(57)【要約】本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子、および、それら修飾因子を特定し、使用する方法を提供する。Ｃ−末端ペプチドおよびＮ−末端ペプチドによるファージディスプレイライブラリーを用い、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインに対して緊密に結合する、一群のペプチドリガンドが特定された。本明細書に記載される結果は、その結合モチーフが必要な遊離カルボキシル基を持つリガンドの外に、遊離カルボキシル基を欠く、一つのＤｖｌ  ＰＤＺサブセットが、驚くべきことにＤｖｌ  ＰＤＺに結合する能力を有することを示した。遊離カルボキシル基を欠くリガンドは、ポリペプチドのＮ−末端または内部配列を構成する、Ｎ−末端および／または内部Ｄｖｌ  ＰＤＺリガンド配列を表す。
2009533465.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチドであって、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−２にＧｌｙ、位置−１にＴｒｐまたはＴｙｒ、位置０にＰｈｅまたはＬｅｕ、位置−３に疎水性または芳香族残基を有する配列を含むＣ−末端領域を含む、単離ポリペプチド。
【請求項２】
位置−６がＴｒｐである、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
位置−１がＴｒｐである、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項４】
ＩＣ５０＝１．５μＭ（１．２、１、０．８、０．６、０．４、０．２μＭ）またはそれ以上の結合親和度においてＤｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチド。
【請求項５】
前記ポリペプチドが、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その内因性結合パートナーとの相互作用を抑制する、請求項１〜４のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項６】
前記ポリペプチドが、Ｄｖｌ−介在内因性Ｗｎｔシグナル伝達を抑制する、請求項１〜５のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項７】
前記ポリペプチドが、下式：
Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｘ４−ＣＯＯＨ
の配列を含むＣ−末端領域を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項８】
Ｘ１が、Ｙ、Ｌ、Ｆ、またはＩであり；Ｘ３が、Ｗ、Ｍ、Ｆ、またはＹであり；Ｘ４が、ＦまたはＬであり、
前記配列が、ヒトタンパクの天然のＣ−末端配列ではない、請求項７に記載のポリペプチド。
【請求項９】
Ｘ３がＴｒｐである、請求項７または８に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
前記カルボキシル末端アミノ酸残基がカルボキシル化される、請求項１〜９のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
【請求項１１】
前記ポリペプチドが、配列ＹＡＫＧＦＧＭＬＣＯＯＨを含まない、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
【請求項１２】
Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合し、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−５から０、または位置−６から０に関して表１および図１Ａの配列から成る群から選ばれるアミノ酸配列を含むカルボキシル末端領域を含む、単離ポリペプチド。
【請求項１３】
Ｄｖｌ  ＰＤＺ配列に対する結合について、請求項１〜１２のいずれか１項に記載のポリペプチドと競合するアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチド。
【請求項１４】
Ｄｖｌ  ＰＤＺにおいて、請求項１〜１３のいずれか１項に記載のポリペプチドが結合するエピトープと同じエピトープに結合する単離ポリペプチド。
【請求項１５】
前記ポリペプチドが、配列ＹＡＫＧＦＧＭＬＣＯＯＨを含まない、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
【請求項１６】
Ｄｖｌが、ヒトのＤｖｌ１、Ｄｖｌ２、および／またはＤｖｌ３である、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
【請求項１７】
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾することが可能な化合物を特定する方法であって、前記方法は、下記：
（ｉ）Ｄｖｌ  ＰＤＺ、その断片、および／またはその機能的等価物；
（ｉｉ）請求項１〜１６のいずれか１項に記載のポリペプチドの一つ以上；および、
（ｉｉｉ）候補化合物、
を含むサンプルを接触させること、および、
前記候補化合物の存在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の量を定量すること
を含み、これによって、前記候補化合物の不在下における量と比べた場合の、前記候補化合物存在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の量の変化が、前記候補化合物がＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾することが可能な化合物であることを示す、方法。
【請求項１８】
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を合理的に設計する方法であって、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−２にＧｌｙ、位置−１にＴｒｐまたはＴｙｒ、位置０にＰｈｅまたはＬｅｕ、および位置−３に疎水性または芳香族残基を有する配列を含む、Ｃ−末端ペプチドを含むか、または、その機能を模倣する修飾因子であって、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能な因子を設計することを含む、方法。
【請求項１９】
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾する薬剤のスクリーニング法であって、前記方法は、
（ａ）候補薬剤を準備し、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、前記Ｄｖｌ  ＰＤＺの既知の結合パートナーとを含む反応混合物に前記薬剤を接触させる工程であって、前記混合物は、細胞混合物か、または無細胞混合物であり、前記接触は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー相互作用に好適な条件下で生じる、工程；
（ｂ）前記薬剤の存在下および不在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー相互作用の量を定量する工程
を含み、これによって、前記薬剤の存在下および不在下において（ｂ）で定量された相互作用量の差が、前記薬剤がＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子であることを示す、方法。
【請求項２０】
Ｄｖｌまたはｗｎｔタンパク活性の制御不良に関連する病理的状態を治療する方法であって、Ｄｖｌ  ＰＤＺと請求項１〜１６のいずれか１項に記載のポリペプチドとの間の相互作用を修飾することが可能なＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド修飾因子の有効量を対象に投与することを含む方法。
【請求項２１】
前記修飾因子が、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、前記ポリペプチドとの間の相互作用を抑制する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記病理的状態が癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記病理的状態が過剰増殖性障害である、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記病理的状態が、標準ｗｎｔシグナル伝達経路の制御不良に関連する、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２５】
Ｄｖｌが、ヒトのＤｖｌ１、Ｄｖｌ２、および／またはＤｖｌ３である、請求項２０または２１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願）
本願は、２００６年４月１０日に出願された米国仮特許出願第６０／７９０，６７３号に対する優先権および利益を主張する。米国仮特許出願第６０／７９０，６７３号の明細書は、その全体が本明細書中に参考として援用される。
【０００２】
（技術分野）
本発明は、一般に、分子生物学および細胞増殖調節の分野に関する。より詳細には、本発明は、ｗｎｔシグナル伝達経路の修飾因子、および前記修飾因子の使用に関する。
【背景技術】
【０００３】
（背景）
Ｗｎｔシグナル伝達経路は、増殖にとって必須であり、従来から腫瘍発生への関与が示されている［１］。さらに、Ｒｅｙａ  ＆  Ｃｌｅｖｅｒｓ，Ｎａｔｕｒｅ（２００５），４３４：８４３−８５０；Ｌｏｇａｎ  ＆  Ｎｕｓｓｅ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｃｅｌｌ  Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．（２００４），２０：７８１−８１０；および米国特許出願公開第２００４／０２４７５９３号を参照されたい。Ｄｉｓｈｅｖｅｌｅｄ（Ｄｖｌ）タンパクは、標準的および非標準的Ｗｎｔシグナル伝達経路の両方において中心的役割を果たす骨格タンパクである［２］。さらに、Ｗａｌｌｉｎｇｆｏｒｄ  ＆  Ｈａｂａｓ，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（２００５），１３２：４４２１−４４３６を参照されたい。Ｄｖｌタンパクは、Ｎ−末端のＤＩＸドメイン、中央のＰＤＺドメイン、およびＣ−末端のＤＥＰドメインから構成される。これら三つの内、ＰＤＺドメインが、Ｗｎｔシグナル伝達においてもっとも重要な役割を果たす。これまで２０を超える天然のリガンドが、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインに結合することが報告されている（以後、“ＤｖｌＰＤＺ”または“Ｄｖｌ  ＰＤＺ”とする）［２−６］。それらの多くは、標準的または非標準的Ｗｎｔシグナル伝達経路において生物学的に重要であることが示されている。例えば、ＦｒｉｚｚｌｅｄのＣ−末端領域の内部配列に対するＤｖｌＰＤＺの直接結合は、Ｗｎｔシグナル伝達経路において重要な役割を果たすことが報告されている（非特許文献１）［３］。いくつかのタイプの癌細胞、例えば、非小細胞型肺癌および中皮腫においてＤｖｌタンパクの過剰発現が観察されており、このため、Ｄｖｌは、癌治療のための薬剤標的とされている。これまで、ＤａｐｐｅｒおよびＦｒｉｚｚｌｅｄから導かれたペプチドリガンドに基づいてＤｖｌＰＤＺに対して特異的な拮抗剤を開発する試みが為されている。しかしながら、報告ではＤｖｌＰＤＺに結合することが特定された低分子は、親和性が極めて低く（Ｋｉ＝２３７μＭ）、インビボにおける効力は十分には明らかにされていない。
【０００４】
Ｄｖｌによるとされる重要な細胞機能、特に、ＤｖｌＰＤＺと、そのリガンドとの間の相互作用を介して実現される機能から、ＤｖｌＰＤＺは重要な薬剤標的を代表することが示唆される。したがって、ＤｖｌＰＤＺ−リガンド相互作用の機構的側面を明らかにし、その関連機能活性の修飾を指向する組成物および方法を実現することができたならば、それは有益と考えられる。本発明は、この利点、およびその他の利点を提供する。
【非特許文献１】Ｗｏｎｇ，Ｈ．Ｃ．ら、Ｄｉｒｅｃｔ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＰＤＺ  ｄｏｍａｉｎ  ｏｆ  Ｄｉｓｈｅｖｅｌｌｅｄ  ｔｏ  ａ  ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  ｉｎｔｅｒｎａｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｃ−ｔｅｒｍｉｎａｌ  ｒｅｇｉｏｎ  ｏｆ  Ｆｒｉｚｚｌｅｄ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ，２００３．１２（５）：ｐ．１２５１−６０．
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
Ｗｎｔシグナル伝達経路は、重要な生物学的役割を有し、種々の癌においてその撹乱が関与するとされている。本発明は、ＤｖｌタンパクのＰＤＺドメインの活性を修飾するための組成物、およびそれら組成物の使用方法を提供する。Ｄｖｌに関連する機能が重要であるために、本発明の組成物および方法は、重要な臨床的有用性を有する。本発明は、一部は、Ｄｖｌ  ＰＤＺの結合パートナー（リガンド）に関する徹底的分析および特徴解明に基づく。この分析によって、本明細書で述べるように、新規の、思いがけない所見が得られた。
【０００６】
本明細書で述べるように、Ｃ−末端ペプチドおよびＮ−末端ペプチドによるファージディスプレイライブラリーを用い、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインに対して緊密に結合する、一群のペプチドリガンドが特定された。本明細書に記載される結果は、その結合モチーフが必要な遊離カルボキシル基を持つリガンドの外に、遊離カルボキシル基を欠く、一つのＤｖｌ  ＰＤＺサブセットが、驚くべきことにＤｖｌ  ＰＤＺに結合する能力を有することを示した。遊離カルボキシル基を欠くリガンドは、ポリペプチドのＮ−末端または内部配列を構成する、Ｎ−末端および／または内部Ｄｖｌ  ＰＤＺリガンド配列を表す。これらのリガンドの特徴を解明したところ、分子の、Ｄｖｌ  ＰＤＺに対する結合親和性を強化すると考えられる、独特の結合モチーフが特定された。本明細書に記載される例示のリガンドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺ活性の修飾を通じてｗｎｔ経路を修飾する因子を選別するスクリーニングに有用である。さらに、このようなリガンド、およびその誘導体自体が、Ｗｎｔシグナル伝達経路の制御不良と関連する病理的状態を治療するための、低分子薬剤候補である。
【０００７】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能な分子を提供する。これらの分子は、様々な背景において、例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子として有用である。例えば、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに対し、高度、中等度、または低度の親和性を有する結合因子の特徴を模倣する、修飾性分子を提供する。一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチド（例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するペプチド分子を特異的に含む、下記に定義するポリペプチド）を提供する。すなわち、前記ポリペプチドは、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−２にＧｌｙ、位置−１にＴｒｐまたはＴｙｒ、位置０にＰｈｅまたはＬｅｕ、位置−３に疎水性または芳香族残基を有する配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＣ−末端領域を含む。一実施態様では、前記Ｃ−末端領域の位置−６はＴｒｐである。一実施態様では、前記Ｃ−末端の位置−１は、Ｔｒｐである。
【０００８】
一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチド（例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するペプチド分子を特異的に含む、下記に定義するポリペプチド）を提供する。すなわち、前記ポリペプチドは、Ｇｌｙ−Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４、またはＴｙｒ−Ｇｌｙ−Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４を含む結合モチーフ、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含む。上記配列において、Ｇｌｙは、それぞれ、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、および／またはＸ４は、内部残基である。一実施態様では、Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３は、Ｇ−Ｇ−Ｇである。一実施態様では、Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４は、Ｄ−Ｇ−Ｇ−Ｇである。一実施態様では、Ｔｙｒは、Ｎ−末端側においてＡｓｐに先行される。
【０００９】
一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチド（例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するペプチド分子を特異的に含む、下記に定義するポリペプチド）を提供する。すなわち、前記ポリペプチドは、Ｔｒｐ−［ＳｅｒまたはＴｈｒ］−Ａｓｐ−［ＩｌｅまたはＰｈｅまたはＬｅｕ］−Ｐｒｏを含む結合モチーフ、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含む。上記配列において、Ｔｒｐは、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｐｒｏは内部残基である。一実施態様では、Ｔｒｐは、Ｎ−末端側においてＸ１および／またはＸ２に先行され（すなわち、Ｘ１−Ｘ２−Ｔｒｐ）、該配列において、Ｘ１はＬｅｕまたはＶａｌであり、Ｘ２はＬｅｕである。一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチド（例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するペプチド分子を特異的に含む、下記に定義するポリペプチド）を提供する。すなわち、前記ポリペプチドは、Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ａｓｐ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏを含む結合モチーフ、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含む。上記配列において、Ｔｒｐは、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｐｒｏは内部残基である。一実施態様では、Ｔｒｐは、Ｎ−末端側においてＸ１および／またはＸ２に先行され（すなわち、Ｘ１−Ｘ２−Ｔｒｐ）、該配列において、Ｘ１はＧｌｕであり、Ｘ２はＴｈｒ、Ｖａｌ、Ｍｅｔ、Ａｒｇ、Ｉｌｅ、またはＧｌｎである。
【００１０】
一局面では、本発明は、ＩＣ５０＝１．５ｕＭ以上の結合親和度においてＤｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチドを提供する。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝１．２ｕＭ以上である。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝１．０ｕＭ以上である。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝０．８ｕＭ以上である。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝０．６ｕＭ以上である。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝０．４ｕＭ以上である。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝０．２ｕＭ以上である。結合親和度は、従来技術で既知の、各種方法のいずれによっても測定することが可能である。一実施態様では、本発明のポリペプチドのＩＣ５０結合親和度は、競合ＥＬＩＳＡにおいて、固定された、高親和度ペプチドリガンドに対し、約５０％のＤｖｌ  ＰＤＺ結合を阻止する、ポリペプチドの平均濃度として求められる（例えば、Ｓｉｄｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．（２０００），３２８：３３３−３６３、および、ＫＷＹＧＷＬ−ＣＯＯＨが、高親和性ペプチドリガンドとして利用される、後述の実施例に記載されるやり方で）。一実施態様では、本発明のポリペプチドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その結合パートナーとの相互作用、例えば、細胞における、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その結合パートナーとの相互作用を抑制する。
【００１１】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するポリペプチドを提供する。前記ポリペプチドは、下式：
Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｘ４−ＣＯＯＨ
を有する配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＣ−末端領域を含み、上式において、Ｘ１は、Ｙ、Ｌ、Ｆ、またはＩであり；Ｘ３は、Ｗ、Ｍ、Ｆ、またはＹであり；、Ｘ４は、ＦまたはＬであり、該配列は、ヒトタンパクの天然のＣ−末端配列ではない。一実施態様では、配列は、Ｘ１がＹ、Ｘ３がＷ、Ｘ４がＬである、ＫＷＹＧＷＬを含む。一実施態様では、前記配列は、ヒトのユビキチンタンパクリガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）のような、Ｄｖｌに対する天然のリガンドではない。一実施態様では、Ｘ３はＴｒｐである。
【００１２】
一実施態様では、本発明のポリペプチドは、配列Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｘ４−ＣＯＯＨ、を含まず、から成ならず、または、から事実上成らない。
【００１３】
一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合し、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−５から０、または位置−６から０に関して表１および図１Ａに掲げられる配列から成る群から選ばれるアミノ酸配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るカルボキシル末端領域を含む、単離ポリペプチドを提供する。
【００１４】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するポリペプチドを提供する。前記ポリペプチドは、下式：
Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｘ４
を有する配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端領域を含み、上式において、Ｘ１は、Ｙ、Ｃ、Ｌ、Ｆ、またはＳであり；Ｘ３は、Ｗ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、Ｖ、またはＹであり；、Ｘ４は、Ｉ、Ｖ、Ｍ、またはＬであり、該配列は、ヒトタンパクの天然のＮ−末端または内部配列ではない。一実施態様では、Ｘ１はＹ、Ｘ３はＷ、および／または、Ｘ４はＩまたはＶである。一実施態様では、Ｘ３はＴｒｐである。一実施態様では、Ｘ１はＤによって先行される。一実施態様では、前記配列は、ヒトのユビキチンタンパクリガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）のような、Ｄｖｌに対する天然のリガンドではない。
【００１５】
一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合し、数字が、図１Ｂに示す残基順序を指すとした場合、位置−９から０、−８から０、−７から０、−６から０、−５から０に関して図１Ｂに記載されるＩ型およびＩＩ型配列から成る群から選ばれるアミノ酸配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含む、単離ポリペプチドを提供する。一実施態様では、前記アミノ酸配列はさらに、図１Ｂにおいて位置０に示す残基に対し、３ペプチドＧＧＧのＣ−末端を含む。一実施態様では、前記アミノ酸配列はさらに、図１Ｂにおいて位置０に示す残基に対し、ＤＧＧＧ  Ｃ−末端を含む。
【００１６】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するポリペプチドを提供する。前記ポリペプチドは、下式：
Ｘ１−Ｘ２−Ｗ−Ｘ３−Ｄ−Ｘ４−Ｐ
を有する配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含み、上式において、Ｘ１および／またはＸ２は、任意の天然アミノ酸であり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｗ、Ｄ、またはＩであり；Ｘ４は、Ｆ、Ｉ、Ｖ、Ｌ、またはＧであり、該配列は、ヒトタンパクの天然のＮ−末端または内部配列ではない。一実施態様では、Ｘ３は、ＳまたはＴであり；Ｘ４は、Ｉ、Ｆ、またはＬである。一実施態様では、Ｘ１は、ＬまたはＶである。一実施態様では、Ｘ２はＬである。一実施態様では、配列は、Ｘ１がＶ、Ｘ２がＬ、Ｘ３がＳ、およびＸ４がＩである、ＧＥＩＶＬＷＳＤＩＰＧを含む。一実施態様では、前記配列は、ヒトのユビキチンタンパクリガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）のような、Ｄｖｌに対する天然のリガンドではない。
【００１７】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するポリペプチドを提供する。前記ポリペプチドは、下式：
Ｘ１−Ｘ２−Ｗ−Ｘ３−Ｄ−Ｘ４−Ｐ
を有する配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含み、上式において、Ｘ１および／またはＸ２は、任意の天然アミノ酸であり；Ｘ３は、Ｉ、Ｇ、Ｖ、Ｋ、またはＷであり；Ｘ４は、Ｇ、Ｓ、Ｙ、またはＷであり、該配列は、ヒトタンパクの天然のＮ−末端または内部配列ではない。一実施態様では、Ｘ１はＥである。一実施態様では、Ｘ２は、Ｔ、Ｖ、Ｍ、Ｒ、Ｉ、またはＱである。一実施態様では、前記配列は、ヒトのユビキチンタンパクリガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）のような、Ｄｖｌに対する天然のリガンドではない。
【００１８】
一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合し、数字が、図１Ｂに示す残基順序を指すとした場合、位置−６から０、−５から０に関して図１Ｂに記載されるＩＩＩ型およびＩＶ型配列から成る群から選ばれるアミノ酸配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含む、単離ポリペプチドを提供する。一実施態様では、前記アミノ酸配列はさらに、図１Ｂにおいて位置１、２、３、４、５、６、および／または７に示す残基の内の一つ以上を含む（ＩＩＩ型およびＩＶ型）。
【００１９】
一実施態様では、本発明のポリペプチドは、本明細書に開示される結合ペプチド（例えば、実施例を参照）の所望の特徴（例えば、所望の特徴を持つ実施例が中等から高度の結合性を有する場合の結合度）を示さない、Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合性ペプチドを特異的に排除する。例えば、一実施態様では、本発明のポリペプチドは、Ｃ−末端残基がカルボキシル化される配列ＹＡＫＧＦＧＭＬを含まない（すなわち、配列が本発明のポリペプチドにある場合には、Ｃ−末端残基Ｌは、カルボキシル化されないか、そうでなければ遊離のカルボキシル基を有する）。
【００２０】
一局面では、本発明は、前述のポリペプチドの一つ以上と、Ｄｖｌ  ＰＤＺに対する結合について競合するアミノ酸配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成る、単離ポリペプチドを提供する。
【００２１】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺにおいて、前述のポリペプチドの一つ以上が結合するものと同じエピトープに結合する単離ポリペプチドを提供する。
【００２２】
本明細書に示されるように、Ｄｖｌ１、Ｄｖｌ２、およびＤｖｌ３のＰＤＺドメインは、広範な配列相同性を共有し、本明細書に記載される結合ペプチドは、三つのＤｖｌ（１、２、３）タンパクの内の、少なくとも一つ、少なくとも二つ、または三つ全てに結合することが可能である。一実施態様では、本発明のポリペプチドは、ヒトのＤｖｌ１、２、および／または３、と相互作用を有する／に結合する。
【００２３】
ある背景では、結合ポリペプチドの末端残基の性質が、ポリペプチドの結合能に影響を及ぼす可能性がある。したがって、一実施態様では、本発明のＤｖｌ  ＰＤＺ結合単離ポリペプチドは、カルボキシル化される、カルボキシル末端アミノ酸残基を含む。一実施態様では、本発明のＤｖｌ  ＰＤＺ結合単離ポリペプチドは、遊離カルボキシル基を欠如する、カルボキシル末端アミノ酸残基を含む。一実施態様では、Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合単離ポリペプチドは、遊離カルボキシル基を含まないか、および／または、遊離カルボキシル基または残基を必要としないＰＤＺ結合モチーフを含む。
【００２４】
一局面では、本発明のポリペプチドは、ポリペプチドの細胞進入を強化する、分子実体に連結するＤｖｌ  ＰＤＺ結合ポリペプチドを含む。一実施態様では、この分子実体は、アミノ酸配列タグ、例えば、ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫ（配列番号：＿＿）を含む。前記配列は、一実施態様では、Ｎ−末端残基においてアセチル化される。例えば、一実施態様では、本発明のポリペプチドは、下記の配列：
（ｉ）ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＫＷＹＧＷＬ（配列番号＿＿）、または
（ｉｉ）ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＧＷＫＤＹＧＷＩＤＧ（配列番号＿＿）、または
（ｉｉｉ）ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＧＥＩＶＬＷＳＤＩＰＧ（配列番号＿＿）、または
（ｉｖ）ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＧＳＧＮＥＶＷＩＤＧＰＧ（配列番号＿＿）
の内の一つを含む。
【００２５】
別の局面では、本発明は、（本明細書に記載する）本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。
【００２６】
別の局面では、本発明は、（本明細書に記載する）本発明のポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドを含む宿主細胞を提供する。
【００２７】
別の局面では、本発明は、（本明細書に記載する）本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドの一つ以上を含む組成物を提供する。一実施態様では、組成物は、担体を含み、該担体は、ある実施態様では、製薬学的に受容可能である。
【００２８】
別の局面では、本発明は、（本明細書に記載する）本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドの一つ以上を含むキットを提供する。一つ以上の修飾分子が提供される場合、それらは、意図される用途にとって好適な処方として存在する限り、別々に、または一緒に提供することが可能である。一実施態様では、キットは、組成物を使用するための指示を含む。
【００２９】
ある局面では、本発明は、本発明のポリペプチドの一つ以上を含むＤｖｌ修飾分子を提供する。これらの修飾分子（本明細書に含まれる本発明のポリペプチドを含む）は、様々の背景において、例えば、ただしこれらに限定されないが、Ｄｖｌ  ＰＤＺ修飾因子を求めるスクリーニングにおいて参照分子として、診断的分子として、または治療剤として使用することが可能である。
【００３０】
本発明の修飾分子は、診断目的のために使用することが可能である。したがって、一局面では、本発明は、サンプルにおけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の制御不良を特定する方法であって、該サンプルを本発明のポリペプチドに接触させること、本発明のポリペプチドの存在下、および不在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を比較することを含み、検出可能な差によって、サンプルにおけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の出現および／または量が示される方法を提供する。Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用は、様々な方法で、例えば、ｗｎｔシグナル伝達の量／程度を定量することによって（例えば、ｗｎｔ経路において、Ｄｖｌ機能よりも下流の、一つ以上の事象を測定することによって）測定することが可能である。
【００３１】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾することが可能な化合物を特定する方法であって、下記：
（ｉ）Ｄｖｌ  ＰＤＺ、その機能的断片および／または等価物；
（ｉｉ）参照として本発明のポリペプチドの一つ以上；および、
（ｉｉｉ）候補化合物、
を含むサンプルを接触させること、および、候補化合物の存在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−参照物相互作用の量を定量することを含み、
候補化合物不在下における量と比べた場合の、候補化合物存在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−参照物相互作用の量の変化によって、候補化合物が、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾することが可能な化合物であることが示される方法を提供する。一実施態様では、化合物は、低分子（例えば、有機分子、ペプチドなど）、または抗体（その断片を含む）である。
【００３２】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を合理的に設計する方法であって、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−２にＧｌｙ、位置−１にＴｒｐまたはＴｙｒ、位置０にＰｈｅまたはＬｅｕ、および位置−３に疎水性または芳香族残基を有する配列を含む、Ｃ−末端ペプチドを含む、または、その機能を模倣する修飾因子であって、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能な因子を設計することを含む方法を提供する。
【００３３】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を合理的に設計する方法であって、配列Ｇｌｙ−Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４、またはＴｙｒ−Ｇｌｙ−Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４であって、Ｇｌｙが、それぞれ、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、および／またはＸ４が、内部残基である配列を含む、Ｎ−末端または内部ペプチドを含むか、または、その機能を模倣する修飾因子を設計することを含む方法を提供する。一実施態様では、Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３は、Ｇ−Ｇ−Ｇである。一実施態様では、Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４は、Ｄ−Ｇ−Ｇ−Ｇである。一実施態様では、Ｔｙｒは、Ｎ−末端側においてＡｓｐに先行される。これらの実施態様のいずれにおいても、修飾因子は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能となるように設計される。
【００３４】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を合理的に設計する方法であって、配列Ｔｒｐ−［ＳｅｒまたはＴｈｒ］−Ａｓｐ−［ＩｌｅまたはＰｈｅまたはＬｅｕ］−Ｐｒｏであって、Ｔｒｐが、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｐｒｏが内部残基である配列を含む、Ｎ−末端または内部ペプチドを含むか、または、その機能を模倣する修飾因子を設計することを含む方法を提供する。一実施態様では、Ｔｒｐは、Ｎ−末端側においてＸ１および／またはＸ２に先行され（すなわち、Ｘ１−Ｘ２−Ｔｒｐ）、該配列において、Ｘ１はＬｅｕまたはＶａｌであり、Ｘ２はＬｅｕである。これらの実施態様のいずれにおいても、修飾因子は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能となるように設計される。
【００３５】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を合理的に設計する方法であって、配列Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ａｓｐ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏであって、Ｔｒｐが、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｐｒｏが内部残基である配列を含む、Ｎ−末端または内部ペプチドを含むか、または、その機能を模倣する修飾因子を設計することを含む方法を提供する。一実施態様では、Ｔｒｐは、Ｎ−末端側においてＸ１および／またはＸ２に先行され（すなわち、Ｘ１−Ｘ２−Ｔｒｐ）、該配列において、Ｘ１はＧｌｕであり、Ｘ２はＴｈｒ、Ｖａｌ、Ｍｅｔ、Ａｒｇ、Ｉｌｅ、またはＧｌｎである。これらの実施態様のいずれにおいても、修飾因子は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能となるように設計される。
【００３６】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾する薬剤のためのスクリーニング法であって：
（ａ）候補薬剤を準備し、Ｄｖｌ  ＰＤＺ、および、前記Ｄｖｌ  ＰＤＺの既知の結合パートナー（例えば、本発明のポリペプチド）を含む、反応混合物に、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー相互作用に好適な条件下で、前記薬剤を接触させる工程、その際、前記反応混合物は、細胞混合物か、または無細胞混合物であり；
（ｂ）該薬剤の存在下および不在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー相互作用の量を定量する工程を含み、
該薬剤の存在下および不在下において（ｂ）で定量された相互作用量の差によって、該薬剤が、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子であることが示される方法を提供する。一実施態様では、候補薬剤は、低分子（例えば、有機分子、ペプチド）、または抗体（その断片を含む）である。
【００３７】
前記方法の内の一実施態様において、要すれば、サンプルまたは反応混合物におけるＰＤＺリガンドは天然リガンドである（たとえば、Ｄｖｌ  ＰＤＺの内因性リガンド）。
【００３８】
本発明のポリペプチドは、様々な目的のため、および、Ｄｖｌタンパクを介するｗｎｔシグナル伝達の修飾が望ましい、様々な背景において有用である。例えば、本発明のポリペプチドは、Ｗｎｔシグナル伝達の制御不良に関連する障害の進行を変えるために、例えば、細胞において、Ｄｖｌ−介在性Ｗｎｔシグナル伝達を抑制するために使用することが可能である。
【００３９】
一局面では、Ｄｖｌ、またはｗｎｔタンパクの活性の制御不良に関連する病理的状態を治療する方法であって、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、本発明のポリペプチドとの間の相互作用を修飾することが可能な、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド修飾因子の有効量を対象に投与することを含む方法を提供する。本発明の方法の一実施態様では、修飾因子は、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その結合パートナー（例えば、内因性結合パートナー）との間の相互作用を抑制する。一実施態様では、前記Ｄｖｌ−ＰＤＺリガンドは、本明細書に記載される、本発明のポリペプチドの一つ以上を含む。一実施態様では、病理的状態は癌である。一実施態様では、病理的状態は、過剰増殖性障害である。一実施態様では、病理的状態は、標準ｗｎｔシグナル伝達経路の制御不良に関連する。一実施態様では、Ｄｖｌは、ヒトのＤｖｌ  １、２、および／または３である。
【発明を実施するための最良の形態】
【００４０】
本発明は、ＤｖｌタンパクのＰＤＺドメインと、その細胞内結合パートナー（単数または複数）との間の結合相互作用を修飾することが可能な分子、および、そのような分子を特定するための方法、および使用するための方法を提供する。一局面では、これらの分子は、種々の結合度でＤｖｌ  ＰＤＺに結合することが可能なペプチド結合体の特定を実現する組み合わせ法によって生産される。本明細書において詳細に記載される、これら結合分子の特定、および結合相互作用の構造力学から、Ｄｖｌ  ＰＤＺと相互作用を持つことが可能な、他の修飾因子を特定するための手段が得られる。各種細胞および生理過程におけるＤｖｌの重要性に徴するならば、これらの修飾因子が得られた場合、それらは、例えば、予防、治療、および／または診断医学分野において目覚しい有用性を発揮すると考えられる。
【００４１】
一般的技術
本発明の実施は、別様に指示しない限り、分子生物学（組み換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、および免疫学の、当業者の能力の範囲内にある、通例技術を採用する。このような技術は、文献、例えば、“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”，ｓｅｃｏｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９）；“Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）；“Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ”（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，１９８７）；“Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ”(Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．)；“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７、および、定期的最新版）；“ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ”，(Ｍｕｌｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄ．，１９９４)；“Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ”（Ｐｅｒｂａｌ  Ｂｅｒｎａｒｄ  Ｖ．，１９８８）において十分に説明される。
【００４２】
本発明において用いられるか、または記載されるオリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、および低分子は、従来技術で既知の標準技術を用いて生成される。
【００４３】
（定義）
本明細書で使用される「調節配列」とは、ある特定の宿主生物において動作可能的に連結されるコード配列の発現を可能とするＤＮＡ配列である。前核細胞性調節配列としては、プロモーター、オペレーター配列、およびリボソーム結合部位が挙げられる。真核細胞調節配列としては、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、およびエンハンサーが挙げられる。
【００４４】
核酸は、別の核酸配列に対し機能的関係に配置される場合、「動作可能的に連結される」。例えば、プロモーターまたはエンハンサーは、コード配列の転写に影響を及ぼす場合、該コード配列に対し動作可能的に連結され、あるいは、リボソーム結合部位は、コード配列が翻訳を促進するように配置される場合、該コード配列に対し動作可能的に連結される。一般に、「動作可能的に連結される」とは、連結されるＤＮＡ配列同士が近接し、分泌リーダーの場合は、近接し、かつ、読み位相が一致することを意味する。しかしながら、エンハンサーは、近接する必要はない。
【００４５】
「活性」ポリペプチド、またはその断片は、活性ポリペプチドの、生得または天然型の生物活性を保持する。生物活性は、活性ポリペプチドの、生得または天然型によって仲介される機能を指す。例えば、結合性またはタンパク−タンパク相互作用は、生物活性を構成する。
【００４６】
「抗体」および「免疫グロブリン」という用語は、もっとも広い意味において相互交換的に使用され、モノクロナール抗体（例えば、完全長、または生のモノクロナール抗体）、ポリクロナール抗体、多価抗体、多重特異性抗体（例えば、それらが所望の生物活性を有する限り、二重特異性抗体）を含み、さらに、（本明細書にさらに詳細に記載される）ある種の抗体断片を含んでもよい。
【００４７】
いずれの脊椎動物種から得られたものでも、抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）およびラムダ（λ）と呼ばれる、二つのはっきりと異なるタイプの内の一方に割り当てることが可能である。
【００４８】
重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体（免疫グロブリン）は、種々の異なるクラスに割り当てることが可能である。大きく、５クラスの免疫グロブリン：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭがあり、この内のいくつかは、さらにサブクラス（異性形）、例えば、ＩｇＧ−１、ＩｇＧ−２、ＩｇＡ−１、ＩｇＡ−２などに分けられる。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、δ、ε、γ、およびμと呼ばれる。異なるクラスの免疫グロブリンのサブユニット構造および３次元形態は、周知であり、例えば、Ａｂｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｅｌｌｕｌａｒ  ａｎｄ  Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ  ｅｄ．（２０００）に概説される。抗体は、該抗体と、一つ以上の他のタンパクまたはペプチドとの、共有または非共有的連結によって形成される、より大きい融合分子の一部であってもよい。
【００４９】
抗体は、キメラ、ヒト的、ヒト化、および／または親和性熟成させることが可能である。
【００５０】
「抗体断片」は、生の抗体の一部しか含まないが、該一部は、生の抗体に存在する時、その部分と通常関連する機能の少なくとも一部、好ましくは、その大部分または全てを保持する。
【００５１】
本明細書で用いる「モノクロナール抗体」という用語は、事実上均一な抗体集団から得られる抗体、すなわち、少数存在する可能性のある天然の突然変異を除いて同一である、集団を構成する個々の抗体を指す。モノクロナール抗体は、単一の抗原を指向する、高度の特異性を有する。さらに、通常、異なる決定基（エピトープ）を指向する種々の抗体を含む、ポリクロナール抗体調製物と違って、各モノクロナール抗体は、抗原上の単一決定基を指向する。
【００５２】
