(57)【要約】  本発明は一般的に、染色体のマッピング及び染色体再配置の構造解析に用いることができる、空間的及び構造的なゲノム解析組成物に関し、これは全染色体及び染色体の特定部分又は対象領域を含む。幾つかの実施形態では、例えば第１の検出物質１３及び第１の検出物質とは異なる第２の検出物質１４を用いて、複数部分のゲノムを区別することができる。検出物質は、オリゴヌクレオチド１１、１２に対して固定してもよく、染色体２５内の異なる場所と結合するように選択してもよい。例えば、オリゴヌクレオチドは、染色体と少なくとも実質的に相補的、例えば染色体の特定の場所と実質的に相補的であり得る。【選択図】  図５
2009533026.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸のアッセイに用いられるように構築及び配置した物理的なゲノム解析組成物であって、少なくとも第１のオリゴヌクレオチド及び該第１のオリゴヌクレオチドとは異なる第２のオリゴヌクレオチドを含む、複数のオリゴヌクレオチドを包含する溶液を含み、該第１のオリゴヌクレオチド及び該第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、該アッセイで用いられる該核酸における対象の選択領域とハイブリダイズするようにそれぞれ選択される各々の第１の配列及び第２の配列を含む、物理的なゲノム解析組成物を含むアーティクル。
【請求項２】
前記第１のオリゴヌクレオチドの長さが、８０ヌクレオチドから２００ヌクレオチドであり、前記第２のオリゴヌクレオチドの長さが、８０ヌクレオチドから２００ヌクレオチドである、請求項１に記載のアーティクル。
【請求項３】
前記第１のオリゴヌクレオチドがＰＣＲプライマー配列を含む、請求項１または２に記載のアーティクル。
【請求項４】
前記第１のオリゴヌクレオチドが制限エンドヌクレアーゼ切断部位を含む、請求項１ないし３に記載のアーティクル。
【請求項５】
前記溶液が少なくとも１００個の同一ではないオリゴヌクレオチドを含む、請求項１ないし４に記載のアーティクル。
【請求項６】
前記核酸がゲノムである、請求項１ないし５に記載のアーティクル。
【請求項７】
前記核酸とハイブリダイズするように選択される前記第１のオリゴヌクレオチドの第１の配列の長さが少なくとも５０ヌクレオチドである、請求項１ないし６に記載のアーティクル。
【請求項８】
前記第１のオリゴヌクレオチド及び前記第２のオリゴヌクレオチドが基板から合成される、請求項１ないし７に記載のアーティクル。
【請求項９】
前記核酸とハイブリダイズするように選択される前記第１のオリゴヌクレオチドの第１の配列が、該核酸の対象の選択領域の一部分と完全に相補的である、請求項１ないし８に記載のアーティクル。
【請求項１０】
前記対象の領域が遺伝子である、請求項１ないし９に記載のアーティクル。
【請求項１１】
核酸を含むサンプルを準備すること、及び
少なくとも第１のオリゴヌクレオチド及び該第１のオリゴヌクレオチドとは異なる第２のオリゴヌクレオチドを含む複数のオリゴヌクレオチドを包含する、物理的なゲノム解析組成物に、前記サンプルを曝露させることであって、該第１のオリゴヌクレオチド及び該第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、前記アッセイで用いられる前記核酸における対象の選択領域とハイブリダイズするようにそれぞれ選択される各々の第１の配列及び第２の配列を含む、物理的なゲノム解析組成物に、前記サンプルを曝露させること、
を含む方法。
【請求項１２】
核酸を物理的に解析するのに、該核酸のアッセイ中に用いられるキットであって、
第１のオリゴヌクレオチド、及び
前記第１のオリゴヌクレオチドとは異なる第２のオリゴヌクレオチドを含み、前記第１のオリゴヌクレオチド及び前記第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、前記核酸中に存在する疑いがある配列とハイブリダイズするようにそれぞれ選択される各々の第１の配列及び第２の配列を含む、核酸を物理的に解析するのに、該核酸のアッセイ中に用いられるキット。
【請求項１３】
少なくとも幾つかは同一ではない複数のオリゴヌクレオチドを包含する溶液を含み、
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも一部分に対して、該オリゴヌクレオチドの該部分の該オリゴヌクレオチドのそれぞれが、これに対して固定された検出物質を有し、
前記溶液がゲノムに曝露される場合、該オリゴヌクレオチドの該部分の該オリゴヌクレオチドの少なくとも幾つかが、該ゲノムの幾つかの部分を区別可能にするように該ゲノムと相互作用し、該ゲノムの区別可能な部分それぞれの長さが１００００００塩基未満であるアーティクル。
【請求項１４】
核酸の対象の選択領域を同定すること、
少なくとも第１のオリゴヌクレオチド及び該第１のオリゴヌクレオチドとは異なる第２のオリゴヌクレオチドを含む複数のオリゴヌクレオチドを包含する、アレイを産生することであって、該第１のオリゴヌクレオチド及び該第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、前記核酸の対象の選択領域とハイブリダイズするようにそれぞれ選択される各々の第１の配列及び第２の配列を含む、アレイを産生すること、及び
１つ又は複数のオリゴヌクレオチドを前記アレイから切断すること、
を含む方法。
【請求項１５】
核酸のアッセイに用いられるように構築及び配置した物理的なゲノム解析組成物を含むアレイであって、該組成物が第１のオリゴヌクレオチド及び該第１のオリゴヌクレオチドとは異なる第２のオリゴヌクレオチドの少なくとも一方を含む複数のオリゴヌクレオチドを包含し、該第１のオリゴヌクレオチド及び該第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、該アッセイで用いられる該核酸における対象の選択領域とハイブリダイズするようにそれぞれ選択される各々の第１の配列及び第２の配列を含む、アレイを包含する組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、高分解能の染色体マッピングに係り、特に、染色体及び染色体再配置のマッピング及び構造解析に関する。
【背景技術】
【０００２】
細胞遺伝学は、平衡転座、マーカー染色体、及び対象のサンプルに存在する他のゲノム構造等の構造を同定するのに典型的に用いられる。細胞遺伝学技法の例としては、ギムザ（Ｇ）バンディング、Ｍバンディング、又は分光染色体解析（ＳＫＹ）が挙げられる。しかし、これらの技術は一般的に低分解能であり、光学顕微鏡の空間分解能、例えば幾つかの数メガ塩基に限定されることが多い。また、Ｍバンディング等の技法には、例えば光学又は蛍光顕微鏡下での対象の染色体の手動顕微解剖が要求される。したがって、複製、反転、又は転座等の対象の構造は、少なくとも数メガ塩基（Ｍｂ）長である必要がある。さらに、ゲノム構造の境界の正確且つ再現可能な測定が、比較的低分解能のこれらの現行の技法によって制限される。したがって、ゲノム構造をマッピングすると共に特徴付ける空間分解能を改善する必要がある。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００３】
本発明は一般的に、染色体及び染色体再配置のマッピング及び構造解析に関する。本発明の主題は、場合によって、相関製品、特有の問題に対する代替解決案、及び(又は)、１つ又は複数のシステム及び(又は)物品の複数の異なる使用を伴う。
【課題を解決するための手段】
【０００４】
一態様において、本発明は物品である。一組の実施の形態では、この物品は物理的なゲノム解析組成物を含む。場合によっては、物理的なゲノム解析組成物は核酸のアッセイに用いられるように構築及び配置される。この組成物は、少なくとも第１のオリゴヌクレオチド及び第１のオリゴヌクレオチドとは異なる第２のオリゴヌクレオチドを含む、複数のオリゴヌクレオチドを包含する溶液を含み得る。場合によっては、第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、このアッセイで用いられる核酸における対象の選択領域とハイブリダイズするようにそれぞれ選択される各々の第１の配列及び第２の配列を含む。
【０００５】
一実施の形態において、第１のオリゴヌクレオチドの長さが８０ヌクレオチド〜２００ヌクレオチドであり、第２のオリゴヌクレオチドの長さが８０ヌクレオチド〜２００ヌクレオチドである。別の実施の形態では、第１のオリゴヌクレオチドの長さが１００ヌクレオチド〜２００ヌクレオチドであり、第２のオリゴヌクレオチドの長さが１００ヌクレオチド〜２００ヌクレオチドである。幾つかの実施の形態では、第１のオリゴヌクレオチド及び（又は）第２のオリゴヌクレオチドは、所定の量及び（又は）濃度の溶液中に存在する。一実施の形態では、溶液中の第１のオリゴヌクレオチドの濃度と、溶液中の第２のオリゴヌクレオチドの濃度との比が所定の比である。
【０００６】
場合によっては、第１のオリゴヌクレオチドはＰＣＲプライマー配列を含み、場合によっては、第２のオリゴヌクレオチドは同一のＰＣＲプライマー配列を含む。第１のオリゴヌクレオチドは、制限エンドヌクレアーゼ切断部位及び（又は）その一部分も含み得る。幾つかの実施の形態では、この溶液は、少なくとも１００個、少なくとも１０００個、少なくとも１００００個、又は少なくとも１０００００個の同一ではないオリゴヌクレオチドを含む。或る特定の場合では、第１のオリゴヌクレオチドの第１の配列は、長さが少なくとも５０ヌクレオチド、少なくとも１００ヌクレオチド、又は少なくとも１５０ヌクレオチドである核酸とハイブリダイズするように選択され得る。幾つかの実施の形態では、第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドは基板から合成される。この核酸とハイブリダイズするように選択される第１のオリゴヌクレオチドの第１の配列は、核酸の対象の選択領域の一部分と完全に相補的であり、及び（又は）この核酸とハイブリダイズするように選択される第２のオリゴヌクレオチドの第２の配列は、核酸の対象の選択領域の第２の一部分と完全に相補的であり得る。
【０００７】
この核酸はゲノムであり、或る特定の実施の形態によれば、例えば哺乳動物のゲノム、ヒトゲノム、細菌ゲノム、又はウイルスゲノムである。場合によっては、コンピュータを用いて、第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドが設計される。対象領域は遺伝子であり得る。一実施の形態では、第１のオリゴヌクレオチドは所定の配列を有し、場合によって第２のオリゴヌクレオチドは所定の配列を有する。
【０００８】
別の組の実施の形態において、この物品は、少なくとも幾つかが同一ではない複数のオリゴヌクレオチドを包含する溶液を含む。幾つかの実施の形態では、このオリゴヌクレオチド少なくとも一部分に対して、当該オリゴヌクレオチドのこの部分のオリゴヌクレオチドそれぞれが、これに対して固定された検出物質を有する。或る特定の場合では、この溶液がゲノムに曝露される場合、オリゴヌクレオチドのこの部分のオリゴヌクレオチドの少なくとも幾つかが幾つかのゲノム部分を区別可能にするようにゲノムと相互作用し、このゲノムの区別可能な部分のそれぞれの長さが、１００００００塩基未満、１０００００塩基未満、１００００塩基未満、１０００塩基未満、５００塩基未満、３００塩基未満、１００塩基未満、５０塩基未満等である。場合によっては、オリゴヌクレオチドのこの部分のそれぞれのオリゴヌクレオチドの長さが、少なくとも８０ヌクレオチド、少なくとも１００ヌクレオチド、又は少なくとも１２５ヌクレオチドであり、或る特定の場合では、この溶液は、少なくとも１００個の同一ではないオリゴヌクレオチド、少なくとも１０００個の同一ではないオリゴヌクレオチド、少なくとも１００００個の同一ではないオリゴヌクレオチド、少なくとも１０００００個の同一ではないオリゴヌクレオチド等を含む。一実施の形態では、オリゴヌクレオチドのこの部分のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、制限エンドヌクレアーゼ切断部位を含む。オリゴヌクレオチドのこの部分のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、ＰＣＲプライマー認識配列も含み得る。或る特定の場合では、検出物質は蛍光性であり、及び（又は）染料を含む。
【０００９】
一組の実施の形態において、この物品は、核酸のアッセイに用いられるように構築及び配置した物理的なゲノム解析組成物を含むアレイであって、この組成物が少なくとも第１のオリゴヌクレオチド及び第１のオリゴヌクレオチドとは異なる第２のオリゴヌクレオチドを含む複数のオリゴヌクレオチドを包含し、第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、アッセイで用いられる核酸における対象の選択領域とハイブリダイズするようにそれぞれ選択される各々の第１の配列及び第２の配列を含む、アレイを包含する。
【００１０】
さらに別の組の実施の形態では、この物品は、少なくとも幾つかが同一ではない複数のオリゴヌクレオチドを包含する溶液を含む。一実施の形態では、オリゴヌクレオチドの少なくとも一部分に対して、オリゴヌクレオチドのこの部分のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、ゲノムの対象領域の一部分とハイブリダイズすることができる、長さが少なくとも１０ヌクレオチドの領域を含有する。或る特定の場合では、長さが少なくとも約１００００００塩基である対象領域の任意の部分に対して、オリゴヌクレオチドのこの部分のオリゴヌクレオチドの少なくとも１つは、１００００００塩基部分のセクション（このセクションの長さは少なくとも１０ヌクレオチドである）とハイブリダイズすることができる。
【００１１】
別の態様において、本発明は方法である。一組の実施の形態では、本方法は、核酸を含むサンプルを準備する行為、並びに第１のオリゴヌクレオチド及び第１のオリゴヌクレオチドとは異なる第２のオリゴヌクレオチドを含む複数のオリゴヌクレオチドを含む物理的なゲノム解析組成物にサンプルを曝露させる行為を含む。場合によっては、第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれは、アッセイで用いられる核酸における対象の選択領域とハイブリダイズするようにそれぞれ選択される各々の第１の配列及び第２の配列を含む。本方法は、複数のオリゴヌクレオチドと、核酸とのハイブリダイゼーションを測定する行為、及び（又は）物理的なゲノム解析組成物の存在下で核酸を解析する行為も含み得る。
【００１２】
別の組の実施の形態において、本方法は、ゲノムを物理的に解析する方法である。本方法は、核酸配列を同定する行為、並びに少なくとも第１のオリゴヌクレオチド及び第１のオリゴヌクレオチドとは異なる第２のオリゴヌクレオチドを設計する行為を含み得る。場合によっては、第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれは、核酸とハイブリダイズするようにそれぞれ選択される各々の第１の配列及び第２の配列を含む。
【００１３】
場合によっては、設計する行為はコンピュータを用いることを含み得る。この核酸配列はゲノムの一部であり得る。幾つかの実施の形態では、同定する行為は、ゲノムの第１の領域と第２の領域とを同定すること及び同定される核酸配列としてゲノムの第１の領域を設計すること、並びに場合によってはゲノムの対象領域を同定すること及び同定される核酸配列として、残りのゲノムを設計することも含む。一実施の形態では、本方法は、第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドを合成する行為も含む。
