(57)【要約】本発明は、増大した折り畳み安定性を有する変異体重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を提供する。複数のこれらポリペプチドを含むライブラリーもまた提供される。加えて、これらのポリペプチド及びライブラリーを作製し使用する組成物及び方法が提供される。
2009536527.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗体可変ドメインが天然に生じる抗体可変ドメインと比較して一又は複数のアミノ酸変異を含み、該一又は複数のアミノ酸変異が抗体可変ドメインの安定性を増大させる単離抗体可変ドメイン。
【請求項２】
抗体可変ドメインが重鎖抗体可変ドメインである請求項１に記載の抗体可変ドメイン。
【請求項３】
単離重鎖抗体可変ドメインがＶＨ３サブグループのものである請求項２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項４】
単離重鎖抗体可変ドメインの増大した安定性が、単離重鎖抗体可変ドメインの凝集の減少によって測定される請求項２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項５】
単離重鎖抗体可変ドメインの増大した安定性が、単離重鎖抗体可変ドメインのＴｍの増加によって測定される請求項２に記載の単離された重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項６】
該一又は複数のアミノ酸変異が、軽鎖可変ドメインとの相互作用の原因である単離重鎖抗体可変ドメイン部分の親水性を増大させる請求項２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項７】
該一又は複数のアミノ酸変異が、アミノ酸位置３５、３７、４５、４７、及び９３−１０２の変異から選択される請求項２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項８】
アミノ酸位置３５がアラニンであり、アミノ酸位置４５がバリンであり、アミノ酸位置４７がメチオニンであり、アミノ酸位置９３がスレオニンであり、アミノ酸位置９４がセリンであり、アミノ酸位置９５がリジンであり、アミノ酸残基９６がリジンであり、アミノ酸残基９７がリジンであり、アミノ酸残基９８がセリンであり、アミノ酸位置９９がセリンであり、アミノ酸位置１００がプロリンであり、アミノ酸位置１００ａがイソロイシンである請求項７に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項９】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号２８及び５４を含むアミノ酸配列を有している請求項８に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項１０】
アミノ酸位置３５がグリシンであり、アミノ酸位置４５がチロシンであり、アミノ酸位置９３がアルギニンであり、アミノ酸位置９４がスレオニンであり、アミノ酸位置９５がフェニルアラニンであり、アミノ酸位置９６がスレオニンであり、アミノ酸位置９７がスレオニンであり、アミノ酸位置９８がアスパラギンであり、アミノ酸位置９９がセリンであり、アミノ酸位置１００がリジンであり、アミノ酸位置１００ａがリジンである請求項９に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項１１】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号２６及び５２を含むアミノ酸配列を有している請求項１０に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項１２】
アミノ酸位置３５がセリンであり、アミノ酸位置３７がアラニンであり、アミノ酸位置４５がメチオニンであり、アミノ酸位置４７がセリンであり、アミノ酸位置９３がバリンであり、アミノ酸位置９４がスレオニンであり、アミノ酸位置９５がグリシンであり、アミノ酸位置９６がアスパラギンであり、アミノ酸位置９７アルギニンであり、アミノ酸位置９８がスレオニンであり、アミノ酸位置９９がロイシンであり、アミノ酸位置１００がリジンであり、アミノ酸位置１００ａがリジンである請求項７に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項１３】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号３１及び５７を含むアミノ酸配列を有している請求項１２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項１４】
アミノ酸位置３５がセリンであり、アミノ酸位置４５がアルギニンであり、アミノ酸位置４７がグルタミン酸であり、アミノ酸位置９３がイソロイシンであり、アミノ酸位置９５がリジンであり、アミノ酸位置９６がロイシンであり、アミノ酸位置９７がスレオニンであり、アミノ酸位置９８がアスパラギンであり、アミノ酸位置９９がアルギニンであり、アミノ酸位置１００がセリンであり、アミノ酸位置１００ａがアルギニンである請求項７に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項１５】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号３９及び６５を含むアミノ酸配列を有している請求項１４に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項１６】
アミノ酸位置３５のアミノ酸が小アミノ酸である請求項６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項１７】
小アミノ酸がグリシン、アラニン、及びセリンから選択される請求項１６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項１８】
アミノ酸位置３７のアミノ酸が疎水性アミノ酸である請求項６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項１９】
疎水性アミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン、及びチロシンから選択される請求項１８に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項２０】
アミノ酸位置４５のアミノ酸が疎水性アミノ酸である請求項６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項２１】
疎水性アミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン、及びチロシンから選択される請求項２０に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項２２】
アミノ酸位置３５がグリシン及びアラニンから選択され、アミノ酸位置４７がトリプトファン及びメチオニンから選択される請求項６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項２３】
アミノ酸位置３５がセリンであり、アミノ酸位置４７がフェニルアラニン及びグルタミン酸から選択される請求項６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項２４】
該一又は複数のアミノ酸変異がアミノ酸位置３５、３７、３９、４４、４５、４７、５０、９１、９３−１００ｂ、１０３、及び１０５の変異から選択される請求項２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項２５】
アミノ酸位置３５がグリシンであり、アミノ酸位置３９がアルギニンであり、アミノ酸位置４５がグルタミン酸であり、アミノ酸位置５０がセリンであり、アミノ酸位置９３がアルギニンであり、アミノ酸位置９４がセリンであり、アミノ酸位置９５がロイシンであり、アミノ酸位置９６がスレオニンであり、アミノ酸位置９７がスレオニンであり、アミノ酸位置９９がセリンであり、アミノ酸位置１００がリジンであり、アミノ酸位置１００ａがスレオニンでありアミノ酸位置１０３がアルギニンである請求項２４に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項２６】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号１３９及び２１５を含むアミノ酸配列を有している請求項２５に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項２７】
アミノ酸位置３９、４５、及び５０の何れかのアミノ酸が親水性アミノ酸である請求項６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項２８】
アミノ酸位置３９、４５、及び５０のアミノ酸の各々が親水性アミノ酸である請求項６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項２９】
アミノ酸位置３９がアルギニンであり、アミノ酸位置４５がグルタミン酸であり、アミノ酸位置５０がセリンである請求項２８に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項３０】
アミノ酸位置３９、４５、及び５０のアミノ酸の各々が親水性アミノ酸である請求項２２又は２３に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項３１】
アミノ酸位置３９がアルギニンであり、アミノ酸位置４５がグルタミン酸であり、アミノ酸位置５０がセリンである請求項２２又は２３に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項３２】
アミノ酸位置３７、４４、及び９１が野生型である請求項６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項３３】
単離重鎖抗体可変ドメインがＣＤＲ−Ｈ３の各アミノ酸位置の置換に許容性である請求項６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項３４】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号２６を含むアミノ酸配列を有している請求項３３に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項３５】
単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号１３９を含むアミノ酸配列を有している請求項３３に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項３６】
該一又は複数のアミノ酸変異がアミノ酸位置３５、３７、３９、４４、４５、４７、５０、及び９１の変異から選択される請求項２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項３７】
アミノ酸位置３５のアミノ酸がグリシン、アラニン、セリン、及びグルタミン酸から選択され；アミノ酸位置３９のアミノ酸がグルタミン酸であり；アミノ酸位置５０のアミノ酸がグリシン及びアルギニンから選択され、アミノ酸位置３７、４４、４７、及び９１のアミノ酸が野生型である請求項３６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項３８】
アミノ酸位置３５のアミノ酸がグリシンであり、アミノ酸位置３７のアミノ酸が疎水性アミノ酸であり；アミノ酸位置３９のアミノ酸がアルギニンであり；アミノ酸位置４４のアミノ酸が小アミノ酸であり；アミノ酸位置４５のアミノ酸がグルタミン酸であり；アミノ酸位置４７のアミノ酸がロイシン、バリン、及びアラニンから選択され；アミノ酸位置５０のアミノ酸がセリン及びアルギニンから選択され；アミノ酸位置９１のアミノ酸が疎水性アミノ酸である請求項３６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項３９】
配列番号２６を含むアミノ酸を有する請求項２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項４０】
配列番号１３９を含むアミノ酸を有する請求項２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項４１】
アミノ酸位置３５に変異を更に含む請求項４０に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項４２】
アミノ酸位置３５のアミノ酸がグリシン、セリン及びアスパラギン酸から選択される請求項４１に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項４３】
アミノ酸位置３９に変異を更に含む請求項４０に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項４４】
アミノ酸位置３９のアミノ酸がアスパラギン酸である請求項４３に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項４５】
アミノ酸位置４７に変異を更に含む請求項４０に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項４６】
アミノ酸位置４７のアミノ酸がアラニン、グルタミン酸、ロイシン、スレオニン、及びバリンから選択される請求項４５に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項４７】
アミノ酸位置４７と別のアミノ酸位置に変異を更に含む請求項４０に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項４８】
アミノ酸位置４７のアミノ酸がグルタミン酸であり、アミノ酸位置３５のアミノ酸がセリンである請求項４７に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項４９】
アミノ酸位置４７のアミノ酸がロイシンであり、アミノ酸位置３７のアミノ酸がセリン及びスレオニンから選択される請求項４７に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項５０】
アミノ酸位置４７のアミノ酸がロイシンであり、アミノ酸位置３９のアミノ酸がセリン、スレオニン、リジン、ヒスチジン、グルタミン、アスパラギン酸、及びグルタミン酸から選択される請求項４７に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項５１】
アミノ酸位置３７のアミノ酸がロイシンであり、アミノ酸位置４５のアミノ酸がセリン、スレオニン、及びヒスチジンから選択される請求項４７に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項５２】
アミノ酸位置３７のアミノ酸がロイシンであり、アミノ酸位置１０３のアミノ酸がセリン及びスレオニンから選択される請求項４７に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項５３】
アミノ酸位置３５のアミノ酸がグリシンであり；アミノ酸位置３９のアミノ酸がアルギニンであり；アミノ酸位置４５のアミノ酸がグルタミン酸であり；アミノ酸位置４７のアミノ酸がロイシンであり；アミノ酸位置５０のアミノ酸がセリンである請求項２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項５４】
アミノ酸位置３７にセリンを更に含む請求項５３に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項５５】
アミノ酸位置３５のアミノ酸がグリシンであり；アミノ酸位置３９のアミノ酸がアルギニンであり；アミノ酸位置４５のアミノ酸がグルタミン酸であり；アミノ酸位置４７のアミノ酸がロイシンであり；アミノ酸位置５０のアミノ酸がアルギニンである請求項２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項５６】
アミノ酸位置３７のアミノ酸がセリンであり；アミノ酸位置４７のアミノ酸がロイシンであり；アミノ酸位置５０のアミノ酸がアルギニンであり；アミノ酸位置１０３のアミノ酸がセリン及びアルギニンから選択される請求項２に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項５７】
アミノ酸位置１０３のアミノ酸がセリンである請求項５６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項５８】
アミノ酸位置１０３のアミノ酸がアルギニンである請求項５６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項５９】
アミノ酸位置３５、３９、又は４５に一又は複数の変異を更に含む請求項５６から５８の何れか一項に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項６０】
アミノ酸位置３５のアミノ酸がグリシンであり、アミノ酸位置３９のアミノ酸がアルギニンであり、アミノ酸位置４５のアミノ酸がグルタミン酸である請求項５９に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項６１】
請求項１から６０の単離重鎖抗体可変ドメインの何れかをコードするポリヌクレオチド。
【請求項６２】
請求項６０に記載のポリヌクレオチドを含む複製可能な発現ベクター。
【請求項６３】
請求項６２に記載の複製可能な発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項６４】
複数のベクターが複数の抗体可変ドメインをコードする請求項６３に記載のベクターライブラリー。
【請求項６５】
少なくとも一の単離重鎖抗体可変ドメインを含み、該少なくとも一の単離重鎖抗体可変ドメインが請求項１から６０の何れか一項に記載の抗体可変ドメインから選択される組成物。
【請求項６６】
単離重鎖抗体可変ドメインが請求項１から６０の何れか一項に記載の抗体可変ドメインから選択される、複数の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項６７】
各単離重鎖抗体可変ドメインが、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも一の相補性決定領域（ＣＤＲ）に一又は複数のアミノ酸を含む請求項６６に記載の単離重鎖抗体可変ドメイン。
【請求項６８】
複数の単離重鎖抗体可変ドメインを生成させる方法であって、野生型重鎖抗体可変ドメインと比較して重鎖抗体可変ドメインの一又は複数のフレームワーク領域を変異させることを含み、該一又は複数のアミノ酸変異が単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる方法。
【請求項６９】
単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる方法であって、野生型重鎖抗体可変ドメインと比較して単離重鎖抗体可変ドメインの一又は複数のフレームワークアミノ酸を変異させることを含み、該一又は複数のフレームワークアミノ酸変異が単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、増大した折り畳み安定性を有する変異体単離重鎖可変ドメイン（ＶＨ）、及び複数のかかる分子を含むライブラリーに関する。本発明は、治療的に又は試薬として使用することができる新規な結合ポリペプチドを同定するために有用な方法及び組成物にも関する。
【背景技術】
【０００２】
ファージディスプレイ技法は、抗原のような、リガンドに結合する新規なタンパク質を作製し選択するための強力なツールを提供した。ファージディスプレイの技法を使用すると、高親和性でもって標的抗原に結合する配列を迅速に選別できるタンパク質変異体の大きなライブラリーの作成が可能になる。変異体ポリペプチドをコードする核酸が、遺伝子ＩＩＩタンパク質又は遺伝子ＶＩＩＩタンパク質のような、ウィルスコートタンパク質をコードする核酸配列に融合される。タンパク質又はポリペプチドをコードする核酸配列が遺伝子ＩＩＩタンパク質の一部をコードする核酸配列に融合している一価ファージディスプレイシステムが開発されている（Bass, S., Proteins, 8:309 (1990)；Lowman及びWells, Methods: A Companion to Methods in Enzymology, 3:205 (1991)）。一価ファージディスプレイシステムでは、遺伝子融合体は低レベルで発現され、野生型遺伝子ＩＩＩタンパク質がまたその粒子の感染力が保持されるように発現される。ペプチドライブラリーを作製しそのライブラリーをスクリーニングする方法が多くの特許に開示されている（例えば米国特許第５７２３２８６号、米国特許第５４３２０１８号、米国特許第５５８０７１７号、米国特許第５４２７９０８号及び米国特許第５４９８５３０号）。  
【０００３】
糸状ファージ表面でのペプチドの発現と大腸菌ペリプラズム中での機能性抗体断片の発現の証明は抗体ファージディスプレイライブラリーの開発に重要であった。（Smith等, Science (1985), 228:1315；Skerra及びPluckthun, Science (1988), 240:1038）。抗体又は抗原結合ポリペプチドのライブラリーは、ランダムＤＮＡ配列を挿入し又は関連遺伝子ファミリーをクローニングして単一遺伝子を変化させることを含む多くの方法で調製されている。ファージディスプレイを使用して抗体又は抗原結合断片をディスプレイする方法は米国特許第５７５０３７３号、同第５７３３７４３号、同第５８３７２４２号、同第５９６９１０８号、同第６１７２１９７号、同第５５８０７１７号、及び同第５６５８７２７号に記載されている。ついで、所望の特性を有する抗体又は抗原結合タンパク質の発現について該ライブラリーをスクリーニングする。
【０００４】
ファージディスプレイ技法は、所望の特性を有する抗体を調製するための従来のハイブリドーマ及び組換え法に対して幾つかの利点を有している。この技法は、短い時間で動物を使用することなく多様な配列を持つ大きな抗体ライブラリーの開発を可能にする。ヒト化抗体の調製又はハイブリドーマの調製は容易にも数ヶ月の調製を必要とするだけである。また、免疫化が必要ではないので、毒性であるか低抗原性を有する抗原に対するファージ抗体ディスプレイを作製することができる（Hoogenboom, Immunotechniques (1988), 4:1-20）。ファージ抗体ライブラリーはまた新規なヒト抗体を作製し同定するために使用することもできる。
【０００５】
ファージディスプレイライブラリーは、免疫化されたヒト及び非免疫化ヒト、生殖系列配列、又は未処置Ｂ細胞Ｉｇレパートリーからヒト抗体を生産するために使用されている（Barbas及びBurton, Trends Biotech (1996), 14:230；Griffiths等, EMBO J. (1994), 13:3245；Vaughan等, Nat. Biotech. (1996), 14:309；Winter ＥＰ０３６８６８４Ｂ１）。未処置又は非免疫抗原結合ライブラリーが様々なリンパ系組織を使用して作製されている。これらのライブラリーの幾つかは商業的に利用可能であり、例えばCambridge Antibody Technology and Morphosysによって開発されたものである（Vaughan等, Nature Biotech 14:309 (1996)；Knappik等, J. Mol. Biol. 296:57 (1999)）。しかしながら、これらのライブラリーの多くは多様性が限られている。
【０００６】
ファージディスプレイライブラリーから高親和性抗体を同定し単離する能力は、治療用途のための新規なヒト抗体を単離するのに重要である。ライブラリーからの高親和性抗体の単離は、ライブラリーのサイズ、細菌細胞中での生産効率及びライブラリーの多様性に少なくとも部分的に依存していると伝統的に考えられている（例えばKnappik等, J. Mol. Biol. (1999), 296:57を参照）。ライブラリーのサイズは、抗体又は抗原結合タンパク質の不適切な折り畳み及び終止コドンの存在のために生産が非効率的になるので減少する。細菌細胞中での発現は、抗体又は抗原結合ドメインが正しく折り畳まれない場合は阻害されうる。発現は、残基を順に可変／定常界面の表面で、又は選択されたＣＤＲ残基で変異させることにより改良しうる。（Deng等, J. Biol. Chem. (1994), 269:9533, Ulrich等, PNAS (1995), 92:11907-11911；Forsberg等, J. Biol. Chem. (1997), 272 :12430）。フレームワーク領域の配列はまた抗体ファージライブラリーが細菌細胞中で生産される場合に適切な折り畳みをもたらす因子である。
【０００７】
抗体は非常に多様な症状に対する治療剤として非常に有用なものとなっている。例えば、腫瘍抗原ＨＥＲ−２に対するヒト化抗体は、癌の診断及び治療に有用である。抗ＩＮＦ−γ抗体のような他の抗体はクローン病のような炎症性症状の治療に有用である。しかしながら、抗体は、大きな複数鎖タンパク質であり、妨害位置の分子の標的化及び宿主細胞中における抗体の生産に不具合をもたらす場合がある。異なった抗体断片（つまり、Ｆａｂ’、Ｆ(ａｂ)２、ｓｃＦＶ）が探究されている；殆どのものは、度合いが異なるが、全長抗体と同じ欠点を有している。最近、単離された抗体可変ドメイン（つまり、ＶＬ、ＶＨ）が研究されている。
【０００８】
単離されたＶＨ又はＶＬドメインは抗体の最小の機能性抗原結合断片である。それらは小さく、よって腫瘍のような妨害位置の抗原を標的にするために使用することができる。薬剤結合又は放射性同位体結合ＶＨ又はＶＬは、単離ＶＨ又はＶＬが系から迅速に除去され、薬剤又は放射性同位体との接触時間が最小になるので、治療においてより安全に使用することができる。更に、単離ＶＨ又はＶＬは理論的には細菌細胞中で高度に発現され、よって増大した収率が得られ、費用がかかり時間がかかる哺乳動物細胞での発現の必要性が少なくなる。よって、ＶＨ又はＶＬベース治療薬の開発は、通常は他の抗体鎖と会合する大きな疎水性パッチの溶媒へ曝露されるためであると信じられている溶液中で凝集する傾向によって遙かに妨害されている（ＶＨは典型的には全長抗体分子におけるＶＬと会合する）。
【０００９】
ラクダ血清中で自然に循環していることが発見された軽鎖を欠く単鎖抗体の研究により、軽鎖と重鎖の双方を有する抗原結合断片に典型的に見出される６つの抗原認識部位のうち３つだけを有しているにもかかわらず、重鎖が抗原を認識し特異的に結合することができることが実証されている（Hamers-Casterman等, Nature (1993) 363:446-8）。そのラクダ類抗体のＶＨＨドメイン（ＨＣ抗体の重鎖可変ドメイン）は高度に可溶性であり細菌宿主中で多量に発現される。最初にクローニングされたとき、ＶＨＨの可溶性は、ＶＬとの前者の界面における４つの高度に保存された変異：Ｖａｌ３７Ｔｙｒ又はＰｈｅ、Ｇｌｙ４４Ｇｌｕ又はＧｌｎ、Ｌｅｕ４５Ａｒｇ又はＣｙｓ、及びＴｒｐ４７Ｇｌｙ又はＳｅｒ、Ｌｅｕ、又はＰｈｅに帰されていた（Muyldermans等, Protein Eng. (1994) 7:1129-35）。ラクダ化(camelisation)として知られている方法でヒトＶＨドメインにそのような変異を導入した場合、改変されたドメインは凝集が少なくなるが、ドメインの発現が有意に損なわれる（Davies等, Biotechnology (1995) 13: 475-479）。ラクダ類保存変異を含んでいないラマＶＨＨ配列の発見は、それ以来、ドメイン可溶化及び発現におけるその変異の役割に対して更に弱まった裏付けである（Harmsen等, Mol. Immunol. (2000) 37: 579-90；Tanha等,  J. Immunol. Methods (2002) 263:97-109；Vranken等, Biochemistry (2002) 41:8570-79）。ラクダ類ＶＨＨの研究により、そのＣＤＲ−Ｈ３はヒト対応物のものよりも平均で長く、おそらくは折り畳まれＶＬとの疎水性界面からの残基を溶媒曝露から保護していることがまた示された。（Desmyter等, Nat. Struct. Biol. (1996) 3:803-811；Desmyter等, J. Biol. Chem. (2002) 277:23645-50）。ラクダ化及びヒトＶＨドメインにおけるＣＤＲ−Ｈ３の延長がそのドメインの溶解度と発現を改善した（Tanha等, J. Biol. Chem. (2001) 276:24774-80；Ewert等, J. Mol. Biol. (2003) 325:531-553）。
【００１０】
ヒトＶＨの性質を改善するために他のアプローチ法もまた試みられている。マウスＶＨでの４４位グリシンのリジンへの変更が、前者のＶＬ界面での更なるラクダ化を伴わないでそのタンパク質の非特異的結合及び凝集を妨げることが報告されている（Reiter等, J. Mol. Biol. (1999) 290:685-98）。別々に、３５位のヒスチジンがグリシンに変更されたヒトＶＨにおいて溶解性の改善と凝集の減少が観察されている。（Jespers等, J. Mol. Biol. (2004) 337: 893-903）。そのドメインの結晶構造により、フレームワーク残基Ｔｒｐ４７の側鎖が、ラクダＶＨＨ中の４７位のグリシンとは明確に異なり、３５位の側鎖の除去によってつくり出されるキャビティに嵌っていることが示されている。同文献。更に、その分子のＣＤＲ−Ｈ３に対して長さの変更はなされておらず、ＣＤＲ−Ｈ３を延長する効果がＨｉｓ３５Ｇｌｙ変異においてあったかは不明である。温度安定性に関与しているであろう残基を同定するために熱選択研究が実施されている（ＷＯ２００４／１０１７９０を参照）。ヒトＶＨドメインの立体構造的安定性をもたらす原理、特にその適切な折り畳みをどの残基が支持するかを理解するために、ＶＨ修飾の系統的な解析は未だなされていない。
【００１１】
ＶＨドメインは合成ファージディスプレイライブラリーの開発のための理想的な足場であると思われる。その小さなサイズと単一ドメイン性のために、適切に折り畳まれたＶＨドメインは細菌宿主中において高度に発現され分泌され、従ってＦａｂ又はｓｃＦｖよりも良好にファージにディスプレイされそうである。更に、ＶＨドメインは３つのＣＤＲのみを有しており、よって選択された標的に対して高特異性及び親和性になるように操作するのがより直接的になる。しかしながら、上述したように、ヒトＶＨドメインの適切な折り畳みに関与する一般原理及び特定の残基は未だ確認されていない。適切な折り畳み、高レベルの発現、及び低い凝集をなおも可能にしながらＣＤＲ内の修飾を許容しなければならない、ファージディスプレイライブラリーでの使用に最適化されるようにヒトＶＨドメインを改善する必要性が残っている。ここに記載した発明はこの必要性に合致し、他の効果をもたらす。
【発明の概要】
【００１２】
本発明は、抗体構築及び選択のためのスキャフォールドとなりうる亢進された折り畳み安定性を備えた単離抗体可変ドメインを提供し、またかかる抗体を生産する方法を提供する。本発明は、抗体軽鎖可変ドメインと典型的には相互作用するであろう重鎖抗体可変ドメインの領域の疎水性を減少させるフレームワーク領域修飾によって、単離重鎖抗体可変ドメインの安定性が大きく亢進されるという驚くべき結果に基づいている。ある種のそのような単離された重鎖抗体可変ドメインはまた重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）の一又は複数で偏らない多様化を可能にする。本発明のポリペプチド及び方法は標的抗原に対する高親和性結合分子の単離に有用であり、得られる良好に折り畳まれた抗体可変ドメインは大規模生産に直ぐに適応させることができる。
【００１３】
抗体可変ドメインが天然に生じる抗体可変ドメインと比較して一又は複数のアミノ酸変異を含み、該一又は複数のアミノ酸変異が抗体可変ドメインの安定性を増大させる単離抗体可変ドメインが本発明によって提供される。一実施態様では、抗体可変ドメインは重鎖抗体可変ドメインである。一態様では、抗体可変ドメインはＶＨ３サブグループのものである。他の態様では、抗体可変ドメインの増大した安定性は、抗体可変ドメインの凝集の減少によって測定される。他の態様では、抗体可変ドメインの増大した安定性は、抗体可変ドメインのＴｍの増加によって測定される。他の態様では、抗体可変ドメインの増大した安定性は、クロマトグラフィーアッセイの増加した収率によって測定される。他の実施態様では、該一又は複数のアミノ酸変異は、軽鎖可変ドメインとの相互作用の原因である抗体可変ドメイン部分の親水性を増大させる。一態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００１４】
一実施態様では、重鎖抗体可変ドメインが天然に生じる重鎖抗体可変ドメインと比較して一又は複数のアミノ酸変異を含み、該一又は複数のアミノ酸変異が単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させ、該一又は複数のアミノ酸変異が、アミノ酸位置３５、３７、４５、４７、及び９３−１０２の変異から選択される単離重鎖抗体可変ドメインが提供される。一態様では、アミノ酸位置３５がアラニンであり、アミノ酸位置４５がバリンであり、アミノ酸位置４７がメチオニンであり、アミノ酸位置９３がスレオニンであり、アミノ酸位置９４がセリンであり、アミノ酸位置９５がリジンであり、アミノ酸残基９６がリジンであり、アミノ酸残基９７がリジンであり、アミノ酸残基９８がセリンであり、アミノ酸位置９９がセリンであり、アミノ酸位置１００がプロリンであり、アミノ酸位置１００ａがイソロイシンである。他の態様では、単離重鎖抗体可変ドメインは配列番号２８及び５４を含むアミノ酸配列を有している。他の態様では、アミノ酸位置３５がグリシンであり、アミノ酸位置４５がチロシンであり、アミノ酸位置９３がアルギニンであり、アミノ酸位置９４がスレオニンであり、アミノ酸位置９５がフェニルアラニンであり、アミノ酸位置９６がスレオニンであり、アミノ酸位置９７がスレオニンであり、アミノ酸位置９８がアスパラギンであり、アミノ酸位置９９がセリンであり、アミノ酸位置１００がリジンであり、アミノ酸位置１００ａがリジンである。他の態様では、単離重鎖抗体可変ドメインは配列番号２６及び５２を含むアミノ酸配列を有している。他の態様では、アミノ酸位置３５がセリンであり、アミノ酸位置３７がアラニンであり、アミノ酸位置４５がメチオニンであり、アミノ酸位置４７がセリンであり、アミノ酸位置９３がバリンであり、アミノ酸位置９４がスレオニンであり、アミノ酸位置９５がグリシンであり、アミノ酸位置９６がアスパラギンであり、アミノ酸位置９７アルギニンであり、アミノ酸位置９８がスレオニンであり、アミノ酸位置９９がロイシンであり、アミノ酸位置１００がリジンであり、アミノ酸位置１００ａがリジンである。他の態様では、単離重鎖抗体可変ドメインは配列番号３１及び５７を含むアミノ酸配列を有している。他の態様では、アミノ酸位置３５がセリンであり、アミノ酸位置４５がアルギニンであり、アミノ酸位置４７がグルタミン酸であり、アミノ酸位置９３がイソロイシンであり、アミノ酸位置９５がリジンであり、アミノ酸位置９６がロイシンであり、アミノ酸位置９７がスレオニンであり、アミノ酸位置９８がアスパラギンであり、アミノ酸位置９９がアルギニンであり、アミノ酸位置１００がセリンであり、アミノ酸位置１００ａがアルギニンである。他の態様では、単離重鎖抗体可変ドメインは配列番号３９及び６５を含むアミノ酸配列を有している。一態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００１５】
他の態様では、アミノ酸位置３５のアミノ酸が小アミノ酸である。他の態様では、小アミノ酸がグリシン、アラニン、及びセリンから選択される。他の態様では、アミノ酸位置３７のアミノ酸が疎水性アミノ酸である。他の態様では、疎水性アミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン、及びチロシンから選択される。他の態様では、アミノ酸位置４５のアミノ酸が疎水性アミノ酸である。他の態様では、疎水性アミノ酸がトリプトファン、フェニルアラニン、及びチロシンから選択される。他の態様では、アミノ酸位置３５がグリシン及びアラニンから選択され、アミノ酸位置４７がトリプトファン及びメチオニンから選択される。他の態様では、アミノ酸位置３５がセリンであり、アミノ酸位置４７がフェニルアラニン及びグルタミン酸から選択される。一態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００１６】
他の実施態様では、重鎖抗体可変ドメインが天然に生じる重鎖抗体可変ドメインと比較してアミノ酸位置３５、３７、３９、４４、４５、４７、５０、９１、９３−１００ｂ、１０３、及び１０５の変異から選択される一又は複数のアミノ酸変異を含み、該一又は複数のアミノ酸変異が単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる単離重鎖抗体可変ドメインが提供される。一態様では、アミノ酸位置３５がグリシンであり、アミノ酸位置３９がアルギニンであり、アミノ酸位置４５がグルタミン酸であり、アミノ酸位置５０がセリンであり、アミノ酸位置９３がアルギニンであり、アミノ酸位置９４がセリンであり、アミノ酸位置９５がロイシンであり、アミノ酸位置９６がスレオニンであり、アミノ酸位置９７がスレオニンであり、アミノ酸位置９９がセリンであり、アミノ酸位置１００がリジンであり、アミノ酸位置１００ａがスレオニンでありアミノ酸位置１０３がアルギニンである。他の態様では、単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号１３９及び２１５を含むアミノ酸配列を有している。他の態様では、アミノ酸位置３９、４５、及び５０の何れかのアミノ酸が親水性アミノ酸である。他の態様では、アミノ酸位置３９、４５、及び５０のアミノ酸の各々が親水性アミノ酸である。他の態様では、アミノ酸位置３９がアルギニンであり、アミノ酸位置４５がグルタミン酸であり、アミノ酸位置５０がセリンである。他の態様では、アミノ酸位置３９、４５、及び５０のアミノ酸の各々が親水性アミノ酸である。他の態様では、アミノ酸位置３９がアルギニンであり、アミノ酸位置４５がグルタミン酸であり、アミノ酸位置５０がセリンである。一態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００１７】
