(57)【要約】【課題】  研究に用いるプライマを効率的に管理する。【解決手段】  プライマデータベース６は、過去に発注された発注済みプライマを表す発注済みプライマデータを格納している。データ入力部３は、発注すべき新規プライマを表す新規プライマデータの入力を受け付ける。プライマデータ管理部４は、新規プライマデータおよび発注済みプライマデータに基づき、新規プライマが発注済みプライマと実質的に同一であるか否かを判定する。ここで、新規プライマが発注済みプライマと実質的に同一でないとプライマデータ管理部４が判定した場合、オリゴヌクレオチド発注書データ生成部８が、新規プライマデータに基づき、新規プライマを発注するためのプライマ発注書を表すオリゴヌクレオチド発注書データを生成する。これにより、新規プライマの重複発注を防ぎ、プライマを効率的に管理できる。【選択図】  図１
2006134188.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
過去に発注された発注済みオリゴヌクレオチドを表す発注済みオリゴヌクレオチドデータを格納しているオリゴヌクレオチドデータベースと、
発注すべき新規オリゴヌクレオチドを表す新規オリゴヌクレオチドデータの入力を受け付けるオリゴヌクレオチドデータ入力手段と、
上記新規オリゴヌクレオチドデータおよび上記発注済みオリゴヌクレオチドデータに基づき、上記新規オリゴヌクレオチドが上記発注済みオリゴヌクレオチドと実質的に同一であるか否かを判定するオリゴヌクレオチド同一性判定手段と、
上記新規オリゴヌクレオチドデータに基づき、上記新規オリゴヌクレオチドを発注するためのオリゴヌクレオチド発注書を表すオリゴヌクレオチド発注書データを生成するオリゴヌクレオチド発注書データ生成手段とを備えており、
上記オリゴヌクレオチド発注書データ生成手段は、上記オリゴヌクレオチド同一性判定手段による判定結果が偽であるとき、上記オリゴヌクレオチド発注書データを生成することを特徴とするオリゴヌクレオチドデータ管理装置。
【請求項２】
入力された上記新規オリゴヌクレオチドデータを、上記オリゴヌクレオチドデータベースに格納するオリゴヌクレオチドデータ格納手段をさらに備えており、
上記オリゴヌクレオチドデータ格納手段は、上記オリゴヌクレオチド同一性判定手段による判定結果が偽であるとき、上記新規オリゴヌクレオチドデータを上記オリゴヌクレオチドデータベースに格納することを特徴とする請求項１に記載のオリゴヌクレオチドデータ管理装置。
【請求項３】
ユーザに対して所定のメッセージを発するメッセージ通知手段をさらに備えており、
上記メッセージ通知手段は、上記オリゴヌクレオチド同一性判定手段による照合結果が真であるとき、上記新規オリゴヌクレオチドが過去に発注済みであることを通知するメッセージを発することを特徴とする請求項１に記載のオリゴヌクレオチドデータ管理装置。
【請求項４】
所定のＤＮＡ配列を表すＤＮＡ配列データの入力を受け付けるＤＮＡ配列データ入力手段と、
上記発注済みオリゴヌクレオチドデータおよび上記ＤＮＡ配列データに基づき、上記発注済みオリゴヌクレオチドが、上記ＤＮＡ配列の少なくとも一部と実質的に同一であるか否かを判定する配列同一性判定手段と、
ユーザに対して所定のメッセージを通知するメッセージ通知手段とをさらに備えており、
上記メッセージ通知手段は、上記発注済みオリゴヌクレオチドのうち、上記ＤＮＡ配列の少なくとも一部と実質的に同一であると判定されたものに関する情報を通知することを特徴とする請求項１に記載のオリゴヌクレオチドデータ管理装置。
【請求項５】
所定のＤＮＡ配列を表すＤＮＡ配列データを少なくとも１つ格納しているＤＮＡデータベースと、
上記新規オリゴヌクレオチドデータおよび上記ＤＮＡ配列データに基づき、上記ＤＮＡ配列の少なくとも一部が上記新規オリゴヌクレオチドと実質的に同一であるか否かを判定する配列同一性判定手段と、
ユーザに対して所定のメッセージを通知するメッセージ通知手段とをさらに備えており、
上記メッセージ通知手段は、配列の一部が上記新規オリゴヌクレオチドと実質的に同一であると判定された上記ＤＮＡ配列を有する遺伝子に関する情報を通知することを特徴とする請求項１に記載のオリゴヌクレオチドデータ管理装置。
【請求項６】
所定のＤＮＡ配列を表すＤＮＡ配列データを少なくとも１つ格納しているＤＮＡデータベースと、
上記新規オリゴヌクレオチドデータおよび上記ＤＮＡ配列データに基づき、上記ＤＮＡ配列の少なくとも一部が上記新規オリゴヌクレオチドと実質的に同一であるか否かを判定する配列同一性判定手段とをさらに備えており、
上記オリゴヌクレオチド発注書データ生成手段は、上記ＤＮＡ配列の少なくとも一部と実質的に同一であると判定された上記新規オリゴヌクレオチドを表す上記新規オリゴヌクレオチドデータに基づき、上記オリゴヌクレオチド発注書データを作成することを特徴とする請求項１に記載のオリゴヌクレオチドデータ管理装置。
【請求項７】
上記オリゴヌクレオチドデータ入力手段は、通信ネットワークを介して接続されている端末装置から送信された上記新規オリゴヌクレオチドデータの入力を受け付けることを特徴とする請求項１に記載のオリゴヌクレオチドデータ管理装置。
【請求項８】
請求項７に記載のオリゴヌクレオチドデータ管理装置と、このオリゴヌクレオチドデータ管理装置に上記新規オリゴヌクレオチドデータを送信する端末装置とを備えていることを特徴とするオリゴヌクレオチドデータ管理システム。
【請求項９】
請求項１〜７のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチドデータ管理装置を動作させるオリゴヌクレオチドデータ管理プログラムであって、コンピュータを上記の各手段として機能させることを特徴とするオリゴヌクレオチドデータ管理プログラム。
【請求項１０】
請求項９に記載のオリゴヌクレオチドデータ管理プログラムを格納していることを特徴とするコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ライフサイエンス研究に使用するオリゴヌクレオチドを効率的に管理することができるオリゴヌクレオチドデータ管理装置、オリゴヌクレオチドデータ管理システム、オリゴヌクレオチドデータ管理プログラムおよび記録媒体に関する。
【背景技術】
【０００２】
１９８０年代中期にキャリー・マリスによって発明されたＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ）法は、特定のＤＮＡ（ＤｅｏｘｙｒｉｂｏＮｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ）配列を短時間に大量に複製すること（クローン化）を可能にし、分子生物学に画期的な進歩をもたらした。このＰＣＲを用いて、１９９０年代後期から現在にかけて、国際的な協力態勢の下に、様々な生物の全ゲノム配列が解読されている。このように、ＰＣＲ法を用いれば、理論上、どのようなゲノム領域でも、容易にクローン化できることが明らかになっている。
【０００３】
