(57)【要約】【課題】  任意のテキストデータに含まれる核酸配列およびアミノ酸配列を抽出し、抽出した配列の配列情報を取得し、取得した配列情報を配列文字列にリンクしたリンクファイルを作成できるようにする。【解決手段】  配列情報抽出装置１００において、テキスト入力部１１０は任意のテキストデータを入力する。候補文字列抽出部１３０はテキストデータに含まれる文字列から、核酸配列の候補文字列とアミノ酸配列の候補文字列との少なくともいずれかの候補文字列を抽出する。配列情報取得部１５０は、抽出した候補文字列に対して、候補文字列に相同する配列の配列情報をデータベースから取得する。情報リンクファイル生成部１７０は、抽出した候補文字列と、取得した配列情報とをリンクさせた情報リンクファイルを生成する。【選択図】        図６
2006113786.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸配列とアミノ酸配列との少なくともいずれかの配列情報を記憶するデータベースに接続する配列情報抽出装置において、
テキストデータを入力するテキスト入力部と、
テキスト入力部が入力したテキストデータに含まれる文字列から、核酸配列の候補文字列とアミノ酸配列の候補文字列との少なくともいずれかの候補文字列を抽出する候補文字列抽出部と、
候補文字列抽出部が抽出した候補文字列に対して、候補文字列に相同する配列の配列情報をデータベースから取得する配列情報取得部と
を備えたことを特徴とする配列情報抽出装置。
【請求項２】
上記配列情報抽出装置は、さらに、
上記候補文字列抽出部が抽出した候補文字列と、上記配列情報取得部が取得した配列情報とをリンクさせた情報リンクファイルを生成する情報リンクファイル生成部
を備えたことを特徴とする請求項１記載の配列情報抽出装置。
【請求項３】
上記配列情報抽出装置は、さらに、
上記配列情報取得部が取得した相同する配列の配列情報に対して、配列の相同スコアを判定するスコア判定部を備え、
上記情報リンクファイル生成部は、上記候補文字列抽出部が抽出した候補文字列と、上記配列情報取得部が取得した配列情報でありスコア判定部が判定した相同スコアの高い配列の配列情報とをリンクさせた情報リンクファイルを生成する
ことを特徴とする請求項２記載の配列情報抽出装置。
【請求項４】
上記配列情報抽出装置は、さらに、
上記配列情報取得部が取得した配列情報に対して、配列を解析する配列解析部と、
上記候補文字列抽出部が抽出した候補文字列と、配列解析部が解析した解析結果とをリンクさせた解析リンクファイルを生成する解析リンクファイル生成部と
を備えたことを特徴とする請求項１記載の配列情報抽出装置。
【請求項５】
上記配列情報抽出装置は、さらに、
上記配列情報取得部が取得した相同する配列の配列情報に対して、配列の相同スコアを判定するスコア判定部を備え、
上記配列解析部は、上記配列情報取得部が取得した情報の配列であり、スコア判定部が判定した相同スコアの高い配列を解析する
ことを特徴とする請求項４記載の配列情報抽出装置。
【請求項６】
上記候補文字列抽出部は、
上記テキスト入力部が入力したテキストデータに含まれる文字列に対して、核酸配列を構成する文字を組み合わせた文字列を核酸配列の候補文字列とする判定と、アミノ酸配列を構成する文字を組み合わせた文字列をアミノ酸配列の候補文字列とする判定との少なくともいずれかの判定を行う候補文字列判定部を備えて候補文字列を抽出する
ことを特徴とする請求項１〜請求項５いずれかに記載の配列情報抽出装置。
【請求項７】
上記テキスト入力部は、
マークアップ言語ソースコードをテキストデータとして入力し、
上記候補文字列抽出部は、
上記テキスト入力部が入力したマークアップ言語ソースコード内のタグで括られた文字列を抽出するタグ文字列抽出部と、
タグ文字列抽出部が抽出した文字列に対して、核酸配列を構成する文字を組み合わせた文字列を核酸配列の候補文字列とする判定と、アミノ酸配列を構成する文字を組み合わせた文字列をアミノ酸配列の候補文字列とする判定との少なくともいずれかの判定を行う候補文字列判定部と
を備えて候補文字列を抽出する
ことを特徴とする請求項１〜請求項５いずれかに記載の配列情報抽出装置。
【請求項８】
核酸配列とアミノ酸配列との少なくともいずれかの配列情報を記憶するデータベースに接続する配列情報抽出装置において、
データベースから出力されるマークアップ言語ソースコードであり、配列情報を示すマークアップ言語ソースコードをテキストデータとして入力するテキスト入力部と、
テキスト入力部が入力したマークアップ言語ソースコード内の記述形式を判定するソースコード形式判定部と、
ソースコード形式判定部が判定した記述形式に基づいて、マークアップ言語ソースコードの示す配列情報を抽出する配列情報抽出部と、
配列情報抽出部が抽出した配列情報に対して、配列を解析する配列解析部と
を備えたことを特徴とする配列情報抽出装置。
【請求項９】
上記配列情報抽出装置は、さらに、
上記テキスト入力部が入力したマークアップ言語ソースコードの示す配列情報と、上記配列解析部が解析した解析結果とをリンクさせた解析リンクファイルを生成する解析リンクファイル生成部を備えた
ことを特徴とする請求項８記載の配列情報抽出装置。
【請求項１０】
核酸配列とアミノ酸配列との少なくともいずれかの配列情報を記憶するデータベースに接続する配列情報抽出装置の配列情報抽出方法において、
テキストデータを入力するテキスト入力工程と、
テキスト入力工程で入力したテキストデータに含まれる文字列から、核酸配列の候補文字列とアミノ酸配列の候補文字列との少なくともいずれかの候補文字列を抽出する候補文字列抽出工程と、
候補文字列抽出工程で抽出した候補文字列に対して、候補文字列に相同する配列の配列情報をデータベースから取得する配列情報取得工程と
を実行することを特徴とする配列情報抽出方法。
【請求項１１】
核酸配列とアミノ酸配列との少なくともいずれかの配列情報を記憶するデータベースに接続する配列情報抽出装置の配列情報抽出方法において、
データベースから出力されるマークアップ言語ソースコードであり、配列情報を示すマークアップ言語ソースコードをテキストデータとして入力するテキスト入力工程と、
テキスト入力工程で入力したマークアップ言語ソースコード内の記述形式を判定するソースコード形式判定工程と、
ソースコード形式判定工程で判定した記述形式に基づいて、マークアップ言語ソースコードの示す配列情報に対して、配列を解析する配列解析工程と
を実行することを特徴とする配列情報抽出方法。
【請求項１２】
請求項１０または請求項１１記載の配列情報抽出方法をコンピュータに実行させる配列情報抽出プログラム。
【請求項１３】
上記データベースは、バイオ公共データベースと医学生物学文献データベースとの少なくともいずれかであることを特徴とする請求項１〜請求項９いずれかに記載の配列情報抽出装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
バイオインフォマティクスにおける配列情報抽出装置、配列情報抽出方法および配列情報抽出プログラム。
【背景技術】
【０００２】
バイオ公共データベースでは、一般にアミノ酸もしくはヌクレオチドの配列と、それに付与された自然言語のコメント文（以下、アノテーションとする）がセットになり蓄積されている。
また多くの公共データベースは、それに対する検索をインターネット経由で実行できるＩ／Ｆ（インタフェース）を提供している。
検索方法は、主に２種類ある。１つは配列を入力とし、配列の類似性により検索を行う相同性検索である。相同性検索のアルゴリズムは多数存在し、それを実装したプログラムも多いが、ＢＬＡＳＴと呼ばれるプログラムが代表格である。ＢＬＡＳＴ検索をＷＥＢ経由で実行するＩ／Ｆを提供しているバイオ公共データベースでは、ＮＣＢＩ（米国、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）、ＤＤＢＪ（日本、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｄｄｂｊ．ｎｉｇ．ａｃ．ｊｐ／Ｗｅｌｃｏｍｅ−ｊ．ｈｔｍｌ）が有名である。
もう１つの検索方法は、入力された自然言語の単語をアノテーションに対してキーワード検索する方法である。前述の２つの公共データベースは、キーワード検索を実行するＷＥＢ（ウェブ）  Ｉ／Ｆも提供している。
バイオ公共データベースのユーザは一般に、ＷＥＢ  Ｉ／Ｆを用いて相同性検索やキーワード検索を検索情報の手入力により実行し、単一もしくは複数の配列情報を取得する。配列情報とは、アミノ酸もしくはヌクレオチド配列に加えて、それに付与されたアノテーションを含む情報である。
また、配列情報を取得するのに、医学および生物学に関する文献情報を蓄積する医学生物学文献データベースを利用する方法もある。医学生物学文献データベースではＮＬＭ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ）が提供するＭＥＤＬＩＮＥが有名であり、ＮＣＢＩの文献検索システムＰｕｂＭｅｄを利用して検索を行うことができる。
以下、バイオ公共データベースを利用した配列情報の取得に関する記述において、バイオ公共データベースの代わりに医学生物学文献データベースを利用してもよい。
ユーザの興味が配列情報を取得することで完結する場合もあるが、ユーザは取得した配列情報を別の解析プログラムに入力して、さらに配列情報の解析も行う。
