(57)【要約】微生物の耐性、毒性、または増殖を低下させる抗感染症剤として有用な置換ベンゾイミダゾール化合物を提供する。例えば抗生物質耐性の低下およびバイオフィルムの阻害における、置換ベンゾイミダゾール化合物およびその薬学的調製物の作製法および使用法を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法であって、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(I)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと該細胞を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000080
式中、
R1は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ独立に炭素または窒素であり；
式中、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが炭素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが窒素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；かつ
R10、R11、R12、およびR13はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、A、B、C、D、E、W、X、Y、およびZがそれぞれ炭素である場合、R6、R7、R8、R9のうち1つは水素ではない。
【請求項２】
転写を調節するための方法であって、転写が調節されるように、下記の式(I)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと転写因子を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000081
式中、
R1は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ独立に炭素または窒素であり；
式中、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが炭素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが窒素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；かつ
R10、R11、R12、およびR13はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、A、B、C、D、E、W、X、Y、およびZがそれぞれ炭素である場合、R6、R7、R8、R9のうち1つは水素ではない。
【請求項３】
A、B、D、E、W、X、Y、およびZがそれぞれ炭素である、請求項1または2記載の方法。
【請求項４】
R1がヒドロキシルである、請求項3記載の方法。
【請求項５】
R3がニトロである、請求項4記載の方法。
【請求項６】
R2、R4、R5、R10、R11、およびR12がそれぞれ水素である、請求項5記載の方法。
【請求項７】
R13が置換アリールである、請求項6記載の方法。
【請求項８】
置換アリールがハロゲンで置換されている、請求項7記載の方法。
【請求項９】
ハロゲンがフッ素である、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
R6がハロゲンである、請求項8記載の方法。
【請求項１１】
ハロゲンがフッ素である、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
R7、R8、およびR9が水素である、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
R9がハロゲンである、請求項8記載の方法。
【請求項１４】
ハロゲンがフッ素である、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
R6、R7、およびR8が水素である、請求項13記載の方法。
【請求項１６】
R7がアルキルである、請求項8記載の方法。
【請求項１７】
アルキルがメチルである、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
アルキルが置換アルキルである、請求項16記載の方法。
【請求項１９】
置換アルキルがモルホリンで置換されている、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
R6、R8、およびR9が水素である、請求項16記載の方法。
【請求項２１】
R8がアルコキシである、請求項8記載の方法。
【請求項２２】
アルコキシがメトキシである、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
R6、R7、およびR9がそれぞれ水素である、請求項21記載の方法。
【請求項２４】
アリールがアルキルで置換されている、請求項7記載の方法。
【請求項２５】
R7がアルキルである、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
アルキルがエチルである、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
R6、R8、およびR9がそれぞれ水素である、請求項25記載の方法。
【請求項２８】
A、B、D、W、X、Y、およびZがそれぞれ炭素であり、かつEが窒素である、請求項1または2記載の方法。
【請求項２９】
R1がヒドロキシルである、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
R3がニトロである、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
R2、R4、R5、R6、R7、R8、R10、R11、およびR12が水素であり、かつR9が存在しない、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
R13がアリールである、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
アリールがハロゲンで置換されている、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
アリールが4-フルオロフェニルまたは2,4-フルオロフェニルである、請求項33記載の方法。
【請求項３５】
B、D、E、W、X、Y、およびZがそれぞれ炭素であり、かつAが窒素である、請求項1または2記載の方法。
【請求項３６】
R1がヒドロキシルである、請求項35記載の方法。
【請求項３７】
R3がニトロである、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
R2、R4、R5、R7、R8、R9、R10、R11、およびR12が水素であり、かつR6が存在しない、請求項37記載の方法。
【請求項３９】
R13がアリールである、請求項38記載の方法。
【請求項４０】
アリールがハロゲンで置換されている、請求項40記載の方法。
【請求項４１】
アリールが4-フルオロフェニルまたは2,4-フルオロフェニルである、請求項40記載の方法。
【請求項４２】
A、B、D、E、X、Y、およびZがそれぞれ炭素であり、かつWが窒素である、請求項1または2記載の方法。
【請求項４３】
R1がヒドロキシルである、請求項42記載の方法。
【請求項４４】
R3がニトロである、請求項43記載の方法。
【請求項４５】
R2、R4、R7、R8、R9、R10、R11、およびR12がそれぞれ水素であり、かつR5が存在しない、請求項44記載の方法。
【請求項４６】
R6がハロゲンである、請求項45記載の方法。
【請求項４７】
ハロゲンがフッ素である、請求項46記載の方法。
【請求項４８】
R13がアリールである、請求項36記載の方法。
【請求項４９】
アリールがハロゲンで置換されている、請求項48記載の方法。
【請求項５０】
アリールが4-フルオロフェニルである、請求項49記載の方法。
【請求項５１】
A、B、D、E、X、W、およびZがそれぞれ炭素であり、かつYが窒素である、請求項1または2記載の方法。
【請求項５２】
R1がヒドロキシルである、請求項51記載の方法。
【請求項５３】
R2、R4、R5、R6、R7、R8、R9、R10、R11、およびR12がそれぞれ水素であり、かつR3がヒドロキシルである、請求項52記載の方法。
【請求項５４】
R13がアリールである、請求項53記載の方法。
【請求項５５】
アリールがハロゲンで置換されている、請求項54記載の方法。
【請求項５６】
アリールが4-フルオロフェニルである、請求項55記載の方法。
【請求項５７】
A、B、D、E、X、Y、およびZがそれぞれ炭素であり、かつWが窒素である、請求項1または2記載の方法。
【請求項５８】
R1がヒドロキシルである、請求項57記載の方法。
【請求項５９】
R2、R3、R4、R6、R7、R8、R9、R10、R11、およびR12がそれぞれ水素であり、かつR5がヒドロキシルである、請求項58記載の方法。
【請求項６０】
R13がアリールである、請求項59記載の方法。
【請求項６１】
アリールがハロゲンで置換されている、請求項60記載の方法。
【請求項６２】
アリールが4-フルオロフェニルである、請求項61記載の方法。
【請求項６３】
A、B、D、E、W、X、およびZがそれぞれ炭素であり、かつYが窒素である、請求項1または2記載の方法。
【請求項６４】
R1がヒドロキシルである、請求項63記載の方法。
【請求項６５】
R2、R4、R5、R6、R7、R8、R9、R10、R11、およびR12がそれぞれ水素であり、かつR3が存在しない、請求項64記載の方法。
【請求項６６】
R13がアリールである、請求項65記載の方法。
【請求項６７】
アリールがハロゲンで置換されている、請求項66記載の方法。
【請求項６８】
アリールが4-フルオロフェニルである、請求項67記載の方法。
【請求項６９】
微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法であって、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(II)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000082
式中、
R1aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R2a、R3a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13c、R13d、およびR13eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eが水素である場合、R13cは、水素、フッ素、ジメチルアミノ、シアノ、ヒドロキシ、メチル、およびメトキシではなく；かつ
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、およびR13dが水素である場合、R13cおよびR13eはフッ素ではない。
【請求項７０】
転写を調節するための方法であって、転写が調節されるように、下記の式(II)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000083
式中、
R1aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R2a、R3a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13c、R13d、およびR13eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eが水素である場合、R13cは、水素、フッ素、ジメチルアミノ、シアノ、ヒドロキシ、メチル、およびメトキシではなく；かつ
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、およびR13dが水素である場合、R13cおよびR13eはフッ素ではない。
【請求項７１】
R1aがヒドロキシルである、請求項69または70記載の方法。
【請求項７２】
R3aがシアノである、請求項71記載の方法。
【請求項７３】
R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13c、R13d、およびR13eがそれぞれ水素である、請求項72記載の方法。
【請求項７４】
R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eがそれぞれ水素である、請求項72記載の方法。
【請求項７５】
R13cがハロゲン、アルキル、またはアシルである、請求項74記載の方法。
【請求項７６】
ハロゲンがフッ素である、請求項75記載の方法。
【請求項７７】
アルキルがメチルである、請求項75記載の方法。
【請求項７８】
R3aがニトロである、請求項71記載の方法。
【請求項７９】
R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R12a、R13a、R13b、R13c、R13d、およびR13eがそれぞれ水素である、請求項78記載の方法。
【請求項８０】
R11aがアリール（例えばフェニル）、ハロゲン（例えばフッ素）、またはアルキル（例えばメチル）である、請求項79記載の方法。
【請求項８１】
アリールがフェニルである、請求項80記載の方法。
【請求項８２】
ハロゲンがフッ素である、請求項80記載の方法。
【請求項８３】
アルキルがメチルである、請求項80記載の方法。
【請求項８４】
R2a、R2b、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eがそれぞれ水素である、請求項78記載の方法。
【請求項８５】
R13cがハロゲンである、請求項84記載の方法。
【請求項８６】
ハロゲンがフッ素である、請求項85記載の方法。
【請求項８７】
R11aがアルキルである、請求項85記載の方法。
【請求項８８】
アルキルがヒドロキシエチルまたはピペラジニルメチルである、請求項87記載の方法。
【請求項８９】
R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eがそれぞれ水素である、請求項78記載の方法。
【請求項９０】
R13cがアルキル、アシル、またはヘテロアリールである、請求項89記載の方法。
【請求項９１】
アルキルがイソプロピルである、請求項90記載の方法。
【請求項９２】
ヘテロアリールがトリアゾール、イミダゾール、またはオキサゾールである、請求項90記載の方法。
【請求項９３】
R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、およびR13dがそれぞれ水素である、請求項78記載の方法。
【請求項９４】
R13cおよびR13eがそれぞれアルコキシである、請求項93記載の方法。
【請求項９５】
アルコキシがメトキシである、請求項94記載の方法。
【請求項９６】
R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13d、およびR13eがそれぞれ水素である、請求項78記載の方法。
【請求項９７】
R13bがアルキルである、請求項96記載の方法。
【請求項９８】
アルキルがホスホン酸で置換されているかまたはホスホン酸ジアルキルエステルである、請求項97記載の方法。
【請求項９９】
R13eがハロゲンである、請求項97記載の方法。
【請求項１００】
ハロゲンがフッ素である、請求項99記載の方法。
【請求項１０１】
R13cがハロゲンである、請求項78記載の方法。
【請求項１０２】
ハロゲンがフッ素である、請求項101記載の方法。
【請求項１０３】
R2a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eがそれぞれ水素である、請求項101記載の方法。
【請求項１０４】
R4aがアルキルアミノ、アルキル、アルコキシ、またはハロゲンである、請求項103記載の方法。
【請求項１０５】
アルキルアミノがジメチルアミノまたはジアルキルアミノアルキルアミノである、請求項104記載の方法。
【請求項１０６】
アルキルがメチルである、請求項104記載の方法。
【請求項１０７】
アルコキシがエトキシ、ホスホン酸置換アルコキシ、エーテル置換アルコキシ、アルキルアミノ置換アルコキシ、または複素環置換アルコキシ、例えばモルホリン置換アルコキシもしくはピペラジン置換アルコキシである、請求項104記載の方法。
【請求項１０８】
ハロゲンがフッ素である、請求項104記載の方法。
【請求項１０９】
R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eがそれぞれ水素である、請求項102記載の方法。
【請求項１１０】
R2aがアルキルアミノである、請求項109記載の方法。
【請求項１１１】
アルキルアミノがアルキルアミノアルキルアミノである、請求項110記載の方法。
【請求項１１２】
R1aが置換または非置換の直鎖または分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基である、請求項69または70記載の方法。
【請求項１１３】
アルコキシ基がホスホン酸置換アルコキシまたはホスホン酸ジアルキルエステルアルコキシである、請求項112記載の方法。
【請求項１１４】
R3aがニトロである、請求項113記載の方法。
【請求項１１５】
R13cがハロゲンである、請求項114記載の方法。
【請求項１１６】
ハロゲンがフッ素である、請求項115記載の方法。
【請求項１１７】
R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eがそれぞれ水素である、請求項115記載の方法。
【請求項１１８】
R2a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eが水素である、請求項78記載の方法。
【請求項１１９】
R13cがアシルである、請求項118記載の方法。
【請求項１２０】
R4aがアルコキシである、請求項119記載の方法。
【請求項１２１】
アルコキシがピペラジニル置換アルコキシまたはモルホリン置換アルコキシである、請求項120記載の方法。
【請求項１２２】
R3aがヘテロアリールである、請求項71記載の方法。
【請求項１２３】
ヘテロアリールがイミダゾリルまたはピラゾリルである、請求項122記載の方法。
【請求項１２４】
R3a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eがそれぞれ水素である、請求項122記載の方法。
【請求項１２５】
R13cがハロゲンである、請求項124記載の方法。
【請求項１２６】
ハロゲンがフッ素である、請求項125記載の方法。
【請求項１２７】
微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法であって、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(III)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと該細胞を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000084
式中、
R14は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ独立に、炭素または窒素であり；
式中、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが炭素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが窒素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；
R23およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、G、J、K、L、M、Q、T、およびUがそれぞれ炭素である場合、R15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24のうち1つは水素ではない。
【請求項１２８】
転写を調節するための方法であって、転写が調節されるように、下記の式(III)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと転写因子を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000085
式中、
R14は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ独立に、炭素または窒素であり；
式中、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが炭素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが窒素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；
R23およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、G、J、K、L、M、Q、T、およびUがそれぞれ炭素である場合、R15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24のうち1つは水素ではない。
【請求項１２９】
G、J、K、L、M、Q、T、およびUがそれぞれ炭素であり、かつR14がヒドロキシルである、請求項126または127記載の方法。
【請求項１３０】
R16がニトロである、請求項129記載の方法。
【請求項１３１】
R24がアリールである、請求項130記載の方法。
【請求項１３２】
アリールがアシルまたはハロゲンで置換されている、請求項131記載の方法。
【請求項１３３】
R15、R17、R18、R19、R20、およびR21が水素である、請求項132記載の方法。
【請求項１３４】
R22がハロゲンである、請求項133記載の方法。
【請求項１３５】
ハロゲンがフッ素である、請求項134記載の方法。
【請求項１３６】
R15、R17、R18、R19、R21、およびR22が水素である、請求項131記載の方法。
【請求項１３７】
R20がアルキルである、請求項136記載の方法。
【請求項１３８】
アルキルがメチルまたはエチルである、請求項137記載の方法。
【請求項１３９】
R15、R17、R18、R19、R20、およびR22が水素である、請求項131記載の方法。
【請求項１４０】
R21がアルコキシである、請求項139記載の方法。
【請求項１４１】
アルコキシがメトキシである、請求項140記載の方法。
【請求項１４２】
R15、R17、R18、R19、R20、およびR22が水素である、請求項131記載の方法。
【請求項１４３】
R21がハロゲンまたはアルコキシである、請求項142記載の方法。
【請求項１４４】
ハロゲンがフッ素である、請求項143記載の方法。
【請求項１４５】
アルコキシがメトキシまたはホスホン酸置換アルコキシである、請求項143記載の方法。
【請求項１４６】
R15、R17、R18、R19、R21、およびR22が水素である、請求項131記載の方法。
【請求項１４７】
R20がアルキルである、請求項146記載の方法。
【請求項１４８】
アルキルがエチルである、請求項147記載の方法。
【請求項１４９】
G、J、K、L、Q、T、およびUがそれぞれ炭素であり、かつMが窒素である、請求項126または127記載の方法。
【請求項１５０】
R14がヒドロキシルである、請求項149記載の方法。
【請求項１５１】
R16がニトロである、請求項150記載の方法。
【請求項１５２】
R15、R17、R18、R20、R21、R22、およびR23がそれぞれ水素である、請求項151記載の方法。
【請求項１５３】
R19が存在しない、請求項152記載の方法。
【請求項１５４】
R24がアリールである、請求項153記載の方法。
【請求項１５５】
アリールがハロゲンまたはアシルで置換されている、請求項154記載の方法。
【請求項１５６】
G、J、K、L、M、Q、およびTがそれぞれ炭素であり、かつUが窒素である、請求項126または127記載の方法。
【請求項１５７】
R14がヒドロキシルである、請求項156記載の方法。
【請求項１５８】
R16がニトロである、請求項157記載の方法。
【請求項１５９】
R15、R17、R18、R19、R20、R21、およびR23がそれぞれ水素であり、かつR22が存在しない、請求項158記載の方法。
【請求項１６０】
R24がアリールである、請求項159記載の方法。
【請求項１６１】
アリールがハロゲンで置換されている、請求項160記載の方法。
【請求項１６２】
J、K、L、M、Q、T、およびUがそれぞれ炭素であり、かつGが窒素である、請求項126または127記載の方法。
【請求項１６３】
R14がヒドロキシルである、請求項162記載の方法。
【請求項１６４】
R16がニトロである、請求項163記載の方法。
【請求項１６５】
R15、R17、R19、R20、R21、R22、およびR23がそれぞれ水素であり、かつR18が存在しない、請求項164記載の方法。
【請求項１６６】
R24がアリールである、請求項165記載の方法。
【請求項１６７】
アリールがハロゲンまたはアシルで置換されている、請求項166記載の方法。
【請求項１６８】
G、J、L、M、Q、T、およびUがそれぞれ炭素であり、かつKが窒素である、請求項126または127記載の方法。
【請求項１６９】
R14がヒドロキシルである、請求項168記載の方法。
【請求項１７０】
R16が存在せず、R15、R17、R18、R19、R20、R21、R22、およびR23がそれぞれ水素である、請求項169記載の方法。
【請求項１７１】
R24がアリールである、請求項170記載の方法。
【請求項１７２】
アリールがハロゲンで置換されている、請求項171記載の方法。
【請求項１７３】
微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法であって、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(IV)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000086
式中、
R14aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R15a、R16a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eのうち少なくとも2つは水素ではない。
【請求項１７４】
転写を調節するための方法であって、転写が調節されるように、下記の式(IV)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000087
式中、
R14aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R15a、R16a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eのうち少なくとも2つは水素ではない。
【請求項１７５】
R14aがヒドロキシルである、請求項173または174記載の方法。
【請求項１７６】
R16aがニトロである、請求項175記載の方法。
【請求項１７７】
R15a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、およびR24eが水素である、請求項176記載の方法。
【請求項１７８】
R24cおよびR24dが連結して環を形成する、請求項177記載の方法。
【請求項１７９】
R15a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、およびR24eが水素である、請求項176記載の方法。
【請求項１８０】
R24cがハロゲンである、請求項179記載の方法。
【請求項１８１】
ハロゲンがフッ素である、請求項180記載の方法。
【請求項１８２】
R24dがハロゲン、アルキル、またはアルコキシである、請求項180記載の方法。
【請求項１８３】
ハロゲンがフッ素である、請求項182記載の方法。
【請求項１８４】
アルキルがメチルである、請求項182記載の方法。
【請求項１８５】
アルコキシがメトキシである、請求項182記載の方法。
【請求項１８６】
R15a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、およびR24dが水素である、請求項176記載の方法。
【請求項１８７】
R24cがハロゲンである、請求項186記載の方法。
【請求項１８８】
ハロゲンがフッ素である、請求項187記載の方法。
【請求項１８９】
R24eがアルコキシである、請求項187記載の方法。
【請求項１９０】
アルコキシがメトキシである、請求項189記載の方法。
【請求項１９１】
微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法であって、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(V)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000088
式中、
R25は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R26、R27、R28、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R35a、R35b、R35c、R35d、およびR35eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R26、R27、R28、およびR29のうち少なくとも2つは水素ではない。
【請求項１９２】
転写を調節するための方法であって、転写が調節されるように、下記の式(V)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000089
式中、
R25は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R26、R27、R28、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R35a、R35b、R35c、R35d、およびR35eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R26、R27、R28、およびR29のうち少なくとも2つは水素ではない。
【請求項１９３】
R25がヒドロキシルである、請求項191または192記載の方法。
【請求項１９４】
R27がニトロである、請求項193記載の方法。
【請求項１９５】
R26、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R35a、R35b、R35d、およびR35eがそれぞれ水素である、請求項194記載の方法。
【請求項１９６】
R28がアルキルである、請求項195記載の方法。
【請求項１９７】
アルキルがメチルである、請求項196記載の方法。
【請求項１９８】
R35cがアシルまたはヘテロアリールである、請求項196記載の方法。
【請求項１９９】
ヘテロアリールがオキサゾールである、請求項198記載の方法。
【請求項２００】
微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法であって、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(VI)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000090
式中、
R25'は、置換された直鎖または分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基であり；
R26'、R27'、R28'、R29'、R30'、R31'、R32'、R33'、R34'、R35a'、R35b'、R35c'、R35d'、およびR35e'はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンである。
【請求項２０１】
転写を調節するための方法であって、転写が調節されるように、下記の式(VI)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000091
式中、
R25'は、置換された直鎖または分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基であり；
R26'、R27'、R28'、R29'、R30'、R31'、R32'、R33'、R34'、R35a'、R35b'、R35c'、R35d'、およびR35e'はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンである。
【請求項２０２】
R25'が、ホスホン酸置換アルコキシ、アルキルホスホン酸置換アルコキシ、カルボン酸置換アルコキシ、またはアルキルアミノ置換アルコキシである、請求項200または201記載の方法。
【請求項２０３】
R27'がニトロである、請求項202記載の方法。
【請求項２０４】
R26'、R28'、R29'、R30'、R31'、R32'、R33'、R34'、R35a'、R35b'、R35d'、およびR35e'がそれぞれ水素である、請求項203記載の方法。
【請求項２０５】
R35c'がハロゲンである、請求項204記載の方法。
【請求項２０６】
ハロゲンがフッ素である、請求項205記載の方法。
【請求項２０７】
微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法であって、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(VII)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000092
式中、
R36はヒドロキシルであり；
R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
R38はシアノ、ニトロ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、ヘテロアリール、アミノ-オキシム、またはアミノカルボニルであり；
R46cは水素、アシル、フルオロ、ピリジィニル（pyrizinyl）、ピリジニル、シアノ、イミダゾリル、ジアルキルアミノカルボニル、またはジアルキルアミノであり；
ただし、
R38がニトロであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノ、アシル、および水素ではなく；かつ
R38がシアノであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノではない。
【請求項２０８】
転写を調節するための方法であって、転写が調節されるように、下記の式(VII)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000093
式中、
R36はヒドロキシルであり；
R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
R38はシアノ、ニトロ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、ヘテロアリール、アミノ-オキシム、またはアミノカルボニルであり；
R46cは水素、アシル、フルオロ、ピリジィニル、ピリジニル、シアノ、イミダゾリル、ジアルキルアミノカルボニル、またはジアルキルアミノであり；
ただし、
R38がニトロであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノ、アシル、および水素ではなく；かつ
R38がシアノであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノではない。
【請求項２０９】
R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である、請求項207または208記載の方法。
【請求項２１０】
R38がシアノである、請求項209記載の方法。
【請求項２１１】
R46cがアシル、フルオロ、シアノ、またはイミダゾリルである、請求項210記載の方法。
【請求項２１２】
R38がアミノ-オキシムである、請求項209記載の方法。
【請求項２１３】
R46cがフルオロである、請求項212記載の方法。
【請求項２１４】
R38がニトロである、請求項209記載の方法。
【請求項２１５】
R46cがピリジィニル、ピリジニル、またはジアルキルアミノカルボニルである、請求項214記載の方法。
【請求項２１６】
ジアルキルアミノカルボニルがジメチルアミノカルボニルである、請求項215記載の方法。
【請求項２１７】
R38がアミノカルボニルである、請求項209記載の方法。
【請求項２１８】
R46cがハロゲンである、請求項217記載の方法。
【請求項２１９】
ハロゲンがフッ素である、請求項218記載の方法。
【請求項２２０】
R38がオキシムである、請求項209記載の方法。
【請求項２２１】
R46cがジアルキルアミノである、請求項220記載の方法。
【請求項２２２】
ジアルキルアミノがジメチルアミノである、請求項221記載の方法。
【請求項２２３】
R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46b、R46c、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である、請求項207または208記載の方法。
【請求項２２４】
R38がニトロである、請求項223記載の方法。
【請求項２２５】
R46aがヒドロキシルである、請求項224記載の方法。
【請求項２２６】
R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である、請求項207または208記載の方法。
【請求項２２７】
R38がヘテロアリールである、請求項226記載の方法。
【請求項２２８】
ヘテロアリールがイミダゾリルである、請求項227記載の方法。
【請求項２２９】
ヘテロアリールがピラゾリルである、請求項227記載の方法。
【請求項２３０】
R46cがアシルである、請求項228記載の方法、154. 微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法であって、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(VIII)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと該細胞を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000094
式中、
R47は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R48、R49、R50、R51、R52、およびR53はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
Arはアリールである。
【請求項２３１】
転写を調節するための方法であって、転写が調節されるように、下記の式(VIII)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと転写因子を接触させる工程を含む、方法：
2009541332.tif 000095
式中、
R47は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R48、R49、R50、R51、R52、およびR53はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
Arはアリールである。
【請求項２３２】
R47がヒドロキシルである、請求項230または231記載の方法。
【請求項２３３】
R48、R50、R51、およびR52がそれぞれ水素である、請求項232記載の方法。
【請求項２３４】
Arがフラニルである、請求項233記載の方法。
【請求項２３５】
R53がアルケニルである、請求項234記載の方法。
【請求項２３６】
薬学的に許容される塩がカリウム塩またはナトリウム塩である、請求項1〜235のいずれか一項記載の方法。
【請求項２３７】
転写因子が転写活性化因子である、請求項1〜236のいずれか一項記載の方法。
【請求項２３８】
転写活性化因子がAraCファミリーポリペプチドまたはMarAファミリーポリペプチドである、請求項237記載の方法。
【請求項２３９】
転写因子調節化合物が転写因子阻害化合物である、請求項1〜238のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４０】
