【手続補正書】
【提出日】平成19年10月2日(2007.10.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
選択した患者集団における薬剤誘発下痢の発生を減少させた、固形腫瘍の処置用薬剤の製造におけるエポチロンＢの使用であって、ここで、該患者集団は患者の遺伝子発現プロファイルに基づいて選択され、ここで、該遺伝子発現プロファイルは、エポチロンＢ投与後の患者において下痢の発生を予測するものである１種またはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現パターンを含むものである、使用。
【請求項２】
微小管安定化剤を投与すべき対象における下痢の発生を予測する方法であって：
(ａ)対象の遺伝子発現プロファイルを得て、ここで、該遺伝子発現プロファイルは１種またはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現パターンを含み、該１種またはそれ以上の遺伝子の発現パターンは、微小管安定化剤投与後の患者において下痢の発生を予測するものである；
(ｂ)対象が微小管安定化剤の投与に由来する下痢の危険性があるか否かを決定する
工程を含む、方法。
【請求項３】
予測を患者への薬剤の投与前に行う、請求項２記載の方法。
【請求項４】
予測を薬剤治療の進行中に行うものである、請求項２記載の方法。
【請求項５】
遺伝子発現パターンがインターフェロン調節因子５(ＩＲＦ５)に関する遺伝子の正常より高い発現である、請求項２から４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
遺伝子発現パターンが、細胞分裂周期３４(ＣＤＣ３４)；ＢＣＬ２／アデノウイルスＥ１Ｂ  １９kDa相互作用タンパク質３様(ＢＮＩＰ３Ｌ)；チューブリン、ベータ；２，３−ビスホスホグリセラートムターゼ(ＢＰＧＭ)；アミノレブリネート、デルタ−、シンターゼ２(ＡＬＡＳ２)；セレン結合タンパク質１(ＳＥＬＥＮＢＰ１)；および溶質担体ファミリー４、アニオン・エクスチェンジャー、メンバー１(赤血球膜タンパク質バンド３、Diego血液グループ)(ＳＬＣ４Ａ１)から成る群から選択される１種またはそれ以上の遺伝子の正常より低い発現である、請求項２から４のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
遺伝子発現パターンが、微小管安定化剤投与前の遺伝子の発現と比較した微小管安定化剤投与後の１種またはそれ以上の遺伝子の上昇した発現であって、該遺伝子がサーフェット２(ＳＵＲＦ２)；膜貫通型９スーパーファミリーメンバー１(ＴＭ９ＳＦ１)；細胞死関連タンパク質キナーゼ１(ＤＡＰＫ１)；ＲＡＰ１Ａ、ＲＡＳ癌遺伝子ファミリーのメンバー(ＲＡＰ１Ａ)；転写のダウンレギュレーター１(ＤＲ１)；ヤヌスキナーゼ１(ＪＡＫ１)；チューブリン、アルファ(Ｋ−アルファ−１)および亜鉛フィンガータンパク質３６、Ｃ３Ｈ型、ホモログ(ＺＦＰ３６)から成る群から選択される、請求項２から４のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
遺伝子発現パターンが、微小管安定化剤投与前の遺伝子の発現と比較した微小管安定化剤投与後の１種またはそれ以上の遺伝子の減少した発現であって、該遺伝子が、核転写因子Ｙ、アルファ；転写因子様４(ＴＣＦＬ４)およびマイトージェン−活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼキナーゼ２(ＭＡＰ４Ｋ２)から成る群から選択される、請求項２から４のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
微小管安定化剤を投与すべき対象における下痢を予測する方法であって：
(ａ)該対象がDiego血液型を発現するか否かを決定し；そして
(ｂ)該対象が微小管安定化剤投与後の下痢の危険性があるか否かを決定する
工程を含む、方法。
【請求項１０】
微小管安定化剤を投与すべき対象における下痢を予測する方法であって：
(ａ)該対象が、ヘマトクリットおよびヘモグロビンレベルから成る群から選択される血液学的アッセイで決定して、正常血液学的レベルより低いか否かを決定し；そして
(ｂ)該対象が微小管安定化剤投与後の下痢の危険性があるか否かを決定する
工程を含む、方法。
【請求項１１】
(ｃ)(１)薬剤の用量を変える、(２)付加的なまたは別の併用投薬を提供する、および(３)その対象にその薬剤を処方しないように選択する、から成る群から該対象の適切な治療を決定する
工程をさらに含む、請求項２から１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
微小管安定化剤を投与すべき対象における下痢の予測に使用するためのキットであって：
(ａ)１種またはそれ以上の遺伝子の遺伝子発現パターンを検出するための試薬であって、該１種またはそれ以上の遺伝子が下記から成る群から選択される：
