【手続補正書】
【提出日】平成19年3月27日(2007.3.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  Ｇ４８，Ｔ４９，Ｓ５０，Ｑ５１，Ｇ１０７，Ｇ１０８，Ａ１１１，Ｓ１６８の群から選択される１又は複数の位置に変異を含む、親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼの変異体であって、
（ａ）前記変異が、独立して、
（ｉ）前記位置を占有するアミノ酸の下流へのアミノ酸の挿入、
（ii）前記位置を占有するアミノ酸の欠失、又は
（iii)前記位置を占有するアミノ酸の異なるアミノ酸での置換
であり、
（ｂ）前記変異体がα−アミラーゼ活性を有し、そして
（ｃ）各々の位置が配列番号：４のアミノ酸配列を有する親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼのアミノ酸配列の位置に対応する
変異体。
【請求項２】  配列番号：４に示すアミノ酸配列中で、次の変異：
Ａ５２Ｓ，Ａ５２Ｓ＋Ｖ５４Ｎ，Ｔ４９Ｌ，Ｔ４９＋Ｇ１０７Ａ，Ａ５２Ｓ＋Ｖ５４Ｎ＋Ｔ４９Ｌ＋Ｇ１０７Ａ，Ａ５２Ｓ＋Ｖ５４Ｎ＋Ｔ４９Ｌ，Ｇ１０７Ａ，Ｑ５１Ｒ，Ｑ５１Ｒ＋Ａ５２Ｓ，Ａ５２Ｎ；又は
Ｔ４９Ｆ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｖ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｄ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｙ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｓ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｎ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｉ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｌ＋Ａ５２Ｓ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｌ＋Ａ５２Ｔ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｌ＋Ａ５２Ｆ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｌ＋Ａ５２Ｌ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｌ＋Ａ５２Ｉ＋Ｇ１０７Ａ，Ｔ４９Ｌ＋Ａ５２Ｖ＋Ｇ１０７Ａ；又は
Ｔ４９Ｖ，Ｔ４９Ｉ，Ｔ４９Ｄ，Ｔ４９Ｎ，Ｔ４９Ｓ，Ｔ４９Ｙ，Ｔ４９Ｆ，Ｔ４９Ｗ，Ｔ４９Ｍ，Ｔ４９Ｅ，Ｔ４９Ｑ，Ｔ４９Ｋ，Ｔ４９Ｒ，Ａ５２Ｔ，Ａ５２Ｌ，Ａ５２Ｉ，Ａ５２Ｖ，Ａ５２Ｍ，Ｇ１０７Ｖ，Ｇ０７Ｉ，Ｇ１０７Ｌ，Ｇ１０７Ｃ
の少なくとも１つに対応する位置での変異を含む請求項１に記載の変異体。
【請求項３】  配列番号：４に示すアミノ酸配列中で、次の変異：
Ｇ４８Ａ，Ｖ，Ｓ，Ｔ，Ｉ，Ｌ；
*４８ａＤ又は *４８ａＹ（即ちＤ又はＹの挿入）；
Ｔ４９Ｘ；
*４９ａＸ（即ちいずれかのアミノ酸残基の挿入）
Ｓ５０Ｘ，特にＤ，Ｙ，Ｌ，Ｔ，Ｖ，Ｉ；
Ｑ５１Ｒ，Ｋ；
Ａ５２Ｓ，Ｎ，Ｔ，Ｖ；
Ｄ５３Ｑ，Ｎ，Ｓ，Ｔ，Ｖ；
Ｇ１０７Ｘ，特にＧ１０７Ａ，Ｖ，Ｓ，Ｔ，Ｉ，Ｌ，Ｃ；
Ｇ１０８Ｘ，特にＧ１０８Ａ，Ｖ，Ｓ，Ｔ，Ｉ，Ｌ；
Ａ１１１Ｖ，Ｉ，Ｌ；
Ｓ１６８Ｙ；
Ｍ１９７Ｙ，Ｆ，Ｇ
の少なくとも１つに対応する位置での変異を含む請求項１又は２に記載の変異体。
【請求項４】  配列番号：４に示すアミノ酸配列中で、次の変異：
Ｔ４９Ｘ＋Ａ５２Ｘ＋Ｖ５４Ｎ／Ｉ／Ｌ／Ｙ／Ｆ／Ｗ＋Ｇ１０７Ａ
の少なくとも１つに対応する変異を含む請求項１〜３のいずれかに記載の変異体。
【請求項５】  Ｇ１０８Ａを更に含む請求項１〜４のいずれかに記載の変異体。
【請求項６】  配列番号：４に示すアミノ酸配列中で、次の変異：
Ｔ４９Ｌ＋Ｇ１０７Ａ；
Ｔ４９Ｉ＋Ｇ１０７Ａ；
Ｔ４９Ｌ＋Ｇ１０７Ａ＋Ｖ５４Ｉ；
Ｔ４９Ｉ＋Ｇ１０７Ａ＋Ｖ５４Ｉ；
Ａ５２Ｓ＋Ｖ５４Ｎ＋Ｔ４９Ｌ＋Ｇ１０７Ａ；
Ａ５２Ｓ＋Ｖ５４Ｉ＋Ｔ４９Ｌ＋Ｇ１０７Ａ；
Ａ５２Ｓ＋Ｔ４９Ｌ＋Ｇ１０７Ａ；
Ａ５２Ｔ＋Ｔ４９Ｌ＋Ｇ１０７Ａ；
Ａ５２Ｓ＋Ｖ５４Ｎ＋Ｔ４９Ｉ＋Ｇ１０７Ａ；
Ａ５２Ｓ＋Ｖ５４Ｉ＋Ｔ４９Ｉ＋Ｇ１０７Ａ；
