(57)【要約】      （修正有）【課題】ヒトに感染している生物・ウイルス等の核酸の塩基配列の違いによって人種・出身地域を推定する方法を提供する。【解決手段】ヒトに感染している生物・ウイルスはヒト集団とともに進化してきたが、その核酸の塩基配列はヒトに比べて非常に短く、ヒトより変異が少ないので、ヒト集団・地域によって核酸の配列に明確な違いが認められる（これをゲノム型という）。この事を用いて、ヒトではなく、ヒトに感染している生物・ウイルスの核酸を検出し（１）、その塩基配列の違い（ゲノム型）をプローブで識別することにより、ヒト人種・出身地域を推定する（２）ものである。【選択図】図２
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒトの組織または体液から、ヒト感染生物・ウイルス等の核酸を抽出し（１）、地域特異的な核酸の塩基配列の違いをプローブで識別し、ヒトの人種・出身地域を推定する（２）ヒトに感染している生物・ウイルス等による人種・出身地域推定法。
【発明の詳細な説明】
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】  この発明は、ヒトに感染している生物・ウイルス等の核酸の塩基配列の違いによって人種・出身地域を推定するものである。
【背景技術】
【０００２】  従来はヒトＤＮＡの違いや歯や骨格・皮膚の色などと言ったヒトの人類形態学的特徴にから人種・出身地域を推定していた。
【発明が解決しようとする課題】
【０００３】  これには次のような問題があった。
（ア）人類学的な特徴では、様々な方法を組み合わせても３大人種（コーカソイド・モンゴロイド・ニグロイド）程度の大まかな違いしか分からなかった。また、個性的な特徴があると誤判定する危険性があった。
（イ）ヒトの核酸の塩基配列には変異が多いので、１つの領域だけでは大まかな傾向としてしか判別する事が出来ないので、狭い範囲に人種を特定するには多くの領域を調べ、総合的に判定しなくてはならず、非常に煩雑で困難なものであった。
本発明は以上のような欠点を回避するためになされたものである。
【課題を解決するための手段】
【０００４】  ヒトに感染している生物・ウイルスはヒト集団とともに進化してきたが、その核酸の塩基配列はヒトに比べて非常に短く、ヒトより変異が少ないのでヒト集団・地域によって核酸の配列に明確な違いが認められる（これをゲノム型という）。この事を用いて、ヒトではなく、ヒトに感染している生物・ウイルスの核酸を検出し（１）、その塩基配列の違い（ゲノム型）をプローブにより識別することにより、ヒト人種・出身地域を推定する（２）ものである。
【発明を実施するための最良の形態】
【０００５】  以下、本発明の実施の形態について説明する。
本発明を実施するにあたり、ヒト集団に分布している感染生物・ウイルスには様々なものが知られているが、その一例としてＪＣウイルス（ＤＮＡウイルス）をあげた。
ＪＣウイルスは、世界各地のヒトの間に蔓延しているウイルスである。現在、大きく１４種類のゲノム型に分類されている。各ゲノム型は、それぞれ世界の限られた地域に分布している。ヒトは、幼少期にＪＣウイルスに感染すると、その後の移動にも関わらず一生同じウイルス株を腎臓に持ち続け、尿に子ウイルスを排泄しつづける事が知られている。従ってウイルスゲノムを抽出し、ウイルスのゲノム型が判明すれば、その宿主であるヒトの人種・出身地域が推定できる。通常、ウイルスのゲノム型を判定するには、ウイルスの全ての塩基配列を決定し、さらに分子系統解析を行わなくてはならないが、非常に手間がかかる。そこで変異の多い領域の塩基配列だけを増幅し、さらに手間のかかる塩基配列の決定と分子系統解析をせずに、各ゲノム型に特異的な塩基配列の違いを識別する事によってゲノム型を判定する。