本明細書のモノクロナール抗体は、特に、その重鎖および／または軽鎖の一部が、特定の動物種から得られるか、または、特定の抗体クラスまたはサブクラスに属する、抗体の対応配列と同一であるか、または相同であるが、該鎖の残余部分は、別動物種から得られるか、または、別の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体の対応配列と同一であるか、または相同である「キメラ」抗体、および、所望の生物活性を示す限りにおいて、そのような抗体の断片を含む（米国特許第４，８１６，５６７号；およびＭｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１:６８５１−６８５５（１９８４））。
【００５３】
非ヒト（例えば、げっ歯類）抗体の「ヒト化」形態は、非ヒト免疫グロブリン由来の最小配列を含むキメラ抗体である。多くの場合、ヒト化抗体は、レシピエントの超可変域の残基が、所望の特異性、親和度、および能力を有する、非ヒト動物種、例えば、マウス、ラット、ウサギ、または、非ヒト霊長類の、超可変域（ドナー抗体）由来の残基によって置換される、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。ある場合、ヒト免疫グロブリンの枠組み構造領域（ＦＲ）の残基は、対応する、非ヒト残基によって置換される。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体、またはドナー抗体にも無い残基を含んでもよい。これらの修飾は、抗体性能をさらに向上させるために実行される。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも一つの、通常は二つの可変域であって、超可変ループの全て、または事実上全てが、非ヒト免疫グロブリンのものと対応するが、ＦＲの全て、または事実上全てが、ヒト免疫グロブリンのものと対応する可変域を含む。ヒト化抗体はさらに、免疫グロブリン定常域（Ｆｃ）、通常は、ヒト免疫グロブリンの定常域を任意に含む。さらに詳細については、Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２９（１９８８）；およびＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３−５９６（１９９２）を参照されたい。さらに、ここに引用する下記の総覧および参考文献：Ｖａｓｗａｎｉ  ａｎｄ  Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ａｎｎ．Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ  ＆  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１：１０５−１１５（１９９８）；Ｈａｒｒｉｓ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ  ２３：１０３５−１０３８（１９９５）；Ｈｕｒｌｅ  ａｎｄ  Ｇｒｏｓｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．５：４２８−４３３（１９９４）を参照されたい。
【００５４】
「ヒト抗体」とは、ヒトによって分泌される抗体、および／または、ヒト抗体を生産するための、本明細書に開示される技術のいずれかを用いて作製される抗体のものに対応するアミノ酸配列を持つ抗体である。この、ヒト抗体の定義は、非ヒト抗原結合残基を含む、ヒト化抗体を特異的に排除する。
【００５５】
「親和性熟成」抗体とは、その、一つ以上のＣＤＲにおいて、一つ以上の改変が施され、そのために、そのような改変（単数または複数）を持たない親抗体に比べ、抗原にたいする、該抗体の親和度に改善がもたらされた抗体である。好ましい親和性熟成抗体は、標的抗原に対し、ナノモル、または、場合によってはピコモルの親和度を有する。親和性熟成抗体は、従来技術で既知の手順によって生産される。Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：７７９−７８３（１９９２）は、ＶＨおよびＶＬドメインシャッフリングによる親和性熟成を記載する。ＣＤＲおよび／または枠組み構造残基のランダムな突然変異発生は：Ｂａｒｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ，ＵＳＡ  ９１:３８０９−３８１３（１９９４）；Ｓｃｈｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｅ  １６９：１４７−１５５（１９９５）；Ｙｅｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５５:１９９４−２００４（１９９５）；Ｊａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４（７）：３３１０−９（１９９５）；およびＨａｗｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９−８９６（１９９２）によって記載される。
【００５６】
「エピトープタグされた」ポリペプチドとは、「タグポリペプチド」に融合したキメラポリペプチドを指す。このようなタグは、Ａｂがそれに向けて作製されるか、または、利用可能となるが、ポリペプチド活性には事実上干渉しないエピトープを提供する。抗タグ抗体の、内因性エピトープとの反応性を抑えるために、タグポリペプチドは、通常、独特である。好適なタグポリペプチドは、一般に、少なくとも６個のアミノ酸残基、通常、約８から約５０個のアミノ酸残基、好ましくは約８から約２０個のアミノ酸残基を有する。エピトープタグ配列の例としては、インフルエンザＡウィルスのＨＡ、ＧＤ、およびｃ−ｍｙｃ、ポリ−ＨｉｓおよびＦＬＡＧが挙げられる。
【００５７】
本明細書では相互交換的に使用される「ポリヌクレオチド」または「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドポリマーを指し、例えば、ただしこれらに限定されないが、ＤＮＡおよびＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、ヌクレオチド修飾体または塩基、および／または、その類縁体、あるいは、ＤＮＡまたはＲＮＡポリメラーゼ、または、合成反応によってポリマーの中に組み込むことが可能な、任意の基質であることが可能である。ポリヌクレオチドは、ヌクレオチド修飾体、例えば、メチル化ヌクレオチドおよびその類縁体を含んでもよい。施す場合は、このヌクレオチド構造に対する修飾は、該ポリマーの重合前または後に付与してよい。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されてもよい。ポリヌクレオチドは、合成後、例えば、ラベルとの接合によってさらに修飾されてもよい。他の種類の修飾としては、例えば、「キャップ」、一つ以上の天然ヌクレオチドの、類縁体による置換、ヌクレオチド間修飾、例えば、無荷電連結（例えば、メチルフォスフォネート、フォスフォトリエステル、フォスフォアミデート、カバメートなど）によるもの、荷電連結（例えば、フォスフォロチオエート、フォスフォロジチオエートなど）によるもの、側基、例えば、タンパク（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリＬリシンなど）を含む修飾、介在因子（例えば、アクリジン、プソラレンなど）を含む修飾、キレート剤（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化性金属など）を含む修飾、アルキル化剤を含む修飾、修飾された連結（例えば、アルファアノマー核酸など）による修飾の外、非修飾形ポリヌクレオチドも挙げられる。さらに、糖の中に通例として存在するヒドロキシル基の内のいずれも、例えば、フォスフォネート基、フォスフェート基によって置換されてもよく、標準的保護基によって保護されてもよく、または、別のヌクレオチドに対する新たな連結を作製するために活性化されてもよく、または、固体または半固体支持体に対して接合されてもよい。５′および３′末端のＯＨは、リン酸化することも可能であるし、あるいは、アミン、または、１から２０個の炭素原子から成る有機キャップ基成分によって置換することも可能である。他のヒドロキシル基も、標準的保護基となるように誘導体形成されてもよい。ポリヌクレオチドはさらに、従来技術で一般的に知られる、リボースまたはデオキシリボースの類縁体、例えば、２′−Ｏ−メチル、２′−Ｏ−アリル、２′−フルオロ、または２′−アジド−リボース、カルボキシル糖類縁体、アルファ−アノマー糖、エピマー糖、例えば、アラビノース、キシロース、またはリキソース、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプチュロース、アクリル酸類縁体、および非塩基性ヌクレオチド類縁体、例えば、メチルリボシド含むことが可能である。一つ以上のフォスフォジエステル結合は、それに代わる連結基によって置換されてよい。そのような代替連結基としては、例えば、ただしこれらに限定されないが、リン酸塩が、Ｐ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ′、ＣＯ、またはＣＨ２（「フォルムアセタル」）によって置換される実施態様が挙げられる。なお、前式において、各ＲまたはＲ′は、独立に、Ｈ、または、置換または未置換の、任意にエーテル（−Ｏ−）結合を含むアルキル（１−２０Ｃ）、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、またはアラルジルである。ポリヌクレオチドにおける結合は必ずしも全てが同じである必要はない。前述の記載は、ＲＮＡおよびＤＮＡを含む、本明細書に言及される全てのポリヌクレオチドに適用される。
【００５８】
本明細書で用いる「オリゴヌクレオチド」は、一般に短い、一般に一本鎖の、一般に、しかし必ずしもそうでなくともよいが、約２００ヌクレオチド長未満の、一般に合成ポリヌクレオチドを指す。「オリゴヌクレオチド」および「ポリヌクレオチド」という用語は、必ずしも相互に排除的ではない。ポリヌクレオチドに関する上の記述は、等しく、完全に、オリゴヌクレオチドにも適用が可能である。
【００５９】
「ペプチド」という用語は、一般に、ペプチジル結合によって連結されるアミノ酸から成る、連接する、比較的短い配列を指す。通常、しかし必ずしもそうとは限らないが、ペプチドは、約２から５０アミノ酸、４−４０アミノ酸、または１０−３０アミノ酸長を有する。「ポリペプチド」という用語は、一般に、比較的長いペプチド形状を指すが、この二つの用語は、本明細書におけるいくつかの背景では相互交換的に使用することが可能であるし、そのように使用される。
【００６０】
ポリペプチドの「領域」は、２個以上のアミノ酸から成る連接配列である。別の実施態様では、領域は、３、５、１０、１５個の連接アミノ酸の内の、少なくともいずれかに相当する。
【００６１】
本明細書で用いる、「Ｃ−末端領域」、「Ｃ−末端配列」、およびその変異形は、ポリペプチドのＣ−終末（一般に３′）端、またはそのごく近傍に位置するアミノ酸配列を指す。一般に、この配列は、遊離カルボキシル基を有するアミノ酸を含む。一実施態様では、Ｃ−末端領域または配列は、ポリペプチドのＣ終末端に直近の約１−１５残基を含む、ポリペプチド領域を指す。
【００６２】
本明細書で用いる、「Ｎ−末端領域」、「Ｎ−末端配列」、およびその変異形は、ポリペプチドのＮ−終末（一般に５′）端、またはそのごく近傍に位置するアミノ酸配列を指す。一般に、この配列は、遊離アミノ基を有するアミノ酸を含む。一実施態様では、Ｎ−末端領域または配列は、ポリペプチドのＮ終末端に直近の約１−１５残基を含む、ポリペプチド領域を指す。
【００６３】
本明細書で用いる、「内部領域」、「内部配列」、およびその変異形は、ポリペプチドの内部に位置し、そのＮ−およびＣ−終末端において、その配列の一部ではない、一つ以上のアミノ酸によって側接されるアミノ酸配列を指す。一般に、この配列は、遊離カルボキシル基またはアミノ基を持つアミノ酸を含まない。一実施態様では、内部領域または配列は、ポリペプチド内に位置し、Ｃ−末端またはＮ−末端アミノ酸のいずれも含まない、約１−１５残基を含む、ポリペプチド領域を指す。
【００６４】
ＤＨＲ（ＤＬＧ相同性領域）またはＧＬＧＦ反復列とも呼ばれる「ＰＤＺドメイン」は、Ｄｖｌタンパクを含む、大きく、多様な一組のタンパクの中に認められる、９５ｋＤａ後シナプス高密度タンパク（ＰＳＤ−９５）、ショウジョウバエ腫瘍抑制因子ｄｉｓｃｓ−ｌａｒｇｅ、および密着結合タンパクｚｏｎｕｌａ−ｏｃｃｌｕｄｅｎｓ−１（ＺＯ−１）における保存的構造要素として元々記載されたタンパクドメインである。ＰＤＺドメインは、一般に、相互作用を持つタンパクのカルボキシル終末端に位置する、短いカルボキシル末端ペプチド配列に結合する。ＰＤＺドメインは、二つのαヘリックスおよび６枚のβシートを含む。
【００６５】
「Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン」、“Ｄｖｌ  ＰＤＺ”、およびその変異体は、細胞内Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用に直接または間接に関与する、配列番号１、２、および３（図２）の配列の一部または全てを指す。“Ｄｖｌ１  ＰＤＺ”は、Ｄｖｌ１のＰＤＺドメインを指し；“Ｄｖｌ２  ＰＤＺ”は、Ｄｖｌ２のＰＤＺドメインを指し；“Ｄｖｌ３  ＰＤＺ”は、Ｄｖｌ３のＰＤＺドメインを指す。
【００６６】
“Ｄｉｓｈｅｖｅｌｌｅｄ”または“Ｄｖｌ”という用語は、Ｄｉｓｈｅｖｅｌｌｅｄタンパクファミリーのメンバーを指し、その完全長配列は、通常、三つの保存ドメイン：Ｗｎｔ拮抗タンパクＡｘｉｎ中に存在するＤＩＸドメイン；タンパク−タンパク相互作用に関与するＰＤＣドメイン；およびＲｈｏ  ＧＴＰアーゼを調節するｒタンパクに見られるＤＥＰタンパクを持つ。Ｄｖｌタンパクは、例えば、Ｄｖｌ−１、Ｄｖｌ−２、およびＤｖｌ−３を含む。Ｄｖｌの核酸およびタンパク配列は、マウスおよびヒトを含む種々の動物種のものが知られる。例示の、ヒトの、Ｄｖｌ−１、Ｄｖｌ−２、およびＤｖｌ−３タンパク配列が、それぞれ、参照配列ＮＰ＿００４４１２、ＮＰ＿００４４１３、およびＮＰ＿００４４１４において参照することが可能である。さらに、国際公開第２００６／００７５４２号を参照されたい。
【００６７】
「リガンド」とは、タンパクまたはその他の分子の特異的部位と結合相互作用を持つことのできる、天然または合成の分子または成分を指す。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインのリガンドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと特異的に相互作用を持つ分子、または成分である。リガンドの例として、タンパク、ペプチド、および小型の有機および無機分子が挙げられる。
【００６８】
「融合タンパク」とは、それぞれが異なるタンパクに由来し、共有的に連結される二つの部分を有するポリペプチドを指す。この二つの部分は、単一のペプチド結合によって直接連結されてもよいし、あるいは、一つ以上のアミノ酸残基を含むペプチドリンカーを介して連結されてもよい。一般に、二つの部分とリンカーとは、互いに読み枠が一致し、組み換え技術を用いて生産される。
【００６９】
「障害」または「病理的状態」とは、本発明の物質／分子または方法による治療によって利益を受ける状態があれば、それがどのようなものであれ、それら全てである。これは、哺乳動物を問題の障害に罹り易くする病理的状態を含む、慢性および急性障害または疾患を含む。本発明で治療される障害の非限定的例としては、悪性および良性の腫瘍または癌；非白血病、リンパ性悪性腫瘍；神経、グリア、星状細胞、視床下部および他の腺、マクロファージ、上皮、支質および胞胚腔障害；および炎症、免疫原性、神経変性障害、血管形成関連障害、および、ミトコンドリアおよび代謝欠陥に関連する障害が挙げられる。
【００７０】
「癌」および「癌様」という用語は、通常、制御不良細胞成長／増殖によって特徴づけられる、哺乳動物における生理的状態を指すか、または記述する。癌の例としては、例えば、ただしこれらに限定されないが、上皮癌、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、および白血病が挙げられる。このような癌のより具体的な例としては、扁平上皮癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌、肺の扁平上皮癌、腹膜の癌、肝細胞癌、消化器癌、すい臓癌、グリア芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、ヘパトーマ、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜または子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、肝臓癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝臓癌、および各種頭部および頸部癌が挙げられる。
【００７１】
本明細書で用いる「治療」とは、治療される個人または細胞の天然の進行を変える試みとして行われる臨床的介入を指し、予防のために、または、臨床的病理状態の進行時に実行することが可能である。治療の望ましい作用としては、病気の発生または再発の阻止、症状の緩和、病気の直接的または間接的病理的結果の低減、転移の阻止、病気の進行速度の低下、病状の緩和または寛解、および軽快または予後の改善が挙げられる。ある実施態様では、本発明の修飾性化合物は、病気または障害の発達を遅らせるために使用される。
【００７２】
「有効量」とは、所望の治療または予防結果を実現するのに必要な用量および期間において有効な量を指す。本発明の物質／分子、作用剤、または拮抗剤の「治療的有効量」は、個体の病状、年齢、性別、および体重、および、該個体において、該物質／分子、作用剤、または拮抗剤が所望の反応を誘発する能力などの要因に応じて変動してよい。治療的有効量とはまた、該物質／分子、作用剤または拮抗剤の毒性または有害作用が、治療的有益作用によって凌駕される量でもある。「予防的有効量」とは、所望の予防結果を実現するのに必要な用量および期間において有効な量を指す。通常、しかし必ずしもそうとは限らないが、予防的用量は、病気の前、または初期段階において対象に使用されるので、予防的有効量は、治療的有効量よりも低い。
【００７３】
（Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子）
本発明は、インビボにおけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用に対する修飾因子、および修飾因子を特定する方法を提供する。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと、そのリガンドとの間の相互作用を修飾する一つのやり方は、その相互作用を抑制することである。Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を損なう分子は、それがいずれのものであれ、全て阻害剤候補となり得る。当業者に周知のスクリーニング技術を用いることによって、これらの分子を特定することが可能である。阻害剤の例としては：（１）小型の、有機および無機化合物、（２）小型ペプチド、（３）抗体と誘導体、（４）ＰＤＺ−ドメインリガンドと緊密に関連するペプチド、（５）核酸アプタマーが挙げられる。「Ｄｖｌ  ＰＤＺ−ドメイン−リガンド相互作用阻害剤」は、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと、そのリガンドとの間の相互作用を、部分的にまたは完全に、遮断、抑制、または中和する分子は、それがいずれのものであれ、全て含む。そのような阻害剤として活動することが考えられる分子としては、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインに結合するペプチド、例えば、表Ｉ（例えば、特に、ペプチドＫＷＹＧＷＬ（配列番号＿＿）；ＫＷＹＧＷＦ（配列番号＿＿）；ＷＫＷＹＧＷＬ（配列番号＿＿）；ＷＫＷＹＧＷＦ（配列番号＿＿））、表ＩＩ（例えば、特に、ペプチドＧＷＫＤＹＧＷＩＤＧ（配列番号＿＿）；ＧＥＩＶＬＷＳＤＩＰＧ（配列番号＿＿））に列挙されるペプチド結合分子；図１（配列番号＿＿）に列挙されるペプチド結合分子；抗体（Ａｂ）または抗体断片、および、その他の、小型の、有機または無機分子が挙げられる。
【００７４】
（低分子Ｄｖｌ  ＰＤＺ修飾因子）
低分子は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の有用な修飾因子となることが可能である。この相互作用を抑制する低分子は、有用な阻害剤となる可能性を持つ。低分子修飾因子の例としては、小型ペプチド、ペプチド様分子、可溶で、合成の、非ペプチジル、有機または無機化合物が挙げられる。低分子とは、例えば、約５ｋＤ未満、約４ｋＤ未満、および０．６ｋＤ未満の分子量を有する組成物を指す。低分子は、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド様分子、炭水化物、脂質、またはその他の有機または無機分子であることが可能である。化学的および／または生物学的混合物、例えば、真菌、細菌、または藻類抽出物のライブラリーは、従来技術で既知であるが、いずれのアッセイによるスクリーニングにも使用が可能である。分子ライブラリーの合成法の例が記載されている（Ｃａｒｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ．３３：２０５９−２０６１（１９９４）；Ｃａｒｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ．３３：２０６１−２０６４（１９９４）；Ｃｈｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２６１：１３０３−５（１９９３）；ＤｅＷｉｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．９０：６９０９−１３（１９９３）；Ｇａｌｌｏｐ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ．３７：１２３３−５１（１９９４）；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ．３７：２６７８−８５（１９９４）。
【００７５】
化合物のライブラリーは、溶液中（Ｈｏｕｇｈｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．１３：４１２−２１（１９９２））、またはビーズ上（Ｌａｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．３５４：８２−８４（１９９１））、チップ上（Ｆｏｄｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．３６４：５５５−６（１９９３））、細菌、細菌胞子（Ｌａｄｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，２２３，４０９号、１９９３）、プラスミド（Ｃｕｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．８９：１８６５−９（１９９２））、またはファージ上（Ｃｗｉｒｌａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．８７：６３７８−８２（１９９０）；Ｄｅｖｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２４９：４０４−６（１９９０）；Ｆｅｌｉｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．２２２：３０１−１０（１９９１）；Ｌａｄｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，２２３，４０９号、１９９３；Ｓｃｏｔｔ  ａｎｄ  Ｓｍｉｔｈ，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２４９：３８６−９０（１９９０））に存在してもよい。無細胞アッセイは、Ｄｖｌ  ＰＤＺを、既知の結合分子（例えば、本明細書に記載される本発明の、一つ以上の結合ポリペプチド）と接触させ、アッセイ混合物を形成すること、このアッセイ混合物を試験化合物と接触させること、および、Ｄｖｌ  ＰＤＺまたは結合分子と相互作用を持つ、試験化合物の能力を定量すること、を含み、Ｄｖｌ  ＰＤＺまたは結合分子と相互作用を持つ、試験化合物の能力を定量することは、Ｄｖｌ  ＰＤＺ／結合分子複合体の検出可能な特性が修飾されたかどうかを判定することを含む。例えば、形成される複合体の量で定量した、Ｄｖｌ  ＰＤＺと結合分子の結合相互作用は、試験化合物が、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、結合分子との間の相互作用を修飾することが可能かどうかを示すことが可能である。複合体の量は、従来技術で既知の方法によって、その内のいくつかは本明細書にも記述されるが、例えば、ＥＬＩＳＡ（競合的結合ＥＬＩＳＡを含む）、ｙｅａｓｔ  ｔｗｏ−ｈｙｂｒｉｄ  ｐｒｏｘｉｍｉｔｙ（例えば、蛍光共鳴エネルギー転移、酵素−基質）アッセイによって定量することが可能である。
【００７６】
（ポリペプチド／ペプチドおよび抗体の、Ｄｖｌ  ＰＤＺ修飾因子）
本発明の一局面は、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その細胞内および／または生理的結合パートナーとの間の相互作用の、単離ペプチド／ポリペプチド修飾因子に関する。ここに記載される本発明の結合ポリペプチド、および、ここに記載される方法によって得られるポリペプチド修飾因子はまた、この相互作用の抗体修飾因子を惹起する免疫原として使用するのに好適である。一実施態様では、修飾因子（例えば、ペプチドおよび抗体）は、標準的タンパク精製技術による適切な精製スキームによって、細胞または組織供給源から単離することが可能である。別の実施態様では、修飾因子は、組み換えＤＮＡ技術によって生産される。組み換え発現に対する別法として、修飾因子は、標準的ペプチド合成技術を用いて化学的に合成することも可能である。
【００７７】
本発明のＤｖｌ  ＰＤＺ結合分子は、表Ｉ、ＩＩ、および図１に載せるものを含む。本発明はさらに、突然変異、または変異タンパクであって、その残基のいずれかが、これらのペプチドの対応残基から変化はしているが、修飾活性を依然として維持するペプチドをコードしている突然変異、または変異タンパクを提供する。一実施態様では、結合ペプチド／ポリペプチド／リガンドの変異体は、参照結合ペプチド／ポリペプチド／リガンドの配列に対し、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、９９％のアミノ酸配列同一性を有する。一般に、変異体は、参照結合ペプチド／ポリペプチド／リガンドよりも、事実上同じか、またはより高い結合親和性を、例えば、従来技術で公認の結合アッセイ定量単位／尺度に基づいて、参照結合ペプチド／ポリペプチド／リガンドの結合親和性の、例えば、少なくとも０．７５Ｘ、０．８Ｘ、０．９Ｘ、１．０Ｘ、１．２５Ｘ、または１．５Ｘの結合親和性を示す。
【００７８】
一般に、本発明の変異体は、配列の特定位置における残基が、他のアミノ酸によって置換される変異体を含み、さらに、親タンパク／ペプチドの二つの残基の間に、新たに別の一残基または複数残基を挿入する可能性、および、親配列から一つ以上の残基を欠失するか、または、親配列に対し一つ以上の残基を付加する可能性を含む。アミノ酸置換、挿入、または欠失は、それがどのようなものであれ、本発明によって包含される。好適な状況では、置換は、本明細書に記載されるもののような、保存的置換である。
【００７９】
「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」とは、二つの配列を整列させた場合、参照（親）ポリペプチド配列のアミノ酸残基と同じ、アミノ酸配列残基のパーセントと定義される。％アミノ酸同一性を求めるには、配列同士を整列させ、要すれば、最大％配列同一性を実現するためにギャップを導入する；保存的置換は、配列同一性の一部とは見なされない。パーセント同一性を求めるための、アミノ酸配列整列手順は、従来技術において周知である。ペプチド配列同士を整列させるためには、多くの場合、広く市販されるソフトウェア、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ２、ＡＬＩＧＮ２、またはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアが使用される。当業者であれば、比較される配列の全長に亘って最大の整列を実現するために必要なアルゴリスムを含む、整列度を測定するための適切なパラメータを決定することが可能である。
【００８０】
アミノ酸配列が整列されると、ある任意のアミノ酸配列Ａの、ある任意のアミノ酸配列Ｂとの、または、Ｂに対する％アミノ酸配列同一性（これは、別に、ある任意のアミノ酸配列Ｂに、Ｂと、またはＢに対し、％アミノ酸配列同一性を有する、または含むある任意のアミノ酸配列Ａと言い換えることもできる）は、下式：
％アミノ酸配列同一性＝Ｘ／Ｙ・１００
として計算することが可能である。上式において：
Ｘは、ＡおよびＢの配列整列プログラムまたはアルゴリスムによって、一致と評価されたアミノ酸残基数、
および、
Ｙは、Ｂのアミノ酸の全数である。
【００８１】
アミノ酸配列Ａの長さが、アミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、Ｂに対するＡの％アミノ酸配列同一性は、Ａに対するＢの％アミノ酸配列同一性とは等しくない。
【００８２】
ペプチド、ポリペプチド、タンパク、または生物学的活性断片の「単離体」または「精製体」は、その天然環境の成分から分離、および／または回収される。汚染成分は、通常、あると、ポリペプチドの診断または治療的使用を妨げると考えられる物質を含み、酵素、ホルモン、およびその他の、タンパク様、または非タンパク様物質が挙げられてもよい。好ましくは、乾燥重量に基づいて３０％未満の不要な汚染性物質（汚染物質）、好ましくは２０％、１０％、好ましくは５％未満の汚染物質を有する標本は、事実上単離体と見なされる。組み換え的に生産される、ペプチド／ポリペプチド、またはその生物学的活性部分は、好ましくは、培養媒体を事実上含まない、すなわち、培養媒体は、ペプチド／ポリペプチド標本の容量の、好ましくは約２０％未満、好ましくは約１０％未満、および好ましくは約５％未満を表す。汚染物質の例としては、細胞破片、培養媒体、および、ペプチド／ポリペプチドのインビトロ合成の際に使用、生産される物質が挙げられる。
【００８３】
ペプチド／ポリペプチドの保存的置換が、表Ａにおいて、「好ましい置換体」という題名の下に示される。このような置換が生物活性に変化をもたらす場合、表Ａに「例示の置換」と表示され、アミノ酸クラスを参照しながら下記に説明される、比較的実質的な変化を導入し、産物をスクリーニングしてもよい。
【００８４】
【化１−１】
2009533465.tif 000003
【００８５】
【化１−２】
2009533465.tif 000004
ペプチド／ポリペプチドの生物学的性質における実質的な修飾は、（ａ）置換領域における、例えば、シートまたはヘリックス立体配座などのポリペプチドバックボーン構造の維持、（ｂ）標的部位における分子の電荷または疎水性、または（ｃ）側鎖の大きさに及ぼすその作用において著明に異なる置換を選択することによって実現される。天然の残基は、共通の側鎖の性質に基づいていくつかの群に分けられる。
【００８６】
（１）疎水性群：ｎｏｒｌｅｕｃｉｎｅ，ｍｅｔ，ａｌａ，ｖａｌ，ｌｅｕ，ｉｌｅ；
（２）中性親水性群：ｃｙｓ，ｓｅｒ，ｔｈｒ；
（３）酸性群：ａｓｐ，ｇｌｕ；
（４）塩基性群：ａｓｎ，ｇｌｎ，ｈｉｓ，ｌｙｓ，ａｒｇ；
（５）鎖の方向性に影響を及ぼす残基：ｇｌｙ，ｐｒｏ；および、
（６）芳香族：ｔｒｐ，ｔｙｒ，ｐｈｅ。
【００８７】
非保存的置換では、これらのクラスの一クラスのメンバーは、他クラスのものと交換することを必要とする。
【００８８】
さらに、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の抗体修飾因子の変異体を、抗体の活性にほとんど影響を及ぼさずに、従来技術で既知の情報に基づいて作製することが可能である。例えば、抗体変異体は、抗体分子の少なくとも一つのアミノ酸残基を、別の残基によって置換させることが可能である。抗体では、置換的突然変異発生においてもっとも興味深い部位は、一般に、超可変域を含むが、枠組み構造領域（ＦＲ）の改変も考慮の対象とされる。
【００８９】
抗体では、一型の置換変異体は、親抗体（例えば、ヒト化、またはヒト抗体）の、一つ以上の超可変域残基の置換を含む。一般に、その後の発達のために選ばれる変異体は、それから得られた親抗体と比べて、生物学的特性が改善される。このような置換変異体を生成する好適な方法は、ファージディスプレイを用いる親和性熟成を含む。簡単に言うと、いくつかの超可変域部位（例えば、６−７部位）を突然変異させて、各部位において全ての可能なアミノ酸置換を生成する。このようにして生成される抗体は、繊維状ファージ粒子によって、各粒子内にパックされるＭ１３の遺伝子ＩＩＩ産物に対する融合体として表示される。次に、このファージディスプレイ変異体を、本明細書に開示するやり方で、その生物活性（例えば、結合親和性）に関してスクリーニングする。修飾に関して候補となる超可変域を特定するため、抗原結合に大きく貢献する超可変域残基を特定する目的でアラニンスキャニング突然変異発生を実行することが可能である。それとは別に、またはそれに加えてさらに、抗体および抗原間の接触点を特定するために、抗原抗体複合体の結晶構造を分析することは有益であると考えられる。このような接触残基および隣接残基は、本発明において改善された技術による置換の候補となる。一旦このような変異体が生成されたならば、その一連の変異体に、本明細書に記載するやり方でスクリーニングを実施し、一つ以上の関連アッセイにおいて優れた特性を示す抗体を、その後の発展のために選別してよい。
【００９０】
抗体のアミノ酸配列変異体をコードする核酸分子は、従来技術で既知の種々の方法によって調製される。その方法としては、例えば、ただしこれらに限定されないが、天然供給源からの単離（天然アミノ酸配列変異体の場合）、オリゴヌクレオチド介在性（または、部位指向性）突然変異発生、ＰＣＲ突然変異発生、および、抗体の、あらかじめ調製した変異体または非変異体のカセット突然変異発生が挙げられる。
【００９１】
本発明の免疫グロブリンポリペプチドのＦｃ領域に、一つ以上のアミノ酸修飾を導入し、Ｆｃ領域変異体を生成することが望ましい場合がある。Ｆｃ領域は、ヒンジ・システイン位置を含む、一つ以上のアミノ酸位置においてアミノ酸修飾（例えば、置換）を含む、ヒトのＦｃ領域配列（例えば、ヒトの、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４  Ｆｃ領域）を含んでもよい。
【００９２】
一実施態様では、Ｆｃ領域変異体は、改変された、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）結合活性を示してもよい。このような、Ｆｃ領域変異体は、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２５２、２５３、２５４、２５５、２５６、２６５、２７２、２８６、２８８、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、３８６、３８８、４００、４１３、４１５、４２４、４３３、４３４、４３５、４３６、４３９、または４４７の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含んでもよい。ＦｃＲｎに対する結合性を低下させたＦｃ領域変異体は、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２５２、２５３、２５４、２５５、２８８、３０９、３８６、３８８、４００、４１５、４３３、４３５、４３６、４３９、または４４７の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含むと考えられる。それとは別に、上記Ｆｃ領域変異体は、ＦｃＲｎに対する結合を上昇させる場合もあり、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、または４３４の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含むと考えられる。
【００９３】
Ｆｃ（Ｒに対する結合を低下させたＦｃ領域変異体は、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２３９、２４８、２４９、２５２、２５４、２６５、２６８、２６９、２７０、２７２、２７８、２８９、２９２、２９３、２９４、２９５、２９６、２９８、３０１、３０３、３２２、３２４、３２７、３２９、３３３、３３５、３３８、３４０、３７３、３７６、３８２、３８８、３８９、４１４、４１６、４１９、４３４、４３５、４３７、４３８、または４３９の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含むと考えられる。
【００９４】
例えば、Ｆｃ領域変異体は、Ｆｃ（ＲＩに対する結合低下を示し、かつ、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２６５、２６９、２７０、または３２９の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含む場合がある。
【００９５】
Ｆｃ領域変異体は、Ｆｃ（ＲＩＩに対する結合低下を示し、かつ、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２６５、２６９、２７０、２９２、２９４、２９５、２９８、３０３、３２４、３２７、３２９、３３３、３３５、３３８、３７３、３７６、４１４、４１６、４１９、４３５、４３８、または４３９の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含む場合がある。
【００９６】
対象のＦｃ領域変異体は、Ｆｃ（ＲＩＩＩに対する結合低下を示し、かつ、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２３９、２４８、２４９、２５２、２５４、２６５、２６８、２６９、２７０、２７２、２７８、２８９、２９３、２９４、２９５、２９６、３０１、３０３、３２２、３２７、３２９、３３８、３４０、３７３、３７６、３８２、３８８、３８９、４１６、４３４、４３５、または４３７の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含む場合がある。
【００９７】
Ｃｌｑ結合および／または補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）が改変された（すなわち、向上または衰退した）Ｆｃ領域変異体が、国際公開第９９／５１６４２号に記載される。このような変異体は、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２７０、３２２、３２６、３２７、３２９、３３１、３３３、または３３４の内の一つ以上においてアミノ酸置換を含む。さらに、Ｆｃ領域変異体に関する、Ｄｕｎｃａｎ  ＆  Ｗｉｎｔｅｒ  Ｎａｔｕｒｅ  ３２２：７３８−４０（１９８８）；米国特許第５，６４８，２６０号；米国特許第５，６２４，８２１号；および国際公開第９４／２９３５１号を参照されたい。
【００９８】
（ベクター構築）
本明細書に記載されるペプチドおよびポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列は、標準的合成および／または組み換え技術を用いて入手することが可能である。所望のポリヌクレオチド配列は、適切な起源細胞から単離し、配列決定してもよい。抗体のための起源細胞は、もしあるとするならば、ハイブリドーマ細胞などの抗体生産細胞を含むと考えられる。それとは別に、ポリヌクレオチドは、ヌクレオチド合成機またはＰＣＲ技術を用いて合成することも可能である。一旦得られたならば、該ペプチドまたはポリペプチドをコードする配列は、宿主細胞において異種ポリヌクレオチドを複製し、発現することが可能な組み換えベクターに挿入される。従来技術で利用可能で、既知の、多くのベクターが、本発明の目的のために使用が可能である。適切なベクターの選択は、主に、ベクターに挿入される核酸のサイズ、および、ベクターによって形質転換される特定の宿主細胞に依存する。各ベクターは、その機能（異種ポリヌクレオチドの増幅または発現、またはその両方）、および、それが滞在する特定の宿主細胞との適合性に応じて種々の成分を含む。ベクター成分としては、一般に、例えば、ただしこれらに限定されないが：複製起点（特に、ベクターが、前核細胞に挿入される場合）、選択マーカー遺伝子、プロモーター、リボソーム結合部位（ＲＢＳ）、シグナル配列、異種核酸挿入体、および転写終結配列が挙げられる。
【００９９】
一般に、宿主細胞と適合性を持つ生物種から得られたレプリコンおよび調節配列を含むプラスミドベクターが、これらの宿主と結びつけて使用される。ベクターは、通例として、複製部位の外、形質転換細胞において表現型選択を可能とする、標識配列を担う。例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）は、通常、大腸菌種由来のプラスミドｐＢＲ３２２によって形質転換される。ｐＢＲ３２２は、アンピシリン耐性をコードする遺伝子（Ａｍｐ）、およびテトラサイクリン耐性をコードする遺伝子（Ｔｅｔ）を含み、このようにして形質転換細胞を特定するための簡便な手段を提供する。さらに、ｐＢＲ３２２、その誘導体、または、他の細菌プラスミドまたはバクテリオファージは、内因性タンパクの発現のために細菌生物によって使用されるプロモーターを含むか、または、含むように修飾されてもよい。
【０１００】
さらに、これらの宿主と結びつけた形質転換ベクターとして、宿主微生物と適合性を持つレプリコンおよび調節配列を含むファージベクターを使用することも可能である。例えば、λＧＥＭ．ＴＭ．−１１などのバクテリオファージを、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＬＥ３９２などの、感受性を有する宿主細胞を形質転換するために使用が可能な組み換えベクターの作製に利用してもよい。
【０１０１】
当業者ならば確かめることが可能な、特定の状況の要求にしたがって、本発明では、構成的または誘発性のいずれかのプロモーターを使用することが可能である。種々の可能な宿主細胞によって認識される、多数のプロモーターが広く知られる。制限酵素消化によって起源ＤＮＡのプロモーターを除去し、単離プロモーター配列を、選ばれたベクターの中に挿入することによって、該選択プロモーターを、本明細書に記載されるポリペプチドをコードするシストロンＤＮＡに動作可能的に連結することが可能である。標的遺伝子の増幅および／または発現を指令するためには、元々のプロモーター配列、および多くの異種プロモーターのどちらでも使用してよい。しかしながら、異種プロモーターの方が、一般に、元々の標的ポリペプチドプロモーターと比べて、より大きな転写率、および標的遺伝子発現の、より高い収率を可能にするという点で、好ましい。
【０１０２】
前核細胞宿主において使用するのに好適なプロモーターとしては、ＰｈｏＡプロモーター、βガラクタマーゼおよびラクトースプロモーターシステム、トリプトファン（ｔｒｐ）プロモーターシステム、および、ｔａｃまたはｔｒｃプロモーターなどのハイブリッドプロモーターが挙げられる。しかしながら、細菌において機能する他のプロモーター（例えば、他の、既知の細菌またはファージプロモーター）も同じく好適である。それらのヌクレオチド配列は公表されているので、熟練した当業者ならば、必要な制限部位を供給するリンカーまたはアダプターを用いて、それらを、標的軽鎖および重鎖をコードするシストロンに動作可能的に連結させることは可能である（Ｓｉｅｂｅｎｌｉｓｔ  ｅｔ  ａｌ．（１９８０）Ｃｅｌｌ  ２０：２６９）。
【０１０３】
ある実施態様では、組み換えベクター内の各シストロンは、発現ポリペプチドの、膜を横断する転位を指令する、分泌シグナル配列成分を含む。一般に、シグナル配列は、ベクターの一成分であってもよいし、あるいは、ベクターに挿入される標的ポリペプチドＤＮＡの一部であってもよい。本発明の目的のために選ばれるシグナル配列は、宿主細胞によって認識、処理（すなわち、シグナルペプチダーゼによって切断）されるものでなければならない。異種ポリペプチドに元々付属するシグナル配列を認識・処理しない前核細胞宿主では、該シグナル配列は、例えば、アルカリフォスファターゼ、ペニシリナーゼ、Ｉｐｐ、または熱安定エンテロトキシンＩＩ（ＳＴＩＩ）リーダー、ＬａｍＢ、ＰｈｏＥ、ＰｅｌＢ、ＯｍｐＡ、およびＭＢＰから成る群から選ばれる、前核細胞性シグナル配列によって置換される。
【０１０４】
ポリペプチドを発現するのに好適な前核細胞宿主としては、グラム陰性またはグラム陽性微生物などの、古細菌およびユーバクテリアが挙げられる。有用な細菌の例としては、エシェリキア属（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、バチルス属（例えば、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、腸内細菌、シュードモナス種（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｒｈｉｚｏｂｉａ、Ｖｉｔｒｅｏｓｃｉｌｌａ、またはＰａｒａｃｏｃｃｕｓが挙げられる。グラム陰性細胞を使用することが好ましい。宿主細胞は、最少量のタンパク分解酵素を分泌することが好ましく、別に、プロテアーゼ阻害剤が、細胞培養体中に組み込まれることが望ましい。
【０１０５】
（ペプチドまたはポリペプチド生産）
宿主細胞は、前述の発現ベクターによってトランスフェクトされるか、または形質転換され、プロモーターの誘発、形質転換体の選択、または、所望の配列をコードする遺伝子の増幅のために適宜修飾される、好適な栄養培地において培養される。
【０１０６】
トランスフェクションとは、実際にどのようなコード配列が発現されるかとは無関係に、宿主細胞による、発現ベクターの取り込みを指す。数多くのトランスフェクション法が、例えば、ＣａＰＯ４沈殿および電気穿孔などの方法が、当業者には周知される。トランスフェクションの成功は、一般に、このベクターの動作を示す何らかの表徴が宿主細胞の内部に生じた場合に認められる。
【０１０７】
形質転換とは、前核細胞宿主の中にＤＮＡを、該ＤＮＡが、染色体外要素として、または染色体内組み込み体として複製可能となるように導入することを意味する。使用される宿主細胞に応じて、形質転換は、その細胞にとって適切な標準技術を用いて実行される。しっかりした細胞壁障碍を含む細菌細胞のためには、塩化カルシウムを用いるカルシウム処理が一般に使用される。形質転換のための、もう一つの方法は、ポリエチレングリコール／ＤＭＳＯを用いる。使用される、さらにもう一つの技術は電気穿孔である。
【０１０８】
本発明のポリペプチドを生産するために使用される前核細胞は、従来技術で既知で、選ばれた宿主細胞の培養に好適な培地において育成される。好適な培地の例としては、ルリアブロス（ＬＢ）、プラス、必要な栄養添加物が挙げられる。好ましい実施態様では、培地は、さらに、発現ベクターを含む前核細胞の選択的増殖を可能とするために、発現ベクターの構築に基づいて選択された選択性介在因子を含む。例えば、アンピシリン耐性遺伝子を発現する細胞の増殖のために、培地に対しアンピシリンが加えられる。
【０１０９】
炭素、窒素、および無機のリン酸塩供給源の外に、任意の必要添加物が、単独で、または、複雑な窒素供給源などの、他の添加物または媒体との混合物として、適切な濃度において含まれてもよい。培地は、グルタチオン、システイン、シスタミン、チオグリコレート、ジチオエリトリトール、およびジチオスレイトールから成る群から選ばれる、一つ以上の還元剤を任意に含んでもよい。
【０１１０】
前核細胞宿主は、適切な温度において培養される。大腸菌の育成には、適切な温度は、例えば、約２０℃から約３９℃、より好ましくは約２５℃から約３７℃の範囲、さらに好ましくは約３０℃である。培地のｐＨは、主に宿主の微生物に依存して、約５から約９の範囲の任意のｐＨであってよい。大腸菌の場合、ｐＨは、好ましくは約６．８から約７．４であり、より好ましくは約７．０である。
【０１１１】
発現ベクターにおいて誘発性プロモーターが使用される場合、タンパク発現は、プロモーターの活性化に好適な条件下で誘発される。例えば、転写調節のためにＰｈｏＡが使用される場合、形質転換細胞は、誘発のために、リン酸塩制限培地の中で培養されてもよい。従来技術で知られるように、外にも、様々な誘発因子を、用いるベクター構築体に応じて使用してよい。
【０１１２】
微生物において発現される、本明細書に記載されるポリペプチドは、宿主細胞のペリプラズムに分泌させ、該腔から回収するようにしてもよい。通常、タンパクの回収は、一般に、浸透圧ショック、超音波処理、または細胞溶解などの手段によって微生物を破壊することを含む。一旦細胞が破壊されたならば、細胞破片または全体細胞は、遠心またはろ過によって除去してもよい。タンパクは、例えば、アフィニティ樹脂クロマトグラフィーによってさらに精製されてもよい。それとは別に、タンパクは、培地に輸送し、それから単離することも可能である。細胞を、培養体から取り出し、培養上清を、生産されたタンパクをさらに精製するために、ろ過し、濃縮してもよい。この発現されたポリペプチドは、さらに単離し、周知の方法、例えば、免疫アフィニティーまたはイオン交換カラムにおける分画；エタノール沈殿；逆相ＨＰＬＣ；シリカ、または、ＤＥＡＥなどの陽イオン交換樹脂によるクロマトグラフィー；クロマトフォーカッシング；ＳＤＳ−ＰＡＧＥ；硫酸アンモニウム沈殿；例えば、Ｓｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−７５使用のゲルろ過；基質に固定した適切な抗原による、疎水性アフィニティー樹脂、リガンドアフィニティーおよびウェスタンブロットアッセイなどの方法を用いて特定することが可能である。
【０１１３】
前核宿主細胞の外に、真核宿主細胞も、従来技術において十分に確立されている。適切な宿主としては、ＣＨＯなどの哺乳類細胞系統、および、後述のような昆虫細胞が挙げられる。