Ａ５２Ｓ＋Ｔ４９Ｉ＋Ｇ１０７Ａ；
Ｔ４９Ｌ＋Ｇ１０８Ａ；
Ｔ４９Ｉ＋Ｇ１０８Ａ；
Ｔ４９Ｌ＋Ｇ１０８Ａ＋Ｖ５４Ｉ；
Ｔ４９Ｉ＋Ｇ１０８Ａ＋Ｖ５４Ｉ．
の少なくとも１つに対応する変異を含む請求項１〜５のいずれかに記載の変異体。
【請求項７】  前記変異体が、親α−アミラーゼと比べて、分枝点に近いオリゴサッカライド基質を開裂する能力が低い請求項１〜６のいずれかに記載の変異体。
【請求項８】  親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼに対して、改良された基質特異性及び／又は改良された比活性を更に示す請求項１〜７のいずれかに記載の変異体。
【請求項９】  親α−アミラーゼが配列番号：４及び配列番号：６のハイブリッドα−アミラーゼである請求項１〜８のいずれかに記載の変異体。
【請求項１０】  前記親ハイブリッドα−アミラーゼが、配列番号：４に示すＢ．リケニホルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）α−アミラーゼの４４５  Ｃ−末端アミノ酸残基及び配列番号：６に示すＢ．アミロリクエファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）由来のα−アミラーゼの３７  Ｎ−末端アミノ酸残基を含むハイブリッドα−アミラーゼである請求項１〜９のいずれかに記載の変異体。
【請求項１１】  前記親ハイブリッドＴｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼが、（配列番号：４のナンバリングを用いて）次の変異：Ｈ１５６Ｙ＋Ａ１８１Ｔ＋Ｎ１９０Ｆ＋Ａ２０９Ｖ＋Ｑ２６４Ｓ又はＬＥ１７４を更に有する請求項１〜１０のいずれかに記載の変異体。
【請求項１２】  前記親ハイブリッドＴｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼが、次の変異：（配列番号：４のナンバリングを用いて）Ｈ１５６Ｙ＋Ａ１８１Ｔ＋Ｎ１９０Ｆ＋Ａ２０９Ｖ＋Ｑ２６４Ｓ＋Ｉ２０１Ｆ又はＬＥ４２９を更に有する請求項１〜１１のいずれかに記載の変異体。
【請求項１３】  請求項１〜１２のいずれかに記載のα−アミラーゼ変異体をコードするＤＮＡ配列を含むＤＮＡ構成物。
【請求項１４】  請求項１３に記載のＤＮＡ構成物を有する組換え発現ベクター。
【請求項１５】  請求項１３に記載のＤＮＡ構成物又は請求項１４に記載のベクターで形質転換された細胞。
【請求項１６】  微生物、特に細菌又は真菌、例えばグラム陽性細菌、例えばバチルス・サブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・リケニホルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バチルス・レントゥス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｓ）、バチルス・ブレビス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、バチルス・ステアロサーモフィルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、バチルス・アルカロフィルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｋａｌｏｐｈｉｌｕｓ）、バチルス・アミロリクエファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・コアギュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、バチルス・サーキュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、バチルス・ラウトゥス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｕｔｕｓ）又はバチルス・ツリンギエンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）である請求項１５に記載の細胞。
【請求項１７】  （ｉ）配列番号：４に示す配列を有するＢ．リケニホルミスからのα−アミラーゼと、（親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼとして）配列番号：８に示す配列を有するＢ．ステアロサーモフィルスα−アミラーゼ由来の請求項１〜１２のいずれかに記載の１又は複数の変異体との混合物；又は
