(57)【要約】  遺伝子発現プロファイルに基づく移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）のリスクの評価および低減方法および適切な移植ドナーの選択方法について述べる。また対応する試薬およびキットについても述べる。
2009538599.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
候補移植ドナーの、移植レシピエント中で移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を誘発するリスクを評価する方法であって、
（ａ）前記候補移植ドナー由来の生体試料から得られる候補遺伝子発現プロファイルを対応する基準遺伝子発現プロファイルと比較するステップであって、ここで当該候補遺伝子発現プロファイルが、ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＨＤＡＣ２、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、ＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８１Ｐ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＮＦＡＴ５、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択される１または複数の遺伝子についての候補の発現値を含み、また
上記基準発現プロファイルが、前記１または複数の遺伝子についての基準発現値を含み、当該基準発現プロファイルが、以下の：
（ｉ）移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発したことが分っている移植ドナーから得られた生体試料由来の１または複数の遺伝子についてのＧＶＨＤ＋発現値を含むＧＶＨＤ＋発現プロファイルを、
（ｉｉ）移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発しなかったことが分っている移植ドナーから得られる生体試料由来の１または複数の遺伝子についてのＧＶＨＤ−発現値を含むＧＶＨＤ−発現プロファイル
と比較することによって得られ、
それによって前記基準発現値を、（Ａ）前記ＧＶＨＤ−発現値を含むＧＶＨＤ−のクラスから前記ＧＶＨＤ＋発現値を含むＧＶＨＤ＋のクラスをそれにより分離する前記ＧＶＨＤ＋とＧＶＨＤ−の発現値の間の発現の中間レベルか、または（Ｂ）判別分析に基づくＧＶＨＤ＋およびＧＶＨＤ−のクラスへの発現値の分離として定義される前記ＧＶＨＤ＋とＧＶＨＤ−の発現値の間の発現レベルか、または（Ｃ）（Ａ）と（Ｂ）の両方として求める、上記ステップ、および
（ｂ）上記候補遺伝子発現プロファイルと上記基準遺伝子発現プロファイルの上記比較によって、移植レシピエント中での移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）の発現の前記候補遺伝子のリスクを評価するステップ、
を含む、方法。
【請求項２】
前記発現値が、配列番号１〜２０６から選択される配列を含む核酸またはそれによってコードされるポリペプチドの発現のレベルを求めることによって得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記基準発現値が、（ａ）前記ＧＶＨＤ＋およびＧＶＨＤ−の発現値間の発現の中間のレベルとして求められる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＧＶＨＤ＋クラス内の候補の発現値が、前記候補移植ドナーが移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する高いリスクを有することを示す、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＧＶＨＤ−クラス内の候補の発現値が、前記候補移植ドナーが移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する低いリスクを有することを示す、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記遺伝子が、ＴＣＩＲＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＢＦ１、ＡＫＴ２、ＣＤ２４、ＣＤ１５１、ＴＧＩＦ、ＳＩＬ、ＰＲＦ１、ＦＮＢＰ３、ＴＧＦＢＩ、ＥＰ３００、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＮＭＩ、ＦＵＲＩＮ、およびＮＦＡＴ５から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記１または複数の遺伝子の発現のレベルが、配列番号７〜８，４５〜４６、９９〜１０４、１０７〜１０８、１１３〜１１４、１１９〜１２０、１３９〜１４０、１５１〜１５６、１８３〜１８４、１８９〜１９０、および２０３〜２０６から選択される配列を含む核酸またはそれによってコードされるポリペプチドの発現のレベルを求めることによって決まる、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記１または複数の遺伝子が、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＰＲＦ１、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＮＭＩ、ＳＩＬ、ＴＣＩＲＧ１、ＮＦＡＴ５、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＳＭＡＤ３、ＣＤ２４、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記１または複数の遺伝子が、（ａ）ＳＨ３ＫＢＰ１とＮＦＡＴ５、（ｂ）ＰＲＦ１とＮＦＡＴ５、（ｃ）ＰＲＦ１とＴＣＩＲＧ１、および（ｄ）ＣＤ１５１とＳＩＬからなる群から選択される１または複数の遺伝子対である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記基準遺伝子発現プロファイルがデータベース内に収められる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１１】
