(57)【要約】非ヒト動物における糖尿病に対する感受性を診断するための方法であって、ａ）表４に規定されるような多形性またはこのような多形性と連鎖不平衡にある多形性がその動物のゲノムに存在するか否かを同定する工程と；およびｂ）それによってその動物が糖尿病に感受性であるか否かを診断する工程とを含み、場合によってこのような同定する工程が動物由来のサンプルで行われる方法。【特許請求の範囲】
【請求項１】
非ヒト動物において糖尿病に対する感受性を診断するための方法であって、前記方法は、
ａ）表４に記載の多形性または前記多形性と連鎖不平衡にある多形性が前記動物のゲノムに存在するか否かを同定する工程と；
ｂ）これによってこの動物が糖尿病に感受性であるか否かを診断する工程とを含み、場合によって前記同定する工程が前記動物由来のサンプルで行われる、方法。
【請求項２】
表４の任意の所与の列における多形性の全てが動物に存在するか否かを同定する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
動物が多形性を有すると同定される場合、前記動物がその血液中に異常なレベルのグルコースを有するか否かを決定するために前記動物をさらに試験する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記動物がイヌ、必要応じて以下の品種、サモエド、チベット・テリア、ビション・フリーゼ、ヨークシャー・テリア、シュナウツアー（ミニチュア）、ボーダー・コリア、ダックスフンド、ボーダー・テリアもしくはプードルのいずれかであるか、またはこれらの品種のいずれかに遺伝的に関連するイヌである、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
工程（ａ）が、前記動物のポリヌクレオチドと、前記多形性についての特異的な結合因子とを接触させる工程と、前記因子が前記ポリヌクレオチドに結合するか否かを決定する工程とを含み、前記ポリヌクレオチドに対する前記因子の結合が、前記多形性の存在を示している、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記因子がポリヌクレオチドであって、前記多形性を含むポリヌクレオチドに結合し得るが、前記多形性を含まないポリヌクレオチドには結合しないポリヌクレオチドである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
工程（ａ）が、前記動物のポリペプチドと、請求項１〜６のいずれか一項に記載の多形性によってコードされる配列を含むポリペプチドに特異的な結合因子とを接触させる工程を含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記動物のポリヌクレオチドの移動度または前記多形性を含むポリヌクレオチドによってコードされる動物のポリペプチドの移動度を測定することによって前記多形性が検出される、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
請求項１もしくは４に記載の多形性を検出し得るプローブもしくはプライマー、または前記多形性によってコードされるポリペプチドを検出し得る（および特異的である）、抗体。
【請求項１０】
前記多形性、または前記多形性によってコードされるポリペプチドのいずれかを検出するための手段を備える、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法を行うためのキット。
【請求項１１】
請求項９に記載のプローブ、プライマーまたは抗体を備える、請求項１０に記載のキット。
【請求項１２】
糖尿病に感受性である動物について特注生産された食物を調製する方法であって、
（ａ）請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法によって、前記動物が糖尿病に感受性であるか否かを決定する工程と；
（ｂ）前記動物に適切な食物を調製する工程と、
を含む、方法。
【請求項１３】
前記特注生産された動物の食物が、糖尿病を妨げるかもしくは軽減する成分を含むか、および／または糖尿病に寄与するかもしくは悪化させる成分を含まない、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記特注生産された動物の食物が、低レベルの単純な炭水化物を含み、前記炭水化物が場合によって単糖または多糖である、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記動物、動物の所有者または動物に給餌する責任者に対して食物を提供する工程をさらに含む、請求項１２から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
特注生産された動物食物を提供する方法であって、前記動物、動物の所有者、または前記動物に給餌する責任者に対して、糖尿病に感受性である動物に適切である食物を提供する工程を含み、前記動物が場合によって請求項１から８のいずれか一項に記載の方法によって糖尿病に感受性であると遺伝的に決定されている、方法。
【請求項１７】
糖尿病の処置のための因子を同定するための方法であって、
（ａ）請求項１または４に記載の多形性を含むポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドと、試験因子とを接触させる工程と；
（ｂ）前記因子が、前記ポリペプチドに結合し得るか、または前記ポリペプチドの活性もしくは発現を調節し得るかを決定する工程と
を含む、方法。
【請求項１８】
請求項１または４のいずれか一項に記載の多形性を含む動物において糖尿病の予防または処置のための医薬の製造における、糖尿病の治療剤である化合物の使用であって、場合によって前記動物が請求項１から８のいずれか一項に記載の方法によって糖尿病に対して感受性であると同定され、場合によって前記化合物がインスリンである、使用。
【請求項１９】
糖尿病について動物を処置する方法であって、障害を予防または処置する有効量の治療化合物を前記動物に投与する工程を含み、前記動物が請求項１および４のいずれか一項に記載の多形性を有し、場合によって請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法によって糖尿病に対して感受性であると同定され、場合によって前記化合物がインスリンである、方法。
【請求項２０】
請求項１または請求項４に記載の１つまたはそれ以上の多形性に関連する情報、および場合によって糖尿病とのそれらの関連も含む、データベース。
【請求項２１】
動物が糖尿病に感受性であるか否かを決定するための方法であって、
（ａ）動物の１つまたはそれ以上の多形性のデータをコンピュータシステムに入力する工程と；
（ｂ）前記データをコンピュータデータベースに対して比較する工程であって、データベースが、請求項１または４に記載の多形性に関する情報を含む工程と；
（ｃ）前記比較に基づいて、前記動物が糖尿病に感受性であるか否かを決定する工程と
