(57)【要約】  本発明は、遺伝子発現及び／又は活性の調節に応答した形質、疾患及び症状の研究、診断及び治療のための化合物、組成物及び方法に関する。本発明は、かかる形質、疾患及び症状の持続又は発生を媒介する遺伝子発現経路又は他の細胞プロセスに関与する遺伝子の発現及び／又は活性の調節に応答する形質、疾患及び症状に関係した化合物、組成物及び方法も対象とする。具体的には、本発明は、小核酸分子のカクテル、及び小核酸分子の脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）調合物を含めて、遺伝子発現に対するＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介し得る、低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子などの小核酸分子を含めた、二本鎖核酸分子に関する。本発明は、ｓｉＮＡ、ｓｉＲＮＡなどの小核酸分子にも関し、内因性ＲＮＡ又は内因性ＲＮＡと結合したタンパク質（例えば、ＲＩＳＣ）の調節機能を妨害することによって遺伝子発現を調節するために、内因性ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）の機能を阻害し得る小核酸分子（例えば、ｍｉＲＮＡ阻害剤）、内因性低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）の機能を阻害し得る小核酸分子（例えば、ｓｉＲＮＡ阻害剤）などの内因性ＲＮＡ分子の機能を阻害し得る小核酸分子、ＲＩＳＣの機能を阻害し得る小核酸分子（例えば、ＲＩＳＣ阻害剤）にも関し、かかる小核酸分子のカクテル及びかかる小核酸分子の脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）調合物にも関する。かかる小核酸分子は、例えば、対象又は生物体における遺伝子発現又は活性に関連した疾患、形質及び症状を予防、阻害又は抑制する組成物を提供するのに有用である。【特許請求の範囲】
【請求項１】
センス鎖とアンチセンス鎖を含む構造ＳＩＸを有する二本鎖核酸分子
【化１】
2009504190.tif 000052
（ここで、二本鎖核酸分子の上側の鎖はセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であり、前記アンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）ＲＮＡに相補的である配列を含み、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は約１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、
（ａ）アンチセンス鎖中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外のアンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、および
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。）。
【請求項２】
センス鎖とアンチセンス鎖を含む構造ＳＸを有する二本鎖核酸分子
【化２】
2009504190.tif 000053
（ここで、二本鎖核酸分子の上側の鎖はセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であり、前記アンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）ＲＮＡに相補的である配列を含み、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は約１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ならびに
（ａ）アンチセンス鎖中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外のアンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドはリボヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドはリボヌクレオチドであり、および
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。）。
【請求項３】
センス鎖とアンチセンス鎖を含む構造ＳＸＩを有する二本鎖核酸分子
【化３】
2009504190.tif 000054
（ここで、二本鎖核酸分子の上側の鎖はセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であり、前記アンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）ＲＮＡに相補的である配列を含み、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は約１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ならびに
（ａ）アンチセンス鎖中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外のアンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、および
（ｂ）センス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドはリボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。）。
【請求項４】
センス鎖とアンチセンス鎖を含む構造ＳＸＩＩを有する二本鎖核酸分子
【化４】
2009504190.tif 000055
（ここで、二本鎖核酸分子の上側の鎖はセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であり、前記アンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）ＲＮＡに相補的である配列を含み、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は約１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ならびに
（ａ）アンチセンス鎖中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外のアンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、および
（ｂ）センス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドはデオキシリボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。）。
【請求項５】
センス鎖とアンチセンス鎖を含む構造ＳＸＩＩＩを有する二本鎖核酸分子
【化５】
2009504190.tif 000056
（ここで、二本鎖核酸分子の上側の鎖はセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であり、前記アンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）ＲＮＡに相補的である配列を含み、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチドであり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は約１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ならびに
（ａ）アンチセンス鎖中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは、リボ様、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置を有するヌクレオチドであり、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外のアンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドはリボ様、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置を有するヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、および
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。）。
【請求項６】
Ｘ５＝１、２又は３；各Ｘ１及びＸ２＝１又は２；Ｘ３＝１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０、並びにＸ４＝１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０である、請求項１の二本鎖核酸分子。
【請求項７】
Ｘ５＝１、２又は３；各Ｘ１及びＸ２＝１又は２；Ｘ３＝１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０、並びにＸ４＝１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０である、請求項２の二本鎖核酸分子。
【請求項８】
Ｘ５＝１、２又は３；各Ｘ１及びＸ２＝１又は２；Ｘ３＝１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０、並びにＸ４＝１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０である、請求項３の二本鎖核酸分子。
【請求項９】
Ｘ５＝１、２又は３；各Ｘ１及びＸ２＝１又は２；Ｘ３＝１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０、並びにＸ４＝１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０である、請求項４の二本鎖核酸分子。
【請求項１０】
Ｘ５＝１、２又は３；各Ｘ１及びＸ２＝１又は２；Ｘ３＝１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０、並びにＸ４＝１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０である、請求項５の二本鎖核酸分子。
【請求項１１】
Ｂが、センス鎖の３’及び５’末端ならびにアンチセンス鎖の３’末端に存在する、請求項１の二本鎖核酸分子。
【請求項１２】
Ｂが、センス鎖の３’及び５’末端ならびにアンチセンス鎖の３’末端に存在する、請求項２の二本鎖核酸分子。
【請求項１３】
Ｂが、センス鎖の３’及び５’末端ならびにアンチセンス鎖の３’末端に存在する、請求項３の二本鎖核酸分子。
【請求項１４】
Ｂが、センス鎖の３’及び５’末端ならびにアンチセンス鎖の３’末端に存在する、請求項４の二本鎖核酸分子。
【請求項１５】
Ｂが、センス鎖の３’及び５’末端ならびにアンチセンス鎖の３’末端に存在する、請求項５の二本鎖核酸分子。
【請求項１６】
ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の３’末端上の第１の末端（Ｎ）における１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項１の二本鎖核酸分子。
【請求項１７】
ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の３’末端上の第１の末端（Ｎ）における１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項２の二本鎖核酸分子。
【請求項１８】
ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の３’末端上の第１の末端（Ｎ）における１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項３の二本鎖核酸分子。
【請求項１９】
ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の３’末端上の第１の末端（Ｎ）における１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項４の二本鎖核酸分子。
【請求項２０】
ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の３’末端上の第１の末端（Ｎ）における１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項５の二本鎖核酸分子。
【請求項２１】
薬剤として許容される担体又は希釈剤中に請求項１の二本鎖核酸分子を含む、組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、遺伝子発現及び／又は活性の調節に応答した形質、疾患及び症状の研究、診断及び治療のための化合物、組成物及び方法に関する。本発明は、かかる形質、疾患及び症状の持続又は発生を媒介する遺伝子発現経路又は他の細胞プロセスに関与する遺伝子の発現及び／又は活性の調節に応答する形質、疾患及び症状に関係した化合物、組成物及び方法も対象とする。具体的には、本発明は、小核酸分子のカクテル、及び小核酸分子の脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）調合物を含めて、遺伝子発現に対するＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介し得る、低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子などの小核酸分子を含めた、二本鎖核酸分子に関する。本発明は、ｓｉＮＡ、ｓｉＲＮＡなどの小核酸分子にも関し、内因性ＲＮＡ又は内因性ＲＮＡと結合したタンパク質（例えば、ＲＩＳＣ）の調節機能を妨害することによって遺伝子発現を調節するために、内因性ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）の機能を阻害し得る小核酸分子（例えば、ｍｉＲＮＡ阻害剤）、内因性低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）の機能を阻害し得る小核酸分子（例えば、ｓｉＲＮＡ阻害剤）などの内因性ＲＮＡ分子の機能を阻害し得る小核酸分子、ＲＩＳＣの機能を阻害し得る小核酸分子（例えば、ＲＩＳＣ阻害剤）にも関し、かかる小核酸分子のカクテル及びかかる小核酸分子の脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）調合物にも関する。かかる小核酸分子は、例えば、対象又は生物体における遺伝子発現又は活性に関連した種々の疾患、形質及び症状を予防、阻害又は抑制する組成物を提供するのに有用である。
【背景技術】
【０００２】
以下は、ＲＮＡｉに関係する関連技術の考察である。この考察は、以下の本発明の理解のためにのみ提供される。要旨（ｓｕｍｍａｒｙ）は、下記研究が本発明の従来技術であることを認めるものではない。
【０００３】
ＲＮＡ干渉とは、動物において低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）によって媒介される、配列特異的な転写後遺伝子サイレンシングのプロセスを指す（Ｚａｍｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｃｅｌｌ，  １０１，  ２５−３３；  Ｆｉｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｎａｔｕｒｅ，  ３９１，  ８０６；  Ｈａｍｉｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２８６，  ９５０−９５１；  Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４０２，  １２８−１２９；  Ｓｈａｒｐ，  １９９９，  ｇｅｎｅｓ  ＆  Ｄｅｖ．，  １３：１３９−１４１及びＳｔｒａｕｓｓ，  １９９９，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２８６，  ８８６）。植物における対応するプロセス（Ｈｅｉｆｅｔｚ他、国際公開第９９／６１６３１号）は、転写後遺伝子サイレンシング又はＲＮＡサイレンシングと一般に称し、真菌ではクエリング（ｑｕｅｌｌｉｎｇ）とも称する。転写後遺伝子サイレンシングのプロセスは、外来遺伝子の発現を防止するのに使用される、進化的に保存された細胞防御機構であると考えられ、多様な叢及び門によって一般に共有されている（Ｆｉｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｔｒｅｎｄｓ  ｇｅｎｅｔ．，  １５，  ３５８）。外来遺伝子発現からのかかる保護は、相同な一本鎖ＲＮＡ又はウイルスのゲノムＲＮＡを特異的に破壊する細胞応答を介して、ウイルス感染に由来する、又は宿主ゲノム中へのトランスポゾンエレメントの無作為な組み込みに由来する、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）の生成に応じて進化してきたと考えられる。細胞中にｄｓＲＮＡが存在すると、ＲＮＡｉ応答が誘発されるが、その機序はまだ十分に解明されていない。この機序は、リボヌクレアーゼＬによるｍＲＮＡの非特異的切断をもたらす、ｄｓＲＮＡによって媒介されるプロテインキナーゼＰＫＲ及び２’，５’−オリゴアデニル酸合成酵素の活性化に起因するインターフェロン応答など、二本鎖ＲＮＡ特異的リボヌクレアーゼを含む他の公知の機序とは異なると考えられる（例えば、米国特許第６，１０７，０９４号；同５，８９８，０３１号；  Ｃｌｅｍｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ｊ  Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  ＆  Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｒｅｓ．，  １７，  ５０３−５２４；  Ａｄａｈ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｃｕｒｒ．  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ．，  ８，  １１８９参照）。
【０００４】
細胞中に長鎖ｄｓＲＮＡが存在すると、ダイサーと称するリボヌクレアーゼＩＩＩ酵素の活性が刺激される（Ｂａｓｓ，  ２０００，  Ｃｅｌｌ，  １０１，  ２３５；  Ｚａｍｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｃｅｌｌ，  １０１，  ２５−３３；  Ｈａｍｍｏｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４０４，  ２９３）。ダイサーは、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）として知られるｄｓＲＮＡ小片へのｄｓＲＮＡのプロセシングに関与する（Ｚａｍｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｃｅｌｌ，  １０１，  ２５−３３；  Ｂａｓｓ，  ２０００，  Ｃｅｌｌ，  １０１，  ２３５；  Ｂｅｒｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４０９，  ３６３）。ダイサー活性に由来する低分子干渉ＲＮＡは、典型的には約２１から約２３ヌクレオチド長であり、約１９塩基対の二本鎖を含む（Ｚａｍｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｃｅｌｌ，  １０１，  ２５−３３；  Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．，  １５，  １８８）。ダイサーは、構造の保存された前駆体ＲＮＡからの、翻訳調節に関係する２１及び２２ヌクレオチドのｓｍａｌｌ  ｔｅｍｐｏｒａｌ  ＲＮＡ（ｓｔＲＮＡ）の切り出しにも関係する（Ｈｕｔｖａｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９３，  ８３４）。ＲＮＡｉ応答は、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）と一般に称する、エンドヌクレアーゼ複合体も特徴とする。ＲＩＳＣは、ｓｉＲＮＡ二本鎖のアンチセンス鎖に相補的な配列を有する一本鎖ＲＮＡの切断を媒介する。標的ＲＮＡの切断は、ｓｉＲＮＡ二本鎖のアンチセンス鎖に相補的である領域の中央で起こる（Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．，  １５，  １８８）。
【０００５】
ＲＮＡｉは種々の系で研究されている。Ｆｉｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｎａｔｕｒｅ，  ３９１，  ８０６は、線虫においてＲＮＡｉを観察した最初であった。Ｂａｈｒａｍｉａｎ  ａｎｄ  Ｚａｒｂｌ，  １９９９，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ａｎｄ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  １９，  ２７４−２８３及びＷｉａｎｎｙ  ａｎｄ  Ｇｏｅｔｚ，  １９９９，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．，  ２，  ７０は、ほ乳動物系においてｄｓＲＮＡによって媒介されるＲＮＡｉを記述している。Ｈａｍｍｏｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４０４，  ２９３は、ｄｓＲＮＡが移入されたショウジョウバエ細胞におけるＲＮＡｉを記述している。Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４１１，  ４９４及びＴｕｓｃｈｌ他、国際公開第０１／７５１６４号は、ヒト胚性腎臓及びＨｅＬａ細胞を含めた培養ほ乳動物細胞において、合成２１ヌクレオチドＲＮＡ二本鎖の導入によって誘導されるＲＮＡｉを記述している。ショウジョウバエ胚溶解物における最近の研究（Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  ＥＭＢＯ  Ｊ．，  ２０，  ６８７７及びＴｕｓｃｈｌ他、国際公開第０１／７５１６４号）によって、効率的ＲＮＡｉ活性を媒介するのに必要である、ｓｉＲＮＡの長さ、構造、化学組成及び配列に対する一定の要件が明らかになった。これらの研究によれば、２１ヌクレオチドｓｉＲＮＡ二本鎖は、３’末端ジヌクレオチドオーバーハングを含むときに最も活性である。また、一方又は両方のｓｉＲＮＡ鎖を２’−デオキシ（２’−Ｈ）又は２’−Ｏ−メチルヌクレオチドで完全に置換すると、ＲＮＡｉ活性が消失するのに対して、２’−デオキシヌクレオチド（２’−Ｈ）による３’末端ｓｉＲＮＡオーバーハングヌクレオチドの置換は許容されることが判明した。ｓｉＲＮＡ二本鎖の中央における単一のミスマッチ配列も、ＲＮＡｉ活性を消失させることが判明した。また、これらの研究は、標的ＲＮＡ中の切断部位の位置が、ｓｉＲＮＡガイド配列の３’末端ではなくガイド配列の５’末端によって規定されることも示している（Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  ＥＭＢＯ  Ｊ．，  ２０，  ６８７７）。他の研究によれば、ｓｉＲＮＡ二本鎖の標的相補鎖上の５’リン酸がｓｉＲＮＡ活性に必要であり、ＡＴＰを利用してｓｉＲＮＡ上の５’リン酸部分が維持される（Ｎｙｋａｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｃｅｌｌ，  １０７，  ３０９）。
【０００６】
幾つかの研究によれば、２ヌクレオチド３’オーバーハングを有する２１量体ｓｉＲＮＡ二本鎖の３’末端ヌクレオチドオーバーハングセグメントをデオキシリボヌクレオチドで置換しても、ＲＮＡｉ活性に有害作用を及ぼさない。ｓｉＲＮＡ各末端のヌクレオチドを４個までデオキシリボヌクレオチドで置換することは十分許容されると報告されているが、デオキシリボヌクレオチドで完全に置換するとＲＮＡｉ活性が失われる（Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  ＥＭＢＯ  Ｊ．，  ２０，  ６８７７及びＴｕｓｃｈｌ他、国際公開第０１／７５１６４号）。また、Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．（前掲）は、ｓｉＲＮＡを２’−Ｏ−メチルヌクレオチドで置換するとＲＮＡｉ活性が完全に消失することも報告している。Ｌｉ他、国際公開第００／４４９１４号及びＢｅａｃｈ他、国際公開第０１／６８８３６号は、ｓｉＲＮＡが、窒素又は硫黄ヘテロ原子の少なくとも１個を含むようにするリン酸−糖骨格又はヌクレオシドの修飾を含み得ることを示唆している。しかし、どちらの出願も、かかる修飾がｓｉＲＮＡ分子においてどの程度許容されるかを仮定しておらず、かかる修飾ｓｉＲＮＡの更なるガイダンスや例も提供していない。Ｋｒｅｕｔｚｅｒ他、カナダ特許出願第２，３５９，１８０号も、二本鎖ＲＮＡ依存性プロテインキナーゼＰＫＲの活性化に対抗するために、ｄｓＲＮＡ構築物において使用されるある種の化学修飾、具体的には２’−アミノ又は２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、及び２’−Ｏ又は４’−Ｃメチレン架橋を含むヌクレオチドを記載している。しかし、Ｋｒｅｕｔｚｅｒ他も、同様に、これらの修飾がｄｓＲＮＡ分子においてどの程度許容されるかに関する例又はガイダンスを提供していない。
【０００７】
Ｐａｒｒｉｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｅｌｌ，  ６，  １０７７−１０８７は、線虫において、長鎖（＞２５ｎｔ）ｓｉＲＮＡ転写物を用いて、ｕｎｃ−２２遺伝子を標的としたある種の化学修飾を試験した。Ｐａｒｒｉｓｈ等は、Ｔ７及びＴ３  ＲＮＡポリメラーゼを用いてチオリン酸ヌクレオチド類似体を組み入れることによって、これらのｓｉＲＮＡ転写物にチオリン酸残基を導入することを記述しており、２個のホスホロチオアート修飾塩基を有するＲＮＡのＲＮＡｉとしての有効性がかなり低下したことを認めた。また、Ｐａｒｒｉｓｈ等によれば、２個を超える残基のホスホロチオアート修飾によって、ＲＮＡがインビトロで著しく不安定化し、干渉活性を評価することができなかった（同書、１０８１）。Ｐａｒｒｉｓｈ等は、長鎖ｓｉＲＮＡ転写物においてヌクレオチド糖の２’位におけるある種の修飾も試験し、リボヌクレオチドをデオキシヌクレオチドで置換すると、特にウリジンからチミジンへの置換、及び／又はシチジンからデオキシシチジンへの置換の場合には、干渉活性がかなり低下することを見出した（同書）。また、Ｐａｒｒｉｓｈ等は、ｓｉＲＮＡのセンス鎖及びアンチセンス鎖における、４−チオウラシル、５−ブロモウラシル、５−ヨードウラシル及び３−（アミノアリル）ウラシルによるウラシルの置換、及びイノシンによるグアノシンの置換を含めて、ある種の塩基修飾を試験した。４−チオウラシル及び５−ブロモウラシル置換は許容されると考えられたが、Ｐａｒｒｉｓｈは、イノシンを一方の鎖に組み入れると干渉活性がかなり低下することを報告した。Ｐａｒｒｉｓｈは、５−ヨードウラシル及び３−（アミノアリル）ウラシルをアンチセンス鎖に組み入れても、ＲＮＡｉ活性がかなり低下することも報告した。
【０００８】
より長鎖のｄｓＲＮＡの使用が記述された。例えば、Ｂｅａｃｈ他、国際公開第０１／６８８３６号は、内因的に誘導されたｄｓＲＮＡを用いて遺伝子発現を減ずる特別な方法を記述している。Ｔｕｓｃｈｌ他、国際公開第０１／７５１６４号は、ショウジョウバエインビトロＲＮＡｉ系、並びにある種の機能的ゲノム用途及びある種の治療用途への特定のｓｉＲＮＡ分子の使用を記述している。ただし、Ｔｕｓｃｈｌ，  ２００１，  Ｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．，  ２，  ２３９−２４５は、インターフェロン応答を活性化するおそれがあるために、ＲＮＡｉを使用して、遺伝病又はウイルス感染を治療し得ることに疑念を抱いている。Ｌｉ他、国際公開第００／４４９１４号は、ある標的遺伝子の発現を減じるための特定の長鎖の（１４１ｂｐ−４８８ｂｐ）、酵素的に合成された、又はベクターによって発現されたｄｓＲＮＡの使用を記載している。Ｚｅｒｎｉｃｋａ−Ｇｏｅｔｚ他、国際公開第０１／３６６４６号は、ある種の長鎖の（５５０ｂｐ−７１４ｂｐ）、酵素的に合成された、又はベクターによって発現されたｄｓＲＮＡ分子を用いて、ほ乳動物細胞における特定の遺伝子の発現を阻害するある種の方法を記載している。Ｆｉｒｅ他、国際公開第９９／３２６１９号は、線形動物における遺伝子発現の阻害に用いられる細胞にある種の長鎖ｄｓＲＮＡ分子を導入する特別な方法を記載している。Ｐｌａｅｔｉｎｃｋ他、国際公開第００／０１８４６号は、特定の長鎖ｄｓＲＮＡ分子を用いて、細胞において特別な表現型を与える原因になる特殊な遺伝子を特定するある種の方法を記載している。Ｍｅｌｌｏ他、国際公開第０１／２９０５８号は、ｄｓＲＮＡによって媒介されるＲＮＡｉに関与する特殊な遺伝子の特定について記載している。Ｐａｃｈｕｃｋ他、国際公開第００／６３３６４号は、ある種の長鎖（少なくとも２００ヌクレオチド）ｄｓＲＮＡ構築物を記載している。Ｄｅｓｃｈａｍｐｓ  Ｄｅｐａｉｌｌｅｔｔｅ他、国際公開第９９／０７４０９号は、ある種の抗ウイルス剤と組み合わせた特別なｄｓＲＮＡ分子からなる特定の組成物を記載している。Ｗａｔｅｒｈｏｕｓｅ他、国際公開第９９／５３０５０号及び１９９８，  ＰＮＡＳ，  ９５，  １３９５９−１３９６４は、ある種のｄｓＲＮＡを用いて、植物細胞における核酸の形質発現を減少させる、ある種の方法を記載している。Ｄｒｉｓｃｏｌｌ他、国際公開第０１／４９８４４号は、標的生物体における遺伝子サイレンシングの促進に用いられる特定のＤＮＡ発現構築物を記載している。
【０００９】
他の研究者も、種々のＲＮＡｉ系及び遺伝子サイレンシング系について報告している。例えば、Ｐａｒｒｉｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｅｌｌ，  ６，  １０７７−１０８７は、線虫のｕｎｃ−２２遺伝子を標的とした、特定の化学修飾ｄｓＲＮＡ構築物を記載している。Ｇｒｏｓｓｎｉｋｌａｕｓ、国際公開第０１／３８５５１号は、ある種のｄｓＲＮＡを用いて、植物におけるポリコーム遺伝子発現を調節するある種の方法を記載している。Ｃｈｕｒｉｋｏｖ他、国際公開第０１／４２４４３号は、ある種のｄｓＲＮＡを用いて、生物体の遺伝的特性を改変するある種の方法を記載している。Ｃｏｇｏｎｉ他、国際公開第０１／５３４７５号は、ニューロスポラ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）サイレンシング遺伝子を単離するある種の方法、及びその使用を記載している。Ｒｅｅｄ他、国際公開第０１／６８８３６号は、植物におけるある種の遺伝子サイレンシング方法を記載している。Ｈｏｎｅｒ他、国際公開第０１／７０９４４号は、トランスジェニック線形動物をパーキンソン病モデルとして用い、ある種のｄｓＲＮＡを用いた、ある種の薬物スクリーニング方法を記載している。Ｄｅａｋ他、国際公開第０１／７２７７４号は、ショウジョウバエにおいてＲＮＡｉに関係し得る、ショウジョウバエ由来のある種の遺伝子産物を記載している。Ａｒｎｄｔ他、国際公開第０１／９２５１３号は、ＲＮＡｉを増強する因子を用いることによって遺伝子抑制を媒介するある種の方法を記載している。Ｔｕｓｃｈｌ他、国際公開第０２／４４３２１号は、ある種の合成ｓｉＲＮＡ構築物を記載している。Ｐａｃｈｕｋ他、国際公開第００／６３３６４号、及びＳａｔｉｓｈｃｈａｎｄｒａｎ他、国際公開第０１／０４３１３号は、ベクターによって発現されたある種の（２５０ｂｐを超える）長鎖ｄｓＲＮＡｓを用いて、ある種のポリヌクレオチド配列の機能を阻害するある種の方法及び組成物を記載している。Ｅｃｈｅｖｅｒｒｉ他、国際公開第０２／３８８０５号は、ＲＮＡｉによって特定されたある種の線虫遺伝子を記載している。Ｋｒｅｕｔｚｅｒ他、国際公開第０２／０５５６９２号、同０２／０５５６９３号及び欧州特許第１１４４６２３号Ｂ１は、ｄｓＲＮＡを用いて遺伝子発現を阻害するある種の方法を記載している。Ｇｒａｈａｍ他、国際公開第９９／４９０２９号及び同０１／７０９４９号並びにオーストラリア特許第４０３７５０１号は、ベクターによって発現されたある種のｓｉＲＮＡ分子を記載している。Ｆｉｒｅ他、米国特許第６，５０６，５５９号は、ＲＮＡｉを媒介するある種の長鎖ｄｓＲＮＡ（２９９ｂｐ−１０３３ｂｐ）構築物を用いて、遺伝子発現をインビトロで阻害するある種の方法を記載している。Ｍａｒｔｉｎｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｃｅｌｌ，  １１０，  ５６３−５７４は、Ｈｅｌａ細胞においてＲＮＡ干渉を媒介するある種の５’リン酸化一本鎖ｓｉＲＮＡを含めた、ある種の一本鎖ｓｉＲＮＡ構築物を記載している。Ｈａｒｂｏｒｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３，  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ＆  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，  １３，  ８３−１０５は、化学的及び構造的に修飾されたある種のｓｉＲＮＡ分子を記載している。Ｃｈｉｕ  ａｎｄ  Ｒａｎａ，  ２００３，  ＲＮＡ，  ９，  １０３４−１０４８は、化学的及び構造的に修飾されたある種のｓｉＲＮＡ分子を記載している。Ｗｏｏｌｆ他、国際公開第０３／０６４６２６号及び同０３／０６４６２５号は、ある種の化学修飾ｓＲＮＡ構築物を記載している。Ｈｏｒｎｕｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，  １１，  ２６３−２７０は、形質細胞様樹状細胞におけるＴＬＲ７を介した低分子干渉ＲＮＡによる、ＩＦＮアルファの配列特異的な強力な誘導を記載している。Ｊｕｄｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ  ｏｎｌｉｎｅ：  ２０  Ｍａｒｃｈ  ２００５は、合成ｓｉＲＮＡによる、ほ乳動物の自然免疫応答の配列依存的刺激を記載している。Ｙｕｋｉ他、国際公開第０５／０４９８２１号及び同０４／０４８５６６号は、低分子干渉ＲＮＡ配列、及び最適化された活性を有するある種の低分子干渉ＲＮＡ配列を設計するある種の方法を記載している。Ｓａｉｇｏ他、米国特許出願公開第２００４０５３９３３２号は、ＲＮＡ干渉を実現する、低分子干渉ＲＮＡ配列を含めた、オリゴ又はポリヌクレオチド配列を設計するある種の方法を記載している。Ｔｅｉ他、国際公開第０３／０４４１８８号は、標的遺伝子の少なくとも部分ヌクレオチド配列と実質的に同一であるヌクレオチド配列を有するＤＮＡ及びＲＮＡを含む二本鎖ポリヌクレオチドを、細胞、組織又は個々の生物体に移入することを含む、標的遺伝子の発現を阻害するある種の方法を記載している。
【００１０】
Ｍａｔｔｉｃｋ，  ２００５，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０９，  １５２７−１５２８；  Ｃｌａｖｅｒｉｅ，  ２００５，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０９，  １５２９−１５３０；  Ｓｅｔｈｕｐａｔｈｙ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００６，  ＲＮＡ，  １２，  １９２−１９７及びＣｚｅｃｈ，  ２００６  ＮＥＪＭ，  ３５４，  １１：  １１９４−１１９５；  Ｈｕｔｖａｇｎｅｒ他、米国特許出願公開第２００５０２２７２５６号及びＴｕｓｃｈｌ他、米国特許出願公開第２００５０１８２００５号はすべて、ｍｉＲＮＡ機能を立体的遮断によって阻害し得るアンチセンス分子を記載しており、参照によりその全体を本明細書に組込む。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
本発明は、遺伝子発現又は活性に関係する疾患、形質及び症状の発生又は持続に関連する遺伝子などの遺伝子の発現を、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）によって、低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を用いて調節するのに有用である化合物、組成物及び方法に関する。本発明は、遺伝子発現経路及び／又は遺伝子活性に関与する１個以上の遺伝子の発現及び活性を、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）によって、小核酸分子を用いて調節するのに有用である化合物、組成物及び方法にも関する。特に、本発明は、低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子などの小核酸分子を特徴とし、遺伝子発現経路及び／又は遺伝子活性に関与する、遺伝子及び／又は他の遺伝子の発現を調節するのに使用する方法を特徴とする。
【００１２】
本発明は、ｓｉＮＡ、ｓｉＲＮＡなどの小核酸分子にも関し、内因性ＲＮＡ又は内因性ＲＮＡと結合したタンパク質（例えば、ＲＩＳＣ）の調節機能を妨害することによって遺伝子発現を調節するために、内因性ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）の機能を阻害し得る小核酸分子（例えば、ｍｉＲＮＡ阻害剤）、内因性低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）の機能を阻害し得る小核酸分子（例えば、ｓｉＲＮＡ阻害剤）などの内因性ＲＮＡ分子の機能を阻害し得る小核酸分子、ＲＩＳＣの機能を阻害し得る小核酸分子（例えば、ＲＩＳＣ阻害剤）にも関する。かかる分子を本明細書ではＲＮＡｉ阻害剤と総称する。
【００１３】
本発明のｓｉＮＡ又はＲＮＡｉ阻害剤は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい。本発明のｓｉＮＡ又はＲＮＡｉ阻害剤は、化学合成することができ、ベクターから発現させることができ、又は酵素的に合成することができる。本発明は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）によって、細胞における標的遺伝子発現又は活性を調節することができる種々の化学修飾合成低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子も特徴とする。本発明は、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ又はＲＩＳＣと相互作用し、したがって細胞又は生物体におけるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）、翻訳阻害又は転写サイレンシングを下方制御又は阻害することによって、細胞におけるＲＮＡｉ活性を調節することができる、化学修飾された種々の合成低分子核酸（ｓｉＮＡ）分子も特徴とする。化学修飾ｓｉＮＡ及び／又はＲＮＡｉ阻害剤を使用すると、インビボでのヌクレアーゼ分解に対する抵抗性が増大することによって、及び／又は細胞内取り込みが改善されることによって、未変性ｓｉＮＡ分子及び／又はＲＮＡｉ阻害剤の種々の性質が改善される。また、初期に発表された研究に反して、完全に修飾されたｓｉＮＡを含めて、複数の化学修飾を有する本発明のｓｉＮＡ分子は、そのＲＮＡｉ活性を保持する。したがって、出願人は、未変性ｓｉＲＮＡの活性を保持する、又は更に改善する、（本明細書ではｓｉＮＡと総称する）化学修飾ｓｉＲＮＡを本明細書で教示する。本発明のｓｉＮＡ分子は、種々の治療、予防、獣医学、診断、標的確認（ｔａｒｇｅｔ  ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ）、ゲノム発見、遺伝子工学及び薬理ゲノミクスの各適用分野に有用である試薬及び方法を提供する。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
一実施形態においては、本発明は、１種類以上のｓｉＮＡ分子及び／又はＲＮＡｉ阻害剤を特徴とし、また、その全部を参照により本明細書に組込む、米国仮出願第６０／３６３，１２４号、米国特許出願第１０／９２３，５３６号及びＰＣＴ／ＵＳ０３／０５０２８に示されたＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号によって参照される配列を含む、本明細書では一般に「標的」配列と称する、遺伝子コード配列など、本明細書の、又は当分野で公知の疾患、形質、障害及び／又は症状の持続及び／又は発生に関連するタンパク質などのタンパク質をコードする標的遺伝子の発現を、独立に、又は組み合わせて、調節する方法を特徴とする。本発明の種々の態様及び実施形態を、本明細書では遺伝子標的と称する例示的標的遺伝子に関連して以下に記述する。本発明は、かかる形質、疾患及び症状の持続又は発生を媒介する遺伝子発現経路又は他の細胞プロセスに関与する遺伝子の発現及び／又は活性の調節に応答する形質、疾患及び症状に関係した化合物、組成物及び方法も対象とする。しかし、かかる参照は、単なる例示にすぎず、本発明の種々の態様及び実施形態は、本明細書の、又は当分野で公知の変異標的遺伝子、標的遺伝子のスプライスバリアント、種ごと又は対象ごとの標的遺伝子変種、他の標的経路遺伝子などの代わりの標的遺伝子を発現する他の遺伝子も対象とする。かかる追加の遺伝子の標的部位は、本明細書の例示的な標的遺伝子及び配列に対する本明細書の方法を用いて分析することができる。したがって、他の遺伝子の調節、及びかかる調節の効果は、本明細書に記載したとおりに実施することができる。換言すれば、以下に定義し、記載した実施形態に列挙する「標的」及び「標的遺伝子」という用語は、ポリペプチドをコードする遺伝子、調節ポリヌクレオチド（例えば、ｍｉＲＮＡ及びｓｉＲＮＡ）、変異遺伝子、及び遺伝子のスプライスバリアント、並びに遺伝子発現経路及び／又は遺伝子活性に関与する他の遺伝子など、本明細書の疾患、形質及び症状の発生及び／又は持続に関連する遺伝子を包含するものとする。したがって、「標的」という用語が本明細書で定義されるように、「標的」という用語に関連して本明細書に記載した実施形態の各々は、「標的」という用語によって網羅されるタンパク質、ペプチド、ポリペプチド及び／又はポリヌクレオチド分子の全部に適用可能である。包括的に、かかる遺伝子標的を本明細書では一般に「標的」配列とも称する。
【００１５】
一実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡ又はＤＮＡの異なる領域（例えば、本明細書のものなどの２つの異なる標的部位、又は標的若しくは経路標的の任意の組合せ）、コード標的と非コード標的の両方などの異なるポリヌクレオチド標的を標的とした、本発明の２種類以上の異なるｓｉＮＡ分子及び／又はＲＮＡｉ阻害剤（例えば、ｓｉＮＡ、二本鎖形成性（ｄｕｐｌｅｘ  ｆｏｒｍｉｎｇ）ｓｉＮＡ若しくは多官能ｓｉＮＡ又はその任意の組合せ）を含む組成物を特徴とする。ｓｉＮＡ分子のかかるプールは、治療効果を増大し得る。
【００１６】
一実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡ又はＤＮＡの異なる領域（例えば、本明細書の２つの異なる標的部位、又は標的若しくは経路標的の任意の組合せ）、コード標的と非コード標的の両方などの異なるポリヌクレオチド標的に対して特異性を有する、本発明の２種類以上の異なるｓｉＮＡ分子（例えば、ｓｉＮＡ、二本鎖形成性（ｆｏｍｉｎｇ）ｓｉＮＡ若しくは多官能ｓｉＮＡ又はその任意の組合せ）のプールを特徴とする。ここで、プールは、約２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える異なる標的を標的にするｓｉＮＡ分子を含む。
【００１７】
異なる生物体間、又は異なる対象間でゲノムの配列が変わり得るために、広範な治療用途向けのｓｉＮＡ分子を選択するには、遺伝子の保存領域を含む必要があると考えられる。一実施形態においては、本発明は、ゲノムの保存領域を、又は異なる標的間で保存された領域を標的にするｓｉＮＡ分子及び／又はＲＮＡｉ阻害剤に関する。種々の標的の保存領域を標的にするように設計されたｓｉＮＡ分子及び／又はＲＮＡｉ阻害剤は、多様な患者集団において、標的遺伝子発現を効率的に阻害することができる。
【００１８】
一実施形態においては、本発明は、二本鎖の一方が標的核酸分子又はその一部における所定のヌクレオチド配列に対して相補性を有するヌクレオチド配列を含む、ｓｉＮＡ分子などの二本鎖核酸分子を特徴とする。所定のヌクレオチド配列は、本明細書の配列、当分野で公知の配列などのヌクレオチド標的配列であり得る。別の実施形態においては、所定のヌクレオチド配列は、当分野で公知の標的配列又は経路標的配列である。
【００１９】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、前記ｓｉＮＡ分子は、約１５から約２８個の塩基対を含む。
【００２０】
一実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡの切断を誘導する二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、前記ｓｉＮＡ分子は、約１５から約２８個の塩基対を含む。
【００２１】
一実施形態においては、本発明は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）による標的ＲＮＡの切断を誘導する二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、二本鎖ｓｉＮＡ分子は第１の鎖と第２の鎖を含み、ｓｉＮＡ分子の各鎖は約１８から約２８（例えば、約１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７又は２８）ヌクレオチド長であり、ｓｉＮＡ分子の第１の鎖は、ｓｉＮＡ分子がＲＮＡ干渉によって標的ＲＮＡの切断を誘導するのに十分な相補性を標的ＲＮＡに対して有するヌクレオチド配列を含み、前記ｓｉＮＡ分子の第２の鎖は、第１の鎖に相補的であるヌクレオチド配列を含む。特定の一実施形態においては、例えば、ｓｉＮＡ分子の各鎖は、約１８から約２７ヌクレオチド長である。
【００２２】
一実施形態においては、本発明は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）による標的ＲＮＡの切断を誘導する二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、二本鎖ｓｉＮＡ分子は第１の鎖と第２の鎖を含み、ｓｉＮＡ分子の各鎖は約１８から約２３（例えば、約１８、１９、２０、２１、２２又は２３）ヌクレオチド長であり、ｓｉＮＡ分子の第１の鎖は、ｓｉＮＡ分子がＲＮＡ干渉によって標的ＲＮＡの切断を誘導するのに十分な相補性を標的ＲＮＡに対して有するヌクレオチド配列を含み、前記ｓｉＮＡ分子の第２の鎖は、第１の鎖に相補的であるヌクレオチド配列を含む。
【００２３】
一実施形態においては、本発明は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）による標的ＲＮＡの切断を誘導する、化学合成された二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子の各鎖は約１８から約２８ヌクレオチド長であり、ｓｉＮＡ分子の１本の鎖は、ｓｉＮＡ分子がＲＮＡ干渉によって標的ＲＮＡの切断を誘導するのに十分な相補性を標的ＲＮＡに対して有するヌクレオチド配列を含む。
【００２４】
一実施形態においては、本発明は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）による標的ＲＮＡの切断を誘導する、化学合成された二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子の各鎖は約１８から約２３ヌクレオチド長であり、ｓｉＮＡ分子の１本の鎖は、ｓｉＮＡ分子がＲＮＡ干渉によって標的ＲＮＡの切断を誘導するのに十分な相補性を標的ＲＮＡに対して有するヌクレオチド配列を含む。
【００２５】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、ｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、例えば、標的遺伝子又はＲＮＡはタンパク質コード配列を含む。一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、ｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、例えば、標的遺伝子又はＲＮＡは、標的遺伝子発現に関与する非コード配列又は調節エレメント（例えば、非コードＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｔＲＮＡなど）を含む。
【００２６】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡを用いて、標的遺伝子又は標的遺伝子ファミリーの発現を阻害する。ここで、遺伝子又は遺伝子ファミリーの配列は、配列相同性を共有する。かかる相同配列は、例えば配列アラインメントによって、当分野で公知のとおりに特定することができる。ｓｉＮＡ分子は、例えば、完全な相補配列を用いて、又は追加の標的配列を与え得る非標準塩基対、例えばミスマッチ及び／又はゆらぎ塩基対を導入することによって、かかる相同配列を標的とするように設計することができる。ミスマッチが特定された場合には、非標準塩基対（例えば、ミスマッチ及び／又はゆらぎ塩基）を用いて、１個を超える遺伝子配列を標的にするｓｉＮＡ分子を作製することができる。非限定的例においては、ＵＵ、ＣＣ塩基対などの非標準塩基対を用いて、配列相同性を共有する異なるポリヌクレオチド標的の配列を標的にすることができるｓｉＮＡ分子を作製する。したがって、本発明のｓｉＮＡを使用する一利点は、相同遺伝子間で保存されたヌクレオチド配列に相補的である核酸配列を含むように単一のｓｉＮＡを設計できることである。この手法においては、異なる遺伝子を標的にするために１個を超えるｓｉＮＡ分子を用いる代わりに、単一のｓｉＮＡを用いて１個を超える遺伝子の発現を阻害することができる。
【００２７】
一実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡ（例えば、コード又は非コードＲＮＡ）に対するＲＮＡｉ活性を有するｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子は、その全部を参照により本明細書に組込むＰＣＴ／ＵＳ０３／０５０２８、米国仮出願第６０／３６３，１２４号及び／又は米国特許出願第１０／９２３，５３６号に示されたＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号を有する配列などの任意のＲＮＡ配列に相補的である配列を含む。別の実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡに対するＲＮＡｉ活性を有するｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子は、変種コード配列を有する、例えば、本明細書の、又は当分野で公知の疾患、形質、障害及び／又は症状の持続及び／又は発生に関連することが当分野で知られている他の変異遺伝子を有するＲＮＡに相補的である配列を含む。表Ｉ又は本明細書の化学修飾は、本発明の任意のｓｉＮＡ構築物に適用することができる。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、標的遺伝子のヌクレオチド配列と相互作用し、それによって標的遺伝子発現のサイレンシングを媒介し得るヌクレオチド配列を含む。ここで、例えば、ｓｉＮＡは、クロマチン構造又は標的遺伝子のメチル化パターンを調節して、標的遺伝子の転写を防止する細胞プロセスによって、標的遺伝子発現の調節を媒介する。
【００２８】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を用いて、対象又は生物体において形質、疾患又は症状に関連するハプロタイプ多型から生じるタンパク質の発現を下方制御又は阻害する。遺伝子又はタンパク質若しくはＲＮＡレベルを分析することによって、かかる多型を有する対象、又は本明細書の形質、症状若しくは疾患を発生するリスクのある対象を特定することができる。これらの対象は、治療、例えば、本発明のｓｉＮＡ分子、及び標的遺伝子発現に関係する疾患の治療に有用である任意の他の組成物を用いた治療に適している。したがって、タンパク質又はＲＮＡレベルを分析することによって、対象を治療する治療タイプ及び療法のコースを決定することができる。タンパク質又はＲＮＡレベルを監視することによって、治療の成果を予測し、また、形質、障害、症状又は疾患に関連したある種のタンパク質のレベル及び／又は活性を調節する化合物及び組成物の効力を求めることができる。
【００２９】
本発明の一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、標的タンパク質をコードするヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含むアンチセンス鎖を含む。ｓｉＮＡは、センス鎖を更に含み、前記センス鎖は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部を含む。
【００３０】
別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、標的タンパク質をコードするヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含むアンチセンス領域を含む。ｓｉＮＡ分子は、センス領域を更に含み、前記センス領域は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部を含む。
【００３１】
別の実施形態においては、本発明は、ヌクレオチド配列を含むｓｉＮＡ分子、例えば、標的遺伝子のヌクレオチド配列又は配列の一部に相補的である、ｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域中のヌクレオチド配列を含むｓｉＮＡ分子を特徴とする。別の実施形態においては、本発明は、領域、例えば、標的遺伝子配列又はその一部を含む配列に相補的である、ｓｉＮＡ構築物のアンチセンス領域を含むｓｉＮＡ分子を特徴とする。
【００３２】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子のセンス領域又はセンス鎖は、標的ポリヌクレオチド配列に相補的である、ｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域又はアンチセンス鎖の部分に相補的である。
【００３３】
更に別の実施形態においては、本発明は、配列を含むｓｉＮＡ分子、例えば、その全部を参照により本明細書に組込むＰＣＴ／ＵＳ０３／０５０２８、米国仮出願第６０／３６３，１２４号及び／又は米国特許出願第１０／９２３，５３６号に示されたＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号によって表される配列を含む配列又は配列の一部に相補的である、ｓｉＮＡ構築物のアンチセンス配列を含むｓｉＮＡ分子を特徴とする。表Ｉ及び本明細書の化学修飾は、本発明の任意のｓｉＮＡ構築物に適用することができる。表ＩＶのＬＮＰ調合物は、本明細書の任意のｓｉＮＡ分子又はｓｉＮＡ分子の組合せに適用することができる。
【００３４】
本発明の一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを有するアンチセンス鎖を含む。ここで、アンチセンス鎖は、標的ＲＮＡ配列又はその一部に相補的である。前記ｓｉＮＡは、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを有するセンス鎖を更に含む。前記センス鎖と前記アンチセンス鎖は、異なるヌクレオチド配列であり、各鎖中の少なくとも約１５ヌクレオチドは、他方の鎖に相補的である。
【００３５】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子（例えば、二本鎖核酸分子）は、標的ＲＮＡ配列又はその一部に相補的である、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを有するアンチセンス（ガイド）鎖を含む。一実施形態においては、標的ＲＮＡ配列の少なくとも１５ヌクレオチド（例えば、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０ヌクレオチド）は、本発明のｓｉＮＡ分子のアンチセンス（ガイド）鎖に相補的である。
【００３６】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子（例えば、二本鎖核酸分子）は、標的ＲＮＡの配列又はその一部を含む、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを有するセンス（パッセンジャー）鎖を含む。一実施形態においては、標的ＲＮＡ配列の少なくとも１５ヌクレオチド（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドは、本発明のｓｉＮＡ分子のセンス（パッセンジャー）鎖を含む。
【００３７】
本発明の別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを有するアンチセンス領域を含む。ここで、アンチセンス領域は、標的ＤＮＡ配列に相補的である。前記ｓｉＮＡは、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを有するセンス領域を更に含む。前記センス領域と前記アンチセンス領域は線状分子に含まれ、センス領域は、アンチセンス領域に相補的である少なくとも約１５ヌクレオチドを含む。
【００３８】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、遺伝子によってコードされるＲＮＡの発現を調節するＲＮＡｉ活性を有する。各遺伝子はある程度の配列相同性を共有するので、ｓｉＮＡ分子は、異なる標的間で共有される配列、又は特定の標的に特有の配列を選択することによって、あるクラスの遺伝子を標的にするように設計することができる。したがって、一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、１種類のｓｉＮＡ分子を用いてあるクラスの遺伝子を標的にするために、幾つかの遺伝子変種間で相同性を有する標的ポリヌクレオチド配列の保存領域を標的にするように設計することができる。したがって、一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における１種類以上の標的遺伝子アイソフォーム又は変種の発現を調節する。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子がＲＮＡｉ活性を媒介するのに必要な高度の特異性のために、特定のポリヌクレオチド配列（例えば、単一の標的遺伝子アイソフォーム又は一塩基多型（ＳＮＰ））に特有の配列を標的にするように設計することができる。
【００３９】
一実施形態においては、ＲＮＡ干渉遺伝子サイレンシング応答の媒介物質として作用する本発明の核酸分子は、二本鎖核酸分子である。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド間の約１５から約３０塩基対を含む二本鎖核酸分子からなる。更に別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、約１から約３（例えば、約１、２又は３）ヌクレオチドのオーバーハング末端を有する二本鎖核酸分子、例えば、約１９塩基対と３’末端モノヌクレオチド、ジヌクレオチド又はトリヌクレオチドオーバーハングとを有する約２１ヌクレオチド二本鎖を含む。更に別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、両末端が平滑末端である、又は両末端の一方が平滑末端である、平滑末端を有する二本鎖核酸分子を含む。
【００４０】
一実施形態においては、二本鎖核酸（例えば、ｓｉＮＡ）分子は、ヌクレオチド又は非ヌクレオチドオーバーハングを含む。「オーバーハング」とは、二本鎖核酸分子の２本の鎖の間で塩基対を形成していないヌクレオチド配列の末端部分を意味する（例えば、図６参照）。一実施形態においては、本発明の二本鎖核酸分子は、二本鎖核酸分子の一方又は両方の鎖の３’末端にヌクレオチド又は非ヌクレオチドオーバーハングを含み得る。例えば、本発明の二本鎖核酸分子は、二本鎖核酸分子のガイド鎖若しくはアンチセンス鎖／領域の３’末端に、パッセンジャー鎖若しくはセンス鎖／領域の３’末端に、又はガイド鎖若しくはアンチセンス鎖／領域とパッセンジャー鎖若しくはセンス鎖／領域の両方に、ヌクレオチド又は非ヌクレオチドオーバーハングを含み得る。別の実施形態においては、本発明の二本鎖核酸（ｓｉＮＡ）分子のヌクレオチドオーバーハング部分は、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノ（ＦＡＮＡ）、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、汎用塩基（ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ｂａｓｅ）、非環式、又は５−Ｃ−メチルヌクレオチドを含む。別の実施形態においては、本発明の二本鎖核酸（ｓｉＮＡ）分子の非ヌクレオチドオーバーハング部分は、グリセリル、脱塩基又は反転（ｉｎｖｅｒｔｅｄ）デオキシ脱塩基非ヌクレオチドを含む。
【００４１】
一実施形態においては、本発明の二本鎖核酸（例えば、ｓｉＮＡ）分子のオーバーハング部分を含むヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の標的ポリヌクレオチド配列を含むヌクレオチドに対応する。したがって、かかる実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子のオーバーハング部分を含むヌクレオチドは、標的ポリヌクレオチド配列に基づく配列を含む。ここで、本発明のｓｉＮＡ分子のガイド鎖又はアンチセンス鎖／領域のオーバーハング部分を含むヌクレオチドは、標的ポリヌクレオチド配列中のヌクレオチドに相補的であり得、本発明のｓｉＮＡ分子のパッセンジャー鎖又はセンス鎖／領域のオーバーハング部分を含むヌクレオチドは、標的ポリヌクレオチド配列中のヌクレオチドを含み得る。かかるヌクレオチドオーバーハングは、ｓｉＲＮＡへの未変性ｄｓＲＮＡのダイサープロセシングから生成する配列を含む。
【００４２】
一実施形態においては、本発明の二本鎖核酸（例えば、ｓｉＮＡ）分子のオーバーハング部分を含むヌクレオチドは、標的ポリヌクレオチド配列に相補的であり、本明細書に記載したとおりに化学修飾されていてもよい。したがって、一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子のガイド鎖又はアンチセンス鎖／領域のオーバーハング部分を含むヌクレオチドは、標的ポリヌクレオチド配列中のヌクレオチド、すなわち、ｓｉＮＡ分子のガイド鎖又はアンチセンス鎖／領域中のオーバーハングヌクレオチドのヌクレオチド位置に相補的である、標的ポリヌクレオチド配列中のヌクレオチド位置に相補的であり得る。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子のパッセンジャー鎖又はセンス鎖／領域のオーバーハング部分を含むヌクレオチドは、標的ポリヌクレオチド配列中のヌクレオチド、すなわち、ｓｉＮＡ分子中のパッセンジャー鎖又はセンス鎖／領域中のオーバーハングヌクレオチドの同じヌクレオチド位置に対応する標的ポリヌクレオチド配列中のヌクレオチド位置を含み得る。一実施形態においては、オーバーハングは、標的ポリヌクレオチド配列の一部に相補的である２個のヌクレオチド（例えば、３’−ＧＡ、３’−ＧＵ、３’−ＧＧ、３’ＧＣ、３’−ＣＡ、３’−ＣＵ、３’−ＣＧ、３’ＣＣ、３’−ＵＡ、３’−ＵＵ、３’−ＵＧ、３’ＵＣ、３’−ＡＡ、３’−ＡＵ、３’−ＡＧ、３’−ＡＣ、３’−ＴＡ、３’−ＴＵ、３’−ＴＧ、３’−ＴＣ、３’−ＡＴ、３’−ＵＴ、３’−ＧＴ、３’−ＣＴ）オーバーハングを含む。一実施形態においては、オーバーハングは、標的ポリヌクレオチド配列の一部に相補的でない２個のヌクレオチド（例えば、３’−ＧＡ、３’−ＧＵ、３’−ＧＧ、３’ＧＣ、３’−ＣＡ、３’−ＣＵ、３’−ＣＧ、３’ＣＣ、３’−ＵＡ、３’−ＵＵ、３’−ＵＧ、３’ＵＣ、３’−ＡＡ、３’−ＡＵ、３’−ＡＧ、３’−ＡＣ、３’−ＴＡ、３’−ＴＵ、３’−ＴＧ、３’−ＴＣ、３’−ＡＴ、３’−ＵＴ、３’−ＧＴ、３’−ＣＴ）オーバーハングを含む。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子のオーバーハングヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノ及び／又は２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドである。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子のオーバーハングヌクレオチドは、オーバーハングヌクレオチドがプリンヌクレオチドである場合には、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、及び／又はオーバーハングヌクレオチドがピリミジンヌクレオチドである場合には、２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチド若しくは２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノヌクレオチドである。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子のオーバーハング中のプリンヌクレオチドは（存在するときには）２’−Ｏ−メチルヌクレオチドである。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子のオーバーハング中のピリミジンヌクレオチドは（存在するときには）２’−デオキシ−２’−フルオロ又は２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノヌクレオチドである。
【００４３】
一実施形態においては、本発明の二本鎖核酸（例えば、ｓｉＮＡ）分子のオーバーハング部分を含むヌクレオチドは、標的ポリヌクレオチド配列に相補的でなく、本明細書に記載したとおりに化学修飾されていてもよい。一実施形態においては、オーバーハングは、標的ポリヌクレオチド配列の一部に相補的でない３’−ＵＵオーバーハングを含む。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子のオーバーハング部分を含むヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノ及び／又は２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドである。
【００４４】
一実施形態においては、本発明の二本鎖核分子（例えば、ｓｉＮＡ）は、２又は３個のヌクレオチドオーバーハングを含み、オーバーハング中のヌクレオチドは同じであり、又は異なる。一実施形態においては、本発明の二本鎖核分子（例えば、ｓｉＮＡ）は、２又は３個のヌクレオチドオーバーハングを含み、オーバーハング中のヌクレオチドは、同じであり、又は異なり、オーバーハング中の１個以上のヌクレオチドは、塩基、糖及び／又はリン酸骨格において化学修飾されている。
【００４５】
一実施形態においては、本発明は、ＤＮＡ、タンパク質をコードするＲＮＡ、標的遺伝子の発現に関連する非コードＲＮＡなどの標的核酸分子に特異的である１個以上の化学修飾ｓｉＮＡ構築物を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、本明細書の１個以上の化学修飾を含む核酸分子に特異的である、ＲＮＡベースのｓｉＮＡ分子（例えば、２’−ＯＨヌクレオチドを含むｓｉＮＡ）を特徴とする。かかる化学修飾の非限定的例としては、ホスホロチオアートヌクレオチド間結合、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロリボヌクレオチド、４’−チオリボヌクレオチド、２’−Ｏ−トリフルオロメチルヌクレオチド、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレオチド（例えば、参照により本明細書に組込む、２００４年１１月５日に出願された米国特許出願第１０／９８１，９６６号参照）、「汎用塩基」ヌクレオチド、「非環式」ヌクレオチド、５−Ｃ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノ（ＦＡＮＡ、例えば、Ｄｏｗｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００６，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  ３４，  １６６９−１６７５参照）及び末端グリセリル及び／又は反転デオキシ脱塩基残基の組み入れが挙げられるが、これらだけに限定されない。これらの化学修飾は、種々のｓｉＮＡ構築物（例えば、ＲＮＡベースのｓｉＮＡ構築物）において使用すると、細胞におけるＲＮＡｉ活性を維持し、同時に、これらの化合物の血清安定性を劇的に増大させることが判明した。
【００４６】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、本明細書の化学修飾（例えば、２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロリボヌクレオチド、４’−チオリボヌクレオチド、２’−Ｏ−トリフルオロメチルヌクレオチド、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレオチド、ＬＮＡ）をｓｉＮＡ分子の内部位置に含む。「内部位置」とは、ｓｉＮＡ二本鎖の塩基対形成位置を意味する。
【００４７】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、ＲＮＡｉを媒介する能力を維持しつつ、修飾ヌクレオチドを含む。修飾ヌクレオチドを使用して、安定性、活性、毒性、免疫応答及び／又は生物学的利用能などのインビトロ又はインビボ特性を改善することができる。例えば、本発明のｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子中に存在するヌクレオチドの総数の百分率として修飾ヌクレオチドを含み得る。したがって、本発明のｓｉＮＡ分子は、約５％から約１００％の修飾ヌクレオチド（例えば、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の修飾ヌクレオチド）を一般に含み得る。例えば、一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子中のヌクレオチド位置の約５％から約１００％（例えば、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の修飾ヌクレオチド）は、２’糖修飾、例えば、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノ、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオチド、２’−Ｏ−トリフルオロメチルヌクレオチド、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレオチド、２’−デオキシヌクレオチドなどの核酸糖修飾を含む。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子中のヌクレオチド位置の約５％から約１００％（例えば、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の修飾ヌクレオチド）は、イノシン、プリン、ピリジン−４−オン、ピリジン−２−オン、フェニル、シュードウラシル、２，４，６−トリメトキシベンゼン、３−メチルウラシル、ジヒドロウリジン、ナフチル、アミノフェニル、５−アルキルシチジン（例えば、５−メチルシチジン）、５−アルキルウリジン（例えば、リボチミジン）、５−ハロウリジン（例えば、５−ブロモウリジン）又は６−アザピリミジン又は６−アルキルピリミジン（例えば６−メチルウリジン）、プロピン修飾などの核酸塩基修飾を含む。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子中のヌクレオチド位置の約５％から約１００％（例えば、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の修飾ヌクレオチド）は、本明細書の式Ｉの骨格修飾などの核酸骨格修飾を含む。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子中のヌクレオチド位置の約５％から約１００％（例えば、約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の修飾ヌクレオチド）は、核酸糖、塩基若しくは骨格修飾又はその任意の組合せ（例えば、本明細書の核酸糖、塩基、骨格又は非ヌクレオチド修飾の任意の組合せ）を含む。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、少なくとも約２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の修飾ヌクレオチドを含む。所与のｓｉＮＡ分子中に存在する修飾ヌクレオチドの実際の割合は、ｓｉＮＡ中に存在するヌクレオチドの総数に依存する。ｓｉＮＡ分子が一本鎖である場合には、修飾率は、一本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在するヌクレオチドの総数に基づき得る。同様に、ｓｉＮＡ分子が二本鎖である場合には、修飾率は、センス鎖、アンチセンス鎖、又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方中に存在するヌクレオチドの総数に基づき得る。
【００４８】
本発明のｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子内の種々の場所に修飾ヌクレオチドを含み得る。一実施形態においては、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ二本鎖内部の塩基対形成位置に修飾ヌクレオチドを含む。例えば、内部位置は、１９塩基対と２個のヌクレオチド３’オーバーハングとを有する２１ヌクレオチドｓｉＮＡ二本鎖のセンス鎖若しくは領域又はアンチセンス鎖若しくは領域のどちらかの５’末端から約３から約１９ヌクレオチドの位置を含み得る。別の実施形態においては、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子の非塩基対形成領域、すなわちオーバーハング領域に修飾ヌクレオチドを含む。「非塩基対形成」とは、センス鎖又はセンス領域とアンチセンス鎖又はアンチセンス領域又はｓｉＮＡ分子との間でヌクレオチドが塩基対を形成していないことを意味する。オーバーハングヌクレオチドは、対応する標的ポリヌクレオチド配列に相補的であり得、又は対応する標的ポリヌクレオチド配列と塩基対を形成し得る（例えば、図６Ｃ参照）。例えば、オーバーハング位置は、１９塩基対と２個のヌクレオチド３’オーバーハングとを有する２１ヌクレオチドｓｉＮＡ二本鎖のセンス鎖若しくは領域又はアンチセンス鎖若しくは領域のどちらかの５’末端から約２０及び約２１ヌクレオチドの位置を含み得る。別の実施形態においては、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子の末端位置に修飾ヌクレオチドを含む。例えば、かかる末端領域としては、ｓｉＮＡ分子のセンス及び／又はアンチセンス鎖若しくは領域の３’と５’の両方の位置に対して、３’位置、５’位置が挙げられる。別の実施形態においては、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子は、塩基対形成位置若しくは内部位置、非塩基対形成領域若しくはオーバーハング領域、及び／又は末端領域、又はその任意の組合せにおいて、修飾ヌクレオチドを含む。
【００４９】
本発明の一態様は、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子は、１個以上の化学修飾を含み、二本鎖ｓｉＮＡの各鎖は約２１ヌクレオチド長である。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子は、リボヌクレオチドを含まない。別の実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子は、１個以上のリボヌクレオチドを含む。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子の各鎖は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを独立に含む。ここで、各鎖は、他方の鎖のヌクレオチドに相補的である約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを含む。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子の鎖の一方は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、二本鎖ｓｉＮＡ分子の他方の鎖は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部にかなり類似したヌクレオチド配列を含む。
【００５０】
別の実施形態においては、本発明は、アンチセンス領域とセンス領域を含み、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、アンチセンス領域は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部にかなり類似したヌクレオチド配列を含む。一実施形態においては、アンチセンス領域とセンス領域は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを独立に含む。ここで、アンチセンス領域は、センス領域のヌクレオチドに相補的である約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを含む。
【００５１】
別の実施形態においては、本発明は、センス領域とアンチセンス領域を含み、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、アンチセンス領域は、標的遺伝子によってコードされるＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス領域は、アンチセンス領域に相補的であるヌクレオチド配列を含む。
【００５２】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、平滑末端、すなわち、オーバーハングヌクレオチドを含まない末端を含む。例えば、本明細書の修飾を含み（例えば、式Ｉ−ＶＩＩのヌクレオチド、「Ｓｔａｂ  ００」−「Ｓｔａｂ  ３６」若しくは「Ｓｔａｂ  ３Ｆ」−「Ｓｔａｂ  ３６Ｆ」を含むｓｉＮＡ構築物（表Ｉ）、又はその任意の組合せを含み）、及び／又は本明細書の任意の長さを含むｓｉＮＡ分子は、平滑末端、すなわちオーバーハングヌクレオチドを含まない末端を含み得る。
【００５３】
一実施形態においては、本発明の任意のｓｉＮＡ分子は、１個以上の平滑末端を含み得る。すなわち、ここで、平滑末端は、オーバーハングヌクレオチドを含まない。一実施形態においては、平滑末端ｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子の各鎖中に存在するヌクレオチドと同数の塩基対を有する。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は１個の平滑末端を含む。例えば、アンチセンス鎖の５’末端とセンス鎖の３’末端はオーバーハングヌクレオチドを含まない。別の例においては、ｓｉＮＡ分子は１個の平滑末端を含む。例えば、アンチセンス鎖の３’末端とセンス鎖の５’末端はオーバーハングヌクレオチドを含まない。別の例においては、ｓｉＮＡ分子は２個の平滑末端を含む。例えば、アンチセンス鎖の３’末端とセンス鎖の５’末端、及びアンチセンス鎖の５’末端とセンス鎖の３’末端は、オーバーハングヌクレオチドを含まない。平滑末端ｓｉＮＡ分子は、例えば、約１５から約３０ヌクレオチド（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０ヌクレオチド）を含み得る。平滑末端ｓｉＮＡ分子中に存在する他のヌクレオチドは、例えば、ミスマッチ、バルジ、ループ又はゆらぎ塩基対を含み、ｓｉＮＡ分子の活性を調節して、ＲＮＡ干渉を媒介することができる。
【００５４】
「平滑末端」とは、対称な末端、又はオーバーハングヌクレオチドを含まない二本鎖ｓｉＮＡ分子の末端を意味する。二本鎖ｓｉＮＡ分子の２本の鎖は、末端にオーバーハングヌクレオチドを含まずに整合する。例えば、平滑末端ｓｉＮＡ構築物は、ｓｉＮＡ分子のセンス領域とアンチセンス領域の間で相補的である末端ヌクレオチドを含む。
【００５５】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子は、２個の別々のオリゴヌクレオチド断片から組み立てられ、第１の断片はセンス領域を含み、第２の断片はｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域を含む。センス領域は、ポリヌクレオチドリンカー、非ヌクレオチドリンカーなどのリンカー分子を介してアンチセンス領域と連結し得る。
【００５６】
一実施形態においては、本発明の二本鎖核酸分子（例えば、ｓｉＮＡ）分子は、ＲＮＡｉ活性を維持又は増強する位置にリボヌクレオチドを含む。一実施形態においては、リボヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子のセンス鎖又はセンス領域中に存在し、ＲＩＳＣ内での酵素によるセンス鎖又はセンス領域の切断を可能にすることによってＲＮＡｉ活性を付与し得る（例えば、ＲＩＳＣ中でＡＧＯ２酵素によって切断される、１９塩基対二本鎖のパッセンジャー鎖の位置９など、パッセンジャー鎖、センス鎖又はセンス領域の切断位置に存在するリボヌクレオチド。例えば、Ｍａｔｒａｎｇａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５，  Ｃｅｌｌ，  １２３：１−１１４及びＲａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５，  Ｃｅｌｌ，  １２３：６２１−６２９を参照されたい。）。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の（アンチセンス鎖又はアンチセンス領域としても知られる）ガイド鎖又はガイド領域の５’末端にある１個以上（例えば、１、２、３、４又は５個）のヌクレオチドはリボヌクレオチドである。
【００５７】
一実施形態においては、本発明の二本鎖核酸分子（例えば、ｓｉＮＡ）分子は、ＲＩＳＣ複合体中での酵素によるパッセンジャー鎖又はパッセンジャー領域の切断を可能にする（センス鎖又はセンス領域としても知られる）パッセンジャー鎖又はパッセンジャー領域内の位置に１個以上のリボヌクレオチドを含む（例えば、ＲＩＳＣ中で切断される、１９塩基対二本鎖のパッセンジャー鎖の位置９など、パッセンジャー鎖の位置に存在するリボヌクレオチド。例えば、Ｍａｔｒａｎｇａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５，  Ｃｅｌｌ，  １２３：１−１１４及びＲａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５，  Ｃｅｌｌ，  １２３：６２１−６２９を参照されたい。）。
【００５８】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、少なくとも２、３、４、５個又はそれを超える、同じでも、異なっていてもよい化学修飾を含む。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、少なくとも２、３、４、５個又はそれを超える異なる化学修飾を含む。
【００５９】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）であって、二本鎖核酸分子は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）個の塩基対を含み、ｓｉＮＡ分子の各鎖中のヌクレオチド位置の１つ以上（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０個）は、化学修飾を含む。別の実施形態においては、ｓｉＮＡは、少なくとも２、３、４、５個又はそれを超える異なる化学修飾を含む。
【００６０】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）個の塩基対を含み、ｓｉＮＡ分子の各鎖は１個以上の化学修飾を含む。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子の各鎖は、少なくとも２個の（例えば、２、３、４、５個又はそれを超える）異なる化学修飾、例えば、異なるヌクレオチド糖、塩基又は骨格修飾を含む。別の実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子の鎖の一方は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、二本鎖ｓｉＮＡ分子の他方の鎖は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部にかなり類似したヌクレオチド配列を含む。別の実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子の鎖の一方は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、二本鎖ｓｉＮＡ分子の他方の鎖は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部にかなり類似したヌクレオチド配列を含む。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各鎖は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを含み、各鎖は、他方の鎖のヌクレオチドに相補的である少なくとも約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを含む。標的遺伝子は、例えば、本明細書で言及する配列、又は参照により本明細書に組込む配列を含み得る。遺伝子は、例えば、本明細書のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号によって参照される配列を含み得る。
【００６１】
一実施形態においては、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子の各鎖は、本明細書の任意の「Ｓｔａｂ  ００」−「Ｓｔａｂ  ３６」又は「Ｓｔａｂ  ３Ｆ」−「Ｓｔａｂ  ３６Ｆ」（表Ｉ）修飾パターン、その任意の組合せなどの異なる化学修飾パターンを含む。種々の修飾パターンを有するかかるｓｉＮＡ分子のセンス鎖及びアンチセンス鎖の非限定的例を表ＩＩ並びに図４及び５に示す。
【００６２】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、リボヌクレオチドを含まない。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上のリボヌクレオチド（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるリボヌクレオチド）を含む。
【００６３】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含むアンチセンス領域を含み、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部にかなり類似したヌクレオチド配列を含むセンス領域を更に含む。別の実施形態においては、アンチセンス領域とセンス領域は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを各々含む。アンチセンス領域は、センス領域のヌクレオチドに相補的である少なくとも約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを含む。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子の各鎖は、少なくとも２個の（例えば、２、３、４、５個又はそれを超える）異なる化学修飾、例えば、異なるヌクレオチド糖、塩基又は骨格修飾を含む。標的遺伝子は、例えば、本明細書で言及する配列、又は参照により本明細書に組込む配列を含み得る。別の実施形態においては、ｓｉＮＡは二本鎖核酸分子であり、ｓｉＮＡ分子の２本の鎖の各々は、約１５から約４０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、２３、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９又は４０）ヌクレオチドを独立に含み、ｓｉＮＡ分子の鎖の１本は、標的遺伝子の核酸配列又はその一部に相補的である少なくとも約１５（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４若しくは２５又はそれを超える）ヌクレオチドを含む。
【００６４】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、センス領域及びアンチセンス領域を含み、アンチセンス領域は、標的遺伝子によってコードされるＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス領域は、アンチセンス領域に相補的であるヌクレオチド配列を含む。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、２個の別々のオリゴヌクレオチド断片から組み立てられ、第１の断片はセンス領域を含み、第２の断片はｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域を含む。別の実施形態においては、センス領域は、リンカー分子を介してアンチセンス領域と連結されている。別の実施形態においては、センス領域は、ヌクレオチド、非ヌクレオチドリンカーなどのリンカー分子を介してアンチセンス領域と連結されている。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子の各鎖は、少なくとも２個の（例えば、２、３、４、５個又はそれを超える）異なる化学修飾、例えば、異なるヌクレオチド糖、塩基又は骨格修飾を含む。標的遺伝子は、例えば、本明細書で言及する配列、又は参照により本明細書に組込む配列を含み得る。
【００６５】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個又はそれを超える）２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジン修飾を含む（例えば、ｓｉＮＡの１個以上又は全部のピリミジン（例えば、Ｕ又はＣ）位置が２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドで修飾されている。）。一実施形態においては、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジン修飾は、センス鎖中に存在する。一実施形態においては、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジン修飾は、アンチセンス鎖中に存在する。一実施形態においては、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジン修飾は、ｓｉＮＡ分子のセンス鎖中とアンチセンス鎖中の両方に存在する。
【００６６】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個又はそれを超える）２’−Ｏ−メチルプリン修飾を含む（例えば、ｓｉＮＡの１個以上又は全部のプリン（例えば、Ａ又はＧ）位置が２’−Ｏ−メチルヌクレオチドで修飾されている。）。一実施形態においては、２’−Ｏ−メチルプリン修飾は、センス鎖中に存在する。一実施形態においては、２’−Ｏ−メチルプリン修飾は、アンチセンス鎖中に存在する。一実施形態においては、２’−Ｏ−メチルプリン修飾は、ｓｉＮＡ分子のセンス鎖中とアンチセンス鎖中の両方に存在する。
【００６７】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個又はそれを超える）２’−デオキシプリン修飾を含む（例えば、ｓｉＮＡの１個以上又は全部のプリン（例えば、Ａ又はＧ）位置が２’−デオキシヌクレオチドで修飾されている。）。一実施形態においては、２’−デオキシプリン修飾は、センス鎖中に存在する。一実施形態においては、２’−デオキシプリン修飾は、アンチセンス鎖中に存在する。一実施形態においては、２’−デオキシプリン修飾は、ｓｉＮＡ分子のセンス鎖中とアンチセンス鎖中の両方に存在する。
【００６８】
一実施形態においては、本発明は、センス領域とアンチセンス領域を含み、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、アンチセンス領域は、標的遺伝子によってコードされるＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス領域は、アンチセンス領域に相補的であるヌクレオチド配列を含む。ｓｉＮＡ分子は、１個以上の修飾ピリミジン及び／又はプリンヌクレオチドを有する。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子の各鎖は、少なくとも２個の（例えば、２、３、４、５個又はそれを超える）異なる化学修飾、例えば、異なるヌクレオチド糖、塩基又は骨格修飾を含む。一実施形態においては、センス領域中のピリミジンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルピリミジンヌクレオチド又は２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、センス領域中に存在するプリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドである。別の実施形態においては、センス領域中のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、センス領域中に存在するプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである。別の実施形態においては、センス領域中のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、センス領域中に存在するプリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドである。一実施形態においては、アンチセンス領域中のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、アンチセンス領域中に存在するプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチル又は２’−デオキシプリンヌクレオチドである。上記ｓｉＮＡ分子のいずれかの別の実施形態においては、センス鎖の非相補領域（例えば、オーバーハング領域）中に存在する任意のヌクレオチドは２’−デオキシヌクレオチドである。
【００６９】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子は、２個の別々のオリゴヌクレオチド断片から組み立てられ、第１の断片はセンス領域を含み、第２の断片はｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域を含む。センス領域を含む断片は、断片の５’末端に、３’末端に、又は５’末端と３’末端の両方に、末端キャップ部分を含む。一実施形態においては、末端キャップ部分は、反転デオキシ脱塩基部分又はグリセリル部分である。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の２個の断片の各々は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを独立に含む。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の２個の断片の各々は、約１５から約４０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、２３、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９又は４０）ヌクレオチドを独立に含む。非限定的例においては、ｓｉＮＡ分子の２個の断片の各々は、約２１ヌクレオチドを含む。