前記比較がコンピュータ・アルゴリズムを用いて行われる、請求項１または１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記方法が、少なくとも２種類の遺伝子の前記発現値を求めることを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１３】
前記方法が、少なくとも５種類の遺伝子の前記発現値を求めることを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１４】
前記方法が、少なくとも１０種類の遺伝子の前記発現値を求めることを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１５】
前記生体試料が、細胞、組織、および体液から選択される、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記細胞が末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記細胞が、ＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞から選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記生体試料がＣＤ４+Ｔ細胞であり、かつ前記１または複数の遺伝子がＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＮＭＩ、ＳＩＬ、ＴＣＩＲＧ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＳＭＡＤ３、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記生体試料がＣＤ８+Ｔ細胞であり、かつ前記１または複数の遺伝子対が（ａ）ＳＨ３ＫＢＰ１とＮＦＡＴ５、（ｂ）ＰＲＦ１とＮＦＡＴ５、および（ｃ）ＰＲＦ１とＴＣＩＲＧ１から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記生体試料がＣＤ４+Ｔ細胞であり、かつ前記１または複数の遺伝子がＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８ＩＰ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＶＩＭ、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記１または複数の遺伝子が、ＴＣＩＲＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＢＦ１、ＡＫＴ２、ＣＤ１５１、ＳＩＬ、ＦＮＢＰ３、ＥＰ３００、ＮＭＩ、ＦＵＲＩＮ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩから選択される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記生体試料がＣＤ８+Ｔ細胞であり、かつ前記１または複数の遺伝子がＣＤ３Ｄ、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＴＣＩＲＧ１、ＰＩＡＳ４、ＮＦＡＴ５、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＦＵＲＩＮ、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、およびＣＤＣ２５Ｂから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記１または複数の遺伝子が、ＣＤ２４、ＮＦＡＴ５、およびＴＣＩＲＧ１から選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記生体試料がＣＤ４+Ｔ細胞であり、かつ前記１または複数の遺伝子がＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、およびＹＷＨＡＱから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記生体試料がＣＤ８+Ｔ細胞であり、かつ前記１または複数の遺伝子がＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＭＹＣＬ１、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、およびＲＡＮから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記１または複数の遺伝子がＰＲＦ１および／またはＳＨ３ＫＢＰ１である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記１または複数の遺伝子が、ＳＭＡＤ３、ＴＧＩＦ、ＰＲＦ１、ＦＮＢＰ３、ＴＧＦＢＩ、ＥＰ３００、およびＦＵＲＩＮから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
前記１または複数の遺伝子の前記発現の値が、配列番号４５〜４６、１０１〜１０４、１５３〜１５４、１８３〜１８４、および２０３〜２０６から選択される配列を含む核酸またはそれによってコードされるポリペプチドの発現のレベルを求めることによって決定される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記生体試料がＣＤ４+Ｔ細胞であり、かつ前記１または複数の遺伝子がＳＭＡＤ３、ＴＧＩＦ、ＦＮＢＰ３、ＴＧＦＢＩ、ＥＰ３００、およびＦＵＲＩＮから選択される、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記生体試料がＣＤ８+Ｔ細胞であり、かつ前記１または複数の遺伝子がＰＲＦ１である、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
