(57)【要約】【課題】  マイクロアレイを解析するために必要な情報を分かりやすく表示し、遺伝子数を限定したマイクロアレイであっても、一目で結果を判断できるような表示方法の提供。【解決手段】  被験試料中の生体関連物質量又は複数の被験試料中の生体関連物質量の比をマイクロアレイを用いて測定する場合において、そのときの測定情報をコンピューターの画面上に表示することを特徴とする生体関連物質の測定情報の表示方法。【選択図】  図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験試料中の生体関連物質量又は複数の被験試料中の生体関連物質量の比をマイクロアレイを用いて測定する場合において、そのときの測定情報をコンピューターの画面上に表示することを特徴とする生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項２】
マイクロアレイのプローブスポットのレイアウトを表示した擬似画像を、測定情報として表示することを特徴とする請求項１に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項３】
前記擬似画像は、１から２５６階調に規格化して表示され、測定された全てのプローブスポット輝度データの最大値が２５６階調として規格化して表示されることを特徴とする請求項２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項４】
前記擬似画像は、１から２５６階調に規格化して表示され、任意の輝度値を２５６階調として規格化して表示されることを特徴とする請求項２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項５】
前記擬似画像は、各被験試料の測定情報が異なる色で表示され、各被験試料の測定情報を重ね合わせる場合は各色を混合して得られる色で表示され、生体関連物質量又は複数の被験試料中の生体関連物質量の比、輝度は色の濃淡で表示されることを特徴とする請求項２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項６】
表示されるプローブスポットは、プローブスポット輝度生データに基づくものであることを特徴とする請求項５に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項７】
表示されるプローブスポットは、規格化されたプローブスポット輝度データに基づくものであることを特徴とする請求項５に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項８】
表示されるプローブスポットは、プローブスポット輝度生データまたは規格化されたプローブスポット輝度データのいずれかに基づくものであり、各データが切り替えられて表示されることを特徴とする請求項５に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項９】
生体関連物質量を２５６段階の色を用いて表示することを特徴とする請求項１又は２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項１０】
前記擬似画像に表示されている擬似プローブスポットは、中心から外側に勾配をもつ形状で表示されることを特徴とする請求項２〜９のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項１１】
前記擬似画像には、プローブスポットのマイクロアレイ上の位置も同時に表示されることを特徴とする請求項２〜１０のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項１２】
前記擬似画像上で、選択している擬似プローブスポット上には第１の目印を、解析に使用しない擬似プローブスポット上には第２の目印を、規格化用遺伝子には第３の目印を表示し、これらに該当しない解析に使用するプローブスポット上には何も表示しないこと特徴とする請求項２〜１１のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項１３】
前記使用するプローブスポットと使用しないプローブスポットの変更を、擬似画像、表、比率図、及び散布図のいずれか１を用いて行い、前記プローブスポットの変更毎に前記擬似画像上の表示を変更することを特徴とする請求項１２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項１４】
前記規格化用遺伝子の変更を、擬似画像、表、比率図、及び散布図のいずれか１を用いて行い、前記規格化用遺伝子の変更毎に前記擬似画像上の表示を変更することを特徴とする請求項１２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項１５】
前記擬似画像のプローブスポット上に指定手段を合わせることにより測定情報が表示されることを特徴とする請求項２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項１６】
前記測定情報が遺伝子名であることを特徴とする請求項１５に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項１７】
前記測定情報がプローブスポット輝度生データであることを特徴とする請求項１５に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項１８】
前記測定情報が規格化されたプローブスポット輝度データであることを特徴とする請求項１５に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項１９】
被験試料中の生体関連物質量をマイクロアレイを用いて測定し、得られた生体関連物質量を規格化処理して各被験試料間の生体関連物質量の比較を行うことを特徴とする請求項１に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項２０】
前記規格化処理を、規格化用遺伝子を用いて行うことを特徴とする請求項１９に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項２１】
どの遺伝子が規格化用遺伝子であるかを、擬似画像、表、比率図、及び散布図のいずれか１以上に表示することを特徴とする請求項２０に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項２２】
前記規格化用遺伝子を変更することが可能であることを特徴とする請求項２０又は２１に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項２３】
前記規格化用遺伝子の変更が、擬似画像、表、比率図、及び散布図のいずれからでも可能であり、前記規格化用遺伝子を変更したときにその旨がウィンドウに表示されることを特徴とする請求項２２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項２４】
前記規格化処理を、全プローブスポットの平均輝度値を用いて行うことを特徴とする請求項１９に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項２５】
前記規格化処理を、全プローブスポットの中央値を用いて行うことを特徴とする請求項１９に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項２６】
現在どの規格化処理方法が用いられているかを表示することを特徴とする請求項１９〜２５に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項２７】