転写因子が原核生物由来である、請求項1〜238のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４１】
MarAファミリーポリペプチドがMarA、SoxS、Rob、またはLcrF（VirF）である、請求項238記載の方法。
【請求項２４２】
転写因子調節化合物がSoxSに対して10μM未満のEC50活性を有する、請求項1〜241のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４３】
転写因子調節化合物がSoxSに対して5μM未満のEC50活性を有する、請求項242記載の方法。
【請求項２４４】
転写因子調節化合物がMarAに対して1μM未満のEC50を有する、請求項243記載の方法。
【請求項２４５】
転写因子調節化合物がLcrF（VirF）に対して10μM未満のEC50を有する、請求項241記載の方法。
【請求項２４６】
転写因子調節化合物がLcrF（VirF）に対して5μM未満のEC50を有する、請求項245記載の方法。
【請求項２４７】
転写因子調節化合物がLcrF（VirF）に対して1μM未満のEC50を有する、請求項246記載の方法。
【請求項２４８】
転写因子調節化合物が1.0 CFU/gを上回る腎組織の対数減少（CFU/g）をもたらす、請求項1〜247のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４９】
転写因子調節化合物が2.5 CFU/gを上回る腎組織の対数減少（CFU/g）をもたらす、請求項248記載の方法。
【請求項２５０】
微生物細胞が、緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）、蛍光菌（Pseudomonas fluorescens）、シュードモナス・アシドボランス（Pseudomonas acidovorans）、シュードモナス・アルカリゲネス（Pseudomonas alcaligenes）、シュードモナス・プチダ（Pseudomonas putida）、ステノトロホモナス・マルトフィリア（Stenotrophomonas maltophilia）、バークホルデリア・セパシア（Burkholderia cepacia）、アエロモナス・ヒドロフィラ（Aeromonas hydrophilia）、大腸菌（Escherichia coli）、およびシトロバクター・フロインディ（Citrobacter freundii）からなる群より選択される、請求項1〜249のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５１】
微生物細胞が、ネズミチフス菌（Salmonella typhimurium）、チフス菌（Salmonella typhi）、パラチフス菌（Salmonella paratyphi）、腸炎菌（Salmonella enteritidis）、志賀赤痢菌（Shigella dysenteriae）、フレクスナー赤痢菌（Shigella flexneri）、ソンネ赤痢菌（Shigella sonnei）、エンテロバクター・クロアカ（Enterobacter cloacae）、エンテロバクター・アエロゲネス（Enterobacter aerogenes）、肺炎杆菌（Klebsiella pneumoniae）、クレブシエラ・オキシトカ（Klebsiella oxytoca）、霊菌（Serratia marcescens）、モルガン菌（Morganella morganii）、プロテウス・ミラビリス（Proteus mirabilis）、プロテウス・ブルガリス（Proteus vulgaris）、プロビデンシア・アルカリファシエンス（Providencia alcalifaciens）、プロビデンシア・レットゲリ（Providencia rettgeri）、プロビデンシア・スチュアルティイ（Providencia stuartii）、アシネトバクター・カルコアセチカス（Acinetobacter calcoaceticus）、アシネトバクター・ヘモリチカス（Acinetobacter haemolyticus）、エルシニア・エンテロコリチカ（Yersinia enterocolitica）、エルシニア・ペスティス（Yersinia pestis）、偽結核菌（Yersinia pseudotuberculosis）、エルシニア・インターメディア（Yersinia intermedia）、百日咳菌（Bordetella pertussis）、パラ百日咳菌（Bordetella parapertussis）、気管支敗血症菌（Bordetella bronchiseptica）、インフルエンザ菌（Haemophilus influenzae）、パラインフルエンザ菌（Haemophilus parainfluenzae）、ヘモフィルス・ヘモリチカス（Haemophilus haemolyticus）、ヘモフィルス・パラヘモリチカス（Haemophilus parahaemolyticus）、および野兎病菌（Francisella tularensis）からなる群より選択される、請求項1〜249のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５２】
微生物細胞が、軟性下疳菌（Haemophilus ducreyi）、パスツレラ・ムルトシダ（Pasteurella multocida）、パスツレラ・ヘモリチカ（Pasteurella haemolytica）、カタル球菌（Branhamella catarrhalis）、ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）、カンピロバクター・フィタス（Campylobacter fetus）、カンピロバクター・ジェジュニ（Campylobacter jejuni）、カンピロバクター・コリ（Campylobacter coli）、ライム病ボレリア（Borrelia burgdorferi）、コレラ菌（Vibrio cholerae）、腸炎ビブリオ（Vibrio parahaemolyticus）、レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophila）、リステリア菌（Listeria monocytogenes）、淋菌（Neisseria gonorrhoeae）、髄膜炎菌（Neisseria meningitidis）、ガードネレラ・バジナリス（Gardnerella vaginalis）、バクテロイデス・フラジリス（Bacteroides fragilis）、バクテロイデス・ディスタソニス（Bacteroides distasonis）、バクテロイデス（Bacteroides）3452A相同群、バクテロイデス・ブルガタス（Bacteroides vulgatus）、バクテロイデス・オバータス（Bacteroides ovalus）、バクテロイデス・シータイオタオミクロン（Bacteroides thetaiotaomicron）、およびバクテロイデス・ユニフォルミス（Bacteroides uniformis）からなる群より選択される、請求項1〜249のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５３】
微生物細胞が、バクテロイデス・エガーシイ（Bacteroides eggerthii）、バクテロイデス・スプランクニクス（Bacteroides splanchnicus）、クロストリジウム・ディフィシレ（Clostridium difficile）、ヒト結核菌（Mycobacterium tuberculosis）、トリ結核菌（Mycobacterium avium）、マイコバクテリウム・イントラセルラーレ（Mycobacterium intracellulare）、らい菌（Mycobacterium leprae）、ジフテリア菌（Corynebacterium diphtheriae）、コリネバクテリウム・ウルセランス（Corynebacterium ulcerans）、肺炎球菌（Streptococcus pneumoniae）、ストレプトコッカス・アガラクティエ（Streptococcus agalactiae）、化膿連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）、エンテロコッカス・フェカーリス（Enterococcus faecalis）、エンテロコッカス・フェシウム（Enterococcus faecium）、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）、表皮ブドウ球菌（Staphylococcus epidermidis）、スタフィロコッカス・サプロフィチカス（Staphylococcus saprophyticus）、スタフィロコッカス・インターメディウス（Staphylococcus intermedius）、スタフィロコッカス・ヒイカス（Staphylococcus hyicus）亜種ヒイカス、スタフィロコッカス・ヘモリチカス（Staphylococcus haemolyticus）、スタフィロコッカス・ホミニス（Staphylococcus hominis）、およびスタフィロコッカス・サッカロリチカス（Staphylococcus saccharolyticus）からなる群より選択される、請求項1〜249のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５４】
薬学的に許容される担体および転写因子調節化合物を含む薬学的組成物であって、該化合物が式(I)、(II)、(III)、(IV)、(V)、(VI)、(XVII)、(XIII)、または表2の化合物である、薬学的組成物。
【請求項２５５】
抗生物質をさらに含む、請求項254記載の薬学的組成物。
【請求項２５６】
有効量が、被験体におけるバイオフィルム関連状態の治療に有効である、請求項245または258記載の薬学的組成物。
【請求項２５７】
バイオフィルム関連状態が、中耳感染症、嚢胞性繊維症、骨髄炎、ざ瘡、歯の空洞、心内膜炎、および前立腺炎からなる群より選択される、請求項256記載の薬学的組成物。
【請求項２５８】
許容される担体および式(I)、(II)、(III)、(IV)、(V)、(VI)、(VII)、(VIII)または表2の転写因子調節化合物を含む組成物を投与する工程を含む、コンタクトレンズを洗浄および消毒するための方法。
【請求項２５９】
式(I)、(II)、(III)、(IV)、(V)、(VI)、(VII)、(VIII)または表2の転写因子調節化合物を含む組成物を投与する工程を含む、医用留置器具を処理する方法。
【請求項２６０】
器具が、カテーテル、整形外科用器具、およびインプラントからなる群より選択される、請求項259記載の方法。
【請求項２６１】
式(I)、(II)、(III)、(IV)、(V)、(VI)、(VII)、(VIII)または表2の転写因子調節化合物の有効量を被験体に投与する工程を含む、被験体におけるバイオフィルム関連状態を治療または予防するための方法。
【請求項２６２】
バイオフィルム関連状態が、中耳感染症、嚢胞性繊維症、骨髄炎、ざ瘡、歯の空洞、心内膜炎、および前立腺炎からなる群より選択される、請求項261記載の方法。
【請求項２６３】
薬学的に許容される担体を投与する工程をさらに含む、請求項261または262記載の方法。
【請求項２６４】
被験体が哺乳動物である、請求項261〜263のいずれか一項記載の方法。
【請求項２６５】
被験体がヒトである、請求項264記載の方法。
【請求項２６６】
被験体が免疫無防備状態である、請求項261〜263のいずれか一項記載の方法。
【請求項２６７】
式(I)、(II)、(III)、(IV)、(V)、(VI)、(VII)、(VIII)または表2の転写因子調節化合物の有効量を被験体に投与する工程を含む、被験体における細菌関連状態を予防するための方法。
【請求項２６８】
被験体がヒトである、請求項267記載の方法。
【請求項２６９】
転写因子調節化合物がMarAファミリーポリペプチドインヒビターである、請求項267または268記載の方法。
【請求項２７０】
転写因子調節化合物がAraCファミリーポリペプチドインヒビターである、請求項267または268記載の方法。
【請求項２７１】
式(I)、(II)、(III)、(IV)、(V)、(VI)、(VII)、(VIII)または表2の化合物の有効量を被験体に投与する工程を含む、被験体における尿路感染症を治療するための方法。
【請求項２７２】
被験体がヒトまたはネコである、請求項271記載の方法。
【請求項２７３】
下記の式(I)の化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグ：
2009541332.tif 000096
式中、
R1は、ヒドロキシル、OCOCO2H；直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基；または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ独立に炭素または窒素であり；
式中、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが炭素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが窒素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；かつ
R10、R11、R12、およびR13はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、A、B、C、D、E、W、X、Y、およびZがそれぞれ炭素である場合、R6、R7、R8、R9のうち1つは水素ではない。
【請求項２７４】
下記の式(II)の化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩：
2009541332.tif 000097
式中、
R1aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R2a、R3a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13c、R13d、およびR13eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eが水素である場合、R13cは、水素、フッ素、ジメチルアミノ、シアノ、ヒドロキシ、メチル、およびメトキシではなく；かつ
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、およびR13dが水素である場合、R13cおよびR13eはフッ素ではない。
【請求項２７５】
下記の式(III)の化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグ：
2009541332.tif 000098
式中、
R14は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ独立に、炭素または窒素であり；
式中、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが炭素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが窒素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；
R23およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、G、J、K、L、M、Q、T、およびUがそれぞれ炭素である場合、R15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24のうち1つは水素ではない。
【請求項２７６】
下記の式(IV)の化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩：
2009541332.tif 000099
式中、
R14aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R15a、R16a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eのうち少なくとも2つは水素ではない。
【請求項２７７】
下記の式(V)の化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩：
2009541332.tif 000100
式中、
R25は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R26、R27、R28、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R35a、R35b、R35c、R35d、およびR35eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R26、R27、R28、およびR29のうち少なくとも2つは水素ではない。
【請求項２７８】
下記の式(VI)の化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩：
2009541332.tif 000101
式中、
R25'は、置換された直鎖または分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基であり；
R26'、R27'、R28'、R29'、R30'、R31'、R32'、R33'、R34'、R35a'、R35b'、R35c'、R35d'、およびR35e'はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンである。
【請求項２７９】
下記の式(VII)の化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩：
2009541332.tif 000102
式中、
R36はヒドロキシルであり；
R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
R38はシアノ、ニトロ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、ヘテロアリール、アミノ-オキシム、またはアミノカルボニルであり；
R46cは水素、アシル、フルオロ、ピリジィニル、ピリジニル、シアノ、イミダゾリル、ジアルキルアミノカルボニル、またはジアルキルアミノであり；
ただし、
R38がニトロであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノ、アシル、および水素ではなく；かつ
R38がシアノであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノではない。
【請求項２８０】
下記の式(VIII)の化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグ：
2009541332.tif 000103
式中、
R47は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R48、R49、R50、R51、R52、およびR53はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
Arはアリールである。
【請求項２８１】
表2の化合物である、請求項273〜280のいずれか一項記載の化合物。
【請求項２８２】
薬学的に許容される塩がナトリウム塩またはカリウム塩である、請求項273〜281のいずれか一項記載の化合物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本願は、2006年6月23日に出願された米国仮特許出願第60/815984号に対する優先権を主張する。前記出願の内容はその全文が参照により本明細書に組み入れられる。
【背景技術】
【０００２】
発明の背景
現在使用される抗生物質、および細菌感染症を治療するために開発中の抗生物質の多くは、微生物に選択圧を加え、広範な抗生物質耐性の発生につながっている。従って、微生物感染症の治療に対する別のアプローチの開発には大きな利点があると考えられる。
【０００３】
細菌の多剤耐性は一般に、異なる耐性メカニズムに対する遺伝的決定因子を有する複数のトランスポゾンおよびプラスミドの獲得によるとされている（Goldら、1996. N. Eng. J. Med. 335:1445）。しかし、多剤耐性を与える固有のメカニズムの記載が現れ始めている。そのうちの最初のものは、大腸菌（Escherichia coli）における染色体上でコードされた多抗生物質耐性（mar）遺伝子座であった（GeorgeおよびLevy、1983. J. Bacteriol. 155:531；GeorgeおよびLevy、1983. J. Bacteriol. 155:541）。大腸菌のMar突然変異体は10-6から10-7の頻度で発生し、テトラサイクリンまたはクロラムフェニコールの阻害レベル以下での増殖により選択された（GeorgeおよびLevy、上記）。これらの突然変異体はテトラサイクリン、クロラムフェニコール、ペニシリン、セファロスポリン、ピューロマイシン、ナリジクス酸、およびリファンピンに対する耐性を示した（GeorgeおよびLevy、上記）。その後、耐性表現型は拡大されてフルオロキノロン（Cohenら、1989. Antimicrob. Agents Chemother. 33:1318）、酸化的ストレス剤（Arizaら、1994. J. Bacteriol. 176:143；Greenbergら、1991. J. Bacteriol. 73:4433）、ならびに最近になって有機溶媒（Whiteら、1997. J. of Bacteriology 179:6122；Asakoら、1997. J. Bacteriol. 176:143）および家庭用消毒薬、例えばパイン油および/または登録商標TRICLOSAN（McMurryら、1998. FEMS Microbiology Letters 166:305；Mokenら、1997. Antimicrobial Agents and Chemotherapy 41:2770）を含むようになった。
【０００４】
mar遺伝子座は、大腸菌、ネズミチフス菌（Salmonella typhimurium）、および他の腸内細菌（Enterobacteriacae）における一般的プロモーター/オペレーター領域に隣接する二つの互いに異なる位置にある転写ユニットからなる（AlekshunおよびLevy、1997, Antimicrobial Agents and Chemother. 41: 2067）。一つのオペロンは、明白な機能はまだ持たない内在性膜タンパク質と推定されるが、いくつかの菌株のMar表現型に寄与していると考えられるMarCをコードする。もう一つのオペロンは、marOに結合し、marRABの発現を負に調節するMarリプレッサー（MarR）をコードするmarRAB（Cohenら、1994. J. Bacteriol. 175:1484；MartinおよびRosner 1995. PNAS 92:5456；SeoaneおよびLevy. 1995 J. Bacteriol. 177:530）、染色体上の他の遺伝子、例えばmarレギュロンの発現を制御するアクチベータ（MarA）（Cohenら、1994 J. Bacteriol. 175:1484；Gambinoら、1993. J. Bacteriol. 175:2888；SeoaneおよびLevy、1995 J. Bacteriol. 177:530）、および機能が不明の推定小タンパク質（MarB）を含む。
【０００５】
大腸菌をテトラサイクリンおよびクロラムフェニコール（Hachlerら、1991 J Bacteriol 173(17):5532-8；Ariza、1994, J Bacteriol; 176(1):143-8）、サリチル酸ナトリウムおよびその誘導体（Cohen、1993, J Bacteriol; 175(24):7856-62）ならびに酸化的ストレス剤（Seoaneら、1995. J Bacteriol; 177(12):3414-9）を含むいくつかの化学物質に曝露するとMar表現型が誘導される。これらの化学物質の中には、リプレッサーと相互作用してその機能を不活化することによりMarRのレベルで直接作用するものもあれば（Alekshun. 1999. J. Bacteriol. 181:3303-3306）、別のメカニズム、例えば、シグナルトランスダクション経路を通じてmar発現を誘導すると考えられるもの（テトラサイクリンおよびクロラムフェニコールなどの抗生物質）もある（Alekshun. 1999. J. Bacteriol. 181:3303-3306）。
【０００６】
いったん発現されれば、MarAは大腸菌marレギュロンを構成するいくつかの遺伝子の転写を活性化する（Alekshun、1997, Antimicrob. Agents Chemother. 41:2067-2075；Alekshun、1999. J. Bacteriol. 181:3303-3306）。抗生物質感受性の低下に関して、AcrAB/TolC多剤排出系の発現増大（Fralick、1996, J Bacteriol. 178(19):5803-5；Okusu、1996 J Bacteriol;178(1):306-8）および外膜タンパク質であるOmpFの合成減少（Cohen、1988, J Bacteriol.; 170(12):5416-22）が主要な役割を果たす。しかし、有機溶媒耐性はMarAが仲介するAcrAB、TolC、OmpX、および77kDaのタンパク質の発現増大によるとされている（Aono、1998, Extremophiles; 2(3):239-48；Aono、1998 J Bacteriol; 180(4):938-44）が、OmpFレベルとは無関係である（Asako、1999, Appl Environ Microbiol; 65(1):294-6）。
【０００７】
MarAは転写アクチベータのXylS/AraCファミリーのメンバーである（Gallegosら、1993. Nucleic Acids Res. 21:807）。XylS/AraCファミリーには100を越えるタンパク質があり、このタンパク質群の限定的特徴は二つのヘリックス・ターン・ヘリックス（HTH）DNA結合モチーフがあることである。このファミリー内のタンパク質は多くの異なる遺伝子を活性化し、そのうちのいくつかは抗生物質および酸化的ストレス剤耐性を生じるか、または微生物の代謝および毒性を制御する（Gallegosら、上記）。
【発明の概要】
【０００８】
本発明は、微生物における毒性因子として微生物の転写因子、例えば、AraC-XylSファミリーの転写因子を同定しており、これらの因子の阻害が微生物細胞の毒性を低下させることを示している。これらの転写因子が、必須の細胞内プロセスではなく毒性を制御しているので、耐性の発生の可能性は非常に低い。従って、一局面において、本発明は、微生物によって被験体の感染を予防する方法であって、微生物転写因子の発現または活性を調節する化合物を、被験者の感染を防ぐように、感染が生じる危険性のある被験者に投与する工程を含む方法に関する。
【０００９】
一態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させる方法に関する。本方法は、微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(I)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグを細胞に接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000002
式中、
R1は、ヒドロキシル、OCOCO2H；直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基；または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ独立に炭素または窒素であり；
式中、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが炭素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが窒素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；
R10、R11、R12、およびR13はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、A、B、C、D、E、W、X、Y、およびZがそれぞれ炭素である場合、R6、R7、R8、R9のうち1つは水素ではない。
【００１０】
別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(I)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000003
式中、
R1は、ヒドロキシル、OCOCO2H；直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基；または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ独立に炭素または窒素であり；
式中、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが炭素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが窒素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；かつ
R10、R11、R12、およびR13はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、A、B、D、E、W、X、Y、およびZがそれぞれ炭素である場合、R6、R7、R8、R9のうち1つは水素ではない。
【００１１】
一態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(II)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000004
式中、
R1aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R2a、R3a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13c、R13d、およびR13eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eが水素である場合、R13cは、水素、フッ素、ジメチルアミノ、シアノ、ヒドロキシ、メチル、およびメトキシではなく；かつ
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、およびR13dが水素である場合、R13cおよびR13eはフッ素ではない。
【００１２】
さらに別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(II)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000005
式中、
R1aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R2a、R3a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13c、R13d、およびR13eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eが水素である場合、R13cは、水素、フッ素、ジメチルアミノ、シアノ、ヒドロキシ、メチル、およびメトキシではなく；かつ
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、およびR13dが水素である場合、R13cおよびR13eはフッ素ではない。
【００１３】
別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(III)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000006
式中、
R14は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ独立に、炭素または窒素であり；
式中、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが炭素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが窒素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；
R23およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、G、J、K、L、M、Q、T、およびUがそれぞれ炭素である場合、R15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24のうち1つは水素ではない。
【００１４】
さらに別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(III)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000007
式中、
R14は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ独立に、炭素または窒素であり；
式中、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが炭素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが窒素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；
R23およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、G、J、K、L、M、Q、T、およびUがそれぞれ炭素である場合、R15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24のうち1つは水素ではない。
【００１５】
一態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(IV)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000008
式中、
R14aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R15a、R16a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eのうち少なくとも2つは水素ではない。
【００１６】
別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(IV)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000009
式中、
R14aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R15a、R16a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであるか；あるいはR24cおよびR24dが結合して環を形成し；
ただし、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eのうち少なくとも2つは水素ではない。
【００１７】
さらなる態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(V)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000010
式中、
R25は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R26、R27、R28、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R35a、R35b、R35c、R35d、およびR35eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R26、R27、R28、およびR29のうち少なくとも2つは水素ではない。
【００１８】
別の態様において、本発明は転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(V)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000011
式中、
R25は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R26、R27、R28、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R35a、R35b、R35c、R35d、およびR35eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R26、R27、R28、およびR29のうち少なくとも2つは水素ではない。
【００１９】
一態様において、本発明は微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(VI)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000012
式中、
R25'は、置換された直鎖または分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基であり；
R26'、R27'、R28'、R29'、R30'、R31'、R32'、R33'、R34'、R35a'、R35b'、R35c'、R35d'、およびR35e'はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンである。
【００２０】
別の態様において、本発明は転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(VI)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000013
式中、
R25'は、置換された直鎖または分枝鎖のC1〜C5アルコキシ基であり；
R26'、R27'、R28'、R29'、R30'、R31'、R32'、R33'、R34'、R35a'、R35b'、R35c'、R35d'、およびR35e'はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンである。
【００２１】
別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(VII)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000014
式中、
R36はヒドロキシルであり；
R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
R38はシアノ、ニトロ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、ヘテロアリール、アミノ-オキシム、またはアミノカルボニルであり；
R46cは水素、アシル、フルオロ、ピリジィニル（pyrizinyl）、ピリジニル、シアノ、イミダゾリル、ジアルキルアミノカルボニル、またはジアルキルアミノであり；
ただし、
R38がニトロであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノ、アシル、および水素ではなく；かつ
R38がシアノであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノではない。
【００２２】
さらなる態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(VII)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000015
式中、
R36はヒドロキシルであり；
R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
R38はシアノ、ニトロ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、ヘテロアリール、アミノ-オキシム、またはアミノカルボニルであり；
R46cは水素、アシル、フルオロ、ピリジィニル、ピリジニル、シアノ、イミダゾリル、ジアルキルアミノカルボニル、またはジアルキルアミノであり；
ただし、
R38がニトロであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノ、アシル、および水素ではなく；かつ
