【手続補正書】
【提出日】平成19年7月2日(2007.7.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸合成を阻害するための組成物であって、該組成物は、ポリメラーゼ活性を有する酵素と結合し得る核酸インヒビター、または該酵素に対する親和性を有する核酸インヒビターを含む、組成物。
【請求項２】
前記核酸インヒビターがヘアピンを形成するか、または二本鎖核酸分子を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
請求項１に記載の組成物であって、ここで、前記酵素に対する前記核酸インヒビターの結合または親和性が、核酸の合成、増幅または配列決定のための条件下で阻害されるか、減少されるか、実質的に減少されるか、または排除される、組成物。
【請求項４】
前記核酸インヒビターが、前記酵素と複合体を形成し得る、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
ポリメラーゼ活性を有する１つ以上の酵素をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
前記酵素が好熱性である、請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
請求項１に記載の組成物であって、ここで前記核酸インヒビターが、核酸の合成、増幅または配列決定のための条件下で変性されているか、または阻害する能力を減少されている、組成物。
【請求項８】
請求項５に記載の組成物であって、ここで、核酸ポリメラーゼ活性を有する前記酵素が、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼおよび逆転写酵素からなる群から選択される、組成物。
【請求項９】
前記ＤＮＡポリメラーゼが、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｎｅ  ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｍａ  ＤＮＡポリメラーゼ、Ｐｆｕ  ＤＮＡポリメラーゼ、ＶＥＮＴTM  ＤＮＡポリメラーゼ、ＤＥＥＰＶＥＮＴTM  ＤＮＡポリメラーゼ、ＫＯＤ  ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｆｌ  ＤＮＡポリメラーゼおよびＴｔｈ  ＤＮＡポリメラーゼ、ならびにそれらの変異体、改変体および誘導体からなる群より選択される、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
前記逆転写酵素が、Ｍ−ＭＬＶ逆転写酵素、ＲＳＶ逆転写酵素、ＡＭＶ逆転写酵素、ＲＡＶ逆転写酵素、ＭＡＶ逆転写酵素およびＨＩＶ逆転写酵素、ならびにそれらの変異体、改変体および誘導体からなる群より選択される、請求項８に記載の組成物。
【請求項１１】
前記逆転写酵素が、ＲＮａｓｅ  Ｈ活性を実質的に減少されている、請求項８に記載の組成物。
【請求項１２】
核酸分子を合成するための方法であって、以下：
１つ以上の請求項１に記載の核酸インヒビターおよび１つ以上のテンプレートを、ポリメラーゼ活性を有する少なくとも１つの酵素と混合する工程；ならびに
該テンプレートの全てまたは一部に相補的な１つ以上の第１の核酸分子を合成するのに十分な条件下で、該混合物をインキュベートする工程、
を包含する、方法。
【請求項１３】
核酸合成を妨げる条件下、および／またはポリメラーゼ活性を有する前記酵素への前記核酸インヒビターの結合を可能にする条件下で、前記混合する工程が達成される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記核酸インヒビターの阻害作用を減少させるのに十分な条件下、および／あるいはポリメラーゼ活性を有する前記酵素への該核酸インヒビターの結合を阻害するか、減少するか、実質的に減少するか、または排除するのに十分な条件下で、前記第１の核酸分子の合成が達成される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
１以上のヌクレオチドおよび１以上のプライマーからなる群より選択される、少なくとも１つの成分の存在下で、前記合成が達成される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記テンプレートが、二本鎖核酸分子である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
１つ以上の前記第１の核酸分子を、該第１の核酸分子の全てまたは一部に相補的な１つ以上の第２の核酸分子を作製するのに十分な条件下でインキュベートする工程をさらに包含する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１８】
請求項１２に記載の方法に従って作製された、核酸分子。
【請求項１９】
核酸分子を増幅するための方法であって、以下：
請求項１に記載の少なくとも１つの核酸インヒビターを、ポリメラーゼ活性を有する１つ以上の酵素および１つ以上のテンプレートと混合する工程；ならびに
該テンプレートの全てまたは一部に相補的な１つ以上の核酸分子を増幅するのに十分な条件下で、該混合物をインキュベートする工程、
を包含する、方法。
【請求項２０】