を含む、方法。
【請求項２２】
コンピュータプログラムであって、前記プログラムがコンピュータで行われる場合、請求項２１の全ての工程を行うためのプログラムコード手段を含む、コンピュータプログラム。
【請求項２３】
コンピュータプログラム製品であって、前記プログラム製品がコンピュータで行われる場合、請求項２１に記載の方法を行うためのコンピュータ読み取り可能な媒体に記憶されるプログラムコード手段を含むコンピュータプログラム製品。
【請求項２４】
搬送波上にプログラムコード手段を含むコンピュータプログラム製品であって、前記プログラムコード手段が、コンピュータシステム上で実行される場合、コンピュータシステムを指図して、請求項２１に記載の方法を行う、コンピュータプログラム製品。
【請求項２５】
（ａ）前記動物に存在する１つまたはそれ以上の多形性のデータを受容するための手段と；
（ｂ）前記データと請求項１または４に記載の１つまたはそれ以上の多形性に関する情報を含むデータベースとを比較するためのモジュールと；
（ｃ）前記比較に基づいて前記動物が糖尿病に感受性であるか否かを決定するための手段と、
を含む、請求項２１に記載の方法を行うように配置されたコンピュータシステム。
【請求項２６】
糖尿病に感受性である動物について特注生産された食物を調製する方法であって、
（ａ）前記動物が糖尿病に感受性であるか否かを、請求項１〜８および２１のいずれか一項に記載の方法によって決定する工程と；
（ｂ）前記動物に適切な特注生産された動物の食物処方を電気的に生成する工程と；
（ｃ）前記特注生産された動物の食物処方に応じて食物製造装置の操作を制御する電気的製造指示を作成する工程と；
（ｄ）前記電気的製造指示に従って前記特注生産された動物の食物処方を製造する工程と
を含む、方法。
【請求項２７】
（ｄ）前記動物に適切な特注生産された動物の食物処方を電気的に生成するための手段と；
（ｅ）前記特注生産された動物食物処方に応じて食物製造装置の操作を制御する電気的製造指示を作成するための手段と；
（ｆ）食品製造装置と
を含む、請求項２５に記載のコンピュータシステム。
【請求項２８】
特注生産された動物食品を作製するための請求項２７に記載のコンピュータシステムの使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
本発明は、動物における糖尿病の診断および処置に関する。
【背景技術】
【０００２】
発明の背景
糖尿病に感受性である動物を同定するアッセイの使用の結果として、このような動物が糖尿病の治療を受けることが可能になる。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
発明の要旨
本発明者らは、糖尿病に関連する動物における多形性のマーカーを同定している。
【０００４】
従って、本発明は、非ヒト動物において糖尿病に対する感受性を診断するための方法を提供し、この方法は、
ａ）表４に規定されるような多形性またはこのような多形性と連鎖不平衡にある多形性が動物のゲノムに存在するか否かを同定する工程と；
ｂ）これによってこの動物が糖尿病に感受性であるか否かを診断する工程とを含み、場合によってこのような同定する工程が動物由来のサンプルで行われる方法を提供する。
本発明はさらに、
この多形性を検出し得るプローブ、プライマーまたは抗体と；
この多形性を検出するための手段を含む本発明の方法を行うためのキットと；
糖尿病に感受性である動物のために特注生産された食物を調製する方法であって、
（ａ）本発明の方法によって、この動物が糖尿病に感受性であるか否かを決定する工程；および
（ｂ）この動物に適切な食物を調製する工程
を含む方法と；
多形性に関する情報および場合によってデータベースとのそれらの関連を含む、データベースとを提供する。
【発明を実施するための最良の形態】
【０００５】
発明の詳細な説明
本発明は、動物における糖尿病に対する感受性を決定するための方法を提供する。この糖尿病状態は通常は、少なくとも部分的には、自己免疫機構によって生じる状態である。
【０００６】
試験される動物は代表的には、哺乳動物、好ましくは非ヒト動物、例えば、イヌ、ネコ、ウマ、ブタ、ウシまたはヒツジである。この動物は、コンパニオン・アニマルすなわちペットであってもよい。好ましい実施形態では、試験される動物はイヌである。試験されるイヌは、任意の品種であってもよいし、または異種交配（mix）もしくは交雑(crossbred)されたイヌ、または非近交（outbred）のイヌ（雑種（mongrel））であってもよい。このイヌは、本明細書において言及される任意の品種であってもよい。
【０００７】
動物は、０〜１０歳齢、例えば、０〜５歳齢、０〜３歳齢、または０〜２歳齢であってもよい。本発明の方法が、動物由来のサンプルで行われる場合、サンプルは、これらの任意の年齢範囲内の動物から採取されていてもよい。動物は、糖尿病の任意の症状が出現する前に、本発明の方法によって試験することもできる。
【０００８】
任意の品種のイヌを本発明の方法によって試験することができる。下の表は、イヌの品種の例を示し、ここでＳ＝小、Ｍ＝中、Ｌ＝大そしてＸＬ＝特大である。
【表１】
2009517070.tif 000002
【表２】
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【表３】
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【表４】
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【表５】
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【表６】
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【０００９】
好ましい実施形態では、試験されるべきイヌは、表１または表３に言及される品種のイヌである。詳細にはイヌは、任意の以下の品種であってもよい。サモエド、チベット・テリア、ビション・フリーゼ、ヨークシャー・テリア、シュナウツアー（ミニチュア）、ボーダー・コリア、ダックスフンド、ボーダー・テリアもしくはプードル；またはこれらの品種のうちのいずれかに遺伝的に関連するイヌ。好ましくは、試験されるべきイヌは純粋な品種である。しかし、１実施形態では、試験されるべきイヌは、本明細書において言及される任意の品種のうち少なくとも５０％を有し得る。別の実施形態では、イヌは、その遺伝的な品種背景において本明細書に上記される任意の品種のうち少なくとも７５％を有し得る。従って、そのゲノムのうち少なくとも５０％または少なくとも７５％が、本明細書において言及される任意の品種に由来し得る。１実施形態では、イヌは、本明細書において言及される任意の品種である親を有しても祖父母を有してもよい。イヌの遺伝的な品種背景は、そのイヌにおける２つまたはそれ以上の品種特異的なＳＮＰマーカーの有無を検出することによって決定することができる。
【００１０】
多形性の検出