重鎖抗体可変ドメインが天然に生じる重鎖抗体可変ドメインと比較して一又は複数のアミノ酸変異を含み、アミノ酸位置３７、４４、及び９１が野生型であり、該一又は複数のアミノ酸変異が単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる単離重鎖抗体可変ドメインが提供される。一態様では、単離重鎖抗体可変ドメインがＣＤＲ−Ｈ３の各アミノ酸位置の置換に対して許容性である。他の態様では、単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号２６を含むアミノ酸配列を有している。他の態様では、単離重鎖抗体可変ドメインが配列番号１３９を含むアミノ酸配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００１８】
重鎖抗体可変ドメインが天然に生じる重鎖抗体可変ドメインと比較してアミノ酸位置３５、３７、３９、４４、４５、４７、５０、及び９１に一又は複数のアミノ酸変異を含み、該一又は複数のアミノ酸変異が単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる単離重鎖抗体可変ドメインが提供される。一態様では、アミノ酸位置３５のアミノ酸がグリシン、アラニン、セリン、及びグルタミン酸から選択され；アミノ酸位置３９のアミノ酸がグルタミン酸であり；アミノ酸位置５０のアミノ酸がグリシン及びアルギニンから選択され、アミノ酸位置３７、４４、４７、及び９１のアミノ酸が野生型である。他の態様では、アミノ酸位置３５のアミノ酸がグリシンであり、アミノ酸位置３７のアミノ酸が疎水性アミノ酸であり；アミノ酸位置３９のアミノ酸がアルギニンであり；アミノ酸位置４４のアミノ酸が小アミノ酸であり；アミノ酸位置４５のアミノ酸がグルタミン酸であり；アミノ酸位置４７のアミノ酸がロイシン、バリン、及びアラニンから選択され；アミノ酸位置５０のアミノ酸がセリンであり；アミノ酸位置９１のアミノ酸が疎水性アミノ酸である。一態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００１９】
アミノ酸位置３５のアミノ酸がグリシンであり；アミノ酸位置３９のアミノ酸がアルギニンであり；アミノ酸位置４５のアミノ酸がグルタミン酸であり；アミノ酸位置４７のアミノ酸がロイシンであり；アミノ酸位置５０のアミノ酸がアルギニンである単離重鎖抗体可変ドメインが提供される。一態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
単離重鎖抗体可変ドメインが天然に生じる重鎖抗体可変ドメインと比較して一又は複数のアミノ酸変異を含み、該一又は複数のアミノ酸変異が単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させ、重鎖抗体可変ドメインが配列番号２６を含むアミノ酸を有する単離重鎖抗体可変ドメインが提供される。一態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００２０】
単離重鎖抗体可変ドメインが天然に生じる重鎖抗体可変ドメインと比較して一又は複数のアミノ酸変異を含み、該一又は複数のアミノ酸変異が単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させ、重鎖抗体可変ドメインが配列番号１３９を含むアミノ酸を有する単離重鎖抗体可変ドメインが提供される。一態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置３５に変異を更に含む。他のかかる態様では、アミノ酸位置３５のアミノ酸がグリシン、セリン及びアスパラギン酸から選択される。他の態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置３９に変異を更に含む。他のかかる態様では、アミノ酸位置３９のアミノ酸がアスパラギン酸である。他の態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置４７に変異を更に含む。他のかかる態様では、アミノ酸位置４７のアミノ酸がアラニン、グルタミン酸、ロイシン、スレオニン、及びバリンから選択される。他の態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置４７と別のアミノ酸位置に変異を更に含む。他のかかる態様では、アミノ酸位置４７のアミノ酸がグルタミン酸であり、アミノ酸位置３５のアミノ酸がセリンである。一態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００２１】
抗体可変ドメインのフレームワーク領域が天然に生じる抗体可変ドメインと比較して二つのアミノ酸変異を含み、該二つのアミノ酸変異が抗体可変ドメインの安定性を増大させる単離重鎖抗体可変ドメインが提供される。一実施態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置４７にロイシンを、アミノ酸位置３７にスレオニンを含む。他の実施態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置４７にロイシンを、アミノ酸位置３９にセリン、スレオニン、リジン、ヒスチジン、グルタミン、アスパラギン酸、及びグルタミン酸から選択されるアミノ酸を含む。他の実施態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置３７にロイシンを、アミノ酸位置４５にセリン、スレオニン、及びヒスチジンから選択されるアミノ酸を含む。他の実施態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置４７にロイシンを、アミノ酸位置１０３にセリン及びスレオニンから選択されるアミノ酸を含む。他の実施態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置３５にグリシンを、アミノ酸位置３９にアルギニンを、アミノ酸位置４５にグルタミン酸を、アミノ酸位置４７にロイシンを、アミノ酸位置５０にセリンを含む。他の態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置３７にセリンを更に含む。一態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００２２】
抗体可変ドメインのフレームワーク領域が天然に生じる抗体可変ドメインと比較して三つのアミノ酸変異を含み、該三つのアミノ酸変異が抗体可変ドメインの安定性を増大させる単離重鎖抗体可変ドメインが提供される。一実施態様では、重鎖抗体可変ドメインはＶ３７Ｓ、Ｗ４７Ｌ、Ｓ５０Ｒ、Ｗ１０３Ｓ、及びＷ１０３Ｒから選択される三つの変異を含む。他の実施態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置４７にロイシンを含み、Ｖ３７Ｓ、Ｓ５０Ｒ、及びＷ１０３Ｓから選択される二つの変異を含む。他の実施態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置４７にロイシンを含み、Ｖ３７Ｓ、Ｓ５０Ｒ、及びＷ１０３Ｒから選択される二つの変異を含む。一態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００２３】
抗体可変ドメインのフレームワーク領域が天然に生じる抗体可変ドメインと比較して四つのアミノ酸変異を含み、該四つのアミノ酸変異が抗体可変ドメインの安定性を増大させる単離重鎖抗体可変ドメインが提供される。一実施態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置３７にセリンを、アミノ酸位置４７にロイシンを、アミノ酸位置５０にアルギニンを、アミノ酸位置１０３にセリン及びアルギニンから選択されるアミノ酸を含む。他の実施態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置３７にセリンを、アミノ酸位置４７にロイシンを、アミノ酸位置５０にアルギニンを、アミノ酸位置１０３にアルギニンを含む。他の実施態様では、重鎖抗体可変ドメインはアミノ酸位置３７にセリンを、アミノ酸位置４７にロイシンを、アミノ酸位置５０にアルギニンを、アミノ酸位置１０３にセリンを含む。一態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００２４】
他の実施態様では、本発明はアミノ酸位置３５、３９、及び４５に変異を含み、３７、４７、５０、及び１０３から選択されるアミノ酸位置に一又は複数の変異を更に含む単離重鎖抗体可変ドメインを提供する。一態様では、アミノ酸位置３５、３９、及び４５の変異はＨ３５Ｇ、Ｑ３９Ｒ、及びＬ４５Ｅである。他の態様では、３７、４７、５０、及び１０３から選択されるアミノ酸位置の一又は複数のアミノ酸変異はＶ３７Ｓ、Ｗ４７Ｌ、Ｓ５０Ｒ、Ｗ１０３Ｒ、及びＷ１０３Ｓから選択される。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００２５】
他の実施態様では、本発明はアミノ酸位置３５、３９、及び４５、及び５０に変異を含み、３７、４７、及び１０３から選択されるアミノ酸位置に一又は複数の変異を更に含む単離重鎖抗体可変ドメインを提供する。一態様では、アミノ酸位置３５、３９、４５、及び５０の変異はＨ３５Ｇ、Ｑ３９Ｒ、Ｌ４５Ｅ、及びＲ５０Ｓである。他の態様では、３７、４７、及び１０３から選択されるアミノ酸位置の一又は複数のアミノ酸変異はＶ３７Ｓ、Ｗ４７Ｌ、Ｗ１０３Ｒ、及びＷ１０３Ｓから選択される。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号１の配列を有している。他の態様では、変異前のＶＨドメインは配列番号２の配列を有している。
【００２６】
他の実施態様では、前記抗体可変ドメインの何れかをコードするポリヌクレオチドが提供される。他の実施態様では、かかるポリヌクレオチドを含む複製可能な発現ベクターが提供される。他の実施態様では、かかる複製可能な発現ベクターを含む宿主細胞が提供される。他の実施態様では、かかる複製可能な発現ベクターのライブラリーが提供される。他の実施態様では、前記抗体可変ドメインの複数の任意のものが提供される。一態様では、該複数の抗体可変ドメインの各抗体可変ドメインは少なくとも一つの相補性決定領域（ＣＤＲ）に一又は複数の変異アミノ酸を含む。かかる一態様では、該少なくとも一つの相補性決定領域はＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３から選択される。
【００２７】
他の実施態様では、前記抗体可変ドメインの何れかを含む組成物が提供される。一態様では、組成物は適切な希釈剤を更に含有する。他の態様では、組成物は一又は複数の更なる治療剤を含有する。他のかかる態様では、一又は複数の更なる治療剤は少なくとも一種の化学療法剤を含む。他の実施態様では、前記抗体可変ドメインの何れかを含むキットが提供される。一態様では、キットは一又は複数の更なる治療剤を含む。他の態様では、キットは使用のための指示書を更に含む。
【００２８】
他の実施態様では、複数の単離重鎖抗体可変ドメインを生成させる方法であって、天然に生じる重鎖抗体可変ドメインと比較して重鎖抗体可変ドメインの一又は複数のフレームワーク領域を変異させることを含み、該一又は複数のアミノ酸変異が重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる方法が提供される。一側面では、該一又は複数のアミノ酸変異はここに記載されたアミノ酸変異である。
【００２９】
他の実施態様では、上述の単離重鎖抗体可変ドメインの任意のものが二重特異的又は多重特異的抗体中のモジュラー結合ユニットでありうる。
他の実施態様では、単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる方法であって、天然に生じる抗体可変ドメインと比較して抗体可変ドメインの一又は複数のフレームワークアミノ酸を変異させることを含み、該一又は複数のフレームワークアミノ酸変異が単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる方法が提供される。一側面では、該一又は複数のアミノ酸変異はここに記載されたアミノ酸変異である。
【図面の簡単な説明】
【００３０】
【図１Ａ】図１Ａは４Ｄ５重鎖可変ドメイン（ＶＨ）のヌクレオチド（配列番号２６９及び２７０）及びアミノ酸（配列番号１）配列を示し、プロテインＡ結合配列及びＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３を示す。
【図１Ｂ】図１Ｂは実施例４に記載されたＬｉｂ２＿３変異体を作製するために使用した４Ｄ５重鎖可変ドメイのヌクレオチド（配列番号２７１及び２７２）及びアミノ酸配列（配列番号２）を示し、これは下線を付した４個のアミノ酸が図１Ａの配列とは異なっている。
【図２】図２はプラスミドｐＰＡＢ４３４３１−７中の遺伝子エレメント及びヒト４Ｄ５ＶＨドメインコード配列の配置を模式的に例証する。
【図３】図３は４Ｄ５モノクローナル抗体からの野生型ＶＬ及びＶＨドメインの結晶構造を示す（左の画像）。拡大されたＶＨドメイン（右の画像）はプロテインＡ又はＶＬと相互作用する４Ｄ５ＶＨドメインの異なった領域を示している。
【図４Ａ】図４Ａは、実施例１に記載されたような、ライブラリー１選択体(selectants)から得られる野生型４Ｄ５ＶＨドメインアミノ酸配列及び２５の独特なアミノ酸配列の各々を示す。ライブラリー１配列の各々はそうでないと断らない限り全ての位置で野生型配列と同一であった。ボックスで囲んだ残基は３５位の残基に基づく配列（グリシン、アラニン、又はセリン）のグループ分けを示している。
【図４Ｂ】図４Ｂは、実施例１に記載されたような、ライブラリー１選択体(selectants)から得られる野生型４Ｄ５ＶＨドメインアミノ酸配列及び２５の独特なアミノ酸配列の各々を示す。ライブラリー１配列の各々はそうでないと断らない限り全ての位置で野生型配列と同一であった。ボックスで囲んだ残基は３５位の残基に基づく配列（グリシン、アラニン、又はセリン）のグループ分けを示している。
【図５】図５は、実施例１Ｄ（１）に記載されたような、野生型４Ｄ５ＶＨドメインと比較したライブラリー１ＶＨドメイン選択体Ｌｉｂ１＿１７、Ｌｉｂ１＿６２、Ｌｉｂ１＿８７、Ｌｉｂ１＿９０、Ｌｉｂ１＿４５、及びＬｉｂ１＿６６の各々に対する精製収率の棒グラフを示す。
【図６Ａ】図６Ａは、実施例１Ｄ（２）に記載されたような、野生型４Ｄ５ＶＨドメイン及びライブラリー１ＶＨドメイン選択体Ｌｉｂ１＿１７の各々のゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図６Ｂ】図６Ｂは、実施例１Ｄ（２）に記載されたような、ライブラリー１ＶＨドメイン選択体Ｌｉｂ１＿６２、Ｌｉｂ１＿４５の各々のゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図６Ｃ】図６Ｃは、実施例１Ｄ（２）に記載されたような、ライブラリー１ＶＨドメイン選択体Ｌｉｂ１＿８７、Ｌｉｂ１＿６６の各々のゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図６Ｄ】図６Ｄは、実施例１Ｄ（２）に記載されたような、ライブラリー１ＶＨドメイン選択体Ｌｉｂ１＿９０のゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図７】図７は、実施例１Ｄ（３）に記載されたような、野生型４Ｄ５ＶＨドメイン（「ＷＴ」）及びライブラリー１ＶＨドメイン選択体Ｌｉｂ１＿１７、Ｌｉｂ１＿６２、Ｌｉｂ１＿８７、Ｌｉｂ１＿９０、Ｌｉｂ１＿４５、及びＬｉｂ１＿６６の各々に対する２５−８５℃範囲にわたる融解曲線を示す。細線は、温度が８５℃から２５℃まで減少された再折り畳み変化を示している。太線は、温度が２５℃から９５℃まで増加された再折り畳み変化を示している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配した後、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついで９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【図８】図８は実施例１Ｅに記載されたプロテインＡ ＥＬＩＳＡの結果を示すグラフを示す。
【図９Ａ】図９Ａは、実施例２に記載されたような、ライブラリー２選択体から得られた野生型４Ｄ５ ＶＨドメインアミノ酸配列及び７４の独特なアミノ酸配列の各々を示す。ライブラリー２配列の各々は、そうではないことを明記しない限り全ての位置において野生型配列と同一である。
【図９Ｂ】図９Ｂは、実施例２に記載されたような、ライブラリー２選択体から得られた野生型４Ｄ５ ＶＨドメインアミノ酸配列及び７４の独特なアミノ酸配列の各々を示す。ライブラリー２配列の各々は、そうではないことを明記しない限り全ての位置において野生型配列と同一である。
【図９Ｃ】図９Ｃは、実施例２に記載されたような、ライブラリー２選択体から得られた野生型４Ｄ５ ＶＨドメインアミノ酸配列及び７４の独特なアミノ酸配列の各々を示す。ライブラリー２配列の各々は、そうではないことを明記しない限り全ての位置において野生型配列と同一である。
【図９Ｄ】図９Ｄは、実施例２に記載されたような、ライブラリー２選択体から得られた野生型４Ｄ５ ＶＨドメインアミノ酸配列及び７４の独特なアミノ酸配列の各々を示す。ライブラリー２配列の各々は、そうではないことを明記しない限り全ての位置において野生型配列と同一である。
【図１０Ａ】図１０Ａ及び１０Ｂは、実施例２に記載されているような、プロテインＡに結合するライブラリー２選択体の能力を評価する実験からの結果を示している。図１０Ａは、野生型４Ｄ５ ＶＨドメイン、Ｌｉｂ１＿６２、及び１１の対象のライブラリー２クローンに対してプロテインＡ結合樹脂でのカラムクロマトグラフィーを使用して得られた精製収率の棒グラフを示す。
【図１０Ｂ】図１０Ａ及び１０Ｂは、実施例２に記載されているような、プロテインＡに結合するライブラリー２選択体の能力を評価する実験からの結果を示している。図１０Ｂは、野生型４Ｄ５ ＶＨドメイン、Ｌｉｂ１＿６２、及び１１の対象のライブラリー２クローンに対するプロテインＡ ＥＬＩＳＡの結果を示す。
【図１１】図１１は、実施例２に記載されたような、野生型４Ｄ５ ＶＨドメイン及びＬｉｂ２＿３ＶＨドメインのゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図１２】図１２は、実施例２に記載されたような、野生型４Ｄ５ ＶＨドメイン（「ＷＴ」）及びＬｉｂ２＿３ＶＨドメインに対する２５−８５℃範囲にわたる融解曲線を示す。細線は、温度が８５℃から２５℃まで減少された再折り畳み変化を示している。太線は、温度が２５℃から９５℃まで増加された再折り畳み変化を示している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配した後、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついで９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【図１３】図１３は、Ｌｉｂ２＿３ＶＨドメイン中において野生型（Ｖ３７、Ｇ４４、Ｗ４７、及びＹ９１）又は変異原性（Ｈ３５Ｇ、Ｑ３９Ｒ、Ｌ４５Ｅ、及びＲ５０Ｓ）であったライブラリー２からのランダム化残基に対応する二つの表を示す。該表は、実施例３に記載されているような、２０のアミノ酸の特定の一つがライブラリー３及び４から得られた配列に現れた回数を列挙している。明るい影の部分はアミノ酸が示した位置に多かったことを示し、より暗い影の部分はアミノ酸が示された位置では低出現率であったことを示している。「ＴＨ」は変換されたシャノンエントロピーを示している。
【図１４】図１４は、実施例５に記載されているような、ライブラリー５でアラニンスキャンしたＶＨドメインＣＤＲ−Ｈ３位置の各々における野生型／アラニン比を示す棒グラフを示す。
【図１５Ａ】図１５Ａは、実施例４に記載したような、アンバーＬｉｂ２＿３変異体及びＬｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｇ３５Ｓ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｒ３９Ｄ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ａの各々のゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図１５Ｂ】図１５Ｂは、実施例４に記載したような、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｅ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｔ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｖの各々のゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図１５Ｃ】図１５Ｃは、実施例４に記載したような、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｅのゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図１６Ａ】図１６Ａは、実施例４に記載したような、ＷＴ４Ｄ５、Ｌｉｂ２＿３アンバー変異体、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ａ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｅに対する２５−８５℃に渡る融解曲線を示す。破線は再折り畳み変化を示し、温度が８５℃から２５℃まで減少している。実線はアンフォールディング変化を示し、温度が２５℃から９５℃まで増加している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配し、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついでそれを９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【図１６Ｂ】図１６Ｂは、実施例４に記載したような、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｔ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｖ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｅに対する２５−８５℃に渡る融解曲線を示す。破線は再折り畳み変化を示し、温度が８５℃から２５℃まで減少している。実線はアンフォールディング変化を示し、温度が２５℃から９５℃まで増加している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配し、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついでそれを９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【図１７Ａ】図１７Ａは、実施例４に記載したような、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｔ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｓ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｔの各々のゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図１７Ｂ】図１７Ｂは、実施例４に記載したような、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｋ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｈ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｑ、及びＬｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｄの各々のゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図１７Ｃ】図１７Ｃは、実施例４に記載したような、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｅ  Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｅ４５Ｓ  Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｅ４５Ｔ  Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｅ４５Ｈの各々のゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図１７Ｄ】図１７Ｄは、実施例４に記載したような、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｓ、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｔ、及びＬｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｗ４７Ｌの各々のゲル濾過／光散乱解析からのトレースを示す。
【図１８】図１８は、実施例４に記載したような、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓに対する２５−８５℃に渡る融解曲線を示す。破線は再折り畳み変化を示し、温度が８５℃から２５℃まで減少している。実線はアンフォールディング変化を示し、温度が２５℃から９５℃まで増加している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配し、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついでそれを９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【図１９】図１９は、野生型４Ｄ５ ＶＨドメイン、４Ｄ５Ｆａｂ、Ｌｉｂ１＿６２、Ｌｉｂ１＿９０、Ｌｉｂ２＿３、Ｌｉｂ２＿３で野生型４Ｄ５Ｈ３ドメインを持つ物、及びＬｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｔ５７Ｅに対するプロテインＡ ＥＬＩＳＡの結果を示す。
【図２０Ａ】図２０Ａは、実施例６に記載したような、様々なＶＨ及びＶＨＨドメインの結晶構造を示す。図２０Ａは、Cho等 (Nature. (2003) Feb 13;421(6924):756-60)に記載されたようなハーセプチン(登録商標)ＶＨドメインの構造（左パネル）、及びＶＨ−Ｂ１ａの構造を示している。ＶＨ−Ｂ１ａ構造は、１．７Åの分解能、１６．４％のＲ（ｃｒｙｓｔ）、２０．４％のＲ（ｆｒｅｅ）、及び０．６５°（１０８／１２０残基に基づく）の標準偏差（分子置換のための１Ｎ８Ｚ ＶＨドメインのフレームワークＣａｌｐｈａ原子で計算）を有する。
【図２０Ｂ】図２０Ｂは、実施例６に記載したような、様々なＶＨ及びＶＨＨドメインの結晶構造を示す。図２０Ｂは、ラクダ類抗ヒト絨毛性ゴナドトロピンＶＨＨドメイン（Bond等, J. Mol. Biol. 332: 643-655 (2003)）（左上パネル）、ＨＥＬ結合ＶＨドメイン（ＶＨ−Ｈｅｌ４）（Jespers等, J. Mol. Biol. 337: 893-903 (2004)）（右上パネル）、ハーセプチンＶＨドメイン（左下パネル）及びＶＨ−Ｂ１ａ（右下パネル）に対して得られた結晶構造の残基３５を囲む領域の詳細な図を示す。
【図２１】図２１は、実施例７ａに記載されたような、ＶＨドメイン Ｂ１ａの二つの異なった濃度のゲル濾過／光散乱解析のトレースを示す。
【図２２】Ａ及びＢは、実施例７ａに記載されたような、異なったオリゴマー状態のゲル濾過／光散乱解析のトレースを示す。
【図２３】図２３は、実施例７ａに記載されたような、Ｂ１ａの異なったオリゴマー状態の還元及び非還元ＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動解析の結果を示す。
【図２４Ａ】図２４Ａは、ここに記載された多くのＶＨドメインに対するタンパク質収率、消衰係数、分子量、ピーク面積、滞留時間、融解温度及び再折り畳みパーセントデータを与える表を示す（例えば実施例７Ｂ及び実施例８を参照）。
【図２４Ｂ】図２４Ｂは、ここに記載された多くのＶＨドメインに対するタンパク質収率、消衰係数、分子量、ピーク面積、滞留時間、融解温度及び再折り畳みパーセントデータを与える表を示す（例えば実施例７Ｂ及び実施例８を参照）。
【図２５Ａ】図２５Ａは、実施例７ｂに記載されたような、変異体Ｂ１ａＶＨドメインのゲル濾過／光散乱解析のトレースを示す。
【図２５Ｂ】図２５Ｂは、実施例７ｂに記載されたような、変異体Ｂ１ａＶＨドメインのゲル濾過／光散乱解析のトレースを示す。
【図２５Ｃ】図２５Ｃは、実施例７ｂに記載されたような、変異体Ｂ１ａＶＨドメインのゲル濾過／光散乱解析のトレースを示す。
【図２５Ｄ】図２５Ｄは、実施例７ｂに記載されたような、変異体Ｂ１ａＶＨドメインのゲル濾過／光散乱解析のトレースを示す。
【図２５Ｅ】図２５Ｅは、実施例７ｂに記載されたような、変異体Ｂ１ａＶＨドメインのゲル濾過／光散乱解析のトレースを示す。
【図２５Ｆ】図２５Ｆは、実施例７ｂに記載されたような、変異体Ｂ１ａＶＨドメインのゲル濾過／光散乱解析のトレースを示す。
【図２６Ａ】図２６Ａは、実施例７ｂに記載されたような、ここに記載されたある種のＶＨドメインに対する温度の増加（実線）及び減少（破線）時に観察される折り畳み割合のグラフを示す。
【図２６Ｂ】図２６Ｂは、実施例７ｂに記載されたような、ここに記載されたある種のＶＨドメインに対する温度の増加（実線）及び減少（破線）時に観察される折り畳み割合のグラフを示す。
【図２６Ｃ】図２６Ｃは、実施例７ｂに記載されたような、ここに記載されたある種のＶＨドメインに対する温度の増加（実線）及び減少（破線）時に観察される折り畳み割合のグラフを示す。
【図２６Ｄ】図２６Ｄは、実施例７ｂに記載されたような、ここに記載されたある種のＶＨドメインに対する温度の増加（実線）及び減少（破線）時に観察される折り畳み割合のグラフを示す。
【図２６Ｅ】図２６Ｅは、実施例７ｂに記載されたような、ここに記載されたある種のＶＨドメインに対する温度の増加（実線）及び減少（破線）時に観察される折り畳み割合のグラフを示す。
【図２６Ｆ】図２６Ｆは、実施例７ｂに記載されたような、ここに記載されたある種のＶＨドメインに対する温度の増加（実線）及び減少（破線）時に観察される折り畳み割合のグラフを示す。
【図２６Ｇ】図２６Ｇは、実施例７ｂに記載されたような、ここに記載されたある種のＶＨドメインに対する温度の増加（実線）及び減少（破線）時に観察される折り畳み割合のグラフを示す。
【図２６Ｈ】図２６Ｈは、実施例７ｂに記載されたような、ここに記載されたある種のＶＨドメインに対する温度の増加（実線）及び減少（破線）時に観察される折り畳み割合のグラフを示す。
【図２７Ａ】図２７Ａは、実施例７ｂに記載したような、Ｂ１ａ ＶＨドメイン及び幾つかのＢ１ａ変異体ＶＨドメインに対する２５−８５℃に渡る融解曲線を示す。破線は再折り畳み変化を示し、温度が８５℃から２５℃まで減少している。実線はアンフォールディング変化を示し、温度が２５℃から９５℃まで増加している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配し、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついでそれを９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【図２７Ｂ】図２７Ｂは、実施例７ｂに記載したような、Ｂ１ａ ＶＨドメイン及び幾つかのＢ１ａ変異体ＶＨドメインに対する２５−８５℃に渡る融解曲線を示す。破線は再折り畳み変化を示し、温度が８５℃から２５℃まで減少している。実線はアンフォールディング変化を示し、温度が２５℃から９５℃まで増加している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配し、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついでそれを９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【図２７Ｃ】図２７Ｃは、実施例７ｂに記載したような、Ｂ１ａ ＶＨドメイン及び幾つかのＢ１ａ変異体ＶＨドメインに対する２５−８５℃に渡る融解曲線を示す。破線は再折り畳み変化を示し、温度が８５℃から２５℃まで減少している。実線はアンフォールディング変化を示し、温度が２５℃から９５℃まで増加している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配し、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついでそれを９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【図２７Ｄ】図２７Ｄは、実施例７ｂに記載したような、Ｂ１ａ ＶＨドメイン及び幾つかのＢ１ａ変異体ＶＨドメインに対する２５−８５℃に渡る融解曲線を示す。破線は再折り畳み変化を示し、温度が８５℃から２５℃まで減少している。実線はアンフォールディング変化を示し、温度が２５℃から９５℃まで増加している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配し、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついでそれを９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【図２８Ａ】図２８Ａは、実施例８に記載されたような、変異体ＶＨドメインのゲル濾過／光散乱解析のトレースを示す。
【図２８Ｂ】図２８Ｂは、実施例８に記載されたような、変異体ＶＨドメインのゲル濾過／光散乱解析のトレースを示す。
【図２８Ｃ】図２８Ｃは、実施例８に記載されたような、変異体ＶＨドメインのゲル濾過／光散乱解析のトレースを示す。
【図２９Ａ】図２９Ａは、実施例８に記載されたような、ここに記載されたある種のＶＨドメインに対する温度の増加（上、実線）及び減少（下、破線）時に観察される折り畳み割合のグラフを示す。
【図２９Ｂ】図２９Ｂは、実施例８に記載されたような、ここに記載されたある種のＶＨドメインに対する温度の増加（上、実線）及び減少（下、破線）時に観察される折り畳み割合のグラフを示す。
【図２９Ｃ】図２９Ｃは、実施例８に記載されたような、ここに記載されたある種のＶＨドメインに対する温度の増加（上、実線）及び減少（下、破線）時に観察される折り畳み割合のグラフを示す。
【図３０Ａ】図３０Ａは、実施例８に記載したような、Ｂ１ａ変異体ＶＨドメインに対する２５−８５℃に渡る融解曲線を示す。破線は再折り畳み変化を示し、温度が８５℃から２５℃まで減少している。実線はアンフォールディング変化を示し、温度が２５℃から９５℃まで増加している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配し、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついでそれを９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【図３０Ｂ】図３０Ｂは、実施例８に記載したような、Ｂ１ａ変異体ＶＨドメインに対する２５−８５℃に渡る融解曲線を示す。破線は再折り畳み変化を示し、温度が８５℃から２５℃まで減少している。実線はアンフォールディング変化を示し、温度が２５℃から９５℃まで増加している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配し、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついでそれを９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【図３０Ｃ】図３０Ｃは、実施例８に記載したような、Ｂ１ａ変異体ＶＨドメインに対する２５−８５℃に渡る融解曲線を示す。破線は再折り畳み変化を示し、温度が８５℃から２５℃まで減少している。実線はアンフォールディング変化を示し、温度が２５℃から９５℃まで増加している。現象の可逆性は、タンパク質試料を８５℃に配し、タンパク質試料を８５℃から２５℃まで冷却し、ついでそれを９５℃まで再び加熱することによって評価した。
【発明を実施するための形態】
【００３１】
Ａ．定義
「アフィニティー精製」なる用語は、化学又は結合パートナーへ分子を特異的吸引又は結合して、パートナー部分に結合されたまま又は吸引されたままで不純物から分子を分離することが可能になる組み合わせ体又は複合体を形成することに基づく分子の精製を意味する。
「抗体」なる用語は、最も広義に用いられ、特に単一モノクローナル抗体（アゴニスト及びアンタゴニスト抗体を含む）、多重エピトープ特異性を有する抗体組成物、親和性成熟抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、単鎖抗原結合分子、例えばモノボディ(monobodies)、並びにそれらが所望の生物学的活性を示す限り、抗原結合断片又はポリペプチド（例えばＦａｂ、Ｆ(ａｂ')２、ｓｃＦｖ及びＦｖ）を包含する。
【００３２】
