【手続補正書】
【提出日】平成19年9月13日(2007.9.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における乳癌または乳癌を発症する素因を診断する方法であって、患者由来の生物試料におけるBRC番号456の発現のレベルを決定する段階を含み、該試料の発現レベルが該遺伝子の正常対照レベルと比較して上昇していることによって、該対象が乳癌に罹患しているまたは乳癌を発症するリスクを有することが示される方法。
【請求項２】
試料の発現レベルが正常対照レベルより少なくとも10％高い、請求項1記載の方法。
【請求項３】
乳癌がIDCである、請求項1記載の方法。
【請求項４】
試料の発現レベルが正常対照レベルより少なくとも10％高い、請求項3記載の方法。
【請求項５】
BRC番号456の発現レベルが、以下からなる群より選択される方法によって決定される、請求項1記載の方法：
（a）BRC番号456のmRNAを検出する段階、
（b）BRC番号456によってコードされるタンパク質を検出する段階、および
（c）BRC番号456によってコードされるタンパク質の生物活性を検出する段階。
【請求項６】
検出がDNAアレイ上で行われる、請求項5記載の方法。
【請求項７】
患者由来の生物試料が上皮細胞を含む、請求項1記載の方法。
【請求項８】
患者由来の生物試料が乳癌細胞を含む、請求項1記載の方法。
【請求項９】
患者由来の生物試料が乳癌細胞由来の上皮細胞を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
乳癌を治療または予防するための化合物をスクリーニングするための方法であって、
（a）被験化合物を、BRC番号456からなるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドと接触させる段階；
（b）ポリペプチドと被験化合物との結合活性を検出する段階；ならびに
（c）ポリペプチドと結合する被験化合物を選択する段階
を含む方法。
【請求項１１】
乳癌を治療または予防するための化合物をスクリーニングするための方法であって、
（a）候補化合物をBRC番号456を発現する細胞と接触させる段階；ならびに
（b）候補化合物の非存在下で検出される発現レベルと比較して、BRC番号456の発現レベルを低下させる候補化合物を選択する段階
を含む方法。
【請求項１２】
細胞が乳癌細胞を含む、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
乳癌を治療または予防するための化合物をスクリーニングするための方法であって、
（a）被験化合物を、BRC番号456からなるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドと接触させる段階；
（b）段階（a）のポリペプチドの生物活性を検出する段階；ならびに
（c）BRC番号456からなるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの生物活性を、被験化合物の非存在下で検出される該ポリペプチドの生物活性と比較して抑制する被験化合物を選択する段階
を含む方法。
【請求項１４】
乳癌を治療または予防するための化合物をスクリーニングするための方法であって、
（a）候補化合物を、BRC番号456の転写調節領域および該転写調節領域の制御下で発現されるレポーター遺伝子を含むベクターが導入された細胞と接触させる段階；
（b）該レポーター遺伝子の発現または活性を測定する段階；ならびに
（c）候補化合物の非存在下で検出される発現レベルもしくは活性と比較して該レポーター遺伝子の発現もしくは活性を低下させる候補化合物を選択する段階
を含む方法。
【請求項１５】
乳癌がIDCであって、
（a）被験化合物をBRC番号456からなるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドと接触させる段階；
（b）ポリペプチドと被験化合物との結合活性を検出する段階；ならびに
（c）ポリペプチドと結合する被験化合物を選択する段階
を含む、請求項10記載の方法。
【請求項１６】
乳癌がIDCであって、
（a）候補化合物をBRC番号456を発現する細胞と接触させる段階；ならびに
（b）候補化合物の非存在下で検出される発現レベルと比較して、BRC番号456の発現レベルを低下させる候補化合物を選択する段階
を含む、請求項11記載の方法。
【請求項１７】
細胞がIDC細胞を含む、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
乳癌がIDCであって、
（a）被験化合物を、BRC番号456からなるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドと接触させる段階；
（b）段階（a）のポリペプチドの生物活性を検出する段階；ならびに
（c）BRC番号456からなるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの生物活性を、被験化合物の非存在下で検出される該ポリペプチドの生物活性と比較して抑制する被験化合物を選択する段階、
を含む、請求項13記載の方法。
【請求項１９】
乳癌がIDCであって、
（a）候補化合物を、BRC番号456の転写調節領域および該転写調節領域の制御下で発現されるレポーター遺伝子を含むベクターが導入された細胞と接触させる段階；
（b）該レポーター遺伝子の発現または活性を測定する段階；ならびに
（c）候補化合物の非存在下で検出される発現レベルもしくは活性と比較して該レポーター遺伝子の発現もしくは活性を低下させる候補化合物を選択する段階
を含む、請求項14記載の方法。
【請求項２０】
（a）BRC番号456の核酸配列、または（b）それによってコードされるポリペプチド、と結合するBRC検出用試薬を含むキット。
【請求項２１】
BRC番号456と結合する2つまたはそれ以上の核酸を含むアレイ。
【請求項２２】
乳癌を治療または予防するためのワクチンであって、以下を含むワクチン：（a）BRC番号456によってコードされるポリペプチド、（b）該ポリペプチドの免疫活性断片、または（c）該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項２３】