R38がシアノであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノではない。
【００２３】
さらなる態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(VIII)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000016
式中、
R47は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R48、R49、R50、R51、R52、およびR53はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
Arはアリールである。
【００２４】
一態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(VIII)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000017
式中、
R47は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R48、R49、R50、R51、R52、およびR53はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
Arはアリールである。
【００２５】
一態様において、転写因子はAraC-XylSファミリーの転写因子のメンバーである。
【００２６】
一態様において、転写因子はMarAファミリーの転写因子のメンバーである。
【００２７】
別の態様において、本方法は抗生物質を投与する工程をさらに含む。
【００２８】
別の局面において、本発明は、微生物による被験体の尿路感染を予防する方法であって、微生物転写因子の発現または活性を調節する化合物を、被験体の感染を予防するように、尿路感染が生じる危険性がある被験体に投与する工程を含む方法に関する。一態様において、転写因子は、AraC-XylSファミリーの転写因子のメンバーである。一態様において、転写因子はMarAファミリーの転写因子のメンバーである。別の態様において、本方法は抗生物質を投与する工程をさらに含む。
【００２９】
さらに別の局面において、本発明は、微生物の毒性を低下させる方法であって、微生物転写因子の発現または活性を調節する化合物を、微生物の毒性が低下するように、微生物による感染症を発症する危険性がある被験体に投与する工程を含む方法に関する。
【００３０】
別の局面において、本発明は、被験体において微生物感染症を治療する方法であって、転写因子の発現または活性を調節する化合物を、被験体の感染症を治療するように、微生物感染している被験体に投与する工程を含む方法に関する。一態様において、転写因子はAraC-XylSファミリーの転写因子のメンバーである。一態様において、転写因子はMarAファミリーの転写因子のメンバーである。別の態様において、本方法は抗生物質を投与する工程をさらに含む。
【００３１】
別の局面において、本発明は、微生物毒性の阻害における微生物転写因子の発現または活性を調節する化合物の有効性を評価する方法に関し、該方法は、非ヒト動物に微生物を感染させる工程であって、非ヒト動物において感染を確立できる微生物の能力が微生物の動物への定着を必要とする工程；非ヒト動物に微生物転写因子の発現または活性を調節する化合物を投与する工程；および非ヒト動物の感染レベルを決定する工程であって、化合物の、動物の感染レベルを低下させる能力により、化合物が微生物毒性の阻害において有効であるということが示される工程を含む。一態様において、転写因子はAraC-XylSファミリーの転写因子のメンバーである。一態様において、転写因子はMarAファミリーの転写因子のメンバーである。別の態様において、本方法は抗生物質を投与する工程をさらに含む。
【００３２】
さらに別の態様において、非ヒト動物の感染レベルは、微生物の非ヒト動物組織に定着する能力を測定することによって決定される。
【００３３】
別の態様において、非ヒト動物の感染レベルは、非ヒト動物組織に存在する微生物の数を計測することによって決定される。
【００３４】
別の局面において、本発明は、微生物感染症を治療するための化合物を同定する方法に関し、該方法は、非ヒト動物に微生物を接種する工程であって、非ヒト動物において感染を確立する微生物の能力が、微生物の動物への定着を必要とする工程；動物に微生物転写因子の発現または活性を低下させる化合物を投与する工程；および微生物感染症を治療するための化合物が同定されるように、微生物の動物に定着する能力に対する試験化合物の効果を測定する工程を含む。一態様において、転写因子はAraC-XylSファミリーの転写因子のメンバーである。一態様において、転写因子はMarAファミリーの転写因子のメンバーである。別の態様において、本方法は抗生物質を投与する工程をさらに含む。
【００３５】
さらに別の態様において、非ヒト動物の感染レベルは、微生物の非ヒト動物組織に定着する能力を測定することによって決定される。
【００３６】
別の態様において、非ヒト動物の感染レベルは、非ヒト動物組織に存在する微生物の数を計測することよって決定される。
【００３７】
別の局面において、微生物の毒性を低下させるための化合物を同定する方法は、非ヒト動物に微生物を接種する工程であって、微生物の非ヒト動物において感染を確立する能力が、微生物の動物への定着を必要とする工程；微生物転写因子の発現または活性を低下させる化合物を動物に投与する工程；および微生物の毒性を低下させるための化合物が同定されるように、微生物の動物に定着する能力に対する試験化合物の効果を測定する工程を含む。一態様において、転写因子はAraC-XylSファミリーの転写因子のメンバーである。一態様において、転写因子はMarAファミリーの転写因子のメンバーである。別の態様において、本方法は抗生物質を投与する工程をさらに含む。
【００３８】
さらに別の態様において、非ヒト動物の感染レベルは、微生物の非ヒト動物組織に定着する能力を測定することによって決定される。
【００３９】
別の態様において、非ヒト動物の感染レベルは、非ヒト動物組織に存在する微生物の数を計測することによって決定される。
【００４０】
別の局面において、本発明は、微生物毒性を高める転写因子を同定するための方法に関し、該方法は、試験される転写因子が異所的に発現する微生物を作製する工程、非ヒト動物に微生物を導入する工程であって、微生物の非ヒト動物において感染を確立する能力が、微生物の動物への定着を必要とする工程；および微生物の動物に定着する能力を決定する工程であって、野生型の微生物細胞と比較した、微生物の動物に定着する能力の低下により、微生物の毒性を高める転写因子として転写因子が同定される工程を含む。一態様において、転写因子は、転写因子のAraC-XylSファミリーのメンバーである。一態様において、転写因子は、転写因子のMarAファミリーのメンバーである。
【００４１】
別の態様において、非ヒト動物の感染レベルは、微生物の非ヒト動物組織に定着する能力を測定することによって決定される。
【００４２】
別の態様において、非ヒト動物の感染レベルは、非ヒト動物組織に存在する微生物の数を計測することによって決定される。
【００４３】
別の局面において、本発明は、微生物の非生物の表面に接着する能力を低下させる方法に関し、該方法は、微生物の非生物の表面に接着する能力を低下させるように、非生物表面または微生物を、転写因子の活性を調節する化合物に接触させる工程を含む。一態様において、転写因子は、転写因子のAraC-XylSファミリーのメンバーである。別の態様において、転写因子は、転写因子のMarAファミリーのメンバーである。
【００４４】
さらに別の態様において、本方法は、非生物表面または微生物を、微生物の増殖を制御するのに有効な第2の薬剤に接触させる工程をさらに含む。
【００４５】
さらに別の態様において、非生物表面は、ステント、カテーテル、および人工器官からなる群より選択される。
【００４６】
一局面において、本発明は、微生物転写因子の活性または発現を調節し、微生物の毒性を低下させる化合物と薬学的に許容される担体とを含む薬学的組成物に関する。
【００４７】
別の局面において、本発明は、微生物転写因子の活性または発現を調節する化合物と薬学的に許容される担体中の抗生物質とを含む薬学的組成物に関する。
【００４８】
本発明は、これらに限定されるわけではないがヘリックス・ターン・ヘリックスタンパク質調節化合物などの転写因子調節化合物を同定すること、ならびにMarAファミリーポリペプチドおよびAraCファミリーポリペプチドなどの微生物転写因子を調節する化合物を同定するために用いることができる新規アッセイ法を提供することによる、先行技術を越える進歩を表す。ヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン含有タンパク質などの転写因子調節による遺伝子転写の調節は、様々な細胞プロセスを制御することができる。例えば、原核細胞において代謝、耐性、および毒性などのプロセスを制御することができる。
【００４９】
細菌転写因子を調節することが可能な化合物を同定するためのアッセイ法は、原核細胞および真核細胞の両方で遺伝子転写を制御するために用いることができるアゴニストおよびアンタゴニストの同定において非常に有益であると考えられる。
【００５０】
一態様において、本発明は細胞、例えば真核または原核細胞の抗生物質耐性を低下させる方法に関する。好ましい態様において、細胞は微生物細胞である。一態様において、本発明は、その抗生物質耐性が低下するように細胞を転写因子調節化合物と接触させることにより、微生物細胞における抗生物質耐性を低下させる方法に関する。
【００５１】
別の態様において、本発明は転写因子調節化合物の同定法も含む。この方法は、微生物細胞を試験化合物と、化合物と微生物細胞との相互作用を可能にする条件下で接触させる工程と、試験化合物が細胞に影響を与える能力を測定する工程とを含む。微生物細胞は、転写因子応答エレメントの直接制御下の選択マーカーと転写因子とを含む。
【００５２】
さらに別の態様において、本発明は転写因子調節化合物の同定法も含む。この方法は、1）転写因子応答エレメント制御下の選択マーカーと、2）転写因子とを含む微生物細胞を試験化合物と、化合物と微生物細胞との相互作用を可能にする条件下で接触させる工程と、試験化合物が細胞の増殖（例えば、インビトロまたはインビボで）または生存に影響を与える能力を測定する工程とを含み、ただし転写因子の不活化はインビトロまたはインビボでの細胞生存の低下につながる。本発明は、転写因子の不活化が細胞生存の増大につながる類似の方法、ならびに転写因子の活性化が細胞生存の増大または低下につながる方法にも関する。
【００５３】
別の態様において、1）guaBまたはpurA遺伝子における染色体欠失と、2）その転写因子応答プロモーター制御下の異種guaBまたはpurA遺伝子と、3）転写因子とを含む微生物細胞を試験化合物と、化合物と微生物細胞との相互作用を可能にする条件下で接触させることによる、転写因子調節化合物の同定法にも関する。この方法は、化合物が転写因子の活性を調節するかどうかの指標として、化合物がレポーターの遺伝子発現または微生物細胞の増殖もしくは生存に影響を与える能力を測定する工程をさらに含む。化合物が転写因子の活性を調節する能力は、遺伝子発現における変化につながり、細胞の増殖または生存に影響を与えることもある。
【００５４】
本発明は、本発明の方法によって同定された転写因子調節化合物、HTHタンパク質調節化合物、およびMarAファミリー調節化合物、これらの化合物の使用法、ならびにこれらの化合物を含む薬学的組成物に関する。本発明の転写因子調節化合物には、式（I）〜（VIII）および表2の化合物が含まれるが、これらに限定されるわけではない。
【００５５】
また本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞を構成する転写因子ポリペプチドの活性を調節する転写因子調節化合物を同定するためのキットにも関する。このキットは1）転写因子応答エレメント制御下の選択マーカーと、2）転写因子とを含む。
【００５６】
また本発明は少なくとも部分的に、転写因子調節化合物の有効量と、選択的に、薬学的に許容される担体とを含む薬学的組成物にも関する。
【００５７】
また本発明は、バイオフィルムが阻害されるように転写因子調節化合物を含む組成物を投与することにより、バイオフィルムを阻害する方法にも関する。
【００５８】
別の態様において、本発明は、薬学的に許容される担体と転写因子調節化合物とを含む薬学的組成物に関する。転写因子調節化合物は、式（I）〜（VIII）および表2の化合物でありうる。
【発明を実施するための形態】
【００５９】
発明の詳細な説明
本発明は、微生物転写因子、例えば、AraC-XylSファミリーの転写因子を、微生物における毒性因子として同定し、これらの因子の阻害により微生物細胞の毒性が低下することを示している。これらの転写因子は、必須の細胞内プロセスではなく毒性を制御しているため、これらの因子の調節は耐性を高めないと予想される。
【００６０】
細菌中で見出された転写因子のいくつかの主要なファミリーには、AraC、MarA、Rob、SoxS、およびLysRのようなヘリックス・ターン・ヘリックス型転写因子（HTH）(Harrison, S. C.、およびA. K. Aggarwal 1990、Annual Review of Biochemistry. 59:933-969)；ウィングドへリックス型（winged helix）転写因子（Gajiwala, K. S.、およびS. K. Burley 2000、10：110-116）（例えば、MarR、Sar/Rotファミリー、およびOmpR（Huffman, J. L.、およびR. G. Brennan 2002、Curr Opin Struct Biol. 12：98-106、Martinez-Hackert, E.、およびA. M. Stock 1997、Structure、5：109-124））；ならびにループドヒンジヘリックス型（looped-hinge helix）転写因子（Huffman, J. L.、およびR. G. Brennan 2002、Curr Opin Struct Biol. 12：98-106)（例えば、AbrBタンパク質ファミリー）が含まれる。
【００６１】
転写因子のAraC-XylSファミリーは、多くのメンバーを含む。MarA、SoxS、Rma、およびRobは、転写因子のAraC-XylSファミリーのタンパク質の例である。これらの因子は、AraC-XylSファミリーのサブセットに属し、多数の抗生物質に対する耐性を高める際に役割を果たしていると歴史的には考えられており、毒性因子であるとは考えられてはいない。実際に、毒性におけるmarAの役割は、マウスの感染モデルにおける、サルモネラ・エンテリカ（Salmonella enterica）血液型亜型チフィムリウム（Typhimurium）（ネズミチフス菌）（Sulavikら、1997、J. Bacteriology 179:1857）のmarAのヌル変異体を用いて調べられ、このような役割は見いだされていない。もう一つのモデル（同時感染実験または未加工統計を用いる）において、ニワトリにおけるmarAのヌル変異体の弱い影響のみが明らかにされた（Randallら、2001、J. Med. Microbiol. 50：770）。このより早期の研究とは異なり、本発明は少なくとも部分的に、微生物の宿主において感染を引き起こす能力が微生物転写因子の発現および/または活性の阻害によって阻害されうるという知見に基づいている。したがって、本発明は、微生物転写因子の治療標的としての使用を確認する。
【００６２】
本発明は少なくとも部分的に、転写因子（例えば、ヘリックス・ターン・ヘリックス（HTH）タンパク質、AraCファミリーポリペプチド、MarAファミリーポリペプチドなど）を調節する化合物、転写因子調節化合物（例えば、HTHタンパク質調節化合物、AraCファミリーポリペプチド調節化合物、MarAファミリーポリペプチド調節化合物など）の同定法、ならびに化合物の使用法に関する。
【００６３】
1. 転写因子
「転写因子」なる用語は、原核生物および真核生物両方における遺伝子調節に関与するタンパク質を含む。一態様において、転写因子は遺伝子発現に対して正の影響を有することがあり、したがって、「アクチベータ」または「転写活性化因子」と呼ぶこともある。別の態様において、転写因子は負の遺伝子発現を行うこともあり、したがって、「リプレッサー」または「転写抑制因子」と呼ぶこともある。アクチベータおよびリプレッサーは一般に用いられる用語で、それらの機能は当業者によって認識される。
【００６４】
本明細書に用いられる場合の「感染力」または「毒性」という用語は、宿主内で増殖を確立するために必要な第一段階である、病原性微生物の宿主に定着する能力を含む。感染力または毒性は、微生物が病原体であるために必要である。さらに、毒性微生物とは重症感染症を引き起こすことのできる微生物である。本明細書で用いられる場合の「病原性」という用語は、偏性生物と日和見性生物の両方を含む。微生物の抗生物質耐性能力はまた、宿主内での増殖を促進するために重要であるが、一態様において、抗生物質耐性は、本明細書で用いられる場合の「感染力」または「毒性」という用語には含まれない。従って、一態様において、本発明は、抗生物質耐性に影響（例えば、増加または低下）を及ぼすことなく微生物の感染力または毒性を低下させる方法に関する。好ましくは、本明細書で用いられる場合の「感染力または毒性」という用語は、宿主のバリアおよび免疫学的防御を回避することによって、生物がそれ自身を宿主内に定着させる能力を含む。
【００６５】
「AraCファミリーポリペプチド」、「AraVC-XylSファミリーポリペプチド」または「AraC-XylSファミリーペプチド」なる用語は、100を越える異なるタンパク質を含む、当技術分野において認められている原核生物の転写因子群を含む（Gallegosら、(1997) Micro. Mol. Biol. Rev. 61: 393；MartinおよびRosner、(2001) Curr. Opin. Microbiol. 4:132）。AraCファミリーポリペプチドは、PROSITE（PS）データベースにおいてプロファイルPS01124として規定されているタンパク質を含む。AraCファミリーポリペプチドは、PS0041、HTH AraCファミリー1、およびPS01124、およびHTH AraCファミリー2に記載のポリペプチドも含む。AraC-XylSファミリーポリペプチド、HTH AraCファミリー1、およびHTH AraCファミリー2の多配列整列化を、それぞれ図1〜3に示す。一態様において、AraCファミリーポリペプチドは一般に、一次配列のレベルで、このタンパク質のDNA結合活性を担うと考えられる約100アミノ酸の保存ストレッチからなる（Gallegosら、(1997) Micro. Mol. Biol. Rev. 61: 393；MartinおよびRosner、(2001) Curr. Opin. Microbiol. 4:132）。AraCファミリーポリペプチドは、二つのヘリックス・ターン・ヘリックスDNA結合モチーフを含んでいてもよい（MartinおよびRosner、(2001) Curr. Opin. Microbiol. 4:132；Gallegosら、(1997) Micro. Mol. Biol. Rev. 61: 393；Kwonら、(2000) Nat. Struct. Biol. 7:424；Rheeら、(1998) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95: 10413）。この用語はMarAファミリーポリペプチドおよびHTHタンパク質も含む。一態様において、本発明はAraCファミリーポリペプチドを調節する方法であって、AraCファミリーポリペプチドを、DNA結合に関与するポリペプチドの一部と相互作用する試験化合物と接触させることによる方法に関する。さらなる態様において、試験化合物は図2に示すHTH AraCファミリー1タンパク質の保存アミノ酸残基（大文字）と相互作用する。
【００６６】
「ヘリックス・ターン・ヘリックスタンパク質」、「HTHタンパク質」、「ヘリックス・ターン・ヘリックスポリペプチド」、および「HTHポリペプチド」なる用語は、一つまたは複数のヘリックス・ターン・ヘリックスドメインを含むタンパク質を含む。ヘリックス・ターン・ヘリックスドメインは当技術分野において公知で、DNA結合に関係するとされている（Ann Rev. of Biochem. 1984. 53:293）。ヘリックス・ターンドメインのコンセンサス配列の例は、BrunelleおよびSchleif（1989. J. Mol. Biol. 209:607）に見いだすことができる。このドメインは配列
2009541332.tif 000018
（Xは任意のアミノ酸であり、Phoは疎水性アミノ酸である）で示されている。
【００６７】
ヘリックス・ターン・ヘリックスドメインは最初に認められたDNA結合タンパク質モチーフであった。元来HTHドメインは細菌タンパク質中で同定されたが、それ以来HTHドメインは真核生物および原核生物両方に由来する何百ものDNA結合タンパク質中で見いだされている。これは、「ターン」を構成する短いアミノ酸伸張鎖によって連結された二つのアルファヘリックスから構築される。
【００６８】
一態様において、ヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン含有タンパク質はMarAファミリーポリペプチドである。「MarAファミリーポリペプチド」なる用語は、MarAに対する配列類似性を有する転写調節タンパク質およびMarAファミリーシグネチャーパターン（MarA family signature pattern）であってXylS/AraCシグネチャーパターンと呼ぶこともできるパターンを含む転写調節タンパク質などの、多くの天然HTHタンパク質を含む。MarAファミリーポリペプチドを規定する例示的シグネチャーパターンは、例えば、PROSITE上に示され、配列：
2009541332.tif 000019
（Xは任意のアミノ酸である）で表される。MarAファミリーポリペプチドは二つの「ヘリックス・ターン・ヘリックス」ドメインを有する。このシグネチャーパターンは第一の最もアミノ末端側のヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン（HTH1）に続き、第二の最もカルボキシ末端側のヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン（HTH2）の全体を含む領域由来のものであった（PROSITE PS00041参照）。
【００６９】
タンパク質のMarAファミリー（「MarAファミリーポリペプチド」）はAraC-XylSファミリーポリペプチドの一つのサブセットであり、MarA、SoxS、Rob、Rma、AarP、PqrAなどのタンパク質を含む。MarAファミリーポリペプチドは一般に、抗生物質、有機溶媒、および酸化的ストレス剤に対する耐性の調節に関与している（AlekshunおよびLevy、(1997) Antimicrob. Agents. Chemother. 41:2067）。他のAraC-XylSファミリーポリペプチドと同様に、MarA様タンパク質も一般に、MarAおよびRob結晶構造により例示される二つのHTHモチーフを含む（Kwonら、(2000) Nat. Struct. Biol. 7:424；Rheeら、(1998) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95: 10413）。MarAファミリーのメンバーは当業者であれば見分けることができ、一般にはMarAのアミノ酸第30〜76残基および第77〜106残基に対する相同性を有するタンパク質で表される（配列番号：1）。
【００７０】
好ましくは、MarAファミリーポリペプチドまたはその一部は第一のMarAファミリーHTHドメイン（HTH1）を含む（Brunelle、1989, J Mol Biol; 209(4):607-22）。別の態様において、MarAポリペプチドは第二のMarAファミリーHTHドメイン（HTH2）を含む（Caswell、1992, Biochem J; 287:493-509）。好ましい態様において、MarAポリペプチドは第一および第二両方のMarAファミリーHTHドメインを含む。
【００７１】
MarAファミリーポリペプチド配列は、一つまたは複数の公知のMarAファミリーのメンバー、好ましくはMarAに「構造的に関連」している。この関連性は、二つのMarAファミリーポリペプチド配列間またはそのようなポリペプチドを規定する二つのMarAファミリーヌクレオチド配列間の配列または構造類似性によって示すことができる。配列類似性は、例えば、比較のための整列化プログラムを用いてMarAファミリーメンバーを最適に整列化し、対応する位置を比較することにより示すことができる。配列間の類似性の程度を調べるために、これらを最適に比較する目的で整列化する（例えば、核酸分子に対する一つのタンパク質の他のタンパク質または核酸分子との最適な整列化のために、そのタンパク質の配列にギャップを導入してもよい）。次いで、アミノ酸残基または塩基および対応するアミノ酸の位置または塩基を比較する。一つの配列の位置が、他の配列の対応する位置と同じアミノ酸残基または同じ塩基で占有されている場合、それらの分子はその位置で同一である。アミノ酸残基が同一ではない場合、それらは類似でありうる。本明細書において用いられる場合、二つのアミノ酸残基が類似の側鎖を有する同じ残基ファミリーのメンバーであれば、一方のアミノ酸残基はもう一方のアミノ酸残基に「類似」である。塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ分枝側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）、および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン）を含む類似の側鎖を有するアミノ酸残基ファミリーは、当技術分野において規定されている（例えば、Altschulら、1990. J. Mol. Biol. 215:403参照）。したがって、配列間の類似性の程度（パーセンテージ）は二つの配列が共有する同一または類似の位置の数の関数である（すなわち、相同性％＝同一または類似の位置の数/全位置数×100）。整列化法は当技術分野において公知である。最適配列整列化については、例えば、Altschulら、上記を参照されたい。
【００７２】
MarAファミリーポリペプチドはMarAとある程度のアミノ酸配列類似性を有していると考えられる。MarAならびに他のMarAファミリーポリペプチドの核酸およびアミノ酸配列は当技術分野において入手可能である。例えば、MarAの核酸およびアミノ酸配列は、例えば、GenBank（アクセッション番号M96235またはCohenら、1993. J. Bacteriol. 175:1484、または配列番号：1および配列番号：2において見いだすことができる。
【００７３】
MarAの核酸および/またはアミノ酸配列は、例えば、関連配列を有する他のMarAファミリーメンバーを同定するためにデータベース（例えば、公的または私的のいずれか）検索を行うための「クエリー配列」として用いることができる。そのような検索は、例えば、Altschulら、(1990) J. Mol. Biol. 215:403-10のNBLASTまたはXBLASTプログラム（第2.0版）を用いて実施することができる。MarAファミリーの核酸分子と相同のヌクレオチド配列を得るために、BLASTヌクレオチド検索を、NBLASTプログラム、スコア＝100、ワード長＝12により実施することができる。本発明のMarAタンパク質分子と相同のアミノ酸配列を得るために、BLASTタンパク質検索を、XBLASTプログラム、スコア＝50、ワード長＝3により実施することができる。比較のためのギャップ整列化を行うために、Gapped BLASTをAltscvhulら、(1997) Nucleic Acids Res. 25(17):3389-3402に記載のとおりに用いることができる。BLASTおよびGapped BLASTプログラムを用いる場合、それぞれのプログラム（例えば、XBLASTおよびNLAST）のデフォルトパラメーターを用いることができる。
【００７４】
MarAファミリーメンバーを、それらがMarAを規定する核酸配列に特異的にハイブリダイズする能力に基づいて類似であるとして同定することもできる。そのようなストリンジェントな条件は当業者には公知で、例えば、Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y. (1989), 6.3.1-6.3.6において見いだすことができる。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の好ましく、非限定的な例は、6×塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム（SSC）中、約45℃でハイブリダイゼーションを行った後、0.2×SSC、0.1％SDS中、50〜65℃で一回または複数回洗浄する条件である。ハイブリダイゼーションの条件は、実質的に純粋な二重鎖核酸の分子の半分で観察される融点Tmに大きく依存する。Tmは所与の配列の分子の半分が融解するか、または一重鎖になる温度（℃）である。11から23塩基の核酸配列では、Tm（℃）は2(A+T残基の数)+4(C+G残基の数)で推定することができる。核酸分子のハイブリダイゼーションまたはアニーリングはTmよりも低い温度、例えば、Tmよりも15℃、20℃、25℃または30℃低い温度で実施するべきである。塩濃度（NaClのM）の影響も計算することができ、例えば、The Encyclopedia of Molec. Biol.、J. Kendrew編、Blackwell Oxford (1994)のBrown, A.、「Hybridization」pp. 503-506を参照されたい。
【００７５】
好ましくは、このようにして同定したMarAファミリーメンバーの核酸配列は、MarAヌクレオチド配列と少なくとも約10％、20％、より好ましくは少なくとも約30％、より好ましくは少なくとも約40％同一、好ましくは少なくとも約50％、または60％同一である。好ましい態様において、MarAファミリーメンバーの核酸配列はMarAヌクレオチド配列と少なくとも約70％、80％、好ましくは少なくとも約90％、より好ましくは少なくとも約95％同一である。好ましくは、MarAファミリーメンバーは、MarAアミノ酸配列と少なくとも約20％、好ましくは少なくとも約30％、より好ましくは少なくとも約40％同一、好ましくは少なくとも約50％、または60％以上同一のアミノ酸配列を有する。好ましい態様において、MarAファミリーメンバーの核酸配列はMarAヌクレオチド配列と少なくとも約70％、80％、より好ましくは少なくとも約90％、またはより好ましくは少なくとも約95％同一である。しかし、微生物の遺伝子転写調節因子の間の配列類似性のレベルは、同じファミリーのメンバーであっても、必ずしも高くはない。これは、配列同一性のレベルが低い、例えば20％未満の異なるゲノム（例えばB.ブルグドルフェリ（B. burgdorferi）と例えば枯草菌（B. subtilis））の場合に特にあてはまる。したがって、MarAファミリーメンバーの間の構造類似性はアミノ酸残基の「三次元対応」に基づいて求めることもできる。本明細書において用いられる場合、「三次元対応」なる用語は、空間的に対応する、例えばX線結晶学により評価して、例えばMarAファミリーポリペプチドメンバーと同じ位置にあるが、直線整列化プログラムを用いて整列化すると対応しないこともある残基を含むことが意図される。「三次元対応」なる用語は、同じ機能を行う、例えば突然変異解析により評価して、例えばDNAに結合する、または同じ補助因子に結合する残基も含む。
【００７６】
例示的MarAファミリーポリペプチドは表1およびProsite（PS00041）に示されているが、これには下記が含まれる：
AarP、Ada、AdaA、AdiY、AfrR、AggR、AppY、AraC、CafR、CelD、CfaD、CsvR、D90812、EnvY、ExsA、FapR、HrpB、InF、InvF、LcrF、LumQ、MarA、MelR、MixE、MmsR、MsmR、OrfR、Orf_f375、PchR、PerA、PocR、PqrA、RafR、RamA、RhaR、RhaS、Rns、Rob、SoxS、S52856、TetD、TcpN、ThcR、TmbS、U73857、U34257、U21191、UreR、VirF、XylR、XylS、Xys1、2、3、4、Ya52、YbbB、YfiF、YisR、YzbC、およびYijO。大腸菌Rob分子のヌクレオチドおよびアミノ酸配列をそれぞれ配列番号：3および4に示す。
【００７７】
（表１）いくつかの細菌MarA相同体a
2009541332.tif 000020
a  サイズが87（U34257）から138（OrfR）アミノ酸残基の範囲の小さいMarA相同体は太字で示している。参考文献を括弧内に示し、下記に列挙する。
【００７８】
表1の参考文献：
2009541332.tif 000021
【００７９】
「転写因子調節化合物」または転写因子調節剤」なる用語はHTHタンパク質調節化合物、HTHタンパク質調節剤を含む。転写因子調節化合物は、転写因子の活性が調節される、例えば増強または阻害されるように、一つまたは複数の転写因子と相互作用する化合物を含む。この用語はAraCファミリー調節化合物およびMarAファミリー調節化合物の両方も含む。一態様において、転写因子調節化合物は、転写因子、例えば原核生物由来の転写因子または真核生物由来の転写活性化因子の阻害化合物である。一態様において、転写因子調節化合物は、当技術分野において公知のアッセイ法または、本明細書に参照により組み入れられる米国特許出願第11/115024号の実施例8に記載のものなどのLANCEアッセイ法により測定した、転写因子の活性を調節する。一態様において、転写因子調節化合物は特定の転写因子を、転写因子調節化合物なしの転写因子の活性に比べて約10％以上、約40％以上、約50％以上、約60％以上、約70％以上、約80％以上、約90％以上、約95％以上、または約100％阻害する。別の態様において、転写因子調節化合物はバイオフィルムの生成を阻害する。一態様において、転写因子調節化合物は当技術分野において公知のアッセイ法または、参照により本明細書に組み入れられる米国特許出願第11/115024号の実施例7に記載のクリスタルバイオレットアッセイ法により測定したバイオフィルム生成を阻害する。一態様において、本発明の転写因子はバイオフィルムの生成を、転写因子調節化合物なしのバイオフィルムの生成に比べて約25％以上、50％以上、75％以上、80％以上、90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、99％以上、99.9％以上、99.99％以上、または約100％阻害する。
【００８０】
「HTHタンパク質調節化合物」または「HTHタンパク質調節剤」なる用語は、HTHタンパク質の活性が調節される、例えば増強または阻害されるように、一つまたは複数のHTHタンパク質と相互作用する化合物を含む。一態様において、HTHタンパク質調節化合物はMarAファミリーポリペプチド調節化合物である。一態様において、HTHタンパク質の活性は、HTHタンパク質調節化合物と相互作用した場合に増強される。例えば、HTHタンパク質の活性は、HTH調節化合物なしのHTHタンパク質の活性の10％を越えて、20％を越えて、50％を越えて、75％を越えて、80％を越えて、90％を越えて、または100％増大することもある。別の態様において、HTHタンパク質の活性は、HTHタンパク質調節化合物との相互作用によって減少する。一態様において、HTHタンパク質の活性は、本明細書に記載の技術およびアッセイ法を用いて、本発明のHTH調節化合物と接触しないときのHTHタンパク質の活性に比べて、約25％以上、50％以上、75％以上、80％以上、90％以上、95％以上、96％以上、97％以上、98％以上、99％以上、99.9％以上、99.99％以上、または約100％低下する。本明細書に含まれる値および範囲ならびに/または本明細書に記載の値の中間値も、本発明の範囲内であることが意図される。
【００８１】
「MarAファミリーポリペプチド調節化合物」または「MarAファミリー調節化合物」なる用語は、MarAファミリーペプチドの活性が増強または阻害されるように、一つまたは複数のMarAファミリーポリペプチドと相互作用する化合物を含む。一態様において、MarAファミリーポリペプチド調節化合物は阻害化合物である。さらなる態様において、MarAファミリー阻害化合物はMarA、Rob、および/またはSoxSのインヒビターである。別の態様において、MarAファミリーポリペプチド調節化合物は、参照により本明細書に組み入れられる米国特許出願第11/115024号の実施例9に記載のルシフェラーゼアッセイ法においてルシフェラーゼの発現を調節する。一態様において、MarAファミリーポリペプチド調節化合物はルシフェラーゼ発現を10％を越えて、20％を越えて、30％を越えて、40％を越えて、50％を越えて、60％を越えて、70％を越えて、80％を越えて、90％を越えて、または約100％低下させる。
【００８２】
「ポリペプチド」なる用語は、ペプチド結合または修飾ペプチド結合によって互いに結合した複数のアミノ酸を含むペプチドまたはタンパク質を意味する。「ポリペプチド」は、一般にペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーと呼ばれる短鎖、ならびに一般にタンパク質と呼ばれる長鎖の両方を含む。ポリペプチドは、20の遺伝子によってコードされるアミノ酸以外のアミノ酸を含むこともある。「ポリペプチド」は、プロセッシングおよび他の翻訳後修飾などの自然過程によって改変されたものを含むが、化学修飾技術によって改変されたものも含む。そのような改変は基本の教科書、およびより詳細な研究書、ならびに大部の研究文献に詳しく記載されており、当業者には公知である。同種の改変が所与のポリペプチドのいくつかの部位に同程度または異なる程度で存在しうることが理解されると思われる。また、所与のポリペプチドは多くの種類の改変を含むこともある。改変は、ペプチド主鎖、アミノ酸側鎖、およびアミノまたはカルボキシル末端を含むポリペプチドのどこにでも起こりうる。改変には、例えば、アセチル化、アシル化、ADP-リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合による架橋形成、システインの形成、ピログルタミン酸エステルの形成、ホルミル化、ガンマ-カルボキシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解処理、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、グリコシル化、脂質結合、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマ-カルボキシル化、ヒドロキシル化およびADP-リボシル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化などの転移RNA仲介性のアミノ酸のタンパク質への付加、ならびにユビキチン結合が含まれる。例えば、Proteins--Structure And Molecular Properties、第2版、T. E. Creighton, W. H. Freeman and Company、New York (1993)およびPosttranslational Covalent Modification Of Proteins、B. C. Johnson編、Academic Press, New York (1983)のWold, F.、Posttranslational Protein Modifications: Perspectives and Prospects、p.1-12；Seifterら、Meth. Enzymol. 182:626-646 (1990)およびRattanら、Protein Synthesis: Posttranslational Modifications and Aging, Ann. N.Y. Acad. Sci. 663: 48-62 (1992)を参照されたい。ポリペプチドは分枝または分枝を有する、もしくは有していない環状であってもよい。環状、分枝および分枝環状ポリペプチドは、翻訳後の自然過程から生じることもあり、同様に完全に合成的な方法によって作られることもある。
【００８３】
本明細書で用いられる場合の「ウィングドヘリックス」という用語は、各単量体が1つまたは2つのβヘアピンウィング（β-hairpin wing）の前にヘリックス・ターン・ヘリックスモチーフを含む二量体転写因子を含む（Brennan、1993、Cell、74：773；GajiwalaおよびBurley、2000、Curr. Opin. Struct. Biol. 10：110）。構造中のいくつかの変化が示されているが、古典的なウィングドヘリックスモチーフは、2つのウィング、3つのαヘリックス、および3つのβストランドをH1-B1-H2-T-H3-B2-W1-B3-W2（この場合、Hはヘリックスであり、Bはβストランドであり、Tはターンであり、かつWはウィングである）の配列中に含む（HuffmanおよびBrennan、2002、Current Opinion in Structural Biology、12：98）。
