(57)【要約】  本発明は、ＡＢＣＢ１の多型バリアントをスクリーニングするための方法及び物質、並びにこれらに基づいて薬物誘導性心調律異常の感受性の変更を診断するための方法及び物質を提供する。これらの方法により、ＡＢＣＢ１によりコード化されるタンパク質を結合する薬物及び／又は心調律異常を誘導する薬物（例えば、抗癌薬物ＦＫ２２８）を用いる、より望ましい処置レジメンが可能となる。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
薬物誘導性心調律異常の感受性の変更をスクリーニングする方法であって、該方法は、以下：
（ａ）被検体からの試料を、ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出するためにスクリーニングする工程であって、該多型バリアントが、該ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質を結合する薬物により誘導される心調律異常の感受性の変更に関連し、該多型が、配列番号１の位置４９,９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型；又はそれらの組合せを含む、工程；並びに
（ｂ）該薬物により誘導されるものとしての該心調律異常に関して、該被験体の感受性の変更を、該ＡＢＣＢ１遺伝子の多型バリアントの存在又は不存在に基づき診断する工程
を包含する、方法。
【請求項２】
薬物が抗癌剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
薬物が、ＦＫ２２８、そのプロドラッグ、その塩又はそれらの組合せである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
薬物が、ＦＲ９０１２２８、そのプロドラッグ、その塩又はそれらの組合せである、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
多型バリアントが、ＡＢＣＢ１遺伝子の発現の増加又は減少に関連している、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
多型バリアントが、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質の活性の増加又は減少に関連している、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
多型バリアントが、薬物誘導性心調律異常の感受性の増加に関連する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
多型バリアントが、薬物誘導性心調律異常の感受性の減少に関連する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
診断に基づく処置レジメンを処方する工程を更に包含する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
処置レジメンが、薬物の投薬量を、心調律異常の感受性の減少に関連する多型バリアントの存在下で増加させる工程を包含する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
処置レジメンが、薬物の投薬量を、心調律異常の感受性の減少に関連する多型バリアントの不存在下で減少させる工程を包含する、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
薬物が投与されない、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
異なる薬物が投与される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
薬物が、ＡＢＣＢ１遺伝子により発現されるタンパク質を結合しない、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
処置レジメンが、心臓モニタリングの増強を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
第二の更なる薬物が投与される、請求項９に記載の方法。
【請求項１７】
第二の薬物が、心調律異常を寛解する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
被検体が、以前に心調律異常を経験したことがある、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
心調律異常が、心臓不整脈である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
心調律異常が、無症状律動異常及び心室性不整脈からなる群より選択される少なくとも一のメンバーを含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
心調律異常の特徴が、ＳＴ／Ｔ波平坦化、トルサード・ド・ポワント、及びＱＴ間隔延長のうちの少なくとも一にある、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
試料が、血液を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
多型バリアントが、一塩基多型（ＳＮＰ）である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
多型バリアントが、遺伝子の単一の染色体コピーに存在し、かつ、ヘテロ接合性が、心調律異常の感受性の変更に関連する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
二以上の多型の多型バリアントのヘテロ接合性が、心調律異常の感受性の変更に関連する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
多型バリアントが、遺伝子の両染色体コピーに存在し、該多型バリアントのホモ接合性が検出された場合に該多型バリアントホモ接合性が該心調律異常の感受性の変更に関連する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
二以上の多型の多型バリアントのホモ接合性が、心調律異常の感受性の変更に関連する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
試料が、（ａ）ＡＢＣＢ１をコード化する核酸、（ｂ）少なくとも２０の（ａ）の近接ヌクレオチドを含む（ａ）の断片であって、該２０の近接ヌクレオチドが多型を含む、断片、（ｃ）（ａ）又は（ｂ）の相補体、並びに（ｄ）（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）のうち二以上の組合せからなる群より選択される核酸を含有する、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
ＡＢＣＢ１をコード化する核酸が、配列番号１、２又はそれらの組合せを含む、請求項２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
多型が、配列番号１の位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型；又はそれらの組合せである、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
多型が、配列番号１の位置４９，９１０；又は配列番号２の１２３６における多型、又はそれらの組合せである、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
核酸が、配列番号３、９の配列又はそれらの組合せを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
多型が、配列番号１の位置６８，８９４、又は配列番号２の２６７７における多型、又はそれらの組合せである、請求項２８に記載の方法。
【請求項３４】
核酸が、配列番号４、１０の配列又はそれらの組合せを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
多型が、配列番号１の位置９０，８７１、配列番号２の３４３５における多型、又はそれらの組合せである、請求項２８に記載の方法。
【請求項３６】
核酸が、配列番号５、１１の配列又はそれらの組合せを含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
核酸が、第一及び第二の多型を含み、該第一の多型が、配列番号１の位置４９，９１０；又は配列番号２の１２３６における多型、又はそれらの組合せであり、該第二の多型が、配列番号１の位置６８，８９４、又は配列番号２の２６７７における多型、又はそれらの組合せである、請求項２８に記載の方法。
【請求項３８】
核酸が、配列番号６、１２の配列又はそれらの組合せを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
核酸が、第一及び第二の多型を含み、該第一の多型が、配列番号１の位置６８，８９４、配列番号２の２６７７における多型、又はそれらの組合せであり、該第二の多型が、配列番号１の位置９０，８７１、配列番号２の３４３５における多型、又はそれらの組合せである、請求項２８に記載の方法。
【請求項４０】
核酸が、配列番号７、１３の配列又はそれらの組合せを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
核酸が、第一、第二及び第三の多型を含み、該第一の多型が、配列番号１の位置４９，９１０；又は配列番号２の１２３６における多型、又はそれらの組合せであり、該第二の多型が、配列番号１の位置６８，８９４、又は配列番号２の２６７７における多型、又はそれらの組合せであり、かつ該第三の多型が、配列番号１の位置９０，８７１、配列番号２の３４３５における多型、又はそれらの組合せである、請求項２８に記載の方法。
【請求項４２】
核酸が、配列番号８、１４の配列又はそれらの組合せを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】
多型バリアントが、少なくとも一の多型でチミンである、請求項２８〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４４】
多型が、配列番号１の位置６８，８９４、又は配列番号２の２６７７における多型、又はそれらの組合せを含み、かつ、被検体が当該位置でチミンに関してホモ接合性である、請求項２８〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４５】
多型が、第一、第二及び第三の多型を含み、該第一の多型が、配列番号１の位置６８，８９４、配列番号２の２６７７における多型、又はそれらの組合せであり、該第二の多型が２６７７であり、かつ、第三の多型が、配列番号１の位置９０，８７１、配列番号２の３４３５における多型、又はそれらの組合せであり、かつ被検体が、両位置でチミンに関してホモ接合性である、請求項２８〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
試料が、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、それらの断片、又はそれらの組合せを含有する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４７】
試料が、核酸アレイを用いてスクリーニングされる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４８】
試料が、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーションを用いてスクリーニングされる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４９】
試料が、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ解析を用いてスクリーニングされる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５０】
試料が、ＰＣＲを用いてスクリーニングされる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５１】
試料が、一本鎖高次構造多型バリアント（ＳＳＣＰ）技術を用いてスクリーニングされる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５２】
試料が、増幅不応性変異システム（ＡＲＭＳ）技術を用いてスクリーニングされる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
試料が、ヌクレオチド配列決定を用いてスクリーニングされる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
試料が、多型バリアント含有遺伝子によりコード化されるポリペプチドに特異的な抗体を用いてスクリーニングされる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５５】
試料が、質量分析法を用いてスクリーニングされる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
（ａ）ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出するために、被検体からの試料をスクリーニングする際に用いる核酸であって、該多型バリアントが、該ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質を結合する薬物により誘導される心調律異常の感受性の変更に関連し、該多型が、配列番号１の位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型、又はそれらの組合せを含み、該核酸が、該少なくとも一の多型を含むＡＢＣＢ１配列又は該少なくとも一の多型を含むＡＢＣＢ１配列に隣接する配列に特異的に結合する、核酸、
（ｂ）ＡＢＣＢ１によりコード化されるタンパク質を結合する薬物、
を含むキット。
【請求項５７】
薬物が、ＦＫ２２８である、請求項５６に記載のキット。
【請求項５８】
薬物が、ＦＲ９０１２２８である、請求項５７に記載のキット。
【請求項５９】
核酸が、配列番号２５〜３６のいずれか１つのヌクレオチド配列又はそれらの相補体又はそれらの組合せを含む、請求項５６〜５８のいずれか１項に記載のキット。
【請求項６０】
ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在がスクリーニングされた被検体を処置するための医薬を製造するための該ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質を結合する薬物の使用であって、該多型バリアントが、該薬物により誘導される心調律異常の感受性の変更に関連し、該多型が、配列番号１の位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型、又はそれらの組合せを含む、使用。
【請求項６１】
ＦＫ２２８−誘導性ＱＴｃ間隔延長の感受性の減少のスクリーニングの方法であって、該方法は、以下：
（ａ）ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出するために被検体からの試料をスクリーニングする工程であって、該多型バリアントが、ＦＫ２２８により誘導されるＱＴｃ間隔延長の感受性の減少に関連し、該多型バリアントが、配列番号２の位置２６７７にチミンを含むか、又は配列番号２の位置３４３５にチミンを含むか、又はそれらの組合せでチミンを含み；かつ
（ｂ）該被験体の、ＦＫ２２８により誘導される場合のＱＴｃ間隔延長の感受性の減少を、該ＡＢＣＢ１遺伝子の多型バリアントの存在又は不存在下に基づいて、診断する工程
を包含する、方法。
【請求項６２】
薬物誘導性心調律異常の感受性の変更をスクリーニングする方法であって、該方法は、以下：
（ａ）ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出するために被検体からの試料をスクリーニングする工程であって、該多型バリアントが、該ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質を結合する薬物により誘導される心調律異常の感受性の変更に関連し、該多型が、ｒｓ１１２８５０３、ｒｓ２０３２５８２、ｒｓ１０４５６４２として同定される多型又はそれらの組合せを含む、工程；及び
（ｂ）該薬物により誘導される場合の該被験体の該心調律異常の感受性の変更を、該ＡＢＣＢ１遺伝子の多型バリアントの存在又は不存在に基づいて診断する工程
を包含する、方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
ヒトの苦しみを寛解するのにとても大きな利益を有する薬物には、不幸にも所望でない、危険な可能性のある副作用もまた存在し得る。例えば、抗癌剤であるＦＫ２２８（ロミデプシン（ｒｏｍｉｄｅｐｓｉｎ））での処置は、前臨床モデルにおいて心毒性（ＳＴ／Ｔ波平坦化及び無症状律動異常が挙げられる）、及び可逆性のＥＣＧ変化と関係がある。他の薬物もまた、心臓に対し負の副作用を有する。薬物が有する副作用は、個人個人で変動し得、問題を複雑にしている。薬物が所定の個人にどのように影響するかを同定する方法が、調査され続けてきたし、そしてこれからも調査され続け、そして一度同定がされた場合には、その個人を処置する方法が、調査される。従って、心臓に対する薬物誘導性作用に関する、個人の感受性を同定するための物質及び方法並びに関連する処置の手段が必要とされている。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００２】
（発明の要旨）
本発明は、ＡＢＣＢ１遺伝子の多型バリアントのスクリーニングのための、及びこれに基づく薬物誘導性心調律異常の感受性の変更の診断のための、方法及び物質を提供する。一局面では、薬物誘導性心調律異常の感受性の変更のスクリーニングの方法が提供される。被験体からの試料は、ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出するためにスクリーニングされ、ここで、上記多型バリアントは、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質を結合する薬物により誘導される心調律異常の感受性の変更に関連する。薬物により誘導される心調律異常の、被検体の感受性の変更の診断は、ＡＢＣＢ１遺伝子の多型バリアントの存在又は不存在に基いてなされる。一局面では、多型は、ｒｓ１１２８５０３、ｒｓ２０３２５８２、ｒｓ１０４５６４２として同定される多型又はそれらの組合せを含む。一局面では、多型は、配列番号１の位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型；又はそれらの組合せを含む。別の局面では、デプシペプチド（例えば、ＦＫ２２８、−誘導性ＱＴ間隔延長）の感受性の減少をスクリーニングする方法が提供される。被検体からの試料は、ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出するためにスクリーニングされ、ここで、上記多型バリアントは、デプシペプチドにより誘導されるＱＴ間隔延長の感受性の減少に関連し、上記多型バリアントは、配列番号２の位置２６７７にチミンを含み、又は配列番号２の位置３４３５にチミンを含み、又はそれらの組合せを含む。ＦＫ２２８により誘導される場合、被験体のＱＴ間隔延長の感受性の減少の診断は、ＡＢＣＢ１遺伝子の多型バリアントの存在又は不存在に基いて行われる。
【０００３】
本方法に適合性のキットもまた提供される。一局面では、核酸及びＡＢＣＢ１によりコード化されるタンパク質を結合する薬物を含むキットが提供される。核酸は、被検体からの試料を、ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出するためにスクリーニングするのに使用するためのものであり、ここで、上記多型バリアントは、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質を結合する薬物により誘導される心調律異常の感受性の変更に関連し、上記核酸は、少なくとも一の多型を含むＡＢＣＢ１配列又は少なくとも一の多型を含むＡＢＣＢ１配列に隣接する配列に特異的に結合する。一局面では、多型は、配列番号１の位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型；又はそれらの組合せを含む。別の局面では、上記薬物は、ＦＫ２２８である。
【０００４】
医薬を製造するための薬物(例えば、ＦＫ２２８)の使用もまた提供される。一局面では、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質を結合する薬物が、ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在に関してスクリーニングされた被検体を処置する医薬を製造するために使用され、ここで、上記多型バリアントは、薬物により誘導される心調律異常の感受性の変更に関連する。別の局面では、多型は、配列番号１の位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型；又はそれらの組合せを含む。
【発明を実施するための最良の形態】
【０００５】
（発明の詳細な説明）
薬物誘導性心調律異常の感受性の変更のスクリーニングの方法が提供される。上記方法は、ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出するために、被検体からの試料をスクリーニングする工程を包含し、ここで、上記多型バリアントは、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質を結合する薬物により誘導される心調律異常の感受性の変更に関連し、上記多型は、配列番号１の位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型；又はそれらの組合せを含む。それらの多型はまた、それぞれｒｓ１１２８５０３、ｒｓ２０３２５８２及びｒｓ１０４５６４２として同定される。上記方法は更に、ＡＢＣＢ１遺伝子の多型バリアントの存在又は不存在に基いて、薬物により誘導される心調律異常の被検体の感受性の変更を診断する工程を包含する。このようなバリアントを検出するには、染色体ＤＮＡ又は実際の遺伝子を検出する必要はない。検出は、このようなバリアントの任意の指標（例えば、ゲノム、そのゲノム断片、ｍＲＮＡ、そのｍＲＮＡ断片、ｃＤＮＡ、そのｃＤＮＡ断片、コード化されるポリペプチド、そのポリペプチド断片のうち、何れか一つ又はそれらの組合せの何れか）でなされ得る。一実施形態では、多型バリアントは、ＡＢＣＢ１の発現の増加又は減少に関連する。一実施形態では、多型バリアントは、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質の活性の増加又は減少に関連する。活性のその変化は、薬物（例えば、ＦＫ２２８）を輸送する能力の増加又は減少の形態であり得る。その変化は、一以上のアミノ酸残基の変更の結果であり得る。このようなアミノ酸変化により、ＡＢＣＢ１遺伝子産物の活性部位及び／又はコンフォメーションが変更され、多少効率的な薬物流出が生じ得る。一部の実施形態では、多型バリアントは、ＡＢＣＢ１の発現の変化及び活性の変化の両方に関連する。
【０００６】
本明細書中で用いられる場合、「遺伝子」は、「遺伝子産物」の発現を指令する、細胞に存在するＤＮＡの配列であり、最も一般的には、転写によりＲＮＡを産生し、翻訳によりタンパク質を産生する。「対立遺伝子」は、遺伝子の特定の形態である。用語対立遺伝子は、特定の遺伝子に二以上の形態がある場合に問題となる。遺伝子及び対立遺伝子は、ゲノム配列のオープンリーディングフレーム又はプロセシングを受けたＲＮＡに対応するｃＤＮＡ配列に限定されない。遺伝子及び対立遺伝子は、ゲノム配列の上流及び下流の配列（例えば、プロモーター及びエンハンサー）をも含み得る。用語「遺伝子産物」又は「多型バリアント対立遺伝子産物」とは、遺伝子の転写から生ずる産物をいう。遺伝子産物及び多型バリアント対立遺伝子産物としては、部分的な、前駆体、成熟転写産物（例えば、ｍＲＮＡ前駆体及びｍＲＮＡ）、並びに更なるプロセシング有り又は無しの翻訳産物が挙げられ、更なるプロセシングとしては、脂質付加、リン酸化、グリコシル化、当該分野で知られている他の修飾、及びそれらのプロセシングの組合せが挙げられるが、それらに限定されない。ＲＮＡは、タンパク質との複合、ポリアデニル化、スプライシング、キャッピング又は核からの排出により制限されることなく修飾され得る。
