(57)【要約】【課題】  糖尿病の病態と関連して発現が変動する遺伝子を利用した、糖尿病や肥満症に関連して発現が変動する遺伝子の発現を測定する試薬および該試薬を用いた糖尿病や肥満症の検出方法の提供。【解決手段】  ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者または肥満症患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子であって、分泌タンパク質をコードしている遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドを含む２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。【選択図】  なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者または肥満症患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子であって、分泌タンパク質をコードしている以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドを含む２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
(1) poliovirus receptor
(2) lectin, galactoside-binding, soluble, 8 (galectin 8)
(3) ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 3 (Hakata antigen)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(5) midkine (neurite growth-promoting factor 2) 
(6) nucleobindin 2 
(7) matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3)
(8) glutathione peroxidase 3 (plasma) 
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(10) chromosome 14 open reading frame 4
(11) chromosome 10 open reading frame 10
(12) chromosome 6 open reading frame 74
(13) chromosome 9 open reading frame 83,SNF7 domain containing 2 (SNF7DC2), mRNA
(14) chromosome 8 open reading frame 1
(15) bone morphogenetic protein 2
(16) leukocyte cell-derived chemotaxin 2 
(17) adipose differentiation-related protein 
(18) Homo sapiens dystonin (DST), transcript variant 1eA, mRNA
(19) serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade F (alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium derived factor), member 1 
(20) GNAS complex locus
(21) AHSG alpha 2 HS glycoprotein
(22) chemokine (C-C motif) ligand 16 
(23) afamin 
(24) LTBP1 latent transforming growth factor beta binding protein 1
(25) complement component 4 binding protein, alpha 
(26) lysozyme (renal amyloidosis)
(27) prosaposin (variant Gaucher disease and variant metachromatic leukodystrophy) 
(28) histidine-rich glycoprotein
(29) FST follistatin
(30) glypican 3
(31) glycosylphosphatidylinositol specific phospholipase D1
(32) GDF15 growth differentiation factor 15
(33) SPINT2 serine protease inhibitor  Kunitz type  2
(34) TNFRSF1A tumor necrosis factor receptor superfamily  member 1A
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(36) chromosome 14 open reading frame 32
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(38) chromosome 9 open reading frame 10
(39) C10orf107 chromosome 10 open reading frame 107
(40) C1orf38 chromosome 1 open reading frame 38
(41) C10orf58 chromosome 10 open reading frame 58
(42) thrombospondin 1
(43) cathepsin S
(44) paraoxonase 1
(45) DEFB1 defensin  beta 1
(46) MAP2K2 mitogen activated protein kinase kinase 2
(47) phospholipase A2, group VII (platelet-activating factor acetylhydrolase, plasma)
(48) IGFBP1 insulin like growth factor binding protein 1
(49) sulfatase 2
(50) wingless type MMTV integration site family  member 5B
(51) ADAMTS1 a disintegrin like and metalloprotease (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif  1
(52) selenoprotein P, plasma, 1n
(53) chondroadherin 
(54) decorin 
(55) cathepsin S
(56) lipopolysaccharide binding protein 
(57) SPARC-like 1 (mast9, hevin) 
(58) leucine-rich alpha-2-glycoprotein 1
(59) chromosome 14 open reading frame 100
(60) C18orf10 chromosome 18 open reading frame 10
(61) chromosome 6 open reading frame 79
(62) C6orf80 chromosome 6 open reading frame 80
【請求項２】
ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がヒト血中HbA1c値と相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である請求項１記載の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
(1) poliovirus receptor
(2) lectin, galactoside-binding, soluble, 8 (galectin 8)
(3) ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 3 (Hakata antigen)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(5) midkine (neurite growth-promoting factor 2) 
(6) nucleobindin 2 
(7) matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3)
(8) glutathione peroxidase 3 (plasma) 
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(10) chromosome 14 open reading frame 4
(11) chromosome 10 open reading frame 10
(12) chromosome 6 open reading frame 74
(13) chromosome 9 open reading frame 83,SNF7 domain containing 2 (SNF7DC2), mRNA
(14) chromosome 8 open reading frame 1
【請求項３】
ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がHOMA-Rと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である請求項１記載の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
(42) thrombospondin 1
(43) cathepsin S
(44) paraoxonase 1
(45) DEFB1 defensin  beta 1
(46) MAP2K2 mitogen activated protein kinase kinase 2
(47) phospholipase A2, group VII (platelet-activating factor acetylhydrolase, plasma)
【請求項４】
ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がMCRと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である請求項１記載の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
(42) thrombospondin 1
(48) IGFBP1 insulin like growth factor binding protein 1
(49) sulfatase 2
(50) wingless type MMTV integration site family  member 5B
(51) ADAMTS1 a disintegrin like and metalloprotease (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif  1
(52) selenoprotein P, plasma, 1n
(53) chondroadherin 
(54) decorin 
(55) cathepsin S
(56) lipopolysaccharide binding protein 
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(57) SPARC-like 1 (mast9, hevin) 
(58) leucine-rich alpha-2-glycoprotein 1
(59) chromosome 14 open reading frame 100
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(60) C18orf10 chromosome 18 open reading frame 10
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(61) chromosome 6 open reading frame 79
(62) C6orf80 chromosome 6 open reading frame 80
