(57)【要約】      （修正有）【課題】産業上、有用である酵素の生産に用いられてきた好アルカリ性バチルス属細菌についてゲノム解析を行い、有用酵素を探索ないしは生産するのに有用なＤＮＡを提供すること。【解決手段】特定のアミノ酸配列またはこのアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列で表される有用タンパク質、当該有用タンパク質をコードする遺伝子、当該遺伝子を含有する組換えベクターおよび当該組換えベクターを含む形質転換体並びにこの形質転換体を培養し、当該培養物中から有用タンパク質を分離、取得する有用タンパク質の製造方法。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
次の（ａ）又は（ｂ）：
（ａ）配列番号１から３７に示す何れかのアミノ酸配列、
（ｂ）（ａ）のアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しく
は付加されたアミノ酸配列
で表される有用タンパク質。
【請求項２】
好アルカリ性バチルス属細菌由来のものである請求項１記載の有用タンパク質。
【請求項３】
バチルス  クラウジイ（Bacillus clausii）由来のものである請求項第１項記載の有用タンパク質。
【請求項４】
次の（ｃ）又は（ｄ）：
（ｃ）配列番号３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８
、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、
８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、
１０６、１０８または１１０に示す塩基配列の何れかであるＤＮＡ、
（ｄ）（ｃ）の塩基配列からなるＤＮＡとストリンジエントな条件下でハイブリダイズ
し、且つ請求項１に示すタンパク質をコードするＤＮＡ
からなる有用タンパク質をコードする遺伝子。
【請求項５】
請求項４記載の遺伝子を含有する組換えベクター。
【請求項６】
請求項５記載の組換えベクターを含む形質転換体。
【請求項７】
宿主が微生物である請求項６記載の形質転換体。
【請求項８】
請求項６または請求項７記載の形質転換体を培養し、当該培養物中から有用タンパク質を分離、取得する有用タンパク質の製造方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、バチルス  クラウジイ（Bacillus clausii）由来の産業上有用なタンパク質、それらをコードする遺伝子に関する。
【背景技術】
【０００２】
近年、ヒトをはじめとして多くの生物の設計図であるゲノムの解析が進み、そこから得られる膨大なデータを様々な分野で利用しようという試みが積極的になされてきている。
【０００３】
このような状況にあってグラム陽性のバチルス属細菌のゲノムも解読されてきている（非特許文献１−３）。バチルス属細菌は様々な産業上有用なタンパク質を大量に生産する能力を有していることが知られており、古くから産業用酵素の生産に用いられてきた。また、納豆などの発酵食品にも用いられていることからその殆どは安全な菌種であることも広く知られている。さらに胞子形成を行うことから分化の機構を解明する目的で学術的にも有用性の高い菌種である。
【０００４】
特に産業用酵素の中でも世界市場の４０％程度を占める洗剤用酵素はアルカリ領域で作用することが必須であり、その起源として好アルカリ性バチルス属細菌が用いられることが多い（特許文献１−４、非特許文献４など）。このように有用な好アルカリ性バチルス属細菌には、アルカリ酵素のみならず他の有用酵素を生産している可能性もあり、このような有用酵素をコードする遺伝子を見出せば、産業上有用な新たな酵素を得ることが可能となる。
【０００５】
すなわち、産業上、有用である酵素の生産に用いられてきた好アルカリ性バチルス属細菌のゲノム解析、特に洗剤用酵素を産生することが知られているバチルス  クラウジイ（Bacillus clausii）に属する微生物は、まさに有用酵素を探索するには最大の資源であるといえる。
【０００６】
【特許文献１】特許第１９０１６０９号
【特許文献２】特許第２９８５０１８号
【特許文献３】特許第２８９３４８６号
【特許文献４】特開平１０−３１３８５９号報
【非特許文献１】クンスト（Kunst）ら、Nature 390, 249-256 (1997)
【非特許文献２】タカミ（Takami）ら、Nucleic Acids Res. 28, 4317-4331 (2000)
【非特許文献３】タカミ（Takami）ら、Nucleic Acids Res. 30,3927-3935 (2002)
【非特許文献４】ホリコシ（Horikoshi）、Microbiol.Mol.Biol.Rev.63,735-750(1999)
【非特許文献５】サイトウ（Saito）ら、 Biochem. Biophys. Acta. 72, 619-629 (1963)
【非特許文献６】エウィング（Ewing）ら、Genome Res. 8, 186-194 (1998)
【非特許文献７】ヤダ（Yada）ら、DNA Res. 3, 335-361 (1996)
【非特許文献８】アルチュール（Altschul）ら、 J. Mol. Biol. 215, 403-410 (1990)
【非特許文献９】リップマン（Lipman）ら、 Science 227, 1435-1441 (1985)
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
従って本発明は、産業上、有用である酵素の生産に用いられてきた好アルカリ性バチルス属細菌についてゲノム解析を行い、有用酵素を探索ないしは生産するのに有用なＤＮＡを得ることをその課題とするものである。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明者らは、長年に渡り洗剤用アルカリプロテアーゼの生産に用いてきた好アルカリ性バチルス属細菌である、バチルス  クラウジイ（Bacillus clausii）ＫＳＭ−Ｋ１６（ＦＥＲＭ  ＢＰ−３３７６）株のゲノムを完全に解読することに成功し、更に得られた情報を詳細に検討することによって、当該微生物は、産業上有用なタンパク質をコードする遺伝子を数多く保有することを見出し、本発明を完成するに至った。
【０００９】
即ち、本発明は、次の（ａ）又は（ｂ）：
（ａ）配列番号１から３７に示す何れかのアミノ酸配列、
（ｂ）（ａ）のアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しく
は付加されたアミノ酸配列
で表される有用タンパク質を提供するものである。
【００１０】
また本発明は、次の（ｃ）又は（ｄ）：
（ｃ）配列番号３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８
、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、
８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、
１０６、１０８または１１０に示す塩基配列の何れかであるＤＮＡ、
（ｄ）（ｃ）の塩基配列からなるＤＮＡとストリンジエントな条件下でハイブリダイズ
し、且つ上記（ａ）または（ｂ）のタンパク質をコードするＤＮＡ
からなる有用タンパク質をコードする遺伝子を提供するものである。
【００１１】
更に本発明は、上記遺伝子を含有する組換えベクターおよび該組換えベクターを有する形質転換体を提供するものである。
【００１２】
更にまた、本発明は、上記形質転換体を培養し、当該培養物中から有用タンパク質を分離、取得する有用タンパク質の製造方法を提供するものである。
【発明の効果】
【００１３】
本発明の有用タンパク質は、産業上有効利用が可能なタンパク質であり、高アルカリ条件下においても作用する酵素も含んでいる。また、本発明の遺伝子を用い、遺伝子操作を行うことにより、この有用タンパク質を大量に調製することが可能となる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１４】
本発明のタンパク質（以下、「酵素」ともいう）は、（ａ）配列番号１から３７に示すアミノ酸配列からなるタンパク質、または（ｂ）（ａ）のアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなるタンパク質であり、また、本発明の遺伝子は、（ｃ）または（ｄ）で示される当該タンパク質をコードするＤＮＡである。
【００１５】
ここで、配列番号１から３７示すアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列とは、配列番号１から３７のアミノ酸配列とそれぞれ等価のアミノ酸配列を意味し、１若しくは数個、好ましくは１〜１０個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列であって、依然として対応する酵素活性を保持する配列をいい、付加には、両末端への１〜数個のアミノ酸の付加が含まれる。
【００１６】
なお、上記等価のアミノ酸配列をコードする塩基配列は、自然界から得ることも可能ではあるが、さらに部位特異的突然変異誘発法等の公知の手法を利用して調製することもできる。例えば、部位特異的突然変異誘発法を利用した変異導入用キット［Ｍｕｔａｎ−ｓｕｐｅｒ Ｅｘｐｒｅｓｓ Ｋｍ キット（タカラバイオ）］等を用いて変異を導入し、調製することができる。
【００１７】
本発明の有用タンパク質は、配列番号１から３７に示すアミノ酸配列からなるタンパク質又は当該アミノ酸配列と等価のアミノ酸配列からなるタンパク質であり、これらを取得するためには、それぞれ配列番号１から３７のアミノ酸配列の各々に順に対応し、これらをコードする配列番号３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８または１１０に示す塩基配列（以下、「番号３８以下配列」という）または該塩基配列の１若しくは数個以上の塩基が欠失、置換若しくは付加された塩基配列を有する遺伝子又は該塩基配列からなるＤＮＡにストリンジエントな条件下でハイブリダイズするタンパク質をコードするＤＮＡを含有する遺伝子を利用し、タンパク質産生の常法に従えばよい。
