(57)【要約】  接触活性化系に関連する疾患を有する、有することが疑われる、またはそのリスクがある、対象から得られた生体サンプルを分析するための方法およびキットが本出願で提供される。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ｉ）接触活性化系に関連する疾患を有する、有することが疑われる、またはそのリスクがある、対象から得られた生体サンプルを用意することと、
（ｉｉ）表１から選択される少なくとも１種のＲＮＡバイオマーカーを含むＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルを測定することと、
を含む、サンプルを分析するための方法であって、前記ＲＮＡバイオマーカーのセットが１種のＲＮＡバイオマーカーからなる場合には前記バイオマーカーはｈｓａ−ｍｉＲ−１６−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１９ａ−３ｐおよびｈｓａ−ｍｉＲ−２０ａ−５ｐのいずれでもない、方法。
【請求項２】
前記バイオマーカーのセットは、２〜１０種のＲＮＡバイオマーカーからなる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生体サンプルは血清サンプルまたは血漿サンプルである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記接触活性化系に関連する疾患は遺伝性血管性浮腫（ＨＡＥ）である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＨＡＥはＩ型ＨＡＥまたはＩＩ型ＨＡＥである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記ＲＮＡバイオマーカーは、ミトコンドリアにコードされたシトクロムＣオキシダーゼＩＩＩ（ＭＴ−ＣＯ３）またはミトコンドリアにコードされたＮＡＤＨ：ユビキノンオキシドレダクターゼコアサブユニット３（ＭＴ−ＮＤ３）であるミトコンドリアタンパク質をコードするメッセンジャーＲＮＡである、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記ＲＮＡバイオマーカーはマイクロＲＮＡである、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記マイクロＲＮＡは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１６−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１９ａ−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２０ａ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２８−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４２３−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２６ａ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３０７−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−３３５−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４８５−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２６ｂ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−８８５−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−３６１−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−７６９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１４０−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４８５−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−８８９−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−９４１、ＲＰＬ２３、ｈｓａ−ｍｉＲ−３２８−３ｐおよびｈｓａ−ｍｉＲ−４８４からなる群より選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
ステップ（ｉｉ）は、ポリメラーゼ連鎖反応または核酸ハイブリダイゼーションを伴う、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記対象はヒト患者である、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記対象の前記ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルが、対照となる対象の同じＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルから逸脱する場合に、前記対象が接触系に関連する疾患を有すると特定することをさらに含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記対象が前記疾患を有すると特定された場合に、前記疾患を治療するための治療薬の有効量を前記対象に投与することをさらに含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
治療薬は血漿カリクレイン（ｐＫａｌ）阻害剤、ブラジキニン２受容体（Ｂ２Ｒ）阻害剤および／またはＣ１エステラーゼ阻害剤である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ｐＫａｌ阻害剤は抗ｐＫａｌ抗体または阻害性ペプチドである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記治療薬はラナデルマブ、エカランチド、イカチバントまたはヒト血漿由来Ｃ１エステラーゼインヒビターである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記対象は、前記疾患の治療を受けているヒト患者であり、前記方法は、前記ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルに基づいて前記治療の有効性を評価することをさらに含み、前記対象の前記ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルが対照となる対象のものから逸脱することが前記治療の有効性を示す、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルに基づいて前記対象に適している治療を特定することをさらに含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルに基づいて前記対象を前記疾患の治療の候補として特定することをさらに含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記ヒト患者は前記疾患の病歴を有する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記疾患はＨＡＥである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＲＮＡバイオマーカーのセットは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３０７−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−３３５−３ｐおよびｈｓａ−ｍｉＲ−４８５−５ｐからなる群より選択される１種以上のＲＮＡバイオマーカーを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルに基づいて前記対象における疾患の発作のリスクを評価することをさらに含み、前記対象の前記ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルが対照となる対象のものから逸脱することが疾患の発作のリスクを示す、請求項１９〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記対象が、疾患の発作のリスクがあると特定された場合に、前記対象に治療薬を投与することをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記治療薬は、予防的治療のためのものである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
接触系に関連する疾患を有する、有することが疑われる、またはそのリスクがある、対象のサンプルを分析するためのキットであって、
（ｉ）表１から選択される第１のＲＮＡバイオマーカーに対して特異的な第１の結合物質と、
（ｉｉ）表１から選択される第２のＲＮＡバイオマーカーに対して特異的な第２の結合物質と、
を含み、前記第１のＲＮＡバイオマーカーと前記第２のＲＮＡバイオマーカーは異なる、キット。
【請求項２６】
前記第１の結合物質は、前記第１のＲＮＡバイオマーカーまたはそのフラグメントに対して相補的なオリゴヌクレオチドである、および／または前記第２の結合物質は、前記第２のＲＮＡバイオマーカーまたはそのフラグメントに対して相補的なオリゴヌクレオチドである、請求項２５に記載のキット。
【請求項２７】
前記第１の結合物質、前記第２の結合物質またはその両方が標識にコンジュゲートされている、請求項２５または２６に記載のキット。
【請求項２８】
前記第１の結合物質および前記第２の結合物質は、支持部材上に固定化されている、請求項２５〜２７のいずれか１項に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１６年９月１６日に出願された米国仮出願第６２／３９５，８１１号の合衆国法典第３５編第１１９条（ｅ）に基づく恩典を主張する。当該出願の全内容が参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
背景
血漿接触活性化系は、血漿プロテアーゼの一群を伴う炎症促進性および血液凝固促進性の系である。血漿接触活性化系は、外来性の表面もしくは負に荷電した表面に曝されると第ＸＩＩａ因子によって、あるいは内皮細胞表面上でプロリルカルボキシペプチダーゼによって、活性化される（Ｓａｉｎｚ  Ｉ．Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｔｈｒｏｍｂ．Ｈａｅｍｏｓｔ．（２００７）  ９８，  ７７−８３）。接触系の不適切な活性化または無秩序な活性化は、遺伝性血管性浮腫（ＨＡＥ）を含む様々な疾患に関与している。
【０００３】
ＨＡＥは、身体の複数の部分（顔、四肢、生殖器、胃腸管および上気道など）に影響を与え得る、腫脹の突発性発作を引き起こす疾患である。ＨＡＥの症状はアレルギーまたは腸疝痛の症状に似ていることが多いため、ＨＡＥの患者は、重篤な症状または生命を脅かす症状を示すまで特定が困難であることが多い。早期の診断は、急性のＨＡＥ発作を伴う緊急事態のより良好な管理を可能にするであろうし、早期の診断はまた、急性のＨＡＥエピソードを防止するか弱めるようにＨＡＥ患者を管理するのにも役立つであろう（例えば、ＨＡＥ患者に、ＨＡＥエピソードを引き起こす可能性のある刺激への曝露を回避させる）。
【０００４】
従って、ＨＡＥのバイオマーカーを特定し、特定のタイプのＨＡＥを有する対象または急性のＨＡＥ発作を患うリスクがある対象を特定するための信頼できる診断および予後診断の方法を開発することは非常に興味深い。そのようなバイオマーカーはまた、この疾患に対する効果的な新しい治療法の開発を促進し得る、疾患のメカニズムに関する研究にも有益であろう。
【発明の概要】
【０００５】
本開示の概要
本開示は、接触活性化系に関連する疾患を有する対象から得られた生体サンプルでは健康な個体に比べて異なって存在する、および／または異なる病状（例えば、発作対基礎的状態）の対象から得られた生体サンプルでは異なって存在する、ＲＮＡバイオマーカーの特定に基づく。
【０００６】
従って、本開示の一態様は、（ｉ）接触活性化系に関連する疾患を有する、有することが疑われる、またはそのリスクがある、対象（ヒト対象など）から得られた生体サンプル（例えば、血清サンプルまたは血漿サンプル）を用意することと、（ｉｉ）表１から選択される少なくとも１種のＲＮＡバイオマーカーを含むＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルを測定することと、を含むサンプルを分析する方法であって、バイオマーカーのセットが１種のＲＮＡバイオマーカーからなる場合には前記ＲＮＡバイオマーカーはｈｓａ−ｍｉＲ−１６−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１９ａ−３ｐおよびｈｓａ−ｍｉＲ−２０ａ−５ｐのいずれでもない、方法を提供する。一部の実施形態において、接触活性化系に関連する疾患は、Ｉ型ＨＡＥまたはＩＩ型ＨＡＥなどの遺伝性血管性浮腫（ＨＡＥ）である。
【０００７】
一部の実施形態において、バイオマーカーのセットは、表１から選択される２〜１０種のＲＮＡバイオマーカーからなる。一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーは、ミトコンドリアにコードされたシトクロムＣオキシダーゼＩＩＩ（ＭＴ−ＣＯ３）またはミトコンドリアにコードされたオキシドレダクターゼコアサブユニット（ＭＴ−ＮＤ３）であってよいミトコンドリアタンパク質をコードするメッセンジャーＲＮＡである。一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーは、マイクロＲＮＡ（例えば、ｈｓａ−ｍｉＲ−４２３−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３０７−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−３５５−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４８５−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１６−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１９ａ−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２０ａ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−８８５−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−３３５−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４８５−５ｐ）である。
【０００８】
一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルは、ポリメラーゼ連鎖反応および／または核酸ハイブリダイゼーションを伴うプロセスによって測定されてよい。
【０００９】
一部の実施形態において、方法は、対象のＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルが、対照となる対象の同じＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルから逸脱する場合に、対象が接触系に関連する疾患を有すると特定することをさらに含む。一部の実施形態において、方法は、対象が疾患を有すると特定された場合に、疾患を治療するための治療薬（血漿カリクレイン（ｐＫａｌ）阻害剤、ブラジキニン２受容体阻害剤、および／またはＣ１エステラーゼ阻害剤など）の有効量を対象に投与することをさらに含む。一部の実施形態において、ｐＫａｌ阻害剤は、抗ｐＫａｌ抗体（例えば、ラナデルマブ）または阻害性ペプチド（例えば、エカランチド）である。一部の例では、ブラジキニン２受容体阻害剤は、阻害性ペプチド（例えば、イカチバント）である。一部の例では、Ｃ１エステラーゼ阻害剤は、ヒト血漿由来Ｃ１エステラーゼインヒビターである。
【００１０】
