(57)【要約】  本発明はキク属の白銹病耐性植物並びにその種子、植物部分、植物細胞及びその子孫に関する。さらに、本発明は、キク属の白銹病耐性植物を同定するための手段、特に分子マーカーに関する。特に、本発明は、キク属に属する植物に関し、該植物は白銹病に対して耐性であり、当該植物はそれらのゲノム中に白銹病耐性を付与する少なくとも１つのゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子を含み、当該白銹病耐性を付与する少なくとも１つのゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子は、当該耐性植物のゲノムにおいて少なくとも１コピーで含まれる核酸配列に対して遺伝的に連結されており、かつ、配列番号３で表される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
キク属に属する植物であって、該植物は白銹病に対して耐性があり、該植物は、そのゲノムに、白銹病耐性を付与する少なくとも１つのゲノム領域、遺伝子又は対立遺伝子を含み、該白銹病耐性を付与する少なくとも１つのゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子は、該耐性植物のゲノムにおいて少なくとも１コピーで含まれる核酸配列に対して遺伝的に連結され、かつ、配列番号３によって表される植物。
【請求項２】
前記植物は、そのゲノムに、白銹病耐性を付与する追加のゲノム領域、遺伝子又は対立遺伝子をさらに含み、該白銹病耐性を付与する追加のゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子は、該耐性植物のゲノムにおいて少なくとも１コピーで含まれる核酸配列に対して遺伝的に連結され、かつ、配列番号２によって表される、請求項１に記載の植物。
【請求項３】
前記植物は、そのゲノムに、白銹病耐性を付与する追加のゲノム領域、遺伝子又は対立遺伝子をさらに含み、該白銹病耐性を付与する追加のゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子は、該耐性植物のゲノムにおいて少なくとも１コピーで含まれる核酸配列に対して遺伝的に連結され、かつ、配列番号１によって表される、請求項１に記載の植物。
【請求項４】
前記植物は、そのゲノムに、白銹病耐性を付与する追加のゲノム領域、遺伝子又は対立遺伝子をさらに含み、該白銹病耐性を付与する追加のゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子は、該耐性植物のゲノムにおいて少なくとも１コピーで含まれる核酸配列に対して遺伝的に連結され、かつ、配列番号２によって表され、前記植物は、そのゲノムに、白銹病耐性を付与する追加のゲノム領域、遺伝子又は対立遺伝子をさらに含み、該白銹病耐性を付与する追加のゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子は、該耐性植物のゲノムにおいて少なくとも１コピーで含まれる核酸配列に対して遺伝的に連結され、かつ、配列番号１によって表される、請求項１に記載の植物。
【請求項５】
前記植物が、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８及び配列番号９よりなる群から選択される前記耐性植物のゲノムに含まれる核酸を５コピー以下で含む、請求項１〜４のいずれかに記載の植物。
【請求項６】
前記植物が切断キク又は鉢植えキクである、請求項１〜５のいずれかに記載の植物。
【請求項７】
前記植物が、Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｘ  ｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｘ  ｇｒａｎｄｉｆｌｏｒｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｘ  ｒｕｂｅｌｌｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ａｂｏｌｉｎｉｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ａｃｈｉｌｌａｅａ  Ｌ．；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ａｌａｂａｓｉｃｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｂｒａｃｈｙａｎｔｈｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃａｒｉｎａｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃｈａｌｃｈｉｎｇｏｌｉｃｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃｉｎｅｒａｒｉｉｆｏｌｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃｏｃｃｉｎｅｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃｏｒｅａｎｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃｏｒｏｎａｒｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｄｅｃａｉｓｎｅａｎｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｄｅｌａｖａｙａｎｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｄｉｃｈｒｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｆａｓｔｉｇｉａｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｆｒｕｔｅｓｃｅｎｓ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｇｒａｃｉｌｅ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｇｒｕｂｏｖｉｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｈｏｒａｉｍｏｎｔａｎｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｈｙｐｏｌｅｕｃｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｉｎｄｉｃｕｍ  Ｌ．