【００７０】
一実施形態においては、本発明は、少なくとも１個の修飾ヌクレオチドを含むｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、修飾ヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノ、２’−Ｏ−トリフルオロメチルヌクレオチド、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレオチド、又は本明細書及び参照により本明細書に組込む２００４年１１月５日に出願された米国特許出願第１０／９８１，９６６号の任意の他の修飾ヌクレオシド／ヌクレオチドである。一実施形態においては、本発明は、少なくとも２個の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）修飾ヌクレオチドを含むｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、修飾ヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノ、２’−Ｏ−トリフルオロメチルヌクレオチド、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレオチド、又は本明細書及び参照により本明細書に組込む２００４年１１月５日に出願された米国特許出願第１０／９８１，９６６号の任意の他の修飾ヌクレオシド／ヌクレオチドからなる群から選択される。修飾ヌクレオチド／ヌクレオシドは、同じでも、異なっていてもよい。ｓｉＮＡは、例えば、約１５から約４０ヌクレオチド長であり得る。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオピリミジンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中の修飾ヌクレオチドは、少なくとも１個の２’−デオキシ−２’−フルオロシチジン又は２’−デオキシ−２’−フルオロウリジンヌクレオチドを含む。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ中の修飾ヌクレオチドは、少なくとも１個の２’−デオキシ−２’−フルオロシチジン及び少なくとも１個の２’−デオキシ−２’−フルオロウリジンヌクレオチドを含む。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全ウリジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロウリジンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全シチジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロシチジンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全アデノシンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロアデノシンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全グアノシンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオログアノシンヌクレオチドである。ＳｉＮＡは、ホスホロチオアート結合などの少なくとも１個の修飾ヌクレオチド間結合を更に含み得る。一実施形態においては、２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドは、ピリミジンヌクレオチドを有する場所など、リボヌクレアーゼによる切断に敏感である、ｓｉＮＡ中の特に選択された場所に存在する。
【００７１】
一実施形態においては、本発明は、少なくとも１個の修飾ヌクレオチドをｓｉＮＡ分子中に導入することを含む、リボヌクレアーゼによる切断に対するｓｉＮＡ分子の安定性を増大させる方法を特徴とする。ここで、修飾ヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中の修飾ヌクレオチドは、少なくとも１個の２’−デオキシ−２’−フルオロシチジン又は２’−デオキシ−２’−フルオロウリジンヌクレオチドを含む。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ中の修飾ヌクレオチドは、少なくとも１個の２’−フルオロシチジン及び少なくとも１個の２’−デオキシ−２’−フルオロウリジンヌクレオチドを含む。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全ウリジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロウリジンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全シチジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロシチジンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全アデノシンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロアデノシンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全グアノシンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオログアノシンヌクレオチドである。ＳｉＮＡは、ホスホロチオアート結合などの少なくとも１個の修飾ヌクレオチド間結合を更に含み得る。一実施形態においては、２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドは、ピリミジンヌクレオチドを有する場所など、リボヌクレアーゼによる切断に敏感である、ｓｉＮＡ中の特に選択された場所に存在する。
【００７２】
一実施形態においては、本発明は、少なくとも１個の修飾ヌクレオチドをｓｉＮＡ分子中に導入することを含む、リボヌクレアーゼによる切断に対するｓｉＮＡ分子の安定性を増大させる方法を特徴とする。ここで、修飾ヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノピリミジンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中の修飾ヌクレオチドは、少なくとも１個の２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノシチジン又は２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノウリジンヌクレオチドを含む。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ中の修飾ヌクレオチドは、少なくとも１個の２’−フルオロシチジン及び少なくとも１個の２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノウリジンヌクレオチドを含む。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全ウリジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノウリジンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全シチジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノシチジンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全アデノシンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノアデノシンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ中に存在する全グアノシンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノグアノシンヌクレオチドである。ＳｉＮＡは、ホスホロチオアート結合などの少なくとも１個の修飾ヌクレオチド間結合を更に含み得る。一実施形態においては、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノヌクレオチドは、ピリミジンヌクレオチドを有する場所など、リボヌクレアーゼによる切断に敏感である、ｓｉＮＡ中の特に選択された場所に存在する。
【００７３】
一実施形態においては、本発明は、センス領域とアンチセンス領域を含み、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、アンチセンス領域は、標的遺伝子によってコードされるＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス領域は、アンチセンス領域に相補的であるヌクレオチド配列を含む。アンチセンス領域中に存在するプリンヌクレオチドは、２’−デオキシ−プリンヌクレオチドを含む。代替の実施形態においては、アンチセンス領域中に存在するプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドを含む。上記実施形態のいずれにおいても、アンチセンス領域は、ホスホロチオアートヌクレオチド間結合をアンチセンス領域の３’末端に含み得る。或いは、上記実施形態のいずれにおいても、アンチセンス領域は、グリセリル修飾をアンチセンス領域の３’末端に含み得る。上記ｓｉＮＡ分子のいずれかの別の実施形態においては、アンチセンス鎖の非相補領域（例えば、オーバーハング領域）中に存在する任意のヌクレオチドは２’−デオキシヌクレオチドである。
【００７４】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域は、疾患又は形質特異的対立遺伝子に関連した一塩基多型（ＳＮＰ）を含む配列など、対象又は生物体における特定の疾患又は形質に関係する対立遺伝子に特有の配列を有する内因性転写物の一部に相補的である配列を含む。したがって、本発明のｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域は、特定の対立遺伝子に特有な配列であって、疾患、症状又は形質に関係する対立遺伝子に対して選択的なＲＮＡｉを媒介する特異性をもたらす配列に相補的である配列を含み得る。
【００７５】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を下方制御する、又は標的ＲＮＡの切断を誘導する、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子は、２個の別々のオリゴヌクレオチド断片から組み立てられ、第１の断片はセンス領域を含み、第２の断片はｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域を含む。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子の各鎖は、約２１ヌクレオチド長であり、ｓｉＮＡ分子の各断片の約１９ヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の他方の断片の相補ヌクレオチドと塩基対を形成し、ｓｉＮＡ分子の各断片の少なくとも２個の３’末端ヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の他方の断片のヌクレオチドと塩基対を形成しない。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は二本鎖核酸分子であり、各鎖は約１９ヌクレオチド長であり、ｓｉＮＡ分子の各断片のヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の他方の断片の相補ヌクレオチドと塩基対を形成して、少なくとも約１５（例えば、１５、１６、１７、１８又は１９）塩基対を形成し、ｓｉＮＡ分子の一方又は両方の末端は平滑末端である。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各断片の２個の３’末端ヌクレオチドの各々は、２’−デオキシ−チミジンなどの２’−デオキシ−ピリミジンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各断片の２個の３’末端ヌクレオチドの各々は、２’−Ｏ−メチルウリジン、シチジン、チミジンなどの２’−Ｏ−メチルピリミジンヌクレオチドである。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各断片の全ヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の他方の断片の相補ヌクレオチドと塩基対を形成する。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、センス領域及びアンチセンス領域を有する、約１９から約２５塩基対の二本鎖核酸分子であり、アンチセンス領域の約１９ヌクレオチドは、標的遺伝子によってコードされるＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部と塩基対を形成する。別の実施形態においては、アンチセンス領域の約２１ヌクレオチドは、標的遺伝子によってコードされるＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部と塩基対を形成する。上記実施形態のいずれにおいても、前記アンチセンス領域を含む断片の５’末端は、リン酸基を含んでいてもよい。
【００７６】
一実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡ配列の発現を阻害する二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子はリボヌクレオチドを含まず、二本鎖ｓｉＮＡ分子の各鎖は約１５から約３０ヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は２１ヌクレオチド長である。非リボヌクレオチド含有ｓｉＮＡ構築物の例は、Ｓｔａｂ  ７／８、Ｓｔａｂ  ７／１１、Ｓｔａｂ  ８／８、Ｓｔａｂ  １８／８、Ｓｔａｂ  １８／１１、Ｓｔａｂ  １２／１３、Ｓｔａｂ  ７／１３、Ｓｔａｂ  １８／１３、Ｓｔａｂ  ７／１９、Ｓｔａｂ  ８／１９、Ｓｔａｂ  １８／１９、Ｓｔａｂ  ７／２０、Ｓｔａｂ  ８／２０、Ｓｔａｂ  １８／２０、Ｓｔａｂ  ７／３２、Ｓｔａｂ  ８／３２、Ｓｔａｂ  １８／３２など、センス／アンチセンスケミストリーの任意の組合せの表Ｉに示す安定化ケミストリーの組合せである（例えば、Ｓｔａｂ  ７、８、１１、１２、１３、１４、１５、１７、１８、１９、２０又は３２のセンス若しくはアンチセンス鎖又はその任意の組合せを有する任意のｓｉＮＡ）。本明細書では、数字で表したＳｔａｂケミストリーは、表Ｉに示すケミストリーの２’−フルオロと２’−ＯＣＦ３の両方のバージョンを含み得る。例えば、「Ｓｔａｂ  ７／８」は、Ｓｔａｂ  ７／８とＳｔａｂ  ７Ｆ／８Ｆの両方を指すなど。一実施形態においては、本発明は、ＲＮＡ干渉による標的ＲＮＡの切断を誘導する、化学合成された二本鎖ＲＮＡ分子を特徴とする。ここで、前記ＲＮＡ分子の各鎖は約１５から約３０ヌクレオチド長である。ＲＮＡ分子の一方の鎖は、ＲＮＡ分子がＲＮＡ干渉によって標的ＲＮＡの切断を誘導するのに十分な相補性を、標的ＲＮＡに対して有するヌクレオチド配列を含む。ＲＮＡ分子の少なくとも一方の鎖は、デオキシヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロアラビノ、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオチド、４’−チオヌクレオチド、２’−Ｏ−トリフルオロメチルヌクレオチド、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレオチドなど、又はその任意の組合せなど、ただしこれらだけに限定されない、本明細書の１個以上の化学修飾ヌクレオチドを含んでいてもよい。
【００７７】
一実施形態においては、本発明の標的ＲＮＡは、タンパク質をコードする配列を含む。
【００７８】
一実施形態においては、本発明の標的ＲＮＡは、非コードＲＮＡ配列（例えば、ｍｉＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｓｉＲＮＡなど）を含む。例えば、Ｍａｔｔｉｃｋ，  ２００５，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０９，  １５２７−１５２８；  Ｃｌａｖｅｒｉｅ，  ２００５，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０９，  １５２９−１５３０；  Ｓｅｔｈｕｐａｔｈｙ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００６，  ＲＮＡ，  １２，  １９２−１９７及びＣｚｅｃｈ，  ２００６  ＮＥＪＭ，  ３５４，  １１：  １１９４−１１９５を参照されたい。
【００７９】
一実施形態においては、本発明は、本発明のｓｉＮＡ分子を含む医薬品を特徴とする。
【００８０】
一実施形態においては、本発明は、本発明のｓｉＮＡ分子を含む活性成分を特徴とする。
【００８１】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害する、下方制御する、又は減少させるための二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子の使用を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子は１個以上の化学修飾を含み、二本鎖ｓｉＮＡの各鎖は独立に約１５から約３０又はそれを超える（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０又はそれを超える）ヌクレオチド長である。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上の化学修飾を含む二本鎖核酸分子であり、ｓｉＮＡ分子の２個の断片の各々は、約１５から約４０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、２３、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９又は４０）ヌクレオチドを独立に含み、鎖の１本は、標的コードＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部に相補的である少なくとも１５ヌクレオチドを含む。非限定的例においては、ｓｉＮＡ分子の２個の断片の各々は、約２１ヌクレオチドを含む。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、１個以上の化学修飾を含む二本鎖核酸分子であり、各鎖は約２１ヌクレオチド長であり、ｓｉＮＡ分子の各断片の約１９ヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の他方の断片の相補ヌクレオチドと塩基対を形成し、ｓｉＮＡ分子の各断片の少なくとも２個の３’末端ヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の他方の断片のヌクレオチドと塩基対を形成しない。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、１個以上の化学修飾を含む二本鎖核酸分子であり、各鎖は約１９ヌクレオチド長であり、ｓｉＮＡ分子の各断片のヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の他方の断片の相補ヌクレオチドと塩基対を形成して、少なくとも約１５（例えば、１５、１６、１７、１８又は１９）塩基対を形成し、ｓｉＮＡ分子の一方又は両方の末端は平滑末端である。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各断片の２個の３’末端ヌクレオチドの各々は、２’−デオキシ−チミジンなどの２’−デオキシ−ピリミジンヌクレオチドである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各断片の２個の３’末端ヌクレオチドの各々は、２’−Ｏ−メチルウリジン、シチジン、チミジンなどの２’−Ｏ−メチルピリミジンヌクレオチドである。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各断片の全ヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の他方の断片の相補ヌクレオチドと塩基対を形成する。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、センス領域及びアンチセンス領域を有し、かつ、１個以上の化学修飾を含む、約１９から約２５塩基対の二本鎖核酸分子であり、アンチセンス領域の約１９ヌクレオチドは、標的遺伝子によってコードされるＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部と塩基対を形成する。別の実施形態においては、アンチセンス領域の約２１ヌクレオチドは、標的遺伝子によってコードされるＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部と塩基対を形成する。上記実施形態のいずれにおいても、前記アンチセンス領域を含む断片の５’末端は、リン酸基を含んでいてもよい。
【００８２】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害する、下方制御する、又は減少させる、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子の使用を特徴とする。ここで、二本鎖ｓｉＮＡ分子の鎖の一方は、標的ＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含むアンチセンス鎖であり、他方の鎖は、アンチセンス鎖のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むセンス鎖である。一実施形態においては、各鎖は、ヌクレオチド、糖、塩基、骨格修飾などの同じでも、異なっていてもよい、少なくとも２個の（例えば、２、３、４、５個又はそれを超える）化学修飾を有する。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在するピリミジンヌクレオチドの大多数は、糖修飾を含む。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在するプリンヌクレオチドの大多数は、糖修飾を含む。
【００８３】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害する、下方制御する、又は減少させる、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、二本鎖ｓｉＮＡ分子の鎖の一方は、標的ＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含むアンチセンス鎖であり、他方の鎖は、アンチセンス鎖のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むセンス鎖である。一実施形態においては、各鎖は、ヌクレオチド、糖、塩基、骨格修飾などの同じでも、異なっていてもよい、少なくとも２個の（例えば、２、３、４、５個又はそれを超える）化学修飾を有する。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在するピリミジンヌクレオチドの大多数は、糖修飾を含む。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在するプリンヌクレオチドの大多数は、糖修飾を含む。
【００８４】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害する、下方制御する、又は減少させる、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、二本鎖ｓｉＮＡ分子の鎖の一方は、タンパク質をコードする標的ＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含むアンチセンス鎖であり、他方の鎖は、アンチセンス鎖のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むセンス鎖であり、二本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在するピリミジンヌクレオチドの大多数は、糖修飾を含む。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各鎖は、約１５から約３０個又はそれを超える（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０個又はそれを超える）ヌクレオチドを含み、他方の鎖のヌクレオチドに相補的である少なくとも約１５ヌクレオチドを含む。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、２個のオリゴヌクレオチド断片から組み立てられ、第１の断片はｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖のヌクレオチド配列を含み、第２の断片はｓｉＮＡ分子のセンス領域のヌクレオチド配列を含む。一実施形態においては、センス鎖は、ポリヌクレオチドリンカー、非ヌクレオチドリンカーなどのリンカー分子を介して、アンチセンス鎖と連結されている。更なる実施形態においては、センス鎖中に存在するピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’フルオロピリミジンヌクレオチドであり、センス領域中に存在するプリンヌクレオチドは、２’−デオキシプリンヌクレオチドである。別の実施形態においては、センス鎖中に存在するピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’フルオロピリミジンヌクレオチドであり、センス領域中に存在するプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである。更に別の実施形態においては、アンチセンス鎖中に存在するピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、アンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、２’−デオキシプリンヌクレオチドである。別の実施形態においては、アンチセンス鎖は、１個以上の２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチド及び１個以上の２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドを含む。別の実施形態においては、アンチセンス鎖中に存在するピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、アンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである。更なる実施形態においては、センス鎖は、３’末端及び５’末端を含み、末端キャップ部分（例えば、反転チミジンなどの反転デオキシ脱塩基部分又は反転デオキシヌクレオチド部分）は、センス鎖の５’末端、３’末端、又は５’末端と３’末端の両方に存在する。別の実施形態においては、アンチセンス鎖は、ホスホロチオアートヌクレオチド間結合をアンチセンス鎖の３’末端に含む。別の実施形態においては、アンチセンス鎖は、グリセリル修飾を３’末端に含む。別の実施形態においては、アンチセンス鎖の５’末端は、リン酸基を含んでいてもよい。
【００８５】
二本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在するピリミジンヌクレオチドの大多数が糖修飾を含む、標的遺伝子の発現を阻害する二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子の上記実施形態のいずれにおいても、ｓｉＮＡ分子の２本の鎖の各々は、約１５から約３０個又はそれを超える（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０個又はそれを超える）ヌクレオチドを含み得る。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各鎖の約１５から約３０個又はそれを超える（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０個又はそれを超える）ヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の他方の鎖の相補ヌクレオチドと塩基対を形成する。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各鎖の約１５から約３０個又はそれを超える（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０個又はそれを超える）ヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の他方の鎖の相補ヌクレオチドと塩基対を形成する。ここで、ｓｉＮＡ分子の各鎖の少なくとも２個の３’末端ヌクレオチドは、ｓｉＮＡ分子の他方の鎖のヌクレオチドと塩基対を形成しない。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各断片の２個の３’末端ヌクレオチドの各々は、２’−デオキシ−チミジンなどの２’−デオキシ−ピリミジンである。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の各鎖は、ｓｉＮＡ分子の他方の鎖の相補ヌクレオチドと塩基対を形成する。一実施形態においては、アンチセンス鎖の約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドは、標的ＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部と塩基対を形成する。一実施形態においては、アンチセンス鎖の約１８から約２５（例えば、約１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５）ヌクレオチドは、標的ＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部と塩基対を形成する。
【００８６】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害する二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、二本鎖ｓｉＮＡ分子の鎖の一方は、標的ＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含むアンチセンス鎖であり、他方の鎖は、アンチセンス鎖のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むセンス鎖である。一実施形態においては、各鎖は、ヌクレオチド  糖、塩基、骨格修飾などの少なくとも２個の（例えば、２、３、４、５個又はそれを超える）異なる化学修飾を有する。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在するピリミジンヌクレオチドの大多数は、糖修飾を含む。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在するプリンヌクレオチドの大多数は、糖修飾を含む。一実施形態においては、アンチセンス鎖の５’末端は、リン酸基を含んでいてもよい。
【００８７】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害する二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、二本鎖ｓｉＮＡ分子の鎖の一方は、標的ＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含むアンチセンス鎖であり、他方の鎖は、アンチセンス鎖のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むセンス鎖である。二本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在するピリミジンヌクレオチドの大多数は、糖修飾を含む。アンチセンス鎖のヌクレオチド配列又はその一部は、標的ＲＮＡの非翻訳領域のヌクレオチド配列又はその一部に相補的である。
【００８８】
一実施形態においては、本発明は、標的遺伝子の発現を阻害する二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、二本鎖ｓｉＮＡ分子の鎖の一方は、標的ＲＮＡのヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含むアンチセンス鎖であり、他方の鎖は、アンチセンス鎖のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むセンス鎖である。二本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在するピリミジンヌクレオチドの大多数は、糖修飾を含む。アンチセンス鎖のヌクレオチド配列は、標的ＲＮＡのヌクレオチド配列、又は標的ＲＮＡ中に存在するその一部に相補的である。
【００８９】
一実施形態においては、本発明は、本発明のｓｉＮＡ分子と薬剤として許容される担体又は希釈剤とを含む組成物を特徴とする。別の実施形態においては、本発明は、本発明の２種類以上のｓｉＮＡ分子（例えば、標的ＲＮＡの異なる領域を標的にするｓｉＮＡ分子、又はＳＲＥＢＰ１経路ＲＮＡを標的にするｓｉＮＡ分子）及び薬剤として許容される担体又は希釈剤を特徴とする。
【００９０】
非限定的例においては、化学修飾ヌクレオチドを核酸分子に導入することは、外因的に送達される未変性ＲＮＡ分子に固有のインビボでの安定性及び生物学的利用能の潜在的限界を克服する強力なツールとなる。例えば、化学修飾核酸分子を使用すると、化学修飾核酸分子は、血清中でより長い半減期を有する傾向にあるので、所与の治療効果に対する特定の核酸分子の用量を減少させることができる。また、ある種の化学修飾は、特定の細胞又は組織を標的にすることによって、及び／又は核酸分子の細胞内取り込みを改善することによって、核酸分子の生物学的利用能を改善することができる。したがって、化学修飾核酸分子の活性が未変性核酸分子よりも低い場合でも、例えば、全ＲＮＡ（ａｌｌ−ＲＮＡ）核酸分子と比較したときに、分子の安定性及び／又は送達が改善されたために、修飾核酸分子の全活性が、未変性分子の全活性よりも大きくなり得る。未変性無修飾ｓｉＮＡとは異なり、化学修飾ｓｉＮＡは、ヒトにおけるインターフェロン活性又は免疫賦活を活性化する可能性も最小化し得る。したがって、これらの諸性質は、研究と治療の両方の適用分野における使用を含めて、種々のインビトロ及びインビボでの設定において、未変性ｓｉＲＮＡ又は最小限に修飾されたｓｉＲＮＡがＲＮＡｉを媒介する能力を更に改善する。出願人は、対応する無修飾ｓｉＲＮＡ分子又は最小限に修飾されたｓｉＲＮＡ分子よりもＲＮＡｉ活性が改善された化学修飾ｓｉＮＡ分子を本明細書に記述する。本明細書に開示する化学修飾ｓｉＮＡモチーフは、無修飾活性ｓｉＲＮＡ又は最小限に修飾された活性ｓｉＲＮＡにかなり類似したＲＮＡｉ活性を維持する能力を提供し（例えば、Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  ＥＭＢＯ  Ｊ．，  ２０：６８７７−６８８８参照）、同時に治療への応用に適切なヌクレアーゼ耐性及び薬物動態学的（ｐｈａｒｍａｃｏｋｅｔｉｃ）諸性質を提供する。
【００９１】
本明細書のｓｉＮＡ分子の実施形態のいずれにおいても、本発明のｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域は、ホスホロチオアートヌクレオチド間結合を前記アンチセンス領域の３’末端に含み得る。本明細書のｓｉＮＡ分子の実施形態のいずれにおいても、アンチセンス領域は、約１から約５個のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を前記アンチセンス領域の５’末端に含み得る。本明細書のｓｉＮＡ分子の実施形態のいずれにおいても、本発明のｓｉＮＡ分子の３’末端ヌクレオチドオーバーハングは、核酸糖、塩基又は骨格において化学修飾されたリボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドを含み得る。本明細書のｓｉＮＡ分子の実施形態のいずれにおいても、３’末端ヌクレオチドオーバーハングは、１個以上の汎用塩基リボヌクレオチドを含み得る。本明細書のｓｉＮＡ分子の実施形態のいずれにおいても、３’末端ヌクレオチドオーバーハングは、１個以上の非環式ヌクレオチドを含み得る。
【００９２】
本発明の一実施形態は、核酸分子の発現が可能であるように、本発明の少なくとも１種類のｓｉＮＡ分子をコードする核酸配列を含む、発現ベクターを提供する。本発明の別の実施形態は、かかる発現ベクターを含むほ乳動物細胞を提供する。ほ乳動物細胞は、ヒト細胞であり得る。発現ベクターのｓｉＮＡ分子は、センス領域及びアンチセンス領域を含み得る。アンチセンス領域は、標的をコードするＲＮＡ又はＤＮＡ配列に相補的である配列を含み得る。センス領域は、アンチセンス領域に相補的である配列を含み得る。ｓｉＮＡ分子は、相補センス及びアンチセンス領域を有する２本の異なる鎖を含み得る。ｓｉＮＡ分子は、相補センス及びアンチセンス領域を有する一本鎖を含み得る。
【００９３】
一実施形態においては、本発明は、細胞内で、又は再構成されたインビトロ系内でＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介し得る化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、化学修飾は、骨格が修飾された式Ｉ
【００９４】
【化６】
2009504190.tif 000002
のヌクレオチド間結合を含む１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）ヌクレオチドを含む。
【００９５】
ここで、各Ｒ１及びＲ２は独立に、天然でも、化学修飾されていてもよい、ｓｉＮＡ分子構造に含まれ得る、又はｓｉＮＡ分子との結合点として役立ち得る、任意のヌクレオチド、非ヌクレオチド又はポリヌクレオチドであり、各Ｘ及びＹは独立にＯ、Ｓ、Ｎ、アルキル又は置換アルキルであり、各Ｚ及びＷは独立にＯ、Ｓ、Ｎ、アルキル、置換アルキル、Ｏ−アルキル、Ｓ−アルキル、アルカリール、アラルキル又はアセチルであり、Ｗ、Ｘ、Ｙ及びＺは全部がＯとは限らない。別の実施形態においては、本発明の骨格修飾は、ホスホノアセタート及び／又はチオホスホノアセタートヌクレオチド間結合を含む（例えば、Ｓｈｅｅｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  ３１，  ４１０９−４１１８参照）。
【００９６】
例えば任意のＺ、Ｗ、Ｘ及び／又はＹが硫黄原子を独立に含む、式Ｉの化学修飾ヌクレオチド間結合は、ｓｉＮＡ二本鎖の一方又は両方のオリゴヌクレオチド鎖中に、例えば、センス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖中に存在し得る。本発明のｓｉＮＡ分子は、式Ｉの１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）化学修飾ヌクレオチド間結合を、センス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含み得る。例えば、本発明の例示的なｓｉＮＡ分子は、式Ｉの約１から約５個又はそれを超える（例えば、約１、２、３、４、５個又はそれを超える）化学修飾ヌクレオチド間結合を、センス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖の５’末端に含み得る。別の非限定的例においては、本発明の例示的なｓｉＮＡ分子は、式Ｉの化学修飾ヌクレオチド間結合を有する１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）ピリミジンヌクレオチドを、センス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖に含み得る。更に別の非限定的例においては、本発明の例示的なｓｉＮＡ分子は、式Ｉの化学修飾ヌクレオチド間結合を有する１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）プリンヌクレオチドを、センス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖に含み得る。別の実施形態においては、式Ｉのヌクレオチド間結合を有する本発明のｓｉＮＡ分子は、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの化学修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドも含む。
【００９７】
一実施形態においては、本発明は、細胞内で、又は再構成されたインビトロ系内でＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介し得る化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、化学修飾は、式ＩＩ
【００９８】
【化７】
2009504190.tif 000003
の１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを含む。
【００９９】
ここで、各Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０、Ｒ１１及びＲ１２は独立に、いずれもｓｉＮＡ分子の構造に含まれ得る、又はｓｉＮＡ分子との結合点として役立ち得る、Ｈ、ＯＨ、アルキル、置換アルキル、アルカリール若しくはアラルキル、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＮ、Ｏ−アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ−アルケニル、ＳＯ−アルキル、アルキル−ＯＳＨ、アルキル−ＯＨ、Ｏ−アルキル−ＯＨ、Ｏ−アルキル−ＳＨ、Ｓ−アルキル−ＯＨ、Ｓ−アルキル−ＳＨ、アルキル−Ｓ−アルキル、アルキル−Ｏ−アルキル、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、アミノアルキル、アミノ酸、アミノアシル、ＯＮＨ２、Ｏ−アミノアルキル、Ｏ−アミノ酸、Ｏ−アミノアシル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキル（ａｌｋｌｙｌ）アミノ、置換シリル、又は式Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ及び／又はＶＩＩのいずれかの基であり、Ｒ９は、Ｏ、Ｓ、ＣＨ２、Ｓ＝Ｏ、ＣＨＦ又はＣＦ２であり、Ｂは、アデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、チミン、２−アミノアデノシン、５−メチルシトシン、２，６−ジアミノプリンなどのヌクレオシド塩基、又は標的ＲＮＡに相補的でも、非相補的でもよい任意の他の非天然塩基、又はフェニル、ナフチル、３−ニトロピロール、５−ニトロインドール、ネブラリン、ピリドン、ピリジノンなどの非ヌクレオシド塩基、又は標的ＲＮＡに相補的でも、非相補的でもよい任意の他の非天然汎用塩基である。一実施形態においては、Ｒ３及び／又はＲ７は、抱合部分（ｃｏｎｊｕｇａｔｅ  ｍｏｉｅｔｙ）及びリンカー（例えば、本明細書の、又は当分野で公知の、ヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカー）を含む。抱合部分の非限定的例としては、天然タンパク質リガンド由来のペプチドなどの細胞受容体のリガンド；細胞のＺＩＰコード配列を含めたタンパク質局在化配列；抗体；核酸アプタマー；葉酸塩、Ｎ−アセチルガラクトサミンなどのビタミン及び他の補因子；ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などのポリマー；リン脂質；コレステロール；ステロイド及びＰＥＩ、スペルミン、スペルミジンなどのポリアミンが挙げられる。一実施形態においては、本発明の式ＩＩのヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドである。一実施形態においては、本発明の式ＩＩのヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドである。一実施形態においては、本発明の式ＩＩのヌクレオチドは、２’−デオキシヌクレオチドである。
【０１００】
式ＩＩの化学修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドは、ｓｉＮＡ二本鎖の一方又は両方のオリゴヌクレオチド鎖中に、例えばセンス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖中に存在し得る。本発明のｓｉＮＡ分子は、式ＩＩの１個以上の化学修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを、センス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含み得る。例えば、本発明の例示的なｓｉＮＡ分子は、式ＩＩの約１から約５個又はそれを超える（例えば、約１、２、３、４、５個又はそれを超える）化学修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを、センス鎖、アンチセンス鎖、又は両方の鎖の５’末端に含み得る。別の非限定的例においては、本発明の例示的なｓｉＮＡ分子は、約１から約５個又はそれを超える（例えば、約１、２、３、４、５個又はそれを超える）式ＩＩの化学修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを、センス鎖、アンチセンス鎖、又は両方の鎖の３’末端に含み得る。
【０１０１】
一実施形態においては、本発明は、細胞内で、又は再構成されたインビトロ系内でＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介し得る化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、化学修飾は、式ＩＩＩ
【０１０２】
【化８】
2009504190.tif 000004
の１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを含む。
【０１０３】
ここで、各Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０、Ｒ１１及びＲ１２は独立に、いずれもｓｉＮＡ分子の構造に含まれ得る、又はｓｉＮＡ分子との結合点として役立ち得る、Ｈ、ＯＨ、アルキル、置換アルキル、アルカリール若しくはアラルキル、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＮ、Ｏ−アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ−アルケニル、ＳＯ−アルキル、アルキル−ＯＳＨ、アルキル−ＯＨ、Ｏ−アルキル−ＯＨ、Ｏ−アルキル−ＳＨ、Ｓ−アルキル−ＯＨ、Ｓ−アルキル−ＳＨ、アルキル−Ｓ−アルキル、アルキル−Ｏ−アルキル、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、アミノアルキル、アミノ酸、アミノアシル、ＯＮＨ２、Ｏ−アミノアルキル、Ｏ−アミノ酸、Ｏ−アミノアシル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキル（ａｌｋｌｙｌ）アミノ、置換シリル、又は式Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ及び／又はＶＩＩのいずれかの基であり、Ｒ９は、Ｏ、Ｓ、ＣＨ２、Ｓ＝Ｏ、ＣＨＦ又はＣＦ２であり、Ｂは、アデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、チミン、２−アミノアデノシン、５−メチルシトシン、２，６−ジアミノプリンなどのヌクレオシド塩基、又は標的ＲＮＡに相補的又は非相補的であるように使用することができる任意の他の非天然塩基、又はフェニル、ナフチル、３−ニトロピロール、５−ニトロインドール、ネブラリン、ピリドン、ピリジノンなどの非ヌクレオシド塩基、又は標的ＲＮＡに相補的でも、非相補的でもよい任意の他の非天然汎用塩基である。一実施形態においては、Ｒ３及び／又はＲ７は、抱合部分及びリンカー（例えば、本明細書の、又は当分野で公知の、ヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカー）を含む。抱合部分の非限定的例としては、天然タンパク質リガンド由来のペプチドなどの細胞受容体のリガンド；細胞のＺＩＰコード配列を含めたタンパク質局在化配列；抗体；核酸アプタマー；葉酸塩、Ｎ−アセチルガラクトサミンなどのビタミン及び他の補因子；ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などのポリマー；リン脂質；コレステロール；ステロイド及びＰＥＩ、スペルミン、スペルミジンなどのポリアミンが挙げられる。
【０１０４】
式ＩＩＩの化学修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドは、ｓｉＮＡ二本鎖の一方又は両方のオリゴヌクレオチド鎖中に、例えばセンス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖中に存在し得る。本発明のｓｉＮＡ分子は、式ＩＩＩの１個以上の化学修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを、センス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含み得る。例えば、本発明の例示的なｓｉＮＡ分子は、式ＩＩＩの約１から約５個又はそれを超える（例えば、約１、２、３、４、５個又はそれを超える）化学修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを、センス鎖、アンチセンス鎖、又は両方の鎖の５’末端に含み得る。別の非限定的例においては、本発明の例示的なｓｉＮＡ分子は、約１から約５個又はそれを超える（例えば、約１、２、３、４、５個又はそれを超える）式ＩＩＩの化学修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを、センス鎖、アンチセンス鎖、又は両方の鎖の３’末端に含み得る。
【０１０５】
別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、式ＩＩ又はＩＩＩのヌクレオチドを含む。ここで、式ＩＩ又はＩＩＩのヌクレオチドは、反転した配置である。例えば、式ＩＩ又はＩＩＩのヌクレオチドは、一方又は両方のｓｉＮＡ鎖の３’末端、５’末端、又は３’末端と５’末端の両方においてなど、３’−３’、３’−２’、２’−３’又は５’−５’配置でｓｉＮＡ構築物に連結されている。
【０１０６】
一実施形態においては、本発明は、細胞内で、又は再構成されたインビトロ系内でＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介し得る化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、化学修飾は、式ＩＶ
【０１０７】
【化９】
2009504190.tif 000005
の５’末端リン酸基を含む。
【０１０８】
ここで、各Ｘ及びＹは独立にＯ、Ｓ、Ｎ、アルキル、置換アルキル又はアルキルハロであり、各Ｚ及びＷは独立にＯ、Ｓ、Ｎ、アルキル、置換アルキル、Ｏ−アルキル、Ｓ−アルキル、アルカリール、アラルキル、アルキルハロ又はアセチルであり、Ｗ、Ｘ、Ｙ及びＺは全部がＯとは限らず、ＹはｓｉＮＡ分子との結合点として役立つ。
【０１０９】
一実施形態においては、本発明は、標的に相補的である鎖上に、例えば、標的ＲＮＡに相補的である鎖上に、式ＩＶの５’末端リン酸基を有するｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子は、全ＲＮＡ  ｓｉＮＡ分子を含む。別の実施形態においては、本発明は、標的に相補的である鎖上に式ＩＶの５’末端リン酸基を有するｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ分子は、一方又は両方の鎖の３’末端上に、約１から約４（例えば、約１、２、３又は４）個のデオキシリボヌクレオチドを有する、約１から約３（例えば、約１、２又は３）ヌクレオチド３’末端ヌクレオチドオーバーハングも含む。別の実施形態においては、式ＩＶの５’末端リン酸基は、本発明のｓｉＮＡ分子の、例えば、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの化学修飾を有するｓｉＮＡ分子の、標的に相補的である鎖上に存在する。
【０１１０】
一実施形態においては、本発明は、細胞内で、又は再構成されたインビトロ系内でＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介し得る化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、化学修飾は、１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む。例えば、非限定的例においては、本発明は、１本のｓｉＮＡ鎖中に約１、２、３、４、５、６、７、８個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合を有する化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）を特徴とする。更に別の実施形態においては、本発明は、両方のｓｉＮＡ鎖中に約１、２、３、４、５、６、７、８個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合を個々に有する化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）を特徴とする。ホスホロチオアートヌクレオチド間結合は、ｓｉＮＡ二本鎖の一方又は両方のオリゴヌクレオチド鎖中に、例えばセンス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖中に存在し得る。本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を、センス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含み得る。例えば、本発明の例示的なｓｉＮＡ分子は、約１から約５個又はそれを超える（例えば、約１、２、３、４、５個又はそれを超える）連続したホスホロチオアートヌクレオチド間結合を、センス鎖、アンチセンス鎖、又は両方の鎖の５’末端に含み得る。別の非限定的例においては、本発明の例示的なｓｉＮＡ分子は、１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）ピリミジンホスホロチオアートヌクレオチド間結合を、センス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖中に含み得る。更に別の非限定的例においては、本発明の例示的なｓｉＮＡ分子は、１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）プリンホスホロチオアートヌクレオチド間結合を、センス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖中に含み得る。
【０１１１】
二本鎖ｓｉＮＡ分子の各鎖は、異なる化学修飾パターンを含むように、１個以上の化学修飾を有し得る。異なる修飾パターンを生じ得る修飾スキームの幾つかの非限定的例を本明細書に示す。
【０１１２】
一実施形態においては、本発明は、センス鎖が、１個以上の、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）２−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、及び／又は約１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）汎用塩基修飾ヌクレオチドを含み、末端キャップ分子をセンス鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含んでいてもよく、アンチセンス鎖が、約１から約１０又はそれを超える、具体的には約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオ、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）汎用塩基修飾ヌクレオチドを含み、末端キャップ分子をアンチセンス鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含んでいてもよい、ｓｉＮＡ分子を特徴とする。別の実施形態においては、センス及び／又はアンチセンスｓｉＮＡ鎖の１個以上の、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオ及び／又は２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドで化学修飾されている。１個以上の、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は３’末端、５’末端、又は３’末端と５’末端の両方における末端キャップ分子は、同じ鎖又は異なる鎖中に、存在しても、しなくてもよい。
【０１１３】
別の実施形態においては、本発明は、センス鎖が、約１から約５個、具体的には約１、２、３、４又は５個のホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５個又はそれを超える）２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオ、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５個又はそれを超える）汎用塩基修飾ヌクレオチドを含み、末端キャップ分子をセンス鎖の３末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含んでいてもよく、アンチセンス鎖が、約１から約５又はそれを超える、具体的には約１、２、３、４、５個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオ、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）汎用塩基修飾ヌクレオチドを含み、末端キャップ分子をアンチセンス鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含んでいてもよい、ｓｉＮＡ分子を特徴とする。別の実施形態においては、センス及び／又はアンチセンスｓｉＮＡ鎖の１個以上の、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオ及び／又は２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドで化学修飾されている。約１から約５個又はそれを超える、例えば、約１、２、３、４、５個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は３’末端、５’末端、又は３’末端と５’末端の両方における末端キャップ分子は、同じ鎖又は異なる鎖中に、存在しても、しなくてもよい。
【０１１４】
一実施形態においては、本発明は、アンチセンス鎖が、１個以上の、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は約１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオ、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）汎用塩基修飾ヌクレオチドを含み、末端キャップ分子をセンス鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含んでいてもよく、アンチセンス鎖が、約１から約１０個又はそれを超える、具体的には約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２−デオキシ−２’−フルオロ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオ、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）汎用塩基修飾ヌクレオチドを含み、末端キャップ分子をアンチセンス鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含んでいてもよい、ｓｉＮＡ分子を特徴とする。別の実施形態においては、センス及び／又はアンチセンスｓｉＮＡ鎖の１個以上の、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオ及び／又は２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドで化学修飾されている。１個以上の、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は３’末端、５’末端、又は３’末端と５’末端の両方における末端キャップ分子は、同じ鎖又は異なる鎖中に、存在しても、しなくてもよい。
【０１１５】
別の実施形態においては、本発明は、ここで、アンチセンス鎖が、約１から約５又はそれを超える、具体的には約１、２、３、４、５個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオ、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）汎用塩基修飾ヌクレオチドを含み、末端キャップ分子をセンス鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含んでいてもよく、アンチセンス鎖が、約１から約５個又はそれを超える、具体的には約１、２、３、４、５個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオ、及び／又は１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、１、８、９、１０個又はそれを超える）汎用塩基修飾ヌクレオチドを含み、末端キャップ分子をアンチセンス鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含んでいてもよい、ｓｉＮＡ分子を特徴とする。別の実施形態においては、センス及び／又はアンチセンスｓｉＮＡ鎖の１個以上の、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、４’−チオ及び／又は２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドで化学修飾されている。約１から約５個、例えば、約１、２、３、４、５個又はそれを超えるホスホロチオアートヌクレオチド間結合、及び／又は３’末端、５’末端、又は３’末端と５’末端の両方における末端キャップ分子は、同じ鎖又は異なる鎖中に、存在しても、しなくてもよい。
【０１１６】
一実施形態においては、本発明は、約１から約５個又はそれを超える（具体的には約１、２、３、４、５個又はそれを超える）ホスホロチオアートヌクレオチド間結合をｓｉＮＡ分子の各鎖中に有する化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。
【０１１７】
別の実施形態においては、本発明は、２’−５’ヌクレオチド間結合を含むｓｉＮＡ分子を特徴とする。２’−５’ヌクレオチド間結合は、一方又は両方のｓｉＮＡ配列鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に存在し得る。また、２’−５’ヌクレオチド間結合は、一方又は両方のｓｉＮＡ配列鎖内の種々の他の位置に存在し得る。例えば、ｓｉＮＡ分子の一方又は両方の鎖中のピリミジンヌクレオチドのすべてのヌクレオチド間結合を含めた約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるは、２’−５’ヌクレオチド間結合を含み得る。又はｓｉＮＡ分子の一方又は両方の鎖中のプリンヌクレオチドのすべてのヌクレオチド間結合を含めた約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超えるは、２’−５’ヌクレオチド間結合を含み得る。
【０１１８】
別の実施形態においては、本発明の化学修飾ｓｉＮＡ分子は、その一方又は両方が化学修飾され得る２本の鎖を有する二本鎖を含む。ここで、各鎖は独立に約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチド長であり、二本鎖は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）個の塩基対を有し、化学修飾は式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの構造を含む。例えば、本発明の例示的な化学修飾ｓｉＮＡ分子は、その一方又は両方が式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの化学修飾又はその任意の組合せで化学修飾され得る２本の鎖を有する二本鎖を含む。ここで、各鎖は、２ヌクレオチド３’末端ヌクレオチドオーバーハングを各々有する、約２１ヌクレオチドからなり、二本鎖は約１９塩基対を有する。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、一本鎖ヘアピン構造を含み、該ｓｉＮＡは、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）個の塩基対を有する約３６から約７０（例えば、約３６、４０、４５、５０、５５、６０、６５又は７０）ヌクレオチド長であり、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの構造を含む化学修飾又はその任意の組合せを含み得る。例えば、本発明の例示的な化学修飾ｓｉＮＡ分子は、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの化学修飾又はその任意の組合せで化学修飾された、約４２から約５０（例えば、約４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０）個のヌクレオチドを有する線状オリゴヌクレオチドを含む。ここで、線状オリゴヌクレオチドは、約１９から約２１（例えば、１９、２０又は２１）個の塩基対と２ヌクレオチド３’末端ヌクレオチドオーバーハングとを有するヘアピン構造を形成する。別の実施形態においては、本発明の線状ヘアピンｓｉＮＡ分子は、ステムループモチーフを含み、ｓｉＮＡ分子のループ部分は生分解性である。例えば、本発明の線状ヘアピンｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子のループ部分のインビボでの分解によって、約２個のヌクレオチドを含む３’末端ヌクレオチドオーバーハングなどの３’末端オーバーハングを有する二本鎖ｓｉＮＡ分子が生成し得るように設計される。
【０１１９】
別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、ヘアピン構造を含み、該ｓｉＮＡは、約３から約２５（例えば、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５）個の塩基対を有する、約２５から約５０（例えば、約２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０）ヌクレオチド長であり、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの構造を含む１個以上の化学修飾又はその任意の組合せを含み得る。例えば、本発明の例示的な化学修飾ｓｉＮＡ分子は、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの１個以上の化学修飾又はその任意の組合せで化学修飾された、約２５から約３５（例えば、約２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４又は３５）個のヌクレオチドを有する、線状オリゴヌクレオチドを含む。ここで、線状オリゴヌクレオチドは、約３から約２５（例えば、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５）個の塩基対、及び本明細書に記載したとおりに化学修飾され得る５’末端リン酸基（例えば、式ＩＶの５’末端リン酸基）を有する、ヘアピン構造を形成する。別の実施形態においては、本発明の線状ヘアピンｓｉＮＡ分子は、ステムループモチーフを含み、ｓｉＮＡ分子のループ部分は生分解性である。一実施形態においては、本発明の線状ヘアピンｓｉＮＡ分子は、非ヌクレオチドリンカーを含むループ部分を含む。
【０１２０】
別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、非対称ヘアピン構造を含み、該ｓｉＮＡは、約３から約２５（例えば、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５）個の塩基対を有する、約２５から約５０（例えば、約２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０）ヌクレオチド長であり、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの構造を含む１個以上の化学修飾又はその任意の組合せを含み得る。例えば、本発明の例示的な化学修飾ｓｉＮＡ分子は、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの１個以上の化学修飾又はその任意の組合せで化学修飾された、約２５から約３５（例えば、約２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４又は３５）個のヌクレオチドを有する、線状オリゴヌクレオチドを含む。ここで、線状オリゴヌクレオチドは、約３から約２５（例えば、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５）個の塩基対、及び本明細書に記載したとおりに化学修飾され得る５’末端リン酸基（例えば、式ＩＶの５’末端リン酸基）を有する、非対称ヘアピン構造を形成する。一実施形態においては、本発明の非対称ヘアピンｓｉＮＡ分子は、ステムループモチーフを含み、ｓｉＮＡ分子のループ部分は生分解性である。別の実施形態においては、本発明の非対称ヘアピンｓｉＮＡ分子は、非ヌクレオチドリンカーを含むループ部分を含む。
【０１２１】
別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、センス及びアンチセンス領域を含む別々のポリヌクレオチド鎖を有する非対称二本鎖構造を含み、アンチセンス領域は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチド長であり、センス領域は、約３から約２５（例えば、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５）ヌクレオチド長であり、センス領域及びアンチセンス領域は、少なくとも３個の相補ヌクレオチドを有し、ｓｉＮＡは、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの構造を含む１個以上の化学修飾又はその任意の組合せを含み得る。例えば、本発明の例示的な化学修飾ｓｉＮＡ分子は、センス及びアンチセンス領域を含む別々のポリヌクレオチド鎖を有する非対称二本鎖構造を含み、アンチセンス領域は、約１８から約２３（例えば、約１８、１９、２０、２１、２２、又は２３）ヌクレオチド長であり、センス領域は、約３から約１５（例えば、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５）ヌクレオチド長であり、センス領域アンチセンス領域は、少なくとも３個の相補ヌクレオチドを有し、ｓｉＮＡは、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの構造を含む１個以上の化学修飾又はその任意の組合せを含み得る。別の実施形態においては、非対称二本鎖ｓｉＮＡ分子は、本明細書に記載したとおりに化学修飾され得る５’末端リン酸基（例えば、式ＩＶの５’末端リン酸基）も有し得る。
【０１２２】
別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、環状核酸分子を含み、該ｓｉＮＡは、約１５から約３０個（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０個）の塩基対を有する約３８から約７０（例えば、約３８、４０、４５、５０、５５、６０、６５又は７０）ヌクレオチド長であり、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの構造を含む化学修飾又はその任意の組合せを含み得る。例えば、本発明の例示的な化学修飾ｓｉＮＡ分子は、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの化学修飾又はその任意の組合せで化学修飾された、約４２から約５０（例えば、約４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０）個のヌクレオチドを有する環状オリゴヌクレオチドを含む。ここで、環状オリゴヌクレオチドは、約１９個の塩基対及び２個のループを有するダンベル状構造を形成する。
【０１２３】
別の実施形態においては、本発明の環状ｓｉＮＡ分子は、２個のループモチーフを含み、ｓｉＮＡ分子の一方又は両方のループ部分は生分解性である。例えば、本発明の環状ｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子のループ部分のインビボでの分解によって、約２個のヌクレオチドを含む３’末端ヌクレオチドオーバーハングなどの３’末端オーバーハングを有する二本鎖ｓｉＮＡ分子が生成し得るように設計される。
【０１２４】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、少なくとも１個の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）脱塩基部分、例えば、式Ｖ
【０１２５】
【化１０】
2009504190.tif 000006
の化合物を含む。
【０１２６】
ここで、各Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２及びＲ１３は独立に、いずれもｓｉＮＡ分子の構造に含まれ得る、又はｓｉＮＡ分子との結合点として役立ち得る、Ｈ、ＯＨ、アルキル、置換アルキル、アルカリール若しくはアラルキル、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＮ、Ｏ−アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ−アルケニル、ＳＯ−アルキル、アルキル−ＯＳＨ、アルキル−ＯＨ、Ｏ−アルキル−ＯＨ、Ｏ−アルキル−ＳＨ、Ｓ−アルキル−ＯＨ、Ｓ−アルキル−ＳＨ、アルキル−Ｓ−アルキル、アルキル−Ｏ−アルキル、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、アミノアルキル、アミノ酸、アミノアシル、ＯＮＨ２、Ｏ−アミノアルキル、Ｏ−アミノ酸、Ｏ−アミノアシル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキル（ａｌｋｌｙｌ）アミノ、置換シリル、又は式Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ及び／又はＶＩＩのいずれかの基であり、Ｒ９は、Ｏ、Ｓ、ＣＨ２、Ｓ＝Ｏ、ＣＨＦ又はＣＦ２である。一実施形態においては、Ｒ３及び／又はＲ７は、抱合部分及びリンカー（例えば、本明細書の、又は当分野で公知の、ヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカー）を含む。抱合部分の非限定的例としては、天然タンパク質リガンド由来のペプチドなどの細胞受容体のリガンド；細胞のＺＩＰコード配列を含めたタンパク質局在化配列；抗体；核酸アプタマー；葉酸塩、Ｎ−アセチルガラクトサミンなどのビタミン及び他の補因子；ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などのポリマー；リン脂質；コレステロール；ステロイド及びＰＥＩ、スペルミン、スペルミジンなどのポリアミンが挙げられる。
【０１２７】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、少なくとも１個の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）反転脱塩基部分、例えば、式ＶＩ
【０１２８】
【化１１】
2009504190.tif 000007
の化合物を含む。
【０１２９】
ここで、各Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２及びＲ１３は独立に、いずれもｓｉＮＡ分子の構造に含まれ得る、又はｓｉＮＡ分子との結合点として役立ち得る、Ｈ、ＯＨ、アルキル、置換アルキル、アルカリール若しくはアラルキル、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＮ、Ｏ−アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ−アルケニル、ＳＯ−アルキル、アルキル−ＯＳＨ、アルキル−ＯＨ、Ｏ−アルキル−ＯＨ、Ｏ−アルキル−ＳＨ、Ｓ−アルキル−ＯＨ、Ｓ−アルキル−ＳＨ、アルキル−Ｓ−アルキル、アルキル−Ｏ−アルキル、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、アミノアルキル、アミノ酸、アミノアシル、ＯＮＨ２、Ｏ−アミノアルキル、Ｏ−アミノ酸、Ｏ−アミノアシル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキル（ａｌｋｌｙｌ）アミノ、置換シリル、又は式Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ及び／又はＶＩＩのいずれかの基であり、Ｒ９は、Ｏ、Ｓ、ＣＨ２、Ｓ＝Ｏ、ＣＨＦ又はＣＦ２であり、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ８又はＲ１３は、本発明のｓｉＮＡ分子との結合点として役立つ。一実施形態においては、Ｒ３及び／又はＲ７は、抱合部分及びリンカー（例えば、本明細書の、又は当分野で公知の、ヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカー）を含む。抱合部分の非限定的例としては、天然タンパク質リガンド由来のペプチドなどの細胞受容体のリガンド；細胞のＺＩＰコード配列を含めたタンパク質局在化配列；抗体；核酸アプタマー；葉酸塩、Ｎ−アセチルガラクトサミンなどのビタミン及び他の補因子；ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などのポリマー；リン脂質；コレステロール；ステロイド及びＰＥＩ、スペルミン、スペルミジンなどのポリアミンが挙げられる。
【０１３０】
別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、少なくとも１個の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）置換ポリアルキル部分、例えば、式ＶＩＩ
【０１３１】
【化１２】
2009504190.tif 000008
の化合物を含む。
【０１３２】
ここで、各ｎは独立に整数１から１２であり、各Ｒ１、Ｒ２及びＲ３は独立に、いずれもｓｉＮＡ分子の構造に含まれ得る、又はｓｉＮＡ分子との結合点として役立ち得る、Ｈ、ＯＨ、アルキル、置換アルキル、アルカリール若しくはアラルキル、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＮ、Ｏ−アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ−アルケニル、ＳＯ−アルキル、アルキル−ＯＳＨ、アルキル−ＯＨ、Ｏ−アルキル−ＯＨ、Ｏ−アルキル−ＳＨ、Ｓ−アルキル−ＯＨ、Ｓ−アルキル−ＳＨ、アルキル−Ｓ−アルキル、アルキル−Ｏ−アルキル、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、アミノアルキル、アミノ酸、アミノアシル、ＯＮＨ２、Ｏ−アミノアルキル、Ｏ−アミノ酸、Ｏ−アミノアシル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキル（ａｌｋｌｙｌ）アミノ、置換シリル、又は式Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ及び／又はＶＩＩのいずれかの基である。一実施形態においては、Ｒ３及び／又はＲ１は、抱合部分及びリンカー（例えば、本明細書の、又は当分野で公知の、ヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカー）を含む。抱合部分の非限定的例としては、天然タンパク質リガンド由来のペプチドなどの細胞受容体のリガンド；細胞のＺＩＰコード配列を含めたタンパク質局在化配列；抗体；核酸アプタマー；葉酸塩、Ｎ−アセチルガラクトサミンなどのビタミン及び他の補因子；ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などのポリマー；リン脂質；コレステロール；ステロイド及びＰＥＩ、スペルミン、スペルミジンなどのポリアミンが挙げられる。
【０１３３】
「ＺＩＰコード」配列とは、細胞のトポロジー形成シグナル伝達（ｔｏｐｏｇｅｎｉｃ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ）によって媒介される輸送に関与する任意のペプチド又はタンパク質配列を意味する（例えば、Ｒａｙ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０６（１５０１）：１５０５参照）。
【０１３４】
二本鎖ｓｉＮＡ分子内の各ヌクレオチドは、式Ｉ−ＶＩＩＩのいずれかの構造を含む化学修飾を独立に有し得る。したがって、一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子の１個以上のヌクレオチド位置は、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの構造を有する化学修飾、又は本明細書の任意の他の修飾を含む。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子の各ヌクレオチド位置は、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの構造を有する化学修飾、又は本明細書の任意の他の修飾を含む。
【０１３５】
一実施形態においては、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子の一方又は両方の鎖の１個以上のヌクレオチド位置は、式１−ＶＩＩのいずれかの構造を有する化学修飾、又は本明細書の任意の他の修飾を含む。一実施形態においては、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子の一方又は両方の鎖の各ヌクレオチド位置は、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの構造を有する化学修飾、又は本明細書の任意の他の修飾を含む。
【０１３６】
別の実施形態においては、本発明は、式ＶＩＩの化合物を特徴とする。ここで、Ｒ１及びＲ２はヒドロキシル（ＯＨ）基であり、ｎ＝１であり、Ｒ３は、Ｏを含み、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子の一方又は両方の鎖の３’末端、５’末端、若しくは３’末端と５’末端の両方との、又は本発明の一本鎖ｓｉＮＡ分子との、結合点である。この修飾を本明細書では「グリセリル」と称する（例えば、図１０の修飾６）。
【０１３７】
別の実施形態においては、本発明の化学修飾ヌクレオシド又は非ヌクレオシド（例えば、式Ｖ、ＶＩ又はＶＩＩのいずれかの部分）は、本発明のｓｉＮＡ分子の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方にある。例えば、化学修飾ヌクレオシド又は非ヌクレオシド（例えば、式Ｖ、ＶＩ又はＶＩＩの部分）は、ｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖、センス鎖、又はアンチセンス鎖とセンス鎖の両方の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に存在し得る。一実施形態においては、化学修飾ヌクレオシド又は非ヌクレオシド（例えば、式Ｖ、ＶＩ又はＶＩＩの部分）は、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子のセンス鎖の５’末端及び３’末端並びにアンチセンス鎖の３’末端に存在する。一実施形態においては、化学修飾ヌクレオシド又は非ヌクレオシド（例えば、式Ｖ、ＶＩ又はＶＩＩの部分）は、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子のセンス鎖の５’末端及び３’末端並びにアンチセンス鎖の３’末端の末端位置に存在する。一実施形態においては、化学修飾ヌクレオシド又は非ヌクレオシド（例えば、式Ｖ、ＶＩ又はＶＩＩの部分）は、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子のセンス鎖の５’末端及び３’末端並びにアンチセンス鎖の３’末端の２つの末端位置に存在する。一実施形態においては、化学修飾ヌクレオシド又は非ヌクレオシド（例えば、式Ｖ、ＶＩ又はＶＩＩの部分）は、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子のセンス鎖の５’末端及び３’末端並びにアンチセンス鎖の３’末端の最後から２番目の位置に存在する。また、式ＶＩＩの部分は、本明細書のヘアピンｓｉＮＡ分子の３’末端又は５’末端に存在し得る。
【０１３８】
別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、式Ｖ又はＶＩの脱塩基残基を含む。ここで、式ＶＩ又はＶＩの脱塩基残基は、一方又は両方のｓｉＮＡ鎖の３’末端、５’末端、又は３’末端と５’末端の両方におけるなどの３’−３’、３’−２’、２’−３’又は５’−５’配置でｓｉＮＡ構築物と連結されている。
【０１３９】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）ロックされた核酸（ｌｏｃｋｅｄ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ）（ＬＮＡ）ヌクレオチドを、例えば、ｓｉＮＡ分子の５’末端に、３’末端に、５’末端と３’末端の両方に、又はその任意の組合せに含む。
【０１４０】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）４’−チオヌクレオチドを、例えば、ｓｉＮＡ分子の５’末端に、３’末端に、５’末端と３’末端の両方に、又はその任意の組合せに含む。
【０１４１】
別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）非環式ヌクレオチドを、例えば、ｓｉＮＡ分子の５’末端に、３’末端に、５’末端と３’末端の両方に、又はその任意の組合せに含む。
【０１４２】
一実施形態においては、本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子は、１個以上の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４  １５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個又はそれを超える）２’−Ｏ−アルキル（例えば、２’−Ｏ−メチル）、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−デオキシ、ＦＡＮＡ若しくは脱塩基化学修飾又はその任意の組合せを有するセンス鎖又はセンス領域を含む。
【０１４３】
一実施形態においては、本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子は、１個以上の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４  １５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個又はそれを超える）２’−Ｏ−アルキル（例えば、２’−Ｏ−メチル）、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−デオキシ、ＦＡＮＡ若しくは脱塩基化学修飾又はその任意の組合せを有するアンチセンス鎖又はアンチセンス領域を含む。
【０１４４】
一実施形態においては、本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子は、１個以上の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４  １５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個又はそれを超える）２’−Ｏ−アルキル（例えば、２’−Ｏ−メチル）、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−デオキシ、ＦＡＮＡ若しくは脱塩基化学修飾又はその任意の組合せを各々有する、センス鎖又はセンス領域及びアンチセンス鎖又はアンチセンス領域を含む。
【０１４５】
一実施形態においては、本発明は、センス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、センス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。）。
【０１４６】
一実施形態においては、本発明は、センス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、センス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、ＦＡＮＡピリミジンヌクレオチドである（例えば、全ピリミジンヌクレオチドはＦＡＮＡピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドはＦＡＮＡピリミジンヌクレオチドである。）。
【０１４７】
一実施形態においては、本発明は、アンチセンス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、アンチセンス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。）。
【０１４８】
一実施形態においては、本発明は、センス領域及びアンチセンス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、センス領域及びアンチセンス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。）。
【０１４９】
一実施形態においては、本発明は、センス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、センス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のプリンヌクレオチドは、２’−デオキシプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドである。）。
【０１５０】
一実施形態においては、本発明は、アンチセンス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、アンチセンス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである。）。
【０１５１】
一実施形態においては、本発明は、センス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、センス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。）、センス領域中に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のプリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドである。）。
【０１５２】
一実施形態においては、本発明は、センス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、センス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドである。）、センス領域中に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のプリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドであり（例えば、全プリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドである。）、前記センス領域中に存在する３’末端ヌクレオチドオーバーハングを含む任意のヌクレオチドは２’−デオキシヌクレオチドである。
【０１５３】
一実施形態においては、本発明は、センス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、センス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドである。）、センス領域中に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである）。
【０１５４】
一実施形態においては、本発明は、センス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、センス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドである。）、センス領域中に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり（例えば、全プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである。）、前記センス領域中に存在する３’末端ヌクレオチドオーバーハングを含む任意のヌクレオチドは２’−デオキシヌクレオチドである。
【０１５５】
一実施形態においては、本発明は、アンチセンス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、アンチセンス領域中に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドである。）、アンチセンス領域中に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである。）。
【０１５６】
一実施形態においては、本発明は、アンチセンス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、アンチセンス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドである。）、アンチセンス領域中に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり（例えば、全プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである。）、前記アンチセンス領域中に存在する３’末端ヌクレオチドオーバーハングを含む任意のヌクレオチドは２’−デオキシヌクレオチドである。
【０１５７】
一実施形態においては、本発明は、アンチセンス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、アンチセンス領域に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドである。）、アンチセンス領域中に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のプリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドである。）。
【０１５８】