それらの解析プログラムの多くはＷＥＢ  Ｉ／Ｆを備えていないため、ユーザは取得した配列情報を一度ローカル環境に保存し、それからさらにローカル環境で解析プログラムを実行する。この手順を以下に説明する。
【０００３】
図１は、従来技術におけるバイオ公共データベースの利用手順を示す図である。
図１において、（１）ユーザはＷＥＢブラウザ（以下、ブラウザとする）でバイオ公共データベースのＷＥＢページにアクセスし、ＷＥＢ  Ｉ／Ｆに検索情報を入力して、相同性検索もしくはキーワード検索を実行する。
（２）バイオ公共データベースは検索を実行し、その結果をＨＴＭＬ（Ｈｙｐｅｒ  Ｔｅｘｔ  Ｍａｒｋｕｐ  Ｌａｎｇｕａｇｅ）に変換後、ユーザが操作するクライアントＰＣ（Ｐｅｒｓｏｎａｌ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ）のブラウザに返送する。
（３）ユーザは得られたＨＴＭＬを見て、配列情報へリンクされた文字列に対して、必要な配列情報を判断し、必要と判断した配列情報へリンクされた文字列上に画面上のカーソルを移動し、マウスのクリックなどで配列情報の選択を行い、ブラウザを通してバイオ公共データベースに選択した配列情報のダウンロードを指示する。
（４）ブラウザはバイオ公共データベースから配列情報を取得し、ユーザのクライアントＰＣに配列情報をダウンロードし、ファイルとして格納する。
（５）ユーザは格納されたファイルをローカル環境の解析サーバへ移動させ、所望の解析プログラムを実行する。
（６）ユーザは解析プログラムの出力した結果を得る。
ユーザは上記処理を繰り返して、必要な配列情報、解析結果を取得していた。
【０００４】
上記の従来技術を改良したものに以下のようなものがある。
まず、バイオ公共データベースに蓄積されたデータをダウンロードし、ローカル環境にミラーデータベースを構築する。
そして、それに対する検索を行うＷＥＢ  Ｉ／Ｆをもつサーバプログラムを開発する。
ユーザは、バイオ公共データベースではなく、そのサーバプログラムのＷＥＢ  Ｉ／Ｆを用いて検索を実行する。
サーバプログラムは独自に開発することで、例えば検索結果を他の解析プログラムの入力とできるようなＷＥＢ  Ｉ／Ｆを開発することで、ユーザが手作業により、解析プログラムに配列情報を移動させたり、解析プログラムの実行コマンドを入力する必要を無くしたものである。この手順を以下に説明する。
【０００５】
図２は、従来技術におけるバイオ公共データベースの利用手順を示す図である。
図２において、（１）サーバプログラムは、あらかじめバイオ公共データベースの配列情報をダウンロードし、ローカルなデータベースを構築する。
（２）ユーザはブラウザでサーバプログラムのインタフェースとなるＷＥＢページにアクセスし、ＷＥＢ  Ｉ／Ｆに検索情報を入力して、相同性検索もしくはキーワード検索を実行する。
（３）サーバプログラムは検索を実行し、その結果をＨＴＭＬに変換後、ユーザが操作するクライアントＰＣのブラウザに返送する。
（４）ユーザは得られたＨＴＭＬを見て、配列情報へリンクされた文字列に対して、必要な配列情報を判断し、必要と判断した配列情報へリンクされた文字列上に画面上のカーソルを移動し、マウスのクリックなどで配列情報の選択を行い、サーバプログラムに配列情報に対する解析プログラムの実行を指示する。
（５）サーバプログラムは、ユーザの選択した配列情報を入力とし、解析サーバ上でユーザの指示した解析プログラムを実行する。
（６）サーバプログラムは、解析プログラムの実行が終わると、解析サーバよりその結果を取得し、ＨＴＭＬに変換してクライアントＰＣのブラウザに返送する。
ユーザは上記処理を繰り返して、必要な配列情報、解析結果を取得していた。
【０００６】
図２に示す従来技術では、図１に示す従来技術に比べ以下のメリットを有した。
図１に示す従来技術では、バイオ公共データベースの検索結果を解析プログラムの入力とするために、取得した配列情報を手作業でクライアントＰＣにダウンロードし、さらに解析サーバにも手作業で移動させる必要があったが、図２に示す従来技術では、それをサーバプログラムにより自動化した。
図１に示す従来技術では、解析プログラムを実行するためにユーザがコマンドを手入力する必要があったが、図２に示す従来技術では、それをサーバプログラムにより自動化した。
図１に示す従来技術では、ユーザが得た解析プログラムの結果は、そのほとんどがテキストで表現される。しかし、図２に示す従来技術では、解析プログラムの結果をサーバプログラムによりＨＴＭＬに変換するため、サーバプログラムの実装によってはグラフィカルあるいはインタラクティブな表現も可能とした。
【０００７】
図２に示す従来技術は、バイオ公共データベースのデータをローカルにダウンロードし、データの検索が行えるミラーサイトを構築していた。バイオ公共データベースのデータは数ＧＢ（ギガバイト）〜数百ＧＢと非常に大きく、まだデータベースごとに仕様が異なる。したがってミラーサイトの構築には、高価なＨ／Ｗ（ハードウェア）と複雑なＳ／Ｗ（ソフトウェア）を必要とした。
またサーバプログラムのＷＥＢ  Ｉ／Ｆは、その機能上の相違からバイオ公共データベースのそれとは異なる。そのためユーザは、一般によく知られたバイオ公共データベースと異なるルックアンドフィールのアプリケーションの操作に慣れる必要がある。
【０００８】
バイオ公共データベースのミラーサイトの構築は高価であり利用は複雑な処理を要するという課題に対して、バイオ公共データベースのミラーデータベースを構築したメインサーバと検索のためのインデックスファイルを記憶する検索サーバとを備え、ユーザは検索サーバから検索を行い、検索サーバはインデックスファイルを使用してメインサーバからデータを取得するものがある（特許文献１）。
【０００９】
また、生物学的データに関して、調査結果を図表表示するものもある（特許文献２）。
【特許文献１】特開２００２−３６６５５３号公報
【特許文献２】特表２００３−５０９７７６号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
しかし、従来技術では、配列情報の入手や配列情報の解析のためには、配列情報の入手を行いたい核酸配列やアミノ酸配列に対して、ユーザが一つずつ核酸配列またはアミノ酸配列を検索用のインタフェースに入力する必要があった。
【００１１】
さらに、配列情報の表示や配列情報の解析結果の表示のために、ユーザが入手した配列情報と解析した解析結果を一つずつファイルとして記憶して、記憶したファイルの中から必要なファイルを探して開くことが必要であった。
【００１２】
また、例えば、任意のＷＥＢページやテキストファイルに示される核酸配列やアミノ酸配列についての配列情報の入手や配列情報の解析を行う場合も、ユーザがＷＥＢページやテキストファイルを目視し、ＷＥＢページやテキストファイルに示される核酸配列やアミノ酸配列を網羅し、網羅した核酸配列やアミノ酸配列を一つずつ検索用のインタフェースに入力する必要があった。
【００１３】
本発明は、上記の課題を解決するためになされたもので、ユーザによる検索用インタフェースへの入力無しに、配列情報の入手や配列情報の解析を行えるようにすることを目的とする。
【００１４】
また、ユーザによる配列情報ファイルおよび解析結果ファイルの記憶と、記憶したファイルを探して開くという処理無しに、配列情報の表示や配列情報の解析結果の表示を行えるようにすることを目的とする。
【００１５】
また、任意のＷＥＢページやテキストファイルに示される核酸配列やアミノ酸配列に対して、ユーザによるＷＥＢページやテキストファイルの目視や核酸配列、アミノ酸配列の網羅を無しに、核酸配列やアミノ酸配列を抽出できるようにすることを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１６】
本発明の配列情報抽出装置は、テキストデータを入力するテキスト入力部と、テキスト入力部が入力したテキストデータに含まれる文字列から、核酸配列の候補文字列とアミノ酸配列の候補文字列との少なくともいずれかの候補文字列を抽出する候補文字列抽出部と、候補文字列抽出部が抽出した候補文字列に対して、候補文字列に相同する配列の配列情報をデータベースから取得する配列情報取得部とを備えたことを特徴とする。
【００１７】
さらに、上記候補文字列抽出部が抽出した候補文字列と、上記配列情報取得部が取得した配列情報とをリンクさせた情報リンクファイルを生成する情報リンクファイル生成部を備えたことを特徴とする。
【００１８】
さらに、上記配列情報取得部が取得した相同する配列の配列情報に対して、配列の相同スコアを判定するスコア判定部を備え、上記情報リンクファイル生成部は、上記候補文字列抽出部が抽出した候補文字列と、上記配列情報取得部が取得した配列情報でありスコア判定部が判定した相同スコアの高い配列の配列情報とをリンクさせた情報リンクファイルを生成することを特徴とする。
【００１９】
さらに、上記配列情報取得部が取得した配列情報に対して、配列を解析する配列解析部と、上記候補文字列抽出部が抽出した候補文字列と、配列解析部が解析した解析結果とをリンクさせた解析リンクファイルを生成する解析リンクファイル生成部とを備えたことを特徴とする。
【００２０】
さらに、上記配列情報取得部が取得した相同する配列の配列情報に対して、配列の相同スコアを判定するスコア判定部を備え、上記配列解析部は、上記配列情報取得部が取得した情報の配列であり、スコア判定部が判定した相同スコアの高い配列を解析することを特徴とする。