一部の実施形態において、対象は、疾患の治療を受けているヒト患者であり、ここで、方法は、ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルに基づいて治療の有効性を評価することをさらに含み、対象のＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルが対照となる対象のものから逸脱することは、治療の有効性を示す。一部の実施形態において、方法は、ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルに基づいて対象に適している治療を特定することをさらに含む。一部の実施形態において、方法は、ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルに基づいて対象を疾患の治療の候補として特定することをさらに含む。
【００１１】
一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーのセットは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３０７−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−３３５−３ｐおよびｈｓａ−ｍｉＲ−４８５−５ｐからなる群より選択される１種以上のＲＮＡバイオマーカーを含む。一部の実施形態において、方法は、ＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルに基づいて対象における疾患の発作のリスクを評価することをさらに含み、対象のＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルが対照となる対象のものから逸脱することは、疾患の発作のリスクを示す。
【００１２】
本開示は、接触活性化系に関連する疾患（例えば、ＨＡＥ）を有する患者を特定することが可能なＲＮＡバイオマーカーを提供する。バイオマーカーのセットのレベルを測定することはまた、そのような疾患の評価および治療において有用であることもある。
【００１３】
別の態様では、接触系に関連する疾患を有する、有することが疑われる、またはそのリスクがある、対象のサンプルを分析するためのキットであって、表１から選択される第１のＲＮＡバイオマーカーに対して特異的な第１の結合物質と表１から選択される第２のＲＮＡバイオマーカーに対して特異的な第２の結合物質とを含むキットが提供され、ここで、第１のＲＮＡバイオマーカーと第２のＲＮＡバイオマーカーは異なる。一部の例では、第１の結合物質は、第１のＲＮＡバイオマーカーに対して（完全に、または部分的に）相補的なオリゴヌクレオチドである、および／または第２の結合物質は、第２のＲＮＡバイオマーカーに対して特異的な（完全に、または部分的に）相補的なオリゴヌクレオチドである。第１の結合物質と第２の結合物質は、支持部材上に固定化されてよい。一部の例では、第１の結合物質および／または第２の結合物質は、標識（例えば、蛍光標識）にコンジュゲートされる。
【００１４】
本開示の１つ以上の実施形態の詳細が、以下の説明に記載されている。本開示の他の特徴または利点は、以下の図面およびいくつかの実施形態の詳細な説明から、さらには添付の特許請求の範囲からも、明らかになるであろう。
【００１５】
以下の図面は本明細書の一部を成し、本明細書で提示される特定の実施形態の詳細な説明と組み合わせてこれらの図面のうちの１つ以上を参照することによってより良好に理解することができる本開示の特定の態様をさらに示すために含まれている。
【図面の簡単な説明】
【００１６】
【図１】図１は、静止状態のＨＡＥ（基礎的状態の間のＨＡＥ）および発作中のＨＡＥの両方の間のミトコンドリアシトクロムオキシダーゼ（ＭＴ−ＣＯ３）およびミトコンドリアＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ＭＴ−ＮＤ３）の転写レベルの増加を示すグラフである。シーケンシングによって、およびＲＴ−ｑＰＣＲによって、測定された各転写物の倍率変化が示されている。
【図２】図２は、健康な個体およびＨＡＥ患者から得られた血漿サンプルにおける選択されたマイクロＲＮＡのレベルのレベルを示すグラフを提示する。Ａ：健康な個体（「ＨＶ」）と比較した静止状態（基礎的状態にあるＨＡＥ）におけるＲＮＡ転写物の倍率変化。Ｂ：健康な個体（「ＨＶ」）と比較した発作中のＨＡＥにおけるＲＮＡ転写物の倍率変化。Ｃ：静止状態（基礎的状態にあるＨＡＥ）と比較した発作中のＨＡＥにおけるＲＮＡ転写物の倍率変化。
【発明を実施するための形態】
【００１７】
詳細な説明
接触活性化系は、血液凝固の内因性経路を開始させ、炎症促進性ペプチドであるブラジキニンの遊離を介して炎症を促進する。ハーゲマン因子としても知られている第ＸＩＩ因子（ＦＸＩＩ）は、血液凝固の内因性経路ならびにカリクレイン−キニン系の活性化において役割を担うセリンプロテアーゼである。ＦＸＩＩは、負に荷電した表面（例えば、ポリアニオン性の表面、ガラス、ポリホスフェート、エラグ酸）によって活性化されて、活性形態であるＦＸＩＩａを生じる。活性化されたＦＸＩＩａは、プレカリクレインを切断する能力を有し、活性型ｐＫａｌを生じさせる。その後、活性化されたｐＫａｌはＦＸＩＩを切断してＦＸＩＩａにすることができ、ＦＸＩＩａがさらに多くのｐＫａｌを生じさせ、これがさらなるＦＸＩＩをさらに活性化してＦＸＩＩａにする、正のフィードバックループがもたらされる。活性化されたｐＫａｌはまた、高分子量キニノーゲン（ＨＭＷＫ）を切断してブラジキニンを遊離させることもできる。ＨＡＥなど、接触系の活性化に関連する疾患では、ブラジキニンのレベルの増加が、浮腫性ＨＡＥ発作をもたらす血管拡張と炎症を誘発し得る。例えば、接触活性化系によって媒介されるような疾患を特定するために、そのような疾患を有するかそのような疾患を有するリスクがある対象を特定するために、使用できる新規のバイオマーカーを特定することが望ましい。
【００１８】
本開示は、トランスクリプトーム解析による、接触活性化系に関連する疾患（例えば、基礎的状態のものまたは発作）を有する対象から得られた生体サンプルでは健康な個体に比べて異なって存在する核酸（ＲＮＡ；例えば、マイクロＲＮＡ、およびタンパク質をコードするＲＮＡ転写物）の特定に少なくとも部分的に基づく。さらに、いくつかのＲＮＡ（例えば、マイクロＲＮＡバイオマーカー）は、接触活性化系の疾患の発作中の対象から得られた生体サンプルでは静止（基礎的）状態の疾患を有する対象に比べて異なって存在すると特定された。
【００１９】
従って、本明細書で提供されるのは、ＲＮＡバイオマーカーのセットの存在を検出するかそのレベルを測定することによって、接触活性化系に関連する疾患（例えば、ＨＡＥ）を有する、有することが疑われる、またはそのリスクがある、対象からの生体サンプルを分析するための方法である。そのような方法は、例えば、接触活性化系に関連する疾患（例えば、ＨＡＥ）のリスクがある患者を特定するのに、治療の候補を選択するのに、疾患の進行もしくは病状をモニタリングするのに、疾患に対する治療の有効性を評価するのに、治療の過程を決定するのに、対象に疾患の発作のリスクがあるかどうかを評価するのに、疾患もしくは障害が接触活性化系に関連しているかどうかを特定するのに、および／または研究目的（例えば、新しい治療法の開発のために利用される可能性がある、疾患のメカニズムおよび／またはその疾患に関与する生物学的経路／プロセスの研究を含む）に、有用である可能性がある。
【００２０】
接触活性化系のＲＮＡバイオマーカー
本明細書で説明される方法およびキットは、ＨＡＥを有する対象からのサンプルでは健康な対象からのサンプルと比べて異なって存在することが、および／またはそのような疾患の異なる段階（例えば、基礎的状態対発作）のサンプルでは異なって存在することが、見出されたＲＮＡの特定に少なくとも部分的に基づく。本明細書で使用される場合、用語「ＲＮＡバイオマーカー」または「ＲＮＡバイオマーカーのセット」は、異なる対象群からのサンプルでは異なるレベルで存在するＲＮＡまたはＲＮＡのセットを指す（例えば、接触系に関連する疾患を有する対象対健康な対象（例えば、疾患を有さない対象）、または疾患を有するが静止段階にある対象対疾患の発作中の対象）。そのようなバイオマーカー／バイオマーカーのセットは、診断／予後診断の用途および（例えば研究を目的とする）非臨床用途の両方で使用されてよい。
【００２１】
一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーは、接触活性化系に関連する疾患（例えば、ＨＡＥ）を有する対象からのサンプルでは、健康な対象からのサンプルにおける同じＲＮＡバイオマーカーのレベルに比べて上昇したレベルで存在してよい。一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーは、接触活性化系に関連する疾患（例えば、ＨＡＥ）を有する対象からのサンプルでは、健康な対象からのサンプルにおけるバイオマーカーのレベルに比べて低下したレベルで存在してよい。さらに他の例では、ＲＮＡバイオマーカーは、本明細書で説明されるような疾患の発作中の対象から得られたサンプルでは、疾患の静止状態の間の対象と比べて上昇したレベルで存在してよい。あるいは、ＲＮＡバイオマーカーは、本明細書で説明されるような疾患の発作中の対象から得られたサンプルでは、疾患の静止状態の間の対象と比べて低下したレベルで存在してよい。
【００２２】
一部の実施形態において、１種以上のバイオマーカーを含むＲＮＡバイオマーカーのセットは、本明細書で説明される方法で分析されてよい。ＲＮＡバイオマーカーのセットが２種以上のバイオマーカーを含む場合、それらのバイオマーカーの全てが、疾患を有する対象において、健康な対象と比べて上昇したレベルまたは低下したレベルで存在してよい。あるいは、ＲＮＡバイオマーカーのセットは、疾患を有する対象では健康な対象と比べて上昇している少なくとも１種のバイオマーカーと、疾患を有する対象では健康な対象と比べて低下している少なくとも１種のバイオマーカーと、を含んでよい。
【００２３】
同様に、疾患の発作中の対象と疾患の静止状態にある対象とを区別するためのＲＮＡバイオマーカーのセット、バイオマーカーのセットは、その全てが第１の疾患段階（例えば、発作）において第２の疾患段階（例えば、静止状態）と比べて上昇または低下している複数のバイオマーカーを含んでよい。あるいは、バイオマーカーのセットは、第１の疾患段階において第２の疾患段階と比べて上昇している少なくとも１種のバイオマーカーと、第１の疾患段階において第２の疾患段階と比べて低下している少なくとも１種のバイオマーカーと、を含んでよい。
【００２４】
以下の表１は、接触活性化系に関連する疾患について対象または対象からの生体サンプルを評価する本明細書で説明される方法によって評価することができるＲＮＡバイオマーカーを提示する。
【００２５】
【表１】
2019528733.tif 000002
【００２６】
一部の実施形態において、本明細書で説明される方法のうちのいずれかで測定および分析されるバイオマーカーのセットは、表１から選択される少なくとも１種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、または１１種以上）のＲＮＡを含む。バイオマーカーのセットが単一のＲＮＡバイオマーカーを含む場合、そのＲＮＡバイオマーカーは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１６−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１９ａ−３ｐおよびｈｓａ−ｍｉＲ−２０ａ−５ｐのいずれでもない可能性がある。一部の例では、本明細書で説明される方法で測定および分析されるＲＮＡバイオマーカーのセットは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１６−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１９ａ−３ｐおよびｈｓａ−ｍｉＲ−２０ａ−５ｐのうちのいずれか１つの組み合わせを含まない。
【００２７】
実施例１で説明されるように、似たような細胞プロセスと経路に関与するタンパク質をコードするいくつかのＲＮＡは、ＨＡＥを有する対象からのサンプルでは健康な対象に比べて異なって存在する、ということが予想外に見出された。このデータは、表１に示されるＲＮＡが、接触系に関連する疾患において役割を担うか当該疾患に影響される可能性がある、ということを示す。
【００２８】
本明細書で説明されるＲＮＡバイオマーカーは、特定の経路または活性に「関与する」または「関連する」と特徴付けられる可能性がある。本明細書で使用される場合、用語「〜に関与する」または「〜に関連する」は、経路に寄与するＲＮＡに対して適用される。例えば、経路に関与するか関連するＲＮＡ（タンパク質をコードするＲＮＡ、またはマイクロＲＮＡなど）は、その経路内で機能を果たす（例えば、別の核酸の発現またはタンパク質の活性を調節する）可能性があるか、その経路内または細胞プロセス内で機能を果たす分子（例えば、タンパク質）をコードする可能性がある。
【００２９】
一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーのセットは、表１に列挙されるようなミトコンドリアタンパク質をコードする１種以上のＲＮＡを含む。
【００３０】
一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーのセットは、１種以上のマイクロＲＮＡ（例えば、表１から選択される１種以上のマイクロＲＮＡ）を含む。
【００３１】
やはり実施例１で説明されるように、いくつかのＲＮＡは、ＨＡＥ発作中のＨＡＥを有する対象からのサンプルでは、静止状態（基礎的状態）の間のＨＡＥを有する対象に比べて異なって存在する、ということも見出された。一部の実施形態において、バイオマーカーのセットは、１種以上のマイクロＲＮＡ（例えば、表１から選択される１種以上のマイクロＲＮＡ）を含む。
【００３２】
ＲＮＡバイオマーカーの有用性
本開示の一態様は、接触活性化系に関連する疾患を有する、有することが疑われる、またはそのリスクがある、対象（例えば、ヒト患者）から得られたサンプルを、そのサンプルにおける本明細書で説明されるようなバイオマーカーのセットのレベルを測定することによって分析するための方法に関する。そのようなアッセイ法から得られた結果は、診断および／または予後診断の用途ならびに他の非臨床用途（研究用途など）に有用であろう。
【００３３】
（ｉ）生体サンプルの分析
本明細書で説明される方法は、対象から得られた生体サンプルを用意することを伴う。本明細書で使用される場合、「生体サンプル」は、対象からの組織（例えば、血液、血漿またはタンパク質）を含む組成物を指す。サンプルには、対象から採取された最初の未処理サンプルならびにその後に処理された（例えば、部分的に精製または保存された）形態の両方が包含される。例示的なサンプルには、血液、血漿、涙、または粘液が包含される。一部の実施形態において、サンプルは、血清サンプルまたは血漿サンプルなどの体液サンプルである。一部の実施形態では、例えば疾患の進行を評価するか治療の有効性を評価するために、複数（例えば、少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、または６つ以上）の生体サンプルが経時的に、または特定の時間間隔で、対象から採取されてよい。
【００３４】
生体サンプルは、当技術分野において公知である任意の手段を用いて対象から得ることができる。一部の実施形態において、サンプルは、サンプル（例えば、血液サンプル）を真空採取管（例えば、真空採血管）中に採取することによって対象から得られる。一部の実施形態において、真空採取管は、例えばサンプル採取中のエクスビボでの接触系の活性化を低減または防止するために、１種以上のプロテアーゼ阻害剤を含む。そのようなプロテアーゼ阻害剤は、液体調合物中に含まれてよい。一部の実施形態において、プロテアーゼ阻害剤は、少なくとも１種のセリンプロテアーゼ阻害剤と少なくとも１種のシステインプロテアーゼ阻害剤とを含む。そのような真空採取管は当技術分野において公知である。例えば、ＰＣＴ出願第ＵＳ２０１６／０４６６８１号を参照のこと。任意選択で、真空採血管は、１種以上の抗凝固剤をさらに含んでもよい。
【００３５】
用語「患者」、「対象」または「個体」は、互換的に使用されてよく、本明細書で説明されるような分析を必要とする対象を指す。一部の実施形態において、対象は、ヒトであるか、またはヒト以外の哺乳動物である。一部の実施形態において、対象は、接触活性化系に関連する疾患もしくは障害（例えば、ＨＡＥ）の疑いがあるか、またはそのリスクがある。そのような対象は、その疾患に関連する１つ以上の症状を示す可能性がある。あるいは、またはさらに、そのような対象は、その疾患についての１つ以上のリスク因子（例えば、その疾患に関連する遺伝的因子（例えば、ＣＩ−ＩＮＨにおける遺伝的欠陥））を保有する可能性がある。