ここで使用される場合、「抗体可変ドメイン」は、相補性決定領域（ＣＤＲ；つまりＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３）及びフレームワーク領域（ＦＲ；つまりＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４）のアミノ酸配列を含む抗体分子の軽鎖及び重鎖の部分を意味する。ＦＲはここで定義されるＣＤＲ位置以外の抗体可変ドメインにおけるアミノ酸位置を含む。ＶＨは抗体の重鎖の可変ドメインを意味する。ＶＬは抗体の軽鎖の可変ドメインを意味する。ＶＨＨはモノボディの重鎖可変ドメインを意味する。本発明において使用される方法によれば、ＣＤＲ及びＦＲにあてがわれるアミノ酸位置はＫａｂａｔ（Sequences of Proteins of Immunological Interest (National Institutes of Health, Bethesda, Md., 1987及び1991)）によって定義される。抗体又はその抗原結合断片のアミノ酸番号付けはまた上に挙げたＫａｂａｔ等のものによる。
【００３３】
ここで使用される場合、「ＣＤＲ」は、抗原結合ポケット又は溝にループを形成するアミノ酸の近接配列を意味する。ＣＤＲループに含まれるアミノ酸配列は構造又はアミノ酸配列に基づいて選択される。一実施態様では、ＣＤＲのループアミノ酸は、抗体、抗体重鎖、又は抗体軽鎖の三次元構造を調べることによって決定される。該三次元構造は抗体可変ドメインにループを形成しそうな位置のような溶媒露出アミノ酸位置について解析されうる。抗体可変ドメインの三次元構造は結晶構造又はタンパク質モデル化から誘導されうる。他の実施態様では、ＣＤＲのループ境界はＣｈｏｔｈｉａ（Chothia及びLesk, 1987, J. Mol. Biol., 196:901-917）に従って決定される。１から３個のアミノ酸残基が場合によってはＣｈｏｔｈｉａＣＤＲのＣ末端及びＮ末端に加えられてもよい。ある実施態様では、ＣＤＲ１のアミノ酸位置はアミノ酸位置２４から３４を含み、それから本質的になり、又はそれからなり、ＣＤＲ２のアミノ酸位置はアミノ酸位置５１から５６を含み、それから本質的になり、又はそれからなり、ＣＤＲ３位置は抗体重鎖可変ドメインのアミノ酸位置９６から１０１を含み、それから本質的になり、又はそれからなる。
【００３４】
「抗体断片」は、一般には無傷抗体の抗原結合部位を含み、よって抗原に結合する能力を保持する無傷抗体の一部のみを含む。本定義によって包含される抗体断片の非限定的な例には、（ｉ）重鎖及び軽鎖間に一つの鎖間ジスルフィド結合を有するＶＬ、ＣＬ、ＶＨ及びＣＨ１ドメインを有するＦａｂ断片；（ｉｉ）ＣＨ１ドメインのＣ末端に一又は複数のシステイン残基を有するＦａｂ断片であるＦａｂ'断片；（ｉｉｉ）ＶＨ及びＣＨ１ドメインを有するＦｄ断片；（ｉｖ）ＶＨ及びＣＨ１ドメイン及びＣＨ１ドメインのＣ末端に一又は複数のシステイン残基を有するＦｄ'断片；（ｖ）抗体の単一アームのＶＬ及びＶＨドメインを有するＦｖ断片；（ｖｉ）ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片；（ｖｉｉ）少なくともＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、ＣＨ１ドメインを含みヒンジ領域を欠く無ヒンジ抗体；（ｖｉｉｉ）ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって結合した二つのＦａｂ'断片を含む二価断片のＦ(ａｂ')２断片；（ｉｘ）単鎖抗体分子（例えば単鎖Ｆｖ；ｓｃＦｖ）；（ｘ）同じポリペプチド鎖内に軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に連結した重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む二つの抗原結合部位を持つダイアボディ(diabodies)；（ｘｉ）軽鎖、重鎖及び単一アーム抗原結合ドメインの半減期を増加させることができるＦｃ領域を形成するのに十分なＮ末端が切断された重鎖定常領域を含む単一アーム抗原結合分子；及び（ｘｉｉ）相補的軽鎖ポリペプチドと共に一対の抗原結合領域を形成する一対のタンデムＦｄセグメント対（ＶＨ−ＣＨ１−ＶＨ−ＣＨ１）を含む「直鎖状抗体」が含まれる。
【００３５】
ここで使用される「モノボディ」なる用語は、少なくとも一つの重鎖可変ドメインを有し、軽鎖可変ドメインを持たない抗原結合分子を意味する。モノボディは軽鎖の不在下で抗原に結合することができ、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２及びＣＤＲＨ３と命名された典型的には３つのＣＤＲ領域を有している。重鎖ＩｇＧモノボディはジスルフィド結合によって連結された二つの重鎖抗原結合分子を有している。重鎖可変ドメインは一又は複数のＣＤＲ領域、例えばＣＤＲＨ３領域を含む。
【００３６】
「Ｖｈ」又は「ＶＨ」又は「ＶＨドメイン」は抗体重鎖の可変ドメインを意味する。「ＶＬ」又は「ＶＬ」又は「ＶＬドメイン」は抗体軽鎖の可変ドメインを意味する。「ＶＨＨ」又は「ＶｈＨ」はモノボディの形態で生じる重鎖抗体の可変ドメインを意味する。「ラクダモノボディ」又は「ラクダＶＨＨ」は、二本の足指と硬い足の裏を有する足を持つ動物を含むラクダ科の動物源から得られたモノボディ又はその抗原結合部分を意味する。ラクダ科の動物には、限定されないが、ラクダ、ラマ、及びアルパカが含まれる。
【００３７】
ここで使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味する。すなわち、集団を構成する個々の抗体は、抗体の産生中に生じうる変異体を除いて、本質的に同一である。
ここでのモノクローナル抗体には、重鎖及び／又は軽鎖の一部が、特定の種由来の抗体、あるいは特定の抗体クラス又はサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一であるか又は相同性があり、鎖の残りの部分が他の種由来の抗体、あるいは他の抗体クラス又はサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一であるか又は相同である「キメラ」抗体、並びにそれが所望の生物的活性を有する限りこのような抗体の断片が特に含まれる(米国特許第４８１６５６７号；及びMorrison等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855(1984))。
【００３８】
非ヒト(例えばマウス)抗体の「ヒト化」型とは、非ヒト免疫グロブリンから得られた最小配列を含むキメラ抗体である。大部分において、ヒト化抗体は、レシピエントの高頻度可変領域（ＨＶＲ）の残基が、マウス、ラット、ウサギ又は非ヒト霊長類のような所望の特異性、親和性及び能力を有する非ヒト種(ドナー抗体)の高頻度可変領域（ＨＶＲ）の残基によって置換されたヒト免疫グロブリン(レシピエント抗体)である。ある場合には、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域(ＦＲ)残基は、抗原結合親和性を改善するために対応する非ヒト残基によって置換される。更に、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見出されない残基を含んでいてもよい。これらの修飾は抗体親和性又は機能的活性を改善するために行われうる。一般に、ヒト化抗体は、全て又はほとんど全ての高頻度可変ループが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、全て又はほとんど全てのＦＲがヒト免疫グロブリン配列のものである少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体はまたここに記載されたように抗原結合断片として生産することもできる。ヒト化抗体は、場合によっては、免疫グロブリン定常領域(Ｆｃ)、典型的にはヒト免疫グロブリンのもの又はそれから誘導されたものの少なくとも一部をまた含む。更なる詳細は、Jones等, Nature 321, 522-525(1986)；Riechmann等, Nature 332, 323-329(1988)；及びPresta, Curr. Op. Struct. Biol. 2, 593-596(1992)を参照のこと。また次の概説論文及びそこに引用された文献を参照のこと：Vaswani及びHamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1:105-115 (1998)；Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038 (1995)；Hurle and Gross, Curr. Op. Biotech 5:428-433 (1994)。
【００３９】
「ヒト抗体」は、ヒトによって生産された抗体のものに対応し、及び／又はここに開示されたヒト抗体を作製する方法の何れかを使用して作製されたアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除く。
ここで使用される場合、「高度に多様な位置」とは、既知の及び／又は天然に生じる抗体又は抗原結合断片又はポリペプチドのアミノ酸配列を比較した場合にその位置に多数の異なったアミノ酸が提示されている抗体軽鎖又は重鎖の可変領域に位置したアミノ酸の位置を意味する。高度に多様な位置は典型的にはＣＤＲ領域に見出される。一態様では、既知の及び／又は天然に生じる抗体中において高度に多様な位置を決定する能力は、Ｋａｂａｔ, Sequences of Proteins of Immunological Interest (National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1987及び1991)によって与えられたデータによって容易になる。ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓ／ｓｉｍｋａｂ．ｈｔｍｌにあるインターネットベースのデータベースは、ヒト軽鎖及び重鎖配列の広範な収集物とアラインメントを提供し、これらの配列における高度に多様な位置の決定を容易にする。本発明によれば、アミノ酸位置は、それがその位置に好ましくは約２から約１１、好ましくは約４から約９、好ましくは約５から約７の異なった可能なアミノ酸残基変異を有しているならば、高度に多様である。ある実施態様では、アミノ酸位置は、それがその位置に少なくとも約２、好ましくは少なくとも約４、好ましくは少なくとも約６、好ましくは少なくとも約８の異なった可能なアミノ酸残基変異を有しているならば、高度に多様である。
【００４０】
ここで使用される場合、「ライブラリー」は複数の抗体、抗体断片配列、又は抗体可変ドメイン（例えば本発明のポリペプチド）、又はこれらの配列をコードする核酸を意味し、該配列は本発明の方法によってこれらの配列中に導入される変異アミノ酸の組合せにおいて異なっている。
ここで使用される「スキャフォールド」は、異種ポリペプチドがポリペプチドに挿入された場合に安定な構造又は構造エレメントを維持するポリペプチド又はその一部を意味する。スキャフォールドは、異種ポリペプチドが挿入された後のポリペプチドの構造及び／又は機能的特徴の維持を提供する。一実施態様では、スキャフォールドは抗体可変ドメインの一又は複数のＦＲ領域を含み、異種ＣＤＲがスキャフォールドに挿入された場合に安定な構造を維持する。
【００４１】
ここで使用される「ソース抗体(source antibody)」は、その抗原結合決定基配列が、ここに記載された基準に従って多様化が実施されたときに鋳型配列となる抗体又は抗原結合ポリペプチドを意味する。ソース抗体可変ドメインには、抗体、抗体可変ドメイン、その抗原結合断片又はポリペプチド、モノボディ、ＶＨＨ、無傷又は合成ライブラリーから得られたモノボディ又は抗体可変ドメイン、ラクダ類抗体、天然に生じる抗体又はモノボディ、合成抗体、又は組換え抗体、ヒト化抗体又はモノボディ、生殖細胞系列誘導抗体又はモノボディ、キメラ抗体又はモノボディ、及びアフィニティ成熟抗体又はモノボディが含まれうる。一実施態様では、ポリペプチドはＶｈ３サブグループのメンバーである抗体可変ドメインである。
【００４２】
ここで使用される場合、「溶媒露出位置」とは、潜在的に溶媒露出に利用でき、及び／又は抗体特異的抗原のような分子と接触されるものとして、抗体又は抗原結合ポリペプチドの構造、構造のアンサンブル及び／又はモデル化構造に基づいて決定される、ソース抗体又は抗原結合ポリペプチドの重鎖及び／又は軽鎖の可変領域におけるアミノ酸残基の位置を意味する。これらの位置は典型的にはＣＤＲに見出されるが、ＦＲ及びタンパク質の外部表面にもまた見出されうる。ここで定義される抗体又は抗原結合ポリペプチドの溶媒露出位置は、当該分野で既知の多くのアルゴリズムのうち任意のものを使用して決定することができる。ある実施態様では、溶媒露出位置は、例えばＩｎｓｉｇｈｔＩＩプログラム（Accelrys, San Diego, CA）のようなコンピュータプログラムを使用して、抗体又は抗原結合ポリペプチドの３次元モデルから座標を使用して決定される。溶媒露出位置はまた当該分野で知られているアルゴリズムを使用して決定することもできる（例えば、Lee及びRichards, J. Mol. Biol. 55, 379 (1971)及びConnolly, J. Appl. Cryst. 16, 548 (1983)）。溶媒露出位置の決定は、タンパク質モデル化に適したソフトウェア及び抗体から得られた３次元構造情報を使用して実施することができる。これらの目的に利用されうるソフトウェアには、ＳＹＢＹＬバイオポリマー・モジュール・ソフトウェア（Tripos Associates）が含まれる。一般に、アルゴリズム（プログラム）がユーザー入力サイズパラメータを必要とする場合、計算に使用されるプローブの「サイズ」は半径約１．４Å又はそれ以下に設定される。加えて、パソコン用ソフトウェアを使用する溶媒露出領域及び面積の決定方法はＰａｃｉｏｓ（(1994)“ARVOMOL/CONTOUR: molecular surface areas and volumes on Personal Computers." Comput. Chem. 18(4): 377-386；及び(1995).“Variations of Surface Areas and Volumes in Distinct Molecular Surfaces of Biomolecules." J. Mol. Model. 1: 46-53）によって記載されている。
【００４３】
ここで使用される語句「構造アミノ酸位置(structural amino acid position)」とは、例えば抗原又は標的分子のような分子に特異的に結合するもののような少なくとも一つの生物学的機能をポリペプチドが保持するように該ポリペプチドの構造の安定性に寄与するポリペプチドのアミノ酸を意味する。構造アミノ酸位置は、ポリペプチドの構造的安定性に影響を及ぼさないでアミノ酸置換に対して許容性が少ないアミノ酸位置として同定される。アミノ酸置換に対して許容性が少ないアミノ酸位置は、国際公開第０１／４４４６３号に記載されたようなアラニンスキャニング突然変異誘発又はショットガンスキャニングのような方法を使用し、構造安定性に対する野生型アミノ酸の消失効果を解析することで同定できる。
【００４４】
ここで使用される「安定性」なる用語は、例えば抗原又はプロテインＡのような分子への結合のような、その通常の機能的活性の少なくとも一つを分子が保持するような生理学的条件下で折り畳み状態を維持する分子の能力を意味する。分子の安定性は標準的な方法を使用して決定することができる。例えば、熱融解（「Ｔｍ」）温度を測定することによって決定することができる。Ｔｍはその分子の１／２が折り畳まれていない状態になる摂氏温度である。典型的には、Ｔｍが高くなればなるほど、分子はより安定になる。
【００４５】
ここで使用される「ランダムに生成された集団」なる用語は、あるドメインにおける一又は複数のアミノ酸位置がその位置における全部で２０の天然に生じるアミノ酸の置換を可能にするランダムなコドンセットによってコードされる変異体アミノ酸を有しているポリペプチド集団を意味する。例えば、一実施態様では、ランダム化ＶＨ又はその部分を有するポリペプチドのランダムに生成された集団は、ランダムなコドンセットによってコードされるＶＨの各位置に変異体アミノ酸を含む。ランダムなコドンセットには、限定されないが、ＮＮＳ及びＮＮＫと命名されたコドンセットが含まれる。「細胞」、「細胞株」、及び「細胞培養物」はここでは交換可能に使用され、かかる名称には細胞又は細胞株の全ての子孫が含まれる。よって、例えば、「形質転換体」及び「形質転換細胞」のような用語には、移行数に関係なく、一次被験細胞及びそれから誘導された培養物が含まれる。全ての子孫は、計画的な又は偶発の変異のためにＤＮＡ量が正確には同一ではない場合があることがまた理解される。最初に形質転換された細胞においてスクリーニングされたものと同じ機能又は生物活性を有している変異体子孫が含まれる。異なる命名法が意図される場合は、それは文脈から明らかであろう。
【００４６】
発現を指す場合、「コントロール配列」は、特定の宿主生物において作用可能に結合したコード配列を発現するために必要なＤＮＡ配列を意味する。例えば原核生物に適したコントロール配列は、プロモーター、場合によってはオペレーター配列、リボソーム結合部位、及び場合によっては未だあまり理解されていない他の配列を含む。真核生物の細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、及びエンハンサーを利用することが知られている。
【００４７】
「コートタンパク質」なる用語は、少なくともその一部がウィルス粒子の表面上に存在しているタンパク質を意味する。機能的観点からは、コートタンパク質は、宿主細胞におけるウィルス構築プロセス中に結合し、それが他の宿主細胞に感染するまで構築ウィルスに結合したままである任意のタンパク質である。コートタンパク質は主要なコートタンパク質であり得、又はマイナーなコートタンパク質でありうる。「主要な」コートタンパク質は、一般に好ましくは少なくとも約５、より好ましくは少なくとも約７、更により好ましくは少なくとも約１０のタンパク質コピー又はそれ以上の中に存在しているコートタンパク質である。主要なコートタンパク質はビリオン当たり何十、何百又は何千のコピー中に存在しうる。主要なコートタンパク質の例は糸状ファージのｐ８タンパク質である。
【００４８】
ここで使用される場合、「コドンセット」は、所望の変異体アミノ酸をコードするのに使用される異なったヌクレオチドトリプレット配列のセットを意味する。コドンセットによって提供されるヌクレオチドトリプレットの全ての可能な組合せを表し、アミノ酸の所望の群をコードする配列を含むオリゴヌクレオチドのセットは、例えば固相合成法によって合成することができる。コドン命名法の標準的な形態は、当該分野で知られここに記載されているＩＵＢコードのものである。ここで使用される「非ランダムコドンセット」は、よって、ここに記載のアミノ酸の選択基準を部分的に、好ましくは完全に満たす選択アミノ酸をコードするコドンセットを意味する。ある位置に選択されたヌクレオチド「縮重」を有するオリゴヌクレオチドの合成法は当該分野でよく知られており、例えばＴＲＩＭアプローチ法である（Knappek等; J. Mol. Biol. (1999), 296:57-86)；Garrard及びHenner, Gene (1993), 128:103)）。あるコドンセットを有するそのようなヌクレオチドセットは、市販の核酸合成機（例えばApplied Biosystems, Foster City, CAから入手可能）を使用して合成することができ、あるいは商業的に得ることができる（例えばLife Technologies, Rockville, MDから）。従って、特定のコドンセットを有する合成オリゴヌクレオチドセットは、典型的には、差異が全配列内のコドンセットによって樹立される異なった配列を有する複数のオリゴヌクレオチドを含む。本発明によって使用されるオリゴヌクレオチドは、可変ドメイン核酸鋳型へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有し、また必ずしもそうではないが、例えばクローニングの目的に有用な制限酵素部位を含みうる。
【００４９】
「融合タンパク質」及び「融合ポリペプチド」は、共有結合によって互いに結合した２つの部分を有するポリペプチドを意味し、その部分の各々が異なった性質を有するポリペプチドである。該性質は、例えばインビトロ又はインビボ活性のような、生物学的性質であり得る。該性質はまた単純な化学的又は物理的な性質、例えば標的分子への結合性、反応の触媒等々でありうる。二つの部分は単一ペプチド結合によって直接的にあるいは一又は複数のアミノ酸残基を含むペプチドリンカーを介して結合されうる。一般に、該二つの部分とリンカーは互いに読み枠を一致させている。
【００５０】
「異種ＤＮＡ」は宿主細胞に導入される任意のＤＮＡである。該ＤＮＡは、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、合成ＤＮＡ及びこれらの融合体又は組合せを含む様々な供給源から誘導されうる。該ＤＮＡは、宿主又はレシピエント細胞と同じ細胞又は細胞型からのＤＮＡあるいは例えば哺乳動物又は植物からの異なった細胞型からのＤＮＡを含みうる。該ＤＮＡは、場合によってはマーカー又は選択遺伝子、例えば抗生物質耐性遺伝子、温度耐性遺伝子等々を含みうる。
【００５１】
「ライゲーション」は二つの核酸断片間にホスホジエステル結合を形成するプロセスである。二つの断片のライゲーションでは、断片の末端は互いに適合性がなければならない。ある場合には、末端はエンドヌクレアーゼ消化後に直接的に適合性を持つであろう。しかしながら、エンドヌクレアーゼ消化後に一般的に生成されるねじれ型末端を平滑末端に転換してライゲーションに適合したものにすることが先ず必要な場合がある。末端を平滑化するには、ＤＮＡを、４のデオキシリボヌクレオチドトリホスフェートの存在下でＤＮＡポリメラーゼＩ又はＴ４ＤＮＡポリメラーゼの約１０ユニットのクレノウ断片を用いて１５℃で少なくとも１５分の間、適切なバッファー中で処理する。ついで、ＤＮＡをフェノール-クロロホルム抽出及びエタノール沈殿又はシリカ精製によって精製する。互いに結合されることになるＤＮＡ断片を約等モル量で溶液中に入れる。その溶液はまたＡＴＰ、リガーゼバッファー、及びリガーゼ、例えばＴ４ＤＮＡリガーゼを０．５μｇのＤＮＡ当たり約１０ユニット含むであろう。ＤＮＡがベクターに結合される場合には、そのベクターは適当な制限エンドヌクレアーゼでの消化によって最初に直線化される。ついで、直線化された断片を細菌アルカリホスファターゼ又は仔ウシ腸ホスファターゼで処理してライゲーション工程中のセルフライゲーションを防止する。
【００５２】
「変異」は、野生型配列のような参照ヌクレオチド配列に対するヌクレオチドの欠失、挿入、又は置換である。
ここで使用される場合、「天然」又は「天然に生じる」ポリペプチド又はポリヌクレオチドは非合成供給源から同定されたポリペプチド又はポリヌクレオチドを意味する。例えば、ポリペプチドが抗体又は抗体断片である場合、非合成供給源はエキソビボで得られた分化抗原特異的Ｂ細胞、又はその対応するハイブリドーマ細胞株、又は動物の血清由来でありうる。そのような抗体は、天然であるか誘導等された、任意のタイプの免疫反応で生産される抗体を含みうる。天然抗体は、例えばＫａｂａｔデータベースで同定される、アミノ酸配列、及びこれらの抗体を構成又はコードするヌクレオチド配列を含む。ここで使用される場合、天然抗体は「合成抗体」とは異なり、合成抗体は、例えば、ある位置における１個のアミノ酸又は１個を越えるアミノ酸の異なったアミノ酸での置換、欠失、又は付加によって変化させられた抗体配列を意味し、該異なったアミノ酸はソース抗体配列とは異なった抗体配列を提供する。
【００５３】
核酸に関して「作用可能に結合している」とは、核酸が他の核酸配列と機能的な関係にあることを意味している。例えば、プレ配列又は分泌リーダーのＤＮＡは、ポリペプチドの分泌に参画するプレタンパク質として発現されているなら、そのポリペプチドのＤＮＡに作用可能に結合している；プロモーター又はエンハンサーは、配列の転写に影響を及ぼすならば、コード配列に作用可能に結合している；又はリボソーム結合部位は、もしそれが翻訳を容易にするような位置にあるなら、コード配列と作用可能に結合している。一般に、「作用可能に結合している」とは、結合したＤＮＡ配列が近接しており、分泌リーダーの場合には近接していて読み枠にあることを意味する。しかし、エンハンサーは必ずしも近接している必要はない。結合は簡便な制限部位でのライゲーションにより達成される。そのような部位が存在しない場合は、一般的な手法に従って、合成オリゴヌクレオチドアダプターあるいはリンカーが使用される。
【００５４】
「ファージディスプレイ」は、変異体ポリペプチドを、ファージ、例えば糸状ファージ粒子の表面上のコートタンパク質の少なくとも一部への融合タンパク質としてディスプレイする技術である。ファージディスプレイの有用性は、ランダム化タンパク質変異体の大きなライブラリーを、高親和性でもって標的分子に結合する配列について迅速にかつ効率的に選別できるという点にある。ファージ上へのペプチド及びタンパク質ライブラリーのディスプレイは、特異的結合特性を持つものについて何百万ものポリペプチドをスクリーニングするために使用されている。多価ファージディスプレイ法は、糸状ファージの遺伝子ＩＩＩ又は遺伝子ＶＩＩＩへの融合体を通してランダム小ペプチド及び小タンパク質をディスプレイするために使用されている。Wells及びLowman, Curr. Opin. Struct. Biol., 3:355-362 (1992)と、そこで引用されている文献。一価ファージディスプレイでは、タンパク質又はペプチドライブラリーは遺伝子ＩＩＩ又はその一部に融合させられ、ファージ粒子が融合タンパク質の１コピーをディスプレイするか何もディスプレイしないように野生型遺伝子ＩＩＩタンパク質の存在下で低レベルで発現される。選別が内因的なリガンド親和性に基づくように結合活性効果が多価ファージに対して低減され、ファージミドベクターが使用され、これがＤＮＡ操作を単純にする。Lowman及びWells, Methods: A companion to Methods in Enzymology, 3:205-0216 (1991)。
【００５５】
「ファージミド」は、細菌の複製起点、例えばＣｏ１Ｅ１、及びバクテリオファージの遺伝子間領域のコピーを有するプラスミドベクターである。ファージミドは、糸状バクテリオファージ及びラムドイドバクテリオファージを含む任意の既知のバクテリオファージで使用されうる。プラスミドはまた一般には抗生物質耐性の選択マーカーも含む。これらのベクターにクローニングされるＤＮＡセグメントはプラスミドとして増殖することができる。これらのベクターを内部に持つ細胞がファージ粒子の生産のために必要な全ての遺伝子を備えているとき、プラスミドの複製様式はローリングサークル複製に変化し、プラスミドＤＮＡの１つの鎖のコピーとパッケージファージ粒子を生成する。ファージミドは感染性または非感染性ファージ粒子を形成しうる。この用語は、異種ポリペプチドがファージ粒子表面に提示されるように遺伝子融合体としてこの異種ポリペプチドの遺伝子と結合したファージコートタンパク質遺伝子又はその断片を含むファージミドを含む。
【００５６】
「ファージベクター」なる用語は、異種遺伝子を含んでいて複製ができるバクテリオファージの二本鎖複製型を意味する。ファージベクターは、ファージ複製及びファージ粒子形成を可能にするファージ複製起点を有している。ファージは糸状バクテリオファージ、例えばＭ１３、ｆ１、ｆｄ、Ｐｆ３ファージもしくはその誘導体、又はラムドイドファージ、例えばラムダ、２１、ｐｈｉ８０、ｐｈｉ８１、８２、４２４、４３４等、もしくはその誘導体でありうる。
【００５７】
「オリゴヌクレオチド」は、（例えばホスホトリエステル、亜リン酸エステル、又はホスホラミダイト化学で、１９８８年５月４日公開のＥＰ２６６０３２に記載されたような固相法を使用して、又はFroeshler等, Nucl. Acids, Res., 14:5399-5407 (1986)に記載されているようなデオキシヌクレオシドＨ-ホスホナート中間体を介した）化学合成のような既知の方法によって調製される短い長さの一本鎖又は二本鎖ポリデオキシヌクレオチドである。更なる方法には、以下に定義されるポリメラーゼ連鎖反応及び他のオートプライマー法及び固相担体上でのオリゴヌクレオチド合成法が含まれる。これらの方法の全てはEngels等, Agnew. Chem. Int. Ed. Engl., 28:716-734 (1989)に記載されている。これらの方法は、遺伝子の全核酸配列が既知であるか又は有意鎖に相補的な核酸の配列が利用できる場合に使用される。あるいは、標的アミノ酸配列が既知であれば、各アミノ酸残基に対して既知の好ましいコード化残基を使用して潜在的な核酸配列を推定できる。オリゴヌクレオチドはポリアクリルアミドゲル又は分子ふるいカラム又は沈殿によって精製することができる。
【００５８】
ＤＮＡは、ＤＮＡが非核酸不純物から分離される場合、「精製」される。不純物は極性、非極性、イオン性等々でありうる。
「転写制御エレメント」は次の成分の一又は複数を含むであろう：エンハンサーエレメント、プロモーター、オペレーター配列、リプレッサー遺伝子、及び転写終結遺伝子。これらの成分は当該分野でよく知られており、例えば米国特許第５６６７７８０号である。
「形質転換体」はＤＮＡに関連する表現型の発現によって証明されるようにＤＮＡを取り込み維持した細胞である（例えば抗生物質耐性がＤＮＡによってコードされるタンパク質によって付与される）。
「形質転換」は細胞がＤＮＡを取り込み「形質転換体」になるプロセスを意味する。ＤＮＡ取り込みは永久的であるか又は一過性でありうる。
【００５９】
出発又は参照ポリペプチド（例えばソース抗体又はその可変ドメイン）、例えば融合タンパク質（ポリペプチド）又は異種ポリペプチド（ファージに異種性）の「変異体」又は「突然変異体」は、１）出発又は参照ポリペプチドのものとは異なったアミノ酸配列を有し、２）天然か又は人為的な（人工の）突然変異誘発を介して出発又は参照ポリペプチドから誘導されたポリペプチドである。そのような変異体には、例えば、対象のポリペプチドのアミノ酸配列内の残基の欠失、及び／又はその挿入、及び／又はその置換が含まれる。例えば、（ソース抗体／抗原結合断片又はポリペプチド中の対応する位置に見出されるアミノ酸に対して）変異アミノ酸を有する配列をコードする非ランダムコドンセットを含むオリゴヌクレオチドを使用して生産された本発明の融合ポリペプチドはソース抗体又は抗原結合断片又はポリペプチドに対して変異ポリペプチドである。よって、変異体ＶＨは（例えばソース抗体又は抗原結合断片又はポリペプチドのもののような）出発又は参照ポリペプチド配列に対して変異配列を含むＶＨを意味する。この文脈において、変異アミノ酸は、（例えばソース抗体又は抗原結合断片又はポリペプチドのもののような）出発又は参照ポリペプチド配列中の対応する位置のアミノ酸とは異なるアミノ酸を意味する。最終構築物が所望の機能的特性を有するならば、欠失、挿入、及び置換の任意の組合せを行って最終変異体又は突然変異構築物に到達しうる。該アミノ酸変化はまたグリコシル化部位の数又は位置の変化のように、ポリペプチドの翻訳後プロセスを変化させうる。ポリペプチドのアミノ酸配列変異体の生産方法は、出典明示によりここに援用される米国特許第５５３４６１５号に記載されている。
【００６０】
例えばコートタンパク質、ＣＤＲ、又はソース抗体の可変ドメインのような「野生型」又は「参照」配列又は「野生型」又は「参照」タンパク質／ポリペプチドの配列は、変異体ポリペプチドが突然変異の導入によって誘導される参照配列である。一般に、与えられたタンパク質に対する「野生型」配列は自然に最も一般的である配列である。同様に、「野生型」遺伝子配列は自然に最も一般的に見出される遺伝子に対する配列である。変異は、自然のプロセスか又は人工誘導手段の何れかで「野生型」遺伝子（よってそれがコードするタンパク質）中に導入されうる。そのようなプロセスの産物は元の「野生型」タンパク質又は遺伝子の「変異」又は「突然変異」形態である。
ここで使用される場合、「Ｖｈ３」は抗体可変ドメインのサブグループを意味する。既知の抗体可変ドメインの配列を配列同一性について解析し、グループ分けした。サブグループＩＩＩの抗体重鎖可変ドメインはプロテインＡ結合部位を有していることが知られている。
【００６１】
ここで使用される本発明のポリペプチド又はポリヌクレオチドのような物質の「複数」又は「集団」は、その物質の二又はそれ以上のタイプ又は種類の集合を一般に意味する。特定のアミノ酸位置に見出される変異体アミノ酸のように、物質の二又はそれ以上が特定の特性に関して互いに異なっているならば、二又はそれ以上のタイプ又は種類の物質が存在する。非限定的な例では、特定のＣＤＲアミノ酸位置における一又は複数の変異アミノ酸を除いて配列が実質的に同じである本発明の二又はそれ以上のポリヌクレオチドが存在するならば、本発明のポリヌクレオチドの複数又は集団が存在する。
【００６２】
Ｂ．発明の形態
単離された抗体可変ドメインの多様なライブラリーは高親和性を有する新規な抗原結合分子を同定するのに有用である。高度に多様性であるばかりでなく構造的にも安定である抗体可変ドメインを有するライブラリーを作製することにより、細胞培養において大規模により容易に生産できるライブラリーから高親和性結合抗体可変ドメインを単離することが可能になる。本発明は、単離された抗体可変ドメインの折り畳み安定性が、無傷抗体の場合に軽鎖抗体可変ドメインと典型的に相互作用する重鎖抗体可変ドメインの部分の疎水性を亢進させることによって亢進させることができるという知見に基づいている。一態様では、ＶＬドメインと典型的に相互作用するＶＨ残基はアミノ酸位置３７、３９、４４、４５、４７、９１、及び１０３を含む。ある実施態様では、ＶＬドメインと典型的に相互作用するＶＨ残基の一又は複数の親水性が増加する一方、一又は複数の他のそのような残基の親水性は維持されるか又は減少する。ＶＬドメインと典型的に相互作用する一又は複数の残基の疎水性を増加させることによって、一又は複数の他のそのような残基の親水性又はＶＬドメインと相互作用するＶＨドメインの部分の全体の親水性を増加させうることが理解される。ある実施態様では、そのような修飾は、３つの重鎖相補性決定領域の一又は複数で完全で不偏性の多様化をなおも許容しながら全体の単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を改善する。
【００６３】
収率、凝集傾向、熱安定性は、タンパク質の全体の折り畳み安定性の指標であるが、別個に有用であることは当業者には理解されるであろう。よって、非限定的な例として、野生型ＶＨドメインに対して凝集傾向が増大するが、改善された収率と熱安定性を有する変異ＶＨドメインは、凝集の増大が問題とはならない応用に対してなお有用であり得る。同様に、他の非限定的な例では、野生型ＶＨドメインに対して収率は減少するが凝集傾向が低下し熱安定性が増大した変異ＶＨドメインは、多量のタンパク質が必要とされないか、又は複数ラウンドのタンパク質単離を実施することが可能である応用にはなお有用であろう。
【００６４】
一実施態様では、単離ＶＨドメインの３７位のアミノ酸の修飾が提供される。一態様では、３７位のアミノ酸は疎水性アミノ酸である。そのような一態様では、３７位のアミノ酸はトリプトファン、フェニルアラニン、及びチロシンから選択される。他の実施態様では、単離ＶＨドメインの３９位のアミノ酸の修飾が提供される。一態様では、３９位のアミノ酸は親水性アミノ酸である。一態様では、３９位のアミノ酸はアルギニン及びアスパラギン酸から選択される。他の実施態様では、単離ＶＨドメインの４５位のアミノ酸の修飾が提供される。一態様では、４５位のアミノ酸は疎水性アミノ酸である。かかる一態様では、４５位のアミノ酸はトリプトファン、フェニルアラニン、及びチロシンから選択される。他の態様では、４５位のアミノ酸は親水性アミノ酸である。かかる一態様では、４５位のアミノ酸はグルタミン酸である。他の実施態様では、単離ＶＨドメインの４７位のアミノ酸の修飾が提供される。一態様では、４７位のアミノ酸はアラニン、グルタミン酸、ロイシン、スレオニン、及びバリンから選択される。他の実施態様では、単離されたＶＨドメインはアミノ酸位置３７、３９、４４、４５、４７、９１、及び／又は１０３に二又はそれ以上の修飾を含む。他の実施態様では、単離されたＶＨドメインはアミノ酸位置３７、４７、５０、及び／又は１０３に三又はそれ以上の修飾を含む。他の実施態様では、単離されたＶＨドメインはアミノ酸位置３７、４７、５０、及び１０３に四又はそれ以上の修飾を含む。他の実施態様では、上記変異は配列番号１においてなされる。他の実施態様では、上記変異は配列番号２においてなされる。
【００６５】
本発明はまたポリペプチドの折り畳み安定性を更に増大させるために単離された重鎖抗体可変ドメインのフレームワーク領域内になされうる更なる修飾を提供する。単離重鎖抗体可変ドメインの安定性は、アミノ酸位置３５のヒスチジンをグリシンに変更した場合に亢進されることは知られている（Jespers等, J. Mol. Biol. (2004) 337: 893-903）。本出願人は単離重鎖抗体結合ドメインの安定性を改善する他の構造的修飾をまた特定する。
【００６６】
一態様では、単離されたＶＨドメインのアミノ酸位置３５のヒスチジンのグリシン以外のアミノ酸への変更がもたらされる。かかる一態様では、アミノ酸位置３５のヒスチジンはセリンに変更される。他のかかる態様では、アミノ酸位置３５のヒスチジンはアラニンに変更される。他のかかる態様では、アミノ酸位置３５のヒスチジンはアスパラギン酸に変更される。他の態様では、アミノ酸位置３５のヒスチジンはグリシンに変更され、単離ＶＨドメインが、Ｈ３５Ｇを含む単一変異のＶＨドメインに対して増大した折り畳み安定性を有するように、一又は複数の更なる変異がＶＨにおいてなされる。
【００６７】
他の態様では、単離されたＶＨドメインの５０位のアミノ酸の変更がもたらされる。かかる一態様では、５０位のアミノ酸は親水性アミノ酸に変更される。他のかかる態様では、５０位のアミノ酸はセリンに変更される。他のかかる態様では、５０位のアミノ酸はグリシンに変更される。他のかかる態様では、５０位のアミノ酸はアルギニンに変更される。他の実施態様では、単離されたＶＨドメインアミノ酸位置３５と５０の双方に変更を含む。
【００６８】
他の実施態様では、単離されたＶＨドメインはアミノ酸位置３５、３７、３９、４４、４５、４７、５０、９１、及び／又は１０３に二以上の変更を含む。一例では、本発明は単離ＶＨドメインのアミノ酸位置３５及び４７に新規な変更組合せを提供する。一態様では、３５位のアミノ酸はセリンであり、４７位のアミノ酸はフェニルアラニン及びグルタミン酸から選択される。他の態様では、３５位のアミノ酸はグリシンであり、４７位のアミノ酸はメチオニンである。他の態様では、３５位のアミノ酸はアラニンであり、４７位のアミノ酸はトリプトファン及びメチオニンから選択される。
他の実施態様では、単離されたＶＨドメインはアミノ酸位置３７、４７、５０、及び１０３に三以上の変更を含む。他の実施態様では、単離ＶＨドメインが含む。
【００６９】
