【手続補正書】
【提出日】平成19年7月12日(2007.7.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗体の抗原結合親和性を調節する方法であって、該方法は、置換させる際に抗体の抗原結合親和性が調節されるように、
溶媒中で抗原に結合する場合に、該抗体のアミノ酸の最適電荷分布、およびそれに関連する該抗体の結合自由エネルギーの変化の空間表示を決定する工程、
該修飾されるべき抗体の少なくとも一つの候補アミノ酸残基の位置を同定し、抗原に結合する場合の該抗体の結合自由エネルギーを変える工程、ならびに
該アミノ酸位置で置換するために選択されるアミノ酸残基を選択する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記候補アミノ酸残基位置で、前記選択されたアミノ酸残基を置換する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
抗体の抗原結合親和性を調節する方法であって、該方法は、変更させる際に抗体の抗原結合親和性が調節されるように、
溶媒中で抗原に結合する場合に、該抗体のアミノ酸の最適電荷分布、およびそれに関連する該抗体の結合自由エネルギーの変化の空間表示を決定する工程、
該修飾されるべき抗体の少なくとも一つの候補アミノ酸残基の位置を同定し、抗原に結合する場合の該抗体の結合自由エネルギーを変える工程、
該アミノ酸位置に対して変更を選択する工程、
を包含する、方法。
【請求項４】
前記変更が、側鎖の化学的性質の欠失、挿入および変更からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
非修飾抗体が抗原に結合する場合と比較して、抗原に結合する場合の、修飾されたアミノ酸または変更を含む該抗体の、前記結合自由エネルギーの変化を計算する工程をさらに包含する、請求項１または３に記載の方法。
【請求項６】
前記計算する工程が、最初にｉｎ  ｓｉｌｉｃｏでの前記抗体の修飾または変更をモデル化する工程を包含し、次いで、結合の自由エネルギーにおける変化を計算する工程を包含する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記計算する工程が、ポアソン−ボルツマン方程式に基づく方法を使用する静電結合エネルギーの決定、ファンデルワールス結合エネルギーの決定および溶媒が接近可能な表面積に基づく方法を使用する結合エネルギーの決定からなる群から選択される少なくとも一つの決定を使用する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記修飾された抗体または変更した抗体を発現させる工程をさらに包含する、請求項１または３に記載の方法。
【請求項９】
前記調節が、抗体／抗原結合親和性の増大および抗体／抗原結合親和性の減少からなる群から選択される、請求項１または３に記載の方法。
【請求項１０】
前記選択されるアミノ酸が、特徴的な側鎖の化学的性質を有するアミノ酸のサブセット由来であり、該アミノ酸サブセットは、無電荷の極性アミノ酸残基、非極性アミノ酸残基、正の電荷を有するアミノ酸残基、および負の電荷を有するアミノ酸残基からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
溶媒中で結合した場合に、前記選択されるアミノ酸残基が、抗体と抗原との間の結合自由エネルギーを増大させ、それによって抗体−抗原結合親和性を減少させる、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
溶媒中で結合した場合に、前記選択されるアミノ酸残基が、抗体と抗原との間の結合自由エネルギーを減少させ、それによって抗体−抗原結合親和性を増大させる、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
抗体の抗原結合親和性を調節する方法であって、該方法は、
溶媒中で抗原に結合する場合に、該抗体のアミノ酸の最適電荷分布、およびそれに関連する該抗体の結合自由エネルギーの変化の空間表示を決定する工程、
該修飾されるべき抗体の少なくとも一つの候補アミノ酸残基の位置を同定し、抗原に結合する場合の該抗体の結合自由エネルギーを変える工程、
該アミノ酸位置で置換するために選択されるアミノ酸残基を選択する工程、
ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏでの置換のための該選択されたアミノ酸残基をモデル化し、該抗原に結合する場合の該修飾された抗体の結合自由エネルギーにおける変化を計算する工程、ならびに
該抗体の該抗原結合親和性が調節されるように、該候補アミノ酸残基について該選択されたアミノ酸残基を置換する工程、
を包含する、方法。
【請求項１４】