【００３６】
あるいは、本明細書で説明される分析を必要とする対象は、その疾患の患者であってよい。そのような対象は、現在その疾患の発作に襲われていてよいか、または過去にその疾患に苦しんだことがあってよい（例えば、現在は疾患の静止状態にある）。一部の例では、対象は、その疾患の治療（例えば、Ｃ１エステラーゼインヒビター（Ｃ１−ＩＮＨ）、血漿カリクレイン阻害剤またはブラジキニン阻害剤を伴う治療）を受けていてよいヒト患者である。他の例では、そのようなヒト患者は、そのような治療を受けていなくてよい。
【００３７】
接触活性化系に関連する疾患の例としては、限定されるものではないが、カリクレイン媒介性障害、例えば、ブラジキニン媒介性障害（遺伝性血管性浮腫（ＨＡＥ）など）、非ヒスタミン依存性特発性血管性浮腫、関節リウマチ、クローン病、ループス、アルツハイマー病、敗血症性ショック、火傷、脳虚血/再灌流傷害、脳浮腫、糖尿病性網膜症、糖尿病性腎症、黄斑浮腫、血管炎、動脈血栓症または静脈血栓症、心室補助装置もしくはステントに関連する血栓症、血栓症を伴うヘパリン起因性血小板減少症、血栓塞栓性疾患、および不安定狭心症を伴う冠動脈心疾患、浮腫、眼疾患、痛風、腸管の腸疾患（intestinal bowel disease）、口腔粘膜炎、神経障害性疼痛、炎症性疼痛、脊柱管狭窄症−変性脊椎疾患、術後イレウス、大動脈瘤、変形性関節症、遺伝性血管性浮腫、肺塞栓症、脳卒中、頭部外傷または腫瘍周囲脳浮腫、敗血症、急性中大脳動脈（ＭＣＡ）虚血性イベント（脳卒中）、（例えば、血管形成術後の）再狭窄、全身性エリテマトーデス腎炎、自己免疫疾患、炎症性疾患、心血管疾患、神経疾患、タンパク質のミスフォールディングに関連する疾患、血管新生に関連する疾患、高血圧性腎症および糖尿病性腎症、アレルギー性疾患および呼吸器疾患（例えば、アナフィラキシー、喘息、慢性閉塞性肺疾患、急性呼吸窮迫症候群、嚢胞性線維症、持続的な鼻炎）、ならびに組織損傷（例えば、火傷または化学損傷）が挙げられる。
【００３８】
一部の実施形態において、接触活性化系に関連する疾患または状態は、遺伝性血管性浮腫（ＨＡＥ）である。遺伝性血管性浮腫（ＨＡＥ）は、「クインケ浮腫」、Ｃ１エステラーゼインヒビター欠損症、Ｃ１インヒビター欠損症、および遺伝性血管神経性浮腫（ＨＡＮＥ）としても知られている。ＨＡＥは、例えば四肢、顔、生殖器、胃腸管および気道に影響を与え得る、重度の腫脹（血管性浮腫）の再発エピソードを特徴とする。ＨＡＥの症状には、例えば、腕、脚、唇、目、舌および／もしくは喉における腫脹；喉の腫脹および突然の嗄声を伴う可能性がある気道閉塞；明白な原因の無い腹部痙攣のエピソードの繰り返し；ならびに／または重篤になる可能性があり且つ腹部痙攣、嘔吐、脱水症、下痢、疼痛および／もしくはショックにつながる可能性がある腸の腫脹が包含される。ＨＡＥを有する個体の約３分の１が、有縁性紅斑と呼称される、かゆみを伴わない発疹を発作中に発症する。
【００３９】
気道の腫脹は、生命を脅かす可能性があり、一部の患者では死をもたらす。死亡率は１５〜３３％と推定されている。ＨＡＥは、１年あたり約１５，０００〜３０，０００件の救急来院をもたらす。外傷またはストレス（例えば、歯科処置、病気（例えば、風邪およびインフルエンザなどのウイルス性疾患）、月経、および手術）は、血管性浮腫の発作を引き起こし得る。ＨＡＥの急性発作を防止するために、患者は、以前に発作を引き起こしたことがある特定の刺激を回避しようと努めることができる。しかし、多くの場合、発作は、既知の誘因なしに起こる。典型的には、ＨＡＥの症状は、小児期に初めて現れ、思春期の間に悪化する。平均で、無処置の個体は１〜２週間ごとに発作を起こし、大部分のエピソードは、約３〜４日間続く（ｇｈｒ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ／ｈｅｒｅｄｉｔａｒｙ−ａｎｇｉｏｅｄｅｍａ）。発作の頻度と期間は、遺伝性血管性浮腫を有する人々の間で（たとえ同じ家族の人々の間であっても）大きく異なる。
【００４０】
Ｉ型、ＩＩ型およびＩＩＩ型として知られている３つのタイプのＨＡＥが存在する。５０，０００人に１人がＨＡＥに罹患し、Ｉ型が症例の約８５％を占め、ＩＩ型が症例の約１５％を占め、ＩＩＩ型は非常に稀であると推定されている。ＩＩＩ型は、最も新しく記述された形態であり、当初は女性にのみ生じると考えられていたが、男性が罹患した家族が確認されている。
【００４１】
ＨＡＥは常染色体優性パターンで遺伝し、そのため、罹患者は、１人の罹患した親からその変異を受け継ぐ可能性がある。また、遺伝子の新たな変異が生じる可能性もあり、従って、ＨＡＥは、家族にこの障害の病歴が無い人々において発生する可能性もある。症例の２０〜２５％は新たな自然突然変異から生じると推定されている。
【００４２】
ＳＥＲＰＩＮＧ１遺伝子における変異は、Ｉ型およびＩＩ型の遺伝性血管性浮腫を引き起こす。ＳＥＲＰＩＮＧ１遺伝子は、炎症の抑制に重要であるＣ１インヒビタータンパク質を産生するための指示を与える。Ｃ１インヒビターは、炎症を促進する特定のタンパク質の活性をブロックする。Ｉ型の遺伝性血管性浮腫を引き起こす変異は、血中のＣ１インヒビターのレベルを低下させる。対照的に、ＩＩ型を引き起こす変異は、異常に機能するＣ１インヒビターの産生をもたらす。機能を有するＣ１インヒビターのレベルが適切でない場合、過剰量のブラジキニンが生成される。ブラジキニンは、血管壁を通した体組織中への体液の漏出を増加させることによって炎症を促進する。体組織における体液の過剰な蓄積は、Ｉ型およびＩＩ型の遺伝性血管性浮腫を有する個体において見られる腫脹のエピソードを引き起こす。
【００４３】
Ｆ１２遺伝子における変異は、ＩＩＩ型の遺伝性血管性浮腫の一部の症例と関連している。Ｆ１２遺伝子は、凝固第ＸＩＩ因子を産生するための指示を与える。血液凝固（凝血）において決定的な役割を果たすことに加えて、第ＸＩＩ因子はまた、炎症の重要な刺激因子でもあり、ブラジキニンの産生に関与する。Ｆ１２遺伝子における特定の変異は、活性が増加した第ＸＩＩ因子の産生をもたらす。結果として、より多くのブラジキニンが生成され、血管壁の漏出性が増し、これが、腫脹のエピソードにつながる。ＩＩＩ型の遺伝性血管性浮腫の他の症例の原因は不明のままである。これらの症例では、まだ同定されていない１つ以上の遺伝子における変異がこの障害の原因である可能性がある。
【００４４】
ＨＡＥは、アレルギーまたは他の医学的状態に起因する血管性浮腫の他の形態と同様に発現し得るが、ＨＡＥは、原因と治療の点で大きく異なる。ＨＡＥがアレルギーと誤診された場合、最も一般的には抗ヒスタミン薬、ステロイドおよび／またはエピネフリンで治療されるが、これらは通常、ＨＡＥには無効である（但し、エピネフリンは、生命を脅かす反応に対して用いることができる）。誤診はまた、腹部の腫脹を有する患者に対する不必要な試験開腹をもたらしたこともあり、一部のＨＡＥ患者では、腹痛が、心因性のものであると誤って診断されたことがある。
【００４５】
Ｃ１インヒビター療法ならびにＨＡＥのための他の療法は、Ｋａｐｌａｎ，Ａ．Ｐ．，  Ｊ  Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ，  ２０１０，  １２６（５）：９１８−９２５において説明されている。
【００４６】
ＨＡＥ発作の急性治療は、可能な限り迅速に浮腫の進行を停止させるために施される。静脈内投与される、ドナー血液由来のＣ１インヒビター濃縮物は、急性治療の１つである。しかし、この治療は、多くの国では利用できない。Ｃ１インヒビター濃縮物が利用できない緊急事態においては、新鮮凍結血漿（ＦＦＰ）を代替として用いることができるが、これは、新鮮凍結血漿（ＦＦＰ）もＣ１インヒビターを含むためである。
【００４７】
ヒト血液由来の精製されたＣ１インヒビターが１９７９年からヨーロッパで使用されている。いくつかのＣ１インヒビター治療が米国で現在利用可能であり、２つのＣ１インヒビター製品がカナダで現在利用可能である。低温殺菌されているベリナート（ＣＳＬ  Ｂｅｈｒｉｎｇ）は、急性発作に関して２００９年にＦＤＡによって承認された。ナノ濾過されているシンライズ（登録商標）は、予防に関して２００８年にＦＤＡによって承認された。ルチン／ルコネスト（Ｐｈａｒｍｉｎｇ）は、ヒト血液由来病原体に起因する感染症伝播のリスクを保有しない、開発中の組換えＣ１インヒビターである。
【００４８】
急性ＨＡＥ発作の治療はまた、疼痛緩和のための投薬および／または静脈内輸液も含み得る。
【００４９】
他の治療法は、Ｃ１インヒビターの合成を刺激し得るか、またはＣ１インヒビターの消費を低減し得る。ダナゾールなどのアンドロゲン薬は、Ｃ１インヒビターの産生を刺激することによって発作の頻度と重症度を低下させることができる。
【００５０】
ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ）は、腹部発作を引き起こし得る。Ｈ．ｐｙｌｏｒｉを処置するための抗生物質は、腹部発作を低減するであろう。
【００５１】
より新しい治療は、接触カスケードを攻撃する。エカランチド（ＫＡＬＢＩＴＯＲ（登録商標））は、血漿カリクレインを阻害し、米国で承認されている。イカチバント（フィラジル（登録商標）、Ｓｈｉｒｅ）は、ブラジキニンＢ２受容体を阻害し、ヨーロッパと米国で承認されている。
【００５２】
ＨＡＥの診断は、例えば、家族の病歴および／または血液検査に頼ることができる。Ｉ型、ＩＩ型およびＩＩＩ型のＨＡＥに関連する検査所見は、例えば、Ｋａｐｌａｎ，Ａ．Ｐ．，  Ｊ  Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ，  ２０１０，  １２６（５）：９１８−９２５において説明されている。Ｉ型ＨＡＥでは、Ｃ４のレベルと同様に、Ｃ１インヒビターのレベルが低下しているが、Ｃ１ｑのレベルは正常である。ＩＩ型ＨＡＥでは、Ｃ１インヒビターのレベルは正常であるか増加している。しかし、Ｃ１インヒビターの機能が異常である。Ｃ４のレベルは低下しており、Ｃ１ｑのレベルは正常である。ＩＩＩ型では、Ｃ１インヒビター、Ｃ４およびＣ１ｑのレベルが全て正常である可能性がある。本開示は、ＨＡＥ患者からのサンプルでは健康な個体に比べて異なるレベルを有するＲＮＡ（表１）の特定に少なくとも部分的に基づく。これらのＲＮＡのバイオマーカーのセットのレベルの測定を利用して、対象が疾患（ＨＡＥなど）を有するかどうかを特定することができる。一部の実施形態において、方法は、患者がＨＡＥ発作を起こしたことがあるかどうか、またはＨＡＥ発作を起こしているかどうか、を判定するために利用されてよい。
【００５３】
ＨＡＥの症状は、例えば、質問表（例えば、患者、臨床医または家族が回答する質問表）を利用して評価することができる。そのような質問表は、当技術分野において公知であり、例えば、視覚的アナログスケールを含む。例えば、ＭｃＭｉｌｌａｎ，Ｃ．Ｖ．ｅｔ  ａｌ．  Ｐａｔｉｅｎｔ．  ２０１２；５（２）：１１３−２６を参照のこと。
【００５４】
本明細書で説明される生体サンプルは、生体サンプルにおいて本明細書で説明されるようなＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルを測定することによる分析に供されてよい。本明細書で開示されるバイオマーカーのレベル（例えば、量）またはバイオマーカーのレベルの変化は、本明細書で説明されるアッセイおよび／または当技術分野で公知のアッセイを用いて評価されてよい。本明細書で説明されるバイオマーカーのうちの１種以上は、従来の方法（例えば、ＰＣＲ、核酸ハイブリダイゼーションまたはマイクロアレイ）を用いて分析されてよい。一部の実施形態において、バイオマーカーのレベルは、生体サンプル中のＲＮＡバイオマーカーを直接検出することによって評価または測定される。一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーは、検出の前に、例えばＰＣＲによって、増幅されてよい。
【００５５】
接触活性化系のバイオマーカー（本明細書で提示されるものなど）の検出および／または定量化のために使用される検出アッセイのタイプは、いくつかのパラメータを挙げると、そのアッセイが使用されることになる特定の状況（例えば、臨床用途または研究用途）に、および検出されるバイオマーカーの種類と数に、および並行して実行される患者のサンプルの種類と数に、依存するであろう。
【００５６】
一部の実施形態において、バイオマーカーは、例えば、サンプルを、ＲＮＡバイオマーカーのうちの１種以上（例えば、表１に提示されるバイオマーカーのうちのいずれか１つ）に選択的に結合する結合物質と接触させることによって、生体サンプルにおいて直接測定される。一部の実施形態において、バイオマーカー（ＲＮＡ、またはＲＮＡバイオマーカーに対応するｃＤＮＡ）は、ハイブリダイゼーション法（サンプルを、バイオマーカーに特異的に結合する核酸プローブと接触させること、サザンブロッティング法またはノーザンブロッティング法など）を用いて検出される。
【００５７】
一部の実施形態において、結合物質は、ＲＮＡバイオマーカーに対して相補的なオリゴヌクレオチドである。本明細書で説明される方法における使用のためのオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡバイオマーカー（またはＲＮＡバイオマーカーに対応するｃＤＮＡ）の或る領域に対して（部分的または完全に）相補的なオリゴヌクレオチド（一本鎖のＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子）である。
【００５８】
本明細書で使用される場合、「相補的」は、当技術分野で一般的に知られている核酸塩基の相補性に対して適用される。例えば、アデニンは（ＤＮＡでは）チミン、またはＲＮＡではウラシル、に対して相補的であり、グアニンはシトシンに対して相補的である。本明細書で使用される場合、「配列の相補性」または「核酸配列同士が互いに相補的であること」は、２つの核酸分子を互いに逆平行に整列させた場合に、各位置の、または配列中の大部分の位置の、ヌクレオチド塩基同士が相補的であるということ、および２つの核酸分子が適切な条件（例えば、ハイブリダイゼーション温度）の下でハイブリダイズして二本鎖を形成できるということを意味する。当技術分野で知られているように、２つの核酸分子がハイブリダイズして二本鎖を形成するためには、配列の相補性が１００％である必要はない。オリゴヌクレオチドとＲＮＡバイオマーカー（またはＲＮＡバイオマーカーに対応するｃＤＮＡ）との間の配列の相補性は、ＲＮＡバイオマーカー中の対応する領域に対して少なくとも８０％相補的であってよい。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡバイオマーカー（またはＲＮＡバイオマーカーに対応するｃＤＮＡ）の一部に対して少なくとも８０％（例えば、８５％、９０％、９５％、９８％または１００％）相補的であるフラグメントを含む。一部の例では、オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡバイオマーカー（またはＲＮＡバイオマーカーに対応するｃＤＮＡ）の一部に対して完全に相補的（１００％相補的）であるフラグメントを含む。そのようなオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡバイオマーカーを実質的に類似する核酸（例えば、標的核酸に対して１、２または３塩基の相違を有する核酸）と区別するのに使用される可能性がある。
【００５９】
オリゴヌクレオチドは、１００個以下のヌクレオチドを含んでよい（例えば、８０ｎｔ、６０ｎｔ、５０ｎｔまたは３０ｎｔ以下）。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、８〜５０ヌクレオチド長（例えば、８〜４０、８〜３０、１０〜３０、１５〜３０または１５〜２０ヌクレオチド長）であってよい。一部の例では、オリゴヌクレオチドは、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０ヌクレオチド長であってよい。一部の例では、オリゴヌクレオチドの分子全体が、ＲＮＡバイオマーカーの一部に対して相補的である。他の例では、オリゴヌクレオチドのフラグメントが、ＲＮＡバイオマーカーの一部に対して相補的である。例えば、オリゴヌクレオチドは、支持部材への付着のためにリンカー（例えば、ポリＡリンカーまたはポリＴリンカー）を含んでよい。あるいは、またはさらに、検出プローブは、標識へのコンジュゲートのために、そのようなリンカーを含んでよい。ＲＮＡバイオマーカーの一部に対して相補的であるオリゴヌクレオチドのフラグメントは、オリゴヌクレオチドの５’末端、オリゴヌクレオチドの３’末端またはオリゴヌクレオチドの中央に位置してよい。一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーに対して相補的であるオリゴヌクレオチドのフラグメントは、少なくとも１０ヌクレオチド長（例えば、少なくとも１２、１５、１８、２０または２５ヌクレオチド長）であってよい。
