(57)【要約】【課題】  通信回線を介してアクセスできる遺伝情報データベースより遺伝情報を検索する場合に、遺伝情報の閲覧・検索に要する時間・手間及び記憶装置の容量を削減する。【解決手段】  遺伝情報検索プログラムは、入力装置を介して入力した検索キーワードと検索場所を含む検索条件を入力する検索条件入力ステップと、通信回線を介して検索キーワードを遺伝情報データベースに送信し、検索結果を上記通信回線を介して受信する外部検索ステップと、上記内部の遺伝情報データベースより遺伝情報を検索する内部検索ステップと、上記外部検索ステップ及び上記内部検索ステップにおける検索結果の遺伝情報を上記内部の遺伝情報データベースに格納する格納ステップと、を含む。【選択図】  図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
入力装置を介して入力した検索キーワードと検索場所を含む検索条件を入力する検索条件入力ステップと、
上記検索場所として外部の遺伝情報データベースを指定している場合には、通信回線を介して検索キーワードを遺伝情報データベースに送信し、検索結果を上記通信回線を介して受信する外部検索ステップと、
上記検索場所として内部の遺伝情報データベースを指定している場合には、上記内部の遺伝情報データベースより遺伝情報を検索する内部検索ステップと、
上記外部検索ステップ及び上記内部検索ステップにおける検索結果の遺伝情報を上記内部の遺伝情報データベースに格納する格納ステップと、
を含む遺伝情報検索方法をコンピュータに実行させるためのコンピュータに読み取り可能なプログラム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、端末装置において、遺伝情報データベースから遺伝情報を検索するためのプログラムに関する。
【背景技術】
【０００２】
米国のNCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/),ヨーロッパのEMBL(http://www1.embl-heidelberg.de/),日本のDDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.html/)等は、自らの保有する大規模な遺伝情報を公開している。利用者は、これらのサイトにアクセスし、任意の遺伝情報を検索し閲覧することができる。遺伝情報を１件毎にダウンロードすることも、公開している全遺伝情報をダウンロードすることも可能である。従来の遺伝子情報検索に関する文献としては下記のものが挙げられる。
【０００３】
【特許文献１】特開平7-93370号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
しかしながら、従来の技術には以下の問題点がある。
１．利用者は遺伝情報データベースから任意の遺伝情報を検索・閲覧することができるが、検索した全情報を一括してダウンロードすることができない。
【０００５】
２．遺伝情報データベースのサブセットに相当する情報に対して検索を行う方法の１つとして、インターネット上の遺伝情報データベースを直接検索して、検索結果からサブセットに相当する部分を抽出することが考えられる。しかし、検索毎に結果を抽出するのは大変煩雑であるし、ネット上のデータベースに頻繁に検索を行えば個々の検索に時間がかかるばかりでなく、サイト全体のパフォーマンスを低下させる。
【０００６】
３．遺伝情報データベースのサブセットに相当する部分の情報に対して検索を行うもう１つの方法として、遺伝情報データベースを通信回線経由で全てダウンロードして、それに対して検索を行うことが考えられる。しかし遺伝情報データベースは相当な容量（NCBIの公開しているGenbankデータベースは142GB(2004/8リリース)）であり、大容量の記憶装置が必要となるばかりでなく、ダウンロード作業自体に時間がかかる。また、検索結果からサブセットに相当する部分を抽出する手間も変わらない。
【０００７】
４．従って、利用者はインターネット上の遺伝情報データベースから一定の条件を満たすサブデータベースを抽出することが事実上できない。
【０００８】
