(57)【要約】  本明細書には、ＳＹＮＧＡＰ１タンパク質またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現が不足している被験体、あるいはＡＤ精神遅滞５またはドラベ症候群の被験体などの被験体を処置するための、方法と組成物が提供される。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体の細胞により標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させることによって被験体の常染色体優性精神遅滞−５（ＭＲＤ５）またはドラベ症候群（ＤＳ）を処置する方法であって、
ここで、細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、
前記方法は、
被験体の細胞を、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させる、方法。
【請求項２】
保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）を有している細胞によってＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａである標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体はＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードし、
前記方法は、
細胞を、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、細胞内で、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる、方法。
【請求項３】
前記方法はＭＲＤ５を処置する方法であり、標的タンパク質はＳＹＮＧＡＰ１であり、あるいは、前記方法はＤＳを処置する方法であり、標的タンパク質はＳＣＮ１Ａである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
標的タンパク質または機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足している標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
細胞は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体内にあるかまたは被験体に由来する、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
標的タンパク質の量の不足は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、標的タンパク質が生成されない第２の対立遺伝子、または非機能的な標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、請求項１−５のいずれか１つに記載の方法。
【請求項７】
被験体は、標的タンパク質の量または機能の不足に起因する障害により引き起こされた疾病を抱えており、
ここで、被験体は、
（ａ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第１の変異対立遺伝子と、
（ｂ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第２の変異対立遺伝子とを有し、
ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有するとき、第２の変異対立遺伝子は（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）であり、ここで、被験体が第２の変異対立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有するとき、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）であり、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子、および／または、（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子から転写される、請求項１−５のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８】
標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成される、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６までの領域内の保持されたイントロンにある、請求項１−９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項１１】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、請求項１−９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項１２】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、
の内部にある、請求項１−９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項１３】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して−４ｅ〜−１，０５４ｅの領域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域、あるいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋１，９１２ｅの領域、
の内部にある、請求項１−９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項１４】
標的タンパク質はＳＣＮ１Ａである、請求項１−１３のいずれか１つに記載の方法。
【請求項１５】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４−７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９３の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−１０３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜＋４９６までの領域内、あるいは保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋３７ｅの領域内にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項２０】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２６６または５２４−１０３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜−４ｅの領域内にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項２２】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−６２、５２４−５７６、あるいは７８１−８３３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９６の領域内の保持されたイントロン２１にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項２４】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６３−１６２、５７７−６７５、あるいは８３４−９３２のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン２１にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項２６】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６３−２５８、６７６−７７２、あるいは９３３−１０２９のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋３７ｅの領域内にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項２８】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９−２６６、７７３−７８０、あるいは１０３０−１０３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜＋４９６までの領域内、あるいは保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋３７ｅの領域内にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項３０】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６７−５２３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜−４ｅの領域内にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項３２】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６７−３１９のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９６の領域内の保持されたイントロン２３にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項３４】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２０−４１８のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン２３にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項３６】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１９−５１５のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋３７ｅの領域内にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項３８】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１６−５２３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
標的タンパク質はＳＹＮＧＡＰ１である、請求項１−１３のいずれか１つに記載の方法。
【請求項４０】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８または９に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２または３に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９２、２５９４、または２５９５の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−２５９１のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４４】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対して−７３ｅ〜＋４９９までの領域内、あるいは保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋１９１２ｅの領域内にある、請求項３９に記載の方法。
【請求項４５】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−１５０９または１８１５−２２８６のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対して−７３ｅ〜−４ｅの領域内にある、請求項３９に記載の方法。
【請求項４７】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−１０５０または１８１５−１８２７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４８】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域内の保持されたイントロン１８にある、請求項３９に記載の方法。
【請求項４９】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５１−１１３６または１８２８−１９１３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン１９にある、請求項３９に記載の方法。
【請求項５１】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３７−１２２８または１９１４−２００５のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対して＋１７ｅ〜＋１９１２ｅの領域内にある、請求項３９に記載の方法。
【請求項５３】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２９−１５０９または２００６−２２８６のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対して−１０５４ｅ〜＋２５１までの領域内、あるいは保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対して−２５６〜＋１５７ｅの領域内にある、請求項３９に記載の方法。
【請求項５５】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５１０−１８１４または２２８７−２５９１のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対して−４ｅ〜−１０５４ｅの領域内にある、請求項３９に記載の方法。
【請求項５７】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５１０−１６８６または２２８７−２４６３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対して＋６〜＋２５１の領域内の保持されたイントロン１５にある、請求項３９に記載の方法。
【請求項５９】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６８７−１７３６または２４６４−２５１３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対して−１６〜−２５６の領域内の保持されたイントロン１５にある、請求項３９に記載の方法。
【請求項６１】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７３７−１７８５または２５１４−２５６２のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋１５７ｅの領域内にある、請求項３９に記載の方法。
【請求項６３】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７８６−１８１４または２５６３−２５９１のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
アンチセンスオリゴマーは、機能的ＲＮＡまたは標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項１−６３のいずれか１つに記載の方法。
【請求項６５】
アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項１−６４のいずれか１つに記載の方法。
【請求項６６】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシング、または野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、請求項１−６５のいずれか１つに記載の方法。
【請求項６７】
標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、請求項１−６６のいずれか１つに記載の方法。
【請求項６８】
生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、請求項１−６７のいずれか１つに記載の方法。
【請求項６９】
アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞において生成された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞において生成された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する、請求項１−６８のいずれか１つに記載の方法。
【請求項７０】
アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する、請求項１−６９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項７１】
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、請求項１−７０のいずれか１つに記載の方法。
【請求項７２】
アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、あるいは２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項１−７１のいずれか１つに記載の方法。
【請求項７３】
アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項１−７２のいずれか１つに記載の方法。
【請求項７４】
それぞれの糖部は修飾された糖部である、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、あるいは１２〜１５の核酸塩基からなる、請求項１−７４のいずれか１つに記載の方法。
【請求項７６】
アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、請求項１−７５のいずれか１つに記載の方法。
【請求項７７】
細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項１−７６のいずれか１つに記載の方法。
【請求項７８】
最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項１−７８のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８０】
２番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記方法はＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質発現を評価する工程をさらに含む、請求項１−８０のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８２】
ＭＲＤ５は処置され、および、アンチセンスオリゴマーはＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分へ結合し、標的部分はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−２５９１から選択される配列内にあり、あるいは、ＤＳが処置され、および、アンチセンスオリゴマーはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分へ結合し、標的部分はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−１０３７から選択される配列内にある、請求項１−８１のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８３】
被験体はヒトである、請求項１−８２のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８４】
被験体はヒト以外の動物である、請求項１−８２のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８５】
被験体は胎児、胚、あるいは子供である、請求項１−８３のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８６】
細胞はエクスビボである、請求項１−８５のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８７】
アンチセンスオリゴマーは、被験体のくも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投与される、請求項１−８６のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８８】
５’スプライス部位に隣接するエクソンの−３ｅ〜−１ｅと、保持されたイントロンの＋１〜＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、請求項１−８７のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８９】
保持されたイントロンの−１５〜−１と３’スプライス部位に隣接するエクソンの＋１ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、請求項１−８８のいずれか１つに記載の方法。
【請求項９０】
請求項１−８９のいずれか１つの方法で使用されるアンチセンスオリゴマー。
【請求項９１】
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含むアンチセンスオリゴマー。
【請求項９２】
請求項９０または９１のアンチセンスオリゴマー、および薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、あるいは担体を含む医薬組成物。
【請求項９３】
くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって請求項９２の医薬組成物を投与することにより被験体を処置する方法。
【請求項９４】
不足しているタンパク質または不足している機能的ＲＮＡに関係する被験体のＭＲＤＤ５またはＤＳを処置するために細胞によって標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させる方法で使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
ここで、不足しているタンパク質または不足している機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足しており、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）の構成的のスプライシングを増強し、
ここで、標的タンパク質は、
（ａ）不足しているタンパク質、あるいは、
（ｂ）被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質であり、
ここで、機能的ＲＮＡは、
（ｃ）不足しているＲＮＡ、あるいは、
（ｄ）被験体の不足している機能的ＲＮＡを機能的に増大するか、これに取って代わる、補償機能的ＲＮＡであり、
ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエクソン、および３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、ここで、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体の標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの生成あるいは活性を増加させる、組成物。
【請求項９５】
被験体においてＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質に関連した疾病を処置する方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
当該方法は、被験体の細胞によりＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる工程であって、細胞が保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含む、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体がＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする、工程と、アンチセンスオリゴマーに細胞を接触させる工程であって、これによって、保持されたイントロンは、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞においてＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる、工程とを含む、組成物。
【請求項９６】
疾病は疾患または障害である、請求項９５に記載の組成物。
【請求項９７】
疾患または障害はＡＤ精神遅滞５あるいはドラベ症候群である、請求項９６に記載の組成物。
【請求項９８】
標的タンパク質とＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体はＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ遺伝子によってコードされる、請求項９７に記載の組成物。
【請求項９９】
アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６までの領域内の保持されたイントロンにあるＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、請求項９４−９８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１００】
アンチセンスオリゴマーはＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とし、これは、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、請求項９４−９８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１０１】
アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約１００ヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００ヌクレオチド上流までの領域内にあるＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、請求項９４−９８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１０２】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、
の内部にある、請求項９４−９８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１０３】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して−４ｅ〜−１，０５４ｅの領域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域、あるいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋１，９１２ｅの領域、
の内部にある、請求項９４−９８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１０４】
標的タンパク質はＳＣＮ１Ａである、請求項９４−９８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１０５】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４−７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１０６】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１０７】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９３の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１０８】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−１０３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１０９】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜＋４９６までの領域内、あるいは保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋３７ｅの領域内にある、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１１０】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２６６または５２４−１０３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１０９に記載の組成物。
【請求項１１１】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜−４ｅの領域内にある、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１１２】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−６２、５２４−５７６、あるいは７８１−８３３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１１１に記載の組成物。
【請求項１１３】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９６の領域内の保持されたイントロン２１にある、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１１４】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６３−１６２、５７７−６７５、あるいは８３４−９３２のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１１３に記載の組成物。
【請求項１１５】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン２１にある、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１１６】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６３−２５８、６７６−７７２、あるいは９３３−１０２９のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１１５に記載の組成物。
【請求項１１７】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋３７ｅの領域内にある、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１１８】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９−２６６、７７３−７８０、あるいは１０３０−１０３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１１７に記載の組成物。
【請求項１１９】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜＋４９６までの領域内、あるいは保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋３７ｅの領域内にある、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１２０】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６７−５２３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１１９に記載の組成物。
【請求項１２１】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜−４ｅの領域内にある、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１２２】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６７−３１９のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１２１に記載の組成物。
【請求項１２３】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９６の領域内の保持されたイントロン２３にある、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１２４】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２０−４１８のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１２３に記載の組成物。
【請求項１２５】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン２３にある、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１２６】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１９−５１５のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１２５に記載の組成物。
【請求項１２７】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋３７ｅの領域内にある、請求項１０４に記載の組成物。
【請求項１２８】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１６−５２３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１２７に記載の組成物。
【請求項１２９】
標的タンパク質はＳＹＮＧＡＰ１である、請求項９４−９８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１３０】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８または９に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１３１】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２または３に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１３２】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９２、２５９４、または２５９５の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１３３】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１３４】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対して−７３ｅ〜＋４９９の領域内、あるいは保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋１９１２ｅの領域内に存在する、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１３５】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−１５０９または１８１５−２２８６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む、請求項１３４に記載の組成物。