【００６０】
一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、例えば２’−Ｏ−メトキシル基、２’−Ｏ−メトキシルエチル基および／またはホスホロチオエート基で修飾されたヌクレオチドを含む、１つ以上の修飾ヌクレオチドを含む。一部の例では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のロックド核酸（ＬＮＡ）を含む。接近しづらいＲＮＡ（inaccessible RNA）と呼称されることが多いＬＮＡは、２’酸素と４’炭素とを連結する余分な架橋でリボース部分が修飾されている修飾ＲＮＡヌクレオチドである。この架橋は、Ａ型二本鎖（A-form duplex）において見出されることが多い３’−ｅｎｄｏ（Ｎｏｒｔｈ）コンフォメーションでリボースを「ロック」する。ＤＮＡプローブおよびＲＮＡプローブの両方でＬＮＡヌクレオチドを使用できる。一部の例では、プローブ中のヌクレオチドのうちの５０％以下（例えば、４０％、３０％、２０％または１０％）がＬＮＡである。一部の例では、オリゴヌクレオチドは、１０、８、６、５、４、３、２または１個のＬＮＡを含んでよい。
【００６１】
オリゴヌクレオチドは、検出が望まれるＲＮＡバイオマーカーの配列に基づいて設計されてよく、従来の方法（例えば、化学合成またはインビトロ転写）によって調製されてよい。
【００６２】
本明細書で説明されるようなオリゴヌクレオチドは、従来の方法によって支持部材上に固定化されてよい。本明細書で使用される場合、「固定化される」は、オリゴヌクレオチドの解離または喪失を防ぐために共有結合的または非共有結合的に付着、結合または固定されることを意味するが、オリゴヌクレオチドまたは支持部材のいずれかに関して絶対的な不動性を要求するものではない。支持部材は、ヌクレオチドプローブが支持部材に対して固定化されるように、ヌクレオチドプローブ（例えば、本開示のオリゴヌクレオチド）を特異的に付着、結合あるいは捕捉するために使用することができる表面を有する固体または半固体の部材であってよい。
【００６３】
本開示の支持部材は、１種以上の好適な材料（例えば、プラスチックまたは合成ポリマー（例えば、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリスチレン、ポリアミド、ポリウレタン、フェノール系ポリマー、またはニトロセルロース）、天然由来のポリマー（例えば、ラテックスゴム、多糖類、ポリペプチド）、複合材料、セラミックス、シリカまたはシリカ系材料、炭素、金属または金属化合物（例えば、金、銀、鋼、アルミニウムまたは銅を含むもの）、無機ガラス、シリカ、および様々な他の好適な材料）から作製されてよい。潜在的に好適な形状の非限定的な例としては、ビーズ（例えば、磁気ビーズ）、チューブ（例えば、ナノチューブ）、プレート、ディスク、ディップスティック、チップ、マイクロチップ、カバースリップ等が挙げられる。
【００６４】
本開示の支持部材の表面は、核酸分子（例えば、ＲＮＡバイオマーカーに対して相補的なオリゴヌクレオチド）を特異的に付着、結合あるいは捕捉するために使用することができる、任意の分子、他の化学的実体／生物学的実体、または固体支持体上に配置された固体支持体修飾を含んでよい。核酸分子を固定化するために使用されてよい表面組成は、当技術分野において容易に見出すことができる。例えば、表面は、従来の方法によって表面に付着させることができる相補的核酸または核酸結合タンパク質を含んでよい。従って、固定化される核酸（例えば、本開示のオリゴヌクレオチド）と表面との間の連結は、１つ以上の化学的もしくは物理的な結合（例えば、ファンデルワールス力による非特異的付着、水素結合、静電相互作用、疎水性／親水性相互作用等）、および／またはそのような結合（複数可）をもたらす化学的リンカー、を含んでよい。あるいは、支持部材の表面は、固定化される核酸分子と共有結合を形成することができる反応性官能基を含んでよい。一部の実施形態において、官能基は、化学官能基である。すなわち、結合表面は、捕捉される核酸上の化学官能基と反応して付着をもたらすことができる化学官能基が結合表面に提示されるように誘導体化されてよい。有用である可能性がある付着のための官能基の例としては、アミノ基、カルボキシル基、エポキシド基、マレイミド基、オキソ基およびチオール基が挙げられるが、これらに限定されない。官能基は、直接、あるいはリンカーの使用により、付着させることができ、これらの組み合わせは、本明細書では「クロスリンカー」と呼称されることがある。核酸分子を支持部材に付着させるためのクロスリンカーは、当技術分野において公知である。例えば、ホモ二官能性クロスリンカーまたはヘテロ二官能性クロスリンカーがよく知られている（例えば、１９９４年のＰｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙのカタログのクロスリンカーに関するテクニカルセクション（第１５５頁〜第２００頁）またはＧｒｅｇ  Ｔ．Ｈｅｒｍａｎｓｏｎによる「Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ」（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  １９９６）を参照のこと）。クロスリンカーの非限定的な例としては、アルキル基（置換されたアルキル基およびヘテロ原子部分を含むアルキル基を包含する）、エステル、アミド、アミン、エポキシ基およびエチレングリコールならびに誘導体が挙げられる。リンカーはまた、スルホンアミドを形成するスルホン基であってもよい。一部の実施形態において、官能基は、光で活性化される官能基である。すなわち、官能基を光で活性化して、捕捉成分（capture component）を捕捉物体表面（capture object surface）に付着させることができる。一つの例は、ＳｕｒＭｏｄｉｃｓ，Ｉｎｃ．（Ｅｄｅｎ  Ｐｒａｉｒｉｅ，  ＭＮ）から入手可能であるＰｈｏｔｏＬｉｎｋ（商標）技術である。
【００６５】
支持部材および表面組成に関して本明細書で提示される例は限定的であることを意図しないということが理解されるべきである。核酸分子の固定化に適していることが当技術分野で知られている任意の支持部材が、本明細書で説明される方法とキットに従って使用されてよい。
【００６６】
一部の実施形態において、結合物質（例えば、ＲＮＡバイオマーカーに対して相補的なオリゴヌクレオチド）は、標識にコンジュゲートされてよい。本明細書で使用される場合、「コンジュゲートされる」は、標識が共有結合的または非共有結合的に結合物質に付着させられることを意味する。標識物質は、好適な検出技術を用いると直接的または間接的に検出を容易にする任意の分子、粒子等であってよい。直接的な検出の場合、標識物質は、直接調査および／または検出することができるシグナルを放出することが可能な分子または部分（例えば、蛍光標識または蛍光色素）であってよい。間接的な検出の非限定的な例では、標識は、基質を、検出可能なシグナルを放出することができる生成物に変換することが可能な分子または部分（例えば、酵素）であってよい。例えば、標識は、ルシフェリンをオキシルシフェリンに変換して検出可能な光を放出させるルシフェラーゼであってよい。間接的な検出の別の非限定的な例では、標識は、基質を変換することが可能な分子または部分（例えば、酵素）に対する結合リガンドであり、ここで、変換された基質は、検出可能なシグナルを放出する。
【００６７】
一部の実施形態において、標識は、蛍光標識である。例としては、フルオレセイン、イソチオシアネート、ローダミン、フィコエリスリン、フィコシアニン、アロフィコシアニン、ｏ−フタルアルデヒド（o-phthaldehyde）、フルオレスカミンおよび蛍光金属（１５２Ｅｕまたはランタニド系列からの他の金属など）、ＣＹＥ色素、および蛍光タンパク質（ｅＧＦＰ、ｅＹＦＰ、ｅＣＦＰ、ｍＫａｔｅ２、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＰｌｕｍ、ｍＧｒａｐｅ２、ｍＲａｓｐｂｅｒｒｙ、ｍＧｒａｐｅ１、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ｍＴａｎｇｅｒｉｎｅ、ｍＢａｎａｎａおよびｍＨｏｎｅｙｄｒｅｗなど）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６８】
他の例示的な標識としては、ビオチン、リン光標識、化学発光標識または生物発光標識（ルミノール（luminal）、イソルミノール、芳香族アクリジニウムエステル（theromatic acridinium ester）、イミダゾール、アクリジニウム塩、シュウ酸エステルおよびジオキセタンなど）、放射性同位体（３Ｈ、１２５Ｉ、３２Ｐ、３５Ｓ、１４Ｃ、５１Ｃｒ、３６Ｃｌ、５７Ｃｏ、５８Ｃｏ、５９Ｆｅおよび７５Ｓｅなど）、金属、金属キレートまたは金属カチオン（例えば、９９ｍＴｃ、１２３Ｉ、１１１Ｉｎ、１３１Ｉ、９７Ｒｕ、６７Ｃｕ、６７Ｇａおよび６８Ｇａなどの金属カチオン）が挙げられるが、これらに限定されない。他の例としては、発色団および酵素（例えば、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、ブドウ球菌ヌクレアーゼ、デルタ−Ｖ−ステロイドイソメラーゼ、酵母アルコールデヒドロゲナーゼ、アルファ−グリセロリン酸デヒドロゲナーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、ペルオキシダーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、アスパラギナーゼ、グルコースオキシダーゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ、リボヌクレアーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコース−ＶＩ−リン酸デヒドロゲナーゼ、グルコアミラーゼおよびアセチルコリンエステラーゼ）が挙げられる。
【００６９】
一部の実施形態において、バイオマーカーは、ポリメラーゼ連鎖反応を用いて測定される。一部の実施形態では、生体サンプルから抽出されたＲＮＡがポリメラーゼ連鎖反応に供される。一部の実施形態では、生体サンプルのＲＮＡに対応するｃＤＮＡがポリメラーゼ連鎖反応において使用される。核酸は、二本鎖または一本鎖であってよい。逆転写ＲＮＡ、定量的ＰＣＲおよびマルチプレックスＰＣＲを含め、ポリメラーゼ連鎖反応を用いる様々な方法が当技術分野において公知である。
【００７０】
一般に、ポリメラーゼ連鎖反応は、アニーリングと伸長（extension/elongation）を含む一連のステップの繰り返しに依存する。オリゴヌクレオチド（例えば、プライマー）のペアは、所望の核酸（例えば、バイオマーカー）に対して十分な相補性を有し、その結果、サンプル中に所望の核酸が存在すれば、適切なアニーリング条件（例えば、アニーリング温度）の下でプライマーが所望の核酸にアニール（ハイブリダイズ）する。反応は、ポリメラーゼが核酸相補鎖を合成する伸長ステップ（extension/elongation step）に進む。二本鎖核酸生成物が変性され、別の反応サイクルが開始される。
【００７１】
一部の実施形態において、ポリメラーゼ連鎖反応は、サイクルの各ステップごとに異なる温度設定を伴う。一部の実施形態において、ポリメラーゼ連鎖反応は、単一の温度で実施される（例えば、等温反応）。
【００７２】
上述されるようなポリメラーゼ連鎖反応は、オリゴヌクレオチドプライマーの選択に基づいた核酸の選択的増幅を可能にする。一部の実施形態では、ＲＮＡバイオマーカーのセットに対応する核酸が選択的に増幅され、その後、当技術分野において公知である任意の方法を用いて検出される。一部の実施形態において、増幅産物は、ハイブリダイゼーション法を用いて検出されてよい。あるいは、またはさらに、増幅産物は、ポリメラーゼ連鎖反応の間に導入された１つ以上の修飾によって検出されてよい。一部の実施形態では、ポリメラーゼ連鎖反応の間に色素、フルオロフォアまたは他の指示物質が核酸中にインターカレートされる。一部の実施形態では、核酸プライマーのうちの１つ以上が、検出され得るタグ（例えば、核酸タグ）を含んでよい。
【００７３】
一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーは、例えばＲＮＡバイオマーカーに対して（部分的または完全に）相補的であるオリゴヌクレオチドとの、ハイブリダイゼーションを伴う方法を用いて測定される。一部の実施形態において、ハイブリダイゼーション法は、ＲＮＡバイオマーカーを検出するための生体サンプルに対して、または増幅産物（例えば、増幅されたＲＮＡバイオマーカーまたはＲＮＡバイオマーカーに対応するｃＤＮＡ）を含む組成物（例えば、ＰＣＲ反応）に対して、実施される。一部の実施形態において、ハイブリダイゼーションは、サンプルを、バイオマーカーに特異的に結合するオリゴヌクレオチド（例えば、プローブ）と接触させることを伴う。ハイブリダイゼーション法の例としては、限定されるものではないが、サザンブロッティング法、ノーザンブロッティング法およびマイクロアレイ法が挙げられる。本明細書で説明されるように、一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、検出のための標識にコンジュゲートされてよい、および／または支持部材上に固定化されてよい。
【００７４】
適切なバッファ、ポリメラーゼ、ハイブリダイゼーション条件の選択は当業者には明白であろうし、最適化は、通例の実験法を伴い得る。
【００７５】
一部の実施形態において、バイオマーカーは、核酸シーケンシングを用いて測定される。例えば、サンプル中の（例えばバイオマーカーの）特定の核酸配列の存在量を、別の配列中の同じ核酸配列の存在量と比較することができる（例えば、全トランスクリプトームシーケンシング、ＲＮＡＳｅｑ）。そのような比較は、例えば、サンプル間で特定の配列のリード数を比較することによって実施されてよい。
【００７６】
一般に、核酸シーケンシングは、当技術分野において公知である任意の方法を用いて実施されてよく、適切な方法の選択は当業者には明白であろう。例えば、核酸は、サンガーシーケンシング法またはハイスループットシーケンシング法を用いて配列決定されてよい。
【００７７】
一部の実施形態において、生体サンプルは、（例えば、バイオマーカーを測定する前に）サンプル中に存在するＲＮＡを単離するためにＲＮＡ抽出プロセスに供される。そのようなＲＮＡ抽出プロセスは、当技術分野において周知である。ＲＮＡ抽出プロセスの例としては、市販のキットおよびフェノール−クロロホルム抽出が挙げられる。一部の実施形態において、生体サンプルから抽出されたＲＮＡは、インビトロ翻訳に供され、それにより、存在する場合にはＲＮＡバイオマーカーによってコードされるタンパク質を含む、ＲＮＡによってコードされるタンパク質が生成される。一部の実施形態において、生体サンプルまたは生体サンプルから抽出されたＲＮＡは、逆転写に供され、それにより、存在する場合にはＲＮＡバイオマーカーを含む、ＲＮＡに対応するｃＤＮＡが生成される。
【００７８】
一部の実施形態において、バイオマーカーは、イムノアッセイを用いて測定される。一部の実施形態において、生体サンプルは、ＲＮＡバイオマーカーに結合する結合物質（核酸結合タンパク質など）と接触させられる。次いで、サンプル中のバイオマーカーの量の間接的な尺度として結合物質を検出するためにイムノアッセイが実施されてよい。イムノアッセイの例としては、限定されるものではないが、イムノブロッティングアッセイ（ウェスタンブロット）、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）（例えば、サンドイッチＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ、電気化学発光を利用した検出アッセイ、磁気イムノアッセイ、ラテラルフローアッセイおよび関連技術が挙げられる。例えばバイオマーカーに結合する結合物質を検出することによって、本明細書で提示されるバイオマーカーを検出するための、さらなる好適なイムノアッセイは、当業者には明らかであろう。しかし、本開示はイムノアッセイに限定されないということ、および発色基質に依存する検出アッセイもまた、本明細書で提示されるような接触系のバイオマーカーの検出および／または定量化に有用である可能性があるということが当業者には明らかであろう。
【００７９】