規格化処理に用いた係数の値を表示することを特徴とする請求項１９〜２６のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項２８】
前記測定情報が、測定条件であることを特徴とする請求項１に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項２９】
前記測定情報が、解析結果を含む測定情報が保存されているフォルダ又はフォルダ名であることを特徴とする請求項１又は２８に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項３０】
前記測定情報が、使用した被験試料の種類であることを特徴とする請求項１、２８又は２９に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項３１】
前記測定情報が、使用したマイクロアレイのシリアルナンバーであることを特徴とする請求項１、２８〜３０のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項３２】
前記測定情報が、実験者名であることを特徴とする請求項１、２８〜３１のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項３３】
前記測定情報が、使用した励起および吸収光学フィルタの種類であることを特徴とする請求項１、２８〜３２のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項３４】
前記測定情報が、温度情報である請求項１、２８〜３３のいずれか１項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項３５】
前記測定情報が、生体関連物質量又は複数の被験試料中の生体関連物質量の比である請求項１、２８〜３４のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項３６】
比較したい２つの被験試料中の生体関連物質量の比を、棒グラフ（比率図）で表示することを特徴とする請求項１又は２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項３７】
生体関連物質量の比の値に応じて棒グラフの色を異ならせ、かつ現在選択しているプローブスポットの棒グラフの色をこれらと別の色で表示することを特徴とする請求項３６に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項３８】
前記棒グラフの並び方を、遺伝子順あるいは生体関連物質量比順のいずれかを選択することができることを特徴とする請求項３６又は３７に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項３９】
生体関連物質量の比の表示範囲を設定することができることを特徴とする請求項３６〜３８のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項４０】
比較したい生体関連物質量の比を、分母と分子を変更して表示することができることを特徴とする請求項３６〜３９のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項４１】
前記棒グラフのみ別ウィンドウで表示され、前記棒グラフが前記別ウィンドウで表示されている間、メインウィンドウは数値データのみが全面に表示されるウィンドウに切り替わることを特徴とする請求項３６〜４０のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項４２】
マイクロアレイ上の複数のプローブスポットについて、当該プローブスポットの位置と比較したい２つの被験試料中の生体関連物質量の比又は輝度との関係を、折れ線グラフ又はプロットで表示することを特徴とする請求項１又は２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項４３】
前記折れ線グラフの各プロット又は前記プロットの、染色体上でのゲノムＤＮＡ断片の位置情報、遺伝子名、プローブ名、数値データが表示されることを特徴とする請求項４２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項４４】
比較したい２つの生体関連物質量の比又は輝度は、プローブスポット輝度生データ又は規格化されたプローブスポット輝度データに基づいて表示されることを特徴とする請求項４２又は４３に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項４５】
プローブスポットの位置及び比較したい２つの被験試料中の生体関連物質量の比の関係を表すグラフと、プローブスポットの位置及び比較したい２つの被験試料中の生体関連物質量の輝度の関係を表すグラフと、を並列して表示することを特徴とする請求項４２〜４４のいずれか1項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項４６】
マイクロアレイ上の関連のある複数のプローブスポットが、擬似画像上で区別されて表示されることを特徴とする請求項４２〜４５のいずれか１項に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項４７】
各プローブスポットに最適なシグナル取得条件で取得した画像を貼り合わせた画像を表示することを特徴とする請求項１又は２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項４８】
貼り合わされた各画像が、マイクロアレイ上のどのプローブスポットに対応するかが表示されることを特徴とする請求項４７に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項４９】
プローブスポットの使用、未使用の変更、規格化用遺伝子の変更が可能である請求項４７又は４８に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項５０】
擬似画像、棒グラフ、散布図及び数値データを含む測定情報を、同一ウィンドウ内に同時に表示することを特徴とする請求項１、２又は３６に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【請求項５１】
擬似画像、数値データ、折れ線グラフ及びプロットを含む測定情報を、同一ウィンドウ内に同時に表示することを特徴とする請求項１、２又は４２に記載の生体関連物質の測定情報の表示方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、生体関連物質を検出するためのプローブが固相化された固相担体の生化学的反応の状態を検出し、測定対象、測定条件、検出結果の画像、数値データ、その比較結果などの測定情報の表示方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
生体関連物質を検出するためのプローブが固相化された固相担体として、例えば、マイクロアレイが知られている。マイクロアレイは、例えば、比較したい細胞から取り出した核酸量を測定するために、マイクロアレイ上にスポッティングされたＤＮＡプローブと蛍光標識した細胞由来の核酸溶液とを反応させ、蛍光強度としてシグナル検出を行っており、これらの蛍光強度から核酸量を求めることで、遺伝子の発現の程度や特定の遺伝子がゲノムに存在するか、遺伝子に変異を起こしていないかどうかなどを調べることが可能である。
【０００３】
したがって、前記核酸量比を求め、その結果を分かりやすく表示することは、マイクロアレイを用いた測定の解析精度の向上や解析に要する時間の短縮という点からも、大切な要素のひとつと考えられる。表示手段として、例えば被験試料セットをＸ軸、マイクロアレイセットをＹ軸、発光強度積算値をＺ軸にとった３次元グラフ表示手段が知られている（特許文献１）。