【請求項１３６】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対して−７３ｅ〜−４ｅの領域内にある、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１３７】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−１０５０または１８１５−１８２７のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む、請求項１３６に記載の組成物。
【請求項１３８】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域内の保持されたイントロン１８にある、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１３９】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５１−１１３６または１８２８−１９１３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む、請求項１３８に記載の組成物。
【請求項１４０】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン１９にある、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１４１】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３７−１２２８または１９１４−２００５のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む、請求項１４０に記載の組成物。
【請求項１４２】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対して＋１７ｅ〜＋１９１２ｅの領域内にある、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１４３】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２９−１５０９または２００６−２２８６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む、請求項１４２に記載の組成物。
【請求項１４４】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対して−１０５４ｅ〜＋２５１の領域内、あるいは保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対して−２５６〜＋１５７ｅの領域内に存在する、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１４５】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５１０−１８１４または２２８７−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む、請求項１４４に記載の組成物。
【請求項１４６】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対して−４ｅ〜−１０５４ｅの領域内にある、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１４７】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５１０−１６８６または２２８７−２４６３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む、請求項１４６に記載の組成物。
【請求項１４８】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対して＋６〜＋２５１の領域内の保持されたイントロン１５にある、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１４９】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６８７−１７３６または２４６４−２５１３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む、請求項１４８に記載の組成物。
【請求項１５０】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対して−１６〜−２５６の領域内の保持されたイントロン１５にある、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１５１】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７３７−１７８５または２５１４−２５６２のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む、請求項１５０に記載の組成物。
【請求項１５２】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋１５７ｅの領域内にある、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１５３】
ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７８６−１８１４または２５６３−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％相補的な配列を含む、請求項１５２に記載の組成物。
【請求項１５４】
アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項９４−１５３のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１５５】
アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項９４−１５４のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１５６】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、全長ｍＲＮＡ前駆体または野生型ｍＲＮＡ前駆体からの部分的スプライシングによって生成された、請求項９４−１５５のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１５７】
標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである、請求項９４−１５６のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１５８】
生成される標的タンパク質は、全長タンパク質または野生型タンパク質である、請求項９４−１５７のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１５９】
保持されたイントロンは、律速イントロンである、請求項９４−１５８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１６０】
前記保持されたイントロンは、前記ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体において最も豊富な保持されたイントロンである、請求項９４−１５８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１６１】
保持されたイントロンは、前記ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体において２番目に豊富な保持されたイントロンである、請求項９４−１５９のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１６２】
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、請求項９４−１６１のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１６３】
アンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項９４−１６２のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１６４】
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項９４−１６３のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１６５】
アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項９４−１６４のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１６６】
それぞれの糖部は、修飾された糖部である、請求項１６５に記載の組成物。
【請求項１６７】
アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基からなる、請求項９４−１６６のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項１６８】
請求項９４−１６７の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマーと、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、または担体とを含む医薬組成物。
【請求項１６９】
髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって請求項１６８の医薬組成物を投与することにより、被験体を処置する方法。
【請求項１７０】
ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマーであって、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物が保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーがＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマーと、
薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、または担体と、
を含む、医薬組成物。
【請求項１７１】
ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物は、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である、請求項１７０に記載の医薬組成物。
【請求項１７２】
ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−５００の領域内にある、請求項１７０または１７１に記載の医薬組成物。
【請求項１７３】
ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１−３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によりコードされる、請求項１７０または１７１に記載の医薬組成物。
【請求項１７４】
ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４−９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１７０または１７１に記載の医薬組成物。
【請求項１７５】
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、請求項１７０に記載の医薬組成物。
【請求項１７６】
アンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項１７０に記載の医薬組成物。
【請求項１７７】
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項１７０に記載の医薬組成物。
【請求項１７８】
アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項１７０に記載の医薬組成物。
【請求項１７９】
アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基を含む、請求項１７０に記載の医薬組成物。
【請求項１８０】
アンチセンスオリゴマーは、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、請求項１７０または１７１に記載の医薬組成物。
【請求項１８１】
ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９２−２５９５から選択される配列内にある、請求項１７０または１７１に記載の医薬組成物。
【請求項１８２】
アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項１７０に記載の医薬組成物。
【請求項１８３】
アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２５９１から選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項１７０に記載の医薬組成物。
【請求項１８４】
医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射または静脈内注射のために製剤される、請求項１７０−１８３のいずれか１つに記載の医薬組成物。
【請求項１８５】
ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１タンパク質の機能形態をコードする十分に処理されたＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物を生成するために、保持されたイントロンの除去を促進するように、不足しているＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物の処理を誘発する方法であって、
前記方法は、
（ａ）アンチセンスオリゴマーを被験体の標的細胞と接触させる工程、
（ｂ）不足しているＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物にアンチセンスオリゴマーをハイブリダイズする工程であって、ここで、不足しているＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物は、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１タンパク質の機能形態をコードすることができ、かつ少なくとも１つの保持されたイントロンを含む、工程、
（ｃ）ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１タンパク質の機能形態をコードする十分に処理されたＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物を生成するために、不足しているＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物から少なくとも１つの保持されたイントロンを除去する工程、および、
（ｄ）十分に処理されたＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物からＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１タンパク質の機能形態を翻訳する工程を含む、方法。
【請求項１８６】
保持されたイントロンは、保持されたイントロン全体である、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８７】
不足しているＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物は、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８８】
不足している量または活性のＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１タンパク質により引き起こされる疾病を患う被験体を処置する方法であって、
ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を備えたヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
＜相互参照＞
本出願は、２０１５年１２月１４日に出願された米国仮特許出願第６２／２６７，２５１号の利益を主張し、該仮出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列リストへの言及
本出願は配列表を包含しており、これは、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に出願され、その全体を参照することで本明細書に組み込まれる。２０１６年１２月１２日に作成されたＡＳＣＩＩのコピーは、４７９９１＿７０８＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔのファイル名であり、１，４６０，０６３バイトのサイズである。
【背景技術】
【０００３】
精神遅滞は、集団の１〜３％に影響を与える小児の最も蔓延しているハンディキャップである。常染色体優性精神遅滞−５（ＭＲＤ５）は、関連する形態の特徴、放射線学的特徴、および代謝の特徴の不足を特徴とする障害の万円している非症候群型である。事例研究は、説明のつかない非症候群の精神遅滞の患者のおよそ３％において切断されたタンパク質の生成を結果としてもたらす、ＳＹＮＧＡＰ１遺伝子中の新たに遺伝学的な病変を特定した。ＳＹＮＧＡＰ１は、脳で選択的に表され、正常な発育のために必要とされる、ＧＴＰアーゼ活性化酵素である（Ｈａｍｄｅｎ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００９，  ＮＥＪＭ  ３６０：  ５９９−６０５）。
【０００４】
乳児期またはＳＭＥＩの重症のミオクローヌス性てんかんとしても知られているドラベ症候群（ＤＳ）は、１９７８年にドラベによって最初に記載された。ドラベ症候群は、寛解しない生命の最初の年の間の発作の開始を特徴とする小児期癲癇である。ニューロン電位依存性ナトリウムチャネルのサブユニットを形成するα孔をコードするＳＣＮ１Ａ−ＳＣＮ２Ａ−ＳＣＮ３Ａ遺伝子群の一部であるＳＣＮ１Ａ遺伝子中の変異は、この疾患の発現に関連している（Ｍｉｌｌｅｒ，  ｅｔ  ａｌ．，  １９９３−２０１５，  ＧｅｎｅＲｅｖｉｅｗｓ，  Ｅｄｓ．  Ｐａｇｏｎ  ＲＡ，  ｅｔ  ａｌ．  Ｓｅａｔｔｌｅ  （ＷＡ）：  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，  Ｓｅａｔｔｌｅ，  Ｂｏｏｋｓｈｅｌｆ  ＩＤ：  ＮＢＫ１３１８，  ａｎｄ  Ｍｕｌｌｅｙ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５，  Ｈｕｍ．  Ｍｕｔａｔ．  ２５：  ５３５−５４２）。
【発明の概要】
【０００５】
本明細書には、いくつかの実施形態において、被験体の細胞により標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させることによって必要としている被験体の常染色体優性精神遅滞−５（ＭＲＤ５）またはドラベ症候群（ＤＳ）を処置する方法が開示され、ここで該細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）を有し、該ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここでＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、該方法は、被験体の細胞を、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させる。
【０００６】
本明細書には、いくつかの実施形態において、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）を有している細胞によってＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａである標的タンパク質の発現を増加させる方法が記載され、該ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここでＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体はＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードし、該方法は、細胞を、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、細胞内で、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる。
【０００７】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、方法はＭＲＤ５を処置する方法であり、標的タンパク質はＳＹＮＧＡＰ１であり、あるいは、方法はＤＳを処置する方法であり、標的タンパク質はＳＣＮ１Ａである。いくつかの実施形態において、標的タンパク質または機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足している標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである。いくつかの実施形態では、細胞は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体内にあるか又は被験体に由来する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質の量の不足は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、標的タンパク質が生成されない第２の対立遺伝子、または非機能的な標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する。いくつかの実施形態において、被験体は、標的タンパク質の量または機能の不足に起因する障害により引き起こされた疾病を抱えており、ここで、被験体は、（ａ）（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、第１の変異対立遺伝子と、（ｂ）（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、第２の変異対立遺伝子とを有し、ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有するとき、第２の変異対立遺伝子は（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）であり、ここで、被験体が第２の変異対立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有するとき、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）であり、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子、および／または、（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子から転写される。いくつかの実施形態において、標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成される。いくつかの実施形態において、標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成される。
【０００８】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６までの領域内の保持されたイントロンにある。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部の保持されたイントロンにある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域；あるいは（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部にある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域；あるいは（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部にある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して−４ｅ〜−１，０５４ｅの領域；（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域；（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域；あるいは、（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋１，９１２ｅの領域。
【０００９】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、標的タンパク質はＳＣＮ１Ａである。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４−７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９３の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−１０３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜＋４９６までの領域内、あるいは保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋３７ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２６６または５２４−１０３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜−４ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−６２、５２４−５７６、あるいは７８１−８３３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９６の領域内の保持されたイントロン２１にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６３−１６２、５７７−６７５、あるいは８３４−９３２のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン２１にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６３−２５８、６７６−７７２、あるいは９３３−１０２９のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋３７ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９−２６６、７７３−７８０、あるいは１０３０−１０３７のいずれか１つに��なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
【００１０】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、標的タンパク質はＳＣＮ１Ａである。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜＋４９６までの領域内、あるいは保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋３７ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６７−５２３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜−４ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６７−３１９のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９６の領域内の保持されたイントロン２３にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２０−４１８のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン２３にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１９−５１５のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋３７ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１６−５２３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
【００１１】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、標的タンパク質はＳＹＮＧＡＰ１である。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８または９に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２または３に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９２、２５９４、または２５９５の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−２５９１のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対して−７３ｅ〜＋４９９までの領域内、あるいは保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋１９１２ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−１５０９または１８１５−２２８６のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対して−７３ｅ〜−４ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−１０５０または１８１５−１８２７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域内の保持されたイントロン１８にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５１−１１３６または１８２８−１９１３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン１９にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３７−１２２８または１９１４−２００５のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対して＋１７ｅ〜＋１９１２ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２９−１５０９または２００６−２２８６のいずれか１つに少��くとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
【００１２】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、標的タンパク質はＳＹＮＧＡＰ１である。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対して−１０５４ｅ〜＋２５１までの領域内、あるいは保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対して−２５６〜＋１５７ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５１０−１８１４または２２８７−２５９１のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対して−４ｅ〜−１０５４ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５１０−１６８６または２２８７−２４６３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対して＋６〜＋２５１の領域内の保持されたイントロン１５にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６８７−１７３６または２４６４−２５１３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対して−１６〜−２５６の領域内の保持されたイントロン１５にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７３７−１７８５または２５１４−２５６２のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋１５７ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７８６−１８１４または２５６３−２５９１のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
【００１３】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、機能的ＲＮＡまたは標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、野生型のｍＲＮＡ前駆体の全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシング、または部分的なスプライシングによって生成された。いくつかの実施形態において、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態において、生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞において生成された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞において生成された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量の比較して、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する。
【００１４】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、あるいは２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む。いくつかの実施形態において、それぞれの糖部は修飾された糖部である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、あるいは１２〜１５の核酸塩基からなる。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である。
【００１５】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する。いくつかの実施形態において、最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。いくつかの実施形態において、細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する。いくつかの実施形態において、２番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。いくつかの実施形態において、当該方法はＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質発現を評価する工程をさらに含む。
