【手続補正書】
【提出日】平成18年12月25日(2006.12.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌を診断するために、患者から得た試料中の複数の転写モジュレーターの各々の少なくとも１種のスプライス変異体の発現を判定する方法であって、前記スプライス変異体の各々の発現が相応する転写モジュレーターの野生タイプイソ型の発現と区別され、且つ前記スプライス変異体の発現パターンが癌を指標することを特徴とする、方法。
【請求項２】
前記複数の転写モジュレーターの少なくとも１種の複数のスプライス変異体の発現を判定することをさらに含み、前記スプライス変異体の各々の発現が相応する転写モジュレーターの野生タイプイソ型の発現と区別され、且つ前記スプライス変異体の発現パターンが癌を指標し得る、請求項１記載の方法。
【請求項３】
癌を診断するために、患者から得た試料中の少なくとも１種の転写モジュレーターの複数のスプライス変異体の発現を判定する方法であって、前記スプライス変異体の各々の発現が相応する転写モジュレーターの野生タイプイソ型の発現と区別され、且つ前記スプライス変異体の発現パターンが癌を指標することを特徴とする、方法。
【請求項４】
複数の転写モジュレーターの複数のスプライス変異体の発現を判定することをさらに含み、前記スプライス変異体の各々の発現が相応する転写モジュレーターの野生タイプイソ型の発現と区別され、且つ前記スプライスの発現パターンが癌を指標し得る、請求項３記載の方法。
【請求項５】
前記スプライス変異体の発現パターンが、肺癌、胃腸癌、乳癌、前立腺癌、皮膚癌、肉腫、内分泌腺癌、神経癌、膀胱癌、子宮頚癌、腎臓癌および造血器癌からなる群から選ばれる少なくとも１種の癌を指標し得る、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項６】
前記転写モジュレーターの１種以上を、NRSF、MDM2 TSG、RREB、ZNF207、TTF-1、GTFIIIA、HES-6、HRY、Msx2、Neu、NeuroD1、Mash-1およびIrx2からなる群から選択する、請求項１、２または４記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも１種の転写モジュレーターを、NRSF、MDM2 TSG、RREB、ZNF207、TTF-1、GTFIIIA、HES-6、HRY、Msx2、Neu、NeuroD1、Mash-1およびIrx2からなる群から選択する、請求項３記載の方法。
【請求項８】
１種以上の前記スプライス変異体を、ジーンバンク受託番号AF228045、NM 006878、NM 006879、NM 006880、NM 006880、AY207474、AI924329、NP 002946、AI870134、BAA23529、BAA23529、BC006221、BC006221、NM 003317、NM 003317、U14134、NP 002088、AK075040、BC039152、AF264785、X69295、D31771に示されている配列、および下記に示すスプライス変異体ペプチド配列からなる群から選択する、請求項１、２または４のいずれか１項記載の方法。
2006524035.tif 000001
2006524035.tif 000002
2006524035.tif 000003
【請求項９】
前記複数のスプライス変異体の１種を、ジーンバンク受託番号AF228045、NM 006878、NM 006879、NM 006880、NM 006880、AY207474、AI924329、NP 002946、AI870134、BAA23529、BAA23529、BC006221、BC006221、NM 003317、NM 003317、U14134、NP 002088、AK075040、BC039152、AF264785、X69295、D31771に示されている配列、および下記に示すスプライス変異体ペプチド配列からなる群から選択する、請求項３記載の方法。
2006524035.tif 000004
2006524035.tif 000005
2006524035.tif 000006
【請求項１０】
前記スプライス変異体の発現パターンを同時に判定する、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも１種のスプライス変異体発現の前記判定が、前記少なくとも１種のスプライス変異体をコード化する少なくとも１種のmRNAの発現を判定することを含む、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも１種のmRNAの判定が、核酸アレーの使用を含む、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
前記少なくとも１種のmRNAの判定が、RT-PCRの使用を含む、請求項１１記載の方法。
【請求項１４】
少なくとも１種のスプライス変異体発現の前記判定が、サンプル中の自己抗体の存在を判定することを含み、該自己抗体が前記少なくとも１種のスプライス変異体に特異的に結合する、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項１５】
前記自己抗体の存在の判定が、前記自己抗体に特異的に結合するペプチドの使用を含む、請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
