(57)【要約】本発明は、単離されたHERVポリペプチド；および、HERVポリペプチドを含む免疫原性組成物を含む組成物を提供する。本発明は、HERVポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を含む免疫原性組成物を提供する。この免疫原性組成物は、レンチウイルスペプチドに対するT細胞免疫応答を刺激するために有用である。本発明はさらに、個体において、レトロウイルスまたはレンチウイルス感染細胞に対する免疫応答を刺激する方法を提供する。本発明はさらに、HERVポリペプチドを発現する癌を処置する方法を提供する。また、HERVポリペプチドに対する免疫応答を減少させる段階を含む、障害を処置する方法も提供される。2009544614.tif 000013
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト内在性レトロウイルス（HERV）ポリペプチドおよび薬学的に許容される担体を含む、免疫原性組成物。
【請求項２】
HERVポリペプチドが、SEQ ID NO:1〜25のいずれか一つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項1記載の免疫原性組成物。
【請求項３】
非経口的投与のために製剤化されている、請求項1記載の免疫原性組成物。
【請求項４】
粘膜組織への投与のために製剤化されている、請求項1記載の免疫原性組成物。
【請求項５】
アジュバントをさらに含む、請求項1記載の免疫原性組成物。
【請求項６】
アジュバントが、水酸化アルミニウム、MF59、またはモノホスホリル脂質Aを含む、請求項5記載の免疫原性組成物。
【請求項７】
ヒト内在性レトロウイルス（HERV）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を含む、免疫原性組成物。
【請求項８】
HERVポリペプチドが、SED ID NO:1〜25のいずれか一つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項7記載の免疫原性組成物。
【請求項９】
非経口的投与のために製剤化されている、請求項7記載の免疫原性組成物。
【請求項１０】
粘膜組織への投与のために製剤化されている、請求項7記載の免疫原性組成物。
【請求項１１】
核酸が組換えベクターである、請求項7記載の免疫原性組成物。
【請求項１２】
組換えベクターが組換えウイルスベクターである、請求項11記載の免疫原性組成物。
【請求項１３】
個体において、病原性ウイルスに感染した宿主細胞に対するTリンパ球応答を誘導する方法であって、請求項1または請求項7記載の免疫原性組成物を個体に投与する段階を含む、方法。
【請求項１４】
Tリンパ球応答が、CD8＋ T細胞応答またはCD4＋ T細胞応答を含む、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
Tリンパ球応答が粘膜Tリンパ球応答を含む、請求項13記載の方法。
【請求項１６】
病原性ウイルスがヒト免疫不全ウイルスである、請求項13記載の方法。
【請求項１７】
個体が病原性ウイルスに感染していない、請求項13記載の方法。
【請求項１８】
個体が病原性ウイルスに感染している、請求項13記載の方法。
【請求項１９】
請求項1または請求項7記載の免疫原性組成物を個体に投与する段階を含む、個体において、HERV発現を有しかつ癌細胞の表面上にHERVエピトープを提示している癌細胞に対するTリンパ球応答を誘導する方法。
【請求項２０】
単離されたヒト内在性レトロウイルス（HERV）ポリペプチド。
【請求項２１】
単離されたヒト内在性レトロウイルス（HERV）ポリペプチドを含む組成物。
【請求項２２】
無刺激のCD8＋ T細胞の集団を抗原提示プラットフォームと関連するHERVペプチドとインビトロで接触させる段階を含む、ヒト内在性レトロウイルス（HERV）ペプチドに特異的なCD8＋ T細胞の集団を生成する方法であって、該接触させる段階がHERVペプチド特異的CD8＋ T細胞の集団の産生を提供する、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、2006年7月21日に出願された米国特許仮出願第60/832,465号の恩典を主張し、該出願は全体として参照により本明細書に組み入れられる。
【背景技術】
【０００２】
背景
ヒト内在性レトロウイルス配列は、ドラフトヒトゲノムの8.29％を占める。それらの普及は、生殖系列に入りかつ宿主細胞と休戦を確立した過去のレトロウイルス感染性病原体の蓄積に起因している。宿主により取り込まれた内因性レトロウイルス由来の遺伝子は、マウスにおけるFv1およびFv4によるウイルス防御、およびシンシチン（syncitin）を通して媒介されるヒトの胎盤の発生における細胞融合を含む、いくつかの細胞過程において活性を有する参加者であることが見いだされている。HERV転写物は、T細胞を含む、正常組織および癌性組織の両方において検出されているが、正常細胞の機能および発癌におけるそれらの役割は不明瞭である。HERV転写を促進する細胞条件はあまり理解されていないが、APOBECが内因性レトロウイルスの制御において役割を果たすことが示されている。
【０００３】
文献
Griffiths (2001) Genome Biology 2:1017.1-1017.5（非特許文献1）; Muller and De Boer (2006) PLoS Pathogens 2:0149（非特許文献2）; Nelson et al. (2003) J. Clin. Pathol: Mol. Pathol. 56:11-18（非特許文献3）; Contreras-Galindo et al. (2007) AIDS Res. Human Retrovir. 23:116-122（非特許文献4）; 米国特許出願公開第2005/0118573号（特許文献1）; Rakoff-Nahoum et al. (2006) AIDS Res. Human Retrovir. 22:52-56（非特許文献5）; Schiavetti et al. (2002) Cancer Res. 62:5510-5516（非特許文献6）; Buscher et al. (2005) Cancer Res. 65:4172（非特許文献7）; Clerici et al. (1999) J. Neuroimmunol. 99:173（非特許文献8）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】米国特許出願公開第2005/0118573号
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Griffiths (2001) Genome Biology 2:1017.1-1017.5
【非特許文献２】Muller and De Boer (2006) PLoS Pathogens 2:0149
【非特許文献３】Nelson et al. (2003) J. Clin. Pathol: Mol. Pathol. 56:11-18
【非特許文献４】Contreras-Galindo et al. (2007) AIDS Res. Human Retrovir. 23:116-122
【非特許文献５】Rakoff-Nahoum et al. (2006) AIDS Res. Human Retrovir. 22:52-56
【非特許文献６】Schiavetti et al. (2002) Cancer Res. 62:5510-5516
【非特許文献７】Buscher et al. (2005) Cancer Res. 65:4172
【非特許文献８】Clerici et al. (1999) J. Neuroimmunol. 99:173
【発明の概要】
【０００６】
本発明は、単離されたHERVポリペプチド；および、HERVポリペプチドを含む、免疫原性組成物を含む組成物を提供する。本発明は、HERVポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を含む免疫原性組成物を提供する。免疫原性組成物は、レンチウイルスペプチドに対するT細胞免疫応答を刺激するために有用である。本発明はさらに、個体においてレトロウイルスまたはレンチウイルス感染細胞に対する免疫応答を刺激する方法を提供する。本発明はさらに、HERVポリペプチドを発現する癌を処置する方法を提供する。また、HERVポリペプチドに対する免疫応答を減少させる段階を含む、障害を処置する方法も提供される。
【図面の簡単な説明】
【０００７】
【図１】図1Aおよび図1Bは、HIV陽性および陰性個体の血漿におけるHERV-K転写物の発現を示す。
【図２】Gagおよび逆転写酵素タンパク質のセグメントを示す、HIV HXB-2および種々のHERV挿入物のHERV/HIVアミノ酸アラインメントを示す。
【図３】HIV陽性および陰性の個体におけるHERVおよびHIV抗原に対するELISPOT T細胞応答を示す。
【図４】抗HERV T細胞応答とHIV-1血漿ウイルス負荷との間の逆相関を示す。
【図５】HERV-L IQ10特異的CD8＋ T細胞の細胞障害活性を測定するための51Cr放出アッセイの結果を示す。
【図６】HERV-K逆転写酵素のアミノ酸配列を示す。
【図７Ａ】HERV-L逆転写酵素のアミノ酸配列を示す。
【図７Ｂ】HERV-L逆転写酵素をコードするヌクレオチド配列を示す。
【図８Ａ】HERV-Hエンベロープのアミノ酸配列を示す。
【図８Ｂ】HERV-Lエンベロープをコードするヌクレオチド配列を示す。
【発明を実施するための形態】
【０００８】
定義
「生物学的試料」は、個体から取得される様々な試料タイプを包含し、かつ診断またはモニタリングアッセイにおいて使用され得る。定義は、血液および生物学的起源の他の液体試料、生検標本などの固体組織試料、または組織培養もしくはそれら由来の細胞およびそれらの子孫を包含する。定義はまた、獲得後に、試薬での処置；洗浄；またはCD4＋ Tリンパ球、CD8＋ Tリンパ球、グリア細胞、マクロファージ、癌細胞、末梢血単核球（PBMC）等などのある特定の細胞集団のための濃縮などの任意の方法で操作されている試料も含む。「生物学的試料」という用語は、臨床試料を包含し、かつ、培養における細胞、細胞上清、組織試料、器官、骨髄、血液、血漿、血清、脳脊髄液なども含む。
【０００９】
「レトロウイルス」という用語は、当技術分野において周知であり、例えば、ガンマレトロウイルス属（例えば、マウス乳癌ウイルス）；イプシロンレトロウイルス属；アルファレトロウイルス属（例えば、トリ白血病ウイルス）；ベータレトロウイルス属；デルタレトロウイルス属（例えば、ウシ白血病ウイルス；ヒトTリンパ球向性ウイルス（HTLV））；レンチウイルス属；およびスプマウイルス属を含む、一本鎖、プラスセンスのエンベロープを有するRNAウイルスを含む。本明細書において使用されるような「レンチウイルス」という用語は、レトロウイルス科のウイルスの属を指し、ヒト免疫不全ウイルス-1（HIV-1）；ヒト免疫不全ウイルス-2（HIV-2）；サル免疫不全ウイルス（SIV）；およびネコ免疫不全ウイルス（FIV）を含む。
【００１０】
「遺伝子送達媒体」とは、関心対象の一つまたは複数の遺伝子またはヌクレオチド配列を送達することができ、かついくつかの態様内では宿主細胞において発現することができる構築物を指す。そのような媒体の代表例は、ウイルスベクター、核酸発現ベクター、裸のDNA、およびある特定の真核細胞（例えば、産生細胞）を含む。
【００１１】
「機能的に連結される」とは、説明される成分がその有用な機能を果たすように配置されている要素の配置を指す。したがって、コード配列に機能的に連結される制御要素は、コード配列の発現をもたらすことができる。制御要素は、コード配列の発現を指示するように機能する限り、コード配列と隣接している必要はない。したがって例えば、プロモーター配列とコード配列との間に、介在する翻訳されないが転写される配列が存在し得、プロモーター配列はなおコード配列に「機能的に連結される」と考えられ得る。
【００１２】
本明細書において使用される、「単離された」という用語は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、または細胞が天然に存在する環境とは異なる環境にあるポリヌクレオチド、ポリペプチド、または細胞を説明するように意図される。単離された遺伝子改変宿主細胞が、遺伝子改変宿主細胞の混合された集団中に存在してもよい。単離されたポリペプチドは、いくつかの態様において合成であると考えられる。「合成ポリペプチド」はアミノ酸から構築され、当業者に公知である手順を用いて、インビトロで、例えば無細胞化学合成で化学的に合成される。
【００１３】
「精製された」により、関心対象の化合物（例えば、ポリペプチド）が天然においてそれに付随する成分から分離されていることが意図される。「精製された」とはまた、製造の間に（例えば、化学合成において）付随し得る成分から分離されている関心対象の化合物を指すように使用され得る。いくつかの態様において、化合物は、天然に会合しているかまたは製造の間に会合している有機分子を少なくとも50重量％〜60重量％含まない場合に、実質的に純粋である。いくつかの態様において、調製物は、関心対象の化合物の少なくとも75重量％、少なくとも90重量％、少なくとも95重量％、または少なくとも99重量％である。実質的に純粋な化合物は、例えば、天然起源（例えば、細菌）からの抽出、化合物を化学的に合成する段階、または精製と化学的修飾の組み合わせにより取得され得る。実質的に純粋な化合物はまた、例えば、関心対象の抗体に結合する化合物を有する試料を濃縮する段階によっても取得され得る。純度は、任意の適切な方法、例えば、クロマトグラフィー、質量分析法、高速液体クロマトグラフィー解析などにより測定され得る。
【００１４】
HERVポリペプチド融合タンパク質がHERVポリペプチドおよび異種のポリペプチドを含むHERVポリペプチドの文脈において本明細書で使用されるような「異種の」という用語は、HERVポリペプチド以外であるポリペプチド、例えば、HERVポリペプチドと通常会合していないポリペプチドを指す。例えば、異種のポリペプチドはHERV抗原性ポリペプチドと有意なアミノ酸配列同一性を有さず、例えば、異種のポリペプチドは、HERV抗原性ポリペプチドと約50％未満、約40％未満、約30％未満、または約20％未満のアミノ酸配列同一性を有する。
【００１５】
「抗原」とは、抗体分子が特異的に結合する可能性がある任意の物質を含むように本明細書において定義される。「免疫原」とは、抗原特異的免疫応答をもたらすリンパ球活性化を開始することができる抗原である。
【００１６】
「エピトープ」により、特異的なB細胞および／またはT細胞が応答する抗原上の部位が意図される。この用語はまた、「抗原決定基」または「抗原決定部位」と互換的に使用され得る。タンパク質、多糖、または他の生体高分子上のB細胞エピトープ部位は、フォールディングによって寄せ集められているマクロ分子の様々な部位由来の部分から構成されてもよい。直鎖状配列において不連続であるがフォールディングされた立体構造においては連続的である高分子のセグメントから部位が構成されているため、この種のエピトープは立体構造エピトープまたは不連続エピトープと称される。生体高分子または他の分子の単一のセグメントから構成されるエピトープは、連続エピトープまたは直鎖状エピトープと呼ばれる。T細胞エピトープは、一般に直鎖状ペプチドである。同じエピトープを認識する抗体は、標的抗原への別の抗体の結合を妨げるある抗体の能力を示す単純な免疫アッセイにおいて同定され得る。
【００１７】
「癌」、「新生物」、および「腫瘍」という用語は、細胞増殖の制御の有意な損失により特徴付けられる異常な増殖表現型を示すように、比較的自律性の増殖を示す細胞を指すために、本明細書において互換的に使用される。本出願における処置のための関心対象の細胞は、前癌性、悪性、前転移性（pre-metastatic）、転移性、および非転移性細胞、ならびにインサイチューでの癌腫を含む。
【００１８】
「癌性表現型」とは、一般に、癌のタイプと共に変化し得る、癌性細胞の特徴である様々な生物学的現象の任意のものを指す。癌性表現型は、例えば、細胞成長もしくは増殖における異常（例えば、制御されない成長もしくは増殖）、細胞周期の調節、細胞移動性、細胞‐細胞相互作用、または転移などにおける異常によって一般に同定される。
【００１９】
「対象」、「個体」、「宿主」、および「患者」という用語は、ネズミ（ラット、マウス）、ネコ、非ヒト霊長類（例えば、サル）、ヒト、イヌ、有蹄動物などを含むがそれらに限定されない哺乳動物を指すために、本明細書において互換的に使用される。
【００２０】
「処置」、「処置する段階」、「処置する」などの用語は、所望の薬理学的および／または生理学的効果を取得する段階を一般に指すために本明細書において使用される。効果は、疾患もしくはその症状を完全にもしくは部分的に予防する点で予防的であってもよいし、ならびに／または、疾患および／もしくは疾患に起因する有害作用の部分的もしくは完全な安定化もしくは治癒の点で治療的であってもよい。本明細書において使用されるような「処置」とは、哺乳動物、特にヒトにおける疾患の任意の処置に及び、かつ以下の段階を含む：（a）疾患または症状にかかりやすい可能性があるがまだそれらを有すると診断されていない対象において疾患または症状が起きるのを予防する段階；（b）疾患症状を阻害する段階、すなわち、その発生を停止させる段階；または（c）疾患症状を軽減させる段階、すなわち、疾患または症状の後退を引き起こす段階。
【００２１】
本発明がさらに説明される前に、本発明は、説明される特定の態様に限定されず、そのようなものとして当然変化してもよいことが理解されるべきである。また、本発明の範囲は添付の特許請求の範囲によってのみ限定されると考えられるため、本明細書において使用される用語は特定の態様のみを説明する目的のためであり、限定するように意図されないことも理解されるべきである。
【００２２】
値の範囲が提供される場合、その範囲の上限と下限との間の、文脈が特に規定しない限り下限の単位の10分の1までの各々の介在する値、および述べられた範囲における任意の他の述べられた値または介在する値が、本発明内に包含される。これらのより小さい範囲の上限および下限は、独立してより小さい範囲に含まれてもよく、本発明内にまた包含され、述べられた範囲における任意の具体的に除外された限界にしたがう。述べられた範囲が一つまたは両方の限界を含む場合、いずれかまたは両方のそれらの含まれた限界を除外する範囲もまた本発明に含まれる。
【００２３】
特に定義しない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書において説明されるものと類似したまたは同等の任意の方法および材料もまた本発明の実施または試験において使用され得るが、好ましい方法および材料が目下説明される。本明細書において言及されるすべての刊行物は、刊行物が引用されるのと関連した方法および／または材料を開示および説明するために参照により本明細書に組み入れられる。
【００２４】