【０００７】
「多型」は、二以上の個人間で、又はヘテロ接合体の場合には個人内で、変動するゲノム中の部位である。変異（ｖａｒｉａｔｉｏｎ）の頻度は、ランダム変異（ｒａｎｄｏｍ  ｍｕｔａｔｉｏｎ）とは対照的に、集団内で一般的に観察される変異を包含する特定値を超えて定義され得る。本発明に従ってスクリーニングされ得る多型は、オープンリーディングフレームの内側及び外側の両方の変異を含む。リーディングフレームの外側の場合、多型は、オープンリーディングフレームの５’末端又は３’末端の何れかの、２００、５００、１０００、２０００、３０００、５０００又はより多いの内側に生じ得る。リーディングフレームの内側の場合、多型は、エキソン若しくはイントロンの内側に、又はエキソン／イントロン境界に重なって生じ得る。多型はまた、オープンリーディングフレーム及びそのフレームの外側の配列と重なり得る。多くの多型は、ＮＣＢＩのＥｎｔｒｅｚのＳＮＰデータベースにおいて、「ｒｓ」名称が与えられており、それらの名称の一部は本明細書中に提供される。
【０００８】
「多型バリアント」は、多型の特定の形態又は実施形態である。例えば、多型が一塩基多型である場合、特定のバリアントは、潜在的に「Ａ（アデノシン）」、「Ｇ(グアニン)」、「Ｔ(チミン)」及び「Ｃ(シトシン)」であり得る。バリアントが「Ｔ」である場合、問題となる核酸分子がＲＮＡである場合に「Ｕ」が生じ得ること、及びＤＮＡに関して逆もまた然りであることが理解される。慣例「位置ＮＵＣ１＞ＮＵＣ２」は、一のバリアントが別のバリアントとは対照的である多型を示すために用いられる。例えば、２４２Ａ＞Ｃとは、特定の核酸配列の位置２４２に生ずる、アデノシンの代わりのシトシンをいう。一部のケースでは、変異は、二以上の異なる塩基(例えば、２４２Ａ＞Ｃ／Ｔ)であり得る。ｍＲＮＡ／ｃＤＮＡに関して２４２Ａ＞Ｃが用いられる場合、ゲノム中で位置番号は異なる可能性が高いと理解して、２４２Ａ／ＣがゲノムＤＮＡ中に生ずるので２４２Ａ／Ｃもまた多型を表すのに用いられ得る。本発明で問題となる遺伝子に関して、コードドメイン配列及びゲノム配列の両方の、配列及び多型位置情報が、本明細書中に記載される。「多型バリアント対立遺伝子」とは、特定の群の多型に対応する、特定の多型バリアント又は特定の群の多型バリアントを含む対立遺伝子をいう。二の対立遺伝子は、これらが多型バリアント対立遺伝子により規定される同一のバリアント又は一群のバリアントを共有する場合、たとえこれらが規定外の他の多型又は変異に関して異なり得る場合であっても、両方とも同一の多型バリアント対立遺伝子とみなされ得る。アミノ酸レベルでの変異に関して、慣例「ＡＡ１位置ＡＡ２」が用いられる。例えば、アミノ酸配列の文脈では、Ｍ７２６Ｌは、根本的な、ヌクレオチドレベル多型により、アミノ酸配列中、位置７２６でメチオニンからロイシンへの変化が生じていることを示す。
【０００９】
「遺伝子型」とは、対立遺伝子の一方若しくは両方に関する及び／又は対立遺伝子内の一以上の多型バリアントに関する個人のゲノムの特徴付けをいい得る。被検体の特徴付けは、当該被検体が特定の対立遺伝子を含むレベルに、又は対応する対立遺伝子が、二本の染色体の群の上の対立遺伝子対の両方のメンバーを同定するレベルにあり得る。被験体はまた、一以上の多型バリアントを有するレベルにも特徴付けられ得る。用語「ハプロタイプ」とは、特定の染色体上の（例えば、特定の遺伝子中の）二以上の多型バリアントのシス型配列をいう。ハプロタイプは、多型ヌクレオチドの相についての情報（つまり、どの群の多型バリアントが一方の親から遺伝し、どの群の多型バリアントがもう一方の親から遺伝したか）を保存する。多型バリアントに関する本発明の方法、物質及び実験が記載される場合、それが類似のハプロタイプでの使用にまた適合され得ることも理解される。「ジプロタイプ」は、二の多型バリアントを含むハプロタイプである。
【００１０】
一塩基多型（ＳＮＰ）とは、単一のヌクレオチド位置での変異をいう。一部のケースでは、上記位置での変異は、四種のヌクレオチド塩基の任意の一であってよく、他では上記変異は、四種の塩基の部分集合である。例えば、変異は、プリン塩基の何れか又はピリミジン塩基の何れかの間であり得る。単純配列長多型（ＳＳＬＰ）又は短いタンデム反復（ｓｈｏｒｔ  ｔａｎｄｅｍ  ｒｅｐｅａｔ）多型（ＳＴＲＰ）は、一以上のヌクレオチドの特定の配列の反復を伴う。制限断片長多型（ＲＦＬＰ）は、特定の対立遺伝子にどの塩基が存在するのかに依って、酵素的切断部位の出現又は消失を生ずる遺伝子配列の変異である。
【００１１】
本発明に従う所定の感受性の診断としては、所定の多型に対するホモ接合性及び／又はヘテロ接合性の検出が挙げられる。ヘテロ接合性及びホモ接合性は、試験済の細胞又は細胞抽出物が、二の染色体コピーを有する場合に問題となる。他の文脈では、例えば精子又は卵において、一本の染色体のみが存在し、その結果、ホモ接合性又はヘテロ接合性の問題は、直接的には起こらない。一部の実施形態では、例えば癌を伴うものでは、ホモ接合性又はヘテロ接合性は、二の遺伝子コピーのうちの一の欠失又は不活性化の為に、喪失され得るか、又は少なくとも不明瞭になり得る。
【００１２】
試料が所定の状態に関連する一よりも多くの多型バリアントの存在又は不存在を検出するためにスクリーニングされる実施形態では、多型バリアントの組合せは、相関的な強度に関して、相加的であるか、相乗的であるか、又は拮抗的でさえあり得る――尤も、感受性又は薬物作用確率が失われた場合、過度に拮抗的になりはしない。複数の多型をスクリーニングする場合、多型バリアントと条件又は薬物反応との所定の群の特定の感受性関係に依って、全てがヘテロ接合性であり得るか、全てがホモ接合性であり得るか、又は一以上の多型ホモ接合性及び一以上の多型ヘテロ接合性の組合せであり得る。
【００１３】
本明細書中に記載される多型バリアントは、一以上の合併症への感受性の変更及び／又は治療上の処置への感受性の変更に関連し得る。多型が如何なる機序でこの感受性に関連しているのかは、本発明の有用性及び実施可能性に関しては、知られる必要性はない。多型は、実際、状態の病因又は重篤性を引き起こさなくてよいし、これらに寄与しなくてもよい。一部の実施形態では、多型は、状態を引き起こすか又はこれに寄与し得る。一部の実施形態では、多型は、状態を引き起こす原因又はこれに寄与する原因となる別の多型のマーカーとして利用できる。このような状況では、スクリーニングされる多型は、原因となる多型と連鎖不均衡にあり得る。
【００１４】
多型バリアントをスクリーニングしたものが状態の原因の一部又は全体である実施形態では、多型バリアントは（例えば、転写及び／又はｍＲＮＡ安定性の減少を介して）ｍＲＮＡの定常状態レベルの変化をもたらし得る。一部の多型バリアントは、エキソン／イントロン境界を変更し得、及び／又はスプライシングの生じ方に影響し得る。多型バリアントが遺伝子のタンパク質コード化配列内に生じる場合又はこれと重複する場合、多型バリアントは、サイレントであり得、アミノ酸レベルに変化は生じないか、一以上のアミノ酸残基の変化、一以上のアミノ酸の欠失、一以上のアミノ酸の付加、又はこのような変化の組合せが生じ得る。一部の多型バリアントに関して、結果は翻訳の中途終止（ｐｒｅｍａｔｕｒｅ  ｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ）である。影響は、周囲環境によって、中性の、有益な、若しくは有害な又は有益かつ有害であり得る。非コード領域に生じる多型バリアントは、複製、転写及び／又は翻訳に対する影響を介して、間接的に、表現型効果を及ぼし得る。ＤＮＡの多型バリアントは、遺伝子座位の基礎的な転写又は制御された転写に影響し得る。このような多型バリアントは、遺伝子の任意の部分に位置し得るが、プロモーター領域、第一のイントロン、又は５’若しくは３’隣接ＤＮＡ（これらには、エンハンサー又はサイレンサーエレメントが位置し得る）に位置する可能性が最も高い。単一の多型は、一よりも多くの表現型特徴に影響し得る。単一の表現型特徴は、種々の遺伝子における多型により影響され得る。一部の多型は、個人の特定の表現型に必然的に関連する別個の変異の素因となる。
【００１５】
ＲＮＡ多型バリアントは、広範囲のプロセシング（ＲＮＡスプライシング、ポリアデニル化、キャッピング、核からの排出、翻訳開始因子、伸長因子若しくは終結因子又はリボソームとの相互作用、或いは細胞因子（制御性タンパク質を含む）若しくはｍＲＮＡの半減期に影響し得る因子との相互作用を含む）に影響し得る。多型バリアントのＲＮＡ機能に対する影響は、最終的に、ＲＮＡレベル――基礎的なレベル又は制御されたレベル又は一部の異常な細胞状態のレベルの何れかに対する影響として測定可能であり得る。ＲＮＡ多型バリアントのＲＮＡ機能に対する影響を評価するための一の方法は、細胞又は組織成長の一以上の状態中の、種々の対立遺伝子により産生されるＲＮＡのレベルを測定することである。このような測定は、従来の方法(例えば、ノーザンブロット又はＲＮＡアーゼ保護アッセイ（これらは、Ａｍｂｉｏｎ，Ｉｎｃ．より入手可能なキットを用い得る)により、或いは、例えばＴａｑｍａｎアッセイのような方法により、或いはオリゴヌクレオチドのアレイ又は固体表面に付着せられたｃＤＮＡ若しくは他の核酸のアレイ（例えば、マルチプレックスチップ）を用いることにより、行われ得る。ｃＤＮＡをアレイするための系は、会社（例えば、Ｎａｎｏｇｅｎ及びＧｅｎｅｒａｌ  Ｓｃａｎｎｉｎｇ）より市販されている。遺伝子発現解析のための完全な系は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｙｎａｍｉｃｓのような会社より入手可能である。Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第２１巻、補遺（表題「Ｔｈｅ  Ｃｈｉｐｐｉｎｇ  Ｆｏｒｅｃａｓｔ」）もまた参照のこと。多型バリアントのＲＮＡに対する影響を解析するための更なる方法としては、二次構造探索、及び半減期又はターンオーバーの直接的な測定が挙げられる。二次構造は、技術（例えば、酵素（例えば、Ｔ１、Ｔ２及びＳ１ヌクレアーゼ）を用いた酵素プローブ化、オリゴヌクレオチドを用いた化学的プローブ化又はＲＮＡアーゼＨプローブ化）により決定され得る。一部のＲＮＡ構造アッセイは、インビトロで、又は細胞抽出物で、遂行され得る。
【００１６】
一以上の多型バリアントがタンパク質レベル及び／又は活性に対して影響を有するかを決定するために、種々の技術が用いられ得る。インビトロタンパク質活性は、細菌、酵母、バキュロウイルス、ＣＯＳ細胞（トランジェント）、ＣＨＯにおける転写若しくは翻訳により、又はヒト細胞における直接的な研究により、決定され得る。更に、タンパク質安定性の変化の決定（例えば、半減期の測定）のために、パルスチェイス実験が遂行され得る。遺伝子型又は表現型により細胞のグループ化に取り組むために細胞アッセイが操作され得る。例えば、種々の遺伝子型及び表現型を有する細胞の同定は、標準化された実験室分子生物学的プロトコールを用いて遂行され得る。同定及びグループ化の後、当業者は細胞の遺伝子型と細胞の表現型との間に相関があるかを決定し得る。
【００１７】
一以上の多型バリアント間の相関は、特定の多型バリアントに関してスクリーニングされた個人の集団に関して遂行され得る。相関は、標準的な統計的方法（χ２検定が挙げられるが、これに限定されない）により遂行され得る。多型バリアントの解析、パラメトリック連鎖解析、非パラメトリック連鎖解析等及び多型形態と表現型特性との間の統計学的に有意な相関もまた用いられ得る。
【００１８】
ＡＴＰ結合カセット、サブファミリーＢ（ＭＤＲ／ＴＡＰ）、メンバー１（ＡＢＣＢ１）は、ＡＴＰ加水分解と細胞外への基質の能動輸送とを共役させるトランスポーターのＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）ファミリーのメンバーである。ＡＢＣＢ１は、幾つかの組織（心臓、造血幹細胞及び他の組織が挙げられる）において保護的な機能を果たすことが示されており、ここでＡＢＣＢ１は内因性毒素及び外因性毒素を流出させる。ＡＢＣＢ１は、更なる別名（ＨＧＮＣ：４０、ＡＢＣ２０、ＣＤ２４３、ＣＬＣＳ、ＧＰ１７０、ＭＤＲ１、Ｐ−ｇｐ、ＰＧＹ１）を有する。ＡＢＣＢ１は、更なる名称：Ｐ−糖タンパク質１；多剤耐性１；コルヒチン感受性；ドキソルビシン耐性；ＭＤＲ−１及び多剤耐性１を有する。ＡＢＣＢ１には、Ｇｅｎｅ  ＩＤ５２４３が付与されており、ＡＢＣＢ１は、第７染色体の７ｑ２１．１座位に位置する。ＡＢＣＢ１に関する更なる情報は、ＮＣＢＩウェブサイト上のＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅデータベース及びＯｎｌｉｎｅ  Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎ（ＯＭＩＭ）ウェブサイトに「＊１７０１５０」登録の下で、見られる。
【００１９】
本発明に関係のあるＡＢＣＢ１核酸及びアミノ酸配列は、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ及びそれらの断片を包含する。配列同定番号及び／又は受入番号により本明細書中で同定される特定の配列は、ＡＢＣＢ１配列の代表である。当業者は、目的の多型とは別個の遺伝子又は遺伝子断片に可変性があり得ること及びこのような対立遺伝子バリアントもやはり本発明の範囲内に収まることを理解し得る。多型はＤＮＡの両鎖に反映されるので、本発明の文脈でのスクリーニングは、上記鎖の配列の一方又は両方を含み得る。従って、所定の鎖の配列が提供された場合、本発明はまた、その相補体の使用も包含する。
【００２０】
特に興味深いＡＢＣＢ１多型としては、当該分野において１２３６、２６７７及び３４３５多型として知られているもの並びに特定の多型バリアント１２３６Ｃ＞Ｔ、２６７７Ｇ＞Ａ／Ｔ及び３４３５Ｃ＞Ｔが挙げられる。これらの多型の他のバリアントもまた、ＡＢＣＢ１遺伝子の他の多型と同様に提供される。各多型の、アデノシン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）、チミン（Ｔ）、ウラシル（Ｕ）及び他の適用可能なヌクレオチドの多型バリアントが提供される。ＡＢＣＢ１多型に関してのみならず、本明細書中に記載される他の遺伝子の多型に関しても、このようなものが提供される。これらの多型及び他の多型の、他の多型バリアントもまた、スクリーニングされ得る。ＮＣＢＩのＥｎｔｒｅｚのＳＮＰデータベースにおいて、１２３６、２６７７及び３４３５多型には、それぞれｒｓ１１２８５０３、ｒｓ２０３２５８２及びｒｓ１０４５６４２の名称が与えられている。これらの多型及び特定のバリアントは、例示であって、他のＡＢＣＢ１多型及びバリアントもまた、本発明に従ってスクリーニングされ得る。以下は、ＡＢＣＢ１の代表的なゲノム及びｃＤＮＡ配列である。
【００２１】
ＡＢＣＢ１ゲノム配列は、配列番号１に記載され、これは、ＡＹ９１０５７７（位置１１４９９８から位置２１０９４７を含む）に由来する。１２３６、２６７７及び３４３５多型は、配列番号１の位置４９，９１０；６８，８９４；及び９０，８７１（これらは、ＡＹ９１０５７７において、それぞれ位置１６４，９００；１８３８８４及び２０５，８６１に対応する）に生ずる。少なくとも５、１０、２０、２５、３０、３５、４０及び５０の核酸のゲノムＡＢＣＢ１断片を用いたスクリーニングは、本発明の範囲内であり、より小さな、より大きな、及び中間の断片を用いたスクリーニングも本発明の範囲内である。断片は、問題となる多型を含み得、そしてヒトゲノムにおいて特有の配列を提供し得る。断片の例としては、以下が挙げられる。配列番号３は、「１２３６多型」を位置７に含む。配列番号４は、「２６７７多型」を位置７に含む。配列番号５は、「３４３５多型」を位置１に含む。配列番号６は、１２３６及び２６７７多型をそれぞれ位置１及び１８，８９５に含む。配列番号７は、２６７７及び３４３５多型をそれぞれ位置１及び２１，９７８に含む。配列番号８は、１２３６、２６７７及び３４３５多型をそれぞれ位置１；１８，８９５；及び４０，９６２に含む。他の関係あるゲノム配列情報は、ＡＦ０１６５３４、ＡＹ９１０５７７、ＣＨ２３６９４９、Ｍ２９４２２、Ｍ２９４２３、Ｍ２９４２４、Ｍ２９４２５、Ｍ２９４２６、Ｍ２９４２７、Ｍ２９４２８、Ｍ２９４２９、Ｍ２９４３０、Ｍ２９４３１、Ｍ２９４３２、Ｍ２９４３３、Ｍ２９４３４、Ｍ２９４３５、Ｍ２９４３６、Ｍ２９４３７、Ｍ２９４３８、Ｍ２９４３９、Ｍ２９４４０、Ｍ２９４４１、Ｍ２９４４２、Ｍ２９４４３、Ｍ２９４４４、Ｍ２９４４５、Ｍ２９４４６、Ｍ２９４４７、Ｍ３７７２４、Ｍ３７７２５、Ｘ５８７２３、それらの断片及びこれらを含む配列が挙げられる。
【００２２】
ＡＢＣＢ１のｃＤＮＡ配列は、配列番号２に提供され、これは、ＮＭ＿０００９２７に由来する。１２３６、２６７７及び３４３５多型は、配列番号２の位置１２３６、２６７７及び３４３５に生ずる。少なくとも５、１０、２０、２５、３０、３５、４０及び５０の核酸のｃＤＮＡ  ＡＢＣＢ１断片を用いたスクリーニングは、本発明の範囲内であり、より小さな、より大きな、及び中間の断片を用いたスクリーニングも本発明の範囲内である。断片は、問題となる多型を含み得、そしてヒトゲノムにおいて特有の配列を提供し得る。断片の例としては、以下が挙げられる。配列番号９は、１２３６多型を位置７に含む。配列番号１０は、２６７７多型を位置７に含む。配列番号１１は、３４３５多型を位置５０７に含む。配列番号１２は、１２３６及び２６７７多型をそれぞれ位置１及び１，４４２に含む。配列番号１３は、２６７７及び３４３５多型をそれぞれ位置１及び７５９に含む。配列番号１４は、１２３６、２６７７及び３４３５多型をそれぞれ位置１、１４４２及び２，２００に含む。他の関係ある配列情報としては、ｍＲＮＡ配列ＡＢ２０８９７０、ＡＦ０１６５３５、ＡＹ４２５００５、ＡＹ４２５００６、ＢＱ７２０７６３、ＢＱ８８２４０１、ＢＸ５０９０２０、ＣＢ１６４６７６、Ｍ１４７５８、それらの断片、及びこれらを含む配列が挙げられる。
【００２３】
ＡＢＣＢ１のｃＤＮＡコード領域の翻訳は、配列番号１５に提供される。配列番号１５の位置８９３は、アミノ酸（例えば、アラニン、セリン又はスレオニン）であり得、これらは２６７７多型の多型バリアントに対応する。位置８９３はまた、任意の他のアミノ酸であり得る。ＡＢＣＢ１ポリペプチド配列の断片（例えば、ＡＢＣＢ１特異的抗体により認識される断片及びポリペプチド配列に見られるような特定のバリアントに特異的な抗体により認識される断片）はまた、本発明の範囲内である。他の問題となるＡＢＣＢ１ポリペプチド配列情報としては、ＡＡＢ７０２１８、ＡＡＷ８２４３０、ＥＡＬ２４１７３、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ５９５７６、ＡＡＡ８８０４７、ＡＡＡ８８０４８、ＣＡＡ４１５５８、ＢＡＤ９２２０７、ＡＡＢ６９４２３、ＡＡＲ９１６２１、ＡＡＲ９１６２２、ＡＡＡ５９５７５、Ｐ０８１８３、Ｑ５９ＧＹ９、Ｑ６ＴＢＬ４、それらの断片及びこれらを含む配列が挙げられる。
【００２４】
一局面では、スクリーニングされる多型バリアントは、遺伝子の単一染色体コピーに存在し、ヘテロ接合性は、心調律異常の感受性の変更に関連している。一部の実施形態では、二以上の多型の多型バリアントのヘテロ接合性は、心調律異常の感受性の変更に関連している。別の局面では、多型バリアントは、遺伝子の両染色体のコピーに存在し、ここで、多型バリアントのホモ接合性は、多型バリアントのホモ接合性が検出された場合に、心調律異常の感受性の変更に関連する。一部の実施形態では、二以上の多型の多型バリアントのホモ接合性は、心調律異常の感受性の変更に関連する。
【００２５】
一局面では、スクリーニングの方法は、（ａ）ＡＢＣＢ１をコード化する核酸、（ｂ）少なくとも５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、７５、１００、１５０、２００、２５０、５００、１，０００又は１０，０００の（ａ）の近接ヌクレオチドを含む（ａ）の断片であって、近接ヌクレオチドが多型を含む、断片、（ｃ）（ａ）又は（ｂ）の相補体、及び（ｄ）（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）のうち二以上のものの組合せ、からなる群より選択される核酸を含有する試料について遂行される。一部の実施形態では、ＡＢＣＢ１をコード化する核酸は、配列番号１、２又はそれらの組合せを含む。多型は、配列番号１の位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の位置１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型；又はそれらの組合せであり得る。
【００２６】
上記方法は、ＡＢＣＢ１の単一多型の一以上の多型バリアントをスクリーニングすることにより遂行され得る。一部の実施形態では、多型は、配列番号１の位置４９，９１０；又は配列番号２の位置１２３６における多型；又はそれらの組合せである。このようなケースでは、核酸は、配列番号３、９又はそれらの組合せの配列を含み得る。一部の実施形態では、多型は、配列番号１の位置６８，８９４、又は配列番号２の２６７７における多型、又はそれらの組合せである。このようなケースでは、核酸は、配列番号４、１０又はそれらの組合せの配列を含み得る。一部の実施形態では、多型は、配列番号１の位置９０，８７１、配列番号２の３４３５における多型、又はそれらの組合せである。このようなケースでは、核酸は、配列暗号５、１１又はそれらの組合せの配列を含み得る。
【００２７】
上記方法は、ＡＢＣＢ１の二以上の多型の一以上の多型バリアントのスクリーニングにより遂行され得る。一部の実施形態では、核酸は、第一の多型及び第二の多型を含み、上記第一の多型は、配列番号１の位置４９，９１０；又は配列番号２の位置１２３６における多型、又はそれらの組合せであり、上記第二の多型は、配列番号１の位置６８，８９４、又は配列番号２の位置２６７７における多型、又はそれらの組合せである。このようなケースの一部では、核酸は、配列番号６、１２又はそれらの組合せの配列を含む。一部の実施形態では、核酸は、第一の多型及び第二の多型を含み、上記第一の多型は、配列番号１の位置６８，８９４、配列番号２の２６７７における多型又はそれらの組合せであり、上記第二の多型は、配列番号１の位置９０，８７１、配列番号２の位置３４３５における多型又はそれらの組合せである。このような場合、核酸は、配列番号７、１３又はそれらの組合せの配列を含み得る。
【００２８】
一部の実施形態では、核酸は、第一、第二及び第三の多型を含み、上記第一の多型は、配列番号１の位置４９，９１０；又は配列番号２の位置１２３６における多型、又はそれらの組合せであり、上記第二の多型は、配列番号１の位置６８，８９４、又は配列番号２の２６７７における多型又はそれらの組合せであり、上記第三の多型は、配列番号１の位置９０，８７１、配列番号２の位置３４３５における多型又はそれらの組合せである。このようなケースでは、核酸は、配列番号８、１４の配列又はそれらの組合せを含み得る。
【００２９】
上記方法は、スクリーニングにより遂行され得、スクリーニングされる多型バリアントは、少なくとも一の多型でチミンである。一部の実施形態では、多型は、配列番号１の位置４９，９１０；又は配列番号２の位置１２３６における多型又はそれらの組合せを含み、被検体は、その位置でチミンに関してホモ接合性である。一部の実施形態では、多型は、配列番号１の位置６８，８９４、又は配列番号２の２６７７における多型又はそれらの組合せを含み、被検体は、その位置でチミンに関してホモ接合性である。一部の実施形態では、多型は、第一、第二及び第三の多型を含み、上記第一の多型は、配列番号１の位置６８，８９４、配列番号２の２６７７における多型又はそれらの組合せであり、上記第二の多型は２６７７であり、上記第三の多型は、配列番号１の位置９０，８７１、配列番号２の３４３５における多型又はそれらの組合せであり、被検体は、両位置でチミンに関してホモ接合性である。
【００３０】
スクリーニングされる多型バリアントは、主として、ＡＢＣＢ１遺伝子中に位置するか、又はＡＢＣＢ１遺伝子に近接する。ＡＢＣＢ１バリアントに加えて試験され得る代表的な多型バリアントとしては、以下の記載された遺伝子に関連するものが挙げられるが、それらに限定されない：多型バリアント、多型、対立遺伝子バリアント又は遺伝子。一部の実施形態では、スクリーニングされた多型バリアントは、同一の疾患に関連する。一部の実施形態では、スクリーニングされた多型バリアントは、種々の疾患に関連する。
【００３１】