【００１８】
ここで「ストリンジエントな条件下」とは、例えば「モレキュラー  クローニング−ラボラトリー  マニュアル  第二版（Molecular cloning -a Laboratory manual 2nd edition）」（Sambrookら、1989）に記載の条件等が挙げられる。例えば、６ｘＳＳＣ（１ｘＳＳＣの組成：０.１５Ｍ  塩化ナトリウム、０.０１５Ｍ  クエン酸ナトリウム、ｐＨ７.０）、０.５％ ＳＤＳ、５Ｘデンハート及び１００μｇ／ｍＬ ニシン精子ＤＮＡを含む溶液にプローブとともに６５℃で８〜１６時間恒温し、ハイブリダイズさせる条件が挙げられる。
【００１９】
本発明の配列番号１から３７に示すアミノ酸配列を有するタンパク質等を多量に生産するには、前記した番号３８以下配列に示す塩基配列を有する遺伝子等を、例えばバチルス属に属する微生物、好ましくはバチルス  クラウジイ（Bacillus clausii）ＫＳＭ−Ｋ１６株（ＦＥＲＭ  ＢＰ−３３７６）等から、ショットガン法、ＰＣＲ法を用いクローニングし、適当なベクターと宿主菌を用いて培養、採取すればよい。    
【００２０】
すなわち、番号３８以下配列に示す本発明遺伝子等を、適当な宿主菌体内で目的とする遺伝子を発現するのに適した任意のベクターに組込み、該組換えベクターを用いて宿主菌を形質転換し、得られた形質転換体を培養し、当該菌体内あるいは当該培養液から各タンパク質を採取することにより、配列番号１から３７に示すアミノ酸配列等を有する目的タンパク質が大量に生産できる。
【００２１】
形質転換された宿主菌の培養は、微生物の資化可能な炭素源、窒素源その他の必須栄養素を含む培地に当該菌を接種後、常法に従って行えばよい。また、このようにして得られた培養物中からのタンパク質の分離採取および精製は、一般の方法に準じて行うことができる。即ち、目的タンパク質を菌体内に発現している場合には遠心分離または濾過することで菌体を集め、粉砕した後、硫安分画や各種カラムクロマトグラフィーにより目的タンパク質を得ることができる。さらに公知の方法により凍結乾燥、噴霧乾燥、結晶化や造粒化することができる。また、目的タンパク質を菌体外に生産される場合には、遠心分離または濾過することで菌体を除き、得られた培養上清液から常法手段により目的酵素を濃縮することができる。このようにして得られた酵素液または乾燥粉末はそのまま用いることもできるが更に公知の方法により結晶化や造粒化することができる。
【００２２】
以下、具体的な本発明の有用タンパク質について、具体的に説明する。
【００２３】
本発明の配列番号１にはホルムアルデヒドの生成や二酸化炭素の選択的電解還元によるメタノールの生産に有用なメタノール脱水素酵素（ＭＤＨ）［ＥＣ  １.１.１.２４４］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＭＤＨのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans） Ｃ−１２５由来のＭＤＨ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＦＥ７）との相同性が９１.１％と最も高く、次いでバチルス  ステアロサーモフィルス（B. stearothermophilus）由来の１,３ープロパンジオール脱水素酵素（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８ＲＫＪ４）と６４.４％、バチルス  メタノリカス（B. methanolicus）由来のＭＤＨ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ３１００５）及びバチルス  エスピー（Bacillus sp.）Ｃ１由来のＭＤＨ（ＰＩＲ：Ａ４２９５２）と４１.２％の相同性を示した。
【００２４】
これらの結果は、本発明のＭＤＨが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号１に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、９５％以上の相同性を有するＭＤＨを包含するものである。さらに配列番号１に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは９８％以上を示すメタノール脱水素酵素であることが望ましい。
【００２５】
本発明の配列番号２にはグルタミン酸やアンモニアの定量に有用なＮＡＤＰ依存グルタミン酸脱水素酵素（ＧＬＤＨ）［ＥＣ  １.４.１.４］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＧＬＤＨのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＧＬＤＨ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＢ８４）との相同性が８５.２％と最も高く、次いでバチルス  リケニホルミス（B. licheniformis）由来のＧＬＤＨ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｏ８７４０３）と７３.９％、リステリア イノックア（Listeria innocua）由来のＧＬＤＨ（ＰＩＲ：ＡＩ１５０）と７１.３％の相同性を示した。
【００２６】
これらの結果は、本発明のＧＬＤＨが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号２に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、９０％以上の相同性を有するＧＬＤＨを包含するものである。さらに配列番号２に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは９５％以上、さらに好ましくは９８％以上を示すＮＡＤＰ依存グルタミン酸脱水素酵素であることが望ましい。
【００２７】
本発明の配列番号３には活性酸素除去、白内障、ガンなどあらゆる病気予防、老化防止に有用なＭｎ含有スーパーオキシドディスムターゼ  ［ＥＣ  １.１５.１.１］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるスーパーオキサイドディスムターゼ（ＳＯＤ）のアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans） Ｃ−１２５由来のＳＯＤ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＤ１０）との相同性が８５.１％と最も高く、次いでバチルス  ズブチリス（B. subtilis）由来のＳＯＤ（ＰＲＦ：２４１７３４４ＡＡ）と８１.２％、バチルス  リケニホルミス（B. licheniformis）由来のＳＯＤ（ＥＭＢＬ：ＡＪ００２２７９）と７９.７％の相同性を示した。
【００２８】
これらの結果は、本発明のＭｎ含有スーパーオキシドディスムターゼが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号３に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、９０％以上の相同性を有するＳＯＤを包含するものである。さらに配列番号３に示すアミノ酸配列における相同性が、好ましくは９５％以上、さらに好ましくは９８％以上を示すＭｎ含有スーパーオキシドディスムターゼであることが望ましい。
【００２９】
本発明の配列番号４にはグルタミン酸やアンモニアの定量に有用なＮＡＤ依存性グルタミン酸脱水素酵素（ＧＬＤＨ）［ＥＣ  １.４.１.２］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＧＤＨのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans） Ｃ−１２５由来のＧＬＤＨ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＣＥ９）との相同性が８５.０％と最も高く、次いでバチルス  ズブチリス（B. subtilis）由来のＧＤＨ（ＰＩＲ：Ｇ６９９３３）と８０.８％、バチルス  セレウス（B. cereus）由来のＧＬＤＨ（ＥＭＢＬ：ＡＥ０１７２６９）と８０.０％の相同性を示した。
【００３０】
これらの結果は、本発明のＧＬＤＨが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号４に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、９０％以上の相同性を有するＧＬＤＨを包含するものである。さらに配列番号４に示すアミノ酸配列における相同性が、好ましくは９５％以上、さらに好ましくは９８％以上を示すＮＡＤ依存性グルタミン酸脱水素酵素であることが望ましい。
【００３１】
本発明の配列番号５には生理機能を有するＬーアラビノースの効率的な生産に有用なα−Ｌ−アラビノフラノシダーゼ（ＡＦａｓｅ）［ＥＣ  ３.２.１.５５］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＡＦａｓｅのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＡＦａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＢＱ１）との相同性が８３.５％と最も高く、次いでサーモバチルス  キシラニリティカス（Thermobacillus xylanilyticus）由来のＡＦａｓｅ（ＥＭＢＬ：Ｙ１６８４９）と６７.３％、バチルス  エスピー（Bacillus sp.）Ｄ３株由来のＡＦａｓｅ（ＰＲＦ：２５１９２１９Ｂ）と６６.５％の相同性を示した。
【００３２】
これらの結果は、本発明のＡＦａｓｅが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号５に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、８５％以上の相同性を有するＡＦａｓｅを包含するものである。さらに配列番号５に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは９０％以上、より好ましくは９５％以上、最も好ましくは９８％以上を示すα−Ｌ−アラビノフラノシダーゼであることが望ましい。
