【手続補正書】
【提出日】平成19年9月6日(2007.9.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
共有エピトープを有するMHCクラスII分子に増加したアフィニティーで結合するシトルリン化ペプチドであって、SAVRACitSSVPGVR (配列番号1); FSMCitIVCLV (配列番号2); VVECitHQSAC (配列番号3); FTNCitINKLK (配列番号4); LRSCitIEVLK (配列番号5); VLKCitKVIEK (配列番号6); IKICitSCRGS (配列番号7); LPSCitDRQHL (配列番号8); FRHCitHPDEA (配列番号9); FPSCitGKSSS (配列番号10); IQQCitMDGSL (配列番号11); LTQCitGSVLR (配列番号12); YHFCitVGSEA (配列番号13); YDPCitNNSPY (配列番号14); VSFCitGADYS (配列番号15); YSLCitAVRMK (配列番号16); MKICitPLVTQ (配列番号17); YRACitPAKAA (配列番号18); WQKCitQKQVK (配列番号19); IQNCitQDGSV (配列番号20); WYNCitCHAAN (配列番号21); YSMCitKMSMK (配列番号22); MKICitPFFPQ (配列番号23); LHPCitNLILY (配列番号24); VATCitDNCCI (配列番号25); LDECitFGSYC (配列番号26); LKSCitIMLEE (配列番号27);FQKCitLDGSV (配列番号28); YALCitVELED (配列番号29); WNGCitTSTA (配列番号30); WKTCitWYSMK (配列番号31); YATCitSSAVR (配列番号32); VRLCitSSVPG (配列番号33); LNDCitFANYI (配列番号34); MLQCitEEAEN (配列番号35); LNLCitETNLD (配列番号36);及びVETCitDGQVI (配列番号37) からなる群から選択される少なくとも1つのアミノ酸配列を含むペプチド。
【請求項２】
前記ペプチドがさらなるシトルリン残基を含む、請求項1に記載のペプチド。
【請求項３】
請求項1または2に記載のペプチドの機能的類似体。
【請求項４】
請求項1、2、または3に記載のペプチドに特異的な抗体。
【請求項５】
共有エピトープを有するMHCクラスII分子に増加したアフィニティーで結合するペプチドであって、前記ペプチドは式Cit-Cit-X-Cit-G-Cit-Cit-Z-Cit-Cit-B-Cit-Citを有し、ここでXはY、F、W、I、L、MおよびVから選択され、ZはA、D、I、N、P、S、TおよびVから選択され、BはA、G、H、Q、S、TおよびVから選択されるペプチド。
【請求項６】
前記ペプチドが配列Cit-Cit-Y-Cit-G-Cit-Cit-S-Cit-Cit-S-Cit-Citを含む、請求項5に記載のペプチド。
【請求項７】
前記ペプチドがさらなるシトルリン残基を含む、請求項5または6に記載のペプチド。
【請求項８】
前記ペプチドが、前記ペプチドの先頭または終端にさらなる荷電したアミノ酸を含み、前記荷電したアミノ酸がアルギニン、リジン、アルパラギン、およびグルタミン酸からなる群から選択される、請求項5、6、または7に記載のペプチド。
【請求項９】
請求項5、6、7または8に記載のペプチドの機能的類似体。
【請求項１０】
請求項5から9のいずれか一項に記載のペプチドに特異的な抗体。
【請求項１１】
前記ペプチドが環状化されている請求項1から3および5から9のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項１２】
前記ペプチドが検出可能な標識で標識されている、請求項1、5、または11に記載のペプチド。
【請求項１３】
前記ペプチドが細胞毒性分子または放射活性分子に結合体化されている、請求項1から12のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項１４】
請求項1から13のいずれか一項に記載のペプチドの1種以上の有効量および薬学的に許容可能な担体を含む薬学的組成物。
【請求項１５】
前記組成物がアジュバントをさらに含む、請求項14に記載の薬学的組成物。
【請求項１６】
慢性関節リウマチを診断する方法であって、
(a)対象からの血液試料をシトルリン化ペプチドと接触させる工程;
