【手続補正書】
【提出日】平成19年1月17日(2007.1.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  生成のために分子を同定する方法であって、連結されたストリングによって該分子が表され、該方法は、以下の工程：
ｉ）２以上の異なる初期キャラクターストリングの収集物を提供するために、初期キャラクターストリングのデータ構造中に２以上の生物学的分子をコードする工程であって、ここで該生物学的分子の各々が、少なくとも約１０のサブユニットを含む、工程；
ｉｉ）該初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程；
ｉｉｉ）該サブストリングを連結して、１以上の該初期キャラクターストリングと同じ長さの１以上の解ストリングを形成する工程
ｉｖ）データ構造に該解ストリングを加えて、解ストリングのデータ構造を投入する工程；
ｖ）少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対して、該解ストリングのうちの少なくとも１つの配列の同一性を決定付ける工程；ならびに
vi）生成のために少なくとも１つ以上の解生物学的分子を選択する工程であって、該１以上の解生物学的分子が、該少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対して３０％を超える配列同一性を有している解ストリングの１つ以上と対応している、工程
を包含する、方法。
【請求項２】  前記コードする工程が、前記キャラクターストリング中に２以上の核酸配列をコードする工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  前記２以上の核酸配列が、天然に存在するタンパク質をコードする核酸配列を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】  前記コードする工程が、前記キャラクターストリング中に２以上のアミノ酸配列をコードする工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】  前記２以上のアミノ酸配列が、天然に存在するタンパク質をコードする核酸配列を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】  前記初期キャラクターストリングが、互いに少なくとも３０％の配列同一性を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項７】  前記（ｉｉ）の選択する工程が、
初期キャラクターストリングのうち１つにおいて少なくとも１つのサブストリングを選択する工程であって、該サブストリングの両端が、該初期キャラクターストリング内の約３〜約２０文字のストリング領域で、該初期キャラクターストリングと別の初期キャラクターストリングとの間におけるこの２つの初期キャラクターストリングの全体としての配列同一性よりも高い配列同一性を有するサブストリングとして存在する、工程
を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】  前記（ｉｉ）における選択する工程が、前記サブストリングの末端が約４〜約８の文字の所定のモチーフにおいて生じるようにサブストリングを選択する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】  前記（ｉｉ）における選択する工程が、２以上の前記初期キャラクターストリングを整列し、該初期キャラクターストリングのうちの２以上のサブストリングの間の対同一性を最大化する工程、および２以上のサブストリングの末端について整列された対のメンバーである文字を選択する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】  前記初期キャラクターストリングまたは解キャラクターストリングのうちの1つ以上の文字を無作為に変更する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】  前記方法がさらに、前記初期キャラクターストリングまたは解キャラクターストリング中の特定の予め選択された文字の１以上の出現を、無作為に選択する工程およびそれらを変化させる工程を包含する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】  前記コードする工程、選択する工程、連結する工程が、インターネットサイト上で施される、請求項1に記載の方法。
【請求項１３】  前記コードする工程、選択する工程、連結する工程が、サーバー上で実施される、請求項1に記載の方法。
【請求項１４】  前記コードする工程、選択する工程、連結する工程が、ネットワークに接続したクライアント上で実施される、請求項1に記載の方法。
【請求項１５】  前記（ｉ）の初期キャラクターストリングが、同じ遺伝子または同じタンパク質ファミリーであるが配列が異なっているものをコードしている点で関連付けられている、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】  前記解ストリングによって表される分子についての計算機により予測された特性を決定する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】  前記解ストリングによって表される分子が、一連の容器においては並行して生成される、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】  前記解ストリングによって表される分子が、オリゴヌクレオチドのアセンブリにより精製される、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】  前記（ｖｉ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと５０％を超える配列同一性を有している、請求項1に記載の方法。
【請求項２０】  前記（ｖｉ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと７５％を超える配列同一性を有している、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】  前記（ｖｉ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと８５％を超える配列同一性を有している、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】  前記（ｖｉ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと９０％を超える配列同一性を有している、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】  前記（ｖｉ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと９５％を超える配列同一性を有している、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】 前記解ストリングをデータ構造に加える工程が、１よりも多い解ストリングを該データ構造に加えることを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、無作為にサブストリングを選択することを包含する、請求項1に記載の方法。