【０１１４】
（ポリペプチド／ペプチド精製）
生産されるポリペプチド／ペプチドは、その後のアッセイおよび使用のために、事実上均一な標本を得るために精製されてもよい。従来技術で既知の、標準的タンパク精製法を使用することが可能である。下記の手順は、適切な精製手順の例示となるものである、すなわち、免疫アフィニティーまたはイオン交換カラムにおける分画、エタノール沈殿、逆相ＨＰＬＣ、シリカ、または、ＤＥＡＥなどの陽イオン交換樹脂によるクロマトグラフィー、クロマトフォーカッシング、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、硫酸アンモニウム沈殿、および、例えば、Ｓｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−７５使用のゲルろ過などである。
【０１１５】
（Ｄｖｌ  ＰＤＺ修飾因子の特定および特徴解明−一般的方法）
Ｄｖｌ  ＰＤＺ修飾因子候補、例えば、結合ペプチドは、任意の数の、従来法によって特定することが可能である。修飾因子の修飾特性は、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その結合パートナー（例えば、本発明の結合ポリペプチド）との間の相互作用を修飾する、該修飾因子の能力を定量することによって評価することが可能である。重要な特性の一つは、結合親和度である。対象とする、修飾因子候補（例えば、ペプチド）の結合特性は、いくつかの既知の方法のいずれかによって評価することが可能である。
【０１１６】
このプロセスにおける第１工程は、対象配列を含む一つ以上の候補ペプチドを生成することを含むことが可能であり、この候補ペプチドは、次に、その、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン結合特性を定量するのに好適な条件下で表示される。例えば、候補ペプチドは、ｐ３またはｐ８などのコートタンパクとのタンパク融合を用いて、ファージまたはファージミド、例えば、繊維状ファージ（ミド）の表面において、ペプチドの、カルボキシル末端（Ｃ−末端）ディスプレイライブラリーとして表示することが可能である。Ｃ−末端ライブラリーは従来技術で既知である。例えば、Ｊｅｓｐｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ＮＹ）１３：３７８−８２および国際公開第００／０６７１７号を参照されたい。これらの方法は、融合遺伝子、融合タンパク、ベクター、組み換えファージ粒子、宿主細胞、および本発明の、そのライブラリーの調製のために使用してよい。本明細書に記載するように、ある実施態様では、候補ペプチドを、ファージまたはファージミドの表面においてペプチドのアミノ末端（Ｎ−末端）ディスプレイライブラリーとして表示することが有用な場合がある。Ｎ−末端ファージ（ミド）ディスプレイ法としては、本明細書に記載されるもの、および、従来技術でよく知られるもの、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号（および、その中に引用される参考文献）に記載されるものが挙げられる。これらの方法によって得られた結合分子の特性を解明する方法も、例えば、前述の参考文献（Ｊａｓｐｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，国際公開第００／０６７１７号、および米国特許第５，７５０，３７３号）、および本明細書に記載されるものを含め、従来技術において既知である。
【０１１７】
（ｉ）Ｄｖｌ  ＰＤＺに対する結合ファージの単離
候補のＤｖｌ  ＰＤＺ結合ペプチドが表示されるファージディスプレイライブラリーを、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインタンパクまたは融合タンパクに接触させ、該ライブラリーにおいてＤｖｌ  ＰＤＺドメイン標的に結合するメンバーを決める。インビトロタンパクの結合を定量するために、当業者に既知のいずれの方法を使用してもよい。例えば、１、２、３、または４ラウンド、またはそれ以上の結合選択を行い、その後、個々のファージを単離し、任意にファージＥＬＩＳＡで分析してもよい。固定されたＰＤＺ標的タンパクに対する、ペプチド表示ファージ粒子の結合親和度は、ファージＥＬＩＳＡ（Ｂａｒｒｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０４：３５７−６４（１９９２））を用いて定量してもよい。
【０１１８】
候補が、Ｄｖｌ  ＰＤＺに対する結合に関して、既知のＤｖｌ  ＰＤＺ結合因子と競合する能力を評価される状況では、適切な結合競合条件が準備される。例えば、一実施態様では、一種以上の濃度の、既知のＤｖｌ  ＰＤＺ結合因子の存在下に、スクリーニング／選別／バイオパニングを実行することが可能である。別の実施態様では、ライブラリーから単離された候補結合因子は、次いで、既知のＤｖｌ  ＰＤＺ結合因子の存在下に、競合的ＥＬＩＳＡアッセイにおいて評価することが可能である。
【０１１９】
（ｉｉ）Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインの調製
Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインは、従来の合成または組み換え技術を用いて、該ドメインを含むタンパク断片として、または融合ポリペプチドとして好適に生産されてもよい。融合ポリペプチドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺが、発現実験、細胞局在、バイオアッセイ、ＥＬＩＳＡ（結合競合アッセイを含む）などにおいて標的抗原となる、ファージ（ミド）ディスプレイにおいて有用である。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインの「キメラタンパク」または「融合タンパク」は、非ＰＤＺドメインポリペプチドに融合されたＤｖｌ  ＰＤＺを含む。非ＰＤＺドメインポリペプチドは、ＰＤＺドメインとは事実上相同ではない。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン融合タンパクは、任意の数の生物学的活性部分を含め、全体ＰＤＺドメインのどの部分を含んでもよい。次に、この融合タンパクは、アフィニティークロマトグラフィー使用の既知の方法、および、非ＰＤＺドメインポリペプチドに結合する捕捉試薬に基づいて精製することが可能である。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインは、アフィニティー配列、例えば、ＧＳＴ（グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ）配列に融合されてもよい。このような融合タンパクによって、固相支持体に結合した、および／または、固相支持体（例えば、ペプチドスクリーニング／選別／バイオパニング用基質）に付着したグルタチオンによる、組み換えＤｖｌ  ＰＤＺドメインの精製がやり易くなる。他の、例示の融合が、このような融合体のいくつかの一般的使用を含め、表Ｂに掲載される。
【０１２０】
融合タンパクは、組み換え法を用いて簡単に創製することが可能である。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン（または、その部分）をコードする核酸は、ＰＤＺドメインのＮ−末端、Ｃ−末端、または内部的に、非ＰＤＺドメインコード核酸と、読み枠を一致させて融合させることが可能である。融合遺伝子はさらに、従来技術、例えば、自動化ＤＮＡ合成機を含む技術によって合成してもよい。二つの連続遺伝子断片の間に相補的オーバーハングを発生させ、その後、アニールし、再増幅してキメラ遺伝子配列（Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８７）を生成する、アンカープライマー使用のＰＣＲ増幅も有用である。融合タンパクに対し読み枠を一致させたＤｖｌ  ＰＤＺドメインのサブクローニングをやり易くする、ベクターがたくさん市販されている。
【０１２１】
【化２】
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Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン融合体の一例として、ＧＳＴ−Ｄｖｌ  ＰＤＺ融合体が、下記のようにして対象遺伝子から調製される。完全長の対象遺伝子を鋳型として、サブクローニングをやり易くするのに好適な制限エンドヌクレアーゼ部位を導入するプライマーを用い、ＰＣＲによってＰＤＺドメインをコードするＤＮＡ断片を増幅する。各増幅断片を、適切な制限酵素によって消化し、同様に消化されたプラスミドで、ＧＳＴを含み、サブクローンされる断片が、ＧＳＴと読み枠が一致し、かつ、プロモーターに動作可能的に連結するように設計されたプラスミド、例えば、ｐＧＥＸ６Ｐ−３、またはｐＧＥＸ−４Ｔ−３に該増幅断片をクローンし、ＧＳＴ−Ｄｖｌ  ＰＤＺ融合タンパクをコードするプラスミドを得る。
【０１２２】
融合タンパクを生産するために、適切なプラスミドを抱懐する大腸菌培養体を、ＬＢブロスにおいて、例えば、約３７℃で、全体として、中央対数相（Ａ６００＝１．０）まで育成するが、ＩＰＴＧによって誘発してもよい。この細菌を、遠心によってペレット状とし、ＰＢＳに再縣濁し、超音波処理によって分解する。この縣濁液を遠心し、上清から、ＧＳＴ−Ｄｖｌ  ＰＤＺ融合タンパクを、０．５ｍｌのグルタチオンセファローズ使用のアフィニティクロマトグラフィーによって精製する。
【０１２３】
多くの変法が、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインタンパク単離体という目標を実現すること、かつ、それらを本発明において使用してもよいことは、当業者には明白であろう。例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと、エピトープタグとの融合は、前述のように構築してもよいし、このタグは、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインをアフィニティ精製するのに用いてもよい。さらに、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインタンパク／ペプチドは、全く融合を用いることなく調製してもよい。さらに、該タンパクを生産するために細菌ベクターを用いる代わりに、インビトロ化学合成を使用してもよい。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインタンパク／ペプチドを生産するためには、他の細胞、例えば、他の細菌、哺乳類細胞（例えば、ＣＯＳ）、またはバキュロウィルスシステムを使用してもよい。さらに、種々の融合体を生産するために、多様なポリヌクレオチドベクターが市販されている。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン融合タンパクの最終的精製は、一般に、融合パートナーに依存する；例えば、ポリ−ヒスチジンタグ融合体は、ニッケルカラム上で精製することが可能である。
【０１２４】
（ｉｉｉ）表示ペプチドの配列決定
所望の特性を有するＤｖｌ  ＰＤＺに結合する（かつ、任意に、無関係の配列には結合しない）ファージ（ミド）に対し、配列分析を実施することが可能である。候補の結合ペプチドを表示するファージ（ミド）粒子を宿主細胞において増幅し、ＤＮＡを単離し、ゲノムの適切な（候補ペプチドをコードする）部位について、任意の、適切な既知の配列技術を用いて配列決定する。
【０１２５】
（Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を特定するための、他の方法）
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド結合の修飾因子を特定するための、もう一つの方法は、合理的薬剤設計を取り込むことである、すなわち、ＰＤＺ相互作用の生物学を理解し、利用することである。この方法では、ＰＤＺリガンドの決定的残基が、任意に決定される最適ペプチド長と同様に、決定される。次に、この情報を手に低分子が設計される。例えば、ＰＤＺドメインに対する結合においてチロシンが決定的残基であることが見出されたならば、チロシンを含む低分子が調製され、抑制因子として試験される。一般に、結合には、２、３、４、または５個のアミノ酸残基が決定的と判定されるので、これらの残基、または残基側鎖を含む、候補の、低分子抑制因子が調製される。次に、従来技術で既知のプロトコール、例えば、競合的抑制アッセイを用いて、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン−リガンド相互作用に対する、その抑制能力に関して、試験化合物をスクリーニングする。
【０１２６】
Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン−リガンド結合相互作用を修飾する化合物は、Ｄｖｌ  ＰＤＺの結合相互作用の制御不良と関連する疾患および病態を治療するのに有用である。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン相互作用の調節と関連する疾患および病態としては、カスパーゼ依存性、および非依存性アポトーシス、およびミトコンドリアタンパク品質管理が挙げられる。
【０１２７】
１．Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合ポリペプチドの決定的残基の決定
（ａ）アラニンスキャニング
リガンドのＰＤＺ結合における各残基の相対的寄与を定量するには、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン結合ペプチド配列に対するアラニンスキャニングを使用することが可能である。ＰＤＺリガンドにおける決定的残基を判断するために、残基を、単一アミノ酸によって、通常はアラニン残基によって置換し、ＰＤＺドメイン結合に対する作用を評価する。米国特許第５，５８０，７２３；５，８３４，２５０号、およびその実施例を参照されたい。
【０１２８】
（ｂ）短縮（欠失シリーズ）
Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン結合ペプチドの短縮によって、結合における決定的残基を明らかにすることができるばかりでなく、結合を実現するのに必要な、ペプチドの最短長を求めることが可能である。ある場合では、短縮によって、天然リガンドよりも緊密に結合するリガンドが明らかにされるが、このようなペプチドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン：ＰＤＺリガンド相互作用を修飾するのに有用である。
【０１２９】
一連のＤｖｌ  ＰＤＺ−ドメイン結合ペプチド短縮形が調製されることが好ましい。一シリーズは、アミノ末端アミノ酸を順次短縮させ、別のシリーズでは、短縮は、カルボキシ末端から始まる。アラニンスキャニングの場合と同様、ペプチドは、インビトロで合成してもよいし、または組み換え法によって調製してもよい。
【０１３０】
（ｃ）合理的修飾因子設計
アラニンスキャニングおよび短縮分析から得られる情報に基づいて、当業者ならば、結合を修飾する可能性の高い低分子を設計、合成すること、または、結合を修飾する可能性の高い化合物が濃縮された低分子ライブラリーを選択することが可能である。例えば、本実施例に記載される情報に基づいて、適切に隔てられた二つの疎水性成分を含むように、修飾性ペプチドを設計することが可能である。
【０１３１】
（ｄ）結合アッセイ
Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合ペプチドとＤｖｌ  ＰＤＺとの複合体を形成することによって、該複合体の、その未複合形態および不純物からの分離がやり易くなる。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン：結合リガンド複合体は、溶液において形成すること、あるいは、結合パートナーの一方が、不溶の支持体に結合される場合に形成することが可能である。複合体は、例えば、カラムクロマトグラフィーを用いて、溶液から分離することが可能であり、固相支持体に結合時に、ろ過、遠心など、周知の技術を用いて分離することが可能である。ポリペプチドを含むＰＤＺドメイン、またはそのリガンドを固相支持体に結合することによって、高処理能力アッセイの実行が促進される。
【０１３２】
試験化合物を、候補結合化合物の存在下、および不在下に、結合ポリペプチドとＤｖｌ  ＰＤＺドメインとの相互作用を修飾する（例えば、抑制する）能力についてスクリーニングすることが可能であり、かつ、スクリーニングは、適切なものであれば任意の容器で、例えば、マイクロタイタープレート、試験管、およびミクロ遠心管において実行することが可能である。さらに、試験または分離をやり易くするために、融合タンパクを調製することが可能である。その場合、融合タンパクは、タンパクの内の一方または両方が基質に結合するのを可能とする、さらに別のドメインを含む。例えば、ＧＳＴ−ＰＤＺ−結合ペプチド融合タンパク、またはＧＳＴ−ＰＤＺドメイン融合タンパクを、グルタチオンセファローズビーズ（ＳＩＧＭＡ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）、または、グルタチオン誘導体形成させたマイクロタイタープレートに吸着させ、該マイクロタイタープレートを、試験化合物、および、非吸着Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインタンパク、またはＰＤＺ−結合ペプチドのいずれかと混ぜ合わせ、この混合物を、複合体形成を可能とする条件下（例えば、生理的条件の塩およびｐＨにおいて）にインキュベートする。インキュベーション後、ビーズ、またはマイクロタイタープレートのウェルを洗浄し、ビーズの場合であれば固定された基質から未結合の成分があればそれらを全て除去し、複合体を、直接または間接に定量する。それとは別に、複合体を、基質から解離し、結合または活性レベルを標準技術を用いて定量することも可能である。
【０１３３】
スクリーニングアッセイでは、基質の上にタンパクを固定するための、他の融合タンパク技術も使用が可能である。ビオチン−アビジンまたはビオチン−ストレプトアビジンシステムを用いて、Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合ペプチドまたはＤｖｌ  ＰＤＺのいずれかを固定することが可能である。ビオチニル化は、ビオチン−Ｎ−ヒドロキシ−スクシニミド（ＮＨＳ；ＰＩＥＲＣＥ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）など多数の試薬を用いて実現することが可能であり、ストレプトアビジン塗布９６ウェルプレート（ＰＩＥＲＣＥ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェルの中に固定される。それとは別に、Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合ペプチド、またはＤｖｌ  ＰＤＺドメインと反応するが、結合ペプチドの、その標的分子に対する結合は妨げない抗体を、プレートのウェルにおいて誘導体形成させ、未結合Ｄｖｌ  ＰＤＺまたは結合ペプチドを、抗体接合体によってウェルにおいて捕捉することが可能である。ＧＳＴ−不動化複合体に関して記載されたものに加えて、このような複合体を検出するための方法として、結合ペプチドまたはＤｖｌ  ＰＤＺドメインと反応する抗体による、複合体の免疫検出が挙げられる。
【０１３４】
（ｅ）結合アッセイ：競合ＥＬＩＳＡ
ペプチド、タンパク、または、その他のＤｖｌ  ＰＤＺリガンドの結合親和度を評価するために、競合結合アッセイを用いてもよい。このアッセイでは、リガンドの、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインに対する結合能力（および、要すれば、結合親和度）が評価され、ＰＤＺドメインに結合することが知られる化合物、例えば、本明細書に記載されるファージディスプレイによって判定された高親和性結合ペプチドの結合能力と比較される。
【０１３５】
結合分子（例えば、ペプチド、タンパク、低分子など）の結合親和度を特定するためには、多くの方法が知られており、使用することが可能である；例えば、結合親和度は、競合ＥＬＩＳＡを用いてＩＣ５０として定量することが可能である。このＩＣ５０値は、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインの５０％が、リガンドへの結合を阻止される、結合因子の濃度として定義される。例えば、固相アッセイでは、アッセイプレートは、マイクロウェルプレート（タンパクを効率的に吸着するように処理されるのが好ましい）にニュートラアビジン、アビジン、またはストレプトアビジンを塗布することによって調製される。次に、非特異的結合部位を、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはその他のタンパク（例えば、脱脂ミルク）の溶液を添加することによってブロックし、次に、好ましくは、Ｔｗｅｅｎ−２０などの洗剤を含むバッファーによって洗浄する。既知の、ビオチニル化Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合因子（例えば、精製および検出を容易にするために、ＧＳＴまたは他の同様の分子と接合されるファージペプチド）を調製し、プレートに結合させる。Ｄｖｌ  ＰＤＺを含む、試験分子の連続希釈液を調製し、結合した結合因子に接触させる。固定結合因子を塗布したプレートを、ウェルに各結合反応液を加える前に洗浄し、短時間インキュベートする。さらに追加の洗浄後、結合反応を、多くの場合、非ＰＤＺ融合パートナーを認識する抗体、および、該一次抗体を認識する、標識された（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリフォスファターゼ（ＡＰ）、または、フルオレセインなどの蛍光タグ）二次抗体によって検出する。次に、このプレートを、適切な基質（標識に応じて）で現像し、信号を、例えば、分光光度プレートリーダーを用いて定量する。この吸収信号は、最小二乗適合によって結合曲線に適合させてもよい。このようにして、ＰＤＺドメインが、既知のＰＤＺドメイン結合因子と結ぶ結合に対する、各種分子の抑制能力を測定することが可能である。
【０１３６】
当業者には明白であるが、上記アッセイには数多くの変法がある。例えば、アビジン−ビオチンシステムの代わりに、ＰＤＺドメイン結合因子は、基質に化学的に連結されてもよいし、単純に吸着されてもよい。
【０１３７】
（２．ファージディスプレイの際に認められるＰＤＺドメインペプチドリガンド）
本実施例（および表Ｉ、ＩＩ、および図１）に記載されるものを含めた、ＰＤＺドメインペプチドリガンドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の有用な抑制因子の可能性を有する。
【０１３８】
競合的結合ＥＬＩＳＡは、各ファージ表示されるＰＤＺ−ドメイン結合ペプチドの効力を定量するための有力な手段である。
【０１３９】
（３．アプタマー）
アプタマーとは、ほとんど全ての分子を特異的に認識し、結合するように用いることが可能な、短いオリゴヌクレオチド配列である。そのようなアプタマーを見出すには、指数関数濃縮プロセスによるリガンド系統進化（ＳＥＬＥＸ）（Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８７）；Ｅｌｌｉｎｇｔｏｎ  ａｎｄ  Ｓｚｏｓｔａｋ，Ｎａｔｕｒｅ．３４６：８１８−２２（１９９０）；Ｔｕｅｒｋ  ａｎｄ  Ｇｏｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２４９：５０５−１０（１９９０）を用いることが可能である。アプタマーには、たくさんの診断的、臨床的用途があり、臨床的、または診断的に抗体が使用される用途では、そのほとんど全てにおいて、アプタマーも使用が可能である。さらに、アプタマーは、一旦特定されると製造は比較的安価であり、かつ、製薬組成物における投与、バイオアッセイ、および診断試験を含む、種々の方式に簡単に適応させることが可能である（Ｊａｙａｓｅｎａ，Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ．４５：１６２８−５０（１９９９））。
【０１４０】
前述の競合的ＥＬＩＳＡ結合アッセイでは、候補アプタマーを選別するためのスクリーンは、アプタマーをアッセイに組み込むこと、および、それらの、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン：リガンド結合に対する修飾能力を定量することを含む。
【０１４１】
（４．抗体（Ａｂ））
リガンド：Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン結合を修飾する（例えば、抑制する）抗体は、いずれのものでも、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン−リガンド相互作用の修飾因子（例えば、抑制因子）となることが可能である。適切な抗体の例としては、ポリクロナール、モノクロナール、単一鎖、抗イディオタイプ、キメラ抗体、または、それら抗体またはその断片の、ヒト化変異体が挙げられる。抗体は、適切であれば、どのような供給源、例えば、合成起源、および、免疫反応の誘発可能な任意の動物種を含む供給源から得られたものであってもよい。
【０１４２】
（スクリーニング法）
本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾する化合物を特定するための、化合物スクリーニング法を包含する。スクリーニングアッセイは、Ｄｖｌ  ＰＤＺおよび／またはリガンドと結合するか、または複合体形成するか、あるいは、他のやり方で、Ｄｖｌ  ＰＤＺと細胞内因子との相互作用に干渉する化合物を特定するように設計される。候補化合物の、修飾因子となるべき能力を定量するための一つの方法は、既知のＤｖｌ  ＰＤＺ結合因子、例えば、本明細書で開示される結合ペプチド（例えば、本実施例に記載される高親和性結合因子）の内のいずれかの存在下における競合的抑制アッセイにおいて、該候補化合物の活性を評価することである。このようなスクリーニングアッセイは、化学ライブラリーの高効率スクリーニングに容易に適応するアッセイを含むので、低分子薬剤候補を特定するためには特に好適である。
【０１４３】
このアッセイは、各種の方式、例えば、いずれも従来技術で精しく解明されている、タンパク−タンパク結合アッセイ、生化学的スクリーニングアッセイ、イムノアッセイ、および細胞アッセイを含む方式において実行することが可能である。
【０１４４】
修飾因子のアッセイは全て、Ｄｖｌ  ＰＤＺ（または、その等価物）および／または、Ｄｖｌ  ＰＤＺとの結合相互作用に関与する結合リガンドに対し、これらの二つの成分が相互作用を持つのに十分な条件と時間において、薬剤候補を接触させることを要求する点で共通する。
【０１４５】
結合アッセイでは、相互作用は結合であり、形成された複合体は、単離するか、または、反応混合液において検出することが可能である。ある特定の実施態様では、候補物質または分子は、固相、例えば、マイクロタイタープレート上に、共有的または非共有的付着によって固定される。非共有的付着は、一般に、該基質／分子の溶液を固相に塗布し、乾燥することによって実現される。それとは別に、不動化アフィニティー分子、例えば、固定される物質／分子に対して特異的な抗体、例えば、モノクロナール抗体を用いて、該物質／分子を固相表面に固着することも可能である。本アッセイは、検出可能な標識によって標識されてもよい非固定成分を、固定成分、例えば、固着成分を含む塗布表面に加えることによって実行される。反応が完了した時点で、未反応成分は、例えば、洗浄によって除去され、固相表面に固着する複合体が検出される。最初の非固定成分が、検出可能な標識を担っている場合、表面に固定される標識の検出は、複合体形成が起こったことを示す。最初の非固定成分が標識を担っていない場合は、複合体形成は、例えば、固定複合体に特異的に結合する、標識抗体を用いることによって検出することが可能である。
【０１４６】
もしも候補化合物が、Ｄｖｌ  ＰＤＺ、またはその結合パートナーと相互作用は持つが、結合しない場合、それと、ポリペプチドとの相互作用は、タンパク−タンパク相互作用検出のための、周知の方法によって定量することが可能である。そのようなアッセイとしては、従来法、例えば、架橋結合、共時免疫沈降、および、勾配またはクロマトグラフィーカラムによる共時精製が挙げられる。さらに、タンパク−タンパク相互作用は、Ｃｈｅｖｒａｙ  ａｎｄ  Ｎａｔｈａｎｓ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：５７８９−５７９３（１９９１）による開示にしたがって、Ｆｉｅｌｄｓとその共同研究者たち（Ｆｉｅｌｄｓ  ａｎｄ  Ｓｏｎｇ，Ｎａｔｕｒｅ（Ｌｏｎｄｏｎ），３４０：２４５−２４６（１９８９）；Ｃｈｉｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８８:９５７８−９５８２（１９９１））によって記載される酵母遺伝システムによって監視することが可能である。酵母ＧＡＬ４など、多くの転写アクチベーターは、二つの、物理的に別々のモジュラードメイン、一方は、ＤＮＡ結合ドメインとして作動し、他方は、転写活性化ドメインとして機能する二つのドメインから成る。前述の公刊物に記載される酵母発現システム（一般に、「２ハイブリッドシステム」と呼ばれる）は、この特性を利用し、二つのハイブリッドタンパクを用いる。すなわち、一方では、標的タンパクが、ＧＡＬ４のＤＮＡ結合ドメインに融合され、他方では、候補の活性化タンパクが、活性化ドメインに融合される。ＧＡＬ４−活性化プロモーター調節下における、ＧＡＬ１−ｌａｃＺリポーター遺伝子の発現は、タンパク−タンパク相互作用によるＧＡＬ４活性の再構成に依存する。相互作用を持つポリペプチドを含むコロニーは、β−ガラクトシダーゼに対する発色基質によって検出される。この２ハイブリッドシステムを用いて、二つの特異的タンパク間のタンパク−タンパク相互作用を特定するための完全キット（ＭＡＴＣＨＭＡＫＥＲ（商標））が、Ｃｌｏｎｔｅｃｈから市販されている。このシステムはさらに拡張させて、特異的タンパク相互作用に関与するタンパクドメインをマッピングするだけでなく、これらの相互作用において必須のアミノ酸残基をそれと名指しすることを可能とする。
【０１４７】
前述のスクリーニング過程のいずれにおいても、候補化合物について、Ｄｖｌ  ＰＤＺ、および既知の高親和性結合因子（例えば、本明細書に記載されるものの内の一つ）に対する、その結合能力を定量することによって、その修飾能力を評価することは多くの場合望ましい。
【０１４８】
候補化合物は、本明細書に記載される情報、特に、リガンドまたはＤｖｌ  ＰＤＺ配列そのものにおける個々の残基および成分の、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド結合相互作用に対する寄与、および該作用における重要性に関する情報に基づいて、既知の結合因子同士の、組み合わせライブラリーおよび／または突然変異から生成することが可能である。
【０１４９】
Ｄｖｌ  ＰＤＺと結合リガンドとの相互作用に干渉する化合物は、下記のようにして調べることが可能である。通常、Ｄｖｌ  ＰＤＺおよびリガンドを含む反応混合物が、この二つの分子が相互作用を持ち、結合するのに十分な条件および時間において調製される。この結合相互作用に対する、候補化合物の抑制能力を調べるには、反応を、該試験化合物の不在下、および存在下に進行させる。さらに、陽性コントロールとして使用するために、第３の反応混合物にプラシーボを加えてもよい。試験化合物と、混合物の中に存在するＤｖｌ  ＰＤＺおよび／または結合リガンドとの間の結合（複合体形成）は、前述のようにして監視される。コントロール反応には複合体が形成されるが、試験化合物を含む反応混合物に複合体が形成されないことは、該試験化合物が、Ｄｖｌ  ＰＤＺと結合リガンドとの相互作用に干渉することを示す。
【０１５０】
本明細書に記載されるように、本発明の物質／分子は、ペプチドであることが可能である。そのようなペプチドを獲得する方法は、従来技術で周知であるが、例えば、標的抗原に対する結合因子を選別するためのペプチドライブラリーのスクリーニングが挙げられる。一実施態様では、好適な標的抗原は、もし得られたならば、本明細書に詳述されるＤｖｌ  ＰＤＺ（または、Ｄｖｌ  ＰＤＺリガンドに対する結合部位を含む、その部分）を含むと考えられる。ペプチドのライブラリーは、従来技術で周知であり、さらに、従来法にしたがって調製することが可能である。例えば、Ｃｌａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第６，１２１，４１６号を参照されたい。ファージコートタンパクなどの異種タンパク成分に融合されたペプチドのライブラリーは、例えば、Ｃｌａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，上記に記載されるように、従来技術で周知である。一実施態様では、Ｄｖｌ  ＰＤＺタンパク−タンパク相互作用を阻止する能力を持つペプチドは、本明細書に開示される結合ペプチドの内のどれかのアミノ酸配列を含む。別の実施態様では、Ｄｖｌ  ＰＤＺタンパク−タンパク相互作用を阻止する能力を持つペプチドは、前述の、修飾因子スクリーニングアッセイから得られる結合ペプチドのアミノ酸配列を含む。一実施態様では、ペプチドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺに対する結合に関して、本明細書に開示される結合ペプチド（実施例参照）の内の一つ以上と競合する能力を持つ。一実施態様では、ペプチドは、本明細書に開示される結合ペプチド（実施例参照）の内の一つ以上が結合する、Ｄｖｌ  ＰＤＺ上の同じエピトープに結合する。第１ペプチド結合因子の変異体は、対象特性（例えば、標的結合親和度の向上、薬物動態の向上、毒性の緩和、治療指数の改善など）を獲得するように、ペプチドの突然変異体をスクリーニングすることによって生成することが可能である。突然変異発生技術は、従来技術で周知である。さらに、走査型突然変異発生技術（アラニンスキャニングに基づくものなど）は、ペプチド中の個々のアミノ酸残基の構造的および／または機能的重要性を評価するに際し特に役立つ可能性がある。
【０１５１】
本発明の候補物質／分子、例えば、本明細書に開示される結合ペプチドのアミノ酸配列を含むペプチドの、Ｄｖｌ  ＰＤＺ活性に対する修飾能力の定量は、該物質／分子の修飾能力を、例えば、Ｍａｒｔｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７８（４９）：４９４１７−４９４２７（２００３））およびＦａｃｃｉｏ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７５(４):２５８１−２５８８（２０００））によって記載される、従来技術で十分に確立されたインビトロまたはインビボアッセイにおいて調べることによって実行することが可能である。
Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合因子、およびＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子の使用例
本明細書に記載されるＤｖｌ  ＰＤＺペプチド結合因子の特定および特徴解明は、Ｄｖｌタンパクの細胞内機能に関する貴重な洞察をもたらし、かつ、この重要な細胞内タンパクおよびその結合パートナーの間の、インビボ相互作用を修飾するための組成物および方法を提供する。例えば、これらのペプチドおよびその相同体は、Ｄｖｌ  ＰＤＺを含む、インビボ結合相互作用の干渉に利用することが可能である。相同体は、本明細書に提供される、十分に特徴解明されたペプチドに関する、その結合および／または機能的特徴に基づいて好適に生成することが可能である。これらのペプチドはさらに、インビボにおけるＤｖｌ  ＰＤＺ複合体を構成する、細胞内および生理的ポリペプチドの解明のために利用することが可能である。
【０１５２】
本明細書に開示される、十分に特徴が解明された、中等から高度の親和性を持つ、Ｄｖｌ  ＰＤＺのペプチド結合因子はさらに、Ｄｖｌ  ＰＤＺそのものの、重要な、構造特性の解明のために利用することが可能である。このような知識は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ配列そのものの修飾に基づく修飾因子の開発を可能にする。本発明は、本明細書に開示される通り、Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合パートナーに対する結合能力が増強、または低減されたＤｖｌ  ＰＤＺ変異体を提供する。他の変異体も同様に特定することが可能である。
【０１５３】
本明細書に記載されるリガンドペプチドに基づいて開発された、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー修飾因子は、対象修飾作用を実現するのに使用することが可能である。例えば、そのような操作として、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと、その認識結合タンパクとの間の会合の抑制が挙げられる。別の例では、そのような操作として、修飾因子のＤｖｌ  ＰＤＺに対する結合の結果として、または、修飾因子による、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインとその認識結合タンパク間の会合の強化を通じて、細胞内機能の誘発による協働作用が挙げられてもよい。
【０１５４】
Ｄｖｌ  ＰＤＺの修飾因子のその他の用途としては、Ｄｖｌとその会合パートナーに関連する疾患のための診断アッセイ、基質に対する精製用取っ手および錘として作用する、融合タンパクにおけるＤｖｌ  ＰＤＺドメインおよびリガンドの使用が挙げられる。
【０１５５】
本明細書に記載される、種々の親和度においてＤｖｌ  ＰＤＺドメインに結合することが可能な結合因子の特定は、生物学的に重要なタンパク−タンパク相互作用をインビボにおいて修飾するための、有用な道筋を提供する。従来技術において十分確立されるように、Ｄｖｌタンパクは、アポトーシスの調節、および、ミトコンドリアにおけるタンパク品質の調節を含む、重要な生物プロセスに関与する。Ｄｖｌタンパクは、タンパク−タンパク結合相互作用に必須と報告されているドメインである、ＰＤＺドメインを含む。したがって、この相互作用を修飾することが可能な分子を特定することは、そのような分子および相互作用に関する知識無しには不可能と考えられる、治療的および／または診断的応用および戦略への道を指し示すものである。特定の組織、細胞、器官、または生理的状態におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾するために、かつ、ある場合には、該作用の生理的重要性を確かめるため、修飾性化合物（例えば、抑制性、または協働性）を、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン−特異的競合的修飾因子として用いるため、従来技術で既知の適切な投与ルート、例えば、マイクロインジェクション、アンテナペディアペプチドまたは脂質トランスフェクション試薬を介して、生細胞内部に輸送することが可能である。ＰＤＺリガンド相互作用、および、該相互作用の修飾の生理的作用を監視するために、適切なアッセイが存在する。これは、修飾因子が、ＰＤＺドメインに対して特異的であり、かつ、前記リガンドと、ＰＤＺドメインとの相互作用を破るのに十分な親和度を持つことが得られる限り、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインに対する生理的リガンドが、ファージディスプレイによって発見されることを要求しない。最後に、病気の進行過程と連結する全てのタンパクの場合と同様、治療利益を実現するためには、薬剤が、そのタンパクにどのように作用するかを確実に明らかにしなければならない。対象修飾性化合物による、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の破損が、治療利益において予想と一致する結果を生じるかどうかを判定するには、ペプチド／リガンドなどの修飾性化合物を、病気のモデルとなる生細胞または動物モデル（すなわち、病気のある特性を模倣する）の中に輸送してもよい。
【０１５６】
インビボにおいてタンパク−タンパク（またはペプチド）相互作用を検出する方法は、従来技術において既知である。例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン−含有タンパク（本明細書に記載される任意のものを含む）と、認識リガンドまたは合成ペプチド（本明細書に記載される任意のものを含む）との相互作用を分析するためには、米国特許第６，２７０，９６４Ｂ１、および６，２９４，３３０Ｂ１号においてＭｉｃｈｎｉｃｋ  ｅｔ  ａｌ．によって記載される方法を使用することが可能である。さらに、合成ペプチドなどの分子の、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−ドメインタンパクとその認識リガンドとの、インビボにおける結合相互作用に対する修飾能力を評価するのに、これらの方法を使用することが可能である。
治療／予防応用
Ｄｖｌ  ＰＤＺタンパクの活性を上げるか、または下げる特性を持つ化合物は有用である。この活性の上昇は、種々のやり方で生じさせてよく、例えば、それを必要とする対象に、本明細書に記載される修飾因子の一つ以上の有効量を投与することによって生じさせてもよい。
【０１５７】
「拮抗剤」または「陰性修飾因子」は、Ｄｖｌ  ＰＤＺおよび／またはその内因性リガンドの生物活性を、部分的にまたは完全に、遮断、抑制、または中和する任意の分子を含む。同様に、「作用剤」または「陽性修飾因子」は、Ｄｖｌ  ＰＤＺおよび／またはその内因性リガンドの生物活性を模倣するか、または強化する任意の分子を含む。作用剤または拮抗剤として活動することが可能な分子としては、本明細書に記載される、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−結合剤／リガンド相互作用の修飾因子、例えば、ただしこれらに限定されないが、Ａｂまたは抗体断片、Ｄｖｌ  ＰＤＺ／リガンド／結合剤、ペプチド、小型有機分子などの修飾因子が挙げられる。
【０１５８】
本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺと特異的に相互作用を持つことが可能な種々の結合分子の発見、および、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、リガンド結合ペプチドとの間の結合相互作用の独特の特徴に基づく各種方法を提供する。
【０１５９】
治療剤として、種々の物質または分子（ペプチドなどを含む）を採用してよい。これらの物質または分子は、製薬学的に有用な組成物を調製し、その産物を、製薬学的に受容可能な担体ベヒクルとの混合を可能とするように既知の方法にしたがって処方することが可能である。治療処方は、所望のレベルの純度を持つ活性成分を、凍結乾燥処方または水溶液形状の、任意に生理的に受容可能な担体、賦形剤、または安定剤（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ‘ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  １６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０））と混合することによって調製され、保存される。受容可能な担体、賦形剤、または安定剤は、用いられる用量および濃度においてレシピエントに対して無毒であり、バッファー、例えば、リン酸塩、クエン酸塩、およびその他の有機酸；アスコルビン酸を含む抗酸化剤；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニールピロリドン、アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、またはリシン；単糖類、二糖類、およびその他の炭水化物、例えば、グルコース、マンノース、またはデキストリンなど；ＥＤＴＡなどのキレート剤；糖アルコール、例えば、マンニトール、またはソルビトール；ナトリウムなどの、塩形成対イオン；および／または非イオン性界面活性剤、例えば、ＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、またはＰＥＧを含む。
【０１６０】
インビボ投与に使用される処方は滅菌性でなければならない。これは、凍結乾燥および再構成前または後に、滅菌性ろ過膜でろ過することによって簡単に実現される。
【０１６１】
本発明の治療組成物は、一般に、滅菌性進入ポートを有する容器、例えば、静注液バッグ、または、皮下針によって貫通することが可能なストッパー付きバイアルの中に納められる。
【０１６２】
投与ルートは、既知の方法、例えば、静脈内、腹腔内、脳内、筋肉内、眼球内、動脈内、または病巣内ルートによる注入または輸液、局所投与、または、持続放出システムによる投与などの方法に一致する。
【０１６３】
本発明の製薬組成物の用量および所望の薬剤濃度は、意図する特定の用途に応じて変動してよい。適切な用量または投与ルートの決定は、十分通常の医師の技量の範囲内にある。動物実験は、ヒト治療用有効量決定のための信頼性の高いガイダンスとなる。有効用量の種間補正は、Ｍｏｒｄｅｎｔｉ，Ｊ．ａｎｄ  Ｃｈａｐｐｅｌｌ，Ｗ．“Ｔｈｅ  ｕｓｅ  ｏｆ  ｉｎｔｅｒｓｐｅｃｉｅｓ  ｓｃａｌｉｎｇ  ｉｎ  ｔｏｘｉｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ”Ｉｎ  Ｔｏｘｉｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｎｅｗ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，Ｙａｃｏｂｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｄｓ．，Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８９，ｐｐ．４２−９６によって敷かれた原理にしたがって実行することが可能である。
【０１６４】
本発明の物質または分子のインビボ投与を行う場合、正常投与量は、投与ルートに応じて、哺乳動物の体重ｋｇ当たり１日約１０ｎｇから約１００ｍｇまで、好ましくは約１μｇ／ｋｇ／日から１０ｍｇ／ｋｇ／日まで変動してよい。特定の用量および送達法に関するガイダンスは、文献の中に示される；例えば、米国特許第４，６５７，７６０；５，２０６，３４４；または５，２２５，２１２号を参照されたい。異なる治療化合物および異なる障害に対しては、異なる処方が効果的であること、および、例えば、ある器官または組織を標的とする投与は、別の器官または組織を標的とするものとは異なるやり方の送達を必要とする場合のあることが予想される。
【０１６５】
物質または分子の投与を要求する疾患または障害の治療に好適な放出特性を持つ処方において、該物質または分子の持続放出が望まれる場合、該物質または分子のマイクロカプセル封入が考慮される。持続放出のための、組み換えタンパクのマイクロカプセル封入はヒト成長ホルモン（ｒｈＧＨ）、インターフェロン（ｒｈＩＦＮ−）、インターロイキン−２、およびＭＮ  ｒｇｐ１２０で実行され成功を収めている。Ｊｏｈｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．，２：７９５−７９９（１９９６）；Ｙａｓｕｄａ，Ｂｉｏｍｅｄ．Ｔｈｅｒ．，２７:１２２１−１２２３（１９９３）；Ｈｏｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，８：７５５−７５８（１９９０）；Ｃｅｌａｎｄ，“Ｄｅｓｉｇｎ  ａｎｄ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ  Ｕｓｉｎｇ  Ｐｏｌｙａｃｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｇｌｙｃｏｌｉｄｅ  Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，”ｉｎ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｄｅｓｉｇｎ：Ｔｈｅ  Ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｎｄ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｐｏｗｅｌｌ  ａｎｄ  Ｎｅｗｍａｎ，ｅｄｓ，（Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ：Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９５），ｐｐ．４３９−４６２；国際公開第９７／０３６９２、９６／４００７２、９６／０７３９９、および米国特許第５，６５４，０１０号。
【０１６６】
これらのタンパクの持続放出処方は、その、生物適合性および広範な生物分解性のためにポリ乳酸−コグルコール酸（ＰＬＧＡ）ポリマーを用いて開発された。ＰＬＧＡの分解産物、乳酸およびグルコール酸は、人体から速やかに排除することが可能である。さらに、このポリマーの分解性は、その分子量および組成に応じて、数ヶ月から数年に亘って調整することが可能である。Ｌｅｗｉｓ，“Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  ｒｅｌｅａｓｅ  ｏｆ  ｂｉｏａｃｔｉｖｅ  ａｇｅｎｔｓ  ｆｒｏｍ  ｌａｃｔｉｄｅ／ｇｌｙｃｏｌｉｄｅ  ｐｏｌｙｍｅｒ，”ｉｎ：Ｍ．Ｃｈａｓｉｎ  ａｎｄ  Ｒ．Ｌａｎｇｅｒ（Ｅｄｓ．），Ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒｓ  ａｓ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ：Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９０），ｐｐ．１−４１．