(38) chromosome 9 open reading frame 10
【請求項５】
ヒト肥満症患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がBMIと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である請求項１記載の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
(15) bone morphogenetic protein 2
(16) leukocyte cell-derived chemotaxin 2 
(17) adipose differentiation-related protein 
(18) Homo sapiens dystonin (DST), transcript variant 1eA, mRNA
(19) serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade F (alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium derived factor), member 1 
(20) GNAS complex locus
(21) AHSG alpha 2 HS glycoprotein
(22) chemokine (C-C motif) ligand 16 
(23) afamin 
(24) LTBP1 latent transforming growth factor beta binding protein 1
(25) complement component 4 binding protein, alpha 
(26) lysozyme (renal amyloidosis)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(27) prosaposin (variant Gaucher disease and variant metachromatic leukodystrophy) 
(28) histidine-rich glycoprotein
(29) FST follistatin
(30) glypican 3
(31) glycosylphosphatidylinositol specific phospholipase D1
(32) GDF15 growth differentiation factor 15
(33) SPINT2 serine protease inhibitor  Kunitz type  2
(34) TNFRSF1A tumor necrosis factor receptor superfamily  member 1A
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(14) chromosome 8 open reading frame 1
(36) chromosome 14 open reading frame 32
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(38) chromosome 9 open reading frame 10
(39) C10orf107 chromosome 10 open reading frame 107
(40) C1orf38 chromosome 1 open reading frame 38
(41) C10orf58 chromosome 10 open reading frame 58
【請求項６】
少なくとも５つの遺伝子を含む請求項１〜５のいずれか１項に記載の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
【請求項７】
ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドを固相化したマイクロアレイを含む請求項１〜６のいずれか１項に記載の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
【請求項８】
ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドをターゲットとしたプローブまたはプライマーを含む請求項１〜６のいずれか１項に記載の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
【請求項９】
ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子であって、分泌タンパク質をコードしている以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子について、被検体における発現を測定し、該遺伝子の発現が正常人に比較して亢進または減弱している場合に前記被検体が２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症もしくは動脈硬化症に罹患しているか、または罹患するリスクがあると判断する方法。
(1) poliovirus receptor
(2) lectin, galactoside-binding, soluble, 8 (galectin 8)
(3) ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 3 (Hakata antigen)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(5) midkine (neurite growth-promoting factor 2) 
(6) nucleobindin 2 
(7) matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3)
(8) glutathione peroxidase 3 (plasma) 
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(10) chromosome 14 open reading frame 4
(11) chromosome 10 open reading frame 10
(12) chromosome 6 open reading frame 74
(13) chromosome 9 open reading frame 83,SNF7 domain containing 2 (SNF7DC2), mRNA
(14) chromosome 8 open reading frame 1
(15) bone morphogenetic protein 2
(16) leukocyte cell-derived chemotaxin 2 
(17) adipose differentiation-related protein 
(18) Homo sapiens dystonin (DST), transcript variant 1eA, mRNA
(19) serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade F (alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium derived factor), member 1 
(20) GNAS complex locus
(21) AHSG alpha 2 HS glycoprotein
(22) chemokine (C-C motif) ligand 16 
(23) afamin 
(24) LTBP1 latent transforming growth factor beta binding protein 1
(25) complement component 4 binding protein, alpha 
(26) lysozyme (renal amyloidosis)
(27) prosaposin (variant Gaucher disease and variant metachromatic leukodystrophy) 
(28) histidine-rich glycoprotein
(29) FST follistatin
(30) glypican 3
(31) glycosylphosphatidylinositol specific phospholipase D1
(32) GDF15 growth differentiation factor 15
(33) SPINT2 serine protease inhibitor  Kunitz type  2
(34) TNFRSF1A tumor necrosis factor receptor superfamily  member 1A
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(36) chromosome 14 open reading frame 32
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(38) chromosome 9 open reading frame 10
(39) C10orf107 chromosome 10 open reading frame 107
(40) C1orf38 chromosome 1 open reading frame 38
(41) C10orf58 chromosome 10 open reading frame 58
(42) thrombospondin 1
(43) cathepsin S
(44) paraoxonase 1
(45) DEFB1 defensin  beta 1
(46) MAP2K2 mitogen activated protein kinase kinase 2
(47) phospholipase A2, group VII (platelet-activating factor acetylhydrolase, plasma)
(48) IGFBP1 insulin like growth factor binding protein 1
(49) sulfatase 2
(50) wingless type MMTV integration site family  member 5B
(51) ADAMTS1 a disintegrin like and metalloprotease (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif  1
(52) selenoprotein P, plasma, 1n
(53) chondroadherin 
(54) decorin 
(55) cathepsin S
(56) lipopolysaccharide binding protein 
(57) SPARC-like 1 (mast9, hevin) 
(58) leucine-rich alpha-2-glycoprotein 1
(59) chromosome 14 open reading frame 100
(60) C18orf10 chromosome 18 open reading frame 10
(61) chromosome 6 open reading frame 79
(62) C6orf80 chromosome 6 open reading frame 80
【請求項１０】
ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がヒト血中HbA1c値と相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である請求項９記載の方法。
(1) poliovirus receptor
(2) lectin, galactoside-binding, soluble, 8 (galectin 8)
(3) ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 3 (Hakata antigen)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(5) midkine (neurite growth-promoting factor 2) 
(6) nucleobindin 2 
(7) matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3)
(8) glutathione peroxidase 3 (plasma) 
