【手続補正書】
【提出日】平成19年8月6日(2007.8.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的エピトープを含む候補ポリペプチドがi)野生型立体配座またはii)非野生型立体配座であるかどうかを検出する方法であって、
接触可能な標的エピトープを選択的に遮断する遮断剤とポリペプチドを接触させるステップであって、野生型立体配座では標的エピトープが接触可能であり遮断剤と反応し、非野生型立体配座では、標的エピトープが接触不能であり、標的エピトープが遮断剤と反応することができないステップと、
未反応遮断剤をポリペプチドとの接触から除くステップと、
候補ポリペプチドを修飾して任意の接触不能な標的エピトープを接触可能な標的エピトープに転換するステップと、
接触不能な標的エピトープから接触可能な標的エピトープに転換された標的エピトープと選択的に結合する検出剤とポリペプチドを接触させるステップであって、検出剤と転換型標的エピトープの間の結合は候補ポリペプチドが非野生型立体配座であったことを示し、検出剤と標的エピトープの間の結合の欠如はポリペプチドが野生型立体配座であったことを示すステップ
を含む方法。
【請求項２】
候補ポリペプチドがプリオンタンパク質を含み、野生型立体配座が野生型プリオンタンパク質の立体配座を含み、非野生型立体配座がPrPScの立体配座を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
候補ポリペプチドがβ-アミロイドポリペプチド、tauタンパク質またはAPPタンパク質を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項４】
候補ポリペプチドがSOD1を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項５】
候補ポリペプチドがα-シヌクレインを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項６】
候補ポリペプチドがハンチングチンタンパク質を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項７】
候補ポリペプチドがp53を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項８】
候補ポリペプチドが膵島アミロイドポリペプチドまたはレジスチンを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項９】
遮断剤がペルオキシ亜硝酸、過酸化水素、メチレン化合物、無水コハク酸、エポキシド、二炭酸ジエチル、4-ヒドロキシノネナール(4HNE)およびジアジリンからなる群から選択される、請求項1から8のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ポリペプチドを変性させることによってポリペプチドを修飾する、請求項1から9のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
熱および/または界面活性剤および/またはカオトロピック剤によってポリペプチドを変性させる、請求項1から10のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
凝集ポリペプチドからポリペプチドを脱凝集させるための脱凝集剤を用いた処理によってポリペプチドを修飾する、請求項1から11のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
脱凝集剤がカオトロピック剤、界面活性剤および熱からなる群の少なくとも1つから選択される、請求項12に記載の方法。
【請求項１４】
界面活性剤がSDSを含む、請求項13に記載の方法。
【請求項１５】
検出剤がアプタマーまたは抗体を含む、請求項1から14のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
アプタマーまたは抗体がプリオンポリペプチドのエピトープを対象とする、請求項15に記載の方法。
【請求項１７】
抗体が6H4または3F4を含む、請求項16に記載の方法。
【請求項１８】
アプタマーまたは抗体がアミロイドβのエピトープを対象とする、請求項15に記載の方法。
【請求項１９】
抗体が6E10または4G8を含む、請求項16に記載の方法。
【請求項２０】
非野生型立体配座がタンパク質凝集によって引き起こされる疾患を示す、請求項1から19のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
疾患がプリオン病を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項２２】
疾患がBSEまたはCJDを含む、請求項20に記載の方法。
【請求項２３】
疾患がアルツハイマー病を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項２４】
疾患がパーキンソン病またはレビー小体病を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項２５】
疾患がハンチングトン病を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項２６】
疾患が筋萎縮性側索硬化症を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項２７】
疾患が癌を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項２８】
疾患が糖尿病を含む、請求項20に記載の方法。
【請求項２９】
遮断剤と候補ポリペプチドを接触させる前に、以下の方法:吸着、沈殿、または遠心分離の1つまたは複数によって前処理したサンプル中に候補ポリペプチドが存在する、請求項1から28のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