前記発現の値が前記核酸のレベルで決まる、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記核酸がメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記発現の値が、ノーザンブロット法、逆転写ＰＣＲ、定量リアルタイムＰＣＲ、マイクロアレイ分析、およびＲＮアーゼプロテクション法からなる群から選択される手法を用いて求められる、請求項３１または３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記発現の値が前記ポリペプチドのレベルで決まる、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記ポリペプチドのレベルが、前記ポリペプチドと特異的に結合する試薬を用いて求められる、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記試薬が、抗体またはその抗原結合フラグメントである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記ポリペプチドのレベルが、ウェスタンブロット法、イムノブロット、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、免疫沈降、表面プラズモン共鳴、化学発光、蛍光偏光、燐光、免疫組織化学分析、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析法、マイクロサイトメトリー、マイクロアレイ、顕微鏡法、蛍光表示式細胞分取法（ＦＡＣＳ）、フローサイトメトリー、および抗体マイクロアレイからなる群から選択される方法を用いて求められる、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＨＤＡＣ２、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、ＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８１Ｐ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＮＦＡＴ５、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択される１または複数の遺伝子をコードする２種類以上の単離核酸、それらの補体、またはそれらの部分のコレクション。
【請求項３９】
２種類以上の単離核酸、それらの補体、またはそれらの部分のコレクションであって、前記核酸が配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択される核酸配列を含む、コレクション。
【請求項４０】
少なくとも５種類の単離核酸、それらの補体、またはそれらの部分を含み、前記核酸が配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択される核酸配列を含む、請求項３９に記載のコレクション。
【請求項４１】
少なくとも１０種類の単離核酸、それらの補体、またはそれらの部分を含み、前記核酸が配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択される核酸配列を含む、請求項３９に記載のコレクション。
【請求項４２】
少なくとも２５種類の単離核酸、それらの補体、またはそれらの部分を含み、前記核酸が配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択される核酸配列を含む、請求項３９に記載のコレクション。
【請求項４３】
少なくとも５０種類の単離核酸、それらの補体、またはそれらの部分を含み、前記核酸が配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択される核酸配列を含む、請求項３９に記載のコレクション。
【請求項４４】
単離核酸、それらの補体、またはそれらの部分を含み、前記核酸が配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択されるすべての核酸配列を含む、請求項３９に記載のコレクション。
【請求項４５】
前記単離核酸が基板上に固定化される、請求項３８〜４４のいずれか一項に記載のコレクション。
【請求項４６】
前記単離核酸が検出可能なマーカーに接合される、請求項３８〜４５のいずれか一項に記載のコレクション。
【請求項４７】
前記単離核酸がマイクロアレイ中でハイブリッド形成可能なアレイ要素である、請求項３８〜４６のいずれか一項に記載のコレクション。
【請求項４８】
請求項３８〜４７のいずれか一項に記載の前記コレクションを、請求項１または２に記載のリスク評価方法を示す取扱説明書と共に含むキット。
【請求項４９】
前記生体試料が細胞、組織、および体液から選択される、請求項４８に記載のキット。
【請求項５０】
前記生体試料が血液である、請求項４９に記載のキット。
【請求項５１】
前記細胞が末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）である、請求項４９に記載のキット。
【請求項５２】
前記細胞が免疫細胞である、請求項４９または５１に記載のキット。
【請求項５３】
前記免疫細胞がＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞から選択される、請求項５２に記載のキット。
【請求項５４】
データ解析ツールをさらに含み、前記データ解析ツールがコンピュータプログラムである、請求項４８に記載のキット。
【請求項５５】
前記データ解析ツールが、移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する高いまたは低いリスクに関連する遺伝子発現プロファイルを識別ように適合させたアルゴリズムを含む、請求項５４に記載のキット。
【請求項５６】
レシピエント中でＧＶＨＤを誘発するリスクを減らすように移植ドナーを選択する方法であって、
（ａ）請求項１に記載の前記リスク評価方法を実施するステップ、および
（ｂ）前記リスク評価に従って前記ドナーを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項５７】
