【手続補正書】
【提出日】平成19年2月14日(2007.2.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸分子を調製する方法であって、以下：
少なくとも１つの核酸分子を取得する工程；
複数のプライマーに対して該核酸分子を供して核酸分子／プライマー混合物を形成する工程であって、ここで該プライマーが、実質的に自己非相補的でありそして該複数の中のプライマーに対して実質的に非相補的である核酸配列を含み、ここで該配列が５’から３’方向に定常領域および可変領域を含む、工程；ならび に
該核酸分子／プライマー混合物をポリメラーゼに供する工程であって、該供する工程が各々の末端に定常領域の全てまたは一部を含む複数の分子を生成する条件下である、工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記核酸分子が一本鎖核酸分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記一本鎖核酸分子がＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡ−ＲＮＡキメラである、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記核酸分子が二本鎖核酸分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記二本鎖核酸分子がＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡ−ＲＮＡキメラである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記核酸分子が一本鎖核酸分子および二本鎖核酸分子の混合物である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記一本鎖核酸分子がＲＮＡでありそして前記二本鎖核酸分子がＤＮＡである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
複数のプライマーが実質的に自己非相補的でありそして該複数の中の他のプライマーに対して実質的に非相補的であることを意図して、該複数のプライマーを設計する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記方法が、定常領域の全てまたは一部を含む複数の分子を増幅して、増幅された分子を生成する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記増幅する工程がポリメラーゼ連鎖反応を包含する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記定常領域および可変領域がそれぞれ、同一の２つの非相補的なヌクレオチドからなる、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記定常領域および可変領域がそれぞれ、グアニン、アデニンまたはその両方からなる、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記定常領域および可変領域がそれぞれ、シトシン、チミジンまたはその両方からなる、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記定常領域および可変領域がそれぞれ、アデニン、シトシンまたはその両方からなる、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記定常領域および可変領域がそれぞれ、グアニン、チミジンまたはその両方からなる、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
前記定常領域が約６〜約１００ヌクレオチドを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１７】
前記可変領域が約４ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１８】
前記プライマーがさらに、その遠位３’末端の０〜約３個のランダムな塩基からなる、請求項１１に記載の方法。
【請求項１９】
前記定常領域および可変領域がそれぞれ、グアニンおよびチミジンからなり、そして前記ポリヌクレオチドが遠位３’末端に０個、１個、２個または３個のランダムな塩基を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項２０】
前記ヌクレオチドが塩基アナログまたは骨格アナログである、請求項１１に記載の方法。
【請求項２１】
前記ポリメラーゼが鎖交換性ポリメラーゼである、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
請求項２１に記載の方法であって、ここで、前記鎖交換性ポリメラーゼが、φ２９ポリメラーゼ、Ｂｓｔポリメラーゼ、Ｖｅｎｔポリメラーゼ、９°Ｎｍポリメ ラーゼ、ＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウフラグメント、ＭＭＬＶ逆転写酵素、ＡＭＶ逆転写酵素、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、ヒトＨＩＶ逆転写酵素、３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を欠損した変異型Ｔ７ファージＤＮＡポリメラーゼ、またはこれらの混合物で ある、方法。
【請求項２３】
前記鎖交換性ポリメラーゼがクレノウ Ｅｘｏ−である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記鎖交換性ポリメラーゼが３’−−>５’エキソヌクレアーゼ活性を欠損した変異型Ｔ７ファージＤＮＡポリメラーゼである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記鎖交換性ポリメラーゼがＭＭＬＶ逆転写酵素である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
前記方法が、前記核酸分子／プライマー混合物を、ポリメラーゼ連続移動性増強化合物に供する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記化合物が一本鎖化ＤＮＡ結合性タンパク質またはヘリカーゼである、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記混合物をポリメラーゼに供する工程が、ＧＣ−リッチなＤＮＡおよび／またはＲＮＡを介した重合反応を促進する１つ以上の薬剤の存在下で起こる、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記薬剤がジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、７−デアザ−ｄＧＴＰ、またはそれらの混合物を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記増幅する工程が、ＧＣ−リッチなＤＮＡを介した重合反応を促進する１つ以上の薬剤の存在下で起こる、請求項９に記載の方法。
【請求項３１】
前記薬剤がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、ベタイン、またはそれらの混合物を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記複数のプライマーの各々が同一の定常領域を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
２つ以上の定常領域が複数のプライマーの混合物中に示される、請求項１に記載の方法。
【請求項３４】
請求項９に記載の方法であって、ここで前記方法が以下の工程：