；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｊｕｎｎａｎｉｃｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｋｉｎｏｋｕｎｉｅｎｓｅ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｋｏｋａｎｉｃｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｋｏｎｏａｎｕｍ；Ｃｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍａｊｕｓ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍａｒｇｉｎａｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍａｗｅｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍａｘｉｍｕｍ  Ｌ．；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍｉｙａｔｏｊｉｍｅｎｓｅ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍｕｌｔｉｆｉｄｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｎｉｔｉｄｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｐａｒｖｉｆｏｌｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｐｒｚｅｗａｌｓｋｉｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｐｕｒｐｕｒｅｉｆｌｏｒｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｒｈｏｍｂｉｆｏｌｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｒｏｂｏｒｏｗｓｋｉｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｓｅｇｅｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｓｈｉｈｃｈｕａｎｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｓｈｉｍｏｔｏｍａｉｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｔｒｉｌｏｂａｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｔｒｉｐｉｎｎａｔｉｓｅｃｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｖｅｓｔｉｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｖｕｌｇａｒｅ  （Ｌ．）；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｙｏｓｈｉｎｙａｎｔｈｅｍｕｍ；及びＣｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｚａｗａｄｓｋｉｉよりなる群から選択される、請求項１〜６のいずれかに記載の植物。
【請求項８】
前記白銹病の原因病原体がＰｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａである、請求項１〜７のいずれかに記載の植物。
【請求項９】
前記植物が、寄託番号ＮＣＩＭＢ  ４２７６２として寄託されたキク植物に由来する、白銹病耐性を付与する少なくとも１つのゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子を含む、請求項１〜８のいずれかに記載の植物。
【請求項１０】
前記植物が、寄託番号ＮＣＩＭＢ  ４２４５５として寄託されたキク植物に由来する、白銹病耐性を付与する少なくとも１つのゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子を含む、請求項２〜９のいずれかに記載の植物。
【請求項１１】
前記植物が、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２４５５として寄託されたキク植物に由来する、白銹病耐性を付与する少なくとも２つのゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子を含む、請求項１０に記載の植物。
【請求項１２】
前記植物がそのゲノム中に白銹病耐性を付与する少なくとも３つのゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子を含み、該白銹病耐性を付与する第１のゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子が配列番号３で表される該植物ゲノムに含まれるゲノム核酸配列に遺伝的に連結され、該白銹病耐性を付与する第２のゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子が配列番号２で表される該植物ゲノムに含まれるゲノム核酸配列に遺伝的に連結され、該白銹病耐性を付与する第３のゲノム領域又は遺伝子もしくは対立遺伝子が配列番号１で表される前記植物ゲノムに含まれるゲノム核酸配列に遺伝的に連結されている、請求項１〜１１のいずれかに記載の植物。
【請求項１３】
前記植物がＣｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｘ  ｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍ植物であり、前記植物が白銹病菌Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａに対して耐性である、請求項１〜１２のいずれかに記載の植物。
【請求項１４】
請求項１〜１３のいずれかに記載のキク植物の種子、植物部分又は植物細胞。
【請求項１５】
請求項１〜１３のいずれかに記載のキク植物の子孫。
【請求項１６】
白銹病耐性キク植物を同定するための、配列番号３の使用。
【請求項１７】