さまざまな改良が施されることによって、ＰＣＲ法は、現在、数多くの研究現場において毎日何度も行われる、きわめて日常的な技術へと発展した。一般に、ＰＣＲ法によって特定のＤＡＮ断片をクローン化するには、酵素や鋳型ＤＮＡの他に、クローン化する領域の両端を規定してポリメラーゼの起点となる、一対のオリゴヌクレオチド（プライマと呼ばれ、通常２０〜５０塩基からなる）が必要である。
【０００４】
ＰＣＲ法に用いるプライマは、各研究室において、通常、各研究員が、実験の必要に応じてそのつど設計し、オリゴヌクレオチドの合成を受託する業者に発注することが多い。発注されたプライマは、発注者とは異なる者も実験に利用することがしばしばあるほか、発注者自身も一度使用してから相当の期間（数ヶ月〜数年）を経たあと再度利用するということもよくある。
【０００５】
したがって、研究室内において誰がどのようなプライマを発注してどこに保管されているかを一元的に管理するシステムが、研究の効率を高めるために求められていた。実際、多くの研究室において、何らかのプライマ管理システムが存在している。
【０００６】
例えば、納品書をファイルに綴じていき誰もが閲覧できる場所に保管する方法がある。また、各種市販のデータベースソフトウェアを用いて、共有電子ファイルに情報の入力を義務付けている例も挙げられる。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
しかしこれらの方法には、プライマを効率的に管理できない問題点がある。まず、紙を用いてデータを保存していく方法では、データが増大していったときに、必要なデータを探し出すことが困難になる。ＰＣＲ法が日常的な実験技術となった今日、千、二千のオーダーでプライマを所蔵する研究室は珍しくなく、紙を用いてプライマ情報を管理するのは現実的ではない。
【０００８】
一方、共有電子ファイルを利用する場合、前述のような問題点は解消されるが、必ずしも、プライマを効率的に管理することができるとはいえない。例えば、過去に発注済のプライマと類似したものを再び発注してしまうことを、防止できない。また、あるプライマがどの遺伝子ないし特定のＤＮＡ配列に対応するか、あるいはその逆の対応関係を調べることが容易でない。特に、ある遺伝子に対してどのようなプライマが設定されているかを調べるのが難しい。
【０００９】
本発明は上記の問題点に鑑みてなされたものであり、その目的は、ライフサイエンス研究に使用するオリゴヌクレオチドを効率的に管理することができるオリゴヌクレオチドデータ管理装置、オリゴヌクレオチドデータ管理システム、オリゴヌクレオチドデータ管理プログラムおよび記録媒体を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
上記の課題を解決するために、本発明のオリゴヌクレオチドデータ管理装置は、過去に発注された発注済みオリゴヌクレオチドを表す発注済みオリゴヌクレオチドデータを格納しているオリゴヌクレオチドデータベースと、発注すべき新規オリゴヌクレオチドを表す新規オリゴヌクレオチドデータの入力を受け付けるオリゴヌクレオチドデータ入力手段と、上記新規オリゴヌクレオチドデータおよび上記発注済みオリゴヌクレオチドデータに基づき、上記新規オリゴヌクレオチドが上記発注済みオリゴヌクレオチドと実質的に同一であるか否かを判定するオリゴヌクレオチド同一性判定手段と、上記新規オリゴヌクレオチドデータに基づき、上記新規オリゴヌクレオチドを発注するためのオリゴヌクレオチド発注書を表すオリゴヌクレオチド発注書データを生成するオリゴヌクレオチド発注書データ生成手段とを備えており、上記オリゴヌクレオチド発注書データ生成手段は、上記オリゴヌクレオチド同一性判定手段による判定結果が偽であるとき、上記オリゴヌクレオチド発注書データを生成することを特徴としている。
【００１１】
この構成によれば、本装置では、入力された新規オリゴヌクレオチドデータによって表される新規オリゴヌクレオチドと、オリゴヌクレオチドデータベースに格納されている発注済みオリゴヌクレオチドデータによって表される発注済みオリゴヌクレオチドとが、実質的に同一でないと判定されるとき、新規オリゴヌクレオチドを発注するためのオリゴヌクレオチド発注書データが生成される。
【００１２】
ここでいう「実質的同一」とは、新規オリゴヌクレオチドと発注済みオリゴヌクレオチドとが、増幅対象のＤＮＡ配列のＤＮＡにおける略同一の反応開始箇所を起点にして、そのＤＮＡを酵素的に同様に合成できる場合をいう。例えば、新規オリゴヌクレオチドと発注済みオリゴヌクレオチドとが完全に同一のＤＮＡ配列からなる場合、これらのオリゴヌクレオチドを用いれば、増幅対象となるＤＮＡにおける同一箇所を起点にしてＤＮＡを増幅できるため、新規オリゴヌクレオチドと発注済みオリゴヌクレオチドとは、実質的に同一であるといえる。
【００１３】
また、新規オリゴヌクレオチドおよび発注済みオリゴヌクレオチドにおいて、一般的にＰＣＲに使用可能な下限に近い、３’側末端からの１７塩基が、互いに完全に一致する場合も、両者は、増幅対象となるＤＮＡにおいて略同一箇所を起点にして増幅可能であるとみなして、実質的に同一であるとする
ここで、本装置では、発注済みオリゴヌクレオチドを発注済みオリゴヌクレオチドデータとして登録しているオリゴヌクレオチドデータベースにおいて、実質的に同一なオリゴヌクレオチドとして登録されていない新規オリゴヌクレオチドに基づき、オリゴヌクレオチド発注書データが生成される。すなわち、本装置を通じて、まだ発注されたことがない新規オリゴヌクレオチドを発注するためのオリゴヌクレオチド発注書を作成することができる。これにより、すでに有しているオリゴヌクレオチドの重複発注を防止でき、オリゴヌクレオチドの管理を効率的にすることができる効果を奏する。
【００１４】
また、本発明のオリゴヌクレオチドデータ管理装置は、入力された上記新規オリゴヌクレオチドデータを、上記オリゴヌクレオチドデータベースに格納するオリゴヌクレオチドデータ格納手段をさらに備えており、上記オリゴヌクレオチドデータ格納手段は、上記オリゴヌクレオチド同一性判定手段による判定結果が偽であるとき、上記新規オリゴヌクレオチドデータを上記オリゴヌクレオチドデータベースに格納することが好ましい。
【００１５】
この構成によれば、入力された新規オリゴヌクレオチドデータによって表される新規オリゴヌクレオチドと、オリゴヌクレオチドデータベースに格納されている発注済みオリゴヌクレオチドデータによって表される発注済みオリゴヌクレオチドとが、実質的に同一でないと判定された場合、新規オリゴヌクレオチドデータが、新たにオリゴヌクレオチドデータベースに格納される。これにより、後日、その新規オリゴヌクレオチドデータによって表されるオリゴヌクレオチドを重複発注すること、を防止できる。また、重複発注の防止の対象となるオリゴヌクレオチドをオリゴヌクレオチドデータベースにおいて増加させていくことができるため、オリゴヌクレオチドの管理をよりいっそう効率的にすることができる効果も奏する。
【００１６】
また、本発明のオリゴヌクレオチドデータ管理装置では、ユーザに対して所定のメッセージを発するメッセージ通知手段をさらに備えており、上記メッセージ通知手段は、上記オリゴヌクレオチド同一性判定手段による照合結果が真であるとき、上記新規オリゴヌクレオチドが過去に発注済みであることを通知するメッセージを発することが好ましい。