増幅された分子を修飾して修飾ヌクレオチド塩基を組み込み、これによって標識化分子を生成する工程であって、該増幅された分子がさらに一本鎖ＤＮＡ分子、二本鎖ＤＮＡ分子、またはそれらの混合物として規定される、工程；
該標識化分子から一本鎖分子を生成する工程であって、該一本鎖分子が基材上の既知の位置に整列された相補的配列にハイブリダイズし得る、工程；および
少なくとも１つのハイブリダイゼーション信号を分析する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項３５】
前記修飾する工程が修飾ヌクレオチド塩基の化学的組み込み、酵素的組み込みまたは物理的組み込みを包含する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記修飾塩基が放射性または蛍光性である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記生成する工程が、前記二本鎖分子の変性を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
前記基材がマイクロアレイ基材を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３９】
前記分析する工程が、少なくとも１つのハイブリダイゼーション信号のバックグラウンドを差し引いた強度を測定する工程を包含する、請求項３４に記載の方法。
【請求項４０】
前記分析する工程が、増幅されたライブラリーのコピー数、代表物またはその両方の測定を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項４１】
前記増幅された分子の末端にタグが取り込まれ、そして該増幅された分子の各々の末端の該タグに対して前記定常領域が末端から２番目である、請求項９に記載の方法。
【請求項４２】
前記タグがホモポリマー性配列である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記ホモポリマー性配列がポリシトシン（ポリＣ）またはポリグアニン（ポリＧ）を含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
ホモポリマー性ポリＧの組み込みが末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ活性を含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
ホモポリマー性のポリＧまたはポリＣの組み込みが、前記増幅された分子の末端に対する、該ホモポリマー性のポリＧまたはポリＣを含むアダプターのライゲーションを含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
ホモポリマー性ポリＣの組み込みがＤＮＡポリメラーゼを用いて増幅された分子を複製する工程を包含し、該複製する工程が５’から３’方向において：
ホモポリマー性ポリＣ；および
定常領域
を含むプライマーを利用する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
ホモポリマー性ポリＣを含む増幅された分子が、核酸分子中の所望の配列およびポリＣに対して相補的なプライマーを使用してさらに増幅される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４８】
少なくともいくつかの増幅されたＤＮＡが、配列決定、ハイブリダイゼーションまたはその両方にさらに供される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
ホモポリマー性配列ポリＣを含む増幅された分子が、核酸分子中の異なる所望の配列およびポリＣプライマーに対して相補的であるプライマーの混合物を用いてさらに増幅される、請求項４３に記載の方法。
【請求項５０】
いくつかの増幅された所望のＤＮＡ分子の混合物が、配列決定、ハイブリダイゼーションまたはその両方にさらに供される、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
ＤＮＡ分子を増幅する方法であって、以下：
少なくとも１つの二本鎖ＤＮＡ分子または一本鎖ＤＮＡ分子を取得する工程；
該二本鎖ＤＮＡ分子を加熱に供して、少なくとも１つの一本鎖ＤＮＡ分子を生成する工程；
該一本鎖ＤＮＡ分子を複数のプライマーに供してＤＮＡ分子／プライマー混合物を形成する工程であって、ここで該プライマーが実質的に自己非相補的でありそ して該複数の中の他のプライマーに対して実質的に非相補的である核酸配列を含み、ここで該配列が５’から３’方向に定常領域および可変領域を含む、工程；
該ＤＮＡ分子／プライマー混合物をポリメラーゼに供する工程であって、該供する工程が各々の末端に該定常領域を含む複数のＤＮＡ分子を生成する条件下である、工程；ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応を介して該複数のＤＮＡ分子を増幅する工程であって、該反応が該定常領域に対して相補的なプライマーを利用する、工程
を包含する、方法。
【請求項５２】
前記ＤＮＡ分子がゲノムＤＮＡを含むようにさらに規定される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記ＤＮＡ分子がヒトサンプルから取得される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
前記サンプルが血液、血清または血漿を含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記サンプルが生検材料を含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
前記サンプルが１つの細胞を含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５７】
前記サンプルが、毛包、乳頭吸引物、精液、脳脊髄液、尿、痰、唾液、気管洗浄物、子宮洗浄物、便、汗、頬擦過標本、免疫沈降されたクロマチン、物理的に単離されたクロマチン、またはホルマリン固定化組織を含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５８】
前記ポリメラーゼが鎖交換性ポリメラーゼである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５９】
請求項５８に記載の方法であって、ここで、前記鎖交換性ポリメラーゼが、φ２９ポリメラーゼ、Ｂｓｔポリメラーゼ、Ｖｅｎｔポリメラーゼ、９ｏＮｍポリメ ラーゼ、ＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウフラグメント、ＭＭＬＶ逆転写酵素、ＡＭＶ逆転写酵素、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、ヒトＨＩＶ逆転写酵素、３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を欠損した変異型Ｔ７ファージＤＮＡポリメラーゼ、またはこれらの混合物で ある、方法。
【請求項６０】
前記鎖交換性ポリメラーゼがクレノウ Ｅｘｏ−である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記鎖交換性ポリメラーゼが３’−−>５’エキソヌクレアーゼ活性を欠損した変異型Ｔ７ファージＤＮＡポリメラーゼである、請求項５９に記載の方法。
【請求項６２】
前記鎖交換性ポリメラーゼがＭＭＬＶ逆転写酵素である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６３】
前記方法が、前記核酸分子／プライマー混合物を、ポリメラーゼ連続移動性増強化合物に供する工程をさらに包含する、請求項５１に記載の方法。
【請求項６４】