(１)インターフェロン調節因子５(ＩＲＦ５)；
(２)細胞分裂周期３４(ＣＤＣ３４)；ＢＣＬ２／アデノウイルスＥ１Ｂ  １９kDa相互作用タンパク質３様(ＢＮＩＰ３Ｌ)；チューブリン、ベータ(GenBank Accession Number V00599)；２，３−ビスホスホグリセラートムターゼ(ＢＰＧＭ)；アミノレブリネート、デルタ−、シンターゼ２(ＡＬＡＳ２)；セレン結合タンパク質１(ＳＥＬＥＮＢＰ１)；および溶質担体ファミリー４、アニオン・エクスチェンジャー、メンバー１(赤血球膜タンパク質バンド３、Diego血液グループ)(ＳＬＣ４Ａ１)；
(３)サーフェット２(ＳＵＲＦ２)；膜貫通型９スーパーファミリーメンバー１(ＴＭ９ＳＦ１)；細胞死関連タンパク質キナーゼ１(ＤＡＰＫ１)；ＲＡＰ１Ａ、ＲＡＳ癌遺伝子ファミリーのメンバー(ＲＡＰ１Ａ)；転写１のダウンレギュレーター(ＤＲ１)；ヤヌスキナーゼ１(ＪＡＫ１)；チューブリン、アルファ(Ｋ−アルファ−１)および亜鉛フィンガータンパク質３６、Ｃ３Ｈ型、ホモログ(ＺＦＰ３６)；および
(４)核転写因子Ｙ、アルファ(GenBank Accession Number AL031778)；転写因子様４(ＴＣＦＬ４)およびマイトージェン−活性化タンパク質キナーゼキナーゼ２(ＭＡＰ４Ｋ２)；
(ｂ)試薬のための容器；および
(ｃ)容器上または容器中に対象における微小管安定化剤介在下痢の予測におけるバイオマーカーの使用を記載した書面
を含む、キット。
【請求項１３】
試薬が遺伝子チップである、請求項１２記載のキット。
【請求項１４】
微小管安定化剤を投与すべき対象における下痢の予測に使用するためのキットであって：
(ａ)Diego血液型を検出するための試薬；
(ｂ)試薬のための容器；および
(ｃ)容器上または容器中に対象における微小管安定化剤介在下痢の予測におけるバイオマーカーとしてのDiego血液型の使用を記載した書面
を含む、キット。
【請求項１５】
微小管安定化剤を投与すべき対象における下痢の予測に使用するためのキットであって：
(ａ)ヘマトクリットおよびヘモグロビンレベルから成る群から選択される血液学的アッセイ用の試薬；
(ｂ)試薬のための容器；および
(ｃ)容器上または容器中に対象における微小管安定化剤介在下痢の予測におけるバイオマーカーとしての血液学的アッセイの結果を記載した書面
を含む、キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００２】
関連技術
エポチロンＢ(ＥＰＯ９０６)は、現在多くの形態の固形腫瘍に対する単剤療法として試験されている。エポチロンＢの機構は、細胞毒のタキサンファミリーと類似している。エポチロンＢは、微小管重合の促進に働き、それは細胞周期の有糸分裂の阻止をもたらし、最終的にアポトーシス細胞死に至る。Rothermel J et al., Semin. Oncol. 30(3 Suppl 6): 51-5(June 2003)。エポチロンＢのタキサンクラスの抗増殖増殖剤を超える利点は、エポチロンＢが薬剤感受性細胞ならびにＰ−グリコプロテインを過剰発現する多剤耐性細胞に対して等しく細胞毒性であることである。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
発明の概要
本発明は、処置すべき対象に存在するバイオマーカーの解析に基づいて、薬剤誘発下痢を発症する危険性のある対象を決定する方法を提供する。一つの態様において、本発明は、微小管安定化剤での処置中に下痢を経験する気炎性のある患者の同定のための遺伝子解析の使用を提供する。特定の態様において、該治療は、固形腫瘍の処置のためのエポチロンＢの投与を含む。下痢の予測は、処置すべき対象からの遺伝子発現プロファイルの決定を含む。他の態様において、本発明は、これらの患者のための最適処置戦略を決定するための方法を提供する。本予測は、故に、医師が(１)薬剤の用量を変える、(２)付加的なまたは別の併用投薬を提供する、または(３)その患者にその薬剤を処方しないように選択することのいずれかを行うことを助けることにより、患者に対してより安全な処置レジメンの手段を提供するであろう。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１７】
１１種の遺伝子群が、その各々の基線サンプルと試験サンプルを比較したとき、発現レベルに統計学的有意差があるとして同定された。加えて、８種の遺伝子群が、下痢を経験していない対象と、いずれかのグレードの下痢を経験した者の間で比較したとき、統計学的有意差があるとして同定された。これらの遺伝子は、エポチロンＢを進行した固形腫瘍を有する成人患者に週に１回投与して行われた、第１相、用量設定臨床試験の後に同定された。臨床薬理遺伝学的(ＣＰＧ)解析は、エポチロンＢ誘発下痢の発生についてのバイオマーカー候補を同定した。該解析はまたエポチロンＢ誘発下痢の発生と関係するゲノムベースの因子(例えばｍＲＮＡ発現プロファイル)を同定した。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２１】