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(10) chromosome 14 open reading frame 4
(11) chromosome 10 open reading frame 10
(12) chromosome 6 open reading frame 74
(13) chromosome 9 open reading frame 83,SNF7 domain containing 2 (SNF7DC2), mRNA
(14) chromosome 8 open reading frame 1
【請求項１１】
ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がHOMA-Rと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である請求項９記載の方法。
(42) thrombospondin 1
(43) cathepsin S
(44) paraoxonase 1
(45) DEFB1 defensin  beta 1
(46) MAP2K2 mitogen activated protein kinase kinase 2
(47) phospholipase A2, group VII (platelet-activating factor acetylhydrolase, plasma)
【請求項１２】
ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がMCRと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である請求項９記載の方法。
(42) thrombospondin 1
(48) IGFBP1 insulin like growth factor binding protein 1
(49) sulfatase 2
(50) wingless type MMTV integration site family  member 5B
(51) ADAMTS1 a disintegrin like and metalloprotease (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif  1
(52) selenoprotein P, plasma, 1n
(53) chondroadherin 
(54) decorin 
(55) cathepsin S
(56) lipopolysaccharide binding protein 
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(57) SPARC-like 1 (mast9, hevin) 
(58) leucine-rich alpha-2-glycoprotein 1
(59) chromosome 14 open reading frame 100
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(60) C18orf10 chromosome 18 open reading frame 10
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(61) chromosome 6 open reading frame 79
(62) C6orf80 chromosome 6 open reading frame 80
(38) chromosome 9 open reading frame 10
【請求項１３】
ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がBMIと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である請求項９記載の方法。
(15) bone morphogenetic protein 2
(16) leukocyte cell-derived chemotaxin 2 
(17) adipose differentiation-related protein 
(18) Homo sapiens dystonin (DST), transcript variant 1eA, mRNA
(19) serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade F (alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium derived factor), member 1 
(20) GNAS complex locus
(21) AHSG alpha 2 HS glycoprotein
(22) chemokine (C-C motif) ligand 16 
(23) afamin 
(24) LTBP1 latent transforming growth factor beta binding protein 1
(25) complement component 4 binding protein, alpha 
(26) lysozyme (renal amyloidosis)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(27) prosaposin (variant Gaucher disease and variant metachromatic leukodystrophy) 
(28) histidine-rich glycoprotein
(29) FST follistatin
(30) glypican 3
(31) glycosylphosphatidylinositol specific phospholipase D1
(32) GDF15 growth differentiation factor 15
(33) SPINT2 serine protease inhibitor  Kunitz type  2
(34) TNFRSF1A tumor necrosis factor receptor superfamily  member 1A
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(14) chromosome 8 open reading frame 1
(36) chromosome 14 open reading frame 32
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(38) chromosome 9 open reading frame 10
(39) C10orf107 chromosome 10 open reading frame 107
(40) C1orf38 chromosome 1 open reading frame 38
(41) C10orf58 chromosome 10 open reading frame 58
【請求項１４】
少なくとも５つの遺伝子について被検体における発現を測定する請求項９〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドを固相化したマイクロアレイを用いる請求項９〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドをターゲットとしたリアルタイムPCRにより該遺伝子の発現を解析することを含む請求項９〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
請求項１〜８のいずれか１項に記載の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬を含む２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症および動脈硬化症の検出またはリスク判定のためのキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、糖・脂質代謝、糖尿病性合併症、動脈硬化症などの病態を作るキー分子となり得る遺伝子の利用に関し、さらに本発明は糖尿病の病態と関連して発現が変動する遺伝子に関し、さらに該遺伝子の糖尿病や肥満症の診断もしくはリスク評価等への利用に関する。
【背景技術】
【０００２】
世界規模で増加し続ける２型糖尿病・肥満は網膜・腎・神経の合併症や虚血性心疾患などの動脈硬化症を促進し、人類のQOLと生命を脅かしている。肝臓は糖・脂質代謝に中心的な役割を担う重要な臓器である。２型糖尿病と肥満では、インスリンによる肝臓からの糖放出抑制作用は減弱しており、この現象はインスリン抵抗性と呼ばれる（非特許文献１および２を参照）。インスリン抵抗性は肝臓からの糖放出亢進による高血糖と、脂質の産生亢進による高脂血症をもたらし、ともに動脈硬化症を促進する。さらに肝臓は動脈硬化のリスクにつながる血管新生因子をはじめとする各種生理活性物質の生体内最大の産生臓器である。
【０００３】
【非特許文献１】Michael MD. et al., Mol. Cell 6:87-97, 2000
【非特許文献２】Saltiel AR. et al., Nature 414:799-806, 2001
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
本発明は、糖・脂質代謝、糖尿病性合併症、動脈硬化症などの病態を作るキー分子となり得る遺伝子、ならびに該遺伝子の糖・脂質代謝、糖尿病性合併症、動脈硬化症などの病態を作る原因の解明への使用方法を提供する。
【０００５】
本発明は、糖尿病の病態と関連して発現が変動する遺伝子を利用した、糖尿病や肥満症に関連して発現が変動する遺伝子の発現を測定する試薬および該試薬を用いた糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症、動脈硬化症などの検出方法の提供を目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本発明者はこれまで、正常肝と各種肝疾患のSAGE、およびこれまでのDNAチップ解析から得た60万発現遺伝子を超える世界最大の肝臓発現遺伝子データベースを構築し、肝臓病の解析をすすめてきた。その過程で独自に開発したcDNA マイクロアレイを用いて、２型糖尿病患者の肝臓に発現する遺伝子のプロファイルを解析したところ、従来の研究手法では異常がないと考えられていた２型糖尿病患者の肝臓において、糖代謝に直接に関連する遺伝子だけでなく、血管新生因子などの血管合併症に関連した多彩な既知遺伝子の発現が亢進していることを見出した（Takamura T. et al., Diabetologia 47:638-647, 2004）。これら既知の遺伝子は、２型糖尿病の病態を形作っている可能性がある。これらの知見は、肝由来分泌蛋白のなかに、２型糖尿病や肥満症状態の肝臓が、血管合併症をはじめとする糖尿病の病態を形作る未知の分泌蛋白が存在する可能性を示唆していた。そこで今回、この独創的な研究をさらに発展させ、Serial analysis of gene expression法（以下SAGE法）を用いて、２型糖尿病患者の肝臓が産生する遺伝子を、機能不明な未知遺伝子を含めて同定し、それらの中でインスリン抵抗性と関連して発現亢進・減弱する分泌タンパクをコードする遺伝子群を同定し、本発明を完成させるに至った。
【０００７】
すなわち、本発明の態様は以下の通りである。
[１]  ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者または肥満症患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子であって、分泌タンパク質をコードしている以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドを含む２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
【０００８】
(1) poliovirus receptor
(2) lectin, galactoside-binding, soluble, 8 (galectin 8)
(3) ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 3 (Hakata antigen)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(5) midkine (neurite growth-promoting factor 2) 
(6) nucleobindin 2 