【００１４】
さらに別の組の実施の形態において、本方法は、ゲノムをマッピングする方法である。本方法は、検出物質のそれぞれがゲノムの異なる部分と区別可能に結び付くように、少なくとも２つの検出物質にゲノムを曝露させる行為を含み得る。場合によっては、ゲノムの区別可能な部分のそれぞれの長さは１００００００塩基未満である。一組の実施の形態では、本方法はゲノムをマッピングする方法である。場合によっては、本方法は、少なくとも幾つかは同一ではない複数のオリゴヌクレオチドにゲノムを曝露させる行為、及び検出物質を用いて、それぞれの長さが１００００００塩基未満である幾つかのゲノム部分を区別する行為を含む。場合によっては、オリゴヌクレオチドの少なくとも一部分に対して、オリゴヌクレオチドのこの部分のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、これに対して固定された検出物質を有する。場合によっては、ゲノムの区別可能な部分のそれぞれの長さは、１０００００塩基未満、１００００塩基未満、１０００塩基未満、５００塩基未満、３００塩基未満、１００塩基未満、又は５０塩基未満でもあり得る。
【００１５】
さらに別の組の実施の形態において、本方法は、ゲノムの対象領域をマッピングする方法である。本方法は、ゲノムの対象領域を選択する行為、及び少なくとも幾つかは同一ではない複数のオリゴヌクレオチドを合成する行為を含み得る。幾つかの実施の形態では、オリゴヌクレオチドの少なくとも一部分に対して、オリゴヌクレオチドのこの部分のそれぞれのオリゴヌクレオチドが、ゲノムの対象領域の一部分とハイブリダイズすることができる、長さが少なくとも１０ヌクレオチドの領域を含有する。或る特定の場合では、長さが少なくとも約１００００００塩基である対象領域の任意の部分に対して、オリゴヌクレオチドのこの部分のオリゴヌクレオチドの少なくとも１つは、１００００００塩基部分のセクションとハイブリダイズすることができる。このセクションの長さは少なくとも１０ヌクレオチドであり得る。
【００１６】
一組の実施の形態において、本方法は、核酸の対象の選択領域を同定する行為、少なくとも第１のオリゴヌクレオチド及び第１のオリゴヌクレオチドとは異なる第２のオリゴヌクレオチドを含む複数のオリゴヌクレオチドを包含する、アレイを産生する行為であって、第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、核酸の対象の選択領域とハイブリダイズするようにそれぞれ選択される各々の第１の配列及び第２の配列を含む、アレイを産生する行為、及び１つ又は複数のオリゴヌクレオチドをアレイから切断する行為を含む。
【００１７】
本発明のさらに別の態様は、キット、例えば核酸を物理的に解析するのに核酸のアッセイ中に用いられるキットに関する。一組の実施形態では、キットは、第１のオリゴヌクレオチド及び第１のオリゴヌクレオチドとは異なる第２のオリゴヌクレオチドを含む。場合によっては、第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれが、核酸中に存在する疑いがある配列とハイブリダイズするようにそれぞれ選択される各々の第１の配列及び第２の配列を含む。キットは、第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドを用いるための取扱説明書も含有し得る。
【００１８】
別の態様において、本発明は、本明細書に記載される１つ又は複数の実施の形態を作製する方法に関する。別の態様では、本発明は、本明細書に記載される実施形態の１つ又は複数を用いる方法に関する。
【００１９】
本発明の他の利点及び新規の特徴点が、添付の図面と併せて考慮して、本発明の様々な非限定的な実施の形態の以下の詳細な説明から明らかになる。本明細書及び参照により援用される文献が相反する及び（又は）矛盾した開示を含む場合は、本明細書は調整されるべきである。参照により援用される２つ以上の文献が、互いに相反する及び（又は）矛盾した開示を含む場合は、発効日が新しい文献が調整されるべきである。
【００２０】
本発明の非限定的な実施形態は、概略的で且つ正しい縮尺で記載されることを意図しない添付の図面を参照して例示的に記載される。これらの図面では、図示される同一又はほぼ同一の構成要素のそれぞれが典型的に単一の数字で表される。明確にするために、全ての図面における全ての構成要素に符号が付けられているというわけではなく、また当業者が本発明を理解するのに図解が必要ではない場合に示される本発明のそれぞれの実施形態の全ての構成要素には数字を付けていない。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２１】
ＤＮＡは、全ての生細胞内に存在する分子である。ＤＮＡは、細胞に何をすべきかを伝える遺伝情報をコードする。この情報を「調べる」ことによって、細胞が或る特定のタンパク質又は分子を産生し、又は様々な活動を行うことができる。ＤＮＡ自体は長い直鎖分子であり、ＤＮＡ上のそれぞれの位置で４つの考えられる「塩基」又は分子単位のいずれか１つを用いて、遺伝情報がコードされる。これは、「数珠玉構造（beads on a string）」（紐（string）が、様々な種類の情報をコードする、多数の数珠玉を有し得るが、数珠の玉それぞれが４つの異なる色の内の１つしか有することができない）におおよそ類似している。
【００２２】
しかし、それぞれ個々のＤＮＡ間で差異が存在する。多くの場合では、個々の「遺伝子」（本質的に、ＤＮＡ内でコードされる情報単位）について、この差異は単一塩基とほんのわずかであり得るか、又はＤＮＡにおけるエラーである可能性もある。これらのエラーは、例えば様々な種類の癌で生じる可能性がある。
【００２３】
本発明において、ＤＮＡと「相補的な」核酸セグメントが提供され（「オリゴヌクレオチド」と呼ばれる）、それによってＤＮＡの様々な部分と結び付く。オリゴヌクレオチドは、蛍光物質、すなわち或る特定の種類の光に曝されると「発光する」物質も含むこともできる。したがって、オリゴヌクレオチドをＤＮＡに適用することができ、その場合、このＤＮＡを或る特定の種類の光に当てて、オリゴヌクレオチドがＤＮＡと結合している場所を示す、ＤＮＡが「発光する」場所を認識する。このようにして、ＤＮＡの幾つかの部分、又はＤＮＡ全体を、本発明の技法を用いて「着色」することができ、このことによってＤＮＡを解析することが容易になる。
【００２４】
さらに具体的には、本発明は一般的に、染色体全体並びに染色体の特定の対象部分又は領域のマッピングを含む、染色体のマッピング及び染色体の再配置に関する。一態様では、染色体の比較的高分解能（例えば１００００００塩基、１０００塩基、又は場合によってさらにそれより小さい分解能）のマッピングを実現することができる。「分解能」は一般的に、区別可能に同定することができる染色体内の領域又はセグメントを表す。幾つかの実施形態では、例えば第１の検出物質及び第１の検出物質とは異なる第２の検出物質を用いて、ゲノムの複数の部分を区別することができる。検出物質は染色体内の異なる場所に結合するように選択され得るオリゴヌクレオチドに対して固定され得る。例えば、オリゴヌクレオチドは、染色体と少なくとも実質的に相補的、例えば染色体の特定の場所と実質的に相補的であり得る。
【００２５】
本発明の或る特定の態様は、ゲノム又はゲノムの一部分（例えば、染色体）をマッピングするシステム及び方法に関する。ゲノムの特定領域に結び付くことができる複数のオリゴヌクレオチドにゲノムを曝露することによって、例えば、検出物質でオリゴヌクレオチドの少なくとも幾つかが区別可能に標識される場合、ゲノムの特定領域を同定又は研究することができる。幾つかの実施形態では、以下で述べられるように、ゲノム内の１００００００塩基未満の領域を区別可能に同定することができ、場合によってはゲノム内の１０００００塩基未満、１００００塩基未満、１０００塩基未満、５００塩基未満、３００塩基未満、１００塩基未満、又はさらに５０塩基未満の領域を区別可能に同定することができる。
【００２６】
このゲノムは、実質的に全ての生物、例えばヒト又は非ヒト動物（例えばイヌ、ネコ、ウマ、ロバ、ウサギ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ラット、マウス、非ヒト霊長類（例えば、サル、チンパンジー、ヒヒ、類人猿、ゴリラ等）等の哺乳類；ニワトリ等の鳥類；爬虫類；ヒキガエル又はカエル等の両生類；ゼブラフィッシュ等の魚類等）由来であり得る。このゲノムは、他の種類の生物（例えば植物、細菌、ウイルス、真菌、カビ、酵母、原生生物、ウイルス等）由来でもあり得る。場合によっては、このゲノムは、以下で述べられるように、細胞又は組織から単離され得る。幾つかの実施形態では、生物ゲノム全体が用いられ得る。しかし他の実施形態では、使用の前に、生物ゲノムの複雑性が低減され得る。さらに別の実施形態では、生物ゲノムの幾つかの部分のみが用いられ得る。例えば、一実施形態では、生物の単一染色体が用いられ得る。他の実施形態では、生物由来の染色体サブセットが用いられ得る。
【００２７】
本明細書で用いられるような「ゲノム」という用語は、任意のウイルス、単細胞（原核生物又は真核生物）又は後生動物におけるそれぞれの細胞型に存在する全ての核酸配列（コード及び非コード）及び要素を表す。ゲノムという用語は、任意の天然配列、或いは任意のウイルス、細胞若しくは細胞型の突然変異体又は疾患変異体に存在し得る、変異を誘導したこれらの配列にも適用される。ゲノム配列には、維持、複製、分離、及び高次構造の生成（例えば、クロマチン及び染色体中のＤＮＡのフォールディング及びコンパクション）、又は他の機能に関与するもの、並びに所定の生物でそれぞれのウイルス、細胞若しくは細胞型を産生及び維持するのに必要な全てのコード領域及びこれらの対応する調節因子が含まれるが、これらに限定されない。
【００２８】
例えば、ヒトゲノムは、異なる染色体に組織された約３．０×１０９塩基対（ｂｐ）のＤＮＡから成る。通常の二倍体のヒト体細胞のゲノムは、２２対の常染色体（染色体１〜染色体２２）と、Ｘ染色体及びＹ染色体（男性）又は一対のＸ染色体（女性）のいずれかとの合計４６個の染色体から成る。癌細胞のゲノムは、任意の亜染色体（subchromosomal）領域又はＤＮＡ配列の欠失、再配置及び（又は）増幅に加えて、それぞれの染色体を変数含有し得る。或る特定の実施形態では、ゲノムは、ミトコンドリアの核酸を除く核の核酸を表すが、他の実施形態では、この用語はミトコンドリアの核酸を含む。さらに別の態様では、「ミトコンドリアのゲノム」は具体的に、ミトコンドリア画分で見出される核酸を表すのに用いられる。
【００２９】
本発明の様々な態様に用いられるゲノムＤＮＡは、任意の好適なゲノム源から生じ得る。「ゲノム源」は、核酸プローブが産生される最初の核酸源である。ゲノム源は、任意の従来プロトコルを用いて調製され得る。幾つかの実施形態では、ゲノム源は、始めにゲノムＤＮＡの出発組成物（例えば細胞溶解物の核酸画分）を得ることによって調製され、このような画分を得るのに任意の従来手段を利用してもよく、このようなことを行う多くのプロトコルが当該技術分野で既知である。或る特定の実施形態では、ゲノム源は、特定の生物、組織又は細胞型由来の全ゲノムを表すゲノムＤＮＡである。例えば、所定の最初のゲノム源は、ゲノム領域の欠失又は増幅に対して同型又は異型である疑いがある被験体（例えば植物又は動物）から調製してもよい。或る特定の実施形態では、最初のゲノム源の平均サイズは、少なくとも約１Ｍｂ（１Ｍｂ＝１００００００塩基）であってもよく、典型的なサイズ範囲は、約５０Ｍｂ〜約２５０Ｍｂ以上であるが、他の実施形態ではこのサイズは約１Ｍｂを超えなくてもよく、例えばゲノムは約１Ｍｂ以下（例えば約５００ｋｂ（１ｋｂ＝１０００塩基）未満等）であってもよい。
【００３０】
本発明の或る特定の実施形態に従って、ゲノムの異なる部分と区別可能に結び付くことができるオリゴヌクレオチドを含み得る、空間的又は物理的なゲノム解析組成物にゲノムを曝露させることによって、ゲノム又は他の核酸のマッピングを達成することができる。ゲノムの物理的解析には、所定のゲノムの空間的要素及び構造的要素の両方が含まれる。本明細書で用いられるように、「空間的要素」は、例えば或る特定の配列が染色体２０ｑ上で重複（すなわち２つのコピー）するような配列の位置又は場所を表す。「構造的要素」には、例えば重複が逆位重複である場合の配列の配向も含まれる。
【００３１】
オリゴヌクレオチドは検出物質に対して固定し得る。オリゴヌクレオチドは、ゲノムの一部分と実質的に相補的である、長さが少なくとも１０ヌクレオチドの領域を含有し得る。本明細書で用いられるように、核酸の第２の隣接部分と「実質的に相補的である」又は「ハイブリダイズすることができる」核酸の第１の隣接部分は、第１の部分及び第２の部分の少なくとも７５％が相補的であるものである。幾つかの実施形態では、２つの部分が、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％相補的（すなわち、完全に相補的）であり得る。他の実施形態では、２つの部分は、最大で０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個のミスマッチを含み得る。第１の部分及び第２の部分は、任意の好適な長さの２つの核酸それぞれに対して少なくとも実質的に相補的であり得る。例えば、少なくとも実質的に相補的な核酸の２つの部分はそれぞれ、少なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも３０ヌクレオチド、少なくとも５０ヌクレオチド、少なくとも１００ヌクレオチド、少なくとも１５０ヌクレオチド、又は少なくとも２００ヌクレオチドの相補的な部分を有し得る。場合によっては、第１の部分及び第２の部分は互いに特異的に結合することができ（すなわち、核酸は高度な特異性を示す）、例えば第１の部分及び第２の部分は、特定の構造又は配置で互いに結合することができる。
【００３２】
それぞれのオリゴヌクレオチドは任意の好適な長さを有し得る。例えば、オリゴヌクレオチドの長さは、６０ヌクレオチド〜２００ヌクレオチド（包括的）、８０ヌクレオチド〜２００ヌクレオチド、１００ヌクレオチド〜２００ヌクレオチド、１２５ヌクレオチド〜２００ヌクレオチド、又は１５０ヌクレオチド〜２００ヌクレオチドであり得る。場合によっては、オリゴヌクレオチドの長さは、少なくとも６０ヌクレオチド、少なくとも８０ヌクレオチド、少なくとも１００ヌクレオチド、又は少なくとも１５０ヌクレオチドであってもよく、或る特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの長さは、多くとも２００ヌクレオチド、多くとも１７５ヌクレオチド、又は多くとも１６０ヌクレオチドであり得る。このようなヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドは、例えば当業者に既知のデノボＤＮＡ合成技法（例えば、固相ＤＮＡ合成技法、又は米国特許出願第１１／２３４，７０１号（２００５年９月２３日に出願、表題「Methods for In Situ Generation of Nucleic Acid Molecules」（参照により本明細書に援用される））で開示されたこれらの技法、又はCleary他著「Production of Complex Nucleic Acid Libraries using Highly Parallel in situ Oligonucleotide Synthesis」（Nature Methods, 1（3）:241-248（2004））（これも参照により本明細書に援用される）を用いる任意の好適な方法を用いて調製され得る。このようなオリゴヌクレオチドは、以下でより詳細に述べられるように、ゲノム配列及び（又は）対象領域に基づき、コンピュータを用いて設計することができることが多い。