遮断剤と候補ポリペプチドを接触させる前に、標的エピトープをマッピングする、請求項1から28のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
CSF、血清、血液、尿、バイオプシーサンプルまたは脳組織からなる群から選択される死後または生前サンプル中にポリペプチドが存在する、請求項1から28のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
標的エピトープを含む候補ポリペプチドがi)野生型立体配座またはii)非野生型立体配座であるかどうかを検出するためのキットであって、標的エピトープを認識する検出剤、ならびにi)標的エピトープをマッピングすること、ii)候補ポリペプチドと遮断剤を接触させること、およびiii)候補ポリペプチドと検出剤を接触させることの少なくとも1つに関する指示書を含むキット。
【請求項３３】
検出剤がアプタマーまたは抗体を含む、請求項32に記載のキット。
【請求項３４】
抗体が6H4、3F4、6E10または4G8を含み、場合によっては固相担体に固定されている、請求項33に記載のキット。
【請求項３５】
サンドウィッチELISA、蛍光ELISAを含めたELISA用のバッファーおよび試薬をさらに含む、請求項32から34のいずれか一項に記載のキット。
【請求項３６】
遮断剤をさらに含む、請求項32から35のいずれか一項に記載のキット。
【請求項３７】
界面活性剤およびカオトロピック剤の群の少なくとも1つから選択される変性剤をさらに含む、請求項32から36のいずれか一項に記載のキット。
【請求項３８】
ポリペプチドスタンダードをさらに含む、請求項32から37のいずれか一項に記載のキット。
【請求項３９】
ポリペプチドスタンダードが組換え疾患関連タンパク質、または疾患関連タンパク質を模倣した組換えタンパク質を含む、請求項35に記載のキット。
【請求項４０】
遮断剤と接触している候補ポリペプチドがi)野生型立体配座またはii)非野生型立体配座であるかどうかを検出する方法であって、候補ポリペプチドが少なくとも1つ標的エピトープを含み、遮断剤との接触および遮断剤の除去の後、候補ポリペプチドを修飾して任意の接触不能な標的エピトープを接触可能な標的エピトープに転換し、
接触不能な標的エピトープから接触可能な標的エピトープに転換された標的エピトープと選択的に結合する検出剤とポリペプチドを接触させるステップであって、検出剤と転換型標的エピトープの間の結合は候補ポリペプチドが非野生型立体配座であったことを示し、検出剤と標的エピトープの間の結合の欠如はポリペプチドが野生型立体配座であったことを示すステップ
を含む方法。
【請求項４１】
標的エピトープがスーパーオキシドジスムターゼ-1ポリペプチド内に存在し、以下のアミノ酸配列：
Gln Lys Glu Ser Asn Gly；
Glu Asp Asn Thr Ala Gly Cys Thr Ser Ala；
Pro Lys Asp Glu Glu Arg His Val；
Ala Asp Lys Asp Gly；
Gly Lys Gly Gly Asn Glu Gln Ser Thr Lys；
Asp Leu Gly Lys Gly Gly Asn Glu Glu Ser Thr Lys Thr Gly Asn Ala Gly Ser；または
Asn Pro Leu Ser Arg Lys His Gly Gly Pro Lys Asp Glu Glu
の全部または一部を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項４２】
検出剤と転換型標的エピトープの間の結合を、解離促進化ランタニドフルオロイムノアッセイ及び時間解像蛍光を使用して検出する、請求項1に記載の方法。
【請求項４３】
Asp Leu Gly Lys Gly Gly Asn Glu Glu Ser Thr Lys Thr Gly Asn Ala Gly Serのアミノ酸配列からなる単離したポリペプチド。
【請求項４４】
Asn Pro Leu Ser Arg Lys His Gly Gly Pro Lys Asp Glu Gluのアミノ酸配列からなる単離したポリペプチド。
【請求項４５】
請求項43に記載の単離したポリペプチドに特異的な抗体の製造方法。
【請求項４６】
請求項44に記載の単離したポリペプチドに特異的な抗体の製造方法。
【請求項４７】
Asp Leu Gly Lys Gly Gly Asn Glu Glu Ser Thr Lys Thr Gly Asn Ala Gly Ser；及び
Asn Pro Leu Ser Arg Lys His Gly Gly Pro Lys Asp Glu Glu
からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むエピトープに特異的な抗体。
【請求項４８】
候補ポリペプチドが凝集しているため、標的エピトープが接触不能である、請求項1に記載の方法。
【請求項４９】
候補ポリペプチドが野生型立体配座と比較して異なる立体配座で存在するため、標的エピトープが接触不能である、請求項1に記載の方法。
【請求項５０】
標的エピトープを含む候補ポリペプチドがi)野生型立体配座またはii)非野生型立体配座であるかどうかを検出する方法であって、
接触可能な標的エピトープを選択的に遮断する遮断剤とポリペプチドを接触させるステップであって、非野生型立体配座では標的エピトープが接触可能であり遮断剤と反応し、野生型立体配座では、標的エピトープが接触不能であり、標的エピトープが遮断剤と反応することができないステップと、
未反応遮断剤をポリペプチドとの接触から除くステップと、
候補ポリペプチドを修飾して任意の接触不能な標的エピトープを接触可能な標的エピトープに転換するステップと、
接触不能な標的エピトープから接触可能な標的エピトープに転換された標的エピトープと選択的に結合する検出剤とポリペプチドを接触させるステップであって、検出剤と転換型標的エピトープの間の結合は候補ポリペプチドが野生型立体配座であったことを示し、検出剤と標的エピトープの間の結合の欠如はポリペプチドが非野生型立体配座であったことを示すステップ
を含む方法。