候補移植ドナーの、レシピエント中で移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を誘発するリスクを評価するｉｎ  ｖｉｔｒｏ法であって、
（ａ）請求項１に記載の前記リスク評価方法を実施するステップ、および
（ｂ）前記リスク評価に従って前記ドナーを選択するステップ
を含む、方法。
【請求項５８】
前記発現の値が、配列番号１〜２０６から選択される配列を含む核酸またはそれによってコードされるポリペプチドの発現のレベルを求めることによって得られる、請求項６９または７０に記載の方法。
【請求項５９】
候補移植ドナーの、レシピエント中で移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を誘発するリスクを評価するための請求項４９〜５８のいずれか一項に記載の前記コレクションまたは請求項５９〜６６のいずれか一項に記載の前記キットを使用すること。
【請求項６０】
ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＨＤＡＣ２、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、ＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８ＩＰ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＮＦＡＴ５、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択される１または複数の遺伝子についての遺伝子発現レベルの情報を含むＧＶＨＤリスク評価用の発現プロファイルマップ。
【請求項６１】
前記マップが、コンピュータで読取り可能な媒体中に格納されたディジタル情報である、請求項６０に記載の発現プロファイルマップ。
【請求項６２】
コンピュータで読取り可能な前記媒体が、請求項５４または５５で規定した前記データ解析ツールをさらに含む、請求項６０に記載の発現プロファイルマップ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）のリスクの評価および低減に関し、より具体的には移植組織レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する可能性のある移植組織のドナーのリスクの評価に関するものであり、その結果としてリスクの小さいドナーの選択を可能にすることができる。
本願は、米国特許法第１９条（ｅ）に従って２００６年４月２７日出願の米国特許仮出願番号第６０／７４５，７６１号に関する特典を請求し、その全体は参照により本明細書中に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
機能不全および／または罹患した体の器官または細胞については、薬物による治療介入に加えて、器官または細胞の移植が患者の治療において代替の、時には最後の頼みである。具体的には末期の白血病や、腎臓、心臓、肺臓、または肝臓の機能不全を持つ患者については移植が治療においてかなり一般的に用いられる。例えば様々な種類、例えば腎臓、心臓、肺、肝臓、骨髄、膵臓、角膜、小腸、および皮膚（例えば表皮シート）の同種移植（その患者自身またはその移植片の宿主／レシピエント以外のドナーから採取された器官移植片）は現在日常的に行われている。ブタの心臓弁などの異種移植（別の種、例えばヒトレシピエントの場合は非ヒト動物ドナーから採取した器官移植片）もまた、それらの機能不全のヒトの対応する部分を交換するために臨床的に使用されている。移植の成功を確実にするには、組織適合性（不適合な組み合わせの場合、異物として認識され、免疫系によって攻撃されることがある遺伝子学的に定められる細胞マーカーの適合性）を増すために患者の一卵性双生児または患者の肉親から移植片を得ることが望ましい。これは、移植組織が宿主中で様々な免疫反応を呼びさまし、それが宿主の免疫系によるその移植片の拒絶を引き起こすか、または移植された免疫系細胞（骨髄または造血細胞移植組織）が宿主組織の攻撃と、関連する、またしばしば重い合併症の原因となる移植片対宿主病（以後「ＧＶＨＤ」と呼ぶ）とを引き起こすためである。
【０００３】
骨髄および／または幹細胞の移植は、臓器移植を含めた種々様々な臨床的背景において用途を有する。臓器移植の主要な目的は、他の外来抗原に対するレシピエントの免疫能を保持しながらレシピエントによって生じる移植片拒絶免疫反応なしにドナーの器官を移植することである。一般に宿主の拒絶反応を防止するためにはサイクロスポリンＡ、アザチオプリン、プレドニゾンを含めたコルチコステロイド類、メチルプレドニゾロン、シクロホスファミド、およびＦＫ５０６などの非特異的免疫抑制剤を用いる（Iwasakiの論文Clinical Medicine & Research 2(4): 243）。これらは毎日投与されなければならず、もし停止すると結果として普通は移植片の拒絶が起こる。しかしこれら非特異的免疫抑制剤は、免疫反応のあらゆる局面を抑制することによって働き、それによって癌を含めた感染症および疾患に対するレシピエントの罹病性を大きく増大させる。さらに、新規免疫抑制薬物の開発は患者の生存率の向上につながったが、これらの薬物は腎臓毒性および／または肝臓毒性などの副作用の高発生率と関係する。
【０００４】
造血始原細胞または幹細胞の移植の目標は、結果として免疫および／または造血キメラ現象が生ずるようにレシピエント宿主内でのドナー細胞の移植を成功裡に達成することである。キメラ現象は、同種間または異種間ドナーおよびレシピエント由来の細胞集団の両方から得られる主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子を持つドナーの細胞集団によるレシピエントの血液免疫系の様々な区画の再形成、あるいは同種間または異種間骨髄ドナーのみから得られるＭＨＣ分子を持つ細胞集団により再形成することができるレシピエントの血液免疫系区画の再形成である。キメラ現象は、１００％（同種間または異種間細胞による総交換）から、分子法によってのみ検出可能な低レベルまで変わる可能性がある。キメラ現象は、ある期間にわたって変わる場合もあり、また恒久的または一時的である場合もある。
【０００５】
ＧＶＨＤは、血縁または非血縁いずれかのドナー由来の幹細胞を使用する任意の造血細胞の移植の起こりうる重いまたは死を招く合併症であり、未治療ＨＬＡ（ヒト白血球組織適合性抗原）適合骨髄移植のレシピエントの約３５〜５０％（Martin等の論文 (1985) Blood 66: 664~72）およびＨＬＡ不適合骨髄のレシピエントの８０％までに起こる。一般にこのような移植は、白血病、骨髄機能不全症候群、および遺伝性疾患（例えば、鎌状赤血球貧血、地中海貧血、免疫不全症、およびムコ多糖沈着などの代謝性蓄積症）、ならびに低悪性度リンパ腫などの疾患の治療に使用される。ＧＶＨＤは、ＭＨＣに対するドナーＴ細胞（Ｔリンパ球）の反応、またはドナー細胞を受ける個体の抗原提示細胞（ＡＰＣ）および様々な組織上に存在する主要組織適合性抗原不均衡から起こる（Schlomchik等の論文 (1999) Science 285: 412~5）。ＧＶＨＤは、レシピエントの骨髄の破壊を含めた骨髄移植前の馴化によって引き起こされる組織の損傷により悪化する恐れがある。急性ＧＶＨＤ（ａＧＶＨＤ）は、通常は移植後最初の３カ月以内に起こり、皮膚、肝臓、胃、および／または腸に影響を及ぼす恐れがある。慢性ＧＶＨＤ（ｃＧＶＨＤ）は、この疾患の末期の形態であり、通常は移植の３か月以上後に発現する。ｃＧＶＨＤの症状は、狼瘡または硬皮症などの自然に起こる自己免疫疾患に似ている（Iwasaki、上記）。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
したがって移植片拒絶は、ヒトの移植における罹病率および死亡率の依然として主要な原因のままであり、ＧＶＨＤを制御し、減らし、また治療する必要性は未だに存在する。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明の記述は、それらの内容はそれらの全体が参照により本明細書中に援用される複数の文書を参照する。
【０００８】
本発明は、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）のリスクの評価のための方法、使用、および対応する製品（例えば、プローブ、コレクション、キットなど）、ならびにこのようなリスクの評価に関係のある対応する診断および治療の方法、使用、製品、およびキットに関する。
【０００９】
第一の態様において本発明は、候補移植ドナーの、移植レシピエント中で移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を誘発するリスクの評価方法に関し、上記方法は、
（ａ）上記候補移植ドナー由来の生体試料から得られる候補遺伝子発現のプロファイルを対応する基準遺伝子発現プロファイルと比較するステップにおいて、上記候補遺伝子発現プロファイルが、ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＨＤＡＣ２、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、ＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８１Ｐ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＮＦＡＴ５、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択される１または複数の遺伝子についての候補の発現値を含み、
上記基準発現プロファイルが、上記１または複数の遺伝子についての基準発現値を含み、上記基準発現値が、
（ｉ）移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発したことが分っている移植ドナーから得られた生体試料由来の１または複数の遺伝子についてのＧＶＨＤ＋発現値を含むＧＶＨＤ＋発現プロファイルを、
（ｉｉ）移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発しなかったことが分っている移植ドナーから得られる生体試料由来の１または複数の遺伝子についてのＧＶＨＤ−発現値を含むＧＶＨＤ−発現プロファイル
と比較することによって得られ、
それによって上記基準発現値を、上記ＧＶＨＤ−発現値を含むＧＶＨＤ−のクラスから上記ＧＶＨＤ＋発現値を含むＧＶＨＤ＋のクラスをそれにより分離する上記ＧＶＨＤ＋とＧＶＨＤ−の発現値の間の発現の中間レベルか、または判別分析に基づくＧＶＨＤ＋およびＧＶＨＤ−のクラスへの発現値の分離として定義される上記ＧＶＨＤ＋とＧＶＨＤ−の発現値の間の発現レベルか、またはこの両方として求める、ステップ、および
（ｂ）上記候補遺伝子発現プロファイルと上記基準遺伝子発現プロファイルの上記比較によって、移植レシピエント中での移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）の発現の上記候補遺伝子のリスクを評価するステップ、
を含む。
【００１０】
ある実施形態では前述の遺伝子の発現の値は、配列番号１〜２０６から選択される配列を含む１または複数の核酸またはそれによってコードされるポリペプチドの発現レベルを測定することによって求められる。
【００１１】
ある実施形態では上記ＧＶＨＤ＋クラス内の候補の発現値が、上記候補移植ドナーが移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する高いリスクを有することを示す。
【００１２】
別の実施形態では上記ＧＶＨＤ−クラス内の候補の発現値が、上記候補移植ドナーが移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する低い／より少ないリスクを有することを示す。
【００１３】
ある実施形態では前述の１または複数の遺伝子は、ＴＣＩＲＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＢＦ１、ＡＫＴ２、ＣＤ２４、ＣＤ１５１、ＴＧＩＦ、ＳＩＬ、ＰＲＦ１、ＦＮＢＰ３、ＴＧＦＢＩ、ＥＰ３００、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＮＭＩ、ＦＵＲＩＮ、およびＮＦＡＴ５から選択される。さらなる実施形態では前述の１または複数の遺伝子の発現値は、配列番号７〜８，４５〜４６、９９〜１０４、１０７〜１０８、１１３〜１１４、１１９〜１２０、１３９〜１４０、１５１〜１５６、１８３〜１８４、１８９〜１９０、および２０３〜２０６から選択される配列を含む１または複数の核酸またはそれによってコードされるポリペプチドの発現レベルを測定することによって求められる。
