【手続補正書】
【提出日】平成19年4月18日(2007.4.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  以下の段階を含む、ポリペプチドのクラスII MHC結合断片を同定する方法：
（a）第一のビオチン部分に結合したリガンドを提供する段階；
（b）第二のビオチン部分に結合したポリペプチドを提供する段階；
（c）クラスII MHC分子とリガンドに結合する細胞表面受容体とを発現する哺乳類の抗原提示細胞（APC）を提供する段階；
（d）APCを（a）のビオチン結合リガンド、（b）のビオチン結合ポリペプチド、およびアビジンと接触させて、細胞表面受容体に結合する複合体を形成する段階；
（e）APCによる複合体の内在化が起こるような条件でAPCを維持する段階；
（f）ペプチドに結合したクラスII MHC分子をAPCから単離する段階；および
（g）ペプチドがポリペプチドのクラスII MHC結合断片である、該ペプチドをクラスII MHC分子から溶出する段階。
【請求項２】  ペプチドのアミノ酸配列を同定する段階をさらに含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】  哺乳類のAPC上のクラスII MHC分子によるペプチドの提示が哺乳類疾患の病態に関連している、請求項１記載の方法。
【請求項４】  哺乳類のAPC上のクラスII MHC分子によるペプチドの提示が哺乳類疾患に対する保護に関連している、請求項１記載の方法。
【請求項５】  疾患が、自己免疫疾患である、請求項３記載の方法。
【請求項６】  疾患が、感染疾患または癌である、請求項３記載の方法。
【請求項７】  感染疾患が、細菌性疾患、ウイルス性疾患、または寄生虫性疾患である、請求項６記載の方法。
【請求項８】  感染疾患がらい病である、請求項７記載の方法。
【請求項９】  自己免疫疾患が、多発性硬化症、リウマチ性関節炎、重症筋無力症、全身性紅斑性狼瘡、自己免疫性未成熟卵巣不全、グレーブス甲状腺炎、橋本甲状腺炎、原発性甲状腺機能低下症、小児脂肪便症、原発性胆汁性肝硬変、自己免疫性肝炎、アジソン病、白斑、全身性硬化症、または抗糸球体基底膜疾患である、請求項５記載の方法。
【請求項１０】  自己免疫疾患がインスリン依存性糖尿病（IDDM）である、請求項５記載の方法。
【請求項１１】  ポリペプチドが、プレプロインスリン、プロインスリン、またはインスリンである、請求項10記載の方法。
【請求項１２】  ポリペプチドが、グルタミン酸デカルボキシラーゼ（GAD65）である、請求項10記載の方法。
【請求項１３】  ポリペプチドが、IA-2チロシンホスファターゼ（IA-2）、またはフォグリン（IA-2β）である、請求項10記載の方法。
【請求項１４】  APCが樹状細胞である、請求項１記載の方法。
【請求項１５】  APCがマクロファージまたは単球である、請求項１記載の方法。
【請求項１６】  APCがBリンパ球である、請求項１記載の方法。
【請求項１７】  リガンドがAPC上で細胞表面受容体に結合するレクチン分子である、請求項１記載の方法。
【請求項１８】  レクチン分子が、フィトラッカ・アメリカーナ（Phytolacca americana）由来のアメリカヤマゴボウマイトゲン（pokeweed  mitogen）である、請求項17記載の方法。
【請求項１９】  細胞表面受容体が、APCによって内在化されうる細胞表面分子であり、かつリガンドが細胞表面分子に結合する抗体分子である、請求項１記載の方法。
【請求項２０】  細胞表面分子が免疫グロブリン分子である、請求項19記載の方法。
【請求項２１】  哺乳類がヒトである、請求項1記載の方法。
【請求項２２】  クラスII MHC分子がDRB1*0401、DRB1*0405、およびDRB1*0101からなる群より選択される遺伝子によってコードされるβ鎖を有するDR分子である、請求項10記載の方法。
【請求項２３】  クラスII MHC分子が以下の(a)、(b)を有するDQ分子である、請求項10記載の方法：
（a）  DQA1*0501およびDQA1*0301からなる群より選択される遺伝子によってコードされるα鎖；ならびに
（b）  DQB1*0302、DQB1*0201、およびDQB1*0501からなる群より選択される遺伝子によってコードされるβ鎖。
【請求項２４】  配列VSSQFSDAAQASP（配列番号：47）を含む、アミノ酸残基26個未満の長さの単離ペプチド。
【請求項２５】
2002542488.tif 000001
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、請求項24記載の単離ペプチド。
【請求項２６】  アミノ酸残基26個未満の長さの単離ペプチドであって、
2002542488.tif 000002
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチド。
【請求項２７】  アミノ酸残基26個未満の長さの単離ペプチドであって、
2002542488.tif 000003
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチド。
【請求項２８】  アミノ酸残基26個未満の長さの単離ペプチドであって、
2002542488.tif 000004
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチド。
【請求項２９】  アミノ酸残基26個未満の長さの単離ペプチドであって、
2002542488.tif 000005
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチド。
【請求項３０】  アミノ酸残基26個未満の長さの単離ペプチドであって、
2002542488.tif 000006
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチド。
【請求項３１】  アミノ酸配列が１〜６位のアミノ酸置換を除いてIA-2の断片と同一であって、断片の長さがアミノ酸残基26個未満で
2002542488.tif 000007
からなる群より選択される配列を含み、改変ペプチドリガンドにおいて断片のアミノ酸残基の30％以下が異なるアミノ酸残基に置換されている、改変ペプチドリガンド。
【請求項３２】  断片の配列が、
2002542488.tif 000008
からなる群より選択される、請求項31記載の改変ペプチドリガンド。
【請求項３３】  アミノ酸配列が１〜６位のアミノ酸置換を除いてIA-2の断片と同一であって、断片の長さがアミノ酸残基26個未満で
