(57)【要約】      （修正有）【課題】  オーダーメイド放射線治療を具現化するために、がん患者の放射線治療における副作用を発症する危険率の程度を予め予測することのできる放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー、遺伝子マーカー、ＤＮＡオリゴマーセット（ＰＣＲ用プライマーセット）とＤＮＡオリゴマー（伸長用プライマー）、および放射線治療における副作用発症予測方法を提供する。【解決手段】  本発明の放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーは、ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、がんの放射線治療において副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、特定のＤＮＡ塩基配列について、特定の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有する。【選択図】      なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、がんの放射線治療において副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号１から配列番号１７３のうちのいずれかに示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項２】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、乳がんの放射線治療において副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号１、配列番号４、配列番号７、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７７、配列番号７８、配列番号８２、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９４、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０６、配列番号１０８、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４３、配列番号１４５、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５７、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６７、配列番号１７０、配列番号１７２、または配列番号１７３に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項３】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、子宮頸がんの放射線治療において副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号２、配列番号６、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４６、配列番号５２、配列番号５６、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６８、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７５、配列番号７６、配列番号８０、配列番号８３、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９８、配列番号１０５、配列番号１１０、配列番号１１４、配列番号１１８、配列番号１１９、配列番号１２１、配列番号１２９、配列番号１３４、配列番号１３９、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５５、配列番号１５７、配列番号１６１、または配列番号１７１に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項４】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、前立腺がんの放射線治療において副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号３、配列番号５、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４８、配列番号５５、配列番号５７、配列番号６６、配列番号６９、配列番号７３、配列番号７９、配列番号８１、配列番号８４、配列番号８７、配列番号９２、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０７、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２０、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２８、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１５１、配列番号１５６、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６４、配列番号１６６、配列番号１６８、または配列番号１６９に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項５】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、がんの放射線治療開始から早期のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号２、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３６、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５２、配列番号５６、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７８、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９６、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３４、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５７、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６７、配列番号１６８、配列番号１６９、または配列番号１７１に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項６】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５８、配列番号６９、配列番号７７、配列番号８７、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０４、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２８、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１４５、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５６、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６２、または配列番号１７０に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項７】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１９、配列番号３０、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４６、配列番号４７、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５４、配列番号５７、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号６８、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７９、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号１０２、配列番号１０７、配列番号１１０、配列番号１１９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１３９、配列番号１４２、配列番号１５５、配列番号１６１、配列番号１６４、配列番号１６６、配列番号１７２、または配列番号１７３に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項８】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、乳がんの放射線治療開始から早期のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号７、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３２、配列番号４４、配列番号４５、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６５、配列番号７３、配列番号７８、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９４、配列番号９８、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１７、配列番号１２７、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４３、配列番号１４７、配列番号１５７、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、または配列番号１６７に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項９】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、乳がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号４８、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５８、配列番号７７、配列番号１０８、配列番号１１６、配列番号１２６、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１４５、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５９、配列番号１６２、または配列番号１７０に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項１０】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、乳がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号１、配列番号４、配列番号３０、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５４、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号７４、配列番号８２、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９７、配列番号１７２、または配列番号１７３に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項１１】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、子宮頸がんの放射線治療開始から早期のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号２、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３６、配列番号４３、配列番号４４、配列番号５２、配列番号５６、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７５、配列番号７６、配列番号８０、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９８、配列番号１０５、配列番号１１４、配列番号１１８、配列番号１２１、配列番号１２９、配列番号１３４、配列番号１４１、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５７、または配列番号１７１に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項１２】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、子宮頸がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号６、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４６、配列番号６８、配列番号８３、配列番号１１０、配列番号１１９、配列番号１３９、配列番号１４２、配列番号１５５、または配列番号１６１に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項１３】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、前立腺がんの放射線治療開始から早期のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３３、配列番号４８、配列番号６６、配列番号８１、配列番号９２、配列番号９６、配列番号９９、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１２０、配列番号１２６、配列番号１５１、配列番号１５８、配列番号１６８、または配列番号１６９に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項１４】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、前立腺がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５５、配列番号６９、配列番号８７、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０４、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２８、配列番号１５６、または配列番号１６０に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項１５】
ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、前立腺がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、
配列表の配列番号３、配列番号５、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１９、配列番号３５、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４７、配列番号５７、配列番号７３、配列番号７９、配列番号８４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号１０２、配列番号１０７、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１６４、または配列番号１６６に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項１６】
請求項１から請求項１５に記載の副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーにおいて、１２１番目の塩基以外の塩基が１個若しくは数個欠失、置換若しくは付加しているＤＮＡオリゴマー、または、これらの相補的なＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマーであることを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー。
【請求項１７】
請求項１から請求項１６のうちいずれか一項に記載の副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー、または、この副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするＤＮＡオリゴマーであることを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用遺伝子マーカー。
【請求項１８】
配列表の配列番号１７４から配列番号５１９に示すＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマーのうち、配列番号１７４から順次２つのＤＮＡオリゴマーを１セットとして用いることを特徴とするＤＮＡオリゴマーセット。
【請求項１９】
配列表の配列番号１７４から配列番号５１９に示すＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマー、または、当該ＤＮＡオリゴマーのうち、１個若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加したことを特徴とする請求項１１に記載のＤＮＡオリゴマーセット。
【請求項２０】
配列表の配列番号５２０から配列番号６９２に示すＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマー、または、当該ＤＮＡオリゴマーのうち、１個若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加したことを特徴とするＤＮＡオリゴマー。
【請求項２１】
配列表の配列番号１から配列番号１７３のいずれかに示すＤＮＡオリゴマーを用いて判定を行う、下記（ａ）〜（ｇ）の工程を含むことを特徴とする放射線治療における副作用発症予測方法。
（ａ）放射線治療が施行される予定のがん患者から採取した試料をもとにＤＮＡ試料を調製する工程
（ｂ）前記（ａ）の工程で調製した前記ＤＮＡ試料をもとにＤＮＡを増幅してＤＮＡ産物を得る工程
（ｃ）前記（ｂ）の工程で増幅したＤＮＡ産物を鋳型として伸長反応を行い、伸長産物であるＤＮＡオリゴマーを得る工程
（ｄ）前記（ｃ）の工程で得られたＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を解析する工程
（ｅ）前記（ｄ）の工程で解析されたＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列のうち１２１番目の位置に相当する塩基と、配列表の配列番号１から配列番号１７３のいずれかに示すＤＮＡ塩基配列の１２１番目の塩基とを照合する工程
（ｆ）前記（ｅ）の工程で照合された塩基を有するアレルがリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定する工程
（ｇ）前記（ｆ）の工程で判定した結果から、前記放射線治療が施行される予定のがん患者における放射線による副作用の発症危険率を予測する工程
【請求項２２】
前記（ｅ）の工程で照合する配列表の配列番号１から配列番号１７３のいずれかに示すＤＮＡ塩基配列は、