【特許文献１】特開２００１−４１８９２号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
しかしながら、特許文献１記載の発明は、解析する遺伝子数を限定した（プローブスポット数の少ない）マイクロアレイを解析するには、その解析結果の傾向を読み取るのが困難であり、また、値の大きなデータに埋もれた小さなデータがどの程度小さいのかを、一目見ただけでは判断することは難しく、十分な表示方法とはいえなかった。
このように、これまで、マイクロアレイの解析結果の情報を十分に得ることができ、結果の傾向が瞬時に読み取れるといったことを実現できる表示方法が提供されていなかった。
【０００５】
したがって、本発明の目的は、マイクロアレイを解析するために必要な情報を分かりやすく表示し、遺伝子数を限定したマイクロアレイであっても、一目で結果を判断できるような、表示方法を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本発明は、被験試料中の生体関連物質量又は複数の被験試料中の生体関連物質量の比をマイクロアレイを用いて測定する場合において、そのときの測定情報をコンピューターの画面上に表示することを特徴とする生体関連物質の測定情報の表示方法である。
【０００７】
本発明において、「生体関連物質」とは、生体（動物、植物、微生物などの細胞のみならず、これらに寄生しなければ増殖できないウイルス等をも含む）に存在・由来する種々の物質であって、天然のもの及び人工的（例えば遺伝子工学的）に合成されたものの何れもが含まれる。例えばＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡなどの核酸類；種々のホルモン類、腫瘍マーカー、酵素、抗体、抗原などのタンパク質類；及びＰＮＡなどの複合体などを挙げることができる。
また、本願において「色調」とは、担体や媒体が示す色の濃淡、強弱であり、光学的性質の差異として認識することができるものである。その差異の認識には、装置を使用するもの及び肉眼で行えるものの両方が含まれる。
また、「測定情報」とは、測定対象、プローブスポットの位置、マイクロアレイのシリアルナンバー、実験者名、測定日時や場所、被験試料の種類等の書誌的事項；測定機器、測定方法、光学フィルタの種類、測定時の温度、ｐＨ、測定時間等の測定条件；輝度データ等の測定結果；データの規格化処理方法、生体関連物質量や複数の被験試料中の生体関連物質量の比の算出等の測定結果を解析した解析結果；等の測定に関するあらゆる情報を示す。
【０００８】
本発明の生体関連物質の測定情報の表示方法は、以下の態様を有する。
マイクロアレイのプローブスポットのレイアウトを表示した擬似画像を、測定情報として表示する。
この表示方法では、生体関連物質量又は複数の被験試料中の生体関連物質量の比を、色調の濃淡や色調の種類で表すことができる。また、プローブスポットのマイクロアレイ上の位置を表示したり、規格化用の生体関連物質、例えば規格化用遺伝子がどれであるかを視認しやすく表示することができる。また、書誌的事項等の情報も合わせて表示することができる。このように、必要な情報を瞬時に、見やすく、過不足なく表示することができる。なお、規格化用遺伝子として用いることができるものには、例えば、被験試料の中に含まれている遺伝子（内部標準遺伝子）と、被験試料には含まれていない遺伝子（外部標準遺伝子）が挙げられる。
【０００９】
被験試料中の生体関連物質量をマイクロアレイを用いて測定し、得られた生体関連物質量を規格化処理して各被験試料間の生体関連物質量の比較を行う。
生体関連物質量を規格化して表示することにより、被験試料調製のばらつき等によるデータの偏りを規格化することができる。本発明の方法を用いることにより、規格化されたデータを見やすく、容易に表示することができる。データの種類によって、最適な規格化処理方法を選択することは、精度よく解析を行う上で大切な要素となる。この表示方法では、その規格化処理方法を画面上のいずれの表示からも変更が可能であり、使用している規格化処理方法と規格化係数を表示すれば、最適な規格化処理方法を簡単に選択し、解析することができる。
【００１０】
解析結果を含む測定情報の保存されているフォルダ、マイクロアレイのシリアルナンバー、実験者名、光学フィルタの種類、測定時の温度等の測定条件、又は生体関連物質量や複数の被験試料中の生体関連物質量の比等の測定情報を得ることができる。これらを表示することにより、対象としている解析結果がどのような実験条件等から得られたデータなのかを、すぐに知ることができる。
【００１１】
比較したい２つの被験試料中の生体関連物質量の比を、棒グラフで表示する。
この表示方法は、生体関連物質量比を棒グラフで表現している。その棒グラフの色調をその比の値によって色分けすれば、生体関連物質量に変化があるかないかを、その色調から識別することが可能である。したがって、比較結果が一目で分かりやすく表示される。
【００１２】
マイクロアレイ上の複数のプローブスポットについて、当該プローブスポットの位置と比較したい２つの被験試料中の生体関連物質量の比又は輝度との関係を、折れ線グラフ又はプロットで表示する。
この表示方法では、折れ線グラフやプロットを用いることにより、生体関連物質量の比や輝度の変動が、一目で分かりやすく表示される。
【００１３】
各プローブスポットに最適なシグナル取得条件で取得した画像を貼り合わせた画像を表示する。
マイクロアレイ上のプローブスポットには、明るいものも暗いものもあるため、同じシグナル取得条件で取得した画像では、暗すぎるか又は明るすぎる結果、それぞれのプローブスポットの状態が詳しく分からないことがある。この表示方法では、各プローブスポットに最適なシグナル取得条件で取得した画像を貼りあわせた画像を表示することが可能なので、すべてのプローブスポットについて、最適な条件での解析を可能にする。
モニターに表示できるグラフの数と、人間が一度に認識できるグラフの数を考慮すると、実用上、本発明は、特に解析項目数（マイクロアレイの場合は、解析対象のプローブスポット数に相当する。同じプローブスポットが、例えば２つある場合は２になる。）が５００以下の場合に好適に用いられる。
【発明の効果】
【００１４】
本発明によれば、解析に必要なデータや情報を複数の表示方法を用いてすべて表示したため、見やすく、遺伝子数を限定したマイクロアレイの解析も進めやすくなった。またこの表示法により解析がスムーズに進むため、解析に必要な時間も短くてすむという効果も生み、解析精度の向上も期待できる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１５】
（第１の実施の形態）
図１は、本発明の表示方法の一例を示したものである。図１には、数値データ、擬似画像、棒グラフ及び散布図が一画面に表示されている。図１２は、本発明の表示方法の一例を示したものである。図１２には、数値データ、擬似画像、折れ線グラフ、プロットが一画面に表示されている。このように、異なる複数の表示方法で、測定情報を一画面に表示することが可能である。
図２は、解析に使用したマイクロアレイのプローブスポットのレイアウトを表示した擬似画像の例を示している。この擬似画像は輝度を１から２５６階調に規格化して表示されている。１つのマイクロアレイ上のプローブスポットの輝度の最大値と最小値の差は非常に大きいので、このように規格化することにより、すべての擬似プローブスポットを表示することができる。その規格化方法としては、測定されたすべてのプローブスポット輝度データの最大値、あるいは、任意の輝度値を設定し、その値までの範囲を２５６分割して、各階調で表示される輝度範囲を決定して、画面上に表示する。例えば、非常に明るいプローブスポットが１つある場合、他のプローブスポットはこれに引っぱられて全体的に暗くなる傾向がある。このような場合に、ある特定の輝度から階調を規格化して表示をすることにより、１つのマイクロアレイのプローブスポット全体を見かけ上明るく表示することができる。このように、表示の明るさを任意に変更可能ため、他よりも明るい輝度のプローブスポットや暗い輝度のプローブスポットがあった場合にも、すべての擬似プローブスポットを表示することが可能である。
