(57)【要約】  本発明は、遺伝子発現データのモジュール分析を使用して、ＳＬＥを早期検出し、そして一貫した測定を行うための組成物、アレイおよび方法を含む。
2009518041.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体が全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）であるかどうかを決定する方法であって：
患者のトランスクリプトームを得；
１もしくは複数の転写モジュールに基づきトランスクリプトームを採点（ｓｃｏｒｅ）し；そして
患者の疾患または状態を、ＳＬＥの表示である１もしくは複数の転写モジュールのトランスクリプトーム内の遺伝子の発現の存在、不存在またはレベルに基づき決定する、
工程を含んでなる上記方法。
【請求項２】
転写モジュールが：
疾患または状態毎に合う各クラスターからそのモジュールについての遺伝子を選択し
；
選択した遺伝子を分析から除き；そして
疾患または状態のサブフラクションにクラスターをなす遺伝子について、遺伝子発現
値を選択する工程を繰り返す、
ことにより１もしくは複数の転写モジュールに関する遺伝子発現値を反復して選択し；そして
すべての遺伝子クラスターが使用し尽されるまで、各クラスターについてモジュールの作成を繰り返し反復する、
ことにより得られる請求項１に記載の方法。
【請求項３】
クラスターが発現値クラスター、キーワードクラスター、代謝クラスター、疾患クラスター、感染クラスター、移植クラスター、シグナル伝達クラスター、転写クラスター、複製クラスター、細胞サイクルクラスター、ｓｉＲＮＡクラスター、ｍｉＲＮＡクラスター、ミトコンドリアクラスター、Ｔ細胞クラスター、Ｂ細胞クラスター、サイトカインクラスター、リンホカインクラスター、熱ショッククラスターおよびその組み合わせから選択される請求項２に記載の方法。
【請求項４】
患者がヒトＳＬＥ患者である請求項１に記載の方法。
【請求項５】
患者に、グルココルチコイド、非ステロイド系抗炎症剤および免疫抑制剤からなる群から選択される治療に有効な量の薬剤が提供される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
患者の自己免疫または慢性炎症疾患を診断またはモニタリングする方法であって、免疫グロブリン、好中球、インターフェロン、Ｔ細胞およびリボソームタンパク質から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子モジュールの発現レベルを検出することを含んでなる上記方法。
【請求項７】
１もしくは複数の遺伝子が：
Ｍ１．７    ＭＨＣクラスＩ分子：ＨＬＡ−Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｇ，Ｅ）＋ベータ２−ミクログ
ロブリン（Ｂ２Ｍ）、リボゾームタンパク質：ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓを含んで
なる１もしくは複数のＭＨＣ／リボゾーム遺伝子：
Ｍ２．２    ラクトトランスフェリン：ＬＴＦ、デフェンシン：ＤＥＡＦ１、細菌透過性
増加タンパク質（ＢＰＩ）、カセリシジン抗微生物タンパク質（ＣＡＭＰ）
を含んでなる１もしくは複数の好中球遺伝子；
Ｍ２．４    ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓ、真核生物翻訳伸長因子ファミリーメンバー（ＥＥＦｓ
）、核小体タンパク質：ＮＰＭ１，ＮＯＡＬ２，ＮＡＰ１Ｌ１を含んでなる
１もしくは複数のリボゾームタンパク質遺伝子：
Ｍ２．８    ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６、リンホトキシン
ベータ、ＩＬ２−誘導性Ｔ細胞キナーゼ，ＴＣＦ７，Ｔ細胞分化タンパク質
ｍａｌ，ＧＡＴＡ３およびＳＴＡＴ５Ｂを含んでなる１もしくは複数のＴ細
胞表面マーカー遺伝子；
および
Ｍ３．１    抗ウイルス分子（ＯＡＳ１／２／３／Ｌ，ＧＢＰ１，Ｇ１Ｐ２，ＥＩＦ２Ａ
Ｋ２／ＰＫＲ，ＭＸ１，ＰＭＬ）、ケモカイン（ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０
）、シグナル伝達分子（ＳＴＡＴ１，ＳＴＡｔ２，ＩＲＦ７，ＩＳＧＦ３Ｇ
）を含んでなる１もしくは複数のインターフェロン−誘導性遺伝子：
から選択される請求項６に記載の方法。
【請求項８】
疾患が全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を含んでなる請求項６に記載の方法。
【請求項９】
発現レベルが遺伝子により発現されるＲＮＡレベルを測定することにより検出される請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
遺伝子により発現されるＲＮＡレベルの検出前に、患者からＲＮＡを単離することをさらに含んでなる請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
ＲＮＡレベルがＰＣＲにより、ハイブリダイゼーションまたはオリゴヌクレオチドに対するハイブリダイゼーションにより検出される請求項６に記載の方法。
【請求項１２】
分析されるモジュールがさらに、Ｍ１．１、Ｍ１．７、Ｍ２．１、Ｍ２．２、Ｍ２．３、Ｍ２．４、Ｍ２．５、Ｍ２．６、Ｍ２．７、Ｍ２．８および／またはＭ３．１として列挙されるモジュールでここに列挙される遺伝子を含んでなる請求項６に記載の方法。
【請求項１３】
分析されるモジュールが以下の：
第１モジュールは以下の遺伝子または遺伝子断片の１もしくは複数を含む：Ｈｓ．４０６６８３；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．３７４５５３；Ｈｓ．４４８２２６；Ｈｓ．３８１１７２；Ｈｓ．５３４２５５；Ｈｓ．４０６６２０；Ｈｓ．５３４２５５；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．１３６９０５；Ｈｓ．５４６３９４；Ｈｓ．４１９４６３；Ｈｓ．５３０８；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．３８７８０４；Ｈｓ．５４６２８６；Ｈｓ．３００１４１；Ｈｓ．３５６３６６；Ｈｓ．４３３４２７；Ｈｓ．５３３６２４；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．３７０５０４；Ｈｓ．４３３７０１；Ｈｓ．１５３１７７；Ｈｓ．１５０５８０；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．３５６７９４；Ｈｓ．４１９４６３；Ｈｓ．４３３４２７；Ｈｓ．４６９４７３；Ｈｓ．３８０９５３；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．４２１２５７；Ｈｓ．４０８０５４；Ｈｓ．４３３５２９；Ｈｓ．４５８４７６；Ｈｓ．４３９５５２；Ｈｓ．１５６３６７；Ｈｓ．５４６２９１；Ｈｓ．５４６２９０；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．１４４８３５；Ｈｓ．４３９５５２；Ｈｓ．３５６５０２；Ｈｓ．３９７６０９；Ｈｓ．４４６６２８；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．２６５１７４；Ｈｓ．４２５１２５；Ｈｓ．３７４５９６；Ｈｓ．３８１１２６；Ｈｓ．３８１０６１；Ｈｓ．４０６６２０；Ｈｓ．５３３９７７；Ｈｓ．４４７６００；Ｈｓ．１４８３４０；Ｈｓ．４２１９０７；Ｈｓ．４４８２２６；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４３３４２７；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．８１０２；Ｈｓ．４４６６２８；Ｈｓ．３５６５７２；Ｈｓ．３８１１２３；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．４０８０５４；Ｈｓ．４８３８７７；Ｈｓ．３８６３８４；Ｈｓ．３３７７６６；Ｈｓ．４０８０７３；Ｈｓ．５４６２８９；Ｈｓ．３７４５９６；Ｈｓ．５１２１９９；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４９９８３９；Ｈｓ．４４６５８８；Ｈｓ．３５６５７２；Ｈｓ．３９７６０９；Ｈｓ．３５６５７２；Ｈｓ．１４４８３５；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．５３４８３３；Ｈｓ．３７４５８８；Ｈｓ．１４４８３５；Ｈｓ．８０５４５；Ｈｓ．５４６３５６；
Ｈｓ．４００２９５；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４０８０７３；Ｈｓ．４１２３７０；Ｈｓ．４０１９２９；Ｈｓ．４２５１２５；Ｈｓ．３７４５８８；Ｈｓ．３７４５８８；Ｈｓ．３５６３６６；Ｈｓ．１８６３５０；およびＨｓ．１８６３５０；および
第２モジュールは以下の遺伝子または遺伝子断片の１もしくは複数を含む：Ｈｓ．５１３７１１；Ｈｓ．３７５１０８；Ｈｓ．１７６６２６；Ｈｓ．２９６２；Ｈｓ．４１；Ｈｓ．９９８６３；Ｈｓ．５３００４９；Ｈｓ．５１１２０；Ｈｓ．４８００４２；Ｈｓ．３６９７７；Ｈｓ．２９４１７６；Ｈｓ．５２９０１９；Ｈｓ．２５８２；Ｈｓ．５５０８５３；Ｈｓ．５２９５１７；Ｈｓ．２０４２３８；および；
第３モジュールは以下の遺伝子または遺伝子断片の１もしくは複数を含む：  Ｈｓ．５１８８２７；Ｈｓ．８１０２；Ｈｓ．１９０９６８；Ｈｓ．５０８２６６；Ｈｓ．５２３９１３；Ｈｓ．４３７５９４；Ｈｓ．５１５５９８；Ｈｓ．５４７８０；Ｈｓ．５３４３８４；Ｈｓ．５２７１０５；Ｈｓ．５２２８８５；Ｈｓ．４６２３４１；Ｈｓ．１２７６１０；Ｈｓ．４０８０１８；Ｈｓ．３８１２１９；Ｈｓ．６９１７；Ｈｓ．１０９７９８；Ｈｓ．４９７５８１；Ｈｓ．３６９７２８；Ｈｓ．４３２４８５；Ｈｓ．３１４３５９；Ｈｓ．４０９１４０；Ｈｓ．５２９７９８；Ｈｓ．４７７０２８；Ｈｓ．１０７００３；Ｈｓ．５２８６６８；Ｈｓ．３１４３５９；Ｈｓ．６９１７；Ｈｓ．３３３１２０；Ｈｓ．５００８２２；Ｈｓ．１３１２５５；Ｈｓ．４６９９２５；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．２７７５１７；Ｈｓ．５２９６３１；Ｈｓ．３６７９００；Ｈｓ．４０８０５４；Ｈｓ．４６７２８４；Ｈｓ．１１１０９９；Ｈｓ．３７８１０３；Ｈｓ．１０８３３２；Ｈｓ．３９７６０９；Ｈｓ．８０５４５；Ｈｓ．５２９６３１；Ｈｓ．４７２５５８；Ｈｓ．５１９４５２；Ｈｓ．５１６０２３；Ｈｓ．４３８４２９；Ｈｓ．５１５４７２；Ｈｓ．５１２６７５；Ｈｓ．４３８４２９；Ｈｓ．３１４３５９；Ｈｓ．７５０５６；Ｈｓ．４８２５２６；Ｈｓ．３３３３８８；Ｈｓ．４８３３０５；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．２８８８５６；Ｈｓ．５４６２８８；Ｈｓ．４８３３０５；Ｈｓ．５３４３４６；Ｈｓ．５２８４３５；Ｈｓ．３８１２１９；Ｈｓ．４６９９２５；Ｈｓ．１７２７９１；Ｈｓ．１９０９６８；Ｈｓ．１８２８２５；Ｈｓ．４９２５９９；Ｈｓ．４０６６２０；Ｈｓ．５４９１３０；Ｈｓ．５３２３５９；Ｈｓ．５３４３４６；Ｈｓ．４２１２５７；Ｈｓ．５１１８３１；Ｈｓ．３８０９２０；Ｈｓ．３１１６４０；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４０５５９０；Ｈｓ．１７８５５１；Ｈｓ．４９９８３９；Ｈｓ．１４８３４０；Ｈｓ．４８３３０５；Ｈｓ．５０５７３５；Ｈｓ．３８１２１９；Ｈｓ．２９９００２；Ｈｓ．５３２３５９；Ｈｓ．５６６２；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．４０８０７３；Ｈｓ．５１５０７０；Ｈｓ．４４８２２６；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．５１１５８２；Ｈｓ．４２１６０８；Ｈｓ．１８６３５０；Ｈｓ．５２９７９８；およびＨｓ．２９４０９４；および；
第４モジュールは以下の遺伝子または遺伝子断片の１もしくは複数を含む：Ｈｓ．３９７８９１；Ｈｓ．４３８８０１；Ｈｓ．１２５０３６；Ｈｓ．２１０８９１；Ｈｓ．２２０６２９；Ｈｓ．３７６２０８；Ｈｓ．３１６９３１；Ｈｓ．１９６９８１；Ｈｓ．２７１２７２；Ｈｓ．３９７８９１；Ｈｓ．７９４６；Ｈｓ．５０５３２６；Ｈｓ．３６９５８１；Ｈｓ．５８６８５；Ｈｓ．７２３６；Ｈｓ．１７１０９；Ｈｓ．４９１４３；Ｈｓ．５０５８０６；Ｈｓ．６０３３９；Ｈｓ．１３２６２；Ｈｓ．２２３８０；Ｈｓ．２３３０４４；Ｈｓ．１３３３９７；Ｈｓ．４４５４８９；Ｈｓ．６０３３９；Ｈｓ．４２８２１４；Ｈｓ．４３１４９８；Ｈｓ．５３３９９４；Ｈｓ．５３３９９４；Ｈｓ．４９８３１７；Ｈｓ．５３３９９４；Ｈｓ．５１７７１７；Ｈｓ．１７３１３５；Ｈｓ．５２２６７９；Ｈｓ．４４６１４９；Ｈｓ．５２５７００；Ｈｓ．５１９５８０；Ｈｓ．４８１７０４；Ｈｓ．３７９４１４；Ｈｓ．１２５０３６；Ｈｓ．４４０７７６；Ｈｓ．４７５６０２；Ｈｓ．１７３１３５；Ｈｓ．４８１７０４；Ｈｓ．１６７０８７；Ｈｓ．１４２０２３；Ｈｓ．５２４１３４；Ｈｓ．９８３０９；Ｈｓ．４３３７００；Ｈｓ．４８０８３７；Ｈｓ．５０１９；Ｈｓ．５２５７００；Ｈｓ．９４２２９；Ｈｓ．４４６１４９；Ｈｓ．５０２７１０；および
第５モジュールは以下の遺伝子または遺伝子断片の１もしくは複数を含む：：Ｈｓ．２７６９２５；Ｈｓ．９８２５９；Ｈｓ．４７８２７５；Ｈｓ．２７３３３０；Ｈｓ．１７５１２０；Ｈｓ．１９０６２２；Ｈｓ．１７５１２０；Ｈｓ．４１５５３４；Ｈｓ．６２６６１；Ｈｓ．３４４８１２；Ｈｓ．１４５１５０；Ｈｓ．５１４８；Ｈｓ．３０２１２３；Ｈｓ．６５６４１；Ｈｓ．６２６６１；Ｈｓ．８６７２４；Ｈｓ．１２０３２３；Ｈｓ．３７０５１５；Ｈｓ．２９１０００；Ｈｓ．６２６６１；Ｈｓ．１１８１１０；Ｈｓ．１３１４３１；Ｈｓ．４６４４１９；Ｈｓ．６５６４１；Ｈｓ．１４５１５０；Ｈｓ．４１５５３４；Ｈｓ．５４４８３；Ｈｓ．５２０１０２；Ｈｓ．４１４５７９；Ｈｓ．１９０６２２；Ｈｓ．３７４９５０；Ｈｓ．４７８２７５；Ｈｓ．３６９０３９；Ｈｓ．２２９９８８；Ｈｓ．４５８４１４；Ｈｓ．４２５７７７；Ｈｓ．５３１３１４；Ｈｓ．３５２０１８；Ｈｓ．５２６４６４；Ｈｓ．４７０９４３；Ｈｓ．５１４５３５；Ｈｓ．４８７９３３；Ｈｓ．４８１１４３；Ｈｓ．２１７４８４；Ｈｓ．５２４１１７；Ｈｓ．１３７００７；Ｈｓ．４５８４１４；Ｈｓ．３７４６５０；Ｈｓ．４７０９４３；Ｈｓ．５０８４２；Ｈｓ．１１８６３３；Ｈｓ．１３０７５９；Ｈｓ．３８４５９８；Ｈｓ．５２４７６０；Ｈｓ．４４１９７５；Ｈｓ．５３０５９５；Ｈｓ．５４６４６７；Ｈｓ．５２９３１７；Ｈｓ．１７５６８７；Ｈｓ．１１２４２０；Ｈｓ．１７０６；Ｈｓ．５２３８４７；Ｈｓ．３８８７３３；Ｈｓ．１６３１７３；Ｈｓ．４７０９４３；Ｈｓ．４８１１４１；Ｈｓ．１７１４２６；Ｈｓ．１７４１９５；Ｈｓ．５１８２０１；Ｈｓ．１１８６３３；Ｈｓ．４８９１１８；Ｈｓ．４８９１１８；Ｈｓ．１９３８４２；Ｈｓ．５５１５１６；Ｈｓ．５１８２０３；Ｈｓ．３７１７９４；Ｈｓ．５２９３１７；Ｈｓ．１９５６４２；Ｈｓ．１２３４１；Ｈｓ．４１４３３２；Ｈｓ．５２４７６０；Ｈｓ．４７９２６４；Ｈｓ．５０１７７８；Ｈｓ．４１４３３２；Ｈｓ．１２６４６；Ｈｓ．５１８２００；Ｈｓ．４４１９７５；Ｈｓ．４４１９７５；Ｈｓ．４３７６０９；Ｈｓ．１３０７５９；Ｈｓ．８２３１６；Ｈｓ．５１８２００；Ｈｓ．４５８４８５；Ｈｓ．３１８６９；Ｈｓ．１６６１２０；Ｈｓ．５４９０４１；Ｈｓ．１７５１８；Ｈｓ．５４６４６７；Ｈｓ．５１７３０７；Ｈｓ．５４９０４１；Ｈｓ．５２８６３４；Ｈｓ．３８９７２４；Ｈｓ．５４６５２３；Ｈｓ．８２３１６；Ｈｓ．７１５５；Ｈｓ．５２１９０３；Ｈｓ．２６６６３；Ｈｓ．１２０３２３；およびＨｓ．９２６の各々から選択される１もしくは複数の遺伝子を含んでなる、請求項６に記載の方法。
【請求項１４】
ヌクレオチド配列が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ゲノムＤＮＡまたは合成オリゴヌクレオチドを含んでなる請求項６に記載の方法。
【請求項１５】
発現が遺伝子のタンパク質レベルを測定することにより検出される、請求項６に記載の方法。
【請求項１６】
ＭＨＣクラスＩ分子：ＨＬＡ−Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｇ，Ｅ）＋ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、リボゾームタンパク質：ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓを含んでなる１もしくは複数のＭＨＣ／リボゾーム遺伝子：
ラクトトランスフェリン：ＬＴＦ、デフェンシン：ＤＥＡＦ１、細菌透過性増加タンパク質（ＢＰＩ）、カセリシジン抗微生物タンパク質（ＣＡＭＰ）を含んでなる１もしくは複数の好中球遺伝子；
ＲＰＬｓ、ＲＰＳｓ、真核生物翻訳伸長因子ファミリーメンバー（ＥＥＦｓ）、核小体タンパク質：ＮＰＭ１，ＮＯＡＬ２，ＮＡＰ１Ｌ１を含んでなる１もしくは複数のリボゾームタンパク質遺伝子：
ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６、リンホトキシンベータ、ＩＬ２−誘導性Ｔ細胞キナーゼ，ＴＣＦ７，Ｔ細胞分化タンパク質ｍａｌ，ＧＡＴＡ３およびＳＴＡＴ５Ｂを含んでなる１もしくは複数のＴ細胞表面マーカー遺伝子；および
抗ウイルス分子（ＯＡＳ１／２／３／Ｌ，ＧＢＰ１，Ｇ１Ｐ２，ＥＩＦ２ＡＫ２／ＰＫＲ，ＭＸ１，ＰＭＬ）、ケモカイン（ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０）、シグナル伝達分子（ＳＴＡＴ１，ＳＴＡｔ２，ＩＲＦ７，ＩＳＧＦ３Ｇ）を含んでなる１もしくは複数のイン
ターフェロン−誘導性遺伝子：
からなる群から選択される１もしくは複数の遺伝子プローブを含んでなり、自己免疫疾患、ウイルス感染バクテリア感染、癌および移植拒絶の間を識別するために十分な疾患分析ツール。
【請求項１７】
１もしくは複数の転写モジュールの代表である遺伝子の組み合わせを含んでなるカスタマイズされた遺伝子アレイを含んでなり、カスタマイズされた遺伝子アレイと接触する患者のトランスクリプトームがＳＬＥの予知となる予知遺伝子アレイ。
【請求項１８】
ＳＬＥに関する治療に対する患者の応答がモニタリングされる、請求項１７に記載のアレイ。
【請求項１９】
アレイが自己免疫疾患、ウイルス感染バクテリア感染、癌および移植拒絶の間を識別できる請求項１７に記載のアレイ。
【請求項２０】
アレイが２以上の転写モジュールに組織化されている請求項１７に記載のアレイ。
【請求項２１】
アレイが：
【表１】
2009518041.tif 000014
【表２】
2009518041.tif 000015
【表３】
2009518041.tif 000016
から選択される１もしくは複数のサブモジュールを含んでなる３以上の転写モジュールに組織化され、ここで１もしくは複数の遺伝子に特異的に結合するプローブが、３以上のモジュール内から選択され、そして全身性エリテマトーデスの表示である請求項１７に記載のアレイ。
【請求項２２】
臨床試験の患者を選択するための方法であって：
予想される患者のトランスクリプトームを得；
トランスクリプトームを、臨床試験で処置される疾患または状態の表示となる１もしくは複数の転写モジュールに対して比較し；そして
患者が臨床試験の良い候補となる見込を、臨床試験での成功と相関する１もしくは複数の転写モジュール内の患者のトランスクリプトームで発現される１もしくは複数の遺伝子の存在、不存在またはレベルに基づき決定する、
工程を含んでなる上記方法。
【請求項２３】
各モジュールがサンプル中の転写産物の比率の和と相関するベクターを含んでなる、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
各モジュールがベクターを含んでなり、そして１もしくは複数の疾患または状態がこの１もしくは複数のベクターと関連する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
各モジュールが、各モジュール内の１もしくは複数の遺伝子の発現レベルと相関するベクターを含んでなる、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
各モジュールがベクターを含んでなり、そして選択されるモジュールが：  
転写モジュール
ＭＨＣクラスＩ分子：ＨＬＡ−Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｇ，Ｅ）＋ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、リボゾームタンパク質：ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓを含んでなる１もしくは複数のＭＨＣ／リボゾーム遺伝子：
ラクトトランスフェリン：ＬＴＦ、デフェンシン：ＤＥＡＦ１、細菌透過性増加タンパク質（ＢＰＩ）、カセリシジン抗微生物タンパク質（ＣＡＭＰ）を含んでなる１もしくは複数の好中球遺伝子；
ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓ、真核生物翻訳伸長因子ファミリーメンバー（ＥＥＦｓ）、核小体タンパク質：ＮＰＭ１，ＮＯＡＬ２，ＮＡＰ１Ｌ１を含んでなる１もしくは複数のリボゾームタンパク質遺伝子：
ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６、リンホトキシンベータ、ＩＬ２−誘導性Ｔ細胞キナーゼ，ＴＣＦ７，Ｔ細胞分化タンパク質ｍａｌ，ＧＡＴＡ３およびＳＴＡＴ５Ｂを含んでなる１もしくは複数のＴ細胞表面マーカー遺伝子；
抗ウイルス分子（ＯＡＳ１／２／３／Ｌ，ＧＢＰ１，Ｇ１Ｐ２，ＥＩＦ２ＡＫ２／ＰＫＲ，ＭＸ１，ＰＭＬ）、ケモカイン（ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０）、シグナル伝達分子（ＳＴＡＴ１，ＳＴＡｔ２，ＩＲＦ７，ＩＳＧＦ３Ｇ）を含んでなる１もしくは複数のインターフェロン−誘導性遺伝子：
およびその組み合わせであり、転写モジュールがＳＬＥ患者を他の患者と区別するために使用される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２７】
固体支持体上に固定化された核酸プローブのアレイであり、１もしくは複数の疾患の間を識別するために差次的に発現する遺伝子を十分な比率で提供する１もしくは複数のモジュールから十分なプローブを含んでなり、プローブが表４から選択される上記アレイ。
【請求項２８】
ＳＬＥの予知となるプローブの組み合わせを含んでなり、そしてプローブが：
転写モジュール
ＭＨＣクラスＩ分子：ＨＬＡ−Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｇ，Ｅ）＋ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、リボゾームタンパク質：ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓを含んでなる１もしくは複数のＭＨＣ／リボゾーム遺伝子：
ラクトトランスフェリン：ＬＴＦ、デフェンシン：ＤＥＡＦ１、細菌透過性増加タンパ
ク質（ＢＰＩ）、カセリシジン抗微生物タンパク質（ＣＡＭＰ）を含んでなる１もしくは複数の好中球遺伝子；
ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓ、真核生物翻訳伸長因子ファミリーメンバー（ＥＥＦｓ）、核小体タンパク質：ＮＰＭ１，ＮＯＡＬ２，ＮＡＰ１Ｌ１を含んでなる１もしくは複数のリボゾームタンパク質遺伝子：
ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６、リンホトキシンベータ、ＩＬ２−誘導性Ｔ細胞キナーゼ，ＴＣＦ７，Ｔ細胞分化タンパク質ｍａｌ，ＧＡＴＡ３およびＳＴＡＴ５Ｂを含んでなる１もしくは複数のＴ細胞表面マーカー遺伝子；
抗ウイルス分子（ＯＡＳ１／２／３／Ｌ，ＧＢＰ１，Ｇ１Ｐ２，ＥＩＦ２ＡＫ２／ＰＫＲ，ＭＸ１，ＰＭＬ）、ケモカイン（ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０）、シグナル伝達分子（ＳＴＡＴ１，ＳＴＡｔ２，ＩＲＦ７，ＩＳＧＦ３Ｇ）を含んでなる１もしくは複数のインターフェロン−誘導性遺伝子：
から選択されるカスタマイズされた遺伝子アレイを含んでなる予知遺伝子アレイ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明の技術分野
本発明は一般的には全身性エリテマトーデスに関する診断の分野、そしてより詳細には処置前、最中および後の全身性エリテマトーデス疾患の進行を診断、予知およびモニタリングするためのシステム、方法および装置に関する。
【０００２】
長い表
本発明には以下の表を含み、その全内容は引用により本明細書に編入する。このファイルエリアを含む２枚のＣＤのコピーを添付する。
【発明の背景】
【０００３】
本発明の範囲を限定するわけではないが、発明の背景は疾患の進行の診断、予知およびモニタリングと関連して記載される。
【０００４】
全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）は、先天的および適応免疫の調節不全を特徴とする自己免疫疾患である（非特許文献１〜６）。この疾患過程は、予知できない再発性の発赤および患者の状態の悪化を特徴とする。現在の処置は非特異的な免疫抑制に基づき、これは治療的介入のための新規標的を同定する必要性を強調する。マウスおよびヒトを対象とした実験により、有力な抗ウイルス性サイトカインであるインターフェロン−アルファがＳＬＥ免疫系の異常性に寄与し、そして１つのそのような新規標的を表しているかもしれないという強い証拠が提供された（非特許文献７〜９）。
【０００５】
しかし新規治療薬を試験する臨床試験は、ＳＬＥの臨床的発現の異質性、および疾患活性の信頼できるマーカーの欠如、および末端臓器の傷害により阻まれている。ＳＬＥの全般的疾患活性の少なくとも６つの複合的尺度を利用できる（非特許文献１０〜１５）。これらの手段（ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ）は疾患活性を記録し、そして定量するための測定基準を提供し、そして臨床試験に利用されてきた。しかし含まれる尺度の中には得ることが容易でないものもある。逆に臨床的な疾患の異質性を考えると、すべてのＳＬＥの発現がこれらの手段でコンピューター処理されるわけではなく、患者の状態の全体的評価を難しくしている。したがって、全体的な疾患活性を評価するために、例えば疾患の進行をモニタリングするためにより良いシステムを開発する重要な必要性がある。
【０００６】
ＳＬＥ疾患−活性、および個体のＳＬＥ状態を特徴付ける構成的症状の変動を決定および追跡する現在の方法には、例えばＳＬＥ疾患活性指数（ＳＬＥＤＡＩ）、全身性狼瘡活性測定（ＳＬＡＭ）、患者の視覚的アナログスケール（患者ＶＡＳ）およびＫｒｕｐｐの疲労強度スコア（ＫＦＳＳ）がある。初期評価後のＳＬＥＤＡＩ、ＫＦＳＳ、ＶＡＳおよびＳＬＡＭに関する値、および治療を始める前のＳＬＥＤＡＩ、ＫＦＳＳ、ＶＡＳおよびＳＬＡＭに関するベースライン値の間の差異が測定される。
【０００７】