（製薬組成物）
本発明の修飾性分子／物質は、ある実施態様では、製薬使用に好適な組成物の中に組み込むことが可能である。このような組成物は、典型的には、核酸分子、ペプチド／タンパク、低分子および／または抗体、および、受容可能な担体、例えば、製薬学的に受容可能なものを含む。「製薬学的に受容可能な担体」は、製薬学的投与と適合する限り、任意の、全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含む（Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  ｐｈａｒｍａｃｙ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ（２０００））。このような担体または希釈剤の例として、ただしこれらに限定されないが、水、生理的食塩水、リンゲル液、デキストロース液、および５％ヒト血清アルブミンが挙げられる。リポソーム、および、固定油などの非水性ベヒクルも使用してよい。通例の媒体または薬剤は、活性化合物と不適合である場合を除いて、これら組成物の使用も考慮の対象とされる。この組成物の中に、補助的活性化合物を組み込むことも可能である。
【０１６７】
（１．一般的配慮）
製薬組成物は、その意図される投与ルート、例えば、静脈内、皮内、皮下、経口（例えば、吸引）、経皮（すなわち、局所）、経粘膜、および直腸投与などのルートと適合するように処方される。非経口、皮内、または皮下投与用に使用される溶液または縣濁液は：滅菌希釈液、例えば、注射用水、生理的食塩水、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、または他の合成溶媒；抗菌剤、例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベンなど；抗酸化剤、例えば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウムなど；キレート剤、例えば、エチレンジアミンテトラ酢酸（ＥＤＴＡ）など；バッファー、例えば、酢酸塩、クエン酸塩、またはリン酸塩など、および、浸透圧調整剤、例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロースなどを含むことが可能である。ｐＨは、酸または塩基、例えば、塩酸、水酸化ナトリウムなどによって調整することが可能である。非経口調剤は、アンプル、ディスポーザブルシリンジ、または、ガラスまたはプラスチック製の多用量バイアルの中に封入することが可能である。
【０１６８】
（２．注入処方）
注入に好適な製薬組成物は、滅菌水溶液（水溶性である場合）または水性分散液、および、滅菌注入用溶液または分散液の、体外調製用滅菌散剤を含む。静脈内投与の場合、好適な担体としては、生理的食塩水、静菌水、ＣＲＥＭＯＰＨＯＲ  ＥＬ（商標）（ＢＡＳＦ，Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ，Ｎ．Ｊ．）、またはリン酸バッファー生理的食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。いずれの場合でも、組成物は、滅菌性であり、シリンジによって投与されるように液体でなければならない。このような組成物は、製造および保存時安定であり、細菌および真菌などの微生物による汚染に対して保護されていなければならない。担体は、溶媒または分散媒体、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、ポリエチレングリコール、および液状ポリエチレングリコール）、および、適切な混合物などであることが可能である。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングの使用、分散液の場合は必要粒径の維持、および界面活性剤の使用によって維持することが可能である。種々の抗菌剤および抗真菌剤：例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、およびチメロサールを、組成物の中に含めることが可能である。等張剤、例えば、糖類、マンニトール、ソルビトールなどのポリアルコール類、および塩化ナトリウムを組成物の中に含めることが可能である。吸収を遅らせることが可能な組成物は、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンなどの薬剤を含む。
【０１６９】
滅菌注入液は、必要量の活性化合物（例えば、本発明の、いずれかの修飾性物質／分子）を、必要に応じて一成分または複数成分の組み合わせと共に適切な溶媒に組み込み、次いで滅菌処理することによって調製することが可能である。一般に、分散液は、基礎的分散媒体、および他の必要成分を含む滅菌ベヒクル中に活性化合物を組み込むことによって調製される。滅菌注入液調製のための滅菌散剤、調製法は、滅菌液から、活性成分、および任意の所望成分を含む散剤を生成する、真空乾燥および凍結乾燥を含む。
【０１７０】
（３．経口組成物）
経口組成物は、一般に、不活性希釈剤、または食用可能な担体を含む。組成物は、ゼラチンカプセル内に封入すること、または、錠剤に圧縮することが可能である。経口性の治療投与のためには、活性剤は、賦形剤とともに組み込み、錠剤、トローチ、またはカプセルの形で使用することが可能である。経口組成物はさらに、含漱剤として使用される液状担体を用いて調製することも可能である。この場合、液状担体中の化合物は、経口的に投与される。製薬学的に適合する結合剤、および／または補強物質を含めることも可能である。錠剤、丸剤、カプセル、トローチなどは、下記の成分、または類似の性質を持つ化合物：結合剤、例えば、ミクロ結晶セルロース、トラガカントゴム、またはゼラチンなど；賦形剤、例えば、でん粉またはラクトース、崩壊剤、例えば、アルギン酸、ＰＲＩＭＯＧＥＬ、またはコーンスターチなど；潤滑剤、例えば、ステアリン酸マグネシウム、またはＳＴＥＲＯＴＥＳなど；滑沢剤、例えば、コロイド状二酸化ケイ素など；甘味剤、例えば、スクロース、またはサッカリンなど；または芳香剤、例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジ香料などを含むことが可能である。
【０１７１】
（４．吸引用組成物）
吸引による投与では、化合物は、適切な推進剤、例えば、二酸化炭素などのガスを含む、ネビュライザーまたは加圧容器からエロゾル小滴として送達される。
【０１７２】
（５．全身投与）
全身投与は、経粘膜的、または経皮的であってもよい。経粘膜または経皮投与の場合、標的障壁を浸透することが可能な浸透物質が選ばれる。経粘膜浸透物質としては、界面活性剤、胆汁塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与用として、鼻腔スプレイ、または座剤を使用することが可能である。経皮投与の場合、活性化合物は、軟膏、塗布剤、ゲル、またはクリームとして処方される。
【０１７３】
化合物はさらに、直腸送達のために、座剤（例えば、ココアバターおよび他のグリセリドなどを基材として）、または注腸剤として調製することも可能である。
【０１７４】
（６．担体）
一実施態様では、活性化合物は、該活性化合物が急速に生体から排除されないように保護する担体と共に、例えば、インプラント、およびマイクロカプセル封入送達システムなどの調節放出処方として調製される。生物分解性または生物適合性ポリマー、例えば、エチレン酢酸ビニール、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエーテル、およびポリ乳酸などのポリマーを使用することが可能である。このような材料は、ＡＬＺＡ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ  （Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，ＣＡ）、およびＮＯＶＡ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．（Ｌａｋｅ  Ｅｌｓｉｎｏｒｅ，ＣＡ）から購入することも可能であるし、あるいは、当業者であれば調製することが可能である。さらに、製薬学的に受容可能な担体として、リポソーム縣濁液を使用することが可能である。これらは、（Ｅｐｐｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第４，５２２，８１１号、１９８５）に見られるように、当業者に既知の方法にしたがって調製することが可能である。
【０１７５】
（７．単位剤形）
投与および用量の均一性をより簡便に確保するために、単位剤形としての経口処方または非経口組成物を創製することが可能である。単位剤形とは、必要な製薬担体と関連させて、治療的有効量の活性化合物を含む、治療される対象に対する単位用量として適切な、物理的に独立した単位を指す。単位剤形の仕様は、活性化合物独自の特性、所望の特定の治療作用、および、活性化合物の調合における内在的限界によって指定され、かつ直接に依存する。
【０１７６】
（８．遺伝子療法組成物）
核酸分子は、ベクターに挿入し、遺伝子治療ベクターとして使用することが可能である。遺伝子治療ベクターは、対象に対し、例えば、静注、局所投与（Ｎａｂｅｌ  ａｎｄ  Ｎａｂｅｌ，米国特許第５，３２８，４７０号、１９９４）、または、定位注入（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．９１：３０５４−７（１９９４））によって送達させることが可能である。遺伝子治療ベクターの製剤は、受容可能な希釈剤を含むことが可能であり、または、遺伝子送達ベヒクルが埋め込まれる、徐放性基質を含むことが可能である。それとは別に、組み換え細胞から、完全遺伝子送達ベクターが、例えば、レトロウィルスベクターが生産可能である場合には、製剤は、該遺伝子送達システムを生産する一つ以上の細胞を含むことが可能である。
【０１７７】
（９．用量）
製薬組成物および方法はさらに、Ｄｖｌタンパク関連（具体的には、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−関連）病態の治療に通常投与される、他の、治療活性化合物を含んでもよい。
【０１７８】
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド修飾を要する、病態の治療または予防では、適切な用量レベルは、一般に、患者の体重ｋｇ当たり、１日、約０．０１から５００ｍｇであり、これを、単回、または複数回用量として投与することが可能である。用量レベルは、１日当たり約０．１から約２５０ｍｇ／ｋｇであることが好ましく；より好ましくは、１日当たり約０．５から約１００ｍｇ／ｋｇである。適切な用量レベルは、１日当たり約０．０１から２５０ｍｇ／ｋｇ、１日当たり約０．０５から１００ｍｇ／ｋｇ、または１日当たり約０．１から５０ｍｇ／ｋｇであってもよい。この範囲内で、用量は、１日当たり、０．０５から０．５、０．５から５、または５から５０ｍｇ／ｋｇであってもよい。経口投与では、組成物は、治療される患者に対し、用量の症状に応じた調節を可能とするために、１．０から１０００ミリグラムの活性成分、特に、１．０、５．０、１０．０、１５．０、２０．０、２５．０、５０．０、７５．０、１００．０、１５０．０、２００．０、２５０．０、３００．０、４００．０、５００．０、６００．０、７５０．０、８００．０、９００．０、および、１０００．０ミリグラムの活性成分を含む錠剤として提供されることが好ましい。化合物は、１日当たり１から４回、好ましくは１日当たり１回から２回の投与スケジュールに基づいて投与されてもよい。
【０１７９】
ある任意の、特定の患者に対する、特定の用量レベルおよび投与頻度は、変動してもよいが、該レベルおよび頻度は、種々の要因、例えば、用いられる特定の化合物の活性、その化合物の代謝的安定性および活性の長さ、年齢、体重、一般的健康状態、性別、食餌、投与方式および時間、排泄速度、薬剤併用、特定の病態の重度、および治療を受ける宿主などの要因に依存する。
【０１８０】
（１０．組成物のキット）
組成物（例えば、製薬組成物）は、投与案内と一緒に、キット、容器、パック、または投薬器に含めることが可能である。キットとして販売される場合は、組成物の異なる成分は、別々の容器にパックされ、使用直前に混ぜ合わされてもよい。種々の成分をこのように分けて包装することは、活性成分の機能を欠損することのない、長期の保存を可能とすると考えられる。
【０１８１】
キットはさらに、特定の試験、例えば、診断試験、または組織タイピングなどの実施をやり易くするように、別々の容器に試薬を含んでもよい。
【０１８２】
（ａ）容器または貯蔵槽
キットに含まれる試薬は、種々の成分の寿命が保存され、容器の材料によって吸着されたり、改変されたりすることのないように、任意の種類の容器に入れられて支給される。例えば、密封ガラスアンプルは、窒素などの、中性の、非活性ガスの下で包装された、凍結乾燥修飾性物質／分子、および／またはバッファーを含んでもよい。アンプルは、適切なものであれば、いずれの材料から、例えば、ガラス、有機ポリマー、例えば、ポリカーボネート、ポリスチレンなど、セラミック、金属、または、その他の、試薬を保持するために通常用いられる任意の材料から作製されてもよい。適切な容器の、その他の例としては、アンプルと同様の物質から製造される単純な瓶、および、例えば、アルミニウムまたは合金などのフォイルで裏打ちした内面から成る包袋が挙げられる。他の容器としては、試験管、バイアル、フラスコ、瓶、シリンジなどが挙げられる。容器は、皮下針によって貫通することが可能なストッパー付き瓶のように、滅菌性進入ポートを有する。他の容器は、簡単に排除することが可能な膜で、排除されると、成分同士の混合を可能とする膜によって隔てられる二つの区画を有していてもよい。排除可能な膜は、ガラス、プラスチック、ゴムなどであってもよい。
【０１８３】
（ｂ）案内資料
キットはさらに、案内資料と一緒に支給されてもよい。案内は、紙または他の基質の上に印刷されてもよく、および／または、電子読み取り媒体、例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ−ＲＯＭ、ジップディスク、ビデオテープ、レーザーディスク、オーディオテープなどとして支給されてもよい。詳細な案内は、キットと物理的に連結される必要はなく、代わりに、メーカーまたはキットの販売業者の指定する、インターネットのウェブサイトを、ユーザーに教示してもよいし、あるいは、電子メールとして供給してもよい。
【０１８４】
下記の実施例は、本発明の好ましい実施態様を実際に示すために含まれるものである。下記の実施例に開示される技術は、本発明の実施において十分に機能することが本発明人らによって見出された技術を代表するもので、その実施のための好ましい方式を構成すると見なすことができるものであることを、当業者は理解しなければならない。しかしながら、本明細書の開示に照らして、開示される特定の実施態様において、多くの改変を実行することが可能であり、かつ、類似の、または同様の結果を実現することが可能であるが、それらは依然として本発明の精神および範囲から逸脱していないことを、当業者は理解すべきである。
【実施例】
【０１８５】
（材料および方法）
材料−酵素およびＭ１３−ＫＯ７ヘルパーファージは、Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ（Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）から購入した。Ｍａｘｉｓｏｒｐ免疫プレートは、Ｎａｌｇｅｎ  ＮＵＮＣ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ（Ｎａｐｅｒｖｉｌｌｅ，ＩＬ）から購入した。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＸＬ１−Ｂｌｕｅ、およびＥ．ｃｏｌｉ  ＢＬ２１（ＤＥ３）は、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ（Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）から購入した。プラスミドｐＧＥＸ、西洋ワサビペルオキシダーゼ／抗−ＧＳＴ抗体接合体、グルタチオンセファロース−４Ｂ、およびＳｕｐｅｒｄｅｘ−７５は、Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ（Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）、３，３′，５，５′−テトラメチル−ベンジジン／Ｈ２Ｏ２（ＴＭＢ）ペルオキシダーゼ基質は、Ｋｉｒｋｅｇａａｒｄ  ａｎｄ  Ｐｅｒｒｙ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｇａｉｔｈｅｒｂｕｒｇ，ＭＤ）から購入した。ＮｅｕｔｒＡｖｉｄｉｎは、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）から購入した。抗−Ｄｖｌ１，２，３は、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ，ＣＡ）から購入した。ポリクロナール抗β−カテニンは、Ｇｅｎｅｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）から、ヒトの非小細胞肺癌細胞系統Ｈ１７０３は、米国基準株保存機関（Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から入手した。ＦｕＧｅｎｅ６は、Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ（Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）から購入した。リポフェクタミンは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）から購入した。Ａｌａｍａｒ  Ｂｌｕｅ（商標）は、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）から購入した。
【０１８６】
オリゴヌクレオチド−等モルのＤＮＡ縮重は、ＩＵＢコードで表した（Ｋ＝Ｇ／Ｔ、Ｎ＝Ａ／Ｃ／Ｇ／Ｔ、Ｖ＝Ａ／Ｃ／Ｇ、Ｗ＝Ａ／Ｔ）。縮重コドンはボールド体で示す。ファージ表示ペプチドライブラリーの構築には、下記のオリゴヌクレオチド：
Ｘ１０ａ：ＡＣＡＴＣＧＡＣＡＧＣＧＣＣＣＣＣＧＧＴＧＧＣＧＧＡ（ＮＮＫ）１０ＴＧＡＴＡＡＡＣＣＧＡＴＡＣＡ（配列番号＿＿）
を用いた。
【０１８７】
合成ペプチド−ペプチドは、標準的９−フルオレニルメトキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）プロトコールを用いて合成し、トリフルオロ酢酸に溶解した、２．５％トリイソプロピルシランおよび２．５％Ｈ２Ｏによって樹脂から切断分離し、逆相高速液体クロマトグラフィーによって精製した。各ペプチドの純度および質量は、液体クロマトグラフィー／質量分析によって確認した。
【０１８８】
ライブラリー構築およびソーティング−ペプチドライブラリーは、記載される多価ディスプレイ［１０］用に設計された、変異Ｍ１３大型コートタンパクのＣ末端に対する融合体として表示させた。Ｎ−末端ライブラリーは、前述の通りに構築した［１１］。各ライブラリーは、２×１０１０種の一意のメンバーを含んでいた。
【０１８９】
ライブラリーは、捕捉標的として９６ウェルのＭａｘｉｓｏｒｐ免疫プレートに塗布されたＧＳＴ−Ｄｖｌ２ＰＤＺ融合タンパクによる、数ラウンドの結合選択をサイクル経過させた。ファージは、Ｍ１３−ＫＯ７ヘルパーファージおよび１０μＭ  ＩＰＴＧと共に、Ｅ．ｃｏｌｉＸＬ１−ｂｌｕｅにおいて継代させた。４ラウンドの結合選択後、個々のファージクローンを、高処理ファージＥＬＩＳＡで分析し、陽性クローンに対しＤＮＡ配列分析を行った。
【０１９０】
タンパク精製−メーカーの推薦にしたがって、ＧＳＴ−Ｄｖｌ２ＰＤＺ融合タンパクを生産し、ｐＧＥＸ  Ｅ．ｃｏｌｉ発現システムを用いて精製した。Ｄｖｌ２ＰＤＺドメインについては、完全長Ｄｖｌ２のアミノ酸２４８−３６４に亘るタンパク断片が生産された。
【０１９１】
アフィニティーアッセイ−Ｄｖｌ２ＰＤＺに対するペプチドの結合親和度を、前述［１２］のように、競合ＥＬＩＳＡを用いＩＣ５０値として定量した。ＩＣ５０値は、固定ペプチドに対する、ＰＤＺドメインの結合の５０％を阻止する、ペプチドの濃度と定義された。アッセイプレートは、ニュートロアビジンを塗布し、ＢＳＡでブロックしたＭａｘｉｓｏｒｐ免疫プレートの上に、アミノ末端ビオチニル化ペプチド（ＫＷＹＧＷＬ−ＣＯＯＨ）を固定することによって調製した。一定濃度のＧＳＴ−ＰＤＺ融合タンパク（６００ｎＭ  ＰＢＳ液、０．５％ＢＳＡ、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０（ＰＢＴバッファー）を、あらかじめ１時間ペプチドの連続希釈液とインキュベートし、次いで、アッセイプレートに移した。１５分のインキュベーション後、プレートを、ＰＢＳ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０で洗浄し、ＰＢＴバッファーに溶解した、抗ＧＳＴ抗体（０．５μｇ／ｍｌ）および西洋ワサビペルオキシダーゼ／ウサギ抗マウスＩｇＧ抗体接合体（１：２０００希釈）とインキュベートし、再び洗浄し、ＴＭＢペルオキシダーゼ基質によって検出した。
【０１９２】
合成ペプチドの結合親和度はさらに、蛍光偏光アッセイによっても測定した。精製Ｄｖｌ２ＰＤＺドメインポリペプチド（１−１０μＭ）の連続希釈を、９６ウェル暗黒ＨＥ９６プレート（ＬＪＬ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．ＣＡ）において３０μｌ容量としたＰＢＳ、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ１００において、１０ｎＭプローブペプチド（ＦＡＭ−ＫＷＹＧＷＬ−ＣＯＯＨ）と、室温で１５分インキュベートした。偏光度計測は、Ａｎａｌｙｓｔプレートリーダー（ＬＪＬ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ，Ｉｎｃ．，Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ，ＣＡ）において実行した。このアッセイから、ＫａｌｅｉｄａＧｒａｐｈ（商標）との非直線性回帰適合によってＫｓ＝５３６ｎＭが得られた。１０ｎＭプローブおよび１μＭ  Ｄｖｌ２ＰＤＺを含む溶液に、遊離ペプチドの連続希釈（０−５００μＭ）を加えて競合実験を行った。偏光度を測定し、ＩＣ５０を前述のようにして得た。Ｋｉ値は、前述［１５］のようにして計算した。
【０１９３】
プルダウンアッセイ−ＧＳＴまたはＧＳＴ−ＤＶＬｐｅｐ融合タンパク（ペプチドＧＧＧＫＷＹＧＷＬに対し、そのＣ末端で融合させたＧＳＴ）を、標準プロトコールにしたがってグルタチオンセファロース−４Ｂに結合させ、結合タンパクを、標準として既知量のＢＳＡを用いてＳＤＳ−ＰＡＧＥによって定量した。タンパク（２−１０μｇ）を担持するビーズを、ＨＥＫ２９３Ｓ細胞抽出物と４℃で一晩インキュベートした。この細胞抽出物は、細胞をＳＪＣ分解バッファー中で分解することによって調製したものである。全体タンパク濃度を、ＢＣＡタンパクキット（Ｐｒｏｍｅｇａ；Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）によって定量し、１ｍｇ／ｍｌに正規化した。このビーズを、洗浄バッファー（ＰＢＳ、０．５％ＢＳＡ、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０）で１０回洗浄し、ＳＤＳサンプルバッファー中に再縣濁し、９０℃で１０分インキュベートし、上清に、ＳＤＳ−ＰＡＧＥを行った。結合タンパクを、抗Ｄｖｌ１および抗Ｄｖｌ３によってブロットし、Ｌｉ−ｃｏｒｅ（商標）によって分析した。
【０１９４】
細胞培養、トランスフェクション、およびペプチド処理：ＨＥＫ２９３およびＨ１７０３を、米国基準株保存機関の案内にしたがって継代した。ＨＥＫ２９３細胞に、メーカー（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｏｉｃｈｅｍｉｃａｌｓ）の指示にしたがって、５０％の細胞集密度においてＦｕＧｅｎｅ６をトランスフェクトした。Ｈ１７０３細胞に、メーカーの指示にしたがって、５０％の細胞集密度においてＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅをトランスフェクトした。トランスフェクション後、細胞を、ペプチドを含む媒体（５μＭ−４０μＭ）で２４時間処理し、通例にならって、ペプチド処理の２４時間後に収集し、その後のアッセイに備えた。
【０１９５】
ＴＯＰＧＬＯＷアッセイ：細胞を、１２ウェルプレートにプレートした。ＴＯＰＧＬＯＷリポータープラスミドを、前述のように、細胞に一過性にトランスフェクトさせた。ｐＲＬリポーター（共トランスフェクトさせた内部コントロール）の、ルシフェラーゼ比活性に対して正規化された、ｐＴＯＰＧＬＯＷルシフェラーゼ活性によってＴＣＦ介在遺伝子転写を定量した。実験は全て二重に行った。
【０１９６】
ウェスタンブロット：収集した細胞は、ＳＪＣ分解バッファーにて分解し、上清にＳＤＳ−ＰＡＧＥを行ない、展開し、停止し、標準的ウェスタンブロットプロトコールにしたがって、適切な一次抗体によってブロットした。蛍光標識された二次抗体（Ａｌｅｘａヤギ抗マウスまたは抗ウサギ）を加え、結果を、Ｌｉ−ｃｏｒｅ（商標）によって分析した。
【０１９７】
細胞生存率アッセイ：細胞を、遮光９６ウェルプレートに三重に撒き、０日目、種々の用量のペプチドで処理し、５％ＣＯ２を含む高湿インキュベーターにて３７℃でインキュベートした。７２時間後、メーカーの指示にしたがってＡｌａｍａｒ  Ｂｌｕｅアッセイを行った。細胞増殖プロフィールのために、細胞を、遮光９６ウェルプレートに三重に撒き、０日目、１０μＭペプチドまたはＤＭＳＯで処理し、２４、４８、および７２時間後に、細胞生存率をＡｌａｍａｒ  Ｂｌｕｅアッセイによって測定した。
【０１９８】
（結果）
Ｄｖｌ２ＰＤＺ−に対する結合について選択されたペプチド  前述［１２］のようにして、ファージディスプレイ・ペプチドライブラリーを用いてＤｖｌ２ＰＤＺに結合するリガンドを選別した。我々は、ファージコートタンパクのＣ−末端またはＮ−末端に融合させたデカペプチドライブラリーを用いた。ライブラリーは、２０種全てのアミノ酸をコードするＮＮＫ縮重コドンを含んでいた。さらに、縮重コドンにおいてアンバー終結コドンが出現する可能があるが、その出現が、Ｃ末端ライブラリーにおいて比較的短いペプチドのディスプレイをもたらす。各ライブラリーは、捕捉標的として固定したＧＳＴ−Ｄｖｌ２ＰＤＺ融合タンパクを用い４ラウンドの結合選別をサイクル経過させた。
【０１９９】
Ｃ−末端ライブラリーから得られた９０クローンの配列を決定したところ、独特の結合モチーフが明らかにされた（図１Ａ）。この結合モチーフは、高度に保存された、−２位置にＧｌｙ、−１位置にＴｒｐ／Ｔｙｒ、０位置にＰｈｅ／Ｌｅｕ、および−３位置に疎水性または芳香族残基を含む。興味深いことに、この結合モチーフは、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓのオーソロガスｄｉｓｈｅｖｅｌｅｄタンパクの中に保存されている（データ示さず）。
【０２００】
Ｎ−末端ライブラリーから得られた１２７クローンの配列を決定したところ、４種類の内部結合モチーフが明らかにされた（図１Ｂ）。ＩおよびＩＩ型モチーフは、Ｃ−末端ライブラリーから得られたものと同様である。本明細書における参照の都合のために、我々は、この共通配列に対し、同じ、番号位置決めシステムを表示した。すなわち、Ｉ型およびＩＩ型のコア配列は、Ｔｙｒ−３Ｇｌｙ−２Ｔｒｐ−１［Ｉｌｅ／Ｖａｌ］０である（図１Ｂ）。この二つのモチーフは、位置０に続く残基において異なる。Ｉ型では、トリ−グリシンリンカーが、必ず、Ｉｌｅ／Ｖａｌ０に続くが、一方、ＩＩ型は、位置１には高度に保存されるＡｓｐを有し、それに続いてトリ−グリシンリンカーが来る。さらに、Ｉ型は、−４位置では、Ａｓｐに対しＩＩ型よりもやや大きな嗜好性を有する。
【０２０１】
ＩＩＩ型およびＩＶ型モチーフは、全く異なる結合パターンを示す。これら二つのタイプは、コアのＷＸＤＸＰモチーフを共有するが、大きな違いは、Ｘ、および側接位置に見られる。前述と同じ番号位置決めシステムを用い、我々は、コア位置をＴｒｐ−１Ｘ０Ａｓｐ１Ｘ２Ｐ３と表示する。ＩＩＩ型モチーフは、位置０ではＳｅｒ／Ｔｈｒを、位置２ではＩｌｅ／Ｐｈｅ／Ｌｅｕを、位置―２ではＬｅｕを、位置−３では多くの場合Ｌｅｕ／Ｖａｌを好むが、一方、ＩＶ型モチーフは、位置０ではＩｌｅ／Ｖａｌを、位置２ではＧｌｙを、位置―２ではプロミスカス（アミノ酸の変異体）、位置−３では多くの場合Ｇｌｕを好む。両タイプにおいて位置３でもっとも保存されるＰｒｏは、リガンドおよびＤｖｌ  ＰＤＺドメイン間の、このような相互作用のためには、構造的ペプチドが必要とされることを示す。Ｔｒｐは、全てのタイプのＤｖｌ  ＰＤＺリガンドにおいて保存される。これは、Ｔｒｐが、リガンド結合のための固着点の役割を担うことを示唆する。高度に保存されるＡｓｐ１は、ＰＤＺドメインと、遊離カルボキシル基との間の標準的相互作用を模倣するものと考えられる。ＩＩＩ型モチーフとＩＶ型モチーフの間に見られる、位置−３、−２、０、および／または２における差は、これらの位置の結合配位が、これらのリガンドの異なる特異性と関連することを示唆する。
【０２０２】
合成ペプチドによるアフィニティーアッセイ  優性選択配列（ＫＷＹＧＷＬＣＯＯＨ（Ｄ１））に一致するペプチド、および単一突然変異を持つその誘導体、および、Ｎ−末端伸長体（Ｄ２−４）を合成し、Ｄｖｌ２ＰＤＺに対する結合に関して定量した（表Ｉ）。ペプチドＤ１は、高い親和度（ＩＣ５０＝１．３μＭ）の下に結合したが、一方、０位置においてＬｅｕをＰｈｅで置換させたペプチド（Ｄ２）は、ほぼ同様の親和度（ＩＣ５０＝０．９３μＭ）において結合した。さらに、リガンドの上流位置における、疎水性または芳香族残基、特に、Ｔｒｐは、−６位置においてＴｒｐ伸長を持つペプチド（Ｄ３およびＤ４）に見られるように、結合親和度を顕著に増すことが可能であった。これらのペプチドの結合親和度は、最大１０倍まで強化された。Ｗｏｎｇらは、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ内部ペプチドリガンドと、ＤｖｌＰＤＺとの間の結合親和度は９．５μＭであること、および、この相互作用は、Ｗｎｔシグナル伝達において重要な役割を果たすことを報告している［３］。我々のファージ由来ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドは、ＤｖｌＰＤＺに対し、生得の相互作用に比べ、最大１００倍高い親和度の下に結合する、したがって、Ｗｎｔシグナル伝達経路に対する拮抗剤の可能性を有する。
【０２０３】
表Ｉ．Ｄｖｌ２ＰＤＺに対する合成ペプチド結合のＩＣ５０値
ＩＣ５０値は、競合ＥＬＩＳＡにおいて、固定される高親和性ペプチドリガンドに対するＤｖｌＰＤＺ結合の５０％を阻止する、ペプチドの平均濃度と定義される。ペプチドシリーズのＮ−末端はアセチル化された。
【０２０４】
【表１】
2009533465.tif 000006
［ＹＬＦＩ］Ｇ［ＷＭＦＹ］［ＦＬ］ＣＯＯＨの共通モチーフによるデータベース探索から、我々は、Ｄｖｌに対する、可能な天然リガンドを特定した。すなわち、ＹＡＫＧＦＧＭＬＣＯＯＨのＣ−末端配列を含む、ヒトのユビキチンタンパクリガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）である。この配列に一致する６ペプチド（ＫＧＦＧＭＬＣＯＯＨ）を合成し（Ｄ５）、親和度を定量した。このペプチドのＤｖｌ２ＰＤＺに対する結合親和度は、Ｄ１またはＤ２に比べてはるかに弱く（ＩＣ５０＝２４２μＭ）、これは、−１位置におけるＴｒｐが、緊密な結合においてエネルギー的に重要であることを示す。とはいうものの、ＭａｇｉＰＤＺ２−ＰＴＰＮ相互作用に関する以前の研究に基づくと、２００μＭにおけるタンパク−リガンド相互作用でも生物学的に関係性があると考えられるので、ＵＢＥ３ＡとＤｖｌとの間にも弱い相互作用のあることが可能である。
【０２０５】
蛍光偏光アッセイを用いて、ＤｖｌＰＤＺに対する、二つの内部ペプチドリガンドＮ２およびＮ３の親和度を測定した。表ＩＩ参照。この方法によって測定されたＤ１のＫｉ値は７２５ｎＭであるが、これは、競合ＥＬＩＳＡによって測定したＩＣ５０値と一致する（表Ｉ）。Ｎ２とＤ１のモチーフは極めて近似するので、ＤｖｌＰＤＺに対するＮ２の親和度もＤ１と近似するが（Ｋｉ＝１．２μＭ）、一方、Ｎ３は、Ｄ１およびＮ２とははっきりと異なる結合モチーフを持ち、かつ、Ｎ３の親和度（Ｋｉ＝４．６μＭ）は、Ｄ１のものよりも６倍低い。これは、ＤｖｌＰＤＺドメインとＮ３リガンドの間の結合パターンが、Ｄ１またはＮ２のものとは異なることを示す。
【０２０６】
表ＩＩ．合成ペプチドのＤｖｌ２ＰＤＺに対する結合に関して蛍光偏光アッセイによって測定したＫｉ値。Ｋｉ値は、「材料および方法」において記載したように測定し、計算した。ペプチドシリーズのＮ−末端はアセチル化された。Ｎ２およびＮ３のＣ−末端はアミド化された。
【０２０７】
【表２】
2009533465.tif 000007
ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドは、３種全ての内因性Ｄｖｌと相互作用を持つ  ３種のＤｉｓｈｅｖｅｌｅｄタンパク（Ｄｖｌ１、Ｄｖｌ２、およびＤｖｌ３）をコードする、３種のヒト遺伝子がある。これらのタンパク間に見られる全体相同性は約６０％である。特に、三つのＤｖｌタンパクのＰＤＺドメインは、互いに極めて相同である（＞８５％）（図２Ａ）。したがって、ペプチドＤ１は、Ｄｖｌ２ＰＤＺに対する、ファージ由来のリガンドではあるが、我々は、これは、他の二つのＤｖｌ  ＰＤＺドメインにも結合する可能性が高いと考えた。Ｄ１が、インビボで、三つ全ての内因性Ｄｖｌタンパクに結合することが可能であることを確かめるために、ＧＳＴのＣ−末端を、３Ｇｌｙ連結によってＤ１配列に融合させたＧＳＴ融合構築体（ＧＳＴ−Ｄｖｌｐｅｐ）を構築し、グルタチオンセファロース４Ｂに接合させた。ＨＥＫ２９３の細胞分解物は、ＧＳＴ単独、または、ＧＳＴ−Ｄｖｌｐｅｐ接合ビーズのいずれかによってプルダウンされた。予想通り、三つ全ての内因性Ｄｖｌが、ＨＥＫ２９３の未精製細胞分解物の中に検出され、ＧＳＴ−Ｄｖｌｐｅｐによってプルダウンされた（図２Ｂ）。
【０２０８】
ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドによる、標準Ｗｎｔ経路の抑制  Ｗｎｔシグナル伝達に反応する細胞に対する、ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドの作用を調べるために、我々は、ＤｖｌＰＤＺに対する細胞進入性ペプチドリガンドを合成した。リガンドは、下記：
（ｉ）Ａｃ−ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＫＷＹＧＷＬ（ＤＶＬｐ＿Ｃ），
（ｉｉ）Ａｃ−ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＧＷＫＤＹＧＷＩＤＧ（ＤＶＬｐ＿Ｎ２），
（ｉｉｉ）Ａｃ−ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＧＥＩＶＬＷＳＤＩＰＧ（ＤＶＬｐ＿Ｎ３），
（ｉｖ）Ａｃ−ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＧＳＧＮＥＶＷＩＤＧＰＧ（ＤＶＬｐ＿Ｎ４）；および、
（ｖ）Ａｃ−ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫ（ＰＥＮ）――細胞進入性配列のみの陰性コントロールペプチド
の配列を有する。
【０２０９】
我々は、標準的ＴｏｐＧｌｏｗアッセイを用いてこの作用を調べた。ＨＥＫ２９３細胞に、ＴｏｐＧｌｏｗ遺伝子をトランスフェクトし、トランスフェクションの２４時間後、種々の用量のペプチドＤＶＬｐ＿Ｃ、ＤＶＬｐ＿Ｎ２、ＤＶＬｐ＿Ｎ３、ＤＶＬｐ＿Ｎ４、またはＰＥＮ（媒体において５−２０μＭ）で処理した。最大２０μＭまでの濃度において、４種のＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドの内２種、ＤＶＬｐ＿ＣおよびＤＶＬｐ＿Ｎ３が、Ｗｎｔ３ａ−刺激転写活性を有意に抑制し（図３Ａ）、その抑制作用は、用量依存性であった（図３Ｂおよび３Ｃ）。特に、ＤＶＬｐ＿Ｎ３は、Ｗｎｔ３ａ刺激転写活性を最大８０％まで抑制することができたが、一方、ＤＶＬｐ＿Ｃは、約５０％の抑制を実現した。ＰＥＮ処理細胞は、抑制作用を示さなかった。図３を参照されたい。我々はさらに、ＤＭＳＯ、ＤＶＬｐ＿Ｃ、ＤＶＬｐ＿Ｎ３、またはＰＥＮによる処理について、全体細胞分解物におけるβカテニンレベルを比較し、ＤＶＬｐ＿ＣおよびＤＶＬｐ＿Ｎ３処理細胞は、ＤＭＳＯおよびＰＥＮ処理細胞に比べ、Ｗｎｔ３ａ刺激に対するβカテニンレベルが有意に低いことを見出した。図３Ｄおよび３Ｅを参照されたい。ＤｖｌＰＤＺリガンドペプチド処理による、Ｗｎｔ刺激性βカテニンシグナル伝達の抑制、および、βカテニンタンパクレベルのＷｎｔ刺激性増加の低下は、ＤｖｌＰＤＺドメインが、標準的Ｗｎｔ／βカテニンシグナル伝達経路に関与する相互作用に深く関わることを示唆する。なぜなら、該シグナル伝達経路に対し、例えば、ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンド、ＤＶＬｐ＿ＣおよびＤＶＬｐ＿Ｎ３は、拮抗作用を及ぼすことが可能だからである。
【０２１０】
ＤｖｌＰＤＺのペプチドリガンドは、癌細胞の増殖を抑える。非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）の腫瘍サンプルにおける（８個の内６個）Ｄｖｌ３の過剰発現が報告されている［７］。ｓｉＲＮＡによるＤｖｌ３の抑制は、Ｗｎｔ刺激によるβカテニンシグナル伝達を阻止し、ＮＳＣＬＣ細胞系統ＮＣＩ−Ｈ１７０３の増殖を抑えることが示された［７］。ＮＳＣＬＣ細胞系統に対するＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドの作用を評価するために、ＮＣＩ−Ｈ１７０３をＤＶＬｐ＿Ｃで処理し、Ｗｎｔ−刺激性βカテニンシグナル伝達をＴｏｐＧｌｏｗアッセイで測定した。ＨＥＫ２９３Ｓ細胞同様、ＮＣＩ−Ｈ１７０３のＴｃｆ刺激性転写活性も、ＤＶＬｐ＿Ｃ処理によって著明に抑制された（図４）。ＮＳＣＬＣ細胞の増殖に対する、ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドの作用を調べるために、我々は、ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞を、ＤＶＬｐ＿ＣまたはＰＥＮによって、０日目、０、２．５μＭ、５μＭ、１０μＭ、および２０μＭの用量で７２時間インキュベートし、細胞の生存率を、前述のようにＡｌａｍａｒブルーによって評価した。Ｗｎｔ３ａ刺激の無い場合、ＤＶＬｐ＿Ｃ処理細胞は、１０μＭを超えるペプチド用量で、ＰＥＮ−処理細胞よりもはるかに低い生存率を示したが、Ｗｎｔ３ａ刺激下では、ＤＶＬｐ＿Ｃ処理細胞の、ＰＥＮ処理細胞よりも低い生存率は、５μＭのペプチド用量で観察することができた（図５Ａ）。さらに、図５Ｂに示すように、ＤＶＬｐ＿Ｃ処理ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞の細胞増殖は、ＤＭＳＯまたはＰＥＮ処理細胞のものよりもはるかに低かった。これらの結果は、本明細書に記載される、高親和性ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドは、ＮＳＣＬＣ細胞などの腫瘍細胞の増殖を効果的に抑制することを示した。
【０２１１】
（結論）
ファージから得られたＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドは、インビトロにおいてＤｖｌ２ＰＤＺに対し高い親和度を示し、その親和度は、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと、その天然リガンド、ＦｒｉｚｚｌｅｄのＣ−末端領域の内部配列との間の、報告される結合親和度［３］よりも約１００倍も高かった。本明細書に報告されるデータは、二つの細胞浸透性ＤＶｌＰＤＺペプチドリガンド（ＤＶＬｐ＿ＣおよびＤＶＬｐ＿Ｎ３）が、ＨＥＫ２９３Ｓにおいて、かつ、一つ（ＤＶＬｐ＿Ｃ）は、ＮＣＩ−Ｈ１７０３においても、Ｗｎｔ−刺激β−カテニンシグナル伝達を阻止することを示す。特に、ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドＤＶＬｐ＿Ｃによる、非小細胞肺癌細胞系統ＮＣＩ−Ｈ１７０３の、Ｗｎｔ−刺激β−カテニンシグナル伝達の阻止は、細胞増殖を効果的に抑制した。本明細書に記載される、ファージ誘導ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドは、癌治療のための、低分子リードとなり得、さらに、診断および治療に用いられる、さらに新たなＤｖｌ  ＰＤＺ修飾因子の特定に使用することが可能である。
【０２１２】
（引用文献一覧）
【０２１３】
【数１】
2009533465.tif 000008
【０２１４】
【数２】
2009533465.tif 000009
【図面の簡単な説明】
【０２１５】
【図１】ファージディスプレイライブラリーから選別されたＤｖｌ  ＰＤＺ結合ペプチド。これらの配列は、ｐ８ファージコートタンパクのＣ−末端（Ａ）または（Ｂ）Ｎ−末端に対して融合させたライブラリーから選別された。ペプチドリガンドにおける位置は、Ｃ−末端側からＮ−末端側へ、０、−１などと表示される。
【図２】図２Ａ。ヒトのＤｖｌ−１、−２、および−３のＰＤＺドメインの配列整列。同一塩基は暗黒陰影で強調し、類似塩基は灰色陰影で強調した。  図２Ｂ。Ｄｖｌ  ＰＤＺペプチドリガンドは、三つ全ての内因性Ｄｖｌ（すなわち、１、２、３）をプルダウンすることが可能である。  ＨＥＫ２９３Ｓ細胞の細胞分解物を調製し、全体タンパク濃度を、１ｍｇ／ｍｌに正規化した。ＧＳＴまたはＧＳＴ−ＤＶＬｐｅｐ融合タンパクをグルタチオンセファローズ４Ｂに結合させた。タンパクを担持する（２−１０μｇ）ビーズを、ＨＥＫ２９３Ｓ細胞の細胞抽出物と４℃で一晩インキュベートした。このビーズを、洗浄バッファー（ＰＢＳ、０．５％ＢＳＡ、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０）で１０回洗浄し、ＳＤＳサンプルバッファーに再縣濁し、９０℃で１０分インキュベートし、上清にＳＤＳ−ＰＡＧＥを行った。さらに、未精製細胞抽出物にも、同じＳＤＳ−ＰＡＧＥを行った。Ｄｖｌタンパクを、抗Ｄｖｌ１、抗Ｄｖｌ２、および抗Ｄｖｌ３でブロットした。
【図３Ａ】ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンド、ＤＶＬｐ＿ＣおよびＤｖｌｐ＿Ｎ３は、ＨＥＫ２９３Ｓ細胞のβカテニンシグナル伝達におけるＷｎｔ刺激による上昇を有意に阻止した。  ＨＥＫ２９３Ｓ細胞に、ｐＲＬリポーターと結合させたリポータープラスミドｐＴＯＰＧＬＯＷをトランスフェクトした。細胞抽出物を調製し、ルシフェラーゼ活性を測定した。ルシフェラーゼの相対単位（ＲＬＵ）は、ＴｏｐＧｌｏｗルシフェラーゼ活性を、Ｒｅｎｉｌａルシフェラーゼ活性で割った商である。活性倍数は、Ｗｎｔ３ａ刺激細胞と、非刺激細胞との間のＲＬＵ比である。細胞は、１０μＭ（明色バー）、または２０μＭ（暗色バー）のペプチドリガンドによって処理した。
【図３Ｂ】ＨＥＫ２９３Ｓ細胞におけるβカテニンシグナル伝達のＷｎｔ刺激上昇の、Ｄｖｌｐ＿Ｃによる抑制は、用量依存性であった。
【図３Ｃ】ＨＥＫ２９３Ｓ細胞におけるβカテニンシグナル伝達のＷｎｔ刺激上昇の、Ｄｖｌｐ＿Ｎ３による抑制は、用量依存性であった。  図３Ｂおよび３Ｃのデータは、二つの独立実験の測定によって得られた。
【図３Ｄ】ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンド、ＤＶＬｐ＿Ｃは、Ｗｎｔ刺激によるβカテニンタンパンクレベルの増加を抑えた。
【図３Ｅ】ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンド、Ｄｖｌｐ＿Ｎ３は、Ｗｎｔ刺激によるβカテニンタンパンクレベルの増加を抑えた。  図３Ｄおよび３Ｅのデータのために、ＨＥＫ２９３Ｓ細胞を、２０μＭのＤＶＬｐおよびＰＥＮによって２４時間処理した。細胞分解物を調製し、これにＳＤＳ−ＰＡＧＥを行った。βカテニンを、ポリクロナール抗βカテニン（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｓｃｉｓｃｏ）によってブロットした。
【図４】ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンド、ＤＶＬｐ＿Ｃは、ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞において、Ｗｎｔ刺激によるβカテニンシグナル伝達の増加を阻止した。  ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞に、ｐＲＬリポーターと結合させたリポータープラスミドｐＴＯＰＧＬＯＷをトランスフェクトした。細胞抽出物を調製し、ルシフェラーゼ活性を測定した。ルシフェラーゼ相対単位は、ＴｏｐＧｌｏｗルシフェラーゼ活性を、Ｒｅｎｉｌａルシフェラーゼ活性で割った商である。活性倍数は、Ｗｎｔ３ａ刺激細胞と、非刺激細胞との間のＲＬＵ比である。
【図５Ａ】Ｄｖｌ  ＰＤＺリガンド処理は、ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞の生存率を下げた。細胞を、三重標本として、遮光９６ウェルプレートに撒き、０日目に、種々の用量のペプチドで処理し、５％ＣＯ２含有高湿インキュベーターにて３７℃でインキュベートした。７２時間後、Ａｌａｍａｒブルーアッセイを実行した。
【図５Ｂ】Ｄｖｌ  ＰＤＺリガンド処理は、ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞の細胞増殖を抑制する。細胞を、三重標本として、遮光９６ウェルプレートに撒き、０日目に、１０μＭのペプチドまたはＤＭＳＯで処理し、２４、４８、および７２時間後、細胞生存率を、Ａｌａｍａｒブルーアッセイによって測定した。
【図１Ａ】
2009533465.tif 000010
【図１Ｂ】
2009533465.tif 000011
【図２】
2009533465.tif 000012
【図３Ａ】
2009533465.tif 000013
【図３Ｂ】
2009533465.tif 000014
【図３Ｃ】
2009533465.tif 000015
【図３Ｄ】
2009533465.tif 000016
【図３Ｅ】
2009533465.tif 000017
【図４】
2009533465.tif 000018
【図５Ａ】
2009533465.tif 000019
【図５Ｂ】
2009533465.tif 000020
【配列表】
2009533465000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成20年12月29日(2008.12.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチドであって、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−２にＧｌｙ、位置−１にＴｒｐまたはＴｙｒ、位置０にＰｈｅまたはＬｅｕ、位置−３に疎水性または芳香族残基を有する配列を含むＣ−末端領域を含む、単離ポリペプチド。
【請求項２】
位置−６がＴｒｐである、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
位置−１がＴｒｐである、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項４】
ＩＣ５０＝１．５μＭ（１．２、１、０．８、０．６、０．４、０．２μＭ）またはそれ以上の結合親和度においてＤｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチド。
【請求項５】
前記ポリペプチドが、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その内因性結合パートナーとの相互作用を抑制する、請求項１〜４のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項６】
前記ポリペプチドが、Ｄｖｌ−介在内因性Ｗｎｔシグナル伝達を抑制する、請求項１〜５のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項７】
前記ポリペプチドが、下式：
Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｘ４−ＣＯＯＨ
の配列を含むＣ−末端領域を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項８】
Ｘ１が、Ｙ、Ｌ、Ｆ、またはＩであり；Ｘ３が、Ｗ、Ｍ、Ｆ、またはＹであり；Ｘ４が、ＦまたはＬであり、
前記配列が、ヒトタンパクの天然のＣ−末端配列ではない、請求項７に記載のポリペプチド。
【請求項９】
Ｘ３がＴｒｐである、請求項７または８に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
前記カルボキシル末端アミノ酸残基がカルボキシル化される、請求項１〜９のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
【請求項１１】
前記ポリペプチドが、配列ＹＡＫＧＦＧＭＬＣＯＯＨ（配列番号１７０）を含まない、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
【請求項１２】
Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合し、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−５から０、または位置−６から０に関して表１および図１Ａの配列から成る群から選ばれるアミノ酸配列を含むカルボキシル末端領域を含む、単離ポリペプチド。