【００１７】
この構成によれば、入力された新規オリゴヌクレオチドデータによって表される新規オリゴヌクレオチドと、オリゴヌクレオチドデータベースに格納されている発注済みオリゴヌクレオチドデータによって表される発注済みオリゴヌクレオチドとが、実質的に同一であると判定された場合、新規オリゴヌクレオチドが過去に発注済みであることを通知するメッセージが、ユーザに発せされる。この通知により、ユーザは、発注することを検討していたオリゴヌクレオチドを既に有していることや、そのオリゴヌクレオチドに関する情報がわかるため、研究をより効率的に進めることができる効果を奏する。
【００１８】
また、本発明に係るオリゴヌクレオチドデータ管理装置は、所定のＤＮＡ配列を表すＤＮＡ配列データの入力を受け付けるＤＮＡ配列データ入力手段と、上記発注済みオリゴヌクレオチドデータおよび上記ＤＮＡ配列データに基づき、上記発注済みオリゴヌクレオチドが、上記ＤＮＡ配列の少なくとも一部と実質的に同一であるか否かを判定する配列同一性判定手段と、ユーザに対して所定のメッセージを通知するメッセージ通知手段とをさらに備えており、上記メッセージ通知手段は、上記発注済みオリゴヌクレオチドのうち、上記ＤＮＡ配列の少なくとも一部と実質的に同一であると判定されたものに関する情報を通知することが好ましい。
【００１９】
この構成によれば、所定の遺伝子、例えばユーザが研究対象にしようとしている遺伝子の配列の一部に合致する、発注済みオリゴヌクレオチドの存在が通知される。したがって、新しいＤＮＡ配列を用いた研究を始める際、新たな研究のために必要なオリゴヌクレオチドを有していることがわかり、研究をより効率的に進めることができる効果を奏する。
【００２０】
また、本発明に係るオリゴヌクレオチドデータ管理装置は、所定のＤＮＡ配列を表すＤＮＡ配列データを少なくとも１つ格納しているＤＮＡデータベースと、上記新規オリゴヌクレオチドデータおよび上記ＤＮＡ配列データに基づき、上記ＤＮＡ配列の少なくとも一部が上記新規オリゴヌクレオチドと実質的に同一であるか否かを判定する配列同一性判定手段と、ユーザに対して所定のメッセージを通知するメッセージ通知手段とをさらに備えており、上記メッセージ通知手段は、配列の一部が上記新規オリゴヌクレオチドと実質的に同一であると判定された上記ＤＮＡ配列を有する遺伝子に関する情報を通知することが好ましい。
【００２１】
この構成によれば、新たに発注する予定の新規オリゴヌクレオチドに基づき、この新規オリゴヌクレオチドによって酵素的に増幅可能なＤＮＡのＤＮＡ配列を表すＤＮＡ配列データに関する情報が、ユーザに通知される。これにより、ユーザは、発注予定のオリゴヌクレオチドを用いて研究可能な遺伝子に関して、本装置を通じて知ることができる効果を奏する。
【００２２】
また、本発明に係るオリゴヌクレオチドデータ管理装置は、所定のＤＮＡ配列を表すＤＮＡ配列データを少なくとも１つ格納しているＤＮＡデータベースと、上記新規オリゴヌクレオチドデータおよび上記ＤＮＡ配列データに基づき、上記ＤＮＡ配列の少なくとも一部が上記新規オリゴヌクレオチドと実質的に同一であるか否かを判定する配列同一性判定手段とをさらに備えており、上記オリゴヌクレオチド発注書データ生成手段は、上記ＤＮＡ配列の少なくとも一部と実質的に同一であると判定された上記新規オリゴヌクレオチドを表す上記新規オリゴヌクレオチドデータに基づき、上記オリゴヌクレオチド発注書データを作成することが好ましい。
【００２３】
この構成によれば、ＤＮＡデータベースに格納されているＤＮＡ配列データによって表されるＤＮＡ配列のＤＮＡを酵素的に増幅可能なオリゴヌクレオチドを発注するためのオリゴヌクレオチド発注書データが生成される。したがって、例えばＤＮＡデータベースに研究対象のＤＮＡ配列を表すＤＮＡ配列データを事前に格納しておけば、それらのＤＮＡ配列の全長等を増幅するためのオリゴヌクレオチドを自動的に設計し、発注することができる。
【００２４】
また、本発明のオリゴヌクレオチドデータ管理装置では、上記オリゴヌクレオチドデータ入力手段は、通信ネットワークを介して接続されている端末装置から送信された上記新規オリゴヌクレオチドデータの入力を受け付けることが好ましい。
【００２５】
この構成によれば、端末装置において入力される新規オリゴヌクレオチドデータに基づき、サーバとしてのオリゴヌクレオチドデータ管理装置において、新規オリゴヌクレオチドの発注処理が行われる。したがって、オリゴヌクレオチドデータ管理装置において複数のユーザからの新規オリゴヌクレオチドの発注処理を一元的に管理できるため、オリゴヌクレオチドの管理をよりいっそう効率的に行うことができる効果を奏する。
【００２６】
また、本発明のオリゴヌクレオチドデータ管理システムは、上述したサーバとしてのオリゴヌクレオチドデータ管理装置と、このオリゴヌクレオチドデータ管理装置に新規オリゴヌクレオチドデータを送信する端末装置とを備えていることを特徴とする。
【００２７】
この構成によれば、オリゴヌクレオチドの重複発注を防止し、オリゴヌクレオチドを効率的に管理できるオリゴヌクレオチドデータ管理システムを提供できる。
【００２８】
なお、上記オリゴヌクレオチドデータ管理装置は、コンピュータによって実現してもよい。この場合、コンピュータを上記各手段として動作させることにより上記オリゴヌクレオチドデータ管理装置をコンピュータにて実現させるオリゴヌクレオチドデータ管理プログラム、およびそのオリゴヌクレオチドデータ管理プログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体も、本発明の範疇に入る。
【発明の効果】
【００２９】
以上のように、本発明に係るオリゴヌクレオチドデータ管理装置では、新規オリゴヌクレオチドデータによって表される新規オリゴヌクレオチドが、発注済みオリゴヌクレオチドデータによって表される発注済みオリゴヌクレオチドと実質的に同一でない場合に、新規オリゴヌクレオチドデータに基づき、新規オリゴヌクレオチドを発注するためのオリゴヌクレオチド発注書を表すオリゴヌクレオチド発注書データが生成されるため、オリゴヌクレオチドの重複発注を防止し、オリゴヌクレオチドの管理を効率的にすることができる効果を奏する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００３０】
本発明の一実施形態について、図１〜図７を参照して説明する。
【００３１】
〔プライマデータ管理装置１〕
プライマデータ管理装置１は、主に遺伝子研究を行う研究室において、研究に用いるプライマを効率的に管理するための装置である。研究室の各研究員は、プライマデータ管理装置１を用いて、研究に必要なプライマを発注する。プライマデータ管理装置１は、プライマの発注履歴をプライマデータベース６において管理し、過去に発注済みのプライマを重複して発注することを防止する。また、必要に応じて、プライマデータベース６に格納されている発注済みプライマデータによって表される発注済みプライマに関する詳細情報や、プライマがマッチする遺伝子配列に関する詳細情報を、画面表示するなどして、ユーザに通知する。