【００８４】
本明細書で用いられる場合の「ループドヒンジヘリックス」という用語はAbrBといった転写因子を含み、DNA非存在下で4つのストランドβシートからなる二量体N末端領域、および1つのαヘリックスと「ループドヒンジ」とを含むC末端DNA結合領域を示す（例えば、HuffmanおよびBrennan、2002 Current Opinion in Structural Biology 12：98を参照されたい）。AbrBのR23およびR24に対応する残基は、DNA認識に重要であり、DNA結合領域の電気陽性性質の一因となる。
【００８５】
好ましいポリペプチド（およびそれらをコードする核酸分子）は「天然」である。本明細書において用いられる「天然」分子とは、自然に出現するアミノ酸またはヌクレオチド配列を有する分子（例えば、天然ポリペプチド）を意味する。加えて、天然ポリペプチドと同じ機能的活性（標的核酸分子（例えば、marboxを含む）またはポリペプチド（例えば、RNAポリメラーゼ）に結合する能力など）を保持するポリペプチドおよび核酸分子の天然または非天然変異型が提供される。そのような免疫学的交差反応性は、例えば、変異型がMarAファミリーポリペプチド応答エレメントに結合する能力によって示すことができる。そのような変異型は、例えば、当技術分野において公知の技術を用いた突然変異によって作製することができる。または、変異型は化学的に合成することもできる。
【００８６】
本明細書において用いられる「変異型」なる用語は、基準核酸分子またはポリペプチドと配列が異なるが、その本質的性質を保持している核酸分子またはポリペプチドを含む。変異型のヌクレオチド配列における変化は、基準核酸分子によってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列を変えることもあれば、変えないこともある。ヌクレオチドまたはアミノ酸の変化は、天然の基準配列によってコードされるポリペプチドのアミノ酸の置換、付加、欠失、融合、および切断を引き起こすこともある。ポリペプチドの典型的な変異型は基準ポリペプチドとアミノ酸配列が異なる。一般に、差は限定されており、基準ポリペプチドおよび変異型の配列は全体として非常に類似しており、多くの領域で同一である。変異型および基準ポリペプチドは、一つまたは複数の置換、付加、および/または欠失の任意の組み合わせでアミノ酸配列が異なっていることもある。
【００８７】
核酸分子またはポリペプチドの変異型は、対立遺伝子による変異型などの天然に生じるものであってもよく、または天然に生じることが知られていない変異型であってもよい。核酸分子およびポリペプチドの非天然変異型は、基準核酸分子またはポリペプチドから、突然変異誘発技術により、直接合成により、および当業者には公知の他の組換え法により作製することができる。または、変異型は化学的に合成することもできる。例えば、機能的に等価（例えば、MarAファミリーポリペプチド応答エレメントと相互作用する能力を有する）である自己ポリペプチドの人工または突然変異型は、当技術分野において公知の技術を用いて製造することができる。
【００８８】
突然変異は、例えば、置換を起こしうる、または少なくとも一つの欠失もしくは挿入による、少なくとも一つの別個の点突然変異を含みうる。例えば、突然変異は無作為突然変異誘発により、またはカセット突然変異誘発を用いて作製することもできる。前者の場合、分子の全コード領域にいくつかの方法（化学的、PCR、ドープオリゴヌクレオチド合成）の一つによって突然変異を誘発し、無作為に突然変異した分子群を選択またはスクリーニング法に供する。後者では、規定された構造または機能決定因子いずれかに対応するポリペプチドの別個の領域を飽和または半無作為突然変異誘発に供し、これらの突然変異誘発されたカセットをそれ以外は野生型の対立遺伝子の環境に再導入する。一態様において、PCR突然変異誘発を用いることができる。例えば、メガプライマーPCRを用いることができる（O.H. Landt、1990. Gene 96:125-128）。
【００８９】
好ましい態様において、MarAファミリーポリペプチドは一つまたは複数のXylS、AraC、およびMelRを除外する。他の好ましい態様において、MarAファミリーポリペプチドは抗生物質耐性に関与している。特に好ましい態様において、MarAファミリーポリペプチドはMarA、RamA、AarP、Rob、SoxS、およびPqrAからなる群より選択される。
【００９０】
「転写因子の活性」なる用語は、転写因子がDNAと相互作用する、例えば、転写因子応答プロモーターに結合する、またはそのようなプロモーターから転写を開始する能力を含む。この用語はAraCファミリーポリペプチド、HTHタンパク質およびMarAファミリーポリペプチドの活性を特に含む。
【００９１】
「MarAファミリーポリペプチドの活性」なる用語は、MarAファミリーポリペプチドがDNAと相互作用する、例えば、MarAファミリーポリペプチド応答プロモーターに結合する、またはそのようなプロモーターから転写を開始する能力を含む。MarAは転写アクチベータ（例えば、inaA、galT、micFなどの上方制御遺伝子）およびリプレッサー（例えば、fecA、purA、guaBなどの下方制御遺伝子）の両方として機能する（(Alekshun、1997, Antimicrob. Agents Chemother. 41:2067-2075；Barbosa & Levy、J. Bact. 2000, Vol. 182, p. 3467-3474；Pomposielloら、J. Bact. 2001, Vol 183, p. 3890-3902）。
【００９２】
「転写因子応答エレメント」という用語は、微生物におけるオペロンの転写開始に関与する転写因子（例えば、プロモーターまたはエンハンサーまたはオペレーター）と相互作用できる核酸配列を含む。様々な転写因子に応答する転写因子応答エレメントは、当技術分野において周知であり、付加的な応答エレメントは、当業者によって同定されることが可能である。例えば、マイクロアレイ解析は、対象の転写因子によって調節される遺伝子を同定するために用いることができる。対象に関して、転写因子によって調節される遺伝子は、転写因子のために欠失した細胞より野生型細胞において高いレベルで発現している。さらに、所定の転写因子に応答する遺伝子は、転写因子に応答する1つまたは複数の標的配列をそれらのプロモーター領域中に含む（Lyonsら、2000、PNAS 97：7957）。例示的な応答エレメントは、araBAD、araE、araFGH（AraCに応答）；melBAD（MelRに応答）；rhaSR（RhaRに応答）；rahBAD、rhaT（RhaSに応答）；Pm（XylSに応答）；fumC、inaA、micF、nfo、pai5、sodA、tolC、acrAB、fldA、fpr、mar、poxB、ribA、およびzwf（MarA、SoxS、Robに応答）；ならびにcoo、rns（Rnsに応答）を含む。
【００９３】
「marAファミリーポリペプチド応答エレメント」なる用語は、微生物において核酸配列の転写制御に関与するmarAの例えばプロモーターまたはエンハンサーと相互作用しうる核酸配列を含む。MarA応答エレメントは約16塩基対のmarbox配列、すなわちMarAのその標的への結合にとって非常に重要な配列を含む。加えて、第一のmarboxの上流の、第二の部位であるアクセサリーmarboxは、基準および抑制解除されたmar転写に寄与する。marboxは順方向または逆方向のいずれかで位置していてもよい。（Martin、1999, Mol. Microbiol. 34:431-441）。marRABオペロンにおいて、marboxは逆方向であり、したがってmarRABに関してセンス鎖上に局在する（Martin、1999, Mol. Microbiol. 34:431-441）。特定のプロモーターのmarbox配列内のわずかな相違は、MarAおよび他の関連する、例えば、SoxSおよびRob転写因子による区別的制御の原因となりうる（Martin、2000, Mol Microbiol; 35(3):623-34）。一態様において、MarAファミリー応答エレメントは、marAプロモーターに構造的または機能的に関連する、例えば、MarAまたはMarA関連タンパク質と相互作用するプロモーターである。好ましくは、marAファミリーポリペプチド応答エレメントはmarRABプロモーターである。例えば、marオペロンにおいて、本明細書の定義のとおり、いくつかのプロモーターはmarAファミリーポリペプチド応答プロモーターであり、例えば、marO領域からの405塩基対のThaI断片はmarAファミリー応答プロモーターである（Cohenら、1993. J. Bact. 175:7856）。加えて、MarAは16塩基対のMarA結合部位（marO内の「marbox」と呼ばれている）に結合することが明らかにされている（Martinら、1996. J. Bacteriol. 178:2216）。MarAはacrA；micF；mlr 1、2、3；slp；nfo；inaA；fpr；sodA；soi-17、19；zwf；fumC；またはrpsFプロモーターからの転写にも影響をおよぼす（AlekshunおよびLevy、1997. antimicrobial Agents and Chemother. 41:2067）。他のmarAファミリー応答プロモーターが当技術分野において公知で、AraCによって活性化されるaraBAD、araE、araFGHおよびaraC；XylSによって活性化されるPm；MelRによって活性化されるmelAB；ならびにRobによって結合されるoriCが含まれる。
【００９４】
「MarAファミリーポリペプチド応答プロモーター」なる用語は、MarAファミリーメンバータンパク質との相互作用により転写を活性化するのに十分な前述のプロモーターの部分も含む。その活性のために最低限要求される任意のMarAファミリーポリペプチド応答プロモーターの部分は、当業者であれば、例えば、突然変異誘発を用いて容易に決定することができる。例示的技術はGallegosら（1996, J. Bacteriol. 178:6427）によって記載されている。「MarAファミリーポリペプチド応答プロモーター」は、天然のMarAファミリープロモーターと同じ機能を有する非天然のMarAファミリーポリペプチド応答プロモーター変異型も含む。好ましくはそのような変異型は、天然のMarAファミリーポリペプチド応答プロモーターと少なくとも30％以上、40％以上、または50％以上のヌクレオチド配列同一性を有する。好ましい態様において、そのような変異型は、天然のMarAファミリーポリペプチド応答プロモーターと少なくとも約70％のヌクレオチド配列同一性を有する。より好ましい態様において、そのような変異型は、天然のMarAファミリーポリペプチド応答プロモーターと少なくとも約80％のヌクレオチド配列同一性を有する。特に好ましい態様において、そのような変異型は、天然のMarAファミリーポリペプチド応答プロモーターと少なくとも約90％のヌクレオチド配列同一性、好ましくは少なくとも約95％のヌクレオチド配列同一性を有する。さらに他の態様において、MarAファミリーポリペプチド応答プロモーターの変異型をコードする核酸分子は、ストリンジェントな条件下で天然のMarAファミリーポリペプチド応答プロモーターをコードする核酸分子とハイブリダイズすることができる。
【００９５】
一態様において、本明細書に記載の方法で、本発明の転写因子に応答するものとして同定された分子、すなわち、発現が転写因子によって制御されるレギュロンの分子を使用することができる。例えば、微生物転写因子（例えばmarAファミリー転写因子）によって直接調節される遺伝子の転写を調節する化合物は、微生物の毒性を調節するために、または微生物による感染を調節するために用いることができる。別の態様において、このような遺伝子は、本明細書に記載の方法を用いた毒性の制御に重要であるものとして同定されることができる。本明細書で用いられる場合の「レギュロン」という用語は、発現が共通のリプレッサータンパク質またはアクチベータタンパク質によって調節されている、2つまたはそれ以上の異なるオペロンにおける2つまたはそれ以上の遺伝子座を含む。
【００９６】
「相互作用」なる用語は、測定可能な影響をもたらす分子間の密接な接触、例えば、一つの分子のもう一つの分子との結合を含む。例えば、MarAファミリーポリペプチドはMarAファミリーポリペプチド応答エレメントと相互作用して、DNAの転写レベルを変えることができる。同様に、化合物はMarAファミリーポリペプチドと相互作用して、MarAファミリーポリペプチドの活性を変えることができる。
【００９７】
「誘導性プロモーター」なる用語は、活性化されてそれらが制御する遺伝子の合成を誘導するプロモーターを含む。本明細書において用いられる「構成性プロモーター」なる用語は、誘導物質の存在を必要としない、例えば、常に活性なプロモーターを含む。
【００９８】
「異種DNA」または「異種核酸」なる用語は、それが存在する細胞内で天然に（例えば、ゲノムの一部として）出現しない、またはそれが天然に出現するものと異なるゲノム中の一つまたは複数の位置で見いだされる、またはそれが天然では通常連結しないDNA（すなわち、異種プロモーターに操作可能に連結されている遺伝子）に操作可能に連結されるDNAを含む。異種DNAは、1）特定の位置（例えば、ゲノム中の特定の位置）に天然に出現しない、または2）それが導入される細胞にとって内在性ではないが、他の細胞から得られたものである。異種DNAは同じ種由来でも、異なる種由来でもよい。それが発現される細胞にとって異種または外来性であると当業者が認める、または考えるいかなるDNAも、本明細書において異種DNAなる用語に含まれる。
【００９９】
「異種タンパク質」、「組換えタンパク質」、および「外来性タンパク質」なる用語は本明細書の全体を通して交換可能に用いられ、一般にポリペプチドをコードするDNAを適当な発現ベクターに挿入し、次にこのベクターを用いて宿主細胞を異種タンパク質を産生するように転換する、組換え技術によって産生されるポリペプチドを意味する。すなわち、ポリペプチドは異種核酸分子から発現される。
【０１００】
「微生物」なる用語は、転写因子、araCファミリーポリペプチド、HTHタンパク質、またはmarAファミリーポリペプチドを発現する、または発現させられる微生物を含む。「微生物」は幾分かの経済的重要性があり、例えば、環境的に重要であるか、またはヒトの病原体として重要である。例えば、一態様において、微生物は環境問題、例えば、汚損もしくは腐敗の原因となり、または植物物質の分解などの有用なはたらきをする。別の態様において、微生物は哺乳動物の内部または表面に生息する生物で、医学的に重要である。好ましくは、微生物は単細胞生物で、細菌、真菌、または原生動物を含む。別の態様において、本発明で用いるのに適した微生物は多細胞生物、例えば、寄生生物または真菌である。好ましい態様において、微生物はヒト、動物、または植物にとって病原性である。微生物は完全な細胞として、または無細胞アッセイ法のための原料として用いることができる。一態様において、微生物は原核生物を含む。他の態様において、微生物は真核生物を含む。MarA相同体を含む例示的な細菌は以下を含む。
2009541332.tif 000022
【０１０１】
「選択マーカー」なる用語は、細胞によって発現された時に指標として役立つ、例えば選択可能またはスクリーニング可能な特徴を提供するポリペプチドを含む。「選択マーカー」なる用語は、選択可能なマーカーおよび対抗選択可能なマーカーの両方を含む。本明細書において用いられる「選択可能なマーカー」なる用語は、アッセイ法の試験パラメーターを満たす化合物または分子が存在する場合に、増殖上好都合となるマーカーを含む。「対抗選択可能なマーカー」なる用語は、対抗選択可能なマーカーを発現させる条件を妨害する化合物または分子が存在しないかぎり、増殖上不都合となるマーカーを含む。例示的な選択マーカーには、細胞毒性遺伝子産物、抗生物質耐性を与える遺伝子産物、増殖に必須の遺伝子産物、特定の代謝基質存在下で発現された場合に選択的に増殖上不都合となる遺伝子産物（例えば、URA3遺伝子の発現は5-フルオロオロチン酸存在下で増殖上不都合である）が含まれる。
【０１０２】
本明細書で用いられる場合の「レポーター遺伝子」という用語は、調節配列、例えば転写因子応答プロモーターに機能的に連結される容易に検出できる生成物をコードする任意の遺伝子を含む。機能的に連結されるとは、適当な条件下で、RNAポリメラーゼが調節領域のプロモーターに結合し、続いてレポーター遺伝子が転写されるように塩基配列を転写することができることを意味する。好ましい態様において、レポーター遺伝子はレポーター遺伝子にインフレームで連結している転写因子応答プロモーターからなる。しかしながら、ある態様において、レポーター遺伝子構築物中の他の配列、例えば転写調節配列を含むことが望ましい場合がある。例えば、プロモーター活性の調節は、プロモーター領域に結合しているRNAポリメラーゼを改変することによって、または、その代わりにmRNAの転写開始または伸長を妨げることによって行われてもよい。従って、本明細書においてまとめて転写調節エレメントまたは転写調節配列として呼ばれる配列はまた、レポーター遺伝子構築物に含まれる場合がある。さらに、構築物は、生じたmRNAの翻訳を変更する塩基配列を含み、これによりレポーター遺伝子の産物量を改変しうる。
【０１０３】
レポーター遺伝子の例には、CAT（クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ）（AltonおよびVapnek（1979）、Nature 282：864-869）ルシフェラーゼ、およびβ-ガラクトシダーゼのような他の酵素検出系；ホタルルシフェラーゼ（deWetら（1987）、Mol. Cell. Biol. 7：725-737）；細菌ルシフェラーゼ（EngebrechtおよびSilverman（1984）、PNAS 1：4154-4158；Baldwinら（1984）、Biochemistry 23：3663-3667）；PhoA、アルカリホスファターゼ（Tohら（1989）Eur. J. Biochem. 182：231-238、Hallら（1983）J. Mol. Appl. Gen. 2：101）、ヒト胎盤分泌アルカリホスファターゼ（CullenおよびMalim（1992）Methods in Enzymol. 216:362-368）ならびに緑色蛍光タンパク質（米国特許第5,491,084号；国際公開公報第96/23898号）が含まれるが、これらに限定されない。
【０１０４】
本発明のある態様において、「単離または組換え」核酸分子の転写因子またはその変異型を得ることが望ましい。「単離または組換え」という用語は、例えば、（1）インビトロで、例えばポリメラーゼ連鎖反応（PCR）によって増幅された、（2）クローニングによって組換えにより作製された、または（3）切断およびゲル分離によって精製された、または（4）例えば化学合成などによって合成された核酸分子を含む。このような核酸分子は、天然ではゲノムにおいてそれに隣接している配列から、および細胞成分から単離される。
【０１０５】
本発明のさらに別の態様において、実質的に精製されたまたは組換えの転写因子を得ることが望ましい。このようなポリペプチドは、例えば、転写因子をコードする単離または組換え核酸分子を発現するように操作された細胞より精製することができる。例えば、以下により詳細に記載されるように、細菌細胞を、転写因子をコードするプラスミドで形質転換することができる。転写因子は、次に細菌細胞から精製され、例えば本明細書に記載のまたは当技術分野で周知の無細胞アッセイ法において用いられることができる。
【０１０６】
本明細書で用いられる場合の「抗生物質」という用語は、天然源から単離されたまたは化学合成された抗菌物質を含む。「抗生物質」という用語は、ヒトの治療において使用するための抗菌物質を指す。好ましい抗生物質には、テトラサイクリン、フルオロキノロン、クロラムフェニコール、ペニシリン、セファロスポリン、ピューロマイシン、ナリジクス酸、およびリファンピシンが含まれる。
【０１０７】
「試験化合物」なる用語は、本発明のアッセイ法において用いられ、転写因子、例えば、AraCファミリーポリペプチド、HTHタンパク質、またはMarAファミリーポリペプチドの活性に影響をおよぼす能力について、例えば、それが相互作用するポリペプチドまたは分子への結合により分析される、いかなる試薬または試験物質も含む。スクリーニングアッセイ法において、一つより多くの化合物、例えば複数の化合物を、それらが転写因子、例えば、AraCファミリーポリペプチド、HTHタンパク質、またはMarAファミリーポリペプチドの活性を調節する能力について、同時に試験することができる。有利な態様において、試験化合物はMarAファミリー調節化合物である。
【０１０８】
本アッセイ法で試験することができる試験化合物には、抗生物質および非抗生物質の化合物が含まれる。一態様において、試験化合物には候補洗浄剤または消毒化合物が含まれる。活性についてスクリーニングすることができる例示的試験化合物には、ペプチド、非ペプチド化合物、核酸、炭水化物、有機小分子（例えば、ポリケチド）、および天然物抽出ライブラリが含まれる。「非ペプチド試験化合物」なる用語は少なくとも部分的に、天然のペプチド結合で連結された天然のL-アミノ酸残基とは異なる分子構造からなる化合物を含む。しかし、「非ペプチド試験化合物」は、全体または部分的に、D-アミノ酸、非天然L-アミノ酸、修飾ペプチド主鎖などのペプチド様構造からなる化合物、ならびに全体または部分的に、天然のペプチド結合で連結された天然のL-アミノ酸残基とは無関係の分子構造からなる化合物も含む。「非ペプチド試験化合物」は、天然物を含むことも意図される。
【０１０９】
一態様において、小分子を試験化合物として用いることができる。「小分子」という用語は、当技術分野の用語であり、分子量が約1000未満または分子量が約500未満の分子を含む。一態様において、小分子は、ペプチド結合のみを含むのではない。別の態様において、小分子はオリゴマーではない。活性についてスクリーニング可能な例示的な小分子化合物は、ペプチド、ペプチド模倣体、核酸、炭水化物、有機小分子（例えば、ポリケチド）（Caneら、1998、Science 282：63）、および天然産物抽出物ライブラリーを含むが、これらに限定されない。別の態様において、化合物は、低分子有機非ペプチド化合物である。さらなる態様において、小分子は生合成性ではない。
【０１１０】
「アンタゴニスト」なる用語は、転写因子に結合して不活化することにより（例えば、AraCファミリー調節化合物、MarAファミリーポリペプチド調節化合物など）、転写因子が相互作用する核酸標的（例えば、MarAについてはmarbox）に結合することにより、特定のレギュロンの活性化（例えば、MarについてはMarRの不活化またはMarA合成の活性化）を担うシグナルトランスダクション経路を妨害することにより、および/または重要なタンパク質-タンパク質相互作用（例えば、MarAが転写因子として機能するために必要とされるMarA-RNAポリメラーゼ相互作用）を妨害することにより、転写因子の活性を阻害する転写因子調節化合物（例えば、AraCファミリーポリペプチド調節化合物、HTHタンパク質調節化合物、MarAファミリーポリペプチド調節化合物など）を含む。アンタゴニストには、例えば、細胞浸透性有機小分子、核酸インターキレーター（interchelator）、ペプチドなどの天然または化学合成化合物が含まれる。
【０１１１】
「アゴニスト」なる用語は、転写因子に結合して活性化することにより（例えば、AraCファミリー調節化合物、MarAファミリーポリペプチド調節化合物など）、転写因子が相互作用する核酸標的（例えば、MarAについてはmarbox）に結合することにより、特定のレギュロンの活性化（例えば、MarについてはMarRの不活化またはMarA合成の活性化）を担うシグナルトランスダクション経路を促進することにより、および/または重要なタンパク質-タンパク質相互作用（例えば、MarAが転写因子として機能するために必要とされるMarA-RNAポリメラーゼ相互作用）を促進することにより、転写因子の活性を促進する転写因子調節化合物（例えば、AraCファミリーポリペプチド調節化合物、HTHタンパク質調節化合物、MarAファミリーポリペプチド調節化合物など）を含む。アゴニストには、例えば、細胞浸透性有機小分子、核酸インターキレーター、ペプチドなどの天然または化学合成化合物が含まれる。
【０１１２】
II. MarAファミリーポリペプチドヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン
ヘリックス・ターン・ヘリックスドメインは当技術分野において公知で、DNA結合に関係するとされている（Ann Rev. of Biochem. 1984. 53:293）。ヘリックス・ターンドメインのコンセンサス配列の一例は、BrunelleおよびSchleif（1989, J. Mol. Biol. 209:607）に見いだすことができる。ドメインは配列
2009541332.tif 000023
（Xは任意のアミノ酸であり、Phoは疎水性アミノ酸である）で例示されている。
【０１１３】
MarAの結晶構造が明らかにされており、MarAの第一の（最もアミノ末端側）HTHドメインはアミノ酸31付近からアミノ酸52付近までを含むと同定されており、MarAの第二のHTHドメインはアミノ酸79付近からアミノ酸102付近までを含むと同定されている（Rheeら、1998. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95:10413）。
【０１１４】
他のMarAファミリーメンバーならびに他のHTHタンパク質におけるヘリックス・ターン・ヘリックスドメインの位置は、当業者であれば容易に見いだすことができる。例えば、MarAタンパク質配列および整列化プログラム、例えばProDomプログラムまたは他の当技術分野において公知のプログラム、例えばMarAの一つまたは両方のHTHドメインを含むMarAアミノ酸配列の一部（MarAのアミノ酸30付近からアミノ酸107付近までなど）を用いて整列化を行う。そのような整列化を用いて、MarAのHTHドメインに対応するアミノ酸配列を他のMarAファミリーメンバータンパク質中で同定することができる。MarAファミリーポリペプチドの第一のヘリックス・ターン・ヘリックスドメインの例示的コンセンサス配列は
2009541332.tif 000024
（Xは任意のアミノ酸である）と例示することができる。MarAファミリーポリペプチドの第二のヘリックス・ターン・ヘリックスドメインの例示的コンセンサス配列は
2009541332.tif 000025
（Xは任意のアミノ酸である）と例示することができる。好ましくは。MarAファミリーポリペプチドの第一のヘリックス・ターン・ヘリックスドメインはコンセンサス配列
2009541332.tif 000026
を含む。好ましくは。MarAファミリーポリペプチドの第二のヘリックス・ターン・ヘリックスドメインはコンセンサス配列
2009541332.tif 000027
を含む。
【０１１５】
一態様において、MarAファミリーメンバーHTHドメインはMarA HTHドメインである。MarAの第一および第二のヘリックス・ターン・ヘリックスドメインは、それぞれ、
2009541332.tif 000028
および
2009541332.tif 000029
である。他の例示的MarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメインには下記が含まれる：MelRのアミノ酸210付近からアミノ酸229付近まで、およびアミノ酸259付近からアミノ酸278付近まで；AraCのアミノ酸196付近からアミノ酸215付近まで、およびアミノ酸245付近からアミノ酸264付近まで；ならびにXylSのアミノ酸230付近からアミノ酸249付近まで（または233〜253）、およびアミノ酸281付近からアミノ酸301付近まで（または282〜302）（例えば、Brunelleら、1989. J. Mol. Biol. 209:607；Nilandら、1996. J. Mol. Biol. 264:667；Gallegosら、1997. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 61:393参照）。
【０１１６】
「MarAファミリーポリペプチドヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン」は前述のMarAファミリーポリペプチドにおいて見いだされるヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン由来であるか、またはこれと相同である。好ましい態様において、MarAファミリーポリペプチドは一つまたは複数のXylS、AraC、およびMelRを除外する。特に好ましい態様において、MarAファミリーポリペプチドはMarA、RamA、AarP、Rob、SoxS、およびPqrAからなる群より選択される。
【０１１７】
MarAファミリーポリペプチドに存在するヘリックス・ターン・ヘリックスドメインは両方ともタンパク質のカルボキシ末端にある。これらのドメインのいずれか、または両方を含むタンパク質またはその一部を本発明の方法で用いることができる。特定の態様において、化合物のスクリーニングに用いられるポリペプチドは、それが由来するMarAファミリーポリペプチドのカルボキシ末端に最も近いヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン（HTH2）を含む。他の態様において、そのようなポリペプチドは、それが由来するMarAファミリーポリペプチドのアミノ末端に最も近いヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン（HTH1）を含む。一態様において、他のポリペプチド配列、例えば、ドメインを支持体上に固定化するのを助ける配列、またはドメインの精製を容易にする配列も存在してもよい。
【０１１８】
一態様において、そのようなポリペプチドは本質的に、それが由来するMarAファミリーポリペプチドのカルボキシ末端に最も近いヘリックス・ターン・ヘリックスドメインからなる。他の好ましい態様において、そのようなポリペプチドは本質的に、それが由来するMarAファミリーポリペプチドのアミノ末端に最も近いヘリックス・ターン・ヘリックスドメインからなる。
【０１１９】
一態様において、そのようなポリペプチドは、それが由来するAraCファミリーポリペプチドまたはMarAファミリーポリペプチドのカルボキシ末端に最も近いヘリックス・ターン・ヘリックスドメインからなる。他の好ましい態様において、そのようなポリペプチドは、それが由来するAraCファミリーポリペプチドまたはMarAファミリーポリペプチドのアミノ末端に最も近いヘリックス・ターン・ヘリックスドメインからなる。
【０１２０】
MarAファミリーポリペプチドまたはAraCファミリーポリペプチドヘリックス・ターン・ヘリックスドメインは、当技術分野において公知の技術を用いて作製することができる。MarAファミリーポリペプチドなどの、転写因子の核酸およびアミノ酸配列は、例えばGenBankから入手可能である。本明細書において提供されるこの情報、ヘリックス・ターン・ヘリックスコンセンサスモチーフ、および突然変異解析を用いて、当業者であればMarAファミリーまたはAraCファミリーポリペプチドヘリックス・ターン・ヘリックスドメインを同定することができる。
【０１２１】
本発明の特定の態様において、転写因子またはその一部（例えば、HTHタンパク質ヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン、AraCファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン、MarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメインまたはその突然変異型）をコードする「単離または組換え」核酸分子を得ることが望ましい。「単離または組換え」とは、（1）例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）によりインビトロで増幅された；（2）クローニングにより組換え産生された、もしくは（3）切断およびゲル分離により精製された；または（4）例えば、化学合成により合成された核酸分子を意味する。そのような核酸分子は、天然ではゲノム中でそれに隣接する配列から、および細胞成分から単離される。
【０１２２】
次いで、下記に詳細に論じるとおり、転写因子（例えば、HTHタンパク質ヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン、AraCファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン、MarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメインまたはその突然変異型）をコードする単離または組換え核酸分子を、例えば結合アッセイ法に用いる、細胞中で発現させる、またはファージの表面上で発現させることができる。
【０１２３】
本発明のさらに他の態様において、実質的に精製された、または組換えHTHタンパク質ヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン（例えば、MarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメインまたはその突然変異型）を得ることが望ましいと考えられる。そのようなポリペプチドは、例えば、HTHタンパク質ヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン（例えば、MarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメインまたはその突然変異型）をコードする単離または組換え核酸分子を発現するよう操作された細胞から精製することができる。例えば、下記に詳細に記載するとおり、細菌細胞をMarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメインをコードするプラスミドにより形質転換することができる。次いで、MarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスタンパク質を細菌細胞から精製し、例えば、本明細書に記載の無細胞アッセイ法で用いることができる。
【０１２４】
HTHタンパク質ヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン（例えば、MarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン）の精製は、当技術分野において公知の技術を用いて達成することができる。例えば、カラムクロマトグラフィを用いることもでき、または例えばカラム上もしくはパニングアッセイ法においてドメインもしくはドメインに融合させたポリペプチドに特異的な抗体を用いることもできる。
【０１２５】
好ましい態様において、精製のためにHTHタンパク質ヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン（例えば、MarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメインまたはその突然変異型）を発現させるために用いる細胞、例えば宿主細胞は、いかなる内在性HTHタンパク質も非機能的とする、または内在性タンパク質が発現されないようにする突然変異を含む。他の態様において、宿主細胞のMarRまたは関連遺伝子において、MarAファミリーポリペプチドと同じプロモーターに結合するリプレッサータンパク質が宿主細胞によって発現されないように突然変異を誘導することもできる。
【０１２６】
本発明の特定の態様において、HTHタンパク質ヘリックス・ターン・ヘリックスドメインの突然変異型、例えば、活性が変更されている、例えば、野生型MarAファミリーポリペプチドヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン活性を保持していない、または野生型MarAファミリーポリペプチドヘリックス・ターン・ヘリックスドメインと比べて活性が低下している、もしくはより活性である、MarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメインの非天然型を用いることが望ましいと考えられる。
【０１２７】
そのような突然変異型は、当技術分野において公知の技術を用いて作製することができる。例えば、無作為突然変異誘発を用いることができる。無作為突然変異誘発を用いて分子全体に突然変異を誘発することもでき、またはカセット突然変異誘発によって行うこともできる。前者の場合、分子の全コード領域にいくつかの方法（化学的、PCR、ドープオリゴヌクレオチド合成）の一つによって突然変異を誘発し、無作為に突然変異した分子群を選択またはスクリーニング法に供する。第二のアプローチでは、規定された構造または機能決定因子いずれかに対応するタンパク質の別個の領域（例えば、ヘリックス・ターン・ヘリックスドメインの第一または第二のアルファヘリックス）を飽和または半無作為突然変異誘発に供し、これらの突然変異誘発されたカセットをそれ以外は野生型の対立遺伝子の環境に再導入する。
【０１２８】
好ましい態様において、PCR突然変異誘発を用いる。例えば、米国特許出願第11/115024号の実施例2は、marA遺伝子のヘリックスA（第1989位）およびヘリックスB（第2016位）両方の中心にNheI制限部位を導入するために用いるメガプライマーPCR（O.H. Landt、1990. Gene 96:125-128）の使用を記載する。
【０１２９】
一態様において、そのような突然変異ヘリックス・ターン・ヘリックスドメインはMarAファミリーポリペプチド分子のカルボキシ末端に最も近いヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン（HTH2）における一つまたは複数の突然変異を含む。好ましい態様において、突然変異はMarAファミリーポリペプチドのカルボキシ末端に最も近いヘリックス・ターン・ヘリックスドメインのヘリックスAおよびヘリックスBへの挿入を含む。一態様において、そのような突然変異ヘリックス・ターン・ヘリックスドメインはMarAファミリーポリペプチド分子のアミノ末端に最も近いヘリックス・ターン・ヘリックスドメイン（HTH1）における一つまたは複数の突然変異を含む。好ましい態様において、突然変異はMarAファミリーポリペプチドのアミノ末端に最も近いヘリックス・ターン・ヘリックスドメインのヘリックスAおよびヘリックスBへの挿入を含む。特に好ましい態様において、突然変異はMarAの第33位付近に対応するアミノ酸での挿入およびmarAの第42位付近に対応するアミノ酸の位置での挿入からなる群より選択される。「対応する」アミノ酸は、例えばヘリックス・ターン・ヘリックスドメインの整列化を用いて決定することができる。
【０１３０】
MarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスモチーフのそのような突然変異型は、抗感染化合物のMarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメインに対する特異性を確認するための対照として、または抗感染物質に対する耐性に影響をおよぼす遺伝子座同定のための対照として有用である。例えば、添付の実施例に記載の突然変異MarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメインは、第一のHTHドメインにおけるヘリックスAまたはヘリックスBいずれかでMarAを挿入により不活化すると、大腸菌およびスメグマ菌（M. smegmatis）両方の多剤耐性表現型が破壊されることを示している。MarAファミリーポリペプチドヘリックス・ターン・ヘリックスドメインが抗生物質耐性を増大させる能力を有し、かつこれらのドメインの突然変異型は同じ影響を有していないことを示す、実施例2に記載のものなどのアッセイ系を用いることにより、同定されたいかなる遺伝子座の応答もMarAファミリーヘリックス・ターン・ヘリックスドメインに特異的であることを明白に示すことができる。
【０１３１】
III. ポリペプチドまたはその一部の発現
AraCポリペプチド、HTHタンパク質、例えばMarAファミリーポリペプチドなどの転写因子または選択可能なマーカー（または完全長ポリペプチドの活性を保持する、例えば転写因子応答エレメントに結合することができる、もしくはそれらの指標機能を保持する、その一部）をコードする核酸を、ベクターを用いて細胞中で発現することができる。ほとんどいかなる通常の送達ベクターも用いることができる。そのようなベクターは広く市販されており、所与の微生物細胞と共に用いるのに適したベクターを選択することは、当業者の知識および自由裁量の範囲内である。これらのドメインをコードする配列を自己複製ベクター上の細胞に導入することもでき、または相同組換えを用いて、もしくはトランスポゾンなどの挿入エレメントにより、微生物の染色体に導入することもできる。
【０１３２】