乳がんの放射線治療における副作用の発症予測については、配列表の配列番号１、配列番号４、配列番号７、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７７、配列番号７８、配列番号８２、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９４、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０６、配列番号１０８、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４３、配列番号１４５、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５７、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６７、配列番号１７０、配列番号１７２、または配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
子宮頸がんの放射線治療における副作用の発症予測については、配列表の配列番号２、配列番号６、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４６、配列番号５２、配列番号５６、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６８、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７５、配列番号７６、配列番号８０、配列番号８３、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９８、配列番号１０５、配列番号１１０、配列番号１１４、配列番号１１８、配列番号１１９、配列番号１２１、配列番号１２９、配列番号１３４、配列番号１３９、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５５、配列番号１５７、配列番号１６１、または配列番号１７１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
前立腺がんの放射線治療における副作用の発症予測については、配列表の配列番号３、配列番号５、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４８、配列番号５５、配列番号５７、配列番号６６、配列番号６９、配列番号７３、配列番号７９、配列番号８１、配列番号８４、配列番号８７、配列番号９２、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０７、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２０、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２８、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１５１、配列番号１５６、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６４、配列番号１６６、配列番号１６８、または配列番号１６９に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号２、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３６、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５２、配列番号５６、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７８、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９６、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３４、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５７、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６７、配列番号１６８、配列番号１６９、または配列番号１７１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５８、配列番号６９、配列番号７７、配列番号８７、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０４、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２８、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１４５、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５６、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６２、または配列番号１７０に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１９、配列番号３０、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４６、配列番号４７、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５４、配列番号５７、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号６８、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７９、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号１０２、配列番号１０７、配列番号１１０、配列番号１１９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１３９、配列番号１４２、配列番号１５５、配列番号１６１、配列番号１６４、配列番号１６６、配列番号１７２、または配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
乳がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号７、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３２、配列番号４４、配列番号４５、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６５、配列番号７３、配列番号７８、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９４、配列番号９８、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１７、配列番号１２７、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４３、配列番号１４７、配列番号１５７、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、または配列番号１６７に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
乳がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号４８、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５８、配列番号７７、配列番号１０８、配列番号１１６、配列番号１２６、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１４５、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５９、配列番号１６２、または配列番号１７０に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
乳がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号１、配列番号４、配列番号３０、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５４、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号７４、配列番号８２、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９７、配列番号１７２、または配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
子宮頸がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号２、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３６、配列番号４３、配列番号４４、配列番号５２、配列番号５６、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７５、配列番号７６、配列番号８０、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９８、配列番号１０５、配列番号１１４、配列番号１１８、配列番号１２１、配列番号１２９、配列番号１３４、配列番号１４１、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５７、または配列番号１７１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
子宮頸がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号６、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４６、配列番号６８、配列番号８３、配列番号１１０、配列番号１１９、配列番号１３９、配列番号１４２、配列番号１５５、または配列番号１６１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
前立腺がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３３、配列番号４８、配列番号６６、配列番号８１、配列番号９２、配列番号９６、配列番号９９、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１２０、配列番号１２６、配列番号１５１、配列番号１５８、配列番号１６８、または配列番号１６９に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
前立腺がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５５、配列番号６９、配列番号８７、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０４、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２８、配列番号１５６、または配列番号１６０に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、
前立腺がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号３、配列番号５、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１９、配列番号３５、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４７、配列番号５７、配列番号７３、配列番号７９、配列番号８４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号１０２、配列番号１０７、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１６４、または配列番号１６６に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用いる、
ことを特徴とする請求項２１に記載の放射線治療における副作用発症予測方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、遺伝子の一塩基多型を判定の指標とした放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー、当該放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーを用いた副作用発症予測用遺伝子マーカー、当該放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーを得てＳＮＰの判定を行うためのＤＮＡオリゴマーセット（ＰＣＲ用プライマー）とＤＮＡオリゴマー（伸長プライマー）、当該放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーを用いた副作用発症予測方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
年間約５０万人が罹患すると言われているがんは、日本人の死亡原因の１位であり、その克服は国民の悲願である。
放射線治療は、がんに対する有効な局所療法の一つであるが、外科手術と異なり、病巣部を切除せずに治療することが可能であるため、身体機能や形態の温存の観点から優れた治療方法であるということができる。すなわち、外科手術のように身体にメスを入れないことから、患者の精神的な負担も軽く、手術後の社会復帰も容易であるので、患者のＱＯＬ（Ｑｕａｌｉｔｙ  ｏｆ  Ｌｉｆｅ）を高めることができるという利点もあって、今後、大いに発展が望まれる治療方法である。
【０００３】
また、放射線治療は患者への負担も軽く、合併症を有する患者や高齢者にも適応することができる利点もある。さらに、近年では、ＣＴやＭＲＩなどの画像情報をもとに病巣の位置・形状・大きさを３次元座標上で正確に決定し、病巣へ線量を集中できる定位（的）放射線治療の技術も確立されている。
【０００４】
このように、放射線治療はがんの治療において非常に有用な治療方法であるが、照射した放射線により皮膚に潰瘍が生じたり、腸穿孔や肺炎を合併するなどの重篤な副作用を伴ったり、場合によっては放射線治療を中断しなければならない放射線感受性の高いがん患者がいる。
【０００５】
このような放射線に対する感受性の違いは、それぞれのがん患者が有するＤＮＡ塩基配列の相違に関連していると考えられる。このようなＤＮＡ塩基配列の相違は一般には多型（ポリモルフィズム）と呼ばれ、以下のように分類することができる。すなわち、（１）１から数十塩基が欠失や挿入をしている多型（挿入／欠失多型）、（２）２塩基から数十塩基を１単位とする配列が繰り返されている多型（ＶＮＴＲやマイクロサテライト多型）、そして、（３）１個の塩基が他の塩基に置き換わっている多型（一塩基多型）、である。
【０００６】
これらの中でも（３）の一塩基多型（ＳＮＰ；single nucleotide polymorphism）は、数百塩基対から１０００塩基対に１箇所の割合で存在していると推測され、ヒトの全ゲノム中には３００万〜１０００万のＳＮＰがあると考えられている。そして、このＳＮＰが各人の顔立ちや性格、医薬品に対する応答性などの、いわゆる“個性”に強い影響を及ぼしていると考えられている（非特許文献１参照）。
【非特許文献１】監修・松原謙一、榊佳之、編集・中村祐輔「ポストシークエンスのゲノム科学（１）  ＳＮＰ遺伝子多型の戦略」、中山書店、２頁および３頁、２０００年６月出版
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
放射線に対する感受性も、ＳＮＰをはじめとする遺伝子のＤＮＡ塩基配列の相違が大きく影響していると考えられる。これはすなわち、放射線治療前にＤＮＡ塩基配列を調べることにより、がん患者の放射線に対する感受性の程度を予め知ることができれば、オーダーメイド放射線治療を実現することが可能になると考えられる。
しかしながら、どのような遺伝子が放射線の感受性に関与し、また、どのＳＮＰが放射線の感受性に影響を与えているのかということに関しては、ほとんど研究が進んでいない状況であった。そのため、オーダーメイド放射線治療を具現するための指標を設定することができなかった。
【０００８】
本発明は前記課題に鑑みてなされたものであり、オーダーメイド放射線治療を具現化するために、がん患者の放射線に対する感受性の程度を予め予測することのできる放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー、遺伝子マーカー、ＤＮＡオリゴマーセット（ＰＣＲ用プライマーセット）とＤＮＡオリゴマー（伸長用プライマー）、および、放射線治療における副作用発症予測方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
発明者らは、ｃＳＮＰ（coding SNP）やｒＳＮＰ（regulatory SNP）、ｉＳＮＰ（intron SNP）を中心にＳＮＰタイピングを行えば、前記課題が解決でき、オーダーメイド放射線治療の実現を図ることができると考え、鋭意研究に励んだ。その結果、放射線治療後、副作用を発症した患者（以下、発症群という）と副作用を発症しなかった、あるいは軽微な発症であった患者（以下、非発症群という）の遺伝子のＤＮＡ塩基配列の決定を行った結果、発症群のアレル（allele;対立遺伝子）の出現頻度と、非発症群のアレルの出現頻度との間に統計学的に有意な差を見出すことができ、本発明を完成するに至った。
【００１０】