本発明は、ＡＢＣＢ１配列以外の遺伝子及び配列における多型バリアントのスクリーニングを提供する。一部の実施形態では、更なるバリアントは、別の薬物耐性関連遺伝子に関連する配列中にある。一部の実施形態では、一以上の有機陰イオン輸送タンパク質（ＯＡＴＰ）ファミリーメンバー及び／又は多剤耐性関連タンパク質ＡＢＣＣ１（ＭＲＰ１）における一以上のバリアントがスクリーニングされる。一部の実施形態では、更なる多型バリアントは、チトクロムＰ４５０遺伝子中にある。上記多型バリアントは、薬物の代謝の変更に関連し得る。
【００３２】
チトクロムＰ４５０、ファミリー３、サブファミリーＡ、ポリペプチド４（ＣＹＰ３Ａ４）は、ＦＫ２２８を基質とするＰ４５０酵素である。ＣＹＰ３Ａ４は、更なる別名ＨＧＮＣ：２６３７、ＣＰ３３、ＣＰ３４、ＣＹＰ３Ａ、ＣＹＰ３Ａ３、ＨＬＰ、ＮＦ−２５、Ｐ４５０Ｃ３及びＰ４５０ＰＣＮ１を有する。ＣＹＰ３Ａ４には、更なる名称Ｐ４５０−ＩＩＩ、ステロイド誘導性；チトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＩＩＡ（ニフェジピンオキシダーゼ）、ポリペプチド３；チトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＩＩＡ（ニフェジピンオキシダーゼ）、ポリペプチド４；チトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＩＩＡ、ポリペプチド４；糖質コルチコイド誘導性Ｐ４５０；及びニフェジピンオキシダーゼがある。ＣＹＰ３Ａ４には、Ｇｅｎｅ  ＩＤ１５７６が付与されており、第７染色体の７ｑ２１．１座位に位置する。ＣＹＰ３Ａ４の更なる情報は、ＮＣＢＩウェブサイト上のＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅデータベース及びＯｎｌｉｎｅ  Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎ（ＯＭＩＭ）ウェブサイトに＊１２４０１０登録の下で、見られる。本発明で問題となる一以上のＡＢＣＢ１多型バリアントに加えてスクリーニングされ得る多型バリアントとしては、多型バリアントＣＹＰ３Ａ４＊１Ｂが挙げられる。
【００３３】
本発明に関係するＣＹＰ３Ａ４核酸及びアミノ酸配列は、ゲノム、ｃＤＮＡ及びそれらの断片を包含する。本明細書中に配列同定番号及び／又は受入番号により同定される特定の配列は、ＣＹＰ３Ａ４配列の代表例である。当業者は、目的の多型とは異なる遺伝子又は遺伝子断片に可変性があり得ること及びこのような対立遺伝子バリアントはやはり本発明の範囲内に収まることを理解し得る。多型はＤＮＡの両ストランドに反映されるので、本発明の文脈でのスクリーニングは、ストランド配列の一方又は両方を含み得る。従って、所定のストランドの配列が提供される場合、本発明はまた、その相補体の使用を包含する。少なくとも５、１０、２０、２５、３０、３５、４０及び５０の核酸のＣＹＰ３Ａ４核酸断片、並びにより小さな、より大きな及び中間の断片を用いたスクリーニングは、本発明の範囲内である。断片は、問題となる多型を含み得、ヒトゲノムに特有の配列を提供し得る。問題となるチトクロムの例としては、ＣＹＰ３Ａ４及びＣＹＰ３Ａ５が挙げられる。一部の実施形態では、対立遺伝子バリアントＣＹＰ３Ａ４＊１Ｂがスクリーニングされる。一部の実施形態では、対立遺伝子バリアントＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃがスクリーニングされる。ＣＹＰ３Ａ４ゲノム配列の例としては、ＡＦ２０９３８９、ＡＦ２８０１０７、ＡＦ３０７０８９、ＣＨ２３６９５６、Ｄ１１１３１、それらの断片、及びこれらを含む配列が挙げられる。ＣＹＰ３Ａ４のｍＲＮＡ配列の例としては、ＡＦ１８２２７３、ＡＪ５６３３７５、ＡＪ５６３３７６、ＡＪ５６３３７７、ＢＣ０６９４１８、Ｄ００００３、Ｊ０４４４９、Ｍ１３７８５、Ｍ１４０９６、Ｍ１８９０７、Ｘ１２３８７、それらの断片及びこれらを含む配列が挙げられる。ＣＹＰ３Ａ４アミノ酸配列の例としては、ＡＡＦ２１０３４、ＡＡＧ３２２９０、ＡＡＧ５３９４８、ＥＡＬ２３８６６、ＡＡＦ１３５９８、ＣＡＤ９１３４３、ＣＡＤ９１６４５、ＣＡＤ９１３４５、ＡＡＨ６９４１８、ＢＡＡ００００１、ＡＡＡ３５７４７、ＡＡＡ３５７４２、ＡＡＡ３５７４４、ＡＡＡ３５７４５、ＣＡＡ３０９４４、Ｐ０５１８４、Ｐ０８６８４、Ｑ６ＧＲＫ０、Ｑ７Ｚ４４８、Ｑ８６ＳＫ２、Ｑ８６ＳＫ３、Ｑ９ＢＺＭ０、それらの断片及びこれらを含む配列が挙げられる。
【００３４】
以下は、ＣＹＰ３Ａ４の代表的な配列である。ＣＹＰ３Ａ４は、５’ゲノム隣接配列（配列番号１６、Ｄ１１１３１に由来）及びエキソン１で始まるゲノム配列（配列番号１７、ＮＧ＿０００００４の位置１４８，８９５〜１７６，０９０に由来）を有する。ＣＹＰ３Ａ４＊１Ｂは、特に本発明に関係するＣＹＰ３Ａ４の対立遺伝子バリアントである。この対立遺伝子バリアントは、配列番号１６の位置８１０にて５’ゲノム隣接配列において見出されており、コンセンサス配列から上記バリアントへのＡ＞Ｇ変異の結果である。他のヌクレオチドもまたこの位置に存在し得る。この位置における多型は、ｒｓ２７４０５７４と命名されている。配列番号１８は、ＣＹＰ３Ａ４のｃＤＮＡ配列を提供する。この配列は、完全ＣＹＰ３Ａ４ｃＤＮＡ配列に由来し、受入番号Ｍ１８９０７を有するコード鎖である。ＣＹＰ３Ａ４＊１Ｂ多型は、この配列において見出されない。その理由は、ＣＹＰ３Ａ４＊１Ｂ多型の後に転写開始部位があり、ｍＲＮＡでは発現が見出されないからである。配列番号１９は、ＣＹＰ３Ａ４のポリペプチド配列を提供する。この配列は、受入番号ＮＰ＿０５９４８８を有し、完全ＣＹＰ３Ａ４タンパク質配列に由来する。
【００３５】
チトクロムＰ４５０、ファミリー３、サブファミリーＡ、ポリペプチド５（ＣＹＰ３Ａ５）は、ＦＫ２２８を基質とするＰ４５０酵素である。ＣＹＰ３Ａ５は、更なる別名ＨＧＮＣ：２６３８、ＣＰ３５、Ｐ４５０ＰＣＮ３及びＰＣＮ３を有する。ＣＹＰ３Ａ５には、更なる名称アリール炭化水素ヒドロキシラーゼ；チトクロムＰ−４５０；チトクロムＰ４５０  、サブファミリーＩＩＩＡ（ニフェジンピンオキシダーゼ）、ポリペプチド５；フラボタンパク質連関モノオキシゲナーゼ（ｆｌａｖｏｐｒｏｔｅｉｎ−ｌｉｎｋｅｄ  ｍｏｎｏｏｘｙｇｅｎａｓｅ）；ミクロソームモノオキシゲナーゼ；ニフェジピンオキシダーゼ；及び生体異物モノオキシゲナーゼがある。ＣＹＰ３Ａ５には、Ｇｅｎｅ  ＩＤ１５７７が付与されており、第７染色体の７ｑ２１．１座位に位置する。ＣＹＰ３Ａ５についての更なる情報は、ＮＣＢＩウェブサイト上のＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅデータベース及びＯｎｌｉｎｅ  Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎ（ＯＭＩＭ）ウェブサイトに＊６０５３２５登録の下で、見られる。本発明で問題となる一以上のＡＢＣＢ１多型バリアントに加えてスクリーニングされ得る多型バリアントとしては、多型バリアントＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃが挙げられる。
【００３６】
本発明に関係するＣＹＰ３Ａ５核酸及びアミノ酸配列としては、ゲノム、ｃＤＮＡ及びそれらの断片が挙げられる。本明細書中で配列同定番号及び／又は受入番号により同定される特定の配列は、ＣＹＰ３Ａ５配列の代表である。当業者は、目的の多型とは異なる遺伝子及び遺伝子断片に可変性があり得ること、並びにこのような対立遺伝子バリアントはやはり本発明の範囲内に収まることを理解し得る。多型はＤＮＡの両ストランドに反映されるので、本発明の文脈でのスクリーニングはストランド配列の一方又は両方を含み得る。従って、所定のストランドの配列が与えられた場合、本発明はまた、それの相補体の使用を包含する。少なくとも５、１０、２０、２５、３０、３５、４０及び５０の核酸のＣＹＰ３Ａ５核酸断片、並びに、より小さい、より大きい及び中間の断片を用いたスクリーニングは、本発明の範囲内である。断片は、問題となる多型を含み得、そしてヒトゲノムにおいて特有の配列を提供し得る。ＣＹＰ３Ａ５ゲノム配列の例としては、ＡＣ００５０２０、ＡＦ２８０１０７、ＡＦ３５５８０３、ＣＨ２３６９５６、Ｌ３５９１２、それらの断片、及びこれらを含む配列が挙げられる。ＣＹＰ３Ａ５  ｍＲＮＡ配列の例としては、ＡＦ３５５８０１、ＡＪ５６３３７８、ＡＪ５６３３７９、ＡＫ２２３００８、ＢＣ０２２２９８、ＢＣ０２５１７６、ＢＣ０２６２５５、ＢＣ０３３８６２、ＢＸ５３７６７６、Ｊ０４８１３、Ｌ２６９８５、それらの断片、及びこれらを含む配列が挙げられる。ＣＹＰ３Ａ５アミノ酸配列の例としては、ＡＡＳ０２０１６、ＡＡＧ３２２８８、ＡＡＫ７３６９１、ＥＡＬ２３８６８、ＡＡＢ０００８３、ＡＡＫ７３６８９、ＣＡＤ９１３４７、ＣＡＤ９１６４７、ＣＡＤ９１６４９、ＢＡＤ９６７２８、ＡＡＨ３３８６２、ＣＡＤ９７８０７、ＡＡＡ０２９９３、Ｐ２０８１５、Ｑ５３ＧＣ３、Ｑ７５ＭＶ０、Ｑ７Ｚ３Ｎ０、Ｑ７Ｚ４４６、Ｑ７Ｚ４４７、Ｑ８６ＳＫ１、Ｑ９６ＲＫ６、それらの断片、及びこれらを含む配列が挙げられる。
【００３７】
以下は、ＣＹＰ３Ａ５の代表的な配列である。ＣＹＰ３Ａ５のゲノムＤＮＡは、配列番号２０に示される（位置２５３，０８０−２８８，８４９に対応する。ＣＹＰ３Ａ５のｃＤＮＡは、ＢＣ０３３８６２に由来するものとして配列番号２１に記載される。ＣＹＰ３Ａ５＊１Ｂは、本発明に特に関連する、ＣＹＰ３Ａ５の対立遺伝子バリアントである。ＣＹＰ３Ａ５＊１ＢのｃＤＮＡ配列は、配列番号２２に提供される。ＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃ対立遺伝子バリアントは、配列番号２０の位置７０８７（ＮＧ＿０００００４の２６０１６７）でのＡ＞Ｇ変異の結果である。他のヌクレオチドもまた、この位置に存在し得る。この位置における多型は、ｒｓ７７６７４６と命名される。ＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃ多型は、イントロン中に含まれ、コンセンサスｍＲＮＡ配列における発現が見出されない。しかし、ＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃ多型バリアントは、潜在的スプライス部位内に含まれるため、スプライシングされたｍＲＮＡ中にイントロン３を含む。ＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃ多型に対応するｍＲＮＡ及びｃＤＮＡは、従って、イントロン３（ＣＹＰ３Ａ５ゲノムＤＮＡ配列における塩基２５８５５１−２６０４０３；受入番号ＮＧ＿０００００４）を、配列番号２１の塩基３０７と３０８との間に含む。ｃＤＮＡ配列、配列番号２２中のＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃ多型は、位置１９２３に生ずる。
【００３８】
ＣＹＰ３Ａ５及びＣＹＰ３Ａ５＊１Ｂのアミノ酸配列は、それぞれ配列番号２３及び２４に記載される。以下の配列は、全部で５０２のアミノ酸を含む。この配列は、完全ＣＹＰ３Ａ５タンパク質配列に由来し、これは、受入番号ＮＰ＿０００７６８を有する。上記タンパク質は、ＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃ多型に関してホモ接合性の個人において発現されない。その理由は、イントロンＤＮＡの取り込みによって、イントロン３内にストップコドンが存在するために上記タンパク質のアミノ酸１０２の後ろが成熟前に切断されるからである。
【００３９】
本発明はまた、本明細書中に記載される遺伝子及びタンパク質の他の多型バリアントの使用を包含する。本明細書に記載される核酸及びそれらの相補体の両方の使用は、本発明の範囲内である。核酸配列の供給及び記載に関連して、本明細書中で、遺伝子名並びにＧｅｎＢａｎｋ及びＯＭＩＭ参照番号に言及された場合、問題となる配列が提供され、記載された配列はまた、ほとんどの場合、対応する他の対立遺伝子バリアントを有することが認識される。基準配列は、配列決定上の誤りを含み得るが、このような誤りにより、問題となる遺伝子又は遺伝子の一部の同定は妨げられず、問題となる配列の重複配列決定（好ましくはＤＮＡの両ストランドを用いる）により、容易に補正され得る。核酸分子又は配列は、基準配列を用いて容易に得られ得るか、又は決定され得る。核酸ハイブリダイゼーションプローブ及び増幅プライマー等の分子が提供され得、基準配列の選択された部分により、適切な場合には補正と共に、記載される。一部の実施形態では、プローブは、５、６、１０、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２３、２５、２７、３０、３５、４０、４５、５０又はそれよりも多くのヌクレオチドを含む。
【００４０】
用語「疾患」又は「状態」は、当該分野において一般に認識されており、一般的に異常と認識される個人又は患者の徴候及び／又は症状の存在を示す。特に明記されていない限り、用語「疾患」、「疾患状態」「状態」「障害」及び「合併症」は、互換可能に用いられ得る。疾患又は状態は、病理学的な変化に基づいて診断及び分類され得る。徴候としては、疾患の、任意の客観的なエビデンス（例えば、患者の身体検査又は診断試験（とりわけ、患者における特定の遺伝子の多型バリアント若しくはバリアント形態の存在を決定するための臨床検査が挙げられる）の結果により明らかである変化）が挙げられる。症状としては、正常な機能、感覚若しくは外観とは異なる、患者の異常な状態の知覚（例えば、身体的な能力障害、病的状態、疼痛、及び個人により経験される正常な状態からの他の変化が挙げられ得る）が挙げられ得る。種々の疾患又は状態としては、医学の教科書において分類されているものが挙げられるが、これらに限定されない。
【００４１】
他に明記されていない限り、用語「疾患又は状態に苦しむこと」とは、徴候及び症状を現在有している人、又はこのような徴候及び症状を発達させる可能性が集団において正常な人よりも高い人をいう。例えば、状態に苦しんでいる人としては、発育中の胎児、状態の徴候若しくは症状を発達させる可能性を高める処置若しくは環境状態に曝されている人、又は特定の状態を発達させる可能性を増大させる所定の処置を与えられているか又は与えられるであろう人が挙げられ得る。患者の処置に関連する本発明の方法としては、現在活発な疾患若しくは状態に対して指向される、一次的な処置、一次的な処置と関係し、生物学的な効果を引き起こすことが企図される二次的な処置、並びに疾患若しくは状態の発達を遅延、低減若しくは防止することが企図される予防上の処置、並びに処置が存在しなければ発達する可能性がある状態とは異なる状態の発達を引き起こすことが企図される処置が挙げられ得る。
【００４２】
幾つかの多型バリアントの検出の組合せは、典型的には、正確な診断の確率を上昇させる。本発明の多型の解析は、他の多型の解析又は他のリスクファクター（例えば、家族歴）と組み合わせられ得る。多型は、前徴候段階の疾患を診断するために、徴候後の診断の方法として、診断の確認の方法として、又は死後診断として用いられ得る。スクリーニング及び診断において考慮されるべき倫理的な問題は、Ｒｅｉｃｈら、Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｄ．，５：１３３−１４３（２００３）において広く考察されている。
【００４３】
一部の実施形態では、スクリーニングされた試料は、以前に心調律異常を経験したことがある被検体由来である。一部の実施形態では、心調律異常は、心臓不整脈である。心調律異常は、無症状律動異常及び心室性不整脈からなる群より選択される少なくとも一のメンバーを含む。心調律異常は、ＳＴ／Ｔ波平坦化、トルサード・ド・ポワント及びＱＴ間隔延長の少なくとも一によって特徴付けられ得る。
【００４４】
「延長されたＱＴ間隔」、「ＱＴ間隔延長（ｐｒｏｌｏｎｇａｔｉｏｎ）」又は「ＱＴ間隔延長（ｅｌｏｎｇａｔｉｏｎ）」とは、ＱＲＳ開始からＴ波オフセット（ＱＴｏ）まで、及びＱＲＳ開始からＴ波ピーク（ＱＴｍ）まで、測定されたＱＴ間隔を、心拍数を１分当たり６０拍動に調節したもの（これはＱＴｃである）をいう。「ＱＴｃ」は、Ｂａｚｅｔｔ補正ＱＴ間隔とも呼ばれる。例えば、Ｋｌｉｇｆｉｅｌｄら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｏｌｌ．Ｃａｒｄｉｏｌ，２８：１５４７−５５（１９９６）を参照のこと。延長されたＱＴ間隔は、直接的にせよ間接的にせよ、一以上の多型の一以上の多型バリアントにより誘導され得る。
【００４５】
「トルサード・ド・ポワント」即ち「ＴｄＰ」は、心室頻拍（ＶＴ）の珍しいバリアントである。ＴｄＰの根底にある原因及び管理は、よりありふれた心室頻拍とは別個のものであり得る。ＴｄＰは、ＱＲＳ波（ＱＲＳ  ｃｏｍｐｌｅｘ）の形態が心拍間で変動する多型心室頻拍である。心室速度は、約１５０／分から約２５０／分の範囲であり得る。一部のケースでは、波形が絶えず変化するが、軸の変化には秩序がない可能性がある。ＱＴ間隔は、（通常６００ｍｓｅｃ以上に）顕著に増加し得る。延長されたＱＴ間隔とは関連しない多型ＶＴは、一般的ＶＴ（ｇｅｎｅｒｉｃ  ＶＴ）として処置され得る。ＴｄＰは、持続しないバーストにおいて生じ得る。従って、患者の基線ＱＴ延長を示すリズムストリップ（ｒｈｙｔｈｍ  ｓｔｒｉｐ）が用いられ得る。
【００４６】
試料中の多型バリアントをスクリーニングするための、任意の適用可能な方法又は方法の組合せが用いられ得る。スクリーニング方法は、一以上の核酸アレイ、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）ハイブリダイゼーション、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ解析、ＰＣＲ、一本鎖高次構造多型バリアント（ＳＳＣＰ）技術、増幅不応性変異システム（ＡＲＭＳ）技術、ヌクレオチド配列決定、多型バリアント含有遺伝子によりコード化されるポリペプチドに特異的な抗体、質量分析、及びそれらの組合せのうち一以上を利用し得る。スクリーニングされる試料は、少なくとも一のゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、他のＤＮＡ、他のＲＮＡ、それらの断片、及びそれらの組合せを含み得る。スクリーニングされた試料は、試料及び／又は細胞若しくは組織供給源の、一つ又は組合せのうち、任意の個数のものに由来し得る。一部の実施形態では、スクリーニングされた試料は血液を含む。試料は、被検体から直接的に得たものである必要はない。試料に対して、一以上の段階が、スクリーニングの前に、スクリーニングの後に、及び／又はスクリーニングの一部として遂行され得る。例えば、以下：被検体からのｍＲＮＡは、ｃＤＮＡに転換され得、ｃＤＮＡはＰＣＲを用いて増幅され得、増幅されたＤＮＡは一以上の制限酵素を用いて配列決定及び／又はアッセイされ得る等、の一以上。
【００４７】
本発明に関係する分子及びプローブは、スクリーニング技術において用いられ得る。試料中の又は被検体からの、一以上の多型バリアントの一以上のコピーの存在を検出するための種々のスクリーニング技術は、当該分野において知られている。それらのアッセイの多くは、Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，８：７６９−７７６，１９９８により概説されている。集団間の特定のヌクレオチド配列内の多型バリアントの決定は、当該分野において知られている任意の方法（例えば、直接的な配列決定、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、一本鎖高次構造解析（ＳＳＣＡ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）［例えば、Ｖａｎ  Ｏｒｓｏｕｗら、Ｇｅｎｅｔ  Ａｎａｌ．，１４（５−６）：２０５−１３（１９９９）を参照のこと］、ヘテロ二本鎖解析（ＨＥＴ）［例えば、Ｇａｎｇｕｌｙ  Ａら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．９０（２１）：１０３２５−９（１９９３）を参照のこと］、化学的切断解析（ＣＣＭ）［例えば、Ｅｌｌｉｓ  Ｔ  Ｐら、Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  １１（５）：３４５−５３（１９９８）を参照のこと］（Ｔ４エンドヌクレアーゼ７を用いたもののように酵素的であるか、四酸化オスミウム及びヒドロキシルアミンを用いたもののように化学的であるかのいずれか）及びリボヌクレアーゼ切断があるが、これらに限定されない）により決定され得る。多型バリアントのスクリーニングは、多型バリアントが特定の疾患又は状態に関連することが既に知られている場合に遂行され得る。一部の実施形態では、スクリーニングは、一以上の多型バリアントの同定及びこれらが特定の疾患又は状態に関連するかの決定の目的で遂行される。
【００４８】
ＤＮＡに関して、多型バリアントスクリーニングとしては、ゲノムＤＮＡスクリーニング及び／又はｃＤＮＡスクリーニングが挙げられ得る。ゲノム多型バリアント検出としては、遺伝子の転写開始部位からポリアデニル化部位までに及ぶゲノムセグメント全体のスクリーニングが挙げられ得る。一部の実施形態では、ゲノム多型バリアント検出としては、例えば、エキソン及びスプライシングシグナルを含むエキソン周辺の一部の領域（しかしイントロン配列の全てではない）が挙げられ得る。多型バリアントのイントロン及びエキソンのスクリーニングに加えて、調節ＤＮＡ配列について多型バリアントがスクリーニングされ得る。プロモーター、エンハンサー、サイレンサー及び他の調節エレメントがヒト遺伝子において記述されている。プロモーターは、一般に転写開始部位の近位にあるが、いくつかのプロモーター及びいくつかの開始部位が存在し得る。エンハンサー、サイレンサー及び他の調節エレメントは、遺伝子内にあっても良いし、イントロン及びエキソンの外側に、恐らくはかなりの（例えば、１００ｋｂ離れた）距離に、位置してもよい。このような配列における多型バリアントは、基礎的な遺伝子発現又は遺伝子発現の調節に影響し得る。
【００４９】
少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在は、ヌクレオチド配列決定により決定され得る。配列決定は、任意の適切な方法（例えば、ジデオキシ配列決定［Ｓａｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７４：５４６３−５４６７（１９７７）］、化学的配列決定［Ｍａｘａｍ  ａｎｄ  Ｇｉｌｂｅｒｔ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７４：５６０−５６４，（１９７７）］又はそれらの変形）により行われ得る。配列決定のための方法はまた、Ａｕｓｕｂｅｌら、編、Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，．第３版、Ｗｉｌｅｙ，１９９５及びＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ、第２版、Ｃｈａｐ．１３、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，１９８９において見出され得る。上記配列決定は、少なくとも一の多型バリアント部位を含む、及びこのような部位の複数を含み得る、遺伝子の一部及び／又は複数の遺伝子の一部の配列決定を含み得る。上記一部は、目的の多型バリアントが存在するかを識別するのに十分な長さであり得る。一部の実施形態では、上記一部は５００、２５０、１００、７５、６５、５０、４５、３５、２５ヌクレオチド又はそれ未満の長さである。配列決定はまた、蛍光標識（ｄｙｅ−ｌａｂｅｌｅｄ）ジデオキシヌクレオチドの使用及び質量スペクトル法の使用を包含し得る。質量スペクトル法はまた、多型バリアント部位に存在するヌクレオチドを決定するために用いられ得る。
【００５０】
遺伝子バリアントの、集団におけるある座位内でのプローブ化された制限断片の大きさが異なり、その結果バリアント間の差が電気泳動により可視化される場合、ＲＦＬＰ解析は、上記座位でのバリアントの存在を検出するのに有用である［例えば、米国特許第５，３２４，６３１号及び同第５，６４５，９９５号を参照のこと］。このような差異は、バリアントが制限部位をプローブ化された断片内に作り出すか又はこれを排除する場合に生ずるだろう。ＲＦＬＰ解析はまた、プローブ化された断片内に大きな挿入若しくは欠失を検出するのに有用である。ＲＦＬＰ解析は、例えば、Ａｌｕ又は他の配列挿入若しくは欠失を検出するのに有用である。
【００５１】