本発明の目的は、通信回線を介してアクセスできる遺伝情報データベースより遺伝情報を検索する場合に、遺伝情報の閲覧・検索に要する時間・手間及び記憶装置の容量を削減することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
遺伝情報検索プログラムは、入力装置を介して入力した検索キーワードと検索場所を含む検索条件を入力する検索条件入力ステップと、
上記検索場所として外部の遺伝情報データベースを指定している場合には、通信回線を介して検索キーワードを遺伝情報データベースに送信し、検索結果を上記通信回線を介して受信する外部検索ステップと、
上記検索場所として内部の遺伝情報データベースを指定している場合には、上記内部の遺伝情報データベースより遺伝情報を検索する内部検索ステップと、
上記外部検索ステップ及び上記内部検索ステップにおける検索結果の遺伝情報を上記内部の遺伝情報データベースに格納する格納ステップと、
を含む。
【発明の効果】
【００１０】
通信回線を介してアクセスできる遺伝情報データベースより遺伝情報を検索する場合に遺伝情報の閲覧・検索に要する時間・手間及び記憶装置の容量を削減することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１１】
以下、本発明を実施する場合の一形態を図面を参照して具体的に説明する。図１は、本発明の実施の一形態の遺伝情報検索システムの構成を示すブロック図である。本例の遺伝情報検索システムは、遺伝情報提供システム１と遺伝情報処理装置２とを有し、両者はインターネット等の通信回線３によって接続されている。遺伝情報提供システム１は、ＮＣＢＩ、ＥＭＢＬ、ＤＤＢＪ等の公共の遺伝情報提供機関であってよい。遺伝情報処理装置２は、利用者が有する端末装置であり、所定の機能を有するコンピュータ装置であってよい。
【００１２】
遺伝情報提供システム１は検索処理部１１及び遺伝情報データベース１２を有する。検索処理部１１は、利用者の遺伝情報処理装置２から送信されたキーワードを使用して遺伝情報を遺伝情報データベース１２から検索し、検索結果の遺伝情報を遺伝情報処理装置２へ送信する。
【００１３】
遺伝情報処理装置２は、外部検索処理部２１、内部検索処理部２２、内部遺伝情報データベース２３、表示装置２４及び入力装置２５を有する。外部検索処理部２１は、キーワードを遺伝情報提供システム１へ送信し検索結果である遺伝情報を内部遺伝情報データベース２３に格納する。内部検索処理部２２は、キーワードに基いて遺伝情報を内部遺伝情報データベース２３から検索する。表示装置２４は、検索結果である遺伝情報のリストを表示する。入力装置２５は、キーボード及びマウスを有する。
【００１４】
利用者は、入力装置２５を使用して、検索条件を入力する。検索条件には、キーサードと検索場所であるデータベース名が含まれる。検索場所として内部遺伝情報データベース２３が指定された場合には、内部検索処理部２２は、キーワードに基いて遺伝情報を内部遺伝情報データベース２３から検索する。検索場所として外部の遺伝情報データベース１２が指定された場合には、外部検索処理部２１は、キーワードを遺伝情報提供システム１へ送信し検索結果である遺伝情報を受信する。利用者は表示装置２４に表示された遺伝情報のリストから、任意の遺伝情報を選択して保存処理を行う。遺伝情報は一定のフォーマットに変換され、内部遺伝情報データベース２３に格納される。こうして、内部遺伝情報データベース２３には遺伝情報が蓄積される。
【００１５】
図２は表示装置２４に表示される検索条件入力画面の一例である。検索条件入力画面は、キーワード入力フィールド２０１、及び、検索場所選択フィールド２０２を有する。検索場所選択フィールド２０２は、外部の遺伝情報データベース１２を選択するフィールド２０２１と内部遺伝情報データベース２３を選択するフィールド２０２２を有する。
【００１６】
利用者はキーワード入力フィールド２０１にキーワードを入力し、検索場所のデータベース名にチェックを入れて検索ボタン２０３を押下する。検索場所として外部の遺伝情報データベース１２を選択した場合は、通信回線３を介してキーワードが送信され、検索結果が受信される。検索場所として内部遺伝情報データベース２３を選択した場合は、内部遺伝情報データベース２３のみで検索を行う。
【００１７】