【請求項２６】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、均一にサブストリングを選択することを包含する、請求項1に記載の方法。
【請求項２７】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、モチーフに基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項1に記載の方法。
【請求項２８】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、整列に基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項1に記載の方法。
【請求項２９】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、頻度に基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項1に記載の方法。
【請求項３０】  コンピュータ読み取り可能媒体上のコンピュータプログラムプロダクトであって、以下：
ｉ）２以上の異なる初期キャラクターストリングの収集物を提供するために、初期キャラクターストリングのデータ構造中に２以上の生物学的分子をコードするコンピュータコードであって、ここで該生物学的分子の各々が、少なくとも約１０のサブユニットを含む、コンピュータコード；
ｉｉ）該初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択するコンピュータコード；
ｉｉｉ）該サブストリングを連結して、１以上の該初期キャラクターストリングと同じ長さの１以上の解ストリングを形成するコンピュータコード
ｉｖ）データ構造に該解ストリングを加えて、解ストリングのデータ構造を投入するコンピュータコード；
ｖ）少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対して、該解ストリングのうちの少なくとも１つの配列の同一性を決定付けるコンピュータコード；ならびに
vi）生成のために少なくとも１つ以上の解生物学的分子を選択するコンピュータコードであって、該１以上の解生物学的分子が、該少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対して３０％を超える配列同一性を有して、該解ストリングの１つ以上と対応している、コンピュータコード
を備える、コンピュータプログラムプロダクト。
【請求項３１】前記２以上の生物学的分子が核酸配列である、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項３２】前記２以上の生物学的分子が天然に存在するタンパク質をコードする核酸配列である、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項３３】前記２以上の生物学的分子がアミノ酸配列である、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項３４】前記初期キャラクターストリングが互いに少なくとも３０％の配列同一性を有している、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項３５】  前記（ｉｉ）における前記コンピュータコードが、
初期キャラクターストリングのうち１つにおいて少なくとも１つのサブストリングを選択する工程であって、該サブストリングの両端が、該初期キャラクターストリング内の約３〜約２０文字のストリング領域で、該初期キャラクターストリングと別の初期キャラクターストリングとの間におけるこの２つの初期キャラクターストリングの全体としての配列同一性よりも高い配列同一性を有するサブストリングとして存在する、工程
を包含する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項３６】  前記コンピュータコードがサブストリングを選択して、該サブストリングの両端が約４〜約８文字の所定のモチーフ中に存在する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項３７】  前記コンピュータコードが、前記キャラクターストリングのうち２以上を整列させて該キャラクターストリングの２以上のサブストリングの間の対同一性を最大化し、そして１つのサブストリングについて整列したペアうちの１つのメンバーである文字を選択することによってサブストリングを選択する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項３８】  前記コンピュータコードが、前記初期キャラクターストリングまたは解キャラクターストリングのうちの1つ以上の文字をさらに無作為に変更する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項３９】  前記コンピュータコードが、前記初期キャラクターストリングまたは解キャラクターストリングのうちの1つ以上のあらかじめ決定された文字をさらに無作為に選択および変更する、請求項３８に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項４０】  前記コンピュータコードが、磁気媒体、光学媒体、および磁気光学媒体からなる群より選択される媒体に記憶されている、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項４１】  前記コンピュータコードがコンピュータの動的メモリまたは静的メモリに存在する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項４２】  前記（ｉ）の初期キャラクターストリングが、同じ遺伝子または同じタンパク質ファミリーであるが配列が異なっているものをコードしている点で関連付けられている、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項４３】  前記コードが、１以上の所望の特性について、前記解ストリングによって表される分子の物理的スクリーニングを命令する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項４４】  前記コードが、前記解ストリングによって表される分子についての計算機による予測された特性を決定することを命令する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項４５】  前記コードが、特定の特性について解ストリングのデータ構造のメンバーを試験し、そして、多変量解析を使用して該特定の特性の差異の原因となる配列の差異を決定する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項４６】  前記（ｖｉ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと５０％を超える同一性を有する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項４７】  前記（ｖｉ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと７５％を超える同一性を有する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項４８】  