これらの結果は、微小管安定化剤のエポチロンに対する構造類似性または腸における作用形態に基づいて、すべての下痢誘発性微小管安定化剤またはその誘導体の投与後の患者の下痢の予測に合理的に当てはめられ得る。Su et al., Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 36(19)：2093-2096(1997)およびChou et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95：9642-9647(August 1998)参照。微小管安定化剤はパクリタキセル、エポチロン、ディスコデルモライドまたは類似体、またはラウリマリドまたは類似体であり得る。米国特許出願２００３０１１４４５０。エポチロンおよびエポチロン誘導体の中で、米国特許５，９６９，１４５、６，５８３，２９０および６，６０５，７２６；米国特許出願２００２００２８８３９および２００３０１１４４５０；ＰＣＴ特許公報ＷＯ９９／５４３３０、ＷＯ９９／５４３１９、ＷＯ９９／５４３１８、ＷＯ９９／４３６５３、ＷＯ９９／４３３２０、ＷＯ９９／４２６０２、ＷＯ９９／４００４７、ＷＯ９９／２７８９０、ＷＯ９９／０７６９２、ＷＯ９９／０２５１４、ＷＯ９９／０１１２４、ＷＯ９８／２５９２９、ＷＯ９８／２２４６１、ＷＯ９８／０８８４９、およびＷＯ９７／１９０８６；およびドイツ特許ＤＥ４１３８０４２に記載のものがある。本発明の好ましい態様において、微小管安定化剤は、ポチロンＢまたはその類似体、例えばＢＭＳ−２４７５５０である。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
本明細書で使用する対象または患者への薬物または薬剤の投与は、自己投与および他者による投与を含む。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２６】
エポチロン投与の下痢および他の副作用の診断は、医学の分野の当業者は容易に達成し得る。Rothermel J et al., Semin. Oncol. 30(3 Suppl 6): 51-5(June 2003)。下痢は、オピオイド(例えばコデイン、ジフェノキシレート、ジフェノキシン、およびロぺラミド）、次サリチル酸ビスマスおよびオクトレオチドのような抗下痢剤で処置し得る。悪心および嘔吐は、デキサメタゾン、メトクロプラミド、ジフェニルヒドラミン、ロラゼパム、オンダンセトロン、プロクロルペラジン、チエチルペラジンおよびドロナビノールのような制吐剤で処理し得る。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４７】
このような異なる対照群で決定した遺伝子発現産物の標準対照レベルを、次いで、ある患者の測定した遺伝子発現産物と比較するであろう。この遺伝子発現産物は、特定の遺伝子型群またはその遺伝子型群のポリペプチド遺伝子発現産物と関連する特徴的ｍＲＮＡであろう。該患者を次いで、測定したレベルがどの程度ある群の対照レベルと比較して似ているかに基づいて、特定の遺伝子型群に分類してよい。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５６】
本明細書で使用する“一ヌクレオチド多型(ＳＮＰ)”なる用語は、集団内のゲノムにおける一ヌクレオチド位置でのヌクレオチド変化を意味すべきである。ＳＮＰは遺伝子内またはゲノムの遺伝子間領域内で起こり得る。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６５】
キット。本発明のキットは、書面を容器の上または容器中に含み得る。該書面は、患者が薬剤処置中に下痢を経験するか否かを決定するために、キットに含まれる試薬をどのように使用するかを記載する。数種の態様において、試薬の使用は本発明の方法に従い得る。一つの態様において、該試薬は、関連遺伝子の遺伝子発現を決定するための遺伝子チップである。他の態様において、該試薬はDiego血液型を決定するための試薬である。さらに別の態様において、該試薬はヘマトクリットまたはヘモグロビンアッセイ、または両方の血液学アッセイに有用である。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６８】
実施例
臨床試験において実施した対象における下痢のｍＲＮＡ発現プロファイル解析
臨床試験設計。この臨床試験は、最大耐容量を確率するための、コホートあたり３名−６名の患者の参加する標準第Ｉ相設計(３＋３設計)を使用した、オープンラベル、用量漸増試験であった。末梢全血を、臨床薬理遺伝学的解析に同意した患者から採取した。２種の臨床薬理遺伝学的血液サンプルを計画した：基線および１週目の２日目の２４時間目。核となる処置期間は、血液学的および他の毒性により態様されるエポチロンＢの投与の１週間の静脈内投与の２回の９週間サイクルから成った。本治験で使用したエポチロンＢの用量は、０.３、０.５、０.７５、１.１、１.８５、２.５、３.０および３.６mg／ｍ２であった。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７８】
