(57)【要約】【課題】【解決手段】電子衝突解離、電子移動解離または表面誘起解離フラグメンテーションデバイスが高フラグメンテーションモードと低フラグメンテーションモードとの間で繰り返し切り換えられる質量分析の方法が開示される。第１の試料からの親イオンがデバイスを通され、親イオン質量スペクトルおよびフラグメンテーションイオン質量スペクトルが得られる。次いで、第２の試料からの親イオンがデバイスを通され、第２セットの親イオン質量スペクトルおよびフラグメンテーションイオン質量スペクトルが得られる。次いで、質量スペクトルは、比較され、２つの試料における所定の親イオンまたは所定のフラグメンテーションイオンのいずれか一方が異なって表現される場合、さらなる分析が行われて、２つの異なる試料において異なって表現されるイオンを同定しようとする。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する前記第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含み、
前記第１の親または前駆体イオンの強度が前記第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法。
【請求項２】
前記第１の動作モードにおいて、前記電子は、（ｉ）＜１ｅＶ、（ｉｉ）１〜２ｅＶ、（ｉｉｉ）２〜３ｅＶ、（ｉｖ）３〜４ｅＶ、および（ｖ）４〜５ｅＶからなる群から選択されるエネルギーを有する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の動作モードにおいて、前記電子は、磁場によって閉じ込められる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
電子源を準備するステップをさらに含む、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記第１の動作モードにおいて、前記電子源は、前記親または前駆体イオンと相互作用するように構成される複数の電子を生成する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記第２の動作モードにおいて、前記電子源は、ＯＦＦに切り換えられる、請求項４または５に記載の方法。
【請求項７】
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する前記第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含み、
前記第１の親または前駆体イオンの強度が前記第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法。
【請求項８】
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する前記第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含み、
前記第１の親または前駆体イオンの強度が前記第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法。
【請求項９】
前記第１の動作モードにおいて、前記親または前駆体イオンは、前記表面またはターゲットプレート上へ方向づけられるか、進路変更されるか、または偏向される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記第２の動作モードにおいて、前記親または前駆体イオンは、前記表面またはターゲットプレート上へ方向づけられず、進路変更されず、または偏向されない、請求項８または９に記載の方法。
【請求項１１】
前記表面またはターゲットプレートは、自己組織化単層を含む、請求項８、９または１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記表面またはターゲットプレートは、フッ化炭素または炭化水素単層を含む、請求項８〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記表面またはターゲットプレートは、前記第２の動作モードにおいて前記親または前駆体イオンの走行方向に実質的に平行である平面内に構成される、請求項８〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応されて、フラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応されて、フラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第１の質量電荷比を有する前記第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含み、
前記第１の親または前駆体イオンの強度が前記第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｖｉ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｘ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
方法。
【請求項１５】
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する前記第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記第１の親または前駆体イオンの強度の前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定するステップと、
前記第２の親または前駆体イオンの強度の前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定するステップと、
前記第１の比を前記第２の比と比較するステップと
を含み、
前記第１の比が前記第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法。
【請求項１６】
前記第１の動作モードにおいて、前記電子は、（ｉ）＜１ｅＶ、（ｉｉ）１〜２ｅＶ、（ｉｉｉ）２〜３ｅＶ、（ｉｖ）３〜４ｅＶ、および（ｖ）４〜５ｅＶからなる群から選択されるエネルギーを有する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記第１の動作モードにおいて、前記電子は、磁場によって閉じ込められる、請求項１５または１６に記載の方法。
【請求項１８】
電子源を準備するステップをさらに含む、請求項１５、１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記第１の動作モードにおいて、前記電子源は、前記親または前駆体イオンと相互作用するように構成される複数の電子を生成する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記第２の動作モードにおいて、前記電子源は、ＯＦＦに切り換えられる、請求項１８または１９に記載の方法。
【請求項２１】
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する前記第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記第１の親または前駆体イオンの強度の前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定するステップと、
前記第２の親または前駆体イオンの強度の前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定するステップと、
前記第１の比を前記第２の比と比較するステップと
を含み、
前記第１の比が前記第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法。
【請求項２２】
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する前記第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記第１の親または前駆体イオンの強度の前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定するステップと、
前記第２の親または前駆体イオンの強度の前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定するステップと、
前記第１の比を前記第２の比と比較するステップと
を含み、
前記第１の比が前記第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法。
【請求項２３】
前記第１の動作モードにおいて、前記親または前駆体イオンは、前記表面またはターゲットプレート上へ方向づけられるか、進路変更されるか、または偏向される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記第２の動作モードにおいて、前記親または前駆体イオンは、前記表面またはターゲットプレート上へ方向づけられず、進路変更されず、または偏向されない、請求項２２または２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記表面またはターゲットプレートは、自己組織化単層を含む、請求項２２、２３または２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記表面またはターゲットプレートは、フッ化炭素または炭化水素単層を含む、請求項２２〜２５のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
前記表面またはターゲットプレートは、前記第２の動作モードにおいて前記親または前駆体イオンの走行方向に実質的に平行である平面内に構成される、請求項２２〜２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応されて、フラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応されて、フラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第１の質量電荷比を有する前記第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
前記第１の親または前駆体イオンの強度の前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定するステップと、
前記第２の親または前駆体イオンの強度の前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定するステップと、
前記第１の比を前記第２の比と比較するステップと
を含み、
前記第１の比が前記第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｖｉ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｘ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
方法。
【請求項２９】
前記第１の試料において存在する前記他の親または前駆体イオンおよび／または前記第２の試料において存在する前記他の親または前駆体イオンのいずれか一方は、前記試料に対して内因性である、請求項１５〜２８のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
前記第１の試料において存在する前記他の親または前駆体イオンおよび／または前記第２の試料において存在する前記他の親または前駆体イオンのいずれか一方は、前記試料に対して外因性である、請求項１５〜２８のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
前記第１の試料において存在する前記他の親または前駆体イオンおよび／または前記第２の試料において存在する前記他の親または前駆体イオンは、さらにクロマトグラフ保持時間基準として使用される、請求項１５〜３０のいずれかに記載の方法。
【請求項３２】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを少なくとも前記第１のモードおよび前記第２のモードの間で、少なくとも０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０秒毎に１回、自動的に切り換え、改変、または変更するステップを含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項３３】
前記所定量は、（ｉ）１％、（ｉｉ）１０％、（ｉｉｉ）５０％、（ｉｖ）１００％、（ｖ）１５０％、（ｖｉ）２００％、（ｖｉｉ）２５０％、（ｖｉｉｉ）３００％、（ｉｘ）３５０％、（ｘ）４００％、（ｘｉ）４５０％、（ｘｉｉ）５００％、（ｘｉｉｉ）１０００％、（ｘｉｖ）５０００％、または（ｘｖ）１００００％からなる群から選択される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項３４】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）０．０００１ｍｂａｒ以上、（ｉｉ）０．０００５ｍｂａｒ以上、（ｉｉｉ）０．００１ｍｂａｒ以上、（ｉｖ）０．００５ｍｂａｒ以上、（ｖ）０．０１ｍｂａｒ以上、（ｖｉ）０．０５ｍｂａｒ以上、（ｖｉｉ）０．１ｍｂａｒ以上、（ｖｉｉｉ）０．５ｍｂａｒ以上、（ｉｘ）１ｍｂａｒ以上、（ｘ）５ｍｂａｒ以上、および（ｘｉ）１０ｍｂａｒ以上からなる群から選択される圧力に維持される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項３５】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）１０ｍｂａｒ以下、（ｉｉ）５ｍｂａｒ以下、（ｉｉｉ）１ｍｂａｒ以下、（ｉｖ）０．５ｍｂａｒ以下、（ｖ）０．１ｍｂａｒ以下、（ｖｉ）０．０５ｍｂａｒ以下、（ｖｉｉ）０．０１ｍｂａｒ以下、（ｖｉｉｉ）０．００５ｍｂａｒ以下、（ｉｘ）０．００１ｍｂａｒ以下、（ｘ）０．０００５ｍｂａｒ以下、および（ｘｉ）０．０００１ｍｂａｒ以下からなる群から選択される圧力に維持される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス内のガスは、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第１のモードにある場合には第１の圧力に維持され、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第２のモードにある場合にはより低い第２の圧力に維持される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項３７】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス内のガスは、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第１のモードにある場合には第１のガスまたは第１のガス混合物を含み、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第２のモードにある場合には異なる第２のガスまたは異なる第２のガス混合物を含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
前記対象の親または前駆体イオンを同定するステップをさらに含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
前記対象の親または前駆体イオンを同定するステップは、前記対象の親または前駆体イオンの質量電荷比を決定するステップを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記対象の親または前駆体イオンの質量電荷比は、２０ｐｐｍ、１５ｐｐｍ、１０ｐｐｍまたは５ｐｐｍ以下で、決定される、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記対象の親または前駆体イオンの前記決定された質量電荷比をイオンおよびそれらに対応する質量電荷比のデータベースと比較するステップをさらに含む、請求項３９または４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記対象の親または前駆体イオンを同定するステップは、前記対象の親または前駆体イオンのフラグメンテーションまたは反応から得られると判断される１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを同定するステップを含む、請求項３８〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
前記１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを同定するステップは、前記１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量電荷比を、２０ｐｐｍ、１５ｐｐｍ、１０ｐｐｍまたは５ｐｐｍ以下で、決定するステップをさらに含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記対象の親または前駆体イオンを同定するステップは、
前記対象の親または前駆体イオンが、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが所定の期間前記第２のモードにある場合に得られる質量スペクトルにおいて観察されるかどうか、および
前記フラグメント、生成物、娘または付加物イオンが、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第１のモードにある場合の前記所定の期間の直前、または前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第１のモードにある場合の前記所定の期間の直後のいずれかに得られる質量スペクトルにおいて観察されるかどうかを決定するステップを含む、請求項４２または４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記対象の親または前駆体イオンを同定するステップは、前記対象の親または前駆体イオンの溶離時間が前記フラグメント、生成物、娘または付加物イオンの擬溶離時間と実質的に同じであると決定するステップを含む、請求項４２、４３または４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記対象の親または前駆体イオンを同定するステップは、前記対象の親または前駆体イオンの溶離プロファイルを前記フラグメント、生成物、娘または付加物イオンの擬溶離プロファイルと比較するステップを含む、請求項４２〜４５のいずれかに記載の方法。
【請求項４７】
逐次得られる２つの質量スペクトルを比較してイオンが親または前駆体イオンであると決定するステップであって、
第１の質量スペクトルは、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第１のモードであった場合に得られ、
第２の質量スペクトルは、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第２のモードにあった場合に得られ、
イオンは、前記第２の質量スペクトルにおける前記イオンに対応するピークが前記第１の質量スペクトルにおける前記イオンに対応するピークよりも強度が高い場合に親または前駆体イオンであると判断される、ステップをさらに含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項４８】
逐次得られる２つの質量スペクトルを比較してイオンがフラグメント、生成物、娘または付加物イオンであると決定するステップであって、
第１の質量スペクトルは、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第１のモードであった場合に得られ、
第２の質量スペクトルは、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第２のモードにあった場合に得られ、
イオンは、前記第１の質量スペクトルにおける前記イオンに対応するピークが前記第２の質量スペクトルにおける前記イオンに対応するピークよりも強度が高い場合にフラグメント、生成物、娘または付加物イオンであると判断される、ステップをさらに含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項４９】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流に質量フィルタを準備するステップであって、前記質量フィルタは、第１の範囲内の質量電荷比を有するイオンを移送するが、第２の範囲内の質量電荷比を有するイオンを実質的に減衰させるように構成される、ステップ
をさらに含み、
イオンは、前記第２の範囲内にある質量電荷比を有すると判断された場合に、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンであると判断される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５０】
前記第１の親または前駆体イオンおよび前記第２の親または前駆体イオンは、４０ｐｐｍ、３５ｐｐｍ、３０ｐｐｍ、２５ｐｐｍ、２０ｐｐｍ、１５ｐｐｍ、１０ｐｐｍまたは５ｐｐｍ以下だけ異なる質量電荷比を有すると判断される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５１】
前記第１の親または前駆体イオンおよび前記第２の親または前駆体イオンは、実質的に同じ溶離時間後にクロマトグラフィカラムから溶離したと判断される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５２】
前記第１の親または前駆体イオンは、１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせると判断され、
前記第２の親または前駆体イオンは、１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせると判断され、
前記１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンおよび前記１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、実質的に同じ質量電荷比を有する、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５３】
前記１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンおよび前記１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量電荷比は、４０ｐｐｍ、３５ｐｐｍ、３０ｐｐｍ、２５ｐｐｍ、２０ｐｐｍ、１５ｐｐｍ、１０ｐｐｍまたは５ｐｐｍ以下だけ異なると判断される、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記第１の親または前駆体イオンは、１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせると判断され、
前記第２の親または前駆体イオンは、１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせると判断され、
前記第１の親または前駆体イオンおよび前記第２の親または前駆体イオンは、所定の時点で前記第２のモードにおいて得られるデータに関連する質量スペクトルにおいて観察され、
前記１つ以上の第１および第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第１のモードにある場合の前記所定の時点の直前または前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第１のモードにある場合の前記所定の時点の直後のいずれか一方において得られるデータに関連する質量スペクトルにおいて観察される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５５】
前記第１の親または前駆体イオンは、１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせると判断され、
前記第２の親または前駆体イオンは、１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせると判断され、
前記第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、前記第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンと実質的に同じ擬溶離時間を有する、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５６】
前記第１の親または前駆体イオンは、１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせると判断され、
前記第２の親または前駆体イオンは、１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせると判断され、
前記第１の親または前駆体イオンは、前記第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの擬溶離プロファイルに相関する溶離プロファイルを有すると判断され、
前記第２の親または前駆体イオンは、前記第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの擬溶離プロファイルに相関する溶離プロファイルを有すると判断される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５７】
前記第１の親または前駆体イオンおよび前記第２の親または前駆体イオンは、多価であると判断される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５８】
前記第１の親または前駆体イオンおよび前記第２の親または前駆体イオンは、同じ荷電状態を有すると判断される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５９】
前記第１の親または前駆体イオンのフラグメンテーションまたは反応から得られると判断されるフラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、前記第２の親または前駆体イオンのフラグメンテーションまたは反応から得られると判断されるフラグメント、生成物、娘または付加物イオンと同じ荷電状態を有すると判断される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項６０】