ＥＬＩＳＡは、当技術分野において公知であり（例えば、Ｃｒｏｗｔｈｅｒ，Ｊｏｈｎ  Ｒ（２００９）、「Ｔｈｅ  ＥＬＩＳＡ  Ｇｕｉｄｅｂｏｏｋ」、第２編、Ｈｕｍａｎａ  ＰｒｅｓｓおよびＬｅｑｕｉｎ  Ｒ（２００５）、「Ｅｎｚｙｍｅ  ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ  （ＥＩＡ）／ｅｎｚｙｍｅ−ｌｉｎｋｅｄ  ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔ  ａｓｓａｙ  （ＥＬＩＳＡ）」、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．  ５１（１２）：２４１５−８を参照のこと）、例示的なＥＬＩＳＡが本明細書で説明されている。ＥＬＩＳＡを実施するためのキットも当技術分野において公知であり、市販されている（例えば、Ｌｉｆｅ  ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓおよびＢＤ  ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓのＥＬＩＳＡキットを参照のこと）。
【００８０】
本明細書で説明されるイムノアッセイは、結合物質（例えば、ＲＮＡバイオマーカーに結合する核酸結合タンパク質）に特異的に結合する第１の結合物質が支持部材上に固定化されるサンドイッチＥＬＩＳＡのフォーマットであってよい。次いで、支持部材が、結合物質とサンプル中のバイオマーカーとの間での複合体の形成を可能にする条件の下で好適な時間、本明細書で説明されるような生体サンプルと共にインキュベートされてよい。次いで、そのような複合体が、バイオマーカー、結合物質−バイオマーカー複合体、または結合物質、に結合する検出用物質を用いて検出されてよい。検出用物質は、直接または間接的にシグナルを放出できる、本明細書で説明されるような標識にコンジュゲートされてよい。シグナルの強度が、サンプル中のＲＮＡバイオマーカーのレベルを表す。一部の実施形態では、検出用物質が検出され、そのレベルが、サンプル中のＲＮＡバイオマーカーのレベルを表す。
【００８１】
所望の核酸に特異的に結合する任意の結合物質が、生体サンプル中のＲＮＡバイオマーカーのレベルを測定するために本明細書で説明される方法およびキットにおいて使用されてよい。一部の実施形態において、結合物質は、所望の核酸に特異的に結合する抗体である。一部の実施形態において、サンプルは、異なるＲＮＡに結合する２種以上の結合物質と、同時または順次に、接触させられてよい（例えば、多重分析；例えばＳＯＭＡＳｃａｎ（商標）アッセイ（ＳＯＭＡＬｏｇｉｃ））。生体サンプルは、適切な条件の下で結合物質と接触させられる。一般に、「接触」なる用語は、結合物質を、その物質とサンプル中のＲＮＡ（存在する場合）との間での複合体の形成に十分である好適な時間、生体サンプルまたは作用物質と触れさせることを指す。一部の実施形態において、接触は、生体サンプルまたは作用物質が支持膜の表面を横断する毛管現象によって実施される。
【００８２】
一部の実施形態において、イムノアッセイは、単一のイムノアッセイのフォーマットを含む、低スループットプラットフォームで実施されてよい。例えば、低スループットプラットフォームを用いて、診断方法のために、疾患および／もしくは治療の進行のモニタリングのために、ならびに／または疾患もしくは障害が特定の治療の恩恵を受け得るかどうかの予測のために、生体サンプル（例えば、生体組織、組織抽出物）中の核酸の存在と量を測定してよい。
【００８３】
一部の実施形態では、支持部材に結合物質を固定化する必要がある可能性がある。結合物質を固定化するための方法は、結合物質の性質および支持部材の材料などの要因に左右されるであろうし、特定のバッファを必要とする可能性がある。そのような方法は、当業者には明白であろう。例えば、本明細書で説明されるような生体サンプル中のバイオマーカーのセットは、やはり本明細書で説明されるキットおよび／または検出装置のうちのいずれかを用いて測定されてよい。
【００８４】
本明細書で使用される場合、用語「測定すること」または「測定」あるいは「検出すること」または「検出」は、サンプル中の物質の存在、不存在、数量または量（有効量であってよい）を評価すること（そのような物質の定性的または定量的な濃度レベルの導出を包含する）、あるいは対象の値または分類を評価すること、を意味する。
【００８５】
アッセイ（例えば、サザンブロットアッセイまたはノーザンブロットアッセイ）は、市販されている定量的イメージングシステム（例えば、ＬＩＣＯＲイメージング技術）の使用をさらに伴ってよい（例えば、ＬＩ−ＣＯＲ  ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓのＯｄｙｓｓｅｙ（登録商標）  ＣＬｘ赤外線イメージングシステムを参照のこと）。一部の実施形態では、電気化学発光検出アッセイ、または電気化学発光とパターン化アレイ技術の組み合わせに依存するアッセイ、が使用される（例えば、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（ＭＳＤ）のＥＣＬまたはＭＵＬＴＩ−ＡＲＲＡＹ技術アッセイ（ECL or MULTI-ARRAY technology assay））。
【００８６】
本明細書で説明される方法のいずれにおいても、バイオマーカーのセットのＲＮＡのレベルは、対照サンプルまたは参照用サンプルにおけるＲＮＡのレベルと比較されてよい。
【００８７】
本明細書で説明される方法とキット（やはり本明細書で説明されるＲＮＡバイオマーカーのセットのうちのいずれかを伴う）は、接触活性化系に関連する疾患（本明細書で説明されるものなど）の評価に適用されてよい。
【００８８】
（ｉｉ）診断および／または予後診断の用途
対象からのサンプルにおいて検出された表１に提示されるＲＮＡのレベルは、接触活性化系に関連する疾患（例えば、ＨＡＥ）を診断するための、そのような疾患の進行をモニタリングするための、疾患に対する治療の有効性を評価するための、特定の治療に適している患者を特定するための、および／または対象における疾患の発作を予測するための、信頼性の高いバイオマーカーとして使用できる。
【００８９】
従って、対象から得られた生体サンプルにおけるバイオマーカーのセットのレベルに基づいた接触活性化系に関連する疾患のための診断および予後診断の方法が本明細書で説明される。一部の実施形態では、生体サンプルが取得された対象（例えば、ヒト患者）が、血漿カリクレインに関連する疾患（例えば、ＨＡＥ）または自己免疫疾患（ＲＡ、ＵＣおよびクローン病など）などの接触活性化系に関連する疾患を有するかどうか、またはそのリスクがあるかどうか、を評価するために、本明細書で説明される方法のうちのいずれかを用いて測定されたバイオマーカーのレベルを利用することができる。
【００９０】
一部の実施形態では、その後、バイオマーカーのレベルは、サンプル中のＲＮＡの量を示す値を決定するために参照用サンプルまたは対照サンプルと比較されてよい。一部の実施形態では、バイオマーカーについての値は、サンプル中のＲＮＡのレベルをサンプル中の別のＲＮＡ（例えば、内部対照または内部標準）のレベルと比較することによって得られる。そのようなバイオマーカーの値は、内部対照または内部標準に対して正規化された値であってよい。バイオマーカーの値は、対象が接触系に関連する疾患を有するかどうか、またはそのリスクがあるかどうか、を判定するために基準値と比較されてよい。基準値は、標的疾患を有さない対象（例えば、ヒト対象）における対応するバイオマーカーのレベルを表してよい。一部の実施形態では、バイオマーカーのレベルまたは値が基準レベルまたは基準値よりも高い場合に、対象は、接触活性化系に関連する疾患を有する、またはそのリスクがある、と特定されてよい。一部の実施形態では、バイオマーカーのレベルまたは値が基準レベルまたは基準値よりも低い場合に、対象は、接触活性化系に関連する疾患を有する、またはそのリスクがある、と特定されてよい。
【００９１】
一部の実施形態において、バイオマーカーのレベルは、それからの逸脱が、対象が接触系に関連する疾患を有することを示す可能性がある、そのＲＮＡバイオマーカーについての所定の閾値と比較されてよい。所定の閾値は、標的疾患を有する患者におけるバイオマーカーのレベルと標的疾患を有さない患者におけるバイオマーカーのレベルとを区別するバイオマーカーの値を表してよい。
【００９２】
一部の実施形態において、バイオマーカーのセットは、疾患を有するか疾患を有するリスクがある対象では健康な対象に比べて異なって存在する（上昇および／または低下している）２種以上のＲＮＡバイオマーカーを含む。一部の例では、バイオマーカーのセットは、疾患を有するか疾患を有するリスクがある対象ではレベルが上昇している少なくとも１種のＲＮＡバイオマーカーと、疾患を有するか疾患のリスクがある対象ではレベルが低下している少なくとも１種のＲＮＡバイオマーカーと、を含む。「上昇している」および「低下している」ＲＮＡバイオマーカーの例は、表１に列挙されている。一部の実施形態では、バイオマーカーのセットは、２種以上のＲＮＡを含み、その各々について、上昇したレベルは、対象が疾患を有するか疾患を有するリスクがあることを示す。一部の実施形態では、バイオマーカーのセットは、２種以上のＲＮＡを含み、その各々について、低下したレベルは、対象が疾患を有するか疾患を有するリスクがあることを示す。
【００９３】
一部の実施形態において、対照サンプルまたは参照用サンプルは、健康な個体から得られた生体サンプルである。一部の実施形態において、対照サンプルまたは参照用サンプルは、既知量の評価されるＲＮＡを含む。一部の実施形態において、対照サンプルまたは参照用サンプルは、対照となる対象から得られた生体サンプルである。
【００９４】
本明細書で使用される場合、対照となる対象は、ＲＮＡ（複数可）のレベルが測定される時点において標的疾患（例えば、接触系に関連する疾患）を有さないことが明らかである健康な対象もしくは健康な個体またはその疾患の病歴を有さない健康な対象もしくは健康な個体であってよい。「対照となる対象」なる用語は、個々の対象、または類似する特徴を有する対象の群（例えば、候補対象のものと一致する特定の特徴（例えば、年齢、性別、民族等）を有する健康な対象の群）、を包含する。一部の実施形態において、対照となる対象におけるバイオマーカーのレベルは、候補対象または試験対象におけるバイオマーカーのレベルと比較されてよい基準値（例えば、対象の群を包含する対照となる対象におけるバイオマーカーの平均レベル）を確立するために使用される。
【００９５】
対照レベルは、対照となる対象における本明細書で説明されるようなＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルを指す。対照レベルは、所定のレベルまたは閾値であってよい。そのような所定のレベルは、標的疾患を有さないかそのリスクがない対象の集団におけるそのＲＮＡのレベル（例えば、健康な対象の集団における平均レベル）を表してよい。それはまた、標的疾患を有する対象の集団におけるそのＲＮＡのレベルを表してもよい。
【００９６】
所定のレベルは、様々な形態をとることができる。例えば、それは、中央値または平均値などの単一のカットオフ値であってよい。一部の実施形態では、そのような所定のレベルは、比較群（１つの定義された群が標的疾患を有することが分かっており且つ別の定義された群が標的疾患を有さないことが分かっている比較群など）に基づいて確立されてよい。あるいは、所定のレベルは範囲（例えば、対照集団におけるそのＲＮＡのレベルを表す範囲）であってよい。
【００９７】
本明細書で説明されるような対照レベルは、通例の技術によって決定できる。一部の例では、対照レベルは、従来の方法（例えば、本明細書で説明されるような試験サンプルにおいてそのＲＮＡのレベルを得るのと同じアッセイ）を、やはり本明細書で説明されるような対照サンプルに対して実施することによって得ることができる。他の例では、そのＲＮＡのレベルを対照集団のメンバーから得てよく、その結果を、例えば計算プログラムにより、分析して、対照集団におけるそのＲＮＡのレベルを表す対照レベル（所定のレベル）を得てよい。
【００９８】
候補対象から得られたサンプルにおけるバイオマーカーのレベルを本明細書で説明されるような基準値と比較することによって、その候補対象が接触系に関連する疾患（例えば、ＨＡＥ）を有するかどうか、またはそのリスクがあるかどうか、について判定することができる。例えば、候補対象のサンプルにおけるバイオマーカー（複数可）のレベルが基準値から逸脱する（例えば、基準値に比べて増加している）場合には、その候補対象は、疾患を有するかそのリスクがあると特定される可能性がある。基準値が、標的疾患を有する対象の集団におけるバイオマーカーのレベルの値の範囲を表す場合、候補者のサンプルにおけるバイオマーカーの値がその範囲内にあることは、その候補対象が標的疾患を有するかそのリスクがあることを示す。
【００９９】
本明細書で使用される場合、「上昇したレベル」または「基準値を上回るレベル」は、バイオマーカーのレベルが基準値（対照サンプルにおけるバイオマーカーのレベルの所定の閾値など）よりも高いということを意味する。対照レベルは、本明細書で詳細に説明されている。バイオマーカーの上昇したレベルには、基準値を、例えば１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％または５００％以上、上回るバイオマーカーのレベルが包含される。一部の実施形態では、試験サンプルにおけるバイオマーカーのレベルは、参照用サンプルにおけるバイオマーカーのレベルよりも少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１５倍、１．６倍、１．７倍、１．８倍、１．９倍、２倍、２．５倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、３００倍、４００倍、５００倍、１０００倍または１００００倍以上、高い。
【０１００】
本明細書で使用される場合、「低下したレベル」または「基準値を下回るレベル」は、バイオマーカーのレベルが基準値（対照サンプルにおけるバイオマーカーの所定の閾値など）よりも低いということを意味する。対照レベルは、本明細書で詳細に説明されている。バイオマーカーの低下したレベルには、基準値よりも、例えば１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％または５００％以上、低いバイオマーカーのレベルが包含される。一部の実施形態では、試験サンプルにおけるバイオマーカーのレベルは、参照用サンプルにおけるバイオマーカーのレベルよりも少なくとも１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１５倍、１．６倍、１．７倍、１．８倍、１．９倍、２倍、２．５倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、５０倍、１００倍、１５０倍、２００倍、３００倍、４００倍、５００倍、１０００倍または１００００倍以上、低い。
【０１０１】
一部の実施形態において、候補対象は、ｐＫａｌ媒介性障害（例えば、ＨＡＥ）または自己免疫疾患（ＲＡ、ＵＣおよびクローン病など）などの接触活性化系に関連する疾患の症状を有するヒト患者である。例えば、対象は、浮腫；完全に、または主に、末梢性である腫脹；蕁麻疹；感染症の証拠が存在しない場合の発赤、疼痛および腫脹；非ヒスタミン媒介性浮腫；腫脹の再発性発作；またはそれらの組み合わせを有する。他の実施形態では、対象は、サンプルが採取される時点ではｐＫａｌ媒介性障害の症状を有さないか、ｐＫａｌ媒介性障害の症状の病歴を有さないか、ＨＡＥなどのｐＫａｌ媒介性障害の病歴を有さない。さらに他の実施形態では、対象は、抗ヒスタミン療法、コルチコステロイド療法またはその両方に対して抵抗性である。
【０１０２】
本明細書で説明される方法で特定された対象は、本明細書で説明されるように、ｐＫａｌ阻害剤での治療など、好適な治療を受けてよい。
【０１０３】
バイオマーカーのレベルとそのような疾患との間の相関関係を考えれば、本明細書で説明されるアッセイ法とキットはまた、接触系に関連する疾患（本明細書で説明されるものなど）に対する治療の有効性の評価に適用することもできる。例えば、複数の生体サンプル（例えば、血液サンプルまたは血漿サンプル）が、治療の前後に、あるいは治療過程の間に、治療が実施される対象から採取されてよい。バイオマーカーのレベルは、本明細書で説明されるようなアッセイ法のうちのいずれかによって測定されてよく、それに応じてバイオマーカーの値（例えば、量）が決定されてよい。例えば、バイオマーカーの上昇したレベルが、対象が標的疾患を有することを示し、且つ治療後に、または治療の経過と共に、バイオマーカーのレベルが低下するのであれば（先に採取されたサンプルにおけるバイオマーカーのレベルと比較した、後に採取されたサンプルにおけるバイオマーカーのレベル）、それは、その治療が有効であることを示す。別の例として、バイオマーカーの低下したレベルが、対象が標的疾患を有することを示し、且つ治療後に、または治療の経過と共に、バイオマーカーのレベルが上昇するのであれば（先に採取されたサンプルにおけるバイオマーカーのレベルと比較した、後に採取されたサンプルにおけるバイオマーカーのレベル）、それは、その治療が有効であることを示す。一部の例では、治療は、有効量の治療薬（血漿カリクレイン阻害剤、ブラジキニンＢ２受容体アンタゴニスト、またはＣ１エステラーゼインヒビター（Ｃ１−ＩＮＨ）など）を伴う。治療薬の例としては、ラナデルマブ、エカランチド、イカチバントおよびヒト血漿由来Ｃ１−ＩＮＨが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１０４】
