【手続補正書】
【提出日】平成19年4月2日(2007.4.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】    分子トーチであって：
ヌクレオチド塩基認識群及び第一の標識を含む標的結合ドメイン；
ヌクレオチド塩基認識群及び第二の標識を含む標的閉鎖ドメインであって、前記標的結合ドメインが前記標的閉鎖ドメインよりも前記標的配列とより安定にハイブリッドを形成できるように、前記標的結合ドメインが標的核酸配列に偏向し、ここで、前記標的結合ドメインが前記標的閉鎖ドメインとハイブリダイズする場合は、前記分子トーチは、前記標的配列とはハイブリダイズせず、及び、前記第一及び第二の標識が相互作用して、前記標的結合ドメイン及び前記標的閉鎖ドメインが標的結合ドメイン：標的閉鎖ドメインハイブリッドを形成する場合には第一のシグナルを産生し、前記標的結合ドメイン及び前記標的閉鎖ドメインが前記標的結合ドメイン：標的閉鎖ドメインハイブリッドを形成しない場合には第二のシグナルを産生し、前記第一及び第二シグナルは区別でき；並びに
前記標的結合を標的閉鎖ドメインに連結する、非ヌクレオチドジョイニング領域であって、前記ジョイニング領域は前記標的結合ドメインの前記標的閉鎖ドメインへのハイブリダイゼーションを助長する；
を含む、前記分子トーチ。
【請求項２】    請求項１記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメインは実質的に、デオキシリボヌクレオチドよりもリボヌクレオチドとより安定して結合するヌクレオチド塩基認識群を含み、ここで前記標的閉鎖ドメインは、実質的にデオキシリボヌクレオチドを含む、前記分子トーチ。
【請求項３】    請求項２記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメインが、実質的に２’−メトキシまたは２’−フルオロ置換リボヌクレオチドを含む、前記分子トーチ。
【請求項４】    請求項2または3記載の分子トーチであって、前記標的配列がＲＮＡである、前記分子トーチ。
【請求項５】    請求項１〜４のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記非ヌクレオチドジョイニング領域が、多糖類又はポリペプチドからなる、前記分子トーチ。
【請求項６】    請求項１〜４のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記非ヌクレオチドジョイニング領域がポリエチレングリコールからなる、前記分子トーチ。
【請求項７】    請求項１〜６のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記第一又は第二の標識が、発光剤／消光剤対をふくむ、前記分子トーチ。
【請求項８】    請求項１〜６のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記第一又は第二の標識が、フルオロフォア／消光剤対をふくむ、前記分子トーチ。
【請求項９】    請求項１〜６のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記第一又は第二の標識が、発光剤／付加物対をふくむ、前記分子トーチ。
【請求項１０】    請求項１〜６のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記第一又は第二の標識が、Ｆｏｒｒｅｓｔｅｒエネルギー移動対をふくむ、前記分子トーチ。
【請求項１１】    請求項１〜６のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記第一又は第二の標識が、色素二量体対をふくむ、前記分子トーチ。
【請求項１２】    請求項１〜１１のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記第一及び第二の標識の少なくとも１つが、前記分子トーチの３’末端についている、前記分子トーチ。
【請求項１３】    請求項１〜１１のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記分子トーチが、核酸ポリメラーゼによるプライマーの伸長を阻害しうるブロッキング基をさらに含む、前記分子トーチ。
【請求項１４】    請求項１３記載の分子トーチであって、前記ブロッキング基が前記分子トーチの３’末端かまたはその近傍に位置する、前記分子トーチ。
【請求項１５】    請求項１４記載の分子トーチであって、前記ブロッキング基がアルキル基、非ヌクレオチドリンカー、アルカン−ジオールジデオキシヌクレオチド残基、およびコルジセピンからなる群から選択される、前記分子トーチ。
【請求項１６】    請求項１〜１５のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメインが、７〜４０の前記ヌクレオチド塩基認識基、および０〜４の非ヌクレオチド単量体基を含み、各前記非ヌクレオチド単量体基が標的閉鎖ドメインにある前記ヌクレオチド塩基認識基と向き合う、前記分子トーチ。
【請求項１７】    請求項１〜１５のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記標的閉鎖ドメインが、７〜４０の前記ヌクレオチド塩基認識基、および０〜６の非ヌクレオチド単量体基又は前記標的結合ドメインとのミスマッチを含む、前記分子トーチ。