【００３３】
或る特定の場合では、２種類以上のオリゴヌクレオチド（すなわち同一ではないオリゴヌクレオチド）が用いられ、複数の（種類の）オリゴヌクレオチドのそれぞれがゲノムの様々な部分と結合することができる（すなわち、２つ以上のオリゴヌクレオチドがゲノムの同じ部分、及び（又は）ゲノムの異なる部分、及び（又は）これらの組合せと結合し得る）。例えば、溶液中に少なくとも１００個の同一ではない種類のオリゴヌクレオチド、少なくとも１０００個の同一ではない種類のオリゴヌクレオチド、少なくとも１００００個の同一ではない種類のオリゴヌクレオチド、又は少なくとも１０００００個の同一ではない種類のオリゴヌクレオチドが存在し得る。当然ながら、それぞれの種類のオリゴヌクレオチドに対して、同一な２分子以上のオリゴヌクレオチドが溶液中に存在し得る。ヌクレオチドは、既知若しくは所定の量若しくは濃度で、又は溶液中の他のオリゴヌクレオチドに対して既知若しくは所定の比で存在し得る。このようなオリゴヌクレオチドを調製する技法が以下で述べられる。
【００３４】
したがって、本発明の様々な実施形態には、例えば上記のように、２つ以上の同一ではないオリゴヌクレオチド（例えば、３つ以上のオリゴヌクレオチド、４つ以上のオリゴヌクレオチド、５つ以上のオリゴヌクレオチド、６つ以上のオリゴヌクレオチド、７つ以上のオリゴヌクレオチド、１０個以上のオリゴヌクレオチド、２０個以上のオリゴヌクレオチド、３０個以上のオリゴヌクレオチド、４０個以上のオリゴヌクレオチド、５０個以上のオリゴヌクレオチド、６０個以上のオリゴヌクレオチド、７０個以上のオリゴヌクレオチド、８０個以上のオリゴヌクレオチド、９０個以上のオリゴヌクレオチド、１００個以上のオリゴヌクレオチド、３００個以上のオリゴヌクレオチド、５００個以上のオリゴヌクレオチド、１０００個以上のオリゴヌクレオチド、３０００個以上のオリゴヌクレオチド、５０００個以上のオリゴヌクレオチド、１００００個以上のオリゴヌクレオチド等）を含む組成物が含まれる。組成物中の異なるオリゴヌクレオチドの相対量及び（又は）相対濃度は同じであっても異なっていてもよい。或る特定の実施形態では、異なるオリゴヌクレオチドのそれぞれの濃度が既知である。例えば、場合によっては、それぞれの濃度は約１０μＭ未満、約５μＭ未満、又は約３μＭ未満である。この濃度は、約１μＭ未満（例えば約０．２μＭ〜約０．５μＭ等の約０．１μＭ〜約０．８μＭ）でもあり得る。オリゴヌクレオチドは、水性液体（例えば水、生理食塩水、リン酸緩衝液（ＰＢＳ）等）中に存在してもよく、この液体は、さらなる構成要素（例えば塩、溶媒、界面活性剤、緩衝液、乳化剤、キレート剤等を含んでいても含んでいなくてもよい。
【００３５】
幾つかの態様において、本発明では、複数のオリゴヌクレオチドによる全ゲノム又はゲノムの一部分の「カバー範囲（coverage）」が考慮される。カバー範囲がゲノム内の全単一ヌクレオチドである必要はなく、ゲノムの或る特定部分だけをカバーするように、及び（又は）或る特定サイズを超える或る特定のゲノム「ウィンドウ（windows）」がオリゴヌクレオチドでカバーされるように、（例えば、以下に述べられるように）オリゴヌクレオチドを設計することができる。例えば、「ウィンドウ」の長さは少なくとも１００００００塩基であってもよく、すなわち、これは長さが少なくとも約１００００００塩基であるゲノムの任意の部分に対して、少なくとも１つのオリゴヌクレオチド分子がこの１００００００塩基部分のセクションと実質的に相補的であるということである。このようなゲノムの一部分は「カバーされる」と言われる。或る特定の実施形態では、より小さいウィンドウ、すなわちより高い分解能も考慮される。例えば、「ウィンドウ」のサイズは、少なくとも１００００塩基、少なくとも５０００塩基、少なくとも３０００塩基、少なくとも１０００塩基、少なくとも７５０塩基、少なくとも５００塩基、少なくとも３００塩基、少なくとも２００塩基、少なくとも１５０塩基、少なくとも１００塩基、又は少なくとも５０塩基であり得る。
【００３６】
例として、これより図１を参照して、第１のオリゴヌクレオチド１１は、核酸２５の第１の部分２１と実質的に相補的な領域１５を含み得る一方で、第２のオリゴヌクレオチド１２は、核酸２５の第２の部分２２と実質的に相補的である領域１６を含み得る。第１の部分２１及び第２の部分２２は、核酸２５内で重複してもしなくてもよい。ウィンドウ３０の長さが１００塩基である場合、核酸２５のうち、部分２１又は部分２２の少なくとも一方もカバーせずにウィンドウ３０でカバーされることができる部分はない。したがって、ウィンドウ３０が核酸２５内のどこに位置していても、このウィンドウ（ウィンドウ３０のサイズ）のために、オリゴヌクレオチド１１及びオリゴヌクレオチド１２の少なくとも一方がこのウィンドウの少なくとも一部分と結合することができる。場合によっては、より高い分解能（すなわち、より小さい）ウィンドウが用いられ得る。例えば、ウィンドウの長さは、１０００ヌクレオチド未満、５００ヌクレオチド未満、３００ヌクレオチド未満、１００ヌクレオチド未満、５０ヌクレオチド未満、３０ヌクレオチド未満、又は１０ヌクレオチド未満であり得る。図１で示されるように、必ずしもオリゴヌクレオチド全体（オリゴヌクレオチド１１及びオリゴヌクレオチド１２）が核酸２５と実質的に相補的である必要はないことを留意すべきである。以下で述べられるように、オリゴヌクレオチドは、核酸２５と相互作用しない他の領域も含み得る。
【００３７】
オリゴヌクレオチドより長いゲノム領域に関して、ゲノム領域を（同一ではない）オリゴヌクレオチドで「タイリング（tiled）」して、好適なカバー範囲を与えることができる。例えば、図１で示されるように、第１のオリゴヌクレオチド１１は、核酸２５の第１の部分２１と実質的に相補的な領域１５を含み得る一方で、第２のオリゴヌクレオチド１２は、核酸２５の第２の部分２２と実質的に相補的である領域１６を含み得る。第１の部分２１及び第２の部分２２は、核酸２５内で重複してもしなくてもよい。しかし、オリゴヌクレオチド１１及びオリゴヌクレオチド１２の存在によって、核酸２５の部分２１及び部分２２の両方が好適にカバーされる。必要に応じて、この「タイリング」プロセスを広げて、より大きいゲノム領域又は全ゲノムさえもカバーすることができる。
【００３８】
場合によっては、実質的に全てのゲノムが、例えばタイリングを利用することによってオリゴヌクレオチドを用いてカバーし得る。しかし、他の実施形態では、ゲノムの或る幾つかの特定部分だけが、オリゴヌクレオチド（例えば染色体）を用いてカバーされてもよく、又はその一部分がカバーされてもよい。本質的には、任意の長さのゲノムが、例えばカバー範囲を達成するのに「タイリング」を利用することによってカバーされ得る。例えば、少なくとも約１０００００塩基、少なくとも約１００００００塩基、少なくとも約３００００００塩基、又は少なくとも約１０００００００塩基の幾つかのゲノム部分（場合によっては隣接していてもよい）がカバーされ得る。
【００３９】
一実施形態において、実質的に全てのゲノムがカバーされる。しかし他の実施形態では、対象領域のみがカバーされる。したがって、オリゴヌクレオチドは、典型的には隣接している（すなわち全く途切れることなく）対象領域と最初に結び付くように選択され得る。当然ながら、対象領域の外側に、オリゴヌクレオチドによる幾つかの非特異的な結合が存在し得るが、概してこのオリゴヌクレオチドは、少なくとも１０ヌクレオチド長、又は場合によっては少なくとも３０ヌクレオチド長、少なくとも５０ヌクレオチド長、少なくとも１００ヌクレオチド長、少なくとも１５０ヌクレオチド長、又は少なくとも２００ヌクレオチド長である部分に対して、対象領域内に含有した配列と実質的な相補性を示す。他の実施形態では、２つ以上のこのような対象領域（例えば、２、３、４、５、６つ等の対象領域）が存在し得る。
【００４０】
ゲノム内の対象領域は、任意の好適なサイズであり得る。一実施形態では、対象領域の長さは、少なくとも１００ヌクレオチドである。他の実施形態では、対象領域の長さは、少なくとも１５０ヌクレオチド、少なくとも２００ヌクレオチド、少なくとも３００ヌクレオチド、少なくとも５００ヌクレオチド、少なくとも１０００ヌクレオチド、少なくとも３０００ヌクレオチド、少なくとも５０００ヌクレオチド、少なくとも１００００ヌクレオチド、少なくとも３００００ヌクレオチド、少なくとも５００００ヌクレオチド、少なくとも１０００００ヌクレオチド、少なくとも３０００００ヌクレオチド、少なくとも５０００００ヌクレオチド、又は少なくとも１００００００ヌクレオチドであり得る。一実施形態では、対象領域は単一の染色体であり、他の実施形態では、染色体のサブセットが用いられ得る。
【００４１】
対象領域は、ゲノムの任意の部分に位置し、ゲノム内で任意に機能し得る（又は全く機能し得ない）。例えば、対象領域は、遺伝子座、遺伝子、プロモータ、エンハンサー、ターミネータ、エキソン若しくはイントロン、スプライシング領域、ジャンクＤＮＡ、複製起点、又はテロメア等であり得る。対象領域は、或る特定の異常（例えば付加、欠失、重複、再配置、切断点、反転、同型又は非同型の組み換え、又は歪曲等を示す可能性があり（又は示す疑いがあり）、このようにしてこれらの異常があるゲノムを容易に確定することができる。さらに非限定的な例としては、異数化（aneuploidy）、不平衡転座、増幅、挿入、異質化（heterogeneity）、単コピー欠如、同型欠失、及びゲノム内の可変サイズの単位複製（amplicons）が挙げられる。一実施形態では、対象領域は、非天然又は正常ではないコピー数を有するゲノムの領域である。本明細書で用いられるように、「コピー数」は、当該技術分野で用いられるような通常の意味（すなわち或る特定の核酸配列がゲノム内に現れる回数）が与えられる。正常なゲノム内の配列を増幅又は欠失することによってゲノムのコピー数が変化し、それによって非天然のコピー数が生じ得る。本発明のシステム及び方法によって検出可能なコピー数の変化は様々な方法で生じ得る。例えば、一般的に癌で起こるような染色体領域の増幅又は欠失の結果として、コピー数が変化し、それによって非天然のコピー数が生じ得る。
【００４２】
対象領域は、任意の好適な技法を用いて選択することができるか、又は関連の知識に基づき選択され得る。一実施形態では、対象領域は、細胞遺伝学アッセイ（例えば、Speicher他著「The New Cytogenetics: Blurring the Boundaries with Molecular Biology」（Nature Reviews Genetics, 6:782-792（2004））（参照により本明細書に援用される）で開示されたもの）を用いて確定される。例えば、対象領域は、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）技法（例えばアレイベースの比較ゲノムハイブリダーゼーション（ａＣＧＨ））を用いて選択され得る。ＣＧＨの技法の非限定的な例は、米国特許出願第１０／７４４，５９５号（Bruhn他によって２００３年１２月２２日に出願、表題「Comparative Genomic Hybridization Assays using Immobilized Oligonucleotide Features and Compositions for Practicing the Same」、２００４年９月３０日に米国特許出願公開第２００４／０１９１８１３号として公開）；米国特許出願第１０／４４８，２９８号（Barrett他によって２００３年５月２８日に出願、表題「Comparative Genomic Hybridization Assays using Immobilized Oligonucleotide Targets with Initially Small Sample Sizes and Compositions for Practicing the Same」、２００４年１２月２日に米国特許出願公開第２００４／０２４１６５８号として公開）；並びに国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０４１０４７号（Bruhn他によって２００３年１２月２２日に出願、表題「Comparative Genomic Hybridization Assays using Immobilized Oligonucleotide Features and Compositions for Practicing the Same」、２００４年７月１５日に国際公開第ＷＯ２００４／０５８９４５号として公開）（それぞれが参照により本明細書に援用される）に開示されている。ＣＧＨ及びａＣＧＨのさらなる詳細は以下で述べられる。
【００４３】
言及されているように、オリゴヌクレオチド全体がゲノムの幾つかの部分と実質的に相補的である必要はない。したがって、オリゴヌクレオチドはさらに、他の配列を含有してもよい。例えば、オリゴヌクレオチドは、ＰＣＲプライマー配列、切断部位、反復配列、ジャンク配列若しくはランダム配列、制御配列（例えば、プロモータ配列、エンハンサー配列、及び（又は）ターミネータ配列）、オリゴヌクレオチドのＴｍ（融解温度）を制御するのに用いられる配列等を含有し得る。
【００４４】
一実施形態において、オリゴヌクレオチドは、プライマー配列（例えばＰＣＲプライマー配列）を含む。当業者にとって既知であるように、典型的にはプライマー配列は比較的短く、ＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）等の既に確立された技法を用いて、核酸配列の複製を「増幅」又は作製するのに用いることができる人工の配列であることが多い。プライマー配列の長さは、１５ヌクレオチド〜５０ヌクレオチド、及び典型的には１８ヌクレオチド〜２５ヌクレオチドであり得る。プライマー配列を有するオリゴヌクレオチドは、例えばその後のアッセイに用いるために増幅され得る（すなわち、同一のコピーのオリゴヌクレオチドを作製し得る）。当業者は、オリゴヌクレオチドに組み込むことができる好適なプライマー配列を既に認識している。
【００４５】
さらに別の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、特定の融解温度（Ｔｍ）又は融解温度範囲を有するように設計され得る。所定のオリゴヌクレオチドのＴｍは、例えばオリゴヌクレオチドの一次配列及び存在するヌクレオチドの数に基づいて、当業者によって予測又は算出することができる。このように、或る特定のヌクレオチド及び（又は）或る特定のヌクレオチド分布を有するようにオリゴヌクレオチドを設計することによって、或る特定の所定のＴｍを有するオリゴヌクレオチドを容易に設計することができる。
【００４６】
さらに別の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、「切断部位」、すなわち例えば制限エンドヌクレアーゼ、光又は或る特定の化学物質によって特異的に切断することができる核酸内の部位を含む。当業者は、制限エンドヌクレアーゼ、及び制限エンドヌクレアーゼによって認識される制限部位をよく理解している。典型的に、制限エンドヌクレアーゼに対する制限部位はパリンドロームである。制限部位は、オリゴヌクレオチド内の任意の好適な位置に位置し得る。例えば、制限部位は、オリゴヌクレオチドの一端に向かって位置し得る。或る特定の場合では、オリゴヌクレオチドは２つ以上の切断部位を含み得る。典型的に、切断部位の長さは、４ヌクレオチド、６ヌクレオチド、又は８ヌクレオチドであるが、他の長さも可能である。
【００４７】