【００３２】
〔プライマデータ管理装置１の構成〕
まず、プライマデータ管理装置１の具体的な内部構成について、図１を参照して以下に説明する。図１は、本発明の一実施形態に係るプライマデータ管理装置１の構成を示すブロック図である。この図に示すように、プライマデータ管理装置１は、制御部２、データ入力部３（オリゴヌクレオチドデータ入力手段,ＤＮＡ配列データ入力手段）、プライマデータ管理部４（オリゴヌクレオチド同一性判定手段,オリゴヌクレオチドデータ格納手段）、ＤＮＡデータ管理部５（配列同一性判定手段）、プライマデータベース６、ＤＮＡデータベース７,オリゴヌクレオチド発注書データ生成部８（オリゴヌクレオチド発注書データ生成手段）、およびメッセージ通知部９（メッセージ通知手段）を備えている。
【００３３】
〔制御部２〕
制御部２は、プライマデータ管理装置１に備えられる各部材を統括的に制御する。
【００３４】
〔データ入力部３〕
データ入力部３は、プライマデータや遺伝子データの入力を受け付ける。すなわち、このデータ入力部３は、オリゴヌクレオチドデータ入力手段およびＤＮＡ配列データ入力手段として機能する。例えば、データ入力部３は、発注すべき新規プライマを表す新規プライマデータの入力を受け付ける。また、データ入力部３は、所定の遺伝子配列を表す遺伝子データの入力を受け付ける。さらに、データ入力部３は、受け付けた発注済みプライマデータおよび遺伝子データを、いずれも制御部２に出力する。
【００３５】
〔プライマデータベース６〕
プライマデータベース６は、過去に発注された発注済みプライマを表す発注済みプライマデータを格納しているデータベースである。このプライマデータベース６に格納されている発注済みプライマデータの具体的内容については、後述する。
【００３６】
〔ＤＮＡデータベース７〕
ＤＮＡデータベース７は、所定の遺伝子配列を表す遺伝子データを少なくとも１つ格納しているデータベースである。このＤＮＡデータベース７には、ユーザが、事前に、研究に必要な遺伝子の情報、例えば、ＤＮＡ配列等を、遺伝子データとして登録する。ＤＮＡデータベース７に格納されている遺伝子データの具体的内容については、後述する。
【００３７】
〔プライマデータ管理部４〕
プライマデータ管理部４は、入力された新規プライマデータ、およびプライマデータベース６に格納されている発注済みプライマデータを、いずれも管理する。すなわち、プライマデータ管理部４は、オリゴヌクレオチド同一性判定手段およびオリゴヌクレオチドデータ格納手段として機能する。例えば、プライマデータ管理部４は、新規プライマデータおよび発注済みプライマデータに基づき、新規プライマが発注済みプライマと実質的に同一であるか否かを判定する。ここでいう「実質的同一」の詳細については、後述する。
【００３８】
〔ＤＮＡデータ管理部５〕
ＤＮＡデータ管理部５は、入力された遺伝子データおよびＤＮＡデータベース７に格納されている遺伝子データを、それぞれ管理する。すなわち、ＤＮＡデータ管理部５は、配列同一性判定手段として機能する。例えば、ＤＮＡデータ管理部５は、発注済みプライマデータおよび入力された遺伝子データに基づき、発注済みプライマが、所定の遺伝子配列の少なくとも一部と実質的に同一であるか否かを判定する。ここでいう「実質的同一」の詳細については、後述する。
【００３９】
〔オリゴヌクレオチド発注書データ生成部８〕
オリゴヌクレオチド発注書データ生成部８は、新規プライマデータに基づき、新規プライマを発注するためのプライマ発注書を表すオリゴヌクレオチド発注書データを生成する。すなわち、オリゴヌクレオチド発注書データ生成部８は、オリゴヌクレオチド発注書データ生成手段として機能する。例えば、オリゴヌクレオチド発注書データ生成部８は、プライマデータ管理部４による判定結果に基づき、オリゴヌクレオチド発注書データを生成する。また、オリゴヌクレオチド発注書データ生成部８は、所定の遺伝子配列の少なくとも一部と実質的に同一であると判定された新規プライマを表す新規プライマデータに基づき、オリゴヌクレオチド発注書データを生成する。さらに、オリゴヌクレオチド発注書データ生成部８は、生成したオリゴヌクレオチド発注書データを、発注先サーバ２０に送信する。
【００４０】
〔メッセージ通知部９〕
メッセージ通知部９は、ユーザに対して所定のメッセージを通知する。例えば、メッセージ通知部９は、ＤＮＡデータベース７に格納されている遺伝子データによって表される遺伝子配列の少なくとも一部と実質的に同一であるとプライマデータ管理部４によって判定された発注済みプライマに関する情報を通知する。また、メッセージ通知部９は、配列の一部が新規プライマと実質的に同一であるとプライマデータ管理部４によって判定された遺伝子配列によってコードされる遺伝子に関する情報を通知する。
【００４１】
〔発注先サーバ２０〕
発注先サーバ２０は、新規プライマの発注を受け付ける業者が用意しているサーバである。この発注先サーバ２０に、プライマデータ管理装置１からオリゴヌクレオチド発注書データが送信されることによって、新規プライマの発注が行われる。すなわち、業者は、受信したオリゴヌクレオチド発注書データによって表されるプライマ発注書に基づいて、受注したプライマを設計し、ユーザに納品する。
【００４２】
〔発注済みプライマデータの一例〕
プライマデータベース６に格納されている発注済みプライマデータの一例について、図２を参照して説明する。
【００４３】
図２は、プライマデータベース６に格納されている発注済みプライマデータの一例を示す図である。この図に示すように、プライマデータベース６は、発注済みプライマデータとして、発注済みプライマの識別番号（ＩＤ番号）、プライマ名、プライマ配列、配列の長さ、および登録日を、いずれもテキストデータとして格納している。これらのデータがプライマデータベース６に格納されているため、ユーザは、例えばＩＤ番号やプライマ名をクエリキーとして、プライマデータベース６に格納されている発注済みプライマデータに関する情報を容易に知ることができる。
【００４４】
ここで、本発明におけるプライマとは、所定の遺伝子配列のＤＮＡを酵素的に合成するために必要なＤＮＡ断片である。プライマデータベース６では、プライマの塩基配列は、図２に示すように、「Ａ」「Ｔ」「Ｇ」「Ｃ」の四種類の文字の組み合わせとして表現される。これらはそのまま、テキストデータとしてプライマデータベース６に格納されている。
【００４５】
〔遺伝子データの一例〕
図３は、ＤＮＡデータベース７に格納されている遺伝子データの一例を示す図である。この図に示すように、ＤＮＡデータベース７は、遺伝子データとして、その識別番号（ＩＤ番号）、遺伝子配列名、遺伝子配列配列、配列の長さ、および登録日を、いずれもテキストデータとして格納している。これらの情報がＤＮＡデータベース７に格納されているため、ユーザは、例えばＩＤ番号や遺伝子配列名をクエリキーとして、ＤＮＡデータベース７に格納されている遺伝子データに関する情報を容易に知ることができる。
【００４６】
ＤＮＡデータベース７では、遺伝子配列の塩基配列は、図３に示すように、「Ａ」「Ｔ」「Ｇ」「Ｃ」の四種類の文字の組み合わせとして表現される。すなわち、これらはそのまま、テキストデータとして、ＤＮＡデータベース７に格納されている。