本発明による多形性の検出は、動物のポリヌクレオチドまたはタンパク質と、多形性について特異的な結合因子とを接触させる工程と、この因子がポリヌクレオチドまたはタンパク質に結合するか否かを決定する工程とを含み、ここで、この因子の結合が、多形性の存在を示し、この因子が結合しないことが、その多形性が存在しないことを示す。
【００１１】
この方法は、一般的に、動物由来のサンプル上においてインビトロで行われる。このサンプルは代表的には、個体の体液および／または細胞を含み、そして例えば、スワブ、例えば、マウススワブを用いて得ることができる。このサンプルは、血液、尿、唾液、皮膚、口腔の細胞または毛根のサンプルであってもよい。このサンプルは代表的には、この方法を行う前に処理され、例えば、ＤＮＡ抽出が行われてもよい。サンプル中のポリヌクレオチドまたはタンパク質は、例えば、適切な酵素を用いて、物理的に切断されても、または化学的に切断されてもよい。１実施形態では、サンプル中のポリヌクレオチドの一部は、例えば、多形性を検出する前に、クローニング、またはＰＣＲベースの方法を用いることによって、コピーまたは増幅される。
【００１２】
本発明では、任意の１つまたはそれ以上の方法は、動物における１つまたはそれ以上の多形性の有無を決定する工程を含み得る。多形性は代表的に、動物のポリヌクレオチドまたはタンパク質における多形性配列の存在を直接決定することによって検出される。このようなポリヌクレオチドは代表的にはゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡである。多形性は、任意の適切な方法（例えば、下記に言及されるような方法）によって検出することができる。
【００１３】
特異的な結合因子とは、多形性を有するタンパク質またはポリペプチドに対して優先的または高い親和性で結合するが、他のポリペプチドまたはタンパク質に対しては結合しないか、もしくは低い親和性でしか結合しない因子である。この特異的な結合因子は、プローブであってもプライマーであってもよい。このプローブは、タンパク質（例えば、抗体）またはオリゴヌクレオチドであってもよい。このプローブは、標識されてもよいし、または間接的に標識されていてもよい。ポリヌクレオチドまたはタンパク質に対するプローブの結合を用いて、プローブまたはポリヌクレオチドまたはタンパク質のいずれかを固定化してもよい。
【００１４】
一般にはこの方法では、多形性に対する因子の結合の決定は、動物のポリヌクレオチドまたはタンパク質に対する因子の結合を決定することによって行われ得る。しかし、１実施形態では、この因子はまた、対応する野性型配列に、例えば、多形性位置に隣接するヌクレオチドまたはアミノ酸に結合することによって結合することができるが、野性型配列に対する結合の方式は多形性を含有するポリヌクレオチドまたはタンパク質の結合に対して検出可能なほど異なる。
【００１５】
この方法は、２つのオリゴヌクレオチドプローブが用いられるオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイに基づいてもよい。これらのプローブは、多形性を含有するポリヌクレオチド上の隣接領域に結合し、これによって結合後、２つのプローブが適切なリガーゼ酵素によって一緒に連結される。しかし、このプローブのうちの一つの中の単一のミスマッチの存在によって、結合およびライゲーションが破壊される場合がある。このように連結されたプローブのみが、多形性を含有するポリヌクレオチドと一緒に生じ、従って、連結された生成物の検出を用いて、この多形性の存在を決定することができる。
【００１６】
１実施形態では、このプローブは、ヘテロ二重鎖分析ベースのシステムで用いられる。このようなシステムでは、多形性を含有するポリヌクレオチド配列にプローブが結合する場合、これはこの多形性が存在する部位でヘテロ二重鎖を形成し、従って二本鎖構造を形成しない。このようなヘテロ二重鎖構造は、一本鎖または二本鎖に特異的な酵素の使用によって検出することができる。代表的にはプローブは、ＲＮＡプローブであり、このヘテロ二重鎖領域は、ＲＮＡａｓｅ  Ｈを用いて切断され、そしてこの多形性は、この切断生成物を検出することによって検出される。
【００１７】
この方法は、例えば、PCR Methods and Applications 3,268〜71(1994)およびProc.Natl.Acad.Sci.85,4397〜4401(1998)に記載される蛍光化学切断ミスマッチ分析に基づき得る。
【００１８】
１実施形態では、ＰＣＲ反応をプライムするＰＣＲプライマーであって、多形性を含有するポリヌクレオチドにそのプライマーが結合する場合にのみＰＣＲ反応をプライムするＰＣＲプライマー、例えば、配列または対立遺伝子に特異的なＰＣＲシステムが用いられ、多形性の存在は、このＰＣＲ産物を検出することによって決定され得る。好ましくは、この多形性に相補的であるプライマーの領域は、このプライマーの３’末端かまたはその近くである。この多形性の存在は、蛍光色素を用い、ＴａｑｍａｎＰＣＲ検出システムのような消光剤ベースのＰＣＲアッセイを用いて決定することができる。この特異的な結合因子は、改変配列によってコードされるアミノ酸配列に特異的に結合し得る。例えば、この因子は、抗体であっても抗体フラグメントであってもよい。この検出方法は、ＥＬＩＳＡシステムに基づいてもよい。この方法は、ＲＦＬＰベースのシステムであってもよい。これは、ポリヌクレオチド中の多形性の存在が、制限酵素によって認識される制限部位を作製または破壊する場合に用いることができる。
【００１９】
多形性の存在は、その多形性の存在が、ゲル電気泳動の間のポリヌクレオチドまたはタンパク質の移動を生じる変化に基づいて決定することができる。ポリヌクレオチドの場合、一本鎖高次構造多型（single-stranded conformation polymorphism）（ＳＳＣＰ）または変性勾配ゲル電気泳動（denaturing gradient gel electrophoresis）（ＤＤＧＥ）分析を用いてもよい。
【００２０】
多形性の存在は、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）によって検出され得る。詳細には、多形性は、二重ハイブリダイゼーションプローブシステムによって検出され得る。この方法は、互いに近く位置し、かつ目的の標的ポリヌクレオチドの内部セグメントに相補的である２つのオリゴヌクレオチドプローブの使用を含み、ここでは２つのプローブの各々が蛍光で標識される。任意の適切な蛍光標識または色素が発蛍光団として用いられ得、その結果、１つのプローブ（ドナー）上の発蛍光団の発光波長が、第二のプローブ（アクセプター）上の蛍光の励起波長に重複する。代表的なドナー発蛍光団は、フルオレセイン（ＦＡＭ）であり、そして代表的なアクセプター発蛍光団としては、テキサス・レッド（Texas red）、ローダミン（rhodamine）、ＬＣ−６４０、ＬＣ−７０５およびシアニン５（ｃｙａｎｉｎｅ５）（Ｃｙ５）が挙げられる。
【００２１】
