【手続補正書】
【提出日】平成19年9月28日(2007.9.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
(i) 配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8及び／又は配列番号10に記載のアミノ酸配列から成るポリペプチド、
(ii) 生物学的に活性なポリペプチドとして機能する及び／又は上記(i)のポリペプチドと共通の抗原決定基を持つ、前記ポリペプチドのフラグメント、又は
(iii) 上記(i)又は(ii)と機能的に等価なポリペプチド。
【請求項２】
請求項１の項目(iii)に記載の機能的に等価なポリペプチドであって、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、及び／又は配列番号10に記載のアミノ酸配列と相同であり、かつC1q及び／又はコラーゲンドメイン含有ポリペプチドであることを特徴とするポリペプチド。
【請求項３】
配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、及び／又は配列番号10に記載のアミノ酸配列又はその活性フラグメントと、50％を越える配列同一性を持つ、請求項1から2の何れか1項に記載の、フラグメント又は機能的に等価なポリペプチド。
【請求項４】
配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、及び／又は配列番号10に記載のアミノ酸配列を持つポリペプチドと、有意な構造上の相同性を示す、請求項1から3の何れか1項に記載の、機能的に等価なポリペプチド。
【請求項５】
配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、及び／又は配列番号10の配列の7又はそれより多いアミノ酸残基から成る、請求項1の項目(i)のポリペプチドと共通の抗原決定基を持つ、請求項1から4の何れか1項に記載の、フラグメント。
【請求項６】
請求項１から5のいずれか1項に記載のポリペプチドを含む、融合タンパク質。
【請求項７】
前記ポリペプチドがヒスチジンタグを含む、請求項6に記載のポリペプチド。
【請求項８】
その配列が配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、及び／又は配列番号20に記載されてある、請求項7のポリペプチド。
【請求項９】
前記ポリペプチドがシグナルペプチドを含む、請求項1から8のいずれか1項に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
その配列が配列番号22、及び／又は配列番号24に記載されてある、請求項9のポリペプチド。
【請求項１１】
請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチドをコードする、精製された核酸分子。
【請求項１２】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21及び／又は配列番号23に記載の核酸配列を含む、又は前記から成る、請求項11に記載の精製核酸分子。
【請求項１３】
配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21及び／又は配列番号23に記載の核酸配列から成る、又はその重複等価配列又はそのフラグメントである、請求項11又は12に記載の精製核酸分子。
【請求項１４】
高いストリンジェンシー条件の下で、請求項11から13の何れか1項に記載の核酸分子とハイブリダイズする、精製核酸分子。
【請求項１５】
請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項１６】
請求項15に記載のベクターによって形質転換した、宿主細胞。
【請求項１７】
請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチドと特異的に結合する、リガンド。
【請求項１８】
前記が抗体である、請求項17記載のリガンド。
【請求項１９】
請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチドの発現又は活性レベルを、増加又は減少させる化合物。
【請求項２０】
請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチドへ、該ポリペプチドのいずれの生物学的作用も誘発することなしに結合する、請求項19に記載の化合物。
【請求項２１】
天然の又は改変された基質、リガンド、酵素、レセプター又は構造的もしくは機能的模擬物質である、請求項20に記載の化合物。
【請求項２２】
疾患の治療又は診断において使用するための、請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチド、請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子、請求項15に記載のベクター、請求項16に記載の宿主細胞、請求項17又は18に記載のリガンド、又は請求項19から21の何れか1項に記載の化合物。
【請求項２３】
患者における疾患を診断する方法であって、前記方法が、前記患者由来の組織において、請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチドをコードする天然の遺伝子の発現レベルを評価するか、あるいは請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチドの活性を評価する工程及び、前記発現又は活性のレベルを、コントロールのレベルと比較する工程を含み、前記コントロールレベルと相違するレベルは疾患の指標となる、前記疾患の診断方法。