すなわち、本発明は、〔１〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、がんの放射線治療において副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号１から配列番号１７３のうちのいずれかに示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔２〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、乳がんの放射線治療において副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号１、配列番号４、配列番号７、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７７、配列番号７８、配列番号８２、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９４、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０６、配列番号１０８、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４３、配列番号１４５、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５７、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６７、配列番号１７０、配列番号１７２、または配列番号１７３に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔３〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、子宮頸がんの放射線治療において副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号２、配列番号６、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４６、配列番号５２、配列番号５６、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６８、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７５、配列番号７６、配列番号８０、配列番号８３、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９８、配列番号１０５、配列番号１１０、配列番号１１４、配列番号１１８、配列番号１１９、配列番号１２１、配列番号１２９、配列番号１３４、配列番号１３９、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５５、配列番号１５７、配列番号１６１、または配列番号１７１に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔４〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、前立腺がんの放射線治療において副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号３、配列番号５、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４８、配列番号５５、配列番号５７、配列番号６６、配列番号６９、配列番号７３、配列番号７９、配列番号８１、配列番号８４、配列番号８７、配列番号９２、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０７、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２０、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２８、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１５１、配列番号１５６、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６４、配列番号１６６、配列番号１６８、または配列番号１６９に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔５〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、がんの放射線治療開始から早期のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号２、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３６、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５２、配列番号５６、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７８、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９６、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３４、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５７、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６７、配列番号１６８、配列番号１６９、または配列番号１７１に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔６〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５８、配列番号６９、配列番号７７、配列番号８７、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０４、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２８、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１４５、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５６、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６２、または配列番号１７０に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔７〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１９、配列番号３０、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４６、配列番号４７、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５４、配列番号５７、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号６８、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７９、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号１０２、配列番号１０７、配列番号１１０、配列番号１１９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１３９、配列番号１４２、配列番号１５５、配列番号１６１、配列番号１６４、配列番号１６６、配列番号１７２、または配列番号１７３に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔８〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、乳がんの放射線治療開始から早期のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号７、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３２、配列番号４４、配列番号４５、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６５、配列番号７３、配列番号７８、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９４、配列番号９８、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１７、配列番号１２７、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４３、配列番号１４７、配列番号１５７、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、または配列番号１６７に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔９〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、乳がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号４８、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５８、配列番号７７、配列番号１０８、配列番号１１６、配列番号１２６、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１４５、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５９、配列番号１６２、または配列番号１７０に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔１０〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、乳がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステ
ージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号１、配列番号４、配列番号３０、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５４、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号７４、配列番号８２、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９７、配列番号１７２、または配列番号１７３に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔１１〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、子宮頸がんの放射線治療開始から早期のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号２、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３６、配列番号４３、配列番号４４、配列番号５２、配列番号５６、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７５、配列番号７６、配列番号８０、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９８、配列番号１０５、配列番号１１４、配列番号１１８、配列番号１２１、配列番号１２９、配列番号１３４、配列番号１４１、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５７、または配列番号１７１に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔１２〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、子宮頸がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号６、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４６、配列番号６８、配列番号８３、配列番号１１０、配列番号１１９、配列番号１３９、配列番号１４２、配列番号１５５、または配列番号１６１に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔１３〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、前立腺がんの放射線治療開始から早期のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３３、配列番号４８、配列番号６６、配列番号８１、配列番号９２、配列番号９６、配列番号９９、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１２０、配列番号１２６、配列番号１５１、配列番号１５８、配列番号１６８、または配列番号１６９に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔１４〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、前立腺がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５５、配列番号６９、配列番号８７、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０４、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２８、配列番号１５６、または配列番号１６０に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔１５〕ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、前立腺がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおいて副作用が発症する虞があることを予測するためのＤＮＡオリゴマーであって、配列表の配列番号３、配列番号５、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１９、配列番号３５、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４７、配列番号５７、配列番号７３、配列番号７９、配列番号８４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号１０２、配列番号１０７、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１６４、または配列番号１６６に示されるＤＮＡ塩基配列について、１２１番目の塩基を含む、少なくとも１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有することを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや、〔１６〕前記〔１〕から〔１５〕に記載の副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーにおいて、１２１番目の塩基以外の塩基が１個若しくは数個欠失、置換若しくは付加しているＤＮＡオリゴマー、または、これらの相補的なＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマーであることを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー、を提供するものである。
【００１１】
また、本発明は、〔１７〕前記〔１〕から〔１６〕のうちいずれか一つに記載の副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー、または、この副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするＤＮＡオリゴマーであることを特徴とする放射線治療における副作用発症予測用遺伝子マーカーや、〔１８〕配列表の配列番号１７４から配列番号５１９に示すＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマーのうち、配列番号１７４から順次２つのＤＮＡオリゴマーを１セットとして用いることを特徴とするＤＮＡオリゴマーセットや、〔１９〕配列表の配列番号１７４から配列番号５１９に示すＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマー、または、当該ＤＮＡオリゴマーのうち、１個若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加したことを特徴とする〔１１〕に記載のＤＮＡオリゴマーセットや、〔２０〕配列表の配列番号５２０から配列番号６９２に示すＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマー、または、当該ＤＮＡオリゴマーのうち、１個若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加したことを特徴とするＤＮＡオリゴマー、を提供するものである。
【００１２】
さらに、本発明は、〔２１〕配列表の配列番号１から配列番号１７３のいずれかに示すＤＮＡオリゴマーを用いて判定を行う、下記（ａ）〜（ｇ）の工程を含むことを特徴とする放射線治療における副作用発症予測方法、（ａ）放射線治療が施行される予定のがん患者から採取した試料をもとにＤＮＡ試料を調製する工程、（ｂ）前記（ａ）の工程で調製した前記ＤＮＡ試料をもとにＤＮＡを増幅してＤＮＡ産物を得る工程、（ｃ）前記（ｂ）の工程で増幅したＤＮＡ産物を鋳型として伸長反応を行い、伸長産物であるＤＮＡオリゴマーを得る工程、（ｄ）前記（ｃ）の工程で得られたＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を解析する工程、（ｅ）前記（ｄ）の工程で解析されたＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列のうち１２１番目の位置に相当する塩基と、配列表の配列番号１から配列番号１７３のいずれかに示すＤＮＡ塩基配列の１２１番目の塩基とを照合する工程、（ｆ）前記（ｅ）の工程で照合された塩基を有するアレルがリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定する工程、（ｇ）前記（ｆ）の工程で判定した結果から、前記放射線治療が施行される予定のがん患者における放射線による副作用の発症危険率を予測する工程、〔２２〕前記（ｅ）の工程で照合する配列表の配列番号１から配列番号１７３のいずれかに示すＤＮＡ塩基配列は、乳がんの放射線治療における副作用の発症予測については、配列表の配列番号１、配列番号４、配列番号７、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７７、配列番号７８、配列番号８２、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９４、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０６、配列番号１０８、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４３、配列番号１４５、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５７、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６７、配列番号１７０、配列番号１７２、または配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、子宮頸がんの放射線治療における副作用の発症予測については、配列表の配列番号２、配列番号６、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４６、配列番号５２、配列番号５６、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６８、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７５、配列番号７６、配列番号８０、配列番号８３、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９８、配列番号１０５、配列番号１１０、配列番号１１４、配列番号１１８、配列番号１１９、配列番号１２１、配列番号１２９、配列番号１３４、配列番号１３９、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５５、配列番号１５７、配列番号１６１、または配列番号１７１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、前立腺がんの放射線治療における副作用の発症予測については、配列表の配列番号３、配列番号５、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４８、配列番号５５、配列番号５７、配列番号６６、配列番号６９、配列番号７３、配列番号７９、配列番号８１、配列番号８４、配列番号８７、配列番号９２、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０７、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２０、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２８、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１５１、配列番号１５６、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６４、配列番号１６６、配列番号１６８、または配列番号１６９に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号２、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３６、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５２、配列番号５６、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７８、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９６、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３４、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５