言及されているように、１つ又は複数のこれらのフィーチャー（features）を有する２つ以上のオリゴヌクレオチドを設計してもよく、例えば第１のオリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドは、ゲノムの共通の領域（又はその一部分）又はゲノム内の異なる領域と結合してもよく、異なる一次配列を有してもよい。したがって、複数の同一ではないオリゴヌクレオチドが設計されてもよい。場合によっては、比較的大量の同一ではないオリゴヌクレオチドを設計してもよい。例えば、少なくとも５個、少なくとも１０個、少なくとも３０個、少なくとも５０個、少なくとも１００個、少なくとも５００個、少なくとも１０００個、少なくとも５０００個、少なくとも１００００個、少なくとも５００００個、又は少なくとも１０００００個の同一ではないオリゴヌクレオチドを設計してもよく、場合によってはそれぞれが、或る特定のフィーチャーを共通して、例えば１つ又は複数の制限部位を共通して有する。
【００４８】
幾つかの実施形態において、検出物質(detection entity)がオリゴヌクレオチドに対して固定される。検出物質は、ゲノムへのオリゴヌクレオチドの曝露前又は曝露後にオリゴヌクレオチドに固定され得る。本明細書で用いられるように、「検出物質」は、特定のサンプル中、又は特定の場所でその存在を示すことができる物質である。検出物質の１つの非限定的な例は蛍光成分である。本発明の検出物質は、裸眼のヒトの眼で識別可能なもの、単独では見ることができないが、量が十分であれば裸眼のヒトの眼で検出可能なもの、視覚的に（裸眼で又は蛍光顕微鏡若しくは電子顕微鏡等を含む顕微鏡によって）又は分光的に容易に検出することができるようなレベルで又は波長範囲内で電磁放射を吸収又は放出する物質等であり得る。非限定的な例としては、蛍光成分（リン光成分を含む）、放射性成分、電子密度成分、染料、化学発光物質、電気化学発光物質、酵素結合シグナル伝達成分等が挙げられる。場合によっては、検出物質自体は直接測定されないが、代わりに測定するための第２の物質（「シグナル伝達物質」）と相互作用する（例えば、検出物質を認識する一次抗体、及び一次抗体を認識する標識二次抗体）。したがって、例えばシグナル物質と検出物質とのカップリングによって、測定可能なシグナルが生成される。検出物質は、分離物質（例えば蛍光分子）としてオリゴヌクレオチドと共有結合し得るか、又は検出物質は、例えば共有結合的に又は挿入物質として、オリゴヌクレオチド内で検出可能なヌクレオチド配列等のように、核酸内に統合され得る。場合によっては、検出物質（又は少なくともその一部分）は、オリゴヌクレオチドの一次構造の一部を形成する。例えば、多くの異なる核酸標識プロトコルが当該技術分野で既知であり、標識オリゴヌクレオチド集団を産生するのに利用され得る。特定のプロトコルには、標識プライマー、標識ヌクレオチド、核酸類似体、様々な染料と結合することができる修飾ヌクレオチドの使用、１つ又は複数の増幅工程等が含まれ得る。
【００４９】
上記のように、多種多様の異なる検出物質（例えば蛍光物質、同位体物質、酵素物質、粒子物質等）が利用され得る。物質の任意の組合せ（例えば第１の物質と第２の物質、及び第１の物質と、第２の物質と、第３の物質）が様々な実施形態で利用され得る。区別可能な検出物質の例は当該技術分野で既知であり、２つ以上の様々な発光波長蛍光染料（例えばＣｙ３及びＣｙ５、又はＡｌｅｘａ５４２及びＢｏｄｉｐｙ６３０／６５０）；発光エネルギーが異なる２つ以上の同位体（例えば３２Ｐ及び３３Ｐ）；様々な処理条件（例えば温度、ｐＨ、付加的な化学物質による処理等）下でシグナルを発生する標識；並びに処理後の様々な時点でシグナルを発生する検出物質が挙げられる。シグナル発生に１つ又は複数の酵素を用いることによって、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ／ペルオキシダーゼ）の様々な基質特異性に基づき、さらに非常に多種多様な区別可能な検出物質を用いることが可能になる。
【００５０】
２つ以上のオリゴヌクレオチドを用いる場合、それぞれのオリゴヌクレオチドが同じ又は異なる種類の検出物質に対して固定され得る。例えば、第１のオリゴヌクレオチド（ゲノムの第１の領域と結合することができる）は、第１の検出物質に対して固定され得る一方で、第２のオリゴヌクレオチド（ゲノムの第１の領域と結合することができる）は、第２の検出物質（第１の検出物質と同じであっても異なっていてもよい）に対して固定され得る。複数のオリゴヌクレオチドに対して、それぞれのオリゴヌクレオチド配列と、それに対して固定される検出物質とを最適化することによって、非常に高い分解能のマッピングを得ることができる。例えば、ゲノム内の１００００００塩基未満の領域を区別可能に同定することができ、場合によっては、ゲノム内の１０００００塩基未満、１００００塩基未満、１０００塩基未満、５００塩基未満、３００塩基未満、１００塩基未満、又はさらに５０塩基未満の領域を区別可能に同定することができる。
【００５１】
例えばここで図１を参照して、オリゴヌクレオチド１１は、これに対して固定される第１の検出物質１３を有し得る一方で、オリゴヌクレオチド１２は、これに対して固定される第２の検出物質１４を有し得る。場合によっては、第１の検出物質１３及び第２の検出物質１４は区別することが不可能であり、したがって検出物質とゲノム部分２５との結び付きを求めることによって、ゲノム部分２５の領域２０を確定することができる。しかし他の場合では、第１の検出物質１３及び第２の検出物質１４を区別することができ、例えば第１の検出物質１３及び第２の検出物質１４は異なる蛍光発光波長を有し得る。本明細書では、第１の検出物質１３及び第２の検出物質１４の各位置を確定することによって、ゲノム部分２５の第１の部分２１を第２の部分２２と区別することができる。
【００５２】
オリゴヌクレオチドは、任意の好適な方法、例えば当業者に既知のデノボＤＮＡ合成技法（例えば固相ＤＮＡ合成技法、又は米国特許出願第１１／２３４，７０１号（２００５年９月２３日に出願、表題「Methods for In Situ Generation of Nucleic Acid Molecules」（参照により本明細書に援用される）に記載されるこれらの技法）を用いて調製され得る。例えば、複数のオリゴヌクレオチド分子（それぞれが独立して、その用途に応じて同じであっても異なっていてもよい）は、（例えばオリゴヌクレオチドの５’末端が基板表面から最も離れるように、オリゴヌクレオチドの３’末端から始まり）基板上で増大し得て、それから（オリゴヌクレオチドが例えばその３’末端付近に切断部位を含む場合に）幾つか又は全てのオリゴヌクレオチドが、例えば化学的に又は（オリゴヌクレオチドが、例えば３’末端付近で切断部位を含む場合）制限エンドヌクレアーゼ等の酵素を用いることによって基板から放出され得る。場合によっては、第１のオリゴヌクレオチド群に共通の第１の切断部位を認識することができる第１の酵素を用いて、第１のオリゴヌクレオチド群が基板から放出され得る一方で、第１のオリゴヌクレオチド群ではない第２のオリゴヌクレオチド群に共通の第２の切断部位を認識することができる第２の酵素を用いて、第２のオリゴヌクレオチド群が基板から放出され得る。したがって、別々の群のオリゴヌクレオチドを互いに独立して放出することができる。
【００５３】
幾つかの実施形態において、場合によってはゲノム配列及び（又は）対象領域に基づいて、合成前に例えばコンピュータによって、オリゴヌクレオチドを設計することができる。例えば、幾つかのゲノム部分又は対象領域内に存在する幾つかの部分と実質的に相補的な配列を含む複数のオリゴヌクレオチドが調製され得る。オリゴヌクレオチドは、その用途に応じて１つ又は複数のプライマー配列、切断部位等も含んでいてもよく、これらの配列のいずれかは、任意の好適な順番でオリゴヌクレオチド内に存在し得る。
【００５４】
場合によっては、前駆体オリゴヌクレオチド（上記のもののような）が、（例えば上記のように）基板上に合成され、それから前駆体オリゴヌクレオチドが基板から除去又は切断され、最終オリゴヌクレオチド（複数可）を産生する。例えば、前駆体オリゴヌクレオチドは、例えば制限エンドヌクレアーゼへの曝露、光、又は或る特定の化学物質（例えば塩基）によって好適な条件下で切断することができる、１つ又は複数の切断部位を含み得る。一組の実施形態では、前駆体オリゴヌクレオチドはアレイ上で調製され、それからアレイから前駆体オリゴヌクレオチドを切断することによって、最終オリゴヌクレオチドを産生する。
【００５５】
場合によっては、上記のもの以外の他のオリゴヌクレオチドが溶液中に存在していてもよい。例えば、この溶液は、上記のオリゴヌクレオチド分子の非ゼロ画分と、任意で上記のもの以外の特性及び特質を有するオリゴヌクレオチドの別の画分とを含有し得る。溶液中に存在する本発明のオリゴヌクレオチド分子の非ゼロ画分は、任意の好適な画分、例えば少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、又は少なくとも約９０％であり得る。
【００５６】
本発明の別の態様は概してキットに関する。本明細書で用いられるような「キット」は典型的に、本発明の組成物の１つ又は複数、及び（又は）本発明に関連する他の組成物、例えば上記のような１つ又は複数のオリゴヌクレオチドを包含するパッケージと定義される。キットのそれぞれの組成物は、液体形態（例えば溶液）又は固体形態（例えば乾燥粉末）で提供され得る。或る特定の場合では、幾つかの組成物は、例えば、好適な溶媒又は他の種（キットに提供されてもされなくてもよい）の添加によって構築又はそうでなければ（例えば活性形態に）加工することができる。他の組成物又は本発明に関する構成要素の例としては、例えば特定の用途への組成物又は構成要素の使用、修飾、集合化、保存、パッケージング、調製、混合、希釈、及び（又は）維持のための溶媒、界面活性剤、希釈剤、塩、緩衝液、乳化剤、キレート剤、充填剤、抗酸化剤、結合剤、増量剤、保存剤、乾燥剤、抗菌剤、ニードル、シリンジ、パッケージ材料、チューブ、ボトル、フラスコ、ビーカー、皿、フリット、フィルター、リング、クランプ、ラップ、パッチ、容器等が挙げられるが、これらに限定されない。
【００５７】
場合によっては、本発明のキットは、取扱説明書が本発明の組成物に関連すると当業者が認識するように、本発明の組成物に関して与えられる任意の形態の取扱説明書を含み得る。例えば、取扱説明書には、キットに関連する組成物及び（又は）他の組成物の使用、修飾、混合、希釈、維持、集合化、保存、パッケージング及び（又は）調製に関する取扱説明書が含まれ得る。場合によっては取扱説明書には、例えば特定の用途に対する取扱説明書も含まれ得る。取扱説明書は、このような取扱説明書を含有するのに好適な媒体として当業者が認識可能な任意の形態（例えば、任意の様式で提供される、文書（written or published）、口頭、音声（例えば電話）、デジタル、光学、視覚（例えばビデオテープ、ＤＶＤ等）又は電子通信（インターネット又はウェブベースの通信を含む））で提供され得る。
【００５８】
キットは、１つ又は複数の様々な試薬及び（又は）組成物をそれぞれ有する容器を含んでいてもよい。キットは、固定したオリゴヌクレオチド標的（例えば１つ又は複数の標的アレイ）と、ゲノム鋳型及び（又は）標識プローブ産生に利用される試薬（例えば高度に発達したポリメラーゼ、エキソヌクレアーゼ耐性プライマー、ランダムプライマー、緩衝液、適切なヌクレオチド三リン酸（例えばｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ）、ＤＮＡポリメラーゼ、標識試薬（例えば標識ヌクレオチド）等）との集合体を含んでいてもよい。キットは、本方法に従って区別可能に標識された核酸の２つ以上の集合体を作製する標識試薬、標的核酸アレイ、ハイブリダイゼーション溶液等をさらに含んでいてもよい。
【００５９】
以下の文献が参照により本明細書に援用される：米国特許出願第１０／４４８，２９８号（Barrett他によって２００３年５月２８日に出願、表題「Comparative Genomic Hybridization Assays using Immobilized Oligonucleotide Targets with Initially Small Sample Sizes and Compositions for Practicing the Same」、２００４年１２月２日に米国特許出願公開第２００４／０２４１６５８号として公開）；並びに国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０４１０４７号（Bruhn他によって２００３年１２月２２日に出願、表題「Comparative Genomic Hybridization Assays using Immobilized Oligonucleotide Features and Compositions for Practicing the Same」、２００４年７月１５日に国際公開第ＷＯ２００４／０５８９４５号（Ａ２）として公開）。Barrett他による「Competitive Oligonucleotides」と題された特許出願、及びBarrett他による「Validation of Comparative Genomic Hybridization」と題された特許出願（それぞれ本願と共に同日付で出願）も参照により本明細書に援用される。
【００６０】
特に定義されていなければ、本明細書で用いられる全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者に共通して理解されるものと同じ意味である。また、或る特定の用語は、参照を明確且つ簡単にするために以下で定義される。
【００６１】
本明細書で用いられるように、「確定すること(determining)」という用語は一般的に、例えば定量的若しくは定性的に或る種類を解析すること及び（又は）その種類の有無の検出を表す。「確定すること」は、例えば定量的若しくは定性的に及び（又は）相互作用の有無を検出することによる２つ以上の種類間の相互作用の解析も表し得る。
【００６２】
本明細書で用いられるような「サンプル」という用語は必ずというわけではないが典型的には、液体形態で１つ又は複数の対象の構成要素を含有する、材料又は材料混合物に関する。サンプルとしては、これらに限定されないが、生物から、又は環境（例えば細胞、組織、土壌サンプル、水サンプル等）から得られるサンプルが挙げられ、供給源（例えば生検又は腫瘍）から直接得てもよく、或いは例えば培養工程及び（又は）１つ又は複数の加工工程後に間接的に得てもよい。幾つかの実施形態では、サンプルは、例えば少なくとも約５０個の異なる分子、少なくとも約１００個の異なる分子、少なくとも約２００個の異なる分子、少なくとも約５００個の異なる分子、少なくとも約１０００個の異なる分子、少なくとも約５０００個の異なる分子、少なくとも約１００００個の分子等を含む分子の複合混合物である。
【００６３】
２つのもの（items）が互いに「結び付く(associated)」場合、これらは、１つのものがもう１つのものを参照する場合等に、１つのものがもう１つのものと関わり合いがあることが明らかであるような方法で与えられる。例えば、アレイ識別子は、アレイを保有するアレイ集合（例えば基板又はハウジング）上に、或いはアレイ集合を保有するパッケージ若しくはキットの上又は中に存在することによって、アレイと結び付くことができる。
【００６４】
「安定して(stably)結合した(attached)」又は「安定して(stably)結び付く(associated)」は、ものの位置が実質的に一定を維持することを意味する。
【００６５】