対象が治療に反応しないと特定されれば、より高い用量および／または投与頻度の治療薬が、特定された対象に投与される。一部の実施形態では、治療薬の投与量または投与頻度は、治療に反応する、またはさらなる治療を必要としない、と特定された対象において維持、低減または中止される。あるいは、最初の治療に反応しないと見出された対象に、異なる治療が適用されてよい。
【０１０５】
他の実施形態では、バイオマーカーまたはバイオマーカーのセットの値はまた、障害が接触系に関連していることを、またはその障害は、例えばｐＫａｌ阻害剤によって、治療できる可能性があることを、特定するために利用することもできる。この方法を実施するために、標的疾患を有する対象から採取されたサンプル（例えば、血液サンプルまたは血漿サンプル）におけるバイオマーカーのレベルが、好適な方法（例えば、質量分析、クロマトグラフィー、イムノアッセイなどの本明細書で説明されるもの）によって測定されてよい。バイオマーカーのレベルが基準値から逸脱する（例えば、上昇または低下している）のであれば、それは、その疾患を治療するのにｐＫａｌ阻害剤が有効である可能性があることを示す。疾患がｐＫａｌ阻害剤に感受性である（ｐＫａｌ阻害剤によって治療できる）と特定された場合には、方法は、その疾患を有する対象に有効量のｐＫａｌ阻害剤（抗ｐＫａｌ抗体または阻害性ペプチド（例えば、ラナデルマブ、エカランチド等）など）、ブラジキニン２受容体阻害剤（例えば、イカチバント）および／またはＣ１−ＩＮＨ（例えば、ヒト血漿由来Ｃ１−ＩＮＨ）を投与することをさらに含んでよい。
【０１０６】
また、接触系に関連する疾患の重症度またはその病状を評価する方法も本開示の範囲内に属する。例えば、本明細書で説明されるように、ＨＡＥは、その間に対象が疾患の症状を経験しない静止状態（基礎的状態）にある可能性がある。ＨＡＥ発作は、典型的には、２〜５日続き得る、例えば手、足、顔、胃腸管、生殖器および咽頭（咽喉）における、疼痛および腫脹を対象が経験する可能性がある再発エピソードである。一部の実施形態において、１種以上のバイオマーカーのレベルは、対象がＨＡＥ発作を経験することになるかどうか、経験中であるかどうか、または間もなく経験することになるかどうかを示す。一部の実施形態において、方法は、ＨＡＥを有する対象から得られたサンプルにおけるバイオマーカーのレベルを、同じ対象から得られたサンプル（例えば、基礎的状態にある同じ対象から得られたサンプルまたはＨＡＥ発作中の同じ対象から得られたサンプル）におけるそのバイオマーカーのレベルと比較することを伴う。
【０１０７】
本開示の他の態様は、疾患の発作（例えば、ＨＡＥ発作）のリスクを評価するための方法を提供する。本明細書で説明されるように、ＨＡＥ発作は、典型的には、その間に対象が症状（疼痛および腫脹など）を経験する可能性がある再発エピソードである。一部の実施形態において、１種以上のバイオマーカーのレベルは、対象がＨＡＥ発作を起こすリスクがあるかどうかを示す。一部の実施形態において、方法は、ＨＡＥを有する対象から得られたサンプルにおけるバイオマーカーのレベルを、同じ対象から得られたサンプル（例えば、基礎的状態にある同じ対象から得られたサンプルまたはＨＡＥ発作中の同じ対象から得られたサンプル）におけるそのバイオマーカーのレベルと比較することを伴う。例えば、対象からの別のサンプルにおけるバイオマーカーのレベルは、対象が、ＨＡＥ発作を起こすリスクがある場合と比較するとＨＡＥ発作に関連するバイオマーカーのレベルの上昇（または低下）を有するということを示す可能性がある。
【０１０８】
一部の実施形態において、方法は、ＨＡＥを有する対象から得られたサンプルにおけるバイオマーカーのレベルを、対照サンプルまたは参照用サンプルにおけるバイオマーカーのレベルと比較することを伴う。一部の実施形態において、対照サンプルまたは参照用サンプルにおけるバイオマーカーのレベルは、ＨＡＥの発作状態を示すバイオマーカーのレベルを表す。例えば、ＨＡＥの発作状態を表す参照用におけるバイオマーカーのレベルと類似するＨＡＥを有する対象から得られたサンプルにおけるバイオマーカーのレベルは、対象がＨＡＥ発作を起こすリスクがあることを示す可能性がある。一部の実施形態において、対照サンプルまたは参照用サンプルにおけるバイオマーカーのレベルは、基礎的状態にあるＨＡＥを示すバイオマーカーのレベルを表す。例えば、基礎的状態にあるＨＡＥを表す参照用におけるバイオマーカーのレベルに対して逸脱する（上昇または低下している）ＨＡＥを有する対象から得られたサンプルにおけるバイオマーカーのレベルは、対象がＨＡＥ発作を起こすリスクがあることを示す可能性がある。
【０１０９】
（ｉｉｉ）非臨床用途
さらに、本明細書で説明されるバイオマーカーのセットのうちのいずれかのレベルは、研究目的で使用されてよい。接触活性化系に関連する疾患が多数特定されているが、他の疾患が、類似するメカニズムによって媒介される、または類似するコンポーネントを伴う、という可能性がある。一部の実施形態において、本明細書で説明される方法は、疾患を接触活性化系または接触活性化系のコンポーネントに関連すると特定するために使用されてよい。一部の実施形態において、本明細書で説明される方法は、疾患のメカニズム（例えば、疾患の発症に関与する新規の生物学的経路またはプロセスの発見）または進行を研究するために使用されてよい。
【０１１０】
一部の実施形態において、本明細書で説明されるようなバイオマーカーのセットのレベルは、接触活性化系に関連する疾患のための新しい治療法の開発において利用されてよい。例えば、新しい治療（例えば、臨床試験）を受けている対象から得られたサンプルにおいてバイオマーカーのセットのレベルが測定されてよい。一部の実施形態において、バイオマーカーのセットのレベルは、新しい治療法の有効性、あるいは新しい治療の前の、新しい治療の間の、または新しい治療の後の、対象における疾患の進行、を示す可能性がある。
【０１１１】
ＲＮＡバイオマーカーのセットを測定するためのキットおよび検出装置
本開示はまた、本明細書で説明されるようなバイオマーカーのセットのレベルの測定における使用のためのキットおよび検出装置も提供する。そのようなキットまたは検出装置は、ＲＮＡバイオマーカー（表１に列挙されるものなど）に特異的に結合する結合物質を含んでよい。例えば、そのようなキットまたは検出装置は、表１から選択される２つの異なるＲＮＡバイオマーカーに対して特異的である少なくとも２種の結合物質を含んでよい。一部の例では、キットまたは検出装置は、本明細書で説明されるＲＮＡバイオマーカーのセットの全てのメンバーに対して特異的な結合物質を含む。
【０１１２】
一部の実施形態において、結合物質は、ＲＮＡバイオマーカーに対して相補的である、本明細書で説明されるようなオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、結合物質は、それぞれがＲＮＡバイオマーカー中の特定のヌクレオチド配列に結合（ハイブリダイズ）するオリゴヌクレオチドのペア（例えば、プライマーのペア）を含む。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドのペアは、ポリメラーゼ連鎖反応などの方法に供された際に、ＲＮＡバイオマーカーにハイブリダイズしてＲＮＡバイオマーカーの増幅を可能にする。一部の実施形態において、増幅産物は、例えばポリメラーゼ連鎖反応の間に核酸中にインターカレートされる色素、フルオロフォアまたは他の指示物質を検出することによって、直接検出されてよい。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、検出できる標識にコンジュゲートされる。
【０１１３】
一部の実施形態において、ＲＮＡバイオマーカーは、核酸ハイブリダイゼーション法を用いて測定される。一部の実施形態において、結合物質は、ＲＮＡバイオマーカーに対して相補的であるオリゴヌクレオチドであってサンプル（例えば、生体サンプルまたはポリメラーゼ連鎖反応からのサンプル）中にそのＲＮＡバイオマーカーが存在する場合にはそれにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドである。一部の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、検出できる標識（本明細書で説明される標識のうちのいずれかなど）にコンジュゲートされる。本明細書で説明されるようなハイブリダイゼーション法の非限定的な例としては、ノーザンブロッティング、サザンブロッティングおよびマイクロアレイが挙げられる。
【０１１４】
一部の実施形態において、結合物質のうちの１つ以上は、バイオマーカーのセットのＲＮＡに特異的に結合する核酸結合タンパク質である。一部の実施形態において、結合物質は、直接検出されるか、または直接もしくは間接的に識別できるタグにコンジュゲートされてよい。
【０１１５】
一部の実施形態において、キットまたは装置は、本明細書で説明されるような支持部材をさらに含む。キットまたは検出装置において、結合物質のうちの１つ以上が、支持部材（例えば、メンブレン、ビーズ、スライド、またはマルチウェルプレート）上に固定化されてよい。イムノアッセイのための適切な支持部材の選択は、サンプルの数および第二の作用物質にコンジュゲートされた標識から放出されるシグナルを検出する方法などの様々な要因に左右されるであろう。
【０１１６】
キットはまた、本明細書で説明されるような１種以上のバッファ（限定されるものではないがコーティングバッファ、ブロッキングバッファ、洗浄バッファおよび／または停止バッファ）を含んでもよい。
【０１１７】
一部の実施形態において、キットは、本明細書で説明される方法のうちのいずれかに従った使用のための説明書を含んでよい。含まれる説明書は、ヒト患者などの対象から採取された生体サンプルにおいてＲＮＡバイオマーカーのセットのＲＮＡのレベルを測定するためのキットに含まれる構成要素の使用方法の説明を含んでよい。
【０１１８】
キットの使用に関する説明書は一般に、本明細書で説明されるアッセイ法を実施するための、各構成要素の量および好適な条件についての情報を含む。キット中の構成要素は、単位用量、バルクのパッケージ（例えば、複数用量のパッケージ）、または単位用量未満の用量（sub-unit dose）であってよい。本開示のキット中に提供される説明書は、典型的には、ラベルまたは添付文書（例えば、キット中に含まれる紙のシート）に書かれた説明書であるが、機械で読み取り可能な説明書（例えば、磁気または光学記憶ディスクに保持された説明書）も許容される。
【０１１９】
ラベルまたは添付文書は、そのキットが、バイオマーカーのセットのＲＮＡのレベルを評価するために使用されるということを示す。説明書は、本明細書で説明される方法のうちのいずれかを実施するために提供されてよい。
【０１２０】
本開示のキットは、好適なパッケージ内に含まれる。好適なパッケージには、バイアル、ボトル、ジャー、柔軟なパッケージ（例えば、密封されたマイラーまたはプラスチック袋）等が包含されるが、これらに限定されない。また、吸入器、経鼻投与装置（例えば、噴霧器）または注入装置（ミニポンプなど）などの特定の装置と組み合わせて使用するためのパッケージも企図される。キットは、無菌アクセスポート（sterile access port）を有してよい（例えば、容器は、静脈内輸液バッグ（intravenous solution bag）、または皮下注射針で貫通可能な栓を有するバイアル、であってよい）。容器はまた、無菌アクセスポートを有してもよい（例えば、容器は、静脈内輸液バッグ、または皮下注射針で貫通可能な栓を有するバイアル、であってよい）。
【０１２１】
キットは、任意選択で、判断用の情報（対照サンプルおよび／または標準サンプルもしくは参照用サンプルなど）などの追加的な構成要素を提供してもよい。通常、キットは、容器と、容器上の、または容器に付随する、ラベルまたは添付文書（複数可）と、を含む。一部の実施形態において、本開示は、上述のキットの内容物を含む製品を提供する。
【０１２２】
接触活性化系に関連する疾患の治療
本明細書で説明される方法を用いて特定された、接触活性化系に関連する疾患のリスクがあるかそれに罹患している対象は、任意の適切な治療薬で治療されてよい。一部の実施形態において、提供される方法は、説明される方法（例えば、バイオマーカーのセットのレベルの測定）のアウトプットに基づいて対象に対する治療を選択することを含む。
【０１２３】
一部の実施形態において、本明細書で説明される方法は、対象を防止的（予防的）治療の候補として特定する方法を提供する。本明細書で使用される場合、「防止的」治療には、疾患の発生（例えば、ＨＡＥ発作）を防止または低減することを目的とする任意の療法または治療レジメンが包含される。一部の実施形態において、方法は、対象に防止的治療を施すことをさらに含む。本明細書で説明される治療薬のうちのいずれか（例えば、ラナデルマブなどのｐＫａｌ阻害剤）。一部の実施形態において、対象から得られたサンプルにおけるＲＮＡバイオマーカーのセットのレベルは、（例えば、ＲＮＡバイオマーカーのレベルを参照用サンプルまたは対照サンプルにおけるレベルと比較することによって）患者がＨＡＥを有するかＨＡＥを有するリスクがあることを示す。ＨＡＥを有するかＨＡＥを有するリスクがある対象はいずれも、予防的治療を施されてよい。防止的治療のための適切な治療薬と投与レジメンの選択は、当業者には明白であろう。
【０１２４】
一部の実施形態において、方法は、アッセイ（例えば、バイオマーカーの検出）のアウトプットに基づいた対象への投与のための治療薬（例えば、カリクレイン阻害剤、ブラジキニンＢ２受容体阻害剤および／またはＣ１エステラーゼ阻害剤）の選択または投与のうちの一方または両方を含む。
【０１２５】
一部の実施形態において、治療薬は、対象に１回以上投与される。一部の実施形態では、血漿カリクレイン阻害剤が対象に投与される。一部の実施形態において、カリクレイン阻害剤は、ペプチド、小分子阻害剤、カリクレイン抗体またはそのフラグメントである。一部の実施形態では、ブラジキニンＢ２受容体のアンタゴニストが対象に投与される。一部の実施形態では、Ｃ１−ＩＮＨが対象に投与される。
【０１２６】
治療薬（例えば、カリクレイン阻害剤、ブラジキニンＢ２受容体阻害剤および／またはＣ１−ＩＮＨ）は、接触活性化系と関わる疾患または状態の治療のための併用療法の一部として別の療法と一緒に与えられてよい。併用療法（例えばカリクレイン阻害剤、ブラジキニンＢ２受容体アンタゴニストまたはＣ１−ＩＮＨ補充薬（replacement agent）のうちの１つ以上との併用療法、例えばカリクレイン阻害剤、ブラジキニンＢ２受容体アンタゴニストまたはＣ１−ＩＮＨ補充薬のうちの１つ以上および別の療法との併用療法）は、複数の異なる構成で提供されてよい。第１の薬は、他の療法の実施の前または後に投与されてよい。いくつかの状況では、第１の薬と別の療法（例えば、治療薬）は同時に、または時間的に近接して（例えば、同じ治療セッション中など、短時間の注射間隔で）、与えられる。第１の薬と他の療法はまた、より長い時間間隔で与えられてもよい。
【０１２７】
治療薬
血漿カリクレイン結合物質（例えば結合タンパク質、例えばポリペプチド、例えば阻害性ポリペプチド、例えば抗体、例えば阻害性抗体、または他の結合物質（例えば小分子））は、様々な疾患および状態（例えば、血漿カリクレイン活性と関わる疾患および状態）に対して有用な治療薬である。例えば、一部の実施形態では、血漿カリクレイン活性と関わる疾患および状態は、遺伝性血管性浮腫（ＨＡＥ）である。一部の実施形態において、血漿カリクレイン阻害剤などの血漿カリクレイン結合物質は、接触活性化系に関連する疾患のリスクがあるかそれに罹患している対象に投与される。
【０１２８】
