【手続補正書】
【提出日】平成19年10月11日(2007.10.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
質量分析により生物由来分子を同定する方法であって、
生物由来分子の質量又は質量対電荷比を正確に決定する工程、
前記生物由来分子の第１の物理化学的性質を決定する工程であって、前記第１の物理化学的性質は前記分子の気相中におけるイオン移動度を含む工程、
インデックスを生成する工程であって、前記インデックスは（ｉ）正確に決定された生物由来分子の質量又は質量対電荷比、及び、（ｉｉ）前記生物由来分子の前記第１の物理化学的性質であって前記第１の物理化学的性質が前記分子の気相におけるイオン移動度を含む工程、並びに
前記インデックスを用いて生物由来分子を同定する工程を含むことを特徴とする、
生物由来分子の同定方法。
【請求項２】
前記第１の物理化学的性質が計算される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記インデックスは第２の物理化学的性質を含み、前記方法は前記第２の物理化学的性質を決定する工程をさらに含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記第２の物理化学的性質が、（ｉ）溶出時間（ｅｌｕｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）、疎水性、親水性、移動時間（ｍｉｇｒａｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）、又はクロマトグラフィー保持時間（ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｉｃ  ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）；（ｉｉ）溶解度；（ｉｉｉ）分子体積又はサイズ；（ｉｖ）正味電荷（ｎｅｔ  ｃｈａｒｇｅ）、荷電状態（ｃｈａｒｇｅ  ｓｔａｔｅ）、イオン電荷、又は複合的な実測荷電状態；（ｖ）等電点（ｐＩ）；（ｖｉ）解離定数（ｐＫａ）；（ｖｉｉ）抗体親和力；（ｖｉｉｉ）電気泳動移動度；（ｉｘ）イオン化ポテンシャル；（ｘ）双極子モーメント；及び（ｘｉ）水素結合可能性（ｈｙｄｒｏｇｅｎ−ｂｏｎｄｉｎｇ  ｃａｐａｂｉｌｉｔｙ）又は水素結合能力（ｈｙｄｒｏｇｅｎ−ｂｏｎｄｉｎｇ  ｃａｐａｃｉｔｙ）からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記第２の物理化学的性質が計算される、請求項３又は４に記載の方法。
【請求項６】
前記インデックスは第３の物理化学的性質を含み、前記方法は前記第３の物理化学的性質を決定する工程をさらに含む、請求項３から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記第３の物理化学的性質が、（ｉ）溶出時間（ｅｌｕｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）、疎水性、親水性、移動時間（ｍｉｇｒａｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）、又はクロマトグラフィー保持時間（ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｉｃ  ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）；（ｉｉ）溶解度；（ｉｉｉ）分子体積又はサイズ；（ｉｖ）正味電荷（ｎｅｔ  ｃｈａｒｇｅ）、荷電状態（ｃｈａｒｇｅ  ｓｔａｔｅ）、イオン電荷、又は複合的な実測荷電状態；（ｖ）等電点（ｐＩ）；（ｖｉ）解離定数（ｐＫａ）；（ｖｉｉ）抗体親和力；（ｖｉｉｉ）電気泳動移動度；（ｉｘ）イオン化ポテンシャル；（ｘ）双極子モーメント；及び（ｘｉ）水素結合可能性（ｈｙｄｒｏｇｅｎ−ｂｏｎｄｉｎｇ  ｃａｐａｂｉｌｉｔｙ）又は水素結合能力（ｈｙｄｒｏｇｅｎ−ｂｏｎｄｉｎｇ  ｃａｐａｃｉｔｙ）からなる群から選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記第３の物理化学的性質が計算される、請求項６又は７に記載の方法。
【請求項９】
前記インデックスは第４の物理化学的性質を含み、前記方法は前記第４の物理化学的性質を決定する工程をさらに含む、請求項６から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記第４の物理化学的性質が、（ｉ）溶出時間（ｅｌｕｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）、疎水性、親水性、移動時間（ｍｉｇｒａｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）、又はクロマトグラフィー保持時間（ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｉｃ  ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）；（ｉｉ）溶解度；（ｉｉｉ）分子体積又はサイズ；（ｉｖ）正味電荷（ｎｅｔ  ｃｈａｒｇｅ）、荷電状態（ｃｈａｒｇｅ  ｓｔａｔｅ）、イオン電荷、又は複合的な実測荷電状態；（ｖ）等電点（ｐＩ）；（ｖｉ）解離定数（ｐＫａ）；（ｖｉｉ）抗体親和力；（ｖｉｉｉ）電気泳動移動度；（ｉｘ）イオン化ポテンシャル；（ｘ）双極子モーメント；及び（ｘｉ）水素結合可能性（ｈｙｄｒｏｇｅｎ−ｂｏｎｄｉｎｇ  