(57)【要約】  本発明は、ウシ被験体における乳房の健康特性を判断する方法であって、乳房の健康特性が無症候性乳房炎及び臨床型乳房炎を含む、方法に関する。特に、本発明の方法は、ウシ被験体における乳房の健康特性を判断するための遺伝的マーカー及び量的形質遺伝子座（ＱＴＬ）を包含する。乳房の健康特性を判断することは、特定のマイクロサテライト状態の分解能を包含する。さらに本発明は、乳房の健康に関連した遺伝的マーカー（単数又は複数）検出用の診断キットに関する。本発明の方法及びキットは、育種目的でウシ被験体の選抜に利用され得る。したがって本発明は、より乳房炎になりにくい雌ウシを産生することとなる乳房の健康特性を用いてウシ被験体を遺伝的に選抜する方法に関する。【選択図】  図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ウシ被験体における乳房の健康特性を判断する方法であって、該ウシ被験体由来の試料中に、乳房の健康を示す少なくとも１つの形質と連鎖した、少なくとも１つの遺伝的マーカーの有無を検出することを含み、
該少なくとも１つの遺伝的マーカーが、
ウシ染色体ＢＴＡ１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ４００８及びＵＲＢ０１４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ４００８及びＵＲＢ０１４を含む領域、並びに／又は、
ウシ染色体ＢＴＡ５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１０９５及びＢＭ３１５に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１０９５及びＢＭ３１５を含む領域、並びに／又は、
ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＬＳＴＳ０９３及びＢＬ１０３８に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＬＳＴＳ０９３及びＢＬ１０３８を含む領域、並びに／又は、
ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６０及びＢＬ１０４３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６０及びＢＬ１０４３を含む領域、並びに／又は、
ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ１９６７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ１９６７を含む領域、並びに／又は、
ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６及びＨＥＬ１３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６及びＨＥＬ１３を含む領域、並びに／又は、
ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２６８４及びＢＭＳ４２９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２６８４及びＢＭＳ４２９を含む領域、並びに／又は、
ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１１１７及びＢＭ８４６に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１１１７及びＢＭ８４６を含む領域、並びに／又は、
ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ６５１及びＢＭ７２３７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ６５１及びＢＭ７２３７を含む領域、並びに／又は、
ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１００１及びＢＭ２０３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１００１及びＢＭ２０３を含む領域に位置し、
該少なくとも１つの遺伝的マーカーの有無が、該ウシ被験体又はその出生児（off-spring）の乳房の健康特性を示す、ウシ被験体における乳房の健康特性を判断する方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法によって乳房の健康特性を判断することを含む、育種目的でウシ被験体を選抜する方法。
【請求項３】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１の領域で、約８０．３７９〜１５４．６７２ｃＭの領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ５の領域で、約０〜１０３．１６９ｃＭの領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ６の領域で、約０〜１２９．９８５ｃＭの領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ７の領域で、約０〜１３５．５６４ｃＭの領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ９の領域で、約４．８９２〜１０９．２８７ｃＭの領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１１の領域で、約１９．４４〜１２２．３７ｃＭの領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１５の領域で、約４８．２１６〜１０９．７５３ｃＭの領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２１の領域で、約１０．９６９〜６１．２４７ｃＭの領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２６の領域で、約２．８３９〜６６．７６３ｃＭの領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２７の領域で、約５．３８９〜６４．０９８ｃＭの領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１上で、多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４１５１及びＢＭＳ１７８９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４１５１及びＢＭＳ１７８９を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１上で、多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４３６７及びＢＭＳ９１８に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４３６７及びＢＭＳ９１８を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ９１８及びＢＭＪ４０４３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ９１８及びＢＭＪ４０４３を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１上で、多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４１５１及びＤＩＫ４３６７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４１５１及びＤＩＫ４３６７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１上で、多型マイクロサテライトマーカーＭＣＭ１３０及びＤＩＫ４３６７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＭＣＭ１３０及びＤＩＫ４３６７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ９１８及びＵＲＢＯ１４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ９１８及びＵＲＢＯ１４を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。 
【請求項１９】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ５上で、多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ５００２及びＲＭ５００に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ５００２及びＲＭ５００を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ５上で、多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４７５９及びＲＭ５００に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４７５９及びＲＭ５００を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＰ１及びＤＩＫ４７５９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＰ１及びＤＩＫ４７５９を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ５上で、多型マイクロサテライトマーカーＲＭ５００及びＥＴＨ１０に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＲＭ５００及びＥＴＨ１０を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ５上で、多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４７５９及びＢＭＣ１００９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４７５９及びＢＭＣ１００９を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＣ１００９及びＥＴＨ１０に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＣ１００９及びＥＴＨ１０を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ５上で、多型マイクロサテライトマーカーＥＴＨ１０及びＢＭＳ１２１６に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＥＴＨ１０及びＢＭＳ１２１６を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＯＡＲＪＭＰ３６及びＢＬ１０３８に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＯＡＲＪＭＰ３６及びＢＬ１０３８を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＯＡＲＪＭＰ３６及びＢＭ４３１１に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＯＡＲＪＭＰ３６及びＢＭ４３１１を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ４３１１及びＢＭ２３２０に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ４３１１及びＢＭ２３２０を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ４１５及びＢＭ２３２０に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ４１５及びＢＭ２３２０を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ４１５及びＢＭ４３１１に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ４１５及びＢＭ４３１１を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ４３１１及びＢＭ２３２０に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ４３１１及びＢＭ２３２０を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＮＲＡ１３３及びＯＡＲＪＭＰ３６に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＮＲＡ１３３及びＯＡＲＪＭＰ３６を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ１３２９及びＢＭ４１５に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ１３２９及びＢＭ４１５を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項３４】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ２３２０及びＢＬ１０３８に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ２３２０及びＢＬ１０３８を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４６０６及びＢＭＳ２２５８に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４６０６及びＢＭＳ２２５８を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項３６】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４６０６及びＢＭ６１１７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ４６０６及びＢＭ６１１７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項３７】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＵＷＣＡ２０及びＢＭＳ２２５８に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＵＷＣＡ２０及びＢＭＳ２２５８を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項３８】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７２４７及びＢＭＳ２８４０に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７２４７及びＢＭＳ２８４０を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項３９】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２８４０及びＯＲＥＡＥ１２９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２８４０及びＯＲＥＡＥ１２９を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項４０】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ５４１２及びＤＩＫ４６０６に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ５４１２及びＤＩＫ４６０６を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項４１】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＬＳＴ００６及びＢＬ１０４３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＬＳＴ００６及びＢＬ１０４３を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項４２】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＯＡＲＥＡ１２９及びＩＬＳＴＳ００６に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＯＡＲＥＡ１２９及びＩＬＳＴＳ００６を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項４３】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＯＡＲＥＡ１２９及びＢＬ１０４３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＯＡＲＥＡ１２９及びＢＬ１０４３を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項４４】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ５４１２及びＢＭＳ２８４０に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＤＩＫ５４１２及びＢＭＳ２８４０を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項４５】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ２８１９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ２８１９を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項４６】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ４２０８及びＢＭＳ２８１９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ４２０８及びＢＭＳ２８１９を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項４７】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＵＷＣＡ９及びＢＭＳ２８１９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＵＷＣＡ９及びＢＭＳ２８１９を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項４８】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１２９０及びＢＭ４２０８に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１２９０及びＢＭ４２０８を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項４９】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＥＴＨ２２５及びＢＭＳ１２６７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＥＴＨ２２５及びＢＭＳ１２６７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項５０】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＥＴＨ２２５及びＩＬＳＴＳ０３７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＥＴＨ２２５及びＩＬＳＴＳ０３７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項５１】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２８１９及びＢＭＳ１９６７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２８１９及びＢＭＳ１９６７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項５２】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２２９５及びＢＭＳ１９６７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２２９５及びＢＭＳ１９６７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項５３】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１２６７及びＢＭＳ１２９０に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１２６７及びＢＭＳ１２９０を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項５４】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１２６７及びＵＷＣＡ９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１２６７及びＵＷＣＡ９を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項５５】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２０４７及びＨＥＬ１３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２０４７及びＨＥＬ１３を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項５６】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、多型マイクロサテライトマーカーＨＵＪＶ１７４及びＨＥＬ１３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＨＵＪＶ１７４及びＨＥＬ１３を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項５７】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６９及びＴＧＬＡ５８に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６９及びＴＧＬＡ５８を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項５８】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ６４４５及びＢＭＳ１８２２に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ６４４５及びＢＭＳ１８２２を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項５９】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２５６９及びＩＮＲＡ１３１に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２５６９及びＩＮＲＡ１３１を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項６０】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ２８１８及びＩＮＲＡ１３１に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ２８１８及びＩＮＲＡ１３１を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項６１】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ８２０及びＢＭＳ４２９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ８２０及びＢＭＳ４２９を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項６２】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ８２０及びＢＭＳ９２７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ８２０及びＢＭＳ９２７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項６３】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ９２７及びＢＭＳ４２９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ９２７及びＢＭＳ４２９を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項６４】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２６８４及びＩＬＳＴＳ０２７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２６８４及びＩＬＳＴＳ０２７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項６５】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２６８４及びＩＤＶＧＡ１０に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２６８４及びＩＤＶＧＡ１０を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項６６】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２０７６及びＢＭＳ９２７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２０７６及びＢＭＳ９２７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項６７】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＬＳＴＳ０９５及びＩＮＲＡ１０３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＬＳＴＳ０９５及びＩＮＲＡ１０３を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項６８】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＤＶＧＡ−４５及びＢＭＳ２８１５に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＤＶＧＡ−４５及びＢＭＳ２８１５を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項６９】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＮＲＡ１０３及びＢＭＳ８４６に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＮＲＡ１０３及びＢＭＳ８４６を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項７０】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２８１５及びＢＭ８４６に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２８１５及びＢＭ８４６を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項７１】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ３３２及びＢＭ７２３７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ３３２及びＢＭ７２３７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項７２】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＤＶＧＡ−５９及びＢＭ９２８４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＤＶＧＡ−５９及びＢＭ９２８４を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項７３】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ８８２及びＢＭ８０４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ８８２及びＢＭ８０４を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項７４】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ８８２及びＢＭ７２３７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ８８２及びＢＭ７２３７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項７５】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ３３２及びＢＭ９２８４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ３３２及びＢＭ９２８４を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項７６】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＲＭ０２６及びＢＭ９２８４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＲＭ０２６及びＢＭ９２８４を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項７７】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＤＶＧＡ−５９及びＢＭ９２８４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＤＶＧＡ−５９及びＢＭ９２８４を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項７８】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＲＭ０２６及びＢＭ９２８４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＲＭ０２６及びＢＭ９２８４を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項７９】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＤＶＧＡ−５９及びＢＭ９２８４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＤＶＧＡ−５９及びＢＭ９２８４を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項８０】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ９２８４を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項８１】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＮＲＡ１３４及びＢＭ１８５７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＮＲＡ１３４及びＢＭ１８５７を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項８２】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、多型マイクロサテライトマーカーＨＵＪＩ−１３及びＢＭ２０３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＨＵＪＩ−１３及びＢＭ２０３を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項８３】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１１６及びＨＵＪＩ−１３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１１６及びＨＵＪＩ−１３を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項８４】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、多型マイクロサテライトマーカーＣＳＳＭ０４３及びＩＮＲＡ１３４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＣＳＳＭ０４３及びＩＮＲＡ１３４を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項８５】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ１８５７及びＢＭＳ２１１６に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ１８５７及びＢＭＳ２１１６を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項８６】
前記少なくとも１つの遺伝的マーカーが、前記ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１３７及びＣＳＳＭ０４３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１３７及びＣＳＳＭ０４３を含む領域に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項８７】
前記少なくとも１つのマーカーが遺伝的マーカーの組合せである、請求項１に記載の方法。
【請求項８８】
染色体毎の有意水準が少なくとも５％である、請求項１に記載の方法。
【請求項８９】
ウシ被験体において、ウシ乳房の健康と関連した少なくとも１つの遺伝的マーカーの有無を検出する際に使用する診断キットであって、少なくとも１つのオリゴヌクレオチド配列及びそれらの組合せを含み、該ヌクレオチド配列が、配列番号１〜配列番号２０６のいずれか及び／又はそれらの任意の組合せから選択される、ウシ被験体において、ウシ乳房の健康と関連した少なくとも１つの遺伝的マーカーの有無を検出する際に使用する診断キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ウシ被験体における乳房の健康特性に関する。特に、本発明は、ウシ被験体における乳房の健康特性を判断するための遺伝的マーカー、及び乳房の健康と関連した遺伝的マーカー（単数又は複数）を検出するための診断キットに関する。
【背景技術】
【０００２】
乳房炎は、感染又は外傷から生じる雌ウシ（cow）の乳腺（mammary gland）又は乳房の炎症であり、ウシにおける最も経済的に有意な疾患であると考えられている。本疾患は多様な物質によって生じるおそれがある。乳房炎の主な原因は、微生物による乳頭先端を介した乳腺侵入である。
【０００３】
乳頭の形状及び構造は、遺伝要因によって影響を受けることが知られている（Hickman, 1964）。乳房炎の存在に関する乳牛間での有意差が、地理的位置の異なる２つの雌ウシ家系（family：ファミリー）の乳房炎病歴によって明らかにされた。知見に基づき、遺伝が感染率に関与すると結論付けた。野外調査に由来するデータに基づく雌親（dam）−娘間比較も、遺伝の乳房炎に対する影響に言及している（Randel and Sunberg, 1962）。
【０００４】
乳房炎は臨床型又は無症候性（sub-clinical）である可能性があり、無症候性の感染が臨床型の症状発現に先立つ。臨床型乳房炎（clinical mastitis）は、赤く且つ腫大した（swollen）乳腺、即ち、赤く腫大した乳房、凝結乳（clotted milk）の生産を通じて目視で検出され得る。一度検出されると、乳房炎の雌ウシ由来の乳は、全体の乳品質に影響を及ぼさないように、タンクから分離して保管される。
【０００５】
無症候性乳房炎は目視で、即ち、乳房の腫大、又は腺若しくは産出される乳の観察によって検出することはできない。このため、農家には、無症候性乳房炎の雌ウシ由来の乳を他へそらすという選択肢がない。しかしながら、この乳は、非感染の雌ウシの乳よりも品質が劣っているため、タンク中の乳の残りを汚染するおそれがある。
【０００６】
無症候性乳房炎及び臨床型乳房炎は、体細胞（somatic cell）数を用いて検出され得る。ここでは、雌ウシ由来の乳の試料が体細胞（白血球）の存在に関して分析される。体細胞は、雌ウシの天然の防御機構の一部であり、乳房が感染すると細胞数は増加する。乳試料中の体細胞の数は、転球式粘度計（rolling-ball viscometer）及びクールター計数器によって間接的に推定され得る。
【０００７】
乳房炎により、乳及び乳製品の量及び質が低下するので、農家及び乳業に経済的損失が生じる。したがって、ウシ乳房の健康の遺伝的根拠を判断することが可能なことは、毎日の乳生産の観点だけではなく、好ましい乳房の健康特性を有するウシ被験体を選抜する育種管理においても、共に、乳業に対する非常に大きな経済的有意性がある。より乳房炎になりにくい雌ウシを産生する乳房の健康特性を有するウシ被験体を遺伝的に選抜する方法が望ましい。
【０００８】
遺伝的形質（genetic traits）に対する遺伝的決定因子（genetic determinants）を同定するための１つのアプローチは、過去の組換えの活用を目的とし、且つヒト集団と比較した場合に非常に長い染色体区域に渡って広がることが乳牛を含む幾つかの家畜（livestock）集団において示されている、連鎖不平衡（linkage disequilibrium）（ＬＤ）マッピングの使用である（Farnir et al., 2000）。しかしながら、広範囲のＬＤにより、マッピング分解能が制限され、且つ非シンテニック遺伝子座間の配偶子（gametic）関連による連鎖非存在下での関連が生じる可能性が高い。一度マッピングされると、量的形質遺伝子座（Quantitative Trait Locus）（ＱＴＬ）は、マーカー利用選抜（marker assisted selection）において有益に利用され得る。
【０００９】
連鎖不平衡
連鎖不均衡は、過去を遡る組換え事象（recombination events）を反映し、家系内でのＬＤマッピングの使用はマッピングの分解能を増大させる。ＬＤが存在するのは、集団中に観察されるハプロタイプが、各ハプロタイプにおける個々の遺伝的マーカーの頻度を相互に掛けることによって予測されるハプロタイプ頻度と一致しない場合である。この点で、ハプロタイプという用語は、相互に遺伝する傾向がある一染色体上に存在する一組の密接に連鎖した遺伝的マーカーを意味する。ＬＤマッピングが効率的であるためには、遺伝的マーカーの密度が、所定の集団内でＬＤが広がる距離と適合性である必要がある。多数の遺伝的マーカー（２８４個の常染色体マイクロサテライトマーカー）を使用する乳牛集団におけるＬＤの検討において、ＬＤは、染色体内（intrachromosomal）マーカーに関して数十センチモルガン（centimorgans）に渡って広がることが実証された（Farnir et al., 2000）。同様に、Georges, M（2000）の報告によれば、家畜における特定の表現型（phenotype）と連鎖した遺伝的マーカーの位置の信頼区間（confidence interval）は、典型的には２０〜３０ｃＭである（おそらく５００〜１０００遺伝子に対応する）（Georges, M., 2000）。高い信頼度を有する対象の特定の領域のマップを使用するために、連鎖不均衡の存在が考慮される。
【００１０】
本発明は、ウシ産業内で経済的関心の大きい、所定のウシ被験体の乳房の健康形質に対する遺伝的決定因子を判断する方法を提示する。
【００１１】
本発明において、乳房の健康形質に対する多面発現効果（pleiotropic effects）を有する量的形質遺伝子座が、染色体ＢＴＡ１、ＢＴＡ５、ＢＴＡ６、ＢＴＡ７、ＢＴＡ９、ＢＴＡ１１、ＢＴＡ１５、ＢＴＡ２１、ＢＴＡ２６及びＢＴＡ２７にマッピングされた。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
本発明の目的は、多形（polymorphisms）が乳房の健康特性に関連する、ウシゲノムにおける多形のマーカー利用選抜の適用方法を提供すること、及び／又はかかる方法において使用するための遺伝的マーカーを提供すること、及び／又は本発明の方法を使用して選抜される動物を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
乳房の健康等の特定の表現型又は遺伝性疾患と連鎖した遺伝的マーカーの同定は、特定の表現型を生じる変異と連鎖した多型マーカー（polymorphic markers）及び一塩基多形（single nucleotide polymorphisms）の源としてのマイクロサテライトマーカーの発見によって容易となっている。対象の特定の表現型を生じる変異と連鎖したマーカー又は変異自体は、集団を見る際に、系統（pedigrees）において遺伝学的解析（genetic analysis）を使用すること、及び連鎖不平衡を活用することによって場所が特定される。
【００１４】
したがって、本発明の一態様は、ウシ被験体における乳房の健康特性を判断するための方法であって、当該ウシ被験体からの試料中に、乳房の健康を示す少なくとも１つの形質と連鎖する少なくとも１つの遺伝的マーカーの有無を検出することを含み、当該少なくとも１つの遺伝的マーカーが、ウシ染色体ＢＴＡ１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ４００８及びＵＲＢ０１４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ４００８及びＵＲＢ０１４を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１０９５及びＢＭ３１５に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１０９５及びＢＭ３１５を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＬＳＴＳ０９３及びＢＬ１０３８に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＬＳＴＳ０９３及びＢＬ１０３８を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６０及びＢＬ１０４３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６０及びＢＬ１０４３を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ１９６７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ１９６７を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６及びＨＥＬ１３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６及びＨＥＬ１３を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２６８４及びＢＭＳ４２９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２６８４及びＢＭＳ４２９を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１１１７及びＢＭ８４６に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１１１７及びＢＭ８４６を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ６５１及びＢＭ７２３７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ６５１及びＢＭ７２３７を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１００１及びＢＭ２０３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１００１及びＢＭ２０３を含む領域に位置し、当該少なくとも１つの遺伝的マーカーの有無が当該ウシ被験体又はその出生児の乳房の健康特性を示す方法に関する。
【００１５】
本発明の別の態様は、ウシ乳房の健康に関連した少なくとも１つの遺伝的マーカーのウシ被験体における有無を検出する際に使用するための診断キットであって、少なくとも１つのオリゴヌクレオチド配列及びそれらの組合せを含み、当該ヌクレオチド配列が配列番号１〜配列番号２０６のいずれか及び／又はそれらの任意の組合せから選択される診断キットに関する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１６】
本発明は、乳牛における乳房の健康の遺伝的決定因子に関する。乳房炎、臨床型乳房炎及び無症候性乳房炎の発生は共に、乳業に対する実質的な経済的損失に関与する。したがって、乳房炎を生じる遺伝的素因（genetic predisposition）を有するそれらのウシ被験体を同定することには、経済的な関心がある。かかる遺伝的素因を有するウシ被験体は、出生児に伝播し得る望ましくない形質のキャリア（carriers）である。
【００１７】
「ウシ被験体」という用語は任意の品種のウシを指し、成体動物であれ新生動物であれ、雌ウシ及び雄ウシ（bull）の両方を含む意味である。特定年齢の動物はこの用語によって示されない。ウシ被験体の一例は、ホルスタイン種の一成員である。好ましい一実施形態において、ウシ被験体は、ホルスタインフリーシャンウシ集団の一成員である。別の実施形態において、ウシ被験体は、ホルスタインスワルトボント（Swartbont）ウシ集団の一成員である。別の実施形態において、ウシ被験体は、ドイツホルスタインシュワルツブントウシ集団の一成員である。別の実施形態において、ウシ被験体は、米国ホルスタインウシ集団の一成員である。一実施形態において、ウシ被験体は、レッドアンドホワイトホルスタイン種の一成員である。別の実施形態において、ウシ被験体は、ドイツホルスタインシュワルツブントウシ集団の一成員である。一実施形態において、ウシ被験体は、ホルスタイン種の一成員を含む、任意の家系の一成員である。一実施形態において、ウシ被験体は、デンマークレッド集団の一成員である。別の実施形態において、ウシ被験体は、フィンランドエアシャー集団の一成員である。さらに別の実施形態では、ウシ被験体は、スウェーデンレッド（Swedish Red）集団の一成員である。さらなる実施形態において、ウシ被験体は、デンマークホルスタイン集団の一成員である。別の実施形態において、ウシ被験体は、スウェーデンレッドアンドホワイト集団の一成員である。さらに別の実施形態において、ウシ被験体は、ノルディックレッド（Nordic Red）集団の一成員である。
【００１８】
