【手続補正書】
【提出日】平成18年12月5日(2006.12.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
前もって選択した標的糖タンパク質を含む被験者由来の試料を用意する工程、および
1000ng/ml未満の量の標的糖タンパク質を検出することができる方法を使って標的糖タンパク質の糖プロファイル（glycoprofile）を決定する工程、
を含む被験者の臨床状態を評価する方法であって、被験者が所定の臨床状態を有することを、糖プロファイルが示す方法。
【請求項２】
i．約0.1ng/ml〜1μg/ml、
ii．約5pM〜50nM、
iii．約5フェムトモル/ml〜50ピコモル/ml、
iv．約1μg未満、または
v．約50pmol未満
の前もって選択した標的糖タンパク質を含む試料を用意する工程、および
標的糖タンパク質の糖プロファイルを決定する工程、
を含む被験者を評価する方法であって、被験者が所定の臨床状態を有することを、糖プロファイルが示す方法。
【請求項３】
被験者由来の試料を用意する工程、
前もって選択した標的糖タンパク質を免疫精製法で単離する工程、
標的糖タンパク質を酵素と接触させる工程、および
標的糖タンパク質の糖プロファイルを決定する工程、
を含む被験者の臨床状態を評価する方法であって、被験者が所定の臨床状態を有することを、糖プロファイルが示す方法。
【請求項４】
糖プロファイルを決定する前に試料が濃縮される、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
試料が尿、血液、血清、精液、唾液、糞便、または組織を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
標的糖タンパク質が癌のマーカーである、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
標的糖タンパク質が、PSA、AFP、およびCEAからなる群より選択される、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
標的糖タンパク質がPSAである、請求項7記載の方法。
【請求項９】
標的糖タンパク質の糖プロファイルが、500ng/ml未満の量の標的糖タンパク質を検出することができる方法を使って決定される、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
標的糖タンパク質の糖プロファイルが、250ng/ml未満の量の標的糖タンパク質を検出することができる方法を使って決定される、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
標的糖タンパク質の糖プロファイルが、100ng/ml未満の量の標的糖タンパク質を検出することができる方法を使って決定される、請求項1記載の方法。
【請求項１２】
標的糖タンパク質の糖プロファイルが、10ng/ml未満の量の標的糖タンパク質を検出することができる方法を使って決定される、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
所定の臨床状態が、ある障害の病期である、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
所定の臨床状態が、ある癌の病期である、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
所定の臨床状態が、癌、前癌状態、良性状態、および無病状態（no condition）からなる群より選択される、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
糖プロファイルの決定が、一つまたは複数の前もって選択したグリカンを標的糖タンパク質から除去することを含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
グリカンが酵素的に除去される、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
グリカンが、PNGase F、PNGase A、EndoH、EndoF、およびO-グリカナーゼからなる群より選択される酵素を使って除去される、請求項16記載の方法。
【請求項１９】
グリカンがプロテアーゼを使って除去される、請求項16記載の方法。
【請求項２０】
グリカンがトリプシンまたはLysCを使って除去される、請求項16記載の方法。
【請求項２１】
グリカンが化学的に除去される、請求項16の方法。
【請求項２２】
グリカンが無水ヒドラジン、還元的β脱離、または非還元的β脱離を使って除去される、請求項16記載の方法。
【請求項２３】
決定が、標的糖タンパク質に結合しているグリカンに一つまたは複数の実験的制約を課すことを含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
実験的制約がグリカンの酵素消化または化学的消化である、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