本発明のポリペプチドは研究と医薬に用途が見出される。ここに記載のポリペプチドは、野生型ＶＨドメインに対して亢進された折り畳み安定性を持つ単離ＶＨドメインであり、これは一又は複数の標的抗原に対して特異的でありうる。かかるＶＨドメインは、例えば、一又は複数の標的抗原の存在に対する診断試薬として使用することができる。本発明のＶＨドメインの増大した折り畳み安定性は野生型ＶＨドメインよりもより長い時間より粗い条件下でそれらが活性を保持することを可能にし、よってそれらを例えば診断キットにおける使用に望ましい試薬にするので、一又は複数の標的抗原に特異的な野生型ＶＨドメインよりも本発明のＶＨドメインを使用するのが好ましい場合がある。同じ理由により、本発明のＶＨドメインは、一又は複数の標的抗原の精製のため、例えばアフィニティークロマトグラフィーカラムを構築するのに好ましい場合がある。本発明のＶＨドメインの増加した折り畳み安定性は、野生型ＶＨドメインよりも変性に耐えるその能力を増大させなければならず、よって野生型ＶＨドメインが許容するよりもよりストリンジェントな精製及び選択条件を許容する。亢進された折り畳み安定性は、典型的には細胞プロテアーゼによって分解されるであろう誤って折り畳まれ又は折り畳まれていない種の存在が少ないので、例えば細胞培養から調製する場合、タンパク質の収率をまた改善する。
【００７０】
本発明のポリペプチドはまた医薬に用途が見出される。単離されたＶＨドメインはそれ自体で治療剤になり、インビボで一又は複数の標的抗原に結合し、あるいは一又は複数の治療用分子に融合され得、ターゲティング機能を奏する。何れの場合でも、ＶＨドメイン／融合タンパク質の高まった安定性はその効能を高め、与えられた治療結果を達成するために投与される必要があるＶＨドメイン／融合タンパク質の量を潜在的に減少させ、それによって非標的抗原との非特異的相互作用を潜在的に減少させる。
他の実施態様では、本発明は、一又は複数の特異的標的抗原に対して多様化されるドメインの能力を妥協させることなく、単離重鎖抗体結合ドメインの折り畳み安定性を有意に増大させる方法を提供する。本発明はまた一又は複数の標的抗原に特異的なＶＨドメインのディスプレイ及び選択のためのＶＨドメインスキャフォールドとして特に適した単離された重鎖抗体結合ドメインを提供する。
【００７１】
他の実施態様では、ＶＨドメイン中のＦＲ及びＣＤＲアミノ酸位置は共にＶＨドメインが野生型ＶＨドメインに対して増大した折り畳み安定性を有するように変更される。変更されたＣＤＲアミノ酸位置はＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、及び／又はＣＤＲＨ３と、その混合物中にありうる。一態様では、ＶＨドメインは単離ＶＨドメインである。他の態様では、ＶＨドメインはＶＬドメインと結合している。かかる態様では、ＶＬドメインは、一又は複数のアミノ酸位置、例えばＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、及び／又はＶＬ ＦＲ残基にまた修飾を含みうる。
【００７２】
ＣＤＲアミノ酸位置は、各アミノ酸位置において通常生じるアミノ酸をコードする非ランダムコドンセットを使用してそれぞれ変異させることができる。ある実施態様では、ＣＤＲ領域内の溶媒露出及び高多様性アミノ酸位置が変異させられる場合、その位置に対して好ましくは少なくとも約５０％、好ましくは少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも約７０％、好ましくは少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約９０％、好ましくは全ての標的アミノ酸（上に定義したもの）をコードするコドンセットが選択される。ある実施態様では、ＣＤＲ領域内の溶媒露出及び高多様性アミノ酸位置が変異させられる場合、その位置に対して全標的アミノ酸（上に定義したもの）の好ましくは約５０％から約１００％、好ましくは約６０％から約９５％、好ましくは少なくとも約７０％から約９０％、好ましくは約７５％から約９０％をコードするコドンセットが選択される。
【００７３】
本発明の他の態様では、本発明のポリペプチドの一又は複数のＣＤＲ領域の残基は、天然に生じる抗体又はその抗原結合断片のものであるか、又は天然に生じるものであろうと合成であろうと、特定の抗原に結合する既知の抗体又はその抗原結合断片からのものでありうる。ある実施態様では、ＣＤＲ領域は各アミノ酸位置においてランダム化されうる。本発明の抗原結合分子は標準的な方法を使用した抗原結合親和性の更なる最適化を必要とする場合があることは当業者には理解されるであろう。一実施態様では、一又は複数のＣＤＲ領域アミノ酸配列はラクダ類抗体アミノ酸配列から由来する。他の実施態様では、一又は複数のＣＤＲ領域アミノ酸配列はラクダ類抗体アミノ酸配列に対応する最も近いヒト生殖系列配列から由来する。
【００７４】
抗体可変ドメインのライブラリー又は集団の多様性は、野生型ＶＨドメインに対して改善された折り畳み安定性を有する高親和性抗体を単離するための増大した能力をもたらすために抗体可変ドメインの構造を最適化しながら多様性を最大にするように設計される。抗体可変ドメインにおいて変異される位置の数は最小化されるか又は特に標的にされる。ある場合には、各一の変異体アミノ酸は、好ましくは（可能な場合には）希に生じるアミノ酸を除外しながら、各位置の通常生じるアミノ酸を含むように設計される。他の場合には、構造アミノ酸位置が特定され、多様性がその位置で最小化されて良好に折り畳まれたポリペプチドが確保される。ある実施態様では、少なくとも一つのＣＤＲを含む単一の抗体又は抗原結合ポリペプチドがソースポリペプチドとして使用される。
【００７５】
本発明は、特定の標的抗原に対する特異性を持つ改善された折り畳み安定性を有する一又は複数のＶＨドメインを同定することができるように一又は複数のＣＤＲアミノ酸位置に多様化をなおも許容しながら、野生型ＶＨドメインに対して改善された折り畳み安定性を有するＶＨドメインを作製する方法を提供する。本発明は一又は複数のＣＤＲアミノ酸位置において多様化をなおも許容しながら、野生型ＶＨドメインに対して改善された折り畳み安定性を有するＶＨドメインを設計する方法をまた提供する。本発明は、単離重鎖抗体可変ドメインの安定性を増大させる方法であって、ＶＬドメインと相互作用することが知られている重鎖抗体可変ドメインの一又は複数のアミノ酸の親水性を増大させることを含む方法をまた提供する。
【００７６】
一態様では、ＶＨドメインはＶＬと相互作用することが知られている一又は複数のアミノ酸位置で修飾されうる。かかる一態様では、ＶＬと相互作用することが知られているＶＨドメイン部分の親水性が増大させられる。他のかかる態様では、ＶＬと相互作用することが知られているＶＨドメイン部分の疎水性が減少させられる。かかる一態様では、ＶＬと相互作用することが知られているＶＨドメインの一又は複数のアミノ酸位置は、アミノ酸位置３７、３９、４４、４５、４７、９１、及び１０３から選択される。
増大した折り畳み安定性をまた有しながら配列とサイズに多様性を有する高親和性抗原結合体を有する抗体可変ドメインのライブラリーを、単一のソースポリペプチドを鋳型として使用し、特定のアミノ酸置換を使用して多様性を特定の位置に標的化させて作製することができることは驚くべきことである。
【００７７】
１．単離ＶＨでの多様性の作成
抗体可変ドメインの高品質ポリペプチドライブラリーは、ソース抗体又は抗体断片の、一又は複数の重鎖抗体可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークアミノ酸位置と、場合によっては一又は複数のＣＤＲを多様化させ、作成することができる。該ポリペプチドライブラリーはＶＨの折り畳み安定性を増大させるＶＨフレームワーク残基に少なくとも一つのアミノ酸変更を有する複数の変異体ポリペプチドを含む。ある実施態様では、フレームワーク及び／又はＣＤＲ修飾は、ＶＨドメインの構造安定性を最大にしながら、ある位置においてアミノ酸配列多様性をもたらすように設計される。
【００７８】
重鎖抗体可変ドメインのライブラリー又は集団の多様性は、一又は複数の標的抗原に対して高親和性を有するＶＨを単離する能力の増大をもたらすために重鎖抗体可変ドメインの構造安定性を高めながら多様性を最大にするように設計される。重鎖抗体可変ドメインフレームワーク領域において変異された位置の数は最小化され又は特異的に標的にされる。ある実施態様では、構造アミノ酸位置が同定され、多様性は良好に折り畳まれたポリペプチドを確実にする位置で最小化される。好ましくは、少なくとも一つのＣＤＲを含む単一抗体又は抗原結合ポリペプチドがソースポリペプチドとして使用される。
【００７９】
ソースポリペプチドは、天然に生じるものであれ合成であれ、任意の抗体、抗体断片、又は抗体可変ドメインでありうる。ポリペプチド又はソース抗体可変ドメインは、抗体、抗体可変ドメイン、その抗原結合断片又はポリペプチド、モノボディ、ＶＨＨ、未変性又は合成ライブラリーから得られたモノボディ又は抗体可変ドメイン、ラクダ類抗体、天然に生じる抗体又はモノボディ、合成抗体又はモノボディ、組換え抗体又はモノボディ、ヒト化抗体又はモノボディ、生殖系列由来抗体又はモノボディ、キメラ抗体又はモノボディ、及びアフィニティー成熟抗体又はモノボディを含みうる。一実施態様では、ポリペプチドは、Ｖｈ３サブグループのメンバーである抗体可変ドメインである。
【００８０】
ソース抗体可変ドメインには、限定されるものではないが、ファージディスプレイライブラリーの作製に過去に使用された抗体可変ドメイン、例えばＶＨＨ−ＲＩＧ、ＶＨＨ−ＶＬＫ、ＶＨＨ−ＬＬＲ、及びＶＨＨ−ＲＬＶ（Bond等, 2003, J. Mol. Biol., 332:643-655）及びヒト化抗体又は抗体断片、例えばｍＡｂｓ４Ｄ５、２Ｃ４、及びＡ４．６．１．が含まれる。表ＡはソースＶＨＨ−ＲＩＧ、ＶＨＨ−ＶＬＫ、ＶＨＨ−ＬＬＲ、及びＶＨＨ−ＲＬＶスキャフォールド中のＣＤＲ３のアミノ酸配列を示している。一実施態様では、ライブラリーは、ソース抗体としてモノボディの重鎖可変ドメイン（ＶＨＨ）を使用して作成される。小さいサイズと単純さが、高スループットタンパク質解析用試薬として又は潜在的な治療剤として、モノボディをペプチド模倣及び小分子設計のための魅力的なスキャフォールドにする。多様化されたＶＨＨドメインは、とりわけ、酵素阻害剤、新規な抗原結合分子、二重特異的又は細胞内抗体におけるモジュラー結合ユニットの設計において、タンパク質アレイにおける結合試薬として、及び拘束ペプチドライブラリーを提示するスキャフォールドとして有用である。
【００８１】
2009536527.tif 000003
【００８２】
ポリペプチドライブラリーにおいて多様性を発生させるための一基準は、ＶＬドメインと通常は相互作用するＶＨドメイン領域（「ＶＬ相互作用」残基）を選択することである。そのような領域は、典型的には有意な疎水性特性を有し、ＶＬドメインがないと、単離ＶＨドメインの凝集と安定性低下に至る。与えられたアミノ酸位置がＶＨドメイン上のＶＬ相互作用領域の一部であるかどうかを決定する一つの方法は、例えばＶＬ相互作用位置について抗体可変ドメインの三次元構造を調べることである。そのような情報が利用できる場合、抗原に近接しているアミノ酸位置はまた決定することができる。抗体可変ドメインの三次元構造情報は多くの抗体に対して利用でき、あるいは利用可能な分子モデル化プログラムを使用して調製することができる。ＶＬ相互作用アミノ酸位置はＦＲ及び／又はＣＤＲの端に見出すことができ、典型的にはタンパク質の外部にさらされる（例えば図３参照）。好ましくは、適切なアミノ酸位置は、ＩｎｓｉｇｈｔＩＩプログラム（Accelrys, San Diego, CA）のようなコンピュータプログラムを使用して、抗体の三次元モデルからの座標を使用して同定される。そのようなアミノ酸位置はまた当該分野で知られているアルゴリズム（例えばLee及びRichards, J. Mol. Biol. 55, 379 (1971)及びConnolly, J. Appl. Cryst. 16, 548 (1983)）を使用して決定することもできる。ＶＬ相互作用位置の決定は、タンパク質モデル化に適したソフトウェア及び抗体から得られた三次元構造情報を使用して実施することができる。これらの目的に利用することができるソフトウェアには、ＳＹＢＹＬバイオポリマー・モジュールソフトウェア（Tripos Associates）が含まれる。一般に、アルゴリズム（プログラム）がユーザー入力サイズパラメータを必要とする場合、計算に使用されるプローブの「サイズ」は約１．４Å又はそれ以下の半径に設定される。また、パソコン用のソフトウェアを使用する溶媒露出領域及び面積法の決定はＰａｃｉｏｓ（(1994) “ARVOMOL/CONTOUR: molecular surface areas and volumes on Personal Computers", Comput. Chem. 18(4): 377-386；及び“Variations of Surface Areas and Volumes in Distinct Molecular Surfaces of Biomolecules." J. Mol. Model. (1995), 1: 46-53）によって記載されている。ＶＬ相互作用に関与するアミノ酸位置の位置は異なった抗体可変ドメインで変わりうるが、典型的にはＦＲの少なくとも一つ又はその一部と時折ＣＤＲの少なくとも一部を含む。
【００８３】
ある例では、ＶＬ相互作用残基の選択は、参照ポリペプチド又はソース抗体がその３Ｄ折り畳み構造にあるとき最小の近接パッチを集合的に形成するＶＬ相互作用残基を選択することによって更に洗練される。コンパクトな（最小）近接パッチは、ＦＲの一部とＣＤＲの全範囲のサブセットのみ、例えばＣＤＲＨ１／Ｈ２／Ｈ３を含みうる。そのようなパッチの形成に寄与しないＶＬ相互作用残基は場合によっては多様化から除外されうる。この基準による選択の改良は、実務家が多様化される残基数を所望される場合には最小にすることを可能にする。この選択基準はまたＶＬ相互作用であるとは必ずしも思われない多様化される残基を、所望される場合選択するために使用されうる。例えば、ＶＬ相互作用であるとは思われないがＶＬ相互作用であると思われる他の残基と３Ｄ折り畳み構造において近接パッチを形成する残基が多様化のために選択されうる。そのような残基の選択は当業者には明らかであり、その妥当性はまた経験的にかつ熟練した実務家の必要性と願望に応じて決定することができる。
【００８４】
ＶＨフレームワーク領域及びＣＤＲ多様性は構造アミノ酸位置に限られうる。構造アミノ酸位置とは、ポリペプチドが抗原のような分子への特異的結合のような少なくとも一つの生物学的機能を保持するようにポリペプチドの構造安定性に寄与するＶＨフレームワーク領域又はＣＤＲ中のアミノ酸位置を意味する。ある実施態様では、プロテインＡのように、かかるポリペプチドは折り畳まれたポリペプチドに結合し折り畳まれていないポリペプチドには結合しないする標的分子に特異的に結合する。ＶＨフレームワーク領域又はＣＤＲの構造アミノ酸位置は、ポリペプチドの構造的安定性に負の影響を及ぼさないでアミノ酸置換に対して許容性が少ないアミノ酸位置として同定される。典型的には、ＣＤＲ領域は構造アミノ酸位置を含んでいないが、一又は複数のＦＲアミノ酸位置の修飾時には、一又は複数のＣＤＲアミノ酸位置が構造アミノ酸位置になりうる。
【００８５】
アミノ酸置換に許容性が少ないアミノ酸位置は、国際公開第０１／４４４６３号に記載されたアラニンスキャニング突然変異誘発又はショットガンスキャニングのような方法を用い、ＶＨフレームワーク領域又はＣＤＲ中の位置における構造安定性に対する野生型アミノ酸の消失効果を解析することによって同定することができる。アミノ酸位置は、野生型アミノ酸がＶＨフレームワーク領域中のアミノ酸位置のスキャニングアミノ酸と置き換えられ、得られた変異体が、折り畳まれたポリペプチドに結合する標的分子に対して乏しい結合性を示すならば、ポリペプチドの構造を維持するのに重要である。構造アミノ酸位置は、ある位置におけるスキャニングアミノ酸を持つ配列に対するその位置の野生型アミノ酸を持つ配列の比が少なくとも約３対１、５対１、８対１、又は約１０対１又はそれ以上である位置である。
【００８６】
あるいは、ＶＨフレームワーク領域又はＣＤＲ中の構造アミノ酸位置及び非構造アミノ酸位置は、各選択ＶＬ相互作用位置におけるシャノンエントロピーを計算することにより決定することができる。各選択アミノ酸位置（ＣＤＲ又はＦＲ位置かを問わない）を持つ抗体可変ドメインがランダム化され、プロテインＡのような、適切に折り畳まれた抗体可変ドメインに結合する分子に結合することによる安定性について選択される。結合体を単離し、配列決定し、配列を、適切な種（例えばヒト及び／又はマウス）からの抗体可変ドメイン配列データベースと比較する。ランダム化集団中における残基当たりの変動はシャノンエントロピーの計算を使用して推定することができ、約０に近い値はその位置におけるアミノ酸が保存されていることを示し、約４．２３に近い値は２０のアミノ酸全てでの置換に許容性があるアミノ酸位置を表している。構造アミノ酸位置は約２以下のシャノンエントロピー値を有する位置として同定される。
【００８７】
更なる実施態様では、構造アミノ酸位置は、例えばＫｙｔｅ及びＤｏｏｌｉｔｔｌｅの方法に従って、加重疎水性に基づいて決定することができる。ＶＨフレームワーク領域又はＣＤＲ中の構造アミノ酸位置及び非構造アミノ酸位置は、各選択ＶＬ相互作用位置における加重疎水性を計算することによって決定することができる。各選択アミノ酸位置（ＣＤＲ又はＦＲ位置にかかわらない）を持つ抗体可変ドメインがランダム化され、プロテインＡのような、適切に折り畳まれた抗体可変ドメインに結合する分子に結合することによる安定性について選択される。結合体を単離し、配列決定する。各位置における加重疎水性が計算され、任意のアミノ酸に対する平均疎水性よりも大なる加重疎水性を有する位置が構造アミノ酸位置として選択される。加重疎水性は一実施態様では−０．５より多く、他の実施態様では０又は１よりも大きい。
構造アミノ酸位置がひとたび同定されると、構造的混乱を最小にしながら多様なＶＨフレームワーク領域を持つライブラリーを提供するために多様性が最小化され又はその位置に制限される。構造アミノ酸位置で置換されるアミノ酸の数は約１から７、約１から４又は約１から２のアミノ酸を越えない。ある実施態様では、構造アミノ酸位置における変異アミノ酸は一又は複数の非ランダムコドンセットによってコードされる。非ランダムコドンセットは特定の位置に対する複数のアミノ酸、例えば約１から７、約１から４又は約１から２のアミノ酸をコードする。
【００８８】
一実施態様では、構造位置で置換されるアミノ酸は、ランダムに作製されたＶＨフレームワーク領域集団中のその位置に、その位置の任意のアミノ酸に対する平均頻度より少なくとも一標準偏差高い頻度で見出されるものである。一実施態様では、頻度はその位置の任意のアミノ酸に対する平均頻度よりも少なくとも６０％又はそれ以上多く、より好ましくは頻度はその位置の任意のアミノ酸に対する平均頻度より少なくとも一標準偏差（標準的な統計学的方法を使用して決定）多い。他の実施態様では、構造アミノ酸位置での置換に対して選択されるアミノ酸セットは、標準的な方法を使用して、その位置における各アミノ酸の発生率を計算することによって決定されるその位置に最も一般的に生じる６つのアミノ酸を含み、それから本質的になり、又はそれからなる。ある実施態様では、構造アミノ酸は、これらアミノ酸位置は埋もれてコア中に向く蓋然性が高いので、好ましくは疎水性アミノ酸又はシステインである。
変異体ＶＨフレームワーク領域は典型的にはＶＨ ＣＤＲ間に位置する。ランダム化ＶＨフレームワーク領域は、変異アミノ酸を有する一又は複数の非構造アミノ酸位置を含みうる。非構造アミノ酸位置は配列と長さが変わりうる。非構造アミノ酸位置は天然に生じるアミノ酸の何れか又は選択されたアミノ酸でランダムに置換することができる。ある実施態様では、一又は複数の非構造位置はランダムコドンセット又は非ランダムコドンによってコードされる変異アミノ酸を有しうる。非ランダムコドンセットは、システイン及び終止コドンのような非標的配列を最小にしながらその位置で少なくとも通常生じるアミノ酸サブセットを好ましくはコードする。非ランダムコドンセットの例には、限定されるものではないが、ＤＶＫ、ＸＹＺ、及びＮＶＴが含まれる。ランダムコドンセットの例には、限定されるものではないが、ＮＮＳ及びＮＮＫが含まれる。
【００８９】
他の実施態様では、ＶＨ多様性はコドンセットＮＮＳを使用して作成される。ＮＮＳとＮＮＫは同じアミノ酸グループをコードする。しかしながら、例えばオリゴヌクレオチド合成化学でのカップリング効率のように、当該分野で知られている様々な因子に応じて、一つのコドンセット又は他のものに対して個々の優先度が存在しうる。
ある実施態様では、本発明の方法の実施者は、ＮＮＳのようなコドンセット中のＮヌクレオチドのような、コドンセットに対して個々のヌクレオチド（Ｇ、Ａ、Ｔ、Ｃ）の量／割合を変更することを望む場合がある。これは例示的にＸＹＺコドンとして表される。これは、例えばコドンセット中のＮに対して直鎖の等しい割合のヌクレオチドを使用する代わりにコドンセット内に異なった量のヌクレオチドをドーピングすることによって、達成することができる。そのような修飾は実施者の環境と願望に応じて様々な目的に対して有用であり得る。例えば、そのような修飾は、例えばＣＤＲのプロファイルのような自然の多様性プロファイルに見られるアミノ酸の偏りをより密に反映させることができる。
【００９０】
ある実施態様では、非構造アミノ酸位置領域はまた長さが変わりうる。例えば、天然に生じる重鎖のＦＲ３は、Ｋａｂａｔ又はＣｈｏｔｈｉａに従ってＣＤＲが定まっているかどうかに応じて、２９個のアミノ酸から４１個のアミノ酸の範囲の長さを有しうる。非構造アミノ酸の近接ループは約１から２０アミノ酸、より好ましくは６から１５アミノ酸、より好ましくは約６から１０アミノ酸が変わりうる。
ポリペプチドが抗体重鎖可変ドメインである場合、構造アミノ酸とは別の他の選択されたフレームワーク領域残基における多様性は、ポリペプチドの構造安定性を維持するためにまた制限されうる。フレームワーク領域における多様性はまた軽鎖界面を形成する位置で制限されうる。ある実施態様では、軽鎖界面を形成する位置は親水性アミノ酸をコードする残基で多様化される。ラクダ類モノボディのＶＨＨ中の軽鎖界面に見出されるアミノ酸位置はアミノ酸位置３７、アミノ酸位置４５、アミノ酸位置４７及びアミノ酸位置９１を含む。重鎖界面残基は、重鎖に見出されるが軽鎖の６オングストローム以内にある少なくとも１個の側鎖原子を有している残基である。ヒト重鎖可変ドメインの軽鎖界面に見出される重鎖中のアミノ酸位置は位置３７、３９、４４、４５、４７、９１及び１０３を含む。
【００９１】
多様化したＶＨフレームワーク領域を有するライブラリーをひとたび調製したら、一又は複数の標的抗原への結合性についてそれらを選択し及び／又はスクリーニングすることができる。また、ライブラリーを特定の標的抗原への改善された結合親和性について選択することができる。標的抗原には任意のタイプの抗原性分子が含まれるが、好ましくは、限定されないがインターフェロン、ＶＥＧＦ、Ｈｅｒ−２、サイトカイン、及び増殖因子を含む治療用標的分子である。ある実施態様では、標的抗原は次のものの一又は複数でありうる：成長ホルモン、ウシ成長ホルモン、インスリン様増殖因子、ｎ−メチオニルヒト成長ホルモンを含むヒト成長ホルモン、副甲状腺ホルモン、チロキシン、インスリン、プロインスリン、アミリン、リラキシン、プロリラキシン、糖タンパク質ホルモン、例えば卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、黄体形成ホルモン（ＬＨ）、造血増殖因子、線維芽細胞増殖因子、プロラクチン、胎盤性ラクトゲン、腫瘍壊死因子、ミュラー管抑制因子、肝細胞増殖因子、マウスゴナドトロピン関連ポリペプチド、インヒビン、アクチビン、血管内皮増殖因子、インテグリン、神経成長因子、例えばＮＧＦ-β、インスリン様増殖因子-Ｉ及びＩＩ、エリスロポエチン、骨誘導因子、インターフェロン、コロニー刺激因子、インターロイキン、骨形成タンパク質、ＬＩＦ、ＳＣＦ、ＦＬＴ−３リガンド及びキットリガンド、及び上記の何れかのレセプターが含まれる。
本発明の他の態様は本発明のポリペプチド、融合タンパク質又はライブラリーの組成物を含む。組成物は生理学的に許容可能な担体と併用してポリペプチド、融合タンパク質、又はポリペプチド又は融合タンパク質の集団を含む。
【００９２】
２．変異体ＶＨ
上で検討したように、ランダム化ＶＨは、抗原を含む様々な標的分子に結合するポリペプチドライブラリーを生成しうる。これらのランダム化ＶＨを他の抗体分子中に導入し、又は使用して、重鎖可変ドメインを含むが軽鎖を欠く抗原結合ドメインを有する一本鎖ミニ抗体を形成することができる。ＶＨ内では、主として構造的であるアミノ酸位置は限られた多様性を有しており、構造安定性に有意には寄与しない他のアミノ酸は長さと配列多様性の双方において変わりうる。
ここに記載されたＶＨドメインを含むポリペプチドがまた本発明によって提供される。ＶＨドメインを含むポリペプチドには、限定されないが、ラクダ類モノボディ、ＶＨＨ、ラクダ化抗体、無傷又は合成ライブラリーから得られた抗体又はモノボディ可変ドメイン、天然に生じる抗体又はモノボディ、組換え抗体又はモノボディ、ヒト化抗体又はモノボディ、生殖細胞系列誘導抗体又はモノボディ、キメラ抗体又はモノボディ、及びアフィニティ成熟抗体又はモノボディが含まれうる。単離ＶＨドメインの折り畳み安定性を向上させるアミノ酸変異は、ＶＨドメインが例えば抗体又は融合タンパク質のような大きな分子の一部である場合、程度の差はあれその目的に有効でありうることは当業者には理解されるであろう。例えば融合タンパク質のような大きな分子の形態で使用されるＶＨドメインが意図される場合には、ＶＬ相互作用性であることが疑われ又は知られている一又は複数の非構造アミノ酸位置のランダム化が、ＶＨドメイン単独よりもむしろ大きな分子の形態において実施されうる。
構造アミノ酸位置と非構造アミノ酸位置の多数の異なった組合せをＶＨ鋳型において設計することができる。上述した実施態様の幾つかの変形例において、またここでの実施例に記載しているように、非構造アミノ酸位置は長さが変わりうる。
【００９３】
３．ＣＤＲ領域中の多様性
重鎖抗体可変ドメインのライブラリー又は集団は、高親和性結合体を単離する能力の増大をもたらすために重鎖抗体可変ドメインの構造安定性をあた最大にしながら多様性を最大にするように設計される。重鎖抗体可変ドメインフレームワーク領域において変異された位置の数は最小化され又は特異的に標的にされる。ある実施態様では、構造アミノ酸位置が同定され、多様性は良好に折り畳まれたポリペプチドを確実にする位置で最小化される。変異され又は変化された位置は、ＦＲ及び／又は一又は複数のＣＤＲ領域及びその組合せにおける位置を含む。
ソースポリペプチドは、天然に生じるものであれ合成であれ、任意の抗体、抗体断片、又は抗体可変ドメインでありうる。ポリペプチド又はソース抗体可変ドメインは、抗体、抗体可変ドメイン、その抗原結合断片又はポリペプチド、モノボディ、ＶＨＨ、未変性又は合成ライブラリーから得られたモノボディ又は抗体可変ドメイン、ラクダ類抗体、天然に生じる抗体又はモノボディ、合成抗体又はモノボディ、組換え抗体又はモノボディ、ヒト化抗体又はモノボディ、生殖系列由来抗体又はモノボディ、キメラ抗体又はモノボディ、及びアフィニティー成熟抗体又はモノボディを含みうる。一実施態様では、ポリペプチドは、Ｖｈ３サブグループのメンバーである重鎖抗体可変ドメインである。
【００９４】
ソース抗体可変ドメインには、限定されるものではないが、ファージディスプレイライブラリーの作製に過去に使用された抗体可変ドメイン、例えばＶＨＨ−ＲＩＧ、ＶＨＨ−ＶＬＫ、ＶＨＨ−ＬＬＲ、及びＶＨＨ−ＲＬＶ（Bond等, 2003, J. Mol. Biol., 332:643-655）及びヒト化抗体又は抗体断片、例えばｍＡｂｓ４Ｄ５、２Ｃ４、及びＡ４．６．１．が含まれる。一実施態様では、ライブラリーは、モノボディの重鎖可変ドメイン（ＶＨＨ）を使用して作成される。小さいサイズと単純さが、高スループットタンパク質解析用試薬として又は潜在的な治療剤として、モノボディをペプチド模倣及び小分子設計のための魅力的なスキャフォールドにする。多様化されたＶＨＨドメインは、とりわけ、酵素阻害剤、新規な抗原結合分子、二重特異的又は細胞内抗体におけるモジュラー結合ユニットの設計において、タンパク質アレイにおける結合試薬として、及び拘束ペプチドライブラリーを提示するスキャフォールドとして有用である。
【００９５】
ポリペプチドライブラリーにおいて多様性を発生させるための一基準は、（１）ＶＬドメインと相互作用し、及び／又は（２）標的抗原と相互作用するアミノ酸位置を選択することである。抗体可変ドメインの三次元構造情報は多くの抗体に対して利用でき、あるいは利用可能な分子モデル化プログラムを使用して調製することができる。ＶＬ相互作用アミノ酸位置はＦＲ及びＣＤＲに見出すことができる。ある実施態様では、ＶＬ相互作用位置は、ＩｎｓｉｇｈｔＩＩプログラム（Accelrys, San Diego, CA）のようなコンピュータプログラムを使用して、抗体の三次元モデルからの座標を使用して決定される。ＶＬ相互作用アミノ酸位置はまた当該分野で知られているアルゴリズム（例えばLee及びRichards, J. Mol. Biol. 55, 379 (1971)及びConnolly, J. Appl. Cryst. 16, 548 (1983)）を使用して決定することもできる。ＶＬ相互作用位置の決定は、タンパク質モデル化に適したソフトウェア及び抗体から得られた三次元構造情報を使用して実施することができる。これらの目的に利用することができるソフトウェアには、ＳＹＢＹＬバイオポリマー・モジュールソフトウェア（Tripos Associates）が含まれる。一般に、アルゴリズム（プログラム）がユーザー入力サイズパラメータを必要とする場合、計算に使用されるプローブの「サイズ」は約１．４Å又はそれ以下の半径に設定される。また、パソコン用のソフトウェアを使用する溶媒露出領域及び面積法の決定はＰａｃｉｏｓ（(1994) “ARVOMOL/CONTOUR: molecular surface areas and volumes on Personal Computers", Comput. Chem. 18(4): 377-386；及び“Variations of Surface Areas and Volumes in Distinct Molecular Surfaces of Biomolecules." J. Mol. Model. (1995), 1: 46-53）によって記載されている。ＶＬ相互作用に関与するアミノ酸位置の位置は異なった抗体可変ドメインで変わりうるが、典型的にはＦＲの少なくとも一つ又はその一部と時折ＣＤＲの少なくとも一部を含む。
【００９６】
ある例では、ＶＬ相互作用残基の選択は、参照ポリペプチド又はソース抗体がその３Ｄ折り畳み構造にあるとき最小の近接パッチを集合的に形成するＶＬ相互作用残基を選択することによって更に洗練される。コンパクトな（最小）近接パッチは、ＦＲの一部とＣＤＲの全範囲のサブセットのみ、例えばＣＤＲＨ１／Ｈ２／Ｈ３を含みうる。そのようなパッチの形成に寄与しないＶＬ相互作用残基は場合によっては多様化から除外されうる。この基準による選択の改良は、実務家が多様化される残基数を所望される場合には最小にすることを可能にする。この選択基準はまたＶＬ相互作用であるとは必ずしも思われない多様化される残基を、所望される場合選択するために使用されうる。例えば、ＶＬ相互作用であるとは思われないがＶＬ相互作用であると思われる他の残基と３Ｄ折り畳み構造において近接パッチを形成する残基が多様化のために選択されうる。そのような残基の選択は当業者には明らかであり、その妥当性はまた経験的にかつ熟練した実務家の必要性と願望に応じて決定することができる。
ＣＤＲ多様性は構造アミノ酸位置に限られうる。構造アミノ酸位置とは、ポリペプチドが抗原のような分子への特異的結合のような少なくとも一つの生物学的機能を保持するようにポリペプチドの構造安定性に寄与するポリペプチド、あるいはプロテインＡのように、折り畳まれたポリペプチドに結合し折り畳まれていないポリペプチドには結合しない標的分子に特異的に結合するポリペプチドのＣＤＲ中のアミノ酸位置を意味する。ＣＤＲの構造アミノ酸位置は、上述のように、ポリペプチドの構造的安定性に影響を及ぼさないでアミノ酸置換に対して許容性が少ないアミノ酸位置として同定される。
【００９７】
アミノ酸置換に許容性が少ないアミノ酸位置は、国際公開第０１／４４４６３号に記載されたアラニンスキャニング突然変異誘発又はショットガンスキャニングのような方法を用い、ＣＤＲ中の位置における構造安定性に対する野生型アミノ酸の消失効果を解析することによって同定することができる。アミノ酸位置は、野生型アミノ酸がＣＤＲ中のアミノ酸位置のスキャニングアミノ酸と置き換えられ、得られた変異体が、折り畳まれたポリペプチドに結合する標的分子に対して乏しい結合性を示すならば、ポリペプチドの構造を維持するのに重要である。構造アミノ酸位置は、ある位置におけるスキャニングアミノ酸を持つ配列に対するその位置の野生型アミノ酸を持つ配列の比が少なくとも約３対１、５対１、８対１、又は約１０対１又はそれ以上である位置である。
あるいは、ＶＨフレームワーク領域又はＣＤＲ中の構造アミノ酸位置及び非構造アミノ酸位置は、各選択ＶＬ相互作用位置におけるシャノンエントロピーを計算することにより決定することができる。各選択アミノ酸位置（ＣＤＲ又はＦＲ位置かを問わない）を持つ抗体可変ドメインがランダム化され、プロテインＡのような、適切に折り畳まれた抗体可変ドメインに結合する分子に結合することによる安定性について選択される。結合体を単離し、配列決定し、配列を、適切な種（例えばヒト及び／又はマウス）からの抗体可変ドメイン配列データベースと比較する。ランダム化集団中における残基当たりの変動はシャノンエントロピーの計算を使用して推定することができ、約０に近い値はその位置におけるアミノ酸が保存されていることを示し、約４．２３に近い値は２０のアミノ酸全てでの置換に許容性があるアミノ酸位置を表している。構造アミノ酸位置は約２以下のシャノンエントロピー値を有する位置として同定される。
【００９８】
更なる実施態様では、構造アミノ酸位置は、例えばＫｙｔｅ及びＤｏｏｌｉｔｔｌｅの方法に従って、加重疎水性に基づいて決定することができる。ＶＨフレームワーク領域又はＣＤＲ中の構造アミノ酸位置及び非構造アミノ酸位置は、各選択ＶＬ相互作用位置における加重疎水性を計算することによって決定することができる。各選択アミノ酸位置（ＣＤＲ又はＦＲ位置にかかわらない）を持つ抗体可変ドメインがランダム化され、プロテインＡのような、適切に折り畳まれた抗体可変ドメインに結合する分子に結合することによる安定性について選択される。結合体を単離し、配列決定する。各位置における加重疎水性が計算され、任意のアミノ酸に対する平均疎水性よりも大なる加重疎水性を有する位置が構造アミノ酸位置として選択される。加重疎水性は一実施態様では−０．５より多く、他の実施態様では０又は１よりも大きい。
ある実施態様では、ＣＤＲＨ１中の構造アミノ酸位置は、変化されうる中央部分を許容するＣＤＲＨ１のＮ及びＣ末端近くに選択され又は位置付けられる。構造アミノ酸位置は、所望されるならばランダムに変わりうる近接アミノ酸のＣＤＲＨ１ループの境界として選択される。変異体ＣＤＲＨ１領域は、アミノ酸位置の幾らか又は全てが限られた多様性を有するＮ末端フランキング領域、長さと配列が変わりうる一又は複数の非構造アミノ酸位置を含む中央部分、及びアミノ酸位置の幾らか又は全てが限られた多様性を有するＣ末端フランキング領域を有しうる。
【００９９】
最初は、ＣＤＲＨ１領域はアミノ酸位置２６から３２を含むＣｈｏｔｈｉａによって定義されたアミノ酸位置を含みうる。更なるアミノ酸位置はＣｈｏｔｈｉａによって定義されたＣＤＲＨ１中のアミノ酸位置の何れかの側で、典型的にはＮ及び／又はＣ末端の１から３のアミノ酸がまたランダム化されうる。Ｎ末端フランキング領域、中央部分及びＣ末端フランキング領域は、ＣＤＲＨ１の長さを選択し、各位置をランダム化し、ＣＤＲのＮ及びＣ末端における構造アミノ酸位置を同定して、ＣＤＲの境界を設定することにより、決定される。Ｎ及びＣ末端フランキング配列の長さは各フランキング配列中に少なくとも一つの構造アミノ酸位置を含むのに十分長くなければならない。ある実施態様では、Ｎ末端フランキング領域の長さは少なくとも約１から４の近接アミノ酸であり、一又は複数の非構造位置の中央部分は約１から２０の近接アミノ酸の範囲で変わり得、Ｃ末端部分は少なくとも約１から６の近接アミノ酸である。近接アミノ酸の中央部分は、約９から約１５のアミノ酸、より好ましくは約９から１２のアミノ酸を含み、それから本質的になり、又はそれからなりうる。
ある実施態様では、ＣＤＲＨ２中の構造アミノ酸位置は、変化されうるＮ末端に隣接するＣＤＲＨ２領域の部分を許容するＣＤＲＨ２のＮ末端近くに位置付けられる。変異体ＣＤＲＨ２領域は、アミノ酸位置の幾らか又は全てが限られた多様性を有するＮ末端フランキング領域と、長さと配列が変わりうる一又は複数の非構造アミノ酸位置を含む部分を有しうる。
【０１００】
最初は、ＣＤＲＨ２領域はアミノ酸位置５３から５５を含むＣｈｏｔｈｉａによって定義されたアミノ酸位置を含みうる。更なるアミノ酸位置はＣｈｏｔｈｉａによって定義されたＣＤＲＨ２中のアミノ酸位置の何れかの側で、典型的にはＮ及び／又はＣ末端の１から３のアミノ酸がまたランダム化されうる。Ｎ末端フランキング領域及びランダム化中央部分の長さは、ＣＤＲＨ２の長さを選択し、各位置をランダム化し、ＣＤＲのＮ末端における構造アミノ酸位置を同定することにより、決定される。Ｎ末端フランキング配列の長さは少なくとも一つの構造アミノ酸位置を含むのに十分長くなければならない。ある実施態様では、Ｎ末端フランキング領域の長さは少なくとも約１から４の近接アミノ酸であり、一又は複数の非構造位置のランダム化部分は約１から２０の近接アミノ酸の範囲で変わり得る。近接アミノ酸の中央部分は、約５から約１５のアミノ酸、より好ましくは約５から１２のアミノ酸を含み、それから本質的になり、又はそれからなりうる。
ある実施態様では、ＣＤＲＨ３中の構造アミノ酸位置は、変化されうる中央部分を許容するＣＤＲＨ３のＮ及びＣ末端近くに位置付けられる。変異体ＣＤＲＨ３領域は、アミノ酸位置の幾らか又は全てが限られた多様性を有するＮ末端フランキング領域、長さと配列が変わりうる一又は複数の非構造アミノ酸位置を含む中央部分、及びアミノ酸位置の幾らか又は全てが限られた多様性を有するＣ末端フランキング領域を有しうる。
【０１０１】
Ｎ末端フランキング領域、中央部分及びＣ末端フランキング領域の長さは、ＣＤＲＨ３の長さを選択し、各位置をランダム化し、ＣＤＲＨ３のＮ及びＣ末端における構造アミノ酸位置を同定することにより、決定される。Ｎ及びＣ末端フランキング配列の長さは各フランキング配列中に少なくとも一つの構造アミノ酸位置を含むのに十分長くなければならない。ある実施態様では、Ｎ末端フランキング領域の長さは少なくとも約１から４の近接アミノ酸であり、一又は複数の非構造位置の中央部分は約１から２０の近接アミノ酸の範囲で変わり得、Ｃ末端部分は少なくとも約１から６の近接アミノ酸である。