ＳＬＥはまず子供を持つ年齢の女性に影響を及ぼし、２０％までの患者が１８歳未満と診断されている。提示、臨床的症状および免疫学的所見は、小児および成人ＳＬＥ患者で類似する。しかし小児は成人にくらべて、より重篤な発症時の疾患、臓器が関与する高い発生数、および活発な臨床的過程を有する傾向がある（非特許文献１６〜１８）。小児におけるＳＬＥの診断は、成人で使用するものと同じ基準に基づく（非特許文献１９、２０）。
【０００８】
血清中の抗核抗体（ＡＮＡ）の存在は、ＳＬＥにおける全般的所見である。しかし正常集団の５〜１０％までが低い力価で陽性のＡＮＡ検査を提示する（非特許文献２１）。慢性的な筋骨格痛に罹患している患者が陽性のＡＮＡ力価を有する場合（非特許文献２２）、それらはＳＬＥと誤診断され、そして不必要な検査および長い処置を受ける恐れがある。１つのそのような症状は成人および小児の両方に影響を及ぼす状態の線維筋痛症である（非特許文献２３）。
【参考文献】
【０００９】
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【非特許文献８】Ｂｌａｎｃｏ，Ｐ．，Ｐａｌｕｃｋａ，Ａ．Ｋ．，Ｇｉｌｌ，Ｍ．，Ｐａｓｃｕａｌ，Ｖ．，ａｎｄ  Ｂａｎｃｈｅｒｅａｕ，Ｊ．２００１．全身性エリテマトーデスにおけるＩＦＮ−アルファによる樹状細胞分化の誘導（Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ  ｂｙ  ＩＦＮ−ａｌｐｈａ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ）．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９４：１５４０−１５４３．
【非特許文献９】Ｓａｎｔｉａｇｏ−Ｒａｂｅｒ，Ｍ．Ｌ．，Ｂａｃｃａｌａ，Ｒ．，Ｈａｒａｌｄｓｓｏｎ，Ｋ．Ｍ．，Ｃｈｏｕｂｅｙ，Ｄ．，Ｓｔｅｗａｒｔ，Ｔ．Ａ．，Ｋｏｎｏ，Ｄ．Ｈ．，ａｎｄ  Ｔｈｅｏｆｉｌｏｐｏｕｌｏｓ，Ａ．Ｎ．２００３．Ｉ型インターフェロン受容体の欠損は、ＮＺＢマウスにおける狼瘡様の疾患を減らす（Ｔｙｐｅ−Ｉ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｒｅｄｕｃｅｓ  ｌｕｐｕｓ−ｌｉｋｅ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｉｎ  ＮＺＢ  ｍｉｃｅ）．Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １９７：７７７−７８８．
【非特許文献１０】Ｂｅｎｃｉｖｅｌｌｉ，Ｗ．，Ｖｉｔａｌｉ，Ｃ．，Ｉｓｅｎｂｅｒｇ，Ｄ．Ａ．，Ｓｍｏｌｅｎ，Ｊ．Ｓ．，Ｓｎａｉｔｈ，Ｍ．Ｌ．，Ｓｃｉｕｔｏ，Ｍ．，ａｎｄ  Ｂｏｍｂａｒｄｉｅｒｉ，Ｓ．１９９２．全身性エリテマトーデスにおける疾患活性：リューマチ学調査に関するヨーロッパのワークショップのコンセンサススタディグループの報告。ＩＩＩ．コンピューター処理した臨床チャートの開発および異なる疾患活性の指数の比較へのその応用（Ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ：ｒｅｐｏｒｔ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ  Ｓｔｕｄｙ  Ｇｒｏｕｐ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｗｏｒｋｓｈｏｐ  ｆｏｒ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ．ＩＩＩ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ａ  ｃｏｍｐｕｔｅｒｉｓｅｄ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｃｈａｒｔ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｔｏ  ｔｈｅ  ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ  ｉｎｄｉｃｅｓ  ｏｆ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ）．Ｔｈｅ  Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ  Ｓｔｕｄｙ  Ｇｒｏｕｐ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ＳＬＥ．Ｃｌｉｎ  Ｅｘｐ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ  １０：５４９−５５４．
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【非特許文献１９】Ｔａｎ，Ｅ．Ｍ．，Ｃｏｈｅｎ，Ａ．Ｓ．，Ｆｒｉｅｓ，Ｊ．Ｆ．，Ｍａｓｉ，Ａ．Ｔ．，ＭｃＳｈａｎｅ，Ｄ．Ｊ．，Ｒｏｔｈｆｉｅｌｄ，Ｎ．Ｆ．，Ｓｃｈａｌｌｅｒ，Ｊ．Ｇ．，Ｔａｌａｌ，Ｎ．，ａｎｄ  Ｗｉｎｃｈｅｓｔｅｒ，Ｒ．Ｊ．１９８２．全身性エリテマトーデスの分類に関する１９８２の改定された基準（Ｔｈｅ  １９８２  ｒｅｖｉｓｅｄ  ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ）．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ２５：１２７１−１２７７．
【非特許文献２０】Ｈｏｃｈｂｅｒｇ，Ｍ．Ｃ．１９９７．全身性エリテマトーデスの分類に関して、アメリカリウマチ学大学が改定した基準の更新（Ｕｐｄａｔｉｎｇ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｃｏｌｌｅｇｅ  ｏｆ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ  ｒｅｖｉｓｅｄ  ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ）．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ４０：１７２５．
【非特許文献２１】Ｔａｎ，Ｅ．Ｍ．，Ｆｅｌｔｋａｍｐ，Ｔ．Ｅ．，Ｓｍｏｌｅｎ，Ｊ．Ｓ．，Ｂｕｔｃｈｅｒ，Ｂ．，Ｄａｗｋｉｎｓ，Ｒ．，Ｆｒｉｔｚｌｅｒ，Ｍ．Ｊ．，Ｇｏｒｄｏｎ，Ｔ．，Ｈａｒｄｉｎ，Ｊ．Ａ．，Ｋａｌｄｅｎ，Ｊ．Ｒ．，Ｌａｈｉｔａ，Ｒ．Ｇ．，ｅｔ  ａｌ．１９９７．「健康」な個体における抗核抗体の範囲（Ｒａｎｇｅ  ｏｆ  ａｎｔｉｎｕｃｌｅａｒ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｉｎ  “ｈｅａｌｔｈｙ”ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ）．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ４０：１６０１−１６１１．
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【非特許文献２３】Ｓｔａｕｄ，Ｒ．２００４．線維筋痛：原因を知っていますか？（Ｆｉｂｒｏｍｙａｌｇｉａ  ｐａｉｎ：ｄｏ  ｗｅ  ｋｎｏｗ  ｔｈｅ  ｓｏｕｒｃｅ？）Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ  １６：１５７−１６３．
【発明の開示】
【００１０】
発明の要約
ゲノム調査は、評判の悪いノイズ、解釈が難しく、しかも研究室および平板全体を十分に比較しない転写データの分析で重大な困難に直面している。本発明者は分析の初期段階で生物学的に関連する遺伝子の選択を強調する分析法を開発し、これはマイクロアレイ平板間の矛盾を克服する分析モジュールに統合される。開発された転写モジュールは、膨大な遺伝子発現データベースの分析に使用することができる。この分析から派生する結果は、容易に解釈でき、そして市販のマイクロアレイ平板全体で観察される高い再現性の程度により証明されるように特に強固（ｒｏｂｕｓｔ）である。
【００１１】
この分析法に関する応用は、大きな組のＰＢＭＣ転写プロファイルを調査することを介して具体的に説明される。４７４２遺伝子に再度グループ分けされる２８の転写モジュールが同定された。本発明を使用することにより、疾患はモジューラーレベルで測定される例えば血中白血球における転写の変化の組み合わせにより独自に特徴付けられることを証明することが可能である。実際、血中白血球の転写レベルにおけるモジュール−レベルの変化は、疾患またはサンプルの分子指紋を構成する。
【００１２】
本発明は、例えば任意の生物学系（例えば末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、血液細胞、糞細胞、腹膜細胞、固体の臓器生検材料、切開した腫瘍、一次細胞、細胞株、細胞クローン等）のモジュラー転写成分を特徴付けるために広い範囲の応用を有する。この取り組みを介して集められたモジュールのＰＢＭＣ転写データは、疾患の重篤度の分子診断的、予知的評価、薬剤処置に対する応答、薬剤毒性等に使用することができる。この取り組みを使用して処理した他のデータは、例えば薬剤化合物の機械作用的実験またはスクリーニングに使用することができる。実際に、データ分析法およびマイニングアルゴリズムは、一般的な遺伝子発現データ分析ソフトウェアで実施することができ、そしてさらに新たな疾患または状態に特異的なモジュールを見いだし、開発し、そして試験するために使用することができる。また本発明は薬理遺伝学、分子診断、バイオインフォマティックス等にも使用することができ、ここで詳細な発現データを使用して臨床試験中に得ることができる結果を改善することができる（例えばサンプル群を改善し、またはそれからさらに選択することにより）。
【００１３】
さらに詳細には本発明は、患者のトランスクリプトームを得：疾患または状態の指標となる１もしくは複数の転写モジュールに基づきトランスクリプトームを分析し：そして患者の疾患または状態を、１もしくは複数の転写モジュールのトランスクリプトーム内の遺伝子発現の存在、不存在またはレベルに基づき決定する、疾患または状態を診断するためのアレイ、装置、システムおよび方法を含む。転写モジュールは：疾患または状態毎に合う各クラスターからそのモジュールについての遺伝子を選択し；選択した遺伝子を分析から除き；そして疾患または状態の亜分画中に集まる遺伝子について遺伝子発現値を選択する工程を繰り返すことにより１もしくは複数の転写モジュールに関する遺伝子発現を反復して選択し；そしてすべての遺伝子クラスターが使用し尽されるまで、各クラスターについてモジュールの作成を繰り返し反復することにより得ることができる。
【００１４】
本発明と共に使用するために選択されるクラスターの例には、限定するわけではないが発現値クラスター、キーワードクラスター、代謝クラスター、疾患クラスター、感染クラスター、移植クラスター、シグナル伝達クラスター、転写クラスター、複製クラスター、細胞サイクルクラスター、ｓｉＲＮＡクラスター、ｍｉＲＮＡクラスター、ミトコンドリアクラスター、Ｔ細胞クラスター、Ｂ細胞クラスター、サイトカインクラスター、リンホカインクラスター、熱ショッククラスターおよびその組み合わせを含む。本発明を使用して分析するため疾患または状態の例には、例えば自己免疫疾患、ウイルス感染バクテリア感染、癌および移植拒絶がある。さらに詳細には、分析のための疾患は１もしくは複数の以下の状態：全身型若年性特発性関節炎、全身性エリテマトーデス、Ｉ型糖尿病、肝移植受容者、黒色腫患者および大腸菌、黄色ブドウ球菌のようなバクテリアに感染している患者、インフルエンザＡのようなウイルスに感染している患者、およびそれらの組み合わせから選択され得る。特異的アレイはさらに、バイオテロ物質に関連する特異的な疾患または状態を検出するために作成することができる。
【００１５】
本発明を使用して分析することができる細胞には、例えば末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、血液細胞、胎児細胞、腹膜細胞、固体の臓器生検材料、切除腫瘍、一次細胞、細胞株、細胞クローンおよびそれらの組み合わせを含む。本明細書に記載する分析ツールは、種々の生物、例えばマウス、ラット、イヌ、ウシ、ヒツジ、ウマ、縞模様の魚等の特定のモジュール内の遺伝子発現を分析するために使用することができる。細胞は単一細胞、細胞の集合、組織、細胞培養物、例えば血液のような体液中の細胞でよい。細胞は組織生検材料、１もしくは複数の分類された細胞群、細胞培養物、細胞クローン、形質転換細胞、生検材料または単一細胞から得ることができる。細胞のタイプは例えば脳、肝臓、心臓、腎臓、肺、脾臓、網膜、骨、ニューロンの、リンパ節、内分泌腺、生殖器官、血液、神経、血管組織および臭覚上皮細胞でよい。細胞が単離された後、これら細胞からのこれらｍＲＮＡを得、そして個々の遺伝子発現レベルの分析を例えばプローブアレイ、ＰＣＲ、定量的ＰＣＲ、ビーズに基づくアッセイおよびそれらの組み合わせを使用して行う。個々の遺伝子発現レベルの分析はさらに、逆転写酵素用の鋳型として細胞から集めたｍＲＮＡから作成したｃＤＮＡを使用して、固体支持体上の核酸のハイブリダイゼーションを使用して行うことができる。
【００１６】
本発明は多変量の遺伝子発現分析を使用して、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）の予知、診断およびモニタリングにサンプルを分析するためのシステムおよび方法を含む。残る遺伝子発現の差異は、対合しない変動に対する高度な信頼性に帰することができる。このように同定された遺伝子発現の差異は、例えば疾患を診断し、生理学的状態を同定し、薬剤をデザインし、そして治療をモニタリングするために使用することができる。
【００１７】
１つの態様では、本発明は本明細書で以下に記載するような：
【００１８】
【表１】
2009518041.tif 000003
【００１９】
モジュール内の遺伝子のような、本明細書に記載する遺伝子モジュールの一部を形成する１もしくは複数のバイオマーカーの発現レベルを測定することにより、ＳＬＥに罹り易いヒト個体の同定法を含む。
【００２０】
以下のモジュールは、この例で使用する文字および数字により列挙されるが、モジュールには：Ｍ１．７、Ｍ２．２；Ｍ２．７；およびＭ３．１として挙げられるモジュールを形成する１もしくは複数の列挙する遺伝子（およびそれらの相補鎖または等価物）を含む。それだけでは、モジュールの限界は、１もしくは複数の列挙する遺伝子、例えば以下の遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、５０、７５、１００以上であり、これらは１もしくは複数の遺伝子の発現についてトランスクリプトームを分析するために使用でき、これらは次いで１もしくは複数の発現ベクターに処理される１もしくは複数の以下のモジュールに分けられ、これは診断、予知そしてさらに疾患の処置およびモニタリングのために、特定の自己炎症、自己免疫または他の疾患（遺伝的または後天的）が疑われる患者における発現レベル（およびその変化）の複合であり；モジュールには：
モジュールＭ１．７は１もしくは複数の以下の遺伝子または遺伝子断片を含む：ＵｎｉＧｅｎｅ  ＩＤ；Ｈｓ．４０６６８３；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．３７４５５３；Ｈｓ．４４８２２６；Ｈｓ．３８１１７２；Ｈｓ．５３４２５５；Ｈｓ．４０６６２０；Ｈｓ．５３４２５５；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．１３６９０５；Ｈｓ．５４６３９４；Ｈｓ．４１９４６３；Ｈｓ．５３０８；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．３８７８０４；Ｈｓ．５４６２８６；Ｈｓ．３００１４１；Ｈｓ．３５６３６６；Ｈｓ．４３３４２７；Ｈｓ．５３３６２４；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．３７０５０４；Ｈｓ．４３３７０１；Ｈｓ．１５３１７７；Ｈｓ．１５０５８０；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．３５６７９４；Ｈｓ．４１９４６３；Ｈｓ．４３３４２７；Ｈｓ．４６９４７３；Ｈｓ．３８０９５３；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．４２１２５７；Ｈｓ．４０８０５４；Ｈｓ．４３３５２９；Ｈｓ．４５８４７６；Ｈｓ．４３９５５２；Ｈｓ．１５６３６７；Ｈｓ．５４６２９１；Ｈｓ．５４６２９０；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．１４４８３５；Ｈｓ．４３９５５２；Ｈｓ．３５６５０２；Ｈｓ．３９７６０９；Ｈｓ．４４６６２８；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．２６５１７４；Ｈｓ．４２５１２５；Ｈｓ．３７４５９６；Ｈｓ．３
８１１２６；Ｈｓ．３８１０６１；Ｈｓ．４０６６２０；Ｈｓ．５３３９７７；Ｈｓ．４４７６００；Ｈｓ．１４８３４０；Ｈｓ．４２１９０７；Ｈｓ．４４８２２６；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４３３４２７；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．８１０２；Ｈｓ．４４６６２８；Ｈｓ．３５６５７２；Ｈｓ．３８１１２３；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．４０８０５４；Ｈｓ．４８３８７７；Ｈｓ．３８６３８４；Ｈｓ．３３７７６６；Ｈｓ．４０８０７３；Ｈｓ．５４６２８９；Ｈｓ．３７４５９６；Ｈｓ．５１２１９９；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４９９８３９；Ｈｓ．４４６５８８；Ｈｓ．３５６５７２；Ｈｓ．３９７６０９；Ｈｓ．３５６５７２；Ｈｓ．１４４８３５；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．５３４８３３；Ｈｓ．３７４５８８；Ｈｓ．１４４８３５；Ｈｓ．８０５４５；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．４００２９５；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４０８０７３；Ｈｓ．４１２３７０；Ｈｓ．４０１９２９；Ｈｓ．４２５１２５；Ｈｓ．３７４５８８；Ｈｓ．３７４５８８；Ｈｓ．３５６３６６；Ｈｓ．１８６３５０；および／またはＨｓ．１８６３５０；および
Ｍ２．２は１もしくは複数の以下の遺伝子または遺伝子断片を含む；ＵｎｉＧｅｎｅ  ＩＤ；Ｈｓ．５１３７１１；Ｈｓ．３７５１０８；Ｈｓ．１７６６２６；Ｈｓ．２９６２；Ｈｓ．４１；Ｈｓ．９９８６３；Ｈｓ．５３００４９；Ｈｓ．５１１２０；Ｈｓ．４８００４２；Ｈｓ．３６９７７；Ｈｓ．２９４１７６；Ｈｓ．５２９０１９；Ｈｓ．２５８２；Ｈｓ．５５０８５３；Ｈｓ．５２９５１７；および／またはＨｓ．２０４２３８；および；
Ｍ２．４は１もしくは複数の以下の遺伝子または遺伝子断片を含む；Ｈｓ．５１８８２７；Ｈｓ．８１０２；Ｈｓ．１９０９６８；Ｈｓ．５０８２６６；Ｈｓ．５２３９１３；Ｈｓ．４３７５９４；Ｈｓ．５１５５９８；Ｈｓ．５４７８０；Ｈｓ．５３４３８４；Ｈｓ．５２７１０５；Ｈｓ．５２２８８５；Ｈｓ．４６２３４１；Ｈｓ．１２７６１０；Ｈｓ．４０８０１８；Ｈｓ．３８１２１９；Ｈｓ．６９１７；Ｈｓ．１０９７９８；Ｈｓ．４９７５８１；Ｈｓ．３６９７２８；Ｈｓ．４３２４８５；Ｈｓ．３１４３５９；Ｈｓ．４０９１４０；Ｈｓ．５２９７９８；Ｈｓ．４７７０２８；Ｈｓ．１０７００３；Ｈｓ．５２８６６８；Ｈｓ．３１４３５９；Ｈｓ．６９１７；Ｈｓ．３３３１２０；Ｈｓ．５００８２２；Ｈｓ．１３１２５５；Ｈｓ．４６９９２５；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．２７７５１７；Ｈｓ．５２９６３１；Ｈｓ．３６７９００；Ｈｓ．４０８０５４；Ｈｓ．４６７２８４；Ｈｓ．１１１０９９；Ｈｓ．３７８１０３；Ｈｓ．１０８３３２；Ｈｓ．３９７６０９；Ｈｓ．８０５４５；Ｈｓ．５２９６３１；Ｈｓ．４７２５５８；Ｈｓ．５１９４５２；Ｈｓ．５１６０２３；Ｈｓ．４３８４２９；Ｈｓ．５１５４７２；Ｈｓ．５１２６７５；Ｈｓ．４３８４２９；Ｈｓ．３１４３５９；Ｈｓ．７５０５６；Ｈｓ．４８２５２６；Ｈｓ．３３３３８８；Ｈｓ．４８３３０５；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．２８８８５６；Ｈｓ．５４６２８８；Ｈｓ．４８３３０５；Ｈｓ．５３４３４６；Ｈｓ．５２８４３５；Ｈｓ．３８１２１９；Ｈｓ．４６９９２５；Ｈｓ．１７２７９１；Ｈｓ．１９０９６８；Ｈｓ．１８２８２５；Ｈｓ．４９２５９９；Ｈｓ．４０６６２０；Ｈｓ．５４９１３０；Ｈｓ．５３２３５９；Ｈｓ．５３４３４６；Ｈｓ．４２１２５７；Ｈｓ．５１１８３１；Ｈｓ．３８０９２０；Ｈｓ．３１１６４０；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４０５５９０；Ｈｓ．１７８５５１；Ｈｓ．４９９８３９；Ｈｓ．１４８３４０；Ｈｓ．４８３３０５；Ｈｓ．５０５７３５；Ｈｓ．３８１２１９；Ｈｓ．２９９００２；Ｈｓ．５３２３５９；Ｈｓ．５６６２；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．４０８０７３；Ｈｓ．５１５０７０；Ｈｓ．４４８２２６；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．５１１５８２；Ｈｓ．４２１６０８；Ｈｓ．１８６３５０；Ｈｓ．５２９７９８；および／またはＨｓ．２９４０９４；および；
Ｍ２．８は１もしくは複数の以下の遺伝子または遺伝子断片を含む：Ｈｓ．３９７８９１；Ｈｓ．４３８８０１；Ｈｓ．１２５０３６；Ｈｓ．２１０８９１；Ｈｓ．２２０６２９；Ｈｓ．３７６２０８；Ｈｓ．３１６９３１；Ｈｓ．１９６９８１；Ｈｓ．２７１２７２；Ｈｓ．３９７８９１；Ｈｓ．７９４６；Ｈｓ．５０５３２６；Ｈｓ．３６９５８１；Ｈｓ．５８６８５；Ｈｓ．７２３６；Ｈｓ．１７１０９；Ｈｓ．４９１４３；Ｈｓ．５０
５８０６；Ｈｓ．６０３３９；Ｈｓ．１３２６２；Ｈｓ．２２３８０；Ｈｓ．２３３０４４；Ｈｓ．１３３３９７；Ｈｓ．４４５４８９；Ｈｓ．６０３３９；Ｈｓ．４２８２１４；Ｈｓ．４３１４９８；Ｈｓ．５３３９９４；Ｈｓ．５３３９９４；Ｈｓ．４９８３１７；Ｈｓ．５３３９９４；Ｈｓ．５１７７１７；Ｈｓ．１７３１３５；Ｈｓ．５２２６７９；Ｈｓ．４４６１４９；Ｈｓ．５２５７００；Ｈｓ．５１９５８０；Ｈｓ．４８１７０４；Ｈｓ．３７９４１４；Ｈｓ．１２５０３６；Ｈｓ．４４０７７６；Ｈｓ．４７５６０２；Ｈｓ．１７３１３５；Ｈｓ．４８１７０４；Ｈｓ．１６７０８７；Ｈｓ．１４２０２３；Ｈｓ．５２４１３４；Ｈｓ．９８３０９；Ｈｓ．４３３７００；Ｈｓ．４８０８３７；Ｈｓ．５０１９；Ｈｓ．５２５７００；Ｈｓ．９４２２９；Ｈｓ．４４６１４９；Ｈｓ．５０２７１０；
Ｍ３．１は１もしくは複数の以下の遺伝子または遺伝子断片を含む：Ｈｓ．２７６９２５；Ｈｓ．９８２５９；Ｈｓ．４７８２７５；Ｈｓ．２７３３３０；Ｈｓ．１７５１２０；Ｈｓ．１９０６２２；Ｈｓ．１７５１２０；Ｈｓ．４１５５３４；Ｈｓ．６２６６１；Ｈｓ．３４４８１２；Ｈｓ．１４５１５０；Ｈｓ．５１４８；Ｈｓ．３０２１２３；Ｈｓ．６５６４１；Ｈｓ．６２６６１；Ｈｓ．８６７２４；Ｈｓ．１２０３２３；Ｈｓ．３７０５１５；Ｈｓ．２９１０００；Ｈｓ．６２６６１；Ｈｓ．１１８１１０；Ｈｓ．１３１４３１；Ｈｓ．４６４４１９；Ｈｓ．６５６４１；Ｈｓ．１４５１５０；Ｈｓ．４１５５３４；Ｈｓ．５４４８３；Ｈｓ．５２０１０２；Ｈｓ．４１４５７９；Ｈｓ．１９０６２２；Ｈｓ．３７４９５０；Ｈｓ．４７８２７５；Ｈｓ．３６９０３９；Ｈｓ．２２９９８８；Ｈｓ．４５８４１４；Ｈｓ．４２５７７７；Ｈｓ．５３１３１４；Ｈｓ．３５２０１８；Ｈｓ．５２６４６４；Ｈｓ．４７０９４３；Ｈｓ．５１４５３５；Ｈｓ．４８７９３３；Ｈｓ．４８１１４３；Ｈｓ．２１７４８４；Ｈｓ．５２４１１７；Ｈｓ．１３７００７；Ｈｓ．４５８４１４；Ｈｓ．３７４６５０；Ｈｓ．４７０９４３；Ｈｓ．５０８４２；Ｈｓ．１１８６３３；Ｈｓ．１３０７５９；Ｈｓ．３８４５９８；Ｈｓ．５２４７６０；Ｈｓ．４４１９７５；Ｈｓ．５３０５９５；Ｈｓ．５４６４６７；Ｈｓ．５２９３１７；Ｈｓ．１７５６８７；Ｈｓ．１１２４２０；Ｈｓ．１７０６；Ｈｓ．５２３８４７；Ｈｓ．３８８７３３；Ｈｓ．１６３１７３；Ｈｓ．４７０９４３；Ｈｓ．４８１１４１；Ｈｓ．１７１４２６；Ｈｓ．１７４１９５；Ｈｓ．５１８２０１；Ｈｓ．１１８６３３；Ｈｓ．４８９１１８；Ｈｓ．４８９１１８；Ｈｓ．１９３８４２；Ｈｓ．５５１５１６；Ｈｓ．５１８２０３；Ｈｓ．３７１７９４；Ｈｓ．５２９３１７；Ｈｓ．１９５６４２；Ｈｓ．１２３４１；Ｈｓ．４１４３３２；Ｈｓ．５２４７６０；Ｈｓ．４７９２６４；Ｈｓ．５０１７７８；Ｈｓ．４１４３３２；Ｈｓ．１２６４６；Ｈｓ．５１８２００；Ｈｓ．４４１９７５；Ｈｓ．４４１９７５；Ｈｓ．４３７６０９；Ｈｓ．１３０７５９；Ｈｓ．８２３１６；Ｈｓ．５１８２００；Ｈｓ．４５８４８５；Ｈｓ．３１８６９；Ｈｓ．１６６１２０；Ｈｓ．５４９０４１；Ｈｓ．１７５１８；Ｈｓ．５４６４６７；Ｈｓ．５１７３０７；Ｈｓ．５４９０４１；Ｈｓ．５２８６３４；Ｈｓ．３８９７２４；Ｈｓ．５４６５２３；Ｈｓ．８２３１６；Ｈｓ．７１５５；Ｈｓ．５２１９０３；Ｈｓ．２６６６３；Ｈｓ．１２０３２３；および／またはＨｓ．９２６
を含み、ここでバイオマーカーはＳＬＥに対する素因および／または予知と相関する。
【００２１】
バイオマーカーは、これら遺伝子のアップレギュレーションおよびダウンレギュレーションから選択される転写調節遺伝子を含むことができる。
【００２２】
１もしくは複数の遺伝子モジュールの特異的な組は：
ＭＨＣクラスＩ分子：ＨＬＡ−Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｇ，Ｅ）＋ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、リボゾームタンパク質：ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓを含んでなる１もしくは複数の「ＭＨＣ／リボゾーム遺伝子」：および添付する表のモジュールＭ１．７に列挙されている遺伝子：
ラクトトランスフェリン：ＬＴＦ、デフェンシン：ＤＥＡＦ１、細菌透過性増加タンパク質（ＢＰＩ）、カセリシジン抗微生物タンパク質（ＣＡＭＰ）を含んでなる１もしくは
複数の「好中球遺伝子」；および添付する表のモジュールＭ２．２に列挙されている遺伝子：
ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓ、真核生物翻訳伸長因子ファミリーメンバー（ＥＥＦｓ）、核小体タンパク質：ＮＰＭ１，ＮＯＡＬ２，ＮＡＰ１Ｌ１を含んでなる１もしくは複数の「リボゾームタンパク質遺伝子」：および添付する表のモジュールＭ２．４に列挙されている遺伝子：
ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６、リンホトキシンベータ、ＩＬ２−誘導性Ｔ細胞キナーゼ、ＴＣＦ７，Ｔ細胞分化タンパク質ｍａｌ，ＧＡＴＡ３およびＳＴＡＴ５Ｂを含んでなる１もしくは複数のＴ細胞表面マーカー遺伝子；および添付する表のモジュールＭ２．８に列挙されている遺伝子：および