７、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６７、配列番号１６８、配列番号１６９、または配列番号１７１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５８、配列番号６９、配列番号７７、配列番号８７、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０４、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２８、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１４５、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５６、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６２、または配列番号１７０に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１９、配列番号３０、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４６、配列番号４７、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５４、配列番号５７、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号６８、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７９、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号１０２、配列番号１０７、配列番号１１０、配列番号１１９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１３９、配列番号１４２、配列番号１５５、配列番号１６１、配列番号１６４、配列番号１６６、配列番号１７２、または配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、乳がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号７、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３２、配列番号４４、配列番号４５、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６５、配列番号７３、配列番号７８、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９４、配列番号９８、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１７、配列番号１２７、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４３、配列番号１４７、配列番号１５７、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、または配列番号１６７に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、乳がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号４８、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５８、配列番号７７、配列番号１０８、配列番号１１６、配列番号１２６、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１４５、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５９、配列番号１６２、または配列番号１７０に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、乳がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号１、配列番号４、配列番号３０、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５４、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号７４、配列番号８２、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９７、配列番号１７２、または配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、子宮頸がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号２、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３６、配列番号４３、配列番号４４、配列番号５２、配列番号５６、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７５、配列番号７６、配列番号８０、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９８、配列番号１０５、配列番号１１４、配列番号１１８、配列番号１２１、配列番号１２９、配列番号１３４、配列番号１４１、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５７、または配列番号１７１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、子宮頸がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号６、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４６、配列番号６８、配列番号８３、配列番号１１０、配列番号１１９、配列番号１３９、配列番号１４２、配列番号１５５、または配列番号１６１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、前立腺がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３３、配列番号４８、配列番号６６、配列番号８１、配列番号９２、配列番号
９６、配列番号９９、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１２０、配列番号１２６、配列番号１５１、配列番号１５８、配列番号１６８、または配列番号１６９に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、前立腺がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５５、配列番号６９、配列番号８７、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０４、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２８、配列番号１５６、または配列番号１６０に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用い、前立腺がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号３、配列番号５、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１９、配列番号３５、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４７、配列番号５７、配列番号７３、配列番号７９、配列番号８４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号１０２、配列番号１０７、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１６４、または配列番号１６６に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を用いる、ことを特徴とする〔２１〕に記載の放射線治療における副作用発症予測方法、を提供するものである。
【発明の効果】
【００１３】
本発明の放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーや副作用発症予測用遺伝子マーカーを用いて、遺伝子のＤＮＡ塩基配列のうちの、特定の一塩基多型（ＳＮＰ）を検出することで、放射線治療による副作用を発症する危険率を予測することができる。したがって、本発明によれば、オーダーメイド放射線治療の実現に資することとなる。
【００１４】
また、本発明のＤＮＡオリゴマーセット（ＰＣＲ用プライマー）を用いれば、がん患者等の被験者から調製したＤＮＡ試料をもとに特定の一塩基多型（ＳＮＰ）を含むＤＮＡの増幅を容易に行うことができる。さらに、本発明のＤＮＡオリゴマー（伸長プライマー）を用いれば、容易にその特定のＳＮＰサイトの塩基種を判定することが可能となる。したがって、放射線治療による副作用を発症する危険率を予測する方法を容易化することができる。
【００１５】
本発明の副作用発症予測方法によれば、放射線治療を施行する予定であるがん患者から採取したＤＮＡ試料に含まれるＳＮＰ情報から、放射線による副作用を発症する危険率を予測することができる。すなわち、オーダーメイド放射線治療を行うことが可能となる。
【００１６】
本発明によれば、乳がん、子宮頸がん、および前立腺がんについて、放射線治療の開始から早期（３ヶ月未満）、晩期３ヶ月、晩期６ヶ月の各ステージにおける副作用の発症する危険率を予め予測することが可能となる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１７】
以下、本発明を実施するための最良の形態について説明するが、本発明の内容は以下に説明する内容に限定されるものではない。
〔１．ＤＮＡオリゴマー（１）および遺伝子マーカー〕
本発明における「放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー」とは、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３に示されているＤＮＡ塩基配列のうち、１２１番目の塩基を含んでなる、少なくとも１０〜２４１塩基のオリゴヌクレオチド（ＤＮＡオリゴマー）をいう。
ただし、本発明においては１２１番目の塩基を含む１０〜２４１の連続したＤＮＡ塩基配列を有していればよく、ＤＮＡ塩基配列の長短について特に限定されるものではない。すなわち、前記したように、１０塩基以上２４１塩基以下のＤＮＡオリゴマーであってもよく、また、２４１塩基を超えるものであっても構わない。例えば、染色体上にかかるＤＮＡ塩基配列が存在していれば、これよりもさらに長いＤＮＡオリゴマー（例えば、１２１番目の塩基を含む、連続した２５０塩基のＤＮＡオリゴマーや、５００塩基のＤＮＡオリゴマー、あるいは、さらに長いＤＮＡオリゴマー）であっても本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーに該当することはいうまでもない。
【００１８】
本発明においては、１２１番目に示す塩基がリスクアレルとなる。「リスクアレル」とは、特定のＳＮＰサイトにおいて、放射線治療行った後に副作用（障害）の発症しやすい者の有するアレル（allele；対立遺伝子）中の塩基と、副作用の発症しにくい者の有するアレル中の塩基と、が異なる塩基であって、当該副作用の発症しやすいものが有するアレルをいう。したがって、ＳＮＰタイピングを行ってこのリスクアレルを認識することができれば、放射線治療による副作用の発症の危険率を予測することが可能となる。
なお、本発明で指定する１２１番目の塩基であることを認識することができれば、ＤＮＡオリゴマーにおける位置は限定されない。すなわち、当該リスクアレルとなるＳＮＰサイトはＤＮＡ塩基配列中の中ほどに位置するようにすることができるほか、５′末端や３′末端に位置するようにすることも可能である。
これに対し、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３のいずれかと同一または実質的に同一であるＤＮＡ塩基配列を含む遺伝子または染色体ＤＮＡにおいて、前記のリスクアレルに相当するＳＮＰサイトに存在するリスクアレルとは異なる塩基であるアレルを本発明では「非リスクアレル」と呼ぶこととする。
【００１９】
配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマー（またはそのＤＮＡ塩基配列の情報）は、ＤＮＡ塩基配列中における特定の塩基がリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定することで、がんの放射線治療において副作用が発症する虞があることを予測するために用いることができる。特に、下記の（１）から（１４）に記載する態様で好適に用いることができる。
【００２０】
（１）乳がんの放射線治療における副作用の発症予測については、配列表の配列番号１、配列番号４、配列番号７、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３２、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６５、配列番号６７、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７７、配列番号７８、配列番号８２、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９４、配列番号９７、配列番号９８、配列番号１０６、配列番号１０８、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１６、配列番号１１７、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４３、配列番号１４５、配列番号１４７、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５７、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６７、配列番号１７０、配列番号１７２、または／および、配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００２１】
（２）子宮頸がんの放射線治療における副作用の発症予測については、配列表の配列番号２、配列番号６、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４６、配列番号５２、配列番号５６、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６８、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７５、配列番号７６、配列番号８０、配列番号８３、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９８、配列番号１０５、配列番号１１０、配列番号１１４、配列番号１１８、配列番号１１９、配列番号１２１、配列番号１２９、配列番号１３４、配列番号１３９、配列番号１４１、配列番号１４２、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５５、配列番号１５７、配列番号１６１、または／および、配列番号１７１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００２２】
（３）前立腺がんの放射線治療における副作用の発症予測については、配列表の配列番号３、配列番号５、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３３、配列番号３５、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４８、配列番号５５、配列番号５７、配列番号６６、配列番号６９、配列番号７３、配列番号７９、配列番号８１、配列番号８４、配列番号８７、配列番号９２、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０７、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２０、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２８、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１５１、配列番号１５６、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６４、配列番号１６６、配列番号１６８、または／および、配列番号１６９に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００２３】
（４）がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号２、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３６、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５２、配列番号５６、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７８、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９６、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０５、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１４、配列番号１１７、配列番号１１８、配列番号１２０、配列番号１２１、配列番号１２６、配列番号１２７、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３４、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４１、配列番号１４３、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４７、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５１、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５７、配列番号１５８、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、配列番号１６７、配列番号１６８、配列番号１６９、または／および、配列番号１７１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００２４】
（５）がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５５、配列番号５８、配列番号６９、配列番号７７、配列番号８７、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０４、配列番号１０８、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２６、配列番号１２８、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１４５、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５６、配列番号１５９、配列番号１６０、配列番号１６２、または／および、配列番号１７０に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００２５】
