【手続補正書】
【提出日】平成18年12月18日(2006.12.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
病原性細菌株に由来する弱毒化細菌変異体であって、ここで、該弱毒化変異体は、以下：
（ｉ）ＶＩＲ１、ＶＩＲ２、ＶＩＲ３、ＶＩＲ４、ＶＩＲ５、ＶＩＲ６、ＶＩＲ７、ＶＩＲ８、ＶＩＲ９、ＶＩＲ１０、ＶＩＲ１１、ＶＩＲ１２、ＶＩＲ１３、ＶＩＲ１４、ＶＩＲ１５、ＶＩＲ１６、ＶＩＲ１７、ＶＩＲ１８、ＶＩＲ１９、ＶＩＲ２０、ＶＩＲ２１、ＶＩＲ２２、ＶＩＲ２３、ＶＩＲ２４、ＶＩＲ２５、ＶＩＲ２６、ＶＩＲ２７、ＶＩＲ２８、ＶＩＲ２９、ＶＩＲ３０、ＶＩＲ３１、ＶＩＲ３２、ＶＩＲ３３、ＶＩＲ３４、ＶＩＲ３５、ＶＩＲ３６、ＶＩＲ３７、ＶＩＲ３８、ＶＩＲ３９、ＶＩＲ４０、ＶＩＲ４１、ＶＩＲ４２、ＶＩＲ４３、ＶＩＲ４４、ＶＩＲ４５およびＶＩＲ４６からなる群より選択される遺伝子の変異；ならびに
（ｉｉ）同遺伝子型細菌株の存在下において観察される増殖と比較する場合、Ｄｉｃｔｙｏｓｔｅｌｉｕｍアメーバの増殖の減少された阻害、
を有する、弱毒化変異体。
【請求項２】
前記変異が、挿入不活化または遺伝子欠失である、請求項１に記載の弱毒化細菌変異体。
【請求項３】
前記変異体が、グラム陰性細菌である、請求項１に記載の弱毒化細菌変異体。
【請求項４】
前記弱毒化グラム陰性細菌変異体が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ種である、請求項３に記載の弱毒化細菌変異体。
【請求項５】
前記Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ種が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａである、請求項４に記載の弱毒化細菌変異体。
【請求項６】
前記弱毒化Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ変異体が、ＭＵＴ１；ＭＵＴ２；ＭＵＴ３；ＭＵＴ４；ＭＵＴ５；ＭＵＴ６；ＭＵＴ７；ＭＵＴ８；ＭＵＴ９；ＭＵＴ１０；ＭＵＴ１１；ＭＵＴ１２；ＭＵＴ１３；ＭＵＴ１４；ＭＵＴ１５；ＭＵＴ１６；ＭＵＴ１７；ＭＵＴ１８；およびＭＵＴ１９からなる群より選択される、請求項５に記載の弱毒化Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ変異体。
【請求項７】
前記グラム陰性細菌変異体が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ種である、請求項３に記載の弱毒化細菌変異体。
【請求項８】
前記Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ種が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである、請求項７に記載の弱毒化細菌変異体。
【請求項９】
前記弱毒化Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ変異体が、ＭＵＴ２０；ＭＵＴ２１；ＭＵＴ２２；ＭＵＴ２３；ＭＵＴ２４；ＭＵＴ２５；ＭＵＴ２６；ＭＵＴ２７；ＭＵＴ２８；ＭＵＴ２９；ＭＵＴ３０；ＭＵＴ３１；ＭＵＴ３２；ＭＵＴ３３；ＭＵＴ３４；ＭＵＴ３５；ＭＵＴ３６；ＭＵＴ３７；ＭＵＴ３８；ＭＵＴ３９；ＭＵＴ４０；ＭＵＴ４１；ＭＵＴ４２；ＭＵＴ４３；ＭＵＴ４４；ＭＵＴ４５；およびＭＵＴ４６からなる群より選択される、請求項８に記載の弱毒化Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ変異体。
【請求項１０】
抗菌薬を同定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）候補組成物を、ＶＩＲ１、ＶＩＲ２、ＶＩＲ３、ＶＩＲ４、ＶＩＲ５、ＶＩＲ６、ＶＩＲ７、ＶＩＲ８、ＶＩＲ９、ＶＩＲ１０、ＶＩＲ１１、ＶＩＲ１２、ＶＩＲ１３、ＶＩＲ１４、ＶＩＲ１５、ＶＩＲ１６、ＶＩＲ１７、ＶＩＲ１８、ＶＩＲ１９、ＶＩＲ２０、ＶＩＲ２１、ＶＩＲ２２、ＶＩＲ２３、ＶＩＲ２４、ＶＩＲ２５、ＶＩＲ２６、ＶＩＲ２７、ＶＩＲ２８、ＶＩＲ２９、ＶＩＲ３０、ＶＩＲ３１、ＶＩＲ３２、ＶＩＲ３３、ＶＩＲ３４、ＶＩＲ３５、ＶＩＲ３６、ＶＩＲ３７、ＶＩＲ３８、ＶＩＲ３９、ＶＩＲ４０、ＶＩＲ４１、ＶＩＲ４２、ＶＩＲ４３、ＶＩＲ４４、ＶＩＲ４５およびＶＩＲ４６からなる群より選択される遺伝子によってコードされる、少なくとも１つのポリペプチドと接触させる工程；ならびに