抗ウイルス分子（ＯＡＳ１／２／３／Ｌ，ＧＢＰ１，Ｇ１Ｐ２，ＥＩＦ２ＡＫ２／ＰＫＲ，ＭＸ１，ＰＭＬ）、ケモカイン（ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０）、シグナル伝達分子（ＳＴＡＴ１，ＳＴＡｔ２，ＩＲＦ７，ＩＳＧＦ３Ｇ）を含んでなる１もしくは複数の「インターフェロン−誘導性遺伝子」：および添付する表のモジュールＭ３．１に列挙されている遺伝子；からなる群から選択され、そしてＳＬＥ、線維筋痛症、ウイルス感染バクテリア感染、癌および移植拒絶間を識別するために十分である。特に、参照により本明細書に編入する長い表では、ＳＬＥと線維筋痛症との間の区別に使用できるモジュールは、Ｍ１．１、Ｍ１．７、Ｍ２．１、Ｍ２．２、Ｍ２．３、Ｍ２．４、Ｍ２．５、Ｍ２．６、Ｍ２．７、Ｍ２．８およびＭ３．１を含むことができ、その各々が分析に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０以上の遺伝子を有することができる。
【００２３】
バイオマーカーは、ｍＲＮＡ、タンパク質またはｍＲＮＡとタンパク質の両方のレベルのバイオマーカーを定量することによりスクリーニングすることができる。バイオマーカーがｍＲＮＡレベルである場合、これはポリメラーゼ連鎖反応、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応、リバーストランスクリプターゼポリメラーゼ連鎖反応、ハイブリダイゼーション、プローブハイブリダイゼーションおよび遺伝子発現アレイから選択される方法により定量され得る。スクリーニング法にはバイオマーカー中の多形の検出も含むことができる。あるいはスクリーニング工程はポリメラーゼ連鎖反応、ヘテロ二重鎖分析、一本鎖高次構造多型分析、リガーゼ連鎖反応、比較ゲノムハイブリダイゼーション、サザンブロッティング、ノーザンブロッティング、ウエスタンブロッティング、酵素連結免疫吸着アッセイ、蛍光共鳴エネルギー転移およびシークエンシングからなる群から選択される少なくとも１つの技術を使用して達成することができる。本発明と共に使用するために、サンプルは任意の数の免疫細胞、例えば全血液細胞、白血球またはその副成分でよい。
【００２４】
別の態様には、組織サンプルから全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を診断するための方法を含み、これには組織サンプルから遺伝子発現プロファイルを得ることを含み、ここで正常な対照サンプルに対して比較するように、２以上の以下の遺伝子の発現がＭ１．１、Ｍ１．７、Ｍ２．１、Ｍ２．２、Ｍ２．３、Ｍ２．４、Ｍ２．５、Ｍ２．６、Ｍ２．７、Ｍ２．８および／またはＭ３．１から測定される。バイオマーカー、例えばＲＮＡの供給源に使用される組織は、血液またはその副成分でよい。
【００２５】
本発明のアレイ、方法およびシステムは、予想される患者のトランスクリプトームを得；トランスクリプトームを、臨床試験で処置される疾患または状態の表示となる１もしくは複数の転写モジュールに対して比較し；そして患者が臨床試験の良い候補となる見込を、臨床試験での成功と相関する１もしくは複数の転写モジュール内の患者のトランスクリプトームで発現される１もしくは複数の遺伝子の存在、不存在またはレベルに基づき決定することにより臨床試験のために患者を選択するために使用することもできる。一般に、各モジュールについて、例えば各モジュールがベクターを含む場合、サンプル中の転写産物の比率の和と相関するベクターを使用することができ、そしてここで１もしくは複数の疾患または状態が１もしくは複数のベクターに関連している。したがって、各モジュール
は各モジュール中に１もしくは複数の遺伝子の発現レベルと相関するベクターを含むことができる。
【００２６】
また本発明はアレイ、例えばカスタムマイクロアレイ、ビーズアレイ、液体懸濁液アレイ等を含み、これには固体支持体に固定化された核酸プローブを含み、これは１もしくは複数の疾患の間を識別するために十分な比率で差次的に発現される遺伝子を提供する１もしくは複数のモジュールから十分なプローブを含み、このプローブは以下の表１から選択される。例えば固体支持体に固定化される核酸プローブのアレイ、ここでアレイは以下のモジュール：Ｍ１．１、Ｍ１．７、Ｍ２．１、Ｍ２．２、Ｍ２．３、Ｍ２．４、Ｍ２．５、Ｍ２．６、Ｍ２．７、Ｍ２．８および／またはＭ３．１の１もしくは複数に列挙される１もしくは複数の遺伝子から選択される少なくとも２組のプローブモジュールを含み、ここで第１組のプローブは１もしくは複数の疾患にそれぞれ対応する１もしくは複数の質問位置（ｉｎｔｅｒｒｏｇａｔｉｏｎ  ｐｏｓｉｔｉｏｎ）を有する。アレイは１００から１００，０００の間のプローブを有することができ、そして各プローブは例えば９、１５、２０、３０、４０、５０、７５、１００以上のヌクレオチド長であることができる。特定の態様では、プローブの長さは数十万の塩基でなく数千でよい（例えば制限断片、プラスミド、コスミド等）。組織化されたプローブ組に分けられる場合、これらは一緒に、または別個に質問される（ｉｎｔｅｒｒｏｇａｔｅｄ）。
【００２７】
また本発明は、少なくとも１対の第１および第２組のプローブ群を含むモジュールアレイを形成するために、固体支持体上に固定化される１もしくは複数の核酸プローブを含み、各群は表３により定められる１もしくは複数のプローブを有する（例えばＭ１．７、Ｍ２．２、Ｍ２．４、Ｍ２．８およびＭ３．１として列挙されるモジュールに列挙されるもの）。このプローブ群は、マイクロアレイ平板全体に一貫した複合転写マーカー（ベクター）を提供するために選択される。事実、プローブ群はマイクロアレイ平板全体に一貫しており、そして調節承認（ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ａｐｐｒｏｖａｌ）に関する要約を提示する複合転写マーカーを提供するために使用され得る。当業者は本発明のモジュールを使用して、種々の疾患および／または状態間を迅速に診断または識別するために使用できる１もしくは複数の疾患特異的アレイを開発することが可能であると考えるだろう。  
【００２８】
患者からトランスクリプトームを得、１もしくは複数の転写モジュールに基づきトランスクリプトームを採点し；そして患者の疾患または状態を、ＳＬＥの表示である１もしくは複数の転写モジュールのトランスクリプトーム内の遺伝子の発現の存在、不存在またはレベルに基づき決定することによる個体が全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）であるかどうかを決定する方法。より詳細には転写モジュールは、疾患または状態毎に合う各クラスターからそのモジュールについての遺伝子を選択し、選択した遺伝子を分析から除き、そして疾患または状態の亜分画中に集まる遺伝子について、遺伝子発現値を選択する工程を繰り返すことにより１もしくは複数の転写モジュールに関する遺伝子発現値を反復して選択し、そしてすべての遺伝子クラスターが使用し尽されるまで、各クラスターについてモジュールの作成を繰り返し反復することにより得られる。クラスターが発現値クラスター、キーワードクラスター、代謝クラスター、疾患クラスター、感染クラスター、移植クラスター、シグナル伝達クラスター、転写クラスター、複製クラスター、細胞サイクルクラスター、ｓｉＲＮＡクラスター、ｍｉＲＮＡクラスター、ミトコンドリアクラスター、Ｔ細胞クラスター、Ｂ細胞クラスター、サイトカインクラスター、リンホカインクラスター、熱ショッククラスターおよびその組み合わせから選択される。患者はヒトＳＬＥ患者でよく、そしてさらにグルココルチコイド、非ステロイド系抗炎症剤および免疫抑制剤からなる群から選択される治療に有効な量の薬剤が提供されてよい。
【００２９】
また本発明は、患者の自己免疫または慢性炎症疾患を診断またはモニタリングする方法を含み、この方法は免疫グロブリン、好中球、インターフェロン、Ｔ細胞およびリボソー
ムタンパク質から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子モジュールの発現レベルを検出することを含んでなる。１もしくは複数の遺伝子は、１もしくは複数の以下のモジュール：Ｍ１．７、Ｍ２．２、Ｍ２．４、Ｍ２．８およびＭ３．１に列挙される１もしくは複数の遺伝子から選択されることができ、そして疾患は全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）である。
【００３０】
別の態様では、遺伝子またはその産物の発現レベルが、遺伝子により発現されるＲＮＡレベルを測定することにより検出される。この方法はまた、遺伝子により発現されるＲＮＡレベルを検出する前に患者かＲＮＡを単離することを含むことができ、ここでＲＮＡレベルはＰＣＲにより、かつ／またはハイブリダイゼーション、例えば相補的オリゴヌクレオチドへのハイブリダイゼーションにより検出される。特定の態様では、遺伝子発現の分析は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ゲノムＤＮＡまたは合成オリゴヌクレオチドであるプローブを使用してもよい。あるいは上と一緒に、患者からの遺伝子発現のレベルは、遺伝子のタンパク質レベルを測定することにより検出することができる。
【００３１】
本発明のさらに別の態様には、自己免疫疾患（例えばＳＬＥ）、ウイルス感染バクテリア感染、癌および移植拒絶間を識別するために十分な：
転写モジュール
ＭＨＣクラスＩ分子：ＨＬＡ−Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｇ，Ｅ）＋ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、リボゾームタンパク質：ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓを含んでなる１もしくは複数のＭＨＣ／リボゾーム遺伝子：および添付する表のモジュールＭ１．７に列挙されている遺伝子：
ラクトトランスフェリン：ＬＴＦ、デフェンシン：ＤＥＡＦ１、細菌透過性増加タンパク質（ＢＰＩ）、カセリシジン抗微生物タンパク質（ＣＡＭＰ）を含んでなる１もしくは複数の好中球遺伝子；および添付する表のモジュールＭ２．２に列挙されている遺伝子：
ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓ、真核生物翻訳伸長因子ファミリーメンバー（ＥＥＦｓ）、核小体タンパク質：ＮＰＭ１，ＮＯＡＬ２，ＮＡＰ１Ｌ１を含んでなる１もしくは複数のリボゾームタンパク質遺伝子：および添付する表のモジュールＭ２．４に列挙されている遺伝子：
ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６、リンホトキシンベータ、ＩＬ２−誘導性Ｔ細胞キナーゼ、ＴＣＦ７，Ｔ細胞分化タンパク質ｍａｌ，ＧＡＴＡ３，ＳＴＡＴ５Ｂを含んでなる１もしくは複数のＴ細胞表面マーカー遺伝子；および添付する表のモジュールＭ２．８に列挙されている遺伝子：および
抗ウイルス分子（ＯＡＳ１／２／３／Ｌ，ＧＢＰ１，Ｇ１Ｐ２，ＥＩＦ２ＡＫ２／ＰＫＲ，ＭＸ１，ＰＭＬ）、ケモカイン（ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０）、シグナル伝達分子（ＳＴＡＴ１，ＳＴＡｔ２，ＩＲＦ７，ＩＳＧＦ３Ｇ）を含んでなる１もしくは複数のインターフェロン−誘導性遺伝子：および添付する表のモジュールＭ３．１に列挙されている遺伝子；
からなる群から選択される１もしくは複数の遺伝子を含む転写モジュールの一部である１もしくは複数のプローブを含む疾患分析ツールを含む。
【００３２】
別の態様は、１もしくは複数の転写モジュールの代表である遺伝子の組み合わせを含むカスタマイズされた遺伝子アレイである予知遺伝子アレイであり、ここでカスタマイズされた遺伝子アレイと接触する患者のトランスクリプトームがＳＬＥの予知となる。アレイはＳＬＥのための治療に対する患者の応答を監視するために使用され得る。またアレイは自己免疫疾患、ウイルス感染バクテリア感染、癌および移植拒絶の間を識別するために使用され得る。特定の直接的測定の目的で、アレイは視覚的に走査され、そして発現の程度が目で、例えば裸眼および／または画像処理装置で分析され得る２以上の転写モジュールに組織化されることができる。例えばアレイは，１もしくは複数のサブモジュールが：
【００３３】
【表２】
2009518041.tif 000004
【００３４】
【表３】
2009518041.tif 000005
【００３５】
【表４】
2009518041.tif 000006
【００３６】
から選択される１もしくは複数のサブモジュールを含んでなる３以上の転写モジュールに組織化され、ここで１もしくは複数の遺伝子に特異的に結合するプローブが、３以上のモジュール内から選択され、そして全身性エリテマトーデスの表示である。
【００３７】
本発明の別の態様には、臨床試験の患者を選択するための方法を含み、この方法は、予想される患者のトランスクリプトームを得；トランスクリプトームを、臨床試験で処置される疾患または状態の表示となる１もしくは複数の転写モジュールに対して比較し；そして患者が臨床試験の良い候補となる見込を、臨床試験での成功と相関する１もしくは複数の転写モジュール内の患者のトランスクリプトームで発現される１もしくは複数の遺伝子の存在、不存在またはレベルに基づき決定することによる。この方法で使用するために、各モジュールはサンプル中の転写産物の比率の和と相関するベクターを含むことができ；ベクターはここで１もしくは複数の疾患または状態が１もしくは複数のベクターと関連し；ベクターは各モジュール内の１もしくは複数の遺伝子の発現レベルと相関し、かつ／またはベクターは正常対ＳＬＥ患者（または他の患者（例えば線維筋痛症））の検出、特性決定、診断、予知および／またはモニタリングするためのモジュールを含み、それらは：
転写モジュール
Ｍ１．７    ＭＨＣクラスＩ分子：ＨＬＡ−Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｇ，Ｅ）＋ベータ２−ミクログ
ロブリン（Ｂ２Ｍ）、リボゾームタンパク質：ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓを含んで
なる１もしくは複数のＭＨＣ／リボゾーム遺伝子：
Ｍ２．２    ラクトトランスフェリン：ＬＴＦ、デフェンシン：ＤＥＡＦ１、細菌透過性
増加タンパク質（ＢＰＩ）、カセリシジン抗微生物タンパク質（ＣＡＭＰ）
を含んでなる１もしくは複数の好中球遺伝子；
Ｍ２．４    ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓ、真核生物翻訳伸長因子ファミリーメンバー（ＥＥＦｓ
）、核小体タンパク質：ＮＰＭ１，ＮＯＡＬ２，ＮＡＰ１Ｌ１を含んでなる
１もしくは複数のリボゾームタンパク質遺伝子：
Ｍ２．８    ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６、リンホトキシン
ベータ、ＩＬ２−誘導性Ｔ細胞キナーゼ，ＴＣＦ７，Ｔ細胞分化タンパク質
ｍａｌ，ＧＡＴＡ３，ＳＴＡＴ５Ｂを含んでなる１もしくは複数のＴ細胞表
面マーカー遺伝子；
および
Ｍ３．１    抗ウイルス分子（ＯＡＳ１／２／３／Ｌ，ＧＢＰ１，Ｇ１Ｐ２，ＥＩＦ２Ａ
Ｋ２／ＰＫＲ，ＭＸ１，ＰＭＬ）、ケモカイン（ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０
）、シグナル伝達分子（ＳＴＡＴ１，ＳＴＡｔ２，ＩＲＦ７，ＩＳＧＦ３Ｇ
）を含んでなる１もしくは複数のインターフェロン−誘導性遺伝子：
の１もしくは複数、およびその組み合わせで列挙される遺伝子の１もしくは複数から選択される。
【００３８】
さらに別の態様は固体支持体上に固定化された核酸プローブのアレイであり、支持体は１もしくは複数の疾患の間を識別するために、差次的に発現する遺伝子を十分な比率で提供する１もしくは複数のモジュールから十分なプローブを含んでなり、プローブは表４から選択される。別の態様は、ＳＬＥの予知となるプローブの組み合わせが上に配置され、そしてプローブがＭ１．７、Ｍ２．２、Ｍ２．４、Ｍ２．８およびＭ３．１から選択されるカスタマイズされた遺伝子アレイを含む予知遺伝子アレイである。
【００３９】
発明の詳細な説明
本発明の様々な態様を作成し、そして使用することを以下で詳細に検討するが、本発明は広い様々な特定の内容で具現化され得る多くの応用可能な革新的概念を提供すると考えるべきである。本明細書で検討する特別な態様は、本発明を作成し、そして使用するための特定の方法の単に具体的説明であり、本発明の範囲に限界を定めるものではない。
【００４０】
本発明の理解を容易にするために、多くの用語を以下に定義する。本明細書で定義する用語は、本発明に関する当業者が一般に理解している意味を有する。“ａ”、“ａｎ”および“ｔｈｅ”のような用語は、単数の物体を指すことのみを意図するのではなく、特定
例の具体的説明に使用できる一般的種類を含む。本明細書の用語法は、本発明の具体的態様を説明するために使用されるが、それらの用途は特許請求の範囲で境界を定めることを除き、本発明を限定しない。他に定義しない限り、本明細書で使用するすべての技術的および科学的用語は、本発明が属する当業者に通常に理解されている意味を有する。以下の参照は、本発明で使用する多くの用語の一般的定義を用いて技術の１つを提供する：Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，微生物学および分子生物学辞典（ＤＩＣＴＩＯＮＡＲＹ
ＯＦ  ＭＩＣＲＯＢＩＯＬＯＧＹ  ＡＮＤ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ（２ｄ  ｅｄ．１９９４）；科学および技術のゲンブリッジ辞書（ＴＨＥ  ＣＡＭＢＲＩＤＧＥ  ＤＩＣＴＩＯＮＡＲＹ  ＯＦ  ＳＣＩＥＮＣＥ  ＡＮＤ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ）（Ｗａｌｋｅｒ  ｅｄ．，１９８８）；遺伝学の用語解説（ＴＨＥ  ＧＬＯＳＳＡＲＹ  ＯＦ  ＧＥＮＥＴＩＣＳ），５ＴＨ  ＥＤ．，Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ（１９９１）；ａｎｄ  Ｈａｌｅ  ＆  Ｍａｒｈａｍ，ＴＨＥ  ＨＡＲＰＥＲ  ＣＯＬＬＩＮＳ  ＤＩＣＴＩＯＮＡＲＹ  ＯＦ  ＢＩＯＬＯＧＹ（１９９１）．
【００４１】
様々な生化学的および分子生物学的方法が当該技術分野では知られている。例えば核酸の分離および精製法は、国際公開第９７／１０３６５号、同第９７／２７３１７明細書、生物学および分子生物学の研究室技術：核酸プローブでのハイブリダイゼーション（Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｂｅｓ）の第３章、Ｉ部、理論および核酸の調製（Ｔｈｅｏｒｙ  ａｎｄ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ），（Ｐ．Ｔｉｊｓｓｅｎ，ｅｄ．）エルセビア（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ），Ｎ．Ｙ．（１９９３）；生物学および分子生物学の研究室技術：核酸プローブでのハイブリダイゼーション（Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｂｅｓ）の第３章、Ｉ部，理論および核酸の調製（Ｔｈｅｏｒｙ  ａｎｄ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ），（Ｐ．Ｔｉｊｓｓｅｎ，ｅｄ．）エルセビア（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ），Ｎ．Ｙ．（１９９３）；およびＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，モレキュラークローニング  ：ア  ラボラトリーマニュアル（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ），コールドスプリングハーバー出版（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ），Ｎ．Ｙ．，（１９８９）；および分子生物学の現在の手法（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ），（Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ．ｅｔ
ａｌ．，ｅｄｓ．）ジョン  ウィリー＆サンズ社（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．），ニューヨーク（１９８７−１９９９）（追補４６（１９９９年４月のような追補を含む）に詳細に記載されている。
【００４２】
バイオインフォマティクスの定義
本明細書で使用する「オブジェクト（ｏｂｊｅｃｔ）」は、問題とする任意の項目または情報を称する（一般に原文どおり、名詞、動詞、形容詞、副詞、句、文、記号、数字等を含む）。したがってオブジェクトは関係を形成することができる任意のもであり、また供給源から得られ、同定され、かつ／または調査される任意のものである。「オブジェクト」には限定するわけではないが、遺伝子、タンパク質、疾患、表現型、メカニズム、薬剤等のような問題の実態を含む。幾つかの観点では、オブジェクトは以下にさらに記載するようなデータでよい。
【００４３】
本明細書で使用する「関係」とは、同じ単位（例えば、句、文、明細書中の２以上の行、段落、ウェップページの章、ページ、雑誌、新聞、本等の欄）内でのオブジェクトの共起を指す。これはテキスト、記号、数字およびその組み合わせでよい。
【００４４】
本明細書で使用する「メタデータ  コンテンツ（ｍｅｔａ  ｄａｔａ  ｃｏｎｔｅｎｔ）」とは、データソース（ｄａｔａ  ｓｏｕｒｃｅ）におけるテキストの組織化に関する情報を指す。メタデータは、ダブリン  コア（Ｄｕｂｌｉｎ  Ｃｏｒｅ）メタデータのような標準的メタデータを含んでなることができ、あるいはコレクション−スペシフィック（ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ）であることができる。メタデータ形式の例には限定するわけではないが、ライブラリータカログに使用されるマシーン  リーダブル
カタログ（Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｒｅａｄａｂｌｅ  Ｃａｔａｌｏｇ：ＭＡＲＣ）レコード、リソースディスクリプションフォーマット（Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｆｏｒｍａｔ：ＲＤＦ）およびエクステンシブル  マークアップ  ラングィッジ（Ｅｘｔｅｎｓｉｂｌｅ  Ｍａｒｋｕｐ  Ｌａｎｇｕａｇｅ：ＸＭＬ）がある。メタデータ  オブジェクトはマニュアルで、または自動化情報抽出アルゴリズムを介して作成することができる。
【００４５】
本明細書で使用する「エンジン」は、他のプログラムの中心または本質的機能を行うプログラムを指す。例えばエンジンは、他のプログラムの全体的操作を調整する操作システムまたはアプリケーションプログラムの中心的プログラムであり得る。また用語「エンジン」は、変更することができるアルゴリズムを含むプログラムも指すことができる。例えば関係を同定することに対するそのアプローチを変更するために、知識発見エンジンを設計し、同定およびランキングの関係の新規法則を反映させることができる。
【００４６】
本明細書で使用する「統計分析」とは各用語（言葉、語源、語幹、ｎ−グラム、句等）の発生数の計数に基づく技術を指す。主題に対して無制限に集めると、異なる内容で使用される同じ句が、異なる概念を表すか可能性がある。同時に存在する句の統計的分析は、言葉の意味の曖昧さを解決するために役立ち得る。「シンタックス分析（Ｓｙｎｔａｃｔｉｃ  ａｎａｌｙｓｉｓ）」は、品詞分析によりさらに曖昧さを減らすために使用することができる。本明細書で使用するように、１もしくは複数のそのような分析は、さらに一般的に「字句解析（ｌｅｘｉｃａｌ  ａｎａｌｙｓｉｓ）」と呼ばれる。「人工知能（ＡＩ）」は、コンピューターのような人間以外のデバイスにより、ヒトが価値があると、または「知的」であると見なす作業を行う方法を指す。例には絵を識別すること、会話または書かれた内容を理解すること、および問題を解決することを含む。
【００４７】
様々な情報ファセットをデーターフィールド内に見いだすことができる場合でも、本明細書で使用する用語「データベース」は、生の、またはコンパイルされたデータに関する貯蔵所を指す。データベースは典型的にはその内容にアクセスでき、管理でき、そして更新できるように組織化される（例えばデータベースは動的である）。また用語「データベース」および「ソース」は、データおよび情報の主な供給源がデーターベースであるので、本発明では互換的に使用される。しかし「ソースデーターベース」または「ソースデータ」は一般にデータ、例えばオブジェクトを同定し、そして関係を決定するためにシステムに入力される非構造テキストおよび／または構造データを指す。ソースデーターベースはリレーショナル（ｒｅｌａｔｉｏｎａｌ）データーベースであってもなくてもよい。しかしシステムデーターベースは通常、リレーショナルデーターベースまたは同じ均等なタイプのデーターベースを含み、これらはオブジェクト間の関係を関連づける値を保存する。
【００４８】
本明細書で使用する「システムデーターベース」および「リレーショナルデーターベース」は、互換的に使用され、そして予め定義されたカテゴリーに合うデータを含む１組の表として組織化されたデータの１もしくは複数の集合を称する。例えばデーターベースの表は、カラム（例えば属性）に定められる１もしくは複数のカテゴリーを含んでなることができ、同時にデーターベースの横行はカラムにより定まるカテゴリーについて、独自な
オブジェクトを含むことができる。すなわち遺伝子の同定のようなオブジェクトはその存在、不存在および／または遺伝子発現のレベルについてのカラムを有する。またリレーショナルデーターベースの横行は「組」とも呼ばれ、そして一般にそのカラムの値により定められる。リレーショナルデーターベースの内容における「ドメイン」は有効な値の範囲であり、カラムのような場を含むことができる。
【００４９】
本明細書で使用する「知識のドメイン」は、システムが作動する実験のエリア、例えばすべての生物医学データを指す。この多様なデータは、１つの分野または調査／研究にのみ精通している（１ドメイン）標準的な人が、一緒にすることはできない事柄を時折、連結することができるので、幾つかのドメインからデータ（例えば生物医学データおよびエンジニアリングデータ）を組み合わせることは有利であると指摘すべきである。「分散データーベース」とはネットワークの異なる点に分散または複製され得るデーターベースを指す。
【００５０】
「データ」および「情報」のような用語は、「情報」および「知識」のようにしばしば互換的に使用される。本明細書で使用する「データ」は、経験的測定値または測定値の組である最も基本的な単位である。データは情報の一助となるように処理されるが、基本的には情報から独立している。対照的に情報は興味から派生し、例えばデータ（単位）は、心血管疾患の危険性と相関し得る変数を見いだす目的で、民族性、性別、身長、体重、および食事について集めることができる。しかし同じデータを使用して式を開発するか、または食事の嗜好についての「情報」、すなわち特定の製品がスーパーマーケットでより良く売れる高い見込みを作成することができる。
【００５１】