前記化合物が一本鎖ＤＮＡ分子結合タンパク質またはヘリカーゼである、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記ポリメラーゼに供する工程が、ＧＣ−リッチなＤＮＡを介した重合反応を促進することが公知の添加物の存在下で起こる、請求項５１に記載の方法。
【請求項６６】
前記添加物がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、またはそれらの混合物を含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記増幅する工程が、ＧＣ−リッチなＤＮＡを介した重合反応を促進する１つ以上の薬剤の存在下で起こる、請求項５１に記載の方法。
【請求項６８】
前記薬剤がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、ベタイン、またはそれらの混合物を含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記サンプルから調製された核酸分子がゲノムのコピー数情報を提供する、請求項５３に記載の方法。
【請求項７０】
前記サンプルから調製された核酸分子がゲノム配列情報を提供する、請求項５３に記載の方法。
【請求項７１】
前記サンプルから調製された核酸分子が対立遺伝子の多様性の情報を提供する、請求項５３に記載の方法。
【請求項７２】
前記サンプルから調製された核酸分子が、疾患の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、請求項５３に記載の方法。
【請求項７３】
前記サンプルから調製された核酸分子が、癌の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、請求項５３に記載の方法。
【請求項７４】
ＲＮＡ分子を増幅する方法であって、以下：
少なくとも１つのＲＮＡ分子を取得する工程；
必要に応じて、分子を加熱して、少なくとも１つの一本鎖ＲＮＡ分子を生成する工程；
一本鎖ＲＮＡ分子を複数のプライマーに供して、ＲＮＡ分子／プライマー混合物を形成する工程であって、ここで該プライマーが実質的に自己非相補的でありそ して該複数の中の他のプライマーに対して実質的に非相補的である核酸配列を含み、ここで該配列が５’から３’方向に定常領域および可変領域を含む、工程；
該ＲＮＡ分子／プライマー混合物をポリメラーゼに供する工程であって、該供する工程が各々の末端に該定常領域を含む複数のＤＮＡ分子を生成する条件下である、工程；ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応を介して該複数のＤＮＡ分子を増幅する工程であって、該反応が該定常領域に対して相補的なプライマーを利用する、工程
を包含する、方法。
【請求項７５】
前記ＲＮＡ分子がサンプルから取得される、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記サンプルが全細胞内ＲＮＡ、トランスクリプトームまたはその両方を含む、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記サンプルが１つ以上のウイルスから取得される、請求項７５に記載の方法。
【請求項７８】
前記サンプルが１つ以上の細菌から取得される、請求項７５に記載の方法。
【請求項７９】
前記サンプルが動物細胞、細菌および／またはウイルスの混合物から取得される、請求項７５に記載の方法。
【請求項８０】
前記サンプルがヒトから取得される、請求項７５に記載の方法。
【請求項８１】
前記サンプルが血液、血清または血漿を含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
前記サンプルが、毛包、乳頭吸引物、精液、脳脊髄液、尿、痰、唾液、気管洗浄物、子宮洗浄物、便、汗、頬擦過標本、免疫沈降されたクロマチン、物理的に単離されたクロマチン、またはホルマリン固定化組織を含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８３】
前記サンプルが１つの細胞を含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８４】
前記サンプルがｍＲＮＡを含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８５】
前記ｍＲＮＡが親和性捕捉によって取得される、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記ポリメラーゼが逆転写酵素である、請求項７４に記載の方法。
【請求項８７】
前記逆転写酵素が、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＭＶ逆転写酵素、ＭＭＬＶ逆転写酵素、ＨＩＶ逆転写酵素、またはこれらの混合物である、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記逆転写酵素がＭＭＬＶ逆転写酵素である、請求項８６に記載の方法。
【請求項８９】
前記方法が、前記核酸分子／プライマー混合物をポリメラーゼ連続移動性増強化合物に供する工程をさらに包含する、請求項７４に記載の方法。
【請求項９０】
前記化合物が一本鎖ＤＮＡ結合性タンパク質もしくは一本鎖化ＲＮＡ分子結合性タンパク質またはヘリカーゼである、請求項８９に記載の方法。
【請求項９１】
前記ポリメラーゼに混合物を供する工程が、ＧＣ−リッチなＲＮＡを介した重合反応を促進する１つ以上の薬剤の存在下で起こる、請求項７４に記載の方法。
【請求項９２】
前記薬剤がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、またはそれらの混合物を含む、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
前記増幅する工程が、ＧＣ−リッチなＤＮＡを介した重合反応を促進する１つ以上の薬剤の存在下で起こる、請求項７４に記載の方法。
【請求項９４】
前記薬剤がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、ベタイン、またはそれらの混合物を含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記サンプルから調製された核酸分子が遺伝子発現情報を提供する、請求項８０に記載の方法。
【請求項９６】
前記サンプルから調製された核酸分子が遺伝子配列情報を提供する、請求項８０に記載の方法。
【請求項９７】
前記サンプルから調製された核酸分子がエクソン対立遺伝子の多様性の情報を提供する、請求項８０に記載の方法。
【請求項９８】
前記サンプルから調製された核酸分子が、疾患の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、請求項８０に記載の方法。
【請求項９９】
前記サンプルから調製された核酸分子が、癌の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、請求項８０に記載の方法。
【請求項１００】
少なくとも１つのｍＲＮＡ分子から生成されたＤＮＡ分子を増幅する方法であって、以下：
該ｍＲＮＡ分子からｃＤＮＡ分子を取得する工程；
ｃＤＮＡ分子を改変して、少なくとも１つのｓｓＤＮＡ分子を生成する工程；
該ｓｓＤＮＡ分子を複数のプライマーに供してｓｓＤＮＡ分子／プライマー混合物を形成する工程であって、ここで該プライマーが実質的に自己非相補的であり そして該複数の中の他のプライマーに対して実質的に非相補的である核酸配列を含み、ここで該配列が５’から３’方向に定常領域および可変領域を含む、工 程；
該ｓｓＤＮＡ分子／プライマー混合物をポリメラーゼに供する工程であって、該供する工程が各々の末端に該定常領域を含む複数のＤＮＡ分子を生成する条件下である、工程；ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応を介して各々の末端に該定常領域を含む複数のＤＮＡ分子を増幅する工程であって、該反応が該定常領域に対して相補的なプライマーを利用する、工程