【００３３】
本発明の配列番号６にはＬ−アスパラギン酸の合成に有用なアスパラギン酸アンモニアリーゼ（ＡＡＬ）［ＥＣ  ４.３.１.１］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＡＡＬのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＡＡＬ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＣＺ３）との相同性が８１.２％と最も高く、次いでバチルス  アンスラシス（B. anthracis ）Ａｍｅｓ株由来のＡＡＬ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８１Ｓ７１）及びバチルス  セレウス（B. cereus）ＡＴＣＣ１４５７９株由来のＡＡＬ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８１Ｆ６１）と６９.０％の相同性を示した。
【００３４】
これらの結果は、本発明のＡＡＬが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号６に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、８５％以上の相同性を有するＡＡＬを包含するものである。さらに配列番号６に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは９０％以上、より好ましくは９５％以上、さらに好ましくは９８％以上を示すアスパラギン酸アンモニアリーゼであることが望ましい。
【００３５】
本発明の配列番号７にはアレルギー様食中毒の症状をおこすアグマチン除去に有用なアグマチナーゼ（ＡＧａｓｅ）［ＥＣ  ３.５.３.１１］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＡＧａｓｅのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＡＧａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９Ｋ６Ｂ９）及びバチルス  アンスラシス（B. anthracis） Ａｍｅｓ由来のＡＧａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ８１ＪＴ１）との相同性が７８.９％と最も高く、次いでバチルス  セレウス（B. cereus）ＡＴＣＣ１４５７９株由来のＡＧａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ８１４Ｑ２）と７８.５％、バチルス  ズブチリス（B. subtilis）由来のＡＧａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ７０９９９）と７４.４％の相同性を示した。
【００３６】
これらの結果は、本発明のＡＧａｓｅが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号７に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、８０％以上の相同性を有するＡＧａｓｅを包含するものである。さらに配列番号７に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すアグマチナーゼであることが望ましい。
【００３７】
本発明の配列番号８にはアルコールの定量やアルコール化合物の変換に有用なアルコール脱水素酵素（ＡＤＨ）［ＥＣ  １.１.１.１］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＡＤＨのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ステアロサーモフィルス（Bacillus stearothermophilus）ＤＳＭ２８３４株由来のＡＬＤＨ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ４２３２７）との相同性が７８.４％と最も高く、次いでバチルス  ステアロサーモフィルス（B. stearothermophilus）ＮＣＩＭＢ１２４０３株由来のＡＤＨ（ＰＩＲ：Ｓ４５６０５）と７４.９％、バチルス  ステアロサーモフィルス（B. stearothermophilus）ＮＣＡ１５０３株由来のＡＤＨ（ＰＩＲ：Ａ４２６５４）と７３.３％の相同性を示した。
【００３８】
これらの結果は、本発明のＡＤＨが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号８に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、８０％以上の相同性を有するＡＤＨを包含するものである。さらに配列番号８に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すＡＤＨであることが望ましい。
【００３９】
本発明の配列番号９にはＡＴＰの合成に有用なピルビン酸キナーゼ（ＰＫ）［ＥＣ  ２.７.１.４０］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＰＫのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＰＫ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９Ｋ８４４）との相同性が７８.３％と最も高く、次いでバチルス  ズブチリス（B. subtilis）由来のＰＫ（ＰＩＲ：Ｇ６９６８５）と７２.４％、バチルス  リケニホルミス（B. licheniformis）由来のＰＫ（ＰＩＲ：ＪＣ４２２０）と７２.２％の相同性を示した。
【００４０】
これらの結果は、本発明のＰＫが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号９に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、８０％以上の相同性を有するＰＫを包含するものである。さらに配列番号９に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すピルビン酸キナーゼであることが望ましい。
【００４１】
本発明の配列番号１０には様々な生理機能を示すキチンオリゴ糖の生成や生物農薬等に有用なキチナーゼ（Chitinase）［ＥＣ  ３.２.１.１４］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるキチナーゼのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のキチナーゼ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＥＤ７）との相同性が７８.３％と最も高く、次いでバチルス  ズブチリス（B. subtilis）由来のキチナーゼ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｏ８５５００）と６４.６％、バチルス  リケニホルミス（B. licheniformis）由来のキチナーゼ（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＸ９５４７７３）と６３.５％の相同性を示した。
【００４２】
これらの結果は、本発明のキチナーゼが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号１０に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、８０％以上の相同性を有するキチナーゼを包含するものである。さらに配列番号１０に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すキチナーゼであることが望ましい。
【００４３】
本発明の配列番号１１にはグルコースの生成、配糖体の分解、糖転移反応などに有用なβ−グルコシダーゼ（ＢＧＬ）［ＥＣ  ３.２.１.２１］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＢＧＬのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＢＧＬ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＦ８９）との相同性が７７.９％と最も高く、次いでエンテロコッカス  フェカリス（Enterococcus faecalis）由来のＢＧＬ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８３９Ａ６）及びリステリア  イノックア（Listeria innocua）由来のＢＧＬ（ＰＩＲ：ＡＢ１４３５）と６４.３％の相同性を示した。
【００４４】
これらの結果は、本発明のＢＧＬが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号１１に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、８０％以上の相同性を有するＢＧＬを包含するものである。さらに配列番号１１に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すβーグルコシダーゼであることが望ましい。
【００４５】