【００１６】
また表示しているデータは、結果それぞれひとつずつか、重ね合わせての表示なのかを任意に選択することが可能である。表示色は、例えば二つの被験試料の比較を行っているときは、Sample１の輝度表示を第１の色調、例えば赤色で、Sample２の輝度表示を第２の色調、例えば緑色で、重ね合わせての表示は第１の色調と第２の色調を混ぜ合わせた色調である。このように、被験試料ごとに色調を変えて、プローブスポットレイアウトの形で、輝度や比を濃淡で表すことにより、容易にデータを認識することが可能となる。
生体関連物質量を色調変化により表現する事によっても、解析が可能である。例えば、発現量の小さい結果を緑色で、発現量の大きい結果を赤色で、その中間を黄色で、全体を２５６段階の色調を用いて表す事によっても、それぞれのプローブスポットの生体関連物質量・生体関連物質量比を一目で解析することが可能である。
【００１７】
この擬似プローブスポットは、中心から外側に輝度勾配を持つ形状で表示されていると、実際のプローブスポットに近い形であるため、解析者がプローブスポットレイアウトとしてのイメージがつかみやすくなるため好ましい。また、擬似画像の表示上にはマイクロアレイ上のプローブスポットの位置も一緒に表示されていると、全体のレイアウトを見ただけで、どこに配置したプローブスポットが明るいか又は暗いか、あるいは生体関連物質量比がどのように変化しているのか等を知ることが可能となる。
この表示に使用するデータには、生の輝度データまたは生化学的でないノイズを取り除いた規格化データ（規格化されたデータ）のいずれかを任意に選ぶことが可能である。このことは、解析したい内容にあわせて、例えば、視覚的に生データの全体的な差や生体関連物質量の比較を行うことを可能とする。また、生の輝度データと規格化データを切り替えて表示することが好ましい。
【００１８】
各プローブスポットの詳しい情報が表示されるとさらによい。その情報表示方法のひとつとして、擬似画像のプローブスポット上に別の目印を表示する方法が挙げられる。図２に示すように、現在選択している擬似プローブスポット上には第1の目印、例えば青丸を、解析に使用しない擬似プローブスポット上には第2の目印、例えば×印を、規格化用の生体関連物質、例えば内部標準遺伝子（ＩＣ：どのような被験試料に対しても変動がないと考えられている遺伝子）の擬似プローブスポット上には第3の目印、例えば赤丸を、それらのいずれにも該当しない擬似プローブスポット上には何も表示しない方法である。この表示により、擬似画像を見ただけで、レイアウトの全体像を掴むことが可能である。×印をつけるものは、例えば実験で明らかに失敗したもの等が挙げられる。これらは、例えば生体関連物質量の比の算出に用いられることはない。
【００１９】
またさらに、使用するプローブスポットと使用しないプローブスポットの情報を擬似画像上から変更が可能になることが好ましい。これは、例えば図３に示すように、擬似プローブスポット上でマウスの右クリックすることで変更ウィンドウが表示され、現在選択しているプローブスポットは解析に使用するかしないか、内部標準遺伝子とするかしないかの変更が可能ということである。この変更とともにプローブスポット上の情報やプローブスポットの輝度表示も切り替わる。このように擬似画像上から変更が可能であると、相互の輝度関係を見ながらの変更が可能である。なお、これらの情報は擬似画像上からだけではなく、図５、６、９に示すように、表、比率図（棒グラフ）、散布図のいずれからでも変更が可能であり、変更をすると数値データやプロット、輝度表示が切り替わる。このように表示されているすべての箇所から変更が可能であると、視覚的に捉えた結果だけでなく、表示されているすべての情報を利用して、解析や変更ができるようになる。
【００２０】
また、別の方法としては、図２に示すように、擬似プローブスポット上にマウスポインタを合わせると、測定情報を表示するウィンドウが出る表示方法が挙げられる。情報内容としては、プローブスポット位置、遺伝子名、生の輝度データ、規格化された輝度データなどが挙げられる。このような表示により、輝度と位置を視覚的に捉えながらより詳細な情報を得られるため、解析を迅速かつ正確に進めることが可能となる。
擬似画像の表示に関して例を挙げて示してきたが、表示方法や情報表示項目などはこれに限らず、マイクロアレイの解析を行うために適した方法、項目であれば、どのようなものでも構わない。
【００２１】
（第２の実施の形態）
マイクロアレイの解析において、比較したい細胞から取り出した被験試料を用いてその生体関連物質量の比較を行う場合、それぞれの被験試料に含まれるRNA量の違いなどの、生化学的でないノイズや偏りがそのデータに発生してしまう。このノイズや偏りの発生の原因のひとつとしては、被験試料調製のばらつきが考えられるが、ノイズや偏りが発生しないように被験試料調製を行うことは技術的に困難である。そこで、得られた輝度データからマイクロアレイ間でのこれらの要因によるデータの規格化処理（データの偏りの規格化）をする必要がある。
【００２２】
規格化の方法としては、生体関連物質が遺伝子である場合、例えば内部標準遺伝子を用いて規格化する方法が挙げられる。内部標準遺伝子とは、どのような被験試料に対しても、例えば発現に、変動がない遺伝子のことである。よって、例えば2種類の被験試料で比較を行う場合、Sample1で内部標準遺伝子の輝度値が100であって、Sample2で内部標準遺伝子の輝度値が200であった場合は、Sample1の結果を2倍にすれば、RNA量の違いによるノイズや偏りは規格化が可能である。
この内部標準遺伝子をどの位置に（どのプローブスポットに）設計したかを解析結果に表示しておくことは、解析を進める上で重要であるため、解析結果上のいずれにも表示されていることが望ましい。図２には、擬似画像上で内部標準遺伝子の位置を表示した例を示す。赤い丸が付いて表示されている擬似プローブスポットが内部標準遺伝子を示している。このように表示させることで、マイクロアレイ全体のどの位置に内部標準遺伝子が配置されているかが一目で分かる。
【００２３】
また、図４に表を示すが、四角で囲っている列に内部標準遺伝子の情報が表示されており、この表では内部標準遺伝子がIC（Internal Control）として表現されている。このように、表にも表示することで、遺伝子名や輝度などの他の情報を見ながらの解析が可能となる。図６や図９に示した散布図や比率図にも同様に、表示色を変化させ内部標準遺伝子であることを表示することで、これらのグラフからも内部標準遺伝子を確認することが可能となる。
しかし、設計段階では変動がない遺伝子として選択した内部標準遺伝子であっても、実験の失敗などで規格化をするために使用するには適していないこともある。その場合には、解析結果上で内部標準遺伝子ではないと再設定する必要がある。また、設定上は内部標準遺伝子ではなかった遺伝子を内部標準遺伝子として再設定する必要も出てくる可能性がある。このような処理を行うために、図３、５、６、１０に示すように、内部標準遺伝子かどうかを変更したいプローブスポット、プロット、項目上等でマウスの右クリックすることで変更のウィンドウが表示され、解析をしながらいつでも、どの表示からでも変更が可能である。変更により内部標準遺伝子となったものについては、例えば表示色を変化させる等の方法により確認が可能である。
【００２４】
