【手続補正書】
【提出日】平成19年1月25日(2007.1.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】被験混合物中の１以上のターゲット分子を検出するためのバイオチップであって、固体支持体を含み、この支持体が空間的に定められた複数のアドレスを含み、各アドレスに単一種の核酸リガンドの少なくとも１コピーが付着しており、核酸リガンド種それぞれが被験混合物に含有される疑いのあるターゲット分子の１つに対し特異的親和性をもち、核酸リガンド種それぞれが非ワトソン−クリック相互作用によりターゲット分子に結合しているか、または結合しうる、バイオチップ。
【請求項２】空間的に定められた複数のアドレスで固体支持体と結合した核酸リガンドを含むバイオチップであって、空間的に定められたアドレスのそれぞれがターゲット分子に対し特異的親和性をもつ核酸リガンドを含み、空間的に定められたアドレスのそれぞれにおける複数の核酸リガンドのそれぞれが非ワトソン−クリック相互作用によりターゲット分子に結合しうるか、または結合している、バイオチップ。
【請求項３】バイオチップの製造方法であって、
Ｉ．下記の方法でターゲットに対する核酸リガンドを同定し：
（ａ）候補となる核酸配列混合物を調製する；
（ｂ）候補核酸混合物を生物学的溶液と接触させ、その際、生物学的溶液中に含有されるターゲット分子に対する親和性が候補混合物と比較して高い核酸は、候補混合物の残りのものから分離することができ、そしてそれぞれの核酸が非ワトソン−クリック相互作用によりそれぞれのターゲット分子に結合する；
（ｃ）親和性が高い核酸を、候補混合物の残りのものから分離する；
（ｄ）親和性が高い核酸を増幅して、ターゲット分子への結合の親和性および特異性が相対的に高い核酸配列を富化した核酸混合物を得て、これによってターゲット分子の核酸リガンドが同定される；
（ｅ）核酸リガンドが生物学的溶液中に含有されるターゲット分子に対し希望する親和性をもつまで、工程ｂ）、ｃ）およびｄ）を繰り返す；
ＩＩ．これらの核酸リガンドを固体支持体上の空間的に区別された位置に付着させることを含む方法。
【請求項４】医学的診断または予後を可能にする方法であって、
（ａ）個体から得た被検混合物中の１以上のターゲット分子を検出しうるバイオチップであって、固体支持体を含み、この固体支持体が１以上の空間的に定められたアドレスを含み、各アドレスに単一種の核酸リガンドの少なくとも１コピーが付着しており、核酸リガンド種それぞれが１以上のターゲット分子のうちの１つに対し特異的親和性をもち、核酸リガンド種それぞれが非ワトソン−クリック相互作用によりターゲット分子に結合しうる、バイオチップを調製する；
（ｂ）被検混合物を調製する；
（ｃ）前記バイオチップを被検混合物とin vitroで接触させる；
（ｄ）１以上の空間的に定められたアドレスのそれぞれにおいて、ターゲット分子のレベルを検出する；
（ｅ）ターゲット分子のレベルについての個人の結合パターンを判定する；そして
（ｆ）結合パターンを１以上の特性（signature）結合パターンと比較する；
これにより、もしも個人の結合パターンが特定の医学的状態と関連する特性結合パターンと高度に類似しているなら、比較の結果が医学的診断または予後を可能にする方法。
【請求項５】医学的診断または予後を可能にする方法であって、
（ａ）空間的に定められた複数のアドレスで固体支持体と結合した核酸リガンドを含むバイオチップを調製し、ここで空間的に定められた複数のアドレスのそれぞれがターゲット分子に対し特異的親和性をもつ核酸リガンドを含み、空間的に定められたアドレスのそれぞれにおける複数の核酸リガンドのそれぞれが非ワトソン−クリック相互作用によりターゲット分子に結合されており、ターゲット分子が個人から得た被検混合物からin vitroで得られたものである；
（ｂ）複数の空間的に定められたアドレスのそれぞれにおいて、ターゲット分子のレベルを検出する；
（ｃ）ターゲット分子のレベルについての個人の結合パターンを判定する；そして
（ｄ）結合パターンを１以上の特性結合パターンと比較する；
これにより、もしも個人の結合パターンが特定の医学的状態と関連する特性結合パターンと高度に類似しているなら、比較の結果が医学的診断または予後を可能にする方法。
【請求項６】被験混合物中の１以上のターゲット分子を検出する方法であって、
（ａ）バイオチップを調製し、このバイオチップは固体支持体を含み、この固体支持体が空間的に定められた複数のアドレスを含み、各アドレスに単一種の核酸リガンドの少なくとも１コピーが付着しており、核酸リガンド種それぞれが被験混合物に含有される疑いのあるターゲット分子の１つに対し特異的親和性をもち、核酸リガンド種それぞれが非ワトソン−クリック相互作用によりターゲット分子に結合しうるものである； 
（ｂ）バイオチップと被験混合物を接触させ、これによりターゲット分子が定められたアドレスに付着した１以上の核酸リガンド種に結合する；
（ｃ）１以上のアドレスにおいてバイオチップに結合したターゲット分子それぞれの量を測定する；