(7) matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3)
(8) glutathione peroxidase 3 (plasma) 
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(10) chromosome 14 open reading frame 4
(11) chromosome 10 open reading frame 10
(12) chromosome 6 open reading frame 74
(13) chromosome 9 open reading frame 83,SNF7 domain containing 2 (SNF7DC2), mRNA
(14) chromosome 8 open reading frame 1
(15) bone morphogenetic protein 2
(16) leukocyte cell-derived chemotaxin 2 
(17) adipose differentiation-related protein 
(18) Homo sapiens dystonin (DST), transcript variant 1eA, mRNA
(19) serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade F (alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium derived factor), member 1 
(20) GNAS complex locus
(21) AHSG alpha 2 HS glycoprotein
(22) chemokine (C-C motif) ligand 16 
(23) afamin 
(24) LTBP1 latent transforming growth factor beta binding protein 1
(25) complement component 4 binding protein, alpha 
(26) lysozyme (renal amyloidosis)
(27) prosaposin (variant Gaucher disease and variant metachromatic leukodystrophy) 
(28) histidine-rich glycoprotein
(29) FST follistatin
(30) glypican 3
(31) glycosylphosphatidylinositol specific phospholipase D1
(32) GDF15 growth differentiation factor 15
(33) SPINT2 serine protease inhibitor  Kunitz type  2
(34) TNFRSF1A tumor necrosis factor receptor superfamily  member 1A
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(36) chromosome 14 open reading frame 32
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(38) chromosome 9 open reading frame 10
(39) C10orf107 chromosome 10 open reading frame 107
(40) C1orf38 chromosome 1 open reading frame 38
(41) C10orf58 chromosome 10 open reading frame 58
(42) thrombospondin 1
(43) cathepsin S
(44) paraoxonase 1
(45) DEFB1 defensin  beta 1
(46) MAP2K2 mitogen activated protein kinase kinase 2
(47) phospholipase A2, group VII (platelet-activating factor acetylhydrolase, plasma)
(48) IGFBP1 insulin like growth factor binding protein 1
(49) sulfatase 2
(50) wingless type MMTV integration site family  member 5B
(51) ADAMTS1 a disintegrin like and metalloprotease (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif  1
(52) selenoprotein P, plasma, 1n
(53) chondroadherin 
(54) decorin 
(55) cathepsin S
(56) lipopolysaccharide binding protein 
(57) SPARC-like 1 (mast9, hevin) 
(58) leucine-rich alpha-2-glycoprotein 1
(59) chromosome 14 open reading frame 100
(60) C18orf10 chromosome 18 open reading frame 10
(61) chromosome 6 open reading frame 79
(62) C6orf80 chromosome 6 open reading frame 80
【０００９】
[２]  ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がヒト血中HbA1c値と相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である[１]の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
【００１０】
(1) poliovirus receptor
(2) lectin, galactoside-binding, soluble, 8 (galectin 8)
(3) ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 3 (Hakata antigen)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(5) midkine (neurite growth-promoting factor 2) 
(6) nucleobindin 2 
(7) matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3)
(8) glutathione peroxidase 3 (plasma) 
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(10) chromosome 14 open reading frame 4
(11) chromosome 10 open reading frame 10
(12) chromosome 6 open reading frame 74
(13) chromosome 9 open reading frame 83,SNF7 domain containing 2 (SNF7DC2), mRNA
(14) chromosome 8 open reading frame 1
【００１１】
[３]  ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がHOMA-Rと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である[１]の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
【００１２】
(42) thrombospondin 1
(43) cathepsin S
(44) paraoxonase 1
(45) DEFB1 defensin  beta 1
(46) MAP2K2 mitogen activated protein kinase kinase 2
(47) phospholipase A2, group VII (platelet-activating factor acetylhydrolase, plasma)
【００１３】
[４]  ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がMCRと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である[１]の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
【００１４】
(42) thrombospondin 1
(48) IGFBP1 insulin like growth factor binding protein 1
(49) sulfatase 2
(50) wingless type MMTV integration site family  member 5B
(51) ADAMTS1 a disintegrin like and metalloprotease (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif  1
(52) selenoprotein P, plasma, 1n
(53) chondroadherin 
(54) decorin 
(55) cathepsin S
(56) lipopolysaccharide binding protein 
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(57) SPARC-like 1 (mast9, hevin) 
(58) leucine-rich alpha-2-glycoprotein 1
(59) chromosome 14 open reading frame 100
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(60) C18orf10 chromosome 18 open reading frame 10
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(61) chromosome 6 open reading frame 79
(62) C6orf80 chromosome 6 open reading frame 80
(38) chromosome 9 open reading frame 10
【００１５】
[５]  ヒト肥満症患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がBMIと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である[１]の２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
【００１６】
(15) bone morphogenetic protein 2
(16) leukocyte cell-derived chemotaxin 2 
(17) adipose differentiation-related protein 
(18) Homo sapiens dystonin (DST), transcript variant 1eA, mRNA
(19) serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade F (alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium derived factor), member 1 
(20) GNAS complex locus
(21) AHSG alpha 2 HS glycoprotein
(22) chemokine (C-C motif) ligand 16 
(23) afamin 
(24) LTBP1 latent transforming growth factor beta binding protein 1
(25) complement component 4 binding protein, alpha 