前記（ｖｉ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと９５％を超える同一性を有する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項４９】  前記コンピュータコードは、前記データ構造に１を超える解ストリングを加えることによって、前記解ストリングをデータ構造に加える、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項５０】  前記コンピュータコードは、無作為にサブストリング選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項５１】  前記コードが、均一なサブストリング選択をすることにより前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項５２】  前記コンピュータコードは、モチーフに基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項５３】  前記コンピュータコードは、整列に基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項５４】  前記コンピュータコードは、頻度に基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項３０に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項５５】  生成のために分子を同定する方法であって、連結されたストリングによって該分子が表され、該方法は、以下の工程：
ｉ）２以上の異なる初期キャラクターストリングの収集物を提供するために、初期キャラクターストリングのデータ構造中に２以上の関連する生物学的分子をコードする工程であって、ここで該生物学的分子の各々が、少なくとも約１０のサブユニットを含む、工程；
ｉｉ）該初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程；
ｉｉｉ）該サブストリングを連結して、１以上の該初期キャラクターストリングと同じ長さの１以上の解ストリングを形成する工程
ｉｖ）データ構造に該解ストリングを加えて、解ストリングのデータ構造を投入する工程；
ｖ）少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対する類似性に関して少なくとも予め定義づけられた基準値を有するか否かを決定付ける工程；ならびに
vi）生成のために少なくとも１つ以上の解生物学的分子を選択する工程であって、該１以上の解生物学的分子が、該少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対して予め定義付けられた値の配列同一性を有し得ると決定付けられた１以上の解ストリングに対応する、工程
を包含する、方法。
【請求項５６】  生成のために分子を同定する方法であって、連結されたストリングによって該分子が表され、該方法は、以下の工程：
ｉ）２以上の異なる初期キャラクターストリングの収集物を提供するために、初期キャラクターストリングのデータ構造中に２以上の生物学的分子をコードする工程であって、ここで該生物学的分子の各々が、少なくとも約１０のサブユニットを含む、工程；
ｉｉ）該初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程；
ｉｉｉ）該サブストリングを連結して、１以上の該初期キャラクターストリングと同じ長さの１以上の解ストリングを形成する工程
ｉｖ）データ構造に該解ストリングを加えて、解ストリングのデータ構造を投入する工程；
ｖ）少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対して、該解ストリングのうちの少なくとも１つの配列の同一性を決定付ける工程；ならびに
vi）生成のために少なくとも１つ以上の解生物学的分子を選択する工程であって、該１以上の解生物学的分子が、該少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対して３０％を超える配列同一性を有している解ストリングの１つ以上と対応している、工程
を包含する、方法。
【請求項５７】  前記コードする工程が、前記キャラクターストリング中に２以上のアミノ酸配列をコードする工程を包含し、ここで、該アミノ酸配列は、天然に存在するタンパク質をコードするアミノ酸を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】  前記初期キャラクターストリングが、互いに少なくとも３０％の配列同一性を有する、請求項５６に記載の方法。
【請求項５９】  前記（ｉｉ）の選択する工程が、
初期キャラクターストリングのうち１つにおいて少なくとも１つのサブストリングを選択する工程であって、該サブストリングの両端が、該初期キャラクターストリング内の約３〜約２０文字のストリング領域で、該初期キャラクターストリングと別の初期キャラクターストリングとの間におけるこの２つの初期キャラクターストリングの全体としての配列同一性よりも高い配列同一性を有するサブストリングとして存在する、工程
を包含する、請求項５６に記載の方法。
【請求項６０】  前記（ｉｉ）における選択する工程が、前記サブストリングの末端が約４〜約８の文字の所定のモチーフにおいて生じるようにサブストリングを選択する工程を包含する、請求項５６に記載の方法。
【請求項６１】  前記（ｉｉ）における選択する工程が、２以上の前記初期キャラクターストリングを整列し、該初期キャラクターストリングのうちの２以上のサブストリングの間の対同一性を最大化する工程、および２以上のサブストリングの末端について整列された対のメンバーである文字を選択する工程を包含する、請求項５６に記載の方法。
【請求項６２】  前記初期キャラクターストリングまたは解キャラクターストリングのうちの1つ以上の文字を無作為に変更する工程をさらに包含する、請求項５６に記載の方法。
【請求項６３】  前記（ｖｉ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと５０％を超える配列同一性を有している、請求項５６に記載の方法。
【請求項６４】  前記（ｖｉ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと７５％を超える配列同一性を有している、請求項５６に記載の方法。
【請求項６５】  前記（ｖｉ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと８５％を超える配列同一性を有している、請求項５６に記載の方法。
【請求項６６】  前記（ｖｉ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと９０％を超える配列同一性を有している、請求項５６に記載の方法。
【請求項６７】  前記（ｖｉ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと９５％を超える配列同一性を有している、請求項５６に記載の方法。
【請求項６８】  前記解ストリングをデータ構造に加える工程が、１よりも多い解ストリングを該データ構造に加えることを包含する、請求項５６に記載の方法。
【請求項６９】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、無作為にサブストリングを選択することを包含する、請求項５６に記載の方法。