具体的には、はじめにＪＣウイルスの変異が多くゲノム型が分けられる領域として知られるＩＧ領域（６１０塩基対）の、各人種・出身地域におけるウイルス塩基配列の違い点を含む塩基配列（長さ２０〜３０塩基程度）をあらかじめプローブとして作成し、ナイロンやガラス板などの固定物に固定しておく。
そして、ＪＣウイルスの検出されるヒトの腎臓組織、あるいは尿または布等に残る尿斑から定法によりウイルスＤＮＡを抽出する（１）。得られたＤＮＡからウイルスの変異が多くゲノム型が分けられる領域として知られるＩＧ領域（６１０塩基対）を、プライマーを用いてＰＣＲ装置によって増幅する。その時、用いるプライマーを蛍光色素などで標識しておくか、ｄＵＴＰを蛍光色素などで標識しておく。こうして得られた増幅断片をあらかじめ固定しておいたプローブと反応させる。
反応後に蛍光顕微鏡で観察し、人種・地域特異的なプローブと結合したＤＮＡ増幅断片の発光によって人種・出身地域を判定する（２）。
他のヒトに感染している生物・ウイルスでも方法原理は同じである。
【発明の効果】
【０００６】  この方法は、ヒトに感染している生物・ウイルスの小領域のみの核酸の解析によって人種・出身地域を推定できるので、多くの領域の解析が必要なヒトのＤＮＡや不正確な人類形態学的方法を用いるよりも遥かに簡便にそして限定的に人種・出身地域を判定出来る。
また、人種・出身地域を推定に必要なヒトに感染している生物・ウイルス等のゲノム型を、塩基配列決定と分子系統解析という煩雑な過程を行わなくても、核酸の増幅とプローブの反応という簡単な操作で知る事が出来る。
さらに、ＪＣウイルスだけでなく、様々な感染生物・ウイルスを用いる事でより精度を高める事が出来る。
【図面の簡単な説明】
【図１】  本発明に利用する世界各地のＪＣウイルスのＩＧ領域の塩基配列である（項目はゲノム型名（分布地域）をあらわす）。
【図２】  本発明の原理を識図化した。
【符号の説明】
１  核酸の抽出
２  人種・出身地域の判定
【図１】
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【図２】
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【手続補正書】
【提出日】平成17年5月20日(2005.5.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】  この発明は、ヒトに感染している生物・ウイルス等の核酸の塩基配列の違いによって人種・出身地域を推定するものである。
【背景技術】
【０００２】  従来はヒトＤＮＡの違いや歯や骨格・皮膚の色などと言ったヒトの人類形態学的特徴にから人種・出身地域を推定していた。
【発明が解決しようとする課題】
【０００３】  これには次のような問題があった。（ア）人類学的な特徴では、様々な方法を組み合わせても３大人種（コーカソイド・モンゴロイド・ニグロイド）程度の大まかな違いしか分からなかった。また、個性的な特徴があると誤判定する危険性があった。（イ）ヒトの核酸の塩基配列には変異が多いので、１つの領域だけでは大まかな傾向としてしか判別する事が出来ないので、狭い範囲に人種を特定するには多くの領域を調べ、総合的に判定しなくてはならず、非常に煩雑で困難なものであった。  本発明は以上のような欠点を回避するためになされたものである。
【課題を解決するための手段】
【０００４】  ヒトに感染している生物・ウイルスはヒト集団とともに進化してきたが、その核酸の塩基配列はヒトに比べて非常に短く、ヒトより変異が少ないのでヒト集団・地域によって核酸の配列に明確な違いが認められる（これをゲノム型という）。この事を用いて、ヒトではなく、ヒトに感染している生物・ウイルスの核酸を検出し（１）、その塩基配列の違い（ゲノム型）をプローブにより識別することにより、ヒト人種・出身地域を推定する（２）ものである。