【００１４】
別の実施形態では前述の１または複数の遺伝子は、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＰＲＦ１、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＮＭＩ、ＳＩＬ、ＴＣＩＲＧ１、ＮＦＡＴ５、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＳＭＡＤ３、ＣＤ２４、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩから選択される。
【００１５】
さらに別の実施形態では前述の１または複数の遺伝子は、（ａ）ＳＨ３ＫＢＰ１とＮＦＡＴ５、（ｂ）ＰＲＦ１とＮＦＡＴ５、（ｃ）ＰＲＦ１とＴＣＩＲＧ１、および（ｄ）ＣＤ１５１とＳＩＬからなる群から選択される１または複数の遺伝子対である。
【００１６】
別の実施形態では前述の基準遺伝子発現プロファイルは、データベース内に収められる。
【００１７】
別の実施形態では前述の比較はコンピュータ・アルゴリズムを用いて行われる。
【００１８】
別の実施形態では前述の方法は、少なくとも２種類の遺伝子の発現値、別の実施形態では少なくとも５種類の遺伝子の発現値、さらに別の実施形態では少なくとも１０種類の遺伝子の発現値を求めるステップを含む。
【００１９】
ある実施形態では前述の生体試料はＣＤ４+Ｔ細胞であり、かつ前述の１または複数の遺伝子はＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８ＩＰ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＶＩＭ、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩから選択される。さらなる実施形態では前述の１または複数の遺伝子はＴＣＩＲＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＢＦ１、ＡＫＴ２、ＣＤ１５１、ＳＩＬ、ＦＮＢＰ３、ＥＰ３００、ＮＭＩ、ＦＵＲＩＮ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩから選択される。
【００２０】
別の実施形態では前述の生体試料はＣＤ８+Ｔ細胞であり、かつ前述の１または複数の遺伝子はＣＤ３Ｄ、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＴＣＩＲＧ１、ＰＩＡＳ４、ＮＦＡＴ５、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＦＵＲＩＮ、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、およびＣＤＣ２５Ｂから選択される。さらなる実施形態では前述の１または複数の遺伝子はＣＤ２４、ＮＦＡＴ５、およびＴＣＩＲＧ１から選択される。
【００２１】
ある実施形態では前述の生体試料はＣＤ４+Ｔ細胞であり、かつ前述の１または複数の遺伝子はＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＮＭＩ、ＳＩＬ、ＴＣＩＲＧ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＳＭＡＤ３、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩから選択される。
【００２２】
別の実施形態では前述の生体試料はＣＤ８+Ｔ細胞であり、かつ前述の１または複数の遺伝子対は、（ａ）ＳＨ３ＫＢＰ１とＮＦＡＴ５、（ｂ）ＰＲＦ１とＮＦＡＴ５、および（ｃ）ＰＲＦ１とＴＣＩＲＧ１からなる群から選択される。
【００２３】
ある実施形態では前述の生体試料はＣＤ４+Ｔ細胞であり、かつ前述の１または複数の遺伝子はＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、およびＹＷＨＡＱから選択される。
【００２４】
ある実施形態では前述の生体試料はＣＤ８+Ｔ細胞であり、かつ前述の１または複数の遺伝子はＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＭＹＣＬ１、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、およびＲＡＮから選択される。さらなる実施形態では前述の１または複数の遺伝子はＰＲＦ１および／またはＳＨ３ＫＢＰ１である。
【００２５】
ある実施形態では前述の１または複数の遺伝子はＳＭＡＤ３、ＴＧＩＦ、ＰＲＦ１、ＦＮＢＰ３、ＴＧＦＢＩ、ＥＰ３００、およびＦＵＲＩＮから選択される。さらなる実施形態では前述の１または複数の遺伝子の発現値は、配列番号４５〜４６、１０１〜１０４、１５３〜１５４、１８３〜１８４、および２０３〜２０６から選択される配列を含む核酸またはそれによってコードされるポリペプチドの発現レベルを測定することによって求められる。
【００２６】
ある実施形態では前述の生体試料はＣＤ４+Ｔ細胞であり、かつ前述の１または複数の遺伝子はＳＭＡＤ３、ＴＧＩＦ、ＦＮＢＰ３、ＴＧＦＢＩ、ＥＰ３００、およびＦＵＲＡＮから選択される。
【００２７】
別の実施形態では前述の生体試料はＣＤ４+Ｔ細胞であり、かつ上記１または複数の遺伝子はＰＲＦ１である。
【００２８】
ある実施形態では前述の発現値は核酸のレベルで決まる。さらなる実施形態では前述の核酸はメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）である。
【００２９】
別の実施形態では前述の発現値は、ノーザンブロット法、逆転写ＰＣＲ、定量リアルタイムＰＣＲ、マイクロアレイ分析、およびＲＮアーゼプロテクション法からなる群から選択される手法を用いて求められる。
【００３０】