【００４７】
〔実質的同一の説明〕
上述したように、プライマデータ管理装置１では、プライマデータ管理部４が、新規プライマデータによって表される新規プライマと、発注済みプライマデータによって表される発注済みプライマとが、実質的に同一であるか否かを判定する。
【００４８】
ここでいう「実質的同一」とは、新規プライマと発注済みプライマとが、増幅対象の遺伝子配列のＤＮＡにおける略同一の反応開始箇所を起点にして、そのＤＮＡを酵素的に同様に合成できる場合をいう。例えば、新規プライマと発注済みプライマとが完全に同一のＤＮＡ配列からなる場合、これらのプライマを用いれば、増幅対象となるＤＮＡにおける同一箇所を起点にしてＤＮＡを増幅できるため、新規プライマと発注済みプライマとは、実質的に同一であるといえる。
【００４９】
また、新規プライマおよび発注済みプライマにおいて、一般的にＰＣＲに使用可能な下限に近い、３’側末端からの１７塩基が、互いに完全に一致する場合も、両者は、増幅対象となるＤＮＡにおいて略同一箇所を起点にして増幅可能であるとみなして、実質的に同一であるとする。
【００５０】
さらに、プライマデータ管理装置１では、ＤＮＡデータ管理部５が、発注済みプライマデータおよび遺伝子データに基づき、発注済みプライマが、遺伝子配列の少なくとも一部と実質的に同一であるか否かを判定する。ここでいう「実質的同一」とは、遺伝子配列の少なくとも一部の配列領域と、発注済みプライマの少なくとも３’側末端からの１７塩基とが、互いに完全一致する場合をいう。
【００５１】
すなわち、互いに配列が完全に一致するか、または、３’側末端からの１７塩基が互いに完全に一致する複数の発注済みプライマは、遺伝子配列において、略同一箇所を起点にして、同一のＤＮＡ断片を増幅可能である。そのため、いずれも、遺伝子配列の少なくとも一部と実質的に同一であるとする。
【００５２】
〔プライマ発注の流れ〕
プライマデータ管理装置１では、以上の構成を取ることによって、プライマの重複発注を防止し、プライマの管理を効率的にする。そこで、プライマデータ管理装置１において、ユーザによる新規プライマデータの入力に基づき、新規プライマの発注が行われる際の処理の流れを、図４を参照して以下に説明する。
【００５３】
図４は、新規プライマを発注する際のプライマデータ管理装置１における処理の流れの一例を示すフローチャートである。この図に示すように、まず、ユーザが、発注したい新規プライマを表す新規プライマデータを、キーボード等の図示しない入力手段を用いて入力する。例えば、ユーザは、新規プライマの塩基配列、名称等を、新規プライマデータとして入力する。ユーザが入力した新規プライマデータは、データ入力部３が受け付け（ステップＳ１０）。データ入力部３は、受け付けた新規プライマデータを制御部２に出力する。制御部２は、入力された新規プライマデータを、プライマデータ管理部４に出力する。
【００５４】
プライマデータ管理部４は、プライマデータベース６にアクセスすることによって、新規プライマデータによって表される新規プライマと、プライマデータベース６に格納されている発注済みプライマデータによって表される発注済みプライマとを照合す（ステップＳ１１）。すなわち、プライマデータ管理部４は、入力された新規プライマデータと、プライマデータベース６に格納されている発注済みプライマデータとに基づき、新規プライマデータによって表される新規プライマが、発注済みプライマデータによって表される発注済みプライマと実質的に同一であるか否かを判定する。すなわち、プライマデータ管理部４は、新規プライマの配列データと、発注済みプライマの配列データとを、先頭から順に比較することによって、配列の合致度を決定する。ここで、プライマデータ管理部４は、２つの配列データが完全に一致するか、または、３’側末端からの１７塩基が互いに完全に一致する場合、新規プライマと発注済みプライマとを、実質的に同一であると判定する。
【００５５】
ここで、ステップＳ１２において、新規プライマデータによって表される新規プライマと、プライマデータベース６によって表される発注済みプライマとが、実質的に同一であると判定した場合、プライマデータ管理部４は、新規プライマがプライマデータベース６に登録されていることを通知するメッセージを、メッセージ通知部９に出力する。これに基づき、メッセージ通知部９は、新規プライマが発注済みであることを通知するメッセージを発する。これにより、ユーザは、発注することを考えていた新規プライマが、すでに発注済みであり、研究室内にあることがわかる。
【００５６】
この動作により、プライマデータ管理装置１では、すでに有しているプライマの重複発注を防止できる。またユーザには、発注することを検討していたプライマを既に有していることが通知される。これにより、プライマを効率的に管理でき、研究を効率的に進めることができる。
【００５７】
一方、ステップＳ１２において、新規プライマデータによって表される新規プライマと、発注済みプライマデータによって表される発注済みプライマとが、実質的に同一でないと判定した場合、プライマデータ管理部４は、新規プライマデータを発注済みプライマデータとしてプライマデータベース６に格納する（ステップＳ１３）。このとき、プライマデータ管理部４は、ＩＤ番号や登録日を自動的に決定し、ユーザが入力した塩基配列や新規プライマ名とともに、テキストデータとして、プライマデータベース６に設定する。すなわち、プライマデータ管理部４は、新規プライマと実質的に同一のプライマを表す発注済みプライマデータがプライマデータベース６に格納されていないと判定した場合、新規プライマをプライマデータベース６に新たに登録する。
そして、プライマデータ管理部４は、新規プライマデータとオリゴヌクレオチド発注書データ生成指令信号とを、制御部２に出力する。
【００５８】
制御部２は、入力された新規プライマデータとオリゴヌクレオチド発注書データ生成指令信号とを、オリゴヌクレオチド発注書データ生成部８に出力する。これにより、オリゴヌクレオチド発注書データ生成部８は、受け取った新規プライマデータに基づき、新規プライマを発注するためのプライマ発注書を表すオリゴヌクレオチド発注書データを生成す（ステップＳ１４)。次に、オリゴヌクレオチド発注書データ生成部８は、オリゴヌクレオチド発注書データを、発注先サーバ２０に送信する(ステップＳ１５）。
【００５９】
以上の処理により、プライマデータ管理装置１は、まだ発注したことがない新規プライマの発注を、発注先サーバ２０を備えている業者に対して行うことになる。このとき、プライマデータベース６には、発注した新規プライマを表す新規プライマデータが、発注済みプライマデータとして新たに格納される。すなわち、発注した新規プライマは、発注済みプライマとして、プライマデータベース６に登録される。
【００６０】
これにより、新たに登録されたプライマと実質的に同一のプライマを、プライマデータ管理装置１を用いて新たに発注しようとすると、発注済みであることが、プライマデータ管理装置１によって通知される。したがって、後日、登録されたプライマを重複発注することを防止できる。また、重複発注の防止の対象となるプライマをプライマデータベース６において増加させていくことができるため、プライマの管理をよりいっそう効率的にすることができる。