グリカンに一つまたは複数の実験的制約を課すことをさらに含む、請求項16記載の方法。
【請求項２６】
実験的制約がグリカンの酵素消化または化学的消化である、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
糖プロファイルの決定が、標的糖タンパク質に結合している一つまたは複数のグリカンの存在、濃度、パーセンテージ、組成、または配列の一つまたは複数を決定する工程を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項２８】
上記ステップの一つまたは複数を反復することをさらに含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項２９】
試料が50pmol未満の選択した標的分子を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項３０】
試料が10pmol未満の選択した標的分子を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１】
試料が1.0pmol未満の選択した標的分子を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項３２】
試料が0.5pmol未満の選択した標的分子を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項３３】
試料が0.1pmol未満の選択した標的分子を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項３４】
試料が0.05pmol未満の選択した標的分子を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項３５】
試料が0.01pmol未満の選択した標的分子を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項３６】
試料が0.005pmol未満の選択した標的分子を含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項３７】
決定が、CE、CE/LIF、NMR、MALDI質量分析、ESI質量分析、および蛍光検出HPLCから選択される方法による、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項３８】
決定がCE/LIFによる、請求項37記載の方法。
【請求項３９】
決定がMALDI-MSによる、請求項37記載の方法。
【請求項４０】
被験者が細胞増殖および/または分化障害を有する疑いがある、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項４１】
障害が癌である、請求項40記載の方法。
【請求項４２】
癌が、癌腫、肉腫、転移性障害、および造血系新生物障害からなる群より選択される、請求項41記載の方法。
【請求項４３】
造血系新生物障害が白血病である、請求項41記載の方法。
【請求項４４】
被験者が癌を有することを糖プロファイルが示す、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項４５】
被験者が前障害状態を有することを糖プロファイルが示す、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項４６】
前障害状態が前癌状態である、請求項45記載の方法。
【請求項４７】
被験者が良性状態を有することを糖プロファイルが示す、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項４８】
良性状態が良性腫瘍または良性過形成である、請求項47記載の方法。
【請求項４９】
良性過形成が良性前立腺肥大（BPH）である、請求項48記載の方法。
【請求項５０】
被験者が癌を有することを、一つまたは複数のグリカンの存在、濃度、パーセンテージ、組成、または配列が示す、請求項26記載の方法。
【請求項５１】
被験者が前癌状態を有することを、一つまたは複数のグリカンの存在、濃度、パーセンテージ、組成、または配列が示す、請求項26記載の方法。
【請求項５２】
癌が乳癌、肺癌、結腸癌、前立腺癌、または肝細胞癌である、請求項50記載の方法。
【請求項５３】
癌が乳癌、肺癌、結腸癌、前立腺癌、または肝細胞癌である、請求項44記載の方法。
【請求項５４】
一つまたは複数のグリカンの存在、濃度、パーセンテージ、組成、または配列が癌の病期をさらに示す、請求項50記載の方法。
【請求項５５】
一つまたは複数のグリカンの存在、濃度、パーセンテージ、組成、または配列が癌の成長速度をさらに示す、請求項50記載の方法。
【請求項５６】
一つまたは複数のグリカンの存在、濃度、パーセンテージ、組成、または配列が予後をさらに示す、請求項50記載の方法。
【請求項５７】
被験者が癌を有さない、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５８】