本発明の配列番号１２にはアルコールの定量やアルコール化合物の変換に有用なアルコール脱水素酵素（ＡＤＨ）［ＥＣ  １.１.１.１］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＡＤＨのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ズブチリス（Bacillus subtilis）由来のＡＤＨ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ７１０１７）との相同性が７６.９％と最も高く、次いでバチルス  ズブチリス（B. subtilis）由来のＡＤＨ（グリシンーベタインアルデヒド脱水素酵素）（ＰＲＦ：２２２０３１２Ｄ）と７５.４％、メタノサルシナ  マゼイ（Methanosarcina mazei）由来のＡＤＨ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８ＰＴＥ６）と３８.５％の相同性を示した。
【００４６】
これらの結果は、本発明のＡＤＨが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号１２に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、８０％以上の相同性を有するＡＤＨを包含するものである。さらに配列番号１２に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すＡＤＨであることが望ましい。
【００４７】
本発明の配列番号１３には多糖、オリゴ糖などからガラクトースの遊離、糖縮合反応、糖転移反応に有用なα−ガラクトシダーゼ（ＡＧＡＬ）［ＥＣ  ３.２.１.２２］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＡＧＡＬのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ズブチリス（Bacillus subtilis）由来のＡＧＡＬ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｏ３４６５４）との相同性が７５.５％と最も高く、次いでバチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＡＧＡＬ（ＰＩＲ：Ｄ８３９２６）と７２.８％、ストレプトマイセス  コエリコロー（Streptomyces coelicolor）由来のＡＧＡＬ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ９ＲＫ６９）と４１.１％の相同性を示した。
【００４８】
これらの結果は、本発明のＡＧＡＬが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号１３に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、８０％以上の相同性を有するＡＧＡＬを包含するものである。さらに配列番号１３に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すαーガラクトシダーゼであることが望ましい。
【００４９】
本発明の配列番号１４には活性酸素の除去に有用なチオールペルオキシダーゼ（ＴＰＯ）［ＥＣ  １.１１.１.−］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＴＰＯのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＴＰＯ  （ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９Ｋ８１３）との相同性が７５.３％と最も高く、次いでバチルス  セレウス（B. cereus）ＡＴＣＣ１０９８７由来のＴＰＯ（ＴｒＥＭＢＬ：ＡＡＳ４３６７６）と７２.８％、バチルス  ハロデュランス（B. halodurans）ＡＴＣＣ１４５７９由来のＴＰＯ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８１７Ｂ８）及びバチルス  アンスラシス（B. anthracis）Ａｍｅｓ株由来のＴＰＯ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８１ＫＵ８）と７２.２％の相同性を示した。
【００５０】
これらの結果は、本発明のＴＰＯが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号１４に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、８０％以上の相同性を有するＴＰＯを包含するものである。さらに配列番号１４に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すチオールペルオキシダーゼであることが望ましい。
【００５１】
本発明の配列番号１５には過酸化水素による加工食品の漂白後の処理や工業廃液処理に有用なカタラーゼ（ＣＡＴ）［ＥＣ  １.１１.１.６］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＣＡＴのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ズブチリス（Bacillus subtilis）由来のＣＡＴ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ９４３７７）との相同性が７５.２％と最も高く、次いでバチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＣＡＴ（ＰＩＲ：Ｂ８３８１３）と７５.０％、デイノコッカス  ラジオデュランス（Deinococcus radiodurans）由来のＣＡＴ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ５９３７７）と６９.２％の相同性を示した。
【００５２】
これらの結果は、本発明のＣＡＴが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号１５に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、８０％以上の相同性を有するＣＡＴを包含するものである。さらに配列番号１５に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８５％以上、より好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すカタラーゼであることが望ましい。
【００５３】
本発明の配列番号１６にはペプチド生成やタンパク質分析に有用なアミノぺプチダーゼ（ＡＰａｓｅ）［ＥＣ  ３.４.１１.−］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＡＰａｓｅのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＡＰａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＡＰ２）との相同性が７３.７％と最も高く、次いでバチルス  ズブチリス（B. subtilis）由来のＡＰａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ３９７６２）と６１.７％、バチルス  リケニホルミス（B. licheniformis）由来のＡＭＰ（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＸ９３０２５２）と６１.０％の相同性を示した。
【００５４】
これらの結果は、本発明のＡＰａｓｅが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号１６に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７５％以上の相同性を有するＡＰａｓｅを包含するものである。さらに配列番号１６に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すアミノペプチダーゼであることが望ましい。
【００５５】
本発明の配列番号１７にはアミノ酸合成に有用なアスパルトキナーゼ（ＡＫ）［ＥＣ  ２.７.２.４］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＡＫのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＡＫ（ＰＩＲ：Ｈ８３９４９）との相同性が７３.２％と最も高く、次いでバチルス  セレウス（B. cereus）ＡＴＣＣ１４５７９株由来のＡＫ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８１９Ｚ８）と６７.６％、バチルス  セレウス（B. cereus）ＡＴＣＣ１０９８７株由来のＡＫ（ＴｒＥＭＢＬ：ＡＡＳ４２７４２）と６７.１％の相同性を示した。
【００５６】
これらの結果は、本発明のＡＫが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号１７に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７５％以上の相同性を有するＡＫを包含するものである。さらに配列番号１７に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すアスパルトキナーゼであることが望ましい。
【００５７】
本発明の配列番号１８にはアミノ酸合成に有用なアスパルトキナーゼ／ホモセリン脱水素酵素（ＡＫ／ＨＳＤＨ）［ＥＣ  ２.７.２.４／ＥＣ  １.１.１.３］の２つの機能を有するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＡＫ／ＨＳＤＨのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＨＳＤＨ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＣＲ９）との相同性が７１.５％と最も高く、次いでオーシャノバチルス  イヘエンシス（Oceanobacillus iheyensis）ＨＴＥ８３１由来のＡＫ／ＨＳＤＨ（ＰＲＦ：２８２４４３３ＣＶＡ）と５９.９％、バチルス  ズブチリス（B. subtilis）由来のＡＫ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ９４４１７）と５９.４％の相同性を示した。
