(57)【要約】  開示されているのは、免疫応答の調節に用いる化合物である。より具体的には、本発明は、Ｔｈ１免疫応答の調節に用いるオリゴマー形態のＰＤ−Ｌ２を開示している。本発明の化合物は、Ｔｈ１を媒介とする広範な障害で有用であり、その障害には病原性感染症と過剰増殖性障害が含まれる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
式（Ｉ）：
［Ｐ］n                    （Ｉ）
（式中、
Ｐは、現われるごとに独立に、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを含むタンパク質性分子、またはＰＤ−Ｌ２ポリペプチドからなるタンパク質性分子、または主にＰＤ−Ｌ２ポリペプチドからなるタンパク質性分子を表わし；
ｎは２よりも大きい整数を表わす）
で表わされるポリペプチド複合体。
【請求項２】
Ｐが、腫瘍新生血管標的ドメイン、または腫瘍関連新生血管標的ドメインを欠いている、請求項１に記載のポリペプチド複合体。
【請求項３】
前記ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドが、ＰＤ−Ｌ２の可溶性部分を含む、またはＰＤ−Ｌ２の可溶性部分からなる、または主にＰＤ−Ｌ２の可溶性部分からなる、請求項１または２に記載のポリペプチド複合体。
【請求項４】
ＰＤ−Ｌ２の前記可溶性部分が、シグナルペプチドあり、またはシグナルペプチドなしのＰＤ−Ｌ２外部ドメインである、請求項３に記載のポリペプチド複合体。
【請求項５】
前記タンパク質性分子が、ＰＤ−Ｌ２膜貫通ドメインとＰＤ−Ｌ２細胞質ドメインの一方または両方を欠いている、請求項１〜４のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項６】
ｎが、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上のいずれかである、請求項１〜５のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項７】
ｎが、１００以下、５０以下、３０以下、２０以下のいずれかである、請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項８】
ｎが３〜２０の範囲内、好ましくは４〜１６の範囲内、より好ましくは８〜１２の範囲内である、請求項１〜７のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項９】
前記タンパク質性分子が互いに化学的にカップルして形成されている、請求項１〜８のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１０】
請求項１〜８のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体において、個々のタンパク質性分子が、そのポリペプチド複合体を形成するためそれらタンパク質性分子の自己組織化を促進する少なくとも１つのオリゴマー化ドメインをさらに含む、ポリペプチド複合体。
【請求項１１】
前記少なくとも１つのオリゴマー化ドメインが前記ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドに機能可能に接続されて一本鎖キメラポリペプチドを形成している、請求項１０に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１２】
請求項１〜９のいずれか１項に記載のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを含む、または請求項１〜９のいずれか１項に記載のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドからなる、または主に請求項１〜９のいずれか１項に記載のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドからなるタンパク質性分子であって、式（Ｉ）のポリペプチド複合体を形成するためそのタンパク質性分子の自己組織化を促進する少なくとも１つのオリゴマー化ドメインに機能可能に接続されている、タンパク質性分子。
【請求項１３】
前記少なくとも１つのオリゴマー化ドメインが、前記ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの上流（すなわちそのＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのアミノ末端）および／または下流（すなわちそのＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのカルボキシ末端）に機能可能に接続されている、請求項１０〜１２のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１４】
前記タンパク質性分子が、式（ＩＩ）：
ＰＤ−Ｌ２−Ｌ−ＯＭＤA      （ＩＩ）
（式中、
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わし；
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤAからなるオリゴマー（ＯＭＤA）i（ｉは３以上、好ましくは３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、結合またはペプチドリンカーである）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むか、そのポリペプチド一本鎖からなる、またはそのポリペプチド一本鎖から実質的になる、請求項１３に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１５】
前記タンパク質性分子が、式（ＩＩＩ）：
ＰＤ−Ｌ２−Ｌ−ＯＭＤA−Ｌ−ＯＭＤB      （ＩＩＩ）
（式中、
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤAからなるオリゴマー（ＯＭＤA）i（ｉは２以上、好ましくは２、３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、現われるごとに独立に、結合またはペプチドリンカーを表わし；
ＯＭＤBは、ｊ個のサブユニットＯＭＤBからなるオリゴマー（ＯＭＤB）j（ｊはｉよりも大きい整数、好ましくはｉ＋１、ｉ＋２、ｉ＋３、ｉ＋４、ｉ＋５、ｉ＋６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインである）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むか、そのポリペプチド一本鎖からなるか、またはそのポリペプチド一本鎖から実質的になる、請求項１３に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１６】
ｉが２であり、ｊが４または６である、請求項１５に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１７】
前記タンパク質性分子が、式（ＩＶ）：
ＯＭＤA−Ｌ−ＰＤ−Ｌ２      （ＩＶ）
（式中、
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わし；
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤAからなるオリゴマー（ＯＭＤA）i（ｉは３以上、好ましくは３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、結合またはペプチドリンカーであり；
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わす）によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むか、そのポリペプチド一本鎖からなるか、またはそのポリペプチド一本鎖から実質的にある、請求項１３に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１８】
前記タンパク質性分子が、式（Ｖ）：
ＯＭＤB−Ｌ−ＯＭＤA−Ｌ−ＰＤ−Ｌ２      （Ｖ）
（式中、
ＯＭＤBは、ｊ個のサブユニットＯＭＤBからなるオリゴマー（ＯＭＤB）j（ｊは２以上、好ましくは２、３、４、５、６のいずれかであり；
Ｌは、現われるごとに独立に、結合またはペプチドリンカーを表わし；
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤBからなるオリゴマー（ＯＭＤB）j（ｉはｊよりも大きい整数、好ましくはｊ＋１、ｊ＋２、ｊ＋３、ｊ＋４、ｊ＋５、ｊ＋６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わす）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むか、そのポリペプチド一本鎖からなるか、またはそのポリペプチド一本鎖から実質的にある、請求項１３に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１９】
ｊが２であり、ｉが４または６である、請求項１８に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２０】
結合パートナーの存在下で個々のオリゴマー化ドメイン（例えばＯＭＤAまたはＯＭＤB）が組織化してヘテロオリゴマーになる、請求項１４〜１９のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２１】
前記オリゴマー化ドメインと前記結合パートナーは特異的結合ペアのメンバーが可能性である、請求項２０に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２２】
前記特異的結合ペアの選択が、ビオチン−アビジン、ビオチン−ストレプトアビジン、抗原−抗体、ハプテン−抗ハプテン、リガンド−受容体、受容体−補助受容体からなされる、請求項２１に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２３】
前記少なくとも１つのオリゴマー化ドメインの選択が、二量体化ドメイン（例えば免疫グロブリンＦｃドメイン、ロイシンジッパーなど）、三量体化ドメイン（例えば大腸菌アスパラギン酸トランスカルバモイラーゼ（ＡＴＣアーゼ）の触媒性サブユニット、バクテリオファージＴ４フィブリチンからの「フォールドン」三量体化配列、ネック領域ペプチド、ヒト肺界面活性Ｄタンパク質、オリゴマー化コイルドコイルアドヒーシン、エンベロープウイルスのクラスＩ融合タンパク質の相補的７アミノ酸反復領域など）、四量体化ドメイン（例えばテトラブラキオンのコイルドコイルドメイン）、五量体化ドメイン（例えばトリプトファンジッパーまたは軟骨オリゴマーマトリックスドメイン（ＣＯＭＰ）の五量体化ドメインなど）、六量体化ドメイン（例えばＩｇＡ抗体の重鎖のＣ末端からのテールピース）からなされる、請求項１０〜２２のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２４】
前記少なくとも１つのオリゴマー化ドメインが前記ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドに直接接続されている、請求項１０〜２３のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２５】
前記少なくとも１つのオリゴマー化ドメインと前記ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドがペプチドリンカーによって接続されている、請求項１０〜２３のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２６】
前記ペプチドリンカーが約１個〜約１００個のアミノ酸残基（と、その間のあらゆる整数値のアミノ酸残基）からなる、請求項２５に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２７】
前記ペプチドリンカーが、前記タンパク質性分子の精製を促進する精製部分と、前記タンパク質性分子に対する免疫応答を調節する免疫調節部分と、構造的柔軟性付与部分から選択された少なくとも１つの部分を含む、請求項２５または２６に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２８】
宿主細胞の中で機能可能な調節エレメントに機能可能に接続された、請求項１０〜２７のいずれか１項に記載のタンパク質性分子をコードする配列を含む核酸コンストラクト。
【請求項２９】
請求項２８に記載の核酸コンストラクトを含有する宿主細胞。
【請求項３０】
原核生物宿主細胞である、請求項２９に記載の宿主細胞。
【請求項３１】
真核生物宿主細胞である、請求項２９に記載の宿主細胞。
【請求項３２】
ポリペプチド複合体を作製する方法であって、ポリペプチド複合体の形成に適した条件下（例えば水溶液内）で請求項１０〜２７のいずれか１項に記載のタンパク質性分子を組み合わせることを含んでいて、そうすることにより、ｎ個（ｎは、典型的には３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上のいずれか、適切には１００以下、５０以下、３０以下、２０以下のいずれか、好ましくは３〜２０の範囲内、適切には４〜１６、より適切には８〜１２である）のサブユニットのタンパク質性分子からなるオリゴマーを含むポリペプチド複合体を作製する方法。
【請求項３３】
請求項１〜２７のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体と、医薬として許容可能な基剤、希釈剤、アジュバントのいずれかとを含む免疫調節組成物。
【請求項３４】
対象でＴｈ１免疫応答を含む免疫応答を刺激する、または誘起する、または増大させる方法であって、その対象に、請求項１〜２７のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体、または請求項３３に記載の組成物を投与することを含む方法。
【請求項３５】
対象でＴｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害を処置する方法であって、その対象に、請求項１〜２７のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体、または請求項３３に記載の組成物を投与することを含む方法。
【請求項３６】
対象でＴｈ１免疫が損なわれたことが判明したときに前記ポリペプチド複合体または前記組成物をその対象に投与する、請求項３４または３５に記載の方法。
【請求項３７】
（１）前記対象から得られたサンプルのＴｈ１免疫状態バイオマーカープロファイルとして、そのサンプル中の少なくとも１つのＴｈ１免疫状態バイオマーカー（その少なくとも１つのＴｈ１免疫状態バイオマーカーには、そのサンプル中の免疫エフェクタ細胞（ＩＥＣ）相互作用細胞と相互作用する細胞のＰＤ−Ｌ２が含まれ、場合によってはＰＤ−Ｌ１も含まれる）のバイオマーカー値を含むプロファイルを明らかにすることと；（２）前記バイオマーカー値を用い、その対象のＴｈ１免疫状態の少なくとも一部を示す指標を求めることを含む方法によって前記対象のＴｈ１免疫状態を評価することをさらに含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記ＩＥＣ相互作用細胞が抗原提示細胞（ＡＰＣ）であり、そのＡＰＣは、樹状細胞とマクロファージからなるグループから選択されることが適切である、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記ＡＰＣがＣＤ１１ｃ発現樹状細胞である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記ＩＥＣ相互作用細胞が腫瘍細胞である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
前記バイオマーカー値が、前記対象から得られた前記サンプル中の前記Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、請求項３７〜４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
前記バイオマーカー値が、前記Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの含量を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
個々のバイオマーカー値が、細胞表面の前記Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーを発現する抗原提示細胞（ＰＤ−Ｌ２+樹状細胞、ＰＤ−Ｌ２+腫瘍細胞など）の割合を含む、請求項３７〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４４】
前記Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーがＰＤ−Ｌ２であり、前記バイオマーカー値が、ＩＥＣ相互作用細胞（例えば樹状細胞などのＡＰＣ、または腫瘍細胞）の表面上のＰＤ−Ｌ２クラスター化の測定値である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４５】
前記サンプル中でＰＤ−Ｌ２のレベルが、正常なＴｈ１免疫または損なわれていないＴｈ１免疫の存在と相関するＰＤ−Ｌ２の対照レベルと比べて低下していて、そのことによってＴｈ１免疫の少なくとも一部が損なわれていることを前記指標が示していると判断される、請求項３７〜４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
一対のＴｈ１免疫状態バイオマーカーからのバイオマーカー値を用いて前記指標を求める、請求項３７〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４７】
前記一対のＴｈ１免疫状態バイオマーカーがＰＤ−Ｌ２とＰＤ−Ｌ１である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記バイオマーカー値に組み合わせ関数を適用することをさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記組み合わせ関数の選択が、付加モデル、線形モデル、サポートベクターマシン、ニューラルネットワークモデル、ランダムフォレストモデル、回帰モデル、遺伝的アルゴリズム、アニーリングアルゴリズム、加重合計、最近傍モデル、確率モデルを含むグループからなされる、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
（ａ）第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーのバイオマーカー値を求め；（ｂ）第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーの対応するバイオマーカー値を求め；（ｃ）その第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーとその第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーに関して記録したバイオマーカー値を用いて前記指標を求めることを含んでいて、その指標が、その第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーとその第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーに関して記録したバイオマーカー値の比を示す、請求項３７〜４６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５１】
前記第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーがＰＤ−Ｌ２であり、前記第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーがＰＤ−Ｌ１である、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記サンプルから求めた前記第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーと前記第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーの値の比が、正常なＴｈ１免疫または損なわれていないＴｈ１免疫の存在と相関する対照ＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値の比と比べて低下していて、Ｔｈ１免疫の少なくとも一部が損なわれていることを前記指標が示していると判断される、請求項５０または５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記サンプルのバイオマーカー値の比が、（例えばＴｈ１免疫応答が正常であるか損なわれていない対照から得られた対照サンプルから求められる）対照バイオマーカー値の比の約９５％以下、９４％以下、９３％以下、９２％以下、９１％以下、９０％以下、８０％以下、７０％以下、６０％以下、５０％以下、４０％以下、３０％以下、２０％以下、１０％以下のいずれか（とその間のあらゆる整数値）であることが適切である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記サンプルのＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値の比が、通常は、（例えばＴｈ１免疫応答が正常であるか損なわれていない対照から得られた対照サンプルから求められる）前記対照バイオマーカー値の比の約９６％〜１０４％（とその間のあらゆる整数値）である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記Ｔｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害が、Ｔｈ１免疫状態の低下または抑制と関係している、請求項３５〜５４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
前記Ｔｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害が、転移性のがんを含むがん、または病原性感染症である、請求項５５に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、全体として、免疫応答の調節に用いる化合物に関する。より具体的には、本発明は、Ｔｈ１免疫応答の調節に用いるオリゴマー形態のＰＤ−Ｌ２に関する。本発明の化合物は、Ｔｈ１を媒介とする広範な障害で有用であり、その障害には病原性感染症と過剰増殖性障害が含まれる。
【背景技術】
【０００２】
プログラムされた細胞死タンパク質１（ＰＤ−１）は、エフェクタＴ細胞に対するブレーキとしての作用と組織微小環境で免疫応答を低下させる作用を通じて免疫を調節する際の重要な役者であると認識されている。ＰＤ−１は、免疫抑制ＣＤ４+ Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）と消耗ＣＤ８+ Ｔ細胞を含む活性化されたＴ細胞の表面で発現しているだけでなく、Ｂ細胞、骨髄性樹状細胞（ＭＤＣ）、単球、胸腺細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の表面でも発現している。ＰＤ−１のこの広範な発現は、効果的な免疫とＴ細胞のホメオスタシス維持に必要なＰＤ−１シグナル伝達経路にさまざまな意味があることを示唆している（Ｇｉａｎｃｈｅｃｃｈｉ他、Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ．Ｒｅｖ．第１２巻：１０９１〜１１００ページ、２０１３年）。
【０００３】
重要なことだが、ＰＤ−１シグナル伝達経路は、正常な個体における中枢性寛容と末梢性寛容の両方の維持に寄与する。胸腺では、ＰＤ−１とそれに対応するリガンドの相互作用が陽性選択を抑制し、そのことによってＣＤ４-  ＣＤ８-ダブルネガティブ細胞からＣＤ４+  ＣＤ８+ダブルポジティブＴ細胞への形質転換を妨げる（Ｋｅｉｒ他、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第１７５巻：７３２９〜７３７９ページ、２００５年）。ＰＤ−１シグナル伝達は、陰性選択を逃れる自己反応性エフェクタＴ細胞と炎症性エフェクタＴ細胞を抑制することで、免疫を媒介とした二次的な組織損傷を回避すすることにも重要な役割を果たしている（Ｋｅｉｒ他、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．第２０３巻：８８３〜８９５ページ、２００６年）。
【０００４】
ＰＤ−１には２つのリガンドが知られている。１つはタンパク質死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１；Ｆｒｅｅｍａｎ他、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．第１９２巻：１０２７〜１０３４ページ、２０００年）であり、ヒトではＢ７−Ｈ１としても知られており（Ｄｏｎｇ他、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．第５巻：１３６５〜１３６９ページ、１９９９年）、もう１つはタンパク質死リガンド２（ＰＤ−Ｌ２；Ｌａｔｃｈｍａｎ他、Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第２巻：２６１〜２６８ページ、２００１年）であり、Ｂ７−ＤＣとしても知られる（Ｔｓｅｎｇ他、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．第１９３巻：８３９〜８４６ページ、２００１年）。ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２の発現パターンはまったく異なっている。ＰＤ−Ｌ１は、多彩な免疫細胞と非免疫細胞によって構成的に発現され、大半の正常な組織細胞において、強い炎症シグナルの存在下で上方調節されるように見える（Ｍａｔｚｉｎｇｅｒ他、Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第１１巻：２２１〜２３０ページ、２０１１年；Ｍｕｈｌｂａｕｅｒ他、Ｊ．Ｈｅｐａｔｏｌ．第４５巻：５２０〜５２８ページ、２００６年；Ｐｉｎｃｈｕｋ他、Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．第１３５巻：１２２８〜１２３７ページ、２００８年；Ｓｔａｎｃｉｕ他、Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．、第１９３巻：４０４〜４１２ページ、２００６年）。それとは対照的に、ＰＤ−Ｌ２の構成的基礎発現はＰＤ−Ｌ１と比べて少ない。ＰＤ−Ｌ２の発現は、当初は抗原提示細胞（単球、マクロファージ、樹状細胞（ＤＣ）など）に限定されると考えられていた（Ｌａｔｃｈｍａｎ他、Ｎａｔｕｒｅ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．第２巻：２６１〜２６８ページ、２００１年；Ｙａｍａｚａｋｉ他、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第１６９巻：５５３８〜５５４５ページ、２００２年）が、微小環境刺激に応じてＰＤ−Ｌ２の発現を多彩な他の免疫細胞と非免疫細胞の表面で誘導できることが、最近いくつかのグループによって示された（Ｋｉｎｔｅｒ他、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第１８１巻：６７３８〜６７４６ページ、２００８年；Ｚｈｏｎｇ他、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第３７巻：２４０５〜２４１０ページ、２００７年；Ｍｅｓｓａｌ他、Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第４８巻：２２１４〜２２１９ページ、２０１１年；Ｌｅｓｔｅｒｈｕｉｓ他、Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第４９巻：１〜３ページ、２０１１年）。
【０００５】
ＰＤ−１とそれに対応するリガンドは、悪性細胞とその周囲の微小環境細胞で異常に発現している。腫瘍の微小環境内では、ＰＤ−１は、異なる多くのタイプの腫瘍からの腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の多くの割合で高度に発現しており、局所的なエフェクタ免疫応答を抑制する。ＴＩＬでのＰＤ−１の発現は、エフェクタ機能（腫瘍細胞に対するサイトカイン産生と細胞傷害効果）の低下および／またはいくつかのタイプの腫瘍（腎細胞がん、転移性黒色腫のほか、胃がん、乳がん、卵巣がん、膵臓がん、肺がんが含まれる）における転帰不良と関係している（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ他、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．第１３巻：１７５７〜１７６１ページ、２００７年；Ｚｈａｎｇ他、Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第７巻：３８９〜３９５ページ、２０１０年；Ａｈｍａｄｚａｄｅｈ  Ｍ他、Ｂｌｏｏｄ第１１４巻：１５３７〜１５４４ページ、２００９年；Ｓｈｉ他、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ第１２８巻：８８７〜８９６ページ、２０１１年）。同様に、ＰＤ−Ｌ２は一部のヒト腫瘍で上方調節されていることが観察されており、転帰不良に結びついていることもある（Ｒｏｚａｌｉ他、Ｃｌｉｎ．Ｄｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第２０１２巻：６５６３４０ページ、２０１２年）。
【０００６】
腫瘍微小環境でのがん関連免疫抑制にＰＤ−１／ＰＤ−リガンド経路が関与している可能性があるため、その経路を標的とすることが魅力的な治療戦略として提案されてきた。これに関するいくつかの研究では、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１経路に対する抗体を阻止することの治療効果が調べられていて、腫瘍制御率の向上が証明されている（Ｃｕｒｒａｎ他、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ  Ｓｃｉ．ＵＳＡ第１０７巻：４２７５〜４２８０ページ、２０１０年；Ｉｗａｉ他、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ  Ｓｃｉ．ＵＳＡ第９９巻：１２２９３〜１２２９７ページ、２００２年；Ｐｉｌｏｎ−Ｔｈｏｍａｓ他、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８４巻：３４４２〜３４４９ページ、２０１０年；Ｚｈａｎｇ他、Ｂｌｏｏｄ第１１４巻：１５４５〜１５５２ページ、２００９年）。しかし明確な治療戦略としてのＰＤ−Ｌ２の阻止を調べた研究はほとんど存在していない。少数の研究でＰＤ−Ｌ２阻止戦略が用いられたが、常にＰＤ−Ｌ１を標的とすることとの組み合わせであった（Ｐａｒｅｋｈ他、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第１８２巻：２８１６〜１８２６ページ、２００９年；Ｈｅ他、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第１７３巻：４９１９〜４９２８ページ、２００４年）ため、抗ＰＤ−Ｌ２戦略の真価を引き出すことはできなかった。
【発明の概要】
【０００７】
本発明の一部は、抗原特異的免疫エフェクタ細胞（ＩＥＣ）（Ｔリンパ球が含まれる）と相互作用する抗原提示細胞（ＡＰＣ）などの細胞の表面におけるＰＤ−Ｌ２の発現がＴｈ１関連障害の重症度と逆相関することと、Ｔｈ１免疫の確立にはＰＤ−Ｌ２が必要であることが判明したことに基づいている。このようなＩＥＣ相互作用細胞の表面でのＰＤ−Ｌ２のクラスター化がＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を抑制し、そのことによってＩＥＣに対するＰＤ−Ｌ１の免疫抑制機能を抑制することが可能であることも見いだされた。驚くべきことに、本発明の発明者は、オリゴマー化度が２超であるＰＤ−Ｌ２オリゴマーが、ＰＤ−１への結合に関して二量体ＰＤ−Ｌ２よりも有意に大きい親和性を有することと、そのような「高次ＰＤ−Ｌ２オリゴマー」はＩＥＣ機能（ＣＤ４+Ｔ細胞の機能が含まれる）に対するＰＤ−Ｌ１の抑制効果を顕著に低下させることができることも明らかにした。これらの発見は、Ｔｈ１免疫を調節するための新規な薬剤と方法で実用化が進められており、それを以下に記載する。
【０００８】
そこで１つの側面では、本発明により、Ｔｈ１免疫を刺激または増進するのに役立つポリペプチド複合体が提供される。この複合体は、一般に、式（Ｉ）：
［Ｐ］n                    （Ｉ）
で表わされる。ただしこの式において、
Ｐは、現われるごとに独立に、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを含むタンパク質性分子、またはＰＤ−Ｌ２ポリペプチドからなるタンパク質性分子、または主にＰＤ−Ｌ２ポリペプチドからなるタンパク質性分子を表わし；
ｎは２よりも大きい整数を表わす。
【０００９】
Ｐは、腫瘍新生血管標的ドメイン、または腫瘍関連新生血管標的ドメインを欠いていることが好ましい。
【００１０】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ２の可溶性部分を含む、またはＰＤ−Ｌ２の可溶性部分からなる、または主にＰＤ−Ｌ２の可溶性部分からなる。可溶性部分の具体的な例には、シグナルペプチドあり、またはなしのＰＤ−Ｌ２外部ドメインが含まれる。特別な実施態様では、タンパク質性分子は、ＰＤ−Ｌ２膜貫通ドメインとＰＤ−Ｌ２細胞質ドメインの一方または両方を欠いている。
【００１１】
ｎは、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上のいずれかであることが好ましい。このタイプの具体例では、ｎは、１００以下、５０以下、３０以下、２０以下のいずれかである。特別な実施態様では、ｎは、３〜２０の範囲内、好ましくは４〜１６の範囲内、より好ましくは８〜１２の範囲内である。
【００１２】
タンパク質性分子は互いに化学的にカップルさせて形成することができる。あるいは個々のタンパク質性分子が、ポリペプチド複合体を形成するためそれらタンパク質性分子の自己組織化を促進する少なくとも１つのオリゴマー化ドメインをさらに含むことができる。これらの実施態様では、少なくとも１つのオリゴマー化ドメインは、典型的にはＰＤ−Ｌ２ポリペプチドに機能可能に接続されて一本鎖キメラポリペプチドを形成している。少なくとも１つのオリゴマー化ドメインがＰＤ−Ｌ２ポリペプチドに機能可能に接続されている実施態様では、本発明により、別の１つの側面において、上に大まかに説明するとともに本明細書の別の箇所に記載したＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを含むタンパク質性分子、またはＰＤ−Ｌ２ポリペプチドからなるタンパク質性分子、または主にＰＤ−Ｌ２ポリペプチドからなるタンパク質性分子であって、式（Ｉ）のポリペプチド複合体を形成するためそのタンパク質性分子の自己組織化を促進する少なくとも１つのオリゴマー化ドメインに機能可能に接続されているタンパク質性分子が提供される。オリゴマー化ドメインは、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの上流（すなわちそのＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのアミノ末端）および／または下流（すなわちそのＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのカルボキシ末端）に機能可能に接続されている。例えば少なくとも１つのオリゴマー化ドメインがＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの下流に機能可能に接続されている実施態様では、タンパク質性分子は、式（ＩＩ）：
ＰＤ−Ｌ２−Ｌ−ＯＭＤA      （ＩＩ）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含む、またはそのポリペプチド一本鎖からなる、または主にそのポリペプチド一本鎖からなる。ただしこの式において、
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わし；
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤAからなるオリゴマー（ＯＭＤA）i（ｉは３以上、好ましくは３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、結合またはペプチドリンカーである。
【００１３】
あるいはタンパク質性分子は、式（ＩＩＩ）：
ＰＤ−Ｌ２−Ｌ−ＯＭＤA−Ｌ−ＯＭＤB      （ＩＩＩ）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含む、またはそのポリペプチド一本鎖からなる、または主にそのポリペプチド一本鎖からなる。ただしこの式において、
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤAからなるオリゴマー（ＯＭＤA）i（ｉは２以上、好ましくは２、３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、現われるごとに独立に、結合またはペプチドリンカーを表わし；
ＯＭＤBは、ｊ個のサブユニットＯＭＤBからなるオリゴマー（ＯＭＤB）j（ｊはｉよりも大きい整数、好ましくはｉ＋１、ｉ＋２、ｉ＋３、ｉ＋４、ｉ＋５、ｉ＋６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインである。
【００１４】
このタイプの具体例では、ｉは２であり、ｊは４または６である。
【００１５】
少なくとも１つのオリゴマー化ドメインがＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの上流に機能可能に接続されている実施態様では、タンパク質性分子は、式（ＩＶ）：
ＯＭＤA−Ｌ−ＰＤ−Ｌ２      （ＩＶ）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含む、またはそのポリペプチド一本鎖からなる、または主にそのポリペプチド一本鎖からなる。ただしこの式において、
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わし；
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤAからなるオリゴマー（ＯＭＤA）i（ｉは３以上、好ましくは３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、結合またはペプチドリンカーであり；
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わす。
【００１６】
あるいはタンパク質性分子は、式（Ｖ）：
ＯＭＤB−Ｌ−ＯＭＤA−Ｌ−ＰＤ−Ｌ２      （Ｖ）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含む、またはそのポリペプチド一本鎖からなる、または主にそのポリペプチド一本鎖からなる。ただしこの式において、
ＯＭＤBは、ｊ個のサブユニットＯＭＤBからなるオリゴマー（ＯＭＤB）j（ｊは２以上、好ましくは２、３、４、５、６のいずれかであり；
Ｌは、現われるごとに独立に、結合またはペプチドリンカーを表わし；
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤBからなるオリゴマー（ＯＭＤB）j（ｉはｊよりも大きい整数、好ましくはｊ＋１、ｊ＋２、ｊ＋３、ｊ＋４、ｊ＋５、ｊ＋６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わす。
【００１７】
このタイプの具体例では、ｊは２であり、ｉは４または６である。
【００１８】
いくつかの実施態様では、結合パートナーの存在下で個々のオリゴマー化ドメイン（例えばＯＭＤAまたはＯＭＤB）が組織化してヘテロオリゴマーになる。オリゴマー化ドメインと結合パートナーは、特異的結合ペアのメンバーが可能性であり、その具体例に含まれるのは、ビオチン−アビジン、ビオチン−ストレプトアビジン、抗原−抗体、ハプテン−抗ハプテン、リガンド−受容体、受容体−補助受容体である。
【００１９】
本発明では、適切な任意のオリゴマー化ドメインの利用も考える。オリゴマー化ドメインの例に含まれるのは、二量体化ドメイン（例えば免疫グロブリンＦｃドメイン、ロイシンジッパーなど）、三量体化ドメイン（例えば大腸菌アスパラギン酸トランスカルバモイラーゼ（ＡＴＣアーゼ）の触媒性サブユニット、バクテリオファージＴ４フィブリチンからの「フォールドン」三量体化配列、ネック領域ペプチド、ヒト肺界面活性Ｄタンパク質、オリゴマー化コイルドコイルアドヒーシン、エンベロープウイルスのクラスＩ融合タンパク質の相補的７アミノ酸反復領域など）、四量体化ドメイン（例えばテトラブラキオンのコイルドコイルドメイン）、五量体化ドメイン（例えばトリプトファンジッパーまたは軟骨オリゴマーマトリックスドメイン（ＣＯＭＰ）の五量体化ドメインなど）、六量体化ドメイン（例えばＩｇＡ抗体の重鎖のＣ末端からのテールピース）である。
【００２０】
いくつかの実施態様では、少なくとも１つのオリゴマー化ドメインはＰＤ−Ｌ２ポリペプチドに直接接続されている。別の実施態様では、少なくとも１つのオリゴマー化ドメインペプチドリンカーによって接続されている。そのペプチドリンカーは約１個〜約１００個のアミノ酸残基（と、その間のあらゆる整数値のアミノ酸残基）からなるが、通常は約１個〜約３０個のアミノ酸残基（と、その間のあらゆる整数値のアミノ酸残基）であり、典型的には約１個〜約２０個のアミノ酸残基（と、その間のあらゆる整数値のアミノ酸残基）である。
ペプチドリンカーは、タンパク質性分子の精製を促進する精製部分と、タンパク質性分子に対する免疫応答を調節する免疫調節部分と、構造的柔軟性付与部分から選択された少なくとも１つの部分を含むことができる。
【００２１】
タンパク質性分子は、合成で、または組み換え手段によって作製することができる。タンパク質性分子が組み換えによって作製される実施態様では、本発明により、別の１つの側面において、上に大まかに説明するとともに本明細書の別の箇所に記載したタンパク質性分子をコードする配列を含んでいて宿主細胞の中で機能可能な調節エレメントに機能可能に連結された核酸コンストラクトが提供される。
【００２２】
関連する１つの側面では、本発明により、上に大まかに説明するとともに本明細書の別の箇所に記載した核酸コンストラクトを含有する宿主細胞が提供される。宿主細胞として、原核生物宿主細胞または真核生物宿主細胞が可能である。
【００２３】
タンパク質性分子が少なくとも１つのオリゴマー化ドメインを含む実施態様では、タンパク質性分子は適切な条件下（例えば水溶液中）で自己組織化して式（Ｉ）のポリペプチド複合体を形成することができる。したがって別の１つの側面では、本発明により、ポリペプチド複合体を形成する方法として、ポリペプチド複合体の形成に適した条件下（例えば水溶液内）で、上に大まかに説明するとともに本明細書の別の箇所に記載したタンパク質性分子を組み合わせることを含んでいて、そうすることにより、ｎ個のサブユニットのタンパク質性分子からなるオリゴマーを含む方法が提供される。
【００２４】
本発明により、別の１つの側面では、上に大まかに説明するとともに本明細書の別の箇所に記載したポリペプチド複合体と、医薬として許容可能な基剤またはアジュバントとを含む免疫調節組成物が提供される。
【００２５】
本発明のポリペプチド複合体または組成物は、対象または生産動物でＴｈ１免疫応答を含む免疫応答を刺激する、または誘起する、または増大させるのに役立つ。したがって本発明の別の１つの側面により、対象でＴｈ１免疫応答を含む免疫応答を刺激する、または誘起する、または増大させる方法として、その対象に、上に大まかに説明するとともに本明細書の別の箇所に記載したポリペプチド複合体または組成物を投与することを含む方法が提供される。
【００２６】
関連する１つの側面では、本発明により、対象のＴｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害を処置する方法が提供される。これらの方法は、一般に、上に大まかに説明するとともに本明細書の別の箇所に記載したポリペプチド複合体または組成物の有効量を対象に投与することを含んでいる。
【００２７】
いくつかの実施態様では、対象でＴｈ１免疫が損なわれたことが判明したときに本発明のポリペプチド複合体または組成物を対象に投与する。対象のＴｈ１免疫状態は、適切な任意の手段を利用して評価することができる。有利な実施態様では、対象のＴｈ１免疫状態の評価は、（１）対象から得られたサンプルのＴｈ１免疫状態バイオマーカープロファイルとして、そのサンプル中の少なくとも１つのＴｈ１免疫状態バイオマーカー（その少なくとも１つのＴｈ１免疫状態バイオマーカーには、そのサンプル中の免疫エフェクタ細胞（ＩＥＣ）相互作用細胞と相互作用する細胞のＰＤ−Ｌ２が含まれ、場合によってはＰＤ−Ｌ１も含まれる）のバイオマーカー値を含むプロファイルを明らかにすることと；（２）前記バイオマーカー値を用い、その対象のＴｈ１免疫状態の少なくとも一部を示す指標を求めることを含む方法によってなされる。特別な実施態様では、ＩＥＣ相互作用細胞はＡＰＣであり、そのＡＰＣは、樹状細胞とマクロファージからなるグループから選択されることが適切である。このタイプの代表的な例では、ＡＰＣはＣＤ１１ｃ発現樹状細胞である。別の実施態様では、ＩＥＣ相互作用細胞は腫瘍細胞である。
【００２８】
バイオマーカー値は、対象から得られたサンプル中のＴｈ１免疫状態バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示すことが好ましく、このタイプのいくつかの実施態様では、バイオマーカー値は、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの含量を含んでいる。代表的な一例では、
個々のバイオマーカー値が、細胞表面のＴｈ１免疫状態バイオマーカーを発現する抗原提示細胞（ＰＤ−Ｌ２+樹状細胞、ＰＤ−Ｌ２+腫瘍細胞など）の割合を含んでいる。このタイプのいくつかの実施態様では、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーはＰＤ−Ｌ２であり、バイオマーカー値は、ＩＥＣ相互作用細胞（ＡＰＣ（例えば樹状細胞）や腫瘍細胞など）の表面上のＰＤ−Ｌ２クラスター化の測定値である。
【００２９】
対象のＴｈ１免疫状態が判断されると、いくつかの実施態様では、サンプル中でＰＤ−Ｌ２のレベルが、正常なＴｈ１免疫または損なわれていないＴｈ１免疫の存在と相関するＰＤ−Ｌ２の対照レベルと比べて低下していて、そのことによってＴｈ１免疫の少なくとも一部が損なわれていることを指標が示していると判断される。
【００３０】
別の実施態様では、サンプル中のＰＤ−Ｌ２のレベルは、正常なＴｈ１免疫または損なわれていないＴｈ１免疫の存在と相関するＰＤ−Ｌ２の対照レベルとほぼ同じであるため、指標は、正常なＴｈ１免疫または損なわれていないＴｈ１免疫を少なくとも部分的に示していると判断される。さらに別の実施態様では、サンプル中のＰＤ−Ｌ２のレベルは、正常なＴｈ１免疫または損なわれていないＴｈ１免疫の存在と相関するＰＤ−Ｌ２の対照レベルと比べて上昇しているため、指標は、Ｔｈ１免疫の上昇を少なくとも部分的に示していると判断される。これらの実施態様の代表的な例では、対象に本発明のポリペプチド複合体または組成物を投与しない。
【００３１】
Ｔｈ１免疫状態の評価に用いる指標は、少なくとも１つのＴｈ１免疫状態バイオマーカーがＰＤ−Ｌ１をさらに含んでいるとき、信頼性がより高くて診断力がより大きくなる。したがっていくつかの実施態様では、一対のＴｈ１免疫状態バイオマーカーからのバイオマーカー値を用いて指標を求める。例えばいくつかの好ましい実施態様では、その一対のバイオマーカーはＰＤ−Ｌ２とＰＤ−Ｌ１である。本発明の方法で２つ以上のＴｈ１免疫状態バイオマーカーが用いる場合には、その方法は、バイオマーカー値に組み合わせ関数を適用することをさらに含むことが好ましい。この点に関し、適切な組み合わせ関数の具体例の選択は、付加モデル、線形モデル、サポートベクターマシン、ニューラルネットワークモデル、ランダムフォレストモデル、回帰モデル、遺伝的アルゴリズム、アニーリングアルゴリズム、加重合計、最近傍モデル、確率モデルを含むグループからなされる。
【００３２】
上に説明するとともに本明細書の別の箇所に記載した方法は、（ａ）第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーのバイオマーカー値を求め；（ｂ）第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーの対応するバイオマーカー値を求め；（ｃ）その第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーとその第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーに関して記録したバイオマーカー値を用いて前記指標を求めることを含んでいて、その指標が、その第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーとその第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーに関して記録したバイオマーカー値の比を示すことが好ましい。このタイプの具体的な方法では、第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーはＰＤ−Ｌ２であり、第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーはＰＤ−Ｌ１である。一例として、いくつかの実施態様では、サンプルから求めた第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーと第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーの値の比（「サンプルＴｈ１免疫状態バイオマーカー比」）は、正常なＴｈ１免疫または損なわれていないＴｈ１免疫の存在と相関する対照ＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値の比と比べて低下していて、Ｔｈ１免疫の少なくとも一部が損なわれていることを指標が示していると判断される。サンプルのバイオマーカー値の比は、（例えばＴｈ１免疫応答が正常であるか損なわれていない対照から得られた対照サンプルから求められる）対照バイオマーカー値の比の約９５％以下、９４％以下、９３％以下、９２％以下、９１％以下、９０％以下、８０％以下、７０％以下、６０％以下、５０％以下、４０％以下、３０％以下、２０％以下、１０％以下のいずれか（とその間のあらゆる整数値）であることが適切である。
【００３３】
逆に、サンプルのＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値の比が、正常なＴｈ１免疫または損なわれていないＴｈ１免疫の存在と相関する対照ＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値の比と比べて上昇している場合には、Ｔｈ１免疫の増大を指標が少なくとも部分的に示していると判断される。その場合、サンプルのＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値の比は、（例えばＴｈ１免疫応答が正常であるか損なわれていない対照から得られた対照サンプルから求められる）対照バイオマーカー値の比の少なくとも約１０５％、１０６％、１０７％、１０８％、１０９％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、２００％、２５０％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％のいずれか（とその間のあらゆる整数値）である。別の実施態様では、サンプルのＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値の比が、正常なＴｈ１免疫または損なわれていないＴｈ１免疫の存在と相関する対照ＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値の比とほぼ同じだと、正常なＴｈ１免疫または損なわれていないＴｈ１免疫を指標が少なくとも部分的に示していると判断される。その場合には、サンプルのＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値の比は、通常は、（例えばＴｈ１免疫応答が正常であるか損なわれていない対照から得られた対照サンプルから求められる）対照バイオマーカー値の比の約９６％〜１０４％（とその間のあらゆる整数値）である。これらの実施態様の代表的な例では、対象に本発明のポリペプチド複合体または組成物を投与しない。
【００３４】
タンパク質バイオマーカーまたは核酸バイオマーカーを測定するための公知のどの技術も本発明で用いるのに適している。例えばバイオマーカーの測定は、フローサイトメトリー、イムノアッセイ、質量分析、シークエンシング用プラットフォーム、アレイ、ハイブリダイゼーション用プラットフォームや、これらの組み合わせを用いて実施することができる。
【００３５】
本発明の発明者の知見により、Ｔｈ１免疫状態が望ましくない疾患および／または状態（本明細書では、同じ意味で「Ｔｈ１関連疾患」または「Ｔｈ１関連障害」と呼ぶ）を診断する方法と、そのような疾患を処置するため本発明のポリペプチド複合体または組成物を含む治療薬を投与する方法が可能になる。したがって別の１つの側面では、本発明により、上に説明するとともに本明細書の別の箇所に記載した方法において、上記の指標を用いてＴｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害の存在または不在を診断する方法が提供される。いくつかの実施態様では、疾患または障害はＴｈ１免疫状態の低下または抑制と関係しており、対象から得られたサンプル中のＰＤ−Ｌ２のレベルが所定の閾値未満であるときにその疾患または障害であると診断される。例えばＴｈ１免疫状態の低下または抑制に関連する疾患または障害は、転移性のがんを含むがん、または病原性感染症である可能性がある。
【図面の簡単な説明】
【００３６】
【図１】図１は、細胞の表面におけるバイオマーカー発現を特徴づけるＦＡＣＳ分析からのグラフ表示出力である。ＤＣの表面におけるＰＤ−Ｌ２発現は、ヒトのマラリア原虫血症と逆相関している。（Ａ〜Ｃ）７人の健康なボランティアにＰ．ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ（ヒト熱帯熱マラリア原虫）を接種し、感染前と感染後７日目に、血液で（Ａ）ＰＤ−Ｌ１と（Ｂ）ＰＤ−Ｌ２を発現しているＣＤ１１ｃ+  ＤＣの割合を調べた。（Ｃ）血液１ｍｌ当たりの寄生虫の数と％ＰＤ−Ｌ２：％ＰＤ−Ｌ１  ＤＣの比の関係を示すプロット。Ｒ１０１〜Ｒ１０８は、各ボランティアを表わす。ｐ値は、全体の勾配がゼロという帰無仮説を検定している。
【００３７】
【図２】図２は、（Ａ）非致死性のＰ．ｃｈａｂａｕｄｉマラリアまたはＰ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬマラリアに感染して典型的な感染経過を辿るマウスにおける寄生虫血症の割合の平均値を４０日後までモニタして示したグラフ表示である。（Ｂ）致死性のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭまたはＰ．ｂｅｒｇｈｅｉに感染して典型的な感染経過を辿るマウスにおける寄生虫血症の割合の平均値を１０日間モニタした。誤差棒はＳＥＭを表わす（ｎ＝４〜８）。
【００３８】
【図３】図３は、（Ａ）ＰＤ−Ｌ１を発現しているすべてのＣＤ１１ｃ+  ＤＣの割合と、（Ｂ）ナイーブマウスと感染したマウス（感染後７日目）に由来するＰＤ−Ｌ１+  ＣＤ１１ｃ+脾臓ＤＣの表面でのＰＤ−Ｌ１発現の平均蛍光強度（ＭＦＩ）を示すグラフ表示である。（Ｃ）ＰＤ−Ｌ２を発現しているすべてのＣＤ１１ｃ+  ＤＣの割合と、（Ｄ）ナイーブマウスと感染したマウス（感染後７日目）に由来するＰＤ−Ｌ２+  ＣＤ１１ｃ+脾臓ＤＣの表面でのＰＤ−Ｌ２発現のＭＦＩ。散布図の棒は平均値を表わす。マッチした０日目のヒトサンプルと７日目のヒトサンプルの間の有意性を、ウィルコクソンの符号付き順位和検定によって分析した。多数の群の間の有意性は、テューキーの多重比較検定を伴う一元配置分散分析を利用して分析した。（群間の比較に関して＊  ｐ＜０．０５；＊＊  ｐ＜０．０１；＊＊＊  ｐ＜０．００１；＊＊＊＊ｐ＜０．０００１）。（Ａ）と（Ｃ）のデータは、同様の結果が得られた独立した実験を総合したデータである。
【００３９】