一実施態様では、ＣＤＲＨ３は約１７のアミノ酸長であり、変異体ＣＤＲＨ３を含むライブラリーが作製される。変異体ＣＤＲＨ３は、少なくとも１又は２個のＮ末端アミノ酸及び最後の６個のＣ末端アミノ酸の少なくとも一つから選択される少なくとも一つの構造アミノ酸位置を含み、それから本質的になる。中央部分は所望されるならばランダム化されうる１１のアミノ酸を含む。
一実施態様では、ＣＤＲＨ３はモノボディの重鎖中のアミノ酸位置９６から１０１に対応するアミノ酸ループである。構造アミノ酸位置は、それぞれアミノ酸位置９６及び９７に対応する２個のＮ末端アミノ酸位置を含み、それから本質的になり、又はそれからなる。表ＢはＣＤＲＨ３中へのアミノ酸のランダム化ループの挿入位置を示している（配列番号２４９）
2009536527.tif 000004
【０１０２】
構造位置で置換されるアミノ酸は、その位置の任意のアミノ酸に対する平均頻度より少なくとも１標準偏差上の頻度で、ランダムに作製されたＣＤＲ集団中のその位置に見出されるものでありうる。一実施態様では、頻度はその位置の任意のアミノ酸に対する平均頻度より少なくとも６０％又はそれ以上多く、より好ましくは、頻度はその位置の任意のアミノ酸に対する平均頻度より少なくとも１標準偏差（標準的な統計的方法を使用して決定）多い。他の実施態様では、構造アミノ酸位置における置換に対して選択されるアミノ酸セットは、標準的な方法を使用してその発生率を計算することにより決定したその位置に最もありふれて生じる６のアミノ酸を含み、それから本質的になり、又はそれからなる。ある実施態様では、構造アミノ酸は好ましくは疎水性アミノ酸又はシステインであるが、これはこれらのアミノ酸位置が埋まり、コア中に突き出す可能性が高いからである。
変異体ＣＤＲは天然に生じる抗体可変ドメイン中のＣＤＲ領域に対する典型的な境界であるアミノ酸位置間に典型的には位置せしめられ、ソース可変ドメインのＣＤＲ内に挿入されうる。典型的には、変異体ＣＤＲがソース又は野生型抗体可変ドメイン中に挿入された場合、変異体ＣＤＲはソース又は野生型ＣＤＲの全て又は一部を置換する。ＣＤＲの挿入位置は、天然に生じる抗体可変ドメイン中のＣＤＲの位置を比較することにより決定できる。挿入部位に応じて、番号付けは変わりうる。
【０１０３】
ランダム化ＣＤＲは、変異アミノ酸を有する一又は複数の非構造アミノ酸位置を含みうる。非構造アミノ酸位置は配列と長さが変わりうる。ある実施態様では、一又は複数の非構造アミノ酸位置はＮ末端及びＣ末端フランキング領域間に位置する。非構造アミノ酸位置は天然に生じるアミノ酸の何れかと、又は選択されたアミノ酸とランダムに置換されうる。ある実施態様では、一又は複数の非構造位置は、ランダムコドンセット又は非ランダムコドンによってコードされる変異アミノ酸を有しうる。非ランダムコドンセットは、システイン及び終止コドンのような非標的配列を最小にしながらその位置で少なくとも通常生じるアミノ酸サブセットを好ましくはコードする。非ランダムコドンセットの例には、限定されるものではないが、ＤＶＫ、ＸＹＺ、及びＮＶＴが含まれる。ランダムコドンセットの例には、限定されるものではないが、ＮＮＳ及びＮＮＫが含まれる。
他の実施態様では、ＣＤＲ多様性はコドンセットＮＮＳを使用して作成される。ＮＮＳとＮＮＫは同じアミノ酸グループをコードする。しかしながら、例えばオリゴヌクレオチド合成化学でのカップリング効率のように、当該分野で知られている様々な因子に応じて、一つのコドンセット又は他のものに対して個々の優先度が存在しうる。
ある実施態様では、本発明の方法の実施者は、ＮＮＳのようなコドンセット中のＮヌクレオチドのような、コドンセットに対して個々のヌクレオチド（Ｇ、Ａ、Ｔ、Ｃ）の量／割合を変更することを望む場合がある。これは例示的にＸＹＺコドンとして表される。これは、例えばコドンセット中のＮに対して直鎖の等しい割合のヌクレオチドを使用する代わりにコドンセット内に異なった量のヌクレオチドをドーピングすることによって、達成することができる。そのような修飾は実施者の環境と願望に応じて様々な目的に対して有用であり得る。例えば、そのような修飾は、例えばＣＤＲのプロファイルのような自然の多様性プロファイルに見られるアミノ酸の偏りをより密に反映させることができる。
【０１０４】
多様化したＣＤＲ領域を有するライブラリーをひとたび調製したら、一又は複数の標的抗原への結合性についてそれらを選択し及び／又はスクリーニングすることができる。また、ライブラリーを特定の標的抗原への改善された結合親和性について選択することができる。標的抗原には任意のタイプの抗原性分子が含まれる。ある実施態様では、標的抗原には、限定されないがインターフェロン、ＶＥＧＦ、Ｈｅｒ−２、サイトカイン、及び増殖因子を含む治療用標的分子が含まれる。ある実施態様では、標的抗原は次のものの一又は複数でありうる：成長ホルモン、ウシ成長ホルモン、インスリン様増殖因子、ｎ−メチオニルヒト成長ホルモンを含むヒト成長ホルモン、肝細胞増殖因子、副甲状腺ホルモン、チロキシン、インスリン、プロインスリン、アミリン、リラキシン、プロリラキシン、糖タンパク質ホルモン、例えば卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、黄体形成ホルモン（ＬＨ）、造血増殖因子、線維芽細胞増殖因子、プロラクチン、胎盤性ラクトゲン、腫瘍壊死因子、ミュラー管抑制因子、マウスゴナドトロピン関連ポリペプチド、インヒビン、アクチビン、血管内皮増殖因子、インテグリン、神経成長因子、例えばＮＧＦ-β、インスリン様増殖因子-Ｉ及びＩＩ、エリスロポエチン、骨誘導因子、インターフェロン、コロニー刺激因子、インターロイキン、骨形成タンパク質、ＬＩＦ、ＳＣＦ、ＦＬＴ−３リガンド及びキットリガンド、及び上記の何れかのレセプターが含まれる。
一又は複数のＦＲ中に標的多様性を有する抗体可変ドメインは一又は複数のＣＤＲ中の標的多様性とまた組み合わせることができる。高親和性抗原結合分子をもたらすか又は例えばヒト化抗体のような既知の抗体の親和性を改善するために領域の組合せを多様化させることができる。
【０１０５】
４．ポリペプチド変異体の作製
ここに記載されるポリペプチドのアミノ酸配列の修飾を、例えばポリペプチドの折り畳み安定性を改善するために考える。抗体のアミノ酸配列変異体は、本発明のポリペプチドをコードする核酸中に適当なヌクレオチド変化を導入することにより、又はペプチド合成により調製される。そのような修飾は、例えば、本発明のポリペプチド（例えば単離ＶＨドメイン）のアミノ酸配列内の残基の欠失及び／又は挿入及び／又は置換を含む。最終コンストラクトが所望の特徴を有するとするならば、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせは、その最終コンストラクトに達するまでなされうる。アミノ酸変異は、主題のポリペプチドアミノ酸配列にその配列が作製されるときに導入されうる。
突然変異誘発の好ましい位置である抗体、抗体断片、又はＶＨドメインの所定の残基又は領域の特定のために有用な方法は、Cunningham及びWells (1989) Science 244: 1081-1085に記載されているように「アラニンスキャニング突然変異誘発」と呼ばれる。その方法で、標的残基の残基又は基が同定され（例えば、arg, asp, his, lys,及びglu等の荷電残基）、中性又は負荷電アミノ酸（例えばアラニン又はポリアラニン）に置換され、アミノ酸と抗原との相互作用に影響を及ぼす。ついで置換に対する機能的感受性を実証するアミノ酸の位置は、置換部位において又はそれに対して更なる又は他の変異体を導入することにより洗練される。しかして、アミノ酸配列変異を導入する部位は予め決定されるが、変異の性質自体は予め決める必要はない。例えば、与えられた部位における変異の性能を分析するために、ａｌａスキャニング又はランダム突然変異誘発を標的コドン又は領域で実施し、発現された免疫グロブリンを所望の活性についてスクリーニングする。
【０１０６】
アミノ酸配列挿入は、１残基から１００以上の残基を含むポリペプチドの長さの範囲のアミノ末端及び／又はカルボキシル末端融合体、並びに一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入物を含む。末端挿入物の例には、Ｎ末端メチオニル残基を持つ抗体又は細胞障害性ポリペプチドに融合した抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体は、抗体の血清半減期を増加させる酵素(例えばＡＤＥＰＴ)又はポリペプチドへの、抗体のＮ又はＣ末端への融合物を含む。
他の型の変異体はアミノ酸置換変異体である。これらの変異体は、抗体分子において少なくとも一つのアミノ酸残基が異なる残基で置換されている。置換突然変異に対して最も興味深い部位は高頻度可変領域を含むが、ここで記載されるようにＦＲ変化もまた考えられる。保存的置換は、「好ましい置換」と題して表Ｃに示す。このような置換が生物学的活性の変化をもたらす場合、表Ｃに「例示的置換」と名前を付け、又はアミノ酸の分類に関して以下に更に記載するような、より実質的な変化を導入し、生成物をスクリーニングしてもよい。
【０１０７】
2009536527.tif 000005
【０１０８】
抗体の生物学的性質における実質的な修飾は、（ａ）置換領域のポリペプチド骨格の構造、例えばシート又は螺旋配置、（ｂ）標的部位の分子の電荷又は疎水性、又は（ｃ）側鎖の嵩を維持するそれらの効果において実質的に異なる置換を選択することにより達成される。アミノ酸はその側鎖の特性の類似性に基づいて群に分けることができる（A. L. Lehninger, Biochemistry, 2版, pp. 73-75, Worth Publishers, New York (1975））：
（１）非極性：Ａｌａ（Ａ）、Ｖａｌ（Ｖ）、Ｌｅｕ（Ｌ）、Ｉｌｅ（Ｉ）、Ｐｒｏ（Ｐ）、Ｐｈｅ（Ｆ）、Ｔｒｐ（Ｗ）、Ｍｅｔ（Ｍ）
（２）無荷電極性：Ｇｌｙ（Ｇ）、Ｓｅｒ（Ｓ）、Ｔｈｒ（Ｔ）、Ｃｙｓ（Ｃ）、Ｔｙｒ（Ｙ）、Ａｓｎ（Ｎ）、Ｇｌｎ（Ｑ）
（３）酸性：Ａｓｐ（Ｄ）、Ｇｌｕ（Ｅ）
（４）塩基性：Ｌｙｓ（Ｋ）、Ａｒｇ（Ｒ）、Ｈｉｓ（Ｈ）
あるいは、天然に生じる残基は共通の側鎖特性に基づいて群に分けることができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性の親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
【０１０９】
非保存的置換は、これらの分類の一つのメンバーを他の分類に交換することを必要とするであろう。そのような置換された残基はまた保存的置換部位又は残りの（非保存）部位に導入されうる。置換変異体の一タイプは、ソース抗体（例えば、ヒト化又はヒト抗体）の一又は複数の高頻度可変領域残基を置換することを含む。一般的に、更なる発展のために選択されて得られた変異体は、それらが作製された親抗体と比較して向上した生物学的特性を有している。そのような置換変異体を作製する簡便な方法は、ファージディスプレイを使用するアフィニティー成熟化を含む。簡潔に言えば、幾つかのアミノ酸位置（例えば６−７部位）を変異させて各部位における全ての可能なアミノ酸置換を生じさせる。このようにして生成された抗体は、糸状ファージ粒子から、各粒子内にパッケージされたファージコートタンパク質の少なくとも一部（例えばＭ１３の遺伝子ＩＩＩ産物）への融合物としてディスプレイされる。ファージディスプレイ変異体は、ついで、ここに開示されるようなそれらの生物学的活性（例えば、結合親和性及び／又は折り畳み安定性）についてスクリーニングされる。修飾のための候補部位を同定するために、アラニンスキャニング突然変異誘発を実施し、抗原結合及び／又は折り畳み安定性に有意に寄与するアミノ酸位置を同定することができる。別法として、又はそれに加えて、抗原-抗体複合体の結晶構造を分析して抗体、抗体断片、又はＶＨドメインと抗原の間の接点を特定するのが有利である場合もある。このような接触残基及び隣接残基は、ここに入念に述べたものを含む当該分野で知られた技術に従う置換の候補である。そのような変異体が生成されると、変異体パネルに、ここに記載されたものを含む当該分野で知られた技術を使用するスクリーニングを施し、一又は複数の関連アッセイにおいて優れた特性を持つ抗体、抗体断片、又はＶＨドメインを更なる開発のために選択する。
【０１１０】
５．オリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、及び組換え方法
ａ．オリゴヌクレオチド及び組換え方法
抗体、抗体断片、又はＶＨドメインのアミノ酸配列変異体をコードする核酸分子は、当該分野で知られた様々な方法によって調製される。これらの方法には、限定するものではないが、天然源からの単離（天然に生じるアミノ酸配列変異体の場合）又は抗体、抗体断片、又はＶＨドメインの初期に調製された変異体又は非変異体型のオリゴヌクレオチド媒介（又は部位特異的）突然変異誘発、ＰＣＲ突然変異誘発、及びカセット突然変異誘発による調製が含まれる。例えば、ライブラリーは、Ｋｕｎｋｅｌ法を使用して変異アミノ酸でのアミノ酸置換に対して、ＶＨ及び場合によっては一又は複数のＣＤＲ中のＶＬ露出アミノ酸位置を標的にすることによってつくり出すことができる。例えばKunkel等, Methods Enzymol. (1987), 154:367-382及びここでの実施例を参照のこと。またランダム化配列の生成は以下の実施例中にも記載されている。
【０１１１】
オリゴヌクレオチドの配列には、本発明のポリペプチドのＣＤＲ又はＦＲ領域中の特定の位置に対して設計されたコドンセットの一又は複数が含まれる。コドンセットは所望の変異アミノ酸をコードするために使用された異なったヌクレオチドトリプレット配列のセットである。コドンセットは、以下にＩＵＢコードに従って示されるように特定のヌクレオチド又はヌクレオチドの等モル混合物を標示するための符号を使用して表すことができる。
ＩＵＢコード
Ｇ  グアニン
Ａ  アデニン
Ｔ  チミン
Ｃ  シトシン
Ｒ（Ａ又はＧ）
Ｙ（Ｃ又はＴ）
Ｍ（Ａ又はＣ）
Ｋ（Ｇ又はＴ）
Ｓ（Ｃ又はＧ）
Ｗ（Ａ又はＴ）
Ｈ（Ａ又はＣ又はＴ）
Ｂ（Ｃ又はＧ又はＴ）
Ｖ（Ａ又はＣ又はＧ）
Ｄ（Ａ又はＧ又はＴ）
Ｎ（Ａ又はＣ又はＧ又はＴ）  
例えば、コドンセットＤＶＫでは、ＤはヌクレオチドＡ又はＧ又はＴであり得；ＶはＡ又はＧ又はＣであり得；ＫはＧ又はＴであり得る。このコドンセットは１８の異なったコドンを表し得、アミノ酸Ａｌａ、Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｌｙｓ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｌｙｓ、Ｓｅｒ、Ａｒｇ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｇｌｙ、及びＣｙｓをコードし得る。
【０１１２】
オリゴヌクレオチド又はプライマーセットは標準的な方法を使用して合成することができる。オリゴヌクレオチドのセットは、例えば、コドンセットによって提供されるヌクレオチドトリプレットの全ての可能な組合せを表し、アミノ酸の所望される群をコードする配列を含む固相合成によって合成することができる。ある位置に選択されたヌクレオチド「縮重」を有するオリゴヌクレオチドの合成は当該分野でよく知られている。あるコドンセットを有するヌクレオチドのそのようなセットは、市販の核酸合成機（例えば、Applied Biosystems, Foster City, CAから入手可能）を使用して合成することができ、あるいは（例えば、Life Technologies, Rockville, MDから）商業的に得ることができる。従って、特定のコドンセットを有する合成オリゴヌクレオチドセットは異なった配列を持つ複数のオリゴヌクレオチドを含み、その差異は全体配列内においてコドンセットによって樹立される。本発明に従って使用されるオリゴヌクレオチドは、可変ドメイン核酸鋳型へのハイブリダイゼーションを可能にする配列を有しており、クローニング目的のための制限酵素部位を含みうる。
【０１１３】
一方法では、変異アミノ酸をコードする核酸配列はオリゴヌクレオチド媒介変異誘発によってつくり出すことができる。この技術は、Zoller等, 1987, Nucleic Acids Res. 10:6487-6504に記載されているように当該分野においてよく知られている。簡単に説明すると、変異アミノ酸をコードする核酸配列を、所望のコドンセットをコードするオリゴヌクレオチドセットをＤＮＡ鋳型にハイブリダイズさせることによってつくり出され、ここで、鋳型は可変領域核酸鋳型配列を含むプラスミドの一本鎖型である。ハイブリダイゼーション後に、ＤＮＡポリメラーゼを使用して、オリゴヌクレオチドプライマーをよって含み、オリゴヌクレオチドセットによって提供されるコドンセットを含む鋳型の第二の全相補鎖を合成する。
一般には、長さが少なくとも２５のヌクレオチドのオリゴヌクレオチドが使用される。最適なオリゴヌクレオチドは、変異をコードするヌクレオチドの何れかの側の鋳型に完全に相補的である１２から１５のヌクレオチドを有している。これは、オリゴヌクレオチドが一本鎖ＤＮＡ鋳型分子に適切にハイブリダイズすることを確実にする。オリゴヌクレオチドは、Crea等, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA, 75:5765 (1978)に記載されたもののように当該分野で知られた技術を使用して直ぐに合成される。
【０１１４】
ＤＮＡ鋳型は、バクテリオファージＭ１３ベクター（市販のＭ１３ｍｐ１８及びＭ１３ｍｐ１９ベクターが適切である）から誘導されるベクター、又はViera 等, Meth. Enzymol., 153:3 (1987)に記載されたように一本鎖ファージ複製起点を含むベクターによって生産される。よって、変異されることになるＤＮＡを、一本鎖鋳型を作製するためにこれらベクターの一つに挿入することができる。一本鎖鋳型の生産は上記のＳａｍｂｒｏｏｋ等のセクション４．２１−４．４１に記載されている。
天然ＤＮＡ配列を変更するために、適切なハイブリダイゼーション条件下でオリゴヌクレオチドを一本鎖鋳型にハイブリダイズさせる。ＤＮＡポリメラーゼ酵素、通常はＴ７ ＤＮＡポリメラーゼ又はＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウ断片をついで加えて、合成のためのプライマーとしてオリゴヌクレオチドを使用して鋳型の相補鎖を合成する。よって、ヘテロ二重鎖分子は、ＤＮＡの一方の鎖が遺伝子１の変異型をコードし、他の鎖（元の鋳型）が遺伝子１の天然の未変更配列をコードするように形成される。ついで、このヘテロ二重鎖分子は適切な宿主細胞、通常は大腸菌ＪＭ１０１のような原核生物中に形質転換される。細胞の増殖後、それらをアガロースプレートに播種し、３２-ホスフェートで放射標識したオリゴヌクレオチドプライマーを使用してスクリーニングして、変異ＤＮＡを含む細菌コロニーを同定する。
【０１１５】
直ぐ上に記載した方法は、該プラスミドの双方の鎖が変異を含むホモ二重鎖分子がつくられるように変更されうる。変更は次の通りである：一本鎖オリゴヌクレオチドを妖術のように一本鎖鋳型にアニールさせる。３つのデオキシリボヌクレオチド、デオキシリボアデノシン（ｄＡＴＰ）、デオキシリボグアノシン（ｄＧＴＰ）、及びデオキシリボチミジン（ｄＴＴ）の混合物を、（Amershamから得ることができる）ｄＣＴＰ−（ａＳ）と呼ばれる修飾チオデオキシリボシトシンと組み合わせる。この混合物を鋳型−オリゴヌクレオチド複合体に加える。この混合物へのＤＮＡポリメラーゼの添加時に、変異される塩基を除く鋳型と同一のＤＮＡ鎖を作製する。加えて、この新しいＤＮＡ鎖は、制限エンドヌクレアーゼ消化からそれを保護する作用をするｄＣＴＰの代わりにｄＣＴＰ−（ａＳ）を含む。二本鎖ヘテロ二重鎖の鋳型鎖を適切な制限酵素で切った後、鋳型鎖を、変異誘発される部位を含む領域を越えてＥｘｏＩＩＩヌクレアーゼ又は他の適切なヌクレアーゼで消化することができる。ついで、反応を停止して、部分的にだけ一本鎖である分子を残す。ついで、完全な二本鎖ＤＮＡホモ二重鎖を、４つ全ての三リン酸デオキシリボヌクレオチド、ＡＴＰ、及びＤＮＡリガーゼの存在下でＤＮＡポリメラーゼを使用して形成する。
【０１１６】
過去に示されたように、オリゴヌクレオチドセットの配列は、鋳型核酸にハイブリダイズするのに十分な長さであり、また、必ずしもではないが、制限部位を含む。ＤＮＡ鋳型は、バクテリオファージＭ１３ベクターあるいはＶｉｅｒａ等（(1987) Meth. Enzymol., 153:3）に記載されたような一本鎖ファージ複製起点を含むベクターから誘導されるベクターによって作製することができる。よって、変異されることになるＤＮＡを、一本鎖鋳型を作製するためにこれらのベクターの一つに挿入しなければならない。一本鎖鋳型の生産は上掲のＳａｍｂｒｏｏｋ等のセクション４．２１−４．４１に記載されている。
他の方法によれば、上流及び下流オリゴヌクレオチドセットを提供することによってライブラリーを作製することができ、各セットは異なった配列を持つ複数のオリゴヌクレオチドを有し、該異なった配列はオリゴヌクレオチドの配列内に提供されたコドンセットによって樹立される。上流及び下流オリゴヌクレオチドセットを、可変ドメイン鋳型核酸配列と共に、ポリメラーゼ連鎖反応において使用して、ＰＣＲ産物の「ライブラリー」を作製することができる。ＰＣＲ産物は、確立された分子生物学技術を使用して他の関連又は非関連核酸配列、例えばウィルスコートタンパク質及び二量体化ドメインと融合させることができるので、「核酸カセット」と称することができる。
【０１１７】
オリゴヌクレオチドセットは、鋳型として可変ドメイン核酸鋳型配列を使用してポリメラーゼ連鎖反応に使用して、核酸カセットをつくることができる。可変ドメイン核酸鋳型配列は、標的核酸配列（つまり、置換の標的となるアミノ酸をコードする核酸配列）を含む重免疫グロブリン鎖の任意の部分であり得る。可変領域核酸鋳型配列は、第一の核酸鎖と相補的な第二の核酸鎖を有する二重鎖ＤＮＡ分子の一部である。可変ドメイン核酸鋳型配列は少なくとも可変ドメインの一部を含み、少なくとも一つのＣＤＲを有する。ある場合には、可変ドメイン核酸鋳型配列は一を越えるＣＤＲを含む。可変ドメイン核酸鋳型配列の上流部分及び下流部分を、上流オリゴヌクレオチドセット及び下流オリゴヌクレオチドセットとのハイブリダイゼーションの標的とすることができる。
上流プライマーセットの第一のオリゴヌクレオチドは第一の核酸鎖にハイブリダイズし得、下流プライマーセットの第二のオリゴヌクレオチドは第二の核酸鎖にハイブリダイズし得る。オリゴヌクレオチドプライマーは、一又は複数のコドンセットを含み、可変領域核酸鋳型配列の一部にハイブリダイズするように設計されうる。これらのオリゴヌクレオチドの使用は、ＰＣＲ後にＰＣＲ産物（つまり核酸カセット）に二又はそれ以上のコドンセットを導入することができる。抗体可変ドメインをコードする核酸配列の領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマーは、アミノ酸置換の標的であるＣＤＲ残基をコードする部分を含む。
【０１１８】
上流及び下流オリゴヌクレオチドセットをまた合成してオリゴヌクレオチド配列内に制限部位を含めることができる。これらの制限部位は、更なる抗体配列を有する発現ベクター内への核酸カセット［つまり、ＰＣＲ反応産物］の挿入を容易にしうる。一実施態様では、制限部位は、外来性核酸配列を導入し又は元のＣＤＲ又はフレームワーク核酸配列を除くことなく核酸カセットのクローニングを容易にするように設計される。
核酸カセットは、ＰＣＲ反応を介して作製される標的アミノ酸置換を含む軽鎖又は重鎖配列の一部又は全体の発現のために任意の適切なベクターにクローニングすることができる。本発明において詳細に記載した方法に従って、核酸カセットを、ウィルスコートタンパク質の全て又は一部に融合され（つまり融合タンパク質を作り）粒子又は細胞の表面にディスプレイされた軽鎖又は重鎖配列の一部又は全体の産生を可能にするベクターにクローニングさせる。数タイプのベクターが利用可能であり本発明の実施に使用できるが、ファージミドベクターが、それらが比較的容易に作成でき、直ぐに増幅できるので、ここでの使用に好ましいベクターである。ファージミドベクターは、プロモーター、シグナル配列、フェノタイプ選択遺伝子、複製起点部位、及び当業者に知られている他の必要な成分を含む様々な成分を一般に含む。
【０１１９】
特定の変異体アミノ酸の組合せが発現される場合、核酸カセットは、重鎖又は軽鎖可変ドメインの全て又は一部をコードすることができ、変異体アミノ酸の組合せをコードすることができる配列を含む。ライブラリーにおけるように、これらの変異体アミノ酸又は変異体アミノ酸の組合せを含む抗体の製造のために、核酸カセットを、更なる抗体配列、例えば軽鎖及び重鎖可変領域の全て又は一部を含む発現ベクター中に挿入することができる。これらの更なる抗体配列はまた他の核酸配列、例えばウィルスコートタンパク質をコードし、よって融合タンパク質の生産を可能にする配列に融合させることができる。
アラニンスキャニング変異誘発を実施するための方法は当業者に知られ、国際公開第０１／４４４６３合及びMorrison及びWeiss, Cur. Opin. Chem. Bio., 5:302-307 (2001)に記載されている。アラニンスキャニング変異誘発は、対象の相互作用に関連する残基についてポリペプチドをスキャンするためにポリペプチド中のアミノ酸残基をアラニンで置換する部位特異的変異誘発法である。標準的な部位特異的変異誘発技術を利用してタンパク質中の個々の位置をアラニン残基で系統的に置換する。コンビナトリアルアラニンスキャニングはタンパク質中における複数のアラニン置換を評価することを可能にする。アミノ酸残基は野生型又はアラニンにのみ変わることが許される。オリゴヌクレオチド媒介変異誘発又はカセット変異誘発を利用して、アラニン又は７つの野生型アミノ酸の二項(バイノミナル)置換を発生させることができる。これらの７つのアミノ酸、つまりアスパラギン酸、グルタミン酸、グリシン、プロリン、セリン、スレオニン、及びバリンに対して、単一のヌクレオチドを変えることでアラニンのコドンとなりうる。複数位置にアラニン置換を持つライブラリーは、カセット変異誘発又は複数位置に変異を有する縮重オリゴヌクレオチドによって作製される。ショットガンスキャニングは逐次回の結合選択を利用して、レセプター・リガンド相互作用に対して結合エネルギーを寄与する残基を豊富にする。
【０１２０】
ｂ．ベクター
本発明の一態様は、遺伝子融合体をコードする核酸配列を含む複製可能発現ベクターを含み、ここで、該遺伝子融合体は、抗体可変ドメイン、又は抗体可変ドメインと定常ドメインを含み、ウィルスコートタンパク質の全部又は一部に融合した融合タンパク質をコードする。また含まれるものは、上述の多様性配列をもって作製された複数の抗体可変ドメインを含む複数の異なった融合タンパク質をコードする複数の遺伝子融合体を含む多様性複製可能発現ベクターのライブラリーである。ベクターは様々な成分を含み得、異なったベクター間での抗体可変ドメインの移動を可能にし、及び／又は異なった形態での融合タンパク質のディスプレイをもたらすように作製されるのが好ましい。
ベクターの例にはファージベクターが含まれる。ファージベクターは、ファージ複製及びファージ粒子形成を可能にするファージ複製起点を有する。ファージは、ある実施態様では、糸状バクテリオファージ、例えば、Ｍ１３、ｆ１、ｆｄ、Ｐｆ３ファージ又はその誘導体、又はラムダ型ファージ、例えばラムダ、２１、ｐｈｉ８０、ｐｈｉ８１、８２、４２４、４３４等、又はその誘導体である。
【０１２１】
ウィルスコートタンパク質の例には、感染性タンパク質ＰＩＩＩ、主要コートタンパク質ＰＶＩＩＩ、ｐ３、Ｓｏｃ、Ｈｏｃ、ｇｐＤ（バクテリオファージラムダのもの）、マイナーバクテリオファージコートタンパク質６（ｐＶＩ）（糸状ファージ；J. Immunol. Methods, 1999, 231(1-2):39-51）、Ｍ１３バクテリオファージ主要コートタンパク質変異体（Ｐ８）（Protein Sci 2000 Apr; 9(4):647-54）が含まれる。融合タンパク質はファージの表面にディスプレイされ得、適切なファージ系には、Ｍ１３ＫＯ７ヘルパーファージ、Ｍ１３Ｒ４０８、Ｍ１３−ＶＣＳ、及びＰｈｉ Ｘ１７４、ｐＪｕＦｏファージ系（J. Virol. 2001 Aug; 75(15):7107-13）、ハイパーファージ（Nat Biotechnol. 2001 Jan; 19(1):75-8）が含まれる。好ましいヘルパーファージはＭ１３ＫＯ７であり、好ましいコートタンパク質はＭ１３ファージ遺伝子ＩＩＩコートタンパク質である。好ましい宿主は大腸菌、及び大腸菌のプロテアーゼ欠損株である。ベクター、例えばｆｔｈ１ベクター（Nucleic Acids Res. 2001 May 15;29(10):E50-0）は融合タンパク質の発現に有用であり得る。
発現ベクターはまた抗体又はその断片の各サブユニットをコードするＤＮＡに融合した分泌シグナル配列を有しうる。この配列は、典型的には、融合タンパク質をコードする遺伝子の５’端に直ぐに位置しており、よって融合タンパク質のアミノ末端で転写される。しかしながら、ある場合には、シグナル配列は、分泌されるタンパク質をコードする遺伝子に５’以外の位置が位置していることが証明されている。シグナル配列をコードするＤＮＡは、シグナル配列を有するタンパク質をコードする任意の遺伝子から制限エンドヌクレアーゼ断片として得ることができる。適切な原核生物シグナル配列は、例えばＬａｍＢ又はＯｍｐＦ（Wong等, Gene, 68:1931 (1983)）、ＭａｌＥ、ＰｈｏＡをコードする遺伝子及び他の遺伝子から得ることができる。本発明を実施するのに好ましい原核生物シグナル配列は、Chang等, Gene 55:189 (1987)に記載されてるような大腸菌耐熱性エンテロトキシンＩＩ（ＳＴＩＩ）シグナル配列及びｍａｌＥである。
【０１２２】
ベクターはまた典型的には融合タンパク質の発現を推進するプロモーターを含む。原核生物ベクターに最も一般的に使用されるプロモーターには、ｌａｃＺプロモーター系、アルカリホスファターゼｐｈｏＡプロモーター、バクテリオファージγ−ＰＬプロモーター（温度感受性プロモーター）、ｔａｃプロモーター（ｌａｃリプレッサーによって調節されるハイブリッドｔｒｐ−ｌａｃプロモーター）、トリプトファンプロモーター、及びバクテリオファージＴ７プロモーターが含まれる。プロモーターの一般的な説明については、上掲のＳａｍｂｒｏｏｋ等のセクション１７を参照のこと。これらは最も一般的に使用されるプロモーターであるが、他の適切な微生物プロモーターもまた使用することができる。
ベクターはまた他の核酸配列、例えばｇＤタグ、ｃ−Ｍｙｃエピトープ、ポリ−ヒスチジンタグ、蛍光タンパク質（例えばＧＦＰ）、又はファージ又は細胞の表面に発現される融合タンパク質の検出又は精製に使用することができるβガラクトシダーゼタンパク質をコードする配列を含む。例えばｇＤタグをコードする核酸配列はまた融合タンパク質を発現する細胞又はウィルスの正又は負の選択をもたらす。ある実施態様では、ｇＤタグは、ウィルスコートタンパク質に融合されない抗体可変ドメインに好ましくは融合される。例えばポリヒスチジンタグをコードする核酸配列は、免疫組織化学を使用して特異的抗原に結合する抗体可変ドメインを含む融合タンパク質を同定するために有用である。抗原結合の検出に有用なタグは、ウィルスコートタンパク質に融合されていない抗体可変ドメインか又はウィルスコートタンパク質に融合した抗体可変ドメインの何れかに融合され得る。
【０１２３】
本発明を実施するために使用されるベクターの他の有用な成分はフェノタイプ選択遺伝子である。典型的なフェノタイプ選択遺伝子は宿主細胞に対して抗生物質耐性を付与するタンパク質をコードするものである。例示すると、アンピシリン耐性遺伝子（ａｍｐｒ）、及びテトラサイクリン耐性遺伝子（ｔｅｔｒ）がこの目的に対して直ぐに用いられる。
ベクターはまた独特の制限部位及び抑制可能終止コドンを含む核酸配列を含みうる。独特な制限部位は異なったベクター及び発現系間で抗体可変ドメインを移動させるのに有用である。抑制可能終止コドンは融合タンパク質の発現のレベルを制御し、可溶型抗体断片の精製を容易にするのに有用である。例えば、アンバー終止コドンはファージディスプレイを可能にするためにｓｕｐＥ宿主中でＧｌｎとして読み取られうる一方、非ｓｕｐＥ宿主では、終止コドンとして読まれて、ファージコートタンパク質へ融合することなく可溶型抗体断片を産生する。これらの合成配列はベクター中の一又は複数の抗体可変ドメインに融合させることができる。
【０１２４】
変異アミノ酸を有するＶＨのような対象の抗体配列をコードする核酸をベクター系から容易に取り除き他のベクター系に配することを可能にするベクター系を使用することが好ましい。例えば、適切な制限部位をベクター系において操作して、変異アミノ酸を有する抗体又は抗体可変ドメインをコードする核酸配列の除去を容易にすることができる。制限配列は通常はベクター中で独特であるように選択され、新しいベクターへの効率的な切除及び連結が容易にされる。ついで、抗体又は抗体可変ドメインは、ウィルスコートタンパク質又は他の配列タグのような外来性融合配列を伴わないベクターから発現させることができる。
抗体可変ドメイン（遺伝子１）をコードする核酸とウィルスコートタンパク質（遺伝子２）の間に、ＵＡＧ（アンバー）、ＵＡＡ（オーカー）及びＵＧＡ（オパール）を含む終結コドンのような終結コドンをコードするＤＮＡを挿入することができる。（Microbiology, Davis等, Harper & Row, New York, 1980, pp. 237, 245-47 and 374）。野生型宿主細胞で発現される終止コドンは遺伝子２タンパク質の付着のない遺伝子１タンパク産物の合成を生じる。しかしながら、サプレッサー宿主細胞中での増殖により検出可能な量の融合タンパク質の合成が生じる。そのようなサプレッサー宿主細胞はよく知られ、記載されており、例えば大腸菌サプレッサー株（Bullock等, BioTechniques 5:376-379 (1987)）である。任意の許容可能な方法を使用して、融合ポリペプチドをコードするｍＲＮＡ中にそのような終止コドンを配することができる。
【０１２５】
抑制可能コドンは抗体可変ドメインをコードする第一遺伝子とファージコートタンパク質の少なくとも一部をコードする第二遺伝子の間に挿入されうる。あるいは、抑制可能終止コドンは、抗体可変ドメインにおける最後のアミノ酸トリプレット又はファージコートタンパク質における第一アミノ酸を置き換えることにより融合部位に隣接させて挿入することができる。抑制可能コドンを含むプラスミドをサプレッサー宿主細胞中で増殖させると、ポリペプチドとコートタンパク質を含む融合ポリペプチドの検出可能な産生を生じる。プラスミドが非サプレッサー宿主細胞中で増殖されると、抗体可変ドメインは、挿入された抑制可能トリプレットＵＡＧ、ＵＡＡ、又はＵＧＡでの終結のため、実質的にファージコートタンパク質への融合なしに合成される。非サプレッサー細胞において、宿主膜へそれをアンカーさせた融合ファージコートタンパク質のために、抗体可変ドメインは、合成され、宿主細胞から分泌される。
ある実施態様では、多様化（ランダム化）されるＶＨ ＦＲ及び／又はＣＤＲは鋳型配列に操作された終結コドン（ここでは「終結鋳型」と称される）を有しうる。この特徴は、対象の変異アミノ酸に対する配列を含むオリゴヌクレオチドの導入のために鋳型配列中の終結コドンの成功した修復に基づいて成功裡に多様化された配列の検出及び選択をもたらす。この特徴はここでの実施例において更に例証される。
【０１２６】
軽鎖及び／又は重鎖抗体可変ドメインはまた更なるペプチド配列に融合され得、該更なるペプチド配列はウィルス粒子又は細胞の表面上で一又は複数の融合ポリペプチドの相互作用を可能にする。これらのペプチド配列はここでは「二量体化配列」、「二量体化ペプチド」又は「二量体化ドメイン」と称される。適切な二量体化ドメインには、疎水性残基が規則的に間隔をあけられ、各タンパク質の疎水性残基の相互作用による二量体の形成を可能にする両親媒性αヘリックスを有するタンパク質のものが含まれる；かかるタンパク質及びタンパク質の一部には、例えばロイシンジッパー領域が含まれる。二量体化領域は抗体可変ドメインとウィルスコートタンパク質の間に位置しうる。
ある場合には、ベクターは、例えばコートタンパク質に融合した重鎖可変領域を含む一本鎖の単一抗体-ファージポリペプチドをコードする。これらの場合において、ベクターは、あるプロモーターの制御下で一つの転写物を発現する「単シストロン性」であると考えられる。ベクターは、ＶＬ及びＶＨドメインの間のリンカーペプチドと共に、ＶＬ及びＶＨドメインをコードする単シストロン性配列の発現を推進するアルカリホスファターゼ（ＡＰ）又はＴａｃプロモーターを利用しうる。このシストロン性配列は５’端が大腸菌ｍａｌＥ又は熱安定エンテロトキシンＩＩ（ＳＴＩＩ）シグナル配列にその３’端がウィルスコートタンパク質の全体又は一部に連結される。ある実施態様では、ベクターは、第二可変ドメイン配列とウィルスコートタンパク質の間にその３’端の二量体化ドメイン（例えばロイシンジッパー）をコードする配列を更に含みうる。二量体化ドメインを含む融合ポリペプチドは二量体化して二つのｓｃＦｖポリペプチドの複合体（ここでは「（ＳｃＦｖ）２−ｐＩＩＩ）」と称す）を形成することができる。
【０１２７】
他の場合には、例えば重鎖及び軽鎖の可変領域は別個のポリペプチドとして発現させることができ、よってベクターは「ビシストロン性」であり、別個の転写物の発現を可能にする。これらのベクターにおいて、Ｐｔａｃ又はＰｈｏＡプロモーターのような適切なプロモーターはビシストロン性メッセージの発現を推進するために使用できる。例えば軽鎖可変ドメインをコードする第一シストロンは５’端が大腸菌ｍａｌＥ又は熱安定エンテロトキシンＩＩ（ＳＴＩＩ）シグナル配列に、３’端がｇＤタグをコードする核酸配列に連結される。例えば重鎖可変ドメインをコードする第二シストロンは、その５’端が大腸菌ｍａｌＥ又は熱安定エンテロトキシンＩＩ（ＳＴＩＩ）シグナル配列に、３’端がウィルスコートタンパク質の全部又は一部に連結される。
【０１２８】
ｃ．宿主細胞へのベクターの導入
本発明に従って記載されたようにして作製されたベクターは増幅及び／又は発現のために宿主細胞に導入される。ベクターは、電気穿孔法、リン酸カルシウム沈降法等々を含む標準的な形質転換法を使用して宿主細胞に導入することができる。ベクターがウィルスのような感染性粒子である場合、ベクター自体が宿主細胞への移入をもたらす。遺伝子融合体をコードする複製可能発現ベクターを含む宿主細胞の形質移入と標準的な手順に従うファージ粒子の生産は、融合タンパク質がファージ粒子の表面にディスプレイされるファージ粒子を提供する。