【００２１】
上記候補文字列抽出部は、上記テキスト入力部が入力したテキストデータに含まれる文字列に対して、核酸配列を構成する文字を組み合わせた文字列を核酸配列の候補文字列とする判定と、アミノ酸配列を構成する文字を組み合わせた文字列をアミノ酸配列の候補文字列とする判定との少なくともいずれかの判定を行う候補文字列判定部を備えて候補文字列を抽出することを特徴とする。
【００２２】
上記テキスト入力部はマークアップ言語ソースコードをテキストデータとして入力し、上記候補文字列抽出部は、上記テキスト入力部が入力したマークアップ言語ソースコード内のタグで括られた文字列を抽出するタグ文字列抽出部と、タグ文字列抽出部が抽出した文字列に対して、核酸配列を構成する文字を組み合わせた文字列を核酸配列の候補文字列とする判定と、アミノ酸配列を構成する文字を組み合わせた文字列をアミノ酸配列の候補文字列とする判定との少なくともいずれかの判定を行う候補文字列判定部とを備えて候補文字列を抽出することを特徴とする。
【００２３】
本発明の配列情報抽出装置は、データベースから出力されるマークアップ言語ソースコードであり、配列情報を示すマークアップ言語ソースコードをテキストデータとして入力するテキスト入力部と、テキスト入力部が入力したマークアップ言語ソースコード内の記述形式を判定するソースコード形式判定部と、ソースコード形式判定部が判定した記述形式に基づいて、マークアップ言語ソースコードの示す配列情報を抽出する配列情報抽出部と、配列情報抽出部が抽出した配列情報に対して、配列を解析する配列解析部とを備えたことを特徴とする。
【００２４】
さらに、上記テキスト入力部が入力したマークアップ言語ソースコードの示す配列情報と、上記配列解析部が解析した解析結果とをリンクさせた解析リンクファイルを生成する解析リンクファイル生成部を備えたことを特徴とする。
【００２５】
本発明の配列情報抽出方法は、テキストデータを入力するテキスト入力工程と、テキスト入力工程で入力したテキストデータに含まれる文字列から、核酸配列の候補文字列とアミノ酸配列の候補文字列との少なくともいずれかの候補文字列を抽出する候補文字列抽出工程と、候補文字列抽出工程で抽出した候補文字列に対して、候補文字列に相同する配列の配列情報をデータベースから取得する配列情報取得工程とを実行することを特徴とする。
【００２６】
本発明の配列情報抽出方法は、データベースから出力されるマークアップ言語ソースコードであり、配列情報を示すマークアップ言語ソースコードをテキストデータとして入力するテキスト入力工程と、テキスト入力工程で入力したマークアップ言語ソースコード内の記述形式を判定するソースコード形式判定工程と、ソースコード形式判定工程で判定した記述形式に基づいて、マークアップ言語ソースコードの示す配列情報に対して、配列を解析する配列解析工程とを実行することを特徴とする。
【００２７】
本発明の配列情報抽出プログラムは、上記配列情報抽出方法をコンピュータに実行させる。
【発明の効果】
【００２８】
本発明によれば、ユーザによる検索用インタフェースへの入力無しに、配列情報の入手や配列情報の解析を行うことができる。
【００２９】
また、ユーザによる配列情報ファイルおよび解析結果ファイルの記憶と、記憶したファイルを探して開くという処理無しに、配列情報の表示や配列情報の解析結果の表示を行うことができる。
【００３０】
また、任意のＷＥＢページやテキストファイルに示される核酸配列やアミノ酸配列に対して、ユーザによるＷＥＢページやテキストファイルの目視や核酸配列、アミノ酸配列の網羅を無しに、核酸配列やアミノ酸配列を抽出できる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００３１】
実施の形態１．
図３は、実施の形態１におけるバイオ公共データベースの利用手順を示す図である。
図３において、（１）配列情報抽出装置１００はＷＥＢブラウザ２１０に表示されるＷＥＢページのＨＴＭＬソースコードを入力し、ＨＴＭＬソースコードから核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列を抽出する。
（２）配列情報抽出装置１００は抽出した文字列の示す核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報をバイオ公共データベース２００に要求する。
（３）バイオ公共データベース２００は配列情報抽出装置１００の要求に対して配列情報を返送する。
（４）配列情報抽出装置１００はバイオ公共データベース２００から返信された配列情報を入力として解析プログラムを実行し、（１）でＨＴＭＬソースコードから抽出した解析対象である核酸配列またはアミノ酸配列と、解析結果とをリンクしたＨＴＭＬソースコードを作成し、ＷＥＢブラウザ２１０にＷＥＢページとして表示する。
配列情報抽出装置１００は上記処理をＨＴＭＬソースコードに含まれる各核酸配列、各アミノ酸配列に対して行う。これにより、ユーザは必要な配列情報、解析結果を取得することができ、また、ＷＥＢページに表示された核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列の上にカーソルを移動し、マウスのクリックなどを行って解析結果を参照することもできる。
【００３２】
図４は、実施の形態１における配列情報抽出装置１００の外観を示す図である。
図４において、配列情報抽出装置１００は、システムユニット９１０、ＣＲＴ（Ｃａｔｈｏｄｅ  Ｒａｙ  Ｔｕｂｅ）表示装置９０１、キーボード（Ｋ／Ｂ）９０２、マウス９０３、コンパクトディスク装置（ＣＤＤ）９０５、プリンタ装置９０６、スキャナ装置９０７を備え、これらはケーブルで接続されている。
さらに、配列情報抽出装置１００は、ＦＡＸ機９３２、電話器９３１とケーブルで接続され、また、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）９４２、ウェブサーバ９４１を介してインターネット９４０に接続されている。
【００３３】
図５は、実施の形態１における配列情報抽出装置１００のハードウェア構成図である。
図５において、配列情報抽出装置１００は、プログラムを実行するＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ  Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  Ｕｎｉｔ）９１１を備えている。ＣＰＵ９１１は、バス９１２を介してＲＯＭ９１３、ＲＡＭ９１４、通信ボード９１５、ＣＲＴ表示装置９０１、Ｋ／Ｂ９０２、マウス９０３、ＦＤＤ（Ｆｌｅｘｉｂｌｅ  Ｄｉｓｋ  Ｄｒｉｖｅ）９０４、磁気ディスク装置９２０、ＣＤＤ９０５、プリンタ装置９０６、スキャナ装置９０７と接続されている。
ＲＡＭ９１４は、揮発性メモリの一例である。ＲＯＭ９１３、ＦＤＤ９０４、ＣＤＤ９０５、磁気ディスク装置９２０、光ディスク装置は、不揮発性メモリの一例である。これらは、記憶装置あるいは記憶部の一例である。
通信ボード９１５は、ＦＡＸ機９３２、電話器９３１、ＬＡＮ９４２等に接続されている。
例えば、通信ボード９１５、Ｋ／Ｂ９０２、スキャナ装置９０７、ＦＤＤ９０４などは、情報入力部の一例である。
また、例えば、通信ボード９１５、ＣＲＴ表示装置９０１などは、出力部の一例である。
【００３４】
ここで、通信ボード９１５は、ＬＡＮ９４２に限らず、直接、インターネット９４０、或いはＩＳＤＮ等のＷＡＮ（ワイドエリアネットワーク）に接続されていても構わない。直接、インターネット９４０、或いはＩＳＤＮ等のＷＡＮに接続されている場合、配列情報抽出装置１００は、インターネット９４０、或いはＩＳＤＮ等のＷＡＮに接続され、ウェブサーバ９４１は不用となる。
磁気ディスク装置９２０には、オペレーティングシステム（ＯＳ）９２１、ウィンドウシステム９２２、プログラム群９２３、ファイル群９２４が記憶されている。プログラム群９２３は、ＣＰＵ９１１、ＯＳ９２１、ウィンドウシステム９２２により実行される。
【００３５】
上記プログラム群９２３には、以下に述べる実施の形態の説明において「〜部」として説明する機能を実行するプログラムが記憶されている。プログラムは、ＣＰＵ９１１により読み出され実行される。
ファイル群９２４には、以下に述べる実施の形態の説明において、「〜の判定結果」、「〜の計算結果」、「〜の処理結果」として説明するものが、「〜ファイル」として記憶されている。
また、以下に述べる実施の形態の説明において説明するフローチャートの矢印の部分は主としてデータの入出力を示し、そのデータの入出力のためにデータは、磁気ディスク装置９２０、ＦＤ（Ｆｌｅｘｉｂｌｅ  Ｄｉｓｋ  ｃａｒｔｒｉｄｇｅ）、光ディスク、ＣＤ（コンパクトディスク）、ＭＤ（ミニディスク）、ＤＶＤ（Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｖｅｒｓａｔｉｌｅ  Ｄｉｓｋ）等のその他の記録媒体に記録される。あるいは、信号線やその他の伝送媒体により伝送される。
【００３６】
また、以下に述べる実施の形態の説明において「〜部」として説明するものは、ＲＯＭ９１３に記憶されたファームウェアで実現されていても構わない。或いは、ソフトウェアのみ、或いは、ハードウェアのみ、或いは、ソフトウェアとハードウェアとの組み合わせ、さらには、ファームウェアとの組み合わせで実施されても構わない。
【００３７】