本明細書で使用するように「情報」にはデータの組から生じるまたは引き出される数、文字、数の組、文字の組または結果を含むことができる。次いで「データ」は、情報の測定値または統計および基準単位である。また「情報」は、言葉、記号のような他の種類のデータ、非構造フリーテキストのようなテキスト、コード等を含むことができる。「知識」は、原因および効果をモデル化するために系に十分な理解を与える情報の組として大雑把に定義される。以前の例を拡大するために、人口統計学、性別およびこれまでの買い物に関する情報を使用して、食品販売に関する地域的マーケッティング戦略を開発し、一方、購買者による民族性に関する情報を製品の輸入のための指針として使用することができる。データ、情報および知識の間には厳密な境界が無いことに注目することは重要である：３つの用語は時折、等価と考えられる。一般に、データは調査から生じ、情報は相関から生じ、そして知識はモデル化から生じる。
【００５２】
本明細書で使用する「プログラム」または「コンピュータープログラム」とは、一般に特定のプログラミング言語の規則に従わせる統辞論単位を指し、そしてそれは特定の機能、作業または問題を解決または実行するために必要な「コードセグメント」に分けることができる宣言（ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ）および文（ｓｔａｔｅｍｅｎｔ）またはインストラクション（ｉｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ）からなる。プログラミング言語は一般にプログラムを記述する人工言語である。
【００５３】
本明細書で使用する「システム」または「コンピューターシステム」は、一般に１もしくは複数のコンピューター、端末装置およびデータ処理を行うソフトウェアを指す。「ユーザー」または「システムオペレーター」は一般に、データ処理および情報交換の目的で「ユーザーデバイス」（例えばコンピューター、無線デバイス等）を介してコンピューターネットワークを使用する人を含む。「コンピューター」は一般に、人の介入無しに膨大な数の計算操作および論理操作を含む実質的なコンピューター処理を行うことができる基本単位である。
【００５４】
本明細書で使用する「アプリケーションソフトウェア」または「アプリケーションプログラム」は、一般にアプリケーションのトラブルの解決に特異的なソフトウェアまたはプログラムを指す。「アプリケーションの問題」は、一般にエンドユーザーにより提起され、そしてその解決のための情報処理を必要とする問題である。
【００５５】
本明細書で使用する「自然言語」は、規則が特殊に記載されない現行使用に基づく、例えば英語、スペイン語または中国語を指す。本明細書で使用する「人工言語」は、規則がその使用前に実験的に確立された言語、例えばＣ、Ｃ＋＋、Ｊａｖａ、ＢＡＳＩＣ、ＦＯＲＴＲＡＮまたはＣＯＢＯＬのようなコンピュータープログラム言語を指す。
【００５６】
本明細書で使用する「統計的関連性」は、１もしくは複数のランキングスキームを使用することを指し（Ｏ／Ｅ比、強度等）、ここで関連性はそれが無作為の機会により期待されるよりも有意に頻繁に起こる場合に、統計的に関連性があると定められる。
【００５７】
本明細書で使用する「調和して（ｃｏｏｒｄｉｎａｔｅｌｙ）調節される遺伝子」または「転写モジュール」という用語は互換的に使用され、特異的遺伝子のグループ分けされた遺伝子発現プロファイル（例えば特異的遺伝子配列と関連したシグナル値）を指す。各転写モジュールは２つの重要なデータ部分（ｐｉｅｃｅ）、文献調査部分、および遺伝子マイクロアレイから得た実際の経験的な遺伝子発現値データと相関する。転写モジュールに選択された遺伝子の組は、遺伝子発現データの分析に基づく（上記のモジュール抽出アルゴリズム）。さらなる工程はＣｈａｕｓｓａｂｅｌ，Ｄ．＆  Ｓｈｅｒ，文献のプロファイリングによるマイクロアレイ発現データのマイニング（Ａ．Ｍｉｎｉｎｇ  ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｄａｔａ  ｂｙ  ｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ）．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ  ３，ＲＥＳＥＡＲＣＨ００５５（２００２），（ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅｂｉｏｌｏｇｙ．ｃｏｍ／２００２／３／１０／ｒｅｓｅａｒｃｈ／００５５）により教示され、関連の部分は引用により本明細書に編入され、そして発現データは目的の疾患または状態、例えば全身性エリテマトーデス、関節炎、リンパ腫、悪性腫瘍、黒色腫、急性感染、自己免疫障害、自己炎症障害等から得られる。
【００５８】
以下の表は文献調査部分、または転写モジュールへの貢献を開発するために使用されたキーワードの例を列挙する。当業者は他の用語を他の状態、例えば特異的な癌、特異的な感染性疾患、移植等に選択できると認識する。例えばＴ細胞活性化に関連する遺伝子およびこれらの遺伝子に関するシグナルを以下にモジュールＩＤ“Ｍ２．８”と記載し、ここで特定のキーワード（例えばリンパ腫、Ｔ細胞、ＣＤ４、ＣＤ８、ＴＣＲ、胸腺、リンパ系、ＩＬ２）は、重要なＴ細胞関連遺伝子、例えばＴ細胞表面マーカー（ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６）；リンパ系細胞により発現される分子（リンホトキシンベータ、ＩＬ−２誘導性Ｔ細胞キナーゼ、ＴＣＦ７；およびＴ細胞分化タンパク質ｍａｌ、ＧＡＴＡ３、ＳＴＡＴ５Ｂ）を同定するために使用された。次に完全なモジュールは、患者群からのデータをこれらの遺伝子と相関させることにより開発されて（平板、存在／不存在および／またはアップもしくはダウンレギュレーションにかかわらず）、転写モジュールが作成される。場合により、遺伝子プロファイルはこれらの疾患状態およびデータについていかなる特定の遺伝子クラスターとも合わないことがある（この時点で）が、特定の生理学的経路（例えばｃＡＭＰシグナル伝達、亜鉛フィンガータンパク質、細胞表面マーカー等）が「未決定」モジュール内に見いだされる。実際に、遺伝子発現データ組は、キーワードの調査と合わせる前に発現が調整された遺伝子を抽出するために使用でき、すなわちいずれかのデータ組を第２のデータ組と相互参照する前に相関させることができる。
【００５９】
【表５】
2009518041.tif 000007
【００６０】
【表６】
2009518041.tif 000008
【００６１】
【表７】
2009518041.tif 000009
【００６２】
生物学的定義
本明細書で使用する「アレイ」という用語は、支持体に１もしくは複数のペプチドまたは核酸プローブが結合した固体支持体または基体を指す。アレイは、異なる既知の位置の基体表面にカップリングされた典型的には１もしくは複数の異なる核酸またはペプチドプローブを有する。これらのアレイは、既知のゲノム、例えばヒトゲノムに基づき１０，０００；２０，０００、３０，０００または４０，０００種の異なる同定可能な遺伝子を有することができる「マイクロアレイ」、「遺伝子チップ」またはＤＮＡチップとも記載される。これらのパン−アレイ（ｐａｎ−ａｒｒａｙ）は、サンプル中で発現、または見いだされる全「トランスクリプトーム」または遺伝子の転写プール、例えばＤＮＡレプリコンの相補的組を作成するためにＲＴおよび／またはＲＴ−ＰＣＲにかけることができるＲＮＡ、ｍＲＮＡ等として発現される核酸を検出するために使用される。アレイは、非リトグラフおよび／またはフォトリトグラフ法および固相合成法の組み合わせを包含する機械
的合成法、光直接合成法等を使用して製造することができる。３マイクロメートルのビーズに結合した５０−ｍｅｒのオリゴヌクレオチドプローブを含むビーズアレイを使用することができ、ビーズは例えばガラススライドの表面でマイクロウェルに打ち込まれるか（ｌｏｄｇｅｄ  ｉｎｔｏ）、あるいは液相懸濁アレイ（例えばルミネックス（Ｌｉｍｉｎｅｘ）またはイルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ））の一部でよく、これは液相中のデジタルビーズアレイであり、そして「バーコード」が付いたガラス棒を検出および同定に使用する。
【００６３】
これら核酸アレイの合成のための様々な技術がこれまで記載されており、例えば事実上任意の形状の表面上またはさらに多表面上でも作成された。アレイはビーズ、ゲル、ポリマー表面、光ファイバーのようなファイバー、ガラスまたは任意の他の適切な基体上のペプチドまたは核酸であることができる。アレイは診断またはすべてを含むデバイスの他の操作を可能とする様式で包装されることができ、例えば本明細書に編入する米国特許第６，９５５，７８８号明細書、関連部分を参照にされたい。
【００６４】
本明細書で使用する用語「疾患」とは、細胞に任意の異常な生物学的状態がある生物の生理学的状態を指す。疾患には限定するわけではないが、遺伝的な、遺伝した、感染により生じた、異常な細胞機能、異常な細胞分裂等により生じた細胞、組織、身体機能、系または臓器の妨害、休止または障害を含む。「疾患状態」を導く疾患は、一般に生物系、すなわち疾患の宿主に対して有害である。本発明に関して、疾患または障害と関連する感染（例えばウイルス、バクテリア、真菌、寄生虫等）、炎症、自己炎症、自己免疫、アナフィラキシー、アレルギー、前悪性、悪性、外科的、移植、生理学的等のような任意の生物学的状態は、疾患状態と考えられる。病的状態は一般に疾患状態と等価である。
【００６５】
また疾患状態は、異なるレベルの疾患状態に分類することもできる。本明細書で使用するように、疾患または疾患状態のレベルは、疾患または疾患状態の進行、ならびに処置時、最中および後の生理学的応答を反映する任意の尺度である。一般に疾患または疾患状態はレベルまたは段階を経て進行し、ここで疾患の影響は次第に重篤になる。疾患状態のレベルはサンプル中の細胞の生理学的状態により影響を受け得る。
【００６６】
本明細書で使用する用語「治療」または「治療計画」は、疾患状態を緩和または改変するために取る医学的段階、例えば薬理学的、外科的、食事的および／または他の技術を使用して疾患の影響または症状を下げるか、または排除することを意図した過程を指す。治療計画には１もしくは複数の薬剤または外科治療の処方された投与を含むことができる。治療の多くは有益であり、そして疾患状態を下げるが、多くの場合、治療の効果は望ましくない作用、すなわち副作用を有する。また治療の効果は宿主の生理学的状態、例えば年齢、性別、遺伝子、体重、他の疾患状態等により影響され得る。
【００６７】
本明細書で使用する「薬理学的状態（ｓｔａｔｅ）」または「薬理学的状況（ｓｔａｔｕｓ）」という用語は、サンプル中の１もしくは複数の核酸の薬理学的状態に影響を及ぼすことができる１もしくは複数の薬剤、外科医術等で処置される、および／またはされたサンプル、例えば薬理学的介入により新たに転写、安定化かつ／または脱安定化されたサンプルを指す。サンプルの薬理学的状態は、薬剤処置の前、最中および／または後の生物学的状態の変化に関連し、そして本明細書に教示する診断的または予知的機能に役立つことができる。薬剤処置または外科的治療後の幾つかの変化は、疾患状態と関連するかもしれないし、かつ／または無関係な副作用であるかもしれない。薬理学的状態の変化は、治療期間、処方した薬剤の種類および用量、与える治療過程のコンプライアンスの程度、および／または摂取した処方以外の薬剤の結果であろう。
【００６８】
本明細書で使用する「生物学的状態」という用語は、発現の変化を分析するために単離
および精製した細胞サンプルのトランスクリプトーム（すなわちＲＮＡ転写産物の全集合）の状態を指す。生物学的状態は、細胞成分の量および／または活性の測定、形態学的表現型の特性決定、または転写産物の検出法の組み合わせによりサンプル中の細胞の生理学的状態を反映する。
【００６９】
本明細書で使用する「発現プロファイル」という用語は、ＲＮＡ、ＤＮＡまたはタンパク質の量（ａｂｕｎｄａｎｃｅ）または活性レベルの相対的量を指す。発現プロファイルは、例えば任意の数の方法による、および任意の数の遺伝子チップ、遺伝子アレイ、ビーズ、マルチプレックスＰＣＲ、定量的ＰＣＲ、ラン−オンアッセイ、ノーザンブロット分析、ウエスタンブロット分析、タンパク質発現、蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、化学発光実験、酵素アッセイ、増殖実験または市販されているものから容易に入手可能な遺伝子発現の測定および／または分析用の他の方法、装置および系を使用した、転写状態または翻訳状態の測定値であることができる。
【００７０】
本明細書で使用するサンプルの「転写状態」という用語には、サンプル中に存在するＲＮＡ種、特にｍＲＮＡの同一性および相対的量を含む。サンプルの全転写状態、すなわちＲＮＡの同一性および存在量の組み合わせを本明細書ではトランスクリプトームと呼ぶ。一般にサンプル中のＲＮＡ種の全組の全相対的成分の実質的画分が測定される。
【００７１】
本明細書で使用する「転写ベクター」、「発現ベクター」および「ゲノムベクター」（互換的に使用する）という用語は、「差次的に発現される遺伝子の比率」を反映する転写発現データを指す。例えば各モジュールについて、少なくとも２つの群（例えば健康な個体対患者）間で差次的に発現される転写産物の比率。このベクターは２つの群のサンプルの比較により引き出される。第１の分析工程は、各モジュール内で疾患に特異的な転写産物の組の選択に使用される。次いで「発現レベル」がある。所定の疾患に関する群の比較により、各モジュールについて差次的に発現される転写産物のリストが提供される。異なる疾患が異なるサブセットのモジュール転写産物を生じることが見いだされた。この発現レベルを用いて、次に差次的に発現されると同定された遺伝子の疾患特異的サブセットの発現値を平均することにより、１つのサンプルについて各モジュール（１もしくは複数）に関するベクターを算出することが可能である。この取り組みにより１つのサンプルについて、モジュール発現ベクターのマップ、例えば本明細書に開示するモジュールマップを作成することが可能となる。これらのベクターモジュールマップは、各サンプルについて誘導され得る各モジュールの平均化発現レベルを表す（差次的に発現される遺伝子の比に代わり）。これらの複合「発現ベクター」は、１）実験グループ全体で有意に変化したモジュール、および２）実験グループ全体で有意に変化したこれらモジュール内の遺伝子を連続して選択することを介して形成される。引き続き発現レベルは、転写産物を形成するベクターのサブセットについて得られた値を平均化することにより引き出される。次いで患者のプロファイルは、これら各ベクターについて得られた発現レベルをグラフにプロットすることにより表すことができる（例えばラダープロット上）。したがって、１組のベクターが２回の選択、１回目はモジュールレベル、そして次に遺伝子レベルから生じる。ベクター発現値は、転写産物を形成するベクターの平均発現値から引き出されるように構築される。
【００７２】
本発明を使用して、モジュールレベルだけでなく、遺伝子レベルでも疾患を同定し、そして識別することが可能であり；すなわち２つの疾患は同じベクターを有することができるが（同一比の差次的に発現される転写産物、同一「極性」）、それでも発現ベクターの遺伝子組成は疾患特異的となり得る。この疾患特異的なニーズに合わせた改造により、使用者はその特異性を上げることにより与えられたマーカーの組の性能を至適化することができる。
【００７３】
土台としてモジュールを使用することは、発現ベクターにノイズが最少量で含まれる整合性のある機能的な転写単位を与える。さらに本発明は複合転写マーカーを利用する。本明細書で使用する「複合転写マーカー」という用語は、マーカーとして個別の遺伝子を使用することに比べて、複数の遺伝子（モジュールのサブセット）の平均発現値を指す（そしてこれらマーカーの組成は、疾患特異的であることができる）。複合転写マーカー法は、使用者が例えばＳＬＥ患者の疾患重篤度を評価するために、または本明細書に開示する発現ベクターを引き出すために多変量マイクロアレイスコアを開発できるので独自である。発現ベクターが複合的であるという事実（すなわち、転写産物の組み合わせにより形成される）は、さらにこれらマーカーの安定性に貢献する。最も重要であるのは、本発明の複合モジュール転写マーカーを使用して、本明細書で見いだされた結果がマイクロアレイ平板全体で再現性があり、これにより調節承認の大きな信頼性を提供することが見いだされた点である。実際、ベクター発現値はマイクロアレイ平板全体で得られる優れた再現性により；ならびに独立した組の小児狼瘡患者で得られる検証結果により示されるように極めて強いことが証明された。これらの結果はマイクロアレイデータの信頼性を向上することが、臨床的実践においてこの技術の広く知られた使用に欠くことができないため重要である（例えばＦＤＡ  ＭＡＱＣプログラムを参照にされたい。これはアレイ平板全体の再現性を確立することを目的としている）。
【００７４】
本発明と一緒に使用するための遺伝子発現モニタリングシステムには、１もしくは複数の標的疾患に特異的および／またはカスタマイズされた限定数および／または基本数の遺伝子を有するカスタマイズされた遺伝子アレイを含むことができる。通常使用されている一般的なパン−ゲノムアレイとは異なり、本発明は特異的平板を使用することを必要としない過去の遺伝子およびゲノム分析用の一般的パン−アレイの使用を提供するだけでなく、より重要なことは、数千もの他の無関係遺伝子を必要としない分析に最適な遺伝子組を提供するカスタマイズされたアレイの開発を提供する。既存の技術に優る本発明の至適化されたアレイおよびモジュールの１つの明らかな利点は、経費の削減（例えばアッセイ毎の、材料、装置、時間、人的、訓練等の経費）であり、そしてさらに重要なことは、ほとんどのデータが無関係であるパン−アレイを製造するための環境的経費の削減である。本発明のモジュールは、単純な設計、シグナル対ノイズ比を最大にすると同時に最少数のプローブで最適なデータを提供するカスタムアレイを初めて可能にする。分析のための遺伝子総数を削減することにより、例えばほとんど無関係な膨大な量のデータを提供するパン−遺伝子チップの製造中に、フォトリトグラフィー用の数千もの高価な白金マスクを製造する必要性を削減することが可能である。本発明を使用して、本発明の限定されたプローブ組（１もしくは複数）はデジタル光化学アレイ、ボールビーズアレイ、ビーズ（例えばＬｕｍｉｎｅｘ）、マルチプレックスＰＣＲ、定量的ＰＣＲ、ラン−オンアッセイ、ノーザンブロット分析、あるいはさらにタンパク質の分析は例えばウエスタンブロット分析、２Ｄおよび３Ｄゲルタンパク質発現、ＭＡＬＤＩ、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ、蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）（細胞表面または細胞内）、酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、化学発光実験、酵素アッセイ、増殖実験または市販されているものから容易に入手可能な遺伝子発現の測定および／または分析用の任意の他の方法、装置および系と一緒に使用されれば、マイクロアレイの必要性を完全に回避することが可能である。
【００７５】
本発明の「分子のフィンガープリンティング系」は、異なる細胞または組織、同じ細胞または組織の異なる部分集合、同じ細胞または組織の異なる生理学的状態、同じ細胞または組織の異なる発達段階、あるいは同じ組織の異なる細胞群における発現を、他の疾患および／または正常な細胞対照に対して比較分析することを容易にし、そして行うために使用することができる。幾つかの場合では、正常または野生型発現データは、同時もしくはほぼ同時に分析したサンプルに由来してよく、あるいはそれは既存の遺伝子アレイ発現データベース、例えばＮＣＢＩ遺伝子発現多目的データベースのような公的なデータベース
から得た、または集めた発現データでよい。
【００７６】
本明細書で使用するように、用語「差次的に発現する」とは、２以上のサンプル、例えば疾患のサンプルと正常サンプルとの間で変動する細胞の構成成分（例えば核酸、タンパク質、酵素活性等）の測定値を指す。細胞の構成成分はオンもしくはオフ（存在もしくは不存在）、参照に対してアップレギュレートされるか、または参照に対してダウンレギュレートされることができる。遺伝子チップまたは遺伝子アレイを用いた使用には、核酸、例えばｍＲＮＡまたは他のＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ等）の差次的遺伝子発現を使用して、細胞型または核酸間を識別することができる。最も普通には、細胞の転写状態の測定は、定量的逆転写酵素（ＲＴ）および／または定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ゲノム発現分析、翻訳後分析、ゲノムＤＮＡに対する修飾、トランスロケーション、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション等によりなされる。
【００７７】
幾つかの疾患状態には、特に疾患状態の初期レベルで細胞または形態学的差異を同定することが可能である。本発明は、細胞そのもの自体の遺伝子のモジュールを調べることにより、さらに重要なことには細胞の通常の生理学的内容、すなわち免疫賦活化、免疫寛容またはさらに免疫アネルギーで作用している免疫エフェクター細胞に由来する遺伝子の細胞性ＲＮＡの発現を調べることにより、それら特異的変異または１もしくは複数の遺伝子を同定する必要性を回避する。遺伝的変異は遺伝子群の発現レベルに劇的な変化を生じることができるが、生物系はしばしば他の遺伝子の発現を改変することにより変化を補償する。これらの内部補償応答の結果として、多くの混乱（ｐｅｒｔｕｒｂａｔｉｏｎ）は系において観察可能な表現型の効果が最少かもしれないが、細胞の構成成分の組成には顕著な効果を有する可能性がある。同様に、遺伝子転写産物の実際のコピーは増加も減少もしないかもしれないが、転写産物の寿命もしくは半減期が影響を受けて、タンパク質生産を大きく増加させる可能性がある。本発明は１つの態様では、１つのメッセージおよび／または変異よりもむしろエフェクター細胞（例えば白血球、リンパ球および／またはそれらの亜群）に注目することにより、実際のメッセージを検出する必要を排除する。
【００７８】
当業者は、サンプルが例えば単一細胞、細胞集団、組織、細胞培養物等を含む様々な供給源から得ることができると直ちに考えるだろう。特定の場合、例えば尿、血液、唾液、組織または生検サンプル等に見いだされる細胞から十分なＲＮＡを単離することさえ可能となり得る。特定の状況では、十分な細胞および／またはＲＮＡを：粘膜分泌物、糞、涙、血漿、腹腔液、間質液、硬膜液、脳脊髄液、汗または他の体液から得ることができる。核酸供給源、例えば組織もしくは細胞の供給源には、組織生検サンプル、１もしくは複数の分類した細胞群、細胞培養物、細胞クローン、形質転換細胞、生検材料または単一細胞を含む。組織供給源には、例えば脳、肝臓、心臓、腎臓、肺、脾臓、網膜、骨、神経系、リンパ節、内分泌腺、生殖器、血液、神経、脈管組織および臭覚上皮を含むことができる。
【００７９】
本発明は、単独または組み合わせて使用できる以下の基本的構成要素、すなわち１もしくは複数のデータマイニングアルゴリズム：１もしくは複数のモジュール−レベルの分析プロセス；血中白血球の転写モジュールの特性決定；ヒトの疾患の分子的診断／予知のための多変数分析における総（ａｇｇｒｅｇａｔｅｄ）モジュールデータの使用；および／またはモジュール−レベルのデータおよび結果の視覚化を含む。本発明を使用して、さらに１つの多変数スコアに集めることができる複合転写マーカーを開発および分析することも可能である。
【００８０】
データ獲得速度の爆発的急増も、マイクロアレイデータおよび生物医学的知識を活用するためのマイニングツールおよびアルゴリズムの開発に拍車をかけた。転写系のモジュラ
ー組織および機能を暴露する目的の取り組みは、疾患の強固な分子的兆候の同定に有望な方法を構成する（１４−１６，１７）。実際にそのような分析は、大規模な転写実験の概念を、個々の遺伝子のレベルまたは遺伝子のリストを越えたマイクロアレイデータの概念化を取ることにより転換することができる。
【００８１】
本発明者は、現在のマイクロアレイに基づく調査が、評判の悪い「ノイズが高い」データ分析、すなわちデータは解釈が難しく、そして研究室および平板全体で十分に比較できないという重大な難題に直面していることを認識した。マイクロアレイデータの分析に広く受け入れられている取り組みは、実験群の間で差次的に発現する遺伝子のサブセットの同定から始まる。次いで使用者は引き続き、パターン発見アルゴリズムおよび既存の科学的知識を使用して生じた遺伝子リストに「意味を見いだす」。
【００８２】
平板全体で膨大な変数を扱うというよりは、むしろ本発明者は分析の初期段階で生物学的に関連する遺伝子の選択を強調する方法を開発した。簡単に説明すると、この方法は所定の生物学的系を特徴付ける転写成分の同定を含み、このために改善されたデータマイニングアルゴリズムが開発され、大きなデータの集合から調和して発現される遺伝子または転写モジュールの群を分析、そして抽出した。
【００８３】
本明細書に記載するバイオマーカー発見法は、全体的規模で得たマイクロアレイデータの活用に特によく適している。〜４４，０００個の転写産物から始めて、５０００に近い転写産物からなる２８組のモジュールが定められた。次いで疾患特異的複合発現ベクターの組が誘導された。ベクター発現値（発現ベクター）は、マイクロアレイ平板全体をわたり得られる優れた再現性により示されるように極めて強固である。この知見はマイクロアレイデータの信頼性を向上することが臨床的実践においてこの技術の広く知られた用途に欠くことができないため重要である。最後に発現ベクターは次いで独自の多変量スコアを得るために合わせられることができ、したがって主流の臨床的実践と適合性がある状態の結果を送る。興味深いことに、多変量スコアは個々のマーカーにおける変化よりもむしろ全体的なパターンの変化を再現する。そのような「全体的バイオマーカー」の開発は、診断および薬理ゲノミクス分野の両方で有用となることができる。
【００８４】
１例では、４７４２個のプローブ組にさらにグループ分けされる２８個の転写モジュールが２３９個の血中白血球転写プロファイルから得られた。これらのモジュールを形成する遺伝子間の機能的収束（ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｃｅ）は、文献のプロファイリングを介して証明された。第２段階は、モジュール基準つ転写系の混乱（ｐｅｒｔｕｒｂａｔｉｏｎ）を実験することからなる。この概念を具体的に説明するために、健康な有志および患者から得た白血球転写プロファイルを得、比較し、そして分析した。さらにこの遺伝子フィンガープリンティング法の検証は、公開されているマイクロアレイのデータセットの分析を介して得た。注目すべきは、既存のデータを使用した本発明のモジュラー転写装置、システムおよび方法が、２つの市販されているマイクロアレイ平板全体で高度な再現性を示した点である。
【００８５】
本発明は転写系のモジュラー分析用に設計された広い応用性の２段階のマイクロアレイデータマイニング法の実行を含む。この新規取り組みは、血中白血球の転写的兆候を特徴付けるために使用され、これは臨床的に関連性のある情報の最もアクセス可能な供給源を構成する。
【００８６】
本明細書で証明するように、たとえベクターが２つの疾患について同一（＋／＋）（例えばＳＬＥおよびＦＬＵの両方についてＭ１．３＝５３％低下）でも、各ベクターの組成はそれらを区別するために使用できるので、２つのベクターに基づき２つの疾患の間を測定し、示差し、かつ／またはそれらを識別することが可能である。例えば差次的に発現さ