複製可能発現ベクターが様々な方法を使用して宿主細胞に導入される。一実施態様では、ベクターは、国際公開第００１０６７１７号に記載されたように電気穿孔法を使用して細胞中に導入することができる。細胞を標準的な培養ブロスの培養で、場合によっては約３７℃で約６−４８時間の間（又はＯＤ６００＝０．６−０．８まで）増殖させ、ついでブロスを遠心分離し、上清を取り除く（例えばデカントする）。初期精製は、例えば、細胞ペレットをバッファー液（例えば１．０ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ７．４）中に再懸濁させた後、再遠心分離し上清を取り除くことによる。得られた細胞ペレットを希釈したグリセロール（例えば５−２０％ｖ／ｖ）に再懸濁させ、再び遠心分離して細胞ペレットを形成し、上清を除去する。最終細胞濃度は、所望の濃度になるまで細胞ペレットを水又は希釈グリセロールに再懸濁させることにより得られる。
【０１２９】
特に好ましいレシピエント細胞は、本発明の電気穿孔コンピテント大腸菌株であり、これは大腸菌株ＳＳ３２０（Sidhu等, Methods Enzymol. (2000), 328:333-363）である。株ＳＳ３２０は、稔性エピソーム（Ｆ’プラスミド）又はＸＬ１−ＢＬＵＥをＭＣ１０６１細胞に移入するのに十分な条件下でＭＣ１０６１細胞をＸＬ１−ＢＬＵＥ細胞と対にさせることによって調製した。株ＳＳ３２０はアメリカン・タイプ・カルチュア・コレクション（ＡＴＣＣ）, 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia USAに１９９８年６月１８日に寄託し、寄託番号第９８７９５号があてがわれている。該株におけるファージ複製を可能にする任意のＦ’エピソームを本発明において使用することができる。適切なエピソームはＡＴＣＣに寄託された株から入手可能であり、又は商業的に入手可能である（ＣＪ２３６、ＣＳＨ１８、ＤＨＦ’、ＪＭ１０１、ＪＭ１０３、ＪＭ１０５、ＪＭ１０７、ＪＭ１０９、ＪＭ１１０）、ＫＳ１０００、ＸＬ１−ＢＬＵＥ、７１−１８等々）。
電気穿孔中におけるより高いＤＮＡ濃度（約１０Ｘ）の使用は形質転換効率を増大させ、宿主細胞中に形質転換されるＤＮＡ量を増大させる。高細胞濃度の使用はまた効率を増大させる（約１０Ｘ）。多量の移入されたＤＮＡは多様性が大きく、コンビナトリアルライブラリーの独特の多数のメンバーを表すより大きなライブラリーを生産する。形質転換された細胞は一般には抗生物質含有培地での増殖によって選択される。
【０１３０】
ｄ．融合ポリペプチドのディスプレイ
抗体可変ドメインを含む融合ポリペプチドは様々な形態で細胞又はウィルスの表面にディスプレイできる。これらの形態には、限定されるものではないが、単鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）、Ｆ（ａｂ）断片、モノボディの可変ドメイン及びこれらの断片の多価形態が含まれる。多価形態は、それぞれ（ＳｃＦｖ）２、Ｆ(ａｂ)２及びＦ（ａｂ）’２と称されるＳｃＦｖ、Ｆａｂ、又はＦ（ａｂ）’の二量体でありうる。部分的には一般的に低親和性クローンの同定を生じ、選択過程の間、希なクローンのより効率的なソーティングをまた可能にする一を越える抗原結合部位を有しているので、ディスプレイの多価形態が好ましい。
バクテリオファージの表面に抗体断片を含む融合ポリペプチドをディスプレイする方法は、例えば特許公開番号ＷＯ９２／０１０４７及びここに記載されているように、当該分野でよく知られている。他の特許公開公報ＷＯ９２／２０７９１；ＷＯ９３／０６２１３；ＷＯ９３／１１２３６及びＷＯ９３／１９１７２は関連した方法を記述しており、全てがここに出典明示により援用される。他の刊行物は、ファージ表面にディスプレイされた様々な抗原に対する人工的に再アレンジされたＶ遺伝子レパートリーを持つ抗体の同定を示している（例えば、Hoogenboom & Winter, 1992, J. Mol. Biol., 227: 381-388；及び国際公開第９３／０６２１３号及び同第９３／１１２３６号に開示）。
【０１３１】
ベクターがｓｃＦｖ形態でのディスプレイに対して作製される場合、それは、抗体可変軽鎖ドメイン及び抗体可変重鎖可変ドメインをコードする核酸配列を含む。典型的には、抗体可変重鎖ドメインをコードする核酸配列はウィルスコートタンパク質に融合される。抗体可変ドメインの一方又は双方は少なくとも一つのＣＤＲ又はＦＲに変異体アミノ酸を有しうる。抗体可変軽鎖をコードする核酸配列は、ペプチドリンカーをコードする核酸配列によって抗体可変重鎖ドメインに連結される。ペプチドリンカーは典型的には約５から１５のアミノ酸を含んでいる。場合によっては、例えば精製又は検出に有用なタグをコードする他の配列を、抗体可変軽鎖又は抗体可変重鎖ドメインをコードする核酸又は双方の３’端に融合させることができる。
【０１３２】
ベクターがＦ（ａｂ）ディスプレイに対して作製される場合、それは、抗体可変ドメイン及び抗体定常ドメインをコードする核酸配列を含む。可変軽鎖ドメインをコードする核酸は軽鎖定常ドメインをコードする核酸に融合される。抗体重鎖可変ドメインをコードする核酸配列は重鎖定常ＣＨ１ドメインをコードする核酸配列に融合される。典型的には、重鎖可変及び定常ドメインをコードする核酸配列はウィルスコートタンパク質の全て又は一部をコードする核酸配列に融合される。抗体可変重鎖又は軽鎖ドメインの一方又は双方は少なくとも一つのＣＤＲ及び／又はＦＲに変異アミノ酸を有しうる。重鎖可変及び定常ドメインは、一実施態様では、ウィルスコートの少なくとも一部との融合体として発現され。軽鎖可変及び定常ドメインは重鎖ウィルスコート融合タンパク質から別個に発現される。重鎖及び軽鎖は互いに結合するが、これは共有結合又は非共有結合でありうる。場合によっては、例えば精製又は検出に有用なポリペプチドタグをコードする他の配列を、抗体軽鎖定常ドメイン又は抗体重鎖定常ドメインをコードする核酸又は双方の３’端に融合させることができる。
【０１３３】
一実施態様では、二価部分、例えばＦ(ａｂ)２二量体又はＦ（ａｂ）’２二量体は、粒子の表面に変異アミノ酸置換を持つ抗体断片をディスプレイするために使用される。Ｆ（ａｂ）’２二量体は、液相抗原結合アッセイにおいてＦ（ａｂ）二量体と同じ親和性を有しているが、固定化抗原でのアッセイにおける高結合活性のためにＦ（ａｂ）’２に対する解離速度が低減する。従って、二価形態（例えば、Ｆ（ａｂ）’２）は、より低い親和性のクローンの同定を可能にし、選択過程中における希なクローンのより効率的なソーティングを可能にするので、特に有用な形態である。
【０１３４】
６． 融合ポリペプチド
融合ポリペプチドコンストラクトは、有意な親和性をもって潜在的なリガンドに結合する融合ポリペプチドを作製するために調製することができる。特に、ポリペプチドの安定性を増大させる一又は複数のアミノ酸変異を有する単離ＶＨと異種ポリペプチド配列（例えばウィルスポリペプチドの少なくとも一部のもの）を含む融合ポリペプチドが、個々に、及び対象の標的に対する候補結合体である複数の独特の個々のポリペプチドとして、作製される。そのようなポリペプチドを含む組成物（例えばライブラリー）は、様々な応用、特に対象の標的に結合する候補免疫グロブリンポリペプチド（特に抗体及び抗体断片）の大きい多様性プールとしての用途が見出される。
ある実施態様では、融合タンパク質は、ウィルスコートタンパク質の全部又は一部に融合された単離ＶＨ、又はＶＨ及び定常ドメインを含む。ウィルスコートタンパク質の例には、感染性タンパク質ＰＩＩＩ、主要コートタンパク質ＰＶＩＩＩ、ｐ３、Ｓｏｃ、Ｈｏｃ、ｇｐＤ（バクテリオファージラムダのもの）、マイナーバクテリオファージコートタンパク質６（ｐＶＩ）（糸状ファージ；J. Immunol. Methods, 1999, 231(1-2):39-51）、Ｍ１３バクテリオファージ主要コートタンパク質変異体（Ｐ８）（Protein Sci 2000 Apr; 9(4):647-54）が含まれる。融合タンパク質はファージの表面にディスプレイされ得、適切なファージ系には、Ｍ１３ＫＯ７ヘルパーファージ、Ｍ１３Ｒ４０８、Ｍ１３−ＶＣＳ、及びＰｈｉ Ｘ１７４、ｐＪｕＦｏファージ系（J. Virol. 2001 Aug; 75(15):7107-13）、ハイパーファージ（Nat Biotechnol. 2001 Jan; 19(1):75-8）が含まれる。一実施態様では、ヘルパーファージはＭ１３ＫＯ７であり、コートタンパク質はＭ１３ファージ遺伝子ＩＩＩコートタンパク質である。
【０１３５】
抗原結合の検出に有用なタグは、ウィルスコートタンパク質に融合されない抗体可変ドメインか、又はウィルスコートタンパク質に融合した抗体可変ドメインの何れかに融合させることもできる。抗体可変ドメインに融合させることができる更なるペプチドには、ｇＤタグ、ｃ−Ｍｙｃエピトープ、ポリ−ヒスチジンタグ、蛍光タンパク質（例えばＧＦＰ）、又はファージ又は細胞の表面に発現される融合タンパク質の検出又は精製に使用することができるβガラクトシダーゼタンパク質が含まれる。
ある実施態様では、本発明のＶＨドメインの安定性及び／又は半減期は、ＶＨドメインに一又は複数の更なる分子を融合又はその他結合させることによって調節される。単離ＶＨドメインは比較的小さい分子であり、一又は複数の融合パートナー（活性なパートナー、例えば限定しないが一又は複数の更なるＶＨ又はＶＬドメイン、酵素、又は他の結合パートナー、又は非機能性パートナー、例えば限定しないがアルブミン）の添加はタンパク質のサイズを増加させ、そのインビボでのクリアランス速度を減少させうる。当該分野で知られている他のアプローチ法はタンパク質が受ける翻訳後修飾の量を増加させることによってタンパク質のサイズを増加させることである。非限定的な例として、更なるグリコシル化部位をタンパク質内に加えることができ、当該分野で知られているように、タンパク質をペグ化させることができる。ＶＨドメインの循環半減期を増大させる他のアプローチ法は血清アルブミンに結合する他のＶＨ又はＶＬドメインにそれらを結合させることである（例えばＥＰ１５１７９２１Ｂを参照）。
【０１３６】
これらＶＨドメインコンストラクトは、融合ポリペプチドにおいて二量体化ドメインとして存在する場合に重鎖が二量体化してＦａｂ又はＦａｂ’抗体断片／部分を形成する傾向を増加させる二量体化可能配列をまた含みうる。これら二量体化配列は融合ポリペプチド中に存在しうる任意の重鎖ヒンジ配列に付加されうる。融合ファージポリペプチド中の二量体化ドメインは二つのセットの融合ポリペプチド（ＬＣ／ＨＣ−ファージタンパク質／断片（例えばｐＩＩＩ））を一緒にし、よって二つのセットの融合ポリペプチド間に適切な結合（例えば重鎖間ジスルフィド架橋）の形成を可能にする。そのような二量体化配列を含むベクターコンストラクトは、ファージ上に、例えばここに記載された多様化融合タンパク質のような、抗体可変ドメインの二価ディスプレイを達成するために使用できる。一実施態様では、各単量体抗体断片（融合ポリペプチド）の内因的親和性は、二量体化配列への融合によって有意には変化させられない。他の実施態様では、二量体化は、当該分野で知られここに記載された方法によって決定することができる解離速度の有意な減少と共に、ファージ結合の増加した結合活性をもたらす二価ファージディスプレイを生じる。本発明の二量体化配列含有ベクターはまた二量体化配列のアンバー終結コドン５’を含んでいても含んでいなくともよい。二量体化配列は当該分野で知られており、例えばＧＣＮ４ジッパー配列（ＧＲＭＫＱＬＥＤＫＶＥＥＬＬＳＫＮＹＨＬＥＮＥＶＡＲＬＫＫＬＶＧＥＲＧ）（配列番号２５０）を含む。
【０１３７】
ここに記載された又はここに記載された方法を使用して得られた単離ＶＨドメインは単離ＶＨドメインとして用いることができ、あるいは抗体又は抗体断片様構造を形成するために一又は複数の他のＶＨドメインと組み合わされうると考えられる。抗体様又は抗体断片様構造中に一又は複数のＶＨドメインを導入する方法は当該分野でよく知られており、そのような抗体様又は抗体断片様構造は、一又は複数のフレームワーク領域、定常領域、又は一又は複数のＶＨドメインをそれらが標的に結合できる空間配向に維持するのに十分亜一又は複数の天然又は合成抗体の他の部分を含みうる。ある実施態様では、二以上の単離ＶＨドメインを含む分子は単一標的に特異的である。ある実施態様では、二以上の単離ＶＨドメインを含む分子は一を越える標的に特異的である。ある実施態様では、二以上の単離ＶＨドメインを含む分子は二重特異的である。
ここに記載された単離ＶＨドメインはその結合特性を保持しながら他の分子と結合されうると更に考えられる。非限定的な例では、本発明の一又は複数の単離ＶＨドメインは、抗体、ｓｃＦｖ、抗体の重鎖、抗体の軽鎖、抗体のＦａｂ断片、又は抗体のＦ(ａｂ)２断片と結合されうる。そのような結合は共有結合（つまり、直接的融合又は一又は複数の連結分子を介した間接的融合）又は非共有結合（つまり、ジスルフィド結合、電荷−電荷相互作用、ビオチン−ストレプトアビジン結合、又は当該分野で知られている他の非共有結合）でありうる。
【０１３８】
７．抗体
ここに記載されるライブラリーは、選択される抗原に特異的な抗体、抗体断片、モノボディ、又は抗体可変ドメインを単離するために使用できる。モノボディは軽鎖を欠く抗原結合分子である。その抗原結合部位は重鎖可変ドメインにのみ見出されるが、抗原に対する親和性は古典的な抗体のものと同様であることが見出された（Ferrat等, Biochem J., 366:415 (2002)）。モノボディは高い親和性と特異性でその標的に結合するため、モノボディは伝統的な抗体の設計におけるモジュールとして使用されうる。伝統的な抗体は、高親和性重鎖抗体又はモノボディをＦａｂ又はＩｇＧに転換し、転換した重鎖抗体又はモノボディを適当な軽鎖と対形成させることによって作製されうる。モノボディはまた軽鎖の必要がない新規な抗原結合分子又はミニ抗体を形成するために利用することもできる。これらの新規なミニ抗体又は抗原結合分子は他の単鎖タイプの抗体と同様であるが、抗原結合ドメインは重鎖可変ドメインである。
【０１３９】
標的抗原に特異的な抗体可変ドメインを、互いに又は定常領域と組み合わせて、抗原結合抗体断片又は完全長抗体を形成することができる。これらの抗体は、精製、診断及び治療用途に使用することができる。ここに記載されたある実施態様では、変異体単離重鎖抗体可変ドメインは、軽鎖の不存在下で単離された重鎖抗体可変ドメインの安定性を高め、軽鎖可変ドメインと結合する単離重鎖抗体可変ドメインの能力を同時に減少させうる修飾を有することが理解される。よって、本発明のＶＨドメインがＶＬドメインを有する単一分子中に組み合わされるある実施態様では、組換え法は本発明のＶＨドメインとＶＬドメイン間の結合親和性のかかる減少を克服するために使用されうる。そのような方法は当業者によく知られており、例えばＶＨドメインをＶＬドメインに遺伝子的に又は化学的に融合させることを含む。
【０１４０】
８．使用及び方法
本発明は、重鎖抗体可変ドメイン配列をその安定性が高められるように多様化させるための新規な方法を提供し、亢進された折り畳み安定性を有する、多重、一般には非常に多重の多様化された重鎖抗体可変ドメイン配列を含むライブラリーをまた提供する。そのようなライブラリーは、例えば、結合親和性及び結合活性のような所望の活性を持つ合成抗体又は抗原結合ポリペプチドをスクリーニングするのに有用である。そのようなライブラリーは非常に様々な標的分子の何れかと相互作用可能な免疫グロブリンポリペプチド配列を同定するための非常に有用な資源を提供する。例えば、ファージディスプレイとして発現される本発明の多様化免疫グロブリンポリペプチドを含むライブラリーは、対象の抗原結合分子をスクリーニングするのに特に有用であり、その高スループットな、効率的で自動化可能なシステムを提供する。ある実施態様では、多様化された抗体可変ドメインは、軽鎖の不存在下で抗原に結合するモノボディとして提供される。ついで、場合によっては一又は複数の変異体ＣＤＲと組み合わせた変異体ＶＨの集団を、所望の安定性を有する新規な抗原結合分子を同定するためにライブラリーで利用できる。
【０１４１】
また提供されるのは、複数の安定なＶＨ領域を作製するために使用することが出来るＶＨ領域を設計する方法である。本発明は、選択された抗原に対して高親和性を好ましくは有する高折り畳み安定性を持つ新規な抗体又は抗原結合断片又は抗体可変ドメインを作製し単離するための方法を提供する。複数の異なった抗体又は抗体可変ドメインは、ソース重鎖可変ドメイン中において一又は複数の選択されたアミノ酸位置を変異（多様化）させて、その位置に変異アミノ酸を有する抗原結合可変ドメインの多様性ライブラリーを作製することによって調製される。単離重鎖可変ドメイン中の多様性は、高度に多様なライブラリーが増大した折り畳み安定性をもって得られるように設計される。一態様では、変異のために選択されたアミノ酸位置は、例えばソース抗体及び／又は天然免疫グロブリンポリペプチドの構造を分析することによって定量して、ＶＬと相互作用する一又は複数のアミノ酸位置である。他の態様では、変異のために選択されるアミノ酸位置は、ＶＬと相互作用する一又は複数のアミノ酸位置を含み、一又は複数のＣＤＲに一又は複数のアミノ酸位置を更に含む。他の態様では、アミノ酸位置は、構造的であり、多様性が限定されるＶＨ領域中の位置である一方、残りの位置は、高度に多様性で良好に折り畳まれるライブラリーを作製するためにランダム化され得る。
【０１４２】
変異体アミノ酸を発現する可変ドメイン融合タンパク質は、ファージ又は細胞の表面に発現され、ついで、典型的には対象の抗原であるか又は折り畳まれたポリペプチドに結合し折り畳まれていないポリペプチドには結合しない分子又は双方である、標的タンパク質のような標的分子に特異的に結合する融合タンパク質の群のメンバーの能力についてスクリーニングされうる。標的タンパク質には、抗体又は抗体断片に特異的に結合し、正しく折り畳まれた抗体断片（融合ポリペプチド）をディスプレイするライブラリーメンバーを豊富にするために使用することができるプロテインＬ又はプロテインＡが含まれうる。他の実施態様では、標的分子は、折り畳まれたポリペプチドに特異的に結合し折り畳まれていないポリペプチドに結合せず抗原結合部位に結合しない分子である。例えば、Ｖｈ３抗体可変ドメインのプロテインＡ結合部位は抗原結合部位とは反対のＢシートに見出される。標的分子の他の例は、抗原結合部位に結合せず、折り畳まれたポリペプチドに結合し、折り畳まれていないポリペプチドに結合しない、プロテインＡ結合部位に対する抗体のような、抗体又は抗原結合断片又はポリペプチドを含む。標的タンパク質はまた特異的抗原、例えばレセプターを含み得、天然供給源から単離され又は当該分野で知られている手順によって組換え方法により調製されうる。
【０１４３】
標的分子に結合する融合ポリペプチドの能力についてのスクリーニングはまた溶液相中で実施することができる。例えば、標的分子にビオチンのような検出可能部分を付着させることができる。溶液中で標的分子に結合するファージは、ビオチンが検出可能な部分であるストレプトアビジンコートビーズのような、検出可能な部分に結合する分子による未結合ファージから選択することができる。結合体（標的に結合する融合ポリペプチド）の親和性は、使用される標的分子の濃度に基づいて、式を使用し、当該分野で知られている基準に基づいて決定することができる。
標的抗原は多くの治療用の分子を含みうる。サイトカイン及び増殖因子に含まれるものは、成長ホルモン、ウシ成長ホルモン、インスリン様増殖因子、ｎ−メチオニルヒト成長ホルモンを含むヒト成長ホルモン、副甲状腺ホルモン、チロキシン、インスリン、プロインスリン、アミリン、リラキシン、プロリラキシン、糖タンパク質ホルモン、例えば卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、黄体形成ホルモン（ＬＨ）、造血増殖因子、線維芽細胞増殖因子、プロラクチン、胎盤性ラクトゲン、腫瘍壊死因子、ミュラー管抑制因子、マウスゴナドトロピン関連ポリペプチド、インヒビン、アクチビン、血管内皮増殖因子、インテグリン、神経成長因子、例えばＮＧＦ-β、インスリン様増殖因子-Ｉ及びＩＩ、エリスロポエチン、骨誘導因子、インターフェロン、コロニー刺激因子、インターロイキン、骨形成タンパク質、ＬＩＦ、ＳＣＦ、ＦＬＴ−３リガンド及びキットリガンドである。
【０１４４】
精製された標的タンパク質は、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、ガラスビーズ、セルロース、様々なアクリルコポリマー、ヒドロキシアルキルメタクリレートゲル、ポリアクリル及びポリメタクリルコポリマー、ナイロン、中性及びイオン性担体等々のような適切なマトリックスに付着されうる。マトリックスへの標的タンパク質の付着は、Methods in Enzymology, 44 (1976)に記載された方法によって、又は当該分野で知られている他の手段によって達成することができる。
マトリックスへの標的タンパク質の付着後、固定された標的を、固定された標的とファージ粒子の少なくとも一部が結合するのに適した条件下で融合ポリペプチドを発現するライブラリーと接触させる。通常は、ｐＨ、イオン強度、温度等を含む条件は生理的条件を模倣する。固定された標的に結合した粒子（「結合体(binders)」は、洗浄によって標的に結合しない粒子から分離される。洗浄条件は、より高親和性の結合体を除く全てが除去されるように調節しうる。結合体は様々な方法によって固定された標的から解離されうる。これらの方法には、野生型リガンドを使用し、ｐＨ及び／又はイオン強度を変更する競合解離法、及び当該分野で知られた方法が含まれる。結合体の選択は典型的にはリガンドでの親和性マトリックスからの溶離を含む。増大濃度のリガンドでの溶離は、増加する親和性のディスプレイされた結合分子を溶離する。
【０１４５】
結合体は単離し、ついで再増幅させ又は宿主細胞中で発現させ、標的分子結合について他の選択実験を施す。任意の数の選択又はソーティング実験を利用することができる。選択又はソーティング手順の一つは、プロテインＬに結合する結合体又はポリペプチドタグに結合する抗体、例えばｇＤタンパク質又はポリヒスチジンタグに結合する抗体を単離することを含む。他の選択又はソーティング手順は、安定性の複数回のソーティング実験、例えば折り畳まれたポリペプチドに特異的に結合し折り畳まれていないポリペプチドに結合しない標的分子へ結合させた後、抗原（例えばＶＥＧＦ）への結合について安定な結合体を選択又はソーティングすることを含む。
ある場合には、適切な宿主細胞を結合体及びヘルパーファージで感染させ、ファージミド粒子の増幅に適した条件下で宿主細胞を培養する。ついで、ファージミド粒子を集め、標的分子に対して所望の親和性を有する結合体が選択されるまで、選択過程を一又は複数回繰り返す。ある実施態様では、少なくとも２回の選択が実施される。
【０１４６】
標的抗原への結合によって結合体を同定した後、核酸を抽出することができる。ついで、抽出されたＤＮＡを直接使用して大腸菌宿主細胞を形質転換させるか、あるいは例えば適切なプライマーを用いたＰＣＲを使用してコード化配列を増幅させ、ついで発現のためのベクター中に挿入しうる。
高親和性結合体を単離するために好ましい方策は、低量のリガンドを含むアフィニティーマトリックスにファージ集団を結合させることである。高親和性ポリペプチドをディスプレイするファージが優先的に結合し、低親和性ポリペプチドは洗い流される。ついで、高親和性ポリペプチドを、リガンドでの溶離によって、又はアフィニティーマトリックスからファージを溶離させる他の手順によって回収される。
ある実施態様では、スクリーニング方法は、ライブラリー候補の高スループットスクリーニングを許容すべく自動化システムによって実施される。
【０１４７】
ある場合には、ここに記載された新規なＶＨ配列は、例えば２段階過程を経て、重鎖及び／又は軽鎖のＣＤＲ中にコドンセットを介して変異アミノ酸を導入することによって作製される他の配列と組み合わせることができる。２段階過程の例は、ＶＨ ＦＲ及び場合によっては一又は複数のＣＤＲをランダム化することによって作製される一又は複数のライブラリー内に結合体（一般には低親和性結合体）を最初に決定することを含み、ここで、ＶＨ ＦＲがランダム化され、各ライブラリーが異なるか、又は同じドメインがランダム化される場合は、それがランダム化されて異なった配列を作製する。重鎖ライブラリーからの結合体からのＶＨフレームワーク領域及び／又はＣＤＲ多様性を、ついで（例えば異なったＣＤＲ配列を互いに結合させることによって）軽鎖ライブラリーからの結合体からのＣＤＲ多様性と組み合わせることができる。ついで、増加した親和性を有する結合体を同定するために標的に対してプールを更にソーティングすることができる。一又は複数の標的抗原に対して高い結合親和性を示す新規な抗体配列を同定することができる。
ある実施態様では、本発明のポリペプチドを含むライブラリーに複数のソーティングラウンドを施し、ここで、各ソーティングラウンドは過去のラウンドから得られた結合体を過去のラウンドの標的分子とは区別される標的分子に接触させることを含む。好ましくは、必ずしも必要ではないが、標的分子は配列が均質であり、例えば限定しないがサイトカイン（例えばαインターフェロンサブタイプ）を含む関連しているが区別できるポリペプチドのファミリーのメンバーである。
【０１４８】
本発明の他の態様は、良好に折り畳まれファージディスプレイに対して安定である単離ＶＨ領域を設計する方法を含む。該方法は、変異体ＶＨ領域を持つポリペプチドを含むライブラリーを作製し、折り畳まれたポリペプチドに結合し折り畳まれていないポリペプチドに結合しない標的分子に結合するライブラリーのメンバーを選択し、単離ＶＨ領域中の構造アミノ酸位置を同定するためにライブラリーのメンバーを解析し、構造アミノ酸位置で置換することができる少なくとも一つのアミノ酸を同定し、ここで同定されたアミノ酸は安定性のために選択されるポリペプチドにおいてランダムよりも有意により頻繁に生じるもの（一標準偏差又はその位置の任意のアミノ酸の頻度よりも頻繁）であり、及び構造アミノ酸位置に少なくとも一つの又は同定されたアミノ酸を有する単離ＶＨ領域を設計することを含む。
ここに記載された実施態様の何れかによってＶＨ中に変異アミノ酸を導入することによってつくり出されたライブラリーの配列多様性は、抗体の他の領域、特に軽鎖及び／又は重鎖可変配列の何れかのＣＤＲにおける変異とこれらＶＨ変異を組み合わせることによって増大させることができることが考えられる。このセットのメンバーをコードする核酸配列は、コドンセットを介して軽鎖又は重鎖配列の何れかのＣＤＲ中に他の変異アミノ酸を導入することによって更に多様化することができることが考えられる。よって、例えば、一実施態様では、一又は複数のＦＲアミノ酸位置に変異を有し、標的抗原に結合するここに記載の単離ＶＨ配列は、多様化されたＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、又はＣＤＲＨ３配列、又は多様化されたＣＤＲの任意の組合せと組み合わせることができる。
【０１４９】
本発明の他の態様は、ＶＬとの界面作用に関与するＶＨアミノ酸位置を同定し；少なくとも一つのかかるアミノ酸位置におけるアミノ酸を少なくとも一つの別のアミノ酸と置き換えて、ＶＨに異なったアミノ酸配列を有するポリペプチド集団を作製することを含む変異ＶＨポリペプチド集団の作製方法を含む。かかる一態様では、ＶＨポリペプチド中のアミノ酸位置は、ランダム化されたＶＨを有するポリペプチド集団においてその位置の最も一般的に生じるアミノ酸と置き換えられる。
該方法は変異体ＣＤＲ−Ｈ１を更に有する複数のかかる単離ＶＨを作製することを更に含む。該方法は変異ＣＤＲ２を有する複数のかかる単離ＶＨを作製することを更に含みうる。該方法は変異ＣＤＲ３を有する複数のかかる単離ＶＨを作製することを更に含みうる。  
【０１５０】
本発明の他の態様は、野生型重鎖抗体可変ドメインに対して増大した折り畳み安定性を有するスキャフォールド重鎖抗体可変ドメインを作製する方法である。該方法は、ＶＨ中の各アミノ酸位置でランダム化された抗体可変ドメインのライブラリーを作製することを含む。ライブラリーは、折り畳まれたポリペプチドに結合し折り畳まれていないポリペプチドに結合しない標的分子、例えば一実施態様ではプロテインＡに対して選別される。ライブラリーは折り畳み安定性を評価するための一又は複数の方法を使用して更に選別される。複数ラウンドの増幅及び選択が起こりうる。ある実施態様では、少なくとも３ラウンドの増幅と選択が実施される。第４又は第５ラウンドでは、４つの最もドミナントなクローンの各々の配列が同定される。任意の特定のクローンにおける構造アミノ酸位置の同定は、例えばコンビナトリアルアラニンスキャニング変異誘発を使用して確認することができる。野生型ＶＨポリペプチドに対して増大した折り畳み安定性を有するＶＨスキャフォールドを、ついで、同定した構造アミノ酸位置の多様性を制限し、スクリーニング及び選択過程で同定した一又は複数の非構造アミノ酸位置を変更して単離ＶＨドメインの折り畳み安定性を高めることによって調製される。
【０１５１】
本発明のタンパク質（例えばＶＨドメイン、又はそのようなＶＨドメインを含む抗体、抗体断片、又は融合タンパク質）はまた、例えばインビトロ、エキソビボ及びインビボ治療法において使用することができる。本発明のタンパク質は、インビトロ、エキソビボ及びインビボで特異的抗原活性を部分的又は完全にブロックするアンタゴニストとして使用することができる。更に、本発明のタンパク質の少なくとも幾らかは他の主からの抗原活性を中和することができる。従って、本発明のタンパク質は、例えば抗原を含む細胞培養物において、ヒト患者において又は本発明のタンパク質が交差反応する抗原を有する他の哺乳動物患者（例えばチンパンジー、ヒヒ、マーモセット、カニクイザル及びアカゲザル、ブタ又はマウス）において、特異的抗原活性を阻害するために使用することができる。一実施態様では、本発明のタンパク質は、抗原活性が阻害されるように本発明のタンパク質を抗原に接触させることによって抗原活性を阻害するために使用することができる。ある実施態様では、抗原はヒトタンパク質分子である。
【０１５２】
一実施態様では、本発明のタンパク質（例えば本発明のＶＨドメイン又はそのようなＶＨドメインを含む抗体、抗体断片、又は融合タンパク質）は、患者における抗原活性が阻害されるように本発明のタンパク質を患者に投与することを含む、抗原活性が有害である疾患を被っている患者において抗原を阻害する方法に使用することができる。ある実施態様では、抗原はヒトタンパク質分子であり、患者はヒト患者である。あるいは、患者は、本発明のタンパク質が結合する抗原を発現する哺乳動物でありうる。更にまた患者は抗原が（例えば抗原の投与によって又は抗原導入遺伝子の発現によって）導入される哺乳動物であり得る。本発明のタンパク質は治療の目的でヒト患者に投与することができる。更に、本発明のタンパク質は、獣医学的目的のため又はヒト疾病の動物モデルとして本発明のタンパク質が交差反応する抗原を発現する非ヒト哺乳動物（例えば霊長類、ブタ又はマウス）に投与することができる。後者に関しては、かかる動物モデルは、本発明のタンパク質の治療的効能の評価のため（例えば投薬量及び投与の時間過程の試験）に有用であり得る。
【０１５３】
一態様では、一又は複数の標的抗原に対してブロック活性を有する本発明のタンパク質（例えば本発明のＶＨドメイン又はそのようなＶＨドメインを含む抗体、抗体断片、又は融合タンパク質）はリガンド抗原に対して特異的であり、リガンド抗原を含むリガンド−レセプター相互作用をブロック又は干渉することによって抗原活性を阻害し、よって対応するシグナル経路及び他の分子又は細胞性事象を阻害する。他の態様では、本発明のタンパク質は一又は複数のレセプターに対して特異的であり得、必ずしもではないがリガンド結合を防ぎながら、レセプター活性化と干渉しうる。ある実施態様では、本発明のタンパク質はリガンド−レセプター複合体に専ら結合しうる。本発明のタンパク質はまた特定の抗原レセプターのアゴニストとして作用し得、よってリガンド媒介レセプター活性化の全て又は部分的な活性を強化し、高め又は活性化する。
【０１５４】
ある実施態様では、細胞障害剤とコンジュゲートさせた本発明のＶＨドメインを含んでなる融合タンパク質を患者に投与する。一態様では、そのような融合タンパク質及び／又はそれが結合する抗原は細胞内に内部移行し、それが結合する標的細胞を死滅させる融合タンパク質の治療的効果が増大する。他の態様では、細胞障害剤は標的細胞内の核酸を標的とするか又はそれと干渉する。このような細胞障害剤の例には、当該分野でよく知られた多くの化学療法剤（限定するものではないが、メイタンシノイド又はカリチアマイシンを含む）、放射性同位元素、又はリボヌクレアーゼ又はＤＮＡエンドヌクレアーゼが含まれる。
本発明の抗体は治療において単独で又は他の組成物との併用で使用されうる。例えば、本発明の抗体は、他の抗体、化学療法剤（化学療法剤のカクテル剤を含む）、他の細胞障害剤、抗血管新生剤、サイトカイン、及び／又は増殖阻害剤と同時投与されうる。上に記載のかかる併用療法には、（二以上の薬剤が同じ又は別個の製剤中に含まれる）併用投与、及び本発明の抗体の投与が補助治療又は治療群の投与の前、及び／又は後に続いて生じうる別個の投与が含まれる。
【０１５５】
本発明のタンパク質（例えば本発明のＶＨドメイン又はそのようなＶＨドメインを含む抗体、抗体断片、又は融合タンパク質）は、非経口的、皮下、腹膜内、肺内、鼻腔内、必要であれば局所治療のため、病巣内投与を含む任意の好適な方法で投与される。非経口注入は、筋肉内、静脈内、動脈内、腹膜内、皮下投与を含む。加えて、本発明のタンパク質は、特にタンパク質の用量を減少させたパルス注入によって好適に投与されうる。投薬は、部分的には投与が短期間か慢性的かによって、例えば注入、例えば静脈内又は皮下注射のような任意の経路によりうる。
本発明のタンパク質（例えば本発明のＶＨドメイン又はそのようなＶＨドメインを含む抗体、抗体断片、又は融合タンパク質）の組成物は良好な医療実務に一致した形式で製剤化され、用量決定され、投与される。この文脈において考慮される因子には、治療されている特定の疾患、治療されている特定の哺乳動物、個々の患者の臨床状態、疾患の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与スケジュール、及び医師に知られている他の因子が含まれる。本発明のタンパク質は、必要ではないが、当該疾患の予防又は治療に現在使用されている一又は複数の薬剤と共に場合によっては製剤化されうる。そのような他の薬剤の有効量は、製剤中に存在する本発明のタンパク質の量、疾患又は治療のタイプ、上で検討した他の因子に依存する。これらは一般にこれまで使用されたものと同じ投薬量及び投与経路で、又はこれまで用いられた投薬量の約１から９９％で使用される。
【０１５６】
病気の予防又は治療のため、（単独で又は化学療法剤のような他の薬剤との併用で使用される場合）本発明のタンパク質（例えば、本発明のＶＨドメイン又はそのようなＶＨドメインを含む抗体、抗体断片、又は融合タンパク質）の適切な投与量は、治療される病気の種類、タンパク質のタイプ、病気の重症度及び過程、タンパク質を予防目的で投与するのか治療目的で投与するのか、過去の治療、患者の臨床歴及びタンパク質への応答性、治療に従事する医師の裁量に依存するであろう。本発明のタンパク質は一度に又は一連の処置にわたって患者に適切に投与される。疾患のタイプや重症度に応じて、例えば一又は複数の別個の投与又は連続注入の何れであれ、約１μｇ／ｋｇから１５ｍｇ／ｋｇ(例えば、約０．１ｍｇ／ｋｇ−１０ｍｇ／ｋｇ)の抗体が患者への最初の投与量の候補である。上述した因子に応じて、典型的な一日の投与量は約１μｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇあるいはそれ以上の範囲であるかも知れない。数日間又はそれ以上の繰り返し投与の場合、症状に応じて、病気の徴候の望ましい抑制が生じるまで治療を維持する。本発明のタンパク質の投与量の一例は、約０．０５ｍｇ／ｋｇから約１０ｍｇ／ｋｇの範囲であろう。従って、約０．５ｍｇ／ｋｇ、２．０ｍｇ／ｋｇ、４．０ｍｇ／ｋｇ又は１０ｍｇ／ｋｇの一又は複数の用量(又はその任意の組み合わせ)で、患者に投与されうる。かかる用量は、断続的に投与されうる(例えば、患者は、本発明のタンパク質の約２から約２０、例えば約６用量を受ける)。高い初負荷用量の後に一又は複数の低用量が投与されうる。例示的な投薬計画は、約４ｍｇ／ｋｇの初負荷用量の後に、毎週約２ｍｇ／ｋｇの本発明のタンパク質の維持用量を投与することを含む。しかしながら、他の投薬計画も有用であろう。この治療の進行状態は通常の技術やアッセイで容易にモニターされる。
【０１５７】
他の実施態様では、容器と該容器上の又は該容器に付随されるラベル又はパッケージ挿入物を含んでなる、一又は複数の疾患の治療、予防及び／又は診断に有用な物質を含む製造品が提供される。好適な容器は、例えば、ビン、バイアル、シリンジ等を含む。該容器は、ガラス又はプラスチックなどの様々な材料から形成されうる。該容器は、それ自体で又は他の組成物と併用した場合に症状の治療、予防及び／又は診断に有効な組成物を収容し、無菌のアクセスポートを有し得る（例えば、該容器は皮下注射針で貫通可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルでありうる）。組成物中の少なくとも一の活性剤は本発明のタンパク質（例えばＶＨドメイン、又はそのようなＶＨドメインを含む抗体、抗体断片、又は融合タンパク質）である。ラベル又はパッケージ挿入物は、組成物が癌のような選択された症状の治療のために使用されることを示す。更に、製造品は、（ａ）本発明のタンパク質を含む組成物が含まれる第一の容器と、（ｂ）更なる細胞障害性剤を含む組成物が含まれる第二の容器とを含みうる。本発明のこの実施態様における製造品は、第一及び第二のタンパク質組成物を例えば癌のような特定の症状を治療するために使用することができることを示すパッケージ挿入物を更に含みうる。あるいは、又は加えて、製造品は、製薬的に許容可能なバッファー、例えば注射用の静菌水(ＢＷＦＩ)、リン酸緩衝生理食塩水、リンガー液及びデキストロース溶液を含む第二（又は第三）の容器を更に含みうる。それは他のバッファー、希釈剤、フィルター、針及びシリンジを含む商業的及び使用者の見地から望ましい他の材料を更に含んでもよい。
【０１５８】
ここに引用された（特許及び特許出願を含む）全ての刊行物は出典明示によりここにその全体を援用する。
本発明を一般的に説明してきたが、発明は、例示のために提供されるものであって限定を意図するものではない次の実施例を参照すれば更に容易に理解される。
【実施例】
【０１５９】
実施例１．ファージディスプレイされたＶＨライブラリー１の作製、選別、及び解析
Ａ．親ファージミドコンストラクトの調製
ヒト抗体４Ｄ５（ハーセプチン(登録商標)）のＶＨドメインをライブラリー作製のための親スキャフォールドとして選択した。次の実験に使用した４Ｄ５ ＶＨドメインのアミノ酸配列は図１Ａ（配列番号３）に表す。４Ｄ５ ＶＨドメインはＶＨ３ファミリーのメンバーであり、プロテインＡに結合する。ファージミドは、標準的な分子生物学の技法を使用して４Ｄ５ ＶＨドメインのオープンリーディングフレームをコードする核酸配列をファージミドコンストラクト中に挿入することによって構築した。得られたコンストラクトｐＰＡＢ４３４３１−７は、ＩＰＴＧ−誘導性Ｐｔａｑプロモーターの制御下で４Ｄ５ ＶＨドメイン融合コンストラクトをコードしていた。Ｎ末端からＣ末端へ、４Ｄ５ ＶＨドメイン融合タンパク質は、図２に示すように、マルトース結合タンパク質シグナルペプチド、４Ｄ５ ＶＨドメイン、Ｇｌｙ／Ｓｅｒリッチリンカーペプチド、及びＰ３Ｃを含んでいた。