被験者が一つまたは複数の良性過形成を有する、請求項57記載の方法。
【請求項５９】
良性過形成が良性前立腺肥大である、請求項58記載の方法。
【請求項６０】
被験者が前癌状態を有する、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項６１】
被験者が0〜4ng/mL、4〜10ng/mL、10〜20ng/ml、または＞20ng/mlのPSAレベルを有する、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項６２】
被験者が標的糖タンパク質の糖プロファイルの変化に関係する障害についてスクリーニングされている、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項６３】
障害が細胞増殖または分化障害である、請求項62記載の方法。
【請求項６４】
障害が癌である、請求項63記載の方法。
【請求項６５】
被験者が、以前に、糖に基づかない別の診断方法によって、障害に関して陰性の検査結果を得ている、請求項62記載の方法。
【請求項６６】
糖に基づかない診断方法が、理学的検査、免疫診断検査、タンパク質レベルの検出、イメージング、または生検の一つまたは複数である、請求項65記載の方法。
【請求項６７】
タンパク質レベルの検出が血中または尿中で行われる、請求項66記載の方法。
【請求項６８】
イメージング法が、X線、MRI、CAT、および超音波からなる群より選択される、請求項66記載の方法。
【請求項６９】
第2の非糖プロファイル診断検査も行われる、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項７０】
非糖プロファイル診断検査が、糖プロファイル決定前、糖プロファイル決定と同時、または糖プロファイル決定後の一つまたは複数の時点で行われる、請求項69記載の方法。
【請求項７１】
基準を用意する工程、および
標的分子の糖プロファイルを基準と比較する工程、
をさらに含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項７２】
糖プロファイルの比較が、標的分子の一つまたは複数の選択されたグリカンの存在、濃度、パーセンテージ、組成、または配列を基準と比較する工程の一つまたは複数を含む、請求項71記載の方法。
【請求項７３】
比較により病期分類または予後が可能になる、請求項71記載の方法。
【請求項７４】
以下を含む、被験者を監視する方法：
（a）標的糖タンパク質を含む被験者由来の試料を用意する工程、
（b）標的糖タンパク質を精製する工程、
（c）標的糖タンパク質を酵素と接触させる工程、
（d）標的糖タンパク質の糖プロファイルを決定する工程、および
（e）工程a〜dを一回または複数回反復する工程。
【請求項７５】
反復が被験者への処置の適用後に行われる、請求項74記載の方法。
【請求項７６】
酵素が固定化される、請求項74記載の方法。
【請求項７７】
酵素が固定化される、請求項3記載の方法。
【請求項７８】
被験者由来の試料を用意する工程、
免疫精製法で標的タンパク質を単離する工程、
標的タンパク質を固定化酵素と接触させる工程、および
標的タンパク質の糖プロファイルを決定する工程、
を含む腫瘍の転移能を決定する方法であって、糖プロファイルが腫瘍の転移能を示す方法。
【請求項７９】
複数の記録を含むデータベースであって、各記録が以下のデータの一つまたは複数を含むデータベース：
（a）被験者由来の試料から単離される、ある障害に関係する標的糖タンパク質の糖プロファイルに関するデータ、
（b）被験者の状態に関するデータ、
（c）被験者に適用された任意の処置に関するデータ、
（d）処置に対する被験者の応答に関するデータ、
（e）被験者に関する個人データ、および
（f）環境データ。
【請求項８０】
被験者の状態に関するデータが、被験者が癌、前癌状態、良性状態または無病状態を有するかどうかに関する情報を含む、請求項79記載のデータベース。
【請求項８１】
被験者の状態に関するデータが、被験者の障害の臨床状態に関する情報を含む、請求項79記載のデータベース。
【請求項８２】
被験者の障害の臨床状態が、寛解、再発、回復、治癒、改善、転移、慢性、または末期状態を含む、請求項81記載のデータベース。
【請求項８３】
処置に対する被験者の応答に関するデータが処置副作用の効率の一つまたは複数に関する情報を含む、請求項79記載のデータベース。
【請求項８４】
処置に関するデータが、投与された任意の薬物、投与量、投与スケジュール、およびコンプライアンスの一つまたは複数に関する情報を含む、請求項79記載のデータベース。
【請求項８５】
被験者に関する個人データが、年齢、性別、学歴、病歴、および家族歴の一つまたは複数に関する情報を含む、請求項79記載のデータベース。
【請求項８６】
環境データが、環境中のある物質の存在、前もって選択した地理的区域における居住、前もって選択した業務の遂行の一つまたは複数に関する情報を含む、請求項79記載のデータベース。
【請求項８７】
被験者由来の試料を用意する工程、
標的タンパク質を試料から免疫精製する工程、および