次に、解析結果の規格化方法として、全プローブスポットの平均輝度や中央値を用いる方法が挙げられる。これは、対象としているマイクロアレイに配置されている遺伝子の全体的な振る舞いは、被験試料間でそれほど差がない遺伝子であるという仮定のもと、すべての遺伝子を使用して規格化を行うという方法である。この方法は、内部標準遺伝子を決めるのが難しい場合などに使用される。
【００２５】
以上、規格化方法として３通りの方法を挙げたが、どの方法を採用して規格化を行っていくかは、解析を進めながら決定することも多い。よって、これらの方法を切り替えて使用できることが望まれる。また、切り替えるとともにそれまでの結果表示を新しい値へと変更して表示させる必要もある。このように、規格化方法を切り替えたとき、現在表示されている結果が、どの規格化方法を採用したものであるのかも大切な情報となる。図７に示すように、メインウィンドウの右下に、内部標準遺伝子を使用しているときは”I”（Internal）、すべてのプローブスポットの平均値を使用しているときは”G”（Global）、すべてのプローブスポットの中央値を使用しているときは”M”（Median）として表示する。また同時に、図７に示すように、規格化処理に使用した係数の値を表示することで、最適な規格化方法の選択にも使用可能である。
なおここでは、規格化方法として3種類を挙げたが、マイクロアレイの規格化方法として適している方法であればこれに限らない。また、図を示して説明した表示および設定方法は、これらの方法に限らず、各情報を得たり情報を変更したりすることができれば、どのような表示方法でも構わない。
【００２６】
（第３の実施の形態）
マイクロアレイの解析において、それぞれの結果はどのデータの比較を行ったものなのかや、どのような条件で、どのような被験試料を用いて実験を行ったときの結果なのかなどの情報を考慮して、解析を行う必要がある。
図８は、比較したい二つの細胞から取り出した被験試料を用いてその核酸量を比較した時の、それぞれの被験試料の測定情報を表示した一例を示している。このウィンドウは、メニューバーまたはツールバーより、簡単に表示することが可能であり、情報が必要なときはいつでも表示できるように構成されている。
【００２７】
表示されている測定情報としては、例えば、解析結果を含む測定情報が保存されているフォルダ、フォルダ名、被験試料の種類、マイクロアレイのシリアルナンバー、実験者名、測定に使用した励起および吸収光学フィルタの種類、測定日時や場所、測定時の温度、ｐＨ、測定時間等の測定条件、あるいは生体関連物質量や複数の被験試料中の生体関連物質量の比等が挙げられる。例えば、解析結果を含む測定情報が保存されているフォルダやフォルダ名が表示されると、表示されている解析結果等のそれぞれのデータはどこに保存されているのかを知ることが可能である。解析をしてからしばらくたって、どのデータを使用したのかが分からなくなってしまった場合でも、元のデータと解析結果等との関係を追跡することができるというメリットがある。また、被験試料の種類が表示されることも同様に、表示されている解析結果のそれぞれのデータを取得したのに使用した被験試料はどのような種類だったのかを知ることが可能であるので、被験試料の種類を間違わずに解析しているかどうかの確認をすることも可能である。
なお、表示される測定情報はここに挙げたものに限らず、マイクロアレイ等の、生体関連物質を同時に多項目の解析を行うために必要な解析情報であれば、何でもよい。
【００２８】
（第４の実施の形態）
マイクロアレイの解析では、比較したい細胞から取り出した被験試料を用いて、その生体関連物質量の比較を行う。この比較結果の表現方法のひとつとして、図９に示すような棒グラフ（比率図）が挙げられる。縦軸に遺伝子の種類を、横軸に核酸量比を表示している。この棒グラフを見ることで、核酸量比が上昇したか、変わらないか、下降したかが棒グラフの長さと棒グラフ上に表示されている数字から一目で分かる。
【００２９】
また、より視覚的に分かりやすくするためには、棒グラフに色調をつければよい。例えば、生体関連物質量の比の値に応じて棒グラフの色を異ならせればよい。具体的には、核酸量比が下降した範囲を０．５以下として、これに当てはまる結果を第１の色調、例えば赤色で表示し、核酸量比が変わらない範囲を０．５より大きく２未満として、これに当てはまる結果を第２の色調、例えば黄色で表示し、核酸量比が上昇した範囲を２以上として、これに当てはまる結果を第３の色調、例えば緑色で表示することにする。このように色調を区別することにより、より分かりやすい表示が可能となる。これに加え、現在解析対象として選択しているプローブスポットを第４の色調、例えば青色で表示すると、なおより分かりやすい表示となる。また、棒グラフの色調の変更で核酸量比の変化を表す方法の他に、例えば発現量の多いものほど棒グラフを太くする等、太さを変えて表現する方法や、棒グラフ上に、例えばアスタリスク等のマークをつけ、そのマークの数の違いで表現する方法が考えられる。
【００３０】
この方法は、棒グラフだけでなく図２に示す擬似画像を用いても可能である。前記棒グラフと同様に、例えば、核酸量比が下降した範囲を０．５以下として、これに当てはまる結果を第１の色調、例えば赤色で表示し、核酸量比が変わらない範囲を０．５より大きく２未満として、これに当てはまる結果を第２の色調、例えば黄色で表示し、核酸量比が上昇した範囲を２以上として、これに当てはまる結果を第３の色調、例えば緑色で擬似プローブスポットを表示する。この方法は、核酸量比とともにプローブスポットの配置や遺伝子名などの情報も同時に取得が可能なため、より多くの情報を用いての解析が可能となる。また、色調を変更し、例えば、擬似画像上のプローブスポットサイズを変化させたり、擬似画像上のプローブスポットを３次元で表現し、その高さで核酸量比を表す方法も考えられる。
【００３１】
また、棒グラフの表示方法の態様としては、生体関連物質の種類を縦軸又は横軸にどのような順で並べて表示するか、ということが挙げられる。生体関連物質が遺伝子である場合、表示順としては、遺伝子順と核酸量比順などが挙げられ、どの順で表示するかは、解析内容によって自由に選択できることが望まれる。図１０に示すように、指定手段、例えばマウスを用いて棒グラフ上でマウスの右クリックすることで変更ウィンドウが表示されて、いつでも切り替え可能である。また、このウィンドウを開くことにより、現在はどのような順で表示されているのかも知ることが可能である。なお、指定手段は、コンピュータの画面上で位置を指定できるものであれば、特に制限はない。操作性の観点からは、マウスポインタが最も好ましいが、これ以外にも、カーソルやタッチパネル（指、ペン）等を用いることも可能である。
【００３２】
また、生体関連物質量（ここでは核酸量）の比を、横軸又は縦軸に表示する表示範囲も自由に変えられて、表示できることが望ましい。これは、解析の種類によって、どのような範囲のデータが得られるか分からないことや、ある限られた範囲のみを詳しく見たい場合が考えられるからである。この場合も図１０に示すように、指定手段、例えばマウスを用いて棒グラフ上でマウスの右クリックすることで変更ウィンドウが表示されて、そこから表示設定を選択すると設定用のウィンドウが表示され、設定が可能である。
【００３３】
また、比較したい被験試料はどれをリファレンス（例えば、正常細胞からの結果）としておくかということも、実験によって変わってくるので、これもデータを見ながら自由に選択できることが望まれる。例えば、二つの被験試料、Sample１とSample２の核酸量を比較する場合には、Sample1/Sample2またはSample2/Sample1を計算して、表示させることが可能である。どちらを表示させるかは、図１０に示すように、棒グラフ上でマウスの右クリックすることで変更ウィンドウが表示され、そこから設定が可能である。また、この変更をするたびに、グラフの横軸の項目表示も変更されるので、現在はどの被験試料をリファレンスとして解析を行っているのかを知ることが可能である。この情報は、変更ウィンドウから知ることも可能である。