核酸増幅を妨げるのに十分な条件下、および／またはポリメラーゼ活性を有する前記酵素への前記核酸インヒビターの結合を可能にするのに十分な条件下で、前記混合する工程が達成される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記核酸インヒビターを変性するのに十分な条件下、または増幅を阻害する前記インヒビターの能力を減少するのに十分な条件下で、前記増幅工程が達成される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記増幅工程が、１つ以上のヌクレオチドおよび１つ以上のプライマーからなる群から選択される少なくとも１つの成分の存在下において達成される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
前記テンプレートが、二本鎖核酸分子である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
請求項１９に記載の方法に従って作製された核酸分子。
【請求項２５】
核酸分子を配列決定するための方法であって、以下：
配列決定される少なくとも１つの核酸分子を、１以上の請求項１に記載の核酸インヒビター、ポリメラーゼ活性を有する１以上の酵素および１以上の終結因子と混合する工程；
配列決定される該分子の全てまたは一部に相補的な分子の集団を合成するのに十分な条件下で、該混合物をインキュベートする工程；ならびに
該集団を分離して、該配列決定される分子の全てまたは一部のヌクレオチド配列を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２６】
合成を妨げるのに十分な条件下、および／またはポリメラーゼ活性を有する前記酵素への前記核酸インヒビターの結合を可能にするのに十分な条件下で、前記混合する工程が達成される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記合成が、前記核酸インヒビターを変性するのに十分な条件下、および／または該核酸インヒビターの阻害作用を減少するのに十分条件下において達成される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
前記合成が、１つ以上のヌクレオチドおよび１つ以上のプライマーからなる群から選択される少なくとも１つの成分の存在下において達成される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
前記配列決定される分子が二本鎖核酸分子である、請求項２５に記載の方法。
【請求項３０】
核酸分子の合成、増幅または配列決定において使用するためのキットであって、該キットは、１つ以上の請求項１に記載の核酸インヒビターを含む、キット。
【請求項３１】
請求項３０に記載のキットであって、該キットは、１つ以上のヌクレオチド、１つ以上のＤＮＡポリメラーゼ、１つ以上の逆転写酵素、１つ以上の適切な緩衝液、１つ以上のプライマーおよび１つ以上の終結因子からなる群から選択される１つ以上の成分をさらに含む、キット。
【請求項３２】
二本鎖ＤＮＡ分子を増幅するための方法であって、以下：
第１のプライマーおよび第２のプライマーならびに請求項１に記載の１つ以上の核酸インヒビターを、該インヒビターが核酸合成を妨げるかもしくは阻害するような条件下で提供する工程であって、ここで、該第１のプライマーは、該ＤＮＡ分子の第１の鎖の３’末端以内または３’末端または３’末端近辺の配列に相補的であり、かつ該第２のプライマーは、該ＤＮＡ分子の第２の鎖の３’末端以内または３’末端または３’末端近辺の配列に相補的である、工程；
該第１のプライマーを該第１の鎖にハイブリダイズさせ、そして該第２のプライマーを該第２の鎖にハイブリダイズさせ、ハイブリダイズした分子を形成する工程；
該第１の鎖の全てまたは一部に相補的な第３のＤＮＡ分子および該第２の鎖の全てまたは一部に相補的な第４のＤＮＡ分子の合成を可能にするのに十分な条件下で、該ハイブリダイズした分子をインキュベートする工程；
該第１の鎖および該第３の鎖、ならびに該第２の鎖および該第４の鎖を変性させる工程；ならびに
工程（ａ）〜（ｃ）または（ｄ）を、１回以上繰り返す工程、
を包含する、方法。
【請求項３３】
ｍＲＮＡからｃＤＮＡを調製する方法であって、以下：
１つ以上のｍＲＮＡテンプレート、１つ以上の逆転写酵素を、１つ以上の請求項１に記載の核酸インヒビターと混合する工程；および
該テンプレートの全てまたは一部に相補的な１つ以上のｃＤＮＡ分子を合成するのに十分な条件下で、該混合物をインキュベートする工程、
を包含する、方法。
【請求項３４】
核酸の合成を妨げるのに十分な条件下、および／または前記逆転写酵素への前記核酸インヒビターの結合を可能にするのに十分な条件下で、前記混合する工程が達成される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
核酸の合成、増幅もしくは配列決定を阻害または妨げるための方法であって、該方法は以下：
１つ以上の請求項１に記載の核酸インヒビターを、ポリメラーゼ活性を有する１つ以上の酵素と混合する工程；ならびに
核酸の合成、増幅および／または配列決定を阻害または妨げるのに十分な条件で、該混合物をインキュベートする工程、
を包含する、方法。
【請求項３６】
５’部分および３’部分を含むオリゴヌクレオチドであって、ここで、該３’部分が一連の連続デオキシリボヌクレオチドまたはその誘導体を含み、かつ該５’部分が一連の連続リボヌクレオチドまたはその誘導体を含み、そして、該３’部分の全てまたは一部が、該５’部分の全てまたは一部と塩基対形成し得る、オリゴヌクレオチド。
【請求項３７】