これらの核酸は、標準的技術を用いて、例えば塩化カルシウムまたはエレクトロポレーションを用いた形質転換により微生物細胞に導入することができる。そのようなDNAの微生物への導入のための技術は当技術分野において公知である。一態様において、例えばポリメラーゼ連鎖反応（PCR）によってインビトロで増幅された；クローニングにより組換え産生されたか、もしくは切断およびゲル分離によって精製された；または例えば化学合成によって合成された核酸分子を用いて、MarAファミリーポリペプチドを産生することができる（George, A. M. & Levy, S. B. (1983)J. Bacteriol. 155, 541-548；Cohen, S. P.ら、(1993) J Infect. Dis. 168, 484-488；Cohen, S. Pら(1993) J Bacteriol. 175, 1484-1492；Sulavick, M. C.ら、(1997) J. Bacteriol. 179, 1857-1866）。
【０１３３】
宿主細胞を遺伝子操作して、本発明の核酸分子を組み込むことができる。一態様において、転写因子を規定する核酸分子をベクター中に置くことができる。「ベクター」なる用語は、それが連結されたもう一つの核酸分子を輸送することができる核酸分子を意味する。「発現ベクター」または「発現系」なる用語は、細胞による発現に適した形（例えば、プロモーターに連結されている）の遺伝子構築物を含むいかなるベクター（例えば、プラスミド、コスミドまたはファージ染色体）も含む。プラスミドはベクターの一般に用いられる形であるため、本明細書において「プラスミド」および「ベクター」は交換可能に用いられる。さらに、本発明は等価の機能を提供する他のベクターも含むことが意図される。本発明のポリペプチドを産生するために、多様な発現系を用いることができる。そのようなベクターには、特に、染色体、エピソームおよびウイルス由来ベクター、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、バキュロウイルス、SV40などのパポバウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスなどのウイルス由来ベクター、ならびにコスミドおよびファージミドなどのプラスミドとバクテリオファージの遺伝的要素由来のものなどのその組み合わせ由来ベクターが含まれる。
【０１３４】
適当なベクターは広く市販されており、所与の宿主細胞と共に用いるのに適したベクターを選択することは、当業者の知識および自由裁量の範囲内である。例えば、MarAファミリーポリペプチドなどの転写因子をコードする配列を自己複製ベクター上の細胞に導入することもでき、または相同組換えを用いて、もしくはトランスポゾンなどの挿入エレメントにより、微生物の染色体に導入することもできる。
【０１３５】
発現系構築物は発現を調節する制御領域を含んでいてもよい。「転写調節配列」は、それらが機能的に連結されたポリペプチドコード配列の転写を誘導または制御する、開始シグナル、エンハンサー、オペレーター、およびプロモーターなどのDNA配列を意味する専門用語である。転写因子遺伝子、例えばHTHタンパク質遺伝子またはAraCファミリーポリペプチド、例えばMarAファミリーポリペプチドをコードする組換え遺伝子は、天然の転写因子遺伝子の転写を制御する配列と同じ、または異なっている転写調節配列の制御下にありうることも理解されると思われる。例示的調節配列は、Goeddel；Gene Expression Technology: Methods in Enzymology 185, Academic Press, San Diego, CA (1990)に記載されている。例えば、機能的に連結された場合にDNA配列の発現を制御する、様々な発現制御配列のいずれでも、これらのベクター中で用いてポリペプチドをコードするDNA配列を発現することができる。
【０１３６】
一般に、この点に関しては宿主内で核酸分子を維持、増殖もしくは発現する、および/またはポリペプチドを発現するのに適したいかなる系またはベクターも、発現のために用いることができる。例えば、Sambrookら、Molecular Cloning, A Laboratory Manual（上記）に記載のものなどの様々な公知の日常的技術のいずれによっても、適当なDNA配列を発現系に挿入することができる。
【０１３７】
ポリペプチドをコードし、細菌、例えばグラム陽性菌、グラム陰性菌、または酵母菌属（Saccharomyces）もしくはピチア属（Pichia）などの単純な真核生物である真菌の細胞、または昆虫、鳥類、哺乳類、もしくは植物などの陰核生物の細胞において複製可能な遺伝子の例示的発現ベクターは当技術分野において公知である。そのようなベクターは、発現のための宿主、例えばストレプトミセス属、ならびに遺伝子操作およびベクター構築のための宿主、例えば大腸菌の両方のための機能的複製規定配列（レプリコン）を有していてもよい。例えば、米国特許第4,745,056号を参照されたい。様々な生物に適したベクターはAusubel, F.ら、Short Protocols in Molecular Biology, Wiley, New York (1995)に記載されており、例えばピチア属のためのものはInvitrogen（カリフォルニア州カールスバッド）から入手可能である。
【０１３８】
有用な発現制御配列には、例えば、SV40の初期および後期プロモーター、アデノウイルスまたはサイトメガロウイルスの前初期プロモーター、lac系、trp系、TACまたはTRC系、発現がT7 RNAポリメラーゼによって支配されているT7プロモーター、ファージラムダの主要オペレーターおよびプロモーター領域、fdコートポリペプチドの制御領域、3-ホスホグリセリン酸キナーゼまたは他の糖分解酵素、酸性ホスファターゼのプロモーター、例えばPho5、酵母交配因子のプロモーター、バキュロウイルス系の多角体プロモーターと、原核もしくは真核細胞またはそれらのウイルスの遺伝子発現を制御することが知られている他の配列、ならびにその様々な組み合わせが含まれる。有用な翻訳エンハンサー配列は米国特許第4,820,639号に記載されている。
【０１３９】
一態様において、本発明のポリペプチドを発現するために誘導性プロモーターを用いることになる。例えば、一態様において、trp（トリプトファンにより誘導）、tac（ラクトースにより誘導）、またはtet（テトラサイクリンにより誘導）を細菌細胞において用いることができ、またはGAL1（ガラクトースにより誘導）を酵母細胞において用いることができる。
【０１４０】
別の態様において、本発明のポリペプチドを発現するために構成性プロモーターを用いることができる。
【０１４１】
発現ベクターの設計は、形質転換される宿主細胞の選択および/または発現が望まれるポリペプチドの種類などの因子に依存しうることが理解されるべきである。適当な宿主の代表的な例には、グラム陽性菌、グラム陰性菌細胞などの細菌細胞；酵母細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞などの真菌細胞；ショウジョウバエ（Drosophila）S2およびスポドプテラ(Spodoplera)Sf9細胞などの昆虫細胞；CHO、COS、HeLa、C127、3T3、BHK、293およびボーズ黒色腫細胞などの動物細胞；ならびに植物細胞が含まれる。
【０１４２】
一態様において、本発明の異種ポリペプチドを発現するために用いる細胞は、AraCファミリーポリペプチドもしくはMarAファミリーポリペプチドなどの一つもしくは複数の内在性転写因子を非機能的にするか、または一つもしくは複数の内在性ポリペプチドが発現されない原因となる、突然変異を含む。この様式で遺伝的背景を操作することにより、MarAファミリーメンバーもしくはAraCファミリーメンバーなどの特定の転写因子、または複数の転写因子を調節する化合物のスクリーニングが可能となる。
【０１４３】
他の態様において、宿主細胞の他の関連遺伝子において、内在性宿主遺伝子座からの干渉がないように突然変異を生成することもできる。さらに別の態様において、従属栄養体を作製するために染色体遺伝子において突然変異を生成することもできる。
【０１４４】
宿主細胞への核酸分子の導入（「形質転換」）は、Davisら、Basic Methods In Molecular Biology, (1986)およびSambrookら、Molecular Cloning: A Laboratory Manual、第2版、Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989)などの多くの標準的実験マニュアルに記載の方法によって行うことができる。例には、リン酸カルシウムトランスフェクション、DEAE-デキストラン媒介トランスフェクション、トランスベクション(transvection)、マイクロインジェクション、カチオン性脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、形質導入、スクレープローディング (scrape loading)、弾丸導入(ballistic introduction)、および感染が含まれる。
【０１４５】
ポリペプチド、例えば組換えにより発現させたポリペプチドの精製は、当技術分野において公知の技術を用いて達成することができる。例えば、ポリペプチドを細胞から分泌される形で発現させる場合、培地を回収することができる。または、ポリペプチドを細胞が保持する形で発現させる場合、宿主細胞を溶解してポリペプチドを放出させることもできる。そのような使用済み培地または細胞溶解物を用いて、ポリペプチドを濃縮し、精製することができる。例えば、培地または細胞溶解物をカラム、例えばポリペプチドに特異的な抗体を結合させたカラムを通過させてもよい。または、そのような抗体は、第一のポリペプチドの精製を容易にするために、（例えばタグとして）第一のポリペプチドに融合した第二のポリペプチドに特異的であってもよい。ポリペプチド精製する他の手段は当技術分野において公知である。
【０１４６】
IV. 転写因子の活性を調節する抗感染性化合物の同定方法
転写因子のアゴニストおよびアンタゴニストは、様々な方法で分析することができる。例えば、一態様において、本発明は、例えば、化合物が転写因子の核酸分子もしくは転写因子のポリペプチドと相互作用する能力、または化合物が転写因子のポリペプチドの活性もしくは発現を調節する能力を測定することによって、転写因子を調節する化合物を同定するための方法を提供する。さらに、化合物が転写因子のポリペプチドまたは転写因子の核酸分子と、それらが通常結合する分子、例えば、核酸分子またはタンパク質分子との結合を調節する能力を試験することができる。
【０１４７】
一態様において、転写因子およびその同種のDNA配列は、無細胞系、例えば細胞溶解物中に存在することができ、かつ化合物のその相互作用に対する作用を当技術分野で周知の技術を用いて測定することができる。
【０１４８】
好ましい態様において、このアッセイ系は細胞に基づいた系である。本方法を用いて同定された化合物は、例えば微生物の宿主内で増殖する能力を妨ぎ、および/または微生物の毒性を低下させ、それによって微生物の、宿主において感染を引き起こす能力を低下させるのに有用である。
【０１４９】
試験化合物の転写因子の発現および/または活性を調節する能力は様々な方法で決定することができる。本アッセイ法において使用できる例示的な方法は、当技術分野で周知であり、例えば、第5,817,793号および国際公開公報第99/61579号に記載されている。その他の例示的な方法は、以下により詳細に記載する。
【０１５０】
一態様において、本発明は、試験化合物と細胞との相互作用が可能な条件下で、転写因子（またはその一部）を発現する細胞を試験化合物に接触させることによって、転写因子（例えば、HTHタンパク質、MarAファミリーポリペプチド、AraCファミリーポリペプチドなど）の発現および/または活性を調節する試験化合物を同定する方法を提供する。
【０１５１】
アッセイ法
一態様において、選択的に増殖上不都合または致死的となる選択可能なマーカーの発現をmarAを発現する細胞においてMarA応答エレメントの直接制御下におく。
【０１５２】
一態様において、marAはプラスミドによりコードされる。一態様において、宿主生物の遺伝的背景を、例えば、一つまたは複数の染色体marA遺伝子またはmarA相同体遺伝子を欠失するよう操作する。
【０１５３】
一態様において、marAの発現を高度に調節された誘導性プロモーターによって制御する。例えば、一態様において、細菌細胞中のtrp、tac、もしくはtet、または酵母細胞中のGAL1からなる群より選択されるプロモーターを用いることができる。
【０１５４】
別の態様において、marAの発現は構成性である。
【０１５５】
一態様において、選択マーカーは細胞毒性の遺伝子産物（例えば、ccdB）である。
【０１５６】
別の態様において、選択マーカーは抗生物質耐性を与える遺伝子（例えば、kan、cat、またはbla）である。
【０１５７】
別の態様において、選択マーカーは必須遺伝子（例えば、プリンまたはグアニン従属栄養体におけるpurAまたはguaB）である。
【０１５８】
さらに別の態様において、選択マーカーは特定の代謝基質存在下で選択的に増殖上不都合となる遺伝子（例えば、酵母における5-フルオロオロチン酸［5-FOA］存在下でのURA3の発現）である。
【０１５９】
一態様において、転写因子（例えば、HTHタンパク質、AraCファミリーポリペプチド、またはMarAファミリーポリペプチド）を調節する化合物を、ワンハイブリッドスクリーニングアッセイ法を用いて同定する。本明細書において用いられる「ワンハイブリッドスクリーン」なる用語は、タンパク質-核酸相互作用の破壊を検出するアッセイ法を含む。これらのアッセイ法は、転写因子（例えば、HTHタンパク質、AraCファミリーポリペプチド、またはMarAファミリーポリペプチド）の特定の標的、例えばMarAに対してはmarboxを含むDNAへの結合を、標的自体のレベルで、例えば標的に結合して転写活性化因子がこの部位と相互作用または結合することを防ぐことにより、妨害する物質を同定する。
【０１６０】
別の態様において、本発明の化合物をツーハイブリッドスクリーニングアッセイ法を用いて同定する。本明細書において用いられる「ツーハイブリッドスクリーン」なる用語は、タンパク質-タンパク質相互作用の破壊を検出するアッセイ法を含む。そのようなツーハイブリッドアッセイ法を用いて、重大なタンパク質-転写因子相互作用（例えば、HTHタンパク質相互作用、AraCファミリーポリペプチド相互作用、MarAファミリーポリペプチド相互作用）を妨害することができる。一例は、MarAファミリーポリペプチドが転写因子として機能する（陽性作用または陰性作用のいずれでも）ために必須のRNAポリメラーゼ-MarAファミリーポリペプチドの接触を防止することである。
【０１６１】
さらに別の態様において、本発明の化合物をスリーハイブリッドスクリーニングアッセイ法を用いて同定する。本明細書において用いられる「スリーハイブリッドスクリーン」なる用語は、興味対象となる特定のレギュロンの活性化に要求されるシグナルトランスダクション経路の破壊を検出するアッセイ法を含む。一態様において、スリーハイブリッドスクリーンを用いて、Marレギュロンの活性化、すなわちMarAの合成に要求されるシグナルトランスダクション経路の破壊を検出する。（LiおよびPark、J. Bact. 181:4824）。アッセイ法を用いて転写因子発現の活性化を担うと考えられる化合物を同定し、例えば抗生物質によるMar誘導はこの様式で進行すると考えられる。
【０１６２】
アッセイ法の一態様において、選択マーカー（例えば、ccdB、cat、bla、kan、guaB、URA3）の発現を活性化可能なMarA応答活性化可能プロモーター（例えば、inaA、galT、micF）の直接制御下におく。MarA非存在下では、選択マーカーの発現はサイレントとなる。例えば、細胞毒性遺伝子ccdBの調節の場合、遺伝子はサイレントとなり、細胞は生存することになる。適当な宿主における誘導性プラスミドからのMarAの合成は、MarA応答活性化可能プロモーターの活性化および選択マーカーの発現を引き起こすことになる。ccdBの場合、遺伝子が発現され、細胞死にいたる。MarAを阻害する化合物を、MarA発現の条件下で細胞を生存させておくものとして同定する。
【０１６３】
別の態様において、例えば、MarA応答活性化プロモーターの発現がURA3などの遺伝子を調節する場合、異なる結果が得られると考えられる。この場合、MarA非存在下で、したがってURA3発現の非存在下では、細胞は5-FOA存在下で増殖することになる。MarA発現が活性化され、したがってURA3が合成されることにより、細胞はURA3による5-FOAの毒性代謝物への変換後に死滅することになる。
【０１６４】
別の態様において、選択可能なマーカーを抑制可能なMarA応答プロモーター（例えば、fecA）の直接制御下におく。この例において、構成性MarA合成の条件下、例えば構成性mar（marc）突然変異体において、選択可能なマーカーの発現はサイレントとなる。ccdBの場合、これは細胞が生存可能なまま残ることを意味する。MarAの不活化後、選択可能なマーカーが発現され、細胞死を引き起こす。
【０１６５】
別の態様において、大腸菌において染色体guaBまたはpurA遺伝子の不活化により、プリンまたはグアニン従属栄養体を構築することができる。次いで、guaBまたはpurA遺伝子をその天然プロモーターの活性化の制御下で適当なベクター中にクローニングする。次いで、この構築物を従属栄養宿主中に転換する。MarA発現が構成性である場合、および細胞をプリンまたはグアニンを含まない培地上で培養する場合、従属栄養体は増殖しない。これは、MarAが媒介するguaBまたはpurA合成の抑制によるものでありうる。MarAの阻害化合物候補は、増殖を回復した、すなわちMarAが媒介するguaBまたはpurA発現の抑制を軽減した化合物として同定することができる。別の態様において、インビボ、例えば感染の動物モデルにおける増殖に必要とされる遺伝子。
【０１６６】
好ましい態様において、本アッセイ法を用いて同定されたいかなる化合物も、タンパク質合成を阻害するため、単に転写因子の活性を調節するように見えるのではないことを確認するために、対照を含めることもできる。例えば、化合物がMarAファミリー応答エレメントの活性化によって転写されるRNAから翻訳されるタンパク質の合成を阻害するように見える場合、対照、例えばMarAファミリー応答エレメントの活性化によって転写されないRNAから翻訳されるタンパク質の合成が同じ化合物の添加によって影響されないことを示すことが望ましいと考えられる。例えば、生成されるMarAファミリーポリペプチドの量および生成される内在性タンパク質の量と比較される。別の態様において、微生物を、MarAファミリー応答プロモーターではないプロモーターおよびそのプロモーターに機能的に連結されたタンパク質を含むもう一つのプラスミドで形質転換することができる。対照タンパク質の発現を用いて、化合物存在下および非存在下で産生されたタンパク質の量を正規化することができる。
【０１６７】
V. 試験に適した微生物
多くの異なる微生物が、本アッセイ法における試験に適している。したがって、それらを完全な細胞として、または原料、例えば本明細書に記載の核酸分子もしくはポリペプチドとして用いることができる。
【０１６８】
好ましい態様において、特許請求された方法において用いるために微生物はグラム陰性菌またはグラム陽性菌の細菌である。特に、抗生物質に対して耐性となることが示されている、例えばMar表現型を示すいかなる細菌も、または感染性もしくは感染性となる可能性があるいかなる細菌も、特許請求された方法において用いるのに好ましい。
【０１６９】
試験に適した微生物の例には下記が含まれるが、これらに限定されるわけではない：緑膿菌、蛍光菌（Pseudomonas fluorescens）、シュードモナス・アシドボランス（Pseudomonas acidovorans）、シュードモナス・アルカリゲネス（Pseudomonas alcaligenes）、シュードモナス・プチダ（Pseudomonas putida）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Stenotrophomonas maltophilia）、バークホルデリア・セパシア（Burkholderia cepacia）、アエロモナス・ヒドロフィラ（Aeromonas hydrophilia）、大腸菌、シトロバクター・フロインディ（Citrobacter freundii）、ネズミチフス菌、チフス菌（Salmonella typhi）、パラチフス菌（Salmonella paratyphi）、腸炎菌（Salmonella enteritidis）、志賀赤痢菌（Shigella dysenteriae）、フレクスナー赤痢菌（Shigella flexneri）、ソンネ赤痢菌（Shigella sonnei）、エンテロバクター・クロアカ（Enterobacter cloacae）、エンテロバクター・アエロゲネス（Enterobacter aerogenes）、肺炎杆菌、クレブシエラ・オキシトカ（Klebsiella oxytoca）、霊菌（Serratia marcescens）、野兎病菌（Francisella tularensis）、モルガン菌（Morganella morganii）、プロテウス・ミラビリス（Proteus mirabilis）、プロテウス・ブルガリス、プロビデンシア・アルカリファシエンス（Providencia alcalifaciens）、プロビデンシア・レットゲリ（Providencia rettgeri）、プロビデンシア・スチュアルティイ、アシネトバクター・カルコアセチカス（Acinetobacter calcoaceticus）、アシネトバクター・ヘモリチカス（Acinetobacter haemolyticus）、エルシニア・エンテロコリチカ、エルシニア・ペスティス、偽結核菌（Yersinia pseudotuberculosis）、エルシニア・インターメディア（Yersinia intermedia）、百日咳菌、パラ百日咳菌（Bordetella parapertussis）、気管支敗血症菌、インフルエンザ菌、パラインフルエンザ菌（Haemophilus parainfluenzae）、ヘモフィルス・ヘモリチカス（Haemophilus haemolyticus）、ヘモフィルス・パラヘモリチカス（Haemophilus parahaemolyticus）、軟性下疳菌（Haemophilus ducreyi）、パスツレラ・ムルトシダ（Pasteurella multocida）、パスツレラ・ヘモリチカ（Pasteurella haemolytica）、カタル球菌（Branhamella catarrhalis）、ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）、カンピロバクター・フィタス（Campylobacter fetus）、カンピロバクター・ジェジュニ（Campylobacter jejuni）、カンピロバクター・コリ（Campylobacter coli）、ライム病ボレリア（Borrelia burgdorferi）、コレラ菌、腸炎ビブリオ（Vibrio parahaemolyticus）、レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophila）、リステリア菌（Listeria monocytogenes）、淋菌（Neisseria gonorrhoeae）、髄膜炎菌、ガードネレラ・バジナリス（Gardnerella vaginalis）、バクテロイデス・フラジリス（Bacteroides fragilis）、バクテロイデス・ディスタソニス（Bacteroides distasonis）、バクテロイデス（Bacteroides）3452A相同群、バクテロイデス・ブルガタス（Bacteroides vulgatus）、バクテロイデス・オバータス（Bacteroides ovalus）、バクテロイデス・シータイオタオミクロン（Bacteroides thetaiotaomicron）、バクテロイデス・ユニフォルミス（Bacteroides uniformis）、バクテロイデス・エガーシイ（Bacteroides eggerthii）バクテロイデス・スプランクニクス（Bacteroides splanchnicus）、クロストリジウム・ディフィシレ（Clostridium difficile）、ヒト結核菌、トリ結核菌（Mycobacterium avium）、マイコバクテリウム・イントラセルラーレ（Mycobacterium intracellulare）、らい菌、ジフテリア菌（Corynebacterium diphtheriae）、コリネバクテリウム・ウルセランス（Corynebacterium ulcerans）、肺炎球菌（Streptococcus pneumoniae）、ストレプトコッカス・アガラクティエ（Streptococcus agalactiae）、化膿連鎖球菌、エンテロコッカス・フェカーリス、エンテロコッカス・フェシウム（Enterococcus faecium）、黄色ブドウ球菌、表皮ブドウ球菌（Staphylococcus epidermidis）、スタフィロコッカス・サプロフィチカス（Staphylococcus saprophyticus）、スタフィロコッカス・インターメディウス（Staphylococcus intermedius）、スタフィロコッカス・ヒイカス（Staphylococcus hyicus）亜種ヒイカス、スタフィロコッカス・ヘモリチカス（Staphylococcus haemolyticus）、スタフィロコッカス・ホミニス（Staphylococcus hominis）、およびスタフィロコッカス・サッカロリチカス（Staphylococcus saccharolyticus）。
【０１７０】
一態様において、試験に適した微生物は腸内細菌科の細菌である。好ましい態様において、化合物は下記からなる群より選択される属の細菌に対して有効である：エシェリキア属、プロテウス属、サルモネラ属、クレブシエラ属、プロビデンシア属、エンテロバクター属、バークホルデリア属（Burkholderia）、シュードモナス属、アエロモナス属、ヘモフィルス属、エルシニア属、ナイセリア属、およびマイコバクテリア属（Mycobacteria）。
【０１７１】
さらに他の態様において、試験する微生物はグラム陽性菌であり、下記からなる群より選択される属からのものである：乳酸杆菌属、アゾリゾビウム属（Azorhizobium）、ストレプトミセス属、ペジオコックス属（Pediococcus）、発光菌属、杆菌属（Bacillus）、腸球菌属（Enterococcus）、ブドウ球菌属、クロストリジウム属、および連鎖球菌属。
【０１７２】
他の態様において、試験する微生物は真菌である。好ましい態様において、真菌はケカビ属またはカンジダ属からのもので、例えばムコール・ラクメオサス（Mucor racmeosus）または鵞口瘡カンジダである。
【０１７３】
さらに他の態様において、試験する微生物は原生動物である。好ましい態様において、微生物はマラリア原虫またはクリプトスポリジウム寄生虫である。
【０１７４】
VI. 転写因子調節化合物および試験化合物
本発明の方法で試験する化合物は、様々な異なる供給源から得ることができ、公知であっても新規であってもよい。一態様において、本発明の方法で化合物のライブラリを試験して、転写活性化因子調節化合物、例えば、HTHタンパク質調節化合物、AraCファミリーポリペプチド調節化合物、MarAファミリーポリペプチド調節化合物などを同定する。別の態様において、本発明の方法で公知の化合物を試験して、転写因子調節化合物（例えば、HTHタンパク質調節化合物、AraCファミリーポリペプチド調節化合物、MarAファミリーポリペプチド調節化合物など）を同定する。一態様において、環境保護局により一般に安全と見なされる（GRAS）化合物のリスト中の化合物を本発明の方法で試験する。別の態様において、調節化合物によって調節される転写因子は原核微生物のものである。
【０１７５】
医薬化学における最近の傾向は、ライブラリと呼ばれる化合物の混合物の製造を含む。ペプチドのライブラリの使用は当技術分野において十分確立されているが、ベンゾジアゼピン（Buninら、1992. J. Am. Chem. Soc. 114:10987；DeWittら、1993. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6909）、ペプトイド（Zuckermann、1994. J. Med. Chem. 37:2678）、オリゴカーバメート（Choら、1993. Science. 261:1303）、およびヒダントイン（DeWittら、上記）などの他の化合物混合物の製造を可能にする新しい医術が開発されている。Rebekらは104〜105の多様な有機小分子の分子ライブラリ合成のためのアプローチを記載している（Carellら、1994. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2059；Carellら、Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1994. 33:2061）。
【０１７６】
本発明の化合物は、下記を含む当技術分野において公知のコンビナトリアルライブラリ法における多数のアプローチのいずれを用いても得ることができる：生物学的ライブラリ；空間的に位置づけ可能な（spatially addressable）平行固相または液相ライブラリ、逆重畳積分を必要とする合成ライブラリ法、「1ビーズ1化合物」ライブラリ法、およびアフィニティクロマトグラフィ選択を用いた合成ライブラリ法。生物学的ライブラリアプローチはペプチドライブラリに限定されるが、他の4つのアプローチはペプチド、非ペプチドオリゴマー、または小分子の化合物ライブラリに適用可能である（Lam, K.S. Anticancer Drug Des. 1997. 12:145）。
【０１７７】
活性についてスクリーニングすることができる例示的化合物には、ペプチド、核酸、炭水化物、有機小分子、および天然物抽出物ライブラリが含まれるが、これらに限定されるわけではない。一態様において、試験化合物はペプチドまたはペプチド様物質である。別の好ましい態様において、化合物は小さい有機非ペプチド化合物である。
【０１７８】
分子ライブラリ合成の他の例示的方法は当技術分野において、例えば、Erbら、1994. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:11422；Horwellら、1996 Immunopharmacology 33:68；およびGallopら、1994. J. Med. Chem. 37:1233に見いだすことができる。
【０１７９】
化合物のライブラリは溶液中（例えば、Houghten (1992) Biotechniques 13:412-421）、またはビーズ上（Lam (1991) Nature 354:82-84）、チップ上（Fodor (1993) Nature 364:555-556）、細菌上（Ladner、米国特許第5,223,409号）、胞子上（Ladner、米国特許第'409号）、プラスミド上（Cullら、(1992) Proc Natl Acad Sci USA 89:1865-1869）もしくはファージ上（ScottおよびSmith (1990) Science 249:386-390）；（Devlin (1990) Science 249:404-406）；（Cwirlaら、(1990) Proc. Natl. Acad. Sci. 87:6378-6382）；（Felici (1991) J. Mol. Biol. 222:301-310）；（Ladner、上記）にあってもよい。他の種類のペプチドライブラリも示すことができ、例えば、米国特許第5,270,181号および第5,292,646号を参照されたい。さらに別の態様において、コンビナトリアルポリペプチドをDNAライブラリから製造することもできる。
【０１８０】
他の態様において、化合物は核酸分子でありうる。好ましい態様において、試験のための核酸分子は小さいオリゴヌクレオチドである。そのようなオリゴヌクレオチドは無作為に生成されたオリゴヌクレオチドライブラリであってもよく、または転写因子、例えばHTHタンパク質、MarAファミリーポリペプチド、もしくはAraCファミリーポリペプチドの活性を低下させるよう特に設計されていてもよい。例えば、一態様において、これらのオリゴヌクレオチドはセンスまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。一態様において、試験のためのオリゴヌクレオチドは特定の転写因子、例えばMarAファミリーポリペプチドヘリックス・ターン・ヘリックスドメインの結合部位に対してセンスである。MarAファミリーポリペプチドなどの特定の転写因子ポリペプチドの配列を与えられて、そのようなオリゴヌクレオチドを設計する方法は、当技術分野の範囲内である。
【０１８１】
さらに別の態様において、コンピュータープログラムを用いて、転写因子活性、例えばHTHタンパク質、AraCファミリーポリペプチド、またはMarAファミリーポリペプチド活性を調節する確率が高い個々の化合物または化合物群を同定することができる。そのようなプログラムは、選択した転写因子と適当な分子的および化学的相補性を有する化合物をスクリーニングすることができる。この様式で、前述のアッセイ法における転写因子調節化合物のスクリーニングの有効性を高めることができる。本発明は本質的に、転写因子調節化合物の同定法のみならず、本発明の方法によって同定された化合物ならびに同定された化合物の使用法にも関する。
【０１８２】
VII. MarAファミリー調節化合物、およびその使用法
一態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(I)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000030
式中、
R1は、ヒドロキシル、OCOCO2H；直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基；または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ独立に炭素または窒素であり；
式中、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが炭素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが窒素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；かつ
R10、R11、R12、およびR13はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、A、B、C、D、E、W、X、Y、およびZがそれぞれ炭素である場合、R6、R7、R8、R9のうち1つは水素ではない。
【０１８３】
別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(I)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000031
式中、
R1は、ヒドロキシル、OCOCO2H；直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基；または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ独立に炭素または窒素であり；
式中、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが炭素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、A、B、D、E、W、X、Y、およびZが窒素である場合にはR2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；かつ
R10、R11、R12、およびR13はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、A、B、D、E、W、X、Y、およびZがそれぞれ炭素である場合、R6、R7、R8、R9のうち1つは水素ではない。
【０１８４】
一態様において、A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ炭素であり、R1はヒドロキシであり、R2、R4、R5、R10、R11、およびR12はそれぞれ水素であり、R3はニトロであり、R13は、ハロゲン置換フェニル（例えば4-フルオロフェニル）などのアリールであり、R6はハロゲン（例えばフッ素）であり、かつR7、R8、およびR9は水素である。
【０１８５】
別の態様において、A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ炭素であり、R1はヒドロキシであり、R2、R4、R5、R10、R11、およびR12はそれぞれ水素であり、R3はニトロであり、R13は、ハロゲン置換フェニル（例えば4-フルオロフェニル）などのアリールであり、R6、R7、およびR8は水素であり、かつR9はハロゲン（例えばフッ素）である。
【０１８６】
さらなる態様において、A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ炭素であり、R1はヒドロキシであり、R2、R4、R5、R10、R11、およびR12はそれぞれ水素であり、R3はニトロであり、R13は、ハロゲン置換フェニル（例えば4-フルオロフェニル）などのアリールであり、R6、R8、およびR9は水素であり、かつR7は、置換アルキル（例えばモルホリニルメチル）または非置換アルキル（例えばメチル）である。
【０１８７】
さらに別の態様において、A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ炭素であり、R1はヒドロキシであり、R2、R4、R5、R10、R11、およびR12はそれぞれ水素であり、R3はニトロであり、R13は、ハロゲン置換フェニル（例えば4-フルオロフェニル）などのアリールであり、R6、R7、およびR9はそれぞれ水素であり、かつR8はアルコキシ（例えばメトキシ）である。
【０１８８】
一態様において、A、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ炭素であり、R1はヒドロキシであり、R2、R4、R5、R10、R11、およびR12はそれぞれ水素であり、R3はニトロであり、かつR13は、アルキル置換フェニル（例えば4-メチルフェニル）などのアリールである。一態様において、R6、R8、およびR9はそれぞれ水素であり、R7はアルキル（例えばエチル）である。
【０１８９】
別の態様において、A、B、D、W、X、Y、およびZはそれぞれ炭素であり、Eは窒素であり、R1はヒドロキシであり、R2、R4、R5、R6、R7、R8、R10、R11、およびR12はそれぞれ水素であり、R3はニトロであり、R9は存在せず、かつR13は、ハロゲン置換フェニル（例えば4-フルオロフェニルまたは2,4-フルオロフェニル）などのアリールである。
【０１９０】
さらなる態様において、B、D、E、W、X、Y、およびZはそれぞれ炭素であり、Aは窒素であり、R1はヒドロキシであり、R2、R4、R5、R7、R8、R9、R10、R11、およびR12は水素であり、R6は存在せず、R3はニトロであり、かつR13は、ハロゲン置換フェニル（例えば4-フルオロフェニルまたは2,4-フルオロフェニル）などのアリールである。
【０１９１】
さらに別の態様において、A、B、D、E、X、Y、およびZはそれぞれ炭素であり、Wは窒素であり、R1はヒドロキシであり、R2、R4、R7、R8、R9、R10、R11、およびR12はそれぞれ水素であり、R3はニトロであり、R5は存在せず、R6はハロゲン（例えばフッ素）であり、かつR13は、ハロゲン置換フェニル（例えば4-フルオロフェニル）などのアリールである。
【０１９２】
一態様において、A、B、D、E、X、W、およびZはそれぞれ炭素であり、Yは窒素であり、R1はヒドロキシであり、R2、R4、R5、R6、R7、R8、R9、R10、R11、およびR12はそれぞれ水素であり、R3はヒドロキシルであり、かつR13は、ハロゲン置換フェニル（例えば4-フルオロフェニル）などのアリールである。
【０１９３】
別の態様において、A、B、D、E、X、Y、およびZはそれぞれ炭素であり、Wは窒素であり、R1はヒドロキシであり、R2、R3、R4、R6、R7、R8、R9、R10、R11、およびR12はそれぞれ水素であり、R5はヒドロキシであり、かつR13は、ハロゲン置換フェニル（例えば4-フルオロフェニル）などのアリールである。
【０１９４】
さらなる態様において、A、B、D、E、W、X、およびZはそれぞれ炭素であり、Yは窒素であり、R1はヒドロキシルであり、R2、R4、R5、R6、R7、R8、R9、R10、R11、およびR12はそれぞれ水素であり、R3は存在せず、かつR13はアリール（例えば4-フルオロフェニルなどの置換フェニル）である。
【０１９５】
一態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(II)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000032