【請求項１３】
Ｄｖｌ  ＰＤＺ配列に対する結合について、請求項１〜１２のいずれか１項に記載のポリペプチドと競合するアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチド。
【請求項１４】
Ｄｖｌ  ＰＤＺにおいて、請求項１〜１３のいずれか１項に記載のポリペプチドが結合するエピトープと同じエピトープに結合する単離ポリペプチド。
【請求項１５】
前記ポリペプチドが、配列ＹＡＫＧＦＧＭＬＣＯＯＨ（配列番号１７０）を含まない、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
【請求項１６】
Ｄｖｌが、ヒトのＤｖｌ１、Ｄｖｌ２、および／またはＤｖｌ３である、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
【請求項１７】
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾することが可能な化合物を特定する方法であって、前記方法は、下記：
（ｉ）Ｄｖｌ  ＰＤＺ、その断片、および／またはその機能的等価物；
（ｉｉ）請求項１〜１６のいずれか１項に記載のポリペプチドの一つ以上；および、
（ｉｉｉ）候補化合物、
を含むサンプルを接触させること、および、
前記候補化合物の存在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の量を定量すること
を含み、これによって、前記候補化合物の不在下における量と比べた場合の、前記候補化合物存在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の量の変化が、前記候補化合物がＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾することが可能な化合物であることを示す、方法。
【請求項１８】
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を合理的に設計する方法であって、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−２にＧｌｙ、位置−１にＴｒｐまたはＴｙｒ、位置０にＰｈｅまたはＬｅｕ、および位置−３に疎水性または芳香族残基を有する配列を含む、Ｃ−末端ペプチドを含むか、または、その機能を模倣する修飾因子であって、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能な因子を設計することを含む、方法。
【請求項１９】
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾する薬剤のスクリーニング法であって、前記方法は、
（ａ）候補薬剤を準備し、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、前記Ｄｖｌ  ＰＤＺの既知の結合パートナーとを含む反応混合物に前記薬剤を接触させる工程であって、前記混合物は、細胞混合物か、または無細胞混合物であり、前記接触は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー相互作用に好適な条件下で生じる、工程；
（ｂ）前記薬剤の存在下および不在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー相互作用の量を定量する工程
を含み、これによって、前記薬剤の存在下および不在下において（ｂ）で定量された相互作用量の差が、前記薬剤がＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子であることを示す、方法。
【請求項２０】
Ｄｖｌまたはｗｎｔタンパク活性の制御不良に関連する病理的状態を治療する方法であって、Ｄｖｌ  ＰＤＺと請求項１〜１６のいずれか１項に記載のポリペプチドとの間の相互作用を修飾することが可能なＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド修飾因子の有効量を対象に投与することを含む方法。
【請求項２１】
前記修飾因子が、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、前記ポリペプチドとの間の相互作用を抑制する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記病理的状態が癌である、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記病理的状態が過剰増殖性障害である、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記病理的状態が、標準ｗｎｔシグナル伝達経路の制御不良に関連する、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２５】
Ｄｖｌが、ヒトのＤｖｌ１、Ｄｖｌ２、および／またはＤｖｌ３である、請求項２０または２１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願）
本願は、２００６年４月１０日に出願された米国仮特許出願第６０／７９０，６７３号に対する優先権および利益を主張する。米国仮特許出願第６０／７９０，６７３号の明細書は、その全体が本明細書中に参考として援用される。
【０００２】
（技術分野）
本発明は、一般に、分子生物学および細胞増殖調節の分野に関する。より詳細には、本発明は、ｗｎｔシグナル伝達経路の修飾因子、および前記修飾因子の使用に関する。
【背景技術】
【０００３】
（背景）
Ｗｎｔシグナル伝達経路は、増殖にとって必須であり、従来から腫瘍発生への関与が示されている［１］。さらに、Ｒｅｙａ  ＆  Ｃｌｅｖｅｒｓ，Ｎａｔｕｒｅ（２００５），４３４：８４３−８５０；Ｌｏｇａｎ  ＆  Ｎｕｓｓｅ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｃｅｌｌ
Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．（２００４），２０：７８１−８１０；および米国特許出願公開第２００４／０２４７５９３号を参照されたい。Ｄｉｓｈｅｖｅｌｅｄ（Ｄｖｌ）タンパクは、標準的および非標準的Ｗｎｔシグナル伝達経路の両方において中心的役割を果たす骨格タンパクである［２］。さらに、Ｗａｌｌｉｎｇｆｏｒｄ  ＆  Ｈａｂａｓ，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（２００５），１３２：４４２１−４４３６を参照されたい。Ｄｖｌタンパクは、Ｎ−末端のＤＩＸドメイン、中央のＰＤＺドメイン、およびＣ−末端のＤＥＰドメインから構成される。これら三つの内、ＰＤＺドメインが、Ｗｎｔシグナル伝達においてもっとも重要な役割を果たす。これまで２０を超える天然のリガンドが、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインに結合することが報告されている（以後、“ＤｖｌＰＤＺ”または“Ｄｖｌ  ＰＤＺ”とする）［２−６］。それらの多くは、標準的または非標準的Ｗｎｔシグナル伝達経路において生物学的に重要であることが示されている。例えば、ＦｒｉｚｚｌｅｄのＣ−末端領域の内部配列に対するＤｖｌＰＤＺの直接結合は、Ｗｎｔシグナル伝達経路において重要な役割を果たすことが報告されている（非特許文献１）［３］。いくつかのタイプの癌細胞、例えば、非小細胞型肺癌および中皮腫においてＤｖｌタンパクの過剰発現が観察されており、このため、Ｄｖｌは、癌治療のための薬剤標的とされている。これまで、ＤａｐｐｅｒおよびＦｒｉｚｚｌｅｄから導かれたペプチドリガンドに基づいてＤｖｌＰＤＺに対して特異的な拮抗剤を開発する試みが為されている。しかしながら、報告ではＤｖｌＰＤＺに結合することが特定された低分子は、親和性が極めて低く（Ｋｉ＝２３７μＭ）、インビボにおける効力は十分には明らかにされていない。
【０００４】
Ｄｖｌによるとされる重要な細胞機能、特に、ＤｖｌＰＤＺと、そのリガンドとの間の相互作用を介して実現される機能から、ＤｖｌＰＤＺは重要な薬剤標的を代表することが示唆される。したがって、ＤｖｌＰＤＺ−リガンド相互作用の機構的側面を明らかにし、その関連機能活性の修飾を指向する組成物および方法を実現することができたならば、それは有益と考えられる。本発明は、この利点、およびその他の利点を提供する。
【非特許文献１】Ｗｏｎｇ，Ｈ．Ｃ．ら、Ｄｉｒｅｃｔ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＰＤＺ  ｄｏｍａｉｎ  ｏｆ  Ｄｉｓｈｅｖｅｌｌｅｄ  ｔｏ  ａ  ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  ｉｎｔｅｒｎａｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｃ−ｔｅｒｍｉｎａｌ  ｒｅｇｉｏｎ  ｏｆ  Ｆｒｉｚｚｌｅｄ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ，２００３．１２（５）：ｐ．１２５１−６０．
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
Ｗｎｔシグナル伝達経路は、重要な生物学的役割を有し、種々の癌においてその撹乱が関与するとされている。本発明は、ＤｖｌタンパクのＰＤＺドメインの活性を修飾するための組成物、およびそれら組成物の使用方法を提供する。Ｄｖｌに関連する機能が重要であるために、本発明の組成物および方法は、重要な臨床的有用性を有する。本発明は、一部は、Ｄｖｌ  ＰＤＺの結合パートナー（リガンド）に関する徹底的分析および特徴解明に基づく。この分析によって、本明細書で述べるように、新規の、思いがけない所見が得られた。
【０００６】
本明細書で述べるように、Ｃ−末端ペプチドおよびＮ−末端ペプチドによるファージディスプレイライブラリーを用い、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインに対して緊密に結合する、一群のペプチドリガンドが特定された。本明細書に記載される結果は、その結合モチーフが必要な遊離カルボキシル基を持つリガンドの外に、遊離カルボキシル基を欠く、一つのＤｖｌ  ＰＤＺサブセットが、驚くべきことにＤｖｌ  ＰＤＺに結合する能力を有することを示した。遊離カルボキシル基を欠くリガンドは、ポリペプチドのＮ−末端または内部配列を構成する、Ｎ−末端および／または内部Ｄｖｌ  ＰＤＺリガンド配列を表す。これらのリガンドの特徴を解明したところ、分子の、Ｄｖｌ  ＰＤＺに対する結合親和性を強化すると考えられる、独特の結合モチーフが特定された。本明細書に記載される例示のリガンドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺ活性の修飾を通じてｗｎｔ経路を修飾する因子を選別するスクリーニングに有用である。さらに、このようなリガンド、およびその誘導体自体が、Ｗｎｔシグナル伝達経路の制御不良と関連する病理的状態を治療するための、低分子薬剤候補である。
【０００７】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能な分子を提供する。これらの分子は、様々な背景において、例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子として有用である。例えば、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに対し、高度、中等度、または低度の親和性を有する結合因子の特徴を模倣する、修飾性分子を提供する。一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチド（例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するペプチド分子を特異的に含む、下記に定義するポリペプチド）を提供する。すなわち、前記ポリペプチドは、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−２にＧｌｙ、位置−１にＴｒｐまたはＴｙｒ、位置０にＰｈｅまたはＬｅｕ、位置−３に疎水性または芳香族残基を有する配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＣ−末端領域を含む。一実施態様では、前記Ｃ−末端領域の位置−６はＴｒｐである。一実施態様では、前記Ｃ−末端の位置−１は、Ｔｒｐである。
【０００８】
一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチド（例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するペプチド分子を特異的に含む、下記に定義するポリペプチド）を提供する。すなわち、前記ポリペプチドは、Ｇｌｙ−Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４、またはＴｙｒ−Ｇｌｙ−Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４を含む結合モチーフ、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含む。上記配列において、Ｇｌｙは、それぞれ、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、および／またはＸ４は、内部残基である。一実施態様では、Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３は、Ｇ−Ｇ−Ｇである。一実施態様では、Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４は、Ｄ−Ｇ−Ｇ−Ｇ（配列番号１６７）である。一実施態様では、Ｔｙｒは、Ｎ−末端側においてＡｓｐに先行される。
【０００９】
一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチド（例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するペプチド分子を特異的に含む、下記に定義するポリペプチド）を提供する。すなわち、前記ポリペプチドは、Ｔｒｐ−［ＳｅｒまたはＴ
ｈｒ］−Ａｓｐ−［ＩｌｅまたはＰｈｅまたはＬｅｕ］−Ｐｒｏを含む結合モチーフ、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含む。上記配列において、Ｔｒｐは、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｐｒｏは内部残基である。一実施態様では、Ｔｒｐは、Ｎ−末端側においてＸ１および／またはＸ２に先行され（すなわち、Ｘ１−Ｘ２−Ｔｒｐ）、該配列において、Ｘ１はＬｅｕまたはＶａｌであり、Ｘ２はＬｅｕである。一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチド（例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するペプチド分子を特異的に含む、下記に定義するポリペプチド）を提供する。すなわち、前記ポリペプチドは、Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ａｓｐ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ（配列番号１６８）を含む結合モチーフ、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含む。上記配列において、Ｔｒｐは、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｐｒｏは内部残基である。一実施態様では、Ｔｒｐは、Ｎ−末端側においてＸ１および／またはＸ２に先行され（すなわち、Ｘ１−Ｘ２−Ｔｒｐ）、該配列において、Ｘ１はＧｌｕであり、Ｘ２はＴｈｒ、Ｖａｌ、Ｍｅｔ、Ａｒｇ、Ｉｌｅ、またはＧｌｎである。
【００１０】
一局面では、本発明は、ＩＣ５０＝１．５ｕＭ以上の結合親和度においてＤｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチドを提供する。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝１．２ｕＭ以上である。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝１．０ｕＭ以上である。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝０．８ｕＭ以上である。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝０．６ｕＭ以上である。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝０．４ｕＭ以上である。一実施態様では、結合親和度は、ＩＣ５０＝０．２ｕＭ以上である。結合親和度は、従来技術で既知の、各種方法のいずれによっても測定することが可能である。一実施態様では、本発明のポリペプチドのＩＣ５０結合親和度は、競合ＥＬＩＳＡにおいて、固定された、高親和度ペプチドリガンドに対し、約５０％のＤｖｌ  ＰＤＺ結合を阻止する、ポリペプチドの平均濃度として求められる（例えば、Ｓｉｄｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．（２０００），３２８：３３３−３６３、および、ＫＷＹＧＷＬ−ＣＯＯＨ（配列番号１６９）が、高親和性ペプチドリガンドとして利用される、後述の実施例に記載されるやり方で）。一実施態様では、本発明のポリペプチドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その結合パートナーとの相互作用、例えば、細胞における、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その結合パートナーとの相互作用を抑制する。
【００１１】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するポリペプチドを提供する。前記ポリペプチドは、下式：
Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｘ４−ＣＯＯＨ
を有する配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＣ−末端領域を含み、上式において、Ｘ１は、Ｙ、Ｌ、Ｆ、またはＩであり；Ｘ３は、Ｗ、Ｍ、Ｆ、またはＹであり；、Ｘ４は、ＦまたはＬであり、該配列は、ヒトタンパクの天然のＣ−末端配列ではない。一実施態様では、配列は、Ｘ１がＹ、Ｘ３がＷ、Ｘ４がＬである、ＫＷＹＧＷＬ（配列番号１６９）を含む。一実施態様では、前記配列は、ヒトのユビキチンタンパクリガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）のような、Ｄｖｌに対する天然のリガンドではない。一実施態様では、Ｘ３はＴｒｐである。
【００１２】
一実施態様では、本発明のポリペプチドは、配列Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｘ４−ＣＯＯＨ（配列番号１７０）、を含まず、から成ならず、または、から事実上成らない。
【００１３】
一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合し、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−５から０、または位置−６から０に関して表１および図１Ａに掲げられる配列から成る群から選ばれるアミノ酸配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るカルボキシル末端領域を含む、単離ポリペプチドを提供する。
【００１４】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するポリペプチドを提供する。前記ポリペプチドは、下式：
Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｘ４
を有する配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端領域を含み、上式において、Ｘ１は、Ｙ、Ｃ、Ｌ、Ｆ、またはＳであり；Ｘ３は、Ｗ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、Ｖ、またはＹであり；、Ｘ４は、Ｉ、Ｖ、Ｍ、またはＬであり、該配列は、ヒトタンパクの天然のＮ−末端または内部配列ではない。一実施態様では、Ｘ１はＹ、Ｘ３はＷ、および／または、Ｘ４はＩまたはＶである。一実施態様では、Ｘ３はＴｒｐである。一実施態様では、Ｘ１はＤによって先行される。一実施態様では、前記配列は、ヒトのユビキチンタンパクリガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）のような、Ｄｖｌに対する天然のリガンドではない。
【００１５】
一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合し、数字が、図１Ｂに示す残基順序を指すとした場合、位置−９から０、−８から０、−７から０、−６から０、−５から０に関して図１Ｂに記載されるＩ型およびＩＩ型配列から成る群から選ばれるアミノ酸配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含む、単離ポリペプチドを提供する。一実施態様では、前記アミノ酸配列はさらに、図１Ｂにおいて位置０に示す残基に対し、３ペプチドＧＧＧのＣ−末端を含む。一実施態様では、前記アミノ酸配列はさらに、図１Ｂにおいて位置０に示す残基に対し、ＤＧＧＧ（配列番号１６７）  Ｃ−末端を含む。
【００１６】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するポリペプチドを提供する。前記ポリペプチドは、下式：
Ｘ１−Ｘ２−Ｗ−Ｘ３−Ｄ−Ｘ４−Ｐ
を有する配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含み、上式において、Ｘ１および／またはＸ２は、任意の天然アミノ酸であり；Ｘ３は、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｗ、Ｄ、またはＩであり；Ｘ４は、Ｆ、Ｉ、Ｖ、Ｌ、またはＧであり、該配列は、ヒトタンパクの天然のＮ−末端または内部配列ではない。一実施態様では、Ｘ３は、ＳまたはＴであり；Ｘ４は、Ｉ、Ｆ、またはＬである。一実施態様では、Ｘ１は、ＬまたはＶである。一実施態様では、Ｘ２はＬである。一実施態様では、配列は、Ｘ１がＶ、Ｘ２がＬ、Ｘ３がＳ、およびＸ４がＩである、ＧＥＩＶＬＷＳＤＩＰＧ（配列番号１７１）を含む。一実施態様では、前記配列は、ヒトのユビキチンタンパクリガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）のような、Ｄｖｌに対する天然のリガンドではない。
【００１７】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合するポリペプチドを提供する。前記ポリペプチドは、下式：
Ｘ１−Ｘ２−Ｗ−Ｘ３−Ｄ−Ｘ４−Ｐ
を有する配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含み、上式において、Ｘ１および／またはＸ２は、任意の天然アミノ酸であり；Ｘ３は、Ｉ、Ｇ、Ｖ、Ｋ、またはＷであり；Ｘ４は、Ｇ、Ｓ、Ｙ、またはＷであり、該配列は、ヒトタンパクの天然のＮ−末端または内部配列ではない。一実施態様では、Ｘ１はＥである。一実施態様では、Ｘ２は、Ｔ、Ｖ、Ｍ、Ｒ、Ｉ、またはＱである。一実施態様では、前記配列は、ヒトのユビキチンタンパクリガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）のような、Ｄｖｌに対する天然のリガンドではない。
【００１８】
一実施態様では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合し、数字が、図１Ｂに示す残基順序を指すとした場合、位置−６から０、−５から０に関して図１Ｂに記載されるＩＩＩ型およびＩＶ型配列から成る群から選ばれるアミノ酸配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成るＮ−末端または内部領域を含む、単離ポリペプチドを提供する。一実施態様では、前記アミノ酸配列はさらに、図１Ｂにおいて位置１、２、３、４、５、６、および／または７に示す残基の内の一つ以上を含む（ＩＩＩ型およびＩＶ型）。
【００１９】
一実施態様では、本発明のポリペプチドは、本明細書に開示される結合ペプチド（例えば、実施例を参照）の所望の特徴（例えば、所望の特徴を持つ実施例が中等から高度の結合性を有する場合の結合度）を示さない、Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合性ペプチドを特異的に排除する。例えば、一実施態様では、本発明のポリペプチドは、Ｃ−末端残基がカルボキシル化される配列ＹＡＫＧＦＧＭＬ（配列番号１７０）を含まない（すなわち、配列が本発明のポリペプチドにある場合には、Ｃ−末端残基Ｌは、カルボキシル化されないか、そうでなければ遊離のカルボキシル基を有する）。
【００２０】
一局面では、本発明は、前述のポリペプチドの一つ以上と、Ｄｖｌ  ＰＤＺに対する結合について競合するアミノ酸配列、を含むか、から成るか、または、から事実上成る、単離ポリペプチドを提供する。
【００２１】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺにおいて、前述のポリペプチドの一つ以上が結合するものと同じエピトープに結合する単離ポリペプチドを提供する。
【００２２】
本明細書に示されるように、Ｄｖｌ１、Ｄｖｌ２、およびＤｖｌ３のＰＤＺドメインは、広範な配列相同性を共有し、本明細書に記載される結合ペプチドは、三つのＤｖｌ（１、２、３）タンパクの内の、少なくとも一つ、少なくとも二つ、または三つ全てに結合することが可能である。一実施態様では、本発明のポリペプチドは、ヒトのＤｖｌ１、２、および／または３、と相互作用を有する／に結合する。
【００２３】
ある背景では、結合ポリペプチドの末端残基の性質が、ポリペプチドの結合能に影響を及ぼす可能性がある。したがって、一実施態様では、本発明のＤｖｌ  ＰＤＺ結合単離ポリペプチドは、カルボキシル化される、カルボキシル末端アミノ酸残基を含む。一実施態様では、本発明のＤｖｌ  ＰＤＺ結合単離ポリペプチドは、遊離カルボキシル基を欠如する、カルボキシル末端アミノ酸残基を含む。一実施態様では、Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合単離ポリペプチドは、遊離カルボキシル基を含まないか、および／または、遊離カルボキシル基または残基を必要としないＰＤＺ結合モチーフを含む。
【００２４】
一局面では、本発明のポリペプチドは、ポリペプチドの細胞進入を強化する、分子実体に連結するＤｖｌ  ＰＤＺ結合ポリペプチドを含む。一実施態様では、この分子実体は、アミノ酸配列タグ、例えば、ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫ（配列番号１７２）を含む。前記配列は、一実施態様では、Ｎ−末端残基においてアセチル化される。例えば、一実施態様では、本発明のポリペプチドは、下記の配列：
（ｉ）ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＫＷＹＧＷＬ（配列番号１７３）、または
（ｉｉ）ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＧＷＫＤＹＧＷＩＤＧ（配列番号１７４）、または
（ｉｉｉ）ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＧＥＩＶＬＷＳＤＩＰＧ（配列番号１７５）、または
（ｉｖ）ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＧＳＧＮＥＶＷＩＤＧＰＧ（配列番号１７６）
の内の一つを含む。
【００２５】
別の局面では、本発明は、（本明細書に記載する）本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。
【００２６】
別の局面では、本発明は、（本明細書に記載する）本発明のポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドを含む宿主細胞を提供する。
【００２７】
別の局面では、本発明は、（本明細書に記載する）本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドの一つ以上を含む組成物を提供する。一実施態様では、組成物は、担体を含み、該担体は、ある実施態様では、製薬学的に受容可能である。
【００２８】
別の局面では、本発明は、（本明細書に記載する）本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドの一つ以上を含むキットを提供する。一つ以上の修飾分子が提供される場合、それらは、意図される用途にとって好適な処方として存在する限り、別々に、または一緒に提供することが可能である。一実施態様では、キットは、組成物を使用するための指示を含む。
【００２９】
ある局面では、本発明は、本発明のポリペプチドの一つ以上を含むＤｖｌ修飾分子を提供する。これらの修飾分子（本明細書に含まれる本発明のポリペプチドを含む）は、様々の背景において、例えば、ただしこれらに限定されないが、Ｄｖｌ  ＰＤＺ修飾因子を求めるスクリーニングにおいて参照分子として、診断的分子として、または治療剤として使用することが可能である。
【００３０】
本発明の修飾分子は、診断目的のために使用することが可能である。したがって、一局面では、本発明は、サンプルにおけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の制御不良を特定する方法であって、該サンプルを本発明のポリペプチドに接触させること、本発明のポリペプチドの存在下、および不在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を比較することを含み、検出可能な差によって、サンプルにおけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の出現および／または量が示される方法を提供する。Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用は、様々な方法で、例えば、ｗｎｔシグナル伝達の量／程度を定量することによって（例えば、ｗｎｔ経路において、Ｄｖｌ機能よりも下流の、一つ以上の事象を測定することによって）測定することが可能である。
【００３１】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾することが可能な化合物を特定する方法であって、下記：
（ｉ）Ｄｖｌ  ＰＤＺ、その機能的断片および／または等価物；
（ｉｉ）参照として本発明のポリペプチドの一つ以上；および、
（ｉｉｉ）候補化合物、
を含むサンプルを接触させること、および、候補化合物の存在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−参照物相互作用の量を定量することを含み、
候補化合物不在下における量と比べた場合の、候補化合物存在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−参照物相互作用の量の変化によって、候補化合物が、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾することが可能な化合物であることが示される方法を提供する。一実施態様では、化合物は、低分子（例えば、有機分子、ペプチドなど）、または抗体（その断片を含む）である。
【００３２】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を合理的に設計する方法であって、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−２にＧｌｙ、位置−１にＴｒｐまたはＴｙｒ、位置０にＰｈｅまたはＬｅｕ、および位置−３に疎水性または芳香族残基を有する配列を含む、Ｃ−末端ペプチドを含む、または、その機能を模倣する修飾因子であって、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能な因子を設計することを含む方法を提供する。
【００３３】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を合理的に設計する方法であって、配列Ｇｌｙ−Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４、またはＴｙｒ−Ｇｌｙ−Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４であって、Ｇｌｙが、それぞれ、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、および／またはＸ４が、内部残基である配列を含む、Ｎ−末端または内部ペプチドを含むか、または、その機能を模倣する修飾因子を設計することを含む方法を提供する。一実施態様では、Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３は、Ｇ−Ｇ−Ｇである。一実施態様では、Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４は、Ｄ−Ｇ−Ｇ−Ｇ（配列番号１６７）である。一実施態様では、Ｔｙｒは、Ｎ−末端側においてＡｓｐに先行される。これらの実施態様のいずれにおいても、修飾因子は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能となるように設計される。
【００３４】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を合理的に設計する方法であって、配列Ｔｒｐ−［ＳｅｒまたはＴｈｒ］−Ａｓｐ−［ＩｌｅまたはＰｈｅまたはＬｅｕ］−Ｐｒｏであって、Ｔｒｐが、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｐｒｏが内部残基である配列を含む、Ｎ−末端または内部ペプチドを含むか、または、その機能を模倣する修飾因子を設計することを含む方法を提供する。一実施態様では、Ｔｒｐは、Ｎ−末端側においてＸ１および／またはＸ２に先行され（すなわち、Ｘ１−Ｘ２−Ｔｒｐ）、該配列において、Ｘ１はＬｅｕまたはＶａｌであり、Ｘ２はＬｅｕである。これらの実施態様のいずれにおいても、修飾因子は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能となるように設計される。
【００３５】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を合理的に設計する方法であって、配列Ｔｒｐ−［ＩｌｅまたはＶａｌ］−Ａｓｐ−Ｇｌｙ−Ｐｒｏ（配列番号１６８）であって、Ｔｒｐが、Ｎ−末端または内部残基であり、Ｐｒｏが内部残基である配列を含む、Ｎ−末端または内部ペプチドを含むか、または、その機能を模倣する修飾因子を設計することを含む方法を提供する。一実施態様では、Ｔｒｐは、Ｎ−末端側においてＸ１および／またはＸ２に先行され（すなわち、Ｘ１−Ｘ２−Ｔｒｐ）、該配列において、Ｘ１はＧｌｕであり、Ｘ２はＴｈｒ、Ｖａｌ、Ｍｅｔ、Ａｒｇ、Ｉｌｅ、またはＧｌｎである。これらの実施態様のいずれにおいても、修飾因子は、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能となるように設計される。
【００３６】
一局面では、本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾する薬剤のためのスクリーニング法であって：
（ａ）候補薬剤を準備し、Ｄｖｌ  ＰＤＺ、および、前記Ｄｖｌ  ＰＤＺの既知の結合パートナー（例えば、本発明のポリペプチド）を含む、反応混合物に、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー相互作用に好適な条件下で、前記薬剤を接触させる工程、その際、前記反応混合物は、細胞混合物か、または無細胞混合物であり；
（ｂ）該薬剤の存在下および不在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー相互作用の量を定量する工程を含み、
該薬剤の存在下および不在下において（ｂ）で定量された相互作用量の差によって、該薬剤が、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子であることが示される方法を提供する。一実施態様では、候補薬剤は、低分子（例えば、有機分子、ペプチド）、または抗体（その断片を含む）である。
【００３７】
前記方法の内の一実施態様において、要すれば、サンプルまたは反応混合物におけるＰＤＺリガンドは天然リガンドである（たとえば、Ｄｖｌ  ＰＤＺの内因性リガンド）。
【００３８】
本発明のポリペプチドは、様々な目的のため、および、Ｄｖｌタンパクを介するｗｎｔシグナル伝達の修飾が望ましい、様々な背景において有用である。例えば、本発明のポリペプチドは、Ｗｎｔシグナル伝達の制御不良に関連する障害の進行を変えるために、例えば、細胞において、Ｄｖｌ−介在性Ｗｎｔシグナル伝達を抑制するために使用することが可能である。
【００３９】
一局面では、Ｄｖｌ、またはｗｎｔタンパクの活性の制御不良に関連する病理的状態を治療する方法であって、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、本発明のポリペプチドとの間の相互作用を修飾することが可能な、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド修飾因子の有効量を対象に投与することを含む方法を提供する。本発明の方法の一実施態様では、修飾因子は、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その結合パートナー（例えば、内因性結合パートナー）との間の相互作用を抑制する。一実施態様では、前記Ｄｖｌ−ＰＤＺリガンドは、本明細書に記載される、本発明のポリペプチドの一つ以上を含む。一実施態様では、病理的状態は癌である。一実施態様では、病理的状態は、過剰増殖性障害である。一実施態様では、病理的状態は、標準ｗｎｔシグナル伝達経路の制御不良に関連する。一実施態様では、Ｄｖｌは、ヒトのＤｖｌ  １、２、および／または３である。
本発明はまた、以下の項目を提供する。
（項目１）
Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチドであって、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−２にＧｌｙ、位置−１にＴｒｐまたはＴｙｒ、位置０にＰｈｅまたはＬｅｕ、位置−３に疎水性または芳香族残基を有する配列を含むＣ−末端領域を含む、単離ポリペプチド。
（項目２）
位置−６がＴｒｐである、項目１に記載のポリペプチド。
（項目３）
位置−１がＴｒｐである、項目１に記載のポリペプチド。
（項目４）
ＩＣ５０＝１．５μＭ（１．２、１、０．８、０．６、０．４、０．２μＭ）またはそれ以上の結合親和度においてＤｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合する単離ポリペプチド。
（項目５）
前記ポリペプチドが、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その内因性結合パートナーとの相互作用を抑制する、項目１〜４のいずれか１項に記載のポリペプチド。
（項目６）
前記ポリペプチドが、Ｄｖｌ−介在内因性Ｗｎｔシグナル伝達を抑制する、項目１〜５のいずれか１項に記載のポリペプチド。
（項目７）
前記ポリペプチドが、下式：
Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｘ４−ＣＯＯＨ
の配列を含むＣ−末端領域を含む、項目１〜６のいずれか１項に記載のポリペプチド。
（項目８）
Ｘ１が、Ｙ、Ｌ、Ｆ、またはＩであり；Ｘ３が、Ｗ、Ｍ、Ｆ、またはＹであり；Ｘ４が、ＦまたはＬであり、
前記配列が、ヒトタンパクの天然のＣ−末端配列ではない、項目７に記載のポリペプチド。
（項目９）
Ｘ３がＴｒｐである、項目７または８に記載のポリペプチド。
（項目１０）
前記カルボキシル末端アミノ酸残基がカルボキシル化される、項目１〜９のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
（項目１１）
前記ポリペプチドが、配列ＹＡＫＧＦＧＭＬＣＯＯＨを含まない、項目１〜１０のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
（項目１２）
Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合し、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−５から０、または位置−６から０に関して表１および図１Ａの配列から成る群から選ばれるアミノ酸配列を含むカルボキシル末端領域を含む、単離ポリペプチド。
（項目１３）
Ｄｖｌ  ＰＤＺ配列に対する結合について、項目１〜１２のいずれか１項に記載のポリペプチドと競合するアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチド。
（項目１４）
Ｄｖｌ  ＰＤＺにおいて、項目１〜１３のいずれか１項に記載のポリペプチドが結合するエピトープと同じエピトープに結合する単離ポリペプチド。
（項目１５）
前記ポリペプチドが、配列ＹＡＫＧＦＧＭＬＣＯＯＨを含まない、項目１〜１４のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
（項目１６）
Ｄｖｌが、ヒトのＤｖｌ１、Ｄｖｌ２、および／またはＤｖｌ３である、項目１〜１５のいずれか１項に記載の単離ポリペプチド。
（項目１７）
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾することが可能な化合物を特定する方法であって、前記方法は、下記：
（ｉ）Ｄｖｌ  ＰＤＺ、その断片、および／またはその機能的等価物；
（ｉｉ）項目１〜１６のいずれか１項に記載のポリペプチドの一つ以上；および、
（ｉｉｉ）候補化合物、
を含むサンプルを接触させること、および、
前記候補化合物の存在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の量を定量すること
を含み、これによって、前記候補化合物の不在下における量と比べた場合の、前記候補化合物存在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の量の変化が、前記候補化合物がＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾することが可能な化合物であることを示す、方法。
（項目１８）
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を合理的に設計する方法であって、Ｃ−末端残基を位置０としてアミノ酸を番号付けした場合、位置−２にＧｌｙ、位置−１にＴｒｐまたはＴｙｒ、位置０にＰｈｅまたはＬｅｕ、および位置−３に疎水性または芳香族残基を有する配列を含む、Ｃ−末端ペプチドを含むか、または、その機能を模倣する修飾因子であって、Ｄｖｌ  ＰＤＺに特異的に結合することが可能な因子を設計することを含む、方法。
（項目１９）
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾する薬剤のスクリーニング法であって、前記方法は、
（ａ）候補薬剤を準備し、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、前記Ｄｖｌ  ＰＤＺの既知の結合パートナーとを含む反応混合物に前記薬剤を接触させる工程であって、前記混合物は、細胞混合物か、または無細胞混合物であり、前記接触は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー相互作用に好適な条件下で生じる、工程；
（ｂ）前記薬剤の存在下および不在下におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー相互作用の量を定量する工程
を含み、これによって、前記薬剤の存在下および不在下において（ｂ）で定量された相互作用量の差が、前記薬剤がＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子であることを示す、方法。
（項目２０）
Ｄｖｌまたはｗｎｔタンパク活性の制御不良に関連する病理的状態を治療する方法であって、Ｄｖｌ  ＰＤＺと項目１〜１６のいずれか１項に記載のポリペプチドとの間の相互作用を修飾することが可能なＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド修飾因子の有効量を対象に投与することを含む方法。
（項目２１）
前記修飾因子が、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、前記ポリペプチドとの間の相互作用を抑制する、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記病理的状態が癌である、項目２０または２１に記載の方法。
（項目２３）
前記病理的状態が過剰増殖性障害である、項目２０または２１に記載の方法。
（項目２４）
前記病理的状態が、標準ｗｎｔシグナル伝達経路の制御不良に関連する、項目２０または２１に記載の方法。
（項目２５）
Ｄｖｌが、ヒトのＤｖｌ１、Ｄｖｌ２、および／またはＤｖｌ３である、項目２０または２１に記載の方法。
【発明を実施するための最良の形態】
【００４０】
本発明は、ＤｖｌタンパクのＰＤＺドメインと、その細胞内結合パートナー（単数または複数）との間の結合相互作用を修飾することが可能な分子、および、そのような分子を特定するための方法、および使用するための方法を提供する。一局面では、これらの分子は、種々の結合度でＤｖｌ  ＰＤＺに結合することが可能なペプチド結合体の特定を実現する組み合わせ法によって生産される。本明細書において詳細に記載される、これら結合分子の特定、および結合相互作用の構造力学から、Ｄｖｌ  ＰＤＺと相互作用を持つことが可能な、他の修飾因子を特定するための手段が得られる。各種細胞および生理過程におけるＤｖｌの重要性に徴するならば、これらの修飾因子が得られた場合、それらは、例えば、予防、治療、および／または診断医学分野において目覚しい有用性を発揮すると考えられる。
【００４１】
一般的技術
本発明の実施は、別様に指示しない限り、分子生物学（組み換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、および免疫学の、当業者の能力の範囲内にある、通例技術を採用する。このような技術は、文献、例えば、“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ
Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”，ｓｅｃｏｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９）；“Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）；“Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ”（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，１９８７）；“Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ
Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ”(Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．)；“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７、および、定期的最新版）；“ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ”，(Ｍｕｌｌｉｓ  ｅ
ｔ  ａｌ．，ｅｄ．，１９９４)；“Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏ
ｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ”（Ｐｅｒｂａｌ  Ｂｅｒｎａｒｄ  Ｖ．，１９８８）において十分に説明される。
【００４２】
本発明において用いられるか、または記載されるオリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、および低分子は、従来技術で既知の標準技術を用いて生成される。
【００４３】
（定義）
本明細書で使用される「調節配列」とは、ある特定の宿主生物において動作可能的に連結されるコード配列の発現を可能とするＤＮＡ配列である。前核細胞性調節配列としては、プロモーター、オペレーター配列、およびリボソーム結合部位が挙げられる。真核細胞調節配列としては、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、およびエンハンサーが挙げられる。
【００４４】