白銹病感受性のキク植物を同定するための、配列番号４〜９のいずれか１つの使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、キク属の白銹病耐性植物並びにその種子、植物部分、植物細胞及びその子孫に関する。さらに、本発明は、キク属の白銹病耐性植物を同定するための手段、特に分子マーカーに関する。
【背景技術】
【０００２】
ｃｈｒｙｓａｎｔ（ｈ）ｓとも呼ばれるキクは、キク科キク属の開花植物である。これらの植物はアジア及びヨーロッパ北東部原産であり、多数の園芸品種及び栽培品種からなるものである。
【０００３】
いくつかのキク属のうち、経済的に重要な花卉栽培キクは、過去にはＤｅｎｄｒａｎｔｈｅｍａ属に分類されていた。しかし、現在では、花卉栽培キクは、Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｉｎｄｉｃｕｍとして分類され、キク属におけるこれらのキクの立場が回復されている。
【０００４】
天然型のキク種は草本多年生植物である。これらのキク種は、交互に配置された葉が、鋸歯状又は場合によっては滑らかな縁を持つ小葉に分かれて表れる。キクは、紀元前１５世紀にまで遡る花卉として中国で最初に栽培され、５００種以上の栽培品種が１６３０年までに記録されていた。
【０００５】
現在栽培されているキクは、野生関連種と比較して、より顕著で美的な開花を示す。頭花はさまざまな形で出現し、ポンポンやボタンのようなヒナギク様なものや装飾的なものがある。この属には、園芸目的で改良された多数の雑種及び数千の栽培品種がある。従来の黄色の他に、白、紫、赤などの他の色も入手できる。最も重要な雑種はＣｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｘ  ｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍであるが、これはＣｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｘ  ｇｒａｎｄｉｆｌｏｒｕｍとも呼ばれ、主としてＣｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｉｎｄｉｃｕｍに由来する。
【０００６】
キクは、２つの基本的なグループ、すなわち、耐寒性のある庭園用と展覧会用とに分類できる。庭園用のキクは、ほとんどが高緯度地域で越冬が可能な多年生植物である。展覧会用の品種は、一般的に越冬できない。庭園用のキクは、杭打ちなどの機械的な補助がほとんどない場合でも小さな花を咲かせることができ、また風雨に耐えることができる。展覧会用の品種は、一般的に、杭打ち、比較的乾燥した冷涼環境での越冬及び場合によっては夜間に明かりの追加が必要である。
【０００７】
白銹病は、担子菌（Ｂａｓｉｓｉｏｍｙｃｏｔａ）によって引き起こされる植物の病気である。担子菌は、真菌様真核微生物の明確な系統を形成する。これらは、性的にも無性的にも増殖する糸状の顕微鏡的吸収性生物である。担子菌類は、腐性及び病原性の両方の生活環を占め、最も悪名高い植物病原体のいくつかを含み、ジャガイモ、トマト及び様々な観賞用植物の枯病や小麦の黒錆病などの壊滅的な病気を引き起こす。担子菌類は、キノコ類、ホコリタケ類、サルノコシカケなどの大型子実体の生産で最もよく知られており、木材及び落葉ゴミの腐敗に重要な生物である。
【０００８】
キクでは、白銹病は一般的に病原性担子菌又は真菌のＰｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａによって引き起こされる病気である。キク特有の症状としては、葉の上面の白錆のような斑点が挙げられる。これらの斑点は、初めは淡緑色〜黄色で直径が５ｍｍまでであるが、組織が壊死すると茶色に変わることがある。葉の下側では、斑点はピンク色又は白色の膿疱に成長し、これは冬胞子が成長するにつれて顕著になる。この病気は、一般的に温室のキクの切り花を含めて、感染した挿し木や苗木でも起こる。
【０００９】
１９６３年まで、Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａは中国と日本に限定されていた。しかし、それ以来、感染した輸入挿し木で急速に広がり、現在ではヨーロッパの種苗場において恐ろしく深刻な病気となっている。多数のＰ．ｈｏｒｉａｎａの病原型が知られており、様々なキク栽培品種への接種後のＰ．ｈｏｒｉａｎａの病原型毒性の大きな違いが実証された（Ｄｅ  Ｂａｃｋｅｒ、２０１２）。２００６年にオランダで採取されたＰ．ｈｏｒｉａｎａの病原型ＮＬ１は、最も毒性の高いものであることが示された。
【００１０】
殺菌剤の予防散布が効果的であるが、費用がかかる。気候が白銹病に非常に適していると、予防スプレーであっても十分に効果的ではなく、感受性の高い品種は感染する可能性が非常に高い。有用であることが分かった活性成分としては、オキシカルボキシン、トリホリン、ベノダニル、トリアジメホン、ジクロブトラゾール、ビテルタノール及びプロピコナゾールが挙げられる。温室キクの生物的防除のためにＶｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｌｅｃａｎｉｉが提案されている。
【００１１】
白銹病によるキク栽培に対するかなりのダメージを考慮すると、当該技術分野においては、新規遺伝的耐性源を提供することに対する要望がある。すなわち、当該技術分野においては、キク属の植物に耐久性の白銹病耐性を付与する新規耐性遺伝子に対する要望がある。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
本発明の目的は、他の目的のうち、上記当該技術分野における要望を満たすことである。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
本発明によれば、この目的は、特許請求の範囲に概説される植物、植物部分、種子及び手段を提供することによる本発明によって達成される。
【００１４】
具体的には、第１の態様によれば、本発明の目的は、特に、キク属に属する植物を提供することによって達成され、該植物は白銹病に対して耐性があり、該植物は、それらのゲノム中に、白銹病耐性を付与する少なくとも１つのゲノム領域、遺伝子又は対立遺伝子を含み、該白銹病耐性を付与する少なくとも１つのゲノム領域又は遺伝子は、該耐性植物のゲノムにおいて少なくとも１コピーで含まれる核酸配列に対して遺伝的に連結され、かつ、配列番号３によって表される。キク属に属する植物の六倍体の性質を考慮すると、配列番号３は、好ましくは、該耐性植物当たり少なくとも１コピー、例えば２、３、４、５又は６コピーで該耐性植物のゲノム中に存在する。
【００１５】