(b)前記試料中のT細胞が活性化されているか否か、および/または前記シトルリン化ペプチドと、共有エピトープを有する前記MHCクラスII分子との間に複合体が形成されるか否かを決定する工程
を含む方法。
【請求項１７】
前記シトルリン化ペプチドが、
(a)配列番号1から37のペプチド;
(b)配列番号38から39のペプチド;および
(c)配列番号50から61のペプチド
からなる群から選択され、ここでアルギニンがシトルリンで置換されている請求項16に記載の方法。
【請求項１８】
対象における慢性関節リウマチ、または慢性関節リウマチに対する感受性を診断する方法であって、
前記対象の抗原提示細胞上に共有エピトープを有するMHCクラスII分子に結合した請求項1から3、5から9、または11から13のいずれか一項に記載のシトルリン化ペプチド抗原への、前記対象のT細胞による認識を決定する工程を含み、ここで、前記T細胞による認識が、前記対象が慢性関節リウマチを有するか、または慢性関節リウマチに感受性であることを示す
方法。
【請求項１９】
共有エピトープを有するMHCクラスII分子に結合したシトルリン化ペプチド抗原と反応性である自己反応性T細胞の検出のための診断方法であって、
末梢血単核細胞の単離した試料を、請求項1から3、5から9、または11から13のいずれか一項に記載の1つの以上のシトルリン化ペプチドとインキュベートする工程;
前記対象における活性化自己反応性T細胞の存在を示す、T細胞の応答を検出する工程
を含む方法。
【請求項２０】
共有エピトープを有するMHCクラスII分子に結合したシトルリン化ペプチド抗原と反応性である自己反応性T細胞の検出のための診断方法であって、
末梢血単核細胞の単離した試料を、配列番号50から61のいずれか1つの1つ以上のシトルリン化ペプチドとインキュベートする工程;
前記対象における活性化自己反応性T細胞の存在を示す、T細胞の応答を検出する工程
を含む方法。
【請求項２１】
前記T細胞がCD4+である、請求項19または20に記載の方法。
【請求項２２】
活性化T細胞が、前記対象が自己免疫障害を有するか、または自己免疫障害に感受性であることを示す、請求項21に記載の方法。
【請求項２３】
前記自己免疫障害が慢性関節リウマチである、請求項22に記載の方法。
【請求項２４】
対象からの試料中で抗シトルリン自己抗体を検出するための方法であって、
試料を式Cit-Cit-X-Cit-G-Cit-Cit-Z-Cit-Cit-B-Cit-Citのペプチドと接触させ、ここでXはY、F、W、I、L、MおよびVから選択され、ZはA、D、I、N、P、S、T、Vから選択され、BはA、G、H、Q、S、TおよびVから選択される工程;ならびに
前記試料中で抗シトルリン抗体への前記ペプチドの結合を検出する工程
を含む方法。
【請求項２５】
前記ペプチドが配列Cit-Cit-Y-Cit-G-Cit-Cit-S-Cit-Cit-S-Cit-Citを含む、請求項24に記載の方法。
【請求項２６】
前記ペプチドが環状化されている、請求項25に記載の方法。
【請求項２７】
抗シトルリン抗体への前記ペプチドの結合の検出が自己免疫障害の診断用である、請求項24、25、または26に記載の方法。
【請求項２８】
前記自己免疫障害が慢性関節リウマチである、請求項27に記載の方法。
【請求項２９】
前記自己免疫障害が多発性硬化症である、請求項27に記載の方法。
【請求項３０】
慢性関節リウマチを有する対象を治療するための方法であって、前記対象における共有エピトープを有する前記MHCクラスII分子への、請求項1から5に記載のペプチドの結合を妨害する工程を含む方法。
【請求項３１】
前記対象におけるペプチジルアルギニンデイミナーゼの発現を阻害する工程を含む、請求項30に記載の方法。
【請求項３２】
前記阻害が、前記ペプチジルアルギニンデイミナーゼの遺伝子配列に標的化されるsiRNAの前記対象への投与を含む、請求項31に記載の方法。
【請求項３３】
前記対象中でのペプチジルアルギニンデイミナーゼの機能を阻害する工程を含む、請求項31に記載の方法。
【請求項３４】
前記阻害が、ペプチジルアルギニンデイミナーゼの機能をブロックする、前記対象への薬剤の投与を含む、請求項33に記載の方法。
【請求項３５】
T細胞活性化および炎症性応答をもたらす、共有エピトープを有するMHCクラスII分子へのシトルリン化ペプチドの結合によって誘発される慢性関節リウマチに罹患している対象を治療するための方法であって、
薬学的に許容可能な担体とともに、請求項1または5に記載のペプチドを含む組成物のT細胞寛容誘導量を前記対象に投与する工程
を含む方法。
【請求項３６】
前記薬学的に許容可能な担体が可溶性MHCクラスII分子である、請求項35に記載の方法。