れる転写産物の比率および極性がＭ１．３の２つの疾患の間で同一であっても、遺伝子組成は疾患特異的となり得る。遺伝子レベルおよびモジュールレベルの分析を組み合わせることにより、解像度がかなり上昇する。さらに２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、２８以上のモジュールを使用して、疾患を区別することが可能である。
【００８７】
用語「遺伝子」は、ポリペプチド（例えば）、前駆体またはＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）の生産に必要なコード配列を含む核酸（例えばＤＮＡ）配列、を指す。ポリペプチドは完全長のコード配列により、または完全長または断片の所望の活性または機能的特性（例えば酵素活性、リガンド結合、シグナル伝達、免疫原性等）が保持される限り、コード配列の任意の部分によりコードされることができる。またこの用語は、構造遺伝子のコード領域および遺伝子が完全長のｍＲＭＡおよび遺伝子の転写特性に影響を及ぼす５’調節配列に対応するように、コード領域に５’および３’の両端で、各々の末端に約２ｋｂ以上離れて隣接して配置された配列を包含する。コード領域の５’に位置し、そしてｍＲＮＡ上に存在する配列は、５’−非翻訳配列と称する。５’−非翻訳配列は通常、調節配列を含む。コード領域の３’または下流に位置し、そしてｍＲＮＡ上に存在する配列は、３’−非翻訳配列と称する。用語「遺伝子」は、ｃＤＮＡおよび遺伝子のゲノム状態の両方を包含する。遺伝子のゲノム形またはクローンは、「イントロン」または「介在領域」または「介在配列」と呼ばれる非−コード配列に中断されているコード領域を含む。イントロンは核のＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）に転写される遺伝子のセグメントであり；イントロンはエンハンサーのような調節要素を含んでよい。イントロンは核または１次転写産物から除去または「スプライス」される；故にイントロンはメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）転写産物中には不存在である。翻訳中、ｍＲＮＡは発生期のポリペプチド中のアミノ酸の配列または順序を特定するように機能する。
【００８８】
本明細書で使用する用語「核酸」は、限定するわけではないがＤＮＡ、ｃＤＮＡおよびＲＮＡを含む任意の核酸含有分子を指す。特に用語「表Ｘ中の遺伝子」は、以下に見いだされるような特定の表に列挙される少なくとも１つの部分または完全長の配列を指す。さらに遺伝子はゲノム形態、すなわち１もしくは複数のイントロンを含む形態でも見いだすか、または検出することができる。ゲノム形態の遺伝子は、ＲＮＡ転写産物に存在するコード配列の５’および３’末端の両方に配置される配列も含むことができる。これらの配列は「フランキング」配列または領域と称する。５’フランキング領域は、遺伝子の転写を制御し、またはそれに影響を及ぼすプロモーターおよびエンハンサーのような調節配列を含むことができる。３’フランキング領域は、転写終結、転写後開裂、ｍＲＮＡの安定性およびポリアデニル化に影響を及ぼす配列を含むことができる。
【００８９】
本明細書で使用する「野生型」とは、自然に存在する供給源から単離された遺伝子または遺伝子産物を指す。野生型遺伝子は、集団中で最も頻繁に観察されるものであり、したがって任意に遺伝子の「標準」または「野生型」と命名される。対照的に、用語「修飾された」または「変異体」とは、野生型または遺伝子産物と比較した時、配列および／または機能的特性に修飾（すなわち、改変された特性）を表す遺伝子または遺伝子産物を指す。自然に存在する変異体を単離できることに注目されたい：これらは野生型遺伝子または遺伝子産物と比較した時、それらが改変された特性（改変された核酸配列を含む）を有するという事実により同定される。
【００９０】
本明細書で使用する「多型」とは、単一の交配群で常に、および同時に遺伝子の２以上に対立遺伝子が生じることを指し、ここで異例（ｒａｒｅｒ）な対立遺伝子の頻度は再発する突然変異のみにより説明できるより高い（典型的には１％より高い）。
【００９１】
本明細書で使用する用語「をコードする核酸分子」、「をコードするＤＮＡ配列」および「をコードするＤＮＡ」とは、デオキシリボ核酸の鎖に沿ったデオキシリボヌクレオチ
ドの順序または配列を指す。これらのデオキシリボヌクレオチドの順序は、ポリペプチドタンパク質鎖に沿ったアミノ酸の順序を決定する。このようにＤＮＡ配列はアミノ酸配列をコードする。
【００９２】
本明細書で使用する用語「相補的」または「相補性」は、塩基対の法則により関連付けられたポリヌクレオチドに関して使用される（すなわちヌクレオチドの配列）。例えば配列「Ａ−Ｇ−Ｔ」は配列「Ｔ−Ｃ−Ａ」に相補的である。相補性は「部分的」でよく、ここで幾つかの核酸塩基のみが塩基対の法則に従い対合する。すなわち核酸間の「完全」または「全」相補性が存在してよい。核酸鎖間の相補性の程度は、核酸鎖間のハイブリダイゼーションの効率および強さに有意な効果を有する。これは増幅反応、ならびに核酸間の結合に依存する検出法に特に重要である。
【００９３】
本明細書で使用する用語「ハイブリダイゼーション」は、相補的な核酸の対合に関して使用する。ハイブリダイゼーションおよびハイブリダイゼーションの強度（すなわち核酸間の会合の強度）は、核酸間の相補性の程度、関与する条件のストリンジェンシー、形成するハイブリッドのＴｍ、および核酸内のＧ：Ｃ比のような因子に影響を受ける。その構造内に対合する相補的核酸を含む単一分子は、「セルフ−ハイブリダイズ」すると言われる。
【００９４】
本明細書で使用する用語「ストリンジェンシー」は、温度、イオン強度のような条件および有機溶媒のような他の化合物の存在に関して使用され、この下で核酸のハイブリダイゼーションが行われる。「低ストリンジェンシー条件」下で、目的の核酸配列はその正確な相補鎖、１つの塩基誤対合がある配列、緊密に関連する配列（例えば、９０％以上の相同性がある配列）および部分的な相同性のみを有する配列（例えば５０〜９０％の相同性がある配列）にハイブリダイズする。「中程度のストリンジェンシー条件」下で、目的の核酸配列はその正確な相補鎖、１つの塩基誤対合がある配列および緊密に関連する配列（例えば９０％以上の相同性がある配列）にのみにハイブリダイズする。「高いストリンジェンシー条件」下で、目的の核酸配列はその正確な相補鎖、および（温度のような条件に依存し）１つの塩基誤対合がある配列にのみにハイブリダイズする。換言すると、高いストリンジェンシー条件下では温度を上げて、１つの塩基誤対合がある配列へのハイブリダイゼーションを排除することができる。
【００９５】
本明細書で使用する「プローブ」とは、精製された制限酵素消化物の状態のような自然に存在するか、または合成的、組換え的、もしくはＰＣＲ増幅により生産されているにせよオリゴヌクレオチド（すなわちヌクレオチドの配列）を指し、これは目的の別のオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる。プローブは単鎖または二本鎖でよい。プローブは特定の遺伝子配列の検出、同定および単離に有用である。本発明で使用する任意のプローブは、限定するわけではないが酵素（例えばＥＬＩＳＡならびに酵素に基づく組織化学的アッセイ）、蛍光、放射性、発光系等を含む任意の検出系で検出できるように、任意の「レポーター分子」で標識することができる。本発明はいかなる特定の検出系または標識にも限定されないことを意図している。
【００９６】
本明細書で使用する用語「標的」は、プライマーにより結合される核酸の領域を指す。すなわち「標的」には他の核酸配列から分類されることが求められる。「セグメント」は標的配列中の核酸の領域と定義される。
【００９７】
本明細書で使用する用語「サザンブロット」とは、ＤＮＡをサイズに従い分画し、続いてＤＮＡをゲルからニトロセルロースまたはナイロン膜のような固体支持体に移すためのアガロースまたはアクリルアミドゲルでのＤＮＡの分析を指す。次いで固定化ＤＮＡは、標識されたプローブで釣り上げられ（ｐｒｏｂｅｄ）、使用したプローブに相補的なＤＮ
Ａ種を検出する。ＤＮＡは電気泳動前に制限酵素で開裂され得る。電気泳動後、ＤＮＡは部分的に脱プリン化され、そして固体支持体に移される前または最中に変性される。サザンブロットは分子生物学の標準的ツールである（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，モレキュラークローニング：ア  ラボラトリーマニュアル（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ）、コールドスプリングハーバー出版、ニューヨーク、ｐｐ９．３１〜９．５８、１９８９）。
【００９８】
本明細書で使用する用語「ノーザンブロット」とは、ＲＮＡをサイズに従い分画し、続いてＲＮＡをゲルからニトロセルロースまたはナイロン膜のような固体支持体に移すためのアガロースゲルでのＲＮＡの電気泳動による分析を指す。次いで固定化ＲＮＡは、標識されたプローブで釣り上げられ（ｐｒｏｂｅｄ）、使用したプローブに相補的なＲＮＡ種が検出される。ノーザンブロットは分子生物学者の標準的ツールである（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．同上、ｐｐ７．３９〜７．５２、１９８９）。
【００９９】
本明細書で使用する用語「ウエスタンブロット」とは、ニトロセルロースまたは膜のような支持体に固定化されたタンパク質（１もしくは複数）（またはポリペプチド）の分析を指す。タンパク質をアクリルアミドゲル上に流してタンパク質を分離し、続いてタンパク質をゲルからニトロセルロースまたはナイロン膜のような固体支持体に移す。次いで固定化されたタンパク質は、目的の抗原と反応性の抗体に暴露される。抗体の結合は放射標識抗体の使用を含め、様々な方法により検出される。
【０１００】
本明細書で使用する用語「ポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）は、Ｋ．Ｂ．Ｍｕｌｌｉｓ（引用により編入する米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，６８３，２０２号および同第４，９６５，１８８号明細書）の方法を指し、これはクローニングまたは精製無しでゲノムＤＮＡの混合物中に標的配列のセグメントの濃度を上げる方法を記載する。標的配列を増幅するこのプロセスは、大過剰の２つのオリゴヌクレオチドプライマーを、所望の配列を含むＤＮＡ混合物に導入すること、続いてＤＮＡポリメラーゼの存在下での正確な順序の熱循環からなる。２つのプライマーは、二本鎖標的配列のそれらの各鎖に相補的である。増幅を行うために、混合物を変性させ、そして次いでプライマーを標的分子内のそれらの相補配列にアニーリングさせる。アニーリング後、プライマーは新規の相補鎖対が形成するようにポリメラーゼで延長される。変性、プライマーのアニーリングおよびポリメラーゼ延長の工程は、所望する標的配列が増幅された高濃度のセグメントを得るために、多数回反復することができる（すなわち変性、アニーリングおよび延長は１回の「サイクル」を構成し；多数の「サイクル」が存在できる）。所望の標的配列の増幅したセグメントの長さは、互いにプライマーの相対的位置により決定され、したがってこの長さは制御可能なパラメーターである。この反復する工程の観点により、この方法は「ポリメラーゼ連鎖反応」（今後「ＰＣＲ」と呼ぶ）と呼ばれる。標的配列の所望する増幅したセグメントは、混合物中で優勢な配列（濃度という意味で）となるので、それらは「ＰＣＲで増幅された」と言う。
【０１０１】
本明細書で使用する用語「ＰＣＲ産物」、「ＰＣＲ断片」および「増幅産物」とは、２サイクル以上の変性、アニーリングおよび延長のＰＣＲ工程が完了した後に生じる化合物の混合物を指す。これらの用語は、１もしくは複数の標的配列を１もしくは複数のセグメントの増幅があった場合を指す。
【０１０２】
本明細書で使用する用語「リアルタイムＰＣＲ」は、反応の完了後に対して増幅が反応中に測定される様々なＰＣＲの応用を指す。本発明のリアルタイムＰＣＲの態様に適する試薬には、限定するわけではないがＴａｑＭａｎプローブ、分子ビーコン、スコルピオン（Ｓｃｏｒｐｉｏｎｓ）プライマーまたは二本鎖ＤＮＡ結合色素を含む。
【０１０３】
本明細書で使用する用語「転写のアップレギュレーション」、「過剰発現」および「過剰発現される」とは、ＤＮＡ鋳型を使用してＲＮＡポリメラーゼによるＲＮＡの合成の増加を指す。例えば本発明の方法を参照にして使用する場合、用語「転写のアップレギュレーション」は、ＳＬＥに対する素因がない個体に由来するサンプル中で検出されるものと比較した時、ＳＬＥに対して素因がある個体に由来するサンプル中に検出される目的遺伝子に対応するｍＲＮＡの量に、約１倍、２倍、２〜３倍、３〜１０倍およびさらに１０倍より高い増加を指す。しかし系および評価は十分特異的であり、検出される発現で要求される変化はその２倍未満未満である。さらに発現の変化は、細胞レベルでよく（単一の細胞または細胞群内の発現における変化）、あるいは組織レベルで評価されてもよく、ここでは遺伝子を発現している多くの細胞中に変化がある。組織の分析の内容において、遺伝子発現の変化は遺伝子活性の調節または細胞組成における相対的変化のいずれかによることができる。特に有用な差異は、統計的に有意であるものである。
【０１０４】
逆に用語「転写のダウンレギュレーション」、「抑制発現（ｕｎｄｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）」および「抑制発現される（ｕｎｄｅｒｅｘｐｒｅｓｓｅｄ）」という用語は互換的に使用され、そしてＤＮＡ鋳型を使用してＲＮＡポリメラーゼによるＲＮＡの合成の減少を指す。例えば本発明の方法を参照にして使用する場合、用語「転写のダウンレギュレーション」は、ＳＬＥのような状態に対する素因がない個体に由来するサンプル中で検出されるもの、または野生型および／または正常対照、例えば線維筋痛症に関する情報のデータベースと比較した時、ＳＬＥに対して素因がある個体に由来するサンプル中に検出される目的遺伝子に対応するｍＲＮＡの量に、少なくとも１倍、２倍、２〜３倍、３〜１０倍および１０倍より高い減少を指す。ここでも系および評価は十分特異的であり、検出される発現で要求される変化はその２倍未満である。特に有用な差異は、統計的に有意であるものである。
【０１０５】
転写の「アップレギュレーション」／過剰発現、および転写の「ダウンレギュレーション」／抑制発現の両方とも、目的遺伝子に対応する翻訳産物またはタンパク質レベルの測定を介して間接的にモニタリングすることができる。本発明は転写のアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションに関するいかなる所定のメカニズムにも限定されない。
【０１０６】
本明細書で使用する用語「真核細胞」は、膜に結合し、構造的に別個の核および他の十分に発達した細胞下区画を持つ細胞または生物を指す。真核生物には、ウイルス、バクテリアおよび藍藻を除くすべての生物を含む。
【０１０７】
本明細書で使用する用語「インビトロ転写」は、プロモーターを含む精製されたＤＮＡ鋳型、リボヌクレオチド三リン酸、還元剤およびカチオン、例えばＤＴＴおよびマグネシウムイオンを含むバッファー系、および適切なＲＮＡポリメラーゼを含んでなる転写反応を指し、これは生きている細胞または生物の外側で行われる。
【０１０８】
本明細書で使用する用語「増幅試薬」は、プライマー、核酸鋳型および増幅酵素を除き、増幅に必要な試薬（デオキシリボヌクレオチド三リン酸、バッファー等）を指す。典型的には増幅試薬は他の反応成分と一緒に、反応容器（試験管、マイクロウェル等）に置かれ、そして含まれる。
【０１０９】
本明細書で使用する用語「診断」とは、疾患の症例の性質を決定すること指す。本発明の幾つかの態様では、ＳＬＥの決定を可能にする診断を作成する方法が提供される。
【０１１０】
本発明は疾患の進行および／または患者の管理をモニタリングするために単独で、または疾患療法と組み合わせて使用することができる。例えば患者は１もしくは複数回検査さ
れて、処置の最適な過程を決定し、処置が意図する医学効果を有するかどうか、患者が特定の治療およびその組み合わせの候補となるかどうかを決定することができる。当業者は１もしくは複数の発現ベクターが１もしくは複数の疾患の指標となり得、そして急性または慢性の他の状態により影響を受け得ることを認識している。
【０１１１】
本明細書で使用する用語「薬理遺伝学試験」とは、例えば薬剤吸収および素因（薬物動態学）または薬剤作用（薬力学）に関連するＤＮＡ配列中の個体内変動を実験することを意図するアッセイを指し、これには機能、例えば輸送、代謝酵素、受容体および他のタンパク質をコードする１もしくは複数の遺伝子の多型の変化を含むことができる。
【０１１２】
本明細書で使用する用語「薬理ゲノミック試験」とは、全ゲノムまたは候補遺伝子における個体内変化、例えば単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）マップまたはハプロタイプマーカー、ならびに薬理学的機能および治療的応答と相関し得る遺伝子発現の改変または不活性化を実験するために使用するアッセイを指す。
【０１１３】
本明細書で使用する「発現プロファイル」とは、複数の細胞構成成分の相対的量（ａｂｕｎｄａｎｃｅ）の測定を指す。そのような測定には、例えばＲＮＡまたはタンパク質量または活性レベルを含むことができる。発現プロファイルは例えば転写状態または翻訳状態の尺度であることができる。引用により本明細書に編入する米国特許第６，０４０，１３８号、同５，８００，９９２号、同第６，０２０，１３５号、同第６，０３３，８６０号明細書の関連部分を参照にされたい。遺伝子発現モニタリング系は、核酸プローブアレイ、膜ブロット（ノーザン、サザン、ドット等のようなハイブリダイゼーション分析に使用するような）、またはマイクロウェル、サンプル管、ゲル、ビーズまたはファイバー（または結合した核酸を含んでなる任意の固体支持体）を含む。例えば引用により本明細書に編入する米国特許第５，７７０，７２２号、同５，８７４，２１９号、同第５，７４４，３０５号、同第５，６７７，１９５号および同第５，４４５，９３４号明細書の関連部分を参照にされたい。遺伝子発現モニタリング系は溶液状の核酸プローブも含んでなることができる。
【０１１４】
本発明の遺伝子発現モニタリング系は、異なる細胞もしくは組織、同じ細胞もしくは組織の異なる部分集団、同じ細胞もしくは組織の異なる生理学的状態、同じ細胞もしくは組織の異なる発達段階、または同じ組織の異なる細胞集団の発現の比較分析を容易にするために使用できる。
【０１１５】
本明細書で使用する用語「差次的（ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ）に発現される」とは、２以上のサンプルで変動する細胞成分の測定を指す。細胞成分は、試験サンプル中で参照に対してアップレギュレートされるか、あるいは試験サンプル中で１もしくは複数の参照に対してダウンレギュレートされる。差次的遺伝子発現はまた、細胞型または核酸間を識別するためにも使用することができる。引用により本明細書に編入する米国特許第５，８００，９９２号明細書の関連部分を参照にされたい。
【０１１６】
治療または治療的処方：疾患状態を緩和または改変するために、治療または治療的処方がしばしば行われる。本明細書で使用する治療または治療的処方は、疾患の影響または症状を減らすか、または排除することを意図する処置の過程を指す。治療的処方は典型的には、１もしくは複数の薬剤の処方された投薬または外科医術を含んでなるが、これらに限定されない。治療は理想的には有益であり、そして疾患状態を減らすが、多くの場合、治療の効果には望ましくない副作用もある。治療の効果はサンプルの生理学的状態によっても影響を受けるだろう。
【０１１７】
モジュールは異なる「転写挙動」を提示する。これは広く、同時発現する遺伝子が機能
的に関連していると考えられている。この「連合による活性化（ｇｕｉｌｔ  ｂｙ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）」の概念は、遺伝子が多くのサンプルにわたり複雑な発現パターンに従う場合に特に強要されている（ｃｏｍｐｅｌｌｉｎｇ）。本発明者は転写モジュールが整合的な生物学的単位を形成し、したがって我々の初期のデータセットで同定された同時発現特性が独立したサンプルの組で保存されると予想した。データは２１名の健康な有志の血液から単離したＰＢＭＣについて得た。これらのサンプルは上記のモジュール選択プロセスでは使用しなかった。
【０１１８】
Ｍ１．２に高度に特異的なキーワードには、血小板、凝集または血栓症を含み、そしてＩＴＧＡ２Ｂ（インテグリンアルファ２ｂ、血小板糖タンパク質ＩＩｂ）、ＰＦ４（血小板因子４）、ＳＥＬＰ（セレクチンＰ）およびＧＰ６（血小板糖タンパク質６）のような遺伝子に関連した。
【０１１９】
Ｍ１．３に高度に特異的なキーワードには、Ｂ細胞、免疫グロブリンまたはＩｇＧを含み、そしてＣＤ１９、ＣＤ２２、ＣＤ７２Ａ、ＢＬＮＫ（Ｂ細胞リンカータンパク質）、ＢＬＫ（Ｂリンパ球チロシンキナーゼ）およびＰＡＸ５（ペアードボックス遺伝子５、Ｂ細胞系特異的アクチベーター）のような遺伝子に関連した。
【０１２０】
Ｍ１．５に高度に特異的なキーワードには単球、樹状突起の、ＣＤ１４またはＴｏｌｌ様を含み、そしてＭＹＤ８８（ミエロイド分化一次応答遺伝子８８）、ＣＤ８６、ＴＬＲ２（Ｔｏｌｌ様受容体２）、ＬＩＬＲＢ２（白血球免疫グロブリン様受容体Ｂ２）およびＣＤ１６３のような遺伝子と関連した。
【０１２１】
Ｍ３．１に高度に特異的なキーワードには、インターフェロン、ＩＦＮ−アルファ、抗ウイルスまたはＩＳＲＥを含み、そしてＳＴＡＴ１（シグナル伝達および転写１のアクチベータ）、ＣＸＣＬ１０（ＣＸＣケモカインリガンド  １０、ＩＰ−１０）、ＯＡＳ２（オリゴアデニル酸シンテターゼ２）およびＭＸ２（ミクソウイルス耐性２）のような遺伝子に関連した。
【０１２２】
この用語の存在の対比パターンは、各モジュールの注目すべき機能的整合性を表す。同定されたすべてのモジュールについて文献から抽出された情報は、転写レベルでＰＢＭＣ系の包括的な機能的特性決定を可能とする。２８のサンプルの各ＰＢＭＣ転写モジュールについて同定された機能的関連の説明を表２に提供する。
【０１２３】
【表８】
2009518041.tif 000010
【０１２４】
【表９】
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【０１２５】
【表１０】
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【０１２６】
【表１１】
2009518041.tif 000013
【０１２７】
本発明は、モジュールレベルのマイクロアレイデータ分析法の手段および免疫転写ベクターの特性決定の実行を含む。血中白血球転写プロファイルのモジュールの分解は、疾患の病因の理解を改善し、例えば黒色腫および肝移植受容体の患者に共通する免疫抑制のサインの同定を導く。本明細書では、免疫転写ベクターが診断マーカーおよび疾患の重篤度の指標として使用できることが証明される。
【０１２８】
従来技術のマイクロアレイデータマイニング法。「従来の」マイクロアレイ分析からの結果はノイズで評判が悪く、そして解釈が難しい。通常の遺伝子レベルのマイクロアレイ分析は、３つの基礎段階を含む（図１ａ）；Ｉ．グループ比較：差次的に発現される遺伝子は異なる実験グループを比較することにより同定される。ＩＩ．パターン発見：差次的に発現される遺伝子は、多くの条件にわたりそれらの転写プロファイルに従いグループ分けされる。ＩＩＩ．機能的注釈／分析：転写のサインを形成する遺伝子間の機能的関係は、オントロジーに基づく、および／または文献に基づく分析ツールを使用して暴露される。この遺伝子レベルの分析法は、一般的なマイクロアレイデータマイニングソフトウェアにより支援され、そしてマイクロアレイの刊行物で通常に使用されている（例えば（Ｂｏｒｏｖｅｃｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｃａｌｖａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｏｃｋｅｎｈｏｕｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｗｉｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００５））。
【０１２９】
対照的に、代わりに本明細書に記載するマイクロアレイデータマイニング法は、分析の後期段階で独立した統計的なグループ比較を行うために基本として役立つ転写モジュールの初期特性決定に依存する（図１ｂ）：Ｉ．モジュール抽出：協調して発現される遺伝子の組は、カスタムモジュール抽出アルゴリズムを使用して同定される（詳細については図１ｃ、および以下に教示する方法）。重要なのは、分析が実験グループ間の遺伝子発現レベルにおける差異を考慮しない点である：代わりにこれは生物学的変動から生じる複雑な
遺伝子発現パターンに注目する（例えば患者群の個体間変動、または異なる処置により導入された変動）。ＩＩ．機能的注釈／分析：転写モジュールを形成する遺伝子間の機能的関係は、オントロジーに基づく、および／または文献に基づく分析ツールを使用して暴露される。ＩＩＩ．グループ比較：差次的に発現される遺伝子は、モジュール毎の基準で実験グループを比較することにより、この段階で同定される。各モジュールのレベルで統計比較を行うことは、数千の試験がマイクロアレイプローブの全組をわたって行われる時、生じるノイズを回避するので注目すべきである。ＩＶ．視覚化／解釈：最後にデータは、すべてのモジュールにわたり起こる全体的な転写の変化をマッピングすることにより解釈される。
【０１３０】
本明細書に記載するマイクロアレイ分析は、協調して発現される転写産物または転写モジュールの組の同定に基づき、これはデータマイニングアルゴリズムを使用して引き出される：すなわちこの「データにより支配される（ｄａｔａ−ｄｒｉｖｅｎ）」選択法は、調査者の側からのいかなる介入も必要とせず、そして遺伝子機能に関するいかなる事前の知識も必要としない。転写モジュールは選択法が取られた後にのみ機能的分析にかけられる。モジュール組は、それらが由来する生物学的系に特異的であることに注目されたい。その結果、モジュールは定められた生物学的系の内容で得られたデータを分析するための骨格を形成する（すなわち血液の転写モジュールは別の組織から得られるデータを分析することを可能にしない：種々のモジュール組が生成されなければならない）。
【０１３１】
末梢血細胞中の転写モジュールの同定：上記のモジュールマイニング法は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）転写データセットについて実施された。血中白血球の転写モジュールの同定は、広い範囲の疾患：全身型若年性突発性関節炎、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、Ｉ型糖尿病、転移性黒色腫、急性感染（大腸菌、黄色ブドウ球菌、インフルエンザＡ）および免疫抑制療法を受けている肝移植受容体について作成されたマイクロアレイ遺伝子発現プロファイルの詳細な収集の分析に基づいた。全部で２３９種のＰＢＭＣ転写プロファイルが、アフィメトリックス（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）Ｕ１３３ＡおよびＵ１３３Ｂ
ＧｅｎｅＣｈｉｐｓ（＞４４，０００プローブ組）を使用して得られた。転写モジュールはカスタムアルゴリズム（詳細は方法の章を参照されたい）を使用して抽出した。この分析に、２８のモジュールに分布する４７４２個の転写産物が選択された（完全なリストは追補の表１に提供される）。各モジュールは回数および選択の順番を示す独自の確認番号が割り当てられた（すなわちＭ３．１は第３回の選択で最初に同定されたモジュールであった）。