を包含する、方法。
【請求項１０１】
前記ｍＲＮＡがヒトサンプルから取得される、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記ヒトサンプルが生検材料を含む、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
前記サンプルが１つの細胞を含む、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０４】
前記サンプルが、毛包、乳頭吸引物、精液、脳脊髄液、尿、痰、唾液、気管洗浄物、子宮洗浄物、便、汗、頬擦過標本、免疫沈降されたクロマチン、物理的に単離されたクロマチン、またはホルマリン固定化組織を含む、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０５】
前記取得する工程が、逆転写酵素を用いてｍＲＮＡ分子を逆転写することによるｃＤＮＡ分子の生成を含むようさらに規定される、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０６】
前記逆転写酵素が、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＭＶ逆転写酵素、ＭＭＬＶ逆転写酵素、ヒトＨＩＶ逆転写酵素、またはこれらの混合物である、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
前記方法が、前記核酸分子／プライマー混合物をポリメラーゼ連続移動性増強化合物に供する工程をさらに包含する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０８】
前記化合物が一本鎖ＤＮＡ分子結合タンパク質、ヘリカーゼまたはそれらの混合物である、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
前記ポリメラーゼに混合物を供する工程が、ＧＣ−リッチなＤＮＡを介した重合反応を促進する１つ以上の薬剤の存在下で起こる、請求項１００に記載の方法。
【請求項１１０】
前記薬剤がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、またはそれらの混合物を含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記増幅する工程が、ＧＣ−リッチなＤＮＡを介した重合反応を促進する薬剤の存在下で起こる、請求項１００に記載の方法。
【請求項１１２】
前記薬剤がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、ベタイン、またはそれらの混合物を含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記サンプルから調製された核酸分子が遺伝子発現情報を提供する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１１４】
前記サンプルから調製された核酸分子が遺伝子配列情報を提供する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１１５】
前記サンプルから調製された核酸分子がエクソン対立遺伝子の多様性の情報を提供する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１１６】
前記サンプルから調製された核酸分子が、疾患の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１１７】
前記サンプルから調製された核酸分子が、癌の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１１８】
ＤＮＡおよびＲＮＡの混合物を含むサンプルから総ての核酸を取得する方法であって、以下：
ＤＮＡおよびＲＮＡの混合物を提供する工程；
必要に応じて、二本鎖核酸を変性させる温度に該混合物を加熱する工程；ならびに
一本鎖ＤＮＡおよび一本鎖ＲＮＡの両方を複製するポリメラーゼに該混合物を供する工程
を包含する、方法。
【請求項１１９】
前記方法が本質的に、前記提供する工程、必要に応じて加熱する工程、および供する工程からなる、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２０】
請求項１１８に記載の方法であって、ここで前記供する工程が、以下：
前記混合物を複数のプライマーに供して核酸／プライマー混合物を形成する工程であって、ここで該プライマーが実質的に自己非相補的でありそして該複数の中 の他のプライマーに対して実質的に非相補的である核酸配列を含み、ここで該配列が５’から３’方向に定常領域および可変領域を含む、工程；
該核酸／プライマー混合物をＤＮＡおよびＲＮＡの両方を効率的に複製するポリメラーゼに供する工程であって、該供する工程が各々の末端に一定の核酸配列を含む複数のＤＮＡ分子を生成する条件下である、工程；ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応を介して各々の末端に該定常領域を含む複数のＤＮＡ分子を増幅する工程であって、該反応が該定常領域に対して相補的なプライマーを利用する、工程
としてさらに規定される、方法。
【請求項１２１】
前記ポリメラーゼが逆転写酵素である、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２２】
前記逆転写酵素が、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＭＶ逆転写酵素、ＭＭＬＶ逆転写酵素、ＨＩＶ逆転写酵素、またはこれらの混合物である、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記逆転写酵素がＭＭＬＶ逆転写酵素である、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
前記サンプルがヒト由来である、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２５】
前記サンプルが血液、血清または血漿を含む、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
前記サンプルが、毛包、乳頭吸引物、精液、脳脊髄液、尿、痰、唾液、気管洗浄物、子宮洗浄物、便、汗、頬擦過標本、免疫沈降されたクロマチン、物理的に単離されたクロマチン、またはホルマリン固定化組織を含む、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２７】
前記サンプルが１つの細胞を含む、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２８】
前記方法が、前記核酸分子／プライマー混合物をポリメラーゼ連続移動性増強化合物に供する工程をさらに包含する、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２９】
前記化合物が一本鎖ＤＮＡ分子結合タンパク質またはＲＮＡ結合性タンパク質またはヘリカーゼである、請求項１２８に記載の方法。
【請求項１３０】
前記ポリメラーゼに混合物を供する工程が、ＧＣ−リッチなＤＮＡまたはＲＮＡを介した重合反応を促進する１つ以上の薬剤の存在下で起こる、請求項１２０に記載の方法。
【請求項１３１】
前記薬剤がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、またはそれらの混合物を含む、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３２】
前記増幅する工程が、ＧＣ−リッチなＤＮＡを介した重合反応を促進する１つ以上の薬剤の存在下で起こる、請求項１２０に記載の方法。