本明細書および添付の特許請求の範囲において使用される、単数形「一つの（a）」、「および（and）」、および「その（the）」は、文脈が特に規定しない限り、複数の指示物を含むことが留意されなければならない。したがって、例えば、「ヒト内在性レトロウイルスポリペプチド」への言及は、多数のそのようなポリペプチドを含み、「免疫原性組成物」への言及は、一つまたは複数の免疫原性組成物、および当業者に公知であるその同等物への言及を含む。添付の特許請求の範囲は任意の随意的要素を除外するように起草されている可能性があることが、さらに留意される。このように、本陳述は、「単に」、「のみ」、および請求要素の詳説と関連した同様のものなどの除外的な用語の使用、または「否定的」限定の使用について優先する根拠として働くことが意図される。
【００２５】
本明細書において議論される刊行物は、単に本出願の出願日より前の開示について提供されている。本明細書におけるいかなるものも、先行発明により本発明がそのような刊行物に先行する権利を有さないことの承認として解釈されるべきではない。さらに、提供された刊行物の日付は実際の刊行日とは異なる可能性があり、これは独立して確認される必要があり得る。
【００２６】
詳細な説明
本発明は、単離されたHERVポリペプチド；および、HERVポリペプチドを含む、免疫原性組成物を含む組成物を提供する。本発明は、HERVポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を含む免疫原性組成物を提供する。免疫原性組成物は、レンチウイルスペプチドに対するT細胞免疫応答を刺激するために有用である。本発明はさらに、個体においてレトロウイルスまたはレンチウイルス感染細胞に対する免疫応答を刺激する方法を提供する。本発明はさらに、癌性細胞がHERVポリペプチドを発現する癌を処置する方法を提供する。また、HERVポリペプチドに対する免疫応答を減少させる段階を含む、障害を処置する方法も提供される。
【００２７】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物は、レンチウイルス感染細胞、例えば、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）感染細胞に特異的なT細胞免疫応答を誘導する。HERVポリペプチドにより提示されるエピトープは、エピトープに対するT細胞免疫応答を刺激または増強する。HERVエピトープがレンチウイルス感染細胞の表面上にも存在する場合、レンチウイルス感染細胞に対するT細胞応答もまた起きる。「T細胞免疫応答」は、以下の一つまたは複数を含む：（1）HERVエピトープに特異的なCD4＋ T細胞の数および／または活性における増加；（2）HERVエピトープに特異的なCD8＋ T細胞の数および／または活性（例えば、細胞障害活性）における増加；ならびに（3）Th2型免疫応答を誘導するかまたは示すサイトカインの分泌。Th2免疫応答を誘導するかまたは示すサイトカインは、インターフェロン-γ（IFN-γ）、IL-2、および腫瘍壊死因子-α（TNF-α）を含むが、それらに限定されない。対象免疫原性組成物で刺激されたT細胞免疫応答は、粘膜T細胞免疫応答および全身性T細胞免疫応答を含む。
【００２８】
対象免疫原性組成物は、静脈内投与、皮下投与、または他の非経口的投与経路に適する製剤；粘膜組織への投与に適する製剤などを含む様々な方法の任意のものにおいて、製剤化されてもよい。本発明は、対象免疫原性組成物を含む薬学的製剤を提供する。
【００２９】
本発明はさらに、レンチウイルス感染（例えば、HIV感染）に対する処置への患者の応答のモニタリングにおける使用に適するHERVポリペプチド組成物を提供する。したがって、本発明はさらに、レンチウイルス感染（例えば、HIV感染）に対する処置への患者の応答をモニタリングするための方法を提供する。
【００３０】
単離されたHERVポリペプチド
本発明は、単離されたHERVポリペプチド、およびHERVポリペプチドを含む組成物を提供する。単離されたHERVポリペプチドは、例えば、免疫原性組成物を生成する段階（例えば、個体においてHERVポリペプチドに対する免疫応答を増強するため)；免疫調節性組成物を生成する段階（例えば、個体においてHERVポリペプチドに対する免疫応答を減少させるため）；治療、例えば、レンチウイルス感染に対する治療への患者の応答をモニタリングする段階；疾患を段階分けする段階；疾患を検出する段階；および養子移植法のためにCD8＋ T細胞を生成する段階における使用を見いだす。
【００３１】
HERVポリペプチド
HERVポリペプチドは、任意のHERV綱または群、例えば、HERV-W、HERV-H、HERV-K、HERV-L、およびHERV-S、ならびにそれらの任意の亜群によりコードされるポリペプチドを含む。HERV綱、群、および亜群は、当技術分野において公知である。例えば、Griffiths (2001) Genome Biology 2:1017.1-1017.5を参照されたい。
【００３２】
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは、HERVにコードされたポリペプチドのアミノ酸配列と少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、または100％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列の約9、10、11、12、13〜15、15〜17、17〜20、20〜25、25〜50、50〜75、75〜100、100〜150、150〜200、200〜250、250〜300、300〜350、もしくは350〜400個、またはより多い連続的なアミノ酸を含むポリペプチドを含む。HERVにコードされたポリペプチドは、Gag-Pro-Pol領域によりコードされたポリペプチド、およびHERVのenv領域によりコードされたポリペプチドを含む。
【００３３】
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは、HIVにコードされたタンパク質における同じ長さのストレッチと少なくとも約35％、少なくとも約40％、少なくとも約45％、少なくとも約50％、少なくとも約55％、少なくとも約60％、少なくとも約65％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、または100％のアミノ酸配列同一性を有する、約9、10、11、12、13〜15、15〜17、17〜20、もしくは20〜25個、またはより多い連続的なアミノ酸のストレッチを含む。
【００３４】
単離された対象HERVポリペプチドは、長さが9アミノ酸から天然に存在するHERVポリペプチドの長さまでであり得、例えば、HERVポリペプチドは、9アミノ酸（aa）、10 aa、11 aa、12〜15 aa、15〜20 aa、20〜25 aa、25〜30 aa、30〜40 aa、40〜50 aa、50〜100 aa、または100より長いアミノ酸、例えば、100 aa〜150 aa、150 aa〜200 aaであり得る。
【００３５】
HERVにコードされたポリペプチドの例示的、非限定的な例は、GenBankアクセッション番号AAD51797（HERV-K Gag-Pro-Polタンパク質）；AAD51798（HERV-K envタンパク質）；CAA13576；AJ233632；AF108843などにおいて見いだされる。
【００３６】
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは、SEQ ID NO:26：
2009544614.tif 000002
に記載のアミノ酸配列と少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、または100％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列の約9、10、11、12、13〜15、15〜17、17〜20、20〜25、25〜50、50〜75、75〜80、または80〜87個の連続的なアミノ酸を含むポリペプチドを含む。
【００３７】
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは、SEQ ID NO:27：
2009544614.tif 000003
に記載のアミノ酸配列と少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、または100％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列の約9、10、11、12、13〜15、15〜17、17〜20、20〜25、25〜30、30〜35、35〜40、または40〜43個の連続的なアミノ酸を含むポリペプチドを含む。
【００３８】
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは、SEQ ID NO:28：
2009544614.tif 000004
に記載のアミノ酸配列と少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、または100％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列の約9、10、11、12、13〜15、15〜17、17〜20、20〜25、25〜30、30〜35、35〜40、40〜45、45〜50、50〜55、または55〜58個の連続的なアミノ酸を含むポリペプチドを含む。
【００３９】
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは、SEQ ID NO:29：
2009544614.tif 000005
に記載のアミノ酸配列と少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、または100％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列の約9、10、11、12、13〜15、15〜17、17〜20、20〜25、25〜30、30〜35、35〜40、40〜45、45〜50、50〜55、55〜60、60〜65、または65〜71個の連続的なアミノ酸を含むポリペプチドを含む。
【００４０】
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは、SEQ ID NO:30：
2009544614.tif 000006
に記載のアミノ酸配列と少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、または100％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列の約9、10、11、12、13〜15、15〜17、17〜20、20〜25、25〜30、または30〜35個の連続的なアミノ酸を含むポリペプチドを含む。
【００４１】
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは、例えば、図6、7A、および8Aにそれぞれ示されるようなSEQ ID NO:31、32、および34のいずれか一つに記載のアミノ酸配列と少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、または100％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列の約9、10、11、12、13〜15、15〜17、17〜20、20〜25、25〜30、30〜35、35〜50、もしくは50〜100個、またはより多い連続的なアミノ酸を含むポリペプチドを含む。
【００４２】
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは、以下のアミノ酸配列の一つまたは複数を含む。
2009544614.tif 000007
【００４３】
ある特定の態様において、以下のペプチドは具体的に除外される：FLQFKTWWI（SEQ ID NO:13）；PPESQYGYP（SEQ ID NO:24）；およびPTVEARYK（SEQ ID NO:23）。
【００４４】
融合タンパク質
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは融合タンパク質であり、例えば、HERV融合タンパク質は、「融合パートナー」とも称される異種のタンパク質に共有結合的に連結されたHERVポリペプチドを含む。いくつかの態様において、融合パートナーはHERVタンパク質のN末端に結合され、例えば、NH2-融合パートナー-HERV-COOHである。他の態様において、融合パートナーはHERVタンパク質のC末端に結合され、例えば、NH2-HERV-融合パートナー-COOHである。他の態様において、融合パートナーはHERVタンパク質の内部であり、例えば、NH2-(HERV)1-FP-(HERV2-COOH)2（式中、FPは融合パートナーであり、HERV1およびHERV2はそれぞれHERVのN末端およびC末端領域である）である。
【００４５】
適当な融合パートナーは、血球凝集素、FLAG、mycなどを含むがそれらに限定されないエピトープタグなどの免疫学的タグ；蛍光タンパク質、酵素（例えば、β-ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼなど）などを含むがそれらに限定されない検出可能なシグナルを提供するタンパク質；融合タンパク質の精製または単離を促進するポリペプチド、例えば、6Hisタグなどの金属イオン結合ポリペプチド、グルタチオン-S-トランスフェラーゼなど；細胞内局在を提供するポリペプチド；および細胞からの分泌を提供するポリペプチドを含むが、それらに限定されない。検出可能なシグナルを提供する融合パートナーはまた「レポーター」とも称される。いくつかの態様において、融合パートナーは、HERVポリペプチド以外の免疫調節性ポリペプチド、例えば、抗原、サイトカインなどである。
【００４６】
多量体化HERVポリペプチド
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは多量体化され、例えば、2種類またはそれ以上のHERVポリペプチドが直列に連結される。多量体は、二量体、三量体、四量体、五量体などを含む。単量体HERVポリペプチドは、直接的またはリンカーを介して互いに連結される。したがって、いくつかの態様において、対象HERVポリペプチドは、式(X1-(Y)0-40-X2-(Y)0-40)n（式中、X1およびX2はHERVポリペプチドであり、Yはリンカーであり、nは1〜約10の整数（例えば、n＝1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10）である）を有する。リンカーが使用される場合、Yは一つもしくは複数のアミノ酸、または他の連結基である。X1およびX2は同じであるかまたは異なることができ、例えば、同じアミノ酸配列を有し得るか、またはアミノ酸配列において互いに異なり得る。したがって、例えば、対象HERVポリペプチドは、式X1-(Y)0-40-X2を有し得、例えば、ここでHERVポリペプチドは二量体である。別の例として、対象HERVポリペプチドは、式X1-(Y)0-40-X2-(Y)0-40-X3を有し得、例えば、ここでHERVポリペプチドは三量体である。
【００４７】
Yがスペーサーペプチドである場合、これは、他の化学結合が排除されないが、一般に柔軟な性質である。目下、最も有用なリンカー配列は、一般に、長さが約2〜約40アミノ酸の間、例えば、長さが約2アミノ酸〜約10アミノ酸、約10アミノ酸〜約20アミノ酸、または約6アミノ酸〜約25アミノ酸のペプチドであろうことが企図される。これらのリンカーは、タンパク質を結合するために合成のリンカーコードオリゴヌクレオチドを用いることによって一般に生成される。柔軟度を有するペプチドリンカーが一般に使用されると考えられる。連結ペプチドは、好ましいリンカーは一般に柔軟なペプチドをもたらす配列を有するであろうということを心に留めて、事実上任意のアミノ酸配列を有してもよい。グリシンおよびアラニンなどの小さなアミノ酸の使用が、柔軟なペプチドの作製において役立つ。例示的なペプチドリンカーは、(Gly)2-40、(Ser)2-40、および(Ala)2-40を含む。そのような配列の作製は、当業者にとって日常的である。様々な異なるリンカーが市販されており、本発明による使用に適すると考えられる。しかしながら、一般に長さが約2アミノ酸〜約40アミノ酸の間、例えば、約6アミノ酸〜約10アミノ酸の任意の柔軟なリンカーが使用されてもよい。リンカーは、一般に柔軟なペプチドをもたらす事実上任意の配列を有してもよい。
【００４８】
ホモ重合体もしくはヘテロ重合体のための結合、または担体に結合するための結合は、様々な方法において提供され得る。例えば、システイン残基がアミノ末端およびカルボキシル末端の両方に付加され得、ペプチドはシステイン残基の制御された酸化を介して共有結合的に結合される。また、N-スクシジミジル-3-(2-ピリジルジチオ)プロプリオネート（SPDP）を含む、一つの官能基末端でジスルフィド結合を生成する、およびもう一つの官能基末端でペプチド結合を生成する、多数のヘテロ二官能性剤も有用である。本試薬は、それ自身と一つのタンパク質におけるシステイン残基との間でジスルフィド結合を作製し、およびもう一つのタンパク質におけるリジン上のアミノ基または他の遊離のアミノ基を介してアミド結合を作製する。様々なそのようなジスルフィド／アミド形成剤が公知である。例えば、Immun. Rev. 62:185 (1982)を参照されたい。他の二官能性結合剤は、ジスルフィド結合よりむしろチオエーテル結合を形成する。これらのチオエーテル形成剤の多くは、市販されており、6-マレイミドカプロン酸、2ブロモ酢酸、2-ヨード酢酸、4-(N-マレイミド-メチル)シクロヘキサン-1-カルボキシル酸などの反応性エステルを含む。カルボキシル基は、それらをスクシンイミドまたは1-ヒドロキシ-2-ニトロ-4-スルホン酸ナトリウム塩と併用することによって活性化され得る。特に好ましい結合剤は、スクシンイミジル4-(N-マレイミドメチル)シクロヘキサン-1-カルボキシレート（SMCC）である。もちろん、その企図された使用のため、例えば、免疫原として機能するために、結合は、連結された基のいずれも実質的に妨げるべきではないことが理解されるであろう。
【００４９】
担体
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは担体に連結されている。本明細書において「結合した」という用語と互換的に使用される「連結される」という用語は、近接して会合していることを指し、例えば、HERVポリペプチドおよび担体は、空間的に近接している。いくつかの態様において、結合は共有結合である。他の態様において、結合は非共有結合である。いくつかの態様において、HERVポリペプチドは担体に直接連結されている。他の態様において、HERVポリペプチドは、例えばリンカー分子を介して、間接的に連結されている。
【００５０】
適当な担体の例は、タンパク質；セファロース、アガロース、セルロース、セルロースビーズ等などの多糖；ポリグルタミン酸、ポリリジン等などの重合体アミノ酸；アミノ酸共重合体；不活性化ウイルス粒子；ジフテリア、破傷風、コレラ、ロイコトキシン分子由来の類毒素などの不活性化細菌毒素；リポソーム；不活性化細菌；樹状細胞等などの、大きなゆっくり代謝されるマクロ分子を含む。担体は下記でさらに詳細に説明される。