【００１６】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＭＲＤ５は処置され、および、アンチセンスオリゴマーはＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分へ結合し、標的部分はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−２５９１から選択される配列内にあり、あるいは、ＤＳが処置され、および、アンチセンスオリゴマーはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分へ結合し、標的部分はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−１０３７から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、被験体はヒトである。いくつかの実施形態では、被験体はヒト以外の動物である。いくつかの実施形態において、被験体は胎児、胚、あるいは子供である。いくつかの実施形態では、細胞はエクスビボである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、被験体のくも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投与される。いくつかの実施形態において、５’スプライス部位に隣接するエクソンの−３ｅ〜−１ｅと、保持されたイントロンの＋１〜＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である。いくつかの実施形態において、保持されたイントロンの−１５〜−１と３’スプライス部位に隣接するエクソンの＋１ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である。いくつかの実施形態では、前述の方法のいずれかに記載されるようなアンチセンスオリゴマーが本明細書に開示される。
【００１７】
いくつかの実施形態では、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含むアンチセンスオリゴマーが本明細書で開示される。
【００１８】
さらに、いくつかの実施形態において、請求項９０または９１のアンチセンスオリゴマー、および薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、あるいは担体を含む医薬組成物が本明細書で開示される。
【００１９】
いくつかの実施形態では、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって請求項９２の医薬組成物を投与することにより、必要としている被験体を処置する方法が本明細書で開示される。
【００２０】
本明細書では、いくつかの実施形態において、不足しているタンパク質または不足している機能的ＲＮＡに関係する被験体のＭＲＤＤ５またはＤＳを処置するために細胞によって標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させる方法で使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物が開示され、ここで、不足しているタンパク質または機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）の構成的のスプライシングを増強し、ここで、標的タンパク質は：（ａ）不足しているタンパク質；あるいは（ｂ）被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質であり、ここで、機能的ＲＮＡは：（ｃ）不足しているＲＮＡ；あるいは（ｄ）被験体の不足している機能的ＲＮＡを機能的に増大するか、これに取って代わる、補償機能的ＲＮＡであり、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエクソン、および３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、ここで、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体の標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの生成あるいは活性を増加させる。
【００２１】
いくつかの実施形態において、被験体においてＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質に関連した疾病を処置する方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物が本明細書で開示され、当該方法は、被験体の細胞によるＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる工程を含み、ここで、細胞は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含む、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体はＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードし、当該方法は、アンチセンスオリゴマーに細胞を接触させる工程を含み、これによって、保持されたイントロンは、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞においてＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、疾病は疾患または障害である。いくつかの実施形態において、疾患または障害はＡＤ精神遅滞５あるいはドラベ症候群である。いくつかの実施形態において、標的タンパク質とＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体はＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ遺伝子によってコードされる。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６までの領域内の保持されたイントロンにあるＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とし、これは、以下の内部の保持されたイントロンにある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域；あるいは（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約１００ヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００ヌクレオチド上流までの領域内にあるＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部にある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域；あるいは（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部にある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して−４ｅ〜−１，０５４ｅの領域；（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９９の領域；（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域；あるいは、（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋１，９１２ｅの領域。
【００２２】
前述の組成物のいずれかのいくつかの実施形態において、標的タンパク質はＳＣＮ１Ａである。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４−７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９３の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−１０３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜＋４９６までの領域内、あるいは保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋３７ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２６６または５２４−１０３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜−４ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−６２、５２４−５７６、あるいは７８１−８３３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９６の領域内の保持されたイントロン２１にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：６３−１６２、５７７−６７５、あるいは８３４−９３２のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン２１にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６３−２５８、６７６−７７２、あるいは９３３−１０２９のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２１の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋３７ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９−２６６、７７３−７８０、あるいは１０３０−１０３７のいずれか１つ��少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
【００２３】
前述の組成物のいずれかのいくつかの実施形態において、標的タンパク質はＳＣＮ１Ａである。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜＋４９６までの領域内、あるいは保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して−４９６〜＋３７ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６７−５２３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して−２６４ｅ〜−４ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２６７−３１９のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の５’スプライス部位に対して＋６〜＋４９６の領域内の保持されたイントロン２３にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３２０−４１８のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン２３にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４１９−５１５のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン２３の３’スプライス部位に対して＋２ｅ〜＋３７ｅの領域内にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５１６−５２３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
【００２４】
前述の組成物の何れかのいくつかの実施形態において、標的タンパク質はＳＹＮＧＡＰ１である。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８または９に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２または３に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９２、２５９４、または２５９５の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の相補的（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔａｒｙ）である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対する−７３ｅ〜＋４９９の領域内、或いは保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対する−４９６〜＋１９１２ｅの領域内に存在する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−１５０９又は１８１５−２２８６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の相補性である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対する−７３ｅ〜−４ｅの領域内にある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０３８−１０５０又は１８１５−１８２７のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の相補性である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１８の５’スプライス部位に対する＋６〜＋４９９の領域内の保持されたイントロン１８にある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０５１−１１３６又は１８２８−１９１３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の相補性である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対する−１６〜−４９６の領域内の保持されたイントロン１９にある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１３７−１２２８又は１９１４−２００５のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の相補性である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１９の３’スプライス部位に対する＋１７ｅ〜＋１９１２ｅの領域内にある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２２９−１５０９又は２００６−２��８６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の相補性である配列を含む。
【００２５】
前述の組成物の何れかのいくつかの実施形態において、標的タンパク質はＳＹＮＧＡＰ１である。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対する−１０５４ｅ〜＋２５１の領域内、或いは保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対する−２５６〜＋１５７ｅの領域内に存在する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５１０−１８１４又は２２８７−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の相補性である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対する−４ｅ〜−１０５４ｅの領域内にある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１５１０−１６８６又は２２８７−２４６３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の相補性である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の５’スプライス部位に対する＋６〜＋２５１の領域内の保持されたイントロン１５にある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１６８７−１７３６又は２４６４−２５１３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の相補性である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対する−１６〜−２５６の領域内の保持されたイントロン１５にある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７３７−１７８５又は２５１４−２５６２のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の相補性である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン１５の３’スプライス部位に対する＋２ｅ〜＋１５７ｅの領域内にある。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７８６−１８１４又は２５６３−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の相補性である配列を含む。
【００２６】
前述の組成物の何れかのいくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない。いくつかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、全長ｍＲＮＡ前駆体または野生型ｍＲＮＡ前駆体からの部分的スプライシングによって産生された。いくつかの実施形態では、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態では、産生される標的タンパク質は、全長タンパク質または野生型タンパク質である。いくつかの実施形態では、保持されたイントロンは、律速イントロンである。いくつかの実施形態では、保持されたイントロンは、前記ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体において最も豊富な保持されたイントロンである。いくつかの実施形態では、保持されたイントロンは、前記ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体において２番目に豊富な保持されたイントロンである。
【００２７】
前述の組成物の何れかのいくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾された糖部を含む。いくつかの実施形態では、各糖部は、修飾された糖部である。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基から成る。
【００２８】
本明細書には、いくつかの実施形態では、請求項９４乃至１６７の組成物の何れかのアンチセンスオリゴマーと薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、又は担体とを含む医薬組成物が開示される。本明細書にはまた、いくつかの実施形態では、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射によって請求項１６８の医薬組成物を投与することにより、必要とする被験体を処置する方法が開示される。
【００２９】
本明細書には、いくつかの実施形態では、医薬組成物が開示され、該医薬組成物は、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマーであって、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物は保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマー；及び薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、または担体を含む。いくつかの実施形態では、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物は、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である。いくつかの実施形態では、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する領域＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する領域−５００内にある。いくつかの実施形態では、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１−３のいずれか１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によりコードされる。いくつかの実施形態では、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４−９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾された糖部を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、アンチ���ンスオリゴマーは、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。いくつかの実施形態では、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９２−２５９５から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％配列同一性であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２５９１から選択されるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射または静脈内注射のために製剤される。
【００３０】
本明細書には、いくつかの実施形態では、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１タンパク質の機能形態をコードする十分に処理されたＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物を産生するために、保持されたイントロンの除去を促進するように、不足したＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物の処理を誘発する方法が開示され、該方法は、（ａ）アンチセンスオリゴマーを被験体の標的細胞と接触させる工程；（ｂ）不足したＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物にアンチセンスオリゴマーをハイブリダイズする工程であって、ここで、不足したＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物は、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１タンパク質の機能形態をコードすることができ、且つ少なくとも１つの保持されたイントロンを含む、工程；（ｃ）ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１タンパク質の機能形態をコードする十分に処理されたＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物を産生するために、不足したＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物から少なくとも１つの保持されたイントロンを除去する工程；および（ｄ）十分に処理されたＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物からＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１タンパク質の機能形態を翻訳する工程を含む。いくつかの実施形態では、保持されたイントロンは、保持されたイントロン全体である。いくつかの実施形態では、不足したＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの転写産物は、ＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である。
【００３１】
本明細書には、いくつかの実施形態では、不足した量または活性のＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１タンパク質により引き起こされる疾病を患う被験体を処置する方法が開示され、該方法は、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１０−２５９１のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む。
【００３２】
＜引用による組み込み＞
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、あたかも個々の刊行物、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個々に指示される程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
【図面の簡単な説明】
【００３３】
本発明の新規な特徴は、特に、添付の特許請求の範囲内に明記される。本発明の諸原則が利用される例示的な実施形態について説明する以下の詳細な記載と、添付の図面を参照することで、本発明の特徴および利点についてのよりよい理解が得られるであろう。
【００３４】
【図１】図１は、典型的な保持されたイントロン含有（ＲＩＣ）ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の概略図を示す。５’スプライス部位コンセンサス配列は、−３ｅから−１ｅおよび＋１から＋６（「ｅ」と標識された数字はエクソンであり、標識されていない数字はイントロンである）まで下線を引かれた文字（文字はヌクレオチドである；大文字：エクソン部分、および小文字：イントロン部分）で示されている。３’スプライス部位コンセンサス配列は、−１５から−１および＋１ｅ（「ｅ」と標識された数字はエクソンであり、標識されていない数字はイントロンである）まで下線を引かれた文字（文字はヌクレオチドである；大文字：エクソン部分、および小文字：イントロン部分）で示されている。ＡＳＯスクリ−ニングのためのイントロン標的領域は、保持されたイントロンの５’スプライス部位（左の矢印）に対するヌクレオチド＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位（右の矢印）に対するヌクレオチド−１６までを含む。実施形態では、ＡＳＯスクリ−ニングのためのイントロン標的領域は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド＋６から＋１００、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に対するヌクレオチド−１６から−１００を含む。エクソン標的部位は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅ、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅのヌクレオチドを含む。「ｎ」または「Ｎ」はヌクレオチドを表し、「ｙ」はピリミジンを表す。図示された配列は、哺乳動物のスプライス部位に対するコンセンサス配列を表わし、個々のイントロンおよびエクソンは、すべての位置でコンセンサス配列に一致する必要はなない。
【図２Ａ】核内遺伝子出力の標的とされた増強（ＴＡＮＧＯ）方法の概略図を表わす。図２Ａは、核と細胞質区画に分割された細胞を示す。核では、エクソン（長方形）およびイントロン（接続線）からなる標的遺伝子のｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ｍＲＮＡを生成するためにスプライシングを受け、このｍＲＮＡは細胞質に輸送され、標的タンパク質へと翻訳される。この標的遺伝子については、イントロン１のスプライシングは非効率的であり、保持されたイントロン含有（ＲＩＣ）ｍＲＮＡ前駆体は、主として核内に蓄積し、細胞質に輸送された場合は劣化し、標的タンパク質の産生にはつながらない。
【図２Ｂ】核内遺伝子出力の標的とされた増強（ＴＡＮＧＯ）方法の概略図を表わす。図２Ｂは、核と細胞質区画に分割された同様の細胞の例を示す。アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）での処置は、イントロン１のスプライシングを促進し、かつｍＲＮＡの増加をもたらし、これは順に、高レベルの標的タンパク質へと翻訳される。
【図３】図３は、示されるイントロン１５をもつＳＹＮＧＡＰ１遺伝子中のイントロン保持を詳細に表わす。ＲＮＡ配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）を用いた、ＳＹＮＧＡＰ１遺伝子中のイントロン保持事象の特定は、ＵＣＳＣゲノムブラウザで視覚化され示される。上のパネルは、ＨＣＮ（ヒトの皮質ニューロン）において発現され、且つ細胞質（上）または核分画（下）のいずれかにおいて局在化されたＳＹＮＧＡＰ１転写産物に対応する読み取り密度を示す。このパネルの底部には、ＳＹＮＧＡＰ１遺伝子のグラフ表現が、目盛に合わせて示される。読み取り密度は、ピークとして示される。最も高い読み取り密度は、エクソン（ブラックボックス）に相当し、一方、いずれの細胞分画においてもイントロンの大半（矢印頭部を有する線）について読み取りは観察されない。細胞質分画と比較してより高い読み取り密度は、核分画のイントロン１５および１８／１９（矢印により示される）で検出され、これはイントロン１５および１８／１９のスプライシング効率が低く、結果としてイントロン保持をもたらすことを示している。保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、核に保持され、細胞質には輸送されない。ＨＣＮのイントロン１５についての読み取り密度は、生物情報学的な分析によって計算されるとおり２５％のイントロン保持を示す下のパネルで詳細に示される。
【図４】図４は、典型的なＳＹＮＧＡＰ１遺伝子イントロン１５（ＩＶＳ１５）ＡＳＯ  ｗａｌｋを表す。２’−Ｏ−Ｍｅ  ＡＳＯ（ＰＳ骨格）を使用して、５’スプライス部位のすぐ下流、または３’スプライス部位の上流の配列を標的とするＳＹＮＧＡＰ１  ＩＶＳ  １５に対して行われたＡＳＯ  ｗａｌｋのグラフ表現が示される。ＡＳＯは、一度に５つのヌクレオチドの位置を変えることにより、これらの領域をカバーするように設計された。ＳＹＮＧＡＰ１エクソン−イントロン構造は目盛に合わせて示される。
【図５】図５は、示されるイントロン１８と１９をもつＳＹＮＧＡＰ１遺伝子中のイントロン保持を詳細に表わす。ＳＹＮＧＡＰ１遺伝子中のイントロン保持は、本明細書中の実施例において述べられているように、ＲＮＡ配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）によって特定され、ＵＣＳＣゲノムブラウザ中で視覚化された。ＨＣＮのイントロン１８と１９の読み取り密度は、下のパネルで詳細に示される。イントロン１８と１９は、代替的にスプライシングされたエクソンであるエクソン１９に隣接している。たとえエクソン１９が注釈されなくとも、その存在の証拠はＲＮＡｓｅｑデータにより示され、そのため明瞭なピークが細胞質分画に観察される。しかし、細胞質分画におけるエクソン１９に対応する読み取り密度は、ＳＹＮＧＡＰ１における構成的にスプライシングされたエクソンよりも低い。ＨＣＮのイントロン１８／１９についての読み取り密度は、生物情報学的な分析によって計算されるとおり４２％のイントロン保持を示す下のパネルで詳細に示される。
【図６】図６は、典型的なＳＹＮＧＡＰ１遺伝子イントロン１８（ＩＶＳ１８）およびイントロン１９（ＩＶＳ１９）ＡＳＯ  ｗａｌｋを表す。２’−Ｏ−Ｍｅ  ＡＳＯ（ＰＳ骨格）を使用して、イントロン１８の５’スプライス部位のすぐ下流、またはイントロン１９の３’スプライス部位の上流の配列を標的とするＳＹＮＧＡＰ１  ＩＶＳ  １８と１９に対して行われたＡＳＯ  ｗａｌｋのグラフ表現が示される。代替的なエクソン１９に隣接しているスプライス部位のイントロン部位は、エクソン１９の含有レベルに影響を及ぼすのを回避するために標的とされない。ＡＳＯは、一度に５つのヌクレオチドの位置を変えることにより、これらの領域をカバーするように設計された。ＳＹＮＧＡＰ１エクソン−イントロン構造は目盛に合わせて示される。
【図７Ａ】図７Ａは、ＮＭ＿００６７７２に対応するＳＹＮＧＡＰ１のＲｅｆＳｅｑ遺伝子の模式図を表す。
【図７Ｂ】図７Ｂは、偽処理した細胞上で８０ｎＭの示されたＡＳＯで２４時間処置したＡＲＰＥ−１９細胞にイントロン１５が無いＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの発現レベルにおける平均（ｎ＝３）の倍率変化を示す、典型的なグラフを表す。データはＲＰＬ３２発現に正規化される。
【図７Ｃ】図７Ｃは、ＮＭ＿００６７７２に対応するＳＹＮＧＡＰ１のＲｅｆＳｅｑ遺伝子の模式図を表す。
【図７Ｄ】図７Ｄは、偽処理した細胞上で８０ｎＭの示されたＡＳＯで２４時間処置したＡＲＰＥ−１９細胞にイントロン１８が無いＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの発現レベルにおける平均（ｎ＝３）の倍率変化を示す、典型的なグラフを表す。データはＲＰＬ３２発現に正規化される。
【図７Ｅ】図７Ｅは、偽処理した細胞上で８０ｎＭの示されたＡＳＯで２４時間処置したＡＲＰＥ−１９細胞にイントロン１８が無いＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡの発現レベルにおける平均（ｎ＝３）の倍率変化を示す、典型的なグラフを表す。データはＲＰＬ３２発現に正規化される。
【図８Ａ】図８Ａは、ＮＭ＿００６９２０に対応するＳＣＮ１ＡのＲｅｆＳｅｑ遺伝子の一部の模式図を表す。図８Ｂと図８ＣにおいてＲＴ−ＰＣＲアッセイのために使用されるプライマーが示される。
【図８Ｂ】図８Ｂは、示された細胞においてＲＴ−ＰＣＲにより測定されるようなＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡの発現レベルを示すアガロースゲルを表す（ＶＭおよびＣＸ：ＲｅＮｃｅｌｌ神経前駆細胞；ＳＫ−Ｎ−ＡＳ：神経芽腫細胞；Ｃ：細胞質分画；Ｎ：核分画）。
【図８Ｃ】図８Ｃは、ＲＴ−ＰＣＲにより測定されるようなＳＫ−Ｎ−ＡＳ細胞（左）とＶＭ細胞（右）のイントロン２１保持レベルを示すアガロースゲルを表す（ＶＭおよびＣＸ：ＲｅＮｃｅｌｌ神経前駆細胞；ＳＫ−Ｎ−ＡＳ：神経芽腫細胞；Ｃ：細胞質分画；Ｎ：核分画）。
【図８Ｄ】図８Ｄは、偽処理した細胞上で８０ｎＭの示されたＡＳＯで２４時間処置したＳＫ−Ｎ−ＡＳ細胞にイントロン２１が無いＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡの発現レベルにおける平均（ｎ＝２）の倍率変化を示す、典型的なグラフを表す。データはＲＰＬ３２発現に正規化される。
【図８Ｅ】図８Ｅは、偽処理した細胞上で８０ｎＭの示されたＡＳＯで２４時間処置したＳＫ−Ｎ−ＡＳ細胞にイントロン２１が無いＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡの発現レベルにおける平均（ｎ＝２）の倍率変化を示す、典型的なグラフを表す。データはＲＰＬ３２発現に正規化される。
【図８Ｆ】図８Ｆは、偽処理した細胞上で４０ｎＭ、８０ｎＭ、または１２０ｎＭの示されたＡＳＯ（エクソン２１−エクソン２２のスプライス結合に及ぶ）で２４時間処置したＳＫ−Ｎ−ＡＳ細胞にイントロン２１が無いＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡの発現レベルにおける平均（ｎ＝２）の倍率変化を示す、典型的なグラフを表す。データはＲＰＬ３２発現に正規化される。
【図８Ｇ】図８Ｇは、偽処理した細胞上で８０ｎＭの示されたＡＳＯで２４時間処置したＳＫ−Ｎ−ＡＳ細胞にイントロン２１が無いＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡの発現レベルにおける平均（ｎ＝２）の倍率変化を示す、典型的なグラフを表す。データはＲＰＬ３２発現に正規化される。
