【手続補正書】
【提出日】平成19年5月1日(2007.5.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３のヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子、またはこのヌクレオチド配列に相補性を有する核酸分子。
【請求項２】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離された核酸分子、またはその相補体。
【請求項３】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４のアミノ酸配列を含むポリペプチドの自然に発生する対立性変異体をコードする単離された核酸分子、またはその相補体。
【請求項４】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３の全ヌクレオチド配列と少なくとも５０％の相同性を有するヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子、またはその相補体。
【請求項５】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３のヌクレオチド配列の少なくとも１５の連続したヌクレオチドのフラグメントを含む単離された核酸分子、またはその相補体。
【請求項６】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４の全アミノ酸配列と少なくとも５０％の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離された核酸分子、またはその相補体。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか１項に記載の核酸分子および異種ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか１項に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項９】
発現ベクターである請求項８に記載のベクター。
【請求項１０】
請求項９に記載の発現ベクターによりトランスフェクションされた宿主細胞。
【請求項１１】
前記細胞が微生物である請求項１０に記載の宿主細胞。
【請求項１２】
前記細胞が、コリネバクテリウム属またはブレビバクテリウム属に属する請求項１１に記載の宿主細胞。
【請求項１３】
前記核酸分子の発現により、前記細胞からのファインケミカルの製造が調節される請求項１０に記載の宿主細胞。
【請求項１４】
ファインケミカルが、有機酸、タンパク原アミノ酸および非タンパク原アミノ酸、プリンおよびピリミジン塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド、脂質、飽和および不飽和の脂肪酸、ジオール、炭水化物、芳香族化合物、ビタミン、補助因子、ポリケチド、および酵素からなる群より選択される請求項１３に記載の宿主細胞。
【請求項１５】
適当な培地中で請求項１０に記載の宿主細胞を培養し、これによりポリペプチドを製造することを含む、ポリペプチドの製造方法。
【請求項１６】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４のアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項１７】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４のアミノ酸配列を含むポリペプチドの自然に発生する対立性変異体を含む単離されたポリペプチド。
【請求項１８】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３の全ヌクレオチド配列と少なくとも５０％の相同性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子でコードされる単離されたポリペプチド。
【請求項１９】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４の全アミノ酸配列と少なくとも５０％の相同性を有するアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項２０】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４のアミノ酸配列を含むポリペプチドのフラグメントを含む単離されたポリペプチドであって、前記ポリペプチドのフラグメントがＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４のアミノ酸配列を含むポリペプチドの生物活性を維持していることを特徴とする単離されたポリペプチド。
【請求項２１】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３のヌクレオチド配列を含む核酸分子によってコードされるアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項２２】
さらに異種アミノ酸配列を含む、請求項１６〜２１のいずれか１項に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２３】
請求項１０に記載の細胞を培養してファインケミカルを製造する、ファインケミカルの製造方法。
【請求項２４】
さらに培養物からファインケミカルを回収する工程を含む請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
細胞が、コリネバクテリウム属またはブレビバクテリウム属に属す請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
当該細胞が、コリネバクテリウム−グルタミカム, コリネバクテリウム−ヘルキュリス、コリネバクテリウム−リリウム、コリネバクテリウム−アセトアシドフィリウム、コリネバクテリウム−アセトグルタミカム、コリネバクテリウム−アセトフィリウム、コリネバクテリウム−アンモニアゲン、 コリネバクテリウム−フジオケンス、コリネバクテリウム−ニトリロフィリウス、 ブレビバクテリウム−アンモニアゲン、ブレビバクテリウム−ブタニカム、 ブレビバクテリウム−ジバリカツム、ブレビバクテリウム−フラバム、ブレビバクテリウム−ヘアリ、ブレビバクテリウム−ケトグルタミカム、ブレビバクテリウム−ケトソレダクタアム、ブレビバクテリウム−ラクトフェルメンツム、ブレビバクテリウム−リネンス、ブレビバクテリウム−パラフィノリツカム、および表３に記載の株からなる群より選択される請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
前記ベクターによる核酸分子の発現により、前記ファインケミカルの製造の調節される請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
当該ファインケミカルが、有機酸、タンパク質原アミノ酸および非タンパク質原アミノ酸、プリンおよびピリミジン塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド、脂質、飽和および不飽和の脂肪酸、ジオール、炭水化物、芳香族化合物、ビタミン、共同因子、ポリケチド、および酵素からなる群より選択される請求項２３に記載の方法。
【請求項２９】
ファインケミカルがアミノ酸である請求項２３に記載の方法。
【請求項３０】
アミノ酸が、リジン、グルタマート、グルタミン、アラニン、アスパルタート、グリシン、セリン、トレオニン、メチオニン、システイン、バリン、ロイシン、イソロイシン、アルギニン、プロリン、ヒスチジン、チロシン、フェニルアラニン、およびトリプトファンから成る群より選択される請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
請求項１〜６のいずれか１項に記載の核酸分子の含有によってゲノムＤＮＡが変異した細胞を培養する工程を含むファインケミカルの製造方法。
【請求項３２】
請求項１〜６のいずれか１項に記載の核酸分子の少なくとも１種又は請求項１６〜２１のいずれか１項に記載のポリペプチド分子の少なくとも１種の存在を検出し、これによりコリネバクテリウム−ジフテリアの存在または活性を検出する工程を含むコリネバクテリウム−ジフテリアの存在または活性の検出方法。
【請求項３３】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３の核酸分子を含み、核酸分子が混乱している宿主細胞。
【請求項３４】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３の核酸分子を含み、核酸分子がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３の配列に比較して１個以上の核酸で修飾されている宿主細胞。
【請求項３５】
配列番号がＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１３の核酸分子を含み、核酸分子の調節領域が、分子の野生型調節領域と関連して修飾されている宿主細胞。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３６】
実施例３：ＤＮＡシーケンスとコンピューターによる機能解析 実施例２に記載されたゲノムライブラリーを標準的な方法、特にＡＢＩ３７７シーケンスマシーンを用いた鎖成長停止反応法（例えばFleischman,R.D.ら(1995)'Whole-genome Random Sequencing and Assembly of Haemophilus Influenzae Rd.',Science, 269:496-512参照）に従ったＤＮＡシーケンスに使用した。以下のヌクレオチド配列のシーケンスプライマーが使用された：5'-GGAAACAGTATGACCATG-3'（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０５）または5'-GTAAAACGACGGCCAGT-3'（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３０６）。