【手続補正書】
【提出日】平成19年3月26日(2007.3.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）５’ｔＲＮＡ半分子の集団および３’ｔＲＮＡ半分子の集団を、真菌無細胞抽出物または精製された真菌のｔＲＮＡスプライシングリガーゼおよび化合物または化合物ライブラリのメンバーと接触させるステップ；
（ｂ）半分子のライゲーションを測定するステップであって、前記化合物の非存在下または陰性対照の存在下のシグナルと比較して、ライゲーションした半分子の低減が検出される場合に、真菌のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗真菌化合物が同定されるステップ
を含む、真菌のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗真菌化合物の同定方法。
【請求項２】
（ａ）５’ｔＲＮＡ半分子の集団および３’ｔＲＮＡ半分子の集団を、真菌無細胞抽出物または精製された真菌のｔＲＮＡスプライシングリガーゼおよび化合物または化合物ライブラリのメンバーと接触させるステップであって、ｔＲＮＡ分子の一方の集団の末端がフルオロフォアで標識されており、他方がクエンチャーで標識されているステップ；
（ｂ）半分子の蛍光を測定するステップであって、前記化合物の非存在下または陰性対照の存在下のシグナルと比較して、蛍光シグナルの増大が検出可能な場合に、真菌のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗真菌化合物が同定されるステップ
を含む、真菌のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗真菌化合物の同定方法。
【請求項３】
（ａ）５’ｔＲＮＡ半分子の集団および３’ｔＲＮＡ半分子の集団を、真菌無細胞抽出物または精製された真菌のｔＲＮＡスプライシングリガーゼおよび化合物または化合物ライブラリのメンバーと接触させるステップであって、ｔＲＮＡ分子の一方の集団の末端が蛍光アクセプター部分で標識されており、他方が蛍光ドナー部分で標識されている、上記ステップ；
（ｂ）半分子の蛍光を測定するステップであって、前記化合物の非存在下または陰性対照の存在下の蛍光発光と比較して、蛍光ドナー部分の波長における蛍光アクセプター部分の蛍光発光の低減が検出される場合に、真菌のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗真菌化合物が同定されるステップ
を含む、真菌のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗真菌化合物の同定方法。
【請求項４】
（ａ）５’ｔＲＮＡ半分子の集団および３’ｔＲＮＡ半分子の集団を、動物界の無細胞抽出物または精製された動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼおよび化合物または化合物ライブラリのメンバーと接触させるステップ；
（ｂ）半分子のライゲーションを測定するステップであって、前記化合物の非存在下または陰性対照の存在下のシグナルと比較して、ライゲーションした半分子の低減が検出される場合に、動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物が同定されるステップ
を含む、動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物の同定方法。
【請求項５】
（ａ）５’ｔＲＮＡ半分子の集団および３’ｔＲＮＡ半分子の集団を、動物界の無細胞抽出物または精製された動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼおよび化合物または化合物ライブラリのメンバーと接触させるステップであって、ｔＲＮＡ分子の一方の集団の末端がフルオロフォアで標識されており、他方がクエンチャーで標識されている、上記ステップ；
（ｂ）半分子の蛍光を測定するステップであって、前記化合物の非存在下または陰性対照の存在下のシグナルと比較して、蛍光シグナルの増大が検出可能な場合に、動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物が同定されるステップ
を含む、動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物の同定方法。
【請求項６】
（ａ）５’ｔＲＮＡ半分子の集団および３’ｔＲＮＡ半分子の集団を、動物界の無細胞抽出物または精製された動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼおよび化合物または化合物ライブラリのメンバーと接触させるステップであって、ｔＲＮＡ分子の一方の集団の末端が蛍光アクセプター部分で標識されており、他方が蛍光ドナー部分で標識されている、上記ステップ；
（ｂ）半分子の蛍光を測定するステップであって、前記化合物の非存在下または陰性対照の存在下の蛍光発光と比較して、蛍光ドナー部分の波長における蛍光アクセプター部分の蛍光発光の低減が検出される場合に、動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物が同定されるステップ
を含む、動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物の同定方法。
【請求項７】
ｔＲＮＡスプライシングリガーゼの活性をモジュレートする化合物の構造を決定するステップをさらに含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記無細胞抽出物が酵母の無細胞抽出物である、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項９】
前記無細胞抽出物が哺乳動物の無細胞抽出物である、請求項４、５または６に記載の方法。
【請求項１０】
前記無細胞抽出物がヒトの無細胞抽出物である、請求項４、５または６に記載の方法。
【請求項１１】
前記化合物がペプトイド；ランダムバイオオリゴマー；ヒダントイン、ベンゾジアゼピンおよびジペプチドなどのダイバーソマー（Diversomer）；ビニル性ポリペプチド；非ペプチド性ペプチド模倣体；オリゴカルバメート；ペプチジルホスホネート；ペプチド核酸ライブラリ；抗体ライブラリ；炭水化物ライブラリ；ならびに有機小分子ライブラリを含むコンビナトリアル化合物ライブラリから選択される、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記有機小分子ライブラリがベンゾジアゼピン、イソプレノイド、チアゾリジノン、メタチアザノン、ピロリジン、モルホリノ化合物、またはジアゼピンジオンのライブラリである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの活性をモジュレートする化合物の構造を決定するステップをさらに含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記化合物の構造を質量分析、ＮＭＲ、振動分光分析、またはＸ線結晶構造解析によって決定する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記化合物が前記真菌のｔＲＮＡスプライシングリガーゼと直接結合する、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項１６】
