分子が存在することまたは存在しないことを検出し、それぞれ、それにより該哺乳動物において癌が存在することまたは存在しないことを示す工程であって、該核酸分子は、配列番号１；配列番号２；配列番号３；配列番号４；配列番号５；配列番号６；配列番号７；配列番号８；配列番号９；配列番号１０；配列番号１１：配列番号１２：配列番号１３；配列番号１４；配列番号１５；配列番号１６；配列番号１７：配列番号１８；配列番号１９；配列番号２０；配列番号２１．配列番号２２；または配列番号２３に示されるアミノ酸配列をコードする核酸配列、あるいはそれらのフラグメントを含む、工程、
を包含する、方法。
【請求項５７】  前記検出工程は、前記核酸分子に特異的にハイブリダイズし得る標識されたハイブリダイゼーションプローブと前記サンプルとを合わせることを包含する、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】  哺乳動物において癌が存在することまたは存在しないことを検出することを補助するための方法であって、該方法は以下の工程：
（ａ）該哺乳動物からのサンプルと、特異的ハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１；配列番号２；配列番号３；配列番号４；配列番号５；配列番号６；配列番号７；配列番号８；配列番号９；配列番号１０；配列番号１１：配列番号１２：配列番号１３；配列番号１４；配列番号１５；配列番号１６；配列番号１７：配列番号１８；配列番号１９；配列番号２０；配列番号２１；配列番号２２；または配列番号２３に示されるアミノ酸配列をコードする標的核酸に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブとを合わせる工程；および
（ｂ）該核酸プローブを含む二重鎖が存在することまたは存在しないことを検出する工程であって、該二重鎖の存在は、該哺乳動物における癌の指標であり、該二重鎖が存在しないことは該哺乳動物において癌が存在しないことの指標である、工程、
を包含する、方法。
【請求項５９】  前記サンプルと前記核酸プローブとを合わせる工程の前に、該サンプルにおける前記標的核酸を増幅する工程をさらに包含する、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】  前記癌は乳癌である、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】  前記核酸プローブは、検出可能な部分で標識される、請求項５８に記載の方法。
【請求項６２】  前記検出可能な部分は、放射能標識、ハプテン標識、蛍光標識および酵素標識からなる群より選択されるメンバーを含む、請求項６１に記載の方法。