【手続補正書】
【提出日】平成19年4月10日(2007.4.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
異常なＭＡＰキナーゼシグナリング経路により特徴付けられる疾患を有する患者の処置法であり、患者から得られた生物学的サンプル中の表１に示す少なくとも１個のリンタンパク質のリン酸化の上昇したレベルを検出することにより、疾患を有する患者を同定し、該患者に有効量のＲａｆキナーゼ阻害剤を投与することを含む、方法。
【請求項２】
異常なＭＡＰキナーゼシグナリング経路により特徴付けられる疾患が癌である、請求項１記載の方法。
【請求項３】
癌が、黒色腫、結腸直腸癌、卵巣癌、神経膠腫、腺癌、肉腫、乳癌、肺癌および肝臓癌からなる群から選択される、請求項２記載の方法。
【請求項４】
癌が黒色腫である、請求項３記載の方法。
【請求項５】
Ｏｐ１８のセリン２５残基またはセリン３８残基のリン酸化のレベルを検出する、請求項１記載の方法。
【請求項６】
Ｏｐ１８のセリン２５残基のリン酸化のレベルを検出する、請求項１記載の方法。
【請求項７】
生物学的サンプルを、細胞または複数の細胞、組織または複数の組織、血液、血清、糞、尿、喀痰、羊水または骨組織生検サンプルから得る、請求項１記載の方法。
【請求項８】
生物学的サンプルが皮膚細胞である、請求項７記載の方法。
【請求項９】
患者における異常なＭＡＰキナーゼシグナリング経路により特徴付けられる疾患の、Ｒａｆキナーゼ阻害剤投与による処置の効果をモニタリングする方法であり：
ａ)処置前に患者から得た生物学的サンプル中の、表１に示す少なくとも１個のリンタンパク質のリン酸化のレベルを測定し；
ｂ)処置後に患者から得た別の生物学的サンプル中の、リンタンパク質のリン酸化のレベルを測定し；そして
ｃ)両方のサンプル中のリンタンパク質のリン酸化のレベルを比較し、ここで、処置前に得た生物学的サンプル中のリンタンパク質のリン酸化のレベルと比較して、処置後に得た生物学的サンプル中のリンタンパク質のリン酸化のレベルの減少を処置の効果の指標とする、
ことを含む、方法。
【請求項１０】
異常なＭＡＰキナーゼシグナリング経路により特徴付けられる疾患が癌である、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
癌が、黒色腫、結腸直腸癌、卵巣癌、神経膠腫、腺癌、肉腫、乳癌、肺癌および肝臓癌からなる群から選択される、請求項９記載の方法。
【請求項１２】
該測定段階が、抗体を利用する、請求項９記載の方法。
【請求項１３】
該抗体が、リン酸化癌タンパク質１８に結合する、請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
患者における異常なＭＡＰキナーゼシグナリング経路により特徴付けられる疾患を診断する方法であり：
ａ)患者から得た少なくとも１個のタンパク質を含む試験生物学的サンプル中の、表１に示す少なくとも１個のリンタンパク質のリン酸化のレベルを検出し；そして
ｂ)試験生物学的サンプル中の少なくとも１個のリンタンパク質のリン酸化のレベルと、同患者または他の源から得た正常サンプル中のリンタンパク質のリン酸化を比較し、ここで、正常サンプルのリン酸化レベルと比較して、試験生物学的サンプル中の高いリン酸化のレベルを、患者における異常なＭＡＰキナーゼシグナリング経路により特徴付けられる疾患の存在の指標とする、
ことを含む、方法。
【請求項１５】
異常なＭＡＰキナーゼシグナリング経路により特徴付けられる疾患が癌である、請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
癌が、黒色腫、結腸直腸癌、卵巣癌、神経膠腫、腺癌、肉腫、乳癌、肺癌および肝臓癌からなる群から選択される、請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
癌が黒色腫である、請求項１５記載の方法。
【請求項１８】
Ｏｐ１８のセリン２５残基またはセリン３８残基のリン酸化のレベルを検出する、請求項１４記載の方法。
【請求項１９】
Ｏｐ１８のセリン２５残基のリン酸化のレベルを検出する、請求項１４記載の方法。
【請求項２０】
生物学的サンプルを、細胞または複数の細胞、組織または複数の組織、血液、血清、糞、尿、喀痰、羊水または骨組織生検サンプルから得る、請求項１４記載の方法。
【請求項２１】
生物学的サンプルが皮膚細胞である、請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
患者における異常なＭＡＰキナーゼシグナリング経路により特徴付けられる疾患の進行をモニタリングする方法であり、患者から得た生物学的サンプル中の表１に示す少なくとも１個のリンタンパク質のリン酸化のレベルを経時的に測定し、ここで、リンタンパク質のリン酸化レベルの経時的な上昇を患者の同疾患の進行の指標とすることを含む、方法。
【請求項２３】
異常なＭＡＰキナーゼシグナリング経路により特徴付けられる疾患が癌である、請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
癌が、黒色腫、結腸直腸癌、卵巣癌、神経膠腫、腺癌、肉腫、乳癌、肺癌および肝臓癌からなる群から選択される、請求項２３記載の方法。
【請求項２５】
Ｏｐ１８のセリン２５残基またはセリン３８残基のリン酸化のレベルを測定する、請求項２２記載の方法。