また、以下に述べる実施の形態を実施するプログラムは、磁気ディスク装置９２０、ＦＤ、光ディスク、ＣＤ、ＭＤ、ＤＶＤ等のその他の記録媒体による記録装置を用いて記憶されても構わない。
【００３８】
実施の形態１における配列情報抽出装置１００は、図３に示した処理を含めて以下のような処理を行うことができる。
（１）任意のテキストデータを入力し、テキストデータに含まれる核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列を抽出し、核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報を取得し、核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列とその配列情報とをリンクさせた情報リンクファイルを作成する。
（２）任意のＨＴＭＬソースコードを入力し、ＨＴＭＬソースコードのＨＴＭＬタグに括られた文字列の中から核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列を抽出し、核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報を取得し、核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列とその配列情報とをリンクさせた情報リンクファイルを作成する。
（３）バイオ公共データベースを使用した配列情報の検索結果を示すＨＴＭＬソースコードを入力し、ＨＴＭＬソースコードに示される配列情報を取得し、配列情報に対して配列を解析し、配列情報と解析結果とをリンクさせた解析リンクファイルを作成する。
（４）任意のテキストデータを入力し、テキストデータに含まれる核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列を抽出し、核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報を取得し、配列情報に対して配列を解析し、核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列とその解析結果とをリンクさせた解析リンクファイルを作成する。
（５）任意のＨＴＭＬソースコードを入力し、ＨＴＭＬソースコードのＨＴＭＬタグに括られた文字列の中で核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列を抽出し、核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報を取得し、配列情報に対して配列を解析し、核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列とその解析結果とをリンクさせた解析リンクファイルを作成する。
【００３９】
図６は、実施の形態１における配列情報抽出装置１００の構成図である。
図７は、実施の形態１における配列情報抽出方法の処理の流れを示す図である。
配列情報抽出装置１００の処理（１）〜（５）について、図６と図７に基づいて以下に説明する。
【００４０】
まず、（１）任意のテキストデータを入力し、テキストデータに含まれる核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列を抽出し、核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報を取得し、核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列とその配列情報とをリンクさせた情報リンクファイルを作成することについて説明する。
【００４１】
配列情報抽出装置１００の構成について図６に基づいて説明する。ここでは配列情報抽出装置の処理（１）の処理に関する構成部分を説明する。
記憶部１０４は、テキストデータやＨＴＭＬソースコードや配列情報やリンクファイルなどの配列情報抽出装置１００が使用する各種データを記憶する。また、配列情報抽出装置１００を構成する各部の出力するデータも記憶部１０４に記憶され、各部の入力データとなる。
ブラウザ実行部１０１は、記憶部１０４に記憶されたＨＴＭＬソースコードやリンクファイルなどをＷＥＢブラウザ２１０にＷＥＢページとして表示する。
エディタ実行部１０５は、記憶部１０４に記憶されたテキストデータをテキストエディタ２２０に表示する。
ユーザＩ／Ｆ部１０３は、ユーザの指定する処理命令のデータを入力し、入力した処理命令データを記憶部１０４に記憶し、またテキスト入力部１１０に出力する。
ここで、ユーザＩ／Ｆ部１０３は、テキストエディタ２２０に表示されたテキストデータに含まれる核酸配列およびアミノ酸配列の配列情報の取得を示す処理命令データをユーザから入力されたものとして以下の説明をする。
ユーザＩ／Ｆ部１０３は、ＷＥＢブラウザ２１０やテキストエディタ２２０に備えられたツールバーのような形態が好ましい。
【００４２】
テキスト入力部１１０は、ユーザＩ／Ｆ部１０３が出力した処理命令データに基づいて、エディタ実行部１０５が表示するテキストデータを記憶部１０４から取得し、取得したテキストデータを入力とする。さらに、入力したテキストデータをソースコード形式判定部１２０に出力する。
ソースコード形式判定部１２０は、テキスト入力部１１０が出力したテキストデータの形式を判定し処理を切り換える。
テキストデータの形式がＨＴＭＬソースコードでない場合には候補文字列抽出部１３０の候補文字列判定部１３１にテキストデータを出力することで処理を切り換える。
【００４３】
候補文字列抽出部１３０は、候補文字列判定部１３１を備え、ソースコード形式判定部１２０が出力したテキストデータから、核酸配列の候補文字列またはアミノ酸配列の候補文字列を抽出する。さらに、抽出した候補文字列を配列情報取得部１５０に出力する。
候補文字列判定部１３１は、ソースコード形式判定部１２０が出力したテキストデータから、核酸配列の候補文字列またはアミノ酸配列の候補文字列を抽出する。さらに、抽出した候補文字列を配列情報取得部１５０に出力する。
候補文字列判定部１３１は、Ａ（アデニン）、Ｔ（チミン）、Ｇ（グアニン）、Ｃ（シトシン）の４つの文字（以下、ＤＮＡ構成文字とする）から構成される文字列をＤＮＡ核酸配列の候補文字列（以下、ＤＮＡ候補文字列とする）として抽出する。
また、Ａ（アデニン）、Ｕ（ウラシル）、Ｇ（グアニン）、Ｃ（シトシン）の４つの文字（以下、ＲＮＡ構成文字）から構成される文字列をＲＮＡ核酸配列の候補文字列（以下、ＲＮＡ候補文字列とする）として抽出する。
また、Ａ（アラニン（Ａｌａ））、Ｖ（バリン（Ｖａｌ））、Ｌ（ロイシン（Ｌｅｕ））、Ｉ（イソロイシン（Ｉｌｅ））、Ｆ（フェニルアラニン（Ｐｈｅ））、Ｗ（トリプトファン（Ｔｒｐ））、Ｍ（メチオニン（Ｍｅｔ））、Ｐ（プロリン（Ｐｒｏ））、Ｇ（グリシン（Ｇｌｙ））、Ｙ（チロシン（Ｔｙｒ））、Ｓ（セリン（Ｓｅｒ））、Ｔ（スレオニン（Ｔｈｒ））、Ｃ（システイン（Ｃｙｓ））、Ｎ（アスパラギン（Ａｓｎ））、Ｑ（グルタミン（Ｇｌｎ））、Ｋ（リシン（Ｌｙｓ））、Ｒ（アルギニン（Ａｒｇ））、Ｈ（ヒスチジン（Ｈｉｓ））、Ｄ（アスパラギン酸（Ａｓｐ））、Ｅ（グルタミン酸（Ｇｌｕ））の２０の文字（以下、アミノ酸構成文字とする）から構成される文字列をアミノ酸配列の候補文字列（以下、アミノ酸候補文字列とする）として抽出する。
【００４４】
例えば、形態素解析を行ってテキストデータから単語を抽出し、抽出した単語に対して、ＤＮＡ構成文字以外の文字が含まれるか判定し、判定した結果、ＤＮＡ構成文字以外の文字が含まれない単語をＤＮＡ候補文字列として抽出する。
ＲＮＡ候補文字列、アミノ酸候補文字列も同様にして抽出する。
【００４５】
また例えば、テキストデータに対してＤＮＡ構成文字の検索を行い、検索した文字の次の文字がＤＮＡ構成文字であるか判定し、判定した結果、次の文字がＤＮＡ構成文字の場合は、さらに次の文字がＤＮＡ構成文字のいずれかであるか判定し、ＤＮＡ構成文字が３文字以上連続する場合、その文字列をＤＮＡ候補文字列として抽出する。
ＲＮＡ候補文字列、アミノ酸候補文字列も同様にして抽出する。
この場合の連続する構成文字数は３文字に限らず任意である。
【００４６】
配列情報取得部１５０は、候補文字列抽出部１３０の候補文字列判定部１３１が出力した候補文字列に対して、候補文字列に相同するＤＮＡ核酸配列またはＲＮＡ核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報をバイオ公共データベースで検索する。さらに、検索した配列情報を取得しスコア判定部１６０に出力する。
バイオ公共データベースには、ＮＣＢＩやＤＤＢＪやＧｅｎＢａｎｋなどがある。
配列情報取得部１５０は、ＮＣＢＩとＤＤＢＪとＧｅｎＢａｎｋのいずれかから配列情報を取得してもよいし、その他のデータベースから配列情報を取得してもよい。使用するデータベースに合わせて検索処理、配列情報取得処理を行う。
また、配列情報取得部１５０が取得する配列情報とは、配列情報の内容を示すデータでもよいし、配列情報の内容を示すデータにリンクされたリンク情報でもよい。
また、配列情報取得部１５０がスコア判定部１６０に出力する配列情報は、候補文字列抽出部１３０が出力した各候補文字列とそれぞれの配列情報とを関連付けたテーブルとする。
【００４７】
図８は、実施の形態１における配列情報の内容を示す図である。