前記第１の試料および／または前記第２の試料は、複数の異なる生体高分子、タンパク質、ペプチド、ポリペプチド、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、アミノ酸、炭水化物、糖、脂質、脂肪酸、ビタミン、ホルモン、ＤＮＡの部分またはフラグメント、ｃＤＮＡの部分またはフラグメント、ＲＮＡの部分またはフラグメント、ｍＲＮＡの部分またはフラグメント、ｔＲＮＡの部分またはフラグメント、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、リボヌクレアーゼ、酵素、代謝産物、多糖類、リン酸化ペプチド、リン酸化タンパク質、糖ペプチド、糖タンパク質またはステロイドを含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項６１】
前記第１の試料および／または前記第２の試料は、異なるアイデンティティを有する少なくとも２、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、または５０００個の分子を含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項６２】
（ｉ）前記第１の試料は、罹患生物から採取され、前記第２の試料は、非罹患生物から採取される、（ｉｉ）前記第１の試料は、処置生物から採取され、前記第２の試料は、非処置生物から採取される、または（ｉｉｉ）前記第１の試料は、突然変異生物から採取され、前記第２の試料は、野生型生物から採取される、のいずれかである、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項６３】
前記第１のおよび／または第２の試料からの分子は、（ｉ）高速液体クロマトグラフィ（「ＨＰＬＣ」）、（ｉｉ）陰イオン交換、（ｉｉｉ）陰イオン交換クロマトグラフィ、（ｉｖ）陽イオン交換、（ｖ）陽イオン交換クロマトグラフィ、（ｖｉ）イオン対逆相クロマトグラフィ、（ｖｉｉ）クロマトグラフィ、（ｖｉｉｉ）１次元電気泳動、（ｉｘ）多次元電気泳動、（ｘ）サイズ排除、（ｘｉ）親和性、（ｘｉｉ）逆相クロマトグラフィ、（ｘｉｉｉ）キャビラリ−電気泳動クロマトグラフィ（「ＣＥＣ」）、（ｘｉｖ）電気泳動、（ｘｖ）イオン移動度分離、（ｘｖｉ）フィールド非対称イオン移動度分離（「ＦＡＩＭＳ」）、または（ｘｖｉ）キャピラリー電気泳動によってイオン化される前に、他の分子の混合物から分離される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項６４】
前記第１および第２の試料イオンは、ペプチドイオンを含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項６５】
前記ペプチドイオンは、１つ以上のタンパク質の消化生成物を含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記対象の親または前駆体イオンに相関するタンパク質を同定しようとするステップをさらに含む、請求項６４または６５に記載の方法。
【請求項６７】
タンパク質が消化された場合にどのペプチド生成物が形成されると予測されるかを決定し、いずれかの予測ペプチド生成物が対象の親または前駆体イオンに相関するかどうかを判断するステップをさらに含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記対象の親または前駆体イオンが１つ以上のタンパク質と相関するかどうかを判断するステップをさらに含む、請求項６６に記載の方法。
【請求項６９】
前記第１および第２の試料は、同じ生物から採取される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項７０】
前記第１および第２の試料は、異なる生物から採取される、請求項１〜６８のいずれかに記載の方法。
【請求項７１】
前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンは、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスにおいて親または前駆体イオンがフラグメンテーションすることによって生じたフラグメント、生成物、娘または付加物イオンではないと確定するステップをさらに含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項７２】
前記第１のモードにおいて得られるデータに関連する第１の質量スペクトルを前記第２のモードにおいて得られるデータに関連する第２の質量スペクトルと比較するステップであって、前記両質量スペクトルは、実質的に同時に得られる、ステップと、
前記第１のおよび／または前記第２の親または前駆体イオンが第１の質量スペクトルに比べて第２の質量スペクトルにおける強度がより大きい場合に、前記第１のおよび／または前記第２の親または前駆体イオンは、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンではないと判断するステップと
をさらに含む、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記第１の試料からの親または前駆体イオンおよび前記第２の試料からの親または前駆体イオンは、同じ衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスに渡される、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項７４】
前記第１の試料からの親または前駆体イオンおよび前記第２の試料からの親または前駆体イオンは、異なる衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスに渡される、請求項１〜７２のいずれかに記載の方法。
【請求項７５】
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスであって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）前記第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較する
制御システムと
を含み、
前記第１の親または前駆体イオンの強度が前記第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計。
【請求項７６】
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される電子移動解離フラグメンテーションデバイスであって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子移動解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）前記第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較する
制御システムと
を含み、
前記第１の親または前駆体イオンの強度が前記第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計。
【請求項７７】
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される表面誘起解離フラグメンテーションデバイスであって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、表面誘起解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）前記第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較する
制御システムと
を含み、
前記第１の親または前駆体イオンの強度が前記第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計。
【請求項７８】
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応されて、１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）前記第１の親または前駆体イオンの強度を前記第２の親または前駆体イオンの強度と比較する
制御システムと
を含み、
前記第１の親または前駆体イオンの強度が前記第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｖｉ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｘ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
質量分析計。
【請求項７９】
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスであって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）前記第１の親または前駆体イオンの強度の前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定し、
（ｉｖ）前記第２の親または前駆体イオンの強度の前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定し、
（ｖ）前記第１の比を前記第２の比と比較する
制御システムと
を含み、
前記第１の比が前記第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計。
【請求項８０】
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される電子移動解離フラグメンテーションデバイスであって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子移動解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）前記第１の親または前駆体イオンの強度の前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定し、
（ｉｖ）前記第２の親または前駆体イオンの強度の前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定し、
（ｖ）前記第１の比を前記第２の比と比較する
制御システムと
を含み、
前記第１の比が前記第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計。
【請求項８１】
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される表面誘起解離フラグメンテーションデバイスであって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、表面誘起解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）前記第１の親または前駆体イオンの強度の前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定し、
（ｉｖ）前記第２の親または前駆体イオンの強度の前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定し、
（ｖ）前記第１の比を前記第２の比と比較する
制御システムと
を含み、
前記第１の比が前記第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計。
【請求項８２】
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応されて、１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生成し、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）前記第１の親または前駆体イオンの強度の前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定し、
（ｉｖ）前記第２の親または前駆体イオンの強度の前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定し、
（ｖ）前記第１の比を前記第２の比と比較する
制御システムと
を含み、
前記第１の比が前記第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｖｉ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｘ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
質量分析計。
【請求項８３】
イオン源をさらに含む、請求項７５〜８２のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項８４】
前記イオン源は、（ｉ）エレクトロスプレーイオン化（「ＥＳＩ」）イオン源、（ｉｉ）大気圧光イオン化（「ＡＰＰＩ」）イオン源、（ｉｉｉ）大気圧化学イオン化（「ＡＰＣＩ」）イオン源、（ｉｖ）マトリックス支援レーザ脱離イオン化（「ＭＡＬＤＩ」）イオン源、（ｖ）レーザ脱離イオン化（「ＬＤＩ」）イオン源、（ｖｉ）大気圧イオン化（「ＡＰＩ」）イオン源、（ｖｉｉ）シリコンを用いた脱離イオン化（「ＤＩＯＳ」）イオン源、（ｖｉｉｉ）電子衝突（「ＥＩ」）イオン源、（ｉｘ）化学イオン化（「ＣＩ」）イオン源、（ｘ）電界イオン化（「ＦＩ」）イオン源、（ｘｉ）電界脱離（「ＦＤ」）イオン源、（ｘｉｉ）誘導結合プラズマ（「ＩＣＰ」）イオン源、（ｘｉｉｉ）高速原子衝撃（「ＦＡＢ」）イオン源、（ｘｉｖ）液体二次イオン質量分析（「ＬＳＩＭＳ」）イオン源、（ｘｖ）脱離エレクトロスプレーイオン化（「ＤＥＳＩ」）イオン源、（ｘｖｉ）ニッケル−６３放射性イオン源、（ｘｖｉｉ）大気圧マトリックス支援レーザ脱離イオン化イオン源、および(ｘｖｉｉｉ）熱スプレーイオン源からなる群から選択される、請求項８３に記載の質量分析計。
【請求項８５】
前記イオン源は、パルス化または連続イオン源を含む、請求項８３または８４に記載の質量分析計。
【請求項８６】
前記イオン源には、所定期間にわたり溶離剤が提供され、前記溶離剤は、液体クロマトグラフィまたはキャピラリー電気泳動によって混合物から分離されたものである、請求項８３、８４または８５のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項８７】
前記イオン源には、所定期間にわたり溶離剤が提供され、前記溶離剤は、ガスクロマトグラフィによって混合物から分離されたものである、請求項８３、８４または８５のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項８８】
前記質量分析器は、（ｉ）四重極質量分析器、（ｉｉ）２Ｄまたは直線四重極質量分析器、（ｉｉｉ）ポールまたは３Ｄ四重極質量分析器、（ｉｖ）ペニングトラップ質量分析器、（ｖ）イオントラップ質量分析器、（ｖｉ）扇形磁場質量分析器、（ｖｉｉ）イオンサイクロトロン共鳴（「ＩＣＲ」）質量分析器、（ｖｉｉｉ）フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（「ＦＴＩＣＲ」）質量分析器、（ｉｘ）静電またはオービトラップ質量分析器、（ｘ）フーリエ変換静電またはオービトラップ質量分析器、（ｘｉ）フーリエ変換質量分析器、（ｘｉｉ）飛行時間質量分析器、（ｘｉｉｉ）直交加速飛行時間質量分析器、（ｘｉｖ）軸方向加速飛行時間質量分析器、および（ｘｖ）四重極ロッドセット質量フィルタまたは分析器からなる群から選択される、請求項７５〜８７のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項８９】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流および／または下流に配置されるイオントラップまたはイオンガイドをさらに含む、請求項７５〜８８のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項９０】
前記イオントラップまたはイオンガイドは、
（ｉ）四重極ロッドセット、六重極ロッドセット、八重極ロッドセットまたは８個より多くのロッドを含むロッドセットを含む多重極ロッドセットまたはセグメント化多重極ロッドセットイオントラップもしくはイオンガイド、
（ｉｉ）開口を有する複数の電極または少なくとも２、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０もしくは１００個の電極を含むイオントンネルまたはイオンファネルイオントラップまたはイオンガイドであって、使用時にイオンは、前記開口を通って移送され、前記電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％は、実質的に同じサイズまたは面積の開口を有するか、またはサイズまたは面積が順次より大きくおよび／またはより小さくなる開口を有する、イオントンネルまたはイオンファネルイオントラップまたはイオンガイド、
（ｉｉｉ）１スタックまたはアレイの平面、プレートまたはメッシュ電極であって、前記１スタックまたはアレイの平面、プレートまたはメッシュ電極は、複数のまたは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９もしくは２０個の平面、プレートまたはメッシュ電極を含み、前記平面、プレートまたはメッシュ電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％は、使用時に概してイオンが走行する平面内に配置される、１スタックまたはアレイの平面、プレートまたはメッシュ電極、および
（ｉｖ）イオントラップまたはイオンガイドの長さに沿って軸方向に配置される複数のグループの電極を含むイオントラップまたはイオンガイドであって、各グループの電極は、（ａ）第１および第２の電極ならびにイオンを前記イオンガイド内に第１の半径方向に閉じ込めるためにＤＣ電圧またはポテンシャルを前記第１および第２の電極に印加するための手段、および（ｂ）第３および第４の電極ならびにイオンを前記イオンガイド内に第２の半径方向に閉じ込めるためにＡＣまたはＲＦ電圧を前記第３および第４の電極に印加するための手段を含む、イオントラップまたはイオンガイド
からなる群から選択される、請求項８９に記載の質量分析計。
【請求項９１】
前記イオントラップまたはイオンガイドは、イオントンネルまたはイオンファネルイオントラップまたはイオンガイドを含み、前記電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％は、（ｉ）≦１．０ｍｍ、（ｉｉ）≦２．０ｍｍ、（ｉｉｉ）≦３．０ｍｍ、（ｉｖ）≦４．０ｍｍ、（ｖ）≦５．０ｍｍ、（ｖｉ）≦６．０ｍｍ、（ｖｉｉ）≦７．０ｍｍ、（ｖｉｉｉ）≦８．０ｍｍ、（ｉｘ）≦９．０ｍｍ、（ｘ）≦１０．０ｍｍ、および（ｘｉ）＞１０．０ｍｍからなる群から選択される内径または寸法を有する、請求項９０に記載の質量分析計。
【請求項９２】
前記イオントラップまたはイオンガイドは、イオンを前記イオントラップまたはイオンガイド内に半径方向に閉じ込めるために、ＡＣまたはＲＦ電圧を前記イオントラップまたはイオンガイドの前記複数の電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％に印加するように構成および適合される第１のＡＣまたはＲＦ電圧手段をさらに含む、請求項８９、９０または９１に記載の質量分析計。
【請求項９３】
前記第１のＡＣまたはＲＦ電圧手段は、（ｉ）＜５０Ｖピークトゥピーク、（ｉｉ）５０〜１００Ｖピークトゥピーク、（ｉｉｉ）１００〜１５０Ｖピークトゥピーク、（ｉｖ）１５０〜２００Ｖピークトゥピーク、（ｖ）２００〜２５０Ｖピークトゥピーク、（ｖｉ）２５０〜３００Ｖピークトゥピーク、（ｖｉｉ）３００〜３５０Ｖピークトゥピーク、（ｖｉｉｉ）３５０〜４００Ｖピークトゥピーク、（ｉｘ）４００〜４５０Ｖピークトゥピーク、（ｘ）４５０〜５００Ｖピークトゥピーク、および（ｘｉ）＞５００Ｖピークトゥピークからなる群から選択される振幅を有するＡＣまたはＲＦ電圧を印加するように構成および適合される、請求項９２に記載の質量分析計。
【請求項９４】
前記第１のＡＣまたはＲＦ電圧手段は、（ｉ）＜１００ｋＨｚ、（ｉｉ）１００〜２００ｋＨｚ、（ｉｉｉ）２００〜３００ｋＨｚ、（ｉｖ）３００〜４００ｋＨｚ、（ｖ）４００〜５００ｋＨｚ、（ｖｉ）０．５〜１．０ＭＨｚ、（ｖｉｉ）１．０〜１．５ＭＨｚ、（ｖｉｉｉ）１．５〜２．０ＭＨｚ、（ｉｘ）２．０〜２．５ＭＨｚ、（ｘ）２．５〜３．０ＭＨｚ、（ｘｉ）３．０〜３．５ＭＨｚ、（ｘｉｉ）３．５〜４．０ＭＨｚ、（ｘｉｉｉ）４．０〜４．５ＭＨｚ、（ｘｉｖ）４．５〜５．０ＭＨｚ、（ｘｖ）５．０〜５．５ＭＨｚ、（ｘｖｉ）５．５〜６．０ＭＨｚ、（ｘｖｉｉ）６．０〜６．５ＭＨｚ、（ｘｖｉｉｉ）６．５〜７．０ＭＨｚ、（ｘｉｘ）７．０〜７．５ＭＨｚ、（ｘｘ）７．５〜８．０ＭＨｚ、（ｘｘｉ）８．０〜８．５ＭＨｚ、（ｘｘｉｉ）８．５〜９．０ＭＨｚ、（ｘｘｉｉｉ）９．０〜９．５ＭＨｚ、（ｘｘｉｖ）９．５〜１０．０ＭＨｚ、および（ｘｘｖ）＞１０．０ＭＨｚからなる群から選択される周波数を有するＡＣまたはＲＦ電圧を印加するように構成および適合される、請求項９２または９３に記載の質量分析計。
【請求項９５】
前記イオントラップまたはイオンガイドは、イオンのビームまたはグループを受け取り、前記イオンのビームまたはグループを変換または分割して、複数のまたは少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０個の別々のパケットのイオンが任意の特定の時間に前記イオントラップまたはイオンガイド内に閉じ込めおよび／または隔離されるよう構成および適合され、各パケットのイオンは、前記イオントラップまたはイオンガイド内に形成される別々の軸方向ポテンシャル井戸内に別々に閉じ込めおよび／または隔離される、請求項８９〜９４のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項９６】
一動作モードにおいて、少なくともいくつかのイオンを前記イオントラップまたはイオンガイドの軸方向長さの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％を通って、またはそれに沿って上流および／または下流へ駆動するように構成および適合される手段をさらに含む、請求項８９〜９５のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項９７】
少なくともいくつかのイオンを前記イオントラップまたはイオンガイドの軸方向長さの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％に沿って上流および／または下流へ駆動するために、１つ以上の過渡ＤＣ電圧もしくはポテンシャルまたは１つ以上の過渡ＤＣ電圧もしくはポテンシャル波形を、前記イオントラップまたはイオンガイドを形成する前記電極に印加するように構成および適合される第１の過渡ＤＣ電圧手段をさらに含む、請求項８９〜９６のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項９８】
少なくともいくつかのイオンを前記イオントラップまたはイオンガイドの軸方向長さ少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％に沿って上流および／または下流へ駆動するために、２つ以上の位相シフトＡＣまたはＲＦ電圧を、前記イオントラップまたはイオンガイドを形成する電極に印加するように構成および適合されるＡＣまたはＲＦ電圧手段をさらに含む、請求項８９〜９７のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項９９】
前記イオントラップまたはイオンガイドの少なくとも一部を（ｉ）＞０．０００１ｍｂａｒ、（ｉｉ）＞０．００１ｍｂａｒ、（ｉｉｉ）＞０．０１ｍｂａｒ、（ｉｖ）＞０．１ｍｂａｒ、（ｖ）＞１ｍｂａｒ、（ｖｉ）＞１０ｍｂａｒ、（ｖｉｉ）＞１ｍｂａｒ、（ｖｉｉｉ）０．０００１〜１００ｍｂａｒ、および（ｉｘ）０．００１〜１０ｍｂａｒからなる群から選択される圧力に維持するように、一動作モードにおいて、構成および適合される手段をさらに含む、請求項８９〜９８のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１００】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流および／または下流に配置される質量フィルタをさらに含む、請求項７５〜９９のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１０１】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）四重極ロッドセット、（ｉｉ）六重極ロッドセット、（ｉｉｉ）八重極ロッドセットまたはより高次のロッドセット、（ｉｖ）開口を有する複数の電極を含むイオントンネルであって、イオンが前記開口を通って移送される、イオントンネル、または（ｖ）イオンを前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス内に半径方向に閉じ込めるためのＡＣまたはＲＦ電圧源に接続される複数の電極を含む、請求項７５〜１００のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１０２】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、イオンを入れる開口と、イオンを出す開口と、ガスを導入するための任意のポートとを別にして実質的に気密な封入体を形成する、請求項７５〜１０１のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１０３】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）０．０００１ｍｂａｒ以上、（ｉｉ）０．０００５ｍｂａｒ以上、（ｉｉｉ）０．００１ｍｂａｒ以上、（ｉｖ）０．００５ｍｂａｒ以上、（ｖ）０．０１ｍｂａｒ以上、（ｖｉ）０．０５ｍｂａｒ以上、（ｖｉｉ）０．１ｍｂａｒ以上、（ｖｉｉｉ）０．５ｍｂａｒ以上、（ｉｘ）１ｍｂａｒ以上、（ｘ）５ｍｂａｒ以上、および（ｘｉ）１０ｍｂａｒ以上からなる群から選択される圧力に維持される、請求項７５〜１０２のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１０４】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）１０ｍｂａｒ以下、（ｉｉ）５ｍｂａｒ以下、（ｉｉｉ）１ｍｂａｒ以下、（ｉｖ）０．５ｍｂａｒ以下、（ｖ）０．１ｍｂａｒ以下、（ｖｉ）０．０５ｍｂａｒ以下、（ｖｉｉ）０．０１ｍｂａｒ以下、（ｖｉｉｉ）０．００５ｍｂａｒ以下、（ｉｘ）０．００１ｍｂａｒ以下、（ｘ）０．０００５ｍｂａｒ以下、および（ｘｉ）０．０００１ｍｂａｒ以下からなる群から選択される圧力に維持される、請求項７５〜１０３のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１０５】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス内のガスは、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第１のモードにある場合には第１の圧力に維持され、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第２のモードにある場合にはより低い第２の圧力に維持される、請求項７５〜１０４のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１０６】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス内のガスは、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第１のモードにある場合には第１のガスまたは第１のガス混合物を含み、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが前記第２のモードにある場合には異なる第２のガスまたは異なる第２のガス混合物を含む、請求項７５〜１０５のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１０７】