【図８Ｈ】図８Ｈは、図８Ｄと図８Ｅに示される実験で使用されるＡＳＯの配列を表す。
【図８Ｉ】図８Ｉは、図８Ｇに示される実験で使用されるＡＳＯの配列を表す。
【発明を実施するための形態】
【００３５】
２つ以上のイントロンを有するタンパク質コード遺伝子の一次転写産物中の個々のイントロンは、異なる効率性をもつ一次転写産物からスプライシングされる。ほとんどの場合、完全にスプライシングされたｍＲＮＡだけが、続く細胞質での翻訳のために核膜孔を通じて輸送される。スプライシングされていない、または部分的にスプライシングされた転写産物は、核内で検出可能である。完全にスプライシングされていない転写産物の核内蓄積は、タンパク質に翻訳され得る細胞質中での潜在的に有害なｍＲＮＡの蓄積を防止するメカニズムであると一般的に考えられる。いくつかの遺伝子については、最も効率性の低いイントロンのスプライシングは、細胞質中での翻訳に先立つ、遺伝子発現における律速的な転写後の工程である。
【００３６】
ＡＤ精神遅滞５を欠いたＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする部分的にスプライシングされた転写産物、及びドラベ症候群を欠いたＳＹＮＧＡＰ１タンパク質をコードする部分的にスプライシングされた転写産物の実質的なレベルは、ヒトの細胞の核の中に発見された。これらのＳＣＮ１ＡまたはＳＹＮＧＡＰ１  ｍＲＮＡ前駆体の種は少なくとも１つの保持されたイントロンを含む。本発明は、完全にスプライシングされた成熟ｍＲＮＡの安定した状態の産生を増加させる、およびそれ故、翻訳されたタンパク質レベルを増加させるために、遺伝子発現の核段階に対して律速的である１つ以上の保持されたＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａイントロンのスプライシングをアップレギュレートするための組成物および方法を提供する。これらの組成物および方法は、核に蓄積する保持されたイントロン含有ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）のイントロンスプライス部位において構成的スプライシングを促進するアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を活用する。したがって、実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａそれぞれの不足に起因する疾病を処置するために、本発明の方法を用いて、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質を増加させる。
【００３７】
他の実施形態では、本発明の方法は、必要とする被験体の疾病を処置するために、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａの産生を増加させるために使用される。実施形態では、被験体は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａが野性型に対して必ずしも不足していないが、それにも関わらずＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａの増加により緩和される疾病を示す。実施形態では、疾病はＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａハプロ不全によって引き起こされる。
【００３８】
常染色体優性精神遅滞５
精神遅滞は、小児の最も頻繁に生じる重篤なハンディキャップである。この障害の非症候性の形態は、異形成の特徴の欠如を特徴とする最も一般的なものである。単一対立遺伝子性病変は、進行の全体的な遅延、筋緊張低下、及び中程度から重度の精神遅滞を特徴とする障害を引き起こすのに十分なものである。非症候性の精神遅滞に関係する遺伝因子は、十分に理解されていないままである。結合及び細胞遺伝学的解析は、２９のＸ結合、及び非症候性精神遅滞に関連した５つの常染色体上の劣性遺伝子の特定へとつながり、これらは共に症例の１０％未満を占める（参照により本明細書に組み込まれる、Ｈａｍｄｅｎ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００９）。更に、常染色体上の優性遺伝子は未だに特定されておらず、これは結合分析に従順なファミリーを特定する尤度を次々に減少させる。しかし、ゲノム領域のコピー数の変化に通常関係するデノボ染色体再配置が精神遅滞の最も一般的に認識される原因を表すという事実は、単一対立遺伝子性病変がこの障害を引き起こすのに十分であることを示す。これは、点突然変異などのより小さなデノボ遺伝子病変が障害の病因にも寄与する可能性を高める。症例の研究は、説明されていない非症候群性精神遅滞の患者のおよそ３％に短縮化されたタンパク質の産生を結果としてもたらす、ＳＹＮＧＡＰ１遺伝子におけるデノボ遺伝子病変を特定した。研究において特定された患者は、２つのナンセンス突然変異および１つの欠失を含んでいたタンパク質短縮型変異に対しヘテロ接合であった（Ｈａｍｄａｎ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００９）。この疾病は例えば、参照により本明細書に組み込まれるＯＭＩＭ  ＃６１２６２１（Ｏｎｌｉｎｅ  Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎ，  Ｊｏｈｎｓ  Ｈｏｐｋｉｎｓ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，  １９６６−２０１５）に記載されている。
【００３９】
ＳＹＮＧＡＰ１は、脳の中で選択的に発現されるＧＴＰアーゼ活性化酵素である。グルタミン酸塩のシグナル伝達を媒介するＮ−メチル−Ｄ−アスパルタート（ＮＭＤＡ）−受容体の複合体の成分である、ＳＹＮＧＡＰ１は、受容体の下流に作用し、ＲＡＳ−ＥＲＫシグナル伝達経路を阻害することによりシナプス後膜にてα−アミノ−３−ヒドロキシ−５−メチル−４−イソオキサゾール・プロピオン酸（ＡＭＰＡ）受容体の挿入を遮断する。ＳＹＮＧＡＰ１は通常の発達に必要とされ；遺伝子のヌル対立遺伝子に対しホモ接合のマウスは誕生の直後に死亡する。対照的に、ヌル対立遺伝子に対しヘテロ接合のマウスは、シナプス可塑性および学習を損ない、ＮＭＤＡ受容体複合体の成分としてＳＹＮＧＡＰ１の役割と一致している（Ｈａｍｄａｎ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００９）。
【００４０】
ＳＹＮＧＡＰ１遺伝子の選択的スプライシングは、ＳＹＮＧＡＰ１の３つのアイソフォームの発現を結果としてもたらす（Ｈａｍｄａｎ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００９）。ＳＹＮＧＡＰ１は、Ｒａｓ  ＧＴＰアーゼを活性化するＲＡＳＧＡＰドメインを持つ。ＰＤＺ結合モチーフであるＱＴＲＶは、ＮＭＤＡ受容体の複合体の他の成分との相互作用を媒介するアイソフォーム２に存在する。ＲＡＳＧＡＰとＱＲＴＶのドメインは、学習と発達に必要なシナプス可塑性および樹状突起スパイン形成を調節する。精神遅滞に関連したタンパク質短縮型変異は、完全なＲＡＳＧＡＰドメインまたはＱＴＲＶモチーフの何れかを欠いており、精神遅滞の病因におけるそれらの役割と一致している。
【００４１】
ドラベ症候群
幼児期の重度のミオクローヌス性てんかん（ＳＭＥＩ）としても知られるドラベ症候群（ＤＳ）は、生命の最初の年に提示する癲癇性脳症である。ドラベ症候群は、臨床診断が患者のおよそ７０−８０％におけるナトリウムチャネル遺伝子突然変異の発見によって支持されている、徐々に認識された癲癇性脳症である。イオンチャネル遺伝子の突然変異は、さまざまな癲癇症候群の病因において主な役割を果たし、チャネロパチーと見なされている一部の癲癇を結果としてもたらす。電位依存性ナトリウムチャネル（ＶＧＳＣ）は神経細胞の興奮性において必須の役割を果たし；それ故、ＤＳに関連した多くの突然変異がＶＧＳＣサブユニットをコードする遺伝子の中で特定されたことは驚くべきことではない。この疾病は例えば、共に参照により本明細書に組み込まれる、Ｍｕｌｌｅｙ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５、及びＯＭＩＭ  ＃６０７２０８での疾患の記載（Ｏｎｌｉｎｅ  Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎ，  Ｊｏｈｎｓ  Ｈｏｐｋｉｎｓ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，  １９６６−２０１５）に記載されている。
【００４２】
患者の７０％〜８０％は、ナトリウムチャネルα１サブユニット遺伝子（ＳＣＮ１Ａ）異常を持ち（ｃａｒｒｙ）、短縮型変異が約４０％を占めており、発作開始の初期の年齢との重要な相関性を有している。配列決定突然変異は症例の約７０％に見出され、短縮化（４０％）及びミスセンス変異（４０％）を含んでおり、残りはスプライス部位変化である。大半の突然変異はデノボであるが、家族性の突然変異は症例の５−１０％に生じ、通常は事実上ミスセンスである。残りのＳＣＮ１Ａ突然変異は、スプライス部位とミスセンス突然変異を含み、それらの大部分はナトリウムチャネルの細孔形成領域にある。現在、５００以上の突然変異がＤＳに関連しており、遺伝子に沿って無作為に分布している（Ｍｕｌｌｅｙ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｅｕｒｏｌ．  ２００６，  ６７，  １０９４−１０９５）。
【００４３】
ＳＣＮ１Ａ遺伝子は、ヒト染色体２ｑ２４上のナトリウムチャネル遺伝子のクラスタに位置し、神経細胞の電位依存性ナトリウムチャネルのＮａｖ１．１として知られるα−細孔形成サブユニットをコードする。ＳＣＮ１Ａ遺伝子は、およそ１００ｋｂのゲノムＤＮＡにおよび、２６のエクソンを含む。ＳＣＮ１Ａタンパク質は４つのドメインから成り、各々が６つの膜貫通性部分を有している。２つのスプライス変異体は、エクソン１１においてドメイン１と２の間の細胞質ループに１１のアミノ酸が存在するまたは存在しないという点で異なる、長い及び短いアイソフォームを結果としてもたらすことが、特定された（参照により本明細書に組み込まれる、Ｍｉｌｌｅｒ，  ｅｔ  ａｌ．，  １９９３−２０１５及びＭｕｌｌｅｙ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５，  ２５，  ５３５−５４２）。
【００４４】
十分に特徴付けられたシナプス経路においてタンパク質をコードする、非症候群性精神遅滞及びドラベ症候群に関連した遺伝子の特定は、障害を標的とし且つそれらの随伴症状を少なくするために薬理学的治療を発達させる可能性を提示する。
【００４５】
保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）
実施形態では、本発明の方法は、細胞核中で、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａから転写され、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）の存在を活用する。成熟し、完全にスプライシングされたＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡを産出するための、特定のＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡ前駆体の種のスプライシングは、保持されたイントロンのスプライシングアウトを刺激するＡＳＯを用いて誘導される。結果として生じる成熟したＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡは細胞質へ輸送されて翻訳され、それにより、患者の細胞中のＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の量を増加させ、ＡＤ精神遅滞５またはドラベ症候群の症状を和らげることができる。この方法は以下で更に説明される、核内遺伝子出力の標的とされた増強（ＴＡＮＧＯ）として知られる。
【００４６】
ＳＹＮＧＡＰ１核の転写産物
実施例に記載されるように、ＳＹＮＧＡＰ１遺伝子はイントロン保持事象について分析され、イントロン１５および１８／１９の保持が観察された。ＵＣＳＣゲノムブラウザによって視覚化されたＲＮＡ配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）は、ヒト皮質ニューロンに発現したＳＹＮＧＡＰ１転写産物を示し、細胞質分画あるいは核分画のいずれかに局在した。どちらの分画においても、読み取りは大多数のイントロンにおいて観察されなかった。しかしながら、細胞質分画と比較して、より高い読取密度が核分画のイントロン１５、および１８／１９において検出され、これはイントロン１５、および１８／１９のスプライシング効率が低く、結果としてイントロン保持をもたらすことを示している。保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、核に保持され、細胞質には輸送されない。イントロン１８／１９の読取密度は４２％のイントロン保持を示した。イントロン１８／１９のイントロン保持率（ＰＩＲ）の値は、４つの値（５４、５０、３５および２９）を平均することにより得られ、それぞれの値は、４つの異なるアルゴリズムのうちの１つを使用し、ＨＣＮ細胞において判定された。イントロン１５の読取密度は、２５％のイントロン保持を示した。イントロン１５のイントロン保持率（ＰＩＲ）の値は、４つの値（４９、０、２６および２３）を平均することにより得られ、それぞれの値は、４つの異なるアルゴリズムのうちの１つを使用し、ＨＣＮ細胞において判定された。
【００４７】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａゲノム配列から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａゲノム配列からのＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａゲノム配列からのＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含む、ＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含む、ＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：４−７のいずれか一つに係る、ＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含む、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：４、６または７のいずれか一つに係る、ＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含む、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に係るＳＣＮ１Ａ    ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書において開示されるＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２５９３を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１０−１０３７のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００４８】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体のエクソン２１を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも上流（または５’）のエクソン２１配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約４から約２６４ヌクレオチド上流（または５’）のエクソン配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１０−６２、５２４−５７６または７８１−８３３のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００４９】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体中のイントロン２１を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも下流（または３’）のイントロン２１配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約６から約４９６ヌクレオチド下流（または３’）のイントロン２１配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：６３−１６１、５７７−６７５または８３４−９３２のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００５０】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（または５’）のイントロン２１配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約１６から約４９６ヌクレオチド上流（または５’）のイントロン２１配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１６２−２５８、６７６−７７２または９３３−１０２９のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００５１】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体中のエクソン２２を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも下流（または３’）のエクソン２２配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２１を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約２から約３７ヌクレオチド下流（または３’）のエクソン２２配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：２５９−２６６、７７３−７８０または１０３０−１０３７のいずれか１つに係る配列を有する。
【００５２】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体のエクソン２３を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも上流（または５’）のエクソン２３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約４から約２６４ヌクレオチド上流（または５’）のエクソン配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：２６７−３１９のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００５３】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体中のイントロン２３を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも下流（または３’）のイントロン２３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約６から約４９６ヌクレオチド下流（または３’）のイントロン２３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：３２０−４１９のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００５４】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（または５’）のイントロン２３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約１６から約４９６ヌクレオチド上流（または５’）のイントロン２３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：４２０−５１５のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００５５】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体中のエクソン２４を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも下流（または３’）のエクソン２４配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約２から約３７ヌクレオチド下流（または３’）の、エクソン２４配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：５１６−５２３のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００５６】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＳＹＮＧＡＰ１ゲノム配列から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＳＹＮＧＡＰ１ゲノム配列からのＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１ゲノム配列からのＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１ゲノム配列からのＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１９を含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１９を含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含む、ＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１９を含む、ＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含む、ＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：８−９のいずれか一つに係る、ＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含む、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：８−９のいずれか一つに係る、ＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１９を含む、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：８−９のいずれか一つに係る、ＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含む、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：８−９のいずれか一つに係る、ＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されたＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：２５９２、２５９４または２５９５のいずれか１つを標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１０３８−２５９１のいずれか一つにかかる配列を有する。
【００５７】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８またはイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体のエクソン配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８またはイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも上流（または５’）のエクソン配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８またはイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約４から約７３ヌクレオチド上流（または５’）のエクソン配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１０３０−１０５０または１８１５−１８２７のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００５８】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８またはイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体におけるイントロン１８またはイントロン１９を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８またはイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも下流（または３’）の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８またはイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約６から約４９９ヌクレオチド下流（または３’）の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１０５１−１１３６または１８２８−１９１３のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００５９】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８またはイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（または５’）のイントロン１８またはイントロン１９配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８またはイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約１６から約４９６ヌクレオチド上流（または５’）の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１１３７−１２２８または１９１４−２００５のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００６０】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８またはイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１    ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体のエクソン配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８またはイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも下流（または３’）のエクソン配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８またはイントロン１９を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約１７から約１９１２ヌクレオチド下流（または３’）のエクソン配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１２２９−１５０９または２００６−２２８６のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００６１】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体のエクソン１５を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも上流（または５’）のエクソン１５配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約４から約１０５４ヌクレオチド上流（または５’）のエクソン配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１５１０−１６８６または２２８７−２４６３のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００６２】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体におけるイントロン１５を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも下流（または３’）のイントロン１５配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約６から約２５１ヌクレオチド下流（または３’）のイントロン１５配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１６８７−１７３６または２６４４−２５１３のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００６３】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（または５’）のイントロン１５配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約１６から約２５６ヌクレオチド上流（または５’）のイントロン１５配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１７３７−１７８５または２５１４−２５６２のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００６４】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体におけるエクソン１６を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも下流（または３’）のエクソン１６配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１５を含むＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約２から約１５７ヌクレオチド下流（または３’）の、エクソン１６配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１７８６−１８１４または２５６３−２５９１のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００６５】
実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部位はイントロン１５、１８または１９にある。本明細書で使用されるＳＹＮＧＡＰ１イントロンの番号付けは、ＮＭ＿００６７７２．２でのｍＲＮＡ配列に相当する。実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部位へのＡＳＯのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン１５、１８または１９の少なくとも１つのスプライス部位（５’スプライス部位あるいは３’スプライス部位）におけるスプライシングの増強と、その後のＳＹＮＧＡＰ１タンパク質産生の増大をもたらした。イントロンの番号付けは異なるＳＹＮＧＡＰ１アイソフォーム配列に関して変化しうると解される。当業者であれば、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、またはＮＭ＿００６７７２．２におけるｍＲＮＡ配列に関して得られるイントロン番号を使用することで、任意のアイソフォームにおける対応するイントロン番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、またはＮＭ＿００６７７２．２におけるｍＲＮＡ配列に関して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的化のための任意のＳＹＮＧＡＰ１アイソフォームにおける隣接するエクソンの配列を判定することができる。
【００６６】
実施形態では、ＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、イントロン１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４または、２５にある（イントロンの番号付けは、ＮＭ＿００１２０２４３５．１でのｍＲＮＡ配列に対応する）。実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部位へのＡＳＯのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４または２５の少なくとも１つのスプライス部位（５’スプライス部位あるいは３’スプライス部位）におけるスプライシングの増強と、その後のＳＣＮ１Ａタンパク質産生の増大をもたらした。実施形態では、ＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部位はイントロン２１または２３にある。当業者であれば、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、またはＮＭ＿００６９２０、ＮＭ＿００１２０２４３５、ＮＭ＿００１１６５９６４、またはＮＭ＿００１１６５９６３におけるｍＲＮＡ配列に関して得られるイントロン番号を使用することで、任意のアイソフォームにおける対応するイントロン番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、または、ＮＭ＿００６９２０、ＮＭ＿００１２０２４３５、ＮＭ＿００１１６５９６４、またはＮＭ＿００１１６５９６３におけるｍＲＮＡ配列に関して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的化のための任意のＳＣＮ１Ａアイソフォームにおける隣接するエクソンの配列を判定することができる。
【００６７】
イントロン保持の程度は、イントロン保持率（ＰＩＲ）、すなわち、所与のイントロンが保持される転写産物のパーセンテージとして表現することができる。要約すると、ＰＩＲは、エクソン−イントロンジャンクションの読み取りとエクソン−エクソンジャンクションの読み取りとの平均の合計に対し、エクソン−イントロンジャンクションにマッピングする平均読み取り数のパーセンテージとして計算することができる。
【００６８】
ＳＣＮ１ＡのＰＩＲ値は、例えばＢｒａｕｎｓｃｈｗｅｉｇ、ｅｔ  ａｌ．、２０１４（例えば補足の表Ｓ９参照）により報告されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。実施形態では、本発明の方法および組成物は、ＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣｍＲＮＡ前駆体の保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘導することにより、ＳＣＮ１Ａの発現を増加させるために使用される。実施形態では、保持されたイントロンはイントロン１−２５のいずれかである。実施形態では、保持されたイントロンはイントロン２、４、６、１３、１４、１５、１６、１７、１８、２０、２１、２２、２３、２４、および、２５のいずれかである。実施形態では、保持されたイントロンはイントロン１５、１８および１９のいずれかである。実施形態では、保持されたイントロンは任意のＳＣＮ１Ａイントロンである可能性がある。実施形態では、保持されたイントロンはイントロン２１である。実施形態では、保持されたイントロンはイントロン２３である。本明細書で使用されるＳＣＮ１Ａイントロンの番号付けは、ＮＭ＿００１２０２４３５．１におけるｍＲＮＡ配列に相当する。異なるＳＣＮ１Ａアイソフォーム配列に関連して、イントロンの番号付けは変化しうると解される。
【００６９】
ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質発現