ｃａｐａｂｉｌｉｔｙ）又は水素結合能力（ｈｙｄｒｏｇｅｎ−ｂｏｎｄｉｎｇ  ｃａｐａｃｉｔｙ）からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記第４の物理化学的性質が計算される、請求項９又は１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記インデックスは第５の物理化学的性質を含み、前記方法は第５の物理化学的性質を決定する工程をさらに含む、請求項９から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記第５の物理化学的性質が、（ｉ）溶出時間（ｅｌｕｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）、疎水性、親水性、移動時間（ｍｉｇｒａｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）、又はクロマトグラフィー保持時間（ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｉｃ  ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ  ｔｉｍｅ）；（ｉｉ）溶解度；（ｉｉｉ）分子体積又はサイズ；（ｉｖ）正味電荷（ｎｅｔ  ｃｈａｒｇｅ）、荷電状態（ｃｈａｒｇｅ  ｓｔａｔｅ）、イオン電荷又は複合的な実測荷電状態；（ｖ）等電点（ｐＩ）；（ｖｉ）解離定数（ｐＫａ）；（ｖｉｉ）抗体親和力；（ｖｉｉｉ）電気泳動移動度；（ｉｘ）イオン化ポテンシャル；（ｘ）双極子モーメント；及び（ｘｉ）水素結合可能性（ｈｙｄｒｏｇｅｎ−ｂｏｎｄｉｎｇ  ｃａｐａｂｉｌｉｔｙ）又は水素結合能力（ｈｙｄｒｏｇｅｎ−ｂｏｎｄｉｎｇ  ｃａｐａｃｉｔｙ）からなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記第５の物理化学的性質が計算される、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記分子の質量対電荷比が、２０ｐｐｍ、１９ｐｐｍ、１８ｐｐｍ、１７ｐｐｍ、１６ｐｐｍ、１５ｐｐｍ、１４ｐｐｍ、１３ｐｐｍ、１２ｐｐｍ、１１ｐｐｍ、１０ｐｐｍ、９ｐｐｍ、８ｐｐｍ、７ｐｐｍ、６ｐｐｍ、５ｐｐｍ、４ｐｐｍ、３ｐｐｍ、２ｐｐｍ、１ｐｐｍ、又は＜１ｐｐｍまでの範囲で決定される、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記分子の質量対電荷比が、１５−２０ｐｐｍ、１０−１５ｐｐｍ、５−１０ｐｐｍ又は１〜５ｐｐｍまでの範囲で決定される、請求項１から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記分子における前記質量対電荷比が、０．０１マスユニット、０．００９マスユニット、０．００８マスユニット、０．００７マスユニット、０．００６マスユニット、０．００５マスユニット、０．００４マスユニット、０．００３マスユニット、０．００２マスユニット、０．００１マスユニット、又は＜０．００１マスユニットまでの範囲で決定される、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
比較的低い（ｌｏｗｅｒ）閾値より下の質量又は質量対電荷比を有する分子に対し、相対的に低い優先順位を割り当てる工程をさらに含む、請求項１から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記比較的低い閾値が、（ｉ）＜５００ダルトン；（ｉｉ）５００−１０００ダルトン；（ｉｉｉ）１０００−１５００ダルトン；（ｉｖ）１５００−２０００ダルトン；（ｖ）２０００−２５００ダルトン；（ｖｉ）２５００−３０００ダルトン；及び（ｖｉｉ）３０００−３５００ダルトンの範囲である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記比較的低い閾値が、６、７、８、９、１０、１１又は１２未満のアミノ酸を有するペプチドの質量又は質量対電荷比と対応する、請求項１８又は１９に記載の方法。
【請求項２１】
比較的高い（ｕｐｐｅｒ）閾値を超える質量または質量対電荷比を有する分子に対し、相対的に低い優先順位を割り当てる工程をさらに含む、請求項１８から２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記比較的高い閾値が、（ｉ）５０００−５５００ダルトン；（ｉｉ）５５００−６０００ダルトン；（ｉｉｉ）６０００−６５００ダルトン；（ｉｖ）６５００−７０００ダルトン；（ｖ）７０００−７５００ダルトン；（ｖｉ）７５００−８０００ダルトン；（ｖｉｉ）８０００−８５００ダルトン；（ｖｉｉｉ）８５００−９０００ダルトン；（ｉｘ）９０００−９５００ダルトン；（ｘ）９５００−１００００ダルトン；（ｘｉ）１００００−１０５００ダルトン；（ｘｉｉ）１０５００−１１０００ダルトン；（ｘｉｉｉ）１１０００−１１５００ダルトン；（ｘｉｖ）１１５００−１２０００ダルトン；（ｘｖ）１２０００−１２５００ダルトン；（ｘｖｉ）１２５００−１３０００ダルトン；（ｘｖｉｉ）１３０００−１３５００ダルトン；（ｘｖｉｉｉ）１３５００−１４０００ダルトン；（ｘｉｘ）１４０００−１４５００ダルトン；（ｘｘ）１４５００−１５０００ダルトン；（ｘｘｉ）１５０００−１５５００；（ｘｘｉｉ）１５５００−１６０００ダルトン；（ｘｘｉｉｉ）１６０００−１６５００ダルトン；及び（ｘｉｖ）＞１６５００ダルトンの範囲である、請求項２１記載の方法。