一実施形態においては、本発明は、アンチセンス領域を含む本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、アンチセンス領域中に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドである。）、アンチセンス領域中に存在する任意（例えば、１個以上又は全部）のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである。）。
【０１５９】
一実施形態においては、本発明は、センス領域及びアンチセンス領域を含む、細胞内で、又は再構成されたインビトロ系内でＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介し得る、本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、センス領域に存在する１個以上のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドである。）、センス領域中に存在する１個以上のプリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドであり（例えば、全プリンヌクレオチドは２−デオキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドである。）、アンチセンス領域中に存在する１個以上のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドである。）、アンチセンス領域中に存在する１個以上のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである）。センス領域及び／又はアンチセンス領域は、センス及び／又はアンチセンス配列の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に存在してもよい、本明細書の、又は図１０に示す、任意の修飾などの末端キャップ修飾を有し得る。センス及び／又はアンチセンス領域は、約１から約４（例えば、約１、２、３又は４）個の２’−デオキシヌクレオチドを有する３’末端ヌクレオチドオーバーハングを更に含んでいてもよい。オーバーハングヌクレオチドは、１個以上の（例えば、約１、２、３、４又はそれを超える）ホスホロチオアート、ホスホノアセタート及び／又はチオホスホノアセタートヌクレオチド間結合を更に含み得る。これらの化学修飾ｓｉＮＡの非限定的例を本明細書の図４及び５並びに表ＩＩに示す。上記実施形態のいずれにおいても、センス領域に存在するプリンヌクレオチドは、或いは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり（例えば、全プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり、又は複数のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである。）、アンチセンス領域中に存在する１個以上のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである）。また、これらの実施形態のいずれにおいても、センス領域中に存在する１個以上のプリンヌクレオチドは、或いは、プリンリボヌクレオチドであり（例えば、全プリンヌクレオチドはプリンリボヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドはプリンリボヌクレオチドである。）、アンチセンス領域中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである。）。さらに、これらの実施形態のいずれにおいても、センス領域中に存在する、及び／又はアンチセンス領域中に存在する、１個以上のプリンヌクレオチドは、或いは、２’−デオキシヌクレオチド、ロックされた核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチド、２’−メトキシエチルヌクレオチド、４’−チオヌクレオチド、２’−Ｏ−トリフルオロメチルヌクレオチド、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレオチド及び２’−Ｏ−メチルヌクレオチドからなる群から選択される（例えば、全プリンヌクレオチドは、２’−デオキシヌクレオチド、ロックされた核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチド、２’−メトキシエチルヌクレオチド、４’−チオヌクレオチド、２’−Ｏ−トリフルオロメチルヌクレオチド、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレオチド及び２’−Ｏ−メチルヌクレオチドからなる群から選択され、又は複数の（すなわち１を超える）プリンヌクレオチドは、２’−デオキシヌクレオチド、ロックされた核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチド、２’−メトキシエチルヌクレオチド、４’−チオヌクレオチド、２’−Ｏ−トリフルオロメチルヌクレオチド、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレオチド及び２’−Ｏ−メチルヌクレオチドからなる群から選択される。）。
【０１６０】
別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子中に、好ましくは本発明のｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖中に、ただし場合によってはセンス鎖中及び／又はアンチセンスとセンスの両方の鎖中に、存在する任意の修飾ヌクレオチドは、天然リボヌクレオチドと類似した諸性質又は諸特性を有する修飾ヌクレオチドを含む。例えば、本発明は、「リボ様」又は「Ａ型ヘリックス」配置としても知られる、ノーザンコンホメーション（例えば、ノーザン擬回転サイクル。例えば、Ｓａｅｎｇｅｒ，  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，  Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ  ｅｄ．，  １９８４参照）を有する修飾ヌクレオチドを含むｓｉＮＡ分子を特徴とする。したがって、本発明のｓｉＮＡ分子中に、好ましくは本発明のｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖中に、ただし場合によってはセンス鎖中及び／又はアンチセンスとセンスの両方の鎖中に、存在する化学修飾ヌクレオチドは、ＲＮＡｉ媒介能力を同時に維持しながら、ヌクレアーゼ分解に耐性がある。ノーザン配置を有するヌクレオチドの非限定的例としては、ロックされた核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチド（例えば、２’−Ｏ、４’−Ｃ−メチレン−（Ｄ−リボフラノシル）ヌクレオチド）；２’−メトキシエトキシ（ＭＯＥ）ヌクレオチド；２’−メチル−チオ−エチル、２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−クロロヌクレオチド、２’−アジドヌクレオチド、２’−Ｏ−トリフルオロメチルヌクレオチド、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレオチド、４’−チオヌクレオチド及び２’−Ｏ−メチルヌクレオチドが挙げられる。
【０１６１】
一実施形態においては、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子のセンス鎖は、反転デオキシ脱塩機（ａｂａｉｓｃ）部分などの末端キャップ部分を、センス鎖の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に含む（例えば、図１０参照）。
【０１６２】
一実施形態においては、本発明は、細胞内で、又は再構成されたインビトロ系内でＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介し得る化学修飾低分子干渉核酸分子（ｓｉＮＡ）を特徴とする。ここで、化学修飾は、化学修飾ｓｉＮＡ分子と共有結合した抱合体（ｃｏｎｊｕｇａｔｅ）を含む。本発明で企図する抱合体の非限定的例としては、図面を含めて、参照によりその全体を本明細書に組込む、２００３年４月３０日に出願された、Ｖａｒｇｅｅｓｅ他、米国特許出願第１０／４２７，１６０号の抱合体及びリガンドが挙げられる。別の実施形態においては、抱合体は、生分解性リンカーを介して、化学修飾ｓｉＮＡ分子と共有結合している。一実施形態においては、抱合分子は、化学修飾ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖の３’末端で結合している。別の実施形態においては、抱合分子は、化学修飾ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又は両方の鎖の５’末端で結合している。更に別の実施形態においては、抱合分子は、化学修飾ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖若しくは両方の鎖又はその任意の組合せの３’末端と５’末端の両方で結合している。一実施形態においては、本発明の抱合分子は、化学修飾ｓｉＮＡ分子を細胞などの生物系に送達するのを促進する分子を含む。別の実施形態においては、化学修飾ｓｉＮＡ分子と結合した抱合分子は、天然タンパク質リガンド由来のペプチドなどの細胞受容体のリガンド；細胞のＺＩＰコード配列を含めたタンパク質局在化配列；抗体；核酸アプタマー；葉酸塩、Ｎ−アセチルガラクトサミンなどのビタミン及び他の補因子；ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などのポリマー；リン脂質；コレステロール；ステロイド及びＰＥＩ、スペルミン、スペルミジンなどのポリアミンである。本発明で企図する、化学修飾ｓｉＮＡ分子と結合し得る具体的抱合分子の例は、参照により本明細書に組込む、２００２年７月２２日に出願された、Ｖａｒｇｅｅｓｅ他、米国特許出願第１０／２０１，３９４号に記載されている。使用される抱合体のタイプ、及び本発明のｓｉＮＡ分子の抱合の程度は、ＲＮＡｉ活性を媒介するｓｉＮＡの能力を同時に維持しながら、ｓｉＮＡ構築物の改善された薬物動態学的プロファイル、生物学的利用能、及び／又は安定性について評価することができる。したがって、当業者は、例えば当分野で一般に公知である動物モデルにおいて、種々の抱合体で修飾されたｓｉＮＡ構築物をスクリーニングして、ｓｉＮＡ抱合複合体（ｃｏｎｊｕｇａｔｅ  ｃｏｍｐｌｅｘ）が、ＲＮＡｉを媒介する能力を維持しながら、改善された諸性質を有するかどうかを判定することができる。
【０１６３】
一実施形態においては、本発明は、本発明の低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡは、ｓｉＮＡのセンス領域をｓｉＮＡのアンチセンス領域と連結する、ヌクレオチド、非ヌクレオチド又は混合ヌクレオチド／非ヌクレオチドリンカーを更に含む。一実施形態においては、ヌクレオチド、非ヌクレオチド、又は混合ヌクレオチド／非ヌクレオチドリンカーを使用して、例えば、抱合部分をｓｉＮＡと結合させる。一実施形態においては、本発明のヌクレオチドリンカーは、≧２ヌクレオチド長、例えば、約３、４、５、６、７、８、９又は１０ヌクレオチド長のリンカーであり得る。別の実施形態においては、ヌクレオチドリンカーは核酸アプタマーであり得る。本明細書では「アプタマー」又は「核酸アプタマー」とは、標的分子に特異的に結合する核酸分子を意味し、核酸分子は、その自然な状況において標的分子によって認識される配列を含む配列を有する。或いは、アプタマーは、標的分子が核酸と自然には結合しない場合、標的分子と結合する核酸分子であり得る。標的分子は、対象となる任意の分子であり得る。例えば、アプタマーを使用して、タンパク質のリガンド結合ドメインに結合させることができ、それによって天然のリガンドとタンパク質の相互作用を防止することができる。これは非限定的例であり、当業者は、他の実施形態を当分野で一般に公知である技術によって容易に作製できることを認識されたい。（例えば、Ｇｏｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．，  ６４，  ７６３；  Ｂｒｏｄｙ  ａｎｄ  Ｇｏｌｄ，  ２０００，  Ｊ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，  ７４，  ５；  Ｓｕｎ，  ２０００，  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｍｏｌ．  Ｔｈｅｒ．，  ２，  １００；  Ｋｕｓｓｅｒ，  ２０００，  Ｊ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，  ７４，  ２７；  Ｈｅｒｍａｎｎ  ａｎｄ  Ｐａｔｅｌ，  ２０００，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２８７，  ８２０及びＪａｙａｓｅｎａ，  １９９９，  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  ４５，  １６２８を参照されたい。）。
【０１６４】
更に別の実施形態においては、本発明の非ヌクレオチドリンカーは、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、脂質、ポリ炭化水素（ｐｏｌｙｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ）又は他の重合体化合物（例えば、２から１００エチレングリコール単位を含むポリエチレングリコールなどのポリエチレングリコール）を含む。具体例としては、参照により本明細書に組込む、Ｓｅｅｌａ  ａｎｄ  Ｋａｉｓｅｒ，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １９９０，  ７５：６３５３及びＮｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １９８７，  １５：３１１３；  Ｃｌｏａｄ  ａｎｄ  Ｓｃｈｅｐａｒｔｚ，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １９９１，  １１３：６３２４；  Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ  ａｎｄ  Ｓｃｈｅｐａｒｔｚ，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １９９１，  １１３：５１０９；  Ｍａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １９９３，  ２１：２５８５及びＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １９９３，  ３２：１７５１；  Ｄｕｒａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １９９０，  ２５：６３５３；  ＭｃＣｕｒｄｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ  ＆  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  １９９１，  ７０：２８７；  Ｊｓｃｈｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．  １９９３，  ３４：３０１；  Ｏｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １９９１，  ３０：９９１４；  Ａｒｎｏｌｄ他、国際公開第８９／０２４３９号；Ｕｓｍａｎ他、国際公開第９５／０６７３１号；Ｄｕｄｙｃｚ他、国際公開第９５／１１９１０号並びにＦｅｒｅｎｔｚ  ａｎｄ  Ｖｅｒｄｉｎｅ，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １９９１，  ７７３：４０００のものが挙げられる。「非ヌクレオチド」とは、糖置換及び／又はリン酸置換を含めて、１個以上のヌクレオチド単位の代わりに核酸鎖に組み入れることができ、残りの塩基がその酵素活性を示すのを可能にする、任意の基又は化合物を更に意味する。この基又は化合物は、例えば糖のＣ１位に、アデノシン、グアニン、シトシン、ウラシル、チミンなどの一般に認識されているヌクレオチド塩基を含まない点で、脱塩基であり得る。
【０１６５】
一実施形態においては、本発明は、細胞内で、又は再構成されたインビトロ系内でＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介し得る低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、２個の別々のオリゴヌクレオチドから組み立てられるｓｉＮＡ分子の一方又は両方の鎖は、リボヌクレオチドを含まない。例えば、ｓｉＮＡ分子は、単一のオリゴヌクレオチドから組み立てることができ、ｓｉＮＡのセンス及びアンチセンス領域は、オリゴヌクレオチド中に存在するリボヌクレオチド（例えば、２’−ＯＨ基を有するヌクレオチド）を含まない、別々のオリゴヌクレオチドを含む。別の例においては、ｓｉＮＡ分子は、単一のオリゴヌクレオチドから組み立てることができ、ｓｉＮＡのセンス領域とアンチセンス領域は、本明細書のヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカーによって連結又は環化され、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド中に存在するリボヌクレオチド（例えば、２’−ＯＨ基を有するヌクレオチド）を含まない。出願人は、驚くべきことに、ｓｉＮＡ分子内のリボヌクレオチド（例えば、２’ヒドロキシル基を有するヌクレオチド）の存在がＲＮＡｉ活性の維持に不要である、又は必須でないことを見出した。したがって、一実施形態においては、ｓｉＮＡ内の全位置は、細胞中でＲＮＡｉ活性を維持するｓｉＮＡ分子の能力が持続する程度に、式Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ若しくはＶＩＩ又はその任意の組合せのヌクレオチド及び又は非ヌクレオチドなどの化学修飾ヌクレオチド及び／又は非ヌクレオチドを含むことができる。
【０１６６】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、標的核酸配列に対して相補性を有する一本鎖ポリヌクレオチドを含み、細胞又は再構成されたインビトロ系においてＲＮＡｉ活性を媒介する、一本鎖ｓｉＮＡ分子である。別の実施形態においては、本発明の一本鎖ｓｉＮＡ分子は、５’末端リン酸基を含む。別の実施形態においては、本発明の一本鎖ｓｉＮＡ分子は、５’末端リン酸基及び３’末端リン酸基を含む（例えば、２’，３’−環式リン酸）。別の実施形態においては、本発明の一本鎖ｓｉＮＡ分子は、約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチドを含む。更に別の実施形態においては、本発明の一本鎖ｓｉＮＡ分子は、本明細書の１個以上の化学修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを含む。例えば、ｓｉＮＡ分子内の全位置は、細胞中でＲＮＡｉ活性を維持するｓｉＮＡ分子の能力が持続する程度に、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せなどの化学修飾ヌクレオチドを含み得る。
【０１６７】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、標的核酸配列に対して相補性を有する一本鎖ポリヌクレオチドを含み、細胞又は再構成されたインビトロ系において、ＲＮＡｉ活性を媒介する、又はＲＮＡｉ活性を交互に調節する、一本鎖ｓｉＮＡ分子である。ここで、ｓｉＮＡ中に存在する１個以上のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり（例えば、全ピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドであり、又は複数のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシピリミジンヌクレオチドである。）、アンチセンス領域中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ又は２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり（例えば、全プリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドであり、又は複数のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ若しくは２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシプリンヌクレオチドである。）、アンチセンス配列の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に存在してもよい、本明細書の、又は図１０に示す、任意の修飾などの末端キャップ修飾。ＳｉＮＡは、約１から約４又はそれを超える（例えば、約１、２、３、４又はそれを超える）末端２’−デオキシヌクレオチドをｓｉＮＡ分子の３’末端に更に含んでいてもよい。ここで、末端ヌクレオチドは、１個以上の（例えば、１、２、３、４又はそれを超える）ホスホロチオアート、ホスホノアセタート及び／又はチオホスホノアセタートヌクレオチド間結合を更に含み得、ｓｉＮＡは、５’末端リン酸基などの末端リン酸基を更に含んでいてもよい。これらの実施形態のいずれにおいても、アンチセンス領域中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、或いは、２’−デオキシプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドであり、又は複数のプリンヌクレオチドは２’−デオキシプリンヌクレオチドである。）。また、これらの実施形態のいずれにおいても、ｓｉＮＡ中に存在する任意のプリンヌクレオチド（すなわち、センス及び／又はアンチセンス領域中に存在するプリンヌクレオチド）は、或いは、ロックされた核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドはＬＮＡヌクレオチドであり、又は複数のプリンヌクレオチドはＬＮＡヌクレオチドである。）。また、これらの実施形態のいずれにおいても、ｓｉＮＡ中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、或いは、２’−メトキシエチルプリンヌクレオチドである（例えば、全プリンヌクレオチドは２’−メトキシエチルプリンヌクレオチドであり、又は複数のプリンヌクレオチドは２’−メトキシエチルプリンヌクレオチドである。）。別の実施形態においては、本発明の一本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在する任意の修飾ヌクレオチドは、天然リボヌクレオチドと類似した諸性質又は諸特性を有する修飾ヌクレオチドを含む。例えば、本発明は、Ｎｏｒｔｈｅｒｎコンホメーション（例えば、Ｎｏｒｔｈｅｒｎ擬回転サイクル。例えば、Ｓａｅｎｇｅｒ，  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，  Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ  ｅｄ．，  １９８４参照）を有する修飾ヌクレオチドを含むｓｉＮＡ分子を特徴とする。したがって、本発明の一本鎖ｓｉＮＡ分子中に存在する化学修飾ヌクレオチドは、好ましくは、ＲＮＡｉ媒介能力を同時に維持しながら、ヌクレアーゼ分解に耐性がある。
【０１６８】
一実施形態においては、本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子は、２個以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４  １５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０又はそれを超える）２’−Ｏ−アルキル（例えば２’−Ｏ−メチル）修飾又はその任意の組合せを有するセンス鎖又はセンス領域を含む。別の実施形態においては、２’−Ｏ−アルキル修飾は、ｓｉＮＡのセンス鎖又はセンス領域中の、位置１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１など、又は位置２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０などの交互の位置にある。
【０１６９】
一実施形態においては、本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子は、２個以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４  １５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０又はそれを超える）２’−Ｏ−アルキル（例えば２’−Ｏ−メチル）修飾又はその任意の組合せを有するアンチセンス鎖又はアンチセンス領域を含む。別の実施形態においては、２’−Ｏ−アルキル修飾は、ｓｉＮＡのアンチセンス鎖又はアンチセンス領域中の、位置１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１など、又は位置２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０などの交互の位置にある。
【０１７０】
一実施形態においては、本発明の化学修飾低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子は、２個以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４  １５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０個又はそれを超える）２’−Ｏ−アルキル（例えば、２’−Ｏ−メチル）、２’−デオキシ−２’−フルオロ、２’−デオキシ若しくは脱塩基化学修飾又はその任意の組合せを各々有する、センス鎖又はセンス領域及びアンチセンス鎖又はアンチセンス領域を含む。別の実施形態においては、２’−Ｏ−アルキル修飾は、ｓｉＮＡのセンス鎖又はセンス領域中の、位置１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１など、又は位置２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０などの交互の位置にある。別の実施形態においては、２’−Ｏ−アルキル修飾は、ｓｉＮＡのアンチセンス鎖又はアンチセンス領域中の、位置１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１など、又は位置２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０などの交互の位置にある。
【０１７１】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、（例えば、２’−デオキシ、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドなどの式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの）化学修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを、ｓｉＮＡ分子の１個以上の鎖又は領域内の交互の位置に含む。例えば、かかる化学修飾は、ｓｉＮＡの３’末端又は５’末端から第１又は第２のヌクレオチドで始まる、ＲＮＡベースのｓｉＮＡ分子の１つ置きの位置に導入することができる。非限定的例においては、ｓｉＮＡの各鎖が２１ヌクレオチド長である、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、各鎖の位置１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９及び２１は、（例えば、２’−デオキシ、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドなどの式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの化合物で）化学修飾されている。別の非限定的例においては、ｓｉＮＡの各鎖が２１ヌクレオチド長である、本発明の二本鎖ｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、各鎖の位置２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８及び２０は、（例えば、２’−デオキシ、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドなどの式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの化合物で）化学修飾されている。一実施形態においては、二本鎖ｓｉＮＡ分子の１本の鎖は、位置２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８及び２０の化学修飾、並びに位置１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９及び２１の化学修飾を含む。かかるｓｉＮＡ分子は、本明細書の末端キャップ部分及び／又は骨格修飾を更に含み得る。
【０１７２】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は以下の特徴を含む。すなわち、プリンヌクレオチドが、ｓｉＮＡ分子の（ガイド配列又はガイド鎖とも称する）アンチセンス鎖又はアンチセンス領域の５’末端に（例えば、５’末端から１、２、３、４、５又は６位の末端ヌクレオチド位置のいずれかに）存在する場合には、かかるプリンヌクレオシドはリボヌクレオチドである。別の実施形態においては、プリンリボヌクレオチドは、存在するときには、ｓｉＮＡ分子の（パッセンジャー鎖とも称する）センス鎖又はセンス領域のヌクレオチドと塩基対を形成する。かかるプリンリボヌクレオチドは、それ以外は修飾ヌクレオチドを含むｓｉＮＡ安定化モチーフ中に存在し得る。
【０１７３】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は以下の特徴を含む。すなわち、ピリミジンヌクレオチドが、ｓｉＮＡ分子の（ガイド配列又はガイド鎖とも称する）アンチセンス鎖又はアンチセンス領域の５’末端に（例えば、５’末端から１、２、３、４、５又は６位の末端ヌクレオチド位置のいずれかに）存在する場合には、かかるピリミジンヌクレオシドはリボヌクレオチドである。別の実施形態においては、ピリミジンリボヌクレオチドは、存在するときには、ｓｉＮＡ分子の（パッセンジャー鎖とも称する）センス鎖又はセンス領域のヌクレオチドと塩基対を形成する。かかるピリミジンリボヌクレオチドは、それ以外は修飾ヌクレオチドを含むｓｉＮＡ安定化モチーフ中に存在し得る。
【０１７４】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は以下の特徴を含む。すなわち、ピリミジンヌクレオチドが、ｓｉＮＡ分子の（ガイド配列又はガイド鎖とも称する）アンチセンス鎖又はアンチセンス領域の５’末端に（例えば、５’末端から１、２、３、４、５又は６位の末端ヌクレオチド位置のいずれかに）存在する場合には、かかるピリミジンヌクレオシドは修飾ヌクレオチドである。別の実施形態においては、修飾ピリミジンヌクレオチドは、存在するときには、ｓｉＮＡ分子の（パッセンジャー鎖とも称する）センス鎖又はセンス領域のヌクレオチドと塩基対を形成する。修飾ピリミジンヌクレオチドの非限定的例としては、２’−デオキシ、２’−デオキシ−２’−フルオロ、４’−チオ、２’−Ｏ−トリフルオロメチル、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシ、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシ、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドなどの式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの修飾ピリミジンヌクレオチドが挙げられる。
【０１７５】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＩを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０１７６】
【化１３】
2009504190.tif 000009
【０１７７】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、任意のプリンヌクレオチドが、存在するときには、リボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０１７８】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＩＩを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０１７９】
【化１４】
2009504190.tif 000010
【０１８０】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、任意のプリンヌクレオチドが、存在するときには、リボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドはリボヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、リボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０１８１】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＩＩＩを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０１８２】
【化１５】
2009504190.tif 000011
【０１８３】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、任意のプリンヌクレオチドが、存在するときには、リボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、リボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０１８４】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＩＶを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０１８５】
【化１６】
2009504190.tif 000012
【０１８６】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、任意のプリンヌクレオチドが、存在するときには、リボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０１８７】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＶを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０１８８】
【化１７】
2009504190.tif 000013
【０１８９】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、任意のプリンヌクレオチドが、存在するときには、リボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは、リボ様配置（例えば、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置）のヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは、リボ様配置（例えば、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置）のヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０１９０】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＶＩを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０１９１】
【化１８】
2009504190.tif 000014
【０１９２】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、アンチセンス鎖（下側の鎖）の５’末端をセンス鎖（上側の鎖）の５’末端よりも熱的に不安定にする配列を含むヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０１９３】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＶＩＩを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０１９４】
【化１９】
2009504190.tif 000015
【０１９５】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４に相補的であり、どの（Ｎ）ヌクレオチドも２’−Ｏ−メチル及び／又は２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドである。
【０１９６】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＶＩＩＩを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０１９７】
【化２０】
2009504190.tif 000016
【０１９８】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はアンチセンス鎖（下側の鎖）の５’末端をセンス鎖（上側の鎖）の５’末端よりも熱的に不安定にする配列を含むヌクレオチド位置であり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約１５の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、Ｘ６は約１から約４の整数であり、Ｘ７は約９から約１５の整数であり、ＮＸ７、ＮＸ６及びＮＸ３は、ＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは、［Ｎ］ヌクレオチド以外の２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、［Ｎ］ヌクレオチド以外の、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０１９９】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＩＸを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０２００】
【化２１】
2009504190.tif 000017
【０２０１】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０２０２】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＸを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０２０３】
【化２２】
2009504190.tif 000018
【０２０４】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドはリボヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチド（上側の鎖）はリボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０２０５】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＸＩを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０２０６】
【化２３】
2009504190.tif 000019
【０２０７】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、リボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０２０８】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＸＩＩを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０２０９】
【化２４】
2009504190.tif 000020
【０２１０】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０２１１】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＸＩＩＩを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０２１２】
【化２５】
2009504190.tif 000021
【０２１３】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは、リボ様配置（例えば、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置）のヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは、リボ様配置（例えば、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置）のヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０２１４】
一実施形態においては、本発明は、構造ＳＸＩＶを有する二本鎖核酸分子を特徴とする。
【０２１５】
【化２６】
2009504190.tif 000022
【０２１６】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約１５の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、Ｘ６は約１から約４の整数であり、Ｘ７は約９から約１５の整数であり、ＮＸ７、ＮＸ６及びＮＸ３は、ＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリドミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは、［Ｎ］ヌクレオチド以外の２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、［Ｎ］ヌクレオチド以外の、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【０２１７】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、核酸分子のアンチセンス鎖又はアンチセンス領域の５’末端に末端リン酸基を含む。
【０２１８】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、Ｘ５＝１、２又は３；各Ｘ１及びＸ２＝ｌ又は２；Ｘ３＝１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０並びにＸ４＝１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０を含む。
【０２１９】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、Ｘ５＝１；各Ｘ１及びＸ２＝２；Ｘ３＝１９並びにＸ４＝１８を含む。
【０２２０】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、Ｘ５＝２；各Ｘ１及びＸ２＝２；Ｘ３＝１９並びにＸ４＝１７を含む。
【０２２１】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、Ｘ５＝３；各Ｘ１及びＸ２＝２；Ｘ３＝１９並びにＸ４＝１６を含む。
【０２２２】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、センス鎖又はセンス領域の３’及び５’末端にＢを含む。
【０２２３】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、アンチセンス鎖又はアンチセンス領域の３’末端にＢを含む。
【０２２４】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、センス鎖又はセンス領域の３’及び５’末端、並びにアンチセンス鎖又はアンチセンス領域の３’末端にＢを含む。
【０２２５】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、核酸分子のセンス鎖、アンチセンス鎖、又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の３’末端上の第１の末端（Ｎ）に、１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を更に含む。例えば、二本鎖核酸分子は、ホスホロチオアートヌクレオチド間結合、例えば、（ＮｓＮ）を含むオーバーハングヌクレオチド位置を有する、Ｘ１及び／又はＸ２＝２を含み得る。ここで、「ｓ」はホスホロチオアートを示す。
【０２２６】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドである（Ｎ）ヌクレオチドを含む。
【０２２７】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、２’−デオキシヌクレオチドである（Ｎ）ヌクレオチドを含む。
【０２２８】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、アンチセンス（下側の）鎖のＮ及び［Ｎ］ヌクレオチドに相補的である標的ポリヌクレオチド配列中のヌクレオチドに相補的である（Ｎ）ヌクレオチドをアンチセンス鎖（下側の鎖）中に含む。
【０２２９】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、標的ポリヌクレオチド配列の約１５から約３０ヌクレオチドの隣接ヌクレオチド配列を含む（Ｎ）ヌクレオチドをセンス鎖（上側の鎖）中に含む。
【０２３０】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、センス鎖の隣接（Ｎ）及びＮヌクレオチド配列が標的核酸配列のヌクレオチド配列を含むように、アンチセンス（下側の）鎖に相補的である標的ポリヌクレオチド配列に対応するヌクレオチド配列を含む（Ｎ）ヌクレオチドをセンス鎖（上側の鎖）中に含む。
【０２３１】
一実施形態においては、構造ＳＶＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、二本鎖核酸分子のセンス（上側の）鎖の５’末端のみにＢを含む。
【０２３２】
一実施形態においては、構造ＳＩ、ＳＩＩ、ＳＩＩＩ、ＳＩＶ、ＳＶ、ＳＶＩ、ＳＶＩＩ、ＳＶＩＩＩ、ＳＩＸ、ＳＸ、ＳＸＩＩ、ＳＸＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、不対末端ヌクレオチドをアンチセンス（下側の）鎖の５’末端に更に含む。不対ヌクレオチドは、センス（上側の）鎖と相補的でない。一実施形態においては、不対の末端ヌクレオチドは、アンチセンス（下側の）鎖のＮ及び［Ｎ］ヌクレオチドに相補的である標的ポリヌクレオチド配列に相補的である。別の実施形態においては、不対の末端ヌクレオチドは、アンチセンス（下側の）鎖のＮ及び［Ｎ］ヌクレオチドに相補的である標的ポリヌクレオチド配列に相補的でない。
【０２３３】
一実施形態においては、構造ＳＶＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、Ｘ６＝１及びＸ３＝１０を含む。
【０２３４】
一実施形態においては、構造ＳＶＩＩＩ又はＳＸＩＶのいずれかを有する二本鎖核酸分子は、Ｘ６＝２及びＸ３＝９を含む。
【０２３５】
一実施形態においては、本発明は、調合物ＬＮＰ−０５１、ＬＮＰ−０５３、ＬＮＰ−０５４、ＬＮＰ−０６９、ＬＮＰ−０７３、ＬＮＰ−０７７、ＬＮＰ−０８０、ＬＮＰ−０８２、ＬＮＰ−０８３、ＬＮＰ−０６０、ＬＮＰ−０６１、ＬＮＰ−０８６、ＬＮＰ−０９７、ＬＮＰ−０９８、ＬＮＰ−０９９、ＬＮＰ−１００、ＬＮＰ−１０１、ＬＮＰ−１０２、ＬＮＰ−１０３又はＬＮＰ−１０４（表ＩＶ参照）のいずれかとして調合されたｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子又はＲＮＡｉ阻害剤を含む組成物を特徴とする。
【０２３６】
一実施形態においては、本発明は、互いに相補的である第１の鎖と第２の鎖を各々有する、第１の二本鎖核酸分子と第２の二本鎖核酸分子とを含む組成物を特徴とする。ここで、第１の二本鎖核酸分子の第２の鎖は、第１の標的配列に相補的である配列を含み、第２の二本鎖核酸分子の第２の鎖は、第２の標的又は経路標的配列に相補的である配列を含む。一実施形態においては、組成物は、陽イオン性脂質、中性脂質及びポリエチレングリコール抱合体を更に含む。一実施形態においては、組成物は、陽イオン性脂質、中性脂質、ポリエチレングリコール抱合体及びコレステロールを更に含む。一実施形態においては、組成物は、ポリエチレングリコール抱合体、コレステロール及び界面活性剤を更に含む。一実施形態においては、陽イオン性脂質は、ＣＬｉｎＤＭＡ、ｐＣＬｉｎＤＭＡ、ｅＣＬｉｎＤＭＡ、ＤＭＯＢＡ及びＤＭＬＢＡからなる群から選択される。一実施形態においては、中性脂質は、ＤＳＰＣ、ＤＯＢＡ及びコレステロールからなる群から選択される。一実施形態においては、ポリエチレングリコール抱合体は、ＰＥＧ−ジミリストイルグリセリン及びＰＥＧ−コレステロールからなる群から選択される。一実施形態においては、ＰＥＧは２ＫＰＥＧである。一実施形態においては、界面活性剤は、パルミチルアルコール、ステアリルアルコール、オレイルアルコール及びリノレイルアルコールからなる群から選択される。一実施形態においては、陽イオン性脂質はＣＬｉｎＤＭＡであり、中性脂質はＤＳＰＣであり、ポリエチレングリコール抱合体は２ＫＰＥＧ−ＤＭＧであり、コレステロールはコレステロールであり、界面活性剤はリノレイルアルコールである。一実施形態においては、ＣＬｉｎＤＭＡ、ＤＳＰＣ、２ＫＰＥＧ−ＤＭＧ、コレステロール及びリノレイルアルコールは、それぞれ４３：３８：１０：２：７のモル比で存在する。
【０２３７】
本明細書の実施形態のいずれにおいても、本発明のｓｉＮＡ分子は、ＲＮＡ干渉又はＲＮＡ干渉の阻害によって、１個以上の標的の発現を調節する。一実施形態においては、ＲＮＡ干渉は、ＲＩＳＣによって媒介される標的の切断（例えば、ｓｉＲＮＡによって媒介されるＲＮＡ干渉）である。一実施形態においては、ＲＮＡ干渉は、標的の翻訳阻害（例えば、ｍｉＲＮＡによって媒介されるＲＮＡ干渉）である。一実施形態においては、ＲＮＡ干渉は、標的の転写阻害（例えば、ｓｉＲＮＡによって媒介される転写サイレンシング）である。一実施形態においては、ＲＮＡ干渉は細胞質中で起こる。一実施形態においては、ＲＮＡ干渉は核中で起こる。
【０２３８】
本明細書の実施形態のいずれにおいても、本発明のｓｉＮＡ分子は、内因性ｍＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡなどの内因性標的ＲＮＡの阻害によって、又はＲＩＳＣの阻害によって、１個以上の標的の発現を調節する。
【０２３９】
一実施形態においては、本発明は、ｍｉＲＮＡ阻害、ｓｉＲＮＡ阻害又はＲＩＳＣ阻害によって、１個以上の遺伝子標的の発現を調節する１種類以上のＲＮＡｉ阻害剤を特徴とする。
【０２４０】
一実施形態においては、本発明のＲＮＡｉ阻害剤は、１個以上の標的ｍｉＲＮＡ又はｓｉＲＮＡ分子に相補的である１本以上の鎖を有する、本明細書のｓｉＮＡ分子である。
【０２４１】
一実施形態においては、本発明のＲＮＡｉ阻害剤は、標的ｍｉＲＮＡ若しくはｓｉＲＮＡ分子又はその一部に相補的であるアンチセンス分子である。本発明のアンチセンスＲＮＡｉ阻害剤は、約１０から約４０ヌクレオチド長（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９又は４０ヌクレオチド長）の長さであり得る。本発明のアンチセンスＲＮＡｉ阻害剤は、本明細書の１個以上の修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを含み得る（例えば、本明細書の式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの分子、又はその任意の組合せを参照されたい。）。一実施形態においては、本発明のアンチセンスＲＮＡｉ阻害剤は、１個以上又は全部の２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを含み得る。一実施形態においては、本発明のアンチセンスＲＮＡｉ阻害剤は、１個以上又は全部の２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドを含み得る。一実施形態においては、本発明のアンチセンスＲＮＡｉ阻害剤は、１個以上又は全部の（２’−メトキシエトキシ又はＭＯＥとしても知られる）２’−Ｏ−メトキシ−エチルヌクレオチドを含み得る。一実施形態においては、本発明のアンチセンスＲＮＡｉ阻害剤は、１個以上又は全部のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含み得る。一実施形態においては、アンチセンスＲＮＡ阻害剤又は本発明は、アンチセンスＲＮＡ阻害剤の３’末端に、５’末端に、又は５’末端と３’末端の両方に末端キャップ部分を含み得る。
【０２４２】
一実施形態においては、本発明のＲＮＡｉ阻害剤は、調節可能なアプタマーなど、ＲＩＳＣに対する結合親和性を有する核酸アプタマーである（例えば、Ａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００６，  ＲＮＡ，  １２：７１０−７１６参照）。本発明のアプタマーＲＮＡｉ阻害剤は、約１０から約５０ヌクレオチド長（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０ヌクレオチド長）の長さであり得る。本発明のアプタマーＲＮＡｉ阻害剤は、本明細書の１個以上の修飾ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを含み得る（例えば、本明細書の式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの分子、又はその任意の組合せを参照されたい。）。一実施形態においては、本発明のアプタマーＲＮＡｉ阻害剤は、１個以上又は全部の２’−Ｏ−メチルヌクレオチドを含み得る。一実施形態においては、本発明のアプタマーＲＮＡｉ阻害剤は、１個以上又は全部の２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドを含み得る。一実施形態においては、本発明のアプタマーＲＮＡｉ阻害剤は、１個以上又は全部の（２’−メトキシエトキシ又はＭＯＥとしても知られる）２’−Ｏ−メトキシ−エチルヌクレオチドを含み得る。一実施形態においては、本発明のアプタマーＲＮＡｉ阻害剤は、１個以上又は全部のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含み得る。一実施形態においては、アプタマーＲＮＡ阻害剤又は本発明は、アプタマーＲＮＡ阻害剤の３’末端に、５’末端に、又は５’末端と３’末端の両方に末端キャップ部分を含み得る。
【０２４３】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾されていても、無修飾でもよい、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含む。）、及び（ｂ）細胞における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下でｓｉＮＡ分子を細胞に導入することを含む、細胞内の標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０２４４】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾されていても、無修飾でもよい、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含み、ｓｉＮＡのセンス鎖配列は、標的ＲＮＡの配列と同一である、又はかなり類似した配列を含む。）、及び（ｂ）細胞における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下でｓｉＮＡ分子を細胞に導入することを含む、細胞内の標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０２４５】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾されていても、無修飾でもよい、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含む。）、及び（ｂ）細胞における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下でｓｉＮＡ分子を細胞に導入することを含む、細胞内の１個を超える標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０２４６】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾されていても、無修飾でもよい、本発明の１個以上のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含み、ｓｉＮＡのセンス鎖配列は、標的ＲＮＡの配列と同一である、又はかなり類似した配列を含む。）、及び（ｂ）細胞における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下でｓｉＮＡ分子を細胞に導入することを含む、細胞内の２個以上の標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０２４７】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾されていても、無修飾でもよい、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含み、ｓｉＮＡのセンス鎖配列は、標的ＲＮＡの配列と同一である、又はかなり類似した配列を含む。）、及び（ｂ）細胞における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下でｓｉＮＡ分子を細胞に導入することを含む、細胞内の１個を超える標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０２４８】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾されていても、無修飾でもよい、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含み、ｓｉＮＡのセンス鎖配列は、標的ＲＮＡの配列と同一である、又はかなり類似した配列を含む。）、及び（ｂ）細胞における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下でｓｉＮＡ分子を細胞に導入することを含む、細胞内の標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０２４９】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、生体外用途における試薬として使用される。例えば、ｓｉＮＡ試薬は、治療効果のために、対象に移植された組織又は細胞中に導入される。細胞及び／又は組織は、外植片をその後に移植される生物体又は対象から得ることができ、又は別の生物体又は対象から移植前に得ることができる。ｓｉＮＡ分子を使用して、細胞又は組織中の１個以上の遺伝子の発現を調節することができ、細胞又は組織は、所望の表現型を獲得し、又はインビボで移植したときに機能することができる。一実施形態においては、患者由来のある種の標的細胞を採取する。採取されたこれらの細胞を、これらの細胞によるｓｉＮＡの取り込みに適切な条件下で（例えば、細胞中へのｓｉＮＡの送達を促進するために、陽イオン性脂質、リポソームなどの送達試薬を用いて、又は電気穿孔法などの技術を用いて）、細胞内の特定のヌクレオチド配列を標的にしたｓｉＮＡと接触させる。次いで、同じ患者又は他の患者に細胞を再導入する。
【０２５０】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含む。）、及び（ｂ）組織外植片における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、特定の生物体由来の組織外植片の細胞にｓｉＮＡ分子を導入することを含む、組織外植片における標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。別の実施形態においては、この方法は、組織が得られた生物体に、又は別の生物体に、生物体における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、組織外植片を戻すことを更に含む。
【０２５１】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含み、ｓｉＮＡのセンス鎖配列は、標的ＲＮＡの配列と同一である、又はかなり類似した配列を含む。）、及び（ｂ）組織外植片における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、特定の生物体由来の組織外植片の細胞にｓｉＮＡ分子を導入することを含む、組織外植片における標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。別の実施形態においては、この方法は、組織が得られた生物体に、又は別の生物体に、生物体における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、組織外植片を戻すことを更に含む。
【０２５２】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含む。）、及び（ｂ）組織外植片における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、特定の生物体由来の組織外植片の細胞にｓｉＮＡ分子を導入することを含む、組織外植片中の１個を超える標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。別の実施形態においては、この方法は、組織が得られた生物体に、又は別の生物体に、生物体における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、組織外植片を戻すことを更に含む。
【０２５３】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含む。）、及び（ｂ）対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、ｓｉＮＡ分子を対象又は生物体に導入することを含む、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。標的タンパク質又はＲＮＡのレベルは、当分野で周知の種々の方法によって求めることができる。
【０２５４】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含む。）、及び（ｂ）対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、ｓｉＮＡ分子を対象又は生物体に導入することを含む、対象又は生物体における１個を超える標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。標的タンパク質又はＲＮＡのレベルは、当分野で公知のとおりに求めることができる。
【０２５５】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡは、標的遺伝子のＲＮＡに対して相補性を有する一本鎖配列を含む。）、及び（ｂ）細胞における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下でｓｉＮＡ分子を細胞に導入することを含む、細胞内の標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０２５６】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡは、標的遺伝子のＲＮＡに対して相補性を有する一本鎖配列を含む。）、及び（ｂ）細胞における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、細胞をインビトロ又はインビボでｓｉＮＡ分子と接触させることを含む、細胞内の１個を超える標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０２５７】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡは、標的遺伝子のＲＮＡに対して相補性を有する一本鎖配列を含む。）、及び（ｂ）組織外植片における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、特定の対象又は生物体から得られた組織外植片の細胞をｓｉＮＡ分子と接触させることを含む、組織外植片（（例えば、一生物体から別の生物体に移植することができる、又は器官、組織若しくは細胞が得られた同じ生物体に戻すことができる、任意の器官、組織又は細胞）における標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。別の実施形態においては、この方法は、組織が得られた対象若しくは生物体に、又は別の対象若しくは生物体に、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、組織外植片を戻すことを更に含む。
【０２５８】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡは、標的遺伝子のＲＮＡに対して相補性を有する一本鎖配列を含む。）、及び（ｂ）組織外植片における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、特定の対象又は生物体から得られた組織外植片の細胞にｓｉＮＡ分子を導入することを含む、組織外植片（例えば、一生物体から別の生物体に移植することができる、又は器官、組織若しくは細胞が得られた同じ生物体に戻すことができる、任意の器官、組織又は細胞）における１個を超える標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。別の実施形態においては、この方法は、組織が得られた対象若しくは生物体に、又は別の対象若しくは生物体に、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、組織外植片を戻すことを更に含む。
【０２５９】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡは、標的遺伝子のＲＮＡに対して相補性を有する一本鎖配列を含む。）、及び（ｂ）対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、ｓｉＮＡ分子を対象又は生物体に導入することを含む、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０２６０】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡは、標的遺伝子のＲＮＡに対して相補性を有する一本鎖配列を含む。）、及び（ｂ）対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、ｓｉＮＡ分子を対象又は生物体に導入することを含む、対象又は生物体における１個を超える標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０２６１】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含む、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０２６２】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含む、対象又は生物体における遺伝子発現又は活性に関係する疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。遺伝子発現の減少、したがってそれぞれのタンパク質／ＲＮＡのレベルの減少によって、疾患、障害、形質又は症状の症候がある程度緩和される。
【０２６３】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって癌を治療又は予防することができる、対象又は生物体における癌を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、癌細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における癌の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における癌の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２６４】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって増殖性疾患又は症状を治療又は予防することができる、対象又は生物体における増殖性疾患又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、増殖性疾患に関与する細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における増殖性疾患又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における増殖性の疾患、形質、障害又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２６５】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって移植片及び／又は組織拒絶反応（同種移植片拒絶）を治療又は予防することができる、対象又は生物体における移植片及び／又は組織拒絶反応（同種移植片拒絶）を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、移植片及び／又は組織拒絶反応（同種移植片拒絶）に関与する細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における移植片及び／又は組織拒絶反応（同種移植片拒絶）の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における移植片及び／又は組織拒絶反応（同種移植片拒絶）の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２６６】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって自己免疫疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防することができる、対象又は生物体における自己免疫疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、自己免疫疾患、障害、形質又は症状に関与する細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における自己免疫疾患、障害、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における自己免疫疾患、形質、障害又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２６７】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって感染性の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防することができる、対象又は生物体における感染性の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、感染性の疾患、障害、形質又は症状に関与する細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における感染性の疾患、障害、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における感染性の疾患、形質又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２６８】
一実施形態においては、本発明は、アデフォビルジピボキシルを本発明のｓｉＮＡ分子と組み合わせて対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、アデフォビルジピボキシル及びｓｉＮＡ分子は、アデフォビルジピボキシル及びｓｉＮＡ分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。これらの仮出願全部を、参照によりその全体を本明細書に組込む。かかるｓｉＮＡ調合物を一般に「脂質核酸粒子」（ＬＮＰ）と称する。
【０２６９】
一実施形態においては、本発明は、ラミブジン（３ＴＣ）を本発明のｓｉＮＡ分子と組み合わせて対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、ラミブジン（３ＴＣ）及びｓｉＮＡは、ラミブジン（３ＴＣ）及びｓｉＮＡ分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２７０】
一実施形態においては、本発明は、アデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）を本発明のｓｉＮＡ分子と組み合わせて対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、アデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）並びにｓｉＮＡ分子は、アデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）並びにｓｉＮＡ分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２７１】
一実施形態においては、本発明は、化学合成された二本鎖核酸分子と組み合わせてアデフォビルジピボキシルを対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、（ａ）二本鎖核酸分子は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、（ｂ）二本鎖核酸分子の各鎖は１５から２８ヌクレオチド長であり、（ｃ）センス鎖の少なくとも１５ヌクレオチドは、アンチセンス鎖に相補的であり、（ｄ）二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）標的ＲＮＡに対して相補性を有する。アデフォビルジピボキシル及び二本鎖核酸分子は、アデフォビルジピボキシル及び二本鎖核酸分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２７２】
一実施形態においては、本発明は、化学合成された二本鎖核酸分子と組み合わせてラミブジン（３ＴＣ）を対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、（ａ）二本鎖核酸分子は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、（ｂ）二本鎖核酸分子の各鎖は１５から２８ヌクレオチド長であり、（ｃ）センス鎖の少なくとも１５ヌクレオチドは、アンチセンス鎖に相補的であり、（ｄ）二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）標的ＲＮＡに対して相補性を有する。ラミブジン（３ＴＣ）及び二本鎖核酸分子は、ラミブジン（３ＴＣ）及び二本鎖核酸分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２７３】
一実施形態においては、本発明は、化学合成された二本鎖核酸分子と組み合わせてアデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）を対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、（ａ）二本鎖核酸分子は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、（ｂ）二本鎖核酸分子の各鎖は１５から２８ヌクレオチド長であり、（ｃ）センス鎖の少なくとも１５ヌクレオチドは、アンチセンス鎖に相補的であり、（ｄ）二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）標的ＲＮＡに対して相補性を有する。アデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）並びに二本鎖核酸分子は、アデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）並びに二本鎖核酸分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２７４】
一実施形態においては、本発明は、化学合成された二本鎖核酸分子と組み合わせてアデフォビルジピボキシルを対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、（ａ）二本鎖核酸分子は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、（ｂ）二本鎖核酸分子の各鎖は１５から２８ヌクレオチド長であり、（ｃ）センス鎖の少なくとも１５ヌクレオチドは、アンチセンス鎖に相補的であり、（ｄ）二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）標的ＲＮＡに対して相補性を有し、（ｅ）二本鎖核酸分子の各鎖の内部ヌクレオチドの少なくとも２０％は、化学修飾を有する修飾ヌクレオシドであり、（ｆ）化学修飾の少なくとも２個は互いに異なる。アデフォビルジピボキシル及び二本鎖核酸分子は、アデフォビルジピボキシル及び二本鎖核酸分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２７５】
一実施形態においては、本発明は、化学合成された二本鎖核酸分子と組み合わせてラミブジン（３ＴＣ）を対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、（ａ）二本鎖核酸分子は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、（ｂ）二本鎖核酸分子の各鎖は１５から２８ヌクレオチド長であり、（ｃ）センス鎖の少なくとも１５ヌクレオチドは、アンチセンス鎖に相補的であり、（ｄ）二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）標的ＲＮＡに対して相補性を有し、（ｅ）二本鎖核酸分子の各鎖の内部ヌクレオチドの少なくとも２０％は、化学修飾を有する修飾ヌクレオシドであり、（ｆ）化学修飾の少なくとも２個は互いに異なる。ラミブジン（３ＴＣ）及び二本鎖核酸分子は、ラミブジン（３ＴＣ）及び二本鎖核酸分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２７６】
一実施形態においては、本発明は、化学合成された二本鎖核酸分子と組み合わせてアデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）を対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、（ａ）二本鎖核酸分子は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、（ｂ）二本鎖核酸分子の各鎖は１５から２８ヌクレオチド長であり、（ｃ）センス鎖の少なくとも１５ヌクレオチドは、アンチセンス鎖に相補的であり、（ｄ）二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）標的ＲＮＡに対して相補性を有し、（ｅ）二本鎖核酸分子の各鎖の内部ヌクレオチドの少なくとも２０％は、化学修飾を有する修飾ヌクレオシドであり、（ｆ）化学修飾の少なくとも２個は互いに異なる。アデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）並びに二本鎖核酸分子は、アデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）並びに二本鎖核酸分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２７７】
一実施形態においては、本発明は、化学合成された二本鎖核酸分子と組み合わせてアデフォビルジピボキシルを対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、（ａ）二本鎖核酸分子は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、（ｂ）二本鎖核酸分子の各鎖は１５から２８ヌクレオチド長であり、（ｃ）センス鎖の少なくとも１５ヌクレオチドは、アンチセンス鎖に相補的であり、（ｄ）二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）標的ＲＮＡに対して相補性を有し、（ｅ）二本鎖核酸分子の各鎖の内部ヌクレオチドの少なくとも２０％は、糖修飾を有する修飾ヌクレオシドであり、（ｆ）糖修飾の少なくとも２個は互いに異なる。アデフォビルジピボキシル及び二本鎖核酸分子は、アデフォビルジピボキシル及び二本鎖核酸分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２７８】
一実施形態においては、本発明は、化学合成された二本鎖核酸分子と組み合わせてラミブジン（３ＴＣ）を対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、（ａ）二本鎖核酸分子は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、（ｂ）二本鎖核酸分子の各鎖は１５から２８ヌクレオチド長であり、（ｃ）センス鎖の少なくとも１５ヌクレオチドは、アンチセンス鎖に相補的であり、（ｄ）二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）標的ＲＮＡに対して相補性を有し、（ｅ）二本鎖核酸分子の各鎖の内部ヌクレオチドの少なくとも２０％は、糖修飾を有する修飾ヌクレオシドであり、（ｆ）糖修飾の少なくとも２個は互いに異なる。ラミブジン（３ＴＣ）及び二本鎖核酸分子は、ラミブジン（３ＴＣ）及び二本鎖核酸分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２７９】
一実施形態においては、本発明は、化学合成された二本鎖核酸分子と組み合わせてアデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）を対象に投与することを含む、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染を治療又は予防する方法を特徴とする。ここで、（ａ）二本鎖核酸分子は、センス鎖及びアンチセンス鎖を含み、（ｂ）二本鎖核酸分子の各鎖は１５から２８ヌクレオチド長であり、（ｃ）センス鎖の少なくとも１５ヌクレオチドは、アンチセンス鎖に相補的であり、（ｄ）二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）標的ＲＮＡに対して相補性を有し、（ｅ）二本鎖核酸分子の各鎖の内部ヌクレオチドの少なくとも２０％は、糖修飾を有する修飾ヌクレオシドであり、（ｆ）糖修飾の少なくとも２個は互いに異なる。アデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）並びに二本鎖核酸分子は、アデフォビルジピボキシル及びラミブジン（３ＴＣ）並びに二本鎖核酸分子による治療を受けていない対象に比較して、対象におけるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）レベルを低下させるのに、又は抑制するのに適切な条件下で投与される。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２８０】
一実施形態においては、本発明は、アデフォビルジピボキシル及び本発明の１種類以上の二本鎖核酸分子又はｓｉＮＡ分子を薬剤として許容される担体又は希釈剤中に含む組成物を特徴とする。別の実施形態においては、本発明は、アデフォビルジピボキシル、ラミブジン、及び本発明の１種類以上の二本鎖核酸分子又はｓｉＮＡ分子を薬剤として許容される担体又は希釈剤中に含む組成物を特徴とする。
【０２８１】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって年齢関連性の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防することができる、対象又は生物体における年齢関連性の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、年齢関連性の疾患、障害、形質又は症状に関与する細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における年齢関連性の疾患、障害、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における年齢関連性の疾患、形質、障害又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２８２】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって神経性又は神経変性の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防することができる、対象又は生物体における神経性又は神経変性の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、神経性又は神経変性の疾患、障害、形質又は症状に関与する細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における神経性又は神経変性の疾患、障害、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における神経性又は神経変性の疾患、形質、障害又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２８３】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって呼吸器の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防することができる、対象又は生物体における呼吸器の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、呼吸器の疾患、障害、形質又は症状に関与する細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における呼吸器の疾患、障害、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における呼吸器の疾患、形質、障害又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２８４】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって眼球の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防することができる、対象又は生物体における眼球の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、眼球の疾患、障害、形質又は症状に関与する細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における眼球の疾患、障害、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における眼球の疾患、形質、障害又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２８５】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって皮膚の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防することができる、対象又は生物体における皮膚の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、皮膚の疾患、障害、形質又は症状に関与する細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における皮膚の疾患、障害、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における皮膚の疾患、形質、障害又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２８６】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって肝臓の疾患、障害、形質又は症状（例えば、肝炎、ＨＣＶ、ＨＢＶ、糖尿病（ｄｉａｂｅｔｉｓ）、硬変、肝細胞癌など）を治療又は予防することができる、対象又は生物体における肝臓の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、肝臓の疾患、障害、形質又は症状に関与する肝臓の細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における肝臓の疾患、障害、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における肝臓の疾患、形質、障害又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２８７】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって腎臓／腎性の疾患、障害、形質又は症状（例えば、多発性嚢胞腎など）を治療又は予防することができる、対象又は生物体における腎臓／腎性の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、腎臓／腎性の疾患、障害、形質又は症状に関与する腎臓／腎性の細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における腎臓／腎性の疾患、障害、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における腎臓の疾患、形質、障害又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２８８】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって聴覚の疾患、障害、形質又は症状（例えば、聴覚損失、難聴など）を治療又は予防することができる、対象又は生物体における聴覚の疾患、障害、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、聴覚の疾患、障害、形質又は症状に関与する耳、内耳（ｉｎｎｅｒ  ｈｅａｒ）、中耳の細胞及び組織など、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における聴覚の疾患、障害、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内又は皮下投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における聴覚の疾患、形質、障害又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２８９】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって代謝の疾患、形質又は症状を治療又は予防することができる、対象又は生物体における１つ以上の代謝の疾患、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、関連する組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体（例えば、肝臓、すい臓、小腸、脂肪の組織又は細胞）における代謝の疾患、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内、筋肉内、皮下、ＧＩ投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体（例えば、肝臓、すい臓、小腸、脂肪の組織又は細胞）における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における代謝の疾患、形質又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。一実施形態においては、代謝病は、高コレステロール血症（ｈｙｐｅｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌｅｍｉａ）、高脂血症、異脂肪血症、糖尿病（例えば、Ｉ型及び／又はＩＩ型糖尿病）、インスリン抵抗性、肥満、又は睡眠時無呼吸、裂孔ヘルニア、逆流性食道炎（ｅｓｏｐｈａｇｉｓｉｔｉｓ）、骨関節炎、痛風、体重増加に関連した癌、胆石症、腎結石、肺高血圧症、不妊症、循環器疾患、正常値を超える重量、及び正常値を超える脂質レベル、尿酸レベル若しくはシュウ酸塩レベルを含めて、ただしこれらだけに限定されない関連症状からなる群から選択される。
【０２９０】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における遺伝子発現の阻害剤の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含む、対象又は生物体における１つ以上の代謝の疾患、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、遺伝子発現の阻害剤はｍｉＲＮＡである。
【０２９１】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって循環器の疾患、形質又は症状を治療又は予防することができる、対象又は生物体における１つ以上の循環器の疾患、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、関連する組織又は細胞、例えば、肝臓、すい臓、小腸、脂肪の組織又は細胞組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における循環器の疾患、形質又は症状の持続又は発生に関与する組織又は細胞など、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内、筋肉内、皮下、ＧＩ投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における循環器の疾患、形質又は症状の治療又は予防のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。一実施形態においては、循環器疾患は、高血圧症、冠動脈血栓症、発作、脂質症候群、高血糖症、高トリグリセリド血症、高脂血症、虚血、うっ血性心不全及び心筋梗塞からなる群から選択される。
【０２９２】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における遺伝子発現の阻害剤の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含む、対象又は生物体における１つ以上の循環器の疾患、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。一実施形態においては、遺伝子発現の阻害剤はｍｉＲＮＡである。