【発明を実施するための最良の形態】
【０００５】  以下、本発明の実施の形態について説明する。  本発明を実施するにあたり、ヒト集団に分布している感染生物・ウイルスには様々なものが知られているが、その一例としてＪＣウイルス（ＤＮＡウイルス）をあげた。  ＪＣウイルスは、世界各地のヒトの間に蔓延しているウイルスである。現在、大きく１４種類のゲノム型に分類されている。各ゲノム型は、それぞれ世界の限られた地域に分布している。ヒトは、幼少期にＪＣウイルスに感染すると、その後の移動にも関わらず一生同じウイルス株を腎臓に持ち続け、尿に子ウイルスを排泄しつづける事が知られている。従ってウイルスゲノムを抽出し、ウイルスのゲノム型が判明すれば、その宿主であるヒトの人種・出身地域が推定できる。通常、ウイルスのゲノム型を判定するには、ウイルスの全ての塩基配列を決定し、さらに分子系統解析を行わなくてはならないが、非常に手間がかかる。そこで変異の多い領域の塩基配列だけを増幅し、さらに手間のかかる塩基配列の決定と分子系統解析をせずに、各ゲノム型に特異的な塩基配列の違いを識別する事によってゲノム型を判定する。  具体的には、はじめにＪＣウイルスの変異が多くゲノム型が分けられる領域として知られるＩＧ領域（６１０塩基対）の、各人種・出身地域におけるウイルス塩基配列の違い点を含む塩基配列（長さ２０〜３０塩基程度）をあらかじめプローブとして作成し、ナイロンやガラス板などの固定物に固定しておく。  そして、ＪＣウイルスの検出されるヒトの腎臓組織、あるいは尿または布等に残る尿斑から定法によりウイルスＤＮＡを抽出する（１）。得られたＤＮＡからウイルスの変異が多くゲノム型が分けられる領域として知られるＩＧ領域（６１０塩基対）を、プライマーを用いてＰＣＲ装置によって増幅する。その時、用いるプライマーを蛍光色素などで標識しておくか、ｄＵＴＰを蛍光色素などで標識しておく。こうして得られた増幅断片をあらかじめ固定しておいたプローブと反応させる。  反応後に蛍光顕微鏡で観察し、人種・地域特異的なプローブと結合したＤＮＡ増幅断片の発光によって人種・出身地域を判定する（２）。  他のヒトに感染している生物・ウイルスでも方法原理は同じである。
【発明の効果】
【０００６】  この方法は、ヒトに感染している生物・ウイルスの小領域のみの核酸の解析によって人種・出身地域を推定できるので、多くの領域の解析が必要なヒトのＤＮＡや不正確な人類形態学的方法を用いるよりも遥かに簡便にそして限定的に人種・出身地域を判定出来る。  また、人種・出身地域を推定に必要なヒトに感染している生物・ウイルス等のゲノム型を、塩基配列決定と分子系統解析という煩雑な過程を行わなくても、核酸の増幅とプローブの反応という簡単な操作で知る事が出来る。  さらに、ＪＣウイルスだけでなく、様々な感染生物・ウイルスを用いる事でより精度を高める事が出来る。
【図面の簡単な説明】
【０００７】
【図１】本発明に利用するＪＣウイルスのＩＧ領域の塩基配列の代表例である。ＩＧ領域はＪＣウイルスＭａｄ−１株のゲノムで，制限酵素ＥｃｏＲ１開裂部位を０として２１３１番目から２７４０番目までの塩基対で，Ｌａｒｇｅ  ＴとＶＰ１両蛋白のコード領域の３‘末端とその間の非コード領域を含む。変異の多い領域であり，世界各地域ごとで配列が異なる。
【図２】本発明の原理を識図化した。
【符号の説明】
１  核酸の抽出  ２  人種・出身地域の判定
【手続補正２】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】全図
【補正方法】変更
【補正の内容】
【書類名】図面    【図１】2006075142.tif 000013
【図２】2006075142.tif 000014