【誤訳訂正書】
【提出日】平成19年1月25日(2007.1.25)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】特許請求の範囲
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  プラスチックからなる第１の平面的な基板、および第１の平面的な基板の上に積み重ねられてマイクロチャンネルを作る第２の平面的な基板を含む、試料中の標的被検体検出用のマイクロ流体装置であって：
ａ）試料導入口；
ｂ）少なくとも１つのウエル入口を含む試料処理ウエル；
ｃ）該試料導入口と該試料処理ウエル入口との間の液体接触を可能とする第１マイクロチャンネル；
ｄ）検出モジュールであって
i) 検出電極；
ii)自己集合単層；
iii)結合リガンド；および、
iv)該試料を受けいれる検出導入口；を含むもの；
ｅ）該試料処理ウエル入口と該検出導入口との間の液体接触を可能とする第２マイクロチャンネル、
を含む、装置。
【請求項２】  該試料処理ウエルが、試薬貯蔵ウエルである、請求項１に記載の装置。
【請求項３】  該試料処理ウエルが、溶解モジュール、細胞捕獲モジュール、または濃縮モジュールを含む、請求項１に記載の装置。
【請求項４】  該チャンバーが、細胞溶解モジュールである、請求項３に記載の装置。
【請求項５】  該チャンバーが、細胞捕獲モジュールである、請求項３に記載の装置。
【請求項６】  該チャンバーが、細胞濃縮モジュールである、請求項３に記載の装置。
【請求項７】  該チャンバーが、細胞除去モジュールである、請求項３に記載の装置。
【請求項８】  該試料処理ウエルが、分離モジュールを含む、請求項１に記載の装置。
【請求項９】  該分離モジュールが、電気泳動モジュールを含む、請求項８に記載の装置。
【請求項１０】  さらに、化学的または酵素的反応のためのウェル含む、請求項１に記載の装置。
【請求項１１】  該標的被検体が核酸であり、該反応モジュールが核酸増幅モジュールを含むものである、請求項１０に記載の装置。
【請求項１２】  該試料処理ウエルが、加熱および／または冷却機能を含む温度モジュールを含む、請求項１に記載の装置。
【請求項１３】  さらにポンプを含む、請求項１に記載の装置。
【請求項１４】  該ポンプが電気浸透（ＥＯ）ポンプである、請求項１３に記載の装置。
【請求項１５】  該ポンプが電気流体力学（ＥＨＤ）ポンプである、請求項１３に記載の装置。
【請求項１６】  さらにバルブを含む、請求項１に記載の装置。
【請求項１７】  プラスチックからなる第１の平面的な基板、および第１の平面的な基板の上に積み重ねられてマイクロチャンネルを作る第２の平面的な基板を含む、試料中の標的被検体検出用のマイクロ流体装置であって：
ａ）試料導入口；
ｂ）導出口を含む試薬貯蔵ウエル；
ｃ）検出モジュールであって
i)検出電極；
ii)自己集合単層；
iii)結合リガンド； 
iv)該試料を受けいれる検出導入口；を含むもの；
ｄ）該試料導入口と該検出導入口との間の液体接触を可能とする第１マイクロチャンネル；および
ｅ）該導出口と該検出モジュールとの間の液体接触を可能とする第２マイクロチャンネル、
を含む、装置。
【請求項１８】  試料中の標的被検体の検出方法であって：
ａ）該試料を、プラスチックからなる第１の平面的な基板、および第１の平面的な基板の上に積み重ねられてマイクロチャンネルを作る第２の平面的な基板を含む、マイクロ流体装置であって；
i) ウエル導入口およびウエル導出口を含む少なくとも１つの試料処理ウエル；
ii)該試料導入口と該試料処理ウエルとの間の液体接触を可能とする第１マイクロチャンネル；
iii)検出電極であって
１）自己集合単層；
２）結合リガンド；および、
３）該試料を受けいれる検出導入口
を含むもの；および
iv)該試料処理ウエルと該検出導入口との間の液体接触を可能とする第２マイクロチャンネル、
を含む、装置の試料導入口に導入し；そして、
ｂ）該標的被検体の存在を検出する；
ことを含んでなる方法。