カリクレイン（組織カリクレインおよび／または血漿カリクレインのいずれか）のいくつかの有用なタンパク質系阻害剤は、クニッツドメイン（Kunitz domain）を含む。本明細書で使用される場合、「クニッツドメイン」は、少なくとも５１個のアミノ酸を有するポリペプチドドメインであって少なくとも２つ（好ましくは３つ）のジスルフィドを含むポリペプチドドメインである。このドメインは、第１と第６のシステイン、第２と第４、および第３と第５のシステインがジスルフィド結合を形成するように折り畳まれ（例えば、５８個のアミノ酸を有するクニッツドメインでは、システインは、以下に提示されるＢＰＴＩ相同配列の番号に従ったアミノ酸５、１４、３０、３８、５１および５５に対応する位置に存在する可能性があり、ジスルフィドは、位置５と５５、１４と３８、および３０と５１のシステイン同士の間で形成され得る）、あるいは、２つのジスルフィドが存在する場合には、それらは、それらのシステインの対応するサブセット間で形成され得る。それぞれのシステイン間の間隔は、以下に提示されるＢＰＴＩ配列の番号付けに従った以下の５〜５５、１４〜３８および３０〜５１に対応する位置間の間隔の７、５、４、３、２、１または０アミノ酸以内である可能性がある。ＢＰＴＩ配列は、任意の一般的なクニッツドメインにおける特定の位置を指すための基準として使用できる。関心のあるクニッツドメインとＢＰＴＩとの比較は、合致するシステインの数が最大になる最も良好に一致したアライメントを特定することによって実施できる。
【０１２９】
ＢＰＴＩのクニッツドメインの（高分解能での）３Ｄ構造は公知である。Ｘ線構造の１つは、「６ＰＴＩ」としてＢｒｏｏｋｈａｖｅｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋに寄託されている。いくつかのＢＰＴＩホモログ（Ｅｉｇｅｎｂｒｏｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ（１９９０）  ３（７）：５９１−５９８；Ｈｙｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９０）  ２９：１００１８−１００２２）の３Ｄ構造が公知である。少なくとも８１種のクニッツドメインの配列が公知である。公知のヒトにおけるホモログには、組織因子経路インヒビター（ＴＦＰＩ）としても知られているＬＡＣＩの３つのクニッツドメイン（Ｗｕｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８８）  ２６３（１３）：６００１−６００４；Ｇｉｒａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）  ３３８：５１８−２０；Ｎｏｖｏｔｎｙ  ｅｔ  ａｌ，  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８９）  ２６４（３１）：１８８３２−１８８３７）、インター−α−トリプシンインヒビターＡＰＰ−Ｉの２つのクニッツドメイン（Ｋｉｄｏ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８８）  ２６３（３４）：１８１０４−１８１０７）、コラーゲンのクニッツドメイン、ＴＦＰＩ−２の３つのクニッツドメイン（Ｓｐｒｅｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ＰＮＡＳ  ＵＳＡ（１９９４）  ９１：３３５３−３３５７）、肝細胞増殖因子アクティベーターインヒビター１型（hepatocyte growth factor activator inhibitor type 1）のクニッツドメイン、肝細胞増殖因子アクティベーターインヒビター２型（Hepatocyte growth factor activator inhibitor type 2）のクニッツドメイン、米国特許出願公開第２００４−０１５２６３３号に記載されるクニッツドメインが包含される。ＬＡＣＩは、３つのクニッツドメインを含む分子量が３９ｋＤａのヒト血清リン糖タンパク質（phosphoglycoprotein）である（表２中のアミノ酸配列）。
【０１３０】
【表２】
2019528733.tif 000003
【０１３１】
上記のクニッツドメインは、ＬＡＣＩ−Ｋ１（残基５０〜１０７）、ＬＡＣＩ−Ｋ２（残基１２１〜１７８）およびＬＡＣＩ−Ｋ３（２１３〜２７０）と呼称される。ＬＡＣＩのｃＤＮＡ配列は、Ｗｕｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８８）  ２６３（１３）：６００１−６００４）で報告されている。Ｇｉｒａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）  ３３８：５１８−２０）では、３つのクニッツドメインのそれぞれのＰ１残基が変更された変異研究が報告されている。ＬＡＣＩ−Ｋ１は、第ＶＩＩａ因子（Ｆ．ＶＩＩａ）が組織因子と複合体を形成している場合にＦ．ＶＩＩａを阻害し、ＬＡＣＩ−Ｋ２は第Ｘａ因子を阻害する。
【０１３２】
例示的なクニッツドメインを含むタンパク質には以下のものが包含される（括弧内はＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴアクセッション番号である）：
【化１】
2019528733.tif 000004
【０１３３】
様々な方法を用いて配列データベースからクニッツドメインを特定できる。例えば、クニッツドメインの公知のアミノ酸配列、コンセンサス配列、またはモチーフ（例えば、ＰｒｏＳｉｔｅ  Ｍｏｔｉｆ）を、例えばＨＭＭ（隠れマルコフモデル）のＰｆａｍデータベースに対してＢＬＡＳＴを用いて（例えば、Ｐｆａｍ検索のためにデフォルトのパラメータを用いて；ＳＭＡＲＴデータベースに対して；またはＰｒｏＤｏｍデータベースに対して）、ＧｅｎＢａｎｋ配列データベース（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ，  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，  Ｂｅｔｈｅｓｄａ  ＭＤ）に対して検索することができる。例えば、Ｐｆａｍ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ９のＰｆａｍアクセッション番号ＰＦ０００１４は、数多くのクニッツドメイン、およびクニッツドメインを特定するためのＨＭＭ、を提供する。Ｐｆａｍデータベースの説明は、Ｓｏｎｈａｍｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９９７）  ２８（３）：４０５−４２０に見出すことができ、ＨＭＭの詳細な説明は、例えば、Ｇｒｉｂｓｋｏｖ  ｅｔ  ａｌ．  Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９０）  １８３：１４６−１５９；Ｇｒｉｂｓｋｏｖ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８７）  ８４：４３５５−４３５８；Ｋｒｏｇｈ  ｅｔ  ａｌ．  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９４）  ２３５：１５０１−１５３１；およびＳｔｕｌｔｚ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉ．（１９９３）  ２：３０５−３１４に見出すことができる。ＨＭＭのＳＭＡＲＴデータベース（Ｓｉｍｐｌｅ  Ｍｏｄｕｌａｒ  Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ，  ＥＭＢＬ，  Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，  ＤＥ）は、Ｓｃｈｕｌｔｚ  ｅｔ  ａｌ．  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９８）  ９５：５８５７およびＳｃｈｕｌｔｚ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ（２０００）  ２８：２３１で説明されている通りである。ＳＭＡＲＴデータベースは、ＨＭＭｅｒ２検索プログラムの隠れマルコフモデルによるプロファイリングによって特定されたドメインを含む（Ｒ．Ｄｕｒｂｉｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）  「Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ：ｐｒｏｂａｂｉｌｉｓｔｉｃ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ａｎｄ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ」  Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ）。このデータベースはまた、注釈付きであり、モニタリングされている。ＰｒｏＤｏｍタンパク質ドメインデータベースは、相同ドメインの自動編集からなる（Ｃｏｒｐｅｔ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．（１９９９）  ２７：２６３−２６７）。ＰｒｏＤｏｍの現在のバージョンは、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴ  ３８およびＴＲＥＭＢＬタンパク質データベースの再帰的ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ検索（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．（１９９７）  ２５：３３８９−３４０２；Ｇｏｕｚｙ  ｅｔ  ａｌ．  Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ  ａｎｄ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９９）  ２３：３３３−３４０）を使用して構築されている���このデータベースは、各ドメインのコンセンサス配列を自動的に生成する。Ｐｒｏｓｉｔｅは、クニッツドメインをモチーフとして収載しており、クニッツドメインを含むタンパク質を特定する。例えば、Ｆａｌｑｕｅｔ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．（２００２）  ３０：２３５−２３８を参照のこと。
【０１３４】
クニッツドメインは、２つのループ領域（「結合ループ」）内のアミノ酸を主に用いて標的プロテアーゼと相互作用する。第１のループ領域は、ＢＰＴＩのアミノ酸１３〜２０に対応する残基の間あたりにある。第２のループ領域は、ＢＰＴＩのアミノ酸３１〜３９に対応する残基の間あたりにある。クニッツドメインの例示的なライブラリーでは、第一および／または第二のループ領域内の１つ以上のアミノ酸位置が変更される。カリクレインと相互作用するクニッツドメインについてスクリーニングする場合、または親和性が改善されたバリアントを選択する場合、特に有用な変更される位置には、ＢＰＴＩの配列に関して位置１３、１５、１６、１７、１８、１９、３１、３２、３４および３９が包含される。これらの位置のうちの少なくともいくつかは、標的プロテアーゼと密接に接触していると予想される。また、他の位置（例えば、三次元構造中で前述の位置に隣接する位置）を変更するのも有用である。
【０１３５】
クニッツドメインの「フレームワーク領域」は、クニッツドメインの一部である残基として定義されるが、具体的には第１と第２の結合ループ領域内の残基（すなわち、ＢＰＴＩのアミノ酸１３〜２０およびＢＰＴＩのアミノ酸３１〜３９に対応する残基周辺）は除外される。逆に、結合ループ内にない残基は、より広い範囲のアミノ酸置換（例えば、保存的置換および／または非保存的置換）を許容する可能性がある。
【０１３６】
一実施形態において、これらのクニッツドメインは、ヒトリポタンパク質関連凝固インヒビター（lipoprotein-associated coagulation inhibitor）（ＬＡＣＩ）のクニッツドメイン１を含むループ構造のバリアント型である。ＬＡＣＩは、パラダイムクニッツドメインである明確に定義された内部のペプチドループ構造を３つ含む（Ｇｉｒａｒｄ，Ｔ．ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）  ３３８：５１８−５２０）。本明細書で説明されるＬＡＣＩのクニッツドメイン１のバリアントがスクリーニングされ、単離されており、これらは、向上した親和性と特異性を伴ってカリクレインと結合する（例えば、米国特許第５，７９５，８６５号および同第６，０５７，２８７号を参照のこと）。これらの方法はまた、カリクレイン（例えば、血漿カリクレイン）と相互作用する他のクニッツドメインを取得するために他のクニッツドメインのフレームワークに対して適用することもできる。カリクレイン結合アッセイおよびカリクレイン阻害アッセイを用いて決定されるように、カリクレインの機能の有用なモジュレーターは、典型的には、カリクレインと結合する、および／またはカリクレインを阻害する。
【０１３７】
一部の態様では、血漿カリクレイン阻害剤は、血漿カリクレインの活性型に結合する。一部の実施形態において、血漿カリクレイン阻害剤は、血漿カリクレイン（例えば、ヒト血漿カリクレインおよび／またはマウスカリクレイン）に結合し、これを阻害する。例示的なポリペプチド系血漿カリクレイン薬は、それぞれの全内容が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第５，７９５，８６５号、米国特許第５，９９４，１２５号、米国特許第６，０５７，２８７号、米国特許第６，３３３，４０２号、米国特許第７，６２８，９８３号、および米国特許第８，２８３，３２１号、米国特許第７，０６４，１０７号、米国特許第７，２７６，４８０号、米国特許第７，８５１，４４２号、米国特許第８，１２４，５８６号、米国特許第７，８１１，９９１号および米国特許出願公開第２０１１００８６８０１号に開示されている。一部の実施形態において、血漿カリクレイン阻害剤は、阻害性ポリペプチドまたは阻害性ペプチドである。一部の実施形態において、阻害性ペプチドは、エカランチド（ＤＸ−８８またはＫＡＬＢＩＴＯＲ（登録商標）とも呼称される；配列番号３）である。一部の実施形態において、カリクレイン阻害剤は、配列番号３のアミノ酸３〜６０の約５８アミノ酸の配列、または配列番号３の６０アミノ酸の配列を有するＤＸ−８８ポリペプチド、を含むか、からなる。
【０１３８】
Ｇｌｕ  Ａｌａ  Ｍｅｔ  Ｈｉｓ  Ｓｅｒ  Ｐｈｅ  Ｃｙｓ  Ａｌａ  Ｐｈｅ  Ｌｙｓ  Ａｌａ  Ａｓｐ  Ａｓｐ  Ｇｌｙ  Ｐｒｏ  Ｃｙｓ  Ａｒｇ  Ａｌａ  Ａｌａ  Ｈｉｓ  Ｐｒｏ  Ａｒｇ  Ｔｒｐ  Ｐｈｅ  Ｐｈｅ  Ａｓｎ  Ｉｌｅ  Ｐｈｅ  Ｔｈｒ  Ａｒｇ  Ｇｌｎ  Ｃｙｓ  Ｇｌｕ  Ｇｌｕ  Ｐｈｅ  Ｉｌｅ  Ｔｙｒ  Ｇｌｙ  Ｇｌｙ  Ｃｙｓ  Ｇｌｕ  Ｇｌｙ  Ａｓｎ  Ｇｌｎ  Ａｓｎ  Ａｒｇ  Ｐｈｅ  Ｇｌｕ  Ｓｅｒ  Ｌｅｕ  Ｇｌｕ  Ｇｌｕ  Ｃｙｓ  Ｌｙｓ  Ｌｙｓ  Ｍｅｔ  Ｃｙｓ  Ｔｈｒ  Ａｒｇ  Ａｓｐ（配列番号３）。
【０１３９】
血漿カリクレイン阻害剤は、完全長抗体（例えば、ＩｇＧ（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）、ＩｇＭ、ＩｇＡ（例えば、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２）、ＩｇＤおよびＩｇＥ）であってよいか、または抗原結合フラグメント（例えば、Ｆａｂフラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントまたはｓｃＦｖフラグメント）だけを含んでよい。結合タンパク質は、２つの重鎖免疫グロブリンと２つの軽鎖免疫グロブリンを含んでよいか、または単鎖抗体であってよい。血漿カリクレイン阻害剤は、ヒト化抗体、ＣＤＲ移植抗体、キメラ抗体、脱免疫化抗体（deimmunized antibody）またはインビトロ生成抗体（in vitro generated antibody）などの組換えタンパク質であってよく、任意選択で、ヒト生殖細胞系免疫グロブリンの配列に由来する定常領域を含んでもよい。一実施形態において、血漿カリクレイン阻害剤は、モノクローナル抗体である。
【０１４０】