「接触（contacting）」は、一緒になること（bring or put together）を意味する。このように、例えば互いに触れさせることによって２つのものが一緒になる場合に、第１のものが第２のものと接触する。
【００６６】
「付着(depositing)」は、或るものを或る場所に配置する（置く）こと、そうでなければ或るものを或る場所にそのようにして配置させる又は置くことを意味する。付着は、１つのものをもう１つのものと接触させることを含む。付着は手動でも自動でもよく、例えば或るものの或る場所への「付着」は、自動ロボット装置で達成され得る。
【００６７】
「生体分子(biomolecule)」という用語は、対象の群又は種類の任意の有機分子若しくは生化学分子を意味する。生体分子は、基板表面上にアレイで形成され得る。生体分子の非限定的な例としては、ペプチド、タンパク質、アミノ酸、及び核酸が挙げられる。
【００６８】
「バイオポリマー」は、１つ又は複数の種類の反復単位を有するポリマーである。バイオポリマーは典型的に生体系で見出され、多糖類（例えば炭水化物）、ペプチド（この用語は、多糖に結合するか否かにかかわらず、ポリペプチド及びタンパク質を包含するように用いられる）、及びポリヌクレオチド、並びにこれらの類似体（例えばアミノ酸類似体若しくは非アミノ酸群、又はヌクレオチド類似体若しくは非ヌクレオチド群から構成されるか、或いはこれらを含有するこれらの化合物）を含む。このように、この用語は、従来の骨格を非自然発生的な又は合成骨格に置き換えたポリヌクレオチド、及び１つ又は複数の従来塩基をワトソンクリック型水素結合相互作用に関与することができる基（天然又は合成）に置き換えた核酸（又は合成若しくは天然類似体）を含む。ポリヌクレオチドは、一本鎖又は複数鎖の構造を含み、１つ又は複数の鎖がもう一方の鎖と完全にアラインしていてもしていなくてもよい。具体的に、「バイオポリマー」は、供給源にかかわらず、デオキシリボ核酸すなわちＤＮＡ（ｃＤＮＡを含む）、リボ核酸すなわちＲＮＡ、及びオリゴヌクレオチドを含む。「バイオモノマー」は、同じ又は他のバイオモノマーと連結して、バイオポリマー（例えば２つの連結基（その１つ又は両方が除去可能な保護基を有し得る）を有する単一のアミノ酸又はヌクレオチド）を形成することができる、単一の単位を表す。バイオモノマー流体又はバイオポリマー流体はそれぞれ、典型的に溶液中にバイオモノマー又はバイオポリマーを含有する液体を表す。
【００６９】
本明細書で用いられるような「ペプチド」という用語は、１つのアミノ酸のカルボキシル基と、もう１つのアミノ酸群のアミノ基との間のアミド形成によって生成される任意の化合物を表す。本明細書で用いられるような「オリゴペプチド」という用語は、約１０〜２０残基（すなわちアミノ酸のモノマー単位）未満のペプチドを表す。本明細書で用いられるような「ポリペプチド」という用語は、１０〜２０残基超のペプチドを表す。本明細書で用いられるような「タンパク質」という用語は、約５０残基超の特定配列のポリペプチドを表す。
【００７０】
本明細書で用いられるような「アミノ酸」という用語は、天然アミノ酸（アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、スレオニン、トリプトファン、チロシン、バリン）のＬ型、Ｄ型及び非キラル型だけでなく、変性アミノ酸、アミノ酸類似体、及び従来のオリゴペプチド合成で組み込まれ得る他の化合物（例えば、４−ニトロフェニルアラニン、イソグルタミン酸、イソグルタミン、ε−ニコチノイル−リシン、イソニペコチン酸、テトラヒドロイソキノレイン酸（tetrahydroisoquinoleic acid）、アルファ酸、サルコシン、シトルリン、システイン酸、ｔ−ブチルグリシン、ｔ−ブチルアラニン、フェニルグリシン、シクロヘキシルアラニン、β−アラニン、４−アミノ酪酸等）を含むように意図される。
【００７１】
本明細書で用いられるような「リガンド」という用語は、対象の化合物を共有結合又はそうでなければ化学結合することができる成分を表す。本方法で産生される固体支持リガンドのアレイは、スクリーニングプロセス又は分離プロセス等で用いて、サンプル中の対象の構成要素と結合することができる。本発明の文脈における「リガンド」という用語は、上記で定義したような「オリゴマー」であってもなくてもよい。しかし、本明細書で用いられるような「リガンド」という用語は、「予め合成されている」か又は市販されており、基板に結合する化合物も表し得る。
【００７２】
本明細書に用いられるような「モノマー」という用語は、１つ又は複数の他のこのような物質と共有結合し、ポリマーを形成することができる化学物質を表す。本願に対して特に対象となるのは、標準的な化学反応（例えば求核置換）による他の類似のモノマーとの結合に好適な第１の部位及び第２の部位（例えば５’部位及び３’部位）と、特定のモノマーを同じ種類の異なるモノマーと区別する多様な要素（例えばヌクレオチド塩基等）とを有するヌクレオチド「モノマー」である。当該技術分野では場合によって、この種類の核酸の合成には、完全な核酸を形成する多段階合成手順における構成単位（building-block）として一般的に用いられる初期基板結合モノマーが利用され得る。
【００７３】
「オリゴマー」という用語は、複数のモノマーを含有する化学物質を示すのに本明細書で用いられる。本明細書で用いられるような「オリゴマー」及び「ポリマー」という用語は、必ずというわけではないが一般的に、オリゴマーが、特にコンビナトリアル化学技法と共に本発明の官能化基板を用いて調製されるより小さい「ポリマー」であるために交換可能に用いられる。オリゴマー及びポリマーの例としては、デオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）、リボヌクレオチド（ＲＮＡ）、又はプリン塩基若しくはピリミジン塩基のＣ−グリコシドである他のポリヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。オリゴマーは、例えば約２〜５００個のモノマー、約１０〜５００個のモノマー、又は約５０〜２５０個のモノマーで定義され得る。
【００７４】
「ポリマー」という用語は、互いに共有結合した２つ以上のモノマー単位から構成される任意の化合物を意味し、ポリマーがホモポリマー又はヘテロポリマーになり得るようにモノマー単位は同じであっても異なっていてもよい。代表的なポリマーとしては、ペプチド、多糖類、核酸等が挙げられ、ポリマーは天然でも合成されてもよい。
【００７５】
本明細書で用いられるような「核酸」という用語は、ヌクレオチド（例えば、デオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド）、又は２つの天然核酸の場合と同様に配列特異的に天然核酸とハイブリダイズすることができる、例えばワトソン−クリック塩基対相互作用に関与し得る、合成された化合物（例えば米国特許第５，９４８，９０２号に記載されたようなＰＮＡ）から構成されるポリマーを意味する。本明細書で用いられるような「リボ核酸」及び「ＲＮＡ」という用語は、リボヌクレオチドを含むポリマーを表す。本明細書で用いられるような「デオキシリボ核酸」及び「ＤＮＡ」という用語は、デオキシリボヌクレオチドを含むポリマーを意味する。本発明で用いられるような「オリゴヌクレオチド」という用語は、約１０〜２００ヌクレオチド長及び最大約５００ヌクレオチド長の一本鎖ヌクレオチドマルチマーを示す。例えば、オリゴヌクレオチドの長さは、約６０ヌクレオチド超、約８０ヌクレオチド超、約１００ヌクレオチド超、約１２５ヌクレオチド超、又は約１５０ヌクレオチド超であり得る。
【００７６】
本明細書で用いられるような「標的核酸サンプル」又は「標的核酸」は、表示の量若しくは程度（例えばコピー数）又は配列同一性がアッセイされている配列を含む核酸を表す。同様に、「試験ゲノム核酸」又は「試験ゲノムサンプル」は、表示の量若しくは程度（例えばコピー数）又は配列同一性がアッセイされている配列を含むゲノム核酸を表す。
【００７７】
本明細書で用いられるような「参照（reference）核酸サンプル」又は「参照核酸」は、表示の量若しくは程度（例えばコピー数）又は配列同一性が既知である配列を含む核酸を表す。同様に、「参照ゲノム核酸」又は「参照ゲノムサンプル」は、表示の量若しくは程度（例えばコピー数）又は配列同一性が既知である配列を含むゲノム核酸を表す。「参照核酸サンプル」は独立して、「試験(test)核酸サンプル」に由来していてもよく、すなわち異なる生物又はサンプル生物の異なる細胞集団からサンプルを得ることができる。しかし、或る特定の実施形態では、参照核酸は、サンプルにおける表示の量若しくは同一性若しくは程度が知られていない１つ又は複数の配列を含むが、サンプルにおける表示の量若しくは同一性若しくは程度が既知である１つ又は複数の配列（参照配列）を含有する「試験核酸サンプル」に存在する。参照核酸は、サンプル中に天然で存在（例えばサンプルが得られた細胞に存在）し得るか、又はサンプルに添加若しくはスパイク（spiked）され得る。
【００７８】
「ヌクレオチド」は核酸のサブユニットを表し、リン酸基、５炭糖、窒素含有塩基、並びにポリマー形態で（ポリヌクレオチドとして）２つの天然ポリヌクレオチドの場合と同様に配列特異的に天然ポリヌクレオチドとハイブリダイズすることができるこのようなサブユニットの機能的類似体（合成又は天然のいずれでもよい）を有する。デオキシリボ核酸のヌクレオチドサブユニットはデオキシリボヌクレオチドであり、リボ核酸のヌクレオチドサブユニットはリボヌクレオチドである。
【００７９】
「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語は、既知のプリン塩基部分及びピリミジン塩基成分だけでなく、修飾された他の複素環塩基成分も含有する成分を含むように意図される。このような修飾体には、メチル化されたプリン若しくはピリミジン、アシル化されたプリン若しくはピリミジン、又は他の複素環が含まれる。さらに、「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語は、従来のリボース糖及びデオキシリボース糖だけでなく、他の糖も含有する成分を含む。また、修飾ヌクレオシド又は修飾ヌクレオチドは糖成分に修飾を含み、例えば１つ又は複数のヒドロキシル基が、ハロゲン原子又は脂肪族基に置き換えられるか、又はエーテル若しくはアミン等として官能化される。概して本明細書で用いられる場合、「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」という用語は交換可能に用いられる。さらに、「核酸」又は「核酸分子」という用語は概して、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドも包含する。
【００８０】
核酸又はプローブが染色体に「対応する(corresponding to)」場合、通常、ポリヌクレオチドはこの染色体に特有の一連の核酸配列を含有する。したがって、通常、特定の染色体に対応するポリヌクレオチドは、他の染色体から構築された標識核酸に対して、この染色体から構築された標識核酸と特異的にハイブリダイズする。アレイ要素は、通常ポリヌクレオチドを含有するので染色体にも対応し得る。
【００８１】
「非細胞染色体組成物(composition)」は、所定の量の個々の染色体を混合することによって合成された染色体組成物である。これらの合成組成物は、細胞（組織培養液で増殖した任意の細胞を含む）では自然発生しない染色体を選択された濃度及び比で含み得る。非細胞染色体組成物は、細胞由来の全ての染色体組より多く含有することができ、このように、この細胞由来の１つ又は複数の染色体のさらなるコピーを含み得る。非細胞染色体組生物は、細胞由来の全ての染色体組より少なく含有してもよい。
【００８２】
当業者にとって既知の「ハイブリダイズする」又は「ハイブリダイゼーション」という用語は、好適な条件（例えばストリンジェントな条件）下で、核酸分子と特定のヌクレオチド配列とを結合すること又は二本鎖にすることを表す。本明細書で用いられるような「ストリンジェントな条件」（又は「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」）という用語は、このアッセイにおいて所望のレベルの特異性が与えられるのに十分な相補性を有する核酸（例えば表面結合核酸及び溶液相核酸）の結合対を産生するように適合可能であるが、所望の特異性が与えられるのには不十分な相補性を有する結合成員間の結合対を形成するように適合することが難しい条件を表す。ストリンジェントな条件は、ハイブリダイゼーション条件及び洗浄条件の両方の総和又は組合せ（総計）である。
【００８３】
ストリンジェントな条件（例えば、アレイ、サザン若しくはノーザン・ブロッティング又はハイブリダイゼーション）は配列依存的である場合があり、様々な実験パラメータに応じて異なることが多い。核酸とハイブリダイズするのに用いることができるストリンジェントな条件は、例えば４２℃の、５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（塩、クエン酸ナトリウム）、及び１％ＳＤＳを含む緩衝液中でのハイブリダイゼーション、又は６５℃の、５×ＳＳＣ及び１％ＳＤＳを含む緩衝液中でのハイブリダイゼーション（両方とも６５℃で０．２×ＳＳＣ及び０．１％ＳＤＳの洗浄を有する）を含む。ストリンジェントな条件の他の例は、３７℃の、４０％ホルムアミド、１ＭのＮａＣｌ、及び１％ＳＤＳの緩衝液中でのハイブリダイゼーションと、４５℃の１×ＳＳＣ中の洗浄とを含む。別の例では、６５℃の、０．５ＭのＮａＨＰＯ４、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、１ｍＭのＥＤＴＡ中のフィルター結合ＤＮＡとのハイブリダイゼーション、６８℃の０．１×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ中の洗浄を利用することができる。ストリンジェントな条件のまたさらなる例としては、６０℃以上の３×ＳＳＣ（４５０ｍＭの塩化ナトリウム／４５ｍＭのクエン酸ナトリウム）中でのハイブリダイゼーション、又は４２℃の、３０％ホルムアミド、１ＭのＮａＣｌ、０．５％ラウリルサルコシンナトリウム、５０ｍＭのＭＥＳ（ｐＨ６．５）を含有する溶液中でのインキュベーションが挙げられる。当業者は、代替的ではあるが、同程度のハイブリダイゼーション条件及び洗浄条件を、同様のストリンジェントな条件を与えるのに利用することができることを容易に認識する。
【００８４】
或る特定の実施形態において、ストリンジェントな洗浄条件は、（例えば核酸が核酸プローブとハイブリダイズしていた場合に）核酸が別の核酸と特異的にハイブリダイズするか否かを確定する条件を示す。核酸を同定するのに用いられる洗浄条件は、例えばｐＨ７での約０．０２モルの塩濃度及び少なくとも約５０℃若しくは約５５℃〜約６０℃の温度；又は約１５分間、７２℃での約０．１５ＭのＮａＣｌの塩濃度；又は約１５〜約２０分間、少なくとも約５０℃若しくは約５５℃〜約６０℃の温度での約０．２×ＳＳＣの塩濃度；又はハイブリダイゼーション複合体を、１５分間、室温で０．１％ＳＤＳを含有する塩濃度が約２×ＳＳＣの溶液で２回洗浄し、それから１５分間、６８℃で０．１％ＳＤＳを含有する０．１×ＳＳＣで２回洗浄する；又は同等条件を含み得る。洗浄のストリンジェントな条件は、例えば４２℃の０．２×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳでもあり得る。
【００８５】
ストリンジェントなアッセイ条件の具体例は、６５℃の全体の一価カチオン濃度が１．５Ｍの塩ベースのハイブリダイゼーション緩衝液中の回転ハイブリダイゼーション（rotating hybridization）（例えば、２０００年９月５日に出願された米国特許出願第０９／６５５，４８２号（この開示は参照により本明細書に援用される）で記載されるような）、その後の室温での０．５×ＳＳＣ及び０．１×ＳＳＣの洗浄である。