これにより、それらのアドレスに結合したターゲット分子の量が被験混合物中のターゲット分子の濃度を示す方法。
【請求項７】被験混合物中の１以上のターゲット分子を検出する方法であって、
（ａ）空間的に定められた複数のアドレスで固体支持体と結合した核酸リガンドを含むバイオチップを調製し、ここで空間的に定められたアドレスのそれぞれがターゲット分子に対し特異的親和性をもつ核酸リガンドを含み、空間的に定められたアドレスのそれぞれにおける複数の核酸リガンドのそれぞれが非ワトソン−クリック相互作用によりターゲット分子に結合されており、そしてターゲット分子が被検混合物から得られたものである；
（ｂ）空間的に定められた複数のアドレスのそれぞれにおいてターゲット分子の量を測定する；
これにより、ターゲット分子の量が被験混合物中のターゲット分子の濃度を示す方法。
【請求項８】核酸リガンド（単数または複数）がＲＮＡである請求項１〜７のいずれかに記載のバイオチップまたは方法。
【請求項９】核酸リガンド（単数または複数）がＤＮＡである請求項１〜７のいずれかに記載のバイオチップまたは方法。
【請求項１０】核酸リガンド（単数または複数）が１本鎖である請求項１〜９のいずれかに記載のバイオチップまたは方法。
【請求項１１】核酸リガンド（単数または複数）が２本鎖である請求項１〜９のいずれかに記載のバイオチップまたは方法。
【請求項１２】核酸リガンド（単数または複数）が少なくとも１つの化学修飾をもつ請求項１〜１１のいずれかに記載のバイオチップまたは方法。
【請求項１３】少なくとも１つの化学修飾がリボースの位置、リン酸の位置および塩基の位置から独立して選択される１以上の位置における化学的置換である請求項１２に記載のバイオチップまたは方法。
【請求項１４】少なくとも１つの化学修飾が２’−位糖修飾、２’−アミノ（２’−ＮＨ2）、２’−フルオロ（２’−Ｆ）、２’−Ｏ−メチル（２’−ＯＭｅ）、５−位ピリミジン修飾、８−位プリン修飾、シトシン環外アミンでの修飾、５−ブロモ−ウラシルの置換、主鎖の修飾、メチル化、３’キャップおよび５’キャップから独立して選択される請求項１２に記載のバイオチップまたは方法。
【請求項１５】核酸リガンド（単数または複数）がターゲット分子と結合および／または架橋しうる光反応基を含む請求項１〜１４のいずれかに記載のバイオチップまたは方法。
【請求項１６】固体支持体が平板状または球状である請求項１〜１５のいずれかに記載のバイオチップまたは方法。
【請求項１７】固体支持体が以下のものから選択される請求項１〜１６のいずれかに記載のバイオチップまたは方法：
（ａ）ラングミュア−ブロジェット膜；
（ｂ）機能性ガラス；
（ｃ）ゲルマニウム；
（ｄ）シリコン；
（ｅ）ＰＴＦＥ；
（ｆ）ポリスチレン；
（ｇ）ヒ化ガリウム；
（ｈ）金；および
（ｉ）銀。
【請求項１８】被験混合物中に存在するかもしれないターゲット分子を検出する方法であって、
ａ）第１プローブを含み、かつターゲット分子に対し特異的親和性をもつ核酸リガンドと被験混合物とを接触させ、ここで被験混合物中にターゲット分子が存在するときには核酸リガンド−ターゲット複合体が形成され；
（ｂ）第２プローブを含む固体支持体の表面と該核酸リガンド−ターゲット複合体とを、第１プローブが第２プローブと相互作用できるように接触させ；
（ｃ）行程（ｄ）を行う前のいずれかの時点で、該核酸リガンド−ターゲット複合体と検出可能な分子とを接触させ；
（ｄ）検出可能な分子を検出することによって表面上のターゲット分子を検出する；
ことを含む方法。
【請求項１９】核酸リガンドが１本鎖核酸または２本鎖核酸である請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】核酸リガンドがＤＮＡまたはＲＮＡを含む請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】核酸リガンドが少なくとも１つの化学修飾をもつ請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】少なくとも１つの化学修飾がリボースの位置、デオキシリボースの位置、リン酸の位置および塩基の位置から独立して選択される１以上の位置における化学的置換である請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】少なくとも１つの化学修飾が２’−位糖修飾、２’−アミノ（２’−ＮＨ2）、２’−フルオロ（２’−Ｆ）、２’−Ｏ−メチル（２’−ＯＭｅ）、５−位ピリミジン修飾、８−位プリン修飾、シトシン環外アミンでの修飾、５−ブロモ−ウラシルの置換、５−ブロモデオキシウリジンの置換、５−ブロモデオキシシチジンの置換、主鎖の修飾、メチル化、３’キャップおよび５’キャップから独立して選択される請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】第１プローブが核酸リガンドの５’−末端に含まれる請求項１９に記載の方法。
【請求項２５】第１プローブが核酸リガンドの３’−末端に含まれる請求項１９に記載の方法。