【請求項１９】  該装置が、さらに試薬貯蔵ウエルを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】  該試料処理ウエルが、溶解モジュール、細胞捕獲モジュール、または濃縮モジュールを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】  該チャンバーが、細胞溶解モジュールである、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】  該チャンバーが、細胞捕獲モジュールである、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】  該チャンバーが、細胞濃縮モジュールである、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】  該チャンバーが、細胞除去モジュールである、請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】  該試料処理ウエルが、分離モジュールを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２６】  該分離モジュールが、電気泳動モジュールを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】  該装置が、さらに反応モジュールを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２８】  該標的被検体が核酸であり、該反応モジュールが核酸増幅モジュールを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】  該試料処理ウエルが、加熱および／または冷却機能を含む温度モジュールを含む温度モジュールを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項３０】  該装置がさらにポンプを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項３１】  該ポンプが電気浸透（ＥＯ）ポンプである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】  該ポンプが電気流体力学（ＥＨＤ）ポンプである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】  該装置がさらにバルブを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項３４】  さらに試薬貯蔵ウェルを含む、請求項１に記載の装置。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１９】
適当な蛋白質標的被検体には、これに限定するものではないが（１）免疫グロブリン、特にＩｇＥ、ＩｇＧおよびＩｇＭおよび特に治療的または診断的な抗体、これに限定するものではないが例えばヒトアルブミン、アポリポプロテイン（アポリポプロテインＥを含む）、ヒト絨毛性性腺刺激ホルモン、コルチゾール、α−フェトプロテイン、チロキシン、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、アンチトロンビン、医薬品に対する抗体（抗てんかん剤（フェニトイン、ピリミドン、カルバリエゼピン、エトスキシミド、バルプロン酸およびフェノバルビタール）、強心剤（ジゴキシン、リドカイン、プロカインアミドおよびジソピラミド）、気管支拡張剤（テオフィリン）、抗生物質（クロラムフェニコール、スルホンアミド）、抗欝剤、免疫抑制剤、乱用薬剤（アンフェタミン、メトアンフェタミン、カンナビノイド、コカインおよび阿片剤）に対する抗体および多数のウイルス（オルトミクソウイルス（たとえばインフルエンザウイルス）、パラミクソウイルス（たとえば呼吸シンシチウムウイルス、オタフクカゼウイルス、天然痘ウイルスなど）、アデノウイルス、ライノウイルス、コロナウイルス、レオウイルス、トガウイルス（たとえば風疹ウイルス）、パルボウイルス、痘瘡ウイルス（たとえばワリオラウイルス、牛痘ウイルス）、腸内ウイルス（たとえばポリオウイルス、コクサキーウイルス）、肝炎ウイルス（Ａ、ＢおよびＣを含む）、疱疹ウイルス（たとえば単純疱疹ウイルス、水痘−帯状疱疹ウイルス、巨大細胞封入体ウイルス、エプシュタイン−バールウイルス）、ロタウイルス、ノーウオークウイルス、ハンタウイルス、アレナウイルス、ラブドウイルス（たとえば狂犬病ウイルス）、レトロウイルス（ＨＩＶ、ＨＴＬＶ−Ｉおよび−ＩＩ）、パポーバウイルス（たとえば乳頭腫ウイルス）、ポリオーマウイルスおよびピコマウイルス、その他）および細菌（Baccilus; V. choleraeなどVibrio; 毒素原性 E. coliなどのEscherichia; S. dysenteriaeなどのShigella; S. typhyなどのSalmonella; M. tuberculosism