【図４】図４は、致死性マラリアと非致死性マラリアに由来するＤＣの表面におけるＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２の発現レベルを示すグラフ表示である。（Ａ）〜（Ｅ）ナイーブマウス（Ａ）、非致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬマラリア株に感染したマウス（Ｂ）、非致死性Ｐ．ｃｈａｂａｕｄｉマラリア株に感染したマウス（Ｃ）、致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭマラリア株に感染したマウス（Ｄ）、致死性Ｐ．ｂｅｒｇｈｅｉマラリア株に感染したマウス（Ｅ）いずれかからの生きているＣＤ１９-  ＣＤ３-  Ｄ１１ｃ+  ＤＣの表面におけるＰＤ−Ｌ１発現、ＰＤ−Ｌ２発現、ＣＤ８発現のフローサイトメトリー・プロファイル。（Ｆ）ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２を発現しているナイーブマウスと感染したマウス（感染後７日目）からのＣＤ１１ｃ+脾臓ＤＣのＭＦＩを、図３Ｂと図３Ｄで使用したのとは電圧設定が異なる別のフローサイトメーターで測定した反復実験。（Ｇ）ＤＣ（ナイーブＤＣ、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬに感染してから７日目のＤＣ、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭに感染してから７日目のＤＣ）から単離したＲＮＡからのＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２の定量ＲＴ−ＰＣＲ分析。結果は、３つのハウスキーピング遺伝子（ＣｘｘＣ１、ＴＢＰ、ｍＲＰＬ１３Ａ）の幾何平均に規格化してある。数値は、３回の独立した実験の平均値±ＳＥＭとして表わすとともに、感染していないマウスからの結果に対する相対値として表わしてある。
【００４０】
【図５】図５は、ＰＤ−Ｌ２がマラリア感染からの免疫と生存を改善することを示すグラフ表示である。（Ａ〜Ｃ）（Ａ）ＰＤ−Ｌ２  ｋｏマウスと野生型マウス（ｎ＝４）または（Ｂ）ラットＩｇＧまたは抗ＰＤ−Ｌ２阻止抗体で処置した野生型マウス（ｎ＝５）で典型的な経過を辿るＰ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬマラリアに関する寄生虫血症の割合の平均値と、（Ｃ）ラットＩｇＧまたは抗ＰＤ−Ｌ２阻止抗体で処置した野生型マウス（ｎ＝５）で典型的な経過を辿るＰ．ｃｈａｂａｕｄｉマラリアに関する寄生虫血症の割合の平均値（対数スケール）。矢印は、ラットＩｇＧで処置したマウスでは抗ＰＤ−Ｌ２で処置したマウスよりも寄生虫が４日早く消えたことを示している。データは、同様の結果が得られた２つの独立した実験のうちの１つを表わしている。両側でのノンパラメトリックなマン−ホイットニーのＵ検定を利用して所定の時点における有意性を分析した。誤差棒はＳＥＭを表わす（＊  ｐ＜０．０５；＊＊  ｐ＜０．００５）。
【００４１】
【図６】図６は、ＰＤ−Ｌ２が、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬマラリアの間に防御、症状、Ｔｈ１免疫を調節することを示すグラフ表示である。（Ａ〜Ｂ）（Ａ）野生型マウスとＰＤ−Ｌ２  ｋｏマウス（ｎ＝５）または（Ｂ）ラットＩｇＧまたは抗ＰＤ−Ｌ２阻止抗体で処置した野生型マウス（ｎ＝５）で典型的な経過を辿るＰ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬマラリアの間の、図５Ａと図５Ｂでのデュープリケート実験からの寄生虫血症。（Ｃ）図２Ｃについて記載したようなデュープリケート実験においてラットＩｇＧまたは抗ＰＤ−Ｌ２阻止抗体で処置した野生型マウス（ｎ＝５）でＰ．ｃｈａｂａｕｄｉマラリアが典型的な経過を辿っている間の寄生虫血症。矢印は、ラットＩｇＧで処置したマウスでは抗ＰＤ−Ｌ２で処置したマウスよりも寄生虫が３日早く消えたことを示している。
【００４２】
【図７】図７は、（Ａ）ＣＤ４+Ｔ細胞におけるＴbetの発現をフローサイトメトリーによって評価する際に利用するゲーティング戦略を示すグラフ表示である。（Ｂ）〜（Ｃ）散布図は、ラットＩｇＧで処置した野生型マウス（ｎ＝７）、または抗ＰＤ−Ｌ２阻止抗体で処置した野生型マウス（ｎ＝７）、またはＰ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬを１４日間感染させたＰＤ−Ｌ２  ｋｏマウス（ｎ＝３）の脾臓当たりのＴ細胞の数を示している。（Ｂ）Ｔbetを発現しているＣＤ４+  ＣＤ６２Ｌhi  Ｔ細胞またはＣＤ４+  ＣＤ６２Ｌlo  Ｔ細胞の脾臓当たりの平均数。（Ｃ）ナイーブＤＣの存在下で寄生虫抗原（ＭＳＰ１19）に応答してＥＬＩＳＰＯＴ培養物の中でＩＦＮ−γを分泌したＣＤ４+ Ｔ細胞の脾臓当たりの平均数。（Ｄ）散布図は、ナイーブＤＣの存在下で寄生虫ペプチド（Ｐｂ１）に応答してＥＬＩＳＰＯＴ培養物の中でＩＦＮ−γを分泌したＣＤ８+ Ｔ細胞の脾臓当たりの数を１４日目について示している。２つの独立した実験からのデータを総合するが、ＰＤ−Ｌ２  ｋｏマウスは一度だけ評価した。両側でのノンパラメトリックなマン−ホイットニーのＵ検定を利用して有意性を分析した。（＊  ｐ＜０．０５；＊＊＊  ｐ＜０．００１）。
【００４３】
【図８】図８は、ＰＤ−Ｌ２を阻止するとＰ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬに感染したマウスで寄生虫特異的ＣＤ４+ Ｔ細胞の増殖が抑制されることを示すグラフ表示である。野生型マウスにＰ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬを感染させ、ラットＩｇＧまたは抗ＰＤ−Ｌ２阻止抗体で処置した（ｎ＝７）。（Ａ）、（Ｂ）、（Ｃ）（Ａ）０日目、（Ｂ）７日目、（Ｃ）１４日目にＴbetを発現しているＣＤ４+  ＣＤ６２Ｌhi  Ｔ細胞とＣＤ４+  ＣＤ６２Ｌlo  Ｔ細胞の脾臓当たりの数。（Ｄ）ナイーブＤＣの存在下で寄生虫抗原（ＭＳＰ１19）に応答してＥＬＩＳＰＯＴ培養物の中でインターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ）を分泌したＣＤ４+ Ｔ細胞の数。（Ｅ）ナイーブＤＣの存在下で寄生虫抗原ＭＳＰ１19に応答して培養物の中で増殖したＣＤ４+ Ｔ細胞の数をＥｄＵの取り込みによって測定。（Ｆ）と（Ｇ）Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬに感染したマウスの血清中の（Ｆ）ＩＦＮ−γと（Ｇ）ＩＬ−１０の平均レベル。（Ｈ）ＣＤ２５とＦｏｘＰ３を発現しているＣＤ４+ Ｔ細胞（制御性Ｔ細胞）の脾臓当たりの平均数。散布図の棒は中央値を示している。データは、２つの独立した実験を総合した結果を表わしている。両側でのノンパラメトリックなマン−ホイットニーのＵ検定を利用して有意性を分析した（＊  ｐ＜０．０５；＊＊  ｐ＜０．０１；＊＊＊  ｐ＜０．００１）。
【００４４】
【図９Ａ−Ｈ】図９は、ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２を発現したＤＣがＴ細胞と免疫に及ぼす異なる効果を示すグラフ表示である。致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭに感染させてから７日目に採取し、ＤＣ部分集団（ＣＤ４+  ＤＣ；ＣＤ８+  ＤＣ；Ｂ２２０+  ｐＤＣ；ＣＤ１１ｂ+  ＤＣ）のマーカーについて標識した（Ａ）野生型マウスと（Ｂ）ＰＤ−Ｌ１  ｋｏマウスに由来するＣＤ１９-  ＣＤ３-  ＣＤ１１ｃ+  ＤＣのフローサイトメトリー・プロファイル。（Ｃ）ＰＤ−Ｌ１の発現がないＤＣによる致死性マラリアに対する防御を示す生存曲線。デュープリケート実験において野生型マウスとＰＤ−Ｌ１  ｋｏマウスに致死量のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ  ｐＲＢＣを感染させ、感染した（薬物治療）マウスからＤＣを単離し、４匹のナイーブマウスからなる群の中の各マウスに１×１０7個のＤＣを移した。２４時間後、各マウスに１０4個のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ  ｐＲＢＣを感染させ、生存を１〜３日ごとに５０日間にわたってモニタした。（Ｄ）〜（Ｅ）野生型マウスとＰＤ−Ｌ１  ｋｏマウスに致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭを感染させてから７日目に採取した約１×１０7個のＤＣを輸液したナイーブマウスにおける寄生虫血症のデュープリケート実験。２４時間後、輸液した各マウスに１０4個のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ  ｐＲＢＣを感染させ、１〜３日ごとに５０日間にわたってモニタした。結果は、平均値±ＳＥＭ、ｎ＝４匹のマウス／群である。（Ｉ）ＰＤ−１  ｋｏマウスが致死性マラリアに対して免疫があることを示す生存曲線。デュープリケート実験において、５匹の野生型マウスからなる群と５匹のＰＤ−１  ｋｏマウスからなる群に１０4個の致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ  ｐＲＢＣを感染させ、生存を１〜３日ごとに５０日間にわたってモニタした。（Ｊ）〜（Ｋ）野生型マウスとＰＤ−１  ｋｏマウスに１０4個のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ  ｐＲＢＣを感染させ、寄生虫血症を１〜３日ごとに５０日間にわたってモニタしたデュープリケート実験。結果は、平均値±ＳＥＭ、ｎ＝５匹のマウス／群である。（Ｌ）〜（Ｐ）ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２を発現しているＤＣとともに培養したＣＤ４+  ＣＤ６２Ｌlo  ＰＤ−１+  Ｔ細胞の表面におけるＣＤ３発現とＩＣＯＳ発現のフローサイトメトリー分析。３６時間後の（Ｌ）Ｔ細胞だけを含んでいてＤＣは含まない陰性対照であり、（Ｍ）Ｔ細胞とＤＣを含む陽性対照であり、（Ｎ）ＰＤ−１の阻止であり、（Ｏ）ＰＤ−Ｌ１の阻止であり、（Ｐ）ＰＤ−Ｌ２の阻止である。Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬを１２〜１４日間感染させたマウスの脾臓からＴ細胞とＤＣの両方を単離した。ＰＤ３またはＩＣＯＳの高発現を判断するためのゲートは、抗ＰＤ−Ｌ１培養物に見られる明確な二重ピークに基づいて選択した。（Ｑ）３回の独立した実験から、同条件の複数のウエル（ｎ＝３〜５）でＣＤ３とＩＣＯＳが多く発現しているＣＤ４+  ＣＤ６２lo  Ｔ細胞／ウエルの割合を白、淡い青、濃い青の点で示した散布図。誤差棒は平均値を表わす。３つの実験のうちの１つから、対応のないｔ検定（片側）を利用して有意性を分析した（＊  ｐ＜０．０５；＊＊  ｐ＜０．００５；＊＊＊  ｐ＜０．０００５；＊＊＊＊  ｐ＜０．０００１）。
【００４５】
【図９Ｉ−Ｑ】図９は、ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２を発現したＤＣがＴ細胞と免疫に及ぼす異なる効果を示すグラフ表示である。致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭに感染させてから７日目に採取し、ＤＣ部分集団（ＣＤ４+  ＤＣ；ＣＤ８+  ＤＣ；Ｂ２２０+  ｐＤＣ；ＣＤ１１ｂ+  ＤＣ）のマーカーについて標識した（Ａ）野生型マウスと（Ｂ）ＰＤ−Ｌ１  ｋｏマウスに由来するＣＤ１９-  ＣＤ３-  ＣＤ１１ｃ+  ＤＣのフローサイトメトリー・プロファイル。（Ｃ）ＰＤ−Ｌ１の発現がないＤＣによる致死性マラリアに対する防御を示す生存曲線。デュープリケート実験において野生型マウスとＰＤ−Ｌ１  ｋｏマウスに致死量のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ  ｐＲＢＣを感染させ、感染した（薬物治療）マウスからＤＣを単離し、４匹のナイーブマウスからなる群の中の各マウスに１×１０7個のＤＣを移した。２４時間後、各マウスに１０4個のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ  ｐＲＢＣを感染させ、生存を１〜３日ごとに５０日間にわたってモニタした。（Ｄ）〜（Ｅ）野生型マウスとＰＤ−Ｌ１  ｋｏマウスに致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭを感染させてから７日目に採取した約１×１０7個のＤＣを輸液したナイーブマウスにおける寄生虫血症のデュープリケート実験。２４時間後、輸液した各マウスに１０4個のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ  ｐＲＢＣを感染させ、１〜３日ごとに５０日間にわたってモニタした。結果は、平均値±ＳＥＭ、ｎ＝４匹のマウス／群である。（Ｉ）ＰＤ−１  ｋｏマウスが致死性マラリアに対して免疫があることを示す生存曲線。デュープリケート実験において、５匹の野生型マウスからなる群と５匹のＰＤ−１  ｋｏマウスからなる群に１０4個の致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ  ｐＲＢＣを感染させ、生存を１〜３日ごとに５０日間にわたってモニタした。（Ｊ）〜（Ｋ）野生型マウスとＰＤ−１  ｋｏマウスに１０4個のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ  ｐＲＢＣを感染させ、寄生虫血症を１〜３日ごとに５０日間にわたってモニタしたデュープリケート実験。結果は、平均値±ＳＥＭ、ｎ＝５匹のマウス／群である。（Ｌ）〜（Ｐ）ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２を発現しているＤＣとともに培養したＣＤ４+  ＣＤ６２Ｌlo  ＰＤ−１+  Ｔ細胞の表面におけるＣＤ３発現とＩＣＯＳ発現のフローサイトメトリー分析。３６時間後の（Ｌ）Ｔ細胞だけを含んでいてＤＣは含まない陰性対照であり、（Ｍ）Ｔ細胞とＤＣを含む陽性対照であり、（Ｎ）ＰＤ−１の阻止であり、（Ｏ）ＰＤ−Ｌ１の阻止であり、（Ｐ）ＰＤ−Ｌ２の阻止である。Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬを１２〜１４日間感染させたマウスの脾臓からＴ細胞とＤＣの両方を単離した。ＰＤ３またはＩＣＯＳの高発現を判断するためのゲートは、抗ＰＤ−Ｌ１培養物に見られる明確な二重ピークに基づいて選択した。（Ｑ）３回の独立した実験から、同条件の複数のウエル（ｎ＝３〜５）でＣＤ３とＩＣＯＳが多く発現しているＣＤ４+  ＣＤ６２lo  Ｔ細胞／ウエルの割合を白、淡い青、濃い青の点で示した散布図。誤差棒は平均値を表わす。３つの実験のうちの１つから、対応のないｔ検定（片側）を利用して有意性を分析した（＊  ｐ＜０．０５；＊＊  ｐ＜０．００５；＊＊＊  ｐ＜０．０００５；＊＊＊＊  ｐ＜０．０００１）。
【図１０】図１０は、転移性黒色腫の患者では血中ＤＣの表面におけるＰＤ−Ｌ２の発現が低下していることを示すグラフ表示である。（Ａ〜Ｃ）８人の健康なボランティアと、黒色腫でない病変がある４人の患者と、転移性黒色腫がある４人の患者から血液を採取した。その血液で（Ａ）ＰＤ−Ｌ１を発現しているＣＤ１１ｃ+  ＤＣの割合と（Ｂ）ＰＤ−Ｌ２を発現しているＣＤ１１ｃ+  ＤＣの割合を調べた。（Ｃ）各群における％ＰＤ−Ｌ２：％ＰＤ−Ｌ１  ＤＣの比を示すプロット。（Ａ）と（Ｂ）のｐ値は各群の間でマン−ホイットニー検定を利用して求め、（Ｃ）のｐ値は、クラスカル−ウォリス多重比較検定によって計算した。
【００４６】
【図１１Ａ−Ｇ】図１１は、八量体の形態のＰＤ−Ｌ２が致死性マラリアに対する防御作用を持つことを示すグラフ表示である。（Ａ）寄生虫血症の割合の平均値。（Ｂ）寄生虫血症を有するマウスの数を対数スケールで示してある。（Ｃ）生存率（ｘ軸は感染後の日数を示す）。（Ｄ）感染後３日目、５日目、７日目に陰性対照である（ヒト）ＩｇＧまたは二量体ＰＤ−Ｌ２で処置した野生型マウスで典型的な経過を辿るＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭマラリアに関する寄生虫血症の割合。（Ｅ）寄生虫血症が検出可能になった後、３日目、次いで５日目、７日目に対照である（ヒト）ＩｇＧまたはＰＤ−Ｌ２で処置した野生型マウス（３回の独立した実験から合計でｎ＝１２）におけるＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭマラリアの典型的な経過に関する臨床症状スコア（ｘ軸は感染後の日数を示す）。生き残っているすべてのマウスを放置し、１５０日後に、同じ用量の致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭを再度感染させる（追加のＰＤ−Ｌ２は投与せず）とともに、同齢の新たな対照マウス（対照Ｉｇ−Ｒ）にも感染させた。（Ｆ）ＰＤ−Ｌ２で処置したマウスからの血液を２００μｌ与えたナイーブマウスにＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭを再度感染させてから２０日後の寄生虫血症の割合のピーク値（ｘ軸は感染後の日数を示す）。このアッセイでは、ドナーマウスの血液中で検出される寄生虫が少ない。感染後３日目、５日目、７日目に対照である（ヒト）ＩｇＧまたはＰＤ−Ｌ２で処置した野生型マウス（２つの独立した実験から合計でｎ＝９）におけるＰ．ｂｅｒｇｈｅｉ感染の典型的な経過に関する（Ｇ）臨床症状スコア、（Ｈ）生存率（ｘ軸は感染後の日数を示す）、（Ｉ）寄生虫血症の割合の平均値（ｘ軸は感染後の日数を示す）。誤差棒はＳＥＭを表わす。ログ−ランク（マンテル−コックス）検定を利用して生存率の有意性を分析した。
【図１１Ｈ−Ｉ】図１１は、八量体の形態のＰＤ−Ｌ２が致死性マラリアに対する防御作用を持つことを示すグラフ表示である。（Ａ）寄生虫血症の割合の平均値。（Ｂ）寄生虫血症を有するマウスの数を対数スケールで示してある。（Ｃ）生存率（ｘ軸は感染後の日数を示す）。（Ｄ）感染後３日目、５日目、７日目に陰性対照である（ヒト）ＩｇＧまたは二量体ＰＤ−Ｌ２で処置した野生型マウスで典型的な経過を辿るＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭマラリアに関する寄生虫血症の割合。（Ｅ）寄生虫血症が検出可能になった後、３日目、次いで５日目、７日目に対照である（ヒト）ＩｇＧまたはＰＤ−Ｌ２で処置した野生型マウス（３回の独立した実験から合計でｎ＝１２）におけるＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭマラリアの典型的な経過に関する臨床症状スコア（ｘ軸は感染後の日数を示す）。生き残っているすべてのマウスを放置し、１５０日後に、同じ用量の致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭを再度感染させる（追加のＰＤ−Ｌ２は投与せず）とともに、同齢の新たな対照マウス（対照Ｉｇ−Ｒ）にも感染させた。（Ｆ）ＰＤ−Ｌ２で処置したマウスからの血液を２００μｌ与えたナイーブマウスにＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭを再度感染させてから２０日後の寄生虫血症の割合のピーク値（ｘ軸は感染後の日数を示す）。このアッセイでは、ドナーマウスの血液中で検出される寄生虫が少ない。感染後３日目、５日目、７日目に対照である（ヒト）ＩｇＧまたはＰＤ−Ｌ２で処置した野生型マウス（２つの独立した実験から合計でｎ＝９）におけるＰ．ｂｅｒｇｈｅｉ感染の典型的な経過に関する（Ｇ）臨床症状スコア、（Ｈ）生存率（ｘ軸は感染後の日数を示す）、（Ｉ）寄生虫血症の割合の平均値（ｘ軸は感染後の日数を示す）。誤差棒はＳＥＭを表わす。ログ−ランク（マンテル−コックス）検定を利用して生存率の有意性を分析した。
【００４７】
【図１２】図１２は、可溶性十二量体ＰＤ−Ｌ２（ｓＰＤ−Ｌ２）が、進行した黒色腫に対する防御作用を持つことを示すグラフ表示である。６匹のＣ５７ＢＬ／６マウスからなる群に５×１０5個のＢ１６．Ｆ０黒色腫細胞を皮下移植した。９日目頃には腫瘍の平均サイズが約１００ｍｍ3であり、９日目、１１日目、１３日目にマウスにヒトＩｇＧまたはｓＰＤ−Ｌ２を２００μｇ投与して１〜２日ごとに腫瘍のサイズをモニタした。データは、同様の結果が得られた２つの独立した実験のうちの総合した１つである。片側でのノンパラメトリックなマン−ホイットニーのＵ検定を利用してｐ値を求めた。（群間の比較に関して＊＊＊  ｐ＝０．０００６）。
【００４８】
【図１３】図１３は、ｓＰＤ−Ｌ２が黒色腫に対する早期防御作用を持つことを示すグラフ表示である。６匹のＣ５７ＢＬ／６マウスからなる群に１×１０5個のＢ１６．Ｆ１０メラノーマ細胞を皮下移植した。９日目頃には腫瘍の平均サイズが約１００ｍｍ3であり、３日目、９日目、１５日目にマウスにヒトＩｇＧまたはｓＰＤ−Ｌ２を２００μｇ投与して１〜２日ごとに腫瘍のサイズをモニタした。データは、同様の結果が得られた２つの独立した実験のうちの総合した１つである。片側でのノンパラメトリックなマン−ホイットニーのＵ検定を利用してｐ値を求めた。（群間の比較に関して＊＊＊  ｐ＝０．０３）。
【発明を実施するための形態】
【００４９】
１．定義
特に断わらない限り、本明細書で使用されるすべての科学技術用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載したのと類似しているか同等なあらゆる方法と材料を、本発明を実施する際や試験する際に用いることができるが、好ましい方法と材料を記載する。本発明の目的で、以下の用語を以下のように定義する。
【００５０】
冠詞「１つの」は、本明細書では、この冠詞の文法上の対象が１つまたは２つ以上（すなわち、少なくとも１つ）であることを意味するのに用いる。例として、「１つの要素」は、１つの要素または２つ以上の要素を意味する。
【００５１】
本明細書では、「および／または」は、関連して列挙されている１つ以上の項目の可能なあらゆる組み合わせのほか、後者（または）で解釈されるときには組み合わせの欠如を意味し、包含する。
【００５２】
さらに、本明細書では、「約」および「ほぼ」という用語は、量、用量、時間、温度、活性、レベル、数、頻度、割合、大きさ、サイズ、量、重量、位置、長さなどの測定可能な数値を意味する場合には、示されている量、用量、時間、温度、活性、レベル、数、頻度、割合、大きさ、サイズ、量、重量、位置、長さなどの±１５％、±１０％、±５％、±１％、±０．５％、のいずれか、それどころか±０．１％の変動が含まれることを意味する。温度、活動、レベル、数、頻度、百分率、寸法、サイズ、量、重量、位置、長さなど。「約」と「ほぼ」という用語が参照ポリペプチド内の領域の場所または位置に関して用いられている場合には、これらの用語に、±２０個までのアミノ酸残基、±１５個までのアミノ酸残基、±１０個までのアミノ酸残基、±５個までのアミノ酸残基、±４個までのアミノ酸残基、±３個までのアミノ酸残基、±２個までのアミノ酸残基のいずれか、それどころか±１アミノ酸残基の変動が包まれる。
【００５３】
「同時投与」、「同時に投与する」、「同時投与する」などの表現は、２つ以上の活性剤を含有する単一の組成物を投与すること、またはそれぞれの活性剤を、同時期に、または同時に、またはそのようなすべての活性剤が単一の組成物として投与された場合に得られる有効な結果と同等であるような十分に短い期間内に順番に、別々の組成物として投与および／または送達することを意味する。「同時に」とは、活性剤が実質的に同時に、そして望ましくは同じ製剤中で一緒に投与されることを意味する。「同時期に」とは、時間を接近させて複数の活性剤を投与すること（例えば、１つの成分を別の成分の前または後の約１分以内〜約１日以内に投与すること）を意味する。任意の同時期が有用である。しかし複数の薬剤が同時に投与されないことがしばしば起こるため、複数の薬剤を約１分以内〜約８時間以内に投与すること、好ましくは約１時間〜約４時間以内に投与することになろう。複数の薬剤は、同時期に投与する場合、対象の同じ部位に投与することが好ましい。「同じ部位」という用語は正確な場所を含むが、約０．５〜約１５センチメートル以内が可能であり、約０．５〜約５センチメートル以内が好ましい。本明細書では、「別々に」という用語は、ある時間間隔で（例えば約１日〜数週間または数ヶ月の間隔で）複数の薬剤を投与することを意味する。活性剤はどのような順番で投与してもよい。本明細書で使用される「順番に」という用語は、複数の薬剤を例えば数分、数時間、数日、数週間の間隔で順番に投与することを意味する。適切な場合には、活性剤を規則的な繰り返し周期で投与することができる。
【００５４】
本明細書では、「アジュバント」という用語は、組成物の中で特定の免疫原（例えば本発明のポリペプチド複合体）と組み合わせて使用される場合に、生じる免疫応答（例えば、Ｔｈ１免疫応答）を増進させる化合物を意味する（増進には、抗体と細胞性免疫応答の一方または両方の強化または特異性の拡大が含まれる）。
【００５５】
用語「薬剤」または「調節剤」には、望む薬理学的効果および／または生理学的効果を誘導する化合物が含まれる。この用語には、本明細書で具体的に言及されている化合物の医薬として許容可能で薬理学的に活性な成分が含まれ、その非限定的な例には、塩、エステル、アミド、プロドラッグ、活性な代謝産物、類似体などが含まれる。上記の用語が使用されるとき、活性剤そのものと、医薬として許容可能で薬理学的に活性な塩、エステル、アミド、プロドラッグ、代謝産物、類似体などが含まれることを理解されたい。「薬剤」という用語は狭く解釈されてはならず、小分子、タンパク質性分子（例えばペプチド、ポリペプチド、タンパク質）のほか、これらを含む組成物、遺伝分子（例えばＲＮＡ、ＤＮＡ、その模倣体や化学的類似体）、細胞剤にまで広がっている。「薬剤」という用語には、本明細書で言及されているポリペプチドを産生したり分泌したりすることができる細胞のほか、そのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが含まれる。したがって「薬剤」という用語は核酸コンストラクトにまで広がっており、その中には、ベクター（例えばウイルスベクター、非ウイルスベクター、発現ベクター）や、ある範囲の細胞内での発現と分泌のためのプラスミドが含まれる。
【００５６】
本明細書では、「抗原」という用語と、その文法的に同等な表現（例えば「抗原性」）は、特定の液性免疫または細胞性免疫の産物（例えば抗体分子またはＴ細胞受容体）が特異的に結合することのできる化合物、組成物、物質を意味する。抗原として任意のタイプの分子が可能であり、その中には、例えばハプテン、単純な中間代謝産物、糖（例えばオリゴ糖）、脂質、ホルモンのほか、巨大分子（複雑な炭水化物（例えば多糖）、リン脂質、タンパク質など）が含まれる。抗原の一般的なカテゴリーの非限定的な例に含まれるのは、ウイルス抗原、細菌抗原、真菌抗原、原生動物抗原、他の寄生虫抗原、腫瘍抗原、自己免疫疾患に関与する抗原、アレルギーに関与する抗原、移植片拒絶反応に関与する抗原、毒素、他のさまざまな抗原である。
【００５７】
「抗原結合分子」とは、標的抗原に対する結合親和性がある分子を意味する。この用語は、抗原結合活性を示す免疫グロブリン、免疫グロブリンフラグメント、非免疫グロブリン由来タンパク質フレームワークまで広がっていることが理解されよう。本発明の実施に役立つ代表的な抗原結合分子に含まれるのは、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体のほか、それらのフラグメント（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）2、Ｆｖ）、一本鎖（ｓｃＦｖ）抗体、ドメイン抗体（例えばサメ抗体およびラクダ抗体が含まれる）、抗体を含む融合タンパク質、抗原結合／認識部位を含む他のあらゆる改変された配置の免疫グロブリン分子である。抗体には、任意のクラスの抗体、例えばＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ（またはそのサブクラス）などが含まれるが、抗体がどれか特定のクラスである必要はない。免疫グロブリンは、重鎖の定常領域の抗体アミノ酸配列に応じて異なるクラスに割り当てることができる。免疫グロブリンには５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭがあり、そのうちのいくつかは、さらにサブクラス（アイソタイプ）に分類することができる（例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２）。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常領域は、それぞれα、δ、ε、γ、μと呼ばれる。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造および三次元配置はよく知られている。抗原結合分子には、二量体抗体のほか、多価形態の抗体も含まれる。いくつかの実施態様では、抗原結合分子は、重鎖および／または軽鎖の一部が、特定の種に由来するか、特定の抗体クラスまたは抗体サブクラスに属する抗体の対応する配列と同じか相同である一方で、鎖の残部が、別の種に由来するか、別の抗体クラスまたは抗体サブクラスに属する抗体の対応する配列と同じか相同であるキメラ抗体のほか、そのような抗体のフラグメントで、望む生物学的活性を示すものである（例えばアメリカ合衆国特許第４，８１６，５６７号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ他、１９８４年、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ第８１巻：６８５１〜６８５５ページを参照されたい）。非ヒト（例えば齧歯類、好ましくはマウス）免疫グロブリンの重鎖と軽鎖の可変鎖からの相補性決定領域（ＣＤＲ）をヒト可変ドメインに移すことによって一般に作製されるヒト化抗体も考慮される。次に、ヒト抗体の典型的な残基を、対応する非ヒト抗体のフレームワーク領域において置換する。ヒト化抗体に由来する抗体要素を用いることで、非ヒト定常領域の免疫原性に関係する潜在的な問題が回避される。非ヒト、特にマウスの免疫グロブリン可変ドメインをクローニングするための一般的な技術は、例えばＯｒｌａｎｄｉら（１９８９年、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ第８６巻：３８３３ページ）が記載している。ヒト化モノクローナル抗体を作製する技術は、例えばＪｏｎｅｓら（１９８６年、Ｎａｔｕｒｅ  第３２１巻：５２２ページ）、Ｃａｒｔｅｒら（１９９２年、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ第８９巻：４２８５ページ）、Ｓａｎｄｈｕ（１９９２年、Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．第１２巻：４３７ページ）、Ｓｉｎｇｅｒ��（１９９３年、Ｊ．Ｉｍｍｕｎ．第１５０巻：２８４４ページ）、Ｓｕｄｈｉｒ（編、『Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ』、Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．社、１９９５年）、Ｋｅｌｌｅｙ（『Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ：  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ』（Ｃｌｅｌａｎｄ他編、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．社、１９９６年）の中の「Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ」、３９９〜４３４ページ）、Ｑｕｅｅｎら（アメリカ合衆国特許第５，６９３，７６２号（１９９７年））が記載している。ヒト化抗体には、抗体の抗原結合領域が、カニクイザルを興味ある抗原で免疫化することによって作製した抗体に由来する「霊長類化」抗体が含まれる。ヒト化抗体は抗原結合分子としても考慮される。
【００５８】
「抗原提示細胞」（ＡＰＣ）という用語は、免疫系の特定のエフェクタ細胞（本明細書では「免疫エフェクタ細胞」または「ＩＥＣ」とも呼ぶ）が認識できるペプチド−ＭＨＣ複合体の形態で１つ以上の抗原を提示することができて、そのことによって提示された１つまたは複数の抗原に対する免疫応答を調節する（例えば刺激／増強する、または低減／寛容化／無力化する）一群の細胞を意味する。本発明の特別な実施態様では、ＡＰＣは、ＩＥＣ（ＣＤ８+リンパ球および／またはＣＤ４+リンパ球を含むＴリンパ球など）を活性化することができる。生体内でＡＰＣとして作用する可能性のある細胞には、例えばプロフェッショナルＡＰＣ（樹状細胞、マクロファージ、ランゲルハンス細胞、単球、Ｂ細胞など）だけでなく、非プロフェッショナルＡＰＣも含まれ、その具体例として、活性化された上皮細胞、線維芽細胞、グリア細胞、膵臓β細胞、血管内皮細胞が挙げられる。多くの種類の細胞がその細胞の表面に抗原を提示してＩＥＣ（Ｔ細胞が含まれる）を認識することができる。
【００５９】
「バイオマーカー」という用語は、典型的には、生理学的状態および／または病態生理学的状態の存在または性質（例えば重症度または状態）を反映した測定可能な特徴を意味し、その特徴には特定の生理学的状態または病態生理学的状態になるリスクの指標が含まれる。例えばあるバイオマーカーが、ある生理学的状態または病態生理学的状態（その状態の症状も含まれる）になる前の対象から得られたサンプルの中に存在している可能性がある。したがって対象から得られたサンプルの中にそのバイオマーカーが存在しているというのは、対象で、その生理学的状態または病態生理学的状態か、その状態の症状を示すリスクが増大していることを示している可能性が大きい。その代わりに、またはそれに加えて、そのバイオマーカーは、ある個人で正常に発現している可能性があるが、その発現は、ある生理学的状態または病態生理学的状態（その状態の症状も含まれる）になる前に変化する（すなわち増加する（上方調節される；過剰発現）か減少する（下方調節される；過少発現））可能性がある。したがってそのバイオマーカーのレベルが変化するというのは、対象で、その生理学的状態または病態生理学的状態か、その状態の症状を示すリスクが増大していることを示している可能性が大きい。その代わりに、またはそれに加えて、バイオマーカーのレベルの変化は、対象で特定の生理学的状態または病態生理学的状態か、その状態の症状が変化していることを反映している可能性があるため、その生理学的状態または病態生理学的状態か、その状態の症状の性質（例えば重症度）をある期間にわたって追跡することが可能になる。このアプローチは、例えば治療計画をモニタして対象におけるその有効性（または無効性）を評価するのに役立つ可能性がある。本明細書に記載してあるように、バイオマーカーのレベルへの言及には、バイオマーカーの濃度、バイオマーカーの発現レベル、バイオマーカーの活性が含まれる。これについてはあとでより詳しく説明する。
【００６０】
「バイオマーカー値」という用語は、対象の対応する少なくとも１つのバイオマーカーについて測定または導出された値を意味し、典型的には対象から採取したサンプル中のバイオマーカーの含量または濃度を少なくとも部分的に示している。したがってバイオマーカー値は、測定されたバイオマーカー値（つまり対象で測定されたバイオマーカーの値）、または導出されたバイオマーカー値（例えば測定された１つ以上のバイオマーカー値に関数を適用することにより、測定されたその１つ以上のバイオマーカー値から導出された値）が可能である。バイオマーカー値は、その値を求める方法に応じて適切な任意の形態が可能である。例えばバイオマーカー値は、ハイスループット技術（例えば質量分析、シークエンシングプラットフォーム、アレイ、ハイブリダイゼーションプラットフォーム、イムノアッセイ、フローサイトメトリーや、これら技術の任意の組み合わせ）を利用して求めることができる。好ましい一例では、バイオマーカー値は、タンパク質発現産物または他の測定可能な分子の活性レベルまたは含量に関係しており、その値はフローサイトメトリーなどの技術を利用して定量される。この場合、バイオマーカー値は、当業者であればわかるように、サンプル中でそのバイオマーカーを発現している細胞の％値の形が可能である。これについてはあとでより詳しく説明する。
【００６１】
「バイオマーカープロファイル」という用語は、１種類以上のバイオマーカー（例えばポリペプチド分子、ｃＤＮＡ分子など）のうちの１つまたは複数、またはその表示と、そのバイオマーカーの特徴（測定可能な側面（例えばバイオマーカー値）など）を意味する。バイオマーカープロファイルは、対象のＴｈ１免疫状態（例えば増進したＴｈ１免疫状態または低下したＴｈ１免疫状態）と相関する単一のバイオマーカーの全体レベル、含量、量を含むことができる。あるいはバイオマーカープロファイルは、少なくとも２つのそのようなバイオマーカーまたはその表示を含むことができる。その場合にバイオマーカーは同じクラスのものでも異なるクラスのものでもよく、例えばポリペプチドと核酸が可能である。したがってバイオマーカープロファイルは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００のいずれか、またはそれ以上の数のバイオマーカーまたはその表示を含むことができる。いくつかの実施態様では、バイオマーカープロファイルは、２つ、いくつか、数十、数百のバイオマーカーまたはその表示を含んでいる。バイオマーカープロファイルはさらに、１つ以上の対照または内部標準を含むことができる。いくつかの実施態様では、バイオマーカープロファイルは、内部標準として機能する少なくとも１つのバイオマーカーまたはその表示を含んでいる。別の実施態様では、バイオマーカープロファイルは、１種類以上のバイオマーカーの表示を含んでいる。本明細書においてこの文脈で用いる「表示」という用語は、単純に、バイオマーカー分子そのものではなく、バイオマーカープロファイルが、バイオマーカーのシンボル、データ、略号や、他の類似した徴候を含む状況を意味する。本明細書では、「バイオマーカープロファイル」という用語は、１つのバイオマーカー値、または少なくとも２つのバイオマーカー値の組み合わせを意味するのにも用いる。その場合に個々のバイオマーカー値は１つ以上の対象から測定または導出できるバイオマーカーの値に対応していて、それらの値の組み合わせが、Ｔｈ１免疫状態、個別の病気、病気の段階、病気のサブタイプ、個別の病気の予後、病気の段階の予後、病気のサブタイプの予後を特徴づけている。「プロファイルバイオマーカー」という用語は、例えば特定の病気、段階または重症度が異なる病気、異なる病気のサブタイプ、異なる予後を含めたり除外したりするため臨床評価を実施する際に使用できるバイオマーカープロファイルで用いることを目的として同定されたバイオマーカーのサブセットを意味するのに用いられる。プロファイルバイオマーカーの数はさまざまであろうが、典型的には１０以下の程度である。
【００６２】
「キメラ」という用語は、分子に関して用いる場合、その分子が、異なる２つ以上の出所または供給源に由来する部分を含むこと、または異なる２つ以上の出所または供給源から得られた部分を含むこと、または異なる２つ以上の出所または供給源から単離された部分を含むこと、または異なる２つ以上の出所または供給源に基づく部分を含むことを意味する。したがってポリペプチドは、出所が異なる２つ以上のアミノ酸配列を含んでいて、しかも（１）自然には一緒になることのない（すなわち少なくとも１つのアミノ酸配列が、他のアミノ酸配列のうちの少なくとも１つと異種である）ポリペプチド配列、または（２）自然状態では隣接していないアミノ酸配列を含んでいるときにキメラである。
【００６３】
本明細書では、「クラスタリング」と、その文法的に同等な表現は、３つ以上の同じＴｈ１免疫状態バイオマーカー（例えば、ＰＤ−Ｌ２）のあらゆる可逆的または不可逆的な結び付きを意味する。クラスターは、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１２個、２０個などのバイオマーカーで構成することができる。２つのバイオマーカーからなるクラスターは二量体と呼ばれる。３個以上のバイオマーカーからなるクラスターは一般にオリゴマーと呼ばれ、クラスターの個別の数は独自の名称を有する。例えば３個のバイオマーカーからなるクラスターは三量体、４個のバイオマーカーからなるクラスターは四量体、５個のバイオマーカーからなるクラスターは五量体である。６個のバイオマーカーからなるクラスターは六量体、７個のバイオマーカーからなるクラスターは七量体、８個のバイオマーカーからなるクラスターは八量体、１０個のバイオマーカーからなるクラスターは十量体、１２個のバイオマーカーからなるクラスターは十二量体、２０個のバイオマーカーからなるクラスターは二十量体である。
【００６４】
「コード配列」とは、遺伝子のポリペプチド産物または遺伝子の最終ｍＲＮＡ産物（例えば、スプライシング後の遺伝子のｍＲＮＡ産物）のコードに寄与するあらゆる核酸配列を意味する。それとは異なり、「非コード配列」という用語は、遺伝子のポリペプチド産物または遺伝子の最終ｍＲＮＡ産物のコードに寄与しないあらゆる核酸配列を意味する。
【００６５】
「コイルドコイル」または「コイルドコイル構造」という用語は、本明細書では交換可能に用いることができ、タンパク質の中にあって２つ以上のαヘリックス（２〜７個のαヘリックスであることが最も多い）がロープのストランドのように合わさってコイル状になった構造モチーフを意味する（二量体と三量体が最も一般的なタイプである）。多くのコイルドコイル型タンパク質が、重要な生物機能（遺伝子（例えば転写因子）の発現の調節など）に関与している。コイルドコイルは、７アミノ酸反復（下記参照）と呼ばれる疎水性（ｈ）アミノ酸残基と極性（ｐ）アミノ酸残基の反復パターン（ｈｐｐｈｐｐｐまたはｈｐｐｐｈｐｐ）を含んでいることがしばしばあるが、必ずしもそうとは限らない。この反復パターンを持つ配列を折り畳んでαへリックス二次構造にすると、疎水性残基が左回りにヘリックスの周囲に軽く巻き付く「ストライプ」として提示されるため、両親媒性構造が形成される。水で満たされた環境の中にそのような２つのヘリックスを配置するための最も有利な方法は、互いに接した状態の疎水性ストランドを親水性アミノ酸の間に挟むというものである。したがって疎水性表面が埋もれてしまうため、αヘリックスをオリゴマー化するための熱力学的駆動力が提供される。コイルドコイルのインターフェースのパッキングは極めて緊密である。αへリックスは平行でも反平行でもよく、通常は左巻きのスーパーコイルを採用する。不利であるとはいえ、右巻きコイルドコイルも、自然界のタンパク質と設計されたタンパク質でいくつか観察されている。「コイルドコイル」または「コイルドコイル構造」という用語は、共通の一般的知識に基づいている本分野の当業者には明らかであろう。この点について特に参照すべきなのは、コイルドコイル構造に関する概説論文、例えばＣｏｈｅｎとＰａｒｒｙ（１９９０年、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  第７巻：１〜１５ページ）；ＫｏｈｎとＨｏｄｇｅｓ（１９９８年、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ第１６巻：３７９〜３８９ページ）；Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ他（１９９８年、Ｆｏｌｄ  Ｄｅｓ第３巻：Ｒ２９〜Ｒ４０ページ）；Ｈａｒｂｕｒｙ他（１９９８年、Ｓｃｉｅｎｃｅ第２８２巻：１４６２〜１４６７ページ）；ＭａｓｏｎとＡｒｎｄｔ（２００４年、Ｃｈｅｍ-  ＢｉｏＣｈｅｍ第５巻：１７０〜１７６ページ）；ＬｕｐａｓとＧｒｕｂｅｒ（２００５年、Ａｄｖ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｈｅｍ第７０巻：３７〜７８ページ）；Ｗｏｏｌｆｓｏｎ（２００５年、Ａｄｖ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｈｅｍ第７０巻：７９〜１１２ページ）；Ｐａｒｒｙ他、２００８年、Ｊ  Ｓｔｒｕｃｔ  Ｂｉｏｌ  第１６３巻：２５８〜２６９ページ）；Ｍｃｆａｒｌａｎｅ他（２００９年、Ｅｕｒ  Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ第６２５巻：１０１〜１０７ページ）である。
【００６６】
本明細書では、「コンパニオン診断」は、特定の処置法を用いた処置に対して感受性のある対象を同定するため、または処置をモニタするために利用する診断法および／または試薬、および／または単一の対象にとって、または複数の対象の一部にとって、または他の一群の対象にとって有効な用量を同定するために利用する診断法および／または試薬を意味する。本明細書の目的では、コンパニオン診断は試薬を意味し、それは例えば、サンプル中の（例えば本明細書に記載した）Ｔｈ１免疫系バイオマーカーのバイオマーカー値を求めるための試薬である。コンパニオン診断は、試薬を意味するとともに、その試薬を用いて実施する試験も意味する。
【００６７】
本明細書では、「相補的」という用語と、その文法的に同等な表現は、２つ以上の構造要素（例えばペプチド、ポリペプチド、核酸、小分子や、その一部分など）が、互いにハイブリダイズしたり、オリゴマー化（例えば、二量体化、三量体化、四量体化、五量体化、六量体化、七量体化、八量体化、九量体化、十量体化、十一量体化、十二量体化）したり、相互作用したり、複合体を形成したりできるという特徴を意味する。例えば「ポリペプチドの相補的領域」は互いに合わさって複合体を形成することができる。
【００６８】
本明細書では、「複合体」という用語は、分子（例えばペプチド、ポリペプチドなど）が直接的および／または間接的に互いに接触している集合体または凝集体を意味する。特別な実施態様では、「接触」、より具体的に「直接的な接触」は、２個以上の分子が十分に近接していて、分子間の相互作用において引力性の非共有結合相互作用（ファンデルワールス力、水素結合、イオン性相互作用、疎水性相互作用など）が優勢になっていることを意味する。そのような実施態様では、分子の複合体（例えばペプチド、ポリペプチド）が、その複合体が（例えばその複合体の構成分子が凝集していない状態や複合体になっていない状態と比べて）熱力学的に有利であるような条件下で形成される。本明細書では、「ポリペプチド複合体」または「タンパク質複合体」という用語は、三量体、四量体、五量体、六量体、七量体、八量体、九量体、十量体、十一量体、十二量体、またはより高次のオリゴマーを意味する。特別な実施態様では、ポリペプチド複合体は、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドと少なくとも１つのオリゴマー化ドメインを含むキメラポリペプチドの自己組織化によって形成される。
【００６９】
本明細書の全体を通じ、文脈上特に必要でなければ、「含む」、「含んでいる」という用語は、記載されている１つの工程か要素、または一群の工程か要素を含むが、任意の他の１つの工程か要素、または一群の工程か要素を除外はしないことを意味すると理解される。したがって「含んでいる」などの用語の使用は、列挙した要素は必要または必須だが、他の要素は任意選択であって存在しても存在しなくてもよいことを示している。「からなる」は、この「からなる」という表現の前に存在するすべてのものを含んでいて、それらに限定されることを意味する。したがって「からなる」という表現は、列挙した要素が必要または必須であって、しかも他の要素は存在しないことを示す。「主に…からなる」は、この表現の前に列挙したあらゆる要素を含んでいて、他の要素は、列挙した要素について本開示で特定した活性または作用を妨げない、またはその活性または作用に寄与しないものに限定されることを意味する。したがって「主に…からなる」という表現は、列挙した要素が必要または必須だが、他の要素は任意選択であり、列挙した要素の活性または作用に影響を及ぼすかどうかに応じて存在しても存在しなくてもよいことを示す。
【００７０】
本明細書では、「コンジュゲートした」、「連結した」、「融合した」、「融合」という用語と、その文法的に同等な表現は、化学的結合や（例えば遺伝子融合による）組み換え手段を含む任意の手段で２つ以上の要素または成分またはドメインを互いに結合させる文脈では、交換可能に用いることができる。化学的結合のさまざまな方法（例えばヘテロ二官能性架橋剤を用いる方法）が本分野で知られている。より具体的には、本明細書で用いるＰＤ−Ｌ２ポリペプチド−オリゴマー化ドメインの融合またはコンジュゲートは、少なくとも１つのオリゴマー化ドメインへのＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの遺伝子結合または化学的結合を意味する。特別な実施態様では、少なくとも１つのオリゴマー化ドメインを、グリシン−セリン（ｇｌｙ−ｓｅｒ）リンカーなどのペプチドリンカーを介してＰＤ−Ｌ２ポリペプチドに間接的に融合させる。別の実施態様では、少なくとも１つのオリゴマー化ドメインをＰＤ−Ｌ２ポリペプチドに直接融合させる。
【００７１】
「保存的アミノ酸置換」は、そのアミノ酸残基が、似た側鎖を有するアミノ酸残基で置換される置換である。似た側鎖を持つアミノ酸残基のファミリーは本分野で明確にされており、それらは一般に以下のように下位分類することができる。
【表１】
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【００７２】
保存的アミノ酸置換には、側鎖に基づく分類も含まれる。例えば脂肪族側鎖を有するアミノ酸のグループは、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンである。脂肪族−ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸のグループは、セリンとトレオニンである。アミド含有側鎖を有するアミノ酸のグループは、アスパラギンとグルタミンである。芳香族側鎖を有するアミノ酸のグループは、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファンである。塩基性側鎖を有するアミノ酸の群は、リシン、アルギニン、ヒスチジンである。イオウ含有側鎖を有するアミノ酸のグループは、システインとメチオニンである。例えばロイシンをイソロイシンまたはバリンで置換すること、アスパラギン酸をグルタミン酸で置換すること、トレオニンをセリンで置換することや、１つのアミノ酸を構造的に関連したアミノ酸で同様に置換することが、得られる変異したポリペプチドの特性に大きな効果を及ぼさないであろうと予想するのは合理的である。１つのアミノ酸が変化して機能的ポリペプチドになるかどうかは、その活性を調べることによって容易に明らかにすることができる。保存的置換を、アミノ酸置換の例と好ましいアミノ酸置換という見出しで表２に示す。本発明の範囲に含まれるアミノ酸置換は、一般に、（ａ）置換の領域におけるペプチド骨格の構造維持、または（ｂ）標的部位における分子の電荷または疎水性の維持、または（ｃ）側鎖の大きさの維持に対する効果が有意には違わない置換を選択することによって実現される。置換を導入した後、生物学的活性に関して変異体をスクリーニングする。
【表２】
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【００７３】
「コンストラクト」という用語は、異なる供給源に由来する１つ以上の単離された核酸配列を含む組み換え遺伝分子を意味する。したがってコンストラクトは、出所が異なる２つ以上の核酸配列が組み合わされて単一の核酸分子にされたキメラ分子である。コンストラクトに含まれるのは、（１）自然には一緒になることのない（すなわち少なくとも１つのアミノ酸配列が、他のアミノ酸配列のうちの少なくとも１つと異種である）調節配列とコード配列を含む核酸配列、または（２）自然には接合されることのない機能的ＲＮＡ分子または機能的タンパク質の一部をコードする配列、または（３）自然には接合されることのないプロモータの一部を含有する任意のコンストラクトである。代表的なコンストラクトには、あらゆる組み換え核酸分子が含まれ、例えばプラスミド、コスミド、ウイルス、自律的に複製するポリヌクレオチド分子、ファージや、任意の供給源に由来し、１つ以上の核酸分子が機能可能に連結された核酸分子を含んでいてゲノムを組み込むか自律的に複製することが可能な線状または環状の一本鎖または二本鎖のＤＮＡ核酸分子またはＲＮＡ核酸分子が挙げられる。本発明のコンストラクトは、一般に、そのコンストラクトにやはり含まれている興味の対象である核酸配列（例えば標的核酸配列やモジュレーター核酸配列）の発現を指示するのに必要な要素を含むことになる。そのような要素は、興味の対象である核酸配列（の転写を指示するため、その核酸配列）に機能可能に連結されたプロモータなどの制御要素を含むことができ、ポリアデニル化配列も含んでいることがしばしばある。本発明の特別な実施態様では、コンストラクトはベクターに含めることができる。ベクターは、コンストラクトの成分に加え、例えば１つ以上の選択マーカー、および／または１つ以上の複製起点（原核生物と真核生物の複製起点）、および／または少なくとも１つの多重クローニング部位、および／または宿主細胞のゲノムへのコンストラクトの安定した組み込みを促進するための要素を含むことができる。２つ以上のコンストラクトを単一の核酸分子（例えば単一のベクター）の中に含有させることや、２つ以上の別々の核酸分子（例えば２つ以上の別々のベクター）の中に含有させることができる。「発現コンストラクト」は、一般に、興味の対象であるヌクレオチド配列に機能可能に連結された少なくとも１つの制御配列を含んでいる。このようにして、例えば発現させるヌクレオチド配列に機能可能に結合されたプロモータが、１つの生物またはその一部（宿主細胞が含まれる）の中で発現させるための発現コンストラクトの中に提供される。本発明を実施するには、コンストラクトと宿主細胞の調製と利用のための一般的な組成物と方法が当業者によく知られている。例えば『Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ』、第３版、第１巻、第２巻、第３巻、Ｊ．Ｆ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ、Ｄ．Ｗ．Ｒｕｓｓｅｌｌ、Ｎ．Ｉｒｗｉｎ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、２０００年を参照されたい。
【００７４】
「相関する」という用語は、ある種類のデータと別の種類のデータの間の関係、またはある種類のデータとある状態（例えばＴｈ１免疫状態）の間の関係を明らかにすることを意味する。
【００７５】
「に対応する」または「に対応している」は、参照アミノ酸配列と配列が実質的に類似するか、配列が一致しているアミノ酸配列を意味する。一般に、アミノ酸配列は、配列が参照アミノ酸配列の少なくとも一部と、少なくとも約７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％類似するか、１００％まで一致する。
【００７６】
「オリゴマー化の程度」という用語は、式（Ｉ）のポリペプチド複合体に含まれるタンパク質性分子ユニットの数（ｎ）を意味する。
【００７７】
本明細書では、「診断」、「診断する」などの用語は交換可能に用いることができ、対象がある病気になる可能性、または対象におけるある病気の存在または性質を明らかにすることを包んでいる。これらの用語には、疾患の重症度または疾患のエピソードを明らかにすることのほか、合理的な治療の文脈において、診断が治療へとつながること（その中には、治療法の最初の選択、治療法の変更（例えば用量または投薬計画の調整）などが含まれる）も含まれる。「可能性」は、特定の測定されたバイオマーカー値または導出されたバイオマーカー値を持つ対象が、所与の数学的モデルに基づいて実際に病気を持っているかどうかを判断する１つの指標を意味する。例えば増大した可能性は、相対的でも絶対的でもよく、定性的または定量的に表現することができる。例えば増大した可能性は、単純に、対象で少なくとも２つのＴｈ１免疫状態バイオマーカーについて測定されたバイオマーカー値または導出されたバイオマーカー値を求め、その対象を、集団での以前の研究に基づく「増大した可能性」のカテゴリーに入れることによって判断することができる。「可能性」という用語は、本明細書では「確率」という用語と交換可能に用いることができる。「リスク」という用語は、将来のある時点で特定のイベントが発生する可能性または確率と関係している。「リスク層化」は、既知の臨床リスク因子を列挙することで、医師が、患者を、特定の疾患になるリスクが低い、中程度、高い、最大のいずれかに分類できるようにすることを意味する。
【００７８】
本明細書では、「ドメイン」という用語は、一般的な物理化学的特徴（その非限定的な例は、疎水性ドメイン、極性ドメイン、球状ドメイン、螺旋状ドメインなど）、または特性（リガンド結合、膜融合、シグナル伝達、細胞浸透、オリゴマー化など）を共有する分子または構造の一部を意味する。ドメインは折り畳まれたタンパク質構造を有することがしばしばあり、その構造は、そのタンパク質の残部とは独立に三次構造を保持する能力を有する。一般に、ドメインはタンパク質の個々の機能的特性にとって非常に重要であり、多くの場合に、タンパク質の残部の機能および／またはそのドメインの機能を喪失することなく他のタンパク質への付加、移動、導入が可能である。ドメインは、そのドメインの領域または一部と同じ空間に存在することができる。ドメインは、１つの分子の離散した隣接していない複数の領域を含むことができる。タンパク質ドメインの非限定的な例に含まれるのは、細胞内または細胞外の局在ドメイン（例えばシグナルペプチド；ＳＰ）、免疫グロブリン（Ｉｇ）ドメイン、外部ドメイン、膜貫通（ＴＭ）ドメイン、細胞質（Ｃ）ドメインである。
【００７９】
本明細書では、「コードする」、「コードしている」などの用語は、核酸が、別の核酸またはポリペプチドを提供する能力を意味する。例えばある核酸配列がポリペプチドを「コードする」というのは、その核酸配列を転写および／または翻訳してポリペプチドを産生させることができる場合、またはその核酸配列を転写および／または翻訳できる形態に処理してポリペプチドを産生させることができる場合である。そのような核酸配列に含まれるのは、コード配列だけ、またはコード配列と非コード配列の両方である。したがって「コードする」、「コードしている」などの用語に含まれるのは、ＤＮＡ分子を転写することによって生じるＲＮＡ産物、ＲＮＡ分子を翻訳することによって生じるタンパク質、ＲＮＡ産物を形成した後にそのＲＮＡ産物を翻訳するためのＤＮＡ分子を転写することによって生じるタンパク質、ＲＮＡ産物を提供し、そのＲＮＡ産物のプロセシングによってプロセシングを受けたＲＮＡ産物（例えばｍＲＮＡ）を提供するためのＤＮＡ分子を転写することによって生じるタンパク質である。