前記第１の試料からの親または前駆体イオンおよび前記第２の試料からの親または前駆体イオンは、同じ衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスに渡される、請求項７５〜１０６のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１０８】
前記第１の試料からの親または前駆体イオンおよび前記第２の試料からの親または前駆体イオンは、異なる衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスに渡される、請求項７５〜１０７のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１０９】
前記第１のおよび／または第２の試料からの分子は、（ｉ）高速液体クロマトグラフィ（「ＨＰＬＣ」）、（ｉｉ）陰イオン交換、（ｉｉｉ）陰イオン交換クロマトグラフィ、（ｉｖ）陽イオン交換、（ｖ）陽イオン交換クロマトグラフィ、（ｖｉ）イオン対逆相クロマトグラフィ、（ｖｉｉ）クロマトグラフィ、（ｖｉｉｉ）１次元電気泳動、（ｉｘ）多次元電気泳動、（ｘ）サイズ排除、（ｘｉ）親和性、（ｘｉｉ）逆相クロマトグラフィ、（ｘｉｉｉ）キャビラリ−電気泳動クロマトグラフィ（「ＣＥＣ」）、（ｘｉｖ）電気泳動、（ｘｖ）イオン移動度分離、（ｘｖｉ）フィールド非対称イオン移動度分離（「ＦＡＩＭＳ」）、または（ｘｖｉ）キャピラリー電気泳動によってイオン化される前に、他の分子の混合物から分離される、請求項７５〜１０８のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１１０】
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションまたは反応され、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションまたは反応され、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
前記第１の試料からの第１の親または前駆体イオンに由来する第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を自動的に決定するステップであって、前記第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、第１の質量電荷比を有する、ステップと、
前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンに由来する第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を自動的に決定するステップであって、前記第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、同じ第１の質量電荷比を有する、ステップと、
前記第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を前記第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度と比較するステップと
を含み、
前記第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度が前記第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）表面誘起解離（「ＳＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）電子移動解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）電子捕獲解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｖ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｖｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖｉｉｉ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｉｘ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｘ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｖｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｖｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
方法。
【請求項１１１】
質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第１の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションまたは反応され、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、前記第１のモードにおいては、前記第２の試料からの前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションまたは反応され、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
前記第１の試料からの第１の親または前駆体イオンに由来する第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を自動的に決定するステップであって、前記第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、第１の質量電荷比を有する、ステップと、
前記第２の試料からの第２の親または前駆体イオンに由来する第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を自動的に決定するステップであって、前記第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、同じ第１の質量電荷比を有する、ステップと、
前記第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度の、前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度との、または前記第１の試料における他の親または前駆体イオンに由来する他のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度との第１の比を決定するステップと
前記第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度の、前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度との、または前記第２の試料における他の親または前駆体イオンに由来する他のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度との第２の比を決定するステップと
前記第１の比を前記第２の比と比較するステップと
を含み、
前記第１の比が前記第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）表面誘起解離（「ＳＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）電子移動解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）電子捕獲解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｖ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｖｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖｉｉｉ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｉｘ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｘ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｖｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｖｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
方法。
【請求項１１２】
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションまたは反応され、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の試料からの第１の親または前駆体イオンに由来する第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を決定し、前記第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉ）第２の試料からの第２の親または前駆体イオンに由来する第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を決定し、前記第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、同じ第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉｉ）前記第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を前記第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度と比較する
制御システムと
を含み、
前記第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度が前記第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）表面誘起解離（「ＳＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）電子移動解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）電子捕獲解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｖ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｖｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖｉｉｉ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｉｘ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｘ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｖｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｖｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
質量分析計。
【請求項１１３】
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、前記第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションされ、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の試料からの第１の親または前駆体イオンに由来する第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を決定し、前記第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉ）第２の試料からの第２の親または前駆体イオンに由来する第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を決定し、前記第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、同じ第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉｉ）前記第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度の、前記第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度との、または前記第１の試料における他の親または前駆体イオンに由来する他のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度との第１の比を決定し、
（ｉｖ）前記第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度の、前記第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度との、または前記第２の試料における他の親または前駆体イオンに由来する他のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度との第２の比を決定し、
（ｖ）前記第１の比を前記第２の比と比較する
制御システムと
を含み、
前記第１の比が前記第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、前記第１の親もしくは前駆体イオンおよび／または前記第２の親もしくは前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）表面誘起解離（「ＳＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）電子移動解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）電子捕獲解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｖ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｖｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖｉｉｉ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｉｘ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｘ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｖｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｖｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
質量分析計。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、質量分析の方法および質量分析計に関する。
【背景技術】
【０００２】
タンパク質をまず酵素的にまたは化学的に消化し、次いでペプチド生成物を質量分析によって分析することによってそのタンパク質を分析することが一般に行われるようになってきた。ペプチド生成物の質量分析は、通常、ペプチド生成物の質量の測定を行う。この方法は、「ペプチドマッピング」または「ペプチド指紋法」と呼ばれることがある。
【０００３】
また、親または前駆体ペプチドイオンを同定しようとする方法として、その親または前駆体ペプチドイオンをフラグメンテーションするように誘導し、次いで１つ以上のフラグメントまたは娘イオンの質量を測定することが知られている。また、ペプチドイオンのフラグメンテーションパターンは、アイソバリックペプチドイオンの識別を首尾よく行う方法であることが示されてきた。したがって、１つ以上のフラグメントまたは娘イオンの質量電荷比を使用して、親または前駆体ペプチドイオンを同定し、これによってペプチドが由来するタンパク質を同定し得る。また、いくつかの場合に、ペプチドの部分配列がフラグメントまたは娘イオンスペクトルから決定され得る。この情報を使用して、タンパク質およびゲノムデータベースを検索することによって候補のタンパク質を決定し得る。
【０００４】
あるいは、候補のタンパク質は、１つ以上の観察されたフラグメントまたは娘イオンの質量を、対象の候補のタンパク質のペプチド配列に基づいて観察されると予想され得るフラグメントまたは娘イオンの質量と比較することによって排除または確定され得る。同定の信頼度は、より多くのペプチド親または前駆体イオンがフラグメンテーションするように誘導され、それらのフラグメント質量が予想されるものと一致すると示されるにつれて増加する。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
改善された質量分析の方法および改善された質量分析計を提供することが望まれる。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本発明の一局面によると、質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいては、第１の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいて、第２の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいて、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
第１の親または前駆体イオンの強度を第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含み、
第１の親または前駆体イオンの強度が第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法が提供される。
【発明を実施するための最良の形態】
【０００７】
上記好適な実施形態によると、親または前駆体イオンは、二価、三価、四価イオンまたは五価以上のイオンを含む。
【０００８】
上記好適な実施形態によると、電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスは、好ましくは１回の実験試行または１回の試料分析の間に第１のモードおよび第２のモード間で繰り返し切り換えられる。
【０００９】
第１の動作モードにおいて、電子は、好ましくは（ｉ）＜１ｅＶ、（ｉｉ）１〜２ｅＶ、（ｉｉｉ）２〜３ｅＶ、（ｉｖ）３〜４ｅＶ、および（ｖ）４〜５ｅＶからなる群から選択されるエネルギーを有する。第１の動作モードにおいて、比較的低エネルギーの電子は、好ましくは比較的強力な磁場によって閉じ込められる。フラグメンテーションされるべきイオンは、好ましくはイオンガイド内に閉じ込められる。好ましくはイオンをイオンガイド内に半径方向に閉じ込めるように作用する半径方向擬ポテンシャル場または井戸を生成するために、ＡＣまたはＲＦ電圧が好ましくはイオンガイドの電極に印加される。
【００１０】
好ましくは、比較的低いエネルギーの電子は、好ましくはイオンガイドのイオンガイド領域を重複または重なり合わせる磁場によって閉じ込められ、その結果、多価検体イオンが比較的低いエネルギーの電子と相互作用するようにする。電子捕獲解離によるイオンのフラグメンテーションは、好ましくは内部振動エネルギーをイオンに導入させることを含まない。
【００１１】
上記方法は、好ましくは電子源を準備するステップをさらに含む。第１の動作モードにおいて、電子源は、好ましくは親または前駆体イオンと相互作用するように構成される複数の電子を生成する。第２の動作モードにおいて、電子源は、好ましくはＯＦＦに切り換えられ、検体イオンが好ましくは電子と相互作用せず、したがって好ましくはフラグメンテーションしないようにされる。
【００１２】
本発明の一局面によると、質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいては、第１の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいて、第２の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいて、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
第１の親または前駆体イオンの強度を第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含み、
第１の親または前駆体イオンの強度が第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法が提供される。
【００１３】
上記好適な実施形態によると、親または前駆体イオンは、二価、三価、四価イオンまたは五価以上のイオンを含む。
【００１４】
上記好適な実施形態によると、電子移動解離フラグメンテーションデバイスは、好ましくは１回の実験試行または１回の試料分析の間に第１のモードおよび第２のモード間で繰り返し切り換えられる。
【００１５】
本発明の一局面によると、質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいては、第１の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいて、第２の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいて、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
第１の親または前駆体イオンの強度を第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含み、
第１の親または前駆体イオンの強度が第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法が提供される。
【００１６】
上記好適な実施形態によると、親または前駆体イオンは、二価、三価、四価イオンまたは五価以上のイオンを含む。
【００１７】
上記好適な実施形態によると、表面誘起解離フラグメンテーションデバイスは、好ましくは１回の実験試行または１回の試料分析の間に第１のモードおよび第２のモード間で繰り返し切り換えられる。
【００１８】
第１の動作モードにおいて、親または前駆体イオンは、好ましくは表面またはターゲットプレート上へ方向づけられるか、進路変更されるか、または偏向される。第２の動作モードにおいて、親または前駆体イオンは、好ましくは表面またはターゲットプレート上へ方向づけられず、進路変更されず、または偏向されない。
【００１９】
表面またはターゲットプレートは、好ましくは自己組織化単層を含む。表面またはターゲットプレートは、好ましくはフッ化炭素または炭化水素単層を含む。
【００２０】
表面またはターゲットプレートは、好ましくは第２の動作モードにおいて親または前駆体イオンの走行方向に実質的に平行である平面内に構成される。なお、第２の動作モードは、イオンが好ましくは表面またはターゲットプレート上へ方向づけられずに表面またはターゲットプレートを通過して移送される場合である。
【００２１】
本発明の別の局面によると、質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいては、第１の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応されて、フラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいて、第２の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応されて、フラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成し、第２のモードにおいて、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
第１の親または前駆体イオンの強度を第２の親または前駆体イオンの強度と比較するステップと
を含み、
第１の親または前駆体イオンの強度が第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｖｉ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｘ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
方法が提供される。
【００２２】
上記好適な実施形態によると、親または前駆体イオンは、二価、三価、四価イオンまたは五価以上のイオンを含む。
【００２３】
上記好適な実施形態によると、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、好ましくは１回の実験試行または１回の試料分析の間に第１のモードおよび第２のモード間で繰り返し切り換えられる。
【００２４】
本発明の別の局面によると、質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいては、第１の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいて、第２の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいて、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
