【手続補正書】
【提出日】平成18年12月21日(2006.12.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ｉ）配列番号３６、配列番号６、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２４、配列番号３０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号５２、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６６、配列番号７２、配列番号７８、配列番号８０、および配列番号８６の配列、またはその断片からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む少なくとも１種のポリペプチドの発現レベルを検出する工程；
（ｉｉ）試験サンプルにおける該ポリペプチドの発現レベルと、正常細胞サンプルにおける該ポリペプチドの発現レベルとを比較する工程であって、ここで該正常細胞サンプルにおける該ポリペプチドの発現レベルに対する該試験細胞サンプルにおける該ポリペプチドの変化した発現レベルが、該試験細胞サンプルにおける癌の存在を示す、工程、
を包含する、試験細胞サンプルにおけるポリペプチドの発現に関連する癌を検出する方法。
【請求項２】
（ｉ）配列番号３６、配列番号６、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２４、配列番号３０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号５２、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６６、配列番号７２、配列番号７８、配列番号８０、および配列番号８６の配列またはその断片からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む少なくとも１種のポリペプチドの活性レベルを検出する工程であって、ここで該活性が、表１５に掲げられたポリペプチドに関する少なくとも１つの活性に対応する、工程；
（ｉｉ）試験サンプルにおける該ポリペプチドの活性レベルと正常細胞サンプルにおける該ポリペプチド活性レベルとを比較する工程であって、ここで該正常細胞サンプルにおける該ポリペプチド活性レベルに対する該試験細胞サンプルにおける該ポリペプチドの変化した活性レベルが、該試験細胞サンプルにおける癌の存在を示す、工程、
を包含する、試験細胞サンプルにおけるポリペプチドの発現に関連する癌を検出する方法。
【請求項３】
（ｉ）配列番号３６、配列番号６、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２４、配列番号３０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号５２、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６６、配列番号７２、配列番号７８、配列番号８０、および配列番号８６の配列またはその抗原断片からなる群から選択される抗原ポリペプチドに対する抗体レベルを検出する工程；
（ｉｉ）試験サンプルにおける該抗体レベルと対照サンプルにおける該抗体レベルとを比較する工程であって、ここで該対照サンプルにおける該抗体レベルに対する該試験サンプルにおける変化した該抗体レベルが、該試験血清サンプルにおける癌の存在を示す、工程、
を包含する、試験血清サンプルにおける抗体の存在に関連する癌を検出する方法。
【請求項４】
ａ）第１の個体の第１の組織タイプにおいて、配列番号３４、配列番号４、配列番号１０、配列番号１６、配列番号２２、配列番号２８、配列番号４０、配列番号５０、配列番号５６、配列番号６４、配列番号７０、配列番号７６、および配列番号８４の配列からなる群から選択される核酸配列を含む１つ以上の遺伝子の発現を決定する工程；および
ｂ）該第１の個体の第２の正常組織タイプ、または第２の無影響個体に由来する該遺伝子（単数または複数）の該発現を比較する工程、
を包含し、
ここで該発現における差異は、該第１の個体が癌を有することを示す、
癌をエキソビボで診断する方法。
【請求項５】
患者のサンプルにおける遺伝子の差異的発現の存在を検出する工程を包含する、患者における癌を診断する方法であって、該遺伝子は、配列番号３４、配列番号４、配列番号１０、配列番号１６、配列番号２２、配列番号２８、配列番号４０、配列番号５０、配列番号５６、配列番号６４、配列番号７０、配列番号７６、および配列番号８４のからなる群から選択されるヌクレオチド配列を含み、ここで該サンプルにおける該遺伝子の差異的発現の存在は、癌を有する患者を示す、方法。
【請求項６】
前記遺伝子発現のレベルは、配列番号３５、配列番号５、配列番号１１、配列番号１７、配列番号２３、配列番号２９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号５１、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６５、配列番号７１、配列番号７７、配列番号７９、および配列番号８５、またはその相相補体からなる群より選択される配列を有する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記差異的発現は、対照と比較して前記遺伝子の発現のアップレギュレートである、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
（ａ）配列番号３４、配列番号４、配列番号１０、配列番号１６、配列番号２２、配列番号２８、配列番号４０、配列番号５０、配列番号５６、配列番号６４、配列番号７０、配列番号７６、および配列番号８４の配列またはその断片からなる群から選択される核酸配列によりコードされた癌関連（ＣＡ）遺伝子を発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）該細胞を候補抗癌剤と接触させる工程；および
（ｃ）該ＣＡポリヌクレオチドの発現について該候補抗癌剤の効果をモニターする工程、
を包含する、候補薬剤の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項９】
前記ＣＡ遺伝子が、配列番号３５、配列番号５、配列番号１１、配列番号１７、配列番号２３、配列番号２９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号５１、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６５、配列番号７１、配列番号７７、配列番号７９、および配列番号８５の配列からなる群から選択される少なくとも１種の核酸配列を含む、請求項８に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項１０】
（ｄ）前記候補薬剤の不在下の発現レベルを、該候補薬剤の存在下での発現レベルと比較する工程、
をさらに包含する、請求項８に記載の抗癌活性をスクリーニングする方法。
【請求項１１】
ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）の活性を変調できる生物活性剤をスクリーニング方法であって、ここで該ＣＡＰが、配列番号３５、配列番号５、配列番号１１、配列番号１７、配列番号２３、配列番号２９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号５１、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６５、配列番号７１、配列番号７７、配列番号７９、および配列番号８５の配列からなる群から選択される核酸配列を含む、核酸によってコードされ、該方法は、
ａ）該ＣＡＰと候補生物活性剤とを組合わせる工程；および
ｂ）該ＣＡＰの生物活性に対する該候補薬剤の効果を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１２】
前記生物活性剤が、前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）の発現に影響を及ぼす、請求項１１に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項１３】
前記生物活性剤が、前記ＣＡ蛋白質（ＣＡＰ）の活性に影響を及ぼし、このような活性が、表１５に掲げた活性から選択される、請求項１１に記載の生物活性剤をスクリーニングする方法。
【請求項１４】
タンパク質の活性をインビトロで阻害または中和するための方法であって、該タンパク質は、配列番号３５、配列番号５、配列番号１１、配列番号１７、配列番号２３、配列番号２９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号５１、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６５、配列番号７１、配列番号７７、配列番号７９、および配列番号８５からなる群より選択される核酸配列を含む核酸によってコードされ、該方法は、阻害剤を該タンパク質に結合する工程を包含する、方法。
【請求項１５】
前記タンパク質は、配列番号３６、配列番号６、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２４、配列番号３０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号５２、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６６、配列番号７２、配列番号７８、配列番号８０、および配列番号８６からなる群より選択される配列を有する、請求項８５に記載の方法。
【請求項１６】
癌を処置するための医薬品の製造におけるＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の阻害剤の使用であって、ここで該ＣＡＰは、配列番号３４、配列番号４、配列番号１０、配列番号１６、配列番号２２、配列番号２８、配列番号４０、配列番号５０、配列番号５６、配列番号６４、配列番号７０、配列番号７６、および配列番号８４の配列からなる群より選択される核酸配列を含む核酸によってコードされる、使用。
【請求項１７】
前記ＣＡタンパク質（ＣＡＰ）の阻害剤は、該ＣＡタンパク質に結合する、請求項１６に記載の使用。
【請求項１８】
配列番号３５、配列番号５、配列番号１１、配列番号１７、配列番号２３、配列番号２９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号５１、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６５、配列番号７１、配列番号７７、配列番号７９、および配列番号８５のポリヌクレオチド配列、またはその相補体からなる群から選択される配列の少なくとも１０個連続するヌクレオチドを含む少なくとも１つのプローブ、
を含む、癌関連（ＣＡ）核酸を検出するマイクロアレイ。
【請求項１９】
配列番号３６、配列番号６、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２４、配列番号３０、配列番号４２、配列番号４４、配列番号４６、配列番号５２、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６６、配列番号７２、配列番号７８、配列番号８０、および配列番号８６の配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドに特異的に結合する、単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２０】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項１９に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２１】
前記抗体が、ポリクローナル抗体である、請求項１９に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２２】
前記抗体またはその断片が、検出可能な標識をさらに含む、請求項１９に記載の単離された抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２３】
前記抗体またはその断片が、治療剤に結合する、請求項１９に記載の抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２４】
請求項２０に記載のモノクローナル抗体を産生する、ハイブリドーマ。
【請求項２５】
請求項１９〜２３のいずれか１項に記載の抗体または抗原結合断片および製薬的に許容できる賦形剤を含む、製薬組成物。
【請求項２６】
請求項１９〜２３のいずれか１項に記載の抗体または抗原結合断片を含む、癌細胞を検出するキット。
【請求項２７】
試験サンプルにおける癌の存在を診断するキットであって、配列番号３５、配列番号５、配列番号１１、配列番号１７、配列番号２３、配列番号２９、配列番号４１、配列番号４３、配列番号４５、配列番号５１、配列番号５７、配列番号５９、配列番号６５、配列番号７１、配列番号７７、配列番号７９、および配列番号８５のポリヌクレオチド配列、その断片、またはそれらの相補体からなる群から選択される配列に選択的にハイブリダイズする少なくとも１種のポリヌクレオチドを含む、キット。
【請求項２８】
個体における癌細胞の有無を検出する方法であって、
該個体に由来する細胞と、請求項１９〜２３のいずれかに記載の抗体またはその抗原結合断片とをエキソビボで接触させる工程；および
該癌細胞に由来するＣＡＰと該抗体との複合体を検出する工程、
を包含し、
ここで該複合体の検出は、該個体における癌細胞の存在と関係がある、方法。
【請求項２９】
個体における癌細胞の有無を検出するための医薬品の製造における請求項１９〜２３のいずれか１項に記載の抗体または抗原結合断片の使用。
【請求項３０】
個体における癌細胞の増殖を阻害するための医薬品の製造における請求項１９〜２３のいずれか１項に記載の抗体または抗原結合断片の使用。
【請求項３１】
個体において治療剤を癌細胞に送達するための医薬品の製造における請求項１９〜２３のいずれか１項に記載の抗体または抗原結合断片の使用。