前記計算する工程が、ポアソン−ボルツマン方程式に基づく方法を使用する静電結合エネルギーの決定、ファンデルワールス結合エネルギーの決定および溶媒が接近可能な表面積に基づく方法を使用する結合エネルギーの決定からなる群から選択される少なくとも一つの決定を使用する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記修飾された抗体を発現させる工程をさらに包含する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記方法が、少なくとも一回くり返される、請求項１、３または１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記方法が、ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏで行われる、請求項１または３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも一つの工程が、三次元構造データによって情報が与えられる、請求項１、３または１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも一つの工程が、溶媒中で抗原に結合する発現された抗体から誘導される結合データ、抗体の結晶構造データ、抗原に結合する抗体の結晶構造データ、抗体の三次元構造データ、抗体のＮＭＲ構造データおよび抗体のコンピューターモデル化された構造データからなる群から選択されるデータによって情報が与えられる、請求項１、３または１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記修飾された抗体の発現が、無細胞性抽出物発現系、ファージディスプレイ発現系、原核細胞表現系および真核発現系からなる群から選択される発現系における発現である、請求項８または１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、ＶＨＣＤＲ１、ＶＨＣＤＲ２、ＶＨＣＤＲ３、ＶＬＣＤＲ１、ＶＬＣＤＲ２およびＶＬＣＤＲ３からなる群から選択される、ＣＤＲ領域内の一つ以上の位置で修飾される、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、抗体、抗体の軽鎖（ＶＬ）、抗体の重鎖（ＶＨ）、単鎖抗体（ｓｃＦｖ）、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆａｂフラグメント、Ｆｄフラグメント、および単ドメインフラグメントからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記抗体の前記抗原結合親和性が、約１．１、約１．２、約１．３、約１．４、約１．５、約１．６、約１．７、約１．８、約１．９、約２、約３、約５、約８、約１０、約５０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、または約１０６、約１０７、あるいは約１０８の係数で増大すると予測される、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記抗体の前記抗原結合親和性が、約１．１、約１．２、約１．３、約１．４、約１．５、約１．６、約１．７、約１．８、約１．９、約２、約３、約５、約８、約１０、約５０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、または約１０６、約１０７、あるいは約１０８の係数で減少すると予測される、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記抗原結合親和性が、塩を含有する水性溶媒の存在下で決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記溶媒が、生理学的濃度の塩を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
請求項１、３または１３のいずれか一項に記載の方法によって産生される、抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２８】
請求項１、３または１３のいずれか一項に記載の方法に従って親和性を成熟させた、抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項２９】
請求項１、３または１３のいずれか一つに記載の方法によって産生される、複数の抗体、またはそれらの抗原結合フラグメント。
【請求項３０】
請求項２７に記載の抗体またはその抗原結合フラグメントをコードする核酸。
【請求項３１】
請求項３０に記載の核酸をコードする宿主細胞。
【請求項３２】
抗体またはその抗原結合フラグメントが発現されるような条件下で請求項３１に記載の宿主細胞を培養することにより産生される、抗体またはその抗原結合フラグメント。
【請求項３３】
請求項２７に記載の抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、薬学的組成物。
【請求項３４】
ヒトの障害または疾患を処置または予防するための、請求項３３に記載の組成物であって、該ヒトの疾患または障害の治療または予防が達成されるように、該組成物は治療的有効量で存在する、組成物。
【請求項３５】
一つ以上の工程が、コンピューターで支援される、請求項１、３または１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
請求項１、３または１３のいずれか一項に記載の方法の一つ以上の工程を実施するための使用説明書を備える、電子装置における使用に適切な媒体。
【請求項３７】
請求項１、３または１３のいずれか一項に記載の方法の一つ以上の工程を実施するための装置。