【００８６】
ストリンジェントなアッセイ条件は、上記の代表的な条件と少なくとも同程度ストリンジェントであるハイブリダイゼーション条件であり、所望の特異性を提供するのに十分な相補性を欠く結合複合体が、上記の具体的な条件に比べて、所定の条件組では実質的にほとんど産生されない場合に、この所定の条件組は少なくとも同程度ストリンジェントであると考えられ、「実質的にほとんど〜ない（substantially no more）」とは、約５倍未満（less than 5-fold more）、典型的には約３倍未満（less than 3-fold more）を意味する。他のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件が当該技術分野で知られており、必要に応じて利用してもよい。これまでに記載されたような「高ストリンジェントな条件」又は「高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」という用語は概して、相補的な結合成員間、すなわち固定プローブと、相補的なサンプル核酸との間で複合体を産生するように適合可能ではあるが、非相補的な核酸間では実質的にほとんど複合体が形成されない（例えば、アレイ上のフィーチャー間領域及び（又は）対照領域へのバックグラウンドシグナルに対して正規化することによって、複合体形成を全く検出することができない）条件を表す。
【００８７】
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、反復配列を抑えるための、水相核酸と複雑性が低減した核酸との「プレハイブリダイゼーション」も含み得る。例えば、或る特定のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、表面結合ポリヌクレオチドとの任意のハイブリダイゼーション前のＣｏｔ−１  ＤＮＡ等によるハイブリダイゼーションを含む。
【００８８】
さらなるハイブリダイゼーション方法は、ＣＧＨ技法を説明する参照文献（Kallioniemi他、Science, 258:818-821, 1992及び国際特許公開第ＷＯ９３／１８１８６号）に記載されている。例えばTijssen著「Hybridization with Nucleic Acid Probes」, Parts I and II（Elsevier, Amsterdam 1993）等の一般的技法に対する幾つかの指針が利用可能である。ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションに好適な技法の記載に関しては、例えばGall他、Meth. Enzymol. 1981 ;21 :470-480及びAngerer他著「In Genetic Engineering: Principles and Methods」, Setlow and Hollaender, Eds. Vol 7, pgs 43-65（Plenum Press, New York 1985）を参照されたい。米国特許第６，３３５，１６７号、同第６，１９７，５０１号、同第５，８３０，６４５号、及び同第５，６６５，５４９号（これらの開示は参照により本明細書に援用される）も参照されたい。
【００８９】
「固体支持体(solid support)の表面に結合した核酸分子」、「固体支持体に結合した(bound to)プローブ」、「表面に対して固定した(immobilized)プローブ」、「固体支持体に結合した標的」、又は「固体支持体に結合したポリヌクレオチド」（及び類似の用語）という語句は概して、固体基板の表面上に固体される核酸分子（例えばオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチド）又はその模倣体（例えば、少なくとも１つのＰＮＡ、ＵＮＡ、及び(又は)ＬＮＡモノマーを含む）を表し、個の基板は、多種多様の構造（例えばこれらに限定されないが、平面基板、非平面基板、シート、ビーズ、粒子、小片、ウエハー、ウェブ、ファイバー、チューブ、キャピラリ、微小流体チャネル、リザーバ又は他の構造を有し得る。固体支持体は、多孔性でも非多孔性であってもよい。或る特定の実施形態では、少なくとも約２つの核酸分子を含み得る核酸分子の集合体が、例えばアレイ形態で同じ支持体の表面上に存在する。２つ以上の核酸分子が同一であっても、異なるヌクレオチド塩基組成物を含んでいてもよい。
【００９０】
本発明の或る特定の実施形態は、アレイ（例えば核酸アレイ）を含む。「アレイ」は、この領域と結び付く特定の化学成分（複数可）（リガンド等（例えば、ポリヌクレオチド配列又はオリゴヌクレオチド配列（核酸）、ポリペプチド（例えばタンパク質）、炭水化物、脂質等のバイオポリマー））を保有するアドレス可能な領域の任意の一次元、二次元又は実質的な二次元（並びに三次元）配置を含む。これに関連して「フィーチャー(feature)」という用語は本明細書では、「フィーチャー（features）」、「フィーチャー要素」、「スポット」、「アドレス可能な領域」、「様々な成分の領域」、「表面又は基板に固定された要素」及び「アレイ要素」という用語と交換可能に用いられ、それぞれのフィーチャーは固体支持体の表面に結合するオリゴヌクレオチドから構成され、また基板に固定された核酸とも称される。「固定された」とは、成分（複数可）がアレイを用いる条件（例えばハイブリダイゼーション条件及び洗浄条件）下で領域と分かれないように、安定してこの領域中の基板表面と結び付くことを意味する。当該技術分野で既知のように、成分（複数可）は、領域中の表面と共有結合しても非共有結合してもよい。例えば、基板が多孔性である場合、それぞれの領域は三次元で広がり得るが、基板が非多孔性である場合には実質的に三次元寸法（厚さ）を有しない。核酸アレイは当該技術分野で既知であり、本明細書で記載されるような本発明のアレイになるように修飾され得る代表的なアレイとしては、米国特許第６，６５６，７４０号、同第６，６１３，８９３号、同第６，５９９，６９３号、同第６，５８９，７３９号、同第６，５８７，５７９号、同第６，４２０，１８０号、同第６，３８７，６３６号、同第６，３０９，８７５号、同第６，２３２，０７２号、同第６，２２１，６５３号、同第６，１８０，３５１及び本明細書で言及された参照文献で記載されるものが挙げられる。
【００９１】
最も広い意味で、多くの実施形態のアレイはポリマー結合剤のアレイであり、このポリマー結合剤は、ポリペプチド、タンパク質、核酸、多糖類、このようなバイオポリマー結合剤の合成模倣体等の任意の１つ又は複数であり得る。対象の多くの実施形態では、アレイは、核酸（例えばオリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、その合成模倣体等）のアレイである。アレイが核酸のアレイである場合、核酸は、核酸鎖に沿った任意の点でアレイと共有結合し得るが、一般的にはその一端（例えば３’末端又は５’末端）で結合する。場合によっては、アレイは、ポリペプチド（例えばタンパク質又はその断片）のアレイである。
【００９２】
アレイは、任意の従来の手段（例えば市販の供給源からこれらを得ること）によって、又はこれらをデノボ合成することによって提供され得る。一実施形態でアレイを合成するための第１の工程は一般的に、産生される核酸混合物の性質を確定することである。例えば、差次的遺伝子発現用途における参照又は対照として核酸混合物を利用するこれらの実施形態では、本明細書でより詳細に記載されるように、第１の工程は、実施される特定のプロトコルでアッセイされるこれらの遺伝子を同定することである。これらの遺伝子の同定の後に、プローブ核酸がハイブリダイズするそれぞれの核酸産物の特定領域、すなわちストレッチ又はドメインを同定することができる。任意の好都合な方法を利用して、表面に固定された核酸の配列（例えばプローブ設計アルゴリズム（米国特許第６，２５１，５８８号及び米国特許公開第２００４／０１０１８４６号、同第２００４／０１０１８４５号、同第２００４／００８６８８０号、同第２００４／０００９４８４号、同第２００４／０００２０７０号、同第２００３／０１６２１８３号、及び同第２００３／００５４３４６号（これらの開示は参照により本明細書に援用される）に記載されたこれらのアルゴリズムを含む（が、これらに限定されない））を確定することができる。上記のようなプローブ配列の同定の後に、同定されたプローブ配列組の幾つか又は全てが存在するアレイが産生され得る。
【００９３】
アレイは、核酸、特にオリゴヌクレオチド又はその合成模倣体（すなわち上記で定義されたオリゴクレオチド）等も保有し得る。アレイが核酸のアレイである場合、核酸は、核酸鎖に沿った任意の点（複数可）でアレイに吸着、物理吸着、化学吸着又は共有結合し得る。
【００９４】
鋳型アレイの異なる可変ドメインのそれぞれが複数で表される、いわゆる鋳型アレイ上に存在するフィーチャーそれぞれに関して、このフィーチャーに対応する少なくとも１つの核酸が複数で存在する場合、本明細書に記載される方法によって、複数の核酸が産生され得る。例えば、核酸の長さは、約２０ヌクレオチド〜約５００ヌクレオチド又はそれ以上（例えば約６０ヌクレオチド〜約１００ヌクレオチドを含む、約５０ヌクレオチド〜約２００ヌクレオチド）であり得る。幾つかの実施形態で産生される複数の核酸は、既知の組成物を有することを特徴とし得る。既知の組成物とは、複数の核酸が産生される方法のために、複数の核酸産物における異なる核酸それぞれの配列を高い信頼度で予測することができることを意味する。したがって、非忠実度（infidelities）がないとすれば、複数の核酸産物におけるそれぞれの個々の又は異なる核酸の配列が既知である。多くの実施形態では、複数の核酸産物における異なる配列の異なる核酸のそれぞれの相対量又はコピー数が既知である。
【００９５】
複数の核酸産物が混合物であるこれらの実施形態に関して、混合物という用語は、互いに配列が異なる複数の様々な核酸の異種組成物を表す。したがって、本方法によって産生される混合物は、互いに化学結合せず、例えば相補的に表面に固定された核酸のアレイを用いることによって分離することができるが、実際は分離していない２つ以上の核酸組成物として表され得る。
【００９６】
「ＣＧＨ」アレイ又は「ａＣＧＨ」アレイは、コピー数の相対的差異に関してＤＮＡサンプルを比較するのに用いることができるアレイを表す。これより、これらをより詳細に記載する。概して、ａＣＧＨアレイは、核酸サンプルでゲノムをスキャンすることが望ましい任意のアッセイで用いることができる。例えば、ａＣＧＨアレイは、米国特許第６，４１０，２４３号（その全体が本明細書に援用される）で記載されるような配置解析で用いることができ、したがって「配置解析アレイ」又は「ＣｈＩＰ−チップ解析用アレイ」と称することもできる。或る特定の態様では、ＣＧＨアレイは、生物ゲノムをスクリーニング又はスキャンするプローブを提供し、複数のゲノム領域由来のプローブを含む。
【００９７】
本発明でアレイを用いる際に、或る特定の実施形態では、アレイをサンプル（例えば蛍光標識された標的核酸分子）に曝露することによって、アレイが読み取られる。例えばアレイ表面上の任意の結合複合体を検出するために、アレイに光を当て、アレイの様々な場所で（例えばそれぞれのスポット又は要素で）得られた蛍光の場所及び強度を読み取ることによって、アレイの読み取りが達成され得る。例えば、Agilent Technologies, Palo Alto, CA製のアジレント・マイクロアレイ・スキャナーのようなスキャナーがこの目的に用いられ得る。他の好適な装置及び方法が、米国特許第６，７５６，２０２号又は同第６，４０６，８４９号（それぞれ参照により本明細書に援用される）に記載される。  
【００９８】
ａＣＧＨアレイを用いる「ＣＧＨアッセイ」は一般的に、以下のように行うことができる。一実施形態では、ａＣＧＨアレイと接触した核酸集団は、少なくとも２組の核酸集団（異なるサンプル供給源に由来し得る）を含む。例えば、一態様では、アレイと接触した標的集団は、参照サンプル及び試験サンプル由来の一組の標的分子を含む。一態様では、参照サンプルは、遺伝子型及び（又は）表現型が既知の生物由来である一方で、試験サンプルは、遺伝子型及び（又は）表現型が未知であるか、又は遺伝子型及び（又は）表現型が既知であり、参照サンプルとは異なる。例えば、一態様では、参照サンプルは健常な患者由来である一方で、試験サンプルは癌の疑いがあるか、又は癌であることが既知である患者由来である。
【００９９】
一実施形態において、所定のアッセイにおいてアレイと接触した標的集団は、（例えば、スペクトル的に区別可能な標識によって）別々に標識される、少なくとも２組の標的集団を含む。「別々に標識される」とは、核酸を互いに同時に区別することができるように、核酸が互いに異なって標識されることを意味する。一態様では、標的集団の対照標的分子は、２つの組（例えば参照標的分子を標識するのに用いられる第１の標識に対応する第１の標識で標識された第１の組、及び試験標的分子を標的するのに用いられる第２の標識に対応する第２の標識で標識された第２の組）としても与えられる。
【０１００】
一組の実施形態では、集団の対照標的分子は、標的集団で示される遺伝子の１倍体量に匹敵するレベルで存在する。他の実施形態では、対照標的分子は、遺伝子の２倍体量に匹敵するレベルで存在する。さらに別の実施形態では、対照標的分子は、標的集団で示される遺伝子の１倍体量又は２倍体量とは異なるレベルで存在する。第１の標識対第２の標識で標識された、形成された複合体の相対的比率を用いて、２つのサンプルで見出された標的の相対的コピー数を評価することができる。
【０１０１】
或る特定の実施形態において、核酸の試験集団及び参照集団は、分かれているが、同一の（例えば同一のプローブ分子を有する）アレイに別々に適用してもよく、それぞれのアレイ由来のシグナルを比較して、試験集団及び参照集団における核酸の相対的コピー数を確定することができる。
【０１０２】
アレイは、上記以外の任意の他の方法又は装置によって、（例えば化学発光標識又はエレクトロルミネセンス標識を検出する）他の光学的技法又は（それぞれのフィーチャーに電極が与えられ、例えば米国特許第６，２２１，５８３号等で開示されるような方法でこのフィーチャーでハイブリダイゼーションを検出する）電気的技法を含む、他の読み取り方法で、読み取られてもよい。読み取りの結果は、未加工の結果（例えば１つ又は複数のカラーチャネルにおけるそれぞれのフィーチャーに対する蛍光強度の読み取り）であり得るか、又は所定の閾値未満のフィーチャーに対する読み取りを排除すること、及び（又は）アレイから読み取られるパターンに基づき結論を導くことによって得られるような加工済みの結果であり得る（例えば、特定の標的配列がサンプル又はサンプルが得られた生物に存在し得るか否かが特定の状態を示す）。
【０１０３】
本明細書で用いられるような「基板」という用語は、マーカー分子又はプローブ（例えばアレイ）が結合し得る表面を表す。スライドガラスは、バイオチップで最も一般的な基板であるが、ヒューズドシリカ、シリコン、プラスチック及び他の材料も好適である。
【０１０４】