第１の親または前駆体イオンの強度の第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定するステップと、
第２の親または前駆体イオンの強度の第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定するステップと、
第１の比を第２の比と比較するステップと
を含み、
第１の比が第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法が提供される。
【００２５】
上記好適な実施形態によると、親または前駆体イオンは、二価、三価、四価イオンまたは五価以上のイオンを含む。
【００２６】
上記好適な実施形態によると、電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスは、好ましくは１回の実験試行または１回の試料分析の間に第１のモードおよび第２のモード間で繰り返し切り換えられる。
【００２７】
第１の動作モードにおいて、電子は、好ましくは（ｉ）＜１ｅＶ、（ｉｉ）１〜２ｅＶ、（ｉｉｉ）２〜３ｅＶ、（ｉｖ）３〜４ｅＶ、および（ｖ）４〜５ｅＶからなる群から選択されるエネルギーを有する。
【００２８】
第１の動作モードにおいて、電子は、好ましくは磁場によって閉じ込められる。
【００２９】
上記方法は、好ましくは電子源を準備するステップをさらに含む。
【００３０】
第１の動作モードにおいて、電子源は、好ましくは親または前駆体イオンと相互作用するように構成される複数の電子を生成する。第２の動作モードにおいて、電子源は、好ましくはＯＦＦに切り換えられる。
【００３１】
本発明の別の局面によると、質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいては、第１の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいて、第２の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいて、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
第１の親または前駆体イオンの強度の第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定するステップと、
第２の親または前駆体イオンの強度の第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定するステップと、
第１の比を第２の比と比較するステップと
を含み、
第１の比が第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法が提供される。
【００３２】
上記好適な実施形態によると、親または前駆体イオンは、二価、三価、四価イオンまたは五価以上のイオンを含む。
【００３３】
上記好適な実施形態によると、電子移動解離フラグメンテーションデバイスは、好ましくは１回の実験試行または１回の試料分析の間に第１のモードおよび第２のモード間で繰り返し切り換えられる。
【００３４】
本発明の別の局面によると、質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいては、第１の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいて、第２の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいて、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、ステップと、
第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
第１の親または前駆体イオンの強度の第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定するステップと、
第２の親または前駆体イオンの強度の第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定するステップと、
第１の比を第２の比と比較するステップと
を含み、
第１の比が第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
方法が提供される。
【００３５】
上記好適な実施形態によると、親または前駆体イオンは、二価、三価、四価イオンまたは五価以上のイオンを含む。
【００３６】
上記好適な実施形態によると、表面誘起解離フラグメンテーションデバイスは、好ましくは１回の実験試行または１回の試料分析の間に第１のモードおよび第２のモード間で繰り返し切り換えられる。
【００３７】
第１の動作モードにおいて、親または前駆体イオンは、好ましくは表面またはターゲットプレート上へ方向づけられるか、進路変更されるか、または偏向される。第２の動作モードにおいて、親または前駆体イオンは、好ましくは表面またはターゲットプレート上へ方向づけられず、進路変更されず、または偏向されない。
【００３８】
表面またはターゲットプレートは、好ましくは自己組織化単層を含む。表面またはターゲットプレートは、好ましくはフッ化炭素または炭化水素単層を含む。
【００３９】
表面またはターゲットプレートは、好ましくは第２の動作モードにおいて親または前駆体イオンの走行方向に実質的に平行である平面内に構成される。
【００４０】
本発明の別の局面によると、質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいては、第１の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応されて、フラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいて、第２の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応されて、フラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成し、第２のモードにおいて、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を自動的に決定するステップと、
第１の親または前駆体イオンの強度の第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定するステップと、
第２の親または前駆体イオンの強度の第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定するステップと、
第１の比を第２の比と比較するステップと
を含み、
第１の比が第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｖｉ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｘ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
方法が提供される。
【００４１】
上記好適な実施形態によると、親または前駆体イオンは、二価、三価、四価イオンまたは五価以上のイオンを含む。
【００４２】
上記好適な実施形態によると、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、好ましくは１回の実験試行または１回の試料分析の間に第１のモードおよび第２のモード間で繰り返し切り換えられる。
【００４３】
反応デバイスは、イオン、原子または分子が新しい種のイオン、原子または分子を形成するように再構成または反応されるデバイスを含むと理解されるべきである。Ｘ−Ｙ反応フラグメンテーションデバイスは、ＸおよびＹが組み合わさって生成物を形成し、次いでフラグメンテーションするデバイスを意味すると理解されるべきである。これは、イオンが最初に生成物を形成せずにフラグメンテーションされ得るフラグメンテーションデバイス自体とは異なる。Ｘ−Ｙ反応デバイスは、ＸおよびＹが組み合わさって生成物を形成し、かつ次いでその生成物が必ずしもフラグメンテーションしないデバイスを意味すると理解されるべきである。
【００４４】
本発明によると、イオンは、衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス以外のデバイス内で衝突、フラグメンテーションまたは反応される。特に好適な実施形態によると、電子捕獲解離（「ＥＣＤ」）または電子移動解離（「ＥＴＤ」）フラグメンテーションデバイスが検体イオンをフラグメンテーションするために使用される。
【００４５】
ポリペプチド鎖は、所定の質量を有するアミノ酸残基からなる。ペプチド骨格に沿って３つの異なる結合があり、１つの結合が壊れると、その電荷は、その構造のＮ末端部またはその構造のＣ末端部のいずれかに残存し得る。ポリペプチドがフラグメンテーションされると、ａ、ｂ、ｃおよびｘ、ｙ、ｚと一般に呼ばれる６つの可能なフラグメンテーションシリーズが生じる。
【００４６】
衝突誘起解離を用いる場合、最も一般的なフラグメンテーション経路は、アミノ結合（ＩＩ）を介して起こるフラグメンテーションに関するものである。電荷がＮ−末端に残存する場合、イオンは、ｂシリーズイオンと呼ばれる。電荷がＣ末端に残存する場合、イオンは、ｙシリーズイオンと呼ばれる。
【００４７】
添え字は、フラグメント中に何個のアミノ酸残基が含まれるかを示すために使用され得る。例えば、b3は、電荷がＮ−末端に残存するようにアミド結合（ＩＩ）を切断した結果得られるフラグメントイオンであって、フラグメント中に３個のアミノ酸残基がある。
【００４８】
本発明の一実施形態によると、電子捕獲解離（「ＥＣＤ」）または電子移動解離（「ＥＴＤ」）フラグメンテーションデバイスを使用してイオンをフラグメンテーションする場合、ポリペプチド鎖は、ポリペプチドが衝突誘起解離によってフラグメンテーションされる場合にフラグメンテーションが生じると予想される位置とは異なる位置でフラグメンテーションされ得る。特に、電子捕獲解離（「ＥＣＤ」）または電子移動解離（「ＥＴＤ」）デバイスは、ｘおよびｃシリーズフラグメントイオンが主に生成されることを可能にする。所定の状況においては、イオンをｂおよびｙシリーズフラグメントイオンではなく、ｘおよびｃシリーズフラグメントイオンにフラグメンテーションさせることが特に有利である（衝突誘起解離の場合）。いくつかの状況においては、ＥＣＤまたはＥＴＤを使用してより完全な配列が可能となり、また、フラグメントイオンの同定における曖昧性がより低くなる。これによって、ペプチドの配列決定処理がより容易にできる。
【００４９】
また、ポリペプチドは、リン酸化などの翻訳後修飾によって修飾され得る。ＥＣＤまたはＥＴＤフラグメンテーションデバイスの使用およびその結果生成されるフラグメンテーションシリーズによって、リン酸化などの翻訳後修飾をより簡単に観察することが可能になる。また、ポリペプチドの長さに沿ってどこで修飾が生じるかについて決定することが可能である。
【００５０】
別の実施形態によると、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含み得る。衝突誘起解離は、比較的ゆっくりとしたプロセスであって、フラグメンテーションがイオンとガス分子との間の多数回衝突の結果生じることが多いプロセスと考えられ得る。その結果、フラグメンテーションは、平均化されやすく、比較的広い範囲のフラグメンテーション生成物が通常観察される。反対に、表面誘起解離は、比較的急速または瞬時のプロセスであると考えられ得る。その結果、ポリペプチドは、非常に特異的なやり方でフラグメンテーションし得る。所定の状況において、これは、ポリペプチドの構造についての所定の有用な情報を明らかにし得るので特に有用である。
【００５１】
したがって、本発明は、親または前駆体イオンが好ましくは衝突誘起解離によって得られ得るものに異なるフラグメンテーション経路を介してフラグメンテーションされる点で特に有利であることが分かる。さらに、また、本発明は、ペプチドの翻訳後修飾が観察されること、かつペプチドにおける修飾位置が決定されることを可能にする。また、本発明は、検体イオンをフラグメンテーションし、対応するフラグメントイオンを分析することによって検体イオンに関する構造情報を解明しようとする従来のアプローチに比べて、特に有利である。
【００５２】
したがって、本発明は、従来の構成に比べて特に有利である。
【００５３】
上記好適な実施形態によると、上記方法は、好ましくは衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを少なくとも第１のモードおよび第２のモードの間で、少なくとも０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０秒毎に１回、自動的に切り換え、改変、または変更するステップを含む。
【００５４】
また、他の親または前駆体イオンに対する第１の親または前駆体イオンの第１の比を決定する代わりに、所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンに対する第１の親または前駆体イオンの第１の比が決定され得るような他の構成が考えられる。同様に、所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンに対する第２の親または前駆体イオンの第２の比が決定され、第１および第２の比が比較され得る。
【００５５】
第１の試料において存在する他の親または前駆体イオンおよび／または第２の試料において存在する他の親または前駆体イオンは、試料に対して内因性であるか、または外因性であるかのいずれかであり得る。第１の試料において存在する他の親または前駆体イオンおよび／または第２の試料において存在する他の親または前駆体イオンは、さらにクロマトグラフ保持時間基準として使用され得る。
【００５６】
一実施形態によると、２つの異なる試料からの親または前駆体イオン、好ましくはペプチドイオンは、別々の実験試行において分析される。各実験試行において、親または前駆体イオンは、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスに渡される。衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、好ましくフラグメンテーションまたは反応モードと実質的にフラグメンテーションまたは反応しないモードとの間で繰り返し切り換えられる。次いで、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスから現れるか、または衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを通って移送されてきたイオンは、好ましくは質量分析される。次いで、一方の試料における所定の質量電荷比を有する親または前駆体イオンの強度が他方の試料における同じ所定の質量電荷比を有する親または前駆体イオンの強度と比較される。親または前駆体イオン表現レベルの直接的な比較がなされ得るか、または試料における親または前駆体イオンの強度がまず内部基準と比較され得る。したがって、一方の試料における親または前駆体イオンの内部基準に関連する親または前駆体イオンの強度に対する比と、他の試料における親または前駆体イオンの好ましくは同じ内部基準に関連する親または前駆体イオンの強度に対する比との間で、非直接的な比較がなされ得る。次いで、２つの比の比較がなされ得る。２つの試料における親または前駆体イオン表現レベルの比較に関して上記好適な実施形態を記載したが、３つ以上の試料における親または前駆体イオンの表現レベルが比較され得ることが明らかである。
【００５７】
親または前駆体イオンは、それらの表現レベルが１％、１０％、５０％、１００％、１５０％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、１０００％、５０００％または１００００％よりも大きく異なる場合に２つの試料において著しく異なると考えられ得る。
【００５８】
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、好ましくは（ｉ）０．０００１ｍｂａｒ以上、（ｉｉ）０．００１ｍｂａｒ以上、（ｉｉｉ）０．０５ｍｂａｒ以上、（ｉｖ）０．０１ｍｂａｒ以上、（ｖ）０．０００１〜１００ｍｂａｒ、および（ｖｉ）０．００１〜１０ｍｂａｒからなる群から選択される圧力に維持される。好ましくは、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）０．０００１ｍｂａｒ以上、（ｉｉ）０．０００５ｍｂａｒ以上、（ｉｉｉ）０．００１ｍｂａｒ以上、（ｉｖ）０．００５ｍｂａｒ以上、（ｖ）０．０１ｍｂａｒ以上、（ｖｉ）０．０５ｍｂａｒ以上、（ｖｉｉ）０．１ｍｂａｒ以上、（ｖｉｉｉ）０．５ｍｂａｒ以上、（ｉｘ）１ｍｂａｒ以上、（ｘ）５ｍｂａｒ以上、および（ｘｉ）１０ｍｂａｒ以上からなる群から選択される圧力に維持される。好ましくは、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）１０ｍｂａｒ以下、（ｉｉ）５ｍｂａｒ以下、（ｉｉｉ）１ｍｂａｒ以下、（ｉｖ）０．５ｍｂａｒ以下、（ｖ）０．１ｍｂａｒ以下、（ｖｉ）０．０５ｍｂａｒ以下、（ｖｉｉ）０．０１ｍｂａｒ以下、（ｖｉｉｉ）０．００５ｍｂａｒ以下、（ｉｘ）０．００１ｍｂａｒ以下、（ｘ）０．０００５ｍｂａｒ以下、および（ｘｉ）０．０００１ｍｂａｒ以下からなる群から選択される圧力に維持される。
【００５９】
好ましさが劣る実施形態によると、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス内のガスは、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが高フラグメンテーションまたは反応モードにある場合には第１の圧力に維持され、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが低フラグメンテーションまたは反応モードにある場合にはより低い第２の圧力に維持され得る。好ましさが劣る別の実施形態によると、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス内のガスは、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが高フラグメンテーションまたは反応モードにある場合には第１のガスまたは第１のガス混合物を含み、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが低フラグメンテーションまたは反応モードにある場合には異なる第２のガスまたは異なる第２のガス混合物を含み得る。
【００６０】
対象の親または前駆体イオンと考えられる親または前駆体イオンが好ましくは同定される。これは、対象の親または前駆体イオンの質量電荷比を、好ましくは２０ｐｐｍ、１５ｐｐｍ、１０ｐｐｍまたは５ｐｐｍ以下の正確さで、決定するステップを含み得る。次いで、対象の親または前駆体イオンの決定された質量電荷比は、イオンおよびそれらの質量電荷比のデータベースと比較され得、したがって対象の親または前駆体イオンのアイデンティティが確立され得る。
【００６１】
上記好適な実施形態によると、対象の親または前駆体イオンを同定するステップは、対象の親または前駆体イオンのフラグメンテーションから得られると判断される１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを同定するステップを含む。好ましくは、１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを同定するステップは、１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量電荷比を、２０ｐｐｍ、１５ｐｐｍ、１０ｐｐｍまたは５ｐｐｍ以下で、決定するステップをさらに含む。
【００６２】
対象の第１の親または前駆体イオンを同定するステップは、親または前駆体イオンが、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが所定の期間低フラグメンテーションまたは反応モードにある場合に得られる質量スペクトルにおいて観察されるかどうか、および第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンが、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが高フラグメンテーションまたは反応モードにある場合の所定の期間の直前、または衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが高フラグメンテーションまたは反応モードにある場合の所定の期間の直後のいずれかに得られる質量スペクトルにおいて観察されるかどうかを決定するステップを含み得る。
【００６３】
対象の第１の親または前駆体イオンを同定するステップは、親または前駆体イオンの溶離時間を第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの擬溶離時間と比較するステップを含み得る。フラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、擬溶離時間を有するといわれる。なぜなら、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、実際にはクロマトグラフィカラムから物理的に溶離しないからである。しかし、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンのうちの少なくともいくつかは、特定の親または前駆体イオンに対してかなりユニークであり、かつ親または前駆体イオンは、特定の時間にだけクロマトグラフィカラムから溶離し得るので、対応するフラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、それらの関連の親または前駆体イオンと実質的に同じ溶離時間に同様に観察されるだけであり得る。同様に、対象の第１の親または前駆体イオンを同定するステップは、親または前駆体イオンの溶離プロファイルを第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの擬溶離プロファイルと比較するステップを含み得る。やはり、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、実際にはクロマトグラフィカラムから物理的に溶離しないが、それらは有効な溶離プロファイルを有すると考えられ得る。なぜなら、それらは、特定の親または前駆体イオンがカラムから溶離する場合にだけ観察される傾向にあり、かつ溶離する親または前駆体イオンの強度が数秒にわたり変化するにつれ、同様に特徴的なフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの強度も同様に変化するからである。
【００６４】
イオンは、逐次得られる２つの質量スペクトルを比較して、親または前駆体イオンであると決定され得る。第１の質量スペクトルは、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが高フラグメンテーションおよび反応モードであった場合に得られ、第２の質量スペクトルは、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが低フラグメンテーションおよび反応モードにあった場合に得られる。イオンは、第２の質量スペクトルにおけるイオンに対応するピークが第１の質量スペクトルにおけるイオンに対応するピークよりも強度が高い場合に親または前駆体イオンであると判断される。同様に、イオンは、第１の質量スペクトルにイオンに対応するピークが第２の質量スペクトルにおけるイオンに対応するピークよりも強度が高い場合にフラグメント、生成物、娘または付加物イオンであると判断され得る。別の実施形態によると、質量フィルタが衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流に提供され得る。質量フィルタは、第１の範囲内の質量電荷比を有するイオンを移送するが、第２の範囲内の質量電荷比を有するイオンを実質的に減衰させるように構成される。イオンは、第２の範囲内にある質量電荷比を有すると判断された場合に、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンであると判断される。
【００６５】
第１の親または前駆体イオンおよび第２の親または前駆体イオンは、好ましくは４０ｐｐｍ、３５ｐｐｍ、３０ｐｐｍ、２５ｐｐｍ、２０ｐｐｍ、１５ｐｐｍ、１０ｐｐｍまたは５ｐｐｍ以下だけ異なる質量電荷比を有すると判断される。第１の親または前駆体イオンおよび第２の親または前駆体イオンは、実質的に同じ溶離時間後にクロマトグラフィカラムから溶離したと判断され得る。また、第１の親または前駆体イオンは、１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせたと判断され、第２の親または前駆体イオンは、１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせたと判断され得る。１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンおよび１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、実質的に同じ質量電荷比を有する。１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンおよび１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量電荷比は、４０ｐｐｍ、３５ｐｐｍ、３０ｐｐｍ、２５ｐｐｍ、２０ｐｐｍ、１５ｐｐｍ、１０ｐｐｍまたは５ｐｐｍ以下だけ異なると判断され得る。
【００６６】
また、第１の親または前駆体イオンは、１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせたと判断され得、第２の親または前駆体イオンは、１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせたと判断され得る。第１の親または前駆体イオンおよび第２の親または前駆体イオンは、所定の時点で低フラグメンテーションまたは反応モードにおいて得られるデータに関連する質量スペクトルにおいて観察され、１つ以上の第１および第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが高フラグメンテーションまたは反応モードにある場合の所定の時点の直前または衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが高フラグメンテーションまたは反応モードにある場合の所定の時点の直後のいずれか一方において得られるデータに関連する質量スペクトルにおいて観察される。
【００６７】
