【手続補正書】
【提出日】平成19年9月7日(2007.9.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  試験化合物の毒性可能性の分析の方法であって、ａ）この化合物で処理された細胞からの核酸試料とｂ）核酸バンクとのハイブリダイゼーション工程を少なくとも１つ含み、該バンクは、アポトーシスに特徴的な遺伝子又は転写産物（の１部）に特異的なクローンを含み、ハイブリダイゼーションプロファイルが、試験化合物の毒性可能性を表す、方法。
【請求項２】  試験化合物の毒性可能性の分析の方法であって、ａ）未処理の細胞及び該試験化合物で処理された細胞からのＲＮＡに対応する標識された核酸プローブとｂ）核酸バンクとの別のハイブリダイゼーション工程を少なくとも１つ含み、該バンクは、アポトーシスに特徴的な遺伝子又は転写産物（の１部）に特異的なクローンを含み、ハイブリダイゼーションプロファイルが、試験化合物の毒性可能性を表す、方法。
【請求項３】  核酸プローブａ）が、処理された細胞及び未処理の細胞からのメッセンジャーＲＮＡに対応する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】  核酸プローブａ）が、処理された細胞及び未処理の細胞のＲＮＡから調製されたｃＤＮＡ又はｃＤＮＡ断片である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】  核酸プローブａ）が、増幅産物である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】  核酸プローブａ）が、放射性、蛍光、酵素、又は比色の標識により標識されている、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】  試験化合物が、個々の化合物であるか、又は他の物質との混合物中に存在する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】  バンクｂ）が、アポトーシスの状況において発現レベルが修飾される遺伝子に対応する核酸を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】  バンクｂ）が、配列の少なくとも一部が、アポトーシスの状況の間にディファレンシャルにスプライシングされる遺伝子の配列に対応する核酸を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】  バンクｂ）が、請求項８記載の核酸及び請求項９記載の核酸を含む、請求項１又は２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】  バンクｂ）が、アポトーシスの状況にある細胞からの核酸集団と、対照の状況にある細胞からの核酸集団とのハイブリダイゼーション、及び形成されたハイブリッドからの、ディファレンシャルなスプライシングに対応する核酸の分離により調製される、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】  調節解除の状況が、アポトーシスを開始させるか又は実行する遺伝子の活性化、好ましくは発現の修飾により誘導される、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】  調節解除の状況が、癌抑制遺伝子の活性化、好ましくは発現の誘導又は増強により作製される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】  癌抑制遺伝子が、ｐ５３、Ｒｂ、ｐ７３、ｍｙｃ、ＴＵＰＲＯ−２、及びＮＨＴＳの中から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】  調節解除の状況が、細胞の増殖又は生存に関与する遺伝子の活性化、好ましくは発現の修飾により誘導される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】  調節解除の状況が、細胞増殖、細胞生存、又はアポトーシスに関与する遺伝子の全部又は一部の構成性又は誘導可能な活性化、好ましくは発現により誘導される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】  バンクｂ）が、配列番号：１〜３７から選択される配列のクローン少なくとも１個、より好ましくは少なくとも５個を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】  