(26) lysozyme (renal amyloidosis)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(27) prosaposin (variant Gaucher disease and variant metachromatic leukodystrophy) 
(28) histidine-rich glycoprotein
(29) FST follistatin
(30) glypican 3
(31) glycosylphosphatidylinositol specific phospholipase D1
(32) GDF15 growth differentiation factor 15
(33) SPINT2 serine protease inhibitor  Kunitz type  2
(34) TNFRSF1A tumor necrosis factor receptor superfamily  member 1A
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(14) chromosome 8 open reading frame 1
(36) chromosome 14 open reading frame 32
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(38) chromosome 9 open reading frame 10
(39) C10orf107 chromosome 10 open reading frame 107
(40) C1orf38 chromosome 1 open reading frame 38
(41) C10orf58 chromosome 10 open reading frame 58
【００１７】
[６]  少なくとも５つの遺伝子を含む[１]〜[５]のいずれかの２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
【００１８】
[７]  ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドを固相化したマイクロアレイを含む[１]〜[６]のいずれかの２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
【００１９】
[８]  ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドをターゲットとしたプローブまたはプライマーを含む[１]〜[６]のいずれかの２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬。
【００２０】
[９]  ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子であって、分泌タンパク質をコードしている以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子について、被検体における発現を測定し、該遺伝子の発現が正常人に比較して亢進または減弱している場合に前記被検体が２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症もしくは動脈硬化症に罹患しているか、または罹患するリスクがあると判断する方法。
【００２１】
(1) poliovirus receptor
(2) lectin, galactoside-binding, soluble, 8 (galectin 8)
(3) ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 3 (Hakata antigen)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(5) midkine (neurite growth-promoting factor 2) 
(6) nucleobindin 2 
(7) matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3)
(8) glutathione peroxidase 3 (plasma) 
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(10) chromosome 14 open reading frame 4
(11) chromosome 10 open reading frame 10
(12) chromosome 6 open reading frame 74
(13) chromosome 9 open reading frame 83,SNF7 domain containing 2 (SNF7DC2), mRNA
(14) chromosome 8 open reading frame 1
(15) bone morphogenetic protein 2
(16) leukocyte cell-derived chemotaxin 2 
(17) adipose differentiation-related protein 
(18) Homo sapiens dystonin (DST), transcript variant 1eA, mRNA
(19) serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade F (alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium derived factor), member 1 
(20) GNAS complex locus
(21) AHSG alpha 2 HS glycoprotein
(22) chemokine (C-C motif) ligand 16 
(23) afamin 
(24) LTBP1 latent transforming growth factor beta binding protein 1
(25) complement component 4 binding protein, alpha 
(26) lysozyme (renal amyloidosis)
(27) prosaposin (variant Gaucher disease and variant metachromatic leukodystrophy) 
(28) histidine-rich glycoprotein
(29) FST follistatin
(30) glypican 3
(31) glycosylphosphatidylinositol specific phospholipase D1
(32) GDF15 growth differentiation factor 15
(33) SPINT2 serine protease inhibitor  Kunitz type  2
(34) TNFRSF1A tumor necrosis factor receptor superfamily  member 1A
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(36) chromosome 14 open reading frame 32
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(38) chromosome 9 open reading frame 10
(39) C10orf107 chromosome 10 open reading frame 107
(40) C1orf38 chromosome 1 open reading frame 38
(41) C10orf58 chromosome 10 open reading frame 58
(42) thrombospondin 1
(43) cathepsin S
(44) paraoxonase 1
(45) DEFB1 defensin  beta 1
(46) MAP2K2 mitogen activated protein kinase kinase 2
(47) phospholipase A2, group VII (platelet-activating factor acetylhydrolase, plasma)
(48) IGFBP1 insulin like growth factor binding protein 1
(49) sulfatase 2
(50) wingless type MMTV integration site family  member 5B
(51) ADAMTS1 a disintegrin like and metalloprotease (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif  1
(52) selenoprotein P, plasma, 1n
(53) chondroadherin 
(54) decorin 
(55) cathepsin S
(56) lipopolysaccharide binding protein 
(57) SPARC-like 1 (mast9, hevin) 
(58) leucine-rich alpha-2-glycoprotein 1
(59) chromosome 14 open reading frame 100
(60) C18orf10 chromosome 18 open reading frame 10
(61) chromosome 6 open reading frame 79
(62) C6orf80 chromosome 6 open reading frame 80
【００２２】
[１０]  ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がヒト血中HbA1c値と相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である[９]の方法。
【００２３】
(1) poliovirus receptor
(2) lectin, galactoside-binding, soluble, 8 (galectin 8)
(3) ficolin (collagen/fibrinogen domain containing) 3 (Hakata antigen)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(5) midkine (neurite growth-promoting factor 2) 
(6) nucleobindin 2 
(7) matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3)
(8) glutathione peroxidase 3 (plasma) 
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(10) chromosome 14 open reading frame 4
(11) chromosome 10 open reading frame 10
(12) chromosome 6 open reading frame 74
(13) chromosome 9 open reading frame 83,SNF7 domain containing 2 (SNF7DC2), mRNA
(14) chromosome 8 open reading frame 1
【００２４】
[１１]  ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がHOMA-Rと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である[９]の方法。
【００２５】
(42) thrombospondin 1
(43) cathepsin S
(44) paraoxonase 1
(45) DEFB1 defensin  beta 1
(46) MAP2K2 mitogen activated protein kinase kinase 2
(47) phospholipase A2, group VII (platelet-activating factor acetylhydrolase, plasma)
【００２６】
[１２]  ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がMCRと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である[９]の方法。
【００２７】
(42) thrombospondin 1
(48) IGFBP1 insulin like growth factor binding protein 1