基板は本質的に任意の形状で形成されてもよい。一組の実施形態では、基板は、少なくとも片面が実質的に平坦である。しかし、他の実施形態では、基板は、凹み、突起、段部、隆起、又は張り出し等も含み得る。基板は、用途に応じて任意の好適な材料から形成され得る。例えば、基板はシリコンベースチップ又はスライドガラスであり得る。本発明のアレイに好適な他の基板材料としては、ガラス、セラミック、プラスチック、金属、合金、カーボン、アガロース、シリカ、石英、セルロース、ポリアクリルアミド、ポリアミド、ポリイミド、ゼラチン、及び他のポリマー支持体又は他の固体材料支持体が挙げられるが、これらに限定されない。基板で用いられ得るポリマーとしては、ポリスチレン、ポリ（テトラ）フルオロエチレン（ＰＴＦＥ）、ポリビニリデンジフルオリド、ポリカーボネート、ポリメチルメタクリレート、ポリビニルエチレン、ポリエチレンイミン、ポリオキシメチレン（ＰＯＭ）、ポリビニルフェノール、ポリラクチド、ポリメタクリルイミド（ＰＭＩ）、ポリアルケンスルホン（ＰＡＳ）、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリヒドロキシエチルメタクリレート（ＨＥＭＡ）、ポリジメチルシロキサン、ポリアクリルアミド、ポリイミド、様々なブロック共重合体等が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１０５】
任意の所定の基板は、その表面上に任意の数のオリゴヌクレオチドを保有し得る。場合によっては、１つ、２つ、３つ、又は４つ以上のアレイが基板表面上に配置され得る。用途に応じて、任意又は全てのアレイは互いに同じであっても異なっていてもよく、それぞれが複数のスポット又は要素又はフィーチャーを含有し得る。典型的なアレイは、２０平方ｃｍ未満又はさらに１０平方ｃｍ未満の領域で１０個超、１００個超、１０００個超、１００００個超のフィーチャー、又はさらには１０００００個超のフィーチャーを含有し得る。例えば、フィーチャーの幅（いわゆる円形のスポットの直径）は、１０μｍ〜１．０ｃｍの範囲であり得る。他の実施形態では、それぞれのフィーチャーの幅は、１．０μｍ〜１．０ｍｍ、５．０μｍ〜５００μｍ、１０μｍ〜２００μｍ等であり得る。非円形のフィーチャーの面積は、上記の幅（直径）範囲の円形フィーチャーのものと同程度の範囲であり得る。このフィーチャーの少なくとも幾つか又は全てが異なる組成物を有する（例えば、それぞれのフィーチャー組成物の任意の反復が除外される場合、残りのフィーチャーは、フィーチャーの総数の少なくとも５％、１０％、又は２０％を占め得る）。幾つかの実施形態では、全くオリゴヌクレオチド（又は他のバイオポリマー又はフィーチャーを構成する種類の化学成分）を保有しないフィーチャー間領域が存在し得る。アレイが試薬の液滴を伴うプロセスによって形成される場合には、このようなフィーチャー間領域が存在し得るが、例えば光指向性合成の製造プロセスが用いられる場合には存在し得ない。存在する場合、フィーチャー間領域が様々なサイズ及び配置をとることができることが理解される。
【０１０６】
基板は、その上に場所（又は要素）のパターン（例えば行列）を有し得るか、又はパターン化されていないか、又はランダムパターンを含み得る。要素はそれぞれ独立して同じであっても異なっていてもよい。例えば、或る特定の場合に、要素の少なくとも約２５％が実質的に同一である（例えば、同じ配列組成物及び長さを含む）。他の或る特定の場合では、要素の少なくとも５０％が実質的に同一であるか、又は要素の少なくとも約７５％が実質的に同一である。或る特定の場合では、要素の幾つか又は全てが、完全に又は少なくとも実質的に同一である。例えば、核酸が固体基板の表面上に固定される場合、オリゴヌクレオチドの少なくとも約２５％、少なくとも約５０％、又は少なくとも約７５％が同じ長さを有し、場合によっては実質的に同一であり得る。
【０１０７】
「アレイレイアウト」又は「アレイの特性」は、アレイの１つ又は複数の物理的、化学的、又は生物学的な特性（例えば、アレイ内及び基板上の幾つか又は全てのフィーチャーの位置付け、スポット又は要素の１つ又は複数の寸法、或いは所定の場所での成分の同一性又は機能の幾つかの指標（例えば化学的又は生物学的）、或いはアレイをどのように取り扱う必要があるか（例えば、アレイがサンプルに曝露される条件、又はアレイの読み取り詳細、又はサンプル曝露後の制御））を表す。
【０１０８】
それぞれのアレイは、１００平方ｃｍ未満、又はさらに５０平方ｃｍ未満、１０平方ｃｍ、１平方ｃｍ、０．５平方ｃｍ、又は０．１平方ｃｍの面積をカバーし得る。或る特定の実施形態では、１つ又は複数のアレイを保有する基板は、長さが４ｍｍ超及び１ｍ未満、一般的には４ｍｍ超及び６００ｍｍ未満、より一般的には４００ｍｍ未満であり、幅が４ｍｍ超及び１ｍ未満、一般的には５００ｍｍ未満、より一般的には４００ｍｍ未満であり、厚さが０．０１ｍｍ超及び５．０ｍｍ未満、一般的には０．１ｍｍ超及び２ｍｍ未満、より一般的には０．２ｍｍ超及び１ｍｍ未満である、長方形固体として成形される（しかし、他の形状が可能である）。場合によっては、アレイの長さは４ｍｍ超及び１５０ｍｍ未満、一般的には４ｍｍ超及び８０ｍｍ未満、より一般的には２０ｍｍ未満であり、幅は４ｍｍ超及び１５０ｍｍ未満、一般的には８０ｍｍ未満及びより一般的には２０ｍｍ未満であり、厚さは０．０１ｍｍ超及び５．０ｍｍ未満、一般的には０．１ｍｍ超及び２ｍｍ未満及びより一般的には０．２ｍｍ超及び１．５ｍｍ未満（例えば、約０．８ｍｍ超及び約１．２ｍｍ未満）である。蛍光を検出することによって読み取られるアレイの場合、基板は、励起光による照射時に低い蛍光を発する材料から成り得る。さらにこの状況では、基板は、集束レーザビームが領域を通過するのが遅すぎる場合に、照射される入射レーザ光の吸収及びその後の加熱を低減するように比較的透明であり得る。例えば、基板は、このような照射光の全集積スペクトルで又は代替的に５３２ｎｍ又は６３３ｎｍで測定され得るので、前面上に照射される入射光の少なくとも２０％、又は５０％（又はさらに少なくとも７０％、９０％、若しくは９５％）を透過させ得る。場合によっては、蛍光を検出することによって読み取られるアレイの場合、基板は、励起光による照射時に低い蛍光を発する材料から成り得る。さらに場合によっては、基板は、集束レーザビームが領域を通過するのが遅すぎる場合に、照射される入射レーザ光の吸収及びその後の加熱を低減するように比較的透明であり得る。例えば、基板は、このような照射光の全集積スペクトルで又は代替的に５３２ｎｍ又は６３３ｎｍで測定され得るので、その上に照射される入射光の少なくとも２０％、又は５０％（又はさらに少なくとも７０％、９０％、若しくは９５％）を透過させ得る。
【０１０９】
特に対象とする或る特定の実施形態において、ｉｎ  ｓｉｔｕ調製アレイが利用される。ｉｎ  ｓｉｔｕ調製オリゴヌクレオチドアレイ（例えば核酸アレイ）は、フィーチャーとフィーチャー間領域との間で有意に異なる基板表面性質を有するという特徴があり得る。具体的に、このようなアレイは高表面エネルギー、親水性フィーチャー及び疎水性で低い表面エネルギーの疎水性フィーチャー間領域を有し得る。基板の所定の領域（例えばフィーチャー又はフィーチャー間領域）の表面エネルギーが高いか又は低いかは、当該技術分野で既知のように、水との「接触角」領域を求めることによって容易に確定することができ、さらに同時係属中の米国特許出願第１０／４４９，８３８号（この開示は参照により本明細書に援用される）に記載される。本発明の或る特定の実施形態における特に対象とするこのようなアレイフォーマットを作製するｉｎ  ｓｉｔｕ調製アレイの他のフィーチャーとしては、フィーチャー密度、それぞれのフィーチャー内のオリゴヌクレオチド密度、フィーチャーの均一性、低いフィーチャー内バックグラウンド、例えば、疎水性のフィーチャー間領域による低いフィーチャー間バックグラウンド、個々のフィーチャーを構成するオリゴヌクレオチド要素の忠実度、アレイ／フィーチャーの再現性等が挙げられるが、これらに限定されない。ｉｎ  ｓｉｔｕ産生アレイの上記利点は、適切な感度を維持する一方で、高度に複雑なサンプルを適合させるのに要求されるストリンジェントな条件下で操作するのを助ける。
【０１１０】
或る特定の実施形態において、核酸配列は、アレイ表面上の核酸分子（例えば基板表面上のスポット又は要素）の複数のコピーの組成物として存在し得る。スポットはパターンとして存在し、このパターンは、基板表面にわたる系統的な行列のスポット（例えば、格子状のスポット）、基板表面にわたる一連の曲線列（例えば、一連の同心円状又は半円状のスポット）等の形態であり得る。アレイ表面上に存在するスポットの密度は、例えば少なくとも約１０スポット／平方ｃｍ、少なくとも約１００スポット／平方ｃｍ、少なくとも約１０００スポット／平方ｃｍ、又は少なくとも約１００００スポット／平方ｃｍと様々であり得る。しかし、他の実施形態では、要素は、異なるスポット形態に配置されないが、１つの要素ともう１つの要素とを分ける間隔が実質的に存在しないように、表面上に位置し得る。
【０１１１】
或る特定の態様において、アレイを構築する際に、コードゲノム領域及び非コードゲノム領域の両方がプローブとして含まれる。この場合、「コード領域」とは、ｍＲＮＡ産物に転写され、そこからタンパク産物に翻訳される１つ又は複数のエキソンを含む領域を表す一方で、「非コード領域」とは、エキソン領域の外側にある任意の配列を意味し、このような領域は、調節配列（例えば、プロモータ、エンハンサー、非翻訳であるが、転写される領域、イントロン、複製起点、テロメア等）を含み得る。或る特定の実施形態では、或る配列は、非コード領域に関するオリゴヌクレオチドを少なくとも幾つか有し、他の配列はコード領域に関するオリゴヌクレオチドを有し得る。或る特定の実施形態では、或る配列は、全て非コード配列に関するオリゴヌクレオチドを有することができ、このような配列は任意で全て非転写配列（例えば転写領域の外側にあるプロモータ及び（又は）エンハンサー等の調節配列を含む遺伝子間領域）であってもよい。
【０１１２】
或る特定の態様において、アレイは、１つの種類のゲノムスキャン用途に比べて、もう１つの種類のゲノムスキャン用途に最適化してもよく、例えば配置解析用途におけるコード領域に比べて、遺伝子間領域に対してアレイを濃縮することができる。幾つかの実施形態では、固体支持体上のポリヌクレオチドプローブの少なくとも５％が、対象サンプルの調節領域とハイブリダイズする一方で、他の実施形態は、固体支持体上のポリヌクレオチドプローブの少なくとも３０％を対象サンプルのエキソン領域とハイブリダイズさせ得る。さらに他の実施形態では、固体支持体上のポリヌクレオチドプローブの少なくとも５０％が、対象のヌクレオチドサンプルの遺伝子間領域（例えば、イントロン及び非翻訳領域を排除する、すなわち非転写配列を含む、非コード領域）とハイブリダイズする。
【０１１３】
或る特定の態様において、アレイ上のオリゴヌクレオチドプローブは、ゲノム配列（例えばコード及び非コードの両方）のランダム選択を示す。しかし、他の態様では、ゲノムの特定領域（例えば対象の特定経路に属するか、又は発現及び（又は）コピー数が特定の対象生理学的応答（例えば、癌等の疾患、薬剤耐性、毒性応答（toxological responses））に関与する遺伝子であるＣｐＧ島等）がアレイ上の表示のために選択される。或る特定の態様では、特定の遺伝子が対象として同定される場合、これらの遺伝子の近位にある遺伝子間領域が、任意でこの遺伝子に対応するコード配列の全て又は幾つかの部分と共にアレイ上に含まれる。一態様では、転写開始部位の上流にあるゲノムＤＮＡの少なくとも約１００ｂｐ、５００ｂｐ、１０００ｂｐ、５０００ｂｐ、１００００ｋｂ又はさらに１０００００ｋｂが、離れた又は重複した配列プローブにおけるアレイ上に示される。或る特定の態様では、少なくとも１つのプローブ配列は、対象のタンパク質（例えば、転写因子）が、結合することが既知であるか、又は結合する疑いがあるモチーフ配列を含む。
【０１１４】
或る特定の態様において、反復配列が、アレイ上でプローブとして排除される。しかし、別の態様では、反復配列が含まれる。
【０１１５】
プローブとして用いるための核酸の選択は、特定の染色体又は染色体領域と、或る特定の疾患状態との相関の予備知識によって影響を受け得る。国際特許公開第ＷＯ９３／１８１８６号は、科学文献に記載される例示的な染色体異常及び関連の疾患のリストを提供する。代替的に、コピー数の高頻度変化の影響を受ける新規の領域を同定するために、さらに以下で述べられる本発明の方法を用いて、全ゲノムスクリーニングを行うことができる。
【０１１６】
幾つかの実施形態において、特定の対象染色体領域からこれまでに同定された領域をプローブとして用いる。或る特定の実施形態では、アレイは、これまでに述べられたように、特定の領域（例えば、これまでのアッセイで、又は連結の遺伝子解析から同定されている）をタイリングするプローブを含み得る。プローブは、対象領域、及び対象領域のいずれかの側、すなわち５’側又は３’側で所定の間隔で見出されたゲノム配列に対応し、この間隔は均一であってもなくてもよく、特定の対象領域及びアッセイ対象によって調整され得る。言い換えれば、タイリング密度が特定の対象領域及びアッセイ対象によって調整され得る。これを利用するこのような「タイリング」アッセイ（複数可）は、多くの用途（例えば、第１の分解能で対象領域を同定し、それから例えば反復プロトコルでより高分解能で領域をさらにアッセイするのに、最初に同定された領域に対して調整されたタイリングアレイを用いる用途）に有用である。
【０１１７】
或る特定の態様において、アレイは、出産前試験での染色体不均衡に関与する疾患に関する配列に対するプローブを含む。例えば、一態様では、アレイは、染色体２１の全て又は一部分（例えばダウン症候群）、Ｘ染色体の全て又は一部分（例えばターナー症候群としてＸ染色体欠損を検出するため）及び（又は）Ｙ染色体の全て又は一部分（クラインフェルター症候群）（Ｘ染色体の重複及びＹ染色体の存在を検出するため）、染色体７の全て又は一部分（例えばウィリアム症候群を検出するため）、染色体８の全て又は一部分（例えばランガー・ギデオン症候群を検出するため）、染色体１５の全て又は一部分（例えばプラデラ・ウィリ症候群又はアンジェルマン症候群を検出するため）、染色体２２の全て又は一部分（例えばディジョージ症候群を検出するため）と相補的なプローブを含む。
【０１１８】
他の「テーマ別（themed）」アレイ（例えば、重複又は欠失が特定種の癌（例えば、乳癌及び前立腺癌等）に関与するアレイ）が製造され得る。このようなアレイの選択は、特定遺伝子異常の家系遺伝等の患者情報に基づき得る。或る特定の態様では、全ゲノムスキャン用のアレイが初めにサンプルと接触し、それからより高分解能のアレイがこのようなスキャンの結果に基づき選択される。テーマ別アレイは、例えば対象の選択経路に関与する遺伝子、又は特定の対象疾患に関与する遺伝子の発現を検出するのに遺伝子発現アッセイに用いるために製造することもできる。
【０１１９】
一実施形態において、アレイ上の複数のプローブが、所定の範囲内の二重Ｔmを有するように選択される。例えば、一態様では、プローブの少なくとも約５０％が、約７５℃〜約８５℃の温度範囲内の二重Ｔmを有する。一実施形態では、上記ポリヌクレオチドプローブの少なくとも８０％が、約７５℃〜約８５℃の温度範囲内、約７７℃〜約８３℃の範囲内、約７８℃〜約８２℃の範囲内、又は約７９℃〜約８２℃の範囲内の二重Ｔmを有する。一態様では、アレイ上のプローブの少なくとも約５０％が、約４℃未満、約３℃未満、又はさらに約２℃未満（例えば約１．５℃未満、約１．０℃未満、又は約０．５℃未満）のＴm範囲を有する。
【０１２０】
或る特定の実施形態において、マイクロアレイ上のプローブは、少なくとも３０ヌクレオチド〜２００ヌクレオチドの範囲、又は少なくとも約３０ヌクレオチド〜約１５０ヌクレオチドの範囲のヌクレオチド長を有する。他の実施形態では、固体支持体上のポリヌクレオチドプローブの少なくとも約５０％が同じヌクレオチド長を有し、この長さは約６０ヌクレオチドであり得る。
【０１２１】