【請求項１３３】
前記薬剤がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、ベタイン、またはそれらの混合物を含む、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
前記サンプルから調製された核酸分子が核酸配列情報を提供する、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３５】
前記サンプルから調製された核酸分子が対立遺伝子の多様性の情報を提供する、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３６】
前記サンプルから調製された核酸分子が、疾患の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３７】
前記サンプルから調製された核酸分子が、癌の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１３８】
ＤＮＡおよびＲＮＡの混合物を含むサンプルからＤＮＡまたはＲＮＡをそれぞれ区別して取得する方法であって、以下：
該ＤＮＡおよびＲＮＡの混合物を提供する工程；
ＤＮＡまたはＲＮＡに選択的に影響する温度に、該混合物を加熱する工程；ならびに
それぞれＤＮＡまたはＲＮＡを選択的に複製するポリメラーゼに該混合物を供する工程
を包含する、方法。
【請求項１３９】
請求項１３８に記載の方法であって、前記提供する工程が、以下：
前記混合物を複数のプライマーに供して核酸／プライマー混合物を形成する工程であって、ここで該プライマーが実質的に自己非相補的でありそして該複数の中 の他のプライマーに対して実質的に非相補的である核酸配列を含み、ここで該配列が５’から３’方向に定常領域および可変領域を含む、工程；
該核酸／プライマー混合物を、それぞれＤＮＡまたはＲＮＡを選択的に複製するポリメラーゼに供する工程であって、該供する工程が各々の末端に既知の核酸配列を含む複数のＤＮＡ分子を生成する条件下である、工程；ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応を介して各々の末端に該定常領域を含む複数のＤＮＡ分子を増幅する工程であって、該反応が該定常領域に対して相補的なプライマーを利用する、工程
としてさらに規定される、方法。
【請求項１４０】
前記サンプルがヒト由来である、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４１】
前記サンプルが血液、血清または血漿を含む、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４２】
前記サンプルが、毛包、乳頭吸引物、精液、脳脊髄液、尿、痰、唾液、気管洗浄物、子宮洗浄物、便、汗、頬擦過標本、免疫沈降されたクロマチン、物理的に単離されたクロマチン、またはホルマリン固定化組織を含む、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４３】
前記サンプルが１つの細胞を含む、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４４】
ＤＮＡおよびＲＮＡを含むサンプルからＤＮＡを区別して取得する方法であって、以下：
ＤＮＡおよびＲＮＡの混合物を提供する工程；
少なくとも約９４℃〜約１００℃の温度に該混合物を加熱して、一本鎖核酸を生成する工程；ならびに
ＤＮＡテンプレートのみを複製するポリメラーゼに該混合物を供する工程
を包含する、方法。
【請求項１４５】
請求項１４４に記載の方法であって、以下の工程：
前記混合物を複数のプライマーに供して核酸／プライマー混合物を形成する工程であって、ここで該プライマーが実質的に自己非相補的でありそして該複数の中 の他のプライマーに対して実質的に非相補的である核酸配列を含み、ここで該配列が５’から３’方向に定常領域および可変領域を含む、工程；
該核酸／プライマー混合物を、選択的にＤＮＡを複製するポリメラーゼに供する工程であって、該供する工程が各々の末端に一定の核酸配列を含む複数のＤＮＡ分子を生成する条件下である、工程；ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応を介して各々の末端に該一定の核酸配列を含む複数のＤＮＡ分子を増幅する工程であって、該反応が該一定の核酸配列に対して相補的なプライマーを利用する、工程
をさらに包含する、方法。
【請求項１４６】
前記ポリメラーゼがＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼである、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
請求項１４６に記載の方法であって、ここで、前記ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼが、φ２９ポリメラーゼ、Ｂｓｔポリメラーゼ、Ｖｅｎｔポリメラーゼ、９°Ｎｍポリメラーゼ、ＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウ Ｅｘｏ−フラグメント、３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を欠損した変異型Ｔ７ファージＤＮＡポリメラーゼ、またはこれらの混合物である、方法。
【請求項１４８】
前記ポリメラーゼがＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウ Ｅｘｏ−フラグメントである、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１４９】
前記方法が、前記核酸分子／プライマー混合物をポリメラーゼ連続移動性増強化合物に供する工程をさらに包含する、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１５０】
前記化合物が一本鎖ＤＮＡ分子結合タンパク質またはヘリカーゼである、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５１】
前記ポリメラーゼに混合物を供する工程が、ＧＣ−リッチなＤＮＡを介した重合反応を促進する１つ以上の薬剤の存在下で起こる、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１５２】
前記薬剤がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、またはこれらの混合物を含む、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
前記増幅する工程が、ＧＣ−リッチなＤＮＡを介した重合反応を促進する１つ以上の薬剤の存在下で起こる、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１５４】
前記薬剤がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、ベタイン、またはこれらの混合物を含む、請求項１５３に記載の方法。
【請求項１５５】
前記サンプルがヒト由来である、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１５６】
前記サンプルが血液、血清または血漿を含む、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５７】
前記サンプルが、毛包、乳頭吸引物、精液、脳脊髄液、尿、痰、唾液、気管洗浄物、子宮洗浄物、便、汗、頬擦過標本、免疫沈降されたクロマチン、物理的に単離されたクロマチン、またはホルマリン固定化組織を含む、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５８】