核酸は、別の核酸配列に対し機能的関係に配置される場合、「動作可能的に連結される」。例えば、プロモーターまたはエンハンサーは、コード配列の転写に影響を及ぼす場合、該コード配列に対し動作可能的に連結され、あるいは、リボソーム結合部位は、コード配列が翻訳を促進するように配置される場合、該コード配列に対し動作可能的に連結される。一般に、「動作可能的に連結される」とは、連結されるＤＮＡ配列同士が近接し、分泌リーダーの場合は、近接し、かつ、読み位相が一致することを意味する。しかしながら、エンハンサーは、近接する必要はない。
【００４５】
「活性」ポリペプチド、またはその断片は、活性ポリペプチドの、生得または天然型の生物活性を保持する。生物活性は、活性ポリペプチドの、生得または天然型によって仲介される機能を指す。例えば、結合性またはタンパク−タンパク相互作用は、生物活性を構成する。
【００４６】
「抗体」および「免疫グロブリン」という用語は、もっとも広い意味において相互交換的に使用され、モノクロナール抗体（例えば、完全長、または生のモノクロナール抗体）、ポリクロナール抗体、多価抗体、多重特異性抗体（例えば、それらが所望の生物活性を有する限り、二重特異性抗体）を含み、さらに、（本明細書にさらに詳細に記載される）ある種の抗体断片を含んでもよい。
【００４７】
いずれの脊椎動物種から得られたものでも、抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）およびラムダ（λ）と呼ばれる、二つのはっきりと異なるタイプの内の一方に割り当てることが可能である。
【００４８】
重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体（免疫グロブリン）は、種々の異なるクラスに割り当てることが可能である。大きく、５クラスの免疫グロブリン：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭがあり、この内のいくつかは、さらにサブクラス（異性形）、例えば、ＩｇＧ−１、ＩｇＧ−２、ＩｇＡ−１、ＩｇＡ−２などに分けられる。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、δ、ε、γ、およびμと呼ばれる。異なるクラスの免疫グロブリンのサブユニット構造および３次元形態は、周知であり、例えば、Ａｂｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｅｌｌｕｌａｒ  ａｎｄ  Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ  ｅｄ．（２０００）に概説される。抗体は、該抗体と、一つ以上の他のタンパクまたはペプチドとの、共有または非共有的連結によって形成される、より大きい融合分子の一部であってもよい。
【００４９】
抗体は、キメラ、ヒト的、ヒト化、および／または親和性熟成させることが可能である。
【００５０】
「抗体断片」は、生の抗体の一部しか含まないが、該一部は、生の抗体に存在する時、その部分と通常関連する機能の少なくとも一部、好ましくは、その大部分または全てを保持する。
【００５１】
本明細書で用いる「モノクロナール抗体」という用語は、事実上均一な抗体集団から得られる抗体、すなわち、少数存在する可能性のある天然の突然変異を除いて同一である、集団を構成する個々の抗体を指す。モノクロナール抗体は、単一の抗原を指向する、高度の特異性を有する。さらに、通常、異なる決定基（エピトープ）を指向する種々の抗体を含む、ポリクロナール抗体調製物と違って、各モノクロナール抗体は、抗原上の単一決定基を指向する。
【００５２】
本明細書のモノクロナール抗体は、特に、その重鎖および／または軽鎖の一部が、特定の動物種から得られるか、または、特定の抗体クラスまたはサブクラスに属する、抗体の
対応配列と同一であるか、または相同であるが、該鎖の残余部分は、別動物種から得られるか、または、別の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体の対応配列と同一であるか、または相同である「キメラ」抗体、および、所望の生物活性を示す限りにおいて、そのような抗体の断片を含む（米国特許第４，８１６，５６７号；およびＭｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１:６８５１−６８
５５（１９８４））。
【００５３】
非ヒト（例えば、げっ歯類）抗体の「ヒト化」形態は、非ヒト免疫グロブリン由来の最小配列を含むキメラ抗体である。多くの場合、ヒト化抗体は、レシピエントの超可変域の残基が、所望の特異性、親和度、および能力を有する、非ヒト動物種、例えば、マウス、ラット、ウサギ、または、非ヒト霊長類の、超可変域（ドナー抗体）由来の残基によって置換される、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。ある場合、ヒト免疫グロブリンの枠組み構造領域（ＦＲ）の残基は、対応する、非ヒト残基によって置換される。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体、またはドナー抗体にも無い残基を含んでもよい。これらの修飾は、抗体性能をさらに向上させるために実行される。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも一つの、通常は二つの可変域であって、超可変ループの全て、または事実上全てが、非ヒト免疫グロブリンのものと対応するが、ＦＲの全て、または事実上全てが、ヒト免疫グロブリンのものと対応する可変域を含む。ヒト化抗体はさらに、免疫グロブリン定常域（Ｆｃ）、通常は、ヒト免疫グロブリンの定常域を任意に含む。さらに詳細については、Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２９（１９８８）；およびＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３−５９６（１９９２）を参照されたい。さらに、ここに引用する下記の総覧および参考文献：Ｖａｓｗａｎｉ  ａｎｄ  Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ａｎｎ．Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ  ＆  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１：１０５−１１５（１９９８）；Ｈａｒｒｉｓ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ  ２３：１０３５−１０３８（１９９５）；Ｈｕｒｌｅ  ａｎｄ  Ｇｒｏｓｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．５：４２８−４３３（１９９４）を参照されたい。
【００５４】
「ヒト抗体」とは、ヒトによって分泌される抗体、および／または、ヒト抗体を生産するための、本明細書に開示される技術のいずれかを用いて作製される抗体のものに対応するアミノ酸配列を持つ抗体である。この、ヒト抗体の定義は、非ヒト抗原結合残基を含む、ヒト化抗体を特異的に排除する。
【００５５】
「親和性熟成」抗体とは、その、一つ以上のＣＤＲにおいて、一つ以上の改変が施され、そのために、そのような改変（単数または複数）を持たない親抗体に比べ、抗原にたいする、該抗体の親和度に改善がもたらされた抗体である。好ましい親和性熟成抗体は、標的抗原に対し、ナノモル、または、場合によってはピコモルの親和度を有する。親和性熟成抗体は、従来技術で既知の手順によって生産される。Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：７７９−７８３（１９９２）は、ＶＨおよびＶＬドメインシャッフリングによる親和性熟成を記載する。ＣＤＲおよび／または枠組み構造残基のランダムな突然変異発生は：Ｂａｒｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ，ＵＳＡ  ９１:３８０９−３８１３（１９９４）；Ｓｃｈｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．
Ｇｅｎｅ  １６９：１４７−１５５（１９９５）；Ｙｅｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５５:１９９４−２００４（１９９５）；Ｊａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．
，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４（７）：３３１０−９（１９９５）；およびＨａｗｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９−８９６（１９９２）によって記載される。
【００５６】
「エピトープタグされた」ポリペプチドとは、「タグポリペプチド」に融合したキメラ
ポリペプチドを指す。このようなタグは、Ａｂがそれに向けて作製されるか、または、利用可能となるが、ポリペプチド活性には事実上干渉しないエピトープを提供する。抗タグ抗体の、内因性エピトープとの反応性を抑えるために、タグポリペプチドは、通常、独特である。好適なタグポリペプチドは、一般に、少なくとも６個のアミノ酸残基、通常、約８から約５０個のアミノ酸残基、好ましくは約８から約２０個のアミノ酸残基を有する。エピトープタグ配列の例としては、インフルエンザＡウィルスのＨＡ、ＧＤ、およびｃ−ｍｙｃ、ポリ−ＨｉｓおよびＦＬＡＧが挙げられる。
【００５７】
本明細書では相互交換的に使用される「ポリヌクレオチド」または「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドポリマーを指し、例えば、ただしこれらに限定されないが、ＤＮＡおよびＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、ヌクレオチド修飾体または塩基、および／または、その類縁体、あるいは、ＤＮＡまたはＲＮＡポリメラーゼ、または、合成反応によってポリマーの中に組み込むことが可能な、任意の基質であることが可能である。ポリヌクレオチドは、ヌクレオチド修飾体、例えば、メチル化ヌクレオチドおよびその類縁体を含んでもよい。施す場合は、このヌクレオチド構造に対する修飾は、該ポリマーの重合前または後に付与してよい。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されてもよい。ポリヌクレオチドは、合成後、例えば、ラベルとの接合によってさらに修飾されてもよい。他の種類の修飾としては、例えば、「キャップ」、一つ以上の天然ヌクレオチドの、類縁体による置換、ヌクレオチド間修飾、例えば、無荷電連結（例えば、メチルフォスフォネート、フォスフォトリエステル、フォスフォアミデート、カバメートなど）によるもの、荷電連結（例えば、フォスフォロチオエート、フォスフォロジチオエートなど）によるもの、側基、例えば、タンパク（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリＬリシンなど）を含む修飾、介在因子（例えば、アクリジン、プソラレンなど）を含む修飾、キレート剤（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化性金属など）を含む修飾、アルキル化剤を含む修飾、修飾された連結（例えば、アルファアノマー核酸など）による修飾の外、非修飾形ポリヌクレオチドも挙げられる。さらに、糖の中に通例として存在するヒドロキシル基の内のいずれも、例えば、フォスフォネート基、フォスフェート基によって置換されてもよく、標準的保護基によって保護されてもよく、または、別のヌクレオチドに対する新たな連結を作製するために活性化されてもよく、または、固体または半固体支持体に対して接合されてもよい。５′および３′末端のＯＨは、リン酸化することも可能であるし、あるいは、アミン、または、１から２０個の炭素原子から成る有機キャップ基成分によって置換することも可能である。他のヒドロキシル基も、標準的保護基となるように誘導体形成されてもよい。ポリヌクレオチドはさらに、従来技術で一般的に知られる、リボースまたはデオキシリボースの類縁体、例えば、２′−Ｏ−メチル、２′−Ｏ−アリル、２′−フルオロ、または２′−アジド−リボース、カルボキシル糖類縁体、アルファ−アノマー糖、エピマー糖、例えば、アラビノース、キシロース、またはリキソース、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプチュロース、アクリル酸類縁体、および非塩基性ヌクレオチド類縁体、例えば、メチルリボシド含むことが可能である。一つ以上のフォスフォジエステル結合は、それに代わる連結基によって置換されてよい。そのような代替連結基としては、例えば、ただしこれらに限定されないが、リン酸塩が、Ｐ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ′、ＣＯ、またはＣＨ２（「フォルムアセタル」）によって置換される実施態様が挙げられる。なお、前式において、各ＲまたはＲ′は、独立に、Ｈ、または、置換または未置換の、任意にエーテル（−Ｏ−）結合を含むアルキル（１−２０Ｃ）、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、またはアラルジルである。ポリヌクレオチドにおける結合は必ずしも全てが同じである必要はない。前述の記載は、ＲＮＡおよびＤＮＡを含む、本明細書に言及される全てのポリヌクレオチドに適用される。
【００５８】
本明細書で用いる「オリゴヌクレオチド」は、一般に短い、一般に一本鎖の、一般に、
しかし必ずしもそうでなくともよいが、約２００ヌクレオチド長未満の、一般に合成ポリヌクレオチドを指す。「オリゴヌクレオチド」および「ポリヌクレオチド」という用語は、必ずしも相互に排除的ではない。ポリヌクレオチドに関する上の記述は、等しく、完全に、オリゴヌクレオチドにも適用が可能である。
【００５９】
「ペプチド」という用語は、一般に、ペプチジル結合によって連結されるアミノ酸から成る、連接する、比較的短い配列を指す。通常、しかし必ずしもそうとは限らないが、ペプチドは、約２から５０アミノ酸、４−４０アミノ酸、または１０−３０アミノ酸長を有する。「ポリペプチド」という用語は、一般に、比較的長いペプチド形状を指すが、この二つの用語は、本明細書におけるいくつかの背景では相互交換的に使用することが可能であるし、そのように使用される。
【００６０】
ポリペプチドの「領域」は、２個以上のアミノ酸から成る連接配列である。別の実施態様では、領域は、３、５、１０、１５個の連接アミノ酸の内の、少なくともいずれかに相当する。
【００６１】
本明細書で用いる、「Ｃ−末端領域」、「Ｃ−末端配列」、およびその変異形は、ポリペプチドのＣ−終末（一般に３′）端、またはそのごく近傍に位置するアミノ酸配列を指す。一般に、この配列は、遊離カルボキシル基を有するアミノ酸を含む。一実施態様では、Ｃ−末端領域または配列は、ポリペプチドのＣ終末端に直近の約１−１５残基を含む、ポリペプチド領域を指す。
【００６２】
本明細書で用いる、「Ｎ−末端領域」、「Ｎ−末端配列」、およびその変異形は、ポリペプチドのＮ−終末（一般に５′）端、またはそのごく近傍に位置するアミノ酸配列を指す。一般に、この配列は、遊離アミノ基を有するアミノ酸を含む。一実施態様では、Ｎ−末端領域または配列は、ポリペプチドのＮ終末端に直近の約１−１５残基を含む、ポリペプチド領域を指す。
【００６３】
本明細書で用いる、「内部領域」、「内部配列」、およびその変異形は、ポリペプチドの内部に位置し、そのＮ−およびＣ−終末端において、その配列の一部ではない、一つ以上のアミノ酸によって側接されるアミノ酸配列を指す。一般に、この配列は、遊離カルボキシル基またはアミノ基を持つアミノ酸を含まない。一実施態様では、内部領域または配列は、ポリペプチド内に位置し、Ｃ−末端またはＮ−末端アミノ酸のいずれも含まない、約１−１５残基を含む、ポリペプチド領域を指す。
【００６４】
ＤＨＲ（ＤＬＧ相同性領域）またはＧＬＧＦ反復列とも呼ばれる「ＰＤＺドメイン」は、Ｄｖｌタンパクを含む、大きく、多様な一組のタンパクの中に認められる、９５ｋＤａ後シナプス高密度タンパク（ＰＳＤ−９５）、ショウジョウバエ腫瘍抑制因子ｄｉｓｃｓ−ｌａｒｇｅ、および密着結合タンパクｚｏｎｕｌａ−ｏｃｃｌｕｄｅｎｓ−１（ＺＯ−１）における保存的構造要素として元々記載されたタンパクドメインである。ＰＤＺドメインは、一般に、相互作用を持つタンパクのカルボキシル終末端に位置する、短いカルボキシル末端ペプチド配列に結合する。ＰＤＺドメインは、二つのαヘリックスおよび６枚のβシートを含む。
【００６５】
「Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン」、“Ｄｖｌ  ＰＤＺ”、およびその変異体は、細胞内Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用に直接または間接に関与する、配列番号１、２、および３（図２）の配列の一部または全てを指す。“Ｄｖｌ１  ＰＤＺ”は、Ｄｖｌ１のＰＤＺドメインを指し；“Ｄｖｌ２  ＰＤＺ”は、Ｄｖｌ２のＰＤＺドメインを指し；“Ｄｖｌ３
ＰＤＺ”は、Ｄｖｌ３のＰＤＺドメインを指す。
【００６６】
“Ｄｉｓｈｅｖｅｌｌｅｄ”または“Ｄｖｌ”という用語は、Ｄｉｓｈｅｖｅｌｌｅｄタンパクファミリーのメンバーを指し、その完全長配列は、通常、三つの保存ドメイン：Ｗｎｔ拮抗タンパクＡｘｉｎ中に存在するＤＩＸドメイン；タンパク−タンパク相互作用に関与するＰＤＣドメイン；およびＲｈｏ  ＧＴＰアーゼを調節するｒタンパクに見られるＤＥＰタンパクを持つ。Ｄｖｌタンパクは、例えば、Ｄｖｌ−１、Ｄｖｌ−２、およびＤｖｌ−３を含む。Ｄｖｌの核酸およびタンパク配列は、マウスおよびヒトを含む種々の動物種のものが知られる。例示の、ヒトの、Ｄｖｌ−１、Ｄｖｌ−２、およびＤｖｌ−３タンパク配列が、それぞれ、参照配列ＮＰ＿００４４１２、ＮＰ＿００４４１３、およびＮＰ＿００４４１４において参照することが可能である。さらに、国際公開第２００６／００７５４２号を参照されたい。
【００６７】
「リガンド」とは、タンパクまたはその他の分子の特異的部位と結合相互作用を持つことのできる、天然または合成の分子または成分を指す。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインのリガンドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと特異的に相互作用を持つ分子、または成分である。リガンドの例として、タンパク、ペプチド、および小型の有機および無機分子が挙げられる。
【００６８】
「融合タンパク」とは、それぞれが異なるタンパクに由来し、共有的に連結される二つの部分を有するポリペプチドを指す。この二つの部分は、単一のペプチド結合によって直接連結されてもよいし、あるいは、一つ以上のアミノ酸残基を含むペプチドリンカーを介して連結されてもよい。一般に、二つの部分とリンカーとは、互いに読み枠が一致し、組み換え技術を用いて生産される。
【００６９】
「障害」または「病理的状態」とは、本発明の物質／分子または方法による治療によって利益を受ける状態があれば、それがどのようなものであれ、それら全てである。これは、哺乳動物を問題の障害に罹り易くする病理的状態を含む、慢性および急性障害または疾患を含む。本発明で治療される障害の非限定的例としては、悪性および良性の腫瘍または癌；非白血病、リンパ性悪性腫瘍；神経、グリア、星状細胞、視床下部および他の腺、マクロファージ、上皮、支質および胞胚腔障害；および炎症、免疫原性、神経変性障害、血管形成関連障害、および、ミトコンドリアおよび代謝欠陥に関連する障害が挙げられる。
【００７０】
「癌」および「癌様」という用語は、通常、制御不良細胞成長／増殖によって特徴づけられる、哺乳動物における生理的状態を指すか、または記述する。癌の例としては、例えば、ただしこれらに限定されないが、上皮癌、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、および白血病が挙げられる。このような癌のより具体的な例としては、扁平上皮癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌、肺の扁平上皮癌、腹膜の癌、肝細胞癌、消化器癌、すい臓癌、グリア芽細胞腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、ヘパトーマ、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜または子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、肝臓癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝臓癌、および各種頭部および頸部癌が挙げられる。
【００７１】
本明細書で用いる「治療」とは、治療される個人または細胞の天然の進行を変える試みとして行われる臨床的介入を指し、予防のために、または、臨床的病理状態の進行時に実行することが可能である。治療の望ましい作用としては、病気の発生または再発の阻止、症状の緩和、病気の直接的または間接的病理的結果の低減、転移の阻止、病気の進行速度の低下、病状の緩和または寛解、および軽快または予後の改善が挙げられる。ある実施態様では、本発明の修飾性化合物は、病気または障害の発達を遅らせるために使用される。
【００７２】
「有効量」とは、所望の治療または予防結果を実現するのに必要な用量および期間において有効な量を指す。本発明の物質／分子、作用剤、または拮抗剤の「治療的有効量」は、個体の病状、年齢、性別、および体重、および、該個体において、該物質／分子、作用剤、または拮抗剤が所望の反応を誘発する能力などの要因に応じて変動してよい。治療的
有効量とはまた、該物質／分子、作用剤または拮抗剤の毒性または有害作用が、治療的有益作用によって凌駕される量でもある。「予防的有効量」とは、所望の予防結果を実現するのに必要な用量および期間において有効な量を指す。通常、しかし必ずしもそうとは限らないが、予防的用量は、病気の前、または初期段階において対象に使用されるので、予防的有効量は、治療的有効量よりも低い。
【００７３】
（Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子）
本発明は、インビボにおけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用に対する修飾因子、および修飾因子を特定する方法を提供する。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと、そのリガンドとの間の相互作用を修飾する一つのやり方は、その相互作用を抑制することである。Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を損なう分子は、それがいずれのものであれ、全て阻害剤候補となり得る。当業者に周知のスクリーニング技術を用いることによって、これらの分子を特定することが可能である。阻害剤の例としては：（１）小型の、有機および無機化合物、（２）小型ペプチド、（３）抗体と誘導体、（４）ＰＤＺ−ドメインリガンドと緊密に関連するペプチド、（５）核酸アプタマーが挙げられる。「Ｄｖｌ  ＰＤＺ−ドメイン−リガンド相互作用阻害剤」は、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと、そのリガンドとの間の相互作用を、部分的にまたは完全に、遮断、抑制、または中和する分子は、それがいずれのものであれ、全て含む。そのような阻害剤として活動することが考えられる分子としては、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインに結合するペプチド、例えば、表Ｉ（例えば、特に、ペプチドＫＷＹＧＷＬ（配列番号１６９）；ＫＷＹＧＷＦ（配列番号１７７）；ＷＫＷＹＧＷＬ（配列番号１７８）；ＷＫＷＹＧＷＦ（配列番号１７９））、表ＩＩ（例えば、特に、ペプチドＧＷＫＤＹＧＷＩＤＧ（配列番号１８０）；ＧＥＩＶＬＷＳＤＩＰＧ（配列番号１７１））に列挙されるペプチド結合分子；図１（配列番号５〜１６６）に列挙されるペプチド結合分子；抗体（Ａｂ）または抗体断片、および、その他の、小型の、有機または無機分子が挙げられる。
【００７４】
（低分子Ｄｖｌ  ＰＤＺ修飾因子）
低分子は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の有用な修飾因子となることが可能である。この相互作用を抑制する低分子は、有用な阻害剤となる可能性を持つ。低分子修飾因子の例としては、小型ペプチド、ペプチド様分子、可溶で、合成の、非ペプチジル、有機または無機化合物が挙げられる。低分子とは、例えば、約５ｋＤ未満、約４ｋＤ未満、および０．６ｋＤ未満の分子量を有する組成物を指す。低分子は、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド様分子、炭水化物、脂質、またはその他の有機または無機分子であることが可能である。化学的および／または生物学的混合物、例えば、真菌、細菌、または藻類抽出物のライブラリーは、従来技術で既知であるが、いずれのアッセイによるスクリーニングにも使用が可能である。分子ライブラリーの合成法の例が記載されている（Ｃａｒｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ．３３：２０５９−２０６１（１９９４）；Ｃａｒｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ．３３：２０６１−２０６４（１９９４）；Ｃｈｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２６１：１３０３−５（１９９３）；ＤｅＷｉｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．９０：６９０９−１３（１９９３）；Ｇａｌｌｏｐ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ．３７：１２３３−５１（１９９４）；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ．３７：２６７８−８５（１９９４）。
【００７５】
化合物のライブラリーは、溶液中（Ｈｏｕｇｈｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．１３：４１２−２１（１９９２））、またはビーズ上（Ｌａｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．３５４：８２−８４（１９９１））、チップ上（Ｆｏｄｏｒ  ｅｔ
ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．３６４：５５５−６（１９９３））、細菌、細菌胞子（Ｌａｄｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，２２３，４０９号、１９９３）、プラスミド（Ｃｕｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．８９：１８６
５−９（１９９２））、またはファージ上（Ｃｗｉｒｌａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．８７：６３７８−８２（１９９０）；Ｄｅｖｌｉｎ
ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２４９：４０４−６（１９９０）；Ｆｅｌｉｃｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．２２２：３０１−１０（１９９１）；Ｌａｄｎｅｒ
ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，２２３，４０９号、１９９３；Ｓｃｏｔｔ  ａｎｄ  Ｓｍｉｔｈ，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２４９：３８６−９０（１９９０））に存在してもよい。無細胞アッセイは、Ｄｖｌ  ＰＤＺを、既知の結合分子（例えば、本明細書に記載される本発明の、一つ以上の結合ポリペプチド）と接触させ、アッセイ混合物を形成すること、このアッセイ混合物を試験化合物と接触させること、および、Ｄｖｌ  ＰＤＺまたは結合分子と相互作用を持つ、試験化合物の能力を定量すること、を含み、Ｄｖｌ  ＰＤＺまたは結合分子と相互作用を持つ、試験化合物の能力を定量することは、Ｄｖｌ  ＰＤＺ／結合分子複合体の検出可能な特性が修飾されたかどうかを判定することを含む。例えば、形成される複合体の量で定量した、Ｄｖｌ  ＰＤＺと結合分子の結合相互作用は、試験化合物が、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、結合分子との間の相互作用を修飾することが可能かどうかを示すことが可能である。複合体の量は、従来技術で既知の方法によって、その内のいくつかは本明細書にも記述されるが、例えば、ＥＬＩＳＡ（競合的結合ＥＬＩＳＡを含む）、ｙｅａｓｔ  ｔｗｏ−ｈｙｂｒｉｄ  ｐｒｏｘｉｍｉｔｙ（例えば、蛍光共鳴エネルギー転移、酵素−基質）アッセイによって定量することが可能である。
【００７６】
（ポリペプチド／ペプチドおよび抗体の、Ｄｖｌ  ＰＤＺ修飾因子）
本発明の一局面は、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その細胞内および／または生理的結合パートナーとの間の相互作用の、単離ペプチド／ポリペプチド修飾因子に関する。ここに記載される本発明の結合ポリペプチド、および、ここに記載される方法によって得られるポリペプチド修飾因子はまた、この相互作用の抗体修飾因子を惹起する免疫原として使用するのに好適である。一実施態様では、修飾因子（例えば、ペプチドおよび抗体）は、標準的タンパク精製技術による適切な精製スキームによって、細胞または組織供給源から単離することが可能である。別の実施態様では、修飾因子は、組み換えＤＮＡ技術によって生産される。組み換え発現に対する別法として、修飾因子は、標準的ペプチド合成技術を用いて化学的に合成することも可能である。
【００７７】
本発明のＤｖｌ  ＰＤＺ結合分子は、表Ｉ、ＩＩ、および図１に載せるものを含む。本発明はさらに、突然変異、または変異タンパクであって、その残基のいずれかが、これらのペプチドの対応残基から変化はしているが、修飾活性を依然として維持するペプチドをコードしている突然変異、または変異タンパクを提供する。一実施態様では、結合ペプチド／ポリペプチド／リガンドの変異体は、参照結合ペプチド／ポリペプチド／リガンドの配列に対し、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、９９％のアミノ酸配列同一性を有する。一般に、変異体は、参照結合ペプチド／ポリペプチド／リガンドよりも、事実上同じか、またはより高い結合親和性を、例えば、従来技術で公認の結合アッセイ定量単位／尺度に基づいて、参照結合ペプチド／ポリペプチド／リガンドの結合親和性の、例えば、少なくとも０．７５Ｘ、０．８Ｘ、０．９Ｘ、１．０Ｘ、１．２５Ｘ、または１．５Ｘの結合親和性を示す。
【００７８】
一般に、本発明の変異体は、配列の特定位置における残基が、他のアミノ酸によって置換される変異体を含み、さらに、親タンパク／ペプチドの二つの残基の間に、新たに別の一残基または複数残基を挿入する可能性、および、親配列から一つ以上の残基を欠失するか、または、親配列に対し一つ以上の残基を付加する可能性を含む。アミノ酸置換、挿入、または欠失は、それがどのようなものであれ、本発明によって包含される。好適な状況では、置換は、本明細書に記載されるもののような、保存的置換である。
【００７９】
「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」とは、二つの配列を整列させた場合、参照（
親）ポリペプチド配列のアミノ酸残基と同じ、アミノ酸配列残基のパーセントと定義される。％アミノ酸同一性を求めるには、配列同士を整列させ、要すれば、最大％配列同一性を実現するためにギャップを導入する；保存的置換は、配列同一性の一部とは見なされない。パーセント同一性を求めるための、アミノ酸配列整列手順は、従来技術において周知である。ペプチド配列同士を整列させるためには、多くの場合、広く市販されるソフトウェア、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ２、ＡＬＩＧＮ２、またはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアが使用される。当業者であれば、比較される配列の全長に亘って最大の整列を実現するために必要なアルゴリスムを含む、整列度を測定するための適切なパラメータを決定することが可能である。
【００８０】
アミノ酸配列が整列されると、ある任意のアミノ酸配列Ａの、ある任意のアミノ酸配列Ｂとの、または、Ｂに対する％アミノ酸配列同一性（これは、別に、ある任意のアミノ酸配列Ｂに、Ｂと、またはＢに対し、％アミノ酸配列同一性を有する、または含むある任意のアミノ酸配列Ａと言い換えることもできる）は、下式：
％アミノ酸配列同一性＝Ｘ／Ｙ・１００
として計算することが可能である。上式において：
Ｘは、ＡおよびＢの配列整列プログラムまたはアルゴリスムによって、一致と評価されたアミノ酸残基数、
および、
Ｙは、Ｂのアミノ酸の全数である。
【００８１】
アミノ酸配列Ａの長さが、アミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、Ｂに対するＡの％アミノ酸配列同一性は、Ａに対するＢの％アミノ酸配列同一性とは等しくない。
【００８２】
ペプチド、ポリペプチド、タンパク、または生物学的活性断片の「単離体」または「精製体」は、その天然環境の成分から分離、および／または回収される。汚染成分は、通常、あると、ポリペプチドの診断または治療的使用を妨げると考えられる物質を含み、酵素、ホルモン、およびその他の、タンパク様、または非タンパク様物質が挙げられてもよい。好ましくは、乾燥重量に基づいて３０％未満の不要な汚染性物質（汚染物質）、好ましくは２０％、１０％、好ましくは５％未満の汚染物質を有する標本は、事実上単離体と見なされる。組み換え的に生産される、ペプチド／ポリペプチド、またはその生物学的活性部分は、好ましくは、培養媒体を事実上含まない、すなわち、培養媒体は、ペプチド／ポリペプチド標本の容量の、好ましくは約２０％未満、好ましくは約１０％未満、および好ましくは約５％未満を表す。汚染物質の例としては、細胞破片、培養媒体、および、ペプチド／ポリペプチドのインビトロ合成の際に使用、生産される物質が挙げられる。
【００８３】
ペプチド／ポリペプチドの保存的置換が、表Ａにおいて、「好ましい置換体」という題名の下に示される。このような置換が生物活性に変化をもたらす場合、表Ａに「例示の置換」と表示され、アミノ酸クラスを参照しながら下記に説明される、比較的実質的な変化を導入し、産物をスクリーニングしてもよい。
【００８４】
【化１−１】
2009533465.tif 000021
【００８５】
【化１−２】
2009533465.tif 000022
ペプチド／ポリペプチドの生物学的性質における実質的な修飾は、（ａ）置換領域における、例えば、シートまたはヘリックス立体配座などのポリペプチドバックボーン構造の維持、（ｂ）標的部位における分子の電荷または疎水性、または（ｃ）側鎖の大きさに及ぼすその作用において著明に異なる置換を選択することによって実現される。天然の残基は、共通の側鎖の性質に基づいていくつかの群に分けられる。
【００８６】
（１）疎水性群：ｎｏｒｌｅｕｃｉｎｅ，ｍｅｔ，ａｌａ，ｖａｌ，ｌｅｕ，ｉｌｅ；
（２）中性親水性群：ｃｙｓ，ｓｅｒ，ｔｈｒ；
（３）酸性群：ａｓｐ，ｇｌｕ；
（４）塩基性群：ａｓｎ，ｇｌｎ，ｈｉｓ，ｌｙｓ，ａｒｇ；
（５）鎖の方向性に影響を及ぼす残基：ｇｌｙ，ｐｒｏ；および、
（６）芳香族：ｔｒｐ，ｔｙｒ，ｐｈｅ。
【００８７】
非保存的置換では、これらのクラスの一クラスのメンバーは、他クラスのものと交換することを必要とする。
【００８８】
さらに、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の抗体修飾因子の変異体を、抗体の活性に
ほとんど影響を及ぼさずに、従来技術で既知の情報に基づいて作製することが可能である。例えば、抗体変異体は、抗体分子の少なくとも一つのアミノ酸残基を、別の残基によって置換させることが可能である。抗体では、置換的突然変異発生においてもっとも興味深い部位は、一般に、超可変域を含むが、枠組み構造領域（ＦＲ）の改変も考慮の対象とされる。
【００８９】
抗体では、一型の置換変異体は、親抗体（例えば、ヒト化、またはヒト抗体）の、一つ以上の超可変域残基の置換を含む。一般に、その後の発達のために選ばれる変異体は、それから得られた親抗体と比べて、生物学的特性が改善される。このような置換変異体を生成する好適な方法は、ファージディスプレイを用いる親和性熟成を含む。簡単に言うと、いくつかの超可変域部位（例えば、６−７部位）を突然変異させて、各部位において全ての可能なアミノ酸置換を生成する。このようにして生成される抗体は、繊維状ファージ粒子によって、各粒子内にパックされるＭ１３の遺伝子ＩＩＩ産物に対する融合体として表示される。次に、このファージディスプレイ変異体を、本明細書に開示するやり方で、その生物活性（例えば、結合親和性）に関してスクリーニングする。修飾に関して候補となる超可変域を特定するため、抗原結合に大きく貢献する超可変域残基を特定する目的でアラニンスキャニング突然変異発生を実行することが可能である。それとは別に、またはそれに加えてさらに、抗体および抗原間の接触点を特定するために、抗原抗体複合体の結晶構造を分析することは有益であると考えられる。このような接触残基および隣接残基は、本発明において改善された技術による置換の候補となる。一旦このような変異体が生成されたならば、その一連の変異体に、本明細書に記載するやり方でスクリーニングを実施し、一つ以上の関連アッセイにおいて優れた特性を示す抗体を、その後の発展のために選別してよい。
【００９０】
抗体のアミノ酸配列変異体をコードする核酸分子は、従来技術で既知の種々の方法によって調製される。その方法としては、例えば、ただしこれらに限定されないが、天然供給源からの単離（天然アミノ酸配列変異体の場合）、オリゴヌクレオチド介在性（または、部位指向性）突然変異発生、ＰＣＲ突然変異発生、および、抗体の、あらかじめ調製した変異体または非変異体のカセット突然変異発生が挙げられる。
【００９１】
本発明の免疫グロブリンポリペプチドのＦｃ領域に、一つ以上のアミノ酸修飾を導入し、Ｆｃ領域変異体を生成することが望ましい場合がある。Ｆｃ領域は、ヒンジ・システイン位置を含む、一つ以上のアミノ酸位置においてアミノ酸修飾（例えば、置換）を含む、ヒトのＦｃ領域配列（例えば、ヒトの、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４
Ｆｃ領域）を含んでもよい。
【００９２】
一実施態様では、Ｆｃ領域変異体は、改変された、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）結合活性を示してもよい。このような、Ｆｃ領域変異体は、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２５２、２５３、２５４、２５５、２５６、２６５、２７２、２８６、２８８、３０３、３０５、３０７、３０９、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、３８６、３８８、４００、４１３、４１５、４２４、４３３、４３４、４３５、４３６、４３９、または４４７の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含んでもよい。ＦｃＲｎに対する結合性を低下させたＦｃ領域変異体は、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２５２、２５３、２５４、２５５、２８８、３０９、３８６、３８８、４００、４１５、４３３、４３５、４３６、４３９、または４４７の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含むと考えられる。それとは別に、上記Ｆｃ領域変異体は、ＦｃＲｎに対する結合を上昇させる場合もあり、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２５６、２６
５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、または４３４の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含むと考えられる。
【００９３】
Ｆｃ（Ｒに対する結合を低下させたＦｃ領域変異体は、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２３９、２４８、２４９、２５２、２５４、２６５、２６８、２６９、２７０、２７２、２７８、２８９、２９２、２９３、２９４、２９５、２９６、２９８、３０１、３０３、３２２、３２４、３２７、３２９、３３３、３３５、３３８、３４０、３７３、３７６、３８２、３８８、３８９、４１４、４１６、４１９、４３４、４３５、４３７、４３８、または４３９の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含むと考えられる。
【００９４】
例えば、Ｆｃ領域変異体は、Ｆｃ（ＲＩに対する結合低下を示し、かつ、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２６５、２６９、２７０、または３２９の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含む場合がある。
【００９５】
Ｆｃ領域変異体は、Ｆｃ（ＲＩＩに対する結合低下を示し、かつ、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２６５、２６９、２７０、２９２、２９４、２９５、２９８、３０３、３２４、３２７、３２９、３３３、３３５、３３８、３７３、３７６、４１４、４１６、４１９、４３５、４３８、または４３９の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含む場合がある。
【００９６】
対象のＦｃ領域変異体は、Ｆｃ（ＲＩＩＩに対する結合低下を示し、かつ、Ｆｃ領域の番号付けをＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスのものと同じとすると、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２３８、２３９、２４８、２４９、２５２、２５４、２６５、２６８、２６９、２７０、２７２、２７８、２８９、２９３、２９４、２９５、２９６、３０１、３０３、３２２、３２７、３２９、３３８、３４０、３７３、３７６、３８２、３８８、３８９、４１６、４３４、４３５、または４３７の内の、任意の一つ以上においてアミノ酸修飾を含む場合がある。
【００９７】
Ｃｌｑ結合および／または補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）が改変された（すなわち、向上または衰退した）Ｆｃ領域変異体が、国際公開第９９／５１６４２号に記載される。このような変異体は、Ｆｃ領域のアミノ酸位置２７０、３２２、３２６、３２７、３２９、３３１、３３３、または３３４の内の一つ以上においてアミノ酸置換を含む。さらに、Ｆｃ領域変異体に関する、Ｄｕｎｃａｎ  ＆  Ｗｉｎｔｅｒ  Ｎａｔｕｒｅ  ３２２：７３８−４０（１９８８）；米国特許第５，６４８，２６０号；米国特許第５，６２４，８２１号；および国際公開第９４／２９３５１号を参照されたい。
【００９８】
（ベクター構築）
本明細書に記載されるペプチドおよびポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列は、標準的合成および／または組み換え技術を用いて入手することが可能である。所望のポリヌクレオチド配列は、適切な起源細胞から単離し、配列決定してもよい。抗体のための起源細胞は、もしあるとするならば、ハイブリドーマ細胞などの抗体生産細胞を含むと考えられる。それとは別に、ポリヌクレオチドは、ヌクレオチド合成機またはＰＣＲ技術を用いて合成することも可能である。一旦得られたならば、該ペプチドまたはポリペプチドをコードする配列は、宿主細胞において異種ポリヌクレオチドを複製し、発現することが可能な組み換えベクターに挿入される。従来技術で利用可能で、既知の、多くのベクターが、本発明の目的のために使用が可能である。適切なベクターの選択は、主に、ベクタ
ーに挿入される核酸のサイズ、および、ベクターによって形質転換される特定の宿主細胞に依存する。各ベクターは、その機能（異種ポリヌクレオチドの増幅または発現、またはその両方）、および、それが滞在する特定の宿主細胞との適合性に応じて種々の成分を含む。ベクター成分としては、一般に、例えば、ただしこれらに限定されないが：複製起点（特に、ベクターが、前核細胞に挿入される場合）、選択マーカー遺伝子、プロモーター、リボソーム結合部位（ＲＢＳ）、シグナル配列、異種核酸挿入体、および転写終結配列が挙げられる。
【００９９】
一般に、宿主細胞と適合性を持つ生物種から得られたレプリコンおよび調節配列を含むプラスミドベクターが、これらの宿主と結びつけて使用される。ベクターは、通例として、複製部位の外、形質転換細胞において表現型選択を可能とする、標識配列を担う。例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）は、通常、大腸菌種由来のプラスミドｐＢＲ３２２によって形質転換される。ｐＢＲ３２２は、アンピシリン耐性をコードする遺伝子（Ａｍｐ）、およびテトラサイクリン耐性をコードする遺伝子（Ｔｅｔ）を含み、このようにして形質転換細胞を特定するための簡便な手段を提供する。さらに、ｐＢＲ３２２、その誘導体、または、他の細菌プラスミドまたはバクテリオファージは、内因性タンパクの発現のために細菌生物によって使用されるプロモーターを含むか、または、含むように修飾されてもよい。
【０１００】
さらに、これらの宿主と結びつけた形質転換ベクターとして、宿主微生物と適合性を持つレプリコンおよび調節配列を含むファージベクターを使用することも可能である。例えば、λＧＥＭ．ＴＭ．−１１などのバクテリオファージを、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＬＥ３９２などの、感受性を有する宿主細胞を形質転換するために使用が可能な組み換えベクターの作製に利用してもよい。
【０１０１】
当業者ならば確かめることが可能な、特定の状況の要求にしたがって、本発明では、構成的または誘発性のいずれかのプロモーターを使用することが可能である。種々の可能な宿主細胞によって認識される、多数のプロモーターが広く知られる。制限酵素消化によって起源ＤＮＡのプロモーターを除去し、単離プロモーター配列を、選ばれたベクターの中に挿入することによって、該選択プロモーターを、本明細書に記載されるポリペプチドをコードするシストロンＤＮＡに動作可能的に連結することが可能である。標的遺伝子の増幅および／または発現を指令するためには、元々のプロモーター配列、および多くの異種プロモーターのどちらでも使用してよい。しかしながら、異種プロモーターの方が、一般に、元々の標的ポリペプチドプロモーターと比べて、より大きな転写率、および標的遺伝子発現の、より高い収率を可能にするという点で、好ましい。
【０１０２】
前核細胞宿主において使用するのに好適なプロモーターとしては、ＰｈｏＡプロモーター、βガラクタマーゼおよびラクトースプロモーターシステム、トリプトファン（ｔｒｐ）プロモーターシステム、および、ｔａｃまたはｔｒｃプロモーターなどのハイブリッドプロモーターが挙げられる。しかしながら、細菌において機能する他のプロモーター（例えば、他の、既知の細菌またはファージプロモーター）も同じく好適である。それらのヌクレオチド配列は公表されているので、熟練した当業者ならば、必要な制限部位を供給するリンカーまたはアダプターを用いて、それらを、標的軽鎖および重鎖をコードするシストロンに動作可能的に連結させることは可能である（Ｓｉｅｂｅｎｌｉｓｔ  ｅｔ  ａｌ．（１９８０）Ｃｅｌｌ  ２０：２６９）。
【０１０３】
ある実施態様では、組み換えベクター内の各シストロンは、発現ポリペプチドの、膜を横断する転位を指令する、分泌シグナル配列成分を含む。一般に、シグナル配列は、ベクターの一成分であってもよいし、あるいは、ベクターに挿入される標的ポリペプチドＤＮＡの一部であってもよい。本発明の目的のために選ばれるシグナル配列は、宿主細胞によ
って認識、処理（すなわち、シグナルペプチダーゼによって切断）されるものでなければならない。異種ポリペプチドに元々付属するシグナル配列を認識・処理しない前核細胞宿主では、該シグナル配列は、例えば、アルカリフォスファターゼ、ペニシリナーゼ、Ｉｐｐ、または熱安定エンテロトキシンＩＩ（ＳＴＩＩ）リーダー、ＬａｍＢ、ＰｈｏＥ、ＰｅｌＢ、ＯｍｐＡ、およびＭＢＰから成る群から選ばれる、前核細胞性シグナル配列によって置換される。
【０１０４】
ポリペプチドを発現するのに好適な前核細胞宿主としては、グラム陰性またはグラム陽性微生物などの、古細菌およびユーバクテリアが挙げられる。有用な細菌の例としては、エシェリキア属（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、バチルス属（例えば、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、腸内細菌、シュードモナス種（例えば、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｒｈｉｚｏｂｉａ、Ｖｉｔｒｅｏｓｃｉｌｌａ、またはＰａｒａｃｏｃｃｕｓが挙げられる。グラム陰性細胞を使用することが好ましい。宿主細胞は、最少量のタンパク分解酵素を分泌することが好ましく、別に、プロテアーゼ阻害剤が、細胞培養体中に組み込まれることが望ましい。
【０１０５】
（ペプチドまたはポリペプチド生産）
宿主細胞は、前述の発現ベクターによってトランスフェクトされるか、または形質転換され、プロモーターの誘発、形質転換体の選択、または、所望の配列をコードする遺伝子の増幅のために適宜修飾される、好適な栄養培地において培養される。
【０１０６】