【００３４】
また、図１に示すような配置では、棒グラフや表が小さいために、双方から得られる情報を見比べながら解析を進めたいときには、作業が進めにくいという点が挙げられる。このようなときには、図１１に示すように、棒グラフを別ウィンドウで表示し、メインウィンドウは表が全面に表示されると作業がしやすくなる。なお、棒グラフが別ウィンドウで表示されていても、メインウィンドウの表示は表が前面に表示されている状態から、好きなレイアウトに変更可能であり、またグラフの別ウィンドウを閉じることにより、メインウィンドウはもとの表示状態に自動的に戻るとよい。このような表示は、メニュー画面から表示、グラフ表示をクリックすることにより行うことができる。
なお、以上の例の中では、棒グラフ上でマウスの右クリックでウィンドウが表示し、状態の変更や確認をしていたが、変更ウィンドウの出し方はこれに限らず、例えばメニューバーやツールバーから選択するのでも構わない。
【００３５】
（第５の実施の形態）
マイクロアレイの解析結果の表示方法としては、すべてのプローブスポットに対して、核酸量がどのように変動しているのかを表示する方法も挙げられる。そのひとつとしては、図１２に示すような折れ線グラフが挙げられる。これは横軸にプローブスポットの位置を、縦軸に輝度やその比としてプロットしたものである。図１２の左下のグラフは横軸にプローブスポットの位置を、縦軸に核酸量比をプロットしている。１を基準に上または下に飛び出しているプロットは、変化があるということを示している。図１２の右下のグラフは、横軸にプローブスポットの位置を、縦軸に輝度データを示し、二つの被験試料のデータを別の色調でプロットして表示している。このように表現することにより、二つのプロットが離れている箇所では変化が大きいことが分かり、またその輝度は、どのレベルでの変化なのかを読み取ることが可能である。このように、左右にグラフを配置することにより、比とどのレベルでの変化なのかを同時に読み取りながら進められるので、詳細な解析が可能である。
【００３６】
また、生体関連物質量の比、輝度データのグラフでは、データに生データを使用するか、規格化したデータを使用するかも選べると、極端におかしい規格化が行われていた場合を抽出することが可能である。
また、指定手段、例えばマウスを用い、プロット上にマウスをあわせることにより、染色体上でのゲノムＤＮＡ断片の位置情報、遺伝子名、プローブ名、数値データなどを表示するウィンドウが出ると、プロットの詳しい情報もグラフ上で読み取ることが可能である。
【００３７】
また、図１２では折れ線グラフを示しているが、例えばマイクロアレイCGHの解析で網羅的な解析を行う際には、染色体上の開始位置から終了位置までを順番にプローブスポットしてみていくので、横軸上のそれぞれのプロットを折れ線で結んでいく意味があるが、見たい部位を絞り込み、染色体上のある一部を断片的に測定していく場合には、プロットを折れ線で結んでいく意味合いがなくなる。このような解析の場合も考慮し、線をなくしプロットだけの状態やグループごとにプロットを結ぶようにでも表示することができ、解析内容にあわせて、表示方法も選択することが可能であることが望ましい。また、断片的に抽出したグループが分かるように、マイクロアレイ上の関連ある複数のプローブスポットを、擬似画像上で区別して表示することが可能である。例えば、図１２に示した擬似画像上にグループを囲った枠を付けたり、表上にグループを示す項目を追加すると、さらに分かりやすい表示が可能である。
【００３８】
また、図１２では、折れ線グラフのみで表示しているが、図９に示すような棒グラフを用いて、変化がある場合とない場合を色分けして表示をすると、より視覚的に分かりやすい。
【００３９】
なお、図１２にグラフの例を挙げ説明したが、グラフの横軸や縦軸とする項目やグラフの配置はこれに限らず、マイクロアレイの解析を行うために適した表示方法であれば何でもよい。また、ここでは折れ線グラフ、プロットと棒グラフを例に挙げたがこれに限らず、核酸量がどのように変動しているのかを解析できる表示方法であれば何でもよい。
【００４０】
（第６の実施の形態）
マイクロアレイ上のプローブスポットは、反応させる被験試料によって、高いシグナルが検出される場合も、とても低いシグナルが検出される場合も予想される。これは、例えば発現解析を行っている場合であれば、高輝度プローブスポットは高発現の遺伝子であることを示しており、逆に低輝度プローブスポットは、低発現の遺伝子であることを示しており、マイクロアレイでは、それぞれのプローブスポット輝度の比較を行うので、低発現の遺伝子の値も高発現の遺伝子の値も正確に取得する必要がある。よって、高輝度のプローブスポットと低輝度のプローブスポットが一緒に乗ったマイクロアレイであっても、それぞれのプローブスポットを最適な露光条件で取得する必要性が出てくる。また、その得られた画像も同様に、それぞれのプローブスポットが最適な露光条件で取得された画像を表示する必要がある。
【００４１】
その方法を、図１３の模式図を使って説明する。プローブスポットが最適な条件でシグナルを取得するためのシグナル取得条件の変化のさせ方のひとつとして、露光時間を倍にしていく方法が考えられる。１２１は１秒で取得した画像、１２２は２秒で取得した画像、１２３は４秒で取得した画像とする。１２１の中から最適な露光条件で取得されたプローブスポットとして抽出されるのは、四角で囲った１２５ａと１２５ｂと１２５ｃである。同様に、１２２の中から最適な露光条件で取得されたプローブスポットとして抽出されるのは、四角で囲った１２６ａと１２６ｂと１２６ｃと１２６ｄである。同様に、１２３の中から最適な露光条件で取得されたプローブスポットとして抽出されるのは、四角で囲った１２７ａと１２７ｂである。シグナル取得条件は、例えば、露光時間、光学フィルター、検出器の感度、照明光の強度等が挙げられる。
【００４２】
このようにそれぞれの露光条件で取得された画像から抽出されたプローブスポットを貼り合わせた画像が１２４となる。１２１の画像では暗すぎて見えていなかったプローブスポットや１２３の画像では明るすぎてしまっていたプローブスポットがあるが、１２４のように貼り合わせることで、すべてのプローブスポットが観察できる画像が作成できる。このようにして、それぞれのプローブスポットが最適な露光条件で取得された画像を作成することが可能である。
【００４３】
図１４は、各プローブスポットに最適なシグナル取得条件で取得した画像を貼り合わせ、ひとつのマイクロアレイの画像として作成した画像の表示例を示している。グリッド線で囲まれたそれぞれのセルがプローブスポットの領域を示しており、その領域がもっとも見やすい条件で取得された画像を貼り合わせている。それぞれのプローブスポットに対して最適な条件で取得された画像を使用せず、例えば明るいプローブスポットが最適な状態に取得できる条件の画像を表示してしまうと、暗いプローブスポットが画面上で見えない状態になってしまい、プローブスポット形状、状態などの状態を解析が困難となってしまう。しかし、図１４のように、それぞれのプローブスポットを最適なシグナル取得条件で取得した画像を貼り合わせて表示することで、暗いプローブスポットも明るく表示され、プローブスポットの形状、状態などの状態を解析することが可能となる。
【００４４】
また、図１４に示すように、マウスポインタをプローブスポットの領域内に持っていくと、その領域のマイクロアレイ上のプローブスポットの位置を表示する。これは、いま解析している対象のプローブスポットがどのプローブスポットなのかをすばやく知ることができるので、大変に便利である。