【０１３２】
ＰＢＭＣ転写モジュールの機能的特性決定。モジュールは整合性のある転写単位を形成し、したがって初期のデータセットで同定される同時発現特性は、独立したサンプルの組で保存されることが分かった。１つのデータの組で確認されたこの考察が、上記のモジュール選択法で使用しなかった２１名の個体の血液から単離したＰＢＭＣについて得られた（図２ｃ）。次いで各モジュールは機能的に特性決定された（図１ｂ：工程ＩＩ）。各モジュールを形成する遺伝子と関係があるＰｕｂＭｅｄ要約に存在するキーワードは、文献プロファイリングにより分析された（（Ｃｈａｕｓｓａｂｅｌ  ａｎｄ  Ｓｈｅｒ，２００２）に記載されている）。差次的キーワードの分布は、図２ｄの４つのモジュールについて具体的に説明され、そして２８個のＰＢＭＣ転写モジュールの各々に関して同定された機能的関係の記載を、追補の表２に提供する。この分析は、転写モジュールが整合性のある機能的単位を形成することを証明する。２８個のＰＢＭＣモジュールの１４個で、本発明は幾つかの遺伝子を免疫プロセスに関与する経路および細胞型と関連させるために使用した。機能的収束（ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｃｅ）も残る１４個のモジュールで観察されたが、実際の係わりあいは不明なままである（例えばＭ２．５は免疫に関連するＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＸＣＬ１２、ＩＦＮＡ５、ＩＬ４Ｒ、ならびに細胞骨格関連分子−ミオシン、サイトキネシスのデェディケーター（Ｄｅｄｉｃａｔｏｒ）、
シンデカン２、プレキシンＣ１、ジストロブレビンをコードする遺伝子を含み；あるいはＭ２．１１、これは多くのキナーゼ−ＵＨＭＫ１、ＣＳＮＫ１Ｇ１、ＣＤＫ６、ＷＮＫ１、ＴＡＯＫ１、ＣＡＬＭ２、ＰＲＫＣＩ、ＩＴＰＫＢ、ＳＲＰＫ２、ＳＴＫ１７Ｂ、ＤＹＲＫ２、ＰＩＫ３Ｒ１、ＳＴＫ４、ＣＬＫ４、ＰＫＮ２およびＲＡＳファミリーメンバー、Ｇ３ＢＰ、ＲＡＢ１４、ＲＡＳＡ２、ＲＡＰ２Ａ、ＫＲＡＳを含む）。
【０１３３】
健康および疾患でのＰＢＭＣ転写プロファイルのモジュールレベルの分析。遺伝子レベルの分析：ＰＢＭＣマイクロアレイ転写プロファイルは、１６名の転移性黒色腫患者、および免疫抑制の薬剤処置を受けている１６名の肝移植受容体、および適合した健康な対照個体から得た。図１ａに記載する遺伝子レベルの分析は、患者および各々の健康な対照グループの間で差次的に発現された転写産物を同定した（マンホイットニーのＵ検定、ｐ＜０．００１）。階層クラスタリングは各グループ内で２つのサインを定め、過剰発現した、および抑制発現した転写産物を分けた（図２ａ）。
【０１３４】
モジュールレベルの分析：この分析は前以て抽出し、そして特性決定したＰＢＭＣ転写モジュールを使用して行った（図１ｂの工程ＩおよびＩＩ）。患者と健康なグループ間の統計的なグループの比較は、モジュール毎の基準で独立して行った（図１ｂ：工程ＩＩＩ、マンホイットニーＵ検定、ｐ＜０．０５）。各モジュールについて、差次的に発現される遺伝子の転写プロファイルをグラフ上に表し、パイ−チャート（ｐｉｅ−ｃｈａｒｔ）は差次的に発現される転写産物の比率を示す（図２ｂ、例えばモジュールＭ１．２を形成する１３０の転写産物のうちの６１％が、健康な対照に比べて黒色腫患者で過剰に発現される）。興味深いことに、各モジュール中の差次的に発現される遺伝子は、主に抑制発現されるか、または過剰発現されるかのいずれかであった（図２ｂ、追補の表２）。モジュールはグループ間の発現レベルの差異に基づき抽出されなかったので、遺伝子発現における変化がほとんど合意されているという事実は、各モジュールを特徴付ける転写挙動の一貫性を反映している。
【０１３５】
モジュールの転写変化のマッピング：データの視覚化は、複雑なデータセットの解釈に最高であり、そしてこれらはグラフにより全体的なモジュールの変化を具体的に説明するために使用された（図１ｂ：工程ＩＶ）。モジュールレベルのデータは、格子上に並んだスポットにより表示され、各位置は異なるモジュールに対応する（図２ｃ）。スポットの強度は、各モジュールについて有意に変化した遺伝子の比を示す。スポットの色は、変化の極性を示す（赤：過剰発現した遺伝子の比、青：抑制発現された遺伝子の比）。この表示はＰＢＭＣ転写系の混乱（ｐｅｒｔｕｒｂａｔｉｏｎ）の全体的評価を可能とする。モジュールの座標は、データの解釈を容易にするために機能的な注釈と関連させることができる（図２ｄ、追補の表２）。
【０１３６】
モジュール分析は、ＰＢＭＣ転写プロファイルの疾患特異的混乱を暴露する：モジュールマップは、４グループの患者について、彼らの年齢および性別が合った健康な供与体からなる各対照グループと比較するために作成した（２２名のＳＬＥ患者、１６名の急性インフルエンザ感染、１６名の転移性黒色腫および１６名の肝移植受容体を、１０〜１２名の健康な個体からなる対照グループと比較した）。各モジュールは、その遺伝子がどのようであるかによって４つの可能な状態の１つを有する：過剰発現（赤点）、抑制発現（青点）、過剰−および抑制発現の両方（紫の点、ここでは観察されない）、変化なし（空）。注目すべきは、Ｍ１．１およびＭ１．２に関する結果だけで４種のすべての疾患を識別するに十分であった（Ｍ１．１／Ｍ１．２：ＳＬＥ＝＋／０；ＦＬＵ＝０／０；黒色腫＝−／＋；移植＝−／−）。Ｍ３．２（「炎症」）の多数の遺伝子がすべての疾患で過剰に発現され（特に移植群で過剰）、一方、Ｍ３．１の遺伝子（インターフェロン）は、ＳＬＥ患者、インフルエンザ感染およびある程度の移植受容者で過剰に発現された。Ｍ２．１およびＭ２．８はそれぞれ、細胞傷害性細胞およびＴ細胞転写産物を含み、これらはリン
パ球減少症ＳＬＥ患者および免疫抑制剤で処置を受けている移植受容体で抑制して発現される。このように本発明は、疾患がモジュールの転写産物の変化の独自な組み合わせにより特徴付けられることを証明するために使用された。さらに従来の遺伝子レベルの分析を行うことにより得られるヒートマップ（ｈｅａｔｍａｐ）と比較して（図２ａ）、提案された同じデータの組に関するモジュールレベルのマイニング法は、精巧で解釈可能なマイクロアレイの結果の提示をもたらすことが分かった（図２ｃ）。
【０１３７】
疾患の病原に対する洞察を得ること：転写産物の組は、転移性黒色腫および免疫抑制剤での処置を受けている肝移植受容体で優先的に過剰発現される：予め定められた転写モジュールの組のマイクロアレイデータを分析することは、疾患の病原のメカニズムに対する新規洞察を提供することができる。Ｍ１．４を形成する転写産物の重要な比率は、黒色腫患者および肝移植受容体の両方で変化することが分かった。一方、急性インフルエンザおよび狼瘡の患者では変化は検出されなかった（図２ｃ）。これらの知見によりさらに詳細な調査をするようになった。血液のマイクロアレイデータは、全部で３５名の転移性黒色腫患者、３９名の肝移植受容体および２５名の健康な個体から作成した。転移性黒色腫患者および肝移植患者間で観察される類似性の程度は、測定したこれら２つの患者グループに特異的であった。統計的なグループの比較は、患者と健康な対照との間で遺伝子レベルで行った。この分析で肝移植受容体および転移性黒色腫の患者の両方で有意に過剰発現された３２３の転写産物を同定した（マンホイットニーＵ検定、ｐ＜０．０１、フィルター＞１．２５倍の変化）。次いでこれらの転写産物に関するグループの比較を、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、急性感染（連鎖球菌性肺炎、黄色ブドウ球菌、大腸菌およびインフルエンザＡ）、または対宿主性移植片病（ＧＶＨＤ）対それぞれの健康な対照グループからのサンプルを使用して行った。この分析により作成したｐ−値は、有意性のパターンにおける類似性に基づき階層的クラスタリングによりグループ分けした（図３ａ：この取り組みは（Ｃｈａｕｓｓａｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）に詳細に記載されている）。偏在的に過剰発現される遺伝子の組は、パターンＰ１を形成した（追補の表３）：逆に転移性黒色腫および移植受容体の患者でより特異的に発現された転写産物は、パターンＰ２を形成した（追補の表４）。
【０１３８】
このように黒色腫および移植グループに共通する転写サインを形成する遺伝子は、２つの特性に基づき明確に異なる組に分配できることが分かった：（１）協調された発現（転写モジュール：図２ｂ）；および（２）疾患全体で発現が変化（有意パターン：図３ａ）。これら２つの異なる取り組みからの結果を相互に検証するために、偏在的（Ｐ１）および特異的（Ｐ２）なＰＢＭＣの転写サインのモジュール分布を決定した。図３ｂは、今日までに同定された２８のＰＢＭＣ転写モジュール全体のＰ１およびＰ２の分布がランダムではないことを示す。実際、Ｐ１転写産物はＭ３．２の付近に優先的に見いだされ（炎症に関連する転写産物により特徴付けられる）、一方、Ｍ１．４の転写産物はほとんど排他的にＰ２に属し、これには黒色腫患者および肝移植受容体でより特異的に過剰発現される遺伝子を含む。
【０１３９】
黒色腫患者は、肝移植受容体と共通する免疫抑制の転写サインを表す：黒色腫と移植グループで最も特異的に過剰発現する遺伝子に注目した（Ｐ２）。６９のプローブ組から、５５の独自な遺伝子確認物を見いだした。マイクロアレイの遺伝子発現データの解釈を補助するために、遺伝子により索引をつけた文献のデータベースに対するクエリを開発して、４７遺伝子に関連する６５２７の刊行物を同定し、そのうちの３０が１０以上の刊行物と関連した。この遺伝子にまつわる注目すべき機能的収束がこのサインを形成することが分かった（図３ｃ）。モジュールは免疫調節活性を提示する分子：（１）ＴＮＦＡＩＰ３またはＣＩＡＳ１（クリオピリン）のようなＮＦ−ｋＢ経路のインヒビターをコードする遺伝子を含み、これはＮＦ−カッパＢ活性化および前炎症サイトカインの生産を調節する。この遺伝子の突然変異は、幾つかの炎症障害で同定された（Ａｇｏｓｔｉｎｉ  ｅｔ  
ａｌ．，２００４）。ＤＳＩＰＩ、ロイシンジッパータンパク質は、グルココルチコイドおよびＩＬ−１０の免疫抑制効果を、広い範囲のシグナル伝達経路（ＮＦ−カッパＢ、ＮＦＡＴ／ＡＰ−１、ＭＥＫ、ＥＲＫ１／２）で妨害することにより媒介して、マクロファージでの炎症反応の一般的阻害およびＴ細胞でのＩＬ−２受容体のダウンレギュレーションを導くことが知られている。注目すべきは、免疫細胞におけるＤＳＰＩＰの発現が薬剤処置（デキサメタゾン）（Ｄ’Ａｄａｍｉｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）または腫瘍細胞への長期暴露（Ｂｕｒｋｉｔｔ  Ｌｙｍｐｈｏｍａ）（Ｂｅｒｒｅｂｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）の後に増大した点である。（２）ＭＡＰキナーゼ経路のインヒビター：例えば二重特異性ホスファターゼ２、５および１０（ＤＵＳＰ２、ＤＵＳＰ５およびＤＵＳＰ１０）は、カルシニューリンインヒビターの標的として知られているＭＡＰキナーゼＥＲＫ１／２を妨害する（タクロリムス／ＦＫ５０６のような）。（３）ＩＬ−２生産のインヒビター：ＣＲＥＭ、ＦＯＸＫ２およびＴＣＦ８は直接ＩＬ−２プロモーターに直接結合し、そしてアネルギーＴ細胞でＩＬ−２生産の抑制に貢献することができる（Ｐｏｗｅｌｌ
ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。興味深いことに、ＤＵＳＰ５はＴ細胞においてＩＬ−２シグナル伝達のネガティブフィードバックの役割を有することが分かった（Ｋｏｖａｎｅｎ
ｅｔ  ａｌ．，２００３）。（４）細胞増殖のインヒビター（例えばＢＴＧ２、ＴＯＢ１、ＡＲＥＧ、ＳＵＩ１およびＲＮＦ１３９）。ＢＨＬＨＢ２（Ｓｔｒａ１３）のような他の分子は、リンパ球発生およびインビボ機能をネガティブに調節する（Ｓｅｉｍｉｙａ
ｅｔ  ａｌ．，２００４）。
【０１４０】
このように転移性黒色腫患者は、肝移植受容体における薬理的処方により誘導されるサインに類似する免疫抑制のサインを提示する。
【０１４１】
バイオマーカー発見Ｉ：全身性狼瘡患者の血液中のマイクロアレイ免疫転写ベクターの特性決定。血液は血流および組織で得られるサインに対して応答する細胞のリザーバーとして役立ち、そして血液から細胞が移動する。したがって血液は臨床的に関連する情報が入手可能な供給源となる。実際に、血液から作成されたマイクロアレイ遺伝子発現データは、疾患の病原のメカニズムに対して価値ある洞察を提供するだけでなく、バイオマーカーの有望な供給源も構成する。しかし難点は、膨大なゲノム全体の発現走査により作成されたデータから有望な臨床的価値の指標を抽出することにある。モジュール転写データをバイオマーカー発見法の基礎として使用し、そしてこの新規取り組みの実施を全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）の小児患者のコホートから作成したデータセットを使用して具体的に説明するために使用した。
【０１４２】
狼瘡の血液転写サイン：ＳＬＥは、先天的および適応免疫の調節不全を特徴とする自己免疫疾患である（Ｃａｒｒｏｌｌ，２００４；Ｇｒａｍｍｅｒ  ａｎｄ  Ｌｉｐｓｋｙ，２００３；Ｋｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｍａｎｄｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｍａｎｚｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｎａｍｂｉａｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。遺伝子レベルの分析は、小児および成人のＳＬＥ患者から得た末梢血単核細胞で行った（Ｂａｅｃｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｂｅｎｎｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｃｒｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｋｉｒｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。早期世代のアフィメトリックスアレイ（〜１２，６００プローブ組）を使用して、Ｉ型インターフェロン（ＩＦＮ）のサインがすべての活性な小児患者で同定された（Ｂｅｎｎｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。このデータはＩ型ＩＦＮ経路の活性化が小児ＳＬＥの全般的特徴であることを確認するものである。この分析は、ＳＬＥ血液中で低密度顆粒球、形質細胞前駆体の存在、およびリンパ球数の減少にそれぞれ相関する好中球、免疫グロブリン（Ｉｇ）およびリンパ球のサインの存在も明らかにする（Ｂｅｎｎｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。本実験では、これらのサインはモジュールＭ３．１、Ｍ２．２、Ｍ１．１およびＭ２．８（それぞれインターフェロン誘導性、好中球、形質細胞およびＴリンパ球）で観察される有意な変化によりモジュールレベルで反映された。これらの結果は
、診断時および処置の開始前にサンプル採取した小児狼瘡患者の新規コホートにおいて、４４，０００を越える転写産物をアフィメトリックスのＵ１３３遺伝子チップで分析して得られた。さらに７つの他のモジュール（図２ｂ：Ｍ１．７、Ｍ２．１、Ｍ２．３，Ｍ２．４、Ｍ２．５、Ｍ２．６およびＭ２．７）で転写的変化が見いだされた。興味深いことに、Ｍ１．７およびＭ２．４には、急性感染および敗血症の内容において、発現が最近改変されること分かったリボゾームタンパク質ファミリーメンバーをコードする多くの転写物を含む（Ｃａｌｖａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｔｈａｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）−図２ｂも参照にされたい：急性インフルエンザ感染）。
【０１４３】
転写ベクターのアッセンブリー：開発したバイオマーカー発見法は、対照個体（例えば健康な有志）に比べて有意に変化する初期のモジュール選択に依存する。この例では、１１のモジュールを使用し、これについて変化が未処置の小児ＳＬＥ患者で観察された（図４、工程Ｉ）。次いで「転写ベクター」は、各１１モジュールについて健康な個体と比べて有意に変化した遺伝子の選択を介して形成された（図４、工程ＩＩ）。発現レベルは引き続き、各ベクターを形成する転写産物のサブセットについて得られた値を平均することにより引き出された（図４、工程ＩＩＩ）。次いで患者のプロファイルはこれらの各ベクターについて得られた発現レベルをグラフ上にプロットすることにより表すことができる（例えば階段状のプロット）。ベクターの組は、構築が２回の選択、第１回はモジュールレベルで（工程Ｉ：例えばＳＬＥを対象として２８モジュールのうのちの１１）、次いで遺伝子レベル（工程ＩＩ：疾患対健康な対照グループを対象としてｐ＜０．０５）から得られたので、構築により疾患特異的となる。
【０１４４】
狼瘡の血液転写ベクター：プロファイルは、未処置の小児ＳＬＥ患者の全コホートについて上記で得たＳＬＥベクターの組を使用して引き出されたが（図５ａ：各線は１名の患者であり、より太い線はすべての患者に関する平均である）、図５ｂは同じベクターについて健康な有志に特徴的な規則的なパターンを提示する。このマーカーのマスター組を他のサンプルの組についての発現レベルを引き出すために参照として使用することができる。患者のプロファイルは、ステロイド（高投与量のステロイドを受けている患者は除く）および／または細胞傷害性剤および／またはヒドロキシクロロキンで経口的に処置したＳＬＥ小児の独立した組について作成した（Ｎ＝３１；図５ｃ）。興味深いことに、処置および未処置患者のコホートの両方に関する平均プロファイルは、ほぼ重ねることができた（図５ｄ）。この予期せぬ結果は、両グループの患者が臨床指数ＳＬＥＤＡＩ（ＳＬＥ疾患活性指数−未処置患者の平均＝１１．５±７．９；処置患者＝９．４±６．４，スチューデントｔ−検定ｐ＝０．３）により測定されるとき類似の疾患活性を提示したという事実により説明することができる。実際、疾患活性に基づくサンプルの層別化、そして処置にかかわらず対照的なプロファイルを生じた：軽い疾患を有する患者からのサンプルは、処置または未処置患者のコホートのいずれと比較しても、より規則的なプロファイルを提示した（図５ｅ、ＳＬＥＤＡＩ［０−６］）；一方、高い疾患活性の患者は悪化プロファイルを提示した（図５ｆ、ＳＬＥＤＡＩ［１４−２８］）。このようにこれらの結果は、ＳＬＥ患者で同定された免疫転写ベクターが疾患プロセスと直接連結していることを証明する。注目すべきは、処置の効果が、処置した小児ＳＬＥ患者についてモジュールの転写変化をマッピングする場合に観察できたことである（図５ｇ）。しかし未処置患者で得られた中心となる疾患のサインは残っている。
【０１４５】
診断マーカーとしての転写ベクターの関連性。未処置の小児ＳＬＥベクターを参照として使用して、遺伝子プロファイルをＳＬＥの成人患者について作成した。これらの個体は小児患者で観察されたものと一致する混乱した発現パターンを提示した（図６ａ）。これはＳＬＥサイン（図６ｂ）の特徴をほとんど提示しない成人の線維筋痛症患者とは対照的であり、そしてより健康な成人に似ている（図６ｃ）。この知見は、線維筋痛症患者が全身性狼瘡と一致する症状を提示し、場合により診断のジレンマを導くことがあるので、注
目すべきである（Ｂｌｕｍｅｎｔｈａｌ，２００２）。これらの結果は、患者血液のマイクロアレイ分析から引き出される免疫転写ベクターの有力な診断価値を具体的に説明している。
【０１４６】
バイオマーカー発見ＩＩ：全身性狼瘡患者の疾患重篤度の評価のための多変量マイクロアレイスコア。ＳＬＥは高い罹患率の発赤を特徴とする疾患である。少なくともＳＬＥの全体的疾患活性の６つの複合的尺度が利用可能である（Ｂａｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００１；Ｂｅｎｃｉｖｅｌｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２；Ｂｏｍｂａｒｄｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２；Ｈａｙ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３；Ｌｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９；Ｐｅｔｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。これらの道具は疾患の活性を記録し、そして定量するための測定基準を提供し、そして臨床試験に使用されてきた。しかし含まれる尺度の中には、得ることが容易でないものもある。逆に、臨床的疾患の異質性を仮定すると、すべてのＳＬＥの発現がこれらの道具でコンピューター処理されるわけではなく、患者の状態の全体的評価を難しくしている。１つの目的は、血中白血球のマイクロアレイ転写データに基づき、対象となる疾患の活性の指数を確立することであった。
【０１４７】
多変量マイクロアレイ転写スコアの定義：上記で行った小児ＳＬＥ患者のプロファイルの分析は（図５）、転写ベクターと臨床的な疾患の発現とを明確に結び付けた。また、相関する複合発現値が個々のベクターについて得られ、そして臨床的活性指数（ＳＬＥＤＡＩ）が未処置コホートの各患者についてコンピューター処理された。２つの転写ベクターが疾患活性と正に相関するが（図７：Ｍ２．２およびＭ３．１、それぞれ「好中球」および「インターフェロン誘導性」モジュール）、３つの他のベクターは負に相関する（図７：Ｍ１．７、Ｍ２．４およびＭ２．８、「リボゾームタンパク質」および「Ｔ細胞」に関連する転写産物を含む）ことが分かった。別個のベクターのマイクロアレイ転写データを分解することは、これら５個のパラメーターを１つの多変量指示体に合わせることを可能にした。多変量の順序データを分析するための新規な非パラメーター法を使用して、患者にスコアを付けた（Ｗｉｔｔｋｏｗｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４に詳細に記載されている）。未処置コホートのすべての患者について得られたマイクロアレイ「Ｕ−スコア」を、次いでＳＬＥＤＡＩと相関させた（図８ａ：Ｓｐｅａｒｍａｎ，Ｒ＝０．８２、ｐ＜０．０００１）。このグループは、高いＳＬＥＤＡＩおよび比較的低いマイクロアレイＵ−スコアを持つ１つのアウトライアー（ＳＬＥ９８）を含んだ。興味深いことに、この患者は２つの自己免疫診断を持つ唯一の人であった：ＳＬＥおよび甲状腺機能低下。さらにこの患者はＳＬＥ腎炎クラスＩＶと診断されたが、最終的には通例のＩＶシクロホスファミドでの治療に反応しなかった。同じ５つのベクターを使用して、処置した、小児ＳＬＥ患者のコホート（ｎ＝３１）についてのスコアを作成した。「転写Ｕ−スコア」と疾患活性指数との間の相関は、ここでも強力に有意であった（図８ｂ；スピアマン相関Ｒ＝０．６６、ｐ＜０．０００１）（図４ｂ）。
【０１４８】
疾患重篤度の長期追跡：高い罹病率の一過性発現と関係する狼瘡疾患の発赤は、患者の状態の不可逆的な悪化を導く恐れがある。上記のマイクロアレイ多変量スコアの関連性を、狼瘡患者の疾患活性の長期モニタリングに関して試験した。２０名の小児ＳＬＥ患者のコホートを、疾患活性について経時的に追跡した。トランスクリプトームのマイクロアレイデータを、これらの各患者から多くの時点で得た（２〜４時間の時点、各時点の間の間隔は、１カ月から１８カ月まで変動した）。マイクロアレイＵスコアは、上記のようにこれらの患者についてコンピューター処理した。患者の半分がこの長期実験に登録する前に交差分析に含まれた。追跡期間の間、ＳＬＥＤＡＩは１０名の患者で変動する一方（図９ａ）、他の１０名では一定のままであった（図９ｂ）。平行した傾向は、患者の大部分で転写ＵスコアとＳＬＥＤＡＩ長期測定との間で観察された。さらに全体的なＳＬＥＤＡＩ指数およびマイクロアレイＵ−スコアは、６名の患者（ＳＬＥ３１、ＳＬＥ７８、ＳＬＥ１２５、ＳＬＥ１３０、ＳＬＥ１３５およびＳＬＥ９９）を除き、それらの個々のスケー
ルに従い類似の活性を反映し、この６名のマイクロアレイＵ−スコアは、ＳＬＥＤＡＩスコアに比べて不均衡に高かった。最高の不均衡患者の１名（ＳＬＥ７８）は、追跡期間中に命を脅かす合併症と診断され（肺高血圧症）、これはＳＬＥＤＡＩではコンピューター処理されない。したがってＵ−スコアは、この患者の全体的な疾患活性をより良く反映した。さらに１名の患者（ＳＬＥ３１）で疾患の発赤、続く回復がＳＬＥＤＡＩおよびマイクロアレイスコア両方の長期追跡で検出された。しかし興味深いのは、マイクロアレイＵ−スコアの場合に観察された変化の幅がかなり大きいだけではないらしく（ＳＬＥＤＡＩに関して０〜４０対６〜１０）、上昇は第２時点ですでに検出でき、この患者の臨床状態が悪化する２カ月前にＳＬＥＤＡＩにより検出できたということである。このようにこれらのデータは個別のＳＬＥ患者における疾患活性の長期追跡にマイクロアレイの疾患活性スコアが有力な価値があることを具体的に説明している。
【０１４９】
モジュールの転写データは、マイクロアレイ平板全体で再現性がある。診断指示体として真に存続可能なものとなるように、免疫転写ベクターは信頼性を証明しなければならない。早くから、異なる研究室および平板全体で得られたマイクロアレイの結果の良くない再現性は、これらの結果の有効性に関して疑惑を生じ、そして特に臨床的状況で大きな懸念が残る（Ｂａｍｍｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｉｏａｎｎｉｄｉｓ，２００５；Ｉｒｉｚａｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｌａｒｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｍｉｃｈｉｅｌｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。モジュール転写プロファイルを得、そして市販の２種のマイクロアレイ平板、アフィメトリックスおよびイルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用して比較した。ＰＢＭＣは、４名の健康な有志および１０名の肝移植受容体から単離した。同じ起源の全ＲＮＡから出発して、標的を独立して生成し、そしてアフィメトリックスＵ１３３ＧｅｎｅＣｈｉｐ（バイロール免疫研究所：Ｂａｙｌｏｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｆｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｒｅｓｅａｒｃｈで）およびイルミナＨｕｍａｎ  Ｒｅｆ８ＢｅａｄＣｈｉｐｓ（イルミナ社で）を使用して分析した。基本的な差異が２つのマイクロアレイ技術間に存在する（詳細については方法を参照にされたい）。各製造元により提供されるプローブＩＤを、遺伝子発現プロファイルを合わせるために使用する共通のＩＤに転換した。直接的に比較した場合、アフィメトリックスおよびイルミナ平板により生成される遺伝子発現レベルは、うまく相関しなかった（種々のサンプルに関するアフィメトリックスおよびイルミナ平板により測定される遺伝子発現レベル間のピアソン相関：Ｒ２中央値（範囲）＝Ｍ１．２を形成する遺伝子について０．１３（０．０２〜０．５）；Ｍ３．１を形成する遺伝子について０．３６（０．１７〜０．５５）；およびＭ３．２を形成する遺伝子について０．１９（０．０６〜０．４）。これらの結果は公開されたマイクロアレイの相互平板比較実験の知見と一致する（Ｂａｍｍｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｉｒｉｚａｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｊａｒｖｉｎｅｎ
ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｌａｒｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｔａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。
【０１５０】
モジュールＭ１．２（「血小板」）、Ｍ３．１（「インターフェロン」）およびＭ３．２（「炎症」）について、共通する組の遺伝子について得た発現プロファイルを図１０に示す。興味深いことに各モジュールについて、イルミナ系により測定されたサンプル全体の遺伝子発現の変化は、しっかりと対応しているようであった。この知見は同時発現する遺伝子（転写モジュール）の組の初期選択がアフィメトリックスのＧｅｎｅＣｈｉｐｓを使用して作成された遺伝子発現データに排他的に基づいているので特に意味深い。次いでモジュールレベルでの転写の変化を反復する独自の発現値（図４、工程ＩＩＩを参照にされたい）が引き出された。アフィメトリックスおよびイルミナの平板により作成されるモジュール発現レベルは高度に比較可能である（図１０：Ｍ１．２、Ｍ３．１およびＭ３．２について、移植グループのピアソン相関係数はそれぞれＲ２＝０．８３、０．９８および０．９３；ｐ＜０．０００１）。合わせると、これらの結果はモジュール転写データがマイクロアレイ平板全体で再現できることを証明している。
【０１５１】
マイクロアレイデータはノイズが高い傾向があり、そして結果として利用することが難しい可能性がある（Ｍｉｃｈｉｅｌｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｔｕｍａ，２００５）。実際、数千の転写産物についてグループ比較を行うことは、疑惑がもたれる発見を導く恐れがある有意な比率のノイズ（疑陽性の結果）を含むデータセットを生成する（Ｉｏａｎｎｉｄｉｓ，２００５；Ｔｕｍａ，２００５）。この基本的な論点に取り組むために、広範囲の疾患の内容において生成した大量のマイクロアレイのデータ集から、協調して発現される転写産物の組（すなわち転写モジュール）の抽出を含む予備段階を使用した。モジュールは、数百のサンプルにわたり同じ複雑な発現パターンの後の転写産物のグループから形成され、したがって生物学的に関連性があるらしい。利点は、各モジュールを形成する遺伝子と関連する文献の分析により確認された（図２ｃ）。まとめると、マイクロアレイ転写データのモジュール分解は、低減した量のノイズを含み、そして同定可能な生物学的意味を持つ協調して発現される遺伝子の十分に定められたグループに関する分析に集中することを可能とする。このデータマイニング法は、より大きな内容、例えば他の生物系（他の組織、腫瘍サンプルならびに一次細胞または細胞株）に、そして他の種類のデータ（例えばプロテオミクス）に応用することができる。
【０１５２】
全体的レベルに関して得たデータを活用するための新規取り組みが、「ｏｍｉｃｓ  革新」の技術的利点を主流のヘルスケアに翻訳するために要求される（Ｂｉｌｅｌｌｏ，２００５；Ｗｅｓｔｏｎ  ａｎｄ  Ｈｏｏｄ，２００４）。免疫転写ベクターの開発は、この目標に達するために重要な段階となり得る。本明細書では、この取り組みから派生する有力な臨床的応用が２つの分野で具体的に説明されている：（１）病原のメカニズムの同定、および（２）疾患のバイオマーカーの発見。
【０１５３】
遺伝子発現プロファイリングは、疾患プロセスを支える分子メカニズムに大変貴重な洞察を提供することができるが（Ｂｅｎｎｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｐａｓｃｕａｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）、ノイズの存在およびマイクロアレイデータセットの規模が生物学的解釈を妨害する（Ｉｏａｎｎｉｄｉｓ，２００５）。十分に特徴付けられたモジュールの組を対象として転写プロファイルを分解することは、これらのデータの解明を容易にする概念の枠組を提供する。「モジュールマップ」に関する転写的変化の表示（図２ｂ）は、疾患全体、特に血液のような万人の組織の研究において行われる比較分析に対し特に伝導性である。モジュールＭ１．４に属する転写産物が、黒色腫患者および肝移植受容体で優先的に過剰発現され、続いてこの知見は、別の取り組みを使用して確認されることが観察された（有意性パターンの分析）。これらの転写産物は、インターロイキン−２転写のインヒビター、ＮＦ−カッパＢおよびＭＡＰＫ経路のインヒビターならびに細胞の増殖を遮断することができる分子を含む。これらの知見は、進行した黒色腫患者および薬理学的に処置された移植受容体で作動する免疫抑制メカニズム間の機能的収束に注意を向ける。免疫抑制患者で特異的に誘導される転写産物も、グルココルチコイド誘導性遺伝子（例えばＤＳＩＰＩ、ＣＸＣＲ４、ＪＵＮ）およびＴリンパ球の発生およびエフィクター機能において鍵となる役割を果たすと考えられるホルモン核受容体（ＮＲ４Ａ２およびＲＯＲＡ）を含むという事実は（Ｗｉｎｏｔｏ  ａｎｄ  Ｌｉｔｔｍａｎ，２００２）、黒色腫に媒介される免疫抑制におけるステロイドホルモンの役割となる可能性を示唆している。
【０１５４】
免疫転写ベクターは新規クラスの疾患バイオマーカーを表す。本明細書に記載するモジュールデータマイニング法の直接的延長は、モジュールおよび遺伝子レベルの両方で観察される全体的変化を捕捉する発現ベクターの使用である。疾患はモジュール変化の独自な組み合わせにより特徴付けることができることが分かった。モジュールレベルで観察される変化（１回目の選択）に加えて、ベクターは遺伝子レベルで観察できる差異も反映する（２回目選択）。その結果、転写ベクターの組は高度に疾患特異的となる。注目すべきは
、各患者について、「ベクタープロファイル」の組が全体的スケールで得た同じデータに基づき、任意の数の疾患について得ることが可能であるということである。各ベクターについて誘導した平均化した転写値は、マイクロアレイ平板および研究室全体で得た優れた再現性により示されるように極めてしっかりしている。この知見は、信頼性のある転写マーカーの同定が、臨床的状況でのマイクロアレイ技術で主流となる応用を開発することに向けて重要な段階を構成するので特に意味がある。
【０１５５】
血液サンプルの処理。すべての血液サンプルはクエン酸デキストロースまたはＥＤＴＡ管（ＢＤバキュテイナー：Ｖａｃｕｔａｉｎｅｒ）に集め、そして処理するために直ちに室温でテキサス州、ダラスのバイロール免疫調査研究所（Ｂａｙｌｏｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｆｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ）に運んだ。末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）はＦｉｃｏｌｌ勾配を介して単離し、そして直ちにベータ−メルカプトエタノール（βＭＥ）を含むＲＬＴ試薬中（キアゲン：Ｑｉａｇｅｎ、バレンシア、カリフォルニア州）で溶解し、そしてＲＮＡ抽出工程前に−８０℃で保存した。
【０１５６】
マイクロアレイ分析。全ＲＮＡはＲＮｅａｓｙキット（キアゲン）を使用して、製造元の使用説明に従い単離し、そしてＲＮＡの完全性をアギレント（Ａｇｉｌｅｎｔ）２１００バイオアナライザー（Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ）（アギレント、パロ  アルト、カリフォルニア州）を使用して評価した。
【０１５７】
アフィメトリックスＧｅｎｅＣｈｉｐｓ：これらのマイクロアレイは、石英ウェーハー上のその場で合成された短いオリゴヌクレオチドプローブ組からなる。標的の標識化は製造元の標準プロトコールに従い行った（アフィメトリックス社、サンタクララ、カリフォルニア州）。ビオチン化ｃＲＮＡ標的を精製し、そして引き続きアフィメトリックスのＨＧ−Ｕ１３３ＡおよびＵ１３３ＢＧｅｎｅＣｈｉｐｓ（＞４４，０００プローブ組）にハイブリダイズさせた。アレイはアフィメトリックスの共焦点レーザースキャナーを使用して走査された。Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  Ｓｕｉｔｅ、バージョン５．０（ＭＡＳ５．０；アフィメトリックス）ソフトウェアを使用して蛍光ハイブリダイゼーションシグナルを評価し、シグナルを標準化し、そしてシグナル検出コールを評価した。チップあたりのシグナル値の標準化は、ＧｅｎｅＣｈｉｐあたり５００の標的強度値に対するＭＡＳ５．０のグローバルなスケーリング法を使用して達成された。遺伝子発現分析ソフトウェアプログラムであるＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ、バージョン７．１（アギレント）を使用して、統計分析および階層的クラスタリングを行った。
【０１５８】
イルミナＢｅａｄＣｈｉｐ：これらのマイクロアレイは、３μｍビーズに結合した５０ｍｅｒのオリゴヌクレオチドプローブを含み、これらはマイクロウェルにガラススライドの表面上で付けられた。サンプルを処理し、そしてデータをイルミナ社（サンディエゴ、カリフォルニア州）により得た。標的はイルミナのＲＮＡ増幅キット（アンビオン：Ａｍｂｉｏｎ、オースチン、テキサス州）を使用して調製した。ｃＲＮＡ標的をＳｅｎｔｒｉｘ  ＨｕｍａｎＲｅｆ８ＢｅａｄＣｈｉｐ（＞２５，０００プローブ）にハイブリダイズし、これをイルミナのＢｅａｄＳｔａｔｉｏｎ５００で走査した。イルミナのＢｅａｄｓｔｕｄｉｏソフトウェアを使用して蛍光ハイブリダイゼーションシグナルを評価した。
【０１５９】
モジュール抽出アルゴリズム：協調的に調節される遺伝子、または転写モジュールの組を、カスタムマイニングアルゴリズムを使用して白血球マイクロアレイのデータセットから抽出した（図１ｂ：工程Ｉおよび図１ｃ）。アフィメトリックスＵ１３３ＡおよびＵ１３３ＢＧｅｎｅＣｈｉｐｓ（＞４４，０００プローブ組）を使用して作成した全２３９のＰＢＭＣサンプルからの遺伝子発現プロファイルは、８グループの患者について得た（全身型若年性突発性関節炎、全身性エリテマトーデス、Ｉ型糖尿病、転移性黒色腫、急性感染−大腸菌、黄色ブドウ球菌およびインフルエンザＡ−、および肝移植受容体）。各グル
ープについて、すべての状態の少なくとも５０％に存在した転写産物を３０のクラスターに分けた（ｋ−平均クラスタリング：Ｃ１からＣ３０のクラスター）。各遺伝子に関するクラスターの割り当ては表に記録し、そして分布パターンをすべての遺伝子間で比較した。モジュールはすべての実験グループにわたり同じクラスターに属する最大の遺伝子組から始めて、反復プロセスを介して選択された（すなわち８実験グループのうちの８つにおいて同じクラスター内に見いだされる）。次いで選択はこのコア参照パターンから７／８、６／８および５／８の対合を持つ遺伝子へと拡大された。生じた遺伝子の組は転写モジュールを形成し、そして選択プールから引き出された。このプロセスを、遺伝子の２番目に大きいグループから始めて、厳密度のレベルを漸次下げながら進めて繰り返す。
Ｕ−スコア：この方法の詳細な説明が最近公開され（Ｗｉｔｔｋｏｗｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）、そして必要なツールはｈｔｔｐ：／／Ｍｕｓｔａｔ．Ｒｏｃｋｅｆｅｌｌｅｒ．ｅｄｕ．から入手可能である。簡単に説明すると、スコアはＳＬＥ  ＰＢＭＣｓで差次的に発現されると同定されたモジュール内のすべての転写産物について、平均標準化発現レベルをコンピューター処理することにより得た。
【０１６０】
文献プロファイリング：この実験で採用した文献プロファイリングアルゴリズムは、以前に詳細に記載された（Ｃｈａｕｓｓａｂｅｌ  ａｎｄ  Ｓｈｅｒ，２００２）。この方法は類似のキーワードを共有する遺伝子を連結する。これは文献の要約中に存在する用語をパターン分析するために階層クラスタリングを使用する。
【０１６１】
バイオマーカー発見は、新規診断および治療における開発に重要な役割を果たし（Ｒａｔｎｅｒ，２００５）、そしてマイクロアレイデータが大変魅力的な候補マーカーの供給源を構成する一方、かたわらで応用の開発に向けてほとんど進歩がなされなかった。実際に、マイクロアレイ分析からのマーカーは検証することが難しく、そして安定でないことが証明された（Ｆｒａｎｔｚ，２００５；Ｍｉｃｈｉｅｌｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。モジュールデータマイニング法および複合発現ベクターの使用は、モジュールおよび遺伝子レベルで観察される全体的変化と一致することが分かった。モジュールを土台として使用することは、発現ベクターに整合性のある機能的な、そして最少量のノイズを含む転写単位を与える。ベクターが複合的であるという事実（すなわち転写産物の組み合わせにより形成される）は、さらにこれらマーカーの安定性に貢献する。実際、ベクター発現値はマイクロアレイ平板全体で得られる高い再現性（図１０）；ならびに独立した組の小児狼瘡患者で得られた検証結果により示されるように（図５ｄ）、非常にしっかりしていることが証明された。さらに重要なことには、これらのデータおよび実験は、複合発現ベクターが臨床的な疾患活性と直接連結できることを証明する（例えば狼瘡患者で；図７〜１０）。これらは臨床的実施におけるこの技術の広く知られた使用に欠くことのできないマイクロアレイデータの信頼性を改善する（Ｓｈｉ，２００６）。
【０１６２】
我々が開発したバイオマーカー発見法は、全体的スケールで得られるデータの活用に特に十分に適合する。〜４４，０００の転写産物から初めて、我々はほぼ５０００の転写産物からなる２８のモジュールを定めた。次いで複合ベクターの組が、モジュールおよび遺伝子レベルで行った２回の選択を介して形成された。この正確な仕立てにより、特異性を上げることにより所定のマーカーの組の性能を至適化させることが可能となる。最後に、ベクターが次に合わせられて独自の多変量スコアを得、故に結果を主流の臨床的プラクティスと適合させた状態で送達することができる。興味深いことに、多変量スコアは個々のマーカーの変化というよりむしろ変化の全体的パターンを要約する。そのような「全体的バイオマーカー」の開発は、診断および薬理ゲノミクス分野の両方に有望な展望を構成する。
【０１６３】
結論すると、新規クラスのバイオマーカーに属する発現ベクターは、全体的スケールで得たデータを強化することができる。全身性狼瘡の患者において、疾患の進行の診断およ
び評価に関するこの取り組みの臨床的関連性が、本明細書で証明される。我々の結果により具体的に説明されるように、複合的発現ベクターは新規薬剤の効力、安全性および作用機作の評価にも有用な指示体となる。他の有望な応用には疾患の予知および健康のモニタリングがある。
【０１６４】
本明細書に記載する特定の態様は、具体的説明の目的で示し、本発明を限定するものでないと理解される。本発明の主な特徴は本発明の範囲から逸脱せずに様々な態様で採用することができる。当業者は日常的な実験だけで、本明細書に記載する特異的手順の多くの等価物を認識し、または確認することができる。そのような等価物は本発明の範囲内にあると考えられ、そして特許請求の範囲により網羅される。
【０１６５】
本明細書に挙げたすべての刊行物および特許出願は、本発明が関連する当業者の技術レベルの指標である。すべての刊行物および特許出願は、各刊行物または特許出願が引用により具体的かつ個別に引用により包含されると示されるように、同程度まで参照により編入する。
【０１６６】
本明細書に開示し、そして特許請求するすべての組成物および／または方法は、本開示に照らして過度な実験を行わずに作成し、そして実行することができる。本発明の組成物および方法は、好適な態様という意味で記載してきたが、当業者には本発明の概念、精神および範囲から逸脱せずに本明細書に記載する組成物、および／または方法、および方法の段階または段階の順序に変化を適用できることは明らかである。さらに詳細には、化学的および生理学的の両方に関連する特定の作用物質を、本明細書に記載する作用物質と置き換えても、同じまたは類似の結果を達成できることは明らかである。当業者には明白であるすべてのそのような類似の置換および修飾は、添付する特許請求の範囲により定められる本発明の精神、範囲および概念の中にあるものと見なす。
【０１６７】
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５．    Ｋｏｎｇ，Ｐ．Ｌ．，Ｏｄｅｇａｒｄ，Ｊ．Ｍ．，Ｂｏｕｚａｈｚａｈ，Ｆ．，Ｃｈｏｉ，Ｊ．Ｙ．，Ｅａｒｄｌｅｙ，Ｌ．Ｄ．，Ｚｉｅｌｉｎｓｋｉ，Ｃ．Ｅ．，ａｎｄ  Ｃｒａｆｔ，Ｊ．Ｅ．２００３．Ｉｎｔｒｉｎｓｉｃ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｄｅｆｅｃｔｓ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ．Ａｎｎ  Ｎ  Ｙ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ９８７：６０−６７．
６．    Ｇｒａｍｍｅｒ，Ａ．Ｃ．，ａｎｄ  Ｌｉｐｓｋｙ，Ｐ．Ｅ．２００３．Ｂ  ｃｅｌｌ  ａｂｎｏｒｍａｌｉｔｉｅｓ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｅｓ  Ｔｈｅｒ  ５  Ｓｕｐｐｌ  ４：Ｓ２２−２７．
７．    Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ，Ｔ．Ｎ．，Ｇｕｂｂｅｌｓ，Ｍ．Ｒ．，ａｎｄ  Ｋｏｔｚｉｎ，Ｂ．Ｌ．２００３．Ｌｉｎｋｓ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｔｙｐｅ  Ｉ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎｓ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｂａｓｉｓ  ｏｆ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｉｎ  ｍｏｕｓｅ  ｌｕｐｕｓ．Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ  ３６：４９１−５０２．
８．    Ｂｌａｎｃｏ，Ｐ．，Ｐａｌｕｃｋａ，Ａ．Ｋ．，Ｇｉｌｌ，Ｍ．，Ｐａｓｃｕａｌ，Ｖ．，ａｎｄ  Ｂａｎｃｈｅｒｅａｕ，Ｊ．２００１．Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ  ｂｙ  ＩＦＮ−ａｌｐｈａ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９４：１５４０−１５４３．
９．    Ｓａｎｔｉａｇｏ−Ｒａｂｅｒ，Ｍ．Ｌ．，Ｂａｃｃａｌａ，Ｒ．，Ｈａｒａｌｄｓｓｏｎ，Ｋ．Ｍ．，Ｃｈｏｕｂｅｙ，Ｄ．，Ｓｔｅｗａｒｔ，Ｔ．Ａ．，Ｋｏｎｏ，Ｄ．Ｈ．，ａｎｄ  Ｔｈｅｏｆｉｌｏｐｏｕｌｏｓ，Ａ．Ｎ．２００３．Ｔｙｐｅ−Ｉ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｒｅｄｕｃｅｓ  ｌｕｐｕｓ−ｌｉｋｅ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｉｎ  ＮＺＢ  ｍｉｃｅ．Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １９７：７７７−７８８．
１０．    Ｂｅｎｃｉｖｅｌｌｉ，Ｗ．，Ｖｉｔａｌｉ，Ｃ．，Ｉｓｅｎｂｅｒｇ，Ｄ．Ａ．，Ｓｍｏｌｅｎ，Ｊ．Ｓ．，Ｓｎａｉｔｈ，Ｍ．Ｌ．，Ｓｃｉｕｔｏ，Ｍ．，ａｎｄ  Ｂｏｍｂａｒｄｉｅｒｉ，Ｓ．１９９２．Ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ：ｒｅｐｏｒｔ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ  Ｓｔｕｄｙ  Ｇｒｏｕｐ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｗｏｒｋｓｈｏｐ  ｆｏｒ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ．ＩＩＩ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ａ  ｃｏｍｐｕｔｅｒｉｓｅｄ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｃｈａｒｔ  ａｎｄ  ｉｔｓ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｔｏ  ｔｈｅ  ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ  ｉｎｄｉｃｅｓ  ｏｆ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ．Ｔｈｅ  Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ  Ｓｔｕｄｙ  Ｇｒｏｕｐ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ＳＬＥ．Ｃｌｉｎ  Ｅｘｐ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ  １０：５４９−５５４．
１１．    Ｈａｙ，Ｅ．Ｍ．，Ｂａｃｏｎ，Ｐ．Ａ．，Ｇｏｒｄｏｎ，Ｃ．，Ｉｓｅｎｂｅｒｇ，Ｄ．Ａ．，Ｍａｄｄｉｓｏｎ，Ｐ．，Ｓｎａｉｔｈ，Ｍ．Ｌ．，Ｓｙｍｍｏｎｓ，Ｄ．Ｐ．，Ｖｉｎｅｒ，Ｎ．，ａｎｄ  Ｚｏｍａ，Ａ．１９９３．Ｔｈｅ  ＢＩＬＡＧ
ｉｎｄｅｘ：ａ  ｒｅｌｉａｂｌｅ  ａｎｄ  ｖａｌｉｄ  ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ  ｆｏｒ  ｍｅａｓｕｒｉｎｇ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｑ  Ｊ  Ｍｅｄ  ８６：４４７−４５８．
１２．    Ｂｏｍｂａｒｄｉｅｒ，Ｃ．，Ｇｌａｄｍａｎ，Ｄ．Ｄ．，Ｕｒｏｗｉｔｚ，Ｍ．Ｂ．，Ｃａｒｏｎ，Ｄ．，ａｎｄ  Ｃｈａｎｇ，Ｃ．Ｈ．１９９２．Ｄｅｒｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＳＬＥＤＡＩ．Ａ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎｄｅｘ  ｆｏｒ  ｌｕｐｕｓ  ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｔｈｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  Ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ  Ｓｔｕｄｉｅｓ  ｉｎ  ＳＬＥ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ３５：６３０−６４０．
１３．    Ｌｉａｎｇ，Ｍ．Ｈ．，Ｓｏｃｈｅｒ，Ｓ．Ａ．，Ｌａｒｓｏｎ，Ｍ．Ｇ．，ａｎｄ  Ｓｃｈｕｒ，Ｐ．Ｈ．１９８９．Ｒｅｌｉａｂｉｌｉｔｙ  ａｎｄ  ｖａｌｉｄｉｔｙ  ｏｆ  ｓｉｘ  ｓｙｓｔｅｍｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｏｆ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ３２：１１０７−１１１８．
１４．    Ｂａｅ，Ｓ．Ｃ．，Ｋｏｈ，Ｈ．Ｋ．，Ｃｈａｎｇ，Ｄ．Ｋ．，Ｋｉｍ，Ｍ．Ｈ．，Ｐａｒｋ，Ｊ．Ｋ．，ａｎｄ  Ｋｉｍ，Ｓ．Ｙ．２００１．Ｒｅｌｉａｂｉｌｉｔｙ  ａｎｄ  ｖａｌｉｄｉｔｙ  ｏｆ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｍｅａｓｕｒｅ−ｒｅｖｉｓｅｄ（ＳＬＡＭ−Ｒ）ｆｏｒ  ｍｅａｓｕｒｉｎｇ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｌｕｐｕｓ  １０：４０５−４０９．
１５．    Ｐｅｔｒｉ，Ｍ．，Ｂｕｙｏｎ，Ｊ．，ａｎｄ  Ｋｉｍ，Ｍ．１９９９．Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍａｊｏｒ  ｆｌａｒｅｓ  ｉｎ  ＳＬＥ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｔｒｉａｌｓ．Ｌｕｐｕｓ  ８：６８５−６９１．
１６．    Ｊｉｍｅｎｅｚ，Ｓ．，Ｃｅｒｖｅｒａ，Ｒ．，Ｆｏｎｔ，Ｊ．，ａｎｄ  Ｉｎｇｅｌｍｏ，Ｍ．２００３．Ｔｈｅ  ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｃｌｉｎ  Ｒｅｖ  Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２５：３−１２．
１７．    Ｒｏｏｄ，Ｍ．Ｊ．，ｔｅｎ  Ｃａｔｅ，Ｒ．，ｖａｎ  Ｓｕｉｊｌｅｋｏｍ−Ｓｍｉｔ，Ｌ．Ｗ．，ｄｅｎ  Ｏｕｄｅｎ，Ｅ．Ｊ．，Ｏｕｗｅｒｋｅｒｋ，Ｆ．Ｅ．，Ｂｒｅｅｄｖｅｌｄ，Ｆ．Ｃ．，ａｎｄ  Ｈｕｉｚｉｎｇａ，Ｔ．Ｗ．１９９９．Ｃｈｉｌｄｈｏｏｄ−ｏｎｓｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｉｃ  Ｌｕｐｕｓ  Ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ：ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ  ｉｎ  ３１  ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ  ２８：２２２−２２６．
１８．    Ｂｒｕｎｎｅｒ，Ｈ．Ｉ．，Ｓｉｌｖｅｒｍａｎ，Ｅ．Ｄ．，Ｔｏ，Ｔ．，Ｂｏｍｂａｒｄｉｅｒ，Ｃ．，ａｎｄ  Ｆｅｌｄｍａｎ，Ｂ．Ｍ．２００２．Ｒｉｓｋ  ｆａｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  ｄａｍａｇｅ  ｉｎ  ｃｈｉｌｄｈｏｏｄ−ｏｎｓｅｔ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ：ｃｕｍｕｌａｔｉｖｅ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ａｎｄ  ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎ  ｕｓｅ  ｐｒｅｄｉｃｔ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｄａｍａｇｅ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ４６：４３６−４４４．
１９．    Ｔａｎ，Ｅ．Ｍ．，Ｃｏｈｅｎ，Ａ．Ｓ．，Ｆｒｉｅｓ，Ｊ．Ｆ．，Ｍａｓｉ，Ａ．Ｔ．，ＭｃＳｈａｎｅ，Ｄ．Ｊ．，Ｒｏｔｈｆｉｅｌｄ，Ｎ．Ｆ．，Ｓｃｈａｌｌｅｒ，Ｊ．Ｇ．，Ｔａｌａｌ，Ｎ．，ａｎｄ  Ｗｉｎｃｈｅｓｔｅｒ，Ｒ．Ｊ．１９８２．Ｔｈｅ  １９８２  ｒｅｖｉｓｅｄ  ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ２５：１２７１−１２７７．