本発明において、用語「ゲノム領域」又は「複数のゲノム領域」とは、１個以上の白銹病耐性付与遺伝子（例えば１個の遺伝子）をコードする明確な核配列をいう。
【００１６】
配列番号３の配列は、白銹病耐性付与ゲノム領域又は遺伝子に遺伝的に連結されており、或いは、配列番号３は、白銹病耐性付与ゲノム領域又は遺伝子の存在を示す分子マーカーである。配列番号３及びここで提示される他の配列は、本明細書で特定される寄託物などのキク属の白銹病耐性植物のゲノムＤＮＡを含むサンプルを、制限酵素Ｍｓｅ１及びＥｃｏＲ１で制限消化すると共に、任意に本明細書で提供された配列に基づいて開発されたプライマー対を使用した核酸増幅を組み合わせることによって得ることができる。
【００１７】
キク属の植物が白銹病に対して耐性であるかどうかを実証するのには、配列番号３の存在を検出すれば十分であるが、この耐性は、以下に概説する病害アッセイのような病害アッセイによって追加的に確認できる。
【００１８】
病害アッセイは、プラスチック製のカバーを使用して、長さ１２５ｃｍ、幅８０ｃｍ、高さ３５ｃｍの密閉プラスチック製の容器内で、切り枝又は小さな苗木に対して実施できる。白銹病に感染接種植物を容器に入れる（容器あたり３６本の接種植物を２６５本の切り枝間に均等に分配する）。Ｐ．ｈｏｒｉａｎａ病原型ＮＬ１由来の単離物を使用することができる（元のＮＬ１病原型は、オランダ国ワーゲニンゲンのプランテンジークテンクンディークディエンストから得た）。
【００１９】
白銹病は、高い相対湿度と、葉、小さな苗木又は切り枝上の水膜とを必要とするため、プラスチック容器の内側及びカバーを、プラスチック容器の底の湿った布と組み合わせて、脱塩水で曇らせることが好ましい。実験装置を準備した後に、この水槽を白いプラスチックで覆われた１８℃の成長室内に入れ、４日間にわたって暗くて湿気のある環境を創り出す。毎日容器を換気して、容器全体を通して胞子を良好に分散させる。白いプラスチックを取り除いた後に、水銀灯とＳＯＮ−Ｔ灯の組み合わせで１日当たり１８時間（６０００ルクス）にわたって容器を照らす。
【００２０】
一般に、病気の症状は感染後２１〜２８日目に評価できる。植物を１（感染）〜９（感染していない）の評点に従って採点する。ここで、１〜３の評点は植物が感受性であることを示し、４〜６は植物が中程度の耐性であることを示し、７〜９は植物が耐性であることを示す。
【００２１】
好ましくは、本植物は、それらのゲノム中に、白銹病耐性を付与する追加のゲノム領域又は遺伝子をさらに含み、該追加の白銹病耐性を付与するゲノム領域又は遺伝子は、該耐性植物のゲノムにおいて少なくとも１コピーで含まれる核酸配列に対して遺伝的に連結され、かつ、配列番号２又は配列番号１によって表される。キク属に属する植物の六倍体の性質を考慮すると、配列番号２及び配列番号１は、好ましくは、互いに独立して、耐性植物のゲノム中において、耐性植物当たり少なくとも１コピー、例えば、２、３、４、５又は６コピーで存在する。
【００２２】
特に好ましい実施形態によれば、本植物は、ゲノム中に、白銹病耐性を付与する追加のゲノム領域又は遺伝子をさらに含み、該追加の白銹病耐性付与ゲノム領域又は遺伝子は、該耐性植物のゲノムにおいて少なくとも１コピーで含まれる核酸配列に対して遺伝的に連結しており、かつ、それぞれ配列番号１及び配列番号２によって表される。キク属に属する植物の六倍体の性質を考慮すると、配列番号２及び配列番号１は、好ましくは、互いに独立して、耐性植物のゲノム中に、耐性植物当たり少なくとも１コピー、例えば、２、３、４、５又は６コピーで存在する。
【００２３】
本発明者は、配列番号３と類似する（ただし同一ではない）が、白銹病耐性の付与を担当しない白銹病耐性ゲノム領域、遺伝子座又は遺伝子内に存在する追加のゲノム配列を同定した。このように、配列番号３に類似する（ただし同一ではない）ゲノム配列は、感受性対立遺伝子又は感受性ゲノム配列と呼ばれる。したがって、好ましい実施形態によれば、本発明の植物は、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８及び配列番号９よりなる群から選択される耐性植物のゲノム内に含まれるこれらの類似の（ただし同一ではない）核酸配列を植物当たり５コピー以下で含む。キク属に属する植物の六倍体の性質を考慮すると、配列番号４〜９は、互いに独立して、耐性植物のゲノム中に４コピー以下、例えば、３、２、１又は０コピーで存在することが好ましい。後者の場合、本発明の植物は６コピーの配列番号３を含む。
【００２４】
本発明の植物は、好ましくは切断キク植物又は鉢植えキク植物である。また、切断植物及び鉢植えキク植物は、それぞれ当該分野において切り花及び鉢植え植物としても指定されている。鉢植えキク植物の庭園認証版である庭園用キクとされる場合もある。
【００２５】
本発明の好ましい実施形態によれば、キク属に属する本発明の植物は、Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｘ  ｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｘ  ｇｒａｎｄｉｆｌｏｒｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｘ  ｒｕｂｅｌｌｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ａｂｏｌｉｎｉｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ａｃｈｉｌｌａｅａ  Ｌ．；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ａｌａｂａｓｉｃｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｂｒａｃｈｙａｎｔｈｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃａｒｉｎａｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃｈａｌｃｈｉｎｇｏｌｉｃｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃｉｎｅｒａｒｉｉｆｏｌｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃｏｃｃｉｎｅｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃｏｒｅａｎｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｃｏｒｏｎａｒｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｄｅｃａｉｓｎｅａｎｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｄｅｌａｖａｙａｎｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｄｉｃｈｒｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｆａｓｔｉｇｉａｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｆｒｕｔｅｓｃｅｎｓ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｇｒａｃｉｌｅ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｇｒｕｂｏｖｉｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｈｏｒａｉｍｏｎｔａｎｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｈｙｐｏｌｅｕｃｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｉｎｄｉｃｕｍ  Ｌ．；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｊｕｎｎａｎｉｃｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｋｉｎｏｋｕｎｉｅｎｓｅ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｋｏｋａｎｉｃｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｋｏｎｏａｎｕｍ；Ｃｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍａｊｕｓ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍａｒｇｉｎａｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍａｗｅｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍａｘｉｍｕｍ  Ｌ．；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍｉｙａｔｏｊｉｍｅｎｓｅ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｍｕｌｔｉｆｉｄｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｎｉｔｉｄｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｐａｒｖｉｆｏｌｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｐｒｚｅｗａｌｓｋｉｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｐｕｒｐｕｒｅｉｆｌｏｒｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｒｈｏｍｂｉｆｏｌｉｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｒｏｂｏｒｏｗｓｋｉｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｓｅｇｅｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｓｈｉｈｃｈｕａｎｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｓｈｉｍｏｔｏｍａｉｉ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｔｒｉｌｏｂａｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｔｒｉｐｉｎｎａｔｉｓｅｃｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｖｅｓｔｉｔｕｍ；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｖｕｌｇａｒｅ  （Ｌ．）；Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｙｏｓｈｉｎｙａｎｔｈｅｍｕｍ；及びＣｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｚａｗａｄｓｋｉｉよりなる群から選択される。
【００２６】
本発明の別の好ましい実施形態によれば、白銹病を引き起こす原因病原体は、Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａである。Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａは同種寄生のさび菌である。二細胞性冬胞子は、その場で発芽して、気流中に分散する単細胞性担子胞子を生成する。他の胞子は知られていない。冬胞子及び担子胞子の両方の発芽には、高湿度及び湿気の膜が必要であると思われる。冬胞子は成熟するとすぐに発芽することができる。担子胞子の発芽及び放出は、４℃〜２３℃の間で生じ、至適温度１７℃では、担子胞子の放出が３時間以内に観察される。担子胞子は広い温度範囲で発芽することができ、１７〜２４℃では、葉の片面が２時間以内に浸食されるおそれがある。したがって、新たな感染が確立するのにわずか５時間の湿潤で十分である。葉の内部には、豊富な硝子質の細胞間菌糸が細胞内吸器と共に産生される。潜伏期間は通常７〜１０日であるが、短期間の高温（３０℃以上）で８週間まで延びる場合がある。
【００２７】
感染後、葉の上面に直径５ｍｍまでの淡緑色〜黄色の斑点が発生する。これらの斑点の中心は、老化とともに褐色になり壊死性になる。対応する下面には、隆起した褐色又はピンク色の蝋様膿疱（テリア）が見られる。上面の斑点が沈むにつれて、これらの膿疱は非常に顕著になり、担子胞子が産生されるにつれて白っぽくなる。テリアは上部の葉の表面に見られることもある。激しく攻撃された葉は萎れ、茎から垂れ下がり、徐々に完全に乾燥する。
【００２８】