また、解析をした結果、形状が丸ではないとか、プローブスポット以外の異物がプローブスポット領域内にあり、解析に用いるのはよくないと判断された場合には、図１５に示すように、そのプローブスポット領域内にマウスポインタを合わせて、マウスを右クリックすることで変更ウィンドウが表示され、未使用プローブスポットへの変更が可能である。また同様に、規格化用の生体関連物質として取り扱うかどうかの変更も可能である。このように、画像表示を見ながらの解析を進めつつ、そのプローブスポットの取り扱いの変更ができるため、正確で迅速な解析が可能となる。
【００４５】
図１６は、本発明の表示方法を実施するためのシステム構成の一例を示す図である。かかるシステムは、測定対象、プローブスポットの位置、マイクロアレイのシリアルナンバー、実験者名、測定日時や場所、被験試料の種類等の書誌的事項，測定機器、測定方法、光学フィルタの種類、測定時の温度、ｐＨ、測定時間等の測定条件，輝度データ等の測定結果，等の測定情報を格納している測定情報記憶装置１００；前記書誌的事項、測定条件、測定結果の他、データの規格化処理、生体関連物質量や複数の被験試料中の生体関連物質量の比の算出等の測定結果を解析した解析結果を含む測定情報を視覚化して表示するための表示装置１０１；システムへの値の入力や選択や指定の操作を行うためのキーボード１０２；マウス１０３；測定結果の解析を行う測定結果解析部１０４−１，異なる色調での輝度データ等の表示、プローブスポット自体の表示方法、プローブスポットの形状、プローブスポット上にマウスポインタを合わせることによる測定情報の表示、擬似画像、表、比率図、散布図での表示、規格化処理方法の表示、生体関連物質量の比の棒グラフ、折れ線グラフ、プロットによる表示、画像等の並列表示、表示すべき生体関連物質量の比の設定範囲の選択、グラフ等の修飾、シグナル取得条件を適切に選択した画像の表示等の表示方法の選択を行う表示方法選択部１０４−２，からなる処理部１０４；及び解析結果を含む測定情報を保存するフォルダを有する、解析結果を含む測定情報保存装置１０５から構成されている。
【００４６】
図１７〜図２１は、本発明の表示方法の一例の概略処理フローを示した図である。
図１７において本発明の大まかな流れを示す。
まず、測定者が指示、指定することとしては、解析を行いたい測定情報の入っているフォルダを選択することで（ステップ２００）、解析結果を含む測定情報が表示される（ステップ２０５）。表示内容を変更したいときには（ステップ２０７）、それぞれ変更内容を指示する。また、解析終了を指示することで（ステップ２０８）、解析結果を保存し、終了となる。
次に、ソフトウェア中の処理を含めた流れは、まず、ステップ２００で測定者が解析結果を含む測定情報の入っているフォルダを指定することにより、図１６の記憶装置１００から処理部１０４へ特定の被験試料の測定情報を読み込む（ステップ２０１）。次に、ステップ２０２において、測定結果解析部１０４−１が、輝度生データに基づき、規格化係数の算出をし、ステップ２０３において、規格化処理を行う。以上の処理が完了したら、ステップ２０４において、測定結果解析部１０４−１が、輝度データに基づき、核酸量や核酸量比を算出する等の測定結果の解析を行い、ステップ２０５において、表示装置１０１に解析結果を含む測定情報の表示を行う。ステップ２０６において、測定結果を解析した解析結果を含む測定情報を保存するとの指示が入ったら、処理部１０４は解析結果を含む測定情報保存装置１０５が有する任意のフォルダに保存する。また、解析結果を表示後、ステップ２０７で表示方法を変更するとの指示が入ったら、表示方法選択部１０４−２は指示内容に従って、表示方法の変更処理を行い、表示装置１０１に変更内容を反映した解析結果を含む測定情報の表示を行う。ステップ２０８において、解析の終了の指示が入ったら、まず処理部１０４で解析結果の保存をしているかどうか、あるいは解析結果の保存後、表示方法に変更が加えられているかどうかを確認し、保存をしていないまたは表示方法に変更が加えられた後に保存されていない場合には、ステップ２１０において、測定結果を解析した解析結果を含む測定情報を保存するかどうかの判断を行い、保存するとの指示が入ったら、処理部１０４は解析結果を含む測定情報保存装置１０５が有する任意のフォルダに保存し、その後、終了処理が完了する。
なお、図１７では、規格化の処理が必ずあるとしてフローを示しているが、比較したい細胞から取り出した被験試料に含まれるＲＮＡ量等に違いがない場合には、規格化の必要はない。その場合には、ステップ２０２と２０３は飛ばし、ステップ２０４での規格化係数を用いた計算もしなくてよい。また、解析結果を含む測定情報の保存は、任意のフォルダに行うとしたが、保存を指示することで、例えば、始めに指定した測定情報が入っているフォルダに自動的に保存されるという形態でもよい。
【００４７】
図１８〜２１は、図１７のフローの具体例を詳細に説明したものである。図１８〜２１においては、説明の簡略化のため、測定情報の読み込み、規格化係数の算出、規格化の処理、測定結果の解析等を省略してある。
図１８は、図１７で得られた解析結果を含む測定情報を表示する表に関して、変更が指示された場合の詳細な処理フローを示している。まず、表示したい被験試料の解析結果を含む測定情報が保存されているフォルダを指定する（ステップ３０１）と、その被験試料の解析結果を含む測定情報が表示される（図１参照）。表示装置には、書誌的事項、測定結果、解析結果を記載した表、擬似画像、生体関連物質量の比率を示す棒グラフ、散布図、フォルダ名、規格化処理方法及び規格化係数が表示されている。異常値（規格化係数の計算に使用しないプローブスポット）を設定するには、メニュー画面からセットアップ、規格化方法、閾値設定の順でクリックすればよい。これにより異常値設定指示が入力され、測定結果解析部１０４−１は異常値設定を行う（ステップ３０３）。測定結果解析部１０４−１が異常値を検出した場合、該当プローブスポットのセルの右側にマークをつける。表示方法選択部１０４−２は、選択されているデータを青色、規格化用の生体関連物質、例えば内部標準遺伝子のプローブスポットを赤色、未使用のデータを水色で表示する。当該表は、列を昇順、降順に並べ替えることが可能であり、基準とする列をクリックする。また、列どうしを並べ替えることも可能であり、項目部分をドラッグすればよい。並べ替えは、基準とする列をクリックするか、項目部分をドラッグすればよい。これにより並べ替え指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は並べ替え処理を行う（ステップ３０４）。また、データを使用するかしないか、規格化に用いるか用いないかの設定の変更が可能である。設定変更は、選択した行の上でマウスを右クリックして選択ボックスを表示し、該当する項目をクリックすればよい。これにより設定変更指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は設定変更処理を行う（ステップ３０５）。データを使用するかしないかの設定は、閾値を設定しての指定でも可能である。閾値を設定するには、メニュー画面からセットアップ、解析条件の順にクリックし、表示されたウィンドウに対して閾値を入力すればよい。これにより閾値設定指示が入力され、測定結果解析部１０４−１は閾値設定を行う（ステップ３０３）。
【００４８】
図１９は、図１７で得られた解析結果を含む測定情報を表示する擬似画像に関する概略処理フローを示している。表示方法選択部１０４−２は、被験試料１の擬似画像を赤色、被験試料２の擬似画像を緑色、被験試料１と被験試料２の合成擬似画像は赤色と緑色を混合した色調で表示する。また、規格化用の生体関連物質、例えば内部標準遺伝子のプローブスポットを赤色の○、現在選択されているプローブスポットを青色の○、未使用のプローブスポットを×で表示する。当該擬似画像では、そのプローブスポットの遺伝子名や輝度等の測定情報の表示が可能である。かかる表示は、そのプローブスポットにポインタを合わせればよい。これにより表示指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は表示処理を行う（ステップ３１１）。また、当該プローブスポットが現在使用されているか否か、使用、未使用の変更が可能である。これは、選択したプローブスポットの上でマウスを右クリックし、選択ボックスを表示させ、該当項目をクリックすればよい。これにより変更等の指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は当該処理を行う（ステップ３１２）。