【請求項３７】
共有エピトープ細胞とのシトルリン化抗原MHCクラスII複合体の形成を含む、自己免疫障害の診断方法であって、
対象からの末梢血単核細胞の単離された試料を1種以上のシトルリン化ペプチド抗原とインキュベートする工程;
共有エピトープ細胞複合体とのシトルリン化抗原MHCクラスIIの形成を検出する工程であって、このような検出が前記対象において自己免疫障害をもたらすT細胞応答を誘発する可能性を示す
方法。
【請求項３８】
前記シトルリン化ペプチドが、
(a)配列番号1から37のペプチド;
(b)配列番号38から39のペプチド;
(c)配列番号40から49のペプチド;および
(d)配列番号50から61のペプチド
から選択され、ここでアルギニンがシトルリンで置換されている請求項37に記載の方法。
【請求項３９】
自己免疫障害が慢性関節リウマチである、請求項37または38に記載の方法。
【請求項４０】
前記シトルリン化ペプチドがシトルリン化BMPペプチドである、請求項37に記載の方法。
【請求項４１】
前記シトルリン化BMPペプチドが配列番号40から49からなる群から選択される、請求項40に記載の方法。
【請求項４２】
前記自己免疫障害が多発性硬化症である、請求項37または38に記載の方法。
【請求項４３】
対象における共有エピトープ複合体を有するシトルリン化ペプチドMHCクラスIIによってT細胞の活性化を最小化または予防するための方法であって、前記T細胞の活性化を阻害するために、前記複合体を標的化し、これに結合する抗体を前記対象に投与する工程を含む方法。
【請求項４４】
対象における潜在的に抗原性のペプチド中でアルギニンのシトルリンへの変換を予防するための方法であって、前記対象にペプチジルアルギニンデイミナーゼのアンタゴニストまたは阻害剤の有効量を投与する工程を含む方法。
【請求項４５】
共有エピトープを有するMHCクラスII分子へのシトルリン化ペプチドの結合を阻害する薬学的化合物を同定するためのスクリーニング方法であって、
候補薬学的化合物をトランスジェニックDR4-IE tgマウスに投与する工程;および
T細胞活性を測定する工程および/またはシトルリン化ペプチド/共有エピトープを有するMHCクラスII分子の複合体形成を測定する工程
を含む方法。
【請求項４６】
慢性関節リウマチの研究のための動物モデルを提供するために動物において慢性関節リウマチを誘導する方法であって、薬学的に許容可能な担体とともに、請求項1または請求項5に記載の1種以上のシトルリン化ペプチドを含む組成物の慢性関節リウマチ誘導量を前記動物に投与する工程を含む方法。
【請求項４７】
投与が注射による、請求項46に記載の方法。
【請求項４８】
多発性硬化症の研究のための動物モデルを提供するために動物において多発性硬化症を誘導する方法であって、配列番号40から49から選択される1種以上のシトルリン化ペプチドを含む組成物の多発性硬化症誘導量を前記動物に投与する工程を含む方法。
【請求項４９】
多発性硬化症の診断のための方法における、配列番号40から49のペプチドのいずれか1つの使用。
【請求項５０】
MSの診断において有用であるシトルリン化MBPペプチドおよび/またはGFAPペプチドであって、FLPCitHRDTG (配列番号40), VTPCitTPPPS (配列番号41); YGGCitASKYK (配列番号42), LGGCitDSRSG (配列番号43), MERCitRITSA (配列番号44), LPTCitVDFSL (配列番号45), LNDCitFASYI (配列番号46), LRLCitLDQLT (配列番号47), LQICitETSLD (配列番号48),及びVEMCitDGEVI (配列番号49) およびその類似体からなる群から選択されるペプチド。
【請求項５１】
請求項50のペプチド、およびそのための薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
【請求項５２】
共有エピトープを有するMHCクラスII分子に結合したシトルリン化ペプチド抗原と反応性である自己反応性T細胞の検出のための診断方法であって、
対象からの末梢血単核細胞の単離された試料を、配列番号40から49のいずれか1つに記載の1つ以上のシトルリン化ペプチドとインキュベートする工程;
前記対象における活性化自己反応性T細胞の存在を示す、T細胞の応答を検出する工程
を含む方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２６】