（ｂ）該候補組成物の存在下および非存在下において、該ポリペプチドの生物活性を比較する工程であって、ここで、該ポリペプチドの生物活性の変化は、該候補組成物が抗菌薬であることを示唆する工程、
を包含する、方法。
【請求項１１】
前記候補組成物が、少なくとも２つの分子を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記候補組成物が、少なくとも１つの約５００ダルトン未満の分子を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記候補組成物が、少なくとも１つの約５００ダルトンを超える分子を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記候補組成物が、ポリペプチド、多糖、脂質、核酸またはこれらの組み合わせからなる群より選択される、少なくとも１つの分子を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
前記ポリペプチドが、免疫グロブリンである、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】
抗菌薬を同定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）候補組成物を、ＶＩＲ１、ＶＩＲ２、ＶＩＲ３、ＶＩＲ４、ＶＩＲ５、ＶＩＲ６、ＶＩＲ７、ＶＩＲ８、ＶＩＲ９、ＶＩＲ１０、ＶＩＲ１１、ＶＩＲ１２、ＶＩＲ１３、ＶＩＲ１４、ＶＩＲ１５、ＶＩＲ１６、ＶＩＲ１７、ＶＩＲ１８、ＶＩＲ１９、ＶＩＲ２０、ＶＩＲ２１、ＶＩＲ２２、ＶＩＲ２３、ＶＩＲ２４、ＶＩＲ２５、ＶＩＲ２６、ＶＩＲ２７、ＶＩＲ２８、ＶＩＲ２９、ＶＩＲ３０、ＶＩＲ３１、ＶＩＲ３２、ＶＩＲ３３、ＶＩＲ３４、ＶＩＲ３５、ＶＩＲ３６、ＶＩＲ３７、ＶＩＲ３８、ＶＩＲ３９、ＶＩＲ４０、ＶＩＲ４１、ＶＩＲ４２、ＶＩＲ４３、ＶＩＲ４４、ＶＩＲ４５およびＶＩＲ４６からなる群より選択される遺伝子によってコードされる、少なくとも１つのポリヌクレオチドと接触させる工程；ならびに
（ｂ）該候補組成物の存在下および非存在下において、該ポリヌクレオチドの発現を比較する工程であって、ここで、該ヌクレオチドの発現の変化は、該候補組成物が抗菌薬であることを示唆する工程、
を包含する、方法。
【請求項１７】
前記候補組成物が、少なくとも２つの分子を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記候補組成物が、少なくとも１つの約５００ダルトン未満の分子を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記候補組成物が、少なくとも１つの約５００ダルトンを超える分子を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記候補組成物が、ポリペプチド、多糖、脂質、核酸またはこれらの組み合わせからなる群より選択される、少なくとも１つの分子を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記核酸が、リボ核酸である、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
前記核酸が、低分子干渉リボ核酸である、請求項２１に記載の核酸。
【請求項２３】
被験体中の病原体の毒性の程度を決定するための組成物であって：
ＶＩＲ１、ＶＩＲ２、ＶＩＲ３、ＶＩＲ４、ＶＩＲ５、ＶＩＲ６、ＶＩＲ７、ＶＩＲ８、ＶＩＲ９、ＶＩＲ１０、ＶＩＲ１１、ＶＩＲ１２、ＶＩＲ１３、ＶＩＲ１４、ＶＩＲ１５、ＶＩＲ１６、ＶＩＲ１７、ＶＩＲ１８、ＶＩＲ１９、ＶＩＲ２０、ＶＩＲ２１、ＶＩＲ２２、ＶＩＲ２３、ＶＩＲ２４、ＶＩＲ２５、ＶＩＲ２６、ＶＩＲ２７、ＶＩＲ２８、ＶＩＲ２９、ＶＩＲ３０、ＶＩＲ３１、ＶＩＲ３２、ＶＩＲ３３、ＶＩＲ３４、ＶＩＲ３５、ＶＩＲ３６、ＶＩＲ３７、ＶＩＲ３８、ＶＩＲ３９、ＶＩＲ４０、ＶＩＲ４１、ＶＩＲ４２、ＶＩＲ４３、ＶＩＲ４４、ＶＩＲ４５およびＶＩＲ４６からなる群より選択される遺伝子によってコードされる、少なくとも１つのポリペプチド、
を含み、