なお、擬似画像の種類を変更したい場合には、メニュー画面から表示、擬似画像の順でクリックし、次いで、表示させたい疑似画像（被験試料１の擬似画像、被験試料２の擬似画像、被験試料１と被験試料２の合成擬似画像）をクリックすればよい。これにより擬似画像表示指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は擬似画像表示を行う。また、擬似画像の表示輝度を変更するには、表示設定をクリックすればよい。これにより表示輝度変更指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は表示輝度変更を行う（ステップ３１３）。また、表示に用いるデータの種類を変更したい場合には、Ｒａｗデータ表示のチェックのＯＮ／ＯＦＦの変更を行えばよい。これにより当該表示指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は当該表示処理を行う（ステップ３１４）。
【００４９】
図２０は、図１７で得られた解析結果を含む測定情報を表示する棒グラフ（比率図）に関する概略処理フローを示している。表示方法選択部１０４−２は、被験試料と比較したい対象（例えば標準被験試料、病気かどうか判定したい場合は健常人の被験試料）に対する比率が、０．５以下である場合赤色、０．５超２．０未満である場合黄色、２．０超である場合緑色、対象としているプローブスポットを青色でそれぞれ表示している。当該プローブスポットを規格化用として使用するかどうかの変更、プローブスポットそのものを解析に用いるかどうかの変更が可能である。また、比較対照を逆にすること、すなわち比を求める際の分母と分子を変更することが可能である。また、遺伝子順、発現量順等の順番に棒グラフを並べ替えることも可能である。また、グラフの軸の種類、すなわち、リニアスケールとログスケールの変更や、表示範囲の変更も可能である。これは、グラフ上でマウスを右クリックし、選択ボックスを表示させ、当該項目をクリックすればよい。これにより当該変更指示等が入力され、表示方法選択部１０４−２は当該変更等処理を行う。また、メニュー画面から表示、比率図の順にクリックし、次いで分母となる被験試料の選択、棒グラフを並べる順番、縦軸、横軸の目盛りの設定（例えば、対数軸表示のチェックのＯＮ／ＯＦＦ、表示設定から表示されたウィンドウへの表示範囲の数値入力）を行うことによっても可能である。これにより当該変更指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は当該変更処理を行う。
【００５０】
図２１は、図１７で得られた解析結果を含む測定情報を表示する散布図に関する概略処理フローを示している。表示方法選択部１０４−２は、規格化用のプローブスポットを赤色、対象としているプローブスポットを青色で表示している。プローブスポットを解析に使用するかしないかの変更、規格化用のプローブスポットの変更、縦軸と横軸の切り換え、グラフ軸の種類の変更が可能である。これは、グラフ上でマウスを右クリックし、選択ボックスが表示させ、当該表示から、当該項目をクリックすればよい。これにより当該変更指示等が入力され、表示方法選択部１０４−２は当該変更等処理を行う。また、グラフの画描範囲を設定することができる。これは、表示設定をクリックすればよい。また、メニュー画面から表示、散布図の順にクリックし、次いで、縦軸、横軸の切り換え、大数軸表示、又は、表示設定を選択することによっても変更を行うことが可能である。これにより当該設定指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は当該設定処理を行う。
【００５１】
また、２つの被験試料について、各プローブスポットに最適なシグナル取得条件で取得した画像を貼り合わせたハイブリッド画像を表示することが可能である。これは、メニュー画面から表示、画像表示の順にクリックすればよい。これにより当該画像表示指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は当該表示処理を行う。
【００５２】
また、書誌的事項や測定条件等を表示することが可能である。これは、メニュー画面から表示、実験情報表示の順にクリックすればよい。これにより当該実験情報表示指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は当該表示処理を行う。
【００５３】
本実施の形態では、マイクロアレイを用いて、特に生体関連物質として核酸を解析した結果を表示する方法について述べた。しかし、多項目の検査を同時に表示する場合であれば、検出方法はマイクロアレイに限定されるものではない。また、他の生体関連物質、例えばホルモン類、腫瘍マーカー、酵素、抗体、抗原、アブザイム、その他のタンパク、核酸、ｃＤＮＡ、ＤＮＡ、ｍＲＮＡ等の物質を解析した結果を表示する場合にも同様にして適用することができる。特に、これらのマイクロアレイを作製し、解析、表示を行う場合に有効である。
【産業上の利用可能性】
【００５４】
本発明は、生体関連物質、特に遺伝子を検出するための技術分野で有用である。
【図面の簡単な説明】
【００５５】
【図１】本発明の表示方法の一例を示している。
【図２】本発明の表示方法の擬似画像の表示例を示している。
【図３】本発明の表示方法の擬似画像を表示した上に、変更ウィンドウを表示した場合の一例を示している。
【図４】表の表示例を示している。
【図５】表を表示した上に、変更ウィンドウを表示した場合の一例を示している。
【図６】散布を表示した上に、変更ウィンドウを表示した場合の一例を示している。
【図７】解析に使用したフォルダの表示と、解析に使用した規格化法とその規格化係数の表示の一例を示している。
【図８】測定情報表示の一例を示している。
【図９】比率図の表示の一例を示している。
【図１０】比率図を表示した上に、変更ウィンドウを表示した場合の一例を示している。
【図１１】グラフが別ウィンドウで表示され、メインウィンドウでは数値データのみが表示されている場合の一例を示している。
【図１２】生体関連物質量の比と輝度値を折れ線グラフで表示した一例を示している。
【図１３】マイクロアレイ上の各プローブスポットに最適なシグナル取得条件で取得した画像を貼り合わせた画像を表示した一例を示している。
【図１４】マイクロアレイ上の各プローブスポットに最適なシグナル取得条件で取得した画像を貼り合わせた画像を表示した一例を示している。
【図１５】各プローブスポットに最適なシグナル取得条件で取得した画像を貼り合わせた画像の表示の上に変更ウィンドウを表示した場合の一例を示している。
【図１６】本発明の表示方法を実施するためのシステム構成の一例を示す図である。
【図１７】本発明の表示方法の一例の概略処理フローを示した図である。
【図１８】本発明の表示方法の一例の概略処理フローを示した図である。
【図１９】本発明の表示方法の一例の概略処理フローを示した図である。
【図２０】本発明の表示方法の一例の概略処理フローを示した図である。
【図２１】本発明の表示方法の一例の概略処理フローを示した図である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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