上述されるように、ＡＤ非症候性精神遅滞（ＡＤ  ｎｏｎｓｙｎｄｒｏｍｉｃ  ｍｅｎｔａｌ  ｒｅｔａｒｄａｔｉｏｎ）におけるＳＹＮＧＡＰ１突然変異は全タンパク質に拡大し、かつ、高いデノボ突然変異率がある。連鎖および細胞遺伝学的な解析により、症例の１０％未満を占める、ＡＤ非症候性精神遅滞に関連する２９のＸ連鎖および５常染色体劣性遺伝子が特定された。これは、点突然変異（ｐｏｉｎｔ  ｍｕｔａｔｉｏｎ）のような、より小さなデノボ遺伝病変が疾患の病因に寄与し得ることを示唆している。
【００７０】
上述されるように、ドラベ症候群におけるＳＣＮ１Ａ突然変異は全タンパク質に広がる。１００を超える新規な突然変異が、遺伝子全体にわたり特定され、より消耗性のものがデノボで生じる。これらは、短縮型変異（４７％）、ミスセンス変異（４３％）、欠失（３％）およびスプライス部位の変異（７％）から構成される。ＳＣＮ１Ａ突然変異を保持する被験体のパーセンテージは３３から１００％の間で変動する。大多数の突然変異は新規な変化である（８８％）。
【００７１】
実施形態では、本明細書において記載される方法は、機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の産生を増大させるために使用される。本明細書において使用されるように、「機能的」という用語は、例えばＡＤ精神遅滞５またはドラベ症候群などの、処置される疾病の１つ以上の症状を除去するのに必要なＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の活性または機能の量を指す。実施形態では、部分的機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の産生を増大させるために、前記方法が使用される。本明細書において使用されるように、「部分的機能的」という用語は、疾患または疾病の１つ以上の症状を除去または予防するために必要な、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の活性または機能の任意の量を指す。いくつかの実施形態では、部分的機能的タンパク質またはＲＮＡは、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％の、完全な機能的タンパク質またはＲＮＡに比してより小さな活性を持つだろう。
【００７２】
実施形態では、前記方法は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を有する被験体の細胞により、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増大させる方法であり、ここで、該被験体は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質活性量の不足に起因するＡＤ精神遅滞５またはドラベ症候群を有し、そのＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質量の不足は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質のハプロ不全に起因する。そのような実施形態では、被験体は、機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質を産生しない第２の対立遺伝子とを有する。別のそのような実施形態では、被験体は、機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、非機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態では、被験体は、機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、部分的機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。これらの実施形態のいずれの場合でも、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子（機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする）から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部位に結合し、それによって、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘導し、かつ、機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡ量の増加と、被検体の細胞中のＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質発現の増大をもたらす。
【００７３】
実施形態では、被験体は、機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、部分的機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子（機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする）から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部位、または、第２の対立遺伝子（部分的機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする）から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部位に結合し、それによって、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘導し、機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡ量の増加と、被検体の細胞中の機能的または部分的機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質発現の増大をもたらす。
【００７４】
関連する実施形態では、前記方法は、タンパク質あるいは機能ＲＮＡの発現を増大させるためにＡＳＯを用いる方法である。実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を有する被験体の細胞中のＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させるために、ＡＳＯを使用し、ここで、該被験体は、例えばＡＤ精神遅滞５またはドラベ症候群など、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の量または機能の不足を有する。
【００７５】
実施形態では、疾患または疾病を引き起こすタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、本明細書に記載されるＡＳＯによって標的化される。いくつかの実施形態では、疾患の原因ではないタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＡＳＯによって標的化される。例えば、特定の経路における第１のタンパク質の突然変異または不足がもたらす疾患は、第２のタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を標的とし、それによって第２のタンパク質産生が増加することで、改善しうる。いくつかの実施形態では、第２のタンパク質の機能は、第１のタンパク質の突然変異または不足（それは疾患または疾病の原因である）を補うことができる。
【００７６】
実施形態では、被験体は、
（ａ）第１の変異対立遺伝子であって、
（ｉ）ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質が、野生型対立遺伝子からの生成と比較して低下したレベルで産生され、
（ｉｉ）ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で産生され、または、
（ｉｉｉ）ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質または機能的ＲＮＡが産生されない、第１の変異対立遺伝子と、
（ｂ）第２の変異対立遺伝子であって、
（ｉ）ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質が、野生型対立遺伝子からの生成と比較して低下したレベルで産生され、
（ｉｉ）ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して、低下した機能を有する形態で生成され、または、
（ｉｉｉ）ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質は産生されない、第２の変異対立遺伝子と、を有し、
ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は第１の対立遺伝子および／または第２の対立遺伝子から転写される。
これらの実施形態では、ＡＳＯは、第１の対立遺伝子または第２の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部位に結合し、これにより、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘導し、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡ量の増加を引き起こし、被験体の細胞の標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現の増加をもたらす。これらの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングの結果として、発現量の増加した標的タンパク質または機能的ＲＮＡは、同等の野性型タンパク質（部分的機能的）と比較して機能性が低い、または、同等の野性型タンパク質（完全機能性）と比較して十分な機能性を有する、いずれの形態もありうる。
【００７７】
実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡの量は、例えば、アンチセンスオリゴマーで処置されない、または、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部位と結合しないアンチセンスオリゴマーで処置される、制御セル中で産生されるＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡの量と比較すると、１．１から１０倍に増加する。
【００７８】
実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の量あるいは活性の不足に起因する疾病は、ＡＳＯが標的とする保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプライシングに起因する疾病ではない。実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の量あるいは活性の不足に起因する疾病は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体中の保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプライシングに起因する疾病ではない。実施形態では、選択的スプライシングまたは異常スプライシングが、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体において生じうるが、しかし、本発明の組成物および方法は、この選択的スプライシングまたは異常スプライシングを予防しないし、修正することもない。
【００７９】
実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子から部分的機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質を発現し、ここで、その部分的機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質は、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、または部分的な遺伝子欠失によってもたらされる。実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子から非機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質を発現し、ここで、その非機能的ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質は、１つの対立遺伝子中のフレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、あるいは部分的な遺伝子欠失によってもたらされる。実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子にＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ全体の遺伝子欠失を有する。
【００８０】
実施形態では、被験体にはＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａのミスセンス変異がある。被験体はＳＹＮＧＡＰ１およびＳＣＮ１Ａ突然変異を有する可能性がある。場合によっては、ＳＹＮＧＡＰ１突然変異は短縮型変異（ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ  ｍｕｔａｔｉｏｎ）である可能性がある。ＳＹＮＧＡＰ１短縮型変異はＫ１３８Ｘ、Ｒ５７９ＸまたはＬ８１３ＲｆｓＸ２２の突然変異である可能性がある。Ｋ１３８Ｘ突然変異は、ＲＡＳＧＡＰドメインを欠くことがある切断型ＳＹＮＧＡＰ１タンパク質をもたらす可能性がある。前記Ｋ１３８Ｘ突然変異はｃ．４１２Ａ→Ｔ突然変異をコードすることができる。場合によっては、Ｒ５７９Ｘ突然変異が、ＲＡＳＧＡＰドメインに続く領域中のＳＹＮＧＡＰ１を切断しうる。実施形態では、ｃ．２４３８ｄｅｌＴはまた、ＲＡＳＧＡＰドメインに続く領域中のＳＹＮＧＡＰ１を切断しうる。場合によっては、Ｌ８１３ＲｆｓＸ２２突然変異が、突然変異のｃ．２４３８ｄｅｌＴ配列をコードしうる。前記突然変異が、選択的にスプライスされることができるＳＹＮＧＡＰ１遺伝子の３’末端の上流で生じる場合がある。実施形態では、前記３’末端における突然変異は、ＳＹＮＧＡＰ１タンパク質のＣ末端部分のコーディングを変更しうる。
【００８１】
本発明はまた、前記ＳＹＮＧＡＰ１の少なくとも３つのアイソフォームを産生することができるスプライシングプロセスを開示する。本発明のアイソフォームはまた、突然変異することがある。場合によっては、ＳＹＮＧＡＰ１アイソフォームは少なくとも１３４３アミノ酸からなる可能性がある。アイソフォームは機能的ドメインを含んでもよい。第１のＳＹＮＧＡＰ１アイソフォームは、突然変異する機能的ドメインを含むことができる。ＳＹＮＧＡＰ１アイソフォームは、プレクストリン相同ドメイン、Ｃ２ドメイン、ＲＡＳＧＡＰ、ＳＨ３、ＣＣドメインおよびＣａｍＫＩＩ結合ドメイン（ＣａｍＫＩＩ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｄｏｍａｉｎ）を有する可能性がある。Ｋ１３８Ｘ突然変異はプレクストリン相同ドメインの上流にある場合がある。Ｋ１３８Ｘ突然変異はプレクストリン相同ドメイン内にある場合がある。Ｋ１３８Ｘ突然変異はプレクストリン相同ドメインの下流にある場合がある。Ｒ５７９Ｘ突然変異はＲＡＳＧＡＰドメインの領域にある場合がある。Ｒ５７９Ｘ突然変異はまた、ＲＡＳＧＡＰドメインに隣接している場合がある。同様に、Ｌ８１３ＲｆｓＸ２２突然変異はＳＨ３  ＳＹＮＧＡＰ１ドメインに隣接している場合がある。Ｌ８１３ＲｆｓＸ２２突然変異はまた、ＳＨ３  ＳＹＮＧＡＰ１ドメイン内にある場合がある。
【００８２】
実施形態では、突然変異はまた、前記ＳＹＮＧＡＰ１の第２または第３のアイソフォームに存在することができる。
【００８３】
実施形態では、被験体は判定されない突然変異を有することがある。判定されない突然変異はＳＹＮＧＡＰ１突然変異またはＳＣＮ１Ａ突然変異である場合がある。判定されない突然変異はＳＹＮＧＡＰ１突然変異である場合がある。場合によっては、ＳＹＮＧＡＰ１突然変異はＩ１１１５Ｔである場合がある。前記Ｉ１１１５Ｔ突然変異はｃ．３３４４Ｔ→Ｃ突然変異をコードすることがある。特定の実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１における突然変異は、非症候性精神遅滞でない疾患に関連する場合がある。ＳＹＮＧＡＰ１における突然変異は自閉症障害および統合失調症に関連しうる。場合によっては、ＳＹＮＧＡＰ１に関連する突然変異は多型である場合がある。
【００８４】
本発明の実施形態では、被験体はＳＣＮ１Ａにおける突然変異を有する可能性がある。ＳＣＮ１Ａにおける変化は前記遺伝子の全体にわたって広がりうる。ＳＣＮ１Ａタンパク質は４つのドメインからなる場合がある。前記ＳＣＮ１Ａドメインには膜貫通セグメントを有する場合がある。前記ＳＣＮ１Ａタンパク質における突然変異は前記タンパク質の全体にわたって生じることがある。前記ＳＣＮ１Ａタンパク質は少なくとも２つのアイソフォームからなることがある。ＳＣＮ１Ａにおける突然変異はＲ９３１Ｃ、Ｒ９４６Ｃ、Ｍ９３４Ｉ、Ｒ１６４８ＣまたはＲ１６４８Ｈから構成されることがある。場合によっては、突然変異がＳＣＮ１Ａタンパク質のＣ末端で観察されることがある。ＳＣＮ１Ａタンパク質における突然変異はまた、前記ＳＣＮ１Ａタンパク質の最初の３つのドメインのセグメント５と６の間のループで見つかることがある。場合によっては、突然変異はＳＣＮ１Ａタンパク質のＮ−末端で観察されることがある。ＳＣＮ１Ａにおける突然変異はＲ２２２Ｘ、Ｒ７１２Ｘ、Ｉ２２７Ｓ、Ｒ１８９２Ｘ、Ｗ９５２Ｘ、Ｒ１２４５Ｘ、Ｒ１４０７Ｘ、Ｗ１４３４Ｒ、ｃ．４３３８＋１ＧＡ、Ｓ１５１６Ｘ、Ｌ１６７０ｆｓＸ１６７８またはＫ１８４６ｆｓＸ１８５６である場合がある。本発明で標的とすることができる突然変異はまた、イオンチャネルのポアをコードしてもよい。
【００８５】
実施形態では、本発明はドラベ症候群を処置するために使用することができる。他の実施形態では、本発明は、乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）を処置するために使用することができる。他の実施形態では、本発明は境界型ドラベ症候群を処置することができる。本発明はまた境界型ＳＭＥＩを処置することができる。さらに、本発明は、全般てんかん熱性痙攣プラス（ＧＦＥＳ＋）を処置することができる。ＧＥＦＳ＋は、ＳＣＮ１ＢまたはＧＡＢＲＧ２のようなてんかん関連イオンチャネルサブユニットの突然変異と関連している可能性がある。本発明はまたナトリウムチャネル病（ｓｏｄｉｕｍ  ｃｈａｎｎｅｌｏｐａｔｈｉｅｓ）を処置することができる。ナトリウムチャネル病は、ＳＣＮ１Ａにおける突然変異に関連しうる。ナトリウムチャネル病も、ベータサブユニット、ＳＣＮ１Ｂなどの前記ＳＣＮ１Ａのサブユニットに関連しうる。場合によっては、ＳＣＮ１Ａ突然変異に関する付加的な疾病も、本発明で治療されてもよい。ＳＣＮ１Ａ突然変異に関する関連ＳＣＮ１Ａ疾患は、非定型筋萎縮症、高カリウム血症性周期性麻痺、または先天性筋緊張症である可能性がある。
【００８６】
実施形態では、当技術分野において既知であり、かつ、上述した文献（例えば、Ｈａｍｄａｎ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００９，  Ｍｕｌｌｅｙ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５）に記載されたＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａの突然変異を有する被験体が、本発明の方法および組成物を用いて処置される。実施形態では、突然変異が任意のＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａのイントロン内にある可能性がある。
【００８７】
ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質発現を増加させるためのＴＡＮＧＯの使用
前述したように、実施形態では、核内遺伝子出力の標的とされた増強（ＴＡＮＧＯ）は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させるために、本発明の方法において使用される。これらの実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）は、細胞の核内にある。ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエクソン、および３’スプライス部位に隣接するエクソンを含むＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を有する細胞は、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させられる。ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分へのＡＳＯのハイブリダイゼーションは、保持されたイントロンのスプライス部位（５’スプライス部位あるいは３’スプライス部位）のスプライシングを増強し、その後の標的タンパク質産生を増加させる。
【００８８】
用語「ｍＲＮＡ前駆体」および「ｍＲＮＡ前駆体の転写産物」は、交換可能に使用され、少なくとも１つのイントロンを含むｍＲＮＡ前駆体種を指すこともある。実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体またはｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’−７−メチルグアノシンキャップ、および／またはポリＡ末端を含む。実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体またはｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’−７−メチルグアノシンキャップおよびポリＡ末端の両方を含む。いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’−７−メチルグアノシンキャップ、および／またはポリＡ末端を含まない。タンパク質に翻訳されない場合（あるいは核から細胞質へと輸送された場合）、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は非生産的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）分子である。
【００８９】
本明細書において使用されるように、「保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体」（「ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体」）は、少なくとも１つの保持されたイントロンを含むｍＲＮＡ前駆体の転写産物である。ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、標的タンパク質をコードする。「標的タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体」は、完全にスプライシングされた場合に、標的タンパク質をコードすると解される。「保持されたイントロン」は、同じ遺伝子によってコードされた、隣接するイントロン等の１つ以上の他のイントロンが、同じｍＲＮＡ前駆体の転写産物からスプライシングアウトされた場合に、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物に存在するイントロンである。いくつかの実施形態では、保持されたイントロンは、標的タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体において最も豊富なイントロンである。実施形態では、保持されたイントロンは、細胞内の標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も豊富なイントロンであり、該ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、標的タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も豊富なイントロンに標的とされたアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的とされた、あるいは結合する保持されたイントロンを含む集団内の、２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。実施形態では、標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡは、それによって産生される。「成熟ｍＲＮＡ」および「完全にスプライシングされたｍＲＮＡ」の用語は、標的タンパク質をコードする完全に処理されたｍＲＮＡ（例えば、核から細胞質へと輸送され、標的タンパク質に翻訳されたｍＲＮＡ）、あるいは完全に処理された機能的ＲＮＡを記載するように、本明細書において交換可能に使用される。用語「生産的ｍＲＮＡ」もまた、標的タンパク質をコードする完全に処理されたｍＲＮＡについて記載するように使用することができる。実施形態では、標的領域は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体に最も豊富に存在するイントロンである、保持されたイントロンにある。実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体に最も保持されたイントロンは、イントロン１８／１９である。実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体に最も保持されたイントロンは、イントロン１５である。
【００９０】
実施形態では、保持されたイントロンは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、あるいは少なくとも約５０％の保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである。実施形態では、保持されたイントロンはすなわち、約５％から約１００％、約５％から約９５％、約５％から約９０％、約５％から約８５％、約５％から約８０％、約５％から約７５％、約５％から約７０％、約５％から約６５％、約５％から約６０％、約５％から約５５％、約５％から約５０％、約５％から約４５％、約５％から約４０％、約５％から約３５％、約５％から約３０％、約５％から約２５％、約５％から約２０％、約５％から約１５％、約１０％から約１００％、約１０％から約９５％、約１０％から約９０％、約１０％から約８５％、約１０％から約８０％、約１０％から約７５％、約１０％から約７０％、約１０％から約６５％、約１０％から約６０％、約１０％から約５５％、約１０％から約５０％、約１０％から約４５％、約１０％から約４０％、約１０％から約３５％、約１０％から約３０％、約１０％から約２５％、約１０％から約２０％、約１５％から約１００％、約１５％から約９５％、約１５％から約９０％、約１５％から約８５％、約１５％から約８０％、約１５％から約７５％、約１５％から約７０％、約１５％から約６５％、約１５％から約６０％、約１５％から約５５％、約１５％から約５０％、約１５％から約４５％、約１５％から約４０％、約１５％から約３５％、約１５％から約３０％、約１５％から約２５％、約２０％から約１００％、約２０％から約９５％、約２０％から約９０％、約２０％から約８５％、約２０％から約８０％、約２０％から約７５％、約２０％から約７０％、約２０％から約６５％、約２０％から約６０％、約２０％から約５５％、約２０％から約５０％、約２０％から約４５％、約２０％から約４０％、約２０％から約３５％、約２０％から約３０％、約２５％から約１００％、約２５％から約９５％、約２５％から約９０％、約２５％から約８５％、約２５％から約８０％、約２５％から約７５％、約２５％から約７０％、約２５％から約６５％、約２５％から約６０％、約２５％から約５５％、約２５％から約５０％、約２５％から約４５％、約２５％から約４０％、または約２５％から約３５％の、保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである。保持されたイントロンを特定する手助けとして、ＥＮＣＯＤＥデータ（例えば、Ｔｉｌｇｎｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，２０１２，「Ｄｅｅｐ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｏｆ  ｓｕｂｃｅｌｌｕｌａｒ  ＲＮＡ  ｆｒａｃｔｉｏｎｓ  ｓｈｏｗｓ  ｓｐｌｉｃｉｎｇ  ｔｏ  ｂｅ  ｐｒｅｄｏｍｉｎａｎｔｌｙ  ｃｏ−ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｏｍｅ  ｂｕｔ  ｉｎｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ｆｏｒ  ＩｎｃＲＮＡｓ」Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２２（９）：１６１６−２５に記載）を用いることができる。
【００９１】
本明細書において使用されるように、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、あるいは「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」等の変化形は、列挙された特徴（例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、定義された核酸塩基配列）を含むが、他のいかなる特徴をも除外しないことを示すと解されるべきである。したがって、本明細書において使用されるように、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は包含的で、追加の列挙されていない特徴（例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、追加の列挙されていない核酸塩基の存在）を除外しない。
【００９２】
本明細書において提供される組成物および方法のいずれかの実施形態において、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は「から本質的に成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」または「から成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」と置換可能である。「から本質的に成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」という句は、特定された特徴（例えば核酸塩基配列）と共に、請求される本発明の性質または機能に実質的に影響しない特徴も必要とするために本明細書で使用される。本明細書で使用されるように、用語「成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」は、列挙された特徴（例えば核酸塩基配列）単独の存在を示すために使用される（その結果、特定された核酸塩基配列から成るアンチセンスオリゴマーの場合には、追加の列挙されていない核酸塩基の存在は除外される）。
【００９３】
実施形態では、標的領域は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体に２番目に豊富なイントロンである保持されたイントロンにある。例えば、２番目に豊富な保持されたイントロンは、最も豊富な保持されたイントロンよりもむしろ標的とされ得る。その要因は、２番目に豊富な保持されたイントロンのヌクレオチド配列の独自性、特定のヌクレオチド配列を標的とするＡＳＯ設計の容易さ、および／またはＡＳＯによりイントロンを標的とすることから生じるタンパク質産生量の増加である。実施形態では、保持されたイントロンは、細胞内の標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体集団において２番目に豊富なイントロンであり、そのＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体集団は、２つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、標的タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体集団における２番目に豊富なイントロンを標的とするアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的とする、または結合する保持されたイントロンを含む集団において、２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。それによって、実施形態では、標的タンパク質をコードする完全にスプライシングされた（成熟）ＲＮＡが産生される。実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体に２番目に多く保持されたイントロンは、イントロン１５である。実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体に２番目に多く保持されたイントロンは、イントロン１８／１９である。
【００９４】
実施形態では、ＡＳＯは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の保持されていないイントロン内にある標的領域に相補的である。実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は：保持されていないイントロンの５’スプライス部位に対する＋６から＋１００の領域；または保持されていないイントロンの３’スプライス部位に対する−１６から−１００の領域内にある。実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されていないイントロンの５’スプライス部位に対する＋１００の領域から、保持されていないイントロンの３’スプライス部位に対する−１００の領域内にある。領域または配列の場所を特定するために使用されるように、「内（ｗｉｔｈｉｎ）」は、列挙される位置で残基を含むように理解される。例えば、＋６から＋１００の領域は、＋６および＋１００の位置に残基を含む。それによって、実施形態では、標的タンパク質をコードする完全にスプライシングされた（成熟）ＲＮＡが産生される。
【００９５】
実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の保持されたイントロンは、非効率的にスプライシングされたイントロンである。本明細書で使用されるように、「非効率的にスプライシングされた」は、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体における別のスプライス部位でのスプライシングの頻度と比較して、保持されたイントロンに隣接するスプライス部位（５’スプライス部位または３’スプライス部位）でのスプライシングの頻度が比較的低いことを指し得る。用語「非効率的にスプライシングされた」はまた、スプライス部位でのスプライシングの相対速度または動態（ｋｉｎｅｔｉｃｓ）を指し得る。この「非効率的にスプライシングされた」イントロンは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体における別のイントロンと比較して、より遅い速度でスプライシングあるいは除去され得る。
【００９６】
実施形態では、５’スプライス部位に隣接するエクソンの−３ｅから−１ｅ、および保持されたイントロンの＋１から＋６の９−ヌクレオチド配列は、対応する野生型配列と同一である。実施形態では、保持されたイントロンの−１５から−１および３’スプライス部位に隣接するエクソンの＋１ｅの１６ヌクレオチド配列は、対応する野生型配列と同一である。本明細書で使用されるように、「野生型配列」は、生体および科学の情報のＮＣＢＩリポジトリ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ，  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，８６００  Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ  Ｐｉｋｅ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ  ＵＳＡ  ２０８９４によって運営される）に寄託された公開された参照ゲノムのＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａに対するヌクレオチド配列を指す。さらに本明細書で使用されるように、「ｅ」で示されたヌクレオチド位置は、ヌクレオチドがエクソン（例えば、５’スプライス部位に隣接するエクソン、または３’スプライス部位に隣接するエクソン）の配列中に存在することを示す。本明細書で使用されるように、「野生型配列」は、ＳＹＮＧＡＰのＮＣＢＩ  ＧＥＮＥ  ＩＤ８８３１、およびＳＣＮ１ＡのＮＣＢＩ  ＧＥＮＥ  ＩＤ６３２３で得られる標準配列を指す。