【００５８】
これらの結果は、本発明のＡＫ／ＨＳＤＨが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号１８に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７５％以上の相同性を有するＡＫ／ＨＳＤＨを包含するものである。さらに配列番号１８に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すアスパルトキナーゼ／ホモセリン脱水素酵素であることが望ましい。
【００５９】
本発明の配列番号１９には有用なαーマルトースの生産に有用なマルトジェニックアミラーゼ（ＭＡＭＹ）［ＥＣ  ３.２.１.１３３］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＭＡＭＹのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＭＡＭＹ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９Ｋ８Ｓ６）との相同性が７１.３％と最も高く、次いでバチルス  ステアロサーモフィルス（B. stearothermophilus）由来のＭＡＭＹ（ＰＲＦ：２４１１２５２Ａ）と５８.８％の相同性を示した。
【００６０】
これらの結果は、本発明のＭＡＭＹが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号１９に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７５％以上の相同性を有するＭＡＭＹを包含するものである。さらに配列番号１９に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すマルトジェニックアミラーゼであることが望ましい。
【００６１】
本発明の配列番号２０には木綿繊維の精練に有用なペクチン酸リアーゼ（ＰＥＬ）［ＥＣ  ４.２.２.２］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＰＥＬのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＰＥＬ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９Ｋ６Ｂ０）及びバチルス  エスピー（Bacillus sp.）ＫＳＭ−Ｐ２８５０株由来のＰＥＬ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８Ｌ０Ｓ６）との相同性が７０.０％と最も高く、次いでバチルス  エスピー（Bacillus sp.）ＫＳＭ−Ｐ１０３株由来のＰＥＬ（ＰＲＦ：２５１５２８５Ａ）と６４.２％の相同性を示した。
【００６２】
これらの結果は、本発明のＰＥＬが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号２０に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７５％以上の相同性を有するＰＥＬを包含するものである。さらに配列番号２０に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すペクチン酸リアーゼであることが望ましい。
【００６３】
本発明の配列番号２１には生理活性を有するＬ−アラビノースを効率的に生産するのに有用なα−Ｌ−アラビノフラノシダーゼ（ＡＦａｓｅ）［ＥＣ  ３.２.１.５５］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＡＦａｓｅのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ステアロサーモフィルス（Bacillus stearothermophilus）由来のＡＦａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＸＢＱ３）との相同性が６９.８％と最も高く、次いでバチルス  ハロデュランス（B. halodurans）由来のＡＦａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＢＲ４）と６７.５％、バチルス  ズブチリス（B. subtilis）由来のＡＦａｓｅ（ＧｅｎＢａｎｋ：Ｘ８９８１０）と６７.２％の相同性を示した。
【００６４】
これらの結果は、本発明のＡＦａｓｅが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号２１に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７５％以上の相同性を有するＡＦａｓｅを包含するものである。さらに配列番号２１に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すα−Ｌ−アラビノフラノシダーゼであることが望ましい。
【００６５】
本発明の配列番号２２には乳糖分解や家畜飼料に有用なβ−ガラクトシダーゼ（ＢＧＡＬ）［ＥＣ  ３.２.１.２３］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＢＧＡＬのアミノ酸配列と比較した場合、プラノコッカス  エスピー.（Planococcus sp.）由来のＢＧＡＬ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＩ４７）との相同性が６９.４％と最も高く、次いでバチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＢＧＡＬ（ＰＩＲ：Ｅ８４１１２）と６６.７％、バチルス  サーキュランス（B. circulans）由来のＢＧＡＬ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ４５０９２）と６６.４％の相同性を示した。
【００６６】
これらの結果は、本発明のＢＧＡＬが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号２２に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７５％以上の相同性を有するＢＧＡＬを包含するものである。さらに配列番号２２に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すβ−ガラクトシダーゼであることが望ましい。
【００６７】
本発明の配列番号２３には過酸化水素による加工食品の漂白後の処理や過酸化水素を含む工業廃液処理に有用なカタラーゼ（ＣＡＴ）［ＥＣ  １.１１.１.６］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＣＡＴのアミノ酸配列と比較した場合、リステリア  シーリゲリ（Listeria seeligeri）由来のＣＡＴ（ＰＩＲ：Ａ４０３６７,  ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ２４１６８）との相同性が６８.８％と最も高く、次いでリステリア  イノッキュア（L. innocua）由来のＣＡＴ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：  Ｑ９２６Ｘ０）と６８.３％、リステリア  モノシトゲネス（L. monocytogenes）由来のＣＡＴ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ８Ｙ３Ｐ９）と６７.９％の相同性を示した。
【００６８】
これらの結果は、本発明のＣＡＴが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号２３に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７５％以上の相同性を有するＣＡＴを包含するものである。さらに配列番号２３に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すカタラーゼであることが望ましい。
【００６９】
本発明の配列番号２４には乳酸の定量に有用な乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）［ＥＣ  １.１.１.２７］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＬＤＨのアミノ酸配列と比較した場合、オーシャノバチルス  イヘエンシス（Oceanobacillus iheyensis）ＨＴＥ８３１由来のＬＤＨ（ＰＲＩ：２８８２４４３３ＦＴＡ）との相同性が６８.４％と最も高く、次いでバチルス  サイクロサッカロリティクス（Bacillus psychrosaccharolyticus）由来のＬＤＨ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ２０６１９）と６６.６％、バチルス  カルドリティカス（B. caldolyticus）由来のＬＤＨ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ５９２４４）と６２.１％の相同性を示した。
【００７０】
これらの結果は、本発明のＬＤＨが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号２４に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７５％以上の相同性を有するＬＤＨを包含するものである。さらに配列番号２４に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示す乳酸脱水素酵素であることが望ましい。
【００７１】