本発明の一実施形態において、ウシ被験体は、スウェーデンレッドアンドホワイト、デンマークレッド、フィンランドエアシャー、ホルスタインフリーシャン、デンマークホルスタイン及びノルディックレッドから成る群から選択される。本発明の別の実施形態において、ウシ被験体は、フィンランドエアシャー及びスウェーデンレッドウシから成る群から選択される。本発明の別の実施形態において、ウシ被験体は、フィンランドエアシャー及びスウェーデンレッドウシから成る群から選択される。
【００１９】
一実施形態において、ウシ被験体は表１ａ１に示される品種の群から選択される。
【００２０】
【表１ａ１】
2009525732.tif 000003
【００２１】
一実施形態において、ウシ被験体は表１ａ２に示される品種の群から選択される品種の一成員である。
【００２２】
【表１ａ２】
2009525732.tif 000004
【００２３】
一実施形態において、ウシ被験体は表１ａ３に示される品種の群から選択される品種の一成員である。
【００２４】
【表１ａ３】
2009525732.tif 000005
【００２５】
「遺伝的マーカー」という用語は、ウシ染色体上のＤＮＡの可変ヌクレオチド配列（variable nucleotide sequence）（多型（polymorphism））を指し、アレル同士を判別する。可変ヌクレオチド配列は、例えば増幅法（amplification methods）及び／又はサイズの差異の観察において特定のオリゴヌクレオチドを使用することによる、当業者に既知の方法によって同定され得る。しかしながら、可変ヌクレオチド配列は、シーケンシングにより、又は例えば制限断片長多型（restriction fragment length polymorphism）解析によっても検出され得る。可変ヌクレオチド配列は、欠失、挿入、反復及び／又は点変異（point mutation）によって表され得る。
【００２６】
遺伝的マーカーの１つの型は、量的形質遺伝子座と連鎖するマイクロサテライトマーカーである。マイクロサテライトマーカーは、互いの後で反復される短い配列を指す。短い配列は、例えば１ヌクレオチド、例えば２ヌクレオチド、例えば３ヌクレオチド、例えば４ヌクレオチド、例えば５ヌクレオチド、例えば６ヌクレオチド、例えば７ヌクレオチド、例えば８ヌクレオチド、例えば９ヌクレオチド、例えば１０ヌクレオチドである。しかしながら、変化が生じることがあり、反復の数は増加又は減少し得る。多型マイクロサテライトマーカーの特定の定義及び遺伝子座は、ＵＳＤＡ遺伝子地図（genetic map）に見出され得る（Kappes et al.,1997；又は米国食肉動物研究所（http://www.marc.usda.gov/）へのリンクをたどることによる）。
【００２７】
さらに、本発明の遺伝的マーカーのヌクレオチド配列は、ウシ被験体における乳房の健康に関する形質と遺伝的に連鎖する（genetically linked）と理解される。結果的に、本発明の方法により、遺伝的マーカーに隣接する領域、及び遺伝的マーカーを含むＤＮＡ領域（単数又は複数）のヌクレオチド配列から、多数の遺伝的マーカーが生成され得ることも理解される。
【００２８】
乳房の健康特性
ウシ被験体の乳房の健康は、多数の特性によって影響を及ぼされる。本発明による乳房の健康に影響を及ぼす形質は、例えば、臨床型乳房炎の発生、体細胞数（ＳＣＣ）及び乳房配置である。本明細書中、ＳＣＣという用語は、ＣＥＬＬという用語と同一である。体細胞スコア（ＳＣＳ）は、乳記録スキームから得られる対数変換した体細胞数値の平均として（１００００／ｍＬで）定義した。出産後１０〜１８０日の期間に渡って平均をとった。乳房の健康特性という用語は、ウシ被験体又はその出生児における乳房の健康に影響を及ぼす形質を意味する。したがって、雄ウシの乳房の健康特性はその雌の出生児によって物理的に明らかにされる。
【００２９】
本発明において、以下の特性を指す形質、Ｍａｓ１、Ｍａｓ２（ＣＭ１）、Ｍａｓ３（ＣＭ２）、Ｍａｓ４（ＣＭ３）、ＳＣＣ及び乳房の健康が使用される。
Ｍａｓ１：第一出産前５日〜出産後５０日の期間での、臨床型乳房炎の治療症例。
Ｍａｓ２（ＣＭ１とも称される）：第一出産前５日〜出産後３０５日の期間での、臨床型乳房炎の治療症例。
Ｍａｓ３（ＣＭ２とも称される）：第二出産前５日〜出産後３０５日の期間での、臨床型乳房炎の治療症例。
Ｍａｓ４（ＣＭ３とも称される）：３回目以降の出産前５日〜出産後３０５日の期間での、臨床型乳房炎の治療症例。
ＳＣＳ：第一出産後５日〜１８０日の期間での平均ＳＣＳ。
乳房の健康指標：Ｍａｓ１〜Ｍａｓ４、ＳＣＣ、前乳房付着、乳房深さ、及び乳房バンドからの情報を相互に比較検討する指標。
【００３０】
本発明の一実施形態において、本明細書中に記載の方法及びキットは、乳房の健康指標に関する。本発明の別の実施形態において、本明細書中に記載の方法及びキットは、臨床型乳房炎に関する。別の実施形態において、本発明の方法及びキットは、体細胞数等によって検出される無症候性乳房炎に関する。さらに別の実施形態において、本発明の方法及びキットは主に、例えば、体細胞数によって検出される無症候性乳房炎と組み合わされた臨床型乳房炎に関する。
【００３１】
ウシ被験体における、乳房炎の観察可能な事象と乳房の健康の潜在的な遺伝的決定因子との間の関連を確立する際に、雄ウシの娘の登記を調査し、使用した。表１６を参照されたい。
【００３２】
グランドドーターデザイン（Grand daughter design）
グランドドーターデザインは、育種において広範に使用されている祖父に関するＤＮＡベースのマーカー、及び祖父の息子が出生児を出産した場合には、祖父の息子に関するＤＮＡベースのマーカーからデータを分析することを含む。ＤＮＡマーカーデータと共に使用されることとなる表現型データは、息子の娘由来である。かかる表現型データは、例えば乳生産の特徴、出産に関する特徴、肉質又は疾患であり得る。娘の一群は、その父親から一方のアレルを受け継ぐ一方、別の群の娘は、その父親から他方のアレルを受け継いでいる。２つの群からのデータを比較することにより、特定の染色体の断片が問題の形質に影響を及ぼす１つ又は複数の遺伝子を保有しているかどうかについての情報を得ることができる。ＱＴＬが染色体のこの断片内に存在するかどうかを結論付け得る。
【００３３】
グランドドーターデザインを実行するための前提条件は、詳細な表現型データが利用可能であることである。本発明において、本発明者等は、かかるデータが入手可能となっている（http://www.lr.dk/kvaeg/diverse/principles.pdf）。
【００３４】
ＱＴＬは、量的形質遺伝子座の短縮形である。個体に量的形質（quantitative traits）を与える遺伝子は、１つ又は複数の遺伝子がその染色体の部分内に位置するように作用する染色体の部分を観察することによって、間接的に見出され得る。
【００３５】
対照的に、染色体上の多数のＤＮＡマーカーを、一方又は両方の親及びそれらの出生児に対して求めた場合、親からその出生児のうちの１頭又は複数頭に伝えられる形質の情報を提供するために、ＤＮＡマーカーが直接使用され得る。ＤＮＡマーカーを使用して、連鎖した染色体の遺伝的履歴（genetic history）を算出し得る。
【００３６】
組換え頻度
組換え頻度は、組換え事象が２つの遺伝子又は２つのマーカー間で生じる尤度である。組換え頻度は、２つの遺伝子又は２つのマーカー間の遺伝的距離（genetic distance）として算出され得る。遺伝的距離はセンチモルガン（ｃＭ）単位で測定される。１センチモルガンは、１つの遺伝子座のマーカーが単一世代における交叉（crossing over）のために別の遺伝子座のマーカーから分離される１％の可能性と等しい。１センチモルガンは、平均で１００万塩基対と等価である。
【００３７】
染色体領域及びマーカー
ＢＴＡは、ウシ（Bos taurus）常染色体（autosome）の短縮形である。本発明の一態様は、ウシ被験体における乳房の健康特性を判断するための方法であって、当該ウシ被験体からの試料中に、乳房の健康を示す少なくとも１つの形質と連鎖する少なくとも１つの遺伝的マーカーの有無を検出することを含み、当該少なくとも１つの遺伝的マーカーが、ウシ染色体ＢＴＡ１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ４００８及びＵＲＢ０１４に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ４００８及びＵＲＢ０１４を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１０９５及びＢＭ３１５に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１０９５及びＢＭ３１５を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、多型マイクロサテライトマーカーＩＬＳＴＳ０９３及びＢＬ１０３８に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＩＬＳＴＳ０９３及びＢＬ１０３８を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６０及びＢＬ１０４３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６０及びＢＬ１０４３を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ１９６７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ１９６７を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６及びＨＥＬ１３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭ７１６及びＨＥＬ１３を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２６８４及びＢＭＳ４２９に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ２６８４及びＢＭＳ４２９を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１１１７及びＢＭ８４６に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１１１７及びＢＭ８４６を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ６５１及びＢＭ７２３７に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ６５１及びＢＭ７２３７を含む領域、並びに／又は、ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１００１及びＢＭ２０３に隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーＢＭＳ１００１及びＢＭ２０３を含む領域に位置し、当該少なくとも１つの遺伝的マーカーの有無が当該ウシ被験体又はその出生児の乳房の健康特性を示す、方法に関する。
【００３８】
少なくとも１つの遺伝的マーカーがウシ染色体上の多型マイクロサテライトマーカーに隣接する領域、及び多型マイクロサテライトマーカーを含む領域に位置して存在する場合、ウシ被験体における乳房の健康特性を判断するためには、２つ以上の遺伝的マーカーが本発明において利用され得ると理解される。例えば、精度が増大し得るように、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、少なくとも２つ以上の遺伝的マーカー、例えば少なくとも３つの遺伝的マーカー、例えば４つの遺伝的マーカー、例えば少なくとも５つの遺伝的マーカー、例えば６つの遺伝的マーカー、例えば少なくとも７つの遺伝的マーカー、例えば８つの遺伝的マーカー、例えば少なくとも９つの遺伝的マーカー、例えば１０個の遺伝的マーカーの組合せであり得る。
【００３９】
少なくとも１つの遺伝的マーカーは、少なくとも１つのウシ染色体、例えば２つの染色体、例えば３つの染色体、例えば４つの染色体、例えば５つの染色体、及び／又は例えば６つの染色体上に位置し得る。
【００４０】
好ましい実施形態において、少なくとも１つのマーカーは、本明細書中に示される表の個々のマーカーのいずれかから選択される。
【００４１】
ＢＴＡ１
本発明の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上に位置する。本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上の約８０．３７９ｃＭ〜約１５４．６７２ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上で、マーカーＢＭＳ４００８及びＵＲＢ０１４に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ４００８及びＵＲＢ０１４を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び／又は乳房の健康に対して有意である。特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、例えば形質ＭＡＳ１、例えばＭＡＳ２、例えばＭＡＳ３、例えばＭＡＳ４、例えば乳房の健康指標に対して有意である。しかしながら、さらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、任意の組合せの形質に対して有意である。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表１ｂ１に示されるマーカー群から選択される。
【００４２】
【表１ｂ１】
2009525732.tif 000006
【００４３】
本発明の好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上の約８９．９８９ｃＭ〜約１１３．５０１ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００４４】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上で、マーカーＤＩＫ４１５１及びＢＭＳ１７８９に隣接する領域、並びにマーカーＤＩＫ４１５１及びＢＭＳ１７８９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表１ｂ２に示されるマーカー群から選択される。
【００４５】
【表１ｂ２】
2009525732.tif 000007
【００４６】
本発明の別の好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上の約９２．６４９ｃＭ〜約１１０．８１６ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００４７】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上で、マーカーＭＣＭ１３０及びＴＧＬＡ１３０に隣接する領域、並びにマーカーＭＣＭ１３０及びＴＧＬＡ１３０を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表１ｂ３に示されるマーカー群から選択される。
【００４８】
【表１ｂ３】
2009525732.tif 000008
【００４９】
さらに別の好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上の約８９．９８９ｃＭ〜約９７．２４６ｃＭの領域に位置する。
【００５０】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上で、マーカーＤＩＫ４１５１及びＤＩＫ４３６７に隣接する領域、並びにマーカーＤＩＫ４１５１及びＤＩＫ４３６７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２に対して有意である。
【００５１】
少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表１ｂ４に示されるマーカー群から選択される。
【００５２】
【表１ｂ４】
2009525732.tif 000009
【００５３】
さらにより好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上の約９２．６４９ｃＭ〜約９７．２４６ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００５４】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上で、マーカーＭＣＭ１３０及びＤＩＫ４３６７に隣接する領域、並びにマーカーＭＣＭ１３０及びＤＩＫ４３６７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表１ｂ５に示されるマーカー群から選択される。
【００５５】
【表１ｂ５】
2009525732.tif 000010
【００５６】
本発明のさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上の約９７．２４６ｃＭ〜約１３２．４７１ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上で、マーカーＤＩＫ４３６７及びＢＭＳ９１８に隣接する領域、並びにマーカーＤＩＫ４３６７及びＢＭＳ９１８を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表１ｂ６に示されるマーカー群から選択される。
【００５７】
【表１ｂ６】
2009525732.tif 000011
【００５８】
本発明のさらに別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上の約１３２．４７１ｃＭ〜約１４２．２４４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００５９】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上で、マーカーＢＭＳ９１８及びＢＭＳ４０４３に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ９１８及びＢＭＳ４０４３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表１ｂ７に示されるマーカー群から選択される。
【００６０】
【表１ｂ７】
2009525732.tif 000012
【００６１】
本発明のさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上の約１３２．４７１ｃＭ〜約１５４．６７２ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００６２】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１上で、マーカーＢＭＳ９１８及びＵＲＢＯ１４に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ９１８及びＵＲＢＯ１４を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表１ｂ８に示されるマーカー群から選択される。
【００６３】
【表１ｂ８】
2009525732.tif 000013
【００６４】
ＢＴＡ５
本発明の別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上に位置する。本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上の約０ｃＭ〜約１０３．１６９ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上で、マーカーＢＭＳ１０９５及びＢＭ３１５に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ１０９５及びＢＭ３１５を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び／又は乳房の健康に対して有意である。特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、例えば形質ＭＡＳ１、例えばＭＡＳ２、例えばＭＡＳ３、例えばＭＡＳ４、例えば乳房の健康指標に対して有意である。
【００６５】
しかしながら、さらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、任意の組合せの形質に対して有意である。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ａに示されるマーカー群から選択される。
【００６６】
【表２ａ】
2009525732.tif 000014
【００６７】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上の約３３．６５５ｃＭ〜約５６．３０３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００６８】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上で、マーカーＤＩＫ５００２及びＲＭ５００に隣接する領域、並びにマーカーＤＩＫ５００２及びＲＭ５００を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｂに示されるマーカー群から選択される。
【００６９】
【表２ｂ】
2009525732.tif 000015
【００７０】
別の特定の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上の約４０．２９３ｃＭ〜約５６．３０３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上で、マーカーＤＩＫ４７５９及びＲＭ５００に隣接する領域、並びにマーカーＤＩＫ４７５９及びＲＭ５００を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｂ１に示されるマーカー群から選択される。
【００７１】
【表２ｂ１】
2009525732.tif 000016
【００７２】
本発明のさらに別の特定の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上の約４０．２９３ｃＭ〜約４１．６９３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００７３】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上で、マーカーＤＩＫ４７５９及びＢＭＣ１００９に隣接する領域、並びにマーカーＤＩＫ４７５９及びＢＭＣ１００９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｂ２に示されるマーカー群から選択される。
【００７４】
【表２ｂ２】
2009525732.tif 000017
【００７５】
本発明のさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上の約１７．２８７ｃＭ〜約４０．２９３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００７６】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上で、マーカーＢＰ１及びＤＩＫ４７５９に隣接する領域、並びにマーカーＢＰ１及びＤＩＫ４７５９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｃに示されるマーカー群から選択される。
【００７７】
【表２ｃ】
2009525732.tif 000018
【００７８】
本発明のよりさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上の約５６．３０３ｃＭ〜約７１．７６４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００７９】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上で、マーカーＲＭ５００及びＥＴＨ１０に隣接する領域、並びにマーカーＲＭ５００及びＥＴＨ１０を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｄに示されるマーカー群から選択される。