（６）がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１９、配列番号３０、配列番号３５、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４６、配列番号４７、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５４、配列番号５７、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号６８、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７９、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号１０２、配列番号１０７、配列番号１１０、配列番号１１９、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１３９、配列番号１４２、配列番号１５５、配列番号１６１、配列番号１６４、配列番号１６６、配列番号１７２、または／および、配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００２６】
（７）乳がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号７、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２６、配列番号２７、配列番号３２、配列番号４４、配列番号４５、配列番号５９、配列番号６１、配列番号６５、配列番号７３、配列番号７８、配列番号９０、配列番号９１、配列番号９４、配列番号９８、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１１７、配列番号１２７、配列番号１３２、配列番号１３７、配列番号１３８、配列番号１４０、配列番号１４３、配列番号１４７、配列番号１５７、配列番号１６０、配列番号１６２、配列番号１６３、配列番号１６５、または／および、配列番号１６７に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００２７】
（８）乳がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号４８、配列番号４９、配列番号５３、配列番号５８、配列番号７７、配列番号１０８、配列番号１１６、配列番号１２６、配列番号１３３、配列番号１３６、配列番号１４５、配列番号１４８、配列番号１５１、配列番号１５９、配列番号１６２、または／および、配列番号１７０に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００２８】
（９）乳がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号１、配列番号４、配列番号３０、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５４、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６７、配列番号７４、配列番号８２、配列番号８５、配列番号８８、配列番号９７、配列番号１７２、または／および、配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００２９】
（１０）子宮頸がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号２、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２９、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３６、配列番号４３、配列番号４４、配列番号５２、配列番号５６、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７５、配列番号７６、配列番号８０、配列番号８６、配列番号８９、配列番号９１、配列番号９３、配列番号９８、配列番号１０５、配列番号１１４、配列番号１１８、配列番号１２１、配列番号１２９、配列番号１３４、配列番号１４１、配列番号１４４、配列番号１４６、配列番号１４９、配列番号１５０、配列番号１５２、配列番号１５３、配列番号１５４、配列番号１５７、または／および、配列番号１７１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列好適に用いることができる。
【００３０】
（１１）子宮頸がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号６、配列番号３７、配列番号３９、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４６、配列番号６８、配列番号８３、配列番号１１０、配列番号１１９、配列番号１３９、配列番号１４２、配列番号１５５、または／および、配列番号１６１に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００３１】
（１２）前立腺がんの放射線治療開始から早期のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２８、配列番号３３、配列番号４８、配列番号６６、配列番号８１、配列番号９２、配列番号９６、配列番号９９、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１２０、配列番号１２６、配列番号１５１、配列番号１５８、配列番号１６８、または／および、配列番号１６９に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００３２】
（１３）前立腺がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号５、配列番号８、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１８、配列番号２１、配列番号３３、配列番号４５、配列番号４８、配列番号５５、配列番号６９、配列番号８７、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０４、配列番号１０９、配列番号１１１、配列番号１１５、配列番号１１６、配列番号１２２、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２５、配列番号１２８、配列番号１５６、または／および、配列番号１６０に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００３３】
（１４）前立腺がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける副作用の発症予測については、配列表の配列番号３、配列番号５、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１９、配列番号３５、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４７、配列番号５７、配列番号７３、配列番号７９、配列番号８４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号１０２、配列番号１０７、配列番号１３０、配列番号１３１、配列番号１３５、配列番号１６４、または／および、配列番号１６６に示すＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を好適に用いることができる。
【００３４】
本発明で用いるリスクアレルを含んだＤＮＡオリゴマーは、１２１番目の塩基（リスクアレル）を含んだ１０〜２４１塩基の連続したＤＮＡオリゴマーとして、適宜適切な長さを設定して用いることができる。
例えば、かかるＤＮＡオリゴマーを標識プローブなどの遺伝子マーカーとして用いる場合は、例えば、２０〜２００塩基の長さとするのが好ましいが、３０〜１５０塩基の長さとすることや、３５〜１００塩基の長さとすることもできるし、また２００塩基以上であってもよい。適切な長さを選択すれば、特異的なハイブリダイズを行うことができるほか、例えば電気泳動の泳動度の差異を容易に認識することができ、適切にＳＮＰタイピングを行うことができる。一方、塩基数が少なすぎると非特異的なハイブリダイズが生じる虞があり、塩基数が多すぎると泳動度に差異が生じにくくなるので不適である。
【００３５】
本発明は、前記で説明したＤＮＡオリゴマーを解析／検出することで、放射線治療における副作用の発症のしやすさに影響する遺伝的素因を有するか否かを解析し、その結果から放射線による副作用を発症する危険性を予測するためになされたものである。
したがって、解析したＤＮＡ塩基配列と、配列表の配列番号１から配列番号１７３のうちのいずれかのＤＮＡ塩基配列とを対比し、本発明で特定されているリスクアレルと合致するか、あるいは、非リスクアレルに該当するかを確認することで、放射線に対して副作用を発症しやすい型の塩基配列（発症群）であるか、副作用を発症しにくい型の塩基配列（非発症群）であるかを判定することができる。すなわち、リスクアレルを有する者は、非リスクアレルを有する者よりも放射線治療における副作用を発症しやすい遺伝的素因を有している、と判断することができる。
【００３６】
ここで、本発明に係るＤＮＡオリゴマーは、当該１２１番目の塩基以外の塩基が、１個または複数個欠失、置換若しくは付加していてもよく、また、その相補鎖であっても構わない。すなわち、本発明の特許請求の範囲と配列表で特定するＳＮＰサイトを含むものであれば、それ以外の箇所に塩基の置換、欠失、挿入等が起こっていても、実質的に同一またはこれと相補的なＤＮＡ塩基配列を有しているＤＮＡオリゴマーであれば本発明のＤＮＡオリゴマーと同等のものである。
【００３７】
さらに、このようなＤＮＡオリゴマーは、ＤＮＡポリメラーゼ、特に耐熱性ポリメラーゼ（例えばＴａｑポリメラーゼ）などの種々のポリメラーゼによって複製あるいは増幅されたＤＮＡ産物を好適に用いることができる。
そして、本発明のＤＮＡオリゴマーは、それが有するＤＮＡ塩基配列を直接解析するために好適に用いることができる。このＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列の直接的な解析には、従来公知のＤＮＡシーケンサーや質量分析機などを好適に用いることができる。
また、本発明のＤＮＡオリゴマーは、いわゆるプローブなどの遺伝子マーカーとして好適に用いることができる。
【００３８】
本発明のＤＮＡオリゴマーを遺伝子マーカーとして用いる場合は、ＤＮＡ塩基配列の末端、または、ＤＮＡ塩基配列中のいずれかの塩基を蛍光色素や放射性同位元素などで標識化した遺伝子マーカー（標識プローブ）とするのがより好ましい。標識遺伝子マーカーとすれば、蛍光強度や放射線量を測定することによって容易に検出可能となるほか、例えば、Ｘ線フィルムを蛍光で感光させる、あるいは、放射線で感光させるなどして、容易に検出することも可能となる。なお、放射線量や蛍光強度の測定は、従来公知の放射線検出装置や蛍光測定装置などを好適に用いることができる。また、このように蛍光色素を標識化しておけば、ＤＮＡシーケンサーによって適切に解析することができる。
【００３９】
標識化するために用いる放射性同位元素としては、例えば、32Ｐや35Ｓなどの通常用いられる放射性同位元素を挙げることができる。また、標識化するために用いる蛍光色素としては、例えば、ＦＡＭTM、Ｙａｋｉｍａ ＹｅｌｌｏｗTM、ＶＩＣTM、ＴＡＭＲＡTM、ＲＯＸTM、Ｃｙ３TM、Ｃｙ５TM、ＨＥＸTM、ＴＥＴTM、ＦＩＴＣなどの通常用いられる蛍光色素を挙げることができる。
【００４０】
以上説明したように、本発明の放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーは、そのＤＮＡ塩基配列を直接解析することや、当該ＤＮＡオリゴマーを遺伝子マーカーとして用いることにより、好適に一塩基多型の検出、すなわちＳＮＰタイピングを好適に行うことができる。なお、一般的に「多型」とは、人口中１％以上の頻度で存在している塩基の変化と定義されているが、本発明における「多型」は、この定義に限定されず、１％未満の塩基の変化も「多型」に含めることとする。
【００４１】
〔２．ＤＮＡオリゴマーセット〕
配列表の配列番号１７４から配列番号５１９に示すＤＮＡオリゴマーは、配列番号１７４から順次２つのＤＮＡオリゴマーを１セットとするＤＮＡオリゴマーセット、として用いるのが好ましい。
かかるＤＮＡオリゴマーセットの中から適宜適切な１セットのＤＮＡオリゴマーセットを選択してＤＮＡの増幅に用いれば、配列表の配列番号１から配列番号１７３に示す任意のＤＮＡオリゴマーを特異的に増幅することができる。なお、このＤＮＡオリゴマーセットのうち、配列番号の小さいＤＮＡオリゴマーがフォワードプライマーであり、配列番号の大きいＤＮＡオリゴマーがリバースプライマーに該当する。これら２種類のプライマーに対応する配列に挟まれた部分がＰＣＲ増幅反応によって増幅される対象となる。
【００４２】
このように、配列表の配列番号１７４から配列番号５１９に示すＤＮＡオリゴマーセットは、特にＰＣＲ（Polymerase Chain Reaction）を行う際に好適に用いることができることから、本発明のＤＮＡオリゴマーセットは、ＰＣＲ増幅用のプライマーセットとして用いることが好ましい。したがって、このＰＣＲ増幅用のプライマーセットを用いれば、特定のＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマー、すなわち、配列表の配列番号１から配列番号１５７に示す、特定のＳＮＰサイト（本発明においては１２１番目の塩基が特定のＳＮＰサイトである。）を含むＤＮＡオリゴマーを確実、簡便かつ特異的に増幅することができる。
なお、このＤＮＡオリゴマーセットを構成するそれぞれのＤＮＡオリゴマーは、それが有するＤＮＡ塩基配列のうち、１個若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加したものであってもよい。また、配列番号１７４から配列番号５１９に示すＤＮＡオリゴマーには、必要に応じて適宜の制限酵素認識配列（例えば「5'-ACGTTGGATG-3'」（配列番号６９３）のような１０塩基程度のＤＮＡオリゴマー）を、ＤＮＡオリゴマーの５′上流側に付加して用いてもよい。このように付加した配列は、ＰＣＲによる増幅反応を安定化させる効果を有する。なお、付加する塩基配列はこれに限られることはなく、同様の効果を奏するものであればどのような配列でも用いることができる。
【００４３】
〔３．ＤＮＡオリゴマー（２）〕
また、配列表の配列番号５２０から配列番号６９２に示すＤＮＡオリゴマーは、その３′末端が、配列表の配列番号１から配列番号１７４に示すＤＮＡオリゴマーのうち、特定のＳＮＰサイトである塩基に隣接するように設計している。したがって、かかるＤＮＡオリゴマーを用いて酵素的に１から数塩基伸長すれば、生じたＤＮＡオリゴマーは多型に応じて長さが異なったものとなる。また、このＤＮＡオリゴマーも、当該ＤＮＡオリゴマーのうち、１個若しくは数個の塩基が欠失、置換若しくは付加したものとすることが可能である。
【００４４】
そして、配列表の配列番号５２０から配列番号６９２に示すＤＮＡオリゴマーは、３′側がリスクアレルに隣接する１０〜２４塩基の長さとするのが好ましく、１５〜２４塩基の長さとするのがより好ましく、１７〜２４塩基の長さとするのがさらに好ましい。かかる長さはＤＮＡオリゴマーの有するＧＣ含量やハイブリダイズさせる条件等によって適宜変更することが可能である。
【００４５】
なお、酵素的に１から数塩基付加するには、例えば、ＤＮＡ合成酵素であるＤＮＡポリメラーゼと、デオキシヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）のアナログであるジデオキシヌクレオシド三リン酸（ｄｄＮＴＰ）を用いることによって、１塩基のみ伸長したＤＮＡオリゴマーを得ることができる（１塩基プライマー伸長法）。したがって、かかるＤＮＡオリゴマーは、リスクアレルである塩基を解析するＳＮＰタイピングに好適に用いることができる。
このようにすると、例えば、一方のアレルは１塩基伸長させ、他方のアレルは３塩基伸長させるなどすることにより、ＤＮＡ産物の長さの違いを正確に質量分析計で検出できるようにすることができる（ＭａｓｓＥＸＴＥＮＤTM法、ＳＥＱＵＥＮＯＭ社）。なお、何塩基伸長させるかは、各ＳＮＰサイトの多型部位の前後の配列から、最も効率よく長さが違うように、ＳＮＰサイト毎にデザインするのが好ましい。
【００４６】
〔４．ＳＮＰタイピング〕
ＳＮＰタイピングを行う手法としては、プライマー伸長に基づく手法、ハイブリダイゼーションに基づく手法、ＤＮＡの切断に基づく手法、ライゲーションに基づく手法などがある。
【００４７】
（４−１．ＳＮＰタイピングの手法〜その１）
プライマーエクステンションに基づく手法としては、例えば、前記した１塩基プライマー伸長法（Syvanen, A.C. et al., Genomics, 8, 684-692(1990)）や、これを用いたＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法（Ross, P., et al. Nat Biotechnol, 16, 1347-1351(1998)；Buetow, K.H. et al., Proc Natl Acad Sci USA, 98, 581-584(2001)；ＳＮＰ遺伝子多型の戦略、松原謙一・榊佳之、中山書店、１０６〜１１７頁）のほか、アレル特異的プライマーエクステンション法（Uggozzoli, L. et al., Genet Anal Tech Appl, 9, 107-112(1992)）、ＡＰＥＸ（in the arrayed primer extension）法（Shumaker, J.M. et al., Hum Mutat, 7, 346-354(1996)）などを挙げることができる。これらの中でも、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法を用いれば、簡易かつ大量のサンプルのＳＮＰタイピングを同時に行うことが可能であるので特に好適である。
【００４８】
このＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ（matrix assisted laser desorption ionization time-of-flight/mass spectrometry）法は、ＤＮＡ試料から得られたＤＮＡ産物のＤＮＡ塩基配列を直接決定して比較することができる、非常に効率的な手法である。
ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法は、前記したように大量のサンプルを高速度で処理するジェノタイピング法の一つである。この方法は、以前から生物学・化学の分野で使用されてきた質量分析機をＳＮＰタイピングに適用したものである。質量分析機による方法であるので、多型による差異を何らかの形で分子の違いに対応させ、その分子の質量の差を検出することで塩基の配列を決定することを基本原理としている。すなわち、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法は、質量分析機とプライマー伸長法とを組み合わせ、ＳＮＰサイトにおける塩基の違いを判定する。
【００４９】
具体的には、まず、放射線治療を行う予定のがん患者からＤＮＡ試料を抽出する。この際、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位の塩基を含むＤＮＡを、ＰＣＲなどを使用して増幅することで調製する。次いで、ＰＣＲ産物を鋳型として、ジェノタイピングプライマー（配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位における塩基の１塩基３′側の塩基から３′側の塩基配列に相補的な配列を有するプライマー、または、配列表の配列番号１から配列番号１７３の相補鎖の場合は、その相補鎖と相補的な配列を有するプライマー）のｄｄＮＴＰプライマー伸長反応を行い、１個から数個の塩基を伸長する。なお、この反応に用いるＰＣＲ産物は、ＰＣＲ増幅用のプライマーを除去するための精製が行われていることが好ましく、ジェノタイピングプライマー（伸長プライマー（配列表の配列番号５２０から配列番号６９２に示す））は、通常、１５ｂｐ以上の長さを有するのが好ましい。また、プライマー伸長反応においては、通常、ＰＣＲ産物に対して１０倍以上の過剰のジェノタイピングプライマーを加えるが、これに制限されるものではない。ＰＣＲを行うためのサーマルサイクルの条件は適宜選択しうるが、ジェノタイピングプライマーのうち３０〜６０％程度が伸長する条件が好適である。例えば、９４℃と３７℃の２温度間で２５回程度行うことで適当な伸長効率を得ることができる。次いで、プライマー伸長反応産物のＭＡＬＤＩプレートへのスポットを行い、次いで、質量測定を行って、マススペクトログラムを作成する。そして、作成されたマススペクトログラムを解析することでＤＮＡ塩基配列を判定し、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位の塩基が放射線に対して副作用を発症しやすい型の塩基配列（発症群）である場合と、副作用を発症しにくい型の塩基配列（非発症群）である場合を１回の反応で判別することが可能である。