一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）は、＜２２０ｂｐのＰＣＲアンプリコンにおいて、高感度で検出され得る。ＳＳＣＰは通常、ＤＮＡ配列決定法と一組である。その理由は、ＳＳＣＰ法は、多型バリアントのヌクレオチドの正体を提供しないからである。ＳＳＣＰ技術は、ゲノムＤＮＡ及びＰＣＲ増幅化ＤＮＡで用いられ得る。［Ｏｒｉｔａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８６：２７６６−２７７０，１９８９；Ｗａｒｒｅｎら、Ｉｎ：Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｄｒａｃｏｐｏｌｉら、編、Ｗｉｌｅｙ，１９９４，７．４．１−７．４．６．］。
【００５２】
多型バリアントを検出するための別の方法は、Ｔ４エンドヌクレアーゼＶＩＩ（Ｔ４Ｅ７）ミスマッチ切断法である：Ｔ４Ｅ７は、一塩基ミスマッチ、欠失又は挿入を含むヘテロ二本鎖ＤＮＡを特異的に切断する。変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）により、ホモ二本鎖とヘテロ二本鎖との間の泳動の差に基づく一塩基の変異が検出され得る［Ｍｙｅｒｓら、Ｎａｔｕｒｅ，３１３：４９５−４９８（１９８５）］。ヘテロ二本鎖解析（ＨＥＴ）［Ｋｅｅｎら、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．７：５（１９９１）］では、ゲノムＤＮＡは、ポリメラーゼ連鎖反応、続いてヘテロ接合性の個人におけるヘテロ二本鎖形成の機会を増加させる更なる変性段階により増幅される。ＰＣＲ産物は、次いで、Ｈｙｄｒｏｌｉｎｋゲル上で分離され、ヘテロ二本鎖の存在が更なるバンドとして観察される。化学的切断解析（ＣＣＭ）は、シトシン、グアニン又はチミンとミスマッチした場合のチミン（Ｔ）の化学的反応性、及びチミン、アデニン又はシトシンとミスマッチした場合のシトシン（Ｃ）の化学的反応性に基づいている［Ｃｏｔｔｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８５：４３９７−４４０１（１９８８）］。リボヌクレアーゼ切断は、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッドにおける一塩基ミスマッチでのＲＮＡの酵素的切断を伴う（Ｍｙｅｒｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２−１２４６，１９８５）。
【００５３】
本明細書中に記載される物理学的方法及び当業者に知られている他の方法（例えば、Ｈｏｕｓｍａｎ、米国特許第５，７０２，８９０号；Ｈｏｕｓｍａｎら、米国特許出願番号第０９／０４５，０５３号を参照のこと）に加えて、多型は、コンピューターによる方法を用いて検出され得、上記コンピューターによる方法は、二以上の異なる生物学的供給源からの配列のコンピュータ比較を伴い、上記配列は、種々の方法で（例えば、公共の配列データベースから）得られ得る。用語「多型バリアント走査」とは、一以上の遺伝子の少なくとも一部の、複数の対応物の、コンピュータベースの比較及び解析を用いた、配列多型バリアントを同定するプロセスをいう。コンピュータによる多型バリアント検出は、真正の多型バリアントと配列決定上の誤り又は他の人為産物とを区別する過程を必要とするので、完全に正確な配列を必要とするわけではない。このような走査は、当業者に知られた種々の方法で、好ましくは、例えば、米国特許出願番号第０９／３００，７４７号に記載されているようにして、遂行され得る。Ｐｕｂｍｅｄ  Ｅｎｔｒｅｚの「遺伝子」及び「ＳＮＰ」データベースはまた、多型を同定するために用いられ得る。
【００５４】
ゲノム配列及びｃＤＮＡ配列は、両方とも又は二者択一的に、多型を同定する際に用いられ得る。ゲノム配列は、スプライス部位における多型又はスプライス部位付近の多型の検出が求められる場合に有用である。このような多型は、イントロン、エキソン、又は重複するイントロン／エキソンの境界であり得る。解析された核酸配列は、遺伝子の全ゲノムＤＮＡ又は部分的ゲノムＤＮＡ配列を表し得る。部分的ｃＤＮＡ配列もまた利用され得るが、これはそれほど好ましくない。本明細書中に記載されているように、多型バリアント走査解析は、配列重複領域（部分配列からのものでさえ）を、利用し得る。本発明の記載は、ＤＮＡ（例えば、ｃＤＮＡ）を参照することにより提供されるものの、一部の配列は、ＲＮＡ配列（例えば、ｍＲＮＡ配列）として提供され得る。
【００５５】
遺伝子中の多型バリアントの位置の解釈は、コード化されるタンパク質の最初のＡＴＧ（翻訳開始部位）の正確な指定に依り得る。正確なＡＴＧは、ＧｅｎＢａｎｋで不正確である可能性があるが、当業者は、正しい翻訳開始コドン（これは、必ずしもＡＴＧではない）を決定的に同定するための実験の実行の仕方を知っているだろう。例えば、識別子（ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）の記録における誤りのために、又は一以上の識別子が存在しないために、遺伝子又は遺伝子の一部の適切な同定に関して少しでも潜在的な疑義がある場合、多義性を解決するために用いる優先事項は、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号、ＯＭＩＭ同定番号、ＨＵＧＯ識別子、共通の名称の識別子である。
【００５６】
対立遺伝子及び遺伝子型頻度は、症例とコントロールとの間で、統計学的ソフトウェア（例えば、ＳＡＳ  ＰＲＯＣ  ＮＬＭＩＸＥＤ）を用いて比較され得る。オッズ比は、デルタ法による対数線形モデルを用いて計算され得［Ａｇｒｅｓｔｉ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（１９９０）］、統計学的有意性を、χ２検定を介して評価する。尤度比（Ｇ２）は、種々のモデルの適合度（ｇｏｏｄｎｅｓｓ  ｏｆ  ｆｉｔ）を評価するために用いられた。即ち、Ｇ２は、オッズ比の信頼性の指標を提供する；Ｇ２  Ｐ値が小さいと、検定されているモデルに対する適合性に乏しいことが示される。組合せ遺伝子型（ｃｏｍｂｉｎｅｄ  ｇｅｎｏｔｙｐｅ）は、症例及びコントロールにおける配偶子頻度を、対立遺伝子の四つの組合せのモデルをＷｅｉｒ、Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，ＭＡ：Ｓｉｎａｕｅｒ（１９９６）により記載されたようにして用いて最尤推定法（ｍａｘｉｍｕｍ  ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ  ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ）で評価することにより、解析され得る。遺伝子−遺伝子相互作用の効果は、一連の非階層性ロジスティックモデルを用いて検定され［Ｐｉｅｇｏｒｓｃｈら、Ｓｔａｔ．Ｍｅｄ．１３：１５３−１６２（１９９４）］、相互作用的な優性及び劣性の効果が推定され得る。試料のサイズは、本研究の焦点の外側の可変要素を最小化する比較的均質な集団から可能な限り大きい。
【００５７】
ゲノムＤＮＡは、症例及びコントロールより、ＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  Ｂｌｏｏｄ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ、ＵＫから）を用いて抽出され得る。多型の遺伝子型決定は、研究される遺伝子の適切な制限部位を用いたＰＣＲ−ＲＦＬＰ（制限断片長多型）を用いて遂行され得る［Ｆｒｏｓｓｔら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．，１０：１１１−１１３（１９９５）；Ｈｏｌら、Ｃｌｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．，５３：１１９−１２５（１９９８）；Ｂｒｏｄｙら、Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．，７１：１２０７−１２１５（２００２）］。多型は、対立遺伝子特異的プライマー伸長アッセイを用いて遺伝子型の同定が行われ、そしてマトリックス支援レーザー脱離イオン化法−飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）により評点付けされ得る。適切なコントロールは、全てのアッセイに含められるべきであり、遺伝子型の同定の一貫性は、試料の１０〜１５％を二連で解析することにより検定され得る。
【００５８】
アッセイの一の型は、アレイハイブリダイゼーションアッセイと呼ばれ、その例は、マルチプレックス対立遺伝子特異的診断アッセイ（ＭＡＳＤＡ）（米国特許第５，８３４，１８１号；Ｓｈｕｂｅｒら、Ｈｕｍ．Ｍｏｌｅｃ．Ｇｅｎｅｔ．，６：３３７−３４７（１９９７）である。ＭＡＳＤＡでは、マルチプレックスＰＣＲ（Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ  ＰＣＲ）からの試料は、固体支持体上に固定される。単一のハイブリダイゼーションは、標識化された対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）のプールを用いて行われる。次いで、支持体を洗浄し、プールに残存するハイブリダイズしていないＡＳＯを除去する。支持体上に残存する、標識化されたＡＳＯは検出され、そして支持体から溶離される。溶離されたＡＳＯは、次いで、配列決定され、存在する変異が決定される。
【００５９】
二種のアッセイは、ＰＣＲ中のハイブリダイゼーションベースの対立遺伝子識別に依存する。ＴａｑＭａｎアッセイ（米国特許第５，９６２，２３３号；Ｌｉｖａｋら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．，９：３４１−３４２，１９９５）は、ドナー色素が一末端に、アクセプター色素がもう一方の末端にある結果、上記色素の対が蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）を介して相互作用する、対立遺伝子特異的（ＡＳＯ）プローブを用いる。
【００６０】
ＴａｑＭａｎアッセイの代替手段は、モレキュラー・ビーコン・アッセイ［米国特許第５，９２５，５１７号；Ｔｙａｇｉら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．，１６：４９−５３（１９９８）］である。制限部位に影響するＳＮＰの高処理スクリーニングは、マイクロタイターアレイ対角ゲル電気泳動（Ｍｉｃｒｏｔｉｔｅｒ  Ａｒｒａｙ  Ｄｉａｇｏｎａｌ  Ｇｅｌ  Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ）（ＭＡＤＧＥ）（Ｄａｙ及びＨｕｍｐｈｒｉｅｓ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，２２２：３８９−３９５，１９９４）により達成され得る。
【００６１】
更なるアッセイは、ポリメラーゼ及びリガーゼによるミスマッチの区別に依存する。ＰＣＲの重合段階では、ハイブリダイズするプライマーの３’末端での正確な塩基対形成に関して、ハイストリンジェンシーが必要とされる。このために、ＤＮＡ中の一塩基変化の迅速な検出のためのＰＣＲの使用が、特異的対立遺伝子のＰＣＲ増幅（ＰＡＳＡ）と様々に呼ばれている方法［Ｓｏｍｍｅｒら、Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎ．Ｐｒｏｃ．，６４：１３６１−１３７２（１９８９）；Ｓａｒｋｅｒら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９０）、対立遺伝子−特異的増幅（ＡＳＡ）、対立遺伝子−特異的ＰＣＲ、及び増幅不応性変異システム（ＡＲＭＳ）［Ｎｅｗｔｏｎら、Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．（１９８９）；Ｎｉｃｈｏｌｓら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ（１９８９）；Ｗｕら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，（１９８９）］で、特異的に設計されたオリゴヌクレオチドを用いることにより、可能になった。これらの方法では、一の対立遺伝子と完全にマッチするが、他の対立遺伝子とは３’末端で又は３’末端付近でミスマッチするオリゴヌクレオチドプライマーが設計される。これにより、一の対立遺伝子がもう一方よりも優先的に増幅される。二本の大きさが異なる産物を産生する３つのプライマーを用いることにより、個人が変異に関して、ホモ接合性であるか、ヘテロ接合性であるかが決定され得る［Ｄｕｔｔｏｎ及びＳｏｍｍｅｒ，Ｂｉｏ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１１：７００−７０２（１９９１）］。ｂｉ−ＰＡＳＡと呼ばれる別の方法では、４つのプライマーが用いられる；ＳＮＰの部位から様々の距離で結合する２つのアウタープライマー、及び二本の対立遺伝子特異的インナープライマー［Ｌｉｕら、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，７：３８９−３９８（１９９７）］。
【００６２】
別の技術は、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ［Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４１：１０７７−１０８０（１９８８）］及びリガーゼ連鎖反応である［ＬＣＲ；Ｂａｒａｎｙ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８８：１８９−１９３（１９９１）］である。ＯＬＡでは、ＳＮＰ周辺の配列は、まずＰＣＲにより増幅されるのに対し、ＬＣＲでは、ゲノムＤＮＡは、テンプレートとして用いられ得る。ＯＬＡに基づくマススクリーニングのための一の方法では、増幅されたＤＮＡテンプレートは、標識化されたオリゴヌクレオチドプローブ間のライゲーション反応のテンプレートとして機能する能力が解析される［Ｓａｍｏｔｉａｋｉら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，２０：２３８−２４２，（１９９４）］。代替的なゲルベースのＯＬＡアッセイでは、多型バリアントは、マルチプレックスＰＣＲ及びマルチプレックスライゲーションを用いて、同時に検出され得る［米国特許第５，８３０，７１１号；Ｄａｙら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、２９：１５２−１６２（１９９５）；Ｇｒｏｓｓｍａｎら、Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．、２２：４５２７−４５３４、（１９９４）］。ライゲーションアッセイの更なる改変は、ダイ−標識化オリゴヌクレオチドライゲーション（ＤＯＬ）アッセイと呼ばれている［米国特許第５，９４５，２８３号；Ｃｈｅｎら、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，８：５４９−５５６（１９９８）］。
【００６３】
ミニ配列決定と呼ばれる多型バリアントの検出のための別の方法では、ポリメラーゼによって特異的ヌクレオチドを標的依存的に、一つのプライマーのすぐ下流３’に付加することは、どの対立遺伝子が存在するかを決定するために用いられる（米国特許第５，８４６，７１０号）。この方法を用いて、幾つかのバリアントが、座位特異的なプライマーを大きさに基づいて電気泳動を介して分離することにより、並びに標識化されたヌクレオチドを用いて対立遺伝子特異的組み込みを決定することにより、並行して解析され得る。固相ミニ配列決定を用いた個々のバリアントの決定は、Ｓｙｖａｎｅｎら、Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．，５２：４６−５９（１９９３）により記載されている。ミニ配列決定はまた、マイクロアレイでの使用に適合せられる［Ｓｈｕｍａｋｅｒら、Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔ．，７：３４６−３５４（１９９６）］。マルチプレックスＰＣＲを用いた使用が適切なこの方法の変形では、伸長は適切な標識化ｄｄＮＴＰ及び未標識化ｄｄＮＴＰを使用して達成される［Ｐａｓｔｉｎｅｎら、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，７：６０６−６１４（１９９７）］。固相ミニ配列決定はまた、まだ分けられていない試料中の種々のテンプレートから複数の多型ヌクレオチドを検出するために用いられている［Ｐａｓｔｉｎｅｎら、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．，４２：１３９１−１３９７（１９９６）］。蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）は、多型バリアントを検出するために、ミニ配列決定と組み合わせて用いられている［米国特許第５，９４５，２８３号；Ｃｈｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９４：１０７５６−１０７６１（１９９７）］。
【００６４】
記載された方法の多くは、標的試料からのＤＮＡの増幅を伴う。これは、例えば、ＰＣＲにより、達成され得る。他の適切な増幅方法としては、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）［Ｗｕ及びＷａｌｌａｃｅ、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ４，５６０（１９８９）、Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１、１０７７（１９８８）を参照のこと］、転写増幅［Ｋｗｏｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６，１１７３（１９８９）］、自己継続配列複製（ｓｅｌｆ−ｓｕｓｔａｉｎｅｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ）［Ｇｕａｔｅｌｌｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７，１８７４（１９９０）］及び核酸ベースの配列増幅（ＮＡＳＢＡ）が挙げられる。
【００６５】
一塩基伸長方法は、例えば、米国特許第５，８４６，７１０号、同第６，００４，７４４号、同第５，８８８，８１９号及び同第５，８５６，０９２号により記載されている。ポリメラーゼ連鎖反応を用いて生成された増幅産物は、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法の使用により解析され得る。種々の対立遺伝子は、種々の配列依存的融解特性及び溶液中のＤＮＡの電気泳動に基づいて同定され得る。［Ｅｒｌｉｃｈ編、ＰＣＲ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ＤＮＡ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，（１９９２））、第７章。］
【００６６】
アレイにより、試料中の多数のポリヌクレオチドをアッセイし得る高処理技術が提供される。アレイを構築するための技術及びこれらのアレイを用いる方法は、例えば、Ｓｃｈｅｎａら、（１９９６）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．９３（２０）：１０６１４−９；Ｓｃｈｅｎａら、（１９９５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７０（５２３５）：４６７−７０；Ｓｈａｌｏｎら、（１９９６）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．６（７）：６３９−４５、米国特許第５，８０７，５２２号、ＥＰ７９９８９７；ＷＯ９７／２９２１２；ＷＯ９７／２７３１７；ＥＰ７８５２８０；ＷＯ９７／０２３５７；米国特許第５，５９３，８３９号；同第５，５７８，８３２号；ＥＰ７２８５２０；米国特許第５，５９９，６９５号；ＥＰ７２１０１６；米国特許第５，５５６，７５２号；ＷＯ９５／２２０５８及び米国特許第５，６３１，７３４号に記載されている。
【００６７】
スクリーニングはまた、タンパク質の機能的特性又は抗原特性に基づき得る。本発明に関係するタンパク質中の病因多型（ｐｒｅｄｉｓｐｏｓｉｎｇ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）を決定するように設計されたイムノアッセイが、スクリーニングにおいて用いられ得る。多型バリアント又は遺伝子産物に特異的な抗体は、スクリーニングイムノアッセイにおいて用いられ得る。試料は、被検体から採られる。試料としては、本明細書中で用いられる場合、生物学的流体（例えば、気管洗浄液、血液、脳脊髄液、涙、唾液、リンパ液、透析流体等；臓器又は組織培養由来の流体；及び生理学的組織から抽出した流体）が挙げられる。試料はまた、このような流体の誘導体及び画分を含み得る。一部の実施形態では、試料は、生検由来である。試料中の細胞数は、一般的に少なくとも約１０３であり、通常は少なくとも１０４であり、より一般的には少なくとも約１０５であろう。細胞は、固形組織の場合には分離され得るか、又は組織切片が解析され得る。或いは細胞の可溶化液が調製され得る。
【００６８】
一部の実施形態の場合、検出は細胞又は組織学的切片の染色を利用し、これは従来の方法に従って遂行される。診断のための代替的な方法は、抗体と多型バリアントによりコード化されるタンパク質との間の可溶化液中での結合のインビトロ検出に依存する。他のイムノアッセイは、当該分野で知られており、診断法としての使用が見出され得る。オークタロニープレートは、抗体結合の単純な決定を提供する。ウェスタンブロットは、タンパク質ゲル又はフィルター上のタンパク質スポット上で、多型バリアントタンパク質に特異的な検出システムを所望の通りにして用いて、簡便にはサンドウィッチアッセイについて記載される標識方法を用いて、遂行され得る。
【００６９】
本発明は、上の局面で同定された一以上の遺伝子の一以上の多型バリアントに関して個人の遺伝子型を、本発明の他の局面で同定された遺伝子の一部である核酸配列又は相補的な配列の質量スペクトル決定を用いることにより決定するための方法を提供する。このような質量スペクトル法は、当業者に知られている。
【００７０】
多型バリアントの存在又は不存在の検出は、上に同定された遺伝子の一つに対応する核酸配列又はこのような遺伝子の産物とプローブとを接触させることを含み得る。プローブは、遺伝子、遺伝子産物、多型バリアント対立遺伝子産物若しくは対立遺伝子産物の特定の形態を、又は特定の多型バリアントの存在を、例えば、示差的結合若しくはハイブリダイゼーションにより識別し得る。用語「プローブ」とは、構造が異なる標的分子間で検出可能に識別し得る分子をいう。検出は、種々の異なる方法で、使用されるプローブの型及び標的分子の型に依存して、達成され得る。従って、例えば、検出は、標的分子の活性レベルの識別に基づき得るが、好ましくは、特異的な結合の検出に基づく。このような特異的な結合の例としては、抗体結合及び核酸プローブハイブリダイゼーションが挙げられる。プローブは、以下、タンパク質、炭水化物、ポリマー又は低分子の一以上を含み得、これらは、遺伝子又は遺伝子産物の一の多型バリアント又はバリアント形態に、一以上の多型バリアント部位に異なる塩基を有する遺伝子の形態に結合するより大きな度合いで結合し得、その結果、上記遺伝子の多型バリアント又はバリアント形態の存在が決定され得る。プローブは、一以上のマーカー（放射性標識（例えば、放射性核種）、フルオロフォア若しくは蛍光色素、ペプチド、酵素、抗原、抗体、ビタミン又はステロイドが挙げられるが、これらに限定されない）を取り込み得る。プローブは、本明細書中に記載される少なくとも一の多型バリアントを識別し得る。プローブはまた、特定の遺伝子又は遺伝子産物に対して、他の遺伝子若しくは遺伝子産物への結合が、目的の特定の多型バリアントの存在又は不存在を同定するアッセイの使用を少なくとも妨げない程度に、特異性を有し得る。
【００７１】
