【手続補正書】
【提出日】平成19年8月3日(2007.8.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  癌または前癌についてヒト患者をスクリーニングすることを補助する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）身体排泄物または体液の患者サンプルにおいて、長さが約２００ｂｐよりも長いＤＮＡの量を決定する工程；および
（ｂ）該量を、健康な患者から得られたサンプルに存在すると期待される長さが約２００ｂｐより長いＤＮＡの量に対して比較する工程、
ここで、該患者サンプルにおいて、より大きい統計的に有意な量の、長さが約２００ｂｐよりも長い核酸が陽性スクリーンを示す、工程
を包含する方法。
【請求項２】  請求項１に記載の方法であって、該方法がさらに、前記身体排泄物または体液のサンプル中のＤＮＡを、約２００ｂｐ離れて間隔が空けられたプライマーを使用して増幅する工程を包含する、方法。
【請求項３】  請求項１に記載の方法であって、該方法がさらに、前記身体排泄物または体液のサンプル中の約２００ｂｐよりも短い長さを有するＤＮＡの量に対する、前記第１の量のＤＮＡの比を決定する工程を包含する、方法。
【請求項４】  請求項１に記載の方法であって、該方法がさらに、以下の工程：
（ｃ）１つ以上の有益な核酸変異を選択する工程；および
（ｄ）前記サンプルにおいて該変異の少なくとも１つの存在または非存在を検出するためのアッセイを実施する工程、
を包含する、方法。
【請求項５】  請求項１に記載の方法であって、該方法がさらに、前記身体排泄物または体液のサンプル中の増幅可能な核酸の量を決定する工程を包含する、方法。
【請求項６】  請求項１に記載の方法であって、該方法がさらに、前記身体排泄物または体液のサンプル中の少なくとも１つの核酸変異を検出する工程を包含する、方法。
【請求項７】  請求項１に記載の方法であって、該方法がさらに、複数の核酸アッセイを実施する工程を包含する、方法。
【請求項８】  請求項７に記載の方法であって、前記複数が、２〜５のアッセイを含む、方法。
【請求項９】  請求項７に記載の方法であって、各アッセイが異なる核酸マーカーを検出する、方法。
【請求項１０】  請求項７に記載の方法であって、前記アッセイが、マルチプル変異検出、定量的ポリメラーゼ連鎖反応、配列特異的ハイブリッド捕捉、オリゴ連結、増幅不応性変異系、一本鎖コンホメーション多型性検出、配列決定、ミスマッチ検出、および単一塩基伸長からなる群から選択される、方法。
【請求項１１】  請求項１に記載の方法であって、該方法がさらに、前記身体排泄物または体液のサンプルから得られた核酸に対してゲル電気泳動を実施する工程を包含する、方法。
【請求項１２】  請求項６に記載の方法であって、前記少なくとも１つの核酸変異を検出する工程がさらに、単一塩基伸長アッセイを実施する工程を包含する、方法。
【請求項１３】  請求項１、２または６のいずれかに記載の方法であって、前記スクリーニング方法が、少なくとも６０％の検出の感度および少なくとも９０％の検出の特異性を提供する、方法。
【請求項１４】  請求項１３に記載の方法であって、前記感度および特異性が、前記スクリーニング方法において得られた結果と侵襲性診断方法を使用して得られた結果とを比較することによって決定される、方法。
【請求項１５】  請求項７に記載の方法であって、前記アッセイの少なくとも１つが、染色体アームの少なくとも一部分において、ヘテロ接合性の消失を検出するためのアッセイである、方法。
【請求項１６】  請求項１、２または６のいずれかに記載の方法であって、前記前癌が腺腫である、方法。
【請求項１７】  請求項１、２または６のいずれかに記載の方法であって、前記身体排泄物が、糞便、よおび糞便のホモジネートからなる群から選択される、方法。