式中、
R1aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R2a、R3a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13c、R13d、およびR13eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eが水素である場合、R13cは、水素、フッ素、ジメチルアミノ、シアノ、ヒドロキシ、メチル、およびメトキシではなく；かつ
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、およびR13dが水素である場合、R13cおよびR13eはフッ素ではない。
【０１９６】
さらに別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(II)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000033
式中、
R1aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R2a、R3a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13c、R13d、およびR13eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eが水素である場合、R13cは、水素、フッ素、ジメチルアミノ、シアノ、ヒドロキシ、メチル、およびメトキシではなく；かつ
R1aがヒドロキシであり、R3aがニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、およびR13dが水素である場合、R13cおよびR13eはフッ素ではない。
【０１９７】
一態様において、R1aはヒドロキシであり、R3aはシアノであり、かつ、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13c、R13d、およびR13eはそれぞれ水素である。
【０１９８】
別の態様において、R1aはヒドロキシルであり、R3aはシアノであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eはそれぞれ水素であり、かつR13cは、ハロゲン（例えばフッ素）、アルキル（例えばメチル）、またはアシルである。
【０１９９】
さらに別の態様において、R1aはヒドロキシであり、R3aはニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R12a、R13a、R13b、R13c、R13d、およびR13eはそれぞれ水素であり、かつR11aは、アリール（例えばフェニル）、ハロゲン（例えばフッ素）、またはアルキル（例えばメチル）である。
【０２００】
別の態様において、R1aはヒドロキシルであり、R3aはニトロであり、R2a、R2b、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eはそれぞれ水素であり、R13cはハロゲン（例えばフッ素）であり、かつR11aはアルキル（例えばヒドロキシエチルまたはピペラジニルメチル）である。
【０２０１】
さらなる態様において、R1aはヒドロキシルであり、R3aはニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eはそれぞれ水素であり、かつR13cは、アルキル（例えばイソプロピル）、アシル、またはヘテロアリール（例えば、トリアゾール、イミダゾール、またはオキサゾール）である。
【０２０２】
一態様において、R1aはヒドロキシであり、R3aはニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、およびR13dはそれぞれ水素であり、かつR13cおよびR13eはそれぞれアルコキシ（例えばメトキシ）である。
【０２０３】
別の態様において、R1aはヒドロキシであり、R3aはニトロであり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13d、およびR13eはそれぞれ水素であり、R13bはアルキル（例えば、ホスホン酸で置換されたアルキルまたはホスホン酸ジアルキルエステル）であり、かつR13eは、ハロゲン（例えばフッ素）である。
【０２０４】
一態様において、R1aはヒドロキシルであり、R3aはニトロであり、R13cはハロゲン（例えばフッ素）であり、R2a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eはそれぞれ水素であり、かつR4aは、アルキルアミノ（例えばジメチルアミノまたはジアルキルアミノアルキルアミノ）、アルキル（例えばメチル）もしくはアルコキシ（例えば、エトキシ、ホスホン酸置換アルコキシ、エーテル置換アルコキシ、アルキルアミノ置換アルコキシ、または複素環置換アルコキシ、例えばモルホリン置換アルコキシもしくはピペラジン置換アルコキシ）、またはハロゲン（例えばフッ素）である。
【０２０５】
さらに別の態様において、R1aはヒドロキシルであり、R3aはニトロであり、R13cはハロゲン（例えばフッ素）であり、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eはそれぞれ水素であり、かつR2aは、アルキルアミノ（例えば、ジメチルアミノエチルアミノなどのアルキルアミノアルキルアミノ）である。
【０２０６】
さらなる態様において、R1aは、置換または非置換の直鎖または分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基（例えばホスホン酸置換アルコキシまたはホスホン酸ジアルキルエステルアルコキシ）であり、R3aはニトロであり、R13cはハロゲン（例えばフッ素）であり、R2a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eはそれぞれ水素である。
【０２０７】
さらに別の態様において、R1aはヒドロキシルであり、R3aはニトロであり、R2a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eは水素であり、R13cはアシルであり、かつR4aはアルコキシ（例えばピペラジニル置換アルコキシまたはモルホリン置換アルコキシ）である。
【０２０８】
さらなる態様において、R1aはヒドロキシルであり、R3aはヘテロアリール（例えばイミダゾリルまたはピラゾリル）であり、R3a、R4a、R5a、R6a、R7a、R8a、R9a、R10a、R11a、R12a、R13a、R13b、R13d、およびR13eはそれぞれ水素であり、かつR13cは、ハロゲン（例えばフッ素）である。
【０２０９】
別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(III)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000034
式中、
R14は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ独立に、炭素または窒素であり；
式中、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが炭素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが窒素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；
R23およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、G、J、K、L、M、Q、T、およびUがそれぞれ炭素である場合、R15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24のうち1つは水素ではない。
【０２１０】
さらに別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(III)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000035
式中、
R14は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ独立に、炭素または窒素であり；
式中、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが炭素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；あるいは、G、J、K、L、M、Q、T、およびUが窒素である場合にはR15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24はそれぞれ独立に、存在しないか、またはヒドロキシルであり；
R23およびR24はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、存在しない、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、G、J、K、L、M、Q、T、およびUがそれぞれ炭素である場合、R15、R16、R17、R18、R19、R20、R21、R22、R23、およびR24のうち1つは水素ではない。
【０２１１】
一態様において、G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ炭素であり、R14はヒドロキシであり、R16はニトロであり、R24はアリール（例えば、アシル置換フェニルなどのフェニル）であり、R15、R17、R18、R19、R20、およびR21は水素であり、かつR22はハロゲン（例えばフッ素）である。
【０２１２】
別の態様において、G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ炭素であり、R14はヒドロキシであり、R16はニトロであり、R24はアリール（例えば、アシル置換フェニルなどのフェニル）であり、R15、R17、R18、R19、R21、およびR22は水素であり、かつR20はアルキル（例えばメチルまたはエチル）である。
【０２１３】
さらに別の態様において、G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ炭素であり、R14はヒドロキシであり、R16はニトロであり、R24はアリール（例えば、アシル置換フェニルなどのフェニル）であり、R15、R17、R18、R19、R20、およびR22は水素であり、かつR21はアルコキシ（例えばメトキシ）である。
【０２１４】
さらなる態様において、G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ炭素であり、R14はヒドロキシであり、R16はニトロであり、R24はアリール（例えばハロゲン置換フェニルなどのフェニル、例えば4-フルオロフェニル）であり、R15、R17、R18、R19、R20、およびR22は水素であり、かつR21はハロゲン（例えばフッ素）またはアルコキシ（例えばメトキシまたはホスホン酸置換アルコキシ）である。
【０２１５】
一態様において、G、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ炭素であり、R14はヒドロキシであり、R16はニトロであり、R24はアリール（例えばハロゲン置換フェニルなどのフェニル、例えば4-フルオロフェニル）であり、R15、R17、R18、R19、R21、およびR22は水素であり、かつR20はアルキル（例えばエチル）である。
【０２１６】
一態様において、G、J、K、L、Q、T、およびUはそれぞれ炭素であり、Mは窒素であり、R14はヒドロキシであり、R16はニトロであり、R15、R17、R18、R20、R21、R22、およびR23はそれぞれ水素であり、R19は存在せず、かつR24は、例えば置換フェニル、特に、ハロゲン置換フェニル（例えば4-フルオロフェニル）またはアシル置換フェニル（例えば4-アシル置換フェニル）などの、アリールである。
【０２１７】
別の態様において、G、J、K、L、M、Q、およびTはそれぞれ炭素であり、Uは窒素であり、R14はヒドロキシであり、R16はニトロであり、R15、R17、R18、R19、R20、R21、およびR23はそれぞれ水素であり、R22は存在せず、かつR24はアリール、例えばハロゲン置換フェニル（4-フルオロフェニル）などのフェニルである。
【０２１８】
さらに別の態様において、J、K、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ炭素であり、Gは窒素であり、R14はヒドロキシであり、R16はニトロであり、R15、R17、R19、R20、R21、R22、およびR23はそれぞれ水素であり、R18は存在せず、かつR24は、例えばハロゲンで置換されうる（例えば4-フルオロフェニル）またはアシルで置換されうる（例えば4-アシルフェニル）フェニルなどの、アリールである。
【０２１９】
一態様において、G、J、L、M、Q、T、およびUはそれぞれ炭素であり、Kは窒素であり、R14はヒドロキシであり、R16は存在せず、R15、R17、R18、R19、R20、R21、R22、およびR23はそれぞれ水素であり、かつR24は、例えばハロゲンで置換されうるフェニル（例えば4-フルオロフェニル）などのアリールである。
【０２２０】
一態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(IV)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000036
式中、
R14aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R15a、R16a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eのうち少なくとも2つは水素ではない。
【０２２１】
別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(IV)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000037
式中、
R14aは、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R15a、R16a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであるか；あるいはR24cおよびR24dが結合して環を形成し；
ただし、R24a、R24b、R24c、R24d、およびR24eのうち少なくとも2つは水素ではない。
【０２２２】
一態様において、R14aはヒドロキシルであり、R15a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、およびR24eは水素であり、R16aはニトロであり、かつR24cおよびR24dは連結して環（例えばシクロヘキサノンなどの6員環）を形成する。
【０２２３】
別の態様において、R14aはヒドロキシルであり、R15a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、およびR24eは水素であり、R16aはニトロであり、R24cはハロゲン（例えばフッ素）であり、かつR24dはハロゲン（例えばフッ素）、アルキル（例えばメチル）、またはアルコキシ（例えばメトキシ）である。
【０２２４】
さらに別の態様において、R14aはヒドロキシルであり、R15a、R17a、R18a、R19a、R20a、R21a、R22a、R23a、R24a、R24b、およびR24eは水素であり、R16aはニトロであり、R24cはハロゲン（例えばフッ素）であり、かつR24dはアルコキシ（例えばメトキシ）である。
【０２２５】
さらなる態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(V)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000038
式中、
R25は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R26、R27、R28、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R35a、R35b、R35c、R35d、およびR35eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R26、R27、R28、およびR29のうち少なくとも2つは水素ではない。
【０２２６】
別の態様において、本発明は転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(V)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000039
式中、
R25は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R26、R27、R28、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R35a、R35b、R35c、R35d、およびR35eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
ただし、R26、R27、R28、およびR29のうち少なくとも2つは水素ではない。
【０２２７】
一態様において、R25はヒドロキシであり、R26、R29、R30、R31、R32、R33、R34、R35a、R35b、R35d、およびR35eはそれぞれ水素であり、R27はニトロであり、R28はアルキル（例えばメチル）であり、かつR35cはアシルまたはヘテロアリール（例えばオキサゾール）である。
【０２２８】
一態様において、本発明は微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(VI)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000040
式中、
R25'は、置換された直鎖または分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基であり；
R26'、R27'、R28'、R29'、R30'、R31'、R32'、R33'、R34'、R35a'、R35b'、R35c'、R35d'、およびR35e'はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンである。
【０２２９】
別の態様において、本発明は転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(VI)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000041
式中、
R25'は、置換された直鎖または分枝鎖のC1〜C5アルコキシ基であり；
R26'、R27'、R28'、R29'、R30'、R31'、R32'、R33'、R34'、R35a'、R35b'、R35c'、R35d'、およびR35e'はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンである。
【０２３０】
一態様において、R26'、R28'、R29'、R30'、R31'、R32'、R33'、R34'、R35a'、R35b'、R35d'、およびR35e'はそれぞれ水素であり、R27'はニトロであり、R35c'はハロゲン（例えばフッ素）であり、かつR25'は、ホスホン酸置換アルコキシ、アルキルホスホン酸置換アルコキシ、カルボン酸置換アルコキシ、またはアルキルアミノ置換アルコキシである。
【０２３１】
別の態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(VII)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000042
式中、
R36はヒドロキシルであり；
R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
R38はシアノ、ニトロ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、ヘテロアリール、アミノ-オキシム、またはアミノカルボニルであり；
R46cは水素、アシル、フルオロ、ピリジィニル、ピリジニル、シアノ、イミダゾリル、ジアルキルアミノカルボニル、またはジアルキルアミノであり；
ただし、
R38がニトロであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノ、アシル、および水素ではなく；かつ
R38がシアノであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノではない。
【０２３２】
さらなる態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(VII)の転写因子調節化合物ならびにそのエステル、プロドラッグ、および薬学的に許容される塩と転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000043
式中、
R36はヒドロキシルであり；
R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
R38はシアノ、ニトロ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、ヘテロアリール、アミノ-オキシム、またはアミノカルボニルであり；
R46cは水素、アシル、フルオロ、ピリジィニル、ピリジニル、シアノ、イミダゾリル、ジアルキルアミノカルボニル、またはジアルキルアミノであり；
ただし、
R38がニトロであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノ、アシル、および水素ではなく；かつ
R38がシアノであり、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eがそれぞれ水素である場合、R46cはジアルキルアミノではない。
【０２３３】
一態様において、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ水素であり、R38はシアノであり、かつR46cはアシル、フルオロ、シアノ、またはイミダゾリルである。
【０２３４】
別の態様において、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ水素であり、R38はアミノ-オキシムであり、かつR46cはフルオロである。
【０２３５】
さらなる態様において、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ水素であり、R38はニトロであり、かつR46cはピリジィニル、ピリジニル、またはジアルキルアミノカルボニル（例えばジメチルアミノカルボニル）である。
【０２３６】
別の態様において、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ水素であり、R38はアミノカルボニルであり、かつR46cはハロゲン（例えばフッ素）である。
【０２３７】
一態様において、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ水素であり、R38はオキシムであり、かつR46cはジアルキルアミノ（例えばジメチルアミノ）である。
【０２３８】
別の態様において、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46b、R46c、R46d、およびR46eはそれぞれ水素であり、R38はニトロであり、かつR46aはヒドロキシルである。
【０２３９】
別の態様において、R37、R39、R40、R41、R42、R43、R44、R45、R46a、R46b、R46d、およびR46eはそれぞれ水素であり、R38はヘテロアリール（例えばイミダゾリルまたはピラゾリル）であり、かつR46cはアシルである。
【０２４０】
さらなる態様において、本発明は少なくとも部分的に、微生物細胞の抗生物質耐性を低下させるための方法に関し、該方法は、該微生物細胞の抗生物質耐性が低下するように、下記の式(VIII)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと該細胞を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000044
式中、
R47は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R48、R49、R50、R51、R52、およびR53はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
Arはアリールである。
【０２４１】
一態様において、本発明は少なくとも部分的に、転写を調節するための方法に関し、該方法は、転写が調節されるように、下記の式(VIII)の転写因子調節化合物ならびにその薬学的に許容される塩、エステル、およびプロドラッグと転写因子を接触させる工程を含む：
2009541332.tif 000045
式中、
R47は、ヒドロキシル、OCOCO2H、直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキルオキシ基、または直鎖もしくは分枝鎖のC1〜C5アルキル基であり；
R48、R49、R50、R51、R52、およびR53はそれぞれ独立に、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、アルコキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アルコキシカルボニル、アリールオキシカルボニル、ヘテロアリールオキシカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、アミノスルホニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、ヘテロアリールカルボニル、アシル、アシルアミノ、アミノ、アルキルアミノ、アリールアミノ、CO2H、シアノ、ニトロ、CONH2、ヘテロアリールアミノ、オキシム、アルキルオキシム、アリールオキシム、アミノ-オキシム、またはハロゲンであり；
Arはアリールである。
【０２４２】
一態様において、R47はヒドロキシであり、R48、R50、R51、およびR52はそれぞれ水素であり、Arはフラニルであり、かつR53は、例えばハロゲン置換フェニル（例えばフルオロフェニル）などのフェニルで置換されうるアルケニルである。
【０２４３】
別の態様において、本発明は、転写が阻害されるように転写因子を転写因子調節化合物に接触させる工程を含む、転写の阻害に関する。さらなる態様において、原核細胞の転写が阻害される。別のさらなる態様において、転写因子調節化合物は式（I）〜（VIII）および表2のいずれか一つの化合物である。
【０２４４】
「抗生物質耐性」なる用語は、微生物細胞の抗生物質化合物、特に類似の微生物の処理を成功させるためにこれまで用いられてきた抗生物質化合物に対する耐性を含む。
【０２４５】
一態様において、転写因子調節化合物（例えば、MarAファミリーポリペプチド調節化合物、AraCファミリーポリペプチド調節化合物など）は、式(I)〜(VIII)および表2のいずれかの化合物である。
【０２４６】
さらなる態様において、転写因子調節化合物は以下である。
【０２４７】
（表２）
2009541332.tif 000046
2009541332.tif 000047
2009541332.tif 000048
2009541332.tif 000049
【０２４８】
一態様において、本発明の化合物（例えば、式I、II、III、IV、V、VI、VII、VIIIの化合物、または表2の化合物）は、例えばナトリウム塩またはカリウム塩を含む、薬学的に許容される塩である。
【０２４９】
本明細書に参照により組み入れられる米国特許出願第11/115024号の実施例12に記載のアッセイ法を用いて、転写因子調節化合物のEC50を測定することができる。さらなる態様において、転写因子調節化合物は、SoxSに対して約10μM未満、約5μM未満、または約1μM未満のEC50活性を有する。さらなる態様において、転写因子調節化合物は、MarAに対して約10μM未満、約5μM未満、または約1μM未満のEC50活性を有しうる。さらに別の態様において、転写因子調節化合物は、LcrF（VirF）に対して約10μM未満、約5μM未満、または約1μM未満のEC50を有しうる。
【０２５０】
別のさらなる態様において、転写因子調節は腎組織の対数減少（CFU/g）をもたらす。これは、参照により本明細書に組み入れられる米国特許出願第11/115024号の実施例13に記載のアッセイ法を用いて測定可能である。一態様において、転写因子調節化合物は、1.0 CFU/gを上回る腎組織の対数減少（CFU/g）をもたらす。さらなる態様において、本化合物は、2.5 CFU/gを上回る腎組織の対数減少（CFU/g）をもたらす。
【０２５１】
さらなる態様において、転写因子調節化合物はアピゲニンではない。
【０２５２】
「アルキル」なる用語には、直鎖アルキル基（例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、ペンチル、ヘキシル、ヘプチル、オクチル、ノニル、デシルなど）、分枝鎖アルキル基（イソプロピル、tert-ブチル、イソブチルなど）、シクロアルキル（脂環式）基（シクロプロピル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロへプチル、シクロオクチル）、アルキル置換シクロアルキル基、およびシクロアルキル置換アルキル基を含む、飽和脂肪族基が含まれる。アルキルなる用語は、炭化水素主鎖の一つまたは複数の炭素に代わる酸素、窒素、硫黄またはリン原子をさらに含みうるアルキル基をさらに含む。特定の態様において、直鎖または分枝鎖アルキルはその主鎖に6個以下の炭素原子を有し（例えば、直鎖の場合C1〜C6、分枝鎖の場合C3〜C6）、より好ましくは4個以下を有する。同様に、好ましいシクロアルキルはその環構造に3〜8個の炭素原子を有し、より好ましくは環構造に5または6個の炭素を有する。C1〜C6なる用語は、1から6個の炭素原子を含むアルキル基を含む。
【０２５３】
さらに、アルキルなる用語は「非置換アルキル」および「置換アルキル」の両方を含み、その後者は炭化水素主鎖の一つまたは複数の炭素上の水素に代わる置換基を有するアルキル部分を意味する。そのような置換基には、例えば、アルケニル、アルキニル、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキルカルボニルオキシ、アリールカルボニルオキシ、アルコキシカルボニルオキシ、アリールオキシカルボニルオキシ、カルボキシレート、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、アルコキシカルボニル、アミノカルボニル、アルキルアミノカルボニル、ジアルキルアミノカルボニル、アルキルチオカルボニル、アルコキシル、ホスフェート、ホスホナート、ホスフィナート、シアノ、アミノ（アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アリールアミノ、ジアリールアミノ、およびアルキルアリールアミノを含む）、アシルアミノ（アルキルカルボニルアミノ、アリールカルボニルアミノ、カルバモイルおよびウレイドを含む）、アミジノ、イミノ、スルフヒドリル、アルキルチオ、アリールチオ、チオカルボキシレート、スルフェート、アルキルスルフィニル、スルホナート、スルファモイル、スルホンアミド、ニトロ、トリフルオロメチル、シアノ、アジド、ヘテロシクリル、アルキルアリール、または芳香族もしくは複素芳香族部分が含まれうる。シクロアルキルは、例えば前述の置換基でさらに置換されていてもよい。「アルキルアリール」または「アリールアルキル」部分はアリールで置換されたアルキル（例えば、フェニルメチル（ベンジル））である。「アルキル」なる用語は天然および非天然アミノ酸の側鎖も含む。
【０２５４】
「アリール」なる用語は、ゼロから4個のヘテロ原子を含んでいてもよい5および6員単環式芳香族基、例えば、ベンゼン、フェニル、ピロール、フラン、チオフェン、チアゾール、イソチアゾール、イミダゾール、トリアゾール、テトラゾール、ピラゾール、オキサゾール、イソオキサゾール、ピリジン、ピラジン、ピリダジン、およびピリミジンなどを含む。さらに、「アリール」なる用語は多環式アリール基、例えば、三環式、二環式、例えば、ナフタレン、ベンゾキサゾール、ベンゾジオキサゾール、ベンゾチアゾール、ベンゾイミダゾール、ベンゾチオフェン、メチレンジオキシフェニル、キノリン、イソキノリン、ナフトリジン、インドール、ベンゾフラン、プリン、ベンゾフラン、デアザプリン、またはインドリジンを含む。環構造にヘテロ原子を有するアリール基は「アリール複素環」、「複素環」、「ヘテロアリール」または「複素芳香族」と呼ばれることもある。さらに、複素環は含む。芳香環は一つまたは複数の環状の位置で前述のような置換基、例えば、ハロゲン、ヒドロキシル、アルコキシ、アルキルカルボニルオキシ、アリールカルボニルオキシ、アルコキシカルボニルオキシ、アリールオキシカルボニルオキシ、カルボキシレート、アルキルカルボニル、アルキルアミノカルボニル、アリールアルキルアミノカルボニル、アルケニルアミノカルボニル、アリールカルボニル、アリールカルボニル、アリールアルキルカルボニル、アルケニルカルボニル、アルコキシカルボニル、アミノカルボニル、アルキルチオカルボニル、ホスフェート、ホスホナート、ホスフィナート、シアノ、アミノ（アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アリールアミノ、ジアリールアミノ、およびアルキルアリールアミノを含む）、アシルアミノ（アルキルカルボニルアミノ、アリールカルボニルアミノ、カルバモイルおよびウレイドを含む）、アミジノ、イミノ、スルフヒドリル、アルキルチオ、アリールチオ、チオカルボキシレート、スルフェート、アルキルスルフィニル、スルホナート、スルファモイル、スルホンアミド、ニトロ、トリフルオロメチル、シアノ、アジド、ヘテロシクリル、アルキルアリール、または芳香族もしくは複素芳香族部分で置換されていてもよい。アリール基は芳香族ではない脂環式または複素環と縮合または架橋されて多環（例えばテトラリン）を形成してもよい。「アリール」なる用語はポルフィリン、フタロシアニンなどの多環式アリール基も含む。
【０２５５】
「アルケニル」なる用語は、前述のアルキルと長さおよび可能な置換において類似しているが、少なくとも一つの二重結合を含む不飽和脂肪族基を含む。
【０２５６】
例えば、「アルケニル」なる用語は、直鎖アルケニル基（例えば、エチレニル、プロペニル、ブテニル、ペンテニル、ヘキセニル、ヘプテニル、オクテニル、ノネニル、デセニルなど）、分枝鎖アルケニル基、シクロアルケニル（脂環式）基（シクロプロペニル、シクロペンテニル、シクロヘキセニル、シクロヘプテニル、シクロオクテニル）、アルキルまたはアルケニル置換シクロアルケニル基、およびシクロアルキルまたはシクロアルケニル置換アルケニル基を含む。アルケニルなる用語は、炭化水素主鎖の一つまたは複数の炭素に代わる酸素、窒素、硫黄またはリン原子を含むアルケニル基をさらに含む。特定の態様において、直鎖または分枝鎖アルケニル基はその主鎖に6個以下の炭素原子を有する（例えば、直鎖の場合C2〜C6、分枝鎖の場合C3〜C6）。同様に、シクロアルケニル基はその環構造に3〜8個の炭素原子を有し、より好ましくは環構造に5または6個の炭素を有する。C2〜C6なる用語は、2から6個の炭素原子を含むアルケニル基を含む。
【０２５７】
さらに、アルケニルなる用語は「非置換アルケニル」および「置換アルケニル」の両方を含み、その後者は炭化水素主鎖の一つまたは複数の炭素上の水素に代わる置換基を有するアルケニル部分を意味する。そのような置換基には、例えば、アルキル基、アルキニル基、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキルカルボニルオキシ、アリールカルボニルオキシ、アルコキシカルボニルオキシ、アリールオキシカルボニルオキシ、カルボキシレート、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、アルコキシカルボニル、アミノカルボニル、アルキルアミノカルボニル、ジアルキルアミノカルボニル、アルキルチオカルボニル、アルコキシル、ホスフェート、ホスホナート、ホスフィナート、シアノ、アミノ（アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アリールアミノ、ジアリールアミノ、およびアルキルアリールアミノを含む）、アシルアミノ（アルキルカルボニルアミノ、アリールカルボニルアミノ、カルバモイルおよびウレイドを含む）、アミジノ、イミノ、スルフヒドリル、アルキルチオ、アリールチオ、チオカルボキシレート、スルフェート、アルキルスルフィニル、スルホナート、スルファモイル、スルホンアミド、ニトロ、トリフルオロメチル、シアノ、アジド、ヘテロシクリル、アルキルアリール、または芳香族もしくは複素芳香族部分が含まれうる。
【０２５８】
「アルキニル」なる用語は、前述のアルキルと長さおよび可能な置換において類似しているが、少なくとも一つの三重結合を含む不飽和脂肪族基を含む。
【０２５９】
例えば、「アルキニル」なる用語は、直鎖アルキニル基（例えば、エチニル、プロピニル、ブチニル、ペンチニル、ヘキシニル、ヘプチニル、オクチニル、ノニニル、デシニルなど）、分枝鎖アルキニル基、およびシクロアルキルまたはシクロアルケニル置換アルキニル基を含む。アルキニルなる用語は、炭化水素主鎖の一つまたは複数の炭素に代わる酸素、窒素、硫黄またはリン原子を含むアルキニル基をさらに含む。特定の態様において、直鎖または分枝鎖アルキニル基はその主鎖に6個以下の炭素原子を有する（例えば、直鎖の場合C2〜C6、分枝鎖の場合C3〜C6）。C2〜C6なる用語は、2から6個の炭素原子を含むアルキニル基を含む。
【０２６０】
さらに、アルキニルなる用語は「非置換アルキニル」および「置換アルキニル」の両方を含み、その後者は炭化水素主鎖の一つまたは複数の炭素上の水素に代わる置換基を有するアルキニル部分を意味する。そのような置換基には、例えば、アルキル基、アルキニル基、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキルカルボニルオキシ、アリールカルボニルオキシ、アルコキシカルボニルオキシ、アリールオキシカルボニルオキシ、カルボキシレート、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、アルコキシカルボニル、アミノカルボニル、アルキルアミノカルボニル、ジアルキルアミノカルボニル、アルキルチオカルボニル、アルコキシル、ホスフェート、ホスホナート、ホスフィナート、シアノ、アミノ（アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アリールアミノ、ジアリールアミノ、およびアルキルアリールアミノを含む）、アシルアミノ（アルキルカルボニルアミノ、アリールカルボニルアミノ、カルバモイルおよびウレイドを含む）、アミジノ、イミノ、スルフヒドリル、アルキルチオ、アリールチオ、チオカルボキシレート、スルフェート、アルキルスルフィニル、スルホナート、スルファモイル、スルホンアミド、ニトロ、トリフルオロメチル、シアノ、アジド、ヘテロシクリル、アルキルアリール、または芳香族もしくは複素芳香族部分が含まれうる。
【０２６１】
炭素数が特に規定されないかぎり、本明細書において用いられる「低級アルキル」とは前述のとおりであるが、その主鎖構造に1から5個の炭素原子を有するアルキル基を意味する。「低級アルケニル」および「低級アルキニル」は、例えば2〜5炭素原子の鎖長を有する。
【０２６２】
「アシル」なる用語は、アシルラジカル（CH3CO-）またはカルボニル基を含む化合物および部分を含む。「置換アシル」なる用語は、一つまたは複数の水素原子が例えばアルキル基、アルキニル基、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキルカルボニルオキシ、アリールカルボニルオキシ、アルコキシカルボニルオキシ、アリールオキシカルボニルオキシ、カルボキシレート、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、アルコキシカルボニル、アミノカルボニル、アルキルアミノカルボニル、ジアルキルアミノカルボニル、アルキルチオカルボニル、アルコキシル、ホスフェート、ホスホナート、ホスフィナート、シアノ、アミノ（アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アリールアミノ、ジアリールアミノ、およびアルキルアリールアミノを含む）、アシルアミノ（アルキルカルボニルアミノ、アリールカルボニルアミノ、カルバモイルおよびウレイドを含む）、アミジノ、イミノ、スルフヒドリル、アルキルチオ、アリールチオ、チオカルボキシレート、スルフェート、アルキルスルフィニル、スルホナート、スルファモイル、スルホンアミド、ニトロ、トリフルオロメチル、シアノ、アジド、ヘテロシクリル、アルキルアリール、または芳香族もしくは複素芳香族部分で置換されたアシル基を含む。