【請求項２６】ターゲット分子がタンパク質である請求項１８に記載の方法。
【請求項２７】被験混合物が体液である請求項１８に記載の方法。
【請求項２８】体液が、血漿、尿、精液、唾液、リンパ液、脳脊髄膜液、羊水、腺液、脳脊髄液、便、組織、および生検試料から選択される請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】第１プローブが第１ヌクレオチド配列を含み、第２プローブが第２ヌクレオチド配列を含み、ここで第１ヌクレオチド配列が第２ヌクレオチド配列と相補的である請求項１８に記載の方法。
【請求項３０】第１プローブが第２プローブとハイブリダイゼーションによって相互作用する請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】該表面が空間的に定められた複数のアドレスを含み、ここで複数のアドレスのそれぞれがその上に配置された少なくとも１つのプローブを含む請求項１８に記載の方法。
【請求項３２】ターゲット分子の検出が、表面上のアドレスで検出可能な分子を検出することを含む請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】固体支持体がバイオチップである請求項１８に記載の方法。
【請求項３４】被験混合物中に存在するかもしれないターゲット分子を検出する方法であって、
ａ）第１プローブを含み、かつターゲット分子に対し特異的親和性をもつ核酸リガンドと被験混合物とを接触させ、ここで被験混合物中にターゲット分子が存在するときには核酸リガンド−ターゲット複合体が形成され；
（ｂ）核酸リガンド−ターゲット複合体を照射し、ここで核酸リガンド−ターゲット複合体が光架橋し；
（ｃ）第２プローブを含む固体支持体の表面と光架橋した核酸リガンド−ターゲット複合体とを、第１プローブが第２プローブと相互作用できるように接触させ；
（ｄ）行程（ｅ）を行う前のいずれかの時点で、該光架橋した核酸リガンド−ターゲット複合体と検出可能な分子とを接触させ；
（ｅ）検出可能な分子を検出することによって表面上のターゲット分子を検出する；
ことを含む方法。
【請求項３５】核酸リガンドが１本鎖核酸または２本鎖核酸である請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】核酸リガンドがＤＮＡまたはＲＮＡを含む請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】核酸リガンドが少なくとも１つの化学修飾をもつ請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】少なくとも１つの化学修飾がリボースの位置、デオキシリボースの位置、リン酸の位置および塩基の位置から独立して選択される１以上の位置における化学的置換である請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】少なくとも１つの化学修飾が２’−位糖修飾、２’−アミノ（２’−ＮＨ2）、２’−フルオロ（２’−Ｆ）、２’−Ｏ−メチル（２’−ＯＭｅ）、５−位ピリミジン修飾、８−位プリン修飾、シトシン環外アミンでの修飾、５−ブロモ−ウラシルの置換、５−ブロモデオキシウリジンの置換、５−ブロモデオキシシチジンの置換、主鎖の修飾、メチル化、３’キャップおよび５’キャップから独立して選択される請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】第１プローブが核酸リガンドの５’−末端に含まれる請求項３４に記載の方法。
【請求項４１】第１プローブが核酸リガンドの３’−末端に含まれる請求項３４に記載の方法。
【請求項４２】ターゲット分子がタンパク質である請求項３４に記載の方法。
【請求項４３】被験混合物が体液である請求項３４に記載の方法。
【請求項４４】体液が、血漿、尿、精液、唾液、リンパ液、脳脊髄膜液、羊水、腺液、脳脊髄液、便、組織、および生検試料から選択される請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】第１プローブが第１ヌクレオチド配列を含み、第２プローブが第２ヌクレオチド配列を含み、ここで第１ヌクレオチド配列が第２ヌクレオチド配列と相補的である請求項３４に記載の方法。
【請求項４６】第１プローブが第２プローブとハイブリダイゼーションによって相互作用する請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】該表面が空間的に定められた複数のアドレスを含み、ここで複数のアドレスのそれぞれがその上に配置された少なくとも１つのプローブを含む請求項３４に記載の方法。
【請求項４８】ターゲット分子の検出が、表面上のアドレスで検出可能な分子を検出することを含む請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】固体支持体がバイオチップである請求項３４に記載の方法。