【請求項２４】
インビトロで行う、請求項23に記載の方法。
【請求項２５】
(a) 請求項17又は18に記載のリガンドを生物学的サンプルと、リガンド-ポリペプチド複合体を生成するのに適した条件下で接触させる工程、及び(b) 前記複合体を検出する工程を含む、請求項23又は24に記載の方法。
【請求項２６】
（i）前記患者由来の組織のサンプルを、核酸プローブと、請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子と前記プローブとの間でのハイブリッド複合体の形成を可能にするストリンジェントな条件下で接触させる工程、
（ii）上記工程a)において使用した条件と同じ条件下で、コントロールサンプルを前記プローブと接触させる工程、
（iii）前記サンプルにおけるハイブリッド複合体の存在を検出する工程を含み、ここで、前記コントロールサンプルにおけるハイブリッド複合体レベルとは異なるハイブリッド複合体レベルが前記患者サンプルで検出されることが疾患の指標となる、請求項23又は24に記載の方法。
【請求項２７】
（i）前記患者の組織由来の核酸サンプルを核酸プライマーと、請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子と前記プライマーとの間でのハイブリッド複合体の形成を可能にするストリンジェントな条件下で接触させる工程、
（ii）コントロールサンプルを前記プライマーと、上記工程a)において使用した条件と同じ条件下で接触させる工程、
（iii）前記サンプル核酸を増幅する工程、及び
（iv）患者及びコントロールサンプルの両者に由来する増幅核酸のレベルを検出する工程を含み、ここでコントロールサンプルにおけるの増幅核酸レベルとは有意に異なる増幅核酸レベルが前記患者サンプルで検出されることが疾患の指標となる、請求項23又は24に記載の方法。
【請求項２８】
（i）疾患についてテストすべき患者由来の組織を得る工程、
（ii）請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子を前記組織サンプルから単離する工程、及び
（iii）前記疾患の指標として、前記疾患に関連する突然変異の存在を前記核酸分子で検出することにより、疾患について前記患者を診断する工程を含む、請求項23又は24に記載の方法。
【請求項２９】
更に、前記核酸分子を増幅して、増幅生成物を生成する工程、及び前記増幅生成物で突然変異の有無を検出する工程を含む、請求項28に記載の方法。
【請求項３０】
前記患者における前記突然変異の有無が、前記核酸分子とハイブリダイズする核酸プローブと前記核酸分子とを、ストリンジェントな条件下で接触させて、ハイブリッド二本鎖分子を生成する工程であって、ここで前記ハイブリッド二本鎖分子は、疾患と関連する突然変異に対応する任意の部分において、前記核酸プローブ鎖の未ハイブリダイズ部分を有する、前記工程；及び前記疾患関連突然変異の有無の指標として、前記プローブ鎖の未ハイブリダイズ部分の有無を検出する工程によって検出される、請求項28又は29に記載の方法。
【請求項３１】
前記疾患が、自己免疫疾患、自己免疫内耳疾患、迷路炎、メニエール病及びメニエール症候群、外リンパ又は迷路フィステル、耳鳴、神経変性疾患、アミロイド症、アルツハイマー病、パーキンソン病、家族性痴呆、炎症、微生物感染、細菌感染、ウイルス感染（HIV、HTLV又はMuLV感染）、寄生虫感染、SLE、糸球体腎炎、肥満、糖尿病、シュミット骨端線軟骨形成不全、角膜内皮異栄養症、後部多形性角膜異栄養症（PPCD）、フック内皮角膜異栄養症（FECD）、アテローム性硬化症、壊血病、癌、胃腸管支質腫瘍、骨肉腫、軟骨芽細胞腫、巨細胞腫瘍、脊椎骨端線形成不全日本人型（SMD）、骨形成不全、エーレルス-ダンロー症候群、頸部動脈切開に対する感受性、エーレルス-ダンロー症候群、大動脈動脈瘤、耳脊椎巨大骨端形成不全、聴力消失（聾）、バイセンバッハー-ツヴァイミューラー症候群、関節炎、骨若しくは骨格の疾患、晩発性網膜変性（L-ORD）、年齢性黄斑変性（AMD）及び／又は失明である、請求項23から30の何れか1項に記載の方法。
【請求項３２】
前記疾患が、C1qドメイン及び／又はコラーゲンドメイン含有タンパク質が関与している疾患である、請求項23から30の何れか1項に記載の方法。
【請求項３３】
請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチドの、C1qドメイン及び／又はコラーゲンドメイン含有タンパク質としての使用。
【請求項３４】
請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチド、請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子、請求項15に記載のベクター、請求項16に記載の宿主細胞、請求項17又は18に記載のリガンド又は請求項19から21の何れか1項に記載の化合物を含む、医薬組成物。
【請求項３５】
請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチド又は請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子を含む、ワクチン組成物。
【請求項３６】