ＮＣＢＩやＤＤＢＪやＧｅｎＢａｎｋなどのバイオ公共データベースから取得する配列情報には図８に示すような情報が含まれる。
【００４８】
分類としてアノテーションと配列とがある。
アノテーションは、配列に付加された自然言語の説明文、もしくは遺伝子名等の記号である。
配列（Ｓｅｑｕｅｎｃｅ）は、文字列で表されるヌクレオチドあるいはアミノ酸の配列である。ヌクレオチドはＤＮＡ候補文字またはＲＮＡ候補文字を示し、ヌクレオチドの配列はＤＮＡ核酸配列またはＲＮＡ核酸配列のことである。
【００４９】
ｅｎｔｒｙｉｄは、整数で表される、配列情報の行を識別するユニークな数値である。
ｐｒａｉａｃｃは、文字列で表される、バイオ公共データベースが配列に付加した識別コードのうち、代表的なものである。
ａｃｃｅｓｓｉｏｎは、文字列で表される、バイオ公共データベースが配列に付加した識別コードである。これは複数存在する場合がある。
ｌｏｃｕｓは、文字列で表される、配列の染色体上の位置を表す記号である。
ｇｉは、整数で表される、ＧｅｎＢａｎｋが配列を管理するために付加した識別コードである。
ｌｅｎｇｔｈは、整数で表される、配列の長さである。
ｓｔｒａｎｄは、文字列で表される、生体内で翻訳される配列の向きである。
ｍｏｌｔｙｐｅは、文字列で表される、配列が塩基配列かアミノ酸配列かを示す識別コードである。塩基配列はＤＮＡ核酸配列またはＲＮＡ核酸配列のことである。
ｃｉｒｃｕｌａｒは、文字列で表される、線状配列か環状配列かを示す識別コードである。
ｄｉｖｉｓｉｏｎは、文字列で表される、配列の分類を示す記号である。
ｃｄａｔｅは、配列のエントリの作成された日付である。
ｕｄａｔｅは、配列のエントリの更新された日付である。
ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎは、文字列で表される、配列に付加された自然言語の説明文である。
ｋｅｙｗｏｒｄは、文字列で表される、配列の特質を表現する単語の組である。
ｓｏｕｒｃｅは、文字列で表される、配列が採取された生物の生物種あるいは器官等の情報である。
ｏｒｇａｎｉｓｍは、文字列で表される、配列が採取された生物の生物種である。
ｔａｘｏｎｏｍｙは、文字列で表される、配列が採取された生物の生物学的分類である。
ｔａｘｉｄは、文字列で表される、生物種を特定する識別コードである。ｔａｘｏｎｏｍｙデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｔａｘｏｎｏｍｙ／ｔａｘｏｎｏｍｙｈｏｍｅ．ｈｔｍｌ／）で規定されている。
ｃｏｍｍｅｎｔは、文字列で表される、配列に対する付加的な自然言語の説明文である。
【００５０】
上記の他に、配列情報にはホモロジーサーチ、すなわちＢＬＡＳＴを使用した相同性検索の相同スコアが含まれる。この相同スコアにはＥ−ｖａｌｕｅ、ｂｉｔスコア、％ｉｄがある。
Ｅ−ｖａｌｕｅは、その配列が照合ＤＢ中に偶発的に存在する確率であり、値が小さい方ほどホモロジーが高い。通常、Ｅ−ｖａｌｕｅ＜０．００１で有意なホモロジーが有るとされている。以下、値が小さくホモロジーが高いことを相同スコアが高いとする。
ｂｉｔスコアは、マッチした文字列のスコアを加算したものである。値が大きいほどホモロジーが高い。値は底が２のＬｏｇである。
％ｉｄは、文字列が一致しているパーセントである。通常、アミノ酸で３０％以上一致していれば、立体構造が類似、つまり生化学的機能に類似性が期待できるとされている。
【００５１】
図６において、スコア判定部１６０は、配列情報取得部１５０が出力した配列情報に含まれるホモロジーサーチの相同スコアの判定を行う。さらに、スコアの判定結果に基づいて配列情報を処理切換部１０６に出力する。
相同スコアの判定では、基準の相同スコアを超える場合、つまりホモロジーの高い場合に、配列情報取得部１５０によりバイオ公共データベースで検索された候補文字列を、ＤＮＡ核酸配列またはＲＮＡ核酸配列またはアミノ酸配列と判定し、検索した配列情報を処理切換部１０６に出力する。さらに、ＤＮＡ核酸配列またはＲＮＡ核酸配列またはアミノ酸配列と判定した候補文字列の配列情報が複数存在した場合、最も高い相同スコアの配列情報を判定結果としてもよい。
例えば、基準の相同スコアをＥ−ｖａｌｕｅ＜０．００１として相同スコアを判定する。
また、Ｅ−ｖａｌｕｅとｂｉｔスコアと％ｉｄとのそれぞれに任意の係数を掛けて、それらの合計値により相同スコアを判定してもよい。
【００５２】
処理切換部１０６は、ユーザＩ／Ｆ部１０３が入力した処理命令データを記憶部１０４から取得し、処理命令データに基づいて処理を切り換える。
処理命令データが配列情報の取得を示す場合は、スコア判定部１６０が出力した配列情報を情報リンクファイル生成部１７０に出力することで処理を切り換える。
【００５３】
情報リンクファイル生成部１７０は、ユーザＩ／Ｆ部１０３が入力した処理命令データを記憶部１０４から取得し、取得した処理命令データと、処理切換部１０６が出力した配列情報とに基づいてリンクファイルを生成し、生成したリンクファイルを記憶部１０４に記憶する。
例えば、処理命令データが、テキストエディタ２２０に表示されたテキストデータに含まれる核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報の取得を示す場合、テキストエディタ２２０に表示されたテキストデータを記憶部１０４から取得してコピーする。
さらに、コピーしたテキストデータにヘッダタグを挿入しＨＴＭＬソースコードを生成する。
さらに、候補文字列抽出部１３０が出力した候補文字列を、生成したＨＴＭＬソースコードから検索し、ＨＴＭＬソースコードで検索した候補文字列に、スコア判定部１６０がホモロジーが高いと判定した配列の配列情報をリンクしたタグを、生成したＨＴＭＬソースコードに挿入する。
【００５４】
例えば、配列情報取得部１５０が、取得した配列情報と、候補文字列抽出部１３０の出力した候補文字列とを関連付けたテーブルを配列情報としてスコア判定部１６０に出力することで、情報リンクファイル生成部１７０は、処理切換部１０６の出力した配列情報から上記のような処理により情報リンクファイルであるＨＴＭＬソースコードを生成することができる。
また、候補文字列抽出部１３０は、抽出した候補文字列と、その候補文字列のテキストデータ内での位置を示したポインタとを関連付けたテーブルを候補文字列として配列情報取得部１５０に出力し、情報リンクファイル生成部１７０は、ポインタの示すテキストデータ位置に配列情報をリンクしたタグを挿入してもよい。
候補文字列への配列情報のリンクについて、バイオ公共データベース２００の提供する配列情報のＷＥＢページのアドレスをリンク情報としてタグを挿入してもよい。
また、配列情報取得部１５０が、バイオ公共データベース２００の提供する配列情報のＷＥＢページから配列情報を取得して記憶部１０４に記憶し、記憶部１０４に記憶された配列情報の記憶位置をリンク情報としてタグを挿入してもよい。
また、スコア判定部１６０が最も相同スコアが高いと判定した配列情報のみをリンクしてもよいし、スコア判定部１６０が基準を超える相同スコアであると判定した複数の配列情報をリンクしてもよい。
【００５５】
配列情報抽出方法の処理の流れについて図７に基づいて説明する。ここでは配列情報抽出装置の処理（１）に関して説明する。
まず、Ｓ１で以下の処理を行う。
ユーザＩ／Ｆ部１０３はユーザの指定する処理命令データを入力する。
ここで、ユーザＩ／Ｆ部１０３は、テキストエディタ２２０に表示されたテキストデータに含まれる核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報の取得を示す処理命令データをユーザから入力されたものとして以下の説明をする。
テキスト入力部１１０は、ユーザＩ／Ｆ部１０３の入力した処理命令データに基づいて、テキストエディタ２２０に表示されたテキストデータを入力する。
ソースコード形式判定部１２０は、テキスト入力部１１０が入力したテキストデータの形式がＨＴＭＬソースコードでないと判定し、候補文字列抽出部１３０の候補文字列判定部１３１を起動する。テキストデータを候補文字列判定部１３１の入力とする。
候補文字列判定部１３１は、テキストデータからＤＮＡ候補文字列、ＲＮＡ候補文字列、アミノ酸候補文字列を抽出し、抽出した候補文字列を記憶部１０４に記憶する。
【００５６】
次に、Ｓ５で以下の処理を行う。
配列情報取得部１５０は、記憶部１０４に記憶された各候補文字列について外部データベースを参照する。
外部データベースとは、ＮＣＢＩやＤＤＢＪなどのバイオ公共データベース２００のことであり、外部データベースの参照とは、ホモロジーサーチや配列情報の取得を行うことである。
【００５７】
次に、Ｓ６で以下の処理を行う。
外部データベースは、各候補文字列について、核酸配列の配列情報を記憶する核酸データベースと、アミノ酸配列の配列情報を記憶するアミノ酸データベースを使用してホモロジーサーチを行う。
さらに、ホモロジーサーチの結果として、各候補文字列に相同する配列の配列情報を配列情報抽出装置１００の配列情報取得部１５０に返送する。配列情報には、Ｅ−ｖａｌｕｅやｂｉｔスコアや％ｉｄといった相同スコアが含まれる。
【００５８】
次に、Ｓ７で以下の処理を行う。
配列情報取得部１５０は、外部データベースから取得した配列情報をスコア判定部１６０に出力する。
スコア判定部１６０は、配列情報に含まれる相同スコアに基づいて、各候補文字列から核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列を判定する。