M. lepraeなどのMycobacterium; C. botulinum, C. tetani, C. difficile, C. perfringensなどのClostridium; C. diphtheriaeなどのCorynebacterium; S. pyogenes, S. pneumoniaeなどのStreptococcus; S. aureusなどのStaphylococcus; H. influenzaeなどのHaemophilus; N. meningitidis, N. gonorrhoeaeなどのNeisseria; G. lamblia Y. pestisなどのYersinia; P. aeruginosa, P. putidaなどのPseudomonas; C. trachomatis などのChlamydia; B. pertussis などのBordetella; T. palladium などのTreponema; を含む広範な病原性および非病原性原核生物）に対する抗体；（２）これに限定されるものではないがクレアチンキナアーゼ、乳酸脱水素酵素、アスパラギン酸アミノ転移酵素、トロポニンＴ、ミオグロビン、フィブリノーゲン、コレステロール、トリグリセリド、トロンビン、組織プラスミノーゲン活性剤（ｔＰＡ）を含む心臓疾患の診断薬または処置に使用される酵素；アミラーゼ、リパーゼ、キモトリプシンおよびトリプシンを含む膵疾患診断薬；コリンエステラーゼ、ビリルビンおよびアルカリホスファターゼを含む肝機能酵素および蛋白質；アルドラーゼ、前立腺酸性ホスファターゼ、末端デオキシヌクレオチド転移酵素およびたとえばＨＩＶプロテアーゼのような細菌およびウイルス酵素；を含む酵素（およびその他の蛋白質）；（３）たとえばエリスロポエチン（ＥＰＯ）、トロンボポエチン（ＴＰＯ）、インターロイキン（ＩＬ−１からＩＬ−１７までを含む）、インスリン様増殖因子（ＩＧＦ−１およびＩＧＦ−２を含む）、上皮増殖因子（ＥＧＦ）、トランスフォーミング増殖因子（ＴＧＦ−αおよびＴＧＦ−βを含む）、ヒト成長ホルモン、トランスフェリン、表皮成長因子（ＥＧＦ）、低密度リポ蛋白質、高密度リポ蛋白質、レプチン、ＶＥＧＦ、ＰＤＦＧ、毛様体神経栄養性因子、プロラクチン、副腎皮質刺激ホルモン（ＡＣＴＨ）、カルシトニン、ヒト絨毛性性腺刺激ホルモン、コーチゾール、エストラジオール、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、黄体化ホルモン（ＬＨ）、プロゲステロンおよびテストステロンのようなホルモンおよびサイトカイン（多くが細胞受容体のためのリガンドの役目をする）；および（４）その他の蛋白質（α−フェトプロテイン、胎児性癌抗原ＣＥＡ、癌マーカーなど）が含まれる。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５６】
好適な一態様では反応モジュールは試料の全体または一部を化学修飾するためのチャンバーを含む。例えば試料成分の化学的切断（蛋白質のＣＮＢｒ切断など）または化学的交差結合を行うことができる。参照して明示的に本明細書に導入したPCT US 97/07880はアミド形成、アシル化、アルキル化、還元的アミノ化、光延反応、ディールスアルダーおよびマンニッヒ反応、鈴木およびスティル結合、化学標識反応などを含む本発明の装置内で実行できる化学反応を多数列挙している。同様に米国特許第5616464および5767259号はソートの「化学的連結」を利用するＬＣＲの変形を記載している。この態様ではＬＣＲと同様にプライマーのペアを利用するが、ここでは第１のプライマーは標的の第１のドメインに実質的に相補的であり、第２のプライマーは標的の隣接する第２のドメインに実質的に相補的である（しかしながらＬＣＲでは「ギャップ」が存在するならそのギャップを満たすためにポリメラーゼとｄＮＴＰとを添加してもよい）。各プライマーは標的配列に結合しない「側鎖」として作用する部分および水素結合、塩ブリッジ、ファンデルワールス力、などを介して非共有結合的に相互作用する基本構造の一半として作用する部分を有する。好適な態様は側鎖として実質的に相補的な核酸を利用する。そこでプライマーと標的配列とがハイブリッドを形成するとプライマーの側鎖が空間的に接近して、もしも側鎖が同様に核酸を含むなら側鎖ハイブリッド複合体を形成する。プライマーの側鎖の少なくとも１個では活性化可能な交差結合剤を含み、一般的には側鎖に共有結合的に結合して活性化後に化学的な交差結合または化学的連結を起こす。活性化可能な基は側鎖の交差結合を可能にするいかなる基を含んでいてもよく、また化学的、光子的および熱的に活性化される基を含みうるが光学的に活性化できる基が好適である。ある態様では側鎖１個にある活性化可能な基１個が他の側鎖上の官能基との相互作用を経て交差結合を起こすに十分であり；別の態様では活性化可能な基は各側鎖に必要である。これに加えて、この反応チャンバーはたとえばチオールまたはアミンのようなある種の官能基の保護または脱保護用の化学基を含んでいてもよい。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７６】