バンクｂ）が、プローブのセット、特にプローブ５個以上、好ましくはプローブ１０個以上を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法であって、該プローブがそれぞれ以下の遺伝子：アルドラーゼＡ；プロテアソーム２６ＳのＳ４サブユニット；アルファ−チューブリン；グルコシダーゼＩＩ；ラミンＢ受容体相同体；ＥＦ１−アルファ；Ｆｒａ−１；チロシンキナーゼＡＸ１受容体；スプライソソームプロテインＳＡＰ６２；ＴＲＡＦ−３；ＥＦ２；ＴＥＦ−５；ＣＤＣ２５ｂ；インターロイキン−１受容体関連キナーゼ（《ＩＲＡＫ》）；ＷＡＦ−１；ｃ−ｆｏｓ（エキソン４）；ｃｋｓｈｓ１；ＰＬ１６；ＮＦＡＲ−２；ホスファチジルイノシトール４−キナーゼ、ＥＲＦ、Ｅｐｈ型受容体チロシンキナーゼ（ｈＥｐｈＢ１ｂ）；ＳＷＩ／ＳＮＦ複合体のＢＡＦ６０ｂタンパク質；ＥＢ１；ＭＳＳ１；レチノイン酸アルファ受容体（ＲＡＲａ）；翻訳開始因子ｅｉＦ４Ａ；ＳＴＥ２０型キナーゼ；タンパク質ＨＳＰ９０kda；リポコルチンＩＩ；タンパク質ＴＰＴ１（《翻訳制御腫瘍タンパク質》）；Ｈｓｃ７０；サイトケラチン１８；２−オキソグルタル酸デヒドロゲナーゼ；ミトコンドリア遺伝子ＮＡＤＨ６；ミトコンドリア遺伝子ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ４；ミトコンドリアＡＴＰシンターゼのアルファサブユニットから選択される遺伝子の一部に相補的である、方法。
【請求項１９】  処理された細胞又は未処理細胞ａ）と、調節解除の状況にある細胞ｂ）とが、異なる型である、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】  処理された細胞又は未処理細胞が、哺乳動物細胞、好ましくはヒト起源の細胞である、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】  処理された細胞又は未処理細胞が、細胞系である、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】  処理された細胞又は未処理細胞が、初代培養物である、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】  処理された細胞又は未処理細胞が、処理された動物又は未処理動物の臓器又は組織から抽出された細胞である、請求項１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】  一方で、未処理細胞からのｍＲＮＡに対応する標識された核酸プローブと、アポトーシスに特徴的な遺伝子又は転写産物（の一部）に特異的なクローンを含む核酸バンクとをハイブリダイズさせ、他方で、該試験化合物で処理された細胞からのｍＲＮＡに対応する標識された核酸プローブと、アポトーシスに特徴的な遺伝子又は転写産物（の一部）に特異的なクローンを含む核酸バンクとをハイブリダイズさせることを少なくとも含み、ハイブリダイゼーションプロファイルが、試験化合物の毒性可能性を表す、試験化合物の毒性可能性の診断の方法。
【請求項２５】  バンクが、ｐ５３シグナル伝達経路における調節解除に特徴的な遺伝子又は転写産物（の一部）に特異的なクローンを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】  核酸バンクが、形質転換細胞、特に腫瘍細胞に特徴的な核酸バンクである、請求項２４又は２５に記載の方法。
【請求項２７】  核酸バンクが、配列番号：１〜３７から選択される配列のクローン少なくとも１個、より好ましくは少なくとも５個を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】  アポトーシスに特徴的な遺伝子又は転写産物（の一部）に特異的な核酸クローンの、試験化合物の遺伝学的毒性マーカーとしての使用。
【請求項２９】  配列番号：１〜３７から選択される配列のクローンの、請求項２８記載の使用。
【請求項３０】  配列番号：１〜３７から選択される配列の少なくとも１クローン、より好ましくは、少なくとも５クローンを含む核酸バンクを含む、試験化合物の毒性可能性の研究のためのキット。
【請求項３１】  バンクが、支持体の上に沈着している、請求項３０に記載のキット。
【請求項３２】  配列番号：１〜３７から選択される配列の少なくとも１クローン、より好ましくは少なくとも５クローンを含む、核酸バンク。
【請求項３３】  アポトーシスの状況にある細胞に由来する核酸集団と、対照の状況にある細胞に由来する核酸集団とのハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーション産物からの、アポトーシスの状況に特徴的なクローンの単離、及び得られたクローンの、毒性状況にある細胞に由来する核酸試料とのハイブリダイゼーションを含む、遺伝学的毒性マーカーの作製の方法。
【請求項３４】  請求項３２に記載の調製物又は請求項３６の方法によって得られた核酸調製物１個以上を、固体支持体上に適用することを含む、試験化合物の毒性可能性を診断するために使用されうるＤＮＡチップの調製の方法。
【請求項３５】  特定の化合物に対する対象の応答の査定を可能にするＳＮＰ又はその他の突然変異もしくは多型の同定のための方法であって、（ｉ）該化合物で処理された細胞において誘導されたスプライシングイベントに特徴的な核酸のインビトロの同定、及び（ii）（ｉ）において同定された核酸に対応する１つ以上の遺伝子の中の、該特定の化合物に対する対象の応答の査定を可能にするＳＮＰ又はその他の突然変異もしくは多型の同定を含む、方法。
【請求項３６】  試験化合物に対する対象の感受性又は応答の評価のための方法であって、該対照のＤＮＡの中の、該化合物に応答してスプライシングが修飾される遺伝子に存在する多型、ＳＮＰ、又はその他のゲノム改変の存在の、該対象からのＤＮＡを含む生物学的試料からの分析を含む、方法。