ここで第１の被験体由来のサンプル中で該少なくとも１つのポリペプチドの発現のレベルが測定され；該第１の被験体由来のサンプル中の該ポリペプチドの量が、該病原体の存在を有さないことが既知の第２の被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該ポリペプチドの量と比較され、ここで、該コントロールサンプルと比較した、該第１の被験体中の該ポリペプチドの発現レベルにおける変化が、該病原体の毒性の程度を示唆する、組成物。
【請求項２４】
前記被験体が、哺乳動物である、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
前記哺乳動物被験体が、ヒトである、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】
被験体中の病原体の毒性の程度を決定するための組成物であって：
ＶＩＲ１、ＶＩＲ２、ＶＩＲ３、ＶＩＲ４、ＶＩＲ５、ＶＩＲ６、ＶＩＲ７、ＶＩＲ８、ＶＩＲ９、ＶＩＲ１０、ＶＩＲ１１、ＶＩＲ１２、ＶＩＲ１３、ＶＩＲ１４、ＶＩＲ１５、ＶＩＲ１６、ＶＩＲ１７、ＶＩＲ１８、ＶＩＲ１９、ＶＩＲ２０、ＶＩＲ２１、ＶＩＲ２２、ＶＩＲ２３、ＶＩＲ２４、ＶＩＲ２５、ＶＩＲ２６、ＶＩＲ２７、ＶＩＲ２８、ＶＩＲ２９、ＶＩＲ３０、ＶＩＲ３１、ＶＩＲ３２、ＶＩＲ３３、ＶＩＲ３４、ＶＩＲ３５、ＶＩＲ３６、ＶＩＲ３７、ＶＩＲ３８、ＶＩＲ３９、ＶＩＲ４０、ＶＩＲ４１、ＶＩＲ４２、ＶＩＲ４４、ＶＩＲ４５およびＶＩＲ４６からなる群より選択される遺伝子によってコードされる、少なくとも１つのポリヌクレオチド
を含み、第１の被験体由来のサンプル中で該少なくとも１つのポリヌクレオチドの発現のレベルが測定され；該第１の被験体由来のサンプル中の該ポリヌクレオチドの量が、該病原体の存在を有さないことが既知の第２の被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該ポリヌクレオチドの量と比較されする工程であって、ここで、該コントロールサンプルと比較した、該第１の被験体中の該ポリヌクレオチドの発現レベルにおける変化が、該病原体の毒性の程度を示唆する、組成物。
【請求項２７】
前記被験体が、哺乳動物である、請求項２６に記載の組成物。
【請求項２８】
前記哺乳動物被験体が、ヒトである、請求項２７に記載の組成物。
【請求項２９】
前記変異体が、異種抗原をコードし、そして発現する、請求項１に記載の弱毒化細菌変異体。
【請求項３０】
前記変異体が、真核細胞において、異種抗原をコードし、そして発現するプラスミドを含む、請求項１に記載の弱毒化細菌変異体。
【請求項３１】
病原性微生物によって引き起こされる疾患に対するワクチンであって、以下：
（ａ）薬学的に有効な投薬量の、１つ以上の請求項１に記載の弱毒化細菌変異体、および；
（ｂ）薬学的に受容可能な希釈剤または薬学的に受容可能なキャリア
を含む、ワクチン。
【請求項３２】
病原性細菌株に由来する弱毒化細菌変異体であって、ここで該弱毒化変異体は、以下：
（ｉ）ｐｃｈＥ、ｐｃｈＦ、ｐｃｈＧ、ｐｃｈＨおよびｐｃｈＩからなる群より選択される遺伝子の変異；ならびに
（ｉｉ）同遺伝子型細菌株の存在下において観察される増殖と比較する場合、Ｄｉｃｔｙｏｓｔｅｌｉｕｍアメーバの増殖の減少された阻害；
を有する、弱毒化変異体。
【請求項３３】
ＶＩＲ１、ＶＩＲ２、ＶＩＲ３、ＶＩＲ４、ＶＩＲ５、ＶＩＲ６、ＶＩＲ７、ＶＩＲ８、ＶＩＲ９、ＶＩＲ１０、ＶＩＲ１１、ＶＩＲ１２、ＶＩＲ１３、ＶＩＲ１４、ＶＩＲ１５、ＶＩＲ１６、ＶＩＲ１７、ＶＩＲ１８、ＶＩＲ１９、ＶＩＲ２０、ＶＩＲ２１、ＶＩＲ２２、ＶＩＲ２３、ＶＩＲ２４、ＶＩＲ２５、ＶＩＲ２６、ＶＩＲ２７、ＶＩＲ２８、ＶＩＲ２９、ＶＩＲ３０、ＶＩＲ３１、ＶＩＲ３２、ＶＩＲ３３、ＶＩＲ３４、ＶＩＲ３５、ＶＩＲ３６、ＶＩＲ３７、ＶＩＲ３８、ＶＩＲ３９、ＶＩＲ４０、ＶＩＲ４１、ＶＩＲ４２、ＶＩＲ４４、ＶＩＲ４５およびＶＩＲ４６からなる群より選択される遺伝子をコードするオペロンを含む細菌株であって、ここで、該細菌株は、該変異を欠如する同遺伝子型細菌株に関連して、該遺伝子の発現を減少させる変異を含む、細菌株。
【請求項３４】
前記変異が、該変異を欠如する同遺伝子型細菌株の存在下において、Ｄｉｃｔｙｏｓｔｅｌｉｕｍアメーバの増殖と比較した場合、Ｄｉｃｔｙｏｓｔｅｌｉｕｍアメーバの増殖の阻害を減少させる、請求項３３に記載の細菌株。