【０２６３】
「アシルアミノ」なる用語は、アシル部分がアミノ基に結合された部分を含む。例えば、この用語はアルキルカルボニルアミノ、アリールカルボニルアミノ、カルバモイルおよびウレイド基を含む。
【０２６４】
「アロイル」なる用語は、カルボニル基に結合されたアリールまたは複素芳香族部分を有するカルボニルおよび部分を含む。アロイル基の例にはフェニルカルボキシ、ナフチルカルボキシなどが含まれる。
【０２６５】
「アルコキシアルキル」、「アルキルアミノアリール」および「チオアルコキシアルキル」なる用語は、炭化水素主鎖の一つまたは複数の炭素に代わる酸素、窒素または硫黄原子、例えば酸素、窒素または硫黄原子をさらに含む、前述のアルキル基を含む。
【０２６６】
「アルコキシ」なる用語は、酸素原子に共有結合された置換および非置換アルキル、アルケニル、およびアルキニル基を含む。アルコキシ基の例には、メトキシ、エトキシ、イソプロピルオキシ、プロポキシ、ブトキシ、およびペントキシ基が含まれる。置換アルコキシ基の例にはハロゲン化アルコキシ基が含まれる。アルコキシ基は、アルケニル、アルキニル、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキルカルボニルオキシ、アリールカルボニルオキシ、アルコキシカルボニルオキシ、アリールオキシカルボニルオキシ、カルボキシレート、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、アルコキシカルボニル、アミノカルボニル、アルキルアミノカルボニル、ジアルキルアミノカルボニル、アルキルチオカルボニル、アルコキシル、ホスフェート、ホスホナート、ホスフィナート、シアノ、アミノ（アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アリールアミノ、ジアリールアミノ、およびアルキルアリールアミノを含む）、アシルアミノ（アルキルカルボニルアミノ、アリールカルボニルアミノ、カルバモイルおよびウレイドを含む）、アミジノ、イミノ、スルフヒドリル、アルキルチオ、アリールチオ、チオカルボキシレート、スルフェート、アルキルスルフィニル、スルホナート、スルファモイル、スルホンアミド、ニトロ、トリフルオロメチル、シアノ、アジド、ヘテロシクリル、アルキルアリール、または芳香族もしくは複素芳香族部分などの基で置換されていてもよい。ハロゲン置換アルコキシ基の例には、フルオロメトキシ、ジフルオロメトキシ、トリフルオロメトキシ、クロロメトキシ、ジクロロメトキシ、トリクロロメトキシなどが含まれるが、これらに限定されるわけではない。
【０２６７】
「アミン」または「アミノ」なる用語は、窒素原子が少なくとも一つの炭素またはヘテロ原子に共有結合された化合物を含む。「アルキルアミノ」なる用語は、窒素が少なくとも一つの追加のアルキル基に結合された基および化合物を含む。「ジアルキルアミノ」なる用語は、窒素原子が少なくとも二つの追加のアルキル基に結合された基を含む。「アリールアミノ」および「ジアリールアミノ」なる用語は、それぞれ窒素原子が少なくとも一つまたは二つのアリール基に結合された基を含む。「アルキルアリールアミノ」、「アルキルアミノアリール」または「アリールアミノアルキル」なる用語は、少なくとも一つのアルキル基および少なくとも一つのアリール基に結合されたアミノ基を意味する。「アルカミノアルキル」なる用語は、アルキル基に結合された窒素原子に結合されたアルキル、アルケニル、またはアルキニル基を意味する。
【０２６８】
「アミド」または「アミノカルボキシ」なる用語は、カルボニルまたはチオカルボニル基の炭素に結合された窒素原子を含む化合物または部分を含む。この用語は、カルボキシ基に結合されたアミノ基に結合されたアルキル、アルケニル、またはアルキニル基を含む「アルカミノカルボキシ」基を含む。これは、カルボニルまたはチオカルボニル基の炭素に結合されたアミノ基に結合されたアリールまたはヘテロアリール基を含むアリールアミノカルボキシ基を含む。「アルキルアミノカルボキシ」、「アルケニルアミノカルボキシ」、「アルキニルアミノカルボキシ」、および「アリールアミノカルボキシ」なる用語は、それぞれアルキル、アルケニル、アルキニルおよびアリール部分が窒素原子に結合され、その窒素原子はカルボニル基の炭素に結合されている部分を含む。
【０２６９】
「カルボニル」または「カルボキシ」なる用語は、酸素原子に二重結合で連結された炭素を含む化合物および部分を含む。カルボニルを含む部分の例にはアルデヒド、ケトン、カルボン酸、アミド、エステル、酸無水物などが含まれる。
【０２７０】
「チオカルボニル」または「チオカルボキシ」なる用語は、硫黄原子に二重結合で連結された炭素を含む化合物および部分を含む。
【０２７１】
「エーテル」なる用語は、二つの異なる炭素原子またはヘテロ原子に結合された酸素を含む化合物または部分を含む。例えば、この用語は「アルコキシアルキル」を含み、これは別のアルキル基に共有結合された酸素に共有結合されたアルキル、アルケニル、またはアルキニル基を意味する。
【０２７２】
「エステル」なる用語は、カルボニル基の炭素に結合された酸素に結合された炭素またはヘテロ原子を含む化合物または部分を含む。「エステル」なる用語は、メトキシカルボニル、エトキシカルボニル、プロポキシカルボニル、ブトキシカルボニル、ペントキシカルボニルなどのアルコキシカルボニル基を含む。アルキル、アルケニル、またはアルキニル基は前述のとおりである。
【０２７３】
「チオエーテル」なる用語は、二つの異なる炭素原子またはヘテロ原子に結合された硫黄原子を含む化合物または部分を含む。チオエーテルの例には、アルクチオアルキル、アルクチオアルケニル、およびアルクチオアルキニルが含まれるが、これらに限定されるわけではない。「アルクチオアルキル」なる用語は、アルキル基に結合された硫黄原子に結合されたアルキル、アルケニル、またはアルキニル基を含む。同様に「アルクチオアルケニル」および「アルクチオアルキニル」なる用語は、アルキル、アルケニル、またはアルキニル基がアルキニル基に共有結合された硫黄原子に結合されているカルボニルまたは部分を意味する。
【０２７４】
「ヒドロキシ」または「ヒドロキシル」なる用語は、-OHまたは-O-を有する基を含む。
【０２７５】
「ハロゲン」なる用語は、フッ素、臭素、塩素、ヨウ素などを含む。「過ハロゲン化された」なる用語は一般に、スキーム井部手の水素がハロゲン原子で置換された部分を意味する。
【０２７６】
「ポリシクリル」または「多環式ラジカル」なる用語は、複数の炭素が二つの隣接する環に共通である複数の環（例えば、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、アリールおよび/またはヘテロシクリル）を意味し、例えば環は「縮合環」である。非隣接原子を通じて連結されている環は「架橋」環と呼ばれる。多環の各環は前述のような置換基、例えば、ハロゲン、ヒドロキシル、アルキルカルボニルオキシ、アリールカルボニルオキシ、アルコキシカルボニルオキシ、アリールオキシカルボニルオキシ、カルボキシレート、アルキルカルボニル、アルコキシカルボニル、アルキルアミノカルボニル、アリールアルキルアミノカルボニル、アルケニルアミノカルボニル、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、アリールアルキルカルボニル、アルケニルカルボニル、アミノカルボニル、アルキルチオカルボニル、アルコキシル、ホスフェート、ホスホナート、ホスフィナート、シアノ、アミノ（アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アリールアミノ、ジアリールアミノ、およびアルキルアリールアミノを含む）、アシルアミノ（アルキルカルボニルアミノ、アリールカルボニルアミノ、カルバモイルおよびウレイドを含む）、アミジノ、イミノ、スルフヒドリル、アルキルチオ、アリールチオ、チオカルボキシレート、スルフェート、アルキルスルフィニル、スルホナート、スルファモイル、スルホンアミド、ニトロ、トリフルオロメチル、シアノ、アジド、ヘテロシクリル、アルキル、アルキルアリール、または芳香族もしくは複素芳香族部分で置換されていてもよい。
【０２７７】
「ヘテロ原子」なる用語は、炭素または水素以外のいかなる元素の原子も含む。好ましいヘテロ原子は窒素、酸素、硫黄およびリンである。
【０２７８】
「電子吸引性の置換基」なる用語には、アンモニウム（アルキルアンモニウム、アリールアンモニウム、およびヘテロアリールアンモニウムを含む）、スルホニル（アルキルスルホニル、アリールスルホニル、およびヘテロアリールスルホニルを含む）、ハロゲン、過ハロゲン化（perhalogenated）アルキル、シアノ、オキシム、カルボニル（アルキルカルボニル、アリールカルボニル、およびヘテロアリールカルボニルを含む）、およびニトロが含まれるが、これらに限定されるわけではない。
【０２７９】
本発明のいくつかの化合物の構造は、不斉炭素原子を含むことに留意されよう。したがって、そのような不斉から生じる異性体（例えば、すべての鏡像異性体およびジアステレオマーは、特に記載のないかぎり、本発明の範囲内に含まれることが理解されるべきである。そのような異性体は伝統的な分離法および立体化学的に制御された合成によって実質的に純粋な形で得ることができる。さらに、本明細書において議論される構造ならびに他の化合物および部分は、そのすべての互変異性体も含む。
【０２８０】
構造式中で
2009541332.tif 000050
によって表される結合は、結合が一重または二重結合のいずれかでありうることを意味する。
【０２８１】
VIII. 転写因子調節化合物を含む製剤
本発明は、転写因子調節化合物および/または本発明のアッセイ法のいずれかで同定された化合物の治療上有効な量または用量ならびに一つまたは複数の担体（例えば、薬学的に許容される添加物および/または希釈剤）を含む組成物を提供する。本発明の薬学的組成物は、本明細書において転写因子調節化合物、AraCファミリーポリペプチド調節化合物、MarAファミリーポリペプチド調節化合物、MarAファミリー阻害化合物、marA阻害化合物、式（I）、（II）、（III）、（IV）、（V）、（VI）、（VII）、（VIII）、または表2の化合物として記載されるいかなる化合物を含んでいてもよい。これらの各化合物は、本発明の薬学的組成物の一部として単独または組み合わせで用いることができる。さらに、組成物は第二の抗菌剤、例えば抗生物質を含むこともできる。
【０２８２】
本発明は、転写因子調節化合物（例えば、MarAファミリーポリペプチド調節化合物またはAraCファミリーポリペプチド調節化合物）の有効量、および薬学的に許容される担体を含む薬学的組成物に関する。一態様において、転写因子調節化合物は式（I）、（II）、（III）、（IV）、（V）、（VI）、（VII）、（VIII）、または表2の化合物である。
【０２８３】
一態様において、本発明は、薬学的に許容される担体および転写因子調節化合物を含む薬学的組成物を提供し、ここで該化合物は、式(I)、(II)、(III)、(IV)、(V)、(VI)、(VII)、(VIII)、または表2の化合物である。別の態様において、本薬学的組成物は抗生物質をさらに含む。さらなる態様において、有効量の本薬学的組成物は、被験体におけるバイオフィルム関連状態の治療に有効であり得る。バイオフィルム関連状態には、例えば、中耳感染症、嚢胞性繊維症、骨髄炎、ざ瘡、歯の空洞、心内膜炎、および前立腺炎が含まれうる。
【０２８４】
別の態様において、被験体における細菌関連状態を予防する方法であって、被験体に転写因子調節化合物の有効量を細菌関連状態が予防されるように投与する工程を含む方法。さらなる態様において、転写因子調節化合物は、式(I)、(II)、(III)、(IV)、(V)、(VI)、(VII)、(VIII)、または表2の化合物である。さらなる態様において、転写因子調節化合物には、例えば、MarAファミリーポリペプチドインヒビターおよびAraCファミリーポリペプチドインヒビターが含まれうる。
【０２８５】
「被験体」なる用語は、細菌関連障害を患うことができる植物および動物（例えば、脊椎津物、両生類、魚類、哺乳類、例えばネコ、イヌ、ウマ、ブタ、ウシ、ヒツジ、齧歯類、ウサギ、リス、クマ、霊長類（例えば、チンパンジー、ゴリラ、およびヒト）を含む。「被験体」なる用語は、感染の高リスク状態になりうる、免疫無防備状態の被験体も含む。
【０２８６】
「予防」なる用語は、細菌関連状態の発生を防ぐために転写因子調節化合物の有効量を投与することを意味する。
【０２８７】
「細菌関連状態」なる用語は、本発明の転写因子調節化合物の投与によって予防することができる、細菌の存在によって特徴づけられる状態を含む。この用語は、被験体上または被験体内のバイオフィルム関連状態および他の感染症または細菌の望ましくない存在を含む。
【０２８８】
下記に詳細に記載するとおり、薬学的組成物を、下記に適合させたものを含む固体または液体剤形での投与のために製剤することができる：（1）経口投与、例えば、水性もしくは非水性液剤、懸濁剤、錠剤、巨丸剤、散剤、顆粒剤、ペースト；（2）非経口投与、例えば、滅菌液剤もしくは懸濁剤として、例えば、皮下、筋肉内もしくは静脈内注射による；（3）局所適用、例えば、皮膚に適用するクリーム、軟膏もしくは噴霧剤として；（4）腟内もしくは直腸内、例えば、ペッサリー、クリーム、フォーム、もしくは坐剤として；または（5）エアロゾル、例えば、化合物を含む水性エアロゾル、リポソーム製剤もしくは固体粒子。
【０２８９】
本明細書において用いられる「薬学的に許容される担体」なる語句は、本発明の抗感染物質または化合物を、一つの臓器または体の一部から、もう一つの臓器または体に一部に、その生物学的効果に影響をおよぼすことなく運搬または輸送することに関与する、液体または固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒またはカプセル化材料などの薬学的に許容される材料、組成物または媒体を意味する。各担体は、組成物の他の成分と適合性であり、被験体に対して有害ではないという意味で「許容される」べきである。薬学的に許容される担体として役立ちうる材料のいくつかの例には下記が含まれる：（1）乳糖、グルコースおよびショ糖などの糖；（2）トウモロコシデンプンおよび馬鈴薯デンプンなどのデンプン；（3）カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロースおよび酢酸セルロースなどのセルロースおよびその誘導体；（４）粉末トラガカント；（5）麦芽；（6）ゼラチン；（7）タルク；（8）カカオ脂および坐剤用ワックスなどの賦形剤；（9）落花生油、綿実油、紅花油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油およびダイズ油などの油；（10）プロピレングリコールなどのグリコール；（11）グリセリン、ソルビトール、マンニトールおよびポリエチレングリコールなどのポリオール；（12）オレイン酸エチルおよびラウリン酸エチルなどのエステル；（13）寒天；（14）水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウムなどの緩衝剤；（15）アルギン酸；（16）発熱物質を含まない水；（17）等張食塩水；（18）リンガー液；（19）エチルアルコール；（20）リン酸緩衝液；ならびに（21）薬学的組成物において用いられる他の非毒性適合性物質。適当な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティング材料の使用、分散剤の場合には要求される粒径の維持、および界面活性剤の使用によって維持することができる。
【０２９０】
これらの組成物は、保存剤、湿潤剤、乳化剤および分散剤などの補助剤を含むこともできる。微生物の作用の防止は、様々な抗菌および抗真菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノールソルビン酸などを組み込むことによって確実にすることができる。組成物に糖、塩化ナトリウムなどの等張剤を組み込むことも望ましい。加えて、注射用製剤の持続吸収は、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンなどの吸収を遅らせる物質を組み込むことによって可能となる。
【０２９１】
いくつかの場合には、薬物の効果を持続させるために、薬物の皮下または筋肉内注射からの吸収を遅らせることが望ましい。これは、水溶性が低い結晶またはアモルファス材料の懸濁液を用いることによって達成される。薬物の吸収速度はその溶解速度に依存し、溶解速度は結晶サイズおよび結晶形に依存することになる。または、非経口投与した剤形の遅延吸収は、薬物を油媒体に溶解または懸濁することによって達成される。
【０２９２】
本発明の薬学的組成物は、体の上皮表面に経口、非経口、局所、直腸内、鼻内、腟内、大槽内投与することができる。組成物は当然のことながら、それぞれの投与経路に適した剤形で投与する。例えば、これらは錠剤またはカプセル型で、注射、吸入、眼ローション、軟膏などにより、注射、注入、または吸入による投与；ローションまたは軟膏による局所投与；および直腸または膣坐剤で投与する。
【０２９３】
本明細書において用いられる「非経口投与」および「非経口で投与した」なる語句は、腸内および局所以外、通常は注射による投与様式を意味し、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、脊髄内および胸骨内の注射および注入が含まれるが、これらに限定されるわけではない。
【０２９４】
本明細書において用いられる「全身投与」、「全身に投与した」、「末梢投与」および「末梢に投与した」なる語句は、八硫酸スクロースおよび/または抗菌性の薬物もしくは中枢神経系に直接入るもの以外の他の材料の、被験体の全身に入り、したがって代謝および他の同様の過程にかけられるような投与、例えば皮下投与を意味する。
【０２９５】
いくつかの方法において、本発明の組成物はいかなる上皮表面にも局所投与することができる。本発明による「上皮表面」とは、体の外面をカバーする、または管腔構造を裏打ちする組織の領域と定義され、皮膚および粘膜表面が含まれるが、これらに限定されるわけではない。そのような上皮表面には、口、咽頭、食道、肺、眼、耳、鼻、口腔、舌、膣、頚、尿生殖器、消化管、および肛門直腸表面が含まれる。
【０２９６】
組成物は局所適用に用いられる様々な通常の剤形に製剤することができる。これらには、例えば、液剤または懸濁液、坐剤、圧注、浣腸、ゲル、クリーム、乳剤、ローション、スラリー、散剤、噴霧剤、リップスティック、フォーム、ペースト、練り歯磨き、軟膏、膏薬、香膏、圧注、滴剤、トローチ、チューインガム、ロゼンジ、含嗽剤、リンスなどの半固体および液体剤形が含まれる。
【０２９７】
局所適用のために通常用いられる担体には、ペクチン、ゼラチンおよびその誘導体、ポリ乳酸もしくはポリグリコール酸ポリマーまたはそのコポリマー、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、または酸化セルロースなどのセルロース誘導体、グアールゴム、アカシアゴム、カラヤゴム、トラガカントゴム、ベントナイト、寒天、カルボマー、ヒバマタ（Bladderwrack）、イナゴマメ、デキストランおよびその誘導体、ガッチゴム、ヘクトライト、イスパキュラハスク、ポリビニルピロリドン、シリカおよびその誘導体、キサンタンゴム、カオリン、タルク、デンプンおよびその誘導体、パラフィン、水、植物および動物油、ポリエチレン、ポリエチレンオキシド、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、グリセロール、エタノール、プロパノール、プロピレングリコール（グリコール、アルコール）、固定油、ナトリウム、カリウム、アルミニウム、マグネシウムまたはカルシウム塩（塩化物、炭酸塩、重炭酸塩、クエン酸塩、グルコン酸塩、乳酸塩、酢酸塩、グルセプチン酸塩または酒石酸塩）が含まれる。
【０２９８】
そのような組成物は、例えば、有害細胞、例えば膣淋菌または口唇ヘルペスを含む口腔感染症、眼、皮膚、もしくは腸管下部の感染症の治療または予防のために特に有用でありうる。薬物の持続性および滞留時間を高めるため、ならびに得られる予防効果を改善するために、局所用薬剤のための標準的組成物戦略を抗感染化合物およびその薬学的に許容される塩に適用することができる。
【０２９９】
腸管下部または膣で用いるための局所適用のために、直腸坐剤、適当な浣腸、ゲル、軟膏、液剤、懸濁剤または挿入剤を用いることができる。局所経皮パッチも用いることができる。経皮パッチは本発明の組成物を体に制御送達する追加の利点を有する。そのような剤形は、薬剤を適当な媒質に溶解または分散させることにより製造することができる。
【０３００】
本発明の組成物は、直腸または腟内投与のために坐剤の形で投与することもできる。これらは薬剤を、室温では固体であるが、直腸温度では液体であり、したがって直腸または腟内で融解して薬物を放出する適当な非刺激性担体と混合することによって調製することができる。そのような材料には、カカオ脂、蜜蝋、ポリエチレングリコール、坐剤ワックスまたはサリチル酸塩が含まれ、これらは室温では固体であるが、体温では液体であり、したがって直腸または腟腔内で融解して活性薬物を放出することになる。
【０３０１】
膣内投与に適した組成物には、当技術分野において適当であることが公知の担体などを含むペッサリー、タンポン、クリーム、ゲル、ペースト、フォーム、フィルム、または噴霧組成物も含まれる。八硫酸スクロース/避妊薬において用いられる担体は、腟内投与および/または避妊具のコーティングに適合性であるべきである。組み合わせは、ペッサリー、ゼリー、圧注、フォーム、フィルム、軟膏、クリーム、香膏、ゲル、膏薬、ペースト、スラリー、膣坐剤、性交用潤滑剤、ならびにコンドーム、避妊用スポンジ、頚部キャップおよびペッサリーなどの器具用コーティングなどの固体、半固体および液体剤形でありうる。
【０３０２】
眼適用のために、薬学的組成物はpH調節した滅菌等張食塩水中の微粉化懸濁液、または好ましくはpH調節した滅菌等張食塩水中の溶液として、塩化ベンジルアルコニウムなどの保存剤と共にまたは保存剤なしで製剤することができる。または、眼への使用のために、組成物をワセリンなどの軟膏中で製剤することができる。例示的眼用組成物には、眼軟膏、散剤、液剤などが含まれる。
【０３０３】
散剤および噴霧剤は、八硫酸スクロースおよび/または抗生物質もしくは避妊薬に加えて、乳糖、タルク、水酸化アルミニウム、ケイ酸カルシウムおよびポリアミド粉末、またはこれらの物質の混合物などの担体を含むことができる。噴霧剤は、クロロフルオロハイドロカーボンならびにブタンおよびプロパンなどの揮発性非置換炭化水素などの通常の噴射剤をさらに含むことができる。
【０３０４】
通常は、水性エアロゾルは、薬剤の水性溶液または懸濁液を通常の薬学的に許容される担体および安定化剤と共に製剤することによって製造する。担体および安定化剤は、特定の化合物の要求に応じて異なるが、典型的には非イオン界面活性剤（Tween、プルロニック、またはポリエチレングリコール）、血清アルブミンのようなタンパク質、ソルビタンエステル、オレイン酸、レシチン、グリシンなどのアミノ酸、緩衝液、塩、糖または糖アルコールが含まれる。エアロゾルは一般に等張溶液から調製する。
【０３０５】
本発明の組成物は、それぞれあらかじめ決められた量の八硫酸スクロースおよび/または活性成分としての抗生物質もしくは避妊薬を含む、カプセル剤、カシェ剤、丸剤、錠剤、ロゼンジ（着香基剤、通常はショ糖およびアカシアまたはトラガカントを用いて）、散剤、顆粒剤を含むが、これらに限定されるわけではない、任意の経口により許容される剤形で、または水性もしくは非水性液体中の溶液もしくは懸濁剤として、または水中油もしくは油中水乳濁液として、またはエリキシル剤もしくはシロップ剤として、または香錠（ゼラチンおよびグリセリンなどの不活性基剤、またはスクロースおよびアカシアを用いて）として、ならびに/または含嗽剤などとして経口投与することもできる。化合物は巨丸剤、舐剤またはペーストとして投与することもできる。経口使用のための錠剤の場合、一般に用いられる担体には乳糖およびトウモロコシデンプンが含まれる。ステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤も典型的に添加される。カプセル剤形での経口投与のために、有用な希釈剤には乳糖および乾燥トウモロコシデンプンが含まれる。経口使用のために水性懸濁剤が要求される場合、活性成分を乳化剤および懸濁化剤と組み合わせる。望まれる場合には、特定の甘味料、着香料または着色剤を加えてもよい。
【０３０６】
錠剤、ならびに糖衣丸、カプセル剤、丸剤および顆粒剤などの他の固体剤形は刻み目を入れてもよく、または腸溶コーティングおよび  製剤技術分野では公知の他のコーティングなどのコーティングおよび外皮と共に調製してもよい。これらは、例えば、所望の放出特性を提供するために様々な比率のヒドロキシプロピルメチルセルロース、他のポリマーマトリクス、リポソームおよび/またはミクロスフェアを用いて、その中の活性成分を遅延または制御放出するように製剤することもできる。これらは、例えば、細菌保持フィルターを通してのろ過により、または使用直前に滅菌水もしくはいくつかの他の滅菌注射用媒質に溶解することができる滅菌固体組成物の形での滅菌剤の組込みにより、滅菌することができる。これらの組成物は、不透明化剤を選択的に含んでいてもよく、かつ胃腸管の特定の部分で、選択的に遅延された様式で、活性成分だけ、または活性成分を優先的に放出する組成物であってもよい。用いることができる埋込み組成物の例には、ポリマー物質およびワックスが含まれる。活性成分は、適当であれば、一つまたは複数の前述の賦形剤と共にマイクロカプセル化された剤形であってもよい。
【０３０７】
経口投与のための液体剤形には、薬学的に許容される乳剤、マイクロエマルション、液剤、懸濁剤、シロップ剤およびエリキシル剤が含まれる。活性成分に加えて、液体剤形は、例えば水または他の溶媒、可溶化剤ならびにエチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、1,3-ブチレングリコール、油（特に、綿実油、落花生油、トウモロコシ油、胚芽油、オリーブ油、ヒマシ油およびゴマ油）、グリセロール、テトラヒドロフリルアルコール、ポリエチレングリコールおよびソルビタンの脂肪酸エステルと、その混合物などの乳化剤などの、当技術分野において一般的に用いられる不活性希釈剤を含むこともできる。
【０３０８】
不活性希釈剤の他に、経口組成物は湿潤剤、乳化および懸濁化剤、甘味料、着香料、着色剤、芳香剤ならびに保存剤などの補助剤を含むこともできる。
【０３０９】
懸濁剤は、抗感染剤に加えて、例えばエトキシル化イソステアリルアルコール、ポリオキシエチレンソルビトールおよびソルビタンエステル、微結晶セルロース、アルミニウムメタヒドロキシド、ベントナイト、寒天およびトラガカント、ならびにその混合物などの懸濁化剤を含んでいてもよい。
【０３１０】
本発明の組成物の滅菌注射剤形は水性懸濁剤でも油性懸濁剤でもよい。これらの懸濁剤は、適当な分散または湿潤剤および懸濁化剤を用いて、当技術分野において公知の技術により製剤することができる。湿潤剤、乳化剤と、ラウリル硫酸ナトリウムおよびステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤、ならびに着色剤、遊離剤、コーティング剤、甘味料、着香および芳香剤、保存剤および抗酸化剤も組成物中に存在してもよい。
【０３１１】
滅菌注射製剤は、非毒性の非経口により許容される希釈剤または溶媒中の、例えば1,3-ブタンジオール溶液として、滅菌注射用液剤または懸濁剤であってもよい。用いることができる許容される媒体および溶媒の中には水、リンガー液および等張塩化ナトリウム溶液がある。加えて、滅菌固定油が溶媒または懸濁媒質として通常用いられる。この目的のために、合成モノまたはジグリセリドを含む、いかなる無刺激性の固定油も用いることができる。オレイン酸などの脂肪酸およびそのグリセリド誘導体は、オリーブ油またはヒマシ油、特にそれらのポリオキシエチル化物などの天然の薬学的に許容される油と同様に、注射剤の製剤において有用である。これらの油溶液または懸濁液は、Ph.Helvまたは類似のアルコールなどの長鎖アルコール希釈剤または分散剤を含んでいてもよい。
【０３１２】
抗感染剤またはその薬学的に許容される塩は、液剤または懸濁液、坐剤、圧注、浣腸、ゲル、クリーム、乳剤、ローション、スラリー、セッケン、シャンプー、洗剤、散剤、噴霧剤、リップスティック、フォーム、ペースト、練り歯磨き、軟膏、膏薬、香膏、圧注、滴剤、トローチ、ロゼンジ、含嗽剤、リンスその他を含む、組み合わせ製剤を形成する材料中の他の剤形において、全用量のいくらかの割合に相当することになる。例えば、クリームおよびゲルは典型的に送達媒質の物理化学的性質により、20％（すなわち、200mg/g）未満の濃度に限定される。特定の用途のために、はるかに低濃度の製剤を調製することもできる（例えば、小児適用のための低パーセント製剤）。例えば、本発明の薬学的組成物は八硫酸スクロースを全製剤の0.001〜99重量％、典型的には0.01〜75重量％、より典型的には0.1〜20重量％、特に1〜10重量％の量で含むことができる。特に、製剤中のその好ましい濃度は0.5〜50％、特に1〜10％などの0.5〜25％である。これは治療または予防する状態の種類および重症度に応じて、1日に1〜10回適当に適用することができる。
【０３１３】
抗潰瘍薬としての何十年もの臨床使用を通して、抗感染剤またはその薬学的に許容される塩の毒性が低いことを考慮すると［W.R. Garnett、Clin. Pharm. 1:307-314 (1982)；R.N. Brogdenら、Drugs 27:194-209 (1984)；D.M. McCarthy、New Eng J Med., 325:1017-1025 (1991)、治療上有効な用量の上限は重大な問題ではない。
【０３１４】
予防用の適用のために、本発明の薬学的組成物を感染の可能性の前に適用することができる。感染の可能性の前の適用のタイミングは、化合物の予防上の有効性を最大化するよう最適化することができる。適用のタイミングは、投与様式、適用する上皮表面、表面積、用量、上皮表面のpHにおける組成物の安定性および有効性、適用頻度、例えば単回適用であるか複数回適用であるか、に応じて変動することになる。当業者であれば、化合物の予防上の有効性を最大化するために要求される最適な時間間隔を決定することができると思われる。
【０３１５】
本発明の実施は、特に記載がないかぎり、細胞生物学、細胞培養、分子生物学、遺伝学、微生物学、組換えDNA、および免疫学の通常の技術を用い、これらは当技術分野の範囲内である。そのような技術は文献に詳細に説明されている。例えば、Genetics; Molecular Cloning A Laboratory Manual、第2版、Sambrook, J.ら編(Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989))；Short Protocols in Molecular Biology、第3版、Ausubel, F.ら編(Wiley, NY (1995))；DNA Cloning、第IおよびII巻(D. N. Glover ed., 1985)；Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait編(1984))；Mullisら、米国特許第4,683,195号；Nucleic Acid Hybridization (B. D. Hames & S. J. Higgins編(1984))；論文、Methods In Enzymology (Academic Press, Inc., N.Y)；Immunochemical Methods In Cell And Molecular Biology (MayerおよびWalker編、Academic Press, London (1987))；Handbook Of Experimental Immunology、第I〜IV巻(D. M. WeirおよびC. C. Blackwell編(1986))；ならびにMiller, J. Experiments in Molecular Genetics (Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1972))を参照されたい。
【０３１６】
IX. バイオフィルムにおける転写活性化因子ポリペプチドの役割
一態様において、本発明は表面上または領域内のバイオフィルムの生成を分散または予防する方法であって、転写因子調節化合物、例えばHTHタンパク質調節化合物、AraCファミリーポリペプチド調節化合物、AraCファミリーポリペプチド調節化合物またはMarA阻害化合物の有効量を投与することによる方法に関する。
【０３１７】
MarAおよびその相同体の不在は大腸菌におけるバイオフィルム生成に対して負の効果を有することが見いだされた。この知見を遺伝的に確認するために、marAをコードするプラスミドをmarA、soxS、およびrobを欠失した大腸菌株（トリプルノックアウト）に形質転換した。このトリプルノックアウトにおけるMarAの発現は、この宿主におけるバイオフィルム生成を野生型宿主に匹敵するレベルにまで回復した。
【０３１８】
「バイオフィルム」なる用語は、水性および他の環境の界面に発生し、存続する生物学的フィルムを含む。バイオフィルムは、定住微生物により分泌される一つまたは複数のマトリクスポリマーからなる有機ゲル状構造に埋め込まれた微生物からなる。「バイオフィルム」なる用語は、検出するのに十分な数で表面に接着した細菌または表面に接着した微生物群集も含む（Costerton, J. W.ら、(1987) Ann. Rev. Microbiol. 41:435-464；Shapiro, J. A. (1988) Sci Am. 256:82-89；O'Toole, G.ら、(2000) Annu Rev Microbiol. 54:49-79）。
【０３１９】
別の態様において、本発明は被験体のバイオフィルム関連状態の治療法であって、被験体に転写因子調節化合物、例えばMarAファミリー阻害化合物の有効量を、バイオフィルム関連状態が治療されるように投与することによる方法に関する。
【０３２０】
「バイオフィルム関連状態」なる用語は、細菌バイオフィルムの存在または存在の可能性によって特徴づけられる障害を含む。多くの医学的に重要な病原体がバイオフィルムを生成し、バイオフィルムの生成は感染過程の一成分であることが多い（Costerton, J. W.ら、(1999) Science 284:1318-1322）。バイオフィルム関連状態の例には、中耳感染症、嚢胞性線維症、骨髄炎、ざ瘡、歯の空洞、および前立腺炎が含まれるが、これらに限定されるわけではない。バイオフィルム関連状態には、一つまたは複数の細菌、例えば緑膿菌による被験体の感染症も含まれる。バイオフィルム生成の一つの結果は、バイオフィルム内の細菌が一般に、そのプランクトン様の対応物に比べて一連の異なる抗生物質に対して感受性が低いことである。
【０３２１】
さらに、本発明は、表面上または領域内のバイオフィルムの生成を予防する方法であって、領域を転写因子調節化合物、例えばMarAファミリー阻害化合物などの有効量に接触させることによる方法に関する。
【０３２２】
工業施設は工業用水系の生物汚損を防止する多くの方法を用いている。多くの微生物が工業用水内のバイオフィルム生成に関与している。工業用水系における粘液生成細菌の増殖は、熱伝達の低下、ラインおよびバルブの汚損および遮断、ならびに表面の腐食または分解を含む問題を引き起こす。過去における細菌増殖の制御は、殺生物剤によって行われていた。多くの殺生物剤および殺生物製剤が当技術分野において公知である。しかし、これらの多くは環境上有害または有毒であり、分解に対して抵抗性であることが多い成分を含む。
【０３２３】
AraCファミリー阻害化合物およびMarAファミリー阻害化合物などであるが、これらに限定されるわけではない、本発明の転写因子阻害化合物は、工業、臨床、家庭、および個人ケアを含む様々な環境において有用である。本発明の組成物は、標的生物に対して単独、相加的、または相乗的に作用する活性成分として、一つまたは複数の本発明の化合物を含むことができる。
【０３２４】
本発明のMarAファミリー阻害化合物および調節化合物は、工業、薬剤学、家庭、および個人ケアを含む環境において用いるのに適した組成物に製剤することができる。一態様において、本発明の化合物は水溶性である。調節化合物を許容される担体系と共に適用または送達することができる。組成物は、適当な担体と共に、活性成分（例えば、MarAファミリー調節化合物、例えばMarAファミリーポリペプチドインヒビター化合物などの本発明の転写因子調節化合物）を、これが直接または間接投与した場合に、都合よく利用できる形で存在するように、安定な様式で分散または溶解しうるように、適用または送達することができる。
【０３２５】
同様に、本発明の組成物の別の成分を、治療成分の所望の濃度レベルを得るための規定の用量に従い、成分が最終的には互いに密接な混合物になるかぎり、あらかじめ混合することもでき、または各成分を同じ環境に別々に加えることもできる。さらに、本発明は持続的または間欠的に投与または送達することもできる。
【０３２６】
本発明の転写因子調節化合物、例えば、MarAファミリー調節化合物は、組成物中に存在する場合、一般には約0.000001％から約100％、より好ましくは約0.001％から約50％、最も好ましくは約0.01％から約25％の量で存在することになる。
【０３２７】
担体を含む本発明の組成物としては、本組成物は、少なくとも一つの担体を重量で、例えば約1%から約99%、好ましくは約50%から約99%、最も好ましくは約75%から約99%含む。
【０３２８】
本発明の転写因子調節化合物、例えば、AraCファミリーポリペプチド阻害化合物は、任意の適当な担体と共に製剤し、液剤、マイクロエマルション、懸濁剤またはエアロゾルなどの剤形で送達するために調製することができる。エアロゾルまたは本発明のいかなる他の送達手段の生成も、当技術分野において公知の方法のいずれかによって達成することができる。例えば、エアロゾル送達の場合、化合物を適当な担体と共に細分した形で、噴射剤と共に供給する。液化噴射剤は典型的に周囲環境では気体であり、加圧下で凝縮される。噴射剤は、プロパンおよびブタン、または5炭素までのアルカンなどの他の低級アルカンを含む、当技術分野において許容され、知られているいかなるものでもよい。組成物は適当な噴射剤を含み、バルブを備えた容器内に入れ、バルブの動きによって放出されるまでは高圧に維持される。
【０３２９】
本発明の組成物は、軟膏、ペースト、ゲル、噴霧剤および液剤などの局所または局部適用に適しているが、これらに限定されるわけではない、通常の剤形に、安定化剤、浸透剤、および担体または希釈剤を化合物と共に当技術分野において公知の技術によって組み込むことにより、製剤することができる。これらの製剤は、腸内、非経口、局所または吸入適用に適した通常の剤形に製剤することができる。
【０３３０】
本発明は、家庭内使用に適した組成物において用いることができる。例えば、本発明の化合物はクレンザー、洗剤、消毒薬、台所用洗剤、セッケンおよび洗剤などの家庭用製品における活性抗菌成分としても有用である。一態様において、本発明の転写因子調節化合物は微生物の予防、除去、または停止のために有効な量および剤形で送達することができる。
【０３３１】
家庭内使用のための本発明の組成物は、例えば、少なくとも一つの本発明の転写因子調節化合物および少なくとも一つの適当な担体を含む。例えば、組成物は全組成物の重量パーセンテージに基づき、約0.00001重量％から約50重量％、好ましくは約0.0001重量％から約25重量％、最も好ましくは約0.0005重量％から約10重量％の調節化合物を含むことができる。
【０３３２】
本発明の転写因子調節化合物は、個人ケアのための衛生組成物において用いることもできる。例えば、本発明の化合物を化粧クレンザー、収斂剤、ボディ洗剤、シャンプー、コンディショナー、化粧品および他の衛生製品などの個人ケア製品中の活性成分として用いることができる。衛生組成物は、本発明の化合物の効果が損なわれないかぎり、所望の剤形（固体、液体、半固体またはエアロゾルなど）を得るために当技術分野において公知のいかなる担体または媒体も含むことができる。衛生組成物の調製は本明細書には詳細に記載しないが、当技術分野において公知である。そのような方法の議論のために、The CTFA Cosmetic Ingredient Handbook、第2版、1992、およびA Formulary of Cosmetic Preparations (第2巻、7〜16章)の5〜484ページを参照として本明細書に組み込む。
【０３３３】
個人ケアにおいて用いるための衛生組成物は一般に少なくとも一つの本出願の調節化合物および少なくとも一つの適当な担体を含む。例えば、組成物は全組成物の重量パーセンテージに基づき、約0.00001重量％から約50重量％、好ましくは約0.0001重量％から約25重量％、より好ましくは約0.0005重量％から約10重量％の本発明の転写因子調節化合物を含むことができる。
【０３３４】