【請求項７０】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、均一にサブストリングを選択することを包含する、請求項５６に記載の方法。
【請求項７１】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、モチーフに基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項５６に記載の方法。
【請求項７２】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、整列に基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項５６に記載の方法。
【請求項７３】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、頻度に基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項５６に記載の方法。
【請求項７４】  コンピュータ読み取り可能媒体上のコンピュータプログラムプロダクトであって、以下：
ｉ）２以上の異なる初期キャラクターストリングの収集物を提供するために、初期キャラクターストリングのデータ構造中に２以上の生物学的分子をコードするコンピュータコードであって、ここで該生物学的分子の各々が、少なくとも約１０のサブユニットを含む、コンピュータコード；
ｉｉ）該初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択するコンピュータコード；
ｉｉｉ）該サブストリングを連結して、１以上の該初期キャラクターストリングと同じ長さの１以上の解ストリングを形成するコンピュータコード
ｉｖ）データ構造に該解ストリングを加えて、解ストリングのデータ構造を投入するコンピュータコード；
ｖ）少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対して、該解ストリングのうちの少なくとも１つの配列の整列を提供するコンピュータコード；ならびに
vi）生成のために少なくとも１つ以上の解生物学的分子を選択するコンピュータコードであって、該１以上の解生物学的分子が、該少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対して３０％を超える配列同一性を有して、該解ストリングの１つ以上と対応している、コンピュータコード
を備える、コンピュータプログラムプロダクト。
【請求項７５】前記コンピュータコードが２以上のアミノ酸配列を前記キャラクターストリングにコードさせ、ここで、該２以上のアミノ酸配列は、天然に存在するタンパク質をコードするアミノ酸配列である、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項７６】  前記初期キャラクターストリングが互いに少なくとも３０％の配列同一性を有している、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項７７】  前記（ｉｉ）における前記コンピュータコードが、
初期キャラクターストリングのうち１つにおいて少なくとも１つのサブストリングを選択する工程であって、該サブストリングの両端が、該初期キャラクターストリング内の約３〜約２０文字のストリング領域で、該初期キャラクターストリングと別の初期キャラクターストリングとの間におけるこの２つの初期キャラクターストリングの全体としての配列同一性よりも高い配列同一性を有するサブストリングとして存在する、工程
を包含する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項７８】  前記コンピュータコードが（ｉｉ）において選択することによりサブストリングを選択して、該サブストリングの両端が約４〜約８文字の所定のモチーフ中に存在する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項７９】  前記コンピュータコードが、（ｉｉ）において整列することにより、前記キャラクターストリングのうち２以上を整列させて該キャラクターストリングの２以上のサブストリングの間の対同一性を最大化し、そして１つのサブストリングについて整列したペアうちの１つのメンバーである文字を選択することによってサブストリングを選択する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項８０】  前記コンピュータコードが、前記初期キャラクターストリングまたは解キャラクターストリングのうちの1つ以上の文字をさらに無作為に変更する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項８１】  前記（ｖｉ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと５０％を超える同一性を有する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項８２】  前記（ｖｉ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと７５％を超える同一性を有する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項８３】  前記（ｖｉ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと８５％を超える同一性を有する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項８４】前記（ｖｉ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと９０％を超える同一性を有する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項８５】前記（ｖｉ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと９５％を超える同一性を有する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項８６】  前記コンピュータコードは、前記データ構造に１を超える解ストリングを加えることによって、前記解ストリングをデータ構造に加える、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項８７】  前記コンピュータコードは、無作為にサブストリング選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項８８】  前記コードが、均一なサブストリング選択をすることにより前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項８９】  前記コンピュータコードは、モチーフに基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項９０】  前記コンピュータコードは、整列に基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項９１】  前記コンピュータコードは、頻度に基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項７４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項９２】生成のための分子を同定する方法であって、連結されたストリングによって該分子が表され、該方法は、以下の工程：