（ii）配列番号：８に示す配列を有するＢ．ステアロサーモフィルスからのα−アミラーゼと、１又は複数の他の親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼ由来の請求項１〜１２のいずれかに記載の１又は複数の変異体との混合物；又は
（iii)（親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼとしての）配列番号：８に示す配列を有するＢ．ステアロサーモフィルスα−アミラーゼ由来の請求項１〜１２のいずれかに記載の１又は複数の変異体と、１又は複数の他の親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼ由来の本発明による１又は複数の変異体との混合物
を含む組成物。
【請求項１８】  （親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼとして）配列番号：８に示す配列を有するＢ．ステアロサーモフィルスα−アミラーゼ由来の請求項１〜１２のいずれかに記載の１又は複数の変異体；及び配列番号：４に示す配列を有するＢ．リケニホルミスα−アミラーゼ由来のＴｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼの混合物を含む組成物。
【請求項１９】  （親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼとしての）配列番号：８に示す配列を有するＢ．ステアロサーモフィルスα−アミラーゼ由来の請求項１〜１２のいずれか記載の１又は複数の変異体並びに配列番号：６に示すＢ．アミロリクエファシエンスα−アミラーゼの一部及び配列番号：４に示すＢ．リケニホルミスα−アミラーゼの一部を含むハイブリッドα−アミラーゼの混合物を含む組成物。
【請求項２０】  （親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼとしての）配列番号：６に示すＢ．アミロリクエファシエンスα−アミラーゼの一部及び配列番号：４に示すＢ．リケニホルミスα−アミラーゼの一部を含むハイブリッドα−アミラーゼ由来の請求項１〜１２のいずれかに記載の１又は複数の変異体の混合物を含む組成物。
【請求項２１】  前記ハイブリッドα−アミラーゼが、配列番号：４に示すＢ．リケニルホミスα−アミラーゼの４４５  Ｃ末端アミノ酸残基及び配列番号：６に示すＢ．アミロリクエファシエンス由来のα−アミラーゼの３７  Ｎ末端アミノ酸残基を含むハイブリッドα−アミラーゼである請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】  前記ハイブリッドα−アミラーゼが次の変異：
（配列番号：４のナンバリングを用いて）Ｈ１５６Ｙ＋Ａ１８１Ｔ＋Ｎ１９０Ｆ＋Ａ２０９Ｖ＋Ｑ２６４Ｓ又はＬＥ１７４
を更に有する請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】  前記ハイブリッドα−アミラーゼが次の変異：
配列番号：２に示すＨ１５６Ｙ＋Ａ１８１Ｔ＋Ｎ１９０Ｆ＋Ａ２０９Ｖ＋Ｑ２６４Ｓ＋Ｉ２０１Ｆ又はＬＥ４２９
を更に有する請求項２１に記載の組成物。
【請求項２４】  分枝点の近くで基質を開裂する能力が削減され、並びに親に対して改良された基質特異性及び／又は改良された比活性を示す、親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼの変異体を形成するための方法であって、
（ａ）親Ｔｅｒｍａｍｙｌ様α−アミラーゼをコードするＤＮＡ配列をランダム変異誘発にかけ、
（ｂ）ステップ（ａ）で得られた変異されたＤＮＡ配列を宿主細胞中で発現させ、そして
（ｃ）親α−アミラーゼに対して低いpH及び低いカルシウム濃度で増加した安定性を有する変異されたα−アミラーゼを発現する宿主細胞についてスクリーニングすること
を含む方法。
【請求項２５】  デンプン液化のため；洗剤組成物、例えば洗濯、皿洗い及び硬質表面洗浄組成物；エタノール生産、例えば燃料、飲用及び工業用エタノール生産；織物、布帛又は依類のデサイジングにおける請求項１〜１２のいずれかに記載のα−アミラーゼ変異体又は請求項１７〜２３のいずれかに記載の組成物の使用。