【０２９３】
一実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを含み、それによって減量することができる、対象又は生物体における減量方法を特徴とする。一実施形態においては、本発明は、関連する組織又は細胞、例えば、肝臓、すい臓、小腸、脂肪の組織又は細胞に局所投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。一実施形態においては、本発明は、関連する組織又は細胞に（ｓｉＮＡの静脈内、筋肉内、皮下、ＧＩ投与などによって）全身投与することによって、対象又は生物体を本発明のｓｉＮＡ分子と接触させることを特徴とする。本発明のｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における適切な組織又は細胞を標的にするために、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、処方又は抱合することができる。ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体における減量のための当分野で公知の他の治療処置及び様式と組み合わせることができる。
【０２９４】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子又は二本鎖核酸分子は、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号、及び２００６年２月１４日に出願された米国特許出願第１１／３５３，６３０号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。
【０２９５】
１個以上の標的の発現を調節する、又は細胞、対象若しくは生物体における疾患、形質、症状若しくは表現型を治療若しくは予防する、本明細書の方法のいずれにおいても、本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上の標的の発現をＲＮＡ干渉によって調節する。一実施形態においては、ＲＮＡ干渉は、ＲＩＳＣによって媒介される標的の切断（例えば、ｓｉＲＮＡによって媒介されるＲＮＡ干渉）である。一実施形態においては、ＲＮＡ干渉は、標的の翻訳阻害（例えば、ｍｉＲＮＡによって媒介されるＲＮＡ干渉）である。一実施形態においては、ＲＮＡ干渉は、標的の転写阻害（例えば、ｓｉＲＮＡによって媒介される転写サイレンシング）である。一実施形態においては、ＲＮＡ干渉は細胞質中で起こる。一実施形態においては、ＲＮＡ干渉は核中で起こる。
【０２９６】
本発明の治療方法のいずれにおいても、ｓｉＮＡを対象に治療コースとして投与することができ、例えば、治療コースを通して１日１回、治療コースを通して２日ごとに１回、治療コースを通して３日ごとに１回、治療コースを通して４日ごとに１回、治療コースを通して５日ごとに１回、治療コースを通して６日ごとに１回、治療コースを通して１週間に１回、治療コースを通して隔週で１回、治療コースを通して１か月に１回などの種々の時間間隔で投与することができる。一実施形態においては、治療コースは、１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０週ごとに１回である。一実施形態においては、治療コースは、約１から約５２週間又はそれ以上（例えば、無期限）である。一実施形態においては、治療コースは、約１から約４８か月間又はそれ以上（例えば、無期限）である。
【０２９７】
一実施形態においては、治療コースは、固定間隔（例えば、１×、２×、３×、４×、５×、６×、７×、８×、９×、１０×又はそれ以上）で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれを超える週ごとに１回などの初期治療コースと、それに続く追加の固定間隔（例えば、１×、２×、３×、４×、５×、６×、７×、８×、９×、１０×又はそれを超える）で４、６、８、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０又はそれを超える週ごとに１回などの治療維持コースとを含む。
【０２９８】
本発明の治療方法のいずれにおいても、ｓｉＮＡは、本明細書の、又は当分野で公知のとおりに、単独療法として単体で、又は追加の療法と組み合わせて、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、対象に全身投与することができる。全身投与としては、例えば、当分野で一般に公知である、肺（吸入、噴霧など）  静脈内、皮下、筋肉内、カテーテル法、鼻咽頭（ｎａｓｏｐｈａｒａｎｇｅａｌ）、経皮又は経口／胃腸投与が挙げられる。
【０２９９】
一実施形態においては、本発明の治療又は予防の方法のいずれにおいても、ｓｉＮＡは、当分野で公知のとおりに、単独療法として単体で、又は追加の療法と組み合わせて、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、対象に局所的に、又は局所組織に、投与することができる。局所投与としては、例えば、当分野で一般に公知である、関連組織への吸入、噴霧、カテーテル法、移植、直接注射、皮膚／経皮投与、ステント術、点耳／点眼又は門脈投与、又は任意の他の局所投与技術、方法若しくは手順が挙げられる。
【０３００】
一実施形態においては、本発明は、投与に適切な条件下で、ｓｉＮＡを内耳細胞、組織又は構造と接触させることを含む、本発明のｓｉＮＡ分子及び組成物を内耳に投与する方法を特徴とする。一実施形態においては、投与は、参照により本明細書に組込む、米国特許第５，４２１，８１８号、同５，４７６，４４６号、同５，４７４，５２９号、同６，０４５，５２８号、同６，４４０，１０２号、同６，６８５，６９７号、同６，１２０，４８４号及び同５，５７２，５９４号、並びにＳｉｌｖｅｒｓｔｅｉｎ，  １９９９，  Ｅａｒ  Ｎｏｓｅ  Ｔｈｒｏａｔ  Ｊ．，  ７８，  ５９５−８，  ６００及びＪａｃｋｓｏｎ  ａｎｄ  Ｓｉｌｖｅｒｓｔｅｉｎ，  ２００２，  Ｏｔｏｌａｒｙｎｇｏｌ  Ｃｌｉｎ  Ｎｏｒｔｈ  Ａｍ．，  ３５，  ６３９−５３の教示に記述され、本発明のｓｉＮＡ分子用に改作された、方法及び装置を含む。
【０３０１】
別の実施形態においては、本発明は、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節する（例えば、阻害する）のに適切な条件下で、対象又は生物体を本発明の１個以上のｓｉＮＡ分子と接触させることを含む、対象又は生物体における１個を超える標的遺伝子の発現を調節する方法を特徴とする。
【０３０２】
本発明のｓｉＮＡ分子は、種々の核酸分子のＲＮＡｉターゲティングによって、標的遺伝子発現を下方制御又は阻害するように設計することができる。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を用いて、例えば異質染色質サイレンシング又は転写阻害によって、標的遺伝子に対応する種々のＤＮＡを標的にする。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を用いて、例えばＲＮＡ標的切断又は翻訳阻害によって、標的遺伝子に対応する種々のＲＮＡを標的にする。かかるＲＮＡの非限定的例としては、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）、又はｍｉＲＮＡ及び他の低分子ＲＮＡを含む調節エレメント（例えば、Ｍａｔｔｉｃｋ，  ２００５，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０９，  １５２７−１５２８及びＣｌａｖｅｒｉｅ，  ２００５，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０９，  １５２９−１５３０参照）、標的遺伝子の代替ＲＮＡスプライスバリアント、標的遺伝子の転写後修飾ＲＮＡ、標的遺伝子のｐｒｅ−ｍＲＮＡ、及び／又はＲＮＡテンプレートが挙げられる。代替（ａｌｔｅｒｎａｔｅ）スプライシングによって、適切なエキソンを用いて区別される転写物ファミリーが生成する場合には、本発明によって適切なエキソンを介して遺伝子発現を阻害して、遺伝子ファミリーメンバーの機能を特異的に阻害する、又は区別することができる。例えば、選択的にスプライスされた膜貫通領域を含むタンパク質は、膜結合型と分泌型の両方で発現され得る。膜貫通領域を含むエキソンを標的にするために本発明を使用して、タンパク質の分泌型に対立するものとして、膜結合型の薬剤ターゲティングの機能的結果を判定することができる。これらのＲＮＡ分子のターゲティングに関係した本発明の非限定的適用例としては、治療薬剤用途、化粧品用途、獣医学用途、創薬用途、分子診断及び遺伝子機能用途、並びに、例えば本発明のｓｉＮＡ分子を用いた一塩基多型マッピングによる、遺伝子地図が挙げられる。かかる適用例は、公知の遺伝子配列を用いて、又は発現配列タグ（ＥＳＴ）から利用可能な部分配列から、実施することができる。
【０３０３】
別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を用いて、相同配列を有する遺伝子ファミリーなどの遺伝子ファミリーに対応する保存配列を標的にする。したがって、複数の遺伝子又はＲＮＡ標的を標的にしたｓｉＮＡ分子によって、治療効果を増大させることができる。一実施形態においては、本発明は、標的にされた標的遺伝子の保存配列を標的にすることによる、単一のｓｉＮＡ分子を用いた、１個を超える標的遺伝子配列のターゲティング（切断、又は発現若しくは機能の阻害）を特徴とする。
【０３０４】
一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子を用いて、種々の用途における遺伝子機能の経路を特徴づけることができる。例えば、本発明によって、経路中の標的遺伝子の活性を阻害して、遺伝子機能分析、ｍＲＮＡ機能分析又は翻訳分析において、特徴づけられていない遺伝子の機能を明らかにすることができる。本発明によって、薬剤開発に向かって、種々の疾患及び症状に関与する標的遺伝子経路候補を決定することができる。本発明によって、例えば、本明細書の、又は当分野で公知の疾患、障害、形質及び症状に関与する遺伝子発現の経路を理解することができる。
【０３０５】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子及び／又は方法を用いて、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッションによって参照されるＲＮＡをコードする遺伝子、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号、例えば、参照により本明細書に組込む、米国仮出願第６０／３６３，１２４号、米国特許出願第１０／９２３，５３６号及びＰＣＴ／ＵＳ０３／０５０２８のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号によって本明細書で参照されるＲＮＡ配列をコードする標的遺伝子の発現を下方制御する。
【０３０６】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）所定の複雑性を有するｓｉＮＡ構築物のライブラリーを作製すること、及び（ｂ）標的ＲＮＡ配列内のＲＮＡｉ標的部位を決定するのに適切な条件下で、上記（ａ）のｓｉＮＡ構築物を分析することを含む、方法を特徴とする。一実施形態においては、（ａ）のｓｉＮＡ分子は、一定の長さ、例えば、約２３ヌクレオチド長の鎖を有する。別の実施形態においては、（ａ）のｓｉＮＡ分子は異なる長さ、例えば約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチド長の鎖を有する。一実施形態においては、アッセイは、本明細書の、再構成されたインビトロｓｉＮＡアッセイを含み得る。別の実施形態においては、アッセイは、標的ＲＮＡが発現される細胞培養系を含み得る。別の実施形態においては、標的ＲＮＡ断片の切断の検出可能なレベルを、例えば、ゲル電気泳動、ノーザンブロット分析又はＲＮＡｓｅ保護アッセイによって分析して、標的ＲＮＡ配列内の最も適切な標的部位を決定する。標的ＲＮＡ配列は、例えば、インビトロ系のクローニング及び／又は転写によって、また、インビボ系における細胞発現によって、当分野で公知のとおりに得ることができる。
【０３０７】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）４Ｎなどの所定の複雑性を有するｓｉＮＡ構築物の無作為化ライブラリーを作製すること（ここで、Ｎは、ｓｉＮＡ構築物鎖の各々における塩基対形成ヌクレオチドの数である（例えば、１９塩基対を含む、２１ヌクレオチドセンス鎖及びアンチセンス鎖を有するｓｉＮＡ構築物の場合、複雑性は４１９となる。）。）、及び（ｂ）標的標的ＲＮＡ配列内のＲＮＡｉ標的部位を決定するのに適切な条件下で、上記（ａ）のｓｉＮＡ構築物を分析することを含む、方法を特徴とする。別の実施形態においては、（ａ）のｓｉＮＡ分子は、一定の長さ、例えば、約２３ヌクレオチド長の鎖を有する。更に別の実施形態においては、（ａ）のｓｉＮＡ分子は異なる長さ、例えば約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチド長の鎖を有する。一実施形態においては、アッセイは、本明細書の実施例６の、再構成されたインビトロｓｉＮＡアッセイを含み得る。別の実施形態においては、アッセイは、標的ＲＮＡが発現される細胞培養系を含み得る。別の実施形態においては、標的ＲＮＡ断片の切断の検出可能なレベルを、例えば、ゲル電気泳動、ノーザンブロット分析又はＲＮＡｓｅ保護アッセイによって分析して、標的標的ＲＮＡ配列内の最も適切な標的部位を決定する。標的標的ＲＮＡ配列は、例えば、インビトロ系のクローニング及び／又は転写によって、また、インビボ系における細胞発現によって、当分野で公知のとおりに得ることができる。
【０３０８】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）標的遺伝子によってコードされるＲＮＡ標的の配列を解析すること、（ｂ）（ａ）のＲＮＡの１個以上の領域に相補的である配列を有するｓｉＮＡ分子の１組以上を合成すること、及び（ｃ）標的ＲＮＡ配列内のＲＮＡｉ標的を決定するのに適切な条件下で（ｂ）のｓｉＮＡ分子を分析することを含む、方法を特徴とする。一実施形態においては、（ｂ）のｓｉＮＡ分子は、一定の長さ、例えば、約２３ヌクレオチド長の鎖を有する。別の実施形態においては、（ｂ）のｓｉＮＡ分子は異なる長さ、例えば約１５から約３０（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）ヌクレオチド長の鎖を有する。一実施形態においては、アッセイは、本明細書の、再構成されたインビトロｓｉＮＡアッセイを含み得る。別の実施形態においては、アッセイは、標的ＲＮＡが発現される細胞培養系を含み得る。標的ＲＮＡ断片の切断の検出可能なレベルを、例えば、ゲル電気泳動、ノーザンブロット分析又はＲＮＡｓｅ保護アッセイによって分析して、標的ＲＮＡ配列内の最も適切な標的部位を決定する。標的ＲＮＡ配列は、例えば、インビトロ系のクローニング及び／又は転写によって、また、インビボ系における発現によって、当分野で公知のとおりに得ることができる。
【０３０９】
「標的部位」とは、標的配列に相補的である配列をそのアンチセンス領域内に含むｓｉＮＡ構築物によって媒介される切断のために「標的にされ」る標的ＲＮＡ内の配列を意味する。
【０３１０】
「切断の検出可能なレベル」とは、標的ＲＮＡの無作為分解によって生成されるＲＮＡのバックグラウンドを超えて、切断産物を識別するのに十分な程度の標的ＲＮＡの切断（及び切断された生成物ＲＮＡの形成）を意味する。標的ＲＮＡの１−５％からの切断産物の生成は、大部分の検出方法のバックグラウンドを超えて検出するのに十分である。
【０３１１】
一実施形態においては、本発明は、薬剤として許容される担体又は希釈剤中に、本発明の化学修飾され得るｓｉＮＡ分子を含む、組成物を特徴とする。別の実施形態においては、本発明は、薬剤として許容される担体又は希釈剤中に、化学修飾され得る、１個以上の遺伝子を標的にした、本発明のｓｉＮＡ分子を含む、薬剤組成物を特徴とする。別の実施形態においては、本発明は、対象における疾患、形質又は症状の診断に適切な条件下で、本発明の組成物を対象に投与することを含む、対象における疾患、形質又は症状を診断する方法を特徴とする。別の実施形態においては、本発明は、対象における疾患、形質又は症状の治療又は予防に適切な条件下で、単独で、又は１種類以上の他の治療化合物と併せて、本発明の組成物を対象に投与することを含む、対象における代謝及び／又は循環器の疾患、形質、症状又は障害などの疾患、形質又は症状を治療又は予防する方法を特徴とする。
【０３１２】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含む。）、（ｂ）細胞、組織、対象又は生物体における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、細胞、組織、対象又は生物体にｓｉＮＡ分子を導入すること、及び（ｃ）細胞、組織、対象又は生物体における任意の表現型の変化を評価することによって、遺伝子の機能を明らかにすることを含む、標的遺伝子標的を確認する方法を特徴とする。
【０３１３】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）化学修飾され得る、本発明のｓｉＮＡ分子を合成すること（ここで、ｓｉＮＡ鎖の１本は、標的遺伝子のＲＮＡに相補的である配列を含む。）、（ｂ）生物系における標的遺伝子の発現を調節するのに適切な条件下で、生物系にｓｉＮＡ分子を導入すること、及び（ｃ）生物系における任意の表現型の変化を評価することによって、遺伝子の機能を明らかにすることを含む、標的を確認する方法を特徴とする。
【０３１４】
「生物系」とは、ヒト又は動物を含めて、ただしこれらだけに限定されない生物学的出所から得られる精製又は未精製の材料を意味し、この系は、ＲＮＡｉ活性に必要な成分を含む。「生物系」という用語は、例えば、細胞、組織、対象若しくは生物体又はその抽出物を含む。生物系という用語は、インビトロでの状況において使用することができる、再構成されたＲＮＡｉ系も含む。
【０３１５】
「表現型の変化」とは、本発明の核酸分子（例えば、ｓｉＮＡ）による接触又は処理に応じて起こる、細胞の任意の検出可能な変化を意味する。かかる検出可能な変化としては、当分野で公知の方法によって評価することができる、形状、サイズ、増殖、運動性、タンパク質発現若しくはＲＮＡ発現又は他の物理的若しくは化学的変化が挙げられるが、これらだけに限定されない。検出可能な変化としては、発現タンパク質、又は分析可能な任意の他の細胞成分を特定するのに用いられる、Ｇｒｅｅｎ  Ｆｌｏｒｅｓｃｅｎｔ  Ｐｒｏｔｅｉｎ（ＧＦＰ）、種々のタグなどのレポーター遺伝子／分子の発現も挙げられる。
【０３１６】
一実施形態においては、本発明は、例えば、細胞、組織、対象又は生物体を含めて、生物系における標的遺伝子の発現の調節に使用することができる、本発明の化学修飾され得るｓｉＮＡ分子を含むキットを特徴とする。別の実施形態においては、本発明は、例えば、細胞、組織、対象又は生物体を含めて、生物系における１個を超える標的遺伝子の発現の調節に使用することができる、本発明の化学修飾され得る１個を超えるｓｉＮＡ分子を含む、キットを特徴とする。
【０３１７】
一実施形態においては、本発明は、本発明の化学修飾され得る１個以上のｓｉＮＡ分子を含む細胞を特徴とする。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を含む細胞は、ほ乳動物細胞である。更に別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を含む細胞は、ヒト細胞である。
【０３１８】
一実施形態においては、本発明の化学修飾され得るｓｉＮＡ分子の合成は、（ａ）ｓｉＮＡ分子の２本の相補鎖の合成と、（ｂ）二本鎖ｓｉＮＡ分子を得るのに適切な条件下で２本の相補鎖を一緒にアニーリングすることを含む。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の２本の相補鎖の合成は、固相オリゴヌクレオチド合成による。更に別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の２本の相補鎖の合成は、固相直列オリゴヌクレオチド合成による。
【０３１９】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）ｓｉＮＡ分子の第１のオリゴヌクレオチド配列鎖を合成すること（ここで、第１のオリゴヌクレオチド配列鎖は、ｓｉＮＡの第２のオリゴヌクレオチド配列鎖の合成の足場として使用することができる切断可能なリンカー分子を含む。）、（ｂ）第１のオリゴヌクレオチド配列鎖の足場の上にｓｉＮＡの第２のオリゴヌクレオチド配列鎖を合成すること（ここで、第２のオリゴヌクレオチド配列鎖は、ｓｉＮＡ二本鎖の精製に使用することができる化学部分を更に含む。）、（ｃ）２本のｓｉＮＡオリゴヌクレオチド鎖がハイブリッド形成して、安定な二本鎖を形成するのに適切な条件下で、（ａ）のリンカー分子を切断すること、及び（ｄ）第２のオリゴヌクレオチド配列鎖の化学部分を利用してｓｉＮＡ二本鎖を精製することを含む、ｓｉＮＡ二本鎖分子を合成する方法を特徴とする。一実施形態においては、上記（ｃ）におけるリンカー分子の切断は、例えばメチルアミンなどのアルキルアミン塩基を用いた加水分解条件下で、オリゴヌクレオチドの脱保護中に起こる。一実施形態においては、この合成方法は、ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  ｐｏｒｅ  ｇｌａｓｓ（ＣＰＧ）、ポリスチレンなどの固体支持体上での固相合成を含む。ここで、（ａ）の第１の配列は、固体支持体を足場として用いて、スクシニルリンカーなどの切断可能なリンカー上で合成される。第２の鎖の合成用足場として用いた（ａ）の切断可能なリンカーは、固体支持体によって誘導体化されたリンカーと類似の反応性を含み得る。したがって、固体支持体によって誘導体化されたリンカーと（ａ）の切断可能なリンカーの切断は、同時に起こる。別の実施形態においては、結合したオリゴヌクレオチド配列を単離するのに使用することができる（ｂ）の化学部分は、本明細書のトリチルオン（ｔｒｉｔｙｌ−ｏｎ）合成戦略に使用することができるトリチル基、例えば、ジメトキシトリチル基を含む。更に別の実施形態においては、ジメトキシトリチル基などの化学部分を、例えば酸性条件を用いて、精製中に除去する。
【０３２０】
更なる実施形態においては、ｓｉＮＡ合成方法は、溶液相合成又は混成相合成であり、ｓｉＮＡ二本鎖の両方の鎖は、第２の配列の合成用足場として作用する第１の配列に結合した切断可能なリンカーを用いて、タンデム合成される。別々のｓｉＮＡ配列鎖のハイブリダイゼーションに適切な条件下でリンカーを切断すると、二本鎖ｓｉＮＡ分子が形成される。
【０３２１】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）ｓｉＮＡ分子の１本のオリゴヌクレオチド配列鎖を合成すること（ここで、この配列は、別のオリゴヌクレオチド配列の合成用足場として使用することができる切断可能なリンカー分子を含む。）、（ｂ）第１の配列鎖に対して相補性を有する第２のオリゴヌクレオチド配列を（ａ）の足場上に合成すること（ここで、第２の配列は、二本鎖ｓｉＮＡ分子の他方の鎖を含み、結合したオリゴヌクレオチド配列の単離に使用することができる化学部分を更に含む。）、（ｃ）切断可能なリンカーによって連結された両方のｓｉＮＡオリゴヌクレオチド鎖を含む完全長配列を単離するのに適切な条件下で、また、２本のｓｉＮＡオリゴヌクレオチド鎖がハイブリッド形成して、安定な二本鎖を形成するのに適切な条件下で、第２のオリゴヌクレオチド配列鎖の化学部分を利用して（ｂ）の生成物を精製することを含む、ｓｉＮＡ二本鎖分子を合成する方法を特徴とする。一実施形態においては、上記（ｃ）におけるリンカー分子の切断は、例えば加水分解条件下で、オリゴヌクレオチドの脱保護中に起こる。別の実施形態においては、上記（ｃ）におけるリンカー分子の切断は、オリゴヌクレオチドの脱保護後に起こる。別の実施形態においては、この合成方法は、ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  ｐｏｒｅ  ｇｌａｓｓ（ＣＰＧ）、ポリスチレンなどの固体支持体上での固相合成を含む。ここで、（ａ）の第１の配列は、固体支持体を足場として用いて、スクシニルリンカーなどの切断可能なリンカー上で合成される。第２の鎖の合成用足場として用いた（ａ）の切断可能なリンカーは、固体支持体によって誘導体化されたリンカーと類似の反応性又は異なる反応性を含み得る。したがって、固体支持体によって誘導体化されたリンカーと（ａ）の切断可能なリンカーの切断は、同時又は逐次的に起こる。一実施形態においては、結合したオリゴヌクレオチド配列の単離に使用することができる（ｂ）の化学部分は、トリチル基、例えば、ジメトキシトリチル基を含む。
【０３２２】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）第１と第２の配列を有するオリゴヌクレオチドを合成すること（ここで、第１の配列は第２の配列に相補的であり、第１のオリゴヌクレオチド配列は、切断可能なリンカーによって第２の配列に連結されており、末端５’保護基、例えば、５’−Ｏ−ジメトキシトリチル基（５’−Ｏ−ＤＭＴ）は、第２の配列を有するオリゴヌクレオチド上に残る。）、（ｂ）オリゴヌクレオチドを脱保護し、それによって２個のオリゴヌクレオチド配列を連結しているリンカーが切断されること、及び（ｃ）二本鎖ｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、例えば本明細書のトリチルオン合成戦略によって、（ｂ）の生成物を精製することを含む、二本鎖ｓｉＮＡ分子を単一の合成プロセスで作製する方法を特徴とする。
【０３２３】
別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子の合成方法は、参照によりその全体を本明細書に組込む、Ｓｃａｒｉｎｇｅ他、米国特許第５，８８９，１３６号、同６，００８，４００号及び同６，１１１，０８６号の教示を含む。
【０３２４】
一実施形態においては、本発明は、標的ポリヌクレオチド（例えば、ＲＮＡ又はＤＮＡ標的）に対してＲＮＡｉを媒介するｓｉＮＡ構築物を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ構築物は、ｓｉＮＡ構築物のヌクレアーゼ耐性を増大させる、１個以上の化学修飾、例えば、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの１個以上の化学修飾又はその任意の組合せを含む。
【０３２５】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）ヌクレアーゼ耐性の増大したｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、ヌクレアーゼ耐性の増大したｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３２６】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド（例えば、表Ｉに示すｓｉＮＡモチーフ）又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）毒物学的プロファイルが改善されたｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、毒物学的プロファイルが改善された（例えば、免疫賦活性が減弱された、又は免疫賦活性がない）ｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３２７】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）本発明のｓｉＮＡ分子と、本明細書の、又は当分野で公知の送達ビヒクル若しくは送達粒子とを含むｓｉＮＡ調合物を生成すること、及び（ｂ）毒物学的プロファイルが改善されたｓｉＮＡ調合物の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ調合物を評価することを含む、毒物学的プロファイルが改善された（例えば、免疫賦活性が減弱された、又は免疫賦活性がない）ｓｉＮＡ調合物を生成する方法を特徴とする。
【０３２８】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド（例えば、表Ｉに示すｓｉＮＡモチーフ）又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）インターフェロン応答を刺激しないｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、細胞、対象又は生物体においてインターフェロン応答を刺激しない（例えば、インターフェロン応答がない、又はインターフェロン応答が減弱された）ｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３２９】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）本発明のｓｉＮＡ分子と、本明細書の、又は当分野で公知の送達ビヒクル若しくは送達粒子とを含むｓｉＮＡ調合物を生成すること、及び（ｂ）インターフェロン応答を刺激しないｓｉＮＡ調合物の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ調合物を評価することを含む、細胞、対象又は生物体においてインターフェロン応答を刺激しない（例えば、インターフェロン応答がない、又はインターフェロン応答が減弱された）ｓｉＮＡ調合物を生成する方法を特徴とする。一実施形態においては、インターフェロンは、インターフェロンアルファを含む。
【０３３０】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド（例えば、表Ｉに示すｓｉＮＡモチーフ）又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）サイトカイン応答を刺激しないｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、細胞、対象又は生物体において炎症性又は炎症誘発性サイトカインを刺激しない（例えば、サイトカイン応答がない、又はサイトカイン応答が減弱された）ｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。一実施形態においては、サイトカインは、インターロイキン６（ＩＬ−６）などのインターロイキン及び／又は腫よう壊死アルファ（ＴＮＦ−α）を含む。
【０３３１】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）本発明のｓｉＮＡ分子と、本明細書の、又は当分野で公知の送達ビヒクル若しくは送達粒子とを含むｓｉＮＡ調合物を生成すること、及び（ｂ）サイトカイン応答を刺激しないｓｉＮＡ調合物の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ調合物を評価することを含む、細胞、対象又は生物体において炎症性又は炎症誘発性サイトカインを刺激しない（例えば、サイトカイン応答がない、又はサイトカイン応答が減弱された）ｓｉＮＡ調合物を生成する方法を特徴とする。一実施形態においては、サイトカインは、インターロイキン６（ＩＬ−６）などのインターロイキン及び／又は腫よう壊死アルファ（ＴＮＦ−α）を含む。
【０３３２】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド（例えば、表Ｉに示すｓｉＮＡモチーフ）又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）ＴＬＲ応答を刺激しないｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、細胞、対象又は生物体においてトール様受容体（ＴＬＲ）を刺激しない（例えば、ＴＬＲ応答がない、又はＴＬＲ応答が減弱された）ｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。一実施形態においては、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８及び／又はＴＬＲ９を含む。
【０３３３】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）本発明のｓｉＮＡ分子と、本明細書の、又は当分野で公知の送達ビヒクル若しくは送達粒子とを含むｓｉＮＡ調合物を生成すること、及び（ｂ）ＴＬＲ応答を刺激しないｓｉＮＡ調合物の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ調合物を評価することを含む、細胞、対象又は生物体においてトール様受容体（ＴＬＲ）を刺激しない（例えば、ＴＬＲ応答がない、又はＴＬＲ応答が減弱された）ｓｉＮＡ調合物を生成する方法を特徴とする。一実施形態においては、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８及び／又はＴＬＲ９を含む。
【０３３４】
一実施形態においては、本発明は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）による標的ＲＮＡの切断を誘導する、化学合成された二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、（ａ）前記ｓｉＮＡ分子の各鎖は約１８から約３８ヌクレオチド長であり、（ｂ）前記ｓｉＮＡ分子の１本の鎖は、ｓｉＮＡ分子がＲＮＡ干渉によって標的ＲＮＡの切断を誘導するのに十分な相補性を、前記標的ＲＮＡに対して有するヌクレオチド配列を含み、（ｃ）前記ｓｉＮＡ分子内のヌクレオチド位置は、対応する無修飾ｓｉＲＮＡ分子のレベルよりも低いレベルにｓｉＮＡ分子の免疫賦活性を低下させるように化学修飾されている。かかるｓｉＮＡ分子は、無修飾又は最小限に修飾されたｓｉＮＡよりも改善された毒物学的プロファイルを有すると言われる。
【０３３５】
「改善された毒物学的プロファイル」とは、化学修飾又は調合されたｓｉＮＡ構築物が、細胞、対象又は生物体において、無修飾ｓｉＮＡ、調合されていないｓｉＮＡ、より少数の修飾を有するｓｉＮＡ分子、又は改善された毒物学（ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ）を付与するにはさほど有効でない修飾を有するｓｉＮＡ分子よりも毒性が減少していることを意味する。かかるｓｉＮＡ分子は、「改善されたＲＮＡｉ活性」を有するとも考えられる。非限定的例においては、毒物学的プロファイルが改善されたｓｉＮＡ分子及び調合物は、細胞、対象又は生物体において、無修飾ｓｉＮＡ、調合されていないｓｉＮＡ、より少数の修飾を有するｓｉＮＡ分子、又は改善された毒物学を付与するにはさほど有効でない修飾を有するｓｉＮＡ分子よりも低下した、減少した、又は減弱された免疫賦活性応答など、低下した免疫賦活性を伴う。かかる改善された毒物学的プロファイルは、インターフェロン（例えば、インターフェロンアルファ）、炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ−６などのインターロイキン、及び／又はＴＮＦ−アルファ）及び／又はトール様受容体（例えば、ＴＬＲ−３、ＴＬＲ−７、ＴＬＲ−８及び／又はＴＬＲ−９）の誘導の減少又は抑止など、抑止された、又は減少した免疫賦活を特徴とする。一実施形態においては、毒物学的プロファイルが改善されたｓｉＮＡ分子又は調合物は、リボヌクレオチドを含まない。一実施形態においては、毒物学的プロファイルが改善されたｓｉＮＡ分子又は調合物は、５個未満のリボヌクレオチド（例えば、１、２、３又は４個のリボヌクレオチド）を含む。一実施形態においては、毒物学的プロファイルが改善されたｓｉＮＡ分子又は調合物は、Ｓｔａｂ  ７、Ｓｔａｂ  ８、Ｓｔａｂ  １１、Ｓｔａｂ  １２、Ｓｔａｂ  １３、Ｓｔａｂ  １６、Ｓｔａｂ  １７、Ｓｔａｂ  １８、Ｓｔａｂ  １９、Ｓｔａｂ  ２０、Ｓｔａｂ  ２３、Ｓｔａｂ  ２４、Ｓｔａｂ  ２５、Ｓｔａｂ  ２６、Ｓｔａｂ  ２７、Ｓｔａｂ  ２８、Ｓｔａｂ  ２９、Ｓｔａｂ  ３０、Ｓｔａｂ  ３１、Ｓｔａｂ  ３２、Ｓｔａｂ  ３３、Ｓｔａｂ  ３４、Ｓｔａｂ  ３５、Ｓｔａｂ  ３６又はその任意の組合せを含む（表Ｉ参照）。本明細書では、数字で表したＳｔａｂケミストリーは、表Ｉに示すケミストリーの２’−フルオロと２’−ＯＣＦ３の両方のバージョンを含む。例えば、「Ｓｔａｂ  ７／８」は、Ｓｔａｂ  ７／８とＳｔａｂ  ７Ｆ／８Ｆの両方を指すなど。一実施形態においては、毒物学的プロファイルが改善されたｓｉＮＡ分子又は調合物は、本発明のｓｉＮＡ分子、及び図面を含めて、参照によりその全体を本明細書に組込む米国特許出願公開第２００３００７７８２９号に記載された調合物を含む。
【０３３６】
一実施形態においては、所与のｓｉＮＡ分子に付随する免疫賦活性応答レベルは、本明細書のとおりに測定することができ、又は例えば、特定のｓｉＮＡ分子の免疫賦活性応答を定量するアッセイにおいて、ＰＫＲ／インターフェロン応答、増殖、Ｂ細胞活性化及び／又はサイトカイン産生のレベルを求めることによって、当分野で公知のとおりに測定することができる（例えば、その全体を参照により組込む、Ｌｅｉｆｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３，  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．  ２６，  ３１３−９及び米国特許第５，９６８，９０９号を参照されたい。）。一実施形態においては、低下した免疫賦活性応答は、無修飾又は最小限に修飾されたｓｉＲＮＡ分子と比較して約１０％及び約１００％、例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は１００％低下した免疫賦活性応答である。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子に関連した免疫賦活性応答は、化学修飾の程度によって調節することができる。例えば、修飾ｓｉＮＡ分子中のヌクレオチド位置の約１０％から約１００％、例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％若しくは１００％又は少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％若しくは１００％を有するｓｉＮＡ分子を、本明細書の対応する免疫賦活性度を有するように選択することができる。
【０３３７】
一実施形態においては、低下した免疫賦活性応答の程度を、ＲＮＡｉ活性を最適化するために選択する。例えば、ある程度の免疫賦活を保持することは、ウイルス感染を治療するために好ましい場合がある。この場合、免疫賦活の１００％未満の減少が、最大の抗ウイルス活性に好ましい場合があるのに対して（例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％の免疫賦活の減少）、非特異的毒性又はオフターゲット（ｏｆｆ  ｔａｒｇｅｔ）効果を防止するのに最小の免疫賦活性を有するｓｉＮＡ分子を用いて、内因性遺伝子標的の発現を阻止することが好ましい場合もある（例えば、約９０％から約１００％の免疫賦活の減少）。
【０３３８】
一実施形態においては、本発明は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）による標的ＲＮＡの切断を誘導する、化学合成された二本鎖ｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、（ａ）前記ｓｉＮＡ分子の各鎖は約１８から約３８ヌクレオチド長であり、（ｂ）前記ｓｉＮＡ分子の１本の鎖は、ｓｉＮＡ分子がＲＮＡ干渉によって標的ＲＮＡの切断を誘導するのに十分な相補性を、前記標的ＲＮＡに対して有するヌクレオチド配列を含み、（ｃ）前記ｓｉＮＡ分子の１個以上のヌクレオチドは、対応する無修飾ｓｉＲＮＡ分子のレベルよりも低いレベルにｓｉＮＡ分子の免疫賦活性を低下させるように化学修飾されている。一実施形態においては、各鎖は、他方の鎖のヌクレオチドに相補的である少なくとも約１８個のヌクレオチドを含む。
【０３３９】
別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の免疫賦活性を低下させる修飾ヌクレオチドを含むｓｉＮＡ分子は、標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を有するアンチセンス領域を含み、センス領域を更に含む。ここで、前記センス領域は、前記標的遺伝子のヌクレオチド配列又はその一部にかなり類似したヌクレオチド配列を含む。その一実施形態においては、アンチセンス領域及びセンス領域は、約１８から約３８ヌクレオチドを含み、前記アンチセンス領域は、センス領域のヌクレオチドに相補的である少なくとも約１８ヌクレオチドを含む。その一実施形態においては、センス領域中のピリミジンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルピリミジンヌクレオチドである。その別の実施形態においては、センス領域中のプリンヌクレオチドは、２’−デオキシプリンヌクレオチドである。その更に別の実施形態においては、センス領域に存在するピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。その別の実施形態においては、前記アンチセンス領域のピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジンヌクレオチドである。その更に別の実施形態においては、前記アンチセンス領域のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルプリンヌクレオチドである。その更に別の実施形態においては、前記アンチセンス領域中に存在するプリンヌクレオチドは、２’−デオキシプリンヌクレオチドを含む。別の実施形態においては、アンチセンス領域は、ホスホロチオアートヌクレオチド間結合を前記アンチセンス領域の３’末端に含む。別の実施形態においては、アンチセンス領域は、グリセリル修飾を前記アンチセンス領域の３’末端に含む。
【０３４０】
別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の免疫賦活性を低下させる修飾ヌクレオチドを含むｓｉＮＡ分子は、本明細書のｓｉＮＡ分子の構造上の特徴のいずれかを含み得る。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の免疫賦活性を低下させる修飾ヌクレオチドを含むｓｉＮＡ分子は、本明細書のｓｉＮＡ分子の化学修飾のいずれかを含み得る。
【０３４１】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）１個以上の修飾ヌクレオチド分子をｓｉＮＡに導入すること、及び（ｂ）無修飾ヌクレオチドを有する対応するｓｉＮＡ分子よりも免疫賦活性が低下したｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、ｓｉＮＡ分子の免疫賦活性を低下させる化学修飾ヌクレオチドを有する、化学合成された二本鎖ｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。ｓｉＮＡ分子の各鎖は、約１８から約３８ヌクレオチド長である。ＳｉＮＡ分子の１本の鎖は、ｓｉＮＡ分子がＲＮＡ干渉によって標的ＲＮＡの切断を誘導するのに十分な相補性を、標的ＲＮＡに対して有する、ヌクレオチド配列を含む。一実施形態においては、低下した免疫賦活性は、ｓｉＮＡが細胞、組織又は生物体に導入されるのに応答した、インターロイキン６（ＩＬ−６）、腫よう壊死アルファ（ＴＮＦ−α）などの炎症性又は炎症誘発性サイトカインの抑止された、又は低下した誘導を含む。別の実施形態においては、低下した免疫賦活性は、ｓｉＮＡが細胞、組織又は生物体に導入されるのに応答した、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９などのトール様受容体（ＴＬＲ）の抑止された、又は低下した誘導を含む。別の実施形態においては、低下した免疫賦活性は、ｓｉＮＡが細胞、組織又は生物体に導入されるのに応答した、インターフェロンアルファなどのインターフェロンの抑止された、又は低下した誘導を含む。
【０３４２】
一実施形態においては、本発明は、標的ポリヌクレオチドに対してＲＮＡｉを媒介するｓｉＮＡ構築物を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ構築物は、ｓｉＮＡ構築物のセンス鎖とアンチセンス鎖の結合親和性を調節する本明細書の１個以上の化学修飾を含む。
【０３４３】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）ｓｉＮＡ分子のセンス鎖とアンチセンス鎖の結合親和性が増加したｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、ｓｉＮＡ分子のセンス鎖とアンチセンス鎖の結合親和性が増加したｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３４４】
一実施形態においては、本発明は、標的ポリヌクレオチドに対してＲＮＡｉを媒介するｓｉＮＡ構築物を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ構築物は、ｓｉＮＡ構築物のアンチセンス鎖と細胞内の相補的標的ＲＮＡ配列との結合親和性を調節する本明細書の１個以上の化学修飾を含む。
【０３４５】
一実施形態においては、本発明は、標的ポリヌクレオチドに対してＲＮＡｉを媒介するｓｉＮＡ構築物を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ構築物は、ｓｉＮＡ構築物のアンチセンス鎖と細胞内の相補的標的ＤＮＡ配列との結合親和性を調節する本明細書の１個以上の化学修飾を含む。
【０３４６】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）ｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖と相補的標的ＲＮＡ配列との結合親和性が増加したｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、ｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖と相補的標的ＲＮＡ配列との結合親和性が増加したｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３４７】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）ｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖と相補的標的ＤＮＡ配列との結合親和性が増加したｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、ｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖と相補的標的ＤＮＡ配列との結合親和性が増加したｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３４８】
一実施形態においては、本発明は、標的ポリヌクレオチドに対してＲＮＡｉを媒介するｓｉＮＡ構築物を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ構築物は、化学修飾ｓｉＮＡ構築物に対して配列相同性を有する追加の内因性ｓｉＮＡ分子を生成し得る細胞ポリメラーゼのポリメラーゼ活性を調節する、本明細書の１個以上の化学修飾を含む。
【０３４９】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）化学修飾ｓｉＮＡ分子に対して配列相同性を有する追加の内因性ｓｉＮＡ分子を生成し得る細胞ポリメラーゼの高いポリメラーゼ活性を媒介し得るｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、化学修飾ｓｉＮＡ分子に対して配列相同性を有する追加の内因性ｓｉＮＡ分子を生成し得る細胞ポリメラーゼの高いポリメラーゼ活性を媒介し得るｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３５０】
一実施形態においては、本発明は、細胞中の標的ポリヌクレオチドに対してｓｉＮＡを媒介する化学修飾ｓｉＮＡ構築物を特徴とする。ここで、化学修飾は、かかるｓｉＮＡ構築物によって媒介されるＲＮＡｉの効力を減少させるように、ｓｉＮＡと、標的ＲＮＡ分子、ＤＮＡ分子及び／又はタンパク質、又はＲＮＡｉに必須である他の因子との相互作用をさほど引き起こさない。
【０３５１】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）ＲＮＡｉ特異性が改善されたｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、ポリヌクレオチド標的に対するＲＮＡｉ特異性が改善されたｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。一実施形態においては、改善された特異性は、無修飾ｓｉＮＡ分子に比較して低いオフターゲット効果を有することを含む。例えば、本発明のｓｉＮＡ分子のセンス鎖又は領域の３’末端に、５’末端に、又は３’末端と５’末端の両方に末端キャップ部分を導入すると、センス鎖又はセンス領域に対して相補性を有する対応する標的に対するＲＮＡｉ活性のテンプレートとしてセンス鎖又はセンス領域が作用するのを阻止することによって、ｓｉＮＡが、改善された特異性を有するようにすることができる。
【０３５２】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）ＲＮＡｉ活性が改善されたｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、標的ポリヌクレオチドに対するＲＮＡｉ活性が改善されたｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３５３】
更に別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）標的ＲＮＡに対するＲＮＡｉ活性が改善されたｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、標的ＲＮＡに対するＲＮＡｉ活性が改善されたｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３５４】
更に別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）標的ＤＮＡに対するＲＮＡｉ活性が改善されたｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、標的ＤＮＡに対するＲＮＡｉ活性が改善されたｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３５５】
一実施形態においては、本発明は、標的ポリヌクレオチドに対してＲＮＡｉを媒介するｓｉＮＡ構築物を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ構築物は、ｓｉＮＡのコレステロール抱合などのｓｉＮＡ構築物の細胞内取り込みを調節する本明細書の１個以上の化学修飾を含む。
【０３５６】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）細胞内取り込みが改善されたｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、細胞内取り込みが改善された、標的ポリヌクレオチドに対するｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３５７】
一実施形態においては、本発明は、標的ポリヌクレオチドに対してＲＮＡｉを媒介するｓｉＮＡ構築物を特徴とする。ここで、ｓｉＮＡ構築物は、例えば、ｓｉＮＡ構築物の薬物動態学を改善する、ポリエチレングリコールなどの高分子抱合体、若しくは等価な抱合体を結合させることによって、又は特定の組織タイプ若しくは細胞タイプをインビボで標的にする抱合体を結合させることによって、ｓｉＮＡ構築物の生物学的利用能を増大させる、本明細書の１個以上の化学修飾を含む。かかる抱合体の非限定的例は、参照により本明細書に組込む、Ｖａｒｇｅｅｓｅ他、米国特許出願第１０／２０１，３９４号に記述されている。
【０３５８】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）抱合体をｓｉＮＡ分子構造に導入すること、及び（ｂ）生物学的利用能が改善されたｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、生物学的利用能が改善された、本発明のｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。かかる抱合体としては、天然タンパク質リガンド由来のペプチドなどの細胞受容体のリガンド；細胞のＺＩＰコード配列を含めたタンパク質局在化配列；抗体；核酸アプタマー；葉酸塩、Ｎ−アセチルガラクトサミンなどのビタミン及び他の補因子；ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などのポリマー；リン脂質；コレステロール；コレステロール誘導体、スペルミン、スペルミジンなどのポリアミンなどが挙げられる。
【０３５９】
一実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡ配列又はその一部に相補的である第１のヌクレオチド配列と、前記第１の配列に対して相補性を有する第２の配列とを含む、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、前記第２の配列は、ＲＮＡ干渉を効率的に媒介するガイド配列としてもはや作用しないように、及び／又はＲＮＡｉを促進する細胞タンパク質によって認識されるように、化学修飾されている。一実施形態においては、ｓｉＮＡの第１のヌクレオチド配列は、本明細書のとおりに化学修飾されている。一実施形態においては、ｓｉＮＡの第１のヌクレオチド配列は修飾されていない（例えば、全ＲＮＡである。）。
【０３６０】
一実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡ配列又はその一部に相補的である第１のヌクレオチド配列と、前記第１の配列に対して相補性を有する第２の配列とを含む、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、第２の配列は、ガイド配列として、又は標的核酸（例えば、ＲＮＡ）配列に相補的である配列としてＲＮＡｉ経路に入るのを阻止するように、設計又は修飾されている。一実施形態においては、ｓｉＮＡの第１のヌクレオチド配列は、本明細書のとおりに化学修飾されている。一実施形態においては、ｓｉＮＡの第１のヌクレオチド配列は修飾されていない（例えば、全ＲＮＡである。）。かかる設計又は修飾は、ｓｉＮＡの活性を高め、及び／又は本発明のｓｉＮＡ分子の特異性を改善すると予想される。これらの修飾は、オフターゲット効果及び／又は付随する毒性を最小化することも予想される。
【０３６１】
一実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡ配列又はその一部に相補的である第１のヌクレオチド配列と、前記第１の配列に対して相補性を有する第２の配列とを含む、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、前記第２の配列は、ＲＮＡ干渉を媒介するガイド配列として作用することができない。一実施形態においては、ｓｉＮＡの第１のヌクレオチド配列は、本明細書のとおりに化学修飾されている。一実施形態においては、ｓｉＮＡの第１のヌクレオチド配列は修飾されていない（例えば、全ＲＮＡである。）。
【０３６２】
一実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡ配列又はその一部に相補的である第１のヌクレオチド配列と、前記第１の配列に対して相補性を有する第２の配列とを含む、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、前記第２の配列は、末端５’ヒドロキシル（５’−ＯＨ）又は５’リン酸基を持たない。
【０３６３】
一実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡ配列又はその一部に相補的である第１のヌクレオチド配列と、前記第１の配列に対して相補性を有する第２の配列とを含む、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、前記第２の配列は、末端キャップ部分を前記第２の配列の５’末端に含む。一実施形態においては、末端キャップ部分は、反転脱塩基、反転デオキシ脱塩基、反転ヌクレオチド部分、図１０に示す基、アルキル若しくはシクロアルキル基、複素環、又は第２の配列がＲＮＡｉのガイド配列若しくはテンプレートとして役立つＲＮＡｉ活性を阻止する任意の他の基を含む。
【０３６４】
一実施形態においては、本発明は、標的ＲＮＡ配列又はその一部に相補的である第１のヌクレオチド配列と、前記第１の配列に対して相補性を有する第２の配列とを含む、二本鎖低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、前記第２の配列は、末端キャップ部分を前記第２の配列の５’末端及び３’末端に含む。一実施形態においては、各末端キャップ部分は、反転脱塩基、反転デオキシ脱塩基、反転ヌクレオチド部分、図１０に示す基、アルキル若しくはシクロアルキル基、複素環、又は第２の配列がＲＮＡｉのガイド配列若しくはテンプレートとして役立つＲＮＡｉ活性を阻止する任意の他の基を個々に含む。
【０３６５】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）１個以上の化学修飾をｓｉＮＡ分子構造に導入すること、及び（ｂ）特異性が改善されたｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、標的核酸（例えば、遺伝子、その対応するＲＮＡなどのＤＮＡ又はＲＮＡ）の発現を下方制御又は阻害する、特異性が改善された本発明のｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。別の実施形態においては、特異性の改善に使用される化学修飾は、ｓｉＮＡ分子の５’末端、３’末端、又は５’末端と３’末端の両方の末端キャップ修飾を含む。末端キャップ修飾は、例えば、図１０に示す構造（例えば、反転デオキシ脱塩基部分）、又はｓｉＮＡ分子の一部（例えば、センス鎖）がオフターゲット核酸配列に対してＲＮＡ干渉を媒介できないようにする任意の他の化学修飾を含み得る。非限定的例においては、ｓｉＮＡ分子は、ＲＩＳＣによって媒介される、対応する標的ＲＮＡ配列の分解のガイド配列としてｓｉＮＡ分子のアンチセンス配列のみが役立ち得るように設計される。これは、ＲＮＡｉ機構によってセンス鎖がガイド配列として認識されないようにする化学修飾をセンス鎖に導入して、ｓｉＮＡのセンス配列を不活性化することによって実施することができる。一実施形態においては、かかる化学修飾は、ｓｉＮＡのセンス鎖の５’末端における任意の化学基、又はＲＮＡ干渉を媒介するガイド配列としてのセンス鎖を不活性にするのに役立つ任意の他の基を含む。これらの修飾は、例えば、センス鎖の５’末端が、遊離５’ヒドロキシル（５’−ＯＨ）も、遊離５’リン酸基（例えば、リン酸、二リン酸、三リン酸、環式リン酸など）ももはや持たない分子をもたらし得る。かかるｓｉＮＡ構築物の非限定的例は、「Ｓｔａｂ  ９／１０」、「Ｓｔａｂ  ７／８」、「Ｓｔａｂ  ７／１９」、「Ｓｔａｂ  １７／２２」、「Ｓｔａｂ  ２３／２４」、「Ｓｔａｂ  ２４／２５」及び「Ｓｔａｂ  ２４／２６」（例えば、Ｓｔａｂ  ７、９、１７、２３又は２４センス鎖を有する任意のｓｉＮＡ）ケミストリー及びその変種など、本明細書に記載されている（表Ｉ参照）。ここで、ｓｉＮＡのセンス鎖の５’末端及び３’末端は、ヒドロキシル基もリン酸基も含まない。本明細書では、数字で表したＳｔａｂケミストリーは、表Ｉに示すケミストリーの２’−フルオロと２’−ＯＣＦ３の両方のバージョンを含む。例えば、「Ｓｔａｂ  ７／８」は、Ｓｔａｂ  ７／８とＳｔａｂ  ７Ｆ／８Ｆの両方を指すなど。
【０３６６】
一実施形態においては、本発明は、ｓｉＮＡ分子の鎖又は一部がＲＮＡｉ活性に対するテンプレート又はガイド配列として作用しないようにする１個以上の化学修飾をｓｉＮＡ分子構造に導入することを含む、標的核酸（例えば、遺伝子、その対応するＲＮＡなどのＤＮＡ又はＲＮＡ）の発現を下方制御又は阻害する、特異性が改善された本発明のｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子の不活性鎖又はセンス領域は、ｓｉＮＡ分子のセンス鎖又はセンス領域、すなわち標的核酸配列に対して相補性を持たない、ｓｉＮＡの鎖又は領域である。一実施形態においては、かかる化学修飾は、５’ヒドロキシル（５’−ＯＨ）も５’リン酸基も含まないｓｉＮＡのセンス鎖又は領域の５’末端における任意の化学基、又はＲＮＡ干渉を媒介するガイド配列としてのセンス鎖若しくはセンス領域を不活性にするのに役立つ任意の他の基を含む。かかるｓｉＮＡ構築物の非限定的例は、「Ｓｔａｂ  ９／１０」、「Ｓｔａｂ  ７／８」、「Ｓｔａｂ  ７／１９」、「Ｓｔａｂ  １７／２２」、「Ｓｔａｂ  ２３／２４」、「Ｓｔａｂ  ２４／２５」及び「Ｓｔａｂ  ２４／２６」（例えば、Ｓｔａｂ  ７、９、１７、２３又は２４センス鎖を有する任意のｓｉＮＡ）ケミストリー及びその変種など、本明細書に記載されている（表Ｉ参照）。ここで、ｓｉＮＡのセンス鎖の５’末端及び３’末端は、ヒドロキシル基もリン酸基も含まない。本明細書では、数字で表したＳｔａｂケミストリーは、表Ｉに示すケミストリーの２’−フルオロと２’−ＯＣＦ３の両方のバージョンを含む。例えば、「Ｓｔａｂ  ７／８」は、Ｓｔａｂ  ７／８とＳｔａｂ  ７Ｆ／８Ｆの両方を指すなど。
【０３６７】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）複数の無修飾ｓｉＮＡ分子を生成すること、（ｂ）標的核酸配列に対してＲＮＡ干渉を媒介するのに活性であるｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子をスクリーニングすること、及び（ｃ）化学修飾（例えば、本明細書の、又は当分野で公知の化学修飾）を（ｂ）の活性ｓｉＮＡ分子に導入することを含む、標的核酸配列に対してＲＮＡ干渉を媒介するのに活性であるｓｉＮＡ分子をスクリーニングする方法を特徴とする。一実施形態においては、この方法は、標的核酸配列に対してＲＮＡ干渉を媒介するのに活性である化学修飾ｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ｃ）の化学修飾ｓｉＮＡ分子を再スクリーニングすることを更に含む。
【０３６８】
一実施形態においては、本発明は、（ａ）複数の化学修飾ｓｉＮＡ分子（例えば、本明細書の、又は当分野で公知のｓｉＮＡ分子）を生成すること、及び（ｂ）標的核酸配列に対してＲＮＡ干渉を媒介するのに活性である化学修飾ｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子をスクリーニングすることを含む、標的核酸配列に対してＲＮＡ干渉を媒介するのに活性である化学修飾ｓｉＮＡ分子をスクリーニングする方法を特徴とする。
【０３６９】
「リガンド」という用語は、受容体などの別の化合物と直接的又は間接的に相互作用し得る、薬物、ペプチド、ホルモン、神経伝達物質などの任意の化合物又は分子を指す。リガンドと相互作用する受容体は、細胞の表面に存在し得、又は細胞間受容体であり得る。リガンドと受容体の相互作用は、生化学反応をもたらし得、又は単なる物理的相互作用若しくは会合であり得る。
【０３７０】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）賦形剤調合物をｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）生物学的利用能が改善されたｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、生物学的利用能が改善された、本発明のｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。かかる賦形剤としては、シクロデキストリンなどのポリマー、脂質、陽イオン性脂質、ポリアミン、リン脂質、ナノ粒子、受容体、リガンドなどが挙げられる。
【０３７１】
別の実施形態においては、本発明は、（ａ）式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド又はその任意の組合せをｓｉＮＡ分子に導入すること、及び（ｂ）生物学的利用能が改善されたｓｉＮＡ分子の単離に適切な条件下で、段階（ａ）のｓｉＮＡ分子を評価することを含む、生物学的利用能が改善された本発明のｓｉＮＡ分子を生成する方法を特徴とする。
【０３７２】
別の実施形態においては、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が発明のｓｉＮＡ化合物と共有結合し得る。結合するＰＥＧは、任意の分子量とすることができ、好ましくは約１００から約５０，０００ダルトン（Ｄａ）とすることができる。
【０３７３】
本発明は、単独で使用することができ、又は試料及び／又は対象を試験するためにＲＮＡをインビトロ若しくはインビボで導入するのに必要な試薬の少なくとも１種類を含むキットの１構成要素として使用することができる。例えば、キットの好ましい成分としては、本発明のｓｉＮＡ分子、及び（例えば、脂質、及び当分野で公知の他の移入方法を用いて）本明細書の目的細胞へのｓｉＮＡの導入を促進するビヒクルが挙げられる（例えば、Ｂｅｉｇｅｌｍａｎ他、米国特許第６，３９５，７１３号参照）。キットは、遺伝子機能及び／又は活性の測定、薬物の最適化、創薬などにおける標的確認に使用することができる（例えば、Ｕｓｍａｎ他、米国特許出願第６０／４０２，９９６号参照）。かかるキットは、キットの使用者が本発明を実施できるようにする説明書も含むことができる。
【０３７４】
本明細書では「低分子干渉核酸」、「ｓｉＮＡ」、「低分子干渉ＲＮＡ」、「ｓｉＲＮＡ」、「低分子干渉核酸分子」、「低分子干渉オリゴヌクレオチド分子」又は「化学修飾低分子干渉核酸分子」という用語は、ＲＮＡ干渉「ＲＮＡｉ」又は遺伝子サイレンシングを配列特異的に媒介することによって、遺伝子発現又はウイルス複製を阻害又は下方制御することができる任意の核酸分子を指す。これらの用語は、個々の核酸分子、複数のかかる核酸分子、又はかかる核酸分子のプールも表し得る。ＳｉＮＡは、自己相補的なセンス領域とアンチセンス領域を含む二本鎖核酸分子であり得る。ここで、アンチセンス領域は、標的核酸分子中のヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列、及び標的核酸配列に対応するヌクレオチド配列又はその一部を有するセンス領域を含む。ＳｉＮＡは、一方の鎖がセンス鎖であり、他方がアンチセンス鎖である、２個の別々のオリゴヌクレオチドから組み立てることができる。ここで、アンチセンス鎖とセンス鎖は自己相補的である（すなわち、アンチセンス鎖とセンス鎖が二本鎖又は二本鎖構造を形成するなど、各鎖は、他方の鎖中のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む。ここで、例えば、二本鎖領域は、約１５から約３０、例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０塩基対である。アンチセンス鎖は、標的核酸分子中のヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス鎖は標的核酸配列又はその一部に対応するヌクレオチド配列を含む（例えば、ｓｉＮＡ分子の約１５から約２５個又はそれを超えるヌクレオチドは、標的核酸又はその一部に相補的である）。或いは、ｓｉＮＡは、単一のオリゴヌクレオチドから組み立てられ、ｓｉＮＡの自己相補的なセンス領域とアンチセンス領域は、核酸リンカー又は非核酸リンカーによって連結されている。ＳｉＮＡは、自己相補的なセンス領域とアンチセンス領域を含む、二本鎖、非対称二本鎖、ヘアピン又は非対称ヘアピン二次構造を有するポリヌクレオチドであり得る。ここで、アンチセンス領域は、別個の標的核酸分子中のヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列、及び標的核酸配列に対応するヌクレオチド配列又はその一部を有するセンス領域を含む。ＳｉＮＡは、２個以上のループ構造と、自己相補的なセンス領域とアンチセンス領域を含む軸（ｓｔｅｍ）とを有する、環状一本鎖ポリヌクレオチドであり得る。ここで、アンチセンス領域は、標的核酸分子中のヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列、及び標的核酸配列又はその一部に対応するヌクレオチド配列を有するセンス領域を含み、環状ポリヌクレオチドは、インビボ又はインビトロでプロセシングを受けて、ＲＮＡｉを媒介し得る活性なｓｉＮＡ分子を生成し得る。ＳｉＮＡは、標的核酸分子中のヌクレオチド配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を有する一本鎖ポリヌクレオチドも含み得る（例えば、かかるｓｉＮＡ分子は、標的核酸配列又はその一部に対応するヌクレオチド配列がｓｉＮＡ分子内に存在する必要がない。）。一本鎖ポリヌクレオチドは、５’リン酸（例えば、Ｍａｒｔｉｎｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｃｅｌｌ．，  １１０，  ５６３−５７４及びＳｃｈｗａｒｚ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｅｌｌ，  １０，  ５３７−５６８参照）、５’，３’−二リン酸などの末端リン酸基を更に含み得る。ある実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、別々のセンス及びアンチセンス配列又は領域を含む。ここで、センス領域とアンチセンス領域は、当分野で公知のヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカー分子によって共有結合しており、又はイオン相互作用、水素結合、ファン  デル  ワールス相互作用、疎水的相互作用及び／又はスタッキング相互作用によって交互に非共有結合している。ある実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、標的遺伝子のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、標的遺伝子の発現を阻害するように、標的遺伝子のヌクレオチド配列と相互作用する。本明細書では、ｓｉＮＡ分子は、ＲＮＡのみを含む分子に必ずしも限定されず、化学修飾ヌクレオチド及び非ヌクレオチドも包含する。ある実施形態においては、本発明の低分子干渉核酸分子は、２’ヒドロキシ（２’−ＯＨ）含有ヌクレオチドを欠く。出願人は、ある実施形態において、ＲＮＡｉを媒介するのに２’ヒドロキシル基を有するヌクレオチドの存在が不要である低分子干渉核酸を記述する。したがって、本発明の低分子干渉核酸分子は、リボヌクレオチド（例えば、２’−ＯＨ基を有するヌクレオチド）を含まなくてもよい。しかし、ＲＮＡｉを維持するのにｓｉＮＡ分子内のリボヌクレオチドの存在が不要であるかかるｓｉＮＡ分子は、２’−ＯＨ基を有する１個以上のヌクレオチドを含む、結合したリンカー、又は他の結合若しくは会合した基、部分若しくは鎖を有し得る。場合によっては、ｓｉＮＡ分子は、ヌクレオチド位置の約５、１０、２０、３０、４０又は５０％においてリボヌクレオチドを含み得る。本発明の修飾低分子干渉核酸分子は、低分子干渉修飾オリゴヌクレオチド「ｓｉＭＯＮ」とも称し得る。本明細書ではｓｉＮＡという用語は、配列特異的ＲＮＡｉを媒介し得る核酸分子、例えば、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、低分子干渉オリゴヌクレオチド、低分子干渉核酸、低分子干渉修飾オリゴヌクレオチド、化学修飾ｓｉＲＮＡ、転写後遺伝子サイレンシングＲＮＡ（ｐｔｇｓＲＮＡ）などの記述に用いられる他の用語と同義であるものとする。本発明のｓｉＮＡ分子の非限定的例を本明細書の図４−６及び表ＩＩに示す。かかるｓｉＮＡ分子は、リボザイム、アンチセンス、三重鎖形成、アプタマー、２，５−Ａキメラ、デコイオリゴヌクレオチドなど、遺伝子発現の阻害を媒介する、当分野で公知の他の核酸技術とは異なる。
【０３７５】
「ＲＮＡ干渉」又は「ＲＮＡｉ」とは、当分野で一般に公知であり、低分子干渉核酸分子によって媒介される、細胞における遺伝子発現を阻害又は下方制御する生物学的プロセスである。例えば、Ｚａｍｏｒｅ  ａｎｄ  Ｈａｌｅｙ，  ２００５，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０９，  １５１９−１５２４；  Ｖａｕｇｈｎ  ａｎｄ  Ｍａｒｔｉｅｎｓｓｅｎ，  ２００５，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０９，  １５２５−１５２６；  Ｚａｍｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｃｅｌｌ，  １０１，  ２５−３３；  Ｂａｓｓ，  ２００１，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４１１，  ４２８−４２９；  Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４１１，  ４９４−４９８；及びＫｒｅｕｔｚｅｒ他、国際公開第００／４４８９５号；Ｚｅｒｎｉｃｋａ−Ｇｏｅｔｚ他、国際公開第０１／３６６４６号；Ｆｉｒｅ、国際公開第９９／３２６１９号；Ｐｌａｅｔｉｎｃｋ他、国際公開第００／０１８４６号；Ｍｅｌｌｏ及びＦｉｒｅ、国際公開第０１／２９０５８号；Ｄｅｓｃｈａｍｐｓ−Ｄｅｐａｉｌｌｅｔｔｅ、国際公開第９９／０７４０９号及びＬｉ他、国際公開第００／４４９１４号；Ａｌｌｓｈｉｒｅ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８１８−１８１９；  Ｖｏｌｐｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８３３−１８３７；  Ｊｅｎｕｗｅｉｎ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  ２２１５−２２１８；及びＨａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  ２２３２−２２３７；  Ｈｕｔｖａｇｎｅｒ  ａｎｄ  Ｚａｍｏｒｅ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  ２０５６−６０；  ＭｃＭａｎｕｓ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  ＲＮＡ，  ８，  ８４２−８５０；  Ｒｅｉｎｈａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  ｇｅｎｅ  ＆  Ｄｅｖ．，  １６，  １６１６−１６２６；及びＲｅｉｎｈａｒｔ  ＆  Ｂａｒｔｅｌ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８３１を参照されたい。）。また、本明細書では、ＲＮＡｉという用語は、転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害、転写阻害、エピジェネティクスなどの配列特異的ＲＮＡ干渉の記述に用いられる他の用語と同義であるものとする。例えば、本発明のｓｉＮＡ分子を用いて、転写後レベル又は転写前レベルで遺伝子をエピジェネティックにサイレンシングすることができる。非限定的例においては、本発明のｓｉＮＡ分子による遺伝子発現のエピジェネティックな調節は、遺伝子発現を変える、クロマチン構造又はメチル化パターンの、ｓｉＮＡによって媒介される改変に起因し得る（例えば、Ｖｅｒｄｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０３，  ６７２−６７６；  Ｐａｌ−Ｂｈａｄｒａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３０３，  ６６９−６７２；  Ａｌｌｓｈｉｒｅ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８１８−１８１９；  Ｖｏｌｐｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８３３−１８３７；  Ｊｅｎｕｗｅｉｎ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  ２２１５−２２１８及びＨａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  ２２３２−２２３７参照）。別の非限定的例においては、本発明のｓｉＮ��分子による遺伝子発現の調節は、ＲＩＳＣを介した、ｓｉＮＡによって媒介されるＲＮＡ（コード又は非コードＲＮＡ）の切断、又は当分野で公知の翻訳阻害に起因し得る。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子による遺伝子発現の調節は、転写阻害に起因し得る（例えば、Ｊａｎｏｗｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  １，  ２１６−２２２参照）。
【０３７６】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、二本鎖形成性オリゴヌクレオチド「ＤＦＯ」である（例えば、図１４−１５、並びに２００３年１２月３日に出願されたＶａｉｓｈ他、米国特許出願第１０／７２７，７８０号、及び２００４年５月２４日出願された国際ＰＣＴ出願第ＵＳ０４／１６３９０号参照）。
【０３７７】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は多官能ｓｉＮＡである（例えば、図１６−２８、並びに２００４年２月１０日に出願されたＪａｄｈａｖ他、米国特許出願第６０／５４３，４８０号、及び２００４年５月２４日に出願された国際ＰＣＴ出願第ＵＳ０４／１６３９０号参照）。一実施形態においては、本発明の多官能ｓｉＮＡは、例えば、標的ＲＮＡの２個以上の領域を標的にした配列を含み得る（例えば、表ＩＩ及びＩＩＩの標的配列参照）。一実施形態においては、本発明の多官能ｓｉＮＡは、ＳＲＥＢＰ１のコード領域及び非コード領域を含めて、１個以上の異なる標的を標的にした配列を含み得る。
【０３７８】
本明細書では「非対称ヘアピン」とは、アンチセンス領域と、ヌクレオチド又は非ヌクレオチドを含み得るループ部分と、センス領域がアンチセンス領域と塩基対を形成して、ループを有する二本鎖を形成するのに十分な相補ヌクレオチドを有する程度にアンチセンス領域よりも少ないヌクレオチドを含むセンス領域とを含む、線状ｓｉＮＡ分子を意味する。例えば、本発明の非対称ヘアピンｓｉＮＡ分子は、細胞又はインビトロ系においてＲＮＡｉを媒介するのに十分な長さを有するアンチセンス領域（例えば、約１５から約３０、又は約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０ヌクレオチド）と、約４から約１２（例えば、約４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２）個のヌクレオチドを含むループ領域と、アンチセンス領域に相補的である約３から約２５（例えば、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５）個のヌクレオチドを有するセンス領域とを含み得る。非対称ヘアピンｓｉＮＡ分子は、化学修飾され得る５’末端リン酸基も含み得る。非対称ヘアピンｓｉＮＡ分子のループ部分は、本明細書のヌクレオチド、非ヌクレオチド、リンカー分子又は抱合分子を含み得る。
【０３７９】
本明細書では「非対称二本鎖」とは、センス領域及びアンチセンス領域を含む２本の別々の鎖を有するｓｉＮＡ分子を意味する。ここで、センス領域は、センス領域がアンチセンス領域と塩基対を形成して、二本鎖を形成するのに十分な相補ヌクレオチドを有する程度にアンチセンス領域よりも少ないヌクレオチドを含む。例えば、本発明の非対称二本鎖ｓｉＮＡ分子は、細胞又はインビトロ系においてＲＮＡｉを媒介するのに十分な長さを有するアンチセンス領域（例えば、約１５から約３０、又は約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０ヌクレオチド）と、アンチセンス領域に相補的である約３から約２５（例えば、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５）個のヌクレオチドを有するセンス領域とを含み得る。
【０３８０】
「ＲＮＡｉ阻害剤」とは、細胞又は生物体におけるＲＮＡ干渉機能又は活性を下方制御、減少又は阻害し得る任意の分子を意味する。ＲＮＡｉ阻害剤は、ＲＩＳＣなどのタンパク質成分、又はｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡなどの核酸成分を含めて、ＲＮＡｉ経路の任意の成分と相互作用することによって、又は該成分の機能を妨害することによって、ＲＮＡｉを下方制御、減少又は阻害し得る（例えば、ＲＮＡｉによって媒介される標的ポリヌクレオチドの切断、翻訳阻害、又は転写サイレンシング）。ＲＮＡｉ阻害剤は、ＲＩＳＣ、ｍｉＲＮＡ若しくはｓｉＲＮＡ又は細胞若しくは生物体におけるＲＮＡｉ経路の任意の他の成分と相互作用する、又はその機能を妨害する、ｓｉＮＡ分子、アンチセンス分子、アプタマー又は小分子であり得る。ＲＮＡｉを阻害することによって（例えば、ＲＮＡｉによって媒介される標的ポリヌクレオチドの切断、翻訳阻害、又は転写サイレンシング）、本発明のＲＮＡｉ阻害剤を用いて、標的遺伝子の発現を調節（例えば、上方制御又は下方制御）することができる。一実施形態においては、本発明のＲＮＡ阻害剤を用いて、翻訳阻害、転写サイレンシング、又はＲＩＳＣによって媒介されるポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ）の切断による遺伝子発現の内因的下方制御又は阻害を妨害（例えば、減少又は阻止）することによって、遺伝子発現を上方制御する。したがって、遺伝子発現の内因的抑制、サイレンシング又は阻害の機序を妨害することによって、本発明のＲＮＡｉ阻害剤を用いて、機能喪失に起因する疾患、形質又は症状の治療のために、遺伝子発現を上方制御することができる。一実施形態においては、「ＲＮＡｉ阻害剤」という用語は、例えば、機能喪失の疾患、形質及び／又は症状の治療のために、遺伝子発現を増大させる効果を有する、本明細書の種々の実施形態における「ｓｉＮＡ」という用語の代わりに使用される。
【０３８１】
本明細書では「アプタマー」又は「核酸アプタマー」とは、標的分子に特異的に結合するポリヌクレオチドを意味し、核酸分子は、その自然な状況において標的分子によって認識される配列とは異なる配列を有する。或いは、アプタマーは、標的分子が核酸と自然には結合しない場合、標的分子と結合する核酸分子であり得る。標的分子は、対象となる任意の分子であり得る。例えば、アプタマーを使用して、タンパク質のリガンド結合ドメインに結合させることができ、それによって天然のリガンドとタンパク質の相互作用を防止することができる。これは非限定的例であり、当業者は、他の実施形態を当分野で一般に公知である技術によって容易に作製できることを認識されたい。例えば、Ｇｏｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．，  ６４，  ７６３；  Ｂｒｏｄｙ  ａｎｄ  Ｇｏｌｄ，  ２０００，  Ｊ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，  ７４，  ５；  Ｓｕｎ，  ２０００，  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｍｏｌ．  Ｔｈｅｒ．，  ２，  １００；  Ｋｕｓｓｅｒ，  ２０００，  Ｊ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，  ７４，  ２７；  Ｈｅｒｍａｎｎ  ａｎｄ  Ｐａｔｅｌ，  ２０００，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２８７，  ８２０及びＪａｙａｓｅｎａ，  １９９９，  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  ４５，  １６２８を参照されたい。本発明のアプタマー分子は、当分野で一般に公知のとおりに、又は本明細書のとおりに、化学修飾され得る。
【０３８２】
本明細書では「アンチセンス核酸」という用語は、ＲＮＡ−ＲＮＡ又はＲＮＡ−ＤＮＡ又はＲＮＡ−ＰＮＡ（タンパク質核酸；Ｅｇｈｏｌｍ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９３  Ｎａｔｕｒｅ  ３６５，  ５６６）相互作用によって標的ＲＮＡと結合し、立体的相互作用によって、又はＲＮａｓｅ  Ｈによって媒介される標的認識によって、標的ＲＮＡの活性を変える核酸分子を指す（総説として、Ｓｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｃｈｅｎｇ，  １９９３  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１，  １００４及びＷｏｏｌｆ他、米国特許第５，８４９，９０２号を参照されたい。）。典型的には、アンチセンス分子は、アンチセンス分子の単一の隣接配列に沿った標的配列に相補的である。しかし、ある実施形態においては、アンチセンス分子は、基質分子がループを形成するように基質と結合し得、及び／又はアンチセンス分子がループを形成するように結合し得る。したがって、アンチセンス分子は、２個の（さらには、それを超える）非隣接基質配列に相補的であり得、又はアンチセンス分子の２個の（さらには、それを超える）非隣接配列部分は、標的配列に相補的であり得、又は両方である。現在のアンチセンス戦略の総説については、Ｓｃｈｍａｊｕｋ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．，  ２７４，  ２１７８３−２１７８９，  Ｄｅｌｉｈａｓ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ｎａｔｕｒｅ，  １５，  ７５１−７５３，  Ｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｎ．  Ａ．  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ．，  ７，  １５１，  Ｃｒｏｏｋｅ，  ２０００，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，  ３１３，  ３−４５；  Ｃｒｏｏｋｅ，  １９９８，  Ｂｉｏｔｅｃｈ．  ｇｅｎｅｔ．  Ｅｎｇ．  Ｒｅｖ．，  １５，  １２１−１５７，  Ｃｒｏｏｋｅ，  １９９７，  Ａｄ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．，  ４０，  １−４９を参照されたい。また、２’−ＭＯＥ及び当分野で公知の他の修飾によって修飾された、アンチセンスＤＮＡ又はアンチセンスを用いて、ＤＮＡ−ＲＮＡ相互作用によってＲＮＡを標的にすることができ、それによって二本鎖中の標的ＲＮＡを消化するＲＮａｓｅ  Ｈを活性化することができる。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的ＲＮＡのＲＮＡｓｅ  Ｈ切断を活性化し得る１個以上のＲＮＡｓｅ  Ｈ活性化領域を含み得る。アンチセンスＤＮＡは、化学的に合成することができ、又は一本鎖ＤＮＡ発現ベクター若しくはその等価物を用いて発現させることができる。本発明のアンチセンス分子は、当分野で一般に公知のとおりに、又は本明細書のとおりに、化学修飾され得る。
【０３８３】
「調節する」とは、遺伝子の発現、又は１個以上のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットをコードするＲＮＡ分子若しくは等価なＲＮＡ分子のレベル、又は１個以上のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットの活性を、発現、レベル又は活性が、調節物質の非存在下で認められるものよりも大きく、又は小さくなるように、上方制御又は下方制御することを意味する。例えば、「調節する」という用語は「阻害する」を意味し得るが、「調節する」という言葉の使用はこの定義に限定されない。
【０３８４】
「阻害する」、「下方制御する」又は「減少する」とは、遺伝子の発現、又は１個以上のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットをコードするＲＮＡ分子若しくは等価なＲＮＡ分子のレベル、又は１個以上のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットの活性が、本発明の核酸分子（例えば、ｓｉＮＡ）の非存在下で認められるものよりも低下することを意味する。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子による阻害、下方制御又は減少は、不活性又は減弱された分子の存在下で認められるレベルよりも低い。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子による阻害、下方制御又は減少は、例えば、スクランブル（ｓｃｒａｍｂｌｅｄ）配列又はミスマッチを有するｓｉＮＡ分子の存在下で認められるレベルよりも低い。別の実施形態においては、本発明の核酸分子による遺伝子発現の阻害、下方制御又は減少は、核酸分子の存在下の方が、核酸分子の非存在下よりも大きい。一実施形態においては、遺伝子発現の阻害、下方制御又は減少は、ＲＮＡｉによって媒介される標的核酸分子（例えばＲＮＡ）の切断、翻訳阻害などの転写後サイレンシングと関連がある。一実施形態においては、遺伝子発現の阻害、下方制御又は減少は、ＤＮＡメチル化パターン及びＤＮＡクロマチン構造の変化などによる転写前サイレンシングと関連がある。
【０３８５】
「上方制御する」又は「促進する」とは、遺伝子の発現、又は１個以上のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットをコードするＲＮＡ分子若しくは等価なＲＮＡ分子のレベル、又は１個以上のタンパク質若しくはタンパク質サブユニットの活性が、本発明の核酸分子（例えば、ｓｉＮＡ）の非存在下で認められるものよりも増加することを意味する。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子による遺伝子発現の上方制御又は促進は、不活性又は減弱された分子の存在下で認められるレベルよりも高い。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子による遺伝子発現の上方制御又は促進は、例えば、スクランブル配列又はミスマッチを有するｓｉＮＡ分子の存在下で認められるレベルよりも高い。別の実施形態においては、本発明の核酸分子による遺伝子発現の上方制御又は促進は、核酸分子の存在下の方が、核酸分子の非存在下よりも大きい。一実施形態においては、遺伝子発現の上方制御又は促進は、上方制御される目的遺伝子の発現を下方制御、阻害又はサイレンシングする、ＲＮＡｉによって媒介されるコード又は非コードＲＮＡ標的の切断又はサイレンシングなどのＲＮＡによって媒介される遺伝子サイレンシングの阻害と関連がある。遺伝子発現の下方制御は、例えば、負のフィードバック、拮抗作用などを介して、コードＲＮＡ又はそのコードされたタンパク質によって誘導され得る。遺伝子発現の下方制御は、例えば、翻訳阻害、クロマチン構造、メチル化、ＲＩＳＣによって媒介されるＲＮＡ切断、又は翻訳阻害を介して、遺伝子の発現を停止させることによって、目的遺伝子の調節制御を有する非コードＲＮＡによって誘導され得る。したがって、目的遺伝子を下方制御、抑制又はサイレンシングする標的を阻害又は下方制御することによって、治療のために目的遺伝子の発現を上方制御又は促進することができる。
【０３８６】
一実施形態においては、本発明のＲＮＡｉ阻害剤を用いて、ＲＮＡｉ又は遺伝子サイレンシングを阻害することによって、遺伝子発現を上方制御する。例えば、特定の遺伝子の１個の対立遺伝子が変異（例えば、フレームシフト、ミスセンス又はナンセンス変異）を保有して、変異遺伝子によってコードされるタンパク質の機能喪失をもたらすハプロ不全の場合などにおいて、本発明のＲＮＡｉ阻害剤を用いて、遺伝子発現を上方制御することによって、機能喪失の疾患及び症状を治療することができる。かかる場合においては、ＲＮＡｉ阻害剤を用いて、野生型又は機能的対立遺伝子によってコードされるタンパク質の発現を上方制御することができ、したがって変異遺伝子又はヌル対立遺伝子を補うことによって、ハプロ不全を矯正することができる。別の実施形態においては、本明細書の、又は当分野で公知の疾患、形質又は症状の治療などにおいて、本発明のｓｉＮＡ分子を用いて、有毒な機能獲得型（ｔｏｘｉｃ  ｇａｉｎ  ｏｆ  ｆｕｎｃｔｉｏｎ）対立遺伝子の発現を下方制御しつつ、本発明のＲＮＡｉ阻害剤を同時に用いて、野生型又は機能的対立遺伝子の発現を上方制御する（例えば、Ｒｈｏｄｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  ＰＮＡＳ  ＵＳＡ，  １０１：１１１４７−１１１５２及びＭｅｉｓｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  ２００５，  Ｔｈｅ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ，  １１５：２０１０−２０１７参照）。
【０３８７】
「遺伝子」又は「標的遺伝子」若しくは「標的ＤＮＡ」とは、ＲＮＡをコードする核酸、例えば、ポリペプチドをコードする構造遺伝子を含めて、ただしこれだけに限定されない核酸配列を意味する。遺伝子又は標的遺伝子は、ｓｍａｌｌ  ｔｅｍｐｏｒａｌ  ＲＮＡ（ｓｔＲＮＡ）、ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、その前駆体ＲＮＡなどの機能性ＲＮＡ（ｆＲＮＡ）又は非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）もコードし得る。かかる非コードＲＮＡは、機能的又は調節性細胞プロセスに関与するｆＲＮＡ又はｎｃＲＮＡの活性の調節において、ｓｉＮＡによって媒介されるＲＮＡ干渉の標的核酸分子として役立ち得る。したがって、疾患をもたらす異常なｆＲＮＡ又はｎｃＲＮＡ活性を本発明のｓｉＮＡ分子によって調節することができる。ｆＲＮＡ及びｎｃＲＮＡを標的にしたｓｉＮＡ分子を用いて、遺伝子刷り込み、転写、翻訳、核酸プロセシング（例えば、アミノ基転移、メチル化など）などの細胞プロセスに介入することによって、対象、生物体又は細胞の遺伝子型又は表現型を操作又は変化させることもできる。標的遺伝子は、細胞、内在性遺伝子、導入遺伝子、又は感染後に細胞中に存在する病原体、例えば、ウイルスの遺伝子などの外因性遺伝子に由来する遺伝子であり得る。標的遺伝子を含む細胞は、任意の生物体、例えば、植物、動物、原生動物、ウイルス、細菌若しくは真菌に由来し得、又はこれらに含まれ得る。植物の非限定的例としては、単子葉植物、双子葉植物又は裸子植物が挙げられる。動物の非限定的例としては、脊椎動物又は無脊椎動物が挙げられる。真菌の非限定的例としては、カビ又は酵母が挙げられる。総説については、例えば、Ｓｎｙｄｅｒ  ａｎｄ  Ｇｅｒｓｔｅｉｎ，  ２００３，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ３００，  ２５８−２６０を参照されたい。
【０３８８】
「非標準塩基対」とは、ｆｌｉｐｐｅｄミスマッチ、単一の水素結合ミスマッチ、トランス型ミスマッチ、３塩基（ｔｒｉｐｌｅ  ｂａｓｅ）相互作用及び４塩基（ｑｕａｄｒｕｐｌｅ  ｂａｓｅ）相互作用を含めた、ミスマッチ及び／又はゆらぎ塩基対などの任意の非ワトソン  クリック塩基対を意味する。かかる非標準塩基対の非限定的例としては、ＡＣ逆フーグスティーン、ＡＣゆらぎ、ＡＵ逆フーグスティーン、ＧＵゆらぎ、ＡＡ  Ｎ７アミノ、ＣＣ  ２−カルボニル−アミノ（Ｈ１）−Ｎ３−アミノ（Ｈ２）、ＧＡ  ｓｈｅａｒｅｄ型、ＵＣ  ４−カルボニル−アミノ、ＵＵイミノ−カルボニル、ＡＣ逆ゆらぎ（ｒｅｖｅｒｓｅ  ｗｏｂｂｌｅ）、ＡＵフーグスティーン、ＡＵ逆ワトソン  クリック（ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｗａｔｓｏｎ  Ｃｒｉｃｋ）、ＣＧ逆ワトソン  クリック、ＧＣ  Ｎ３−アミノ−アミノＮ３、ＡＡ  Ｎ１−アミノ対称、ＡＡ  Ｎ７−アミノ対称、ＧＡ  Ｎ７−Ｎ１アミノ−カルボニル、ＧＡ＋カルボニル−アミノＮ７−Ｎ１、ＧＧ  Ｎ１−カルボニル対称、ＧＧ  Ｎ３−アミノ対称、ＣＣカルボニル−アミノ対称、ＣＣ  Ｎ３−アミノ対称、ＵＵ  ２−カルボニル−イミノ対称、ＵＵ  ４−カルボニル−イミノ対称、ＡＡアミノ−Ｎ３、ＡＡ  Ｎ１−アミノ、ＡＣアミノ２−カルボニル、ＡＣ  Ｎ３−アミノ、ＡＣ  Ｎ７−アミノ、ＡＵアミノ−４−カルボニル、ＡＵ  Ｎ１−イミノ、ＡＵ  Ｎ３−イミノ、ＡＵ  Ｎ７−イミノ、ＣＣカルボニル−アミノ、ＧＡアミノ−Ｎ１、ＧＡアミノ−Ｎ７、ＧＡカルボニル−アミノ、ＧＡ  Ｎ３−アミノ、ＧＣアミノ−Ｎ３、ＧＣカルボニル−アミノ、ＧＣ  Ｎ３−アミノ、ＧＣ  Ｎ７−アミノ、ＧＧアミノ−Ｎ７、ＧＧカルボニル−イミノ、ＧＧ  Ｎ７−アミノ、ＧＵアミノ−２−カルボニル、ＧＵカルボニル−イミノ、ＧＵイミノ−２−カルボニル、ＧＵ  Ｎ７−イミノ、ｐｓｉＵイミノ−２−カルボニル、ＵＣ  ４−カルボニル−アミノ、ＵＣイミノ−カルボニル、ＵＵイミノ−４−カルボニル、ＡＣ  Ｃ２−Ｈ−Ｎ３、ＧＡカルボニル−Ｃ２−Ｈ、ＵＵイミノ−４−カルボニル２カルボニル−Ｃ５−Ｈ、ＡＣアミノ（Ａ）Ｎ３（Ｃ）−カルボニル、ＧＣイミノアミノ−カルボニル、Ｇｐｓｉイミノ−２−カルボニルアミノ−２−カルボニル及びＧＵイミノアミノ−２−カルボニル塩基対が挙げられるが、これらだけに限定されない。