ある実施形態では前述の発現値は、そのポリペプチドのレベルで決まる。さらなる実施形態では前述のポリペプチドのレベルは、そのポリペプチドと特異的に結合する試薬を用いて求められる。さらなる実施形態では前述の試薬は、抗体またはその抗原結合性フラグメントである。
【００３１】
ある実施形態では前述のポリペプチドのレベルは、ウェスタンブロット法、イムノブロット、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、免疫沈降、表面プラズモン共鳴、化学発光、蛍光偏光、燐光、免疫組織化学分析、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析法、マイクロサイトメトリー、マイクロアレイ、顕微鏡法、蛍光表示式細胞分取法（ＦＡＣＳ）、フローサイトメトリー、および抗体マイクロアレイからなる群から選択される方法を用いて求められる。
【００３２】
別の態様において本発明は、ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＨＤＡＣ２、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＣＤＣ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、ＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８ＩＰ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＮＦＡＴ５、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択される１または複数の遺伝子をコードする２種類以上の単離核酸、これらの補体、またはこれらの部分のコレクションを提供する。
【００３３】
別の態様において本発明は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択される核酸を含む２種類以上の単離核酸、それらの補体、またはそれらの部分のコレクションを提供する。
【００３４】
ある実施形態では前述のコレクションは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択される核酸配列を含む少なくとも５種類の単離核酸を含む。
【００３５】
ある実施形態では前述のコレクションは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択される核酸配列を含む少なくとも１０種類の単離核酸を含む。
【００３６】
ある実施形態では前述のコレクションは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択される核酸配列を含む少なくとも２５種類の単離核酸を含む。
【００３７】
ある実施形態では前述のコレクションは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択される核酸配列を含む少なくとも５０種類の単離核酸を含む。
【００３８】
ある実施形態では前述のコレクションは、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、および２０５からなる群から選択されるすべての核酸配列を含む単離核酸を含む。
【００３９】
ある実施形態では前述の単離核酸は検出可能なマーカーに接合される。
【００４０】
ある実施形態では前述の単離核酸は、マイクロアレイ中でハイブリッド形成可能なアレイ要素である。
【００４１】
別の態様において本発明は、前述のコレクションを、前述のリスク評価方法を示す取扱説明書と共に含むキットを提供する。
【００４２】
別の実施形態では前述の生体試料は、細胞、組織、および体液から選択される。さらなる実施形態では前述の細胞は末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）である。さらなる実施形態では前述の細胞はＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞から選択される。
【００４３】
ある実施形態では前述のキットはデータ解析ツールをさらに含む。さらなる実施形態では前述のデータ解析ツールは、移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する高いまたは低いリスクに関連する遺伝子発現プロファイルを識別するように適合させたアルゴリズムを含む。
【００４４】
別の態様において本発明は、レシピエント中でＧＶＨＤを誘発するリスクを減らすように移植ドナーを選択する方法を提供し、上記方法は、
（ａ）前述のリスク評価方法を実施するステップ、および
（ｂ）上記リスク評価に従って上記ドナーを選択するステップ
を含む。
【００４５】
別の態様において本発明は、レシピエントにおけるＧＶＨＤを誘発するリスクを減らすように移植ドナーを選択するｉｎ  ｖｉｔｒｏ法を提供し、上記方法は、
（ａ）前述のリスク評価方法を実施するステップ、および
（ｂ）上記リスク評価に従って上記ドナーを選択するステップ
を含む。
【００４６】
ある実施形態では前述の発現値は、配列番号１〜２０６から選択される配列を含む核酸またはそれによってコードされるポリペプチドの発現レベルを測定することによって求められる。
【００４７】
別の態様において本発明は、候補移植ドナーの、移植レシピエント中で移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を誘発するリスクを評価するための前述のコレクションまたは前述のキットの使用法を提供する。
【００４８】
別の態様において本発明は、ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＨＤＡＣ２、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、ＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８ＩＰ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＮＦＡＴ５、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択される１または複数の遺伝子についての遺伝子発現レベルの情報を含むＧＶＨＤリスク評価用の発現プロファイルマップを提供する。