(49) sulfatase 2
(50) wingless type MMTV integration site family  member 5B
(51) ADAMTS1 a disintegrin like and metalloprotease (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif  1
(52) selenoprotein P, plasma, 1n
(53) chondroadherin 
(54) decorin 
(55) cathepsin S
(56) lipopolysaccharide binding protein 
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(57) SPARC-like 1 (mast9, hevin) 
(58) leucine-rich alpha-2-glycoprotein 1
(59) chromosome 14 open reading frame 100
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(9) chromosome 14 open reading frame 2
(60) C18orf10 chromosome 18 open reading frame 10
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(61) chromosome 6 open reading frame 79
(62) C6orf80 chromosome 6 open reading frame 80
(38) chromosome 9 open reading frame 10
【００２８】
[１３]  ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子が、発現の亢進または減弱がBMIと相関している以下の遺伝子からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子である[９]の方法。
【００２９】
(15) bone morphogenetic protein 2
(16) leukocyte cell-derived chemotaxin 2 
(17) adipose differentiation-related protein 
(18) Homo sapiens dystonin (DST), transcript variant 1eA, mRNA
(19) serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade F (alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium derived factor), member 1 
(20) GNAS complex locus
(21) AHSG alpha 2 HS glycoprotein
(22) chemokine (C-C motif) ligand 16 
(23) afamin 
(24) LTBP1 latent transforming growth factor beta binding protein 1
(25) complement component 4 binding protein, alpha 
(26) lysozyme (renal amyloidosis)
(4) MMP24 matrix metalloproteinase 24 (membrane inserted)
(27) prosaposin (variant Gaucher disease and variant metachromatic leukodystrophy) 
(28) histidine-rich glycoprotein
(29) FST follistatin
(30) glypican 3
(31) glycosylphosphatidylinositol specific phospholipase D1
(32) GDF15 growth differentiation factor 15
(33) SPINT2 serine protease inhibitor  Kunitz type  2
(34) TNFRSF1A tumor necrosis factor receptor superfamily  member 1A
(35) chromosome 14 open reading frame 123
(14) chromosome 8 open reading frame 1
(36) chromosome 14 open reading frame 32
(37) chromosome 5 open reading frame 13
(38) chromosome 9 open reading frame 10
(39) C10orf107 chromosome 10 open reading frame 107
(40) C1orf38 chromosome 1 open reading frame 38
(41) C10orf58 chromosome 10 open reading frame 58
【００３０】
[１４]  少なくとも５つの遺伝子について被検体における発現を測定する[９]〜[１３]のいずれかの方法。
【００３１】
[１５]  ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドを固相化したマイクロアレイを用いる[９]〜[１４]のいずれかの方法。
【００３２】
[１６]  ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドをターゲットとしたリアルタイムPCRにより該遺伝子の発現を解析することを含む[９]〜[１４]のいずれかの方法。
【００３３】
[１７]  [１]〜[８]のいずれかの２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬を含む２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症および動脈硬化症の検出またはリスク判定のためのキット。
【発明の効果】
【００３４】
実施例に示すように、２型糖尿病患者または肥満症患者の肝臓と正常人の肝臓との間で、病態ごとに発現が変動する遺伝子群を見出した。該遺伝子群は、糖・脂質代謝、糖尿病性合併症、動脈硬化症などの病態を作るキー分子となり得、該遺伝子を利用することにより、糖・脂質代謝、糖尿病性合併症、動脈硬化症などの病態を作る機構を解明することができる。該遺伝子群に属する遺伝子の発現を調べることにより、２型糖尿病、糖尿病性合併症、動脈硬化症または肥満症の病因を解明することができ、また２型糖尿病、糖尿病性合併症または動脈硬化症または肥満症の診断、２型糖尿病、糖尿病性合併症、動脈硬化症または肥満症に罹るリスクを評価することができる。さらに、２型糖尿病や肥満症の新規治療法の開発につながることが期待される
【発明を実施するための最良の形態】
【００３５】
本発明の糖尿病の病態または肥満と関連して発現変動する遺伝子は、２型糖尿病患者または肥満症患者の肝臓と正常人の肝臓との間で発現に差がある遺伝子であり、正常人の肝臓に比較して２型糖尿病患者または肥満症患者の肝臓における発現が亢進または減弱している遺伝子である。さらに、本発明の遺伝子は細胞外に分泌される分泌性タンパク質をコードする遺伝子である。ここで２型糖尿病とはインスリンの分泌量の低下やインスリンに対する感受性の低下により発症するタイプの糖尿病である。また、正常人とは２型糖尿病の病態を呈していない者をいい、具体的には肝臓または骨格筋におけるインスリン抵抗性が正常値である者、すなわち耐糖能が正常な者をいう。２型糖尿病の病態として、血液中HbA1c（ヘモグロビンA1c）濃度が高くなり、インスリン抵抗性（肝臓におけるインスリン抵抗性および骨格筋におけるインスリン抵抗性）が高まることが挙げられる。肝臓におけるインスリン抵抗性は、HOMA-R(homeostasis model assessment)の測定により決定することができ、HOMA-Rの数値が大きいほど肝臓におけるインスリン抵抗性が強いと判断される。また、骨格筋におけるインスリン抵抗性は、MCR(glucose metabolic clearance rate)の測定により決定することができ、MCRの数値が大きいほど骨格筋のインスリン抵抗性が強いと判断される。HOMA-R値は、空腹時血糖(mg/dl)×空腹時インスリン濃度(IRI)(μU/ml)/405で示され（Matthews DR et al., Diabetologia 28:412-419, 1985）、正常人ではこの値が１前後である。MCR値は、例えばDeFronzo RA et al., Am J Physiol 237:E214-223, 1979に記載の方法で測定することができる。肥満症患者は、BMI（Body Mass index）が高値を示す患者であり、BMIは体重(kg)／身長(m)2で示される。BMIが25以上の場合、肥満症であると判定される。
【００３６】
本発明の２型糖尿病の病態または肥満症と関連して発現変動する遺伝子は、血液中HbA1c値、HOMA-R、MCRおよびBMIのいずれか一つと有意の相関が認められる遺伝子である。ここで、有意の相関が認められるとは、例えば血液中HbA1c値、HOMA-R、MCRおよびBMIの各測定値と各遺伝子の発現レベルの関係を線形相関解析により解析した場合に有意に相関が認められることをいう。
【００３７】
血液中HbA1c値と有意の相関が認められる遺伝子として表３に示す１４遺伝子が、BMIと有意の相関が認められる遺伝子として表４に示す２９遺伝子が、HOMA-Rと有意の相関が認められる遺伝子として表５に示す６遺伝子が、MCRと有意の相関が認められる遺伝子として表６に示す２１遺伝子が挙げられる。本発明において、HbA1c値と有意の相関が認められる遺伝子をHbA1c病態関連遺伝子群、HOMA-Rと有意の相関が認められる遺伝子をHOMA-R病態関連遺伝子群、MCRと有意の相関が認められる遺伝子をMCR病態関連遺伝子群、BMIと有意の相関が認められる遺伝子をBMI病態関連遺伝子群と呼ぶことがある。このうち、HbA1c病態関連遺伝子群、HOMA-R病態関連遺伝子群およびMCR病態関連遺伝子群を２型糖尿病関連遺伝子群ということができ、BMI病態関連遺伝子群を肥満症関連遺伝子群ということができる。なお、それぞれの遺伝子群には一部重複があるので、遺伝子の種類は全部で６２種類ある。これらの遺伝子には、機能が解明されていない遺伝子も含まれるが（表３から６の「Symbol」の欄において、c(n)orf(m)((n)および(m)は整数)、このような機能未知とされる遺伝子がコードするタンパク質についても、アミノ酸配列解析から、シグナルペプチドを有しており分泌タンパク質であることが判明している。なお、これらの遺伝子は、本発明において初めて、糖尿病や肥満と関連あることが見出された。
【００３８】
表３に示す１４遺伝子の塩基配列を配列番号１（PVR）、配列番号２（LGALS8）、配列番号３（FCN3）、配列番号４（MMP24）、配列番号５（MDK）、配列番号６（NUCB2）、配列番号７（MMP11）、配列番号８（GPX3）、配列番号９（C14orf2）、配列番号１０（C14orf4）、配列番号１１（C10orf10）、配列番号１２（C6orf74）、配列番号１３（C9orf83）および配列番号１４（C8orf1）に表す。
【００３９】
表４に示す２９遺伝子の塩基配列を配列番号１５（BMP2）、配列番号１６（LECT2）、配列番号１７（ADFP）、配列番号１８（BPAG1）、配列番号１９（SERPINF1）、配列番号２０（GNAS）、配列番号２１（AHSG）、配列番号２２（CCL16）、配列番号２３（AFM）、配列番号２４（LTBP1）、配列番号２５（C4BPA）、配列番号２６（LYZ）、配列番号４（MMP24）、配列番号２７（PSAP）、配列番号２８（HRG）、配列番号２９（FST）、配列番号３０（GPC3）、配列番号３１（GPLD1）、配列番号３２（GDF15）、配列番号３３（SPINT2）、配列番号３４（TNFRSF1A）、配列番号３５（c14orf123）、配列番号１４（c8orf1）、配列番号３６（c14orf32）、配列番号３７（c5orf13）、配列番号３８（c9orf10）、配列番号３９（c10orf107）、配列番号４０(c1orf38)および配列番号４１（c10orf58）に表す。
【００４０】
表５に示す６遺伝子の塩基配列を配列番号４２（THBS1）、配列番号４３（CTSS）、配列番号４４（PON1）、配列番号４５（DEFB1）、配列番号４６（MAP2K2）および配列番号４７（PLA2G7）に示す。