さらに別の好ましい実施形態によれば、本発明は、２０１７年５月３１日に寄託番号ＮＣＩＭＢ  ４２７６２として寄託されたキク植物に由来する、白銹病耐性を付与する少なくとも１つのゲノム領域又は遺伝子を含む植物に関する。寄託番号ＮＣＩＭＢ  ４２７６２として寄託されたキク植物は、英国アバディーンＡＢ２１  ９ＹＡ、Ｂｕｃｋｓｂｕｒｎ、Ｃｒａｉｂｓｔｏｎｅ  Ｅｓｔａｔｅ、Ｆｅｒｇｕｓｏｎ  ＢｕｉｌｄｉｎｇにあるＮＣＩＭＢ  Ｌｔｄ．のＮＣＩＭＢ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ，Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｍａｒｉｎｅ  Ｂａｃｔｅｒｉａ）から入手することができる。
【００２９】
さらに別の好ましい実施形態によれば、本植物は、２０１６年３月１４日に寄託番号ＮＣＩＭＢ  ４２４５５として寄託されたキク植物に由来する、白銹病耐性を付与する少なくとも１つのゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子をさらに含み、あるいは、本植物は、寄託番号ＮＣＩＭＢ４２４５５として寄託されたキク植物に由来する、白銹病耐性を付与する２つのゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子を含む。言い換えれば、本発明の植物は、白銹病耐性に対する抵抗性遺伝子を積み重ねる、すなわち寄託番号ＮＣＩＭＢ  ４２７６２に由来する配列番号３に遺伝的に連結された１つのゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子と、それぞれ配列番号１及び２に遺伝的に連結されたＮＣＩＭＢ  ４２４５５に由来する１又は２つの遺伝子領域又は遺伝子とを含む。
【００３０】
最も好ましい実施形態によれば、本発明は、白銹病菌Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａに耐性であるＣｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  ｘ  ｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍ植物に関する。
【００３１】
本植物のような当該分野における白銹病耐性遺伝子供給源の重要性を考慮すると、本発明は、第２の態様によれば、本植物の種子、植物部分又は植物細胞に関する。本発明の種子、植物部分又は植物細胞は、それらのゲノム中に、配列番号３、好ましくはさらに配列番号２又は配列番号１、最も好ましくは配列番号２及び配列番号１を含み、それに応じて、白銹病、特にＰｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａの感染によって引き起こされる白銹病に耐性のある植物を提供し又はその植物に栽培することができる。
【００３２】
第３の態様によれば、本発明は、本発明のキク植物の子孫に関する。本発明の植物の子孫は、それらのゲノム中に、配列番号３、好ましくはさらに配列番号２又は配列番号１、最も好ましくは配列番号２及び配列番号１の存在を確認することによって容易に同定できる。
【００３３】
第４の態様によれば、本発明は、白銹病耐性キク植物を同定するための配列番号３の使用に関する。このような植物を同定するためのこれらの配列番号に基づく好適な方法は、ゲノムＤＮＡの核酸増幅、その後の増幅断片の視覚化に基づく方法など、当該技術分野において一般的に知られているが、ハイブリダイゼーションに基づく技術などの他の技術も考えられる。
【００３４】
本発明を、以下に示される実施例でさらに詳細に説明する。これらの実施例において、次の図面を参照する。
【図面の簡単な説明】
【００３５】
【図１】耐性対立遺伝子のコピーと感受性対立遺伝子のコピーとの推定比と、２つの耐性遺伝子座（ＳＮＰ１１５及びＳＮＰ１２３）でのＫＡＳＰ遺伝子型との間の相関関係をグラフで示す。ＧＢＳ比とＫＡＳＰ比の両方について、値が大きければ大きいほど耐性対立遺伝子のコピー数が多いことを示す。
【図２】Ｆ１個体における２つのＳＮＰマーカーでの配列決定遺伝子型投与量スコアと耐性プロファイルとの関連性をグラフで示す（セレクション０８０４１×セレクション０２０３３交配）。両方のマーカーにおいて、より多くのコピー数の耐性対立遺伝子を保有する個体は一般により耐性が高かったため、関連は極めて有意であった。
【図３】Ｆ１個体における２つのＳＮＰマーカーでのＫＡＳＰ遺伝子型スコアと耐性プロファイルとの関連性をグラフで示す（セレクション０８０４１×セレクション０２０３３交配）。両方のマーカーにおいて、関連は極めて有意であった。
【図４】Ｆ１子孫における多重ＧＢＳ投与量比の分布を示すヒストグラムを示す。ＧＢＳ比が大きければ大きいほど、その個体が記載されているハプロタイプの「耐性」コピー数を多く保有していることを示す。
【発明を実施するための形態】
【００３６】
［実施例］
例１
序論
Ｍａｒｔｉｎ，Ｐ．及びＦｉｒｍａｎ，Ｉ．（１９７０），「Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｏｆ  Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ  Ｃｕｌｔｉｖａｒｓ  ｔｏ  Ｗｈｉｔｅ  Ｒｕｓｔ（Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａ）」，Ｐｌａｎｔ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ，１８０−１８４には、いくつかの種類のキク白銹病耐性植物が開示されている。白銹病関連ゲノム配列、すなわち配列番号１及び２が、開示されたキク栽培品種に見出されるかどうかを評価するために、これらの栽培品種をマーカー分析した。結果を以下の表１に示す。
【００３７】
表１：Ｍａｒｔｉｎ（１９７０）により以前にＰ．ｈｏｒｉａｎａに対して耐性又は免疫性であると報告されているキク品種のＰ．ｈｏｒｉａｎａのＮＬ１単離体を接種した後の表現型
【表１】
2019528770.tif 000002
【００３８】
表から明らかなように、Ｍａｒｔｉｎ外に開示されている上記植物はいずれも配列番号２によって表されるゲノム配列を含まない。
【００３９】
例２
序論
白銹病は、世界中の作物及び花卉栽培者に大きな経済的損失をもたらす植物の病気である。また、白銹病は、キク属の植物にも影響を及ぼし、一般的には真菌Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａによって引き起こされる。感染後、直径５ｍｍ以下の淡緑色〜黄色の斑点が上面に発生する。これらの斑点の中心は植物が老化するにつれて褐色になり壊死する。葉の下面には、隆起した褐色又はピンク色の膿疱（テリア）が発生する。この病気は、一般的に温室キクの切り花を含めた感染した挿し木や植物でも起こる。