本発明の別の態様によるものは、共有エピトープを有するMHCクラスII分子に高アフィニティーで結合するシトルリン化ミエリン塩基性タンパク質(MBP)ペプチドであり、前記ペプチドは、MSを有する患者またはMSを発症するリスクがある患者の血液中でT細胞応答を誘発し、前記ペプチドは、FLPCitHRDTG (配列番号40), VTPCitTPPPS (配列番号41); YGGCitASKYK (配列番号42)；及びLGGCitDSRSG (配列番号43) からなる群から選択される。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２７】
本発明の別の態様によるものは、共有エピトープを有するMHCクラスII分子に高アフィニティーで結合するシトルリン化グリア線維酸性タンパク質(GFAP)ペプチドであり、前記ペプチドは、MSを有する患者またはMSを発症するリスクがある患者の血液中でT細胞応答を誘発し、前記ペプチドは、MERCitRITSA (配列番号44), LPTCitVDFSL (配列番号45), LNDCitFASYI (配列番号46), LRLCitLDQLT (配列番号47), LQICitETSLD (配列番号48),及びVEMCitDGEVI (配列番号49)からなる群から選択される。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２９】
本発明の別の態様によるものは、LSLRTVSLG (SEQ ID NO 50); VVLRLKCGS (配列番号51); MSGRGKQGG (配列番号52); YSERVGAGA (配列番号53); IIPRHLQLA (配列番号54); LAIRNDEEL (配列番号55); LLGRVTIAQ (配列番号56); MSGRGKGGK (配列番号57); LARRGGVKR (配列番号58); VALREIRRY (配列番号59); LLIRKLPFQ (配列番号60);及びLARRIRGER (配列番号61) からなる群から選択されるシトルリン化ペプチドであり、ここで前記「R」アルギニン残基はPADの作用によってシトルリンに変換できる。このようなペプチドは、慢性感染リウマチの徴候としてのT細胞反応性を測定するためなどの種々のアッセイにおいて使用できる。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３０】
本発明の別の態様によるものは、対象からの試料中で抗シトルリン抗体を検出するための方法であって、前記方法は以下の工程を含む:
対象からの試料を、配列番号40から49のいずれか1つのペプチドと接触させる工程;
前記試料中で、抗シトルリン抗体への前記ペプチドの結合を検出する工程。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３７】
本発明の別の態様によるものは、共有エピトープを有するMHCクラスII分子に高アフィニティーで結合し、かつMS患者またはMSを発症するリスクがある患者の血液中でT細胞応答を誘発することが可能であるシトルリン化ペプチド、および薬学的に許容可能な担体を含む組成物である。シトルリン化ペプチドは、配列番号40から49によって表されるペプチドのいずれか1つから選択できる。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４０】
いくつかの態様において、ペプチド抗原は、配列番号1から61のいずれか1つから選択できる。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４１】
本発明の別の態様によるものは、MHCクラスII共有エピトープ陽性細胞に結合するシトルリン化抗原と反応性である活性化された自己反応性T細胞の検出のための試験キットであり、前記試験キットは、本明細書中に開示されるような1種以上のシトルリン化ペプチドを含む。いくつかの態様において、ペプチド抗原は、配列番号1から37、配列番号38から39、配列番号40から49、および配列番号50から61のいずれか1つから選択できる。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４４】