【００８０】
【表２ｄ】
2009525732.tif 000019
【００８１】
好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５の５６．３０３ｃＭの位置に位置付けられるＲＭ５００である（http://www.marc.usda.gov/）。別の好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５の７１．７６４ｃＭの位置に位置するＥＴＨ１０である。
【００８２】
本発明のさらに別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上の約４１．６９３ｃＭ〜約７１．７６４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００８３】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上で、マーカーＢＭＣ１００９及びＥＴＨ１０に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＣ１００９及びＥＴＨ１０を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｅに示されるマーカー群から選択される。
【００８４】
【表２ｅ】
2009525732.tif 000020
【００８５】
本発明のさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上の約７１．７６４ｃＭ〜約７８．２０５の領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００８６】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ５上で、マーカーＥＴＨ１０及びＢＭＳ１２１６に隣接する領域、並びにマーカーＥＴＨ１０及びＢＭＳ１２１６を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｆに示されるマーカー群から選択される。
【００８７】
【表２ｆ】
2009525732.tif 000021
【００８８】
ＢＴＡ６
本発明の別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上に位置する。本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上の約０ｃＭ〜約１２９．９８５ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、マーカーＩＬＳＴＳ０９３及びＢＬ１０３８に隣接する領域、並びにマーカーＩＬＳＴＳ０９３及びＢＬ１０３８を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び／又は乳房の健康に対して有意である。特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、例えば形質ＭＡＳ１、例えばＭＡＳ２、例えばＭＡＳ３、例えばＭＡＳ４、例えば乳房の健康指標に対して有意である。しかしながら、さらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、任意の組合せの形質に対して有意である。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｇに示されるマーカー群から選択される。
【００８９】
【表２ｇ】
2009525732.tif 000022
【００９０】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上の約５６．１２ｃＭ〜約１２９．９８５ｃＭ（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００９１】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、マーカーＯＡＲＪＭＰ３６及びＢＬ１０３８に隣接する領域、並びにマーカーＯＡＲＪＭＰ３６及びＢＬ１０３８を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｇ１に示されるマーカー群から選択される。
【００９２】
【表２ｇ１】
2009525732.tif 000023
【００９３】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上の約５６．１２ｃＭ〜約９７．７２８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００９４】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、マーカーＯＡＲＪＭＰ３６及びＢＭ４３１１に隣接する領域、並びにマーカーＯＡＲＪＭＰ３６及びＢＭ４３１１を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｇ２に示されるマーカー群から選択される。
【００９５】
【表２ｇ２】
2009525732.tif 000024
【００９６】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上の約９７．７２８ｃＭ〜約１２７．２６４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【００９７】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、マーカーＢＭ４３１１及びＢＭ２３２０に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ４３１１及びＢＭ２３２０を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｇ３に示されるマーカー群から選択される。
【００９８】
【表２ｇ３】
2009525732.tif 000025
【００９９】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上の約８１．９６１ｃＭ〜約１２７．２６４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１００】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、マーカーＢＭ４１５及びＢＭ２３２０に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ４１５及びＢＭ２３２０を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｇ４に示されるマーカー群から選択される。
【０１０１】
【表２ｇ４】
2009525732.tif 000026
【０１０２】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上の約８１．９６１ｃＭ〜約９７．７２８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１０３】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、マーカーＢＭ４１５及びＢＭ４３１１に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ４１５及びＢＭ４３１１を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｇ５に示されるマーカー群から選択される。
【０１０４】
【表２ｇ５】
2009525732.tif 000027
【０１０５】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上の約９７．７２８ｃＭ〜約１２７．２６４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１０６】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、マーカーＢＭ４３１１及びＢＭ２３２０に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ４３１１及びＢＭ２３２０を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｇ６に示されるマーカー群から選択される。
【０１０７】
【表２ｇ６】
2009525732.tif 000028
【０１０８】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上の約８．０５３ｃＭ〜約５６．１２ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１０９】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、マーカーＩＮＲＡ１３３及びＯＡＲＪＭＰ３６に隣接する領域、並びにマーカーＩＮＲＡ１３３及びＯＡＲＪＭＰ３６を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｇ７に示されるマーカー群から選択される。
【０１１０】
【表２ｇ７】
2009525732.tif 000029
【０１１１】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上の約３５．３９８ｃＭ〜約８１．９６１ｃＭ（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１１２】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、マーカーＢＭ１３２９及びＢＭ４１５に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ１３２９及びＢＭ４１５を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｇ８に示されるマーカー群から選択される。
【０１１３】
【表２ｇ８】
2009525732.tif 000030
【０１１４】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上の約１２７．２６４ｃＭ〜約１２９．９８５ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１１５】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ６上で、マーカーＢＭ２３２０及びＢＬ１０３８に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ２３２０及びＢＬ１０３８を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表２ｇ９に示されるマーカー群から選択される。
【０１１６】
【表２ｇ９】
2009525732.tif 000031
【０１１７】
ＢＴＡ７
本発明のさらに別の態様において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上に位置する。本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、約０ｃＭ〜約１３５．５６４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、マーカーＢＭ７１６０及びＢＬ１０４３に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ７１６０及びＢＬ１０４３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び／又は乳房の健康に対して有意である。特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、例えば、形質ＭＡＳ１、例えばＭＡＳ２、例えばＭＡＳ３、例えばＭＡＳ４、例えば乳房の健康指標に対して有意である。
【０１１８】
しかしながら、さらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、任意の組合せの形質に対して有意である。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ａに示されるマーカー群から選択される。
【０１１９】
【表３ａ】
2009525732.tif 000032
【０１２０】
本発明の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上の約５５．２９２ｃＭ〜約７７．１９４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１２１】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、マーカーＤＩＫ４６０６及びＢＭＳ２２５８に隣接する領域、並びにマーカーＤＩＫ４６０６及びＢＭＳ２２５８を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｂに示されるマーカー群から選択される。
【０１２２】
【表３ｂ】
2009525732.tif 000033
【０１２３】
別の好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上の約５５．２９２ｃＭ〜約６２．２４６ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１２４】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、マーカーＤＩＫ４６０６及びＢＭ６１１７に隣接する領域、並びにマーカーＤＩＫ４６０６及びＢＭ６１１７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｂ１に示されるマーカー群から選択される。
【０１２５】
【表３ｂ１】
2009525732.tif 000034
【０１２６】
本発明のさらに別の好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上の約５８．５５２ｃＭ〜約７７．１９４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、マーカーＵＷＣＡ２０及びＢＭＳ２２５８に隣接する領域、並びにマーカーＵＷＣＡ２０及びＢＭＳ２２５８を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｂ２に示されるマーカー群から選択される。
【０１２７】
【表３ｂ２】
2009525732.tif 000035
【０１２８】
本発明のよりさらなる好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上の約５７．２６３ｃＭ〜約６５．３０５ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、マーカーＢＭ７２４７及びＢＭＳ２８４０に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ７２４７及びＢＭＳ２８４０を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｂ３に示されるマーカー群から選択される。
【０１２９】
【表３ｂ３】
2009525732.tif 000036
【０１３０】
本発明の別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上の約９５．９３ｃＭ〜約１１６．６２９ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、マーカーＯＡＲＡＥ１２９及びＩＬＳＴＳ００６に隣接する領域、並びにマーカーＯＡＲＡＥ１２９及びＩＬＳＴＳ００６を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｃに示されるマーカー群から選択される。
【０１３１】
【表３ｃ】
2009525732.tif 000037
【０１３２】
本発明のさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上の約１１６．６２９ｃＭ〜約１３５．５６４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、マーカーＩＬＳＴＳ００６及びＢＬ１０４３に隣接する領域、並びにマーカーＩＬＳＴＳ００６及びＢＬ１０４３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｄに示されるマーカー群から選択される。
【０１３３】
【表３ｄ】
2009525732.tif 000038
【０１３４】
本発明のよりさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上の約６５．３０５ｃＭ〜約９５．９３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、マーカーＢＭＳ２８４０及びＯＡＲＡＥ１２９に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２８４０及びＯＡＲＡＥ１２９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｅに示されるマーカー群から選択される。
【０１３５】
【表３ｅ】
2009525732.tif 000039
【０１３６】
本発明のよりさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上の約３０．１６６ｃＭ〜約５５．２９２ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、マーカーＤＩＫ５４１２及びＤＩＫ４６０６に隣接する領域、並びにマーカーＤＩＫ５４１２及びＤＩＫ４６０６を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｆに示されるマーカー群から選択される。
【０１３７】
【表３ｆ】
2009525732.tif 000040
【０１３８】
本発明の別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上の約９５．９３ｃＭ〜約１３５．５６４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、マーカーＯＡＲＥＡ１２９及びＢＬ１０４３に隣接する領域、並びにマーカーＯＡＲＥＡ１２９及びＢＬ１０４３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｇに示されるマーカー群から選択される。
【０１３９】
【表３ｇ】
2009525732.tif 000041
【０１４０】
本発明のさらに別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上の約３０．１６６ｃＭ〜約６５．３０５ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ７上で、マーカーＤＩＫ５４１２及びＢＭＳ２８４０に隣接する領域、並びにマーカーＤＩＫ５４１２及びＢＭＳ２８４０を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｈに示されるマーカー群から選択される。
【０１４１】
【表３ｈ】
2009525732.tif 000042
【０１４２】
ＢＴＡ９
本発明の別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上に位置する。本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上の約４．８９２ｃＭ〜約１０９．２８７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、マーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ１９６７に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ１９６７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び／又は乳房の健康に対して有意である。特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、例えば形質ＭＡＳ１、例えばＭＡＳ２、例えばＭＡＳ３、例えばＭＡＳ４、例えば乳房の健康指標に対して有意である。
【０１４３】
しかしながら、さらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、任意の組合せの形質に対して有意である。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｉに示されるマーカー群から選択される。
【０１４４】
【表３ｉ】
2009525732.tif 000043
【０１４５】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上の約４．８９２ｃＭ〜約９０．９８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１４６】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、マーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ２８１９に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２１５１及びＢＭＳ２８１９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｉ１に示されるマーカー群から選択される。
【０１４７】
【表３ｉ１】
2009525732.tif 000044
【０１４８】
本発明のさらに別の特定の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上の約９０．６９ｃＭ〜約９０．９８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１４９】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、マーカーＢＭ４２０８及びＢＭＳ２８１９に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ４２０８及びＢＭＳ２８１９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｉ２に示されるマーカー群から選択される。
【０１５０】
【表３ｉ２】
2009525732.tif 000045
【０１５１】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上の約４９．９９６ｃＭ〜約９０．９８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１５２】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、マーカーＵＷＣＡ９及びＢＭＳ２８１９に隣接する領域、並びにマーカーＵＷＣＡ９及びＢＭＳ２８１９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｉ３に示されるマーカー群から選択される。
【０１５３】
【表３ｉ３】
2009525732.tif 000046
【０１５４】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上の約６４．９３５ｃＭ〜約９０．６９ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１５５】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、マーカーＢＭＳ１２９０及びＢＭ４２０８に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ１２９０及びＢＭ４２０８を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｉ４に示されるマーカー群から選択される。
【０１５６】
【表３ｉ４】
2009525732.tif 000047