【００４０】
耐性に影響を及ぼす分子マーカー配列番号１及び２に遺伝的に連結した２つのゲノム領域又は遺伝子は以前に同定されており、これらの遺伝子座のそれぞれで耐性を付与する対立遺伝子は多様に存在しており、その例として、英国アバディーンＡＢ２１  ９ＹＡ、Ｂｕｃｋｓｂｕｒｎ、Ｃｒａｉｂｓｔｏｎｅ  Ｅｓｔａｔｅ、Ｆｅｒｇｕｓｏｎ  ＢｕｉｌｄｉｎｇにあるＮＣＩＭＢ（ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ，Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｍａｒｉｎｅ  Ｂａｃｔｅｒｉａ）から入手できる。両方の遺伝子座は、耐性品種で創作された交雑種においてかなりの量の変異を説明するが、これらは他の多数の品種における耐性パターンについては説明していない。例えば、ＮＣＩＭＢ  ４２４５５で同定された遺伝子座で耐性を付与する対立遺伝子が欠如しているにもかかわらず、いくつかの品種は白銹病に対して完全に耐性である。これは、キクの耐性に影響を及ぼす遺伝子がまだ知られていないことを示唆する。ここで提示する例では、このようなゲノム領域又は遺伝子又は対立遺伝子の１つを同定した。このゲノム領域又は遺伝子及びそれと遺伝的に連結した配列番号３を含む植物は、寄託番号ＮＣＩＭＢ  ４２７６２で寄託されており、英国アバディーンＡＢ２１  ９ＹＡ、Ｂｕｃｋｓｂｕｒｎ、Ｃｒａｉｂｓｔｏｎｅ  Ｅｓｔａｔｅ、Ｆｅｒｇｕｓｏｎ  ＢｕｉｌｄｉｎｇにあるＮＣＩＭＢ（ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ，Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｍａｒｉｎｅ  Ｂａｃｔｅｒｉａ）から入手できる。
【００４１】
方法
交配スキーム及び実験の設定
ＳＮＰマーカーと耐性プロファイルとの関連性を試験するために、耐性ｓａｎｔｉｎｉ  ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍセレクション０８０４１からの個体を感受性ｓｐｒａｙ  ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍセレクション０２０３３からの個体と交配することによりＦ１集団を作製した。セレクション０８０４１は白銹病に対する耐性が高い。次いで、２６２個のＦ１個体（ＣＲ１５−９９５００４）を白錆耐性性に対して表現型分類し、そして各Ｆ１個体について６種のクローンをアッセイした。Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａの接種をブロックデザインで行い、そして４回の試験を上記のように２つの容器内で行った（異なる時点で）。大きい値が耐性（最大９）を示し、低い値が感受性（最小１）を示すように耐性を採点した。複製クローンを試験と容器との間で無作為に分けた。これらのうち、８０種のクローンを遺伝子型決定のために選択した。遺伝子型が決定されたサンプル中に存在する表現型の変動を最大にするために選択を行ったが、これによって、ＳＮＰ−表現型の関連性を検出するための能力が向上するはずである。
【００４２】
セレクション０８０４１耐性遺伝子座
キクのための５０，０００個のマーカーを有するＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＳＮＰアレイを使用して、上記のＦ１集団を遺伝子型決定し、そしてマーカー・形質関連付けをＦ１集団の各個体内で行った。これにより、キクの白銹病耐性についての表現型差異の最大量を説明する９個の一塩基多型（ＳＮＰｓ）を得た：７個のＳＮＰｓについてそれぞれ５０％超、及び２個のＳＮＰｓについてそれぞれ７０％超。その後、ＳＮＰ１１５及びＳＮＰ１２３と命名された後者の２個のＳＮＰｓが白銹病耐性との最も強い関連性を示したため、これらを多重遺伝子型別配列決定（ＧＢＳ）アプローチの標的とした。キクは六倍体であるため、個体内の遺伝子座に存在する耐性コピーの数を推定するように方法を設計した。次いで、この方法を使用して、０８０４１〜０２０３３品種間のＦ１集団の個体を遺伝子型決定した。
【００４３】
ＳＮＰ１１５及びＳＮＰ１２３マーカーについてＫＡＳＰアッセイを設計した。ＫＡＳＰ法はＧＢＳよりも費用対効果の高い方法である。潜在的な欠点は、ＧＢＳデータから推定された投与量比よりもはるかに粗い耐性コピー数の尺度（ＫＡＳＰ比は０、１、又は２にしかならない場合がある）を与えることである。キクの六倍体の性質は、所定の遺伝子座での耐性対立遺伝子の数を０〜６の間で変化させる場合がある。個体が保有する耐性対立遺伝子数に関する正確な知識は、マッピング目的のためのみならず、その後の繁殖段階中に個体を選択するためにも有益な場合がある。幸いなことに、ＫＡＳＰ比は、ＧＢＳによって得られた投与量比と強く相関することが示された（図１）ところ、これは個々の植物が保有する耐性ハプロタイプの数の良い指標となることを意味する。親及び全てのＦ１子孫について、ＫＡＳＰ法を用いて遺伝子型を決定した。
【００４４】
遺伝子型決定のためにＳＮＰ１１５（アッセイ４）及びＳＮＰ１２３（アッセイ１８）に使用されるＫＡＳＰプライマーは以下の通りである。
ＧｘＭ＿ＷＲＲ＿ａｓｓａｙ４＿Ａ（配列番号１０）：
ＧＡＡＧＧＴＧＡＣＣＡＡＧＴＴＣＡＴＧＣＴＣＡＡＧＴＣＴＴＧＴＡＣＡＡＹＣＡＡＧＧＡＧ
ＧｘＭ＿ＷＲＲ＿ａｓｓａｙ４＿Ｂ（配列番号１１）：
ＧＡＡＧＧＴＣＧＧＡＧＴＣＡＡＣＧＧＡＴＴＣＡＡＧＴＣＴＴＧＴＡＣＡＡＹＣＡＡＧＧＡＣ
ＧｘＭ＿ＷＲＲ＿ａｓｓａｙ４＿Ｒ（配列番号１２）：
ＴＡＣＡＣＴＴＡＡＣＧＡＧＧＡＴＡＡＡＴＣＡＣ
ＧｘＭ＿ＷＲＲ＿ａｓｓａｙ１８＿Ａ（配列番号１３）：
ＧＡＡＧＧＴＧＡＣＣＡＡＧＴＴＣＡＴＧＣＴＴＡＣＡＡＣＣＡＡＧＧＡＳＣＡＡＡＡＣＡＴ
ＧｘＭ＿ＷＲＲ＿ａｓｓａｙ１８＿Ｂ（配列番号１４）：
ＧＡＡＧＧＴＣＧＧＡＧＴＣＡＡＣＧＧＡＴＴＴＡＣＡＡＣＣＡＡＧＧＡＳＣＡＡＡＡＣＡＧ
ＧｘＭ＿ＷＲＲ＿ａｓｓａｙ１８＿Ｒ（配列番号１５）：
ＧＴＣＧＡＴＴＴＴＣＣＡＴＡＣＡＣＴＴＡＡＣＧ。
【００４５】
結果
耐性セレクション０８０４１と感受性セレクション０２０３３との間の交配の子孫に由来するＦ１クローン間及び当該クローン内の両方において、耐性に不均一性があった。６種の複製物に基づいて、いくつかのクローンは９（完全耐性）の平均耐性値を有していたが、他のクローンは１（完全感受性）の平均耐性値を有していた。いくつかのクローンはほとんど不均一性を示さなかった（複製間で０の標準偏差）が、他のいくつかは、それよりも高いレベルの不均一性を示した（標準偏差３．７）。
【００４６】