ｉ）２以上の異なる初期キャラクターストリングの収集物を提供するために、初期キャラクターストリングのデータ構造中に２以上の天然に存在する生物学的分子をコードする工程であって、ここで該生物学的分子の各々が、少なくとも約１０のサブユニットを含む、工程；
ｉｉ）該初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程；
ｉｉｉ）該サブストリングを連結して、１以上の該初期キャラクターストリングと同じ長さの１以上の解ストリングを形成する工程
ｉｖ）データ構造に該解ストリングを加えて、解ストリングのデータ構造を投入する工程；ならびに
ｖ）生成のために少なくとも１つ以上の解生物学的分子を選択する工程であって、該１以上の解生物学的分子が、該少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対して３０％を超える配列同一性を有する該解ストリングの１つ以上と対応している、工程
を包含する、方法。
【請求項９３】  前記コードする工程が、２以上の核酸配列を前記キャラクターストリングにコードさせることを包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】  前記コードする工程が、前記キャラクターストリングに２以上のアミノ酸配列をコードさせることを包含し、前記２以上のアミノ酸配列が、天然に存在するタンパク質をコードする核酸配列を含む、請求項９２に記載の方法。
【請求項９５】  前記初期キャラクターストリングが、互いに少なくとも３０％の配列同一性を有する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９６】  前記（ｉｉ）の選択する工程が、
初期キャラクターストリングのうち１つにおいて少なくとも１つのサブストリングを選択する工程であって、該サブストリングの両端が、該初期キャラクターストリング内の約３〜約２０文字のストリング領域で、該初期キャラクターストリングと別の初期キャラクターストリングとの間におけるこの２つの初期キャラクターストリングの全体としての配列同一性よりも高い配列同一性を有するサブストリングとして存在する、工程
を包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９７】  前記（ｉｉ）における選択する工程が、前記サブストリングの末端が約４〜約８の文字の所定のモチーフにおいて生じるようにサブストリングを選択する工程を包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９８】  前記（ｉｉ）における選択する工程が、２以上の前記初期キャラクターストリングを整列し、該初期キャラクターストリングのうちの２以上のサブストリングの間の対同一性を最大化する工程、および２以上のサブストリングの末端について整列された対のメンバーである文字を選択する工程を包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９９】  前記初期キャラクターストリングまたは解キャラクターストリングのうちの1つ以上の文字を無作為に変更する工程をさらに包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項１００】  前記（ｖ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと５０％を超える配列同一性を有している、請求項９２に記載の方法。
【請求項１０１】  前記（ｖ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと７５％を超える配列同一性を有している、請求項９２に記載の方法。
【請求項１０２】  前記（ｖ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと８５％を超える配列同一性を有している、請求項９２に記載の方法。
【請求項１０３】  前記（ｖ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと９０％を超える配列同一性を有している、請求項９２に記載の方法。
【請求項１０４】  前記（ｖ）の1以上の解ストリングが、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと９５％を超える配列同一性を有している、請求項９２に記載の方法。
【請求項１０５】  前記解ストリングをデータ構造に加える工程が、１よりも多い解ストリングを該データ構造に加えることを包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項１０６】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、無作為にサブストリングを選択することを包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項１０７】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、均一にサブストリングを選択することを包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項１０８】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、モチーフに基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項１０９】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、整列に基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項１１０】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、頻度に基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項１１１】  コンピュータ読み取り可能媒体上のコンピュータプログラムプロダクトであって、以下：
ｉ）２以上の異なる初期キャラクターストリングの収集物を提供するために、初期キャラクターストリングのデータ構造中に２以上の天然に存在する生物学的分子をコードするコンピュータコードであって、ここで該生物学的分子の各々が、少なくとも約１０のサブユニットを含む、コンピュータコード；
ｉｉ）該初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択するコンピュータコード；
ｉｉｉ）該サブストリングを連結して、１以上の該初期キャラクターストリングと同じ長さの１以上の解ストリングを形成するコンピュータコード
ｉｖ）データ構造に該解ストリングを加えて、解ストリングのデータ構造を投入するコンピュータコード；および
ｖ）生成のために少なくとも１つ以上の解生物学的分子を選択するコンピュータコードであって、該１以上の解生物学的分子が、該少なくとも１つの初期キャラクターストリングに対して３０％を超える配列同一性を有する該解ストリングの１つ以上と対応している、コンピュータコード
を備える、コンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１１２】