蛍光共鳴エネルギー移動が生じるように、２つの発蛍光団は、標的に対する両方のプローブにハイブリダイゼーションする際近接することが必要である。ドナー発蛍光団が適切な波長の光で励起される場合、この発光スペクトルエネルギーが、アクセプタープローブ上の発蛍光団に移動して、その蛍光が生じる。従って、この波長の光の検出は、ドナー発蛍光団に適切な波長での励起の間、ハイブリダイゼーションおよび２つのプローブ上の発蛍光団の密接な会合を示す。各々のプローブを、一端を発蛍光団で標識して、その結果上流（５’）に位置するプローブはその３’末端で標識され、下流（３’）に位置するプローブは、その５’末端で標識される。２つのプローブの間のギャップは、標的配列に結合する場合、１〜２０ヌクレオチド、好ましくは１〜１７ヌクレオチド、より好ましくは１〜１０ヌクレオチド、例えば、１、２、４、６、８または１０ヌクレオチドのギャップであってもよい。
【００２２】
２つのプローブのうち第一のプローブは、多形性に隣接する遺伝子の保存配列に結合するように設計されてもよく、そして第二のプローブは、１つまたはそれ以上の多形性を含む領域に結合するように設計されてもよい。第二のプローブによって標的とされる遺伝子の配列内の多形性は、得られた塩基のミスマッチによって生じる融点の変化を測定することによって検出することができる。融点の変化の程度は、ヌクレオチド多形性に関与する数および塩基タイプに依存する。
【００２３】
多形性位置は、直接、換言すれば、その位置に存在するヌクレオチドを決定することによって、または間接的に、例えば、その多形性位置と連鎖不平衡にある別の多形性位置に存在するヌクレオチドを決定することによって分類され得る。
【００２４】
ある集団中で互いと連鎖不平衡にある多形性は代表的には、同じ染色体上で一緒に見出される。代表的には、１つは、少なくとも３０％の回数で、例えば、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも７０％、または少なくとも９０％の回数で見いだされ、他は、この集団における個体で特定の染色体で見出される。従って、機能的な感受性多形性ではないが、機能的な多形性と連鎖不平衡にある多形性は、機能的な多形性の存在を示すマーカーとして作用し得る。
【００２５】
本明細書において言及される多形性と連鎖不平衡にある多形性は代表的には、多形性の５００ｋｂ内に、好ましくは４００ｋｂ内に、２００ｋｂ内に、１００ｋｂ内に、５０ｋｂ内に、１０ｋｂ内に、５ｋｂ内に、１ｋｂ内に、５００ｂｐ内に、１００ｂｐ内に、５０ｂｐ内に、または１０ｂｐ内に位置する。
【００２６】
本発明のポリヌクレオチドは、例えば、ＰＣＲのためのプライマーとして、またはプローブとして用いることができる。本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、露出標識（reavealing label）を担持してもよい。適切な標識としては、放射性同位体（例えば、32Ｐまたは35Ｓ）、蛍光標識、酵素標識または他のタンパク質標識（例えば、ビオチン）が挙げられる。
【００２７】
本発明のポリヌクレオチドは、多形性に対して選択的に結合し得るプローブまたはプライマーとして用いることができる。従って、本発明は、本発明による方法における使用のためのプローブまたはプライマーであって、多形性の存在を選択的に検出し得るプローブまたはプライマーを提供する。好ましくは、このプローブは、単離された核酸または組み換え核酸である。このプローブは、アレイ、例えば、ポリヌクレオチドアレイ上で固定されてもよい。
【００２８】
このようなプライマー、プローブおよび他のフラグメントは好ましくは、少なくとも１０、好ましくは少なくとも１５、または少なくとも２０、例えば、少なくとも２５、少なくとも３０または少なくとも４０ヌクレオチド長である。それらは、代表的には、最大４０、５０、６０、７０、１００または１５０ヌクレオチド長である。プローブおよびフラグメントは、１５０ヌクレオチド長より長くても、例えば、最大、２００、３００、４００、５００、６００、７００ヌクレオチド長、または本発明の全長ポリヌクレオチド配列の最大２〜３ヌクレオチド長、例えば、５または１０ヌクレオチドという短いものであってさえよい。
【００２９】
本発明のポリペプチドは、化学的に改変されてもよく、例えば、翻訳後改変されてもよい。このポリペプチドは、グリコシル化されてもよいし、または改変されたアミノ酸残基を含んでもよい。このような改変ポリペプチドは、本発明の「ポリペプチド」という用語の範囲内に含まれる。
【００３０】
本発明のポリペプチド（例えば、抗体）およびポリヌクレオチド（例えば、プライマーおよびプローブ）は、単離された形態または実質的に精製された形態で存在し得る。それらは、その意図される用途を妨害しないキャリアまたは希釈剤と混合されてもよく、やはり実質的に単離されたとみなされ得る。それらはまた、実質的に精製された形態であってもよく、その場合、それらは一般に、このタンパク質もしくはポリヌクレオチドまたはこの調製物の乾燥重量の少なくとも９０％（例えば、少なくとも９５％、９８％もしくは９９％）を含む。
【００３１】
本発明の方法では、表４に言及される対立遺伝子の有無は、任意の適切な手段によって検出することができる。代表的には、この方法では、表４に列挙される多形性のうちの１つまたはそれ以上が分類される。従って、多形性の有無を、代表的には、イヌ由来のポリヌクレオチド中において決定して、このイヌのゲノムが関連の多形性を含むか否かを確認することができる。１実施形態では、イヌのゲノムが表４の列に列挙される全ての多形性を含むか否かを確認する。従って、例えば、この方法は、表４における多形性の上部の列に示されるような９６Ｃ、１２６Ａおよび２５４Ｇの有無を決定する工程を含み得る。好ましい実施形態では、表４に示される多形性の少なくとも５、少なくとも１５、または少なくとも２０が、本発明の方法において分類される。１実施形態では、表４に示される多形性と連鎖不平衡にある多形性を分類する（イヌのゲノムにおける表４の多形性の存在を確認するため）。１実施形態では、分類される多形性が同じＤＮＡ鎖に存在するか否かも決定される。
【００３２】
検出抗体（detector antibody）
本発明はまた、本発明のポリペプチドに特異的である検出抗体を提供する。検出抗体は、例えば、１つの多形性に対して特異的である。本発明の検出抗体は、例えば、免疫沈澱技術を含む、精製、単離またはスクリーニングの方法において有用である。
【００３３】
抗体は、本発明のポリペプチドの特異的なエピトープに対して惹起され得る。抗体、または他の化合物は、それが特異的であるタンパク質に対して、優先的にまたは高い親和性で結合するが、他のポリペプチドに対しては実質的に結合しないかまたは低い親和性でしか結合しない場合、そのポリペプチドに対して「特異的に結合する」。抗体の特異的な結合能力を決定するための競合的な結合または免疫放射線測定法についての種々のプロトコールは当分野で周知である（例えば、Maddoxら,J.Exp.Med.158,1211〜1226,1993を参照のこと）。このようなイムノアッセイは代表的には、特異的なタンパク質とその抗体との間の複合体の形成、および複合体形成の測定を含む。