【００６１】
〔遺伝子配列情報の取得〕
プライマデータ管理装置１では、入力された新規プライマデータに基づき、この新規プライマデータによって表されるプライマがマッチする遺伝子配列によってコードされる遺伝子に関する情報を、ユーザに通知する。そこで、この処理の流れについて、図５を参照して説明する。
【００６２】
図５は、配列の少なくとも一部にプライマがマッチする遺伝子配列に関する情報を取得する際の処理の流れの一例を示すフローチャートである。この図によると、まず、ユーザが、発注したい新規プライマを表す新規プライマデータを、キーボード等の図示しない入力手段を用いて入力する。ユーザが入力した新規プライマデータは、データ入力部３が受け付け（ステップＳ２０）。データ入力部３は、受け付けた新規プライマデータを、制御部２に出力する。制御部２は、入力された新規プライマデータを、ＤＮＡデータ管理部５に出力する。
【００６３】
ＤＮＡデータ管理部５は、ＤＮＡデータベース７にアクセスすることによって、受け取った新規プライマデータによって表される新規プライマと、ＤＮＡデータベース７に格納されている遺伝子データによって表される遺伝子配列とを照合す（ステップＳ２１）。具体的に説明すると、新規プライマデータおよび遺伝子データに基づき、遺伝子データによって表される遺伝子配列の少なくとも一部が、新規プライマデータによって表される新規プライマと、実質的に同一であるか否かを判定する。
【００６４】
すなわち、ＤＮＡデータ管理部５は、新規プライマの配列データと、遺伝子配列の配列データとを比較する。そして、新規プライマの少なくとも３’側末端からの１７塩基が、遺伝子配列の少なくとも一部に完全に一致する場合、新規プライマが、遺伝子配列の少なくとも一部とマッチする、すなわち、実質的に同一であると判定する。
【００６５】
ここで、ステップＳ２２において、新規プライマが遺伝子配列の少なくとも一部にマッチすると判定した場合、ＤＮＡデータ管理部５は、新規プライマがマッチする遺伝子配列を表す遺伝子データを、ＤＮＡデータベース７から読み出し、制御部２に出力する。制御部２は、入力された遺伝子データをメッセージ通知部９に出力する。
【００６６】
これにより、メッセージ通知部９は、遺伝子配列に関する情報、例えば、そのＩＤ番号や遺伝子配列名を、ユーザに通知する（ステップＳ２３）。また、遺伝子配列にマッチする新規プライマの配列等も、同時に通知する。これにより、ユーザは、研究に用いようとしているプライマにマッチする遺伝子配列について知ることができる。すなわち、発注予定のプライマを用いて研究可能な遺伝子に関して、プライマデータ管理装置１を通じて知ることができる。
【００６７】
また、このとき、ステップＳ２４において、プライマの発注処理が行われる。具体的に説明すると、ＤＮＡデータ管理部５が、遺伝子配列にマッチする新規プライマを表す新規プライマデータを、制御部２に出力する。制御部２は、受け取った新規プライマデータを、プライマデータ管理部４に出力する。これ以降は、図４に示すステップＳ１１〜ステップＳ１６に基づき、プライマデータベース６において重複登録されていない新規プライマの発注が行われる。
【００６８】
一方、ステップＳ２２において、新規プライマが遺伝子配列にマッチしないと判定した場合、ＤＮＡデータ管理部５は、新規プライマがマッチする遺伝子配列を表す遺伝子データがＤＮＡデータベース７に登録されていないことを、制御部２を通じてメッセージ通知部９に通知する。これにより、メッセージ通知部９は、新規プライマがマッチする遺伝子配列が存在しないことを、ユーザに通知する（ステップＳ２５）。
【００６９】
〔プライマ情報の取得〕
プライマデータ管理装置１では、入力された遺伝子データに基づき、この遺伝子データによって表される遺伝子配列にマッチする発注済みプライマに関する情報を提供することができる。そこで、この処理の流れについて、図６を参照して説明する。
【００７０】
図６は、所定の遺伝子配列にマッチするプライマに関する情報を取得する際の処理の流れの一例を示すフローチャートである。この図によると、まず、ユーザが、遺伝子配列を表す遺伝子データを、キーボード等の図示しない入力手段を用いて入力する。ユーザが入力した遺伝子データは、データ入力部３が受け付け（ステップＳ１０）。データ入力部３は、受け付けた遺伝子データを、制御部２に出力する。制御部２は、入力された遺伝子データを、プライマデータ管理部４に出力する。
【００７１】
プライマデータ管理部４は、入力された遺伝子データによって表される遺伝子配列と、プライマデータベース６に格納されている発注済みプライマデータによって表される発注済みプライマとを照合す（ステップＳ３１）。具体的に説明すると、プライマデータ管理部４は、入力された遺伝子データと、プライマデータベース６に格納されている発注済みプライマデータとに基づき、発注済みプライマデータによって表される発注済みプライマが、遺伝子データによって表される遺伝子配列の少なくとも一部と実質的に同一であるか否かを判定する。すなわち、発注済みプライマの少なくとも３’側末端からの１７塩基が、遺伝子配列の少なくとも一部の配列領域と完全一致する場合、発注済みプライマが、遺伝子配列の少なくとも一部と実質的に同一であると判定する。
【００７２】
ここで、発注済みプライマが、遺伝子配列の少なくとも一部と実質的に同一であると判定した場合、プライマデータ管理部４は、発注済みプライマデータを制御部２に出力する。制御部２は、入力された発注済みプライマデータを、メッセージ通知部９に出力する。これにより、メッセージ通知部９は、入力された遺伝子配列の少なくとも一部と実質的に同一であると判定された発注済みプライマに関する情報を、ユーザに通知する（ステップＳ３３）。例えば、メッセージ通知部９は、遺伝子配列のＤＮＡ配列情報と共に、遺伝子配列にマッチする発注済みプライマのＩＤ番号、プライマ名、プライマ配列等を、ユーザに対して画面表示する等して通知する。
【００７３】
これにより、ユーザは、研究対象にしようとしている遺伝子のＤＮＡを酵素的に増幅可能なプライマに関して、発注済みであり、研究室内に在庫があることを知ることができる。また、このとき、そのようなプライマに関する詳細な情報を同時に知ることができる。これにより、ユーザは、研究に必要なプライマの詳細について、容易かつ素早く知ることができ、研究を効率的に進めることができる。
【００７４】
一方、ステップＳ３２において、発注済みプライマが、遺伝子配列にマッチしないと判定した場合、プライマデータ管理部４は、制御部２に、遺伝子データを出力する。制御部２は、入力された遺伝子データを、メッセージ通知部９に出力する。これにより、メッセージ通知部９は、ユーザが入力した遺伝子データによって表される遺伝子配列に関して、マッチするプライマがプライマデータベース６に登録されていないことを通知する（ステップＳ３４）。この場合、ユーザは、遺伝子配列に基づき、この遺伝子配列を増幅するために必要なプライマの設計を、改めて開始し、プライマデータ管理装置１を利用して、設計したプライマを発注することになる。
【００７５】