本発明の配列番号２５にはエステル化合物からアルコールの生成に有用なカルボキシエステラーゼ（ＣＥａｓｅ）［ＥＣ  ３.１.１.１］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＣＥａｓｅのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＣＥａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９Ｋ７１９）との相同性が６７.６％と最も高く、次いでバチルス  ステアロサーモフィルス（B. stearothermophilus）由来のＣＥａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ０６１７４）と６１.０％、バチルス  ズブチリス（B. subtilis）由来のＣＥａｓｅ（ＰＩＲ：Ｈ７００２７）と６０.１％の相同性を示した。
【００７２】
これらの結果は、本発明のＣＥａｓｅが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号２５に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７０％以上の相同性を有するＣＥａｓｅを包含するものである。さらに配列番号２５に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すカルボキシエステラーゼであることが望ましい。
【００７３】
本発明の配列番号２６には食品中の遊離グルタミンを旨味のあるグルタミン酸へ変換するのに有用なグルタミナーゼ（ＧＬａｓｅ）［ＥＣ  ３.５.１.２］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＧＬａｓｅのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ズブチリス（Bacillus subtilis）由来のＧＬａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｏ０７６３７）との相同性が６５.４％と最も高く、次いでバチルス  ハロデュランス（B. halodurans）Ｃ−１２５由来のＧＬａｓｅ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９Ｋ９Ｌ８）と６３.４％、バチルス  アンスラシス（B. anthracis）Ａｍｅｓ由来のＧＬａｓｅ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８１ＹＹ０）と５７.９％の相同性を示した。
【００７４】
これらの結果は、本発明のＧＬａｓｅが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号２６に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７０％以上の相同性を有するＧＬａｓｅを包含するものである。さらに配列番号２６に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すグルタミナーゼであることが望ましい。
【００７５】
本発明の配列番号２７には活性酸素除去、白内障、ガンなどあらゆる病気予防、老化防止に有用なＭｎ含有スーパーオキサイドディスムターゼ（ＳＯＤ）［ＥＣ  １.１５.１.１］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＳＯＤのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  カルドテナックス（Bacillus caldotenax）由来のＳＯＤ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ２８７６０）との相同性が６４.８％と最も高く、次いでバチルス  ステアロサーモフィルス（B. stearothermophilus）由来のＳＯＤ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ００４４９）及びジオバチルス  サーモレオボランス（Geobacillus thermoleovorans）由来のＳＯＤ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ９ＬＢＦ６）と６３.８％の相同性を示した。
【００７６】
これらの結果は、本発明のＳＯＤが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号２７に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７０％以上の相同性を有するＳＯＤを包含するものである。さらに配列番号２７に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すスーパーオキサイドディスムターゼであることが望ましい。
【００７７】
本発明の配列番号２８には甘味料として有効なキシロースを効率的に生産できるβーキシロシダーゼ（ＢＸＬ）［ＥＣ  ３.２.１.３７］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＢＸＬのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  エスピー（Bacillus sp.）ＫＫ−１由来のＢＸＬ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｏ５２７２９）との相同性が６４.５％と最も高く、次いでバチルス  ズブチリス（B.subtilis）由来のＢＸＬ（ＰＩＲ：Ｇ６９７３５）と６３.９％、オーシャノバチルス  イヘエンシス（Oceanobacillus iheyensis）ＨＴＥ８３１由来のＢＸＬ（ＰＲＦ：２８２４４３３ＦＫＡ）と６３.５％の相同性を示した。
【００７８】
これらの結果は、本発明のＢＸＬが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号２８に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７０％以上の相同性を有するＢＸＬを包含するものである。さらに配列番号２８に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すβ−キシロシダーゼであることが望ましい。
【００７９】
本発明の配列番号２９にはキシロース、アラビノースの生成に有用なキシロシダーゼとアラビノフラノシダーゼ（ＸＹＬ／ＡＲＦ）［ＥＣ  ３.２.１.３７／ＥＣ  ３.２.１.５５］の２つの機能を有するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＸＹＬのアミノ酸配列と比較した場合、オーシャノバチルス  イヘエンシス（Oceanobacillus iheyensis）由来のＸＹＬ／ＡＲＦ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ８ＥＰＬ４）との相同性が６２.５％と最も高く、次いでブチリビブリオ  エスピー（Butyrivibrio sp.）由来のＸＹＬ／ＡＲＦ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ４５９８２）と４６.０％、キサントモナス  カンペストリス（Xanthomonas campestris）由来のＸＹＬ／ＡＲＦ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８Ｐ３Ｇ６）と４２.２％の相同性を示した。
【００８０】
これらの結果は、本発明のＸＹＬ／ＡＲＦが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号２９に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７０％以上の相同性を有するＸＹＬを包含するものである。さらに配列番号２９に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すキシロシダーゼ／アラビノフラノシダーゼであることが望ましい。
【００８１】
本発明の配列番号３０には耐性薬剤の設計に有用なβ−ラクタマーゼ（ＢＬＣ）［ＥＣ  ３.５.２.６］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＢＬＣのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  リケニホルミス（Bacillus licheniformis）７４９Ｃ由来のＢＬＣ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ００８０８）との相同性が６１.５％と最も高く、次いでバチルス  セレウス（B. cereus）由来のＢＬＣ（ＰＩＲ：Ａ２７７５５）と５９.９％、バチルス  リケニホルミス（B. licheniformis ）ＢＳ３由来のＢＬＣ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｐ９４４５８）と５９.１％の相同性を示した。
【００８２】
これらの結果は、本発明のＢＬＣが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号３０に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７０％以上の相同性を有するＢＬＣを包含するものである。さらに配列番号３０に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すβ−ラクタマーゼであることが望ましい。
【００８３】