【００５９】
次に、Ｓ８で以下の処理を行う。
処理切換部１０６は、Ｓ１でユーザＩ／Ｆ部１０３の入力したユーザの処理命令データが配列情報の取得であると判定し、情報リンクファイル生成部１７０を起動する。
【００６０】
次に、Ｓ９で以下の処理を行う。
情報リンクファイル生成部１７０は、スコア判定部１６０が核酸配列またはアミノ酸配列だと判定したテキストデータ内の文字列に対してリンク情報を、配列情報取得部１５０が外部データベースから取得した配列情報から取得する。
ここで、配列情報から取得するリンク情報を、外部データベースの提供する配列情報を示すＷＥＢページのアドレスとする。ただし、ＷＥＢページのアドレスに限らない。例えば、配列情報取得部１５０が配列情報の内容を記憶部１０４に記憶し、記憶部１０４内での配列情報の記憶位置をリンク情報としてもよい。
【００６１】
次に、Ｓ１０で以下の処理を行う。
情報リンクファイル生成部１７０は、取得したリンク情報を、テキスト入力部１１０が入力したテキストデータの対象文字列部分にハイパーリンクするタグを挿入し、ＨＴＭＬソースコードを生成する。
ブラウザ実行部１０１は、生成されたＨＴＭＬソースコードの示すＷＥＢページをＷＥＢブラウザ２１０に表示する。
ユーザは、ＷＥＢブラウザ２１０に表示されたＷＥＢページ上で、ＷＥＢページに表示された各核酸配列や各アミノ酸配列のハイパーリンク部分を指定し、それぞれの配列情報を参照することができる。
【００６２】
上記説明では、配列情報抽出装置１００の処理（１）について説明した。
次に、（２）任意のＨＴＭＬソースコードを入力し、ＨＴＭＬソースコードのＨＴＭＬタグに括られた文字列の中から核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列を抽出し、核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報を取得し、核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列とその配列情報とをリンクさせた情報リンクファイルを作成することについて説明する。
【００６３】
配列情報抽出装置１００の構成について図６に基づいて説明する。ここでは配列情報抽出装置１００の処理（２）に関する構成について（１）の説明と異なる部分を説明する。
ブラウザ実行部１０１は、ＷＥＢブラウザ２１０へのＷＥＢページの表示が終了するとシグナルをシグナル受信部１０２に出力する。
シグナル受信部１０２は、ブラウザ実行部１０１が出力したシグナルを受信すると、テキスト入力部１１０を起動する。
テキスト入力部１１０は、シグナル受信部１０２に起動されると、ＷＥＢブラウザ２１０にＷＥＢページとして表示されるＨＴＭＬソースコードを記憶部１０４から取得し、取得したＨＴＭＬソースコードをテキストデータとして入力する。さらに、入力したテキストデータをソースコード形式判定部１２０に出力する。
【００６４】
ソースコード形式判定部１２０は、テキスト入力部１１０が出力したテキストデータの形式がＨＴＭＬソースコードである場合、ＨＴＭＬソースコードが示すＷＥＢページがバイオ公共データベースの提供する配列情報検索結果のＷＥＢページか判定する。判定した結果、バイオ公共データベースの提供する配列情報検索結果のＷＥＢページでない場合、候補文字列抽出部１３０のタグ文字列抽出部１３２にＨＴＭＬソースコードを出力することで処理を切り換える。
例えば、各バイオ公共データベースの提供する配列情報検索結果のＷＥＢページを示すＨＴＭＬソースコード内のヘッダタグで括られた文字列を記憶部１０４に記憶し、判定するＨＴＭＬソースコード内のヘッダタグで括られた文字列と、記憶部１０４に記憶された各バイオ公共データベースの提供する配列情報検索結果のＷＥＢページを示すＨＴＭＬソースコード内のヘッダタグで括られた文字列とを比較することで判定を行う。
【００６５】
候補文字列抽出部１３０は、候補文字列判定部１３１に加え、タグ文字列抽出部１３２を備える。
タグ文字列抽出部１３２は、ソースコード形式判定部１２０が出力したＨＴＭＬソースコード内のタグで括られた文字列を抽出する。さらに、抽出した文字列を候補文字列判定部１３１に出力する。
候補文字列判定部１３１は、タグ文字列抽出部１３２の出力した文字列がＤＮＡ候補文字列またはＲＮＡ候補文字列またはアミノ酸候補文字列か判定し、いずれかの候補文字列と判定した文字列を候補文字列として配列情報取得部１５０に出力する。
その他の部分は、配列情報抽出装置１００の処理（１）の説明と同様であり、配列情報取得部１５０は配列情報を取得し、情報リンクファイル生成部１７０は情報リンクファイルを生成する。
【００６６】
配列情報抽出方法の処理の流れについて図７に基づいて説明する。ここでは、配列情報抽出装置１００の処理（２）に関して（１）の説明と異なる部分を説明する。
まず、Ｓ２で以下の処理を行う。
ブラウザ実行部１０１は、任意のＷＥＢページのＷＥＢブラウザ２１０への表示を開始し、表示処理が終了した場合、シグナル受信部１０２にシグナルを出力する。
ここで、ＷＥＢブラウザ２１０に表示されたＷＥＢページは、バイオ公共データベースの提供する配列情報検索結果のＷＥＢページでないものとして以下の説明をする。
シグナル受信部１０２は、シグナルを受信した場合、テキスト入力部１１０を起動する。
テキスト入力部１１０は、ＷＥＢブラウザに表示されたＷＥＢページのＨＴＭＬソースコードをテキストデータとして入力する。
ソースコード形式判定部１２０は、テキスト入力部１１０が入力したテキストデータの形式がＨＴＭＬソースコードであると判定し、さらに、バイオ公共データベースの提供する配列情報検索結果のＷＥＢページのＨＴＭＬソースコードでないと判定し、候補文字列抽出部１３０のタグ文字列抽出部１３２を起動する。ＨＴＭＬソースコードをタグ文字列抽出部１３２の入力とする。
タグ文字列抽出部１３２は、ＨＴＭＬソースコード内のタグで括られた文字列を抽出する。
【００６７】
次に、Ｓ４で以下の処理を行う。
候補文字列判定部１３１は、タグ文字列抽出部１３２が抽出した文字列の中からＤＮＡ候補文字列、ＲＮＡ候補文字列、アミノ酸候補文字列を抽出し、抽出した候補文字列を記憶部１０４に記憶する。
その後の処理は、配列情報抽出装置１００の処理（１）の説明と同様である。
【００６８】
配列情報抽出装置１００の処理（２）では、ブラウザ実行部１０１の出力するＷＥＢブラウザにＷＥＢページを表示し終えたことを示すシグナルにより、テキスト入力部１１０がＨＴＭＬソースコードを入力し、配列情報抽出処理を始めた。
ただし、配列情報抽出装置１００の処理（１）のように、ユーザＩ／Ｆ部１０３のユーザの処理命令データの入力により、テキスト入力部１１０がＨＴＭＬソースコードを入力し、配列情報抽出処理を始めてもよい。
【００６９】
また、ＨＴＭＬソースコードを入力としたが、ＨＴＭＬソースコードに限らず他のマークアップ言語ソースコードを入力としてもよい。例えば、ＸＭＬソースコードでもよい。
【００７０】
上記説明では、配列情報抽出装置１００の処理（２）について説明した。
次に、（３）バイオ公共データベースを使用した配列情報の検索結果を示すＨＴＭＬソースコードを入力し、ＨＴＭＬソースコードに示される配列情報を取得し、配列情報に対して配列を解析し、配列情報と解析結果とをリンクさせた解析リンクファイルを作成することについて説明する。
【００７１】
配列情報抽出装置１００の構成について図６に基づいて説明する。ここでは配列情報抽出装置１００の処理（３）に関する構成について（１）および（２）の説明と異なる部分を説明する。
ソースコード形式判定部１２０は、テキスト入力部１１０が出力したテキストデータの形式がＨＴＭＬソースコードであり、さらにＨＴＭＬソースコードが示すＷＥＢページがバイオ公共データベースの提供する配列情報検索結果のＷＥＢページである場合、ＨＴＭＬソースコードの示すＷＥＢページが、いずれのバイオ公共データベースの提供する配列情報検索結果のＷＥＢページの形式であるか判定する。判定した形式に基づいて、配列情報抽出部１４０の備えるＨＴＭＬソースコードの各形式を処理する第１配列情報抽出構成部１４１１〜第ｎ配列情報抽出構成部１４１ｎのいずれかの配列情報抽出構成部にＨＴＭＬソースコードを出力することで処理を切り換える。
【００７２】
配列情報抽出部１４０は、第１配列情報抽出構成部１４１１〜第ｎ配列情報抽出構成部１４１ｎと配列情報編集部１４２とを備え、ＨＴＭＬソースコードと、ＨＴＭＬソースコードからリンクされたバイオ公共データベースのデータとから配列情報を抽出する。さらに、抽出した配列情報を配列解析部１８０に出力する。
【００７３】
第１配列情報抽出構成部１４１１〜第ｎ配列情報抽出構成部１４１ｎは、それぞれ異なる形式で、ソースコード形式判定部１２０が出力したＨＴＭＬソースコードと、ＨＴＭＬソースコードからリンクされたバイオ公共データベースのデータとから配列情報を抽出する。さらに、抽出した配列情報を配列情報編集部１４２に出力する。
図９、図１０、図１１、図１２、図１３は実施の形態１におけるバイオ公共データベースのＷＥＢページのＨＴＭＬソースコード形式を示す図である。
各配列情報抽出構成部の行う配列情報の抽出方法を図９〜図１３の各図に基づいて説明する。
図９は、ＮＣＢＩのＮｕｃｌｅｏｔｉｄｅ／Ｐｒｏｔｅｉｎ検索結果のＳｕｍｍａｒｙ表示のＨＴＭＬソースコード形式である。