以上のように、プライマデータ管理装置１では、ユーザが研究対象とする遺伝子に関して、ＤＮＡを増幅させるために必要なプライマの管理を、効率的に行うことができる。したがって、このプライマデータ管理装置１を用いることによって、ユーザは、遺伝子研究をより効率的に進めることができる。
【００７６】
〔プライマデータ管理システム５０〕
プライマデータ管理装置１では、通信ネットワークを通じて接続されている端末装置３０から送信された新規プライマデータおよび遺伝子データの入力を受け付けるようにしてもよい。すなわち、この場合、プライマデータ管理装置１と端末装置３０とは、プライマデータ管理システム５０を構成する。そこで、プライマデータ管理システム５０について、図７を参照して説明する。
【００７７】
図７は、本発明の一実施形態に係るプライマデータ管理システム５０の構成を示すブロック図である。この図によると、プライマデータ管理システム５０は、プライマデータ管理装置１と、２台の端末装置３０とを備えている。プライマデータ管理システム５０におけるプライマデータ管理装置１は、データ入力部３の代わりに、通信部１０を備えている。この通信部１０は、端末装置３０から送信される新規プライマデータおよび遺伝子データを受信し、受信したデータを、制御部２に出力する。
【００７８】
端末装置３０は、少なくともデータ入力部３および通信部３２を備えている。データ入力部３２は、上述したデータ入力部３のように、ユーザによる新規プライマデータおよび遺伝子データの入力を受け付ける。データ入力部３２は、通信部１０に、入力された新規プライマデータおよび遺伝子データを出力する。
【００７９】
通信部３２は、入力された新規プライマデータおよび遺伝子データを、プライマデータ管理装置１の通信部１０に送信する。
【００８０】
プライマデータ管理システム５０において、新規プライマを発注する場合、ユーザは、端末装置３０のデータ入力部３２を通じて、新規プライマを表す新規プライマデータを入力する。端末装置３０は、通信部３２を通じて、入力された新規プライマデータをプライマデータ管理装置１に送信する。プライマデータ管理装置１は、受信した新規プライマデータに基づき、図４〜図６に示すような処理を行い、プライマの発注や、プライマ情報の通知や、あるいは、遺伝子配列情報の通知を行う。すなわち、プライマデータ管理システム５０は、単独構成のプライマデータ管理装置１と同様に、プライマの重複発注を未然に防止するなど、新規プライマデータの管理を効率的に行うことができるものである。
【００８１】
また、プライマデータ管理システム５０の場合、複数の端末装置３０を通じて入力される新規プライマデータの情報が、サーバとして機能するプライマデータ管理装置１に蓄積されていく。すなわち、１つの研究室において各研究員が発注するプライマに関する情報を一元的に管理することができるため、研究室全体の研究の効率をさらに高めることができる。
【００８２】
なお、プライマデータ管理装置１と端末装置３０との間における通信ネットワークは、無線によるものであっても、有線によるものであってもよい。
【００８３】
〔オリゴヌクレオチドデータ管理プログラムおよび記録媒体〕
また、上述した各部材は、いずれも機能ブロックである。したがって、これらの部材は、ＣＰＵなどの演算手段が、図示しない記憶部に格納されたプログラムを実行し、図示しない入出力回路などの周辺回路を制御することによって、実現される。
【００８４】
したがって、本発明の目的は、上述した機能を実現するソフトウェアであるオリゴヌクレオチドデータ管理プログラムのプログラムコード（実行形式プログラム、中間コードプログラム、ソースプログラム）をコンピュータによって読み取り可能に記録した記録媒体を、プライマデータ管理装置１に供給し、このプライマデータ管理装置１に備えられるコンピュータ（またはＣＰＵやＭＰＵ、ＤＳＰ）が、記録媒体に記録されているプログラムコードを読み出し実行することによって、達成可能である。
【００８５】
この場合、記録媒体から読み出されたプログラムコード自体が、上述した機能を実現することになり、そのプログラムコードを記録した記録媒体は、本発明を構成することになる。具体的には、プライマデータ管理装置１は、記憶部（図示せず）に格納された所定のオリゴヌクレオチドデータ管理プログラムを、図示しない演算手段（マイクロプロセッサ等）が実行することにより実現される。
【００８６】
一方で、上述した各部材は、上述したソフトウェアと同様の処理を行う回路等のハードウェアとして実現してもよい。この場合、本発明の目的は、ハードウェアであるプライマデータ管理装置１によって達成されることになる。
【００８７】
また、演算手段は、単体の構成であってもよい。あるいは、プライマデータ管理装置１の内部にあるバスや各種の通信路を介して接続された複数の演算手段が、オリゴヌクレオチドデータ管理プログラムのコードを協同して実行する構成であってもよい。
【００８８】
ここで、演算手段によって直接的に実行可能なプログラムコードそのもの、または、後述する解凍などの処理によってプログラムコードを生成可能な、データとしてのプログラムは、これらのプログラムまたはデータを記録媒体に格納し、この記録媒体を配布したり、あるいは、プログラムを、有線または無線の通信路を介して伝送するための通信ネットワークによって送信したりして配布したりすることによって、演算手段で実行されるものとする。
【００８９】
このとき、通信ネットワークとしては、特に限定されず、具体的には、インターネット、イントラネット、エキストラネット、ＬＡＮ、ＩＳＤＮ、ＶＡＮ、ＣＡＴＶ通信網、仮想専用網（Ｖｉｒｔｕａｌ  Ｐｒｉｖａｔｅ  Ｎｅｔｗｏｒｋ）、電話回線網、移動体通信網、衛星通信網等が利用可能である。また、通信ネットワークを構成する伝送媒体（通信路）としては、特に限定されず、具体的には、ＩＥＥＥ１３９４、ＵＳＢ、電力線搬送、ケーブルＴＶ回線、電話線、ＡＤＳＬ回線等の有線でも、ＩｒＤＡやリモコンのような赤外線、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ、８０２．１１無線、ＨＤＲ、携帯電話網、衛星回線、地上波デジタル網等の無線でも利用可能である。
【００９０】
なお、オリゴヌクレオチドデータ管理プログラムを配布する際の記録媒体は、取り外し可能であることが好ましい。しかし、オリゴヌクレオチドデータ管理プログラムを配布した後の記録媒体は、取り外し可能であるか否かを問わない。また、記録媒体は、プログラムが記録されている媒体であれば、書き換え（書き込み）可能か否か、あるいは揮発性か否かは問われず、また、記録方法および形状も問われない。
【００９１】
このような記録媒体を例示すると、磁気テープやカセットテープなどのテープ、フロッピー（登録商標）ディスクやハードディスクなどの磁気ディスク、ＣＤ−ＲＯＭや光磁気ディスク（ＭＯ）、ミニディスク（ＭＤ）、デジタルビデオディスク（ＤＶＤ）などのディスクなどである。また、プログラムが格納される記録媒体は、ＩＣカードや光カードのようなカード、あるいは、マスクＲＯＭやＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭまたはフラッシュＲＯＭなどの半導体メモリであってもよい。あるいは、ＣＰＵなどの演算手段内に形成されるメモリであってもよい。