前記ペプチドが、RTHSVGYGYHLVIFTRV、QETLDLDAGVSEH、SEQETLDYWKCT、MKEVLDAGVSEHS、ETLVRQESEDYS、KMVSKFLTMAVP、SPGCISPQPA、HMLTHTDSQSDAG、HKKLYTGLPPVPGA、PRFPAISRFMGPAS、APLPTAPGRKRRVLF、APLPSAPRRKRRV、AGGRSSPGRLSRR、HRYKMKRQAKDKA、AHPGHQPGSAGQSPDL、KRSLASHLSGYIP、EKREFGLSSQWIYP、VTPARRRTSLPAPLS、SPVAASVNTTPDK、SPVAATPASVNTTP、KESPAVPPEGASAG、KEASPLPAESASAG、GHPQNLKDSELV、MNAEEBSLRNGG、MRCKRRLNSSGFおよびCKRLLFRRMYDRからなる群から選ばれたアミノ酸配列を含む、請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
前記ペプチドが、RTHSVGYGYHLVIFTRV、QETLDLDAGVSEH、SEQETLDYWKCT、MKEVLDAGVSEHS、ETLVRQESEDYS、KMVSKFLTMAVP、SPGCISPQPA、HMLTHTDSQSDAG、HKKLYTGLPPVPGA、PRFPAISRFMGPAS、APLPTAPGRKRRVLF、APLPSAPRRKRRV、AGGRSSPGRLSRR、HRYKMKRQAKDKA、AHPGHQPGSAGQSPDL、KRSLASHLSGYIP、EKREFGLSSQWIYP、VTPARRRTSLPAPLS、SPVAASVNTTPDK、SPVAATPASVNTTP、KESPAVPPEGASAG、KEASPLPAESASAG、GHPQNLKDSELV、MNAEEBSLRNGG、MRCKRRLNSSGFおよびCKRLLFRRMYDRからなる群から選ばれたアミノ酸配列から本質的になる、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
ペプチドアレーの使用をさらに含む、請求項１５〜１７のいずれか１項記載の方法。
【請求項１９】
前記スプライス変異体の発現パターンが癌サブタイプを指標し得る、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項２０】
癌の予後の判定のために、患者から得られた試料中の複数の転写モジュレーターの各々の少なくとも１種のスプライス変異体の発現を判定する方法であって、前記スプライス変異体の発現パターンが癌サブタイプを指標することを特徴とする、方法。
【請求項２１】
癌の予後の判定のために、患者から得られた試料中の少なくとも１種の転写モジュレーターの複数のスプライス変異体の発現を判定する方法であって、前記スプライス変異体の発現パターンが癌サブタイプを指標することを特徴とする、方法。
【請求項２２】
下記に示すヌクレオチド配列を含む、転写モジュレータースプライス変異体をコード化する核酸。
2006524035.tif 000007
【請求項２３】
請求項２２記載の核酸によってコード化されたアミノ酸配列を含む、転写モジュレータースプライス変異体。
【請求項２４】
下記に示すヌクレオチド配列を含む、転写モジュレータースプライス変異体をコード化する核酸。
2006524035.tif 000008
【請求項２５】
請求項２４記載の核酸によってコード化されたアミノ酸配列を含む、転写モジュレータースプライス変異体。
【請求項２６】
下記に示すヌクレオチド配列を含む、転写モジュレータースプライス変異体をコード化する核酸。
2006524035.tif 000009
【請求項２７】
請求項２６記載の核酸によってコード化されたアミノ酸配列を含む、転写モジュレータースプライス変異体。
【請求項２８】
下記に示すヌクレオチド配列を含む、転写モジュレータースプライス変異体をコード化する核酸。
2006524035.tif 000010
【請求項２９】
請求項２８記載の核酸によってコード化されたアミノ酸配列を含む、転写モジュレータースプライス変異体。
【請求項３０】
請求項２３、２５および２９記載の転写モジュレータースプライス変異体からなる群から選ばれた転写モジュレータースプライス変異体に特異的に結合する抗体。
【請求項３１】
請求項２３、２５および２９記載の転写モジュレータースプライス変異体からなる群から選ばれた転写モジュレータースプライス変異体に特異的に結合する抗体に特異的に結合するが、相応する転写モジュレーターの野生タイプイソ型には特異的に結合しないペプチド。
【請求項３２】
GHPQNLKDSELV、MNAEEBSLRNGG、MRCKRRLNSSGF、およびCKRLLRFRRMYDRからなる群から選ばれたアミノ酸配列を含む、請求項３１記載のペプチド。
【請求項３３】
GHPQNLKDSELV、MNAEEBSLRNGG、MRCKRRLNSSGF、およびCKRLLRFRRMYDRからなる群から選ばれたアミノ酸配列から本質的になる、請求項３１記載のペプチド。
【請求項３４】
第１の転写モジュレーターのスプライス変異体を認識する自己抗体と結合し得る第１のペプチドおよび第２の転写モジュレーターのスプライス変異体を認識する自己抗体と結合し得る第２のペプチドを少なくとも含み；前記第１と第２のペプチドが前記第１と第２の転写モジュレーターの野生タイプイソ型を認識する各自己抗体には特異的に結合しないことを特徴とする、癌検出用の診断アレー。
【請求項３５】
転写モジュレーターの第１のスプライス変異体を認識する自己抗体と結合し得る第１のペプチドおよび前記転写モジュレーターの第２のスプライス変異体を認識する自己抗体と結合し得る第２のペプチドを少なくとも含み；前記第１と第２のペプチドが前記第１と第２の転写モジュレーターの野生タイプイソ型を認識する各自己抗体には特異的に結合しないことを特徴とする、癌検出用の診断アレー。
【請求項３６】
前記各ペプチドを固形支持体に拡散しないように結合させる、請求項３４または３５記載のアレー。