【０３８９】
本明細書では「標的」とは、本明細書の、及び／又は参照により本明細書に組込む、米国仮出願第６０／３６３，１２４号、米国特許出願第１０／９２３，５３６号及び／又はＰＣＴ／ＵＳ０３／０５０２８のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号などによってコードされる任意の標的タンパク質、ペプチド又はポリペプチドを意味する。「標的」という用語は、本明細書及び／又は米国仮出願第６０／３６３，１２４号、米国特許出願第１０／９２３，５３６号及び／又は米国特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ０３／０５０２８号のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号を有する配列によってコードされるタンパク質、ペプチド、ポリペプチドなどの任意の標的タンパク質、ペプチド又はポリペプチドをコードする核酸配列又は標的ポリヌクレオチド配列も指す。対象となる標的としては、標的ＤＮＡ、標的ＲＮＡなどの標的ポリヌクレオチド配列が挙げられる。「標的」という用語は、異なるアイソフォーム、変異標的遺伝子、標的ポリヌクレオチドのスプライスバリアント、標的多型、非コードポリヌクレオチド配列（例えば、ｎｃＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｔＲＮＡ）、本明細書の他の調節ポリヌクレオチド配列などの他の配列も含むものとする。したがって、本発明の種々の実施形態においては、標的ＲＮＡに対して相補性を有する本発明の二本鎖核酸分子（例えば、ｓｉＮＡ）を用いて、ｍｉＲＮＡ又は他のｎｃＲＮＡ活性を阻害又は下方制御することができる。一実施形態においては、ｍｉＲＮＡ又はｎｃＲＮＡ活性を阻害することによって、ｍｉＲＮＡ又はｎｃＲＮＡ活性に依存する遺伝子発現（例えば、本明細書の、又は当分野で公知の遺伝子標的）を下方制御又は阻害することができる。別の実施形態においては、ｍｉＲＮＡ又はｎｃＲＮＡに対して相補性を有する本発明の二本鎖核酸分子（例えば、ｓｉＮＡ）によってｍｉＲＮＡ又はｎｃＲＮＡ活性を阻害することによって、ｍｉＲＮＡ又はｎｃＲＮＡによって下方制御、抑制又はサイレンシングされる標的遺伝子発現（例えば、本明細書の、又は当分野で公知の遺伝子標的）を上方制御又は促進することができる。かかる遺伝子発現の上方制御は、当分野で一般に公知である機能喪失又はハプロ不全に関連した疾患及び症状（例えば、筋ジストロフィー、嚢胞性線維症、又は乳児期の重度の間代性筋けいれん若しくはＤｒａｖｅｔ症候群を含めたてんかんなどの本明細書の神経性疾患及び症状）の治療に使用することができる。
【０３９０】
「経路標的」とは、遺伝子発現又は活性の経路に関与する任意の標的を意味する。例えば、任意の所与の標的は、生物学的経路における上流、下流又は変更遺伝子を含み得る、関係する経路標的を有し得る。これらの経路標的遺伝子は、本明細書の疾患、症状及び形質の治療において相加又は相乗効果をもたらし得る。
【０３９１】
一実施形態においては、標的は、標的ＲＮＡ又はその一部のいずれかである。
【０３９２】
一実施形態においては、標的は、任意の標的ＤＮＡ又はその一部である。
【０３９３】
一実施形態においては、標的は、任意の標的ｍＲＮＡ又はその一部である。
【０３９４】
一実施形態においては、標的は、任意の標的ｍｉＲＮＡ又はその一部である。
【０３９５】
一実施形態においては、標的は、任意の標的ｓｉＲＮＡ又はその一部である。
【０３９６】
一実施形態においては、標的は、任意の標的ｓｔＲＮＡ又はその一部である。
【０３９７】
一実施形態においては、標的は、標的及び又は経路標的又はその一部である。
【０３９８】
一実施形態においては、標的は、本明細書、及び／又は米国仮出願第６０／３６３，１２４号、米国特許出願第１０／９２３，５３６号及び／又はＰＣＴ／ＵＳ０３／０５０２８号の標的配列のいずれか（例えば、１個以上）又はその一部である。一実施形態においては、標的は、表ＩＩに示す標的配列のいずれか（例えば、１個以上）又はその一部である。別の実施形態においては、標的は、表ＩＩに示す任意の（例えば、１個以上の）上側の鎖、又は下側の鎖の標的配列に対応するｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ若しくはｔＲＮＡ又はその一部である。別の実施形態においては、標的は、本明細書又は米国仮出願第６０／３６３，１２４号、米国特許出願第１０／９２３，５３６号及び／又はＰＣＴ／ＵＳ０３／０５０２８の配列に対応する任意の（例えば、１個以上）配列に対応する任意のｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ又はｔＲＮＡである。
【０３９９】
「相同配列」とは、遺伝子、遺伝子転写物及び／又は非コードポリヌクレオチドなどの１個以上のポリヌクレオチド配列によって共有されるヌクレオチド配列を意味する。例えば、相同配列は、サイトカインとその対応する受容体など、遺伝子ファミリーの異なるメンバー、異なるタンパク質エピトープ、異なるタンパク質アイソフォーム、完全に異なる遺伝子などの関係するが異なるタンパク質をコードする２個以上の遺伝子によって共有されるヌクレオチド配列であり得る。相同配列は、非コードＤＮＡ又はＲＮＡ、制御配列、イントロン、転写制御又は調節部位など、２個以上の非コードポリヌクレオチドによって共有されるヌクレオチド配列であり得る。相同配列は、１個を超えるポリヌクレオチド配列によって共有される保存配列領域も含み得る。相同性は、完全な相同性（例えば、１００％）である必要はなく、部分的相同配列も本発明によって企図される（例えば、９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９４％、９３％、９２％、９１％、９０％、８９％、８８％、８７％、８６％、８５％、８４％、８３％、８２％、８１％、８０％など）。
【０４００】
「保存配列領域」とは、ポリヌクレオチド中の１個以上の領域のヌクレオチド配列が、世代間で、又は生物系、対象若しくは生物体間でさほど変化しないことを意味する。ポリヌクレオチドは、コード及び非コードのＤＮＡ及びＲＮＡを含み得る。
【０４０１】
「センス領域」とは、ｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域に対して相補性を有する、ｓｉＮＡ分子のヌクレオチド配列を意味する。また、ｓｉＮＡ分子のセンス領域は、標的核酸配列と相同性を有する核酸配列を含み得る。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子のセンス領域をセンス鎖又はパッセンジャー鎖と称する。
【０４０２】
「アンチセンス領域」とは、標的核酸配列に対して相補性を有する、ｓｉＮＡ分子のヌクレオチド配列を意味する。また、ｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域は、ｓｉＮＡ分子のセンス領域に対して相補性を有する核酸配列を含んでいてもよい。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子のアンチセンス領域をアンチセンス鎖又はガイド鎖と称する。
【０４０３】
「標的核酸」又は「標的ポリヌクレオチド」とは、発現又は活性を調節すべき任意の核酸配列（例えば、任意の標的及び／又は経路標的配列）を意味する。標的核酸はＤＮＡ又はＲＮＡであり得る。一実施形態においては、本発明の標的核酸は標的ＲＮＡ又はＤＮＡである。
【０４０４】
「相補性」とは、核酸が、伝統的なワトソン−クリック、又は本明細書の他の非伝統的なタイプによって別の核酸配列と水素結合を形成し得ることを意味する。一実施形態においては、各鎖が１５から３０ヌクレオチド長である、ｓｉＮＡ分子などの本発明の二本鎖核酸分子は、二本鎖核酸分子の２本の鎖間の約１０％から約１００％（例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は１００％）の相補性を含む。別の実施形態においては、一方の鎖がセンス鎖であり、他方の鎖がアンチセンス鎖であり、各鎖が１５から３０ヌクレオチド長である、ｓｉＮＡ分子などの本発明の二本鎖核酸分子は、二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖中のヌクレオチド配列と、標的ＲＮＡ、標的ｍＲＮＡ、ウイルスＲＮＡなどのその対応する標的核酸分子のヌクレオチド配列との間で、少なくとも約１０％から約１００％（例えば、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は１００％）の相補性を含む。一実施形態においては、一方の鎖がセンス領域と称するヌクレオチド配列を含み、他方の鎖がアンチセンス領域と称するヌクレオチド配列を含み、各鎖が１５から３０ヌクレオチド長である、ｓｉＮＡ分子などの本発明の二本鎖核酸分子は、二本鎖核酸分子のセンス領域とアンチセンス領域の間で、約１０％から約１００％（例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は１００％）の相補性を含む。本発明の核分子に関連して、その相補配列との核酸分子の結合自由エネルギーは、核酸の関連機能、例えば、ＲＮＡｉ活性が進行するのに十分である。核酸分子の結合自由エネルギーの測定は当分野で周知である（例えば、Ｔｕｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８７，  ＣＳＨ  Ｓｙｍｐ．  Ｑｕａｎｔ．  Ｂｉｏｌ．  ＬＩＩ  ｐｐ．１２３−１３３；  Ｆｒｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８６，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８３：９３７３−９３７７；  Ｔｕｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８７，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １０９：３７８３−３７８５参照）。相補性パーセントは、第２の核酸配列と水素結合を形成（例えば、ワトソン−クリック塩基対形成）し得る、核酸分子中の隣接残渣の百分率を示す（例えば、１０ヌクレオチドを有する第２の核酸配列と塩基対を形成した、第１のオリゴヌクレオチド中の合計１０ヌクレオチドのうちの５、６、７、８、９又は１０ヌクレオチドは、それぞれ５０％、６０％、７０％、８０％、９０％及び１００％相補的である。）。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子のセンス鎖又はセンス領域とアンチセンス鎖又はアンチセンス領域との間で完全な相補性を有する。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、対応する標的核酸分子と完全に相補的である。「完全に相補的」とは、核酸配列の全隣接残基が第２の核酸配列中の同数の隣接残基と水素結合することを意味する。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上の標的核酸分子又はその一部に相補的である、約１５から約３０個又はそれを超える（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３���２４、２５、２６、２７、２８、２９若しくは３０個又はそれを超える）ヌクレオチドを含む。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子のセンス鎖若しくはセンス領域とアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域との間で、又はｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域と対応する標的核酸分子との間で部分的相補性（すなわち、１００％未満の相補性）を有する。例えば、部分的相補性は、ｓｉＮＡ構造内の種々のミスマッチ又は非塩基対形成ヌクレオチド（例えば、１、２、３、４、５個又はそれを超えるミスマッチ又は非塩基対形成ヌクレオチド）を含み得る。これは、ｓｉＮＡ分子のセンス鎖若しくはセンス領域とアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域との間で、又はｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域と対応する標的核酸分子との間で生じるバルジ、ループ又はオーバーハングをもたらし得る。
【０４０５】
一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子などの本発明の二本鎖核酸分子は、核酸分子のセンス鎖又はセンス領域とアンチセンス鎖又はアンチセンス領域との間で完全な相補性を有する。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子などの本発明の二本鎖核酸分子は、対応する標的核酸分子に完全に相補的である。
【０４０６】
一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子などの本発明の二本鎖核酸分子は、二本鎖核酸分子のセンス鎖若しくはセンス領域とアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域との間で、又は核酸分子のアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域と対応する標的核酸分子との間で部分的相補性（すなわち、１００％未満の相補性）を有する。例えば、部分的相補性は、二本鎖核酸分子構造内の種々のミスマッチ又は非塩基対形成ヌクレオチド（例えば、１、２、３、４、５個又はそれを超えるミスマッチ又はヌクレオチドバルジなどの非塩基対形成ヌクレオチド）を含み得る。これは、二本鎖核酸分子のセンス鎖若しくはセンス領域とアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域との間で、又は二本鎖核酸分子のアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域と対応する標的核酸分子との間で生じるバルジ、ループ又はオーバーハングをもたらし得る。
【０４０７】
一実施形態においては、本発明の二本鎖核酸分子は、ミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）である。「ミクロＲＮＡ」又は「ｍｉＲＮＡ」とは、ｍＲＮＡ切断、翻訳抑制／阻害又は異質染色質サイレンシングによって、標的メッセンジャーＲＮＡの発現を調節する低分子二本鎖ＲＮＡを意味する（例えば、Ａｍｂｒｏｓ，  ２００４，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４３１，  ３５０−３５５；  Ｂａｒｔｅｌ，  ２００４，  Ｃｅｌｌ，  １１６，  ２８１−２９７；  Ｃｕｌｌｅｎ，  ２００４，  Ｖｉｒｕｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ．，  １０２，  ３−９；  Ｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｎａｔ．  Ｒｅｖ．  ｇｅｎｅｔ．，  ５，  ５２２−５３１；  Ｙｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  ｇｅｎｅ，  ３４２，  ２５−２８及びＳｅｔｈｕｐａｔｈｙ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００６，  ＲＮＡ，  １２：１９２−１９７参照）。一実施形態においては、本発明のミクロＲＮＡは、ｍｉＲＮＡ分子のセンス鎖若しくはセンス領域とアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域との間で、又はｍｉＲＮＡのアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域と対応する標的核酸分子との間で部分的相補性（すなわち、１００％未満の相補性）を有する。例えば、部分的相補性は、二本鎖核酸分子構造内の種々のミスマッチ又は非塩基対形成ヌクレオチド（例えば、１、２、３、４、５個又はそれを超えるミスマッチ又はヌクレオチドバルジなどの非塩基対形成ヌクレオチド）を含み得る。これは、ｍｉＲＮＡのセンス鎖若しくはセンス領域とアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域との間で、又はｍｉＲＮＡのアンチセンス鎖若しくはアンチセンス領域と対応する標的核酸分子との間で生じるバルジ、ループ又はオーバーハングをもたらし得る。
【０４０８】
一実施形態においては、標的遺伝子発現を下方制御する、又は減少させる、本発明のｓｉＮＡ分子は、本明細書に記載するとおりに、又は当分野で公知のとおりに、対象又は生物体における疾患、障害、症状又は形質の予防又は治療に使用される。
【０４０９】
本明細書では「増殖性疾患」又は「癌」とは、白血病、例えば、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）及び慢性リンパ性白血病、カポジ肉腫などのＡＩＤＳに関係する癌；乳癌；骨肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、線維肉腫、巨細胞腫、エナメル上皮腫、脊索腫などの骨癌；髄膜腫、グリア芽細胞腫、低悪性度星状細胞腫、乏突起こう腫、下垂体腫よう、シュワン腫、転移性脳腫ようなどの脳腫よう；外套細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、腺腫、へん平上皮癌、喉頭癌などの種々のリンパ腫を含めた頭頚部癌、胆嚢及び胆管癌、網膜芽細胞腫などの網膜の癌、食道癌、胃癌、多発性骨髄腫、卵巣癌、子宮癌、甲状腺癌、精巣癌、子宮体癌、黒色腫、結腸直腸癌、肺癌、ぼうこう癌、前立腺癌、（非小細胞肺癌を含めた）肺癌、すい癌、肉腫、ウィルムス腫よう、子宮頚癌、頭頚部癌、皮膚癌、上咽頭癌、脂肪肉腫、上皮癌、腎細胞癌、胆嚢腺癌、耳下腺癌、子宮内膜肉腫、多剤耐性癌；及び腫よう血管新生に関連した新血管新生、黄斑変性症（例えば、しん出型／萎縮型ＡＭＤ）、角膜血管新生、糖尿病性網膜症、血管新生緑内障、近視性変性などの増殖性疾患及び症状、再狭窄、多発性嚢胞腎などの他の増殖性疾患及び症状、並びに細胞又は組織において、単独で、又は他の療法と組み合わせて、疾患に関係した遺伝子発現の調節に応答し得る、任意の他の癌又は増殖性疾患、症状、形質、遺伝子型若しくは表現型を含めて、当分野で公知である、未制御の細胞増殖又は複製を特徴とする任意の疾患、症状、形質、遺伝子型又は表現型を意味する。
【０４１０】
本明細書では「炎症性疾患」又は「炎症性症状」とは、炎症、急性炎症、慢性炎症、呼吸器疾患、アテローム性動脈硬化症、乾せん、皮膚炎、再狭窄、ぜん息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、敗血症ショック、リウマチ様関節炎、炎症性腸（ｂｏｗｌ）疾患、炎症性骨盤疾患、とう痛、眼球の炎症性疾患、セリアック病、リー症候群、グリセロールキナーゼ欠損症、家族性好酸球増加症（ＦＥ）、常染色体劣性遺伝性けい性失調症、喉頭の炎症性疾患；結核、慢性胆嚢炎、気管支拡張症、ケイ肺症及び他の塵肺、並びに細胞又は組織において、単独で、又は他の療法と組み合わせて、疾患に関係した遺伝子発現の調節に応答し得る、任意の他の炎症性疾患、症状、形質、遺伝子型又は表現型など、当分野で公知である、炎症性又はアレルギー性プロセスを特徴とする、任意の疾患、症状、形質、遺伝子型又は表現型を意味する。
【０４１１】
本明細書では「自己免疫疾患」又は「自己免疫症状」とは、多発性硬化症、真性糖尿病、ループス、セリアック病、クローン病、潰よう性大腸炎、ギラン  バレー症候群、強皮症、グッドパスチャー症候群、ウェゲナー肉芽腫症、自己免疫性てんかん、ラスムッセン脳炎、原発性胆汁性硬化症、硬化性胆管炎、自己免疫性肝炎、アジソン病、橋本甲状腺腫、線維筋痛、メニエール症候群；移植拒絶（例えば、同種移植片拒絶の予防）  悪性貧血、リウマチ様関節炎、全身性エリテマトーデス、皮膚筋炎、シェーグレン症候群、エリテマトーデス、多発性硬化症、重症筋無力症、ライター症候群、グレーブス病、及び細胞又は組織において、単独で、又は他の療法と組み合わせて、疾患に関係した遺伝子発現の調節に応答し得る、任意の他の自己免疫疾患、症状、形質、遺伝子型又は表現型など、当分野で公知である、自己免疫を特徴とする任意の疾患、症状、形質、遺伝子型又は表現型を意味する。
【０４１２】
「感染症」とは、ウイルス、細菌、真菌、プリオン、寄生虫などの感染体に関連した任意の疾患、症状、形質、遺伝子型又は表現型を意味する。本発明のｓｉＮＡ分子を用いて標的にすることができる、種々のウイルス遺伝子の非限定的例としては、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｄ１１１６８、Ｄ５０４８３．１、Ｌ３８３１８及びＳ８２２２７）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＦ１００３０８．１）、１型ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ−Ｉ、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｕ５１１８８）、２型ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ−２、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号Ｘ６０６６７）、西ナイルウイルス（ＷＮＶ  例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＣ＿００１５６３）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ  例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＣ＿００１３４７）、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ  例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＣ＿００１７８１）、インフルエンザウイルス（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＦ０３７４１２、ライノウイルス（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｄ００２３９、Ｘ０２３１６、Ｘ０１０８７、Ｌ２４９１７、Ｍ１６２４８、Ｋ０２１２１、Ｘ０１０８７）、パピローマウイルス（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＣ＿００１３５３）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ  例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＣ＿００１３４５）、及びＨＴＬＶ（例えば、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＡＪ４３０４５８）などの他のウイルスが挙げられる。多くのウイルスゲノムの配列は極めて変わりやすいので、広範な治療用途にｓｉＮＡ分子を選択するには、ウイルスゲノムの保存領域を含む必要があると考えられる。ウイルスゲノムの保存領域の非限定的例としては、５’非コード領域（ＮＣＲ）、３’非コード領域（ＮＣＲ）及び／又は配列内リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）が挙げられるが、これらだけに限定されない。種々のウイルスゲノムの保存領域に対して設計されたｓｉＮＡ分子は、多様な患者集団におけるウイルス複製を効率的に阻害することができ、ウイルスゲノムの非保存領域における変異によって進化したウイルス疑似種に対するｓｉＮＡ分子の有効性を確保することができる。細菌感染症の非限定的例としては、放線菌症、炭疽病、アスペルギルス症、菌血症、細菌感染症及び真菌症、バルトネラ感染症、ボツリヌス中毒、ブルセラ症、ブルクホルデリア感染症、カンピロバクター感染症、カンジダ症、ネコ引っ掻き病、クラミジア感染症、コレラ、クロストリジウム感染症、コクシジウム症、交差感染、クリプトコッカス症、皮膚真菌症、皮膚真菌症、ジフテリア、エーリキア症、大腸菌感染症、筋膜炎、壊死性、フソバクテリウム感染症、ガス壊疸、グラム陰性菌感染症、グラム陽性菌感染症、ヒストプラスマ症、膿か疹、クレブシエラ感染症、レジオネラ病、ライ病、レプトスピラ症、リステリア感染症、ライム病、マズラ菌症、類鼻疽、マイコバクテリウム感染症、マイコプラズマ症、真菌症、ノカルジア感染症、爪真菌症、鳥類病、ペスト、肺炎球菌性感染症、シュー���モナス感染症、Ｑ熱、鼠咬症、再帰熱、リウマチ熱、リケッチア感染症、ロッキー山紅斑熱、サルモネラ感染症、しょう紅熱、ツツガムシ病、敗血症、性感染症−細菌、細菌性皮膚病、ブドウ球菌感染症、連鎖球菌感染症、破傷風、ダニ媒介感染症、結核、野兎病、腸チフス、チフス、発疹チフス（Ｅｐｉｄｅｍｉｃ  Ｌｏｕｓｅ−Ｂｏｒｎｅ）、ビブリオ感染症、フランベジア、エルシニア感染症、動物原性感染症及び接合菌症が挙げられる。真菌感染症の非限定的例としては、アスペルギルス症、ブラストミセス症、コクシジウム症、クリプトコッカス症、爪及び足指爪の真菌感染症、真菌性副鼻腔炎、ヒストプラスマ症、ヒストプラスマ症、ムコール症、爪の真菌感染症、パラコクシジオイデス症、スポロトリクム症、渓谷熱（コクシジウム症）及びカビアレルギーが挙げられる。
【０４１３】
「神経疾患（ｎｅｕｒｏｌｏｇｉｃ  ｄｉｓｅａｓｅ）」又は「神経学的疾患（ｎｅｕｒｏｌｏｇｉｃａｌ  ｄｉｓｅａｓｅ）」とは、ＡＤＨＤ、ＡＩＤＳ−神経合併症、透明中隔欠損症、後天性てんかん様失語症、急性播種性脳脊髄炎、副腎白質萎縮症、脳梁欠損症、失認、アイカルディ症候群、アレキサンダー病、アルパーズ病、交代性片麻ひ、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、無脳症、動脈りゅう、アンジェルマン症候群、血管腫症、無酸素症、失語症、失行症、クモ膜嚢腫、くも膜炎、アーノルド  キアリ奇形、動静脈奇形、アスパルテーム、アスペルガー症候群、血管拡張性失調症、失調症、注意欠陥多動障害、自閉症、自律神経機能障害、背痛、バース症候群、バッテン病、ベーチェット病、ベル麻ひ、良性本態性眼けんけいれん、良性限局性筋萎縮症、良性頭蓋内圧亢進、ベルンハルト  ロート症候群、ビンスワンガー病、眼けんけいれん、ブロッホ  ザルツバーガー症候群、腕神経叢出生時外傷、腕神経叢外傷、ブラッドバリー  エグルストン症候群、脳動脈りゅう、脳傷害、脳及び脊髄の腫よう、ブラウン  セカール症候群、球脊髄性筋萎縮症、カナバン病、手根管症候群、灼熱痛、海綿腫、海綿状血管腫、海綿状血管奇形、中心性頚髄症候群、脊髄中心症候群、中枢痛症候群、頭部障害、小脳変性症、小脳低形成、脳動脈りゅう、脳動脈硬化症、脳萎縮症、脳性脚気、脳性巨人症、脳低酸素症、脳性麻ひ、脳眼顔骨症候群、シャルコー  マリー  トゥース病、キアリ奇形、舞踏病、有きょく赤血球舞踏病、慢性炎症性脱髄性多発根神経炎（ＣＩＤＰ）、慢性起立耐性失調、慢性痛、ＩＩ型コケイン症候群、コフィン  ローリー症候群、遷延性植物状態を含めた昏睡、複合性局所とう痛症候群、先天性両側顔面神経麻ひ、先天性筋無力症、先天性ミオパチー、先天性海綿状血管奇形、大脳皮質基底核変性症、頭蓋動脈炎、頭蓋骨癒合症、クロイツフェルト  ヤコブ病、蓄積外傷疾患、クッシング症候群、巨細胞封入体症（ＣＩＢＤ）、サイトメガロウイルス感染症、ダンシングアイズ−ダンシングフィート（Ｄａｎｃｉｎｇ  Ｅｙｅｓ−Ｄａｎｃｉｎｇ  Ｆｅｅｔ）症候群、ダンディー  ウォーカー症候群、Ｄａｗｓｏｎ病、ド  モルシェ症候群、デジェリン  クルムプケ麻ひ、脳血管性認知症、皮質下認知症、レヴィー小体型認知症、皮膚筋炎、発達性統合運動障害、デビック症候群、糖尿病性神経障害、びまん性硬化症、Ｄｒａｖｅｔ症候群、自律神経障害、書字障害、失読症、えん下障害、統合運動障害、ジストニア、乳児早期てんかん性脳症、トルコ鞍空洞症候群、し眠性脳炎、脳炎及び髄膜炎、脳ヘルニア、脳症、脳三叉神経領域血管腫症、てんかん、エルプ麻ひ、エルプ  デュシェンヌ及びデジェリン  クルムプケ麻ひ、ファブリー病、ファール症候群、失神、家族性自律神経障害、家族性血管腫、家族性特発性大脳基底核石灰化症、家族性けい性麻ひ、熱性けいれん（例えば、ＧＥＦＳ及びＧＥＦＳ  ｐｌｕｓ）、フィッシャー症候群、低緊張乳児症候群、フリードライヒ失調症、ゴーシェ病、ゲルストマン症候群、ゲルストマン  シュトロイスラー  シャインカー病、巨細胞性動脈炎、巨細胞封入体症、球様細胞白質萎縮症、舌咽神経痛、ギラン  バレー症候群、ＨＴＬＶ−Ｉ関連脊髄症、ハラーフォル���ン  シュパッツ病、頭部外傷、頭痛、持続性片側性頭痛、半側顔面けいれん、交代性片麻ひ、遺伝性神経障害、遺伝性けい性対麻ひ、遺伝性多発神経炎性失調、耳帯状ほう疹、帯状ほう疹、平山症候群、全前脳症、ハンチントン病、水無脳症、水頭症−常圧、水頭症、水脊髄症、高コルチゾール血症、過眠症、高血圧症、低血圧症、低酸素症、免疫介在性脳脊髄炎、封入体筋炎、色素失調症、乳児性低血圧症（ｉｎｆａｎｔｉｌｅ  ｈｙｐｏｔｏｎｉａ）、乳児性フィタン酸蓄積症、乳児型レフサム病、点頭てんかん、炎症性筋疾患、腸性脂肪異栄養症、頭蓋内嚢胞、頭蓋内圧亢進、アイザック症候群、ジュベール症候群、カーンズ  セイアー症候群、ケネディ疾患、Ｋｉｎｓｂｏｕｒｎｅ症候群、クライン  レビン症候群、クリッペル  ファイル症候群、クリッペル  トルノネー症候群（ＫＴＳ）、クリューバー  ビューシー症候群、コルサコフ健忘症候群、クラッベ病、クーゲルベルク  ウェランダー病、クールー、ランバート  イートン筋無力症症候群、ランドー  クレッフナー症候群、外側大腿皮神経絞やく、延髄外側症候群、学習障害、リー病、レノックス  ガストー症候群、レッシュ  ナイハン症候群、白質萎縮症、レヴァイン  クリッチュリー症候群、レヴィー小体型認知症、滑脳症、閉じ込め症候群、ルー  ゲーリッグ病、ループス−神経学的後遺症、ライム病−神経合併症、マシャド  ジョセフ病、大脳症、巨大脳症、メルカーソン  ローゼンタール症候群、髄膜炎、メンケス病、知覚異常性大腿神経痛、異染性白質ジストロフィー、小頭症、片頭痛、ミラー  フィッシャー症候群、一過性脳虚血発作（Ｍｉｎｉ−Ｓｔｒｏｋｅｓ）、ミトコンドリア筋症、メビウス症候群、単肢の筋萎縮症、運動ニューロン疾患、もやもや病、ムコ脂質症、ムコ多糖症、多発梗塞性認知症、多巣性運動ニューロパチー、多発性硬化症、起立性低血圧を有する多系統萎縮症、多系統萎縮症、筋ジストロフィー、先天性筋無力症、重症筋無力症、脱髄（ｍｙｅｌｉｎｏｃｌａｓｔｉｃ）びまん性硬化症、乳児のミオクローヌス脳症、ミオクローヌス、先天性ミオパチー、甲状腺中毒性ミオパチー、筋疾患、先天性筋緊張症、ミオトニー、ナルコレプシー、神経有きょく赤血球症、脳の鉄沈着を伴う神経変性、神経線維腫症、神経遮断薬悪性症候群、ＡＩＤＳの神経合併症、ポンペ病の神経症状、視神経脊髄炎、神経性筋強直症、神経セロイドリポフスチン症、ニューロン遊走障害、遺伝性神経障害、神経サルコイドーシス、神経毒性、海綿状母斑、ニーマン  ピック病、Ｏ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ−ＭｃＬｅｏｄ症候群、後頭神経痛、潜在性脊椎癒合不全シーケンス（ｏｃｃｕｌｔ  ｓｐｉｎａｌ  ｄｙｓｒａｐｈｉｓｍ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）、大田原症候群、オリーブ橋小脳萎縮症、オプソクローヌス  ミオクローヌス、起立性低血圧症、過度使用症候群、慢性とう痛、腫よう随伴症候群、知覚異常、パーキンソン病、先天性パーミオトニア（Ｐａｒｍｙｏｔｏｎｉａ）、発作性舞踏病、発作性片側頭痛、パリー  ロンベルク、ペリツェウス  メルツバッヘル病、Ｐｅｎａ  Ｓｈｏｋｅｉｒ  ＩＩ症候群、神経周囲の嚢胞、周期性麻ひ、末梢神経障害、脳室周囲白質軟化症、遷延性植物状態、広汎発達障害、フィタン酸蓄積症、ピック病、梨状筋症候群、下垂体腫よう、多発性筋炎、ポンペ病、孔脳症、ポリオ後症候群、帯状ほう疹後神経痛、感染後脳脊髄炎、体位性低血圧症、起立性頻脈症候群、体位性頻脈症候群、原発性側索硬化症、プリオン病、進行性顔面半側萎縮症、進行性歩行運動失調症、進行性多巣性白質脳症、進行性硬化性ポリオジストロフィー、進行性核上性麻ひ、偽脳腫よう、ピリドキシン依存性及びピリドキシン反応性けいれん、Ｉ型ラムゼイ  ハント症候群、ＩＩ型ラムゼイ  ハント症候群、ラスムッセン脳炎及び他の自己免疫性てんかん、反射性交感神経性ジストロフィー症候群、乳児型レフサム病、レフサム病、反復運動障害、反復運動損傷、下肢静止不能症候群、レトロウイルスに起因する骨髄障害、レット症候群、ライ症侯群、ライリー  デイ症候群、ＳＵＮＣＴ頭痛、仙骨神経根嚢腫、舞踏病、唾液腺疾患、サンドホフ病、シルダー病、裂脳症、発作性疾患、中隔視覚異形成症、乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）、揺さぶられっこ症候群、帯状ほう疹、シャイ  ドレーガー症候群、シェーグレン症候群、睡眠時無呼吸、睡眠病、ソトス症候群、けい縮、脊椎披裂、脊髄梗塞、脊髄損傷、脊髄腫よう、脊髄性筋萎縮症、脊髄小脳萎縮症、スティール  リチャードソン  オルゼウスキー症候群、全身硬直症候群、線条体黒質変性症、発作、スタージ  ウェーバー症候群、亜急性硬化性全脳炎、皮質下動脈硬化性脳症、えん下障害、シデナム舞踏病、失神、梅毒性脊髄性硬化症、水脊髄空洞症、脊髄空洞症、全身性エリテマトーデス、脊髄ろう、遅発性ジスキネジア、ターロヴ嚢胞、テイ  サックス病、側頭動脈炎、係留脊髄症候群、トムゼン病、胸郭出口症候群、甲状腺中毒性ミオパチー、三叉神経痛性チック、トッド麻ひ、トゥーレット症候群、一過性脳虚血発作、伝達性海綿状脳症、横断性脊髄炎、外傷性脳損傷、振戦、三叉神経痛、熱帯性けい性不全対麻ひ症、結節性硬化症、血管勃起組織腫、側頭動脈炎を含めた血管炎、フォンエコノモ病、フォンヒッペル  リンダウ病（ＶＨＬ）、フォンレックリングハウゼン病、ワレンベルク症候群、ウェルドニッヒ  ホフマン病、ウェルニッケ  コルサコフ症候群、ウエスト症候群、ホウィップル病、ウィリアムズ症候群、ウィルソン病、Ｘ連鎖性球脊髄性筋萎縮症及びツェルウェガー症候群を含めて、中枢又は末梢神経系に影響を及ぼす、任意の疾患、障害又は症状を意味する。
【０４１４】
「呼吸器疾患」とは、ぜん息、慢性閉塞性肺疾患、すなわち「ＣＯＰＤ」、アレルギー性鼻炎、副鼻腔炎、肺血管収縮、炎症、アレルギー、呼吸困難（ｉｍｐｅｄｅｄ  ｒｅｓｐｉｒａｔｉｏｎ）、呼吸窮迫症候群、嚢胞性線維症、肺高血圧症、肺血管収縮、気腫、及び細胞又は組織において、単独で、又は他の療法と組み合わせて、疾患に関係した遺伝子発現の調節に応答し得る、任意の他の呼吸器疾患、症状、形質、遺伝子型又は表現型など、気道に影響を及ぼす任意の疾患又は症状を意味する。
【０４１５】
本明細書では「眼球疾患」とは、嚢胞様黄斑浮腫、星状硝子体症、病的近視及び後部ブドウ腫、トキソカラ症（眼幼虫移行症）、網膜静脈閉塞症、後部硝子体剥離、牽引性網膜裂孔、網膜上膜、糖尿病性網膜症、格子状変性、網膜静脈閉塞症、網膜動脈閉塞症、黄斑変性症（例えば、しん出型ＡＭＤ、萎縮型ＡＭＤなどの加齢黄斑変性症）、トキソプラスマ症、脈絡膜黒色腫、後天性網膜分離症、ホレンホースト斑、特発性中心性しょう液性網脈絡膜症、黄斑円孔、推定眼ヒストプラスマ症候群、網膜動脈りゅう、網膜色素変性症、網膜剥離、高血圧性網膜症、網膜色素上皮（ＲＰＥ）剥離、乳頭静脈炎、眼球虚血症候群、コーツ病、Ｌｅｂｅｒ粟粒動脈りゅう、結膜新生物、アレルギー性結膜炎、春季カタル、急性細菌性結膜炎、アレルギー性結膜炎＆春季角結膜炎、ウイルス性結膜炎、細菌性結膜炎、クラミジア＆淋菌性結膜炎、結膜裂傷、上強膜炎、強膜炎、けん裂斑炎、翼状片、上輪部角結膜炎（ＴｈｅｏｄｏｒｅのＳＬＫ）、中毒性結膜炎、偽膜を伴う結膜炎、巨大乳頭性結膜炎、テリエン辺縁変性、アカントアメーバ角膜炎、真菌性角膜炎、糸状角膜炎、細菌性角膜炎、乾性角膜炎／眼球乾燥症候群、細菌性角膜炎、単純ヘルペス性角膜炎、無菌性角膜浸潤、フリクテン症、角膜剥離＆再発性角膜びらん、角膜異物、化学熱傷（ｃｈｅｍｉｃａｌ  ｂｕｒｓ）、上皮基底膜ジストロフィー（ＥＢＭＤ）、タイゲソン表層性点状角膜症、角膜裂傷、ザルツマン結節状変性症、フックス内皮ジストロフィー、水晶体亜脱臼、毛様体ブロック緑内障、原発性開放隅角緑内障、色素散乱症候群及び色素性緑内障、偽落屑症候群及び偽剥脱性緑内障、前部ブドウ膜炎、原発性開放隅角緑内障、ブドウ膜炎緑内障＆緑内障毛様体炎発症、色素散乱症候群＆色素性緑内障、急性閉塞隅角緑内障、前部ブドウ膜炎、前房出血、隅角後退緑内障、水晶体原性緑内障、偽落屑症候群及び偽剥脱性緑内障、アクセンフェルト  リーガー症候群、血管新生緑内障、へん平部炎、脈絡膜破裂、Ｄｕａｎｅ退縮症候群、中毒性／栄養欠乏性視神経症、脳神経ＩＩＩの異所性再生、頭蓋内腫瘤性病変、頚動脈海綿静脈洞ろう、前部虚血性視神経症、視神経乳頭浮腫＆うっ血乳頭、脳神経ＩＩＩ麻ひ、脳神経ＩＶ麻ひ、脳神経ＶＩ麻ひ、脳神経ＶＩＩ（顔面神経）麻ひ、ホルネル症候群、核間性眼筋麻ひ、視神経乳頭低形成、乳頭小か、緊張性瞳孔、視神経乳頭ドルーゼン、脱髄性視神経症（視神経炎、球後視神経炎）、一過性黒内症及び一過性脳虚血発作、偽脳腫よう、下垂体腺腫、伝染性軟属腫、涙小管炎、ゆうぜい及び乳頭腫、シラミ寄生症及びシラミ症、眼けん炎、麦粒腫、隔壁前蜂巣炎、さん粒腫、基底細胞癌、眼部帯状ヘルペス、シラミ寄生症＆シラミ症、吹き抜け骨折、慢性流涙、涙腺炎、単純ヘルペス眼けん炎、眼か蜂巣織炎、老人性内反症、へん平上皮癌など、眼及び当分野で公知の関係する構造の任意の疾患、症状、形質、遺伝子型又は表現型を意味する。
【０４１６】
「皮膚の疾患」とは、皮膚、真皮、又は毛、毛嚢（ｆｏｌｌｉｃｌｅ）などのその中の任意の下部構造の任意の疾患又は症状を意味する。皮膚の疾患、障害、症状及び形質としては、乾せん、異所性皮膚炎、黒色腫及び基底細胞癌などの皮膚癌、脱毛、除毛、色素沈着の変化、並びに皮膚、真皮、又はその中の構造に関連した任意の他の疾患、症状若しくは形質などが挙げられる。
【０４１７】
「聴覚の疾患」とは、内耳、中耳、外耳、聴神経、その中の任意の下部構造などの耳を含めて、聴覚系の任意の疾患又は症状を意味する。聴覚の疾患、障害、症状及び形質としては、聴覚損失、難聴、耳鳴、メニエール病、めまい、バランス及び運動障害、並びに耳又はその中の構造に関連した任意の他の疾患、症状若しくは形質などが挙げられる。
【０４１８】
「代謝病」とは、当分野で公知である、代謝経路に影響を及ぼす任意の疾患又は症状を意味する。代謝病は、遺伝性酵素異常（先天性代謝異常）のために先天的に、又は内分泌器官の疾患、若しくは肝臓などの代謝に重要な器官の不全のために後天的に、異常な代謝過程をもたらし得る。一実施形態においては、代謝病としては、高脂血症、高コレステロール血症、循環器疾患、アテローム性動脈硬化症、高血圧症、糖尿病（例えば、Ｉ型及び／又はＩＩ型糖尿病）、インスリン抵抗性及び／又は肥満が挙げられる。
【０４１９】
「循環器疾患」とは、冠動脈心疾患（ＣＨＤ）、脳血管疾患（ＣＶＤ）、大動脈弁狭窄、末梢血管疾患、アテローム性動脈硬化症、動脈硬化症、心筋梗塞（心臓発作）、脳血管疾患（卒中）、一過性脳虚血発作（ＴＩＡ）、（安定及び不安定な）アンギナ、心房細動、不整脈、弁膜（ｖａｖｕｌａｒ）症、うっ血性心不全、高コレステロール血症、Ｉ型高リポタンパク血症、ＩＩ型高リポタンパク血症、ＩＩＩ型高リポタンパク血症、ＩＶ型高リポタンパク血症、Ｖ型高リポタンパク血症、二次性高トリグリセリド血症、及び家族性レシチンコレステロールアシルトランスフェラーゼ欠損症を含めて、ただしこれらだけに限定されない心臓及び脈管構造に影響を及ぼす疾患又は症状を意味する。
【０４２０】
本発明の一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子の各配列は独立に約１５から約３０ヌクレオチド長であり、特定の実施形態においては、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０ヌクレオチド長である。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ二本鎖は、約１５から約３０塩基対（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）を独立に含む。別の実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子の１本以上の鎖は、標的核酸分子に相補的である約１５から約３０ヌクレオチド（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０）を独立に含む。更に別の実施形態においては、ヘアピン又は環状構造を含む本発明のｓｉＮＡ分子は、約３５から約５５（例えば、約３５、４０、４５、５０又は５５）ヌクレオチド長、又は約３８から約４４（例えば、約３８、３９、４０、４１、４２、４３又は４４）ヌクレオチド長であり、約１５から約２５（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５）塩基対を含む。本発明の例示的なｓｉＮＡ分子を表ＩＩ及び／又は図４−５に示す。
【０４２１】
本明細書では「細胞」は、その通常の生物学的意味で使用され、多細胞生物全体を指すのではなく、例えば、具体的にヒトを指すのではない。細胞は、生物体、例えば、トリ、植物、及びヒト、ウシ、ヒツジ、類人猿、サル、ブタ、イヌ、ネコなどのほ乳動物中に存在し得る。細胞は、原核細胞（例えば、細菌細胞）でも真核細胞（例えば、ほ乳動物又は植物細胞）でもよい。細胞は、体細胞又は生殖系列起源、全能性又は多能性、分裂又は非分裂であり得る。細胞は、配偶子若しくは胚、幹細胞、又は完全に分化した細胞に由来することもでき、又はこれらを含み得る。細胞は、当分野で一般に認識されている、単離細胞、精製細胞、又は実質的な精製細胞であり得る。
【０４２２】
本発明のｓｉＮＡ分子は、直接添加され、又は陽イオン性脂質と複合体（ｃｏｍｐｌｅｘ）を形成することができ、リポソームに入れることができ、又は標的細胞若しくは組織に送達することができる。核酸又は核酸複合体は、関連組織に生体外で、又は肺に局所送達することによってインビボで、生体高分子に組み入れて、又は組み入れずに、局所投与することができる。特定の実施形態においては、本発明の核酸分子は、表ＩＩ及び／又は図４−５に示す配列を含む。かかる核酸分子の例は、これらの表及び図に規定された配列から本質的になる。また、表Ｉの化学修飾構築物、及び表ＩＶに示す脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）調合物は、本発明の任意のｓｉＮＡ配列、又はｓｉＮＡ配列の群に適用することができる。
【０４２３】
別の態様においては、本発明は、本発明の１種類以上のｓｉＮＡ分子を含むほ乳動物細胞を提供する。１種類以上のｓｉＮＡ分子は、本発明の標的ポリヌクレオチド内の同じ、又は異なる部位を独立に標的にすることができる。
【０４２４】
「ＲＮＡ」とは、少なくとも１個のリボヌクレオチド残基を含む分子を意味する。「リボヌクレオチド」とは、β−Ｄ−リボフラノース部分の２’位にヒドロキシル基を有するヌクレオチドを意味する。この用語は、二本鎖ＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ、部分精製ＲＮＡなどの単離ＲＮＡ、本質的に純粋なＲＮＡ、合成ＲＮＡ、組み換え産生されたＲＮＡ、並びに１個以上のヌクレオチドの付加、欠失、置換及び／又は変化によって天然ＲＮＡとは異なる改変ＲＮＡを含む。かかる変化は、ｓｉＮＡの末端への、又は内部的に、例えば、ＲＮＡの１個以上のヌクレオチドにおけるなどの非ヌクレオチド材料の付加を含み得る。本発明のＲＮＡ分子中のヌクレオチドは、非天然ヌクレオチド、化学合成ヌクレオチド、デオキシヌクレオチドなどの非標準ヌクレオチドも含み得る。これらの改変ＲＮＡは、類似体、又は天然ＲＮＡの類似体と称することができる。
【０４２５】
「対象」とは、外植された細胞のドナー若しくはレシピエント、又は細胞自体である、生物体を意味する。「対象」とは、本発明の核酸分子を投与することができる生物体も指す。対象は、ヒト又はヒト細胞を含めて、ほ乳動物又はほ乳動物細胞であり得る。一実施形態においては、対象は乳児（例えば、１月齢未満、又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１若しくは１２月齢の対象）である。一実施形態においては、対象は幼児（例えば、１、２、３、４、５又は６歳）である。一実施形態においては、対象は（例えば、約６５歳を超える）高齢者である。
【０４２６】
本明細書では「化学修飾」とは、未変性のｓｉＲＮＡ又はＲＮＡのヌクレオチドとは異なる、ヌクレオチドの化学構造の任意の修飾を意味する。「化学修飾」という用語は、本明細書の、又は当分野で公知の、修飾ヌクレオシド及び修飾ヌクレオチドを用いた、未変性のｓｉＲＮＡ又はＲＮＡのヌクレオシド及びヌクレオチドの付加、置換又は修飾を包含する。かかる化学修飾の非限定的例としては、本明細書の式Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ若しくはＶＩＩのいずれかの組成物、ホスホロチオアートヌクレオチド間結合、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチド、２’−デオキシ−２’−フルオロリボヌクレオチド、４’−チオリボヌクレオチド、２’−Ｏ−トリフルオロメチルヌクレオチド、２’−Ｏ−エチル−トリフルオロメトキシヌクレオチド、２’−Ｏ−ジフルオロメトキシ−エトキシヌクレオチド（例えば、参照により本明細書に組込む、２００４年１１月５日に出願された米国特許出願第１０／９８１，９６６号参照）、ＦＡＮＡ、「汎用塩基」ヌクレオチド、「非環式」ヌクレオチド、５−Ｃ−メチルヌクレオチド、末端グリセリル及び／又は反転デオキシ脱塩基残基の組み入れ、又は本明細書の式Ｉ−ＶＩＩのいずれかの修飾が挙げられるが、これらだけに限定されない。一実施形態においては、本発明の核酸分子（例えば、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＮＡなど）は、化学修飾によって部分的に修飾されている（例えば、約５％、１０，％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％又は９５％修飾）。別の実施形態においては、本発明の核酸分子（例えば、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＮＡなど）は、化学修飾によって完全に修飾されている（例えば、約１００％修飾）。
【０４２７】
本明細書では「ホスホロチオアート」という用語は、式Ｉのヌクレオチド間結合を指す。ここで、Ｚ及び／又はＷは硫黄原子を含む。したがって、ホスホロチオアートという用語は、ホスホロチオアートヌクレオチド間結合とホスホロジチオアートヌクレオチド間結合の両方を指す。
【０４２８】
本明細書では「ホスホノアセタート」という用語は、式Ｉのヌクレオチド間結合を指す。ここで、Ｚ及び／又はＷは、アセチル基、又は保護されたアセチル基を含む。
【０４２９】
本明細書では「チオホスホノアセタート」という用語は、式Ｉのヌクレオチド間結合を指す。ここで、Ｚは、アセチル基、又は保護されたアセチル基を含み、Ｗは、硫黄原子、又はアセチル基、若しくは保護されたアセチル基を含み、Ｚは硫黄原子を含む。
【０４３０】
本明細書では「汎用塩基」という用語は、天然ＤＮＡ／ＲＮＡ塩基の各々とほとんど差別なく塩基対を形成するヌクレオチド塩基類似体を指す。汎用塩基の非限定的例としては、当分野で公知である、Ｃ−フェニル、Ｃ−ナフチル及び他の芳香族誘導体、イノシン、アゾールカルボキサミド、並びに３−ニトロピロール、４−ニトロインドール、５−ニトロインドール、６−ニトロインドールなどのニトロアゾール誘導体が挙げられる（例えば、Ｌｏａｋｅｓ，  ２００１，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  ２９，  ２４３７−２４４７参照）。
【０４３１】
本明細書では「非環式ヌクレオチド」という用語は、例えば、リボース炭素（Ｃ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４又はＣ５）のいずれかが、独立に、又は組み合わせて、ヌクレオチドから欠けている、非環式リボース糖を有する任意のヌクレオチドを指す。
【０４３２】
本発明の核酸分子は、個々に、又は組み合わせて、又は他の薬物と併せて、対象又は生物体における、本明細書の、又は当分野で公知の、疾患、障害、症状及び形質の予防又は治療に使用することができる。
【０４３３】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、個々に、又は１種類以上の薬物と組み合わせて、治療に適切な条件下で、対象に投与することができ、又は当業者に明らかである他の適切な細胞に投与することができる。
【０４３４】
更なる実施形態においては、ｓｉＮＡ分子は、対象又は生物体において、疾患、障害又は症状を予防又は治療するために、他の公知の治療と併用することができる。例えば、当分野で公知である対象又は生物体における本明細書の疾患、障害、症状及び形質を予防又は治療するために、前記分子を１つ以上の公知の化合物、治療又は手順と併用することができる。
【０４３５】
一実施形態においては、本発明は、ｓｉＮＡ分子の発現が可能であるように、本発明の少なくとも１種類のｓｉＮＡ分子をコードする核酸配列を含む発現ベクターを特徴とする。例えば、ベクターは、二本鎖を含むｓｉＮＡ分子の両方の鎖をコードする配列を含み得る。ベクターは、自己相補的であり、したがってｓｉＮＡ分子を形成する、単一の核酸分子をコードする配列も含み得る。かかる発現ベクターの非限定的例は、Ｐａｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  １９，  ５０５；  Ｍｉｙａｇｉｓｈｉ  ａｎｄ  Ｔａｉｒａ，  ２００２，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  １９，  ４９７；  Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  １９，  ５００及びＮｏｖｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，  ａｄｖａｎｃｅ  ｏｎｌｉｎｅ  ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｍ７２５に記載されている。
【０４３６】
別の実施形態においては、本発明は、本発明の発現ベクターを含むほ乳動物細胞、例えば、ヒト細胞を特徴とする。
【０４３７】
更に別の実施形態においては、本発明の発現ベクターは、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号、例えば、本明細書、又は米国仮出願第６０／３６３，１２４号、米国特許出願第１０／９２３，５３６号及び／又はＰＣＴ／ＵＳ０３／０５０２８のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号によって参照されるＲＮＡ分子に対して相補性を有するｓｉＮＡ分子の配列を含む。
【０４３８】
一実施形態においては、本発明の発現ベクターは、同じでも、異なっていてもよい、２個以上のｓｉＮＡ分子をコードする核酸配列を含む。
【０４３９】
本発明の別の態様においては、標的ＲＮＡ分子と相互作用し、標的ＲＮＡ分子（例えば、本明細書のＧｅｎｂａｎｋアクセッション番号によって参照される標的ＲＮＡ分子）をコードする遺伝子を下方制御するｓｉＮＡ分子は、ＤＮＡ又はＲＮＡベクターに挿入される転写単位から発現される。組み換えベクターは、ＤＮＡプラスミド又はウイルスベクターであり得る。ｓｉＮＡを発現するウイルスベクターは、これらだけに限定されないが、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス又はアルファウイルスに基づいて構築することができる。ｓｉＮＡ分子を発現可能である組み換えベクターは、本明細書のとおりに送達し、標的細胞中に存続させることができる。或いは、ｓｉＮＡ分子の一過性発現を与えるウイルスベクターを使用することができる。かかるベクターは、必要に応じて繰り返し投与することができる。発現後、ｓｉＮＡ分子は、結合し、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）によって遺伝子の機能又は発現を下方制御する。ｓｉＮＡを発現するベクターの送達は、静脈内又は筋肉内投与によって、対象から外植された標的細胞に投与し、続いて対象に再導入することによって、所望の標的細胞への導入を可能にする任意の他の手段によってなど、全身的であり得る。
【０４４０】
「ベクター」とは、所望の核酸の送達に使用される任意の核酸技術及び／又はウイルス技術を意味する。
【０４４１】
本発明の他の特徴及び効果は、以下の好ましい実施形態の説明、及び特許請求の範囲から明らかになるはずである。
【発明を実施するための最良の形態】
【０４４２】
本発明の核酸分子の作用機序
以下の考察は、現在公知である低分子干渉ＲＮＡによって媒介されるＲＮＡ干渉の提案されている機序を考察するものであり、限定的なものではなく、従来技術と認めるものでもない。出願人は、本明細書において、化学修飾低分子干渉核酸が、ｓｉＲＮＡ分子と類似の、又は改善されたＲＮＡｉ媒介能力を有し、改善された安定性及び活性をインビボで有すると予想されることを示す。したがって、この考察は、ｓｉＲＮＡのみに限定されず、ｓｉＮＡ全体にあてはまる。「改善されたＲＮＡｉ媒介能力」又は「改善されたＲＮＡｉ活性」とは、インビトロ及び／又はインビボで測定されたＲＮＡｉ活性を含むものとする。ここで、ＲＮＡｉ活性は、本発明のｓｉＮＡのＲＮＡｉ媒介能力とｓｉＮＡの安定性の両方を反映している。本発明では、これらの活性の成果は、全ＲＮＡ  ｓｉＲＮＡ、又は複数のリボヌクレオチドを含むｓｉＮＡよりも、インビトロ及び／又はインビボで増加し得る。ｓｉＮＡ分子の活性又は安定性は減少し得る場合もあるが（すなわち、１０倍未満）、ｓｉＮＡ分子の全体的活性は、インビトロ及び／又はインビボで増強される。
【０４４３】
ＲＮＡ干渉とは、動物において、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）によって媒介される配列特異的転写後遺伝子サイレンシングのプロセスを指す（Ｆｉｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｎａｔｕｒｅ，  ３９１，  ８０６）。植物における対応するプロセスは、転写後遺伝子サイレンシング又はＲＮＡサイレンシングと一般に称し、真菌においてはクエリングとも称される。転写後遺伝子サイレンシングのプロセスは、多様な叢及び門によって一般に共有されている、外来遺伝子の発現を防止するのに使用される、進化的に保存された細胞防御機構であると考えられる（Ｆｉｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｔｒｅｎｄｓ  ｇｅｎｅｔ．，  １５，  ３５８）。外来遺伝子発現からのかかる保護は、相同な一本鎖ＲＮＡ又はウイルスのゲノムＲＮＡを特異的に破壊する細胞応答を介して、ウイルス感染に由来する、又は宿主ゲノム中へのトランスポゾンエレメントの無作為な組み込みに由来する、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）の生成に応じて進化してきたと考えられる。細胞中にｄｓＲＮＡが存在すると、特徴がまだ十分に明らかになっていない機序によってＲＮＡｉ応答が誘発される。この機序は、リボヌクレアーゼＬによるｍＲＮＡの非特異的切断をもたらす、ｄｓＲＮＡによって媒介されるプロテインキナーゼＰＫＲ及び２’，５’−オリゴアデニル酸合成酵素の活性化に起因するインターフェロン応答とは異なると考えられる。
【０４４４】
細胞中に長鎖ｄｓＲＮＡが存在すると、ダイサーと称するリボヌクレアーゼＩＩＩ酵素の活性が刺激される。ダイサーは、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）として知られるｄｓＲＮＡ小片へのｄｓＲＮＡのプロセシングに関与する（Ｂｅｒｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４０９，  ３６３）。ダイサー活性に由来する低分子干渉ＲＮＡは、典型的には約２１から約２３ヌクレオチド長であり、約１９塩基対の二本鎖を含む。ダイサーは、構造の保存された前駆体ＲＮＡからの、翻訳調節に関係する２１及び２２ヌクレオチドのｓｍａｌｌ  ｔｅｍｐｏｒａｌ  ＲＮＡ（ｓｔＲＮＡ）の切り出しにも関係する（Ｈｕｔｖａｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９３，  ８３４）。ＲＮＡｉ応答は、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）と一般に称する、ｓｉＲＮＡを含むエンドヌクレアーゼ複合体も特徴とする。ＲＩＳＣは、ｓｉＲＮＡと相同である配列を有する一本鎖ＲＮＡの切断を媒介する。標的ＲＮＡの切断は、ｓｉＲＮＡ二本鎖のガイド配列に相補的である領域の中央で起こる（Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．，  １５，  １８８）。また、ＲＮＡ干渉は、恐らくはクロマチン構造を調節し、それによって標的遺伝子配列の転写を防止する細胞機序によって、低分子ＲＮＡ（例えば、ミクロＲＮＡ、すなわちｍｉＲＮＡ）によって媒介される遺伝子サイレンシングも含み得る（例えば、Ａｌｌｓｈｉｒｅ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８１８−１８１９；Ｖｏｌｐｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  １８３３−１８３７；Ｊｅｎｕｗｅｉｎ，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  ２２１５−２２１８及びＨａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２９７，  ２２３２−２２３７）。したがって、本発明のｓｉＮＡ分子を用いて、ＲＮＡ転写物との相互作用によって、又は特定の遺伝子配列との相互作用によって、遺伝子サイレンシングを媒介することができる。かかる相互作用は、転写レベル又は転写後レベルで遺伝子サイレンシングを生じる。
【０４４５】
ＲＮＡｉは種々の系で研究されている。Ｆｉｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｎａｔｕｒｅ，  ３９１，  ８０６は、線虫においてＲＮＡｉを観察した最初であった。Ｗｉａｎｎｙ  ａｎｄ  Ｇｏｅｔｚ，  １９９９，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．，  ２，  ７０は、マウス胚においてｄｓＲＮＡによって媒介されるＲＮＡｉを記載している。Ｈａｍｍｏｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４０４，  ２９３は、ｄｓＲＮＡが移入されたショウジョウバエ細胞におけるＲＮＡｉを記述している。Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｎａｔｕｒｅ，  ４１１，  ４９４は、ヒト胚性腎臓及びＨｅＬａ細胞を含めた培養ほ乳動物細胞において、合成２１ヌクレオチドＲＮＡ二本鎖の導入によって誘導されるＲＮＡｉを記述している。ショウジョウバエ胚溶解物における最近の研究によって、効率的ＲＮＡｉ活性を媒介するのに必要である、ｓｉＲＮＡの長さ、構造、化学組成及び配列に対する一定の要件が明らかになった。これらの研究によれば、２１ヌクレオチドｓｉＲＮＡ二本鎖は、２個の２ヌクレオチド３’末端ヌクレオチドオーバーハングを含むときに最も活性である。また、一方又は両方のｓｉＲＮＡ鎖を２’−デオキシ又は２’−Ｏ−メチルヌクレオチドで置換するとＲＮＡｉ活性が消失するのに対して、デオキシヌクレオチドによる３’末端ｓｉＲＮＡヌクレオチドの置換は許容されることが判明した。ｓｉＲＮＡ二本鎖の中央におけるミスマッチ配列も、ＲＮＡｉ活性を消失させることが判明した。また、これらの研究は、標的ＲＮＡ中の切断部位の位置が、ｓｉＲＮＡガイド配列の３’末端ではなく５’末端によって規定されることも示している（Ｅｌｂａｓｈｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  ＥＭＢＯ  Ｊ．，  ２０，  ６８７７）。他の研究によれば、ｓｉＲＮＡ二本鎖の標的相補鎖上の５’リン酸がｓｉＲＮＡ活性に必要であり、ＡＴＰを利用してｓｉＲＮＡ上の５’リン酸部分が維持される（Ｎｙｋａｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｃｅｌｌ，  １０７，  ３０９）。しかし、５’リン酸を欠くｓｉＲＮＡ分子は、外因的に導入したときに活性であり、ｓｉＲＮＡ構築物の５’リン酸化がインビボで起こり得ることを示唆している。
【０４４６】
本発明の二本鎖形成性オリゴヌクレオチド（ＤＦＯ）
一実施形態においては、本発明は、二本鎖オリゴヌクレオチドを自己組織化し得る二本鎖形成性オリゴヌクレオチド（ＤＦＯ）を含むｓｉＮＡ分子を特徴とする。本発明の二本鎖形成性オリゴヌクレオチドは、化学合成することができ、又は転写単位及び／又はベクターから発現させることができる。本発明のＤＦＯ分子は、種々の治療、診断、農業、獣医学、標的確認、ゲノム発見、遺伝子工学及び薬理ゲノミクスの各適用分野に有用である試薬及び方法を提供する。
【０４４７】
出願人は、二本鎖形成性オリゴヌクレオチド、すなわちＤＦＯ分子に限定されないが、本明細書では便宜上そのように称される、ある種のオリゴヌクレオチドが、遺伝子発現の配列特異的調節の強力な媒介物質であることを本明細書で示す。本発明のオリゴヌクレオチドは、二本鎖オリゴヌクレオチドを自己組織化するように設計されている線状ポリヌクレオチド配列のクラスである点で、当分野で公知である他の核酸配列（例えば、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｔＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチドなど）とは異なる。二本鎖オリゴヌクレオチドの各鎖は、標的核酸分子に相補的であるヌクレオチド配列を含む。したがって、本発明の核酸分子は、二本鎖の各鎖が同じポリヌクレオチド配列を含み、標的核酸分子に相補的であるヌクレオチド配列を含む、機能的二本鎖を自己組織化することができる。
【０４４８】
一般に、二本鎖オリゴヌクレオチドは、２個の異なるオリゴヌクレオチド配列を組み立てることによって形成される。ここで、一方の鎖のオリゴヌクレオチド配列は、他方の鎖のオリゴヌクレオチド配列に相補的である。かかる二本鎖オリゴヌクレオチドは、２個の別々のオリゴヌクレオチドから組み立てられ、又はそれ自体の上で折り重なって二本鎖構造を形成する単一の分子から組み立てられ、当分野ではヘアピンステムループ構造（例えば、ｓｈＲＮＡ、すなわち短鎖ヘアピンＲＮＡ）と称されることが多い。当分野で公知であるこれらの二本鎖オリゴヌクレオチドはすべて、二本鎖の各鎖が異なるヌクレオチド配列を有する点で共通の特徴を有する。
【０４４９】
当分野で公知の二本鎖核酸分子とは別に、出願人は、一本鎖又は線状オリゴヌクレオチドから出発して、二本鎖核酸分子を形成する、潜在的に費用効果の高い、簡単な新規方法を開発した。本発明によって形成される二本鎖オリゴヌクレオチドの２本の鎖は、同じヌクレオチド配列を有し、互いに共有結合していない。かかる二本鎖オリゴヌクレオチド分子は、当分野で公知である方法及び試薬によって、合成後に容易に連結することができ、本発明の範囲内である。一実施形態においては、二本鎖オリゴヌクレオチドを形成する、本発明の一本鎖オリゴヌクレオチド（二本鎖形成性オリゴヌクレオチド）は、第１の領域と第２の領域を含む。ここで、一本鎖オリゴヌクレオチドが自己組織化して、二本鎖の一方の鎖のヌクレオチド配列が他方の鎖のヌクレオチド配列と同じである二本鎖オリゴヌクレオチドを形成するように、第２の領域は、第１の領域中のヌクレオチド配列又はその一部の逆方向反復であるヌクレオチド配列を含む。かかる二本鎖形成性オリゴヌクレオチドの非限定的例を図１４及び１５に示す。これらの二本鎖形成性オリゴヌクレオチド（ＤＦＯ）は、ある種の回文構造又は反復配列を含んでいてもよい。かかる回文構造又は反復配列は、ＤＦＯの第１の領域と第２の領域の間に存在する。
【０４５０】
一実施形態においては、本発明は、標的核酸配列に相補的であるヌクレオチド配列を有する二本鎖形成性自己相補的核酸配列を含む二本鎖形成性オリゴヌクレオチド（ＤＦＯ）分子を特徴とする。ＤＦＯ分子は、かかる自己相補配列の組立てによって生じる、単一の自己相補配列又は二本鎖を含み得る。
【０４５１】
一実施形態においては、本発明の二本鎖形成性オリゴヌクレオチド（ＤＦＯ）は、第１の領域と第２の領域を含み、第２の領域は、ＤＦＯ分子から二本鎖オリゴヌクレオチドを組み立てることができるように、第１の領域のヌクレオチド配列の逆方向反復を含むヌクレオチド配列を含む。かかる二本鎖オリゴヌクレオチドは、遺伝子発現を調節する低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）として作用し得る。本発明のＤＦＯ分子によって形成される二本鎖オリゴヌクレオチド二本鎖の各鎖は、標的核酸分子（例えば、標的ＲＮＡ）中の同じヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列領域を含み得る。
【０４５２】
一実施形態においては、本発明は、二本鎖オリゴヌクレオチドに組み立て得る一本鎖ＤＦＯを特徴とする。驚くべきことに、出願人は、自己相補性のヌクレオチド領域を有する一本鎖オリゴヌクレオチドを二本鎖オリゴヌクレオチド構築物に容易に組み立て得ることを見出した。かかるＤＦＯは、遺伝子発現を配列特異的に阻害し得る二本鎖に組み立て得る。本発明のＤＦＯ分子は、第２の領域のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を有する第１の領域を含み、第１の領域の配列は、標的核酸（例えば、ＲＮＡ）に相補的である。ＤＦＯは、二本鎖オリゴヌクレオチドの各鎖の一部が、標的核酸配列に相補的である配列を含む、二本鎖オリゴヌクレオチドを形成し得る。
【０４５３】
一実施形態においては、本発明は、二本鎖オリゴヌクレオチドの２本の鎖が互いに共有結合せず、二本鎖オリゴヌクレオチドの各鎖が、標的核酸分子又はその一部（例えば、標的ＲＮＡ標的）中の同じヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む、二本鎖オリゴヌクレオチドを特徴とする。別の実施形態においては、二本鎖オリゴヌクレオチドの２本の鎖は、少なくとも約１５、好ましくは少なくとも約１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチドの同一のヌクレオチド配列を共有する。
【０４５４】
一実施形態においては、本発明のＤＦＯ分子は、式ＤＦＯ−Ｉ
【０４５５】
【化２７】
2009504190.tif 000023
の構造を含む。
【０４５６】
ここで、Ｚは、１個以上の修飾ヌクレオチド（例えば、２−アミノプリン、２−アミノ−１，６−ジヒドロプリン、汎用塩基などの修飾塩基を有するヌクレオチド）を含んでいてもよい、例えば偶数の約２から約２４ヌクレオチド（例えば、約２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２又は２４ヌクレオチド）長の、回文構造の核酸配列、又は反復核酸配列を含み、Ｘは、例えば約１から約２１ヌクレオチド（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長の、核酸配列であり、Ｘ’は、例えば配列Ｘ又はその一部に対するヌクレオチド配列相補性を有する約１及び約２１ヌクレオチド（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長の、核酸配列を含み、ｐは、存在しても、しなくてもよい末端リン酸基を含み、配列ＸとＺは、独立に、又は一緒に、標的核酸配列又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、標的核酸配列又はその一部（例えば、標的ＲＮＡ標的）と相互作用する（例えば、塩基対形成する）のに十分な長さである。例えば、Ｘは、標的ＲＮＡ中のヌクレオチド配列又はその一部に相補的である、約１２から約２１又はそれを超える（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又はそれを超える）ヌクレオチド長の配列を独立に含み得る。別の非限定的例においては、Ｘが存在するときに、標的又はその一部（例えば、標的ＲＮＡ標的）に相補的である、ＸとＺの一緒のヌクレオチド配列の長さは、約１２から約２１又はそれを超える（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又はそれを超える）ヌクレオチドである。更に別の非限定的例においては、Ｘが存在しないときには、標的又はその一部に相補的であるＺのヌクレオチド配列の長さは、約１２から約２４又はそれを超える（例えば、約１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４又はそれを超える）ヌクレオチドである。一実施形態においては、Ｘ、Ｚ及びＸ’は独立に、Ｘ及び／又はＺが、標的又はその一部（例えば、標的ＲＮＡ標的）中のヌクレオチド配列と相互作用する（例えば、塩基対形成する）のに十分な長さのヌクレオチド配列を含む、オリゴヌクレオチドである。一実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは同一である。別の実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは異なる。別の実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＺ、又はＺとＸ’、又はＸ、Ｚ及びＸ’の長さは、同一であり、又は異なる。
【０４５７】
配列が、別の配列と相互作用する（すなわち、塩基対形成する）のに「十分な」長さであると本明細書で記述するときには、２個の配列間で形成される結合（例えば、水素結合）の数が、対象となる条件下で２個の配列が二本鎖を形成し得るのに十分であるような長さであることを意味する。かかる条件は、インビトロ（例えば、診断又はアッセイ目的）又はインビボ（例えば、治療目的）であり得る。かかる長さを決定することは簡単であり、定常的なことである。
【０４５８】
一実施形態においては、本発明は、式ＤＦＯ−Ｉ（ａ）
【０４５９】
【化２８】
2009504190.tif 000024
の二本鎖オリゴヌクレオチド構築物を特徴とする。
【０４６０】
ここで、Ｚは、１個以上の修飾ヌクレオチド（例えば、２−アミノプリン、２−アミノ−１，６−ジヒドロプリン、汎用塩基などの修飾塩基を有するヌクレオチド）を有する、例えば偶数の約２から約２４ヌクレオチド（例えば、約２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２又は２４ヌクレオチド）長の、回文構造の核酸配列、若しくは反復核酸配列、又は回文構造様（ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ−ｌｉｋｅ）核酸配列、若しくは反復様（ｒｅｐｅａｔ−ｌｉｋｅ）核酸配列を含み、Ｘは、例えば約１から約２１ヌクレオチド（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長の、核酸配列であり、Ｘ’は、例えば配列Ｘ又はその一部に対するヌクレオチド配列相補性を有する約１から約２１ヌクレオチド（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長の、核酸配列を含み、ｐは、存在しても、しなくてもよい末端リン酸基を含み、各Ｘ及びＺは、標的核酸配列又はその一部（例えば、標的ＲＮＡ標的）に相補的であるヌクレオチド配列を独立に含み、その一部の標的核酸配列（例えば、標的ＲＮＡ標的）と相互作用するのに十分な長さである。例えば、配列Ｘは、標的又はその一部（例えば、標的ＲＮＡ標的）中のヌクレオチド配列に相補的である、約１２から約２１又はそれを超える（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又はそれを超える）ヌクレオチド長の配列を独立に含み得る。別の非限定的例においては、標的又はその一部に相補的である、（Ｘが存在するときの）ＸとＺの一緒のヌクレオチド配列の長さは、約１２から約２１又はそれを超える（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又はそれを超える）ヌクレオチドである。更に別の非限定的例においては、Ｘが存在しないときには、標的又はその一部に相補的であるＺのヌクレオチド配列の長さは、約１２から約２４又はそれを超える（例えば、約１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４又はそれを超える）ヌクレオチドである。一実施形態においては、Ｘ、Ｚ及びＸ’は独立に、Ｘ及び／又はＺが、標的又はその一部（例えば、標的ＲＮＡ標的）中のヌクレオチド配列と相互作用する（例えば、塩基対形成する）のに十分な長さのヌクレオチド配列を含む、オリゴヌクレオチドである。一実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは同一である。別の実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは異なる。別の実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＺ、又はＺとＸ’、又はＸ、Ｚ及びＸ’の長さは、同一であり、又は異なる。一実施形態においては、式Ｉ（ａ）の二本鎖オリゴヌクレオチド構築物は、ミスマッチが、二本鎖オリゴヌクレオチドの標的遺伝子発現阻害能力をさほど低下させない程度に、１個以上、具体的には１、２、３又は４個のミスマッチを含む。
【０４６１】
一実施形態においては、本発明のＤＦＯ分子は、式ＤＦＯ−ＩＩ
【０４６２】
【化２９】
2009504190.tif 000025
の構造を含む。
【０４６３】
ここで、各Ｘ及びＸ’は独立に約１２ヌクレオチドから約２１ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、Ｘは、例えば約１２から約２１ヌクレオチド（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長の核酸配列を含み、Ｘ’は、例えば配列Ｘ又はその一部に対してヌクレオチド配列相補性を有する約１２から約２１ヌクレオチド（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長の、核酸配列を含み、ｐは、存在しても、しなくてもよい末端リン酸基を含み、Ｘは、標的核酸配列（例えば、標的ＲＮＡ）又はその一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、その一部の標的核酸配列と相互作用する（例えば、塩基対形成する）のに十分な長さである。一実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは同一である。別の実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは異なる。一実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸ及びＸ’の長さは、比較的安定な二本鎖オリゴヌクレオチドを形成するのに十分である。
【０４６４】
一実施形態においては、本発明は、式ＤＦＯ−ＩＩ（ａ）
【０４６５】
【化３０】
2009504190.tif 000026
の二本鎖オリゴヌクレオチド構築物を特徴とする。
【０４６６】
ここで、各Ｘ及びＸ’は独立に約１２ヌクレオチドから約２１ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、Ｘは、例えば約１２から約２１ヌクレオチド（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長の、核酸配列を含み、Ｘ’は、例えば配列Ｘ又はその一部に対してヌクレオチド配列相補性を有する約１２から約２１ヌクレオチド（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長の、核酸配列を含み、ｐは、存在しても、しなくてもよい末端リン酸基を含み、Ｘは、標的核酸配列又はその一部（例えば、標的ＲＮＡ）に相補的であるヌクレオチド配列を含み、標的核酸配列（例えば、標的ＲＮＡ）又はその一部と相互作用する（例えば、塩基対形成する）のに十分な長さである。一実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは同一である。別の実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは異なる。一実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸ及びＸ’の長さは、比較的安定な二本鎖オリゴヌクレオチドを形成するのに十分である。一実施形態においては、式ＩＩ（ａ）の二本鎖オリゴヌクレオチド構築物は、ミスマッチが、二本鎖オリゴヌクレオチドの標的遺伝子発現阻害能力をさほど低下させない程度に、１個以上、具体的には１、２、３又は４個のミスマッチを含む。
【０４６７】
一実施形態においては、本発明は、式ＤＦＯ−Ｉ（ｂ）
【０４６８】
【化３１】
2009504190.tif 000027
のＤＦＯ分子を特徴とする。
【０４６９】
ここで、Ｚは、他のヌクレオチドとの塩基対形成を促進し得る、１個以上の非標準又は修飾ヌクレオチド（例えば、２−アミノプリン、汎用塩基などの修飾塩基を有するヌクレオチド）を含んでいてもよい、回文構造の核酸配列、又は反復核酸配列を含む。Ｚは、例えば、標的核酸（例えば、標的ＲＮＡ）分子のヌクレオチド配列と相互作用する（例えば、塩基対形成する）のに十分な長さであり得、好ましくは少なくとも１２ヌクレオチド長、具体的には約１２から約２４ヌクレオチド（例えば、約１２、１４、１６、１８、２０、２２又は２４ヌクレオチド）長であり得る。ｐは、存在しても、しなくてもよい末端リン酸基である。
【０４７０】
一実施形態においては、式ＤＦＯ−Ｉ、ＤＦＯ−Ｉ（ａ）、ＤＦＯ−Ｉ（ｂ）、ＤＦＯ−ＩＩ（ａ）又はＤＦＯ−ＩＩのいずれかのＤＦＯ分子は、例えば、式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド、表Ｉの安定化ケミストリー、本明細書の種々の実施形態の修飾ヌクレオチドと非ヌクレオチドの任意の他の組合せなど、本明細書の化学修飾を、これらだけに限定されずに含み得る。
【０４７１】
一実施形態においては、式ＤＦＯ−Ｉ、ＤＦＯ−Ｉ（ａ）及びＤＦＯ−Ｉ（ｂ）のＤＦＯ構築物のＺ中の回文構造若しくは反復配列又は修飾ヌクレオチド（例えば、２−アミノプリン、汎用塩基などの修飾塩基を有するヌクレオチド）は、標的核酸配列（例えば、ワトソン  クリック塩基対又は非ワトソン  クリック塩基対を形成し得る修飾塩基類似体）の一部と相互作用し得る化学修飾ヌクレオチドを含む。
【０４７２】
一実施形態においては、本発明のＤＦＯ分子、例えば、式ＤＦＯ−Ｉ又はＤＦＯ−ＩＩのＤＦＯは、約１５から約４０個のヌクレオチド（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９又は４０個のヌクレオチド）を含む。一実施形態においては、本発明のＤＦＯ分子は、１個以上の化学修飾を含む。非限定的例においては、化学修飾ヌクレオチド及び／又は非ヌクレオチドを本発明の核酸分子に導入することは、外因的に送達される無修飾ＲＮＡ分子に固有のインビボでの安定性及び生物学的利用能の潜在的限界を克服する強力なツールとなる。例えば、化学修飾核酸分子を使用すると、化学修飾核酸分子は、血清中又は細胞若しくは組織中でより長い半減期を有する傾向にあるので、所与の治療効果に対する特定の核酸分子の用量を減少させることができる。また、ある種の化学修飾は、半減期を延長するだけでなく、特定の器官、細胞又は組織への核酸分子のターゲティングを容易にし、及び／又は核酸分子の細胞内取り込みを改善することによって、核酸分子の生物学的利用能及び／又は効力を改善することができる。したがって、化学修飾核酸分子の活性がインビトロで未変性／無修飾核酸分子よりも低い場合でも、例えば、無修飾ＲＮＡ分子と比較したときに、分子の安定性、効力、有効期間、生物学的利用能及び／又は送達が改善されたために、修飾核酸分子の全活性が、未変性又は無修飾核酸分子よりも大きくなり得る。
【０４７３】
本発明の多官能又は多標的ｓｉＮＡ分子
一実施形態においては、本発明は、細胞、組織、生物体などの生体系において１個以上の標的遺伝子の発現を調節する多官能低分子干渉核酸（多官能ｓｉＮＡ）分子を含むｓｉＮＡ分子を特徴とする。本発明の多官能低分子干渉核酸（多官能ｓｉＮＡ）分子は、標的核酸配列の１個を超える領域を標的にすることができ、又は１個を超える異なる標的核酸分子の配列（例えば、標的及び／又は経路標的のＲＮＡ及び／又はＤＮＡ配列）を標的にすることができる。本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、化学合成することができ、又は転写単位及び／又はベクターから発現させることができる。本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、種々のヒト用途、治療、診断、農業、獣医学、標的確認、ゲノム発見、遺伝子工学及び薬理ゲノミクスの各適用分野に有用である試薬及び方法を提供する。
【０４７４】
出願人は、多官能低分子干渉核酸、すなわち多官能ｓｉＮＡ分子に限定されないが、本明細書では便宜上そのように称される、ある種のオリゴヌクレオチドが、遺伝子発現の配列特異的調節の強力な媒介物質であることを本明細書で示す。本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、１個以上の標的核酸分子中の異なる核酸配列に相補的であるヌクレオチド配列を多官能ｓｉＮＡ構築物の各鎖が含むように設計されたポリヌクレオチド分子のクラスである点で、当分野で公知である他の核酸配列（例えば、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｔＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチドなど）とは異なる。したがって、本発明の単一の多官能ｓｉＮＡ分子（一般に二本鎖分子）は、１個を超える（例えば、２、３、４、５個又はそれを超える）異なる標的核酸標的分子を標的にすることができる。本発明の核酸分子は、同じ標的核酸配列の１個を超える（例えば、２、３、４、５個又はそれを超える）領域を標的にすることもできる。したがって、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、１個以上の標的核酸分子の発現を下方制御又は阻害するのに有用である。１個の多官能ｓｉＮＡ構築物を用いて１個を超える標的核酸分子の発現を低下させる、又は阻害することによって、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、疾患（例えば、血管形成）に関係する経路内の複数の標的を同時に阻害することができる強力な治療薬のクラスである。かかる同時阻害は、別々の前臨床及び臨床開発労力や複雑な規制認可プロセスが不要である相乗的治療処置戦略をもたらし得る。
【０４７５】
標的核酸分子（例えば、標的ＲＮＡ又はＤＮＡ）の１個を超える領域を標的にする多官能ｓｉＮＡ分子を使用すると、遺伝子発現を強力に阻害すると予想される。例えば、本発明の単一の多官能ｓｉＮＡ構築物は、標的核酸分子（例えば、標的ＲＮＡ又はＤＮＡ）の保存領域と可変領域の両方を標的にすることができ、それによって例えば異なる標的アイソフォーム若しくは変種を下方制御若しくは阻害して、治療効力を最適化し、毒性を最小化することができ、又は標的核酸分子のコード領域と非コード領域の両方のターゲティングを可能にする。
【０４７６】
一般に、二本鎖オリゴヌクレオチドは、２個の異なるオリゴヌクレオチド配列を組み立てることによって形成され、一方の鎖のオリゴヌクレオチド配列は、他方の鎖のオリゴヌクレオチド配列に相補的である。かかる二本鎖オリゴヌクレオチドは、２個の別々のオリゴヌクレオチドから一般に組み立てられる（例えば、ｓｉＲＮＡ）。或いは、二本鎖は、それ自体の上で折り重なる単一の分子から形成され得る（例えば、ｓｈＲＮＡ、すなわち短鎖ヘアピンＲＮＡ）。これらの二本鎖オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡ干渉を媒介することが当分野で知られている。これらの二本鎖オリゴヌクレオチドはすべて、一方のヌクレオチド配列領域（ガイド配列又はアンチセンス配列）のみが標的核酸配列と相補性を有し、他方の鎖（センス配列）が、標的核酸配列と相同であるヌクレオチド配列を含む、共通の特徴を有する。一般に、アンチセンス配列は、活性なＲＩＳＣ複合体中に保持され、アンチセンス配列と標的配列の相補的塩基対形成によってＲＩＳＣを標的ヌクレオチド配列に誘導して、配列特異的ＲＮＡ干渉を媒介する。一部の細胞培養系においては、あるタイプの無修飾ｓｉＲＮＡが「オフターゲット」効果を示し得ることが当分野で知られている。このオフターゲット効果は、ＲＩＳＣ複合体中のｓｉＲＮＡのアンチセンス配列の代わりにセンス配列の関与が必要であると仮定されている（例えば、Ｓｃｈｗａｒｚ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３，  Ｃｅｌｌ，  １１５，  １９９−２０８参照）。この場合、センス配列は、ＲＩＳＣ複合体を目的標的配列とは異なる配列（オフターゲット配列）に誘導し、オフターゲット配列を阻害すると考えられる。これらの二本鎖核酸分子においては、各鎖は、異なる標的核酸配列に相補的である。しかし、これらのｄｓＲＮＡによって影響を受けるオフターゲットは、完全に予測可能であるわけではなく、非特異的である。
【０４７７】
当分野で公知の二本鎖核酸分子とは別に、出願人は、単一の多官能ｓｉＮＡ構築物を用いて、１個を超える標的核酸配列の発現を下方制御又は阻害する、潜在的に費用効果の高い簡単な新規方法を開発した。本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、多官能ｓｉＮＡの各鎖又は各領域の一部が、最適な標的核酸配列に相補的であるように、二本鎖又は部分的に二本鎖であるように設計されている。したがって、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、互いに相補的であるターゲティング配列に限定されず、任意の２個の異なる標的核酸配列である。本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、所与の標的核酸配列に相補的である、多官能ｓｉＮＡ分子の各鎖又は各領域が、標的核酸配列に対してＲＮＡ干渉を媒介するのに適切な長さ（例えば、約１６から約２８ヌクレオチド長、好ましくは約１８から約２８ヌクレオチド長）であるように設計されている。標的核酸配列と多官能ｓｉＮＡの鎖又は領域との相補性は、ＲＮＡ干渉による標的核酸配列の切断に十分でなければならない（少なくとも約８塩基対）。本発明の多官能ｓｉＮＡは、Ｓｃｈｗａｒｚ  ｅｔ  ａｌ．（前掲）のものなどのある種のｓｉＲＮＡ配列で見られるオフターゲット効果を最小化すると予想される。
【０４７８】
２９塩基対から３６塩基対の長さのｄｓＲＮＡ（Ｔｕｓｃｈｌ他、国際公開第０２／４４３２１号）は、ＲＮＡｉを媒介しないことが報告されている。これらのｄｓＲＮＡが不活性である１つの理由は、恐らく、標的ＲＮＡ配列と相互作用する鎖の代謝回転又は解離の欠如である。ＲＩＳＣ複合体は、標的ＲＮＡの複数のコピーと効率的に相互作用することができず、ＲＮＡｉプロセスの効力及び効率がかなり減少する。驚くべきことに、出願人は、本発明の多官能ｓｉＮＡが、この障害を克服することができ、ＲＮＡｉプロセスの効率及び効力を増大できることを見出した。したがって、本発明のある実施形態においては、多官能ｓｉＮＡ分子の各鎖の一部が、ＲＮＡｉを効率的に媒介するのに十分な長さ（例えば、約１５から約２３塩基対）の標的核酸に相補的であるヌクレオチド配列領域と、標的核酸に相補的でないヌクレオチド配列領域とを含むように、約２９から約３６塩基対の長さの多官能ｓｉＮＡを設計することができる。多官能ｓｉＮＡの各鎖中に相補部分と非相補部分の両方を有することによって、多官能ｓｉＮＡは、代謝回転又は解離を妨げる（例えば、各鎖の長さが長すぎて、それぞれの標的核酸配列に対してＲＮＡｉを媒介することができない場合）ことなしに、標的核酸配列に対してＲＮＡ干渉を媒介することができる。また、内部重複領域を有する、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子を設計すると、多官能ｓｉＮＡ分子は、ＲＮＡ干渉を媒介するのに好都合な（小さい）サイズ、及び治療薬としての使用に適切なサイズになる（例えば、各鎖は独立に約１８から約２８ヌクレオチド長である。）。非限定的例を図１６−２８に示す。
【０４７９】
一実施形態においては、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、第１の領域と第２の領域を含み、多官能ｓｉＮＡの第１の領域は、第１の標的核酸分子の核酸配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、多官能ｓｉＮＡの第２の領域は、第２の標的核酸分子の核酸配列に相補的である核酸配列を含む。一実施形態においては、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、第１の領域と第２の領域を含み、多官能ｓｉＮＡの第１の領域は、標的核酸分子の第１の領域の核酸配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、多官能ｓｉＮＡの第２の領域は、標的核酸分子の第２の領域の核酸配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む。別の実施形態においては、多官能ｓｉＮＡの第１の領域と第２の領域は、ある程度の相補性（例えば、約１から約１０個の相補ヌクレオチド）を共有する別々の核酸配列を含み得る。ある実施形態においては、別々の核酸配列を含む複数の多官能ｓｉＮＡ構築物は、合成後に、当分野で公知である方法及び試薬によって容易に連結することができ、かかる連結された構築物は本発明の範囲内である。或いは、多官能ｓｉＮＡの第１の領域と第２の領域は、ヘアピン又はステムループ構造などのある程度の自己相補性を有する単一の核酸配列を含み得る。かかる二本鎖及びヘアピン多官能低分子干渉核酸の非限定的例をそれぞれ図１６及び１７に示す。これらの多官能低分子干渉核酸（多官能ｓｉＮＡ）は、ある種の重複ヌクレオチド配列を含んでいてもよい。かかる重複ヌクレオチド配列は、多官能ｓｉＮＡの第１の領域と第２の領域の間に存在する（例えば、図１８及び１９参照）。
【０４８０】
一実施形態においては、本発明は、多官能低分子干渉核酸（多官能ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、多官能ｓｉＮＡの各鎖は、異なる標的核酸配列に相補的である核酸配列の第１の領域と、標的配列に相補的でないヌクレオチド配列の第２の領域とを独立に含む。各鎖の標的核酸配列は、同じ標的核酸分子、又は異なる標的核酸分子中に存在する。
【０４８１】
別の実施形態においては、多官能ｓｉＮＡは２本の鎖を含み、（ａ）第１の鎖は、標的核酸配列に対して配列相補性を有する領域（相補領域１）と、標的ヌクレオチド配列に対して配列相補性を持たない領域（非相補領域１）とを含み、（ｂ）多官能ｓｉＮＡの第２の鎖は、第１の鎖のヌクレオチド配列に相補的である標的ヌクレオチド配列とは異なる標的核酸配列に対して配列相補性を有する領域（相補領域２）と、相補領域２の標的ヌクレオチド配列に対して配列相補性を持たない領域（非相補領域２）とを含み、（ｃ）第１の鎖の相補領域１は、第２の鎖の非相補領域２中のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、第２の鎖の相補領域２は、第１の鎖の非相補領域１中のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む。相補領域１と相補領域２の標的核酸配列は、同じ標的核酸分子、又は異なる標的核酸分子中に存在する。
【０４８２】
別の実施形態においては、多官能ｓｉＮＡは２本の鎖を含み、（ａ）第１の鎖は、遺伝子（例えば、第１の遺伝子）に由来する標的核酸配列に対して配列相補性を有する領域（相補領域１）と、相補領域１の標的ヌクレオチド配列に対して配列相補性を持たない領域（非相補領域１）とを含み、（ｂ）多官能ｓｉＮＡの第２の鎖は、相補領域１の遺伝子とは異なる遺伝子（例えば、第２の遺伝子）に由来する標的核酸配列に対して配列相補性を有する領域（相補領域２）と、相補領域２の標的ヌクレオチド配列に対して配列相補性を持たない領域（非相補領域２）とを含み、（ｃ）第１の鎖の相補領域１は、第２の鎖の非相補領域２中のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、第２の鎖の相補領域２は、第１の鎖の非相補領域１中のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む。
【０４８３】
別の実施形態においては、多官能ｓｉＮＡは２本の鎖を含み、（ａ）第１の鎖は、遺伝子（例えば、遺伝子）に由来する標的核酸配列に対して配列相補性を有する領域（相補領域１）と、相補領域１の標的ヌクレオチド配列に対して配列相補性を持たない領域（非相補領域１）とを含み、（ｂ）多官能ｓｉＮＡの第２の鎖は、相補領域１の標的核酸配列とは異なる標的核酸配列に対して配列相補性を有する領域（相補領域２）（ただし、相補領域１の標的核酸配列と相補領域２の標的核酸配列はどちらも同じ遺伝子に由来する。）と、相補領域２の標的ヌクレオチド配列に対して配列相補性を持たない領域（非相補領域２）とを含み、（ｃ）第１の鎖の相補領域１は、第２の鎖の非相補領域２中のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、第２の鎖の相補領域２は、第１の鎖の非相補領域１中のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む。
【０４８４】
一実施形態においては、本発明は、２個の相補核酸配列を含む、多官能低分子干渉核酸（多官能ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、第１の配列は、第１の標的核酸分子内のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を有する第１の領域を含み、第２の配列は、同じ標的核酸分子内の異なるヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を有する第１の領域を含む。好ましくは、第１の配列の第１の領域は、第２の配列の第２の領域のヌクレオチド配列にも相補的であり、第２の配列の第１の領域は、第１の配列の第２の領域のヌクレオチド配列に相補的である。
【０４８５】
一実施形態においては、本発明は、２個の相補核酸配列を含む、多官能低分子干渉核酸（多官能ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。ここで、第１の配列は、第１の標的核酸分子内のヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を有する第１の領域を含み、第２の配列は、第２の標的核酸分子内の異なるヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を有する第１の領域を含む。好ましくは、第１の配列の第１の領域は、第２の配列の第２の領域のヌクレオチド配列にも相補的であり、第２の配列の第１の領域は、第１の配列の第２の領域のヌクレオチド配列に相補的である。
【０４８６】
一実施形態においては、本発明は、第１の領域と第２の領域を含む多官能ｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、第１の領域は、第１の標的核酸分子内の核酸配列に相補的である約１８から約２８ヌクレオチドを有する核酸配列を含み、第２の領域は、第２の標的核酸分子内の異なる核酸配列に相補的である約１８から約２８ヌクレオチドを有するヌクレオチド配列を含む。
【０４８７】
一実施形態においては、本発明は、第１の領域と第２の領域を含む多官能ｓｉＮＡ分子を特徴とする。ここで、第１の領域は、標的核酸分子内の核酸配列に相補的である約１８から約２８ヌクレオチドを有する核酸配列を含み、第２の領域は、同じ標的核酸分子内の異なる核酸配列に相補的である約１８から約２８ヌクレオチドを有するヌクレオチド配列を含む。
【０４８８】
一実施形態においては、本発明は、一方の鎖が、第１の標的核酸配列に相補的であるヌクレオチド配列を有する第１の領域を含み、他方の鎖が、第２の標的核酸配列に相補的であるヌクレオチド配列を有する第１の領域を含む、二本鎖多官能低分子干渉核酸（多官能ｓｉＮＡ）分子を特徴とする。第１と第２の標的核酸配列は、別々の標的核酸分子中に存在し得、又は同じ標的核酸分子内の異なる領域であり得る。したがって、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子を用いて、異なる遺伝子、同じ遺伝子のスプライスバリアント、１個以上の遺伝子転写物の変異領域と保存領域の両方、又は同じ若しくは異なる遺伝子若しくは遺伝子転写物のコード配列と非コード配列の両方の発現を標的にすることができる。
【０４８９】