【００９２】
なお、プログラムコードを記録媒体から読み出して主記憶に格納するためのプログラム、および、通信ネットワークからプログラムコードをダウンロードするためのプログラムは、コンピュータによって実行可能にあらかじめ装置に格納されているものとする。
【００９３】
また、プログラムコードは、上述した各処理の全手段を演算手段へ指示するコードであればよい。あるいは、プログラムコードは、所定の手順で呼び出すことによって、各処理の一部または全部を実行可能な基本プログラム（例えば、オペレーティングシステムやライブラリなど）がすでに存在していれば、この基本プログラムの呼び出しを、演算手段へ指示するコードやポインタなどによって、全手順の一部または全部を置き換えてもよい。
【００９４】
また、記録媒体にオリゴヌクレオチドデータ管理プログラムを格納する際の形式は、例えば、実メモリに配置した状態のように、演算手段がアクセスして実行可能な格納形式であればよい。または、実メモリに配置する前において、演算手段が常時アクセス可能なローカルな記録媒体（例えば、実メモリやハードディスクなど）にインストールした後の格納形式や、あるいは、通信ネットワークや搬送可能な記録媒体などから、ローカルな記録媒体にインストールする前の格納形式であってもよい。
【００９５】
また、オリゴヌクレオチドデータ管理プログラムは、コンパイルされた後のオブジェクトコードに限る物ではなく、ソースコードや、インタプリトまたはコンパイルの途中で生成される中間コードとして、記録媒体に格納されていてもよい。いずれの場合であっても、圧縮された情報の解凍、符号化された情報の復元、インタプリト、コンパイル、リンク、または、実メモリへの配置などの処理、あるいは、これらの処理の組み合わせによって、中間コードを演算手段が実行可能な形式に変換可能であれば、オリゴヌクレオチドデータ管理プログラムを記録媒体に格納する際の形式にかかわらず、同様の効果を得ることができる。
【００９６】
なお、本発明は上述した実施形態に限定されるものではなく、請求項に示した範囲で種々の変更が可能である。すなわち、請求項に示した範囲で適宜変更した技術的手段を組み合わせて得られる実施形態についても、本発明の技術的範囲に含まれる。
【００９７】
例えば、プライマデータベース６に格納する発注済みプライマデータや、ＤＮＡデータベース７に格納する遺伝子データは、テキスト形式に限らず、バイナリ形式であってもよい。
【００９８】
また、プライマデータベース６は、発注済みプライマデータに関連するデータとして、上述したＩＤ番号等に加えて、例えば、精製度、リン酸化の位置、保証ＯＤ、Ｔｍ値等を、それぞれ、テキストデータまたはバイナリデータとして格納するものであってもよい。
【００９９】
また、ＤＮＡデータベース７は、遺伝子データに関連するデータとして、上述したＩＤ番号等に加えて、例えば、アノテーション情報、ＥＳＴクローンの有無、重複遺伝子、コード名、フェノタイプ等を、それぞれ、テキストデータまたはバイナリデータとして格納するものであってもよい。
【０１００】
また、データ入力部３がプライマの名称やＩＤ番号の入力を受け付けると、メッセージ通知部９が、プライマの配列など、プライマに関する情報を通知するようにしてもよい。また、データ入力部３が遺伝子配列の名前やＩＤ番号などを受け取ると、メッセージ通知部９が、塩基配列や登録日などの遺伝子配列に関する情報を通知するようにしてもよい。
【０１０１】
また、プライマデータ管理部４が管理対象とするのは、プライマを表すプライマデータに限らず、研究に用いる何らかのオリゴヌクレオチドを表すオリゴヌクレオチドデータであればよい。さらに、プライマデータベース６は、発注済みオリゴヌクレオチドを表す発注済みオリゴヌクレオチドデータを格納する、オリゴヌクレオチドデータベースであってもよい。なお、ここでいうオリゴヌクレオチドとは、プリンヌクレオチドとピリミジンヌクレオチドとが重合した物質をいう。
【０１０２】
また、ＤＮＡデータ管理部５が管理対象とするのは、上述した遺伝子配列を表す遺伝子データに限らず、所定のＤＮＡ配列を表すＤＮＡ配列データであればよい。さらに、ＤＮＡデータベース７は、ＤＮＡ配列を表すＤＮＡ配列データを格納する、ＤＮＡデータベースであってもよい。
【０１０３】
すなわち、上述したプライマ、プライマデータ、遺伝子配列、および遺伝子データは、あくまで本発明の一実施形態を説明するために用いられた用語である。したがって、これらの用語は、本明細書において、それぞれの上位概念を表す用語である、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドデータ、ＤＮＡ配列、およびＤＮＡ配列データに置き換えて解釈されることが可能であるものとする。
【産業上の利用可能性】
【０１０４】
本発明は、プライマデータを効率的に管理するプライマデータ管理装置として利用可能である。
【図面の簡単な説明】
【０１０５】
【図１】本発明の一実施形態に係るプライマデータ管理装置１の構成を示すブロック図である。
【図２】プライマデータベース６に格納されている発注済みプライマデータの一例を示す図である。
【図３】ＤＮＡデータベース７に格納されている遺伝子データの一例を示す図である。
【図４】新規プライマを発注する際のプライマデータ管理装置１における処理の流れの一例を示すフローチャートである。
【図５】配列の少なくとも一部にプライマがマッチする遺伝子配列に関する情報を取得する際の処理の流れの一例を示すフローチャートである。
【図６】所定の遺伝子配列にマッチするプライマに関する情報を取得する際の処理の流れの一例を示すフローチャートである。
【図７】本発明の一実施形態に係るプライマデータ管理システム５０の構成を示すブロック図である。
【符号の説明】
【０１０６】
１      プライマデータ管理装置
２      制御部
３      データ入力部（オリゴヌクレオチドデータ入力手段、ＤＮＡ配列データ入力手段）
４      プライマデータ管理部（オリゴヌクレオチド同一性判定手段、オリゴヌクレオチドデータ格納手段）
５      ＤＮＡデータ管理部（配列同一性判定手段）
６      プライマデータベース
７      ＤＮＡデータベース
８      オリゴヌクレオチド発注書データ生成部（オリゴヌクレオチド発注書データ生成手段）
９      メッセージ通知部（メッセージ通知手段）
１０    通信部
２０    発注先サーバ
３０    端末装置
３１    データ入力部（オリゴヌクレオチドデータ入力手段、ＤＮＡ配列データ入力手段）
３２    通信部
５０    プライマデータ管理システム
【図１】
2006134188.tif 000003
【図２】
2006134188.tif 000004
【図３】
2006134188.tif 000005
【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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