【請求項２６】
Ｏｐ１８のセリン２５残基のリン酸化を測定する、請求項２２記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５６】
式(Ｉ)の化合物(またはそのＮ−オキシド)は、それ自体で、または、１個またはそれ以上の他の治療剤と組み合わせて投与でき、固定された組み合わせの使用が可能であり、または、記載の化合物と１個またはそれ以上の他の化合物を時間的に交互の方法で、または、互いに独立して投与するか、固定された組み合わせと１個またはそれ以上の治療剤の組み合わせ投与が可能である。特に、腫瘍処置のための式(Ｉ)の化合物(またはそのＮ−オキシド)の投与は、化学療法剤(１個またはそれ以上の他の化学療法剤との、とりわけ細胞増殖抑制との、またはホルモン剤またはホルモン様活性を有する化合物との組み合わせ)、放射線療法、免疫療法、外科的処置またはこれらの組み合わせと組み合わせて、これらと並行して、またはこれらに加えて、行うことができる。長期投与は、長期治療は、上記の他の処置法との関連で、アジュバント療法として等しく可能である。腫瘍寛解後の状態を維持するための処置、または、例えば、危険な状態にある患者の場合の、化学予防的処置でさえも可能である。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５７】
記載の化合物を組み合わせることができる治療剤として、とりわけ、１個またはそれ以上のとりわけ抗増殖性、細胞増殖抑制または細胞毒性化合物、例えば、ポリアミン生合成の阻害剤、異なるタンパク質キナーゼ、とりわけタンパク質キナーゼＣの、または上皮細胞増殖因子レセプタータンパク質チロシンキナーゼのようなチロシンタンパク質キナーゼの阻害剤、血管内皮増殖因子のような増殖因子の阻害剤、サイトカイン、ＴＧＦ−βまたはＩＦＮ−βのような負の増殖調節剤、アロマターゼ阻害剤、ホルモンまたはホルモンアナログ、および慣用の細胞増殖抑制剤からなる群から選択される１個またはそれ以上の化学療法剤が考慮される。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６８】
抗体はまた、記載の活性または複数の活性を有する合成抗体クローンに関するスクリーニングをするための、コンビナトリアルライブラリーを使用しても製造できる。原則として、合成抗体クローンは、ファージコートタンパク質に融合した抗体の可変領域の種々のフラグメント(Ｆｖ)を発現する、ファージを含むファージライブラリーのスクリーニングにより選択する。このようなファージライブラリーは、所望のリガンドに対して、アフィニティークロマトグラフィーにより選別できる(panned)。所望のリガンドに結合できるＦｖフラグメントを発現するクローンをリガンドに吸着させ、したがって、ライブラリー中の非結合クローンと分離する。次いで、結合したクローンをリガンドから溶出し、さらに、リガンド吸着／溶出の付加的サイクルにより富化できる。本発明の任意の抗体は、目的のファージクローンを選択するための適当なスクリーニング法の設計、続く、目的のファージクローンからのＦｖ配列およびKabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD(1991), vols. 1-3に記載の適当な定常領域(Ｆｃ)配列を使用した完全長抗体クローンの構築により、得ることができる。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７４】
ベクターＤＮＡを、原核生物または真核生物宿主細胞に、慣用の形質転換またはトランスフェクション技術を介して挿入できる。本明細書で使用する“形質転換”および“トランスフェクション”なる用語は、外来核酸(例えば、ＤＮＡ)を宿主細胞に挿入するための当分野で認識されている種々の技術を言及することを意図し、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈、ＤＥＡＥ−デキストラン−介在トランスフェクション、リポフェクション、または電気せん孔法を含む。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクションするための適当な方法は、Sambrook, et al. (Molecular Cloning:A Laboratory Manual. 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989)、および他の研究室のマニュアルに見ることができる。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８７】
Ｅ. 質量分析法  −  Ｑｔｏｆ  ＭＳ／ＭＳ
ＭＳ分析を、Ｚスプレー注入口を備えたQtof Ultima Global四重極−飛行時間質量分析計(Micromass, UK)で行う。キャピラリーＬＣのＱｔｏｆへのオンライン連結は、電子噴霧エミッターとしての２０μｍ  ｉ.ｄ. 融合シリカキャピラリーを使用した、ナノスプレーインターフェース(Micromass, UK)を介した。ＭＳ／ＭＳ分析のために、データ依存性獲得モード(前駆イオン強度および荷電状態に基づいたＭＳモードからＭＳ／ＭＳモードへの自動切り替え)を使用する。それは、１陽子性モードＭＳサーベイスキャンと、その後の５つの最も多く多重に荷電したイオン上のＭＳ／ＭＳを含む。