ＷＥＢページの識別は、Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ検索結果の場合、ヘッダタグ内の”＜ｔｉｔｌｅ＞ＥｎｔｒｅｚＮｕｃｌｅｏｔｉｄｅ＜／ｔｉｔｌｅ＞”の記述を判定する。
Ｐｒｏｔｅｉｎ検索結果の場合は、”＜ｔｉｔｌｅ＞ＥｎｔｒｅｚＰｒｏｔｅｉｎ＜／ｔｉｔｌｅ＞”の記述を判定する。
ＨＴＭＬの構造は、Ｊａｖａ（登録商標）Ｓｃｒｉｐｔの記述を取り除くと図９に示すような構造である。
ＤＬタグ、ＤＴタグ、Ａ  ＨＲＥＦタグ、ＤＤタグを判定することで、「配列へのＵＲＬ」と「アノテーション」とを抽出し、「配列へのＵＲＬ」を用いてＨＴＴＰリクエストをＮＣＢＩに発行して配列を取得する。
【００７４】
図１０は、ＮＣＢＩのＮｕｃｌｅｏｔｉｄｅ検索結果のＦａｓｔＡ表示のＨＴＭＬソースコード形式である。
ＷＥＢページの識別は、ヘッダタグ内の”＜ＴＩＴＬＥ＞ＮＣＢＩ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｖｉｅｗｅｒ＜／ＴＩＴＬＥ＞”の記述を判定する。
ＨＴＭＬの構造は、Ｊａｖａ（登録商標）Ｓｃｒｉｐｔの記述を取り除くと図１０に示すような構造である。
ＰＲＥタグを判定することで、「アノテーション」と「配列」とを取得する。
【００７５】
図１１は、ＤＤＢＪのＳＲＳ検索結果のＳｅｑＳｉｍｐｌｅＶｉｅｗ表示のＨＴＭＬソースコード形式である。
ＷＥＢページの識別は、ヘッダタグ内の”＜ＴＩＴＬＥ＞Ｑｕｅｒｙ  Ｒｅｓｕｌｔ＜／ＴＩＴＬＥ＞”の記述を判定する。
ＨＴＭＬの構造は、Ｊａｖａ（登録商標）Ｓｃｒｉｐｔおよび不要なタグ属性等の記述を取り除くと図１１に示すような構造である。
ＴＲタグ、ＴＤタグ、Ａ  ＨＲＥＦタグを判定することで、「配列情報へのＵＲＬ」を抽出し、「配列情報へのＵＲＬ」が示すリンク先から配列情報を取得する。
【００７６】
図１２は、ＤＤＢＪのＳＲＳ検索結果のＦａｓｔＡ表示のＨＴＭＬソースコード形式である。
ＰＲＥタグを判定することで、「アノテーション」と「配列」とを取得する。
【００７７】
図１３は、ＤＤＢＪのＳＲＳ検索結果のＣｏｍｐｌｅｔｅ  Ｅｎｔｒｉｅｓ表示のＨＴＭＬソースコード形式である。
ＨＴＭＬの構造は、Ｊａｖａ（登録商標）Ｓｃｒｉｐｔおよび不要なタグ属性等の記述を取り除くと図１３に示すような構造である。
ＰＲＥタグを判定することで、「配列情報」を取得する。
【００７８】
その他のＷＥＢページにおいても同様にＨＴＭＬソースコード形式を判定し配列情報を取得する。
【００７９】
上記のようにして各配列情報抽出構成部が取得した配列情報を配列情報編集部１４２が入力する。
図６において、配列情報編集部１４２は、各ＷＥＢページから取得された配列情報を、ＷＥＢページに依存しない形式に変換し、また対応する配列を組み合わせて配列情報を作成する。さらに、作成した配列情報を配列解析部１８０に出力する。
例えば、作成する配列情報の形式を図８に示すようなフォーマットにする。
【００８０】
図１４は、実施の形態１における配列情報抽出部１４０のデータフローダイアグラムである。
図１４において、テキスト入力部１１０はブラウザ実行部１０１が出力すたＨＴＭＬ読み込み終了シグナルか、ユーザＩ／Ｆ部１０３が入力したユーザの処理命令データを入力とする。
ソースコード形式判定部１２０は、テキスト入力部１１０から起動される。また、ＷＥＢブラウザ２１０に表示されたＷＥＢページのＨＴＭＬソースコードを入力とする。
第１配列情報抽出構成部１４１１〜第ｎ配列情報抽出構成部１４１ｎは、ソースコード形式判定部１２０から起動される。また、ＷＥＢブラウザ２１０に表示されたＷＥＢページのＨＴＭＬソースコードを入力とする。また、配列とアノテーションとを含む配列情報を出力とする。
配列情報編集部１４２は、第１配列情報抽出構成部１４１１〜第ｎ配列情報抽出構成部１４１ｎから起動される。また、第１配列情報抽出構成部１４１１〜第ｎ配列情報抽出構成部１４１ｎが出力した配列情報を入力とする。また編集した配列情報を出力とする。
【００８１】
図６において、配列解析部１８０は、配列情報、特に配列情報に含まれる配列について解析し、解析結果を解析リンクファイル生成部１９０に出力する。
配列解析部１８０が行う解析処理は任意である。
【００８２】
解析リンクファイル生成部１９０は、配列情報抽出部１４０の配列情報抽出構成部が配列情報を抽出したＨＴＭＬソースコード内での配列情報または配列情報へのリンク情報の位置に、配列解析部１８０の解析結果をリンクしたタグを挿入した解析リンクファイルを生成し、生成した解析リンクファイルを記憶部１０４に記憶する。
リンクする情報を配列解析部１８０の解析結果とし、リンクファイルの生成について情報リンクファイル生成部１７０と同様である。
【００８３】
図６において、その他の部分は、配列情報抽出装置１００の処理（１）および（２）の説明と同様である。
【００８４】
配列情報抽出方法の処理の流れについて図７に基づいて説明する。ここでは、配列情報抽出装置１００の処理（３）に関して（１）および（２）の説明と異なる部分を説明する。
まず、Ｓ３で以下の処理を行う。
ブラウザ実行部１０１は、任意のＷＥＢページのＷＥＢブラウザ２１０への表示を開始し、表示処理が終了した場合、シグナル受信部１０２にシグナルを出力する。
ここで、ＷＥＢブラウザ２１０に表示されたＷＥＢページは、バイオ公共データベースの提供する配列情報検索結果のＷＥＢページであるものとして以下の説明をする。
シグナル受信部１０２は、シグナルを受信した場合、テキスト入力部１１０を起動する。
テキスト入力部１１０は、ＷＥＢブラウザに表示されたＷＥＢページのＨＴＭＬソースコードをテキストデータとして入力する。
ソースコード形式判定部１２０は、テキスト入力部１１０が入力したテキストデータの形式がＨＴＭＬソースコードであると判定し、さらに、いずれかのバイオ公共データベースの提供する配列情報検索結果のＷＥＢページのＨＴＭＬソースコードであると判定し、判定したＷＥＢページのＨＴＭＬソースコードを処理する配列情報抽出構成部を起動する。ＨＴＭＬソースコードを配列情報抽出構成部の入力とする。
配列情報抽出構成部は、ＨＴＭＬソースコードと、ＨＴＭＬソースコードからリンクされたバイオ公共データベースのデータとから配列情報を抽出する。
配列情報編集部１４２は、配列情報を編集し、編集した配列情報を記憶部１０４に記憶する。
【００８５】
次に、Ｓ１１で以下の処理を行う。
配列解析部１８０は、記憶部１０４に記憶された配列情報を入力とし、配列解析処理を行い、解析結果を記憶部１０４に記憶する。
【００８６】
次に、Ｓ１２で以下の処理を行う。
解析リンクファイル生成部１９０は、記憶部１０４に記憶された解析結果の記憶位置をリンク情報として取得する。
【００８７】
次に、Ｓ１０で以下の処理を行う。
解析リンクファイル生成部１９０は、取得したリンク情報を、テキスト入力部１１０が入力したＨＴＭＬソースコードの対象部分にハイパーリンクするタグを挿入し、ＨＴＭＬソースコードを生成する。
ブラウザ実行部１０１は、生成されたＨＴＭＬソースコードの示すＷＥＢページをＷＥＢブラウザ２１０に表示する。
ユーザは、ＷＥＢブラウザ２１０に表示されたＷＥＢページ上で、ＷＥＢページに表示された各核酸配列や各アミノ酸配列のハイパーリンク部分を指定し、それぞれの配列の解析結果を参照することができる。
【００８８】
上記説明では、配列情報抽出装置１００の処理（３）について説明した。
次に、（４）任意のテキストデータを入力し、テキストデータに含まれる核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列を抽出し、核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報を取得し、配列情報に対して配列を解析し、核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列とその解析結果とをリンクさせた解析リンクファイルを作成することについて説明する。
【００８９】
配列情報抽出装置１００の構成について図６に基づいて説明する。ここでは配列情報抽出装置１００の処理（４）に関する構成について（１）および（３）の説明と異なる部分を説明する。
ユーザＩ／Ｆ部１０３は、テキストエディタ２２０に表示されたテキストデータに含まれる核酸配列またはアミノ酸配列の解析結果の取得を示す処理命令データをユーザから入力されたものとして以下の説明をする。
処理切換部１０６は、処理命令データが解析結果の取得を示す場合は、スコア判定部１６０が出力した配列情報を配列解析部１８０に出力して処理を切り換える。
配列解析部１８０は、配列情報、特に配列情報に含まれる配列について解析し、解析結果を解析リンクファイル生成部１９０に出力する。
配列解析部１８０が行う解析処理は任意である。
解析リンクファイル生成部１９０は、候補文字列抽出部１３０が抽出した候補文字列のテキストデータ内での位置に、配列解析部１８０の解析結果をリンクしたタグを挿入した解析リンクファイルを生成し、生成した解析リンクファイルを記憶部１０４に記憶する。
リンクする情報を配列解析部１８０の解析結果とし、リンクファイルの生成について情報リンクファイル生成部１７０と同様である。
図６において、その他の部分は、配列情報抽出装置１００の処理（１）および（３）の説明と同様である。
【００９０】
配列情報抽出方法の処理の流れについて図７に基づいて説明する。ここでは、配列情報抽出装置１００の処理（４）に関して（１）および（３）の説明と異なる部分を説明する。