自己免疫疾患、自己免疫内耳疾患、迷路炎、メニエール病及びメニエール症候群、外リンパ又は迷路フィステル、耳鳴、神経変性疾患、アミロイド症、アルツハイマー病、パーキンソン病、家族性痴呆、炎症、微生物感染、細菌感染、ウイルス感染（HIV、HTLV又はMuLV感染）、寄生虫感染、SLE、糸球体腎炎、肥満、糖尿病、シュミット骨端線軟骨形成不全、角膜内皮異栄養症、後部多形性角膜異栄養症（PPCD）、フック内皮角膜異栄養症（FECD）、アテローム性硬化症、壊血病、癌、胃腸管支質腫瘍、骨肉腫、軟骨芽細胞腫、巨細胞腫瘍、脊椎骨端線形成不全日本人型（SMD）、骨形成不全、エーレルス-ダンロー症候群、頸部動脈切開に対する感受性、エーレルス-ダンロー症候群、大動脈動脈瘤、耳脊椎巨大骨端形成不全、聴力消失（聾）、バイセンバッハー-ツヴァイミューラー症候群、関節炎、骨若しくは骨格の疾患、晩発性網膜変性（L-ORD）、年齢性黄斑変性（AMD）及び／又は失明の治療を目的とする医薬の製造で使用する、請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチド、請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子、請求項15に記載のベクター、請求項16に記載の宿主細胞、請求項17又は18に記載のリガンド、又は請求項19から21の何れか1項に記載の化合物、又は請求項34に記載の医薬組成物。
【請求項３７】
C1qドメイン及び／又はコラーゲンドメイン含有タンパク質が関与する疾患の治療を目的とする医薬の製造で使用する、請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチド、請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子、請求項15に記載のベクター、請求項16に記載の宿主細胞、請求項17又は18に記載のリガンド、請求項19から21の何れか1項に記載の化合物、又は請求項34に記載の医薬組成物。
【請求項３８】
患者で疾患を治療する方法であって、前記患者に、請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチド、請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子、請求項15に記載のベクター、請求項16に記載の宿主細胞、請求項17又は18に記載のリガンド、請求項19から21の何れか1項に記載の化合物、又は請求項34に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記疾患の治療方法。
【請求項３９】
前記ポリペプチドの天然の遺伝子の発現又は前記ポリペプチドの活性が、健康な患者での発現又は活性のレベルと比較したとき、疾患をもつ患者で低くなる疾患に対して前記患者に投与されるポリペプチド、核酸分子、ベクター、リガンド、化合物又は組成物がアゴニストである、請求項38に記載の方法。
【請求項４０】
前記ポリペプチドの天然の遺伝子の発現又は前記ポリペプチドの活性が、健康な患者での発現又は活性のレベルと比較したとき、疾患をもつ患者で高くなる疾患に対して前記患者に投与されるポリペプチド、核酸分子、ベクター、リガンド、化合物又は組成物がアンタゴニストである、請求項38に記載の方法。
【請求項４１】
患者で疾患の治療措置をモニターする方法であって、前記患者由来の組織における、請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチドの発現又は活性レベル、又は請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子の発現レベルを、所定期間にわたってモニターする工程を含み、ここで前記発現又は活性レベルが、前記所定期間にわたってコントロールレベルに対して変化することが、前記疾患の後退を表す指標である、前記治療措置をモニターする方法。
【請求項４２】
疾患の治療及び/又は診断において有効な化合物を同定する方法であって、請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチド、又は請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子を、前記ポリペプチド又は核酸分子に対して結合親和性を有すると思われる、1種又はそれ以上の化合物とを接触させる工程、及び前記核酸分子又はポリペプチドと特異的に結合する化合物を選別する工程を含む、前記有効な化合物の同定方法。
【請求項４３】
疾患の診断に有用なキットであって、前記キットが、ストリンジェント条件下で、請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子とハイブリッドを形成する核酸プローブを含む第一の容器；前記核酸分子の増幅に有用なプライマーを含む第二の容器；及び該疾患の診断を容易にするために前記プローブ及びプライマーを使用することについての指示を含む、前記診断に有用なキット。
【請求項４４】
更に、ハイブリダイズしていないRNAを消化するための薬剤を納めた第三の容器を含む、請求項43に記載のキット。
【請求項４５】
核酸分子のアレイを含み、その少なくとも一つが、請求項11から14の何れか1項に記載の核酸分子であるキット。
【請求項４６】
請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチドと結合する、1種又はそれ以上の抗体、及び前記抗体と前記ポリペプチドとの間の結合反応の検出に有用な試薬を含むキット。
【請求項４７】
請求項1から10の何れか1項に記載のポリペプチドの発現レベルを高めるか、低下させるか、又はこれを発現しないように形質転換されている、トランスジェニック又はノックアウト非-ヒト動物。
【請求項４８】
請求項47に記載の非-ヒトトランスジェニック動物を、候補化合物と接触させ、かつ前記動物の疾患に及ぼす前記化合物の作用を測定することによって、疾患の治療に有効な化合物をスクリーニングする方法。