【００３４】
本発明の目的のために、「抗体」という用語は、反対に特定されない限り、本発明のポリペプチドに結合するフラグメントを含む。このようなフラグメントとしては、Ｆｖフラグメント、Ｆ（ａｂ’）フラグメントおよびＦ（ａｂ’）2フラグメント、ならびに単鎖抗体が挙げられる。さらに、抗体およびそのフラグメントは、キメラ抗体、ＣＤＲグラフト抗体、またはヒト化抗体であってもよい。
【００３５】
抗体は、生物学的サンプル（例えば、本明細書に言及される任意のこのようなサンプル）において本発明のポリペプチドを検出するための方法において用いられ得、この方法は、
Ｉ  本発明の抗体を提供する工程と；
ＩＩ  生物学的サンプルとこの抗体とを、抗体−抗原複合体の形成を可能にする条件下でインキュベートする工程と；
ＩＩＩ  この抗体を含む抗体−抗原複合体が形成されるか否かを決定する工程と
を含む。
【００３６】
本発明の抗体は、任意の適切な方法によって生成することができる。抗体を調製および特徴づける手段は、当分野で周知である。例えば、HarlowおよびLane(1988)「Antibodies:A Laboratory Manual」,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NYを参照のこと。例えば、抗体は、ポリペプチド全体またはそのフラグメント、例えば、その抗原性エピトープ（本明細書において以降は「免疫原」）に対して宿主動物において抗体を惹起することによって生成することができる。このフラグメントは、本明細書において言及される任意のフラグメントであってもよい（代表的には少なくとも１０または少なくとも１５アミノ酸長）。
【００３７】
ポリクローナル抗体を生成するための方法は、適切な宿主動物、例えば実験動物を、免疫原を用いて免疫する工程と、動物の血清から免疫グロブリンを単離する工程とを含む。従って、動物は免疫原を接種され、続いて血液がこの動物から取り出され、そしてＩｇＧ画分が精製することができる。モノクローナル抗体を生成するための方法は、所望の抗体を産生する細胞を不死化する工程を含む。ハイブリドーマ細胞は、接種された実験動物由来の脾臓細胞と腫瘍細胞とを融合することによって生成することができる（KohlerおよびMilstein(1975)Nature 256,495〜497）。
【００３８】
所望の抗体を産生する不死化細胞は、従来の手順によって選択することができる。ハイブリドーマは、培養物中で増殖されるか、腹水の形成のために腹腔内に、または同種異系宿主もしくは免疫無防備状態の宿主の血流中に注射されてもよい。ヒト抗体は、ヒトリンパ球のインビトロ免疫によって、続いてエプスタイン−バー・ウイルスでのリンパ球の形質転換によって調製することができる。
【００３９】
モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体の両方の生成のために、実験動物は適切には、ヤギ、ウサギ、ラット、マウス、モルモット、ニワトリ、ヒツジまたはウマである。所望により、免疫原は、適切なキャリアに対して、例えば、１つのアミノ酸残基の側鎖を介して免疫原が結合される結合体として、投与されてもよい。キャリア分子は代表的には、生理学的に受容可能なキャリアである。得られた抗体は、単離されてもよく、そして所望される場合、精製されてもよい。
【００４０】
検出キット
本発明はまた、動物において糖尿病に対する感受性に関連する１つまたはそれ以上の多形性の有無を決定するための手段を含むキットを提供する。詳細には、このような手段は、特異的な結合因子、プローブ、プライマー、プライマーの対もしくは組み合わせ、または抗体を含んでもよく、抗体は多形性を検出するか、または検出を補助し得る本明細書に規定されるような抗体フラグメントを含む。このプライマーまたはプライマーの対もしくは組み合わせは、本明細書において考察されるように、検出されるべき多形性を含むポリヌクレオチド配列のＰＣＲ増幅のみを生じる配列特異的プライマーであってもよい。このキットはまた、多形性が存在しないことを検出し得る、特異的な結合因子、プローブ、プライマー、プライマーの対もしくは組み合わせ、または抗体を含んでもよい。このキットはさらに、緩衝液または水性溶液を含んでもよい。
【００４１】
このキットはさらに、実行されるべき上述の方法の実施形態のいずれかを行い得る１つまたはそれ以上の他の試薬または機器を含んでもよい。このような試薬または機器は、以下のうち１つまたはそれ以上を含み得る。多形性に対する因子の結合を検出する手段、蛍光標識のような検出可能な標識、ポリヌクレオチド上で作用し得る酵素、代表的にはポリメラーゼ、制限酵素、リガーゼ、ＲＮＡｓｅ  Ｈまたはポリヌクレオチドに対して標識を結合し得る酵素、酵素試薬のための適切な緩衝液または水溶液、本明細書で考察されるような多形性に隣接する領域に結合するＰＣＲプライマー、ポジティブコントロールおよび／またはネガティブコントロール、ゲル電気泳動装置、サンプルからＤＮＡを単離する手段、個体からサンプルを得る手段、例えば、スワブまたはニードルを含む装置、または検出反応を行い得るウェルを含む支持体。このキットは、本発明の特異的な結合因子（好ましくはプローブ）を含むポリヌクレオチドアレイのようなアレイであっても、またはそのようなアレイを含んでもよい。このキットは代表的には、キットを用いるための１組の指示書（instruction）を含む。
【００４２】
治療剤のスクリーニング
本発明はまた、糖尿病の処置のための治療剤を同定するためのスクリーニング標的としての多形性配列によってコードされるポリペプチドの使用に関する。１実施形態では本発明は、糖尿病の処置のために有用な因子を同定するための方法を提供し、この方法は、このポリペプチドと試験因子とを接触させる工程と、この因子がこのポリペプチドに対して結合し得るか、またはこのポリペプチドの活性もしくは発現を調節し得るかを決定する工程とを含む。任意の適切な結合アッセイ形式を使用して、例えば、下記で考察される形式のように、このポリペプチドが試験因子に結合するか否かを決定することができる。
【００４３】
この方法は、インビトロで、細胞の内側もしくは外側で、またはインビボで行われてもよい。１実施形態では、この方法は、ポリペプチドを含む細胞、細胞培養物または細胞抽出物で行われる。
【００４４】
この方法はまた、本明細書に記載のような多形性についてトランスジェニックである非ヒト動物においてインビボで行うことができる。このトランスジェニック非ヒト動物は代表的には、生物医学研究において一般に用いられる種の動物であって、好ましくは実験株である。適切な動物としては、げっ歯類、特にマウス、ラット、モルモット、フェレット、スナネズミまたはハムスターが挙げられる。最も好ましくは、この動物はマウスである。
【００４５】