【００８０】
「外部ドメイン」は、細胞外空間（すなわち細胞の外部空間）へと伸びている細胞膜タンパク質のドメインである。外部ドメインは、通常は、タンパク質のうちで表面との接触を開始する部分であり、その接触がシグナル伝達につながる。したがって本明細書に規定したＰＤ−Ｌ２の外部ドメインは、ＰＤ−Ｌ２のうちで細胞外空間（細胞外ドメイン）へと広がっている部分を意味するが、ＰＤ−Ｌ２のうちで、対応する受容体（ＰＤ−１など）への結合にとって非常に重要なより短い部分または断片も含まれる。したがって「ＰＤ−Ｌ２の外部ドメインまたはその断片」という用語は、細胞外ドメインまたはその一部を形成していて受容体に相変わらず結合することのできるＰＤ−Ｌ２の細胞外ドメイン（すなわち受容体結合ドメイン）を意味する。
【００８１】
「有効量」は、エンベロープウイルスの融合タンパク質、またはその融合タンパク質の複合体に対する免疫応答を誘起するという文脈、または疾患や病気の治療または予防という文脈では、そのような誘起、治療、予防のいずれかに有効な量の薬剤を、その薬剤を必要とする個体に単回投与で、または一連の投与の一部として投与することを意味する。有効量は、処置する個体の健康状態と体調、処置する個体が分類されるグループ、組成物の組成、医学的状態の評価や、それ以外の関連因子に応じて変わるであろう。量は比較的広い範囲に入ることが予想され、その範囲は定型的な試行を通じて決定することができる。
【００８２】
「内部産生」という用語は、１つの生物の体内で核酸が発現することと、それに関連してその生物の体内で核酸の発現産物が産生および／または分泌されることを意味する。特別な実施態様では、生物は多細胞生物（例えば脊椎動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトなどの霊長類）であり、核酸は、その多細胞生物の細胞内または組織内で発現する。
【００８３】
遺伝子配列に関する「発現」という用語は、遺伝子を転写してＲＮＡ転写産物（例えばｍＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡなど）を産生させることと、適切な場合には、得られたｍＲＮＡ転写産物を翻訳してタンパク質にすることを意味する。したがって文脈から明らかなように、コード配列の発現は、そのコード配列を転写して翻訳することから生じる。逆に、非コード配列の発現は、非コード配列の転写から生じる。
【００８４】
本明細書では、「融合」タンパク質は、自然界では結合した配置で見いだされることのない、互いに結合した２つ以上のポリペプチドを意味する。
【００８５】
本明細書では、「遺伝子」という用語は、ｍＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡなどを産生させるため、そしていくつかの実施態様ではポリペプチドを産生させるために使用できる核酸分子を意味する。遺伝子は、機能的タンパク質を産生させるのに使用できてもできなくてもよい。遺伝子は、コード領域と非コード領域の両方（例えばイントロン、調節エレメント（プロモータ、エンハンサ、終止配列、５’と３’の非翻訳領域が含まれる））を含むことができる。遺伝子は「単離する」ことができる。単離とは、核酸分子が、その自然の状態でその核酸分子に付随して通常見いだされる諸成分を実質的または本質的に含まないことを意味する。そのような成分に含まれるのは、他の細胞材料、および／または組み換え産生からの培地、および／または核酸分子の化学合成で用いるさまざまな化学物質である。「遺伝子」に言及するときには、その範囲に、連続した配列を有するため本明細書に規定したような連続した核酸種を規定する遺伝子、または不連続な配列を有するため本明細書に規定した不連続な核酸種を規定する遺伝子への言及も含まれる。いくつかの実施態様では、「遺伝子」という用語の範囲に、特定のポリペプチドと、イントロンと、発現の調節に関与する隣接した５’と３’の非コードヌクレオチド配列をコードするオープンリーディングフレームが含まれる。この点に関し、遺伝子は、制御配列（プロモータ、エンハンサ、自然状態で所与の遺伝子に付随している終止シグナルおよび／またはポリアデニル化シグナル、異種の制御配列など）をさらに含むことができる。遺伝子配列として、ｃＤＮＡ、またはゲノムＤＮＡ、またはその断片が可能である。遺伝子は、染色体の外で維持するため、または宿主に導入するため、適切なベクターに導入することができる。
【００８６】
本明細書では、「異種の」という用語は、配列の選択が、この配列とＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを融合した産物が、野生型ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの前駆体または成熟形態とは異なる配列を持つようになされた任意のタンパク質部分を意味する。
【００８７】
「宿主」という用語は、本発明のコンストラクトを導入することのできる任意の生物（真核生物でも原核生物でもよい）またはその細胞を意味する。特別な実施態様では、「宿主」という用語は真核生物を意味し、その中には単細胞真核生物（酵母や真菌など）と多細胞真核生物（動物など）が含まれ、その非限定的な例に含まれるのは、無脊椎動物（例えば昆虫、刺胞動物、棘皮動物、線虫など）；真核生物寄生虫（例えばマラリア寄生虫（熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）など）、蠕虫など）；脊椎動物（例えば魚類、両生類、爬虫類、鳥類、哺乳類）；哺乳動物（例えば齧歯類、ヒトなどの霊長類、ヒト以外の霊長類）である。したがって「宿主細胞」という用語は、そのような真核生物の細胞のほか、そのような真核生物に由来する細胞系を含むことが適切である。「宿主細胞」という用語の範囲には、本発明の任意の組み換えベクターまたは単離されたポリヌクレオチドのレシピエントになりうるかレシピエントであった個々の細胞または細胞培養物も含まれる。宿主細胞には単一の宿主細胞の子孫が含まれるが、その子孫は、自然の、または偶発的な、または意図的な変異および／または変化が原因で必ずしも元の親細胞と完全に同じでなくてもよい。宿主細胞には、生体内またはインビトロで本発明の組み換えベクターまたはポリヌクレオチドをトランスフェクトした細胞または感染させた細胞が含まれる。本発明の組み換えベクターを含む宿主細胞は、組み換え宿主細胞である。
【００８８】
本明細書では、「免疫エフェクタ細胞」（ＩＥＣ）という用語は白血球の集団を意味し、その中に含まれるのはエフェクタ部分受容体（例えばサイトカイン受容体）および／またはＦｃ受容体を表面に提示するリンパ球であり、ＩＥＣはその受容体を通じてエフェクタ部分（例えばサイトカイン）および／または抗体のＦｃ領域に結合して標的細胞（例えば腫瘍細胞）の破壊に寄与する。ＩＥＣは、例えば細胞傷害効果または食細胞効果を媒介することができる。ＩＥＣ細胞の非限定的な例に含まれるのは、ＣＤ８+細胞傷害性Ｔ細胞、ＣＤ４+ヘルパーＴ細胞、γδＴ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫ様Ｔ細胞、リンホカイン活性化キラー（ＬＡＫ）細胞などのエフェクタＴ細胞である。ＩＥＣの活性は、ＡＰＣ（マクロファージ、樹状細胞、ランゲルハンス細胞、Ｂ細胞、単球などのプロフェッショナル抗原提示細胞が含まれる）との相互作用を通じて調節することができる。
【００８９】
本明細書では、「免疫原性組成物」または「免疫原性製剤」という用語は、脊椎動物（特に哺乳動物などの動物）に投与したときに免疫応答（Ｔｈ１免疫応答が含まれる）を誘導する調製物を意味する。
【００９０】
本明細書では、「指標」という用語は、結果または結果の表示を意味し、その中に含まれるのは、対象が特定の病気に罹患している可能性またはリスクを当業者が推定および／または判断することのできるあらゆる情報、数、比、信号、徴候、印、メモである。本発明の場合には、「指標」は、対象のＴｈ１免疫状態を判断するため、場合によっては他の臨床的特徴とともに用いることができる。そのような指標が「求まった」とは、その指標が１００％正確であることを意味しない。熟練した臨床医は、指標を他の臨床徴候とともに用いて診断を下すことができる。
【００９１】
「リンカー」とは、２個の分子を連結してそれら２個の分子を望ましい立体配置にするのに役立つことがしばしばある１個の分子または一群の分子（モノマーやポリマーなど）を意味する。特別な実施態様では、「ペプチドリンカー」は、２つのタンパク質、ポリペプチド、ペプチド、ドメイン、領域、モチーフを連結するアミノ酸配列を意味する。ペプチドリンカーはそれら２つの下位結合（例えばオリゴマー化）ドメインの相互作用に適合したスペーサー機能を提供することができるため、得られるポリペプチドは、標的分子（例えばＰＤ−Ｌ２ポリペプチド）に対する特異的結合親和性を保持する、またはシグナル伝達活性を保持する。いくつかの実施態様では、リンカーは、例えば約２個〜約３５個のアミノ酸、または約４個〜約２０個のアミノ酸、または約８個〜約１５個のアミノ酸、または約１５個〜約２５個のアミノ酸からなる。
【００９２】
本明細書では、「部分」という用語は、分子の一部を意味し、部分として、分子内にあってその分子の特徴的な化学的特性、および／または生物学的特性、および／または医学的特性にとって非常に重要な１つの官能基、および／または一群の官能基、および／または特定の原子団が可能である。
【００９３】
「得られた」は、所有するに至ることを意味する。そのようにして得られたサンプルに含まれるのは、例えば、特定の供給源から単離されるか特定の供給源に由来する核酸抽出物またはポリペプチド抽出物である。例えば抽出物は、対象の体液または組織から直接単離することができる。
【００９４】
本明細書では、「オリゴマー化ドメイン」は、優先的に１つ以上のタンパク質ドメインと直接に、または架橋分子を介して相互作用または会合するタンパク質ドメインを意味し、他のタンパク質ドメインとのその相互作用が、オリゴマー化（すなわち二量体、三量体、四量体、五量体、六量体、七量体、八量体、九量体、十量体、十一量体、十二量体や、より高次のオリゴマーの形成（オリゴマーは、ホモオリゴマーでもヘテロオリゴマーでもよい））に実質的に寄与したり、オリゴマー化を効率的に促進したりする。そのような「相補的」オリゴマー化ドメインに含まれるのは、二量体化ドメイン（例えば免疫グロブリンＦｃドメイン、ロイシンジッパーなど）、三量体化ドメイン（例えば大腸菌アスパラギン酸トランスカルバモイラーゼ（ＡＴＣアーゼ）の触媒性サブユニット、バクテリオファージＴ４フィブリチンからの「フォールドン」三量体化配列、ネック領域ペプチド、ヒト肺界面活性Ｄタンパク質、オリゴマー化コイルドコイルアドヘシン、エンベロープウイルスのクラスＩ融合タンパク質の相補的７アミノ酸反復領域など）、四量体化ドメイン（例えばテトラブラキオンのコイルドコイルドメイン）、五量体化ドメイン（例えばトリプトファンジッパーまたは軟骨オリゴマーマトリックスタンパク質（ＣＯＭＰ）の五量体化ドメインなど）、六量体化ドメイン（例えばＩｇＡ抗体の重鎖のＣ末端からのテールピース）であり、望むのであればこれらを組み合わせて用いてより高次のオリゴマー（七量体、八量体、九量体、十量体、十一量体、十二量体など）を形成することができる。
【００９５】
本明細書では、「機能可能に接続された」または「機能可能に連結された」という表現は、そのように記述されている諸要素が、意図したように機能することができる関係で並置されていることを意味する。例えば興味あるヌクレオチド配列（例えばコード配列および／または非コード配列）に「機能可能に連結された」調節配列（例えばプロモータ）は、興味ある配列に対して制御配列が、その制御配列に適合した条件下で興味あるその配列の発現が可能になるように配置および／または配向されていることを意味する。制御配列は、興味あるヌクレオチド配列の発現を指示する機能を有するのであれば、興味あるヌクレオチド配列と連続している必要はない。したがって例えば介在非コード配列（例えば転写されるが翻訳されない配列）をプロモータとコード配列の間に存在させることができるが、それでもプロモータ配列はコード配列に「機能可能に連結している」と見なすことができる。同様に、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを少なくとも１つの異種オリゴマー化ドメインに「機能可能に接続する」には、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドに対してオリゴマー化ドメインを、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドオリゴマー化ドメインキメラポリペプチドの自己組織化によるポリペプチド複合体の形成が可能になるように配置および／または配向することが含まれる。
【００９６】
本明細書で交換可能に用いられる「患者」、「対象」、「宿主」、「個体」という用語は、治療または予防することが望ましい任意の対象（特に脊椎動物の対象、さらに特定するならば哺乳動物の対象）を意味する。本発明の範囲に入る適切な脊椎動物の非限定的な例に含まれるのは脊索動物亜門の任意のメンバーであり、そこには、霊長類（例えばヒト、サル、類人猿などであり、マカク属からのサルの種（例えばカニクイザル（Ｍａｃａｃａ  ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ）および／またはアカゲザル（Ｍａｃａｃａ  ｍｕｌａｔｔａ））、ヒヒ（Ｐａｐｉｏ  ｕｒｓｉｎｕｓ）、マーモセット（マーモセット属からの種）、リスザル（リスザル属からの種）、タマリン（タマリン属からの種）が含まれる）、類人猿の種（例えばチンパンジー（Ｐａｎ  ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ）が含まれる）、齧歯類（例えばマウス、ラット、モルモット）、ウサギ目（例えばウサギ、野ウサギ）、ウシ科（例えばウシ）、ヒツジ科（例えばヒツジ）、ヤギ科（例えばヤギ）、ブタ科（例えばブタ）、ウマ科（例えばウマ）、イヌ科（例えばイヌ）、ネコ科（例えばネコ）、鳥類（例えばニワトリ、シチメンチョウ、アヒル、ガチョウ、飼い鳥（カナリア、セキレイインコなど））、海洋哺乳動物（例えばイルカ、クジラ）、爬虫類（ヘビ、カエル、トカゲなど）、魚が含まれる。好ましい対象は、エンベロープウイルスの融合タンパク質、または融合タンパク質の複合体に対する免疫応答を誘起する必要があるヒトである。しかし段落冒頭の用語は、症状が存在することを意味していないことが理解されよう。
【００９７】
本明細書で交換可能に用いられる「ＰＤ−Ｌ２活性」、「ＰＤ−Ｌ２の生物活性」、「ＰＤ−Ｌ２の機能的活性」は、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドまたはＰＤ−Ｌ２核酸分子がＰＤ−Ｌ２に応答する細胞または組織に対して、またはＰＤ−Ｌ２ポリペプチド結合パートナーに対して及ぼす活性を意味し、その活性は、標準的な技術に従って生体内またはインビトロで求められる。いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ２活性は、ＰＤ−Ｌ２結合パートナーとの会合などの直接的な活性である。本明細書では、「標的分子」または「結合パートナー」は、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドと自然に結合または相互作用してＰＤ−Ｌ２を通じた機能を実現する分子である。特別な実施態様では、ＰＤ−Ｌ２標的分子は、ＰＤ−１受容体と反発性ガイダンス分子ｂ（ＲＧＭｂ）から選択される。あるいはＰＤ−Ｌ２活性は、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドが天然の結合パートナー（例えばＰＤ−１またはＲＧＭｂ）と相互作用することによって伝えられる細胞シグナル伝達活性などの間接的な活性である。ＰＤ−Ｌ２の生物活性は本明細書に記載されている。例えば本発明のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドは、以下の機能、すなわち１）受容体ＰＤ−１やそれ以外の天然のＰＤ−Ｌ２結合パートナー（ＲＧＭｂなど）に結合する機能、および／またはその活性を調節する機能、２）細胞内シグナル伝達または細胞間シグナル伝達を調節する機能、３）免疫細胞（例えばＴリンパ球）の活性化を調節する機能、４）生物（例えばヒトやそれ以外の霊長類などの哺乳動物）の免疫応答（Ｔｈ１免疫応答が含まれる）を調節する機能のうちの１つ以上を持つことができる。
【００９８】
「ＰＤ−Ｌ２発現」、「ＰＤ−Ｌ１発現」という用語は、それぞれ、ＰＤ−Ｌ２とＰＤ−Ｌ１の転写および／または翻訳および／または活性を意味する。例えば本明細書に記載してあるように、いくつかの方法を利用してＰＤ−Ｌ２とＰＤ−Ｌ１の発現レベルを求めることができる。
【００９９】
「ＰＤ−Ｌ２ポリペプチド」は、ＰＤ−Ｌ２分子に対応するアミノ酸配列を持つポリペプチドを意味する。この用語には、配列ＩＤ番号１、２、３、４、５、６のいずれかに記載した配列との配列一致または配列類似性が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜少なくとも９９％と、その間のあらゆる整数値）であるアミノ酸配列を持つポリペプチドが含まれるが、それに限定されない。この用語にはさらに、ある生物と別の生物の間に存在していたり生じたりする可能性があるＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの天然のアレル変異が含まれる。また、グリコシル化やそれ以外の翻訳後修飾の程度と位置は、選択された宿主と、その宿主の細胞環境の性質に応じて異なる可能性がある。「ＰＤ−Ｌ２ポリペプチド」という用語には、前駆体の形態のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのほか、生物活性な形態が得られるように処理したＰＤ−Ｌ２ポリペプチドも含まれることが想定されている。この用語にはさらに、参照用または天然のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドと比べて化学的に修飾されているＰＤ−Ｌ２ポリペプチド、および／または参照用または天然のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドと比べてアミノ酸配列に１つ以上の変更を含むＰＤ−Ｌ２ポリペプチド、および／または参照用または天然の完全長または前駆体のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドまたはそのドメイン（ＰＤ−Ｌ２シグナルペプチド、ＩｇＶドメイン、ＩｇＣドメイン、外部ドメイン、膜貫通ドメイン、細胞質内ドメインが含まれる）と比べて短縮されたアミノ酸配列を含むＰＤ−Ｌ２ポリペプチドが含まれる。その代わりに、またはそれに加えて、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチド（その複合体が含まれる）は、参照用または天然のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドとは異なる特性を示す可能性がある。その特性に含まれるのは変化した（例えば増強された）安定性や変化した（例えば増強された）生物活性であり、その非限定的な例は、１）受容体ＰＤ−１やそれ以外の天然のＰＤ−Ｌ２結合パートナー（ＲＧＭｂなど）への結合の増強、および／または受容体ＰＤ−１やそれ以外の天然のＰＤ−Ｌ２結合パートナー（ＲＧＭｂなど）のシグナル伝達の増強、２）細胞内シグナル伝達または細胞間シグナル伝達の増強、３）免疫細胞（例えばＴリンパ球）の活性化の増強、４）生物（例えばヒトやそれ以外の霊長類などの哺乳動物）の免疫応答（Ｔｈ１免疫応答が含まれる）の増強である。「ＰＤ−Ｌ２ポリペプチド」という用語には、わずかに変化したアミノ酸配列を持つタンパク質性分子（例えば、Ｎ末端が変化していてＮ末端のアミノ酸の欠失または付加があるポリペプチド、および／または参照用または天然のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドと比べて化学的に修飾されたポリペプチド）も含まれる。ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドには、参照用または天然のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドと実質的に同じかより優れた生物活性を示すタンパク質分子、または参照用または天然のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドと比べて実質的に変化するか低下した生物活性を示すタンパク質分子も含まれる。
【０１００】
「医薬として許容可能な基剤」は、動物（ヒトを含む哺乳動物が好ましい）に局所投与または全身投与するとき安全に使用できる固体または液体の充填剤、希釈剤、封入物質を意味する。医薬として許容可能な代表的な基剤に含まれるのは、当業者に知られているように、あらゆる溶媒、分散媒体、コーティング、界面活性剤、酸化防止剤、保存剤（例えば抗菌剤、抗真菌剤）、等張剤、吸収遅延剤、塩、薬、薬安定剤、ゲル、結合剤、賦形剤、崩壊剤、潤滑剤、甘味剤、着香剤、染料、これらと同様の材料、これらの組み合わせである（例えば、『Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ』、第１８版、Ｍａｃｋ  Ｐｒｉｎｔｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ社、１９９０年、１２８９〜１３２９ページ（参照によって本明細書に組み込まれている）を参照されたい）。従来からあるどの基剤も、活性成分と適合しない場合を除き、医薬組成物で用いることが考えられる。
【０１０１】
本明細書では、「ポリヌクレオチド」または「核酸」という用語は、ｍＲＮＡ、ＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ＤＮＡのいずれかを意味する。この用語は、典型的には、長さが少なくとも１０塩基のポリマーの形態になったヌクレオチドを意味し、そのヌクレオチドは、リボヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドであるか、修飾された形態のどちらかのタイプのヌクレオチドである。この用語には、一本鎖の形態のＤＮＡと二本鎖の形態のＤＮＡが含まれる。
【０１０２】
本明細書では、「ポリペプチド」、「ペプチド」、「タンパク質」、「タンパク質性分子」は交換可能に用いられ、アミノ酸残基のポリマーを含む分子、またはアミノ酸残基のポリマーからなる分子と、そのバリアントおよび合成類似体を意味する。したがってこれらの用語は、１個以上のアミノ酸残基が非天然の合成アミノ酸（例えば対応する天然のアミノ酸の化学的類似体）であるアミノ酸ポリマーと、天然のアミノ酸ポリマーに適用される。
【０１０３】
本明細書では、「組み換えポリヌクレオチド」という用語は、インビトロで核酸を操作することによって自然界では通常見られない形態にされたポリヌクレオチドを意味する。例えば組み換えポリヌクレオチドは、発現ベクターの形態にすることができる。一般に、そのような発現ベクターは、ヌクレオチド配列に機能可能に連結されていて転写と翻訳を調節する核酸を含んでいる。
【０１０４】
「組み換えポリペプチド」は、組み換え技術を利用して、すなわち組み換えポリヌクレオチドを発現させることを通じて作製されたポリペプチドを意味する。
【０１０５】
本明細書では、「調節エレメント」、「調節配列」、「制御エレメント」、「制御配列」などは交換可能に用いられ、コード配列の上流に位置するヌクレオチド配列（５’非コード配列）、またはコード配列の中に位置するヌクレオチド配列、またはコード配列の下流に位置するヌクレオチド配列（３’非コード配列）を意味し、直接的に、または間接的に、関連するコード配列の転写、ＲＮＡプロセシング、ＲＮＡ安定性、翻訳に影響を及ぼす。調節エレメントに含まれるのは、エンハンサ、プロモータ、翻訳リーダー配列、イントロン、Ｒｅｐ認識エレメント、遺伝子間領域、ポリアデニル化シグナル配列である。その中には、天然配列と合成配列のほか、合成配列と天然配列が組み合わされている可能性のある配列が含まれる。
【０１０６】
本明細書では、「サンプル」という用語に、対象からのあらゆる生物サンプルが含まれ、そのサンプルとして、抽出したサンプル、処理していないサンプル、処理したサンプル、希釈したサンプル、濃縮したサンプルが可能である。サンプルの非限定的な例に含まれる可能性があるのは、体液（例えば全血、血清、赤血球細胞、白血球細胞、血漿、唾液、尿、大便（すなわち糞）、涙、汗、皮脂、乳頭吸引液、乳管洗浄液、腫瘍滲出液、滑液、腹水、腹腔液、羊水、脳脊髄液、リンパ液、細針吸引液）、他のあらゆる体液、細胞ライセート、細胞分泌物、炎症液、精液、膣分泌物である。サンプルには、組織サンプル、生検組織、組織ホモジェネートなどが含まれる可能性がある。好ましいサンプルに含めることができるのは、本明細書に教示した任意の１つ以上のバイオマーカーを検出可能な量で含むサンプルである。サンプルは、できるだけ少ない侵襲で対象から取り出すこと、または単離することが可能な方法によって容易に取得できることが好ましい。いくつかの実施態様では、サンプルは、血液（特に末梢血）を含むか、その分画または抽出物を含んでいる。典型的には、サンプルは、血液細胞（例えば成熟した白血球、未熟な白血球、発達中の白血球であり、白血球には、リンパ球、多形核白血球、好中球、単球、網状赤血球、好塩基球、体腔細胞、血球、好酸球、巨核球、マクロファージ、樹状細胞、ナチュラルキラー細胞などが含まれる）、またはそのような細胞の分画（例えば核酸分画またはタンパク質分画）を含んでいる。特別な実施態様では、サンプルは、白血球（その中には末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）が含まれる）を含んでいる。
【０１０７】
「自己組織化」は、より高次の構造を自発的に組み立てるプロセスを意味し、このプロセスは、その高次構造の構成要素（例えば分子）が互いに自然に引き合うことに依存している。これは、典型的には、分子がランダムに運動することと、サイズ、形状、組成、化学的特性に基づいて結合が形成されることを通じて起こる。
【０１０８】
本明細書では、「配列一致」という用語は、比較ウインドウ上で、ヌクレオチドごとに、またはアミノ酸ごとに、配列が一致している程度を意味する。したがって「配列一致の割合」は、最適なアラインメントにした２つの配列を比較ウインドウ上で比較し、両方の配列で核酸塩基（例えばＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｉ）またはアミノ酸残基（例えば、Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｃｙｓ、Ｍｅｔ）の一致が起こる位置の数を求めて一致した位置の数を取得し、一致した位置に関するその数を、比較ウインドウ内の位置の総数（すなわちウィンドウサイズ）で割り、得られた結果を１００倍することによって計算される。本発明では、本発明の方法とシステムにおいて、完全長ＩＬ−２２ポリペプチドと、その生物活性な断片を用いることを考える。典型的には、完全長ＩＬ−２２ポリペプチドの生物活性な断片は、相互作用（例えば分子内相互作用または分子間相互作用）に関与することができる。
【０１０９】
「類似性」は、一致するアミノ酸、または上記の表１と表２に規定した保存的置換を構成するアミノ酸の％数を意味する。類似性は、ＧＡＰ（Ｄｅｖｅｒａｕｘ他、１９８４年、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  第１２巻：３８７〜３９５ページ）などの配列比較プログラムを用いて求めることができる。このようにして、長さが類似した配列または長さが実質的に異なる配列を、本明細書に引用した配列と比較することが、アライメントの中にギャップを挿入することによって可能になろう。そのようなギャップは、例えばＧＡＰが利用している比較アルゴリズムによって求まる。
【０１１０】
２つ以上のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの間の配列関係を記述するのに用いられる用語には、「参照配列」、「比較ウインドウ」、「配列一致」、「配列一致の割合」、「実質的一致」が含まれる。「参照配列」は、長さが少なくとも１２モノマー単位（ヌクレオチドとアミノ酸残基が含まれる）であり、１５〜１８モノマー単位であることが頻繁にあり、少なくとも２５モノマー単位であることがしばしばある。２つのポリヌクレオチドは、それぞれ、（１）その２つのポリヌクレオチドの間で類似している配列（すなわち、ポリヌクレオチド配列の全長の一部だけ）と、（２）その２つのポリヌクレオチドの間で異なる配列を含んでいる可能性があるため、２つ（以上）のポリヌクレオチドの間の配列比較は、典型的には、その２つのポリヌクレオチドの配列を「比較ウインドウ」上で比較し、配列が類似している局所領域を同定して比較することによってなされる。「比較ウインドウ」は、少なくとも６個の連続した位置（通常は約５０〜約１００個、より一般的には約１００〜約１５０個）からなる概念的区画を意味し、その比較ウインドウ内の配列が、同数の連続した位置からなる参照配列と、それら２つの配列を最適なアラインメントにした後に比較される。比較ウインドウは、２つの配列を最適なアラインメントにするため、（付加または欠失を含まない）参照配列と比べて約２０％以下の付加または欠失（すなわちギャップ）を含んでいてもよい。配列を最適なアラインメントにして比較ウインドウにアラインメントすることは、コンピュータに実装したアルゴリズム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ７．０の中のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、ＴＦＡＳＴＡ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ社、５７５サイエンス・ドライブ・マディソン、ウィスコンシン州、アメリカ合衆国）によって、または目視と、さまざまな方法の中から選択された任意の方法によって生成された最良の（すなわち、比較ウインドウ上で相同性の割合が最大になる）アラインメントによって実現することができる。例えばＡｌｔｓｃｈｕｌ他、１９９７年、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．第２５巻：３３８９ページに開示されているＢＬＡＳＴファミリーのプログラムも参照することができる。配列分析の詳細な議論は、Ａｕｓｕｂｅｌ他、『Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ』、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  Ｉｎｃ．社、１９９４年〜１９９８年、第１５章の１９．３項に見いだすことができる。
【０１１１】
本明細書では、「一本鎖」という用語は、単一の直鎖状かつ連続した共有結合アミノ酸配置である。
【０１１２】
本明細書では、「可溶性」ポリペプチド（可溶性ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドなど）という用語は、通常は膜に結合しているが、膜に結合していない状態になると、分子に結合する能力を保持しつつ機能し、膜に結合している相手（例えばＰＤ−１）によって認識される非天然のポリペプチドを意味する。
【０１１３】
本明細書で交換可能に用いられる「Ｔｈ１関連疾患」または「Ｔｈ１関連障害」は、Ｔｈ１免疫応答の発生に関連する疾患を意味する。本明細書では、「Ｔｈ１免疫応答」は、Ｔｈ１細胞の増殖または分化増加を意味する。Ｔｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害の同定は、（１）Ｔｈ１細胞および／またはＴｈ１サイトカインおよび／またはＴｈ１抗体のレベルが、ヒト、動物、細胞培養物のいずれかで通常見られるレベルを超えていること；（２）疾患または病状に関係する病理学的所見を、Ｔｈ１細胞の増殖または分化を上方調節する薬剤の投与によって動物で実験的に再現できること；（３）疾患または病状の実験動物モデルで誘導される病状を、Ｔｈ１細胞の増殖または分化を抑制する薬剤を用いた処置によって抑制できること、またはなくせることによって適切になされる。大半のＴｈ１関連疾患では、これら３つの条件のうちの少なくとも２つが満たされている。
【０１１４】
本明細書では、「処置」、「処置する」などの用語は、望む薬理学的および／または生理学的効果を得ることを意味する。その効果は、疾患またはその症状を完全または部分的に予防するという点では予防的であり、および／または疾患および／またはその疾患に起因する有害な効果を部分的または完全に治癒させるという点では治療的である。本明細書では、「処置」は、哺乳動物（特にヒト）における疾患のあらゆる処置をカバーしていて、その中に含まれるのは、（ａ）その疾患にかかりやすいがまだその疾患であるという診断がなされていない対象でその疾患の発症を予防すること；（ｂ）その疾患を抑制すること、すなわちその疾患の発症を止めること；（ｃ）その疾患を軽減すること、すなわちその疾患を後退させることである。
【０１１５】
「ベクター」は、例えばプラスミド、バクテリオファージ、酵母、ウイルスのいずれかに由来するポリヌクレオチド分子（ＤＮＡ分子が適切である）を意味し、ベクターにはポリヌクレオチドを挿入したりクローニングしたりすることができる。ベクターは、１つ以上の独自の制限部位を含むことができ、所定の宿主細胞（標的細胞または標的組織、またはその前駆細胞または前駆組織が含まれる）の中で自律的な複製をしたり、その所定の宿主のゲノムに組み込んだりすることが可能であるため、クローニングされた配列を再現することができる。したがってベクターとして、自律複製ベクター、すなわち染色体の外に存在していて染色体の複製とは独立に複製されるベクター（例えば線状プラスミド、閉環状プラスミド、染色体外エレメント、ミニ染色体、人工染色体）が可能である。ベクターは、自己複製を保証するための任意の手段を含むことができる。あるいはベクターとして、宿主細胞に導入されたときにゲノムに組み込まれ、組み込まれた染色体とともに複製されるベクターが可能である。ベクター系は、単一のベクターまたはプラスミドを含むこと、または２つ以上のベクターまたはプラスミド（それらを合わせると、宿主細胞のゲノムに導入される全ＤＮＡが含まれている）を含むこと、またはトランスポゾンを含むことができる。ベクターの選択は、典型的には、ベクターと、そのベクターが導入される宿主細胞の適合性に依存するであろう。本発明では、ベクターは、動物の細胞、好ましくは哺乳動物の細胞の中で機能する、ウイルスのベクターまたはウイルス由来のベクターが好ましい。そのようなベクターは、ポックスウイルス、アデノウイルス、酵母に由来するものが可能である。ベクターは、適切な形質転換細胞の選択に使用できる選択マーカー（抗生物質耐性遺伝子など）も含むことができる。そのような耐性遺伝子は当業者に知られており、その例に含まれるのは、抗生物質であるカナマイシンとＧ４１８（Ｇｅｎｅｔｉｃｉｎ（登録商標））に対する耐性を与えるｎｐｔＩＩ遺伝子や、抗生物質であるハイグロマイシンＢに対する耐性を与えるｈｐｈ遺伝子である。
【０１１６】
「野生型」、「天然の（ｎａｔｉｖｅ）」、「天然の（ｎａｔｕｒａｌｌｙ  ｏｃｃｕｒｒｉｎｇ）」という用語は、本明細書では交換可能に用いられ、遺伝子または遺伝子産物であって、天然の供給源から単離されたときにその遺伝子または遺伝子産物の特徴を有するものを意味する。野生型または天然の遺伝子または遺伝子産物（例えばポリペプチド）は、集団の中で最も頻繁に観察されるため、その遺伝子または遺伝子産物の「通常の」形態または「野生型」形態と呼ばれるようになっている。
【０１１７】
本明細書に記載したそれぞれの実施態様は、特に断わらない限り、必要な変更を加えた上で個々の実施態様すべてに適用されるべきである。
【０１１８】
２．ポリペプチド複合体
本発明の発明者は、驚くべきことに、ＡＰＣ（例えば樹状細胞）などのＩＥＣ相互作用細胞の表面におけるＰＤ−Ｌ２発現がＴｈ１関連障害の重症度と逆相関することと、Ｔｈ１免疫を確立するのにＰＤ−Ｌ２が必要であることを発見した。言い換えるならば、ＡＰＣの表面におけるＰＤ−Ｌ２発現が、正常なＴｈ１免疫または損なわれていないＴｈ１免疫の存在と相関する閾値よりも下になると、Ｔｈ１免疫は損なわれる。本発明の発明者は、ＡＰＣの表面におけるＰＤ−Ｌ２のクラスター化がＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を抑制し、そのことによって抗原特異的ＩＥＣ（例えば抗原特異的Ｔ細胞）に対するＰＤ−Ｌ１の免疫抑制機能を抑制できることも発見した。そのため本発明の発明者は、ＰＤ−Ｌ２のさまざまなオリゴマーがＰＤ１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻止する効果を比較するに至った。注目すべきことに、二量体形態のＰＤ−Ｌ２はこの結合を阻止するのに効果的ではないことが見いだされた。しかし本発明の発明者は、より高次のＰＤ−Ｌ２オリゴマー、すなわちオリゴマー化度が３以上（例えば３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２など）のＰＤ−Ｌ２オリゴマーは、ＰＤ−１への結合に関して二量体ＰＤ−Ｌ２よりも有意に大きい親和性を持つことと、そのようなより高次のＰＤ−Ｌ２オリゴマーは、ＰＤ−Ｌ１がＩＥＣの機能（ＣＤ４+ Ｔ細胞の機能が含まれる）を抑制する効果を著しく低下させることが可能であることも見いだした。したがって本発明により、Ｔｈ１免疫の調節とＴｈ１関連疾患の処置に使用するための、オリゴマー化度が３以上（例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２など）のＰＤ−Ｌ２オリゴマーが提供される。これについてはあとでより詳しく説明する。
【０１１９】
そこで本発明により、Ｔｈ１免疫を刺激または増進するのに役立つポリペプチド複合体が提供される。この複合体は、一般に、式（Ｉ）：
［Ｐ］n                    （Ｉ）
で表わされる。ただしこの式において、
Ｐは、現われるごとに独立に、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを含むタンパク質性分子、またはＰＤ−Ｌ２ポリペプチドからなるタンパク質性分子、または主にＰＤ−Ｌ２ポリペプチドからなるタンパク質性分子を表わし；
ｎは２よりも大きい整数を表わす。
【０１２０】
２．１  ＰＤ−Ｌ２ポリペプチド
ＰＤ−Ｌ２は膜貫通タンパク質であり、単量体の形態では、シグナルペプチドと、ＩｇＶドメインと、ＩｇＣドメインを含んでいて、その２つのドメインが分子の細胞外ドメイン（本明細書では「外部ドメイン」とも呼ぶ）を構成しており、そのＩｇＶ様ドメインが、全体として、または部分的に、ＰＤ−１への結合とそれ以外の機能（シグナル伝達が含まれる）に重要な役割を果たしている。ＰＤ−Ｌ２は、短い細胞質内ドメインと単一の膜貫通ドメインも含んでいる。
【０１２１】
ＰＤ−Ｌ２タンパク質の非限定的な例は、以下のＰＤ−Ｌ２オルソログから選択することができる。
【０１２２】
ヒトＰＤ−Ｌ２
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴＷＬＬＨＩＦＩＰＦＣＩＩＡＦＩＦＩＡＴＶＩＡＬＲＫＱＬＣＱＫＬＹＳＳＫＤＴＴＫＲＰＶＴＴＴＫＲＥＶＮＳＡＩ［配列ＩＤ番号１］；
【０１２３】
チンパンジーＰＤ−Ｌ２
ＭＲＷＡＫＲＳＲＹＥＬＲＥＲＤＳＭＮＨＥＲＷＡＫＫＡＡＳＰＥＶＳＤＱＩＱＮＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴ
ＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶＥＮＤＴＳＰＨＣＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＬＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴＷＬＬＨＩＦＩＰＳＣＩＩＡＦＩＦＩＡＴＶＩＡＬＲＫＱＬＣＱＫＬＹＳＳＫＤＴＴＫＲＰＶＴＴＴＫＲＥＶＮＳＡＩ［配列ＩＤ番号２］；
【０１２４】
マウスＰＤ−Ｌ２
ＭＬＬＬＬＰＩＬＮＬＳＬＱＬＨＰＶＡＡＬＦＴＶＴＡＰＫＥＶＹＴＶＤＶＧＳＳＶＳＬＥＣＤＦＤＲＲＥＣＴＥＬＥＧＩＲＡＳＬＱＫ
ＶＥＮＤＴＳＬＱＳＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＬＦＨＩＰＳＶＱＶＲＤＳＧＱＹＲＣＬＶＩＣＧＡＡＷＤＹＫＹＬＴＶＫＶＫＡＳＹＭＲＩＤＴＲＩＬＥＶＰＧＴＧＥＶＱＬＴＣＱＡＲＧＹＰＬＡＥＶＳＷＱＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＩＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＱＰＳＲＮＦＳＣＭＦＷＮＡＨＭＫＥＬＴＳＡＩＩＤＰＬＳＲＭＥＰＫＶＰＲＴＷＰＬＨＶＦＩＰＡＣＴＩＡＬＩＦＬＡＩＶＩＩＱＲＫＲＩ［配列ＩＤ番号３］；
【０１２５】
配列ＩＤ番号１〜３のいずれかに示されている配列との配列類似性または配列一致が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜９９％とその間のあらゆる整数値の％）であるポリペプチド。
【０１２６】
有用なＰＤ−Ｌ２ポリペプチドには可溶性の断片が含まれる。可溶性の断片はＰＤ−Ｌ２の断片であることが好ましく、産生細胞から放出される可能性、または産生細胞から分泌される可能性、または産生細胞から抽出できる可能性がある。いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ２の外部ドメイン全体を含んでいる。ＰＤ−Ｌ２の外部ドメインは、哺乳動物のＰＤ−Ｌ２のほぼ２０番目から２２１番目までのアミノ酸、またはその活性な断片を含んでいる。別の実施態様では、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ２のＩｇＣドメインとＩｇＶドメインを含んでいる。さらに別の実施態様では、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ２のＩｇＶドメインを含んでいる。
【０１２７】
特別な実施態様では、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ２外部ドメインを含んでいる、またはＰＤ−Ｌ２外部ドメインからなる、または主にＰＤ−Ｌ２外部ドメインからなる。その具体例には以下のものが含まれる：
【０１２８】
ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン＋シグナルペプチド
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ［配列ＩＤ番号４］；
【０１２９】
チンパンジーＰＤ−Ｌ２外部ドメイン＋シグナルペプチド
ＭＲＷＡＫＲＳＲＹＥＬＲＥＲＤＳＭＮＨＥＲＷＡＫＫＡＡＳＰＥＶＳＤＱＩＱＮＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴ
ＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶＥＮＤＴＳＰＨＣＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＬＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ［配列ＩＤ番号５］；
【０１３０】
マウスＰＤ−Ｌ２外部ドメイン＋シグナルペプチド
ＭＬＬＬＬＰＩＬＮＬＳＬＱＬＨＰＶＡＡＬＦＴＶＴＡＰＫＥＶＹＴＶＤＶＧＳＳＶＳＬＥＣＤＦＤＲＲＥＣＴＥＬＥＧＩＲＡＳＬＱＫ
ＶＥＮＤＴＳＬＱＳＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＬＦＨＩＰＳＶＱＶＲＤＳＧＱＹＲＣＬＶＩＣＧＡＡＷＤＹＫＹＬＴＶＫＶＫＡＳＹＭＲＩＤＴＲＩＬＥＶＰＧＴＧＥＶＱＬＴＣＱＡＲＧＹＰＬＡＥＶＳＷＱＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＩＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＱＰＳＲＮＦＳＣＭＦＷＮＡＨＭＫＥＬＴＳＡＩＩＤＰＬＳＲＭＥＰＫＶＰＲＴ［配列ＩＤ番号６］；
【０１３１】
ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン
ＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰ
ＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ［配列ＩＤ番号７］；
【０１３２】
チンパンジーＰＤ−Ｌ２外部ドメイン
ＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶＥＮＤＴＳＰＨＣＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰ
ＬＧＫＡＬＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ［配列ＩＤ番号８］；
【０１３３】
マウスＰＤ−Ｌ２外部ドメイン
ＬＦＴＶＴＡＰＫＥＶＹＴＶＤＶＧＳＳＶＳＬＥＣＤＦＤＲＲＥＣＴＥＬＥＧＩＲＡＳＬＱＫＶＥＮＤＴＳＬＱＳＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬ
ＰＬＧＫＡＬＦＨＩＰＳＶＱＶＲＤＳＧＱＹＲＣＬＶＩＣＧＡＡＷＤＹＫＹＬＴＶＫＶＫＡＳＹＭＲＩＤＴＲＩＬＥＶＰＧＴＧＥＶＱＬＴＣＱＡＲＧＹＰＬＡＥＶＳＷＱＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＩＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＱＰＳＲＮＦＳＣＭＦＷＮＡＨＭＫＥＬＴＳＡＩＩＤＰＬＳＲＭＥＰＫＶＰＲＴ［配列ＩＤ番号９］；
【０１３４】
配列ＩＤ番号４〜９のいずれかに示されている配列との配列類似性または配列一致が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜９９％とその間のあらゆる整数値の％）であるポリペプチド。
【０１３５】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ２膜貫通ドメインの少なくとも一部を含んでいる。
【０１３６】
他の多数の哺乳動物のＰＤ−Ｌ２配列（その中には霊長類の配列が含まれる）が本分野で知られており、例えばＧｅｎＰｅｐｔデータベースまたはＯｎｌａｍｏｏｎ他（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  第１２４巻：２７７〜２９３ページ、２００８年）に開示されている。
【０１３７】
本発明のタンパク質性分子は、適切な任意の手段によってオリゴマー化することができる。例えばオリゴマーは、タンパク質性分子の間に、化学的結合を通じて（例えばヘテロ二官能性リンカーを用いて）、またはオリゴマー化ドメインをそのタンパク質性分子のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドに機能可能に接続することによって形成することができる。
【０１３８】
２．２  ヘテロ二官能性連結試薬
１つのタンパク質性分子を他のタンパク質性分子に連結させて本発明のポリペプチド複合体を作製するときの連結は、直接的でも間接的でもよい。例えば２つ以上のタンパク質性分子の連結は、化学的連結によって実現すること、またはヘテロ二官能性リンカーによって促進することができる。アミノ基とチオール基の間に共有結合を形成してチオール基をタンパク質の中に導入するのに用いられる多数のヘテロ二官能性架橋剤が当業者に知られている（例えば『ＰＩＥＲＣＥ  ＣＡＴＡＬＯＧ，ＩｍｍｕｎｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｃａｔａｌｏｇ  ＆  Ｈａｎｄｂｏｏｋ』、１９９２年〜１９９３年（そのような試薬の調製法と利用法が記載されていることに加え、そのような試薬の供給元が提示されている）を参照されたい；例えばＣｕｍｂｅｒ他、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．第３巻：３９７〜４０１ページ、１９９２年；Ｔｈｏｒｐｅ他、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．第４７巻：５９２４〜５９３１ページ、１９８７年；Ｇｏｒｄｏｎ他、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ  Ｓｃｉ．ＵＳＡ第８４巻：３０８〜３１２ページ、１９８７年；Ｗａｌｄｅｎ他、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．第２巻：１９１〜１９７ページ、１９８６年；Ｃａｒｌｓｓｏｎ他、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．第１７３巻：７２３〜７３７ページ、１９７８年；Ｍａｈａｎ他、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．第１６２巻：１６３〜１７０ページ、１９８７年；Ｗａｗｒｚｙｎｃｚａｋ他、Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ第６６巻：３６１〜３６６ページ、１９９２年；Ｆａｔｔｏｍ他、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ＆  Ｉｍｍｕｎ．第６０巻：５８４〜５８９ページ、１９９２年も参照されたい）。これらの試薬は、１つのＰＤ−Ｌ２ポリペプチドと別のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの間に共有結合を形成するのに用いることができ、その非限定な例に含まれるのは、３−（２−ピリジルジチオ）プロピオン酸Ｎ−スクシンイミジル（ＳＰＤＰ；ジスルフィドリンカー）；６−［３−（２−ピリジルジチオ）プロピオンアミド］ヘキサン酸スルホスクシンイミジル（スルホ−ＬＣ−ＳＰＤＰ）；ベンジルチオスルホン酸スクシンイミジルオキシカルボニル−α−メチル（ＳＭＢＴ、立体障害ジサルフェートリンカー）。６−［３−（２−ピリジルジチオ）プロピオンアミド］ヘキサン酸スクシンイミジル（ＬＣ−ＳＰＤＰ）；４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボン酸スルホスクシンイミジル（スルホ−ＳＭＣＣ）；３−（２−ピリジルジチオ）酪酸スクシンイミジル（ＳＰＤＢ；立体障害ジスルフィド結合リンカー）；２−（７−アジド−４−メチルクマリン−３−アセトアミド）エチル−１，３’−ジチオプロピオン酸スルホスクシンイミジル（ＳＡＥＤ）；７−アジド−４−メチルクマリン−３−酢酸スルホ−スクシンイミジル（ＳＡＭＣＡ）；６−［α−メチル−α−（２−ピリジルジチオ）トルアミド］−ヘキサン酸スルホスクシンイミジル（スルホ−ＬＣ−ＳＭＰＴ）；１，４−ジ−［３’−（２’−ピリジルジチオ）プロピオンアミド］ブタン（ＤＰＤＰＢ）；４−スクシンイミジルオキシカルボニル−α−メチル−α−（２−ピリジルチオ）−トルエン（ＳＭＰＴ、立体障害ジサルフェートリンカー）；６−［α−メチル−α−（��−ピリミジルジチオ）トルアミド］−ヘキサン酸スルホスクシンイミジル（スルホ−ＬＣ−ＳＭＰＴ）；ｍ−マレイミドベンゾイル−Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミドエステル（ＭＢＳ）；ｍ−マレイミドベンゾイル−Ｎ−ヒドロキシスルホ−スクシンイミドエステル（スルホ−ＭＢＳ）；（４−ヨードアセチル）アミノ安息香酸Ｎ−スクシンイミジル（ＳＩＡＢ；チオエーテルリンカー）；（４−ヨードアセチル）アミノ安息香酸スルホスクシンイミジル（スルホ−ＳＩＡＢ）；４−（ｐ−マレイミドフェニル）酪酸スクシンイミジル（ＳＭＰＢ）；４−（ｐ−マレイミド−フェニル）酪酸スルホスクシンイミジル（スルホ−ＳＭＰＢ）；アジドベンゾイルヒドラジド（ＡＢＨ）である。これらのリンカーは、ペプチドリンカー（例えば、構造的柔軟性または溶解性を増大させるリンカーや、立体障害を提供したり除去したりするリンカーなど）と組み合わせて用いることができる。ポリペプチド分子を他の分子に連結する用途で当業者に知られている他の任意のリンカーを用いることができる。一般的な特性は、得られる分子がＰＤ−１または他の標的分子（例えば他のコグネイト受容体）に結合することである。
【０１３９】
２．３  オリゴマー化ドメイン
３つ以上のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの相互作用は、それ自体が相互作用して安定な構造を形成することのできる任意の部分または他のポリペプチドに直接または間接に結合させることによって促進することができる。例えば別々のＰＤ−Ｌ２ポリペプチド鎖をオリゴマー化によって接合して本発明のタンパク質性分子を形成することができる。そのときポリペプチドのオリゴマー化にはオリゴマー化ドメインが関与する。典型的には、オリゴマー化ドメインは、少なくとも３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、またはそれ以上の個数のＰＤ−Ｌ２ポリペプチド含有タンパク質性分子の間に安定なタンパク質−タンパク質相互作用が形成されるようにする。個々のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのオリゴマー化ドメインは、本発明のポリペプチド複合体に含まれる別のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのオリゴマー化ドメインとは異なっていてもよいが、異なるそのオリゴマー化ドメインが「相補的」であって互いに優先的に相互作用または会合してタンパク質性分子をオリゴマー化できる（すなわち、三量体、四量体、五量体、六量体、七量体、八量体、九量体、十量体、十一量体、十二量体などのオリゴマー、またはより高次のオリゴマー（そのオリゴマーはホモオリゴマーでもヘテロオリゴマーでもよい）を形成する）ことが条件である。
【０１４０】
一般に、オリゴマー化ドメインは、安定なタンパク質−タンパク質相互作用を形成することのできる任意のアミノ酸配列を含んでいる。オリゴマー化ドメイン同士は、免疫グロブリン配列（例えばＦｃドメイン；例えば国際特許出願公開ＷＯ９３／１０１５１とＷＯ２００５／０６３８１６；アメリカ合衆国特許出願公開第２００６／００２４２９８号；アメリカ合衆国特許第５，４５７，０３５号を参照されたい）、ロイシンジッパー（例えば核形質転換タンパク質であるｆｏｓとｊｕｎ、またはがん原遺伝子であるｃ−ｍｙｃからのロイシンジッパー、または窒素の全体的制御（Ｇｅｎｅｒａｌ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  ｏｆ  Ｎｉｔｒｏｇｅｎ）（ＧＣＮ４）からのロイシンジッパー）、疎水性領域、親水性領域、ホモまたはヘテロオリゴマーのキメラ分子間に分子間ジスルフィド結合を形成する自由なチオールのいずれかを通じて相互作用することができる。それに加え、オリゴマー化ドメインは、穴を含むアミノ酸配列と相補的な突起を含むアミノ酸配列を含むことができる。これについては、例えばアメリカ合衆国特許第５，７３１，１６８号；国際特許出願公開ＷＯ９８／５０４３１とＷＯ２００５／０６３８１６；Ｒｉｄｇｗａｙ他（１９９６年）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、第９巻：６１７〜６２１ページに記載されている。このようなオリゴマー化領域を操作して、立体的相互作用により、安定な相互作用が促進されるだけでなく、キメラモノマーの混合物からホモ二量体よりもヘテロ二量体の形成が促進されるようにすることができる。一般に、突起は、第１のポリペプチドの界面からの小さなアミノ酸側鎖をより大きな側鎖（例えばチロシンまたはトリプトファン）で置き換えることによって構成される。場合によっては突起と同じか似たサイズの相補的な穴が、大きなアミノ酸側鎖をより小さなアミノ酸側鎖（例えばアラニンまたはトレオニン）で置き換えることによって第２のポリペプチドの界面に創り出される。オリゴマー化ドメインの例は下に示す。
【０１４１】
ＰＤ−Ｌ２ポリペプチド（例えば本明細書に提示されている任意のＰＤ−Ｌ２ポリペプチド）は、どの位置にも接合できるが、典型的には、そのＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端を通じ、少なくとも１つのオリゴマー化ドメインを含むオリゴマー化モジュールのＮ末端またはＣ末端に接合することで、キメラポリペプチドを形成する。連結は直接的でも、リンカーを通じて間接的でもよい。また、キメラポリペプチドは、融合タンパク質であっても、化学結合によって（例えば共有結合相互作用や非共有結合相互作用などを通じて）形成してもよい。例えば少なくとも１つのオリゴマー化ドメインを含むオリゴマー化モジュールを含むキメラポリペプチドを調製するとき、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドをコードする核酸を、直接的または間接的に、または場合によってはリンカーペプチドを通じ、オリゴマー化モジュールをコードする核酸に機能可能に接続して、核酸コンストラクトを形成することができる。典型的には、このコンストラクトは、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのＣ末端がオリゴマー化モジュールのＮ末端に接合されたキメラポリペプチドをコードしている。いくつかの例では、コンストラクトは、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのＮ末端がオリゴマー化ドメインのＣ末端に接合されたキメラポリペプチドをコードすることができる。
【０１４２】
例えば少なくとも１つのオリゴマー化ドメインがＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの下流に機能可能に接続されている実施態様では、タンパク質分子は、式（ＩＩ）：
ＰＤ−Ｌ２−Ｌ−ＯＭＤA      （ＩＩ）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むこと、またはそのポリペプチド一本鎖からなること、または主にそのポリペプチド一本鎖からなることが可能である。ただしこの式において、