本発明のなおさらなる別の態様によるものは、T細胞応答をもたらす共有エピトープを有するMHCクラスII分子にシトルリン化ペプチドを結合することによって誘発される、MSに罹患している対象を治療するための方法であって、前記方法は以下の工程を含む: FLPCitHRDTG (配列番号40), VTPCitTPPPS (配列番号41); YGGCitASKYK (配列番号42), LGGCitDSRSG (配列番号43), MERCitRITSA (配列番号44), LPTCitVDFSL (配列番号45), LNDCitFASYI (配列番号46), LRLCitLDQLT (配列番号47), LQICitETSLD (配列番号48)及びVEMCitDGEVI (配列番号49) のシトルリン化ペプチドを含む組成物のT細胞寛容誘導量を投与する工程。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６９】
出願人は、シトルリン化ペプチド抗原を含む自己免疫障害がMHCクラスII分子共有エピトープを有する対象においてT細胞応答を誘発し、多発性硬化症(MS)におけるシトルリン化ペプチド誘発T細胞応答もまた、MHCクラスIIエピトープを有するMS対象のために本発明に含まれることを実証した。このようなシトルリン化ペプチドには、例えば、シトルリン化ミエリン塩基性タンパク質(MBP)およびシトルリン化グリア線維酸性タンパク質(GFAP)が含まれる。MSの診断において有用であるシトルリン化MBPペプチドおよびGFAPペプチドならびに治療方法の標的は、FLPCitHRDTG (配列番号40), VTPCitTPPPS (配列番号41); YGGCitASKYK (配列番号42), LGGCitDSRSG (配列番号43), MERCitRITSA (配列番号44), LPTCitVDFSL (配列番号45), LNDCitFASYI (配列番号46), LRLCitLDQLT (配列番号47), LQICitETSLD (配列番号48),及びVEMCitDGEVI(配列番号49) からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み得る。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７０】
さらに、本発明のシトルリン化ペプチドは、好中球中でシトルリン化されるペプチドをさらに含み得、このようなものとして、慢性関節リウマチの診断または治療において使用され得、前記ペプチドは、ヌクレオホスミン/B23、ヒストンH2A、ヒストンH4、およびヒストンH3からなる群から選択され、ここで、前記ペプチドは1つ以上のシトルリン残基を含む。これらのタンパク質は顆粒球中でシトルリン化されることが実証されている(Hagiwara T.ら、 Biochem &Biophy Res Comm. (2000)  290, 979-983)。好中球は、慢性関節リウマチ患者の炎症性関節に存在する。シトルリン化できるペプチドは以下の群から選択される:LSLRTVSLG (配列番号50、ヌクレオホスミン/B23);VVLRLKCGS (配列番号51、ヌクレオホスミン/B23);MSGRGKQGG、(配列番号52、ヒストンH2A);YSERVGAGA、(配列番号53、ヒストンH2A);IIPRHLQLA、(配列番号54、ヒストンH2A);LAIRNDEEL、(配列番号55、ヒストンH2A);LLGRVTIAQ、(配列番号56、ヒストンH2A);MSGRGKGGK (配列番号57、ヒストンH4);LARRGGVKR (配列番号58、ヒストンH4);VALREIRRY (配列番号59、ヒストンH3)、LLIRKLPFQ(配列番号60、ヒストンH3)および、LARRIRGER (配列番号61、ヒストンH3)ここで前記「R」アルギニン残基は、PADの作用によってシトルリンに変換できる。このようなペプチドは、例えば、慢性関節リウマチの診断的徴候としてのT細胞反応性を測定するための種々のアッセイにおいて使用できる。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０７】
本発明のさらなる局面は、一般的に、T細胞応答を誘発するシトルリン化ペプチド抗原を含む自己免疫障害の診断のための方法である。このような自己免疫障害には、慢性関節リウマチおよび多発性硬化症が含まれるがこれらに限定されない。多発性硬化症において、シトルリン化ミエリン塩基性タンパク質(MBP)T細胞応答が観察された(Tranquillら、2000. Enhanced T cell responsiveness to citrulline-containing myelin basic protein in multiple sclerosis patients. Mult. Scler. 6:4220-5)。それゆえに、MHCクラスII共有エピトープを発現するMS患者において、シトルリンに対する免疫応答は疾患のプロセスに寄与し得る。このようなものとして、シトルリン化MBPに対する抗シトルリン自己抗体の検出は、MSについて診断的であり得る。