前記５’部分が、５’オーバーハングを形成するリボヌクレオチドを含む、請求項３６に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３８】
前記３’部分の末端ヌクレオチドが、伸長不可であるような１つ以上の改変を含む、請求項３６に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３９】
前記改変が、前記ヌクレオチドの３’ヒドロキシルのリン酸化である、請求項３８に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４０】
１つ以上のヌクレアーゼに対して耐性であるように１つ以上の改変を含む、請求項３６に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４１】
前記改変がホスホロチオエートである、請求項４０に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４２】
前記改変がヒドロキシル基のメチル化である、請求項４０に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４３】
細胞内のポリメラーゼ酵素を阻害する方法であって、該方法は以下：
細胞内にオリゴヌクレオチドを導入する工程であって、該オリゴヌクレオチドは、５’部分および３’部分を含み、ここで該３’部分が一連の連続デオキシリボヌクレオチドまたはその誘導体を含み、かつ該５’部分が一連の連続リボヌクレオチドまたはその誘導体を含み、そして、該３’部分の全てまたは一部が、該５’部分の全てまたは一部と塩基対形成し得る、工程；および
該オリゴヌクレオチドを用いて該ポリメラーゼの阻害を引き起こす工程、
を包含する、方法。
【請求項４４】
前記オリゴヌクレオチドの前記５’部分が、５’オーバーハングを形成するリボヌクレオチドを含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記ポリメラーゼが逆転写酵素である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
前記ポリメラーゼがＨＩＶ逆転写酵素である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
ウイルスの複製を阻害する方法であって、該方法は、以下：
ウイルスを提供する工程であって、該ウイルスは逆転写酵素を含み、そして該ウイルスは複製のために該逆転写酵素の活性を必要とする、工程；
該逆転写酵素を、該逆転写酵素の活性を阻害し、それにより該ウイルスの複製を阻害するオリゴヌクレオチドと接触させる工程、
を包含する、方法。
【請求項４８】
請求項４７に記載の方法であって、ここで該オリゴヌクレオチドは、５’部分および３’部分を含み、該３’部分が一連の連続デオキシリボヌクレオチドまたはその誘導体を含み、かつ該５’部分が一連の連続リボヌクレオチドまたはその誘導体を含み、そして、該３’部分の全てまたは一部が、該５’部分の全てまたは一部と塩基対形成し得る、方法。
【請求項４９】
前記５’部分が、５’オーバーハングを形成するリボヌクレオチドを含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記ウイルスがＨＩＶである、請求項４７に記載の方法。
【請求項５１】
前記接触工程が、前記オリゴヌクレオチドを細胞内に導入する工程を包含する、請求項４７に記載の方法。
【請求項５２】
被験体におけるウイルス感染を処置する方法であって、該方法は、以下：
該被験体に、５’部分および３’部分を含むオリゴヌクレオチドを含む組成物を投与する工程であって、ここで、該３’部分が一連の連続デオキシリボヌクレオチドまたはその誘導体を含み、かつ該５’部分が一連の連続リボヌクレオチドまたはその誘導体を含み、そして、該３’部分の全てまたは一部が、該５’部分の全てまたは一部と塩基対形成し得る、工程、
を包含する、方法。
【請求項５３】
１つ以上の逆転写酵素と結合するか、または該酵素に対して親和性を有する、オリゴヌクレオチド。
【請求項５４】
１つ以上のリボヌクレオチドまたはその誘導体、および１つ以上のデオキシリボヌクレオチドまたはその誘導体を含む、請求項５３に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項５５】
前記オリゴヌクレオチドが、分解または消化に対して耐性である、請求項５３に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項５６】
１つ以上の逆転写酵素を阻害する方法であって、該方法は、以下：
サンプルまたは細胞を、１つ以上の逆転写酵素と結合する１つ以上のオリゴヌクレオチド、または該酵素に対して親和性を有する１つ以上のオリゴヌクレオチドと接触させて、該オリゴヌクレオチドに、該逆転写酵素のポリメラーゼ活性の阻害を引き起こさせる、工程、
を包含する、方法。
【請求項５７】
前記オリゴヌクレオチドが、該オリゴヌクレオチドの分解または消化を阻害または防止するための１つ以上の改変を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
被験体におけるウイルス感染を処置する方法であって、該方法は、以下：
請求項５３に記載のオリゴヌクレオチドの有効量を、該被験体に投与する工程；および
該オリゴヌクレオチドに、該被験体における該ウイルス感染を阻害または予防を引き起こさせる工程、
を包含する、方法。
【請求項５９】
請求項５３に記載のオリゴヌクレオチドを含む、薬学的組成物。