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わし；
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤAからなるオリゴマー（ＯＭＤA）i（ｉは３以上、好ましくは３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、結合またはペプチドリンカーである。
【０１４３】
あるいはタンパク質分子は、式（ＩＩＩ）：
ＰＤ−Ｌ２−Ｌ−ＯＭＤA−Ｌ−ＯＭＤB      （ＩＩＩ）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むこと、またはそのポリペプチド一本鎖からなること、または主にそのポリペプチド一本鎖からなることが可能である。ただしこの式において、
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤAからなるオリゴマー（ＯＭＤA）i（ｉは２以上、好ましくは２、３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、現われるごとに独立に、結合またはペプチドリンカーを表わし；
ＯＭＤBは、ｊ個のサブユニットＯＭＤBからなるオリゴマー（ＯＭＤB）j（ｊはｉよりも大きい整数、好ましくはｉ＋１、ｉ＋２、ｉ＋３、ｉ＋４、ｉ＋５、ｉ＋６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインである。
【０１４４】
例えば少なくとも１つのオリゴマー化ドメインがＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの上流に機能可能に接続されている実施態様では、タンパク質分子は、式（ＩＶ）：
ＯＭＤA−Ｌ−ＰＤ−Ｌ２      （ＩＶ）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むこと、またはそのポリペプチド一本鎖からなること、または主にそのポリペプチド一本鎖からなることが可能である。ただしこの式において、
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わし；
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤAからなるオリゴマー（ＯＭＤA）i（ｉは３以上、好ましくは３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、結合またはペプチドリンカーであり；
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わす。
【０１４５】
あるいはタンパク質分子は、式（Ｖ）：
ＯＭＤB−Ｌ−ＯＭＤA−Ｌ−ＰＤ−Ｌ２      （Ｖ）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むこと、またはそのポリペプチド一本鎖からなること、または主にそのポリペプチド一本鎖からなることが可能である。ただしこの式において、
ＯＭＤBは、ｊ個のサブユニットＯＭＤBからなるオリゴマー（ＯＭＤB）j（ｊは２以上、好ましくは２、３、４、５、６のいずれかであり；
Ｌは、現われるごとに独立に、結合またはペプチドリンカーを表わし；
ＯＭＤAは、ｉ個のサブユニットＯＭＤBからなるオリゴマー（ＯＭＤB）j（ｉはｊよりも大きい整数、好ましくはｊ＋１、ｊ＋２、ｊ＋３、ｊ＋４、ｊ＋５、ｊ＋６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わす。
【０１４６】
多数のオリゴマー化ドメインが本分野で知られており、その代表的な例には以下のものが含まれる。
【０１４７】
２．３．１  免疫グロブリンドメイン
オリゴマー化ドメインには、追加のアミノ酸配列のオリゴマー化ドメインと反応して分子間ジスルフィド結合を形成することのできる自由なチオール部分を含むものが含まれる。例えばオリゴマー化ドメインは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＭ、ＩｇＥなどに由来する免疫グロブリン分子の一部を含むことができる。一般に、そのような部分は免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）である。抗体に由来するポリペプチドのさまざまな部分（Ｆｃドメインが含まれる）に融合したポリペプチドを含む融合タンパク質の調製は以前から報告されている。例えばＡｓｈｋｅｎａｚｉ他、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ  第８８巻：１０５３５ページ、１９９１年；Ｂｙｒｎ他、Ｎａｔｕｒｅ  第３４４巻：６６７ページ、１９９０年；『Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ』の中のＨｏｌｌｅｎｂａｕｇｈとＡｒｕｆｆｏ（２００２年）「免疫グロブリン融合タンパク質の構成」、第１０章、１０．１９．１〜１０．１９．１１ページを参照されたい。
【０１４８】
いくつかの実施態様では、オリゴマー化ドメインは完全長免疫グロブリンポリペプチドを含んでいる。あるいは免疫グロブリンポリペプチドは、完全長より短い、すなわち重鎖、軽鎖、Ｆａｂ、Ｆａｂ2、Ｆｖ、Ｆｃのいずれかを含んでいる。一例では、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチド−免疫グロブリンキメラポリペプチドは、ヘテロオリゴマーまたはホモオリゴマー（特に四量体）として組み立てられる。さまざまな構造の鎖または基本単位を利用してヘテロオリゴマーとホモオリゴマーを組み立てることができる。例えばＰＤ−Ｌ２ポリペプチドは、１つの免疫グロブリン分子の全体または一部（その中には、１つの免疫グロブリン分子のＣHドメイン、ＣLドメイン、ＶHドメイン、ＶLドメインの全部または一部が含まれる）に融合することができる（例えばアメリカ合衆国特許第５，１１６，９６４号を参照されたい）。キメラＰＤ−Ｌ２ポリペプチド−免疫グロブリンポリペプチドは、適切な核酸分子を用いて形質転換された哺乳動物細胞に産生させて分泌させることが容易である。分泌型には、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドが重鎖と軽鎖のヘテロ四量体の中に、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドが１つ以上の軽鎖または重鎖に融合した状態で存在するものが含まれる。いくつかの例では、１つまたは２つ以上の核酸融合分子で宿主細胞を形質転換し、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチド部分が同じか異なるオリゴマーをその宿主細胞に産生させることができる。
【０１４９】
Ｆｃドメイン
典型的には、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドキメラポリペプチドの免疫グロブリン部分には、免疫グロブリンポリペプチドの重鎖、最も一般的には重鎖の定常ドメインが含まれる。ヒトＩｇＧサブタイプに関する重鎖定常領域の配列の例は、以下の配列から選択されたものである。
【０１５０】
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧ
ＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ［配列ＩＤ番号１０］（ＩｇＧ１）；
【０１５１】
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧ
ＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＮＦＧＴＱＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＴＶＥＲＫＣＣＶＥＣＰＰＣＰＡＰＰＶＡＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＶＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ［配列ＩＤ番号１１］（ＩｇＧ２）；
【０１５２】
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧ
ＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＴＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＬＫＴＰＬＧＤＴＴＨＴＣＰＲＣＰＥＰＫＳＣＤＴＰＰＰＣＰＲＣＰＥＰＫＳＣＤＴＰＰＰＣＰＲＣＰＥＰＫＳＣＤＴＰＰＰＣＰＲＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＱＦＫＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＦＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＴＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＳＧＱＰＥＮＮＹＮＴＴＰＰＭＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＩＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＲＦＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ［配列ＩＤ番号１２］（ＩｇＧ３）；
【０１５３】
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧ
ＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＳＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ［配列ＩＤ番号１３］（ＩｇＧ４）。
【０１５４】
ただしＣH1ドメインはアミノ酸１〜９８に対応し、ヒンジ領域はアミノ酸９９〜１１０に対応し、ＣH2ドメインはアミノ酸１１１〜２２３に対応し、ＣH3ドメインはアミノ酸２２４〜３３０に対応する。
【０１５５】
一例では、免疫グロブリンポリペプチドキメラタンパク質は、免疫グロブリンポリペプチドのＦｃ領域を含むことができる。典型的には、そのような融合体は、少なくとも、免疫グロブリン重鎖の定常領域の機能的に活性なヒンジと、ＣH2ドメインと、ＣH3ドメインを保持している。例えばＩｇＧ１の完全長Ｆｃ配列は、配列ＩＤ番号１０に記載した配列のアミノ酸９９〜３３０を含んでいる。ヒトＩｇＧ１のＦｃ配列の一例は下記のものである。
【０１５６】
ＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷ
ＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ［配列ＩＤ番号１４］
【０１５７】
この配列は、配列ＩＤ番号１０に示したヒンジ配列のほぼすべてと、ＣH2ドメインとＣH3ドメインの全配列を含んでいる。
【０１５８】
あるいはヒトＩｇＧ１のＦｃ配列は、以下の配列から選択される。
【０１５９】
ＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨ
ＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＰＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ［配列ＩＤ番号１５］；と
【０１６０】
ＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧ
ＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ［配列ＩＤ番号１６］。
【０１６１】
本明細書に提示したＰＤ−Ｌ２ポリペプチドオリゴマー化モジュールキメラタンパク質には、ヒトＩｇＧ１  Ｆｃに加え、他のＦｃ領域も含めることができる。例えばＦｃ／Ｆｃγ受容体（Ｆｃ／ＦｃγＲ）相互作用によって媒介される免疫エフェクタ機能をできるだけ小さくする場合には、補体または免疫エフェクタ細胞のリクルートが少ないＩｇＧアイソタイプ（例えばＩｇＧ２またはＩｇＧ４のＦｃ）と融合させることが考えられる。それに加え、Ｆｃ融合体は、任意の抗体クラス（その非限定的な例に含まれるのは、抗体のＩｇＧクラス（ヒトサブクラスＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４が含まれる）、ＩｇＡクラス（ヒトサブクラスＩｇＡ１とＩｇＡ２が含まれる）、ＩｇＤクラス、ＩｇＥクラス、ＩｇＭクラスである）に属する免疫グロブリン遺伝子によって実質的にコードされている免疫グロブリン配列を含むことができる。さらに、リンカーを用いてＦｃを別のポリペプチドに共有結合させてＦｃキメラを作製することができる。
【０１６２】
本明細書では、改変したＦｃドメインもＰＤ−Ｌ２ポリペプチドとのキメラで用いることが考えられる。いくつかの例では、Ｆｃ領域を改変してＦｃＲへの結合を変化させ、その結果としてそのＦｃ領域が野生型免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域のエフェクタ機能から変化した（すなわち、より強い、またはより弱い）エフェクタ機能を持つようにする。したがって改変したＦｃドメインは、変化した親和性（その非限定的な例に、Ｆｃ受容体に対する親和性の増大、または低下、または不在が含まれる）を持つことができる。例えば異なるＩｇＧサブクラスはＦｃγＲに対する親和性が異なっており、典型的には、ＩｇＧ１とＩｇＧ３はＩｇＧ２とＩｇＧ４と比べて受容体への結合が実質的により良好である。改変したＦｃドメインは当業者に公知であり、文献に記載されている。改変の例については例えばアメリカ合衆国特許第５，４５７，０３５号；アメリカ合衆国特許出願公開第２００６／００２４２９８号；国際特許出願公開ＷＯ２００５／０６３８１６を参照されたい。
【０１６３】
２．３．２  コイルドコイルドメイン
タンパク質のオリゴマー化に関与する１つの一般的な構造モチーフはコイルドコイルドメインであり、そのようなドメインは、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチド複合体を作製するためのオリゴマー化ドメインとしても用いることができる。コイル状αヘリックス構造モチーフはそれ自体がコイルを形成することができ、２つ、または３つ、または４つ、または５つのαヘリックスが互いに巻き付いて「コイルドコイル」として知られる左巻きスーパーヘリックスを形成することができるが、人工的な右巻きスーパーヘリックスが設計されている（Ｂｕｒｋｈａｒｄ他、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ第１１巻：８２〜８８ページ、２００１年；Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎによる『Ｐｒｏｔｅｉｎｓ』（ＩＳＢＮ  ０−７１６７−２３１７−４）の５．５．２節；Ｙｕ、ＡｄＶ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ  Ｒｅｖ  第５４巻：１１１３〜１１２９ページ、２００２年；Ｍｕｌｌｅｒ他、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ第３２８巻：２６１〜２８２ページ、２０００年；ＢｅｃｋとＢｒｏｄｓｋｙ、Ｊ  Ｓｔｒｕｃｔ  Ｂｉｏｌ第１２２巻：１７〜２９ページ、１９９８年；Ｌｕｐａｓ、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｃｉ第２１巻：３７５〜３８２ページ、１９９６年；Ａｄａｍｓｏｎ他、Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ第４巻：４２８〜３４７ページ、１９９３年）。コイルドコイルドメインは単純であるため、所定のオリゴマー化状態であるキメラタンパク質を設計する際によく選択されている（Ｍｕｌｌｅｒ他、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ第３２８巻：２６１〜２８２ページ、２０００年）。
【０１６４】
コイルドコイル構造では、αヘリックスは、各ヘリックスの一方の側に沿って極性のない縞を形成している疎水性残基を通じて相互作用する。この縞の両側にある側鎖の間には、安定化させる静電相互作用も存在している可能性がある。αヘリックスの７アミノ酸反復ａｂｃｄｅｆｇの内部では、極性のない縞は、残基ａとｄの位置にある疎水性側鎖によって規定され、あらゆる静電相互作用は、主に残基ｅとｇの位置に存在する。位置ａは、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ａｌａのいずれかであることが最も多く、位置ｄは、通常はＬｅｕまたはＡｌａである。残基ｅとｇは、ＧｌｕまたはＧｌｎであることがしばしばあり、ＡｒｇとＬｙｓも位置ｇによく見られる。帯電した残基は溶媒と接触しているため、位置ｂ、ｃ、ｆで一般的である。しかしこの一般的な７アミノ酸反復パターンには例外があり、Ｐｒｏ残基が７アミノ酸反復の中に見られることがある。このような例外には通常は機能上の意味があり、その非限定的な例に、Ｆタンパク質で起こるようなリフォールディングと再配列を可能にするオリゴマー化ドメインの不安定化が含まれる。
【０１６５】
本分野ではコイルドコイルドメイン配列が数百個知られているため、本発明ではオリゴマー化ドメインとして適切な任意の配列を使用できるが、その配列が、他のコイルドコイルドメインとのオリゴマーになる能力を保持していることと、その配列が、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチド内の他のドメインの機能を破壊したり顕著に損なったりしないことが条件である。天然のコイルドコイルドメインを用いる代わりに人工のコイルドコイルドメインを用いることができる（Ｃｈａｏ他、Ｊ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇ  Ｂ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｓｃｉ  Ａｐｐｌ  第７１５巻：３０７〜３２９ページ、１９９８年；Ａｒｎｄｔ他、Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ第１０巻：１２３５〜１２４８ページ、２００２年）。コイルドコイルドメインは非常に反復が多い構造であるため、このドメインは、コンピュータによるモデル化に特に適している。というのも１つの残基の各骨格部分を固有の変数を持つ独自のユニットとして扱うのではなく、各アミノ酸残基の骨格部分をパラメータ化できるからである。ドメイン（ｂ）は、ロイシンジッパー配列またはアラニンジッパー配列を含むことができる（ＬｉｕとＬｕ、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ第２７７巻：４８７０８〜４８７１３ページ、２００２年）。
【０１６６】
コイルドコイルは、二量体、三量体、四量体、五量体として存在することがわかっている。コイルドコイルは多くの種類のタンパク質で見つかっており、そのようなタンパク質に含まれるのは、特に、転写因子（その非限定的な例はｆｏｓ、ｊｕｎ、ｃ−ｍｙｃ、ＧＣＮ４）、ウイルス融合ペプチド、ＳＮＡＲＥ複合体、いくつかのｔＲＮＡシンテターゼである。非常に長いコイルドコイルが、トロポミオシン、中間径フィラメント、紡錘極体成分などのタンパク質に見られる。他の例はトロンボスポンジンと軟骨オリゴマーマトリックスタンパク質（ＣＯＭＰ）であり、これらの中では、３本の鎖（トロンボスポンジン１とトロンボスポンジン２）または５本の鎖（トロンボスポンジン３、トロンボスポンジン４、ＣＯＭＰ）鎖が結合している。分子は花束のような外観をしており、分子がオリゴマー構造である理由は、恐らくＣ末端ドメインと細胞受容体の多価相互作用であろう。酵母転写活性化因子ＧＣＮ４は、塩基性領域ロイシンジッパー（ｂＺＩＰ）ＤＮＡ結合モチーフを含む真核生物タンパク質が３０種類以上同定されている中の１つである（Ｅｌｌｅｎｂｅｒｇｅｒ他、Ｃｅｌｌ  第７１巻：１２２３〜１２３７ページ、１９８２年）。ｂＺＩＰ二量体は、カルボキシ末端の３４残基にわたって平行なコイルドコイルを形成した後、アミノ末端に向かって徐々に分岐してＤＮＡ結合部位の主溝を通過する一対の連続αヘリックスである。別の例は、Ｍｒ  ５２０００のサブユニットのホモ三量体としてウシ気管軟骨から単離されたＣＭＰ（マトリリン−１）（ＰａｕｌｓｓｏｎとＨｅｉｎｅｇａｒｄ、Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｊ．第１９７巻：３６７〜３７５ページ、１９８１年）であり、このタンパク質では、各サブユニットが、ｖＷＦＡ１モジュールと、単一のＥＧＦドメインと、ｖＷＦＡ２モジュールと、５つの７アミノ酸反復にわたるコイルドコイルドメインからなる（Ｋｉｓｓ他、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．第２６４巻：８１２６〜８１３４ページ、１９８９年；ＨａｕｓｅｒとＰａｕｌｓｓｏｎ、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．第２６９巻：２５７４７〜２５７５３ページ、１９９４年）。さらに別の例は、軟骨オリゴマーマトリックスタンパク質（ＣＯＭＰ）である。非コラーゲン性糖タンパク質であるＣＯＭＰは、軟骨で最初に同定された（Ｈｅｄｂｏｍ他、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．第２６７巻：６１３２〜６１３６ページ、１９９２年）。このタンパク質は、５つのサブユニットからなる５２４  ｋＤａのホモ五量体であり、Ｎ末端の７アミノ酸反復領域（ｃｃ）と、その後に続く４つの上皮成長因子（ＥＧＦ）様ドメイン（ＥＦ）、７つのカルシウム結合ドメイン（Ｔ３）、Ｃ末端の末端球状ドメイン（ＴＣ）からなる。このドメイン構成によれば、ＣＯＭＰはトロンボスポンジンのファミリーに属する。
【０１６７】
特別な実施態様では、コイルドコイルオリゴマー化ドメインはロイシンジッパーである。  ロイシンジッパードメインによって形成される二量体は、（ａｂｃｄｅｆｇ）n（例えばＭｃＬａｃｈｌａｎ  とＳｔｅｗａｒｔ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．第９８巻：２９３ページ、１９７８年を参照されたい）で表わされる７アミノ酸反復によって安定化される。この式において残基ａとｄは一般に疎水性残基であり、そのうちのｄはロイシンで螺旋の同じ面上に並ぶ。逆に帯電した残基が一般に位置ｇとｅに来る。したがって２つの螺旋状ロイシンジッパードメインから形成された平行なコイルドコイルでは、第１の螺旋の疎水性側鎖によって形成された「ノブ」が、第２の螺旋の側鎖間に形成された「穴」に嵌まる。
【０１６８】
本明細書でオリゴマー化ドメインとして用いる具体的なロイシンジッパーは、ロイシンジッパードメインを示す２つの核形質転換タンパク質ｆｏｓとｊｕｎのいずれかに由来するもの、またはマウスがん原遺伝子ｃ−ｍｙｃの産物に由来するものが可能である。ロイシンジッパードメインはこれらのタンパク質における生物活性（ＤＮＡ結合）に必要である。核がん遺伝子ｆｏｓとｊｕｎの産物は、ヘテロ二量体を優先的に形成するロイシンジッパードメインを含んでいる（Ｏ’Ｓｈｅａ他、Ｓｃｉｅｎｃｅ、第２４５巻：６４６ページ、１９８９年；ＴｕｒｎｅｒとＴｉｊｉａｎ、Ｓｃｉｅｎｃｅ、第２４３巻：１６８９ページ、１９８９年）。例えばヒト転写因子ｃ−ｊｕｎとｃ−ｆｏｓのロイシンジッパードメインは、化学量論が１：１の安定なヘテロ二量体を形成することが示されている（例えばＢｕｓｃｈとＳａｓｓｏｎｅ−Ｃｏｒｓｉ、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第６巻：３６〜４０ページ、１９９０年；Ｇｅｎｔｚ他、Ｓｃｉｅｎｃｅ、第２４３巻：１６９５〜１６９９ページ、１９８９年を参照されたい）。ｊｕｎ−ｊｕｎホモ二量体も形成されることが示されているが、ｊｕｎ−ｆｏｓヘテロ二量体と比べて安定性が約１／１０００倍である。
【０１６９】
一般に、ｃ−ｊｕｎまたはｃ−ｆｏｓのロイシンジッパードメインは、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのＣ末端に融合される。ｃ−ｊｕｎとｃ−ｆｏｓのロイシンジッパーのアミノ酸配列の例には以下のものが含まれる：
【０１７０】
ＲＩＡＲＬＥＥＫＶＫＴＬＫＡＱＮＳＥＬＡＳＴＡＮＭＬＲＥＱＶＡＱＬＫＱＫＶＭＮ［配列ＩＤ番号１７］；
【０１７１】
ＬＴＤＴＬＱＡＥＴＤＱＬＥＤＥＫＳＡＬＱＴＥＩＡＮＬＬＫＥＫＥＫＬＥＦＩＬＡＡ［配列ＩＤ番号１８］。
【０１７２】
それに加え、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドとロイシンジッパーの連結では、直接的な連結にすること、または構造的柔軟性の大きいリンカードメイン（例えばＩｇＧのヒンジ領域、または小さなアミノ酸（グリシン、セリン、トレオニン、アラニンなど）からなるさまざまな長さと組み合わせの他のポリペプチドリンカー）を用いることができる。これについてはあとでより詳しく説明する。いくつかの例では、コードされたポリペプチドのＣ末端からのロイシンジッパーの分離は、プロテアーゼ切断部位（例えばトロンビン切断部位）をコードする配列との融合によって実現することができる。
【０１７３】
オリゴマー化ドメインとして用いる別のロイシンジッパードメインの一例は、サッカロミセス・セレビシエにおける窒素の全体的制御（ＧＣＮ４）代謝に関与する遺伝子ファミリーの転写活性化因子として機能する核タンパク質に由来する。このタンパク質は二量体化してＧＣＮ４の認識配列を含むプロモータ配列に結合することができ、そのことによって窒素欠乏時に転写を活性化する。このようなドメインは本分野で知られている（Ｏ’Ｓｈｅａ他、Ｓｃｉｅｎｃｅ第２４３巻：５３４〜５４２ページ、１９８９年；Ｈａｒｂｕｒｙ他、Ｓｃｉｅｎｃｅ  第２６２巻：１４０１〜１４０７ページ、１９９３年）。二量体複合体を形成することのできるＧＣＮ４ロイシンジッパーの配列の一例は、以下の配列から選択されることが適切である：
【０１７４】
ＲＭＫＱＬＥＤＫＶＥＥＬＬＳＫＮＹＨＬＥＮＥＶＡＲＬＫＫＬＶＧＥ［配列ＩＤ番号１９］；
【０１７５】
ＭＫＱＬＥＤＫＶＥＥＬＬＳＫＮＹＨＬＥＮＥＶＡＲＬＫＫＬＶＧＥＲ［配列ＩＤ番号２０］。
【０１７６】
ＧＣＮ４ロイシンジッパードメインを表わす合成ペプチドのａ残基とｄ残基におけるアミノ酸置換（すなわち配列ＩＤ番号１６として示される配列におけるアミノ酸置換）は、ロイシンジッパードメインのオリゴマー化特性を変化させることが見いだされている。例えば位置ａのすべての残基がイソロイシンに変化しても、ロイシンジッパーは相変わらず平行な二量体を形成する。この変化に加えて位置ｄのすべてのロイシン残基もイソロイシンに変化すると、得られたペプチドは溶液中で自発的に平行な三量体コイルドコイルを形成する。三量体を形成することのできるこのようなＧＣＮ４ロイシンジッパードメインの配列の一例は、以下の配列から選択される：
【０１７７】
ＲＭＫＱＩＥＤＫＩＥＥＩＬＳＫＩＹＨＩＥＮＥＩＡＲＩＫＫＬＩＧＥ［配列ＩＤ番号２１］；
【０１７８】
ＭＫＱＩＥＤＫＩＥＥＩＥＳＫＱＫＫＩＥＮＥＩＡＲＩＫＫ［配列ＩＤ番号２２］。
【０１７９】
位置ｄのすべてのアミノ酸をイソロイシンで置換し、位置ａのすべてのアミノ酸をロイシンで置換すると、四量体化するペプチドが得られる。四量体を形成することのできるＧＣＮ４のロイシンジッパードメインの代表的な１つの配列は、以下の配列から選択されることが適切である：
【０１８０】
ＲＭＫＱＩＥＤＫＬＥＥＩＬＳＫＬＹＨＩＥＮＥＬＡＲＩＫＫＬＬＧＥ［配列ＩＤ番号２３］；
【０１８１】
ＭＫＱＩＥＤＫＬＥＥＩＬＳＫＬＹＨＩＥＮＥＬＡＲＩＫＫＬＬＧＥ［配列ＩＤ番号２４］。
【０１８２】
オリゴマーが形成される機構は、従来からのロイシンジッパードメイン（例えば上に説明して配列ＩＤ番号１６に示したＧＣＮ４）が形成される機構と同じであると考えられるため、これらの置換を含むペプチドはやはりロイシンジッパードメインと呼ばれる。
【０１８３】
代わりのコイルドコイルドメインは、三量体を形成する細菌の膜貫通タンパク質から得られるものである。適切な膜貫通タンパク質の例は、アドヘシン（すなわち他の細胞または表面への接着を媒介する細胞表面タンパク質）、特に細菌性アドヘシン（例えばオリゴマー化コイルドコイルアドヘシンファミリー、すなわち「Ｏｃａ」ファミリーの中のアドヘシン）である。本発明で用いる具体的な配列に含まれるのは、参考文献２４に開示されていて、エルニシア・エンテロコリチカのアドヘシンＹａｄＡ、髄膜炎菌のアドヘシンＮａｄＡ、モラクセラ・カタラーリスの表面タンパク質ＵｓｐＡ２、他のアドヘシン（例えばインフルエンザ菌バイオグループエジプチウスからのＨａｄＡ  アドヘシン）などに由来する配列である。（ＷＯ２００６／０１１０６０の配列ＩＤ番号２８〜３１と４２〜５８を参照されたい）。それに加え、真核生物の熱ショック転写因子は、別々に発現させることのできるコイルドコイル三量体化ドメインを有するため、本発明で用いることができる。
【０１８４】
本発明で用いることのできる別のクラスのオリゴマー化ドメインは、コラーゲンヘリックスとして知られる左巻き三重螺旋に見いだされる（Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎによる『Ｐｒｏｔｅｉｎｓ』（ＩＳＢＮ  ０−７１６７−２３１７−４）の５．５．３節）。この三重螺旋形成配列には1Ｇｌｙ2Ｘａａ3Ｘａａという基本的トリペプチド反復配列が含まれる（ただし2ＸａａはＰｒｏであることがしばしばあり、3Ｘａａは４−ヒドロキシプロリンであることがしばしばある）。このモチーフは「コラーゲン」ヘリックスとして知られるが、コラーゲンだけでなく多くのタンパク質に見いだされる。したがってオリゴマー化ドメインとして、配列モチーフ1Ｇｌｙ2Ｘａａ3Ｘａａの反復を複数個含む配列が可能であり、このモチーフが折り畳まれて螺旋構造を形成すると、この螺旋構造は、他のポリペプチド鎖の中の対応する螺旋構造とのオリゴマーになることができる。
【０１８５】
コラーゲンは別のクラスのオリゴマー化ドメインも提供する。ＺｈａｎｇとＣｈｅｎ（Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  第２７４巻：２２４０９〜２２４１３ページ、１９９９年）は、Ｘ型コラーゲンの非コラーゲンドメイン１（ＮＣ１）に見られるモチーフを記載しており、このモチーフは、三重螺旋のない三量体とそれよりも高次のオリゴマーを形成するのに使用できる。三量体を形成するこの会合は、分子間ジスルフィド結合なしで非常に熱安定性である。したがってオリゴマー化ドメインはＮＣ１配列を含むことができる。
【０１８６】
バクテリオファージＴ４タンパク質フィブリチンの三量体化ドメイン（フォールドン）（Ｔａｏ他、Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ第５巻：７８９〜７９８ページ、１９９７年；Ｇｕｔｈｅ他、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．第３３７巻：９０５〜９１５ページ、２００４年）、特にフォールドンのＣ末端の２７〜３０個の残基、またはその誘導体も、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドをオリゴマー化するのに使用できる。この三量体化ドメインは、配列ＧＹＩＰＥＡＰＲＤＧＱＡＹＶＲＫＤＧＥＷＶＬＬＳＴＦＬ［配列ＩＤ番号２５］またはＧＳＧＹＩＰＥＡＰ
ＲＤＧＱＡＹＶＲＫＤＧＥＷＶＬＬＳＴＦＬ［配列ＩＤ番号２６］を持つことができる。このドメインをわずかに改変することも考えられる。そのような改変として、隣接したドメイン間にジスルフィド架橋を形成することを目的としてＡｓｐ  ９をＣｙｓで置換する改変が可能である。このドメインの表面アミノ酸の別の改変に含めることができるのは、隣接したオリゴマー化ドメイン間の界面における相互作用（例えば、疎水性相互作用、親水性相互作用、イオン性相互作用や、ジスルフィド架橋などの共有結合）を最適化するための残基の置換である。このドメインの表面アミノ酸のさらに別の改変に含めることができるのは、官能基が付着する部位を作ることを目的としたアミノ酸の置換（例えばシステインまたはリシンによる置換）である。
【０１８７】
別の実施態様では、テトラブラキオンのコイルドコイルドメインの四量体化ドメイン（Ｓｔｅｔｅｆｅｌｄ他、Ｎａｔｕｒｅ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ第７巻（９）：７７２〜７７６ページ、２０００年）またはその誘導体をＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのオリゴマー化に用いる。この四量体化ドメインは、配列ＩＩＮＥＴＡＤＤＩＶＹＲＬＴＶＩＩＤＤＲＹＥＳＬＫＮＬＩＴＬＲＡＤＲＬＭＩＩＮＤＮＶＳＴＩＬＡＳＧ［配列ＩＤ番号２７］を含むことが適切である。コイルドコイルの配列は、３，４−疎水性反復を有する７残基反復を特徴とする。少数のターンの後に残基がほぼ同等な位置を取ることを可能にする次の周期性は、３つのターンまたは１１個の残基である。超好熱性古細菌スタフィロテルムス・マリヌス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｔｈｅｒｍｕｓ  ｍａｒｉｎｕｓ）由来の表面層糖タンパク質テトラブラチオンのＣ末端は、１１残基反復の存在に基づき、右巻きコイルドコイル構造を形成する。このコイルドコイル構造は、長さが７０ｎｍでＣ末端が細胞膜に固定される四量体αヘリックスコイルドコイルの柄（ｓｔａｌｋ）を形成する。
【０１８８】
本発明では、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドをオリゴマー化するための五量体化ドメインも考慮する。このタイプのドメインの非限定的な一例は、ＣＯＭＰの五量体化ドメイン（Ｍａｌａｓｈｋｅｖｉｃｈ他、Ｓｃｉｅｎｃｅ  第２７４巻：７６１〜７６５ページ、１９９６年）またはその誘導体である。この五量体化ドメインは、配列ＬＡＰＱＭＬＲＥＬＱＥＴＮＡＡＬＱＤＶＲＥＬＬＲＱＱＶＫＱＩＴＦＬＫＮＴＶＭＥＣＤＡＣＧ［配列ＩＤ番号２８］を含むことができる。この配列のより短いコンストラクト（例えばＣ末端のＣＤＡＣＧモチーフを欠いたコンストラクト（このモチーフの中のシステインが、この五量体化ドメインのＣ末端に分子間ジスルフィド架橋を形成する））も考えられる。
【０１８９】
あるいは五量体化ドメインは、トリプトファンジッパー（Ｌｉｕ  Ｊ他、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  第１０１巻：１６１５６〜１６１６１ページ、２００４年）またはその誘導体である。このタイプの五量体化ドメインの非限定的な一例は、配列ＳＳＮＡＫＷＤＱＷＳＳＤＷＱＴＷＮＡＫＷＤＱＷＳＮＤＷＮＡＷＲＳ
ＤＷＱＡＷＫＤＤＷＡＲＷＮＱＲＷＤＮＷＡＴ［配列ＩＤ番号２９］を含んでいる。
【０１９０】
別の有用なオリゴマー化ドメインはＩｇＡ免疫グロブリンの重鎖のＣ末端（アルファテールピース（αｔｐ）としても知られる）であり、これが六量体を形成する。代表的な六量体化αｔｐ配列は長さが１８個のアミノ酸であり、ヒトＩｇＡ分子に由来する。一実施態様では、アルファテールピースはＰＴＨＶＮＶＳＶＶＭＡＥＶＤＧＴＣＹ［配列ＩＤ番号３０］である。しかし望むのであれば、ペプチドに対し、残基５〜７（ＮＶＳ）の位置で１個または２個のアミノ酸を変えることによってグリコシル化部位を除去する改変をなすことができる。例えば５位のアスパラギン（Ｎ）はグルタミン（Ｑ）に変えることができる。あるいは７位のセリン（Ｓ）をアラニン（Ａ）に変えることができる。それに加え、ＩｇＡ定常領域のアミノ酸残基のうちの数個（例えばＩｇＡ定常領域の約４個のアミノ酸）も含めることができる。有用なアルファテールピースを有する適切なＩｇＡ分子の非限定的な例に含まれるのは、ヒトＩｇＡ１、ヒトＩｇＡ２、ウサギＩｇＡ、マウスＩｇＡである。このペプチドは、免疫グロブリンの定常ドメイン（例えばＣH2ドメインとＣH3ドメインを含むフラグメント）に直接的または間接的に連結される。
【０１９１】
２．３．３  サブユニット間のタンパク質−タンパク質相互作用
ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのオリゴマー化に用いる代わりのオリゴマー化ドメインは、異なるサブユニットポリペプチド間のタンパク質−タンパク質相互作用によってオリゴマー化を促進するオリゴマー化ドメインである。そのようなオリゴマー化ドメインは、例えば、Ａキナーゼアンカータンパク質（ＡＫＡＰ）のアンカードメイン（ＡＤ）を有するｃＡＭＰ依存性タンパク質キナーゼ（ＰＫＡ）の機構に由来する。したがってヘテロオリゴマーＰＤ−Ｌ２ポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドをＰＫＡのＲサブユニット配列（その具体的な一例はＳＨＩＱＩＰＰＧＬＴＥＬＬＱＧＹＴＶＥＶＬＲＱＱＰＰＤＬＶＥＦＡＶＥＹＦＴＲＬＲＥＡＲＡ［配列番号３１］である）に（直接的または間接的に）融合させて作製することができる。するとＲサブユニットによって二量体が自然に形成されるため、ホモ二量体分子が得られる。それと並行して、別のＰＤ−Ｌ２ポリペプチドをＡＫＡＰのＡＤ配列（例えば配列：ＱＩＥＹＬＡＫＱＩＶＤＮＡＩＱＱ［配列番号３２］を含む）に融合させて別のＰＤ−Ｌ２ポリペプチド融合体を作製することができる。これらキメラポリペプチドのそれぞれをコードする配列を宿主細胞の中で同時に発現させると、二量体ＲサブユニットがＡＤ配列に結合するためのドッキング部位を提供し、その結果としてヘテロオリゴマー分子が得られる。この結合イベントは、共有結合（例えばジスルフィド結合など）によってさらに安定化させることができる。いくつかの例では、構造的柔軟性の大きいリンカー残基をＰＤ−Ｌ２ポリペプチドとオリゴマー化ドメインの間に融合させることができる。別の一例では、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドは、共有結合しやすくするためＲサブユニットのアミノ末端に隣接して組み込まれたシステイン残基を含むＲサブユニットに融合させることができる。ＰＫＡのそのように改変されたＲサブユニットは、例えば配列：ＣＳＨＩＱＩＰＰＧＬＴＥＬＬＱＧＹＴＶＥＶＬＲＱＱＰＰＤＬＶＥＦＡＶＥＹＦＴＲＬＲＥＡＲＡ［配列ＩＤ番号３３］を含むことができる。同様に、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドは、ＡＤのアミノ末端とカルボキシル末端の両方にシステイン残基が組み込まれたＡＤサブユニットにも融合させることができる。そのように改変されたＡＤサブユニットの代表的な１つの配列は、配列：ＣＧＱＩＥＹＬＡＫＱＩＶＤＮＡＩＱＱＡＧＣ［配列ＩＤ番号３４］を含んでいる。
【０１９２】
ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのオリゴマー化に使用できる別のオリゴマー化ドメインは、別々に作製されてＰＤ−Ｌ２ポリペプチド融合体として発現する２つ以上のポリペプチドのタンパク質−タンパク質相互作用を促進する。そのようなオリゴマー化ドメインに含まれるのは、例えば、バーナーゼ−バースターモジュール（例えばＤｅｙｅｖ他、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．第２１巻：１４８６〜１４９２ページ、２００３年を参照されたい）；特定のタンパク質ドメインの使用（例えばＴｅｒｓｋｉｋｈ他、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  第９４巻：１６６３〜１６６８ページ、１９９７年；Ｍｕｌｌｅｒ他、ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．第４２２巻：２５９〜２６４ページ、１９９８年を参照されたい）；特定のペプチドモチーフの使用（例えばｄｅ  Ｋｒｕｉｆ他、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．第２７１巻：７６３０〜７６３４ページ、１９９６年；Ｍｕｌｌｅｒ他、ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．第４３２巻：４５〜４９ページ、１９９８年を参照されたい）；安定性を高めるためのジスルフィド架橋の使用（ｄｅ  Ｋｒｕｉｆ他、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．第２７１巻：７６３０〜７６３４ページ、１９９６年；Ｓｃｈｍｉｅｄｌ他、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇ．第１３巻：７２５〜７３４ページ、２０００年）のほか、特定の結合ペア（例えば、ビオチン−アビジン、ビオチン−ストレプトアビジン、抗原−抗体、ハプテン−抗ハプテン、リガンド−受容体、受容体−補助受容体）である。
【０１９３】
２．４  リンカー
本発明のキメラポリペプチドは、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドをオリゴマー化ドメインから離すリンカー、または２つのオリゴマー化ドメインを離すリンカーを含むことができる。リンカーは一般に任意のアミノ酸残基を含んでいるため、アミノ酸残基を７アミノ酸反復配列にあいまいさなく割り当てることはできない。リンカーはタンパク質工学の分野で頻繁に使用されており、例えば抗体の可変軽鎖（ＶＬ）と可変重鎖（ＶＨ）に由来する一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）コンストラクトの作製において異なる機能単位を互いに接続するのに用いられる。リンカーは、一般に、溶液中では立体構造の柔軟性が大きい。リンカーは、主に極性アミノ酸残基型からなることが適切である。構造的柔軟性の大きいリンカーに含まれる典型的な（頻繁に用いられる）アミノ酸は、セリンとグリシンである。それと比べて好ましさの程度は劣るが、構造的柔軟性の大きいリンカーは、アラニン、スレオニン、プロリンも含むことができる。したがってキメラポリペプチドの介在リンカーは、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドとオリゴマー化ドメインが、または２つのオリゴマー化ドメインが緩やかに（邪魔されずに）会合することが保証される柔軟性の大きな立体構造であることが好ましい。本明細書で想定するポリペプチドで用いるのに適したリンカーは当業者に明らかであろう。ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの生物活性、またはオリゴマー化ドメインのオリゴマー化特性に影響を与えないという意味で構造的柔軟性が大きいリンカーである限り、適切なリンカーとして、アミノ酸配列を連結するのに本分野で使用されている任意のリンカーが可能である。
【０１９４】
当業者は、必要に応じて限られた数の定型的な実験を実施した後に最適なリンカーを決定することができよう。介在リンカーは、一般に少なくとも１個のアミノ酸残基からなるアミノ酸配列であることが適切だが、そのアミノ酸配列は通常は少なくとも２個のアミノ酸残基からなり、便宜上の理由で選択される厳密ではない上限は、約１００個のアミノ酸残基である。特別な実施態様では、リンカーは、約１個〜約５０個のアミノ酸残基、または約５０個〜約１００個のアミノ酸残基からなり、通常は約１個〜約４０個のアミノ酸残基、典型的には約１個〜約３０個のアミノ酸残基からなる。特に非限定的な実施態様では、リンカー配列の少なくとも５０％のアミノ酸残基は、プロリン、グリシン、セリンからなるグループから選択される。さらに別の非限定的な実施態様では、リンカー配列のアミノ酸残基の少なくとも６０％、例えば少なくとも７０％、例示するならば８０％、さらに特定するならば９０％が、プロリン、グリシン、セリンからなるグループから選択される。別の特別な実施態様では、リンカー配列は本質的に極性アミノ酸残基からなる。そのような特別な実施態様では、リンカー配列のアミノ酸残基の少なくとも５０％、例えば少なくとも６０％、例示するならば７０％または８０％、さらに特定するならば９０％または最大１００％が、グリシン、セリン、トレオニン、アラニン、プロリン、ヒスチジン、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン、グルタミン酸、リシン、アルギニンからなるグループから選択される。いくつかの実施態様では、リンカー配列に含めることができるのは、ＧＧ、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］nである。ただしｎは１〜１０の整数であり、１〜５が好ましく、１〜３がより好ましい。
【０１９５】
特別な実施態様では、リンカーの例の選択は、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなすことができる。
【０１９６】
２．５  他の部分
本発明のキメラポリペプチドはさらに、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチド−オリゴマー化ドメインキメラの精製を容易にするための精製部分を含むことができる。精製部分は、典型的には、親和性結合を通じたキメラポリペプチドの回収を可能にする一連のアミノ酸を含んでいる。多数の精製部分、すなわち「タグ」が本分野で知られており、その具体例に含まれるのは、ビオチンカルボキシル化キャリアタンパク質タグ（ＢＣＣＰタグ）、Ｍｙｃタグ（ｃ−ｍｙｃタグ）、カルモジュリンタグ、ＦＬＡＧタグ、ＨＡタグ、Ｈｉｓタグ（ヘキサヒスチジンタグ、Ｈｉｓ６、６Ｈ）、マルトース結合タンパク質タグ（ＭＢＰタグ）、Ｎｕｓタグ、セルロース結合ドメインタグ（ＣＢＤタグ）、Ｔ７ペプチドタグ（Ｔ７タグ））、ユビキチンタグ、キチン結合タンパク質タグ（ＣＢＰタグ）、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼタグ（ＧＳＴタグ）、緑色蛍光タンパク質タグ（ＧＦＰタグ）、ポリグルタミン酸塩タグ、アミロイドβタグ、チオレドキシンタグ、Ｓタグ、Ｓｏｆｔａｇ  １、Ｓｏｆｔａｇ  ３、ブドウ球菌プロテインＡタグ（プロテインＡタグ）、連鎖球菌プロテインＧタグ（プロテインＧタグ）、ストレプトアビジン結合ペプチドタグ（ＳＢＰタグ）、ビオチンタグ、ストレプトアビジンタグ、Ｖ５タグである。
【０１９７】
いくつかの実施態様では、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドおよび／またはオリゴマー化ドメインは、これらの構成要素のうちの任意の１つ以上に対する免疫応答が対象で誘発されたり発生したりするのを抑制する免疫サイレンシング部分または免疫抑制部分を含んでいる。免疫サイレンシング部分として、グリコシル化酵素（特にグリコシルトランスフェラーゼ）によって特異的に認識されてグリコシル化されるグリコシル化部位が可能である。グリコシル化としてＮ結合型またはＯ結合型が可能である。Ｎ結合型は、炭水化物部分がアスパラギン残基の側鎖に結合していることを意味する。トリペプチド配列Ｎ−Ｘ−ＳとＮ−Ｘ−Ｔ（ただしＸはＰ以外の任意のアミノ酸である）は、炭水化物部分をアスパラギン側鎖に酵素で結合させるための認識配列であり、これらの配列は一般に「グリコシル化部位」と呼ばれる。Ｏ結合型グリコシル化は、Ｎ−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、キシロースという糖のうちの１つがヒドロキシアミノ酸（最も一般的にはセリンまたはトレオニン）に結合していることを意味するが、５−ヒドロキシプロリンまたは５−ヒドロキシリジンも用いることができる。
【０１９８】
３．代表的なキメラポリペプチドコンストラクト
本発明のキメラポリペプチドの例は、式（ＶＩ）：
ＰＤ−Ｌ２−Ｌ−ＯＭＤX        （ＶＩ）
によってうまく表わすことができる。ただし
ＰＤ−Ｌ２の選択は、配列ＩＤ番号１〜９の中から、または配列ＩＤ番号１〜９の任意の１つに示されている配列との配列類似性または配列一致が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜９９％と、その間のあらゆる整数値の％）であるポリペプチドからなされ；
−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされ；
ＯＭＤXの選択は、
（ａ）配列ＩＤ番号２１、２２、２５、２６から選択されたいずれか１つのアミノ酸配列、または配列ＩＤ番号２１、２２、２５、２６のいずれか１つに示されているアミノ酸配列との配列類似性または配列一致が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜９９％と、その間のあらゆる整数値の％）であるポリペプチドを含むか、そのアミノ酸配列またはポリペプチドからなる三量体化ドメイン；
（ｂ）配列ＩＤ番号２３、２４、２７から選択されたいずれか１つのアミノ酸配列、または配列ＩＤ番号２３、２４、２７のいずれか１つに示されているアミノ酸配列との配列類似性または配列一致が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜９９％と、その間のあらゆる整数値の％）であるポリペプチドを含むか、そのアミノ酸配列またはポリペプチドからなる四量体化ドメイン；
（ｃ）配列ＩＤ番号２８または２９から選択されたアミノ酸配列を含むか、そのアミノ酸配列からなることが好ましい五量体化ドメイン；
（ｄ）配列ＩＤ番号３０に示されているアミノ酸配列を含むか、そのアミノ酸配列からなることが好ましい六量体化ドメイン
からなされる。
【０１９９】
別の実施態様では、本発明のキメラポリペプチドの例は、式（ＶＩＩ）：
ＰＤ−Ｌ２−Ｌ−ＯＭＤY−Ｌ−  ＯＭＤZ       （ＶＩＩ）
によってうまく表わすことができる。ただし
ＰＤ−Ｌ２の選択は、配列ＩＤ番号１〜９の中から、または配列ＩＤ番号１〜９の任意の１つに示されている配列との配列類似性または配列一致が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜９９％と、その間のあらゆる整数値の％）であるポリペプチドからなされ；
−Ｌ−は、現われるごとに独立に、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされ；
ＯＭＤYは、ｉ個のサブユニットＯＭＤYからなるオリゴマー（ＯＭＤY）jを形成するオリゴマー化ドメインであり、その選択は、
（ａ）配列ＩＤ番号１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０から選択されたいずれか１つのアミノ酸配列、または配列ＩＤ番号１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０のいずれか１つに示されているアミノ酸配列との配列類似性または配列一致が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜９９％と、その間のあらゆる整数値の％）であるポリペプチドを含むか、そのアミノ酸配列またはポリペプチドからなることが好ましい二量体化ドメイン、またはＡＫＡＰのＰＫＡ−ＡＤ配列のＲサブユニット配列（例えば配列ＩＤ番号３１と３２、または配列ＩＤ番号３３と３４）、ビオチン−アビジン、ビオチン−ストレプトアビジン、抗原−抗体、ハプテン−抗ハプテン、リガンド−受容体、受容体−補助受容体から選択されることが好ましい特別な結合ペアのメンバーであるオリゴマー化ドメインを含むか、そのオリゴマー化ドメインからなる二量体化ドメイン；
（ｂ）配列ＩＤ番号２１、２２、２５、２６から選択されたいずれか１つのアミノ酸配列、または配列ＩＤ番号２１、２２、２５、２６のいずれか１つに示されているアミノ酸配列との配列類似性または配列一致が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜９９％と、その間のあらゆる整数値の％）であるポリペプチドを含むか、そのアミノ酸配列またはポリペプチドからなる三量体化ドメイン；
（ｃ）配列ＩＤ番号２３、２４、２７から選択されたいずれか１つのアミノ酸配列、または配列ＩＤ番号２３、２４、２７のいずれか１つに示されているアミノ酸配列との配列類似性または配列一致が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜９９％と、その間のあらゆる整数値の％）であるポリペプチドを含むか、そのアミノ酸配列またはポリペプチドからなる四量体化ドメイン；
（ｄ）配列ＩＤ番号２８または２９から選択されたアミノ酸配列を含むか、そのアミノ酸配列からなることが好ましい五量体化ドメイン；
（ｅ）配列ＩＤ番号３０に示されているアミノ酸配列を含むか、そのアミノ酸配列からなることが好ましい六量体化ドメイン
からなされることが好ましく；
ＯＭＤZは、ｊ個のサブユニットＯＭＤZからなるオリゴマー（ＯＭＤZ）jを形成するオリゴマー化ドメインであり（ただしｊはｉよりも大きい整数であり、ｉ＋１、ｉ＋２、ｉ＋３、ｉ＋４、ｉ＋５、ｉ＋６のいずれかであることが好ましい）、その選択は、
（ａ）配列ＩＤ番号２１、２２、２５、２６から選択されたいずれか１つのアミノ酸配列、または配列ＩＤ番号２１、２２、２５、２６のいずれか１つに示されているアミノ酸配列との配列類似性または配列一致が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜９９％と、その間のあらゆる整数値の％）であるポリペプチドを含むか、そのアミノ酸配列またはポリペプチドからなる三量体化ドメイン；
（ｂ）配列ＩＤ番号２３、２４、２７から選択されたいずれか１つのアミノ酸配列、または配列ＩＤ番号２３、２４、２７のいずれか１つに示されているアミノ酸配列との配列類似性または配列一致が少なくとも７０％（と、少なくとも７１％〜９９％と、その間のあらゆる整数値の％）であるポリペプチドを含むか、そのアミノ酸配列またはポリペプチドからなる四量体化ドメイン；
（ｃ）配列ＩＤ番号２８または２９から選択されたアミノ酸配列を含むか、そのアミノ酸配列からなることが好ましい五量体化ドメイン；
（ｄ）配列ＩＤ番号３０に示されているアミノ酸配列を含むか、そのアミノ酸配列からなることが好ましい六量体化ドメイン
からなされることが好ましい。
【０２００】
本発明のキメラポリペプチドの非限定的な例を以下に示す。
【０２０１】
３．１  ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン−Ｌ−ＧＣＮ４三量体化ドメイン
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ−Ｌ−ＲＭＫＱＩＥＤＫＩＥＥＩＬＳＫＩＹＨＩＥＮＥＩＡＲＩＫＫＬＩＧＥ［配列番号４４］、
ただし−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされる。
【０２０２】
ＧＣＮ４三量体化ドメインにより、キメラポリペプチドが自己組織化して三量体になるのが容易になる。
【０２０３】
３．２  ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン−Ｌ−フォールドン三量体化ドメイン
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ−Ｌ−ＧＳＧＹＩＰＥＡＰＲＤＧＱＡＹＶＲＫＤＧＥＷＶＬＬＳＴＦＬ［配列番号４５］、
ただし−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされる。
【０２０４】
フォールドン三量体化ドメインにより、キメラポリペプチドが自己組織化して三量体になるのが容易になる。
【０２０５】
３．３  ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン−Ｌ−ＧＣＮ４四量体化ドメイン
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ−Ｌ−ＲＭＫＱＩＥＤＫＬＥＥＩＬＳＫＬＹＨＩＥＮＥＬＡＲＩＫＫＬＬＧＥ［配列番号４６］、
ただし−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされる。
【０２０６】
ＧＣＮ４四量体化ドメインによりキメラポリペプチドが自己組織化して四量体になるのが容易になる。
【０２０７】
３．４  ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン−Ｌ−テトラブラキオン四量体化ドメイン
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ−Ｌ−ＩＩＮＥＴＡＤＤＩＶＹＲＬＴＶＩＩＤＤＲＹＥＳＬＫＮＬＩＴＬＲＡＤＲＬＭＩＩＮＤＮＶＳＴＩＬＡＳＧ［配列番号４７］、
ただし−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされる。
【０２０８】
テトラブラキオン四量体化ドメインにより、キメラポリペプチドが自己組織化して四量体になるのが容易になる。
【０２０９】
３．５  ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン−Ｌ−ＣＯＭＰ五量体化ドメイン
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ−Ｌ−ＬＡＰＱＭＬＲＥＬＱＥＴＮＡＡＬＱＤＶＲＥＬＬＲＱＱＶＫＱＩＴＦＬＫＮＴＶＭＥＣＤＡＣＧ［配列番号４８］、
ただし−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされる。
【０２１０】
ＣＯＭＰ五量体化ドメインにより、キメラポリペプチドが自己組織化して五量体になるのが容易になる。
【０２１１】
３．６  ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン−Ｌ−トリプトファンジッパー五量体化ドメイン
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ−Ｌ−ＳＳＮＡＫＷＤＱＷＳＳＤＷＱＴＷＮＡＫＷＤＱＷＳＮＤＷＮＡＷＲＳＤＷＱＡＷＫＤＤＷＡＲＷＮＱＲＷＤＮＷＡＴ［配列番号４９］、