【００５０】
このように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法では質量分析機を用いてＤＮＡ塩基配列を直接判定し、大量かつ高速でＳＮＰタイピングを実現することができるが、本発明におけるＤＮＡ塩基配列を決定する手段としてはこれに限定されない。ＤＮＡ試料を用いてＤＮＡの塩基配列の決定を行う手段として、例えば、スラブゲルあるいはマルチキャピラリーを用いたＤＮＡシーケンサー等によってもＳＮＰタイピングを行うことができる。
【００５１】
（４−２．ＳＮＰタイピングの手法〜その２）
ハイブリダイゼーションに基づく手法としては、例えば、ＴａｑＭａｎ ＰＣＲ法（Livak, K.J. et al., PCR Methods Appl., 4, 357-362(1995)；ＳＮＰ遺伝子多型の戦略、松原謙一・榊佳之、中山書店、94-105頁）を好適に挙げることができる。
【００５２】
具体的には、まず、放射線治療を行う予定のがん患者からＤＮＡ試料を抽出する。そして、予め選定した本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位の塩基を含むＤＮＡにハイブリダイズするためのＤＮＡオリゴマー（プローブ）（配列表の配列番号１から配列番号１７３のうちの任意のＤＮＡオリゴマーまたはその相補鎖）の５′末端にレポーター蛍光を標識する。本発明において、レポーター蛍光物質としては、前記したＦＡＭやＶＩＣなどが例示できるが、これらに限定されない。さらに、前記プローブの３′末端にクエンチャー物質を標識する。本発明において、クエンチャー物質としては、レポーター蛍光を消光できる物質であれば特に制限されない。例えば、Ｄａｂｃｙｌ、ＢＨＱ１、ＢＨＱ２、ＥｃｌｉｐｓｅTM Ｄａｒｋ Ｑｕｅｎｃｈｅｒ、ＥｌｌｅＱｕｅｎｃｈｅｒTMなどを挙げることができる。
次いで、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位の塩基を含むＤＮＡにハイブリダイズするための、レポーター蛍光およびクエンチャー物質が標識されたプローブを、放射線治療を行う予定のがん患者から調製したＤＮＡにハイブリダイズさせる。次いで、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位の塩基を含むＤＮＡを、５′→３′エキソヌクレアーゼ活性を有するＤＮＡポリメラーゼを用いて増幅する。その結果、レポーター蛍光とクエンチャー物質を標識したヌクレオチドプローブのレポーター蛍光標識部分が切断され、レポーター蛍光が遊離する。本発明において、５′→３′エキソヌクレアーゼ活性を有するＤＮＡポリメラーゼとしては、ＴａｑＤＮＡポリメラーゼを好適に例示することができるが、これに限定されるものではない。この方法においては、次いで、遊離したレポーター蛍光を検出し、さらに、当該レポーター蛍光の発光を対照と比較する。なお、当該方法においては、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位の塩基が放射線に対して副作用を発症しやすい型の塩基配列（発症群）である場合と、副作用を発症しにくい型の塩基配列（非発症群）である場合で異なるレポーター蛍光を標識した２種類のヌクレオチドプローブを用いることで、１回の反応でＳＮＰタイピングを行うことが可能である。
【００５３】
（４−３．ＳＮＰタイピングの手法〜その３）
ハイブリダイゼーションに基づく他の手法としては、例えば、アレル特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ：Allele Specific Oligonucleotide）ハイブリダイゼーション法（Baner, J. et al., Nucleic Acids Res, 26, 5073-5078(1998)）を挙げることができる。
すなわち、特定位置の変異のみを検出するために、変異が存在すると考えられる塩基配列を含むＤＮＡオリゴマー（遺伝子マーカー）を予め作製し、これとＤＮＡ試料のＤＮＡとでハイブリダイゼーションを行わせる。その結果、変異が存在するとハイブリッド形成の効率が低下するので、それをサザンブロット法や、特殊な蛍光試薬がハイブリッドのギャップにインターカレーションすることにより消光する性質を利用した方法等によりＳＮＰを検出することができ、さらに、検出された塩基配列をＤＮＡシーケンサー等に供することによって直接ＳＮＰに係る塩基の種類を判定することができる。次いで、判定された塩基種を比較することで、放射線による副作用を発症しやすい型の塩基配列（発症群）を有しているか、副作用を発症しにくい型の塩基配列（非発症群）を有しているかのＳＮＰタイピングを行うことができる。
【００５４】
また、ＤＮＡの切断に基づく手法としては、例えば、Ｉｎｖａｄｅｒ法を挙げることができる（Lyamichev, V. et al., Nat Biotechnol, 17,292-296(1999)；ＳＮＰ遺伝子多型の戦略、松原謙一・榊佳之、中山書店、９４〜１０５頁）。
【００５５】
具体的には、まず、放射線治療を行う予定のがん患者からＤＮＡ試料を抽出する。そして、予め選定した本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位の塩基から５′側の塩基配列と相補的な塩基配列、および当該塩基の１塩基３′側の塩基から３′側の塩基配列とはハイブリダイズしないが、後記のインベーダープローブの一部の塩基配列と相補的な塩基配列（フラップ）、を有するアレルプローブを合成する。
また、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに対応する塩基（任意の塩基）を３′末端とし、当該ＳＮＰサイトに相当する部位の塩基の１塩基３′側の塩基から３′側の塩基配列と相補的な配列を有するインベーダープローブを合成する。
次いで、これらアレルプローブおよびインベーダープローブをＤＮＡ試料中の鋳型ＤＮＡにハイブリダイズさせる。この際、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＤＮＡ塩基配列のＳＮＰサイトに相当する部位の塩基に対応するインベーダープローブの塩基（任意の塩基）が鋳型ＤＮＡとアレルプローブとの間に侵入する。この侵入部位を認識して、該部位に対応するアレルプローブの塩基と該塩基の１塩基３′側の塩基の間を切断するエンドヌクレアーゼ作用を有する酵素であるＣｌｅａｖａｓｅ（登録商標）を用いて、アレルプローブのフラップ部分を切断し、遊離させる。次いで、遊離したフラップを、これと相補的な配列を有し、かつ、レポーター蛍光とクエンチャー物質とが標識されているＦＲＥＴ（fluorescence resonance energy transfer）プローブをハイブリダイズさせる。当該ＦＲＥＴプローブの５′側には、自身で相補的に結合できる塩基配列を有している。そして、３′側には、前記したようにフラップと相補的な配列を有している。また、自身で相補的に結合できる５′側において、５′末端にはレポーター蛍光が標識され、当該５′末端の３′側にはクエンチャー物質が標識されている。遊離したフラップの３′末端の塩基が、ＦＲＥＴプローブにハイブリダイズする結果、当該プローブのレポーター蛍光が標識された相補結合部位に侵入することで、Ｃｌｅａｖａｓｅ（登録商標）が認識する構造が生成される。したがって、当該方法においては、Ｃｌｅａｖａｓｅ（登録商標）によるレポーター蛍光標識部分の切断によって遊離したレポーター蛍光を測定し、測定した蛍光の強度を比較することで、放射線による副作用を発症しやすい型の塩基配列（発症群）を有しているか、副作用を発症しにくい型の塩基配列（非発症群）を有しているかのＳＮＰタイピングを行うことができる。
【００５６】
（４−４．ＳＮＰタイピングの手法〜その４）
そして、ライゲーションに基づく手法としては、例えば、ＲＣＡ（rolling circle amplification）法を挙げることができる（Lizardi, P.M et al., Nat Genet, 19, 225-232(1998)；Magnus J., TECHNOLOGY DEVELOPMENT FOR GENOME AND POLYMORPHISM ANALYSIS, 23-24(2003), Karolinska University Press, Stockholm, Sweden；ＳＮＰ遺伝子多型の戦略、松原謙一・榊佳之、中山書店、１１８〜１２７頁）。
ＲＣＡ法は、特定の条件下で５′→３′エキソヌクレアーゼ活性を有しないＤＮＡポリメラーゼが環状の一本鎖ＤＮＡを鋳型として、その上を移動しながら何周にもわたってＤＮＡを合成し続けることで、長い相補鎖ＤＮＡを合成するものである。
したがって、ＲＣＡ法ではアレルの識別をＲＣＡ法によるＤＮＡの増幅の有無を判定することで行う。すなわち、ＤＮＡポリメラーゼによる合成の鋳型になるＤＮＡオリゴマーを直鎖にしておき、ゲノムＤＮＡをライゲーション反応の鋳型とする、当該直鎖のＤＮＡオリゴマーの３′末端と、５′末端に設定したＳＮＰ部位でライゲーション反応を行う。このとき、ライゲーションが完成して環状の一本鎖ＤＮＡとなれば、ＲＣＡ反応が進み、長い相補鎖ＤＮＡを得ることができる。一方、ＤＮＡオリゴマーがライゲーションしなければ、環状の一本鎖ＤＮＡとはならず、ＲＣＡ反応は進まない。このようなＲＣＡ反応を行うためには、ゲノムＤＮＡとアニールし、かつ、環状になりうる一本鎖プローブ（パドロックプローブ）を作製する必要がある。
【００５７】
具体的には、まず、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＳＮＰサイト（１２１番目の塩基）を中心として、前後が１０〜２０塩基の塩基からなるＤＮＡ塩基配列を予め選択しておく。そして、バックボーンとなる特殊な配列を有する一本鎖のプローブの３′末端に、ＳＮＰサイトの５′上流側の１０〜２０塩基のＤＮＡオリゴマーの５′末端を結合する。そして、バックボーンとなる一本鎖のプローブの５′末端に、ＳＮＰサイトの３′下流側のＤＮＡオリゴマーの３′末端を結合する。なお、このとき用いるＳＮＰサイトの５′上流側のＤＮＡ塩基配列は、配列表の配列番号５２０から配列番号６９２に示すＤＮＡ塩基配列と一致する。なお、ＤＮＡの合成を行う際のＤＮＡポリメラーゼの足場となるプライマーは、バックボーンとなるプローブと相補的なＤＮＡ塩基配列を有するＲＣＡプライマーが担う。
【００５８】
このような構成とすると、かかるパドロックプローブは、環状にしたときにＳＮＰサイトが３′末端となるプローブとすることができる。すなわち、このＳＮＰサイトの塩基がハイブリダイズする、放射線治療を行う予定のがん患者から調製したＤＮＡ試料（ゲノムＤＮＡ）と相補的である場合は、ライゲーション反応によって一本鎖の環状のＤＮＡプローブとなるので、前記したようにＤＮＡポリメラーゼが当該環状の一本鎖ＤＮＡを鋳型として長い相補鎖ＤＮＡを合成する。
これに対し、ＳＮＰサイトの塩基がハイブリダイズするゲノムＤＮＡと相補的でないときはライゲーション反応が起こらず、環状の一本鎖ＤＮＡとはならないので、長い相補鎖ＤＮＡを合成することができない。したがって、長い相補鎖ＤＮＡが存在するか否かを電気泳動等で確認するだけで容易にＳＮＰサイトと同じ塩基を有しているか否かを確認し得る点で利点がある。
なお、前記したＤＮＡ合成反応系に、当該ＤＮＡポリメラーゼによって合成された相補鎖ＤＮＡに対して相補的なＤＮＡ塩基配列、すなわち、前記環状の一本鎖ＤＮＡと同じＤＮＡ塩基配列、を有するプライマー（ブランチングプライマーという）も一緒に合成系に入れておくことによって、合成するＤＮＡをより大きな分子量とすることができるのでＤＮＡの合成の有無が確実となり、より好適である。
【００５９】
（４−５．ＳＮＰタイピングの手法〜その５）
さらに、本発明に用いられる他のＳＮＰタイピングの手法としては、例えば、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ（single-strand conformation polymorphism；一本鎖高次構造多型）法（Genomics, 12, 139-146(1992)；Oncogene, 6, 1313-1318(1991)；PCR Methods Appl, 4, 275-282(1995)）が挙げられる。
この方法は操作が比較的簡便であり、また被検試料の量も少なくて済む等の利点を有するため、特に多数のＤＮＡ試料をスクリーニングするのに好適である。その原理は次の通りである。二本鎖ＤＮＡ断片を一本鎖に解離すると、各鎖はその塩基配列に依存した独自の高次構造を形成する。この解離したＤＮＡ鎖を、変性剤を含まないポリアクリルアミドゲル中で電気泳動すると、それぞれの高次構造の差に応じて、相補的な同じ鎖長の一本鎖ＤＮＡが異なる位置に移動する。一塩基の置換によってもこの一本鎖ＤＮＡの高次構造は変化し、ポリアクリルアミドゲル電気泳動において異なる移動度を示す。従って、ＳＮＰサイトの塩基が異なる場合における電気泳動による移動度が予め分かっていれば、その移動度の変化を検出することによって、一本鎖ＤＮＡについてのＳＮＰタイピングを行うことができる。
【００６０】
具体的には、まず、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位の塩基を含むＤＮＡをＰＣＲ等によって増幅する。増幅される範囲としては、通常２００〜４００ｂｐ程度の長さが好ましい。ＰＣＲの反応条件は、例えば、熱変性を９４℃で４０秒間行い、アニールを５０℃で１分間行い、伸長反応を７２℃で２分間行うというサイクルを３０回繰り返すことにより行うことができるがこれに限定されることはなく、適宜条件を変更して行うことが可能である。
また、ＰＣＲの際に、前記した各種の放射性同位元素、蛍光色素、またはビオチン等によって標識したプライマーを用いることにより、ＰＣＲ産物を標識することができる。あるいは、ＰＣＲ反応液に放射性同位元素、蛍光色素、またはビオチン等によって標識された基質塩基を加えてＰＣＲを行うことにより、ＰＣＲ産物を標識することも可能である。さらに、ＰＣＲ反応後にクレノウ酵素等を用いて、放射性同位元素、蛍光色素、またはビオチン等によって標識された基質塩基を、ＰＣＲ産物の断片に付加することによっても標識を行うことができる。なお、ここで用いるプライマーとしては、配列表の配列番号１７４から配列番号５１９に示すＤＮＡオリゴマーからなるＤＮＡオリゴマーセットを用いるのが好ましい。
こうして得られた標識化ＰＣＲ産物の断片を、熱を加えるなどして変性させ、尿素などの変性剤を含まないポリアクリルアミドゲルを用いて電気泳動を行う。この際、ポリアクリルアミドゲルに適量（５〜１０％程度）のグリセロールを添加することにより、ＰＣＲ産物の断片の分離の条件を改善することができる。また、泳動条件は各標識化ＰＣＲ産物の性質により変動するが、通常、室温（２０〜２５℃）で行い、好ましい分離が得られないときには４〜３０℃までの温度で最適の移動度を与える温度の検討を行う。電気泳動後、標識化ＰＣＲ産物の移動度を、Ｘ線フィルムを用いたオートラジオグラフィーや、蛍光を検出するスキャナー等でシグナルを検出し、解析を行う。標識化ＰＣＲ産物の移動度に差があるバンドが検出された場合、このバンドを直接ゲルから切り出し、ＰＣＲによって再度増幅し、それを直接ＤＮＡシークエンシングすることにより、変異の存在と塩基の種類を確認することができる。また、ＳＮＰサイトの塩基種による標識化ＰＣＲ産物の移動度の差が既知である場合は、これと対比することによって、容易にＳＮＰタイピングを行うことができる。
【００６１】
（４−６．ＳＮＰタイピングの手法〜その６）
さらに、本発明に用いられる他のＳＮＰタイピングの手法としては、例えば、制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ：Restriction Fragment Length Polymorphism）を利用した方法やＰＣＲ−ＲＦＬＰ法が挙げられる。
【００６２】
具体的には、まず、放射線治療を行う予定のがん患者からＤＮＡ試料を抽出する。ここで、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位において、ＳＮＰによる塩基の置換により制限酵素の認識部位に変化を生じた場合には、制限酵素切断断片の長さが変化する。したがって、生じるＤＮＡ断片の大きさを、発症群と非発症群とを比較することでＳＮＰの判定を行うことができる。
すなわち、この変異を含むＤＮＡ試料をＰＣＲ法によって増幅し、それぞれの制限酵素で処理することによって、これらの変異を電気泳動後のバンドの移動度の差として検出することができる。
また、染色体ＤＮＡを制限酵素処理して電気泳動した後、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示すＤＮＡオリゴマーを含んでなるプローブを用いてサザンブロッティングを行うことによっても、変異の有無を検出することができる。
なお、ここで用いる制限酵素は、それぞれの変異に応じて適宜選択することができる。また、この方法では、染色体ＤＮＡ以外にも放射線治療を行う予定のがん患者から調製したＲＮＡを逆転写酵素でｃＤＮＡにし、これをそのまま制限酵素で切断した後、サザンブロッティングを行うことによっても判定することが可能である。
このように、制限酵素の認識部位におけるＳＮＰの有無を検出することで放射線による副作用を発症しやすい型の塩基配列（発症群）を有しているか、副作用を発症しにくい型の塩基配列（非発症群）を有しているかのＳＮＰタイピングを行うことができる。
【００６３】
（４−７．ＳＮＰタイピングの手法〜その７）
前述したように、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマーおよびそのＤＮＡ塩基配列の情報は、ゲノムＤＮＡのＤＮＡ塩基配列を直接解読して判定することの他、ＤＮＡ合成機等により合成してＤＮＡチップ用のプローブ等として用いることもできる。そして、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーをＤＮＡチップ用のプローブとして用いる態様の一つとして、放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡチップを好適に挙げることができる。
【００６４】
ここで、本発明におけるＤＮＡチップとは、検出対象となる、配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡ塩基配列を有する、ＳＮＰサイトを含むＤＮＡオリゴマー（ＤＮＡチップ用のプローブ）を基板上に整列（アレイ）化し、固定したものをいう。そして、その基板上で蛍光標識されたターゲットＤＮＡまたはターゲットＲＮＡとのハイブリダイゼージョンを行い、ＤＮＡプローブ上の蛍光シグナルを検出するものである。なお、ＤＮＡチップにおいては、一般的にガラス基板に固定したＤＮＡオリゴマーがプローブとなり、溶液中のラベルしたＤＮＡがターゲットとなる。したがって、ガラス基板に固定された前記ＤＮＡオリゴマーをＤＮＡチップ用プローブとする。
ＤＮＡチップには大きく分けて２種類あり、ＤＮＡをガラス表面上で合成していくＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社方式と、ｃＤＮＡをガラス表面上に載せていくスタンフォード方式がある。ＳＮＰタイピングにはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社方式を用いるのが好ましいとされているが、本発明においてはこれに限定されず、スタンフォード方式を用いることもできる。
【００６５】
以下、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社方式のＤＮＡチップを適用した場合の、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマー（ＤＮＡチップ用プローブ）を用いたＤＮＡチップについて説明する。