第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンが第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンと実質的に同じ擬溶離時間を有する場合、第１の親または前駆体イオンは、１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせたと判断され得、第２の親または前駆体イオンは、１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせたと判断され得る。
【００６８】
第１の親または前駆体イオンは、１つ以上の第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせたと判断され得、第２の親または前駆体イオンは、１つ以上の第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせたと判断され得る。第１の親または前駆体イオンは、第１のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの擬溶離プロファイルに相関する溶離プロファイルを有すると判断され、対応する第２の親または前駆体イオンは、第２のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの擬溶離プロファイルに相関する溶離プロファイルを有すると判断される。
【００６９】
別の実施形態によると、比較されている第１の親または前駆体イオンおよび第２の親または前駆体イオンは、多価であると判断され得る。これにより、かなり頻繁に一価である傾向にある多くのフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを除外し得る。より好適な実施形態によると、第１の親または前駆体イオンおよび第２の親または前駆体イオンは、同じ荷電状態を有すると判断され得る。別の実施形態によると、２つの異なる試料において比較されている親または前駆体イオンは、同じ電荷状態を有するフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生じさせると判断され得る。
【００７０】
第１の試料および／または第２の試料は、複数の異なる生体高分子、タンパク質、ペプチド、ポリペプチド、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、アミノ酸、炭水化物、糖、脂質、脂肪酸、ビタミン、ホルモン、ＤＮＡの部分またはフラグメント、ｃＤＮＡの部分またはフラグメント、ＲＮＡの部分またはフラグメント、ｍＲＮＡの部分またはフラグメント、ｔＲＮＡの部分またはフラグメント、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、リボヌクレアーゼ、酵素、代謝産物、多糖類、リン酸化ペプチド、リン酸化タンパク質、糖ペプチド、糖タンパク質またはステロイドを含み得る。また、第１の試料および／または第２の試料は、異なるアイデンティティを有する少なくとも２、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、または５０００個の分子を含み得る。
【００７１】
第１の試料は、罹患生物から採取され得、第２の試料は、非罹患生物から採取され得る。あるいは、第１の試料は、処置生物から採取され得、第２の試料は、非処置生物から採取され得る。別の実施形態によると、第１の試料は、突然変異生物から採取され得、第２の試料は、野生型生物から採取され得る。
【００７２】
第１のおよび／または第２の試料からの分子は、好ましくは高速液体クロマトグラフィ（「ＨＰＬＣ」）、陰イオン交換、陰イオン交換クロマトグラフィ、陽イオン交換、陽イオン交換クロマトグラフィ、イオン対逆相クロマトグラフィ、クロマトグラフィ、１次元電気泳動、多次元電気泳動、サイズ排除、親和性、逆相クロマトグラフィ、キャビラリ−電気泳動クロマトグラフィ（「ＣＥＣ」）、電気泳動、イオン移動度分離、フィールド非対称イオン移動度分離（「ＦＡＩＭＳ」）、またはキャピラリー電気泳動によってイオン化される前に、他の分子の混合物から分離される。
【００７３】
特に好適な実施形態によると、第１および第２の試料イオンは、ペプチドイオンを含み得る。ペプチドイオンは、好ましくは１つ以上のタンパク質の消化生成物を含む。対象の親ペプチドイオンに相関するタンパク質を同定しようとする試みがなされ得る。好ましくは、タンパク質が消化された場合にどのペプチド生成物が形成されると予測されるかについて決定がなされ、次いで、いずれかの予測ペプチド生成物が対象の親または前駆体イオンに相関するかどうかを判断される。また、対象の親または前駆体イオンが１つ以上のタンパク質と相関するかどうかついて判断がなされ得る。
【００７４】
第１および第２の試料は、同じ生物または異なる生物から採取され得る。
【００７５】
比較されている第１および第２の親または前駆体イオンがフラグメント、生成物、娘または付加物イオンではなく、本当に親または前駆体イオンであると確定するためにチェックをしてもよい。高フラグメンテーションまたは反応モードにおいて得られるデータに関連する高フラグメンテーション質量スペクトルは、低フラグメンテーションまたは反応モードにおいて得られるデータに関連する低フラグメンテーション質量スペクトルと比較され得る。ここで、両質量スペクトルは、実質的に同時に得られたものである。第１のおよび／または第２の親または前駆体イオンが高フラグメンテーション質量スペクトルに比べて低フラグメンテーション質量スペクトルにおける強度がより大きい場合に、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンではないと判断され得る。同様に、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、低フラグメンテーション質量スペクトルに比べて高フラグメンテーション質量スペクトルにおける強度がより大きいイオンに注目することによって認識され得る。
【００７６】
第１の試料からの親または前駆体イオンおよび第２の試料からの親または前駆体イオンは、好ましくは同じ衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスに渡される。しかし、より好ましさの低い実施形態によると、第１の試料からの親または前駆体イオンおよび第２の試料からの親または前駆体イオンは、異なる衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスに渡され得る。
【００７７】
本発明の別の局面によると、
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスであって、第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）第１の親または前駆体イオンの強度を第２の親または前駆体イオンの強度と比較する
制御システムと
を含み、
第１の親または前駆体イオンの強度が第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計が提供される。
【００７８】
本発明の別の局面によると、
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される電子移動解離フラグメンテーションデバイスであって、第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが負に荷電した試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子移動解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）第１の親または前駆体イオンの強度を第２の親または前駆体イオンの強度と比較する
制御システムと
を含み、
第１の親または前駆体イオンの強度が第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計が提供される。
【００７９】
本発明の別の局面によると、
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される表面誘起解離フラグメンテーションデバイスであって、第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、表面誘起解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）第１の親または前駆体イオンの強度を第２の親または前駆体イオンの強度と比較する
制御システムと
を含み、
第１の親または前駆体イオンの強度が第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計が提供される。
【００８０】
本発明の一局面によると、
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応されて、１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）第１の親または前駆体イオンの強度を第２の親または前駆体イオンの強度と比較する
制御システムと
を含み、
第１の親または前駆体イオンの強度が第２の親または前駆体イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｖｉ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｘ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
質量分析計が提供される。
【００８１】
本発明の別の局面によると、
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスであって、第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）第１の親または前駆体イオンの強度の第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定し、
（ｉｖ）第２の親または前駆体イオンの強度の第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定し、
（ｖ）第１の比を第２の比と比較する
制御システムと
を含み、
第１の比が第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計が提供される。
【００８２】
本発明の別の局面によると、
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される電子移動解離フラグメンテーションデバイスであって、第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが負に荷電した試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、電子移動解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）第１の親または前駆体イオンの強度の第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定し、
（ｉｖ）第２の親または前駆体イオンの強度の第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定し、
（ｖ）第１の比を第２の比と比較する
制御システムと
を含み、
第１の比が第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計が提供される。
【００８３】
本発明の一局面によると、
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される表面誘起解離フラグメンテーションデバイスであって、第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、表面誘起解離フラグメンテーションデバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）第１の親または前駆体イオンの強度の第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定し、
（ｉｖ）第２の親または前駆体イオンの強度の第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定し、
（ｖ）第１の比を第２の比と比較する
制御システムと
を含み、
第１の比が第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられる、
質量分析計が提供される。
【００８４】
本発明の一局面によると、
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応されて、１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生成し、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の質量電荷比を有する第１の試料からの第１の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉ）同じ第１の質量電荷比を有する第２の試料からの第２の親または前駆体イオンの強度を決定し、
（ｉｉｉ）第１の親または前駆体イオンの強度の第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第１の比を決定し、
（ｉｖ）第２の親または前駆体イオンの強度の第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度に対する第２の比を決定し、
（ｖ）第１の比を第２の比と比較する
制御システムと
を含み、
第１の比が第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｖｉ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｘ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
質量分析計が提供される。
【００８５】
質量分析計は、好ましくはイオン源をさらに含む。イオン源は、好ましくは（ｉ）エレクトロスプレーイオン化（「ＥＳＩ」）イオン源、（ｉｉ）大気圧光イオン化（「ＡＰＰＩ」）イオン源、（ｉｉｉ）大気圧化学イオン化（「ＡＰＣＩ」）イオン源、（ｉｖ）マトリックス支援レーザ脱離イオン化（「ＭＡＬＤＩ」）イオン源、（ｖ）レーザ脱離イオン化（「ＬＤＩ」）イオン源、（ｖｉ）大気圧イオン化（「ＡＰＩ」）イオン源、（ｖｉｉ）シリコンを用いた脱離イオン化（「ＤＩＯＳ」）イオン源、（ｖｉｉｉ）電子衝突（「ＥＩ」）イオン源、（ｉｘ）化学イオン化（「ＣＩ」）イオン源、（ｘ）電界イオン化（「ＦＩ」）イオン源、（ｘｉ）電界脱離（「ＦＤ」）イオン源、（ｘｉｉ）誘導結合プラズマ（「ＩＣＰ」）イオン源、（ｘｉｉｉ）高速原子衝撃（「ＦＡＢ」）イオン源、（ｘｉｖ）液体二次イオン質量分析（「ＬＳＩＭＳ」）イオン源、（ｘｖ）脱離エレクトロスプレーイオン化（「ＤＥＳＩ」）イオン源、（ｘｖｉ）ニッケル−６３放射性イオン源、（ｘｖｉｉ）大気圧マトリックス支援レーザ脱離イオン化イオン源、および(ｘｖｉｉｉ）熱スプレーイオン源からなる群から選択される。
【００８６】
イオン源は、パルス化または連続イオン源を含み得る。
【００８７】
特に好適な実施形態によると、質量分析計は、エレクトロスプレー、大気圧化学イオン化（「ＡＰＣＩ」）、大気圧光イオン化（「ＡＰＰＩ」）、マトリックス支援レーザ脱離イオン化（「ＭＡＬＤＩ」）、レーザ脱離イオン化（「ＬＤＩ」）、誘導結合プラズマ（「ＩＣＰ」）、高速原子衝撃（「ＦＡＢ」）、または液体二次イオン質量分析（「ＬＳＩＭＳ」）イオン源を含み得る。そのようなイオン源には、所定期間にわたり溶離剤が提供され得、溶離剤は、液体クロマトグラフィまたはキャピラリー電気泳動によって混合物から分離されたものである。
【００８８】
あるいは、質量分析計は、電子衝撃（「ＥＩ」）、化学イオン化（「ＣＩ」）または電界イオン化（「ＦＩ」）イオン源を含み得る。そのようなイオン源には、所定期間にわたり溶離剤が提供され得、溶離剤は、ガスクロマトグラフィによって混合物から分離されたものである。
【００８９】
質量分析器は、好ましくは四重極質量フィルタ、飛行時間（「ＴＯＦ」）質量分析器（直交加速飛行時間質量分析器が特に好適である）、２Ｄ（直線）または３Ｄ（２つのエンドキャップ電極を有する２つのドーナッツ形電極）イオントラップ、扇形磁場分析器またはフーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（「ＦＴＩＣＲ」）質量分析器を含む。
【００９０】
一実施形態によると、質量分析器は、好ましくは（ｉ）四重極質量分析器、（ｉｉ）２Ｄまたは直線四重極質量分析器、（ｉｉｉ）ポールまたは３Ｄ四重極質量分析器、（ｉｖ）ペニングトラップ質量分析器、（ｖ）イオントラップ質量分析器、（ｖｉ）扇形磁場質量分析器、（ｖｉｉ）イオンサイクロトロン共鳴（「ＩＣＲ」）質量分析器、（ｖｉｉｉ）フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（「ＦＴＩＣＲ」）質量分析器、（ｉｘ）静電またはオービトラップ質量分析器、（ｘ）フーリエ変換静電またはオービトラップ質量分析器、（ｘｉ）フーリエ変換質量分析器、（ｘｉｉ）飛行時間質量分析器、（ｘｉｉｉ）直交加速飛行時間質量分析器、（ｘｉｖ）軸方向加速飛行時間質量分析器、および（ｘｖ）四重極ロッドセット質量フィルタまたは分析器からなる群から選択される。
【００９１】
質量分析計は、好ましくは衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流および／または下流に配置されるイオントラップまたはイオンガイドをさらに含む。
【００９２】
イオントラップまたはイオンガイドは、好ましくは、
（ｉ）四重極ロッドセット、六重極ロッドセット、八重極ロッドセットまたは８個より多くのロッドを含むロッドセットを含む多重極ロッドセットまたはセグメント化多重極ロッドセットイオントラップもしくはイオンガイド、
（ｉｉ）開口を有する複数の電極または少なくとも２、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０もしくは１００個の電極を含むイオントンネルまたはイオンファネルイオントラップまたはイオンガイドであって、使用時にイオンは、開口を通って移送され、電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％は、実質的に同じサイズまたは面積の開口を有するか、またはサイズまたは面積が順次より大きくおよび／またはより小さくなる開口を有する、イオントンネルまたはイオンファネルイオントラップまたはイオンガイド、
（ｉｉｉ）１スタックまたはアレイの平面、プレートまたはメッシュ電極であって、１スタックまたはアレイの平面、プレートまたはメッシュ電極は、複数のまたは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９もしくは２０個の平面、プレートまたはメッシュ電極を含み、平面、プレートまたはメッシュ電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％は、使用時に概してイオンが走行する平面内に配置される、１スタックまたはアレイの平面、プレートまたはメッシュ電極、および
（ｉｖ）イオントラップまたはイオンガイドの長さに沿って軸方向に配置される複数のグループの電極を含むイオントラップまたはイオンガイドであって、各グループの電極は、（ａ）第１および第２の電極ならびにイオンをイオンガイド内に第１の半径方向に閉じ込めるためにＤＣ電圧またはポテンシャルを第１および第２の電極に印加するための手段、および（ｂ）第３および第４の電極ならびにイオンをイオンガイド内に第２の半径方向に閉じ込めるためにＡＣまたはＲＦ電圧を第３および第４の電極に印加するための手段を含む、イオントラップまたはイオンガイド
からなる群から選択される。
【００９３】
イオントラップまたはイオンガイドは、好ましくはイオントンネルまたはイオンファネルイオントラップまたはイオンガイドを含み、電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％は、（ｉ）≦１．０ｍｍ、（ｉｉ）≦２．０ｍｍ、（ｉｉｉ）≦３．０ｍｍ、（ｉｖ）≦４．０ｍｍ、（ｖ）≦５．０ｍｍ、（ｖｉ）≦６．０ｍｍ、（ｖｉｉ）≦７．０ｍｍ、（ｖｉｉｉ）≦８．０ｍｍ、（ｉｘ）≦９．０ｍｍ、（ｘ）≦１０．０ｍｍ、および（ｘｉ）＞１０．０ｍｍからなる群から選択される内径または寸法を有する。
【００９４】
イオントラップまたはイオンガイドは、好ましくはイオンをイオントラップまたはイオンガイド内に半径方向に閉じ込めるためにＡＣまたはＲＦ電圧をイオントラップまたはイオンガイドの複数の電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％に印加するように構成および適合される第１のＡＣまたはＲＦ電圧手段をさらに含む。
【００９５】
第１のＡＣまたはＲＦ電圧手段は、好ましくは（ｉ）＜５０Ｖピークトゥピーク、（ｉｉ）５０〜１００Ｖピークトゥピーク、（ｉｉｉ）１００〜１５０Ｖピークトゥピーク、（ｉｖ）１５０〜２００Ｖピークトゥピーク、（ｖ）２００〜２５０Ｖピークトゥピーク、（ｖｉ）２５０〜３００Ｖピークトゥピーク、（ｖｉｉ）３００〜３５０Ｖピークトゥピーク、（ｖｉｉｉ）３５０〜４００Ｖピークトゥピーク、（ｉｘ）４００〜４５０Ｖピークトゥピーク、（ｘ）４５０〜５００Ｖピークトゥピーク、および（ｘｉ）＞５００Ｖピークトゥピークからなる群から選択される振幅を有するＡＣまたはＲＦ電圧を印加するように構成および適合される。
【００９６】
第１のＡＣまたはＲＦ電圧手段は、好ましくは（ｉ）＜１００ｋＨｚ、（ｉｉ）１００〜２００ｋＨｚ、（ｉｉｉ）２００〜３００ｋＨｚ、（ｉｖ）３００〜４００ｋＨｚ、（ｖ）４００〜５００ｋＨｚ、（ｖｉ）０．５〜１．０ＭＨｚ、（ｖｉｉ）１．０〜１．５ＭＨｚ、（ｖｉｉｉ）１．５〜２．０ＭＨｚ、（ｉｘ）２．０〜２．５ＭＨｚ、（ｘ）２．５〜３．０ＭＨｚ、（ｘｉ）３．０〜３．５ＭＨｚ、（ｘｉｉ）３．５〜４．０ＭＨｚ、（ｘｉｉｉ）４．０〜４．５ＭＨｚ、（ｘｉｖ）４．５〜５．０ＭＨｚ、（ｘｖ）５．０〜５．５ＭＨｚ、（ｘｖｉ）５．５〜６．０ＭＨｚ、（ｘｖｉｉ）６．０〜６．５ＭＨｚ、（ｘｖｉｉｉ）６．５〜７．０ＭＨｚ、（ｘｉｘ）７．０〜７．５ＭＨｚ、（ｘｘ）７．５〜８．０ＭＨｚ、（ｘｘｉ）８．０〜８．５ＭＨｚ、（ｘｘｉｉ）８．５〜９．０ＭＨｚ、（ｘｘｉｉｉ）９．０〜９．５ＭＨｚ、（ｘｘｉｖ）９．５〜１０．０ＭＨｚ、および（ｘｘｖ）＞１０．０ＭＨｚからなる群から選択される周波数を有するＡＣまたはＲＦ電圧を印加するように構成および適合される。
【００９７】
イオントラップまたはイオンガイドは、好ましくはイオンのビームまたはグループを受け取り、このイオンのビームまたはグループを変換または分割して、複数のまたは少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０個の別々のパケットのイオンが任意の特定の時間にイオントラップまたはイオンガイド内に閉じ込めおよび／または隔離されるよう構成および適合され、各パケットのイオンは、イオントラップまたはイオンガイド内に形成される別々の軸方向ポテンシャル井戸内に別々に閉じ込めおよび／または隔離される。
【００９８】
質量分析計は、一動作モードにおいて、少なくともいくつかのイオンをイオントラップまたはイオンガイドの軸方向長さの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％を通って、またはそれに沿って上流および／または下流へ駆動するように構成および適合される手段をさらに含む。
【００９９】
質量分析計は、好ましくは少なくともいくつかのイオンをイオントラップまたはイオンガイドの軸方向長さの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％に沿って上流および／または下流へ駆動するために、１つ以上の過渡ＤＣ電圧もしくはポテンシャルまたは１つ以上の過渡ＤＣ電圧もしくはポテンシャル波形をイオントラップまたはイオンガイドを形成する電極に印加するように構成および適合される第１の過渡ＤＣ電圧手段をさらに含む。
【０１００】
質量分析計は、好ましくは少なくともいくつかのイオンをイオントラップまたはイオンガイドの軸方向長さ少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％に沿って上流および／または下流へ駆動するために、２つ以上の位相シフトＡＣまたはＲＦ電圧をイオントラップまたはイオンガイドを形成する電極に印加するように構成および適合されるＡＣまたはＲＦ電圧手段をさらに含む。
【０１０１】
質量分析計は、好ましくはイオントラップまたはイオンガイドの少なくとも一部を（ｉ）＞０．０００１ｍｂａｒ、（ｉｉ）＞０．００１ｍｂａｒ、（ｉｉｉ）＞０．０１ｍｂａｒ、（ｉｖ）＞０．１ｍｂａｒ、（ｖ）＞１ｍｂａｒ、（ｖｉ）＞１０ｍｂａｒ、（ｖｉｉ）＞１ｍｂａｒ、（ｖｉｉｉ）０．０００１〜１００ｍｂａｒ、および（ｉｘ）０．００１〜１０ｍｂａｒからなる群から選択される圧力に維持するように、一動作モードにおいて、構成および適合される手段をさらに含む。
【０１０２】
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、四重極ロッドセット、六重極ロッドセット、八重極もしくはそれより高次のロッドセット、または開口を有する複数の電極を含むイオントンネルであって、イオンがその開口を通って移送される、イオントンネルを含み得る。開口は、好ましくは実質的に同じサイズである。衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、より一般には、イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス内に半径方向に閉じ込めるためのＡＣまたはＲＦ電圧源に接続された複数の電極を含み得る。軸方向ＤＣ電圧勾配がイオントンネル衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの長さの少なくとも一部に沿って印加されてもよいし、またはされなくてもよい。衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、ハウジングに収容され得るか、またはそうでなければ、イオンを入れる任意の開口と、イオンを出す開口と、ガスを導入するための任意のポートは別にして、実質的に気密な封入体が衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの周辺に形成されるように構成され得る。ヘリウム、アルゴン、窒素、空気またはメタンなどのガスが衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス中へ導入され得る。
【０１０３】