【００４１】
さらに、表６に示す２１遺伝子の塩基配列を配列番号３６（THBS1）、配列番号４８（IGFBP1）、配列番号４９（SULF2）、配列番号５０（WNT5B）、配列番号５１（ADAMTS1）、配列番号５２（SEPP1）、配列番号５３（CHAD）、配列番号５４（DCN）、配列番号５５（CTSS）、配列番号５６（LBP）、配列番号４（MMP24）、配列番号５７（SPARCL1）、配列番号５８（LRG1）、配列番号５９（c14orf100）、配列番号３５（c14orf123）、配列番号９（C14orf2）、配列番号６０（C18orf10）、配列番号３７（C5orf13）、配列番号６１（C6orf79）、配列番号６２（C6orf80）および配列番号３８（C9orf10）に表す。括弧内の表示は、表中の「Symbol」を示す。
【００４２】
本発明で用いるヌクレオチドは上記配列を含むヌクレオチドおよびその断片を含む。また、本発明に用いるヌクレオチドは、上記配列番号で示されるヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチドおよびその断片も含まれる。このようなヌクレオチドとしては、例えば、上記塩基配列との相同性の程度が、全体の平均で約80％以上、好ましくは約90％以上、より好ましくは約95％以上である塩基配列を含有するヌクレオチド等を挙げることが出来る。ハイブリダイゼーションは、カレント・プロトコールズ・イン・モレキュラー・バイオロジー（Current protocols in molecular biology（edited by Frederick M. Ausubel et al., 1987））に記載の方法等、当業界で公知の方法あるいはそれに準じる方法に従って行なうことができる。また、市販のライブラリーを使用する場合、添付の使用説明書に記載の方法に従って行なうことができる。ここで、「ストリンジェントな条件」とは、例えば、「１XSSC、0.1％  SDS、37℃」程度の条件であり、より厳しい条件としては「0.5XSSC、0.1％  SDS、42℃」程度の条件であり、さらに厳しい条件としては「0.2XSSC、0.1％  SDS、65℃」程度の条件である。このようにハイブリダイゼーションの条件が厳しくなるほどプローブ配列と高い相同性を有するヌクレオチドを単離を期待しうる。ただし、上記のSSC,SDSおよびに温度の条件の組み合わせは例示であり、当業者であればハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを決定する上記もしくは他の要素（例えば、プローブ濃度、プローブの長さ、ハイブリダイゼーションの反応時間など）を適宜組み合わせることにより、上記と同様のストリンジェンシーを実現することが可能である。さらに、上記遺伝子のうちのいくつか（LGALS8、FCN3、MDK、GNAS、LTBP1、FST、GPLD1）には、バリアントが存在し、本発明のヌクレオチドは該バリアントの塩基配列を含むヌクレオチドまたはその断片も含む。
【００４３】
本発明で用いるヌクレオチドとしては、上記遺伝子のセンス鎖よりなるヌクレオチド、アンチセンス鎖よりなるヌクレオチドのいずれをも用いることができる。
【００４４】
表３〜６に示す遺伝子のうち、「DM（２型糖尿病患者群）/NGT（耐糖能正常患者群） by SAGE」で表される値が１を超えるものが２型糖尿病の病態または肥満症と関連して発現が亢進する遺伝子であり、１未満のものが２型糖尿病の病態または肥満症と関連して発現が減弱する遺伝子である。また、値がより大きいか、もしくは値がより小さい遺伝子ほど、２型糖尿病の病態または肥満症との関連がより強い遺伝子であるといえる。従って、表に挙げた遺伝子のうち、表中の「DM（２型糖尿病患者群）/NGT（耐糖能正常患者群） by SAGE」で表される値が２以上のものまたは0.5以下の遺伝子をより好適に用いることができる。
【００４５】
これらの遺伝子群に属する各遺伝子は公知のSAGE：Serial Analysis of GeneExpression法（Yamashita T. et al., Biochem Biophys Res Commun 269:110-116, 2000; Yamashita T. et al., Biochem Biophys Res Commun 282:647-654, 2001; Science 276:1268, 1997; Cell 88:243, 1997; Science 270:484, 1995; Nature 389:300, 1997; 米国特許第5,695,937 号公報; 特表平10-511002号公報）によって特定されたものである。このSAGE法は、任意の細胞で発現している遺伝子から調製したcDNAのそれぞれについて、個々を特徴づける10塩基対のDNA配列（Tag）を決定する方法である。また、得られた全てのTagから個々のTagの割合を算出することによって、各遺伝子の発現頻度（コピー数）を決定することもできる。
【００４６】
また、表にはNCBI(National Center for Biotechnology Information)のUnigene（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=unigene）のアクセッション番号が示され、該番号でデータベースにアクセスすることで、それぞれの遺伝子の配列情報を容易に得ることが可能である。
【００４７】
これらの遺伝子は、糖・脂質代謝、糖尿病性合併症、動脈硬化症などの病態を作るキー分子となり得る。
【００４８】
従って、これらの遺伝子は、糖・脂質代謝の研究、２型糖尿病や肥満症の病因解明、２型糖尿病の検出（診断）、２型糖尿病に罹患するリスクの評価、肥満症になるリスク評価、ならびに糖尿病や肥満症の新規な治療法の開発に利用することができる。また、これらの遺伝子は、インスリン抵抗性に密接に関連しており、インスリン抵抗性の判定にも利用することができる。さらに、これらの遺伝子は糖尿病性合併症とも関連しており、糖尿病性合併症の検出（診断）または糖尿病性合併症に罹患するリスクの判定に利用することができる。さらに、糖尿病、肥満およびインスリン抵抗性は動脈硬化症の危険因子であり、これらの遺伝子は動脈硬化症とも密接に関連しており、動脈硬化症の検出（診断）および動脈硬化症に罹患するリスクの判定に用いることもできる。なお、糖尿病性合併症としては、例えば、糖尿病性網膜症、糖尿病性腎症、糖尿病性神経障害、糖尿病性大血管症、心筋梗塞、脳卒中等が挙げられる。
【００４９】
２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症の病因解明のためには、本発明の遺伝子の肝臓での発現状況を調べる必要がある。また、本発明の遺伝子の肝臓での発現状況を調べることにより、被験体が２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹患しているかどうかの検出（診断）を行うことができ、さらに、被験体が２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹患するリスクを有しているかどうかの評価をすることができる。なお、２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹患している場合でも、これらの疾患の初期において、HOMA-R、HbA1c等の病態を検出可能に呈さない場合がある。本願発明のヌクレオチドを用いることにより、２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症の病態に関連した遺伝子の発現の変動を測定でき、病態を検出可能に呈さない場合であっても、２型糖尿病、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹患していると判断できる場合がある。また、このような状態は今後２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症の病態を検出可能に呈する可能性のある状態であり、この点２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症の病態を呈するリスクを評価することもできる。
【００５０】
このような検出または評価のためには、HbA1c病態関連遺伝子群、HOMA-R病態関連遺伝子群、MCR病態関連遺伝子群およびBMI病態関連遺伝子群に属する遺伝子の中の少なくとも１種、好ましくは少なくとも２種、さらに好ましくは少なくとも５種、さらに好ましくは少なくとも10種、さらに好ましくは少なくとも20種、さらに好ましくは少なくとも30種、さらに好ましくは全部を用いて、遺伝子の発現の亢進または減弱を測定すればよい。また、HbA1c病態関連遺伝子群、HOMA-R病態関連遺伝子群、MCR病態関連遺伝子群およびBMI病態関連遺伝子群のそれぞれの群に属する遺伝子の中から少なくとも１種、好ましくは少なくとも２種、さらに好ましくは５種、さらに好ましくは少なくとも10種、さらに好ましくは全部を用いてもよい。特にBMI病態関連遺伝子群は肥満症と関連していると予測されるので、肥満になるリスクの評価のために用いることができる。
【００５１】
これらの遺伝子の発現の亢進または減弱の測定のためには、上記の遺伝子の塩基配列の全部または一部を含むヌクレオチドをプローブまたはプライマーとして用いて遺伝子発現の程度を測定すればよい。遺伝子発現の程度は、ノーザンブロット法、RT-PCR法、リアルタイムPCR法、in situ ハイブリダイゼーション法、マイクロアレイ（マイクロチップ）を用いた方法等により測定することが可能であり、ここに挙げた方法はいずれも公知の方法で行うことができる。遺伝子の発現は、上記遺伝子の一部から転写されたメッセンジャーRNA（mRNA）の量を測定すればよく、該mRNAにハイブリダイズするヌクレオチドプローブまたはプライマーの使用により測定することができる。
【００５２】
プローブまたはプライマーの塩基長は、10〜50bp、好ましくは15〜25bpである。
【００５３】
被験体が２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹患しているかどうかの検出（診断）、被験体が２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹患するリスクを有しているかどうかの評価のためには試料サンプルとして、肝臓生検サンプル、血清、血漿等を用いればよい。
【００５４】
HbA1c病態関連遺伝子群、HOMA-R病態関連遺伝子群、MCR病態関連遺伝子群およびBMI病態関連遺伝子群に属する遺伝子の１種以上の発現が正常人に比較して亢進または減弱している場合に、被験体が２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹患していると診断することができ、被験体が２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹患するリスクを有していると評価することができる。この際、２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症の病態と関連して発現が亢進する遺伝子の場合は、その亢進の程度を定量することにより、また、２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症の病態と関連して発現が減弱する遺伝子の場合は、その減弱の程度を定量することにより、より正確に、被験体が２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹患していると診断することができ、被験体が２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹患するリスクを有していると評価することができる。例えば、遺伝子の発現がより亢進しているか、またはより減弱していれば、２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症の重篤度が高いと判断し得るし、また遺伝子の発現がより亢進しているか、またはより減弱していれば、２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹るリスクが高いと評価することができる。
【００５５】
さらに、遺伝子の発現を直接測定するばかりでなく、遺伝子発現産物を測定してもよい。例えば、上記遺伝子がコードするタンパク質に対する抗体を用いることにより遺伝子発現産物を測定することができる。本発明は、２型糖尿病患者または肥満症患者の肝臓と正常人の肝臓との間で、病態ごとに発現が変動する遺伝子がコードするタンパク質、該タンパク質に対する抗体、これらを含む試薬等も包含する。
【００５６】