一実施形態においては、本発明の標的核酸分子は、単一のタンパク質をコードする。別の実施形態においては、標的核酸分子は、１個を超えるタンパク質（例えば、１、２、３、４、５個又はそれを超えるタンパク質）をコードする。したがって、本発明の多官能ｓｉＮＡ構築物を用いて、幾つかのタンパク質の発現を下方制御又は阻害することができる。例えば、標的に由来する第１の標的核酸配列に対してヌクレオチド配列相補性を有する１本の鎖中の領域を含む多官能ｓｉＮＡ分子、及び２個のタンパク質（例えば、２種類の異なるタンパク質）をコードする遺伝子に由来する標的核酸分子中に存在する第２の標的核酸配列に対してヌクレオチド配列相補性を有する領域を含む第２の鎖。これを使用して、複数の経路標的遺伝子を標的にすることによって、特定の生物学的経路を下方制御、阻害又は遮断することができる。
【０４９０】
一実施形態においては、本発明は、異なる遺伝子変種中に存在する保存ヌクレオチド配列を利用する。一方の鎖が、種々の標的遺伝子ファミリーメンバー間で保存された１個以上の標的核酸配列に相補的である配列を含み、他方の鎖が、経路標的核酸配列に相補的である配列を含んでいてもよいように、多官能ｓｉＮＡを設計することによって、単一の多官能ｓｉＮＡを用いて、遺伝子疾患に関係する標的生物学的経路を選択的かつ効果的に阻害することができる。
【０４９１】
一実施形態においては、本発明の多官能低分子干渉核酸（多官能ｓｉＮＡ）は、第１の領域と第２の領域を含み、第１の領域は、第１の標的の第１の標的ＲＮＡに相補的であるヌクレオチド配列を含み、第２の領域は、第２の標的の第２の標的ＲＮＡに相補的であるヌクレオチド配列を含む。一実施形態においては、第１と第２の領域は、同じ標的配列内の異なる標的部位の共有若しくは保存ＲＮＡ配列、又は異なる標的配列間の共有ＲＮＡ配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み得る。
【０４９２】
一実施形態においては、本発明の二本鎖多官能ｓｉＮＡ分子は、式ＭＦ−Ｉ
【０４９３】
【化３２】
2009504190.tif 000028
の構造を含む。
【０４９４】
ここで、各５’−ｐ−ＸＺＸ’−３’及び５’−ｐ−ＹＺＹ’−３’は独立に、約２０ヌクレオチドから約３００ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約２００ヌクレオチド長、約２０から約１００ヌクレオチド長、約２０から約４０ヌクレオチド長、約２０から約４０ヌクレオチド長、約２４から約３８ヌクレオチド長、又は約２６から約３８ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、ＸＺは、第１の標的核酸配列に相補的である核酸配列を含み、ＹＺは、第２の標的核酸配列に相補的である核酸配列を含むオリゴヌクレオチドであり、Ｚは、自己相補的である約１から約２４ヌクレオチド（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３又は２４ヌクレオチド）長のヌクレオチド配列を含み、Ｘは、領域Ｙ’中に存在するヌクレオチド配列に相補的である、約１から約１００ヌクレオチド長、好ましくは約１から約２１ヌクレオチド（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長のヌクレオチド配列を含み、Ｙは、領域Ｘ’中に存在するヌクレオチド配列に相補的である、約１から約１００ヌクレオチド長、好ましくは約１から約２１ヌクレオチド（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長のヌクレオチド配列を含み、各ｐは、独立に存在する、又は存在しない末端リン酸基を含み、各ＸＺ及びＹＺは独立に、それぞれ第１及び第２の標的核酸配列又はその一部と安定に相互作用する（すなわち、塩基対形成する）のに十分な長さである。例えば、各配列Ｘ及びＹは、標的ＲＮＡ又はその一部など、異なる標的核酸分子中の標的ヌクレオチド配列に相補的である、約１２から約２１又はそれを超える（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又はそれを超える）ヌクレオチド長の配列を独立に含み得る。別の非限定的例においては、第１の標的核酸配列又はその一部に相補的である、ＸとＺの一緒のヌクレオチド配列の長さは、約１２から約２１又はそれを超える（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又はそれを超える）ヌクレオチドである。別の非限定的例においては、第２の標的核酸配列又はその一部に相補的である、ＹとＺの一緒のヌクレオチド配列の長さは、約１２から約２１又はそれを超える（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又はそれを超える）ヌクレオチドである。一実施形態においては、第１の標的核酸配列と第２の標的核酸配列は、同じ標的核酸分子（例えば、標的ＲＮＡ又は経路標的ＲＮＡ）中に存在する。別の実施形態においては、第１の標的核酸配列と第２の標的核酸配列は、異なる標的核酸分子（例えば、標的ＲＮＡと経路標的ＲＮＡ）中に存在する。一実施形態においては、Ｚは回文構造又は反復配列を含む。一実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは同一である。別の実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは異なる。一実施形態においては、オリゴヌクレオチドＹとＹ’の長さは同一である。別の実施形態においては、オリゴヌクレオチドＹとＹ’の長さは異なる。一実施形態においては、式Ｉ（ａ）の二本鎖オリゴヌクレオチド構築物は、ミスマッチが、二本鎖オリゴヌクレオチドの標的遺伝子発現阻害能力をさほど低下させない程度に、１個以上、具体的には１、２、３又は４個のミスマッチを含む。
【０４９５】
一実施形態においては、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、式ＭＦ−ＩＩ
【０４９６】
【化３３】
2009504190.tif 000029
の構造を含む。
【０４９７】
ここで、５’−ｐ−ＸＸ’−３’及び５’−ｐ−ＹＹ’−３’は独立に、約２０ヌクレオチドから約３００ヌクレオチド長、好ましくは約２０から約２００ヌクレオチド長、約２０から約１００ヌクレオチド長、約２０から約４０ヌクレオチド長、約２０から約４０ヌクレオチド長、約２４から約３８ヌクレオチド長、又は約２６から約３８ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、Ｘは、第１の標的核酸配列に相補的である核酸配列を含み、Ｙは、第２の標的核酸配列に相補的である核酸配列を含むオリゴヌクレオチドであり、Ｘは、領域Ｙ’中に存在するヌクレオチド配列に相補的である、約１から約１００ヌクレオチド長、好ましくは約１から約２１ヌクレオチド（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長のヌクレオチド配列を含み、Ｙは、領域Ｘ’中に存在するヌクレオチド配列に相補的である、約１から約１００ヌクレオチド長、好ましくは約１から約２１ヌクレオチド（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又は２１ヌクレオチド）長のヌクレオチド配列を含み、各ｐは、独立に存在する、又は存在しない末端リン酸基を含み、各Ｘ及びＹは独立に、それぞれ第１及び第２の標的核酸配列又はその一部と安定に相互作用する（すなわち、塩基対形成する）のに十分な長さである。例えば、各配列Ｘ及びＹは、標的ＲＮＡ又はその一部など、異なる標的核酸分子中の標的ヌクレオチド配列に相補的である、約１２から約２１又はそれを超える（例えば、約１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又はそれを超える）ヌクレオチド長の配列を独立に含み得る。一実施形態においては、第１の標的核酸配列と第２の標的核酸配列は、同じ標的核酸分子（例えば、標的ＲＮＡ又は経路標的ＲＮＡ）中に存在する。別の実施形態においては、第１の標的核酸配列と第２の標的核酸配列は、異なる標的核酸分子（例えば、標的ＲＮＡと経路標的ＲＮＡ）中に存在する。一実施形態においては、Ｚは回文構造又は反復配列を含む。一実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは同一である。別の実施形態においては、オリゴヌクレオチドＸとＸ’の長さは異なる。一実施形態においては、オリゴヌクレオチドＹとＹ’の長さは同一である。別の実施形態においては、オリゴヌクレオチドＹとＹ’の長さは異なる。一実施形態においては、式Ｉ（ａ）の二本鎖オリゴヌクレオチド構築物は、ミスマッチが、二本鎖オリゴヌクレオチドの標的遺伝子発現阻害能力をさほど低下させない程度に、１個以上、具体的には１、２、３又は４個のミスマッチを含む。
【０４９８】
一実施形態においては、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、式ＭＦ−ＩＩＩ
【０４９９】
【化３４】
2009504190.tif 000030
の構造を含む。
【０５００】
ここで、各Ｘ、Ｘ’、Ｙ及びＹ’は独立に、約１５ヌクレオチドから約５０ヌクレオチド長、好ましくは約１８から約４０ヌクレオチド長、又は約１９から約２３ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、Ｘは、領域Ｙ’中に存在するヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、Ｘ’は、領域Ｙ中に存在するヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、各Ｘ及びＸ’は独立に、それぞれ第１及び第２の標的核酸配列又はその一部と安定に相互作用する（すなわち、塩基対形成する）のに十分な長さであり、Ｗは、配列Ｙ’とＹを連結するヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカーであり、多官能ｓｉＮＡは、ＲＮＡ干渉によって第１の標的配列と第２の標的配列の切断を誘導する。一実施形態においては、第１の標的核酸配列と第２の標的核酸配列は、同じ標的核酸分子（例えば、標的ＲＮＡ又は経路標的ＲＮＡ）中に存在する。別の実施形態においては、第１の標的核酸配列と第２の標的核酸配列は、異なる標的核酸分子（例えば、標的ＲＮＡと経路標的ＲＮＡ）中に存在する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の３’末端を配列Ｙの３’末端と連結する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の３’末端を配列Ｙの５’末端と連結する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の５’末端を配列Ｙの５’末端と連結する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の５’末端を配列Ｙの３’末端と連結する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｘの５’末端に存在する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｘ’の５’末端に存在する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｙの５’末端に存在する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｙ’の５’末端に存在する。一実施形態においては、Ｗは、生分解性リンカーを介して配列ＹとＹ’を連結する。一実施形態においては、Ｗは、抱合体、標識、アプタマー、リガンド、脂質又はポリマーを更に含む。
【０５０１】
一実施形態においては、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、式ＭＦ−ＩＶ
【０５０２】
【化３５】
2009504190.tif 000031
の構造を含む。
【０５０３】
ここで、各Ｘ、Ｘ’、Ｙ及びＹ’は独立に、約１５ヌクレオチドから約５０ヌクレオチド長、好ましくは約１８から約４０ヌクレオチド長、又は約１９から約２３ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、Ｘは、領域Ｙ’中に存在するヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、Ｘ’は、領域Ｙ中に存在するヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、各Ｙ及びＹ’は独立に、それぞれ第１及び第２の標的核酸配列又はその一部と安定に相互作用する（すなわち、塩基対形成する）のに十分な長さであり、Ｗは、配列Ｙ’とＹを連結するヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカーであり、多官能ｓｉＮＡは、ＲＮＡ干渉によって第１の標的配列と第２の標的配列の切断を誘導する。一実施形態においては、第１の標的核酸配列と第２の標的核酸配列は、同じ標的核酸分子中に存在する。別の実施形態においては、第１の標的核酸配列と第２の標的核酸配列は、異なる標的核酸分子中に存在する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の３’末端を配列Ｙの３’末端と連結する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の３’末端を配列Ｙの５’末端と連結する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の５’末端を配列Ｙの５’末端と連結する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の５’末端を配列Ｙの３’末端と連結する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｘの５’末端に存在する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｘ’の５’末端に存在する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｙの５’末端に存在する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｙ’の５’末端に存在する。一実施形態においては、Ｗは、生分解性リンカーを介して配列ＹとＹ’を連結する。一実施形態においては、Ｗは、抱合体、標識（ｌａｂｌｅ）、アプタマー、リガンド、脂質又はポリマーを更に含む。
【０５０４】
一実施形態においては、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、式ＭＦ−Ｖ
【０５０５】
【化３６】
2009504190.tif 000032
の構造を含む。
【０５０６】
ここで、各Ｘ、Ｘ’、Ｙ及びＹ’は独立に、約１５ヌクレオチドから約５０ヌクレオチド長、好ましくは約１８から約４０ヌクレオチド長、又は約１９から約２３ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、Ｘは、領域Ｙ’中に存在するヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、Ｘ’は、領域Ｙ中に存在するヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含み、各Ｘ、Ｘ’、Ｙ又はＹ’は独立に、それぞれ第１、第２、第３又は第４の標的核酸配列又はその一部と安定に相互作用する（すなわち、塩基対形成する）のに十分な長さであり、Ｗは、配列Ｙ’とＹを連結するヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカーであり、多官能ｓｉＮＡは、ＲＮＡ干渉によって第１、第２、第３及び／又は第４の標的配列の切断を誘導する。一実施形態においては、第１、第２、第３及び第４の標的核酸配列はすべて同じ標的核酸分子（例えば、標的ＲＮＡ又は経路標的ＲＮＡ）中に存在する。別の実施形態においては、第１、第２、第３及び第４の標的核酸配列は、異なる標的核酸分子（例えば、標的ＲＮＡ及び経路標的ＲＮＡ）中に独立に存在する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の３’末端を配列Ｙの３’末端と連結する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の３’末端を配列Ｙの５’末端と連結する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の５’末端を配列Ｙの５’末端と連結する。一実施形態においては、領域Ｗは、配列Ｙ’の５’末端を配列Ｙの３’末端と連結する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｘの５’末端に存在する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｘ’の５’末端に存在する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｙの５’末端に存在する。一実施形態においては、末端リン酸基は、配列Ｙ’の５’末端に存在する。一実施形態においては、Ｗは、生分解性リンカーを介して配列ＹとＹ’を連結する。一実施形態においては、Ｗは、抱合体、標識、アプタマー、リガンド、脂質又はポリマーを更に含む。
【０５０７】
一実施形態においては、（例えば、式ＭＦ−ＩからＭＦ−Ｖのいずれかの）本発明の多官能ｓｉＮＡ分子の領域ＸとＹは、同じ標的核酸分子の一部である異なる標的核酸配列に相補的である。一実施形態においては、かかる各標的核酸配列は、ＲＮＡ転写物のコード領域内の異なる場所に存在する。一実施形態においては、かかる各標的核酸配列は、同じＲＮＡ転写物のコード及び非コード領域を含む。一実施形態においては、かかる各標的核酸配列は、交互にスプライスされた転写物の領域、又はかかる交互にスプライスされた転写物の前駆体の領域を含む。
【０５０８】
一実施形態においては、式ＭＦ−ＩからＭＦ−Ｖのいずれかの多官能ｓｉＮＡ分子は、例えば、本明細書の式Ｉ−ＶＩＩのいずれかのヌクレオチド、表Ｉの安定化ケミストリー、本明細書の種々の実施形態の修飾ヌクレオチドと非ヌクレオチドの任意の他の組合せなど、本明細書の化学修飾を、これらだけに限定されずに含み得る。
【０５０９】
一実施形態においては、式ＭＦ−Ｉ又はＭＦ−ＩＩの多官能ｓｉＮＡ構築物のＺ中の回文構造若しくは反復配列又は修飾ヌクレオチド（例えば、２−アミノプリン、汎用塩基などの修飾塩基を有するヌクレオチド）は、標的核酸配列（例えば、ワトソン  クリック塩基対又は非ワトソン  クリック塩基対を形成し得る修飾塩基類似体）の一部と相互作用し得る化学修飾ヌクレオチドを含む。
【０５１０】
一実施形態においては、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子、例えばＭＦ−ＩからＭＦ−Ｖの多官能ｓｉＮＡの各鎖は、約１５から約４０個のヌクレオチド（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９又は４０個のヌクレオチド）を独立に含む。一実施形態においては、本発明の多官能ｓｉＮＡ分子は、１個以上の化学修飾を含む。非限定的例においては、化学修飾ヌクレオチド及び／又は非ヌクレオチドを本発明の核酸分子に導入することは、外因的に送達される無修飾ＲＮＡ分子に固有のインビボでの安定性及び生物学的利用能の潜在的限界を克服する強力なツールとなる。例えば、化学修飾核酸分子を使用すると、化学修飾核酸分子は、血清中又は細胞若しくは組織中でより長い半減期を有する傾向にあるので、所与の治療効果に対する特定の核酸分子の用量を減少させることができる。また、ある種の化学修飾は、半減期を延長するだけでなく、特定の器官、細胞又は組織への核酸分子のターゲティングを容易にし、及び／又は核酸分子の細胞内取り込みを改善することによって、核酸分子の生物学的利用能及び／又は効力を改善することができる。したがって、化学修飾核酸分子の活性がインビトロで未変性／無修飾核酸分子よりも低い場合でも、例えば、無修飾ＲＮＡ分子と比較したときに、分子の安定性、効力、有効期間、生物学的利用能及び／又は送達が改善されたために、修飾核酸分子の全活性が、未変性又は無修飾核酸分子よりも大きくなり得る。
【０５１１】
別の実施形態においては、本発明は、２本の別々の二本鎖ｓｉＮＡから組み立てられ、２本のアンチセンスｓｉＮＡ鎖が、一端で互いに繋留されたその対応するセンス鎖とアニールされるように、各センス鎖の末端の一方が、他方のｓｉＮＡ分子のセンス鎖の末端に繋留された、多官能ｓｉＮＡを特徴とする（図２２参照）。繋留鎖（ｔｅｔｈｅｒ）又はリンカーは、当分野で一般に公知であり、本明細書に記載された、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり得る。
【０５１２】
一実施形態においては、本発明は、２本の別々の二本鎖ｓｉＮＡから組み立てられ、２本のアンチセンスｓｉＮＡ鎖の５’末端が、互いに（反対方向に）離れた位置で、一端で互いに繋留されたその対応するセンス鎖とアニールされるように、ｓｉＮＡの１本のセンス鎖の５’末端が、他方のｓｉＮＡ分子のセンス鎖の５’末端に繋留された、多官能ｓｉＮＡを特徴とする（図２２（Ａ）参照）。繋留鎖又はリンカーは、当分野で一般に公知であり、本明細書に記載された、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり得る。
【０５１３】
一実施形態においては、本発明は、２本の別々の二本鎖ｓｉＮＡから組み立てられ、２本のアンチセンスｓｉＮＡ鎖の５’末端が、向かい合って、一端で互いに繋留されたその対応するセンス鎖とアニールされるように、ｓｉＮＡの１本のセンス鎖の３’末端が、他方のｓｉＮＡ分子のセンス鎖の３’末端に繋留された、多官能ｓｉＮＡを特徴とする（図２２（Ｂ）参照）。繋留鎖又はリンカーは、当分野で一般に公知であり、本明細書に記載された、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり得る。
【０５１４】
一実施形態においては、本発明は、２本の別々の二本鎖ｓｉＮＡから組み立てられ、アンチセンスｓｉＮＡ鎖の一方の５’末端が、他方のアンチセンス鎖の３’末端と向かい合って、一端で互いに繋留されたその対応するセンス鎖とアニールされるように、ｓｉＮＡの１本のセンス鎖の５’末端が、他方のｓｉＮＡ分子のセンス鎖の３’末端に繋留された、多官能ｓｉＮＡを特徴とする（図２２（Ｃ−Ｄ）参照）。繋留鎖又はリンカーは、当分野で一般に公知であり、本明細書に記載された、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり得る。
【０５１５】
一実施形態においては、本発明は、２本の別々の二本鎖ｓｉＮＡから組み立てられ、センスｓｉＮＡ鎖の一方の５’末端が、他方のセンス鎖の３’末端と向かい合って、一端で互いに繋留されたその対応するアンチセンス鎖とアニールされるように、ｓｉＮＡの１本のアンチセンス鎖の５’末端が、他方のｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖の３’末端に繋留された、多官能ｓｉＮＡを特徴とする（図２２（Ｇ−Ｈ）参照）。一実施形態においては、第１のアンチセンス鎖の５’末端と第２のアンチセンス鎖の３’末端との結合は、容易に切断されて（例えば、生分解性リンカー）、多官能ｓｉＮＡの各アンチセンス鎖の５’末端が、ＲＮＡ干渉による標的ＲＮＡの切断を媒介するのに適切な遊離５’末端を有するように設計される。繋留鎖又はリンカーは、当分野で一般に公知であり、本明細書に記載された、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり得る。
【０５１６】
一実施形態においては、本発明は、２本の別々の二本鎖ｓｉＮＡから組み立てられ、センスｓｉＮＡ鎖の一方の３’末端が、他方のセンス鎖の３’末端と向かい合って、一端で互いに繋留されたその対応するアンチセンス鎖とアニールされるように、ｓｉＮＡの１本のアンチセンス鎖の５’末端が、他方のｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖の５’末端に繋留された、多官能ｓｉＮＡを特徴とする（図２２（Ｅ）参照）。一実施形態においては、第１のアンチセンス鎖の５’末端と第２のアンチセンス鎖の５’末端との結合は、容易に切断されて（例えば、生分解性リンカー）、多官能ｓｉＮＡの各アンチセンス鎖の５’末端が、ＲＮＡ干渉による標的ＲＮＡの切断を媒介するのに適切な遊離５’末端を有するように設計される。繋留鎖又はリンカーは、当分野で一般に公知であり、本明細書に記載された、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり得る。
【０５１７】
一実施形態においては、本発明は、２本の別々の二本鎖ｓｉＮＡから組み立てられ、センスｓｉＮＡ鎖の一方の５’末端が、他方のセンス鎖の３’末端と向かい合って、一端で互いに繋留されたその対応するアンチセンス鎖とアニールされるように、ｓｉＮＡの１本のアンチセンス鎖の３’末端が、他方のｓｉＮＡ分子のアンチセンス鎖の３’末端に繋留された、多官能ｓｉＮＡを特徴とする（図２２（Ｆ）参照）。一実施形態においては、第１のアンチセンス鎖の５’末端と第２のアンチセンス鎖の５’末端との結合は、容易に切断されて（例えば、生分解性リンカー）、多官能ｓｉＮＡの各アンチセンス鎖の５’末端が、ＲＮＡ干渉による標的ＲＮＡの切断を媒介するのに適切な遊離５’末端を有するように設計される。繋留鎖又はリンカーは、当分野で一般に公知であり、本明細書に記載された、ヌクレオチドリンカー又は非ヌクレオチドリンカーであり得る。
【０５１８】
上記実施形態のいずれにおいても、第１の標的核酸配列又は第２の標的核酸配列は、標的ＲＮＡ、ＤＮＡ又はその一部を独立に含み得る。一実施形態においては、第１の標的核酸配列は、標的ＲＮＡ、ＤＮＡ又はその一部であり、第２の標的核酸配列はその一部の標的ＲＮＡ、ＤＮＡである。一実施形態においては、第１の標的核酸配列は、標的ＲＮＡ、ＤＮＡ又はその一部であり、第２の標的核酸配列はその一部の別のＲＮＡ、ＤＮＡである。
【０５１９】
核酸分子の合成
１００ヌクレオチド長よりも大きい核酸の合成は、自動化された方法では困難であり、かかる分子の治療コストは法外である。本発明では、低分子核酸モチーフ（「低分子」とは、１００ヌクレオチド長以下、好ましくは８０ヌクレオチド長以下、最も好ましくは５０ヌクレオチド長以下の核酸モチーフ、例えば、個々のｓｉＮＡオリゴヌクレオチド配列、又はタンデム合成されたｓｉＮＡ配列を指す。）は、外因的な送達に好ましくは使用される。これらの分子の構造が簡単であると、タンパク質及び／又はＲＮＡ構造の標的領域に侵入する核酸の能力が増大する。本発明の例示的な分子は化学合成され、他の分子も同様に合成することができる。
【０５２０】
オリゴヌクレオチド（例えば、ある種の修飾オリゴヌクレオチド、又はリボヌクレオチドを欠くオリゴヌクレオチドの部分）は、当分野で公知のプロトコルによって、例えば、Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  ２１１，  ３−１９、Ｔｈｏｍｐｓｏｎ他、国際公開第９９／５４４５９号、Ｗｉｎｃｏｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２３，  ２６７７−２６８４、Ｗｉｎｃｏｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏ．，  ７４，  ５９，  Ｂｒｅｎｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  Ｂｉｏｅｎｇ．，  ６１，  ３３−４５及びＢｒｅｎｎａｎ、米国特許第６，００１，３１１号に記載したとおりに、合成される。これらの参考文献のすべてを参照により本明細書に組込む。オリゴヌクレオチドの合成は、５’末端におけるジメトキシトリチル、３’末端におけるホスホルアミダイトなどの一般的な核酸保護基及びカップリング基を利用する。非限定的例においては、３９４  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｉｎｃ．合成装置を用いて、２’−Ｏ−メチル化ヌクレオチドに対する２．５分間のカップリング段階、及び２’−デオキシヌクレオチド又は２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドに対する４５秒間のカップリング段階を含む、０．２μｍｏｌ規模のプロトコルによって、小規模合成を実施する。表ＩＩＩは、合成サイクルに使用する試薬の量及び接触時間の概略である。或いは、０．２μｍｏｌ規模の合成を、Ｐｒｏｔｏｇｅｎｅ（Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ、ＣＡ）製装置などの９６ウェルプレート合成装置を用いて、サイクルを最小限度に変更して、実施することができる。ポリマーに結合した５’ヒドロキシルを基準として、３３倍過剰（０．１１Ｍ  ６０μＬ＝６．６μｍｏｌ）の２’−Ｏ−メチルホスホルアミダイト及び１０５倍過剰のＳ−エチルテトラゾール（０．２５Ｍ  ６０μＬ＝１５μｍｏｌ）を、２’−Ｏ−メチル残基の各カップリングサイクルに使用することができる。ポリマーに結合した５’ヒドロキシルを基準として、２２倍過剰（０．１１Ｍ  ４０μＬ＝４．４μｍｏｌ）のデオキシホスホルアミダイト及び７０倍過剰のＳ−エチルテトラゾール（０．２５Ｍ  ４０μＬ＝１０μｍｏｌ）を、デオキシ残基の各カップリングサイクルに使用することができる。トリチル画分の比色定量によって求められる３９４  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｉｎｃ．合成装置による平均カップリング収率は、典型的には９７．５−９９％である。３９４  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｉｎｃ．合成装置用の他のオリゴヌクレオチド合成試薬としては、以下のものが挙げられる。脱トリチル化溶液は、３％ＴＣＡの塩化メチレン溶液（ＡＢＩ）である。キャッピングは、１６％Ｎ−メチルイミダゾールのＴＨＦ溶液（ＡＢＩ）及び１０％無水酢酸／１０％２，６−ルチジンのＴＨＦ溶液（ＡＢＩ）を用いて行われる。酸化溶液は、１６．９ｍＭ  Ｉ２、４９ｍＭピリジン、９％水のＴＨＦ溶液（ＰｅｒＳｅｐｔｉｖｅ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｉｎｃ．）である。Ｂｕｒｄｉｃｋ  ＆  Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  Ｇｒａｄｅアセトニトリルを試薬瓶から直接使用する。Ｓ−エチルテトラゾール溶液（０．２５Ｍアセトニトリル溶液）をＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ，  Ｉｎｃ．から入手した固体から調製する。或いは、ホスホロチオアート結合を導入するために、Ｂｅａｕｃａｇｅ試薬（３Ｈ−１，２−ベンゾジチオール−３−オン１，１−ジオキシド、０．０５Ｍアセトニトリル溶液）を使用する。
【０５２１】
ＤＮＡを主体にしたオリゴヌクレオチドの脱保護を以下のように実施する。ポリマーに結合したトリチルオンオリゴリボヌクレオチドを４ｍＬガラスねじぶた付きバイアルに移し、４０％メチルアミン水溶液（１ｍＬ）の溶液に６５℃で１０分間懸濁させる。−２０℃に冷却後、上清をポリマー支持体から除去する。支持体をＥｔＯＨ：ＭｅＣＮ：Ｈ２Ｏ／３：１：１  １．０ｍＬで３回洗浄し、ボルテックス撹拌し、次いで上清を第１の上清に添加する。オリゴリボヌクレオチドを含む混合上清を乾燥させて白色粉末にする。一実施形態においては、参照によりその全体を本明細書に組込む、米国特許第６，９９５，２５９号、同６，６８６，４６３号、同６，６７３，９１８号、同６，６４９，７５１号、同６，９８９，４４２号及び米国特許出願第１０／１９０，３５９号の方法によって、本発明の核酸分子を合成し、脱保護し、分析する。
【０５２２】
本発明のある種のｓｉＮＡ分子を含めたＲＮＡに対して用いられる合成方法は、Ｕｓｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８７，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．，  １０９，  ７８４５；  Ｓｃａｒｉｎｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９０，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  １８，  ５４３３及びＷｉｎｃｏｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２３，  ２６７７−２６８４  Ｗｉｎｃｏｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏ．，  ７４，  ５９の手順に従い、５’末端におけるジメトキシトリチル、３’末端におけるホスホルアミダイトなどの一般的な核酸保護基及びカップリング基を利用する。非限定的例においては、３９４  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｉｎｃ．合成装置を用いて、アルキルシリルで保護されたヌクレオチドに対する７．５分間のカップリング段階、及び２’−Ｏ−メチル化ヌクレオチドに対する２．５分間のカップリング段階を含む、０．２μｍｏｌ規模のプロトコルによって、小規模合成を実施する。表ＩＩＩは、合成サイクルに使用する試薬の量及び接触時間の概略である。或いは、０．２μｍｏｌ規模の合成を、Ｐｒｏｔｏｇｅｎｅ（Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ、ＣＡ）製装置などの９６ウェルプレート合成装置を用いて、サイクルを最小限度に変更して、実施することができる。ポリマーに結合した５’ヒドロキシルを基準として、３３倍過剰（０．１１Ｍ  ６０μＬ＝６．６μｍｏｌ）の２’−Ｏ−メチルホスホルアミダイト及び７５倍過剰のＳ−エチルテトラゾール（０．２５Ｍ  ６０μＬ＝１５μｍｏｌ）を、２’−Ｏ−メチル残基の各カップリングサイクルに使用することができる。ポリマーに結合した５’ヒドロキシルを基準として、６６倍過剰（０．１１Ｍ  １２０μＬ＝１３．２μｍｏｌ）の、アルキルシリル（リボ）で保護されたホスホルアミダイト、及び１５０倍過剰のＳ−エチルテトラゾール（０．２５Ｍ  １２０μＬ＝３０μｍｏｌ）を、リボ残基の各カップリングサイクルに使用することができる。トリチル画分の比色定量によって求められる３９４  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｉｎｃ．合成装置による平均カップリング収率は、典型的には９７．５−９９％である。３９４  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｉｎｃ．合成装置用の他のオリゴヌクレオチド合成試薬としては、以下のものが挙げられる。脱トリチル化溶液は、３％ＴＣＡの塩化メチレン溶液（ＡＢＩ）である。キャッピングは、１６％Ｎ−メチルイミダゾールのＴＨＦ溶液（ＡＢＩ）及び１０％無水酢酸／１０％２，６−ルチジンのＴＨＦ溶液（ＡＢＩ）を用いて行われる。酸化溶液は、１６．９ｍＭ  Ｉ２、４９ｍＭピリジン、９％水のＴＨＦ溶液（ＰｅｒＳｅｐｔｉｖｅ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｉｎｃ．）である。Ｂｕｒｄｉｃｋ  ＆  Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  Ｇｒａｄｅアセトニトリルを試薬瓶から直接使用する。Ｓ−エチルテトラゾール溶液（０．２５Ｍアセトニトリル溶液）をＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ，  Ｉｎｃ．から入手した固体から調製する。或いは、ホスホロチオアート結合を導入するために、Ｂｅａｕｃａｇｅ試薬（３Ｈ−１，２−ベンゾジチオール−３−オン１，１−ジオキシド、０．０５Ｍアセトニトリル溶液）を使用する。
【０５２３】
ＲＮＡの脱保護は、２ポット（ｔｗｏ−ｐｏｔ）又は１ポット（ｏｎｅ−ｐｏｔ）プロトコルによって実施される。２ポットプロトコルの場合、ポリマーに結合したトリチルオンオリゴリボヌクレオチドを４ｍＬガラスねじぶた付きバイアルに移し、４０％メチルアミン水溶液（１ｍＬ）の溶液に６５℃で１０分間懸濁させる。−２０℃に冷却後、上清をポリマー支持体から除去する。支持体をＥｔＯＨ：ＭｅＣＮ：Ｈ２Ｏ／３：１：１  １．０ｍＬで３回洗浄し、ボルテックス撹拌し、次いで上清を第１の上清に添加する。オリゴリボヌクレオチドを含む混合上清を乾燥させて白色粉末にする。塩基で脱保護されたオリゴリボヌクレオチドを無水ＴＥＡ／ＨＦ／ＮＭＰ溶液（Ｎ−メチルピロリジノン１．５ｍＬ、ＴＥＡ  ７５０μＬ及びＴＥＡ・３ＨＦ  １ｍＬの溶液３００μＬで１．４Ｍ  ＨＦ濃度にする。）に再懸濁させ、６５℃に加熱する。１．５時間後、オリゴマーを１．５Ｍ  ＮＨ４ＨＣＯ３でクエンチする。一実施形態においては、参照によりその全体を本明細書に組込む、米国特許第６，９９５，２５９号、同６，６８６，４６３号、同６，６７３，９１８号、同６，６４９，７５１号、同６，９８９，４４２号及び米国特許出願第１０／１９０，３５９号の方法によって、本発明の核酸分子を合成し、脱保護し、分析する。
【０５２４】
或いは、１ポットプロトコルの場合、ポリマーに結合したトリチルオンオリゴリボヌクレオチドを４ｍＬガラスねじぶた付きバイアルに移し、３３％エタノール性メチルアミン／ＤＭＳＯ：１／１（０．８ｍＬ）の溶液に６５℃で１５分間懸濁させる。バイアルを室温にし、ＴＥＡ・３ＨＦ（０．１ｍＬ）を添加し、バイアルを６５℃で１５分間加熱する。試料を−２０℃に冷却し、次いで１．５Ｍ  ＮＨ４ＨＣＯ３でクエンチする。
【０５２５】
トリチルオンオリゴマーを精製する場合、クエンチしたＮＨ４ＨＣＯ３溶液を、アセトニトリル、続いて５０ｍＭ  ＴＥＡＡで予洗したＣ−１８含有カートリッジに充填する。充填されたカートリッジを水で洗浄後、ＲＮＡを０．５％ＴＦＡで１３分間脱トリチル化する。次いで、カートリッジを水で再洗浄し、塩を１Ｍ  ＮａＣｌで交換し、水で再洗浄する。次いで、オリゴヌクレオチドを３０％アセトニトリルで溶出させる。
【０５２６】
平均段階的カップリング収率は、典型的には＞９８％である（Ｗｉｎｃｏｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２３，  ２６７７−２６８４）。当業者は、９６ウェル形式を含めて、ただしこれだけに限定されない、上記例よりも大きい、又は小さい合成規模を適合させることができる。
【０５２７】
或いは、本発明の核酸分子は、別々に合成し、合成後に、例えばライゲーション（Ｍｏｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５６，  ９９２３；Ｄｒａｐｅｒ他、国際公開第９３／２３５６９号；  Ｓｈａｂａｒｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９１，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １９，  ４２４７；  Ｂｅｌｌｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ  ＆  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，  １６，  ９５１；  Ｂｅｌｌｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．  ８，  ２０４）によって、又は合成及び／又は脱保護後のハイブリダイゼーションによって、連結することができる。
【０５２８】
本発明のｓｉＮＡ分子は、本明細書の実施例１のタンデム合成法によって合成することもできる。ここで、両方のｓｉＮＡ鎖は、切断可能なリンカーによって分離された単一の隣接オリゴヌクレオチド断片又は鎖として合成される。続いて、切断可能なリンカーを切断して、別々のｓｉＮＡ断片又は鎖を生成する。別々のｓｉＮＡ断片又は鎖は、ハイブリッド形成し、ｓｉＮＡ二本鎖の精製が可能になる。リンカーは、ポリヌクレオチドリンカーでも、非ヌクレオチドリンカーでもよい。本明細書に記載するｓｉＮＡのタンデム合成は、９６ウェルなどのマルチウェル／マルチプレート合成プラットフォーム、又は同様により大きいマルチウェルプラットフォームに容易に適合させることができる。本明細書に記載するｓｉＮＡのタンデム合成は、回分式反応装置、合成カラムなどを使用した大規模合成プラットフォームに容易に適合させることもできる。
【０５２９】
ｓｉＮＡ分子は、一方の断片がセンス領域を含み、他方の断片がＲＮＡ分子のアンチセンス領域を含む、２個の異なる核酸鎖又は断片から組み立てることもできる。
【０５３０】
本発明の核酸分子は、ヌクレアーゼに耐性のある基、例えば、２’−アミノ、２’−Ｃ−アリル、２’−フルオロ、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｈで修飾することによって、徹底して修飾して、安定性を高めることができる（総説については、Ｕｓｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｅｄｅｒｇｒｅｎ，  １９９２，  ＴＩＢＳ  １７，  ３４；  Ｕｓｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９４，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｓｙｍｐ．  Ｓｅｒ．  ３１，  １６３を参照されたい。）。ｓｉＮＡ構築物は、一般的な方法を用いたゲル電気泳動によって精製することができ、又は高圧液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ；その全体を参照により本明細書に組込む、Ｗｉｎｃｏｔｔ  ｅｔ  ａｌ．（前掲）参照）によって精製することができ、水に再懸濁させることができる。
【０５３１】
本発明の別の態様においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、ＤＮＡ又はＲＮＡベクター中に挿入された転写単位から発現される。組み換えベクターは、ＤＮＡプラスミド又はウイルスベクターであり得る。ｓｉＮＡを発現するウイルスベクターは、これらだけに限定されないが、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス又はアルファウイルスに基づいて構築することができる。ｓｉＮＡ分子を発現可能である組み換えベクターは、本明細書のとおりに送達し、標的細胞中に存続させることができる。或いは、ｓｉＮＡ分子の一過性発現を与えるウイルスベクターを使用することができる。
【０５３２】
本発明の核酸分子の活性の最適化
修飾（塩基、糖及び／又はリン酸）を有する化学合成された核酸分子は、血清リボヌクレアーゼによる分解を防止することができ、それによってその抗力を高めることができる（例えば、その全部を参照により本明細書に組込む、Ｅｃｋｓｔｅｉｎ他、国際公開第９２／０７０６５号；Ｐｅｒｒａｕｌｔ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９０  Ｎａｔｕｒｅ  ３４４，  ５６５；Ｐｉｅｋｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９１，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５３，  ３１４；Ｕｓｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｅｄｅｒｇｒｅｎ，  １９９２，  Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｓｃｉ．  １７，  ３３４；Ｕｓｍａｎ他、国際公開第９３／１５１８７号；Ｒｏｓｓｉ他、国際公開第９１／０３１６２号；Ｓｐｒｏａｔ、米国特許第５，３３４，７１１号；Ｇｏｌｄ他、米国特許第６，３００，０７４号及びＢｕｒｇｉｎ  ｅｔ  ａｌ．（前掲）参照）。上記参考文献はすべて、本明細書に記載する核酸分子の塩基、リン酸及び／又は糖部分に対してなし得る種々の化学修飾を記載している。細胞におけるその抗力を増強するように修飾し、核酸分子から塩基を除去して、オリゴヌクレオチド合成時間を短縮し、化学物質の必要性を低下させることが望ましい。
【０５３３】
核酸分子に導入して、ヌクレアーゼ安定性及び効力をかなり増強させることができる、糖、塩基及びリン酸の修飾を記述した例が当分野では幾つかある。例えば、ヌクレアーゼ耐性基、例えば、２’−アミノ、２’−Ｃ−アリル、２’−フルオロ、２’−Ｏ−メチル、２’−Ｏ−アリル、２’−Ｈ、ヌクレオチド塩基修飾でオリゴヌクレオチドを修飾することによって、安定性及び／又は生物活性を増強する（総説については、Ｕｓｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｅｄｅｒｇｒｅｎ，  １９９２，  ＴＩＢＳ．  １７，  ３４；  Ｕｓｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９４，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｓｙｍｐ．  Ｓｅｒ．  ３１，  １６３；  Ｂｕｒｇｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９６，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  ３５，  １４０９０を参照されたい。）。核酸分子の糖修飾は、当分野では広範に記載されている（Ｅｃｋｓｔｅｉｎ他、国際公開第９２／０７０６５号；Ｐｅｒｒａｕｌｔ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎａｔｕｒｅ，  １９９０，  ３４４，  ５６５−５６８；  Ｐｉｅｋｅｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  １９９１，  ２５３，  ３１４−３１７；  Ｕｓｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｅｄｅｒｇｒｅｎ，  Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｓｃｉ．，  １９９２，  １７，  ３３４−３３９；  Ｕｓｍａｎ他、国際公開第９３／１５１８７号；Ｓｐｒｏａｔ、米国特許第５，３３４，７１１号及びＢｅｉｇｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．，  ２７０，  ２５７０２；  Ｂｅｉｇｅｌｍａｎ他、国際公開第９７／２６２７０号；Ｂｅｉｇｅｌｍａｎ他、米国特許第５，７１６，８２４号；Ｕｓｍａｎ他、米国特許第５，６２７，０５３号；Ｗｏｏｌｆ他、国際公開第９８／１３５２６号；１９９８年４月２０日に出願されたＴｈｏｍｐｓｏｎ他、米国特許出願第６０／０８２，４０４号；  Ｋａｒｐｅｉｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．，  ３９，  １１３１；  Ｅａｒｎｓｈａｗ  ａｎｄ  Ｇａｉｔ，  １９９８，  Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  （Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ），  ４８，  ３９−５５；  Ｖｅｒｍａ  ａｎｄ  Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，  １９９８，  Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．，  ６７，  ９９−１３４並びにＢｕｒｌｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ｂｉｏｏｒｇ．  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ．，  ５，  １９９９−２０１０参照。これらの参考文献のすべてを参照によりその全体を本明細書に組込む。）。かかる刊行物は、触媒作用を調節せずに、糖、塩基及び／又はリン酸修飾などを核酸分子に組み入れる場所を決定する一般的方法及び戦略を記載しており、参照により本明細書に組込む。かかる教示を考慮して、細胞においてＲＮＡｉを促進するｓｉＮＡの能力がさほど阻害されない限り、類似の修飾を本明細書のとおりに用いて、本発明のｓｉＮＡ核酸分子を修飾することができる。
【０５３４】
一実施形態においては、本発明の核酸分子は、参照によりその全体を本明細書に組込む、米国特許出願公開第２００５００２０５２１号に記載したとおりに化学修飾される。
【０５３５】
ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート及び／又は５’−メチルホスホナート結合によるオリゴヌクレオチドヌクレオチド間結合の化学修飾は安定性を改善するが、過剰な修飾は幾らかの毒性を生じ、又は活性を低下させ得る。したがって、核酸分子を設計するときには、これらのヌクレオチド間結合の量を最小限に抑えるべきである。これらの結合の濃度を減少させると、毒性が低下し、これらの分子の効力が増加し、特異性が高くなるはずである。
【０５３６】
活性を維持又は増強する化学修飾を有する低分子干渉核酸（ｓｉＮＡ）分子を提供する。また、かかる核酸は、ヌクレアーゼに対する耐性が無修飾核酸よりも一般に高い。したがって、インビトロ及び／又はインビボでの活性は、さほど低下しないはずである。調節を目的とする場合には、外因的に送達される治療用核酸分子は、最適には、標的ＲＮＡの翻訳が調節されて、望ましくないタンパク質のレベルが低下するまで、細胞内で安定であるべきである。この時間は、病態に応じて数時間から数日まで変動する。ＲＮＡ及びＤＮＡの化学合成が改善されたことによって（（参照により本明細書に組込む）Ｗｉｎｃｏｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２３，  ２６７７；  Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  ２１１，  ３−１９）、上述したように、ヌクレオチド修飾を導入してそのヌクレアーゼ安定性を高めることによって核酸分子を修飾する能力が拡大した。
【０５３７】
一実施形態においては、本発明の核酸分子は、１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）Ｇクランプヌクレオチドを含む。Ｇクランプヌクレオチドは、修飾シトシン類似体である。この修飾は、二本鎖内の相補グアニンのワトソン  クリック面とフーグスティーン面の両方の水素結合能力を与える。例えば、Ｌｉｎ  ａｎｄ  Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ，  １９９８，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．，  １２０，  ８５３１−８５３２を参照されたい。オリゴヌクレオチド内の単一のＧクランプ類似体を置換することによって、相補オリゴヌクレオチドとハイブリッド形成するときのらせんの熱安定性及びミスマッチ識別性を実質的に増強することができる。かかるヌクレオチドを本発明の核酸分子に含めることによって、核酸標的、相補配列又は鋳型鎖に対する親和性と特異性の両方が増強される。別の実施形態においては、本発明の核酸分子は、１個以上の（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれを超える）２’，４’−ＣメチレンビシクロヌクレオチドなどのＬＮＡ「ロックされた核酸」ヌクレオチドを含む（例えば、Ｗｅｎｇｅｌ他、国際公開第００／６６６０４号及び同９９／１４２２６号参照）。
【０５３８】
別の実施形態においては、本発明は、本発明のｓｉＮＡ分子の抱合体及び／又は複合体を特徴とする。かかる抱合体及び／又は複合体を用いて、細胞などの生物系へのｓｉＮＡ分子の送達を容易にすることができる。本発明によって提供される抱合体及び複合体は、治療化合物を細胞膜を越えて輸送し、薬物動態学を変更し、及び／又は本発明の核酸分子の局在化を調節することによって、治療活性を与えることができる。本発明は、小分子、脂質、コレステロール、リン脂質、ヌクレオシド、ヌクレオチド、核酸、抗体、毒素、負に帯電したポリマー及び他のポリマー、例えば、タンパク質、ペプチド、ホルモン、炭水化物、ポリエチレングリコール又はポリアミンを含めて、ただしこれらだけに限定されない分子を、細胞膜を越えて送達するための新規抱合体及び複合体の設計及び合成を包含する。一般に、記載するトランスポーターは、個々に、又は多成分系の一部として、分解性リンカーと一緒に、又は分解性リンカーなしで、使用するように設計される。これらの化合物は、血清の存在下又は非存在下で、異なる組織に由来する幾つかの細胞タイプへの本発明の核酸分子の送達及び／又は局在化を改善すると予測される（Ｓｕｌｌｅｎｇｅｒ及びＣｅｃｈ、米国特許第５，８５４，０３８号参照）。本明細書に記載する分子の抱合体は、生分解性核酸リンカー分子などの生分解性リンカーを介して、生物活性分子に結合し得る。
【０５３９】
本明細書では「生分解性リンカー」という用語は、１個の分子を別の分子に、例えば、生物活性分子を本発明のｓｉＮＡ分子に接続する、又は本発明のｓｉＮＡ分子のセンス鎖及びアンチセンス鎖を接続する、生分解性リンカーとして設計される核酸又は非核酸リンカー分子を指す。生分解性リンカーは、特定の組織又は細胞タイプへの送達などの特定の目的のためにその安定性を調節することができるように設計される。核酸を主体とした生分解性リンカー分子の安定性は、種々のケミストリー、例えば、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド及び（２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、２’−アミノ、２’−Ｏ−アミノ、２’−Ｃ−アリル、２’−Ｏ−アリル、他の２’修飾又は塩基修飾ヌクレオチドなどの）化学修飾ヌクレオチドの組合せを用いることによって調節することができる。生分解性核酸リンカー分子は、２量体、３量体、４量体又はより長鎖の核酸分子、例えば、約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり得、又はリン系結合、例えば、ホスホルアミダート若しくはリン酸ジエステル結合を有する単一のヌクレオチドを含み得る。生分解性核酸リンカー分子は、核酸骨格、核酸糖又は核酸塩基修飾も含み得る。
【０５４０】
本明細書では「生分解性」という用語は、生物系における分解、例えば、酵素による分解、又は化学分解を指す。
【０５４１】
本明細書では「生物活性分子」という用語は、系において生物学的反応を誘発又は改変し得る化合物又は分子を指す。生物活性ｓｉＮＡ分子単独の、又は本発明によって企図される他の分子と組み合わせた生物活性ｓｉＮＡ分子の、非限定的例としては、治療上活性な分子、例えば、抗体、コレステロール、ホルモン、抗ウイルス剤、ペプチド、タンパク質、化学療法剤、小分子、ビタミン、補因子、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、酵素的核酸（ｅｎｚｙｍａｔｉｃ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ）、アンチセンス核酸、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、２，５−Ａキメラ、ｓｉＮＡ、ｄｓＲＮＡ、アロザイム、アプタマー、デコイ、その類似体など、治療に有効な分子が挙げられる。本発明の生物活性分子としては、他の生物活性分子の薬物動態学及び／又は薬力学を調節することができる分子、例えば、脂質、及びポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、他のポリエーテルなどのポリマーも含まれる。
【０５４２】
本明細書では「リン脂質」という用語は、少なくとも１個のリン基（ｐｈｏｓｐｈｏｒｕｓ  ｇｒｏｕｐ）を含む疎水性分子を指す。例えば、リン脂質は、リン含有基と、ＯＨ、ＣＯＯＨ、オキソ、アミン又は置換若しくは非置換アリール基で置換されていてもよい飽和又は不飽和アルキル基とを含み得る。
【０５４３】
外因的に送達される治療用核酸分子（例えば、ｓｉＮＡ分子）は、最適には、ＲＮＡの逆転写が調節されて、ＲＮＡ転写物レベルが低下するまで、細胞内で安定であるべきである。核酸分子は、有効な細胞内治療薬として機能するために、ヌクレアーゼに抵抗性である。上述したように、本明細書及び当分野で記述される核酸分子の化学合成が改善されたことによって、ヌクレオチド修飾を導入してそのヌクレアーゼ安定性を高めることによって核酸分子を修飾する能力が拡大した。
【０５４４】
更に別の実施形態においては、ＲＮＡｉに関与するタンパク質の酵素活性を維持又は増強する化学修飾を有するｓｉＮＡ分子を提供する。また、かかる核酸は、ヌクレアーゼに対する耐性が無修飾核酸よりも一般に高い。したがって、インビトロ及び／又はインビボでの活性は、さほど低下しないはずである。
【０５４５】
本発明の核酸系分子を使用すると、併用療法（例えば、異なる遺伝子を標的とする複数のｓｉＮＡ分子；公知の小分子調節物質とカップリングされた核酸分子；又は異なるモチーフ及び／又は他の化学若しくは生体分子を含めて、分子の組合せを用いた間欠的治療）が可能になることによって、治療がより良好なものになる。ｓｉＮＡ分子を用いた対象の治療は、酵素的核酸分子（リボザイム）、アロザイム、アンチセンス、２，５−Ａオリゴアデニラート、デコイ、アプタマーなどの異なるタイプの核酸分子の組合せも含み得る。
【０５４６】
別の態様においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、１個以上の５’及び／又は３’キャップ構造を、例えば、センスｓｉＮＡ鎖のみに、アンチセンスｓｉＮＡ鎖のみに、又は両方のｓｉＮＡ鎖に含む。
【０５４７】
「キャップ構造」とは、オリゴヌクレオチドのどちらかの末端に組み入れられた化学修飾を意味する（例えば、参照により本明細書に組込む、Ａｄａｍｉｃ他、米国特許第５，９９８，２０３号を参照されたい。）。これらの末端修飾は、核酸分子をエキソヌクレアーゼ分解から保護し、細胞内の送達及び／又は局在化を助け得る。キャップは５’末端（５’キャップ）若しくは３’末端（３’キャップ）に存在し得、又は両方の末端に存在し得る。非限定的例においては、５’キャップとしては、グリセリル、反転デオキシ脱塩基残基（部分）；４’，５’−メチレンヌクレオチド；１−（ベータ−Ｄ−エリスロフラノシル）ヌクレオチド、４’−チオヌクレオチド；炭素環式ヌクレオチド；１，５−アンヒドロヘキシトールヌクレオチド；Ｌ−ヌクレオチド；アルファ−ヌクレオチド；修飾塩基ヌクレオチド；ホスホロジチオアート結合；スレオ−ペントフラノシルヌクレオチド；非環式３’，４’−セコヌクレオチド；非環式３，４−ジヒドロキシブチルヌクレオチド；非環式３，５−ジヒドロキシペンチルヌクレオチド、３’−３’−反転ヌクレオチド部分；３’−３’−反転脱塩基部分；３’−２’−反転ヌクレオチド部分；３’−２’−反転脱塩基部分；１，４−ブタンジオールリン酸；３’−ホスホルアミダート；ヘキシルリン酸；アミノヘキシルリン酸；３’−ホスファート；３’−ホスホロチオアート；ホスホロジチオアート；又は架橋若しくは非架橋メチルホスホナート部分が挙げられるが、これらだけに限定されない。キャップ部分の非限定的例を図１０に示す。
【０５４８】
３’キャップの非限定的例としては、グリセリル、反転デオキシ脱塩基残基（部分）、４’，５’−メチレンヌクレオチド；１−（ベータ−Ｄ−エリスロフラノシル）ヌクレオチド；４’−チオヌクレオチド、炭素環式ヌクレオチド；５’−アミノ−アルキルリン酸；１，３−ジアミノ−２−プロピルリン酸；３−アミノプロピルリン酸；６−アミノヘキシルリン酸；１，２−アミノドデシルリン酸；ヒドロキシプロピルリン酸；１，５−アンヒドロヘキシトールヌクレオチド；Ｌ−ヌクレオチド；アルファ−ヌクレオチド；修飾塩基ヌクレオチド；ホスホロジチオアート；スレオ−ペントフラノシルヌクレオチド；非環式３’，４’−セコヌクレオチド；３，４−ジヒドロキシブチルヌクレオチド；３，５−ジヒドロキシペンチルヌクレオチド、５’−５’−反転ヌクレオチド部分；５’−５’−反転脱塩基部分；５’−ホスホルアミダート；５’−ホスホロチオアート；１，４−ブタンジオールリン酸；５’−アミノ；架橋及び／又は非架橋５’−ホスホルアミダート、ホスホロチオアート及び／又はホスホロジチオアート、架橋又は非架橋メチルホスホナート及び５’−メルカプト部分が挙げられるが、これらだけに限定されない（より詳細には、参照により本明細書に組込む、Ｂｅａｕｃａｇｅ  ａｎｄ  Ｉｙｅｒ，  １９９３，  Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ４９，  １９２５を参照されたい。）。
【０５４９】
「非ヌクレオチド」という用語は、糖置換及び／又はリン酸置換を含めて、１個以上のヌクレオチド単位の代わりに核酸鎖に組み入れることができ、残りの塩基がその酵素活性を示すのを可能にする、任意の基又は化合物を意味する。この基又は化合物は、アデノシン、グアニン、シトシン、ウラシル、チミンなどの一般に認識されているヌクレオチド塩基を含まず、したがって１’位の塩基を欠く点で、脱塩基である。
【０５５０】
「アルキル」基とは、直鎖、分枝鎖、及び環式アルキル基を含めて、飽和脂肪族炭化水素を指す。アルキル基は、１から１２個の炭素を有することが好ましい。より好ましくは、アルキル基は、１から７個の炭素、より好ましくは１から４個の炭素の低級アルキルである。アルキル基は、置換されていても、いなくてもよい。置換されているときには、置換基は、好ましくは、ヒドロキシル、シアノ、アルコキシ、＝Ｏ、＝Ｓ、ＮＯ２若しくはＮ（ＣＨ３）２、アミノ又はＳＨである。この用語は、直鎖、分枝鎖及び環式基を含めて、少なくとも１個の炭素−炭素二重結合を含む不飽和炭化水素基であるアルケニル基も含む。アルケニル基は、１から１２個の炭素を有することが好ましい。より好ましくは、アルケニル基は、１から７個の炭素、より好ましくは１から４個の炭素の低級アルケニルである。アルケニル基は、置換されていても、いなくてもよい。置換されているときには、置換基は、好ましくは、ヒドロキシル、シアノ、アルコキシ、＝Ｏ、＝Ｓ、ＮＯ２、ハロゲン、Ｎ（ＣＨ３）２、アミノ又はＳＨである。「アルキル」という用語は、直鎖、分枝鎖及び環式基を含めて、少なくとも１個の炭素−炭素三重結合を含む不飽和炭化水素基を有するアルキニル基も含む。アルキニル基は、１から１２個の炭素を有することが好ましい。より好ましくは、アルキニル基は、１から７個の炭素、より好ましくは１から４個の炭素の低級アルキニルである。アルキニル基は、置換されていても、いなくてもよい。置換されているときには、置換基は、好ましくは、ヒドロキシル、シアノ、アルコキシ、＝Ｏ、＝Ｓ、ＮＯ２若しくはＮ（ＣＨ３）２、アミノ又はＳＨである。
【０５５１】
かかるアルキル基は、アリール、アルキルアリール、炭素環式アリール、複素環式アリール、アミド及びエステル基も含み得る。「アリール」基とは、共役したパイ電子系を有する少なくとも１個の環を有する芳香族基を指し、炭素環式アリール、複素環アリール及びビアリール基が含まれる。これらの基はすべて置換されていてもよい。アリール基の好ましい置換基は、ハロゲン、トリハロメチル、ヒドロキシル、ＳＨ、ＯＨ、シアノ、アルコキシ、アルキル、アルケニル、アルキニル及びアミノ基である。「アルキルアリール」基は、（上記）アリール基と共有結合した（上記）アルキル基を指す。炭素環式アリール基は、芳香環の環原子がすべて炭素原子である基である。炭素原子は、置換されていてもよい。複素環式アリール基は、芳香環の環原子として１から３個のヘテロ原子を有する基であり、環原子の残りは炭素原子である。適切なヘテロ原子としては、酸素、硫黄及び窒素が挙げられ、いずれも置換されていてもよい、フラニル、チエニル、ピリジル、ピロリル、Ｎ−低級アルキルピロロ、ピリミジル、ピラジニル、イミダゾリルなどが挙げられる。「アミド」とは−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−Ｒを指す。ここで、Ｒは、アルキル、アリール、アルキルアリール又は水素である。「エステル」とは−Ｃ（Ｏ）−ＯＲ’を指す。ここで、Ｒはアルキル、アリール、アルキルアリール又は水素である。
【０５５２】
本明細書では「ヌクレオチド」とは、（標準の）天然塩基、及び当分野で周知の修飾塩基を含むと当分野で認識されているとおりである。かかる塩基は、ヌクレオチド糖部分の１’位に一般に位置する。ヌクレオチドは、塩基、糖及びリン酸基を一般に含む。ヌクレオチドは、糖、リン酸及び／又は塩基成分において無修飾でも、修飾されていてもよい（ヌクレオチド類似体、修飾ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、非標準ヌクレオチドなどとも区別なく称される。例えば、参照により本明細書に組込む、Ｕｓｍａｎ  ａｎｄ  ＭｃＳｗｉｇｇｅｎ（前掲）；Ｅｃｋｓｔｅｉｎ他、国際公開第９２／０７０６５号；Ｕｓｍａｎ他、国際公開第９３／１５１８７号；Ｕｈｌｍａｎ  ＆  Ｐｅｙｍａｎ（前掲）を参照されたい。）。Ｌｉｍｂａｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９４，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２２，  ２１８３によって要約された、当分野で公知である修飾核酸塩基の幾つかの例がある。核酸分子中に導入することができる塩基修飾の非限定的例の一部としては、イノシン、プリン、ピリジン−４−オン、ピリジン−２−オン、フェニル、シュードウラシル、２，４，６−トリメトキシベンゼン、３−メチルウラシル、ジヒドロウリジン、ナフチル、アミノフェニル、５−アルキルシチジン（例えば、５−メチルシチジン）、５−アルキルウリジン（例えば、リボチミジン）、５−ハロウリジン（例えば、５−ブロモウリジン）、６−アザピリミジン、６−アルキルピリミジン（例えば、６−メチルウリジン）、プロピン及び他の塩基修飾（Ｂｕｒｇｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９６，  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  ３５，  １４０９０；Ｕｈｌｍａｎ  ＆  Ｐｅｙｍａｎ（前掲））が挙げられる。この態様において「修飾塩基」とは、１’位におけるアデニン、グアニン、シトシン及びウラシル以外のヌクレオチド塩基又はその等価物を意味する。
【０５５３】
一実施形態においては、本発明は、１個以上のホスホロチオアート、ホスホロジチオアート、メチルホスホナート、リン酸トリエステル、モルホリノ、アミダート  カルバマート、カルボキシメチル、アセトアミダート、ポリアミド、スルホナート、スルホンアミド、スルファメート、ホルムアセタール、チオホルムアセタール及び／又はアルキルシリル、置換を含むリン酸骨格修飾を有する修飾ｓｉＮＡ分子を特徴とする。オリゴヌクレオチド骨格修飾の総説については、Ｈｕｎｚｉｋｅｒ  ａｎｄ  Ｌｅｕｍａｎｎ，  １９９５，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，  ｉｎ  Ｍｏｄｅｒｎ  Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｍｅｔｈｏｄｓ，  ＶＣＨ，  ３３１−４１７及びＭｅｓｍａｅｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９４，  Ｎｏｖｅｌ  Ｂａｃｋｂｏｎｅ  Ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔｓ  ｆｏｒ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，  ｉｎ  Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  ＡＣＳ，  ２４−３９を参照されたい。
【０５５４】
「脱塩基」とは、糖部分の１’位において、核酸塩基を欠く糖部分、又は核酸塩基の代わりに水素原子（Ｈ）若しくは他の非核酸塩基化学基を有する糖部分を意味する。例えば、Ａｄａｍｉｃ他、米国特許第５，９９８，２０３号を参照されたい。一実施形態においては、本発明の脱塩基部分は、リボース、デオキシリボース又はジデオキシリボース糖である。
【０５５５】
「無修飾ヌクレオシド」とは、β−Ｄ−リボ−フラノースの１’炭素と結合したアデニン、シトシン、グアニンチミン又はウラシル塩基の１つを意味する。
【０５５６】
「修飾ヌクレオシド」とは、無修飾ヌクレオチドの塩基、糖及び／又はリン酸の化学構造中に修飾を含む任意のヌクレオチド塩基を意味する。修飾ヌクレオチドの非限定的例を、式Ｉ−ＶＩＩ及び／又は他の本明細書の修飾によって示す。
【０５５７】
本発明の２’修飾ヌクレオチドに関連して、「アミノ」とは、修飾されていても、いなくてもよい、２’−ＮＨ２又は２’−Ｏ−ＮＨ２を意味する。かかる修飾基は、例えば、参照によりその全体を本明細書に組込む、Ｅｃｋｓｔｅｉｎ他、米国特許第５，６７２，６９５号及びＭａｔｕｌｉｃ−Ａｄａｍｉｃ他、米国特許第６，２４８，８７８号に記載されている。
【０５５８】
核酸ｓｉＮＡ構造を種々修飾して、これらの分子の有用性を高めることができる。かかる修飾によって、有効期間、インビトロでの半減期、安定性が増大し、かかるオリゴヌクレオチドを標的部位に導入する容易さ、例えば、細胞膜の透過性が増大し、標的細胞を認識して、それに結合する能力が付与される。
【０５５９】
核酸分子の投与
本発明のｓｉＮＡ分子は、単独で、又は他の療法と組み合わせて、本明細書の、又は標的遺伝子若しくは標的経路遺伝子の発現に関係することが当分野で知られている疾患、形質、障害及び／又は症状の予防若しくは治療、及び／又は細胞若しくは組織において標的ポリヌクレオチド、若しくは標的ポリヌクレオチドから発現されるタンパク質のレベルに関係する、又は応答する任意の他の形質、疾患、障害若しくは症状の予防若しくは治療に用いるために適合させることができる。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子及びその調合物又は組成物を、本明細書に記載する、また、当分野で一般に公知である、細胞、対象又は生物体に投与する。
【０５６０】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ組成物は、対象に投与するためのリポソームを含めた送達ビヒクル、担体及び希釈剤及びその塩を含むことができ、及び／又は薬剤として許容される剤形で存在し得る。核酸分子の送達方法は、その全部を参照により本明細書に組込む、Ａｋｈｔａｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏ．，  ２，  １３９；  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ  ｆｏｒ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，  ｅｄ．  Ａｋｈｔａｒ，  １９９５，  Ｍａｕｒｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｍｏｌ．  Ｍｅｍｂｒ．  Ｂｉｏｌ．，  １６，  １２９−１４０；  Ｈｏｆｌａｎｄ  ａｎｄ  Ｈｕａｎｇ，  １９９９，  Ｈａｎｄｂ．  Ｅｘｐ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．，  １３７，  １６５−１９２及びＬｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  ＡＣＳ  Ｓｙｍｐ．  Ｓｅｒ．，  ７５２，  １８４−１９２に記載されている。Ｂｅｉｇｅｌｍａｎ他、米国特許第６，３９５，７１３号及びＳｕｌｌｉｖａｎ他、国際公開第９４／０２５９５号は、核酸分子の一般的送達方法を更に記載している。これらのプロトコルは、実質的にあらゆる核酸分子の送達に利用することができる。核酸分子は、リポソーム封入、イオン泳動、又は生分解性ポリマー、ヒドロゲル、シクロデキストリン（例えば、Ｇｏｎｚａｌｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．，  １０，  １０６８−１０７４；Ｗａｎｇ他、国際公開第０３／４７５１８号及び同０３／４６１８５号参照）、ポリ（乳酸−ｃｏ−グリコール酸）（ＰＬＧＡ）及びＰＬＣＡミクロスフェア（例えば、米国特許第６，４４７，７９６号及び米国特許出願公開第２００２１３０４３０号参照）、生分解性ナノカプセル剤、生体接着性（ｂｉｏａｄｈｅｓｉｖｅ）ミクロスフェアなどの他のビヒクルへの組み入れ、又はタンパク質ベクター（Ｏ’Ｈａｒｅ及びＮｏｒｍａｎｄ、国際公開第００／５３７２２号）を含めて、ただしこれらだけに限定されない、当業者に公知である種々の方法によって細胞に投与することができる。別の実施形態においては、本発明の核酸分子は、ポリエチレンイミン−ポリエチレングリコール−Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＰＥＩ−ＰＥＧ−ＧＡＬ）、ポリエチレンイミン−ポリエチレングリコール−トリ−Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＰＥＩ−ＰＥＧ−ｔｒｉＧＡＬ）誘導体などのポリエチレンイミン及びその誘導体と一緒に処方又は複合化することもできる。一実施形態においては、本発明の核酸分子は、参照によりその全体を本明細書に組込む米国特許出願公開第２００３００７７８２９号に記載したとおりに処方される。
【０５６１】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、参照によりその全体を本明細書に組込む、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号、及び２００６年２月１４日に出願された米国特許出願第１１／３５３，６３０号（Ｖａｒｇｅｅｓｅ他）に記載された組成物として処方される。かかるｓｉＮＡ調合物を一般に「脂質核酸粒子」（ＬＮＰ）と称する。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、本明細書の表ＩＶの１種類以上のＬＮＰ組成物と一緒に調合される（米国特許出願第１１／３５３，６３０号（前掲）参照）。
【０５６２】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子及びその調合物又は組成物を、米国特許出願公開第２００６／００６２７５８号、同２００６／００１４２８９号及び同２００４／００７７５４０号のとおりに、肺組織及び細胞に投与する。
【０５６３】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を、図面を含めて、参照によりその全体を本明細書に組込む米国特許出願公開第２００１０００７６６６号のものなどの膜破壊剤（ｄｉｓｒｕｐｔｉｖｅ  ａｇｅｎｔ）と複合化する。別の実施形態においては、膜破壊剤とｓｉＮＡ分子も、図面を含めて、参照によりその全体を本明細書に組込む米国特許第６，２３５，３１０号の脂質などの陽イオン性脂質又は補助（ｈｅｌｐｅｒ）脂質分子と複合化する。
【０５６４】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を、図面を含めて、参照によりその全体を本明細書に組込む、米国特許出願公開第２００３０７７８２９号、国際公開第００／０３６８３号及び同０２／０８７５４１号の送達系と複合化する。
【０５６５】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を、図面を含めて、参照によりその全体を本明細書に組込む、米国特許出願公開第２００５０２８７５５１号、同２００５０１６４２２０号、同２００５０１９１６２７号、同２００５０１１８５９４号、同２００５０１５３９１９号、同２００５００８５４８６号及び同２００３０１５８１３３号に一般に記載されている送達系と複合化する。
【０５６６】
一実施形態においては、本発明の核酸分子を、アテロコラーゲン複合化又は抱合によって、骨格組織（例えば、骨、軟骨、腱、靭帯）又は骨転移性腫ように投与する（例えば、Ｔａｋｅｓｈｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００５，  ＰＮＡＳ，  １０２，  １２１７７−１２１８２参照）。したがって、一実施形態においては、本発明は、アテロコラーゲンと複合化された組成物としての１個以上のｄｓｉＮＡ分子を特徴とする。別の実施形態においては、本発明は、本明細書に記載する、又は当分野で公知である、リンカーによって、アテロコラーゲンと抱合された１個以上のｓｉＮＡ分子を特徴とする。
【０５６７】
一実施形態においては、本発明の核酸分子、及びその調合物（例えば、本発明の二本鎖核酸分子のＬＮＰ調合物）を、吸入装置又はネブライザーによって投与されるエアゾール剤又は噴霧乾燥製剤の吸入などによる肺送達によって投与して、核酸分子を関連する肺組織に迅速に局所的に取り込ませる。微粉化核酸組成物の呼吸用乾燥粒子を含む固体粒子組成物は、乾燥又は凍結乾燥した核酸組成物を粉砕し、次いで微粉化組成物を、例えば、４００メッシュスクリーンに通して、大きい凝集物を分解又は分離することによって調製することができる。本発明の核酸組成物を含む固体粒子組成物は、エアゾール剤及び他の治療化合物の形成を容易にするのに役立つ分散剤を含んでいてもよい。適切な分散剤は、ラクトースであり、核酸化合物と１対１重量比などの任意の適切な比で混合することができる。
【０５６８】
本発明の核酸組成物を含む液体粒子のエアゾール剤は、ネブライザーなどの任意の適切な手段によって生成され得る（例えば、米国特許第４，５０１，７２９号参照）。ネブライザーは、圧縮ガス、典型的には空気若しくは酸素を細いベンチュリーオリフィスに通して加速することによって、又は超音波振動によって、活性成分の溶液又は懸濁液を治療用エアゾールミストに転換する市販装置である。ネブライザー用に適切な製剤は、製剤の最高４０％ｗ／ｗ、好ましくは２０％ｗ／ｗ未満の活性成分を液体担体中に含む。担体は、典型的には水又は希薄アルコール水溶液であり、好ましくは、例えば塩化ナトリウム又は他の適切な塩を添加することによって、体液と等張にされる。必須でない添加剤としては、製剤が無菌調製されていない場合には防腐剤、例えば、ヒドロキシ安息香酸メチル、抗酸化剤、香味剤、揮発油、緩衝剤、乳化剤、他の処方界面活性剤などが挙げられる。活性組成物を含む固体粒子と界面活性剤のエアゾール剤は、任意の固体粒子エアゾール発生器を用いて同様に生成させることができる。固体粒子治療剤を対象に投与するエアゾール発生器は、上で説明したように、呼吸用粒子を生成し、所定用量の治療用組成物を含有する一定体積のエアゾール剤をヒト投与に適切な速度で生成する。
【０５６９】
一実施形態においては、本発明の固体粒子エアゾール発生器は吸入器である。吸入器による投与に適切な製剤としては、吸入器によって送達することができる微粉砕散剤が挙げられる。吸入器では、散剤、例えば、本明細書に記載する治療の実施に有効なその一定用量を、典型的にはゼラチン又はプラスチックでできたカプセル又はカートリッジに入れる。カプセル又はカートリッジは、現場で貫通され、又は開口され、吸息又は手動操作のポンプによって装置を通して吸い込まれる空気によって散剤が送達される。吸入器に用いられる散剤は、活性成分のみからなり、又は活性成分と、ラクトースなどの適切な粉末希釈剤と、必須でない界面活性剤とを含む粉末混合物からなる。活性成分は、典型的には、製剤の０．１から１００ｗ／ｗである。説明のためのエアゾール発生器の第２のタイプは、定量吸入器を含む。定量吸入器は、液化噴霧剤中に活性成分の懸濁液剤又は溶液剤を典型的には含む加圧エアゾール分注器である。使用中に、この装置は、一定体積を送達するようになされた弁を通して製剤を吐出して、活性成分を含む微粒子噴霧を生成する。適切な噴霧剤としては、ある種のクロロフルオロ炭素化合物、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、その混合物などが挙げられる。製剤は、１種類以上の共溶媒、例えばエタノール、乳化剤、及びオレイン酸、トリオレイン酸ソルビタンなどの他の処方界面活性剤、抗酸化剤、並びに適切な香味剤を更に含むことができる。他の肺送達方法は、例えば、参照により本明細書に組込む、米国特許出願公開第２００４００３７７８０号及び米国特許第６，５９２，９０４号、同６，５８２，７２８号、同６，５６５，８８５号に記載されている。
【０５７０】
一実施形態においては、肺送達に用いられる本明細書のｓｉＮＡ及びＬＮＰ組成物及び調合物は、１種類以上の界面活性剤を更に含む。本発明の組成物の取り込みを増大させる適切な界面活性剤又は界面活性剤成分としては、合成及び天然並びに完全型及び切断型の界面活性剤タンパク質Ａ、界面活性剤タンパク質Ｂ、界面活性剤タンパク質Ｃ、界面活性剤タンパク質Ｄ及び界面活性剤タンパク質Ｅ、（ジパルミトイル以外の）二飽和（ｄｉ−ｓａｔｕｒａｔｅｄ）ホスファチジルコリン、ジパルミトイルホスファチジルコリン、ホスファチジルコリン、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン；ホスファチジン酸、ユビキノン、リゾホスファチジルエタノールアミン、リゾホスファチジルコリン、パルミトイル−リゾホスファチジルコリン、デヒドロエピアンドロステロン、ドリコール、スルファチド（ｓｕｌｆａｔｉｄｉｃ）酸、グリセリン−３−ホスファート、ジヒドロキシアセトンリン酸、グリセリン、グリセロ−３−ホスホコリン、ジヒドロキシアセトン、パルミタート、シチジン二リン酸（ＣＤＰ）ジアシルグリセロール、ＣＤＰコリン、コリン、コリンリン酸、並びに界面活性剤成分の天然担体ビヒクルである天然及び人工の層状体、オメガ３脂肪酸、ポリエン（ｐｏｌｙｅｎｉｃ）酸、ポリエン（ｐｏｌｙｅｎｏｉｃ）酸、レシチン、パルミチン（ｐａｌｍｉｔｉｎｉｃ）酸、エチレン又はプロピレンオキシドの非イオンブロック共重合体、ポリオキシプロピレン、単量体及び重合体、ポリオキシエチレン、単量体及重合体、デキストラン及び／又はアルカノイル側鎖を有するポリ（ビニルアミン）、Ｂｒｉｊ  ３５、Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００、並びに合成界面活性剤ＡＬＥＣ、Ｅｘｏｓｕｒｆ、Ｓｕｒｖａｎ及びＡｔｏｖａｑｕｏｎｅがとりわけ挙げられる。これらの界面活性剤は、調合物中で、単一で、若しくは複数成分の界面活性剤の一部として、又は本明細書の薬剤組成物の核酸成分の５’及び／又は３’末端に共有結合付加して、使用することができる。
【０５７１】
本発明の組成物は、呼吸に適したサイズの粒子、例えば、吸入後、鼻、口及び喉頭を通過し、気管支及び肺胞を通過するのに十分に小さなサイズの粒子を含む製剤として、呼吸器系に投与することができる。一般に、呼吸用粒子は、約０．５から１０ミクロンのサイズである。エアゾール剤に含まれる呼吸に不適当なサイズの粒子は、咽頭に付着しやすく、えん下されやすい。したがって、エアゾール剤中の呼吸に不適当な粒子の量は、最小限に抑えられる。経鼻投与の場合、鼻腔内に確実に保持するために、１０−５００ｕｍの範囲の粒径が好ましい。
【０５７２】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子及びその調合物又は組成物を、当分野で一般に公知であるとおりに、肝臓に投与する（例えば、Ｗｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｗｏｒｌｄ  Ｊ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，  １０，  ２４４−９；  Ｍｕｒａｏ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｐｈａｒｍ  Ｒｅｓ．，  １９，  １８０８−１４；  Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３，  ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．，  １０，  １８０−７；  Ｈｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３，  Ｊ  Ｐｈａｒｍ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．，  ５４，  ５１−８；  Ｈｅｒｒｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ａｒｃｈ  Ｖｉｒｏｌ．，  １４９，  １６１１−７及びＭａｔｓｕｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３，  ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．，  １０，  １５５９−６６参照）。
【０５７３】
一実施形態においては、本発明は、本発明の核酸分子を中枢神経系及び／又は末梢神経系に送達する方法の使用を特徴とする。実験によって、ニューロンによるインビボでの効率的な核酸の取り込みが実証された。神経細胞への核酸の局所投与の例として、Ｓｏｍｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ａｎｌｉｓｅｎｓｅ  Ｎｕｃ．  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ．，  ８，  ７５は、ｃ−ｆｏｓに対する１５量体ホスホロチオアートアンチセンス核酸分子を微量注入によってラットの脳に投与する研究を記載している。テトラメチルローダミン−イソチオシアナート（ＴＲＩＴＣ）又はフルオレセインイソチオシアナート（ＦＩＴＣ）で標識されたアンチセンス分子は、注射後３０分で専らニューロンによって吸収された。これらの細胞では、拡散した細胞質染色及び核染色が観察された。神経細胞への核酸の全身投与の例として、Ｅｐａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｎｕｃ．  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ．，  １０，  ４６９は、ベータ−シクロデキストリン−アダマンタン−オリゴヌクレオチド抱合体を用いて、神経に分化したＰＣ１２細胞中のｐ７５ニューロトロフィン受容体を標的とした、インビボでのマウス試験を記載している。２週間のＩＰ投与後、後根神経節（ＤＲＧ）細胞において、ｐ７５ニューロトロフィン受容体アンチセンスの顕著な取り込みが認められた。また、ＤＲＧニューロンにおいて、ｐ７５の著しい一貫した下方制御が認められた。ニューロンへの核酸の別のターゲティング手法は、Ｂｒｏａｄｄｕｓ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．，  ８８（４），  ７３４；  Ｋａｒｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ｅｕｒ．  Ｊ．  Ｐｈａｒｍｏｃｏｌ．，  ３４０（２／３），  １５３；  Ｂａｎｎａｉ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  ７８４（１，２），  ３０４；  Ｒａｊａｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ｓｙｎａｐｓｅ，  ２６（３），  １９９；  Ｗｕ−ｐｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  ＢｉｏＰｈａｒｍ，  １２（１），  ３２；  Ｂａｎｎａｉ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．  Ｐｒｏｔｏｃ．，  ３（１），  ８３；  Ｓｉｍａｎｔｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９６，  Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ，  ７４（１），  ３９に記載されている。したがって、本発明の核酸分子は、ＲＥ遺伝子発現の調節に対して反復伸長（ｒｅｐｅａｔ  ｅｘｐａｎｓｉｏｎ）対立遺伝子変種を発現する細胞に送達され、取り込まれやすい。ＲＥを標的にした本発明の核酸分子は、多種多様な戦略によって送達される。使用することができるＣＮＳ送達の伝統的手法としては、鞘内及び脳室内投与、カテーテル及びポンプの埋め込み、傷害若しくは病変の部位における直接注射若しくは潅流、脳動脈系への注射、又は化学物質若しくは浸透圧による血液脳関門の開口が挙げられるが、これらだけに限定されない。他の手法としては、例えば抱合体及び生分解性ポリマーを用いた、種々の輸送及び担体系の使用も挙げられる。また、例えば、Ｋａｐｌｉｔｔ他、米国特許第６，１８０，６１３号及びＤａｖｉｄｓｏｎ、国際公開第０４／０１３２８０号の遺伝子療法によって、ＣＮＳにおいて核酸分子を発現させることができる。
【０５７４】
本発明の核酸分子は、多種多様な戦略によってＣＮＳに送達される。使用することができるＣＮＳ送達の伝統的手法としては、鞘内及び脳室内投与、カテーテル及びポンプの埋め込み、傷害若しくは病変の部位における直接注射若しくは潅流、脳動脈系への注射、又は化学物質若しくは浸透圧による血液脳関門の開口が挙げられるが、これらだけに限定されない。他の手法としては、例えば抱合体及び生分解性ポリマーを用いた、種々の輸送及び担体系の使用も挙げられる。また、例えば、Ｋａｐｌｉｔｔ他、米国特許第６，１８０，６１３号及びＤａｖｉｄｓｏｎ、国際公開第０４／０１３２８０号の遺伝子療法によって、ＣＮＳにおいて核酸分子を発現させることができる。
【０５７５】
一実施形態においては、眼球の症状（例えば、黄斑変性症、糖尿病性網膜症など）の治療用化合物、分子又は組成物を、眼内に、又は眼内手段によって、対象に投与する。別の実施形態においては、眼球の症状（例えば、黄斑変性症、糖尿病性網膜症など）の治療用化合物、分子又は組成物を、眼周囲に、又は眼周囲手段によって、対象に投与する（例えば、Ａｈｌｈｅｉｍ他、国際公開第０３／２４４２０号参照）。一実施形態においては、ｓｉＮＡ分子及び／又はその調合物若しくは組成物を、眼内に、又は眼内手段によって、対象に投与する。別の実施形態においては、ｓｉＮＡ分子及び／又はその調合物若しくは組成物を、眼周囲に、又は眼周囲手段によって、対象に投与する。眼周囲投与は、一般に、ｓｉＮＡ分子及びその調合物又は組成物を対象に投与する侵襲性の低い手法である（例えば、Ａｈｌｈｅｉｍ他、国際公開第０３／２４４２０号参照）。眼周囲投与を用いると、網膜剥離のリスクも最小化され、より頻繁な投薬又は投与が可能になり、黄斑変性症及び眼の他の症状に対して臨床的に関連する投与経路を提供し、薬物送達用貯蔵器（例えば、移植片、ポンプ又は他の装置）を使用することも可能である。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ化合物及び組成物を局所的に、例えば、注射、イオン泳動（例えば、国際公開第０３／０４３６８９号及び同０３／０３０９８９号参照）、移植片などの眼内又は眼周囲手段によって、約１−５０週ごと（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０週ごと）に、単独で、又は本明細書の他の化合物及び／又は療法と組み合わせて投与する。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ化合物及び組成物を（例えば、静脈内、皮下、筋肉内、注入、ポンプ、移植片などによって）全身的に、約１−５０週ごと（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０週ごと）に、単独で、又は本明細書の、及び／又は当分野で公知の他の化合物及び／又は療法と組み合わせて、投与する。
【０５７６】
一実施形態においては、本発明は、本発明の核酸分子を、単球及びリンパ球を含めた造血細胞に送達する方法の使用を特徴とする。これらの方法は、Ｈａｒｔｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｊ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｅｘｐ．  Ｔｈｅｒ．，  ２８５（２），  ９２０−９２８；  Ｋｒｏｎｅｎｗｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｂｌｏｏｄ，  ９１（３），  ８５２−８６２；  Ｆｉｌｉｏｎ  ａｎｄ  Ｐｈｉｌｌｉｐｓ，  １９９７，  Ｂｉｏｃｈｉｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  Ａｃｔａ．，  １３２９（２），  ３４５−３５６；  Ｍａ  ａｎｄ  Ｗｅｉ，  １９９６，  Ｌｅｕｋ．  Ｒｅｓ．，  ２０（１１／１２），  ９２５−９３０及びＢｏｎｇａｒｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９４，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  ２２（２２），  ４６８１−８に詳述されている。かかる方法は、上述したように、オリゴヌクレオチドを造血細胞に移入するために、遊離オリゴヌクレオチド、陽イオン性脂質調合物、ｐＨ感応性リポソーム及び免疫リポソームを含めたリポソーム調合物、及び膜融合ペプチドと抱合されたオリゴヌクレオチドを含めたバイオコンジュゲートの使用を含む。
【０５７７】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子及び組成物を、投与に適切な条件下で、蝸牛などの内耳細胞、組織又は構造とｓｉＮＡを接触させることによって、内耳に投与する。一実施形態においては、投与は、参照により本明細書に組込む、米国特許第５，４２１，８１８号、同５，４７６，４４６号、同５，４７４，５２９号、同６，０４５，５２８号、同６，４４０，１０２号、同６，６８５，６９７号、同６，１２０，４８４号及び同５，５７２，５９４号、並びにＳｉｌｖｅｒｓｔｅｉｎ，  １９９９，  Ｅａｒ  Ｎｏｓｅ  Ｔｈｒｏａｔ  Ｊ．，  ７８，  ５９５−８，  ６００及びＪａｃｋｓｏｎ  ａｎｄ  Ｓｉｌｖｅｒｓｔｅｉｎ，  ２００２，  Ｏｔｏｌａｒｙｎｇｏｌ  Ｃｌｉｎ  Ｎｏｒｔｈ  Ａｍ．，  ３５，  ６３９−５３の教示に記述され、本発明のｓｉＮＡ分子用に改作された、方法及び装置を含む。
【０５７８】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子及びその調合物又は組成物を、当分野で一般に公知であるとおりに、真皮又はろ胞に直接的に、又は局部的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）（例えば、局所的に（ｌｏｃａｌｌｙ））投与する（例えば、Ｂｒａｎｄ，  ２００１，  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｍｏｌ．  Ｔｈｅｒ．，  ３，  ２４４−８；  Ｒｅｇｎｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｊ．  Ｄｒｕｇ  Ｔａｒｇｅｔ，  ５，  ２７５−８９；  Ｋａｎｉｋｋａｎｎａｎ，  ２００２，  ＢｉｏＤｒｕｇｓ，  １６，  ３３９−４７；  Ｗｒａｉｇｈｔ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  Ｔｈｅｒ．，  ９０，  ８９−１０４及びＰｒｅａｔ  ａｎｄ  Ｄｕｊａｒｄｉｎ，  ２００１，  ＳＴＰ  ＰｈａｒｍａＳｃｉｅｎｃｅｓ，  １１，  ５７−６８参照）。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子及びその調合物又は組成物を、アルコール（例えば、エタノール又はイソプロパノール）、水を含み、ミリスチン酸イソプロピル、カーボマー９８０などの追加の薬剤を含んでいてもよい、ヒドロアルコールゲル調合物によって、直接的に、又は局部的に投与する。
【０５７９】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を、例えば特定の器官又は区画（例えば、眼、眼底、心臓、肝臓、腎臓、ぼうこう、前立腺、腫よう、ＣＮＳなど）に、イオン泳動によって投与する。イオン泳動による送達の非限定的例は、例えば、参照によりその全体を本明細書に組込む国際公開第０３／０４３６８９号及び同０３／０３０９８９号に記載されている。
【０５８０】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ化合物及び組成物を、全身的に、又は局所的に、約１−５０週ごと（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０週ごと）に、単独で、又は本明細書の他の化合物及び／又は療法と組み合わせて、投与する。一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ化合物及び組成物を（例えば、静脈内、皮下、筋肉内、注入、ポンプ、移植片などによって）全身的に、約１−５０週ごと（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０週ごと）に、単独で、又は本明細書の、及び／又は当分野で公知の他の化合物及び／又は療法と組み合わせて、投与する。
【０５８１】
一実施形態においては、本発明の送達系としては、例えば、水系及び非水系ゲル、クリーム、多相乳濁液（ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｅｍｕｌｓｉｏｎ）、マイクロエマルジョン、リポソーム、軟膏、水溶液及び非水溶液、ローション、エアゾール、炭化水素基剤及び粉末が挙げられ、可溶化剤、透過促進剤（ｐｅｒｍｅａｔｉｏｎ  ｅｎｈａｎｃｅｒ）（例えば、脂肪酸、脂肪酸エステル、脂肪アルコール及びアミノ酸）、親水性ポリマー（例えば、ポリカルボフィル及びポリビニルピロリドン）などの賦形剤を含むことができる。一実施形態においては、薬剤として許容される担体は、リポソーム又は経皮促進剤（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ  ｅｎｈａｎｃｅｒ）である。本発明に使用することができるリポソームの例としては、（１）ＣｅｌｌＦｅｃｔｉｎ、陽イオン性脂質Ｎ，ＮＩ，ＮＩＩ，ＮＩＩＩ−テトラメチル−Ｎ，ＮＩ，ＮＩＩ，ＮＩＩＩ−テトラパルミト（ｔｅｔｒａｐａｌｍｉｔ）−ｙ−スペルミンとジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）の１：１．５（Ｍ／Ｍ）リポソーム調合物（ＧＩＢＣＯ  ＢＲＬ）、（２）Ｃｙｔｏｆｅｃｔｉｎ  ＧＳＶ、陽イオン性脂質とＤＯＰＥの２：１（Ｍ／Ｍ）リポソーム調合物（Ｇｌｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ）、（３）ＤＯＴＡＰ（Ｎ−［１−（２，３−ジオレオイルオキシ）−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリ−メチル−アンモニウムメチルスルファート）（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｍａｎｈｅｉｍ）及び（４）Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ、ポリカチオン脂質ＤＯＳＰＡと中性脂質ＤＯＰＥの３：１（Ｍ／Ｍ）リポソーム調合物（ＧＩＢＣＯ  ＢＲＬ）が挙げられる。