【００９７】
該方法では、細胞を、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡ前駆体の一部に相補的であるＡＳＯと接触させ、結果としてＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａの発現が増加する。本明細書で使用されるように、細胞に「接触させる」または投与することは、ＡＳＯと細胞が相互作用するように、ＡＳＯを細胞に即座に近接させる方法を指す。ＡＳＯと接触させられる細胞は、ＡＳＯを細胞へと取り込む又は輸送する。該方法は、疾病または疾患に関係する又は疾病または疾患に関連する細胞を、本明細書に記載されるＡＳＯのいずれかと接触させる工程を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＡＳＯを細胞型に対して標的とする、ＡＳＯと疾病または疾患に関係する又は疾病または疾患に関連する細胞との間の接触を増強する、またはＡＳＯの取り込みを増強するために、さらに修飾され得るかまたは別の分子に結合され得る（例えば、共有結合される）。
【００９８】
本明細書で使用されるように、用語「タンパク質産生を増加させる」または「標的タンパク質の発現を増加させる」は、細胞中のｍＲＮＡから翻訳されるタンパク質の量を増加させることを意味する。「標的タンパク質」は、発現／産生の増加が望まれるタンパク質で有り得る。
【００９９】
実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に相補的であるＡＳＯに、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を発現する細胞を接触させることにより、ｍＲＮＡ前駆体によってコードされたＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質（例えば標的タンパク質）の量の測定可能な増加をもたらす。タンパク質の産生を測定または検出する方法は、当業者に明白となり、あらゆる既知の方法、例えば、ウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡを含む。
【０１００】
実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に相補的であるＡＳＯに、細胞を接触させることにより、ＡＳＯの欠如／処置の欠如下における細胞によって産生されたタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％の、産生されたＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の量の増加をもたらす。実施形態では、アンチセンスオリゴマーと接触させられた細胞によって産生されたＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の総量は、対照細胞において産生された標的タンパク質の総量と比較して、約１．１倍から約１０倍、約１．５倍から約１０倍、約２倍から約１０倍、約３倍から約１０倍、約４倍から約１０倍、約１．１倍から約５倍、約１．１倍から約６倍、約１．１倍から約７倍、約１．１倍から約８倍、約１．１倍から約９倍、約２倍から約５倍、約２倍から約６倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍から約９倍、約３倍から約６倍、約３倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍、約４倍から約７倍、約４倍から約８倍、約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。対照化合物は、例えば、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的でないオリゴヌクレオチドでもよい。
【０１０１】
幾つかの実施形態では、細胞を、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に相補的であるＡＳＯと接触させることで、標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡを含む、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１ＡをコードするｍＲＮＡ量の増加がもたらされる。幾つかの実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの量は、ＡＳＯの欠如／処置の欠如下における細胞によって産生されたタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％増加する。実施形態では、アンチセンスオリゴマーが接触させられた細胞で産生された、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの総量は、処置されていない細胞、例えば処置されていない細胞または対照化合物により処置された細胞、において産生された成熟ＲＮＡの量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１倍から約７倍、約１．１倍から約８倍、約１．１倍から約９倍、約２倍から約５倍、約２倍から約６倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍から約９倍、約３倍から約６倍、約３倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍、約４倍から約７倍、約４倍から約８倍、約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。対照化合物は、例えば、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的でないオリゴヌクレオチドでもよい。
【０１０２】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシング
本明細書において提供される方法およびアンチセンスオリゴヌクレオチドの組成物は、例えば、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の量または活性の不足によって引き起こされるＡＤ精神遅滞５またはドラベ症候群を有する被験体において、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡ、または、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルを増加させることによって、細胞内のＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現を増加させるのに有用である。特に、本明細書に記載されるような方法および組成物は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、それによって、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルが増加し、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の発現が増加する。
【０１０３】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングは、保持されたイントロンをＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ここで保持されたイントロンは、野生型スプライス配列を有する。構成的スプライシングは、本明細書で使用されるように、遺伝子または対立遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有する遺伝子または対立遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンのスプライシングを包含しない。例えば、本明細書で提供される方法およびアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用して誘発された、保持されたイントロンの構成的スプライシングは、ｍＲＮＡ前駆体における異常スプライシングを訂正しない、またはｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングに影響せず、結果的に標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現が増加する。
【０１０４】
実施形態では、構成的スプライシングは、保持されたイントロンをＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、野生型の遺伝子または対立遺伝子、あるいは多形性の遺伝子または対立遺伝子から転写され、完全に機能的な標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、および遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。
【０１０５】
幾つかの実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングは、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から、保持されたイントロンを正しく除去し、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、野生型対立遺伝子からの産生と比較して減少したレベルで標的遺伝子あるいは機能的ＲＮＡを産生する遺伝子または対立遺伝子から転写され、および遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。これらの実施形態では、構成的にスプライシングされた保持されたイントロンの正しい除去は、結果として、同等の野生型タンパク質または機能的ＲＮＡと比較したときに機能的である標的タンパク質または機能的ＲＮＡの産生をもたらす。
【０１０６】
他の実施形態では、構成的スプライシングは、保持されたイントロンをＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、同等の野生型タンパク質または機能的ＲＮＡと比較して、機能の低下した形態で産生された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子または対立遺伝子から転写され、遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。これらの実施形態では、構成的にスプライシングされた保持されたイントロンの正しい除去は、結果として、部分的に機能的な標的タンパク質、または同等の野生型タンパク質または機能的ＲＮＡと比較したときに部分的に機能的である機能的ＲＮＡの産生をもたらす。
【０１０７】
構成的スプライシングによる保持されたイントロンの「正しい除去」は、エクソンのいかなる部分も除去することのない、全イントロンの除去を指す。
【０１０８】
実施形態では、本明細書に記載されるような、あるいは本明細書に記載の方法に使用されるアンチセンスオリゴマーは、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａから転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングまたは異常スプライシングを調節することによって、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡの量、またはＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の量を増加させない。選択的スプライシングまたは異常スプライシングの調節は、ＲＮＡ種の配列および長さを解析する既知の方法を使用して、例えば、ＲＴ−ＰＣＲによって、および本明細書および文献中で別記される方法を使用して測定することができる。実施形態では、選択的スプライシングまたは異常スプライシングの調節は、対象となるスプライシングされた種の量の、少なくとも１０％または１．１倍の増加または減少に基づいて判定される。実施形態では、調節は、本発明の方法において、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡの増加の判定に関連して本明細書に記載されるように、少なくとも１０％から１００％または１．１倍から１０倍のレベルでの増加または減少に基づいて判定される。
【０１０９】
実施形態では、該方法は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体が、野生型ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって産生された方法である。実施形態では、該方法は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体が、全長の野生型ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって産生された方法である。実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、全長のＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって産生された。これらの実施形態では、全長のＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ｍＲＮＡ前駆体は、野生型スプライス部位配列を有する保持されたイントロンのスプライシングと比較して、保持されたイントロンの正しいスプライシングを損なわない保持されたイントロンのスプライス部位に多型性を有し得る。
【０１１０】
実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質をコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである。これらの実施形態では、全長の成熟ｍＲＮＡは、野生型成熟ｍＲＮＡによってコードされたＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａタンパク質の活性と比較して、成熟ｍＲＮＡによってコードされた標的タンパク質または機能的ＲＮＡの活性に影響しない多型性を有し得る。
【０１１１】
アンチセンスオリゴマー
本開示の一態様は、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合することによってスプライシングを増強するアンチセンスオリゴマーを含む組成物である。本明細書で使用されるように、用語「ＡＳＯ」および「アンチセンスオリゴマー」は、交換可能に使用され、ワトソン・クリック塩基対またはゆらぎ塩基対（Ｇ−Ｕ）によって標的核酸（例えば、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）配列にハイブリダイズする核酸塩基を含む、ポリヌクレオチドなどのオリゴマーを指す。ＡＳＯは、標的配列に相補的な、またはほぼ相補的（例えば、標的配列に結合し、スプライス部位でスプライシングを増強させるのに十分な相補性）である正確な配列を有し得る。ＡＳＯは、標的核酸（例えば、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的とされた部分）に結合し（ハイブリダイズし）、生理学的条件下でハイブリダイズされたままであるように設計されている。典型的に、ＡＳＯは、意図した（標的とされた）核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、標的核酸でない限られた数の配列に（標的核酸以外の少数の部位に）ハイブリダイズする。ＡＳＯの設計は、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的とされた部分の核酸配列、あるいはゲノムまたは細胞のｍＲＮＡ前駆体またはトランスクリプトームにおける他の場所での十分に類似した核酸配列の発生を考慮に入れることができ、その結果、ＡＳＯが他の部位に結合し「オフターゲット」効果を引き起こす可能性は限定される。例えば、引用により本明細書に組み込まれた、発明の名称「Ｒｅｄｕｃｉｎｇ  Ｎｏｎｓｅｎｓｅ−Ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｍＲＮＡ  Ｄｅｃａｙ」のＷＯ２０１５／０３５０９１として公開されたＰＣＴ国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５４１５１におけるものなどの、当業者に既知のアンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載される方法を実施するために使用され得る。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、標的核酸またはＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的とされた部分に「特異的にハイブリダイズする」または「特異的である」。典型的に、そのようなハイブリダイゼーションは、３７℃より実質的に高い融解温度（Ｔｍ）で、好ましくは少なくとも５０℃で、および典型的に６０℃からおよそ９０℃の間で生じる。そのようなハイブリダイゼーションは、好ましくは、厳しいハイブリダイゼーション条件に対応している。与えられたイオン強度およびｐＨで、Ｔｍは、標的配列の５０％が相補的オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。
【０１１３】
オリゴヌクレオチドなどのオリゴマーは、ハイブリダイゼーションが２つの一本鎖ポリヌクレオチド間の逆平行構成で生じるときに、互いに「相補的」である。二本鎖ポリヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションが第１のポリヌクレオチドの鎖の１つと第２のポリヌクレオチドの鎖の１つとの間に生じる場合に、別のポリヌクレオチドに「相補的」であり得る。相補性（１つのポリヌクレオチドが別のポリヌクレオチドと相補的である程度）は、一般に容認された塩基対合則に従って、互いに水素結合を形成すると予期される対向する鎖における塩基の割合（例えばパーセンテージ）の点から数量化できる。アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）の配列は、ハイブリダイズするその標的核酸の配列に１００％相補的である必要はない。特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的とされる標的核酸配列内の標的部分に対する、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列相補性を含むことができる。例えば、オリゴマー化合物の２０の核酸塩基のうちの１８が標的領域に相補的であり、それゆえに特異的にハイブリダイズするＡＳＯは、９０パーセントの相補性を表わす。この例において、残りの相補的でない核酸塩基は、ともにクラスター化され得るか、または相補的な核酸塩基と分散され（ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ）、互いに又は相補的な核酸塩基に隣接している必要はない。ＡＳＯの標的核酸の領域とのパーセント相補性は、当該技術分野で既知のＢＬＡＳＴプログラム（基礎的なローカルアライメント検索ツール）およびＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３−４１０；Ｚｈａｎｇ  ａｎｄ  Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９−６５６）を慣例的に使用して判定され得る。
【０１１４】
ＡＳＯは、標的配列におけるすべての核酸塩基にハイブリダイズする必要はなく、それがハイブリダイズする核酸塩基は、隣接しているか又は隣接していない場合もある。ＡＳＯは、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の１つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズし得、その結果、介在する又は隣接するセグメントは、ハイブリダイゼーション事象に関係しない（例えば、ループ構造またはヘアピン構造が形成され得る）。特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的ｍＲＮＡ前駆体の転写産物において隣接していない核酸塩基にハイブリダイズする。例えば、ＡＳＯは、ＡＳＯがハイブリダイズしない１つ以上の核酸塩基によって分離される、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物における核酸塩基にハイブリダイズすることができる。
【０１１５】
本明細書に記載されるＡＳＯは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に存在する核酸塩基に相補的である核酸塩基を含む。用語「ＡＳＯ」は、オリゴヌクレオチド、および標的ｍＲＮＡ上の相補的な核酸塩基にハイブリダイズすることができる核酸塩基を含むが、ペプチド核酸（ＰＮＡ）などの糖部を含まない、他のオリゴマー分子を具体化する。ＡＳＯは、自然発生のヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、修飾されたヌクレオチド、またはそれらの２つ又は３つの任意の組み合わせを含み得る。用語「自然発生のヌクレオチド」は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含む。用語「修飾されたヌクレオチド」は、修飾された又は置換された糖類及び／又は修飾された骨格を有するヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯのヌクレオチドのすべてが、修飾されたヌクレオチドである。本明細書に記載される方法および組成物と適合性のあるＡＳＯの化学修飾およびＡＳＯの成分は、当業者に明白となり、例えば、米国特許第８，２５８，１０９号  Ｂ２、米国特許第５，６５６，６１２号、米国特許公開番号２０１２／０１９０７２８、およびＤｉａｓ  ａｎｄ  Ｓｔｅｉｎ，Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．２００２，３４７−３５５に見出すことができ、それら全体が引用によって本明細書に組み込まれる。
【０１１６】
ＡＳＯの核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミンおよびウラシルなどの自然発生の未修飾の核酸塩基、または標的ｍＲＮＡ前駆体上に存在する核酸塩基との水素結合が可能であるように未修飾の核酸塩基に十分に類似している合成または修飾された核酸塩基であり得る。修飾された核酸塩基の例としては、限定されないが、ヒポキサンチン、キサンチン、７−メチルグアニン、５，６−ジヒドロウラシル、５−メチルシトシン、および５−ヒドロキシメチルシトシンが挙げられる。
【０１１７】
本明細書に記載されるＡＳＯはまた、オリゴマーの成分に結合する骨格構造を含む。用語「骨格構造」および「オリゴマー結合」は、交換可能に使用され、ＡＳＯの単量体間の結合を指し得る。自然発生のオリゴヌクレオチドでは、骨格は、オリゴマーの糖部を結合する３’−５’ホスホジエステル結合を含む。本明細書に記載されるＡＳＯの骨格構造またはオリゴマー結合は、（限定されないが）ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホラニラデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｎｉｌａｄａｔｅ）、ホスホラミデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄａｔｅ）などを含む。例えば、ＬａＰｌａｎｃｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１４：９０８１（１９８６）；Ｓｔｅｃ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０６：６０７７（１９８４），Ｓｔｅｉｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１６：３２０９（１９８８），Ｚｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｔｉ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  ６：５３９（１９９１）；Ｚｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，ｐｐ．８７−１０８（Ｆ．Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，Ｅｄ．，Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ  Ｅｎｇｌａｎｄ（１９９１））；Ｓｔｅｃ，ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，１５１，５１０号；Ｕｈｌｍａｎｎ  ａｎｄ  Ｐｅｙｍａｎ，Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ９０：５４３（１９９０）を参照されたい。幾つかの実施形態では、ＡＳＯの骨格構造は、亜リン酸を含有していないが、例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、またはカルバミン酸塩、アミド、および直鎖および環式の炭化水素基を含む連結基において、ペプチド結合を含有している。幾つかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホチオエート結合である。幾つかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホラミデート結合である。
【０１１８】
実施形態では、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間の結合の各々での立体化学は、ランダムである。実施形態では、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間の結合の各々での立体化学は、制御され、ランダムではない。例えば、引用によって本明細書に組み込まれた米国特許出願公開番号２０１４／０１９４６１０、「Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｏｆ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ」は、核酸オリゴマーにおいて各リン原子でキラリティーの掌性（ｈａｎｄｅｄｎｅｓｓ）を独立して選択する方法について記載している。実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、ランダムでないリンヌクレオチド間の結合を有するＡＳＯを含む。実施形態では、本発明の方法に使用される組成物は、純粋なジアステレオマーＡＳＯを含む。実施形態では、本発明の方法に使用される組成物は、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、約１００％、約９０％から約１００％、約９１％から約１００％、約９２％から約１００％、約９３％から約１００％、約９４％から約１００％、約９５％から約１００％、約９６％から約１００％、約９７％から約１００％、約９８％から約１００％、または約９９％から約１００％のジアステレオマー純度を有するＡＳＯを含む。
【０１１９】
実施形態では、ＡＳＯは、そのリンヌクレオチド間の連鎖でＲｐおよびＳｐの構成のランダムでない混合物を有している。例えば、ＲｐとＳｐの混合物が、アンチセンスオリゴヌクレオチドにおいて、優れた活性とヌクレアーゼ安定性との間のバランスを達成するために必要であることが示唆されてきた（Ｗａｎ，ｅｔ  ａｌ．，２０１４，「Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ  ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ  ａｎｄ  ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  ｓｅｃｏｎｄ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｃｈｉｒａｌ  ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ  ｌｉｎｋａｇｅｓ」Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ４２（２２）：１３４５６−１３４６８、引用によって本明細書に組み込まれる）。実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約５〜１００％のＲｐ、少なくとも約５％のＲｐ、少なくとも約１０％のＲｐ、少なくとも約１５％のＲｐ、少なくとも約２０％のＲｐ、少なくとも約２５％のＲｐ、少なくとも約３０％のＲｐ、少なくとも約３５％のＲｐ、少なくとも約４０％のＲｐ、少なくとも約４５％のＲｐ、少なくとも約５０％のＲｐ、少なくとも約５５％のＲｐ、少なくとも約６０％のＲｐ、少なくとも約６５％のＲｐ、少なくとも約７０％のＲｐ、少なくとも約７５％のＲｐ、少なくとも約８０％のＲｐ、少なくとも約８５％のＲｐ、少なくとも約９０％のＲｐ、または少なくとも約９５％のＲｐと、残りのＳｐまたは１００％のＲｐを含む。実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約１０％から約１００％のＲｐ、約１５％から約１００％のＲｐ、約２０％から約１００％のＲｐ、約２５％から約１００％のＲｐ、約３０％から約１００％のＲｐ、約３５％から約１００％のＲｐ、約４０％から約１００％のＲｐ、約４５％から約１００％のＲｐ、約５０％から約１００％のＲｐ、約５５％から約１００％のＲｐ、約６０％から約１００％のＲｐ、約６５％から約１００％のＲｐ、約７０％から約１００％のＲｐ、約７５％から約１００％のＲｐ、約８０％から約１００％のＲｐ、約８５％から約１００％のＲｐ、約９０％から約１００％のＲｐ、約９５％から約１００％のＲｐ、約２０％から約８０％のＲｐ、約２５％から約７５％のＲｐ、約３０％から約７０％のＲｐ、約４０％から約６０％のＲｐ、または約４５％から約５５％Ｒｐと、残りのＳｐを含む。
【０１２０】
実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法の使用されるＡＳＯは、約５−１００％のＳｐ、少なくとも約５％のＳｐ、少なくとも約１０％含のＳｐ、少なくとも約１５％のＳｐ、少なくとも約２０％のＳｐ、少なくとも約２５％のＳｐ、少なくとも約３０％のＳｐ、少なくとも約３５％のＳｐ、
少なくとも約４０％のＳｐ、少なくとも約４５％のＳｐ、少なくとも約５０％のＳｐ、少なくとも約５５％のＳｐ、少なくとも約６０％のＳｐ、少なくとも約６５％のＳｐ、少なくとも約７０％のＳｐ、少なくとも約７５％のＳｐ、少なくとも約８０％のＳｐ、少なくとも約８５％のＳｐ、少なくとも約９０％のＳｐ、または少なくとも約９５％のＳｐと、残りのＲｐ、あるいは約１００％のＳｐを含む。実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約１０％から約１００％のＳｐ、約１５％から約１００％のＳｐ、約２０％から約１００％のＳｐ、約２５％から約１００％のＳｐ、約３０％から約１００％のＳｐ、約３５％から約１００％のＳｐ、約４０％から約１００％のＳｐ、約４５％から約１００％のＳｐ、約５０％から約１００％のＳｐ、約５５％から約１００％のＳｐ、約６０％から約１００％のＳｐ、約６５％から約１００％のＳｐ、約７０％から約１００％のＳｐ、約７５％から約１００％のＳｐ、約８０％から約１００％のＳｐ、約８５％から約１００％のＳｐ、約９０％から約１００％のＳｐ、または約９５％から約１００％のＳｐ、約２０％から約８０％のＳｐ、約２５％から約７５％のＳｐ、約３０％から約７０％のＳｐ、約４０％から約６０％のＳｐ、または約４５％から約５５％のＳｐと、残りのＲｐを含む。
【０１２１】
本明細書に記載されるＡＳＯのいずれかは、自然発生のヌクレオチド中に存在する、リボースまたはデオキシリボースを含む糖部、あるいはモルホリン環を含む、修飾された糖部または糖アナログを含有し得る。修飾された糖部の限定しない例としては、２’−Ｏ−メチル（２’−Ｏ−Ｍｅ）、２’−Ｏ−メトキシエチル（２’ＭＯＥ）、２’−Ｏ−アミノエチル、２’Ｆ；Ｎ３’−＞Ｐ５’ホスホラミデート、２’ジメチルアミノオキシエトキシ、２’ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’−グアニジニウム（ｇｕａｎｉｄｉｎｉｄｉｕｍ）、２’−Ｏ−グアニジニウムエチル、カルバミン酸塩修飾した糖、および二環式修飾した糖などの、２’置換基が挙げられる。幾つかの実施形態では、糖部修飾は、２’−Ｏ−Ｍｅ、２’Ｆ、および２’ＭＯＥから選択される。幾つかの実施形態では、糖部修飾は、ロックド核酸（ＬＮＡ）におけるような追加の架橋結合である。幾つかの実施形態では、糖アナログは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）などのモルホリン環を含有している。幾つかの実施形態では、糖部は、リボフラノシルまたは２’デオキシリボフラノシルの修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、２’４’抑制された（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ）２’Ｏ−メチルオキシエチル（ｃＭＯＥ）修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、ｃＥｔ ２’，４’抑制された２’−ＯエチルＢＮＡ修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、トリシクロＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ）修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、エチレン核酸（ＥＮＡ）修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、ＭＣＥ修飾を含む。修飾は当該技術分野で既知であり、文献、例えば、Ｊａｒｖｅｒ， ｅｔ ａｌ．， ２０１４，「Ａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｖｉｅｗ ｏｆ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｆｏｒ Ｅｘｏｎ Ｓｋｉｐｐｉｎｇ ａｎｄ Ｒｅｌａｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，」Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ２４（１）： ３７−４７に記載され、これは、この目的のための引用によって本明細書に組み込まれる。
【０１２２】
幾つかの例では、ＡＳＯの各単量体は、同じ方法で修飾され、例えば、ＡＳＯの骨格の各連鎖は、ホスホロチオエート連鎖を含むか、または各リボース糖部は２’Ｏ−メチル修飾を含む。ＡＳＯの単量体成分の各々の上に存在する、そのような修飾は、「均一な修飾」と呼ばれる。幾つかの例では、異なる修飾の組み合わせが望まれ、例えば、ＡＳＯは、ホスホロジアミデート連鎖とモルホリン環を含む糖部（モルホリノ）との組み合わせを含み得る。ＡＳＯへの異なる修飾の組み合わせは、「混合修飾」または「混合化学作用」と呼ばれる。
【０１２３】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ以上の骨格修飾を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ以上の糖部修飾を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ以上の骨格修飾および１つ以上の糖部修飾を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、２’ＭＯＥ修飾およびホスホロチオエート骨格を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。本明細書に記載されるＡＳＯのいずれか又はＡＳＯの成分（例えば、核酸塩基、糖部、骨格）は、ＡＳＯの望ましい特性または活性を達成するために又はＡＳＯの望ましくない特性または活性を減少させるために修飾され得る。例えば、ＡＳＯまたは任意のＡＳＯの１つ以上の成分は、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物上の標的配列への結合親和性を増強する；非標的配列への結合を減少させる；細胞のヌクレアーゼ（つまり、ＲＮａｓｅ Ｈ）による分解を減少させる；細胞及び／又は細胞の核へのＡＳＯの取り込みを改善する；ＡＳＯの薬物動態（ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ）または薬力（ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃｓ）を変更する；およびＡＳＯの半減期を調節するために修飾され得る。