【０１５７】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上の約１２．７５４ｃＭ〜約３８．７４２ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１５８】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、マーカーＥＴＨ２２５及びＢＭＳ１２６７に隣接する領域、並びにマーカーＥＴＨ２２５及びＢＭＳ１２６７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｉ５に示されるマーカー群から選択される。
【０１５９】
【表３ｉ５】
2009525732.tif 000048
【０１６０】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上の約１２．７５４ｃＭ〜約２６．２６６ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１６１】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、マーカーＥＴＨ２２５及びＩＬＳＴＳ０３７に隣接する領域、並びにマーカーＥＴＨ２２５及びＩＬＳＴＳ０３７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｉ６に示されるマーカー群から選択される。
【０１６２】
【表３ｉ６】
2009525732.tif 000049
【０１６３】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上の約９０．９８ｃＭ〜約１０９．２８７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１６４】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、マーカーＢＭＳ２８１９及びＢＭＳ１９６７に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２８１９及びＢＭＳ１９６７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｉ７に示されるマーカー群から選択される。
【０１６５】
【表３ｉ７】
2009525732.tif 000050
【０１６６】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上の約９８．６４６ｃＭ〜約１０９．２８７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１６７】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、マーカーＢＭＳ２２８５及びＢＭＳ１９６７に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２２８５及びＢＭＳ１９６７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｉ８に示されるマーカー群から選択される。
【０１６８】
【表３ｉ８】
2009525732.tif 000051
【０１６９】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上の約３８．７４２ｃＭ〜約６４．９３５ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１７０】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、マーカーＢＭＳ１２６７及びＢＭＳ１２９０に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ１２６７及びＢＭＳ１２９０を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｉ９に示されるマーカー群から選択される。
【０１７１】
【表３ｉ９】
2009525732.tif 000052
【０１７２】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上の約３８．７４２ｃＭ〜約４９．９９６ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１７３】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ９上で、マーカーＢＭＳ１２６７及びＵＷＣＡ９に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ１２６７及びＵＷＣＡ９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｉ１０に示されるマーカー群から選択される。
【０１７４】
【表３ｉ１０】
2009525732.tif 000053
【０１７５】
ＢＴＡ１１
本発明の別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上に位置する。本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上の約１９．４４ｃＭ〜約１２２．３７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、マーカーＢＭ７１６及びＨＥＬ１３に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ７１６及びＨＥＬ１３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び／又は乳房の健康に対して有意である。特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、例えば形質ＭＡＳ１、例えばＭＡＳ２、例えばＭＡＳ３、例えばＭＡＳ４、例えば乳房の健康指標に対して有意である。
【０１７６】
しかしながら、さらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、任意の組合せの形質に対して有意である。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｊに示されるマーカー群から選択される。
【０１７７】
【表３ｊ】
2009525732.tif 000054
【０１７８】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上の約７８．４５７ｃＭ〜約１２２．３７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１７９】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、マーカーＢＭＳ２０４７及びＨＥＬ１３に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２０４７及びＨＥＬ１３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｊ２に示されるマーカー群から選択される。
【０１８０】
【表３ｊ１】
2009525732.tif 000055
【０１８１】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上の約９２．１７９ｃＭ〜約１２２．３３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１８２】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、マーカーＨＵＪ１７４及びＨＥＬ１３に隣接する領域、並びにマーカーＨＵＪ１７４及びＨＥＬ１３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｊ２に示されるマーカー群から選択される。
【０１８３】
【表３ｊ２】
2009525732.tif 000056
【０１８４】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上の約５０．３１２ｃＭ〜約７３．１３６ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１８５】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、マーカーＢＭ７１６９及びＴＧＬＡ５８に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ７１６９及びＴＧＬＡ５８を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｊ３に示されるマーカー群から選択される。
【０１８６】
【表３ｊ３】
2009525732.tif 000057
【０１８７】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上の約６１．５７ｃＭ〜約６５．８７９ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１８８】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、マーカーＢＭ６４４５及びＢＭＳ１８２２に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ６４４５及びＢＭＳ１８２２を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｊ４に示されるマーカー群から選択される。
【０１８９】
【表３ｊ４】
2009525732.tif 000058
【０１９０】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上の約２１．０８２ｃＭ〜約４７．２８９ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１９１】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、マーカーＢＭＳ２５６９及びＩＮＲＡ１３１に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２５６９及びＩＮＲＡ１３１を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｊ５に示されるマーカー群から選択される。
【０１９２】
【表３ｊ５】
2009525732.tif 000059
【０１９３】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上の約３０．００９ｃＭ〜約４７．２８９ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０１９４】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上で、マーカーＢＭ２８１８及びＩＮＲＡ１３１に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ２８１８及びＩＮＲＡ１３１を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表３ｊ６に示されるマーカー群から選択される。
【０１９５】
【表３ｊ６】
2009525732.tif 000060
【０１９６】
ＢＴＡ１５
本発明のさらに別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上に位置する。本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上の約４８．２１６ｃＭ〜約１０９．７５３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、マーカーＢＭＳ２６８４及びＢＭＳ４２９に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２６８４及びＢＭＳ４２９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び／又は乳房の健康に対して有意である。特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、例えば形質ＭＡＳ１、例えばＭＡＳ２、例えばＭＡＳ３、例えばＭＡＳ４、例えば乳房の健康指標に対して有意である。しかしながら、さらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、任意の組合せの形質に対して有意である。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表４ａに示されるマーカー群から選択される。
【０１９７】
【表４ａ】
2009525732.tif 000061
【０１９８】
本発明の特別な一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上の約９８．１８４ｃＭ〜約１０９．７５３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、マーカーＢＭＳ８２０及びＢＭＳ４２９に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ８２０及びＢＭＳ４２９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表４ｂに示されるマーカー群から選択される。
【０１９９】
【表４ｂ】
2009525732.tif 000062
【０２００】
別の特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上の約９８．１８４ｃＭ〜約１０４．９９８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、マーカーＢＭＳ８２０及びＢＭＳ９２７に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ８２０及びＢＭＳ９２７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表４ｂ１に示されるマーカー群から選択される。
【０２０１】
【表４ｂ１】
2009525732.tif 000063
【０２０２】
本発明のさらなる特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上の約１０４．９９８ｃＭ〜約１０９．７５３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、マーカーＢＭＳ９２７及びＢＭＳ４２９に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ９２７及びＢＭＳ４２９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表４ｂ２に示されるマーカー群から選択される。
【０２０３】
【表４ｂ２】
2009525732.tif 000064
【０２０４】
本発明のよりさらなる特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上の約４８．２１６ｃＭ〜約８３．４１７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、マーカーＢＭＳ２６８４及びＩＬＳＴＳ０２７に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２６８４及びＩＬＳＴＳ０２７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表４ｃに示されるマーカー群から選択される。
【０２０５】
【表４ｃ】
2009525732.tif 000065
【０２０６】
本発明のさらに別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上の約６７．７５９ｃＭ〜約８３．４１７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、マーカーＩＤＶＧＡ−１０及びＩＬＳＴＳ０２７に隣接する領域、並びにマーカーＩＤＶＧＡ−１０及びＩＬＳＴＳ０２７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表４ｃ１に示されるマーカー群から選択される。
【０２０７】
【表４ｃ１】
2009525732.tif 000066
【０２０８】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上の約４８．２１６ｃＭ〜約６７．７５９ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、マーカーＢＭＳ２６８４及びＩＤＶＧＡ−１０に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２６８４及びＩＤＶＧＡ−１０を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表４ｄに示されるマーカー群から選択される。
【０２０９】
【表４ｄ】
2009525732.tif 000067
【０２１０】
さらに別の好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上の約４８．２１６ｃＭ〜約６７．７５９ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、マーカーＢＭＳ２６８４及びＩＮＲＡ１４５に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２６８４及びＩＮＲＡ１４５を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表４ｄ１に示されるマーカー群から選択される。
【０２１１】
【表４ｄ１】
2009525732.tif 000068
【０２１２】
別の好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上の約６７．７５９ｃＭ〜約８３．４１７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、マーカーＩＮＲＡ１４５及びＩＬＳＴＳ０２７に隣接する領域、並びにマーカーＩＮＲＡ１４５及びＩＬＳＴＳ０２７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表４ｄ２に示されるマーカー群から選択される。
【０２１３】
【表４ｄ２】
2009525732.tif 000069
【０２１４】
本発明のさらに別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上の約９１．８４８ｃＭ〜約１０４．９９８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１５上で、マーカーＢＭＳ２０７６及びＢＭＳ９２７に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２０７６及びＢＭＳ９２７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表４ｅに示されるマーカー群から選択される。
【０２１５】
【表４ｅ】
2009525732.tif 000070
【０２１６】
ＢＴＡ２１
本発明のよりさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上に位置する。本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上の約１０．９６９ｃＭ〜約６１．２４７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、マーカーＢＭＳ１１１７及びＢＭ８４６に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ１１１７及びＢＭ８４６を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び／又は乳房の健康に対して有意である。特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、例えば形質ＭＡＳ１、例えばＭＡＳ２、例えばＭＡＳ３、例えばＭＡＳ４、例えば乳房の健康指標に対して有意である。
【０２１７】
しかしながら、さらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、任意の組合せの形質に対して有意である。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ａに示されるマーカー群から選択される。
【０２１８】
【表５ａ】
2009525732.tif 000071
【０２１９】
本発明の特定の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上の約２３．７３５ｃＭ〜約３５．８９８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２２０】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、マーカーＩＬＳＴＳ０９５及びＩＮＲＡ１０３に隣接する領域、並びにマーカーＩＬＳＴＳ０９５及びＩＮＲＡ１０３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｂに示されるマーカー群から選択される。
【０２２１】
【表５ｂ】
2009525732.tif 000072
【０２２２】
本発明の特別な一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上の約２３．７３５ｃＭ〜約３０．８８７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２２３】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、マーカーＩＬＳＴＳ０９５及びＩＤＶＧＡ−４５に隣接する領域、並びにマーカーＩＬＳＴＳ０９５及びＩＤＶＧＡ−４５を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｂ１に示されるマーカー群から選択される。
【０２２４】
【表５ｂ１】
2009525732.tif 000073
【０２２５】
本発明の別の特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上の約２９．７７ｃＭ〜約３５．８９８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２２６】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、マーカーＢＭ１０３及びＩＮＲＡ１０３に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ１０３及びＩＮＲＡ１０３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｂ２に示されるマーカー群から選択される。
【０２２７】
【表５ｂ２】
2009525732.tif 000074
【０２２８】
本発明のさらに別の特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上の約２９．７７ｃＭ〜約３０．８８７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、マーカーＢＭ１０３及びＩＤＶＧＡ−４５に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ１０３及びＩＤＶＧＡ−４５を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｂ３に示されるマーカー群から選択される。
【０２２９】
【表５ｂ３】
2009525732.tif 000075
【０２３０】
本発明の別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上の約３０．８８７ｃＭ〜約４１．７１４ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、マーカーＩＤＶＧＡ−４５及びＢＭＳ２８１５に隣接する領域、並びにマーカーＩＤＶＧＡ−４５及びＢＭＳ２８１５を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｃに示されるマーカー群から選択される。