また、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスが高フラグメンテーションまたは反応モードと低フラグメンテーションまたは反応モードとの間で繰り返し切り換え、可変または変更されないような他の構成が考えられる。例えば、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、不変的にＯＮのままにし、かつ衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス内に受け取られるイオンをフラグメンテーションまたは反応させるように構成され得る。電極または他のデバイスが衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流に提供され得る。高フラグメンテーションまたは反応動作モードは、電極または他のデバイスによってイオンが衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡ることが可能になるならば生じる。低フラグメンテーションまたは反応動作モードは、電極または他のデバイスによってイオンが衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを迂回し、したがって衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスフラグメンテーションまたは反応されないようにされるならば生じる。
【０１０４】
また、特定の親または前駆体イオンが他の一般に観察されるペプチドイオンとともに共溶離するために容易に観察され得ない場合に有用であり得るような他の実施形態が考えられる。そのような状況において、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンの表現レベルは、２つの試料間で比較される。
【０１０５】
本発明の別の局面によると、質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいては、第１の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションまたは反応され、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいて、第２の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションまたは反応され、第２のモードにおいて、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第１の試料からの第１の親または前駆体イオンに由来する第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を自動的に決定するステップであって、第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、第１の質量電荷比を有する、ステップと、
第２の試料からの第２の親または前駆体イオンに由来する第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を自動的に決定するステップであって、第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、同じ第１の質量電荷比を有する、ステップと、
第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度と比較するステップと
を含み、
第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度が第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）表面誘起解離（「ＳＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）電子移動解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）電子捕獲解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｖ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｖｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖｉｉｉ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｉｘ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｘ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｖｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｖｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
方法が提供される。
【０１０６】
本発明の別の局面によると、質量分析の方法であって、
第１の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいては、第１の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションまたは反応され、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第２の試料からの親または前駆体イオンを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更するステップであって、第１のモードにおいて、第２の試料からの親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションまたは反応され、第２のモードにおいて、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、ステップと、
第１の試料からの第１の親または前駆体イオンに由来する第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を自動的に決定するステップであって、第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、第１の質量電荷比を有する、ステップと、
第２の試料からの第２の親または前駆体イオンに由来する第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を自動的に決定するステップであって、第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、同じ第１の質量電荷比を有する、ステップと、
第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度の第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度との、または第１の試料における他の親または前駆体イオンに由来する他のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度との第１の比を決定するステップと
第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度の第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度との、または第２の試料における他の親または前駆体イオンに由来する他のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度との第２の比を決定するステップと
第１の比を第２の比と比較するステップと
を含み、
第１の比が第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）表面誘起解離（「ＳＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）電子移動解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）電子捕獲解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｖ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｖｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖｉｉｉ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｉｘ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｘ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｖｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｖｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
方法が提供される。
【０１０７】
本発明の別の局面によると、
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションまたは反応され、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の試料からの第１の親または前駆体イオンに由来する第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を決定し、第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉ）第２の試料からの第２の親または前駆体イオンに由来する第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を決定し、第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、同じ第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉｉ）第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度と比較する
制御システムと
を含み、
第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度が第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）表面誘起解離（「ＳＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）電子移動解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）電子捕獲解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｖ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｖｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖｉｉｉ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｉｘ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｘ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｖｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｖｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
質量分析計が提供される。
【０１０８】
本発明の別の局面によると、
使用時に第１のモードと第２のモードとの間で繰り返し切り換え、改変または変更されるように構成および適合される衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、第１のモードにおいては、少なくともいくつかの親または前駆体イオンが１つ以上のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンへとフラグメンテーションされ、第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
制御システムであって、使用時に
（ｉ）第１の試料からの第１の親または前駆体イオンに由来する第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を決定し、第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉ）第２の試料からの第２の親または前駆体イオンに由来する第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度を決定し、第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンは、同じ第１の質量電荷比を有し、
（ｉｉｉ）第１のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度の第１の試料における他の親または前駆体イオンの強度との、または第１の試料における他の親または前駆体イオンに由来する他のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度との第１の比を決定し、
（ｉｖ）第２のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度の第２の試料における他の親または前駆体イオンの強度との、または第２の試料における他の親または前駆体イオンに由来する他のフラグメント、娘、生成物または付加物イオンの強度との第２の比を決定し、
（ｖ）第１の比を第２の比と比較する
制御システムと
を含み、
第１の比が第２の比から所定量よりも大きく異なる場合、第１の親または前駆体イオンおよび／または第２の親または前駆体イオンのいずれか一方が対象の親または前駆体イオンであると考えられ、
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）表面誘起解離（「ＳＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）電子移動解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）電子捕獲解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｖ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｖｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖｉｉｉ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｉｘ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｘ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｖｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｖｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
質量分析計が提供される。
【０１０９】
親または前駆体イオンではなく、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンの表現レベルを直接的にまたは間接的にのいずれか一方で比較することに関する上記実施形態は、上記好適な実施形態に関する方法および装置を使用し得ることが明らかとなる。したがって、また、上記好適な実施形態について記載する同じ好適な特徴は、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンの表現レベルを比較することに関する上記実施形態とともに使用され得る。
【０１１０】
特定の質量電荷比を有する親または前駆体イオンが２つの異なる試料において異なって表現される場合、上記好適な実施形態によると対象の親または前駆体イオンがさらに調べられる。このさらなる調査は、２つの異なる試料において異なって表現される対象の親または前駆体イオンを同定しようとするステップを含み得る。表現レベルが２つの異なる試料において比較されている親または前駆体イオンが本当に同じイオンであることを検証するために、いくつかのチェックがなされ得る。
【０１１１】
複雑なタンパク質混合物におけるタンパク質の存在度の変化を測定すると非常に多くの情報が得られ得る。例えば、細胞におけるタンパク質の存在度（タンパク質発現レベルと呼ばれることが多い）の変化は、異なる細胞ストレス、刺激効果、疾患効果または薬物効果が原因であり得る。そのようなタンパク質は、研究、スクリーニングまたは介入に対する関連ターゲットを提供し得る。そのようなタンパク質の同定は、通常対象となり得る。そのようなタンパク質は、上記好適な実施形態の方法によって同定され得る。
【０１１２】
したがって、上記好適な実施形態によると、対象の親または前駆体イオンを発見するための新しい判断基準は、２つの異なる試料におけるタンパク質の定量に基づく。これには、２つ以上の試料におけるそれらのペプチド生成物の相対存在度を決定することが必要である。しかし、相対存在度の決定には、同じペプチドイオンが２つ（またはそれより多く）の異なる試料において比較されなければならず、かつこれが生じることを確実にすることは、簡単な問題ではない。したがって、ペプチドイオンを、それが試料内でユニークに認識され得る程度に、認識および好ましくは同定できることが必要である。そのようなペプチドイオンは、親または前駆体イオンの質量の測定によって、およびその親または前駆体イオンに由来する１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量電荷比の測定によって十分に認識され得る。ペプチドが認識され得る特異性は、親または前駆体イオンの正確な質量および／または１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの正確な質量の決定によって増加され得る。
【０１１３】
また、１つの試料における親または前駆体イオンを認識するのと同じ方法を好ましくは使用して別の試料における同じ親または前駆体イオンを認識し、これにより、２つの異なる試料における親または前駆体イオンの相対存在度を測定することが可能になる。
【０１１４】
相対存在度の測定によって、発現レベルに著しい変化または差異を有するタンパク質を発見することが可能になる。同じデータによって、各そのようなペプチド生成物イオンに対応づけられた数個またはすべてのフラグメント、生成物、娘または付加物イオンがそれらのそれぞれの溶離時間の一致度によって発見される上記方法を用いたタンパク質の同定が可能になる。やはり、親または前駆体イオンおよび対応づけられたフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量を正確に測定することによって、タンパク質が同定され得る特異性および信頼度が実質的に向上される。
【０１１５】
また、ペプチドが認識され得る特異性は、保持時間の比較によって増加され得る。例えば、ＨＰＬＣまたはＣＥ保持または溶離時間は、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンを親または前駆体イオンに対応づけるための手順の一部として測定され、また、これらの溶離時間は、２つ以上の試料について比較され得る。溶離時間は、所定の互いの時間差内に収まっていない測定結果を棄却するために使用され得る。あるいは、保持時間は、所定の互いのウィンドウ内に収まる場合に、同じペプチドであるとの認識を確定するために使用され得る。一般に、親または前駆体イオンの正確な質量、１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの正確な質量、および保持時間がすべて測定および比較される場合、ある程度の冗長性が存在し得る。多くの場合、これらの測定のうちのたった２つで十分に２つ以上の試料における同じペプチド親または前駆体イオンを認識できる。例えば、正確な親または前駆体イオン質量電荷比およびフラグメント、生成物、娘または付加物イオン質量電荷比、または正確な親または前駆体イオン質量電荷比および保持時間を測定するだけで、おそらく十分である。それにもかかわらず、さらなる測定結果を使用して同じ親ペプチドイオンの認識を確定し得る。
【０１１６】
一致する親ペプチドイオンの相対表現レベルは、内部基準に対するピーク面積を測定することによって定量され得る。
【０１１７】
上記好適な実施形態は、データの取得を中断する必要がなく、したがって、定量用途に特に適する。一実施形態によると、試料の実験状態によって変化しない両方の混合物に共通の１つ以上の内因性ペプチドは、相対ピーク面積を測定するための内部基準または基準として使用され得る。別の実施形態によると、そのような内部基準が存在しないか、または信用できない場合は、内部基準が各試料に付加され得る。また、内部基準は、自然に存在するかまたは付加されるかにかかわらず、クロマトグラフ保持時間基準および質量正確度基準として機能を有し得る。
【０１１８】
理想では、定量されるべき各タンパク質に対して１つより多くのペプチド親または前駆体イオンが測定され得る。各ペプチドに対して、異なる試料のそれぞれの強度を比較する場合に同じ認識手段が好ましくは使用される。異なるペプチドの測定は、相対存在度の測定結果を確証する機能を有する。さらに、数個のペプチドからの測定結果は、平均相対存在度を決定し、測定結果の相対有意性を決定する手段を提供する。
【０１１９】
一実施形態によると、すべての親または前駆体イオンが同定され得、それらの相対存在度は、それらの強度と１つ以上の他の試料における同じアイデンティティのものとを比較することによって決定され得る。
【０１２０】
別の実施形態において、所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンとの関係に基づいて発見されるすべての対象の親または前駆体イオンの相対存在度は、それらの強度と１つ以上の他の試料における同じアイデンティティのものとを比較することによって決定され得る。
【０１２１】
別の実施形態において、所定の質量損失を生じたことに基づいて発見されるすべての対象の親または前駆体イオンの相対存在度は、それらの強度と１つ以上の他の試料における同じアイデンティティのものとを比較することによって決定され得る。
【０１２２】
別の実施形態において、すでに同定されたタンパク質を定量することが単に求められ得る。タンパク質は、複雑な混合物中に存在し得、上記と同じ分離および認識手段が使用され得る。ここで、関連ペプチド生成物または生成物を認識し、１つ以上の試料におけるそれらの強度を測定することが必要なだけである。認識の基礎となるのは、ペプチド親または前駆体イオンの質量または正確な質量の認識、および１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量または正確な質量の認識であり得る。また、それらの保持時間が比較され、それにより、同じペプチドの認識を確定するか、または不一致のペプチドを棄却する手段を提供する。
【０１２３】
上記好適な実施形態は、プロテオミックスの研究に利用可能である。しかし、同定および定量の同じ方法は、メタボロミックスの研究などの他の領域の分析において使用され得る。
【０１２４】
上記方法は、成分を順番に溶離させるクロマトグラフィなどの手段によって、混合物の異なる成分が最初に分離または部分的に分離される混合物分析に利用可能である。
【０１２５】
イオン源は、好ましくは主に分子イオンまたは擬分子イオンおよび比較的少ない（存在する場合）フラグメント、生成物、娘または付加物イオンを生成し得る。そのようなイオン源の例には、大気圧力イオン源（例えば、エレクトロスプレーおよびＡＰＣＩ）およびマトリックス支援レーザ脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）が含まれる。
【０１２６】
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの２つのおもな動作モードが適切に設定される場合、親または前駆体イオンは、それらが実質的なフラグメンテーションまたは反応なしに質量スペクトルにおいて強度が比較的より高くなるという事実によって認識され得る。同様に、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、それらが実質的なフラグメンテーションまたは反応を用いると質量スペクトルにおいて強度が比較的より高くなるという事実によって認識され得る。
【０１２７】
質量分析器は、四重極、飛行時間、イオントラップ、扇形磁場またはＦＴ−ＩＣＲ質量分析器を含み得る。好適な実施形態によると、質量分析器は、イオンに対して精密または正確な質量電荷値を決定できるべきである。これは、特徴的なフラグメント、生成物、娘もしくは付加物イオンまたは質量の損失の検出に対する選択性を最大化し、かつタンパク質の同定に対する特異性を最大化することである。
【０１２８】
質量分析器は、好ましくは全スペクトルを同時にサンプリングまたは記録する。これにより、すべての質量に対して観察される溶離時間が質量分析器によって変更または歪曲されないことを確実にし、その結果として親およびフラグメント、生成物、娘または付加物イオンなどの異なる質量の溶離時間の正確なマッチングを可能にし得る。また、これは、定量測定が過渡信号の存在度を測定することの必要性によって損なわれないことを確実にすることに役立つ。
【０１２９】
質量フィルタ（好ましくは四重極質量フィルタ）は、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流に備えてもよい。質量フィルタは、高域通過フィルタ特性を有し、かつ、例えば、質量電荷比が１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０または５００以上であるイオンを移送するように構成され得る。あるいは、質量フィルタは、低域通過または帯域通過フィルタ特性を有し得る。
【０１３０】
イオンガイドを衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流に備えてもよい。イオンガイドは、六重極、四重極、八重極またはより高次の多重極ロッドセットのいずれか一つを含み得る。別の実施形態において、イオンガイドは、開口を有する複数の電極を含むイオントンネルイオンガイドであって、使用時にイオンがその開口を通って移送される、イオントンネルイオンガイドを含み得る。好ましくは、電極のうちの少なくとも９０％が実質的に同じサイズの開口を有する。あるいは、イオンガイドは、実質的に先細りの内径を有する複数のリング電極（「イオンファネル」）を含み得る。
【０１３１】