【００５１】
適当な担体は当技術分野において周知であり、例えば、サイログロブリン、ヒト血清アルブミンなどのアルブミン、破傷風類毒素；ジフテリア類毒素；ポリ(D-リジン:D-グルタミン酸)などのポリアミノ酸；ロタウイルスのVP6ポリペプチド；インフルエンザウイルス血球凝集素、インフルエンザウイルス核タンパク質；B型肝炎ウイルスコアタンパク質、B型肝炎ウイルス表面抗原；結核菌（Mycobacterium tuberculosis）由来のツベルクリンの精製されたタンパク質誘導体（PPD）；不活性化緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）外毒素A（毒素A）；キーホールリンペットヘモシアニン（KLH）；百日咳菌（Bordetella pertussis）の繊維状血球凝集素（FHA）；破傷風類毒素（TT）およびカルメット・ゲラン桿菌（Bacillus Calmette-Guerin：BCG）細胞壁のヘルパーT細胞（Th）エピトープ；らい菌（M. leprae）由来または結核菌由来の組換え10 kDa、19 kDa、および30〜32 kDaタンパク質、またはこれらのタンパク質の任意の組み合わせなどを含む。ペプチドを担体に接合する担体法の考察のためには、例えば、米国特許第6,447,778号を参照されたい。
【００５２】
緑膿菌外毒素A（毒素A）は、接合ワクチンにおける担体として効果的に使用されている。緑膿菌外毒素Aは、緑膿菌PA 103の発酵槽増殖培養物の上清から精製されてもよい。毒素Aは、動物における結果に基づいてスーパー抗原として分類されている。毒素Aは、4炭素スペーサー分子であるアジピン酸ジヒドラジド（ADH）に共有結合させることによって、完全にかつ不可逆的に解毒され得る。本段階は毒素分子のADPRトランスフェラーゼ活性を破壊し、そのため非毒性にする。非反応のヒドラジド基が、ポリペプチドを毒素Aに共有結合的に結合させるために使用され得る。毒素Aはまた、カルボジイミド試薬を用いてポリペプチドに結合されてもよい。
【００５３】
PPD-ペプチド接合体は、結合剤としてグルタルアルデヒドを用いて都合よく調製される。例えば、Rubinstein et al. (1995) AIDS 9:243-51を参照されたい。
【００５４】
対象ポリペプチドが担体と接合される方法は、C末端ペプチドシステイン結合を通したジスルフィド結合、グルタルアルデヒド溶液を用いた2時間の結合、チロシンを用いた結合、または水溶性カルボジイミドを用いた結合を含む。
【００５５】
いくつかの態様において、単離された対象HERVポリペプチドは脂質付加されている。脂質付加は、脂質に連結されたペプチドに対する細胞障害性T細胞（CTL）応答を増加させる。パルミチン酸等などの脂質残基が、ペプチドのアミノ末端に付着される。脂質は、ペプチドに直接的に付着され得るか、または、Ser-Ser、Gly、Gly-Gly、Ser結合等などの結合を介して間接的に付着され得る。別の例として、トリパルミトイル-S-グリセリルシステイニル-セリル-セリン（P3 CSS）などの大腸菌（E. coli）リポタンパク質が、ペプチドに共有結合的に結合された際に特異的なCTLを刺激するために使用され得る。Deres et al., Nature 342:561-564 (1989)を参照されたい。HERVポリペプチドは、酢酸からステアリン酸、および適切なカルボキシル酸無水物を介した負の電荷を有するスクシニル残基にわたる、様々な鎖長および不飽和度の無電荷脂肪酸残基と接合され得る。例えば、米国特許第6,419,931号を参照されたい。
【００５６】
単離された対象HERVポリペプチドは、直接的に、または例えばリンカー分子を介して間接的に、担体に接合され得る。多種多様なリンカー分子が当技術分野において公知であり、かつ接合体において使用され得る。ペプチドから担体への結合は、ペプチド反応性側鎖、またはペプチドのN末端もしくはC末端を介してもよい。リンカーは、有機、無機、または半有機分子であってもよく、有機分子、無機分子の重合体、または無機および有機分子の両方を含む共重合体であってもよい。
【００５７】
リンカー分子は、存在する場合、一般に、HERVポリペプチドおよび連結された担体が、HERVポリペプチドと担体との間の多少の柔軟な動きを可能にさせるのに十分な長さである。リンカー分子は、一般に約6〜50原子の長さである。リンカー分子はまた、例えば、アリルアセチレン、2〜10の単量体単位を含有するエチレングリコールオリゴマー、ジアミン、二酸、アミノ酸、またはそれらの組み合わせであってもよい。ポリペプチドに結合し得る他のリンカー分子が、本開示の観点から使用されてもよい。
【００５８】
組成物
本発明は、単離された対象HERVポリペプチドを含む組成物を提供する。HERVポリペプチドを含む組成物は、以下の一つまたは複数を含み得る：塩、例えば、NaCl、MgCl、KCl、MgSO4など；緩衝剤、例えば、トリス緩衝液、N-(2-ヒドロキシエチル)ピペラジン-N'-(2-エタンスルホン酸)（HEPES）、2-(N-モルホリノ)エタンスルホン酸（MES）、2-(N-モルホリノ)エタンスルホン酸ナトリウム塩（MES）、3-(N-モルホリノ)プロパンスルホン酸（MOPS）、N-トリス[ヒドロキシメチル]メチル-3-アミノプロパンスルホン酸（TAPS）など；可溶化剤；界面活性剤、例えば、Tween-20などの非イオン性界面活性剤など；プロテアーゼ阻害剤など。いくつかの態様において、下記でより詳細に説明されるように、対象HERV組成物は免疫原性組成物である。他の態様において、下記でより詳細に説明されるように、対象HERV組成物は薬学的組成物、例えば、HERVポリペプチドおよび薬学的に許容される賦形剤を含む組成物である。
【００５９】
いくつかの態様において、対象組成物は、単一タイプ（または「種」）のHERVポリペプチドを含み、例えば、いくつかの態様において、対象組成物におけるHERVポリペプチドはすべて、実質的に同じアミノ酸配列を含む。他の態様において、対象免疫原性組成物は、2種類またはそれ以上の異なるHERVポリペプチドを含み、例えば、組成物は、集団のメンバーがアミノ酸配列において異なり得るHERVポリペプチドの集団を含む。対象組成物は、2種類〜約20種類の異なるHERVポリペプチドを含み得、例えば、対象組成物は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11〜15、または15〜20種類の異なるHERVポリペプチドを含み得、各々は他のHERVポリペプチドのアミノ酸配列とは異なるアミノ酸を有する。例えば、いくつかの態様において、対象組成物は、第一のアミノ酸配列を有する第一のHERVポリペプチド；および少なくとも、第一のアミノ酸配列とは異なる第二のアミノ酸配列を有する第二のHERVポリペプチドを含む。別の例として、いくつかの態様において、対象組成物は、第一のアミノ酸配列を有する第一のHERVポリペプチド；第一のアミノ酸配列とは異なる第二のアミノ酸配列を有する第二のHERVポリペプチド；および少なくとも、第一および第二のアミノ酸配列の両方と異なる第三のアミノ酸配列を有する第三のHERVポリペプチドを含む。他の態様において、対象組成物は、上記で説明されたような多量体化HERVポリペプチドを含む。
【００６０】
HERVポリペプチドの産生
対象HERVポリペプチドは、例えば、HERVポリペプチドが「合成」ポリペプチドである化学合成によるもの；天然の供給源からの単離および精製によるもの；およびHERVポリペプチドが「組換え」ポリペプチドである組換え手段によるものを含む多数の方法において、産生され得る。HERVポリペプチドを産生するための組換え手段は当技術分野において周知であり、HERVポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを用いて宿主細胞を遺伝子改変する段階、HERVポリペプチドが遺伝子改変細胞により産生されるような条件下で適当な時間、インビトロで宿主細胞を培養する段階、および遺伝子改変細胞により産生されたHERVポリペプチドを単離する段階を含む。
【００６１】
HERVポリペプチドを含む免疫原性組成物
本発明は、HERVポリペプチド、例えば、ヒト内在性レトロウイルス（HERV）ポリペプチド由来またはそれに関連するアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む免疫原性組成物を提供する。対象免疫原性組成物への包含に適するHERVポリペプチドは、上記で説明されたようなHERVポリペプチドである。
【００６２】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物は、レンチウイルス感染細胞の表面上に提示された際に、レンチウイルス感染細胞、例えば、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）感染細胞に特異的なT細胞免疫応答を誘導する一つまたは複数のT細胞エピトープを含むHERVポリペプチドを含む。「T細胞免疫応答」は、以下の一つまたは複数を含む：（1）HERVエピトープに特異的なCD4＋ T細胞の数および／または活性における増加；（2）HERVエピトープに特異的なCD8＋ T細胞の数および／または活性における増加；ならびに（3）Th2型免疫応答を誘導するかまたは示すサイトカインの分泌。Th2免疫応答を誘導するかまたは示すサイトカインは、インターフェロン-γ（IFN-γ）、IL-2、および腫瘍壊死因子-α（TNF-α）を含むが、それらに限定されない。
【００６３】
対象HERVポリペプチドを含む対象免疫原性組成物は、下記でより詳細に説明されるように、多数の方法において製剤化され得る。いくつかの態様において、対象免疫原性組成物は単一種のHERVポリペプチドを含み、例えば、免疫原性組成物は、実質的にそのすべてが同じアミノ酸配列を有するHERVポリペプチドの集団を含む。他の態様において、対象免疫原性組成物は、2種類またはそれ以上の異なるHERVポリペプチドを含み、例えば、免疫原性組成物は、その集団のメンバーがアミノ酸配列において異なり得るHERVポリペプチドの集団を含む。対象免疫原性組成物は、2種類〜約20種類の異なるHERVポリペプチドを含み得、例えば、対象免疫原性組成物は、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11〜15、または15〜20種類の異なるHERVポリペプチドを含み得、各々は他のHERVポリペプチドのアミノ酸配列とは異なるアミノ酸を有する。例えば、いくつかの態様において、対象免疫原性組成物は、第一のアミノ酸配列を有する第一のHERVポリペプチド；および少なくとも、第一のアミノ酸配列とは異なる第二のアミノ酸配列を有する第二のHERVポリペプチドを含む。別の例として、いくつかの態様において、対象免疫原性組成物は、第一のアミノ酸配列を有する第一のHERVポリペプチド；第一のアミノ酸配列とは異なる第二のアミノ酸配列を有する第二のHERVポリペプチド；および少なくとも、第一および第二のアミノ酸配列の両方と異なる第三のアミノ酸配列を有する第三のHERVポリペプチドを含む。他の態様において、対象免疫原性組成物は、上記で説明されたような多量体化HERVポリペプチドを含む。
【００６４】
アジュバント
投与される免疫原性組成物は、水性溶液、例えば、生理食塩水、半固体形態（例えば、ゲル）、または粉末形態などの薬学的に許容される希釈剤において提供される。そのような希釈剤は、対象HERV組成物がアジュバントを含んでもよいが、不活性であり得る。ヒトにおいて使用され得る公知の適当なアジュバントの例は、アラム、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、MF59（4.3％ w/vスクアレン、0.5％ w/v Tween 80、0.5％ w/v Span 85）、CpGを含有する核酸（シトシンがメチル化されていない）、QS21、MPL、3DMPL、Aquillaからの抽出物、ISCOMS、LT/CT変異体、ポリ(D,L-ラクチド-コ-グリコリド)（PLG）ミクロ粒子、Quil A、インターロイキンなどを含むが、必ずしもそれらに限定されない。非ヒト動物のためには（例えば、獣医学的適用のため；実験用非ヒト動物のため）、フロイント、N-アセチル-ムラミル-L-スレオニル-D-イソグルタミン（thr-MDP）、N-アセチル-ノル-ムラミル-L-アラニル-D-イソグルタミン（CGP 11637、ノル-MDPと称される）、N-アセチルムラミル-L-アラニル-D-イソグルタミニル-L-アラニン-2-(1'-2'-ジパルミトイル-sn-グリセロ-3-ヒドロキシホスホリルオキシ)-エチルアミン（CGP 19835A、MTP-PEと称される)、ならびに、2％スクアレン／Tween 80乳濁液中に細菌から抽出された3種類の成分、モノホスホリル脂質A、トレハロースジミコレート、および細胞壁骨格（MPL＋TDM＋CWS）を含有するRIBIを使用することができる。アジュバントの有効性は、免疫原性抗原に対する抗体の量を測定することによって判定してもよい。
【００６５】
組成物の有効性を増強するためのさらなる例示的なアジュバントは、以下を含むが、それらに限定されない：（1）例えば、（a）ミクロ流動化剤を用いてミクロン以下の粒子に製剤化された、5％スクアレン、0.5％ Tween 80（ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート）、および0.5％ Span 85（ソルビタントリオレエート）を含有する（任意でジパルミトイルホスファチジルエタノールアミン（MTP-PE）に共有結合的に連結されたムラミルトリペプチドを含有する）MF59（商標）（国際公開公報第90/14837号；Vaccine design:the subunit and adjuvant approach, eds. Powell & Newman, Plenum Press 1995中の10章）、（b）ミクロン以下の乳濁液にミクロ流動化されたか、またはより大きな粒子サイズの乳濁液を生成するようにボルテックスされたかのいずれかの、10％スクアラン、0.4％ Tween 80、5％ pluronic-ブロック化重合体L121、およびthr-MDPを含有するSAF、ならびに（c）2％スクアレン、0.2％ Tween 80、および、モノホスホリル脂質A（MPL）、トレハロースジミコレート（TDM）、および細胞壁骨格（CWS)などの一つまたは複数の細菌細胞壁成分、好ましくはMPL＋CWS（DETOX（商標））を含有するRIBI（商標）アジュバントシステム（RAS）、（Ribi Immunochem, Hamilton, MT）などの水中油型乳濁液製剤（ムラミルペプチド（下記参照）または細菌細胞壁成分などの他の特異的免疫刺激剤を有するかまたは有さない）；（2）使用されてもよいQS21またはSTIMULON（商標）（Cambridge Bioscience, Worcester, MA）などのサポニンアジュバント、または、それらから生成された、追加的な界面活性剤が欠けていてもよいISCOM（免疫刺激複合体）などの粒子、例えば、国際公開公報第00/07621号；（3）完全フロイントアジュバント（CFA）および不完全フロイントアジュバント（IFA）；（4）インターロイキン（例えば、IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-12（国際公開公報第99/44636号）など）、インターフェロン（例えば、γインターフェロン）、マクロファージコロニー刺激因子（M-CSF）、腫瘍壊死因子（TNF）等などのサイトカイン；（5）肺炎球菌糖と共に使用される際は任意でアラムが実質的に存在しない（例えば、国際公開公報第00/56358号）、モノホスホリル脂質A（MPL）または3-O-脱アシル化MPL（3dMPL）、例えば、英国特許第2220221号、欧州特許第A-0689454号；（6）3dMPLの、例えばQS21および／または水中油型乳濁液との組み合わせ、例えば、欧州特許第A-0835318号、欧州特許第A-0735898号、欧州特許第A-0761231号；（7）CpGモチーフを含むオリゴヌクレオチド［Krieg Vaccine 2000, 19, 618-622; Krieg Curr opin Mol Ther 2001 3:15-24; Roman etal., Nat. Med., 1997, 3, 849-854; Weiner et al., PNAS USA, 1997, 94, 10833-10837; Davis et al, J.Immunol, 1998, 160, 870-876; Chu et al., J. Exp.Med, 1997, 186, 1623-1631; Lipford et al, Ear. J. Immunol., 1997, 27, 2340-2344; Moldoveami et al., Vaccine, 1988, 16, 1216-1224, Krieg etal., Nature, 1995, 374, 546-549; Klinman et al., PNAS USA, 1996, 93, 2879-2883; Ballas et al, J. Immunol, 1996, 157, 1840-1845; Cowdery et al, J. Immunol, 1996, 156, 4570-4575; Halpern et al, Cell Immunol, 1996, 167, 72-78; Yamamoto et al, Jpn. J. Cancer Res., 1988, 79, 866-873; Stacey et al, J. Immunol., 1996, 157,2116-2122; Messina et al, J. Immunol, 1991, 147, 1759-1764; Yi et al, J. Immunol, 1996, 157,4918-4925; Yi et al, J. Immunol, 1996, 157, 5394-5402; Yi et al, J. Immunol, 1998, 160, 4755-4761;およびYi et al, J. Immunol, 1998, 160, 5898-5906；国際特許出願国際公開公報第96/02555号、国際公開公報第98/16247号、国際公開公報第98/18810号、国際公開公報第98/40100号、国際公開公報第98/55495号、国際公開公報第98/37919号、および国際公開公報第98/52581号］、すなわち、シトシンがメチル化されていない少なくとも一つのCGジヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド；（8）ポリオキシエチレンエーテルまたはポリオキシエチレンエステル、例えば、国際公開公報第99/52549号；（9）オクトキシノールと組み合わせたポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤（国際公開公報第01/21207号）、またはオクトキシノールなどの少なくとも一つの追加的な非イオン性界面活性剤と組み合わせたポリオキシエチレンアルキルエーテルまたはエステル界面活性剤（国際公開公報第01/21152号）；（10）サポニンおよび免疫刺激性オリゴヌクレオチド（例えば、CpGオリゴヌクレオチド）（国際公開公報第00/62800号）；（11）免疫刺激薬および金属塩の粒子、例えば、国際公開公報第00/23105号；（12）サポニンおよび水中油型乳濁液、例えば、国際公開公報第99/11241号；（13）サポニン（例えばQS21）＋3dMPL＋IM2（任意で＋ステロール）、例えば、国際公開公報第98/57659号；（14）組成物の効力を増強するために免疫刺激剤として作用する他の物質。ムラミルペプチドは、N-アセチル-ムラミル-L-スレオニル-D-イソグルタミン（thr-MDP）、N-25アセチル-ノルムラミル-L-アラニル-D-イソグルタミン（ノル-MDP）、N-アセチルムラミル-L-アラニル-D-イソグルタミニル-L-アラニン-2-(1'-2'-ジパルミトイル-sn-グリセロ-3-ヒドロキシホスホリルオキシ)-エチルアミン（MTP-PE）などを含む。