本発明で問題となる核酸分子は、種々の方法（化学的合成、ｃＤＮＡ又はゲノムライブラリースクリーニング、発現ライブラリースクリーニング、及び／又はｃＤＮＡのＰＣＲ増幅が挙げられるが、これらに限定されない）で容易に得られ得る。このようなＤＮＡを単離するのに有用な、あれやこれやの方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ」Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９８９）により、Ａｕｓｕｂｅｌら、編、「Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ」Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  Ｐｒｅｓｓ（１９９４）により、並びにＢｅｒｇｅｒ及びＫｉｍｍｅｌ、「Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ：Ｇｕｉｄｅ  Ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ」第１５２巻、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ（１９８７）により記載されている。核酸配列は、哺乳動物の配列である。一部の実施形態では、上記核酸配列は、ヒト、ラット及びマウスである。
【００７２】
核酸分子の化学的合成は、当該分野で周知の方法（例えば、Ｅｎｇｅｌｓら、Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．編、２８：７１６−７３４（１９８９）により記載されたもの）を用いて達成され得る。これらの方法としては、中でも、核酸合成の、ホスホトリエステル法、ホスホロアミダイト法及びＨ−ホスホナート方法が挙げられる。約１００ヌクレオチドよりも長さが大きい核酸は、各断片が最大約１００ヌクレオチドの長さの、幾つかの断片として合成され得る。次いで、上記断片は、一つにライゲートされ、ポリペプチドをコード化する全長核酸を形成し得る。好ましい方法は、標準的なホスホロアミダイト化学を用いたポリマーサポート合成（ｐｏｌｙｍｅｒ−ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）である。
【００７３】
或いは、上記核酸は、ポリペプチドを発現する、一以上の組織供給源から調製される適切なｃＤＮＡライブラリー、又は任意の亜種からのゲノムライブラリーをスクリーニングすることにより得られ得る。ゲノムライブラリーの供給源は、任意の哺乳動物又は本発明に関係するタンパク質をコード化する遺伝子を保有すると考えられる他の種からの任意の組織であり得る。上記ライブラリーは、ｃＤＮＡ／遺伝子の存在に関して、遺伝子又は遺伝子ホモログｃＤＮＡ又はライブラリー中に存在する遺伝子と選択的にハイブリダイズする一以上の核酸プローブ（上記遺伝子若しくは遺伝子ホモログｃＤＮＡ若しくはクローニングされるべき遺伝子に対して許容されるレベルのホモロジーを有する、オリゴヌクレオチド、ｃＤＮＡ若しくはゲノムＤＮＡ断片）を用いて、スクリーニングされ得る。プローブは、そこからライブラリーが調製され得る種と、好ましくは、種として同一又は類似の種からのＤＮＡ配列の小さな領域と相補的であるか、又はこれをコード化する。或いは、上記プローブは、以下に考察されるように、変性であり得る。ハイブリダイゼーション後、ライブラリーを含むブロットは、いくつかの要因（例えば、プローブの大きさ、プローブのクローンに対する予想されるホモロジー、スクリーニングされるライブラリーの型、スクリーニングされるクローンの数等）に依って、適切なストリンジェンシーにて洗浄される。ストリンジェントな洗浄溶液は、通常、イオン強度が小さく、比較的高温で用いられる。
【００７４】
本発明に従って核酸を得るための別の適切な方法は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）である。この方法では、ポリ（Ａ）＋ＲＮＡ又は全ＲＮＡが、遺伝子産物を発現する組織から抽出される。ｃＤＮＡは次いで、ＲＮＡから酵素逆転写酵素を用いて調製される。二つのプライマー、代表的にはｃＤＮＡ（オリゴヌクレオチド）の二の別個の領域に相補的な二つのプライマーは、次いで、上記ｃＤＮＡに、ポリメラーゼ（例えば、Ｔａｑポリメラーゼ）と一緒に添加され、上記ポリメラーゼが、二つのプライマー間のｃＤＮＡ領域を増幅する。
【００７５】
本発明は、単離、精製又は濃縮（ｅｎｒｉｃｈ）された、長さ１５〜５００ヌクレオチド、長さ１５〜１００ヌクレオチド、長さ１５〜５０ヌクレオチド及び長さ１５〜３０ヌクレオチドの、核酸配列の使用を提供し、上記核酸配列は、上記局面に関して同定された遺伝子の一つの一部に対応する配列を有する。一部の実施形態では、核酸は、少なくとも長さ１７、２０、２２又は２５ヌクレオチドである。一部の実施形態では、核酸配列は、長さ３０〜３００ヌクレオチド、又は長さ４５〜２００ヌクレオチド、又は長さ４５〜１００ヌクレオチドである。一部の実施形態では、プローブは、少なくとも長さ１５、１７、２０、２２、２５、３０、３５、４０若しくはより多いヌクレオチドの、又は長さ５００、２５０、２００、１００、５０、４０、３０若しくはより少ないヌクレオチドの核酸プローブである。好ましい実施形態では、プローブは、上記の長さの何れか一つから上記長さの他の何れかまでの範囲の長さ（終了点を含む）を有する。核酸配列は、少なくとも一の多型バリアント部位を含む。このような配列は、例えば、本明細書中で同定された遺伝子の多型バリアント部位に及ぶか又はこれを含む配列の増幅産物であり得る。このような配列の核酸は、このような遺伝子の多型バリアント部位に結合し得るか又はこれを介して伸長し得る、プライマー又は増幅オリゴヌクレオチドとして用いられ得る。別の例は、このような配列からなる核酸ハイブリダイゼーションプローブである。このようなプローブ、プライマー及び増幅産物では、核酸配列は、多型バリアント部位（例えば、本明細書中で同定される多型バリアント部位）に対応する配列又は部位を含み得る。多型を解析するための対立遺伝子特異的プローブの設計及び使用は、当該分野で一般に知られており、例えば、Ｓａｉｋｉら、Ｎａｔｕｒｅ  ３２４：１６３−１６６（１９８６）；Ｄａｔｔａｇｕｐｔａ，ＥＰ  ２３５，７２６，Ｓａｉｋｉ、ＷＯ８９／１１５４８を参照のこと。二の個人からの各々のセグメントに種々の多型形態が存在するために、一個人からの標的ＤＮＡのセグメントにはハイブリダイズするが別の個人からの対応するセグメントにはハイブリダイズしない対立遺伝子特異的プローブが設計され得る。核酸ハイブリダイゼーションプローブは、二以上の多型バリアント部位に及び得る。他に明記されていなければ、核酸プローブは、塩基対形成機能が保持されている限り、一以上の核酸類似体、標識又は他の置換基若しくは部分を含み得る。核酸配列は、少なくとも一の多型バリアント部位を含む。プローブはまた、検出可能な標識（例えば、放射性又は蛍光標識）を含み得る。種々の他の検出可能な標識は、当業者に知られている。核酸プローブはまた、一以上の核酸類似体を含み得る。
【００７６】
核酸プローブハイブリダイゼーションに関連して、用語「特異的にハイブリダイズする」は、プローブが、ミスマッチした塩基を少なくとも一の多型バリアント部位に有する配列より十分に大きな度合いで標的配列にハイブリダイズし、このようなハイブリダイゼーションの識別を可能にすることを示す。用語「特異的にハイブリダイズする」は、選択的ハイブリダイゼーション条件下でのプローブ／標的配列ハイブリダイゼーションの即座の同定が可能であるレベルで、プローブが、標的配列にはハイブリダイズするが非標的配列にはハイブリダイズしないことを意味する。「選択的ハイブリダイゼーション条件」とは、このような示差的な結合を可能にする条件をいう。同様に、用語「特異的に結合する」及び「選択的な結合条件」とは、任意の型のプローブの、このような示差的な結合、及びこのような示差的な結合を可能にする条件をいう。患者試料中のバリアント部位の状態（ｓｔａｔｕｓ）を決定するためのハイブリダイゼーション反応は、二つの異なるプローブであって、あり得るバリアントヌクレオチドの各々に対して特異的なもの、を用いて実行され得る。二の別個のハイブリダイゼーション反応に由来する補足的な情報は、結果を裏付けるのに有用である。
【００７７】
種々の可変要素（塩濃度変化、温度変化、ｐＨ変化及びＧＣ対ＡＴ塩基対の示差的親和性に影響する種々の化合物（例えば、塩化テトラメチルアンモニウム）の添加を含む）は、遺伝子の二のバリアント形態間の区別を最適化するために調節され得る。［Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ａｕｓｕｂｅｌら、（編集者）、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓを参照のこと。］ハイブリダイゼーション条件は、対立遺伝子間のハイブリダイゼーション強度に有意差がある程度に、好ましくは本質的に二成分反応がある程度に、十分にストリンジェントであるべきであり、これによりプローブは、対立遺伝子の一方のみにハイブリダイズする。ハイブリダイゼーションは通常、オリゴヌクレオチドと、本明細書中に記載される多型部位の一つ又は本明細書中に記載される技術を用いて同定された多型部位の一つを含む標的核酸との間に特異的な結合を可能にする、ストリンジェントな条件下で遂行される。ストリンジェントな条件は、オリゴヌクレオチドと少なくとも一の多型部位に及ぶ相同性の高い配列との特異的なハイブリダイゼーションを可能にする、任意の適切な緩衝液濃度及び温度、並びにオリゴヌクレオチドの非特異的な結合を取り除く任意の洗浄条件として定義される。例えば、５×ＳＳＰＥ（７５０ｍＭのＮａＣｌ、５０ｍＭのリン酸ナトリウム、５ｍＭ  ＥＤＴＡ、ｐＨ７．４）及び２５〜３０℃の温度の条件は、対立遺伝子特異的プローブハイブリダイゼーションに適している。洗浄条件の範囲は、通常は、室温から６０℃である。一部のプローブは、標的ＤＮＡのセグメントにハイブリダイズして多型部位がプローブの中央位置で整列するように設計される。このプローブ設計は、種々の対立遺伝子形態間でハイブリダイゼーションの十分な識別を達成する。
【００７８】
対立遺伝子特異的プローブは、対で用いられ得、対の一つのメンバーは、標的配列の参照形態に完全にマッチし、他のメンバーはバリアント形態に完全にマッチする。次いで、プローブの幾つかの対は、同一の標的配列内の複数の多型の同時解析のために同一の支持体上に固定され得る。多型はまた、核酸アレイへのハイブリダイゼーションにより同定され得、これらの一部の例がＷＯ９５／１１９９５に記載される。アレイは、マルチプレックスチップの形態で提供され得る。
【００７９】
プローブの一の使用は、少なくとも一の配列多型バリアントを含む核酸配列にハイブリダイズするプライマーとしてである。好ましくは、このようなプライマーは、解析されるべき多型バリアント部位から、３００ヌクレオチド以下離れた配列、より好ましくは２００ヌクレオチド以下離れた配列、更により好ましくは１００ヌクレオオチド以下離れた配列、そして最も好ましくは５０ヌクレオチド以下離れた配列に、ハイブリダイズする。好ましくは、プライマーは、長さ１００ヌクレオチド以下であり、より好ましくは５０ヌクレオチド以下であり、更に好ましくは３０ヌクレオチド以下であり、最も好ましくは長さ２０ヌクレオチド以下である。一部の実施形態では、上記群は、本明細書中で同定された、遺伝子の複数の配列多型バリアントに結合するか又はこれを介して伸長するように適合せられたプライマー又は増幅オリゴヌクレオチドを包含する。一部の実施形態では、複数の多型バリアントは、ハプロタイプを含む。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、多型バリアント特異的増幅を提供するように設計及び選択される。
【００８０】
プローブの別の型は、ペプチド又はタンパク質であり、例えば、少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在により特徴付けられる、特定の型の遺伝子により発現されるポリペプチドに特異的に又は優先的に結合する抗体又は抗体断片である。このような抗体は、ポリクローナル抗体であってもよいし、モノクローナル抗体であってもよく、当該分野で周知の方法により調製され得る。
【００８１】
抗体は、遺伝子によりコード化されるポリペプチドに対する影響を有する多型バリアントの所定の多型バリアントの存在を探索するために用いられ得る。例えば、抗体は、得られたタンパク質中、一以上のアミノ酸残基の変化を認識し得る。一部の実施形態では、抗体は、特異なスプライスバリアントによりコード化されるポリペプチドを認識するために用いられる。多型がタンパク質の表面特徴（例えば、糖鎖付加部位、脂質修飾等）を導入又は排除する場合、抗体はまた、特定のバリアントを同定するために用いられ得る。
【００８２】
所定の多型バリアントを同定するために関係する遺伝子産物の一部に結合し得る、ポリクローナル及び／又はモノクローナル抗体並びに抗体断片が提供される。抗体は、マウス又は他の動物に、バリアント遺伝子産物又はその合成ペプチド断片を注射することにより作製され得る。モノクローナル抗体は、例えば、Ｈａｒｌｏｗ  ＆  Ｌａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８８）；Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ（第２版）Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８６）に記載されているようにしてスクリーニングされる。モノクローナル抗体は、バリアント遺伝子産物に対する特異的な免疫反応性に関して、及び対応する原型遺伝子産物に対する免疫反応性がないことに関して、試験される。これらの抗体は、バリアント形態の検出のための診断用アッセイにおいて、又は医薬組成物中の活性成分として有用である。
【００８３】
本発明は、一以上の多型バリアントの存在又は不存在の検出に基づいた、治療上の適切な戦略を選択するための方法を提供する。薬効に対する効果に関して多型バリアントの効果を試験する一般的な方法は、当業者に知られており、種々の供給源（例えば、米国特許第６，５３７，７５９号；同第６，６６４，０６２号；及び同第６，７５９，２００号）において提供される。
【００８４】
本発明に関係する治療用薬剤は、化合物及び／又は組成物であり得、低分子、核酸、タンパク質、抗体又は一以上の治療上の特性を有する他の任意の薬剤を含有し得る。治療用薬剤は、薬学的に受容可能な任意の様式で処方され得る。一部の実施形態では、治療用薬剤は、治療用薬剤が投与された体内への放出が、時間に関して及び上記体内での位置に関して制御されるのを可能にする、デポー形態で調製される（例えば、米国特許第４，４５０，１５０号を参照のこと）。治療用薬剤のデポー形態は、例えば、治療用薬剤及び多孔性若しくは非多孔性の物質（例えば、ポリマー）を含有する植え込み式の組成物であり得、ここで、上記治療用薬剤は、上記物質及び／又は非多孔性物質の分解物により被包されるか、又はこれらのすみずみに拡散される。次いで、デポーは、体内の所望の位置へと移植され、治療用薬剤は移植片から既定の速度で放出される。
【００８５】
本発明において用いられる治療用薬剤は、組成物（例えば、担体及び治療用化合物を含有する医薬組成物）として形成され得る。治療用薬剤を含有する医薬組成物は、一種より多くの治療用薬剤を含有し得る。或いは、医薬組成物は、治療用薬剤を、他の薬学的に活性な薬剤又は薬物（例えば、化学療法剤（例えば、癌薬物））と組み合わせて、含有し得る。
【００８６】
担体は、任意の適切な担体であり得る。好ましくは、担体は、薬学的に受容可能な担体である。医薬組成物に関して、担体は、従来用いられているもののいずれのものであってもよく、化学物理的考察（例えば、溶解度及び活性化合物との反応性の欠如）によって、及び投与経路によってのみ限定される。以下に記載された医薬組成物に加えて、本発明の方法の治療用化合物は、包接錯体（例えば、シクロデキストリン包接錯体）又はリポソームとして処方され得る。
【００８７】
本明細書中に記載される薬学的に受容可能な担体（例えば、ビヒクル、アジュバント、賦形剤及び希釈剤）は、当業者に周知であり、公衆に容易に利用可能である。薬学的に受容可能な担体は、活性な薬剤に対して化学的に不活性であり得、有害な副作用も毒性も、使用の条件下では有しないものであり得る。担体の選択は、一部には、特定の治療用薬剤により、及び治療用化合物を投与するのに用いられる特定の方法により、決定され得る。本発明の医薬組成物の種々の適切な処方物がある。以下の経口用、エアロゾル用、非経口投与用、皮下投与用、経皮投与用、経粘膜投与用、腸投与用、非経口投与用、髄内注射投与用、直接脳室内投与用、静脈内投与用、鼻腔内投与用、眼内投与用、筋肉内投与用、動脈内投与用、くも膜下腔内投与用、腹腔内投与用（ｉｎｔｅｒｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ）、直腸投与用、及び膣投与用の処方物は、例示であって、決して限定ではない。一よりも多くの経路は、治療用薬剤を投与するために用いられ得、一部の例では、特定の経路は、別の経路より迅速で別の経路より有効な反応を提供し得る。処置される特異的な状態に依存して、このような薬剤は、全身に又は局所的に処方及び投与され得る。処方及び投与のための技術は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，第１８版、Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．（１９９０）において見出され得る。
【００８８】
経口投与に適した処方物としては、（ａ）液状水剤（例えば、希釈剤（例えば、水、生理食塩水、又はオレンジジュース）中に溶解した有効量の阻害剤）；（ｂ）各々が既定量の活性成分を、固形剤又は顆粒剤として含有する、カプセル剤、サシェ剤、錠剤、ロゼンジ剤、及びトローチ剤；（ｃ）散剤；（ｄ）適切な液体中の懸濁剤；並びに（ｅ）適切な乳剤が挙げられ得る。液状処方物は、薬学的に受容可能な界面活性剤の添加有り又は無しの何れかで、希釈剤（例えば、水及びアルコール（例えば、エタノール、ベンジルアルコール、及びポリエチレンアルコール））を含有し得る。カプセル形態は、普通の硬質殻若しくは軟質殻のゼラチン型のものであり得、例えば、界面活性剤、滑沢剤及び不活性な注入剤（例えば、ラクトース、スクロース、リン酸カルシウム、及びトウモロコシデンプン）を含有し得る。錠剤形態は、ラクトース、スクロース、マンニトール、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、アルギン酸、微結晶性セルロース、アカシア、ゼラチン、グアーガム、コロイド状二酸化ケイ素、クロスカルメロースナトリウム、タルク、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、ステアリン酸、及び他の賦形剤、着色剤、希釈剤、緩衝剤、分散剤（ｄｉｓｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）、湿潤剤（ｍｏｉｓｔｅｎｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）、保存剤、矯味矯臭剤及び薬学的に適合性の他の賦形剤のうち一以上を含有し得る。ロゼンジ形態は、香料（通常はスクロース及びアカシア又はトラガカンタ）中に阻害剤を含有し得、不活性な基剤（例えば、ゼラチン及びグリセリン、又はスクロース及びアカシア、乳化剤、ゲル剤、更に当該分野で知られている賦形剤等）中に阻害剤を含有する香錠を含み得る。
【００８９】
経口で使用され得る薬学的調製物としては、ゼラチン製押し合わせ（ｐｕｓｈ−ｆｉｔ）カプセル剤並びにゼラチン及び可塑剤（例えば、グリセロール又はソルビトール）製の軟質密封カプセル剤が挙げられる。押し合わせカプセル剤は、活性成分を、注入剤（例えば、ラクトース）、結合剤（例えば、デンプン）、及び／又は滑沢剤（例えば、タルク若しくはステアリン酸マグネシウム）と一緒に、及び必要に応じて、安定剤と一緒に、含有し得る。軟質カプセルでは、活性な化合物は、適切な液体（例えば、脂肪油、液体パラフィン、又は液体ポリエチレングリコール）中に溶解又は懸濁され得る。更に、安定剤が添加され得る。
【００９０】
治療用薬剤は、単独で又は他の適切な構成因子と組み合わせて、エアロゾル処方物に作製され、吸入により投与され得る。これらのエアロゾル処方物は、加圧された受容可能な噴霧剤（例えば、ジクロロジフルオロメタン、プロパン、窒素等）中に入れられ得る。これら処方物はまた、（例えば、ネブライザー又はアトマイザー中で）加圧されていない調製物の調合薬として処方され得る。このような噴霧処方物はまた、粘膜を噴霧するのに用いられ得る。局所的な処方物は、当業者に周知である。このような処方物は、本発明の文脈で、皮膚に対する適用に関して、特に適切である。
【００９１】
注射可能な処方物は、本発明に従う。注射可能な組成物の、有効な薬学的担体のパラメーターは、当業者に周知である［例えば、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｐｈａｒｍａｃｙ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｊ．Ｂ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ，Ｂａｎｋｅｒ  ａｎｄ  Ｃｈａｌｍｅｒｓ編、２３８  ２５０頁（１９８２）、及びＡＳＨＰ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｎ  Ｉｎｊｅｃｔａｂｌｅ  Ｄｒｕｇｓ，Ｔｏｉｓｓｅｌ，第４版、６２２  ６３０頁（１９８６）を参照のこと］。注射のため、本発明の薬剤は、水溶液中に、好ましくは、生理的に適合性の緩衝液（例えば、ハンクス溶液、リンゲル溶液又は生理食塩水緩衝液）中に、処方され得る。このような経粘膜投与のために、浸透されるべき障壁に対して適切な浸潤剤（ｐｅｎｅｔｒａｎｔ）が処方物において用いられる。このような浸潤剤は、一般的に当該分野で知られている。
【００９２】
非経口投与に適切な処方物としては、水性及び非水性の等張滅菌注射溶液（これは、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤、及び当該処方物を意図されるレシピエントの血液と等張にする溶質を含有し得る）、並びに水性及び非水性の滅菌懸濁剤（これは、懸濁剤、可溶化剤、増粘剤（ｔｈｉｃｋｅｎｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）、安定化剤及び保存剤を含有し得る）が挙げられる。治療用薬剤は、薬学的担体（例えば、滅菌液体又は液体混合液（水、生理食塩水、水性デキストロース及び類似の糖の水溶液を含む）、アルコール（例えば、エタノール又はヘキサデシルアルコール、グリコール（例えば、プロピレングリコール若しくはポレエチレングリコール））、ジメチルスルホキシド、グリセロール、ケタール（例えば、２，２−ジメチル−１，３−ジオキソラン−４−メタノール）、エーテル、ポリ（エチレングリコール）４００、油、脂肪酸、脂肪酸エステル若しくはグリセリド、アセチル化された脂肪酸グリセリド）中、薬学的に受容可能な界面活性剤（例えば、石鹸若しくは洗剤）、懸濁剤（例えば、ペクチン）、カルボマー（ｃａｒｂｏｍｅｒ）、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース又はカルボキシメチルセルロース又は乳化剤及び他の薬学的アジュバントの添加有り又は無しで、生理学的に受容可能な希釈剤で、投与され得る。
【００９３】
油（これは、非経口処方物中で用いられ得る）としては、石油、動物油、植物油又は合成油が挙げられる。油の具体例としては、ピーナッツ油、大豆油、ゴマ油、綿実油、トウモロコシ油、オリーブ油、ワセリン油、及び鉱油が挙げられる。非経口処方物における使用に適切な脂肪酸としては、オレイン酸、ステアリン酸及びイソステアリン酸が挙げられる。オレイン酸エチル及びミリスチン酸イソプロピルは、適切な脂肪酸エステルの例である。
【００９４】
非経口処方物における使用が適切な石鹸としては、脂肪アルカリ金属、アンモニウム、及びトリエタノールアミン塩が挙げられ、適切な洗剤としては、（ａ）カチオン性洗剤（例えば、ジメチルジアルキルアンモニウムハライド及びアルキルピリジニウムハライド）、（ｂ）アニオン性洗剤（例えば、アルキルスルホン酸塩、アリールスルホン酸塩、及びオレフィンスルホン酸塩、アルキル、オレフィン、エーテル、及びモノグリセリドの硫酸塩及びスルホサクシネート）、（ｃ）非イオン性洗剤（例えば、脂肪アミンオキシド、脂肪酸アルカノールアミド、及びポリオキシエチレンポリプロピレンコポリマー）、（ｄ）両性洗剤（例えば、アルキル−β−アミノプロピオン酸塩及び２−アルキル−イミダゾリン四級アンモニウム塩）並びに（ｅ）それらの混合物が挙げられる。
【００９５】