本発明の転写因子調節化合物は、工業において用いることもできる。工業的状況において、微生物は工業的混入および生物汚損の原因となることが多く、微生物の存在が問題となりうる。工業適用のための本発明の組成物は、工業用途の組成物中に本発明の化合物の有効量を、そのような系の処理において有用であることが当技術分野において公知の、少なくとも一つの許容される担体または媒体と共に含むことができる。そのような担体または媒体は、希釈剤、解膠剤、浸透剤、展着剤、界面活性剤、懸濁化剤、湿潤剤、安定化剤、適合促進剤（compatibility agent）、粘着剤、ワックス、油、共溶媒、カップリング剤、フォーム、消泡剤、天然または合成ポリマー、エラストマー、および相乗剤を含むことができる。そのような組成物の調製法、送達系および担体は本明細書には詳細に記載しないが、当技術分野において公知である。そのような方法の議論のために、米国特許第5,939,086号を参照として本明細書に組み込む。さらに、用いる組成物の好ましい量は、活性成分および組成物を適用する状況に応じて変動しうる。
【０３３５】
本発明の転写因子調節化合物、例えばMarAファミリーポリペプチド阻害化合物、および組成物は、非水性環境においても有用でありうる。そのような非水性環境には、その中で化合物または組成物が状況に適した様式および量で適用される地上環境、乾燥表面、または半乾燥表面が含まれるが、これらに限定されるわけではない。
【０３３６】
本発明の転写因子調節化合物、例えばMarAファミリーポリペプチド調節化合物、例えばMarA阻害化合物は、個人ケア製品（歯ブラシ、コンタクトレンズケースおよび歯科器具など）、ヘルスケア製品、家庭用製品、食品表面および包装、ならびに実験室および科学装置を含む様々な基体上の接触死滅コーティングまたは層を形成するために用いることもできる。さらに、他の基体にはカテーテル、泌尿器用器具、採血および血液移動装置、気管切開器具、眼内レンズ、創傷ドレッシング、縫合糸、外科用止金、膜、シャント、手袋、組織パッチ、人工器官（例えば、心臓弁）ならびに創傷排液管などの医用器具が含まれる。さらに、他の基体にはカーペットおよび生地などの織物製品、塗料ならびに接合剤が含まれる。さらなる用途は抗菌土壌燻蒸剤としてである。
【０３３７】
本発明の転写因子調節化合物は、多糖（セルロース、セルロース誘導体、デンプン、ペクチン、アルギネート、キチン、グアール、カラギーナン）、グリコールポリマー、ポリエステル、ポリウレタン、ポリアクリレート、ポリアクリロニトリル、ポリアミド（例えばナイロン）、ポリオレフィン、ポリスチレン、ビニルポリマー、ポリプロピレン、シルクまたは生体ポリマーなどのポリマーに組み込むこともできる。調節化合物は下記の特定の官能基を有するものなどのいかなるポリマー材料にも結合することができる：1）カルボン酸、2）アミノ基、3）ヒドロキシル基、および/または4）ハロアルキル基。
【０３３８】
非水性環境の処理用の組成物は、少なくとも一つの本出願の転写因子調節化合物および少なくとも一つの適当な担体を含むことができる。一態様において、組成物は全組成物の重量パーセンテージに基づき、約0.001重量％から約75重量％、有利には約0.01重量％から約50重量％、好ましくは約0.1重量％から約25重量％の本発明の転写因子調節化合物を含む。
【０３３９】
本発明の転写因子調節化合物および組成物は、水性環境においても有用でありうる。「水性環境」には、湖または池などの天然水域；スイミングプールおよび風呂などの人工的レクリエーション水域；ならびに井戸などの飲料貯水池を含むがこれらに限定されるわけではない、水を含むいかなる種類の系も含まれる。本発明の組成物は、これらの水性環境での微生物増殖を処理する際に有用であると考えられ、例えば、水面またはその近くに適用することができる。
【０３４０】
非水性環境の処理用の組成物は、少なくとも一つの本発明の転写因子調節化合物および少なくとも一つの適当な担体を含むことができる。一態様において、組成物は全組成物の重量パーセンテージに基づき、約0.001重量％から約50重量％、有利には約0.003重量％から約15重量％、好ましくは約0.01重量％から約5重量％の本発明の化合物を含む。
【０３４１】
本発明は工業用途のための抗生物汚損組成物を生産するための方法も提供する。そのような方法は、少なくとも一つの当技術分野において公知の工業的に許容される任意の担体を、本発明の転写因子調節化合物との密接な混合物とする工程を含む。担体は前述の、または当技術分野において公知のいかなる適当な担体であってもよい。
【０３４２】
適当な抗生物汚損組成物は、少なくとも一つの生存微生物を有する可能性があるか、または有している部位に組成物を送達するための、いかなる許容される剤形であってもよい。抗生物汚損組成物は、本明細書において前述された少なくとも一つの適当に選択された担体と共に、標準的製剤を用いて送達することができる。送達様式は、少なくとも一つの生存微生物を有する可能性があるか、または有している部位で抗生物汚損組成物の結合を阻害するのに有効な量を有するようなものであってもよい。本発明の抗生物汚損組成物は、これらの水性環境でスカムまたは粘液生成などの生物汚損の原因となる微生物増殖を処理する際に有用である。これらの化合物が有効でありうる工業プロセスの例には、冷却水システム、逆浸透膜、パルプおよび紙システム、空気洗浄器システム、ならびに食品加工産業が含まれる。抗生物汚損組成物は、微生物の予防、除去、または停止のために有効な量および剤形で送達することができる。
【０３４３】
本発明の抗生物汚損組成物は一般に、少なくとも一つの本発明の化合物を含む。組成物は全組成物の重量パーセンテージに基づき、約0.001重量％から約50重量％、より好ましくは約0.003重量％から約15重量％、最も好ましくは約0.01重量％から約5重量％の本発明の化合物を含むことができる。
【０３４４】
抗生物汚損組成物の量は、約1mg/lから約1000mg/l、有利には約2mg/lから約500mg/l、好ましくは約20mg/lから約140mg/lの量で送達することができる。
【０３４５】
水処理のための抗生物汚損組成物は一般に、本発明の転写因子調節化合物を全組成物の約0.001重量％から約50重量％の量で含む。抗生物汚損組成物における他の成分（0.1％から50％で用いられる）には、例えば、2-ブロモ-2-ニトロプロパン-1,3-ジオール（BNPD）、β-ニトロスチレン（BNS）、塩酸ドデシルグアニジン、2,2-ジブロモ-3-ニトリロプロピオンアミド（DBNPA）、グルタルアルデヒド、イソチアゾリン、メチレンビス(チオシアネート)、トリアジン、塩化n-アルキルジメチルベンジルアンモニウム、リン酸3ナトリウム系抗菌剤、酸化トリブチルスズ、オキサゾリジン、硫酸テトラキス(ヒドロキシメチル)ホスホニウム（THPS）、フェノール、クロム化ヒ酸銅、ピリチオン亜鉛もしくは銅、カーバメート、次亜塩素酸ナトリウムもしくはカルシウム、臭化ナトリウム、ハロヒダントイン（Br、Cl）、またはその混合物が含まれうる。
【０３４６】
本発明の組成物における他の可能な成分には、生物分散剤（全組成物の約0.1重量％から約15重量％）、水、グリコール（約20〜30％）、またはプルロニック（全組成物の約7重量％）が含まれる。持続的または半持続的使用のための、抗生物汚損組成物の濃度は約5から約70mg/lである。
【０３４７】
工業用水処理のための抗生物汚損組成物は、全組成物の重量に基づき、約0.001％から約50％の量の本発明の化合物を含むことができる。水処理のための抗生物汚損組成物における本発明の化合物の量は、特定の環境に応じて調節することができる。ショック用量の範囲は一般に約20から約140mg/lで、半持続的使用のための濃度はこれらの濃度の約0.5倍である。
【０３４８】
本発明は少なくとも部分的に、バイオフィルム発生の調節法にも関する。この方法は、本発明の転写因子調節化合物を含む組成物を投与する工程を含む。組成物は、組成物のバイオフィルムを分解する能力を増強する他の成分を含んでいてもよい。
【０３４９】
組成物は洗浄製品、例えば、バイオフィルム発生を除去、予防、阻害、または調節するための家庭用または工業用クリーナーとして調合することもできる。有利なことに、バイオフィルムは本発明の化合物の投与によって不利な影響を受け、例えば、バイオフィルム発生が減弱される。これらの組成物は、消毒薬、セッケン、洗剤、ならびに他の界面活性剤などの化合物を含むこともできる。界面活性剤の例には、例えば、ドデシル硫酸ナトリウム；四級アンモニウム化合物；ヨウ化アルキルピリジニウム；Tween80、Tween85、TritonX-100；ブリジ56；生物界面活性剤；ラムノリピド、サーファクチン（surfactin）、ビスコンシン（visconsin）、およびスルホネートが含まれる。本発明の組成物は、排水管、シャワーカーテン、グラウト、洗面所および床板を含むがこれらに限定されるわけではない、消毒が必要であることがわかっている領域および表面に適用することができる。特定の適用は、病院表面および医用機器である。本発明の消毒薬は、シュードモナス科（Pseudomonadaceae）、アザトバクター科（Azatobacteraceae）、リザビアセア（Rhizabiaceae）、ムチロコッカセアエ（Mthylococcaceae）、ハロバクテリウム科（Halobacteriaceae）、アセトバクター科（Acetobacteraceae）、レジオネラ科（Legionellaceae）、ナイセリア科（Neisseriaceae）、および他の属などであるが、これらに限定されるわけではない細菌に対する消毒薬として有用でありうる。
【０３５０】
本発明はコンタクトレンズの洗浄および消毒法にも関する。この方法はコンタクトレンズを、許容される担体中の少なくとも一つの本発明の化合物の溶液と接触させる工程を含む。本発明は、溶液をコンタクトレンズの洗浄用に用いるための指示書と共に包装された、化合物を含む溶液にも関する。
【０３５１】
本発明は、医用留置器具の処理法も含む。この方法は、少なくとも一つの本発明の化合物を医用留置器具と、バイオフィルムの生成を防止または実質的に阻害するなどのために接触させる工程を含む。医用留置器具の例にはカテーテル、整形外科用器具およびインプラントが含まれる。
【０３５２】
本発明の化合物を含む歯磨剤または含嗽剤を、本発明の化合物を歯磨剤および含嗽剤の製剤に加えることにより、例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences、第18版、Mack Publishing Co., 1990、109章（その全体が参照として本明細書に組み込まれる）に記載のとおりに製剤することができる。歯磨剤はゲル、ペースト、粉末またはスラリーとして製剤することができる。歯磨剤は結合剤、研磨剤、着香剤、発泡剤および湿潤剤を含んでいてもよい。含嗽製剤は当技術分野において公知で、本発明の化合物をこれらに都合よく加えることができる。
【０３５３】
一態様において、本発明は本明細書において表2および式（I）〜（VII）に記載の各転写因子調節化合物に関する。
【０３５４】
本明細書の全体を通して引用されたすべての文献、特許出願、および特許の内容は、参照として本明細書に明白に組み込まれる。本明細書において開示された各文献はどの全体が参照として本明細書に組み込まれる。本出願が優先権を主張するいかなる特許出願も、その全体が参照として本明細書に組み込まれる。
【０３５５】
本発明は下記の実施例によってさらに例示されるが、これらの実施例はさらなる限定であると解釈されるべきではない。
【０３５６】
発明の例証
実施例1：本発明の選択された化合物の合成
2009541332.tif 000051
4-アミノベンジル-(2,4-ジニトロ-フェニル)-アミン誘導体 (3) の調製
無水DMF（300 mL）中の4-アミノベンジルアミン誘導体 (2) (225 mmol）および粉末NaHCO3（1125mmol）の溶液に、2,4-ジニトロフルオロベンゼン (1) (150 mmol）を室温で滴下した。2時間後、溶液を水（1000 mL）でゆっくりと希釈して生成物を沈降させ、これを、溶出液が無色になるまで水で濯ぎながら、フリット漏斗上で回収した。高真空下で固体をさらに乾燥させ、明橙色の固体を得た。
【０３５７】
6-ニトロ-2-(4-アミノフェニル)-1-ヒドロキシベンゾイミダゾール誘導体 (4) の調製 
無水EtOH（300 mL）および無水DMF（75 mL）中のN-(4-アミノベンジル)-2,4-ジニトロアニリン誘導体 (3) (74.9 mmol）の溶液に、室温、アルゴン雰囲気下で、ナトリウムメトキシド（30% w/w) (375 mmol）をゆっくりと加えた。添加後、溶液を60℃まで2時間温めた。周囲温度まで冷却した後、溶液を水（700 mL）で希釈してエルレンマイヤーフラスコまたはトールビーカーに移し、次に飽和クエン酸で酸性化させた。得られた沈降物を、水で濯ぎながら焼結漏斗上で回収した。熱EtOH中での再結晶によって粗製生成物を精製し、褐色固体を得た。
【０３５８】
N-アシル-6-ニトロ-2-(4-アミノフェニル)-1-ヒドロキシベンゾイミダゾール誘導体 (5) の調製
無水ピリジン（2.0 mL）中の6-ニトロ-2-(4-アミノフェニル)-1-ヒドロキシベンゾイミダゾール誘導体 (4) （1.00 mmol）の溶液に、酸塩化物（2.50 mmol）またはインサイチューにおいて形成した混合無水物を、室温で加えた。2〜3時間撹拌した後、溶液を3M NaOH（6.0 mL）で希釈し、さらに1時間撹拌した。深琥珀色の溶液を水（100 mL）で希釈してエルレンマイヤーフラスコまたはビーカーに移し、次に飽和クエン酸で酸性化させた。得られた沈降物を、水で濯ぎながら焼結漏斗上で回収した。予備HPLCにより、または熱エタノール中もしくは熱エタノールとクロロホルムの混合液中での再結晶により、粗製生成物をさらに精製した。
【０３５９】
(E)-N-[4-(1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-3-(4-[1,2,4]トリアゾール-1-イル-フェニル)-アクリルアミド（化合物BI）
2009541332.tif 000052
(E)-N-[4-(1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-3-(4-イミダゾール-1-イル-フェニル)-アクリルアミド（化合物BK）
2009541332.tif 000053
2-[4-(4-フルオロ-ベンゾイルアミノ)-フェニル]-3-ヒドロキシ-3H-ベンゾイミダゾール-5-カルボン酸アミド（化合物AD） 
2009541332.tif 000054
(E)-N-[2-フルオロ-4-(1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-3-(4-フルオロ-フェニル)-アクリルアミド（化合物AZ） 
2009541332.tif 000055
4-アセチル-N-[2-フルオロ-4-(1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-ベンズアミド（化合物BA）
2009541332.tif 000056
(E)-3-(4-アセチル-フェニル)-N-[4-(1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-アクリルアミド（化合物BQ）
2009541332.tif 000057
【０３６０】
2009541332.tif 000058
4-フェニルアミドベンジルアミン誘導体 (7) の調製
N-メチルピロリドン（180 mL）中の4-シアノアニリン誘導体 (6) (225 mmol）の溶液に、激しく撹拌しながら、3〜5分間にわたって酸塩化物（225.4 mmol）を加えた。反応混合物を約5時間（反応のHPLCモニタリングが出発材料の完全な消費を示すまで）撹拌した後、これを室温で水約1400 mL中に注ぎ、得られた懸濁物を約1時間撹拌した。沈降物を濾過し、4×500 mL部の水で洗浄し、乾燥させた。濾液および洗液から、第二群の固体を得た。圧力反応器中で、4-フェニルアミドベンゾニトリル中間体（98 mmol）を無水THF（940 mL）中に溶解させ、溶液をアルゴンで2〜3分間パージし、その後、均一に懸濁された触媒（Raney（登録商標）ニッケル 2400、水中懸濁物）11 mLを添加した。少量のメタノールを懸濁物に添加した後、激しく撹拌しながら、反応器を55 psiのH2に加圧した。出発材料が対応するアミンへと2.5時間以内に完全に変換されたことが、反応のLC-MSモニタリングにより示された。珪藻土の層（例えばCelite（登録商標））を介して反応混合物を濾過し、3×100 mL部の無水THFで洗浄した。組み合わせた濾液を蒸発乾固させ、高真空下でさらに乾燥させて、白色固体を得た。
【０３６１】
N-{4-[(2,4-ジニトロフェニルアミノ)-メチル]-フェニル}-ベンズアミド誘導体 (8) の調製
無水DMF（300 mL）中の4-フェニルアミドベンジルアミン誘導体 (7) (225 mmol）および粉末NaHCO3（1125 mmol）の溶液に、2,4-ジニトロフルオロベンゼン (1) (150 mmol）を室温で滴下した。2時間後、溶液を水（1000 mL）でゆっくりと希釈して生成物を沈降させ、これを、溶出液が無色になるまで水で濯ぎながら、フリット漏斗上で回収した。高真空下で固体をさらに乾燥させ、明橙色固体として生成物を得た。
【０３６２】
N-[4-(1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-ベンズアミド誘導体 (5) の調製
無水EtOH（300 mL）および無水DMF（75 mL）中のN-{4-[(2,4-ジニトロフェニルアミノ)-メチル]-フェニル}-ベンズアミド誘導体 (8) (74.9 mmol）の溶液に、室温、アルゴン雰囲気下で、ナトリウムメトキシド（30% w/w) (69.1 g、375 mmol）をゆっくりと加えた。添加後、溶液を60℃まで2時間温めた。周囲温度まで冷却した後、溶液を水（700 mL）で希釈してエルレンマイヤーフラスコまたはトールビーカーに移し、次に飽和クエン酸で酸性化させた。得られた沈降物を、水で濯ぎながら焼結漏斗上で回収した。粗製生成物を、熱EtOH中での再結晶により精製した。
【０３６３】
[5-(4-フルオロ-ベンゾイルアミノ)-2-(1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェノキシメチル]-ホスホン酸（化合物AR）
2009541332.tif 000059
【０３６４】
2009541332.tif 000060
N-[4-(1-アルキルオキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-ベンズアミド誘導体 (9) の調製
3 mLのDMF中のN-[4-(1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-ベンズアミド誘導体 (5) (0.19 mmol）および無水炭酸ナトリウム（0.96 mmol）の懸濁物を、置換ハロゲン化アルキル誘導体（0.25 mmol）で処理し、室温で撹拌した。24時間後、反応混合物を水20 mL中に注ぎ、2時間撹拌した。形成された沈降物を濾過し、4×10 mL部の水で洗浄し、真空下で乾燥させて、生成物を得た。
【０３６５】
(2-{2-[4-(4-フルオロ-ベンゾイルアミノ)-フェニル]-6-ニトロ-ベンゾイミダゾール-1-イルオキシ}-エチル)-トリメチル-アンモニウム（化合物W）
2009541332.tif 000061
{2-[4-(4-フルオロ-ベンゾイルアミノ)-フェニル]-6-ニトロ-ベンゾイミダゾール-1-イルオキシ}-酢酸（化合物V）
2009541332.tif 000062
(2-{4-[(E)-3-(4-フルオロ-フェニル)-アクリロイルアミノ]-フェニル}-6-ニトロ-ベンゾイミダゾール-1-イルオキシメチル)-ホスホン酸ジエチルエステル（化合物AS）
2009541332.tif 000063
(2-{4-[(E)-3-(4-フルオロ-フェニル)-アクリロイルアミノ]-フェニル}-6-ニトロ-ベンゾイミダゾール-1-イルオキシメチル)-ホスホン酸（化合物AL） 
2009541332.tif 000064
【０３６６】
2009541332.tif 000065
(E)-N-(4-アミノメチル-フェニル)-3-フェニル-アクリルアミド誘導体 (11) の調製
7 mLのNMP中の4-(tert-ブトキシカルボニル-アミノメチル)-アニリン誘導体（0.94 mmol）の溶液に、酸塩化物誘導体（1.0 mmol）を加え、反応物を室温で40分間撹拌した。これを次に、撹拌しながら水100 mL中に注いだ。沈降物を濾過し、水（5×15mL）で洗浄し、乾燥させて、Boc保護された生成物を得た。10 mLのTFA中のBoc保護された生成物（0.83 mmol）の溶液を、室温で20分間撹拌した。これを次にジエチルエーテル200 mLで希釈し、懸濁物をさらに10分間撹拌した。沈降物を濾過し、3×20 mLのジエチルエーテルで洗浄し、真空下で6時間乾燥させ、生成物 (11) をそのTFA塩として得た。
【０３６７】
(E)-N-{4-[(5-フルオロ-2,4-ジニトロ-フェニルアミノ)-メチル]-フェニル}-3-フェニル-アクリルアミド (13) の調製 
8 mLのDMF中の1,5-ジフルオロ-2,4-ジニトロベンゼン (12) （2.0 mmol）の溶液に、重炭酸ナトリウム（10.0 mmol）および化合物 (11) (2.0 mmol）を加え、反応混合物を10時間還流した。反応物を氷冷水中に注ぎ、沈降物を得た。沈降物を濾過し、水で洗浄し、真空下で乾燥させて、所望の生成物を得た。
【０３６８】
(E)-N-[4-(5-エチルオキシ-1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-3-フェニル-アクリルアミド (14) の調製
エタノール（10 mL）およびDMF（10 mL）中の(E)-N-{4-[(5-フルオロ-2,4-ジニトロ-フェニルアミノ)-メチル]-フェニル}-3-フェニル-アクリルアミド (13) （0.44 mmol）の溶液に、水酸化ナトリウム（2.2 mmol）を加えた。反応混合物を、60℃で3時間温めた。室温まで冷却した後、これを氷冷水中に注ぎ、クエン酸水溶液で酸性化させた。得られた沈降物を回収し、水で洗浄し、真空下で乾燥させて、生成物を黄色固体として得た。
【０３６９】
(E)-3-(4-フルオロ-フェニル)-N-[4-(1-ヒドロキシ-5-メチル-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-アクリルアミド（化合物BC）
2009541332.tif 000066
(E)-N-[4-(5-エトキシ-1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-3-(4-フルオロ-フェニル)-アクリルアミド（化合物BJ）
2009541332.tif 000067
N-[4-(1-ヒドロキシ-5-メチル-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-4-オキサゾール-5-イル-ベンズアミド（化合物BL）
2009541332.tif 000068
N-[4-(5-ジメチルアミノ-1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-3-(4-フルオロシンナミル)-アミド（化合物BN）
2009541332.tif 000069
N-[4-(5-フルオロ-1-ヒドロキシ-6-ニトロ-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-3-(4-フルオロ-シンナミル)-アミド（化合物BO）
2009541332.tif 000070
【０３７０】
2009541332.tif 000071
6-ブロモ-2-(4-アミノフェニル)-1-ヒドロキシベンゾイミダゾール (16) の調製
室温で、無水DMF（500 mL）中の4-アミノベンジルアミン（35.4 mL、313 mmol）および粉末NaHCO3（158 g、1875 mmol）の溶液に、無水DMF（50 mL）中の4-ブロモ-1-フルオロ-2-ニトロベンゼン (15) （31.4 mL、250 mmol）の溶液を、添加漏斗を介し1時間にわたって滴下した。さらに4時間後、またはHPLCにより完了と判定されたら、溶液を無水エタノール（1000 mL）で希釈し、粉末カリウムtert-ブトキシド（140 g、1250 mmol）を部分に加えた。続いてこの溶液を60℃まで6時間加熱した。室温まで冷却した後、溶液を水（4L）の撹拌液中に注ぎ、1M HClでpH6に調整した。凝固を促進するため、懸濁液をゆっくりと撹拌しながら氷浴で冷却した。溶出液が無色になるまで水で濯ぎながら、微細フリット漏斗上で懸濁生成物を回収した。橙色固体を、高真空下でさらに乾燥させた。
【０３７１】
6-ピラゾール-2-(4-アミノフェニル)-1-ヒドロキシベンゾイミダゾールの調製
20 mL Biotageマイクロ波バイアルに、6-ブロモ-2-(4 アミノフェニル)-1-ヒドロキシベンゾイミダゾール (16) (1.52 g、5.00 mmol）、N,N'-ジメチルエチレンジアミン（1.10 mL、10.0 mmol）、CuI（0.952 g、5.00 mmol）、ピラゾール（1.36 g、20.0 mmol）、およびカリウムtert-ブトキシド（2.24 g、20.0 mmol）、ならびに無水DMSO（20 mL)を充填した。固定したバイアルを、設定温度195℃のBiotageマイクロ波反応器中に45分間置いた。冷却後、バイアルを開け、急速撹拌している水溶液中に注いだ。得られた懸濁物を、0.5M NaOHで濯ぎながら、Celiteの栓を通じて濾過した。水溶液を、調製済みのDVBカラムにロードした。ロード後、CH3CNを用いて生成物を溶出させた。減圧下でCH3CNを除去した。得られた水溶液を氷浴によって0℃まで冷却し、1M HClでpH6に調整し、生成物17を沈降させた。得られた固体を、冷水で濯ぎながら微細フリット漏斗上に回収し、明褐色の固体1.52 gを収率70%で得た。生成物を、高真空下でさらに乾燥させた。
【０３７２】
(E)-3-(4-フルオロ-フェニル)-N-[4-(1-ヒドロキシ-6-ピラゾール-1-イル-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-アクリルアミド（化合物CL）の調製
無水CH3CN（20 mL）およびDMPU（5 mL）中の6-ピラゾール-2-(4-アミノフェニル)-1-ヒドロキシベンゾイミダゾール（0.78 g、2.50 mmol）およびNaHCO3（0.84 g、10.0 mmol）の溶液に、4-フルオロシンナモイルクロリド（1.15 g、6.25 mmol）を室温で加えた。6時間後、溶液を3M NaOH（25 mL）で希釈し、さらに2時間撹拌した。溶液を水（100 mL）で希釈して別のフラスコに移し、次に飽和クエン酸で酸性化させた。得られた沈降物を、水で濯ぎながら焼結漏斗上で回収した。熱エタノール中または熱エタノールとクロロホルムの混合液中での再結晶により、粗製生成物をさらに精製した。
2009541332.tif 000072
【０３７３】
4-アセチル-N-[4-(1-ヒドロキシ-6-ピラゾール-1-イル-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-ベンズアミド（化合物CM）の調製
無水CH3CN（20 mL）およびDMPU（5 mL）中の6-ピラゾール-2-(4-アミノフェニル)-1-ヒドロキシベンゾイミダゾール（0.78 g、2.50 mmol）およびNaHCO3（0.84 g、10.0 mmol）の溶液に、4-アセチルベンゾイルクロリド（1.14 g、6.25 mmol）を室温で加えた。6時間後、溶液を3M NaOH（25 mL）で希釈し、さらに2時間撹拌した。溶液を水（100 mL）で希釈して別のフラスコに移し、次に飽和クエン酸で酸性化させた。得られた沈降物を、水で濯ぎながら焼結漏斗上で回収した。熱エタノール中または熱エタノールとクロロホルムの混合液中での再結晶により、粗製生成物をさらに精製した。
2009541332.tif 000073
【０３７４】
4-アセチル-N-[4-(1-ヒドロキシ-6-イミダゾール-1-イル-1H-ベンゾイミダゾール-2-イル)-フェニル]-ベンズアミド（化合物CN）の調製 
無水CH3CN（20 mL）およびDMPU（5 mL）中の6-イミダゾール-2-(4-アミノフェニル)-1-ヒドロキシベンゾイミダゾール（0.78 g、2.50 mmol）およびNaHCO3（0.84 g、10.0 mmol）の溶液に、4-アセチルベンゾイルクロリド（1.14 g、6.25 mmol）を室温で加えた。6時間後、溶液を3M NaOH（25 mL）で希釈し、さらに2時間撹拌した。溶液を水（100 mL）で希釈して別のフラスコに移し、次に飽和クエン酸で酸性化させた。得られた沈降物を、水で濯ぎながら焼結漏斗上で回収した。熱エタノール中または熱エタノールとクロロホルムの混合液中での再結晶により、粗製生成物をさらに精製した。
2009541332.tif 000074
【０３７５】
実施例2：化合物のSoxSゲルシフトアッセイ法
化合物を必要濃度までDMSOで希釈し、適切なウェルに添加する。DNAを50％シフトさせると決定された濃度でEMSA緩衝液に溶解されたタンパク質（SoxS）をウェルに添加した。次に、プレートを覆い、混合し、30分間室温で振盪させ、化合物-タンパク質結合を可能にする。
【０３７６】
その後、10μlのDNA混合物（1反応当たり2.4μl 5×EMSA緩衝液、0.2μlポリ（dIdC）、1μl 33P-DNAプローブ、7.4μl dH2O）を各ウェルに添加する。DNAの最終濃度は約1nMである。次に、試料を、15分間室温で混合させ、タンパク質-DNA複合体を形成させる。
【０３７７】
電気泳動を約110Vで開始し、10〜15分間ゲルのプレランを行う。その後、5μlのゲルローディング用緩衝液を各試料に添加し、混合する。次に、15μlの各試料をゲルに添加する。このゲルで約2時間またはブロモフェノールブルーマーカーがゲルの下部に到達するまで110Vで電気泳動を行う。次に、ゲルをWhatmanの濾紙に移し、覆いをし、80℃で約30分間乾燥させる。オートラジオグラフィー用フィルムをゲルに一晩感光させ、現像する。
【０３７８】
実施例3：発光アッセイ法の開発
多様なMarA（AraC）ファミリーメンバーのDNA結合活性を測定するために、定量的な化学発光ベースのアッセイ法が用いられている。この技術を用いて、ストレプトアビジンコートした96ウェルマイクロタイター（白色）プレート（Pierce Biotechnology, Rockford, IL）中で、6-ヒスチジン（6-His）残基に融合させたMarA（AraC）タンパク質（20 nM）と共に、ビオチン化二重鎖DNA分子（2 nM）をインキュベーションする。洗浄によって未結合のDNAおよびタンパク質を除去し、その後、抗6Hisモノクローナル一次抗体を加える。二回目の洗浄を実施し、その後HRP接合二次抗体を混合物に加える。三回目の洗浄工程によって過剰な抗体を除去し、化学発光基質（Cell Signaling Technology, Beverly, MA）をプレートに加える。Victor Vプレートリーダー（PerkinElmer Life Sciences, Wellesley, MA）を用いて、発光を迅速に読み取る。DNAに対するタンパク質の結合を阻害する化合物は、一回目の洗浄工程においてプレートからのタンパク質の損失をもたらし、発光シグナルの低下によって同定される。シグナルを50%低下させるのに必要な化合物の濃度（EC50/IC50）は、阻害化合物の段階希釈物を用いて計算されうる。同様に、異なる転写因子に影響を与える単一の転写因子のモジュレーターが同定されている。
【０３７９】
実施例4：腎盂腎炎モデルの感染におけるMarインヒビターのインビボ活性
雌性CD1マウス群（n=6）を利尿させ（diuresed）、膀胱内接種によって大腸菌（E. coli）UPEC株C189に感染させる。続いて、感染時およびその後4日間にわたり毎日一回、経口投与経路を介して、マウスに転写因子モジュレーター（25 mg/kg）、対照化合物、例えばSXT（Qualitest Pharmaceuticals, Huntsville, AL）、または媒体のみ（0 mg/kg）を投与し、マウス内で一定レベルの薬物を維持する。5日間の感染期間後、およびCO2/O2窒息による屠殺の前に、腹部の穏やかな圧迫によって尿試料を採取する。窒息後、膀胱および腎臓を無菌的に取り出す。尿量および個々の臓器の重量を記録し、0.025% TritonX-100を含む無菌PBS中で臓器を懸濁し、その後均質化する。尿試料およびホモジネートの10倍段階希釈物をMcConkey寒天プレート上にプレーティングし、尿のCFU/mlおよび臓器のCFU/グラムを定量した。
【０３８０】
これらの実験の効果は、尿のCFU/mlにおける、および臓器のCFU/gにおける>2対数減少として定義された。
【０３８１】
実施例5：偽結核菌（Y. pseudotuberculosis）由来のLcrF（VirF）に対するMarインヒビターのインビトロ活性
偽結核菌からMarA（AraC）ファミリーメンバーであるLcrF（VirF）をクローニングし、発現させ、精製した。精製タンパク質を用いて、インビトロにおけるDNA-タンパク質相互作用をモニターするための無細胞系を開発した。LcrFに対するMarインヒビターの活性を調査し、50μg/mLでの全細胞アッセイ法において阻害活性および%細胞毒性を確認した。本発明の化合物のいくつかに関するEC50を、後述の表3にまとめる。極めて優れた阻害を示した化合物を「***」（10μM未満）で、非常に良好な阻害を示した化合物を「**」（10.1〜25μM）で、良好な阻害を示した化合物を「*」（25.1μMを上回る）で示す。試験しなかった化合物を「NT」として表し、活性でなかった化合物を「--」として表す。
【０３８２】
実施例6：全細胞系におけるMarインヒビターの活性
病原性エルシニア（Yersinia）種におけるIII型分泌とは、それにより細胞毒性タンパク質（Yop）が細菌から宿主細胞へと分泌されるプロセスであり、LcrFによって調節される。野生型偽結核菌はJ774組織培養細胞に対して毒性であるが、一方でyopJ（真核生物のシグナル伝達経路を阻害するYop）またはlcrFのいずれかに変異を有する細菌。無傷の細菌細胞に浸透する能力および不活性化LcrF機能に結合することによってIII型分泌を阻害する能力について化合物をスクリーニングするために、野生型偽結核菌の細胞毒性を利用する。
【０３８３】
この分析のために、Promega製のCytoTox 96（登録商標）アッセイキットを用いた。概説すると、感染前日に、96ウェルプレート中にJ774マクロファージを2×104細胞/ウェルでプレーティングした。偽結核菌を26℃で一晩2×YT培地中で増殖させ、翌朝、20 mM MgCl2および20 mMシュウ酸ナトリウムを添加した2×YTで1：25または1：40希釈した。培養物をさらに90分間26℃で増殖させ、次に90分間37℃へと移行させた。温度の移行およびシュウ酸ナトリウム（カルシウムをキレート化する）は、LcrF発現の誘発を導く。後の実験には、YPIIIpIB1ΔJ（YopJ変異体）およびYPIIIpIB1ΔLcrF（LcrF変異体）も含めた。YPIIIpIB1ΔJはYopJ欠失変異体であり、この株では、YopJに関連しない（すなわちlps媒介性の）全ての細胞毒性がみられると考えられる。OD600を測定し、培養物をOD600＝1.0に調整した。これは、約1.25×109細胞/mLに相当するものである。異なる感染効率（MOI）のDMEM（J774培養培地）中で希釈物を調製し、J774細胞密度を2×104と仮定した。偽結核菌を10μlアリコートで加え、CO2発生システムを備えたチャンバーまたは以降に5% CO2存在下の組織培養インキュベータのいずれかにおいて、細胞を37℃で2時間インキュベーションした。その後、ゲンタマイシンを終濃度50μg/mlで加え、さらに2〜3時間または一晩、インキュベーションを続行した。培地のみ、標的細胞の自発的溶解、標的細胞の最大限の溶解、およびエフェクター細胞の自発的溶解に関する対照を含めた。最大限の溶解に関しては、実験終結の45分前に、TritonX-100を終濃度0.8%で加えた。放出されたLDHを含む上清を回収し、その後1,000 rpmで5分間遠心分離を行った。上清は一晩凍結させるか、直ちに分析した。上清50μlを新鮮なアッセイ緩衝液50μlと混合し、暗黒下で30分間インキュベーションした。停止液50μlを各ウェルに加え、プレートを490nmで読み取った。後述の表3において、未処理の細菌と比較した、本発明の化合物で処理された細菌の%細胞毒性を示す。50μg/mLにおいて75%を上回る%細胞毒性を示す化合物を、「*」で示す。50μg/mLにおいて75%を下回る細胞毒性を有する化合物を、「**」で示す。
【０３８４】
実施例7：緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）由来のExsAに対するMarインヒビターのインビトロ活性
緑膿菌からMarA（AraC）ファミリーメンバーであるExsAをクローニングし、発現させ、精製した。精製タンパク質を用いて、インビトロにおけるDNA-タンパク質相互作用をモニターするための無細胞系を開発した。用量反応試験においてExsAに対して個々のMarインヒビターを試験し、インビトロにおけるExsA DNA結合の50%を阻害するのに必要な濃度であるEC50を、各化合物について作成した。本発明の化合物のいくつかに関するEC50を、後述の表3にまとめる。極めて優れた阻害を示した化合物を「***」（10μM未満）で、非常に良好な阻害を示した化合物を「**」（10.1〜25μM）で、良好な阻害を示した化合物を「*」（25.1μMを上回る）で示す。試験しなかった化合物を「NT」として表し、活性でなかった化合物を「--」として表す。
【０３８５】
実施例8：全細胞系におけるMarインヒビターの活性 
病原性緑膿菌において、III型分泌はExsAにより調節される。III型分泌とは、細胞毒性タンパク質（ExoU、ExoTなど）が細菌から宿主細胞へと分泌されるプロセスである。野生型緑膿菌はJ774組織培養細胞に対して毒性であるが、一方でexsAに変異を有する細菌は毒性ではない。本実施例において、無傷の細菌細胞に浸透する能力および不活性化ExsA機能に結合することによってIII型分泌を阻害する能力について化合物をスクリーニングするために、野生型緑膿菌の細胞毒性を利用する。
【０３８６】
この分析のために、Promega製のCytoTox 96（登録商標）アッセイキットを用いた。概説すると、感染前日に、96ウェルプレート中にJ774マクロファージ様細胞を5×104細胞/ウェルでプレーティングした。緑膿菌を、Luria Broth中、37℃で一晩増殖させ、次に、カルシウムキレート剤である3ナトリウムニトリロアセテートを含む最小塩培地であるMinSで、1：25希釈した。実験には、exsAコード配列全体が欠失しているWT□ExsA変異体も含めた。Marインヒビターを濃度50μg/mLでMinS培養物に加え、培養物をさらに3時間37℃で増殖させた。カルシウム非含有培地への移行によって、ExsA発現の誘発を導く。培養物をOD600＝1.0、約1×109細胞/mLまで増殖させた。異なる感染効率（MOI）のDMEM（J774培養培地）中で希釈物を調製し、J774細胞密度を5×104と仮定した。J774細胞ウェル内の培地を、Marインヒビター50μg/mLを含むDMEMで置換した。緑膿菌を10μlアリコートでJ774細胞に加え、プレートを1,000 rpmで5分間遠心分離して感染を同調させ、次に、5% CO2存在下の組織培養インキュベータ内で2時間インキュベーションした。培地のみ、標的細胞の自発的溶解、標的細胞の最大限の溶解、およびJ774細胞のみを含むMarインヒビターに関する対照を含めた。標的細胞の最大限の溶解に関しては、実験終結の30分前に、CytoTox 96（登録商標）アッセイキット溶解液10μlを未処理J774細胞に加えた。放出されたLDHを含む上清を回収し、その後1,000 rpmで5分間遠心分離を行った。上清は一晩凍結保存するか、直ちに分析した。上清50μlを新鮮なLDH基質溶液50μlと混合し、暗黒下で30分間インキュベーションした。停止液50μlを各ウェルに加え、プレートを490nmで読み取った。後述の表3では、50mg/mLにおいて75%を上回る%細胞毒性を有する化合物を「*」で示す。50mg/mLにおいて75%を下回る細胞毒性を有する化合物を、「**」で示す。
【０３８７】
（表３）
2009541332.tif 000075
2009541332.tif 000076
2009541332.tif 000077
2009541332.tif 000078
2009541332.tif 000079
【０３８８】
等価物
当業者であれば、日常的な実験だけを用いて、本明細書に記載の特定のポリペプチド、核酸、方法、アッセイ法および試薬に対する多くの等価物を理解または確認することができると思われる。そのような等価物は本発明の範囲内であり、添付の特許請求の範囲の対象であると考えられる。
【手続補正書】
【提出日】平成21年7月24日(2009.7.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2009541332000001.app