【００６６】
免疫原性組成物は、製薬グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルカム、セルロース、グルコース、スクロース、マグネシウム、カーボネート等などの従来の薬学的に許容される賦形剤と併用されてもよい。組成物は、pH調整剤および緩衝剤、毒性調整剤などの近似の生理学的条件に必要とされるような薬学的に許容される補助物質、例えば、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、乳酸ナトリウムなどを含んでもよい。これらの製剤における抗原の濃度は広範に変化し得、選択される投与の特定の様式および患者の要求にしたがい、流体容量、粘度、体重などに基づいて主に選択されると考えられる。結果として生じる組成物は、溶液、懸濁液、錠剤、丸剤、カプセル、粉末、ゲル、クリーム、ローション、軟膏、エアロゾルなどの形態にあってもよい。
【００６７】
薬学的製剤における対象免疫原性物のタンパク質濃度は、広範に、すなわち、約0.1重量％未満、通常約2重量％または少なくとも約2重量％から、20重量％〜50重量％またはそれ以上に変化し得、選択される投与の特定の様式にしたがい、主に流体容量、粘度などにより選択されると考えられる。
【００６８】
いくつかの態様において、HERVポリペプチドは、一つまたは複数の脂質と共に製剤化される。例えば、様々な大きさのリポソームが作製され得る。形成された小さなリポソームまたは小胞は単層であり、約20〜400ナノメーターの範囲の大きさを有し、多層の小胞を超音波に供する段階、規定された大きさの孔を有する膜を通す圧力をかけた押し出し、または高圧均質化によって生成され得る。直径が約0.1〜1μmの範囲の大きさを有するより大きな単層リポソームは、脂質が有機溶媒または界面活性剤中に可溶化され、かつ可溶化剤がそれぞれ蒸発または透析により除去される際に取得され得る。特定の脂質または厳密な脱水‐水和条件を必要とする方法によるより小さな単層リポソームの融合は、細胞と同じ大きさかまたは細胞より大きな単層容器をもたらし得る。
【００６９】
リポソームは、一つまたは複数のカチオン性脂質、例えば、DDAB、ジメチルジオクタデシルアンモニウムブロマイド;N-[1-(2,3-ジオロイルオキシ)プロピル]-N,N,N-トリメチルアンモニウムメチルサルフェート；1,2-ジアシル-3-トリメチルアンモニウム-プロパン、（ジオレオイル（DOTAP）、ジミリストイル、ジパルミトイル、ジセアロイル（disearoyl）を含むがそれらに限定されない）；1,2-ジアシル-3-ジメチルアンモニウム-プロパン、（ジオレオイル、ジミリストイル、ジパルミトイル、ジセアロイルを含むがそれらに限定されない）DOTMA、N-[1-[2,3-ビス(オレオイルオキシ)]プロピル]-N,N,N-トリメチルアンモニウムクロライド；DOGS、ジオクタデシルアミドグリシルスペルミン；DC-コレステロール、3β-[N-(N',N'-ジメチルアミノエタン)カルバモイル]コレステロール；DOSPA、2,3-ジオレオイルオキシ-N-(2(スペルミンカルボキサミド)-エチル)-N,N-ジメチル-1-プロパナミニウムトリフルオロアセテート；1,2-ジアシル-sn-グリセロ-3-エチルホスホコリン（ジオレオイル（DOEPC）、ジラウロイル、ジミリストイル、ジパルミトイル、ジステアロイル、パルミトイル-オレオイルを含むがそれらに限定されない）；β-アラニルコレステロール；CTAB、セチルトリメチルアンモニウムブロマイド；ジC14-アミジン、N-t-ブチル-N'-テトラデシル-3-テトラデシルアミノプロピオンアミジン；14Dea2、O,O'-ジテトラデカノリル-N-(トリメチルアンモニオアセチル)ジエタノールアミンクロライド；DOSPER、1,3-ジオレオイルオキシ-2-(6-カルボキシ-スペルミル)-プロピルアミド；N,N,N',N'-テトラメチル-N,N'-ビス(2-ヒドロキシエチル)-2,3-ジオレオイルオキシ-1,4-ブタンジアンモニウムヨージド；1-[2-(9(Z)-オクタデセノイルオキシ)エチル]-2-(8(Z)-ヘプタデセニル-3-(2-ヒドロキシエチル)イミダゾリニウムクロライド(DOTIM)、1-[2-(ヘキサデカノイルオキシ)エチル]-2-ペンタデシル-3-(2-ヒドロキシエチル)イミダゾリニウムクロライド（DPTIM）などの1-[2-アシルオキシ)エチル]2-アルキル(アルケニル)-3-(2-ヒドロキシエチル)イミダゾリニウムクロライド誘導体；Solodin et al. (1995) Biochem. 43:13537-13544に記載されているような1-[2-テトラデカノイルオキシ)エチル]-2-トリデシル-3-(2-ヒドロキシエチル)イミダゾリウムクロライド（DMTIM）；1,2-ジオレオイル-3-ジメチル-ヒドロキシエチルアンモニウムブロマイド(DORI)などの、4級アミン上にヒドロキシアルキル部分を含有する2,3-ジアルキルオキシプロピル4級アンモニウム化合物誘導体；1,2-ジオレイルオキシプロピル-3-ジメチル-ヒドロキシエチルアンモニウムブロマイド（DORIE）；1,2-ジオレイルオキシプロピル-3-ジメチル-ヒドロキシプロピルアンモニウムブロマイド（DORIE-HP）；1,2-ジオレイルオキシプロピル-3-ジメチル-ヒドロキシブチルアンモニウムブロマイド（DORIE-HB）；1,2-ジオレイルオキシプロピル-3-ジメチル-ヒドロキシペンチルアンモニウムブロマイド（DORIE-HPe）；1,2-ジミリスチルオキシプロピル-3-ジメチル-ヒドロキシエチルアンモニウムブロマイド（DMRIE）；1,2-ジパルミチルオキシプロピル-3-ジメチル-ヒドロキシエチルアンモニウムブロマイド（DPRIE）；例えば、Felgner et al. (1994) J. Biol. Chem. 269:2550-2561に記載されているような1,2-ジステリルオキシプロピル-3-ジメチル-ヒドロキシエチルアンモニウムブロマイド（DSRIE）を含んでもよい。上記で言及された脂質の多くは���例えば、Avanti Polar Lipids, Inc.；Sigma Chemical Co.；Molecular Probes, Inc.；Northerm Lipids, Inc.；Roche Molecular Biochemicals；およびPromega Corp.から市販されている。
【００７０】
リポソームは、カチオン性脂質を単独で、または他の脂質、特に以下などの中性脂質との混合物の状態で含んでもよい：コレステロール；1,2-ジアシル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン、（ジオレオイル（DOPE）を含むがそれに限定されない）、1,2-ジアシル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン；天然卵黄ホスファチジルコリン（PC）など；合成モノ-およびジアシルホスホコリン（例えば、モノアシルホスファチジルコリン（MOPC））およびホスホエタノールアミン。合成および天然両方の非対称性脂肪酸、および上記のジアシル誘導体についての混合された製剤もまた含まれてもよい。
【００７１】
他の適当なリポソーム組成物は、ジミリストイルホスファチジルコリン（DMPC）およびコレステロールを含む。そのようなリポソームは、例えば、米国特許第5,916,588号に記載されている。追加的な適当なリポソーム組成物およびそれらを調製する方法は当技術分野において公知であり、例えば、米国特許第4,241,046号および第6,355,267号を含む種々の刊行物に記載されている。
【００７２】
HERVポリヌクレオチドを含む免疫原性組成物
本発明は、HERVポリヌクレオチド、例えば、HERVポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含む免疫原性組成物を提供する。HERVポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド（「HERVポリヌクレオチド」）は、それを必要とする個体に投与された際、細胞、例えば、抗原提示細胞によって取り込まれ、コードされたHERVポリペプチドが細胞において産生され、HERVポリペプチドは、その後MHC分子と会合して細胞の表面上に提示されるエピトープ提示ポリペプチド断片（「エピトープ断片」）にプロセシングされる。コードされたHERVポリペプチドは、細胞表面上に提示されたエピトープに対するT細胞応答を刺激または増強する。HERVエピトープもレンチウイルス感染細胞上に存在する場合には、レンチウイルス感染細胞に対するT細胞応答もまた起きる。
【００７３】
発現ベクターおよび送達媒体
いくつかの態様において、HERVポリヌクレオチドは発現ベクターである。発現ベクターは、誘導性または構成性であってもよい転写および翻訳開始領域を提供すると考えられ、コード領域は、転写開始領域の転写制御下、ならびに転写および翻訳終結領域に機能的に連結されている。
【００７４】
発現ベクターは、一般に、異種のタンパク質をコードする核酸配列の挿入に備えるために、プロモーター配列の近くに位置する都合のよい制限酵素部位を有する。発現宿主において機能する選択可能なマーカーが存在してもよい。適当な発現ベクターは、ウイルスベクター（例えば、ワクシニアウイルス；ポリオウイルス；アデノウイルス（例えば、Li et al., Invest Opthalmol Vis Sci 35:2543 2549, 1994; Borras et al., Gene Ther 6:515 524, 1999; Li and Davidson, PNAS 92:7700 7704, 1995; Sakamoto et al., H Gene Ther 5:1088 1097, 1999; 国際公開公報第94/12649号, 国際公開公報第93/03769号; 国際公開公報第93/19191号; 国際公開公報第94/28938号; 国際公開公報第95/11984号および国際公開公報第95/00655号を参照されたい）；アデノ随伴ウイルス（例えば、Ali et al., Hum Gene Ther 9:81 86, 1998, Flannery et al., PNAS 94:6916 6921, 1997; Bennett et al., Invest Opthalmol Vis Sci 38:2857 2863, 1997; Jomary et al., Gene Ther 4:683 690, 1997, Rolling et al., Hum Gene Ther 10:641 648, 1999; Ali et al., Hum Mol Genet 5:591 594, 1996; 国際公開公報第93/09239号におけるSrivastava, Samulski et al., J. Vir. (1989) 63:3822-3828; Mendelson et al., Virol. (1988) 166:154-165; およびFlotte et al., PNAS (1993) 90:10613-10617を参照されたい）；SV40;単純ヘルペスウイルス；ヒト免疫不全ウイルス（例えば、Miyoshi et al., PNAS 94:10319 23, 1997; Takahashi et al., J Virol 73:7812 7816, 1999を参照されたい）に基づくウイルスベクター）；レトロウイルスベクター（例えば、マウス白血病ウイルス、脾臓壊死ウイルス、ならびに、ラウス肉腫ウイルス、ハーベイ肉腫ウイルス、トリ白血病ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、骨髄増殖性肉腫ウイルス、および乳癌ウイルスなどのレトロウイルス由来のベクター）などを含むが、それらに限定されない。
【００７５】
多数の適当な発現ベクターが当業者に公知であり、かつ多くが市販されている。以下のベクターが例として提供される；真核生物宿主細胞について：pXT1、pSG5（Stratagene）、pSVK3、pBPV、pMSG、およびpSVLSV40（Pharmacia）。しかしながら、任意の他のベクターが、宿主細胞と適合性である限り使用されてもよい。
【００７６】
利用される宿主／ベクター系に依存して、構成性および誘導性プロモーター、転写エンハンサー要素、転写ターミネーターなどを含む多数の適当な転写および翻訳制御要素の任意が、発現ベクターにおいて使用されてもよい（例えば、Bitter et al. (1987) Methods in Enzymology, 153:516-544を参照されたい）。
【００７７】
適当な真核生物プロモーター（真核細胞において機能的であるプロモーター）の非限定的な例は、CMV前初期、HSVチミジンキナーゼ、初期および後期SV40、レトロウイルス由来のLTR、およびマウスメタロチオネイン-Iを含む。適切なベクターおよびプロモーターの選択は、十分に当業者のレベル内である。発現ベクターはまた、翻訳開始のためのリボソーム結合部位および転写ターミネーターを含有してもよい。発現ベクターはまた、発現を増幅するための適切な配列を含んでもよい。
【００７８】
対象組換えベクターは、いくつかの態様において、一つまたは複数の選択可能なマーカーを含むと考えられる。さらに、発現ベクターは、多くの態様において、真核細胞培養についてジヒドロ葉酸還元酵素またはネオマイシン耐性などの形質転換された宿主細胞の選択のための表現型形質を提供する、一つまたは複数の選択可能なマーカー遺伝子を含有すると考えられる。
【００７９】
殺傷されたアデノウイルス単独に連結されているかまたは連結されていないポリカチオン性の凝縮されたDNA、例えば、Curiel (1992) Hum. Gene Ther. 3:147-154；リガンドに連結されたDNA、例えば、Wu (1989) J. Biol. Chem. 264:16985-16987参照；真核細胞送達媒体細胞；光重合化されたヒドロゲル材料の沈着；米国特許第5,149,655号に記載されているような手持ち式遺伝子導入粒子銃；米国特許第5,206,152号および国際公開公報第92/11033号に記載されているような電離放射線；核電荷中和または細胞膜との融合を含む、他の遺伝子送達媒体および方法が使用されてもよい。追加的なアプローチは、Philip (1994) Mol. Cell Biol. 14:2411-2418、およびWoffendin (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. 91:1581-1585に記載されている。
【００８０】
裸のDNAもまた使用されてもよい。例示的な裸のDNA導入法は、国際公開公報第90/11092号および米国特許第5,580,859号に記載されている。取り込み効率は、生分解性ラテックスビーズを用いて改善され得る。DNAでコーティングされたラテックスビーズは、ビーズによるエンドサイトーシス開始後に、効率よく細胞中に輸送される。疎水性を増加させ、それによりエンドソームの破壊および細胞質中へのDNAの放出を促進するためのビーズの処理によって、方法はさらに改善され得る。遺伝子送達媒体として作用し得るリポソームは、米国特許第5,422,120号、PCT番号国際公開公報第95/13796号、国際公開公報第94/23697号、および国際公開公報第91/14445号、ならびに欧州特許第524 968号に記載されている。
【００８１】
リポソームまたは脂質核酸送達媒体もまた使用され得る。遺伝子送達のためのリポソーム複合体は、例えば、米国特許第7,001,614号に記載されている。例えば、2.0 mM 10 mMのモル比範囲で存在する、DOTAPならびに少なくとも一つのコレステロールおよび／またはコレステロール誘導体を含むリポソームが、例えば、コレステロールに対するDOTAPのモル比が1:1 3:1の場合に、有効な送達系を提供する。カチオン性脂質N-[(2,3-ジオレオイルオキシ)プロピル]-L-リジンアミド（LADOP）が、HERVポリヌクレオチドを送達するための組成物において使用され得、LADOPを含有するリポソームは、例えば、米国特許第7,067,697号に記載されている。トランスフェクションを促進することができる、極性の頭部基（headgroup）および脂肪族成分を有する両親媒性脂質を含むリポソーム製剤が使用に適し、例えば、米国特許第6,433,017号に記載されている。
【００８２】
使用に適するさらなる非ウイルス性送達は、Woffendin et al.(1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:11581-11585に記載されているアプローチなどの機械的送達系を含む。さらに、コード配列およびその発現の産物は、光重合化されたヒドロゲル材料の沈着を通して送達され得る。コード配列の送達に使用され得る遺伝子送達のための他の従来の方法は、例えば、米国特許第5,149,655号に記載されているような手持ち式遺伝子導入粒子銃の使用；米国特許第5,206,152号およびPCT番号国際公開公報第92/11033号に記載されているような導入される遺伝子を活性化するための電離放射線の使用を含む。
【００８３】
処置法
本発明は、対象HERVポリペプチドまたは対象HERV組成物を利用する種々の処置法を提供する。対象処置法は、例えば、レトロウイルス感染（例えば、レンチウイルス感染）の処置、癌の処置などのための、個体においてHERVポリペプチドに対する免疫応答を誘導する方法、およびHERVポリペプチドに対する対象免疫応答を増強する方法；ならびに、自己免疫障害の処置、精神分裂病の処置などのための、HERVポリペプチドに対する対象免疫応答を減少させるための方法を含む。
【００８４】
レトロウイルス感染細胞に対する免疫応答を誘導または増強する方法
本発明は、それを必要とする個体において、レトロウイルス感染細胞、例えば、HTLV感染細胞に対するT細胞免疫応答を誘導、誘発、または増強するための方法を提供する。この方法は、一般に、対象免疫原性組成物の有効量を個体に投与する段階を含む。
【００８５】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、免疫原性組成物での処置前の個体におけるウイルス負荷と比較して、少なくとも約5％、少なくとも約10％、少なくとも約20％、少なくとも約25％、少なくとも約50％、少なくとも約75％、少なくとも約85％、または少なくとも約90％、個体におけるレトロウイルス負荷を減少させる量である。