上記のスクリーニング方法で試験され得る適切な候補因子としては、抗体因子、例えば、モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体、単鎖抗体、キメラ抗体およびＣＤＲグラフト抗体が挙げられる。さらに、コンビナトリアルライブラリー、規定の化学的アイデンティティー（chemical identities）、ペプチドおよびペプチド模倣物、オリゴヌクレオチドおよび天然の因子のライブラリー、例えば、ディスプレイライブラリーも試験することができる。この試験因子は、本明細書に言及される因子の任意の特性を有し得る低分子合成に代表的には由来する化合物であってもよい。候補因子のバッチは、例えば、１つの反応あたり１０の物質の最初のスクリーニングで用いられ得、調節を示すバッチの物質が個々に試験され得る。「因子（ａｇｅｎｔ）」という用語は、単一の物質、および２つ、３つまたはそれ以上の物質の組み合わせを含むことが意図される。例えば、因子という用語は、単一のペプチド、２つまたはそれ以上のペプチドの混合物、またはペプチドの混合物および規定の化学的実体を指してもよい。本発明の１態様では、試験因子は食物成分である。
【００４６】
糖尿病の処置
本発明は、糖尿病について動物を処置する方法を提供する。この方法は、上記の方法により糖尿病に対して感受性である動物を同定する工程と、糖尿病を処置する有効量の治療剤を動物に投与する工程とを含む。この治療剤は、糖尿病を処置するために用いることができる当分野で公知の任意の薬物であってもよく、または前に考察されるようなスクリーニング方法によって同定される因子であってもよい。
【００４７】
この治療剤は、種々の方式で、例えば、経口的に、頭蓋内に、静脈内に、筋肉内に、腹腔内に、鼻腔内に、皮内にそして皮下に投与することができる。治療剤を含む医薬組成物は正常には、用いられている投与の特定の形態に依存して、適切な薬学的に受容可能なキャリアまたは希釈剤とともに処方される。例えば、非経口処方物は通常、薬学的および生理学的に受容可能な液体、例えば、生理食塩水、平衡塩溶液などをビヒクルとして用いる注射用液である。経口処方物は他方では、固体、例えば、錠剤もしくはカプセルであっても、または液体溶液もしくは懸濁液であってもよい。
【００４８】
動物に投与される治療剤の量は、処置されている状態、処置下の動物の性質、および処置下の状態の重篤度を含む種々の要因に依存する。代表的な一日用量は、特異的なインヒビターの活性、処置される動物の年齢、体重および状態、疾患のタイプおよび重篤度、ならびに投与の頻度および経路に応じて、体重１ｋｇあたり約０．１〜５０ｍｇ、好ましくは体重１ｋｇあたり約０．１ｍｇ〜１０ｍｇである。好ましくは、１日投薬レベルは５ｍｇ〜２ｇである。
【００４９】
特注生産した食物
１態様では、本発明は、糖尿病に対して感受性である動物のために特注生産された食物に関する。好ましい実施形態では、この特注生産された食物は、コンパニオン・アニマルすなわちペット、例えばイヌのためのものである。このような食物は、例えば、湿性の（wet）ペットフード、半湿性の（semi-moist）ペットフード、乾燥ペットフードおよびペットのトリート（pet treats）の形態であってもよい。湿性のペットフードは一般には、６５％超の含水量を有する。半湿性のペットフードは代表的には、２０〜６５％の間の含水量を有し、保湿剤および微生物増殖を妨げる他の成分を含んでもよい。乾燥のペットフードはまた、キブル（kibble）とも呼ばれ、一般には、２０％未満の含水量を有し、そしてその処理は代表的には、押し出し加工、乾燥および／または熱によるベーキング（baking）を含む。乾燥ペットフードの成分としては一般には、穀類（cereal）、穀物（grains）、肉、家禽、脂肪、ビタミンおよびミネラルが挙げられる。この成分は代表的には、混合され、押し出し機／クッカーを通じて入れられる。次いで、この生成物は代表的には、形成されて乾燥され、乾燥後に香料および脂肪が乾燥製品上にコーティングされるか、または噴霧されてもよい。
【００５０】
従って、本発明は、糖尿病に対して感受性である動物に適切な特注生産された食物の調製を可能にし、ここでこの特注生産された動物の食物処方物は、糖尿病を予防または軽減する成分を（例えば、増加した量で）含み、そして／または糖尿病に寄与するかもしくは悪化させる成分を含まないか、または糖尿病に寄与するかもしくは悪化させる成分を低下した量で含む。このような成分は、インスリンのような、糖尿病を予防するかまたは緩和する、当分野で公知の任意の成分であってもよい。あるいは、本明細書で考察されるようなスクリーニング方法で、このような成分を同定することもできる。特注生産された動物の食物の調製は、電気的手段によって、例えば、コンピュータシステムを用いることによって行われてもよい。
【００５１】
別の実施形態では、特注生産された食物は、糖尿病を予防または緩和する機能的または活性な成分を含むように処方することができる。
【００５２】
本発明はまた、特注生産された動物の食物を提供する方法に関し、この方法は、糖尿病に感受性である動物に適切な食物をこの動物、動物の所有者、または動物に給餌することを担う人に対して提供する工程を含み、この動物は、本発明の方法によって糖尿病に感受性であると決定されている。本発明の１態様では、この特注生産された食物は、在庫とされるか、または在庫から供給され、すなわち、この特注生産された食物は、注文されるのではなく事前に製造される。従って、本発明の本態様によれば、この特注生産された食物は、１つの特定の動物について特別に設計されるのではなく、２つ以上の動物に適切である。例えば、この特注生産された食物は、糖尿病に感受性である任意の動物に適切であり得る。あるいは、この特注生産された食物は、糖尿病に感受性である動物の小グループ、例えば、特定の品種、サイズまたはライフステージの動物に適切であり得る。別の実施形態では、この食物は、個々の動物の栄養要件を満たすように特注生産することもできる。
【００５３】
バイオインフォマティクス
この多形性の配列は、電気的フォーマット、例えば、コンピュータデータベースに記憶することができる。従って、本発明は、多形性配列に関する情報を含むデータベースを提供する。このデータベースは、多形性についてさらなる情報、例えば、この多形性と糖尿病との関連のレベル、または集団における多形性の頻度を含み得る。本発明の１態様では、このデータベースはさらに、特定の多形性を保有する動物に適切な食物成分および適切でない食物成分に関する情報を含む。
【００５４】
本明細書に記載されるようなデータベースは、糖尿病に対する動物の感受性を決定するために用いることができる。このような決定は、電気的手段で、例えば、コンピュータシステム（例えば、ＰＣ）を用いることによって行うことができる。代表的には、この決定は、動物由来の遺伝的データをコンピュータシステムに対して入力すること；この遺伝的データを多形性に関連する情報を含むデータベースと比較すること；そしてこの比較に基づいて、糖尿病に対するこの動物の感受性を決定することによって行われる。
【００５５】