抗腫瘍免疫を誘導するための方法であって、抗原提示細胞を、ポリペプチド、該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドを含むベクターと接触させる段階を含み、該ポリペプチドがBRC番号456によってコードされるか、またはその断片である方法。
【請求項２４】
抗原提示細胞を対象に投与する段階をさらに含む、請求項23記載の抗腫瘍免疫を誘導するための方法。
【請求項２５】
乳癌がIDCであって、ワクチンが、（a）BRC番号456からなる核酸によってコードされるポリペプチド、（b）該ポリペプチドの免疫活性断片、または（c）該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、請求項22記載のワクチン。
【請求項２６】
IDCに対する抗腫瘍免疫を誘導するための方法であって、抗原提示細胞に、ポリペプチド、該ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または該ポリヌクレオチドを含むベクターを接触させる段階を含み、該ポリペプチドがBRC番号456からなる遺伝子によってコードされるか、またはその断片である方法。
【請求項２７】
抗原提示細胞を対象に投与する段階をさらに含む、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
乳癌を治療または予防するための組成物であって、BRC番号456からなるポリヌクレオチドに対するアンチセンスポリヌクレオチドまたはsiRNAの薬学的有効量を含む組成物。
【請求項２９】
siRNAが、SEQ ID NO：25、28、および31のヌクレオチド配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むセンス鎖を含む、請求項28記載の組成物。
【請求項３０】
乳癌を治療または予防するための組成物であって、BRC番号456からなる遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する、抗体またはその断片の薬学的有効量を含む組成物。
【請求項３１】
乳癌がIDCであって、ポリヌクレオチドがBRC番号456からなる請求項28記載の組成物。
【請求項３２】
siRNAが、SEQ ID NO：25、28、および31のヌクレオチド配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むセンス鎖を含む、請求項31記載の組成物。
【請求項３３】
乳癌がIDCであって、タンパク質がBRC番号456からなる遺伝子によってコードされる、請求項30記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
本発明はさらに、BRC関連遺伝子を発現する被験細胞を被験化合物と接触させること、BRC関連遺伝子の発現レベルまたはその遺伝子産物の活性を決定することによって、BRC関連遺伝子、例えば表3〜8に列挙されたBRC関連遺伝子の発現または活性を阻害または増強する作用因子を同定する方法も提供する。被験細胞は、乳癌から得られた上皮細胞などの上皮細胞であってよい。上方制御されるBRC関連遺伝子の発現レベルまたはその遺伝子産物の活性が、その遺伝子または遺伝子産物の被験化合物の非存在下で検出される発現レベルまたは活性と比較して低下していることにより、被験作用因子がBRC関連遺伝子の阻害因子であることが示され、これはBRCの症状、例えば、表3、5および7に列挙された一つまたは複数のBRC関連遺伝子の発現を緩和するために用いてもよい。または、下方制御されるBRC関連遺伝子の発現レベルまたはその遺伝子産物の活性が、遺伝子または遺伝子産物の被験化合物の非存在下で検出される発現レベルまたは活性と比較して上昇していることにより、被験作用因子がBRC関連遺伝子の発現または機能に対する増強因子であることが示され、これはBRCの症状、例えば、表4、6および8に列挙された一つまたは複数のBRC関連遺伝子の低発現を緩和するために用いてもよい。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７４】
または、本発明のスクリーニング方法は、以下の段階を含んでもよい：
a）候補化合物を、表3、4、5、6、7、または8に列挙された遺伝子からなる群より選択される一つまたは複数のマーカー遺伝子の転写調節領域とその転写調節領域の制御下で発現されるレポーター遺伝子とを含むベクターが導入された細胞に接触させる段階；
b）該レポーター遺伝子の発現または活性を測定する段階；ならびに
c）該マーカー遺伝子が表3、5、および7に列挙された遺伝子からなる群より選択される、上方制御されるマーカー遺伝子である場合、候補化合物の非存在下で検出される発現レベルまたは活性と比較して該レポーター遺伝子の発現または活性を減少させるか、または該マーカー遺伝子が表4、6、および8に列挙された遺伝子からなる群より選択される、下方制御されるマーカー遺伝子である場合、候補化合物の非存在下で検出される発現レベルまたは活性と比較して該レポーター遺伝子の発現レベルを高める、候補化合物を選択する段階。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７６】
スクリーニングによって単離された化合物は、マーカー遺伝子の発現またはマーカー遺伝子にコードされるタンパク質の活性を阻害または促進し、かつ乳癌の治療または予防に適用することができる薬物の開発において候補となる。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７７】
その上、マーカー遺伝子にコードされるタンパク質の活性を阻害または促進する化合物の構造の一部が、付加、欠失、および/または置換によって変換されている化合物も同様に、本発明のスクリーニング法によって得ることができる化合物として含まれる。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０５】
本発明の方法は、細胞における、上方制御されるBRC関連遺伝子の発現、例えば、細胞の悪性転換に起因する上方制御を変化させるために用いることができる。標的細胞におけるsiRNAと表3、5、および7に列挙されたBRC関連遺伝子のいずれか1つに対応する転写物との結合は、細胞によるタンパク質産生の低下を引き起こす。オリゴヌクレオチドの長さは少なくとも10ヌクレオチドであり、天然の転写物程度の長さであってもよい。好ましくは、オリゴヌクレオチドは75、50、25ヌクレオチド長未満である。最も好ましくは、オリゴヌクレオチドは19〜25ヌクレオチド長である。