前記サンプルが１つの細胞を含む、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５９】
前記サンプルから調製された核酸分子がゲノムのコピー数情報を提供する、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１６０】
前記サンプルから調製された核酸分子がゲノム配列情報を提供する、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１６１】
前記サンプルから調製された核酸分子が対立遺伝子の多様性の情報を提供する、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１６２】
前記サンプルから調製された核酸分子が、疾患の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１６３】
前記サンプルから調製された核酸分子が、癌の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１６４】
ｄｓＤＮＡおよびＲＮＡを含むサンプルからＲＮＡを区別して得る方法であって、該方法は、以下：
該ｄｓＤＮＡおよびＲＮＡの混合物を提供する工程；
ｄｓＤＮＡの変性を防ぐように、該混合物を、約７５℃を超えない温度まで必要に応じて加熱する工程；および
該混合物を、一本鎖ＲＮＡテンプレートのみを複製するポリメラーゼに供する工程
を包含する、方法。
【請求項１６５】
請求項１６４に記載の方法であって、ここで、前記供する工程が、以下：
前記混合物を複数のプライマーに供して核酸／プライマー混合物を形成する工程であって、該プライマーは、実質的に非自己相補的であり、かつ、該複数あるう ちの他のプライマーに対して、実質的に非相補的である核酸配列を含み、ここで、該配列は、５’→３’方向で、定常領域および可変領域を含む、工程；
該供する工程によって、該定常核酸配列を各々末端に含む複数のＤＮＡ分子が生成される条件の下、該核酸／プライマー混合物を、一本鎖ＲＮＡのみをプライミングし、かつ、複製するポリメラーゼに供する工程；ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応を介して、各末端の該定常領域を含む該複数のＤＮＡ分子を増幅する工程であって、該反応は、該定常領域に相補的なプライマーを利用する、工程
として、さらに規定される、方法。
【請求項１６６】
請求項１６５に記載の方法であって、ここで、前記ポリメラーゼが、逆転写酵素である、方法。
【請求項１６７】
請求項１６６に記載の方法であって、ここで、前記逆転写酵素は、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＭＶ逆転写酵素、ＭＭＬＶ逆転写酵素、ＨＩＶ逆転写酵素、またはそれらの混合物である、方法。
【請求項１６８】
請求項１６６に記載の方法であって、前記逆転写酵素が、ＭＭＬＶ逆転写酵素である、方法。
【請求項１６９】
請求項１６５に記載の方法であって、ここで、該方法は、
前記核酸分子／プライマー混合物をポリメラーゼ連続移動性増強化合物に供する工程をさらに包含する、方法。
【請求項１７０】
請求項１６９に記載の方法であって、ここで、前記化合物が、一本鎖ＤＮＡ結合タンパク質もしくは一本鎖ＲＮＡ結合タンパク質、またはヘリカーゼである、方法。
【請求項１７１】
請求項１６５に記載の方法であって、ここで、前記ポリヌクレアーゼに供する工程が、ＧＣリッチなＲＮＡを介する重合を促進する１以上の薬剤の存在下で生じる、方法。
【請求項１７２】
請求項１７１に記載の方法であって、ここで、前記薬剤は、ＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、またはこれらの混合物を含む、方法。
【請求項１７３】
請求項１６５に記載の方法であって、ここで、前記増幅する工程が、ＧＣ−リッチＤＮＡを介した重合反応を促進する１つ以上の薬剤の存在下で起こる、方法。
【請求項１７４】
請求項１７３に記載の方法であって、前記薬剤がＤＭＳＯ、７−デアザ−ｄＧＴＰ、ベタイン、またはこれらの混合物を含む、方法。
【請求項１７５】
請求項１６４に記載の方法であって、前記サンプルがヒト由来である、方法。
【請求項１７６】
請求項１７５に記載の方法であって、前記サンプルが血液、血清または血漿を含む、方法。
【請求項１７７】
請求項１７５に記載の方法であって、前記サンプルが、毛包、乳頭吸引物、精液、脳脊髄液、尿、痰、唾液、気管洗浄物、子宮洗浄物、便、汗、頬擦過標本、免疫沈降されたクロマチン、物理的に単離されたクロマチン、またはホルマリン固定化組織を含む、方法。
【請求項１７８】
請求項１７５に記載の方法であって、前記サンプルが１つの細胞を含む、方法。
【請求項１７９】
請求項１７５に記載の方法であって、前記サンプルから調製された核酸分子が遺伝子発現情報を提供する、方法。
【請求項１８０】
請求項１７５に記載の方法であって、前記サンプルから調製された核酸分子が遺伝子配列情報を提供する、方法。
【請求項１８１】
請求項１７５に記載の方法であって、前記サンプルから調製された核酸分子がエキソン対立遺伝子の多様性の情報を提供する、方法。
【請求項１８２】
請求項１７５に記載の方法であって、前記サンプルから調製された核酸分子が、疾患の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、方法。
【請求項１８３】
請求項１７５に記載の方法であって、前記サンプルから調製された核酸分子が、癌の検出、モニタリングおよび／または処置のための情報を提供する、方法。
【請求項１８４】
複数のポリヌクレオチドであって、ここで、該複数であるポリヌクレオチドは、実質的に非自己相補的であり、かつ、該複数のもののうち他のポリヌクレオチドに対して実質的に非相補的である、核酸配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項１８５】
請求項１８４に記載の複数のものであって、ここで、前記核酸配列が、前記ポリヌクレオチドを、以下：自己ハイブリダイゼーション：自己プライミング；該複数のものうちの別のポリヌクレオチドに対するハイブリダイゼーション；複数の重合反応の開始
のうちの少なくとも１つが実質的に不可能であるものとする
としてさらに定義される、複数のもの。
【請求項１８６】
請求項１８４に記載の複数のものであって、ここで、前記ポリヌクレオチドが、５’→３’の方向を有し、可変領域に対して５’側にある定常領域を含むとしてさらに規定される、複数のもの。
【請求項１８７】
請求項１８６に記載の複数のものであって、ここで、前記定常領域は、その後の増幅のためのものである、複数のもの。
【請求項１８８】
請求項１８６に記載の複数のものであって、ここで、前記可変領域が、ランダムアニーリング、ランダムプライミングまたはそれらの両方のためのものである、複数のもの。
【請求項１８９】
請求項１８６に記載の複数のものであって、ここで、前記定常領域および可変領域は、各々、２つの非相補的ヌクレオチドから構成される、複数のもの。
【請求項１９０】
請求項１８６に記載の複数のものであって、ここで、前記定常領域および可変領域は、各々、グアニン、アデニン、または両方から構成される、複数のもの。
【請求項１９１】
請求項１８６に記載の複数のものであって、ここで、前記定常領域および可変領域は、各々、シトシン、チミジン、または両方から構成される、複数のもの。
【請求項１９２】
請求項１８６に記載の複数のものであって、ここで、前記定常領域および可変領域は、各々、アデニン、シトシンまたは両方から構成される、複数のもの。
【請求項１９３】
請求項１８６に記載の複数のものであって、ここで、前記定常領域および可変領域は、各々、グアニン、チミジンまたはその両方から構成される、複数のもの。
【請求項１９４】
請求項１８６に記載の複数のものであって、ここで、前記定常領域が、約６〜約１００のヌクレオチドを含む、複数のもの。
【請求項１９５】