【０２３１】
【表５ｃ】
2009525732.tif 000076
【０２３２】
本発明のさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上の約３５．８９８ｃＭ〜約６１．２４７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、マーカーＩＮＲＡ１０３及びＢＭ８４６に隣接する領域、並びにマーカーＩＮＲＡ１０３及びＢＭ８４６を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｄに示されるマーカー群から選択される。
【０２３３】
【表５ｄ】
2009525732.tif 000077
【０２３４】
本発明の別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上の約４１．７１４ｃＭ〜約６１．２４７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２１上で、マーカーＢＭＳ２８１５及びＢＭ８４６に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２８１５及びＢＭ８４６を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｅに示されるマーカー群から選択される。
【０２３５】
【表５ｅ】
2009525732.tif 000078
【０２３６】
ＢＴＡ２６
本発明の別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ１１上に位置する。本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上の約２．８３９ｃＭ〜約６６．７６３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、マーカーＢＭＳ６５１及びＢＭ７２３７に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ６５１及びＢＭ７２３７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び／又は乳房の健康に対して有意である。特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、例えば形質ＭＡＳ１、例えばＭＡＳ２、例えばＭＡＳ３、例えばＭＡＳ４、例えば乳房の健康指標に対して有意である。
【０２３７】
しかしながら、さらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、任意の組合せの形質に対して有意である。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｆに示されるマーカー群から選択される。
【０２３８】
【表５ｆ】
2009525732.tif 000079
【０２３９】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上の約３１．６５ｃＭ〜約６６．７６３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２４０】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、マーカーＢＭＳ３３２及びＢＭ７２３７に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ３３２及びＢＭ７２３７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｆ１に示されるマーカー群から選択される。
【０２４１】
【表５ｆ１】
2009525732.tif 000080
【０２４２】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上の約４１．６４８ｃＭ〜約６０．４７６ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２４３】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、マーカーＢＭ９２８４及びＢＭ８０４に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ９２８４及びＢＭ８０４を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｆ２に示されるマーカー群から選択される。
【０２４４】
【表５ｆ２】
2009525732.tif 000081
【０２４５】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上の約５３．４７７ｃＭ〜約６０．４７６ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２４６】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、マーカーＢＭＳ８８２及びＢＭ８０４に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ８８２及びＢＭ８０４を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｆ３に示されるマーカー群から選択される。
【０２４７】
【表５ｆ３】
2009525732.tif 000082
【０２４８】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上の約５３．５７７ｃＭ〜約６６．７６３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２４９】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、マーカーＢＭＳ８８２及びＢＭ７２３７に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ８８２及びＢＭ７２３７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｆ４に示されるマーカー群から選択される。
【０２５０】
【表５ｆ４】
2009525732.tif 000083
【０２５１】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上の約３１．６５ｃＭ〜約４１．６４８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２５２】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、マーカーＢＭＳ３３２及びＢＭ９２８４に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ３３２及びＢＭ９２８４を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｆ５に示されるマーカー群から選択される。
【０２５３】
【表５ｆ５】
2009525732.tif 000084
【０２５４】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上の約３７．６３５ｃＭ〜約４１．６４８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２５５】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、マーカーＲＭ０２６及びＢＭ９２８４に隣接する領域、並びにマーカーＲＭ０２６及びＢＭ９２８４を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｆ６に示されるマーカー群から選択される。
【０２５６】
【表５ｆ６】
2009525732.tif 000085
【０２５７】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上の約４１．６４８ｃＭ〜約５３．４７７ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２５８】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、マーカーＢＭ９２８４及びＢＭＳ８８２に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ９２８４及びＢＭＳ８８２を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｆ７に示されるマーカー群から選択される。
【０２５９】
【表５ｆ７】
2009525732.tif 000086
【０２６０】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上の約３７．６３５ｃＭ〜約４１．６４８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２６１】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、マーカーＲＭ０２６及びＢＭ９２８４に隣接する領域、並びにマーカーＲＭ０２６及びＢＭ９２８４を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｆ８に示されるマーカー群から選択される。
【０２６２】
【表５ｆ８】
2009525732.tif 000087
【０２６３】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上の約４１．６４８ｃＭ〜約５３．０９４ｃＭ（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２６４】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、マーカーＢＭ９２８４及びＩＤＶＧＡ−５９に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ９２８４及びＩＤＶＧＡ−５９を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｆ９に示されるマーカー群から選択される。
【０２６５】
【表５ｆ９】
2009525732.tif 000088
【０２６６】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上の４１．６４８ｃＭの位置（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２６７】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２６上で、マーカーＢＭ９２８４を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表５ｆ１０に示されるマーカー群から選択される。
【０２６８】
【表５ｆ１０】
2009525732.tif 000089
【０２６９】
ＢＴＡ２７
本発明のよりさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上に位置する。本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上の約５．３８９ｃＭ〜約６４．０９８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、マーカーＢＭＳ１００１及びＢＭ２０３に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ１００１及びＢＭ２０３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び／又は乳房の健康に対して有意である。特別な実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、例えば形質ＭＡＳ１、例えばＭＡＳ２、例えばＭＡＳ３、例えばＭＡＳ４、例えば乳房の健康指標に対して有意である。しかしながら、さらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、任意の組合せの形質に対して有意である。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表６ａに示されるマーカー群から選択される。
【０２７０】
【表６ａ】
2009525732.tif 000090
【０２７１】
本発明の特定の一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上の約４５．２５３ｃＭ〜約５２．３２６ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、マーカーＩＮＲＡ１３４及びＢＭ１８５７に隣接する領域、並びにマーカーＩＮＲＡ１３４及びＢＭ１８５７を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表６ｂに示されるマーカー群から選択される。
【０２７２】
【表６ｂ】
2009525732.tif 000091
【０２７３】
本発明の別の特定の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上の約５５．７５ｃＭ〜約６４．０９８ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２７４】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、マーカーＨＵＪＩ−１３及びＢＭ２０３に隣接する領域、並びにマーカーＨＵＪＩ−１３及びＢＭ２０３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表６ｃに示されるマーカー群から選択される。
【０２７５】
【表６ｃ】
2009525732.tif 000092
【０２７６】
本発明のさらに別の特定の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上の約５４．３８９ｃＭ〜約５５．７５ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。
【０２７７】
一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、マーカーＢＭ２１１６及びＨＵＪＩ−１３に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ２１１６及びＨＵＪＩ−１３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表６ｄに示されるマーカー群から選択される。
【０２７８】
【表６ｄ】
2009525732.tif 000093
【０２７９】
本発明のさらなる実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上の約３４．５２５ｃＭ〜約４５．２５３ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、マーカーＣＳＳＭ０４３及びＩＮＲＡ１３４に隣接する領域、並びにマーカーＣＳＳＭ０４３及びＩＮＲＡ１３４を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表６ｅに示されるマーカー群から選択される。
【０２８０】
【表６ｅ】
2009525732.tif 000094
【０２８１】
本発明のさらに別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上の約５２．３２６ｃＭ〜約５４．３８９ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、マーカーＢＭ１８５７及びＢＭＳ２１１６に隣接する領域、並びにマーカーＢＭ１８５７及びＢＭＳ２１１６を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表６ｆに示されるマーカー群から選択される。
【０２８２】
【表６ｆ】
2009525732.tif 000095
【０２８３】
本発明のさらなる好ましい実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上の約２０．７８１ｃＭ〜約３４．５２５ｃＭの領域（http://www.marc.usda.gov/）に位置する。一実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、ウシ染色体ＢＴＡ２７上で、マーカーＢＭＳ２１３７及びＣＳＳＭ０４３に隣接する領域、並びにマーカーＢＭＳ２１３７及びＣＳＳＭ０４３を含む領域に位置する。少なくとも１つの遺伝的マーカーは、表６ｇに示されるマーカー群から選択される。
【０２８４】
【表６ｇ】
2009525732.tif 000096
【０２８５】
本発明において有用な遺伝的マーカーを含むウシ染色体の領域を図１〜図１９に示す。
【０２８６】
表６ｈ１〜表６ｈ１０に示されるように、本発明の別の実施形態において、少なくとも１つの遺伝的マーカーは、マーカーの組合せである。表６ｈ１〜表６ｈ１０における、ＢＴＡ１、ＢＴＡ５、ＢＴＡ６、ＢＴＡ７、ＢＴＡ９、ＢＴＡ１１、ＢＴＡ１５、ＢＴＡ２１、ＢＴＡ２６、ＢＴＡ２７という用語は、本明細書中の他の箇所で記載されるように、それぞれウシ染色体上に位置する任意の領域及び遺伝的マーカーを含む意味であると理解される。
【０２８７】
表６ｈ１〜表６ｈ１０は、異なる実施形態を示す。ここで、マーカーの組合せはウシ染色体の多重度であり、各実施形態における特定の染色体がＸで示される。
【０２８８】
【表６ｈ１】
2009525732.tif 000097
【０２８９】
【表６ｈ２】
2009525732.tif 000098
【０２９０】
【表６ｈ３】
2009525732.tif 000099
【０２９１】
【表６ｈ４】
2009525732.tif 000100
【０２９２】
【表６ｈ５】
2009525732.tif 000101
【０２９３】
【表６ｈ６】
2009525732.tif 000102
【０２９４】
【表６ｈ７】
2009525732.tif 000103
【０２９５】
【表６ｈ８】
2009525732.tif 000104
【０２９６】
【表６ｈ９】
2009525732.tif 000105
【０２９７】
【表６ｈ１０】
2009525732.tif 000106
【０２９８】
検出
本発明による遺伝的マーカーの有無の検出は、本発明により本明細書中の他の箇所で特定されるウシ染色体ＢＴＡ１、ＢＴＡ５、ＢＴＡ６、ＢＴＡ９、ＢＴＡ１１、ＢＴＡ１５、ＢＴＡ２１、ＢＴＡ７及び／又はＢＴＡ２７のＤＮＡ配列又は相補配列、並びにその転写産物（ｍＲＮＡ）及び翻訳産物（ポリペプチド、タンパク質）について実行され得る。
【０２９９】
特定領域中の本明細書中に記述される1つ又は複数の位置でのバリアント（variant）ヌクレオチドの有無を検出するために使用され得る非常に多数の分析手順があることは当業者に明らかであろう。特定領域内の又は特定領域に隣接する（flanking）変異又は多形は、多数の技法を利用することによって検出され得る。任意の有核細胞由来の核酸を、かかるアッセイ技法の開始点として使用することができ、当業者に既知の標準的な核酸調製手順に従って単離し得る。概して、アレルバリエーション（allelic variation）の検出には、変異判別技法、任意選択で増幅反応（amplification reaction）及びシグナル発生系が必要とされる。
【０３００】
表７に、多数の変異検出技法を列記する。表７に列記された方法のうちの幾つかは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づく。ここで、本発明による方法には、可変ヌクレオチド配列のヌクレオチド配列に基づくプライマーの存在下で対象のヌクレオチド配列を増幅するための工程が含まれる。当該方法は、その抜粋が表７にも列記されている多数のシグナル発生系と組み合わせて使用され得る。
【０３０１】
【表７】
2009525732.tif 000107
【０３０２】
表８に、さらなる増幅技法を列記する。アレルバリエーションを検出するための多くの現行の方法は、Nollau et al., Clin. Chem. 43, 1114-1120, 1997によって、並びに標準的教科書、例えばU. Landegren編「変異検出のための実験プロトコル（Laboratory Protocols for Mutation Detection）」、Oxford University Press, 1996及びNewton & Graham編「ＰＣＲ」第２版、BIOS Scientific Publishers Limited, 1997において概説されている。
【０３０３】
本発明の一実施形態による遺伝的マーカーの検出は、当業者に既知の多数の技法、例えば、制限断片長ポリメラーゼ連鎖反応、アレル特異的オリゴマー（oligomer）ハイブリダイゼーション、オリゴマー特異的ライゲーションアッセイ（oligomer-specific ligation assays）、ＰＮＡとのハイブリダイゼーション、又はロックド核酸（ＬＮＡ）（locked nucleic acids (lna))プローブ等の方法による、マイクロサテライト又はショートタンデムリピート（short tandem repeats）（ＳＴＲ）の同定、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、欠失又は挿入の検出、ＲＡＰＤ法（random amplified polymorphic DNA）（ＲＡＰＩＤｓ）、又は一塩基多形の同定によって達成され得る。
【０３０４】
【表８】
2009525732.tif 000108
【０３０５】
本発明のプライマーは、それが基礎にしている配列と十分に相補的であり、且つ増幅されるように意図された核酸分子の対応する領域と選択的にハイブリッド形成するのに十分な長さを有する核酸分子である。プライマーは、上記方法における意図された核酸分子の対応する領域の合成を活性化する（prime）ことが可能である。同様に、本発明のプローブは、十分な長さを有し、且つ高ストリンジェンシー条件又は低ストリンジェンシー条件下で対象の核酸配列（nucleic acid sequence）と選択的に結合する対象の核酸配列と十分に相補的な分子、例えば核酸分子である。
【０３０６】
試料
本発明による方法はウシ被験体の試料を分析することを含む。ここで、当該試料は、当該方法において使用するためのウシ遺伝子材料を提供可能な任意の好適な試料であり得る。ウシ遺伝子材料は、例えば、血液試料、組織試料（例えば脾臓（spleen）、頬側（buccal）塗抹標本）、体表（body surface）（毛又は爪）の切取り部、乳及び／又は精液（semen）から抽出、単離され、必要に応じて精製され得る。試料はそのままでもよく、凍結してもよい。
【０３０７】
本発明のＤＮＡ多型は、少なくとも１つのヌクレオチド差異、例えば少なくとも２つのヌクレオチド差異、例えば少なくとも３つのヌクレオチド差異、例えば少なくとも４つのヌクレオチド差異、例えば少なくとも５つのヌクレオチド差異、例えば少なくとも６つのヌクレオチド差異、例えば少なくとも７つのヌクレオチド差異、例えば少なくとも８つのヌクレオチド差異、例えば少なくとも９つのヌクレオチド差異、例えば１０のヌクレオチド差異を含む。ヌクレオチド差異は、ヌクレオチド差異、欠失及び／又は挿入、或いはそれらの任意の組合せを含む。
【０３０８】
プライマー
表９に、本発明により使用され得るプライマーを示す。表９で特定されるプライマー対は個々に使用してもよく、表９の１つ又は複数のプライマー対と併用してもよい。かかるプライマー又はプローブの設計は、当業者である分子生物学者には明らかであろう。かかるプライマーは、任意の好都合な長さ、例えば最大５０塩基長、最大４０塩基長、さらに好都合には最大３０塩基長、例えば８〜２５塩基長又は８〜１５塩基長を有する。概して、かかるプライマーは、領域内の対応する野生型又はバリアント遺伝子座（variant locus）と完全に相補的な塩基配列（base sequences）を含む。しかしながら、必要に応じて、過度にオリゴヌクレオチドプローブの判別力（discriminatory power）に影響を及ぼさないという条件で、１つ又は複数のミスマッチ（mismatches）を導入してもよい。本発明のプライマー／プローブは、検出を容易にするための１つ又は複数の標識を保有し得る。