本発明はまた、コンピュータプログラムであって、このプログラムがコンピュータ上で行われる場合、本発明の方法の全ての工程を行うためのプログラムコード手段を含むコンピュータプログラムを提供する。また、コンピュータプログラム製品であって、このプログラムがコンピュータで行われる場合、本発明の方法を行うためのコンピュータ読み取り可能な媒体に記憶されたプログラムコード手段を含むコンピュータプログラム製品も提供される。コンピュータシステム上で遂行する場合、本発明の方法を行うようコンピュータシステムに指示する、搬送波上にプログラムコード手段を含むコンピュータプログラム製品がさらに提供される。
【００５６】
図５に図示されるとおり、本発明はまた、本発明による方法を行うように配置された装置を提供する。この装置は代表的には、コンピュータシステム、例えばＰＣを含む。１実施形態では、このコンピュータシステムは以下を含む。動物から遺伝的データを受容する手段２０；このデータと多形性に関する情報を含むデータベース１０とを比較するためのモジュール３０；および、このような比較に基づいて、糖尿病に対する動物の感受性を決定するための手段４０。
【００５７】
食物製造
本発明の１実施形態では、特注生産された動物の食物の製造は、電気的に制御されてもよい。代表的には、動物に存在する多形性に関する情報は、特注生産された動物の食物処方を生成するために電気的に処理することができる。次いで、この特注生産された動物の食物処方物を用いて、食物製造装置の操作を制御する電気的製造指示を作成してもよい。これらの工程を行うために用いられる装置は代表的には、コンピュータシステム、例えばＰＣを含み、これは栄養情報を処理して特注生産された動物の食物処方物を作製するための手段５０；電気的製造指示を作製して、食物製造装置の操作を制御するための手段６０；および食品製造装置７０とを含む。
【００５８】
本発明において用いられる食品製造装置は代表的には、以下の１つまたはそれ以上の構成要素を含む。乾燥ペットフード成分の容器；液体の容器；ミキサー；フォーマーおよび／または押し出し機；切断デバイス（cut-off device）；料理手段（例えば、オーブン）；クーラー；パッケージング手段；および標識手段。乾燥成分容器は代表的には、底に開口を有する。この開口は、ロータリー・ロック（rotary lock）のような量調節要素によってカバーされ得る。この量調節要素は、ペットフードへの乾燥成分の添加を調節するために、電気的製造指示に従って、開口または閉鎖することができる。
【００５９】
ペットフードの製造において、代表的に用いられる乾燥成分としては、コーン、コムギ、肉および／または家禽のひき肉（meal）が挙げられる。ペットフードの製造に代表的には用いられる液体成分としては、脂肪、獣脂および水が挙げられる。液体容器は、ペットフードへ測定された量の液体を添加するために、例えば、電気的製造装置によって制御され得るポンプを含んでもよい。
【００６０】
１実施形態では、この乾燥成分容器および液体容器をミキサーに接続して、特定の量の乾燥成分および液体をミキサーに送達する。このミキサーは、電気的製造指示によって制御することができる。例えば、混合の期間または速度を制御することができる。次いで、この混合された成分が代表的にはフォーマーまたは押し出し機に送達される。このフォーマー／押し出し機は、混合された成分を要求される形状に成型するために用いられ得る、当分野で公知の任意のフォーマーまたは押し出し機であってもよい。代表的には、この混合された成分は、加圧下で制限された開口部を通じて、連続した鎖を形成するように強制される。この鎖が押し出される場合、これは、ナイフのような切断デバイスによって小片（キブル）に切断されてもよい。キブルは代表的には、例えば、オーブン中で料理される。この料理時間および温度は、電気的製造指示によって制御することができる。この料理時間は、食物の所望の含水量を生じるように変更することができる。次いで、この調理されたキブルを、クーラー、例えば、１つまたはそれ以上のファンを含むチャンバに移してもよい。
【００６１】
この食物製造装置は、パッケージング装置を含んでもよい。このパッケージング装置は代表的には、プラスチックまたは紙のバッグまたはボックスのような容器に食物をパッケージする。この装置はまた、代表的には食物がパッケージングされた後、食物を標識するための手段を含んでもよい。この標識は、以下のような情報を提供し得る。成分のリスト；栄養情報；製造日；賞味期限；重量；ならびにこの食物が適している種および／または品種。
【００６２】
本発明は、以下の実施例によって例示される。
【実施例】
【００６３】
材料および方法
対照ＤＮＡサンプルは、Small Animal Hospital,University of Liverpoolにおいて診断臨床目的で採取した残りの血液サンプルから得た。表１は、４６０匹の糖尿病、１０４７匹の対照および６９匹の雌の全糖尿病の品種分布を示す。
【００６４】
全てのイヌを、配列ベースのタイピング（sequence based typing）（ＳＢＴ）（Kennedyら、Tissue Antigens 60:43〜52,2002;Kennedyら、Immunogenetics 48:296〜301,1998）またはReference Strand-mediated Conformation Analysis（ＲＳＣＡ）のいずれかを用いて３つのＤＬＡクラスＩＩ遺伝子座について特徴付けた。
【００６５】
全てのＰＣＲ反応は、２５ｎｇのＤＮＡを用いて、２５μｌの反応物中であって、Ｑｉａｇｅｎが提供する１×ＰＣＲ緩衝液（余分なマグネシウムを含まない）、Ｑ溶液（Ｑｉａｇｅｎ）、最終濃度０．１μＭの各々のプライマー、２００μＭの各々のｄＮＴＰを含有する反応物中で、２単位のＴａｑポリメラーゼ（Ｑｉａｇｅｎ  ＨｏｔＳｔａｒＴａｑ）とともに用いて行う。混入を同定するために増幅の各々の実施においてＤＮＡテンプレートを含まないネガティブコントロールを含むべきである。
【００６６】
用いられるプライマーは以下であった。ＤＲＢＦフォワード：ｇａｔ  ｃｃｃ  ｃｃｃ  ｇｔｃ  ｃｃｃ  ａｃａ  ｇ、ＤＲＢＲ３リバース：ｃｇｃ  ｃｃｇ  ｃｔｇ  ｃｇｃ  ｔｃａ、ＤＱＡｉｎ１フォワード：ｔａａ  ｇｇｔ  ｔｃｔ  ｔｔｔ  ｃｔｃ  ｃｃｔ  ｃｔ、ＤＱＡＩｎ２リバース：ｇｇａ  ｃａｇ  ａｔｔ  ｃａｇ  ｔｇａ  ａｇａ  ｇａ、ＤＱＢ１Ｂフォワード：ｃｔｃ  ａｃｔ  ｇｇｃ  ｃｃｇ  ｇｃｔ  ｇｔｃ  ｔｃおよびＤＱＢＲ２リバース：ｃａｃ  ｃｔｃ  ｇｃｃ  ｇｃｔ  ｇｃａ  ａｃｇ  ｔｇ。全てのプライマーはイントロンの、遺伝子座特異的であり、そして生成物のサイズはＤＬＡ−ＤＲＢ１について３０３ｂｐ、ＤＱＡ１について３４５ｂｐ、およびＤＱＢ１について３００ｂｐである。
【００６７】
標準的なタッチダウンＰＣＲプロトコールを全ての増幅のために用いた。この増幅は、最初の１５分９５℃で、３０秒間９５℃の１４タッチダウンサイクル、続いて１分のアニーリングで、これは６２℃（ＤＲＢ１）、５４℃（ＤＱＡ１）、７３℃（ＤＱＢ１）で開始し、各サイクル０．５℃ずつ低下して、７２℃１分間から構成された。次いで、２０サイクルの９５℃で３０秒間、５５℃（ＤＲＢ１），４７℃（ＤＱＡ１）、６６℃（ＤＱＢ１）で１分間、７２℃で１分間、に加えて７２℃で１０分間の最終伸長。