【０５８２】
一実施形態においては、本発明の送達系としては、貼付剤、錠剤、座剤、ペッサリー、ゲル及びクリームが挙げられ、本発明の送達系は、可溶化剤及びエンハンサー（例えば、プロピレングリコール、胆汁酸塩及びアミノ酸）、他のビヒクル（例えば、ポリエチレングリコール、脂肪酸エステル及び誘導体、並びにヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒアルロン酸などの親水性ポリマー）などの賦形剤も含み得る。
【０５８３】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、ポリエチレンイミン（例えば、線状又は分枝ＰＥＩ）及び／又は、例えば、ガラクトースＰＥＩ、コレステロールＰＥＩ、抗体によって誘導体化されたＰＥＩ、そのポリエチレングリコールＰＥＩ（ＰＥＧ−ＰＥＩ）誘導体などのグラフト（ｇｒａｆｔｅｄ）ＰＥＩを含めたポリエチレンイミン誘導体と一緒に処方され、又は複合化される（例えば、参照により本明細書に組込む、Ｏｇｒｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  ＡＡＰＡ  ＰｈａｒｍＳｃｉ，  ３，  １−１１；  Ｆｕｒｇｅｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３，  Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．，  １４，  ８４０−８４７；  Ｋｕｎａｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｐｈｒａｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  １９，  ８１０−８１７；  Ｃｈｏｉ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｂｕｌｌ．  Ｋｏｒｅａｎ  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．，  ２２，  ４６−５２；  Ｂｅｔｔｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．，  １０，  ５５８−５６１；  Ｐｅｔｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．，  １３，  ８４５−８５４；  Ｅｒｂａｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｇｅｎｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  Ｐｒｅｐｒｉｎｔ，  １，  １−１８；  Ｇｏｄｂｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９．，  ＰＮＡＳ  ＵＳＡ，  ９６，  ５１７７−５１８１；  Ｇｏｄｂｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｒｅｌｅａｓｅ，  ６０，  １４９−１６０；  Ｄｉｅｂｏｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  ２７４，  １９０８７−１９０９４；  Ｔｈｏｍａｓ  ａｎｄ  Ｋｌｉｂａｎｏｖ，  ２００２，  ＰＮＡＳ  ＵＳＡ，  ９９，  １４６４０−１４６４５及びＳａｇａｒａ、米国特許第６，５８６，５２４号参照）。
【０５８４】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子は、バイオコンジュゲート、例えば、参照により本明細書に組込む、２００３年４月３０日に出願されたＶａｒｇｅｅｓｅ他、米国特許出願第１０／４２７，１６０号、米国特許第６，５２８，６３１号、同６，３３５，４３４号、同６，２３５，８８６号、同６，１５３，７３７号、同５，２１４，１３６号、同５，１３８，０４５号の核酸抱合体を含む。
【０５８５】
したがって、本発明は、本発明の１種類以上の核酸を安定剤、緩衝剤などの許容される担体中に含む薬剤組成物を特徴とする。本発明のポリヌクレオチドは、安定剤、緩衝剤などを用いて、又は用いないで、薬剤組成物を形成する任意の標準手段によって、対象に投与することができ（例えば、ＲＮＡ、ＤＮＡ又はタンパク質）、導入することができる。リポソーム送達機構を利用することが望ましいときには、リポソームの標準形成プロトコルに従うことができる。本発明の組成物は、クリーム剤、ゲル剤、噴霧剤、オイル剤、及び当分野で公知である、局所、皮膚又は経皮投与に適切な他の組成物として、処方し、使用することもできる。
【０５８６】
本発明は、薬剤として許容される、上記化合物の調合物も含む。これらの調合物は、上記化合物の塩、例えば、酸付加塩、例えば、塩酸塩、臭化水素酸塩、酢酸塩及びベンゼンスルホン酸塩を含む。
【０５８７】
薬理学的組成物又は調合物とは、例えばヒトを含めて、細胞又は対象に投与、例えば全身又は局所投与するのに適切な形態の組成物又は調合物を指す。適切な形態は、用途又は流入経路、例えば経口、経皮若しくは注射に応じて、ある程度決まる。かかる形態は、組成物又は調合物が標的細胞（すなわち、負に帯電した核酸の送達が望ましい細胞）に到達するのを妨害すべきではない。例えば、血流中に注射する薬理学的組成物は、可溶であるべきである。他の因子は、当分野で公知であり、毒性、組成物又は調合物がその効果を発揮するのを防止する形態などの考慮事項を含む。
【０５８８】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を、薬剤として許容される組成物又は調合物として全身投与によって対象に投与する。「全身投与」とは、インビボでの全身吸収、又は血流中の薬物の蓄積と、それに後く全身への分布を意味する。全身吸収に至る投与経路としては、静脈内、皮下、門脈、腹腔内、吸入、経口、肺内及び筋肉内が挙げられるが、これらだけに限定されない。これらの投与経路の各々によって、到達可能な患部組織（例えば、肺）が本発明のｓｉＮＡ分子に暴露される。循環中への薬物の流入速度は、分子量又はサイズの関数であることが判明している。本発明の化合物を含むリポソーム又は他の薬物担体を使用すると、例えば、細網内皮系（ＲＥＳ）の組織などのある組織タイプに薬物を潜在的に局在化させることができる。リンパ球、マクロファージなどの細胞の表面と薬物との会合を容易にし得るリポソーム調合物も有用である。この手法は、マクロファージ及びリンパ球による異常細胞の免疫認識の特異性を利用することによって、標的細胞への薬物の送達を促進することができる。
【０５８９】
「薬剤として許容される調合物」又は「薬剤として許容される組成物」とは、本発明の核酸分子を、その所望の活性に最も適切である身体部位に有効に分布させることができる組成物又は調合物を意味する。本発明の核酸分子と一緒に処方するのに適切である薬剤の非限定的例としては、（Ｐｌｕｒｏｎｉｃ  Ｐ８５などの）Ｐ糖タンパク質阻害剤、徐放性送達用のポリ（ＤＬ−ラクチド−コグリコリド）ミクロスフェアなどの生分解性ポリマー（Ｅｍｅｒｉｃｈ，  ＤＦ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  Ｃｅｌｌ  Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ，  ８，  ４７−５８）、及びポリブチルシアノアクリラートでできたものなどの充填（ｌｏａｄｅｄ）ナノ粒子が挙げられる。本発明の核酸分子の送達戦略の他の非限定的例としては、Ｂｏａｄｏ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｊ．  Ｐｈａｒｍ．  Ｓｃｉ，  ８７，  １３０８−１３１５；  Ｔｙｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．，  ４２１，  ２８０−２８４；  Ｐａｒｄｒｉｄｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  ＰＮＡＳ  ＵＳＡ．，  ９２，  ５５９２−５５９６；  Ｂｏａｄｏ，  １９９５，  Ａｄｖ．  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖ．，  １５，  ７３−１０７；  Ａｌｄｒｉａｎ−Ｈｅｒｒａｄａ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９８，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２６，  ４９１０−４９１６及びＴｙｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  ＰＮＡＳ  ＵＳＡ．，  ９６，  ７０５３−７０５８の材料が挙げられる。
【０５９０】
本発明は、ポリ（エチレングリコール）脂質（ＰＥＧ修飾又は長時間循環型のリポソーム、すなわちステルスリポソーム）を含む表面修飾リポソームと本発明の核酸分子とを含む組成物の使用も特徴とする。これらの調合物は、標的組織における薬物（例えば、ｓｉＮＡ）の蓄積を増加させる方法を与える。このクラスの薬物担体は、単核食細胞系（ＭＰＳ又はＲＥＳ）によるオプソニン作用及び排除に抵抗性であり、それによって、カプセル剤の血液循環時間を延長し、組織暴露を増強することができる（Ｌａｓｉｃ  ｅｔ  ａｌ．  Ｃｈｅｍ．  Ｒｅｖ．  １９９５，  ９５，  ２６０１−２６２７；  Ｉｓｈｉｗａｔａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｈｅｍ．  Ｐｈａｒｍ．  Ｂｕｌｌ．  １９９５，  ４３，  １００５−１０１１）。かかるリポソームは、恐らくは新生血管標的組織における溢出及び捕獲によって、腫よう中に選択的に蓄積することが判明している（Ｌａｓｉｃ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９５，  ２６７，  １２７５−１２７６；  Ｏｋｕ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ｂｉｏｃｈｉｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  Ａｃｔａ，  １２３８，  ８６−９０）。長時間循環型リポソームは、特に、ＭＰＳの組織で蓄積することが知られている従来の陽イオン性リポソームに比較して、ＤＮＡ及びＲＮＡの薬物動態学及び薬力学を増強する（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  １９９５，  ４２，  ２４８６４−２４８７０；Ｃｈｏｉ他、国際公開第９６／１０３９１号；Ａｎｓｅｌｌ他、国際公開第９６／１０３９０号；Ｈｏｌｌａｎｄ他、国際公開第９６／１０３９２号）。長時間循環型リポソームは、肝臓、ひ臓などの代謝的に攻撃的なＭＰＳ組織における蓄積を回避するその能力に基づいて、陽イオン性リポソームと比較して、薬物をヌクレアーゼ分解からより強く保護する可能性もある。
【０５９１】
一実施形態においては、本発明のリポソーム調合物は、参照によりその全体を本明細書に組込む、米国特許第６，８５８，２２４号；同６，５３４，４８４号；同６，２８７，５９１号；同６，８３５，３９５号；同６，５８６，４１０号；同６，８５８，２２５号；同６，８１５，４３２号；同６，５８６，００１号；同６，１２０，７９８号；同６，９７７，２２３号；同６，９９８，１１５号；同５，９８１，５０１号；同５，９７６，５６７号；同５，７０５，３８５号；米国特許出願公開第２００６／００１９９１２号；同２００６／００１９２５８号；同２００６／０００８９０９号；同２００５／０２５５１５３号；同２００５／００７９２１２号；同２００５／０００８６８９号；同２００３／００７７８２９号、同２００５／００６４５９５号、同２００５／０１７５６８２号、同２００５／０１１８２５３号；同２００４／００７１６５４号；同２００５／０２４４５０４号；同２００５／０２６５９６１号及び同２００３／００７７８２９号の化合物及び組成物と一緒に処方又は複合化された本発明の二本鎖核酸分子（例えば、ｓｉＮＡ）を含む。
【０５９２】
本発明は、薬剤として許容される担体又は希釈剤中に薬学的有効量の所望の化合物を含む、保存又は投与用に調製された組成物も含む。治療用に許容される担体又は希釈剤は、薬剤分野ではよく知られており、例えば、参照により本明細書に組込むＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，  Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．（Ａ．Ｒ．  Ｇｅｎｎａｒｏ  ｅｄｉｔ．  １９８５）に記載されている。例えば、防腐剤、安定剤、色素及び香味剤を用意することもできる。これらには、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸及びｐ−ヒドロキシ安息香酸エステルが含まれる。また、抗酸化剤及び懸濁剤も使用することができる。
【０５９３】
薬学的に有効な用量とは、病態の予防、発症の阻止、又は（症候をある程度軽減する、好ましくは症候の全部を軽減する）治療に必要な用量である。薬学的に有効な用量は、疾患のタイプ、用いる組成物、投与経路、治療するほ乳動物のタイプ、検討する特定のほ乳動物の身体特性、併用する薬物療法、及び医薬分野の当業者が認識する他の因子に応じて決まる。一般に、負に帯電したポリマーの効力に応じて、活性成分０．１ｍｇ／ｋｇから約１００ｍｇ／ｋｇ体重／日を投与する。
【０５９４】
本発明の核酸分子及びその調合物は、薬剤として許容される従来の無毒の担体、アジュバント及び／又はビヒクルを含む単位用量剤形で、経口的に、局所的に、非経口的に、吸入若しくは噴霧によって、又は直腸に、投与することができる。本明細書では非経口という用語は、経皮、皮下、血管内（例えば、静脈内）、筋肉内、髄腔内注射又は注入技術などを含む。また、本発明の核酸分子と、薬剤として許容される担体とを含む薬剤を提供する。本発明の１種類以上の核酸分子は、薬剤として許容される１種類以上の無毒の担体及び／又は希釈剤及び／又はアジュバント、並びに必要に応じて他の活性成分と一緒に存在し得る。本発明の核酸分子を含有する薬剤組成物は、経口用に適した剤形、例えば、錠剤、トローチ剤、舐剤、水性若しくは油性懸濁液剤、分散性散剤若しくは顆粒剤、乳剤、硬若しくは軟カプセル剤、又はシロップ剤若しくはエリキシル剤とすることができる。
【０５９５】
経口用組成物は、薬剤組成物製造分野で公知の任意の方法によって調製することができる。かかる組成物は、薬剤的に優れた口当たりの良い製剤を提供するために、１種類以上のかかる甘味剤、香味剤、着色剤又は防腐剤を含むことができる。錠剤は、錠剤の製造に適切である、薬剤として許容される無毒の賦形剤と混合された活性成分を含む。これらの賦形剤は、例えば、炭酸カルシウム、炭酸ナトリウム、ラクトース、リン酸カルシウム、リン酸ナトリウムなどの不活性希釈剤、顆粒化剤及び崩壊剤、例えば、コーンスターチ又はアルギン酸、結合剤、例えば、デンプン、ゼラチン又はアラビアゴム、並びに潤滑剤、例えば、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸又はタルクとすることができる。錠剤は、被覆しなくても、公知技術によって被覆してもよい。かかる被覆を公知技術によって調製して、胃腸管における崩壊及び吸収を遅延させ、それによって長時間の持続作用を得ることができる場合もある。例えば、モノステアリン酸グリセリン、ジステアリン酸グリセリンなどの遅延物質を使用することができる。
【０５９６】
経口製剤は、活性成分が不活性固体希釈剤、例えば、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム又はカオリンと混合された硬ゼラチンカプセル剤とすることもでき、活性成分が水又は油媒体、例えば、落花生油、流動パラフィン又はオリーブ油と混合された軟ゼラチンカプセル剤とすることもできる。
【０５９７】
水性懸濁液剤は、水性懸濁液剤の製造に適切な賦形剤と混合された活性材料を含む。かかる賦形剤は、懸濁剤、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロプロピルメチルセルロース、アルギン酸ナトリウム、ポリビニルピロリドン、トラガカントゴム及びアラビアゴムであり、分散剤又は湿潤剤は、天然リン脂質、例えば、レシチン、又はアルキレンオキシドと脂肪酸の縮合物、例えば、ポリオキシエチレンステアレート、又はエチレンオキシドと長鎖脂肪族アルコールの縮合物、例えば、ヘプタデカエチレンオキシセタノール、又はポリオキシエチレンソルビトールモノオレアートなど脂肪酸及びヘキシトールから誘導される部分エステルとエチレンオキシドとの縮合物、又は脂肪酸及び無水ヘキシトールから誘導される部分エステルとエチレンオキシドとの縮合物、例えば、ポリエチレンソルビタンモノオレアートとすることができる。水性懸濁液剤は、１種類以上の防腐剤、例えば、エチル又はｎ−プロピルｐ−ヒドロキシ安息香酸、１種類以上の着色剤、１種類以上の香味剤、及びスクロース、サッカリンなどの１種類以上の甘味剤を含むこともできる。
【０５９８】
油性懸濁液剤は、植物油中、例えば、落花生油、オリーブ油、ゴマ油若しくはヤシ油中、又は流動パラフィンなどの鉱物油中に活性成分を懸濁させることによって調剤することができる。油性懸濁液剤は、増粘剤、例えば、蜜ろう、固形パラフィン又はセチルアルコールを含むことができる。甘味剤及び香味剤を添加して、口当たりの良い経口製剤を提供することができる。これらの組成物は、アスコルビン酸などの抗酸化剤を添加することによって保存することができる。
【０５９９】
水を添加することによって水性懸濁液剤を調製するのに適切な分散性散剤及び顆粒剤によって、分散剤又は湿潤剤、懸濁剤及び１種類以上の防腐剤と混合された活性成分が提供される。適切な分散剤若しくは湿潤剤又は懸濁剤は、上で例示したとおりである。追加の賦形剤、例えば、甘味剤、香味剤及び着色剤が存在してもよい。
【０６００】
本発明の薬剤組成物は、水中油型乳剤の形にすることもできる。油相は、植物油、鉱油又はこれらの混合物とすることができる。適切な乳化剤は、天然ゴム、例えば、アラビアゴム又はトラガカントゴム、天然リン脂質、例えば、ダイズ、レシチン、及び脂肪酸とヘキシトール、無水物から誘導されるエステル又は部分エステル、例えば、ソルビタンモノオレアート、及び前記部分エステルとエチレンオキシドの縮合物、例えばポリオキシエチレンソルビタンモノオレアートであり得る。乳剤は甘味剤及び香味剤を含むこともできる。
【０６０１】
シロップ剤及びエリキシル剤は、甘味剤、例えば、グリセリン、プロピレングリコール、ソルビトール、グルコース又はスクロースを用いて処方することができる。かかる製剤は、粘滑剤、防腐剤、香味剤及び着色剤を含むこともできる。薬剤組成物は、無菌注射用水性又は油性懸濁液剤とすることができる。この懸濁液剤は、上述の適切な分散剤又は湿潤剤及び懸濁剤を用いて公知技術によって処方することができる。無菌注射用製剤は、親らしく許容される無毒の希釈剤又は溶媒の無菌注射液又は懸濁液、例えば１，３−ブタンジオール溶液とすることもできる。使用可能な許容されるビヒクル及び溶媒は、水、リンゲル液及び等張性塩化ナトリウム溶液である。さらに、無菌不揮発性油が溶媒又は懸濁媒体として従来使用されている。この目的で、合成モノ又はジグリセリドを含めて、任意の無刺激性不揮発性油を使用することができる。さらに、オレイン酸などの脂肪酸も注射用製剤に使用することができる。
【０６０２】
本発明の核酸分子は、例えば薬物を直腸投与するための、座剤の形で投与することもできる。常温では固体であるが直腸温度では液体であり、したがって直腸内で溶融して薬物を放出する適切な非刺激性賦形剤と薬物を混合することによって、これらの組成物を調製することができる。かかる物質としては、カカオ脂、ポリエチレングリコールなどが挙げられる。
【０６０３】
本発明の核酸分子は、滅菌媒体中で非経口的に投与することができる。薬物は、使用するビヒクル及び濃度に応じて、ビヒクル中に懸濁させても、溶解させてもよい。局所麻酔薬、防腐剤、緩衝剤などのアジュバントをビヒクルに溶解させることも有利である。
【０６０４】
約０．１ｍｇから約１４０ｍｇ／キログラム体重／日の投与量レベルが上記症状の治療に有用である（約０．５ｍｇから約７ｇ／対象／日）。単一剤形を製造するために担体材料と組み合わせることができる活性成分の量は、治療を受ける患者及び特定の投与方法に応じて変わる。単位用量剤形は、一般に、活性成分約１ｍｇから約５００ｍｇを含む。
【０６０５】
特定の対象に対する具体的用量レベルは、用いる具体的化合物の活性、年齢、体重、全般的健康状態、性別、食餌、投与時間、投与経路、及び排出速度、薬物の組合せ、及び治療を受ける特定の疾患の重篤度を含めて種々の要因に応じて決まることを理解されたい。
【０６０６】
ヒト以外の動物に投与する場合には、組成物を動物飼料又は飲料水に添加することもできる。動物が治療上適切な量の組成物をその飼料と一緒に摂取するように、動物飼料及び飲用水組成物を処方することが好都合であり得る。飼料又は飲料水に添加するプレミックスとして組成物を提供することも好都合であり得る。
【０６０７】
本発明の核酸分子を他の治療化合物と組み合わせて対象に投与して、全体の治療効果を高めることもできる。ある適応症の治療に複数の化合物を用いると、副作用を減少させつつ、有益な効果を高めることができる。
【０６０８】
一実施形態においては、本発明は、本発明の核酸分子を特定の細胞タイプに投与するのに適切である組成物を含む。例えば、アシアロ糖タンパク質受容体（ＡＳＧＰｒ）（Ｗｕ  ａｎｄ  Ｗｕ，  １９８７，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６２，  ４４２９−４４３２）は、肝細胞特有のものであり、アシアロオロソムコイド（ＡＳＯＲ）などの分枝ガラクトース末端糖タンパク質と結合する。別の例においては、葉酸受容体は、多数の癌細胞において過剰発現される。かかる糖タンパク質、合成複合糖質又は葉酸塩と受容体の結合は、オリゴ糖鎖の分岐度に大きく依存した親和性によって生ずる。例えば、三分岐（ｔｒｉａｔｅｎｎａｒｙ）構造は、二分岐（ｂｉａｔｅｎａｒｒｙ）又は単分岐（ｍｏｎｏａｔｅｎｎａｒｙ）鎖よりも高い親和性で結合する（Ｂａｅｎｚｉｇｅｒ  ａｎｄ  Ｆｉｅｔｅ，  １９８０，  Ｃｅｌｌ，  ２２，  ６１１−６２０；  Ｃｏｎｎｏｌｌｙ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８２，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．，  ２５７，  ９３９−９４５）。Ｌｅｅ  ａｎｄ  Ｌｅｅ，  １９８７，  Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｊ．，  ４，  ３１７−３２８は、受容体に対する親和性がガラクトースよりも高いＮ−アセチル−Ｄ−ガラクトサミンを炭水化物部分として使用することによって、この高い特異性を得た。この「クラスター形成効果」は、マンノシル末端糖タンパク質又は複合糖質の結合及び取り込みについても記載されている（Ｐｏｎｐｉｐｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８１，  Ｊ．  Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．，  ２４，  １３８８−１３９５）。ガラクトース、ガラクトサミン又は葉酸塩の抱合体を用いて、外因性化合物を細胞膜を越えて輸送することによって、目標とした送達手法を、例えば、肝疾患、肝臓癌、又は他の癌の治療に提供することができる。バイオコンジュゲートを使用すると、治療に必要な治療化合物の必要用量を削減することもできる。また、本発明の核酸バイオコンジュゲートを使用することによって、治療薬の生物学的利用能、薬力学及び薬物動態パラメータを調節することができる。かかるバイオコンジュゲートの非限定的例は、２００１年８月１３日に出願された、Ｖａｒｇｅｅｓｅ他、米国特許出願第１０／２０１，３９４号、及び２００２年３月６日に出願された、Ｍａｔｕｌｉｃ−Ａｄａｍｉｃ他、米国特許出願第６０／３６２，０１６号に記載されている。
【０６０９】
或いは、本発明のある種のｓｉＮＡ分子は、細胞内で真核生物プロモーターから発現させることができる（例えば、Ｉｚａｎｔ  ａｎｄ  Ｗｅｉｎｔｒａｕｂ，  １９８５，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２２９，  ３４５；  ＭｃＧａｒｒｙ  ａｎｄ  Ｌｉｎｄｑｕｉｓｔ，  １９８６，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．，  ＵＳＡ  ８３，  ３９９；  Ｓｃａｎｌｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９１，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ８８，  １０５９１−５；  Ｋａｓｈａｎｉ−Ｓａｂｅｔ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓ．  Ｄｅｖ．，  ２，  ３−１５；  Ｄｒｏｐｕｌｉｃ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．，  ６６，  １４３２−４１；  Ｗｅｅｒａｓｉｎｇｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９１，  Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．，  ６５，  ５５３１−４；  Ｏｊｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ８９，  １０８０２−６；  Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２０，  ４５８１−９；  Ｓａｒｖｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９０  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２４７，  １２２２−１２２５；  Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２３，  ２２５９；  Ｇｏｏｄ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ，  ４，  ４５。当業者は、真核細胞中で任意の核酸を適切なＤＮＡ／ＲＮＡベクターから発現させることができることを認識されたい。かかる核酸の活性は、核酸を酵素的核酸によって一次転写物から放出させることによって、増大させることができる（Ｄｒａｐｅｒ他、国際公開第９３／２３５６９号、及びＳｕｌｌｉｖａｎ他、国際公開第９４／０２５９５号；Ｏｈｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｓｙｍｐ．  Ｓｅｒ．，  ２７，  １５−６；  Ｔａｉｒａ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９１，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  １９，  ５１２５−３０；  Ｖｅｎｔｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９３，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２１，  ３２４９−５５；  Ｃｈｏｗｒｉｒａ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９４，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．，  ２６９，  ２５８５６。
【０６１０】
本発明の別の態様においては、本発明のＲＮＡ分子を、ＤＮＡ又はＲＮＡベクターに挿入された転写単位から発現させることができる（例えば、Ｃｏｕｔｕｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９６，  ＴＩＧ．，  １２，  ５１０）。組み換えベクターは、ＤＮＡプラスミド又はウイルスベクターであり得る。ｓｉＮＡを発現するウイルスベクターは、これらだけに限定されないが、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス又はアルファウイルスに基づいて構築することができる。別の実施形態においては、ｐｏｌ  ＩＩＩに基づく構築物を用いて、本発明の核酸分子を発現させる（例えば、Ｔｈｏｍｐｓｏｎ、米国特許第５，９０２，８８０号及び６，１４６，８８６号参照）。ｓｉＮＡ分子を発現可能である組み換えベクターは、上述のとおりに送達し、標的細胞中に存続させることができる。或いは、核酸分子の一過性発現を与えるウイルスベクターを使用することができる。かかるベクターは、必要に応じて繰り返し投与することができる。ｓｉＮＡ分子は、発現後、標的ｍＲＮＡと相互作用して、ＲＮＡｉ応答を生ずる。ｓｉＮＡ分子を発現するベクターの送達は、静脈内又は筋肉内投与によって、対象から外植された標的細胞に投与し、続いて対象に再導入することによって、所望の標的細胞への導入を可能にする任意の他の手段によってなど、全身的であり得る（総説については、Ｃｏｕｔｕｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９６，  ＴＩＧ．，  １２，  ５１０を参照されたい。）。
【０６１１】
一態様においては本発明は、本発明は、本発明の少なくとも１種類のｓｉＮＡ分子をコードする核酸配列を含む発現ベクターを特徴とする。発現ベクターは、ｓｉＮＡ二本鎖の一方若しくは両方の鎖をコードすることができ、又はｓｉＮＡ二本鎖を自己ハイブリッド形成する単一の自己相補鎖をコードすることができる。本発明のｓｉＮＡ分子をコードする核酸配列は、ｓｉＮＡ分子の発現を可能にするように作動可能に結合し得る（例えば、Ｐａｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  １９，  ５０５；  Ｍｉｙａｇｉｓｈｉ  ａｎｄ  Ｔａｉｒａ，  ２００２，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  １９，  ４９７；  Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  １９，  ５００及びＮｏｖｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，  ａｄｖａｎｃｅ  ｏｎｌｉｎｅ  ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｍ７２５参照）。
【０６１２】
別の態様においては、本発明は、ａ）転写開始領域（例えば、真核生物ｐｏｌ  Ｉ、ＩＩ又はＩＩＩ開始領域）と、ｂ）転写終結領域（例えば、真核生物ｐｏｌ  Ｉ、ＩＩ又はＩＩＩ終結領域）と、ｃ）本発明のｓｉＮＡ分子の少なくとも１個をコードする核酸配列とを含む発現ベクターを特徴とする。ここで、前記配列は、ｓｉＮＡ分子の発現及び／又は送達を可能にするように、前記開始領域及び前記終結領域に作動可能に結合している。ベクターは、本発明のｓｉＮＡをコードする配列の５’側又は３’側に作動可能に結合した、タンパク質のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）、及び／又はイントロン（介在配列）を含んでいてもよい。
【０６１３】
ｓｉＮＡ分子配列の転写は、真核生物ＲＮＡポリメラーゼＩ（ｐｏｌ  Ｉ）、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ（ｐｏｌ  ＩＩ）又はＲＮＡポリメラーゼＩＩＩ（ｐｏｌ  ＩＩＩ）のプロモーターから駆動され得る。ｐｏｌ  ＩＩ又はｐｏｌ  ＩＩＩプロモーターからの転写物は、すべての細胞において高レベルで発現される。所与の細胞タイプにおける所与のｐｏｌ  ＩＩプロモーターのレベルは、近くに存在する遺伝子制御配列（エンハンサー、サイレンサーなど）の性質に依存する。原核生物ＲＮＡポリメラーゼ酵素が適切な細胞中で発現される限り、原核生物ＲＮＡポリメラーゼプロモーターも用いられる（Ｅｌｒｏｙ−Ｓｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｍｏｓｓ，  １９９０，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ８７，  ６７４３−７；  Ｇａｏ  ａｎｄ  Ｈｕａｎｇ  １９９３，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２１，  ２８６７−７２；  Ｌｉｅｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９３，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，  ２１７，  ４７−６６；  Ｚｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９０，  Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ．  Ｂｉｏｌ．，  １０，  ４５２９−３７）。数名の研究者によれば、かかるプロモーターから発現された核酸分子は、ほ乳動物細胞中で機能し得る（例えば、Ｋａｓｈａｎｉ−Ｓａｂｅｔ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓ．  Ｄｅｖ．，  ２，  ３−１５；  Ｏｊｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ８９，  １０８０２−６；  Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２０，  ４５８１−９；  Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９３，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ９０，  ６３４０−４；  Ｌ’Ｈｕｉｌｌｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２，  ＥＭＢＯ  Ｊ．，  １１，  ４４１１−８；  Ｌｉｓｚｉｅｗｉｃｚ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９３，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ，  ９０，  ８０００−４；  Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２３，  ２２５９；  Ｓｕｌｌｅｎｇｅｒ  ＆  Ｃｅｃｈ，  １９９３，  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２６２，  １５６６）。より具体的には、Ｕ６核内低分子（ｓｎＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）及びアデノウイルスＶＡ  ＲＮＡをコードする遺伝子に由来する転写単位などの転写単位は、細胞において高濃度のｓｉＮＡなどの所望のＲＮＡ分子を生成するのに有用である（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（前掲）；Ｃｏｕｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｓｔｉｎｃｈｃｏｍｂ，  １９９６（前掲）；Ｎｏｏｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９４，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．，  ２２，  ２８３０；Ｎｏｏｎｂｅｒｇ他、米国特許第５，６２４，８０３号；Ｇｏｏｄ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．，  ４，  ４５；Ｂｅｉｇｅｌｍａｎ他、国際公開第９６／１８７３６号。上記ｓｉＮＡ転写単位は、ほ乳動物細胞に導入するために、プラスミドＤＮＡベクター、（アデノウイルス、アデノ随伴ウイルスベクターなどの）ウイルスＤＮＡベクター又は（レトロウイルス、アルファウイルスベクターなどの）ウイルスＲＮＡベクターを含めて��ただしこれらだけに限定されない種々のベクターに組み入れることができる（総説については、Ｃｏｕｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｓｔｉｎｃｈｃｏｍｂ，  １９９６（前掲）を参照されたい。）。
【０６１４】
別の態様においては、本発明は、本発明のｓｉＮＡ分子の少なくとも１種類をコードする核酸配列を、そのｓｉＮＡ分子の発現が可能であるように含む、発現ベクターを特徴とする。一実施形態においては、発現ベクターは、ａ）転写開始領域と、ｂ）転写終結領域と、ｃ）ｓｉＮＡ分子の少なくとも一方の鎖をコードする核酸配列を含み、該配列は、ｓｉＮＡ分子の発現及び／又は送達を可能にするように、開始領域及び終結領域に作動可能に結合している。
【０６１５】
別の実施形態においては、発現ベクターは、ａ）転写開始領域と、ｂ）転写終結領域と、ｃ）オープンリーディングフレームと、ｄ）ｓｉＮＡ分子の少なくとも一方の鎖をコードする核酸配列とを含み、該配列は、オープンリーディングフレームの３’末端に作動可能に結合し、ｓｉＮＡ分子の発現及び／又は送達を可能にするように、開始領域、オープンリーディングフレーム及び終結領域に作動可能に結合している。更に別の実施形態においては、発現ベクターは、ａ）転写開始領域と、ｂ）転写終結領域と、ｃ）イントロンと、ｄ）少なくとも１個のｓｉＮＡ分子をコードする核酸配列とを含み、該配列は、核酸分子の発現及び／又は送達を可能にするように、開始領域、イントロン及び終結領域に作動可能に結合している。
【０６１６】
別の実施形態においては、発現ベクターは、ａ）転写開始領域と、ｂ）転写終結領域と、ｃ）イントロンと、ｄ）オープンリーディングフレームと、ｅ）ｓｉＮＡ分子の少なくとも一方の鎖をコードする核酸配列とを含み、該配列は、オープンリーディングフレームの３’末端に作動可能に結合し、ｓｉＮＡ分子の発現及び／又は送達を可能にするように、開始領域、イントロン、オープンリーディングフレーム及び終結領域に作動可能に結合している。
【実施例】
【０６１７】
以下は、本発明の核酸の選択、単離、合成及び活性を示す非限定的例である。
【０６１８】
（実施例１）
ｓｉＮＡ構築物のタンデム合成
本発明の例示的なｓｉＮＡ分子を、切断可能なリンカー、例えば、スクシニル系リンカーを用いて、タンデム合成する。本明細書のタンデム合成の後に、ＲＮＡｉ分子を高収率で与える１段階精製工程が続く。この手法は、ハイスループットＲＮＡｉスクリーニングを支持するｓｉＮＡ合成に極めて適しており、マルチカラム又はマルチウェルの合成プラットフォームに容易に適合させることができる。
【０６１９】
５’末端ジメトキシトリチル（５’−Ｏ−ＤＭＴ）基が完全に残るｓｉＮＡオリゴとその相補鎖（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）のタンデム合成（トリチルオン合成）が完結した後、オリゴヌクレオチドを上述のとおりに脱保護する。脱保護後、ｓｉＮＡ配列鎖を自発的にハイブリッド形成させる。このハイブリダイゼーションによって、一方の鎖が５’−Ｏ−ＤＭＴ基を保持し、相補鎖が末端５’ヒドロキシルを含む、二本鎖が生成する。新規に形成された二本鎖は、一方の分子しかジメトキシトリチル基を持たないにもかかわらず、定常的な固相抽出精製（トリチルオン精製）の間、単一の分子として挙動する。鎖は安定な二本鎖を形成するので、例えばＣ１８カートリッジを用いて、オリゴの対を精製するのに必要であるのは、このジメトキシトリチル基（又は他のトリチル基、他の疎水性部分などの等価な基）のみである。
【０６２０】
反転デオキシ脱塩基スクシナート、グリセリルスクシナートリンカーなどのタンデムリンカー（図１参照）、又は等価な切断可能なリンカーを導入するまでは、標準ホスホルアミダイト合成化学反応を用いる。使用可能なリンカー結合条件の非限定的例は、ブロモトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスファート（ＰｙＢｒＯＰ）などの活性化試薬の存在下での、ジイソプロピルエチルアミン（ＤＩＰＡ）及び／又はＤＭＡＰなどのヒンダード塩基を含む。リンカーが結合した後、標準合成化学反応を利用して、第２の配列の合成を完了し、末端５’−Ｏ−ＤＭＴをそのまま残す。合成後、生成したオリゴヌクレオチドを、本明細書の手順に従って脱保護し、適切な緩衝剤、例えば、５０ｍＭ  ＮａＯＡｃ又は１．５Ｍ  ＮＨ４Ｈ２ＣＯ３でクエンチする。
【０６２１】
ｓｉＮＡ二本鎖の精製は、例えば、アセトニトリル  １カラム体積（ＣＶ）、Ｈ２Ｏ  ２ＣＶ、及び５０ｍＭ  ＮａＯＡｃ  ２ＣＶで調整したＷａｔｅｒｓ  Ｃ１８  ＳｅｐＰａｋ  １ｇカートリッジを用いて、固相抽出によって容易に実施することができる。試料を充填し、次いでＨ２Ｏ又は５０ｍＭ  ＮａＯＡｃ  １ＣＶで洗浄する。失敗配列（ｆａｉｌｕｒｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）を１４％ＡＣＮ（５０ｍＭ  ＮａＯＡｃ及び５０ｍＭ  ＮａＣｌを含む水溶液）１ＣＶで溶出させる。次いで、カラムを例えばＨ２Ｏ  １ＣＶで洗浄後、例えば、１％トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）水溶液１ＣＶをカラムに通し、次いで１％ＴＦＡ水溶液１ＣＶをカラムに追加し、約１０分間放置することによって、カラム上で脱トリチル化する。残留ＴＦＡ溶液を除去し、カラムをＨ２Ｏ、続いて１Ｍ  ＮａＣｌ  １ＣＶ及び追加のＨ２Ｏで洗浄する。次いで、ＳｉＮＡ二本鎖生成物を、例えば、２０％ＣＡＮ水溶液１ＣＶによって溶出させる。
【０６２２】
図２は、精製ｓｉＮＡ構築物のＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析の例である。各ピークはｓｉＮＡ二本鎖の個々のｓｉＮＡ鎖の計算質量に対応する。同じ精製ｓｉＮＡは、キャピラリーゲル電気泳動（ＣＧＥ）によって分析すると、３本のピークを与える。１本のピークは二本鎖ｓｉＮＡに対応し、２本のピークは別々のｓｉＮＡ配列鎖に対応すると推定される。同じｓｉＮＡ構築物（ｃｏｎｔｒａｃｔ）のイオン交換ＨＰＬＣ分析では、単一のピークしか出現しない。以下のルシフェラーゼレポーターアッセイによる精製ｓｉＮＡ構築物の試験によれば、別々に合成したオリゴヌクレオチド配列鎖から生成したｓｉＮＡ構築物とＲＮＡｉ活性が同じであった。
【０６２３】
（実施例２）
任意のＲＮＡ配列におけるｓｉＮＡ標的部位候補の特定
ヒトｍＲＮＡ転写物（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号によって本明細書で参照する配列のいずれか）などの目的ＲＮＡ標的の配列を、例えばコンピュータ折りたたみアルゴリズムによって、標的部位についてスクリーニングする。非限定的例においては、Ｇｅｎｂａｎｋなどのデータベースから得られる遺伝子又はＲＮＡ遺伝子転写物の配列を用いて、標的に対して相補性を有するｓｉＮＡ標的を作製する。かかる配列は、データベースから得ることができ、又は当分野で公知のとおりに実験的に決定することができる。既知の標的部位、例えば他の核酸分子、例えばリボザイム又はアンチセンスを用いた研究に基づいて有効な標的部位であると決定された標的部位を用いて、又は変異若しくは欠失を含む部位などの疾患、形質若しくは症状と関連することが知られている標的を用いて、これらの部位を標的にするｓｉＮＡ分子を設計することができる。種々のパラメータを用いて、標的ＲＮＡ配列内の最も適切な標的部位である部位を決定することができる。これらのパラメータとしては、二次又は三次ＲＮＡ構造、標的配列のヌクレオチド塩基組成、標的配列の種々の領域間の相同性の程度、又はＲＮＡ転写物内の標的配列の相対位置が挙げられるが、これらだけに限定されない。これらの決定に基づいて、ＲＮＡ転写物内の任意の数の標的部位を選択して、例えば、インビトロＲＮＡ切断アッセイ、細胞培養又は動物モデルを用いることによって、ｓｉＮＡ分子を効力に関してスクリーニングすることができる。非限定的例においては、１から１０００個の標的部位のどこでも、使用するｓｉＮＡ構築物のサイズに基づいて、転写物内で選択される。マルチウェル、マルチプレートアッセイなどの当分野で公知の方法を用いてｓｉＮＡ分子をスクリーニングして、標的遺伝子発現の効率的減少を求める、ハイスループットスクリーニングアッセイを開発することができる。
【０６２４】
（実施例３）
ＲＮＡ中のｓｉＮＡ分子標的部位の選択
以下の非限定的段階によって、所与の遺伝子配列又は転写物を標的にしたｓｉＮＡを選択することができる。
【０６２５】
１．  標的配列をコンピュータ解析して、標的配列内に含まれる特定の長さのすべての断片又は部分配列、例えば２３ヌクレオチド断片のリストを作成する。この段階は、特化されたＰｅｒｌスクリプトを用いて典型的には実施されるが、Ｏｌｉｇｏ、ＭａｃＶｅｃｔｏｒ、ＧＣＧ  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｐａｃｋａｇｅなどの市販配列解析プログラムも同様に使用することができる。
【０６２６】
２．  ｓｉＮＡは、１個を超える標的配列に対応する場合もある。例えば、同じ遺伝子の異なる転写物を標的にする場合、１個を超える遺伝子の異なる転写物を標的にする場合、又はヒト遺伝子と動物相同体の両方を標的にする場合である。この場合には、特定の長さの部分配列リストを標的の各々について作成し、次いでリストを比較して、各リストにおけるマッチング配列を見つける。次いで、部分配列を、所与の部分配列を含む標的配列の数に従ってランク付けする。標的配列の大部分又はすべてに存在する部分配列を見つけることが目的である。或いは、ランク付けによって、変異標的配列など、標的配列に独特な部分配列を特定することができる。かかる手法によって、変異配列を特異的に標的にし、正常配列を発現させない、ｓｉＮＡの使用が可能になる。
【０６２７】
３．  ｓｉＮＡ部分配列は、所望の標的配列には存在するが、１個以上の配列には存在しない場合もある。これは、非標的のままにすべきであるパラロガスなファミリーメンバーを有する遺伝子を、ｓｉＮＡが標的にする場合である。上記２の場合と同様に、特定の長さの部分配列リストを標的の各々について作成し、次いでリストを比較して、標的遺伝子中には存在するが、非標的パラログ中には存在しない配列を見つける。
【０６２８】
４．  ランク付けされたｓｉＮＡ部分配列を更に解析して、ＧＣ含量に従ってランク付けすることができる。３０−７０％ＧＣを含む部位が好ましく、４０−６０％ＧＣを含む部位が更に好ましい。
【０６２９】
５．  ランク付けされたｓｉＮＡ部分配列を更に解析して、自己折りたたみ及び内部ヘアピンに従ってランク付けすることができる。より弱い内部折りたたみが好ましく、強いヘアピン構造は回避されるべきである。
【０６３０】
６．  ランク付けされたｓｉＮＡ部分配列を更に解析して、一続きのＧＧＧ又はＣＣＣを配列中に有するか否かによってランク付けすることができる。どちらかの鎖のＧＧＧ（又は更に多いＧ）は、オリゴヌクレオチド合成に問題を生じるおそれがあり、ＲＮＡｉ活性を妨害するおそれがある。したがって、より良好な配列が利用可能であるときには常に回避される。標的鎖においてはＣＣＣを検索する。というのは、ＣＣＣは、アンチセンス鎖ではＧＧＧの位置にあるからである。
【０６３１】
７．  ランク付けされたｓｉＮＡ部分配列を更に解析して、ジヌクレオチドＵＵ（ウリジンジヌクレオチド）を配列の３’末端に有するか否か、及び／又は（アンチセンス配列に３’ＵＵを生ずる）ＡＡを配列の５’末端に有するか否かによって、ランク付けすることができる。これらの配列によって、末端ＴＴチミジンジヌクレオチドを有するｓｉＮＡ分子の設計が可能になる。
【０６３２】
８．  ランク付けされた上記部分配列リストから４又は５個の標的部位を選択する。次いで、例えば、２３ヌクレオチドを有する部分配列において、選択した各２３量体部分配列の右側の２１ヌクレオチドをｓｉＮＡ二本鎖の上側（センス）鎖用に設計して、合成し、次いで、選択した各２３量体部分配列の左側の２１ヌクレオチドの逆相補鎖（ｒｅｖｅｒｓｅ  ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）をｓｉＮＡ二本鎖の下側（アンチセンス）鎖用に設計して、合成する（表ＩＩ参照）。（パラグラフ７に記載したように）末端ＴＴ残基が配列にとって望ましい場合には、オリゴを合成する前に、センス鎖とアンチセンス鎖の両方の２個の３’末端ヌクレオチドをＴＴで置換する。
【０６３３】
９．  ｓｉＮＡ分子をインビトロの細胞培養又は動物モデル系においてスクリーニングして、標的ＲＮＡ配列内の最も活性なｓｉＮＡ分子、又は最も好ましい標的部位を特定する。
【０６３４】
１０．  標的核酸配列を選択するときには、別の設計考慮事項を使用することができる。例えば、Ｒｅｙｎｏｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｎｌｉｎｅ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ，  １  Ｆｅｂｒｕａｒｙ  ２００４，  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ９３６及びＵｉ−Ｔｅｉ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  ３２，  ｄｏｉ：１０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｈ２４７を参照されたい。
【０６３５】
代替手法においては、標的配列に特異的であるｓｉＮＡ構築物のプールを用いて、培養したジャーカット、ＨｅＬａ、Ａ５４９、２９３Ｔ細胞など、標的ＲＮＡを発現する細胞中の標的部位についてスクリーニングする。この手法に用いる一般戦略を図９に示す。標的ＲＮＡを発現する細胞にｓｉＮＡ構築物のプールを移入し、標的阻害に関連した表現型を示す細胞を選別する。ｓｉＮＡ構築物のプールは、適切なベクターに挿入された転写カセットから発現され得る（例えば、図７及び図８参照）。表現型のポジティブな変化（例えば、増殖の減少、標的ｍＲＮＡレベルの低下、又は標的タンパク質発現の減少）を示す細胞から得られたＳｉＮＡの配列を決定して、標的標的ＲＮＡ配列内の最も適切な標的部位を求める。
【０６３６】
一実施形態においては、本発明のｓｉＮＡ分子を以下の方法によって選択する。以下の指針を編集して、本明細書の化学修飾を含む異常に活性なｓｉＮＡを予測した。これらの規則は、幾つかの異なる標的に対して異常に活性な（標的ｍＲＮＡレベルの＞７５％ノックダウン）ｓｉＮＡと不活性な（標的ｍＲＮＡレベルの＜７５％ノックダウン）ｓｉＮＡとの比較解析から明らかになった。合計２４２個のｓｉＮＡ配列を解析した。２４２個のｓｉＮＡのうち、３５個のｓｉＮＡは異常に活性なグループに分類され、残りのｓｉＮＡは不活性なグループに分類された。異常に活性なｓｉＮＡは、ｓｉＮＡ配列内の特定のヌクレオチド位置におけるある種の塩基に明らかに選択的であった。例えば、Ａ又はＵ核酸塩基は、異常に活性なｓｉＮＡ中のセンス鎖の１９位に圧倒的に存在し、不活性ｓｉＮＡでは逆であった。異常に活性なｓｉＮＡ中のセンス鎖の１５−１９位間のＡ／Ｕリッチ（５塩基のうち３塩基がＡ又はＵ）領域、及び１−５位間のＧ／Ｃリッチ領域（５塩基のうち３塩基がＧ又はＣ）のパターンも存在した。表Ｖに示すように、異常に活性なｓｉＮＡに特徴的であるかかる１２パターンを特定した。すべてのパターンが、異常に活性な各ｓｉＮＡ中に存在するとは限らないことに留意されたい。したがって、異常に活性なｓｉＮＡを予測するアルゴリズムを設計するために、各パターンに対して異なるスコアを割り当てた。異常に活性なｓｉＮＡと不活性ｓｉＮＡにおいてかかるパターンが出現する頻度に応じて、設計パラメータにスコアを割り当てた。１０が最高であった。ある種の核酸塩基がある位置において好ましくない場合には、負のスコアを割り当てた。例えば、センス鎖の９及び１３位において、Ｇヌクレオチドは、異常に活性なｓｉＮＡにおいて好ましくなく、したがって−３（マイナス３）のスコアを割り当てた。各パターンに対する示差的なスコアを表Ｖに示す。パターン＃４は、最大スコアの−１００であった。これは、主に、一続きの４Ｇ又は４Ｃが合成に極めて不適合であり、配列を自己凝集させて、ｓｉＮＡを不活性にし得るので、一続きの４Ｇ又は４Ｃを含む配列を除去するためである。このアルゴリズムを用いて、任意のｓｉＮＡに可能な最高スコアは６６である。妥当なサイズ（約１０００ヌクレオチド）の任意の所与の標的に対して可能なｓｉＮＡ配列は多数あるので、このアルゴリズムは異常に活性なｓｉＮＡを作製するのに有用である。
【０６３７】
一実施形態においては、表Ｖに示す規則１−１１を用いて、本発明の活性なｓｉＮＡ分子を作製する。別の実施形態においては、表Ｖに示す規則１−１２を用いて、本発明の活性なｓｉＮＡ分子を作製する。
【０６３８】
（実施例４）
ｓｉＮＡの設計
ｓｉＮＡ標的部位は、標的配列を解析し、上記実施例３に記載した規則に基づいて、又は折りたたみ（標的へのｓｉＮＡの到達性を求めるために解析された任意の所与の配列の構造）に基づいて、標的部位に優先順位を場合によっては付けることによって選択され、又は実施例３に記載したｓｉＮＡ分子のライブラリーを用いることによって選択され、又は本明細書の実施例６に記載するインビトロｓｉＮＡ系を用いることによって選択された。各標的に結合し得るｓｉＮＡ分子を設計した。ｓｉＮＡ分子を、上記アルゴリズムによって選択し、場合によっては、コンピュータ折りたたみによって個々に解析して、ｓｉＮＡ分子が標的配列と相互作用し得るか否かを判断する。ｓｉＮＡ分子の長さを変更して、活性を最適化するように選択することができる。一般に、標的ＲＮＡと結合又は相互作用するのに十分な数の相補ヌクレオチド塩基を選択するが、相補性の程度は、ｓｉＮＡ二本鎖又は種々の長さ又は塩基組成に適応するように調節することができる。かかる方法論を用いることによって、任意の既知のＲＮＡ配列内、例えば、任意の遺伝子転写物に対応するＲＮＡ配列内の部位を標的にするようにｓｉＮＡ分子を設計することができる。
【０６３９】
標的配列を解析して、二本鎖ｓｉＮＡを設計する元になる標的を作製する（表ＩＩ）。合成ｓｉＮＡ構築物を作製するために、実施例３のアルゴリズムを利用して、活性な二本鎖構築物及びその化学修飾二本鎖構築物を選択する。例えば、表ＩＩにおいて、ｓｉＮＡ二本鎖の上側（センス鎖）及び下側（アンチセンス鎖）と一緒に標的配列を示す。異なる標的配列間の相同部位（例えば、相同性を共有した約５から約１５ヌクレオチド領域）を探索し、非標準塩基対（例えばＧ：Ｕゆらぎ塩基対形成）又は塩基対のミスマッチを考慮することによって、多官能ｓｉＮＡを設計する。
【０６４０】
ＲＮＡｉ活性媒介能力を維持しながら、インビボでの全身投与のためのヌクレアーゼ安定性及び／又は改善された薬物動態学、局在化及び送達特性を備えるように、化学修飾ｓｉＮＡ構築物を本明細書のとおりに設計した（例えば、表Ｉ参照）。本明細書の化学修飾を、本明細書に記載する合成方法、及び当分野で一般に公知である合成方法によって、合成的に導入する。次いで、合成ｓｉＮＡ構築物のヌクレアーゼ安定性を、血清及び／又は細胞／組織抽出物（例えば、肝臓抽出物）中で評価する。合成ｓｉＮＡ構築物のＲＮＡｉ活性も、本明細書のルシフェラーゼレポーターアッセイ、ＲＮＡｉ活性を定量することができる別の適切なアッセイなどの適切なアッセイによって、並行して試験する。ヌクレアーゼ安定性とＲＮＡｉ活性の両方を有する合成ｓｉＮＡ構築物を更に修飾して、安定性及び活性のアッセイにおいて再評価することができる。次いで、安定化された活性ｓｉＮＡ構築物の化学修飾を、任意の選択ＲＮＡを標的にする任意のｓｉＮＡ配列に適用して、例えば標的スクリーニングアッセイに用いて、創薬のためのリードｓｉＮＡ化合物を選択することができる（例えば、図１１参照）。
【０６４１】
（実施例５）
ｓｉＮＡの化学合成及び精製
ｓｉＮＡ分子は、ＲＮＡメッセージ中の種々の部位、例えば、本明細書のＲＮＡ配列内の標的配列と相互作用するように設計することができる。ｓｉＮＡ分子の一方の鎖の配列は、上記標的部位配列に相補的である。ｓｉＮＡ分子は、本明細書の方法によって化学合成することができる。対照配列として用いられる不活性ｓｉＮＡ分子は、ｓｉＮＡ分子の配列を標的配列に相補的でないようにスクランブルすることによって、合成することができる。一般に、ｓｉＮＡ構築物は、本明細書の固相オリゴヌクレオチド合成方法によって合成することができる（例えば、参照によりその全体を本明細書に組込む、Ｕｓｍａｎ他、米国特許第５，８０４，６８３号、同５，８３１，０７１号、同５，９９８，２０３号、同６，１１７，６５７号、同６，３５３，０９８号、同６，３６２，３２３号、同６，４３７，１１７号、同６，４６９，１５８号、Ｓｃａｒｉｎｇｅ他、米国特許第６，１１１，０８６号、同６，００８，４００号、同６，１１１，０８６号参照）。
【０６４２】
非限定的例においては、ＲＮＡオリゴヌクレオチドを、当分野で公知のホスホルアミダイト化学反応によって段階的に合成する。標準的なホスホルアミダイト化学反応は、５’−Ｏ−ジメトキシトリチル、２’−Ｏ−ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル、３’−Ｏ−２−シアノエチルＮ，Ｎ−ジイソプロピルホスホルアミダイト基及び環外アミン保護基（例えば、Ｎ６−ベンゾイルアデノシン、Ｎ４  アセチルシチジン及びＮ２−イソブチリルグアノシン）のいずれかを含むヌクレオシドを使用する。或いは、Ｓｃａｒｉｎｇｅ（前掲）によって記述されたとおりに、２’−Ｏ−シリルエーテルを酸に不安定な２’−Ｏ−オルトエステル保護基と一緒に、ＲＮＡの合成に使用することができる。異なる２’化学反応は異なる保護基を必要とすることがあり、例えば、２’−デオキシ−２’−アミノヌクレオシドは、参照によりその全体を本明細書に組込む、Ｕｓｍａｎ他、米国特許第５，６３１，３６０号のＮ−フタロイル保護を利用することができる。
【０６４３】
固相合成中に、各ヌクレオチドを、固体支持体に結合したオリゴヌクレオチドに（３’から５’方向に）順次付加させる。鎖の３’末端の第１のヌクレオシドを、種々のリンカーによって固体支持体（例えば、ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  ｐｏｒｅ  ｇｌａｓｓ又はポリスチレン）に共有結合させる。ヌクレオチド前駆体、リボヌクレオシドホスホルアミダイト及び活性化物質を混合して、第１のヌクレオシドの５’末端に第２のヌクレオシドホスホルアミダイトを結合させる。次いで、支持体を洗浄し、未反応５’ヒドロキシル基を無水酢酸などのキャッピング試薬を用いてキャッピングして、不活性５’アセチル部分を得る。次いで、三価のリン結合を酸化して、より安定なリン酸結合にする。ヌクレオチド付加サイクルの最後に、５’−Ｏ−保護基を適切な条件下（例えば、トリチル系の基については酸性条件、シリル系の基についてはフッ化物）で切断する。後続の各ヌクレオチドについてこのサイクルを繰り返す。
【０６４４】
合成条件を変更して、例えば、合成すべきｓｉＮＡの特定の化学組成に応じて、異なるカップリング時間、異なる試薬／ホスホルアミダイト濃度、異なる接触時間、異なる固体支持体及び固体支持体リンカー化学反応を用いることによって、カップリング効率を最適化することができる。ｓｉＮＡの脱保護及び精製は、一般に、参照によりその全体を本明細書に組込むＵｓｍａｎ他、米国特許第５，８３１，０７１号、同６，３５３，０９８号、同６，４３７，１１７号、及びＢｅｌｌｏｎ他、米国特許第６，０５４，５７６号、同６，１６２，９０９号、同６，３０３，７７３号、又はＳｃａｒｉｎｇｅ（前掲）のとおりに実施することができる。さらに、脱保護条件を変更して、ｓｉＮＡ構築物の可能な最高の収率及び純度を得ることができる。例えば、出願人は、２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドが不適当な脱保護条件下で分解し得ることを認めた。かかるオリゴヌクレオチドは、メチルアミン水溶液を用いて、約３５℃で３０分間脱保護される。２’−デオキシ−２’−フルオロ含有オリゴヌクレオチドがリボヌクレオチドも含む場合には、メチルアミン水溶液で約３５℃で３０分間脱保護した後、ＴＥＡ−ＨＦを添加して、反応物（ｒｅａｃｔｉｏｎ）を約６５℃で更に１５分間維持する。ｓｉＮＡの脱保護された一本鎖を、陰イオン交換によって精製して、高収率を維持しながら、高純度を得る。ｓｉＮＡ二本鎖分子を形成するために、一本鎖を食塩水中で等モル比で混合して、二本鎖を形成する。二本鎖ｓｉＮＡを濃縮し、正接（ｔａｎｇｅｎｔｉａｌ）ろ過によって脱塩した後、凍結乾燥する。
【０６４５】
（実施例６）
ｓｉＮＡ活性を評価するＲＮＡｉインビトロアッセイ
ＲＮＡｉを無細胞系において再現する（ｒｅｃａｐｉｔｕｌａｔｅ）インビトロアッセイによって、標的ＲＮＡ標的を標的にするｓｉＮＡ構築物を評価する。このアッセイは、標的ＲＮＡを用いた使用に適合させた、Ｔｕｓｃｈｌ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９９，  ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，  １３，  ３１９１−３１９７及びＺａｍｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０００，  Ｃｅｌｌ，  １０１，  ２５−３３の系を含む。シンシチウム胚盤葉に由来するショウジョウバエ抽出物を用いて、ＲＮＡｉ活性をインビトロで再構成する。標的ＲＮＡは、Ｔ７  ＲＮＡポリメラーゼを用いて適切な標的発現プラスミドからインビトロで転写することによって、又は本明細書の化学合成によって、作製される。センスとアンチセンスの各ｓｉＮＡ鎖（例えば、各２０ｕＭ）を、（１００ｍＭ酢酸カリウム、３０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ−ＫＯＨ、ｐＨ７．４、２ｍＭ酢酸マグネシウムなどの）緩衝剤中で９０℃で１分間、続いて３７℃で１時間インキュベートすることによってアニールし、次いで溶解緩衝剤（例えば、１００ｍＭ酢酸カリウム、ｐＨ７．４の３０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ−ＫＯＨ、２ｍＭ酢酸マグネシウム）で希釈する。アガロースゲル上でＴＢＥ緩衝剤を用いてゲル電気泳動させ、臭化エチジウムで染色することによって、アニーリングを監視することができる。発酵させた糖蜜寒天上に収集し、じゅう毛膜を除去し、溶解させた、Ｏｒｅｇｏｎ  Ｒハエ由来の０から２時間齢の胚を用いて、ショウジョウバエ溶解物を調製する。この溶解物を遠心分離し、上清を単離する。アッセイは、５０％溶解物［ｖｏｌ／ｖｏｌ］、ＲＮＡ（最終濃度１０−５０ｐＭ）及びｓｉＮＡ（最終濃度１０ｎＭ）含有１０％［ｖｏｌ／ｖｏｌ］溶解緩衝剤を含有する反応混合物を含む。反応混合物は、１０ｍＭクレアチンリン酸、１０ｕｇ／ｍｌクレアチンホスホキナーゼ、１００ｕｍ  ＧＴＰ、１００ｕＭ  ＵＴＰ、１００ｕＭ  ＣＴＰ、５００ｕＭ  ＡＴＰ、５ｍＭ  ＤＴＴ、０．１Ｕ／ｕＬ  ＲＮａｓｉｎ（Ｐｒｏｍｅｇａ）及び各アミノ酸１００ｕＭも含む。酢酸カリウムの最終濃度を１００ｍＭに調節する。反応物を氷上で前もって集め、２５℃で１０分間プレインキュベートした後、ＲＮＡを添加し、次いで２５℃で更に６０分間インキュベートする。反応物を１．２５×Ｐａｓｓｉｖｅ  Ｌｙｓｉｓ  Ｂｕｆｆｅｒ（Ｐｒｏｍｅｇａ）４体積でクエンチする。標的ＲＮＡの切断をＲＴ−ＰＣＲ分析、又は当分野で公知の他の方法によって評価し、ｓｉＮＡが反応から省略されている対照反応と比較する。
【０６４６】
或いは、アッセイ用に内部標識した標的ＲＮＡを、［アルファ−３２Ｐ］ＣＴＰの存在下でインビトロで転写することによって調製し、スピンクロマトグラフィーによってＧ５０  Ｓｅｐｈａｄｅｘカラムに通し、更に精製せずに標的ＲＮＡとして用いる。場合によっては、標的ＲＮＡを、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼ酵素を用いて５’−３２Ｐ末端標識してもよい。アッセイを上述のとおりに実施し、標的ＲＮＡ、及びＲＮＡｉによって生成する特定のＲＮＡ切断産物をゲルのオートラジオグラフ上で可視化する。完全な対照ＲＮＡ、又はｓｉＮＡのない対照反応から得られたＲＮＡ、及びアッセイによって生成した切断産物を表すバンドをＰＨＯＳＰＨＯＲ  ＩＭＡＧＥＲ（登録商標、オートラジオグラフィー）で定量することによって、切断割合を求める。
【０６４７】
一実施形態においては、このアッセイによって、ｓｉＮＡによって媒介されるＲＮＡｉ切断のための標的ＲＮＡ標的中の標的部位を決定する。ここで、例えば、標識した標的ＲＮＡの電気泳動によりアッセイ反応を分析することによって、又はノザンブロット法によって、また、当分野で周知である他の方法によって、ＲＮＡｉによって媒介される標的ＲＮＡ標的の切断について、複数のｓｉＮＡ構築物をスクリーニングする。
【０６４８】
（実施例７）
標的ＲＮＡの核酸阻害
標的ＲＮＡを標的にしたｓｉＮＡ分子を、上述したとおりに設計し、合成する。これらの核酸分子のインビボでの切断活性を、例えば、以下の手順によって試験することができる。標的ＲＮＡ内の標的配列及びヌクレオチドの位置を表ＩＩに示す。
【０６４９】
２つの形式によって、任意の標的配列を標的にするｓｉＮＡの効力を試験する。第１に、細胞培養における試薬を、ＨｅｐＧ２、ジャーカット、ＨｅＬａ、Ａ５４９又は２９３Ｔ細胞を用いて試験して、ＲＮＡ及びタンパク質の阻害の程度を求める。ｓｉＮＡ試薬を、本明細書のとおりに標的に対して選択する。適切な移入剤を用いてこれらの試薬を、例えば、ＨｅｐＧ２、ジャーカット、ＨｅＬａ、Ａ５４９又は２９３Ｔ細胞に送達した後に、ＲＮＡ阻害を測定する。アクチンに対する標的ＲＮＡの相対量を、増幅のリアルタイムＰＣＲモニタリング（例えば、ＡＢＩ  ７７００  ＴＡＱＭＡＮ（登録商標））によって測定する。無関係な標的に対して作製された各オリゴヌクレオチド配列の混合物を比較し、又は同じ全長及び化学的性質を有するが、各位置で無作為に置換された無作為化ｓｉＮＡ対照を比較する。一次及び二次リード試薬を標的に対して選択し、最適化を実施する。最適な移入剤濃度を選択後、ＲＮＡの経時阻害をリードｓｉＮＡ分子を用いて実施する。また、細胞プレーティング形式によって、ＲＮＡ阻害を求めることができる。
【０６５０】
細胞へのｓｉＮＡの送達
細胞（例えば、ＨｅｐＧ２、ジャーカット、ＨｅＬａ、Ａ５４９又は２９３Ｔ細胞）を、移入の前日に、例えば、６ウェル皿の１ウェル当たり１×１０５細胞でＥＧＭ−２（ＢｉｏＷｈｉｔｔａｋｅｒ）中に蒔く。ｓｉＮＡ（最終濃度、例えば２０ｎＭ）と陽イオン性脂質（例えば、本明細書のＬＮＰ調合物、又はＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅなどの別の適切な脂質、最終濃度２μｇ／ｍｌ）を、ポリスチレン管中のＥＧＭ基本培地（Ｂｉｏｗｈｉｔｔａｋｅｒ）中で３７℃で３０分間複合化させる。ボルテックス撹拌後、複合化したｓｉＮＡを各ウェルに添加し、示した時間インキュベートする。最初の最適化実験の場合、細胞を、例えば１×１０３で、９６ウェルプレートに蒔き、記載したとおりにｓｉＮＡ複合体を添加する。細胞へのｓｉＮＡの送達効率は、脂質と複合化した蛍光ｓｉＮＡを用いて求められる。６ウェル皿中の細胞をｓｉＮＡと一緒に２４時間インキュベートし、ＰＢＳでリンスし、２％パラホルムアルデヒド中で室温で１５分間固定する。ｓｉＮＡの取り込みを蛍光顕微鏡によって可視化する。
【０６５１】
ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）（増幅のリアルタイムＰＣＲモニタリング）及びＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒによるｍＲＮＡの定量
ｓｉＮＡ送達後、例えば、６ウェル用Ｑｉａｇｅｎ  ＲＮＡ精製キット又は９６ウェルアッセイ用Ｒｎｅａｓｙ抽出キットを用いて、細胞から全ＲＮＡを調製する。ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）分析（増幅のリアルタイムＰＣＲモニタリング）の場合、５’末端に共有結合したレポーター色素ＦＡＭ又はＪＯＥ、及び３’末端に結合したクエンチャー色素ＴＡＭＲＡを用いて、二重標識プローブを合成する。１段階ＲＴ−ＰＣＲ増幅は、例えば、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７７００  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｏｒを用い、全ＲＮＡ  １０μｌ、１００ｎＭ順方向プライマー、９００ｎＭ逆方向プライマー、１００ｎＭプローブ、１×ＴａｑＭａｎ  ＰＣＲ反応緩衝剤（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、５．５ｍＭ  ＭｇＣｌ２、各ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ及びｄＴＴＰ  ３００μＭ、１０Ｕ  ＲＮａｓｅ阻害剤（Ｐｒｏｍｅｇａ）、１．２５Ｕ  ＡＭＰＬＩＴＡＱ  ＧＯＬＤ（登録商標）（ＤＮＡポリメラーゼ）（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）及び１０Ｕ  Ｍ−ＭＬＶ逆転写酵素（Ｐｒｏｍｅｇａ）からなる反応物５０μｌを用いて実施される。サーマルサイクリング条件は、４８℃３０分間、９５℃１０分間、続いて９５℃１５秒間と６０℃１分間を４０サイクルからなり得る。ｍＲＮＡレベルは、段階希釈された全細胞ＲＮＡ（３００、１００、３３、１１ｎｇ／反応）から作製した標準に対して定量され、並行ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）反応（増幅のリアルタイムＰＣＲモニタリング）におけるβアクチン又はＧＡＰＤＨ  ｍＲＮＡに対して標準化される。各目的遺伝子について、上側プライマーと下側プライマー及び蛍光標識プローブを設計する。特定のＰＣＲ産物へのＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  Ｉ色素の実時間取り込みは、ガラスキャピラリー管中でｌｉｇｈｔｃｙｌｅｒを用いて測定することができる。各プライマー対に対する検量線を、対照ｃＲＮＡを用いて作成する。値は、各試料におけるＧＡＰＤＨに対する相対発現として表される。
【０６５２】
ウエスタンブロット法
核抽出物は、標準マイクロ調製技術（例えば、Ａｎｄｒｅｗｓ  ａｎｄ  Ｆａｌｌｅｒ，  １９９１，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  １９，  ２４９９参照）によって調製することができる。上清からのタンパク質抽出物を、例えばＴＣＡ沈殿によって、調製する。等体積の２０％ＴＣＡを細胞上清に添加し、氷上で１時間インキュベートし、５分間遠心分離してペレット化する。ペレットをアセトンで洗浄し、乾燥させ、水に再懸濁させる。細胞タンパク質抽出物を１０％Ｂｉｓ−Ｔｒｉｓ  ＮｕＰａｇｅ（核抽出物）又は４−１２％Ｔｒｉｓ−グリシン（上清抽出物）ポリアクリルアミドゲル上で泳動させ、ニトロセルロース膜に移す。非特異的結合は、例えば、５％脱脂乳と一緒に１時間、続いて一次抗体と一緒に４℃で１６時間インキュベートすることによって、ブロックすることができる。洗浄後、二次抗体を例えば（１：１０，０００希釈）室温で１時間適用し、ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ試薬（Ｐｉｅｒｃｅ）を用いてシグナルを検出する。
【０６５３】
（実施例８）
標的遺伝子発現の下方制御の評価に有用であるモデル
本発明のｓｉＮＡ分子の効力を動物モデルで評価することは、ヒト臨床試験に対する重要な必要条件である。当分野で公知である、癌、増殖性、炎症性、自己免疫性、神経性、眼球、呼吸器、代謝的、聴覚、皮膚などの疾患、症状又は障害の種々の動物モデルは、治療用、化粧用又は研究用の標的遺伝子発現の調節において、本発明の核酸組成物の効力の前臨床評価に使用するために改作することができる。
【０６５４】
（実施例９）
ＲＮＡｉによって媒介される標的遺伝子発現の阻害
インビトロでのｓｉＮＡによって媒介される標的ＲＮＡの阻害
ｓｉＮＡ構築物（の、細胞（例えば、ＨＥＫｎ／ＨＥＫａ、ＨｅＬａ、Ａ５４９、Ａ３７５細胞）における標的ＲＮＡ発現を減少させる効力を試験する。移入の時点で細胞が７０−９０％コンフルエントであるように、移入の約２４時間前に、９６ウェルプレートに５，０００−７，５００細胞／ウェル、１００μｌ／ウェルで細胞を蒔く。移入の場合、アニールしたｓｉＮＡを体積５０μｌ／ウェルの移入試薬（Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ  ２０００、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）と混合し、室温で２０分間インキュベートする。ｓｉＮＡ移入混合物を細胞に添加して、体積１５０μｌ中の最終ｓｉＮＡ濃度２５ｍＭとする。各ｓｉＮＡ移入混合物を、３つ組のｓｉＮＡ処理用に３個のウェルに添加する。ｓｉＮＡ移入混合物が連続して存在する下で、細胞を３７°で２４時間インキュベートする。２４時間において、処理細胞の各ウェルからＲＮＡを調製する。移入混合物を含む上清をまず取り出して廃棄し、次いで細胞を溶解させ、各ウェルからＲＮＡを調製する。処理後の標的遺伝子発現を、標的遺伝子及び標準化用対照遺伝子（３６Ｂ４、ＲＮＡポリメラーゼサブユニット）についてＲＴ−ＰＣＲによって評価する。３つ組データを平均し、標準偏差を各処理について求める。標準化したデータをグラフにし、それぞれの逆対照（ｉｎｖｅｒｔｅｄ  ｃｏｎｔｒｏｌ）ｓｉＮＡと比較した、活性ｓｉＮＡによる標的ｍＲＮＡの減少割合を求める。
【０６５５】
（実施例１０）
１個以上のリボヌクレオチドを選択位置に有する、安定化されたｓｉＮＡ構築物の効力
他の全部の化学修飾ヌクレオチドを維持しながら、センス鎖（パッセンジャー鎖）又はアンチセンス（ガイド）鎖に６−リボヌクレオチドブロックを含むキメラｓｉＮＡ構築物（表ＩＩ参照）を作製した。標的ＨＢＶメッセージのノックダウンを、ｍＲＮＡレベルの代わりにタンパク質（ＨＢｓＡｇ）レベルを測定することによって観察した。ｓｉＮＡのセンス鎖又はガイド鎖の５’又は３’末端におけるリボヌクレオチドブロックの存在は、強いサイレンシング活性を示した。これは、両末端のリボヌクレオチドブロックが反対側の鎖にリボヌクレオチド対応物を有するｓｉＮＡ構築物でも同様であった。ＨＢＶ部位２６２  ｓｉＮＡ構築物のデータを図３０に、部位２６３  ｓｉＮＡ構築物のデータを図３１に、部位１５８３  ｓｉＮＡ構築物のデータを図３２に示す。
【０６５６】
組織培養におけるＩＣ５０値の測定によれば、ＨＢＶ部位２６２、２６３及び１５８３に対するｓｉＮＡの末端位置に６リボヌクレオチドのブロックを含むキメラｓｉＮＡ（図３３及び３４参照）は活性を保持した。リボヌクレオチド含量が、ＨＢＶ部位２６３に相補的であるガイド鎖配列の５’末端位置にある単一のリボヌクレオチド残基に減少した、別の構築物のＲＮＡｉ媒介能力を評価した。インビトロでの実験によれば、ガイド鎖の末端５’位置にある単一のリボヌクレオチド残基は、化学修飾ｓｉＮＡ二本鎖の活性を保持した（７／２３、７／２４及び／又は７／２８ケミストリー、図３５参照）。単一のリボヌクレオチド残基をアンチセンス鎖の５’末端ヌクレオチド位置に含むｓｉＮＡ二本鎖は、標的ＲＮＡを触媒作用的に切断することができるので、ｓｉＲＮＡ分子内の２’−ＯＨ基は、標的ＲＮＡの触媒作用的切断に直接関与しないと更に推測することができる。Ｓｔａｂ  ７／２３、７／２４、７／２５、７／２６、７／２７及び７／２８安定化ケミストリー（表Ｉ参照）と命名された別のｓｉＮＡ構築物のＲＮＡｉ媒介能力を評価した。７／２５  ｓｉＮＡ構築物のインビトロでの血清安定性によれば、この構築物は、ヒトの血清中で＞２４時間の半減期を有する。
【０６５７】
出願人は、ＨｅＬａ細胞溶解物をＲＩＳＣタンパク質源として用いたインビトロＲＮＡｉ切断アッセイを実施して、標的ＲＮＡの切断を誘発する能力について種々のｓｉＮＡ構築物を評価した。ｓｔａｂ  ７／８  ｓｉＮＡ配置の部位３０４を標的にした抗ＨＣＶ  ｓｉＮＡ構築物をインビトロＲＮＡｉ切断アッセイで評価した（表ＩＩ参照）。ガイド鎖配列の５’末端から１０ｎｔの標的ＲＮＡの部位特異的切断は、ＲＩＳＣによって媒介される切断の指標になる。実際、予想位置における標的ＲＮＡの部位特異的切断が、ｓｔａｂ  ７／８  ｓｉＲＮＡ配置の部位３０４を標的にした抗ＨＣＶ  ｓｉＮＡを用いて観察された。これは、十分に修飾されたｓｉＲＮＡが、ＲＮＡｉ機序によって働き、ｓｉＮＡ内の２’−ＯＨ基の存在が、ＲＮＡｉによって媒介される標的ＲＮＡの切断に不要であり、ｓｉＮＡ内の２’−ＯＨ基が標的ＲＮＡの切断に関与しないことを示している。
【０６５８】
上述したように、ガイド鎖の５’末端ヌクレオチド位置におけるリボヌクレオチド残基の存在は、頑強な活性を有するｓｉＲＮＡをもたらした。２’−デオキシ−２’−フルオロピリミジン及びプリンリボヌクレオチドを含むガイド鎖の最初の３個のヌクレオチドが評価されたｓｉＲＮＡ構築物の活性。この安定化ケミストリーをＳｔａｂ  ２９と名付ける（表Ｉ）。ＳｉＮＡは、Ｓｔａｂ  ７／２５とＳｔａｂ  ７／２９ケミストリーの両方で同等に十分働いた（図３６参照）。したがって、５’末端ヌクレオチド位置のプリン残基は、存在するときには、ガイド鎖中のリボヌクレオチドとして維持し得、ガイド鎖中のピリミジンヌクレオチドは、頑強なＲＮＡｉ活性を維持しながら化学修飾され得る。これらのｓｉＮＡが、ＲＩＳＣによって媒介される特異的ＲＮＡ分解を介しても働くことを立証するために、ＨｅＬａ細胞溶解物を用いたインビトロＲＮＡｉアッセイを利用した。ガイド鎖の５’末端から１０ｎｔの標的ＲＮＡの部位特異的切断は、ＲＩＳＣによって媒介される切断の指標になる。実際、予想位置における標的ＲＮＡの部位特異的切断が、Ｓｔａｂ  ７／２５及び７／２５配置の全３個のｓｉＮＡを用いて観察された。これは、これらのｓｉＮＡ構築物がＲＮＡｉ機序によって働くことを示唆している。
【０６５９】
材料及び方法
オリゴヌクレオチド合成及びキャラクタリゼーション
ｓｉＮＡオリゴヌクレオチドを、本明細書のとおりに合成し、脱保護し、精製した。最終化合物の完全性及び純度を、標準のＨＰＬＣ、ＣＥ及びＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳ法によって確認した。
【０６６０】
ｓｉＲＮＡアニーリング
ｓｉＮＡ鎖（各鎖２０μＭ）を、１００ｍＭ酢酸カリウム、ｐＨ７．４の３０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ−ＫＯＨ、２ｍＭ酢酸マグネシウム中でアニールした。アニーリング混合物を最初に９０℃で１分間加熱し、次いで３７℃に６０分間移した。アニーリングを、非変性ＰＡＧＥ、及び１５０ｍＭ  ＮａＣｌ中でのＴｍ評価によって確認した。
【０６６１】
血清安定性アッセイ
標準連結方法によって完全長センス又はアンチセンス鎖が生成するように、オリゴヌクレオチドを設計した。連結前に、［γ−３２Ｐ］ＡＴＰを用いた標準キナーゼ方法によって、内部３２Ｐ標識を作製した。連結された材料を変性ＰＡＧＥによってゲル精製した。微量の内部標識センス（又はアンチセンス）を非標識材料に添加して、最終濃度２０μＭにした。非標識相補鎖は３５μＭで存在した。アニーリングを上述したとおりに実施した。二本鎖の形成を、無修飾ＰＡＧＥと、それに続くＭｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｙｎａｍｉｃｓ（Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ、ＣＡ）Ｐｈｏｓｐｈｏｉｍａｇｅｒによる可視化によって確認した。
【０６６２】
内部標識二本鎖又は一本鎖ｓｉＲＮＡをヒト血清に添加して、９０％血清（Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）及び１．５μＭ過剰の非標識一本鎖ｓｉＲＮＡを含む２μＭ  ｓｉＲＮＡ二本鎖の最終濃度にした。試料を３７℃でインキュベートした。一定分量を指定の時点において取り出し、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ  ｐＨ７．８、２．５ｍＭ  ＥＤＴＡ、２．５％ＳＤＳ中で５秒間のプロテイナーゼＫ（２０ｕｇ）消化（Ａｍｅｒｓｈａｍ、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）によってクエンチし、続いて６×体積のホルムアミドローディングバッファー（９０％ホルムアミド、５０ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０１５％キシレンシアノール及びブロモフェノールブルー、放射性標識鎖と同じ配列の２０μＭ非標識追跡（ｃｈａｓｅ）オリゴヌクレオチド）を添加した。試料を非変性ＰＡＧＥによって分離し、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｙｎａｍｉｃｓ  Ｐｈｏｓｐｈｏｉｍａｇｅｒによって可視化した。ＩｍａｇｅＱｕａｎｔ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｙｎａｍｉｃｓ）ソフトウェアを用いて定量した。
【０６６３】
細胞培養試験
ヒト肝芽腫細胞系Ｈｅｐ  Ｇ２を、１０％ウシ胎児血清、２ｍＭグルタミン、０．１ｍＭ非必須アミノ酸、１ｍＭピルビン酸ナトリウム及び２５ｍＭ  Ｈｅｐｅｓを補充した最小必須イーグル培地中で増殖させた。ｐｓＨＢＶ−１ベクター由来のＨＢＶゲノム配列を切り取り、再連結して、複製能力のあるｃＤＮＡを作製した。Ｈｅｐ  Ｇ２細胞を９６ウェルマイクロタイタープレートに蒔き（３×１０４細胞／ウェル）、終夜インキュベートした。（最終濃度で）陽イオン性脂質（１１−１５μｇ／ｍＬ）、再連結されたｐｓＨＢＶ−１（４．５μｇ／ｍＬ）、及びｓｉＲＮＡ（２５ｎＭ）を含む陽イオン性脂質／ＤＮＡ／ｓｉＲＮＡ複合体を増殖培地中で形成した。３７℃で１５分間インキュベーション後、抗生物質を含まない増殖培地８０μＬ中で、蒔かれたＨｅｐ  Ｇ２細胞に複合体２０μＬを添加した。移入から７２時間後に、ＨＢｓＡｇ分析用に培地を細胞から除去した。すべての移入を３つ組で実施した。
【０６６４】
ＨＢｓＡｇ  ＥＬＩＳＡアッセイ
Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｓｙｓｔｅｍｓ／Ｂｉｏ−Ｒａｄ（Ｒｉｃｈｍｏｎｄ、ＶＡ）ＨＢｓＡｇ  ＥＬＩＳＡキットを製造者の指示に従って用いて、ＨＢｓＡｇレベルを測定した。ＨＢＶベクターを移入していない細胞の吸光度をアッセイのバックグラウンドとして用い、実験試料の値から減算した。
【０６６５】
（実施例１２）
ＨＢＶ感染の慢性モデルにおいて異なるオーバーハングケミストリーを有する調合ｓｉＮＡ構築物の効力
ＨＢＶに対して化学的に安定化されたｓｉＮＡナノ粒子（参照により本明細書に組込む、Ｖａｒｇｅｅｓｅ他、米国仮出願第６０／６７８，５３１号、及び２００５年７月２９日に出願された、関係する米国仮出願第６０／７０３，９４６号、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号参照）組成物の活性を評価するために、マウス系統ＮＯＤ．ＣＢ１７−Ｐｒｋｄｃｓｃｉｄ／Ｊ（Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｂａｒ  Ｈａｒｂｏｒ、ＭＥ）において、ＨＢＶベクターの流体力学的注入（ｈｙｄｒｏｄｙｎａｍｉｃ  ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）（ＨＤＩ）に続いて、調合ｓｉＮＡ組成物（調合物Ｌ−０８６及びＬ−０６１。表ＩＶ、並びに２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号参照）の全身投薬を実施した。雌性マウスは試験時に５−６週齢であり、約２０グラムであった。使用したＨＢＶベクターｐＷＴＤは、完全ＨＢＶゲノムの頭−尾（ｈｅａｄ−ｔｏ−ｔａｉｌ）２量体である。２０グラムのマウスの場合、食塩水中にｐＷＴＤを含む全量１．６ｍｌを尾静脈に５秒以内で注射した。マウス１匹当たり全量０．３μｇのＨＢＶベクターを注射した。ＨＤＩによって引き起こされる破壊から肝臓を回復させるために、調合ｓｉＮＡ組成物の投薬をＨＤＩ後６日目から開始した。封入された活性ｓｉＲＮＡ又は負の対照ｓｉＲＮＡを、標準ＩＶ注射によって３ｍｇ／ｋｇ／日で３日間投与した。１０日目に最後の投与後に動物を屠殺し、血清ＨＢＶ  ＤＮＡレベルを測定した。ＨＢＶ  ＤＮＡ滴定量を定量リアルタイムＰＣＲによって測定し、平均ｌｏｇ１０コピー／ｍｌ（±ＳＥＭ）として表した。ＰＢＳ群と負の対照群の両方と比較して、活性調合ｓｉＮＡ組成物処置群において、１０日の時点で血清ＨＢＶ  ＤＮＡの有意な減少が認められた（図３７）。
【０６６６】
オリゴヌクレオチド合成及びキャラクタリゼーション
全部のＲＮＡを本明細書のとおりに合成した。相補鎖をＰＢＳ中でアニールし、脱塩し、凍結乾燥させた。活性部位２６３  ＨＢＶ  ｓｉＮＡの配列を図３７のＳｉｒｎａ化合物番号で参照して、以下に示す。インビボで用いられる修飾ｓｉＮＡを、そのＬＮＰ調合物Ｌ−０８６又はＬ−０６１に従って名付ける（表ＩＶ、及び２００５年１１月１５日に出願された米国仮出願第６０／７３７，０２４号参照）。
【０６６７】
活性ＨＢＶ  ｓｉＮＡのｓｉＮＡ配列は、以下のとおりである。
【０６６８】
【化３７】
2009504190.tif 000033
ＨＢＶ逆対照のｓｉＮＡ配列は、以下のとおりである。
【０６６９】
【化３８】
2009504190.tif 000034
（ここで、小文字＝２’−デオキシ−２’−フルオロ（ｆｌｏｕｒｏ）、大文字斜字体＝２’−デオキシ、大文字下線＝２’−Ｏ−メチル、大文字太字＝リボヌクレオチド、Ｔ＝チミジン、Ｂ＝反転デオキシ脱塩基及びｓ＝ホスホロチオアート）
【０６７０】
ＨＢＶ  ＤＮＡ解析
ＱＩＡｍｐ  ９６  ＤＮＡ  Ｂｌｏｏｄキット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を用いて、製造の指示に従って、ウイルスＤＮＡをマウス血清５０μＬから抽出した。ＡＢＩ  Ｐｒｉｓｍ  ７０００配列検出器（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）を用いて、ＨＢＶ  ＤＮＡレベルを分析した。定量実時間ＰＣＲを以下のプライマー及びプローブ配列を用いて実施した：順方向プライマー５’−ＣＣＴＧＴＡＴＴＣＣＣＡＴＣＣＣＡＴＣＧＴ（配列番号６９、ＨＢＶヌクレオチド２００６−２０２６）、逆方向プライマー５’−ＴＧＡＧＣＣＡＡＧＡＧＡＡＡＣＧＧＡＣＴＧ（配列番号７０、ＨＢＶヌクレオチド２０６３−２０８３）及びプローブＦＡＭ  ５’−ＴＴＣＧＣＡ  ＡＡＡＴＡＣＣＴＡＴＧＧＧＡＧＴＧＧＧＣＣ（配列番号７１、ＨＢＶヌクレオチド２０３５−２０６２）。完全長ＨＢＶゲノムを含むｐｓＨＢＶ−１ベクターを検量線として用いて、血清１ｍＬ当たりのＨＢＶコピーを計算した。
【０６７１】
（実施例１３）
ＨＢＶ感染マウスモデルにおけるＬＮＰ調合ＨＢＶ  ｓｉＮＡの活性
全身投与経路による治療用ｓｉＲＮＡ（ｓｉＮＡ）の開発は、物理的安定性を改善するＲＮＡの化学修飾と、適切な組織ターゲティング及び細胞の取り込みを促進する処方との両方に依拠する。この実施例においては、ヒトＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）を標的にした化学修飾ｓｉＮＡを、肝臓栄養性（ｌｉｖｅｒ−ｔｒｏｐｈｉｃ）脂質を主体とするナノ粒子に封入した。化学修飾ｓｉＮＡは、マウス複製ＨＢＶにおいて循環ＨＢＶ  ＤＮＡの２．５−３．０  ｌｏｇ１０の減少を示した。また、肝臓中のウイルスＲＮＡレベルは、ＲＩＳＣによって媒介される標的切断の結果として、ＲＡＣＥ分析によって求めて＞９０％減少した。これは、ナノ粒子によって媒介される送達を用いても、抗ＨＢＶ  ｓｉＮＡの化学修飾が、ウイルスＲＮＡの非サイトカイン媒介性ノックダウンに重要であることを示している。ナノ粒子調合物は、ｓｉＮＡ投与量の６５％を肝臓に送達する。ｓｉＮＡは、単回投与から１４日後に肝臓で検出することができる。これらの調合ｓｉＮＡの静脈内注射によるマウスへの投与は、ＡＳＴ及びＡＬＴレベルを含めた臨床化学によって測定して、耐容性が良好である。これらの結果は、ＨＢＶ、ＨＣＶなどの肝臓の重要なヒトウイルス病原体に対する、ｓｉＮＡに基づく創薬を支持するものである。
【０６７２】
上記実施例に記載したように、ＨＢＶゲノム中の幾つかの活性ｓｉＮＡ標的部位を細胞培養試験で特定した。特に強力なｓｉＮＡは、ＨＢＶ  ＲＮＡのＳ領域中の５’ヌクレオチド２６３（ＨＢＶ２６３Ｍ）から始まる。ＨＢＶ２６３  ｓｉＮＡ分子は、上記実施例１２に記載されており、配列番号６０からなるセンス鎖と配列番号６４からなるアンチセンス鎖とを有する。
【０６７３】
【化３９】
2009504190.tif 000035
【０６７４】
この試験において記述される研究は、肝臓へのｓｉＮＡの送達の増加をもたらす新規脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）ｓｉＮＡ送達技術の使用を規定し、肝臓におけるＨＢＶ  ＲＮＡのかなりの減少を含めて、インビボでのｓｉＮＡ効力及び抗ＨＢＶ活性期間を劇的に改善する。また、ウイルスＲＮＡの減少は、ｓｉＮＡによって媒介される標的切断の直接的な結果であることが判明した。
【０６７５】
ｓｉＮＡの調合
この試験で利用するＬＮＰ調合物はＬＮＰ−０８６である（表ＩＶ参照）。ＳｉＮＡは、緩衝剤中のｓｉＮＡを脂質混合物のアルコール性溶液に混合し、続いて段階的な透析ろ過工程によって、高い封入効率で脂質ナノ粒子に取り込まれた。ＨＰＬＣを用いた直交方法（ｏｒｔｈｏｇｏｎａｌ  ｍｅｔｈｏｄ）（陰イオン交換とサイズ排除クロマトグラフィー）及びＲｉｂｏＧｒｅｅｎアッセイ（洗浄剤を用いた、及び用いない蛍光変化の測定）によって封入効率を求めた。粒径及び電荷密度をＢｒｏｏｋｈａｖｅｎ（Ｈｏｌｔｓｖｉｌｌｅ、ＮＹ）ＺｅｔａＰａｌ粒径測定器によって測定した。
【０６７６】
ＨＢｓＡｇ  ＥＬＩＳＡアッセイ
Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｓｙｓｔｅｍｓ／Ｂｉｏ−Ｒａｄ（Ｒｉｃｈｍｏｎｄ、ＶＡ）ＨＢｓＡｇ  ＥＬＩＳＡキットを製造者の指示に従って用いて、ＨＢｓＡｇレベルを測定した。ＨＢＶベクターを移入していない細胞の吸光度をアッセイのバックグラウンドとして用い、実験試料の値から減算した。
【０６７７】
ＨＢＶベクターを用いたマウスモデル
ＨＢＶに対して化学的に安定化されたｓｉＮＡの活性を評価するために、マウス系統ＮＯＤ．ＣＢ１７−Ｐｒｋｄｃｓｃｉｄ／Ｊ（Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｌａｂｓ、Ｂａｒ  Ｈａｒｂｏｒ、ＭＥ）において、ＨＢＶベクターの流体力学的注入（ＨＤＩ）に続いて、ｓｉＮＡの全身投薬を実施した。雌性マウスは試験時に５−６週齢であり、約２０ｇであった。使用したＨＢＶベクターｐＷＴＤは、完全ＨＢＶゲノムの頭−尾（ｈｅａｄ−ｔｏ−ｔａｉｌ）２量体である。２０グラムのマウスの場合、食塩水中にｐＷＴＤを含む全量１．６ｍｌを尾静脈に５秒以内で注射した。マウス１匹当たり全量０．３μｇのＨＢＶベクターを注射した。ｓｉＮＡの標準全身投薬は、０．３から１０ｍｇ／ｋｇ／日であった。ＨＤＩによって引き起こされる破壊から肝臓を回復させるために、全身投薬をＨＤＩ後６日目から開始した。
【０６７８】
ＨＢＶ  ＤＮＡ解析
ＱＩＡｍｐ  ９６  ＤＮＡ  Ｂｌｏｏｄキット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を用いて、製造の指示に従って、ウイルスＤＮＡをマウス血清５０μＬから抽出した。ＡＢＩ  Ｐｒｉｓｍ  ７０００配列検出器（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）を用いて、ＨＢＶ  ＤＮＡレベルを分析した。定量実時間ＰＣＲを以下のプライマー及びプローブ配列を用いて実施した：順方向プライマー５’−ＣＣＴＧＴＡＴＴＣＣＣＡＴＣＣＣＡＴＣＧＴ（配列番号６９、ＨＢＶヌクレオチド２００６−２０２６）、逆方向プライマー５’−ＴＧＡＧＣＣＡＡＧＡＧＡＡＡＣＧＧＡＣＴＧ（配列番号７０、ＨＢＶヌクレオチド２０６３−２０８３）及びプローブＦＡＭ  ５’−ＴＴＣＧＣＡ  ＡＡＡＴＡＣＣＴＡＴＧＧＧＡＧＴＧＧＧＣＣ（配列番号７１、ＨＢＶヌクレオチド２０３５−２０６２）。完全長ＨＢＶゲノムを含むｐｓＨＢＶ−１ベクターを検量線として用いて、血清１ｍＬ当たりのＨＢＶコピーを計算した。
【０６７９】
ＨＢＶ  ＲＮＡ解析
Ｔｒｉ−Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．  Ｌｏｕｉｓ  ＭＯ）を用いて製造の指示に従って、全細胞ＲＮＡをマウス肝臓組織約１００ｍｇから単離した。複合（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ）反応において、実時間逆転写（ＲＴ）−ＰＣＲによって、ＨＢＶ  ＲＮＡレベルを定量し、マウスＧＡＰＤＨ  ＲＮＡに対して標準化した。ＨＢＶとＧＡＰＤＨ  ＲＮＡの両方の相対量を、ＨＢＶを注射したマウスから得られた全肝臓ＲＮＡの検量線から計算した（３００から１ｎｇ  ＲＮＡ／反応まで３倍段階希釈）。ＨＢＶプライマー及びプローブは上記のとおりである。マウスＧＡＰＤＨプライマー及びプローブ配列は、以下のとおりである：順方向プライマー５’−ＧＣＡＴＣＴＴＧＧＧＣＴＡＣＡＣ  ＴＧＡＧＧ（配列番号７２、ｍＧＡＰＤＨヌクレオチド８５５−８７５）、逆方向プライマー５’−ＧＡＡＧＧＴＧＧＡＡＧＡＧＴＧＧＧＡＧＴＴＧ（配列番号７３、ｍＧＡＰＤＨヌクレオチド９０３−９２５）及びプローブＶＩＣ  ５’−ＡＣＣＡＧＧＴＴＧＴＣＴＣＣＴＧＣＧＡＣＴＴＣＡＡＣＡＧ（配列番号７４、ｍＧＡＰＤＨヌクレオチド８７６−９１３）。肝臓ＨＢＶ  ＲＮＡレベルをＨＢＶとＧＡＰＤＨ  ＲＮＡの比として表す。
【０６８０】
標的ＲＮＡ切断の５’ＲＡＣＥアッセイ
全ＲＮＡを前処理しない以外は、ＧｅｎｅＲａｃｅｒ  Ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）プロトコルに従って、ＲＡＣＥ分析を実施した。活性ｓｉＮＡ及び対照ｓｉＮＡで処理した動物から得られた全肝臓ＲＮＡ（５μｇ）をＧｅｎｅＲａｃｅｒアダプター分子に連結した。連結されたＲＮＡを、ＨＢＶ特異的プライマーを用いて逆転写した（ＶＳＰ１：５’−ＴＧＡＧＣＣＡＡＧＡＧＡＡＡＣＧＧＡＣＴＧ、配列番号７５）。続いて、アダプター（ＧＲ５’−５’−ＣＧＡＣＴＧＧＡＧＣＡＣＧＡＧＧＡＣＡＣＴＧＡ、配列番号７６）及びＨＢＶ（ＶＳＰ２：５’−ＧＣＡＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡＣＴＧＧＴＴＧＴ、配列番号７７）に相補的であるプライマーを用いてＰＣＲ増幅した。プライマー（ＧＲ５’ネステッド５’−ＧＧＡＣＡＣＴＧＡＣＡＴＧＧＡＣＴＧＡＡＧＧＡＧＴＡ、配列番号７８）と（ＶＳＰ３：５’ＣＡＧＡＣＡＣＡＴＣＣＡＧＣＧＡＴＡＡＣＣＡＧ、配列番号７９）を用いたネステッドＰＣＲ、及び未変性ＰＡＧＥ上の電気泳動によって、切断産物（１４５ｂｐ）のサイズを更に確認した。約１４５ｂｐの増幅産物をゲル精製し、クローン化し、配列を決定して、ｓｉＮＡ切断部位を明らかにした。
【０６８１】
免疫刺激の分析
５から６週齢の雄性ＣＤ−１マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ、Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ、ＭＡ）の外側尾静脈に、ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ又はＰＢＳ対照の単回３ｍｇ／ｋｇ用量を標準静脈内注射によって注射した。マウスをＣＯ２吸入によって安楽死させ、続いてすぐに投薬後２．５及び８時間にしゃ血した（ｎ＝５／時点）。血液を大静脈から収集し、分析用血清として処理した。全サイトカインを、サンドイッチＥＬＩＳＡキットを用いて、製造者の指示に従って定量した。全サイトカインは、マウスＩＬ−６、ＴＮＦアルファ、ＩＦＮガンマ及びＩＦＮアルファであった（すべてＲ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）。
【０６８２】
薬物動態学
雄性ＣＤ−１マウスをＣｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ（Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ、ＭＡ）から入手した。雄性ＣＤ−１マウスは、試験時約３０ｇであった。ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰを標準ＩＶボーラス（１００−１２０μＬ）として約３ｍｇ／ｋｇの用量で外側尾静脈に投与した。選択した時点（投薬後２及び１５分、１、３及び６時間、並びに１、５、１０及び１４日）においてマウスをＣＯ２吸入によって安楽死させ、続いてすぐにしゃ血した。血液を心臓穿刺によって収集し、ＥＤＴＡ及び血しょうを含むＭｉｃｒｏｔａｉｎｅｒ（登録商標）ブランドの管に収集した。しゃ血後、マウスに獣医学グレードの無菌食塩水を心臓を介して潅流させた肝臓を計量し、前もって計量した均質化管（ｈｏｍｏｇｅｎｉｚａｔｉｏｎ  ｔｕｂｅ）に試料（約１００ｍｇ）を入れ、ドライアイスで凍結させた。
【０６８３】