トランスフェクションとは、実際にどのようなコード配列が発現されるかとは無関係に、宿主細胞による、発現ベクターの取り込みを指す。数多くのトランスフェクション法が、例えば、ＣａＰＯ４沈殿および電気穿孔などの方法が、当業者には周知される。トランスフェクションの成功は、一般に、このベクターの動作を示す何らかの表徴が宿主細胞の内部に生じた場合に認められる。
【０１０７】
形質転換とは、前核細胞宿主の中にＤＮＡを、該ＤＮＡが、染色体外要素として、または染色体内組み込み体として複製可能となるように導入することを意味する。使用される宿主細胞に応じて、形質転換は、その細胞にとって適切な標準技術を用いて実行される。しっかりした細胞壁障碍を含む細菌細胞のためには、塩化カルシウムを用いるカルシウム処理が一般に使用される。形質転換のための、もう一つの方法は、ポリエチレングリコール／ＤＭＳＯを用いる。使用される、さらにもう一つの技術は電気穿孔である。
【０１０８】
本発明のポリペプチドを生産するために使用される前核細胞は、従来技術で既知で、選ばれた宿主細胞の培養に好適な培地において育成される。好適な培地の例としては、ルリアブロス（ＬＢ）、プラス、必要な栄養添加物が挙げられる。好ましい実施態様では、培地は、さらに、発現ベクターを含む前核細胞の選択的増殖を可能とするために、発現ベクターの構築に基づいて選択された選択性介在因子を含む。例えば、アンピシリン耐性遺伝子を発現する細胞の増殖のために、培地に対しアンピシリンが加えられる。
【０１０９】
炭素、窒素、および無機のリン酸塩供給源の外に、任意の必要添加物が、単独で、または、複雑な窒素供給源などの、他の添加物または媒体との混合物として、適切な濃度において含まれてもよい。培地は、グルタチオン、システイン、シスタミン、チオグリコレート、ジチオエリトリトール、およびジチオスレイトールから成る群から選ばれる、一つ以上の還元剤を任意に含んでもよい。
【０１１０】
前核細胞宿主は、適切な温度において培養される。大腸菌の育成には、適切な温度は、例えば、約２０℃から約３９℃、より好ましくは約２５℃から約３７℃の範囲、さらに好
ましくは約３０℃である。培地のｐＨは、主に宿主の微生物に依存して、約５から約９の範囲の任意のｐＨであってよい。大腸菌の場合、ｐＨは、好ましくは約６．８から約７．４であり、より好ましくは約７．０である。
【０１１１】
発現ベクターにおいて誘発性プロモーターが使用される場合、タンパク発現は、プロモーターの活性化に好適な条件下で誘発される。例えば、転写調節のためにＰｈｏＡが使用される場合、形質転換細胞は、誘発のために、リン酸塩制限培地の中で培養されてもよい。従来技術で知られるように、外にも、様々な誘発因子を、用いるベクター構築体に応じて使用してよい。
【０１１２】
微生物において発現される、本明細書に記載されるポリペプチドは、宿主細胞のペリプラズムに分泌させ、該腔から回収するようにしてもよい。通常、タンパクの回収は、一般に、浸透圧ショック、超音波処理、または細胞溶解などの手段によって微生物を破壊することを含む。一旦細胞が破壊されたならば、細胞破片または全体細胞は、遠心またはろ過によって除去してもよい。タンパクは、例えば、アフィニティ樹脂クロマトグラフィーによってさらに精製されてもよい。それとは別に、タンパクは、培地に輸送し、それから単離することも可能である。細胞を、培養体から取り出し、培養上清を、生産されたタンパクをさらに精製するために、ろ過し、濃縮してもよい。この発現されたポリペプチドは、さらに単離し、周知の方法、例えば、免疫アフィニティーまたはイオン交換カラムにおける分画；エタノール沈殿；逆相ＨＰＬＣ；シリカ、または、ＤＥＡＥなどの陽イオン交換樹脂によるクロマトグラフィー；クロマトフォーカッシング；ＳＤＳ−ＰＡＧＥ；硫酸アンモニウム沈殿；例えば、Ｓｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−７５使用のゲルろ過；基質に固定した適切な抗原による、疎水性アフィニティー樹脂、リガンドアフィニティーおよびウェスタンブロットアッセイなどの方法を用いて特定することが可能である。
【０１１３】
前核宿主細胞の外に、真核宿主細胞も、従来技術において十分に確立されている。適切な宿主としては、ＣＨＯなどの哺乳類細胞系統、および、後述のような昆虫細胞が挙げられる。
【０１１４】
（ポリペプチド／ペプチド精製）
生産されるポリペプチド／ペプチドは、その後のアッセイおよび使用のために、事実上均一な標本を得るために精製されてもよい。従来技術で既知の、標準的タンパク精製法を使用することが可能である。下記の手順は、適切な精製手順の例示となるものである、すなわち、免疫アフィニティーまたはイオン交換カラムにおける分画、エタノール沈殿、逆相ＨＰＬＣ、シリカ、または、ＤＥＡＥなどの陽イオン交換樹脂によるクロマトグラフィー、クロマトフォーカッシング、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、硫酸アンモニウム沈殿、および、例えば、Ｓｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−７５使用のゲルろ過などである。
【０１１５】
（Ｄｖｌ  ＰＤＺ修飾因子の特定および特徴解明−一般的方法）
Ｄｖｌ  ＰＤＺ修飾因子候補、例えば、結合ペプチドは、任意の数の、従来法によって特定することが可能である。修飾因子の修飾特性は、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、その結合パートナー（例えば、本発明の結合ポリペプチド）との間の相互作用を修飾する、該修飾因子の能力を定量することによって評価することが可能である。重要な特性の一つは、結合親和度である。対象とする、修飾因子候補（例えば、ペプチド）の結合特性は、いくつかの既知の方法のいずれかによって評価することが可能である。
【０１１６】
このプロセスにおける第１工程は、対象配列を含む一つ以上の候補ペプチドを生成することを含むことが可能であり、この候補ペプチドは、次に、その、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン結合特性を定量するのに好適な条件下で表示される。例えば、候補ペプチドは、ｐ３またはｐ８などのコートタンパクとのタンパク融合を用いて、ファージまたはファージミド
、例えば、繊維状ファージ（ミド）の表面において、ペプチドの、カルボキシル末端（Ｃ−末端）ディスプレイライブラリーとして表示することが可能である。Ｃ−末端ライブラリーは従来技術で既知である。例えば、Ｊｅｓｐｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ＮＹ）１３：３７８−８２および国際公開第００／０６７１７号を参照されたい。これらの方法は、融合遺伝子、融合タンパク、ベクター、組み換えファージ粒子、宿主細胞、および本発明の、そのライブラリーの調製のために使用してよい。本明細書に記載するように、ある実施態様では、候補ペプチドを、ファージまたはファージミドの表面においてペプチドのアミノ末端（Ｎ−末端）ディスプレイライブラリーとして表示することが有用な場合がある。Ｎ−末端ファージ（ミド）ディスプレイ法としては、本明細書に記載されるもの、および、従来技術でよく知られるもの、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号（および、その中に引用される参考文献）に記載されるものが挙げられる。これらの方法によって得られた結合分子の特性を解明する方法も、例えば、前述の参考文献（Ｊａｓｐｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，国際公開第００／０６７１７号、および米国特許第５，７５０，３７３号）、および本明細書に記載されるものを含め、従来技術において既知である。
【０１１７】
（ｉ）Ｄｖｌ  ＰＤＺに対する結合ファージの単離
候補のＤｖｌ  ＰＤＺ結合ペプチドが表示されるファージディスプレイライブラリーを、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインタンパクまたは融合タンパクに接触させ、該ライブラリーにおいてＤｖｌ  ＰＤＺドメイン標的に結合するメンバーを決める。インビトロタンパクの結合を定量するために、当業者に既知のいずれの方法を使用してもよい。例えば、１、２、３、または４ラウンド、またはそれ以上の結合選択を行い、その後、個々のファージを単離し、任意にファージＥＬＩＳＡで分析してもよい。固定されたＰＤＺ標的タンパクに対する、ペプチド表示ファージ粒子の結合親和度は、ファージＥＬＩＳＡ（Ｂａｒｒｅｔｔ
ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０４：３５７−６４（１９９２））を用いて定量してもよい。
【０１１８】
候補が、Ｄｖｌ  ＰＤＺに対する結合に関して、既知のＤｖｌ  ＰＤＺ結合因子と競合する能力を評価される状況では、適切な結合競合条件が準備される。例えば、一実施態様では、一種以上の濃度の、既知のＤｖｌ  ＰＤＺ結合因子の存在下に、スクリーニング／選別／バイオパニングを実行することが可能である。別の実施態様では、ライブラリーから単離された候補結合因子は、次いで、既知のＤｖｌ  ＰＤＺ結合因子の存在下に、競合的ＥＬＩＳＡアッセイにおいて評価することが可能である。
【０１１９】
（ｉｉ）Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインの調製
Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインは、従来の合成または組み換え技術を用いて、該ドメインを含むタンパク断片として、または融合ポリペプチドとして好適に生産されてもよい。融合ポリペプチドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺが、発現実験、細胞局在、バイオアッセイ、ＥＬＩＳＡ（結合競合アッセイを含む）などにおいて標的抗原となる、ファージ（ミド）ディスプレイにおいて有用である。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインの「キメラタンパク」または「融合タンパク」は、非ＰＤＺドメインポリペプチドに融合されたＤｖｌ  ＰＤＺを含む。非ＰＤＺドメインポリペプチドは、ＰＤＺドメインとは事実上相同ではない。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン融合タンパクは、任意の数の生物学的活性部分を含め、全体ＰＤＺドメインのどの部分を含んでもよい。次に、この融合タンパクは、アフィニティークロマトグラフィー使用の既知の方法、および、非ＰＤＺドメインポリペプチドに結合する捕捉試薬に基づいて精製することが可能である。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインは、アフィニティー配列、例えば、ＧＳＴ（グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ）配列に融合されてもよい。このような融合タンパクによって、固相支持体に結合した、および／または、固相支持体（例えば、ペプチドスクリーニング／選別／バイオパニング用基質）に付着したグルタチオンによる、組み換えＤｖｌ  ＰＤＺドメインの精製がやり易くなる。他の、例示の融合が、このような融
合体のいくつかの一般的使用を含め、表Ｂに掲載される。
【０１２０】
融合タンパクは、組み換え法を用いて簡単に創製することが可能である。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン（または、その部分）をコードする核酸は、ＰＤＺドメインのＮ−末端、Ｃ−末端、または内部的に、非ＰＤＺドメインコード核酸と、読み枠を一致させて融合させることが可能である。融合遺伝子はさらに、従来技術、例えば、自動化ＤＮＡ合成機を含む技術によって合成してもよい。二つの連続遺伝子断片の間に相補的オーバーハングを発生させ、その後、アニールし、再増幅してキメラ遺伝子配列（Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８７）を生成する、アンカープライマー使用のＰＣＲ増幅も有用である。融合タンパクに対し読み枠を一致させたＤｖｌ  ＰＤＺドメインのサブクローニングをやり易くする、ベクターがたくさん市販されている。
【０１２１】
【化２】
2009533465.tif 000023
Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン融合体の一例として、ＧＳＴ−Ｄｖｌ  ＰＤＺ融合体が、下記のようにして対象遺伝子から調製される。完全長の対象遺伝子を鋳型として、サブクローニングをやり易くするのに好適な制限エンドヌクレアーゼ部位を導入するプライマーを用い、ＰＣＲによってＰＤＺドメインをコードするＤＮＡ断片を増幅する。各増幅断片を、適切な制限酵素によって消化し、同様に消化されたプラスミドで、ＧＳＴを含み、サブク
ローンされる断片が、ＧＳＴと読み枠が一致し、かつ、プロモーターに動作可能的に連結するように設計されたプラスミド、例えば、ｐＧＥＸ６Ｐ−３、またはｐＧＥＸ−４Ｔ−３に該増幅断片をクローンし、ＧＳＴ−Ｄｖｌ  ＰＤＺ融合タンパクをコードするプラスミドを得る。
【０１２２】
融合タンパクを生産するために、適切なプラスミドを抱懐する大腸菌培養体を、ＬＢブロスにおいて、例えば、約３７℃で、全体として、中央対数相（Ａ６００＝１．０）まで育成するが、ＩＰＴＧによって誘発してもよい。この細菌を、遠心によってペレット状とし、ＰＢＳに再縣濁し、超音波処理によって分解する。この縣濁液を遠心し、上清から、ＧＳＴ−Ｄｖｌ  ＰＤＺ融合タンパクを、０．５ｍｌのグルタチオンセファローズ使用のアフィニティクロマトグラフィーによって精製する。
【０１２３】
多くの変法が、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインタンパク単離体という目標を実現すること、かつ、それらを本発明において使用してもよいことは、当業者には明白であろう。例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと、エピトープタグとの融合は、前述のように構築してもよいし、このタグは、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインをアフィニティ精製するのに用いてもよい。さらに、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインタンパク／ペプチドは、全く融合を用いることなく調製してもよい。さらに、該タンパクを生産するために細菌ベクターを用いる代わりに、インビトロ化学合成を使用してもよい。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインタンパク／ペプチドを生産するためには、他の細胞、例えば、他の細菌、哺乳類細胞（例えば、ＣＯＳ）、またはバキュロウィルスシステムを使用してもよい。さらに、種々の融合体を生産するために、多様なポリヌクレオチドベクターが市販されている。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン融合タンパクの最終的精製は、一般に、融合パートナーに依存する；例えば、ポリ−ヒスチジンタグ融合体は、ニッケルカラム上で精製することが可能である。
【０１２４】
（ｉｉｉ）表示ペプチドの配列決定
所望の特性を有するＤｖｌ  ＰＤＺに結合する（かつ、任意に、無関係の配列には結合しない）ファージ（ミド）に対し、配列分析を実施することが可能である。候補の結合ペプチドを表示するファージ（ミド）粒子を宿主細胞において増幅し、ＤＮＡを単離し、ゲノムの適切な（候補ペプチドをコードする）部位について、任意の、適切な既知の配列技術を用いて配列決定する。
【０１２５】
（Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子を特定するための、他の方法）
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド結合の修飾因子を特定するための、もう一つの方法は、合理的薬剤設計を取り込むことである、すなわち、ＰＤＺ相互作用の生物学を理解し、利用することである。この方法では、ＰＤＺリガンドの決定的残基が、任意に決定される最適ペプチド長と同様に、決定される。次に、この情報を手に低分子が設計される。例えば、ＰＤＺドメインに対する結合においてチロシンが決定的残基であることが見出されたならば、チロシンを含む低分子が調製され、抑制因子として試験される。一般に、結合には、２、３、４、または５個のアミノ酸残基が決定的と判定されるので、これらの残基、または残基側鎖を含む、候補の、低分子抑制因子が調製される。次に、従来技術で既知のプロトコール、例えば、競合的抑制アッセイを用いて、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン−リガンド相互作用に対する、その抑制能力に関して、試験化合物をスクリーニングする。
【０１２６】
Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン−リガンド結合相互作用を修飾する化合物は、Ｄｖｌ  ＰＤＺの結合相互作用の制御不良と関連する疾患および病態を治療するのに有用である。Ｄｖｌ
ＰＤＺドメイン相互作用の調節と関連する疾患および病態としては、カスパーゼ依存性、および非依存性アポトーシス、およびミトコンドリアタンパク品質管理が挙げられる。
【０１２７】
１．Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合ポリペプチドの決定的残基の決定
（ａ）アラニンスキャニング
リガンドのＰＤＺ結合における各残基の相対的寄与を定量するには、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン結合ペプチド配列に対するアラニンスキャニングを使用することが可能である。ＰＤＺリガンドにおける決定的残基を判断するために、残基を、単一アミノ酸によって、通常はアラニン残基によって置換し、ＰＤＺドメイン結合に対する作用を評価する。米国特許第５，５８０，７２３；５，８３４，２５０号、およびその実施例を参照されたい。
【０１２８】
（ｂ）短縮（欠失シリーズ）
Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン結合ペプチドの短縮によって、結合における決定的残基を明らかにすることができるばかりでなく、結合を実現するのに必要な、ペプチドの最短長を求めることが可能である。ある場合では、短縮によって、天然リガンドよりも緊密に結合するリガンドが明らかにされるが、このようなペプチドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン：ＰＤＺリガンド相互作用を修飾するのに有用である。
【０１２９】
一連のＤｖｌ  ＰＤＺ−ドメイン結合ペプチド短縮形が調製されることが好ましい。一シリーズは、アミノ末端アミノ酸を順次短縮させ、別のシリーズでは、短縮は、カルボキシ末端から始まる。アラニンスキャニングの場合と同様、ペプチドは、インビトロで合成してもよいし、または組み換え法によって調製してもよい。
【０１３０】
（ｃ）合理的修飾因子設計
アラニンスキャニングおよび短縮分析から得られる情報に基づいて、当業者ならば、結合を修飾する可能性の高い低分子を設計、合成すること、または、結合を修飾する可能性の高い化合物が濃縮された低分子ライブラリーを選択することが可能である。例えば、本実施例に記載される情報に基づいて、適切に隔てられた二つの疎水性成分を含むように、修飾性ペプチドを設計することが可能である。
【０１３１】
（ｄ）結合アッセイ
Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合ペプチドとＤｖｌ  ＰＤＺとの複合体を形成することによって、該複合体の、その未複合形態および不純物からの分離がやり易くなる。Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン：結合リガンド複合体は、溶液において形成すること、あるいは、結合パートナーの一方が、不溶の支持体に結合される場合に形成することが可能である。複合体は、例えば、カラムクロマトグラフィーを用いて、溶液から分離することが可能であり、固相支持体に結合時に、ろ過、遠心など、周知の技術を用いて分離することが可能である。ポリペプチドを含むＰＤＺドメイン、またはそのリガンドを固相支持体に結合することによって、高処理能力アッセイの実行が促進される。
【０１３２】
試験化合物を、候補結合化合物の存在下、および不在下に、結合ポリペプチドとＤｖｌ
ＰＤＺドメインとの相互作用を修飾する（例えば、抑制する）能力についてスクリーニングすることが可能であり、かつ、スクリーニングは、適切なものであれば任意の容器で、例えば、マイクロタイタープレート、試験管、およびミクロ遠心管において実行することが可能である。さらに、試験または分離をやり易くするために、融合タンパクを調製することが可能である。その場合、融合タンパクは、タンパクの内の一方または両方が基質に結合するのを可能とする、さらに別のドメインを含む。例えば、ＧＳＴ−ＰＤＺ−結合ペプチド融合タンパク、またはＧＳＴ−ＰＤＺドメイン融合タンパクを、グルタチオンセファローズビーズ（ＳＩＧＭＡ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）、または、グルタチオン誘導体形成させたマイクロタイタープレートに吸着させ、該マイクロタイタープレートを、試験化合物、および、非吸着Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインタンパク、またはＰＤＺ−結合ペプチドのいずれかと混ぜ合わせ、この混合物を、複合体形成を可能とする条件下（例えば、生理的条件の塩およびｐＨにおいて）にインキュベートする。インキュベーション後、ビーズ、またはマイクロタイタープレートのウェルを洗浄し、ビーズの場
合であれば固定された基質から未結合の成分があればそれらを全て除去し、複合体を、直接または間接に定量する。それとは別に、複合体を、基質から解離し、結合または活性レベルを標準技術を用いて定量することも可能である。
【０１３３】
スクリーニングアッセイでは、基質の上にタンパクを固定するための、他の融合タンパク技術も使用が可能である。ビオチン−アビジンまたはビオチン−ストレプトアビジンシステムを用いて、Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合ペプチドまたはＤｖｌ  ＰＤＺのいずれかを固定することが可能である。ビオチニル化は、ビオチン−Ｎ−ヒドロキシ−スクシニミド（ＮＨＳ；ＰＩＥＲＣＥ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）など多数の試薬を用いて実現することが可能であり、ストレプトアビジン塗布９６ウェルプレート（ＰＩＥＲＣＥ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェルの中に固定される。それとは別に、Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合ペプチド、またはＤｖｌ  ＰＤＺドメインと反応するが、結合ペプチドの、その標的分子に対する結合は妨げない抗体を、プレートのウェルにおいて誘導体形成させ、未結合Ｄｖｌ  ＰＤＺまたは結合ペプチドを、抗体接合体によってウェルにおいて捕捉することが可能である。ＧＳＴ−不動化複合体に関して記載されたものに加えて、このような複合体を検出するための方法として、結合ペプチドまたはＤｖｌ  ＰＤＺドメインと反応する抗体による、複合体の免疫検出が挙げられる。
【０１３４】
（ｅ）結合アッセイ：競合ＥＬＩＳＡ
ペプチド、タンパク、または、その他のＤｖｌ  ＰＤＺリガンドの結合親和度を評価するために、競合結合アッセイを用いてもよい。このアッセイでは、リガンドの、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインに対する結合能力（および、要すれば、結合親和度）が評価され、ＰＤＺドメインに結合することが知られる化合物、例えば、本明細書に記載されるファージディスプレイによって判定された高親和性結合ペプチドの結合能力と比較される。
【０１３５】
結合分子（例えば、ペプチド、タンパク、低分子など）の結合親和度を特定するためには、多くの方法が知られており、使用することが可能である；例えば、結合親和度は、競合ＥＬＩＳＡを用いてＩＣ５０として定量することが可能である。このＩＣ５０値は、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインの５０％が、リガンドへの結合を阻止される、結合因子の濃度として定義される。例えば、固相アッセイでは、アッセイプレートは、マイクロウェルプレート（タンパクを効率的に吸着するように処理されるのが好ましい）にニュートラアビジン、アビジン、またはストレプトアビジンを塗布することによって調製される。次に、非特異的結合部位を、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはその他のタンパク（例えば、脱脂ミルク）の溶液を添加することによってブロックし、次に、好ましくは、Ｔｗｅｅｎ−２０などの洗剤を含むバッファーによって洗浄する。既知の、ビオチニル化Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合因子（例えば、精製および検出を容易にするために、ＧＳＴまたは他の同様の分子と接合されるファージペプチド）を調製し、プレートに結合させる。Ｄｖｌ  ＰＤＺを含む、試験分子の連続希釈液を調製し、結合した結合因子に接触させる。固定結合因子を塗布したプレートを、ウェルに各結合反応液を加える前に洗浄し、短時間インキュベートする。さらに追加の洗浄後、結合反応を、多くの場合、非ＰＤＺ融合パートナーを認識する抗体、および、該一次抗体を認識する、標識された（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリフォスファターゼ（ＡＰ）、または、フルオレセインなどの蛍光タグ）二次抗体によって検出する。次に、このプレートを、適切な基質（標識に応じて）で現像し、信号を、例えば、分光光度プレートリーダーを用いて定量する。この吸収信号は、最小二乗適合によって結合曲線に適合させてもよい。このようにして、ＰＤＺドメインが、既知のＰＤＺドメイン結合因子と結ぶ結合に対する、各種分子の抑制能力を測定することが可能である。
【０１３６】
当業者には明白であるが、上記アッセイには数多くの変法がある。例えば、アビジン−ビオチンシステムの代わりに、ＰＤＺドメイン結合因子は、基質に化学的に連結されても
よいし、単純に吸着されてもよい。
【０１３７】
（２．ファージディスプレイの際に認められるＰＤＺドメインペプチドリガンド）
本実施例（および表Ｉ、ＩＩ、および図１）に記載されるものを含めた、ＰＤＺドメインペプチドリガンドは、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の有用な抑制因子の可能性を有する。
【０１３８】
競合的結合ＥＬＩＳＡは、各ファージ表示されるＰＤＺ−ドメイン結合ペプチドの効力を定量するための有力な手段である。
【０１３９】
（３．アプタマー）
アプタマーとは、ほとんど全ての分子を特異的に認識し、結合するように用いることが可能な、短いオリゴヌクレオチド配列である。そのようなアプタマーを見出すには、指数関数濃縮プロセスによるリガンド系統進化（ＳＥＬＥＸ）（Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８７）；Ｅｌｌｉｎｇｔｏｎ  ａｎｄ  Ｓｚｏｓｔａｋ，Ｎａｔｕｒｅ．３４６：８１８−２２（１９９０）；Ｔｕｅｒｋ  ａｎｄ  Ｇｏｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２４９：５０５−１０（１９９０）を用いることが可能である。アプタマーには、たくさんの診断的、臨床的用途があり、臨床的、または診断的に抗体が使用される用途では、そのほとんど全てにおいて、アプタマーも使用が可能である。さらに、アプタマーは、一旦特定されると製造は比較的安価であり、かつ、製薬組成物における投与、バイオアッセイ、および診断試験を含む、種々の方式に簡単に適応させることが可能である（Ｊａｙａｓｅｎａ，Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ．４５：１６２８−５０（１９９９））。
【０１４０】
前述の競合的ＥＬＩＳＡ結合アッセイでは、候補アプタマーを選別するためのスクリーンは、アプタマーをアッセイに組み込むこと、および、それらの、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン：リガンド結合に対する修飾能力を定量することを含む。
【０１４１】
（４．抗体（Ａｂ））
リガンド：Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン結合を修飾する（例えば、抑制する）抗体は、いずれのものでも、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン−リガンド相互作用の修飾因子（例えば、抑制因子）となることが可能である。適切な抗体の例としては、ポリクロナール、モノクロナール、単一鎖、抗イディオタイプ、キメラ抗体、または、それら抗体またはその断片の、ヒト化変異体が挙げられる。抗体は、適切であれば、どのような供給源、例えば、合成起源、および、免疫反応の誘発可能な任意の動物種を含む供給源から得られたものであってもよい。
【０１４２】
（スクリーニング法）
本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾する化合物を特定するための、化合物スクリーニング法を包含する。スクリーニングアッセイは、Ｄｖｌ  ＰＤＺおよび／またはリガンドと結合するか、または複合体形成するか、あるいは、他のやり方で、Ｄｖｌ  ＰＤＺと細胞内因子との相互作用に干渉する化合物を特定するように設計される。候補化合物の、修飾因子となるべき能力を定量するための一つの方法は、既知のＤｖｌ  ＰＤＺ結合因子、例えば、本明細書で開示される結合ペプチド（例えば、本実施例に記載される高親和性結合因子）の内のいずれかの存在下における競合的抑制アッセイにおいて、該候補化合物の活性を評価することである。このようなスクリーニングアッセイは、化学ライブラリーの高効率スクリーニングに容易に適応するアッセイを含むので、低分子薬剤候補を特定するためには特に好適である。
【０１４３】
このアッセイは、各種の方式、例えば、いずれも従来技術で精しく解明されている、タンパク−タンパク結合アッセイ、生化学的スクリーニングアッセイ、イムノアッセイ、および細胞アッセイを含む方式において実行することが可能である。
【０１４４】
修飾因子のアッセイは全て、Ｄｖｌ  ＰＤＺ（または、その等価物）および／または、Ｄｖｌ  ＰＤＺとの結合相互作用に関与する結合リガンドに対し、これらの二つの成分が相互作用を持つのに十分な条件と時間において、薬剤候補を接触させることを要求する点で共通する。
【０１４５】
結合アッセイでは、相互作用は結合であり、形成された複合体は、単離するか、または、反応混合液において検出することが可能である。ある特定の実施態様では、候補物質または分子は、固相、例えば、マイクロタイタープレート上に、共有的または非共有的付着によって固定される。非共有的付着は、一般に、該基質／分子の溶液を固相に塗布し、乾燥することによって実現される。それとは別に、不動化アフィニティー分子、例えば、固定される物質／分子に対して特異的な抗体、例えば、モノクロナール抗体を用いて、該物質／分子を固相表面に固着することも可能である。本アッセイは、検出可能な標識によって標識されてもよい非固定成分を、固定成分、例えば、固着成分を含む塗布表面に加えることによって実行される。反応が完了した時点で、未反応成分は、例えば、洗浄によって除去され、固相表面に固着する複合体が検出される。最初の非固定成分が、検出可能な標識を担っている場合、表面に固定される標識の検出は、複合体形成が起こったことを示す。最初の非固定成分が標識を担っていない場合は、複合体形成は、例えば、固定複合体に特異的に結合する、標識抗体を用いることによって検出することが可能である。
【０１４６】
もしも候補化合物が、Ｄｖｌ  ＰＤＺ、またはその結合パートナーと相互作用は持つが、結合しない場合、それと、ポリペプチドとの相互作用は、タンパク−タンパク相互作用検出のための、周知の方法によって定量することが可能である。そのようなアッセイとしては、従来法、例えば、架橋結合、共時免疫沈降、および、勾配またはクロマトグラフィーカラムによる共時精製が挙げられる。さらに、タンパク−タンパク相互作用は、Ｃｈｅｖｒａｙ  ａｎｄ  Ｎａｔｈａｎｓ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：５７８９−５７９３（１９９１）による開示にしたがって、Ｆｉｅｌｄｓとその共同研究者たち（Ｆｉｅｌｄｓ  ａｎｄ  Ｓｏｎｇ，Ｎａｔｕｒｅ（Ｌｏｎｄｏｎ），３４０：２４５−２４６（１９８９）；Ｃｈｉｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８８:９５７８−９５８２（１９９１））によって記載される
酵母遺伝システムによって監視することが可能である。酵母ＧＡＬ４など、多くの転写アクチベーターは、二つの、物理的に別々のモジュラードメイン、一方は、ＤＮＡ結合ドメインとして作動し、他方は、転写活性化ドメインとして機能する二つのドメインから成る。前述の公刊物に記載される酵母発現システム（一般に、「２ハイブリッドシステム」と呼ばれる）は、この特性を利用し、二つのハイブリッドタンパクを用いる。すなわち、一方では、標的タンパクが、ＧＡＬ４のＤＮＡ結合ドメインに融合され、他方では、候補の活性化タンパクが、活性化ドメインに融合される。ＧＡＬ４−活性化プロモーター調節下における、ＧＡＬ１−ｌａｃＺリポーター遺伝子の発現は、タンパク−タンパク相互作用によるＧＡＬ４活性の再構成に依存する。相互作用を持つポリペプチドを含むコロニーは、β−ガラクトシダーゼに対する発色基質によって検出される。この２ハイブリッドシステムを用いて、二つの特異的タンパク間のタンパク−タンパク相互作用を特定するための完全キット（ＭＡＴＣＨＭＡＫＥＲ（商標））が、Ｃｌｏｎｔｅｃｈから市販されている。このシステムはさらに拡張させて、特異的タンパク相互作用に関与するタンパクドメインをマッピングするだけでなく、これらの相互作用において必須のアミノ酸残基をそれと名指しすることを可能とする。
【０１４７】
前述のスクリーニング過程のいずれにおいても、候補化合物について、Ｄｖｌ  ＰＤＺ
、および既知の高親和性結合因子（例えば、本明細書に記載されるものの内の一つ）に対する、その結合能力を定量することによって、その修飾能力を評価することは多くの場合望ましい。
【０１４８】
候補化合物は、本明細書に記載される情報、特に、リガンドまたはＤｖｌ  ＰＤＺ配列そのものにおける個々の残基および成分の、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド結合相互作用に対する寄与、および該作用における重要性に関する情報に基づいて、既知の結合因子同士の、組み合わせライブラリーおよび／または突然変異から生成することが可能である。
【０１４９】
Ｄｖｌ  ＰＤＺと結合リガンドとの相互作用に干渉する化合物は、下記のようにして調べることが可能である。通常、Ｄｖｌ  ＰＤＺおよびリガンドを含む反応混合物が、この二つの分子が相互作用を持ち、結合するのに十分な条件および時間において調製される。この結合相互作用に対する、候補化合物の抑制能力を調べるには、反応を、該試験化合物の不在下、および存在下に進行させる。さらに、陽性コントロールとして使用するために、第３の反応混合物にプラシーボを加えてもよい。試験化合物と、混合物の中に存在するＤｖｌ  ＰＤＺおよび／または結合リガンドとの間の結合（複合体形成）は、前述のようにして監視される。コントロール反応には複合体が形成されるが、試験化合物を含む反応混合物に複合体が形成されないことは、該試験化合物が、Ｄｖｌ  ＰＤＺと結合リガンドとの相互作用に干渉することを示す。
【０１５０】
本明細書に記載されるように、本発明の物質／分子は、ペプチドであることが可能である。そのようなペプチドを獲得する方法は、従来技術で周知であるが、例えば、標的抗原に対する結合因子を選別するためのペプチドライブラリーのスクリーニングが挙げられる。一実施態様では、好適な標的抗原は、もし得られたならば、本明細書に詳述されるＤｖｌ  ＰＤＺ（または、Ｄｖｌ  ＰＤＺリガンドに対する結合部位を含む、その部分）を含むと考えられる。ペプチドのライブラリーは、従来技術で周知であり、さらに、従来法にしたがって調製することが可能である。例えば、Ｃｌａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第６，１２１，４１６号を参照されたい。ファージコートタンパクなどの異種タンパク成分に融合されたペプチドのライブラリーは、例えば、Ｃｌａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，上記に記載されるように、従来技術で周知である。一実施態様では、Ｄｖｌ  ＰＤＺタンパク−タンパク相互作用を阻止する能力を持つペプチドは、本明細書に開示される結合ペプチドの内のどれかのアミノ酸配列を含む。別の実施態様では、Ｄｖｌ  ＰＤＺタンパク−タンパク相互作用を阻止する能力を持つペプチドは、前述の、修飾因子スクリーニングアッセイから得られる結合ペプチドのアミノ酸配列を含む。一実施態様では、ペプチドは、Ｄｖｌ
ＰＤＺに対する結合に関して、本明細書に開示される結合ペプチド（実施例参照）の内の一つ以上と競合する能力を持つ。一実施態様では、ペプチドは、本明細書に開示される結合ペプチド（実施例参照）の内の一つ以上が結合する、Ｄｖｌ  ＰＤＺ上の同じエピトープに結合する。第１ペプチド結合因子の変異体は、対象特性（例えば、標的結合親和度の向上、薬物動態の向上、毒性の緩和、治療指数の改善など）を獲得するように、ペプチドの突然変異体をスクリーニングすることによって生成することが可能である。突然変異発生技術は、従来技術で周知である。さらに、走査型突然変異発生技術（アラニンスキャニングに基づくものなど）は、ペプチド中の個々のアミノ酸残基の構造的および／または機能的重要性を評価するに際し特に役立つ可能性がある。
【０１５１】
本発明の候補物質／分子、例えば、本明細書に開示される結合ペプチドのアミノ酸配列を含むペプチドの、Ｄｖｌ  ＰＤＺ活性に対する修飾能力の定量は、該物質／分子の修飾能力を、例えば、Ｍａｒｔｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７８（４９）：４９４１７−４９４２７（２００３））およびＦａｃｃｉｏ  ｅｔ  ａｌ．（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７５(４):２５８１−２５８８（２０００））によって記載され
る、従来技術で十分に確立されたインビトロまたはインビボアッセイにおいて調べること
によって実行することが可能である。
Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合因子、およびＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の修飾因子の使用例
本明細書に記載されるＤｖｌ  ＰＤＺペプチド結合因子の特定および特徴解明は、Ｄｖｌタンパクの細胞内機能に関する貴重な洞察をもたらし、かつ、この重要な細胞内タンパクおよびその結合パートナーの間の、インビボ相互作用を修飾するための組成物および方法を提供する。例えば、これらのペプチドおよびその相同体は、Ｄｖｌ  ＰＤＺを含む、インビボ結合相互作用の干渉に利用することが可能である。相同体は、本明細書に提供される、十分に特徴解明されたペプチドに関する、その結合および／または機能的特徴に基づいて好適に生成することが可能である。これらのペプチドはさらに、インビボにおけるＤｖｌ  ＰＤＺ複合体を構成する、細胞内および生理的ポリペプチドの解明のために利用することが可能である。
【０１５２】
本明細書に開示される、十分に特徴が解明された、中等から高度の親和性を持つ、Ｄｖｌ  ＰＤＺのペプチド結合因子はさらに、Ｄｖｌ  ＰＤＺそのものの、重要な、構造特性の解明のために利用することが可能である。このような知識は、Ｄｖｌ  ＰＤＺ配列そのものの修飾に基づく修飾因子の開発を可能にする。本発明は、本明細書に開示される通り、Ｄｖｌ  ＰＤＺ結合パートナーに対する結合能力が増強、または低減されたＤｖｌ  ＰＤＺ変異体を提供する。他の変異体も同様に特定することが可能である。
【０１５３】
本明細書に記載されるリガンドペプチドに基づいて開発された、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−結合パートナー修飾因子は、対象修飾作用を実現するのに使用することが可能である。例えば、そのような操作として、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと、その認識結合タンパクとの間の会合の抑制が挙げられる。別の例では、そのような操作として、修飾因子のＤｖｌ  ＰＤＺに対する結合の結果として、または、修飾因子による、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインとその認識結合タンパク間の会合の強化を通じて、細胞内機能の誘発による協働作用が挙げられてもよい。
【０１５４】
Ｄｖｌ  ＰＤＺの修飾因子のその他の用途としては、Ｄｖｌとその会合パートナーに関連する疾患のための診断アッセイ、基質に対する精製用取っ手および錘として作用する、融合タンパクにおけるＤｖｌ  ＰＤＺドメインおよびリガンドの使用が挙げられる。
【０１５５】
本明細書に記載される、種々の親和度においてＤｖｌ  ＰＤＺドメインに結合することが可能な結合因子の特定は、生物学的に重要なタンパク−タンパク相互作用をインビボにおいて修飾するための、有用な道筋を提供する。従来技術において十分確立されるように、Ｄｖｌタンパクは、アポトーシスの調節、および、ミトコンドリアにおけるタンパク品質の調節を含む、重要な生物プロセスに関与する。Ｄｖｌタンパクは、タンパク−タンパク結合相互作用に必須と報告されているドメインである、ＰＤＺドメインを含む。したがって、この相互作用を修飾することが可能な分子を特定することは、そのような分子および相互作用に関する知識無しには不可能と考えられる、治療的および／または診断的応用および戦略への道を指し示すものである。特定の組織、細胞、器官、または生理的状態におけるＤｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用を修飾するために、かつ、ある場合には、該作用の生理的重要性を確かめるため、修飾性化合物（例えば、抑制性、または協働性）を、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン−特異的競合的修飾因子として用いるため、従来技術で既知の適切な投与ルート、例えば、マイクロインジェクション、アンテナペディアペプチドまたは脂質トランスフェクション試薬を介して、生細胞内部に輸送することが可能である。ＰＤＺリガンド相互作用、および、該相互作用の修飾の生理的作用を監視するために、適切なアッセイが存在する。これは、修飾因子が、ＰＤＺドメインに対して特異的であり、かつ、前記リガンドと、ＰＤＺドメインとの相互作用を破るのに十分な親和度を持つことが得られる限り、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインに対する生理的リガンドが、ファージディスプレイによって発見されることを要求しない。最後に、病気の進行過程と連結する全てのタンパ
クの場合と同様、治療利益を実現するためには、薬剤が、そのタンパクにどのように作用するかを確実に明らかにしなければならない。対象修飾性化合物による、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド相互作用の破損が、治療利益において予想と一致する結果を生じるかどうかを判定するには、ペプチド／リガンドなどの修飾性化合物を、病気のモデルとなる生細胞または動物モデル（すなわち、病気のある特性を模倣する）の中に輸送してもよい。
【０１５６】
インビボにおいてタンパク−タンパク（またはペプチド）相互作用を検出する方法は、従来技術において既知である。例えば、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメイン−含有タンパク（本明細書に記載される任意のものを含む）と、認識リガンドまたは合成ペプチド（本明細書に記載される任意のものを含む）との相互作用を分析するためには、米国特許第６，２７０，９６４Ｂ１、および６，２９４，３３０Ｂ１号においてＭｉｃｈｎｉｃｋ  ｅｔ  ａｌ．によって記載される方法を使用することが可能である。さらに、合成ペプチドなどの分子の、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−ドメインタンパクとその認識リガンドとの、インビボにおける結合相互作用に対する修飾能力を評価するのに、これらの方法を使用することが可能である。治療／予防応用
Ｄｖｌ  ＰＤＺタンパクの活性を上げるか、または下げる特性を持つ化合物は有用である。この活性の上昇は、種々のやり方で生じさせてよく、例えば、それを必要とする対象に、本明細書に記載される修飾因子の一つ以上の有効量を投与することによって生じさせてもよい。
【０１５７】
「拮抗剤」または「陰性修飾因子」は、Ｄｖｌ  ＰＤＺおよび／またはその内因性リガンドの生物活性を、部分的にまたは完全に、遮断、抑制、または中和する任意の分子を含む。同様に、「作用剤」または「陽性修飾因子」は、Ｄｖｌ  ＰＤＺおよび／またはその内因性リガンドの生物活性を模倣するか、または強化する任意の分子を含む。作用剤または拮抗剤として活動することが可能な分子としては、本明細書に記載される、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−結合剤／リガンド相互作用の修飾因子、例えば、ただしこれらに限定されないが、Ａｂまたは抗体断片、Ｄｖｌ  ＰＤＺ／リガンド／結合剤、ペプチド、小型有機分子などの修飾因子が挙げられる。
【０１５８】
本発明は、Ｄｖｌ  ＰＤＺと特異的に相互作用を持つことが可能な種々の結合分子の発見、および、Ｄｖｌ  ＰＤＺと、リガンド結合ペプチドとの間の結合相互作用の独特の特徴に基づく各種方法を提供する。
【０１５９】
治療剤として、種々の物質または分子（ペプチドなどを含む）を採用してよい。これらの物質または分子は、製薬学的に有用な組成物を調製し、その産物を、製薬学的に受容可能な担体ベヒクルとの混合を可能とするように既知の方法にしたがって処方することが可能である。治療処方は、所望のレベルの純度を持つ活性成分を、凍結乾燥処方または水溶液形状の、任意に生理的に受容可能な担体、賦形剤、または安定剤（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ‘ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  １６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０））と混合することによって調製され、保存される。受容可能な担体、賦形剤、または安定剤は、用いられる用量および濃度においてレシピエントに対して無毒であり、バッファー、例えば、リン酸塩、クエン酸塩、およびその他の有機酸；アスコルビン酸を含む抗酸化剤；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニールピロリドン、アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、またはリシン；単糖類、二糖類、およびその他の炭水化物、例えば、グルコース、マンノース、またはデキストリンなど；ＥＤＴＡなどのキレート剤；糖アルコール、例えば、マンニトール、またはソルビトール；ナトリウムなどの、塩形成対イオン；および／または非イオン性界面活性剤、例えば、ＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、またはＰＥＧを含む。
【０１６０】
インビボ投与に使用される処方は滅菌性でなければならない。これは、凍結乾燥および再構成前または後に、滅菌性ろ過膜でろ過することによって簡単に実現される。
【０１６１】
本発明の治療組成物は、一般に、滅菌性進入ポートを有する容器、例えば、静注液バッグ、または、皮下針によって貫通することが可能なストッパー付きバイアルの中に納められる。
【０１６２】
投与ルートは、既知の方法、例えば、静脈内、腹腔内、脳内、筋肉内、眼球内、動脈内、または病巣内ルートによる注入または輸液、局所投与、または、持続放出システムによる投与などの方法に一致する。
【０１６３】
本発明の製薬組成物の用量および所望の薬剤濃度は、意図する特定の用途に応じて変動してよい。適切な用量または投与ルートの決定は、十分通常の医師の技量の範囲内にある。動物実験は、ヒト治療用有効量決定のための信頼性の高いガイダンスとなる。有効用量の種間補正は、Ｍｏｒｄｅｎｔｉ，Ｊ．ａｎｄ  Ｃｈａｐｐｅｌｌ，Ｗ．“Ｔｈｅ  ｕｓｅ  ｏｆ  ｉｎｔｅｒｓｐｅｃｉｅｓ  ｓｃａｌｉｎｇ  ｉｎ  ｔｏｘｉｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ”Ｉｎ  Ｔｏｘｉｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｎｅｗ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，Ｙａｃｏｂｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｄｓ．，Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８９，ｐｐ．４２−９６によって敷かれた原理にしたがって実行することが可能である。
【０１６４】
本発明の物質または分子のインビボ投与を行う場合、正常投与量は、投与ルートに応じて、哺乳動物の体重ｋｇ当たり１日約１０ｎｇから約１００ｍｇまで、好ましくは約１μｇ／ｋｇ／日から１０ｍｇ／ｋｇ／日まで変動してよい。特定の用量および送達法に関するガイダンスは、文献の中に示される；例えば、米国特許第４，６５７，７６０；５，２０６，３４４；または５，２２５，２１２号を参照されたい。異なる治療化合物および異なる障害に対しては、異なる処方が効果的であること、および、例えば、ある器官または組織を標的とする投与は、別の器官または組織を標的とするものとは異なるやり方の送達を必要とする場合のあることが予想される。