【００８６】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、レトロウイルス感染細胞上に存在するレトロウイルスエピトープに特異的なT細胞の数における増加をもたらす量である。いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、免疫原性組成物での処置前の個体におけるレトロウイルスエピトープに特異的なT細胞の数と比較して、少なくとも約25％、少なくとも約50％、少なくとも約100％もしくは2倍、少なくとも約5倍、少なくとも約10倍、または少なくとも約100倍、またはそれ以上の、レトロウイルス感染細胞上に存在するレトロウイルスエピトープに特異的なT細胞の数における増加をもたらす量である。
【００８７】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、レトロウイルス感染細胞上に存在するレトロウイルスエピトープに特異的なCD8＋ T細胞の数における増加をもたらす量である。いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、免疫原性組成物での処置前の個体におけるレトロウイルスエピトープに特異的なCD8＋ T細胞の数と比較して、少なくとも約25％、少なくとも約50％、少なくとも約100％もしくは2倍、少なくとも約5倍、少なくとも約10倍、または少なくとも約100倍、またはそれ以上の、レトロウイルス感染細胞上に存在するレトロウイルスエピトープに特異的なCD8＋ T細胞の数における増加をもたらす量である。
【００８８】
いくつかの態様において、例えば、免疫原性組成物が未処置の（naive）個体（すなわち、HTLVなどのレトロウイルスに感染していない個体）に投与される場合、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、個体がHTLVなどのレトロウイルスに感染した場合にレトロウイルス感染由来の疾患症状を発症するであろう見込みを減少させる量である。いくつかの態様において、例えば、免疫原性組成物が未処置の個体（すなわち、レトロウイルスに感染していない個体）に投与される場合、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、個体がHIVなどのレトロウイルスに感染した場合にレトロウイルス感染を限定および／または一掃するであろう見込みを増加させる量である。
【００８９】
レンチウイルス感染細胞に対する免疫応答を誘導または増強する方法
本発明は、それを必要とする個体において、レンチウイルス感染細胞、例えば、HIV感染細胞に対するT細胞免疫応答を誘導、誘発、または増強するための方法を提供する。この方法は、一般に、対象免疫原性組成物の有効量を個体に投与する段階を含む。
【００９０】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、免疫原性組成物での処置前の個体におけるウイルス負荷と比較して、少なくとも約5％、少なくとも約10％、少なくとも約20％、少なくとも約25％、少なくとも約50％、少なくとも約75％、少なくとも約85％、または少なくとも約90％、個体におけるウイルス負荷を減少させる量である。
【００９１】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、個体中のCD4＋ Tリンパ球のレベルおよび機能における増加をもたらす量である。いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、免疫原性組成物での処置前の個体におけるCD4＋ Tリンパ球のレベルと比較して、少なくとも約25％、少なくとも約50％、少なくとも約100％もしくは2倍、少なくとも約5倍、少なくとも約10倍、または少なくとも約100倍、またはそれ以上の増加をもたらす量である。いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に正常な範囲内のCD4＋ Tリンパ球数をもたらす量であり、この正常な範囲とは、ヒトの場合1 mm3の血液当たり約600〜約1500個のCD4＋ Tリンパ球である。
【００９２】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、レンチウイルス感染細胞上に存在するレンチウイルスエピトープに特異的なT細胞の数における増加をもたらす量である。いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、免疫原性組成物での処置前の個体におけるレンチウイルスエピトープに特異的なT細胞の数と比較して、少なくとも約25％、少なくとも約50％、少なくとも約100％もしくは2倍、少なくとも約5倍、少なくとも約10倍、または少なくとも約100倍、またはそれ以上の、レンチウイルス感染細胞上に存在するレンチウイルスエピトープに特異的なT細胞の数における増加をもたらす量である。
【００９３】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、レンチウイルス感染細胞上に存在するレンチウイルスエピトープに特異的なCD8＋ T細胞の数における増加をもたらす量である。いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、免疫原性組成物での処置前の個体におけるレンチウイルスエピトープに特異的なCD8＋ T細胞の数と比較して、少なくとも約25％、少なくとも約50％、少なくとも約100％もしくは2倍、少なくとも約5倍、少なくとも約10倍、または少なくとも約100倍、またはそれ以上の、レンチウイルス感染細胞上に存在するレンチウイルスエピトープに特異的なCD8＋ T細胞の数における増加をもたらす量である。
【００９４】
いくつかの態様において、例えば、免疫原性組成物が未処置の個体（すなわち、HIVなどのレンチウイルスに感染していない個体）に投与される場合、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、個体がHIVなどのレンチウイルスに感染した場合にレンチウイルス感染由来の疾患症状を発症するであろう見込みを減少させる量である。いくつかの態様において、例えば、免疫原性組成物が未処置の個体（すなわち、HIVなどのレンチウイルスに感染していない個体）に投与される場合、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、個体がHIVなどのレンチウイルスに感染した場合にレンチウイルス感染を限定および／または一掃するであろう見込みを増加させる量である。
【００９５】
併用療法
対象免疫原性組成物は、レンチウイルス感染の処置、またはレンチウイルス感染に付随する可能性がある障害(例えば、細菌感染、真菌感染など)の処置のために、一つまたは複数の治療剤と共に投与され得る。治療剤は、β-ラクタム抗生物質、テトラサイクリン、クロラムフェニコール、ネオマイシン、グラミシジン、バシトラシン、スルホンアミド、ニトロフラゾン、ナリジクス酸、コルチゾン、ヒドロコルチゾン、ベタメタゾン、デキサメタゾン、フルオコルトロン、プレドニゾロン、トリアムシノロン、インドメタシン、スリンダク、アシクロビル、アマンタジン、リマンタジン、組換え可溶性CD4（rsCD4）、抗受容体抗体（例えば、ライノウイルスに対する）、ネビラピン、シドフォビル(Vistide（商標）)、ホスホノギ酸三ナトリウム（Foscarnet（商標））、ファムシクロビル、ペンシクロビル、バラシクロビル、核酸／複製阻害剤、インターフェロン、ジドブジン（AZT, Retrovir（商標））、ジダノシン（ジデオキシイノシン, ddI, Videx（商標））、スタブジン（d4T, Zerit（商標））、ザルシタビン（ジデオキシシトシン, ddC, Hivid（商標））、ネビラピン（Viramune（商標））、ラミブジン（Epivir（商標）,3TC）、プロテアーゼ阻害剤、サキナビル（Invirase（商標）,Fortovase（商標））、リトナビル（Norvir（商標））、ネルフィナビル（Viracept（商標））、エファビレンツ（Sustiva（商標））、アバカビル（Ziagen（商標））、アンプレナビル（Agenerase（商標））、インジナビル（Crixivan（商標））、ガンシクロビル、AzDU、デラビルジン（Rescriptor（商標））、カレトラ、トリジビル、リファンピン、クラシロマイシン（clathiromycin）、エリスロポエチン、コロニー刺激因子（G-CSFおよびGM-CSF）、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、ヌクレオシド阻害剤、アドリアマイシン、フルオロウラシル、メトトレキセート、アスパラギナーゼ、およびそれらの組み合わせ。
【００９６】
癌を処置する方法
本発明はさらに、個体においてHERVの発現と関連する癌を処置する方法を提供する。そのような癌は、卵巣癌、乳癌、黒色腫、前立腺癌、精上皮腫、奇形腫、および精巣癌を含むが、それらに限定されない。この方法は、一般に、一つまたは複数のHERVポリペプチドを含む対象免疫原性組成物の有効量を、それを必要とする個体に投与する段階を含んだ。
【００９７】
癌を処置するための対象方法は、通常一つまたは複数のHERVポリペプチドを発現する細胞を含む組織由来の癌を処置するために有用である。そのような癌は、卵巣癌、乳癌、黒色腫、前立腺癌、精上皮腫、奇形腫、および精巣癌を含む。
【００９８】
いくつかの態様において、癌処置の文脈で、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、腫瘍の総根絶の少なくとも約10％、少なくとも約20％、少なくとも約30％、少なくとも約40％、少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約80％、または少なくとも約90％まで、腫瘍の大きさ、癌細胞数、および癌細胞転移の一つまたは複数を減少させる量である。
【００９９】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、癌細胞上に存在するエピトープに特異的なT細胞の数における増加をもたらす量である。いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、免疫原性組成物での処置前の個体における癌細胞エピトープに特異的なT細胞の数と比較して、少なくとも約25％、少なくとも約50％、少なくとも約100％もしくは2倍、少なくとも約5倍、少なくとも約10倍、または少なくとも約100倍、またはそれ以上の、癌細胞上に存在するエピトープに特異的なT細胞の数における増加をもたらす量である。
【０１００】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、癌細胞上に存在するエピトープに特異的なCD8＋ T細胞の数における増加をもたらす量である。いくつかの態様において、対象免疫原性組成物の「有効量」とは、一つまたは複数の用量で個体に投与される際に、免疫原性組成物での処置前の個体における癌細胞エピトープに特異的なCD8＋ T細胞の数と比較して、少なくとも約25％、少なくとも約50％、少なくとも約100％もしくは2倍、少なくとも約5倍、少なくとも約10倍、または少なくとも約100倍、またはそれ以上の、癌細胞上に存在するエピトープに特異的なCD8＋ T細胞の数における増加をもたらす量である。
【０１０１】
いくつかの態様において、対象免疫原性組成物は、標準的な癌療法に対してアジュバント療法として投与される。標準的な癌療法は、手術（例えば、癌性組織の手術的除去）、放射線療法、骨髄移植、化学療法的処置、生物学的応答修飾因子処置、および前述のある特定の組み合わせを含む。
【０１０２】
放射線療法は、ビームなどの外部から適用される源からか、または小さな放射性源の移植によるかのいずれかで送達されるx線またはγ線を含むが、それらに限定されない。
【０１０３】
化学療法剤は、癌細胞の増殖を減少させる非ペプチド性（すなわち、非タンパク質性）化合物であり、細胞障害剤および細胞増殖抑制剤を包含する。化学療法剤の非限定的な例は、アルキル化剤、ニトロソ尿素、代謝拮抗薬、抗腫瘍抗生物質、植物（ビンカ）アルカロイド、およびステロイドホルモンを含む。
【０１０４】
細胞増殖を減少させるように作用する薬剤は、当技術分野において公知であり、かつ広範に使用されている。そのような薬剤は、ナイトロジェンマスタード、ニトロソ尿素、エチレンイミン誘導体、アルキルスルホネート、およびトリアゼンなどのアルキル化剤を含み、メクロレタミン、シクロホスファミド（Cytoxan（商標））、メルファラン（L-サルコリシン）、カルムスチン（BCNU）、ロムスチン（CCNU）、セムスチン（メチル-CCNU）、ストレプトゾシン、クロロゾトシン、ウラシルマスタード、クロルメチン、イホスファミド、クロラムブシル、ピポブロマン、トリエチレンメラミン、トリエチレンチオホスホルアミン、ブスルファン、ダカルバジン、およびテモゾロミドを含むが、それらに限定されない。
【０１０５】
代謝拮抗剤は、葉酸類似体、ピリミジン類似体、プリン類似体、およびアデノシンデアミナーゼ阻害剤を含み、シタラビン（CYTOSAR-U）、シトシンアラビノシド、フルオロウラシル（5-FU）、フロクスウリジン（FudR）、6-チオグアニン、6-メルカプトプリン（6-MP）、ペントスタチン、5-フルオロウラシル（5-FU）、メトトレキセート、10-プロパルギル-5,8-ジデアザフォレート（PDDF, CB3717）、5,8-ジデアザテトラヒドロ葉酸（DDATHF）、ロイコボリン、フルダラビンホスフェート、ペントスタチン、およびゲムシタビンを含むが、それらに限定されない。
【０１０６】
適当な天然物およびその誘導体（例えば、ビンカアルカロイド、抗腫瘍抗生物質、酵素、リンホカイン、およびエピポドフィロトキシン）は、Ara-C、パクリタキセル（Taxol（登録商標））、ドセタキセル（Taxotere（登録商標））、デオキシコホルマイシン、マイトマイシン-C、L-アスパラギナーゼ、アザチオプリン；ブレキナール（brequinar）；アルカロイド、例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、ビンデシンなど；ポドフィロトキシン、例えば、エトポシド、テニポシドなど；抗生物質、例えば、アントラサイクリン、塩酸ダウノルビシン（ダウノマイシン、ルビドマイシン、セルビジン（cerubidine））、イダルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、およびモルホリノ誘導体など；フェノキシゾンビスシクロペプチド（phenoxizone biscyclopeptide）、例えば、ダクチノマイシン；塩基性糖ペプチド、例えば、ブレオマイシン；アントラキノングリコシド、例えば、プリカマイシン（ミトラマイシン）；アントラセンジオン、例えば、ミトキサントロン；アジリノピロロインドールジオン（azirinopyrrolo indoledione）、例えば、マイトマイシン;大環状免疫抑制薬、例えば、サイクロスポリン、FK-506（タクロリムス、prograf）、ラパマイシンなど等を含むが、それらに限定されない。
【０１０７】
他の抗増殖性細胞障害剤は、ナベルベン（navelbene）、CPT-11、アナストラゾール（anastrazole）、レトラゾール（letrazole）、カペシタビン、レロキサフィン（reloxafine）、シクロホスファミド、イフォサミド（ifosamide）、およびドロロキサフィン（droloxafine）である。
【０１０８】
抗増殖性活性を有する微小管作用剤もまた使用に適し、アロコルヒチン（allocolchicine）（NSC 406042）、ハリコンドリンB（NSC 609395）、コルヒチン（NSC 757）、コルヒチン誘導体（例えば、NSC 33410）、ドルスタチン 10（dolstatin 10）（NSC 376128）、メイタンシン（NSC 153858）、リゾキシン（rhizoxin）（NSC 332598）、パクリタキセル（Taxol（登録商標））、Taxol（登録商標）誘導体、ドセタキセル（Taxotere（登録商標））、チオコルヒチン（NSC 361792）、トリチルシステリン（cysterin）、硫酸ビンブラスチン、硫酸ビンクリスチン、エポチロンA、エポチロンB、ディスコデルモリドを含むがそれらに限定されない天然および合成エポチロン；エストラムスチン、ノコダゾールなどを含むが、それらに限定されない。
【０１０９】
使用に適するホルモン調節物質およびステロイド（合成類似体を含む）は、アドレノコルチコステロイド、例えば、プレドニゾン、デキサメタゾンなど；エストロゲンおよびプレゲスチン（pregestin）、例えば、カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン、酢酸メゲストロール、エストラジオール、クロミフェン、タモキシフェンなど；ならびに副腎皮質抑制薬、例えば、アミノグルテチミド；17α-エチニルエストラジオール；ジエチルスチルベストロール、テストステロン、フルオキシメステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、テストラクトン、メチルプレドニゾロン、メチル-テストステロン、プレドニゾロン、トリアムシノロン、クロロトリアニセン、ヒドロキシプロゲステロン、アミノグルテチミド、エストラムスチン、酢酸メドロキシプロゲステロン、ロイプロリド、フルタミド（Drogenil）、トレミフェン（Fareston）、およびZoladex（登録商標）を含むが、それらに限定されない。エストロゲンは、増殖および分化を刺激する；そのため、エストロゲン受容体に結合する化合物が本活性を遮断するために使用される。コルチコステロイドは、T細胞増殖を阻害する可能性がある。
【０１１０】
他の化学療法剤は、金属複合体、例えば、シスプラチン（シス-DDP）、カルボプラチンなど；尿素、例えば、ヒドロキシ尿素；およびヒドラジン、例えば、N-メチルヒドラジン；エピドフィロトキシン（epidophyllotoxin）;トポイソメラーゼ阻害剤；プロカルバジン；ミトキサントロン；ロイコボリン；テガフール等を含む。他の関心対象の抗増殖剤は、免疫抑制薬、例えば、ミコフェノール酸、サリドマイド、デスオキシスパガリン（desoxyspergualin）、アザスポリン（azasporine）、レフルノミド、ミゾリビン、アザスピラン（azaspirane）（SKF 105685）；Iressa（登録商標）（ZD 1839、4-(3-クロロ-4-フルオロフェニルアミノ)-7-メトキシ-6-(3-(4-モルホリニル)プロポキシ)キナゾリン）などを含む。
【０１１１】
「タキサン」は、パクリタキセル、および任意の活性タキサン誘導体またはプロドラッグを含む。「パクリタキセル」（本明細書において、例えば、ドセタキセル、TAXOL（商標）、TAXOTERE（商標）（ドセタキセルの製剤）、パクリタキセルの10-デスアセチル類似体、およびパクリタキセルの3'N-デスベンゾイル-3'N-t-ブトキシカルボニル類似体などの類似体、製剤、および誘導体を含むように理解されるべきである）は、当業者に公知である技術（国際公開公報第94/07882号、国際公開公報第94/07881号、国際公開公報第94/07880号、国際公開公報第94/07876号、国際公開公報第93/23555号、国際公開公報第93/10076号；米国特許第5,294,637号；第5,283,253号；第5,279,949号；第5,274,137号；第5,202,448号；第5,200,534号；第5,229,529号；および欧州特許第590,267号も参照されたい）を利用して容易に調製され得、または、例えば、Sigma Chemical Co., St. Louis, Mo.（タイヘイヨウイチイ(Taxus brevifolia)由来のT7402；または雲南イチイ（Taxus yannanensis）由来のT-1912）を含む様々な商業的供給源から取得され得る。