本発明の配列番号３１には洗剤用酵素に有用なセリンプロテアーゼ（ＳＰＲＯ）［ＥＣ  ３.４.２１.−］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＳＰＲＯのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  シュードフィルムス（Bacillus pseudofirmus）由来のＶｐｒ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ９ＥＸＫ０）との相同性が６１.３％と最も高く、次いでバチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のズブチリシン−タイプ  プロテアーゼ（subtilisin-type protease）（ＰＩＲ：Ｃ８４１２０）と５７.６％、オーシャノバチルス  イヘエンシス（Oceanobacillus iheyensis）ＨＴＥ８３１由来のマイナー  エクストラセルラー  セリン  プロテアーゼ（minor extracellular serine protease）（ＰＲＦ：２８２４４３３ＦＣＮ）と３８.６％の相同性を示した。
【００８４】
これらの結果は、本発明のＳＰＲＯが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号３１に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７０％以上の相同性を有するＳＰＲＯを包含するものである。さらに配列番号３１に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すセリンプロテアーゼであることが望ましい。
【００８５】
本発明の配列番号３２には活性酸素除去、白内障、ガンなどあらゆる病気予防、老化防止に有用なＣｕ−Ｚｎ含有スーパーオキサイドディスムターゼ（ＳＯＤ）［ＥＣ  １.１５.１.１］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＳＯＤのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＳＯＤ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＣＫ８）との相同性が６０.８％と最も高く、次いでバチルス  アンスラシス（B. anthracis）Ａｍｅｓ由来のＳＯＤ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８１Ｔ０３）と５５.９％、バチルス  ズブチリス（B. subtilis）由来のＳＯＤ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｏ３５０２３）と５１.５％の相同性を示した。
【００８６】
これらの結果は、本発明のＳＯＤが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号３２に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７０％以上の相同性を有するＳＯＤを包含するものである。さらに配列番号３２に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すスーパーオキサイドディスムターゼであることが望ましい。
【００８７】
本発明の配列番号３３には広葉樹やとうもろこし種皮由来のキシランの完全分解に有用なα−グルクロニダーゼ（ＧＬＣ）［ＥＣ  ３.２.１.１３９］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＧＬＣのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＧＬＣ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＥ００）との相同性が６０.０％と最も高く、次いでバチルス  ステアロサーモフィルス（B. stearothermophilus）Ｔ−６由来のＧＬＣ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ９ＺＦＭ３）及びバチルス  ステアロサーモフィルス（B. stearothermophilus）Ｔ−１由来のＧＬＣ（ＰＲＦ：２５１４３５３Ｇ）が５３.７％の相同性を示した。
【００８８】
これらの結果は、本発明のＧＬＣが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号３３に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、７０％以上の相同性を有するＧＬＣを包含するものである。さらに配列番号３３に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは８０％以上、より好ましくは８５％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すα−グルクロニダーゼであることが望ましい。
【００８９】
本発明の配列番号３４にはアルコールの定量やアルコール化合物の変換に有用なアルコール脱水素酵素（ＡＬＤＨ）［ＥＣ  １.１.１.２４４］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＡＬＤＨのアミノ酸配列と比較した場合、シュードモナス  プチダ（Pseudomonas putida）由来のＡＬＤＨ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｏ６８６４７）との相同性が５６.６％と最も高く、次いでメタノサルシナ  アセチボランス（Methanosarcina acetivorans）由来のＡＬＤＨ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８ＴＭＭ６）、メタノサルシナ  マゼイ（M. mazei）由来のＡＬＤＨ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８ＰＴＥ６）、バチルス  メタノリカス（Bacillus methanolicus）由来のＡＬＤＨ（ＴｒＥＭＢＬ：ＡＡＲ３９４０５）と３９.３％の相同性を示した。
【００９０】
これらの結果は、本発明のＡＬＤＨが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号３４に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、６０％以上の相同性を有するＡＬＤＨを包含するものである。さらに配列番号３４に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは７０％以上、より好ましくは８０％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すアルコール脱水素酵素であることが望ましい。
【００９１】
本発明の配列番号３５には多糖、オリゴ糖などからガラクトースの遊離、糖縮合反応、糖転移反応に有用なαーガラクトシダーゼ（ＧＡＬ）［ＥＣ  ３.２.１.２２］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＧＡＬのアミノ酸配列と比較した場合、アグロバクテリウム  ツメファシエンス（Agrobacteium tumefaciens）由来のＧＡＬ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ８Ｕ６Ｚ６）との相同性が５６.４％と最も高く、次いでリゾビウム  メリトイ（Rhizobium melitoi）由来のＧＡＬ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９Ｘ４Ｙ０）と５５.７％、メソリゾビウム  ロッティ（Mesorhizobium loti）由来のＧＡＬ（ＰＲＦ：２７０５２９ＪＰＸ）と５５.２％の相同性を示した。
【００９２】
これらの結果は、本発明のＧＡＬが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号３５に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、６０％以上の相同性を有するＧＡＬを包含するものである。さらに配列番号３５に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは７０％以上、より好ましくは８０％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すα−ガラクトシダーゼであることが望ましい。
【００９３】
本発明の配列番号３６には澱粉分解、糖転移反応、阻害剤設計などに有用なαーグルコシダーゼ（ＧＬＵ）［ＥＣ  ３.２.１.２０］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＧＬＵのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ハロデュランス（Bacillus halodurans）Ｃ−１２５由来のＧＬＵ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｑ９ＫＥＺ５）との相同性が５５.４％と最も高く、次いでイェルシニア  ペスティス（Yersinia pestis）由来のＧＬＵ（ＰＩＲ：ＡＤ０１０４）と４９.２％、ラルストニア  ソラナセアルム（Ralstonia solanacearum）由来のＧＬＵ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８Ｙ０Ｇ３）と４７.３％の相同性を示した。
【００９４】
これらの結果は、本発明のＧＬＵが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号３６に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、６０％以上の相同性を有するＧＬＵを包含するものである。さらに配列番号３６に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは７０％以上、より好ましくは８０％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すα−グルコシダーゼであることが望ましい。
【００９５】