【０１２４】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）（ＭＯＥ）のホスホロチオエート修飾されたヌクレオチドで構成される。そのようなヌクレオチドで構成されたＡＳＯは、特に、本明細書で開示される方法によく適しており、そのような修飾を有しているオリゴマーは、ヌクレアーゼ分解に対する著しく増強された耐性および増大したバイオアベイラビリティを有すると示されており、これによって、例えば、本明細書に記載される幾つかの実施形態における経口送達に適するようになる。例えば、Ｇｅａｒｙ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ． ２００１； ２９６（３）：８９０−７； Ｇｅａｒｙ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ． ２００１； ２９６（３）：８９８−９０４を参照。
【０１２５】
ＡＳＯを合成する方法は、当業者に既知となる。代替的に又は加えて、ＡＳＯは商用源から得られ得る。
【０１２６】
他に明記されない限り、一本鎖核酸（例えば、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物、オリゴヌクレオチド、ＡＳＯなど）配列の左端は、５’末端であり、一本鎖または二本鎖の核酸配列の左方向は、５’方向と呼ばれる。同様に、核酸配列（一本鎖または二本鎖）の右端または右方向は、３’末端または３’方向である。一般に、核酸中の基準点に対して５’にある領域または配列は「上流」として言及され、核酸中の基準点に対して３’にある領域または配列は「下流」として言及される。一般に、ｍＲＮＡの５’方向または５’末端は、開始コドン（ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ ｏｒ ｓｔａｒｔ ｃｏｄｏｎ）が位置する場所であり、一方で３’末端または３’方向は、終止コドンが位置する場所である。幾つかの態様では、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは、負の数によって指定され、基準点の下流にあるヌクレオチドは、正の数によって指定され得る。例えば、基準点（例えば、ｍＲＮＡ中のエクソン−エクソン連結）は「ゼロ」部位として指定され得、基準点に直接隣接しその上流にあるヌクレオチドは、「マイナス１」、例えば「−１」と指定され、一方で基準点に直接隣接しその下流にあるヌクレオチドは、「プラス１」、例えば「＋１」と指定される。
【０１２７】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの５’スプライス部位の下流（３’方向）であるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分（例えば５’スプライス部位に対して正の数で示された方向）に対して相補的である（およびそれに結合する）（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して約＋６から約＋５００の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、５’スプライス部位に対して＋１から＋５までのヌクレオチド（５’スプライス部位の下流に位置付けられた最初の５つのヌクレオチド）に対して相補的でない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して約＋６から約＋４９６の間の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であり得る。幾つかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、約＋６から約＋５００、約＋６から約＋４９０、約＋６から約＋４８０、約＋６から約＋４７０、約＋６から約＋４６０、約＋６から約＋４５０、約＋６から約＋４４０、約＋６から約＋４３０、約＋６から約＋４２０、約＋６から約＋４１０、約＋６から約＋４００、約＋６から約＋３９０、約＋６から約＋３８０、約＋６から約＋３７０、約＋６から約＋３６０、約＋６から約＋３５０、約＋６から約＋３４０、約＋６から約＋３３０、約＋６から約＋３２０、約＋６から約＋３１０、約＋６から約＋３００、約＋６から約＋２９０、約＋６から約＋２８０、約＋６から約＋２７０、約＋６から約＋２６０、約＋６から約＋２５０、約＋６から約＋２４０、約＋６から約＋２３０、約＋６から約＋２２０、約＋６から約＋２１０、約＋６から約＋２００、約＋６から約＋１９０、約＋６から約＋１８０、約＋６から約＋１７０、約＋６から約＋１６０、約＋６から約＋１５０、約＋６から約＋１４０、約＋６から約＋１３０、約＋６から約＋１２０、約＋６から約＋１１０、約＋６から約＋１００、約＋６から約＋９０、約＋６から約＋８０、約＋６から約＋７０、約＋６から約＋６０、約＋６から約＋５０、約＋６から約＋４０、約＋６から約＋３０、または約＋６から約＋２０の領域内にある標的部分に相補的である。
【０１２８】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの５’スプライス部位の上流（５’方向）であるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分（例えば５’スプライス部位に対して負の数で示された方向）に対して相補的である（およびそれに結合する）（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して約−４ｅから約−２７０ｅの領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、５’スプライス部位に対して−１ｅから−３ｅまでのヌクレオチド（５’スプライス部位の上流に位置付けられた最初の３つのヌクレオチド）に対して相補的でない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して−４ｅから−２６４ｅの間の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であり得る。幾つかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、約−４ｅから約−２７０ｅ、約−４ｅから約−２６０ｅ、約−４ｅから約−２５０ｅ、約−４ｅから約−２４０ｅ、約−４ｅから約−２３０ｅ、約−４ｅから約−２２０ｅ、約−４ｅから約−２１０ｅ、約−４ｅから約−２００ｅ、約−４ｅから約−１９０ｅ、約−４ｅから約−１８０ｅ、約−４ｅから約−１７０ｅ、約−４ｅから約−１６０ｅ、約−４ｅから約−１５０ｅ、約−４ｅから約−１４０ｅ、約−４ｅから約−１３０ｅ、約−４ｅから約−１２０ｅ、約−４ｅから約−１１０ｅ、約−４ｅから約−１００ｅ、約−４ｅから約−９０ｅ、約−４ｅから約−８０ｅ、約−４ｅから約−７０ｅ、約−４ｅから約−６０ｅ、約−４ｅから約−５０ｅ、約−４ｅから約−４０ｅ、約−４ｅから約−３０ｅ、または約−４ｅから約−２０ｅの領域内にある標的部分に相補的である。
【０１２９】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの３’スプライス部位の上流（５’方向）であるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的領域（例えば、負の数で示された方向）に対して相補的である（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して約−１６から約−５００の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位に対して−１から−１５までのヌクレオチド（３’スプライス部位の上流に位置付けられた最初の１５のヌクレオチド）に対して相補的でない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６から−４９６の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、約−１６から約−５００、約−１６から約−４９０、約−１６から約−４８０、約−１６から約−４７０、約−１６から約−４６０、約−１６から約−４５０、約−１６から約−４４０、約−１６から約−４３０、約−１６から約−４２０、約−１６から約−４１０、約−１６から約−４００、約−１６から約−３９０、約−１６から約−３８０、約−１６から約−３７０、約−１６から約−３６０、約−１６から約−３５０、約−１６から約−３４０、約−１６から約−３３０、約−１６から約−３２０、約−１６から約−３１０、約−１６から約−３００、約−１６から約−２９０、約−１６から約−２８０、約−１６から約−２７０、約−１６から約−２６０、約−１６から約−２５０、約−１６から約−２４０、約−１６から約−２３０、約−１６から約−２２０、約−１６から約−２１０、約−１６から約−２００、約−１６から約−１９０、約−１６から約−１８０、約−１６から約−１７０、約−１６から約−１６０、約−１６から約−１５０、約−１６から約−１４０、約−１６から約−１３０、約−１６から約−１２０、約−１６から約−１１０、約−１６から約−１００、約−１６から約−９０、約−１６から約−８０、約−１６から約−７０、約−１６から約−６０、約−１６から約−５０、約−１６から約−４０、または３約−１６から約−３０の領域内にある標的部分に相補的である。
【０１３０】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの３’スプライス部位の下流（３’方向）であるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的領域（例えば、正の数で示された方向）に対して相補的である（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、約＋２ｅから約＋４０ｅの領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位に対して＋１ｅのヌクレオチド（３’スプライス部位の下流に位置付けられた最初の５つのヌクレオチド）に対して相補的でない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して約＋２ｅから約＋３７ｅの間の領域内にあるＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であり得る。幾つかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、約＋２ｅから約＋４０ｅ、約＋２ｅから約＋３０ｅ、約＋２ｅから約＋２０ｅ、または＋２ｅから約＋１０ｅの領域内にある標的部分に相補的である。
【０１３１】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの５’スプライス部位の下流（３’方向）であるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分（例えば５’スプライス部位に対して正の数で示された方向）に対して相補的である（およびそれに結合する）（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して約＋６から約＋５００の領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、５’スプライス部位に対して＋１から＋５までのヌクレオチド（５’スプライス部位の下流に位置付けられた最初の５つのヌクレオチド）に対して相補的でない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して約＋６から約＋４９６の間の領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であり得る。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、約＋６から約＋２５１の間の領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であり得る。幾つかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、約＋６から約＋５００、約＋６から約＋４９０、約＋６から約＋４８０、約＋６から約＋４７０、約＋６から約＋４６０、約＋６から約＋４５０、約＋６から約＋４４０、約＋６から約＋４３０、約＋６から約＋４２０、約＋６から約＋４１０、約＋６から約＋４００、約＋６から約＋３９０、約＋６から約＋３８０、約＋６から約＋３７０、約＋６から約＋３６０、約＋６から約＋３５０、約＋６から約＋３４０、約＋６から約＋３３０、約＋６から約＋３２０、約＋６から約＋３１０、約＋６から約＋３００、約＋６から約＋２９０、約＋６から約＋２８０、約＋６から約＋２７０、約＋６から約＋２６０、約＋６から約＋２５０、約＋６から約＋２４０、約＋６から約＋２３０、約＋６から約＋２２０、約＋６から約＋２１０、約＋６から約＋２００、約＋６から約＋１９０、約＋６から約＋１８０、約＋６から約＋１７０、約＋６から約＋１６０、約＋６から約＋１５０、約＋６から約＋１４０、約＋６から約＋１３０、約＋６から約＋１２０、約＋６から約＋１１０、約＋６から約＋１００、約＋６から約＋９０、約＋６から約＋８０、約＋６から約＋７０、約＋６から約＋６０、約＋６から約＋５０、約＋６から約＋４０、約＋６から約＋３０、または約＋６から約＋２０の領域内にある標的部分に相補的である。
【０１３２】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの５’スプライス部位の上流（５’方向）であるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分（例えば５’スプライス部位に対して負の数で示された方向）に対して相補的である（およびそれに結合する）（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して約−４ｅから約−１，０６０ｅの領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、５’スプライス部位に対して−１ｅから−３ｅまでのヌクレオチド（５’スプライス部位の上流に位置付けられた最初の３つのヌクレオチド）に対して相補的でない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、−４ｅから−１０５４ｅの間の領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であり得る。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、−４ｅから−７３ｅの間の領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であり得る。幾つかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、約−４ｅから約−１，０６０ｅ、約−４ｅから約−１，０５０ｅ、約−４ｅから約−１，０４０ｅ、約−４ｅから約−１，０３０ｅ、約−４ｅから約−１，０２０ｅ、約−４ｅから約−１，０１０ｅ、約−４ｅから約−１，０００ｅ、約−４ｅから約−９９０ｅ、約−４ｅから約−９８０ｅ、約−４ｅから約−９７０ｅ、約−４ｅから約−９６０ｅ、約−４ｅから約−９５０ｅ、約−４ｅから約−９４０ｅ、約−４ｅから約−９３０ｅ、約−４ｅから約−９２０ｅ、約−４ｅから約−９１０ｅ、約−４ｅから約−９００ｅ、約−４ｅから約−８９０ｅ、約−４ｅから約−８８０ｅ、約−４ｅから約−８７０ｅ、約−４ｅから約−８６０ｅ、約−４ｅから約−８５０ｅ、約−４ｅから約−８４０ｅ、約−４ｅから約−８３０ｅ、約−４ｅから約−８２０ｅ、約−４ｅから約−８１０ｅ、約−４ｅから約−８００ｅ、約−４ｅから約−７９０ｅ、約−４ｅから約−７８０ｅ、約−４ｅから約−７７０ｅ、約−４ｅから約−７６０ｅ、約−４ｅから約−７５０ｅ、約−４ｅから約−７４０ｅ、約−４ｅから約−７３０ｅ、約−４ｅから約−７２０ｅ、約−４ｅから約−７１０ｅ、約−４ｅから約−７００ｅ、約−４ｅから約−６９０ｅ、約−４ｅから約−６８０ｅ、約−４ｅから約−６７０ｅ、約−４ｅから約−６６０ｅ、約−４ｅから約−６５０ｅ、約−４ｅから約−６４０ｅ、約−４ｅから約−６３０ｅ、約−４ｅから約−６２０ｅ、約−４ｅから約−６１０ｅ、約−４ｅから約−６００ｅ、約−４ｅから約−５９０ｅ、約−４ｅから約−５８０ｅ、約−４ｅから約−５７０ｅ、約−４ｅから約−５６０ｅ、約−４ｅから約−５５０ｅ、約−４ｅから約−５４０ｅ、約−４ｅから約−５３０ｅ、約−４ｅから約−５２０ｅ、約−４ｅから約−５１０ｅ、約−４ｅから約−５００ｅ、約−４ｅから約−４９０ｅ、約−４ｅから約−４８０ｅ、約−４ｅから約−４７０ｅ、約−４ｅから約��４６０ｅ、約−４ｅから約−４５０ｅ、約−４ｅから約−４４０ｅ、約−４ｅから約−４３０ｅ、約−４ｅから約−４２０ｅ、約−４ｅから約−４１０ｅ、約−４ｅから約−４００ｅ、約−４ｅから約−３９０ｅ、約−４ｅから約−３８０ｅ、約−４ｅから約−３７０ｅ、約−４ｅから約−３６０ｅ、約−４ｅから約−３５０ｅ、約−４ｅから約−３４０ｅ、約−４ｅから約−３３０ｅ、約−４ｅから約−３２０ｅ、約−４ｅから約−３１０ｅ、約−４ｅから約−３００ｅ、約−４ｅから約−２９０ｅ、約−４ｅから約−２８０ｅ、約−４ｅから約−２７０ｅ、約−４ｅから約−２６０ｅ、約−４ｅから約−２５０ｅ、約−４ｅから約−２４０ｅ、約−４ｅから約−２３０ｅ、約−４ｅから約−２２０ｅ、約−４ｅから約−２１０ｅ、約−４ｅから約−２００ｅ、約−４ｅから約−１９０ｅ、約−４ｅから約−１８０ｅ、約−４ｅから約−１７０ｅ、約−４ｅから約−１６０ｅ、約−４ｅから約−１５０ｅ、約−４ｅから約−１４０ｅ、約−４ｅから約−１３０ｅ、約−４ｅから約−１２０ｅ、約−４ｅから約−１１０ｅ、約−４ｅから約−１００ｅ、約−４ｅから約−９０ｅ、約−４ｅから約−８０ｅ、約−４ｅから約−７０ｅ、約−４ｅから約−６０ｅ、約−４ｅから約−５０ｅ、約−４ｅから約−４０ｅ、約−４ｅから約−３０ｅ、または約−４ｅから約−２０ｅの領域内にある標的部分に相補的である。
【０１３３】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの３’スプライス部位の上流（５’方向）であるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的領域（例えば負の数で示された方向）に対して相補的である（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して約−１６から約−５００の領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位に対して−１から−１５までのヌクレオチド（３’スプライス部位の上流に位置付けられた最初の１５のヌクレオチド）に対して相補的でない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６から−２５６の領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６から−４９６の領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、約−１６から約−５００、約−１６から約−４９０、約−１６から約−４８０、約−１６から約−４７０、約−１６から約−４６０、約−１６から約−４５０、約−１６から約−４４０、約−１６から約−４３０、約−１６から約−４２０、約−１６から約−４１０、約−１６から約−４００、約−１６から約−３９０、約−１６から約−３８０、約−１６から約−３７０、約−１６から約−３６０、約−１６から約−３５０、約−１６から約−３４０、約−１６から約−３３０、約−１６から約−３２０、約−１６から約−３１０、約−１６から約−３００、約−１６から約−２９０、約−１６から約−２８０、約−１６から約−２７０、約−１６から約−２６０、約−１６から約−２５０、約−１６から約−２４０、約−１６から約−２３０、約−１６から約−２２０、約−１６から約−２１０、約−１６から約−２００、約−１６から約−１９０、約−１６から約−１８０、約−１６から約−１７０、約−１６から約−１６０、約−１６から約−１５０、約−１６から約−１４０、約−１６から約−１３０、約−１６から約−１２０、約−１６から約−１１０、約−１６から約−１００、約−１６から約−９０、約−１６から約−８０、約−１６から約−７０、約−１６から約−６０、約−１６から約−５０、約−１６から約−４０、または約−１６から約−３０の領域内にある標的部分に対して相補的である。
【０１３４】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの３’スプライス部位の下流（３’方向）であるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的領域（例えば正の数で示された方向）に対して相補的である（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、約＋２ｅから約＋１，９２０ｅの領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位に対して＋１ｅのヌクレオチド（３’スプライス部位の下流に位置付けられた最初のヌクレオチド）に対して相補的でない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位に対して＋１６ｅのヌクレオチド（３’スプライス部位の下流に位置付けられた最初の１６のヌクレオチド）に対して相補的でない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して約＋２ｅから約＋１５７ｅの間の領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であり得る。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して約＋２ｅから約＋１，９１２ｅの間の領域内にあるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であり得る。幾つかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、約＋２ｅから約＋１，９２０ｅ、約＋２ｅから約＋１，９１０ｅ、ら約＋２ｅから約＋１，９００ｅ、約＋２ｅから約＋１，８９０ｅ、約＋２ｅから約＋１，８８０ｅ、約＋２ｅから約＋１，８７０ｅ、約＋２ｅから約＋１，８６０ｅ、約＋２ｅから約＋１，８５０ｅ、約＋２ｅから約＋１，８４０ｅ、約＋２ｅから約＋１，８３０ｅ、約＋２ｅから約＋１，８２０ｅ、約＋２ｅから約＋１，８１０ｅ、約＋２ｅから約＋１，８００ｅ、約＋２ｅから約＋１，７９０ｅ、約＋２ｅから約＋１，７８０ｅ、約＋２ｅから約＋１，７７０ｅ、約＋２ｅから約＋１，７６０ｅ、約＋２ｅから約＋１，７５０ｅ、約＋２ｅから約＋１，７４０ｅ、約＋２ｅから約＋１，７３０ｅ、約＋２ｅから約＋１，７２０ｅ、約＋２ｅから約＋１，７１０ｅ、約＋２ｅから約＋１，７００ｅ、約＋２ｅから約＋１，６９０ｅ、約＋２ｅから約＋１，６８０ｅ、約＋２ｅから約＋１，６７０ｅ、約＋２ｅから約＋１，６６０ｅ、約＋２ｅから約＋１，６５０ｅ、約＋２ｅから約＋１，６４０ｅ、約＋２ｅから約＋１，６３０ｅ、約＋２ｅから約＋１，６２０ｅ、約＋２ｅから約＋１，６１０ｅ、約＋２ｅから約＋１，６００ｅ、約＋２ｅから約＋１，５９０ｅ、約＋２ｅから約＋１，５８０ｅ、約＋２ｅから約＋１，５７０ｅ、約＋２ｅから約＋１，５６０ｅ、約＋２ｅから約＋１，５５０ｅ、約＋２ｅから約＋１，５４０ｅ、約＋２ｅから約＋１，５３０ｅ、約＋２ｅから約＋１，５２０ｅ、約＋２ｅから約＋１，５１０ｅ、約＋２ｅから約＋１，５００ｅ、約＋２ｅから約＋１，４９０ｅ、約＋２ｅから約＋１，４８０ｅ、約＋２ｅから約＋１，４７０ｅ、約＋２ｅから約＋１，４６０ｅ、約＋２ｅから約＋１，４５０ｅ、約＋２ｅから約＋１，４４０ｅ、約＋２ｅから約＋１，��３０ｅ、約＋２ｅから約＋１，４２０ｅ、約＋２ｅから約＋１，４１０ｅ、約＋２ｅから約＋１，４００ｅ、約＋２ｅから約＋１，３９０ｅ、約＋２ｅから約＋１，３８０ｅ、約＋２ｅから約＋１，３７０ｅ、約＋２ｅから約＋１，３６０ｅ、約＋２ｅから約＋１，３５０ｅ、約＋２ｅから約＋１，３４０ｅ、約＋２ｅから約＋１，３３０ｅ、約＋２ｅから約＋１，３２０ｅ、約＋２ｅから約＋１，３１０ｅ、約＋２ｅから約＋１，３００ｅ、約＋２ｅから約＋１，２９０ｅ、約＋２ｅから約＋１，２８０ｅ、約＋２ｅから約＋１，２７０ｅ、約＋２ｅから約＋１，２６０ｅ、約＋２ｅから約＋１，２５０ｅ、約＋２ｅから約＋１，２４０ｅ、約＋２ｅから約＋１，２３０ｅ、約＋２ｅから約＋１，２２０ｅ、約＋２ｅから約＋１，２１０ｅ、約＋２ｅから約＋１，２００ｅ、約＋２ｅから約＋１，１９０ｅ、約＋２ｅから約＋１，１８０ｅ、約＋２ｅから約＋１，１７０ｅ、約＋２ｅから約＋１，１６０ｅ、約＋２ｅから約＋１，１５０ｅ、約＋２ｅから約＋１，１４０ｅ、約＋２ｅから約＋１，１３０ｅ、約＋２ｅから約＋１，１２０ｅ、約＋２ｅから約＋１，１１０ｅ、約＋２ｅから約＋１，１００ｅ、約＋２ｅから約＋１，０９０ｅ、約＋２ｅから約＋１，０８０ｅ、約＋２ｅから約＋１，０７０ｅ、約＋２ｅから約＋１，０６０ｅ、約＋２ｅから約＋１，０５０ｅ、約＋２ｅから約＋１，０４０ｅ、約＋２ｅから約＋１，０３０ｅ、約＋２ｅから約＋１，０２０ｅ、約＋２ｅから約＋１，０１０ｅ、約＋２ｅから約＋１，０００ｅ、約＋２ｅから約＋９９０ｅ、約＋２ｅから約＋９８０ｅ、約＋２ｅから約＋９７０ｅ、約＋２ｅから約＋９６０ｅ、約＋２ｅから約＋９５０ｅ、約＋２ｅから約＋９４０ｅ、約＋２ｅから約＋９３０ｅ、約＋２ｅから約＋９２０ｅ、約＋２ｅから約＋９１０ｅ、約＋２ｅから約＋９００ｅ、約＋２ｅから約＋８９０ｅ、約＋２ｅから約＋８８０ｅ、約＋２ｅから約＋８７０ｅ、約＋２ｅから約＋８６０ｅ、約＋２ｅから約＋８５０ｅ、約＋２ｅから約＋８４０ｅ、約＋２ｅから約＋８３０ｅ、約＋２ｅから約＋８２０ｅ、約＋２ｅから約＋８１０ｅ、約＋２ｅから約＋８００ｅ、約＋２ｅから約＋７９０ｅ、約＋２ｅから約＋７８０ｅ、約＋２ｅから約＋７７０ｅ、約＋２ｅから約＋７６０ｅ、約＋２ｅから約＋７５０ｅ、約＋２ｅから約＋７４０ｅ、約＋２ｅから約＋７３０ｅ、約＋２ｅから約＋７２０ｅ、約＋２ｅから約＋７１０ｅ、約＋２ｅから約＋７００ｅ、約＋２ｅから約＋６９０ｅ、約＋２ｅから約＋６８０ｅ、約＋２ｅから約＋６７０ｅ、約＋２ｅから約＋６６０ｅ、約＋２ｅから約＋６５０ｅ、約＋２ｅから約＋６４０ｅ、約＋２ｅから約＋６３０ｅ、約＋２ｅから約＋６２０ｅ、約＋２ｅから約＋６１０ｅ、約＋２ｅから約＋６００ｅ、約＋２ｅから約＋５９０ｅ、約＋２ｅから約＋５８０ｅ、約＋２ｅから約＋５７０ｅ、約＋２ｅから約＋５６０ｅ、約＋２ｅから約＋５５０ｅ、約＋２ｅから約＋５４０ｅ、約＋２ｅから約＋５３０ｅ、約＋２ｅから約＋５２０ｅ、約＋２ｅから約＋５１０ｅ、約＋２ｅから約＋５００ｅ、約＋２ｅから約＋４９０ｅ、約＋２ｅから約＋４８０ｅ、約＋２ｅから約＋４７０ｅ、約＋２ｅから約＋４６０ｅ、約＋２ｅから約＋４５０ｅ、��＋２ｅから約＋４４０ｅ、約＋２ｅから約＋４３０ｅ、約＋２ｅから約＋４２０ｅ、約＋２ｅから約＋４１０ｅ、約＋２ｅから約＋４００ｅ、約＋２ｅから約＋３９０ｅ、約＋２ｅから約＋３８０ｅ、約＋２ｅから約＋３７０ｅ、約＋２ｅから約＋３６０ｅ、約＋２ｅから約＋３５０ｅ、約＋２ｅから約＋３４０ｅ、約＋２ｅから約＋３３０ｅ、約＋２ｅから約＋３２０ｅ、約＋２ｅから約＋３１０ｅ、約＋２ｅから約＋３００ｅ、約＋２ｅから約＋２９０ｅ、約＋２ｅから約＋２８０ｅ、約＋２ｅから約＋２７０ｅ、約＋２ｅから約＋２６０ｅ、約＋２ｅから約＋２５０ｅ、約＋２ｅから約＋２４０ｅ、約＋２ｅから約＋２３０ｅ、約＋２ｅから約＋２２０ｅ、約＋２ｅから約＋２１０ｅ、約＋２ｅから約＋２００ｅ、約＋２ｅから約＋１９０ｅ、約＋２ｅから約＋１８０ｅ、約＋２ｅから約＋１７０ｅ、約＋２ｅから約＋１６０ｅ、約＋２ｅから約＋１５０ｅ、約＋２ｅから約＋１４０ｅ、約＋２ｅから約＋１３０ｅ、約＋２ｅから約＋１２０ｅ、約＋２ｅから約＋１１０ｅ、約＋２ｅから約＋１００ｅ、約＋２ｅから約＋９０ｅ、約＋２ｅから約＋８０ｅ、約＋２ｅから約＋７０ｅ、約＋２ｅから約＋６０ｅ、約＋２ｅから約＋５０ｅ、約＋２ｅから約＋４０ｅ、約＋２ｅ＋から約３０ｅ、または約＋２ｅ＋から約＋２０ｅの領域内にある標的部分に相補的である。
【０１３５】
実施形態では、ＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋１００の領域から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１００の領域内にある。ＡＳＯは、スプライシングの特異的結合および有効な増強に適した長さであり得る。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、８から５０の核酸塩基から成る。例えば、ＡＳＯは、長さが８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、４５、または５０の核酸塩基であり得る。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、５０よりも多い核酸塩基から成る。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０、５０の核酸塩基、１０、４０の核酸塩基、１０、３５の核酸塩基、１０、３０の核酸塩基、１０、２５の核酸塩基、１０、２０の核酸塩基、１０、１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、１２〜１５の核酸塩基、１３〜５０の核酸塩基、１３〜４０の核酸塩基、１３〜３５の核酸塩基、１３〜３０の核酸塩基、１３〜２５の核酸塩基、１３〜２０の核酸塩基、１４〜５０の核酸塩基、１４〜３５の核酸塩基、１４〜３０の核酸塩基、１４〜２５の核酸塩基、１４〜２０の核酸塩基、１５〜５０の核酸塩基、１５〜４０核酸塩基、１５〜３５核酸塩基、１５〜３０核酸塩基、１５〜２５核酸塩基、１５〜２０核酸塩基、２０、５０の核酸塩基、２０、４０の核酸塩基、２０、３５の核酸塩基、２０、３０の核酸塩基、２０、２５の核酸塩基、２５〜５０の核酸塩基、２５〜４０の核酸塩基、２５〜３５の核酸塩基、または２５〜３０の核酸塩基の長さである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、長さが１８のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、長さが１５のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、長さが２５のヌクレオチドである。
【０１３６】
幾つかの実施形態では、異なる化学作用を有するがＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の同じ標的部分に相補的である２つ以上のＡＳＯが使用される。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の異なる標的部分に対して相補的である２つ以上のＡＳＯが使用される。
【０１３７】
実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上の部分または抱合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的とする部分または他の抱合体に化学的に連結される。そのような部分は、限定されないが、例えば、コレステロール部分、コレステリル部分のような脂質部分、脂肪鎖、例えば、ドデカンジオールもしくはウンデシルの残留物、ポリアミン鎖もしくはポリエチレングリコール鎖、あるいはアダマンタン酢酸を含む。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法は、公開された文献に記載されている。実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、例えば、Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、Ｎ−Ａｃ−グルコサミン（ＧｕｌＮＡｃ）、またはマンノース（例えば、マンノース−６−リン酸塩）、脂質、またはポリ炭化水素化合物を含む部分で抱合される。抱合体は、例えばリンカーを使用して、当技術分野において理解され、文献中に記載されるように、糖、塩基またはリン酸基上の幾つかの位置のいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むヌクレオチドの１つ以上に連結され得る。リンカーは、二価または三価の分枝したリンカーを含むことができる。実施形態では、抱合体は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に結合される。オリゴヌクレオチド抱合体を調製する方法は、例えば、米国特許第８，４５０，４６７号「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載され、これは引用によって本明細書に組み込まれる。
【０１３８】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯによって標的とされる核酸は、真核細胞などの細胞において発現されたＳＹＮＧＡＰ１またはＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体である。幾つかの実施形態では、用語「細胞」は、細胞の集団を指し得る。幾つかの実施形態では、細胞は被験体内に存在する。幾つかの実施形態では、細胞は被験体から分離されている。幾つかの実施形態では、細胞はエクスビボにある。幾つかの実施形態では、細胞は、疾病または疾患関連の細胞または細胞株である。幾つかの実施形態では、細胞はインビトロに（例えば、細胞培養液中に）ある。
【０１３９】
＜医薬組成物＞
記載された組成物のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む及び記載された方法のいずれかにおいて使用するための医薬組成物または製剤は、製薬産業において周知の及び公開された文献に記載された従来の技術に従って調製され得る。実施形態では、被験体を処置するための医薬組成物または製剤は、上記されるような有効量のアンチセンスオリゴマー、あるいはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、またはエステル、および薬学的に許容可能な希釈剤を含む。医薬製剤のアンチセンスオリゴマーはさらに、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤または担体を含み得る。
【０１４０】
薬学的に許容可能な塩は、過度の毒性、刺激、アレルギー反応などがない、ヒトおよび下等動物の組織と接触させる使用に適しており、合理的なベネフィット・リスク比に相応している（例えば、Ｓ． Ｍ． Ｂｅｒｇｅ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， ６６： １−１９ （１９７７）を参照し、これは、この目的のための参照によって本明細書に組み込まれる）。その塩は、化合物の最終的な分離および精製中に、または別に遊離塩基の官能基を適切な有機酸と反応させることによって、インサイチュで調製され得る。薬学的に許容可能で無毒な酸付加塩の例は、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、および過塩素酸などの無機酸か、酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸もしくはマロン酸などの有機酸か、またはイオン交換などの他の文書で立証された方法を用いることによって形成されたアミノ基の塩である。他の薬学的に許容可能な塩は、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸、チオシアン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などを含む。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属の塩は、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどを含む。さらに薬学的に許容可能な塩は、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、低級アルキルのスルホン酸塩、およびアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成された、無毒なアンモニウム、第四級アンモニウム、およびアミンのカチオンを含む。
【０１４１】
実施形態において、組成物は、限定されないが、錠剤、カプセル剤、ゲルカプセル剤、液体シロップ剤、ソフトゲル、坐剤、および浣腸剤などの多くの考えられる剤形のいずれかへと製剤される。実施形態において、組成物は、水性培地、非水性培地、または混合培地状の懸濁液として製剤化される。水性懸濁液は、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム（ソルビトールおよび／またはデキストラン）を含む懸濁液の粘度を増加させる物質をさらに含むこともある。その懸濁液は、安定化剤も含むこともある。実施形態において、本発明の医薬製剤または医薬組成物は、限定されないが、溶液、エマルジョン、マイクロエマルジョン、発泡体またはリポソーム含有製剤（例えばカチオンリポソームまたは非カチオンリポソーム）を含む。