ユーザＩ／Ｆ部１０３は、テキストエディタ２２０に表示されたテキストデータに含まれる核酸配列またはアミノ酸配列の解析結果の取得を示す処理命令データをユーザから入力されたものとして以下の説明をする。
Ｓ１、Ｓ５、Ｓ６、Ｓ７の順で処理を行い、処理内容は配列情報抽出装置１００の処理（１）の説明と同様である。
【００９１】
次に、Ｓ８で以下の処理を行う。
処理切換部１０６は、Ｓ１でユーザＩ／Ｆ部１０３が入力したユーザの処理命令データが、解析結果の取得であると判定し、配列情報を記憶部１０４に記憶し、配列解析部１８０を起動する。
【００９２】
Ｓ８の処理後、Ｓ１１、Ｓ１２、Ｓ１０の順で処理を行い、処理内容は配列情報抽出装置１００の処理（３）の説明と同様である。
【００９３】
上記説明では、配列情報抽出装置１００の処理（４）について説明した。
次に、（５）任意のＨＴＭＬソースコードを入力し、ＨＴＭＬソースコードのＨＴＭＬタグに括られた文字列の中で核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列を抽出し、核酸配列またはアミノ酸配列の配列情報を取得し、配列情報に対して配列を解析し、核酸配列またはアミノ酸配列を示す文字列とその解析結果とをリンクさせた解析リンクファイルを作成することについて説明する。
【００９４】
配列情報抽出装置１００の構成について図６に基づいて説明する。
テキスト入力部１１０は、シグナル受信部１０２またはユーザＩ／Ｆ部１０３から起動され、ＷＥＢブラウザ２１０に表示されたＨＴＭＬソースコードを入力とし、配列情報抽出装置１００は、ＨＴＭＬソースコードに含まれる核酸配列またはアミノ酸配列の解析結果の取得を行う。
各構成の説明は、配列情報抽出装置１００の処理（４）の説明と同様である。
【００９５】
配列情報抽出方法の処理の流れについて図７に基づいて説明する。
テキスト入力部１１０は、シグナル受信部１０２またはユーザＩ／Ｆ部１０３から起動され、ＷＥＢブラウザ２１０に表示されたＨＴＭＬソースコードを入力とし、配列情報抽出装置１００は、ＨＴＭＬソースコードに含まれる核酸配列またはアミノ酸配列の解析結果の取得を行う。
処理の流れは、Ｓ２、Ｓ４、Ｓ５、Ｓ６、Ｓ７、Ｓ８、Ｓ１１、Ｓ１２、Ｓ１０の順であり、処理の内容は、配列情報抽出装置１００の処理（２）および（４）の説明と同様である。
【００９６】
実施の形態１では、配列情報抽出装置１００がＨＴＭＬソースコードを含む任意のテキストデータを入力とできることで、ユーザはバイオ公共データベース検索用インタフェースへの入力無しに配列情報の入手や配列情報の解析を行える。
【００９７】
また、配列情報抽出装置１００が配列情報および解析結果を記憶部１０４に記憶し、入力としたテキストデータに配列情報および解析結果をリンクしたリンクファイルを作成できることで、ユーザは配列情報および解析結果ファイルを記憶し、記憶したファイルを探して、探したファイルを表示するという処理無しに、配列情報の表示や配列情報の解析結果の表示を行える。
【００９８】
また、配列情報抽出装置１００が入力したテキストデータに含まれる核酸配列またはアミノ酸配列を抽出できることで、ユーザはテキストデータを目視して、核酸配列、アミノ酸配列の網羅をせずに核酸配列やアミノ酸配列の抽出を行える。
【００９９】
実施の形態１では、情報リンクファイル生成部１７０と解析リンクファイル生成部１９０が生成するリンクファイルをＨＴＭＬソースコードとしたが、ＨＴＭＬソースコードに限らず、他のマークアップ言語ソースコードのリンクファイルを生成してもよい。例えば、ＸＭＬソースコードでもよいし、ハイパーリンク文書機能を提供するエディタのファイル形式でもよい。
【０１００】
また、実施の形態１では、ホモロジーサーチは外部データベースを使用して行ったが、配列情報抽出装置１００がホモロジーサーチを実行するサーチ部と核酸データベースとアミノ酸データベースとを備えて、外部データベースを使用しないでホモロジーサーチを行っても構わない。
【０１０１】
また、実施の形態１では、配列情報抽出装置１００はスコア判定部１６０を備え、相同スコアの高い配列の配列情報をリンクするリンクファイルを作成したが、スコア判定を行わずにホモロジーサーチ結果の先頭に位置する配列情報をリンクするリンクファイルを作成しても構わない。
【０１０２】
また、ユーザＩ／Ｆ部１０３はＷＥＢブラウザ２１０やテキストエディタ２２０にプラグインされたツールバーのような形態をとるとユーザの利便性が向上する。
例えば、配列情報抽出装置１００は、配列解析部１８０やサーチ部、核酸データベース、アミノ酸データベースを有するＷＥＢサーバと、その他の配列情報抽出装置１００の構成を有するプラグインとで構成してもよい。
【０１０３】
例えば、プラグインのメニューバーにユーザのログイン機能と、取得済みの配列情報および解析情報の指定機能とを備えるとよい。
図１５は、実施の形態１におけるプラグインとＷＥＢサーバとを備えた配列情報抽出装置１００を示す図である。
ＷＥＢサーバは、取得済みの配列情報とその配列情報を取得時の処理を識別するセッションＩＤとを関連付けて記憶する。
ユーザはログインすることでＷＥＢサーバにアクセスできる（Ｓ２）。
ログイン済みのユーザはセッションＩＤを指定することができる（Ｓ１）。
また、ユーザは新たに配列情報の取得をＷＥＢサーバにリクエストすることができ（Ｓ３）、ＷＥＢサーバは、新たなリクエストを受けた時はユニークなセッションＩＤを生成する（Ｓ４）。
セッションＩＤを指定されるとＷＥＢサーバはセッションＩＤに対応する配列情報を取得し解析処理を行う（Ｓ５）。
ＷＥＢサーバは、セッションＩＤと解析結果ページとをマッピングし（Ｓ６）、プラグインはＷＥＢブラウザ２１０の表示を解析結果ページに切り換える（Ｓ７）。
【図面の簡単な説明】
【０１０４】
【図１】従来技術におけるバイオ公共データベースの利用手順を示す図。
【図２】従来技術におけるバイオ公共データベースの利用手順を示す図。
【図３】実施の形態１におけるバイオ公共データベースの利用手順を示す図。
【図４】実施の形態１における配列情報抽出装置１００の外観を示す図。
【図５】実施の形態１における配列情報抽出装置１００のハードウェア構成図。
【図６】実施の形態１における配列情報抽出装置１００の構成図。
【図７】実施の形態１における配列情報抽出方法の処理の流れを示す図。
【図８】実施の形態１における配列情報の内容を示す図。
【図９】実施の形態１におけるバイオ公共データベースのＷＥＢページのＨＴＭＬソースコード形式を示す図。
【図１０】実施の形態１におけるバイオ公共データベースのＷＥＢページのＨＴＭＬソースコード形式を示す図。
【図１１】実施の形態１におけるバイオ公共データベースのＷＥＢページのＨＴＭＬソースコード形式を示す図。
【図１２】実施の形態１におけるバイオ公共データベースのＷＥＢページのＨＴＭＬソースコード形式を示す図。
【図１３】実施の形態１におけるバイオ公共データベースのＷＥＢページのＨＴＭＬソースコード形式を示す図。
【図１４】実施の形態１における配列情報抽出部１４０のデータフローダイアグラム。
【図１５】実施の形態１におけるプラグインとＷＥＢサーバとを備えた配列情報抽出装置１００を示す図。
【符号の説明】
【０１０５】
１００  配列情報抽出装置、１０１  ブラウザ実行部、１０２  シグナル受信部、１０３  ユーザＩ／Ｆ部、１０４  記憶部、１０５  エディタ実行部、１０６  処理切換部、１１０  テキスト入力部、１２０  ソースコード形式判定部、１３０  候補文字列抽出部、１３１  候補文字列判定部、１３２  タグ文字列抽出部、１４０  配列情報抽出部、１４１１  第１配列情報抽出構成部、１４２  配列情報編集部、１５０  配列情報取得部、１６０  スコア判定部、１７０  情報リンクファイル生成部、１８０  配列解析部、１９０  解析リンクファイル生成部、２００  バイオ公共データベース、２１０  ＷＥＢブラウザ、２２０  テキストエディタ、９０１  ＣＲＴ表示装置、９０２  Ｋ／Ｂ、９０３  マウス、９０４  ＦＤＤ、９０５  ＣＤＤ、９０６  プリンタ装置、９０７  スキャナ装置、９１０  システムユニット、９１１  ＣＰＵ、９１２  バス、９１３  ＲＯＭ、９１４  ＲＡＭ、９１５  通信ボード、９２０  磁気ディスク装置、９２１  ＯＳ、９２２  ウィンドウシステム、９２３  プログラム群、９２４  ファイル群、９３１  電話器、９３２  ＦＡＸ機、９４０  インターネット、９４１  ウェブサーバ、９４２  ＬＡＮ。
【図１】
2006113786.tif 000003
【図２】
2006113786.tif 000004
【図３】
2006113786.tif 000005
【図４】
2006113786.tif 000006
【図５】
2006113786.tif 000007
【図６】
2006113786.tif 000008
【図７】
2006113786.tif 000009
【図８】
2006113786.tif 000010
【図９】
2006113786.tif 000011
【図１０】
2006113786.tif 000012
【図１１】
2006113786.tif 000013
【図１２】
2006113786.tif 000014
【図１３】
2006113786.tif 000015
【図１４】
2006113786.tif 000016
【図１５】
2006113786.tif 000017