ただし−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされる。
【０２１２】
トリプトファンジッパー五量体化ドメインにより、キメラポリペプチドが自己組織化して五量体になるのが容易になる。
【０２１３】
３．７  ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン−Ｌ−αｔｐ六量体化ドメイン
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ−Ｌ−ＰＴＨＶＮＶＳＶＶＭＡＥＶＤＧＴＣＹ［配列番号５０］、
ただし−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされる。
【０２１４】
αｔｐ六量体化ドメインにより、キメラポリペプチドが自己組織化して六量体になるのが容易になる。
【０２１５】
３．８  ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン−Ｌ−Ｆｃ二量体化ドメイン−Ｌ−フォールドン三量体化ドメイン
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ−Ｌ−ＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ−Ｌ−ＧＳＧＹＩＰＥＡＰＲＤＧＱＡＹＶＲＫＤＧＥＷＶＬＬＳＴＦＬ［配列番号５１］、
ただし−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされる。
【０２１６】
Ｆｃ二量体化ドメインとフォールドン三量体化ドメインの組み合わせにより、キメラポリペプチドが自己組織化して六量体になるのが容易になる。
【０２１７】
３．９  ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン−Ｌ−Ｆｃ二量体化ドメイン−Ｌ−ＧＣＮ４四量体化ドメイン
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ−Ｌ−ＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ−Ｌ−ＭＫＱＩＥＤＫＬＥＥＩＬＳＫＬＹＨＩＥＮＥＬＡＲＩＫＫＬＬＧＥ［配列番号５２］、
ただし−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされる。
【０２１８】
Ｆｃ二量体化ドメインとＧＣＮ４四量体化ドメインの組み合わせにより、キメラポリペプチドが自己組織化して八量体になるのが容易になる。
【０２１９】
３．１０  ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン−Ｌ−Ｆｃ二量体化ドメイン−Ｌ−ＣＯＭＰ五量体化ドメイン
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ−Ｌ−ＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ−Ｌ−ＬＡＰＱＭＬＲＥＬＱＥＴＮＡＡＬＱＤＶＲＥＬＬＲＱＱＶＫＱＩＴＦＬＫＮＴＶＭＥＣＤＡＣＧ［配列番号５３］、
ただし−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされる。
【０２２０】
Ｆｃ二量体化ドメインとＣＯＭＰ五量体化ドメインの組み合わせにより、キメラポリペプチドが自己組織化して十量体になるのが容易になる。
【０２２１】
３．１１  ヒトＰＤ−Ｌ２外部ドメイン−Ｌ−Ｆｃ二量体化ドメイン−Ｌ−αｔｐ六量体化ドメイン
ＭＩＦＬＬＬＭＬＳＬＥＬＱＬＨＱＩＡＡＬＦＴＶＴＶＰＫＥＬＹＩＩＥＨＧＳＮＶＴＬＥＣＮＦＤＴＧＳＨＶＮＬＧＡＩＴＡＳＬＱＫＶ
ＥＮＤＴＳＰＨＲＥＲＡＴＬＬＥＥＱＬＰＬＧＫＡＳＦＨＩＰＱＶＱＶＲＤＥＧＱＹＱＣＩＩＩＹＧＶＡＷＤＹＫＹＬＴＬＫＶＫＡＳＹＲＫＩＮＴＨＩＬＫＶＰＥＴＤＥＶＥＬＴＣＱＡＴＧＹＰＬＡＥＶＳＷＰＮＶＳＶＰＡＮＴＳＨＳＲＴＰＥＧＬＹＱＶＴＳＶＬＲＬＫＰＰＰＧＲＮＦＳＣＶＦＷＮＴＨＶＲＥＬＴＬＡＳＩＤＬＱＳＱＭＥＰＲＴＨＰＴ−Ｌ−ＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ−Ｌ−ＰＴＨＶＮＶＳＶＶＭＡＥＶＤＧＴＣＹ［配列番号５４］、
ただし−Ｌ−は、結合（例えばペプチド結合）またはペプチドリンカーを表わし、そのペプチドリンカーの選択は、［ＧＧＳＧ］nＧＧ、［ＧＧＧＧＳ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＳＳＳＳＧ］n、［ＡＡＰＡ］n、［ＧＧＧＫＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＮＧＧＧＧ］n、［ＧＧＧＣＧＧＧＧ］n（ただしｎは、１〜１０の整数、好ましくは１〜５の整数、より好ましくは１〜３の整数である）、ＧＧ、ＧＧＧＧＧ［配列ＩＤ番号３５］、ＧＧＧＧＳ［配列ＩＤ番号３６］、ＳＳＳＳＧ［配列ＩＤ番号３７］、ＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＳ［配列ＩＤ番号３８］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＳＥＧＳＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号３９］、ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ［配列ＩＤ番号４０］、ＥＧＫＳＳＧＳＧＳＥＳＫＥＦ［配列ＩＤ番号４１］、ＧＧＳＴＳＧＳＧＫＳＳＥＧＫＧ［配列ＩＤ番号４２］、ＡＡＰＡ［配列ＩＤ番号４３］からなるグループからなされる。
【０２２２】
Ｆｃ二量体化ドメインとαｔｐ六量体化ドメインの組み合わせにより、キメラポリペプチドが自己組織化して十二量体になるのが容易になる。
【０２２３】
４．キメラポリペプチドの作製
本発明のＰＤ−Ｌ２ポリペプチド−オリゴマー化ドメインキメラは、化学合成または組み換え手段によって調製することができる。通常は、キメラポリペプチドは、キメラポリペプチドをコードする組み換えコンストラクトを適切な宿主細胞の中で発現させることによって調製されるが、適切な任意の方法を利用することができる。適切な宿主細胞に含まれるのは、例えば昆虫細胞（例えばネッタイシマカ（Ａｅｄｅｓ  ａｅｇｙｐｔｉ）、キンウワバ（Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ  ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ）、カイコ（Ｂｏｍｂｙｘ  ｍｏｒｉ）、ショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ）、ヨトウガ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）、イラクサギンウワバ（Ｔｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ  ｎｉ））、哺乳動物細胞（例えばヒト、非ヒト霊長類、ウマ、ウシ、ヒツジ、イヌ、ネコ、齧歯類（例えばハムスター））、鳥類細胞（例えばニワトリ、アヒル、ガチョウ）、細菌（例えば大腸菌、枯草菌、連鎖球菌のさまざまな種）、酵母細胞（例えばサッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ）、カンジダ・マルトーサ（Ｃａｎｄｉｄａ  ｍａｌｔｏｓａ）、ハンセヌラ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）多形体、クルイベロミセス・フラジリス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）、クルイベロミセス・ラクティス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ピキア・ギリエルモンディ（Ｐｉｃｈｉａ  ｇｕｉｌｌｅｒｉｍｏｎｄｉｉ）、ピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ）、シゾサッカロミセス・ポンベ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ）、ヤロウィア・リポリティカ（Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ））、テトラヒメナ細胞（例えばテトラヒメナ・テルモフィレ（Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｅ）、またはこれらの組み合わせである。適切な多くの昆虫細胞と哺乳動物細胞が本分野で知られている。適切な昆虫細胞に含まれるのは、例えばＳｆ９細胞、Ｓｆ２１細胞、Ｔｎ５細胞、シュナイダーＳ２細胞、Ｈｉｇｈ  Ｆｉｖｅ細胞（親イラクサギンウワバＢＴＩ−ＴＮ−５Ｂ１−４細胞１由来のクローン単離物（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社））である。適切な哺乳動物細胞に含まれるのは、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ヒト胎児腎細胞（ＨＥＫ２９３細胞、典型的には剪断アデノウイルス５型ＤＮＡによって形質転換されたもの）、ＮＩＨ−３Ｔ３細胞、２９３−Ｔ細胞、ベロ細胞、ヒーラ細胞、ＰＥＲＣ．６細胞（ＥＣＡＣＣ寄託番号９６０２２９４０）、Ｈｅｐ  Ｇ２細胞、ＭＲＣ−５（ＡＴＣＣ  ＣＣＬ−１７１）、ＷＩ−３８（ＡＴＣＣ  ＣＣＬ−７５）、胎児アカゲザル肺細胞（ＡＴＣＣ  ＣＬ−１６０）、マディン−ダービー・ウシ腎臓（「ＭＤＢＫ」）細胞、マディン−ダービー・イヌ腎臓（「ＭＤＣＫ」）細胞（例えばＭＤＣＫ（ＮＢＬ２）、ＡＴＣＣ  ＣＣＬ３４；またはＭＤＣＫ  ３３０１６、ＤＳＭ  ＡＣＣ  ２２１９）、ベビーハムスター腎臓（ＢＨＫ）細胞（ＢＨＫ２１−Ｆなど）、ＨＫＣＣ細胞などである。適切な鳥類細胞に含まれるのは、例えばニワトリ���性幹細胞（例えば、ＥＢｘ（登録商標）細胞）、ニワトリ胚性線維芽細胞、ニワトリ胚性生殖細胞、アヒル細胞（例えばＡＧＥ１．ＣＲ細胞系とＡＧＥ１．ＣＲ．ｐＩＸ細胞系（ＰｒｏＢｉｏＧｅｎ社）であり、これらの細胞系は例えばＶａｃｃｉｎｅ  第２７巻：４９７５〜４９８２ページ（２００９年）とＷＯ２００５／０４２７２８に記載されている）、ＥＢ６６細胞などである。
【０２２４】
適切な昆虫細胞発現系（バキュロウイルス系など）は当業者に知られており、例えばＳｕｍｍｅｒｓとＳｍｉｔｈ、『Ｔｅｘａｓ  Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ  Ｓｔａｔｉｏｎ  Ｂｕｌｌｅｔｉｎ』第１５５５号（１９８７年）に記載されている。バキュロウイルス／挿入細胞発現系のための材料と方法は、特にＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社（サンディエゴ、カリフォルニア州）からキットの形で市販されている。鳥類細胞発現系も当業者に知られており、例えばアメリカ合衆国特許第５，３４０，７４０号；第５，６５６，４７９号；第５，８３０，５１０号；第６，１１４，１６８号；第６，５００，６６８号；欧州特許第ＥＰ０７８７１８０Ｂ号；欧州特許出願第ＥＰ０３２９１８１３．８号；ＷＯ０３／０４３４１５；ＷＯ０３／０７６６０１号に記載されている。同様に、細菌細胞発現系と哺乳動物細胞発現系も本分野で知られており、例えば『Ｙｅａｓｔ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ』（Ｂａｒｒ他編、１９８９年）、Ｂｕｔｔｅｒｗｏｒｔｈｓ社、ロンドンに記載されている。
【０２２５】
本発明のキメラポリペプチドをコードしている組み換えコンストラクトは、従来法を利用して適切なベクターの中に調製することができる。昆虫または哺乳動物細胞における組み換えタンパク質の発現に適した多数のベクターが本分野でよく知られていて慣用されている。適切なベクターは多数の構成要素を含むことができ、その非限定的な例に含まれるのは、複製起点；選択マーカー遺伝子；１つ以上の発現制御エレメント（転写制御エレメント（例えばプロモータ、エンハンサ、ターミネータ）など）および／または１つ以上の翻訳シグナル；選択された宿主細胞（例えば哺乳動物起源の宿主細胞や、異種の哺乳動物または非哺乳動物種に由来する宿主細胞）中の分泌経路を標的とするためのシグナル配列またはリーダー配列のうちの１つ以上である。例えば昆虫細胞の中で発現させるには、適切なバキュロウイルス発現ベクター（ｐＦａｓｔＢａｃ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）など）を用いて組み換えバキュロウイルス粒子を作製することができる。バキュロウイルス粒子を増幅し、昆虫細胞に感染させて組み換えタンパク質を発現させる。哺乳動物細胞の中で発現させるには、望む哺乳動物宿主細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣細胞）の中でコンストラクトを発現させるベクターを用いる。
【０２２６】
キメラポリペプチドは、適切な任意の方法を利用して精製することができる。望むタンパク質を精製するための適切な方法は本分野でよく知られており、その方法には、沈降とさまざまな種類のクロマトグラフィ（疎水性相互作用クロマトグラフィ、イオン交換クロマトグラフィ、アフィニティクロマトグラフィ、キレートクロマトグラフィ、サイズ排除クロマトグラフィなど）が含まれる。適切な精製スキームは、これらの方法または他の適切な方法のうちの２つ以上を利用して作り出すことができる。望むのであれば、キメラポリペプチドは、３．５節に記載したように、精製を容易にする精製部分、すなわち「タグ」を含むことができる。このようなタグ付きポリペプチドは、例えばならし培地から、キレートクロマトグラフィまたはアフィニティクロマトグラフィによってうまく精製することができる。
【０２２７】
５．キメラポリペプチドに基づくポリペプチド複合体
本発明のキメラポリペプチドは、適切な条件下で自己組織化してポリペプチド複合体を形成することができる。したがって本発明はポリペプチド複合体を作製する方法をさらに包含する。この方法は、ポリペプチド複合体の形成に適した条件下で（例えば水溶液中で）本発明のキメラポリペプチドを組み合わせることを含んでおり、そうすることで、例えば本明細書に記載したように、３つ以上のキメラポリペプチドを含んでいて、ＰＤ−Ｌ２の少なくとも１つの機能的活性を有することを特徴とするポリペプチド複合体が生成する。一般に、キメラポリペプチドは緩衝化水溶液（例えばｐＨが約５〜約９）の中で自己組織化する。必要な場合には、例えば尿素、少量の有機溶媒、熱のいずれかを含めることによる穏やかな変性条件を利用してキメラポリペプチドを穏やかに変性させることで、リフォールディングと自己組織化が容易になるようにすることができる。
【０２２８】
キメラポリペプチドの適切な任意の調製物をこの方法で用いることができる。例えば望むキメラポリペプチドを含むならし細胞培養培地をこの方法で用いることができる。しかしこの方法では精製したキメラポリペプチドを用いることが好ましい。
【０２２９】
６．組成物
本発明によりさらに、ここまでと本明細書の別の箇所に幅広く記載してあるポリペプチド複合体またはキメラポリペプチドか、キメラポリペプチドまたは複合体を発現させることのできる核酸コンストラクトと、医薬として許容可能な基剤またはアジュバントとを含む組成物（その中には医薬組成物が含まれる）が提供される。代表的な組成物は、キメラポリペプチドまたは複合体の望む用途に応じて選択される緩衝剤を含むことができ、想定する用途に合った他の物質も含むことができる。想定する用途が免疫応答（Ｔｈ１免疫応答が含まれる）を調節することである場合には、組成物は、「免疫を調節する」組成物または「免疫調節」組成物と呼ばれる。そのような組成物には、予防用組成物（すなわちＴｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害を予防する目的で投与する組成物）と治療用組成物（すなわちＴｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害を治療する目的で投与する組成物）が含まれる。したがって本発明の免疫調節組成物は、予防、寛解、緩和、治療のいずれかを目的としてレシピエントに投与することができる。
【０２３０】
当業者は、本分野で知られている多彩な緩衝液の中から想定する用途に合った適切な緩衝液を容易に選択することができる。いくつかの例では、組成物は、医薬として許容可能な賦形剤を含むことができ、賦形剤は多彩なものが本分野で知られているため、本明細書で詳細に論じる必要はない。医薬として許容可能な賦形剤は多彩な刊行物に広く記載されており、そのような刊行物に含まれるのは、例えばＡ．Ｇｅｎｎａｒｏ（２０００年）『Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ』、第２０版、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ社；『Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍｓ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ』（１９９９年）Ｈ．Ｃ．Ａｎｓｅｌ他編、第７増補版、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ社；『Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ』（２０００年）Ａ．  Ｈ．  Ｋｉｂｂｅ他編、第３増補版、Ａｍｅｒ．  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃ．である。
【０２３１】
本発明の医薬組成物は、注射による投与に適した形態、経口摂取に適した製剤（例えばカプセル剤、錠剤、カプレット剤、エリキシル剤など）、局所投与に適した軟膏、クリーム、ローションの形態、点眼剤として送達するのに適した形態、吸入（鼻腔内吸入や経口吸入など）による投与に適したエーロゾルの形態、非経口投与（すなわち皮下注射、筋肉内注射、静脈内注射）に適した形態にすることができる。
【０２３２】
補足的な活性成分（アジュバントや生物学的応答調節剤など）も本発明の医薬組成物に組み込むことができる。アジュバントを本発明の医薬組成物に含めることができるが、医薬組成物は必ずしもアジュバントを含んでいる必要はない。その場合には、アジュバントの使用によって生じる反応原性の問題を回避することができる。
【０２３３】
一般に、本発明の医薬組成物の文脈におけるアジュバント活性の非限定的な例には、組成物中の免疫原性成分（例えば本発明のキメラポリペプチドまたは複合体）によって誘導される免疫応答を（定量的または定性的に）増強する能力が含まれる。こうすることで、Ｔｈ１免疫応答を含む免疫応答（Ｔｈ１免疫応答が含まれる）を生じさせるのに必要な免疫調節成分の用量またはレベルを低下させること、および／または望む免疫応答を生じさせるのに必要な免疫化の回数または頻度を減らすことができる。
【０２３４】
適切な任意のアジュバントが本発明の医薬組成物に含まれていてもよい。例えばアルミニウム系アジュバントを用いることができる。適切なアルミニウム系アジュバントの非限定的な例に含まれるのは、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウムと、これらの組み合わせである。使用できるアルミニウム系アジュバントの別の具体例は、欧州特許第１２１６０５３号とアメリカ合衆国特許第６，３７２，２２３号に記載されている。他の適切なアジュバントに含まれるのは、フロイントの不完全アジュバントと完全アジュバント（Ｄｉｆｃｏ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ社、デトロイト、ミシガン州）；Ｍｅｒｃｋ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  ６５（Ｍｅｒｃｋ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  Ｉｎｃ．社、ローウェイ、ニュージャージー州）；ＡＳ−２（ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ  Ｂｅｅｃｈａｍ社、フィラデルフィア、ペンシルヴェニア州）；アルミニウム塩（水酸化アルミニウムゲル（ミョウバン）やリン酸アルミニウムなど）；カルシウム、鉄、亜鉛いずれかの塩；アシル化チロシンの不溶性懸濁液；アシル化糖；カチオン性またはアニオン性の誘導体化された多糖類；ポリホスファゼン；生分解性ミクロスフェア；モノホスホリルリピドＡとクイルＡ；水中油型エマルジョン（欧州特許第０３９９８４３号、アメリカ合衆国特許第７，０２９，６７８号、ＰＣＴ公開ＷＯ２００７／００６９３９に記載されているものが含まれる）；および／または追加のサイトカイン（例えばインターロイキン−２、インターロイキン−７、インターロイキン−１２、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、コレラ毒素（ＣＴ）またはそれを構成するサブユニット、熱不安定性エンテロトキシン（ＬＴ）またはそれを構成するサブユニット、トール様受容体リガンドアジュバント（リポ多糖（ＬＰＳ）など）とその誘導体（例えばモノホスホリルリピドＡと３−脱アシル化モノホスホリルリピドＡ）、フラビウイルスのＮＳ１とムラミルジペプチド（ＭＤＰ）である。
【０２３５】
本発明の医薬組成物はキットで提供することができる。キットは、本発明の方法を実施するのを助ける追加の構成要素（例えば投与装置、および／または緩衝液、および／または希釈剤）を含むことができる。キットは、さまざまな構成要素を収容するための容器と、本発明の方法においてキットの構成要素を使用するための指示を含むことができる。典型的には、キットは、本発明の免疫調節組成物を使用するための指示を、単独で、または例えば本明細書に記載されているコンパニオン診断薬とともに含んでいる。
【０２３６】
本発明のポリペプチド複合体は、免疫調節剤に対する免疫応答を増強するのに有用である。免疫調節剤には、疾患関連抗原（例えば腫瘍抗原と、病原性生物の抗原）と抗原結合分子が含まれる。
【０２３７】
本発明では、興味ある標的抗原の少なくとも一部に対応する任意の抗原を本発明の組成物で利用し、その標的抗原に対する免疫応答を刺激することを考慮する。そのような抗原は、可溶形態（例えばペプチド、ポリペプチド、ペプチドまたはポリペプチドを発現させることのできる核酸分子）にすること、または細胞全体や弱毒化した病原体調製物（例えば弱毒化したウイルスまたは細菌）の形態にすることや、抗原提示細胞に提示させることができる。これについてはあとでより詳しく説明する。
【０２３８】
６．１  抗原
本発明で有用な標的抗原として任意の種類の生体分子が可能であり、その中には例えば、単純な中間代謝産物、糖、脂質、ホルモンのほか、巨大分子（複雑な炭水化物、リン脂質、核酸、ポリペプチド、ペプチドなど）が含まれる。標的抗原は、宿主が産生する内因性抗原、または宿主にとって異質な外因性抗原から選択することができる。適切な内因性抗原の非限定的な例に含まれるのは、がん抗原または腫瘍抗原である。がん抗原または腫瘍抗原の非限定的な例に含まれるのは、がんまたは腫瘍からの抗原であり、そのがんまたは腫瘍の選択は、ＡＢＬ１がん原遺伝子、エイズ関連がん、聴神経腫、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、腺様嚢胞癌、副腎皮質がん、特発性骨髄化成、脱毛症、胞巣性軟部肉腫、肛門がん、血管肉腫、再生不良性貧血、星状細胞腫、毛細血管拡張症、基底細胞癌（皮膚）、膀胱がん、骨がん、腸がん、脳幹神経膠腫、脳腫瘍とＣＮＳ腫瘍、乳がん、カルチノイド腫瘍、子宮頸がん、小児脳腫瘍、小児がん、小児白血病、小児軟組織肉腫、軟骨肉腫、絨毛癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、大腸がん、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、隆起性皮膚線維芽細胞腫、線維形成性小細胞腫瘍、乳管癌、内分泌がん、子宮内膜がん、上衣腫、食道がん、ユーイング肉腫、肝外胆管がん、眼がん、眼：黒色腫、網膜芽細胞腫、卵管がん、ファンコーニ貧血、線維肉腫、胆嚢がん、胃がん、胃腸がん、消化管カルチノイド腫瘍、尿生殖器がん、生殖細胞腫瘍、妊娠性絨毛疾患、神経膠腫、婦人科がん、血液悪性腫瘍、有毛細胞白血病、頭頸部がん、肝細胞がん、遺伝性乳がん、組織球症、ホジキン病、ヒトパピローマウイルス、胞状奇胎、高カルシウム血症、下咽頭がん、眼内黒色種、膵島細胞がん、カポジ肉腫、腎臓がん、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭がん、平滑筋肉腫、白血病、リー−フラウメニ症候群、唇がん、脂肪肉腫、肝がん、肺がん、リンパ浮腫、リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、男性の乳がん、腎悪性ラブドイド腫瘍、髄芽腫、黒色腫、メルケル細胞がん、中皮腫、転移性のがん、口がん、多発性内分泌腫瘍症、菌状息肉症、骨髄異形成症候群、骨髄腫、骨髄増殖性疾患、鼻腔がん、鼻咽頭がん、腎芽細胞腫、神経芽細胞腫、神経線維腫症、ナイミーヘン染色体不安定症候群、非黒色種皮膚がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、眼がん、食道がん、口腔がん、口腔咽頭がん、骨肉腫、オストミー卵巣がん、膵臓がん、副鼻腔がん、副甲状腺がん、耳下腺がん、陰茎がん、末梢性神経外胚葉腫瘍、下垂体がん、真性多血症、前立腺がん、稀ながんとその関連障害、腎細胞癌、横紋筋肉腫、ロスムンド−トムソン症候群、唾液腺がん、肉腫、神経鞘腫、セザリー症候群、皮膚がん、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、小腸がん、軟組織肉腫、脊髄腫瘍、扁平上皮がん（皮膚）、胃がん、滑膜肉腫、精巣がん、胸腺がん、甲状腺がん、移行上皮がん（膀胱）、移行上皮がん（腎盂−／−尿管）、絨毛がん、尿道がん、泌尿器系がん、ウロプラキン、子宮肉腫、子宮がん、膣がん、外陰がん、ワルデンストロームマクログロブリン血症、ウィルムス腫瘍からなされる。いくつかの実施態様では、がんまたは腫瘍は黒色腫に関係する。黒色腫関連抗原の具体例に含まれるのは、メラニン細胞分化抗原（例えばｇｐ１００、ＭＡＲＴ、Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１、ＴＲＰ−１、Ｔｙｒｏｓ、ＴＲＰ２、ＭＣ１Ｒ、ＭＵＣ１Ｆ、ＭＵＣ１Ｒ、またはこれらの組み合わせ）と黒色腫特異的抗原（例えばＢＡＧＥ、ＧＡＧＥ−１、ｇｐ１００Ｉｎ４、ＭＡＧＥ−１（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｘ５４１５６とＡＡ４９４３１１）、ＭＡＧＥ−３、ＭＡＧＥ４、ＰＲＡＭＥ、ＴＲＰ２ＩＮ２、ＮＹＮＳＯ１ａ、ＮＹＮＳＯ１ｂ、ＬＡＧＥ１、ｐ９７黒色腫抗原（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｍ１２１５４）、ｐ５タンパク質、ｇｐ７５、がん胎児抗原、ＧＭ２ガングリオシドとＧＤ２  ガングリオシド、ｃｄｃ２７、ｐ２１ｒａｓ、ｇｐ１００Pmel117、またはこれらの組み合わせ）である。他の腫瘍特異的抗原の非限定的な例に含まれるのは、ｅｔｖ６、ａｍｌ１、シクロフィリンｂ（急性リンパ芽球性白血病）；Ｉｇ−イディオタイプ（Ｂ細胞リンパ腫）；Ｅ−カドヘリン、α−カテニン、β−カテニン、γ−カテニン、ｐ１２０ｃｔｎ（神経膠腫）；ｐ２１ｒａｓ（膀胱がん）；ｐ２１ｒａｓ（胆管がん）；ＭＵＣファミリー、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ｃ−ｅｒｂＢ−２（乳がん）；ｐ５３、ｐ２１ｒａｓ（子宮頸癌）；ｐ２１ｒａｓ、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ｃ−ｅｒｂＢ−２、ＭＵＣファミリー、Ｃｒｉｐｔｏ−１タンパク質、Ｐｉｍ−１タンパク質（結腸癌）；大腸関連抗原（ＣＲＣ）−ＣＯ１７−１Ａ／ＧＡ７３３、ＡＰＣ（大腸がん）；癌胎児性抗原（ＣＥＡ）（大腸がん、絨毛癌）；シクロフィリンｂ（上皮細胞がん）；ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ｃ−ｅｒｂＢ−２、ｇａ７３３糖タンパク質（胃がん）；αフェトプロテイン（肝細胞がん）；Ｉｍｐ−１、ＥＢＮＡ−１（ホジキンリンパ腫）；ＣＥＡ、ＭＡＧＥ−３、ＮＹ−ＥＳＯ−１（肺がん）；シクロフィリンｂ（リンパ球由来白血病）；ＭＵＣファミリー、ｐ２１ｒａｓ（骨髄腫）；ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ｃ−ｅｒｂＢ−２（非小細胞肺癌）；Ｉｍｐ−１、ＥＢＮＡ−１（鼻咽頭がん）；ＭＵＣファミリー、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ｃ−ｅｒｂＢ−２、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＮＹ−ＥＳＯ−１（卵巣がん）；前立腺特異抗原（ＰＳＡ）とその抗原性エピトープ（ＰＳＡ−１、ＰＳＡ−２、ＰＳＡ−３）、ＰＳＭＡ、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ｃ−ｅｒｂＢ−２、ｇａ７３３糖タンパク質（前立腺がん）；ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ｃ−ｅｒｂＢ−２（腎臓がん）；ヒトパピローマウイルスタンパク質などのウイルス産物（子宮頸部と食道の扁平上皮がん）；ＮＹ−ＥＳＯ−１（精巣がん）；ＨＴＬＶ−１エピトープ（Ｔ細胞白血病）である。
【０２３９】
外来抗原は、病原性生物から選択されることが適切である。病原性生物の非限定的な例に含まれるのは、ウイルス、細菌、真菌寄生体、藻類、原生動物、アメーバである。ウイルスの具体例は、疾患（その非限定的な例に含まれるのは、麻疹、おたふく風邪、風疹、ポリオ、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｅ０２７０７）、Ｃ型肝炎（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｅ０６８９０）である）の原因となるウイルスのほか、他の肝炎ウイルス、インフルエンザウイルス、アデノウイルス（例えば４型と７型）、狂犬病ウイルス（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｍ３４６７８）、黄熱病ウイルス、エプスタイン−バーウイルス、他のヘルペスウイルス（パピローマウイルス、エボラウイルス、インフルエンザウイルス、日本脳炎ウイルス（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｅ０７８８３）、デング熱ウイルス（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｍ２４４４４）、ハンタウイルス、センダイウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、オトロミクソウイルス、水疱性口内炎ウイルス、ビスナウイルス、サイトメガロウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｕ１８５５２）など）である。そのようなウイルスに由来する適切な任意の抗原が、本発明を実施する際に有用である。例えばＨＩＶ由来の具体的なレトロウイルス抗原の非限定的な例に含まれるのは、ｇａｇ遺伝子、ｐｏｌ遺伝子、ｅｎｖ遺伝子の遺伝子産物、Ｎｅｆタンパク質、逆転写酵素、他のＨＩＶ成分といった抗原である。肝炎ウイルス抗原の非限定的な具体例に含まれるのは、Ｂ型肝炎ウイルスのＳタンパク質、Ｍタンパク質、Ｌタンパク質、Ｂ型肝炎ウイルスのプレＳ抗原、他の肝炎（例えばＡ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎）のウイルス成分（Ｃ型肝炎ウイルスＲＮＡなど）といった抗原である。インフルエンザウイルス抗原の非限定的な具体例に含まれるのは、ヘマグルチニンやノイラミニダーゼなどの抗原と、インフルエンザウイルスの他の成分である。麻疹ウイルス抗原の非限定的な具体例に含まれるのは、麻疹ウイルス融合タンパク質と、麻疹ウイルスの他の成分といった抗原である。風疹ウイルス抗原の非限定的な具体例に含まれるのは、タンパク質Ｅ１、タンパク質Ｅ２、風疹ウイルスの他の成分といった抗原と、ロタウイルス抗原（ＶＰ７ｓｃ、ロタウイルスの他の成分など）である。サイトメガロウイルス抗原の非限定的な具体例に含まれるのは、エンベロープ糖タンパク質Ｂ、サイトメガロウイルスの他の抗原成分といった抗原である。呼吸器合胞体ウイルス抗原の非限定的な例に含まれるのは、ＲＳＶ融合タンパク質、Ｍ２タンパク質、呼吸器合胞体ウイルスの他の抗原成分といった抗原である。単純ヘルペスウイルス抗原の非限定的な具体例に含まれるのは、即時型初期タンパク質、糖タンパク質Ｄ、単純ヘルペスウイルスの他の抗原成分といった抗原である。水痘帯状疱疹ウイルス抗原の非限定的な例に含まれるのは、９ＰＩ、ｇｐＩＩ、水痘帯状疱疹ウイルスの他の抗原成分といった抗原である。日本脳炎ウイルス抗原の非限定的な例に含まれるのは、タンパク質Ｅ、タンパク質Ｍ−Ｅ、タンパク質Ｍ−Ｅ−ＮＳ１、タンパク質ＮＳ１、タンパク質ＮＳ１−ＮＳ２Ａ、タンパク質８０％Ｅ、日本脳炎ウイルスの他の抗原成分といった抗原である。狂犬病ウイルス抗原の非限定的な具体例に含まれるのは、狂犬病糖タンパク質、狂犬病核タンパク質、狂犬病ウイルスの他の抗原成分といった抗原である。パピローマウイルス抗原の非限定的な具体例に含まれるのは、子宮頸がんに関係するＬ１キャプシドタンパク質、Ｌ２キャプシドタンパク質、Ｅ６／Ｅ７抗原である。ウイルス抗原のさらなる例については、『Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ』、第２版、Ｆｉｅｌｄｓ，Ｂ．Ｎ．とＫｎｉｐｅ，Ｄ．Ｍ．編、Ｒａｖｅｎ  Ｐｒｅｓｓ社、ニューヨークを参照されたい。
【０２４０】
真菌の具体例に含まれるのは、アクレモニウム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ）属の種、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）属の種、バシディオボルス（Ｂａｓｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）属の種、ビポラリス（Ｂｉｐｏｌａｒｉｓ）属の種、ブラストミセス・デルマチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）属の種、クラドフィアロフォラ・カリオニイ（Ｃｌａｄｏｐｈｉａｌｏｐｈｏｒａ  ｃａｒｒｉｏｎｉｉ）、コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｉｍｍｉｔｉｓ）、コンディオボルス（Ｃｏｎｉｄｉｏｂｏｌｕｓ）属の種、クリプトコッカス（Ｃｒｙｐｔｏｃｃｕｓ）属の種、クルブラリア（Ｃｕｒｖｕｌａｒｉａ）属の種、エピデルモフィトン（Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ）属の種、エクソフィアラ・ジャンセルメイ（Ｅｘｏｐｈｉａｌａ  ｊｅａｎｓｅｌｍｅｉ）、エクセロヒルム（Ｅｘｓｅｒｏｈｉｌｕｍ）属の種、フォンセケア・コンパクタ（Ｆｏｎｓｅｃａｅａ  ｃｏｍｐａｃｔａ）、フォンセケア・ペドロソイ（Ｆｏｎｓｅｃａｅａ  ｐｅｄｒｏｓｏｉ）、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）、フザリウム・ソラニ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓｏｌａｎｉ）、ゲオトリクム・カンジドゥム（Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｃａｎｄｉｄｕｍ）、ヒストプラズマ・カプスラツム変種カプスラツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ  ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ  ｖａｒ．ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、ヒストプラズマ・カプスラツム変種ドゥボイシイ（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ  ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ  ｖａｒ．ｄｕｂｏｉｓｉｉ）、ホルテア・ウェルネッキー（Ｈｏｒｔａｅａ  ｗｅｒｎｅｃｋｉｉ）、ラカジア・ロボイ（Ｌａｃａｚｉａ  ｌｏｂｏｉ）、ラシオジプロディア・テオブロメ（Ｌａｓｉｏｄｉｐｌｏｄｉａ  ｔｈｅｏｂｒｏｍａｅ）、レプトスフェリア・セネガレンシス（Ｌｅｐｔｏｓｐｈａｅｒｉａ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、マドゥレラ・グリセア（Ｍａｄｕｒｅｌｌａ  ｇｒｉｓｅａ）、マドゥレラ・ミセトマチス（Ｍａｄｕｒｅｌｌａ  ｍｙｃｅｔｏｍａｔｉｓ）、マラセジア・フルフル（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ  ｆｕｒｆｕｒ）、ミクロスポルム（Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ）属の種、ネオテスツジナ・ロサティー（Ｎｅｏｔｅｓｔｕｄｉｎａ  ｒｏｓａｔｉｉ）、オニココラ・カナデンシス（Ｏｎｙｃｈｏｃｏｌａ  ｃａｎａｄｅｎｓｉｓ）、パラコクシジオイデス・ブラジリエンシス（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、フィアロフォラ・ベルコサ（Ｐｈｉａｌｏｐｈｏｒａ  ｖｅｒｒｕｃｏｓａ）、ピエドライア・ホルテ（Ｐｉｅｄｒａｉａ  ｈｏｒｔａｅ）、ピエドラ・イアホルテ（Ｐｉｅｄｒａ  ｉａｈｏｒｔａｅ）、ピチリアシス・ベルシコロール（Ｐｉｔｙｒｉａｓｉｓ  ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、シュードアレシリア・ボイジイ（Ｐｓｅｕｄａｌｌｅｓｈｅｒｉａ  ｂｏｙｄｉｉ）、ピレノケタ・ロメロイ（Ｐｙｒｅｎｏｃｈａｅｔａ  ｒｏｍｅｒｏｉ）、リゾプス・アルヒズス（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ａｒｒｈｉｚｕｓ）、スコプラリオプシス・ブレビカウリス（Ｓｃｏｐｕｌａｒｉｏｐｓｉｓ  ｂｒｅｖｉｃａｕｌｉｓ）、シタリジウム・ジミジアツム（Ｓｃｙｔａ���ｉｄｉｕｍ  ｄｉｍｉｄｉａｔｕｍ）、スポロトリックス・シェンキー（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ  ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）、トリコフィトン（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ）属の種、トリコスポロン（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ）属の種、接合菌綱の真菌、アブシジア・コリンビフェラ（Ａｂｓｉｄｉａ  ｃｏｒｙｍｂｉｆｅｒａ）、リゾムコル・プシルス（Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ  ｐｕｓｉｌｌｕｓ）、リゾプス・アルヒズス（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ａｒｒｈｉｚｕｓ）である。したがって本発明の組成物と方法で使用できる真菌抗原の非限定的な具体例に含まれるのは、カンジダ属の真菌抗原成分；ヒストプラズマ属の真菌抗原（熱ショックタンパク質６０（ＨＳＰ６０）、ヒストプラズマ属の真菌の他の抗原成分など）；クリプトコッカス属の真菌抗原（莢膜多糖、クリプトコックス属の真菌の他の抗原成分など）；コクシジオイデス属の真菌抗原（球状体抗原、コクシジオイデス属の真菌の他の抗原成分など）；白癬真菌抗原（トリコフィチンなど）、コクシジオイデス属の真菌の他の抗原成分である。
【０２４１】
細菌の具体例には、さまざまな疾患の原因となる細菌が含まれ、疾患の非限定的な例に含まれるのは、ジフテリア（例えばジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ））、百日咳（例えば百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、ＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｍ３５２７４）、破傷風（例えば破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ）、ＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｍ６４３５３）、結核（例えば結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ））、細菌性肺炎（例えばインフルエンザ菌（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ））、コレラ（例えばコレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ））、炭疽症（例えば炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ））、腸チフス、ペスト、細菌性赤痢（例えば志賀赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ））、ボツリヌス中毒（例えばボツリヌス菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ））、サルモネラ症（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｌ０３８３３）、消化性潰瘍（例えばヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ））、レジオネラ症、ライム病（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｕ５９４８７）である。他の病原性細菌に含まれるのは、大腸菌、ウェルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、化膿連鎖球菌である。したがって本発明の組成物と方法で使用できる細菌抗原の非限定的な例に含まれるのは、百日咳菌細菌抗原（百日咳毒素、糸状赤血球凝集素、パータクチン、ＦＭ２、ＦＩＭ３、アデニル酸シクラーゼ、百日咳菌の他の抗原成分など）；ジフテリア菌細菌抗原（ジフテリア毒素またはジフテリアトキソイド、ジフテリア菌の他の抗原成分など）；破傷風菌細菌抗原（破傷風毒素または破傷風トキソイド、破傷風菌の他の抗原成分など）；連鎖球菌細菌抗原（Ｍタンパク質、連鎖球菌の他の抗原成分など）；グラム陰性菌細菌抗原（リポ多糖、グラム陰性菌の他の抗原成分など）；結核菌細菌抗原（ミコール酸、熱ショックタンパク質６５（ＨＳＰ６５）、３０ｋＤａ主要分泌タンパク質、抗原８５Ａ、結核菌の他の抗原成分）；ヘリコバクター・ピロリ細菌抗原成分、肺炎球菌細菌抗原（ニューモリシン、肺炎球菌莢膜多糖、肺炎球菌の他の抗原成分など）；インフルエンザ菌抗原（莢膜多糖、インフルエンザ菌の他の抗原成分など）；炭疽菌抗原（炭疽症防御抗原、炭疽菌の他の抗原成分など）；リケッチア菌抗原（ｒｏｍｐＡ、リケッチア菌の他の抗原成分）である。本明細書に記載の細菌抗原には、他の任意の細菌抗原、マイコバクテリア抗原、マイコプラズマ抗原、リケッチア抗原、クラミジア抗原も含まれる。
【０２４２】
原生動物の具体例には、さまざまな疾患の原因となる原生動物が含まれ、疾患の非限定的な例に含まれるのは、マラリア（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｘ５３８３２）、鉤虫、オンコセルカ症（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｍ２７８０７）、住血吸虫症（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＬＯＳ  １９８）、トキソプラズマ症、トリパノソーマ症、リーシュマニア症、ジアルジア症（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｍ３３６４１）、アメーバ症、フィラリア症（例えばＧｅｎＢａｎｋ登録番号Ｊ０３２６６）、ボレリア症、旋毛虫症である。したがって本発明の組成物と方法で使用できる原生動物抗原の非限定的な例に含まれるのは、熱帯熱マラリア原虫抗原（メロゾイト表面抗原、スポロゾイト表面抗原、スポロゾイト周囲抗原、生殖母体／配偶子表面抗原、血液ステージ抗原ｐｆ１５５／ＲＥＳＡ、他のマラリア原虫抗原成分など）；トキソプラズマ抗原（ＳＡＧ−１、ｐ３０、他のトキソプラズマ抗原成分など）；住血吸虫抗原（グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ、パラミオシン、他の住血吸虫抗原成分など）；リーシュマニア主要抗原と他のリーシュマニア抗原（ｇｐ６３、リポホスホグリカンとその関連タンパク質、他のリーシュマニア抗原成分など）；クルーズトリパノソーマ抗原（７５〜７７ｋＤａ抗原、５６ｋＤａ抗原、他のトリパノソーマ抗原成分など）である。
【０２４３】
本発明では、抗原として毒素成分も考慮する。毒素の非限定的な具体例に含まれるのは、ブドウ球菌エンテロトキシン、毒素性ショック症候群毒素、レトロウイルス抗原（例えばＨＩＶに由来する抗原）、連鎖球菌抗原、ブドウ球菌エンテロトキシンＡ（ＳＥＡ）、ブドウ球菌エンテロトキシンＢ（ＳＥＢ）、ブドウ球菌エンテロトキシン1-3（ＳＥ1-3）、ブドウ球菌エンテロトキシンＤ（ＳＥＤ）、ブドウ球菌エンテロトキシンＥ（ＳＥＥ）のほか、マイコプラズマに由来する毒素、マイコバクテリウムに由来する毒素、ヘルペスウイルスに由来する毒素である。
【０２４４】
標的抗原の少なくとも一部に対応する抗原は、天然の供給源から単離すること、または本分野で知られている組み換え技術によって調製することができる。例えばペプチド抗原は、免疫応答が変化することが望まれる細胞集団または組織から得られた抗原提示細胞のＭＨＣとそれ以外の提示分子から溶出させることができる。溶出したペプチドは、本分野で知られている標準的なタンパク質精製技術を利用して精製することができる（Ｒａｗｓｏｎ他、２０００年、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  第６０巻（１６）、４４９３〜４４９８ページ）。望むのであれば、精製ペプチドの配列を明らかにした後、例えば下記の標準的なタンパク質合成技術を利用してそのペプチドの合成バージョンを作製することができる。あるいは粗抗原調製物は、免疫応答が変化することが望まれる細胞集団または組織のサンプルを単離した後、そのサンプルを溶解させることによって、またはそのサンプルを、アポトーシス細胞の形成に至る条件にする（例えば紫外線またはγ線を照射する、ウイルスを感染させる、サイトカイン、細胞培養培地の中で細胞から栄養素を奪う、過酸化水素とともにインキュベートする、デキサメタゾン、セラミド化学療法剤、抗ホルモン剤（リュープロン（Ｌｕｐｒｏｎ）やタモキシフェンなど）などの薬剤とともにインキュベートする）ことによって作製できる。その後、そのライセートまたはアポトーシス細胞を粗抗原の供給源として使用し、可溶性形態で用いること、または抗原提示細胞と接触させることができる。これについてはあとでより詳しく説明する。
【０２４５】
代表的な実施態様では、本発明のポリペプチド複合体またはキメラポリペプチド、またはキメラポリペプチドを発現させることのできる核酸コンストラクト（「免疫調節剤」）は、がんの処置に使用される。これら実施態様のいくつかでは、免疫調節剤は、腫瘍細胞の増殖、生存、生存率を抑制する少なくとも１つのがん療法と同時に適用することができる。免疫調節剤は、そのがん療法の後に治療のため用いることや、その療法を適用する前に、またはその療法と同時に用いることができる。したがって本発明では、本発明の免疫調節剤を用いると同時にがん療法を適用する併用療法を考慮する。がん療法の非限定的な例に含まれるのは、放射線療法、外科手術、化学療法、ホルモン除去療法、アポトーシス促進療法、免疫療法である。
【０２４６】
６．２  放射線療法
放射線療法には、ＤＮＡの損傷を誘導する波動（例えばγ線、Ｘ線、ＵＶ光、マイクロ波、電子線、放射性同位体など）の照射が含まれる。治療は、局在化した腫瘍部位に上記の形態の放射線を照射することによって実現することができる。これらの因子のすべてが、ＤＮＡの前駆体、ＤＮＡの複製と修復、染色体の組織化と維持に影響を与え、ＤＮＡに広範なダメージを与えている可能性が大きい。
【０２４７】
Ｘ線の線量の範囲は、長期間（３〜４週間）にわたる場合の５０〜２００レントゲンという１日量から、１回だけの線量である２０００〜６０００レントゲンまでの範囲である。放射性同位体の線量の範囲は広く、同位体の半減期と、放出される放射線の強度および種類と、腫瘍細胞による取り込みに依存する。
【０２４８】
放射線療法の非限定的な例に含まれるのは、原体外照射療法（５０〜１００グレイを分割して４〜８週間かけて与える）、高線量を１回で、または分割して与える小線源療法、永久組織内小線源療法、全身への放射性同位体（例えばストロンチウム８９）照射である。いくつかの実施態様では、放射線療法は、放射線増感剤と組み合わせて適用することができる。放射線増感剤の非限定的な具体例に含まれるのは、エファプロキシラル、エタニダゾール、フルオゾール、ミソニダゾール、ニモラゾール、テモポルフィン、チラパザミンである。
【０２４９】
６．３  化学療法
化学療法剤は、以下のカテゴリーのうちの任意の１つ以上から選択することができる：
（ｉ）腫瘍学で用いられている抗増殖薬／抗腫瘍薬とその組み合わせ（例えばアルキル化剤（例えばシスプラチン、カルボプラチン、シクロホスファミド、ナイトロジェンマスタード、メルファラン、クロラムブシル、ブスルファン、ニトロソウレア）；代謝拮抗剤（例えば抗葉酸剤であるフルオロピリジン（５−フルオロウラシル、テガフールなど）、ラルチトレキセド、メトトレキサート、シトシンアラビノシド、ヒドロキシウレアなど）；抗腫瘍抗生物質（例えばアントラサイクリンであるアドリアマイシン、ブレオマイシン、ドキソルビシン、ダウノマイシン、エピルビシン、イダルビシン、マイトマイシン−Ｃ、ダクチノマイシン、ミトラマイシンなど）；抗有糸分裂剤（例えばビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビンデシン、ビノレルビンなど）、タキソイド（パクリタキセル、ドセタキセルなど））；トポイソメラーゼ阻害剤（例えばエピポドフィロトキシン（エトポシド、テニポシドなど）、アムサクリン、トポテカン、カンプトテシン））；
（ｉｉ）細胞増殖抑制剤（例えば抗エストロゲン剤（例えばタモキシフェン、トレミフェン、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、イドキシフェン）、エストロゲン受容体下方調節剤（例えばフルベストラント）、抗アンドロゲン剤（例えばビカルタミド、フルタミド、ニルタミド、酢酸シプロテロン）、ＵＨアンタゴニストまたはＬＨＲＨアゴニスト（例えばゴセレリン、リュープロレリン、ブセレリン）、プロゲストーゲン（例えば酢酸メゲストロール）、アロマターゼ阻害剤（例えばアナストロゾール、レトロゾール、ボロゾール、エキセメスタン）、５α−レダクターゼの阻害剤（例えばフィナステリド））；
（ｉｉｉ）がん細胞の浸潤を抑制する薬剤（例えばメタロプロテイナーゼ阻害剤（マリマスタットなど）、ウロキナーゼプラスミノーゲンアクチベータ受容体機能の阻害剤）；
（ｉｖ）増殖因子機能の阻害剤（例えばそのような阻害剤に含まれるのは、増殖因子抗体、増殖因子受容体抗体（例えば抗ｅｒｂｂ２抗体であるトラスツズマブ［ハーセプチン（商標）］と抗ｅｒｂｂ１抗体であるセツキシマブ［Ｃ２２５］）、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、ＭＥＫ阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、セリン／トレオニンキナーゼ阻害剤であり、例えば上皮増殖因子ファミリーの他の阻害剤（例えば他のＥＧＦＲファミリーチロシンキナーゼ阻害剤であるＮ−（３−クロロ−４−フルオロフェニル）−７−メトキシ−６−（３−モルホリノプロポキシ）キナゾリン−４−アミン（ゲフィチニブ、ＡＺＤ１８３９）、Ｎ−（３−エチニルフェニル）−６，７−ビス（２−メトキシエトキシ）キナゾリン−４−アミン（エルロチニブ、ＯＳＩ−７７４）、６−アクリルアミド−Ｎ−（３−クロロ−４−フルオロフェニル）−７−（３−モルホリノプロポキシ）キナゾリン−４−アミン（ＣＩ  １０３３））、例えば血小板由来増殖因子ファミリーの阻害剤、例えば肝細胞増殖因子ファミリーの阻害剤がある）；
（ｖ）抗血管新生剤（血管内皮増殖因子の効果を抑制する抗血管新生剤（例えば抗血管内皮細胞増殖因子抗体であるベバシズマブ［アバスチン（商標）］）や、国際特許出願公開ＷＯ９７／２２５９６、ＷＯ９７／３００３５、ＷＯ９７／３２８５６、ＷＯ９８／１３３５４に開示されている化合物）、他の機構で作用する化合物（例えばリノミド、インテグリンαｖβ３機能の阻害剤、アンジオスタチン）など）；
（ｖｉ）血管損傷剤（コンブレタスタチンＡ４や、国際特許出願公開ＷＯ９９／０２１６６、ＷＯ００／４０５２９、ＷＯ００／４１６６９、ＷＯ０１／９２２２４、ＷＯ０２／０４４３４、ＷＯ０２／０８２１３に開示されている化合物など）；
（ｖｉｉ）アンチセンス治療剤（例えば上記の標的に向かうもの（ＩＳＩＳ  ２５０３、抗ｒａｓアンチセンスなど））；
（ｖｉｉｉ）遺伝子治療のアプローチ（例えば異常な遺伝子（例えば異常なｐ５３や異常なＧＤＥＰＴ）置換するアプローチ（遺伝子指向酵素プロドラッグ療法）、シトシンデアミナーゼ、チミジンキナーゼ、細菌ニトロレダクターゼ酵素のいずれかを用いるアプローチ、化学療法または放射線療法に対する患者の耐性を高めるアプローチ（多剤耐性遺伝子治療など）が含まれる）。
【０２５０】
６．４  免疫療法
免疫療法のアプローチに含まれるのは、例えば患者の腫瘍細胞の免疫原性を大きくするための生体外アプローチと生体内アプローチ（例えばサイトカイン（インターロイキン２、インターロイキン４、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子など）のトランスフェクション）、Ｔ細胞のアネルギーを低下させるアプローチ、トランスフェクトされた免疫細胞（サイトカインをトランスフェクトされた樹状細胞など）を用いるアプローチ、サイトカインをトランスフェクトされた腫瘍細胞系を用いるアプローチ、抗イディオタイプ抗体を用いるアプローチである。これらのアプローチは一般に、がん細胞を標的として破壊するのに免疫エフェクタ細胞と免疫エフェクタ分子の使用に依存している。免疫エフェクタとして、例えば抗原結合分子（腫瘍細胞の表面にあるマーカーに対して特異的な抗体など）が可能である。抗原結合分子は、単独で治療のエフェクタとして機能すること、または他の細胞をリクルートして細胞の殺害を実際に促進することができる。抗原結合分子は、薬物または毒素（化学療法剤、放射性核種、リシンＡ鎖、コレラ毒素、百日咳毒素など）との複合体になり、単にターゲティング剤として機能することもできる。あるいは免疫エフェクタとして、悪性細胞標的と直接的または間接的に相互作用する表面分子を担持したリンパ球が可能である。多彩な免疫エフェクタ細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞とＮＫ細胞が含まれる。
【０２５１】
これら実施態様のいくつかでは、抗原結合分子が標的とする細胞表面抗原は腫瘍関連抗原であることが適切であり、その具体例に含まれるのは、Ｈｅｒ２／ｎｅｕ、ＥＧＦＲ、Ｅｐｃａｍ、ＶＥＧＦＲ、ＦＧＦＲ、ＭＵＣ−Ｉ、ＣＡ  １２５、ＣＥＡ、ＭＡＧＥ、ＣＤ２０、ＣＤ１９、ＣＤ４０、ＣＤ３３、Ａ３、Ａ３３抗体に対して特異的な抗原、ＢｒＥ３抗原、ＣＤ１、ＣＤ１ａ、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ４５、ＣＤ４６、ＣＤ５２、ＣＤ５４、ＣＤ７４、ＣＤ７９ａ、ＣＤ１２６、ＣＤ１３８、ＣＤ１５４、Ｂ７、Ｉａ、Ｉｉ、ＨＭｌ．２４、ＨＬＡ−ＤＲ（例えばＨＬＡ−ＤＲ１０）、ＮＣＡ９５、ＮＣＡ９０、ＨＣＧとサブユニット、ＣＥＡ（ＣＥＡＣＡＭ５）、ＣＥＡＣＡＭ−６、ＣＳＡｐ、ＥＧＰ−Ｉ、ＥＧＰ−２、Ｂａ  ７３３、ＫＣ４抗原、ＫＳ−Ｉ抗原、ＫＳ１−４、Ｌｅ−Ｙ、ＭＵＣ２、ＭＵＣ３、ＭＵＣ４、ＰｌＧＦ、ＥＤ−Ｂフィブロネクチン、ＮＣＡ  ６６ａ−ｄ、ＰＡＭ−４抗原、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＲＳ５、ＳｌＯＯ、ＴＡＧ−７２、ＴｌＯｌ、ＴＡＧ  ＴＲＡＩＬ−Ｒｌ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ｐ５３、テネイシン、インスリン増殖因子−１（ＩＧＦ−Ｉ）、Ｔｎ抗原などである。
【０２５２】
６．５  他の療法
他のがん療法の例に含まれるのは、光線療法、寒冷療法、毒素療法、アポトーシス促進療法である。このリストががんとそれ以外の過形成病変に適用できる処置法の種類を網羅してはいないことを当業者は知っていると考えられる。
【０２５３】