例示的な血漿カリクレイン結合タンパク質は、その全内容が参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１２０２０１７５６号に開示されている。一部の実施形態において、カリクレイン結合タンパク質は、Ｍ１６２−Ａ０４、Ｍ１６０−Ｇ１２、Ｍ１４２−Ｈ０８、Ｘ６３−Ｇ０６、Ｘ１０１−Ａ０１（ＤＸ−２９２２とも呼称される）、Ｘ８１−Ｂ０１、Ｘ６７−Ｄ０３、Ｘ６７−Ｇ０４、Ｘ８１−Ｂ０１、Ｘ６７−Ｄ０３、Ｘ６７−Ｇ０４、Ｘ１１５−Ｂ０７、Ｘ１１５−Ｄ０５、Ｘ１１５−Ｅ０９、Ｘ１１５−Ｈ０６、Ｘ１１５−Ａ０３、Ｘ１１５−Ｄ０１、Ｘ１１５−Ｆ０２、Ｘ１２４−Ｇ０１（本明細書ではＤＸ−２９３０またはラナデルマブとも呼称される）、Ｘ１１５−Ｇ０４、Ｍ２９−Ｄ０９、Ｍ１４５−Ｄ１１、Ｍ０６−Ｄ０９およびＭ３５−Ｇ０４からなる群より選択される抗体の軽鎖および／または重鎖を有する抗体（例えば、ヒト抗体）である。一部の実施形態において、血漿カリクレイン結合タンパク質は、Ｍ１６２−Ａ０４、Ｍ１６０−Ｇ１２、Ｍ１４２−Ｈ０８、Ｘ６３−Ｇ０６、Ｘ１０１−Ａ０１（本明細書ではＤＸ−２９２２とも呼称される）、Ｘ８１−Ｂ０１、Ｘ６７−Ｄ０３、Ｘ６７−Ｇ０４、Ｘ８１−Ｂ０１、Ｘ６７−Ｄ０３、Ｘ６７−Ｇ０４、Ｘ１１５−Ｂ０７、Ｘ１１５−Ｄ０５、Ｘ１１５−Ｅ０９、Ｘ１１５−Ｈ０６、Ｘ１１５−Ａ０３、Ｘ１１５−Ｄ０１、Ｘ１１５−Ｆ０２、Ｘ１２４−Ｇ０１、Ｘ１１５−Ｇ０４、Ｍ２９−Ｄ０９、Ｍ１４５−Ｄ１１、Ｍ０６−Ｄ０９およびＭ３５−Ｇ０４と競合するか、またはこれらと同じエピトープに結合する。一部の実施形態において、血漿カリクレイン結合タンパク質は、ラナデルマブである。参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１１０２００６１１号および米国特許出願公開第２０１２０２０１７５６号を参照のこと。
【０１４１】
血漿カリクレイン阻害抗体の例はラナデルマブである。ラナデルマブの重鎖可変領域と軽鎖可変領域のアミノ酸配列が以下に提示されるが、ＣＤＲ領域は、太字で特定され、下線を引かれている。
【０１４２】
ラナデルマブの重鎖可変領域の配列（配列番号４）
ＥＶＱＬＬＥＳＧＧＧ  ＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬ  ＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳ  ＨＹＩＭＭＷＶＲＱＡ  ＰＧＫＧＬＥＷＶＳＧ  ＩＹＳＳＧＧＩＴＶＹ  ＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩ  ＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹ  ＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤ  ＴＡＶＹＹＣＡＹＲＲ  ＩＧＶＰＲＲＤＥＦＤ  ＩＷＧＱＧＴＭＶＴＶ  ＳＳ
【０１４３】
ラナデルマブの軽鎖可変領域の配列（配列番号５）
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳ  ＴＬＳＡＳＶＧＤＲＶ  ＴＩＴＣＲＡＳＱＳＩ  ＳＳＷＬＡＷＹＱＱＫ  ＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹ  ＫＡＳＴＬＥＳＧＶＰ  ＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴ  ＥＦＴＬＴＩＳＳＬＱ  ＰＤＤＦＡＴＹＹＣＱ  ＱＹＮＴＹＷＴＦＧＱ  ＧＴＫＶＥＩ
【０１４４】
一部の実施形態において、血漿カリクレイン阻害剤は、本明細書で説明される血漿カリクレイン阻害剤に対して約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％以上の配列同一性を有してよい。一部の実施形態において、血漿カリクレイン阻害剤は、本明細書で説明される血漿カリクレイン阻害剤に対してＨＣおよび／またはＬＣのフレームワーク領域（例えば、ＨＣおよび／またはＬＣのＦＲ１、２、３および／または４）における約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％以上の配列同一性を有してよい。一部の実施形態において、血漿カリクレイン阻害剤は、本明細書で説明される血漿カリクレイン阻害剤に対してＨＣおよび／またはＬＣのＣＤＲ（例えば、ＨＣおよび／またはＬＣのＣＤＲ１、２および／または３）における約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％以上の配列同一性を有してよい。一部の実施形態において、血漿カリクレイン阻害剤は、本明細書で説明される血漿カリクレイン阻害剤に対して定常領域（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３および／またはＣＬ１）における約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％以上の配列同一性を有してよい。
【０１４５】
一部の態様では、小分子が、血漿カリクレインの活性型と結合し、これを阻害する。
【０１４６】
ブラジキニンＢ２受容体阻害剤
一部の実施形態では、ブラジキニンＢ２受容体阻害剤（例えば、アンタゴニスト）が対象に投与される。例示的なブラジキニンＢ２受容体アンタゴニストには、ブラジキニンＢ２受容体への天然ブラジキニンの結合をブロックする１０個のアミノ酸を含むペプチド模倣薬であるイカチバント（フィラジル（登録商標））が包含される。
【０１４７】
Ｃ１−ＩＮＨ補充薬
一部の実施形態では、Ｃ１−ＩＮＨ補充薬などのＣ１エステラーゼインヒビター（Ｃ１−ＩＮＨ）が対象に投与される。例示的なＣ１−ＩＮＨ補充薬は公的に利用可能であり、これらには、例えば、ヒト血漿由来Ｃ１−ＩＮＨ（例えば、ベリナート（登録商標）およびシンライズ（登録商標））が包含される。
【０１４８】
さらに詳述しなくとも、上記の説明に基づいて、当業者は本開示を最大限に利用できると考えられる。従って、以下の特定の実施形態は、単なる例示として解釈されるべきであり、いかなる形でも本開示の他の部分を限定するものとして解釈されるべきではない。本明細書で引用される刊行物は全て、本明細書で参照される目的または主題に関して参照により組み込まれる。
【実施例】
【０１４９】
実施例
実施例１：ＨＡＥ患者からのサンプルでは健康な個体に比べて異なって存在するＲＮＡ分子の特定
遺伝性血管性浮腫の新規のＲＮＡバイオマーカーを調査するために、ＨＡＥを有する患者から得られた血漿サンプル中に存在する循環低分子ＲＮＡ（circulating small RNA）を健康な個体から得られたサンプルと比較して分析を実施した。健康な個体（ｎ＝３）ならびに疾患の静止状態の間のＨＡＥを有する患者（「基礎的状態」；Ｎ＝１９）および浮腫性発作中のＨＡＥを有する患者（「発作」；Ｎ＝２０）から循環クエン酸血漿を採取した。血漿サンプルからＲＮＡを抽出した。ＨｉＳｅｑ  ２５００シーケンシングシステム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を用いて１２８〜１５８ヌクレオチドのライブラリーフラグメントを配列決定した。リードを逆多重化し、アダプター配列を除去し、リード数が５を超えるユニーク配列を作成した。配列アラインメントツールであるＢｏｗｔｉｅ２（ｂｏｗｔｉｅ−ｂｉｏ．ｓｏｕｒｃｅｆｏｒｇｅ．ｎｅｔ／ｂｏｗｔｉｅ２／ｍａｎｕａｌ．ｓｈｔｍｌ）を用いて、互いに重複しない配列（non-redundant sequences）を参照用ゲノム（ｈｇ１９）と配列比較し、完全に一致するアライメントおよび１ヌクレオチドのミスマッチのアラインメントを伴う配列を、さらにｃＤＮＡ、ノンコーディングＲＮＡ、ｍｉＲＮＡおよびｐｉＲＮＡのデータベースで配列比較した。ＲＮＡＳｅｑのデータにより、１，８１１の検出可能なヒトＲＮＡ転写物および４５７のヒトマイクロＲＮＡが特定された（サンプルの２５％以上において１０リード以上）。検出されたＲＮＡのそれぞれの存在量を、健康な個体からのサンプルとＨＡＥを有する患者からのサンプルとの間で比較した。特定のミトコンドリアタンパク質をコードするＲＮＡ転写物は、ＨＡＥ患者からのサンプルでは健康な個体からのサンプルに比べて著しく上昇していることが見出された（図１）。さらに、ＲＮＡＳｅｑ分析により、ＨＡＥ患者からのサンプルでは健康な個体からのサンプルに比べて異なって発現している２４のマイクロＲＮＡが特定された。特定されたＲＮＡ転写物とマイクロＲＮＡを、健康な個体（Ｎ＝２０）、疾患の静止状態の間のＨＡＥを有する患者（Ｎ＝３４）および浮腫性発作中のＨＡＥを有する患者（Ｎ＝１８）から得られた別個のサンプルに対するＲＴ−ｑＰＣＲを用いて検証した。
【０１５０】
図１に示されるように、最初のＲＮＡＳｅｑにおいて、ならびにＲＴ−ｑＰＣＲ分析でも、ミトコンドリアにコードされたＮＡＤＨ：ユビキノンオキシドレダクターゼコアサブユニット３（ＭＴ−ＮＤ３）とミトコンドリアにコードされたシトクロムＣオキシダーゼＩＩＩのミトコンドリアにコードされた転写物のＲＮＡ転写物は、（発作中の、または静止状態の間の）ＨＡＥを有する患者からのサンプルでは、健康な個体からのサンプルに比べて、より高かった。これらの結果により、これらのＲＮＡは、ＨＡＥを有する患者からのサンプルと健康な個体からのサンプルとを区別するためのバイオマーカーとして使用できるということが示された。
【０１５１】
図２のパネルＡとパネルＢに示されるように、いくつかのマイクロＲＮＡは、ＨＡＥ患者および健康な個体から得られたサンプルにおいて異なって存在することが見出された。例えば、ｈｓａ−ｍｉＲ−４２３−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３０７−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−３５５−３ｐおよびｈｓａ−ｍｉＲ−４８５−５ｐは、ＨＡＥ患者からのサンプルでは上昇していた。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−１６−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１９ａ−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２０ａ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１７−５ｐおよびｈｓａ−ｍｉＲ−８８５−５ｐを含め、いくつかのマイクロＲＮＡは、ＨＡＥ患者からのサンプルでは低下したレベルにあることも見出された。最後に、この分析はまた、発作中のＨＡＥ患者からのサンプルでは基礎的状態にあるＨＡＥ患者に比べて低下しているいくつかのマイクロＲＮＡ（例えば、ｈａｓ−ｍｉＲ−１３０７−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−３３５−３ｐおよびｈｓａ−ｍｉＲ−４８５−５ｐ）も特定した（図２のパネルＣ）。
【０１５２】
本明細書で特定されたＲＮＡ（例えば、ＨＡＥ患者と健康な個体との間で著しい倍率変化を有するＲＮＡ）のいずれも、例えば、接触活性化系に関連する疾患（例えば、ＨＡＥ）のリスクがある患者を特定するための、治療の候補を選択するための、疾患の進行もしくは病状をモニタリングするための、疾患に対する治療の有効性を評価するための、治療の過程を決定するための、疾患もしくは障害が接触活性化系に関連しているかどうかを特定するための、および／または研究目的（例えば、新しい治療法の開発のために利用される可能性がある疾患のメカニズムの研究を含む）の、方法において、接触活性化系に関連する疾患のバイオマーカーとして（個別に、または組み合わせて（バイオマーカーのセットで））使用されてよい。
【０１５３】
他の実施形態
本明細書で開示される特徴は全て、任意の組み合わせで組み合わされてよい。本明細書で開示される特徴はそれぞれ、同じ目的、同等の目的または類似の目的を果たす代替的な特徴で置き換えられてよい。従って、特に明記しない限り、開示される特徴はそれぞれ、一般的な一連の同等または類似の特徴の一例に過ぎない。
【０１５４】
以上の説明から、当業者は、本開示の本質的な特徴を容易に確認でき、それらの趣旨および範囲から逸脱することなく、様々な用途および条件に適合させるために本開示の様々な変更および改変を行うことができる。従って、他の実施形態も特許請求の範囲内に属する。
【０１５５】
均等物および範囲
当業者であれば、本明細書で説明される本開示の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識する、またはただの通例に過ぎない実験法を用いてそれらを確認することができるであろう。本開示の範囲は、上記の説明に限定されることを意図されず、むしろ添付の特許請求の範囲に記載される通りである。
【０１５６】
特許請求の範囲において、「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」などの冠詞は、そうでないと示されていない限り、あるいは文脈から明らかでない限り、１つまたは複数を意味し得る。群の１つ以上のメンバーの間に「または」を含む請求項または説明は、そうでないと示されていない限り、あるいは文脈から明らかでない限り、群のメンバーの１つ、２つ以上または全てが所与の産物またはプロセスに存在するか、所与の産物またはプロセスにおいて使用されるか、あるいは所与の産物またはプロセスに関連する場合に、成立するとみなされる。本開示は、群のまさに１つのメンバーが所与の産物またはプロセスに存在するか、所与の産物またはプロセスにおいて使用されるか、あるいは所与の産物またはプロセスに関連する、実施形態を包含する。本開示は、群のメンバーの２つ以上または全てが所与の産物またはプロセスに存在するか、所与の産物またはプロセスにおいて使用されるか、あるいは所与の産物またはプロセスに関連する、実施形態を包含する。
【０１５７】
さらに、本開示は、列挙される請求項のうちの１つ以上からの１つ以上の限定、要素、条項および説明用語が別の請求項に導入された、全ての変形、組み合わせおよび置換を包含する。例えば、別の請求項に従属する任意の請求項が、同じ基本請求項に従属する任意の他の請求項に見出される１つ以上の限定を含むように改変されてよい。要素がリストとして（例えば、マーカッシュグループ形式で）提示されている場合、要素の各サブグループも開示されており、任意の要素（複数可）が、そのグループから削除されてよい。一般に、本開示または本開示の態様が特定の要素および／または特徴を含むと言及される場合、本開示または本開示の態様の特定の実施形態は、そのような要素および／または特徴からなるか、本質的にそれらからなる、ということが理解されるべきである。簡潔にするために、それらの実施形態は、本明細書では、それらの言葉によって具体的には記載されていない。用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」および「含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」は、開放的であることを意図され、追加の要素またはステップを含めることを許容する、ということも留意されるべきである。範囲が与えられている場合、端点が含まれる。さらに、別段の指示がない限り、あるいは文脈および当業者の理解から明らかでない限り、範囲として表される値は、本開示の種々の実施形態において、記載された範囲内の任意の特定の値または部分範囲を、文脈が明らかにそうではないことを示さない限り、範囲の下限の１０分の１の単位まで、想定し得る。
【０１５８】
本出願は、様々な発行された特許、公開された特許出願、学術論文および他の刊行物に言及するが、これらは全て、参照により本明細書に組み込まれる。組み込まれた参考文献のいずれかと本明細書との間に矛盾がある場合、本明細書が優先されるものとする。さらに、先行技術に含まれる本開示の特定の実施形態はいずれも、請求項のうちの１つ以上から明示的に除外され得る。そのような実施形態は、当業者に公知であると見なされるため、その除外が本明細書に明示的に記載されていない場合でも、それらは除外され得る。本開示の特定の実施形態はいずれも、先行技術の存在に関連するか否かにかかわらず、任意の理由で、任意の請求項から除外され得る。
【０１５９】
当業者であれば、本明細書で説明される特定の実施形態に対する多くの均等物を認識する、またはただの通例に過ぎない実験法を用いてそれらを確認することができるであろう。本明細書で説明される本実施形態の範囲は、上記の説明に限定されることを意図されず、むしろ添付の特許請求の範囲に記載される通りである。当業者は、以下の特許請求の範囲で定義されるような本開示の趣旨または範囲から逸脱することなく、この説明に対する様々な変更および改変を行ってよい、ということを理解するであろう。
【図１】
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【図２】
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【手続補正書】
【提出日】令和1年5月16日(2019.5.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
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【国際調査報告】
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