【０１６０】
Ｂ．ライブラリー１の作製
単離ＶＨ折り畳み性及び安定性に対する潜在的な貢献体としてのＣＤＲ−Ｈ３の長さ及び主要なラクダ類残基（アミノ酸位置３７、４５、及び４７）並びに過去に同定された残基３５の相対的重要性を調べた。ヒトＶＨドメインファージディスプレイされたライブラリーは、過去に記載された方法（Sidhu等, Meth. Enzymol. 328: 333-363 (2000)）を使用し、ｐＰＡＢ４３４３１−７コンストラクトを用いて作製した。コンストラクト内において、ＶＨアミノ酸位置３５、３７、４５、及び４７を縮重コドンによって置き換え、７から１７の縮重コドンをまたアミノ酸位置９２及び１０３（ＣＤＲ−Ｈ３内）間に許容した。
【０１６１】
ライブラリー作製の前に、ファージミドｐＰＡＢ４３４３１−７を、ファージミドが変異される位置にＴＡＡ終止コドンを導入することによってＫｕｎｋｅｌ突然変異法を使用して修飾した。ライブラリー１に対して、二つの終止コドンコード化オリゴヌクレオチドを使用した：
Ａ１：
2009536527.tif 000006
及びＡ３：
2009536527.tif 000007
ｐＰＡＢ４３４３１−７の得られた「終止鋳型」形態を、同時に（ａ）終止コドンを修復し、（ｂ）所望の突然変異を導入するように設計された縮重オリゴヌクレオチドを用いたＫｕｎｋｅｌ突然変異誘発の第二ラウンドにおいて鋳型として使用した。突然変異誘発反応に使用されたオリゴヌクレオチドは
2009536527.tif 000008
であった。
【０１６２】
第一の変異原性オリゴヌクレオチド（オリゴ１−１）はＶＨアミノ酸位置３５、３７、４５、及び４７にランダム化を含んでいた。残りのオリゴヌクレオチド（オリゴ１−２からオリゴ１−１２）は同じ所望の配列の順列であり、７及び１７のランダム化コドン間にＶＨアミノ酸位置９２及び１０３（ＣＤＲ−Ｈ３）が含まれていた。それぞれの場合において、残基は、上記のオリゴヌクレオチド配列に示されているように、ＮＮＳ混合コドンセット（ここで、ＮはＧ、Ｃ、Ａ、又はＴに対応し、ＳはＧ又はＣに対応する）を使用してランダム化は困難であった。変異誘発反応は過去に記載された変異原性オリゴヌクレオチドの１２の全て（Sidhu等, Meth. Enzymol. 328: 333-363 (2000)）を用いて実施したが、例外的にウリジンは使用せず、使用したヘルパーファージはＫ０７Ｍ１３であった。
変異誘発反応は大腸菌株ＳＳ３２０中に電気穿孔し、ファージ生産をＭ１３−ＫＯ７ヘルパーファージの添加により開始した。３７℃で一晩増殖させた後、ファージをポリエチレングリコール（ＰＥＧ）／ＮａＣｌでの沈降によって収集し、ＰＢＴバッファー（０．５％ＢＳＡ及び０．１％Ｔｗｅｅｎ２０を含むリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ））に再懸濁させた。ライブラリー１の多様性は２×１０１０のユニークメンバーであった。
【０１６３】
Ｃ．ＶＨライブラリー１のソーティング（アフィニティー選択）
ＶＨライブラリー１を数ラウンドのストリンジェントなプロテインＡ結合選択によって選別して、適切に折り畳まれたＶＨドメインを発現するファージを同定した。正しく折り畳まれたＶＨドメインはプロテインＡへの結合能力を保持していることが予想された（図３を参照）。９６のウェルプレート（Nunc Maxisorp）を、ウェル当たり１００μＬのプロテインＡ（１０μｇ／ｍｌ）で４℃にて一晩コートし、０．５％ＢＳＡを含む２００μＬ／ウェルのＰＢＳで室温にて一晩ブロックした。ライブラリー１からのファージ溶液を、コートされたイムノプレート（ウェル当たり１００μＬの１０１２ｐｆｕ／ｍＬ溶液）に加えた。ファージ結合を可能にするために室温での２時間のインキュベーション後に、プレートをＰＢＳＴバッファー（０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０を含むＰＢＳ）で１０回洗浄した。
結合したファージを１００μＬの０．１Ｍ ＨＣｌで５分間各ウェルから溶離させ、各ウェルからの溶離剤を１５μＬの１．０Ｍトリス塩基ｐＨ１１．０で中和させた。溶離したファージを、Ｍ１３−ＫＯ７ヘルパーファージ（New England Biolabs）を添加して大腸菌ＸＬ１−ブルー細胞中で更に増幅させた。増幅させたファージは更なる選択操作に使用した。増幅ファージライブラリーを、プロテインＡに対する４ラウンドの更なるアフィニティープレート選択を通して循環させた。
【０１６４】
プロテインＡの５ラウンド目の実施後、増幅したライブラリー１ＶＨドメインを、抗ペンタヒスチジンタグ（配列番号２７３）抗体（Qiagen）へのその結合性に基づいて選別した。大腸菌ＣＪ２３６細胞（１００μＬ）を、５ラウンド目のプロテインＡソーティングからの１０μＬのファージライブラリーと共に撹拌しながら３７℃で２０分間インキュベートした。感染混合物を大きなカルベニシリンペトリ皿上に広げ、３７℃で一晩インキュベートした。細菌層を、ペトリ皿の表面にカルベニシリン及びクロラムフェニコールを含む約１５ｍＬの２ＹＴバッファー中に再懸濁させた。その溶液を皿から取り除き、Ｍ１３−Ｋ０７ヘルパーファージの３０μＬの１０１１ｐｆｕ／ｍＬ溶液を加えた後、撹拌しながら３７℃で１時間インキュベートした。１ミリリットルの細菌／ファージ混合物を、カルベニシリン及びカナマイシンを含む約２５０ｍＬの２ＹＴバッファーに移し、撹拌しながら３７℃で一晩インキュベートした。ＤＮＡを精製し、小規模のＫｕｎｋｅｌ変異誘発を上述のようにして実施して、ライブラリー中にヘキサヒスチジンタグ（配列番号２７４）及びアンバー終止コドンを導入した。使用した変異原性オリゴヌクレオチドは、ＴＣＣＴＣＧＡＧＴＧＧＣＧＧＴＧＧＣＣＡＣＣＡＴＣＡＣＣＡＴＣＡＣＣＡＴＴＡＧＴＣＴＧＧＴＴＣＣＧＧＴＧＡＴＴＴＴ（配列番号１９）であった。変異誘発反応産物を大腸菌ＸＬ−１ブルー細胞中に電気穿孔し、上述のようにしてライブラリーを作製した。選択を抗ペンタヒスチジンタグ（配列番号２７３）抗体（Qiagen）（１００μＬ／ウェルの５μｇ／ｍＬ溶液）に対して実施した。ヘキサヒスチジン（配列番号２７４）選択及び増幅後、最終ラウンドのプロテインＡソーティングを、上に記載したものと同じ条件下で実施した。
【０１６５】
Ｄ．配列決定及びＶＨドメイン解析
ライブラリー１に対する７ラウンド目の選択からの個々のクローンを、カルベニシリン及びＭ１３−ＫＯ７ヘルパーファージを補填した４００μＬの２ＹＴブロス中において３７℃で９６ウェル型式で一晩増殖させた。ファージ粒子を含む培養上清を、ＶＨドメインをコードするＤＮＡ断片を増幅するため、ＰＣＲ反応の鋳型として使用した。ＰＣＲプライマーを設計して、増幅した断片の何れかの末端にＭ１３Ｆ及びＭ１３Ｒユニバーサルシークエンシングプライマーを加え、Ｍ１３Ｆ及びＭ１３Ｒプライマーをシークエンシング反応に使用することを可能にした。順方向ＰＣＲプライマー配列はＴＧＴＡＡＡＡＣＧＡＣＧＧＣＣＡＧＴＣＡＣＡＣＡＧＧＡＡＡＣＡＧＣＣＡＧ（配列番号２０）であり、逆方向ＰＣＲプライマー配列はＣＡＧＧＡＡＡＣＡＧＣＴＡＴＧＡＣＣＧＴＡＡＴＣＡＧＴＡＧＣＧＡＣＡＧＡ（配列番号２１）であった。増幅ＤＮＡ断片は標準的な方法を使用するｂｉｇ−ｄｙｅ終結シークエンシング反応を使用して配列決定した。シークエンシング反応はＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ３７００ ９６−キャピラリーＤＮＡアナライザー（PE Biosystems, Foster City, CA）で解析した。全ての反応は９６ウェル型式で実施した。
【０１６６】
配列決定した１００のクローン中、５７の可読配列を得た。その５７配列のうち、２５が独特であり、図４Ａ及び４Ｂに示す。コンセンサス配列はＣＤＲ−Ｈ３には観察できなかった。更に、選択されたＶＨドメインの間に明確なＣＤＲ−Ｈ３長の優位性はなかった。前者のＶＨ−ＶＬ界面に沿った残基に関して配列の結果に幾つかの一般的な傾向が観察された。最初に、グリシン、アラニン、及びセリンのような３５位の小さな残基に対して明確な優先性があった。第二に、３７及び４５位は主に疎水性（つまり、トリプトファン、フェニルアラニン、及びチロシン）であった。第三に、４７位は３５位の残基に依存しているように思われた。例えば、グリシン又はアラニンが３５位に見出された場合、４７位はトリプトファン又はメチオニンのような嵩のある疎水性残基によって占められていた。これに対して、３５位がセリンであった場合、４７位はグルタメート又はフェニルアラニンによって占められていた。
【０１６７】
ファージ粒子の表面上にタンパク質をディスプレイする方法は大腸菌中でタンパク質を発現させる方法と同様であるので、ファージディスプレイされたＶＨドメインのプロテインＡ選択は、大腸菌中で潜在的に良好に発現されるタンパク質を選択する有用なツールとなった。よって、ＶＨドメインがファージ上で発現されるのに十分に安定であれば、大腸菌中で良好に発現されるであろう。しかしながら、ライブラリー１からのＶＨドメイン選択体の更なる特徴付けが、正しく折り畳まれ真に安定なＶＨドメインを明確に樹立するために必要であった。２５の同定した独特な配列のうち１６を、１００の調べたクローン中のその頻度及びその配列に基づいた更なる解析に対して選択した。各タンパク質に対して（ａ）大腸菌中で発現されたタンパク質のプロテインＡ結合能力を測定し；（ｂ）凝集する傾向を調べ；（ｃ）熱的安定性を評価する三工程スクリーニング方策を使用した。
【０１６８】
１．ＶＨドメインの発現
１６の選択されたＶＨドメインの各々を可溶型タンパク質として大腸菌で発現させ、得られた細胞可溶化物をプロテインＡ結合樹脂を含むカラムクロマトグラフィーによって分析した。適切に折り畳まれたＶＨドメインは、正しく折り畳まれていないドメインよりもプロテインＡにより強固に結合しなければならない。従って、プロテインＡに特異的に結合する特定のＶＨドメインの収率は、そのドメインが正しく折り畳まれた度合いを示していなければならない。
【０１６９】
非サプレッサー細菌株中の可溶型ＶＨドメインの精製を可能にするために、ファージミドをＰ３Ｃオープンリーディングフレームの丁度前にアンバー終止コドンを導入することによって修飾した。個々のＶＨドメインは、３時間の間０．４ｍＭのＩＰＴＧでの誘導により５００ｍＬの振盪フラスコ中において大腸菌ＢＬ２１細胞(Stratagene, La Jolla, CA)で発現された。凍結細胞ペレットを１００ｍＬの２５ｍＭのトリス、２５ｍＭのＮａＣｌ、５ｍＭのＥＤＴＡ ｐＨ７．１に再溶解させた。細胞ホモジナイザー(Ultra-Turrax T8, IKA Labortechnik, Staufen, Germany)での均質化後に、細胞をＭ-１１０Ｆマイクロフルイダイザー(Microfluidizer(登録商標))プロセッサー(Microfluidics, MA)で溶解させた。細胞可溶化液を８０００ＲＰＭで４℃にて３０分間遠心分離させた。上清を２０μｍフィルターで濾過し、２ｍＬの重力推進クロマトグラフィーのプロテインＡ-セファロースカラムに充填した。少なくとも２０ｍＬの１０ｍＭトリス、１ｍＭ ＥＤＴＡｐＨ８．０でカラムを洗浄した後、各溶離剤を０．５ｍＬの１ＭトリスｐＨ８．０で中和させた。タンパク質濃度は、アミノ酸組成分析、ブラッドフォードアッセイ、又は特定のＶＨドメインのアミノ酸配列に基づいて算定した消衰係数を使用する２８０ｎｍでの吸光度を使用して決定した。
野生型４Ｄ５ ＶＨドメインはおよそ２ｍｇ／Ｌの収率でプロテインＡ精製された。図５及び表２に示されるように、野生型４Ｄ５ ＶＨドメインよりも少なくとも４倍高い収率を有していた６のクローンを同定した。その６のクローンだけを更に特徴付けした。
【０１７０】
２．ＶＨドメインオリゴマー状態の分析
凝集する傾向が最小の単離ＶＨドメインはライブラリー作製と治療的用途の双方に対して好ましい。凝集は、その標的抗原と相互作用するドメインの能力と干渉し得、不適切な折り畳みの指標になりうる。プロテインＡクロマトグラフィーアッセイにおいて最も高い収率を持つ６のクローンのオリゴマー状態を、ゲル濾過クロマトグラフィー及び光散乱解析法によって決定した。
モル質量の決定は、Ｗｙａｔｔ・ＭｉｎｉＤａｗｎマルチアングル光散乱検出器（Wyatt Technology, Santa Barbera, CA）と合わせてＡｇｉｌｅｎｔ・１１００シリーズＨＰＬＣ系（Agilent, Palo Alto, CA）を使用して光散乱法によって実施した。濃度測定はオンラインＷｙａｔｔ・ＯＰＴＩＬＡ・ＤＳＰ干渉屈折計（Wyatt Technology, Santa Barbera, CA）を使用して行った。Ａｓｔｒａソフトウェア（Wyatt Technology）を光散乱データ獲得及びプロセシングに使用した。光散乱ユニットの温度を２５℃に維持し、屈折計の温度を３５℃に保った。カラム及び全ての外部接続を室温に維持した。０．１８５ｍＬ／ｇの値をタンパク質のｄｎ／ｄｃ比に対して仮定した。単量体ＢＳＡからのシグナルで検出器応答を正規化した。
【０１７１】
ＶＨドメイン試料（１００μＬのおよそ１ｍｇ／ｍＬの溶液）を、０．５ｍＬ／分の流量でＳｕｐｅｒｄｅｘ７５ＨＲ１０／３０カラム（Amersham Biosciences）に充填した。移動相は０．５ＭのＮａＣｌを含む濾過ＰＢＳ ｐＨ７．２であった。タンパク質濃度は、アミノ酸組成分析、ブラッドフォードアッセイ、又は特定のＶＨドメインのアミノ酸配列に基づいて算定した消衰係数を使用する２８０ｎｍでの吸光度を使用して決定した。結果を図６Ａ−６Ｄ及び表２に示す。野生型ＶＨドメインは延長期間の間カラムに保持され、その分子量に基づいて予想されたように溶離しなかった。それは幾つかのピークでカラムから溶離され、光散乱解析によって推定して、約５０％の野生型ＶＨドメインタンパク質が凝集した（図６Ａ及び表２を参照）。６つの変異体ＶＨドメインのうちの４つ（クローンＬｉｂ１＿１７、Ｌｉｂ１＿６２、Ｌｉｂ１＿８７、及びＬｉｂ１＿９０）は光散乱法によって決定すると本質的に単量体であり、野生型４Ｄ５ ＶＨドメインのものと同様なカラム上の滞留時間を有していた。単離されたＶＨドメインの全てが１００％に近い回収率を有していた。
【０１７２】
３．ＶＨドメイン熱安定性の分析
６つのＶＨドメインの熱安定性は各タンパク質の融解温度を測定することによって評価した。Ｔｍは、融解曲線のように、折り畳み安定性を反映している。精製したＶＨドメインタンパク質の熱安定性は、Ｊａｓｃｏ分光計モデルＪ−８１０（Jasco, Easton, MD）を使用して測定した。精製したＶＨドメインをＰＢＳ中で１０μＭまで希釈した。タンパク質の未折り畳みを、２５℃から８５℃までの温度範囲にわたって５℃間隔で２０７ｎｍにてモニターした。融解温度は未折り畳み変化及び再折り畳み変化の双方について決定した。
６つ全てのＶＨドメイン変異体は野生型４Ｄ５ Ｔｍより高いＴｍを有していた（図７及び表２）。４Ｄ５のＦａｂ型はポジティブコントロールになり、８０℃のＴｍを有し、予想通り不可逆に折り畳まれていた。６つのライブラリー１ＶＨドメインのうち３つだけが完全に可逆的な融解曲線を有していた：Ｌｉｂ１＿６２、Ｌｉｂ１＿８７、及びＬｉｂ１＿９０（図７を参照）。Ｌｉｂ１＿６２は７３℃のＴｍを有しており、全変異体のなかで最も高く、野生型４Ｄ５ＶＨドメインＴｍより有意に高かった。
【０１７３】
2009536527.tif 000009
【０１７４】
Ｅ．ＥＬＩＳＡ結合アッセイ
９６ウェルのNunc Maxisorpイムノプレートを、４℃で一晩、１０μｇ／ｍＬの各ＶＨドメインタンパク質でコートした。ウェルを室温で１時間ＢＳＡでブロックした。西洋わさびペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）結合プロテインＡ（Zymed laboratories, South San Francisco, CA）の３倍連続希釈物を、コートされブロックされたイムノプレートに加え、２時間インキュベートして固定したＶＨドメインへのプロテインＡ結合を許容した。０．０５％のＴｗｅｅｎ２０を含むＰＢＳでプレートを８回洗浄した。ＨＲＰ基質３,３'-５,５'-テトラメチルベンジジン／Ｈ２Ｏ２ペルオキシダーゼ（ＴＭＢ）（Kirkegaard & Perry Laboratories Inc., Gaithersburg, MD, USA）を５分間添加して結合を可視化した。反応を１．０ＭのＨ３ＰＯ４で停止させ、プレートを、Ｍｕｌｔｉｓｋａｎ・Ａｓｃｅｎｔマイクロタイタープレートリーダー（Thermo Labsystems, Vantaa, Finland）を使用して４５０ｎｍにて分光光度的に読み取った。結果を図８に示す。Ｆａｂ４Ｄ５はプロテインＡに最も結合したが、Ｌｉｂ１＿６２及びＬｉｂ１＿９０は殆ど同様に良好にプロテインＡに結合し、野生型４Ｄ５ ＶＨドメイン及びプロテインＡの間に観察された結合よりも良好であった。
【０１７５】
実施例２．ファージディスプレイされたＶＨドメインライブラリー２の作製、ソーティング、及び解析
深く分析したライブラリー１からの６つのクローンのうち、ＶＨドメインＬｉｂ１＿６２はライブラリー作製目的のために最も有用な特性の組合せを有していた。Ｌｉｂ１＿６２は溶液中で本質的に単量体であり、細菌中で良好に発現され、完全に可逆的な融解曲線を持つ高Ｔｍを有していた。更に、それはプロテインＡクロマトグラフィーアッセイにおいて高収率を有していた。これらの結果は、Ｌｉｂ１＿６２タンパク質が正しく折り畳まれ、有意には凝集しなかったことを示唆している。顕著なことには、Ｌｉｂ１＿６２は野生型４Ｄ５ ＶＨドメインフレームワークアミノ酸配列とは二つのフレームワークアミノ酸、つまり３７位のグリシンと５５位のチロシンが異なるだけであった。Ｌｉｂ１＿６２ＶＨドメインの三次元構造安定性が更に向上されるかどうかを確認するためにＬｉｂ１＿６２配列に修飾を実施した。
【０１７６】
第二ライブラリーの作製は、ＶＨドメインの中央ＶＬ接触界面中に位置した残基、特にＶＬドメインに通常は埋もれている２０Ａ２のその表面を有していることが予想されたものをランダム化することを含んでいた。その残基はＱ３９、Ｇ４４、Ｒ５０、Ｙ９１、Ｗ１０３、及びＱ１０５を含んでいた。ＣＤＲ−Ｈ３はまた９２から１０４の間のある位置でランダム化されたが、長さ変異はなかった。また、ライブラリー１でランダム化された残基（位置３５、３７、４５、及び４７）をまたランダム化した。Ｌｉｂ１＿６２ＶＨドメインが既に安定であるので、ソフトランダム化のみをランダム化位置のそれぞれで用いた。ソフトランダム化方策は各選択位置に５０％の変異率を導入しながら、野生型配列に対して偏りを維持した。ソフトランダム化を使用して、変異は、それらがドメイン安定化に重要である場合に限り選択体中に存在するであろう。
【０１７７】
ライブラリー作製の方法はライブラリー１のもの（実施例１Ｂを参照）と同一であり、ライブラリー１の作製に使用したものと同じ終結鋳型を使用した。ライブラリー２の変異誘発反応に使用したオリゴヌクレオチドは次のものであった：
2009536527.tif 000010
オリゴ２−１及び２−２の配列中の数値位置は、あるヌクレオチド位置が示された塩基が占める回数の７０％で、他の３塩基の各一が占める回数の１０％であった。そのようなソフトランダム化が特定の塩基に含まれている場合、ソフトランダム化の存在はその塩基一の数の存在によって示される。「５」という数は、塩基アデニンがその一に７０％の回数存在している一方、塩基グアニン、シトシン、及びチミンはそれぞれ１０％の回数存在していることを示している。同様に、「６」という数はグアニンを、「７」はシトシンを、「８」はチミンを意味し、それぞれの場合、他の３塩基のそれぞれは１０％の回数だけ存在している。オリゴ２−１に基づく第一の変異原性オリゴヌクレオチドセットはＶＨアミノ酸位置３５、３７、３９、４４、４５、４７、及び５０におけるソフトランダム化を含んでいた。オリゴ２−２に基づく第二の変異原性オリゴヌクレオチドセットはＶＨアミノ酸位置９１、９３−１０３、及び１０５にソフトランダム化を含んでいた。
【０１７８】
ライブラリー２を、適切に折り畳まれる蓋然性が高いライブラリーメンバーを豊富にするためにプロテインＡに対する７ラウンドのアフィニティープレート選択によって分別した。使用した方法はライブラリー１のもの（実施例１Ｃを参照）と同一であった。更に、選択のストリンジェンシーを二つの方法で増加させた。最初に、パニング前にファージ溶液を５０℃で加熱した。第二に、洗浄の回数を１５まで増大させた。選択後、実施例１Ｄに記載されたものと同じ方法及びプライマーを使用して、１００クローンを配列決定した。その７４が独特であった７７の可読配列を得た（図９Ａ−９Ｄ）。９５％を越えた独特配列は親配列Ｌｉｂ１＿６２と同一の３５位にグリシンを有していた。７４の独特配列のうち４４を、７７の可読配列及びそのアミノ酸配列におけるその発生頻度に基づいた更なる解析のために選択した。その４４の独特配列を、ライブラリー１を特徴付けするために使用された同じスクリーニング法（実施例１Ｄ及び１Ｅを参照）によって更に特徴付けした。９つのクローンが、実施例１Ｄ（ａ）によるプロテインＡクロマトグラフィーにおいてＬｉｂ１＿６２ＶＨドメインのものと同等か又はそれより高い収率を有していた（図１０Ａ）。クローンＬｉｂ２＿３は１７ｍｇ／Ｌまでの変動収率を有しており、これはＬｉｂ１＿６２のものより約１．７倍大きかった。各ＶＨドメインのプロテインＡとの相互作用の定性測定として、実施例１Ｅに記載された方法に従ってＥＬＩＳＡアッセイを実施した。図１０Ｂに示すように、Ｌｉｂ２＿２、Ｌｉｂ２＿１９、及びＬｉｂ２＿９４は、プロテインＡ結合に関してＬｉｂ１＿６２と同様であった他の８つのライブラリー２クローンほどプロテインＡに対する結合は良くはなかった。その有意に高い収率とプロテインＡへの特異的結合性のために、クローンＬｉｂ２＿３を更なる解析に対して選択した。
【０１７９】
精製したＬｉｂ２＿３ ＶＨドメインをサイズ排除クロマトグラフィー及び実施例１Ｄ（ｂ）に記載した光散乱解析及び実施例１Ｄ（ｃ）に記載した熱安定性解析にかけた。ＬｉｂＡ２＿３ ＶＨドメインは本質的に単量体であった（図１１、図６ＢのＬｉｂＡ１＿６２曲線と比較）。決定された融解曲線は、ＬｉｂＡ１＿６２のものと同様に、完全に可逆的であり、約７３℃のＴｍを示した（図１２を図７及び表２と比較せよ）。
Ｌｉｂ１＿６２及びＬｉｂ２＿３ ＶＨドメインの配列は３つの位置で異なっている。Ｌｉｂ１＿６２では、３９位はグルタミンであり、４５位はチロシンであり、５０位はアルギニンである。Ｌｉｂ２＿３では、３９位はアルギニンであり、４５位はグルタミン酸であり、５０位はセリンである。双方の配列において、３５位はグリシンのままで、４７位はトリプトファンのままであった。３９、４５、及び５０位は、ＶＬと相互作用することが知られているＶＨの領域に位置しており、４Ｄ５の結晶構造によれば、ＶＬ層中に突出する。３９、４５、及び５０位を親水性残基で置換されるときに観察されるＬｉｂ１＿６２及びＬｉｂ２＿３間の折り畳み安定性の増加（プロテインＡクロマトグラフィーアッセイにおける実質的に増加した収率によって実証）は、ＶＨ−ＶＬ界面領域の親水性特性を増加させることで単離ＶＨドメインの安定性が改善されたことを示唆している。
【０１８０】
実施例３．リード候補フレームワークショットガンスキャニング解析
ライブラリー２を作製して位置３５、３７、３９、４４、４５、４７、５０、及び９１（並びにＣＤＲ−Ｈ３）においてソフトランダム化を許容したが、Ｌｉｂ２＿３ＶＨドメイン配列は位置３５、３９、４５、及び５０においてのみ修飾残基を含んでおり、位置３７、４４、４７、及び９１に野生型残基を有していた。正しく折り畳まれたドメインの間に配列保存に何らかの一般的な傾向を観察するために、二つの更なるライブラリーを、出発スキャフォールドとしてＬｉｂ２＿３を使用して作製した。
【０１８１】
ａ．ライブラリー３の作製
ライブラリー３を作製して、野生型４Ｄ５配列（位置Ｇ３５、Ｒ３９、Ｅ４５、及びＳ５０）から変更した界面位置をハードランダム化しながら、野生型４Ｄ５ ＶＨ配列（位置Ｖ３７、Ｇ４４、Ｗ４７、及びＹ９１）と同一であったＬｉｂ２＿３中のＶＨ−ＶＬ界面位置を一定に保った。ライブラリー作製の方法はライブラリー１のもの（実施例１Ｂを参照）に同一であり、ライブラリー１において使用したものと同じ終止鋳型を使用した。ライブラリー３の変異誘発反応に使用したオリゴヌクレオチドは次のものであった：
2009536527.tif 000011
上記オリゴヌクレオチド配列に示されているように、ＮＮＫ混合コドンセット（ここで、ＮはＧ、Ｃ、Ａ、又はＴに対応し、ＫはＧ又はＴに対応する）を使用してハードランダム化を実施した。
【０１８２】
ライブラリー３を、適切に折り畳まれるライブラリーメンバーを豊富にするためにプロテインＡに対する２ラウンドのアフィニティープレート選択によって循環した。使用した方法はライブラリー１のもの（実施例１Ｃを参照）と同一であったが、抗ヘキサヒスチジン（配列番号２７４）抗体への結合についての更なる選択はしなかった。選択後、実施例１Ｄに記載されたものと同じ方法及びプライマーを使用して、２００クローンを配列決定のために選択した。独特の配列をアラインメントし各ランダム化位置における各アミノ酸の発生を表にした。各アミノ酸が重複性ＮＮＫコドンによってコードされた回数によってそれらを割ることによって全体を正規化した。各ランダム化位置における正規化割合を図１３に示す。
位置Ｖ３７、Ｇ４４、Ｗ４７、及びＹ９１が一定に保たれた場合、３５位はグリシン又はアラニンのような小さい脂肪族残基に向けてバイアスされている。セリン及びグルタミンはまた良好に許容性がある。３５位のセリンがまたライブラリー１（図４Ａ及び４Ｂを参照）に観察されている。よって、トリプトファンが４７位に存在しているとき、３５位の小残基はＶＨドメインの適切な折り畳みに対して重要であると思われた。３９位はグルタメートに僅かな優先度があったが大きくランダムであり、４５位は完全にランダムであった。５０位はグリシン及びアルギニンに対して優先度があった。グルタミンは中性親水性残基で、アルギニンは荷電極性残基であり、その双方がＶＨドメインのＶＨ−ＶＬ界面領域の親水性を更に増加させることになりうる。
【０１８３】
ｂ．ライブラリー４の作製
ライブラリー４を作製して、野生型４Ｄ５配列（位置Ｇ３５、Ｒ３９、Ｅ４５、及びＳ５０）から変化した界面位置を一定に保ちながら野生型４Ｄ５ ＶＨ配列（位置Ｖ３７、Ｇ４４、Ｗ４７、及びＹ９１）と同一であったＬｉｂ２＿３においてＶＨ−ＶＬ界面位置をハードランダム化した。ライブラリー２におけるように、１０５位をまたランダム化した。ライブラリー作製法はライブラリー１のもの（実施例１Ｂを参照）と同一であった。ライブラリー４の変異誘発反応に使用されたオリゴヌクレオチドは次の通りであった：
2009536527.tif 000012
上記オリゴヌクレオチド配列に示されているように、ＮＮＫ混合コドンセット（ここで、ＮはＧ、Ｃ、Ａ、又はＴに対応し、ＫはＧ又はＴに対応する）を使用してハードランダム化を実施した。
【０１８４】
ライブラリー４を、適切に折り畳まれるライブラリーメンバーを豊富にするためにプロテインＡに対する２ラウンドのアフィニティープレート選択によって循環した。使用した方法はライブラリー１のもの（実施例１Ｃを参照）と同一であったが、抗ヘキサヒスチジン（配列番号２７４）抗体への結合についての更なる選択はしなかった。選択後、実施例１Ｄに記載されたものと同じ方法及びプライマーを使用して、２００クローンを配列決定のために選択した。独特の配列をアラインメントし各ランダム化位置における各アミノ酸の発生を表にした。各アミノ酸が重複性ＮＮＫコドンによってコードされた回数によってそれらを割ることによって全体を正規化した。各ランダム化位置における正規化割合を図１３に示す。
位置Ｇ３５、Ｒ３９、Ｅ４５、及びＳ５０が一定に保たれた場合、３７及び９１位には疎水性残基が明らかに好ましかった。アラニンのような小残基が４４位には好ましかった。４７位はランダムであったが、その位置ではトリプトファンよりもロイシン、バリン、及びアラニンのような小さい脂肪族残基がより許容された。実際、その位置ではグルタメートのような荷電残基がトリプトファンと同じ頻度で生じた。顕著なことは、グルタメートはまたライブラリー１においてもある頻度でこの位置に現れた（図４Ａ及び４Ｂを参照）。
【０１８５】
実施例４  ＶＨドメイン位置３５／４７変異体の更なる解析
ライブラリー３及び４からの結果は、トリプトファンのような大きく嵩張る疎水性残基が４７位に存在している場合、アラニン、グリシン、又はセリンのような小残基が単離ＶＨドメインの３５位に必要となることを例証している。４７位の野生型トリプトファンとの３５位のグリシンの対形成に対する一つの理論的根拠はＪｅｓｐｅｒｓ等によって与えられており、そこでは、かかる変異ＶＨドメインの結晶構造が、トリプトファンの側鎖が３５位のグリシンによって作られたキャビティに嵌ることを示している（Jespers 等, J. Mol. Biol. 337: 893-903 (2004)）。本データは、４７位のグリシン置換がラクダ化ドメインの凝集化傾向を減少させたが、修飾されたドメインは尚も発現が少なく、その野生型対応物よりも熱力学的安定性が少ないという過去の知見（Davies等, Biotechnology (1995) 13: 475-479）に従って、ラクダ類分子と異なり、グリシンは４７位には許容されなかったことをまた示している。しかしながら、ライブラリー３及び４からのデータはまた３５位がグリシンであるときトリプトファン以外の他のアミノ酸が４７位に良好に許容され、トリプトファン自体よりも良好に許容されさえした。更に、データは、４７位の残基が修飾された場合、３５位はグリシンである必要はなかった。例えば、Ｓ３５／Ｅ４７の組合せがライブラリー１からの有意な数の配列に保存されており、ライブラリー３及び４の統計的解析により３５及び４７位の残基に対するバイアスが確認された。
【０１８６】
３５及び４７位のアミノ酸のどの他の組合せが安定なＶＨドメインスキャフォールドを支持するかを調べるために、９つのＬｉｂ２＿３変異体を上記のようにして作製し、発現させ、精製し、特徴付けした。これらの変異体には、Ｇ３５Ｓ、Ｒ３９Ｄ、Ｒ３９Ｅ、Ｗ４７Ｌ、Ｗ４７Ｖ、Ｗ４７Ａ、Ｗ４７Ｔ、Ｗ４７Ｅ、及びＧ３５Ｓ／Ｗ４７Ｅが含まれていた。変異体の全てに対して、野生型４Ｄ５ ＣＤＲ−Ｈ３を使用し、フレームワーク領域を４つの位置（７１Ａ、７３Ｔ、７８Ａ、及び９３Ａ）で修飾した（図１Ｂを参照）。全ての変異体を、上述のようにして、ゲル濾過及び円二色性によって適切なタンパク質折り畳みについて分析した。結果を表３と図１５Ａ−Ｃ及び１６Ａ−Ｂに示す。
全てのＬｉｂ２＿３ Ｗ４７変異体はＬｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３より更に迅速にゲル濾過カラムから溶離され（３０分対４０分）、およそ９０％の単量体であった（図１５Ａ−Ｃ）。各Ｗ４７変異体はまた７０℃より高いＴｍを示した。Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ及びＬｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｖ変異体は、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３のものより僅かに高い８０℃に近いＴｍを示した。これらの結果は、４７位のトリプトファンがＶＨドメイン折り畳みの完全性を維持するのに必要ではなかったことを証明している。ロイシン又はバリンのようなより小さい分岐残基へのトリプトファンの置換は、分子の熱安定性を維持し又は改善しさえしながらＶＨドメインの凝集を減少させた。
【０１８７】
2009536527.tif 000013
【０１８８】
Ｌｉｂ２＿３フレームワークに基づいた修飾ＶＨドメインの更なるセットを作製して、許容されたアミノ酸置換（位置３７、３９、４５、又は１０３）を有していることが過去に観察されたＷ４７Ｌ変異と他のＶＬ界面残基変異の組合せがＶＨドメインの安定性を向上させるかどうかを調査した。上述のようにして、Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ及び１４の誘導変異体を作製し、発現させ、精製し、特徴付けした。これらの変異体には、Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ、Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｔ、Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｓ、Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｔ、Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｋ、Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｈ、Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｑ、Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｄ、Ｗ４７Ｌ／Ｒ３９Ｅ、Ｗ４７Ｌ／Ｅ４５Ｓ、Ｗ４７Ｌ／Ｅ４５Ｔ、Ｗ４７Ｌ／Ｅ４５Ｈ、Ｗ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｓ、及びＷ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｔが含まれていた。変異体の全てに対して、野生型４Ｄ５ ＣＤＲ−Ｈ３を使用し、フレームワーク領域を４つの位置（７１Ａ、７３Ｔ、７８Ａ、及び９３Ａ）で修飾した（図１Ｂを参照）。全ての変異体を、上述のようにして、ゲル濾過及び円二色性によって適切なタンパク質折り畳みについて分析した。結果を表４と図１７Ａ−Ｄ及び１８に示す。
一つのクローンＬｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３．Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓだけがゲル濾過アッセイにおいて改善された挙動を示し、およそ３０分でおよそ９７％の単量体として溶離した。しかしながら、その収率は前の変異体のものよりも低かった（約４ｍｇ／Ｌ）。
【０１８９】
2009536527.tif 000014
【０１９０】
実施例５  ある選択体中のＶＨドメイン安定性に対するＣＤＲ−Ｈ３の寄与
ａ．ライブラリー１及びライブラリー２からの選択体中のＣＤＲ−Ｈ３のアラニンスキャニング解析
合成ファージディスプレイＣＨライブラリーを作製するための理想的なＶＨドメインスキャフォールドは、その固定フレームワーク残基を通してドメインの総安定性を維持しながら多様性を生じさせるためにそのＣＤＲにアミノ酸置換を許容しなければならない。ライブラリー１からのデータは、ＶＬと干渉するＶＨドメインの領域に明確なパターンの保存を示した。しかしながら、ＶＨドメインのＣＤＲ−Ｈ３含有ループにはコンセンサス配列は観察されず、その領域はライブラリー中の殆どのＶＨドメインの折り畳みを安定化させることには関与していなかったことを示唆している。この解析を確認するために、アラニンショットガンスキャニング併用突然変異誘発法を使用して、Ｌｉｂ１＿６２及びライブラリー２からの１０の最も良く発現されたドメイン（Ｌｉｂ２＿３、Ｌｉｂ２＿４、Ｌｉｂ２＿１５、Ｌｉｂ２＿１９、Ｌｉｂ２＿４８、Ｌｉｂ２＿５６、Ｌｉｂ２＿６１、Ｌｉｂ２＿８７、Ｌｉｂ２＿８９、及びＬｉｂ２＿９４）に対する各ＣＤＲ−Ｈ３ループ残基の寄与を評価した。
【０１９１】
ＣＤＲ−Ｈ３含有ループ中のアミノ酸の各々を、ランダム化残基の側鎖が等モル割合で野生型とアラニンとの間で変化することを優先的に可能にするファージディスプレイライブラリーを使用してアラニンスキャンした。ライブラリー作製は実施例１Ｂに記載された手順に従って実施した。使用した終止コドン含有オリゴヌクレオチドはＡ２２（Ｌｉｂ２＿２、Ｌｉｂ２＿４及びＬｉｂ２＿９４を除く全てのクローンに対して使用）：
2009536527.tif 000015
オリゴヌクレオチドＡ２４（Ｌｉｂ２＿４に使用）；
2009536527.tif 000016
及びオリゴヌクレオチドＢ１５（Ｌｉｂ２＿９４に使用）：
2009536527.tif 000017
変異原性オリゴヌクレオチドは次の通りであった：
2009536527.tif 000018
それぞれの場合、ランダム化は、上記オリゴヌクレオチド配列に示されているように、縮重コドン（ここで、ＳはＧ又はＣに対応し；ＫはＧ又はＴに対応し；ＲはＡ又はＧに対応し；ＹはＣ又はＴに対応する）を使用してランダム化を実施した。
【０１９２】
ライブラリー５を、潜在的に高度に安定な変異体を豊富にするためにプロテインＡに対する２ラウンドのアフィニティープレート選択によって循環した。使用した方法はライブラリー１のもの（実施例１Ｃを参照）と同一であったが、抗ヘキサヒスチジン（配列番号２７４）抗体への結合についての更なる選択はしなかった。選択後、実施例１Ｄに記載されたものと同じ方法及びプライマーを使用して、各ライブラリーから１００クローンを配列決定のために選択した。各変化位置での野生型／アラニン比を決定し（図１４）、その比を使用して全ＶＨドメイン立体構造安定性に対する各側鎖の寄与を評価した。
適切なドメイン折り畳みに対して重要であるＣＤＲ−Ｈ３残基はアラニン置換を許容するとは予想されず、従って野生型残基は任意のそのような位置で強く保存されていなければならない。よって、１より大きい野生型／アラニン比を示す残基はＶＨドメイン安定性に重要であった。１未満の野生型／アラニン比を示す残基は置換に対して許容性があった。Ｌｉｂ１＿６２及びＬｉｂ２＿３ ＶＨドメインのＣＤＲ−Ｈ３残基は全ての位置で１に近い比を有していた（図１４を参照）。従って、双方のクローンがＣＤＲ−Ｈ３中のアラニン置換に許容性があり、それらは高度に安定なドメイン折り畳みを有するが多様性をサポートする可動性ＣＤＲ−Ｈ３領域もまた有する点でファージディスプレイＶＨライブラリーに対する適切なスキャフォールドとなる。これに対して、クローンＬｉｂ２＿８７がアラニン置換に対して許容性のない幾つかの位置（例えば位置９５、９９、１００ａ、１００ｃ、及び１０１）を示した（図１４を参照）。従って、全体のドメイン安定性を破壊することなくそのＣＤＲ−Ｈ３に多様性を導入することはできなかった。
【０１９３】
ｂ．選択された変異解析
アラニンショットガンスキャニングの結果を確認し、ＣＤＲ−Ｈ３自体がプロテインＡ結合に関与していないことを確かめるために、二つのＬｉｂ２＿３変異体を作製した。第一の変異体では、Ｌｉｂ２＿３ ＣＤＲ−Ｈ３領域を野生型４Ｄ５ ＣＤＲ−Ｈ３によって置き換えた。第二の変異体では、Ｌｉｂ２＿３のプロテインＡ結合を、５７位のスレオニンをグルタメートで置き換えることによって意図的に破壊し、通常はプロテインＡに結合しないがなお清浄に折り畳まれるＶＨドメインが得られた（Randen等, Eur. J. Immunol. 23: 2682-86 (1993)）。双方の変異体を発現させ、実施例１に記載されたようにしてプロテインＡクロマトグラフィーによって精製した。