化学療法と放射線療法が、急速に分裂する細胞を標的とすること、および／または細胞周期または細胞分裂を乱すことは周知である。これらの処置は、いくつかの形態のがんの処置法の一部として、がんの進行を遅らせること、または治療的処置手段によって疾患の症状を逆転させることを目的として提供されている。しかしこれらのがん処置法によって免疫無防備状態につながり、その結果として病原体に感染する可能性があるため、本発明の範囲は、ポリペプチド複合体と、がん治療薬と、がん療法から生じる免疫無防備状態から発生する感染症、またはがん療法から生じる免疫無防備状態から発症のリスクが増大する感染症に対して有効な抗感染薬の３種類を用いる併用療法にも広がっている。抗感染薬は抗微生物薬から選択されることが適切であり、抗微生物薬の非限定的な例に含まれるのは、微生物（例えばウイルス、細菌、酵母、真菌、原生動物など）を殺すか、微生物の増殖を抑制する化合物、すなわち抗生物質、殺アメーバ薬、抗真菌薬、抗原虫薬、抗マラリア薬、抗結核薬、抗ウイルス薬である。抗感染薬の範囲には、駆虫薬と殺線虫薬も含まれる。抗生物質の具体例に含まれるのは、キノロン類（例えばアミフロキサシン、シノキサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、フレロキサシン、フルメキン、ロメフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、オキソリン酸、ペフロキサシン、ロソキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、スパルフロキサシン、クリナフロキサシン、ガチフロキサシン、モキシフロキサシン；ゲミフロキサシン；ガレノキサシン）、テトラサイクリン、グリシルサイクリン、オキサゾリジノン（例えばクロルテトラサイクリン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、リメサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、チゲサイクリン；リネゾリド、エペロゾリド）、糖ペプチド、アミノグリコシド（例えばアミカシン、アルベカシン、ブチロシン、ジベカシン、フォルチマイシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、メオマイシン、ネチルマイシン、リボスタマイシン、シソマイシン、スペクチノマイシン、ストレプトマイシン、トブラマイシン）、β−ラクタム類（例えばイミペネム、メロペネム、ビアペネム、セファクロル、セファドロキシル、セファマンドール、セファトリジン、セファゼドン、セファゾリン、セフィキシム、セフメノキシム、セフォジジム、セフォニシド、セフォペラゾン、セフォラニド、セフォタキシム、セフォチアム、セフピミゾール、セフピラミド、セフポドキシム、セフスロジン、セフタジジム、セフテラム、セフテゾール、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフロキシム、セフゾナム、セファアセトリル、セファレキシン、セファログリシン、セファロリジン、セファロシン、セファピリン、セフラジン、セフィネタゾール、セフォキシチン、セフォテタン、アズトレオナム、カルモナム、フロモキセフ、モキサラクタム、アミジノシリン、アモキシシリン、アンピシリン、アゾシリン、カルベニシリン、ベンジルペニシリン、カルフェシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、メチシリン、メ���ロシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンＧ、ピペラシリン、スルベニシリン、テモシリン、チカルシリン、セフジトレン、ＳＣ００４、ＫＹ−０２０、セフジニル、セフチブテン、ＦＫ−３１２、Ｓ−１０９０、ＣＰ−０４６７、ＢＫ−２１８、ＦＫ−０３７、ＤＱ−２５５６、ＦＫ−５１８、セフォゾプラン、ＭＥ１２２８、ＫＰ−７３６、ＣＰ−６２３２、Ｒｏ  ０９−１２２７、ＯＰＣ−２００００、ＬＹ２０６７６３）、リファマイシン、マクロライド系（例えばアジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、オレアンドマイシン、ロキタマイシン、ロサラミシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン）、ケトライド系（例えばテリスロマイシン、セトロマイシン）、クメルマイシン、リンコサミド類（例えばクリンダマイシン、リンコマイシン）、クロラムフェニコールである。
【０２５４】
抗ウイルス薬の具体例に含まれるのは、硫酸アバカビル、アシクロビルナトリウム、塩酸アマンタジン、アンプレナビル、シドフォビル、メシル酸デラビルジン、ジダノシン、エファビレンツ、ファムシクロビル、ホミビルセンナトリウム、ホスカルネットナトリウム、ガンシクロビル、硫酸インジナビル、ラミブジン、ラミブジン／ジドブジン、メシル酸ネルフィナビル、ネビラピン、リン酸オセルタミビル、リバビリン、塩酸リマンタジン、リトナビル、サキナビル、メシル酸サキナビル、スタブジン、塩酸バラシクロビル、ザルシタビン、ザナミビル、ジドブジンである。
【０２５５】
殺アメーバ薬または抗原虫薬の非限定的な例に含まれるのは、アトバコン、クロロキン塩酸塩、クロロキンリン酸塩、メトロニダゾール、メトロニダゾール塩酸塩、イセチオン酸ペンタミジンである。駆虫薬は、メベンダゾール、パモ酸ピランテル、アルベンダゾール、イベルメクチン、チアベンダゾールから選択した少なくとも１つのものが可能である。抗真菌剤の具体例の選択は、アムホテリシンＢ、アムホテリシンＢ硫酸コレステリル複合体、アムホテリシンＢ脂質複合体、アムホテリシンＢリポソーム、フルコナゾール、フルシトシン、マイクロサイズのグリセオフルビン、超マイクロサイズのグリセオフルビン、イトラコナゾール、ケトコナゾール、ナイスタチン、テルビナフィン塩酸塩からなすことができる。抗マラリア薬の非限定的な例に含まれるのは、クロロキン塩酸塩、リン酸クロロキン、ドキシサイクリン、硫酸ヒドロキシクロロキン、メフロキン塩酸塩、リン酸プリマキン、ピリメタミン、スルファドキシンを含むピリメタミンである。抗結核薬の非限定的な例に含まれるのは、クロファジミン、シクロセリン、ダプソン、エタンブトール塩酸塩、イソニアジド、ピラジナミド、リファブチン、リファンピン、リファペンチン、硫酸ストレプトマイシンである。
【０２５６】
Ｔｈ１関連疾患が病原体感染症である別の実施態様では、本発明のポリペプチド複合体は、例えば上記のように抗感染薬と同時に投与される。
【０２５７】
上記のように、本発明は、本発明の免疫調節剤を追加の薬剤または補助的な薬剤とともに投与することを包含する。免疫調節剤を１種類以上の他の薬剤と一緒に投与することを含む実施態様では、その組み合わせの中の活性成分の用量はそれだけで有効量を含んでおり、追加の薬剤は、患者に対する治療効果または予防効果をさらに増大させることが可能であることが理解されよう。あるいは免疫調節剤と追加の薬剤を合計したとき、Ｔｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害の予防または治療に有効な量を含むことができる。有効量は、具体的な処置計画（例えば投与のタイミングと回数、投与法、剤形などが含まれる）の文脈で明確にできることも理解されよう。いくつかの実施態様では、免疫調節剤と、場合によって用いられるがん治療薬は、決められたスケジュールで投与される。あるいはがん治療薬は、症状が生じたときに投与することができる。本明細書では、「決められたスケジュール」は、指定された所定の期間を意味する。決められたスケジュールは、そのスケジュールがあらかじめ決められているのであれば、長さが同じ期間または長さが異なる期間を含むことができる。例えば決められたスケジュールは、ポリペプチド複合体の投与を、毎日、２日ごと、３日ごと、４日ごと、５日ごと、６日ごと、毎週、毎月、設定したこれらの間の任意の日数または週数、２ヶ月ごと、３ヶ月ごと、４ヶ月ごと、５ヶ月ごと、６ヶ月ごと、７ヶ月ごと、８ヶ月ごと、９ヶ月ごと、１０ヶ月ごと、１１ヶ月ごと、１２ヶ月ごとなどに実施することを含むことができる。あるいは決められたスケジュールは、ポリペプチド複合体とがん治療薬の同時投与を最初の週は毎日実施し、その後の数ヶ月間は毎月、そしてその後は３ヶ月ごとに実施することを含むことができる。決められたスケジュールが事前に決められていて、所定の日に投与することが適切なスケジュールに含まれているのであれば、具体的な任意の組み合わせが、決められたスケジュールによってカバーされると考えられる。
【０２５８】
６．６  用量と投与経路
組成物は、「有効量」、すなわち想定した目的を対象で達成するのに有効な量を投与される。患者に投与される活性化合物の用量は、Ｔｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害に関連する少なくとも１つの症状の軽減といった有益な反応を時間経過とともに対象で実現するのに十分でなければならない。投与される薬学的に活性な化合物の量または投与頻度は、処置する対象の年齢、性別、体重、一般的な健康状態によって異なる可能性がある。この点に関し、投与する活性化合物の正確な量は、処置者の判断にかかることになろう。当業者は、望む治療結果を得るため本発明の医薬組成物の中に含めることになる本明細書に記載した免疫調節剤が毒性を持たない有効な量を、定型的な実験によって決定することができると考えられる。
【０２５９】
一般に、本発明の医薬組成物は、投与経路とレシピエントの身体的特徴（健康状態を含む）に合ったやり方で、しかもその医薬組成物が望む効果（すなわち治療に有効、および／または免疫原性、および／または保護的）を誘起するように投与することができる。例えば本発明の医薬組成物の適切な用量はさまざまな因子に依存する可能性があり、因子の非限定的な例に含まれるのは、対象の身体的特徴（例えば年齢、体重、性別）、化合物が単剤として使用されているかアジュバント剤として使用されているか、患者のＭＨＣ拘束性のタイプ、ウイルス感染の進行状況（すなわち病状）、当業者によって認識される可能性のある他の因子である。本発明の医薬組成物の適切な用量を決定する際に考慮される可能性のあるさまざまな一般的考慮事項が記載されているのは、例えばＧｅｎｎａｒｏ（２０００年）『Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ』、第２０版、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ社と、Ｇｉｌｍａｎ他（編）、（１９９０年）、『Ｇｏｏｄｍａｎ  Ａｎｄ  Ｇｉｌｍａｎ’ｓ：Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｅｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ』、Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ社である。
【０２６０】
いくつかの実施態様では、本発明の免疫調節剤の「有効量」は、望む予防効果または治療効果を実現して例えばＴｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害に関連する症状を軽減するのに十分な量である。これらの実施態様では、有効量は、個体におけるＴｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害に関連する症状を、免疫調節剤で処置されていない個体での症状と比べて、少なくとも約１０％、または少なくとも約２０％、または少なくとも約３０％、または少なくとも約４０％、または少なくとも約５０％、または少なくとも約６０％、または少なくとも約７０％、または少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％、またはそれ以上軽減する。さまざまなＴｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害の症状と、そのような症状を測定するための方法は、本分野で知られている。例えば腫瘍量、腫瘍のグレード、個体の体内の病原性生物の数などを測定する方法は、本分野で標準化されている。
【０２６１】
いくつかの実施態様では、本発明の免疫調節剤の「有効量」は、選択された投与経路で免疫応答（Ｔｈ１免疫応答を含む）を誘発するのに有効な量である。免疫応答（Ｔｈ１免疫応答を含む）を測定する方法は、当業者に知られている。方法の例に含まれるのは、固相不均一アッセイ（例えば酵素結合免疫吸着アッセイ）、液相アッセイ（例えば電気化学発光アッセイ）、増幅ルミネセンス近接均一アッセイ、フローサイトメトリー、細胞内サイトカイン染色、機能的Ｔ細胞アッセイ、機能的Ｂ細胞アッセイ、機能的単球−マクロファージアッセイ、樹状細胞と網状内皮細胞アッセイ、ＮＫ細胞応答の測定、免疫細胞によるＩＦＮ−γ産生、組織内または体液中のウイルスＲＮＡ／ＤＮＡの定量（例えば血清その他の体液、または組織／臓器の中のウイルスのＲＮＡまたはＤＮＡの定量）、酸化的バーストアッセイ、細胞傷害特異的細胞溶解アッセイ、五量体結合アッセイ、食作用とアポトーシスの評価である。
【０２６２】
本発明の医薬組成物は、標準的な経路でレシピエントに投与することができる。経路の非限定的な例には、非経口（例えば静脈内）が含まれる。
【０２６３】
本発明の医薬組成物は、単独で、または追加の治療薬と組み合わせてレシピエントに投与することができる。医薬組成物が治療薬と同時に投与される実施態様では、投与は、同時に実施しても順番に（すなわち医薬組成物を投与した後に薬剤を投与すること、またはその逆を）実施してもよい。
【０２６４】
典型的には、処置の用途では、処置は、疾患の状態または現状の継続期間中に行なうことができる。さらに、個々の投与の最適な量と間隔は、処置する疾患の状態または現状の性質と程度、投与する形態、経路、部位、処置を受けている特定の個人の性質によって決定されることが当業者には明らかであろう。最適な条件は、従来からの技術を用いて決定することができる。
【０２６５】
多くの場合（例えば予防的適用）には、本発明の医薬組成物を数回または複数回投与することが望ましい可能性がある。例えば医薬組成物は、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれ以上の回数投与することができる。投与は、約１週間〜約１２週間の間隔で行なうことができ、いくつかの実施態様では、約１週間〜約４週間の間隔で行なうことができる。本発明の医薬組成物が標的とする特定の病原体または他の疾患関連成分に反復して曝露される場合には、定期的に再投与することが望ましい可能性がある。
【０２６６】
最適な投与経路は、従来の処置経過決定試験を用いて確かめることができることも当業者には明らかであろう。
【０２６７】
２つ以上の薬剤が「組み合わせて」または「同時に」対象に投与される場合には、それらの薬剤を単一の組成物にして同時に投与すること、または別々の組成物にして時間的に離して投与することができる。
【０２６８】
本発明のいくつかの実施態様は、医薬組成物を複数に分割した用量で投与することを含んでいる。したがってＴｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害の予防と治療のための本明細書の方法は、例えば決められた期間にわたって医薬組成物を複数に分割した用量で対象に投与することを含んでいる。したがって本明細書に開示した感染症の予防と治療のための方法は、初回用量の本発明の医薬組成物を投与することを含んでいる。初回用量の後に追加用量を続けることができる。追加用量は、再度ワクチン接種を行なうことを目的とすることができる。さまざまな実施態様では、医薬組成物またはワクチンは、少なくとも１回、２回、３回、またはそれ以上の回数投与される。
【０２６９】
７．処置法
本発明の免疫調節剤は、Ｔｈ１免疫応答の低下または不全に関連する疾患を処置するのに有用である。例えばＴｈ１関連疾患として、ウイルス、細菌、真菌、寄生虫いずれかの感染症が可能である。ウイルスの非限定的な例に含まれるのは、レトロウイルス科ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ−１（ＨＴＬＶ−ＩＩＩ，ＬＡＶ、またはＨＴＬＶ−ＩＩＩ／ＬＡＶ、またはＨＩＶ−ＩＩＩとも呼ばれる）など）と、他の分離株（ＨＩＶ−ＬＰなど）；ピコルナウイルス科（例えばポリオウイルス、Ａ型肝炎ウイルス；エンテロウイルス、ヒトコクサッキーウイルス、ライノウイルス、エコーウイルス）；カルシウイルス科（例えば胃腸炎を引き起こす株であり、ノロウイルスとそれに関連するウイルスが含まれる）；トガウイルス科（例えばウマ脳炎ウイルス、風疹ウイルス）；フラビウイルス科（例えばデング熱ウイルス、脳炎ウイルス、黄熱病ウイルス）；コロノウイルス科（例えばコロナウイルス）；ラブドウイルス科（例えば水疱性口内炎ウイルス、狂犬病ウイルス）。フィロウイルス科（例えばエボラウイルス）；パラミクソウイルス科（例えばパラインフルエンザウイルス、おたふく風邪ウイルス、麻疹ウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、メタニューモウイルス）；オルソミクソウイルス科（例えばインフルエンザウイルス）；ブンガウイルス科（例えばハンタウイルス、ブンガウイルス、フレボウイルス、ナイロウイルス）；アレナウイルス科（出血熱ウイルス）；レオウイルス科（例えばレオウイルス、オービウイルス、ロタウイルス）；ビマウイルス科；ヘパドナウイルス科（Ｂ型肝炎ウイルス）；パルボウイルス科（パルボウイルス）；パポバウイルス科（パピローマウイルス、ポリオーマウイルス）；アデノウイルス科（ほとんどのアデノウイルス）；ヘルペスウイルス科（単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）１と２、水痘帯状疱疹ウイルス、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、ヘルペスウイルス）；ポックスウイルス科（痘瘡ウイルス、ＶＡＣＶ、ポックスウイルス）；イリドウイルス科（例えばアフリカ豚コレラウイルス）；分類されていないウイルス（例えば海綿状脳症の病原体、デルタ型肝炎の病原体（Ｂ型肝炎ウイルスの不完全なサテライトであると考えられている）、非Ａ非Ｂ型肝炎の病原体（クラス１＝内部感染；クラス２＝非経口感染（すなわちＣ型肝炎））；アストロウイルスである。
【０２７０】
いくつかの実施態様では、病原性感染症は細菌性病原体による。対象の体内で病原性であることが知られている細菌の非限定的な例に含まれるのは、病原性であるパスツレラ属の種（例えば、パスツレラ・ムルトシダ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｍｕｌｔｏｃｉｄａ））、ブドウ球菌属の種（例えば黄色ブドウ球菌）、連鎖球菌属の種（例えば化膿連鎖球菌（Ａ群連鎖球菌）、ストレプトコッカス・アガラクティアエ（Ｂ群連鎖球菌）、連鎖球菌（ｖｉｒｉｄａｎｓ群）、ストレプトコッカス・フェカーリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｏｖｉｓ）、連鎖球菌（嫌気性の種）、肺炎連鎖球菌）、ナイセリア属の種（例えばナイセリア・ゴノレエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、髄膜炎菌）、大腸菌属の種（例えば毒素原性大腸菌（ＥＴＥＣ）、腸管病原性大腸菌（ＥＰＥＣ）、腸管出血性大腸菌（ＥＨＥＣ）、腸侵入性大腸菌（ＥＩＥＣ））、ボルデテラ属の種、カンピロバクター属の種、レジオネラ属の種（例えばレジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ））、シュードモナス属の種、シゲラ属の種、ビブリオ属の種、エルシニア属の種、サルモネラ属の種、ヘモフィルス属の種（例えばインフルエンザ菌）、ブルセラ属の種、フランシセラ属の種、バクテリオイデス属の種、クロストリジウム属の種（例えばクロストリジウム・ディフィシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、クロストリジウム・パーフリンゲンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、破傷風菌）、マイコバクテリウム属の種（例えばヒト型結核菌、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍ．ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーレ（Ｍ．ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・カンサシー（Ｍ．ｋａｎｓａｉｉ）、マイコバクテリウム・ゴルドナエ（Ｍ．ｇｏｒｄｏｎａｅ））、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉｓ）、ボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、エンテロコッカス属の種、炭疽菌、ジフテリア菌、豚丹毒菌、エンテロバクター・アエロゲネス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）、肺炎桿菌、フソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、ストレプトバシラス・モリニフォルミス（Ｓｔｒｅｐｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｉｓ）、梅毒トレポネーマ、トレポネーマ・ペルテヌエ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐｅｒｔｅｎｕｅ）、レプトスピラ、リケッチア、アクチノマイセス・イスラエリイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｓｒａｅｌｉ）である。
【０２７１】
本発明の別の実施態様では、病原性感染症は、真核生物病原体（病原性の真菌や寄生虫など）による。少なくともある程度病原性であることが知られている真菌の非限定的な例に含まれるのは、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、ヒストプラズマ・カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ  ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、コクシジオイデス・イミティス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｉｍｍｉｔｉｓ）、ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ）、カンジダ・グラブラータ（Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｌａｂｒａｔａ）、アスペルギルス・フミガータ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔａ）、アスペルギルス・フラバス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｕｓ）、スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ  ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）である。
【０２７２】
異種抗原の出所となることのできる他の真核生物病原体の非限定的な例に含まれるのは、病原性の原生動物、蠕虫、マラリア原虫（熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、四日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｍａｌａｒｉａｅ）、卵形マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｏｖａｌｅ）、三日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｖｉｖａｘ）など）；トキソプラズマ（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ）；ブルーストリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ  ｂｒｕｃｅｉ）、クルーズトリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ  ｃｒｕｚｉ）；ビルハルツ住血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ  ｈａｅｍａｔｏｂｉｕｍ）、マンソン住血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ  ｍａｎｓｏｎｉ）、日本住血吸虫（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ  ｊａｐｏｎｉｃｕｍ）；ドノバンリーシュマニア（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ  ｄｏｎｏｖａｎｉ）；ランブル鞭毛虫（Ｇｉａｒｄｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）；小形クリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｐａｒｖｕｍ）などである。
【０２７３】
Ｔｈ１免疫応答の低下または不全に関係する可能性のある他の疾患には、あらゆる悪性状態または前悪性状態や、あらゆる増殖性状態または過剰増殖性状態や、身体の任意の細胞または組織の増殖能力や増殖挙動における機能その他の乱れまたは異常から生じたり、そのような乱れまたは異常に由来したり関連していたりするあらゆる疾患も含まれる。本発明のポリペプチド複合体と組成物で処置できる可能性のあるがんの非限定的な例に含まれるのは、乳がん、大腸がん、肺がん、前立腺がん、血液とリンパ系のがん（ホジキン病、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストローム病が含まれる）、皮膚がん（悪性黒色腫が含まれる）、消化管のがん（頭頸部がん、食道がん、胃がん、膵臓がん、肝臓がん、大腸直腸がん、肛門がんが含まれる）生殖器系と泌尿器系のがん（腎臓がん、膀胱がん、精巣がん、前立腺がんが含まれる）、女性のがん（乳がん、卵巣がん、婦人科がん、絨毛癌が含まれる）のほか、脳、骨カルチノイド、鼻咽頭、後腹膜、甲状腺、軟組織の腫瘍である。
【０２７４】
８．免疫状態バイオマーカーとその利用
本発明は、一部が、ＩＥＣ相互作用細胞（樹状細胞などのＡＰＣが含まれる）の表面におけるＰＤ−Ｌ２の発現がＴｈ１関連疾患の重症度と逆相関するという測定結果と、ＰＤ−Ｌ２がＴｈ１免疫の確立に必要であるという測定結果にも基づいている。そこで本発明の発明者は、ＰＤ−Ｌ２が、対象において上方制御されたＴｈ１免疫応答および／または増強されたＴｈ１免疫応答の信頼できる１つの指標であると判断した。発明者は、Ｔｈ１免疫応答の間に調節される他のバイオマーカーも発見した。追加のこれらバイオマーカーを含めると、本明細書に教示した診断アッセイと予後アッセイの診断力と信頼性が向上する。これらの判断に基づき、ＰＤ−Ｌ２は、場合によっては他のＴｈ１免疫状態バイオマーカーと組み合わせることで、対象のＴｈ１免疫状態を示しているため、Ｔｈ１関連疾患を患っている対象におけるＴｈ１免疫状態の変化を追跡するのに役立つことを提案する。
【０２７５】
そのため本発明により、本発明のポリペプチド複合体とキメラポリペプチドのコンパニオン診断として、対象のＴｈ１免疫状態を同定するための、またはＴｈ１関連疾患を有する対象の予後を提供するための方法、装置、組成物、キットも提供される。
【０２７６】
８．１  Ｔｈ１免疫状態バイオマーカー
本発明の発明者は、Ｔｈ１免疫応答の間にヒトとマウスで特異的に発現するＩＥＣ相互作用細胞（樹状細胞などのＡＰＣが含まれる）の表面にいくつかの表面マーカーが存在することを見いだした。本明細書に提示した結果は、生物学的に重要な独自のバイオマーカープロファイルが対象のＴｈ１免疫状態を驚くべき精度で予測することの明確な証拠を提供する。要するに、これらの知見は、本明細書に開示したＩＥＣ相互作用細胞表面バイオマーカー（特にＰＤ−Ｌ２）が、Ｔｈ１免疫状態を判断するためのバイオマーカーとして機能するため、望ましくないＴｈ１免疫状態に関係する疾患を患っている対象を処置する優先順位を判断するための有用な診断法として役立つ可能性があることの説得力ある証拠を提供する。この点に関し、これらバイオマーカーに基づく本明細書に開示した方法、装置、組成物、キットは、Ｔｈ１免疫状態の迅速かつ安価な判断を可能にするためポイント・オブ・ケア診断に役立つ可能性がある。その結果として、Ｔｈ１免疫応答が望ましくない対象は、必要に応じてその対象におけるＴｈ１免疫応答を増大または低下させるのに適した治療薬に曝露することができるため、医療システムのコストを大幅に削減できる可能性がある。
【０２７７】
本明細書に記載した方法を利用することで、対象のＴｈ１免疫状態を判断する上で特に有用な多数のバイオマーカーが同定されている。これらバイオマーカーを本明細書では「Ｔｈ１免疫状態バイオマーカー」と呼ぶ。本明細書では、「Ｔｈ１免疫状態バイオマーカー」という用語は、対象のバイオマーカー、一般には対象の免疫系のバイオマーカーを意味し、Ｔｈ１免疫応答の一部として、変化する、あるいはその発現レベルが変化する。Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーは、遺伝子（本明細書では、交換可能な用語として「Ｔｈ１免疫応答バイオマーカー遺伝子」とも呼ぶ）の発現産物（その中には、ポリヌクレオチド発現産物とポリペプチド発現産物が含まれる）であることが適切である。本明細書では、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカー遺伝子のポリヌクレオチド発現産物を「Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーポリヌクレオチド」と呼ぶ。Ｔｈ１免疫応答バイオマーカー遺伝子のポリペプチド発現産物を本明細書では「Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーポリペプチド」と呼ぶ。
【０２７８】
本発明の少なくとも１つのＴｈ１免疫状態バイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ２を含むことが適切である。天然のヒトＰＤ−Ｌ２アミノ酸配列は、配列ＩＤ番号１に示してあり、以下の核酸配列によってコードされている：
【０２７９】
ＡＣＧＣＧＧＧＧＴＴＴＴＴＣＴＴＣＴＣＴＴＧＡＡＴＡＴＡＴＣＴＴＡＡＣＧＣＣＡＡＡＴＴＴＴＧＡＧＴＧＣＴＴＴＴＴＴＴＧＴ
ＴＡＣＣＣＡＴＣＣＴＣＡＴＡＴＧＴＣＣＣＡＧＣＴＡＧＡＡＡＧＡＡＴＣＣＴＧＧＧＴＴＧＧＡＧＣＴＡＣＴＧＣＡＴＧＴＴＧＡＴＴＧＴＴＴＴＧＴＴＴＴＴＣＣＴＴＴＴＧＧＣＴＧＴＴＣＡＴＴＴＴＧＧＴＧＧＣＴＡＣＴＡＴＡＡＧＧＡＡＡＴＣＴＡＡＣＡＣＡＡＡＣＡＧＣＡＡＣＴＧＴＴＴＴＴＴＧＴＴＧＴＴＴＡＣＴＴＴＴＧＣＡＴＣＴＴＴＡＣＴＴＧＴＧＧＡＧＣＴＧＴＧＧＣＡＡＧＴＣＣＴＣＡＴＡＴＣＡＡＡＴＡＣＡＧＡＡＣＡＴＧＡＴＣＴＴＣＣＴＣＣＴＧＣＴＡＡＴＧＴＴＧＡＧＣＣＴＧＧＡＡＴＴＧＣＡＧＣＴＴＣＡＣＣＡＧＡＴＡＧＣＡＧＣＴＴＴＡＴＴＣＡＣＡＧＴＧＡＣＡＧＴＣＣＣＴＡＡＧＧＡＡＣＴＧＴＡＣＡＴＡＡＴＡＧＡＧＣＡＴＧＧＣＡＧＣＡＡＴＧＴＧＡＣＣＣＴＧＧＡＡＴＧＣＡＡＣＴＴＴＧＡＣＡＣＴＧＧＡＡＧＴＣＡＴＧＴＧＡＡＣＣＴＴＧＧＡＧＣＡＡＴＡＡＣＡＧＣＣＡＧＴＴＴＧＣＡＡＡＡＧＧＴＧＧＡＡＡＡＴＧＡＴＡＣＡＴＣＣＣＣＡＣＡＣＣＧＴＧＡＡＡＧＡＧＣＣＡＣＴＴＴＧＣＴＧＧＡＧＧＡＧＣＡＧＣＴＧＣＣＣＣＴＡＧＧＧＡＡＧＧＣＣＴＣＧＴＴＣＣＡＣＡＴＡＣＣＴＣＡＡＧＴＣＣＡＡＧＴＧＡＧＧＧＡＣＧＡＡＧＧＡＣＡＧＴＡＣＣＡＡＴＧＣＡＴＡＡＴＣＡＴＣＴＡＴＧＧＧＧＴＣＧＣＣＴＧＧＧＡＣＴＡＣＡＡＧＴＡＣＣＴＧＡＣＴＣＴＧＡＡＡＧＴＣＡＡＡＧＣＴＴＣＣＴＡＣＡＧＧＡＡＡＡＴＡＡＡＣＡＣＴＣＡＣＡＴＣＣＴＡＡＡＧＧＴＴＣＣＡＧＡＡＡＣＡＧＡＴＧＡＧＧＴＡＧＡＧＣＴＣＡＣＣＴＧＣＣＡＧＧＣＴＡＣＡＧＧＴＴＡＴＣＣＴＣＴＧＧＣＡＧＡＡＧＴＡＴＣＣＴＧＧＣＣＡＡＡＣＧＴＣＡＧＣＧＴＴＣＣＴＧＣＣＡＡＣＡＣＣＡＧＣＣＡＣＴＣＣＡＧＧＡＣＣＣＣＴＧＡＡＧＧＣＣＴＣＴＡＣＣＡＧＧＴＣＡＣＣＡＧＴＧＴＴＣＴＧＣＧＣＣＴＡＡＡＧＣＣＡＣＣＣＣＣＴＧＧＣＡＧＡＡＡＣＴＴＣＡＧＣＴＧＴＧＴＧＴＴＣＴＧＧＡＡＴＡＣＴＣＡＣＧＴＧＡＧＧＧＡＡＣＴＴＡＣＴＴＴＧＧＣＣＡＧＣＡＴＴＧＡＣＣＴＴＣＡＡＡＧＴＣＡＧＡＴＧＧＡＡＣＣＣＡＧＧＡＣＣＣＡＴＣＣＡＡＣＴＴＧＧＣＴＧＣＴＴＣＡＣＡＴＴＴＴＣＡＴＣＣＣＣＴＣＣＴＧＣＡＴＣＡＴＴＧＣＴＴＴＣＡＴＴＴＴＣＡＴＡＧＣＣＡＣＡＧＴＧＡＴＡＧＣＣＣＴＡＡＧＡＡＡＡＣＡＡＣＴＣＴＧＴＣＡＡＡＡＧＣＴＧＴＡＴＴＣＴＴＣＡＡＡＡＧＡＣＡＣＡＡＣＡＡＡＡＡＧＡＣＣＴＧＴＣＡＣＣＡＣＡＡＣＡＡＡＧＡＧＧＧＡＡＧＴＧＡＡＣＡＧＴＧＣＴＡＴＣＴＧＡＡＣＣＴＧＴＧＧＴＣＴＴＧＧＧＡＧＣＣＡＧＧＧＴＧＡＣＣＴＧＡＴＡＴＧＡＣＡＴＣＴＡＡＡＧＡＡＧＣＴＴＣＴＧＧＡＣＴＣＴＧＡＡＣＡＡＧＡＡＴＴＣＧＧＴＧＧＣＣＴＧＣＡＧＡＧＣＴＴＧＣＣＡＴＴＴＧＣＡＣＴＴＴＴＣＡＡＡＴＧＣＣＴＴＴＧＧＡＴＧＡＣＣＣＡＧＣＡＣＴＴＴＡＡＴＣＴＧＡＡＡＣＣＴＧＣＡＡＣＡＡＧＡＣＴＡＧＣＣＡＡＣＡＣＣＴＧＧＣＣＡＴＧＡＡＡＣＴＴＧＣＣＣＣＴＴＣＡＣＴＧＡＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＣＴＣＴＧＧＡＧＣＣＴＡＴＧＧＣＴＴＴＡＡＧＣＡＡＧＣＡＣＴＡＣＴＧＣＡＣＴＴＴＡＣＡＧＡＡＴＴＡＣＣＣＣＡＣＴＧＧＡＴＣＣＴＧＧＡＣＣＣＡＣＡＧＡＡＴＴＣＣＴＴＣＡＧＧＡＴＣＣＴＴＣＴＴＧＣＴＧＣＣＡＧＡＣＴＧＡＡＡＧＣＡＡＡＡＧＧＡＡＴＴＡＴＴＴＣＣＣＣＴＣＡＡＧＴＴＴＴＣＴＡＡＧＴＧＡＴＴＴＣＣＡＡＡＡＧＣＡＧＡＧＧＴＧＴＧＴＧＧＡＡＡＴＴＴＣＣＡＧＴＡＡＣＡＧＡＡＡＣＡＧＡＴＧＧＧＴＴＧＣＡＡＴＡＧＡＧＴＴＡＴＴＴＴＴＴＡＴＣＴＡＴＡＧＣＴＴＣＣＴＣＴＧＧＧ［配列ＩＤ番号５５］。
【０２８０】
本発明の方法で場合によっては用いられる可能性のある別のＴｈ１免疫状態バイオマーカーはＰＤ−Ｌ１である。天然のヒトＰＤ−Ｌ１アミノ酸配列は、以下の通りである：
【０２８１】
ＭＲＩＦＡＶＦＩＦＭＴＹＷＨＬＬＮＡＦＴＶＴＶＰＫＤＬＹＶＶＥＹＧＳＮＭＴＩＥＣＫＦＰＶＥＫＱＬＤＬＡＡＬＩＶＹＷＥＭＥ
ＤＫＮＩＩＱＦＶＨＧＥＥＤＬＫＶＱＨＳＳＹＲＱＲＡＲＬＬＫＤＱＬＳＬＧＮＡＡＬＱＩＴＤＶＫＬＱＤＡＧＶＹＲＣＭＩＳＹＧＧＡＤＹＫＲＩＴＶＫＶＮＡＰＹＮＫＩＮＱＲＩＬＶＶＤＰＶＴＳＥＨＥＬＴＣＱＡＥＧＹＰＫＡＥＶＩＷＴＳＳＤＨＱＶＬＳＧＫＴＴＴＴＮＳＫＲＥＥＫＬＦＮＶＴＳＴＬＲＩＮＴＴＴＮＥＩＦＹＣＴＦＲＲＬＤＰＥＥＮＨＴＡＥＬＶＩＰＥＬＰＬＡＨＰＰＮＥＲＴＨＬＶＩＬＧＡＩＬＬＣＬＧＶＡＬＴＦＩＦＲＬＲＫＧＲＭＭＤＶＫＫＣＧＩＱＤＴＮＳＫＫＱＳＤＴＨＬＥＥＴ［配列ＩＤ番号５６］
【０２８２】
天然のヒトＰＤ−Ｌ１アミノ酸配列は、以下の核酸配列によってコードされている：
【０２８３】
ＡＴＧＡＧＧＡＴＡＴＴＴＧＣＴＧＴＣＴＴＴＡＴＡＴＴＣＡＴＧＡＣＣＴＡＣＴＧＧＣＡＴＴＴＧＣＴＧＡＡＣＧＣＡＴＴＴＡＣ
ＴＧＴＣＡＣＧＧＴＴＣＣＣＡＡＧＧＡＣＣＴＡＴＡＴＧＴＧＧＴＡＧＡＧＴＡＴＧＧＴＡＧＣＡＡＴＡＴＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＴＧＣＡＡＡＴＴＣＣＣＡＧＴＡＧＡＡＡＡＡＣＡＡＴＴＡＧＡＣＣＴＧＧＣＴＧＣＡＣＴＡＡＴＴＧＴＣＴＡＴＴＧＧＧＡＡＡＴＧＧＡＧＧＡＴＡＡＧＡＡＣＡＴＴＡＴＴＣＡＡＴＴＴＧＴＧＣＡＴＧＧＡＧＡＧＧＡＡＧＡＣＣＴＧＡＡＧＧＴＴＣＡＧＣＡＴＡＧＴＡＧＣＴＡＣＡＧＡＣＡＧＡＧＧＧＣＣＣＧＧＣＴＧＴＴＧＡＡＧＧＡＣＣＡＧＣＴＣＴＣＣＣＴＧＧＧＡＡＡＴＧＣＴＧＣＡＣＴＴＣＡＧＡＴＣＡＣＡＧＡＴＧＴＧＡＡＡＴＴＧＣＡＧＧＡＴＧＣＡＧＧＧＧＴＧＴＡＣＣＧＣＴＧＣＡＴＧＡＴＣＡＧＣＴＡＴＧＧＴＧＧＴＧＣＣＧＡＣＴＡＣＡＡＧＣＧＡＡＴＴＡＣＴＧＴＧＡＡＡＧＴＣＡＡＴＧＣＣＣＣＡＴＡＣＡＡＣＡＡＡＡＴＣＡＡＣＣＡＡＡＧＡＡＴＴＴＴＧＧＴＴＧＴＧＧＡＴＣＣＡＧＴＣＡＣＣＴＣＴＧＡＡＣＡＴＧＡＡＣＴＧＡＣＡＴＧＴＣＡＧＧＣＴＧＡＧＧＧＣＴＡＣＣＣＣＡＡＧＧＣＣＧＡＡＧＴＣＡＴＣＴＧＧＡＣＡＡＧＣＡＧＴＧＡＣＣＡＴＣＡＡＧＴＣＣＴＧＡＧＴＧＧＴＡＡＧＡＣＣＡＣＣＡＣＣＡＣＣＡＡＴＴＣＣＡＡＧＡＧＡＧＡＧＧＡＧＡＡＧＣＴＴＴＴＣＡＡＴＧＴＧＡＣＣＡＧＣＡＣＡＣＴＧＡＧＡＡＴＣＡＡＣＡＣＡＡＣＡＡＣＴＡＡＴＧＡＧＡＴＴＴＴＣＴＡＣＴＧＣＡＣＴＴＴＴＡＧＧＡＧＡＴＴＡＧＡＴＣＣＴＧＡＧＧＡＡＡＡＣＣＡＴＡＣＡＧＣＴＧＡＡＴＴＧＧＴＣＡＴＣＣＣＡＧＡＡＣＴＡＣＣＴＣＴＧＧＣＡＣＡＴＣＣＴＣＣＡＡＡＴＧＡＡＡＧＧＡＣＴＣＡＣＴＴＧＧＴＡＡＴＴＣＴＧＧＧＡＧＣＣＡＴＣＴＴＡＴＴＡＴＧＣＣＴＴＧＧＴＧＴＡＧＣＡＣＴＧＡＣＡＴＴＣＡＴＣＴＴＣＣＧＴＴＴＡＡＧＡＡＡＡＧＧＧＡＧＡＡＴＧＡＴＧＧＡＴＧＴＧＡＡＡＡＡＡＴＧＴＧＧＣＡＴＣＣＡＡＧＡＴＡＣＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＡＡＧＣＡＡＡＧＴＧＡＴＡＣＡＣＡＴＴＴＧＧＡＧＧＡＧＡＣＧＴＡＡ［配列ＩＤ番号５７］
【０２８４】
上記のＴｈ１免疫状態バイオマーカーのうちで、ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドそのものが、（例えばＦＡＣＳ分析を利用してＰＤ−Ｌ２+  ＩＥＣ相互作用細胞（ＡＰＣなど）の割合を測定することによって判明する）Ｔｈ１免疫状態を検出する上で強力な診断性能を有することが見いだされた。したがって特別な実施態様では、ＰＤ−Ｌ２バイオマーカーを単独で、または他のＴｈ１免疫状態バイオマーカーと組み合わせて使用して、指標を求めることができる。これらの実施態様では、ＰＤ−Ｌ２バイオマーカーについて、そして場合によっては別のＴｈ１免疫状態バイオマーカー（例えばＰＤ−Ｌ１）についてもバイオマーカー値を測定または導出して、指標を求めることが適切である。
【０２８５】
本発明の発明者は、別のＴｈ１免疫状態バイオマーカーをＰＤ−Ｌ２バイオマーカーと組み合わせて用いるときに強力な診断性能を有することも明らかにした。有利な実施態様では、指標を求めるのに使用できるＴｈ１免疫状態バイオマーカーの複数のペアが同定されている。したがってこのタイプの代表的な例では、あとで詳しく記載するように、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの比と相関する指標が求まり、その指標を用いて対象のＴｈ１免疫状態を求めることができる。
【０２８６】
そこで具体的なタンパク質産物が、対象のＴｈ１免疫状態を判断するための手段を提供するＴｈ１免疫応答バイオマーカーとして、本明細書に開示されている。これらＴｈ１免疫状態バイオマーカーを、対象におけるレベル、または対象から得られたサンプルにおけるレベルを分析することによって評価すると、対象におけるＴｈ１免疫状態の評価に使用できる指標を求めるためのバイオマーカー測定値またはバイオマーカー誘導値が提供される。
【０２８７】
８．２  サンプル調製
一般に、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの検出または定量化の前に、サンプルを処理する。例えばタンパク質および／または核酸をサンプルから抽出、および／または単離、および／または精製した後に分析することができる。さまざまなタンパク質、および／またはＤＮＡ、および／またはｍＲＮＡ抽出と精製技術が、当業者によく知られている。処理には、遠心分離、超遠心分離、エタノール沈降、濾過、分画、再懸濁、希釈、濃縮などが含まれる可能性がある。いくつかの実施態様では、本明細書のここまでの部分と別の箇所に教示した方法により、処理なしの、または限定された処理がなされた生サンプル（例えば血液、血清などの生物サンプル）からの分析（例えばタンパク質バイオマーカーの定量）がなされる。
【０２８８】
さらに、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの検出または定量化の前にサンプルを処理し、そのサンプル中の興味ある特定の分画または細胞を精製または濃縮することができる。例えばサンプル中のＩＥＣ相互作用細胞（ＡＰＣ、または腫瘍細胞、またはＡＰＣの特定のサブセット（例えば樹状細胞、マクロファージ、単球、Ｂ細胞、またはこれらの組み合わせ）など）を濃縮することができる。好ましい実施態様では、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの検出または定量の前に、サンプル中のＩＥＣ相互作用細胞（ＡＰＣ（例えばＣＤ１１ｃ+樹状細胞を含む樹状細胞）や腫瘍細胞など）を濃縮する。生物サンプルに含まれる特定の細胞型を濃縮する方法は、本分野でよく知られている。例えば樹状細胞は、例えば細胞分離のためのＦｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅまたはスクロース勾配溶液を用いて示差勾配分離（ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ｇｒａｄｉｅｎｔ  ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ）した後、残存している汚染赤血球を塩化アンモニウムまたは低張溶解で処理することによって単離できる（『Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ』、第Ｉ巻〜第ＩＩＩ巻Ｃｅｌｌｉｓ，Ｊ．Ｅ．編（１９９４年）；『Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ』、第Ｉ巻〜第ＩＩＩ巻  Ｃｏｌｉｇａｎ  Ｊ．Ｅ．編（１９９４年）；Ｓｔｉｔｅｓ他（編））。
【０２８９】
サンプル調製法は、適切な緩衝液の中でサンプルを均一にする工程と、汚染物質および／またはアッセイ阻害剤を除去する工程と、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカー捕獲試薬（例えば特異的に結合できる部分に連結された磁性ビーズ）を添加する工程と、標的バイオマーカーと捕獲試薬の会合を促進する条件下でインキュベートして標的バイオマーカー：捕獲試薬複合体を生成させる工程と、標的バイオマーカーが放出される条件下でその標的バイオマーカー：捕獲試薬複合体をインキュベートする工程を含むことができる。いくつかの実施態様では、（例えば望むバイオマーカーに特異的な）複数のＴｈ１免疫状態バイオマーカー捕獲試薬を溶液に添加することにより、１回の単離ごとに複数のＴｈ１免疫状態バイオマーカーが単離される。例えばバイオマーカーが核酸である具体的な一実施態様では、異なる標的Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーに対して特異的なオリゴヌクレオチドをそれぞれが含む複数のＴｈ１免疫状態バイオマーカー捕獲試薬をサンプルに添加して複数のＴｈ１免疫状態バイオマーカーを単離することができる。この方法には、捕獲工程の数と、各捕獲工程で捕獲される標的Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの数の両方が異なる複数の実験計画が包含されると考えられる。いくつかの実施態様では、捕獲試薬は、単離、および／または精製、および／または検出、および／または定量化しようとする特定のバイオマーカーと優先的に（例えば特異的かつ選択的に）相互作用する分子、部分、物質、組成物のいずれかである。特定のＴｈ１免疫状態バイオマーカーに対して望む結合親和性および／または特異性を有する任意の捕獲試薬を本発明の技術で用いることができる。例えば捕獲試薬として、ペプチド、タンパク質（例えば抗体または受容体）、オリゴヌクレオチド、核酸（例えばＴｈ１免疫状態バイオマーカーとハイブリダイズすることのできる核酸）、ビタミン、オリゴ糖、炭水化物、脂質、小分子などの巨大分子、またはその複合体が可能である。具体的かつ非限定的な例として、アビジン標的捕獲試薬を用いてビオチン部分を含む標的を単離して精製すること、抗体を用いて適切な抗原またはエピトープを含む標的を単離して精製すること、オリゴヌクレオチドを用いて相補的なオリゴヌクレオチドを単離して精製することができる。
【０２９０】
標的Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーに結合すること、または特異的に結合することのできる任意の核酸（一本鎖核酸と二本鎖核酸が含まれる）を捕獲試薬として用いることができる。そのような核酸の例に含まれるのは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、アプタマー、ペプチド核酸と、糖、リン酸、ヌクレオシド塩基のいずれかに対する他の修飾である。そのため標的を捕獲する戦略は数多く存在しており、したがって多くの種類の捕獲試薬が当業者に知られている。
【０２９１】
それに加え、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカー捕獲試薬は、捕獲試薬を局在化させる、濃縮する、凝集させるなどの機能を含むことができるため、標的Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーを、捕獲試薬に捕獲された（例えば結合した、ハイブリダイズした、など）ときに（例えば標的：捕獲試薬複合体が形成されたときに）単離して精製する手段が提供される。例えばいくつかの実施態様では、捕獲試薬のうちでＴｈ１免疫状態バイオマーカー（例えばポリペプチド）と相互作用する部分を、巨視的なスケールでユーザが操作できる固体支持体（例えばビーズ、表面、樹脂、カラムなど）に連結させる。固体支持体により、不均一な溶液から標的：捕獲試薬複合体を単離して精製するのに機械的手段を利用できるようになることがしばしばある。例えばビーズに連結させると、分離は、不均一溶液からそのビーズを例えば物理的に動かして取り出すことによって実現する。ビーズが磁性または常磁性を帯びている実施態様では、不均一な溶液から捕獲試薬（したがって標的Ｔｈ１免疫状態バイオマーカー）を物理的に分離するのに磁場が用いられる。
【０２９２】
８．３  Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーポリペプチドの評価
本分野で知られている適切な任意の技術を用いてＴｈ１免疫状態バイオマーカーを定量または検出することにより、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカー値を得ることができる。特別な実施態様では、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーは、個々のＴｈ１免疫状態バイオマーカーのレベル、または含量、または量を明らかにする試薬を用いて定量される。このタイプの試薬の非限定的な例には、タンパク質に基づくアッセイと核酸に基づくアッセイで用いるための試薬が含まれる。
【０２９３】
Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの発現は、タンパク質の存在を証明することにより、またはバイオマーカーの既知の１つ以上の機能的特性により、タンパク質の発現レベルで評価することができる。例えばＰＤ−Ｌ２特異的タンパク質の検出に用いられる抗ＰＤ−Ｌ２抗体は、アメリカ合衆国特許第７，７０９，２１４号；アメリカ合衆国特許出願公開第２００９／２９６，３９２号；欧州特許第１５３７８７８号に記載されている（これらは、その全体が参照によって本明細書に組み込まれている）。抗体は天然のＰＤ−Ｌ２タンパク質と変性したＰＤ−Ｌ２タンパク質の両方に結合し、本分野でよく知られているいくつかのアッセイ（酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、発光イムノアッセイ、ウエスタンブロット分析、免疫蛍光アッセイ、免疫組織化学、蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）分析が含まれる）によって検出することができる。
【０２９４】
ＥＬＩＳＡとＲＩＡは、特異的な抗原の検出に関して似た原理に従う。一例として、ＰＤ−Ｌ２は、典型的には125Ｉで放射性標識したＰＤ−Ｌ２特異的抗体により、ＲＩＡを利用して測定することができる。ＥＬＩＳＡアッセイでは、ＰＤ−Ｌ２特異的抗体を酵素に化学的に結合させる。ＰＤ−Ｌ２特異的捕獲抗体を固体支持体の表面に固定化する。次に、標識されていないサンプル（例えば生物サンプルからのタンパク質抽出物）を、非特異的結合が阻止されて、結合しなかった抗体および／またはタンパク質が洗浄によって除去される条件下で、固定化された抗体とともにインキュベートする。結合したＰＤ−Ｌ２は、第２のＰＤ−Ｌ２特異的標識抗体によって検出される。ＲＩＡでは、抗体の結合が放射活性を測定することによって直接測定されるのに対し、ＥＬＩＳＡでは、結合は、無色の基質を着色された反応生成物に変換する反応により、連結した酵素の活性の関数として検出される。したがって変化は、分光測光法によって容易に検出することができる（Ｊａｎｅｗａｙ  Ｃ．Ａ．他（１９９７年）、『Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ』第３増補版、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｌｔｄ．社；Ｇａｒｌａｎｄ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｉｎｃ．社、『Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ』、第Ｉ巻〜第ＩＩＩ巻  Ｃｅｌｌｉｓ，Ｊ．Ｅ．編（１９９４年）；『Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ』第Ｉ巻〜第ＩＩＩ巻  Ｃｏｌｉｇａｎ  Ｊ．Ｅ．編（１９９４年）；Ｓｔｉｔｅｓ他（編））。したがって両方のアッセイにより、生物サンプルに含まれるＰＤ−Ｌ２タンパク質の含量を定量する手段が提供される。
【０２９５】
タンパク質バイオマーカーの発現は、発光イムノアッセイによって検出することもできる。ＥＬＩＳＡおよびＲＩＡとよく似ている発光イムノアッセイでは、試験する生物サンプル／タンパク質抽出物を固体支持体の表面に固定化し、抗ＰＤ−Ｌ２抗体で標識した特異的標識を用いて調べる。この標識のほうは発光性であり、結合したとき、特異的認識がなされたしるしとして発光する。発光性標識は、電磁放射、電気化学的励起、化学的活性化のいずれかによって活性化されたときに光を出す物質を含んでおり、蛍光物質、リン光物質、シンチレータ、化学発光物質を含むことができる。標識として、触媒反応系の一部（酵素、酵素の断片、酵素の基質、酵素阻害剤、補酵素、触媒など）；発色剤システムの一部（例えば蛍光体、染料、化学発光体、発光体、増感剤など）；分散性粒子（非磁性または磁性のものが可能）、固体支持体、リポソーム、リガンド、受容体、ハプテン放射性同位体などが可能であり（アメリカ合衆国特許第６，４１０，６９６号、第４，６５２，５３３号、欧州特許出願第０，３４５，７７６号）、標識は、ＰＤ−Ｌ２タンパク質の発現を検出するためのさらに別の高感度法を提供する。
【０２９６】
ウエスタンブロット分析は、生物サンプルに含まれるＴｈ１免疫状態バイオマーカーポリペプチドの含量を評価するための別の手段である。ＩＥＣ相互作用細胞（ＡＰＣ（例えば樹状細胞）や腫瘍細胞など）の生物サンプルからのタンパク質抽出物を、変性させてイオン化する環境の中で可溶化した後、アリコートをポリアクリルアミドゲルマトリックスに適用する。タンパク質は、アノードに向かって移動するにつれて分子サイズ特性に基づいて分離する。次いで抗原をニトロセルロース膜、ＰＶＤＦ膜、ナイロン膜のいずれかに移した後、膜をブロッキングして非特異的結合をできるだけ少なくする。膜は、検出可能な部分に直接結合させた抗体で調べるか、それに続けて検出可能な部分を含む二次抗体で調べる。典型的には、セイヨウワサビペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼという酵素を抗体に結合させた後、発色性基質または発光性基質を用いて活性を可視化する（『Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ』（１９９８年）、ＣＳＨ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク州の中のＨａｒｌｏｗ  Ｅ．他、「Ｉｍｍｕｎｏｂｌｏｔｔｉｎｇ」、４７１〜５１０ページと、Ｂｒｏｎｓｔｅｉｎ  Ｉ．他（１９９２年）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  第１２巻：７４８〜７５３ページ）。
【０２９７】
サンプル全体の中のタンパク質バイオマーカーの含量を定量するＲＩＡ、ＥＬＩＳＡ、発光イムノアッセイ、イムノブロッティングとは異なり、免疫蛍光／免疫細胞化学を利用すると細胞特異的なやり方でタンパク質を検出できるが、定量化能力は弱い。
【０２９８】
上記のように、ＩＥＣ相互作用細胞（ＡＰＣ（例えば樹状細胞）や腫瘍細胞など）は、本分野で知られている方法によって単離または濃縮することができる。ＩＥＣ相互作用細胞の単離または濃縮は、ＩＥＣ相互作用細胞の割合を（濃縮操作前のサンプルに含まれる割合と比べて）大きくするプロセスを意味する。精製は濃縮の一例である。いくつかの実施態様では、濃縮操作前のサンプルと比べたときのＩＥＣ相互作用細胞（ＡＰＣ（例えば樹状細胞）や腫瘍細胞など）の数の増加は、濃縮されたサンプル中の細胞の割合として、少なくとも２５倍、５０倍、７５倍、１００倍、１５０倍、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍であり、１００倍〜２００倍が適切である。特別な実施態様では、ＩＥＣ相互作用細胞の表面にある表面マーカーに対する抗体を固体支持体に付着させ、分離が可能になるようにする。分離操作に含めることができるのは、抗体磁性ビーズ（例えばＭｉｌｔｅｎｙｉ（商標）ビーズ）を用いた磁性分離、アフィニティクロマトグラフィ、固体マトリックスに付着させた抗体を用いた「パンニング」や、他の便利な任意の技術（レーザー・キャプチャー・マイクロダイセクションなど）である。特別な実施態様では、ＩＥＣ相互作用細胞は、ＣＤ１１ｃに対して特異的な抗体（この抗体は磁性ビーズにコンジュゲートされている）と、ＣＤ１１ｃ+細胞を分離して取り出すための磁性細胞分離装置を用いて適切に濃縮された樹状細胞である。特に正確に分離する他の技術にはＦＡＣＳが含まれる。細胞は、スライドの上に載せると、固定した後に、標識された抗原結合分子（Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーを検出するための標識された抗体など）を用いて細胞特異的なやり方で調べることができる。
【０２９９】
Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーに対して特異的な抗体（例えば抗ＰＤ−Ｌ２抗体）を蛍光マーカー（フルオレセイン、ＦＩＴＣ、ローダミン、テキサスレッド、Ｃｙ３、Ｃｙ５、Ｃｙ７や、それ以外の蛍光マーカーが含まれる）に直接コンジュゲートさせ、適切なフィルタを備えた蛍光顕微鏡で観察することができる。抗体を酵素にコンジュゲートさせることもできる。酵素は適切な基質を添加されると反応を開始し、検出するＰＤ−Ｌ２タンパク質を有する細胞の上に着色沈殿物を生じさせる。するとスライドを標準的な光学顕微鏡で観察できるようになる。あるいはＰＤ−Ｌ２に対して特異的な一次抗体をさらに、検出可能な部分にコンジュゲートさせた二次抗体に結合させることができる。このようにして細胞表面の発現を評価することができる。細胞浸透溶液（トリトン−Ｘやサポニンなど）を添加して試薬を細胞質の中に容易に浸透させることができる（『Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ』、第Ｉ巻〜第ＩＩＩ巻  Ｃｅｌｌｉｓ，Ｊ．Ｅ．編（１９９４年）；『Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ』第Ｉ巻〜第ＩＩＩ巻Ｃｏｌｉｇａｎ  Ｊ．Ｅ．編（１９９４年）；Ｓｔｉｔｅｓ他（編）、『Ｂａｓｉｃ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ』（第８版）、Ａｐｐｌｅｔｏｎ  ＆  Ｌａｎｇｅ社、ノーウォーク、コネティカット州（１９９４年）；ＭｉｓｈｅｌｌとＳｈｉｉｇｉ（編）、『Ｓｅｌｅｃｔｅｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ』、Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．社、ニューヨーク（１９８０年））。
【０３００】
免疫組織化学は原則として免疫蛍光または免疫細胞化学と非常によく似ているが、例えば細胞懸濁液とは異なり、組織試料をＰＤ−Ｌ２抗体で調べる。生検試料を固定して処理し、必要に応じて切片にしてパラフィンに包埋すると、細胞または組織のスライドが得られるため、あとでそれをヘパラナーゼ特異的抗体で調べる。あるいは凍結させた組織をクライオスタットの上で切片にした後に抗体で調べると、固定することによって誘導される抗原のマスキングが回避される。抗体は、免疫蛍光または免疫細胞化学におけるように、検出可能な部分（蛍光部分、または酵素が連結した部分）に結合させ、それを用い、免疫蛍光に関して記載されている方法によって組織切片を調べ、その後、利用する検出法に応じて蛍光または共焦点顕微鏡によって可視化する。酵素で検出可能な部分を用いる場合には、反応生成物の沈殿は、その反応生成物を現像した後に標準的な光学顕微鏡で観察することができる（『Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ』、第Ｉ巻〜第ＩＩＩ巻  Ｃｅｌｌｉｓ，Ｊ．Ｅ．編（１９９４年）；『Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ』第Ｉ巻〜第ＩＩＩ巻Ｃｏｌｉｇａｎ  Ｊ．Ｅ．編（１９９４年）；Ｓｔｉｔｅｓ他（編）、『Ｂａｓｉｃ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ』（第８版）、Ａｐｐｌｅｔｏｎ  ＆  Ｌａｎｇｅ社、ノーウォーク、コネティカット州（１９９４年）；ＭｉｓｈｅｌｌとＳｈｉｉｇｉ（編）、『Ｓｅｌｅｃｔｅｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ』、Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．社、ニューヨーク（１９８０年））。
【０３０１】