【０１１２】
パクリタキセルは、パクリタキセルの一般的な化学的に入手可能の形態だけでなく、類似体および誘導体（例えば、上記で言及されたようなTaxotere（商標）ドセタキセル）およびパクリタキセル接合体（例えば、パクリタキセル-PEG、パクリタキセル-デキストラン、またはパクリタキセル-キシロース）も称するように理解されるべきである。
【０１１３】
親水性誘導体および疎水性誘導体の両方を含む様々な公知の誘導体もまた、「タキサン」という用語内に含まれる。タキサン誘導体は、国際特許出願国際公開公報第99/18113号に記載されているガラクトースおよびマンノース誘導体；国際公開公報第99/14209号に記載されているピペラジノ（piperazino）および他の誘導体；国際公開公報第99/09021号、国際公開公報第98/22451号、および米国特許第5,869,680号に記載されているタキサン誘導体；国際公開公報第98/28288号に記載されている6-チオ誘導体；米国特許第5,821,263号に記載されているスルフェンアミド誘導体；ならびに米国特許第5,415,869号に記載されているタキソール誘導体を含むが、それらに限定されない。さらに、国際公開公報第98/58927号；国際公開公報第98/13059号；および米国特許第5,824,701号に記載されているものを含むがそれらに限定されないパクリタキセルのプロドラッグを含む。
【０１１４】
本発明の方法と関連した使用に適する生物学的応答修飾因子は、（1）チロシンキナーゼ（RTK）活性の阻害剤；（2）セリン／スレオニンキナーゼ活性の阻害剤；（3）腫瘍抗原に特異的に結合する抗体などの腫瘍関連抗原アンタゴニスト；（4）アポトーシス受容体アゴニスト；（5）インターロイキン-2；（6）IFN-α；（7）IFN-γ（8）コロニー刺激因子；および（9）血管新生の阻害剤を含むが、それらに限定されない。
【０１１５】
自己免疫障害を処置するための方法
本発明は、個体において自己免疫障害を処置する方法を提供し、この方法は、HERVポリペプチドに対する対象免疫応答を減少させるために有効な対象HERVポリペプチドの量をそれを必要とする個体に投与する段階を一般に含み、それにより自己免疫疾患を処置する。対象方法で処置され得る自己免疫障害は、多発性硬化症、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、および1型糖尿病を含むが、それらに限定されない。
【０１１６】
いくつかの態様において、対象HERVポリペプチドの有効量とは、対象HERVポリペプチドでの処置が無い状態におけるHERVポリペプチドに対する対象免疫応答のレベルと比較して、少なくとも約10％、少なくとも約15％、少なくとも約20％、少なくとも約25％、少なくとも約30％、少なくとも約35％、少なくとも約40％、少なくとも約45％、少なくとも約50％、または50％を超えて、HERVポリペプチドに対する対象免疫応答を減少させるために有効な量である。
【０１１７】
いくつかの態様において、対象方法は、自己反応性細胞の数を減少させること；自己反応性細胞の活性を減少させること；および自己反応性抗体のレベルを減少させることの一つまたは複数を含む「自己反応性を減少させる段階」において有効である。自己反応性は、Tリンパ球、B細胞、ナチュラルキラー（NK）細胞、および樹状細胞を含むがそれらに限定されない多数の白血球細胞の相互作用に依存する。Tリンパ球は、CD4＋ Tリンパ球およびCD8＋ リンパ球を含む。B細胞は、抗原提示細胞、および組織を標的とし得る自己抗体の産生者の両方として機能し得る。いくつかの態様において、対象方法は、種々の自己免疫反応性に関与するこれらの細胞の活性または数を変化させ得る。いくつかの態様において、対象方法は、HERVポリペプチドで処置されていない個体における自己反応性細胞の数および／またはレベルと比較した際に、少なくとも約5％、少なくとも約10％、少なくとも約25％、少なくとも約30％、少なくとも約40％、少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約80％、もしくは少なくとも約90％、またはそれ以上、個体において自己反応性細胞の数および／または活性を減少させるために有効である。
【０１１８】
いくつかの態様において、対象方法は、自己反応性Tリンパ球の数および／または活性を減少させるために有効である。したがって、いくつかの態様において、HERVポリペプチドの有効量とは、HERVポリペプチドで処置されていない個体における自己反応性Tリンパ球の数および／またはレベルと比較した際に、少なくとも約5％、少なくとも約10％、少なくとも約25％、少なくとも約30％、少なくとも約40％、少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約80％、もしくは少なくとも約90％、またはそれ以上、個体において自己反応性Tリンパ球の数および／または活性を減少させるために有効な量である。
【０１１９】
いくつかの態様において、対象方法は、自己反応性B細胞の数および／または活性を減少させるために有効である。したがって、いくつかの態様において、HERVポリペプチドの有効量とは、HERVポリペプチドで処置されていない個体における自己反応性B細胞の数および／またはレベルと比較した際に、少なくとも約5％、少なくとも約10％、少なくとも約25％、少なくとも約30％、少なくとも約40％、少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約80％、もしくは少なくとも約90％、またはそれ以上、個体において自己反応性B細胞の数および／または活性を減少させるために有効な量である。
【０１２０】
自己反応性Tリンパ球の活性は、「自己の」細胞に対する細胞溶解活性；サイトカインの分泌；ケモカインの分泌；ケモカインへの応答性；および輸送を含むが、それらに限定されない。いくつかの態様において、HERVポリペプチドの有効量とは、個体において自己反応性Tリンパ球の一つまたは複数の活性を減少させるために有効な量である。
【０１２１】
HERVポリペプチドが個体において自己反応性Tリンパ球の数および／または活性を減少させるために有効であるか否かは、公知のアッセイを用いて容易に測定される。例えば、自己反応性Tリンパ球が自己抗原に特異的である場合、自己抗原特異的Tリンパ球の数および活性レベルは、例えば、細胞質中に検出可能な標識を含み、かつ自己抗原を提示する照射された細胞を個体由来のリンパ球と混合する混合リンパ球反応を用いて測定される。自己抗原提示細胞の細胞質からの検出可能な標識の放出により、個体における自己反応性リンパ球の存在が示される。1型糖尿病と関連する自己反応性Tリンパ球を検出する方法は当技術分野において公知であり；かつ任意のそのような方法が使用され得る。1型糖尿病と関連する自己反応性Tリンパ球を検出する方法の考察のためには、例えば、米国特許第6,022,697号を参照されたい。
【０１２２】
いくつかの態様において、HERVポリペプチドの有効量とは、自己免疫疾患の一つまたは複数の症状の重症度を減少させるために有効な量である。例えば、いくつかの態様において、HERVポリペプチドの有効量とは、HERVポリペプチドで処置されていない個体における症状の重症度と比較した際に、少なくとも約5％、少なくとも約10％、少なくとも約25％、少なくとも約30％、少なくとも約40％、少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約80％、もしくは少なくとも約90％、またはそれ以上、自己免疫疾患の一つまたは複数の症状の重症度を減少させるために有効な量である。
【０１２３】
自己免疫障害と関連する症状は、当技術分野において公知である。例えば、「Textbook of the Autoimmune Diseases」R.G. Lahita, Ed. (2000) Lippincott Williams & Wilkins, 1st ed.を参照されたい。以下は非限定的な例である。
【０１２４】
多発性硬化症は、寛解および再発する増悪を伴う、中枢神経系（CNS）機能不全の種々の症状および徴候により特徴付けられる。最も共通的な主症状は、一つもしくは複数の四肢、体幹、または顔の片側における感覚異常症；脚または手の虚弱または不器用さ；または視覚障害、例えば、一方の目における部分的失明および痛み(球後視神経炎)、視覚の不明瞭さ、もしくは暗点である。他の共通的な初期症状は、複視(二重視)をもたらす眼筋麻痺、一つまたは複数の四肢の一過性虚弱、肢のわずかな硬直または異常な疲労性、軽症の歩行障害、膀胱制御に伴う困難、めまい、および軽度の感情障害である。
【０１２５】
真性糖尿病は、インスリン分泌および／またはインスリン作用における絶対的または相対的欠陥に起因する高血糖症により特徴付けられる症候群である。任意の年齢で起こり得るが、1型DMは、最も一般には小児期または青年期に発症し、30歳前に診断されるDMの主要なタイプである。このタイプの糖尿病はDMのすべての症例の10〜15％を占め、臨床的に高血糖症により特徴付けられる。
【０１２６】
併用療法
いくつかの態様において、対象処置法は、HERVポリペプチド；および自己免疫障害の処置のために有効である少なくとも一つの追加的薬剤の有効量を、それを必要とする個体に投与する段階を含むと考えられる。いくつかの態様において、少なくとも一つの追加的薬剤は、HERVポリペプチド以外である。
【０１２７】
当業者は、自己免疫障害を処置するために適する薬剤（HERVポリペプチド以外）を承知している。例えば、1型糖尿病を処置するために適する薬剤は、天然のインスリン、インスリン類似体などを含むインスリンを含む。
【０１２８】
本明細書における使用に適するインスリンは、レギュラーインスリン、セミレンテ、NPH、レンテ、プロタミン亜鉛インスリン（PZI）、ウルトラレンテ、インスリングラルギン、インスリンアスパルト、アシル化インスリン、単量体インスリン、超活性インスリン、肝選択的インスリン、および任意の他のインスリン類似体または誘導体、および前述の任意の混合物を含むが、それらに限定されない。本明細書における使用に適するインスリンは、米国特許第4,992,417号；第4,992,418号；第5,474,978号；第5,514,646号；第5,504,188号；第5,547,929号；第5,650,486号；第5,693,609号；第5,700,662号；第5,747,642号；第5,922,675号；第5,952,297号；および第6,034,054号；ならびに、公開されたPCT出願である国際公開公報第00/121197号；国際公開公報第09/010645号；および国際公開公報第90/12814号に開示されているインスリン形態を含むが、それらに限定されない。インスリン類似体は、超活性インスリン類似体、単量体インスリン、および肝特異的インスリン類似体を含むが、それらに限定されない。
【０１２９】
精神分裂病を処置する方法
本発明はさらに、HERVポリペプチドの有効量をそれを必要とする個体に投与する段階を一般に含む、精神分裂病を処置する方法を提供する。
【０１３０】
これらの態様において、HERVポリペプチドの「有効量」とは、一つまたは複数の用量でそれを必要とする個体に投与する際に、HERVポリペプチドでの処置が無い状態の個体における症状のレベルまたは重症度と比較して、少なくとも約10％、少なくとも約15％、少なくとも約20％、少なくとも約25％、少なくとも約30％、少なくとも約35％、少なくとも約40％、少なくとも約45％、少なくとも約50％、またはそれ以上、精神分裂病の少なくとも一つの症状を減少させる量である。精神分裂病の症状は当技術分野において公知であり、例えば、「陽性」症状（例えば、妄想、幻覚、解体した会話、著しく解体したかまたは緊張病性の行動）；および「陰性」症状(例えば、アロギー、感情の単調化（flattening）、意欲消失)を含む。
【０１３１】
製剤
上記で説明されたようなHERVポリペプチドは、それを必要とする個体への投与のために様々な方法の任意のものにおいて製剤化され得る。本発明は、HERVポリペプチドを含む薬学的製剤を提供する。HERVポリペプチドを含む免疫原性組成物は上記で説明されている。追加的な製剤が下記で説明される。
【０１３２】
HERVポリペプチドを含む対象製剤は、一般に、一つまたは複数の賦形剤（例えば、スクロース、デンプン、マンニトール、ソルビトール、ラクトース、グルコース、セルロース、タルク、リン酸カルシウム、または炭酸カルシウム）、結合剤（例えば、セルロース、メチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース、ポリプロピルピロリドン；ポリビニルピロリドン、ゼラチン、アラビアゴム、ポリエチレングリコール、スクロース、またはデンプン）、崩壊剤（例えば、デンプン、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルデンプン、低置換ヒドロキシプロピルセルロース、重炭酸ナトリウム、リン酸カルシウム、またはクエン酸カルシウム）、潤滑剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、軽質無水ケイ酸、タルク、またはラウリル硫酸ナトリウム）、香味剤（例えば、クエン酸、メントール、グリシン、またはオレンジ粉末）、保存剤（例えば、安息香酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウム、メチルパラベン、またはプロピルパラベン）、安定化剤（例えば、クエン酸、クエン酸ナトリウム、または酢酸）、懸濁剤（例えば、メチルセルロース、ポリビニルピロリドン、またはステアリン酸アルミニウム）、分散剤（例えば、ヒドロキシプロピルメチルセルロース）、希釈剤（例えば、水）、およびベースワックス（base wax）（例えば、カカオバター、白色ワセリン、またはポリエチレングリコール）を含む。
【０１３３】
活性剤を含む錠剤は、適当な薄膜形成剤、例えば、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、またはエチルセルロースでコーティングされてもよく、任意で適当な賦形剤、例えば、グリセロール、プロピレングリコール、ジエチルフタレート、またはグリセロールトリアセテートなどの柔軟剤；スクロース、ソルビトール、キシリトール、グルコース、またはラクトースなどの充填剤；水酸化チタンなどの着色剤などが添加されてもよい。
【０１３４】
適当な賦形剤媒体は、例えば、水、食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノールなど、およびそれらの組み合わせである。さらに、望ましい場合、媒体は、少量の湿潤剤もしくは乳化剤、またはpH緩衝剤などの補助物質を含有してもよい。そのような剤形を調製する実際の方法は、当業者に公知であるか、または明らかであると考えられる。例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Easton, Pa., 17th edition, 1985を参照されたい。投与される組成物または製剤は、任意の事象において、処置される対象中で所望の状態を達成するのに十分な薬剤の量を含有すると考えられる。媒体、アジュバント、担体、または希釈剤などの薬学的に許容される賦形剤は、一般人が容易に利用可能である。さらに、pH調整剤および緩衝剤、張度調整剤、安定化剤、湿潤剤等などの薬学的に許容される補助物質は、一般人が容易に利用可能である。
【０１３５】
いくつかの態様において、例えば、レンチウイルスに対する免疫応答を誘導または増強する段階における使用のために、HERVポリペプチドは経膣送達用に製剤化される。膣内投与のための対象製剤は、膣内生体接着性錠剤、膣内生体接着性ミクロ粒子、膣内クリーム、膣内ローション、膣内フォーム、膣内軟膏、膣内ペースト、膣内溶液、または膣内ゲルとして製剤化される。
【０１３６】
投与量
一つまたは多数の用量で投与される際に所望の効果を有する（例えば、レンチウイルスに対するT細胞免疫応答を増加させる；癌細胞に対する免疫応答を増加させる；自己免疫応答を減少させるなど）適切な投与量のHERVポリペプチドは、種々の因子に依存して変化すると考えられるが、一般に、約1μg〜約100 mg、例えば、約1μg〜約5μg、約5μg〜約10μg、約10μg〜約25μg、約25μg〜約50μg、約50μg〜約100μg、約100μg〜約500μg、約500μg〜約1 mg、約1 mg〜約10 mg、約10 mg〜約50 mg、または約50 mg〜約100 mgの範囲であり、一つの用量でまたは多数の用量に分割して投与されると考えられる。
【０１３７】
いくつかの態様において、用量当たりのHERVポリペプチドの量は、体重当たりに基づいて決定される。例えば、いくつかの態様において、HERVポリペプチドは、約0.5 mg/kg〜約100 mg/kg、例えば、約0.5 mg/kg〜約1 mg/kg、約1 mg/kg〜約2 mg/kg、約2 mg/kg〜約3 mg/kg、約3 mg/kg〜約5 mg/kg、約5 mg/kg〜約7 mg/kg、約7 mg/kg〜約10 mg/kg、約10 mg/kg〜約15 mg/kg、約15 mg/kg〜約20 mg/kg、約20 mg/kg〜約25 mg/kg、約25mg/kg〜約30 mg/kg、約30 mg/kg〜約40 mg/kg、用量当たり約40 mg/kg〜約50 mg/kg、約50 mg/kg〜約60 mg/kg、約60 mg/kg〜約70 mg/kg、約70 mg/kg〜約80 mg/kg、約80 mg/kg〜約90 mg/kg、もしくは約90 mg/kg〜約100 mg/kg、または約100 mg/kgより多い量において投与される。
【０１３８】
当業者は、特定の化合物、症状の重症度、および副作用に対する対象感受性の関数として用量レベルが変化し得ることを容易に認識すると考えられる。所定の化合物についての好ましい投与量は、様々な手段によって当業者により容易に決定可能である。
【０１３９】
いくつかの態様において、多数の用量のHERVポリペプチドが投与される。HERVポリペプチドの投与の頻度は、様々な因子の任意のもの、例えば、症状の重症度などに依存して変化し得る。例えば、いくつかの態様において、HERVポリペプチドは、月に1回、月に2回、月に3回、1週間おき（qow）、週に1回（qw）、週に2回（biw）、週に3回（tiw）、週に4回、週に5回、週に6回、1日おき（qod）、毎日（qd）、日に2回（qid）、または日に3回（tid）投与される。
【０１４０】