請求項１８６に記載の複数のものであって、ここで、前記第２の領域は、約４ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドを含む、複数のもの。
【請求項１９６】
請求項１８６に記載の複数のものであって、前記ポリヌクレオチドが、その遠位の３’末端の約０個〜約３個のランダムな塩基からさらに構成される、複数のもの。
【請求項１９７】
請求項１８６に記載の複数のものであって、第１の領域および第２の領域は、各々、グアニンおよびチミジンから構成され、該ポリヌクレオチドは、その３’末端に、０、１、２、または３のランダムな塩基を含む、複数のもの。
【請求項１９８】
請求項１８４に記載の複数のものであって、前記核酸配列が、塩基または骨格アナログから構成される、複数のもの。
【請求項１９９】
請求項１８４に記載の複数のものであって、ここで、前記複数のプライマーのうちのポリヌクレオチドの各々の濃度が、所定の核酸の最適なプライミングについて調節された、複数のもの。
【請求項２００】
請求項１９９に記載の複数のものであって、ここで、前記複数のもののうちの全てのポリヌクレオチドの濃度が、等モル濃度である、複数のもの。
【請求項２０１】
請求項１９９に記載の複数のものであって、ここで、前記所定の核酸が、ゲノムの一部分または全てを含む、複数のもの。
【請求項２０２】
請求項１９９に記載の複数のものであって、前記所定の核酸が、トランスクリプトームの一部分または全てを含む、複数のもの。
【請求項２０３】
ゲノム、トランスクリプトーム、またはその両方を増幅する方法であって、該方法は、以下：
ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、または両方を取得する工程；
該ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、または両方を改変して、少なくとも１つの一本鎖核酸分子を生成する工程；
該一本鎖核酸分子を複数のプライマーに供して、核酸／プライマー混合物を形成する工程であって、ここで、該プライマーは、実質的に自己非相補的でありかつ その複数の中の他のプライマーに対して実質的に非相補的である核酸配列を含み、ここで、該配列は、５’→３’方向に定常領域および可変領域を含む、工程；
該核酸／プライマー混合物をポリメラーゼに供する工程であって、その供する工程が各々の末端に該定常領域を含む複数のＤＮＡ分子を生成する条件下である、 工程；ならびに、ポリメラーゼ連鎖反応を介してその複数のＤＮＡ分子を増幅する工程であって、その反応は、該定常領域に対して相補的なプライマーを利用す る、工程
を包含する、方法。
【請求項２０４】
請求項２０３に記載の方法であって、ここで、該方法は、以下の工程：
増幅したＤＮＡ分子を改変して、一本鎖分子を生成する工程であって、該一本鎖分子は、その５’末端および３’末端に該定常領域を含み、ここで、該ＤＮＡが、一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、またはそれらの混合物としてさらに規定される、工程；
該一本鎖ＤＮＡ分子のうちの少なくとも１つの領域を、支持体に固定されたオリゴヌクレオチドの３’末端にある相補的領域にハイブリダイズさせて、一本鎖ＤＮＡ／オリゴヌクレオチドハイブリッドを生成する工程；および
該オリゴヌクレオチドの３’末端を伸長させて、伸長ポリヌクレオチドを生成する工程
を包含する、方法。
【請求項２０５】
請求項２０３に記載の方法であって、該方法は、前記一本鎖ＤＮＡ／オリゴヌクレオチドハイブリッドから前記一本鎖ＤＮＡを取り出す工程をさらに包含する、方法。
【請求項２０６】
複数のポリヌクレオチドを備えるキットであって、ここで、該ポリヌクレオチドは、実質的に自己非相補的でありかつ、該複数の中の他のポリヌクレオチドに対して実質的に非相補的である核酸配列を含み、ここで、その複数のものが、適切な容器中に分散されている、キット。
【請求項２０７】
ポリメラーゼをさらに備える、請求項２０６に記載のキット。
【請求項２０８】
前記ポリメラーゼが、鎖置換ポリメラーゼである、請求項２０７に記載のキット。
【請求項２０９】
請求項２０８に記載のキットであって、ここで、前記鎖置換ポリメラーゼが、φ２９ポリメラーゼ、Ｂｓｔポリメラーゼ、Ｖｅｎｔポリメラーゼ、９°Ｎｍポリメ ラーゼ、ＤＮＡ ポリメラーゼＩのクレノウフラグメント、ＭＭＬＶ逆転写酵素、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＭＶ逆転写酵素、ヒトＨＩＶ逆転写酵素、３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を欠く変異型Ｔ７ ファージＤＮＡポリメラーゼ、またはそれらの混合物である、キット。
【請求項２１０】
ＤＮＡ分子の複数の集団に含まれるあるＤＮＡ集団を増幅する方法であって、該方法は、以下の工程：
ＤＮＡ分子の複数の集団を取得する工程であって、ここで、該複数あるうちの少なくとも１つの集団は、５’→３’方向に、以下：該集団に特異的な既知の同定配列および既知のプライマー増幅配列を有するＤＮＡ分子を含む、工程；ならびに、
ポリメラーゼ連鎖反応によって該ＤＮＡ分子の集団を増幅する工程であって、該反応では、該同定配列についてのプライマーを利用する、工程
を包含する、方法。
【請求項２１１】
請求項２１０に記載の方法であって、前記取得工程は、
既知プライマー増幅配列を含むＤＮＡ分子の集団を得る工程；
５’→３’方向に、既知の同定配列と該既知のプライマー増幅配列とを有するプライマーを用いて該ＤＮＡ分子を増幅する工程；および
該集団を、少なくとも１つの他のＤＮＡ分子の集団を混合する工程
として、さらに、規定される、方法。
【請求項２１２】
請求項２１０に記載の方法であって、ここで、ＤＮＡ分子の前記集団が、ゲノムＤＮＡを含む、方法。
【請求項２１３】
請求項２１０に記載の方法であって、ここで、ＤＮＡ分子の前記集団が、ゲノムを含む、方法。
【請求項２１４】
請求項２１０に記載の方法であって、ここで、ＤＮＡ分子の前記集団は、トランスクリプトームを含む、方法。
【請求項２１５】
ＤＮＡ分子の複数の集団に含まれるあるＤＮＡ集団を増幅する方法であって、
該方法は、以下の工程：
ＤＮＡ分子の複数の集団を取得する工程であって、該複数のうちの少なくとも１つの集団は、ＤＮＡ分子を含み、ここで、該ＤＮＡ分子のうちの５’末端が、５’→３’方向に、
以下：
該集団に特異的な既知の同定配列を含む一本鎖領域；および
既知のプライマー増幅配列
を含む、工程；
複数の該ＤＮＡ分子の一本鎖既知同定配列の少なくとも一部分が表面に対して結合することを介して、該集団を単離する工程；および
該プライマー増幅配列についてのプライマーを利用するポリメラーゼ連鎖反応によって該単離されたＤＮＡ分子を増幅する工程
を包含する、方法。
【請求項２１６】
請求項２１５に記載の方法であって、ここで前記得る工程は、以下：
ＤＮＡ分子の集団を得る工程であって、該分子は、既知のプライマー増幅配列を含む、工程；
該ＤＮＡ分子を、５’→３’方向で、以下を含むプライマー：
既知の同定配列；
複製不能リンカー；および
該既知のプライマー増幅配列；
で増幅する工程；ならびに
該集団を、ＤＮＡ分子の少なくとも１つの他の集団と混合する工程、
としてさらに規定される、方法。
【請求項２１７】
請求項２１６に記載の方法であって、ここで前記単離する工程は、前記一本鎖の既知の同定配列の少なくとも一部を、該既知の同定配列に相補的な領域を含む固定化オリゴヌクレオチドに結合する工程としてさらに規定される、方法。
【請求項２１８】
増幅されたゲノム、増幅されたトランスクリプトーム、またはその両方を固定化する方法であって：
増幅したゲノム、増幅されたトランスクリプトーム、またはその両方を得る工程であって、ここで該ゲノム、トランスクリプトームまたはその両方に由来する複数の分子は、既知のプライマー増幅配列を、該分子の５’末端および３’末端の両方に含む、工程；ならびに
該複数の分子を支持体に結合する工程、
を包含する、方法。
【請求項２１９】