いくつかの態様において、T細胞反応性を阻害することは、MSについて治療的であり、この活性をアッセイすることはMSについて診断的である。さらに、慢性関節リウマチに関して本明細書中に記載される治療もまた、シトルリン化MBPが疾患をもたらすT細胞応答を誘発する、MSの治療に適用可能である。RAの治療のための、本明細書中に記載されるような、感受性のある患者(すなわち、MHCクラスII共有エピトープを発現する)において共有エピトープへのシトルリン化ペプチドの結合の阻害の方法は、MSの治療においてもまた、適用可能であり得る。MSの診断および治療方法の標的において有用なシトルリン化MBPタンパク質は、例えば、FLPCitHRDTG (配列番号40), VTPCitTPPPS (配列番号41); YGGCitASKYK (配列番号42)および LGGCitDSRSG (配列番号43)から選択できる。MSの診断において使用できるなお他のシトルリン化ペプチドは、シトルリン化グリア線維酸性タンパク質(GFAP)である。GFAPは、グリア細胞、星状細胞、アストログリアフィラメントに存在するタンパク質である(Nicholas A.P. 2002.  Preparation of a monoclonal antibody to citrullinated epito
pes: its characterization and some applications to immunohistochemistry in human brain. Glia.Mar 15;37(4):328-36、Nicholas ら、2003.  Immunohistochemical localization of citrullinated proteins in adult rat brain. J Comp Neurol. May 5:459(3):251-66)。MSの診断の方法における使用のためのシトルリン化GFAPは、MERCitRITSA (配列番号44), LPTCitVDFSL (配列番号45), LNDCitFASYI (配列番号46), LRLCitLDQLT (配列番号47), LQICitETSLD (配列番号48)およびVEMCitDGEVI (配列番号49)から選択できる。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１７】
(実施例2)
ペプチドの生成
これらの研究において使用されるペプチドは、製造業者(Genemed Synthesis、San Francisco、CA)によって合成および精製された。ペプチドを、Hammerら (Hammer J, Bono E, Gallazzi F, Belunis C, Nagy Z, Sinigaglia F. 1994. Precise prediction of major histocompatibility complex class II-peptide interaction based on peptide side chain scanning. J. Exp. Med. 180:2353)の方法に従ってDRB1*0401についてそれらの予測されたアフィニティーに基づいて選択した。下線を付したアミノ酸は、9個のMHCクラスII分子結合ポケット(P1〜P9)と相互作用する残基を示すのに対して、太字で示すものはP4共有エピトープ位置で相互作用する。プロテオグリカンアグリカンから使用したペプチドの配列は以下の通りである:P4D = ヒトアグリカンペプチド 280-292, AGWLADRSVRYPI; (配列番号62) P4R = 変化したヒトアグリカンペプチド280-292, AGWLARRSVRYPI; (配列番号63) P4Cit = 変化したヒトアグリカンペプチド280-292, AGWLACitRSVRYPI (配列番号64)。シトルリンはHammerらの予測アルゴリズムにおいて考慮されていないので、ビメンチンからの候補T細胞エピトープを同定するときには、グルタミンの値をアルギニンの代わりに置き換えた(グルタミンはシトルリンを同じ末端側鎖基を有する)。使用したビメンチンペプチドの配列は以下の通りであった:Vim 65-77 = ヒトビメンチンペプチド 65-77, SAVRARSSVPGVR (配列番号65), Vim R70Cit = 変化したヒトビメンチンペプチド65-77, SAVRACitSSVPGVR (配列番号66)。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2007524583000001.app