前記コンピュータコードが、２以上の核酸配列を前記キャラクターストリングにコードすることによりコードする、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１１３】前記コンピュータコードが２以上のアミノ酸配列を前記キャラクターストリングにコードさせ、ここで、該２以上のアミノ酸配列は、天然に存在するタンパク質をコードするアミノ酸配列である、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１１４】  前記初期キャラクターストリングが互いに少なくとも３０％の配列同一性を有している、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１１５】  前記（ｉｉ）における前記コンピュータコードが、
初期キャラクターストリングのうち１つにおいて少なくとも１つのサブストリングを選択する工程であって、該サブストリングの両端が、該初期キャラクターストリング内の約３〜約２０文字のストリング領域で、該初期キャラクターストリングと別の初期キャラクターストリングとの間におけるこの２つの初期キャラクターストリングの全体としての配列同一性よりも高い配列同一性を有するサブストリングとして存在する、工程
を包含する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１１６】  前記コンピュータコードが（ｉｉ）において選択することによりサブストリングを選択して、該サブストリングの両端が約４〜約８文字の所定のモチーフ中に存在する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１１７】  前記コンピュータコードが、（ｉｉ）において整列することにより、前記キャラクターストリングのうち２以上を整列させて該キャラクターストリングの２以上のサブストリングの間の対同一性を最大化し、そして１つのサブストリングについて整列したペアうちの１つのメンバーである文字を選択することによってサブストリングを選択する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１１８】  前記コンピュータコードが、前記初期キャラクターストリングまたは解キャラクターストリングのうちの1つ以上の文字をさらに無作為に変更する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１１９】  前記（ｖ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと５０％を超える同一性を有する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１２０】  前記（ｖ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと７５％を超える同一性を有する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１２１】  前記（ｖ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと８５％を超える同一性を有する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１２２】前記（ｖ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと９０％を超える同一性を有する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１２３】前記（ｖ）の１以上の解ストリングが、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと９５％を超える同一性を有する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１２４】  前記コンピュータコードは、前記データ構造に１を超える解ストリングを加えることによって、前記解ストリングをデータ構造に加える、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１２５】  前記コンピュータコードは、無作為にサブストリング選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１２６】  前記コードが、均一なサブストリング選択をすることにより前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１２７】  前記コンピュータコードは、モチーフに基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１２８】  前記コンピュータコードは、整列に基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１２９】  前記コンピュータコードは、頻度に基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項１１１に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１３０】生成のための分子を同定する方法であって、連結されたストリングによって該分子が表され、該方法は、以下の工程：
ｉ）２以上の異なる初期キャラクターストリングの収集物を提供するために、初期キャラクターストリングのデータ構造中に２以上の生物学的分子をコードする工程であって、ここで該生物学的分子の各々が、少なくとも約１０のサブユニットを含む、工程；
ｉｉ）該初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程；
ｉｉｉ）該サブストリングを連結して、１以上の該初期キャラクターストリングと同じ長さの１以上の解ストリングを形成する工程
ｉｖ）データ構造に該解ストリングを加えて、解ストリングのデータ構造を投入する工程；
ｖ）該データ構造における解ストリングのうち少なくとも１つについて１以上の計算により予測した特性を得る工程；
ならび
ｖｉ）該１以上の計算により予測した特性に基づいて生成のために少なくとも１つ以上の解生物学的分子を選択する工程
を包含する、方法。
【請求項１３１】  前記計算により予測した特性が、分子量の最大値もしくは最小値、自由エネルギーの最大値もしくは最小値、標的分子もしくは表面との接触表面の最大値もしくは最小値、特定された正味の電荷、予測ｐＫ、予測ｐＩ、結語号親和性、二次構造、三次構造のうちの１以上を含む、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３２】  前記コードする工程が、前記キャラクターストリングに２以上のアミノ酸配列をコードさせることを包含する、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３３】  前記（ｉｉ）における選択する工程が、２以上の前記初期キャラクターストリングを整列し、該初期キャラクターストリングのうちの２以上のサブストリングの間の対同一性を最大化する工程、および２以上のサブストリングの末端について整列された対のメンバーである文字を選択する工程を包含する、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３４】  前記初期キャラクターストリングまたは解キャラクターストリングのうちの1つ以上の文字を無作為に変更する工程をさらに包含する、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３５】  