【０３０９】
一実施形態において、プライマー及び／又はプローブは、本明細書中に示されるようなマーカーによって描写される配列を含有する一塩基多型とハイブリッド形成するサブシーケンス（subsequence）とのハイブリダイゼーション、及び／又はその増幅が可能である。
【０３１０】
本発明のプライマーヌクレオチド配列はさらに、（ａ）ストリンジェント条件（例えば約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中でのフィルター結合ＤＮＡとのハイブリダイゼーションと、その後の約５０〜６５℃で０．２×ＳＳＣ／０．１％ドデシル（Dodecyl）硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）中での１回若しくは複数回の洗浄）下、又は（ｂ）高ストリンジェント条件（例えば約４５℃での６×ＳＳＣ中でのフィルター結合核酸とのハイブリダイゼーションと、その後の約６８℃で０．１×ＳＳＣ／０．２％  ＳＤＳ中での１回若しくは複数回の洗浄）下、又は当業者に明らかな他のハイブリダイゼーション条件下での、描写領域（単数又は複数）の核酸分子とハイブリッド形成する任意のヌクレオチド配列若しくはその相補配列若しくはＲＮＡ産物を含む（例えば、Ausubel F.M. et al.編「分子生物学における現行のプロトコル（Current Protocols in Molecular Biology）」第Ｉ巻、Green Publishing Associates, Inc., and John Wiley & sons, Inc., New York, at pp. 6.3.1-6.3.6 and 2.10.3（1989）を参照されたい）。好ましくは、上記（ａ）及び（ｂ）のヌクレオチド配列とハイブリッド形成する核酸分子は、領域ｓ若しくは領域ｒの核酸分子の相補体、又はその相補配列若しくはＲＮＡ産物を含むものである。好ましい実施形態において、（ａ）及び（ｂ）のヌクレオチド配列を含む核酸分子は、ＲＡＩの核酸分子、又はその相補配列若しくはＲＮＡ産物を含む。
【０３１１】
本発明の核酸分子の中でも、デオキシオリゴヌクレオチド（「オリゴ（oligos）」）は、高ストリンジェント条件又はストリンジェント条件下で、上記の核酸分子とハイブリッド形成する。概して、１４〜７０ヌクレオチド長のプローブに関しては、融解温度（melting temperature）（ＴＭ）は、次式：
Ｔｍ（℃）＝８１．５＋１６．６（ｌｏｇ［一価カチオン（monovalent cations）（モル）］）＋０．４１（％  Ｇ＋Ｃ）−（５００／Ｎ）
（式中、Ｎはプローブ長である）を用いて算出される。ハイブリダイゼーションがホルムアミドを含有する溶液中で実行される場合、融解温度は、方程式Ｔｍ（℃）＝８１．５＋１６．６（ｌｏｇ［一価カチオン（モル）］）＋０．４１（％  Ｇ＋Ｃ）−（０．６１％ホルムアミド）−（５００／Ｎ）（式中、Ｎはプローブ長である）を使用して算出される。概して、ハイブリダイゼーションは、（ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドに関しては）Ｔｍより約２０〜２５℃低い温度で、（ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリッドに関しては）Ｔｍより１０〜１５℃低い温度で実行される。
【０３１２】
例示的な高ストリンジェント条件は、例えば、３７℃（約１４塩基オリゴに関する）、４８℃（約１７塩基オリゴに関する）、５５℃（約２０塩基オリゴに関する）、及び６０℃（約２３塩基オリゴに関する）の、６×ＳＳＣ／０．０５％ピロリン酸（pyrophosphate）ナトリウム中での洗浄を指す可能性がある。したがって、本発明はさらに、本発明のｒ領域多型を検出するヌクレオチドプライマー又はプローブを提供する。評価は、少なくとも１つの核酸プライマー又はプローブの手段、例えばＤＮＡ、ＲＮＡ又はペプチド核酸（peptide nucleic acid）（ＰＮＡ）若しくはロックド核酸（ＬＮＡ）等の核酸アナログ（analogue）のプライマー又はプローブによって実行され得る。
【０３１３】
本発明の一態様によれば、描写領域１中の１つ又は複数の位置での多型を検出することが可能なアレル特異的オリゴヌクレオチドプローブが提供される。アレル特異的オリゴヌクレオチドプローブは、好ましくは５〜５０ヌクレオチド、より好ましくは約５〜３５ヌクレオチド、より好ましくは約５〜３０ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも９ヌクレオチドである。
【０３１４】
連鎖の決定
遺伝的マーカーが遺伝子材料中に存在するかどうかを検出するために、当業者に既知の標準的方法が、例えば核酸増幅を用いて適用され得る。遺伝的マーカーが乳房の健康形質に遺伝的に連鎖するかどうかを判断するために、回帰法を使用する場合には順列検定（permutation test）が適用され（Doerge and Churchill, 1996）、分散成分（variance components）法を使用する場合にはピエフォ法（piepho method）が適用され得る（Piepho, 2001）。順列検定の原理はDoerge and Churchill（1996）によって十分に記載されている一方、ピエフォ法はPiepho（2001）によって十分に記載されている。回帰法を使用する家系内解析における有意な連鎖、１変異当たり１０００の順列が、順列検定を使用して作製された（Doerge and Churchill, 1996）。５％の染色体全体水準での閾値は、遺伝的マーカー及び乳房の健康形質間の連鎖に関する有意な証拠であると見なされた。また、ＱＴＬは異なる雄親家系で確認された。分散成分法を使用する家系間解析及び多形質解析（multi-trait analysis）に関しては、ピエフォ法を使用して有意水準を求めた（Piepho, 2001）。５％の染色体全体水準での閾値は、遺伝的マーカー及び乳房の健康形質間の連鎖に関する有意な証拠であると見なされた。
【０３１５】
キット
本発明の別の態様は、ウシ被験体におけるウシ乳房の健康に関連した少なくとも１つの遺伝的マーカーの有無を検出する際に使用するための診断キットであって、少なくとも１つのオリゴヌクレオチド配列及びそれらの組合せを含み、ヌクレオチド配列が配列番号１〜配列番号２０６のいずれか及び／又はそれらの任意の組合せから選択される、診断キットに関する。
【０３１６】
本発明によるウシ被験体に関する乳房の健康の遺伝子決定因子を確立するためのウシ被験体の遺伝子型同定（genotyping）は、本明細書中に記載の標準的なＤＮＡ抽出法を使用して提供され得るゲノムＤＮＡ（genomic DNA）の解析に基づき得る。ゲノムＤＮＡは、標準技法、例えば多型マーカー（polymorphic marker）領域に対応する（相補的な）オリゴヌクレオチドプライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応等の標準的な技法を使用して単離且つ増幅し得る。増幅反応前にＤＮＡを精製するさらなる工程が含まれ得る。したがって、乳房の健康特性を確定するための診断キットは、別個の包装中に、表９に示される配列の群から選択される少なくとも１つのオリゴヌクレオチド配列、及びそれらの任意の組合せを含む。
【０３１７】
［実施例］
動物
実施例１〜実施例１０において使用される動物材料は、合計１３７３頭の出生児検定息子を有する１９個の父系性（paternal）デンマークホルスタイン雄親家系を有するグランドドーターデザインから成る。１祖父当たりの息子の数は、３３〜１０５の範囲であり、家系サイズの平均は７２．３であった。
【０３１８】
ゲノムＤＮＡの精製
以下のプロトコールに従って、精液からゲノムＤＮＡを精製した。精液ストローを解凍後、ストローの両端を鋏で切り落とし、精液内容物を１．５ｍｌ容のエッペンドルフチューブに移した。０．９％  ＮａＣｌ  １ｍｌを使用して、ストローをチューブ中に洗い込んだ。次にチューブを２０００ｒｐｍで５分間遠心分離し、その後、上清（supernatant）を除去した。この洗浄工程を２回繰り返した。次に、３００μｌの緩衝液Ｓ（１０ｍＭトリスＨＣｌ（ｐＨ８）、１００ｍＭ  ＮａＣｌ、１０ｍＭ  ＥＤＴＡ（ｐＨ８）、０．５％  ＳＤＳ）、１Ｍ  ＤＴＴ  ２０μｌ及びプロナーゼ（２０ｍｇ／ｍｌ）（Boehringer）２０μｌを、チューブに入れる。混合後、チューブをゆっくりと回転させながら一晩インキュベートし、飽和（saturated）ＮａＣｌ  １８０μｌを添加後、１５秒間激しく撹拌する。チューブを１１０００ｒｐｍで１５分間遠心分離する。上清０．４ｍｌを２ｍｌ容チューブに移し、９６％エタノール１ｍｌを添加し、チューブをゆっくりと回転させることによって混合を達成する。次にチューブを、１１０００ｒｐｍで１０分間遠心分離する。液体を注ぎ出すことによって上清を除去し、７０％エタノール（０．２ｍｌ）を用いてペレット（pellet）を洗浄し、再度１１０００ｒｐｍで１０分間遠心分離する。エタノールを注ぎ出し、ペレットを乾燥させて、５５℃で３０分間、ＴＥ緩衝液０．５ｍｌ中に再懸濁する（resuspend）。
【０３１９】
増幅手順
ＴＥＭＰアーゼ（GeneChoice）ポリメラーゼ及び供給元（GeneChoice）により提供されるような反応緩衝液Ｉを使用して、８μｌの容量中でＰＣＲ反応を実行した。通常、各多重ＰＣＲ（multiplex PCR）中には、５つの異なるマーカーが含まれる（ＤＮＡ  １μｌ、ＴＥＭＰアーゼ酵素０．１μｌ、０．２ｍＭ  ｄＮＴＰ、１．２ｍＭ  ＭｇＣｌ２、０．３μＭ各プライマー）。
ＰＣＲ混合物を、（ＴＥＭＰアーゼに関しては）９４℃で１５分間、初期変性に付した。その後、試料をタッチダウンしながら１０サイクル、サイクル処理した。即ち、温度を各サイクル（９４℃、３０秒間の変性、６７℃、４５秒間のアニーリング、７２℃、３０秒間の伸長（elongation））で１℃下げて、その後、試料を普通のＰＣＲ条件（９４℃、３０秒間の変性、５８℃、４５秒間のアニーリング、７２℃、３０秒間の伸長）で２０サイクル、サイクル処理した。７２℃で３０分間の１サイクルでＰＣＲサイクル処理を終結し、ＰＣＲ機械を、「常に（ever）」４℃で試料を冷却するようにプログラムした。
【０３２０】
マーカーの検出に使用されるプライマーのヌクレオチド配列を表９に示す。配列を５’末端から列記する。
【０３２１】
【表９−１】
2009525732.tif 000109
【表９−２】
2009525732.tif 000110
【表９−３】
2009525732.tif 000111
【表９−４】
2009525732.tif 000112
【表９−５】
2009525732.tif 000113
【表９−６】
2009525732.tif 000114
【表９−７】
2009525732.tif 000115
【０３２２】
ＰＣＲ産物０．５μｌをホルムアミド９．５μｌに添加し、ＡＢＩ−３７３０ＸＬシーケンシング機器（Applied Biosystems Inc.）で解析した。
【０３２３】
マーカー及びマップ
マーカーは、先に公開されたマップ（Barendse et al., 1997）及び食肉動物研究所（http://sol.marc.usda.gov/）のウェブサイトから選択された。全ゲノムスキャン（whole genome scan）により、すべての常染色体［ウシ染色体（ＢＴＡ）１〜２９］をカバーした。ゲノムを、平均マーカー間隔７．９７ｃＭの３２７個のマイクロサテライトマーカーを使用してスクリーニングした。マーカーの遺伝子型を自動シーケンス分析計（ＡＢＩ、Perkin Elmer）で求めた。マップを、Ｃｒｉ−ＭＡＰバージョン２．４（Green et al., 1990）及びHaldaneのマップ関数を使用して作製した。算出されたマップ距離をＱＴＬ解析において使用した。表１０〜表１５に、染色体ごとに使用されるマーカーを示す。以下の表に、関連ＱＴＬに使用したマーカーを示す。マーカーに対する任意のさらなる情報は、「http://www.marc.usda.gov/」に見出され得る。
【０３２４】
【表１０】
2009525732.tif 000116
【０３２５】
【表１１】
2009525732.tif 000117
【０３２６】
【表１１ｂ】
2009525732.tif 000118
【０３２７】
【表１１ｃ】
2009525732.tif 000119
【０３２８】
【表１２】
2009525732.tif 000120
【０３２９】
【表１２ｂ】
2009525732.tif 000121
【０３３０】
【表１３】
2009525732.tif 000122
【０３３１】
【表１４】
2009525732.tif 000123
【０３３２】
【表１４ｂ】
2009525732.tif 000124
【０３３３】
【表１５】
2009525732.tif 000125
【０３３４】
表現型データ
雄ウシの娘を、ｍａｓ１、ｍａｓ２、ｍａｓ３、ｍａｓ４、ＳＣＣ及び乳房の健康指標についてスコア化した。息子の形質に対する推定育種価（breeding values）（ＥＢＶ）を、家系構成を無視する単一形質の最良線形不偏予測（ＢＬＵＰ）動物モデルを使用して算出した（表１６）。これらのＥＢＶをＱＴＬ解析において使用した。個々の形質で使用される娘の登記は以下の通り。
Ｍａｓ１：第一出産前５日〜出産後５０日の期間での、臨床型乳房炎の治療症例。
Ｍａｓ２：第一出産前５日〜出産後３０５日の期間での、臨床型乳房炎の治療症例。
Ｍａｓ３：第二出産前５日〜出産後３０５日の期間での、臨床型乳房炎の治療症例。
Ｍａｓ４：３回目以降の出産前５日〜出産後３０５日の期間での、臨床型乳房炎の治療症例。
ＳＣＳ：第一出産後５日〜１８０日の期間での平均ＳＣＳ。
乳房の健康指標：Ｍａｓ１〜Ｍａｓ４、ＳＣＣ、前乳房付着、乳房深さ、及び乳房バンドからの情報を相互に比較する指標。
【０３３５】
【表１６】
2009525732.tif 000126
【０３３６】
ＱＴＬ解析
データを一連のモデルを用いて解析した。最初に、すべての形質に対して多点回帰アプローチを使用する単一形質モデルを、すべての染色体に渡って解析した。家系内で有意な効果を有する染色体を、家系間で見出されるＱＴＬを検証するため且つＱＴＬの特性化のために分散成分法を用いて解析した。染色体が２つ以上の形質に影響を及ぼすことが見出された場合、多形質分散成分モデルを使用した。
【０３３７】
回帰分析
マーカーの集団アレル頻度（allele frequencies）を、ＥＭアルゴリズムを使用して求めた。引き続き、アレル頻度が誤差無く分かると仮定した。雄親におけるフェーズを出生児のマーカー型に基づいて求めた。引き続き、このフェーズが誤差無く分かると仮定した。各マップ位置での分離確率（segregation probabilities）を、Haldaneのマッピング関数を同時使用して、染色体上のすべてのマーカーからの情報を使用して算出した（Haldane, 1919）。表現型を分離確率に回帰した。有意性閾値（significance thresholds）を、順列検定を使用して算出した（Churchil and Doerge, 1994）。
【０３３８】
分散成分解析  単一形質単一ＱＴＬ解析
各形質を、連鎖解析を使用して別個に解析した。完全なモデルは以下の通り表現され得る：
【数１】
2009525732.tif 000127
（式中、ｙはｎ個のＥＢＶのベクトル、Ｘは既知のデザイン行列、βは未知の固定効果のベクトル（ここでは単なる平均である）、Ｚは個体に関連する行列、ｕは付加的な多遺伝子性効果（polygenic effects）のベクトル、Ｗは各個々の記録を未知の付加的なＱＴＬ効果と関連付ける既知の行列、ｑは個体の未知の付加的なＱＴＬ効果のベクトル、ｅは残余のベクトルである）。ランダム変数ｕ、ｑ及びｅは、多変量であり（multivariate）、正規分布し且つ相互に独立すると仮定される（Lund et al., 2003）。
【０３３９】
多形質単一ＱＴＬ解析
２つ以上の形質に影響を及ぼす染色体について、多形質解析を実行した。モデル（１）は、多形質単一ＱＴＬモデルに拡張し得る（式中、ｙは、ｔ個の形質に対して観察数がｎである場合のｎ×ｔベクトルである（Sorensen et al., 2003））。
【０３４０】
同祖性（ＩＢＤ）行列
まず、配偶子関係行列（Fernando and Grossman, 1989）を算出し、次に、配偶子関係行列とＩＢＤ行列との間の線形関係を使用して、ＩＢＤ行列をデザインした（George et al., 2000）。配偶子関係行列により、すべての動物系統のランダムなＱＴＬアレル効果間の共分散（covariance）構造が記載される。連鎖したマーカーの伝達の情報を使用して、推定上のＱＴＬ位置でのＩＢＤ確率を算出する（Sorensen et al., 2003）。
【０３４１】
有意水準
ゲノム毎の第一種の過誤を制御するおおよその閾値水準をコンピュータ計算するための迅速な方法を使用して、分散成分解析に対する有意性閾値を算出した（Piepho, 2001）。染色体毎（染色体ワイズ、chromosome wise）に５％の有意水準が有意であると見なした。
【実施例１】
【０３４２】
ＢＴＡ１
表１７に、ＢＴＡ１についての回帰分析の結果を示す。図１及び図２は、回帰分析に対するＱＴＬを示すグラフである。分散成分法を使用して、単一形質解析（single trait analysis）で、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について、家系（一解析にはすべての雄親家系が含まれる）間でＱＴＬを検出した。家系間解析において、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について有意なＱＴＬは全く検出されなかった。多形質解析からは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標に影響を及ぼす多指向性（pleiotrophic）ＱＴＬについてのサインは全く無い。表１７に、家系内解析の結果を示す。
【０３４３】
【表１７】
2009525732.tif 000128
【実施例２】
【０３４４】
ＢＴＡ５
表１８に、ＢＴＡ５についての回帰分析の結果を示す。図３及び図４は、回帰分析に対するＱＴＬを示すグラフである。分散成分法を使用して、単一形質解析で、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について、家系（一解析にはすべての雄親家系が含まれる）間でＱＴＬを検出した。家系間解析において、ＣＥＬＬについて有意なＱＴＬが検出された（尤度比＝１１．０２、位置０．４４モルガン）。３つの雄親家系が本ＱＴＬに寄与する：２２３８０３、２２６２０１及び２３２６０６。家系間解析において、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について有意なＱＴＬは全く検出されなかった。多形質解析からは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標に影響を及ぼす多指向性ＱＴＬについてのサインは全く無い。
【０３４５】
【表１８】
2009525732.tif 000129
【実施例３】
【０３４６】
ＢＴＡ７
表１９に、ＢＴＡ７についての回帰分析の結果を示す。図５及び図６は、回帰分析に対するＱＴＬを示すグラフである。分散成分法を使用して、単一形質解析で、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について、家系（一解析にはすべての雄親家系が含まれる）間でＱＴＬを検出した。家系間解析において、乳房の健康指標について有意なＱＴＬが検出された（尤度比＝１８．９、位置０．７５モルガン）。４つの雄親家系が本ＱＴＬに寄与する：２３６９４７、２２６８０４、２３０１０４及び２３７０１７。家系間解析において、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３及びＭＡＳ４について有意なＱＴＬは全く検出されなかった。多形質解析からは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標に影響を及ぼす多指向性ＱＴＬについてのサインは全く無い。
【０３４７】
【表１９】
2009525732.tif 000130
【実施例４】
【０３４８】
ＢＴＡ１５
表２０に、ＢＴＡ１５についての回帰分析の結果を示す。図７及び図８は、回帰分析に対するＱＴＬを示すグラフである。分散成分法を使用して、単一形質解析で、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について、家系（一解析にはすべての雄親家系が含まれる）間でＱＴＬを検出した。分散成分法を使用して、単一形質解析で、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について、家系（一解析にはすべての雄親家系が含まれる）間でＱＴＬを検出した。家系間解析において、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について有意なＱＴＬは全く検出されなかった。多形質解析からは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標に影響を及ぼす多指向性ＱＴＬについてのサインは全く無い。
【０３４９】
【表２０】
2009525732.tif 000131
【実施例５】
【０３５０】
ＢＴＡ２１
表２１に、ＢＴＡ２１についての回帰分析の結果を示す。図９及び図１０は、回帰分析に対するＱＴＬを示すグラフである。分散成分法を使用して、単一形質解析で、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について、家系（一解析にはすべての雄親家系が含まれる）間でＱＴＬを検出した。家系間解析において、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について有意なＱＴＬは全く検出されなかった。多形質解析からは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標に影響を及ぼす多指向性ＱＴＬについてのサインは全く無い。
【０３５１】
【表２１】
2009525732.tif 000132
【実施例６】
【０３５２】
ＢＴＡ２７
表２２に、ＢＴＡ２７についての回帰分析の結果を示す。図１１及び図１２は、回帰分析に対するＱＴＬを示すグラフである。分散成分法を使用して、単一形質解析で、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について、家系（一解析にはすべての雄親家系が含まれる）間でＱＴＬを検出した。家系間解析において、ＭＡＳ３について有意なＱＴＬが検出された（尤度比＝６．７６、位置０．６０モルガン）。４つの雄親家系が本ＱＴＬに寄与する：２３５９２２、２３３４６３、２２６２０１及び２２６８０４。家系間解析において、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について有意なＱＴＬは全く検出されなかった。多形質解析からは、形質ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標に影響を及ぼす多指向性ＱＴＬについてのサインは全く無い。
【０３５３】
【表２２】
2009525732.tif 000133
【実施例７】
【０３５４】
ＢＴＡ６
表２３に、ＢＴＡ６についての回帰分析の結果を示す。図１３は、回帰分析に対するＱＴＬを示すグラフである。分散成分法を使用して、単一形質解析で、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について、家系（一解析にはすべての雄親家系が含まれる）間でＱＴＬを検出した。
【０３５５】
【表２３】
2009525732.tif 000134
【実施例８】
【０３５６】
ＢＴＡ９
表２４に、ＢＴＡ９についての回帰分析の結果を示す。図１４及び図１５は、回帰分析に対するＱＴＬを示すグラフである。分散成分法を使用して、単一形質解析で、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について、家系（一解析にはすべての雄親家系が含まれる）間でＱＴＬを検出した。
【０３５７】
【表２４】
2009525732.tif 000135
【実施例９】
【０３５８】
ＢＴＡ１１
表２５に、ＢＴＡ１１についての回帰分析の結果を示す。図１６は、回帰分析に対するＱＴＬを示すグラフである。分散成分法を使用して、単一形質解析で、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について、家系（一解析にはすべての雄親家系が含まれる）間でＱＴＬを検出した。
【０３５９】