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社方式では、フォトリソグラフィック技術と光照射化学合成を組み合わせて、ガラス基板上で、配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＳＮＰサイトを有する２０〜２５ｂｐ程度のＤＮＡオリゴマーを合成することで、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーを固定化したＤＮＡチップを作製することができる。そして、サンプル由来のＤＮＡから合成したｃＤＮＡ、またはサンプル由来のＲＮＡから逆転写によって合成したｃＤＮＡを鋳型としてin vitro transcriptionによって蛍光標識ｃＲＮＡを合成し、本発明におけるＤＮＡチップ用プローブとストリンジェントな条件下でハイブリダイゼーションし、専用スキャナーによる蛍光イメージの測定を行うことで、容易に放射線による副作用を発症しやすい型の塩基配列（発症群）を有しているか、副作用を発症しにくい型の塩基配列（非発症群）を有しているかについてのＳＮＰタイピングを行うことができる。
【００６６】
なお、ガラス基板に固定するＤＮＡチップ用プローブは、配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位におけるターゲットＤＮＡの塩基の多型を検出することができるものであれば特に制限されない。すなわち、当該ＤＮＡチップ用プローブは、例えば、配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位の塩基を含むターゲットＤＮＡにハイブリダイズするようなプローブであって、特異的なハイブリダイズが可能であれば、配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位の塩基を含むＤＮＡに対し、完全に相補的である必要はなく、１個若しくは複数個の塩基が欠失、置換若しくは挿入したものであってもよい。また、本発明において基板に結合させるＤＮＡチップ用プローブの長さは、通常１０〜１００ｂｐとするのが好ましく、１０〜５０ｂｐとするのがより好ましく、１５〜２５ｂｐとするのがさらに好ましい。
【００６７】
当該ＤＮＡチップを用いたＳＮＰタイピングにおける前記ハイブリダイゼーションの反応液および反応条件は、基板に固定するヌクレオチドプローブの長さ等の諸要因により変動し得るが、すなわち、複合体あるいはＤＮＡチップ用プローブと結合するターゲットＤＮＡの融解温度（Ｔｍ）に基づいて決定することができる。例えば、ハイブリダイズ後の洗浄条件として、通常「１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、３７℃」程度のストリンジェントな条件を挙げることができる。ＤＮＡチップに固定されているＤＮＡチップ用プローブとハイブリダイズする相補鎖は、かかる条件で洗浄しても対象とするターゲットＤＮＡとハイブリダイズ状態を維持するものであることが好ましい。特に制限されないが、より厳しいストリンジェントな条件として「０．５×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、４２℃」程度、さらに厳しいストリンジェントな条件として「０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃」程度の洗浄条件を挙げることができる。なお、この他にも適宜ＮａＣｌやＫＣｌといった塩濃度や温度条件などを適宜変更することによってもハイブリダイズさせたＤＮＡを洗浄することが可能である。例えば、塩濃度を３Ｍ以下、２．５Ｍ以下、２Ｍ以下、１．５Ｍ以下、より好適には、厳しいストリンジェントな条件である１Ｍ以下、０．７５Ｍ以下、０．５Ｍ以下、さらには、０．２５Ｍ以下、０．１Ｍ以下の塩濃度から適宜に選択することができる。また、温度条件としては、その温度条件を少なくとも約１５℃、約２０℃、約２５℃、約３０℃の中から適宜選択することができ、より好適には、厳しいストリンジェントな条件である３５℃以上、４０℃以上、４５℃以上、５０℃以上、６０℃以上、７０℃以上、場合によっては８０℃以上の中から適宜選択することができる。
【００６８】
以上述べたように、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイトに相当する部位の塩基を含む少なくとも１０ｂｐ有するＤＮＡオリゴマーやこれと相補的なＤＮＡオリゴマーは、ＳＮＰタイピングにおけるプローブ（当該プローブが固定化された基板を含む）やプライマーとして用いることができる。
【００６９】
本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーをプライマーとして用いる場合、その長さは、通常１０〜２４１ｂｐであり、好ましくは１５〜２００ｂｐ、より好ましくは１５〜１００ｂｐ、さらに好ましくは１７〜５０ｂｐ、最も好ましくは２０〜３０ｂｐである。そして、ＤＮＡオリゴマーをプライマーとして用いる場合は、配列番号１７４から配列番号５１９に示すＤＮＡオリゴマーを、配列番号１７４から順次２つを１セットとして用いるＤＮＡオリゴマーセットを用いることが好ましいが、これに限定されることはなく、リスクアレルであるＳＮＰサイト（１２１番目の塩基）を含んで増幅することができるものであれば配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡ塩基配列を参考に適宜作製して用いることも可能である。また、ヒト染色体上のこれら配列の外側にある配列を使ってＤＮＡオリゴマーセットを作成することも可能である。
【００７０】
また、配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーをプローブとして用いる場合、当該プローブは、本発明の配列表の配列番号１から配列番号１７３で示されるＳＮＰサイト（１２１番目の塩基）に相当するサイトの塩基を含むＤＮＡに特異的にハイブリダイズするものであれば、特に限定されることはない。当該プローブは、通常少なくとも１５ｂｐ以上の長さを有するのが好ましい。
そして、本発明のＤＮＡオリゴマーは、例えば、市販のＤＮＡ合成機により好適に作製することができるがこれに限定されることはなく、大腸菌等に形質転換導入した当該ＤＮＡ塩基配列を有するベクターから制限酵素処理等することによって取得できる二本鎖ＤＮＡ断片として作製してもよい。
【００７１】
〔５．放射線治療に用いる放射線〕
本発明において、放射線治療に用いることのできる放射線としては、Ｘ線、γ線、重粒子線、電子線を好適に用いることができるが、これに限定されることはなく、陽子線、中性子線といった放射線も用いることができる。
【００７２】
〔６．ＳＮＰ情報〕
ＳＮＰタイピングを行うための情報は、ＮＣＢＩのｄｂＳＮＰ（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/）や種々の文献情報等に記載されている各遺伝子の情報、およびＪＳＮＰ ＤＢ（http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/）に登録された情報からＳＮＰに関する情報を得た。
【００７３】
〔７．放射線治療における副作用発症予測方法〕
次に、図１を参照して、被験者（がん患者）から採取した試料から調整したＤＮＡ試料のＤＮＡ塩基配列を直接解析して、本発明の放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列におけるＳＮＰサイト（１２１番目の塩基）と合致するか否かを判定する放射線治療における副作用発症予測方法について説明する。図１は、本発明の放射線治療における副作用発症予測方法を説明するためのフローチャートである。
【００７４】
本発明に係る放射線治療における副作用発症予測方法は、配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーを用いて判定を行う、下記（ａ）〜（ｇ）の工程を含むものである。
（ａ）放射線治療が施行される予定のがん患者から採取した試料をもとにＤＮＡ試料を調製する工程（ステップＳ１）、
（ｂ）前記（ａ）の工程で調製した前記ＤＮＡ試料をもとにＤＮＡを増幅してＤＮＡ産物を得る工程（ステップＳ２）、
（ｃ）前記（ｂ）の工程で増幅したＤＮＡ産物を鋳型として伸長反応を行い、伸長産物であるＤＮＡオリゴマーを得る工程（ステップＳ３）、
（ｄ）前記（ｃ）の工程で得られたＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を解析する工程（ステップＳ４）、
（ｅ）前記（ｄ）の工程で解析されたＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列のうち１２１番目の位置に相当する塩基と、配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡ塩基配列の１２１番目の塩基とを照合する工程（ステップＳ５）、
（ｆ）前記（ｅ）の工程で照合された塩基を有するアレルがリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定する工程（ステップＳ６）、
（ｇ）前記（ｆ）の工程で判定した結果から、前記放射線治療が施行される予定のがん患者における放射線による副作用の発症危険率を予測する工程（ステップＳ７）。
【００７５】
以下、本発明の放射線治療における副作用発症予測方法の各工程について詳細に説明する。
まず、（ａ）の工程では、放射線治療が施行される予定のがん患者から採取した試料をもとにＤＮＡ試料を調製する（ステップＳ１）。このとき、採取した試料としては、血液を用いるのが好ましいが、これに限定されず、例えば、皮膚、口腔粘膜、毛髪、手術等によって切除された組織など、ＤＮＡを含む試料であればどのようなものでも用いることができる。かかる試料を用いれば、染色体ＤＮＡなどのＤＮＡ試料を好適に抽出することができる。
この工程において、放射線治療が施行される予定のがん患者から採取した血液（試料）からＤＮＡ試料を抽出するには、血液から自動的にＤＮＡを抽出する、自動ＤＮＡ抽出装置を用いるのが好適である。大量のサンプルのＤＮＡを抽出する時間を節約することができるうえに操作が簡便だからである。また、かかる自動ＤＮＡ抽出装置を用いる場合は、装置に添付の標準のプロトコルによりＤＮＡを抽出することが望ましいが、適宜プロトコルを改変して用いることも可能である。
【００７６】
また、他の簡便にＤＮＡ試料を抽出する方法として、各社から販売されている簡易なシステムまたはキットを用いてＤＮＡ試料の抽出を行ってもよい。
さらに、他のＤＮＡ試料の抽出する方法としては、フェノール−クロロホルム処理とエタノール沈殿（BASIC METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY 2nd EDITION，Davis et al.， P.16-21）を行うことでもＤＮＡ試料を抽出することが可能である。また、がん患者から採取した試料から、必要に応じてトータルＲＮＡの精製（グアニジンイソチオシアネート−塩化セシウム超遠心分離法；BASIC METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY 2nd EDITION，Davis et al.， P.322-328）や、ポリＡ+−ＲＮＡの単離（BASIC METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY 2nd EDITION，Davis et al.， P.344-349頁）や、これらを基にしてｃＤＮＡの合成（Ｆｉｒｓｔ−Ｓｔｒａｎｄ ｃＤＮＡの合成；BASIC METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY 2nd EDITION，Davis et al.， P.515-522；同著 P.136-137）を行ってもよい。さらに、これらの各操作を、各社から販売されている試薬やキット等を用いることも可能である。
【００７７】
次に、（ｂ）の工程では、前記の工程でＤＮＡ試料をもとにＤＮＡを増幅してＤＮＡ産物を得る（ステップＳ２）。この工程でＤＮＡ試料のＤＮＡを増幅する方法としては、ＰＣＲ法を好適に用いることができる。ＰＣＲに用いるプライマーとしては、例えば、配列表の配列番号１７４から配列番号５１９に示すＤＮＡオリゴマーのセットを配列番号１７４から順次１セットとしたＰＣＲ増幅用のプライマーセットを用いるのが好ましい。そして、ＰＣＲの反応条件としては、例えば、９４℃で２分間の熱変性の後、９４℃で４０秒間の熱変性と、５０℃で１分間のアニーリングと、７２℃で２分間の伸長反応と、いうサイクルを３０回繰り返した後、７２℃で５分間の最終伸長反応を行うことを好適に示すことができるがこれに限定されることはなく、適宜に条件を変更することも可能である。また、ＰＣＲ法に拠らないでもＤＮＡ産物を増幅できる場合には、ＤＮＡポリメラーゼ等を用いてＤＮＡの増幅を行ってもよい。
【００７８】
次に、（ｃ）の工程では、前記の工程で増幅したＤＮＡ産物を鋳型として伸長反応を行い、伸長産物であるＤＮＡオリゴマーを得る（ステップＳ３）。このとき用いるＤＮＡ塩基配列を解析するための伸長用のプライマーとしては、本発明の配列表の配列番号５２０から配列番号６９２に示すＤＮＡオリゴマーを用いるのが好ましい。また、伸長反応の条件は、適宜に設定・変更することが可能であるが、各伸長用のキットで指定されている条件とするのが好ましい。
【００７９】
次に、（ｄ）の工程では、前記の工程で伸長反応を行ったＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列を解析する（ステップＳ４）。
ここで、ＤＮＡ産物のＤＮＡ塩基配列を解析する方法としては、前記で詳述したＤＮＡ塩基配列を直接解析する方法である、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法を好適に用いることができるが、これに限定されることはなく、前述した適宜の手法を用いてＤＮＡ塩基配列の解析、すなわち、ＳＮＰタイピングを行うことができる。
【００８０】
次に、（ｅ）の工程では、前記の工程で解析されたＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列のうち１２１番目の位置に相当する塩基と、配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡ塩基配列の１２１番目の塩基とを照合する（ステップＳ５）。
そして、次の（ｆ）の工程では、前記の工程で照合された塩基を有するアレルがリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定する（ステップＳ６）。
【００８１】
このようにして、配列表の配列番号１から配列番号１７３に示したＤＮＡ塩基配列の１２１番目の位置の塩基に相当するＤＮＡ産物の塩基が、リスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定した結果と、その他のＳＮＰサイトにおけるアレル頻度等を総合的に勘案して、次の（ｇ）の工程において、放射線治療が施行される予定のがん患者における放射線による副作用の発症危険率を予測する（ステップＳ７）。
【００８２】
以上、本発明に係る副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー、遺伝子マーカー、ＤＮＡオリゴマーセット、および、放射線治療における副作用発症予測方法について詳細に説明してきたが本発明はこれらの内容に限定して解してはならず、本発明の趣旨を逸脱しない範囲で広く変更・改変して行うことができることはいうまでもない。
【００８３】
例えば、（１）本発明の放射線治療における副作用発症予測用遺伝子マーカーに、蛍光色素、放射性同位元素、蛍光色素発光用酵素、または、特定の物質との結合能を有するタンパク質のうちの少なくとも一つを付加した構成とすることができる。
【００８４】
例えば、（２）本発明の放射線治療における副作用発症予測用遺伝子マーカーは、リスクアレルと相補的なＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマーと、非リスクアレルと相補的なＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマーとを、異なる種類の蛍光色素、放射性同位元素、蛍光色素発光用酵素、または、特定の物質との結合能を有するタンパク質、を用いてそれぞれ付加した構成とすることができる。
【００８５】
本発明の検出用ＤＮＡオリゴマーは、請求項１から請求項１６または請求項２０のうちいずれか一項に記載のＤＮＡオリゴマー、または、請求項１８または請求項１９に記載のＤＮＡオリゴマーセットのうち少なくとも一方のＤＮＡオリゴマーに、蛍光色素、放射性同位元素、蛍光色素発光用酵素、または、特定の物質との結合能を有するタンパク質、を付加した構成とすることができる。
【００８６】
例えば、（３）本発明の検出用ＤＮＡオリゴマーは、リスクアレルと相補的なＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマーと、非リスクアレルと相補的なＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマーとを、異なる種類の蛍光色素、放射性同位元素、蛍光色素発光用酵素、または、特定の物質との結合能を有するタンパク質、を用いてそれぞれ付加した構成とすることができる。
【００８７】
例えば、（４）本発明の放射線治療における副作用発症予測方法は、配列表の配列番号５２０から配列番号６９２に示すＤＮＡオリゴマーを用いて判定を行う、下記（ａ）〜（ｅ）の工程を含むことを特徴とする、放射線治療における副作用発症予測方法としてもよい。（ａ）放射線治療が施行される予定のがん患者から採取した試料をもとにＤＮＡ試料を調製する工程、（ｂ）前記（ａ）の工程で調製した前記ＤＮＡ試料と、配列表の配列番号５２０から配列番号６９２のうちいずれかに示すＤＮＡ塩基配列を有するＤＮＡオリゴマーと、をハイブリダイズさせる工程、（ｃ）前記（ｂ）の工程でハイブリダイズした前記ＤＮＡオリゴマーを、ｄｄＮＴＰを用いてアレル特異的に１塩基伸長する反応を行う工程、（ｄ）前記（ｃ）の工程でアレル特異的に１塩基伸長したＤＮＡオリゴマーのｄｄＮＴＰの塩基を解析する工程、（ｅ）前記（ｄ）の工程で解析されたｄｄＮＴＰの塩基と、配列表の配列番号１から配列番号１５７のいずれかに示すＤＮＡオリゴマーの１２１番目の塩基と、を照合する工程、（ｆ）前記（ｅ）の工程で照合された塩基を有するアレルがリスクアレルであるか非リスクアレルであるかを判定する工程、（ｇ）前記（ｆ）の工程で判定した結果から、前記放射線治療が施行される予定のがん患者における放射線による副作用の発症危険率を予測する工程。
【００８８】
そして（５）前記のｄｄＮＴＰが、蛍光色素、放射性同位元素、蛍光色素発光用酵素、または、特定の物質との結合能を有するタンパク質、を付加したものとすることができる。
【実施例】
【００８９】
次に、本発明に係る副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマー、遺伝子マーカー、ＤＮＡオリゴマーセット（ＰＣＲ用プライマー）とＤＮＡオリゴマー（伸長プライマー）、および、放射線治療における副作用発症予測方法を、実施例を参考にしてさらに具体的に説明する。
【００９０】
副作用の発症危険率を予測するためのＳＮＰの検討は、（１）ヒト培養細胞株における放射線感受性の遺伝子の解析と（２）マウス系統差における放射線感受性の遺伝子の解析を行い、（３）文献調査を行い、（４）放射線による副作用の発症に関連した遺伝統計学的解析を行った。
【００９１】
まず、〔１〕ヒト培養細胞株における放射線感受性の遺伝子については、放射線感受性に関わる遺伝子についてこれまでにも多くの報告がある。それらは一部のＤＮＡ修復遺伝子など、特定の機能を持った遺伝子に焦点が当てられたものであった。本発明においては、これらの遺伝子についても検討を加えているが、ヒトゲノムの全ＤＮＡ塩基配列が決定されたことを受けてそのＤＮＡ塩基配列情報の解析から遺伝子または遺伝子候補と考えた２１，０００種類を選択し、Ａｇｉｌｅｎｔ社（ＣＡ，ＵＳＡ）に委託してこれらの遺伝子特異的な６０塩基のＤＮＡ塩基配列を持ったオリゴアレイを作製して、独自に放射線感受性の分類に有効な遺伝子の検索を行った。
まず６０種類のヒト培養細胞株の線量−生存率曲線を求め、感受性の異なる３２細胞株を選択してＸ線照射前後の遺伝子発現プロファイルを細胞間で比較し、Ｄ10、Ｄq、α／βなどの複数のモデルのパラメータ別に細胞株の分類に有効な遺伝子を同定し、放射線感受性遺伝子候補とした。この中には細胞増殖、細胞周期調節、レドックス、ＤＮＡ損傷修復などに関わると考えられる遺伝子が含まれていた。
【００９２】