前記化合物が前記動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼと直接結合する、請求項４、５または６に記載の方法。
【請求項１７】
前記化合物が基質に結合する、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
請求項１、２または３に記載の方法によって同定される化合物もしくは製薬上許容されるその塩の、対象における真菌感染症もしくはその症状の予防、治療または寛解に使用するための医薬製造における使用。
【請求項１９】
前記真菌感染症が酵母感染症である、請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
請求項４、５または６に記載の方法によって同定される化合物もしくは製薬上許容されるその塩の、対象における増殖性疾患もしくはその症状の予防、治療または寛解に使用するための医薬製造における使用。
【請求項２１】
前記増殖性疾患が癌、乾癬または肺線維症である、請求項２０に記載の使用。
【請求項２２】
動物界のｔＲＮＡスプライシングリガーゼに対する化合物の効果を評価するステップをさらに含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項２３】
前記化合物の細胞毒性を決定するステップをさらに含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記化合物の細胞増殖抑制活性を決定するステップをさらに含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記対象がヒトである、請求項１８または２０に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３７】
別の実施形態では、本発明は、動物界または真菌のｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物の同定方法であって、（ａ）ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの基質を動物界または真菌の細胞中に微量注入またはトランスフェクトするステップであって、前記基質が５’末端が蛍光ドナー部分で標識され、３’末端が蛍光アクセプター部分で標識されているか、あるいは前記基質は５’末端が蛍光アクセプター部分で標識され、３’末端が蛍光ドナー部分で標識されているステップと、（ｂ）細胞を化合物ライブラリのメンバーと接触させるステップと、（ｃ）ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの活性を測定するステップであって、化合物の存在下において蛍光ドナー部分の波長における蛍光アクセプター部分の蛍光発光が、化合物の非存在下または陰性対照の存在下と比較して増大している場合に、ｔＲＮＡスプライシング活性を阻害または低減する抗増殖性化合物が同定されるステップとを含む方法を提供する。別の実施形態では、本発明は、動物界または真菌のｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物の同定方法であって、（ａ）ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの基質を含む動物界または真菌の細胞を化合物ライブラリのメンバーと接触させるステップであって、前記基質が５’末端が蛍光ドナー部分で標識され、３’末端が蛍光アクセプター部分で標識されているか、あるいは前記基質は５’末端が蛍光アクセプター部分で標識され、３’末端が蛍光ドナー部分で標識されているステップと、（ｂ）ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの活性を測定するステップであって、化合物の存在下において蛍光ドナー部分の波長における蛍光アクセプター部分の蛍光発光が、化合物の非存在下または陰性対照の存在下と比較して増大している場合に、ｔＲＮＡスプライシング活性を阻害または低減する抗増殖性化合物が同定されるステップとを含む方法を提供する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４０】
一実施形態では、本発明は、動物界または真菌のｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物の同定方法であって、（ａ）動物界もしくは真菌の無細胞抽出物（好ましくはｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼ抽出物）または精製された動物界もしくは真菌のｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼを、ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの基質および化合物ライブラリのメンバーと接触させるステップであって、前記基質が５’末端がフルオロフォアで標識され、３’末端がクエンチャーで標識されているか、あるいは前記基質は５’末端がクエンチャーで標識され、３’末端がフルオロフォアで標識されているステップと、（ｂ）ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの活性を測定するステップであって、化合物の非存在下または陰性対照の存在下と比較して、その化合物の存在下で蛍光シグナルが検出可能でないかまたは低減される場合に、ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物が同定されるステップを含む方法を提供する。別の実施形態では、本発明は、動物界または真菌のｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物の同定方法であって、（ａ）動物界もしくは真菌の無細胞抽出物（好ましくはｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼ抽出物）または精製された動物界もしくは真菌のｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼを、ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの基質および化合物ライブラリのメンバーと接触させるステップであって、前記基質は５’末端が蛍光ドナー部分で標識され、３’末端が蛍光アクセプター部分で標識されているか、あるいは前記基質は５’末端が蛍光アクセプター部分で標識され、３’末端が蛍光ドナー部分で標識されているステップと、（ｂ）ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの活性を測定するステップであって、化合物の存在下において蛍光ドナー部分の波長における蛍光アクセプター部分の蛍光発光が、化合物の非存在下または陰性対照の存在下と比較して増大している場合に、ｔＲＮＡスプライシングエンドヌクレアーゼの活性を阻害または低減する抗増殖性化合物が同定されるステップとを含む方法を提供する。