【請求項１８】    請求項１６又は１７記載の分子トーチであって、前記各前記非ヌクレオチド単量体基が無塩基性ヌクレオチドである、前記分子トーチ。
【請求項１９】    請求項１〜１８のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメインのヌクレオチド塩基認識基の少なくとも７０％がハイブリダイゼーション条件下で前記標的閉鎖ドメインのヌクレオチド塩基認識基と結合する、前記分子トーチ。
【請求項２０】    請求項１〜１８のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメインのヌクレオチド塩基認識基の少なくとも８０％がハイブリダイゼーション条件下で前記標的閉鎖ドメインのヌクレオチド塩基認識基と結合する、前記分子トーチ。
【請求項２１】    請求項１〜１８のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメインのヌクレオチド塩基認識基の少なくとも９０％がハイブリダイゼーション条件下で前記標的閉鎖ドメインのヌクレオチド塩基認識基と結合する、前記分子トーチ。
【請求項２２】    請求項１〜１８のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメインのヌクレオチド塩基認識基の少なくとも１００％がハイブリダイゼーション条件下で前記標的閉鎖ドメインのヌクレオチド塩基認識基と結合する、前記分子トーチ。
【請求項２３】    請求項１〜１８のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメインが、鎖置換条件で前記標的配列に利用しうる、１〜１０の前記ヌクレオチド塩基認識基を含む、前記分子トーチ。
【請求項２４】    請求項１〜１８のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメインが、鎖置換条件で前記標的配列に利用しうる、５以下の前記ヌクレオチド塩基認識基を含む、前記分子トーチ。
【請求項２５】    請求項１〜１８のいずれか１項記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメインが、鎖置換条件で前記標的配列に利用しうる、３以下の前記ヌクレオチド塩基認識基を含む、前記分子トーチ。
【請求項２６】    請求項２３記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメインの５’末端又は３’末端が、鎖置換条件で前記標的配列に利用しうる、１〜１０の前記ヌクレオチド塩基認識基を含む、前記分子トーチ。
【請求項２７】    請求項２３記載の分子トーチであって、前記標的結合ドメイン：標的閉鎖ドメインハイブリッドが、鎖置換条件で前記標的配列に利用しうる、１〜１０の前記ヌクレオチド塩基認識基を含む、前記分子トーチ。
【請求項２８】    非標的核酸を含みうる試料中の標的核酸配列の存在を決定するための方法であって：
ａ）前記試料を、請求項１〜２２のいずれか１項記載の分子トーチと接触させる工程；
ｂ）前記標的結合ドメインおよび前記標的閉鎖ドメインが安定な標的結合ドメイン：標的閉鎖ドメインハイブリッドを形成しないように、前記試料および前記トーチを含む反応混合物を変性条件に曝露する工程；
ｃ）前記標的配列の非存在下で標的結合ドメイン：標的閉鎖ドメインが形成されるように、そして前記標的配列の存在下で標的結合ドメイン：標的配列ハイブリッドが形成されるように、前記反応混合物をハイブリダイゼーション条件に曝露する工程であって、ここで前記標的結合ドメイン：標的配列ハイブリッドが前記標的結合ドメイン：標的閉鎖ドメインハイブリッドより前記ハイブリダイゼーション条件下で安定であり；並びに
ｄ）前記試料中の前記標的配列の存在又は不存在の指標として、前記試料中に前記標的結合ドメイン：標的配列ハイブリッドが存在するか否かを決定する工程；
を含む前記方法。
【請求項２９】    請求項２８記載の方法であって、前記反応混合物の温度が、前記工程ｂ）で上昇し、及び前記工程ｃ）では低下する、前記方法。
【請求項３０】    試料中の標的核酸配列の存在を決定するための方法であって、
ａ）前記試料を、請求項１〜２２のいずれか１項記載の分子トーチと接触させる工程；
ｂ）前記試料を鎖置換条件に曝露する工程；及び
ｄ）前記試料中の前記標的配列の存在又は不存在の指標として、試料中に前記標的結合ドメイン：標的配列ハイブリッドが存在するか否かを決定する工程；
前記方法。
【請求項３１】    請求項３０記載の方法であって、前記鎖置換条件が本質的に一定の環境条件を構成する、前記方法。
【請求項３２】    請求項２８〜３１のいずれか１項記載の方法が、さらに、前記標的結合ドメイン：標的配列ハイブリッドを形成した前記分子トーチを、前記標的結合ドメイン：標的配列ハイブリッドを形成しなかった分子トーチから分離することを含む、前記方法。
【請求項３３】    請求項２８〜３１のいずれか１項記載の方法であって、前記標的配列が増幅反応産生物である、前記方法。
【請求項３４】    請求項３３記載の方法であって、前記標的配列が転写関連増幅産生物であり、前記分子トーチが前記増幅反応の開始前に添加される、前記方法。
【請求項３５】    請求項２８〜３４のいずれか１項記載の方法であって、前記第一又は第二のシグナルが前記決定工程で検出される、前記方法。