さらに別の態様では、アレイ上のプローブは、少なくともコード配列を含む。一態様では、プローブは、キイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）、シノラブディス・エレガンス（Caenorhabditis elegans）、酵母、ゼブラフィッシュ、マウス、ラット、家畜、ペット、霊長類、ヒト等の生物由来の配列を表す。或る特定の態様では、異なる生物由来の配列を表すプローブは、単一の基板上（例えば複数の異なるアレイ上）で与えられる。
【０１２２】
幾つかの実施形態において、アレイは、アドレス可能であると称され得る。アレイ上の特定の所定の場所（すなわち「アドレス」）での領域（すなわちアレイの要素又は「スポット」）が特定の標的又は標的の種類を検出するように選択され得るように（しかし、要素はこの要素の非標的を偶然に検出することもある）、アレイが異なる成分（例えば異なる核酸）の複数の領域を有する場合に、このアレイは「アドレス可能」である。アレイの場合では、「標的」は、様々な領域で基板と結合するプローブ（「標的プローブ」）によって検出される、移動相（典型的には流体）中の成分として称される。しかし、「標的」又は「プローブ」のいずれかは、一方がもう一方によって評価されるものであり得る（したがって、いずれか一方が、もう一方と結合することによって評価される、検体（例えば核酸分子）の未知混合物であり得る）。アレイの例は図２〜図４で示され、この代表的な実施形態で示されるアレイには、アレイ１１２が裏面１１１ｂ上に配置される連続的に平坦な基板１１０が含まれる。２つ以上のアレイ（そのいずれもが同じであるか又は異なる）が、このようなアレイ間の間隔の有無にかかわらず裏面１１１ｂ上に存在し得ることが理解される。すなわち、任意の所定の基板は、基板の正面上に配置された１つ、２つ、４つ以上のアレイを保有し、アレイの用途に応じて、任意又は全てのアレイは互いに同じであっても異なっていてもよく、それぞれが複数のスポット又はフィーチャーを含有し得る。１つ又は複数のアレイ１１２は通常、裏面１１１ｂの一部分のみをカバーし、裏面１１１ｂの領域は、任意のアレイ１１２によってカバーされない、スライド１１０の反対側１１３ｃ、１１３ｄ、及び先端１１３ａ及び末端１１３ｂに隣接する。スライド１１０の前面１１１ａは、全くアレイ１１２を保有していない。それぞれのアレイ１１２は、サンプルの任意の種類に対して、試験用サンプル、参照サンプル、これらの組合せ、又はポリヌクレオチド等のバイオポリマーの既知の混合物のいずれかであるかを試験するために設計することができる。上記のように、基板１１０は任意の形状であってもよい。
【０１２３】
上記のように、アレイ１１２は、例えばポリヌクレオチド及び具体的にはオリゴヌクレオチドの形態で、オリゴマーの複数のスポット又はフィーチャー１１６を含有する。上記のように、全てのフィーチャー１１６が異なっていてもよく、又は幾つか若しくは全てが同じであってもよい。フィーチャー間領域１１７は、様々なサイズ及び配置であってもよい。それぞれのフィーチャーが、所定のポリヌクレオチド（ポリヌクレオチド混合物の可能性を包含する）等の所定のオリゴマーを保有する。裏面１１１ｂと第１のヌクレオチドとの間に任意の既知の種類のリンカー分子（図示せず）が存在し得ることが理解される。
【０１２４】
基板１１０は前面１１１ａ上に（例えば接着又は任意の従来手段で結合させた紙標識の形態で基板上に印刷されたバーコード（図示せず）等の形態で）識別コードを保有し得る。識別コードは、アレイ１１２に関する情報を含有し、このような情報としては、アレイ１１２の識別情報、すなわちアレイ（複数可）に関するレイアウト情報等が挙げられ得るが、これらに限定されない。
【０１２５】
本願の文脈におけるアレイの場合において、「標的」は、様々な領域で基板と結合する「プローブ」によって検出される、移動相（典型的には流体）中の成分として称され得る。
【０１２６】
「スキャン領域」は、上述されたように、対象のアレイスポット又は要素が見出される隣接（好ましくは長方形）領域を表す。例えば、スキャン領域は、結果として生じる蛍光が検出及び記録される照射された領域部分全体であり得る。本発明のために、スキャン領域は、たとえ対象の要素を欠く介在領域が存在していたとしても、対象の第１の要素と、対象の最後の要素との間のレンズの各通過の際にスキャンされたスライドの領域全体を含む。「アレイレイアウト」は、フィーチャーの１つ又は複数の特性（例えば基板上に位置する要素、１つ又は複数のフィーチャー寸法、及び所定の場所での成分の指標）を表す。
【０１２７】
一態様において、アレイは全染色体腕をスキャンするためのプローブ配列を含み、プローブ標的は、少なくとも約５００ｂｐ、少なくとも約１ｋｂ、少なくとも約５ｋｂ、少なくとも約１０ｋｂ、少なくとも約２５ｋｂ、少なくとも約５０ｋｂ、少なくとも約１００ｋｂ、少なくとも約２５０ｋｂ、少なくとも約５００ｋｂ及び少なくとも約１Ｍｂに分けられる。別の態様では、アレイは、全染色体、１対の染色体、又は生物ゲノムを形成する染色体の完全相補性をスキャンするためのプローブ配列を含む。「分解能」とは、アレイ上のプローブで見出された配列間のゲノムの間隔を意味する。幾つかの実施形態では（例えば非常に多くの高度に複雑なプローブを用いて）、ゲノムの全ての配列がアレイ中に存在し得る。プローブ内に示されるゲノムの異なる場所間の間隔は様々であってもよく、必要に応じて、間隔がサンプル領域間で実質的に同じになるように均一であってもよく、又は不均一であってもよい。１つのアレイ（例えばより離れた距離で分けられたプローブ標的を含む）上で低分解能で行われるアッセイは、もう１つのアレイ（例えばより短い距離で分けられたプローブ標的を含む）上で高分解能で反復され得る。
【０１２８】
ｉｎ  ｓｉｔｕ製造の場合のオリゴヌクレオチド前駆体単位（例えばモノマー）又はこれまでに得られたオリゴヌクレオチドのいずれかのパルスジェットによる液滴を用いて、アレイを製造することができる。このような方法は、例えば米国特許第６，２４２，２６６号、同第６，２３２，０７２号、同第６，１８０，３５１号、同第６，１７１，７９７号、同第６，３２３，０４３、又は１９９９年４月３０日に出願された米国特許出願第０９／３０２，８９８号、及び本明細書で言及された参照文献に詳細に記載される。これらはそれぞれ、参照により本明細書に援用される。本明細書にこれまでに記載されたように、製造するために他の液滴方法を用いることができる。
【０１２９】
以下の実施例は、本発明の或る特定の実施形態を説明することが意図されるが、本発明の全範囲を例示するものではない。
【実施例１】
【０１３０】
本実施例は、本発明の一実施形態に従って、ゲノム構造の境界をマッピンクする１つの方法を説明する。
【０１３１】
図５で概略的に示されるように、染色体２０は、２０個の細胞遺伝学的Ｇバンド（２０ｐ１３−２０ｑ１３．３３）を有する。長いオリゴヌクレオチドプールの一連の設計プローブを調製した。「ｐ」腕に関して、それぞれのプールはサイトバンド（cytoband）内に特有のゲノム配列を包含していた。サイトバンド特異的プールの５’末端及び３’末端はＤＮＡ配列で正確に規定された。
【０１３２】
「ｑ」腕に関して、それぞれのプールは、単一Ｇバンド（例えば２０ｑ１２）内で特有のゲノム配列を１００ｋｂ未満包含していた。それぞれのサブサイトバンドプールの５’末端及び３’末端がＤＮＡ配列で正確に規定された。
【０１３３】
個々のサイトバンド内の配列は、長いオリゴヌクレオチドの個々のプールとして正確に合成することができる。これらは、これらの領域内の任意のゲノム構造の高分解能のマッピングを提供するように用いることもできる。
【０１３４】
本願を通して「カバー」、「底」、「前」、「後」、及び「頂部」等の言葉は相対的な意味でのみ用いられることが理解される。基板及び（又は）フローセルを記載するのに用いられる「上」という言葉は、基板及び（又は）フローセルが存在する環境（例えば部屋）の水平面（例えばこのような部屋の地面又は床）に対して上であるという意味である。
【０１３５】
本発明の幾つかの実施形態を本明細書で記載及び説明したが、当業者は、機能を実施するため、及び（又は）結果及び（又は）本明細書に記載される利点の１つ又は複数を得るために、多種多様の他の手段及び（又は）構造を容易に考え、このような変更形態及び（又は）修正形態のそれぞれが本発明の範囲内にあると見なされる。より一般的には、当業者は、本明細書に記載される全てのパラメータ、寸法、材料及び配置が例示的な意味であり、実際のパラメータ、寸法、材料及び（又は）配置は、本発明の教示が用いられる特定の用途（複数可）に依存することを容易に認識する。当業者は、日常的な実験を行うだけで本明細書に記載される本発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識するか、又は確かめることができる。したがって、上記の実施形態は例示としてのみ示され、添付の特許請求の範囲及びそれに対する均等物内であれば、特に記載及び特許請求された以外の方法で本発明を実施し得ることが理解される。本発明は、本明細書に記載される、それぞれ個々のフィーチャー、システム、物品、材料、キット、及び（又は）方法に関する。さらに、このようなフィーチャー、システム、物品、材料、キット及び（又は）方法が互いに矛盾していなければ、このようなフィーチャー、システム、物品、材料、キット及び（又は）方法の２つ以上の任意の組合せが、本発明の範囲内に包含される。
【０１３６】
別途定義されていなければ、本明細書で用いられる全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者に共通して理解されるものと同じ意味である。本明細書に記載されるものと同様又は同等の任意の方法、装置及び材料を本発明の実施又は試験に用いることができるが、ここでは好ましい方法、装置及び材料が記載されている。本明細書で規定され用いられるような全ての定義は、辞書の定義、参照により援用される文献における定義、及び（又は）定義された用語の従来の意味の中で調整されることが理解されるべきである。
【０１３７】
値が範囲で与えられる場合、この範囲の上限と下限との間で、特にはっきりと本明細書で示されていなければ、下限単位の１０分の１までのそれぞれの介在値、又は任意の他の規定値若しくはこの規定範囲の介在値が本発明内に含まれることが理解される。これらのより小さい範囲の上限及び下限は独立してより小さい範囲に含まれることができ、また規定範囲で具体的に任意の排除的な限定を受けて、本発明内に包含される。規定範囲が一方又は両方の限定を包含する場合、これらの含まれている限定の一方又は両方を排除した範囲も本発明に含まれる。本明細書及び添付の特許請求の範囲では、特にはっきりと本明細書で示されていなければ、単数形で示された語もしくは単数複数の区別無く示された語は単数形、複数形の両方を含む。
【０１３８】
本明細書及び特許請求の範囲で用いられるような「及び（又は）」という語句は、この語句で接続された要素、すなわち接続されて存在することもあり、離接されて存在することもある要素の「一方又は両方」を意味することが理解されるべきである。「及び（又は）」で列記された複数の要素は、同じ形式、すなわちこの語句で接続された要素の「１つ又は複数」で構成されるべきである。「及び（又は）」節で特に規定された要素以外の他の要素は、この特に規定された用語に関係なく任意で存在し得る。したがって、非限定的な例として、「含む」等の非制限言語で結び付いて用いられる場合、「Ａ及び（又は）Ｂ」という言及は、一実施形態ではＡのみ（任意でＢ以外の要素を含む）を表し、別の実施形態ではＢのみ（任意でＡ以外の要素を含む）を表し、さらに別の実施形態ではＡ及びＢの両方（任意で他の要素を含む）等を表すことができる。
【０１３９】
本明細書及び特許請求の範囲で用いられるように、「又は」は、上記のような「及び（又は）」と同じ意味を有することが理解されるべきである。例えば、リスト内で項目を分ける場合、「又は」若しくは「及び（又は）」は包括的に、すなわち少なくとも１つを包含するが、また要素の数又はリスト及び任意でさらに挙げられていない項目を２つ以上包含するように解釈されるべきである。「の１つだけ」又は「のまさに１つ」等のこれとは反対のことをはっきりと示す用語だけ、又は特許請求の範囲で用いられる場合の「から成る」は、多くの要素又は要素リストの中のまさに１つの要素を包含することを表す。概して、本明細書で用いられるような「又は」という用語はただ、排除的な用語（例えば「いずれか」、「の１つ」、「の１つだけ」、又は「のまさに１つ」）が先行する場合に排除的な代替物（すなわち「１つ又はもう１つではあるが、両方ではない」）を示すように解釈されるべきである。特許請求の範囲で用いられる場合、「本質的に〜から成る」は、特許法の分野で用いられるようなその通常の意味を有すると考えるべきである。
【０１４０】
本明細書及び特許請求の範囲で用いられるように、１つ又は複数の要素のリストに関する「少なくとも１つ」という語句は、要素リストの要素の１つ又は複数から選択される少なくとも１つの要素を意味するが、要素リスト内で具体的に挙げられたありとあらゆる要素の少なくとも１つを必ずしも包含する必要はなく、また要素リストにおける要素の任意の組合せを必ずしも排除する必要もないことが理解されるべきである。またこの定義は、具体的に特定されたこれらの要素に関係なく、「少なくとも１つ」という語句が表す要素リスト内で具体的に特定された要素以外の要素が任意で存在し得ることを可能にする。したがって、非限定的な例として、「Ａ及びＢの少なくとも一方」（又は同等に「Ａ又はＢの少なくとも一方」、又は同等に「Ａ及び（又は）Ｂの少なくとも一方」）は、一実施形態では、Ｂが存在しない少なくとも１つ（任意で２つ以上）のＡ（任意でＢ以外の要素を含む）を表し、別の実施形態では、Ａが存在しない少なくとも１つ（任意で２つ以上）のＢ（任意でＡ以外の要素を含む）を表し、さらに別の実施形態では、少なくとも１つ（任意で２つ以上）のＡ及び少なくとも１つ（任意で２つ以上）のＢ（任意で他の要素を含む）等を表すことができる。
【０１４１】
本明細書で用いられるような「任意の（Optional）」又は「任意で」は、この記載がその後に記載される状況が起こる場合及び起こらない場合を含むように、この状況が起こっても起こらなくてもよいことを意味することがある。例えば、「任意で置換される」という語句は、非水素置換が存在してもしなくてもよく、したがってこの記載が非水素置換が存在する構造、及び非水素置換が存在しない構造を含むことを意味する。
【０１４２】
特にはっきりと反対のことを示さなければ、２つ以上の工程又は行為を含む本明細書で特許請求される任意の方法において、方法の工程又は行為の順番は、本方法の工程又は行為が列挙される順番に必ずしも限定されるわけではないことも理解されるべきである。
【０１４３】
本明細書で言及される全ての刊行物は、本明細書で記載される発明に関連して用いられ得る刊行物で記載される本発明の構成要素を記載及び開示するために、参照により本明細書に援用される。
【０１４４】
特許請求の範囲、並びに上記の明細書では、「含む」、「包含する」、「保有する」、「有する」、「含有する」、「伴う」、「備える」、「から構成される」等の全ての移行句（transitional phrases）は、非制限であること、すなわち包含するが限定されないことが理解される。
【図面の簡単な説明】
【０１４５】
【図１】本発明の一実施形態によるゲノムの一部分をマッピングするのに用いられるような本発明の或る特定のオリゴヌクレオチドを概略的に示す図である。
【図２】本発明の一実施形態によるアレイを保有する基板の一例を示す図である。
【図３】図２の一部分の拡大図である。
【図４】図２の基板の別の一部分の拡大図である。
【図５】本発明によるマッピングを説明するための図である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【国際調査報告】
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