試料中の標的タンパク質の糖プロファイルを決定する工程、
を含む被験者を評価する方法であって、被験者が癌、前癌状態、または良性状態を有することを、試料中の標的タンパク質の糖プロファイルが示す方法。
【請求項８８】
被験者由来の試料を用意する工程、
PSAを試料から免疫精製する工程、および
試料中のPSAの糖プロファイルを決定する工程、
を含む被験者を評価する方法であって、被験者が癌または良性前立腺肥大を有することまたは有さないことを、試料中のPSAの糖プロファイルが示す方法。
【請求項８９】
被験者が0〜4ng/mL、4〜10ng/mL、10〜20ng/ml、または＞20ng/mlの血清PSAレベルを有する、請求項88記載の方法。
【請求項９０】
被験者が0〜4ng/mLの血清PSAレベルを有する、請求項89記載の方法。
【請求項９１】
被験者が4〜10ng/mLの血清PSAレベルを有する、請求項89記載の方法。
【請求項９２】
糖プロファイルが、癌を有さない被験者に由来する試料中には存在しない高分子量グリカンの存在を含み、被験者が癌を有することを示す、請求項89記載の方法。
【請求項９３】
高分子量グリカンが約3300の分子量を有する、請求項92記載の方法。
【請求項９４】
被験者由来の試料を用意する工程、
AFPを試料から免疫精製する工程、および
AFPの糖プロファイルを決定する工程、
を含む被験者を評価する方法であって、被験者が肝硬変またはHCCを有することまたは有さないことを、AFPの糖プロファイルが示す方法。
【請求項９５】
被験者が0〜20ng/mL、20〜1000ng/mL、または＞1000ng/mlの血清AFPレベルを有する、請求項94記載の方法。
【請求項９６】
被験者由来の試料を用意する工程、
CEAを試料から免疫精製する工程、および
CEAの糖プロファイルを決定する工程、
を含む被験者を評価する方法であって、被験者が結腸、胃、肺、膵臓、肝臓、乳房、または食道の癌を有することまたは有さないことを、CEAの糖プロファイルが示す方法。
【請求項９７】
被験者が0〜5ng/mL、5〜10ng/mL、または＞10ng/mlの血清または血漿CEAレベルを有する、請求項96記載の方法。
【請求項９８】
糖プロファイルの決定が、シアリル化の変化、シアル酸の修飾、硫酸化、分岐、バイセクティング（bisecting）N-アセチルグルコサミンの有無、およびグリコシル化部位数の変化のうちの一つまたは複数を検出することを含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項９９】
糖プロファイルの決定が、N結合型およびO結合型オリゴ糖の一つまたは複数のβ1-6分岐構造の変化を検出することを含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１００】
糖プロファイルの決定が、ルイス抗原、シアリル化、およびフコシル化の変化のうちの一つまたは複数を検出することを含む、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０１】
被験者由来の試料を用意する工程、
前もって選択した標的タンパク質を、磁気ビーズに結合した抗体を使って、試料から免疫精製する工程、
精製した標的タンパク質を固定化酵素と接触させる工程、および
標的タンパク質の糖プロファイルを決定する工程、
を含む被験者の状態を評価する方法であって、糖プロファイルが被験者の状態を示す方法。
【請求項１０２】
第1の糖プロファイルを有する第1の糖タンパク質と第2の糖プロファイルを有する第2の糖タンパク質との間の糖プロファイルの相違を検出する能力を有する候補試薬を同定する方法であって、一方または両方の糖タンパク質が50pmol未満の量で存在する方法であり、
第1の糖タンパク質を一つまたは複数の候補試薬と接触させる工程、
任意で、第2の糖タンパク質を該一つまたは複数の候補試薬と接触させる工程、および
第1の糖タンパク質と第2の糖タンパク質との間の糖プロファイルの相違を検出する該一つまたは複数の候補試薬の能力を評価する工程、
を含む方法。
【請求項１０３】
一つまたは複数の候補試薬が、レクチン、抗体、および多糖結合ペプチドからなる群より選択される、請求項102記載の方法。
【請求項１０４】
多糖結合ペプチドがファージディスプレイによって単離される、請求項103記載の方法。
【請求項１０５】
第1の糖タンパク質の糖プロファイルを決定することをさらに含む、請求項102記載の方法。
【請求項１０６】
第2の糖タンパク質の糖プロファイルを決定することをさらに含む、請求項102記載の方法。
【請求項１０７】
第1および第2の糖タンパク質が異なる臨床状態を有する被験者から得られる、請求項102記載の方法。
【請求項１０８】
異なる臨床状態が、正常状態、良性過形成障害を有する状態、前癌性障害を有する状態、癌を有する状態、転移性癌を有する状態、寛解状態、癌から回復した状態、前癌性障害から回復した状態、転移性癌から回復した状態、および死亡状態を含む、請求項107記載の方法。
【請求項１０９】
第1および第2の糖タンパク質が同じタンパク質コアを有する、請求項102記載の方法。