本発明は、２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症の病因解明のための、２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症の検出（診断）のための、および２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症に罹患するリスクを評価するための、ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドを含む２型糖尿病関連遺伝子および／または肥満症関連遺伝子の発現を測定するための試薬を包含する。該試薬は、前記遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドをプローブまたはプライマーとして含む試薬であり、また前記遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドを固相化したマイクロアレイ等の基板である。
【００５７】
マイクロアレイは、前記遺伝子の塩基配列からなるヌクレオチドまたはその一部配列を含むヌクレオチドを適当な基板上に固定化することにより作製することができる。
【００５８】
固定基板としては、ガラス板、石英板、シリコンウェハーなどが挙げられる。基板の大きさとしては、例えば3.5mm×5.5mm、18mm×18mm、22mm×75mmなどが挙げられるが、これは基板上のプローブのスポット数やそのスポットの大きさなどに応じて様々に設定することができる。ポリヌクレオチドまたはその断片の固定化方法としては、ヌクレオチドの荷電を利用して、ポリリジン、ポリエチレンイミン、ポリアルキルアミンなどのポリ陽イオンで表面処理した固相担体に静電結合させたり、アミノ基、アルデヒド基、エポキシ基などの官能基を導入した固相表面に、アミノ基、アルデヒド基、SH基、ビオチンなどの官能基を導入したヌクレオチドを共有結合により結合させることもできる。固定化は、アレイ機を用いて行えばよい。
【００５９】
前記試薬は、HbA1c病態関連遺伝子群、HOMA-R病態関連遺伝子群、MCR病態関連遺伝子群およびBMI病態関連遺伝子群に属する６２遺伝子の中の少なくとも１種、好ましくは少なくとも２種、さらに好ましくは少なくとも５種、さらに好ましくは少なくとも10種、さらに好ましくは少なくとも20種、さらに好ましくは少なくとも30種、さらに好ましくは全部を含んでいる。また、HbA1c病態関連遺伝子群、HOMA-R病態関連遺伝子群、MCR病態関連遺伝子群およびBMI病態関連遺伝子群のそれぞれの群に属する遺伝子の中から少なくとも１種、好ましくは少なくとも２種、さらに好ましくは５種、さらに好ましくは少なくとも10種、さらに好ましくは全部を含んでいる。
【００６０】
上記のように、これらの遺伝子は、糖・脂質代謝、糖尿病性合併症、動脈硬化症などの病態を作るキー分子となり得る。従って、本発明の遺伝子および遺伝子を含む試薬は、糖・脂質代謝、糖尿病性合併症、動脈硬化症などの病態を作るキー分子の解析のためのツールとして用い得る。
【００６１】
また、上記試薬を含む２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症もしくは動脈硬化症の検出（診断薬）、または２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症もしくは動脈硬化症に罹るリスクを評価するための検出薬も本発明に包含される。
【００６２】
さらに、本発明は、ヒト正常人の肝臓組織と比較して、ヒト２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症または動脈硬化症患者の肝臓組織で発現が亢進または減弱している遺伝子を用いて２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症もしくは動脈硬化症の治療薬、または２型糖尿病、肥満症、糖尿病性合併症もしくは動脈硬化症の予防薬をスクリーニングする方法を包含する。例えば、候補薬剤を被験体に投与し、あるいは候補薬剤を前記遺伝子と接触させ、前記遺伝子の発現が亢進させるかまたは減弱させる薬剤を、治療薬または予防薬として選択することができる。
【実施例】
【００６３】
本発明を以下の実施例によって具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定されるものではない。
【００６４】
サンプル
SAGE法を用いた解析をおこなうために、胃癌、胆嚢癌、大腸癌等の悪性腫瘍に対して外科的治療を必要とした、２型糖尿病患者5名、耐糖能正常患者5名から肝組織を得た（表１）。肝組織を肝の癌非浸潤部から外科的に切除し、液体窒素にて速やかに凍結した。
【００６５】
【表１】
2006296346.tif 000002
【００６６】
定量的リアルタイムPCR法をおこなうために、２型糖尿病患者21名、耐糖能正常患者11名から肝組織を得た（表２）。経皮的超音波ガイド下肝生検にて肝組織を獲得した後、液体窒素にて速やかに凍結した。
【００６７】
【表２】
2006296346.tif 000003
【００６８】
２型糖尿病群と耐糖能正常群で年齢、BMI、肝機能に有意差はなかった。全症例においてB、C型肝炎関連検査に異常はなかった。糖尿病群症例は、アメリカ糖尿病学会の糖尿病診断及び分類基準に基づいて２型糖尿病と診断した。全症例から書面にてインフォームドコンセントを獲得した。本研究は実験プロトコールについて金沢大学倫理委員会の承認を得たのち、ヘルシンキ宣言に沿って施行した。
【００６９】
SAGE法
肝組織から抽出した全RNAをFastTrac mRNA抽出キット（Invitrogen, San Diego, CA）を用いてアデニル化した。各サンプルにつき2.5μgのRNAをSAGE法に用いた。SAGE法のプロトコールは過去の報告に従った（Yamashita T. et al., Biochem Biophys Res Commun 269:110-116, 2000; Yamashita T. et al., Biochem Biophys Res Commun 282:647-654, 2001）。SAGEライブラリーをABI PRISM 377 DNAシーケンサーとBigDyeターミネーターサイクルシーケンスキット（PE Biosystems, Foster city, CA）を用いてシーケンスした。シーケンスしたファイルをSAGE 2000ソフトウエア（www.sagenet.org）を用いて解析した。
【００７０】
定量的リアルタイムPCR法
二重鎖cDNAを定量的リアルタイムPCR法のための鋳型として用いた。この目的のために、ABI Prism 7700シーケンスディテクションシステム（App1ied Biosystems, Foster City, Calif., USA）を使用した。プライマーとTaqManプローブのセットはApplied Biosystems専売のものである（Assays-on-Demand gene expression product）。異なったサンプルにおけるPCRに利用可能なDNA量の変動を補正する目的で、標的配列の遺伝子発現を内因性コントロールであるベータアクチンRNA（TaqMan Control Reagent Kit, Appleid Biosystems）の発現量で標準化した。PCR条件は、50℃2分間および95℃10分間を1サイクル、その後95℃15秒間と60℃1分間を40サイクルとした。
【００７１】
Gene Ontologyによる細胞内局在の推定
Gene Ontology Consortium（http://www.geneontology.org/）の記載に基づき、同定した遺伝子を転写産物の細胞内局在によって分類した。そのなかで、「細胞外」のクラスに分類された遺伝子群を分泌蛋白コード遺伝子としてより詳細に検討した。
【００７２】
HOMA-R
各症例におけるインスリン抵抗性、特に肝臓におけるインスリン抵抗性を評価するために、各症例のHOMA-Rを計算した。HOMA-Rは過去の報告（Matthews DR et al., Diabetologia 28:412-419, 1985）に従い、各症例の空腹時血糖値（mg/dL）X空腹時の血中インスリン濃度μU/ml）/405から計算した。
【００７３】
MCR
骨格筋におけるインスリン抵抗性を正確に評価するために、人工膵臓を用いた高インスリン正常血糖下クランプ法（DeFronzo RA et al., Am J Physiol 237:E214-223, 1979）を用いて、Metabolic clearance rate（MCR）を計算した。
【００７４】
統計学的検定方法
２型糖尿病患者群と耐糖能正常患者群の臨床的特徴の比較はunpaired-t testを用いた。BMI、HOMA-R、MCRと各遺伝子の発現レベルとの関係の解析は線形相関解析でおこなった。いずれもP<0.05を有意とした。
【００７５】
〔結果〕
SAGE解析
SAGE法を用いて、144,901タグ（２型糖尿病患者群44280タグ、耐糖能正常患者群100,621タグ）の遺伝子を同定した。Basic local alignment search tool program（BLAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）を用いてタグ配列から相当遺伝子を解析した結果、２型糖尿病患者群から5221遺伝子、耐糖能正常患者群から6511遺伝子の発見を同定した。Gene Ontology Consortium（http://www. geneontology.org/）の記載を用いて遺伝子を転写産物の細胞内局在別に分類したところ、232遺伝子が“細胞外分泌蛋白”をコードする遺伝子であった。このうちで、２型糖尿病患者群で耐糖能正常患者群に比較して1.5倍以上に発現亢進している63遺伝子、1.5倍以下に発現低下している114遺伝子を同定した。上記の遺伝子について、定量的リアルタイムPCR法を用いて各症例における遺伝子発現量を測定し、BMI、H0MA-R、MCRといった臨床的パラメーターと比較検討した。
【００７６】
発現レベルとHbAlc値との間に有意な相関を認める遺伝子群の同定
発現レベルとHbA1c値との間に有意な相関を認める14遺伝子を同定した（表３）。これらの遺伝子は、糖代謝を正あるいは負に制御する作用、あるいは高血糖や高インスリン血症、酸化ストレス等を感知して発現が制御されるものと考えられる。これらの中に糖尿病自体、あるいは合併症の病態を作り出している遺伝子が含まれていることが期待される。
【００７７】
【表３】
2006296346.tif 000004
【００７８】
発現レベルとBMIとの聞に有意な相関を認める遺伝子群の同定
発現レベルとBMIとの聞に有意な相関を認める29遺伝子を同定した（表４）。これらの遺伝子は、全身の脂肪蓄積量と関連してその発現が変動していると考えられる。これらの中に、細胞の脂質代謝やエネルギー代謝を調節する遺伝子、あるいはインスリン低抗性に関連した病態を形成する遺伝子が含まれていることが期待される。
【００７９】
【表４】
2006296346.tif 000005
【００８０】
発現レベルとHOMA-Rとの間に有意な相関を認める遺伝子群の同定
発現レベルとHOMA-Rとの間に有意な相関を認める６遺伝子を同定した（表５）。これらの遺伝子は、肝臓におけるインスリン抵抗性と関連してその発現が変動している、これらの中に、細胞の脂質代謝やエネルギー代謝を調節する遺伝子、あるいはインスリン抵抗性に関連した病態を形成する遺伝子が含まれていることが期待される。
【００８１】
【表５】
2006296346.tif 000006
【００８２】
発現レベルとMCRとの間に有意な相関を認める遺伝子群の同定
発現レベルとMCRとの間に有意な相関を認める21遺伝子を同定した（表６）。これらの遺伝子は、骨格筋を代表とする末梢組織のインスリン抵抗性と関連してその発現が変動している。これらの中に、臓器間のインスリンシグナルや糖・脂質の流れを制御する遺伝子、あるいはインスリン低抗性に関連した病態を形成するが含まれていることが期待される。
【００８３】
【表６】
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【００８４】
以上の実施例が示すように、２型糖尿病患者の肝臓で発現が減弱もしくは亢進しており、その発現レベルが血糖コントロール、肥満、肝臓・骨格筋のインスリン低抗性と相関する分泌蛋白コード遺伝子群を同定した。これらの遺伝子にコードされる肝由来分泌蛋白は、細胞内のインスリンシグナル、糖・脂質代謝等に影響を及ぼすと思われ、全身の脂肪蓄積、インスリン低抗性や動脈硬化発症に関連している可能性がある、これらの分泌蛋白の機能を明らかにすることは、２型糖尿病や肥満症の病因解明ならびに新規治療法の開発につながることが期待される。
【配列表】
2006296346000001.app