【０１６５】
物質または分子の投与を要求する疾患または障害の治療に好適な放出特性を持つ処方において、該物質または分子の持続放出が望まれる場合、該物質または分子のマイクロカプセル封入が考慮される。持続放出のための、組み換えタンパクのマイクロカプセル封入はヒト成長ホルモン（ｒｈＧＨ）、インターフェロン（ｒｈＩＦＮ−）、インターロイキン−２、およびＭＮ  ｒｇｐ１２０で実行され成功を収めている。Ｊｏｈｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．，２：７９５−７９９（１９９６）；Ｙａｓｕｄａ，Ｂｉｏｍｅｄ．Ｔｈｅｒ．，２７:１２２１−１２２３（１９９３）；Ｈｏｒａ  ｅｔ  ａｌ．，
Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，８：７５５−７５８（１９９０）；Ｃｅｌａｎｄ，“Ｄｅｓｉｇｎ  ａｎｄ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ  Ｕｓｉｎｇ  Ｐｏｌｙａｃｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｇｌｙｃｏｌｉｄｅ  Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，”ｉｎ  Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｄｅｓｉｇｎ：Ｔｈｅ  Ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｎｄ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｐｏｗｅｌｌ  ａｎｄ  Ｎｅｗｍａｎ，ｅｄｓ，（Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ：Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９５），ｐｐ．４３９−４６２；国際公開第９７／０３６９２、９６／４００７２、９６／０７３９９、および米国特許第５，６５４，０１０号。
【０１６６】
これらのタンパクの持続放出処方は、その、生物適合性および広範な生物分解性のためにポリ乳酸−コグルコール酸（ＰＬＧＡ）ポリマーを用いて開発された。ＰＬＧＡの分解産物、乳酸およびグルコール酸は、人体から速やかに排除することが可能である。さらに
、このポリマーの分解性は、その分子量および組成に応じて、数ヶ月から数年に亘って調整することが可能である。Ｌｅｗｉｓ，“Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  ｒｅｌｅａｓｅ  ｏｆ
ｂｉｏａｃｔｉｖｅ  ａｇｅｎｔｓ  ｆｒｏｍ  ｌａｃｔｉｄｅ／ｇｌｙｃｏｌｉｄｅ
ｐｏｌｙｍｅｒ，”ｉｎ：Ｍ．Ｃｈａｓｉｎ  ａｎｄ  Ｒ．Ｌａｎｇｅｒ（Ｅｄｓ．），Ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒｓ  ａｓ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ
Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ：Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９０），ｐｐ．１−４１．
（製薬組成物）
本発明の修飾性分子／物質は、ある実施態様では、製薬使用に好適な組成物の中に組み込むことが可能である。このような組成物は、典型的には、核酸分子、ペプチド／タンパク、低分子および／または抗体、および、受容可能な担体、例えば、製薬学的に受容可能なものを含む。「製薬学的に受容可能な担体」は、製薬学的投与と適合する限り、任意の、全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含む（Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  ｐｈａｒｍａｃｙ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ
＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ（２０００））。このような担体または希釈剤の例として、ただしこれらに限定されないが、水、生理的食塩水、リンゲル液、デキストロース液、および５％ヒト血清アルブミンが挙げられる。リポソーム、および、固定油などの非水性ベヒクルも使用してよい。通例の媒体または薬剤は、活性化合物と不適合である場合を除いて、これら組成物の使用も考慮の対象とされる。この組成物の中に、補助的活性化合物を組み込むことも可能である。
【０１６７】
（１．一般的配慮）
製薬組成物は、その意図される投与ルート、例えば、静脈内、皮内、皮下、経口（例えば、吸引）、経皮（すなわち、局所）、経粘膜、および直腸投与などのルートと適合するように処方される。非経口、皮内、または皮下投与用に使用される溶液または縣濁液は：滅菌希釈液、例えば、注射用水、生理的食塩水、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、または他の合成溶媒；抗菌剤、例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベンなど；抗酸化剤、例えば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウムなど；キレート剤、例えば、エチレンジアミンテトラ酢酸（ＥＤＴＡ）など；バッファー、例えば、酢酸塩、クエン酸塩、またはリン酸塩など、および、浸透圧調整剤、例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロースなどを含むことが可能である。ｐＨは、酸または塩基、例えば、塩酸、水酸化ナトリウムなどによって調整することが可能である。非経口調剤は、アンプル、ディスポーザブルシリンジ、または、ガラスまたはプラスチック製の多用量バイアルの中に封入することが可能である。
【０１６８】
（２．注入処方）
注入に好適な製薬組成物は、滅菌水溶液（水溶性である場合）または水性分散液、および、滅菌注入用溶液または分散液の、体外調製用滅菌散剤を含む。静脈内投与の場合、好適な担体としては、生理的食塩水、静菌水、ＣＲＥＭＯＰＨＯＲ  ＥＬ（商標）（ＢＡＳＦ，Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ，Ｎ．Ｊ．）、またはリン酸バッファー生理的食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。いずれの場合でも、組成物は、滅菌性であり、シリンジによって投与されるように液体でなければならない。このような組成物は、製造および保存時安定であり、細菌および真菌などの微生物による汚染に対して保護されていなければならない。担体は、溶媒または分散媒体、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、ポリエチレングリコール、および液状ポリエチレングリコール）、および、適切な混合物などであることが可能である。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティングの使用、分散液の場合は必要粒径の維持、および界面活性剤の使用によって維持することが可能である。種々の抗菌剤および抗真菌剤：例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、およびチメロサールを、組成物の中に含めることが可能であ
る。等張剤、例えば、糖類、マンニトール、ソルビトールなどのポリアルコール類、および塩化ナトリウムを組成物の中に含めることが可能である。吸収を遅らせることが可能な組成物は、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンなどの薬剤を含む。
【０１６９】
滅菌注入液は、必要量の活性化合物（例えば、本発明の、いずれかの修飾性物質／分子）を、必要に応じて一成分または複数成分の組み合わせと共に適切な溶媒に組み込み、次いで滅菌処理することによって調製することが可能である。一般に、分散液は、基礎的分散媒体、および他の必要成分を含む滅菌ベヒクル中に活性化合物を組み込むことによって調製される。滅菌注入液調製のための滅菌散剤、調製法は、滅菌液から、活性成分、および任意の所望成分を含む散剤を生成する、真空乾燥および凍結乾燥を含む。
【０１７０】
（３．経口組成物）
経口組成物は、一般に、不活性希釈剤、または食用可能な担体を含む。組成物は、ゼラチンカプセル内に封入すること、または、錠剤に圧縮することが可能である。経口性の治療投与のためには、活性剤は、賦形剤とともに組み込み、錠剤、トローチ、またはカプセルの形で使用することが可能である。経口組成物はさらに、含漱剤として使用される液状担体を用いて調製することも可能である。この場合、液状担体中の化合物は、経口的に投与される。製薬学的に適合する結合剤、および／または補強物質を含めることも可能である。錠剤、丸剤、カプセル、トローチなどは、下記の成分、または類似の性質を持つ化合物：結合剤、例えば、ミクロ結晶セルロース、トラガカントゴム、またはゼラチンなど；賦形剤、例えば、でん粉またはラクトース、崩壊剤、例えば、アルギン酸、ＰＲＩＭＯＧＥＬ、またはコーンスターチなど；潤滑剤、例えば、ステアリン酸マグネシウム、またはＳＴＥＲＯＴＥＳなど；滑沢剤、例えば、コロイド状二酸化ケイ素など；甘味剤、例えば、スクロース、またはサッカリンなど；または芳香剤、例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジ香料などを含むことが可能である。
【０１７１】
（４．吸引用組成物）
吸引による投与では、化合物は、適切な推進剤、例えば、二酸化炭素などのガスを含む、ネビュライザーまたは加圧容器からエロゾル小滴として送達される。
【０１７２】
（５．全身投与）
全身投与は、経粘膜的、または経皮的であってもよい。経粘膜または経皮投与の場合、標的障壁を浸透することが可能な浸透物質が選ばれる。経粘膜浸透物質としては、界面活性剤、胆汁塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与用として、鼻腔スプレイ、または座剤を使用することが可能である。経皮投与の場合、活性化合物は、軟膏、塗布剤、ゲル、またはクリームとして処方される。
【０１７３】
化合物はさらに、直腸送達のために、座剤（例えば、ココアバターおよび他のグリセリドなどを基材として）、または注腸剤として調製することも可能である。
【０１７４】
（６．担体）
一実施態様では、活性化合物は、該活性化合物が急速に生体から排除されないように保護する担体と共に、例えば、インプラント、およびマイクロカプセル封入送達システムなどの調節放出処方として調製される。生物分解性または生物適合性ポリマー、例えば、エチレン酢酸ビニール、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエーテル、およびポリ乳酸などのポリマーを使用することが可能である。このような材料は、ＡＬＺＡ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ  （Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，ＣＡ）、およびＮＯＶＡ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．（Ｌａｋｅ  Ｅｌｓｉｎｏｒｅ，ＣＡ）から購入することも可能であるし、あるいは、当業者であれば調製することが可能である。さらに、製薬学的に受容可能な担体として、リポソーム縣濁液を使用することが可能で
ある。これらは、（Ｅｐｐｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第４，５２２，８１１号、１９８５）に見られるように、当業者に既知の方法にしたがって調製することが可能である。
【０１７５】
（７．単位剤形）
投与および用量の均一性をより簡便に確保するために、単位剤形としての経口処方または非経口組成物を創製することが可能である。単位剤形とは、必要な製薬担体と関連させて、治療的有効量の活性化合物を含む、治療される対象に対する単位用量として適切な、物理的に独立した単位を指す。単位剤形の仕様は、活性化合物独自の特性、所望の特定の治療作用、および、活性化合物の調合における内在的限界によって指定され、かつ直接に依存する。
【０１７６】
（８．遺伝子療法組成物）
核酸分子は、ベクターに挿入し、遺伝子治療ベクターとして使用することが可能である。遺伝子治療ベクターは、対象に対し、例えば、静注、局所投与（Ｎａｂｅｌ  ａｎｄ  Ｎａｂｅｌ，米国特許第５，３２８，４７０号、１９９４）、または、定位注入（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．９１：３０５４−７（１９９４））によって送達させることが可能である。遺伝子治療ベクターの製剤は、受容可能な希釈剤を含むことが可能であり、または、遺伝子送達ベヒクルが埋め込まれる、徐放性基質を含むことが可能である。それとは別に、組み換え細胞から、完全遺伝子送達ベクターが、例えば、レトロウィルスベクターが生産可能である場合には、製剤は、該遺伝子送達システムを生産する一つ以上の細胞を含むことが可能である。
【０１７７】
（９．用量）
製薬組成物および方法はさらに、Ｄｖｌタンパク関連（具体的には、Ｄｖｌ  ＰＤＺ−関連）病態の治療に通常投与される、他の、治療活性化合物を含んでもよい。
【０１７８】
Ｄｖｌ  ＰＤＺ−リガンド修飾を要する、病態の治療または予防では、適切な用量レベルは、一般に、患者の体重ｋｇ当たり、１日、約０．０１から５００ｍｇであり、これを、単回、または複数回用量として投与することが可能である。用量レベルは、１日当たり約０．１から約２５０ｍｇ／ｋｇであることが好ましく；より好ましくは、１日当たり約０．５から約１００ｍｇ／ｋｇである。適切な用量レベルは、１日当たり約０．０１から２５０ｍｇ／ｋｇ、１日当たり約０．０５から１００ｍｇ／ｋｇ、または１日当たり約０．１から５０ｍｇ／ｋｇであってもよい。この範囲内で、用量は、１日当たり、０．０５から０．５、０．５から５、または５から５０ｍｇ／ｋｇであってもよい。経口投与では、組成物は、治療される患者に対し、用量の症状に応じた調節を可能とするために、１．０から１０００ミリグラムの活性成分、特に、１．０、５．０、１０．０、１５．０、２０．０、２５．０、５０．０、７５．０、１００．０、１５０．０、２００．０、２５０．０、３００．０、４００．０、５００．０、６００．０、７５０．０、８００．０、９００．０、および、１０００．０ミリグラムの活性成分を含む錠剤として提供されることが好ましい。化合物は、１日当たり１から４回、好ましくは１日当たり１回から２回の投与スケジュールに基づいて投与されてもよい。
【０１７９】
ある任意の、特定の患者に対する、特定の用量レベルおよび投与頻度は、変動してもよいが、該レベルおよび頻度は、種々の要因、例えば、用いられる特定の化合物の活性、その化合物の代謝的安定性および活性の長さ、年齢、体重、一般的健康状態、性別、食餌、投与方式および時間、排泄速度、薬剤併用、特定の病態の重度、および治療を受ける宿主などの要因に依存する。
【０１８０】
（１０．組成物のキット）
組成物（例えば、製薬組成物）は、投与案内と一緒に、キット、容器、パック、または投薬器に含めることが可能である。キットとして販売される場合は、組成物の異なる成分は、別々の容器にパックされ、使用直前に混ぜ合わされてもよい。種々の成分をこのように分けて包装することは、活性成分の機能を欠損することのない、長期の保存を可能とすると考えられる。
【０１８１】
キットはさらに、特定の試験、例えば、診断試験、または組織タイピングなどの実施をやり易くするように、別々の容器に試薬を含んでもよい。
【０１８２】
（ａ）容器または貯蔵槽
キットに含まれる試薬は、種々の成分の寿命が保存され、容器の材料によって吸着されたり、改変されたりすることのないように、任意の種類の容器に入れられて支給される。例えば、密封ガラスアンプルは、窒素などの、中性の、非活性ガスの下で包装された、凍結乾燥修飾性物質／分子、および／またはバッファーを含んでもよい。アンプルは、適切なものであれば、いずれの材料から、例えば、ガラス、有機ポリマー、例えば、ポリカーボネート、ポリスチレンなど、セラミック、金属、または、その他の、試薬を保持するために通常用いられる任意の材料から作製されてもよい。適切な容器の、その他の例としては、アンプルと同様の物質から製造される単純な瓶、および、例えば、アルミニウムまたは合金などのフォイルで裏打ちした内面から成る包袋が挙げられる。他の容器としては、試験管、バイアル、フラスコ、瓶、シリンジなどが挙げられる。容器は、皮下針によって貫通することが可能なストッパー付き瓶のように、滅菌性進入ポートを有する。他の容器は、簡単に排除することが可能な膜で、排除されると、成分同士の混合を可能とする膜によって隔てられる二つの区画を有していてもよい。排除可能な膜は、ガラス、プラスチック、ゴムなどであってもよい。
【０１８３】
（ｂ）案内資料
キットはさらに、案内資料と一緒に支給されてもよい。案内は、紙または他の基質の上に印刷されてもよく、および／または、電子読み取り媒体、例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ−ＲＯＭ、ジップディスク、ビデオテープ、レーザーディスク、オーディオテープなどとして支給されてもよい。詳細な案内は、キットと物理的に連結される必要はなく、代わりに、メーカーまたはキットの販売業者の指定する、インターネットのウェブサイトを、ユーザーに教示してもよいし、あるいは、電子メールとして供給してもよい。
【０１８４】
下記の実施例は、本発明の好ましい実施態様を実際に示すために含まれるものである。下記の実施例に開示される技術は、本発明の実施において十分に機能することが本発明人らによって見出された技術を代表するもので、その実施のための好ましい方式を構成すると見なすことができるものであることを、当業者は理解しなければならない。しかしながら、本明細書の開示に照らして、開示される特定の実施態様において、多くの改変を実行することが可能であり、かつ、類似の、または同様の結果を実現することが可能であるが、それらは依然として本発明の精神および範囲から逸脱していないことを、当業者は理解すべきである。
【実施例】
【０１８５】
（材料および方法）
材料−酵素およびＭ１３−ＫＯ７ヘルパーファージは、Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ（Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）から購入した。Ｍａｘｉｓｏｒｐ免疫プレートは、Ｎａｌｇｅｎ  ＮＵＮＣ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ（Ｎａｐｅｒｖｉｌｌｅ，ＩＬ）から購入した。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＸＬ１−Ｂｌｕｅ、およびＥ．ｃｏｌｉ  ＢＬ２１（ＤＥ３）は、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ（Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）から購入した。プラスミドｐＧＥＸ、西洋ワサビペルオキシダーゼ／抗−ＧＳＴ抗体接合体、グルタチオンセファロース−４Ｂ、およびＳｕｐｅｒｄｅｘ−７５は、Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ（Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）、３，３′，５，５′−テトラメチル−ベンジジン／Ｈ２Ｏ２（ＴＭＢ）ペルオキシダーゼ基質は、Ｋｉｒｋｅｇａａｒｄ  ａｎｄ  Ｐｅｒｒｙ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｇａｉｔｈｅｒｂｕｒｇ，ＭＤ）から購入した。ＮｅｕｔｒＡｖｉｄｉｎは、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）から購入した。抗−Ｄｖｌ１，２，３は、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ，ＣＡ）から購入した。ポリクロナール抗β−カテニンは、Ｇｅｎｅｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）から、ヒトの非小細胞肺癌細胞系統Ｈ１７０３は、米国基準株保存機関（Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から入手した。ＦｕＧｅｎｅ６は、Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ（Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）から購入した。リポフェクタミンは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）から購入した。Ａｌａｍａｒ  Ｂｌｕｅ（商標）は、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）から購入した。
【０１８６】
オリゴヌクレオチド−等モルのＤＮＡ縮重は、ＩＵＢコードで表した（Ｋ＝Ｇ／Ｔ、Ｎ＝Ａ／Ｃ／Ｇ／Ｔ、Ｖ＝Ａ／Ｃ／Ｇ、Ｗ＝Ａ／Ｔ）。縮重コドンはボールド体で示す。ファージ表示ペプチドライブラリーの構築には、下記のオリゴヌクレオチド：
Ｘ１０ａ：ＡＣＡＴＣＧＡＣＡＧＣＧＣＣＣＣＣＧＧＴＧＧＣＧＧＡ（ＮＮＫ）１０ＴＧＡＴＡＡＡＣＣＧＡＴＡＣＡ（配列番号１８１）
を用いた。
【０１８７】
合成ペプチド−ペプチドは、標準的９−フルオレニルメトキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）プロトコールを用いて合成し、トリフルオロ酢酸に溶解した、２．５％トリイソプロピルシランおよび２．５％Ｈ２Ｏによって樹脂から切断分離し、逆相高速液体クロマトグラフィーによって精製した。各ペプチドの純度および質量は、液体クロマトグラフィー／質量分析によって確認した。
【０１８８】
ライブラリー構築およびソーティング−ペプチドライブラリーは、記載される多価ディスプレイ［１０］用に設計された、変異Ｍ１３大型コートタンパクのＣ末端に対する融合体として表示させた。Ｎ−末端ライブラリーは、前述の通りに構築した［１１］。各ライブラリーは、２×１０１０種の一意のメンバーを含んでいた。
【０１８９】
ライブラリーは、捕捉標的として９６ウェルのＭａｘｉｓｏｒｐ免疫プレートに塗布されたＧＳＴ−Ｄｖｌ２ＰＤＺ融合タンパクによる、数ラウンドの結合選択をサイクル経過させた。ファージは、Ｍ１３−ＫＯ７ヘルパーファージおよび１０μＭ  ＩＰＴＧと共に、Ｅ．ｃｏｌｉＸＬ１−ｂｌｕｅにおいて継代させた。４ラウンドの結合選択後、個々のファージクローンを、高処理ファージＥＬＩＳＡで分析し、陽性クローンに対しＤＮＡ配列分析を行った。
【０１９０】
タンパク精製−メーカーの推薦にしたがって、ＧＳＴ−Ｄｖｌ２ＰＤＺ融合タンパクを生産し、ｐＧＥＸ  Ｅ．ｃｏｌｉ発現システムを用いて精製した。Ｄｖｌ２ＰＤＺドメインについては、完全長Ｄｖｌ２のアミノ酸２４８−３６４に亘るタンパク断片が生産された。
【０１９１】
アフィニティーアッセイ−Ｄｖｌ２ＰＤＺに対するペプチドの結合親和度を、前述［１２］のように、競合ＥＬＩＳＡを用いＩＣ５０値として定量した。ＩＣ５０値は、固定ペプチドに対する、ＰＤＺドメインの結合の５０％を阻止する、ペプチドの濃度と定義された。アッセイプレートは、ニュートロアビジンを塗布し、ＢＳＡでブロックしたＭａｘｉｓｏｒｐ免疫プレートの上に、アミノ末端ビオチニル化ペプチド（ＫＷＹＧＷＬ−ＣＯＯＨ）（配列番号１６９）を固定することによって調製した。一定濃度のＧＳＴ−ＰＤＺ融合タンパク（６００ｎＭ  ＰＢＳ液、０．５％ＢＳＡ、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０（ＰＢＴバッファー）を、あらかじめ１時間ペプチドの連続希釈液とインキュベートし、次いで、アッセイプレートに移した。１５分のインキュベーション後、プレートを、ＰＢＳ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０で洗浄し、ＰＢＴバッファーに溶解した、抗ＧＳＴ抗体（０．５μｇ／ｍｌ）および西洋ワサビペルオキシダーゼ／ウサギ抗マウスＩｇＧ抗体接合体（１：２０００希釈）とインキュベートし、再び洗浄し、ＴＭＢペルオキシダーゼ基質によって検出した。
【０１９２】
合成ペプチドの結合親和度はさらに、蛍光偏光アッセイによっても測定した。精製Ｄｖｌ２ＰＤＺドメインポリペプチド（１−１０μＭ）の連続希釈を、９６ウェル暗黒ＨＥ９６プレート（ＬＪＬ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．ＣＡ）において３０μｌ容量としたＰＢＳ、０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ１００において、１０ｎＭプローブペプチド（ＦＡＭ−ＫＷＹＧＷＬ−ＣＯＯＨ）（配列番号１６９）と、室温で１５分インキュベートした。偏光度計測は、Ａｎａｌｙｓｔプレートリーダー（ＬＪＬ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ，Ｉｎｃ．，Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ，ＣＡ）において実行した。このアッセイから、ＫａｌｅｉｄａＧｒａｐｈ（商標）との非直線性回帰適合によってＫｓ＝５３６ｎＭが得られた。１０ｎＭプローブおよび１μＭ  Ｄｖｌ２ＰＤＺを含む溶液に、遊離ペプチドの連続希釈（０−５００μＭ）を加えて競合実験を行った。偏光度を測定し、ＩＣ５０を前述のようにして得た。Ｋｉ値は、前述［１５］のようにして計算した。
【０１９３】
プルダウンアッセイ−ＧＳＴまたはＧＳＴ−ＤＶＬｐｅｐ融合タンパク（ペプチドＧＧＧＫＷＹＧＷＬ（配列番号１８２）に対し、そのＣ末端で融合させたＧＳＴ）を、標準プロトコールにしたがってグルタチオンセファロース−４Ｂに結合させ、結合タンパクを、標準として既知量のＢＳＡを用いてＳＤＳ−ＰＡＧＥによって定量した。タンパク（２−１０μｇ）を担持するビーズを、ＨＥＫ２９３Ｓ細胞抽出物と４℃で一晩インキュベートした。この細胞抽出物は、細胞をＳＪＣ分解バッファー中で分解することによって調製したものである。全体タンパク濃度を、ＢＣＡタンパクキット（Ｐｒｏｍｅｇａ；Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）によって定量し、１ｍｇ／ｍｌに正規化した。このビーズを、洗浄バッファー（ＰＢＳ、０．５％ＢＳＡ、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０）で１０回洗浄し、ＳＤＳサンプルバッファー中に再縣濁し、９０℃で１０分インキュベートし、上清に、ＳＤＳ−ＰＡＧＥを行った。結合タンパクを、抗Ｄｖｌ１および抗Ｄｖｌ３によってブロットし、Ｌｉ−ｃｏｒｅ（商標）によって分析した。
【０１９４】
細胞培養、トランスフェクション、およびペプチド処理：ＨＥＫ２９３およびＨ１７０３を、米国基準株保存機関の案内にしたがって継代した。ＨＥＫ２９３細胞に、メーカー（Ｒｏｃｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｏｉｃｈｅｍｉｃａｌｓ）の指示にしたがって、５０％の細胞集密度においてＦｕＧｅｎｅ６をトランスフェクトした。Ｈ１７０３細胞に、メーカーの指示にしたがって、５０％の細胞集密度においてＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅをトランスフェクトした。トランスフェクション後、細胞を、ペプチドを含む媒体（５μＭ−４０μＭ）で２４時間処理し、通例にならって、ペプチド処理の２４時間後に収集し、その後のアッセイに備えた。
【０１９５】
ＴＯＰＧＬＯＷアッセイ：細胞を、１２ウェルプレートにプレートした。ＴＯＰＧＬＯＷリポータープラスミドを、前述のように、細胞に一過性にトランスフェクトさせた。ｐＲＬリポーター（共トランスフェクトさせた内部コントロール）の、ルシフェラーゼ比活性に対して正規化された、ｐＴＯＰＧＬＯＷルシフェラーゼ活性によってＴＣＦ介在遺伝子転写を定量した。実験は全て二重に行った。
【０１９６】
ウェスタンブロット：収集した細胞は、ＳＪＣ分解バッファーにて分解し、上清にＳＤＳ−ＰＡＧＥを行ない、展開し、停止し、標準的ウェスタンブロットプロトコールにしたがって、適切な一次抗体によってブロットした。蛍光標識された二次抗体（Ａｌｅｘａヤギ抗マウスまたは抗ウサギ）を加え、結果を、Ｌｉ−ｃｏｒｅ（商標）によって分析した。
【０１９７】
細胞生存率アッセイ：細胞を、遮光９６ウェルプレートに三重に撒き、０日目、種々の用量のペプチドで処理し、５％ＣＯ２を含む高湿インキュベーターにて３７℃でインキュベートした。７２時間後、メーカーの指示にしたがってＡｌａｍａｒ  Ｂｌｕｅアッセイを行った。細胞増殖プロフィールのために、細胞を、遮光９６ウェルプレートに三重に撒き、０日目、１０μＭペプチドまたはＤＭＳＯで処理し、２４、４８、および７２時間後に、細胞生存率をＡｌａｍａｒ  Ｂｌｕｅアッセイによって測定した。
【０１９８】
（結果）
Ｄｖｌ２ＰＤＺ−に対する結合について選択されたペプチド  前述［１２］のようにして、ファージディスプレイ・ペプチドライブラリーを用いてＤｖｌ２ＰＤＺに結合するリガンドを選別した。我々は、ファージコートタンパクのＣ−末端またはＮ−末端に融合させたデカペプチドライブラリーを用いた。ライブラリーは、２０種全てのアミノ酸をコードするＮＮＫ縮重コドンを含んでいた。さらに、縮重コドンにおいてアンバー終結コドンが出現する可能があるが、その出現が、Ｃ末端ライブラリーにおいて比較的短いペプチドのディスプレイをもたらす。各ライブラリーは、捕捉標的として固定したＧＳＴ−Ｄｖｌ２ＰＤＺ融合タンパクを用い４ラウンドの結合選別をサイクル経過させた。
【０１９９】
Ｃ−末端ライブラリーから得られた９０クローンの配列を決定したところ、独特の結合モチーフが明らかにされた（図１Ａ）。この結合モチーフは、高度に保存された、−２位置にＧｌｙ、−１位置にＴｒｐ／Ｔｙｒ、０位置にＰｈｅ／Ｌｅｕ、および−３位置に疎水性または芳香族残基を含む。興味深いことに、この結合モチーフは、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓのオーソロガスｄｉｓｈｅｖｅｌｅｄタンパクの中に保存されている（データ示さず）。
【０２００】
Ｎ−末端ライブラリーから得られた１２７クローンの配列を決定したところ、４種類の内部結合モチーフが明らかにされた（図１Ｂ）。ＩおよびＩＩ型モチーフは、Ｃ−末端ライブラリーから得られたものと同様である。本明細書における参照の都合のために、我々は、この共通配列に対し、同じ、番号位置決めシステムを表示した。すなわち、Ｉ型およびＩＩ型のコア配列は、Ｔｙｒ−３Ｇｌｙ−２Ｔｒｐ−１［Ｉｌｅ／Ｖａｌ］０である（図１Ｂ）。この二つのモチーフは、位置０に続く残基において異なる。Ｉ型では、トリ−グリシンリンカーが、必ず、Ｉｌｅ／Ｖａｌ０に続くが、一方、ＩＩ型は、位置１には高度に保存されるＡｓｐを有し、それに続いてトリ−グリシンリンカーが来る。さらに、Ｉ型は、−４位置では、Ａｓｐに対しＩＩ型よりもやや大きな嗜好性を有する。
【０２０１】
ＩＩＩ型およびＩＶ型モチーフは、全く異なる結合パターンを示す。これら二つのタイプは、コアのＷＸＤＸＰモチーフを共有するが、大きな違いは、Ｘ、および側接位置に見られる。前述と同じ番号位置決めシステムを用い、我々は、コア位置をＴｒｐ−１Ｘ０Ａｓｐ１Ｘ２Ｐ３と表示する。ＩＩＩ型モチーフは、位置０ではＳｅｒ／Ｔｈｒを、位置２ではＩｌｅ／Ｐｈｅ／Ｌｅｕを、位置―２ではＬｅｕを、位置−３では多くの場合Ｌｅｕ／Ｖａｌを好むが、一方、ＩＶ型モチーフは、位置０ではＩｌｅ／Ｖａｌを、位置２ではＧｌｙを、位置―２ではプロミスカス（アミノ酸の変異体）、位置−３では多くの場合Ｇｌｕを好む。両タイプにおいて位置３でもっとも保存されるＰｒｏは、リガンドおよびＤｖｌ  ＰＤＺドメイン間の、このような相互作用のためには、構造的ペプチドが必要とされることを示す。Ｔｒｐは、全てのタイプのＤｖｌ  ＰＤＺリガンドにおいて保存される。これは、Ｔｒｐが、リガンド結合のための固着点の役割を担うことを示唆する。高度に保存されるＡｓｐ１は、ＰＤＺドメインと、遊離カルボキシル基との間の標準的相互作用を模倣するものと考えられる。ＩＩＩ型モチーフとＩＶ型モチーフの間に見られる、位置−３、−２、０、および／または２における差は、これらの位置の結合配位が、これらのリガンドの異なる特異性と関連することを示唆する。
【０２０２】
合成ペプチドによるアフィニティーアッセイ  優性選択配列（ＫＷＹＧＷＬＣＯＯＨ（Ｄ１））（配列番号１６９）に一致するペプチド、および単一突然変異を持つその誘導体、および、Ｎ−末端伸長体（Ｄ２−４）を合成し、Ｄｖｌ２ＰＤＺに対する結合に関して定量した（表Ｉ）。ペプチドＤ１は、高い親和度（ＩＣ５０＝１．３μＭ）の下に結合したが、一方、０位置においてＬｅｕをＰｈｅで置換させたペプチド（Ｄ２）は、ほぼ同様の親和度（ＩＣ５０＝０．９３μＭ）において結合した。さらに、リガンドの上流位置における、疎水性または芳香族残基、特に、Ｔｒｐは、−６位置においてＴｒｐ伸長を持つペプチド（Ｄ３およびＤ４）に見られるように、結合親和度を顕著に増すことが可能であった。これらのペプチドの結合親和度は、最大１０倍まで強化された。Ｗｏｎｇらは、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ内部ペプチドリガンドと、ＤｖｌＰＤＺとの間の結合親和度は９．５μＭであること、および、この相互作用は、Ｗｎｔシグナル伝達において重要な役割を果たすことを報告している［３］。我々のファージ由来ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドは、ＤｖｌＰＤＺに対し、生得の相互作用に比べ、最大１００倍高い親和度の下に結合する、したがって、Ｗｎｔシグナル伝達経路に対する拮抗剤の可能性を有する。
【０２０３】
表Ｉ．Ｄｖｌ２ＰＤＺに対する合成ペプチド結合のＩＣ５０値
ＩＣ５０値は、競合ＥＬＩＳＡにおいて、固定される高親和性ペプチドリガンドに対するＤｖｌＰＤＺ結合の５０％を阻止する、ペプチドの平均濃度と定義される。ペプチドシリーズのＮ−末端はアセチル化された。
【０２０４】
【表１】
2009533465.tif 000024
［ＹＬＦＩ］Ｇ［ＷＭＦＹ］［ＦＬ］ＣＯＯＨの共通モチーフによるデータベース探索から、我々は、Ｄｖｌに対する、可能な天然リガンドを特定した。すなわち、ＹＡＫＧＦＧＭＬＣＯＯＨ（配列番号１７０）のＣ−末端配列を含む、ヒトのユビキチンタンパクリガーゼＥ３Ａ（ＵＢＥ３Ａ）である。この配列に一致する６ペプチド（ＫＧＦＧＭＬＣＯＯＨ）（配列番号１８３）を合成し（Ｄ５）、親和度を定量した。このペプチドのＤｖｌ２ＰＤＺに対する結合親和度は、Ｄ１またはＤ２に比べてはるかに弱く（ＩＣ５０＝２４２μＭ）、これは、−１位置におけるＴｒｐが、緊密な結合においてエネルギー的に重要であることを示す。とはいうものの、ＭａｇｉＰＤＺ２−ＰＴＰＮ相互作用に関する以前の研究に基づくと、２００μＭにおけるタンパク−リガンド相互作用でも生物学的に関係性があると考えられるので、ＵＢＥ３ＡとＤｖｌとの間にも弱い相互作用のあることが可能である。
【０２０５】
蛍光偏光アッセイを用いて、ＤｖｌＰＤＺに対する、二つの内部ペプチドリガンドＮ２およびＮ３の親和度を測定した。表ＩＩ参照。この方法によって測定されたＤ１のＫｉ値は７２５ｎＭであるが、これは、競合ＥＬＩＳＡによって測定したＩＣ５０値と一致する（表Ｉ）。Ｎ２とＤ１のモチーフは極めて近似するので、ＤｖｌＰＤＺに対するＮ２の親和度もＤ１と近似するが（Ｋｉ＝１．２μＭ）、一方、Ｎ３は、Ｄ１およびＮ２とははっきりと異なる結合モチーフを持ち、かつ、Ｎ３の親和度（Ｋｉ＝４．６μＭ）は、Ｄ１のものよりも６倍低い。これは、ＤｖｌＰＤＺドメインとＮ３リガンドの間の結合パターンが、Ｄ１またはＮ２のものとは異なることを示す。
【０２０６】
表ＩＩ．合成ペプチドのＤｖｌ２ＰＤＺ（それぞれ現れる順に、配列番号１６９、１８０および１７１）に対する結合に関して蛍光偏光アッセイによって測定したＫｉ値。Ｋｉ値は、「材料および方法」において記載したように測定し、計算した。ペプチドシリーズのＮ−末端はアセチル化された。Ｎ２およびＮ３のＣ−末端はアミド化された。
【０２０７】
【表２】
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ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドは、３種全ての内因性Ｄｖｌと相互作用を持つ  ３種のＤｉｓｈｅｖｅｌｅｄタンパク（Ｄｖｌ１、Ｄｖｌ２、およびＤｖｌ３）をコードする、３種のヒト遺伝子がある。これらのタンパク間に見られる全体相同性は約６０％である。特に、三つのＤｖｌタンパクのＰＤＺドメインは、互いに極めて相同である（＞８５％）（図２Ａ）。したがって、ペプチドＤ１は、Ｄｖｌ２ＰＤＺに対する、ファージ由来のリガンドではあるが、我々は、これは、他の二つのＤｖｌ  ＰＤＺドメインにも結合する可能性が高いと考えた。Ｄ１が、インビボで、三つ全ての内因性Ｄｖｌタンパクに結合することが可能であることを確かめるために、ＧＳＴのＣ−末端を、３Ｇｌｙ連結によってＤ１配列に融合させたＧＳＴ融合構築体（ＧＳＴ−Ｄｖｌｐｅｐ）を構築し、グルタチオンセファロース４Ｂに接合させた。ＨＥＫ２９３の細胞分解物は、ＧＳＴ単独、または、ＧＳＴ−Ｄｖｌｐｅｐ接合ビーズのいずれかによってプルダウンされた。予想通り、三つ全ての内因性Ｄｖｌが、ＨＥＫ２９３の未精製細胞分解物の中に検出され、ＧＳＴ−Ｄｖｌｐｅｐによってプルダウンされた（図２Ｂ）。
【０２０８】
ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドによる、標準Ｗｎｔ経路の抑制  Ｗｎｔシグナル伝達に反応する細胞に対する、ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドの作用を調べるために、我々は、ＤｖｌＰＤＺに対する細胞進入性ペプチドリガンドを合成した。リガンドは、下記：
（ｉ）Ａｃ−ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＫＷＹＧＷＬ（ＤＶＬｐ＿Ｃ）（配列番号１７３），
（ｉｉ）Ａｃ−ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＧＷＫＤＹＧＷＩＤＧ（ＤＶＬｐ＿Ｎ２）（配列番号１７４），
（ｉｉｉ）Ａｃ−ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＫＧＥＩＶＬＷＳＤＩＰＧ（ＤＶＬｐ＿Ｎ３）（配列番号１７５），
（ｉｖ）Ａｃ−ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫＧＳＧＮＥＶＷＩＤＧＰＧ（ＤＶＬｐ＿Ｎ４）（配列番号１７６）；および、
（ｖ）Ａｃ−ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫ（ＰＥＮ）（配列番号１７２）――細胞進入性配列のみの陰性コントロールペプチド
の配列を有する。
【０２０９】
我々は、標準的ＴｏｐＧｌｏｗアッセイを用いてこの作用を調べた。ＨＥＫ２９３細胞に、ＴｏｐＧｌｏｗ遺伝子をトランスフェクトし、トランスフェクションの２４時間後、種々の用量のペプチドＤＶＬｐ＿Ｃ、ＤＶＬｐ＿Ｎ２、ＤＶＬｐ＿Ｎ３、ＤＶＬｐ＿Ｎ４、またはＰＥＮ（媒体において５−２０μＭ）で処理した。最大２０μＭまでの濃度において、４種のＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドの内２種、ＤＶＬｐ＿ＣおよびＤＶＬｐ＿Ｎ３が、Ｗｎｔ３ａ−刺激転写活性を有意に抑制し（図３Ａ）、その抑制作用は、用量依存
性であった（図３Ｂおよび３Ｃ）。特に、ＤＶＬｐ＿Ｎ３は、Ｗｎｔ３ａ刺激転写活性を最大８０％まで抑制することができたが、一方、ＤＶＬｐ＿Ｃは、約５０％の抑制を実現した。ＰＥＮ処理細胞は、抑制作用を示さなかった。図３を参照されたい。我々はさらに、ＤＭＳＯ、ＤＶＬｐ＿Ｃ、ＤＶＬｐ＿Ｎ３、またはＰＥＮによる処理について、全体細胞分解物におけるβカテニンレベルを比較し、ＤＶＬｐ＿ＣおよびＤＶＬｐ＿Ｎ３処理細胞は、ＤＭＳＯおよびＰＥＮ処理細胞に比べ、Ｗｎｔ３ａ刺激に対するβカテニンレベルが有意に低いことを見出した。図３Ｄおよび３Ｅを参照されたい。ＤｖｌＰＤＺリガンドペプチド処理による、Ｗｎｔ刺激性βカテニンシグナル伝達の抑制、および、βカテニンタンパクレベルのＷｎｔ刺激性増加の低下は、ＤｖｌＰＤＺドメインが、標準的Ｗｎｔ／βカテニンシグナル伝達経路に関与する相互作用に深く関わることを示唆する。なぜなら、該シグナル伝達経路に対し、例えば、ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンド、ＤＶＬｐ＿ＣおよびＤＶＬｐ＿Ｎ３は、拮抗作用を及ぼすことが可能だからである。
【０２１０】
ＤｖｌＰＤＺのペプチドリガンドは、癌細胞の増殖を抑える。非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）の腫瘍サンプルにおける（８個の内６個）Ｄｖｌ３の過剰発現が報告されている［７］。ｓｉＲＮＡによるＤｖｌ３の抑制は、Ｗｎｔ刺激によるβカテニンシグナル伝達を阻止し、ＮＳＣＬＣ細胞系統ＮＣＩ−Ｈ１７０３の増殖を抑えることが示された［７］。ＮＳＣＬＣ細胞系統に対するＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドの作用を評価するために、ＮＣＩ−Ｈ１７０３をＤＶＬｐ＿Ｃで処理し、Ｗｎｔ−刺激性βカテニンシグナル伝達をＴｏｐＧｌｏｗアッセイで測定した。ＨＥＫ２９３Ｓ細胞同様、ＮＣＩ−Ｈ１７０３のＴｃｆ刺激性転写活性も、ＤＶＬｐ＿Ｃ処理によって著明に抑制された（図４）。ＮＳＣＬＣ細胞の増殖に対する、ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドの作用を調べるために、我々は、ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞を、ＤＶＬｐ＿ＣまたはＰＥＮによって、０日目、０、２．５μＭ、５μＭ、１０μＭ、および２０μＭの用量で７２時間インキュベートし、細胞の生存率を、前述のようにＡｌａｍａｒブルーによって評価した。Ｗｎｔ３ａ刺激の無い場合、ＤＶＬｐ＿Ｃ処理細胞は、１０μＭを超えるペプチド用量で、ＰＥＮ−処理細胞よりもはるかに低い生存率を示したが、Ｗｎｔ３ａ刺激下では、ＤＶＬｐ＿Ｃ処理細胞の、ＰＥＮ処理細胞よりも低い生存率は、５μＭのペプチド用量で観察することができた（図５Ａ）。さらに、図５Ｂに示すように、ＤＶＬｐ＿Ｃ処理ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞の細胞増殖は、ＤＭＳＯまたはＰＥＮ処理細胞のものよりもはるかに低かった。これらの結果は、本明細書に記載される、高親和性ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドは、ＮＳＣＬＣ細胞などの腫瘍細胞の増殖を効果的に抑制することを示した。
【０２１１】
（結論）
ファージから得られたＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドは、インビトロにおいてＤｖｌ２ＰＤＺに対し高い親和度を示し、その親和度は、Ｄｖｌ  ＰＤＺドメインと、その天然リガンド、ＦｒｉｚｚｌｅｄのＣ−末端領域の内部配列との間の、報告される結合親和度［３］よりも約１００倍も高かった。本明細書に報告されるデータは、二つの細胞浸透性ＤＶｌＰＤＺペプチドリガンド（ＤＶＬｐ＿ＣおよびＤＶＬｐ＿Ｎ３）が、ＨＥＫ２９３Ｓにおいて、かつ、一つ（ＤＶＬｐ＿Ｃ）は、ＮＣＩ−Ｈ１７０３においても、Ｗｎｔ−刺激β−カテニンシグナル伝達を阻止することを示す。特に、ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドＤＶＬｐ＿Ｃによる、非小細胞肺癌細胞系統ＮＣＩ−Ｈ１７０３の、Ｗｎｔ−刺激β−カテニンシグナル伝達の阻止は、細胞増殖を効果的に抑制した。本明細書に記載される、ファージ誘導ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンドは、癌治療のための、低分子リードとなり得、さらに、診断および治療に用いられる、さらに新たなＤｖｌ  ＰＤＺ修飾因子の特定に使用することが可能である。
【０２１２】
（引用文献一覧）
【０２１３】
【数１】
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【０２１４】
【数２】
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【図面の簡単な説明】
【０２１５】
【図１】ファージディスプレイライブラリーから選別されたＤｖｌ  ＰＤＺ結合ペプチド（それぞれ現れる順に、配列番号５〜１６６）。これらの配列は、ｐ８ファージコートタンパクのＣ−末端（Ａ）または（Ｂ）Ｎ−末端に対して融合させたライブラリーから選別された。ペプチドリガンドにおける位置は、Ｃ−末端側からＮ−末端側へ、０、−１などと表示される。
【図２】図２Ａ。ヒトのＤｖｌ−１、−２、および−３のＰＤＺドメインの配列整列（それぞれ現れる順に、配列番号１〜４）。同一塩基は暗黒陰影で強調し、類似塩基は灰色陰影で強調した。  図２Ｂ。Ｄｖｌ  ＰＤＺペプチドリガンドは、三つ全ての内因性Ｄｖｌ（すなわち、１、２、３）をプルダウンすることが可能である。  ＨＥＫ２９３Ｓ細胞の細胞分解物を調製し、全体タンパク濃度を、１ｍｇ／ｍｌに正規化した。ＧＳＴまたはＧＳＴ−ＤＶＬｐｅｐ融合タンパクをグルタチオンセファローズ４Ｂに結合させた。タンパクを担持する（２−１０μｇ）ビーズを、ＨＥＫ２９３Ｓ細胞の細胞抽出物と４℃で一晩インキュベートした。このビーズを、洗浄バッファー（ＰＢＳ、０．５％ＢＳＡ、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０）で１０回洗浄し、ＳＤＳサンプルバッファーに再縣濁し、９０℃で１０分インキュベートし、上清にＳＤＳ−ＰＡＧＥを行った。さらに、未精製細胞抽出物にも、同じＳＤＳ−ＰＡＧＥを行った。Ｄｖｌタンパクを、抗Ｄｖｌ１、抗Ｄｖｌ２、および抗Ｄｖｌ３でブロットした。
【図３Ａ】ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンド、ＤＶＬｐ＿ＣおよびＤｖｌｐ＿Ｎ３は、ＨＥＫ２９３Ｓ細胞のβカテニンシグナル伝達におけるＷｎｔ刺激による上昇を有意に阻止した。  ＨＥＫ２９３Ｓ細胞に、ｐＲＬリポーターと結合させたリポータープラスミドｐＴＯＰＧＬＯＷをトランスフェクトした。細胞抽出物を調製し、ルシフェラーゼ活性を測定した。ルシフェラーゼの相対単位（ＲＬＵ）は、ＴｏｐＧｌｏｗルシフェラーゼ活性を、Ｒｅｎｉｌａルシフェラーゼ活性で割った商である。活性倍数は、Ｗｎｔ３ａ刺激細胞と、非刺激細胞との間のＲＬＵ比である。細胞は、１０μＭ（明色バー）、または２０μＭ（暗色バー）のペプチドリガンドによって処理した。
【図３Ｂ】ＨＥＫ２９３Ｓ細胞におけるβカテニンシグナル伝達のＷｎｔ刺激上昇の、Ｄｖｌｐ＿Ｃによる抑制は、用量依存性であった。
【図３Ｃ】ＨＥＫ２９３Ｓ細胞におけるβカテニンシグナル伝達のＷｎｔ刺激上昇の、Ｄｖｌｐ＿Ｎ３による抑制は、用量依存性であった。  図３Ｂおよび３Ｃのデータは、二つの独立実験の測定によって得られた。
【図３Ｄ】ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンド、ＤＶＬｐ＿Ｃは、Ｗｎｔ刺激によるβカテニンタンパンクレベルの増加を抑えた。
【図３Ｅ】ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンド、Ｄｖｌｐ＿Ｎ３は、Ｗｎｔ刺激によるβカテニンタンパンクレベルの増加を抑えた。  図３Ｄおよび３Ｅのデータのために、ＨＥＫ２９３Ｓ細胞を、２０μＭのＤＶＬｐおよびＰＥＮによって２４時間処理した。細胞分解物を調製し、これにＳＤＳ−ＰＡＧＥを行った。βカテニンを、ポリクロナール抗βカテニン（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｓｃｉｓｃｏ）によってブロットした。
【図４】ＤｖｌＰＤＺペプチドリガンド、ＤＶＬｐ＿Ｃは、ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞において、Ｗｎｔ刺激によるβカテニンシグナル伝達の増加を阻止した。  ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞に、ｐＲＬリポーターと結合させたリポータープラスミドｐＴＯＰＧＬＯＷをトランスフェクトした。細胞抽出物を調製し、ルシフェラーゼ活性を測定した。ルシフェラーゼ相対単位は、ＴｏｐＧｌｏｗルシフェラーゼ活性を、Ｒｅｎｉｌａルシフェラーゼ活性で割った商である。活性倍数は、Ｗｎｔ３ａ刺激細胞と、非刺激細胞との間のＲＬＵ比である。
【図５Ａ】Ｄｖｌ  ＰＤＺリガンド処理は、ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞の生存率を下げた。細胞を、三重標本として、遮光９６ウェルプレートに撒き、０日目に、種々の用量のペプチドで処理し、５％ＣＯ２含有高湿インキュベーターにて３７℃でインキュベートした。７２時間後、Ａｌａｍａｒブルーアッセイを実行した。
【図５Ｂ】Ｄｖｌ  ＰＤＺリガンド処理は、ＮＣＩ−Ｈ１７０３細胞の細胞増殖を抑制する。細胞を、三重標本として、遮光９６ウェルプレートに撒き、０日目に、１０μＭのペプチドまたはＤＭＳＯで処理し、２４、４８、および７２時間後、細胞生存率を、Ａｌａｍａｒブルーアッセイによって測定した。
【国際調査報告】
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