一旦ニッキングされた後にポリメラーゼ（「ＳＤＡポリメラーゼ」）を使用して新たにニッキングされた鎖である５’−３’を伸長させて別の新たに合成されたストランドを作製する。選択するポリメラーゼは５’−３’ポリメリゼーションをニック部位から開始し、ニック部位から下流にポリメリゼーションする鎖が置換し、および５’−３’エキソヌクレアーゼ活性を欠失（これは遮断試薬の添加によって追加的に達成してもよい）するものでなければならない。従ってＳＤＡに適するポリメラーゼにはこれらに限定するものではないがＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウ断片、ＳＥＱＵＥＮＡＳＥ１.０およびＳＥＱＵＥＮＡＳＥ２.０（U. S. Biochemical）、Ｔ５・ＤＮＡポリメラーゼおよびＰｈｉ２９・ＤＮＡポリメラーゼが包含される。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２４６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２４６】
当業者には明らかなように、単層をつくる異なる種の、実際の組合せと比率は広範囲に変わり得るのであり、また、メカニズム−１またはメカニズム−２の何れが使用されているかに応じて、また、下記に概略のように１電極システムまたは２電極システムのいずれが使用されるかに応じて変わり得る。一般に、メカニズム−２システムでは３成分システムが好ましく、第一の種は、種を含有する捕獲結合リガンド(標的被検体が核酸である場合、捕獲プローブという)を含み、絶縁体または伝導性オリゴマーのいずれかを介して電極に結合している。第二の種は伝導性オリゴマーであり、第三の種は絶縁体である。この実施態様において、第一の種は約９０％から約１％を含み得、約２０％から約４０％が好ましい。標的被検体が核酸である場合、約３０％から約４０％が短いオリゴヌクレオチド標的に特に好ましく、約１０％から約２０％が長い標的に好ましい。第二の種は約１％から約９０％を含み得、約２０％から約９０％が好ましく、約４０％から約６０％が特に好ましい。第三の種は約１％から約９０％を含み得、約２０％から約４０％が好ましく、約１５％から約３０％が特に好ましい。第一：第二：第三の種の好ましい比率は、短い標的については２：２：１、長い標的については１：３：１であり、全チオール濃度(これらの種との結合に使用する場合、以下で詳記)は、５００μMから１mMの範囲および８３３μMが好ましい。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０３２２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０３２２】
このように、本発明は、標的被検体検出システムに有用な、単層と捕獲結合リガンドを含む、少なくとも１つの検出電極を含む基板を提供する。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０４３６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０４３６】
好ましい実施態様において、伝導性オリゴマー(および所望により絶縁体)を含む単層を電極に添加する。一般に、添加の化学は、伝導性オリゴマーの電極への添加と類似か同じであり、即ち、金電極への結合に硫黄原子を使用するなどである。核酸に共有結合した伝導性オリゴマーに加えて、単層を含む組成物を、少なくとも５つの方法の一つでなし得る：(１)単層の添加、続く結合リンカー−核酸複合体の連続的添加；(２)結合リンカー−核酸複合体の添加、続く単層の添加；(３)単層と結合リンカー−核酸複合体の同時添加；(４)完全な核酸の結合に適した官能部で終了している結合リンカーを含む単層の形成(１,２または３のいずれかを使用した)；または(５)核酸合成に適した官能部で終了している結合リンカーを含む単層の形成、即ち、核酸を当分野で既知のように単層表面で合成する。このような適当な官能部は、ホスホルアミデイト添加のためのヌクレオシド、アミノ基、カルボキシル基、保護硫黄部、またはヒドロキシル基を含むが、これらに限定されない。例としては、好ましい方法(１)を用いた金電極上の単層の形成を記載する。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０４４２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０４４２】