特定のクラスの親または前駆体イオンに属し、かつ特徴的なフラグメント、生成物、娘または付加物イオンまたは特徴的なニュートラルロスによって認識可能である親または前駆体イオンは、親または前駆体イオンスキャンまたはコンスタントニュートラルロススキャンの方法によって従来発見される。親または前駆体イオンスキャンまたはコンスタントニュートラルロススキャンを記録するための従来の方法は、三連四重極質量分析計における１つまたは両方の四重極のスキャン、またはタンデム四重極直交ＴＯＦ質量分析計における四重極のスキャン、または他の種類のタンデム質量分析計における少なくとも１つの要素のスキャンを含む。その結果、これらの方法は、スキャン機器に関連するデューティサイクルが低くなってしまう。さらにその結果、質量分析計が親または前駆体イオンスキャンまたはコンスタントニュートラルロススキャンの記録に占有されている間に情報が廃棄および喪失され得る。さらにその結果、質量分析計がガスまたは液体クロマトグラフィ装置から直接溶離する物質を分析する必要がある場合にこれらの方法を使用することは適当でない。
【０１３２】
好ましい実施形態によると、タンデム四重極直交ＴＯＦ質量分析計は、一連の低および高衝突エネルギー質量スペクトルが記録される方法を用いて、対象の親または前駆体イオンが発見されるように使用される。行ったり来たりを切り換え、改変または変更することは、好ましくは中断されない。その代りに、完全な１セットのデータが取得され、次いで、これは、後で処理され得る。フラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、それらのそれぞれの溶離時間の一致度によって親または前駆体イオンと対応づけられ得る。このように、対象の親または前駆体イオンは、確定され得、またはそうでなければ、データの取得は中断されず、かつ情報は喪失されずに済む。
【０１３３】
一実施形態によると、予想される対象の親または前駆体イオンは、所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンに対するそれらの関係に基づいて選択され得る。所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、例えば、ペプチドからのインモニウムイオン、リン酸化ペプチドからのリン酸基ＰＯ3-イオンを含む官能基、または特定の分子または特定クラスの分子から切断され、かつその後同定され、したがってその特定の分子または特定クラスの分子の存在を報告するように意図される質量タグを含み得る。親または前駆体イオンは、高フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルを使用して所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンに対する質量クロマトグラムを生成することによって、予想される親または前駆体イオンとして選抜候補リストに載せられ得る。次いで、質量クロマトグラムにおける各ピークの中心が、対応する所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオン溶離時間とともに決定される。次いで、所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオン質量クロマトグラムにおける各ピークに対して、所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオン溶離時間の直前に得られる低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルと、所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオン溶離時間の直後に得られる低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルとの両方が、予め認識された親または前駆体イオンの存在について調べられる。次いで、所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオン溶離時間の直前に得られる低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルと、所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオン溶離時間の直後に得られる低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルとの両方に存在すると分かったいずれの予め認識された親または前駆体イオンに対しても質量クロマトグラムが生成され、各質量クロマトグラムにおける各ピークの中心が、対応する可能な親または前駆体イオン溶離時間とともに決定される。次いで、予想される対象の親または前駆体イオンは、それらの溶離時間と、所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオン溶離時間との一致度にしたがって順位づけされ、最終の予想される対象の親または前駆体イオンのリストが、予想される対象の親または前駆体イオンを、それらの溶離時間が所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオン溶離時間よりも所定量より多く先行または超える場合に、棄却することによって作成され得る。
【０１３４】
別の実施形態によると、親または前駆体イオンは、それが所定の質量損失を生じることに基づいて、予想される対象の親または前駆体イオンとして選抜候補リストに載せられ得る。各低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルに対して、低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトル中に存在する各予め認識された親または前駆体イオンから所定のイオンまたは中性粒子が損失した結果得られ得るターゲットフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量電荷値のリストが生成される。次いで、低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルの直前に得られる高フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルと、低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルの直後に得られる高フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルとの両方が、ターゲットフラグメント、生成物、娘または付加物イオン質量電荷値に対応する質量電荷値を有するフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの存在について調べられる。次いで、予想される対象の親または前駆体イオンのリスト（必要に応じて、それらに対応するフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを含む）が、ターゲットフラグメント、生成物、娘または付加物イオン質量電荷値に対応する質量電荷値を有するフラグメント、生成物、娘または付加物イオンが、低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルの直前の高フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルと、低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルの直後の高フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルとの両方において存在することが分かった場合に、親または前駆体イオンをリストに含めることによって作成される。次いで、質量損失クロマトグラムが候補と考えられる親または前駆体イオンおよびそれらに対応するフラグメント、生成物、娘または付加物イオンに基づいて生成され得る。質量損失クロマトグラムにおける各ピークの中心が、対応する質量損失溶離時間とともに決定される。次いで、各候補と考えられる親または前駆体イオンに対して、質量クロマトグラムが低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルを使用して作成される。また、対応するフラグメント、生成物、娘または付加物イオン質量クロマトグラムが、対応するフラグメント、生成物、娘または付加物イオンに対して作成される。次いで、候補と考えられる親または前駆体イオン質量クロマトグラムおよび対応するフラグメント、生成物、娘または付加物イオン質量クロマトグラムにおける各ピークの中心が、対応する候補と考えられる親または前駆体イオン溶離時間と、対応するフラグメント、生成物、娘または付加物イオン溶離時間と共に決定される。次いで、最終候補の親または前駆体イオンのリストが、候補と考えられる親または前駆体イオンの溶離時間が対応するフラグメント、生成物、娘または付加物イオン溶離時間から所定量よりも大きく先行または超える場合に、候補と考えられる親または前駆体イオンを棄却することによって作成され得る。
【０１３５】
一旦対象の親または前駆体イオンのリストが作成されると（好ましくは、元々認識された親または前駆体イオンおよび予想される対象の親または前駆体イオンのいくつかだけを含む）、各対象の親または前駆体イオンが同定され得る。
【０１３６】
親または前駆体イオンの同定は、情報の組み合わせを使用することによってなされ得る。これは、親または前駆体イオンの正確に決定された質量または質量電荷比を含み得る。また、それは、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量または質量電荷比を含み得る。いくつかの場合、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンの正確に決定された質量または質量電荷比が好適であり得る。酵素によって消化されたタンパク質からのペプチド生成物の質量または質量電荷比、好ましくは正確な質量からタンパク質が同定され得ることが知られている。これらは、既知のタンパク質のライブラリから予想されるものと比較され得る。また、この比較結果が１つより多くの可能なタンパク質を示唆する場合、そのペプチドのうちの１つ以上についてそのフラグメントを分析することによって曖昧性が解決され得ることが知られている。上記好適な実施形態によって、酵素によって消化されたタンパク質の混合物が１回の分析によって同定されることが可能となる。すべてのペプチドおよびそれらの関連フラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量もしくは質量電荷比または正確な質量もしくは質量電荷比は、既知のタンパク質のライブラリと突き合わせて検索され得る。あるいは、ペプチド質量もしくは質量電荷比または正確な質量もしくは質量電荷比は、既知のタンパク質のライブラリと突き合わせて検索され得る。１つより多くのタンパク質が示唆される場合、正しいタンパク質は、各候補タンパク質からの関連ペプチドから予想されるものに一致するフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを求めて検索することによって確定され得る。
【０１３７】
各対象の親または前駆体イオンを同定するステップは、好ましくは、対象の親または前駆体イオンの溶離時間を呼び戻すステップと、対象の親または前駆体イオンの溶離時間の直前に得られる低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルと、対象の親または前駆体イオンの溶離時間の直後に得られる低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルとの両方に存在する、予め認識されたフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを含む可能なフラグメント、生成物、娘または付加物イオンのリストを生成するステップと、各予想されるフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量クロマトグラムを生成するステップと、各予想されるフラグメント、生成物、娘または付加物イオン質量クロマトグラムにおける各ピークの中心を決定するステップと、対応する候補と考えられるフラグメント、生成物、娘または付加物イオン溶離時間を決定するステップとを含む。次いで、予想されるフラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、それらの溶離時間と対象の親または前駆体イオンの溶離時間との一致度にしたがって順位づけされ得る。次いで、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンのリストが、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンの溶離時間が対象の親または前駆体イオンの溶離時間から所定量よりも大きく先行または超える場合に、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンを棄却することによって作成され得る。
【０１３８】
フラグメント、生成物、娘または付加物イオンのリストは、最終候補の親または前駆体イオンの溶離時間に時間的に最も近くに得られる低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルにおいて存在する近接の親または前駆体イオンのリストを作成することによってさらに絞り込みまたは低減され得る。次いで、リストに含まれる各親または前駆体イオンの質量クロマトグラムが作成され、各質量クロマトグラムの中心が、対応する近接の親または前駆体イオン溶離時間とともに決定される。次いで、対象の親または前駆体イオンの溶離時間よりも近接の親または前駆体イオン溶離時間により接近して対応する溶離時間を有するいずれのフラグメント、生成物、娘または付加物イオンもフラグメント、生成物、娘または付加物イオンのリストから棄却され得る。
【０１３９】
フラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、それらの溶離時間の一致度にしたがって親または前駆体イオンに割り当てられ得、親または前駆体イオンに対応づけられたすべてのフラグメント、生成物、娘または付加物イオンがリストされ得る。
【０１４０】
また、より大量のデータ処理を含むが、本質的により簡単である別の実施形態が考えられる。一旦親およびフラグメント、生成物、娘または付加物イオンが同定されると、各認識された親または前駆体イオンに対して親または前駆体イオン質量クロマトグラムが作成される。次いで、親または前駆体イオン質量クロマトグラムにおける各ピークの中心および対応する親または前駆体イオン溶離時間が決定される。同様に、各認識されたフラグメント、生成物、娘または付加物イオンに対するフラグメント、生成物、娘または付加物イオン質量クロマトグラムが作成され、次いで、フラグメント、生成物、娘または付加物イオン質量クロマトグラムにおける各ピークの中心および対応するフラグメント、生成物、娘または付加物イオン溶離時間が決定される。次いで、認識された親または前駆体イオンのサブセットだけを同定するのではなく、認識された親または前駆体イオンのうちのすべて（または、ほとんどすべて）が同定される。フラグメントイオンは、それらのそれぞれの溶離時間の一致度にしたがって親または前駆体イオンに割り当てられ、次いで親または前駆体イオンに対応づけられたすべてのフラグメント、生成物、娘または付加物イオンがリストされ得る。
【０１４１】
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスに渡される前に、質量フィルタ、好ましくは四重極質量フィルタにイオンを渡すステップは、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンを認識する別のまたはさらなる方法を提供する。フラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスによって移送されない質量電荷比を有する高フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルにおけるイオンを認識することによって認識され得る、すなわち、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、質量フィルタの移送ウィンドウ外にある質量電荷比を有するイオンによって認識される。イオンは、質量フィルタによって移送されない場合は、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスにおいて生成されたもの違いない。
【０１４２】
ここで、添付の図面を参照して本発明の種々の実施形態を、あくまで例として、説明する。
【０１４３】
図１は、好適な質量分析計の模式図である。
【０１４４】
図２は、試料装填および脱塩の際のバルブスイッチ構成の模式図であり、挿入図は、分析カラムからの試料の脱離を示す。
【０１４５】
図３Ａは、フラグメントまたは娘イオン質量スペクトルを示し、図３Ｂは、衝突セルの上流の質量フィルタが、質量電荷比が＞３５０であるイオンを衝突セルへ移送するように構成された場合に得られた、対応する親または前駆体イオン質量スペクトルを示す。
【０１４６】
図４Ａは、親または前駆体イオンの質量クロマトグラムを示し、図４Ｂは、親または前駆体イオンの質量クロマトグラムを示し、図４Ｃは、親または前駆体イオンの質量クロマトグラムを示し、図４Ｄは、フラグメントまたは娘イオンの質量クロマトグラムを示し、図４Ｅは、フラグメントまたは娘の質量クロマトグラムを示す。
【０１４７】
図５は、図４Ａ〜４Ｅを順に重ねた質量クロマトグラムを示す。
【０１４８】
図６は、質量電荷比が８７．０４であるアスパラギンインモニウムイオンの質量クロマトグラムを示す。
【０１４９】
図７は、配列がＡＮＥＬＬＩＮＶＫであり、分子量が１０１２．５９であるＡＤＨ由来のペプチドイオンＴ５の質量スペクトルを示す。
【０１５０】
図８は、衝突セルが低フラグメンテーションモードにあった場合に得られたβ−カゼインのトリプシン消化の質量スペクトルを示す。
【０１５１】
図９は、衝突セルが高フラグメンテーションモードにあった場合に得られたβ−カゼインのトリプシン消化の質量スペクトルを示す。
【０１５２】
図１０は、図９に示す質量スペクトルを処理および拡大した図である。
【０１５３】
図１１Ａは、質量電荷比が８８０．４である第１の試料からのイオンの質量クロマトグラムを示し、図１１Ｂは、第２の試料からの同じイオンの同様の質量クロマトグラムを示し、図１１Ｃは、質量電荷比が５８２．３である第１の試料からのイオンの質量クロマトグラムを示し、図１１Ｄは、第２の試料からの同じイオンの同様の質量クロマトグラムを示す。
【０１５４】
図１２Ａは、第１の試料から記録された質量スペクトルを示し、図１２Ｂは、両方の試料に共通のタンパク質カゼインのより高い濃度の消化生成物を含む以外は第１の試料と同様の第２の試料から記録される対応の質量スペクトルを示す。
【０１５５】
図１３は、図１２Ａに示す質量スペクトルをより詳細に示し、挿入図は、質量電荷比８８０．４においてアイソトープピークを示す質量スペクトルの拡大部分を示す。
【０１５６】
図１４は、図１２Ｂに示す質量スペクトルをより詳細に示し、挿入図は、質量電荷比８８０．４においてアイソトープピークを示す質量スペクトルの拡大部分を示す。
【０１５７】
ここで図１を参照して一好適な実施形態を説明する。質量分析計６が示され、質量分析計６は、イオン源１（好ましくは、エレクトロスプレーイオン化源）、イオン源１の下流に配置されるイオンガイド２、四重極質量フィルタ３、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４、およびリフレクトロンを内蔵する直交加速飛行時間質量分析器５を含む。イオンガイド２および質量フィルタ３は、必要に応じて省略され得る。質量分析計６は、好ましくは液体クロマトグラフなどのクロマトグラフ（図示せず）と連結され、イオン源１に入る試料が液体クロマトグラフの溶離剤から取り出され得るようにする。
【０１５８】
四重極ロッドセット質量フィルタ３は、好ましくは比較的低い圧力（例えば、１０-5ｍｂａｒ未満）に維持される真空チャンバに配置される。質量フィルタ３を含むロッド電極が、好ましくは質量フィルタ３の質量電荷値移送ウィンドウを決定するＲＦおよびＤＣポテンシャルの両方を生成する電源に接続される。
【０１５９】
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４は、好ましくは表面誘起解離（「ＳＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、電子移動解離フラグメンテーションデバイスまたは電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む。
【０１６０】
一実施形態によると、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４は、電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含み得る。この実施形態によると、多価検体イオンが好ましくは比較的低いエネルギーの電子と相互作用するようにされる。電子は、好ましくは＜１ｅＶまたは１〜２ｅＶのエネルギーを有する。電子は、好ましくは比較的強い磁場によって閉じ込められ、かつ方向づけられて、好ましくはフラグメンテーションデバイス４内に配置される好ましくはＲＦイオンガイド内に閉じ込められる検体イオンと衝突するようにする。ＡＣまたはＲＦ電圧が好ましくはＲＦイオンガイドの電極に印加され、好ましくは半径方向擬ポテンシャル井戸が生成されるようにする。この半径方向擬ポテンシャル井戸は、好ましくはイオンをイオンガイド内に半径方向に閉じ込めるように作用し、イオンが低エネルギー電子と相互作用し得るようにする。
【０１６１】
別の実施形態によると、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４は、電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含み得る。この実施形態によると、正電荷の検体イオンは、好ましくは負電荷の試薬イオンと相互作用するようにされる。負電荷の試薬イオンは、好ましくは衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４内に位置するＲＦイオンガイドまたはイオントラップ中へ注入される。ＡＣまたはＲＦ電圧が好ましくはＲＦイオンガイドの電極に印加され、半径方向擬ポテンシャル井戸が好ましくは生成されるようにする。半径方向擬ポテンシャル井戸は、好ましくはイオンをイオンガイド内に半径方向に閉じ込めるように作用し、イオンが負電荷の試薬イオンと相互作用し得るようにする。あるいは、好ましさが劣る実施形態によると、負電荷の検体イオンが正電荷の試薬イオンと相互作用するようにされ得る。
【０１６２】
別の実施形態によると、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４は、表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含み得る。この実施形態によると、イオンは、好ましくは比較的低いエネルギーで表面またはターゲットプレートへ向かって方向づけられる。イオンは、例えば、１〜１０ｅＶのエネルギーを有するように構成され得る。表面またはターゲットプレートは、ステンレススチールを含み得、またはより好ましくは表面またはターゲットプレートは、単層のフッ化炭素または炭化水素でコーティングされた金属プレートを含み得る。単層は、好ましくは自己組織化単層を含む。表面またはターゲットプレートは、イオンがフラグメンテーションされない動作モードにおいて表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを通るイオンの走行方向に実質的に平行である平面内に配置され得る。イオンのフラグメンテーションが所望される動作モードにおいて、イオンは、表面またはターゲットプレート上へまたはそこへ向かって偏向され、イオンが表面またはターゲットプレートに対して比較的浅い角度で表面またはターゲットプレートに当たるようにし得る。フラグメントイオンは、好ましくは検体イオンが表面またはターゲットプレートに衝突した結果として生成される。フラグメントイオンは、好ましくは表面またはターゲットプレートに対して比較的浅い角度で表面またはターゲットプレートから外れるか、または離れるように方向づけられる。次いで、フラグメントイオンは、好ましくは、イオンが実質的にフラグメンテーションされない動作モードにおいて表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを通ってまたは通過して移送されるイオンの軌道に好ましくは対応する軌道を想定するように構成される。
【０１６３】
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４は、イオンが比較的エネルギーの高い電子（例えば、＞５ｅＶの電子）と衝突する際にフラグメンテーションされる電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイスを含み得る。
【０１６４】
他の実施形態によると、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４は、光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、赤外放射誘起解離デバイス、紫外放射誘起解離デバイス、熱または温度源フラグメンテーションデバイス、電界誘起フラグメンテーションデバイス、磁場誘起フラグメンテーションデバイス、酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、またはイオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスを含み得る。
【０１６５】
一実施形態によると、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、イオン源１の一部を形成し得る。例えば、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、インソースフラグメンテーションデバイス、またはイオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイスを含み得る。
【０１６６】
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４は、四重極または六重極ロッドセットを含み得る。四重極または六重極ロッドセットは、ヘリウム、アルゴン、窒素、空気またはメタンなどのガスが１０-4と１０-1ｍｂａｒとの間の圧力、好ましくは１０-3ｍｂａｒ〜１０-2ｍｂａｒの圧力で導入され得る実質的に気密ケーシング（小さなイオン入口および出口孔は別にして）内に封入され得る。衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４を構成する電極に対して適切なＡＣまたはＲＦポテンシャルは、電源（図示せず）によって提供され得る。
【０１６７】