特別な実施態様では、ＦＡＣＳ分析を利用してＴｈ１免疫状態バイオマーカーの発現（例えばＰＤ−Ｌ２の発現、場合によってはＰＤ−Ｌ１の発現も）を評価する。ＦＡＣＳの装置と方法の一般的な説明は、アメリカ合衆国特許第４，１７２，２２７号；第４，３４７，９３５号；第４，６６１，９１３号；第４，６６７，８３０号；第５，０９３，２３４号；第５，０９４，９４０号；第５，１４４，２２４号に与えられている。細胞をＦＡＣＳ装置の中に導入し、チューブを通じてＦＡＣＳセルの中に送達すると、細胞はそのセルを単一の細胞として通過する。レーザービームをＦＡＣＳセルに向け、前方レーザー散乱はフォトダイオードによって回収し、側方レーザー散乱は、ＰＭＴ１の方を向いたレンズによってＰＭＴチューブに向かわせる。多変量解析のため、特定のフィルタが側方散乱からの蛍光を他のＰＭＴチューブに向かわせる。側方レーザー散乱は細胞のサイズと粒度を反映しているため、混合されたサンプルに含まれる細胞集団の同定に使用できる。蛍光性の抗ＰＤ−Ｌ２抗体で標識された細胞は、レーザーでの励起とＰＭＴチューブによる回収によって検出することができ、細胞のタイプは、例えば上に開示したように、サイズと粒度によって、または同定用の追加の細胞表面マーカーを組み込むことによって特定できる。典型的には、ＦＡＣＳ分析は、細胞の表面における特定のタンパク質の発現（例えばＰＤ−Ｌ２の発現、場合によってはＰＤ−Ｌ１の発現も）を明らかにするのに用いられるため、特異的な抗体を用いると、抗原を提示する細胞集団における細胞表面バイオマーカーの発現（例えば樹状細胞の表面でのＰＤ−Ｌ２の発現、場合によってはＰＤ−Ｌ１の発現も）を検出することができる。表面にＰＤ−Ｌ２タンパク質を発現し、場合によってはＰＤ−Ｌ１も発現する具体的な抗原提示細胞のサブタイプ（例えばＣＤ１１ｃ+樹状細胞）は、サイズと粒度の特徴によって確認すること、または追加の細胞表面マーカータンパク質で共染色して確認することができる。
【０３０２】
特別な実施態様では、多数のタンパク質を同時に検出および／または定量できるタンパク質捕獲アレイが使用される。例えばフィルタ膜上の低密度タンパク質アレイ（汎用タンパク質アレイシステム（Ｇｅ、２０００年  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．第２８巻（２）：ｅ３ページ）など）により、標準的なＥＬＩＳＡ技術と走査電荷結合素子（ＣＣＤ）検出器を利用してアレイ状にした抗原の画像を得ることが可能になる。複数の臨床分析物を同時に検出することが可能な免疫センサーアレイも開発されている。今や、タンパク質アレイを使用して、体液（健康な対象または罹患している対象の血清など）に含まれるタンパク質のほか、薬物治療の前と後の対象の体内にあるタンパク質の発現プロファイルを得ることが可能になっている。
【０３０３】
タンパク質捕獲アレイの例には、空間的な位置が指定された抗原結合分子を含むアレイ（一般に抗体アレイと呼ばれる）が含まれ、このアレイにより、プロテオームまたはサブプロテオームを規定する多数のタンパク質の広範な並行分析が容易になる。抗体アレイは、特異性と許容されるバックグラウンドに関して要求される特性を有することが示されており、いくつかの抗体アレイが市販されている（例えばＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ社、Ｂｉｏ−Ｒａｄ社、Ｓｉｇｍａ社）。抗体アレイを作製するさまざまな方法が報告されている（例えばＬｏｐｅｚ他、２００３年  Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｍ．第Ｂ  ７８７巻：１９〜２７ページ；Ｃａｈｉｌｌ、２０００年Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  第７巻：４７〜５１ページ；アメリカ合衆国特許出願公開第２００２／００５５１８６号；アメリカ合衆国特許出願公開第２００３／０００３５９９号；ＰＣＴ公開第ＷＯ０３／０６２４４４号；ＰＣＴ公開第ＷＯ０３／０７７８５１号；ＰＣＴ公開第ＷＯ０２／５９６０１号；ＰＣＴ公開第ＷＯ０２／３９１２０号；ＰＣＴ公開第ＷＯ０１／７９８４９；ＰＣＴ公開ＷＯ９９／３９２１０を参照されたい）。このようなアレイの抗原結合分子は、１個の細胞または細胞集団が発現する複数のタンパク質の少なくとも一部を認識することができる。タンパク質の具体例に含まれるのは、増殖因子受容体、ホルモン受容体、神経伝達物質受容体、カテコールアミン受容体、アミノ酸誘導体受容体、サイトカイン受容体、細胞外マトリックス受容体、抗体、レクチン、サイトカイン、セルピン、プロテアーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ、ｒａｓ様ＧＴＰアーゼ、加水分解酵素、ステロイドホルモン受容体、転写因子、熱ショック転写因子、ＤＮＡ結合タンパク質、ジンクフィンガータンパク質、ロイシンジッパータンパク質、ホメオドメインタンパク質、細胞内シグナル伝達調節因子、細胞内シグナル伝達エフェクタ、アポトーシス関連因子、ＤＮＡ合成因子、ＤＮＡ修復因子、ＤＮＡ組み換え因子、細胞表面抗原である。
【０３０４】
空間的な位置が異なる個々のタンパク質捕獲剤は、典型的には、一般に平面状または曲線状の支持体表面に付着させる。一般的な物理的支持体に含まれるのは、スライドガラス、シリコン、マイクロウエル、ニトロセルロース膜、ＰＶＤＦ膜、磁性マイクロビーズ、それ以外のマイクロビーズである。
【０３０５】
懸濁液の中の粒子も、同定用にコード化されているのであれば、アレイの基礎として用いることができる。システムに含まれるのは、マイクロビーズ（例えばＬｕｍｉｎｅｘ社、Ｂｉｏ−Ｒａｄ社、Ｎａｎｏｍｉｃｓ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社から入手可能）と半導体ナノ結晶（例えばＱｕａｎｔｕｍ  Ｄｏｔｓ社から入手できるＱＤｏｔｓ（商標））のためのカラーコードと、ビーズ（Ｓｍａｒｔｂｅａｄｓ社から入手できるＵｌｔｒａＰｌｅｘ（商標））とマルチメタルマイクロロッド（Ｓｕｒｒｏｍｅｄ社から入手できるＮａｎｏｂａｒｃｏｄｅｓ（商標）粒子）のためのバーコードである。ビーズを半導体チップの表面で組み立てて平面アレイにすることもできる（例えばＬＥＡＰＳ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社とＢｉｏＡｒｒａｙ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ社から入手可能）。粒子を用いる場合には、個々のタンパク質捕獲剤を典型的には個々の粒子に付着させて、アレイの空間的位置規定または空間的分離を実現する。すると粒子を別々に、だが並行して調べることを、区画化されたやり方で（例えば微量滴定プレートのウエルの中で、または別々の試験管の中で）行なうことが可能になる。
【０３０６】
操作中は、タンパク質サンプルを、場合によっては断片化することによってペプチド断片にして（例えばアメリカ合衆国特許出願公開第２００２／００５５１８６号を参照されたい）、タンパク質またはペプチドの結合に適した条件下でタンパク質捕獲アレイに送達し、アレイを洗浄することにより、サンプルのうちで結合しなかった成分、または非特異的な結合をした成分をアレイから除去する。次に、アレイの各形状に結合したタンパク質またはペプチドの存在または量を、適切な検出システムを利用して検出する。アレイの１つの形状に結合したタンパク質の量は、アレイの第２の形状に結合した第２のタンパク質の量と比較して決定することができる。特別な実施態様では、サンプル中の第２のタンパク質の量は既知であるか変化しないことがわかっている。
【０３０７】
特別な実施態様では、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーは標的ポリペプチドであり、そのレベルが、その標的ポリペプチドと免疫相互作用する少なくとも１つの抗原結合分子を用いて測定される。これらの実施態様では、測定された標的ポリペプチドのレベルを参照ポリペプチドのレベルに対して規格化する。抗原結合分子は、固体支持体または半固体支持体の表面に固定化することが適切である。このタイプの具体例では、抗原結合分子は、抗原結合分子の空間的アレイの一部を形成する。いくつかの実施態様では、標的ポリペプチドに結合した抗原結合分子のレベルは、イムノアッセイによって（例えばＥＬＩＳＡを用いて）測定される。
【０３０８】
サンプル内のバイオマーカー活性の不在または存在の証明は、特定のＴｈ１免疫状態バイオマーカーを発現しているＩＥＣ相互作用細胞を発現していない細胞集団から識別するための別の手段である。
【０３０９】
８．４  ＰＤ−Ｌ２バイオマーカークラスター化の評価
本発明の発明者は、ＩＥＣ相互作用細胞の細胞表面におけるＰＤ−Ｌ２のクラスター化が、正常なＴｈ１免疫応答または増大したＴｈ１免疫応答の指標であることも明らかにした。したがっていくつかの実施態様では、ＩＥＣ相互作用細胞（ＡＰＣ（例えば樹状細胞）や腫瘍細胞など）の細胞表面におけるＰＤ−Ｌ２クラスター化の分析からわかるように、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーのバイオマーカー値はＰＤ−Ｌ２のレベルまたは存在量を示している。
【０３１０】
抗原提示細胞（例えば樹状細胞）の細胞表面におけるＰＤ−Ｌ２のクラスター化を検出するのに広く利用されているアッセイが多数存在している。例えばＰＤ−Ｌ２リガンドおよび／またはＰＤ−Ｌ２特異的抗体に標識し、その標識を検出してＰＤ−Ｌ２のクラスター化を可視化することができる。このタイプのアッセイの一例では、ＰＤ−Ｌ２を含む樹状細胞または腫瘍細胞を、ＰＤ−Ｌ２特異的抗体と、そのＰＤ−Ｌ２特異的抗体に結合する蛍光標識した二次抗体に接触させる。共焦点走査型レーザー顕微鏡を利用すると、二次抗体から放出された蛍光を検出してＰＤ−Ｌ２の位置を同定することができる（Ｖａｎ  Ｓｔｅｅｎｓｅｌ他、１９９５年、Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｓｃｉ  第１０８巻：３００３〜３０１１ページ）。別の一例では、細胞の表面にＰＤ−Ｌ２を含む細胞を、細胞表面のそのＰＤ−Ｌ２の標識付きリガンドと接触させ、細胞表面のクラスター化を超解像顕微鏡法によって分析する。これについて記載されているのは、例えばＫａｕｆｍａｎｎ他（２０１１年、Ｊ  Ｍｉｃｒｏｓｃ．  第２４２巻（１）：４６〜５４ページ）、Ｈｕｂｅｒ他（２０１１年、ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ．  ７巻（９）：ｅ４４７７６ページ）、Ｗａｎｇ他（２０１４年  Ｂｉｏｃｈｉｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ．  第１８３８巻（４）：１１９１〜１１９８ページ）、Ｓａｍｓ他（２０１４年、Ｊ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｏｐｔ．  第１９巻（１）：０１１０２１ページ）である。
【０３１１】
あるいは細胞表面のＰＤ−Ｌ２のクラスター化は、インサイチュ近接アッセイによって分析される。これについて記載されているのは、例えばＢｅｌｌｕｃｃｉ他（２０１４年、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．  第１１７４巻：３９７〜４０５ページ）、Ｂａｒｒｏｓ他（２０１４年、Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  Ｔｒｅａｔ．  第１４４巻（２）：２７３〜２８５ページ）、Ｐａｃｃｈｉａｎａ他（２０１４年、Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．第１４２巻（５）：５９３〜６００ページ）である。
【０３１２】
別の実施態様では、ＦＲＥＴ顕微鏡法とＦＲＡＰ顕微鏡法を利用してＰＤ−Ｌ２のクラスター化を分析することができる。これについて記載されているのは、例えばＷａｌｌｒａｂｅ他（２００３年、Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｊ．第８５巻（１）：５５９〜５７１ページ）、Ｗａｌｌｒａｂｅ他（２００３年、Ｊ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｏｐｔ．第８巻（３）：３３９〜３４６ページ）、ｄｅ  Ｈｅｕｓ他（２０１３年、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．第１１７巻：３０５〜３２１ページ）である。
【０３１３】
ＰＤ−Ｌ２のクラスター化を分析する別の方法に含まれるのは、例えばＰｅｔｅｒｓｅｎら（１９９８年、Ｆａｒａｄａｙ  Ｄｉｓｃｕｓｓ．（１１１）：２８９〜３０５ページ）、Ｋｏｚｅｒら（２０１３年、Ｍｏｌ  Ｂｉｏｓｙｓｔ．第９巻（７）：１８４９〜１８６３ページ）、Ｃｉｃｃｏｔｏｓｔｏら（２０１３年、Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｊ．第１０４巻（５）：１０５６〜１０６４ページ）が記載している画像相関分光法；例えばＧｉｕｇｎｉら（１９８７年、Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．第１０４巻（５）：１２９１〜１２９７ページ）と、Ｚｈａｎｇら（２０１１年、ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ．第６巻（１０）：ｅ２６８０５ページ）が記載している電場分析；例えばＰｌｏｗｍａｎら（２００５年、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．第１０２巻（４３）：１５５００〜１５５０５ページ）と、Ｄ’Ａｍｉｃｏら（２００８年、Ｍｉｃｒｏｎ．第３９巻（１）：１〜６ページ）が記載している電子顕微鏡法；例えばＧｏｌｄら（２０１４．Ｎａｔ  Ｃｏｍｍｕｎ．第５巻：４１２９ページ）が記載している電子線低温トモグラフィ；例えばＷａｎｇら（２０１２年、Ｎａｎｏ  Ｌｅｔｔ．第１２巻（６）：３２３１〜３２３７ページ）と、Ｒｏｎｇら（２０１２年、ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ．第７巻（３）：ｅ３４１７５ページ）が記載している、プラズモンカップリング顕微鏡法（ＰＣＭ）と組み合わせたナノ粒子（ＮＰ）免疫標識；例えばＭｉｙａｇａｗａ−Ｙａｍａｇｕｃｈｉら（２０１４年、ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ．第９巻（３）：ｅ９３０５４ページ）と、Ｋｏｔａｎｉら（２００８年、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．第１０５巻（２１）：７４０５〜７４０９ページ）が記載している、酵素を媒介としたラジカル源の活性化（ＥＭＡＲＳ）分析；例えばＬｉら（２０１０年、Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｊ．第９８巻（１１）：２５５４〜２５６３ページ）が記載している量子ドット分析である。
【０３１４】
ＰＤ−Ｌ２に対する特異性を有する多数のリガンドが知られており、それらを用いてクラスター化を分析することができる。これらリガンドの多くは、本発明による治療薬としても有用である。例えばＰＤ−Ｌ２ポリペプチドに結合する適切な任意の抗体を用いて本発明を実施することが考えられる。そのような抗体の非限定的な例は上に列挙してある。
【０３１５】
特別な実施態様では、抗体は免疫グロブリンのＦｃ領域を含んでいる。その代わりに、またはそれに加えて、抗体は多価（例えば２価）抗体である。
【０３１６】
任意のＰＤ−Ｌ２リガンドが、本発明のこれらの実施態様で用いるのに適している。そのようなリガンドのクラスに含まれるのは、タンパク質、有機小分子、炭水化物（多糖を含む）、ポリヌクレオチド、脂質などである。そのようなリガンドの代表例に含まれるのは、ＰＤ−１ポリペプチド、ガレクチン−９ポリペプチド、反発性ガイダンス分子ｂ（ＲＧＭｂ）である。
【０３１７】
８．５  Ｔｈ１免疫状態バイオマーカー核酸の評価
いくつかの実施態様では、バイオマーカーの発現は、ＩＥＣ相互作用細胞（ＡＰＣ（例えば樹状細胞）や腫瘍細胞など）の中のバイオマーカー核酸転写物のレベルを求めることによってモニタする。ＲＮＡは、多数の標準的な技術によって生物サンプルから抽出することができる（『Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ』、第Ｉ巻〜第ＩＩＩ巻、Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｒ．Ｍ．編（１９９４年）；Ａｕｓｕｂｅｌ他、『Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ』、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ社、バルチモア、メリーランド州（１９８９年）を参照されたい）。ＲＮＡの単離が可能なグアニジウムに基づく細胞溶解法は、その後にそのＲＮＡを細胞の他の巨大分子から分離するための塩化セシウム段階勾配と、それに続くＲＮＡの沈殿と再懸濁を伴うため、時代遅れで一般に利用されることが少なくなったＲＮＡ単離法である（Ｇｌｉｓｉｎ，Ｖｅ．他（１９７３年）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ第１３巻：２６３３ページ）。あるいはＲＮＡは、単一工程の方法で単離することができる（アメリカ合衆国特許第４，８４３，１５５号；Ｐｕｉｓｓａｎｔ，  Ｃ．とＨｏｕｄｅｂｉｎｅ  Ｌ．Ｍ．（１９９０年）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ第８巻：１４８〜１４９ページ）。単一工程の方法には、イソチオシアン酸グアニジウムを用いてＲＮＡを抽出することと、その後のフェノール／クロロホルム／イソアミルアルコール抽出によって全ＲＮＡを細胞の他のタンパク質とＤＮＡから分離しやすくすることが含まれる。上に記載した原理に基づく市販の単一工程用調製物、例えばＴＲＩＺＯＬ試薬（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社、ゲイザースバーグ、メリーランド州）を用いることができる。
【０３１８】
Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーのＲＮＡ／遺伝子の発現は、数多く存在する別の標準的な技術によってモニタすることができる。そうした技術の具体例に含まれるのは、ノーザンブロット分析、ドットブロット分析、プライマー伸長、ＲＮアーゼ保護、ＲＴ−ＰＣＲ、インサイチュハイブリダイゼーション、チップハイブリダイゼーションである。
【０３１９】
特定のＴｈ１免疫状態バイオマーカーのＲＮＡ配列は、標識したプローブを、上記のようにして抽出されたブロットされたＲＮＡ調製物にハイブリダイズさせることによって容易に検出できる。ノーザンブロット分析では、分画したＲＮＡを変性剤アガロースゲル電気泳動にかける。そうすることで、ＲＮＡが、サイズに基づく分離を妨げる可能性のある二次構造を取ることが阻止される。次にＲＮＡをキャピラリートランスファーによってナイロン膜支持体またはニトロセルロース膜支持体に移し、バイオマーカー配列と相補的な標識オリゴヌクレオチドプローブで調べることができる（Ａｌｗｉｎｅ他（１９７７年）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  第７４巻：５３５０〜５３５４ページ；『Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ』、第Ｉ巻〜第ＩＩＩ巻Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｒ．Ｍ．編（１９９４年）；Ａｕｓｕｂｅｌ他、『Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ』、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ社、ボルチモア、メリーランド州（１９８９年）。
【０３２０】
あるいは分画されていないＲＮＡをナイロン膜またはニトロセルロース膜の表面に固定化し、バイオマーカーに特異的な発現をスロット／ドットブロット分析によって同様に調べることができる。ＲＮＡスロット／ドットブロットは、手作業で準備すること、またはマニホールド装置を利用して構成することができるが、後者では濃度測定走査によってハイブリダイゼーションシグナルの比較が容易になる（Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ  Ｐ．（１９９２年）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．第２０１巻：１３４〜１３９ページ）。
【０３２１】
プライマー伸長は、ＲＮＡの定量を実現できる別の手段である。逆転写酵素を用いてプライマーを伸長させるプライマー伸長は、特定のＲＮＡの５’末端をマッピングする際にさらなる利点を提供する。この場合、プライマーは、バイオマーカーのｍＲＮＡの一部と相補的なオリゴヌクレオチド（または制限断片）である。プライマーは末端が標識されていて、鋳型バイオマーカーのｍＲＮＡにハイブリダイズさせることができる。プライマーは、ハイブリダイズすると、逆転写酵素を添加し、鋳型バイオマーカーのｍＲＮＡと相補的な一本鎖ＤＮＡを標識なしデオキシヌクレオチドに組み込むことによって伸長する。その後、ＤＮＡをシークエンシング用ゲルで分析する。伸長したプライマーの長さがｍＲＮＡの５’位をマッピングするのに役立ち、伸長した産物の収率は、サンプル中のＲＮＡの存在量を反映している（Ｊｏｎｅｓ他（１９８５年）Ｃｅｌｌ第４２巻：５５９〜５７２ページ；Ｍｉｅｒｅｎｄｏｒｆ  Ｒ．Ｃ．とＰｆｅｆｆｅｒ，Ｄ．（１９８７年）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．第１５２巻：５６３〜５６６ページ）。
【０３２２】
ＲＮアーゼ保護アッセイは、バイオマーカーのＲＮＡをたとえ少量であっても定量する非常に高感度の手段を提供する。保護アッセイでは、バイオマーカーのＲＮＡと相補的なリボヌクレオチドプローブの配列特異的ハイブリダイゼーションが大きな比活性で起こってサンプルＲＮＡにハイブリダイズする。次いでハイブリダイゼーション反応物をリボヌクレアーゼで処理して結合していないプローブを除去すると、サンプルＲＮＡの中にあって相同なバイオマーカー配列にハイブリダイズしているアニールされたプローブの完全な断片が残る。その後、断片をシークエンシング用ゲルで電気泳動によって分析すると、適切なサイズのプローブ断片が可視化される（Ｚｉｎｎ  Ｋ．他（１９８３年）Ｃｅｌｌ第３４巻：８６５〜８７９ページと、Ｍｅｌｔｏｎ  Ｓ．Ａ．他（１９８４年）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．第１２巻：７０３５〜７０５６ページ）。
【０３２３】
ＲＴ−ＰＣＲは、バイオマーカーの発現を分析することのできる別の手段である。ＲＴ−ＰＣＲでは、逆転写酵素を用いてＲＮＡサンプルからｃＤＮＡを調製するとき、バイオマーカーのｍＲＮＡと相補的なデオキシヌクレオチドプライマーを使用する。生成したｃＤＮＡは、デオキシヌクレオチドと、高温で機能するＤＮＡポリメラーゼを添加することにより、ポリメラーゼ連鎖反応を通じて増幅させる。プライマーのアニーリング、ｃＤＮＡの伸長を容易にするデオキシヌクレオチドの組み込み、その後の鎖変性という反復サイクルを通じて望む配列の増幅が起こり、適切なサイズの断片が得られる。その断片は、アガロースゲル電気泳動によって検出することができる。逆転写、ハイブリダイゼーション、増幅の最適な条件は、用いるプライマーと標的の配列組成および長さと、実施者が選択する実験方法に応じて変化するであろう。適切なプライマー配列とハイブリダイゼーション条件を選択するのにさまざまなガイドラインを利用することができる（例えばＳａｍｂｒｏｏｋ他、１９８９年、『Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ』（第１巻〜第３巻）Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ、ニューヨーク州；Ａｕｓｕｂｅｌ他、１９８９年、『Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ』、Ｇｒｅｅｎ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ  ａｎｄ  Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ社、ニューヨークを参照されたい）。
【０３２４】
インサイチュハイブリダイゼーションは、細胞／組織特異的バイオマーカーのＲＮＡ発現の検出と位置特定に利用することができる。標識したアンチセンスＲＮＡプローブを、顕微鏡スライドガラスの上に固定化した個々の細胞または処理した組織切片の中のｍＲＮＡにハイブリダイズさせる（『Ｉｎ  Ｓｉｔｕ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ：Ｍｅｄｉｃａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ』（ＧＲ  ＣｏｕｌｔｏｎとＪ．ｄｅ  Ｂｅｌｌｅｒｏｃｈｅ編）、Ｋｌｕｗｅｒ  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ社、ボストン（１９９２年）；『Ｉｎ  Ｓｉｔｕ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ：Ｉｎ  Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌｏｇｙ；Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｙ』（Ｊ．Ｈ．Ｅｂｅｒｗｉｎｅ、Ｋ．Ｌ．Ｖａｌｅｎｔｉｎｏ、Ｊ．Ｄ．Ｂａｒｃｈａｓ編）、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ  Ｉｎｃ．社、イギリス国（１９９４年）；『Ｉｎ  Ｓｉｔｕ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ』（Ｄ．Ｇ．Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ編）、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ  Ｉｎｃ．社、イギリス国（１９９２年））。標識したＤＮＡプローブを可視化するために数多くの非同位体システムが開発されており、そのようなシステムに含まれるのは、ａ）蛍光に基づく直接検出法、ｂ）ジゴキシゲニンで標識したＤＮＡプローブとビオチンで標識したＤＮＡプローブの使用と蛍光検出法の組み合わせ、ｃ）ジゴキシゲニンで標識したＤＮＡプローブとビオチンで標識したＤＮＡプローブの使用と抗体−酵素検出法の組み合わせである。蛍光標識したアンチセンスＲＮＡプローブを細胞ＲＮＡにハイブリダイズさせる場合には、ハイブリダイズしたプローブを蛍光顕微鏡で直接見ることができる。核酸プローブに蛍光色素を直接標識すると、多層検出手続き（例えば抗体に基づくシステム）の必要性がなくなるため、迅速な処理が可能になるとともに、非特異的なバックグラウンドシグナルも減少するため、バイオマーカー遺伝子の発現を同定する多用途かつ高感度の手段が提供される。
【０３２５】
チップハイブリダイゼーションでは、マイクロアレイとして設計された固体基板（ナイロンフィルタ、スライドガラス、シリコンチップなどの粒子状固相で構成することができる（Ｓｃｈｅｎａ他（１９９５年）Ｓｃｉｅｎｃｅ  第２７０巻：４６７〜４７０ページ））に付着させたバイオマーカー特異的オリゴヌクレオチドを用いる。マイクロアレイは本分野で知られており、バイオマーカー遺伝子の発現を検出するため配列が遺伝子産物（ｃＤＮＡなど）に対応しているプローブを既知の位置に特異的にハイブリダイズまたは結合させることのできる表面からなる。
【０３２６】
ハイブリダイゼーション複合体の定量は本分野において周知であり、いくつかのアプローチのうちの任意の１つによって実現することができる。これらのアプローチは、一般に、標識またはマーカー（例えば本分野で標準的に用いられている任意の放射性、蛍光性、生物性、酵素性のタグまたは標識）の検出に基づいている。標識は、オリゴヌクレオチドプローブ、または生物サンプルに由来するＲＮＡに適用することができる。
【０３２７】
一般に、ｍＲＮＡの定量は、ｍＲＮＡが正確に求まるようにするため、較正曲線の決定とともに実施するのが適切である。さらに、生物サンプルに由来する転写産物の定量は、調べる転写産物の発現パターンが正常であることを特徴とする正常なサンプルとの比較によってなされることが好ましい。
【０３２８】
８．６  バイオマーカー値の導出
バイオマーカー値として、測定されたバイオマーカー値（対象について直接測定されたバイオマーカーの値）、または「導出された」バイオマーカー値（例えば測定された１つ以上のバイオマーカー値に関数を適用することにより、測定されたその１つ以上のバイオマーカー値から導出された値）が可能である。本明細書では、関数が適用されたバイオマーカーを「導出されたバイオマーカー」と呼ぶ。
【０３２９】
バイオマーカー値は、本分野でよく知られている数多い方法のうちの任意の１つの方法で求めることができる。例えばバイオマーカー値を求める方法の包括的な説明は、国際特許出願公開ＷＯ２０１５／１１７２０４に見いだすことができる（その全体が参照によって本明細書に組み込まれている）。一例では、バイオマーカー値を求める方法は、例えば対象に対して、または対象から得られたサンプルに対して試験を実施してバイオマーカー値を測定することを含むことができる。
【０３３０】
しかしより典型的には、バイオマーカー値を求める工程は、以前に測定または導出されたバイオマーカー値を電子的処理装置に受信または取得させることを含んでいる。これには、例えばデータストア（遠隔データベースなど）からバイオマーカー値を検索すること、手作業で入力されたバイオマーカー値を取得すること、入力装置を使用することなどが含まれる可能性がある。複数のバイオマーカー値の組み合わせを使用して、Ｔｈ１免疫状態の少なくとも一部を示す指標を決定することが適切である。この方法が電子的処理装置を用いて実行されるのであれば、指標の値は、表示されるか、ユーザに提供される。
【０３３１】
いくつかの実施態様では、バイオマーカー値が例えば加減乗除によって組み合わされて指標値が求まる。この工程は、複数のバイオマーカー値を組み合わせて１つの指標値にするために実施される。するとより有用かつ直接的な機構が提供されるため、その指標を解釈すること、したがって対象のＴｈ１免疫状態を判断するのに用いることができる。
【０３３２】
この文脈では、上記の方法で使用されるバイオマーカーが、Ｔｈ１免疫状態に関する１つのバイオマーカープロファイルを規定できることが理解されよう。このバイオマーカープロファイルは、含まれているバイオマーカーの数は最少（例えば少なくとも１つのバイオマーカー）でありながら、十分な性能を維持しているため、臨床的に適切な判断をする際にこのバイオマーカープロファイルを用いることができる。用いるバイオマーカーの数をできるだけ少なくすることで、診断または予後判定のための検査の実施に関係するコストが最少になり、ポリペプチドバイオマーカーの場合には、比較的簡単な技術（蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）や免疫組織化学など）を利用して検査を実施することができるため、臨床環境で試験を迅速に実施することが可能になる。この点に関し、本明細書に記載した方法によって提供される指標として、指標値のグラフィック表現または英数字表現が可能である。しかしその代わりに、指標として、指標値をあらかじめ決めた閾値または範囲と比較した結果、またはＴｈ１免疫状態の指標が可能であると考えられる。
【０３３３】
さらに、単一の指標値を生成させることにより、検査結果を臨床医または他の開業医が容易に解釈できるようになるため、臨床環境で検査を信頼性ある診断に用いることができる。
【０３３４】
ほんの一例だが、指標を求める方法は、少なくとも１つのバイオマーカー値を求めることを含んでいることが適切である。そのバイオマーカー値は、対象の少なくとも１つのＴｈ１免疫状態バイオマーカーについて測定または導出された値であり、その対象から採取されたサンプルに含まれるＴｈ１免疫状態バイオマーカーの濃度または存在量を少なくとも部分的に示していて、その少なくとも１つのＴｈ１免疫状態バイオマーカーは、ＩＥＣ相互作用細胞（ＡＰＣ（例えば樹状細胞）や腫瘍細胞など）のＰＤ−Ｌ２を含んでいる。Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーのプロファイルは、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーとして、ＩＥＣ相互作用細胞（ＡＰＣ（例えば樹状細胞）や腫瘍細胞など）のＰＤ−Ｌ１をさらに含んでいることが適切である。バイオマーカー値は、典型的には、対象のＴｈ１免疫状態を判断する際に用いる指標を求めるのに使用される。いくつかの実施態様では、指標は、一対のＴｈ１免疫状態バイオマーカー（例えばＰＤ−Ｌ２とＰＤ−Ｌ１）の濃度の比を示す。したがってバイオマーカー値がＴｈ１免疫状態バイオマーカーの濃度を示している場合には、導出されたバイオマーカー値は、典型的には（必ずしもそうではない）バイオマーカー値の比に基づくことになろう。
【０３３５】
次に、導出されたバイオマーカー値を指標値として用いるか、追加の処理（例えば導出されたバイオマーカー値を参照値などと比較する）を実行することにより、指標を求める。この比較操作は本分野で一般に知られており、以下により詳しく説明する。
【０３３６】
導出されたバイオマーカー値は、付加モデル、線形モデル、サポートベクターマシン、ニューラルネットワークモデル、ランダムフォレストモデル、回帰モデル、遺伝的アルゴリズム、アニーリングアルゴリズム、加重合計、最近傍モデル、確率モデルなどの組み合わせ関数を使用して組み合わせることができると考えられる。いくつかの実施態様では、バイオマーカー値は、ＰＤ−Ｌ２とＰＤ−Ｌ１について測定または導出され、指標は、それらバイオマーカー値を組み合わせることによって求まる。いくつかの実施態様では、指標を参照指標と比較し、その比較の結果に従ってＴｈ１免疫状態を判断する。参照指標は、参照集団に含まれる多数の個体について求めた指標から導出することができる。参照集団には、典型的には、異なる特徴を有する個体（性別および／または人種の異なる複数の個体など）が含まれる。群の違いは特徴の違いに基づいて規定され、対象の指標は、特徴が似た個体から導出された参照指標と比較される。参照集団には、健康な複数の個体、Ｔｈ１免疫状態が増強されていることがわかっている複数の個体、Ｔｈ１免疫状態が低下しているか不十分であることがわかっている複数の個体、がん（転移性のがんが適切である）の臨床徴候を示す複数の個体、病原性感染症（例えばマラリア）の臨床徴候を示す複数の個体も含めることができる。
【０３３７】
特別な実施態様では、指標を求める本発明の方法は、少なくとも１つの電子的処理装置（適切にプログラムされたコンピュータシステムなど）を用いて実施される。その場合、電子的処理装置は、典型的には、少なくとも１つの測定されたバイオマーカー値を、測定装置または他の定量装置から受信することによって、またはデータベースなどから検索することによって取得する。その後、処理装置は、適切な任意の手段によって（例えば第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーと第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーの濃度の比を示す値を計算することによって）指標を求める。
【０３３８】
その後、処理装置は、例えば指標の符号表示または英数字表示の生成、指標を１つ以上の参照指標を比較した結果のグラフィック表示の生成、対象のＴｈ１免疫状態の英数字表示の生成のいずれかにより、標識の表現を生成させることができる。
【０３３９】
指標を求める本発明の方法は、典型的には、Ｔｈ１関連疾患（例えば病原性感染症またはがん）の少なくとも１つの臨床徴候を有することが典型である対象から、１つ以上のＴｈ１免疫状態バイオマーカー（例えばＰＤ−Ｌ２と、場合によってはＰＤ−Ｌ１も）を含むサンプルを取得し、サンプル中のＴｈ１免疫状態バイオマーカーのうちの少なくとも１つ（例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれ以上の個数）を定量するか、それ以外のやり方で評価し、バイオマーカー値を求めることを含んでいる。これは、適切な任意の技術を利用して実現することができ、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの性質に依存するであろう。測定または誘導された個々のＴｈ１免疫状態バイオマーカー値は、それぞれのＴｈ１免疫状態バイオマーカーのレベル、存在量、量のいずれかに対応するか、そのレベルまたは量に適用する関数に対応することが適切である。例えば複数のＴｈ１免疫状態バイオマーカーを用いて指標を求める本発明の方法のいくつかの実施態様で指標がポリペプチドの濃度の比に基づいている場合には、この方法は、典型的には、本分野で知られている任意の手段（免疫蛍光が含まれる）によって、または機能的アッセイによってポリペプチドを定量することを含むと考えられる。
【０３４０】
いくつかの実施態様では、対象のＴｈ１免疫状態は、対象の体内の、または得られたサンプル中のＴｈ１免疫状態バイオマーカーについて測定または導出された値を個別に示す１つ以上のＴｈ１免疫状態バイオマーカー値を求めることによって明確になる。本明細書では、これらバイオマーカーを「サンプルＴｈ１免疫状態バイオマーカー」と呼ぶ。本発明によれば、サンプルＴｈ１免疫状態バイオマーカーは、参照Ｔｈ１免疫状態バイオマーカー（本明細書では、「対応するＴｈ１免疫状態バイオマーカー」とも呼ぶ）に対応する。「対応するＴｈ１免疫状態バイオマーカー」は、例えば配列ＩＤ番号１（ＰＤ−Ｌ２）と配列ＩＤ番号５６（ＰＤ−Ｌ１）に記載した参照Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーと構造および／または機能が似たＴｈ１免疫状態バイオマーカーを意味する。代表的な対応するＴｈ１免疫状態バイオマーカーに含まれるのは、参照Ｔｈ１免疫応答バイオマーカー遺伝子のアレル変異体（同じ遺伝子座）、相同体（異なる遺伝子座）、オルソログ（異なる生物）の発現産物である。参照Ｔｈ１免疫状態バイオマーカー遺伝子とコードされたＴｈ１免疫状態バイオマーカーポリペプチドの核酸変異体は、ヌクレオチドの置換、および／または欠失、および／または反転、および／または挿入を含むことができる。変異は、コード領域と非コード領域の一方または両方に起こる可能性がある。変異により、（コードされた産物と比べたとき）保存的アミノ酸置換と非保存的アミノ酸置換の両方が起こる可能性がある。ヌクレオチド配列については、保存的変異体は、遺伝暗号の縮重が理由で、参照Ｔｈ１免疫状態ポリペプチドのアミノ酸配列をコードする配列を含んでいる。
【０３４１】
対応するＴｈ１免疫状態バイオマーカーには、参照Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーポリペプチドのアミノ酸配列との配列類似性または配列一致を実質的に示すアミノ酸配列が含まれる。一般に、参照アミノ酸配列に対応するアミノ酸配列は、配列ＩＤ番号１〜９のいずれか１つから選択された参照アミノ酸配列と少なくとも約５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％いずれかの配列類似性または配列一致を示すことになる。
【０３４２】
いくつかの実施態様では、配列間の配列類似性または配列一致の計算は以下のようになされる。
【０３４３】
２つのアミノ酸配列、または２つの核酸配列の一致率を求めるとき、最適な比較を目的として配列をアラインメントさせる（例えば最適なアラインメントのため、第１と第２のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方にギャップを導入することと、比較を目的として、相同でない配列を無視することができる）。いくつかの実施態様では、比較を目的としてアラインメントさせた参照配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％であり、通常は少なくとも４０％であり、より通常なのは少なくとも５０％、６０％であり、それ以上に通常なのは少なくとも７０％、８０％、９０％、１００％である。その後、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列の中の位置が、第２の配列の中の対応する位置にある同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められている場合には、それら分子はその位置が一致している。アミノ酸配列の比較については、第１の配列の中の位置が、第２の配列の中の対応する位置にある同じか似たアミノ酸残基によって占められている（すなわち保存的置換）場合には、それら分子はその位置が類似している。
【０３４４】
２つの配列間の一致率は、２つの配列のアライメントを最適にするため導入する必要のあるギャップの数と各ギャップの長さを考慮した上で、個々の位置でそれらの配列によって共有される同じアミノ酸残基の数の関数である。それとは異なり、２つの配列間の類似率は、２つの配列のアライメントを最適にするため導入する必要のあるギャップの数と各ギャップの長さを考慮した上で、個々の位置でそれらの配列によって共有される同じアミノ酸残基と似たアミノ酸残基の数の関数である。
【０３４５】
配列を比較することと、配列間の一致率または類似率を求めることは、数学的アルゴリズムを利用して実現できる。いくつかの実施態様では、アミノ酸配列間の一致率または類似率は、（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍで入手できる）ＧＣＧソフトウェアパッケージの中のＧＡＰプログラムに組み込まれているＮｅｅｄｌｅｍａｎとＷｕｎｓｃｈ（１９７０年、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．第４８巻：４４４〜４５３ページ）のアルゴリズムでＢｌｏｓｓｕｍ  ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスを用い、ギャップの重みを１６、１４、１２、１０、８、６、４のいずれかにし、長さの重みを１、２、３、４、５、６のいずれかにして求められる。特別な実施態様では、ヌクレオチド配列間の一致率は、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰを使用して、（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍで入手できる）ＧＣＧソフトウェアパッケージの中のＧＡＰプログラムでＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスを用い、ギャップの重みを４０、５０、６０、７０、８０のいずれかにし、長さの重みを１、２、３、４、５、６のいずれかにして求められる。パラメータの非限定的なセット（と、特に断わらない限り使用すべきセット）の一例に含まれるのは、ギャップペナルティが１２、ギャップ拡張ペナルティが４、およびフレームシフトギャップペナルティが５のＢｌｏｓｓｕｍ  ６２スコアリングマトリックスである。
【０３４６】
いくつかの実施態様では、アミノ酸配列間またはヌクレオチド配列間の一致率または類似率は、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているＥ．ＭｅｙｅｒｓとＷ．Ｍｉｌｌｅｒ（１９８９年、Ｃａｂｉｏｓ、第４巻：１１〜１７ページ）のアルゴリズムでＰＡＭ１２０重み残基表を用い、ギャップ長ペナルティを１２、ギャップペナルティを４にして求めることができる。
【０３４７】
本明細書に記載した核酸配列とタンパク質配列は、例えばファミリーの他のメンバーや関連する配列を同定することを目的として公開データベースで検索するための「質問配列」として用いることができる。そのような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９０年、Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．、第２１５巻：４０３〜４１０ページ）のＮＢＬＡＳＴプログラムとＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を用いて実施することができる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索、ＮＢＬＡＳＴプログラムでスコア＝１００、ワード長＝１２にして実施すると、本発明の５３０１０個の核酸分子と相同なヌクレオチド配列を得ることができる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索をＸＢＬＡＳＴプログラムでスコア＝５０、ワード長＝３にして実施すると、本発明のタンパク質分子と相同なアミノ酸配列を得ることができる。比較を目的としたギャップ付きアラインメントを得るには、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９７年、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ、第２５巻：３３８９〜３４０２ページ）が記載しているＧａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴを用いることができる。ＢＬＡＳＴプログラムとＧａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴプログラムを利用するとき、そのそれぞれのプログラム（例えばＸＢＬＡＳＴとＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータを用いることができる。
【０３４８】
対応するＴｈ１免疫状態バイオマーカーのポリヌクレオチドは、下記のストリンジェンシー条件下で参照Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーのポリヌクレオチドまたはその相補体にハイブリダイズする核酸配列も含んでいる。本明細書では、「低ストリンジェンシー、中ストリンジェンシー、高ストリンジェンシー、超高ストリンジェンシーいずれかの条件下でハイブリダイズする」という表現は、ハイブリダイゼーションと洗浄のための条件を記述している。本明細書では、「ハイブリダイゼーション」は、相補的なヌクレオチド配列がペアになってＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドまたはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドを生成させることを意味する。相補的な塩基配列は、塩基対合規則によって関連づけられた配列である。ＤＮＡでは、ＡはＴと対合し、ＣはＧと対合する。ＲＮＡでは、ＵはＡと対合し、ＣはＧと対合する。この点に関し、本明細書では、「マッチ」と「ミスマッチ」という用語は、相補的な核酸鎖の中でペアになるヌクレオチドがハイブリダイズする能力を意味する。マッチしたヌクレオチドは効率的にハイブリダイズする。その例は、上記の古典的なＡ−Ｔ塩基対やＧ−Ｃ塩基対である。ミスマッチは、効率的にハイブリダイズしない、ヌクレオチドの別の組み合わせである。
【０３４９】
ハイブリダイゼーション反応を実施するための手引きは、Ａｕｓｕｂｅｌ他（１９９８、前出文献）の６．３．１〜６．３．６節に見いだすことができる。この参考文献には水性法と非水性法が記載されており、どちらも利用できる。本明細書で言及する低ストリンジェンシー条件に含まれるのは、４２℃でのハイブリダイゼーションのための少なくとも約１％ｖ／ｖ〜少なくとも約１５％ｖ／ｖのホルムアミド、および少なくとも約１Ｍ〜少なくとも約２Ｍの塩と、４２℃で洗浄するための少なくとも約１Ｍ〜少なくとも約２Ｍの塩である。低ストリンジェンシー条件には、６５℃でのハイブリダイゼーションのための１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．５Ｍ  ＮａＨＰＯ4（ｐＨ７．２）、７％ＳＤＳと、室温で洗浄するための（ｉ）２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳまたは（ｉｉ）０．５％ＢＳＡ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、４０ｍＭ  ＮａＨＰＯ4（ｐＨ７．２）、５％ＳＤＳも含めることができる。低ストリンジェンシー条件の一実施態様には、約４５℃の６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）の中でハイブリダイズさせた後、少なくとも５０℃の０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳの中で２回洗浄することが含まれる（低ストリンジェンシー条件では洗浄温度を５５℃まで上昇させることができる）。中ストリンジェンシー条件に含まれるのは、４２℃でのハイブリダイゼーションのための少なくとも約１６％ｖ／ｖ〜少なくとも約３０％ｖ／ｖのホルムアミド、および少なくとも約０．５Ｍ〜少なくとも約０．９Ｍの塩と、５５℃で洗浄するための０．１Ｍ〜少なくとも約０．２Ｍの塩である。中ストリンジェンシー条件には、６５℃でのハイブリダイゼーションのための１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．５Ｍ  ＮａＨＰＯ4（ｐＨ７．２）、７％ＳＤＳと、６０〜６５℃で洗浄するための（ｉ）２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳまたは（ｉｉ）０．５％ＢＳＡ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、４０ｍＭ  ＮａＨＰＯ4（ｐＨ７．２）、５％ＳＤＳも含めることができる。中ストリンジェンシー条件の一実施態様には、約４５℃の６×ＳＳＣの中でハイブリダイズさせた後、６０℃の０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳの中で１回以上洗浄することが含まれる。高ストリンジェンシー条件に含まれるのは、４２℃でのハイブリダイゼーションのための少なくとも約３１％ｖ／ｖ〜少なくとも約５０％ｖ／ｖのホルムアミド、および約０．０１Ｍ〜約０．１５Ｍの塩と、５５℃での洗浄のための約０．０１Ｍ〜約０．０２Ｍの塩である。高ストリンジェンシー条件には、６５℃でのハイブリダイゼーションのための１％ＢＳＡ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．５Ｍ  ＮａＨＰＯ4（ｐＨ７．２）、７％ＳＤＳと、６５℃を超える温度で洗浄するための（ｉ）０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳまたは（ｉｉ）０．５％ＢＳＡ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、４０ｍＭ  ＮａＨＰＯ4（ｐＨ７．２）、１％ＳＤＳを含めることもできる。高ストリンジェンシー条件の一実施態様には、約４５℃の６×ＳＳＣの中でハイブリダイズさせた後、６５℃の０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳの中で１回以上洗浄することが含まれる。
【０３５０】
いくつかの実施態様では、対応するＴｈ１免疫状態バイオマーカーのポリヌクレオチドは、開示されているヌクレオチド配列（例えば配列ＩＤ番号３または配列ＩＤ番号４）に超高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドである。超高ストリンジェンシー条件の一実施態様には、６５℃の０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％ＳＤＳの中でハイブリダイズさせた後、６５℃の０．２×ＳＳＣ、１％ＳＤＳで１回以上洗浄することが含まれる。
【０３５１】
他のストリンジェンシー条件は本分野で周知であるため、当業者は、さまざまな因子を操作してハイブリダイゼーションの特異性を最適化できることを認識しているであろう。最終洗浄のストリンジェンシーを最適化することで、大きな割合のハイブリダイゼーションを確実にすることができる。詳しい例については、Ａｕｓｕｂｅｌらの上記文献の２．１０．１〜２．１０．１６節と、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９、上記文献）の１．１０１〜１．１０４節を参照されたい。
【０３５２】
９．キット
本発明のＴｈ１免疫状態バイオマーカーの検出と定量に必要とされる不可欠なすべての試薬をキットの中にまとめることができる。いくつかの実施態様では、キットは、少なくとも１つのＴｈ１免疫状態バイオマーカーの定量を可能にする試薬を含んでいる。いくつかの実施形態では、キットは、（ｉ）第１のＴｈ１免疫状態バイオマーカーの定量（例えば存在量またはレベルを求めること）を可能にする試薬と、（ｉｉ）第２のＴｈ１免疫状態バイオマーカーの定量（例えば存在量またはレベルを求めること）を可能にする試薬を含んでいる。いくつかの実施態様では、キットはさらに、（ｉｉｉ）第３のＴｈ１免疫状態バイオマーカーの定量（例えば存在量またはレベルを求めること）を可能にする任意の試薬と、（ｉｖ）第４のＴｈ１免疫状態バイオマーカーの定量（例えば存在量またはレベルを求めること）を可能にする任意の試薬を含んでいる。Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ２とＰＤ−Ｌ１の一方または両方であることが適切である。
【０３５３】
本発明の文脈では、「キット」は、本発明の方法を実施するのに必要なさまざまな試薬を含んでいて、輸送と保管が可能なように包装された製品を意味すると理解される。キットの構成要素を包装するのに適した材料に含まれるのは、結晶、プラスチック（ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリカーボネートなど）、瓶、バイアル、紙、封筒などである。それに加え、本発明のキットは、キットに含まれるさまざまな成分を同時に、または順番に、または別々に使用するための指示を含むことができる。指示は、印刷物の形態、または指示を記憶できて対象が読めるようにされた電子的支持体の形態（電子的記憶媒体（磁気ディスク、テープなど）、光学媒体（ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ）など）にすることができる。その代わりに、またはそれに加えて、媒体には、指示を提供するインターネットアドレスを含めることができる。
【０３５４】
Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの定量を可能にする試薬は、Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの定量を可能にする化合物または材料か、または化合物または材料のセットを含んでいる。特別な実施態様では、その化合物または材料、その化合物または材料のセットにより、ポリペプチド（すなわちＰＤ−Ｌ２ポリペプチド）のレベルまたは量を求めることができる。
【０３５５】
キットは、場合によっては、標識を検出するための適切な試薬、陽性対照と陰性対照、洗浄溶液、ブロッティング膜、マイクロタイタープレート、希釈緩衝液なども含むことができる。例えばタンパク質に基づく検出キットは、（ｉ）Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーポリペプチド（例えばＰＤ−Ｌ２ポリヌクレオチドと、場合によってはＰＤ−Ｌ１ポリヌクレオチドであり、後者は陽性対照として使用できる）と、（ｉｉ）Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーポリペプチドに特異的に結合する抗体を含むことができる。あるいは核酸に基づく検出キットは、（ｉ）Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーポリヌクレオチド（例えばＰＤ−Ｌ２ポリヌクレオチドと、場合によってはＰＤ−Ｌ１ポリヌクレオチドであり、後者は陽性対照として使用できる）と、（ｉｉ）Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするプライマーまたはプローブを含むことができる。増幅に必要な反応混合物を提供するため、核酸の増幅に適した酵素（さまざまなポリメラーゼ（利用する核酸増幅技術に応じ、逆転写酵素、Ｔａｑ、Ｓｅｑｕｅｎａｓｅ（商標）、ＤＮＡリガーゼなど）が含まれる）、デオキシヌクレオチド、緩衝液も含めることができる。そのようなキットは、一般に、個々の試薬と酵素のための別々の容器のほか、それぞれのプライマーまたはプローブのための別々の容器も適切なやり方で含むことになろう。
【０３５６】
特別な実施態様では、キットはさらに、上に大まかに説明するとともに本明細書の別の箇所に記載した免疫調節剤を含んでいる。
【０３５７】
キットは、本明細書に記載したアッセイのうちの１つを実施するためのさまざまな装置（例えば１つ以上）と試薬（例えば１つ以上）；および／またはキットを用いてＴｈ１免疫状態バイオマーカー遺伝子の発現を定量するための印刷された指示書も特徴とすることができる。
【０３５８】
検出可能な標識と場合によっては会合させることのできる本明細書に記載の試薬は、実施例または下記のアッセイ（例えば本明細書に記載したＲＴ−ＰＣＲ技術またはＱ  ＰＣＲ技術）で用いるのに適したマイクロ流体力学カードの形態、チップまたはチェンバーの形態、マイクロアレイまたはキットの形態で提示することができる。
【０３５９】
１０．診断法
指標は、対象が望ましくないＴｈ１免疫応答状態に関連した疾患を有する可能性を判定するのにも使用できる。この場合、判定は、通常、その指標を、疾患を示す少なくとも１つの参照指標と比較し、その比較の結果に従って確率を求めることによって実現されると考えられる。本発明による診断と処置が有用なＴｈ１関連疾患の非限定的な例に含まれるのは、例えば本明細書に記載した感染症（特にウイルス感染症）と増殖性疾患（例えば転移性のがん）である。
【０３６０】