【請求項１８】  請求項１、２または６のいずれかに記載の方法であって、前記身体排泄物または体液が、膿、痰、尿、血液、脳脊髄液、精液、および吸引物からなる群から選択される、方法。
【請求項１９】  請求項１２に記載の方法であって、前記単一塩基伸長アッセイが、以下の工程：
（ａ）オリゴヌクレオチドプライマーと核酸サンプル中の核酸の部分との間で正確な相補的ハイブリダイゼイションを促進する条件下で、該オリゴヌクレオチドプライマーを該核酸サンプルにアニーリングする工程；
（ｂ）該プライマーを単一の塩基によって伸長させる工程；
（ｃ）該伸長したプライマーを該部分から分離する工程；および
（ｄ）該伸長したプライマーに組み込まれた塩基を同定し、それによって、該単一の塩基を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２０】  請求項１２に記載の方法であって、前記単一塩基伸長アッセイが、以下の工程：
（ａ）オリゴヌクレオチドプライマーと核酸サンプル中の核酸の部分との間で正確な相補的ハイブリダイゼイションを促進する条件下で、該オリゴヌクレオチドプライマーを該核酸サンプルにアニーリングする工程；
（ｂ）プライマー伸長を促進する条件下で、２つの異なるデオキシヌクレオチドに該サンプルを曝露する工程；
（ｃ）該プライマーがもはや伸長されなくなるまで、該プライマーを伸長する工程；
（ｄ）該伸長したプライマーを該部分から分離する工程；および
（ｅ）該伸長したプライマーに組み込まれた塩基を同定し、それによって、該単一の塩基を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２１】  請求項２０に記載の方法であって、前記デオキシヌクレオチドの少なくとも１つが、検出可能に標識される、方法。
【請求項２２】  請求項１２に記載の方法であって、前記単一塩基伸長アッセイが、複数のゲノム遺伝子座の各々において、単一のヌクレオチドを同定する工程を包含する、方法。
【請求項２３】  請求項２２に記載の方法であって、前記ゲノム遺伝子座が、ａｐｃ、Ｋｒａｓ、ｐ５３，およびｂａｔ−２６からなる群から選択される、方法。
【請求項２４】  請求項７に記載の方法であって、前記複数のアッセイが、定量的ポリメラーゼ連鎖反応アッセイおよびｂａｔ−２６における変異についてのアッセイを含む、方法。
【請求項２５】  請求項２４に記載の方法であって、前記ｂａｔ−２６における変異についてのアッセイが、該ｂａｔ−２６のフラグメントを同定するためのプライマー伸長アッセイを含む、方法。
【請求項２６】  請求項１、２または６のいずれかに記載の方法であって、前記前癌が腺腫である、方法。
【請求項２７】  請求項１、２または６のいずれかに記載の方法であって、前記癌が結腸直腸癌である、方法。
【請求項２８】  請求項１３に記載の方法であって、前記感度および特異性が、前記スクリーニング方法において得られた結果と侵襲性診断方法を使用して得られた結果とを比較することによって決定される、方法。
【請求項２９】  請求項２８に記載の方法であって、前記侵襲性診断方法が、結腸鏡検査法である、方法。
【請求項３０】  請求項２８に記載の方法であって、前記侵襲性診断方法が、前記スクリーニング方法と同時に実行される、方法。
【請求項３１】  請求項２８に記載の方法であって、前記侵襲性診断方法が、前記スクリーニング方法が実行された時期の約３時間〜約３ヵ月以内に実行される、方法。
【請求項３２】  請求項１５に記載の方法であって、前記ヘテロ接合性の消失を検出するためのアッセイが、計数ＬＯＨおよび単一塩基伸長からなる群から選択される、方法。
【請求項３３】  請求項１５に記載の方法であって、前記染色体アームが、第１７ｐ染色体、第５ｐ染色体、第８ｐ染色体、第１ｑ染色体、および第１８ｑ染色体からなる群から選択される、方法。