HERVポリペプチドの投与の持続時間、例えば、HERVポリペプチドが投与される期間は、様々な因子の任意、例えば、患者の応答などに依存して変化し得る。例えば、HERVポリペプチドは、約１日〜約1週間、約2週間〜約4週間、約1ヶ月〜約2ヶ月、約2ヶ月〜約4ヶ月、約4ヶ月〜約6ヶ月、約6ヶ月〜約8ヶ月、約8ヶ月〜約1年、約1年〜約2年、または約2年〜約4年、またはそれ以上の範囲の期間にわたって投与され得る。
【０１４１】
投与経路
従来のかつ薬学的に許容される投与経路は、鼻内、筋肉内、気管内、腫瘍内、経皮、皮下、皮内、局所適用、静脈内、経膣、経鼻、および投与の他の非経口的経路を含む。適当な投与経路はまた、経口的および直腸経路を含む。投与経路は、望ましい場合、併用されるか、または、薬剤および／もしくは所望の効果に依存して調整されてもよい。組成物は、単一用量または多数の用量で投与され得る。
【０１４２】
対象HERV組成物は、全身性または限局的経路を含む、従来の薬物の送達に適する任意の利用可能な従来の方法および経路を用いて宿主に投与され得る。一般に、本発明により企図される投与経路は、経腸的、非経口的、または吸入的経路を含むが、必ずしもそれらに限定されない。
【０１４３】
吸入投与以外の非経口的な投与経路は、局所的、経膣、経皮、皮下、筋肉内、眼窩内、嚢内、脊髄内、幹内（intrastemal）、腫瘍内、腫瘍周囲、および静脈内経路、すなわち、消化管を介する以外の投与の任意の経路を含むが、必ずしもそれらに限定されない。非経口的投与は、薬剤の全身性または局所送達をもたらすために実施され得る。全身性送達が望ましい場合、投与は典型的に、薬学的調製物の侵襲性または全身性に吸収される局所投与または粘膜投与を含む。
【０１４４】
対象HERV組成物はまた、経腸的投与により対象に送達され得る。投与の経腸的経路は、経口的および直腸（例えば、坐薬を用いた）送達を含むが、必ずしもそれらに限定されない。
【０１４５】
対象HERV組成物は、粘膜組織、例えば、膣組織、直腸組織などに送達され得る。
【０１４６】
HERV特異的CTLを生成する方法
本発明は、インビトロでHERV特異的CD8＋ T細胞の集団を生成する方法を提供する。この方法は、一般に、CD8＋ T細胞またはその前駆体と抗原提示プラットフォームに関連するHERVポリペプチドとを接触させる段階であって、インビトロで行われる段階を含む。この方法は、HERVポリペプチド特異的CD8＋ T細胞の集団を生成するために有用であり、次いで、レンチウイルス感染（例えば、HIV感染）および癌などの障害を処置する方法において有用である。
【０１４７】
いくつかの態様において、CD8＋ T細胞を個体から取得し、かつ抗原提示プラットフォームと関連するHERVポリペプチドとインビトロで接触させる。いくつかの態様において、CD8＋ T細胞を含む細胞の混合集団を個体から取得し；かつ混合集団からCD8＋ T細胞を単離して、無刺激のCD8＋ T細胞集団を生成する。その後、無刺激のCD8＋ T細胞集団と抗原提示プラットフォームに関連するHERVポリペプチドとをインビトロで接触させる。接触させる段階は、無刺激のCD8＋ T細胞集団の少なくとも一部がHERVポリペプチドに特異的になるように活性化する。
【０１４８】
CD8＋ T細胞を含む混合細胞集団の供給源は、例えば全血であり得る。混合細胞集団は、例えば、赤血球を除去するため；CD8＋ T細胞を選択するため；および／またはCD4＋ T細胞または他の非CD8＋ 細胞集団に対して選択するために、一つまたは複数の方法または段階において操作され得る。無刺激のCD8＋ 細胞の数は、約102細胞〜約109細胞、例えば、約102細胞〜約103細胞、約103細胞〜約104細胞、約104細胞〜約105細胞、約105細胞〜約5×105細胞、約5×105細胞〜約106細胞、約106細胞〜約5×106細胞、約5×106細胞〜約107細胞、約107細胞〜約5×107細胞、約5×107細胞〜約108細胞、約108細胞〜約5×108細胞、または約5×108細胞〜約109細胞にわたり得る。
【０１４９】
抗原提示プラットフォームは、抗原提示細胞（APC）、例えば、HERVペプチドでパルスされたAPCであり得、APCは生存した状態であり得るかまたは不活性化され得る。いくつかの態様において、抗原提示プラットフォームは、HERVペプチドが結合しているビーズ（例えば、プラスチックビーズ、磁気ビーズなど）、または他の粒子である。天然のAPC以外の抗原提示プラットフォームは当技術分野において公知であり、ビーズ；不活性化された表面工学（surface-engineered）ウイルス（例えば、Mosca et al. (2007) Retrovirol. 4:32を参照されたい）；人工APC、例えば、リポソーム（例えば、米国特許出願公開第2006/0034865号を参照されたい）等を含むが、それらに限定されない。
【０１５０】
抗原提示プラットフォームは、HERVペプチドに加えて、HERV特異的CD8＋ T細胞集団の増殖を刺激するのに十分な一つまたは複数の表面分子、例えば、MHCクラスI分子（例えば、HLAクラスI分子）などを含むと考えられる。抗原提示プラットフォームはまた、一つまたは複数の共刺激分子を含み得、適当な共刺激分子は、抗CD28抗体、抗CD49d抗体などを含むが、それらに限定されない。
【０１５１】
無刺激のCD8＋ T細胞と抗原提示プラットフォームに関連するHERVペプチドとをインビトロで接触させ；HERV特異的CD8＋ T細胞の数を増加させる。この方法は、HERV特異的CD8＋ T細胞の数において10倍〜106倍の増加をもたらす。対象方法により取得されるHERV特異的CD8＋ 細胞の数は、約103〜約109細胞、例えば、約103細胞〜約104細胞、約104細胞〜約105細胞、約105細胞〜約5×105細胞、約5×105細胞〜約106細胞、約106細胞〜約5×106細胞、約5×106細胞〜約107細胞、約107細胞〜約5×107細胞、約5×107細胞〜約108細胞、約108細胞〜約5×108細胞、または約5×108細胞〜約109細胞にわたり得る。
【０１５２】
本発明は、HERV特異的CD8＋ T細胞を用いる処置法を提供する。いくつかの態様において、この方法はHIV感染を処置する方法である。他の態様において、この方法は癌を処置する方法である。この方法は、一般に、HERV特異的CD8＋ T細胞の有効量を、それを必要とする個体に投与する段階を含む。いくつかの態様において、HERV特異的CD8＋ T細胞は自己由来であり、例えば、HERV特異的CD8＋ T細胞は、混合細胞集団が取得されたのと同じ個体に投与される（すなわち、提供者個体と受容者個体とが同じである）。他の態様において、HERV特異的CD8＋ T細胞は同種異系間であり、例えば、HERV特異的CD8＋ T細胞は、混合細胞集団が取得された個体（提供者個体）とは遺伝的に同一でない個体（受容者個体）に投与される。
【０１５３】
いくつかの態様において、HERV特異的CD8＋ T細胞は、約103〜約109細胞、例えば、約103細胞〜約104細胞、約104細胞〜約105細胞、約105細胞〜約5×105細胞、約5×105細胞〜約106細胞、約106細胞〜約5×106細胞、約5×106細胞〜約107細胞、約107細胞〜約5×107細胞、約5×107細胞〜約108細胞、約108細胞〜約5×108細胞、または約5×108細胞〜約109細胞の量で、一つまたは複数の用量で受容者個体に投与される。
【０１５４】
診断法
本発明は、対象HERVポリペプチドまたは対象HERV組成物を利用する種々の診断法を提供する。対象診断法は、処置への患者の応答をモニタリングするための方法；疾患を段階分けするための方法；および疾患を検出するための方法を含む。
【０１５５】
いくつかの態様において、対象診断法は、HERVポリペプチドを産生する癌細胞の個体における存在を検出する段階を含む。HERVポリペプチドを産生する癌細胞を検出するための方法は、免疫学的方法、例えば、HERVポリペプチドに特異的な抗体の使用を含み、免疫学的アッセイは、例えば、免疫組織学的アッセイ、および蛍光標示式細胞解析アッセイ（例えば、HERVポリペプチドに対する蛍光標識抗体を用いた蛍光標示式細胞選別アッセイ）を含む。
【０１５６】
他の態様において、対象診断法は、一般に、個体から取得された生物学的試料におけるHERV特異的CD8＋ T細胞の数を検出する段階を含む。HERV特異的CD8＋ T細胞の数は、例えば、51Cr放出アッセイを用いて測定され得、該アッセイにおいては、HERVペプチドでパルスされかつ51Crで標識された標的細胞とHERV特異的CD8＋ T細胞を含有する可能性がある試験試料とを接触させる。HERV特異的CD8＋ T細胞の数は、標的細胞からの51Crの放出を計測することによって測定される。
【０１５７】
他の態様において、対象診断法は、個体の血清または血漿（または他の生体液）におけるHERVポリペプチドを検出する段階を含む。個体から取得された生体液におけるHERVポリペプチドの検出は、例えば、HERVポリペプチドに特異的な抗体を使用する免疫学的アッセイを用いて実施され得る。適当な免疫学的アッセイは、酵素結合免疫吸着アッセイ（ELISA）、放射性免疫アッセイ（RIA）、タンパク質ブロット（「ウエスタンブロット」）アッセイ、免疫沈降アッセイなどを含むが、それらに限定されない。
【０１５８】
HERV特異抗体
上記で言及されたように、いくつかの態様において、対象診断アッセイは、HERVポリペプチドに特異的な抗体（「抗HERV抗体」）を使用すると考えられる。適当な抗HERV抗体は、任意のアイソタイプの抗体全体；抗HERV抗体のエピトープ結合断片；ポリクローナル抗体；モノクローナル抗体；人工抗体；一本鎖抗体等を含む。
【０１５９】
モノクローナル抗体は従来の技術によって産生される。一般に、免疫された宿主動物の脾臓および／またはリンパ節が形質細胞の源を提供する。ハイブリドーマ細胞を産生するために、骨髄腫細胞との融合によって形質細胞を不死化する。所望の特異性を有する抗体を産生するハイブリドーマを同定するために、標準的な技術を用いて個々のハイブリドーマ由来の培養上清をスクリーニングする。モノクローナル抗体の産生に適する動物は、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ウサギなどを含む。抗体は、従来の技術、例えば、不溶性の支持体に結合したタンパク質、プロテインA セファロースなどを用いたアフィニティークロマトグラフィーによって、ハイブリドーマ細胞上清または腹水から精製されてもよい。
【０１６０】
抗体は、通常の多量体構造の代わりに一本鎖として産生されてもよい。一本鎖抗体は、Jost et al. (1994) J.B.C. 269:26267-73および他に記載されている。重鎖の可変領域および軽鎖の可変領域をコードするDNA配列を、グリシンおよび／またはセリンを含む、少なくとも約4アミノ酸の小さな中性アミノ酸をコードするスペーサーに連結する。本融合物によりコードされるタンパク質は、元の抗体の特異性および親和性を保持する機能的な可変領域の集合を可能にする。
【０１６１】
適当な抗HERV抗体はまた、「人工」抗体、例えば、インビトロで産生されて選択された抗体および抗体断片を含む。いくつかの態様において、そのような抗体は、バクテリオファージまたは他のウイルス粒子の表面上に提示される。多くの態様において、そのような人工抗体は、M13遺伝子IIIタンパク質を含むがそれに限定されないウイルスまたはバクテリオファージ構造タンパク質を有する融合タンパク質として存在する。そのような人工抗体を産生する方法は、当技術分野において周知である。例えば、米国特許第5,516,637号；第5,223,409号；第5,658,727号；第5,667,988号；第5,498,538号；第5,403,484号；第5,571,698号；および第5,625,033号を参照されたい。
【０１６２】
Fv、F(ab')2、およびFabなどの抗体断片は、無傷のタンパク質の切断、例えば、プロテアーゼまたは化学的切断によって調製されてもよい。または、切断された遺伝子が設計される。例えば、F(ab')2断片の一部をコードするキメラ遺伝子は、切断された分子を生じるように、H鎖のCH1ドメインおよびヒンジ領域、続いて翻訳終止コドンをコードするDNA配列を含むと考えられる。
【０１６３】
抗HERV抗体は、いくつかの態様において、例えば、放射性同位元素、検出可能な産物を生成する酵素、蛍光タンパク質、色素産生性タンパク質などを用いて検出可能なように標識されると考えられる。抗HERV抗体はさらに、特異的な結合ペアのメンバー、例えば、ビオチン（ビオチン‐アビジン特異的結合ペアのメンバー）等などの他の部分に接合されてもよい。抗HERV抗体はまた、ポリスチレンプレートまたはビーズ、磁気ビーズ、試験片（test strip）、膜などを含むがそれらに限定されない固体支持体に結合していてもよい。
【０１６４】
HERVポリペプチドに特異的な抗体は、直接的または間接的に標識され得る。直接標識は、放射性同位元素（例えば、125I；35Sなど）；産物が検出可能である酵素（例えば、ルシフェラーゼ、β-ガラクトシダーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼなど）；蛍光標識（例えば、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、フィコエリトリンなど）；蛍光放射金属、例えば、EDTAなどの金属キレート基を介して抗体に結合する152Eu、またはランタニド系列の他のもの；化学発光化合物、例えば、ルミノール、イソルミノール、アクリジニウム塩など；生物発光化合物、例えば、ルシフェリン；蛍光タンパク質（例えば、緑色蛍光タンパク質、黄色蛍光タンパク質など）等を含む。間接標識は、上記で説明されたように標識されている、HERV特異抗体に特異的な二次抗体；および特異的な結合ペア、例えば、ビオチン‐アビジンのメンバーなどを含む。
【０１６５】
いくつかの態様において、抗HERV抗体は、検出可能なシグナルを提供する、抗体に共有結合的に連結されたタンパク質を含む。適当なタンパク質は、蛍光タンパク質および酵素（例えば、β-ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼなど）を含むが、それらに限定されない。適当な蛍光タンパク質は、多数が市販されているオワンクラゲ（Aequoria victoria）由来のGFPまたはその誘導体；例えば、国際公開公報第99/49019号およびPeelle at al. (2001) J. Protein Chem. 20:507-519に記載されているような、レニラ・レニフォルミス（Renilla reniformis）、レニラ・ムレリ（Renilla mulleri）、またはプチロサルカス・グエルニ（Ptilosarcus guernyi）などの種由来のGFPを含むがそれらに限定されない緑色蛍光タンパク質（GFP）；例えば、Matz et al. (1999) Nature Biotechnol. 17:969-973、米国特許出願公開第2002/0197676号、または米国特許出願公開第2005/0032085号に記載されているような、花中綱の種由来の様々な蛍光および着色タンパク質の任意のもの等を含むが、それらに限定されない。
【０１６６】
レンチウイルス感染に対する処置への患者応答をモニタリングする段階
いくつかの態様において、対象HERVポリペプチド組成物は、レンチウイルス感染、例えば、HIV感染に対する処置への患者の応答をモニタリングするために有用である。したがって、本発明はさらに、レンチウイルス感染、例えば、HIV感染に対する処置への患者の応答をモニタリングするための方法を提供する。この方法は、一般に、患者由来の白血球細胞（WBC）を対象HERVポリペプチドとインビトロで接触させる段階；およびHERVポリペプチドとの接触に応答してWBCより分泌されるサイトカインを検出する段階を含む。HERVポリペプチドとの接触に応答するWBCによるサイトカイン産生における減少は、処置がレンチウイルス感染処置において（例えば、ウイルス負荷における減少の達成において、CD4＋ Tリンパ球レベルにおける増加の達成において（HIV感染の場合）、など）有効であることの指標である。適当なWBCは、末梢血単核球（PBMC）、単離されたTリンパ球、単離されたCD4＋ Tリンパ球、単離されたCD8＋ Tリンパ球、ナチュラルキラー（NK）細胞、ナチュラルキラーTリンパ球（NKT、例えば、NK1.1＋ Tリンパ球）などを含むが、それらに限定されない。
【０１６７】
対象モニタリング法における使用に適するHERVポリペプチドは、長さが9アミノ酸、10アミノ酸、11アミノ酸、12アミノ酸、12〜15アミノ酸、15〜18アミノ酸、18〜20アミノ酸、または20〜25アミノ酸のポリペプチド、またはより長いポリペプチドであり得る。適当なHERVポリペプチドは、上記で議論されたHERVポリペプチドの任意のものを含む。いくつかの態様において、HERVポリペプチドは、SEQ ID NO:1〜25のいずれか一つに記載のアミノ酸配列を含む。
【０１６８】
PBMCから分泌され、かつ対象患者モニタリング法において検出されるサイトカインは、IFN-γ、TNF-α、およびIL-2を含むが、それらに限定されない。
【０１６９】
対象患者モニタリング法における使用に適する分泌されたサイトカインを検出するための方法は、免疫学的アッセイ、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ELISA）、放射性免疫アッセイ（RIA）、エリスポット（enzyme-linked immunospot：ELISPOT）アッセイ；細胞アッセイ等を含むが、それらに限定されない。
【０１７０】
いくつかの態様において、HERVポリペプチドとの接触に応答するWBCによるサイトカイン産生における、少なくとも約10％、少なくとも約20％、少なくとも約30％、少なくとも約40％、少なくとも約50％、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約80％、または少なくとも約90％、またはそれ以上の減少は、レンチウイルス感染に対する処置が効果的であることを示す。
【０１７１】
WBCを含む患者試料は、処置の前後；または処置の過程の間の様々な時間に取得され得、かつサイトカイン産生のレベルは、第一の時点で採られた試料と第二の（後の）時点で採られた試料との間で比較され得る。
【０１７２】
いくつかの態様において、患者から取得したPBMCを一つまたは複数のHERVポリペプチドとインビトロで接触させ；サイトカイン産生を検出するためにELISPOTアッセイを使用する。ELISPOTアッセイは当技術分野において記載されている。例えば、Lalvani et al. (1997) J. Exp. Med. 186:859；および米国特許第5,853,697号を参照されたい。これらの態様において、PBMCより産生されるサイトカインのレベルは、106のPBMC当たりのスポット形成単位（SFU）の数として表現される。SFUの数における減少は、レンチウイルス感染に対する処置が有効であることを示す。
【０１７３】
癌処置への患者応答をモニタリングする段階
本発明は、癌に対する処置レジメンへの患者応答をモニタリングする方法を提供する。癌と関連するHERVポリペプチドのレベルは、処置レジメンの前、途中、および処置レジメン後にモニタリングする。
【０１７４】
いくつかの態様において、HERVポリペプチドのレベルは、例えば、血清中、特定の細胞集団の表面上等でモニタリングする。
【０１７５】
疾患を段階分けする段階