次に、〔２〕マウス系統差の解析については、放射線感受性の異なるＡ／Ｊ，Ｃ３Ｈ／ＨｅＭｓ，Ｃ５７ＢＬ６Ｊの３系統のマウスに関して、皮膚・肺・腸管等各種臓器における放射線照射後の損傷／修復過程を判定した（M. Iwakawa et al., Radiation Res., 44, 7-13 (2003)）。また同時に、マイクロアレイを用いて対象臓器での放射線照射後の遺伝子発現プロファイルを比較し、系統差に関連すると考えられる遺伝子群を抽出した。そして、これら遺伝子のヒトホモログを感受性遺伝子候補とした。この中には、シグナルトランスダクション、アポトーシス、免疫関連の遺伝子が含まれていた。
【００９３】
〔３〕放射線による副作用の発症に関連した遺伝統計学的解析では、候補遺伝子上の多型マーカー（ＳＮＰサイト）に関するＤＮＡ塩基配列情報は、ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（バージョン：UCSC Human April 2003（http://genome.ucsc.edu/））、ＪＳＮＰ ＤＢ（http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/）、ｄｂＳＮＰ（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/）から得た。我々が収集した健常人集団（非発症群のＳＮＰアレルを有する集団）を用いてこれらのアレルの多型頻度を解析し、解析するアレルの選択を行った。
次に、放射線による副作用の発症の判定などによって分類した集団に対してＳＮＰタイピングを行った。研究の対象は、２００１年１０月から２００３年１２月までに当該研究を行うことについてのインフォームド・コンセントを取得するとともに血液および診療情報の提供を受けた乳がん患者２１８人、子宮頸がん５７人、前立腺がん７１人についてまず診療データ解析を行い、多型頻度解析のために層別化を行った。放射線による副作用（障害）の発症は、乳がん患者は皮膚障害、子宮頸がん患者では腸管障害（下痢）、前立腺がん患者では膀胱・尿道障害（排尿障害）を対象とした。そして、各障害別に放射線治療開始から３ヶ月未満（早期のステージ）、３ヶ月（晩期３ヶ月のステージ）、６ヶ月（晩期６ヶ月のステージ）での判定結果により２群に分類した。
【００９４】
表１から表１８は、ＤＮＡを採取し、ＳＮＰタイピングを行うことについてインフォームド・コンセントを得た乳がん患者、子宮頸がん患者、前立腺がん患者について、それぞれ放射線治療開始から早期のステージ、晩期３ヶ月のステージ（子宮頸がんについては記載していない）、晩期６ヶ月のステージにおけるアレル頻度を統計学的に求めて示した表である。がん種、放射線治療による副作用（障害）を確認した時期、および調査対象部位を各表ごとに示す。
【００９５】
すなわち、表１から表３は、乳がんの放射線治療開始から早期のステージにおける乳がん患者群のアレル頻度を、表４および表５は、放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおける乳がん患者群のアレル頻度を、表６および表７は、乳がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける乳がん患者群のアレル頻度を、表８から表１１は、子宮頸がんの放射線治療開始から早期のステージにおける子宮頸がん患者群のアレル頻度を、表１２は、子宮頸がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける子宮頸がん患者群のアレル頻度を、表１３および表１４は、前立腺がんの放射線治療開始から早期のステージにおける前立腺がん患者群のアレル頻度を、表１５および表１６は、前立腺がんの放射線治療開始から晩期３ヶ月のステージにおける前立腺がん患者群のアレル頻度を、および、表１７および表１８は、前立腺がんの放射線治療開始から晩期６ヶ月のステージにおける前立腺がん患者群のアレル頻度をそれぞれ表す。
【００９６】
そして、表１から表１８のＡ欄からＪ欄は、以下の内容を示す。
Ａ欄：各ＳＮＰに割り当てられている公共データバンク（ＮＣＢＩやＪＳＮＰ（ＩＭＳ−ＪＳＴ ＳＮＰ））に登録されているＳＮＰ ＩＤと遺伝子型、つまり、確認できたアレル頻度を示すものである。なお、乳がんについては皮膚障害、子宮頸がんについては腸管障害、前立腺がんについては尿道障害を調査対象とした。
ここで示される遺伝子型において上段のアレルがリスクアレルを示し、下段のアレルが非リスクアレルを示す。ここで、例えばＣ／ＣやＧ／Ｇは、対立遺伝子においてＣ（シトシン）とＣ（シトシン）のホモ接合体、Ｇ（グアニン）とＧ（グアニン）のホモ接合体であることを示し、Ｃ／Ｇは、Ｃ（シトシン）とＧ（グアニン）のヘテロ接合体であることを示す。
また、放射線治療による副作用を確認した時期について、早期とは、放射線治療後３ヶ月未満に障害が認められたことを示し、晩期３ヶ月とは、放射線治療後３ヶ月を経過した後６ヶ月以内に障害が認められたことを示し、晩期６ヶ月とは、放射線治療後６ヶ月を経過した後に障害が認められたことを示す。
【００９７】
なお、注目する障害によっては、関係するリスクアレルが逆になる場合もある。例えば、表１に示すｒｓ２５６１８２９のサイトでは、乳がんの放射線治療後早期のステージではＣ／Ｃのアレルがリスクアレルとなるが、表１７に示す前立腺がんの放射線治療後晩期６ヶ月のステージでは、Ｔ／ＴのアレルとＴ／Ｃのアレルがリスクアレルとなる。現在のところ遺伝子の機能解析が完了していないことから、かかる現象が生じることについての説明は難しいが、統計的解析を行うとこのような結果となる。これは、リスクアレルと非リスクアレルの違いが、発現する遺伝子やタンパク質の機能、発症部位や時期によってベクトル（すなわち、遺伝子の転写・翻訳の方向）が逆方向になる可能性や、各アレルからの発現量のバランスなどが影響するものと考えられる。このようなＳＮＰサイトとしては、前記のｒｓ２５６１８２９の他に、ｒｓ４８１８（表３と表４参照）、ｒｓ７９１０４１（表２と表１７参照）、ｒｓ７０４２２７（表１２と表１５参照）、ｒｓ２２８３２６４（表２と表１７参照）、ｒｓ７３２３４（表２と表９と表１４参照）、ｒｓ５１８１１６（表３と表１２参照）、ｒｓ１１７１０９７（表１と表１５参照）、ｒｓ７９１０４０（表２と表１７参照）、ｒｓ１１４５７２０（表３と表１８参照）、ｒｓ１１４４１５３（表２と表１７参照）、ｒｓ２２６７４３７（表１と表８と表１３参照）、ｒｓ２２７０３９０（表１２と表１６参照）、ｒｓ２０７２８１７（表７と表８参照）が挙げられる。
【００９８】
Ｂ欄：放射線治療を行った後に障害が認められた症例数（ｎ）と、そのグレード（Ｇｒａｄｅ１〜４）を示す。
Ｃ欄：障害が認められない（Ｇｒａｄｅ０）か、障害が軽微であった（Ｇｒａｄｅ１）症例数（ｎ）を示す。
副作用の度合いは、Ｇｒａｄｅ０，１，２，３，４と、数字が大きくなる程重症であることを示す。早期のステージにおける副作用に対する判定は、国際的な判定基準であるＮＣＩ／ＣＴＣ（National Cancer Institute, Common Toxicity Criteria）に従った。また、放射線治療開始から３ヶ月と６ヶ月のステージにおける副作用（障害）に対する判定は、国際的な判定基準であるＲＴＯＧ（Radiation Therapy Oncology Group）に従った。なお、取得した臨床情報から、がん種に応じて項目を選択し、例えば乳がんでは年齢、喫煙、飲酒、合併症、家族病歴、ＴＮＭ分類、病理検査、化学療法、照射方法、再燃・転移等に関する３８項目について解析し、標準化を行い、条件に合致しない症例は多型頻度解析から除外した。
【００９９】
Ｄ欄：フィッシャー（Ｆｉｓｈｅｒ）の正確確率検定（直接確率）によるＰ値を示す。生物学における統計学的にはＰ値が０．０５以下である場合、それらには有意な差があるとして評価することができる。なお、本発明では、自由度は全て１としている。
Ｅ欄：相対危険度を表す。相対危険度は、リスク比または危険率ともいわれ、要因を有する場合（それぞれのリスクアレルあるいはこれらのリスクアレルの組み合わせによる判定から、放射線感受性である（すなわち、副作用を発症する危険がある）と判定されること）に副作用（障害）を発症するリスクを、要因を有さない場合（ほとんど副作用を発症せず、放射線非感受性である（すなわち、副作用を発症する危険がない）と判定されること）に副作用を発症するリスクで除算した値である。この相対危険度は、その値が高いほど副作用を発症する危険が高いアレルであることを示す。
Ｆ欄：９５％信頼区間を示す。なお、各表には、サンプルの一部のアレル頻度が「０」であるために、相対危険度や９５％信頼区間が求めることができないデータもある（表１から表１８中において「−」で示す）。
【０１００】
Ｇ欄：リスクアレルを有する、本発明の放射線治療における副作用発症予測用ＤＮＡオリゴマーの配列番号を示す。
Ｈ欄：ＰＣＲに用いたＤＮＡオリゴマー（フォワードプライマー）の配列番号を示す。
Ｉ欄：ＰＣＲに用いたＤＮＡオリゴマー（リバースプライマー）の配列番号を示す。
なお、各ＳＮＰサイトにおいてＨ欄とＩ欄に示す配列番号の１セットからなるＤＮＡオリゴマーのセットは、ＰＣＲ増幅用のプライマーセットとして用いることができる。
【０１０１】
Ｊ欄：ＳＮＰタイピングを行った際に使用したＤＮＡオリゴマー（伸長プライマー）の配列番号を示す。なお、本発明の伸長プライマーの中には、配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーと同じ向きのストランドのＤＮＡ塩基配列を有するものと、これと逆向きのストランドのＤＮＡ塩基配列を有するものがある。逆向きのストランドである伸長プライマーの場合は、これの３′下流側に付加される塩基と相補的な塩基が、配列番号１から配列番号１７３のいずれかに示す１２１番目の塩基（リスクアレル）に該当する。
【０１０２】
具体的に一例をもってその説明を行うと、例えば、表１の一番上に示すＳＮＰ ＩＤ：ｒｓ１１７１０９７は、放射線治療を開始してから早期のステージ（３ヶ月未満）における乳がん患者の皮膚に障害が確認されたものであって、その遺伝子型は、Ｃ／Ｃのホモ接合体（表１から表１８のＡ欄では「遺伝子型」として表記する。以下同じ。）がリスクアレルであることを示している。なお、このＳＮＰにおいては、Ｇ／Ｇのホモ接合体およびＣ／Ｇのヘテロ接合体は非リスクアレルである（Ａ欄）。
【０１０３】
より詳細に見ていくと、放射線治療開始から早期に皮膚に障害が認められた（Ｇｒａｄｅ１，２，３）乳がん患者の総計は１３５人（Ｂ欄）、皮膚に障害が認められなかった（Ｇｒａｄｅ０）乳がん患者の総計は１２人であった（Ｃ欄）。
ここで、皮膚に障害が認められた乳がん患者においてＣ／Ｃのホモ接合体を有していた人数は８８人であるのに対し、皮膚に障害が認められなかった乳がん患者においてＧ／Ｇのホモ接合体かＣ／Ｇのヘテロ接合体のホモ接合体を有していた人数は４７人である（Ｂ欄）。
一方、皮膚に障害が認められなかった乳がん患者においてＣ／Ｃのホモ接合体を有していた人数は３人であるのに対し、皮膚に障害が認められなかった乳がん患者においてＧ／Ｇのホモ接合体かＣ／Ｇのヘテロ接合体のホモ接合体を有していた人数は９人である（Ｃ欄）。
【０１０４】
これらの結果をフィッシャーの直接確率検定により統計学的に解析した結果、乳がん患者において、Ｃ／Ｃのホモ接合体を有する者とＧ／Ｇのホモ接合体かＣ／Ｇのヘテロ接合体のホモ接合体を有する者との間において有意差（Ｐ値＝０．０１０４１）を得ることができた（Ｄ欄）。また、かかるリスクアレルの相対危険度は１．１５であり（Ｅ欄）、９５％信頼区間は１．０２〜１．３０であった（Ｆ欄）。
【０１０５】
そして、かかるリスクアレルを有するＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列が記載されている配列番号は、配列番号１６であり（Ｇ欄）、かかるＤＮＡ塩基配列の増幅のために用いたＰＣＲ増幅用プライマーのうち、フォワードプライマーの配列番号は、配列番号１８８であり（Ｈ欄）、リバースプライマーの配列番号は、配列番号１８９である（Ｉ欄）。そして、かかるＳＮＰサイト（リスクアレル）のＤＮＡ塩基を決定するために用いられた伸長プライマーの配列番号は、配列番号４８７である（Ｊ欄）。
以上、本発明で示した表について一例をもって説明を行ったが、これは、表１から表１８で示すＳＮＰ全てに共通するものである。
【０１０６】
【表１】
2006087375.tif 000002
【０１０７】
【表２】
2006087375.tif 000003
【０１０８】
【表３】
2006087375.tif 000004
【０１０９】
【表４】
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【０１１０】
【表５】
2006087375.tif 000006
【０１１１】
【表６】
2006087375.tif 000007
【０１１２】
【表７】
2006087375.tif 000008
【０１１３】
【表８】
2006087375.tif 000009
【０１１４】
【表９】
2006087375.tif 000010
【０１１５】
【表１０】
2006087375.tif 000011
【０１１６】
【表１１】
2006087375.tif 000012
【０１１７】
【表１２】
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【０１１８】
【表１３】
2006087375.tif 000014
【０１１９】
【表１４】
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【０１２０】
【表１５】
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【０１２１】
【表１６】
2006087375.tif 000017
【０１２２】
【表１７】
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【０１２３】
【表１８】
2006087375.tif 000019
【０１２４】
次に、本発明において行ったＳＮＰタイピングの方法について説明する。ＳＮＰタイピングは、ＤＮＡの抽出と、ＤＮＡの増幅と、質量分析によるＤＮＡの塩基配列の決定とで行われる。以下に、ＳＮＰタイピングについて詳細に説明する。
（ＤＮＡ試料の抽出）
まず、放射線治療を施行するがん患者および健常人からインフォームド・コンセントを取得した上で血液を採取し、ＤＮＡを抽出した。がん患者はがん種ごとに分類し、放射線治療の開始から３ヶ月未満（早期のステージ）、３ヶ月の時点（晩期３ヶ月のステージ）、６ヶ月の時点（晩期６ヶ月のステージ）での副作用発症の有無の観察を行って、その重症度を評価した（表１〜表１８参照）。なお、一般的には、治療開始時から３ヶ月未満に発症する副作用による障害を早期障害といい、治療開始時から３ヶ月以降に発症する副作用による障害を晩期障害という。
そして、前記の各がん患者から採取した血液からのＤＮＡの抽出は、クラボウ社製ＮＡ−３０００を用いて、かかる装置に添付の標準プロトコルで行った。
【０１２５】
（プライマーの選択と作製）
ＳＮＰタイピングに用いた各フォワードプライマーおよびリバースプライマー、並びに伸長プライマーは、前記〔３〕で述べたＳＮＰに関する情報をもとに、プライマー３．０（http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3＿www.cgi）を用いて適宜適切な範囲を選択して作製した。各プライマーは、ＳＩＧＭＡ  ＧＥＮＯＳＹＳ社（シグマアルドリッチジャパン株式会社）またはＰＲＯＬＩＧＯ社（プロリゴ・ジャパン株式会社）に委託して合成した。
【０１２６】
（ＳＮＰタイピング）
抽出したＤＮＡ試料を用いて、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法によりＳＮＰタイピングを行った。なお、質量分析機はＳＥＱＵＥＮＯＭ社製のＭａｓｓＡＲＲＡＹ  ｓｙｓｔｅｍを用いた。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法によるＳＮＰタイピングは、下記の（１）〜（３）の手順で行われる。
（１）ＤＮＡの増幅：
ＤＮＡ試料を用いて目的とする塩基配列を増幅するため、配列表の配列番号１７４から配列番号５１９に示すフォワードプライマー（Forward primer）、および、リバースプライマー（Reverse primer）の中から適宜選択したＤＮＡオリゴマーセットを用いてＰＣＲ反応を行った。
ＰＣＲの反応条件としては以下の通りである。０．５μｌの１０×ＨｏｔＳｔａｒ Ｔａｑ緩衝液と、０．２μｌのＭｇＣｌ2と、０．０４μｌの２５ｍＭ ｄＮＴＰと、１．０μｌの各１μＭ ＰＣＲ プライマーと、０．０２μｌのＨｏｔＳｔａｒ Ｔａｑ溶液と、１．０μｌのＤＮＡ溶液（２．５ｎｇ／μｌ）と、２．２４μｌの純水を加え、全量で５μｌのＰＣＲ反応溶液を調製した。
このＰＣＲ反応溶液を３８４ウェルプレートに分注し、サーマルサイクラーにより以下のプログラムでＰＣＲ反応を行った。９５℃で１５分間のＨｏｔＳｔａｒ Ｔａｑポリメラーゼの活性化を行った後、（ａ）二本鎖ＤＮＡの熱変性条件：９５℃で２０秒間、（ｂ）アニール条件：５６℃で３０秒間、（ｃ）伸長条件：７２℃で１分間という、（ａ）〜（ｃ）の順に行う反応を５５サイクル行い、最後に７２℃で３分間の伸長反応を行う。
【０１２７】
（２）ＳＡＰ反応：
ＤＮＡの脱リン酸化反応のために、ＳＡＰ（Shrimp Alkaline Phosphatase）反応を行った。ＳＡＰ反応溶液として、０．１７μｌのｈＭＥ緩衝液と、０．３μｌのＳＡＰ溶液と、１．５３μｌの純水を加えて全量２．０μｌとしたＳＡＰ反応溶液を、先のＰＣＲ反応を行った後のＰＣＲ反応溶液に加え、３７℃で２０分間の反応を行った後、８５℃で５分間の反応を行う。
【０１２８】
（３）伸長反応：
次いで、配列表の配列番号５２０から配列番号６９２に示す伸長プライマーを用いてＰＣＲ反応を行った。ＳＮＰとなるＤＮＡの塩基種を決定するためである。反応溶液の組成としては、０．２μｌのｄＮＴＰ／ｄｄＮＴＰミックスと、０．０５４μｌの１００μＭ伸長プライマーと、０．０１８μｌのＴｅｒｍｏ Ｓｅｑｕｅｎａｓｅと、１．７２８μｌの純水を加えて全量２．０μｌとした伸長反応溶液を、先のＰＣＲ反応溶液とＳＡＰ反応溶液とを混合した反応溶液（７μｌ）に加え、以下のＰＣＲ反応条件でＰＣＲ反応を行うことでＳＮＰを解析するためのＰＣＲ産物を得た。まず、サーマルサイクラーにより９４℃で２分間の二本鎖ＤＮＡの熱変性を行った後、（ａ）二本鎖ＤＮＡの熱変性条件：９４℃で５秒間、（ｂ）アニール条件：５２℃で５秒間、（ｃ）伸長条件：７２℃で５秒間という、（ａ）〜（ｃ）の順に行う反応を５５サイクル行った。
【０１２９】
（４）脱塩処理：
その後、反応溶液９ｍｌあたり脱塩樹脂であるＳｐｅｃｔｒｏＣＲＥＡＮ３ｍｇと、純水１６μｌを加え、室温で１０分間インキュベートして反応溶液を脱塩した。
【０１３０】
（５）質量分析：
こうして得られた全量２５μｌのＳＮＰタイピング用の反応溶液の内、約０．０１μｌを質量分析用Ｓｐｅｃｔｒｏ Ｃｈｉｐにスポットし、質量分析を行い、配列表の配列番号１から配列番号１７３に示すＤＮＡオリゴマーのリスクアレル（１２１番目の塩基）のＳＮＰタイピングを行った。
【０１３１】
（臨床への応用）
本発明に係るＤＮＡオリゴマー、遺伝子マーカー、ＤＮＡオリゴマーセット、および副作用発症予測方法の、臨床における応用は以下の如くである。
例えば、放射線治療をこれから受けようとするがん患者からＤＮＡ診断についてのインフォームド・コンセントを取得した後、患者から採取した血液等の試料からＤＮＡを抽出し、ＤＮＡオリゴマーセットを用いて増幅、解析、ＳＮＰサイトにおける塩基を判定し、本発明に係るＤＮＡオリゴマーのＤＮＡ塩基配列と照合させるか、または、蛍光標識等を行った遺伝子マーカーを用いてＳＮＰのタイピングを行う。前述した該当するリスクアレル、あるいはリスクアレルの組み合わせをもとに、このがん患者の放射線治療後による副作用の発症の危険率を算出する。そして、当該がん患者の放射線治療担当医は、算出された危険率を指標として、そのがん患者に対する治療後の管理（ｃａｒｅ）計画に活かしてＱＯＬを保持するなどの治療計画を適切に行うことができる。また、線量増加臨床研究において、副作用発症の危険率が高い患者は避ける、などの対策が可能になる。
【０１３２】
このように、本発明のＤＮＡオリゴマー、遺伝子マーカー、ＤＮＡオリゴマーセット、および副作用発症予測方法を用いることによって、現在、何ら予測手段をもたない放射線による副作用の発症のリスクに対し、科学的根拠をもった予測を行うことが可能となる。
【図面の簡単な説明】
【０１３３】
【図１】本発明の放射線治療における副作用発症予測方法を説明するためのフローチャートである。
【図１】
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【配列表】
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