図３は、表示装置２４に表示される遺伝情報検索結果表示画面の一例を示す。この画面には、検索結果の遺伝子情報がリスト状に表示される。各検索結果は、遺伝情報を識別する識別番号３０２と遺伝子の生物種３０３を含む。利用者は、検索結果から任意の遺伝情報を選択してチェック欄３０１にチェックを入れる。チェック欄３０１では、複数の遺伝情報を選択することができる。詳細表示ボタン３０４を押下すると、図５に示すように、選択した遺伝子情報の詳細を示す画面が表示される。
【００１８】
保存ボタン３０５を押下すると、選択した遺伝情報を一括して内部遺伝情報データベース２３中の任意の場所にファイルとして保存する。DB作成ボタン３０６を押下すると、選択した遺伝情報を一括して内部遺伝情報データベース２３中のローカルデータベースとして保存する。
【００１９】
図４は、図３の遺伝情報検索結果表示画面において利用者が選択した遺伝情報を保存する処理を詳細に説明した図である。ステップＳ４０１にて、利用者が選択した遺伝情報を取得する。遺伝情報が外部の遺伝情報データベース１２に存在する場合は、外部検索処理部２１は、遺伝情報４１を通信回線３を経由して取得する。遺伝情報が内部遺伝情報データベース２３に存在する場合は、内部検索処理部２２は、遺伝情報４１を内部遺伝情報データベース２３から取得する。
【００２０】
ステップＳ４０２にて、取得した遺伝情報を合成（マージ）する。ステップＳ４０３にて、１つのマージ済ファイル４２を作成する。ステップＳ４０４にて、内部遺伝情報データベース２３中の利用者が指定した場所に、ファイルとして保存する。又は、ステップＳ４０５にて、内部遺伝情報データベース２３中にデータベースとして保存する。
【００２１】
本例では、外部の遺伝情報データベース１２から取得した遺伝情報ばかりでなく内部遺伝情報データベース２３から取得した遺伝情報も、ファイルとして保存することもローカルデータベースとして保存することもできる。従って、内部遺伝情報データベース２３には利用者の利用頻度が高い遺伝情報が蓄積される。また、内部遺伝情報データベース２３には利用者が利用し易いように、遺伝情報が所定のファイル、フォルダ、又はデータベースの形式にて格納される。
【００２２】
図５は、図３の遺伝情報検索結果表示画面の「詳細表示」３０４をクリックしたときに表示される遺伝情報詳細表示画面の例を示す。遺伝情報検索結果表示画面のチェック欄３０１にて選択されている遺伝情報の詳細が表示される。この遺伝情報詳細画面は、遺伝子名・発見者名・関連遺伝子情報などを記載したAnnotation表示部分５０１と配列表示部分５０２を含む。本例で使用している遺伝情報のAnnotationフォーマットは、NCBIの遺伝情報フォーマットの１つであるGenbankフォーマットである。
【００２３】
図３の遺伝情報検索結果表示画面のチェック欄３０１にて、複数の遺伝情報を選択した場合には、「前のエントリ」ボタン５０３または「次のエントリ」ボタン５０４を押下して他の遺伝情報の表示を行うことができる。
【００２４】
以上説明したように、本発明によれば、大規模遺伝情報データベースから一定の条件を満たす遺伝情報を抽出するのに、これまでは膨大な手間と大容量の記憶装置、通信回線の長期占有を必要としていたのを、より少ない手間と記憶装置、通信回線のより短い占有ですむ方法を提供可能である。
【００２５】
以上本発明の例を説明したが、本発明は上述の例に限定されるものではなく、特許請求の範囲に記載された発明の範囲にて様々な変更が可能であることは当業者であれば容易に理解されよう。
【図面の簡単な説明】
【００２６】
【図１】本発明による遺伝情報検索システムの構成例を示す図である。
【図２】本発明による検索条件入力画面の例を示す図である。
【図３】本発明による検索結果表示画面の例を示す図である。
【図４】本発明による遺伝情報検索手順の例を示す図である。
【図５】本発明による遺伝情報詳細表示画面の例を示す図である。
【符号の説明】
【００２７】
１…遺伝情報提供システム、２…遺伝情報処理装置、３…通信回線、１１…検索処理部、１２…遺伝情報データベース、２１…外部検索処理部、２２…内部検索処理部、２３…内部遺伝情報データベース、２４…表示装置、２５…入力装置
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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