血しょう及び肝臓試料中のｓｉＮＡを、サンドイッチハイブリダイゼーションアッセイによって、パッセンジャー鎖に対して０．０２６−６．８１５ｎｇ／ｍＬ及びガイド鎖に対して０．０２７−６．９４５ｎｇ／ｍＬの濃度範囲で定量した。肝臓試料を組織均質化緩衝剤（３Ｍグアニジンイソチオシアナート、０．５Ｍ  ＮａＣｌ、０．１Ｍ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ  ７．５、１０ｍＭ  ＥＤＴＡ）中１００ｍｇ／ｍＬの濃度で調製した。この混合物を、Ｂｉｏ−１０１  Ｈｏｍｏｇｅｎｉｚｅｒ（Ｓａｖａｎｔ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）を用いて速度設定６．０及び運転時間１０秒で１回ホモジナイズした。ホモジナイズした肝臓溶液を１Ｍ  ＧＩＴＣ緩衝剤（１Ｍグアニジンイソチオシアナート、０．５Ｍ  ＮａＣｌ、０．１Ｍ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ７．５、１０ｍＭ  ＥＤＴＡ）で１０ｍｇ／ｍｌに希釈し、次いで更に希釈して（１：２から１：１０）アッセイに用いた。血しょう試料を１Ｍ  ＧＩＴＣ緩衝剤で≧２５倍希釈した。パッセンジャー及びガイド鎖濃度を加算して、全ｓｉＮＡ濃度を計算した。ＷｉｎＮｏｎＬｉｎ  Ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌ（ｖｅｒ  ３．３）を用いて、得られた濃度時間データのノンコンパートメント薬物動態解析を実施した。
【０６８４】
毒性評価
２０匹のＣＤ−１雄性マウスにＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰを単回ＩＶ大量瞬時投与によって３ｍｇ／ｋｇの用量で投与し（ｎ＝１０）、又はＰＢＳを投与した（ｎ＝１０）。試験前に、及び投薬から１又は１４日後の試料収集前に、体重を測定した。適切な時点において、マウスをＣＯ２吸入によって安楽死させ、続いてすぐにしゃ血し（ｎ＝５／時点）、血清の化学的性質の分析用に血液を収集した。また、肝臓及びひ臓の重量を収集し、器官と体重の比を計算した。
【０６８５】
結果
ＬＮＰ調合ＨＢＶ  ｓｉＮＡ
ＬＮＰ−０８６調合物（表ＩＶ参照）を用いて、配列番号６０からなるセンス鎖と配列番号６４からなるアンチセンス鎖とを含む活性ＨＢＶ２６３Ｍ  ｓｉＮＡ、及び配列番号６５からなるセンス鎖と配列番号６６からなるアンチセンス鎖とを含むＨＢＶ２６３ｉｎｖＭの対応する逆対照調合物を封入した。
【０６８６】
【化４０】
2009504190.tif 000036
【０６８７】
脂質とｓｉＮＡ溶液の同時混合と、それに続く段階的な透析ろ過によって、ｓｉＮＡを脂質ナノ粒子に高効率で組み入れるプロセスを開発した。このプロセスを用いて、ＨＢＶ２６３Ｍ及び対照ＨＢＶ２６３Ｍｉｎｖ  ｓｉＮＡをＬＮＰ−０８６調合物に封入した。平均ｓｉＮＡ封入効率は、ＨＰＬＣ及びＲｉｂｏＧｒｅｅｎアッセイで求めて８４±２％であった。平均粒径は１６７±１０ｎｍ、多分散性は０．１５±０．０５であった。ＬＮＰは、わずかに正の表面電荷密度３０±２ｍＶを有した。
【０６８８】
ＬＮＰ調合物に封入された化学修飾ＨＢＶ２６３Ｍ  ｓｉＮＡの活性を、ＨＢＶ細胞培養系において最初に評価した。ＨＢＶを複製するＨｅｐ  Ｇ２細胞をＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰで１回処理すると、ＨＢｓＡｇレベルが用量依存的に減少し、ＩＣ５０は１ｎＭであった（データ示さず）。
【０６８９】
ＬＮＰに封入されたＨＢＶ２６３Ｍのインビボでの活性
ＬＮＰに封入されたｓｉＮＡのインビボでの活性を評価するために、複製能力のあるＨＢＶベクターの流体力学的注入（ＨＤＩ）によって肝細胞内でウイルスが複製する、ＨＢＶ複製のマウスモデルを用いた。このモデルでは、ＨＢＶは、免疫無防備状態のマウスの肝臓中で最高８０日間複製し、検出可能なレベルのＨＢＶ  ＲＮＡ及び抗原を肝臓中で生成し、血清中のＨＢＶ  ＤＮＡ及び抗原の力価は、慢性的に感染した患者で見られるレベルと類似したレベルである。
【０６９０】
ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６のインビボでの効力及び特異性を評価するために、その活性を対照ｓｉＮＡ  ＨＢＶ２６３ｉｎｖＭ−ＬＮＰ−０８６と比較した。ＨＢＶ複製マウスを０．３、１又は３ｍｇ／ｋｇ／日の用量で３日間処理し、血清ＨＢＶ  ＤＮＡ及びＨＢｓＡｇの各レベルを最後の投与から３日後に測定した。ＨＢＶ  ＤＮＡとＨＢｓＡｇの両方の血清力価の用量依存的減少が認められた。対照ｓｉＮＡ群又はＰＢＳ群と比較して、ＨＢＶ  ＤＮＡ血清力価の３．０、２．３及び１．１  ｌｏｇ１０（ｐ０．０００１）の減少（図３８Ａ）、並びに血清ＨＢｓＡｇレベルの２．４、２．２及び１．５  ｌｏｇ１０（ｐ０．０００１）の減少（図３８Ｂ）が、それぞれ３、１及び０．３ｍｇ／ｋｇ処理群において認められた。血清ＨＢＶ  ＤＮＡ又はＨＢｓＡｇのレベルは、対照ｓｉＮＡとＰＢＳ処置群において同等であり、抗ＨＢＶ活性の配列特異性、及び非特異的脂質効果の非存在が実証された。
【０６９１】
ｓｉＮＡによって媒介されるＨＢＶレベルの減少期間をマウスモデルにおいて検討した。ＨＢＶ複製マウスを３ｍｇ／ｋｇ／日の用量のＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６又はＨＢＶ２６３Ｍｉｎｖ−ＬＮＰ−０８６で３日間処理し、続いてＨＢＶ血清力価を最後の投与から３、７及び１４日後に分析した。抗ＨＢＶ活性は持続し、かなりの活性が７日（２．０  ｌｏｇ１０の減少）及び１４日（１．５  ｌｏｇ１０の減少（図３９）でも認められた。ＨＢＶに対するｓｉＮＡ活性のこの長期間にわたる持続は、化合物の数少ない投与が有効であり得ることを示唆している。ＨＢＶマウスモデルを用いて、週１回の投薬の効果を評価した。マウスをＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６又はＨＢＶ２６３Ｍｉｎｖ−ＬＮＰ−０８６  ３ｍｇ／ｋｇ／日で第１週の１日及び４日、次いで毎週１回更に３週間処理した。血清ＨＢＶ  ＤＮＡ力価を７、１４、２１及び２８日目に求めた。ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６処置群は、ＰＢＳ処置群と比較して、７、１４、２１及び２８日目のＨＢＶ血清力価が、それぞれ１．７、１．７、１．８及び１．３  ｌｏｇ１０減少した（図４０）。これらの結果は、ＨＢＶ力価の減少がＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６の週１回の投薬によって維持され得ることを示唆している。
【０６９２】
特異的ｓｉＮＡによって媒介される肝臓ＨＢＶ  ＲＮＡの切断
活性ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６調合物によって媒介される肝臓特異的ＨＢＶ  ＲＮＡの切断を検討するために、ＨＢＶを複製するマウスを０．３、１、３、１０ｍｇ／ｋｇ／日の用量のＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６、又は１０ｍｇ／ｋｇの用量のＨＢＶ２６３ｉｎｖＭ−ＬＮＰ対照で３日間処理し、最後の投与から３日後に肝臓ＨＢＶ  ＲＮＡレベルを測定した。肝臓ＨＢＶ  ＲＮＡの用量依存的な減少が認められ（図４１）、１０ｍｇ／ｋｇのＨＢＶ２６３ｉｎｖＭ−ＬＮＰ−０８６対照と比較して、１０、３、１及び０．３ｍｇ／ｋｇのＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ処理群において、それぞれ９０％、６６．５％、１８％及び４％減少した。
【０６９３】
マウスモデルにおいて認められた肝臓ＨＢＶ  ＲＮＡの減少が、ＲＮＡｉによって媒介されるＨＢＶ  ＲＮＡの切断のためであることを直接実証するために、５’ｒａｐｉｄ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃＤＮＡ  ｅｎｄｓ（ＲＡＣＥ）分析によって、予測された部位におけるＨＢＶ  ＲＮＡの切断を検出した。ＨＢＶ複製マウスを、３ｍｇ／ｋｇ／ｄの用量のＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６又はＨＢＶ２６３Ｍｉｎｖ−ＬＮＰ−０８６で３日間処理した。マウスを最後の投与から３、７又は１４日後に屠殺し、全肝臓ＲＮＡを単離した。アダプター配列をＲＮＡ集団の遊離５’末端に連結し、続いてアダプターとＨＢＶ特異的プライマーを用いたＲＴ−ＰＣＲによって、ＨＢＶ  ＲＮＡが予測標的部位において切断された場合に、１４５ｂｐのＰＣＲ産物が得られると予想された。図４２に示すように、予想された増幅産物が、ＨＢＶ２６３活性ｓｉＮＡで処理した試料において各時点で観察されたが、ＨＢＶ２６３対照試料においては観察されなかった。次いで、ＰＣＲ産物をサブクローニングし、配列を決定して、アダプター配列とＨＢＶ２６３  ｓｉＮＡの予測切断部位との連結が正確であることを確認した。この結果から、肝臓において認められたＨＢＶ  ＲＮＡの減少が、肝臓における特異的ＲＮＡｉによって媒介されたＨＢＶ  ＲＮＡの切断によるものであったことが立証される。また、７及び１４日の時点において特異的ＨＢＶ  ＲＮＡ切断産物が検出されたことは、ＨＢＶに対するｓｉＮＡ活性期間が、ＨＢＶ  ＲＮＡの継続的な切断によるものであることを示している。
【０６９４】
ｓｉＮＡによって誘導される免疫賦活の分析
インビボでの送達用に処方された無修飾合成ｓｉＮＡは、インビトロでのヒト末梢血単核球（ＰＢＭＣ）及びインビボでのマウスにおいて、炎症性サイトカイン及びインターフェロンの合成を配列特異的に誘発することが判明した。化学修飾ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６  ｓｉＮＡが、無修飾のもの（ＨＢＶ２６３Ｒ−ＬＮＰ−０８６）に比較して、このタイプの免疫応答を誘発する能力を調べた。
【０６９５】
【化４１】
2009504190.tif 000037
【０６９６】
ＣＤ−１マウスに単一の３ｍｇ／ｋｇ用量のＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６又はＨＢＶ２６３Ｒ−ＬＮＰ−０８６を注射した。投薬後２．５又は８時間にマウスを屠殺し、血液を収集した。ピーク血中濃度を検出するために、２．５時間の時点でＩＬ−６及びＴＮＦ−αを測定し、注射から８時間後にＩＦＮ−γ及びＩＦＮ−αレベルを分析した。ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６処置群においては、平均ＩＬ−６レベルは３３±２１ｐｇ／ｍｌであり、１３±４のＰＢＳ対照群とさほど異ならないレベルであった（表ＶＩＩ）。また、ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６処置群においては、ＴＮＦ−α  ＩＦＮ−α又はＩＦＮ−γの誘導は認められなかった。これに対し、ＨＢＶ２６３Ｒ−ＬＮＰ−０８６処理動物においては全４種類のサイトカインのかなりの誘導が認められた（表ＶＩ）。これらの結果によれば、無修飾ＨＢＶ２６３Ｒ−ＬＮＰ−０８６  ｓｉＮＡによって誘発された極めて強い応答と比較して、修飾ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６  ｓｉＮＡは、マウスにおいてサイトカインを誘導しなかった。ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６によってサイトカインが誘導されないことは、マウスモデルにおいて認められる抗ＨＢＶ活性が、特異的ｓｉＮＡによって媒介される、ＨＢＶ遺伝子発現のサイレンシングによるものであることを更に示している。
【０６９７】
ＬＮＰ調合ｓｉＮＡの薬物動態学
ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６の薬物動態学的諸性質をマウスにおいて単一の３ｍｇ／ｋｇ投与後に求めた。ハイブリダイゼーション法によって、血しょう及び肝臓におけるＨＢＶ２６３Ｍ  ｓｉＮＡを経時的に検出した（図４３）。ＨＢＶ２６３Ｍは、血しょう中で迅速に排出され、排出Ｔ１／２は約１．７時間であった。しかし、ＨＢＶ２６３Ｍは、肝臓において１４日間の試料採取期間を通して検出され、排出Ｔ１／２は４日であった。最大濃度３１．３±１７．８ｎｇ／ｍｇ（平均±標準偏差）が肝臓において１時間で観測され、ｓｉＮＡ用量の６５±３２％に相当した。１４日目に、用量の１．４±０．７％が肝臓中で完全な形で残留した。マウスモデルにおいて認められる、ｓｉＮＡによって媒介される長期の抗ＨＢＶ活性は、肝臓におけるｓｉＮＡのこの長い滞留時間と良好な相関がある。
【０６９８】
ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ毒性の評価
ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６の潜在的毒性作用を明らかにするために単回投与試験を実施した。ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６の投与は、病的状態も死亡もなく、動物による耐容性が良好であった。ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ  ３ｍｇ／ｋｇの投与から１又は１４日後に、体重変化も、肝臓及びひ臓の器官と体重の比の変化も認められなかった（表ＶＩＩ）。肝臓又はひ臓の肉眼的形態変化は認められなかった。また、ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６の投与に起因し得る、血清の化学的性質の変化は認められなかった（表ＶＩＩＩ）。全体的に見て、ＬＮＰ−０８６に封入されたＨＢＶ２６３  ｓｉＮＡは、ＨＢＶマウスモデルにおいてウイルス力価をかなり減少させるのに用いられる用量レベルにおいて、耐容性が良好である。
【０６９９】
この試験では、ｓｉＮＡ送達用の新規脂質調合物の使用を記述する。ＨＢＶ感染のマウスモデルにおいて、肝臓へのｓｉＮＡの送達がかなり改善され、効力が増大し、ＨＢＶ力価の減少が持続する。ＬＮＰ調合ｓｉＮＡの薬物動態学的特性と、インビボでのｓｉＮＡ活性の効力及び期間との優れた相関が認められた。ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６  ３ｍｇ／ｋｇ／日を３回投与すると、血清ＨＢＶ  ＤＮＡが対照ｓｉＮＡよりも２．５から３．０  ｌｏｇ１０減少した。ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６処理は、抗ＨＢＶ活性のかなりの持続時間をもたらし、血清ＨＢＶ  ＤＮＡが７日目で２．０  ｌｏｇ１０減少し、１４日目で１．３  ｌｏｇ１０減少した。
【０７００】
この試験は、ＬＮＰ調合物に封入された化学修飾ｓｉＲＮＡを使用すると、ｓｉＲＮＡによって媒介される、インビボでのサイトカインの誘導が抑止されることも示している。まとめると、ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６  ｓｉＲＮＡの好都合な薬物動態学的プロファイル及び効力プロファイルによって、治療に潜在的に関連する抗ウイルス化合物が創出される。この調合物は、ｓｉＲＮＡを効果的に肝臓に送達し、内因性疾患に関連した肝臓標的のノックダウンに利用することができる。
【０７０１】
（実施例１４）
適応症
遺伝子発現の調節に関連し得る特定の症状及び病態としては、本明細書に記載する、又は当分野で公知である、癌、増殖性、炎症性、自己免疫性、神経性、眼球、呼吸器、代謝的、皮膚、聴覚、肝臓、腎臓、感染性などの疾患、症状又は障害、及び単独で、又は他の療法と組み合わせて、細胞又は組織における標的（例えば、標的タンパク質又は標的ポリヌクレオチド）のレベルに関係又は応答する任意の他の疾患、症状又は障害が挙げられるが、これらだけに限定されない。
【０７０２】
（実施例１５）
多官能ｓｉＮＡによる標的ＲＮＡ発現の阻害
多官能ｓｉＮＡの設計
多官能ｓｉＮＡ構築物に対する標的部位を特定した後、異なる標的核酸配列に相補的である、例えば約１８から約２８ヌクレオチド長の、相補領域を有するｓｉＮＡの各鎖を設計する。標的配列に相補的でないが、他方の配列の相補領域に対する相補性を含む、約４から約２２ヌクレオチドの隣接するフランキング領域を有する各相補領域を設計する（例えば、図１６参照）。ヘアピン構築物を同様に設計することができる（例えば、図１７参照）。異なる標的核酸配列間で共有される相補的回文構造又は反復配列を特定することによって、多官能ｓｉＮＡ構築物の全長を短縮することができる（例えば、図１８及び１９参照）。
【０７０３】
非限定的例においては、単一のｓｉＮＡ分子によって複数の標的をサイレンシングし得る別の多官能ｓｉＮＡ設計の３つの追加のカテゴリーが存在する。第１の方法は、リンカーを利用して、ｓｉＮＡ（又は多官能ｓｉＮＡ）を直接連結させる。これによって、インターフェロン応答を誘発し得る一連の長鎖ＲＮＡを生成せずに、最も強力なｓｉＮＡを連結することができる。第２の方法は、重複した、又は連結された、多官能設計のデンドリマー的な伸長、或いは超分子形式のｓｉＮＡの組織化である。第３の方法は、３０塩基対を超えるヘリックス長を利用する。これらのｓｉＮＡのダイサーによるプロセシングによって、新しい活性５’アンチセンス末端が出現する。したがって、長鎖ｓｉＮＡは、元の５’末端によって規定される部位、及びダイサープロセシングによって作製される新しい末端によって規定される部位を標的にすることができる。（センス鎖とアンチセンス鎖が標的を各々規定する）伝統的な多官能ｓｉＮＡと併用すると、この手法を用いて、例えば４個以上の部位を標的にすることができる。
【０７０４】
１．  繋留（ｔｅｔｈｅｒｅｄ）二官能性ｓｉＮＡ
基本的な考え方は、２本のアンチセンスｓｉＮＡ鎖が単一のセンス鎖とアニールされる多官能ｓｉＮＡの設計に対する新規な取り組みである。センス鎖オリゴヌクレオチドは、リンカー（例えば、本明細書の非ヌクレオチドリンカー）と、アンチセンスｓｉＮＡ鎖にアニールされる２個のセグメントを含む（図２２参照）。リンカーは、ヌクレオチド系リンカーを含んでいてもよい。この手法の幾つかの潜在的利点及び変形としては、これらだけに限定されないが、以下のものが挙げられる。
【０７０５】
１．  ２個のアンチセンスｓｉＮＡは独立している。したがって、標的部位の選択は、２個の部位間の配列保存の要件によって束縛されない。任意の２個の高活性ｓｉＮＡを組み合わせて、多官能ｓｉＮＡを形成することができる。
【０７０６】
２．  相同性を有する標的部位と併用するときには、２個の遺伝子（例えば、異なるアイソフォーム）中に存在する配列を標的にするｓｉＮＡ、この設計を用いて、２個を超える部位を標的にすることができる。例えば、単一の多官能ｓｉＮＡを用いて、２個の異なる標的ＲＮＡのＲＮＡを標的にすることができる。
【０７０７】
３．  センス鎖とアンチセンス鎖の両方を使用して１個の遺伝子を標的にする多官能ｓｉＮＡも、繋留多機能設計に組み入れることができる。これによって、６個以上の部位を単一の複合体で標的にする可能性が残される。
【０７０８】
４．  ２個を超えるアンチセンス鎖ｓｉＮＡを単一の繋留センス鎖にアニールすることができる。
【０７０９】
５．  この設計は、一連の長鎖ｄｓＲＮＡの発生を防止する。したがって、インターフェロン応答を惹起する可能性は低い。
【０７１０】
６．  リンカー（又は本明細書の抱合体など、リンカーに結合した修飾）は、複合体の薬物動態学的諸性質を改善し、又はリポソームへの複合体の取り込みを改善する。リンカーに導入された修飾は、ｓｉＮＡに直接結合した場合と同じ程度に、ｓｉＮＡ活性に影響を及ぼすべきではない（例えば、図２７及び２８参照）。
【０７１１】
７．  センス鎖は、アニールされたアンチセンス鎖を越えて伸長して、抱合体が結合するための追加の部位を与え得る。
【０７１２】
８．  複合体の極性は、アンチセンス３’末端の両方がリンカーに隣接し、５’末端がリンカーの遠位にあるように、又はその組合せになるように、転換することができる。
【０７１３】
デンドリマー及び超分子ｓｉＮＡ
デンドリマーｓｉＮＡ手法においては、ｓｉＮＡの合成は、デンドリマーテンプレートをまず合成することによって開始され、続いて種々の官能性ｓｉＮＡを結合させる。種々の構築物を図２３に示す。結合し得る官能性ｓｉＮＡの数は、使用するデンドリマーの寸法によってのみ限定される。
【０７１４】
多官能ｓｉＮＡに対する超分子手法
超分子形式は、デンドリマー合成の難題を簡単にする。この形式では、ｓｉＮＡ鎖は、標準のＲＮＡ化学反応と、それに続く種々の相補鎖のアニーリングによって合成される。個々の鎖の合成は、５’末端における１個のｓｉＮＡのアンチセンスセンス配列、続いてヘキサエチレングリコール（ｈｅｘａｅｔｈｙｌｅｎｅｇｌｙｏｌ）などの核酸又は合成リンカー、続いて別のｓｉＮＡの５’から３’方向のセンス鎖を含む。したがって、ｓｉＮＡ鎖の合成は、標準の３’から５’方向に実施され得る。三官能及び四官能ｓｉＮＡの代表例を図２４に示す。種々の鎖が効率的にアニールされる限り、類似の原理に基づいて、より高い官能性のｓｉＮＡ構築物を設計することができる。
【０７１５】
ダイサーを使用可能な多官能ｓｉＮＡ
複数の標的の生物情報学的解析によって、異なる標的配列間で共有される、約２から約１４ヌクレオチド長の一連の同一配列を特定することができる。ダイサーによるプロセシングによって、第２の機能的５’アンチセンス部位が出現するように、これらの同一領域を設計して、長鎖ｓｉＮＡヘリックス（例えば、＞３０塩基対）にすることができる（例えば、図２５参照）。例えば、ｓｉＮＡアンチセンス鎖（例えば、３’−ＴＴオーバーハングを有する二本鎖中の２１ヌクレオチド鎖）の最初の１７ヌクレオチドが標的ＲＮＡに相補的であるときには、２５ｎＭで頑強なサイレンシングが認められた。同じ形式の１６ヌクレオチドのみの相補性によって８０％のサイレンシングが認められた。
【０７１６】
約３０から４０又はそれを超える塩基対のｓｉＮＡの設計にこの性質を組み入れることによって、更に別の多官能ｓｉＮＡ構築物が得られる。図２５の例は、３０塩基対二本鎖が、Ｄｉｃｅｒ−ＲＮａｓｅＩＩＩによるプロセシング後に、３個の異なる配列を標的にすることができる方法を示している。ウイルス因子、宿主因子メッセージ、所与の経路（例えば、炎症性カスケード）に沿った複数のポイントなど、これらの配列は、同じｍＲＮＡ上、又は別々のＲＮＡ上に存在し得る。また、４０塩基対の二本鎖は、二官能性設計を直列に組み合わせて、４個の標的配列を標的にする単一の二本鎖を与え得る。更に大規模な手法は、１個の多官能二本鎖で５又は６個の標的をサイレンシングし得る相同配列の使用を含み得る。図２５の例は、その達成方法を示している。３０塩基対二本鎖は、ダイサーによってどちらかの末端から２２と８塩基対の生成物に開裂する（８ｂ．ｐ．断片は示さず。）。見やすくするために、ダイサーによって作製されるオーバーハングを示していない（しかし、埋め合わせられ得る。）３個のターゲティング配列を示す。重なった必要な配列同一性を灰色の枠で示す。親の３０ｂ．ｐ．  ｓｉＮＡの各Ｎは、安定化された化学反応で試験した場合にダイサー切断を可能にする２’−ＯＨ位置の示唆される部位である。Ｄｉｃｅｒ  ＲＮａｓｅ  ＩＩＩによる３０量体二本鎖のプロセシングは、正確な２２＋８開裂を与えず、一連の密接に関係した生成物を生成することに留意されたい（２２＋８は主要な部位である。）。したがって、ダイサーによるプロセシングによって、一連の活性なｓｉＮＡが生成する。別の非限定的例を図２６に示す。４０塩基対二本鎖は、ダイサーによって、一方の末端から２０塩基対生成物に開裂する。見やすくするために、ダイサーによって作製されるオーバーハングを示していない（しかし、埋め合わせられ得る。）４個のターゲティング配列を４色、すなわち、青色、淡青色、赤色及びオレンジ色で示す。重なった必要な配列同一性を灰色の枠で示す。この設計形式は、より大きなＲＮＡに拡張することができる。化学的に安定化されたｓｉＮＡがダイサーによって結合する場合には、戦略的に配置されたリボヌクレオチド結合によって、本発明者らの多官能性設計のより広範なレパートリーを可能にする切断産物の設計が可能になり得る。例えば、約２２ヌクレオチドのダイサー標準に限定されない切断産物は、例えば、約３から約１５ヌクレオチドの標的配列同一性の重なりを有する多官能ｓｉＮＡ構築物を可能にし得る。
【０７１７】
（実施例１４）
診断用途
本発明のｓｉＮＡ分子は、種々の応用分野、例えば、臨床、工業、環境、農業及び／又は研究の場面における分子標的（例えば、ＲＮＡ）の特定などの種々の診断用途に使用することができる。ｓｉＮＡ分子のかかる診断上の使用は、再構成されたＲＮＡｉ系の利用、例えば、細胞溶解物、又はある程度精製された細胞溶解物の使用を含む。本発明のｓｉＮＡ分子を診断ツールとして用いて、疾患細胞内の遺伝的浮動及び変異を検査することができ、又は細胞における内因性若しくは外因性の、例えばウイルス性の、ＲＮＡの存在を検出することができる。ｓｉＮＡ活性と標的ＲＮＡの構造との密接な関係によって、分子の任意の領域において、標的ＲＮＡの塩基対形成及び３次元構造を変化させる変異を検出することができる。本発明の複数のｓｉＮＡ分子を使用することによって、インビトロ並びに細胞及び組織におけるＲＮＡの構造及び機能に重要であるヌクレオチド変化をマッピングすることができる。ｓｉＮＡ分子による標的ＲＮＡの切断によって、遺伝子発現を阻害し、疾患又は感染の進行における特定の遺伝子産物の役割を規定することができる。このようにして、他の遺伝子標的を疾患の重要な媒介物質として規定することができる。これらの実験は、併用療法（例えば、異なる遺伝子を標的にする複数のｓｉＮＡ分子、公知の小分子阻害剤と組み合わせたｓｉＮＡ分子、又は組合せｓｉＮＡ分子及び／又は他の化学若しくは生体分子を用いた間欠的治療）が可能になることによって、疾患進行のより良好な治療につながる。本発明のｓｉＮＡ分子の他のインビトロでの使用は、当分野でよく知られており、疾患、感染、又は関係する症状に関連するｍＲＮＡの存在の検出を含む。かかるＲＮＡは、ｓｉＮＡで処理した後、標準の方法、例えば蛍光共鳴発光移動（ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ｒｅｓｏｎａｎｃｅ  ｅｍｉｓｓｉｏｎ  ｔｒａｎｓｆｅｒ）を用いて、切断産物の存在を判定することによって検出される。
【０７１８】
特定の例においては、標的ＲＮＡの野生型又は変異型のみを切断するｓｉＮＡ分子をアッセイに使用する。第１のｓｉＮＡ分子（すなわち、標的ＲＮＡの野生型のみを切断するｓｉＮＡ分子）を用いて、試料中に存在する野生型ＲＮＡを特定し、第２のｓｉＮＡ分子（すなわち、標的ＲＮＡの変異型のみを切断するｓｉＮＡ分子）を用いて、試料中の変異型ＲＮＡを特定する。反応対照として、野生型と変異型の両方のＲＮＡの合成基質を両方のｓｉＮＡ分子によって切断して、反応における相対ｓｉＮＡ効率、及び「非標的」ＲＮＡ種の切断が存在しないことを実証する。合成基質からの切断産物は、試料集団中の野生型及び変異型ＲＮＡの分析のためのサイズマーカーの作製にも役立つ。したがって、各分析は２種類のｓｉＮＡ分子、２種類の基質、及び１種類の未知試料を必要とし、これらを組み合わせて６つの反応物にする。各ＲＮＡの完全長及び切断断片をポリアクリルアミドゲルの１レーンで分析できるように、切断産物の存在をＲＮａｓｅ保護アッセイによって判定する。標的細胞における変異ＲＮＡの発現、及び所望の表現型の変化の推定されるリスクを洞察するために、結果を定量することが絶対に必要というわけではない。タンパク質産物が表現型（すなわち、疾患に関係する表現型、又は感染に関係する表現型）の発生に関係しているｍＲＮＡの発現は、リスクを築くのに十分である。比活性の類似したプローブを両方の転写物に使用する場合には、ＲＮＡレベルの定性的比較が適切であり、初期診断コストを削減する。ＲＮＡレベルを定性的に比較しても、定量的に比較しても、変異型と野生型のより高い比率は、より高いリスクと相関する。
【０７１９】
本明細書で言及するすべての特許及び刊行物は、本発明が属する分野の当業者の技術レベルを示している。この開示において引用するすべての参考文献を、各参考文献を参照によりその全体を個々に組込む場合と同じ程度に、参照により本明細書に組込む。
【０７２０】
当業者は、本発明が、その目的を実行して、記載した結果及び効果、並びに本発明に固有の結果及び効果を得るのに、十分に適合していることを容易に理解するはずである。好ましい実施形態の現時点での代表として本明細書に記載する方法及び組成物は、例示的なものであって、本発明の範囲を限定するものではない。本明細書に記載する方法及び組成物の変更及び他の用途が当業者に生起するはずであるが、それらは、本発明の精神に包含され、特許請求の範囲によって規定される。
【０７２１】
本発明の範囲及び精神から逸脱することなく、本明細書に開示する本発明に種々の置換及び改変をなし得ることを、当業者は容易に理解できるはずである。すなわち、かかる追加の実施形態は、本発明及び以下の特許請求の範囲の範囲内である。本発明は、ＲＮＡｉ活性を媒介する、活性の改善された核酸構築物を作製するために、本明細書に記載する化学修飾の種々の組合せ及び／又は置換を試験することを当業者に教示する。かかる活性の改善は、安定性の改善、生物学的利用能の改善、及び／又はＲＮＡｉを媒介する細胞応答の活性化の改善を含み得る。したがって、本明細書に記載する特定の実施形態は限定的なものではなく、ＲＮＡｉ活性が改善されたｓｉＮＡ分子を特定するために、本明細書に記載する修飾の特定の組合せを過度の実験なしに試験し得ることを当業者は容易に理解することができる。
【０７２２】
本明細書に説明的に記載される本発明は、本明細書に具体的に開示しない任意の要素、制約の非存在下で適切に実施し得る。すなわち、例えば、本明細書の各例においては、「を含む」、「から本質的になる」及び「からなる」という用語のいずれも、他の２つの用語のどちらかと置換し得る。使用した用語及び表現は、説明の用語として使用され、限定的な用語ではない。かかる用語及び表現の使用においては、示した、また、記述した特徴又はその一部の任意の等価物を除外することを意図したものではない。そうではなく、特許請求する本発明の範囲内で種々の改変が可能であることを認識されたい。かくして、本発明を好ましい実施形態、必須でない特徴によって具体的に開示したが、本明細書で開示する概念の改変及び変形が当業者によってなされ得るものであり、かかる改変及び変形は、明細書本文及び添付の特許請求の範囲に規定された本発明の範囲内とみなされることを理解すべきである。
【０７２３】
また、発明の特徴又は態様がマーカッシュ群又は他の代替物の分類の観点から記載されている場合には、それによって、本発明が、マーカッシュ群又は他の群の任意の個々の構成要素又は構成要素の亜群の観点からも記載されていることを当業者は認識されたい。
【０７２４】
【表１】
2009504190.tif 000038
2009504190.tif 000039
【０７２５】
【表２】
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2009504190.tif 000041
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【０７２６】
【表３】
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【０７２７】
【表４】
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【０７２８】
【化３２】
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【０７２９】
【表５】
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【０７３０】
【表６】
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【０７３１】
【表７】
2009504190.tif 000050
【０７３２】
【表８】
2009504190.tif 000051
【図面の簡単な説明】
【０７３３】
【図１】図１は、低分子干渉核酸分子の合成のためのスキームに関する非限定的な例を示す。相補的低分子干渉核酸配列鎖である鎖１及び鎖２は、直列で合成され、固体支持体上で固相合成のために使用される開裂可能なリンカーと同一又は別異であり得る、コハク酸ヌクレオチド又は脱塩基コハク酸塩等の開裂可能な連結によって接続される。合成は、固相又は液相の何れかであり得、示されている例において、合成は固相合成である。合成は、ジメトキシトリチル基等の保護基が直列型オリゴヌクレオチドの末端ヌクレオチドにおいて変化しないままであるように実施される。オリゴヌクレオチドの開裂及び脱保護の際、２つの低分子干渉核酸鎖は、低分子干渉核酸二本鎖を形成するように自発的にハイブリダイズし、これにより、末端保護基の特性を利用することによって、例えば末端保護基を有する二本鎖／オリゴヌクレオチドのみが単離される精製法においてトリチルを適用することによって前記二本鎖を精製できる。
【図２】図２は、本発明の方法によって合成される精製された低分子干渉核酸二本鎖のＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量スペクトルを示す。示されている２つのピークは、個別の低分子干渉核酸配列鎖の推定質量に相当する。本結果は、直列型合成から生じた低分子干渉核酸二本鎖が、トリチルを適用する単純な精製法を使用して、単一の実体として精製できることを示す。
【図３】図３は、ＲＮＡ干渉に関与する標的ＲＮＡ分解に関する非限定的な提唱された機序の提示を示す。外来の一本鎖ＲＮＡ、例えばウイルス、トランスポゾン、又は他の外因性ＲＮＡからＲＮＡ依存的ＲＮＡポリメラーゼ（ＲｄＲＰ）によって生じる二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）は、ダイサー酵素を活性化し、ダイサー酵素が次に低分子干渉核酸二本鎖を発生させる。あるいは、合成の又は発現された低分子干渉核酸は、適切な手段によって細胞中へ直接導入することができる。標的ＲＮＡを認識する活性型低分子干渉核酸複合体が形成し、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体エンドヌクレアーゼ複合体による標的ＲＮＡの分解又はＲＮＡ依存的ＲＮＡポリメラーゼ（ＲｄＲＰ）による更なるＲＮＡの合成を生じ、これがダイサーを活性化でき、更なる低分子干渉核酸分子を生じ、これによりＲＮＡ干渉反応を増幅できる。
【図４】図４ＡないしＦは、本発明の化学的に修飾された低分子干渉核酸コンストラクトの非限定的な例を示す。前記図において、Ｎは、何れかのヌクレオチド（アデノシン、グアノシン、シトシン、ウリジン、又は場合によってチミジン）を表し、例えばチミジンは、括弧（Ｎ  Ｎ）によって指定される突出領域において置換できる。多様な修飾が、低分子干渉核酸コンストラクトのセンス鎖及びアンチセンス鎖に関して示されている。（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチド位置は、本明細書のとおりに化学的に修飾することができ（例えば、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ等）、対応する標的核酸配列から誘導され得、又は誘導されえない（例えば、図６Ｃを参照されたい。）。更に、図４に示されている配列は、場合によって、センス鎖の５’末端から９番目の位置に又はガイド鎖の５’末端にある１１個のヌクレオチド位置を計数することによってガイド鎖の５’末端を基礎とした１１番目の位置にリボヌクレオチドを含み得る（図６Ｃ参照）。図４Ａ：センス鎖は、２１個のヌクレオチドを含み、この中で、２つの末端の３’ヌクレオチドは、場合によって塩基対形成され、存在する全てのヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書の他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除くリボヌクレオチドである。アンチセンス鎖は、場合によって、３’末端グリセリル部分を有する２１個のヌクレオチドを含み、ここで、２つの末端の３’ヌクレオチドは場合によって標的ＲＮＡ配列と相補的であり、存在する全てのヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書に記載されている他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除くリボヌクレオチドである。「ｓ」として示される、ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート又は本明細書に記載されている他の修飾されたヌクレオチド間連結等の修飾されたヌクレオチド間連結は、アンチセンス鎖において（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを場合によって接続する。図４Ｂ：センス鎖は、２１個のヌクレオチドを含み、ここで、２つの末端３’ヌクレオチドは場合によって塩基対形成され、存在し得る全てのピリミジンヌクレオチドは、２’デオキシ−２’−フルオロ修飾されたヌクレオチドであり、存在し得る全てのプリンヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書に記載されている他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除く２’−Ｏ−メチル修飾されたヌクレオチドである。アンチセンス鎖は、場合によって３’末端グリセリル部分を有する２１個のヌクレオチドを含み、ここ中で、２つの末端の３’ヌクレオチドは場合によって塩基対形成され、存在し得る全てのピリミジンヌクレオチドは、２’デオキシ−２’−フルオロ修飾されたヌクレオチドであり、存在し得る全てのプリンヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書の他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除く２’−Ｏ−メチル修飾されたヌクレオチドである。「ｓ」として示される、ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート又は本明細書に記載された他の修飾されたヌ���レオチド間連結等の修飾されたヌクレオチド間連結は、センス鎖及びアンチセンス鎖において（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを場合によって接続する。図４Ｃ：センス鎖は、５’末端及び３’末端のキャップ部分を有する２１個のヌクレオチドを含み、ここで、２つの末端３’ヌクレオチドは場合によって塩基対形成され、存在し得る全てのピリミジンヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書の他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除く２’−Ｏ−メチル又は２’−デオキシ−２’−フルオロ修飾されたヌクレオチドである。アンチセンス鎖は、場合によって３’末端グリセリル部分を有する２１個のヌクレオチドを含み、その中で、２つの末端の３’ヌクレオチドは、場合によって標的ＲＮＡ配列と相補的であり、存在し得る全てのピリミジンヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書の他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除く２’−デオキシ−２’−フルオロ修飾されたヌクレオチドである。「ｓ」として示される、ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート又は本明細書の他の修飾されたヌクレオチド間連結等の修飾されたヌクレオチド間連結は、アンチセンス鎖において（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを場合によって接続する。図４Ｄ：センス鎖は、５’末端及び３’末端のキャップ部分を有する２１個のヌクレオチドを含み、その中で、２つの末端３’ヌクレオチドは場合によって塩基対形成され、存在し得る全てのピリミジンヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書の他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除く２’−デオキシ−２’−フルオロ修飾されたヌクレオチドであり、存在し得る全てのプリンヌクレオチドは、２’−デオキシヌクレオチドである。アンチセンス鎖は、場合によって３’末端グリセリル部分を有する２１個のヌクレオチドを含み、その中で、２つの末端の３’ヌクレオチドは場合によって標的ＲＮＡ配列と相補的であり、存在し得る全てのピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ修飾されたヌクレオチドであり、存在し得る全てのプリンヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書の他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除く２’−Ｏ−メチル修飾されたヌクレオチドである。「ｓ」として示される、ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート又は本明細書の他の修飾されたヌクレオチド間連結等の修飾されたヌクレオチド間連結は、アンチセンス鎖において（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを場合によって接続する。図４Ｅ：センス鎖は、５’末端及び３’末端のキャップ部分を有する２１個のヌクレオチドを含み、その中で、２つの末端３’ヌクレオチドは場合によって塩基対形成され、存在し得る全てのピリミジンヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書の他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除く２’−デオキシ−２’−フルオロ修飾されたヌクレオチドである。アンチセンス鎖は、場合によって３’末端グリセリル部分を有する２１個のヌクレオチドを含み、ここで、２つの末端の３’ヌクレオチドは場合によって標的ＲＮＡ配列と相補的であり、存在し得る全てのピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ修飾されたヌクレオチドであり、存在し得る全てのプリンヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書に記載されている他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除く２’−Ｏ−メチル修飾されたヌクレオチドである。「ｓ」として示される、ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート又は本明細書に記載されている他の修飾されたヌクレオチド間連結等の修飾されたヌクレオチド間連結は、アンチセンス鎖において（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを場合によって接続する。図４Ｆ：センス鎖は、５’末端及び３’末端のキャップ部分を有する２１個のヌクレオチドを含み、ここで、２つの末端３’ヌクレオチドは場合によって塩基対形成され、存在し得る全てのピリミジンヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書の他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除く２’−デオキシ−２’−フルオロ修飾されたヌクレオチドであり、存在し得る全てのプリンヌクレオチドは、２’−デオキシヌクレオチドである。アンチセンス鎖は、場合によって３’末端グリセリル部分を有する２１個のヌクレオチドを含み、ここで、２つの末端の３’ヌクレオチドは、場合によって標的ＲＮＡ配列と相補的であり、１つの３’末端ホスホロチオアートヌクレオチド間連結を有し、存在し得る全てのピリミジンヌクレオチドは、２’−デオキシ−２’−フルオロ修飾されたヌクレオチドであり、存在し得る全てのプリンヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、普遍的な塩基、又は本明細書の他の化学的修飾を含み得る（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを除く２’デオキシヌクレオチドである。「ｓ」として示される、ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート又は本明細書に記載されている他の修飾されたヌクレオチド間連結等の修飾されたヌクレオチド間連結は、アンチセンス鎖において（Ｎ  Ｎ）ヌクレオチドを場合によって接続する。コンストラクトＡないしＦのアンチセンス鎖は、本発明の何れかの標的核酸配列と相補的な配列を含む。更に、グリセリル部分（Ｌ）が、図４ＡないしＦに示される何れかのコンストラクトのためのアンチセンス鎖の３’末端に存在するとき、修飾されたヌクレオチド間連結は場合によって存在する。
【図５】図５ＡないしＦは、本発明の化学的に修飾された具体的な低分子干渉核酸配列の非限定的な例を示す。ＡないしＦは、図４ＡないしＦに記載されている化学的修飾を典型的な低分子干渉核酸配列に当てはまる。このような化学的修飾は、何れかの標的のために何れかの低分子干渉核酸配列へ適用できる。更に、図５に示される配列は、場合によって、センス鎖の５’末端から９番目の位置に又はガイド鎖の５’末端にある１１個のヌクレオチド位置を計数することによってガイド鎖の５’末端を基礎とした１１番目の位置にリボヌクレオチドを含み得る（図６Ｃ参照）。更に、図５に示されている配列は、アンチセンス鎖の５’末端の最大約４個の位置で末端リボヌクレオチド（例えば、アンチセンス鎖の５’末端での約１、２、３、又は４個の末端リボヌクレオチド）を場合によって含み得る。
【図６Ａ】図６ＡないしＣは、本発明の異なる低分子干渉核酸コンストラクトの非限定的な例を示す。図６Ａに示されている例（コンストラクト１、２、及び３）は、１９個の代表的な塩基対を有するが、本発明の別の実施形態は、本明細書に記載されている塩基対の何れかの数を含む。括弧の領域は、例えば長さ約１、２、３、又は４個のヌクレオチド、好ましくは約２個のヌクレオチドを含むヌクレオチドのオーバーハングを表す。コンストラクト１及び２は、ＲＮＡ干渉活性のために独立して使用できる。コンストラクト２は、生分解性リンカーとして場合によって設計できるポリヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカーを含み得る。ある実施形態において、コンストラクト２に示されているループ構造は、インビボ及び／又はインビトロでのコンストラクト１の形成をもたらす生分解性リンカーを含み得る。別の例において、コンストラクト３は、同一原理の下でコンストラクト２を作製するために使用することが可能であり、ここで、リンカーは、インビボ及び／又はインビトロでの活性型低分子干渉核酸コンストラクト２を作製するために使用され、前記コンストラクト２は、インビボ及び／又はインビトロで活性型低分子干渉核酸コンストラクト１を作製するために、別の生分解性リンカーを場合によって利用できる。このように、低分子干渉核酸コンストラクトの安定性及び／又は活性は、インビボ又はインビトロで及び／又はインビトロで使用するための低分子干渉核酸コンストラクトの設計に基づいて調節できる。
【図６Ｂ】図６ＡないしＣは、本発明の異なる低分子干渉核酸コンストラクトの非限定的な例を示す。図６Ｂに示されている例は、ミクロＲＮＡ等の、突出部、バルジ、ループ及び部分的な相補性から生じるステムループを含み得る、本発明の二本鎖核酸分子の異なる変動を表す。バルジ、ループ、及びステムループを有するこのようなモチーフは一般的に、ミクロＲＮＡの特徴である。バルジ、ループ及びステムループは、本発明の二本鎖核酸分子の１つの鎖又は両方の鎖において約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれ以上のヌクレオチドのミスマッチ又はバルジ等の部分的な相補性の何れかの程度から生じ得る。
【図６Ｃ】図６ＡないしＣは、本発明の異なる低分子干渉核酸コンストラクトの非限定的な例を示す。図６Ｃに示される例は、ジヌクレオチド３’突出部を有する２つの２１ヌクレオチド配列の１９塩基対二本鎖を含む本発明のモデルの二本鎖核酸分子を表す。上の鎖（１）は、センス鎖（パッセンジャー鎖）を表し、中間の鎖（２）は、アンチセンス（ガイド鎖）を表し、下の鎖（３）は、標的ポリヌクレオチド配列を表す。ジヌクレオチド突出部（ＮＮ）は、標的ポリヌクレオチドから誘導された配列を含み得る。例えば、ガイド鎖中の３’−（ＮＮ）配列は、標的ポリヌクレオチドの５’−［ＮＮ］配列と相補的であり得る。更に、パッセンジャー鎖の５’−（ＮＮ）配列は、標的ポリヌクレオチド配列の５’−［ＮＮ］配列と同一の配列を含み得る。他の実施形態において、突出部（ＮＮ）は、例えばガイド鎖中の３’−（ＮＮ）配列が標的ポリヌクレオチドの５’−［ＮＮ］配列と相補的ではなく、パッセンジャー鎖の５’−（ＮＮ）配列が標的ポリヌクレオチド配列の５’−［ＮＮ］配列とは異なる配列を含み得る標的ポリヌクレオチド配列からは誘導されない。更なる実施形態において、全ての（ＮＮ）ヌクレオチドは、例えば２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ、及び／又は本明細書の他の修飾のように化学的に修飾される。更に、パッセンジャー鎖は、パッセンジャー鎖のリボヌクレオチド位置Ｎを含み得る。示されている代表的な１９塩基対２１塩基長の二本鎖に関して、位置Ｎは、パッセンジャー鎖の３’末端からの９個のヌクレオチドであり得る。しかしながら、異なる長さの二本鎖において、位置Ｎは、ガイド鎖の５’末端から１１個のヌクレオチド位置を計数し、パッセンジャー鎖中の対応する塩基対形成したヌクレオチドを選ぶことによって、ガイド鎖の５’末端をベースに決定される。Ａｇｏ２による開裂は、矢印によって示されるように、位置１０と位置１１との間で生じる。更なる実施形態において、ガイド鎖の５’末端から１０個及び１１個のヌクレオチド位置を計数し、パッセンジャー鎖中の相当の塩基対形成したヌクレオチドを選ぶことによって、ガイド鎖の５’末端をベースにした位置１０及び位置１１にある２つのリボヌクレオチドＮＮが存在する。
【図７】図７ＡないしＣは、低分子干渉核酸ヘアピン状コンストラクトを作製するための発現カセットを作製する際に利用されるスキームの図を示したものである。図７Ａ：５’制限部位（Ｒ１）配列の後に、所定の標的配列と同一の配列を有する領域（低分子干渉核酸のセンス領域）が続くＤＮＡオリゴマーが合成され、ここで、センス領域は例えば、長さ約１９、２０、２１、又は２２個のヌクレオチド（Ｎ）を含み、その後に例えば約３ないし約１０個のヌクレオチドを含む所定の配列（Ｘ）のループ配列が続く。図７Ｂ：次に、合成コンストラクトはＤＮＡポリメラーゼにより伸長され、標的配列に対する特異性を有し、自己相補的なセンス領域及びアンチセンス領域を有する低分子干渉核酸転写産物を生じる自己相補的配列を有するヘアピン状構造を生じる。図７Ｃ：配列を直鎖化するためにコンストラクトは（例えば約９５℃に）加熱し、これにより、プライマーを使用して、相補的な第二ＤＮＡ鎖を第一鎖の３’制限配列へと伸長することが可能となる。二本鎖ＤＮＡは次に、細胞中での発現のために適切なベクター中に挿入される。コンストラクトは、３’末端ヌクレオチド突出部が、例えば制限部位を設計すること及び／又はＰａｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００２，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２９，  ５０５−５０８に記載されているとおりポリＵ末端領域を利用することによって転写から生じるように設計できる。
【図８】図８ＡないしＣは、二本鎖低分子干渉核酸コンストラクトを作製するための発現カセットを作製する際に利用されるスキームの図を示したものである。図８Ａ：５’制限（Ｒ１）部位配列の後に、所定の標的配列と同一の配列を有する領域（低分子干渉核酸のセンス領域）が続くＤＮＡオリゴマーが合成され、ここでセンス領域は例えば、長さ約１９、２０、２１、又は２２個のヌクレオチド（Ｎ）を含み、その後に規定された配列（Ｘ）のループ配列に隣接する３’制限部位（Ｒ２）が続く。図８Ｂ：次に、合成コンストラクトがＤＮＡポリメラーゼによって伸長され、自己相補的配列を有するヘアピン状構造を生じる。図８Ｃ：コンストラクトは、Ｒ１及びＲ２に特異的な制限酵素によって加工され、二本鎖ＤＮＡを生じ、次に、前記ＤＮＡが細胞中での発現のために適切なベクター中に挿入される。転写カセットは、Ｕ６プロモーター領域が、低分子干渉核酸の個別のセンス鎖及びアンチセンス鎖を生じる二本鎖ＤＮＡの各側と隣接するように設計される。ポリＴ末端配列は、前記コンストラクトへ付加でき、得られた転写産物中にＵ字型突出部を生じ得る。
【図９】図９ＡないしＥは、メッセンジャーＲＮＡ等の特定の標的核酸配列内で低分子干渉核酸により媒介されたＲＮＡ干渉のための標的部位を決定するために使用される方法の図を示したものである。図９Ａ：低分子干渉核酸オリゴヌクレオチドのプールが合成され、ここで、低分子干渉核酸コンストラクトのアンチセンス領域は、標的核酸配列にわたって標的部位との相補性を有し、センス領域は、低分子干渉核酸のアンチセンス領域との配列相補性を含む。図９Ｂ及びＣ：（図９Ｂ）配列はプールされ、細胞中へのベクターの形質移入が低分子干渉核酸の発現を生じる（図９Ｃ）ように、ベクター中へと挿入される。図９Ｄ：細胞は、標的核酸配列の調節と関連した表現型の変化に基づいて選択される。図９Ｅ：低分子干渉核酸は、選択された細胞から単離され、標的核酸配列内での有効な標的部位を同定するために配列決定される。
【図１０】図１０は、例えば、（１）［３−３’］逆方向デオキシリボース、（２）デオキシリボヌクレオチド、（３）［５’−３’］−３’−デオキシリボヌクレオチド、（４）［５’−３’］−リボヌクレオチド、（５）［５’−３’］−３’−Ｏ−メチルリボヌクレオチド、（６）３’−グリセリル、（７）［３’−５’］−３’−デオキシリボヌクレオチド、（８）［３’−３’］−デオキシリボヌクレオチド、（９）［５’−２’］−デオキシリボヌクレオチド、及び（１０）［５−３’］−ジデオキシリボヌクレオチドを含む、本発明の低分子干渉核酸配列の３’末端を安定化させるために使用できる異なる安定化化学反応（１ないし１０）の非限定的な例を示す。図に示されている修飾された及び修飾されていない主鎖の化学反応に加え、これらの化学反応は、本明細書の異なる主鎖の修飾、例えば式Ｉを有する主鎖修飾と組み合わせられ得る。更に、示されている５’から示された末端の修飾までの２’−デオキシヌクレオチドは、本明細書の、修飾された又は修飾されていない別のヌクレオチド又は非ヌクレオチドであり得、例えば式ＩないしＶＩＩの何れか又はその何れかの組み合わせを有する修飾であり得る。
【図１１】図１１は、ＲＮＡ干渉活性を媒介する能力を保存しながら、ヌクレアーゼ耐性を有する本発明の化学的に修飾された低分子干渉核酸コンストラクトを同定するために使用される戦略の非限定的な例を示す。化学的修飾は、教育された設計因子（例えば、２’−修飾を導入すること、塩基修飾、主鎖修飾、末端キャップ修飾等）をベースにした低分子干渉核酸コンストラクト中へ導入される。修飾したコンストラクトは、適切な系（例えば、示されているヌクレアーゼ耐性のためのヒト血清、又はＰＫ／送達因子のための動物モデル）において検査される。並行して、低分子干渉核酸コンストラクトは、例えばルシフェラーゼリポーターアッセイ等の細胞培養系においてＲＮＡ干渉活性に関して検査される。次に、ＲＮＡ干渉活性を維持しながら特定の特徴を有する先導低分子干渉核酸コンストラクトが同定され、更に修飾することができ、もう一度アッセイできる。この同一アプローチは、改善された薬物動態学的特性、送達、及びＲＮＡ干渉活性を有する低分子干渉核酸−抱合体分子を同定するのに使用できる。
【図１２】図１２は、直鎖及び二本鎖コンストラクト及びその非対称性誘導体を含む、本発明のリン酸化された低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示す。
【図１３】図１３は、本発明の化学的に修飾された末端リン酸基の非限定的な例を示す。
【図１４Ａ】図１４Ａは、標的核酸配列中に同定された回文構造核酸配列及び／又は反復核酸配列を利用する自己相補的なＤＦＯコンストラクトを設計するのに使用される方法論の非限定的な例を示している。（ｉ）回文構造配列又は反復配列は、核酸標的配列中で同定される。（ｉｉ）標的核酸配列及び回文構造配列と相補的な配列が設計される。（ｉｉｉ）相補的な配列の非回文構造部分／反復部分の逆方向の反復配列が、相補的な配列の３’末端に付加され、核酸標的と相補的な配列を含む自己相補的ＤＦＯ分子を生じる。（ｉｖ）ＤＦＯ分子は、自己重合して二本鎖オリゴヌクレオチドを形成できる。
【図１４Ｂ】図１４Ｂは、二本鎖を形成するオリゴヌクレオチド配列に関する非限定的な代表例を示す。
【図１４Ｃ】図１４Ｃは、二本鎖を形成する代表的なオリゴヌクレオチド配列の自己重合模式図の非限定的な例を示す。
【図１４Ｄ】図１４Ｄは、二本鎖を形成する代表的なオリゴヌクレオチド配列の模式的な自己重合の後の、遺伝子発現の調節を生じる標的核酸配列との相互作用に関する非限定的な例を示す。
【図１５】図１５は、目的の何れかの標的核酸配列と相補的な配列を有するＤＦＯコンストラクト中へ組み込まれる回文構造核酸配列及び／又は反復核酸配列を利用する自己相補的なＤＦＯコンストラクトのデザインに関する非限定的な例を示す。これらの回文構造配列／反復配列の組み込みによって、各鎖が、例えばＲＮＡ干渉による標的遺伝子発現の調節を仲介できる二本鎖を、ＤＦＯコンストラクトのデザインが形成できる。第一に、標的配列が同定される。次に、相補的な配列が生じ、その中で、（Ｘ又はＹとして示される）ヌクレオチド又は非ヌクレオチド修飾が、（図中でＸＹＸＹＸＹとして示される）人工的な回文構造を生じる相補的な配列中に導入される。非回文構造／反復相補的配列の逆方向の反復は、相補的な配列の３’末端へ付加され、核酸標的と相補的な配列を含む自己相補的なＤＦＯを生じる。ＤＦＯは、自己重合して二本鎖オリゴヌクレオチドを形成できる。
【図１６】図１６は、異なる標的核酸配列のＲＮＡ干渉によって誘導される開裂を各々媒介することができる２つの個別のポリヌクレオチド配列を含む、本発明の多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示す。図１６Ａは、第一標的核酸配列と相補的な第一領域（相補性領域１）及び第二標的核酸配列と相補的な第二領域（相補性領域２）を有する多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示し、ここで、第一及び第二相補性領域は、多機能性低分子干渉核酸中の各ポリヌクレオチド配列の３’末端に配置されている。多機能性低分子干渉核酸コンストラクトの各ポリヌクレオチド配列の点線部分は、低分子干渉核酸二本鎖の相当する部分に関して相補性を有するが、標的核酸配列との相補性は有しない。図１６Ｂは、第一標的核酸配列と相補的な第一領域（相補性領域１）及び第二標的核酸配列と相補的な第二領域（相補性領域２）を有する多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示し、ここで、第一及び第二相補性領域は、多機能性低分子干渉核酸中の各ポリヌクレオチド配列の５’末端に配置される。多機能性低分子干渉核酸コンストラクトの各ポリヌクレオチド配列の点線部分は、低分子干渉核酸二本鎖の相当する部分に関して相補性を有するが、標的核酸配列との相補性は有しない。
【図１７】図１７は、異なる標的核酸配列のＲＮＡ干渉によって誘導される開裂を各々媒介することができる別個の領域を含む単一ポリヌクレオチド配列を含む、本発明の多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示す。図１７Ａは、第一標的核酸配列と相補的な第一領域（相補性領域１）及び第二標的核酸配列と相補的な第二領域（相補性領域２）を有する多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示し、ここでで、第二相補性領域は、多機能性低分子干渉核酸中のポリヌクレオチド配列の３’末端に配置されている。多機能性低分子干渉核酸コンストラクトの各ポリヌクレオチド配列の点線部分は、低分子干渉核酸二本鎖の相当する部分に関して相補性を有するが、標的核酸配列との相補性は有しない。図１７Ｂは、第一標的核酸配列と相補的な第一領域（相補性領域１）及び第二標的核酸配列と相補的な第二領域（相補性領域２）を有する多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示し、ここで、第一相補性領域は、多機能性低分子干渉核酸中のポリヌクレオチド配列の５’末端に配置される。多機能性低分子干渉核酸コンストラクトの各ポリヌクレオチド配列の点線部分は、低分子干渉核酸二本鎖の相当する部分に関して相補性を有するが、標的核酸配列との相補性は有しない。ある実施形態において、これらの多機能性低分子干渉核酸コンストラクトは、インビボ又はインビトロで加工され、図１６に示されているような多機能性低分子干渉核酸コンストラクトを生じる。
【図１８】図１８は、異なる標的核酸配列のＲＮＡ干渉によって誘導された開裂を各々媒介することができる２つの個別のポリヌクレオチド配列を含む、本発明の多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示し、ここで、多機能性低分子干渉核酸コンストラクトは更に、自己相補的領域、回文構造領域、又は反復領域を含み、従って、より短い二機能性低分子干渉核酸コンストラクトが、異なる標的核酸配列に対するＲＮＡ干渉を媒介することができる。図１８Ａは、第一標的核酸配列と相補的な第一領域（相補性領域１）及び第二標的核酸配列と相補的な第二領域（相補性領域２）を有する多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示し、ここで、第一及び第二相補性領域は、多機能性低分子干渉核酸中の各ポリヌクレオチド配列の３’末端に配置されており、第一及び第二相補性領域は更に、自己相補的領域、回文構造領域、又は反復領域を含む。多機能性低分子干渉核酸コンストラクトの各ポリヌクレオチド配列の点線部分は、低分子干渉核酸二本鎖の相当する部分に関して相補性を有するが、標的核酸配列との相補性は有しない。図１８Ｂは、第一標的核酸配列と相補的な第一領域（相補性領域１）及び第二標的核酸配列と相補的な第二領域（相補性領域２）を有する多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示し、ここで、第一及び第二相補性領域は、多機能性低分子干渉核酸中の各ポリヌクレオチド配列の５’末端に配置され、第一及び第二相補性領域は更に、自己相補的領域、回文構造領域、又は反復領域を含む。多機能性低分子干渉核酸コンストラクトの各ポリヌクレオチド配列の点線部分は、低分子干渉核酸二本鎖の相当する部分に関して相補性を有するが、標的核酸配列との相補性を有しない。
【図１９】図１９は、異なる標的核酸配列のＲＮＡ干渉によって誘導された開裂を各々媒介することができる別個の領域を含む単一ポリヌクレオチド配列を含む、本発明の多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示し、ここで、多機能性低分子干渉核酸コンストラクトは更に、自己相補的領域、回文構造領域、又は反復領域を含み、従って、より短い二機能性低分子干渉核酸コンストラクトが、異なる標的核酸配列に対するＲＮＡ干渉を媒介することができる。図１９Ａは、第一標的核酸配列と相補的な第一領域（相補性領域１）及び第二標的核酸配列と相補的な第二領域（相補性領域２）を有する多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示し、ここで、第二相補性領域は、多機能性低分子干渉核酸中のポリヌクレオチド配列の３’末端に配置され、第一及び第二相補性領域は更に、自己相補的領域、回文構造領域、又は反復領域を含む。多機能性低分子干渉核酸コンストラクトの各ポリヌクレオチド配列の点線部分は、低分子干渉核酸二本鎖の相当する部分に関して相補性を有するが、標的核酸配列との相補性は有しない。図１９Ｂは、第一標的核酸配列と相補的な第一領域（相補性領域１）及び第二標的核酸配列と相補的な第二領域（相補性領域２）を有する多機能性低分子干渉核酸分子の非限定的な例を示し、ここで、第一相補性領域は、多機能性低分子干渉核酸中のポリヌクレオチド配列の５’末端に配置され、第一及び第二相補性領域は更に、自己相補的領域、回文構造領域、又は反復領域を含む。多機能性低分子干渉核酸コンストラクトの各ポリヌクレオチド配列の点線部分は、低分子干渉核酸二本鎖の相当する部分に関して相補性を有するが、標的核酸配列との相補性は有しない。ある実施形態において、これらの多機能性低分子干渉核酸コンストラクトは、インビボ又はインビトロで加工され、図１８に示されるような多機能性低分子干渉核酸コンストラクトを生じる。
【図２０】図２０は、本発明の多機能性低分子干渉核酸分子が、異なるタンパク質（例えば、本明細書の標的の何れか）、例えばサイトカイン及びその対応する受容体、異なるウイルス系、ウイルス感染又は複製に関与するウイルス及び細胞内タンパク質、又は疾病の進行の持続に関与する共通の又は異なる生物学的経路に関与する異なるタンパク質をコードする個別のＲＮＡ分子等の、２つの個別の標的核酸分子をどのように標的化できるかに関する非限定的な例を示す。多機能性低分子干渉核酸コンストラクトの各鎖は、個別の標的核酸分子との相補性を有する領域を含む。多機能性低分子干渉核酸分子は、低分子干渉核酸の各鎖がＲＮＡ誘導サイレンシング複合体によって利用され、その対応する標的のＲＮＡ干渉によって媒介される開裂を開始できるように設計される。これらのデザイン因子は、低分子干渉核酸コンストラクトの各末端の脱安定化を含み得る（例えば、Ｓｃｈｗａｒｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００３，Ｃｅｌｌ，１１５，  １９９−２０８を参照されたい。）。このような脱安定化は、例えばグアノシン−シチジン塩基対、代替的な塩基対（例えば、ゆらぎ）を使用することによって、又は本分野で公知のように末端ヌクレオチドの位置で化学的に修飾されたヌクレオチドを脱安定化することによって達成できる。
【図２１】図２１は、本発明の多機能性低分子干渉核酸分子が、ＲＮＡの別のコード領域、ＲＮＡのコード及び非コード領域、又はＲＮＡの選択的スプライシング変異体領域等の、同一標的核酸分子内の２つの個別の標的核酸配列を標的化する方法に関する非限定的な例を示す。多機能性低分子干渉核酸コンストラクトの各鎖は、標的核酸分子の個別の領域との相補性を有する領域を含む。多機能性低分子干渉核酸分子は、低分子干渉核酸の各鎖がＲＮＡ誘導サイレンシング複合体によって利用され、その相当する標的領域のＲＮＡ干渉により媒介される開裂を開始できるように設計される。これらのデザイン因子は、低分子干渉核酸コンストラクトの各末端の脱安定化を含み得る（例えば、Ｓｃｈｗａｒｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００３，Ｃｅｌｌ，１１５，  １９９−２０８を参照されたい。）。このような脱安定化は、例えばグアノシン−シチジン塩基対、代替的な塩基対（例えば、ゆらぎ）を使用することによって、又は本分野で公知のように末端ヌクレオチドの位置で化学的に修飾されたヌクレオチドを脱安定化することによって達成できる。
【図２２】図２２（ＡないしＨ）は、本発明の繋ぎ止められた多機能性低分子干渉核酸コンストラクトの非限定的な例を示す。示されている例において、リンカー（例えば、ヌクレオチド又は非ヌクレオチドリンカー）は、２つの低分子干渉核酸領域（例えば、２つのセンス領域、２つのアンチセンス領域、あるいは１つのセンス領域及び１つのアンチセンス領域の両者）を接続する。第一標的配列及び第二標的配列に対応する個別のセンス（又はセンス及びアンチセンス）配列は、多機能性低分子干渉核酸中のそれらの対応するセンス及び／又はアンチセンス配列とハイブリダイズする。更に、多様な抱合体、リガンド、アプタマー、ポリマー又はリポーター分子は、選択的な又は改善された送達特性及び／又は薬物動態学的特性のためのリンカー領域へ結合することができる。
【図２３】図２３は、多様なデンドリマーベースの多機能性低分子干渉核酸デザインの非限定的な例を示す。
【図２４】図２４は、超分子の多様な多機能性低分子干渉核酸デザインの非限定的な例を示す。
【図２５】図２５は、３０ヌクレオチドの前駆体の低分子干渉核酸コンストラクトを使用するダイサーにより可能となった多機能性低分子干渉核酸デザインの非限定的な例を示す。３０塩基対の二本鎖は、ダイサーによって何れかの末端から２２塩基対及び８塩基対の産物へと開裂される（８塩基対断片は示されていない。）。表示を簡単にするため、ダイサーによって生成された突出部は示されていないが、補うことができる。３つの標的化配列が示されている。必要とされる重なった配列同一性は、灰色の箱型によって示されている。親の３０塩基対の低分子干渉核酸のＮは、これが安定化した化学反応において検査される場合、ダイサー開裂を可能にする２’−ＯＨ位置の示唆される部位である。ダイサーＲＮａｓｅＩＩＩによる３０塩基長二本鎖の加工は、正確な２２＋８開裂を付与しないが、むしろ、密接に関連する一連の産物を生じる（２２＋８が一次的な部位である。）ことに留意されたい。それゆえ、ダイサーによる加工は、一連の活性型低分子干渉核酸を生じる。
【図２６】図２６は、４０ヌクレオチドの前駆体の低分子干渉核酸コンストラクトを使用するダイサーにより可能となった多機能性低分子干渉核酸デザインの非限定的な例を示す。４０塩基対の二本鎖は、ダイサーによって何れかの末端から２０塩基対の産物へと開裂される。表示を簡単にするために、ダイサーによって生じたオーバーハングは示されていないが、補うことが可能である。４つの標的化配列が示されている。相同性を有する標的配列は、箱型によって囲まれている。このデザインフォーマットは、より大きなＲＮＡへと拡張できる。化学的に安定化された低分子干渉核酸がダイサーによって結合される場合、戦略的に配置されたリボヌクレオチド結合によって、多機能性デザインのより大規模なレパートリーを可能とするデザイナー開裂産物が可能となる。例えば、約２２ヌクレオチドのダイサー標準物質に限定されない開裂産物によって、例えば約３ないし約１５のヌクレオチドに及ぶ標的配列同一性重複を有する多機能性低分子干渉核酸コンストラクトが可能となる。
【図２７】図２７は、本発明の更なる多機能性低分子干渉核酸コンストラクトデザインの非限定的な例を示す。ある実施形態において、抱合体、リガンド、アプタマー、標識又は他の部分が、多機能性低分子干渉核酸の一領域へ結合し、送達特性又は薬物動態学的特性を改善することができる。
【図２８】図２８は、本発明の更なる多機能性低分子干渉核酸コンストラクトデザインの非限定的な例を示す。ある実施形態において、抱合体、リガンド、アプタマー、標識又は他の部分が、多機能性低分子干渉核酸の一領域へ結合し、送達特性又は薬物動態学的特性を改善することができる。
【図２９】図２９は、本発明のコレステロールによって抱合された低分子干渉核酸分子を合成するために使用できるコレステロールにより連結されたホスホラミダイトの非限定的な例を示す。コレステロール部分が低分子干渉核酸分子のセンス鎖の５’末端へ連結された例が示されている。
【図３０】図３０は、選択位置でリボヌクレオチドを含み、ＨＢＶの２６２の部位のＲＮＡを標的化する選択修飾パターンを有する多様な低分子干渉核酸コンストラクトを使用するインビトロでのＨＢＶ  Ｓ抗原（ＨＢｓＡｇ）の阻害に関する非限定的な例を示す。
【図３１】図３１は、選択位置でリボヌクレオチドを含み、ＨＢＶの２６３の部位のＲＮＡを標的化する選択修飾パターンを有する多様な低分子干渉核酸コンストラクトを使用するインビトロでのＨＢＶ  Ｓ抗原（ＨＢｓＡｇ）の阻害に関する非限定的な例を示す。
【図３２】図３２は、選択位置でリボヌクレオチドを含み、ＨＢＶの１５８３の部位のＲＮＡを標的化する選択修飾パターンを有する多様な低分子干渉核酸コンストラクトを使用するインビトロでのＨＢＶ  Ｓ抗原（ＨＢｓＡｇ）の阻害に関する非限定的な例を示す。
【図３３】図３３は、選択位置でリボヌクレオチドを含み、ＨＢＶの１５８３の部位のＲＮＡを標的化する選択修飾パターンを有する２つの異なる低分子干渉核酸コンストラクトを使用するインビトロでのＨＢＶＳ抗原（ＨＢｓＡｇ）の用量依存的阻害に関する非限定的な例を示す。
【図３４】図３４は、選択位置でリボヌクレオチドを含み、ＨＢＶの１５８３の部位のＲＮＡを標的化する選択修飾パターンを有する２つの異なる低分子干渉核酸コンストラクトを使用するインビトロでのＨＢＶＳ抗原（ＨＢｓＡｇ）の用量依存的阻害に関する非限定的な例を示す。
【図３５】図３５は、選択位置でリボヌクレオチドを含み、ＨＢＶの２６２及び２６３の部位のＲＮＡを標的化する選択修飾パターンを有する多様な低分子干渉核酸コンストラクトを使用するインビトロでのＨＢＶＳ抗原（ＨＢｓＡｇ）の阻害に関する非限定的な例を示す。
【図３６】図３６は、３２７、２８２、及び３０４の部位のＲＮＡを標的化するスタブ２５及びスタブ２９の低分子干渉核酸コンストラクトを用いた、インビトロでのＨＣＶ  ＲＮＡ発現の用量依存的な阻害に関する非限定的な例を示す。
【図３７】図３７は、異なる突出部化学反応を用いてＬＮＰ−０８６及びＬＮＰ−０６１製剤化された本発明の低分子干渉核酸分子を使用する、マウスにおけるＨＢＶ  ＤＮＡのインビボでの阻害に関する非限定的な例を示す。活性なＬＮＰ−０８６及びＬＮＰ−０６１低分子干渉核酸コンストラクトを、ＰＢＳコントロール及び逆方向の対照群と比較して評価した。図に示されているように、２’−Ｏ−メチルオーバーハングを有する低分子干渉核酸コンストラクトは、本モデルにおいて強力な抗ＨＢＶ活性を付与する。
【図３８Ａ】図３８は、対照低分子干渉核酸群又はＰＢＳ群と比較した、０．３、１、又は３ｍｇ／ｋｇ／日の用量で３日間処理されたＨＢＶ複製マウスにおけるインビボでの血清ＨＢＶＤＮＡのレベルの、ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６によって媒介された低下に関する非限定的な例を示す。血清ＨＢＶＤＮＡのレベルは、コントロール低分子干渉核酸群及びＰＢＳ処理群において等しく、抗ＨＢＶ活性の配列特異性、及び非特異的脂質効果の欠如を示した。
【図３８Ｂ】図３８は、対照低分子干渉核酸群又はＰＢＳ群と比較した、０．３、１、又は３ｍｇ／ｋｇ／日の用量で３日間処理されたＨＢＶ複製マウスにおけるインビボでの血清ＨＢＶＤＮＡのレベルの、ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６によって媒介された低下に関する非限定的な例を示す。血清ＨＢＶＤＮＡのレベルは、コントロール低分子干渉核酸群及びＰＢＳ処理群において等しく、抗ＨＢＶ活性の配列特異性、及び非特異的脂質効果の欠如を示した。
【図３９】図３９は、コントロール低分子干渉核酸群又はＰＢＳ群と比較した、０．３、１、又は３ｍｇ／ｋｇ／日の用量で３日間処理したＨＢＶ複製マウスにおけるインビボでの血清ＨＢＶＨＢｓＡｇのレベルの、ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６によって媒介された低下に関する非限定的な例を示す。血清ＨＢＶＨＢｓＡｇのレベルは、対照低分子干渉核酸群及びＰＢＳ処理群において等価であり、抗ＨＢＶ活性の配列特異性及び非特異的脂質効果の欠如を示した。
【図４０】図４０は、ＨＢＶ感染のマウスモデルにおけるＨＢＶレベルの低分子干渉核酸によって媒介される低下の期間に関する非限定的な例を示す。ＨＢＶ複製マウスをＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６又はＨＢＶ２６３Ｍｉｎｖ−ＬＮＰ−０８６で、３ｍｇ／ｋｇ／日の用量で３日間処理した後、最後の投与の３、７及び１４日後にＨＢＶ血清力価を分析した。図に示されるように、抗ＨＢＶ活性は持続的であり、有意な活性は、７日目（２．０ｌｏｇ１０の低下）及び１４日目（１．５ｌｏｇ１０の低下）でさえ観察された。
【図４１】図４１は、ＨＢＶ感染のマウスモデルにおける活性なＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６製剤により仲介される肝臓特異的ＨＢＶ  ＲＮＡ開裂に関する非限定的な例を示す。ＨＢＶを複製するマウスを、０．３、１、３、１０ｍｇ／ｋｇ／日でのＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６の投与で、又は１０ｍｇ／ｋｇでのＨＢＶ２６３ｉｎｖＭ−ＬＮＰ対照の投与で３日間処理し、肝臓ＨＢＶＲＮＡのレベルを最後の投与から３日後に測定した。肝臓ＨＢＶ  ＲＮＡの用量依存的低下が観察され、１０ｍｇ／ｋｇでのＨＢＶ２６３ｉｎｖＭ−ＬＮＰ−０８６対照と比較して１０、３、１、及び０．３ｍｇ／ｋｇのＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ処理群においてそれぞれ９０％、６６．５％、１８％及び４％の低下が観察された。
【図４２】図４２は、肝臓ＨＢＶＲＮＡの低下が、ＨＢＶ  ＲＮＡのＲＮＡ干渉により媒介される開裂によることを示す非限定的な例を示す。５’のＲＡＣＥ（ＲＡＣＥ）分析を使用して、推定された部位でのＨＢＶ  ＲＮＡの開裂を検出した。ＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６又はＨＢＶ２６３Ｍｉｎｖ−ＬＮＰ−０８６でＨＢＶ複製マウスを３ｍｇ／ｋｇ／日の用量で３日間処理した。最後の投与の３、７、又は１４日後に動物を屠殺し、肝臓のＲＮＡ全体を単離した。アダプター配列のＲＮＡ集団の遊離５’末端への連結、並びにアダプター及びＨＢＶ特異的プライマーによるその後のＲＴ−ＰＣＲによって、ＨＢＶＲＮＡが推定された標的部位で開裂された場合、１４５塩基対のＰＣＲ産物を生じることが予測された。図に示されるように、予測される増幅産物は、各時点でのＨＢＶ２６３活性型低分子干渉核酸により処理された試料中で観察されたが、ＨＢＶ２６３対照試料中では観察されなかった。次に、ＰＣＲ産物をサブクローニングし、配列決定すると、アダプター配列とＨＢＶ２６３低分子干渉核酸の推定開裂部位との間の正確な接合部が確認された。本結果は、肝臓中で観察されたＨＢＶＲＮＡの低下が、肝臓中のＨＢＶＲＮＡの特異的ＲＮＡ干渉によって媒介される開裂によるものであったことを確立する。更に、７日及び１４日の時点での特異的ＨＢＶＲＮＡ開裂産物の検出は、ＨＢＶに対する低分子干渉核酸の活性の期間が、ＨＢＶＲＮＡの持続した開裂によることを示す。
【図４３】図４３は、単一の３ｍｇ／ｋｇ投与後のマウスにおいて測定されるＨＢＶ２６３Ｍ−ＬＮＰ−０８６の薬物動態学的特性に関する非限定的な例を示す。ハイブリダイゼーション法を使用して、血漿及び肝臓中のＨＢＶ２６３Ｍ低分子干渉核酸を経時的に検出した。ＨＢＶ２６３Ｍは、血漿中で迅速に除去され、除去Ｔ１／２は約１．７時間であった。しかしながら、ＨＢＶ２６３Ｍは、１４日間のサンプリング期間を通じて肝臓中で検出され、４日間の除去Ｔ１／２であった。３１．３±１７．８ｎｇ／ｍｇ（平均±標準偏差）の最大濃度が１時間で肝臓中に観察され、低分子干渉核酸用量の６５±３２％に相当した。１４日目に、用量の１．４±０．７％が肝臓中で未変化のままであった。マウスモデルにおいて観察された低分子干渉核酸により長期間媒介される抗ＨＢＶ活性は、肝臓中での低分子干渉核酸のこの延長した残留時間と極めて相関する。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図６Ｃ】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１４Ｃ】
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【図１４Ｄ】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８Ａ】
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【図３８Ｂ】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２】
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【図４３】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成20年4月17日(2008.4.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
センス鎖とアンチセンス鎖を含む構造ＳＩＸを有する二本鎖核酸分子
【化１】
2009504190.tif 000106
（ここで、二本鎖核酸分子の上側の鎖はセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であり、前記アンチセンス鎖は、標的ＲＮＡに相補的である配列を含み、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は約１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、
（ａ）アンチセンス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外のアンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、および
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。）。
【請求項２】
センス鎖とアンチセンス鎖を含む構造ＳＸを有する二本鎖核酸分子
【化２】
2009504190.tif 000107
（ここで、二本鎖核酸分子の上側の鎖はセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であり、前記アンチセンス鎖は、標的ＲＮＡに相補的である配列を含み、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は約１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ならびに
（ａ）アンチセンス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外のアンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドはリボヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドはリボヌクレオチドであり、および
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。）。
【請求項３】
センス鎖とアンチセンス鎖を含む構造ＳＸＩを有する二本鎖核酸分子
【化３】
2009504190.tif 000108
（ここで、二本鎖核酸分子の上側の鎖はセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であり、前記アンチセンス鎖は、標的ＲＮＡに相補的である配列を含み、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は約１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ならびに
（ａ）アンチセンス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外のアンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、および
（ｂ）センス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドはリボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。）
【請求項４】
センス鎖とアンチセンス鎖を含む構造ＳＸＩＩを有する二本鎖核酸分子
【化４】
2009504190.tif 000109
（ここで、二本鎖核酸分子の上側の鎖はセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であり、前記アンチセンス鎖は、標的ＲＮＡに相補的である配列を含み、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は約１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ならびに
（ａ）アンチセンス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外のアンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、および
（ｂ）センス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドはデオキシリボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。）。
【請求項５】
センス鎖とアンチセンス鎖を含む構造ＳＸＩＩＩを有する二本鎖核酸分子
【化５】
2009504190.tif 000110
（ここで、二本鎖核酸分子の上側の鎖はセンス鎖であり、下側の鎖はアンチセンス鎖であり、前記アンチセンス鎖は、標的ＲＮＡに相補的である配列を含み、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチドであり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は約１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ならびに
（ａ）アンチセンス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは、リボ様、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置を有するヌクレオチドであり、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外のアンチセンス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドはリボ様、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置を有するヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、および
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。）。
【請求項６】
Ｘ５＝１、２又は３；各Ｘ１及びＸ２＝１又は２；Ｘ３＝１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０、並びにＸ４＝１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０である、請求項１の二本鎖核酸分子。
【請求項７】
Ｘ５＝１、２又は３；各Ｘ１及びＸ２＝１又は２；Ｘ３＝１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０、並びにＸ４＝１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０である、請求項２の二本鎖核酸分子。
【請求項８】
Ｘ５＝１、２又は３；各Ｘ１及びＸ２＝１又は２；Ｘ３＝１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０、並びにＸ４＝１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０である、請求項３の二本鎖核酸分子。
【請求項９】
Ｘ５＝１、２又は３；各Ｘ１及びＸ２＝１又は２；Ｘ３＝１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０、並びにＸ４＝１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０である、請求項４の二本鎖核酸分子。
【請求項１０】
Ｘ５＝１、２又は３；各Ｘ１及びＸ２＝１又は２；Ｘ３＝１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０、並びにＸ４＝１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９又は３０である、請求項５の二本鎖核酸分子。
【請求項１１】
Ｂが、センス鎖の３’及び５’末端ならびにアンチセンス鎖の３’末端に存在する、請求項１の二本鎖核酸分子。
【請求項１２】
Ｂが、センス鎖の３’及び５’末端ならびにアンチセンス鎖の３’末端に存在する、請求項２の二本鎖核酸分子。
【請求項１３】
Ｂが、センス鎖の３’及び５’末端ならびにアンチセンス鎖の３’末端に存在する、請求項３の二本鎖核酸分子。
【請求項１４】
Ｂが、センス鎖の３’及び５’末端ならびにアンチセンス鎖の３’末端に存在する、請求項４の二本鎖核酸分子。
【請求項１５】
Ｂが、センス鎖の３’及び５’末端ならびにアンチセンス鎖の３’末端に存在する、請求項５の二本鎖核酸分子。
【請求項１６】
ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の３’末端上の第１の末端（Ｎ）における１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項１の二本鎖核酸分子。
【請求項１７】
ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の３’末端上の第１の末端（Ｎ）における１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項２の二本鎖核酸分子。
【請求項１８】
ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の３’末端上の第１の末端（Ｎ）における１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項３の二本鎖核酸分子。
【請求項１９】
ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の３’末端上の第１の末端（Ｎ）における１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項４の二本鎖核酸分子。
【請求項２０】
ｓｉＮＡ分子のセンス鎖、アンチセンス鎖又はセンス鎖とアンチセンス鎖の両方の３’末端上の第１の末端（Ｎ）における１個以上のホスホロチオアートヌクレオチド間結合を含む、請求項５の二本鎖核酸分子。
【請求項２１】
標的ＲＮＡがＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）ＲＮＡである、請求項１から２０のいずれかの二本鎖核酸分子。
【請求項２２】
薬剤として許容される担体又は希釈剤中に請求項１の二本鎖核酸分子を含む、組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７７】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、任意のプリンヌクレオチドが、存在するときには、リボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８０】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、任意のプリンヌクレオチドが、存在するときには、リボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドはリボヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、リボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８３】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、任意のプリンヌクレオチドが、存在するときには、リボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、リボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８６】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、任意のプリンヌクレオチドが、存在するときには、リボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８９】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、任意のプリンヌクレオチドが、存在するときには、リボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは、リボ様配置（例えば、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置）のヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは、リボ様配置（例えば、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置）のヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９２】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］は、アンチセンス鎖（下側の鎖）の５’末端をセンス鎖（上側の鎖）の５’末端よりも熱的に不安定にする配列を含むヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９８】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はアンチセンス鎖（下側の鎖）の５’末端をセンス鎖（上側の鎖）の５’末端よりも熱的に不安定にする配列を含むヌクレオチド位置であり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約１５の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、Ｘ６は約１から約４の整数であり、Ｘ７は約９から約１５の整数であり、ＮＸ７、ＮＸ６及びＮＸ３は、ＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは、［Ｎ］ヌクレオチド以外の２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、［Ｎ］ヌクレオチド以外の、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２０１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２０１】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２０４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２０４】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドはリボヌクレオチドであり、センス鎖中に存在する任意のプリンヌクレオチド（上側の鎖）はリボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２０７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２０７】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、リボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１０】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１３】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約３０の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、ＮＸ３はＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは、リボ様配置（例えば、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置）のヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは、リボ様配置（例えば、ノーザン又はＡ型ヘリックス配置）のヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１６】
ここで、各Ｎは独立にヌクレオチドであり、各Ｂは存在しても、しなくてもよい末端キャップ部分であり、（Ｎ）は、無修飾でも、化学修飾されていてもよい、非塩基対形成ヌクレオチド又はオーバーハングヌクレオチドであり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、［Ｎ］はリボヌクレオチドであるヌクレオチド位置であり、Ｘ１及びＸ２は独立に約０から約４の整数であり、Ｘ３は約９から約１５の整数であり、Ｘ４は約１１から約３０の整数であって、ただしＸ４とＸ５の合計は１７−３６であり、Ｘ５は約１から約６の整数であり、Ｘ６は約１から約４の整数であり、Ｘ７は約９から約１５の整数であり、ＮＸ７、ＮＸ６及びＮＸ３は、ＮＸ４及びＮＸ５に相補的であり、
（ａ）アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、アンチセンス鎖（下側の鎖）中に存在する、［Ｎ］ヌクレオチド位置のプリンヌクレオチド以外の任意のプリンヌクレオチドは独立に、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、２’−デオキシリボヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｂ）センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のピリミジンヌクレオチドは、［Ｎ］ヌクレオチド以外の２’−デオキシ−２’−フルオロヌクレオチドであり、センス鎖（上側の鎖）中に存在する任意のプリンヌクレオチドは独立に、［Ｎ］ヌクレオチド以外の、２’−デオキシリボヌクレオチド、２’−Ｏ−メチルヌクレオチド、又は２’−デオキシリボヌクレオチドと２’−Ｏ−メチルヌクレオチドの組合せであり、
（ｃ）任意の（Ｎ）ヌクレオチドは、２’−Ｏ−メチル、２’−デオキシ−２’−フルオロ又はデオキシリボヌクレオチドであってもよい。
【国際調査報告】
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2009504190.tif 000112
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