【０１４２】
本発明の医薬組成物または医薬製剤は、必要に応じて当業者に周知されたように、または公開文献において記載されているように、１つ以上の透過促進剤、担体、賦形剤、または他の活性成分もしくは非活性成分を含むこともある。実施形態において、リポソームは立体的に安定したリポソーム、例えば１つ以上の特定の脂質を含むリポソームも含む。これらの特定の脂質は、循環寿命が増強されたリポソームを結果としてもたらす。実施形態において、立体的に安定したリポソームは、１つ以上の糖脂質を含むか、またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分などの１つ以上の親油性ポリマーを用いて誘導される。実施形態において、界面活性剤は医薬製剤または医薬組成物中に含まれる。薬物製品、製剤およびエマルジョンにおける界面活性剤の使用は、当技術分野においてよく知られている。実施形態では、本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの効率的な送達を達成する、例えば、細胞膜にわたる拡散を助ける及び／又は脂溶性薬物の浸透性を増強するために、浸透促進剤を利用する。実施形態では、浸透促進剤は、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート剤、または非キレート性の非界面活性剤である。
【０１４３】
実施形態において、医薬製剤は複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは他の薬物または治療剤と組み合わせて投与される。
【０１４４】
＜被験体の処置＞
本明細書に提供される組成物のうちのいずれかが個体に投与されうる。「個体」は、「被験体」または「患者」と互換的に使用されてもよい。個体は、哺乳動物、例えば、ヒト、またはヒト以外の霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ロバ、ヤギ、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、またはヒツジなどの動物であってもよい。実施形態では、個体はヒトである。実施形態では、個体は胎児、胚、または小児である。他の実施形態では、個体は植物などの別の真核生物かもしれない。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される化合物は細胞にエクスビボで投与される。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、疾病または障害を処置する方法として個体に投与される。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記述されたいずれかの疾病などの遺伝病を有する。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記述されたいずれかの疾病などの疾病を有するリスクがある。いくつかの実施形態では、個体は、不十分な量のタンパク質または不十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾病または障害を有するリスクが増大している。個体が、不十分な量のタンパク質または不十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾病または障害を有するリスクが増大している場合、方法は防止的または予防的な処置を含む。例えば、個体は、その疾病の家族歴のために、そのような疾病または障害を有するリスクが増大している場合がある。典型的には、そのような疾病または障害を有するリスクが増大している個体は、予防的処置（例えば、疾病または障害の発症または悪化を予防するかまたは遅らせることによる）から利益を受ける。実施形態では、胎児は、例えばＡＳＯ組成物を胎児に対して直接または間接的（例えば母を介して）に投与することにより、子宮内で処置される。
【０１４６】
本発明のＡＳＯの投与に適切な経路は、ＡＳＯの送達が所望される細胞型に応じて変わりうる。多数の組織および器官はアラジールＡＤ知的障害５およびドラベ症候群によって影響を受け、脳が最も著しく影響を受ける組織である。本発明のＡＳＯは、例えば、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射により、患者に非経口的に投与されてもよい。
【０１４７】
実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当技術分野において知られている任意の方法によって、血液脳関門を介する主題のアンチセンスオリゴヌクレオチドの浸透を促進することができる１つ以上の薬剤と共に投与される。例えば、筋組織内の運動ニューロンへアデノウイルスベクターを投与することによる薬剤の送達は、引用によって本明細書に組み込まれる米国特許第６，６３２，４２７号「Ａｄｅｎｏｖｉｒａｌ−ｖｅｃｔｏｒ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｉｎｔｏ ｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｍｏｔｏｒ ｎｅｕｒｏｎｓ」に記載されている。脳、例えば、線条体、視床、海馬、または黒質への直接のベクターの送達は、例えば、引用によって本明細書に組み込まれる米国特許第６，７５６，５２３号「Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ｆｏｒｅｉｇｎ ｇｅｎｅｓ ｉｎｔｏ ｃｅｌｌｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓ ｓｙｓｔｅｍ ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ ｉｎ ｂｒａｉｎ」に記載される。
【０１４８】
実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、望ましい薬理学的性質または薬力学的性質を提供する薬剤に結合されるか抱合される。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、血液脳関門を介する浸透または輸送を促進すると当技術分野において知られている物質、例えばトランスフェリン受容体の抗体に結合される。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、アンチセンス化合物をより効果的にするために、または血液脳関門を介する輸送を増加させるためにウイルスベクターに結合される。実施形態において、浸透性の血液脳関門の破壊は、砂糖、例えばメソエリスリトール、キシリトール、Ｄ（＋）ガラクトース、Ｄ（＋）ラクトース、Ｄ（＋）キシロース、ズルシトール、ミオ−イノシトール、Ｌ（−）フルクトース、Ｄ（−）マンニトール、Ｄ（＋）グルコース、Ｄ（＋）アラビノース、Ｄ（−）アラビノース、セロビオース、Ｄ（＋）マルトース、Ｄ（＋）ラフィノース、Ｌ（＋）ラムノース、Ｄ（＋）メリビオース、Ｄ（−） リボース、アドニトール、Ｄ（＋）アラビトール、Ｌ（−）アラビトール、Ｄ（＋）フコース、Ｌ（−）フコース、Ｄ（−）リキソース、Ｌ（＋）リキソース、およびＬ（−）リキソース、または アミノ酸、例えばグルタミン、リジン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、チロシン、バリン、およびタウリンを注入することにより促進される。血液脳関門の浸透性を増強するための方法および物質は、例えば、米国特許第９，１９３，９６９号「Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ ｔｏ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｎｅｕｒｏｎ ｔｙｐｅｓ」、米国特許第４，８６６，０４２号「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｔｅｒｉａｌ ａｃｒｏｓｓ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、米国特許第６，２９４，５２０号「Ｍａｔｅｒｉａｌ ｆｏｒ ｐａｓｓａｇｅ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ−ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ，” ａｎｄ Ｕ．Ｓ． Ｐａｔ． Ｎｏ． ６，９３６，５８９， ”Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍｓ」に記載されており、それぞれが引用によって本明細書に取り込まれる。
【０１４９】
実施形態では、本発明のＡＳＯは、例えば引用に本明細書に取り込まれる米国特許第９，１９３，９６９号に記載されている方法を用いて、ドーパミン再取り込み阻害剤（ＤＲＩ）、選択的セロトニン再取り込み阻害剤（ＳＳＲＩ）、ノルアドレナリン再取り込み阻害剤（ＮＲＩ）、ノルエピネフリンドーパミン再取り込み阻害剤（ＮＤＲＩ）、およびセロトニンノルエピネフリンドーパミン再取り込み阻害剤（ＳＮＤＲＩ）に結合される。
【０１５０】
実施形態では、方法および組成物を用いて処置された被験体は、当技術分野において既知であり記載されている任意の方法を使用して、状態の向上に関して評価される。
【０１５１】
＜スプライシングを増強する追加のＡＳＯを識別する方法＞
本発明の範囲内にはまた、特に標的イントロンにおけるＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣまたはＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを増強する追加のＡＳＯを識別する（判定する）方法が存在する。ｍＲＮＡ前駆体の標的領域内で様々なヌクレオチドを特異的にハイブリダイズさせるＡＳＯは、標的イントロンのスプライシングの速度および／または程度を改善するＡＳＯを識別する（判定する）ためにスクリーニングされてもよい。いくつかの実施形態では、ＡＳＯはスプライシング抑制因子／サイレンサーの結合部位でブロックまたは妨害することもある。当該技術分野において既知の任意の方法は、イントロンの標的領域にハイブリダイズされた時に所望の効果（例えばスプライシング、タンパク質または機能性ＲＮＡの産生の向上）をもたらすＡＳＯを識別する（判定する）ために使用されてもよい。これらの方法はまた、保持されたイントロンに隣接するエクソン中、または保持されていないイントロン中の標的領域へ結合することにより、保持されたイントロンのスプライシングを増強するＡＳＯを識別するために使用することができる。使用されうる方法の一例が下記に提供される。
【０１５２】
ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを用いて、ＡＳＯ「ウォーク」（ｗａｌｋ）と呼ばれる１ラウンドのスクリーニングを行うこともある。例えば、ＡＳＯウォークに使用されるＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位の上流のおよそ１００ヌクレオチド（例えば、標的とされた／保持されたイントロンの上流に位置するエクソンの配列の一部）から標的とされた／保持されたイントロンの５’スプライス部位の下流のおよそ１００ヌクレオチドまで、および／または、保持されたイントロンの３’スプライス部位の上流のおよそ１００ヌクレオチドから標的とされた／保持されたイントロンの３’スプライス部位の下流のおよそ１００ヌクレオチド（例えば、標的とされた／保持されたイントロンの下流に位置するエクソンの配列の一部）まで、５つのヌクレオチドごとに敷き詰められうる。例えば、長さが１５ヌクレオチドの第１のＡＳＯは、標的とされた／保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド＋６から＋２０まで特異的にハイブリダイズするように設計されうる。第２のＡＳＯは、標的とされた／保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド＋１１から＋２５まで特異的にハイブリダイズするように設計されている。ＡＳＯは、ｍＲＮＡ前駆体の標的領域に及ぶように設計されている。実施形態では、ＡＳＯは、より密に、例えば、１、２、３、または４つのヌクレオチドごとに敷き詰められうる。さらに、ＡＳＯは、５’スプライス部位の下流の１００ヌクレオチドから３’スプライス部位の上流の１００ヌクレオチドまで敷き詰められうる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、５’スプライス部位の上流の約１，１６０ヌクレオチドから５’スプライス部位の下流の約５００ヌクレオチドまで敷き詰められ得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位の上流の約５００ヌクレオチドから３’スプライス部位の下流の約１，９２０ヌクレオチドまで敷き詰められ得る。
【０１５３】
１つ以上のＡＳＯ、または１つの対照ＡＳＯ（標的領域にハイブリダイズするとは予期されていない配列である、スクランブル配列を有するＡＳＯ）は、例えばトランスフェクションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体（例えば、本明細書で別記されるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を発現する疾患関連の細胞株へと送達される。ＡＳＯの各々のスプライシングを誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野で既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵素（ＲＴ）−ＰＣＲによって評価されうる（例えば実施例１を参照）。対照ＡＳＯ処理された細胞と比較して、ＡＳＯ処理された細胞におけるスプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用して生成されたＲＴ−ＰＣＲ産物が減少または欠如しているということは、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。いくつかの実施形態では、スプライシング効率、スプライシングされていないｍＲＮＡ前駆体に対するスプライシングされたｍＲＮＡ前駆体の比率、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書に記載のＡＳＯを使用して改善されうる。標的ｍＲＮＡ前駆体によってコード化されるタンパク質または機能性ＲＮＡの量も、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、タンパク質産生の増強）を達成したかどうかを判定するために評価されうる。ウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡなどの、タンパク質産生を評価および／または定量するための当該技術分野で既知の方法も使用することができる。
【０１５４】
ＡＳＯ「ミクロウォーク」（ｍｉｃｒｏ−ｗａｌｋ）と呼ばれる第２ラウンドのスクリーニングは、ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを使用して実行されうる。ＡＳＯミクロウォークに使用されるＡＳＯは、ＡＳＯでハイブリダイズされたときに結果的にスプライシングを増強させるｍＲＮＡ前駆体のヌクレオチド酸配列をさらに改良する（ｒｅｆｉｎｅ）ために、１つのヌクレオチドごとに敷き詰められる。
【０１５５】
標的イントロンのスプライシングを促進するＡＳＯによって定義される領域は、１−ｎｔのステップで間隔を置かれたＡＳＯ、ならびに典型的には１８−２５ｎｔであるより長いＡＳＯを含む、ＡＳＯ「ミクロウォーク」によって、より詳細に調査される。
【０１５６】
上記にＡＳＯウォークに関して記載されたように、１つ以上のＡＳＯ、または対照ＡＳＯ（標的領域にハイブリダイズすると予期されていない配列である、スクランブル配列を有するＡＳＯ）を、例えばトランスフェクションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体を発現する疾患関連細胞株へと送達することによって、ＡＳＯミクロウォークが実行される。ＡＳＯの各々のスプライシングを誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野で既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵素（ＲＴ）−ＰＣＲによって評価されうる（例えば実施例１を参照）。対照ＡＳＯ処理された細胞と比較して、ＡＳＯ処理された細胞におけるスプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用して生成されたＲＴ−ＰＣＲ産物が減少または欠如しているということは、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。いくつかの実施形態では、スプライシング効率、スプライシングされていないｍＲＮＡ前駆体に対するスプライシングされたｍＲＮＡ前駆体の比率、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書に記載のＡＳＯを使用して改善されうる。標的ｍＲＮＡ前駆体によってコード化されるタンパク質または機能性ＲＮＡの量も、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、タンパク質産生の増強）を達成したかどうかを判定するために評価されうる。ウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡなどの、タンパク質産生を評価および／または定量するための当該技術分野で既知の方法も使用することができる。
【０１５７】
ｍＲＮＡ前駆体の領域にハイブリダイズされたときに、結果的にスプライシングを増強させ、タンパク質産生を増加させるＡＳＯは、動物モデル、例えば、全長ヒト遺伝子がノックインされたトランスジェニックマウスモデルまたは疾患のヒト化マウスモデルを使用して、インビボで試験されうる。ＡＳＯの投与に適した経路は、ＡＳＯの送達が望まれる疾患及び／又は細胞型に応じて変化しうる。ＡＳＯは、例えばくも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射により投与されてもよい。投与後に、モデル動物の細胞、組織、及び／又は臓器は、当該技術分野に既知の方法および本明細書に記載される方法によって、例えば、スプライシング（効率、速度、程度）およびタンパク質産生を評価することにより、ＡＳＯ処置の効果を判定するために評価されうる。動物モデルはまた、疾患または疾患重症度の表現型または行動的徴候でありうる。
【０１５８】
本発明の好ましい実施形態が本明細書中に示され記述された一方、そのような実施形態が一例としてしか提供されていないことは当業者にとって明白だろう。多くの変更、変化、および置換が、本発明から逸脱することなく当業者に想到されるであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されることもあることを理解されたい。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定義するものであり、この特許請求の範囲内の方法および構造およびそれらの同等物がそれによって包含されることが意図されている。
【実施例】
【０１５９】
本発明は、以下の実施例によってより具体的に例証されるだろう。しかしながら、本発明がいかなる方法においてもこれらの実施例によって限定されないことが理解されるべきである。
【０１６０】
＜実施例１：次世代配列決定を用いたＲＮＡｓｅｑによるＳＹＮＧＡＰ１転写産物のイントロン保持事象の特定＞
イントロン保持事象を特定するためにＳＹＮＧＡＰ１遺伝子によって生成された転写産物のスナップショットを明らかにするために、次世代配列決定を使用して、全トランスクリプトームショットガン配列決定を実行した。このために、ＨＣＮ（ヒト皮質ニューロン）の核および細胞質の画分からのｐｏｌｙＡ＋ ＲＮＡを分離し、ＩｌｌｕｍｉｎａのＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎｄｅｄ ｍＲＮＡライブラリＰｒｅｐキットを用いてｃＤＮＡライブラリを構築した。ライブラリに対してペア−エンド配列決定（ｐａｉｒ−ｅｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）を行い、結果として、ヒトゲノム（２００９年２月、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９アセンブリ）にマッピングされた１００ヌクレオチドの読み取りをもたらした。ＳＹＮＧＡＰ１に対する配列決定の結果を、図３に示す。簡潔に言うと、図３は、ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｇｒｏｕｐ （Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ， １１５６ Ｈｉｇｈ Ｓｔｒｅｅｔ， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ， ＣＡ ９５０６４）によって操作され、かつ、例えばＲｏｓｅｎｂｌｏｏｍ， ｅｔ ａｌ．， ２０１５，”Ｔｈｅ ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ｄａｔａｂａｓｅ： ２０１５年アップデート，”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ４３， Ｄａｔａｂａｓｅ Ｉｓｓｕｅ （ｄｏｉ： １０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｕ１１７７）に記載された、ＵＣＳＣのゲノムブラウザを使用して視覚化されマッピングされた読み取りを示し、読み取りの範囲および数はピーク信号によって推論されうる。ピークの高さは、特定の領域における読取密度によって与えられた発現のレベルを示している。ピークがＳＹＮＧＡＰ１エクソン領域およびイントロン領域に適合されるように、（読み取りシグナルの下の）ＵＣＳＣゲノムブラウザによってＳＹＮＧＡＰ１の模式図（縮尺通りに描かれている）が提供される。このディスプレイに基づいて、ＨＣＮの核分画において高い読み取り密度を持つが、これらの（図３の下のチャート中のイントロン１５、および図５の下のチャート中のイントロン１８および１９に対して示されるような）細胞の細胞質分画においては非常に低い読み取りしか持たないか、全く読み取りを持たない、３つのイントロン（矢印により示される１５、１８および１９；それぞれ、ＮＭ＿００６７７２イントロン１５、ＮＭ＿００６７７２イントロン１８、およびＮＭ＿００６７７２イントロン１９に対応する）を識別した。このことは、これらのイントロンが保持されること、および イントロン−１５、イントロン−１８およびイントロン−１９含有転写産物は細胞核中に残存し、かつそれらが細胞質へと運び出されないため、これらの保持されたＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は非産生的であることが示唆されることを示す。
【０１６１】
＜実施例２：ＳＹＮＧＡＰ１のイントロン１５を標的とするＡＳＯウォークの設計＞
ＡＳＯウォークを、本明細書中（図４；表１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５１０から１８１４および２２８７から２５９１）に記載された方法を使用して、イントロン１５を標的とするよう設計した。ヌクレオチド＋２５１から−１，０５４ｅに及ぶ、イントロン１５の５’スプライス部位のすぐ上流および下流の領域、およびヌクレオチド−２５６から＋１５７ｅに及ぶイントロン１５の３’スプライス部位のすぐ上流および下流の領域が、保持されたイントロン１５ ＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的とするようにＡＳＯを設計するために利用される。表１は、設計された例示的なＡＳＯおよびそれらの標的配列を列挙する。この設計から、５ヌクレオチド間隔だけシフトした２’−Ｏ−ＭｅＲＮＡ、ＰＳ骨格、１８−ｍｅｒ ＡＳＯは、ＳＹＮＧＡＰ１−タンパク質産生を増加させるためにＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的化するよう産生され、利用される（図４および図７Ｂを参照）。
【０１６２】
【表１】
2019501892.tif 000003
【０１６３】
＜実施例３：ＳＹＮＧＡＰ１のイントロン１８および１９を標的とするＡＳＯウォークの設計＞
ＡＳＯウォークを、本明細書中（図６；表１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８１５から２２８６および１０３８から１５０９）に記載された方法を使用して、イントロン１８および１９を標的とするよう設計した。ヌクレオチド＋４９９から−７３ｅに及ぶ、イントロン１８の５’スプライス部位のすぐ上流および下流の領域、およびヌクレオチド−４９６から＋１，９１２ｅに及ぶイントロン１９の３’スプライス部位のすぐ上流および下流の領域を、保持されたイントロン１８または１９ ＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的とするようにＡＳＯを設計するために利用した。表１は、設計された例示的なＡＳＯおよびそれらの標的配列を列挙する。この設計から、５ヌクレオチド間隔だけシフトした２’−Ｏ−ＭｅＲＮＡ、ＰＳ骨格、１８−ｍｅｒ ＡＳＯは、ＳＹＮＧＡＰ１−タンパク質産生を増加させるためにＳＹＮＧＡＰ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的化するよう産生され、利用される（図６および図７Ｄ−Ｅを参照）。代替的なエクソン１９に隣接するスプライス部位のイントロン領域は、エクソン１９の包含レベルに影響を与えることを回避するために標的としない。
【０１６４】
＜実施例４：ＳＹＮＧＡＰ１イントロン１５、１８、または１９のＡＳＯ標的による改善されたスプライシング効率は、転写産物のレベルを増加させる＞
ＡＳＯを用いた標的遺伝子のイントロンのスプライシング効率の増加を測定するために、本明細書において記載される方法を使用した。ヒト網膜上皮細胞株であるＡＲＰＥ−１９細胞（アメリカ培養細胞系統保存機関（ＡＴＣＣ）（ＵＳＡ））を、偽トランスフェクトするか、または実施例２および３に記載される標的ＡＳＯを用いてトランスフェクトした。細胞を、供給業者の仕様書に従って、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭａｘトランスフェクション試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を用いてトランスフェクトした。簡潔に述べると、ＡＳＯを９６ウェル組織培養プレートに播種し、Ｏｐｔｉ−ＭＥＭで希釈したＲＮＡｉＭａｘと組み合わせた。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全培地中で再懸濁し、約２５，０００個の細胞をＡＳＯトランスフェクション混合物に加えた。トランスフェクション実験は３通りのプレート複製において実行された。最終的なＡＳＯ濃度は８０ｎＭであった。供給業者の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの６時間後に交換し、ＤＮＡｓｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を補充したＣｅｌｌｓ−ｔｏ−Ｃｔ溶解試薬を用いて、細胞を２４時間で回収した。供給業者の仕様書に従い、ｃＤＮＡをＣｅｌｌｓ−ｔｏ−Ｃｔ ＲＴ試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で生成した。対象のイントロンでスプライシングする量を定量化するために、対応するエクソン−エクソン連結（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）に及ぶプローブでＴａｑｍａｎアッセイを用いて、定量ＰＣＲを実施した。Ｔａｑｍａｎアッセイを、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ７Ｆｌｅｘ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲシステム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）上の供給業者の仕様書に従い実行した。標的遺伝子アッセイ値を、ＲＰＬ３２（ΔＣｔ）およびプレート適合偽トランスフェクションサンプル（ΔΔＣｔ）に対して正規化し、モック定量（２＾−（ΔΔＣｔ）に対して倍数変化を生成した。保持されたイントロン１５を標的とするＡＳＯに関する３通りのプレート複製のモックに対する平均倍率変化は、図７Ｂにプロットされている。位置−３１および−３６に対して標的とされたＡＳＯにより、＞１．５倍増加した標的遺伝子発現が示され、これによりこの標的イントロンにおけるスプライシングの増加が示唆された。保持されたイントロン１８を標的とするＡＳＯに関する３通りのプレート複製のモックに対する平均倍率変化は、図７Ｄにプロットされている。位置−３６および−４１に対して標的とされたＡＳＯにより、＞〜２倍増加した標的遺伝子発現が示され、これによりこの標的イントロンにおけるスプライシングの増加が示唆された。保持されたイントロン１９を標的とするＡＳＯに関する３通りのプレート複製のモックに対する平均倍率変化は、図７Ｅにプロットされている。位置−５５および−６０に対して標的とされたＡＳＯにより、＞２倍増加した標的遺伝子発現が示され、これによりこの標的イントロンにおけるスプライシングの増大が示唆された。標的イントロン（実施例１）の保持を確認する全トランスクリプトームデータと共に、これらの結果は、ＡＳＯが比率制限イントロンのスプライシング効率を改善し得ることを確認する。
【０１６５】
＜実施例５：次世代配列を使用するＲＮＡｓｅｑによるＳＣＮ１Ａ転写産物におけるイントロン保持事象の特定＞
ＳＣＮ１Ａイントロン２１の保持を、図８Ｃに記載のＲＴ−ＰＣＲアッセイを使用して確認した。イントロン２１は、核分画におけるバンドの存在により示されるＳＫＮ−ＡＳ細胞およびＲｅｎＣｅｌｌ ＶＭ細胞において保持される。
【０１６６】
＜実施例６：ＳＹＮＧＡＰ１のイントロン２１を標的とするＡＳＯウォークの設計＞
ＡＳＯウォークを、本明細書中（表２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０−２６６および５２４−１０３７）に記載された方法を使用して、イントロン２１を標的とするよう設計した。ヌクレオチド−２６４ｅから＋４９６に及ぶイントロン２１の５’スプライス部位のすぐ上流および下流の領域、およびヌクレオチド−４９６から＋３７ｅに及ぶイントロン２１の３’スプライス部位のすぐ上流および下流の領域を、保持されたイントロン２１ ＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的とするようにＡＳＯを設計するために利用した。表２は、設計された例示的なＡＳＯおよびそれらの標的配列を列挙する。この設計から、５ヌクレオチド間隔だけシフトした２’−Ｏ−ＭｅＲＮＡ、ＰＳ骨格、１８−ｍｅｒ ＡＳＯは、ＳＣＮ１Ａ−タンパク質産生を増加させるためにＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的化するよう産生され、利用される（図８Ｄ−Ｅおよび表３−４を参照）。
【０１６７】
【表２】
2019501892.tif 000004
【０１６８】
【表３】
2019501892.tif 000005
【０１６９】
【表４】
2019501892.tif 000006
【０１７０】
＜実施例７：ＳＣＮ１ＡのＡＳＯウォーク標的イントロン２３の設計＞
ＡＳＯウォークは、本明細書中（表２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２６７−５２３）に記載された方法を使用して、イントロン２３を標的とするよう設計されうる。ヌクレオチド−２６４ｅから＋４９６に及ぶイントロン２３の５’スプライス部位のすぐ上流および下流の領域、およびヌクレオチド−４９６から＋３７ｅに及ぶイントロン２３の３’スプライス部位のすぐ上流および下流の領域を、保持されたイントロン２３ ＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的とするようにＡＳＯを設計するために利用する。表２は、設計された例示的なＡＳＯおよびそれらの標的配列を列挙する。この設計から、５ヌクレオチド間隔だけシフトした２’−Ｏ−ＭｅＲＮＡ、ＰＳ骨格、１８−ｍｅｒ ＡＳＯを産生し、ＳＣＮ１Ａタンパク質産生を増加させるために、ＳＣＮ１Ａ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的化するよう利用することができる。
【０１７１】
＜実施例８：ＳＣＮ１Ａ保持イントロンのＡＳＯ標的による改善したスプライシング効率のは、転写レベルを増加させる＞
ＡＳＯを使用してＳＣＮ１Ａイントロン２１のスプライシング効率を向上させることによってＳＣＮ１Ａ発現の増大を達成することができるかを判定するために、ＲＴ−ＰＣＲ製品をＴａｑｍａｎ ＲＴ−ｑＰＣＲにより評価する。その目的のために、ＲＮＡｉＭＡＸ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）送達試薬を独立して使用し、細胞を偽トランスフェクトするか、または表３のイントロン２１に関して記載されるＡＳＯを用いてトランスフェクトする。実験を、２４時間にわたって８０ｎＭのＡＳＯを使用して実施される。対象のイントロンでスプライシングする量を定量化するために、対応するエクソン−エクソン連結（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）に及ぶプローブでＴａｑｍａｎアッセイを用いて、定量ＰＣＲを実施した。Ｔａｑｍａｎアッセイを、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ７Ｆｌｅｘ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲシステム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）上の供給業者の仕様書に従い実行した。標的遺伝子アッセイ値を、ＲＰＬ３２（ΔＣｔ）およびプレート適合偽トランスフェクションサンプル（ΔΔＣｔ）に対して正規化し、モック定量（２＾−（ΔΔＣｔ））に対して倍数変化を生成した。３通りのプレート複製のモック（ｍｏｃｋ）に対する平均倍数変化を図８Ｄ−Ｅにプロットする。いくつかのＡＳＯは、標的遺伝子発現を＞〜１．２５倍増加させると識別され、それによって、その標的イントロンにおけるスプライシングの増加が示唆された。
【０１７２】
本発明の好ましい実施形態が本明細書中に示され記述された一方、そのような実施形態が一例としてしか提供されていないことは当業者にとって明白だろう。多くの変更、変化、および置換が、本発明から逸脱することなく当業者に想到されるであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されることもあることを理解されたい。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定義するものであり、この特許請求の範囲内の方法および構造およびそれらの同等物がそれによって包含されることが意図されている。
【図１】
2019501892.tif 000007
【図２Ａ】
2019501892.tif 000008
【図２Ｂ】
2019501892.tif 000009
【図３】
2019501892.tif 000010
【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図７Ｄ】
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【図７Ｅ】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図８Ｃ】
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【図８Ｄ】
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【図８Ｅ】
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【図８Ｆ】
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【図８Ｇ】
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【図８Ｈ】
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【図８Ｉ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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