キクの白銹病耐性と最も強く関連していた２つのＳＮＰは、トマト第１染色体（９６．７７Ｍｂ）に位置するコンティグ７２６８９上にある７２６８９＿１５８５４＿１１５（以下、ＳＮＰ１１５という）及び７２６８９＿１５８５４＿１２３（以下、ＳＮＰ１２３という）であった。
【００４７】
白銹病に対する耐性を付与することが示されているハプロタイプのＤＮＡ配列を以下に示す。解釈を容易にするために、ＳＮＰ１１５（Ｇ）及びＳＮＰ１２３（Ｔ）を太字で強調表示してある。
配列番号３：
ＡＧＣＡＡＡＡＣＡＴＧＣＡＧＴＧＡＴＴＴＡＴＣＣＴＣＧＴＴＡＡＧＴＧＴＡＴＧＧＡＡＡＡＴＣＧＡＣＡＣＣＡＧＧＧＴＧＣ。
【００４８】
また、データセットにおける感受性と関連する６個のハプロタイプも同定した。ＳＮＰ１１５及びＳＮＰ１２３を太字で強調しており、耐性ハプロタイプから異なるヌクレオチドが見出された位置には下線を引いてある。
ＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＧＣＡＧＴＧＡＴＴＴＡＴＣＣＴＣＧＴＴＡＡＧＴＧＴＡＴＧＧＡＡＧＡＴＣＧＡＣＡＣＣＡＧＡＧＴＧＣ（配列番号４）
ＡＧＣＡＡＡＡＣＡＧＧＣＡＧＴＧＡＴＴＴＡＴＣＣＴＣＧＴＴＡＡＧＴＧＴＡＴＧＧＡＡＧＡＴＣＧＡＣＡＣＣＡＧＡＧＴＧＣ（配列番号５）
ＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＧＣＡＧＴＧＡＴＴＴＡＴＣＣＴＣＧＴＴＡＡＧＴＧＴＡＣＧＧＡＡＧＡＴＣＧＡＣＡＧＣＡＧＧＧＴＧＣ（配列番号６）
ＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＧＣＡＧＴＧＡＴＴＴＡＴＣＣＴＣＧＴＴＡＡＧＴＧＴＡＣＧＧＡＡＧＡＴＡＧＡＣＡＧＣＡＧＧＧＴＧＣ（配列番号７）
ＡＧＣＡＡＡＡＣＡＧＧＣＡＧＴＧＡＴＴＴＡＴＣＣＴＣＧＴＴＡＡＧＴＧＴＡＴＧＧＡＡＧＡＴＣＧＡＣＡＣＣＡＧＧＧＴＧＧ（配列番号８）
ＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＧＣＡＧＴＧＡＴＴＴＡＴＣＣＴＣＧＴＴＡＡＧＴＧＴＡＴＧＧＡＡＧＡＴＣＧＡＣＡＣＣＡＧＧＧＴＧＧ（配列番号９）。
【００４９】
両遺伝子座でのＧＢＳ投与量（図２）及びＫＡＳＰ遺伝子型とクローンの耐性スコア（図３）との間には明確かつ強く有意な関連（全ての場合においてＰ＜１＊１０-16）があった。ＳＮＰ１２３の場合には、遺伝子型と耐性との関連は、この遺伝子座における優性を潜在的に示唆し得るパターンを示す。遺伝子型スコアが１の個体はＫＡＳＰ遺伝子型スコアが２の個体と同程度の耐性があるのに対し、遺伝子型クラスが０の個体は一般に非常に感受性が高い（１つの異常値を除く。図２。）。しかしながら、ＫＡＳＰ遺伝子型がゼロであると分類される個体は、耐性ハプロタイプのコピーを保有することもできるため、耐性スケールが耐性コピー数と共に相加的に比例するかどうか、又は耐性ハプロタイプが感受性ハプロタイプに対して優性であるかどうかを明らかにするためにさらなる研究が必要である。両方のＳＮＰマーカーについて、それらの遺伝子型に基づいて予測されるよりも耐性が高いいくつかの遺伝子型が存在したが、いくつかの遺伝子型は、それよりも耐性が低かった（図２）。これらの例は、実験室又は実験におけるサンプル交換、又は耐性アレルと耐性を付与する実際の（未同定の）遺伝子との間の不完全なＬＤによって説明できる。これは、同定された「耐性」ハプロタイプが遺伝子に近い（個体が保有する耐性対立遺伝子のコピー数とその耐性プロファイルとの間の非常に有意な関連性によって確認されるため）が、完全には連結していない可能性があるからである。結果として、耐性ハプロタイプのいくつかのコピーは、近年の及び／又は歴史的な組換え事象のため、遺伝子の耐性コピーを完全にはタグ付けしていない。別の説明は、影響が小さな他の遺伝子の変異が０８０４１又は０２０３３のいずれかの品種に存在する、又は遺伝的変異の浸透度が不完全であるというものである。
【００５０】
興味深い観察結果は、いくつかの個体がＳＮＰ１２３について２のＫＡＳＰ遺伝子型を有するに対して、より耐性の高い親（セレクション０８０４１）が１のＫＡＳＰ遺伝子型しか有しないことであった（図３）。これは、一部のＦ１子孫がこの領域でセレクション０８０４１よりも多くの耐性ハプロタイプコピー数を有することを示唆するため、予想外であり、驚くべきことであった。したがって、本発明者は、Ｆ１におけるＧＢＳ投与量比の分離をより詳細に調査した。
【００５１】
ＳＮＰ１２３の投与量比の分布は非常に珍しいことが分かった（図４）。そして、親の投与量比は知られていなかったため、本発明者は、これらの分布を再現できるかどうかを試験するためにシミュレーションを使用した。本発明者は、それぞれが対象の遺伝子座（ＡＡＡＡＡＡ、ＢＡＡＡＡＡ、ＢＢＡＡＡＡなど）において見込まれる７種の遺伝子型のうちの１つを有する親間での交配をシミュレートした。４９組の交配種のそれぞれについて、本発明者は、多染色体性遺伝を仮定してランダムに配偶子を作製したところ、子孫に六倍体遺伝子型が生じた。このプロセスを無作為に合計５０回繰り返した。
【００５２】
シミュレートされた分布を見ると、ＳＮＰ１１５では、投与量比の経験分布は、最も耐性の高い親が耐性の対立遺伝子を５コピー有し、かつ、感受性の親が耐性のハプロタイプを２コピー有するシナリオの経験分布と最もよく似ていることが観察された。ＳＮＰ１２３について、観察された投与量比の分布は、シミュレートされた親ペアの組み合わせのいずれとも一致しない。この矛盾が生物学的又は技術的に説明できるかどうかについては、親系統の遺伝子型決定から始める将来的な調査をする価値がある。
【００５３】
結論
白銹（Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｉａｎａ）病耐性に影響を与える遺伝子とその変異体の正確な知識は、耐性の高いキク品種の繁殖のために極めて重要である。２つの主要な効果的な遺伝子座が以前に同定された（配列番号１及び２）。
【００５４】
キクにおいて白銹病に対する耐性を付与することができる他の遺伝子がなければならないという仮説を立てた。ここに提示された結果は、密接に関連した２つのＳＮＰマーカーにおける変異体が耐性を強力に予測できることを明確に示しており、これは、これらのＳＮＰｓ及び発見されたハプロタイプが原因遺伝子と密接に関連することを示唆するものである。
【図１】
2019528770.tif 000003
【図２】
2019528770.tif 000004
【図３】
2019528770.tif 000005
【図４】
2019528770.tif 000006
【配列表】
2019528770000001.app
【国際調査報告】
2019528770.tif 000007
2019528770.tif 000008
2019528770.tif 000009