イオン源１によって生成されたイオンは、好ましくはイオンガイド２によって移送され、チャンバ間孔７を介して真空チャンバ８中へ渡される。イオンガイド２は、好ましくはイオン源１および真空チャンバ８の中間の圧力に維持される。上記の実施形態において、イオンは、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４に入る前に質量フィルタ３によって質量フィルタリングされ得る。しかし、質量フィルタ３は、この実施形態の省略可能な特徴である。好ましくは、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４を出たか、または衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４を通って移送されてきたイオンは、好ましくは飛行時間質量分析器５を含む質量分析器中へ渡る。さらなるイオンガイドおよび／または静電レンズなどの他のイオン光学構成要素（図示せずかつ本明細書中で説明せず）が提供され得る。そのような構成要素を使用して、質量分析計の種々の部品または段の間のイオン移送を最大化し得る。最適な真空条件を維持するために種々の真空ポンプ（図示せず）が提供され得る。リフレクトロンを内蔵する飛行時間質量分析器５は、１パケットのイオンに含まれるイオンの通過時間または飛行時間を測定して、それらの質量電荷比が決定され得るようにすることにより、公知のやり方で動作する。
【０１６８】
制御手段（図示せず）が好ましくはイオン源１、イオンガイド２、四重極質量フィルタ３、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４および飛行時間質量分析器５に対して必要な動作ポテンシャルをそれぞれ提供する種々の電源（図示せず）に対する制御信号を提供する。これらの制御信号は、好ましくは質量分析計の動作パラメータ（例えば、質量フィルタ３を通って移送される質量電荷比および質量分析器５の動作）を決定する。制御手段は、取得された質量スペクトルデータを処理するためにも使用され得るコンピュータ（図示せず）を含み得る。また、コンピュータは、質量分析器５によって生成された質量スペクトルを表示および格納し、操作者からの命令を受け取り得る。制御手段は、操作者の介入なしに、種々の方法を自動的に行いかつ種々の決定を行うように設定され得るか、または種々の段階で操作者の入力を適宜必要とし得る。
【０１６９】
制御手段は、好ましくは少なくとも２つの異なるモードの間を行ったり来たりするように衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４を切り換え、変更または改変するように構成される。衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４が電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む場合、電子源またはビームは、第１の動作モードにおいてＯＮに切り換えられ得、第２の動作モードにおいてＯＦＦに切り換えられ得る。衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４が電子移動解離フラグメンテーションデバイス４を含む場合、第１の動作モードにおいては、試薬イオンが検体イオンを含むイオンガイドまたはイオントラップ中に注入され、第２の動作モードにおいては、イオンガイドまたはイオントラップ中に試薬イオンが実質的に全く注入されないということであってもよい。衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４が表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む場合、第１の動作モードにおいては、検体イオンが表面またはターゲットプレート上に衝突または当たるように方向づけられ得、第２の動作モードにおいては、検体イオンが表面またはターゲットプレートに衝突または当たらずに表面またはターゲットプレートを通り過ぎるように真っすぐに方向づけられ得る。
【０１７０】
一実施形態において、制御手段は、モードの間で、およそ１秒ごとに切り換え、改変または変更し得る。質量分析計６は、液体またはガスクロマトグラフィによって混合物から分離された溶離剤が提供されているイオン源１と併用して設けられる場合、数十分間稼働され得る。この期間にわたり、数百個の高および低フラグメンテーションまたは反応質量スペクトルフラグメンテーションまたは反応質量スペクトルが得られ得る。
【０１７１】
実験試行の終了時に、得られたデータが好ましくは分析され、親または前駆体イオンおよびフラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、好ましくは衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４があるモードにおける場合に得られる質量スペクトルにおけるピークの相対強度と、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイス４が第２のモードにおける場合の時間的に約１秒後に得られる質量スペクトルにおける同じピークの強度との比較に基づいて認識される。
【０１７２】
一実施形態によると、各親およびフラグメント、生成物、娘または付加物イオンに対する質量クロマトグラムが生成され、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、それらの相対溶離時間に基づいて親または前駆体イオンに割り当てられる。
【０１７３】
この方法の利点は、すべてのデータが取得され、その後処理されるので、すべてのフラグメント、生成物、娘または付加物イオンがそれらのそれぞれの溶離時間の一致度によって親または前駆体イオンと対応づけられ得る。これにより、すべての親または前駆体イオンが、それらが特徴的なフラグメント、生成物、娘もしくは付加物イオンまたは特徴的な「ニュートラルロス」の存在によって発見されたかどうかにかかわらず、それらのフラグメント、生成物、娘または付加物イオンから同定されることを可能にする。
【０１７４】
別の実施形態によると、対象の親または前駆体イオンの数を低減するような試みがなされ得る。予想される（すなわち、まだ最終決定されていない）候補の親または前駆体イオンのリストが、対象の所定のフラグメント、生成物、娘または付加物イオン（例えば、ペプチドからのインモニウムイオン）を生じさせたかもしれない親または前駆体イオンを探すことによって作成され得る。あるいは、親およびフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを求めて検索がなされ得る。ここで、親または前駆体イオンは、所定のイオンまたは中性粒子を含む第１の成分およびフラグメント、生成物、娘または付加物イオンを含む第２の成分にフラグメンテーションしていた可能性がある。次いで、種々のステップを行って、候補と考えられる親または前駆体イオンのリストをさらに低減／絞り込みして、いくらかの最終候補の親または前駆体イオンを残し得る。次いで、好ましくは、その後に、最終候補の親または前駆体イオンは、対象の親または前駆体、およびフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの溶離時間を比較することによって同定される。上記からわかるように、２つのイオンは、同様の質量電荷比を有しても、化学構造が異なる場合があり、したがってそのフラグメンテーションは異なる可能性が極めて高いので、フラグメント、生成物、娘または付加物イオンに基づいて親または前駆体イオンを同定することができる。
【０１７５】
試料導入システムの詳細を図２に示す。試料は、Ｍｉｃｒｏｍａｓｓ（登録商標）社のモジュラーＣａｐＬＣシステムによって質量分析計６中に導入され得る。例えば、試料をＣ１８カートリッジ（０．３ｍｍ×５ｍｍ）上に載せ、３０μＬ／分の流量で０．１％ＨＣＯＯＨを用いて３分間脱塩した。次いで、１０ポートバルブを切り換えて、ペプチドが分離のための分析カラム上へ溶離するようにした（図２の挿入図を参照）。２つのポンプＡおよびＢからのフローを分割して、カラムを通る流量を約２００ｎＬ／分にした。
【０１７６】
好適な分析カラムは、Ｗａｔｅｒｓ（登録商標）社のＳｙｍｍｅｔｒｙＣ１８を詰めたＰｉｃｏＦｒｉｔ（登録商標）カラムである。これは、質量分析計６中へイオンを直接スプレーするように設定される。エレクトロスプレーポテンシャル（約３ｋＶ）が低死容量ステンレススチール継手を介して液体中に印加され得る。少量（約５ｐｓｉ（３４．４８ｋＰａ））の霧状ガスがエレクトロスプレー処理を補助するためにスプレー先端の周辺に導入され得る。
【０１７７】
データは、Ｚ−ｓｐｒａｙ（登録商標）のナノフローエレクトロスプレーイオン源を取り付けた質量分析計６を使用して取得され得る。質量分析計は、正イオンモードにおいて８０℃のソース温度および４０L／時間の円錐ガス流量で動作され得る。
【０１７８】
機器は、例えば、Ｇｌｕ−フィブリノペプチドｂのフラグメンテーションから得られる選択フラグメント、生成物、娘または付加物イオンを使用して多点較正で較正され得る。データは、ソフトウェアのＭａｓｓＬｙｎｘ（登録商標）ｓｕｉｔｅを使用して処理され得る。
【０１７９】
衝突誘起解離フラグメンテーションセルの２つの異なる動作モード間での切り換えは、本発明の範囲内に含まれるようには意図されない。しかし、本方法にしたがって得られる実験結果は、本発明の局面を例示することに役立つので、説明する。
【０１８０】
図３Ａおよび３Ｂは、アルコール脱水素酵素（ＡＤＨ）のトリプシン消化のフラグメントまたは娘および親または前駆体イオンスペクトルをそれぞれ示す。図３Ａに示すフラグメントまたは娘イオンスペクトルは、ガス衝突セルを約３０Ｖの比較的高いポテンシャルに維持し、ガス衝突セルを通るイオンの著しいフラグメンテーションを生じさせることによって得た。図３Ｂに示す親または前駆体イオンスペクトルは、低い衝突エネルギー（例えば、５Ｖ以下）で得た。図３Ｂに表すデータは、衝突セルの上流に配置され、質量電荷比が＞３５０であるイオンを移送するように設定された質量フィルタ３を使用して得た。この特定の例における質量スペクトルは、液体クロマトグラフから溶離した試料から得た。スペクトルは、十分に迅速かつ時間について互いに接近して得られたので、液体クロマトグラフから溶離した同じ成分に本質的に対応する。
【０１８１】
図３Ａに示す質量スペクトルは、衝突セルを使用し、衝突誘起解離によってイオンをフラグメンテーションして得た。そのようなアプローチは、本発明の範囲内に含まれるようには意図されない。しかし、得られた質量スペクトルおよび質量スペクトルデータの処理に関する以下の記載は、本発明の種々の局面を例示する。
【０１８２】
図３Ｂにおいて、親または前駆体イオンスペクトルにおいていくつかの高強度ピーク（例えば、４１８．７７２４および５６８．７８１３におけるピーク）がある。これらは、図３Ａに示す対応のフラグメントイオンスペクトルにおいては実質的に強度がより低い。したがって、これらのピークは、親または前駆体イオンであると認識され得る。同様に、図３Ｂに示す親または前駆体イオンスペクトルよりも図３Ａに示すフラグメントまたは娘イオンスペクトルにおいて強度が高いイオンは、フラグメントまたは娘イオンであると認識され得る。また、上記から明らかなように、したがって、図３Ａに示す高フラグメンテーション質量スペクトルにおける質量電荷値が３５０未満のすべてのイオンは、それらのイオンが３５０未満の質量電荷値を有すること、かつ質量電荷値が３５０より大きな親または前駆体イオンだけが質量フィルタ５によって衝突セルに移送されたという事実に基づいて、フラグメントまたは娘イオンであると容易に認識され得る。
【０１８３】
図４Ａ〜４Ｅは、３つの親または前駆体イオンおよび２つのフラグメントまたは娘イオンに対する質量クロマトグラムをそれぞれ示す。親または前駆体イオンは、質量電荷比が４０６．２（ピーク「ＭＣ１」）、４１８．７（ピーク「ＭＣ２」）および５６８．８（ピーク「ＭＣ３」）であると決定され、２つのフラグメントまたは娘イオンは、質量電荷比が１３６．１（ピーク「ＭＣ４」および「ＭＣ５」）および１２０．１（ピーク「ＭＣ６」）であると決定された。
【０１８４】
親または前駆体イオンピークＭＣ１（質量電荷比が４０６．２）は、フラグメントまたは娘イオンピークＭＣ５（質量電荷比が１３６．１）とよく相関すること、すなわち、質量電荷比が４０６．２である親または前駆体イオンがフラグメンテーションして質量電荷比が１３６．１であるフラグメントまたは娘イオンを生成したらしいことが分かる。同様に、親または前駆体イオンピークＭＣ２およびＭＣ３は、フラグメントまたは娘イオンピークＭＣ４およびＭＣ６とよく相関するが、どの親または前駆体イオンがどのフラグメントまたは娘イオンに対応するかを決定することは困難である。
【０１８５】
図５は、図４Ａ〜４Ｅのピークを順に重ね、異なるスケールで再描画したものを示す。ＭＣ２、ＭＣ３、ＭＣ４およびＭＣ６のピークを注意深く比較すると、実際に、親または前駆体イオンＭＣ２およびフラグメントまたは娘イオンＭＣ４がよく相関し、他方親または前駆体イオンＭＣ３がフラグメントまたは娘イオンＭＣ６とよく相関することが分かる。これは、質量電荷比が４１８．７である親または前駆体イオンがフラグメンテーションして、質量電荷比が１３６．１であるフラグメントまたは娘イオンを生成すること、および質量電荷比が５６８．８である親または前駆体イオンがフラグメンテーションして、質量電荷比が１２０．１であるフラグメントまたは娘イオンを生成することを示す。
【０１８６】
この質量クロマトグラムの相互相関は、適切なコンピュータ上で実行する適切なピーク比較ソフトウェアプログラムなどの自動ピーク比較手段によって実施され得る。
【０１８７】
図６は、質量分析計６を使用して得られたＨＰＬＣ分離および質量分析から抽出された質量電荷比が８７．０４を有するフラグメントまたは娘イオンに対する質量クロマトグラムを示す。アミノ酸であるアスパラギンに対するインモニウムイオンは、質量電荷値が８７．０４であることが知られている。このクロマトグラムは、質量分析計に記録されたすべての高エネルギースペクトルから抽出された。図７は、スキャン番号６０４に対応する全質量スペクトルを示す。これは、質量分析計６上に記録された低エネルギー質量スペクトルであり、質量電荷比が８７．０４の質量クロマトグラムにおける最大のピークに対応するスキャン６０５における高エネルギースペクトルの隣の低いエネルギースペクトルである。これは、質量電荷比が８７．０４でのアスパラギンインモニウムイオンに対する親または前駆体イオンが１０１２．５４の質量を有することを示す。なぜなら、質量電荷比が１０１３．５４での一価の（Ｍ＋Ｈ）+イオンおよび質量電荷比が５０７．２７での二価の（Ｍ＋２Ｈ）++イオンを示すからである。
【０１８８】
図８は、タンパク質β−カゼインのトリプシン消化の質量分析計６上に記録された低エネルギースペクトルからの質量スペクトルを示す。タンパク質消化生成物は、ＨＰＬＣによって分離し、質量分析した。質量スペクトルは、ＭＳモードにおいて動作する質量分析計６上で記録し、連続したスペクトルのためにガス衝突フラグメンテーションセルにおいて低および高衝突エネルギーを交番させた。図９は、上記図８における低エネルギー質量スペクトルと実質的に同時に記録された高エネルギースペクトルからの質量スペクトルを示す。図１０は、上記図９に示す質量スペクトルを処理し、拡大した図を示す。このスペクトルに対して、連続データを処理して、ピークを同定し、ピーク面積に比例した高さを有する線で表示し、かつそれらの質量中心に対応する質量を注釈として付け加えた。質量電荷比が１０３１．４３９５でのピークは、ペプチドの二価（Ｍ＋２Ｈ）++イオンであり、質量電荷比が９８２．４５１５でのピークは、二価フラグメントまたは娘イオンである。それは、フラグメントまたは娘イオンに違いない。なぜなら、それは、低エネルギースペクトルには存在しないからである。これらのイオンの質量差は、４８．９８８０である。Ｈ3ＰＯ4に対する理論質量は、９７．９７６９であり、二価Ｈ3ＰＯ4++イオンに対する質量電荷値は、４８．９８８４であり、観察値との差は、ほんの８ｐｐｍである。したがって、質量電荷比が９８２．４５１５であるピークは、Ｈ3ＰＯ4++イオンを失った質量電荷比が１０３１．４３９５であるペプチドイオンから得られたフラグメントまたは娘イオンに関係する。
【０１８９】
タンパク質の混合物を含む２つの異なる試料に含まれる２つのタンパク質の相対存在度を定量化する上記好適な実施形態の能力を例示するいくつかの実験データをここで提示する。
【０１９０】
第１の試料は、３つのタンパク質であるＢＳＡ、グリコーゲンホスホリラーゼＢおよびカゼインのトリプシン消化生成物を含むものであった。これら３つのタンパク質は、はしめに１：１：１の比で存在していた。３つのタンパク質のそれぞれは、３３０ｆｍｏｌ／μｌの濃度を有していた。第２の試料は、同じ３つのタンパク質であるＢＳＡ、グリコーゲンホスホリラーゼＢおよびカゼインのトリプシン消化生成物を含んでいた。しかし、タンパク質は、はじめに１：１：Ｘの比で存在していた。Ｘは、不確定であったが、２〜３の範囲にあると考えられた。第２の試料混合物におけるタンパク質ＢＳＡおよびグリコーゲンホスホリラーゼＢの濃度は、第１の試料における場合と同じであった（すなわち、３３０ｆｍｏｌ／μｌ）。
【０１９１】
従った実験プロトコルは、１μｌの試料を分離するためにＨＰＬＣカラム上へ４μｌ／分の流量で装填させるものであった。次いで、液体フローは、ナノエレクトロスプレーイオン化源への流量が約２００ｎｌ／分となるように分割した。
【０１９２】
質量スペクトルは、質量分析計６上に記録された。質量スペクトルは、窒素衝突ガスを使用し、交番する低および高衝突エネルギーで記録された。低衝突エネルギー質量スペクトルは、１０Ｖの衝突電圧で記録され、高衝突エネルギー質量スペクトルは、３３Ｖの衝突電圧で記録された。質量分析計には、独立した液体フローをイオン化源に送るナノロックスプレーデバイスが取り付けられた。イオン化源は、基準質量を提供するようにときおりサンプリングされ得る。基準質量から質量較正が定期的に確認され得る。これにより、確実に、質量測定の正確さが５ｐｐｍのＲＭＳ精度内となった。データは、ＭａｓｓＬｙｎｘ（登録商標）データシステムを使用して記録および処理した。
【０１９３】
まず、第１の試料を分析し、そのデータを基準として使用した。次いで、第１の試料をさらに２回分析した。第２の試料を２回分析した。これらの分析からのデータを使用して、第２の試料におけるカゼインの（未知の）相対存在度を定量しようとした。
【０１９４】
すべてのデータファイルは、自動的に処理され、各実験に対してイオンとそれに関連する面積のリストおよび高衝突エネルギースペクトルを生成する。このリストは、次いでＰｒｏｔｅｉｎＬｙｎｘ（登録商標）検索エンジンを使用して、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔタンパク質データベースと突き合わせて検索される。クロマトグラフピーク面積は、Ｗａｔｅｒｓ（登録商標）社のＡｐｅｘ  Ｐｅａｋ  Ｔｒａｃｋｉｎｇアルゴリズムを使用して得た。存在が見つけられた各電荷状態に対するクロマトグラムを合計した後で積分した。
【０１９５】
２つの試料に対する、種々のペプチドイオンの実験により決定された相対表現レベルであって、基準データに対して正規化されたものを以下の表に与える。
【０１９６】
【表１】
2009516843.tif 000003
【０１９７】
上記表において、配列が高衝突エネルギーデータによって確定されたペプチドには、下線が引かれている。確定とは、このペプチドの確率が、その正確な質量および対応する高衝突エネルギーデータが与えられた場合に、現在の電流フラグメンテーションまたは反応モデルが与えられたデータベースにおけるいずれの他のペプチドよりも大きいことを意味する。残りのペプチドは、確定されたペプチドに対するものと比較されたそれらの保持時間および質量に基づいて正確であると考えられる。注入体積誤差および他の効果によって結果に何らかの実験誤差があり得ることが予想された。
【０１９８】
ＢＳＡを内部基準とした場合、第１の試料におけるグリコーゲンホスホリラーゼＢの相対存在度は、０．９２５（第１の分析）および１．１１９（第２の分析）であると決定され、その平均が１．０となった。第２の試料におけるグリコーゲンホスホリラーゼＢの相対存在度は、１．２４４（第１の分析）および１．２９２（第２の分析）であると決定され、その平均が１．３となった。これらの結果は、予想値１と比べて遜色がない。
【０１９９】
同様に、第１の試料におけるカゼインの相対存在度は、０．９８０（第１の分析）および１．１１１（第２の分析）であると決定され、その平均が１．０となった。第２の試料におけるカゼインの相対存在度は、２．７２９（第１の分析）および２．７６１（第２の分析）であると決定され、その平均が２．７となった。これらの結果は、予想値１および２〜３と比べて遜色がない。
【０２００】
以下のデータは、第１および第２の試料から得られるクロマトグラムおよび質量スペクトルに関する。配列ＨＱＧＬＰＱＥＶＬＮＥＮＬＬＲを有するカゼイン由来のあるペプチドは、配列ＬＶＮＥＬＴＥＦＡＫを有するＢＳＡ由来のペプチドとほぼ正確に同時に溶離する。これはまれにしか起こらないが、２つの異なる試料におけるカゼインの存在度を比較する機会を与える。
【０２０１】
図１１Ａ〜１１Ｄは、４つの質量クロマトグラムを示す。２つは、第１の試料に関し、２つは、第２の試料に関する。図１1Ａは、配列ＨＱＧＬＰＱＥＶＬＮＥＮＬＬＲを有し、カゼインに由来するペプチドイオン（Ｍ＋２Ｈ）++に対応する、質量電荷比が８８０．４のイオンに対する第１の試料に関する質量クロマトグラムを示す。図１１Ｂは、カゼイン由来の配列ＨＱＧＬＰＱＥＶＬＮＥＮＬＬＲを有する同じペプチドイオンに対応する第２の試料に関する質量クロマトグラムを示す。
【０２０２】
図１１Ｃは、配列ＬＶＮＥＬＴＥＦＡＫを有し、ＢＳＡに由来するペプチドイオン（Ｍ＋２Ｈ）++に対応する、質量電荷比が５８２．３のイオンに対する第１の試料に関する質量クロマトグラムを示す。図１１Ｄは、配列ＬＶＮＥＬＴＥＦＡＫを有し、ＢＳＡに由来する同じペプチドイオンに対応する第２の試料に関する質量クロマトグラムを示す。質量クロマトグラムは、ＢＳＡ由来の、質量電荷比が５８２．３であるペプチドイオンが両方の試料中にほぼ等量存在し、他方カゼイン由来の、質量電荷比が８８０．４であるペプチドイオンの強度においてはおよそ１００％の違いがあることを示す。
【０２０３】
図１２Ａは、第１の試料からの約２０分後に記録された親または前駆体イオン質量スペクトルを示し、図１２Ｂは、第２の試料からの実質的に同じ時間後に記録された親または前駆体イオン質量スペクトルを示す。質量スペクトルは、質量電荷比が５８２．３である（ＢＳＡ由来）イオンの強度が両方の質量スペクトルでおよそ同じであり、他方カゼインからのペプチドイオンに関する質量電荷比が８８０．４のイオンは、第１の試料と比較して、第２の試料における強度がおよそ２倍であることを示す。これは、予想と一致する。
【０２０４】
図１３は、図１２Ａに示す親または前駆体イオン質量スペクトルをより詳細に示す。質量電荷が５８２．３であるＢＳＡペプチドイオンに対応するピークおよび質量電荷比が８８０．４であるカゼインペプチドイオンに対応するピークが明らかに見られ得る。挿入図は、質量電荷比が８８０．４であるペプチドイオンのアイソトープピークを示すスペクトルの拡大部分を示す。同様に、図１４は、図１２Ｂに示す親または前駆体イオン質量スペクトルをより詳細に示す。やはり、質量電荷比が５８２．３であるＢＳＡペプチドイオンに対応するピークおよび質量電荷比が８８０．４であるカゼインペプチドイオンに対応するピークが明らかに見られ得る。挿入図は、質量電荷比が８８０．４であるペプチドイオンのアイソトープピークを示すスペクトルの拡大部分を示す。図１２〜１４、ならびに図１３および１４の挿入図の比較から明らかなように、カゼイン由来の、質量電荷比８８０．４に質量スペクトルピークを有するペプチドイオンの存在度は、第１の試料に比較して、第２の試料における存在度がおよそ２倍である。
【０２０５】
本発明を好適な実施形態を参照して説明してきたが、添付の特許請求の範囲に記載されるような発明の範囲を逸脱することなく種々の変更が形態および詳細においてなされ得ることが当業者に理解される。
【図面の簡単な説明】
【０２０６】
【図１】図１は、好適な質量分析計の模式図である。
【図２】図２は、試料装填および脱塩の際のバルブスイッチ構成の模式図であり、挿入図は、分析カラムからの試料の脱離を示す。
【図３】図３Ａは、フラグメントまたは娘イオン質量スペクトルを示し、図３Ｂは、衝突セルの上流の質量フィルタが、質量電荷比が＞３５０であるイオンを衝突セルへ移送するように構成された場合に得られた、対応する親または前駆体イオン質量スペクトルを示す。
【図４】図４Ａは、親または前駆体イオンの質量クロマトグラムを示し、図４Ｂは、親または前駆体イオンの質量クロマトグラムを示し、図４Ｃは、親または前駆体イオンの質量クロマトグラムを示し、図４Ｄは、フラグメントまたは娘イオンの質量クロマトグラムを示し、図４Ｅは、フラグメントまたは娘の質量クロマトグラムを示す。
【図５】図５は、図４Ａ〜４Ｅを順に重ねた質量クロマトグラムを示す。
【図６】図６は、質量電荷比が８７．０４であるアスパラギンインモニウムイオンの質量クロマトグラムを示す。
【図７】図７は、配列がＡＮＥＬＬＩＮＶＫであり、分子量が１０１２．５９であるＡＤＨ由来のペプチドイオンＴ５の質量スペクトルを示す。
【図８】図８は、衝突セルが低フラグメンテーションモードにあった場合に得られたβ−カゼインのトリプシン消化の質量スペクトルを示す。
【図９】図９は、衝突セルが高フラグメンテーションモードにあった場合に得られたβ−カゼインのトリプシン消化の質量スペクトルを示す。
【図１０】図１０は、図９に示す質量スペクトルを処理および拡大した図である。
【図１１】図１１Ａは、質量電荷比が８８０．４である第１の試料からのイオンの質量クロマトグラムを示し、図１１Ｂは、第２の試料からの同じイオンの同様の質量クロマトグラムを示し、図１１Ｃは、質量電荷比が５８２．３である第１の試料からのイオンの質量クロマトグラムを示し、図１１Ｄは、第２の試料からの同じイオンの同様の質量クロマトグラムを示す。
【図１２】図１２Ａは、第１の試料から記録された質量スペクトルを示し、図１２Ｂは、両方の試料に共通のタンパク質カゼインのより高い濃度の消化生成物を含む以外は第１の試料と同様の第２の試料から記録される対応の質量スペクトルを示す。
【図１３】図１３は、図１２Ａに示す質量スペクトルをより詳細に示し、挿入図は、質量電荷比８８０．４においてアイソトープピークを示す質量スペクトルの拡大部分を示す。
【図１４】図１４は、図１２Ｂに示す質量スペクトルをより詳細に示し、挿入図は、質量電荷比８８０．４においてアイソトープピークを示す質量スペクトルの拡大部分を示す。
【図１】
2009516843.tif 000004
【図２】
2009516843.tif 000005
【図３】
2009516843.tif 000006
【図４】
2009516843.tif 000007
【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
2009516843.tif 000011
【図９】
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【図１０】
2009516843.tif 000013
【図１１】
2009516843.tif 000014
【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【国際調査報告】
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