請求項２１８に記載の方法であって、ここで前記結合する工程は、前記複数の分子を前記支持体に、前記既知のプライマー増幅配列を介して共有結合する工程を包含するとさらに規定される、方法。
【請求項２２０】
請求項２１９に記載の方法であって、ここで前記共有結合する工程は、以下：
少なくとも一本鎖分子の領域を、前記支持体に固定化されたオリゴヌクレオチドの３’末端における相補的領域にハイブリダイズさせる工程；ならびに
該オリゴヌクレオチドの３’末端を伸長して、一本鎖分子／伸長したポリヌクレオチドハイブリッドを生成する工程、
としてさらに規定される、方法。
【請求項２２１】
請求項２２０に記載の方法であって、ここで該方法は、前記一本鎖ＤＮＡ分子を、前記一本鎖分子／伸長したポリヌクレオチドのハイブリッドから除去して、伸長したポリヌクレオチドを生成する工程をさらに包含する、方法。
【請求項２２２】
請求項２２０に記載の方法であって、該方法は、前記伸長したポリヌクレオチドを複製する工程をさらに包含する、方法。
【請求項２２３】
請求項２２２に記載の方法であって、ここで前記複製する工程は、以下：
前記伸長したポリヌクレオチドに、ポリメラーゼと、前記既知のプライマー増幅配列に相補的なプライマーとを提供する工程；
該プライマーの３’末端を伸長させて、伸長したプライマー分子を形成する工程；ならびに
該伸長したプライマー分子を遊離させる工程、
としてさらに規定される、方法。
【請求項２２４】
増幅したゲノムを固定化する方法であって：
増幅したゲノムを得る工程であって、ここで該ゲノムに由来する複数のＤＮＡ分子は、以下：
タグ；ならびに
該分子の５’末端および３’末端の両方に既知のプライマー増幅配列、
を含む、工程；ならびに
複数の該ＤＮＡ分子を支持体に結合する工程、
を包含する、方法。
【請求項２２５】
請求項２２４に記載の方法であって、ここで前記結合する工程は、前記複数のＤＮＡ分子を、前記タグを介して前記固体支持体に結合する工程を包含するとしてさらに規定される、方法。
【請求項２２６】
請求項２２４に記載の方法であって、ここで前記タグはビオチンを含み、前記支持体はストレプトアビジンを含む、方法。
【請求項２２７】
請求項２２４に記載の方法であって、ここで前記タグは、アミノ基またはカルボキシ基を含む、方法。
【請求項２２８】
請求項２２４に記載の方法であって、ここで前記タグは一本鎖領域を含み、前記支持体は、該タグの一領域に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドを含む、方法。
【請求項２２９】
請求項２２８に記載の方法であって、ここで前記一本鎖領域は、同定配列を含むとさらに規定される、方法。
【請求項２３０】
請求項２２９に記載の方法であって、ここで前記ＤＮＡ分子は、前記同定配列に対して３’側にある複製不能リンカーと、前記既知のプライマー増幅配列に対して５’側にある複製不能リンカーとを含むとさらに規定される、方法。
【請求項２３１】
請求項２２４に記載の方法であって、ここで前記方法は、前記固定化されたゲノムから夾雑物を除去する工程をさらに包含する、方法。
【請求項２３２】
ゲ ノムＤＮＡを含む複数のｄｓＤＮＡ分子であって、ここで該分子が変性されて、第１鎖および第２鎖の分子を生成するとき、該第１鎖および該第２鎖の分子の各 々は、該第１鎖および該第２鎖の分子のそれぞれの末端で第１の末端領域および第２の末端領域を含み、該第１の分子の第１の末端領域および第２の末端領域の 各々は、該第１の分子における該第１の末端領域および該第２の末端領域における配列に対して実質的に非自己相補的である核酸領域を含み、そして該第２の分 子の該第１の末端領域および該第２の末端領域の各々は、該第２の分子における該第１の末端領域および該第２の末端領域における配列に対して実質的に非自己 相補的である核酸配列を含む、ｄｓＤＮＡ分子。
【請求項２３３】
請求項２３２に記載の複数のものであって、ここで前記第１鎖の分子の前記 第１の末端領域および前記第２の末端領域の各々は、該複数のものにおける他の分子の第１鎖の第１の末端領域および第２の末端領域に対して実質的に非自己相 補的であり、そして前記第２鎖分子の第１の末端領域および第２の末端領域の各々は、該複数のものにおける他の分子の該第２鎖の第１末端領域および第２末端 領域に対して実質的に非自己相補的である、複数のもの。
【請求項２３４】
請求項２３２に記載の複数のものであって、ここで前記ＤＮＡ分子は、前記第１の末端領域および前記第２の末端領域においてホモポリマータグをさらに含み、そして該末端領域は、該分子上の最後から２番目から該ホモポリマータグまでである、複数のもの。
【請求項２３５】
請求項２３２に記載の複数のものであって、ゲノムライブラリーとしてさらに規定される、複数のもの。
【請求項２３６】
物質の限定された供給源からゲノムの配列決定を行う方法であって、該方法は、以下の工程：
物質の限定された供給源から少なくとも１つの二本鎖ＤＮＡ分子または一本鎖ＤＮＡ分子を得る工程；
該二本鎖ＤＮＡ分子を熱に供して、少なくとも１つの一本鎖ＤＮＡ分子を生成する工程；
該一本鎖ＤＮＡ分子を複数のプライマーに供して、ＤＮＡ分子／プライマー混合物を形成する工程であって、ここで、該プライマーは、非自己相補的でありかつ 該複数あるうちの他のプライマーに対して実質的に非相補的である、核酸配列を含み、ここで、該配列は、５’→３’方向で、定常領域および可変領域を含む、 工程；
該定常核酸配列を各々末端に含む複数のＤＮＡ分子を生成される条件の下、該ＤＮＡ分子／プライマー混合物をポリメラーゼに供する工程；ならびに
ポリメラーゼ連鎖反応を介して、該複数のＤＮＡ分子を増幅する工程であって、該反応は、該定常領域に相補的なプライマーを利用する、工程；
該複数の増幅した分子から、増幅したＤＮＡ分子の第１のサンプルおよび第２のサンプルを提供する工程；
該第１のサンプルからの該増幅した少なくともいくらかのＤＮＡ分子の配列決定を行い、少なくとも１つの特定のＤＮＡ配列を得る工程；
ホモポリマー性のポリＣ／ポリＧ配列を、該第２のサンプルからの増幅したＤＮＡ分子の末端に組み込み、ホモポリマー性増幅分子を生成する工程；
ホモポリマー性増幅分子のうち少なくともいくつかを、ポリＣプライマーおよび該特定のＤＮＡ配列に相補的なプライマー用いて該第２のサンプルから増幅する工程；および
さらなる特定配列に関連して、該配列決定工程および増幅工程を反復して、それによって、該ゲノムの実質的に完全なコンティグを生じる工程
を包含する、方法。
【請求項２３７】
請求項２３６に記載の方法であって、ここで、前記ホモポリマー性配列を取り込む工程は、以下：
ｄＧＴＰの存在下で、末端デオキシヌクレオチドトランスフェラーゼによって、 前記増幅したＤＮＡフラグメントの３’末端を伸長する工程；
前記ホモポリマー性ポリＣ／ポリＧ配列を含むアダプターを、前記増幅したＤＮＡフラグメントの末端に連結させる工程；または、
該増幅したＤＮＡフラグメントと、その５’末端にホモポリマー性ポリＣ配列を含みかつ該３’末端に定常領域を含むプライマーとを用いて、該増幅したＤＮＡフラグメントを複製する工程
のうち１つを包含する、方法。
【請求項２３８】
請求項２３６に記載の方法であって、ここで、前記配列決定工程は、
ベクターに、前記第１のサンプルからの増幅されたＤＮＡフラグメントをクローニングする工程；および該クローニングされたフラグメントのうちの少なくともいくつかを配列決定する工程として、
さらに規定される、方法。
【請求項２３９】
請求項２３６に記載の方法であって、ここで、前記増幅分子のうちの特異的配列が、前記第１のサンプルの配列決定工程によって、得られ、かつ、前記さらなる特定配列うちの1以上が、前記第２のサンプルからの増幅された分子の配列決定工程によって得られる、方法。
【請求項２４０】
請求項２３６に記載の方法であって、ここで、物質の前記限定された供給源が、培養工程に対して実質的に耐性である微生物である、方法。
【請求項２４１】
請求項２３６に記載の方法であって、ここで、物質の前記限定された供給源が、絶滅種である、方法。
【請求項２４２】
請求項２３６に記載の方法であって、ここで、前記ゲノムの配列決定工程は、最小の冗長性をもって達成される、方法。