２０．    Ｈｏｃｈｂｅｒｇ，Ｍ．Ｃ．１９９７．Ｕｐｄａｔｉｎｇ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｃｏｌｌｅｇｅ  ｏｆ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ  ｒｅｖｉｓｅｄ  ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ４０：１７２５．
２１．    Ｔａｎ，Ｅ．Ｍ．，Ｆｅｌｔｋａｍｐ，Ｔ．Ｅ．，Ｓｍｏｌｅｎ，Ｊ．Ｓ．，Ｂｕｔｃｈｅｒ，Ｂ．，Ｄａｗｋｉｎｓ，Ｒ．，Ｆｒｉｔｚｌｅｒ，Ｍ．Ｊ．，Ｇｏｒｄｏｎ，Ｔ．，Ｈａｒｄｉｎ，Ｊ．Ａ．，Ｋａｌｄｅｎ，Ｊ．Ｒ．，Ｌａｈｉｔａ，Ｒ．Ｇ．，ｅｔ  ａｌ．１９９７．Ｒａｎｇｅ  ｏｆ  ａｎｔｉｎｕｃｌｅａｒ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｉｎ  “ｈｅａｌｔｈｙ”ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ４０：１６０１−１６１１．
２２．    Ａｌ−Ａｌｌａｆ，Ａ．Ｗ．，Ｏｔｔｅｗｅｌｌ，Ｌ．，ａｎｄ  Ｐｕｌｌａｒ，Ｔ．２００２．Ｔｈｅ  ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ  ａｎｄ  ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｏｆ  ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ａｎｔｉｎｕｃｌｅａｒ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｆｉｂｒｏｍｙａｌｇｉａ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ：２−４  ｙｅａｒｓ’ｆｏｌｌｏｗ−ｕｐ．Ｃｌｉｎ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ  ２１：４７２−４７７．
２３．    Ｓｔａｕｄ，Ｒ．２００４．Ｆｉｂｒｏｍｙａｌｇｉａ  ｐａｉｎ：ｄｏ  ｗｅ  ｋｎｏｗ  ｔｈｅ  ｓｏｕｒｃｅ？  Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ  １６：１５７−１６３．
２４．    Ｂｅｎｎｅｔｔ，Ｌ．，Ｐａｌｕｃｋａ，Ａ．Ｋ．，Ａｒｃｅ，Ｅ．，Ｃａｎｔｒｅｌｌ，Ｖ．，Ｂｏｒｖａｋ，Ｊ．，Ｂａｎｃｈｅｒｅａｕ，Ｊ．，ａｎｄ  Ｐａｓｃｕａｌ，Ｖ．２００３．Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  ａｎｄ  ｇｒａｎｕｌｏｐｏｉｅｓｉｓ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ  ｂｌｏｏｄ．Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １９７：７１１−７２３．
２５．    Ｂａｅｃｈｌｅｒ，Ｅ．Ｃ．，Ｂａｔｌｉｗａｌｌａ，Ｆ．Ｍ．，Ｋａｒｙｐｉｓ，Ｇ．，Ｇａｆｆｎｅｙ，Ｐ．Ｍ．，Ｏｒｔｍａｎｎ，Ｗ．Ａ．，Ｅｓｐｅ，Ｋ．Ｊ．，Ｓｈａｒｋ，Ｋ．Ｂ．，Ｇｒａｎｄｅ，Ｗ．Ｊ．，Ｈｕｇｈｅｓ，Ｋ．Ｍ．，Ｋａｐｕｒ，Ｖ．，ｅｔ  ａｌ．２００３．Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｉｎ  ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  ｂｌｏｏｄ  ｃｅｌｌｓ  ｏｆ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｓｅｖｅｒｅ  ｌｕｐｕｓ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ  １００：２６１０−２６１５．
２６．    Ｃｒｏｗ，Ｍ．Ｋ．，Ｋｉｒｏｕ，Ｋ．Ａ．，ａｎｄ  Ｗｏｈｌｇｅｍｕｔｈ，Ｊ．２００３．Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ＳＬＥ．Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ  ３６：４８１−４９０．
２７．    Ｋｉｒｏｕ，Ｋ．Ａ．，Ｌｅｅ，Ｃ．，Ｇｅｏｒｇｅ，Ｓ．，Ｌｏｕｃａ，Ｋ．，Ｐａｐａｇｉａｎｎｉｓ，Ｉ．Ｇ．，Ｐｅｔｅｒｓｏｎ，Ｍ．Ｇ．，Ｌｙ，Ｎ．，Ｗｏｏｄｗａｒｄ，Ｒ．Ｎ．，Ｆｒｙ，Ｋ．Ｅ．，Ｌａｕ，Ａ．Ｙ．，ｅｔ  ａｌ．２００４．Ｃｏｏｒｄｉｎａｔｅ  ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ａｌｐｈａ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ５０：３９５８−３９６７．
２８．    Ｉｔｏ，Ｔ．，Ａｍａｋａｗａ，Ｒ．，Ｉｎａｂａ，Ｍ．，Ｉｋｅｈａｒａ，Ｓ．，Ｉｎａｂａ，Ｋ．，ａｎｄ  Ｆｕｋｕｈａｒａ，Ｓ．２００１．Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｂｌｏｏｄ  ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌ  ｓｕｂｓｅｔｓ  ｂｙ  ＩＦＮｓ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６６：２９６１−２９６９．
２９．    Ｓａｎｔｉｎｉ，Ｓ．Ｍ．，Ｌａｐｅｎｔａ，Ｃ．，Ｌｏｇｏｚｚｉ，Ｍ．，Ｐａｒｌａｔｏ，Ｓ．，Ｓｐａｄａ，Ｍ．，Ｄｉ  Ｐｕｃｃｈｉｏ，Ｔ．，ａｎｄ  Ｂｅｌａｒｄｅｌｌｉ，Ｆ．２０００．Ｔｙｐｅ  Ｉ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  ａｓ  ａ  ｐｏｗｅｒｆｕｌ  ａｄｊｕｖａｎｔ  ｆｏｒ  ｍｏｎｏｃｙｔｅ−ｄｅｒｉｖｅｄ  ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ａｎｄ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ａｎｄ  ｉｎ  Ｈｕ−ＰＢＬ−ＳＣＩＤ  ｍｉｃｅ．Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １９１：１７７７−１７８８．
３０．    Ａｒｃｅ，Ｅ．，Ｊａｃｋｓｏｎ，Ｄ．Ｇ．，Ｇｉｌｌ，Ｍ．Ａ．，Ｂｅｎｎｅｔｔ，Ｌ．Ｂ．，Ｂａｎｃｈｅｒｅａｕ，Ｊ．，ａｎｄ  Ｐａｓｃｕａｌ，Ｖ．２００１．Ｉｎｃｒｅａｓｅｄ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ  ｏｆ  ｐｒｅ−ｇｅｒｍｉｎａｌ  ｃｅｎｔｅｒ  Ｂ  ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  ｐｌａｓｍａ  ｃｅｌｌ  ｐｒｅｃｕｒｓｏｒｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｂｌｏｏｄ  ｏｆ  ｃｈｉｌｄｒｅｎ  ｗｉｔｈ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６７：２３６１−２３６９．
３１．    Ｊｅｇｏ，Ｇ．，Ｂａｔａｉｌｌｅ，Ｒ．，ａｎｄ  Ｐｅｌｌａｔ−Ｄｅｃｅｕｎｙｎｃｋ，Ｃ．２００１．Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−６  ｉｓ  ａ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ  ｆｏｒ  ｎｏｎｍａｌｉｇｎａｎｔ  ｈｕｍａｎ  ｐｌａｓｍａｂｌａｓｔｓ．Ｂｌｏｏｄ  ９７：１８１７−１８２２．
３２．    Ｏｄｅｎｄａｈｌ，Ｍ．，Ｊａｃｏｂｉ，Ａ．，Ｈａｎｓｅｎ，Ａ．，Ｆｅｉｓｔ，Ｅ．，Ｈｉｅｐｅ，Ｆ．，Ｂｕｒｍｅｓｔｅｒ，Ｇ．Ｒ．，Ｌｉｐｓｋｙ，Ｐ．Ｅ．，Ｒａｄｂｒｕｃｈ，Ａ．，ａｎｄ  Ｄｏｒｎｅｒ，Ｔ．２０００．Ｄｉｓｔｕｒｂｅｄ  ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  Ｂ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  ｈｏｍｅｏｓｔａｓｉｓ  ｉｎ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ  ［Ｉｎ  Ｐｒｏｃｅｓｓ  Ｃｉｔａｔｉｏｎ］．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６５：５９７０−５９７９．
３３．    Ｓｈｏｄｅｌｌ，Ｍ．，Ｓｈａｈ，Ｋ．，ａｎｄ  Ｓｉｅｇａｌ，Ｆ．Ｐ．２００３．Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ  ｈｕｍａｎ  ｐｌａｓｍａｃｙｔｏｉｄ  ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌｓ  ａｒｅ  ｈｉｇｈｌｙ  ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ  ｔｏ  ｃｏｒｔｉｃｏｓｔｅｒｏｉｄ  ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ．Ｌｕｐｕｓ  １２：２２２−２３０．
３４．    Ｇｌａｄｍａｎ，Ｄ．Ｄ．，Ｉｂａｎｅｚ，Ｄ．，ａｎｄ  Ｕｒｏｗｉｔｚ，Ｍ．Ｂ．２００２．Ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎｄｅｘ  ２０００．Ｊ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ  ２９：２８８−２９１．
３５．    Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ，Ｒ．，Ｈａｓｔｉｅ，Ｔ．，Ｎａｒａｓｉｍｈａｎ，Ｂ．，ａｎｄ  Ｃｈｕ，Ｇ．２００２．Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ  ｏｆ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｙｐｅｓ  ｂｙ  ｓｈｒｕｎｋｅｎ  ｃｅｎｔｒｏｉｄｓ  ｏｆ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ  ９９：６５６７−６５７２．
３６．    Ｗｉｔｔｋｏｗｓｋｉ，Ｋ．Ｍ．，Ｌｅｅ，Ｅ．，Ｎｕｓｓｂａｕｍ，Ｒ．，Ｃｈａｍｉａｎ，Ｆ．Ｎ．，ａｎｄ  Ｋｒｕｅｇｅｒ，Ｊ．Ｇ．２００４．Ｃｏｍｂｉｎｉｎｇ  ｓｅｖｅｒａｌ  ｏｒｄｉｎａｌ  ｍｅａｓｕｒｅｓ  ｉｎ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｓｔｕｄｉｅｓ．Ｓｔａｔ  Ｍｅｄ  ２３：１５７９−１５９２．
３７．    Ｓｅｇａｌ，Ｅ．，Ｆｒｉｅｄｍａｎ，Ｎ．，Ｋａｍｉｎｓｋｉ，Ｎ．，Ｒｅｇｅｖ，Ａ．，ａｎｄ  Ｋｏｌｌｅｒ，Ｄ．２００５．Ｆｒｏｍ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ  ｔｏ  ｍｏｄｅｌｓ：ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ  ｃａｎｃｅｒ  ｕｓｉｎｇ  ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ．Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３７  Ｓｕｐｐｌ：Ｓ３８−４５．
３８．    Ｃｈｏｉ，Ｐ．，ａｎｄ  Ｃｈｅｎ，Ｃ．２００５．Ｇｅｎｅｔｉｃ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｐｒｏｆｉｌｅｓ  ａｎｄ  ｂｉｏｌｏｇｉｃ  ｐａｔｈｗａｙ  ａｌｔｅｒａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｃａｎｃｅｒ．
３９．    Ｔｈａｃｈ，Ｄ．Ｃ．，Ａｇａｎ，Ｂ．Ｋ．，Ｏｌｓｅｎ，Ｃ．，Ｄｉａｏ，Ｊ．，Ｌｉｎ，Ｂ．，Ｇｏｍｅｚ，Ｊ．，Ｊｅｓｓｅ，Ｍ．，Ｊｅｎｋｉｎｓ，Ｍ．，Ｒｏｗｌｅｙ，Ｒ．，Ｈａｎｓｏｎ，Ｅ．，ｅｔ  ａｌ．２００５．Ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ  ｏｆ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｓ  ｉｎ  ｂａｓｉｃ  ｍｉｌｉｔａｒｙ  ｔｒａｉｎｅｅｓ  ｗｉｔｈ  ｎｏｒｍａｌ，ｆｅｂｒｉｌｅ  ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ  ｉｌｌｎｅｓｓ，ａｎｄ  ｃｏｎｖａｌｅｓｃｅｎｔ  ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ．Ｇｅｎｅｓ  Ｉｍｍｕｎ．
４０．    Ｋｉｒｏｕ，Ｋ．Ａ．，Ｌｅｅ，Ｃ．，Ｇｅｏｒｇｅ，Ｓ．，Ｌｏｕｃａ，Ｋ．，Ｐｅｔｅｒｓｏｎ，Ｍ．Ｇ．，ａｎｄ  Ｃｒｏｗ，Ｍ．Ｋ．２００５．Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ａｌｐｈａ  ｐａｔｈｗａｙ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ  ａ  ｓｕｂｇｒｏｕｐ  ｏｆ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｌｕｐｕｓ  ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｕｓ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｄｉｓｔｉｎｃｔ  ｓｅｒｏｌｏｇｉｃ  ｆｅａｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  ａｃｔｉｖｅ  ｄｉｓｅａｓｅ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  ５２：１４９１−１５０３．
４１．    Ｗｉｔｔｋｏｗｓｋｉ，Ｋ．，Ｌｅｅ，Ｅ．，Ｎｕｓｓｂａｕｍ，Ｒ．，Ｃｈａｍｉａｎ，Ｆ．，ａｎｄ  Ｋｒｕｅｇｅｒ，Ｊ．Ｇ．２００４．Ｃｏｍｂｉｎｉｎｇ  ｓｅｖｅｒａｌ  ｏｒｄｉｎａｌ  ｍｅａｓｕｒｅｓ  ｉｎ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｓｔｕｄｉｅｓ．Ｓｔａｔｉｓｔ  Ｍｅｄ  ２３．
【図面の簡単な説明】
【０１６８】
本発明の特徴および利点をさらに完全に理解するために、添付する図面と一緒に本発明の詳細な説明を作成するための参考を作成し、図面には；
【図１】図１ａ〜１ｃは、受けた遺伝子レベルのマイクロアレイデータ分析に含まれる工程を表すマイクロアレイデータ分析法のスキーム（図１Ａ）、および提案されるモジュールデータ分析法（１ｂ）をまとめる。モジュール抽出アルゴリズムの完全サイズの提示は、図１ｃに提供する。図１ｃ：モジュール抽出アルゴリズム。データは定めた実験系（例えばエクスビボのＰＢＭＣ）の内容で生成される。転写プロファイルが幾つかの実験グループ（例えばＧ１−８）について得られる。各グループについて、遺伝子が類似の発現プロファイルに基づきｘクラスター（例えばｘ＝３０）付近に分布する（Ｋ−平均クラスタリングアルゴリズムを使用して）。異なる実験グループにわたる各遺伝子のクラスター分布が表に記録され、そして分布パターンが合う。モジュールがすべての実験グループをわたり同じクラスターに分布する最大の遺伝子組から始めて、反復プロセスを介して選択される（例えば８グループのうちの８つについて同じクラスター内に見いだされる）。選択はこのコア参照パターンから７／８、６／８および５／８の対合を持つ遺伝子へと拡大される。いったんモジュールが形成されれば、遺伝子は選択プールから引き出される。次いでこのプロセスを、遺伝子の２番目に大きいグループから始めて、厳密度のレベルを漸次下げながら進めて繰り返す。
【図２】図２ａ〜２ｄは患者の血中白血球転写プロファイルの分析を表し、そしてまとめる。図２ａは転移性黒色腫患者または肝移植受容体と、それらの各対照との間で差次的に発現される転写産物に関する発現パターンを表す通例の遺伝子レベルの分析の結果である（ｐ＜０．００１、マンホイットニーＵ検定）。クラスタリング分析は遺伝子を発現パターンに基づきグループ分けし、そして結果がヒートマップにより表される（過剰発現した転写産物＝赤、抑制発現した転写産物＝青；各遺伝子の発現は対照グループの中央発現値に対して標準化される）。（図２ｂ）モジュールレベルの分析：モジュール、Ｍ１．２、Ｍ１．３、Ｍ１．４およびＭ２．１において、患者について得られた遺伝子発現レベル（「黒色腫」または「移植」）、およびそれぞれ健康な有志のＰＢＭＣを比較した（ｐ＜０．０５、マン−ホイットニーのＵ検定）。パイチャートは、有意に変化した遺伝子の比率を示す。グラフは有意に変化した遺伝子の転写プロファイルを表し、各線は多くの条件（サンプル、ｘ−軸）をわたり１つの転写産物の発現レベル（ｙ−軸）を示す。各遺伝子の発現は、対照グループの中央発現値に対して標準化される。（中央パネル）２８個のＰＢＭＣ転写モジュールについて得られた結果を格子中に表す。座標はモジュールのＩＤ（例えばＭ２．８は行Ｍ２、カラム８）を示すために使用する。スポットは各モジュールについて有意に変化した遺伝子の比率を表す。赤点：過剰発現した遺伝子の比率（すなわち患者対健常者で増加した遺伝子活性）、青点：抑制されて発現した遺伝子の比率（すなわち患者対健常者で減少した遺伝子活性）。（下パネル）機能的解釈は色付きコードにより格子上で示す。各モジュールに関するさらに詳細な機能的説明は、追補の表１に見いだすことができる（横長の表として添付し、そして引用により本明細書に編入する）。図２ｃおよび２ｄ：モジュールは整合性のある転写および機能的単位を形成するａ）転写挙動における整合性は、２１名の健康な有志から得たサンプル組で具体的に説明される。これらのサンプルはモジュール選択工程で使用しなかった。グラフは転写プロファイルを表し、各線は多くの条件にわたり１つの転写産物の発現レベル（ｙ−軸）を示す（サンプル、ｘ−軸）。モジュール１．２、１．７、２．１および２．１１の転写プロファイルを示す。各遺伝子の発現は、すべてのサンプルをわたり遺伝子について得た測定値の中央値に対して標準化される。ｂ）要約中、用語の存在レベルは少なくとも１０の公報に関連するＭ３．１、Ｍ１．５、Ｍ１．３およびＭ１．２内のすべての遺伝子についてコンピューターで計算した（２６，０００以上の要約を表す）。キーワードプロファイルは各モジュールについて抽出し、そして選択を使用してこの図を生成した。要約中、キーワードの存在のレベルは色付きの尺度で示し、黄色は高い存在を示す。Ｍ３．１（例えばＳＴＡＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＯＡＳ２、ＭＸ２）はインターフェロンに関連し、Ｍ１．５（例えばＭＹＤ８８、ＤＣ８６、ＴＬＲ２、ＬＩＬＲＢ２、ＣＤ１６３）は病原体認識分子／ミエロイド系細胞に関連し、Ｍ１．３（例えばＣＤ１９，ＣＤ２２、ＣＤ７２Ａ、ＢＬＮＫ、ＰＡＸ５）はＢ細胞に関連し、そしてＭ１．２（例えばＩＴＧＡ２Ｂ、ＰＦ４、ＳＥＬＰ、ＧＰ６）は血小板に関連する。
【図３】図３ａ〜３ｃは有意性パターンの分析を示す。図３ａは、健康な有志と比較して第ＩＶ段階の黒色腫および肝移植患者の両方で有意に高いレベルで発現される遺伝子を表す。Ｐ−値は他の疾患：ＳＬＥ、ＧＶＨＤまたはインフルエンザウイルス（ＩｎｆｌｕｅｎｚａＡ）、大腸菌、連鎖球菌性肺炎（Ｓｔｒｅｐ．ｐｎｅｕｍｏ）、または黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈ．ａｕｒｅｕｓ）での急性感染で生じた遺伝子発現プロファイルから得た。これらの各コホートは、それらの各対照グループと比較された（これら実験の内容において集めた有志）。この遺伝子は上に列挙したすべての条件について作成したｐ−値の階層クラスタリングによりランク付けされる。Ｐ−値は色付棒に従い表示される：緑＝低いｐ−値／有意、白＝高いｐ−値／有意ではない。明確な有意パターンが同定される：Ｐ１＝偏在的；Ｐ２＝黒色腫および肝移植グループに最も特異的。図３ｂは黒色腫および肝移植グループに共通の偏在的および特異的遺伝子サインのモジュール分布を表す。２８のＰＭＢＣ転写モジュールについてＰ１（特異的−赤）およびＰ２（偏在的−青）の転写産物の分布が決定された。各モジュールについて、Ｐ１またはＰ２のいずれかと共有される遺伝子の比率を棒グラフで表す。図３ｃは免疫抑制の転写サインを表す。黒色腫および移植患者（Ｐ１）で最も特異的に過剰発現される転写産物には：（１）ＮＦ−ｋＢトランスロケーション；（２）インターロイキン−２生産およびシグナル伝達；（３）ＭＡＰＫ経路およひ（４）細胞増殖；を阻害する免疫応答のリプレッサーを含む。これら因子の幾つかは十分に特性決定された抗−炎症分子であり、そして他のはアネルジーＴ細胞で発現される。
【図４】疾患特異的な発現ベクターの特性決定を導く選択工程を表すスキームを示す。
【図５】図５ａ〜５ｇは治療の開始前にサンプル採取した小児ＳＬＥ患者群から同定された免疫転写ベクターの幾つかを示す。レーダープロット上の各線は、患者のプロファイルを表す。図５ａでは、太い線がこの患者グループに関する平均標準化発現プロファイルを表す。プロファイルは健康な有志（図５ｂ）および処置を受けている小児ＳＬＥ患者（図５ｃ）の独立したコホートから単離したＰＭＢＣに関する同じベクター組を使用して作成した。処置した（緑）および未処置（オレンジ）ＳＬＥ患者のコホートについて平均した標準化発現プロファイルがプロットされる（図５ｄ）。患者のプロファイルは処置にかかわらず臨床的活性（ＳＬＥＤＡＩ）の基準に基づき同じベクター上にプロットされた。低い疾患活性（０から６のＳＬＥＤＡＩ）の患者を図５ｅで表し、そして高い疾患活性（１４から２８のＳＬＥＤＡＩ）の患者を（図５ｆ）に表す。さらに図５ｇのパネルでは、処置した小児ＳＬＥ患者についてモジュール転写の変化をまとめた。
【図６】図６ａ〜６ｃは治療の開始前にサンプル採取した小児ＳＬＥ患者群から同定された免疫転写ベクターを示す。レーダープロット上の各線は、患者のプロファイルを表す。太い線はこの患者グループに関する平均標準化発現プロファイルを表す。プロファイルは処置中の成人ＳＬＥ患者（図６ａ）、健康な成人（図６ｂ）および線維筋痛症と診断された成人患者（図６ｃ）から単離したＰＭＢＣについてのこのベクター組を使用して作成した。
【図７】臨床的ＳＬＥ疾患活性指数（ＳＬＥＤＡＩ）と相関する転写ベクターＭ１．７ＳＬＥ、Ｍ２．２ＳＬＥ、Ｍ２．４ＳＬＥ、Ｍ２．８ＳＬＥおよびＭ３．１ＳＬＥを構成する遺伝子の発現プロファイルを表す。グラフは１２名の健康な個体および２１名の未処置小児ＳＬＥ患者において、各ベクターを形成する個別の転写産物の発現レベルを表す。各ベクターを形成する転写産物全体の平均発現値は、黄色いグラフ上に示す。平均ベクター発現値とＳＬＥＤＡＩとの間の相関を以下に示す（スペルマン相関）。
【図８】図８ａおよび８ｂは、ベクターＭ１．７ＳＬＥ、Ｍ２．２ＳＬＥ、Ｍ２．４ＳＬＥ、Ｍ２．８ＳＬＥ、Ｍ３．１ＳＬＥおよびＳＬＥＤＡＩ（ｘ軸）を形成する遺伝子の平均化発現値を使用して得た多変量マイクロアレイスコア（または「ゲノムスコア」）のスペルマン相関を示すグラフである。（ａ）スコアは２２名の未処置小児ＳＬＥ患者について得た。（ｂ）同じ分析を、異なる併用療法を受けている３１名の小児ＳＬＥ患者に適用した。
【図９】図９ａおよび９ｂは、長期間追跡した（ｘ軸）小児患者のＳＬＥＤＡＩスコア（青、右ｙ軸）、およびマイクロアレイスコア（赤、左ｙ軸）を表す（図９ａ）。サンプリング間に経過した時間は、月で示す。図９ｂは長期間追跡した（ｘ軸）小児患者のＳＬＥＤＡＩスコア（青、右軸）およびＵ−スコア（赤、左ｙ軸）を表す。サンプリング間に経過した時間は、月で示す。
【図１０】２つの異なるマイクロアレイ平板：アフィメトリックスＵ１３３Ａ＆Ｂ  ＧｅｎｅＣｈｉｐｓおよびイルミナＳｅｎｔｒｉｘ  Ｈｕｍａｎ  Ｒｅｆ８  ＢｅａｄＣｈｉｐｓで分析した、健康な供与体および肝移植受容体からのＰＭＢＣサンプルを使用した相互平板比較である。同じ起源の全ＲＮＡを使用して、ビオチン−標識化ｃＲＮＡ標的を独立して調製した。結果は両平板で見いだされた転写産物について示す。各遺伝子の発現は、すべてのサンプルをわたり得た測定の中央値に対して標準化する。各転写モジュールを形成する遺伝子の平均化発現値を、アフィメトリックスおよびイルミナの両平板について表す。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ−１】
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【図１Ｂ−２】
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【図１Ｃ−１】
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【図１Ｃ−２】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４Ａ−４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図５Ｅ】
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【図５Ｆ】
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【図５Ｇ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図６Ｃ】
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【図７Ａ−７Ｂ】
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【図７Ｃ−７Ｄ】
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【図７Ｅ】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図９Ａ−１−９Ａ−６】
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【図９Ａ−７−９Ａ−１０】
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【図９Ｂ−１−９Ｂ−６】
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【図９Ｂ−７−９Ｂ−１０】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１０Ｃ】
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【国際調査報告】
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