【００６８】
生成物の存在についてチェックするために、５μｌを２％のアガロースゲル上で泳動した。ＲＳＣＡについては精製を要しなかった。しかし、これはＳＢＴを要した。２単位のエビのアルカリホスファターゼ（ＵＳＢ）および１０単位のＥｘｏ１（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ）を５μｌのＰＣＲ産物に添加した。この混合物を３７℃で１時間、次いで８０℃で１５分間インキュベートした。
【００６９】
ＲＳＣＡ：ＦＬＲを飼いイヌおよびハイイロオオカミ由来のある範囲のＤＬＡ−ＤＲＢ１対立遺伝子を用いて生成した。ＦＬＲは、クローニングされた対立遺伝子をテンプレートとして、そして５’−ＦＡＭ２２標識フォワードプライマーを用いてＰＣＲによって生成した。反応物中の標識された参照鎖の割合を増大するために、プライマーの割合を０．５μＭのＦＡＮ２２標識フォワードプライマーおよび０．１μＭのリバース未標識プライマーに変更した。ＰＣＲ反応の全ての他の態様は、同じままであった。この一本鎖ベースのＦＬＲを用いて、ＦＬＲ対立遺伝子ヘテロ二重鎖ピークの高さを引き続くＲＳＣＡにおけるホモ二重鎖ピークに対して増大した。全ての得られたＦＬＲを水の中で１：３０に希釈して、その後、ハイブリダイゼーション反応において使用した。
【００７０】
試験サンプルとＦＬＲとの間の二重鎖を形成するために、２μｌの希釈されたＦＬＲおよび２μｌの試験サンプルＰＣＲ産物を９６ウェルプレート中で混合して、サーマルサイクラー中で９５℃で１０分間インキュベートし、１秒あたり１℃で５５℃に下降させ、５５℃で１５分間、そして４℃で１５分間とした。このプレートを必要になるまで４℃で保管した。引き続き、８μｌの蒸留水を各々のハイブリダイゼーション反応物に添加し、次いで２μｌを４．８μｌの水および０．２μｌのＧｅｎｅｓｃａｎ  Ｒｏｘ−５００サイズ標準（Applied Biosystems）と、３８４ウェルのプレート中で混合した。これらのサンプルを、５０ｃｍのキャピラリーアレイ、４％のＧｅｎｅｓｃａｎ非変性ポリマー（Applied Biosystems）を用いて、ＡＢＩ  ３１００  ＤＮＡアナライザー上で泳動して、データはｍａｔｒｉｘ  ＤｙｅセットＤを用いて収集した。この条件は以下であった。注入電圧１５ｋＶ、注入時間１５秒、泳動電圧１５ｋＶ、泳動温度３０℃。各々の泳動は３５分かかった。このデータは、ソフトウェアプログラム「Ｇｅｎｅｓｃａｎ」および「Ｇｅｎｏｔｙｐｅｒ」（Applied Biosystems）を用いて分析した。Ｇｅｎｅｓｃａｎを用いて、ＲＯＸ−５００標準に基づいて、各々のピークに対してサイズを割り当てた。Ｇｅｎｏｔｙｐｅｒを用いて、対照サンプルによって形成された対立遺伝子ピークを、用いられる各々のＦＬＲについて「ビン（ｂｉｎｓ）」に割り当てた。このビン（ｂｉｎｓ）を、各々のサンプルについて対立遺伝子を割り当てるプログラムにエクスポートした。
【００７１】
３つの遺伝子座ＤＬＡ−ＤＲＢ１／ＤＱＡ１／ＤＱＢ１、ハプロタイプを、系列分析プロセス（sequential analytical process）に従って同定した。第一に、３つの遺伝子座全てでホモ接合性である全てのイヌを選択し、これらから、いくつかの異なるＤＬＡ−ＤＲＢ１−ＤＱＡ１−ＤＱＢ１ハプロタイプの組み合わせを同定した。次いで、２つの遺伝子座でのみホモ接合性であるイヌを選択した。これらのイヌから、前のハプロタイプの多くが確認され、そしてまたいくつかのさらなるハプロタイプが同定された。残りのイヌは、既に同定されたハプロタイプデータを用いて試験して、ハプロタイプをこれらのイヌの各々に割り当てた。これらのイヌから、さらに可能性のあるハプロタイプを同定した。
表１：患者および対照のデータセットにおけるイヌの品種の分布
【表７】
2009517070.tif 000008
【表８】
2009517070.tif 000009
表２：各々のハプロタイプを有するＩＤＤＭ、対照および雌の全ＩＤＤＭイヌのパーセンテージ
【表９】
2009517070.tif 000010
【表１０】
2009517070.tif 000011
表３：高リスクおよび防御的ハプロタイプを有する品種から選択されたイヌのパーセンテージ
【表１１】
2009517070.tif 000012
【表１２】
2009517070.tif 000013
【表１３】
2009517070.tif 000014
【表１４】
2009517070.tif 000015
【００７２】
クラスＩＩ対立遺伝子の対立遺伝子名称および配列を下に示す。
【表１５】
2009517070.tif 000016
【表１６】
2009517070.tif 000017
【表１７】
2009517070.tif 000018
【表１８】
2009517070.tif 000019
【表１９】
2009517070.tif 000020
【表２０】
2009517070.tif 000021
【表２１】
2009517070.tif 000022
【表２２】
2009517070.tif 000023
【表２３】
2009517070.tif 000024
【表２４】
2009517070.tif 000025
【表２５】
2009517070.tif 000026
【表２６】
2009517070.tif 000027
【表２７】
2009517070.tif 000028
【表２８】
2009517070.tif 000029
【表２９】
2009517070.tif 000030
【表３０】
2009517070.tif 000031
【表３１】
2009517070.tif 000032
【表３２】
2009517070.tif 000033
【表３３】
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【表３４】
2009517070.tif 000035
【図面の簡単な説明】
【００７３】
【図１】図１は、全てのイヌにおける防御的およびリスクハプロタイプについてのオッズ比および信頼区間を示す。
【図２】図２は、ＤＬＡ−ＤＲＢ１*００９ハプロタイプを有するリスクグループによるイヌのパーセンテージを示す。
【図３】図３は、ＤＬＡ−ＤＱＡ１*００４／ＤＱＢ1*０１３ハプロタイプを有するリスクグループによるイヌのパーセンテージを示す。
【図４】図４は、Ａｒｇ５５を含有するＤＬＡ−ＤＱＡ１対立遺伝子を有するリスクグループによるイヌのパーセンテージを示す。
【図５】図５は、本発明の装置を示す。
【図１】
2009517070.tif 000036
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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2009517070.tif 000043
2009517070.tif 000044
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