2002542488.tif 000009
からなる群より選択される配列を含み、改変ペプチドリガンドにおいて断片のアミノ酸残基の30％以下が異なるアミノ酸残基に置換されている、改変ペプチドリガンド。
【請求項３４】  断片の配列が、
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からなる群より選択される、請求項33記載の改変ペプチドリガンド。
【請求項３５】  以下の段階を含む、改変ペプチドリガンドを作成する方法：
（a）  請求項２記載の方法を実施する段階；および
（b）  ペプチドの１、２、３、４、５、または６位でアミノ酸置換を有することを除き、複合体から溶出されたペプチドの配列と同一である配列からなるAPLを合成する段階。
【請求項３６】  ポリペプチドが、インスリン、プロインスリン、またはプレプロインスリンである、請求項35記載の方法。
【請求項３７】  ポリペプチドが、IA-2またはIA-2βである、請求項35記載の方法。
【請求項３８】  ポリペプチドが、GAD65である、請求項35記載の方法。
【請求項３９】  以下の段階を含む、哺乳類においてT細胞自己反応性を減少させる方法：
（a）  １〜６位でのアミノ酸置換を除き、APLが哺乳類のクラスII MHC分子に結合する、インスリン、プロインスリン、プレプロインスリン、IA-2、IA-2β、またはGAD65の天然に処理された糖尿病関連ペプチド断片の配列と同一である配列を有するAPLを提供する段階；および
（b）  APLまたはAPLをコードするDNAを哺乳類に投与する段階。
【請求項４０】  以下の段階を含む、ポリペプチドのクラスII MHC結合断片を同定する方法：
（a）ビオチン部分に結合したリガンドを提供する段階；
（b）アビジン部分に結合したポリペプチドを提供する段階；
（c）クラスII MHC分子とリガンドに結合する細胞表面受容体とを発現する哺乳類のAPCを提供する段階；
（d）APCを（a）のビオチン結合リガンド、および（b）のアビジン結合ポリペプチドと接触させて、細胞表面受容体に結合する複合体を形成する段階；
（e）APCによる複合体の内在化が起こるような条件でAPCを維持する段階；
（f）ペプチドに結合したクラスII MHC分子をAPCから単離する段階；および
（g）ペプチドがポリペプチドのクラスII MHC結合断片である、該ペプチドをクラスII MHC分子から溶出する段階。
【請求項４１】  以下の段階をさらに含む、請求項40記載の方法：
（h）  個体のAPCがクラスII MHC分子を有する、該クラスII MHC分子によるペプチドの提示に関連した病態に対して感受性があることが疑われる個体からのCD4リンパ球を提供する段階；
（i）  ペプチドが結合したクラスII MHC分子を有するAPCsの集団を提供する段階；
（j）  （i）のAPCsの集団に（h）のCD4リンパ球を接触させる段階；および
（k）  ペプチドが該個体の病態に関連することの指標として、CD4リンパ球がクラスII MHC結合ペプチドを認識するか否かを決定する段階。
【請求項４２】  上記の提示によって、CD4+ Tリンパ球の病的反応が起こる、請求項40記載の方法。
【請求項４３】  上記の提示によって、CD4+ Tリンパ球の保護的反応が起こる、請求項40記載の方法。
【請求項４４】  以下の段階をさらに含む、請求項1記載の方法：
（h）  個体のAPCがクラスII MHC分子を有する、該クラスII MHC分子によるペプチドの提示に関連した病態に対して感受性があることが疑われる個体からのCD4リンパ球を提供する段階；
（i）  ペプチドが結合したクラスII MHC分子を有するAPCsの集団を提供する段階；
（j）  （i）のAPCsの集団に（h）のCD4リンパ球を接触させる段階；および
（k）  CD4リンパ球がクラスII MHC結合ペプチドを認識するか否かを決定する段階。
【請求項４５】  上記の提示によって、CD4+ Tリンパ球の病的反応が起こる、請求項44記載の方法。
【請求項４６】  上記の提示によって、CD4+ Tリンパ球の保護的反応が起こる、請求項44記載の方法。
【請求項４７】  IA-2ペプチドが
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からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、以下の段階を含む診断方法：
（a）  IDDMを有する、または感受性があることが疑われる個体からのCD4リンパ球を提供する段階；
（b）  APCsの集団がIA-2ペプチドに接触されており、クラスII MHC分子がIA-2ペプチドに結合している、個体によって発現されたものと同一の対立遺伝子のクラスII MHC分子をその表面に有するAPCsの集団を提供する段階；
（c）  （b）のAPCsの集団を（a）のCD4リンパ球に接触させる段階；および
（d）  該個体がIDDMを有する、またはIDDMに対する感受性を有することの指標として、CD4リンパ球がクラスII MHC結合ペプチドを認識するか否かを決定する方法。
【請求項４８】  ペプチドが、
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からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、被験者にペプチドを投与することを含む、被験者をIDDMまたはIDDMの病的症状に対して保護する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
同様に、そのアミノ酸配列が、アミノ酸１〜６位の置換を除いて、IA-2の断片と同一であって、断片が、アミノ酸26個未満の長さであって配列
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を含む、改変ペプチドリガンドも本発明に含まれる。改変ペプチドリガンドにおいて、断片のアミノ酸残基の少なくとも１つであるが、わずか30％が異なるアミノ酸残基に置換されている。そこから改変ペプチドリガンドを誘導することができる断片の配列には：
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が含まれる。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２３】
【表１】  HLA-DR4（0401）から溶出したIA-2由来ペプチドについて実験的に認められ計算された質量
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