本発明の配列番号３７には耐性薬剤の設計に有用なβ−ラクタマーゼ（ＬＣＴ）［ＥＣ  ３.５.２.６］として機能するタンパク質のアミノ酸配列を示している。本発明酵素の推定アミノ酸配列と他の公知であるＬＣＴのアミノ酸配列と比較した場合、バチルス  ズブチリス（Bacillus subutilis）由来のＬＣＴ（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ：Ｐ５４４２７）との相同性が５５.０％と最も高く、次いでノストック  エスピー.（Nostoc sp.）ＰＣＣ１２０  由来のＬＣＴ（ＰＩＲ：ＡＩ２１１５）と３３.９％、シェワネラ  オネイデンシス（Shewanella oneidensis）由来のＬＣＴ（ＴｒＥＭＢＬ：Ｑ８ＥＩＫ２）と３２.９％の相同性を示した。
【００９６】
これらの結果は、本発明のＬＣＴが新規な酵素であることを示唆するものであり、配列番号３７に示すアミノ酸配列において相当する配列を適切にアライメントした時、６０％以上の相同性を有するＬＣＴを包含するものである。さらに配列番号３７に示すアミノ酸配列における相同性は、好ましくは７０％以上、より好ましくは８０％以上、さらに好ましくは９０％以上、最も好ましくは９５％以上を示すβ−ラクタマーゼであることが望ましい。
【００９７】
本発明において、上記各アミノ酸配列で示されるペプチドの機能は、既に機能公知のペプチドとの間での相同性検索により調べた。なお、ここで述べる相同性の検索は、対応するタンパク質のアミノ酸の数がほぼ同数であれば、ＦＡＳＴＡ（http://fasta.genome.ad.jp/）、ＢＬＡＳＴ（http://blast.genome.ad.jp/）、ＧＥＮＥＴＹＸ−ＷＩＮ  （ソフトウェア開発）のサーチホモロジープログラムやマキシマムマッチング法を用いて算出することができる。
【実施例】
【００９８】
次に実施例を挙げ、本発明を更に詳しく説明するが、本発明はこれら実施例等により何ら制約されるものではない。
【００９９】
実 施 例  １
バチルス クラウジイ（Bacillus clausii）のゲノムの塩基配列決定：
（  菌  株  ）
好アルカリ性バチルス属細菌バチルス  クラウジイ  ＫＳＭ−Ｋ１６（ＦＥＲＭ  ＢＰ−３３７６）株を染色体ＤＮＡ調製に使用した。染色体ＤＮＡのライブラリー構築に使用する宿主菌には、大腸菌（Escherichia coli）ＤＨ５α（タカラバイオ）を使用した。
【０１００】
（ホールゲノムショットガンライブラリーの作製）
バチルス  クラウジイ  ＫＳＭ−Ｋ１６を、１０％炭酸ナトリウムでｐＨ８.５に調整したＴＳＢ培地（ＢＤ ＢＢＬ Ｔｒｙｐｔｉｃａｓｅ Ｓｏｙ Ｂｒｏｔｈ TM ；BD Diagnostic Systems）１００ｍＬ中で３０℃において培養した。対数増殖期の培養液から遠心分離により菌体を回収し、斉藤と三浦（Saito & Miura）の方法（フェノール法／非特許文献５）により染色体ＤＮＡを得た。
【０１０１】
２０μｇの染色体ＤＮＡ（１００ｎｇ／μｌ）を超音波破砕装置（Bioruptor UCD-200TM；東湘電機株式会社製）で、超音波破砕により断片化した。断片化ＤＮＡは、３０℃、５分間のＢＡＬ３１ヌクレアーゼ（タカラバイオ）処理により、突出末端を平滑化した後、フェノール・クロロホルム処理とエタノール沈殿により精製した。次にＤＮＡ Ｂｌｕｎｔｉｎｇ Ｋｉｔ（タカラバイオ）でＴ４  ＤＮＡポリメラーゼ処理後、フェノール・クロロホルム処理とエタノール沈殿により精製した。続いて、精製ＤＮＡ断片のアガロース電気泳動を行い、１−２ｋｂの画分をＱＩＡｑｕｉｃｋ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ（QIAGEN）を用いて回収した。
【０１０２】
このＤＮＡ画分と等量のベクターｐＵＣ１８／ＳｍａＩ／ＢＡＰ（Amersham Pharmacia Biotech）を１：１の比率で混合し、ＤＮＡ Ｌｉｇａｔｉｏｎ Ｋｉｔ Ｖｅｒ.１（タカラバイオ）を用いて、１６℃で一晩、ライゲーションを行った。その後、このＤＮＡをコンピテントセル Ｅ. ｃｏｌｉ ＤＨ５αに形質転換した。形質転換体は、１００μｇ／ｍｌのアンピシリン含むＬＢ寒天培地に塗布し、３０℃で一晩培養した。この方法により、約１ｘ１０６クローン／μｇベクターの形質転換効率のホールゲノムショットガンライブラリーを作製した。
【０１０３】
（ショットガンシーケンシング用鋳型ＤＮＡの増幅）
ショットガンクローンは、１００μｇ／ｍｌのアンピシリン含むＬＢ液体培地を含む丸底９６穴培養プレートを用いて、３７℃で１８時間培養した。この培養液を鋳型として、インサートＤＮＡをＴａＫａＲａ ＥＸ Ｔａｑ ＴＭ（タカラバイオ）を用いたＰＣＲにより増幅した。このＰＣＲには、ベクターの塩基配列より設計したプライマー  ＬＦ（５’−ＣＡＡＧＧＣＧＡＴＴＡＡＧＴＴＧＧＧＴＡＡＣＧ−３’）とＬＲ（５’−ＣＴＴＣＣＧＧＣＴＣＧＴＡＴＧＴＴＧＴＧＴＧ−３’）を使用した。反応条件として、９６℃、１５秒間ＤＮＡを変性させ、６８℃、２分間プライマー伸長を行った。以上のサイクルを３０回繰り返した後、再度７２℃で、５分間プライマー伸長を行った。
【０１０４】
（鋳型ＤＮＡの精製）
ＰＣＲ産物に残存する未反応のプライマーを、ｅｘｏｎｕｃｌｅａｓｅ  Ｉ（Amersham Pharmacia Biotech）により分解し、その分解物をｓｈｒｉｍｐ ａｌｋａｌｉｎｅ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ（Amersham Pharmacia Biotech）により脱リン酸化することでＰＣＲ産物の精製を行った。
【０１０５】
（ショットガンクローンのシーケンシング）
ショットガンクローンのシーケンシングは、インサートＤＮＡの精製ＰＣＲ産物を鋳型とし、ＬＦまたはＬＲをプライマーとして、ＤＹＥｎａｍｉｃ ＥＴ ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ（Amersham Pharmacia Biotech）を使用して行った。反応産物は、エタノール沈殿により精製後、キャピラリー型ＤＮＡシーケンサー（MegaBACE 1000 DNA Sequencing System； Amersham Pharmacia Biotech）を用いてシーケンシングを行った。
【０１０６】
（アセンブル（配列結合編集））
３２,２１４個のショットガンクローンより得た配列データは、大型アセンブルソフト
Ｐｈｒｅｄ／Ｐｈｒａｐ（非特許文献６）を使用してアセンブルした。その結果、コンティグの総塩基長は約４.１９Ｍｂｐとなり、コンティグ数は４７２個であった。これら塩基長の総和は推定されるゲノムサイズの９９％に達した。
【０１０７】
（ギャップフィリング）
ギャップ領域を含むＤＮＡを取得するため、各コンティグの末端配列上にて外向きにプライマーを設計し、染色体ＤＮＡを鋳型として、ＴａＫａＲａ ＬＡ Ｔａｑ ＴＭ（タカラバイオ）を用いてＰＣＲを行った。取得したＰＣＲ産物を上に記載した鋳型ＤＮＡの精製の方法により精製した。ここで得られたＰＣＲ産物を鋳型として、その部分配列に相補的なプライマーを用いて、ショットガンクローンのシーケンシングと同様の方法によりシーケンシングを行った。
【０１０８】
（遺伝子領域の確定）
ゲノムの遺伝子領域を確定するため、コドンの出現頻度（codon usage）を利用し、遺伝子領域を自動的に同定する遺伝子同定プログラムＧｅｎｅＨａｃｋｅｒ（非特許文献７）を利用した。本プログラムは、予めターゲットとなるゲノム上の確定した遺伝子情報からコドン出現頻度の学習パターンを作成しなければならない。そこで、機械的に抽出したオープン・リーディング・フレーム（ＯＲＦ）から、無作為に２００個のＯＲＦを選択し、シャイン−ダルガノ（Shine-Dalgarno）配列（ＳＤ配列）や既知遺伝子とのホモロジーを指標として遺伝子領域を確定した。ここで確定された遺伝子を学習セットとし、再度ＧｅｎｅＨａｃｋｅｒを用いて遺伝子領域の確定を行った。さらに、本方法では発見できない遺伝子を抽出するため、非コード領域よりＯＲＦを機械的に抽出し、ＳＤ配列の有無や既知遺伝子とのホモロジーを指標として確定した遺伝子領域も追加した。
【０１０９】
（遺伝子の機能予測）
遺伝子の機能を予測するため、タンパク質データベース（ｎｒ（http://www.ncbi.nih.gov/）、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ／ＴｒＥＭＢＬ（http://us.expasy.org/sprot/））に対してホモロジー検索プログラム ＢＬＡＳＴ（非特許文献８参照）を用いて、ホモロジー検索を行い、以下に示す定義をもとに機能予測を行った。
【０１１０】
各遺伝子のコードするアミノ酸配列と機能既知遺伝子のコードするアミノ酸配列が、６０％以上の領域に渡って比較され、その同一性（identity）が２５〜３０％、相同性（similarity）が５０％以上のものについて、同様な機能を持つと考えられ、遺伝子に対して機能を付した。
【０１１１】
実 施 例  ２
有用タンパク質をコードする遺伝子の抽出：
機能推定された遺伝子から、有用タンパク質をコードする遺伝子を抽出するために、以下の２段階の解析と選抜を行った。まず、１段階目においては、有用タンパク質をコードすると期待される遺伝子を広く選抜することを目的とした。本菌株の全遺伝子から、予測された機能を基準として、有用タンパク質をコードすると期待される遺伝子を選抜して第１次候補遺伝子とした。
【０１１２】
２段階目においては、第１次候補遺伝子の機能を検証することを目的とした。タンパク質データベース（Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ／ＴｒＥＭＢＬ（http://us.expasy.org/sprot/））に対してホモロジー検索プログラム ＦＡＳＴＡ（非特許文献９参照）を用いて、第１次候補遺伝子がコードするアミノ酸配列のホモロジー検索を行った。その結果、第１次候補遺伝子がコードするアミノ酸配列が、機能既知遺伝子と全体の８０％以上で比較され、その同一性（identity）が５５％以上であった場合に、その候補遺伝子が、機能既知なタンパク質と同一の機能を有するタンパク質をコードすると判断した。
【産業上の利用可能性】
【０１１３】
本発明に基づき、産業上有効利用可能な新たな酵素を生産することが可能となるので、本発明は、洗剤用酵素を始め、医療、食品、化粧品等の分野において有利に利用することができる。
以    上
【配列表】
2006067907000001.app