非経口処方物は、典型的には、溶液中に約０．５〜約２５重量％の薬物を含有する。保存剤及び緩衝液が用いられ得る。注射部位での刺激を最小化又は排除するため、このような組成物は、約１２〜約１７の親水親油バランス（ＨＬＢ）を有する、一以上の非イオン性界面活性剤を含有し得る。  このような処方物における界面活性剤の量は、典型的には、約５重量％〜約１５重量％の範囲である。適切な界面活性剤としては、ポリエチレングリコールソルビタン脂肪酸エステル（例えば、ソルビタンモノオレエート）及び、エチレンオキシドと、プロピレンオキシドとプロピレングリコールとの縮合により形成される疎水性塩基との高分子量付加物が挙げられる。非経口処方物は、単位用量密封容器又は複数回用量密封容器（例えば、アンプル若しくはバイアル）中に提供され得、そして使用の直前に滅菌液体賦形剤（例えば、注射のためには水）を添加しさえすればよいフリーズドライ（凍結乾燥）状態で貯蔵され得る。即席の注射溶液及び懸濁液は、前に記載された種類の、滅菌した散剤、顆粒剤、及び錠剤から調製され得る。
【００９６】
治療用薬剤は、種々の基剤（例えば、乳化用基剤又は水溶性基剤）と混合することにより、坐剤に作製され得る。膣投与に適した処方物は、活性成分に加えて、当該分野で適切であることが知られている担体を含有する、ペッサリー、タンポン、クリーム、ゲル、ペースト、気泡、又は噴霧処方物として提供され得る。
【００９７】
正確な処方物、投与経路及び投薬量は、個々の内科医により、患者の状態を考慮して選択され得る。［例えば、Ｆｉｎｇｌら、Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，１９７５、Ｃｈ．１  ｐ．１を参照のこと］。主治医の内科医は、毒性による、又は臓器機能障害による、投与の終了、中断又は調節の時を決定し得る。逆に、臨床応答が不十分であった場合、主治医の内科医はまた、毒性を排除しつつ、処置をより高いレベルに調節し得る。目的の障害の管理において投与された量の大きさは、処置されるべき状態の重篤度と共に、及び投与経路と共に変動するだろう。状態の重篤度は、例えば、一部は、標準的な予後評価法により評価され得る。用量及び恐らく用量頻度は、個々の患者の年齢、体重及び応答に従って変動し得る。上で考察されたプログラムに匹敵し得るプログラムは、獣医学で用いられ得る。
【００９８】
本発明の実施のために本明細書中で開示される化合物を全身投与に適した投薬量に処方するための薬学的に受容可能な担体の使用は、本発明の範囲内である。担体を適切に選択しかつ適切な製造基準を適切に選択すれば、本発明に関係する処方物は、特に、溶液として処方されるものは、非経口で（例えば、静脈注射により）投与され得る。上記化合物は、当該分野で周知の、薬学的に受容可能な担体を用いて、経口投与に適した投薬量に容易に処方され得る。このような担体のおかげで、本発明に関係する化合物は、錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー、錠剤、糖剤、水剤、懸濁剤等として、処置される患者による経口摂取用に処方され得る。
【００９９】
細胞内に投与されることが意図される薬剤は、当業者に周知の技術を用いて投与され得る。例えば、このような薬剤は、リポソーム内へ被包され、次いで、上に記載されたようにして投与され得る。リポソームは、球状脂質二重層であり、内部が水性である。リポソーム形成の時点で水溶液中に存在する全ての分子は、水性の内部に取り込まれる。リポソームの中身は、外部の微小環境から保護されるのみならず、リポソームが細胞膜と融合するので細胞の細胞質に効率よく送達される。更に、それらが疎水性であるために、有機低分子は直接的に細胞内に投与され得る。
【０１００】
感受性の変更は、薬物誘導性心調律異常の感受性の増大又は低減のいずれかであり得る。相対的な感受性は、受容可能な任意の医学的パラメータに従って測定され得る。一般に、感受性は、多型バリアントのない被検体と比較して測られるか、又は多型バリアントに関してヘテロ接合性の被検体と比較して測られる。一部の実施形態では、測定は、多型バリアントのないホモ接合性の被検体と比較して、多型バリアントに関してホモ接合性であるか又は多型バリアントに関してヘテロ接合性である。一部の実施形態では、所定の多型のうちの二以上の多型バリアントが、上記多型の二以上の多型バリアントと比較して相互に等価であると解釈される。
【０１０１】
一局面では、上記方法は、スクリーニング及び診断する工程のみならず、診断に基づいた処置レジメンを処方する工程をも包含する。一部の実施形態では、処置レジメンは、心調律異常の感受性の減少に関連する多型バリアントの存在下で、薬物の投薬量を増加させることを含む。一部の実施形態では、処置レジメンは、心調律異常の感受性の増加に関連する多型バリアントの不存在下で、薬物の投薬量を増加させることを含む。一部の実施形態では、処置レジメンは、心調律異常の感受性の増加に関連する多型バリアントの存在下で、薬物の投薬量を、減少させることを含む。一部の実施形態では、処置レジメンは、心調律異常の感受性の減少に関連する
多型バリアントの不存在下で、薬物の投薬量を減少させることを含む。例えば、ある人は、スクリーニング及び診断に基づき、心調律異常誘導性薬物を投与しないことを決定し得る。このような一部の症例では、異なる薬物が投与される。一部の実施形態では、薬物は、ＡＢＣＢ１を結合しない。一部の実施形態では、処置レジメンは、心臓モニタリングの増強を含む。
【０１０２】
別の局面では、スクリーニング及び診断により、一以上の更なる薬物の投与がなされる。一部の実施形態では、第二の薬物は、心調律異常を寛解する。
【０１０３】
本発明は、疾患又は状態に苦しむ患者に対する薬剤の投与の方法の、患者の細胞中の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を決定することによる、選択を提供し、ここでこのような存在又は不存在は、薬剤の投与の適切な方法を示唆する。処置レジメンの選択は、薬剤の投薬量レベル若しくは投与頻度若しくは投与経路又はそれらのパラメータの組合せの選択を伴い得る。一部の実施形態では、二以上の薬剤が投与され、上記選択は、一、二、又は二より多くの薬剤を、一緒に、同時に、又は別々に投与する方法の選択を伴う。当業者に理解されるように、このような複数の薬剤は、しばしば、併用療法において用いられ、従って、単一の薬物で処方され得るか、又は同時に、連続的に、若しくは別々に投与される別々の薬物であり得る。他の実施形態は、第二の処置の方法、多型バリアントを同定する方法、及び上の局面に関して記載された処置の方法の選択に関しては、上に示されている通りである。投与の頻度は、一般に、過剰な有害な影響なしに、薬物動態上有効な平均又はピーク血清レベルを達成するように選択される。一部の実施形態では、薬物の血清レベルは、可能な限り最大割合の時間の間、慎重な内科医が特定の投薬量レベルの投与頻度を減少させることになるような有害な影響を起こすことのないように、濃度の治療濃度域（ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｗｉｎｄｏｗ）の内に維持される。特定の処置の投与は、例えば、治療用の化合物又は化合物の組合せの投与は、処置されるべき疾患又は状態によって、選択される。一部の実施形態では、疾患又は状態は、処置の投与により治療上の利益が提供されることが期待されるものである。処置のための患者の選択、処置の投与方法若しくは投与様式の選択、及び処置のための患者若しくは処置の方法の選択を伴う実施形態では、上記選択は、ポジティブな選択にもネガティブな選択にもなり得る。上記方法は、患者のための処置を改変若しくは排除する工程、患者に対する処置の投与方法若しくは投与様式を改変若しくは排除する工程、又は処置若しくは処置方法のために患者の改変若しくは排除を包含し得る。患者は、処置の投与方法に関して、本明細書中で同定された遺伝子中の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出することにより、選択され得、ここで、上記少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在は、上記処置又は投与方法が患者において有効であろうことを示す。少なくとも一の多型バリアントが患者の細胞中に存在する場合、患者は、処置の投与のために選択される。
【０１０４】
本明細書中で用いられる場合、用語「薬物」又は「治療用薬剤」とは、化学物質若しくは生物学的産物、又は化学物質若しくは生物学的産物の組合せをいい、これらは、人に投与され、疾患又は状態を処置又は予防又は制御する。一部の実施形態では、化学物質又は生物学的産物は、低分子量化合物である。「低分子量化合物」は、分子量が＜５，０００Ｄａ、＜２５００Ｄａ、＜１０００Ｄａ又は＜７００Ｄａである。一部の実施形態では、化学物質は、より大きな化合物、例えば、核酸、アミノ酸、又は炭水化物の、オリゴマーであり、これらとしては、タンパク質、オリゴヌクレオチド、リボザイム、ＤＮＡザイム、糖タンパク質、リポタンパク質、並びにそれらの改変及び組合せが挙げられるが、それらに限定されない。一部の実施形態では、生物学的産物は、モノクローナル若しくはポリクローナル抗体又はそれらの断片（例えば、可変鎖断片細胞）であり；或いは組換え技術に由来する薬剤若しくは産物（例えば、治療上の使用のために開発された、組換えタンパク質、組換えワクチン若しくはＤＮＡ構築物であるが、これらに限定されない）である。用語「薬物」又は「治療用薬剤」は、薬学的製品としての販売が政府規制機関（例えば、米国食品医薬品局（ＵＳＦＤＡ若しくはＦＤＡ）、欧州医薬品庁（ＥＭＥＡ）、及び日米ＥＵ医薬品規制調和国際会議（ＩＣＨ）規則及びガイドラインを左右する世界規制機関（ｗｏｒｌｄ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ｂｏｄｙ））により認可された化合物、政府規制機関による認可を必要としない化合物、食品添加物又は栄養補助食品（ビタミンとして一般に特徴付けられる化合物を含む）、天然物、及び完全に若しくは不完全に特徴付けられる化学物質（天然の化合物若しくは精製されているか若しくは部分的に精製された天然物が挙げられる）の混合物を含み得るが、これらに限定されない。一部の実施形態では、特定の疾患若しくは状態の処置のための薬物は、政府機関により認可されている。
【０１０５】
目的の障害を示す患者を処置する際、治療上有効な量の薬剤が投与される。治療上有効な量とは、患者における一以上の症状の寛解又は生存時間の延長をもたらす化合物の量をいう。投与される治療用化合物の量又は用量は、被検体又は動物における治療上の反応に、妥当な時間枠にわたって影響を与える程度に十分であるべきである。例えば、癌の場合、治療用化合物の用量は、投与の時点から約２時間以上の期間（例えば、１２時間から２４時間以上）、転移の阻害、転移の予防、癌の処置又は予防に十分であるべきである。特定の実施形態では、上記期間は、より一層長いものであり得る。用量は、特定の治療用薬剤の有効性及び被験体の状態、並びに処置されるべき被験体の体重により決定され得る。投与される用量を決定するためのアッセイの多くは、当該分野で知られている。
【０１０６】
治療用化合物の用量はまた、特定の治療用化合物の投与に付随し得る任意の有害な副作用の存在、性質及び程度により決定され得る。主治医の内科医は、本発明に関係する、各々の個々の患者を処置する阻害剤の投薬量を、多型バリアントと疾患及び／又は本発明により提供される薬効との間の相関を用いて、並びに種々の要因（例えば、年齢、体重、全身の健康、食事、性別、投与されるべき阻害剤、投与経路及び処置される状態の重篤度）を考慮に入れて、決定し得る。一部の実施形態では、治療用化合物の用量は、約０．００１〜約１０００ｍｇ／ｋｇ処置される被験体の体重／日、約０．０１〜約１０ｍｇ／ｋｇ体重／日、約０．０１ｍｇ〜約１ｍｇ／ｋｇ体重／日である。
【０１０７】
治療用薬剤の毒性及び治療上の有効性は、細胞培養又は実験動物での標準的な薬学的手順（例えば、ＬＤ５０及びＥＤ５０を決定するためのもの）により、決定され得る。毒性効果と治療上の効果との間の用量比が、治療指数であり、それは、比ＬＤ５０／ＥＤ５０として表現され得る。一部の実施形態では、大きな治療指数を示す化合物が用いられる。これらの細胞培養アッセイ及び動物研究から得られたデータは、ヒトに用いる範囲の投薬量を処方するのに用いられ得る。このような化合物の投薬量は、毒性がほとんどないか又は全くない血中濃度の範囲内（ＥＤ５０を含み得る）にあり得る。投薬量は、用いられる投薬量形態及び投与形態に依存して、この範囲内で変動し得る。治療上有効な用量は、最初に、細胞培養アッセイから推定され得る。例えば、細胞培養中で決定されたようにして、ＩＣ５０を含む循環血漿濃度範囲を獲得するための用量が動物モデル中に処方され得る。このような情報は、より正確に、ヒトにおける有用な用量を決定するために用いられ得る。血漿中のレベルは、例えば、ＨＰＬＣにより測定され得る。
【０１０８】
薬物の投与に関連して、疾患又は状態「に対して有効な」薬物は、臨床的に適切な様式での投与により、有益な効果（例えば、症状の改善、治癒、疾患負荷の低減、腫瘍量若しくは腫瘍細胞数の減少、寿命の延長、生活の質の改善、又は当業者によりポジティブと一般的に認識されている他の効果）が、少なくとも統計学的に有意な割合の患者にもたらされることを示す。
【０１０９】
一部の実施形態では、薬物は、抗癌剤である。抗癌剤の例としては、アクチノマイシンＤ、ダウノルビシン、ドセタキセル、ドキソルビシン、エルロチニブ、エトポシド、ゲフィチニブ、イマチニブ、イリノテカン、マイトマイシンｃ、ミトキサントロン、パクリタキセル、ＳＮ−３８、テニポシド、トポテカン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せが挙げられる。別の適用可能な癌薬物は、デプシペプチド（例えば、ＦＫ２２８及びそのプロドラッグ、塩及びそれらの組合せ）である。ＦＫ２２８はまた、ロミデプシンとしても知られている。一部の実施形態では、ＦＫ２２８は、ＦＲ９０１２２８の異性体（ｉｓｏｍｅｒ  ＦＲ９０１２２８）であり、ＦＲ９０１２２８は、（Ｅ）−（１Ｓ，４Ｓ，１０Ｓ，２１Ｒ）−７−［（Ｚ）−エチリデン］−４，２１−ジイソプロピル−２−オキサ−１２，１３−ジチア−５，８，２０，２３−テトラアザビシクロ［８，７，６］−トリコス−１６−エン−３，６，１９，２２−ペンタノン（ＮＳＣ６３０１７６）である。ＦＫ２２８化合物、塩、プロドラッグ、処方物、調製の方法、投薬量、投与及び他のＦＫ２２８パラメータは、本発明の物質及び方法に従って用いられ得る。ＦＫ２２８の塩（例えば、ＦＲ９０１２２８）は、生物学的に受容可能な塩であり、一般的に無毒性であり、塩基を有する塩又は酸付加塩により例証され、塩基を有する塩又は酸付加塩としては、無機塩基を有する塩（例えば、アルカリ金属塩（例えば、ナトリウム塩、カリウム塩等）、アルカリ土類金属塩（例えば、カルシウム塩、マグネシウム塩等）、アンモニウム塩）、有機塩基を有する塩（例えば、有機アミン塩（例えば、トリエチルアミン塩、ジイソプロピルエチルアミン塩、ピリジン塩、ピコリン塩、エタノールアミン塩、ジエタノールアミン塩、トリエタノールアミン塩、ジシクロへキシルアミン塩、Ｎ，Ｎ’−ジベンジルエチレンジアミン塩等））、無機酸塩（例えば、塩酸塩、臭化水素酸塩、硫酸塩、リン酸塩等）、有機カルボン酸又はスルホン酸塩（例えば、ギ酸塩、酢酸塩、トリフルオロ酢酸塩、マレイン酸塩、酒石酸塩、フマル酸塩、メタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、トルエンスルホン酸塩等）、塩基性若しくは酸性アミノ酸（ａｃｉｄ  ａｍｉｎｏ  ａｃｉｄ）を有する塩（例えば、アルギニン、アスパラギン酸、グルタミン酸等）等が挙げられる。本発明に適用可能な、適切なＦＫ２２８パラメーター並びに他のデプシペプチド及びヒストンデアセチラーゼ阻害剤（ＨＤＩ）のパラメーターの例は、米国仮出願番号第６０／２２６，２３４号及び同第６０／７０９，５５３号；ＷＯ  ０２／１５９２１；ＷＯ  ０３／０８４６１１；及びＷＯ  ０２／０５５６８８に記載されている。
【０１１０】
本方法に適用可能な薬物は、抗癌薬物に限定されない。心調律異常誘導性薬物は、制酸剤であり得る。制酸剤の例としては、シメチジン、ラニチジン、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せが挙げられる。一部の実施形態では、心調律異常誘導性薬物は、抗不整脈薬である。このような抗不整脈薬の例としては、アミオダロン、ジゴキシン、プロパフェノン、キニジン、ベラパミル、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せが挙げられる。心調律異常誘導性薬物は、抗生物質であり得る。このような抗生物質の例としては、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、レボフロキサシン、リファンピシン、スパルフロキサシン、テトラサイクリン、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せが挙げられる。一部の実施形態では、薬物は、抗うつ薬（例えば、アミトリプチリン、フルオキセチン、パロキセチン、セルトラリン、セント・ジョーンズ・ワート、それらのプロドラッグ、それらの塩又はそれらの組合せ）である。薬物は、制吐薬であり得る。このような制吐薬の例としては、ドンペリドン、オンダンセトロン、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せが挙げられる。一部の実施形態では、薬物は、抗てんかん薬（例えば、フェノバルビタール、フェニトイン、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せ）である。薬物はまた、降圧薬であり得る。降圧薬の例としては、カルベジロール、セリプロロール、ジルチアゼム、ロサルタン、ニカルジピン、レセルピン、タリノロール、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せが挙げられる。
【０１１１】
一部の実施形態では、心調律異常誘導性薬物は、抗真菌薬である。このような抗真菌薬の例としては、イトラコナゾール、ケトコナゾール、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せが挙げられる。薬物は、抗ウイルス剤であり得る。抗ウイルス剤の例としては、アンプレナビル、インジナビル、ネルフィナヴィル、リトナビル、サキナビル、それらのプロドラッグ、それらの塩又はそれらの組合せが挙げられる。薬物は、糖質コルチコイド（例えば、アルドステロン、コルチゾール、デキサメタゾン、メチルプレドニゾロン、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せ）であり得る。一部の実施形態では、薬物は、免疫抑制剤であり得る。このような免疫抑制剤の例としては、シクロスポリン、シロリムス、タクロリムス、バルスポダル（ｖａｌｓｐｏｄａｒ）、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せが挙げられる。薬物はまた、神経遮断薬（例えば、クロルプロマジン（ｃｈｌｏｒｏｐｒｏｍａｚｉｎｅ）、フルペンチキソール、フェノチアジン、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せ）であり得る。一部の実施形態では、薬物は、オピオイドである。このようなオピオイドの例としては、メサドン、モルヒネ、ペンタゾシン、それらのプロドラッグ、それらの塩又はそれらの組合せが挙げられる。
【０１１２】
一部の実施形態では、心調律異常誘導性薬物は、トルバスタチン（ｔｏｒｖａｓｔａｔｉｎ）、ブロモクリプチン、コルヒチン、ジピリダモール、エメチン、フェキソフェナジン（ｆｅｘｏｆｅｎａｄｉｎｅ）、アイバメクチン、ロペラミド、メフロキン、プロゲステロン、レチン酸、ローダミン１２３、スピロノラクトン、テルフェナジン、ベクロニウム、それらのプロドラッグ、それらの塩、又はそれらの組合せからなる群より選択される。
【０１１３】
本方法に適合性のキットもまた提供される。一局面では、核酸及びＡＢＣＢ１によりコード化されるタンパク質を結合する薬物を備えたキットが提供される。核酸は、被検体からの試料をスクリーニングしてＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在を検出する際に用いるものであり、ここで上記多型バリアントは、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質を結合する薬物により誘導される心調律異常の感受性の変更に関連し、上記核酸は、上記少なくとも一の多型を含むＡＢＣＢ１配列に、又は上記少なくとも一の多型を含むＡＢＣＢ１配列に隣接する配列に、特異的に結合する。一局面では、多型は、ｒｓ１１２８５０３、ｒｓ２０３２５８２、ｒｓ１０４５６４２として同定される多型又はそれらの組合せを含む。一局面では、多型は、配列番号１の位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型；又はそれらの組合せを含む。別の局面では、薬物は、ＦＫ２２８及び／又は本明細書中に記載される別の薬物である。一部の実施形態では、キットの核酸は、配列番号２５−３６の何れか一つの核酸配列若しくはそれらの相補的配列（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔ）又はそれらの組合せを含む。
【０１１４】
本発明は、疾患状態、状態又は合併症に関連する多型バリアントの検出のためのキットを包含する。キットは、本明細書中に記載されるバリアントのうちの一つの、少なくとも３０の近接ヌクレオチドのポリヌクレオチドを含み得る。一実施形態では、ポリヌクレオチドは、本発明の少なくとも一の多型を含む。或いは、ポリヌクレオチドの３’末端は、多型部位の、好ましくは本発明の多型部位のすぐ５’にある。一局面では、多型部位は、遺伝子バリアントを含む。更に別の実施形態では、遺伝子バリアントは、ポリヌクレオチドの３’に位置する。なお別の実施形態では、キットのポリヌクレオチドは、検出可能な標識を含む。適切な標識としては、放射標識（例えば、放射性核種（ｒａｄｉｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）、フルオロフォア若しくは蛍光色素、ペプチド、酵素、抗原、抗体、ビタミン又はステロイドが挙げられるが、これらに限定されない。キットはまた、多型の検出のための更なる物質を含み得る。キットは、以下：緩衝溶液、酵素、ヌクレオチド三リン酸、及び他の試薬並びに遺伝子多型の検出に有用な物質のうち一以上を含み得る。キットは、多型の存在についての試料の解析を行うための、及び得られた結果を解釈するための、取扱説明書を含み得る。
【０１１５】
一部の実施形態では、キットは、種々の形態の多型にハイブリダイズする対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドの一以上の対を含む。一部の実施形態では、キットは、本発明に関係する遺伝子に対応する、少なくとも一のプローブ若しくは少なくとも一のプライマー又はこれら両方を含む。キットは、一以上の多型バリアントの存在又は不存在の同定に適切であるように適合及び形成され得る。キットは、複数の、このようなプローブ及び／又はプライマーの何れか又は両方（例えば、２、３、４、５、６又はより多いこのようなプローブ及び／又はプライマー）を含み得る。複数のプローブ及び／又はプライマーは、遺伝子又は（例えば、２、３、４、５若しくはより多い遺伝子中の）複数の遺伝子中の、複数の異なる配列多型バリアントの検出を提供するように適合されるか、又は、遺伝子中の、少なくとも一の多型バリアント部位を含む核酸配列を配列決定するように適合される。一部の実施形態では、キットは、複数の疾患に対する処置又は処置の有効性を示す、複数の多型バリアントの検出のための構成因子を含む。更なるキットの構成因子は、以下：緩衝液（例えば、増幅緩衝液及びハイブリダイゼーション緩衝液（これらは、液体になっていても乾燥形態でもよい））、ＤＮＡポリメラーゼ（例えば、ＰＣＲを実行するのに適切なポリメラーゼ）、及びデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）の一以上を含み得る。好ましくは、プローブは、検出可能な標識（例えば、蛍光標識、酵素標識、光散乱標識又は他の標識）を含む。キットの更なる構成因子はまた、制限酵素、逆転写酵素又はポリメラーゼ、基質ヌクレオシド三リン酸、例えば、アビジン−酵素接合体及び酵素基質及び色素原（標識がビオチンの場合）を標識するのに用いられる手段、及び逆転写、ＰＣＲ若しくはハイブリダイゼーション反応のための適切な緩衝液を含み得る。
【０１１６】
一部のキットでは、基質に固定化された対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドが提供される。例えば、同一の基質は、本明細書中に記載の多型バリアントの何れか又は全てを検出するための、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブを含み得る。従って、キットは、アレイ（核酸アレイ及び／又はポリペプチドアレイが挙げられる）を含み得る。アレイは、複数の異なる抗体、複数の異なる核酸配列を含み得る。アレイ中の部位は、一以上の異なる遺伝子中の種々の多型バリアントに対応する核酸配列又は遺伝子産物の捕捉及び／又は検出を可能にし得る。アレイは、一以上の疾患の一以上の処置の有効性と相関する一以上の遺伝子中の複数の多型バリアントの多型バリアント検出を提供するために配置され得る。