このタイプの実施態様では、その少なくとも１つの参照指標は、参照母集団について求めた指標の分布である。例えば対象が病原性感染症の臨床症状（例えば肝炎ウイルス、真菌感染症（アスペルギルスなど）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、マラリア、腸チフス、コレラ、ヘルペスウイルス、クラミジア、ＨＰＶによる症状）を呈する場合には、同じ疾患または似た疾患を患っている個体からなる参照群を用いて対象の指標と比較する。
【０３６１】
いくつかの実施態様では、対象が疾患を有する可能性の判定は、個体からなる２つ以上の参照群を用いてなされる。例えば第１の参照群は、興味ある疾患を患っていることが以前に診断されてわかっている個体からなり、第２の参照群は、健康な状態であると診断された個体からなる。
【０３６２】
別の実施態様では、Ｔｈ１関連疾患は、増殖性または過剰増殖性の状態であり、その中には、あらゆる悪性または前悪性の状態や、身体のあらゆる細胞または組織の増殖能力の乱れや異常、または挙動の機能その他の乱れや異常から生じたり、由来したり、関連していたりするあらゆる疾患が含まれる。したがって本明細書に記載した方法を利用してがんを診断できると考えられる（診断には、がんが転移性のがんであるかどうかの可能性を評価することが含まれる）。
【０３６３】
本発明を容易に理解して実施できるようにするため、特定の好ましい実施態様を以下の非限定的な実施例によって説明する。
【実施例】
【０３６４】
実施例１：ＤＣのＰＤ−Ｌ２発現は、ヒトにおけるマラリア重症度と逆相関する
ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２がマラリア免疫に影響を及ぼしたかどうかを判断するため、マラリアに罹患したことのない７人の健康なボランティアに、熱帯熱マラリア原虫に感染した赤血球（ｐＲＢＣ）を１８００個感染させ、そのチャレンジの前と７日後に血液を調べた。本発明の発明者は、ＤＣが発病に重要な役割を果たしていること（ＷｙｋｅｓとＧｏｏｄ、Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ第６巻、８６４〜８６７ページ、２００８年）と、ＤＣ表面のＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２がＴ細胞による免疫応答を下方調節できること（Ｂｒｏｗｎ他、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第１７０巻：１２５７〜１２６６ページ、２００３年；Ｆｒｅｅｍａｎ他、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．第１９２巻：１０２７〜１０３４ページ、２０００年）を考慮し、ＤＣ（ＣＤ１１ｃの発現）を調べた。７人のボランティア全員で、感染前に９０％のＤＣがＰＤ−Ｌ１を発現しており、感染してから７日後までにこのリガンドを発現するＤＣの割合が有意に変化することはなかった（図１Ａ）。それとは対照的に、感染前にＤＣの８０％がＰＤ−Ｌ２も発現していたが、７人のうちの５人で、感染後７日目にＰＤ−Ｌ２+  ＤＣの割合が有意に減少していた（１７〜５７％）（図１Ｂ）。特に、寄生虫血症のレベルと、感染後７日目のＤＣ表面でのＰＤ−Ｌ１発現率に対するＰＤ−Ｌ２発現率の比の間に、有意な逆相関が観察された（図１Ｃ）。まとめると、ＰＤ−Ｌ２の役割は免疫阻害剤であるという一般的な認識とは異なり、熱帯熱マラリア原虫に感染した後に寄生虫血症になることがより少なかった人たちのほうにＰＤ−Ｌ２を発現しているＤＣがより多いという関連性があることが観察された。
材料と方法
ヒトでの研究
【０３６５】
臨床試験を実施する方法（ＭｃＣａｒｔｈｙ他、ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ  第６巻：ｅ２１９１４ページ、２０１１年）（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別番号：ＮＣＴ０２３８９３４８）と、寄生虫血症を定量するのに利用したＰＣＲ法（Ｒｏｃｋｅｔｔ他、Ｍａｌａｒ．Ｊ．第１０巻：４８ページ、２０１１年）は、他の文献に詳しく記載されている。各参加者からインフォームド・コンセントを取った。実験的な抗マラリア治療薬ＯＺ４３９とＤＳＭ２６５の有効性を評価する研究に参加した１９〜５５歳（中央値２４歳｛四分位範囲、２１〜３７歳｝）の８人の健康なボランティア（男性ｎ＝４、女性ｎ＝３）のうちの７人は、この臨床試験に挿入されているこのサブスタディに参加することに別々に同意した。この研究は、ＱＩＭＲ  Ｂｅｒｇｈｏｆｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｆｏｒ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＱＩＭＲ）のＨｕｍａｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｅｔｈｉｃｓ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅによって承認された。ボランティアは、２．０ｍｌの生理食塩水の中に入れた約１８００個の熱帯熱マラリア原虫ｐＲＢＣを静脈内に注射された。処置を開始するよう指定された日である７日目に参加者を研究ユニットに収容し、研究のため採血した後に治験用抗マラリア薬を用いた処置を施した。
【０３６６】
実施例２：ＤＣ表面のＰＤ−Ｌ２発現は、マウスにおけるマラリア重症度と逆相関する
本発明の発明者は、これらのデータの生物学における重要性を理解するため、次にマラリアに関する４つのマウスモデルを調べた。マウスに感染するマラリア原虫で、生理と病原性が異なる別々の４つの種／株を選択する。野生型マウスに非致死性のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬまたはＰ．ｃｈａｂａｕｄｉを感染させ、１〜３日ごとに血液を検査して寄生虫を探すと、感染は異なる速度で進行したが、両群とも約３０日以内に感染が消えた（図２Ａ）。それとは異なり、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭまたはＰ．ｂｅｒｇｈｅｉ  ＡＮＫＡを感染させた野生型マウスは、重症だが異なる疾患経過を示した（図２Ｂ；表３と表４に従ってモニタした）。Ｐ．ｂｅｒｇｈｅｉ寄生虫血症の割合は、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ感染症の割合と比べて少ない。なぜならＰ．ｂｅｒｇｈｅｉに感染したＲＢＣは、血液から離れて深部組織（脳を含む）に入ることで、致命的な脳疾患へとつながるからである。しかしＰ．ｙｏｅｌｉｉＹＭに感染したマウスとＰ．ｂｅｒｇｈｅｉに感染したマウスはすべて、臨床スコアが４以上だと１０日以内に安楽死させねばならなかった（表３と表４）。
【０３６７】
表面におけるＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２の発現を、脾臓からのＤＣで調べた。脾臓は、寄生虫の殺害と寄生虫特異的免疫応答の調節の主要な部位であることがマウスで示されている（Ｙａｄａｖａ他、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，第９３巻：４５９５〜４５９９ページ、１９９６年）。天然マウスの脾臓の中にあるＣＤ１１ｃ+ＤＣの約７０％がＰＤ−Ｌ１を発現した。この割合はＰ．ｂｅｒｇｈｅｉ感染マウスとＰ．ｃｈａｂａｕｄｉ感染マウスで増加したが、致死性または非致死性のＰ．ｙｏｅｌｉｉに感染しているマウスでは増加しなかった（図３Ａ）。ＰＤ−Ｌ１を発現しているＤＣは、４種類すべてのマラリアに感染した後にＰＤ−Ｌ１の表面発現レベル（ＭＦＩ）が天然マウスからのＤＣと比べて増加し、非致死性Ｐ．ｃｈａｂａｕｄｉ感染マウスが最大の増加を示した（図３Ｂと図４Ａ〜図４Ｆ）。それとは異なり、天然マウスからの脾臓ＤＣの５％未満がＰＤ−Ｌ２を発現した。これは、主にＰＤ−Ｌ２を発現したヒト血液ＤＣとは異なっていた。それは、出所が血液であるか脾臓であるかの違いを反映している可能性が非常に大きい。さらに、ＰＤ−Ｌ２+ ＤＣの割合はどのマラリアに感染している間も増加し、致死性マラリアよりも非致死性マラリアに感染したマウスのほうで有意に高い割合になることが見いだされた（図３Ｃと図４Ａ〜図４Ｅ）。ＰＤ−Ｌ２を発現しているＤＣに関するＰＤ−Ｌ２染色のＭＦＩも、Ｐ．ｂｅｒｇｈｅｉ寄生虫以外のすべての寄生虫に感染したマウスにおいて、天然マウスからのＤＣと比べて増加した（図３Ｄと図４Ａ〜図４Ｆ）。
【０３６８】
最後に、致死性と非致死性のＰ．ｙｏｅｌｉｉからのＣＤ１１ｃ+ ＤＣは、ＰＤ−Ｌ１  ｍＲＮＡとＰＤ−Ｌ２  ｍＲＮＡのレベルが同様に増加した（図４Ｇ）。これは、図３Ｃに示したこれら寄生虫のＰＤ−Ｌ２の間の差が、転写後調節またはタンパク質局在に依存することを示唆している。注目すべきことに、致死性と非致死性のＰ．ｙｏｅｌｉｉに感染したマウスからのＤＣは、表面における発現とｍＲＮＡがＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２で同じであったが、ＰＤ−Ｌ２+  ＤＣの割合は異なり、ＰＤ−Ｌ１+ＤＣの割合は異なっていなかった。
【０３６９】
まとめると、全種類に感染させることから得られた結果は、ＰＤ−Ｌ２+  ＤＣの割合がより大きいことが、疾患の好ましい転帰と相関するという仮説と一致する。
【０３７０】
材料と方法
マウスでの研究
特定の病原体に感染していない雌の８〜１２週齢のＣ５７ＢＬ／６Ｊ（野生型）マウスをＡｎｉｍａｌ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ  Ｃｅｎｔｒｅ（パース、オーストラリア国）から入手した。マウスをＱＩＭＲ動物研究施設に収容し、ＱＩＭＲ  Ａｎｉｍａｌ  Ｅｔｈｉｃｓ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅがすべての手続きを承認してモニタした。「科学を目的とした動物の世話と利用のためのオーストラリアの行動規範」（Ａｕｓｔｒａｌｉａｎ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｈｅａｌｔｈ  ＆  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｕｎｃｉｌ）に従い、ＱＩＭＲ動物倫理承認番号Ａ０２０９−６２２Ｍのもとで作業を実施した。Ｃ５７ＢＬ／６バックグラウンドのＰＤ−１ノックアウト（ｋｏ）（Ｐｄｃｄ１-/-）マウスは、親切にも本庶佑博士からＲｉｋｅｎ  ＢＲＣを通じて提供された（Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ他、Ｓｃｉｅｎｃｅ  第２９１巻：３１９〜３２２ページ、２００１年）。これらの研究で使用したＣ５７ＢＬ／６バックグラウンドのＰＤ−Ｌ２  ｋｏマウス（Ｌｉａｎｇ他、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第３６巻：５８〜６４ページ、２００６年）、ＰＤ−Ｌ１  ｋｏマウス（Ｌｉａｎｇ他、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第３６巻：５８〜６４ページ、２００６年）、ＰＤ−１  ｋｏマウスは、ＰＣＲ試験および／またはフローサイトメトリーによって遺伝子が欠失していることが確認された。サンプルサイズは、同じ寄生虫を用いて同様のアッセイを実施した以前の研究に基づいて推定した。
【０３７１】
複数の群を用いて実験するため、最初にすべてのマウスに感染させた後、ランダムに割り当てて複数の処置群を得た。盲検化は実施しなかった。
【０３７２】
寄生虫の感染とモニタリング
１０5個のＰ． ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬ、１０5個のＰ．ｃｈａｂａｕｄｉ  ＡＳ、１０4個のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ、１０4個のＰ．ｂｅｒｇｈｅｉ  ＡＮＫＡのいずれかが寄生した赤血球細胞（ｐＲＢＣ）を以前に感染したＣ５７ＢＬ／６Ｊマウスから新たに採取し、３〜６匹の野生型マウスからなるコホートの静脈内に感染させた。寄生虫の用量をこれらの値にすると、ほぼ同じ時期に明らかな寄生虫血症になることが以前にわかっている。尾端部血液フィルムを１〜２日ごとに作製し、Ｑｕｉｃｋ  Ｄｉｐ改変ライト−ギムザ染色剤（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社）を用いて染色し、寄生虫血症を６０日目まで調べた。ｐＲＢＣの割合は、寄生虫血症が１％超である間はＲＢＣを少なくとも３００個数え、それ以外のときは細胞が約１０，０００個含まれる２０個の視野を数えることによって評価した。
【０３７３】
いくつかの図に示した寄生虫血症の割合の平均値は、１つの群に含まれる個々のマウスからのＲＢＣの総数に対するｐＲＢＣの割合の平均値である。マウスで貧血と疾患の身体症状（姿勢（背の丸まり）、活動の欠如、毛並が含まれる）を毎日モニタした。マウスが以下の表３と表４に示した顕著な苦痛の徴候を示した場合には、安楽死させた。
【表３】
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【０３７４】
Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭの症状には、貧血、呼吸困難、血尿が含まれ、昏睡や痙攣などの合併症を伴うが、脳マラリアには決してならない。実験期間中はマウスを毎日モニタし、研究に記載されている処置が、マウスを安楽死させるべき程度まで苦痛を引き起こしているかどうかを上記の苦痛判定基準に従って判定する。これらの評価基準で累積スコアが３を超える場合や、体重減少が２５％を超える場合には、その苦しんでいるマウスを安楽死させる。
【表４】
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【０３７５】
Ｐ．ｂｅｒｇｈｅｉは致死的な脳疾患を引き起こし、通常は感染後７日目までに症状が明白になる。スコアは累積され、累積スコア＝４のマウスは安楽死させる。荒れた毛並と背の丸まりは一般的な臨床徴候だが、他の症状（イタリック体）は脳マラリアの症状であることに注意されたい。
【０３７６】
フローサイトメトリー
処理した血液細胞または脾臓細胞の単細胞懸濁液を、下記の蛍光体結合抗体の組み合わせで標識した。死んだ細胞を分析から除外するのにＦｉｘａｂｌｅ  Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ  Ｄｙｅ  ｅＦｌｕｏｒ７８０（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社）を用いた。各抗体の連続希釈液をフローサイトメトリーによってあらかじめ試験し、本番のアッセイのための最適濃度を決定した。抗ＣＤ１６／３２（クローン２．４Ｇ２、ＢＤ社）を用いて非特異的Ｆｃ結合を阻止した。ＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｂｕｆｆｅｒセットを用いて細胞の固定と透過処理をした後、星印で示した細胞内マーカーに標識した。データの取得は、ＢＤ  ＬＳＲ  ＦｏｒｔｅｓｓａフローサイトメーターとＢＤ  ＦＡＣＳＤｉｖａソフトウェアを用いて行なった。データの分析は、ＦＣＳ  ｅｘｐｒｅｓｓ（Ｄｅ  Ｎｏｖｏ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ社）またはＦｌｏｗＪｏ（Ｔｒｅｅ  Ｓｔａｒ社）を用いて実行した。
【表５】
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【０３７７】
実施例３：生存と寄生虫制御にはＰＤ−Ｌ２が必要とされる
次に本発明の発明者は、マラリア原虫の制御に対するＰＤ−Ｌ２の寄与を明らかにするため、（Ｃ５７ＢＬ／６Ｊバックグラウンドの）ＰＤ−Ｌ２  ｋｏマウスにおけるＰ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬ感染の転帰を野生型マウスと比較して調べた（Ｌｉａｎｇ他、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第３６巻：５８〜６４ページ、２００６年）。すべての野生型マウスで感染が２７日以内に消えた（図５Ａ）。
【０３７８】
しかしＰＤ−Ｌ２  ｋｏマウスは、１３日目以降は寄生虫血症の割合が野生型マウスよりも有意に多かったため、マウスはすべて、死ぬか、臨床スコアが４以上であるという理由で１９日目までに安楽死させねばならなかった（図５Ａと図６Ａ）。したがって寄生虫を制御し、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬ感染から生き延びるには、ＰＤ−Ｌ２の発現が必要である。
【０３７９】
次に本発明の発明者は、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬ感染から生き延びるのにＰＤ−Ｌ２が必要であるという観察結果を確認するため、血中に寄生虫を検出できるようになったとき、ＰＤ−Ｌ２をモノクローナル抗体で阻止した。この実験のため、野生型マウスにＰ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬを感染させ、抗ＰＤ−Ｌ２または対照であるラットＩｇＧを感染後４日目に投与するとともに、感染後１４〜１８日目まで３〜４日ごとに投与した。ラットＩｇＧを投与されたすべての野生型マウスが生き残り、３２日以内に感染が消えた（図５Ｃと図６Ｃ）。それとは異なり、ＰＤ−Ｌ２阻止抗体を投与された１００％の感染マウスが、死ぬか、重篤な症状のため１９日目までに安楽死させられた（図６Ｂ）が、寄生虫制御の程度は、抗ＰＤ−Ｌ２で処置した群と対照抗体で処置した群で同様であった（図５Ｂと図６Ｂ）。これは、１３日目以降に寄生虫血症の割合が有意に高かったＰＤ−Ｌ２  ｋｏマウス（図５Ａ）とは対照的であり、抗体が機能を完全に抑制しなかったか、阻止前にＰＤ−Ｌ２が４日間機能して免疫が部分的に改善されたことを示唆している。
【０３８０】
他の非致死性感染からの保護におけるＰＤ−Ｌ２の役割をさらに探究するため、野生型マウスに非致死性Ｐ．ｃｈａｂａｕｄｉマラリアを感染させ、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬ実験のように抗ＰＤ−Ｌ２またはラットＩｇＧで処置した（図５Ｃと図６Ｃ）。両群のマウスが生き残ったが、ＰＤ−Ｌ２を阻止すると、急性感染中に寄生虫血症の割合が有意に増加し（８日目、対数スケールであることに注意されたい）、感染の慢性期（２１日目以降）には一般に寄生虫血症の割合がより多くなり、寄生虫の消失が４日間遅れた（矢印は、ラットＩｇＧで処置したマウスにおける寄生虫の消失を示す；図５Ｃ）。まとめると、これらの保護／生存試験から、ＰＤ−Ｌ２の発現が、非致死性マラリアをよりよく制御するためと、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬマラリアから生き延びるために必要であることがわかった。
【０３８１】
実施例４：ＰＤ−Ｌ２は、マウスにおける寄生虫特異的ＣＤ４+ Ｔ細胞応答を改善する
次に本発明の発明者は、ＰＤ−Ｌ２を阻止するとなぜマウスが非致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬ感染から生き延びられなかったのかを理解することに焦点を当てた。そこで発明者は上記の阻止実験を繰り返し、７日目と１４日目に脾臓を回収して複数の免疫アッセイで評価した。最初に、ＣＤ４+  Ｔ細胞でＴbetの発現を調べた。Ｔbetは、Ｔｈ１  ＣＤ４+  Ｔ細胞のエフェクタ機能に必要な転写因子であり、マラリアに対する防御を担うことが知られている（ＫｕｍａｒとＭｉｌｌｅｒ、Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｌｅｔｔ、第２５巻：１０９〜１１４ページ、１９９０年；Ｓｔｅｐｈｅｎｓと  Ｌａｎｇｈｏｒｎｅ、ＰＬｏＳ  Ｐａｔｈｏｇ、第６巻：ｅ１００１２０８ページ、２０１０年；ＳｕとＳｔｅｖｅｎｓｏｎ、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ、第１６８巻：１３４８〜１３５５ページ、２００２年）。Ｔ細胞でＣＤ６２Ｌの発現も評価した（図７Ａ）。ＣＤ６２Ｌは天然Ｔ細胞の表面に見いだされるマーカーであり、セントラルメモリー（ＣＤ６２Ｌhi）Ｔ細胞をエフェクタメモリー（ＣＤ６２Ｌlo）Ｔ細胞から識別してもいる。天然のマウス（０日目；図８Ａ）と比較すると、ラットＩｇＧを与えた対照マウスでは７日目までに脾臓当たりのＴbet発現ＣＤ６２Ｌhi  ＣＤ４+  Ｔ細胞の数が有意に増加した（図８Ｂ；ｐ＜０．００９５）が、ＰＤ−Ｌ２を阻止したマウスではそうではなかった（図８Ｂ；ｐ＞０．０５）。対照マウスは、１４日目までに、抗ＰＤ−Ｌ２抗体を与えられたマウスと比較して、脾臓当たりのＴbet発現ＣＤ６２Ｌhi  ＣＤ４+  Ｔ細胞とＣＤ６２Ｌlo  ＣＤ４+  Ｔ細胞がそれぞれ２．２倍と３倍であった（図８Ｃ）。同様に、対照マウスは、培養物の中での寄生虫抗原ＭＳＰ１19に対する応答の測定からわかるように、１４日目に、ＩＦＮ−γを分泌する寄生虫特異的ＣＤ４+  Ｔ細胞の数が、ＰＤ−Ｌ２を阻止したマウスの５倍超であった（図８Ｄ）。インビトロＥｄＵ取り込みアッセイにより、対照マウスでは、寄生虫抗原に応答して増殖する寄生虫特異的ＣＤ４+  Ｔ細胞の数がより多いことが確認された（図８Ｅ）。しかし血清ＩＦＮ−γのレベルは、ＰＤ−Ｌ２の阻止によって有意な影響を受けなかった（図８Ｆ）。それとは逆に、ＰＤ−Ｌ２を阻止したマウスは、１４日目までに血清ＩＬ−１０が対照マウスの２倍超であった（図８Ｇ）。この結果は、ＰＤ−Ｌ２を阻止したマウスにおいて、対照で処置したマウスと比べて脾臓当たりの制御性Ｔ細胞（Ｔreg）の数の有意な増加が見られたことと相関していた（図８Ｈ）。
【０３８２】
Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬ感染ＰＤ−Ｌ２  ｋｏマウスを用いた研究からは、１４日目に、Ｔbetを発現している寄生虫特異的ＣＤ４+  Ｔ細胞とＩＦＮ−γを分泌する寄生虫特異的ＣＤ４+  Ｔ細胞の脾臓当たりの数が感染した野生型マウスと比べて有意に少ないことも見いだされた（図７Ｂと図７Ｃ）。最後に、感染したＰＤ−Ｌ２  ｋｏマウス、または抗ＰＤ−Ｌ２阻止抗体を投与された感染マウスでは、１４日目に、ＩＦＮ−γを分泌する寄生虫特異的ＣＤ８+  Ｔ細胞の脾臓当たりの数は、感染した野生型マウスと比べて有意に減少していなかった（図７Ｄ）。
【０３８３】
まとめると、データから、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬマラリアに対する効果的なＴｈ１  ＣＤ４+  Ｔ細胞応答にはＰＤ−Ｌ２の発現が必要であることがわかった。ＤＣ表面でのＰＤ−Ｌ１発現に対するＰＤ−Ｌ２発現の比がより大きいことが、より少ない寄生虫血症と関係していたことと、ＰＤ−Ｌ２を阻止するとＴｈ１応答が低下したことを考慮して、ＰＤ−Ｌ２は、Ｔｈ１応答を抑制することが報告されているＰＤ−Ｌ１機能（Ｌｉａｎｇ他、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第３６巻：５８〜６４ページ、２００６年）を抑制できる可能性があるという仮説を立てた。さらに、ＰＤ−Ｌ２を阻止すると、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬに感染したマウスは死んだが、Ｐ．ｃｈａｂａｕｄｉマラリアに感染したマウスは死ななかった。それに加え、ＰＤ  Ｌ１／ＰＤ−１を媒介とする免疫抑制は、Ｐ．ｃｈａｂａｕｄｉマラリア（Ｈｏｒｎｅ−Ｄｅｂｅｔｓ他、Ｃｅｌｌ．Ｒｅｐｏｒｔｓ．第５巻：１２０４〜１２１３ページ、２０１３年）よりもＰ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬマラリア（Ｂｕｔｌｅｒ他、Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．第１３巻：１８８〜１９５ページ、２０１２年）の急性期の間のほうが大きいことが以前に示されている。そこでわれわれは、ＰＤ−Ｌ２／ＰＤ−１を媒介とした免疫抑制をＰＤ−Ｌ２を媒介として抑制することで、ＰＤ−Ｌ２の阻止によりこれら２つの感染症の間で異なった転帰がもたらされた結果を説明できる可能性があると結論した。
【０３８４】
実施例５：ＤＣ表面でのＰＤ−Ｌ１とＰＤ−Ｌ２の同時発現が免疫を決定する
次に本発明の発明者は、ＤＣ表面におけるＰＤ−Ｌ１の発現がマラリアの致死性の原因であるかどうかを明確にするため、ＤＣ移入研究を行った。そうするため、野生型マウスとＰＤ−Ｌ１  ｋｏマウスに致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭマラリアを感染させ、感染後７日目にＤＣを単離し（図９Ａと図９Ｂ）、天然マウスに移した後、そのマウスに致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭマラリアを感染させた。野生型マウスからのＤＣを与えられた１００％のマウスを臨床スコアが４以上であるという理由で１０日以内に安楽死させねばならなかったが、ＰＤ−Ｌ１  ｋｏマウスからのＤＣを与えられたマウスはすべてが生き残り（図９Ｃ）、感染が消えた（図９Ｄと図９Ｅ）。この移入研究から、ＤＣ表面のＰＤ−Ｌ１が致死性を媒介していることがわかった。なぜならＰＤ−Ｌ１は豊富に存在するがＰＤ−Ｌ２はほとんど存在しないＤＣを与えられたマウス（図３Ａ、図３Ｃ、図４Ｄ参照）は生き残らなかったのに対し、ＰＤ−Ｌ１  ｋｏ  ＤＣを与えられたマウスは生き残ったからである。
【０３８５】
次に、野生型マウスとＰＤ−１  ｋｏマウスに致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭを感染させ、ＰＤ−１経路がＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭマラリアの致死性の原因であることを確認した。１００％の野生型マウスを臨床スコアが４以上であるという理由で１０日目までに安楽死させねばならなかったのに対し、ＰＤ−１  ｋｏマウスはすべて生き残り（図９Ｆ）、感染が消えた（図９Ｇと図９Ｈ）。これは、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１経路がＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ感染の致死性を支配していたことの確認となっている。まとめると、これらの研究から、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１がマラリアの致死性を媒介していることがわかった。
【０３８６】
ＰＤ−Ｌ２の発現がマラリアから生き延びることと関連しているため、次に本発明の発明者は、ＤＣの表面でＰＤ−Ｌ２をＰＤ−Ｌ１と同時に発現させることで免疫をどのように調節できるかを調べた。以前の研究から、ＤＣ上のＰＤ−Ｌ１とＣＤ８+  ＯＴＩ  Ｔ細胞上のＰＤ−１の間の相互作用が、リガンドによって誘導されるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）の下方調節に寄与することがわかっている（Ｋａｒｗａｃｚ他、ＥＭＢＯ．Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．第３巻：５８１〜５９２ページ、２０１１年）。ＤＣの表面でＰＤ−Ｌ２をＰＤ−Ｌ１と同時に発現させるとＰＤ−Ｌ１を媒介としたＴＣＲの下方調節と誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）の発現を抑制できるかどうかを調べる実験を行なった。そうするため、精製したＤＣとＴ細胞を、ＰＤ-１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２いずれかの機能を阻止する抗体とともに感染したマウス（１：５細胞）から培養し、３６時間後にＴ細胞を調べ、ＴＣＲの一構成要素であるＣＤ３の高発現と、Ｔ細胞活性化を示している可能性のあるＩＣＯＳの高発現を探した（図４Ｉ〜図４Ｎ）。ＤＣ：Ｔ細胞培養物の中で抗ＰＤ−１抗体を用いてＴ細胞へのＰＤ−１シグナル伝達を阻止すると、ＣＤ３とＩＣＯＳの発現が有意に増加した（図４Ｋと図４Ｎ）。これは、ＰＤ−１シグナルがＴ細胞上のこれらの分子の発現を下方制御したことを示している。ＰＤ−Ｌ１シグナルを抗体で阻止し、ＰＤ−Ｌ２だけを機能させると、Ｔ細胞でＩＣＯＳとＣＤ３のレベルが有意に上昇した（図４Ｌと図４Ｎ）。それとは逆に、ＰＤ−Ｌ２を阻止し、ＰＤ−Ｌ１機能を完全なまま残すと、ＣＤ３とＩＣＯＳが有意に失われた（図４Ｍと図４Ｎ）。まとめると、これらの知見から、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬに感染したマウスからの細胞の文脈では、ＤＣの表面におけるＰＤ−Ｌ１の発現はＴ細胞の活性化を抑制するように見えるのに対し、ＰＤ−Ｌ２は、ＣＤ３とＩＣＯＳの発現を促進するように見えることがわかる。
【０３８７】
材料と方法
ＤＣ移入研究
１０4個のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ（致死性）ｐＲＢＣを感染させた野生型マウスとＰＤ−Ｌ  １  ｋｏマウスの脾臓からＣＤ１１ｃ+  ＤＣを取得した。感染の４日後、マウスを４日間にわたって毎日２５０μｇのピリメタミンで処置して感染を消した。７日目に、Ｄｙｎａｌ  ＤＣ濃縮キットを用いて脾臓を消化させ、ＤＣを濃縮した。サンプルをＡｕｔｏＭＡＣに適用し、Ｄｙｎａｌで標識した細胞とヘモゾインの残留物を除去した。抗ＣＤ１１ｃ  ＭＡＣＳビーズでＤＣに標識することによって高度に精製されたＤＣを取得し、ＡｕｔｏＭＡＣＳで単離した。その後、約１．５×１０7個のＤＣをナイーブマウスの静脈内に輸液した。マウスを１５時間超休ませた後、致死量のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ（１０4個のｐＲＢＣ）を感染させた。マウスを４８日間追跡した後にモニタリングを停止した。
【０３８８】
ＤＣ−Ｔ細胞培養物
マウスに１０5個のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  １７ＸＮＬ  ｐＲＢＣを感染させ、感染後１４日目に脾臓を消化させ、ＣＤ９０．２  ＭＡＣＳビーズを用いて全Ｔ細胞を単離してＴＣＲへの影響が最少になるようにした。その後、Ｄｙｎａｌ  ＤＣ濃縮キットを用いてＤＣを残った脾臓細胞から単離した。
【０３８９】
少なくとも３連のウエルの中で約１０6個のＴ細胞を２×１０5個のＤＣとともに培養した。対照、阻止用抗ＰＤ−１抗体（ＲＭＰ１−１４）、抗ＰＤ−Ｌ１抗体（１０Ｆ．９Ｇ２）抗ＰＤ−Ｌ２抗体（ＴＹ２５）のいずれかを２０μｇ／ｍｌの濃度で培養物に添加した。３６時間培養した後、細胞を洗浄し、フローサイトメトリーのために標識した。生きているＣＤ４+ＣＤ６２ＬloＰＤ−１+  Ｔ細胞の表面におけるＣＤ３とＩＣＯＳの発現を評価した。
【０３９０】
実施例６：転移性のがんを有する患者からのＤＣ表面におけるＰＤ−Ｌ２の発現
考え方を証明する追加データを提供するため、良性病変または転移性黒色腫を有する患者からの血液ＤＣを比較した。転移性疾患に罹患している患者では、ＰＤ−Ｌ２+  ＤＣの有意な喪失が観察された（図１０参照）。健康なボランティアでは％ＰＤ−Ｌ２：％ＰＤ−Ｌ１比が約０．９だが、転移性黒色腫の間にこの比は０．４〜０．８に低下する。興味深いことに、局在した病変（すなわち良性腫瘍）を持つ患者では、％ＰＤ-Ｌ２：％ＰＤ−Ｌ１比は０．９〜１．３へと上昇する。
【０３９１】
全身性マラリアとがんでの所見に基づくと、ＰＤ−Ｌ１ではなくてＰＤ−Ｌ２が、Ｔｈ１免疫応答に関連する全身性疾患の重症度を予測するように見える。まとめると、自己免疫疾患の間にＰＤ−Ｌ２のレベルが上昇し、そのことにより、損傷を与える免疫エフェクタ細胞の増殖が促進されると予測される。これは、局所的な病変を持っていて比が大きな患者に反映されている。
【０３９２】
実施例７：ＰＤ−Ｌ２の多量体化が、ＴＨ１免疫状態を示す
本発明の発明者は、可溶性多量体ＰＤ−Ｌ２（ｓＰＤ−Ｌ２）はＰＤ−Ｌ１よりもＴｈ−１細胞表面のＰＤ−１に結合しやすいため、Ｔ細胞の機能に対するＰＤ−Ｌ１の抑制効果を低下させるであろうという仮説を立てた。この仮説を検証するため、ヒトＩｇＧのＦｃ部分に融合させたマウスＰＤ−Ｌ２の細胞外ドメインを含むプラスミドコンストラクトを作製し、Ｇｅｎｅａｒｔ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社；ドイツ国）によって哺乳動物細胞にトランスフェクトした。プロテインＧカラムを用いて培養上清から可溶性二量体ＰＤ−Ｌ２  Ｉｇタンパク質（ＰＤ−Ｌ２）を精製した。このタンパク質は、＜０．２ＥＵ／ｍｌのエンドトキシンを含むことがわかった。ＥＺ連結スルホＮＨＳビオチンを製造者の指示に従って用いて二量体ＰＤ−Ｌ２をビオチン化することによってＰＤ−Ｌ２を多量体化し、ビオチン化のレベルを測定するキット（Ｐｉｅｒｃｅ社、アメリカ合衆国）によって測定すると、１つのＰＤ−Ｌ２二量体につき２〜５個のビオチン分子が得られた。このタンパク質をＰＤ−１０カラムに通すことによって過剰なビオチンを除去した。ビオチン化されたＰＤ−Ｌ２をストレプトアビジン（Ｃｅｄａｒｌａｎｅ社、アメリカ合衆国）と４：１のモル比で混合すると、主に八量体の形態になった多量体ＰＤ−Ｌ２キメラポリペプチドが得られた。バイアルの中の量が購入した量を超えていたため、ストレプトアビジンの各バッチをタンパク質アッセイで試験した。各バッチは活性が異なっている（例えば６：１）可能性があるため、ストレプトアビジンの各バッチについて比を最適化した。低率ネイティブＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルを用いたウエスタンブロット法により、タンパク質が多量体化されて八量体になり、３００〜４００ｋＤａのあたりにバンドがあることを確認した。
【０３９３】
次に、野生型マウスに致死性のＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭまたはＰ．ｂｅｒｇｈｅｉを感染させ、寄生虫血症が測定可能になった後である感染後３日目に、次いで５日目と７日目にＰＤ−Ｌ２を投与した。Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭを感染させて対照ヒトＩｇＧ（対照Ｉｇ）で処置した野生型マウスはすべて、死ぬか、１０日以内に安楽死させねばならなかった（図１１Ａ〜図１１Ｃ）。
【０３９４】
同様に、二量体ＰＤ−Ｌ２は寄生虫血症の増加をまったく防ぐことができなかった（図１１Ｄ）。それとは異なり、ＰＤ−Ｌ２で処置したＰ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭ感染マウス（ｎ＝１２）の９２％が、より少ない症状で生存し、２５日間で感染が消えた（図１１Ａ〜図１１Ｅ）。生き残ったすべてのマウスを１５０日目まで放置した後、同じ用量の致死性Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭマラリアを再度感染させる（追加のＰＤ−Ｌ２は投与しなかった；図１１Ａ）とともに、新たな同齢の対照ナイーブマウス（対照Ｉｇ−Ｒ）にも感染させた。以前にＰＤ−Ｌ２で処置したマウスはすべて症状なしで再感染から生き延び、８匹のマウスのうちの４匹だけが何らかの寄生虫血症を示したことを、図１１Ｂに対数スケールで示してある。再感染から２０日以内に、ｓＰＤ−Ｌ２で処置して再感染させたこれらマウスの８０％で感染が完全に消えた（図１１Ｆ）。なぜならこれらのマウスからナイーブマウスに血液を２００μｌ移したときに感染は移さなかったからである。比較して、同齢の対照マウスの第２の集団は感染に屈したため、再感染に用いた寄生虫は致死性であることが確認される（図１１Ｃ）。まとめると、多量体ＰＤ−Ｌ２は、Ｐ．ｙｏｅｌｉｉ  ＹＭを感染させた後のＰＤ−Ｌ１を媒介とした致死性を克服することができた。
【０３９５】
同様に、Ｐ．ｂｅｒｇｈｅｉを感染させた対照マウスの１００％が８日以内に実験的脳マラリア症状（ＥＣＭ）を発症し（図１１Ｇ）、１０日目までにその感染に屈した（図１１Ｈ）。ｓＰＤ−Ｌ２で処置したＰ．ｂｅｒｇｈｅｉ感染マウスの２２％だけが脳マラリアを発症したことが、これらマウスのＥＣＭスコアからわかる（図１１Ｇ）。さらに、生き残ったマウスは感染を約２０日間にわたって抑制し（図１１Ｈと図１１Ｉ）、ＰＤ−Ｌ２を最後に投与してから１３日後に感染に屈した。追加投与によって生存率は改善しなかった（データは示さず）。まとめると、多量体ＰＤ−Ｌ２の投与によって致死性感染症からの生存が有意に改善され、特に脳マラリアに関する臨床症状の重症度が下がった。
【０３９６】
実施例８：十二量体  ＰＤ−Ｌ２は腫瘍に対する免疫応答を増進する
自己組織化して十二量体になる可溶性キメラＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを設計した。このキメラポリペプチドは、ヒトＩｇＧのＦｃ部分に融合させたマウスＰＤ−Ｌ２の細胞外ドメインと、Ｃ末端α−テールピース（マウスＰＤ−Ｌ２−Ｆｃ−αｔｐ）を含んでおり、以下のアミノ酸配列を有する：
ＭＬＬＬＬＰＩＬＮＬＳＬＱＬＨＰＶＡＡＬｆｔｖｔａｐｋｅｖｙｔｖｄｖｇｓｓｖｓｌｅｃｄｆｄｒｒｅｃｔｅｌｅｇｉｒａｓｌｑｋｖｅｎｄｔｓｌｑｓｅｒａｔｌｌｅｅｑｌｐｌｇｋａｌｆｈｉｐｓｖｑｖｒｄｓｇｑｙｒｃｌｖｉｃｇａａｗｄｙｋｙｌｔｖｋｖｋａｓｙｍｒｉｄｔｒｉｌｅｖｐｇｔｇｅｖｑｌｔｃｑａｒｇｙｐｌａｅｖｓｗｑｎｖｓｖｐａｎｔｓｈｉｒｔｐｅｇｌｙｑｖｔｓｖｌｒｌｋｐｑｐｓｒｎｆｓｃｍｆｗｎａｈｍｋｅｌｔｓａｉｉｄｐｌｓｒｍｅｐｋｖｐｒｔｗｐｌｈｖｆｉｐａｃＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫＰＴＨＶＮＶＳＶＶＭＡＥＶＤＧＴＣＹ［配列ＩＤ番号５８］。
【０３９７】
下線を引いた大文字の配列は、マウスＰＤ−Ｌ２シグナルペプチドのアミノ酸配列を表わす。小文字の配列は、マウスＰＤ−Ｌ２外部ドメインのアミノ酸配列に対応する。イタリックにした小文字の配列は、マウスＰＤ−Ｌ２膜貫通ドメインの一部のアミノ酸配列を表わす。大文字の配列は、ヒトＩｇＧ１に関するＦｃポリペプチドのアミノ酸配列に対応する。太字にした大文字の配列は、ＩｇＡ分子のアルファテールピース（αｔｐ）のアミノ酸配列を表わす。
【０３９８】
このキメラポリペプチドをコードするＤＮＡ配列を発現するコンストラクトをＧｅｎｅａｒｔ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社；ドイツ国）によって独自の哺乳動物細胞にトランスフェクトし、大半が十二量体の可溶性ＰＤ−Ｌ２−Ｉｇタンパク質（ｓＰＤ−Ｌ２）を、プロテインＧカラムを用いて培養上清から精製した後、ＦＰＬＣ分画によって二量体の形態のタンパク質を除外する。このタンパク質は、＜０．２ＥＵ／ｍｌのエンドトキシンを含むことがわかった。
【０３９９】
次に、樹立したＢ１６．Ｆ０メラノーマ細胞系とＢ１６．Ｆ１０メラノーマ細胞系を実験室で増殖させ、それぞれ５×１０5個または１×１０5個の細胞をＣ５７ＢＬ／６マウスの皮下に移植した。
【０４００】
進行黒色腫に対するｓＰＤ−Ｌ２の効果を明らかにするため、Ｂ１６．Ｆ１０腫瘍がほぼ９日目に１００ｍｍ3の体積に達すると、９日目、１１日目、１３日目に、マウスにヒトＩｇＧまたはｓＰＤ−Ｌ２を２００μｇ投与し、サイズを１〜２日ごとにモニタした。倫理的な理由から、腫瘍が１０００ｍｍ3を超えた場合、または何らかの潰瘍の形成や不快症状が見られた場合には、マウスを安楽死させた。図１２に示したこの研究からの結果は、ｓＰＤ−Ｌ２が、進行した黒色腫に対する免疫応答を増進し、進行した黒色腫から保護してくれることを明確に示している。
【０４０１】
ｓＰＤ−Ｌ２の効果を初期腫瘍でも調べた。これらの実験では、腫瘍が約５０ｍｍ3の体積に達した約３日目にＢ１６．Ｆ１０細胞を移植し、３日目、９日目、１５日目に２００μｇのヒトＩｇＧまたはｓＰＤ−Ｌ２でマウスを処置した。この研究からの結果（図１３参照）から、ｓＰＤ−Ｌ２が早い段階で黒色腫から保護してくれることが明らかになった。
【０４０２】
本明細書で引用したあらゆる特許、特許出願、刊行物の開示内容は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれている。
【０４０３】
本明細書における何らかの参考文献の引用が、本出願でそのような参考文献を「先行技術」として利用できることの承認であると解釈してはならない。
【０４０４】
本明細書全体を通じ、目的は、本発明の好ましい実施態様を説明することであったが、本発明がどれか１つの実施態様に限定されたり、特徴の特定の集団に限定されたりすることはない。したがって当業者は、例示されている特定の実施態様において、本発明の範囲から逸脱することなく、本開示に照らしてさまざまな修正と変更を行なうことが可能であることがわかるであろう。そのような修正と変更はすべて、添付の請求項の範囲に含まれるものとする。
【図１】
2019528689.tif 000007
【図２】
2019528689.tif 000008
【図３】
2019528689.tif 000009
【図４】
2019528689.tif 000010
【図５】
2019528689.tif 000011
【図６】
2019528689.tif 000012
【図７】
2019528689.tif 000013
【図８】
2019528689.tif 000014
【図９Ａ−Ｈ】
2019528689.tif 000015
【図９Ｉ−Ｑ】
2019528689.tif 000016
【図１０】
2019528689.tif 000017
【図１１Ａ−Ｇ】
2019528689.tif 000018
【図１１Ｈ−Ｉ】
2019528689.tif 000019
【図１２】
2019528689.tif 000020
【図１３】
2019528689.tif 000021
【手続補正書】
【提出日】平成30年6月11日(2018.6.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式（Ｉ）：
［Ｐ］ｎ                    （Ｉ）
（式中、
Ｐは、現われるごとに独立に、タンパク質性分子であって、前記タンパク質性分子の自己集合を促進してポリペプチド複合体を形成する少なくとも１のオリゴマー化ドメインに作用可能に連結されたＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの可溶性外部ドメイン含有部分を含むか、当該部分からなるか、又は当該部分から実質的になる、前記タンパク質性分子を表し、ここで当該可溶性部分及び少なくとも１のオリゴマー化ドメインが、一本鎖キメラペプチドの形態であり、そして
ｎは２よりも大きい整数を表わす）。
で表わされるポリペプチド複合体
【請求項２】
Ｐが、腫瘍新生血管標的ドメイン、または腫瘍関連新生血管標的ドメインを欠いている、請求項１に記載のポリペプチド複合体。
【請求項３】
前記外部ドメインが、シグナルペプチドを伴うか、又は伴わない、請求項２に記載のポリペプチド複合体。
【請求項４】
前記タンパク質性分子が、ＰＤ−Ｌ２膜貫通ドメインとＰＤ−Ｌ２細胞質ドメインの一方または両方を欠いている、請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項５】
ｎが、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上のいずれかである、請求項１〜４のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項６】
ｎが、１００以下、５０以下、３０以下、２０以下のいずれかである、請求項１〜５のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項７】
ｎが３〜２０の範囲内、好ましくは４〜１６の範囲内、より好ましくは８〜１２の範囲内である、請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項８】
前記少なくとも１つのオリゴマー化ドメインが、前記ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドの上流（すなわちそのＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのアミノ末端）および／または下流（すなわちそのＰＤ−Ｌ２ポリペプチドのカルボキシ末端）に作用可能に接続されている、請求項７に記載のポリペプチド複合体。
【請求項９】
前記タンパク質性分子が、式（ＩＩ）：
ＰＤ−Ｌ２−Ｌ−ＯＭＤＡ    （ＩＩ）
（式中、
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わし；
ＯＭＤＡは、ｉ個のサブユニットＯＭＤＡからなるオリゴマー（ＯＭＤＡ）ｉ（ｉは３以上、好ましくは３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、結合またはペプチドリンカーである）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むか、そのポリペプチド一本鎖からなるか、またはそのポリペプチド一本鎖から実質的になる、請求項８に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１０】
前記タンパク質性分子が、式（ＩＩＩ）：
ＰＤ−Ｌ２−Ｌ−ＯＭＤＡ−Ｌ−ＯＭＤＢ      （ＩＩＩ）
（式中、
ＯＭＤＡは、ｉ個のサブユニットＯＭＤＡからなるオリゴマー（ＯＭＤＡ）ｉ（ｉは２以上、好ましくは２、３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、現われるごとに独立に、結合またはペプチドリンカーを表わし；
ＯＭＤＢは、ｊ個のサブユニットＯＭＤＢからなるオリゴマー（ＯＭＤＢ）ｊ（ｊはｉよりも大きい整数、好ましくはｉ＋１、ｉ＋２、ｉ＋３、ｉ＋４、ｉ＋５、ｉ＋６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインである）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むか、そのポリペプチド一本鎖からなるか、またはそのポリペプチド一本鎖から実質的になる、請求項８に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１１】
ｉが２であり、ｊが４または６である、請求項９に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１２】
前記タンパク質性分子が、式（ＩＶ）：
ＯＭＤＡ−Ｌ−ＰＤ−Ｌ２      （ＩＶ）
（式中、
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わし；
ＯＭＤＡは、ｉ個のサブユニットＯＭＤＡからなるオリゴマー（ＯＭＤＡ）ｉ（ｉは３以上、好ましくは３、４、５、６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
Ｌは、結合またはペプチドリンカーであり；
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わす）
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むか、そのポリペプチド一本鎖からなるか、またはそのポリペプチド一本鎖から実質的になる、請求項８に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１３】
前記タンパク質性分子が、式（Ｖ）：
ＯＭＤＢ−Ｌ−ＯＭＤＡ−Ｌ−ＰＤ−Ｌ２      （Ｖ）
（式中、
ＯＭＤＢは、ｊ個のサブユニットＯＭＤＢからなるオリゴマー（ＯＭＤＢ）ｊ（ｊは２以上、好ましくは２、３、４、５、６のいずれかであり；
Ｌは、現われるごとに独立に、結合またはペプチドリンカーを表わし；
ＯＭＤＡは、ｉ個のサブユニットＯＭＤＢからなるオリゴマー（ＯＭＤＢ）ｊ（ｉはｊよりも大きい整数、好ましくはｊ＋１、ｊ＋２、ｊ＋３、ｊ＋４、ｊ＋５、ｊ＋６のいずれかである）を形成するオリゴマー化ドメインであり；
ＰＤ−Ｌ２はＰＤ−Ｌ２ポリペプチドを表わす）、
によって表わされるポリペプチド一本鎖を含むか、そのポリペプチド一本鎖からなるか、またはそのポリペプチド一本鎖から実質的になる、請求項８に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１４】
ｊが２であり、ｉが４または６である、請求項１３に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１５】
結合パートナーの存在下で個々のオリゴマー化ドメイン（例えばＯＭＤＡまたはＯＭＤＢ）が組織化してヘテロオリゴマーになる、請求項９〜１４のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１６】
前記オリゴマー化ドメインと前記結合パートナーは特異的結合ペアのメンバーが可能性である、請求項１５に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１７】
前記特異的結合ペアの選択が、ビオチン−アビジン、ビオチン−ストレプトアビジン、抗原−抗体、ハプテン−抗ハプテン、リガンド−受容体、受容体−補助受容体からなされる、請求項１６に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１８】
前記少なくとも１つのオリゴマー化ドメインの選択が、二量体化ドメイン（例えば免疫グロブリンＦｃドメイン、ロイシンジッパーなど）、三量体化ドメイン（例えば大腸菌アスパラギン酸トランスカルバモイラーゼ（ＡＴＣアーゼ）の触媒性サブユニット、バクテリオファージＴ４フィブリチンからの「フォールドン」三量体化配列、ネック領域ペプチド、ヒト肺界面活性Ｄタンパク質、オリゴマー化コイルドコイルアドヒーシン、エンベロープウイルスのクラスＩ融合タンパク質の相補的７アミノ酸反復領域など）、四量体化ドメイン（例えばテトラブラキオンのコイルドコイルドメイン）、五量体化ドメイン（例えばトリプトファンジッパーまたは軟骨オリゴマーマトリックスドメイン（ＣＯＭＰ）の五量体化ドメインなど）、六量体化ドメイン（例えばＩｇＡ抗体の重鎖のＣ末端からのテールピース）からなされる、請求項１〜１７のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項１９】
前記少なくとも１つのオリゴマー化ドメインが前記ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドに直接接続されている、請求項１〜１８のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２０】
前記少なくとも１つのオリゴマー化ドメインと前記ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドがペプチドリンカーによって接続されている、請求項１〜１８のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２１】
前記ペプチドリンカーが約１個〜約１００個のアミノ酸残基（と、その間のあらゆる整数値のアミノ酸残基）からなる、請求項２０に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２２】
前記ペプチドリンカーが、前記タンパク質性分子の精製を促進する精製部分と、前記タンパク質性分子に対する免疫応答を調節する免疫調節部分と、構造的柔軟性付与部分から選択された少なくとも１つの部分を含む、請求項２０または２１に記載のポリペプチド複合体。
【請求項２３】
宿主細胞の中で機能可能な調節エレメントに機能可能に接続された、請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質性分子をコードする配列を含む核酸コンストラクト。
【請求項２４】
請求項２３に記載の核酸コンストラクトを含有する宿主細胞。
【請求項２５】
原核生物宿主細胞である、請求項２４に記載の宿主細胞。
【請求項２６】
真核生物宿主細胞である、請求項２４に記載の宿主細胞。
【請求項２７】
ポリペプチド複合体を作製する方法であって、ポリペプチド複合体の形成に適した条件下（例えば水溶液内）で請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質性分子を組み合わせることを含んでいて、そうすることにより、ｎ個（ｎは、典型的には３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上のいずれか、適切には１００以下、５０以下、３０以下、２０以下のいずれか、好ましくは３〜２０の範囲内、適切には４〜１６、より適切には８〜１２である）のサブユニットのタンパク質性分子からなるオリゴマーを含むポリペプチド複合体を作製する方法。
【請求項２８】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体と、医薬として許容可能な基剤、希釈剤、アジュバントのいずれかとを含む免疫調節組成物。
【請求項２９】
対象でＴｈ１免疫応答を含む免疫応答を刺激する、または誘起する、または増大させる方法であって、その対象に、請求項１〜２７のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体、または請求項１〜２２又は２８に記載の組成物を投与することを含む方法。
【請求項３０】
対象でＴｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害を処置する方法であって、その対象に、請求項１〜２２又は２８のいずれか１項に記載のポリペプチド複合体、または組成物を投与することを含む方法。
【請求項３１】
対象が、以下の：
（１）  前記対象から得られたサンプルのＴｈ１免疫状態バイオマーカープロファイルを決定し、ここで前記Ｔｈ１免疫状態バイオマーカープロファイルが、第一Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの量を少なくとも部分的に指し示す第一バイオマーカー値と、サンプル中の第二Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーの量を少なくとも部分的に指し示す第二バイオマーカー値を含み、ここで前記第一及び第二Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーが、抗原提示細胞（ＡＰＣ）上のバイオマーカーであり、ここで前記第一Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーが、プログラム細胞死タンパク質１リガンド２（ＰＤ−Ｌ２）であり、そして第二Ｔｈ１免疫状態バイオマーカーが、プログラム細胞死タンパク質１リガンド２（ＰＤ−Ｌ１）であり；そして
（２）第一及び第二バイオマーカー値を用いて指標を決定し、前記指標が、対照のＴｈ１免疫状態を少なくとも部分的に指し示すサンプルＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値比を指し示し、ここで前記指標が、前記サンプルＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値比が、通常の又は損なわれていないＴｈ１免疫の存在と相関する対照ＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値比に対して増加した場合に、対照における上昇した＿Ｔｈ１免疫を少なくとも部分的に指し示すように決定され、そして前記サンプルＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値比が、通常の又は損なわれていないＴｈ１免疫の存在と相関する対照ＰＤ−Ｌ２：ＰＤ−Ｌ１バイオマーカー値比とおおよそ同程度である場合に、前記指標値が、前記対象の通常又は損なわれていないＴｈ１免疫を少なくとも部分的に指し示すと決定される、
を含む方法により、損なわれたＴｈ１免疫を有すると同定された場合に、前記ポリペプチド複合体又は組成物を対象に投与する、請求項２９又は３０に記載の方法。
【請求項３２】
ＡＰＣが、樹状細胞とマクロファージからなるグループから選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＡＰＣがＣＤ１１ｃ発現樹状細胞である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記相対バイオマーカー値が、前記対象から得られた前記サンプル中の前記対応するＴｈ１免疫状態バイオマーカーの濃度を少なくとも部分的に示す、請求項３１〜３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記相対バイオマーカー値が、前記対応するＴｈ１免疫状態バイオマーカーの含量を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
個々のバイオマーカー値が、細胞表面の対応するＴｈ１免疫状態バイオマーカーを発現するAPCの割合を含む、請求項３１〜３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
相対バイオマーカー値が、前記APCの表面上のＰＤ−Ｌ２クラスター化の測定値である、請求項３１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記Ｔｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害が、Ｔｈ１免疫状態の低下または抑制と関係している、請求項２９〜３７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
前記Ｔｈ１関連疾患またはＴｈ１関連障害が、転移性のがんを含むがん、または病原性感染症である、請求項３８に記載の方法。
【国際調査報告】
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2019528689.tif 000023
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