本発明は、個体において疾患を段階分けする方法であって、HERVポリペプチドのレベルが疾患の段階または重症度と関連している方法を提供する。この方法は、一般に、個体から取得された生物学的試料におけるHERVポリペプチドのレベルを検出する段階を含む。生物学的試料におけるHERVポリペプチドのレベルは、疾患または障害の重症度と相関し、かつ疾患を段階分けするために使用される。
【０１７６】
いくつかの態様において、疾患を段階分けする対象方法は、個体から取得された生物学的試料において、対象HERVポリペプチドに特異的であるCD8＋ T細胞の数を検出する段階を含む。いくつかの態様において、HERV特異的CD8＋ T細胞の数は疾患の段階の指標である。
【０１７７】
疾患を検出する段階
本発明は、個体において癌などの疾患を検出する方法であって、個体から取得された生物学的試料におけるHERVポリペプチドの存在またはレベルが、生物学的試料（およびしたがって個体）における癌性細胞の存在を示す方法を提供する。この方法は、一般に、個体から取得された生物学的試料におけるHERVポリペプチドのレベルを検出する段階を含む。HERVポリペプチドのレベルが正常細胞と関連するレベルよりも高い場合、それは試料における癌性細胞の存在の指標である。
【０１７８】
処置に適する対象
レンチウイルス感染の処置
本発明の方法は、レンチウイルス感染を有する個体；レンチウイルス感染にかかるリスクがあるが感染していない個体；レンチウイルス感染に対して処置されたが処置に応答できなかった個体；およびレンチウイルス感染に対して処置されたが再発した個体を処置するために適当である。
【０１７９】
例えば、本発明の方法は、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）感染を有する個体；HIV感染に関しては未経験であるがHIV感染にかかるリスクがある個体；および、HIV感染に対して処置されたが、処置に応答できなかったか、または最初に処置に応答したがその後再発したかのいずれかの個体を処置するために適当である。そのような個体は、健康な無傷の免疫系を有するがHIVに感染するリスクがある感染していない個体（「リスクがある」個体）を含むが、それらに限定されない。リスクがある個体は、一般の集団よりHIVに感染する見込みが高い個体を含むが、それらに限定されない。HIVに感染するリスクがある個体は、HIVに感染した個体との性的活動によりHIV感染のリスクがある個体；静脈内薬物使用者；HIVに感染した血液、血液産物、または他のHIVに汚染された体液に曝露されてきた可能性がある個体；およびHIVに感染した母親によって授乳されている乳児を含むが、それらに限定されない。処置に適する個体は、HIV-1および／またはHIV-2および／またはHIV-3、またはそれらの任意の変異体に感染したか、または感染するリスクがある個体を含む。
【０１８０】
HTLV感染の処置
上記で説明された方法は、個体におけるヒトT細胞白血病ウイルス（HTLV）感染、例えば、HTLV-IまたはHTLV-II感染を処置するために使用され得る。したがって、対象方法はまた、HTLVに感染している個体；まだHTLVに感染していないがHTLVに感染するリスクがある個体；および、まだHTLVに感染していないが将来HTLVに感染する可能性がある個体を処置するために適当である。
【０１８１】
癌の処置
本発明の方法は、HERVの発現と関連する癌と診断された個体を処置するために適当であり、そのような癌は、乳癌、卵巣癌、黒色腫、奇形腫、精上皮腫、前立腺癌、および精巣癌を含むが、それらに限定されない。本発明の方法は、乳癌と診断されている個体；卵巣癌と診断されている個体；および精巣癌と診断されている個体を処置するために適当である。癌を処置する対象方法はまた、乳癌、卵巣癌、黒色腫、奇形腫、精上皮腫、前立腺癌、または精巣癌に対して処置されており、かつ、処置に応答できなかったか、または最初応答しその後再発したかいずれかの個体を処置するために適当である。
【０１８２】
自己免疫障害の処置
本発明の方法は、自己免疫障害と診断された個体を処置するために適当であり、そのような自己免疫障害は、多発性硬化症、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、および1型糖尿病を含むが、それらに限定されない。本発明の方法は、自己免疫障害に対して処置されており、かつ、処置に応答できなかったか、または最初応答しその後再発したかいずれかの個体を処置するために適当である。
【０１８３】
実施例
以下の実施例は、本発明を作製しかつ使用する方法の完全な開示および説明を当業者に提供するために述べられ、本発明者らが発明と考えるものの範囲を限定することを意図していないし、下記の実験が行われたすべてまたは唯一の実験であることを意味することも意図していない。使用される数（例えば、量、温度など）に関しては正確性を確保するために努力がなされているが、いくつかの実験的誤りおよび偏差が説明されるべきである。別の方法で指示されない限り、部分は重量による部分、分子量は重量平均分子量、温度は摂氏温度、および圧力は大気圧または大気圧付近である。標準的な略語、例えば、bp、塩基対；kb、キロベース；pl、ピコリットル；sまたはsec、秒；min、分；hまたはhr、時間；aa、アミノ酸；kb、キロベース；bp、塩基対；nt、ヌクレオチド；i.m.、筋肉内（に）；i.p.、腹腔内（に）；s.c.、皮下（に）等が使用されてもよい。
【０１８４】
実施例1：HERVペプチドによる、ヒトPBMCにおけるサイトカイン産生の刺激
材料および方法
患者
本研究のためにHIV-1陽性ボランティアを選択した。研究は現地の施設内審査委員会（local institutional review board）により認可され、対象には書面のインフォームドコンセントを与えた。研究は、種々の患者の時点由来の凍結保存されたPBMCについて行った。
【０１８５】
ペプチド選択
候補HERVエピトープの選択は、公的に利用可能なデータベースから編集された、翻訳されたHERVタンパク質配列データに基づいた。HIV-1ペプチドは、ロスアラモス国立研究所（Los Alamos National Laboratory）HIV免疫学データベースに列挙された公知のHIV-1エピトープの配列から設計した。HERV挿入物の抗原性領域は、エピトープ予測ソフトウェア［SYFPEITHI29；SEQ ID NO:36］を用いてHLA拘束を割り当てるか、または対応するHIV-1エピトープのHLA拘束に基づいた。
【０１８６】
ELISPOTアッセイ
ELISPOT解析は以前に記載されたように34行った。プレートは15〜18時間、37℃でインキュベーションした。同等の抗原濃度を、HIVおよびHERVペプチド応答の比較のために使用した。保存された試料からの細胞の回収が単一ウェルの使用を規定した場合を予期して、アッセイは各条件について2連のウェルで行った。プレートはAID ELISPOTリーダー（Cell Technology,）を用いて計測した。2連のウェルについてのスポット総計を平均化し、すべてのスポット数を1×106のPBMC当たりのIFN-γスポット形成単位（SFU）の数に規準化した。各ペプチドに対する応答を測定するために、培地対照ウェル由来のスポット値を減算した。培地減算後に結果として生じた任意の＜0のペプチド値を、さらなる解析のために0に設定した。
【０１８７】
HERV-K発現検出
HERV-K由来のエンベロープ転写物35の発現レベルを、HIV-1陽性の1 ml血漿試料およびHIV-1陰性の低リスク対照において測定した。残っている細胞汚染物を除去するために、RNA採集に先立って血漿試料を低速で遠心分離し、かつ濾過した。Trizol試薬（Invitrogen）を用いたRNAの単離用に粒子を沈殿させるために高速遠心分離を使用した。増幅されるHERV配列の供給源としてのゲノムDNA汚染を排除するために、試料をDNAseで前処理した。RT-PCRを、RT酵素無しの対照増幅と共に試料について行った。較正標準として、2.5×106のHIV陰性提供者PBMCから調製したcDNAにおいて、HERVおよびハウスキーピング対照遺伝子β-アクチンの細胞転写物発現を測定した。定量化標準はまた、細胞cDNAの連続希釈により調製した。関心対象の転写物に特異的なプライマーを用いた定量PCRを、SYBR-Green検出を用いてABI Prism 7900HT Sequence Detection System（Applied Biosystems）ですべての試料について行った。発現レベルはPBMC由来標準に対するパーセンテージとして示し、3連の反応の平均値に相当する。産物の純度および正確な単位複製配列の大きさを確認するために、PCR産物のゲル電気泳動および融点解析を使用した。
【０１８８】
51Cr放出アッセイ
HERV-L IQ10ペプチドに対して応答した研究参加者由来の凍結保存された末梢血単核球（PBMC）を、ペプチドまたは各抗原のプールを用いて7日間刺激した。7日後に再刺激するために、自己の照射された、ペプチドでパルスされた支持細胞を使用した。特異的51Cr放出のパーセンテージを測定することにより、ペプチドでパルスされた自己の、EBVで形質転換されたB細胞株を溶解する能力について細胞を試験した。
【０１８９】
結果
HERVの発現レベルのHIV-1陽性と陰性対象との間の差異を同定するために、ヒトゲノムにおける内因性レトロウイルスの最も若いファミリー由来の転写物、HERV-Kを定量化するRT-PCR解析を血漿について行った（図1A）。HERV-K転写物の発現は、HIV-1陽性血漿において検出されたが、HIV-1陰性対照においては検出されなかった。HIV-1陽性個体の血漿におけるHERV-K転写物の量は、他の非ビリオン関連細胞転写物（β-アクチン）の量と全く釣り合いを失っており、したがってこれらの転写物の原因としての細胞破片を除外した。追加的な個体由来のデータが図1Bに示され、HIV-1陽性およびHIV-1陰性の個体の血漿におけるHERV-Kの血漿RNAレベルを示す。
【０１９０】
図1Aおよび1Bは、HIV陽性および陰性個体の血漿におけるHERV-K転写物の発現を示す。a、末梢血細胞において検出されるレベル（比較のために100の値に設定した）に対して測定した、塗りつぶされていないバーで示されるエンベロープ領域由来のHERV-K転写物のレベル。細胞対照遺伝子（β-アクチン）のレベルは塗りつぶされたバーとして示される。末梢血細胞において測定した対照遺伝子のレベルもまた、他の試料に対する相対的比較のために100に設定した。b、HIV-1陽性（塗りつぶされた丸）およびHIV-1陰性個体（白抜きの丸）の血漿において測定したHERV-K転写物のレベル。
【０１９１】
HERVが発現する際には、これらの抗原に対する免疫応答を生成する可能性が存在する。これらがまた内因性抗原であることを考慮すると、応答が天然において免疫原性であるかまたは免疫寛容性であるかは不明瞭である。HERVに高度に類似しているHIV-1の領域においては、HERVに対する寛容がHIV-1特異的免疫応答を減退させ得ることが仮定された。交差寛容は、最近では、自己抗原カルジオリピンとの交差反応性のためにHIV-1を中和する抗体を産生する体の能力を妨害する機構として示唆されている18。HIV-1および内因性レトロウイルスは系統発生的には遠い19が、それらの間の類似性がT細胞受容体の展望から解析され、T細胞エピトープの長さ（8〜12アミノ酸）に対応する高度に類似性の短い領域に集中した。これらの類似性の領域は、偶然に頻繁に起こるのに十分なほど小さいため、いずれの遺伝的関連性も示すことなく、標準的な系統発生的解析においては典型的に拒絶される。T細胞は、HLA分子上に提示される短いペプチドにおいてタンパク質を認識するため、これらの類似性の領域は免疫応答に対して重要性を有する（図2）。逆転写酵素は高度に保存されたタンパク質であるため、本発明者らは、クラスター化されたおよび分配されたアミノ酸同一性の両方を予想しかつ観察した。Gagなどのより保存されていないタンパク質は、主にクラスター化されたアミノ酸同一性を示した。
【０１９２】
図2は、Gagおよび逆転写酵素タンパク質のセグメントを示す、HIV HXB-2および種々のHERV挿入物（HERVd28またはNCBIアクセッション番号により同定された）のHERV/HIVアミノ酸アラインメントを示す。同一のアミノ酸が枠中に示される。アラインメントは、BLAST36の短いほぼ正確な対応検索設定を用いて同定された類似性の短い領域に基づいて固定され、アミノ酸類似性（本図においては示されていない）および同一性の両方を含んだ。
【０１９３】
31人のHIV-1陽性ボランティアおよび5人の低リスクHIV-1陰性対照を、互いに様々なレベルのアミノ酸配列同一性を有するHERV挿入物およびHIV-1タンパク質由来のペプチドのパネル（表1）に対する応答について、ELISPOTによりスクリーニングした。
【０１９４】
（表１）HERVおよびHIV-1由来ペプチドデータ
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【０１９５】
強いインターフェロンγ特異的T細胞応答が、HIV-1感染ボランティアにおいてHERVペプチドに対して検出されたが、HIV-1陰性対照においては検出されなかった（図3、マンホイットニー（Mann-Whitney）、P＜0.05）。HIV-1 T細胞応答の大きさは、HERV T細胞応答の大きさと直接関連していた。
【０１９６】
図3は、インターフェロンγのELISPOTにより測定した、29人のHIV-1陽性個体および13人の低リスクHIV-1陰性個体におけるHERVおよびHIV-1抗原に対するT細胞応答を示す。HERVペプチドを、HIV-1ペプチド配列への類似性にしたがって、HIV-1ペプチドと共通する3個またはそれ以下のアミノ酸を有する「固有のHERVペプチド」、およびHIV-1と共通する4個またはそれ以上のペプチドを有する「HIV-1に類似するHERVペプチド」に群分けした。ペプチドのサブセットを、HLAタイプに依存して変化する試験数（n＝6〜23）で、各患者において試験した。応答について示した値は、各群分け内でペプチド当たりに規準化している（すなわち、試験したすべてのペプチドに対する応答値の合計を、各患者について試験したペプチドの数で割る）。HIV-1陽性個体における応答を黒の丸として示し、HIV-1陰性個体における応答を白抜きの丸として示す。すべてのHERVペプチドヘのに対する応答をHCV＋個体について測定し、塗りつぶされた三角として示す。P値はマンホイットニー検定由来である。
【０１９７】
本関係がHERV抗原に交差反応するHIV-1特異的T細胞を示し得るため、各HERVペプチドおよびその対応物であるHIV-1ペプチドに対する応答の頻度を比較した。各HIV-1/HERVペプチドの組み合わせについて、2種類のペプチドの間に共通する可変的な数のアミノ酸が存在した。高頻度のHERVペプチド応答が、HIV-1ペプチドへの低レベルのアミノ酸同一性で検出され、HERV特異的応答が独立して生成されることを示した。交差反応性HIV-1特異的T細胞は、単独では観察されたHERVに対する応答の原因ではあり得ないことが、結論付けられた。
【０１９８】
図4は、抗HERV T細胞応答とHIV-1血漿ウイルス負荷との間の逆相関を示す。処置されていない20人のHIV-1＋個体由来のPBMCを、HERV応答についてELISPOTにより解析した。試験されたすべてのHERVペプチドについての平均応答（＞50 SFU/100万PBMC）値は、図に示されたように、HIV-1血漿ウイルス負荷に対して（スピアマン（Spearman）、両側、r＝0.49、P＝0.03）、かつ直線回帰（r2＝0.39、P＝0.003）により有意な逆相関を有した。
【０１９９】
感染細胞を排除することによりウイルス負荷を制御する能力は殺傷に依存するため、標的ペプチドを提示する自己B細胞を殺傷するHERV特異的CD8＋T細胞の能力を測定した。応答性CD8＋ T細胞を濃縮するため、1人の対象（OP841）由来のPBMCをペプチドで刺激した。ペプチド刺激の2週間後に、同起源のペプチドを提示するEBVで形質転換されたB細胞標的を殺傷する濃縮されたCD8＋ T細胞の能力を測定するために、51Cr放出アッセイを使用した。HERVペプチドでの刺激により濃縮されたCD8＋ T細胞は、同起源のペプチドを提示するB細胞標的を殺傷することができたが、同起源でないペプチドを負荷したかまたはペプチドを負荷していない標的は溶解しなかった（図5）。
【０２００】
図5は、標的細胞からの51Cr放出を示す。HERV-L IQ10特異的T細胞を、HERV-L IQ10ペプチド（塗りつぶされた丸）、対照ペプチド（白抜きの丸）でパルスしたか、またはペプチドでパルスしていない（塗りつぶされた三角）自己B細胞に対して試験した。
【０２０１】
データは、HIV-1感染と関連するHERVペプチドに方向付けられたHERV転写物発現およびT細胞応答における上昇を示す。HIV-1感染個体において天然に起きるHERVに対するT細胞応答は、新規のHIV-1ワクチンのパラダイムとして、感染における初期、またはリスクがある感染していない個体において応答を誘導する実行可能性を示す。HIV-1ワクチン開発における最も大きな困難の一つは、ワクチンで誘発される特異的な免疫応答を回避することを可能にするウイルスの変異性を克服することである。HERVはゲノムにコードされた要素であり；HERV挿入物の調節が解除された転写から産生される翻訳産物は、HIV-1タンパク質よりもはるかに可変的でないことが予想される。HERV抗原の産生および提示が細胞のHIV-1感染の結果である場合、HERV産物は、HIV-1感染を免疫系にシグナル伝達する安定に認識可能な代替マーカーとして働く。ワクチン接種を通してHERV代替マーカーを認識するように免疫系を教育する段階は、高度に可変的なHIV-1抗原を認識する必要を回避して、HIV-1感染細胞の殺傷を誘導する。
【０２０２】
参照文献
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2009544614.tif 000011
2009544614.tif 000012
【０２０３】
本発明がその具体的な態様に関して説明されてきたが、本発明の真の趣旨および範囲から逸脱することなく、種々の変更がなされてもよく、かつ同等物が置換されてもよいことが、当業者により理解されるべきである。さらに、特定の状況、材料、組成物、方法、方法段階または段階を、本発明の目的、趣旨、および範囲に適合させるために、多くの改変がなされてもよい。すべてのそのような改変は、本明細書に添付された特許請求の範囲の範囲内であることが意図される。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
2009544614.tif 000019
【図６】
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【図７】
2009544614.tif 000021
【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
2009544614.tif 000023
【配列表】
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【国際調査報告】
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