【０１１７】
キットはまた、上記方法を実行するための取扱説明書を含み得る。一部の実施形態では、取扱説明書は、疾患の特定の処置に相関する多型バリアントの一覧表を含む。キット構成因子は、本明細書中に記載される多型バリアントの検出及び／又は処置（例えば、薬物の投与）を示す多型バリアントの検出が可能になるように選択され得る。
【０１１８】
医薬を製造するための薬物（例えば、ＦＫ２２８）の使用もまた提供される。一局面では、ＡＢＣＢ１遺伝子によりコード化されるタンパク質を結合する薬物が使用され、ＡＢＣＢ１遺伝子の少なくとも一の多型の少なくとも一の多型バリアントの存在又は不存在に関してスクリーニングされた被検体を処置するための医薬が製造され、ここで、上記多型バリアントは、薬物により誘導される心調律異常の感受性の変更に関連する。一局面では、多型は、ｒｓ１１２８５０３、ｒｓ２０３２５８２、ｒｓ１０４５６４２として同定された多型又はそれらの組合せを含む。別の局面では、多型は、配列番号１の位置４９，９１０、６８，８９４若しくは９０，８７１；又は配列番号２の１２３６、２６７７若しくは３４３５における多型、又はそれらの組合せを含む。他の使用（例えば、本明細書中に記載された方法に類似する使用）もまた提供される。
【０１１９】
以下の実施例は、本発明を更に例示するが、当然、本発明の範囲を限定するものと決して解釈されるべきではない。
【実施例】
【０１２０】
（実施例１）
本実施例は、ＡＢＣＢ１遺伝子に特定の多型バリアントを有する個人が、典型的にはＦＫ２２８処置により誘導される心調律異常に、直面することがより少ないことを実証する。
【０１２１】
用いた被検体適格基準は、Ｐｉｅｋａｒｚら、Ｂｌｏｏｄ  ９８；２８６５−８（２００１）に記載のものに準ずる。適格な患者は、皮膚のＴ細胞リンパ腫又は再発した末梢Ｔ細胞リンパ腫の確定診断がなされている。通常の更なる適格基準としては、（ｉ）平均余命が≧１２週であること；（ｉｉ）Ｅａｓｔｅｒｎ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐ活動指標が≦２であること；（ｉｉｉ）化学療法、ホルモン療法又は放射線療法が、処置前４週間以内に施されていないこと；（ｉｖ）年齢が１８歳を超えていること；（ｖ）出産の可能性のある女性については適切な避妊；及び（ｖｉ）十分な骨髄機能（好中球絶対数、＞１．０×１０９／Ｌ；血小板、血小板数、＞１００×１０９／Ｌ）、腎機能［血清クレアチニン、≦１．５×正常値の上限値（ＵＬＮ）］，及び肝機能（血清ビリルビン、≦１．５×ＵＬＮ；アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、≦３．０×ＵＬＮ、但し、欠陥の原因がリンパ腫による臓器関与（ｏｒｇａｎ  ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ）である場合を除く）が挙げられる。研究プロトコールは、地域の倫理委員会（ｅｔｈｉｃａｌ  ｒｅｖｉｅｗ  ｂｏａｒｄ）により認可され、全ての患者に、研究への参加の前にインフォームドコンセントの書類が提供される。
【０１２２】
ＦＫ２２８はＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ  Ｂｒａｎｃｈ，  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  Ｐｒｏｇｒａｍ，  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ａｎｄ  Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ，  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  （Ｂｅｔｈｅｓｄａ，  Ｍｄ）により、１０ｍｇの薬物を含有し２０ｍｇのポビドン（ｐｏｖｉｄｉｎｅ）をバルク剤として含有する無菌バイアル中に、凍結乾燥粉末として供給される。薬物投与の直前にＦＫ２２８を、プロピレングリコール及びエタノールの混合液（４：１、容積／容積）を含有する希釈剤２ｍＬ中に再構成させる。この５ｍｇ／ｍＬ溶液を、注射用の５００ｍＬ又は１０００ｍＬの塩化ナトリウム（ＵＳＰ）中に希釈する。ＦＫ２２８を第１日、第８日及び第１５日に、４時間連続での注入物として、携行可能な注入ポンプを介して投与し、２１日毎の周期で反復する。記載した毒性効果は禁止されているものではなく、患者は、疾患の進行のエビデンスがあるまで、処置を続行するのに適格である。
【０１２３】
完全血球数の差を、ＦＫ２２８の投与の直前並びに第２日、第９日及び第１６日に得て、ＦＫ２２８関連の骨髄抑制を評価する。複数表面心電図（ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｓｕｒｆａｃｅ  ｅｌｅｃｔｒｏｃａｒｄｉｏｇｒａｍｓ）（ＥＣＧ）を、ＦＫ２２８投与の直前及びＦＫ２２８投与の開始の４時間後に得、ＦＫ２２８の、心臓再分極を遅延させる能力を評価する。この効果は、ＱＴ間隔の延長としてＥＣＧに明示される。ＱＴ間隔は、心拍数非依存性の補正値（ＱＴｃ間隔として知られている）に変換される。ＱＴｃ間隔の延長は、心臓不整脈（心室不整脈（例えば、トルサード・ド・ポワント（Ｔｏｒｓａｄｅ  ｄｅ  Ｐｏｉｎｔｅｓ）が挙げられる））の発達に対する感受性の増大に関連する、心電図上の所見である。基線値の測定は、平均ＱＴｃ間隔において観察される可変性に決定的に影響する要素であるので、値は、複数のＥＣＧの平均としてコンピュータで計算し、測定の精度を高める。このコンピュータ計算は、異なる３日以上の日に、薬物フリーのＥＣＧを収集することにより遂行する。ＥＣＧを得るための研究時の時点は、予備的なＦＤＡコンセプトペーパー：Ｔｈｅ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  Ｏｆ  Ｑｔ／Ｑｔｃ  Ｉｎｔｅｒｖａｌ  Ｐｒｏｌｏｎｇａｔｉｏｎ  Ａｎｄ  Ｐｒｏａｒｒｈｙｔｈｍｉｃ  Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  Ｆｏｒ  Ｎｏｎ−Ａｎｔｉａｒｒｈｙｔｈｍｉｃ  Ｄｒｕｇｓ  （Ｎｏｖｅｍｂｅｒ  １５，  ２００２）（これは、以下：  ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｆｄａ．ｇｏｖ／ｏｈｒｍｓ／ｄｏｃｋｅｔｓ／ａｃ／０３／ｂｒｉｅｆｉｎｇ／ｐｕｂｓ％５Ｃｐｒｅｌｉｍ．ｐｄｆにおいて入手可能である）において推奨されているように、ＦＫ２２８の最大血漿濃度と一致するように選択される。
【０１２４】
ＦＫ２２８の静注後の薬物動態プロファイルを検査するために、第一の投与後に、血液試料を、薬物注入に用いた静脈アクセスの反対側の末梢部位から収集し、そして迅速に氷水浴に設置する。試料は、薬物投与前、及び薬物投与の開始後の一連の時点（注入の終了時点（４時間）を含む）、並びに注入の終了の２時間後、７時間後、９時間後、１１時間後、１４時間後及び２１時間後で得る。全ての試料は、冷却遠心機で遠心分離し、次いで、−２０℃以下で、解析的な分析の時まで保存する。ＦＫ２２８で処置した患者からの試料中のＦＫ２２８の濃度は、０．５ｎｇ／ｍＬ〜１００ｎｇ／ｍＬまでの濃度範囲にわたり、立証された、以前に発表された手順に従って、シングル四重極型質量分光分析検出を用いた液体クロマトグラフィーにより定量する。Ｈｗａｎｇら、Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ．Ａｎａｌｙｔ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉ．８０９：８１−６（２００４）。精度値及び名目上の（精度）からのパーセント偏差は、それぞれ≦７．８８％及び＜３．３３％である。
【０１２５】
ＦＫ２２８の薬物動態パラメーターの推定値は、コンピューターソフトウェアプログラムＷｉｎＮｏｎｌｉｎ  ｖ５．０（Ｐｈａｒｓｉｇｈｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，Ｃａｌｉｆ）で実行されるモデルとは独立した方法を用いて、個人の濃度−時間データ群から得られる。最大血漿濃度（Ｃｍａｘ）及び最大血漿濃度時間（Ｔｍａｘ）は、観測値である。濃度−時間曲線下の面積（ＡＵＣ）の、時間０から最終的な定量可能試料の時間までの面積（ＡＵＣ［ｔｆ］）は、対数直線台形法を用いて計算される。更に、時点０から無限大までのＡＵＣ（ＡＵＣ［ｉｎｆ］）は、最終測定濃度（ｌａｓｔ  ｍｅａｓｕｒｅｄ  ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ）を最終速度定数λＺ（ｔｅｒｍｉｎａｌ  ｒａｔｅ  ｃｏｎｓｔａｎｔ）で除算することにより、無限大まで外挿され、最終速度定数は、濃度時間曲線の最終フェーズの傾きより、重み付最小二乗法（ｗｅｉｇｈｔｅｄ  ｌｅａｓｔ−ｓｑｕａｒｅｓ）を推定手順として用いて、出力エラーの逆分散（ｉｎｖｅｒｓｅ  ｖａｒｉａｎｃｅ）（線形）を重みオプション（ｗｅｉｇｈｔｉｎｇ  ｏｐｔｉｏｎ）として用いて決定される。ＦＫ２２８の試験された用量範囲内での線形薬物動態プロファイルを考慮すれば（Ｓａｎｄｏｒら、Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ８３：８１７−２５（２０００）を参照のこと）、Ｃｍａｘ及びＡＵＣ［ｉｎｆ］の個々の値は、１４ｍｇ／ｍ２の用量まで標準化される。最終半減期（ｔ１／２，Ｚ）は、０．６９３をλＺで除算した値として計算される。更なる薬物動態パラメータとしては、定常状態での分布容積（Ｖｓｓ）及び全身クリアランス（ＣＬ）が挙げられ、全身クリアランスは、ＡＵＣ［ｉｎｆ］により除算された用量として計算され、用量は、ｍｇ単位で表される。上記クリアランスはまた、ＣＬを各患者の体表面積（ＢＳＡ）で除算することにより、Ｌ／ｈ／ｍ２の単位で計算される。
【０１２６】
様々な公開測定値（ｅｘｐｏｓｕｒｅ  ｍｅａｓｕｒｅ）間の関係（例えば、血漿ＡＵＣと血液学的毒性及び心毒性との関係）を、シグモイド最大効果モデルにより評価する。心機能評価は、Ｓａｎｄｏｒら、Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ８３：８１７−２５（２０００）により記載されているようにして、基線補正ＱＴｃ間隔値（ΔＱＴｃ）を用いて評価する。血液学的薬力学を血小板数又は相対的な血小板減少（つまり血小板数のパーセント減少）の絶対的な最下点値の解析により評価する。データは、改変Ｈｉｌｌ式、以下：Ｅ＝Ｅ０＋Ｅｍａｘ×［（ＫＰγ）／（ＫＰγ＋ＫＰ５０γ）］に基づき、シグモイド最大効果モデルに適合させる。この式では、Ｅ０は、生じ得る最小の減少、Ｅｍａｘは、最大反応（１００の値に固定する）であり、ＫＰは、目的の薬物動態パラメータであり、ＫＰ５０は、最大反応の半分となると予想される薬物動態パラメータの値であり、γはＨｉｌｌ定数であり、これは曲線のシグモイドシティー（ｓｉｇｍｏｉｄｉｃｉｔｙ）を表す。モデルの適合度を、残差平方和の最小値により、及び適合させたパラメータの変動の、推定上の係数の減少により評価する。上記関係の有意性を、後のχ２解析での分割表の構築により評価する。
【０１２７】
ゲノムのデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を、１ｍｌの血漿から、ＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  Ｂｌｏｏｄミディキット（Ｑｉａｇｅｎ  Ｉｎｃ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を用いて、製造業者の取扱説明書に従って抽出し、１０ｍＭのＴｒｉｓ（ｐＨ７．６）及び１ｍＭのＥＤＴＡを含有する緩衝液中で再構成させる。ＡＢＣＢ１バリアントの解析のために、５０μＬ反応を、表Ｉに列挙されるＰＣＲプライマー組合せを用いるポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅のために調製する。上記反応は、１のＰＣＲ緩衝液、各々２ｍＭの四種のデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）、１．５ｍＭの塩化マグネシウム及びＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，Ｃａｌｉｆ）からの１ユニットのＰｌａｔｉｎｕｍ  Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼからなる。ＰＣＲ条件は、以下の通りである：９４℃で５分間、続いて、９４℃で３０秒、６８℃で３０秒、及び７２℃で３０秒を４０サイクル、そして最後に７２℃で７分のサイクル。直接的なヌクレオチド配列決定ＰＣＲを、表Ｉに列挙された配列決定用プライマーを用いてＢｉｇ  Ｄｙｅ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  Ｃｙｃｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｒｅａｄｙ  ＲｅａｃｔｉｏｎキットＶ１．１（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて行う。配列は、ＡＢＩ  Ｐｒｉｓｍ  ３１０  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒ上に生成される。ＣＹＰ３Ａ４の変異（ＣＹＰ３Ａ４＊１Ｂ）及びＣＹＰ３Ａ５の変異（ＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃ）はまた、Ｌｅｐｐｅｒら、Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．，１１（２０）：７３９８−４０４（２００５）に記載されるようにして、直接ヌクレオチド配列決定を用いて解析される。遺伝子型は、ＳＮＰ位置がＲｅｆｓｅｑコンセンサス配列（ｒｓ）とは異なる場合、バリアントと呼ばれる。Ｒｅｆｓｅｑは、
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ／ｒｅｆｓｅｑ．ｈｔｍｌ 
において利用可能である。
【０１２８】
【表１】
2009515524.tif 000002
【０１２９】
全てのデータは、特に明記されていない限り、範囲のあるメジアン値として報告される。相互個人間の薬物動態可変性を、変動の係数として計算し、パーセントとして示す。Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡の遺伝子型−頻度解析は、Ｃｌｕｍｐ１．９版を用いて実行する。ＳＮＰの各対間の連鎖を、古典的な統計学的Ｄ’の観点から決定する。１というＤ’の絶対値（｜Ｄ’｜）は、完全な連鎖不平衡を表示するのに対し、０という値は、完全な連鎖平衡を表示する。バリアント遺伝子型のΔＱＴｃ、相対的な血小板減少症、投与量標準化ＡＵＣ、見かけの経口クリアランス、半減期、定常状態での分布容積に対する影響を、非パラメータＫｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ検定で統計学的に評価する。事後分布フリーな複数の比較手順は、メジアン観測値の試験対に対するＢｏｎｆｅｒｒｏｎｉ補正を行うＤｕｎｎ検定を用いて遂行する。全ての統計学的解析は、ＮＣＳＳソフトウェアプログラム（２００１版；ＮＣＳＳ、Ｋａｙｓｖｉｌｌｅ、Ｕｔａｈ）を用いて遂行する。経験的な有意性のレベルは、０．０５に設定する。
【０１３０】
ＦＫ２２８を、Ｔ細胞リンパ腫を有する４２人の患者（女性１７人、男性２５人）に、４時間の連続的な注入で、１４ｍｇ／ｍ２の用量（ｎ＝３７）又は１８ｍｇ／ｍ２の用量（ｎ＝５）で投与する。患者のメジアン年齢は５６歳（範囲は２７歳から７９歳まで）であり、メジアンＢＳＡは１．９３ｍ２（範囲は１．４３から２．４６ｍ２まで）である。３３人の患者（７９％）はコーカソイドであり、８人（１９％）はアフリカ系アメリカ人であり、１人（２％）はヒスパニックである。薬物動態データは、４２人の患者全員から入手できる；完全な基線並びに血球数及びΔＱＴｃについての研究中の測定値（それぞれ３４人の患者及び２９人の患者から）。
【０１３１】
全ての患者からのデータを組み合わせれば、ＦＫ２２８クリアランス及び最終半減期の平均（±標準偏差）値は、それぞれ１７．５±１２．７Ｌ／ｈ及び７．２３±３．０時間である。これは、Ｓａｎｄｏｒら、Ｂｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ８３：８１７−２５（２０００）において記載されている通り、１２．７ｍｇ／ｍ２及び１７．８ｍｇ／ｍ２の用量のＦＫ２２８で処置した患者において予め観測された値の範囲内である。薬物クリアランスの相互個人間の可変性は比較的大きく、変動のパーセント係数はほぼ７２％である。ＦＫ２２８の薬物動態パラメーターは、男性と女性との間で有意に異なるわけではない（Ｐ＞０．１２）。ＦＫ２２８のＡＵＣは、シグモイド最大効果モデルを用いると、血小板数のパーセント減少とは弱く関連するが（Ｐ＜０.００１；図１）、ＦＫ２２８処置後の相互個人間のΔＱＴｃ間隔とは関連していない（Ｐ＝０．６２）。
【０１３２】
観測したＡＢＣＢ１、ＣＹＰ３Ａ４及びＣＹＰ３Ａ５遺伝子型頻度は、Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡（Ｐ＞０．１３）にある（表ＩＩ）。［Ｃａｓｃｏｒｂｉら、Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ．，６９：１６９−７４（２００１）；Ｌａｍｂａら、Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．５４：１２７１−９４（２００２）；Ｘｉｅら、Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ  ５：２４３−７２（２００４）。］強い連鎖が、ＡＢＣＢ１における３のＳＮＰの間において観測され、１２３６Ｃ＞Ｔ及び２６７７Ｃ＞Ｔ／Ａ座位に関しては０．８８のＤ’ （Ｐ＜０．００１）；１２３６Ｃ＞Ｔ及び３４３５Ｃ＞Ｔ座位に関しては０．６６のＤ’（Ｐ＜０．００１）；並びに２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ及び３４３５Ｃ＞Ｔ座位に関しては０．６５のＤ’（Ｐ＜０．００１）である。３つの座位に関する全体の連鎖は、約５７％である。我々の集団の中で最も頻繁に観測されるハプロタイプは、Ｃ−Ｇ−Ｃ（４４．３％；ハプロタイプ１）、Ｔ−Ｔ−Ｔ（３１．４％；ハプロタイプ２）及びＣ−Ｇ−Ｔ（１２．０％；ハプロタイプ３）である。尤も、全部で８種の異なるハプロタイプが観察される。
【０１３３】
【表２】
2009515524.tif 000003
【０１３４】
４時間でのΔＱＴｃと２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ座位でのＡＢＣＢ１遺伝子型との間の有意な関連性が観察される（Ｐ＝．０２４）（図２Ａ）。２６７７Ｔ／Ｔ遺伝子型を保有する患者は、２６７７ＧＧ（ΔＱＴｃ、１８．３ｍｓｅｃ；範囲−１〜２２．７ｍｓｅｃ；ｎ＝１０）、２６７７ＧＴ（ΔＱＴｃ、１６．５ｍｓｅｃ；範囲、２．７５〜２８．２ｍｓｅｃ；ｎ＝１４）又は２６７７ＧＡ遺伝子型（ΔＱＴｃ、１７．９ｍｓｅｃ；ｎ＝１）のものと比較した場合、有意にΔＱＴｃ（メジアンΔＱＴｃ、−５ｍｓｅｃ；範囲、−１２．５〜３．２５ｍｓｅｃ；ｎ＝４）が小さい。同様の観察傾向が、１２３６Ｃ＞Ｔ（Ｐ＝０．１０）及び３４３５Ｃ＞Ｔ座位（Ｐ＝０．０７９）に関して見られる。尤も、これらのＳＮＰに関して、関連性は統計上有意ではない。更なる解析によれば、この群の患者のハプロタイプ２を考慮しても、単一相ＳＮＰと比較しても関連性が改善しない（Ｐ＝０．０３３）ことが示される。しかし、ＡＢＣＢ１  ２６７７ＴＴ／３４３５ＴＴディプロタイプに関してホモ接合性の患者（ΔＱＴｃ、−５．０ｍｓｅｃ；範囲、−１２．５〜３．２５；ｎ＝３）は、へテロ接合性（ΔＱＴｃ、１１．３ｍｓｅｃ；範囲、−７〜１７．８ｍｓｅｃ；ｎ＝７）又はホモ接合性（ΔＱＴｃ、１８．５ｍｓｅｃ；範囲、−１＝２８．２ｍｓｅｃ；ｎ＝１９）ディプロタイプの保有者と比較して、有意にΔＱＴｃが小さい（Ｐ＝０．００８４）（図２Ｂ）。
【０１３５】
バリアントＡＢＣＢ１もＡＢＣＢ１ハプロタイプのいずれも、相対血液毒性ともＦＡ２２８クリアランスとも有意に関連しない。ＣＹＰ３Ａ４＊１Ｂ及びＣＹＰ３Ａ５*３Ｃ対立遺伝子はまた、毒性又はＦＫ２２８クリアランスのいずれの測定とも統計的に有意に関連しない（図３）。他の薬物動態パラメータの差はまた、異なる遺伝子型群との間で統計的に有意に異なるわけではない。
【０１３６】
（実施例２）
本実施例は更に、ＡＢＣＢ１遺伝子の特定の多型バリアント（例えば、ＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ及び３４３５Ｃ＞Ｔ）を有する個人が、典型的にはＦＫ２２８（サイクリックデプシペプチドであるロミデプシン）処置により誘導される心調律異常に直面することがより少ないこと、並びにロミデプシン処置に関連するＱＴ及びＱＴｃ間隔延長がＡＢＣＢ１バリアントに関連していることを実証する。この効果は、血漿薬物動態プロファイルの変更とは関連しない。ロミデプシンは、ＡＢＣＢ１のモデル基質として用いられる。
【０１３７】
ロミデプシンのフェーズＩＩ臨床試験に参加している、Ｔ細胞リンパ腫を有する患者からのデータを最初に評価する（グループ１）。適格性基準は、実施例１に記載されたものと一致しており、心疾患のエビデンスを有する患者は、試験から除外する。ＮＣＩ  Ｃｏｍｍｏｎ  Ｔｏｘｉｃｉｔｙ  Ｃｒｉｔｅｒｉａ（２．０版）を用いて、毒性を報告する。選択基準（Ｉｎｃｌｕｓｉｏｎ  Ｃｒｉｔｅｒｉａ）には、測定可能な疾患；年齢が１８歳以上であること；Ｅａｓｔｅｒｎ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｇｒｏｕｐ活動指標が０、１又は２であること；及び平均余命が＞１２週であることが必要であった。適格な実験値は、ＡＧＣ≧１，０００／ＡＬ、血小板≧１００，０００／ＡＬ、ビリルビン＜１．５×制度上の正常値の上限、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ＜３×正常値の上限、及びクレアチニン＜１．５×正常値の上限を含み得る。前６ヶ月以内に心筋梗塞があった患者、正常未満の左室駆出分画（ＬＶＥＦ）（ＭＵＧＡにより行われた場合＜４５％、又は心エコー図若しくは心磁気共鳴画像法によりなされた場合＜５０％）の患者、補正されたＱＴ間隔が＞５００ミリ秒であるか、不安定狭心症或いは第３度心ブロック（ペースメーカー有りの場合を除く）を有する患者は除外する。患者には、オンダンセトロンの前投薬がなされ得る。
【０１３８】
確定解析（グループ２）には、二の供給源：ａ）最初の解析と同一の複数施設試験（ｍｕｌｔｉ−ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  ｔｒｉａｌ）に参加しているがＮＣＩ以外の施設で処置される患者；及びｂ）前もってＮａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅにて行われたロミデプシンの単一薬剤フェーズＩ臨床試験で処置された患者、からのデータを用いる［Ｓａｎｄｏｒら、Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ８：７１８−２８（２００２）］。共通の適格性基準は、グループ１に関しては、上に記載された通りである（ただし、Ｔ細胞リンパ腫以外の悪性腫瘍を有する患者もまた適格である）。
【０１３９】