【表２５】
2009525732.tif 000136
【実施例１０】
【０３６０】
ＢＴＡ２６
表２６に、ＢＴＡ２６についての回帰分析の結果を示す。図１７〜図１９は、回帰分析に対するＱＴＬを示すグラフである。分散成分法を使用して、単一形質解析で、ＣＥＬＬ、ＭＡＳ１、ＭＡＳ２、ＭＡＳ３、ＭＡＳ４及び乳房の健康指標について、家系（一解析にはすべての雄親家系が含まれる）間でＱＴＬを検出した。
【０３６１】
【表２６】
2009525732.tif 000137
【実施例１１】
【０３６２】
ＱＴＬ検討をデンマークホルスタインフリーシャンウシで実行して、第一、第二及び第三の乳汁分泌における臨床型乳房炎、並びに第一の乳汁分泌における体細胞数に影響を及ぼす染色体領域を同定した。乳房配置及び乳形質に対する関連効果に対して有意な効果を評価した。合計８つの関連で、臨床型乳房炎は６つの染色体上に検出され、ＳＣＳは８つであった。２つの染色体は、ＣＭ及びＳＣＳの両方に影響を及ぼした。臨床型乳房炎に影響を及ぼすＱＴＬのうちの４つは、乳形質に対する効果が無く、それらのＱＴＬに対してＭＡＳが有効に実行され得る。２つのＱＴＬが、乳産生量形質に影響を及ぼすＱＴＬと連鎖していることが見出された。この関連は選抜の際に考慮される必要がある。
【０３６３】
（１）デンマークホルスタインにおける、臨床型乳房炎、体細胞スコアに影響を与えるウシゲノム間のＱＴＬを検出すること、（２）臨床型乳房炎に影響を及ぼす染色体領域が、デンマークホルスタインにおける形質である、乳房の健康指標又は乳生産形質にも影響を及ぼした場合に、多面作用に関するこれらのＱＴＬを複数の連鎖ＱＴＬに対して特性化すること、を目的とする検討について、本実施例により説明する。１９〜３４個の祖父家系及び１３７３〜２０４２頭の息子を使用するグランドドーターデザインを使用して、染色体をスキャンした。２９個の常染色体すべてをカバーする３８４個のマイクロサテライトマーカーを全部スキャンで使用した。家系間の回帰分析からは、１７個の解析が第一（ＣＭ１）、第二（ＣＭ２）及び第三の（ＣＭ３）乳汁分泌における臨床型乳房炎、並びに第一の乳汁分泌における体細胞数スコア（ＳＣＳ）について染色体全体で有意であった。染色体５、６、９、１１、１５及び２６は臨床型乳房炎に影響を及ぼすことが見出され、染色体５、６、８、１３、２２、２３、２４及び２５はＳＣＳに影響を及ぼした。乳形質に対して何の効果も無かったので、染色体６、１１、１５及び２６上のマーカーを使用して、乳産生量に対する遺伝的進歩を妨げることなく、臨床型乳房炎に対するマーカー利用選抜を実行することができる。２つの形質に影響を及ぼす多面発現性ＱＴＬ、又はそれぞれが１つの形質に影響を及ぼす２つのＱＴＬのいずれかを仮定する多形質モデルを比較することにより、これらの場合を見分ける幾つかの証拠が与えられた。ＢＴＡ５について最も可能性の高いモデルは、ＣＭ２、ＣＭ３及びＳＣＳに影響を及ぼす多面発現性ＱＴＬであった。連鎖ＱＴＬは脂肪産生量指標に影響を及ぼしている。ＢＴＡ９について最も可能性の高いモデルは、ＹＩに影響を及ぼす５８ｃＭ近辺のＱＴＬと連鎖した、およそ８ｃＭのＣＭ１及びＣＭ２に影響を及ぼす多面発現性のＱＴＬである。
【０３６４】
デンマークにおいては、乳房炎耐性（mastitis resistance）改善のための育種が、第一、第二、及び第三の乳汁分泌における乳房炎の治療、並びに相関した指示形質である体細胞スコア、乳形態、前乳房付着、乳房深さについての情報を組み合わせる多形質指標によって実行される。指標内に、異なる形質に対する適切な重み付けを有するＱＴＬ情報を含むためには、所定のＱＴＬの効果を精査する（disect）ことが重要である。
概して、乳房炎耐性は、経済的に最も有意な形質である乳生産形質と相関する。したがって、乳房炎への耐性を増大させる所定のＱＴＬが乳生産形質に対しても効果があるかどうかを調査することが不可欠である。染色体領域が両形質に影響を及ぼすことが見出される場合、それが両形質に影響を及ぼす１つの多面発現性のＱＴＬであるかどうか、又はそれがそれぞれ１つの形質に影響を及ぼす連鎖した遺伝子であるかどうかを知ることが重要である。後者の状況においては、組換え動物を選択することにより、連鎖による不都合な相関を破壊することが可能である。
【０３６５】
動物
デンマークホルスタイン集団において、全ゲノムスキャン（total genome scan）を実施した。グランドドーターデザインに従って、マーカー及び表現型データを収集した（Weller et al., 1990）。染色体２、４、５、６、９、１２、１３、１９、２０、２２、２３、２４及び２５は、１９頭の祖父及び１５９２頭の息子で解析し、染色体１７は２０家系で、染色体ＢＴＡ１４は２４祖父家系で、染色体２８は３３家系で、染色体１、３、７、８、１０、１１、１５、１６、１８、２１、２６、２７及び２９は、３４頭の祖父及び２２９７頭の息子で解析した。１頭の雄親当たりの息子の数は、２０頭〜１０６頭の範囲であり、家系の平均サイズは、上記１９頭の祖父の家系では８４頭、上記３４頭の祖父の家系では６８頭であった。雄親及びその息子についてマーカー情報に関して遺伝子型を同定した（genotyped）一方、孫娘の能力から表現型の記録を取った。
【０３６６】
マーカー及びマップ
マーカー及びその位置は、食肉動物研究所のウェブサイト：http://www.marc.usda.gov/genome/genome.htmlから選択した。２９個の常染色体すべてを、 平均マーカー間隔７．９７ｃＭを有する３８４個のマイクロサテライトマーカーを使用して完全にカバーした。マーカー及び位置はBuitenhuis et al., 2007で与えられる。遺伝子型を自動シーケンス分析計で求めた。
【０３６７】
表現型データ
第一形質
使用したデータは、息子の形質に対する推定育種価（ＥＢＶ）であり、雄親間の家系構成を無視する最良線形不偏予測（ＢＬＵＰ）モデルを使用して算出した。モデルにおける固定効果は、牛群の年次及び季節（Herd-year-season）、年月並びに出産月齢（第一出産歴（parity）のみ）のクラス効果である。ランダム効果は雄親及び残余であった。第一出産（ＣＭ１）、第二出産（ＣＭ２）及び第三出産（ＣＭ３）前１０日から出産後３０５日のリスク期間を有する単一形質モデルを使用して、臨床型乳房炎に対するＥＢＶを算出した。これらの期間それぞれにおける乳房炎を二面性の０／１形質として記録する。ここで、１は雌ウシが適切な期間、乳房炎の治療を受けたことを示し、０はそうではないことを示す。
【０３６８】
第二形質
第一出産歴からの毎月の搾乳を使用して、第一出産後１０日〜１８０日の期間における平均体細胞スコア（ＳＣＳ）を算出した。前乳房付着（ＵＡ）及び乳房深さ（ＵＤ）を、第一出産歴において１〜９のスケールで分類することによって評価した。乳生産形質については、公式の育種価指標を直接使用した（http://www.lr.dk/kvaeg/diverse/principles.pdf）。形質である乳産生量、タンパク質産生量、及び脂肪産生量のそれぞれについて、単一形質指標（ＭＩ、ＰＩ及びＦＩ）を、最初の３回の乳汁分泌に対して反復精度モデルを使用して算出した。３つの指標の機能により、複合産生量指標（ＹＩ）が定義される。
【０３６９】
ＱＴＬ解析
一連の解析を実行した。まず、家系間解析及び家系内解析に対する多点回帰アプローチを用いてデータを解析した。家系間の染色体毎（染色体ワイズ、chromosome wise）での有意性が臨床型乳房炎及び少なくとも１つ以上の形質に対して得られた場合、多形質モデルを分散成分法を使用して適合させた。同定されたＱＴＬが、両形質に影響を及ぼす１つのＱＴＬ（多面作用）又はそれぞれが１つの形質に影響を及ぼす２つの連鎖ＱＴＬである可能性が高いかどうかを見分けるために、適合させたモデルを設計した。
【０３７０】
多形質解析
２つ以上の形質に影響を及ぼす染色体について、データが、両形質に影響を及ぼす単一のＱＴＬ、又はそれぞれが１つの形質に影響を及ぼす２つの連鎖（liked）ＱＴＬによって十分に記載されるかどうかを検定するために、多形質解析を実行した。それらのモデルの記載は、Lund et al., 2003に見出され得る。
【０３７１】
多面発現性ＱＴＬモデル及び連鎖ＱＴＬモデルは以下の通り記述され得る：
【数２】
2009525732.tif 000138
（式中、ｙは、ｔ＝｛１，２｝の形質に対する観察数がｎの場合のｎ×ｔベクトル、Ｘはデザイン行列、βは固定効果のベクトル、Ｚは記録を個体に関連付ける行列、ｕは付加的な多遺伝子性効果のベクトル、Ｗは各個体の記録をそのＱＴＬ効果に関連付ける行列、ｑｉはｉ番目のＱＴＬに対応する付加的なＱＴＬ効果のベクトル、ｅは残余のベクトルである）。ここで、ＱＴＬの数、ｎ  ＱＴＬが１又は２に等しいと仮定する。ランダム変数ｕ、ｑ及びｅは多変量で、正規分布し且つ相互に非相関であると仮定する。多面発現性ＱＴＬモデル及び連鎖ＱＴＬモデルの仕様は、Lund et al., 2003に見られ得る。コンピュータ計算の効率性及び安定性を得るために、単一形質ＶＣモデルによって与えられる位置の最大尤度推定値に、連鎖ＱＴＬモデルを適合させることによって、連鎖ＱＴＬに対する全数検索を回避した。多面発現性モデルを実行して、連鎖ＱＴＬモデルの２つの位置に広がる領域をカバーした。
【０３７２】
多面発現性ＱＴＬモデル及び連鎖ＱＴＬモデル間でのモデル選択
多面発現性ＱＴＬモデル及び連鎖ＱＴＬモデルを、尤度比検定（likelihood ratio tests）を使用して比較することはできない。なぜなら、モデルが入れ子になっているからである。したがって、ベイズ情報量規準（ＢＩＣ）（Kass and Raftery 1995 ; Schwartz 1978）を使用してどちらのモデルが好適であるかを評価した。２つのモデルは、同一数のパラメータを必要とし、結果的に、ＢＩＣにより、
【数３】
2009525732.tif 000139
に簡素化される。事前に２つのモデルの可能性が等しいと仮定する場合、本規準を使用する結果は、連鎖ＱＴＬモデルの事後確率（posterior probability）に対する多面発現性モデルの事後確率の近似である。どちらのモデルがより可能性が高いかを示すために使用される別のあまり公式ではない規準は、多面発現性モデル由来の２つの形質に対するＱＴＬ効果間の推定相関（ｒＱ１２）である。ｒＱ１２を使用することの合理性は、２つの形質が二アレルの多面発現性ＱＴＬの影響下にある場合、ｒＱ１２の真の値が１になることである。
【０３７３】
第一形質である、ＣＭ１、ＣＭ２、ＣＭ３及びＳＣＳに関する家系間での回帰分析から、家系間の染色体毎（染色体ワイズ、chromosome wise）の５％有意水準を使用して、１７個の結果が同定された（表２７）。影響は１３個の染色体で見出された。効果のうち８つは、臨床型乳房炎に対するものであった。２つの染色体だけが２回以上の出産歴における臨床型乳房炎に対する有意性に到達した。８つの領域がＳＣＳと有意に関連した。それらのうち２つは、臨床型乳房炎にも影響を及ぼすことが見出される領域（ＢＴＡ５及びＢＴＡ６）であった一方、残りの６つの染色体は、臨床型乳房炎に影響を及ぼすことなくＳＣＳとの有意な関連を与えた。
【０３７４】
臨床型乳房炎と関連したＱＴＬを保有する６つの染色体からは、それらのうち４つが、相関形質と有意に関連した。ＢＴＡ５はＳＣＳ及びＦＩと、ＢＴＡ６はＳＣＳと関連した。ＢＴＡ９はＹＩと、ＢＴＡ１３はＵＤと関連した。最後に、ＢＴＡ２６はＦＩ及びＹＩと関連した。
【０３７５】
表２７に、臨床型乳房炎における第一、第二、及び第三の乳汁分泌（ＣＭ１、ＣＭ２及びＣＭ３）並びに体細胞スコア（ＳＣＳ）に対する家系間回帰モデルを使用する染色体毎（染色体ワイズ、chromosome wise）の同時検定に関するＰ値を示す。臨床型乳房炎に対して有意な効果を有する染色体に関して、乳房深さ（ＵＤ）、前乳房付着（ＵＡ）、乳産生量指標（ＭＩ）、タンパク質産生量指標（ＰＩ）、脂肪産生量指標（ＦＩ）及び合計の産生量指標（ＹＩ）に影響を及ぼすＱＴＬの有意性が示唆される。
【０３７６】
【表２７】
2009525732.tif 000140
【０３７７】
多面作用対連鎖
染色体領域が、臨床型乳房炎及び相関形質のうち少なくとも１つに影響を及ぼすことが見出された状況において、１つの多面発現性ＱＴＬ又はそれぞれが１つの形質に影響を及ぼす２つの連鎖ＱＴＬのいずれによる可能性が最も高いかは、二形質モデルで検定される。多形質モデルにより、異なるＱＴＬの連鎖及び多面作用を見分けるための幾つかの示唆が与えられる（表２８）。ＣＭ２及びＣＭ３に対する多面発現性モデルが連鎖ＱＴＬモデルよりも１８２０．５倍可能性が高いＢＴＡ５に対して、最も強い結果が得られた。ＢＴＡ５では、ＣＭ２、ＣＭ３、ＳＣＳ及びＦＩ間で二形質モデルを実行した。最も可能性の高い状況は、多面発現性ＱＴＬがＣＭ２、ＣＭ３及びＳＣＳに影響を及ぼしている一方で、連鎖ＱＴＬがＦＩに影響を及ぼしていることである。このことは、一部は、ＣＭ１、ＣＭ２及びＳＣＳのうち二形質の組合せすべてに関して、多面発現性モデルがより可能性が高いことを示す、ベイズ因子からの証拠に基づく。本証拠はＣＭ１及びＣＭ２に関して特に強い。ＦＩを含むモデルに関しては、概して、連鎖モデルの可能性がより高かった。また、二形質連鎖モデルにおけるＱＴＬ間の推定距離は、ＦＩを含む組合せ（２４〜４６ｃＭ）の方が、ＣＭ１、ＣＭ２及びＳＣＳ間のモデル（３．９〜１４．３ｃＭ）と比較して概してより高かった。ＢＴＡ６では、モデル化された多面発現効果によるＳＣＳ及びＣＭ２に対するＱＴＬ効果間の相関が１近くになり、連鎖モデルにおいては、２つのＱＴＬ位置の推定値が近かった。これらの両方が二アレルの多面発現性ＱＴＬに従うため、最も可能性の高い状況であると見なされ得る。ＢＴＡ９では、最も可能性の高いモデルは、ＹＩに影響を及ぼす５８ｃＭ近辺のＱＴＬと連鎖したおよそ８ｃＭのＣＭ１及びＣＭ２に影響を及ぼす多面発現性ＱＴＬである。第二のＱＴＬもＣＭ２に影響を及ぼし得るが、これはあまり確かではない。ＣＭに影響を及ぼすＱＴＬの多面作用に関する証拠は、一部はベイズ因子からの限られた証拠から、一部はＣＭ１及びＣＭ２に対するＱＴＬ効果間の相関が多面発現性モデルにおいて１になったという事実から与えられる。ベイズ因子からのＹＩが連鎖したＱＴＬに関する証拠は、約１００倍可能性が高いとして、連鎖モデルを支持する。ＹＩ及びＣＭ１又はＣＭ２の間での両方の多面発現性のモデルに関しては、ＱＴＬ効果の相関は低く、０．０１及び０．５７であった。
【０３７８】
【表２８】
2009525732.tif 000141
【０３７９】
本実施例における臨床型乳房炎に影響を及ぼす６つの染色体からは、ＢＴＡ５、ＢＴＡ６、ＢＴＡ９及びＢＴＡ２６が高度に相関した形質に影響を及ぼした。体細胞スコアは臨床型乳房炎と高度に相関し、或る程度まで乳房炎の病原体による感染に対して同一の応答を発現する。臨床型乳房炎に影響を及ぼす領域からは、２つ（ＢＴＡ５及びＢＴＡ６）がＳＣＳにも影響を及ぼした。
【０３８０】
ＢＴＡ５は、第二及び第三の乳汁分泌の両方において、臨床型乳房炎に影響を及ぼした。ＢＴＡ５については、ベイズ因子からの実質的な証拠により、多面作用と連鎖との区別が可能となる。最も可能性の高い状況は、１つのＱＴＬがＣＭ２、ＣＭ３及びＳＣＳに影響を及ぼしており、連鎖ＱＴＬがＦＩに影響を及ぼしていることである。２つのＱＴＬ間のフェーズは、臨床型乳房炎に対して陽性のＱＴＬを保有する個体が概して、ＦＩに対して陰性のＱＴＬを保有するようなものである。しかしながら、本発明者等の位置推定値によれば、２つのＱＴＬは約３０ｃＭ離れている。これは、ＣＭに影響を及ぼすＱＴＬ及びＦＩに影響を及ぼすＱＴＬに対して陽性の組換え個体を選抜するのに十分である。そうする際に、形質間の遺伝的相関（genetic correlation）をより対立的でないものへと変更可能であるべきである。ＢＴＡ５は、北米ホルスタインフリーシャンの重複している領域において、ＳＣＳに対して有意であることが見出されている（Heyen et al., 1999）。
【０３８１】
ＢＴＡ６に関しては、多面作用を連鎖と見分ける強い証拠は全くなかった。連鎖モデルにおける２つの位置間の距離の小ささ、並びにＳＣＳ及びＣＭ３に対するＱＴＬ効果間の相関の推定値の高さ（０．９９）により、多面発現性ＱＴＬであり得ることが示唆される。
【０３８２】
ＢＴＡ９では、連鎖を多面発現性モデルと見分ける証拠は殆どなかった。しかしながら、最も可能性の高いモデルは、ＹＩに影響を及ぼす５８ｃＭ近辺のＱＴＬと連鎖する、およそ８ｃＭのＣＭ１及びＣＭ２に影響を及ぼす多面発現性ＱＴＬである。ＱＴＬ相関は対立が強く、その意味は臨床型乳房炎に対して陽性のＱＴＬを保有する個体が、概してＹＩに対して陰性のＱＴＬを保有することである。しかしながら、本発明者等の位置の推定値によれば、２つのＱＴＬは約５０ｃＭ離れており、これはＣＭに影響を及ぼすＱＴＬ及びＹＩに影響を及ぼすＱＴＬに対して陽性の組換え個体を選抜するのに十分である。それらの個体が選抜される場合、乳房炎及び産生量の間の好適な遺伝的相関に寄与する。多面発現性モデルと連鎖モデルとを見分ける能力は、任意の連鎖ＱＴＬ間の情報マーカーの数と関連がある。
【０３８３】
染色体６、１１、１５及び２６上のマーカーを使用して、乳産生量に対する遺伝的進歩を妨げることなく、臨床型乳房炎に対するマーカー利用選抜を実行し得る。なぜなら、乳形質に対して何の効果も観察されなかったからである。染色体５及び９は、乳産生量及び臨床型乳房炎に影響を及ぼした。この場合、２つの形質間の関係を考慮に入れる必要がある。どちらの場合においても、最も可能性の高い状況が、乳房炎又は産生量の形質のいずれかに影響を及ぼす連鎖ＱＴＬが或る距離で位置付けられることであるという、幾つかの不確定の証拠があった。この場合、ＭＡＳは両方の形質に有効である可能性があり、２つの形質間の包括的な遺伝的相関をあまり対立的でないように変化させるのに寄与する可能性さえある。
【０３８４】
ノルディック系において、臨床型乳房炎を低減させるために選抜を実行し、ＳＣＳは相関した情報源としてのみ使用する。しかしながら、ＳＣＳは、乳房炎による経済的損失の実質部分の責任がある無症候性症例の測定でより優れている。したがって、おそらくＳＣＳにも経済的な重みが付加されるはずである。この場合には、ＳＣＳに影響を及ぼすことだけが見出された染色体８、１３、２２、２３、２４及び２５上のＱＴＬが、選抜で直接使用され得る。
【図面の簡単な説明】
【０３８５】
【図１】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ１のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号（herdbook number）」及び乳房の健康パラメーター（udder health parameter）を示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３８６】
【図２】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ１のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３８７】
【図３】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ５のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３８８】
【図４】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ５のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３８９】
【図５】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ７のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３９０】
【図６】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ７のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３９１】
【図７】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ１５のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３９２】
【図８】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ１５のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３９３】
【図９】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ２１のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３９４】
【図１０】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ２１のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３９５】
【図１１】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ２７のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３９６】
【図１２】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ２７のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３９７】
【図１３】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ６のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３９８】
【図１４】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ９のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０３９９】
【図１５】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ９のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０４００】
【図１６】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ１１のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０４０１】
【図１７】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ２６のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０４０２】
【図１８】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ２６のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【０４０３】
【図１９】乳房の健康特性に関連するＢＴＡ２６のゲノムスキャン図である。数字はそれぞれ、「血統書番号」及び乳房の健康パラメーターを示す。Ｘ軸は、本解析において利用される位置に従ってモルガンで表現される染色体の距離を表す。Ｙ軸は、Ｆ値で表現されるＱＴＬ解析の検定統計量を表す。
【図１】
2009525732.tif 000142
【図２】
2009525732.tif 000143
【図３】
2009525732.tif 000144
【図４】
2009525732.tif 000145
【図５】
2009525732.tif 000146
【図６】
2009525732.tif 000147
【図７】
2009525732.tif 000148
【図８】
2009525732.tif 000149
【図９】
2009525732.tif 000150
【図１０】
2009525732.tif 000151
【図１１】
2009525732.tif 000152
【図１２】
2009525732.tif 000153
【図１３】
2009525732.tif 000154
【図１４】
2009525732.tif 000155
【図１５】
2009525732.tif 000156
【図１６】
2009525732.tif 000157
【図１７】
2009525732.tif 000158
【図１８】
2009525732.tif 000159
【図１９】
2009525732.tif 000160
【配列表】
2009525732000001.app
【国際調査報告】
2009525732.tif 000161
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