エポチロンＢは細胞周期進行を阻害する。表２に列記した遺伝子のいくつかは、細胞周期依存性機構と関連を有する。例えば、ＲＡＰ１Ａ(ＫＲＥＶ１としても既知；配列番号１２)およびＪＡＫ１(配列番号１４)は、細胞周期進行の刺激を助ける重要なシグナル伝達分子である。Kitayama H et al., Cell 56(1): 77-84(1989); Schindler C & Darnell JE, Jr., Annu. Rev. Biochem. 64: 621-51(1995)。興味深いことに、ＪＡＫ１はまた造血に関与する。Kirken RA et al., Prog. Growth Factor Res. 5(2): 195-211(1994)。表２に列記の他の遺伝子は、ＤＲ１(配列番号１３)およびＴＣＦＬ４(ＭＬＸとしても既知；配列番号１８)のような転写の下方制御に直接の影響を有する。ＤＲ１はＴＡＴＡ結合性タンパク質(ＴＢＰ)と相互作用し、これは基底および活性化転写の重要なレギュレーターである。ＤＲ１とＴＢＰの相互作用は、ＴＢＰが転写機構と関与することを阻害し、それにより転写の基底および活性化レベルの両方を抑制する。Inostroza JA et al., Cell 70(3): 477-89(1992)。他方、ＴＣＦＬ４はＭａｄおよびｍＳｉｎ３−ヒストンデアセチラーゼ複合体との相互作用を介して転写を抑制すると考えられている。Billin AN et al., J. Biol. Chem. 274(51): 36344-50(1999)。故に、この解析で観察された前記遺伝子の変化は、エポチロンＢ作用の機構に対して生物学的意義を有する。重要なことに、これらの遺伝子のすべてが小腸および結腸で発現される。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８３】
白血球細胞のｍＲＮＡ発現プロファイルは、エポチロンＢ投与２４時間の対象２群の間で統計学的有意差を有する８個の遺伝子を同定した。表３参照。
【表３】
2007509604.tif 000001
ａ倍率は［下痢／下痢なし］として計算した。負の変化倍率は＜１.０の指数を反映し、“下痢なし”集団での減少した発現を示す。
ｂパラメトリックＡＮＯＶＡ
ｃノンパラメトリックＡＮＯＶＡ
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８９】
加えて、下痢を経験しなかった臨床薬理遺伝学的対象は、正常の下限より有意に低いヘマトクリットおよびヘモグロビンレベルを有した(ＡＮＯＶＡ；各々Ｐ＝０.０００２および０.００１)。女性が男性に比べて一般的にヘマトクリットおよびヘモグロビンが低いため、同様の解析を性別で行った。表５および図１−２に示す通り、ヘマトクリットおよびヘモグロビンレベルにおける同様の傾向が、各性別で同定された。これらの関係が全治験対象集団で存在するか否かを決定するために、サイクル１における基線後の２回目の採血において全患者でヘマトクリットおよびヘモグロビンレベルを調査した。
【表５】
2007509604.tif 000002
平均および標準誤差を示す。この表のためのデータを作成するために使用した時点は、最初のエポチロンＢ処置後の最初の採血に対応する、サイクル１における基線後の２回目の採血であった。
ａパラメトリックＡＮＯＶＡ
ｂノンパラメトリックＡＮＯＶＡ
ｃサンプルサイズが小さいため、ＡＮＯＶＡは行えなかった。
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９６】
遺伝子発現レベルを、下痢を経験していない臨床薬理遺伝学的対象およびグレード３の下痢を経験した臨床薬理遺伝学的対象で比較した。表１３に示す通り、遺伝子発現の同様な差異が、グレード３を経験した対象で試験したとき観察された。表８および表１３と比較のこと。
【表１３】
2007509604.tif 000003
ａ１個だけの使用可能なアレイがこの集団で利用可能であった。アレイのシグナル値を示す。
ｂ示すシグナル値は、この群の全アレイの平均である。
ｃ示すシグナル値は、この群の全アレイの平均である。
ｄ示すシグナル値は、この群の全アレイの平均である。
ｅ倍率変化は［下痢／下痢なし］として計算した。負の変化倍率は＜１.０の指数を反映し、“下痢なし”集団での減少した発現を示す。
ｆＰ値＜０.０５；パラメトリックＡＮＯＶＡ
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９９】
ＣＤＣ３４(配列番号２）、ＢＮＩＰ３Ｌ(配列番号３)およびＳＥＬＥＮＢＰ１(配列番号７)は小腸および結腸で発現され、それらはジェノタイピングの候補となる。