前記（ｖｉ）の1以上の解生物学的分子が、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと５０％を超える配列同一性を有している、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３６】  前記（ｖｉ）の1以上の解生物学的分子が、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと７５％を超える配列同一性を有している、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３７】  前記（ｖｉ）の1以上の解生物学的分子が、前記少なくとも１つの初期キャラクターストリングと９０％を超える配列同一性を有している、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３８】  前記解ストリングをデータ構造に加える工程が、１よりも多い解ストリングを該データ構造に加えることを包含する、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３９】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、無作為にサブストリングを選択することを包含する、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１４０】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、均一にサブストリングを選択することを包含する、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１４１】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、モチーフに基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１４２】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、整列に基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１４３】  前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する工程が、頻度に基づいてサブストリングを選択することを包含する、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１４４】  コンピュータ読み取り可能媒体上のコンピュータプログラムプロダクトであって、以下：
ｉ）２以上の異なる初期キャラクターストリングの収集物を提供するために、初期キャラクターストリングのデータ構造中に２以上の天然に存在する生物学的分子をコードするコンピュータコードであって、ここで該生物学的分子の各々が、少なくとも約１０のサブユニットを含む、コンピュータコード；
ｉｉ）該初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択するコンピュータコード；
ｉｉｉ）該サブストリングを連結して、１以上の該初期キャラクターストリングと同じ長さの１以上の解ストリングを形成するコンピュータコード
ｉｖ）データ構造に該解ストリングを加えて、解ストリングのデータ構造を投入するコンピュータコード；
ｖ）該データ構造における解ストリングのうち少なくとも１つについて１以上の計算により予測した特性を得るコンピュータコード；
ならび
ｖｉ）該１以上の計算により予測した特性に基づいて生成のために少なくとも１つ以上の解生物学的分子を選択するコンピュータコード
を備える、コンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１４５】  前記計算により予測した特性が、分子量の最大値もしくは最小値、自由エネルギーの最大値もしくは最小値、標的分子もしくは表面との接触表面の最大値もしくは最小値、特定された正味の電荷、予測ｐＫ、予測ｐＩ、結語号親和性、二次構造、三次構造のうちの１以上を含む、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１４６】前記コンピュータコードが２以上のアミノ酸配列を前記キャラクターストリングにコードさせることによって（ｉ）においてコードさせる、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１４７】  前記コンピュータコードが、（ｉｉ）において整列することにより、前記キャラクターストリングのうち２以上を整列させて該キャラクターストリングの２以上のサブストリングの間の対同一性を最大化し、そして１つのサブストリングについて整列したペアうちの１つのメンバーである文字を選択することによってサブストリングを選択する、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１４８】  前記コンピュータコードが、前記初期キャラクターストリングまたは解キャラクターストリングのうちの1つ以上の文字をさらに無作為に変更する、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１４９】  前記（ｖｉ）の１以上の解生物学的分子が、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと５０％を超える同一性を有する、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１５０】  前記（ｖｉ）の１以上の解生物学的分子が、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと７５％を超える同一性を有する、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１５１】  前記（ｖｉ）の１以上の解生物学的分子が、前記少なくとも１つのキャラクターストリングと９０％を超える同一性を有する、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１５２】  前記コンピュータコードは、前記データ構造に１を超える解ストリングを加えることによって、前記解ストリングをデータ構造に加える、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１５３】  前記コンピュータコードは、無作為にサブストリング選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１５４】  前記コードが、均一なサブストリング選択をすることにより前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１５５】  前記コンピュータコードは、モチーフに基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１５６】  前記コンピュータコードは、整列に基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。
【請求項１５７】  前記コンピュータコードは、頻度に基づく選択をすることによって前記初期キャラクターストリングから少なくとも２つのサブストリングを選択する、請求項１４４に記載のコンピュータプログラムプロダクト。