心電図（ＥＣＧ）は、ロミデプシン投与の直前、並びにロミデプシン投与の開始の４時間後（注入の終了時及びその後１時間以内）に得る。心電図は、ＨＰ  Ｐａｇｅｗｒｉｔｅｒ  ＸＬｉ又はＧＥ  Ｍａｒｑｕｅｔｔｅ  ＭＡＣ１２００を用いて得られ得、そして２５ｍｍ／ｓで、１０ｍｍ／ｍＶの振幅で、及び６０−Ｈｚフィルタリングを用いて記録され得る。心電図は、Ｐａｇｅｗｒｉｔｅｒ  Ａ．０４．０１心電図解析ソフトウェア（Ｐｈｉｌｉｐｓ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ａｎｄｏｖｅｒ，ＭＡ）を用いて解析し得る。このプログラムにおけるＱＴ間隔測定は、Ｔ波振幅又はＴ’波振幅が＞０．１５ｍＶである５つの最長ＱＴ間隔を平均化することによりなされ得る。心拍数補正ＱＴ間隔（ＱＴｃ）は、再分極時間を示し、心電図機械ソフトウェアを用いて、Ｂａｚｅｔｔの式を用いて（ＱＴを前述のＲ−Ｒ間隔の平方根で除算することにより）計算される。Ｆｒｉｄｅｒｉｃａの式により計算されたＱＴｃは、先述のＲ−Ｒ間隔の立方根で除算されたＱＴである。４８０ｍｓ以上のＱＴｃ間隔は独立して心臓病専門医により概説される。基線値の測定は、観察された平均ＱＴｃ間隔の可変性に決定的に影響する要素であるので、最初の解析では、複数のＥＣＧの平均としてコンピュータ上で計算された基線値を用いて、測定の精度を高めた。ＥＣＧを得るための研究中の時点は、ロミデプシンの最大血漿濃度と一致するように選択し、複数の基線ＥＣＧは、ＦＤＡの公式ガイドライン［Ｇｕｉｄａｎｃｅ  ｆｏｒ  Ｉｎｄｕｓｔｒｙ  Ｅ１４  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＱＴ／ＱＴｃ  Ｉｎｔｅｒｖａｌ  Ｐｒｏｌｏｎｇａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｐｒｏａｒｒｈｙｔｍｉｃ  Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｆｏｒ  Ｎｏｎ−Ａｎｔｉａｒｒｈｙｔｈｍｉｃ  Ｄｒｕｇｓ；  Ｕ．Ｓ．  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ：  Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ：  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｄｒｕｇ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  （ＣＤＥＲ）  ａｎｄ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  （ＣＢＥＲ）  （Ｏｃｔｏｂｅｒ  ２００５）、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｆｄａ．ｇｏｖ／ｃｂｅｒ／ｇｄｌｎｓ／ｉｃｈｅ１４ｑｔｃ．ｐｄｆにて入手可能である］により推奨されている通りにして測定する。確定解析は、同一の計画を用いるが、大部分の診療所において行われているように、ロミデプシンの投与前に得る基線ＥＣＧ測定は一のみである。ロミデプシン処置後のＥＣＧ異常が格付けされる臨床スコアリングシステムもまた用いられる。スコア０は、ＥＣＧ波に変化がないことを示し、スコア１はＴ波が平坦化することを示し、スコア２はＳＴセグメントの窪みが２ｍｍ以上であることを示す。従って、等級１の毒性は、非特異的Ｔ波異常（ＳＴセグメントに異常のない、平坦化又は反転）として定義され得、等級２は、少なくとも２のリードにおける少なくとも１ｍｍのＳＴセグメントの窪みとして定義され得る。両方が観察された場合、ＥＣＧは、等級２毒性に決定される。
【０１４０】
血液試料は、薬物投与前、注入の終了時（４時間）、並びに注入の終了の２時間後、７時間後、９時間後、１１時間後、１４時間後及び２１時間後に得る。全ての試料は、直ちに遠心分離し、次いで、解析まで−２０℃以下で保存する。血漿試料中のロミデプシン濃度は、シングル四重極型質量分光分析検出を用いた液体クロマトグラフィーに基く、検証された方法により決定する［Ｈｗａｎｇら、Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ  Ａｎａｌｙｔ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉ．，８０９：８１−６（２００４）］。ＷｉｎＮｏｎｌｉｎ  ｖ５．０（Ｐｈａｒｓｉｇｈｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，Ｃａｌｉｆ）を用いた非コンパートメント解析を用いてロミデプシンの薬物動態パラメータを得る。ロミデプシンは、試験した用量範囲内で線形薬物動態プロファイルを描くので［Ｓａｎｄｏｒら、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．，８：７１８−２８（２００２）］、ピーク濃度（Ｃｍａｘ）及びＡＵＣ［ｉｎｆ］の個々の値を、薬物用量をパラメータ推定値に影響する変数として除くために、１４ｍｇ／ｍ２の用量に標準化する。
【０１４１】
ゲノムのデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を、１ｍＬの血漿から、ＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  Ｂｌｏｏｄミディキット（Ｑｉａｇｅｎ  Ｉｎｃ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，Ｃａｌｉｆ）を用いて、製造業者の取扱説明書に従って抽出し、１０ｍＭのＴｒｉｓ（ｐＨ７．６）及び１ｍＭのＥＤＴＡを含有する緩衝液中で再構成させる。ＡＢＣＢ１及びＣＹＰ３Ａ５遺伝子のバリアントは、実施例１に記載したようにして解析する。基準遺伝子型は、ＳＮＰ位置に関するＲｅｆｓｅｑコンセンサス配列として定義し、対立遺伝子バリアントは、上記コンセンサス配列と異なるものである。Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡及びハプロタイプの推論遺伝子型頻度解析を、Ｈｅｌｉｘ  Ｔｒｅｅ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｖ４．４．１（Ｇｏｌｄｅｎ  Ｈｅｌｉｘ  Ｉｎｃ．，Ｍｏｎｔａｎａ）を用いて行う。ＳＮＰの各対間の連鎖を、古典的な統計値Ｄ’の観点から決定する。
【０１４２】
全てのデータは、他に明記しない限り、範囲を有するメジアン値として報告する。ＱＴｃ間隔の基線からの変化（ΔＱＴｃ）及び薬物クリアランスを、これらのパラメータに関連する傾向の存在に関して、ヨンクヒール・タープストラ傾向検定を用いて、個々のバリアント遺伝子型中の基準対立遺伝子の数に従って評価する。［Ｈｏｌｌａｎｄｅｒら、Ｎｏｎｐａｒａｍｅｔｒｉｃ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，（１９９９）］。観察数が限定されているので、後の解析は、複数の座位における基準対立遺伝子の数を基礎とする患者の分類に基づく。得られたこれらの二の集団の統計学的な比較を、正確なＷｉｌｃｏｘｏｎ順位和検定をこれらの評価における複数の比較のために用いられる標準的なボンフェローニ補正と共に用いて評価する。ΔＱＴｃに対する遺伝子バリアント及びクリアランスの同時効果を、後方選択アルゴリズムを用いた回帰分析を用いて評価し、そして効力が限定されているために予備的な知見として解釈すべきである。その上、解析用のデータの量が比較的限定されているために、臨床毒性スコア対類別した遺伝子型の分布間の比較を、Ｆｉｓｈｅｒの正確確率検定にＭｅｈｔａが修正を加えたものを用いて遂行する［Ｍｅｈｔａら、Ｊ．Ａｍ．Ｓｔａｔ．Ａｓｓｏｃ．，７８：４２７−３４（１９８３）］。
【０１４３】
全ての患者の特徴を表ＩＩＩ中に報告する。最初の解析では（「グループ１」）、ロミデプシンを、Ｔ細胞リンパ腫を有する４５人の患者（実施例１においてと同様４２人の患者及び更に３人の患者）に投与する。確定解析では（「グループ２」）、ロミデプシンを２９人の患者に投与する。Ｔ細胞リンパ腫を有する１７人の患者には、グループ１の元の４５人の患者と同一の治療用レジメンを与え、その一方で残りの１２人の患者にはＦＫ２８８を、１２．７ｍｇ／ｍ２（Ｎ＝３）、１７．８ｍｇ／ｍ２（Ｎ＝７）又は２４．３ｍｇ／ｍ２（Ｎ＝２；第１日目及び第５日目のスケジュール）の何れかの用量で与える。薬物動態データは、両グループで全ての患者において入手可能である。
【０１４４】
【表３】
2009515524.tif 000004
【０１４５】
薬物動態パラメータ推定値の要約を表ＩＶ中に報告する。ロミデプシンクリアランスの観測値は、１２．７ｍｇ／ｍ２及び１７．８ｍｇ／ｍ２の用量のロミデプシンで処置した患者において以前観察された範囲内にある。［Ｓａｎｄｏｒら、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．，８：７１８−２８（２００２）］薬物クリアランスにおける相互個人の可変性は、比較的高く、変動のパーセント係数はほぼ７２％である。ロミデプシンの薬物動態パラメータは、男性と女性との間で、統計学的に有意に異ならない（全てＰ＞．１０）。
【０１４６】
【表４】
2009515524.tif 000005
【０１４７】
コーカソイド集団に関して、観測されたＡＢＣＢ１遺伝子型頻度及びＣＹＰ３Ａ５遺伝子型頻度は、Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡にある（Ｐ＞．１５）（表Ｖ）。強い連鎖が、グループ１コホートにおけるＡＢＣＢ１中の３つのＳＮＰ間で観察され、１２３６Ｃ＞Ｔ及び２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ座位に関しては０．９０の連鎖統計（Ｄ’）値（Ｐ＜．００１）；１２３６Ｃ＞Ｔ及び３４３５Ｃ＞Ｔ座位に関しては０．５６のＤ’（Ｐ＜．００１）；並びに２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ及び３４３５Ｃ＞Ｔ座位に関しては０．６８のＤ’（Ｐ＜．００１）である。コーカソイド集団において最も頻繁に観察されるＡＢＣＢ１ハプロタイプは、１２３６Ｔ−２６７７Ｔ−３４３５Ｔ（Ｔ−Ｔ−Ｔ；３７．０％；ハプロタイプ１）、Ｃ−Ｇ−Ｃ（３３．６％；ハプロタイプ２）及びＣ−Ｇ−Ｔ（１８．０％；ハプロタイプ３）である。尤も、全部で７の異なるハプロタイプが観察される。アフリカ系アメリカ人の患者において観察されるバリアント遺伝子型もまた、Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡にある（Ｐ＞．１３）（表Ｖ）。強い連鎖もまた、グループ２コホートにおけるＡＢＣＢ１中の３つのＳＮＰ間で観察され、１２３６Ｃ＞Ｔ及び２６７７Ｃ＞Ｔ／Ａ座位に関して１．０のＤ’ （Ｐ＝.００２）；１２３６Ｃ＞Ｔ及び３４３５Ｃ＞Ｔ座位に関して０．８９のＤ’ （Ｐ＝.００７）；並びに２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ及び３４３５Ｃ＞Ｔ座位に関して１．０のＤ’（Ｐ＝.０１２）である。アフリカ系アメリカ人集団において観察される優勢ハプロタイプは、ハプロタイプ２（６６．１％）、ハプロタイプ１（３３．３％）及びハプロタイプ３（５．６％）である。
【０１４８】
【表５】
2009515524.tif 000006
【０１４９】
ロミデプシンの投薬量は、グループ１のΔＱＴｃとの間にも（二種の用量レベルを比較するＷｉｌｃｏｘｏｎ順位和検定によりＰ＝０．３８）、グループ２のΔＱＴｃとの間にも（１４ｍｇ／ｍ２までの用量（ｎ＝１８）対１７.８ｍｇ／ｍ２及び２４．９ｍｇ／ｍ２の用量（ｎ＝７）とを比較するＷｉｌｃｏｘｏｎ順位和検定によりＰ＝０．３０）、関連性はない；従って、遺伝子型とΔＱＴｃとの間の比較は、異なる用量が与えられる患者をグループ化することによりなされる。グループ１では、ΔＱＴｃの増加（即ち、処置前のＱＴ間隔と処置後４時間でのＱＴ間隔との間の差）に対する有意な傾向並びに２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ及び３４３５Ｃ＞Ｔ座位におけるＡＢＣＢ１遺伝子型の基準対立遺伝子の数の増加に対する有意な傾向が観察される（Ｐ＝.０１１；図４Ａ）。両座位にコピー数０の基準対立遺伝子（即ち、「野生型」対立遺伝子）を保有する患者は、単一の基準対立遺伝子のみを何れかの座位に有する患者（ΔＱＴｃ、９．７ｍｓｅｃ；範囲、−７．３〜＋３８．８ｍｓｅｃ；Ｎ＝６）と比較して、又は基準対立遺伝子のコピー数が２以上の患者（ΔＱＴｃ、１８．５ｍｓｅｃ；範囲、−１．０〜＋３９．５ｍｓｅｃ；Ｎ＝２８）と比較して、ΔＱＴｃが有意により短い（メジアンΔＱＴｃ、−１ｍｓｅｃ；範囲、−１２．５〜＋２１．６ｍｓｅｃ；Ｎ＝４）。別々に考慮された場合に、ＡＢＣＢ１の３４３５Ｃ＞Ｔ座位の基準対立遺伝子及びΔＱＴｃの関連性についての、同様の傾向ではあるがより弱い傾向が見られる（Ｐ＝０．１５；図５Ａ）。更に、３４３５ＴＴバリアント遺伝子型を保有する患者は、２６７７ＴＴ遺伝子型を保有する患者より高いメジアンΔＱＴｃを有し、このことは、２６７７対立遺伝子が、ΔＱＴｃとの関連性に関してより大きな影響力を有することを示す。ＡＢＣＢ１の２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ対立遺伝子がΔＱＴｃとの関連性において他と独立して考慮される場合、有意な関係が観察される（Ｐ＝．００４６、複数の比較の調整後）。ＡＢＣＢ１の２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ座位に基準対立遺伝子を保有しない患者（メジアンΔＱＴｃ、−２．０ｍｓｅｃ；範囲、−１２．５〜＋２１．６ｍｓｅｃ；Ｎ＝６）は、一以上の基準対立遺伝子を保有する患者（メジアンΔＱＴｃ、１８．２ｍｓｅｃ；範囲、−１．０〜＋３９．５ｍｓｅｃ；Ｎ＝３２）と比較して、ΔＱＴｃが有意により短い（図６Ａ）。
【０１５０】
同様の傾向がグループ２においても見られ、ここで、０又は１の何れかの基準対立遺伝子を、ＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ及び３４３５Ｃ＞Ｔ座位の両方に保有する患者は、２〜４の基準対立遺伝子を有する患者よりもΔＱＴｃが小さい傾向がある（Ｐ＝.０７；図４Ｂ）。グループ２において、ＡＢＣＢ１の３４３５Ｃ＞Ｔ対立遺伝子が単独でΔＱＴｃに関連して考慮される場合、統計学的に有意な傾向が見られ、この傾向により、保有する基準対立遺伝子のコピー数がより少ない患者は、ロミデプシン処置後、より小さなΔＱＴｃを有する（Ｐ＝.０２８；図５Ｂ）。０又は１の何れかの基準対立遺伝子をＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ座位に保有する患者に関してもまた同様の結果が観察され；これらの個人は、統計学的に有意により小さなΔＱＴｃを有する（Ｐ＝.０１５、複数の比較の調整後；図６Ｂ）。０又は１の何れかの基準対立遺伝子をＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａに保有する患者は、１よりも多くの基準対立遺伝子を保有する患者（メジアンΔＱＴＣ、２４．５ｍｓｅｃ；範囲１７〜＋３０ｍｓｅｃ；Ｎ＝４）と比較して、有意により小さなΔＱＴｃを有する（メジアンΔＱＴｃ、４ｍｓｅｃ；範囲  −５〜＋２１ｍｓｅｃ；Ｎ＝１４）。いずれの解析もＡＢＣＢ１  １２３６Ｃ＞Ｔトランジションを含まない。その理由は、このＳＮＰは、２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａトランジションと非常に強く連鎖しており、１２３６Ｃ＞Ｔが心組織においてＡＢＣＢ１の示差的発現に必要とされるという証拠はないからである。
【０１５１】
Ｔ波平坦化もＳＴセグメントの窪みも、本研究で用いられる臨床スコアリングシステムに基づけば、ＡＢＣＢ１対立遺伝子変異とは関連していない。一般化したフィッシャーの正確確率検定からの結果に基づき、ＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ対立遺伝子は、基線で得られたスコアとも関連しないし（グループ１に関してＰ＝０．４６；グループ２に関しては、全てのスコアが０）、グループ１（ｐ＝０．８６）又はグループ２（ｐ＝０．１８）のいずれかにおいて処置の４時間後に得られたスコアとも関連しない。ＡＢＣＢ１  ３４３５Ｃ＞Ｔ多型に関する同様の結果は、処置前（グループ１に関してＰ＝０．０８６；グループ２に関してＰ＝１．００）に、又は処置の４時間後（グループ１に関してＰ＝０．４５；グループ２に関してＰ＝０．４７）に得られる。ＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ及び３４３５Ｃ＞Ｔ多型が組み合わせて考慮される場合、処置前毒性スコア（グループ１についてはＰ＝０．０６７；グループ２については全てのスコアが０）は、グループ１において僅かに関連するのに対し、処置の４時間後での処置後の値（グループ１、Ｐ＝０．１０；グループ２、Ｐ＝０．０２４）は、グループ２におけるＥＣＧ異常スコアに関連することが見出される。
【０１５２】
バリアントＡＢＣＢ１  ＳＮＰもこれらの組合せもいずれも、ロミデプシンクリアランスに有意には関連していない（グループ１に関しては、Ｐ＝０．５１及びグループ２に関しては、Ｐ＝０．４６；図７Ａ及び図７Ｂ）。後方選択アルゴリズムを用いた線形回帰モデル化に基づき、ＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ基準対立遺伝子コピー数は、モデル中に残存する唯一のパラメーターであり、ΔＱＴｃの決定において重要なパラメータとなる可能性があることが見出される（パラメータ推定値がゼロに等しいか否かに関するｔ検定によるとＰ＝０．０００４）。全身薬物クリアランスは、モデル中、ＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ基準対立遺伝子コピー数の調節後にＰ＞０．２５であることを考慮して、パラメーターとして除外される。ＣＹＰ３Ａ５＊３Ｃ対立遺伝子はまた、毒性のいずれかの測定値ともロミデプシンクリアランスのいずれかの測定値とも、統計学的に有意に関連しない（Ｐ＞.０５）。他の薬物動態パラメータの差異はまた、異なる遺伝子型グループの間で統計学的に有意に異ならない。
【０１５３】
用語「ａ」及び「ａｎ」及び「ｔｈｅ」及び同様の指示詞の、本発明を記載する文脈での（特に添付の特許請求の範囲の文脈での）使用は、本明細書中に他に明記されていない限り、又は文脈に明らかに矛盾しない限り、単数及び複数の両方を網羅すると解釈されるべきである。用語「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「を有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「が挙げられる（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」及び「を含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」は、他に注釈なき限り、オープンエンドの用語（即ち、「を含むがこれに限定されない」）として解釈されるべきである。本明細書中での値の範囲の列挙は、本明細書中に特に明記されていない限り、当該範囲内に収まる別個の各値に個々に言及する便法として寄与することが意図されるに過ぎず、そして別個の各値は、個々に本明細書中に列挙されているかのように、本明細書中に組み込まれる。本明細書中に記載される全ての方法は、本明細書中に他に明示されていない限り、又は文脈に明らかに矛盾しない限り、任意の適切な順序で遂行され得る。本明細書中に記載される、任意の及び全ての、例又は例示的な言い回し（例えば、「例えば」）の使用は、他に要求されない限り、本発明をより十分に明示することを意図したものに過ぎず、本発明の範囲を限定するものではない。本明細書中の如何なる言い回しも、クレームされていない任意の要素が本発明の実施に必須であることを示すものとして解釈されてはならない。
【０１５４】
本発明を実施するための、本発明の好ましい実施形態（発明者らに知られているベストモードを含む）は、本明細書中に記載される。好ましい実施形態の変形は、前述の記載を読めばすぐに当業者に明らかになり得る。発明者らは、当業者がこのような変形を適切なものとして用いることを予想し、そして発明者らは、本発明が、本明細書中に具体的に記載されているのは別のやり方で実施されることを意図する。従って、本発明は、本明細書に添付の特許請求の範囲に列挙される主題の全ての改変物及び均等物を、適用法により許可されたものとして包含する。更に、生じ得る全ての変形における、上記の要素の任意の組合せは、本明細書中に特に明示されていない限り、又は文脈に明らかに矛盾しない限り、本発明に包含される。
【図面の簡単な説明】
【０１５５】
【図１】図１は、ＦＫ２２８処置後の、ＦＫ２２８の曲線下の面積（ＡＵＣ）と最下点での血小板数（ＰＬＣ）のパーセント減少との間の関係を示す。各記号は、個々の患者を表す。データは、９５％の信頼区間（点線）付きのシグモイド最大効果モデル（実線）に適合させた。
【図２】図２は、ＡＢＣＢ１遺伝子型とＦＫ２２８処置後の基線補正ＱＴｃ間隔との間の関係を示す。図２Ａは、ＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ遺伝子型：１）ＧＧ遺伝子型；２）ＧＴ遺伝子型；３）ＴＴ遺伝子型；４）ＧＡ遺伝子型を示す。図２Ｂは、ＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ−３４３５Ｃ＞Ｔ遺伝子型：１）ホモ接合性バリアントＴＴ−ＴＴジプロタイプ；２）２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ又は３４３５Ｃ＞Ｔ座位のいずれかでホモ接合性バリアントＴＴ遺伝子型；３）１）にも２）にも相当しない任意の他の２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ−３４３５Ｃ＞Ｔジプロタイプを示す。各記号は、個々の患者を表し、水平線は、メジアン値を表す。
【図３】図３は、ＦＫ２２８の、ＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ遺伝子型［１）ＧＧ遺伝子型；２）ＧＴ遺伝子型；３）ＴＴ遺伝子型；４）ＧＡ遺伝子型］（図３Ａ）、ＣＹＰ３Ａ４*１Ｂ遺伝子型［１）、野生型；２）、ヘテロ接合性若しくはホモ接合性バリアント］（図３Ｂ）、及び（Ｃ）ＣＹＰ３Ａ５*３Ｃ遺伝子型［１）、野生型又はヘテロ接合性；２）、ホモ接合性バリアント］（図３Ｃ）の関数としての血漿濃度対時間曲線に関するクリアランスデータを示す。各記号は、個々の患者を表し、水平線は、メジアン値を示す。
【図４Ａ】図４Ａは、グループ１でのＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ及び３４３５Ｃ＞Ｔ対立遺伝子組合せに関する、ＦＫ２２８処置後のＡＢＣＢ１遺伝子型と基線補正ＱＴｃ間隔との間の関係を示す（Ｐ＝.０１１）。
【図４Ｂ】図４Ｂは、グループ２でのＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ及び３４３５Ｃ＞Ｔ対立遺伝子組合せに関する、ＦＫ２２８処置後のＡＢＣＢ１遺伝子型と基線補正ＱＴｃ間隔との間の関係を示す（Ｐ＝.０７）。
【図５Ａ】図５Ａは、グループ１での（Ｂ）ＡＢＣＢ１  ３４３５Ｃ＞Ｔ遺伝子型に関する、ＦＫ２２８処置後のＡＢＣＢ１遺伝子型と基線補正ＱＴｃ間隔との間の関係を示す（Ｐ＝.１５）。
【図５Ｂ】図５Ｂは、グループ２でのＡＢＣＢ１  ３４３５Ｃ＞Ｔ遺伝子型に関する、ＦＫ２２８処置後のＡＢＣＢ１遺伝子型と基線補正ＱＴｃ間隔との間の関係を示す（Ｐ＝.０２８）。
【図６Ａ】図６Ａは、グループ１でのＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ａ／Ｔ遺伝子型に関する、ＦＫ２２８処置後のＡＢＣＢ１遺伝子型と基線補正ＱＴｃ間隔との間の関係を示す（Ｐ＝.００４６）。
【図６Ｂ】図６Ｂは、グループ２でのＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ａ／Ｔ遺伝子型に関する、ＦＫ２２８処置後のＡＢＣＢ１遺伝子型と基線補正ＱＴｃ間隔との間の関係を示す（Ｐ＝.０１５）。各記号は、個々の患者を表し、水平線はメジアン値を表す。
【図７Ａ】図７Ａは、グループ１でのＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ及び３４３５Ｃ＞Ｔ対立遺伝子組合せの関数としてのＦＫ２２８のクリアランスを示す（Ｐ＝.５１）。各記号は、個々の患者を表し、水平線は、メジアン値を表す。
【図７Ｂ】図７Ｂは、グループ２でのＡＢＣＢ１  ２６７７Ｇ＞Ｔ／Ａ及び３４３５Ｃ＞Ｔ対立遺伝子組合せの関数としてのＦＫ２２８のクリアランスを示す（Ｐ＝.４６）。各記号は、個々の患者を表し、水平線は、メジアン値を表す。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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