本発明の各構成物は、更に、一またはそれ以上の標識を任意の位置で含有し得る。本明細書での“標識”は、化合物の検出を可能にするために結合させた元素(例えば、アイソトープ)または化学物質を意味する。好ましい標識は、放射活性アイソトープ標識、および着色または蛍光染料である。これらの標識は、任意の位置で化合物に包含させ得る。加えて、本発明の構成物は、架橋剤のような他の部分も含み得、標的−プローブ複合体の架橋を促進する。例えば、Lukhtanov et al., Nucl. Acids. Res. 24(4): 683 (1996)およびTabone et al., Biochem. 33: 375 (1994)参照、両方とも出典明示により本明細書の一部とする。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０４４４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０４４４】
加えて、本明細書に概説のように、電極のような固体支持体の使用は、これらの遺伝子アッセイのアレイ形での使用を可能にする。例えば、オリゴヌクレオチドアレイの使用は、当分野で既知である。加えて、電極内に位置を“アドレッシング”するための、および電極の表面修飾のための方法は既知である。従って、好ましい実施態様においては、核酸を含む異なる結合リガンドのアレイが、電極上に置かれ、その各々が付着リンカーを介して電極に共有結合している。この実施態様においては、異なる結合リガンドの数は、１から数千まで幅広く変化し得、好ましくは約４から約１００,０００、そして特に好ましくは約１０から約１０,０００である。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０４４８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０４４８】
好ましい実施態様において、溶液中の入力源が電子伝達の開始に用いられる。好ましくは、直流電流を用いてまたは拡散が制限されない交流周波数で開始および検出がなされるときである。一般に、当業者はよくわかるように、好ましい実施態様で“ホール”含有の単層を用いると、システムの短絡が回避できる。これはいくつかの一般的な方法で行うことができる。好ましい実施態様において、入力電極源は、標識プローブのＥＴＭよりも低いか同じレドックス電位を有する。このように、入力電子源のレドックス電位以上の電圧において、ＥＴＭおよび入力電子源が酸化されて電子を与え得る。ＥＴＭは電極に電子を与え、入力源がＥＴＭに与える。例えば、実施例中に記載した本発明の組成物に結合したＥＴＭとして、フェロセンは、水溶液中で大略２００ｍＶのレドックス電位を有する（フェロセンが結合したもの、結合の方法およびなんらかの置換基の存在によって非常に変化する）。電子源のフェロシアニドは、同様に約２００ｍＶのレドックス電位を有する。従って、約２００ｍＶまたはそれ以上の電圧において、フェロセンはフェリセニウムに変わり、電子を電極に伝達する。フェリシアニドを酸化して電子をＥＴＭに伝達することができる。この方法において、電子源（または同時還元剤）はシステムに生じたシグナルを増幅するために働き、電子源分子が核酸に結合したＥＴＭに電子を迅速に、かつ繰り返して伝達する。電子の供与・受容の速度は、同時還元剤の拡散の速度すなわち同時還元剤とＥＴＭとの間の電子伝達に制限される。電子伝達は濃度および大きさなどの影響を受ける。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０４６８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０４６８】
従って、Nernstの式と最初の原理を用いて、結果に密接に適合するモデルを開発するために、別の式をつくりだした。これは次の通りである。Nernst式、下記の式１は、同じ酸化電位ですべての分子が酸化されるわけでないので、与えられた電圧と温度における酸化分子（Ｏ）の還元分子（Ｒ）に対する比（分子数＝ｎ）を示す。
式１
【数１】
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（１）
ＥDCは電極電位、Ｅ0は金属複合体の形式的電位、Ｒは気体定数、ＴはKelvin度数での温度、ｎは伝達された電子の数、Ｆはファラデー定数、［Ｏ］は酸化分子の濃度、［Ｒ］は還元分子の濃度である。