Ｌｉｂ２＿３ ＣＤＲ−Ｈ３が野生型４Ｄ５ ＣＤＲ−Ｈ３に置き換えられたＬｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３は、親Ｌｉｂ２＿３（１７ｍｇ／Ｌまで）と同様であるが、より低い約１１ｍｇ／Ｌの高精製収率を示した。ゲル濾過／光散乱分析は、変異体が単量体であることを示している（表２）。Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３のＴｍは８０℃に近く、その融解曲線は完全に可逆的であった（表２）。その結果は、ＣＤＲ−Ｈ３がＬｉｂ２＿３ ＶＨドメインの構造安定性に有意には関与していないことを立証している。
【０１９４】
５７位のスレオニンがグルタメートに変異したＬｉｂ２＿３．Ｔ５７Ｅは、プロテインＡクロマトグラフィーアッセイにおいて低い精製収率（約２．５ｍｇ／Ｌ）を示した。プロテインＡ ＥＬＩＳＡアッセイは、プロテインＡへの結合がその変異体ＶＨドメインにおいて効果的に破壊されたことを確認する（図１９）。Ｌｉｂ２＿３．Ｔ５７Ｅはゲル濾過／光散乱アッセイにおいて単量体であり、そのＴｍと融解曲線はＬｉｂ２＿３のものと同様であり（表２）、Ｌｉｂ２＿３．Ｔ５７Ｅ ＶＨドメインが正しく折り畳まれたことを示している。よって、Ｌｉｂ２＿３ ＣＤＲ−Ｈ３ドメインはプロテインＡ結合には有意には関与していなかった。
【０１９５】
実施例６  ＶＨ−Ｂ１ａの結晶解析
Ｌｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３ ＶＨドメイン変異体の高安定性に対する分子的基礎をより理解するために更なる実験に取り組んだ。ヒスチジンタグを欠き、ＶＨドメインとファージコートタンパク質３オープンリーディングフレームの間に修飾リンカー領域を有するＬｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３の型を作製した。ヒスチジンタグテイルを最初に取り除き、上述の手順を使用し、オリゴヌクレオチドＥ１
2009536527.tif 000019
を使用してＫｕｎｋｅｌ変異誘発反応によりリンカーを修飾した。アンバー終結を、上述の手順に従って、オリゴヌクレオチドＧ１
2009536527.tif 000020
でのＫｕｎｋｅｌ変異誘発反応を使用して導入した。得られた分子をＶＨ−Ｂ１ａと命名した。
ＶＨ−Ｂ１ａタンパク質の結晶解析を実施した。ＶＨ−Ｂ１ａドメインの大規模調製を、上の実施例１（Ｄ）（１）に記載したようにして実施した。プロテインＡ精製後、０．５ｍｌ／分の流量で２０ｍＭのトリスｐＨ７．５、０．５ＭのＮａＣｌを移動相として有するＳｕｐｅｒｄｅｘＴＭ ＨｉＬｏａｄＴＭ １６／６０カラム（Amersham Bioscience）に１０ｍｇのドメインを充填した。ついで、ＶＨドメインを１０ｍｇ／ｍｌまで濃縮した。シッティング−ドロップ実験を、比１：１のタンパク質溶液とリザーバ溶液（１．１Ｍのマロン酸ナトリウム ｐＨ７．０、０．１ＭのＨｅｐｅｓ ｐＨ７．０、０．５％ｖ／ｖのＪｅｆｆａｍｉｎｅ ＥＤ−２００１ ｐＨ７．０）からなる２μｌの液滴を使用した蒸気−拡散法を使用して実施した。結晶は１９℃で１週間後に成長した。得られた結晶は見かけ上は単結晶で小さな片に砕けた。得られた結晶を液体窒素で直接フラッシュ凍結させた。Ｓｔａｎｆｏｒｄ・Ｓｙｎｃｈｒｏｔｒｏｎ・Ｒａｄｉａｔｉｏｎ・Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Stanford University）でデータ集合を集めた。
【０１９６】
プログラムＤｅｎｚｏ及びＳｃａｌｅｐａｃｋ（Z. Otwinowski及びW. Minor, Methods in Enzymology, Volume 276: Macromolecular Crystallography, part A, p.307-326, 1997, C.W. Carter, Jr. & R. M. Sweet編, Academic Press (New York)］を使用してデータを処理した。構造は、プログラムＰｈａｓｅｒ（McCoy等 Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2005 Apr; 61(Pt 4):458-64）及び解決されたハーセプチン分子の座標（ＰＤＢエントリー１Ｎ８Ｚ）を使用する分子置換によって解析した。該構造はプログラムＲＥＦＭＡＣ（Murshudov等 Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 1997 May 1; 53(Pt 3):240-55）を使用して精巧にした。そのモデルを、プログラムＣｏｏｔ（Emsley等 Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004 Dec; 60(Pt 12 Pt 1):2126-32）を使用してマニュアルで調節した。ＶＨ−Ｂ１ａはａ＝５０．９Å、ｂ＝５４．１Å、ｃ＝５４．２Å、α＝１１０°、β＝９５．６°及びγ＝１１９°のユニットセル寸法を持つ空間群Ｐ１において結晶化した。その構造は非対称ユニット当たり４個の分子からなる。結晶構造の分解能は１．７Åであった。Ｒ（ｃｒｙｓｔ）は１６．４％、Ｒ（ｆｒｅｅ）は２０．４％であり、標準偏差（分子置換に対して１Ｎ８Ｚ ＶＨドメインのフレームワークＣａｌｐｈａ原子で計算）は０．６５°（１２０残基のうち１０８に基づく）であった。構造は図２０Ａの右パネルに示す。
４Ｄ５ ＶＨドメイン構造（図２０Ａ、左パネル）とは異なり、ＶＨ−Ｂ１ａ（図２０Ａ、右パネル）中のＣＤＲＨ３ループ領域は、分子の大部分に近接するようにシフトしていた。ＶＨ−Ｂ１ａ構造の残りは、０．６３Åの小さいｒｍｓｄによって示されているように、ハーセプチンＶＨドメイン（Cho等 Nature. 2003 Feb 13;421(6924):756-60）のものと同様であった。
【０１９７】
修飾ＶＨドメインを使用する過去の研究は、４７位のトリプトファンの側鎖は３５位のセリンがグリシンで置換されて形成されたキャビティと相互作用したことを示しており（Jespers等, J. Mol. Biol. 337: 893-903 (2004)）（図２０Ｂ、右上のパネル）、より安定したＶＨドメインが得られている。驚いたことに、ＶＨ−Ｂ１ａ構造の密接な調査により、ハーセプチンＶＨドメイン構造におけるその位置からのＴｒｐ９５及びＴｒｐ１０３の再配向が明らかになった。そのチロシン側鎖の双方が、Ｈｉｓ３５をグリシンによって置換した後に形成されるキャビティに垂れている（図２０Ｂ、右下パネルを左下パネルと比較せよ）。しかしながら、Ｔｒｐ４７の側鎖は、ＶＨ−Ｈｅｌ４の構造とは異なり（図２０Ｂ、右上と右下パネルを比較せよ）、４Ｄ５ ＶＨドメイン構造とＶＨ−Ｂ１ａ構造間の配向を顕著には変化させなかった（図２０Ｂ、左下パネルを右下パネルと比較せよ）。
【０１９８】
これらのデータに対する一つの可能な説明は、３５位にグリシンが存在することによってつくり出されるキャビティ中にＴｒｐ９５及びＴｒｐ１０３の側鎖が嵌るのでＬｉｂ２＿３．４Ｄ５Ｈ３ ＶＨドメイン変異体は野生型４Ｄ５ ＶＨドメインに対して向上した安定性を有していることである。この相互作用はＣＤＲＨ３ループの可動性を制限する場合があり、例えば通常は凝集及び／又は分解に至るアンフォールディングを最小にし又は異常な折り畳みを防止することによって、構造の安定化を生じうる。上記のデータは、Ｔｒｐ４７の側鎖がある環境下ではＧｌｙ３５キャビティと相互作用しうる一方（Jespers, J. Mol. Biol. 337: 893-903 (2004)）、他の近接するトリプトファンはＴｒｐ４７の存在下でさえＧｌｙ３５キャビティと優先的に相互作用しうることを示している。
【０１９９】
実施例７  Ｂ１ａ変異体の更なる分析
ａ． オリゴマー状態平衡分析
Ｂ１ａ変異体のオリゴマー状態を、上の実施例１（Ｄ）（２）に記載された光散乱手順を使用して、ゲル濾過によって評価した。図２１に示されるように、Ｂ１ａ変異体は一連の３箇所の区別できるピークとして溶離した：殆どは単量体であるが、幾らかは二量体と三量体のピークもまた見えた。野生型ＶＨドメイン、ＬｉｂＡ２＿４５、ＬｉｂＡ２＿６６、及びＬｉｂＡ３＿８７とは異なり、Ｂ１ａ変異体には一般化された凝集は観察されなかった。Ｂ１ａ変異体の単量体、二量体、及び三量体の間に動的平衡が存在していたかどうか、あるいは各形態は安定体であったかどうかを確認するために更なる実験を実施した。
Ｂ１ａ変異体は大腸菌において発現され、上に記載されたように（実施例１Ｄ（１）を参照）プロテインＡを使用して精製した。ついで、二つの異なった濃度（１ｍｇ／ｍＬ及び５ｍｇ／ｍＬ）の精製されたＢ１ａタンパク質を、上に記載されたように（実施例１Ｄ（１））、サイジングカラムを通過させた。双方の濃度に対して同じ溶離プロファイル及び類似のオリゴマー状態比が得られ（表５を参照）、観察されたＢ１ａタンパク質多量体化が少なくとも５ｍｇ／ｍＬまで濃度非依存性であることが証明された。５ｍｇ／ｍＬ試料の実験からの単量体、二量体、及び三量体形態に対応するピークを個々に集め、最初の実験からおよそ３時間後に同じゲル濾過カラムに再注入した。図２２Ａに示すように、単量体、二量体、及び三量体の比は、最初のサイジングカラム実験において観察された比に対してこの第二のサイジングカラム実験では一定のままであった。単量体、二量体、及び三量体画分を４℃で１週間保存した後、再びサイジングカラムで実験を行った。図２２Ｂに示すように、結果は最初の実験において観察されたものと同様であり、Ｂ１ａの単量体、二量体、及び三量体はかなり安定であった。
【０２００】
2009536527.tif 000021
【０２０１】
安定なＢ１ａタンパク質二量体及び三量体を更に特徴付けるために、変性及び非変性ＳＤＳ-ポリアクリルアミドゲル双方で試料を分析した（図２３を参照）。各ゲルにおいて、第一及び第二のレーンは５ｍｇ／ｍＬ又は１ｍｇ／ｍＬでのプロテインＡ精製後のタンパク質プールを表しており、各ゲルにおける他の３つのレーンは再注入されたタンパク質の単量体、二量体、及び三量体形態を示している。双方のゲルが、単量体形態のサイズであるおよそ１３ｋＤａで全試料の移動を示したので、二量体及び三量体形態の形成がジスルフィド結合形成に依存していないことが明らかであった（図２３の左パネルと右パネルを比較せよ）。
よって、Ｂ１ａタンパク質の単量体、二量体、及び三量体形態が分離可能であり、安定であり、明らかにジスルフィド結合形成によるものではない。これらのタンパク質の多量体化に対する可能な説明は、ある種のラクダ類ＶＨドメインにおいて観察されているように（Spinelli等, 2004, FEBS Lett. 564(1-2): 35-40）、それらがストランド交換メカニズムの結果でありうるということである。
【０２０２】
ｂ．フォーマー軽鎖界面に点突然変異を有するＶＨ−Ｂ１ａ変異体の作製
Ｂ１ａタンパク質が大部分は凝集がなく、液中で安定であることを見出したので、フォーマー軽鎖界面に点突然変異を含む一連のＢ１ａ変異体を、野生型４Ｄ５配列とは異なるＶＨドメインＢ１ａにおける各残基の個々の寄与を決定するために作製した。置換アミノ酸の各々が３つの異なった位置４７バックグラウンド：トリプトファン、ロイシン、又はスレオニンにおける野生型対応物にもどす変異をさせた一連の変異体Ｂ１ａ ＶＨドメインを調製した。１２の変異体Ｂ１ａ ＶＨドメインを、上記のようなＫｕｎｋｅｌ変異誘発法を使用して作製した：Ｂ１ａ（Ｇ３５Ｈ／Ｗ４７）；Ｂ１ａ（Ｇ３５Ｈ／Ｗ４７Ｌ）；Ｂ１ａ（Ｇ３５Ｈ／Ｗ４７Ｔ）；Ｂ１ａ（Ｑ３９Ｒ／Ｗ４７）；Ｂ１ａ（Ｑ３９Ｒ／Ｗ４７Ｌ）；Ｂ１ａ（Ｑ３９Ｒ／Ｗ４７Ｔ）；Ｂ１ａ（Ｅ４５Ｌ／Ｗ４７）；Ｂ１ａ（Ｅ４５Ｌ／Ｗ４７Ｌ）；Ｂ１ａ（Ｅ４５Ｌ／Ｗ４７Ｔ）；Ｂ１ａ（Ｓ５０Ｒ／Ｗ４７）；Ｂ１ａ（Ｓ５０Ｒ／Ｗ４７Ｌ）；及びＢ１ａ（Ｓ５０Ｒ／Ｗ４７Ｔ）。変異誘発に使用したオリゴヌクレオチドは次の通りであった：
2009536527.tif 000022
つづいて、各変異体を、５００ｍＬの大腸菌ＢＬ２１の振盪フラスコで発現させ、過去に記載されたようにして、プロテインＡクロマトグラフィーによって精製した。各クローンを３つの異なった基準を使用して分析した：プロテインＡ精製後の精製収率（実施例１（Ｄ）（１）に記載のプロトコルを使用；結果のデータは図２４Ａ−２４Ｂに示す）、ゲル濾過分析によって決定したオリゴマー状態（実施例１（Ｄ）（２）に記載のプロトコルを使用；結果は図２５Ａ−２５Ｆに示す））、及び円二色性によって決定した、熱安定性及び折り畳み割合（実施例１（Ｄ）（３）に記載のプロトコルを使用；結果は図２６Ａ−２６Ｈ及び２７Ａ−２７Ｄにグラフを用いて、また図２４Ａ及び２４Ｂに表形式で示す）。図２４−２７は、Ｂ１ａ ＶＨドメイン及びＢ１ａ変異体ＶＨドメインの次の説明において言及されるグラフとデータを含む。
【０２０３】
変異されたＢ１ａタンパク質のそれぞれを大腸菌中で可溶型タンパク質として発現させ、得られた細胞可溶化物を、実施例１（Ｄ）（１）に記載の手順を使用してプロテインＡ結合樹脂を含むカラムクロマトグラフィーによって精製した。野生型Ｂ１ａタンパク質は７ｍｇ／ｍＬまでの収率でプロテインＡ精製された。このタンパク質は８８％単量体であり、４５分後にＳ７５クロマトグラフィーカラムから溶離し、それが殆どカラム上に保持されたことを示している。Ｂ１ａ ＶＨドメインの３５位のグリシンがヒスチジンに変異されて戻された場合、タンパク質はより高収率で（培養当たり１１ｍｇ／Ｌまで）精製することができたが、ゲル濾過カラムでの溶離時間は未変化のままであった。しかしながら、Ｇ３５Ｈ Ｂ１ａ変異体はそのゲル濾過カラムプロファイルに基づいて明確な凝集傾向を有していた（ドメインの５７％だけが単量体の見かけＭｗを有していた）。これは、３５位のグリシンが、おそらくは４７位のトリプトファンのような嵩張った残基を収容するために潜在的に重要であったことを示している。そのトリプトファンは３５位に物理的に近く、Ｂ１ａ ＶＨドメインの結晶構造は４７位のトリプトファンが、（Ｈｅｌ４（上掲のJespers等）の場合に観察された深い嵌合とは異なり）ヒスチジン側鎖の除去によって作られたキャビティに深くは嵌らないことを示唆しているけれども、３５位の間隙とＷ４７の間の僅かな関連でさえタンパク質を安定化させるように思われる。Ｗ４７がＢ１ａ ＶＨドメインとＢ１ａ（Ｇ３５Ｈ）ＶＨドメインの双方において溶媒露出されているならば、二つの異なったタンパク質に対する滞留時間が同じであるという点を説明できる。Ｈ３５とＷ４７の間の相互作用はドメインの立体構造安定性に対して明らかに有害であり仮説上はβシート変形を誘発する。（３５位にグリシンを有する）Ｂ１ａタンパク質及びＢ１ａ（Ｈ３５）の円二色性プロファイルは同様であり、両タンパク質は高融解温度（８０℃）を有し、熱変性後になお再折り畳み可能である。よって、ヒスチジン置換は、ドメインの凝集性向に影響を及ぼしたけれども、ドメインの熱安定性に明らかには影響を及ぼさなかった。よって、凝集と熱安定性は異なった残基により影響されると思われ、必ずしも相互依存性ではないことが明らかである。
【０２０４】
クローンＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ）は大きく低減したカラム滞留時間（３１分）と、Ｂ１ａと比較して僅かに高い単量体含量（９１％）を有していた。この低下した滞留時間は、４７位の嵩のある溶媒露出トリプトファンのロイシンでの置換に帰しうる。３５位のグリシンがＷ４７Ｌバックグラウンドにおいてヒスチジンに変異されて戻された場合に、変異体Ｂ１ａタンパク質の収率が増加し（親クローンの６ｍｇ／Ｌと比較して１０ｍｇ／Ｌ培養物まで）、滞留時間は一定のままであった。単量体含量は、Ｗ４７バックグラウンドにおけるＧ３５Ｈ変異時に観察されたものよりも僅かに少ない７９％まで減少した。これは、３５位のヒスチジン側鎖の存在によって引き起こされる凝集が、ロイシンのような小さい脂肪族側鎖が４７位に存在している場合に、たとえ単量体比がなおもかなり有意に落ちても、些か低減していることを示唆している。熱安定性は、Ｗ４７形態におけるＧ３５Ｈ変異体での知見と同様に、Ｌ４７形態における３５位にヒスチジンが存在することによっては影響を受けなかった。
クローンＢ１ａ（Ｗ４７Ｔ）はＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ）と同様なクロマトグラフィープロファイルを有しており、４７位のスレオニンはまた明らかにゲル濾過マトリックス上の単離ＶＨドメインの「粘着性」を減少させることができる。Ｗ４７Ｔ形態においてヒスチジンが３５位に導入された場合、クロマトグラフィープロファイルはＧ３５／Ｗ４７Ｔ変異体のものと同様であった。しかしながら、ドメインの熱安定性は、３５位のグリシンかヒスチジンの何れかと４７位のスレオニンの存在によって影響を受けた。融解温度は、Ｇ３５バックグラウンドにおいてＬ４７をスレオニンに置き換えた場合に８２℃から７５℃まで落ち、Ｈ３５形態では７７℃から６５℃まで更により劇的に落ちた。しかし、ドメインは熱変性後になお可逆的に再折り畳みできる。
【０２０５】
よって、３５位のヒスチジンをグリシンで置換することは、特に４７位にトリプトファン残基がまた存在している場合、凝集を防止し、溶液中にＢ１ａ ＶＨドメインの単量体形態を維持するのに特に有益であった。しかしながら、３５位のヒスチジンのグリシンでの置換は、ドメインの熱安定性又はその滞留時間に対して有益な効果はなかった。更に、４７位の嵩のある側鎖の除去は分子の滞留時間を大きく低減し、その凝集性向に対して効果を有していた。
Ｂ１ａ ＶＨドメインにおける３９位へのアルギニンの導入は、タンパク質収率又は分子の滞留時間の何れかに対して有益な効果はなかった。実際、この位置をその元のアミノ酸のグルタミンに変異させて戻すことは、該研究において分析された３つの４７位バックグラウンドの何れにおいてもタンパク質収率又はドメインの滞留時間に影響を与えなかった。しかしながら、３９位におけるアルギニンの導入は、特にＷ４７フレームワーク形態において、ＶＨドメインの凝集傾向を有意に減少させた（単量体割合をＷ４７で７９％から８８％まで、Ｌ４７で８５％から９１％まで、Ｔ４７で８８％から９０％まで増加）。３９位のアルギニン残基の存在はまた全バックグラウンドにおいてドメインの熱安定性を向上させた（Ｗ４７で７５℃から８０℃、Ｌ４７で７５℃から８２℃、Ｔ４７で７０℃から７５℃の融解温度の観察された減少）。ドメインの再折り畳み性は作製された変異体の何れにおいても影響を受けなかった。最後に、Ｇ３５Ｈ及びＧ３５の研究の場合において既に検討したように、４７位のスレオニン残基の存在はＶＨドメインの融解温度に影響を及ぼす。
【０２０６】
４５位にグルタメート残基の代わりにロイシン残基を導入すると、トリプトファン又はロイシンが４７位に存在している場合、タンパク質収率を僅かに増加させた。より重要なことには、ＶＨドメインの滞留時間は、Ｅ４５／Ｗ４７分子と比較してＥ４５Ｌ／Ｗ４７変異体においてかなり低減した−７５分から４５分。滞留時間はまた４７位にロイシンが存在する場合に、より少ない割合で減少した（３７分から３３分まで）。Ｂ１ａ（Ｅ４５Ｌ／Ｗ４７Ｔ）の滞留時間はＢ１ａ（Ｗ４７Ｔ）のものと同様であり、おそらく４７位にスレオニンのような親水性残基が存在すると、４５位におけるグルタメートのような親水性残基の存在を補償しうることを示唆している。４５位におけるグルタメート残基の存在はまた明らかにＶＨドメインの凝集傾向を低減させた（Ｗ４７形態において８０％から８８％、Ｌ４７形態において８７％から９１％、Ｔ４７形態において７９％から９０％まで単量体割合を増加させる）。しかしながら、グルタメートは、４７位のトリプトファン又はロイシンの存在下ではドメインの熱安定性に対してあまり好ましくなかった（Ｗ４７で８５℃から８０℃、Ｌ４７で８５℃から８２℃までの融解温度の観察された減少）。ドメインの再折り畳み性は何れの場合も影響を受けなかった。最後に、３５位のグリシン又はヒスチジン及び３９位のアルギニン又はグルタメートで過去に観察されたように、４７位におけるスレオニンの存在はＶＨドメインの融解温度に影響を及ぼす（クローンＢ１ａ（Ｅ４５Ｌ／Ｗ４７）又はＢ１ａ（Ｅ４５Ｌ／Ｗ４７Ｌ）の８５℃からクローンＢ１ａ（Ｅ４５Ｌ／Ｗ４７Ｔ）の７５℃まで）。
【０２０７】
Ｂ１ａ ＶＨドメインの５０位のセリンは多くの点で不利であった（滞留時間、凝集傾向、及びタンパク質収率）。その位置のセリンをアルギニン残基で置換すると、トリプトファンが４７位に存在している場合にドメインの滞留時間を劇的に減少させた（４５分から３０分まで）。この同じＳ５０Ｒ置換は、ロイシンが４７位に存在している場合は、滞留時間の減少はより少ない程度であった（３１分から２９分まで）。Ｓ５０Ｒ Ｂ１ａ変異の同じ有利な効果が凝集に対して観察された（Ｗ４７で８８％から９２％、Ｌ４７で９１％から９６％、Ｔ４７で９０％から９６％までの単量体割合の増加）。タンパク質収率はまた研究された４７位形態の全てにおいて改善された（Ｗ４７で７ｍｇ／Ｌから９ｍｇ／Ｌ、Ｌ４７で６ｍｇ／Ｌから７ｍｇ／Ｌ、Ｔ４７で６ｍｇ／Ｌから８ｍｇ／Ｌまでの収率増加）。融解温度は、Ｂ１ａ ＶＨドメインにおいて、及びＷ４７及びＷ４７Ｌの形態においてのみ、Ｓ５０Ｒ変異によって負に影響を受けた唯一のパラメータであった（Ｗ４７で８０℃から７５℃、Ｌ４７で８２℃から７５℃までの融解温度の減少）。Ｒ５０バックグラウンドにおいて、スレオニンは融解温度に負の効果を有していない。構造的には、３５、４７、及び５０位は非常に密に接触している。セリンは親水性残基であるが、生理的／中性ｐＨでは荷電していない。しかし、アルギニンは生理的ｐＨで正に荷電している。如何なる特定の理論にも拘束されるものではないが、５０位の正電荷は、３５及び４７位のような構造中の近接残基と好ましく相互作用し得、及び／又は５０位の正電荷は、４５位のグルタミン酸のような負に荷電した残基と塩架橋を形成してドメインを安定化させるということが可能である。
【０２０８】
実施例８  安定性及び折り畳みに対する幾つかの変異体の組合せの効果
これまでの変異誘発研究はＶＨドメインの安定性と適切な折り畳みに対する当該ドメイン中の幾つかの残基の重要性に注目してきた。かかる残基での修飾の組合せがドメインの安定性／折り畳み性を更に向上させるかどうかを評価するために、複数の変異を含む多くのＶＨドメインを作製した。上述のようなＷ４７Ｌ変異を既に含んでいるＶＨドメインに対してＫｕｎｋｅｌ変異誘発を使用して８の変異体Ｂ１ａ ＶＨドメインを作製した：Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｒ）；Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｓ５０Ｒ）；Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｗ１０３Ｓ）；Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｗ１０３Ｒ）；Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ／Ｗ１０３Ｓ）；Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ／Ｗ１０３Ｒ）；Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｓ５０Ｒ／Ｗ１０３Ｓ）；及びＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｓ５０Ｒ／Ｗ１０３Ｒ）。変異誘発において使用したオリゴヌクレオチドは次の通りであった：
2009536527.tif 000023
つづいて、各変異体を、５００ｍＬの大腸菌ＢＬ２１の振盪フラスコで発現させ、過去に記載されたようにして、プロテインＡクロマトグラフィーによって精製した。各クローンを３つの異なった基準を使用して分析した：プロテインＡ精製後の精製収率（実施例１（Ｄ）（１）に記載のプロトコルを使用；結果のデータは図２４Ａ及び２４Ｂに示す）、光散乱解析によって決定したオリゴマー状態（実施例１（Ｄ）（２）に記載のプロトコルを使用；結果は図２８Ａ−２８Ｃ及び図２４Ａ及び２４Ｂに示す））、及び円二色性によって決定した、熱安定性及び折り畳み割合（実施例１（Ｄ）（３）に記載のプロトコルを使用；結果は図２９Ａ−２９Ｃ及び３０Ａ−３０Ｃにグラフを用いて、また図２４Ａ及び２４Ｂに表形式で示す）。図２４Ａ、２４Ｂ、及び２８−３０は、Ｂ１ａ ＶＨドメイン及びＢ１ａ変異体ＶＨドメインの次の説明において言及されるグラフとデータを含む。
【０２０９】
変異されたＢ１ａタンパク質のそれぞれを大腸菌中で可溶型タンパク質として発現させ、得られた細胞可溶化物を、実施例１（Ｄ）（１）に記載の手順を使用してプロテインＡ結合樹脂を含むカラムクロマトグラフィーによって精製した。Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ）タンパク質は６ｍｇ／ｍＬまでの収率でプロテインＡ精製された（実施例７を参照）。このタンパク質は９１．５％単量体であり、８２℃のＴｍを有し、３２分後にＳ７５クロマトグラフィーカラムから溶離され、それがカラム上に保持されたことを示している。実施例７に示されるように、クローンＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ）はＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ）よりも増加した単量体含量（約９７％）を有していたが、熱安定性を有意に減少させた（７２℃のＴｍ対８２℃のＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ）Ｔｍ）（図２４Ａ及び２４Ｂを参照）。実施例７にまた示されるように、クローンＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ）は、Ｗ４７Ｌクローンよりも大きな収率と大きな単量体割合（約９６％）を有していたが、減少したＴｍ（Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ変異体に対して観察されたものより高い７７℃）を有していた（図２４Ａ及び２４Ｂを参照）。その２つの変異をこのようにして組合せ、三重変異体を特徴付けした。クローンＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｓ５０Ｒ）は、Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ変異体よりも良好な収率を示したが、Ｗ４７Ｌ変異体又はＷ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ変異体の何れかよりも少なかった。この三重変異体はまたＷ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ変異体と同様に高い（９７％）単量体含量を有していたが、Ｗ４７Ｌ又はＷ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ変異体の何れかよりも高かった。しかしながら、三重変異体はこれら他の変異体（６６℃）の何れよりも有意に低いＴｍを有しており、Ｓ５０ＲもＶ３７Ｓも何れもタンパク質の熱安定性に対するその別個の有害な影響を補償うことができない。
【０２１０】
（フォーマーＶＬ界面の親水性を増大させることが予想される）１０３位における変異の効果をまたＷ４７Ｌ変異の形態において調べた。Ｂ１ａ ＶＨドメインの１０３位のトリプトファンがアルギニンに変異された場合、タンパク質は高収率で（７ｍｇ／Ｌ培養物まで）精製されうる。しかしながら、Ｗ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｒ変異体はそのゲル濾過カラムプロファイルに基づいて凝集する明確な傾向があった（ドメインの５６％だけが単量体の見かけＭｗを有していた）。これは、１０３位のアルギニンがＶＨドメインの自己凝集を潜在的に促進していたことを示している。Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ）プロテイン及びＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｒ）の円二色性プロファイルは、Ｗ１０３Ｒ変異がドメインの熱安定性を僅かに増加させたことを示している。Ｗ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｓクローン（実施例７に記載）はＷ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｒクローンよりも収率が低かったが、単量体割合は更に高かった。Ｗ１０３Ｓはタンパク質の単量体含量又はその熱安定性に影響を及ぼすとは思われないが、フォーマーＶＬ界面から嵩のある疎水性残基を除去し、ゲル濾過カラムでの滞留時間の減少によって示されるように、ゲル濾過マトリックスと相互作用するドメインの性向を低減させる。
【０２１１】
クローンＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｗ１０３Ｒ）は、Ｗ４７Ｌ又はＷ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｒ変異体の何れかよりも低い収率とＴｍを有していたが、Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｒ）に対して改善された単量体割合（６９％）を有していた。１０３位のトリプトファンがアルギニンよりもむしろセリンによって置き換えられた場合（Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｗ１０３Ｓ））、収率はＷ１０３Ｒ変異体より改善されたが、Ｗ４７Ｌ又はＷ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｒ変異体対して又はＷ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｓ変異体に対して得られた収率よりはなお低い。Ｗ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｓ変異体におけるよりもＷ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｗ１０３Ｓ変異体において更に少ない凝集が観察されたが、ＴｍはＷ４７Ｌ／Ｗ１０３Ｒ変異体のものよりも有意に低かった。クローンＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ／Ｗ１０３Ｓ）は、低い収率であるが、Ｗ４７Ｌ又はＷ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ変異体より高い割合の単量体含量であり、Ｗ４７Ｌ変異体よりも低いＴｍであった。クローンＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ／Ｗ１０３Ｒ）はＷ４７Ｌ変異体と同じ収率を有していたが、Ｗ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ変異体よりも低収率であり、他の２つの変異体の何れよりも高い割合の単量体含量であり、他の２つの変異体の何れかよりも僅かに低いＴｍであった。よって、Ｗ４７Ｌ及びＶ３７Ｓ又はＳ５０Ｒの形態における１０３位の変異の導入は一般的には凝集を減少させる傾向があったが、熱安定性を犠牲にした。
【０２１２】
４つ全ての位置（４７、３７、５０、及び１０３）における変異の組合せ効果を評価した。クローンＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｓ５０Ｒ／Ｗ１０３Ｓ）は、Ｗ１０３Ｓを含むＶ３７Ｓ又はＳ５０Ｒ三重変異体と同様か又はより良好な収率を有し、何れの三重変異体よりも高い単量体割合（９７％）を有しているが、何れかの三重変異体よりも有意に低いＴｍであった（６６℃）。クローンＢ１ａ（Ｗ３７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｓ５０Ｒ／Ｗ１０３Ｒ）はＷ４７Ｌ／Ｖ３７Ｓ／Ｗ１０３Ｒ三重変異体よりも良い収率であるが、Ｗ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ／Ｗ１０３Ｒ三重変異体よりも少ない収率であった。単量体割合はＳ５０Ｒ三重変異体のものと同一であったが、Ｖ３７Ｓ三重変異体のものよりも大きかった。しかしながら、Ｔｍは三重変異体の何れよりも低かった。
上述の変異体の各々の収率は、親クローンＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ）と比較して減少した。最良の組合せはＢ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ／Ｗ１０３Ｒ）であると思われる。しかしながら、他の変異体はドメインの凝集に対するＷ１０３Ｒの個々の寄与を示した。従って、Ｓ５０ＲがＷ１０３Ｒの負の効果を補償するように思われても、Ｂ１ａ（Ｗ４７Ｌ／Ｓ５０Ｒ／Ｗ１０３Ｓ）を使用することは合成ライブラリーの作製に対してより生産的である。
【図１Ａ】
2009536527.tif 000024
【図１Ｂ】
2009536527.tif 000025
【図２】
2009536527.tif 000026
【図３】
2009536527.tif 000027
【図４Ａ】
2009536527.tif 000028
【図４Ｂ】
2009536527.tif 000029
【図５】
2009536527.tif 000030
【図６Ａ】
2009536527.tif 000031
【図６Ｂ】
2009536527.tif 000032
【図６Ｃ】
2009536527.tif 000033
【図６Ｄ】
2009536527.tif 000034
【図７】
2009536527.tif 000035
【図８】
2009536527.tif 000036
【図９Ａ】
2009536527.tif 000037
【図９Ｂ】
2009536527.tif 000038
【図９Ｃ】
2009536527.tif 000039
【図９Ｄ】
2009536527.tif 000040
【図１０Ａ】
2009536527.tif 000041
【図１０Ｂ】
2009536527.tif 000042
【図１１】
2009536527.tif 000043
【図１２】
2009536527.tif 000044
【図１３】
2009536527.tif 000045
【図１４】
2009536527.tif 000046
【図１５Ａ】
2009536527.tif 000047
【図１５Ｂ】
2009536527.tif 000048
【図１５Ｃ】
2009536527.tif 000049
【図１６Ａ】
2009536527.tif 000050
【図１６Ｂ】
2009536527.tif 000051
【図１７Ａ】
2009536527.tif 000052
【図１７Ｂ】
2009536527.tif 000053
【図１７Ｃ】
2009536527.tif 000054
【図１７Ｄ】
2009536527.tif 000055
【図１８】
2009536527.tif 000056
【図１９】
2009536527.tif 000057
【図２０Ａ】
2009536527.tif 000058
【図２０Ｂ】
2009536527.tif 000059
【図２１】
2009536527.tif 000060
【図２２】
2009536527.tif 000061
【図２３】
2009536527.tif 000062
【図２４Ａ】
2009536527.tif 000063
【図２４Ｂ】
2009536527.tif 000064
【図２５Ａ】
2009536527.tif 000065
【図２５Ｂ】
2009536527.tif 000066
【図２５Ｃ】
2009536527.tif 000067
【図２５Ｄ】
2009536527.tif 000068
【図２５Ｅ】
2009536527.tif 000069
【図２５Ｆ】
2009536527.tif 000070
【図２６Ａ】
2009536527.tif 000071
【図２６Ｂ】
2009536527.tif 000072
【図２６Ｃ】
2009536527.tif 000073
【図２６Ｄ】
2009536527.tif 000074
【図２６Ｅ】
2009536527.tif 000075
【図２６Ｆ】
2009536527.tif 000076
【図２６Ｇ】
2009536527.tif 000077
【図２６Ｈ】
2009536527.tif 000078
【図２７Ａ】
2009536527.tif 000079
【図２７Ｂ】
2009536527.tif 000080
【図２７Ｃ】
2009536527.tif 000081
【図２７Ｄ】
2009536527.tif 000082
【図２８Ａ】
2009536527.tif 000083
【図２８Ｂ】
2009536527.tif 000084
【図２８Ｃ】
2009536527.tif 000085
【図２９Ａ】
2009536527.tif 000086
【図２９Ｂ】
2009536527.tif 000087
【図２９Ｃ】
2009536527.tif 000088
【図３０Ａ】
2009536527.tif 000089
【図３０Ｂ】
2009536527.tif 000090
【図３０Ｃ】
2009536527.tif 000091
【配列表】
2009536527000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成21年1月16日(2009.1.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項６４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項６４】
複数のベクターが複数の抗体可変ドメインをコードする請求項６２に記載のベクターライブラリー。
【国際調査報告】
2009536527.tif 000092
2009536527.tif 000093
2009536527.tif 000094
2009536527.tif 000095
2009536527.tif 000096
2009536527.tif 000097
2009536527.tif 000098
2009536527.tif 000099
2009536527.tif 000100