【００４９】
ある実施形態では前述のマップは、コンピュータで読取り可能な媒体中に格納されたディジタル情報である。
【００５０】
別の実施形態では前述のコンピュータで読取り可能な媒体は、前述のデータ解析ツールをさらに含む。
【００５１】
本発明の他の目的、利点、および特徴は、添付図面に関連して例としてのみ示されるその特定の実施形態の次の非限定的説明を読むとより明らかになるはずである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００５２】
本明細書中で述べた検討においてはＡＨＣＴ（同種間造血細胞移植）ドナー由来のＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞の遺伝子発現プロファイルを分析した。ＡＨＣＴ前の遺伝子発現プロファイル分析が、そのレシピエントがＧＶＨＤに罹ったドナーか、罹っていないドナーかを差別することが分かった。その「危険ドナー」の形質（ＧＶＨＤ+レシピエント）は、多様な細胞機能を調節する各遺伝子の活性によって制御され、形づくられる。
【００５３】
したがって第一の態様において本発明は、候補移植ドナーの、移植レシピエント中で移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を誘発するリスクを評価する方法に関し、上記方法は、
（ａ）上記候補移植ドナー由来の生体試料から得られる候補遺伝子の発現プロファイルを対応する基準遺伝子の発現プロファイルと比較するステップであって、上記候補遺伝子の発現プロファイルが、CXCR6(ケモカイン(C-X-Cモチーフ)受容体6)、SMAD1(DPホモログ１に対するマザー（ショウジョウバエ))、FaF1(Fas-関連因子 1)、SH3KBP1(SH3ドメイン キナーゼ結合タンパク質1)、HDAC2(ヒストンデアセチラーゼ2)、IL1R1(インターロイキン 1受容体,1型)、CDC42(細胞分裂周期42)、GADD45G(増殖停止及びDNA損傷誘導性,γ)、IFNAR2(インターフェロン(α、β、及びω)受容体2)、IFRD1(インターフェロン関連発生上のレギュレーター1)、IGFBP2(インスリン様増殖因子結合タンパク質2)、IRF3(インターフェロン調節因子3)、LIG4(リガーゼIV,ＤＮＡ,ATP依存性)、MAP2K1(有糸分裂活性化プロテインキナーゼキナーゼ 1)、MME(膜メタロエンドペプチダーゼ)、RASGRP1(RASグアニル遊離タンパク質 1)、STAT1(シグナル トランスデューサ及び転写の活性化因子1)、TFRC(トランスフェリン受容体(p90、CD71))、TRIM22(トリパルタイトモチーフ-含有22)、TFAP2C(トランスクリプション因子 アダプタータンパク質2，γ)、CDC25A(細胞分裂周期25ホモログA)、GSR(グルタチオン還元酵素)、PRF1(パーフォリン1)、BCAP31(B細胞受容体-関連タンパク質 31)、RANBP2(RAN 結合タンパク質2)、SNRPN(核内低分子リボ核タンパク質 ポリペプチド N)、SOCS5(サイトカインシグナル伝達抑制因子5)、ANXA5(アネキシンA5)、CD63(CD63 分子)、CD81(CD81分子)、CKS2(CDC28 タンパク質リン酸化酵素調節サブユニット2)、CPE(カルボキシペプチダーゼ E)、MAD(SMADファミリーメンバー2)、MYGL1(v-mycミエロサイトマトシスウイルス性 癌遺伝子ホモログ1,肺癌由来)、PDCD8(プログラム細胞死8;アポトーシス誘発因子,ミトコンドリア-関連1)、RHOA(rasホモログ遺伝子ファミリー,メンバーA)、SKP2(S期キナーゼ関連タンパク質2(p45))、YWHAQ(チロシン3-モノオキシゲナーゼ/トリプトファン5-モノオキシゲナーゼ活性化タンパク質,θポリペプチド)、GAPD(グリセルアルデヒド3リン酸脱水素酵素)、PPIE(ぺプチジルプロリル異性化酵素 E(シクロフィリン E))、RAN(RAN,メンバーRAS癌遺伝子ファミリー)、FOSB(FBJマウス骨肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログB)、MAP2K6(マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6)、SERPINB2(セルピンペプチダーゼ阻害薬,クレイドB(卵白アルブミン),メンバー 2)、TLR4(Ｔｏｌ様受容体4)、CD3D(CD3d分子,δ(CD3-T細胞受容体複合体))、GAB2(GRB2関連結合タンパク質2)、MAPK8IP1(マイトジェン活性化プロテインキナーゼ8相互作用タンパク質1)ＳＭＯ(スムーゼンホモログ(ショウジョウバエ))、CD151(CD151分子(Raph血液型))、EP300(EP300相互作用性分化阻害因子1)、FNBP3(PRP40RNA前駆体プロセシング因子40ホモログA(S.セルビシエ))、IL6R(インターロイキン6 受容体)、NMI(N-myc(及びＳＴＡＴ）相互作用因子)、PDK2(ピルビン酸脱水素酵素キナーゼ,アイソザイム2)、PPP1R16B(プロテインホスファターゼ1,調節性(阻害性)サブユニット16B)、SIL(SCL/TAL1 中断位;STIL)、SNRP70(核内低分子リボ核タンパク質70kDaポリペプチド)、STK38(セリン/スレオニンキナーゼ38)、TCIRG1(T細胞,免疫制御装置1,ATP分解酵素,H+輸送,リソソームV0サブユニットA3)、CD1A(CD1a分子)、IL15RA(インターロイキン15受容体,α)、IL2RG(インターロイキン2受容体,γ)、ILF1(フォークヘッドボックスK2;FOXK2)、LAT(Ｔ細胞活性化についてのリンカー)、MGMT(O-6-メチルグアニン-ＤＮＡメチル基転移��素)、TLR(Ｔｏｌｌ様受容体1)、RGS13(Gタンパク質シグナル伝達13のレギュレーター)、THBS1(トロンボスポンジン 1)、NFAT5(活性化T細胞核内因子5,緊張度-応答性)、PIAS4(活性化シグナル伝達性転写因子のタンパク質阻害因子,4)、ADD1(アデュシン1(α))、BAG3(BCL2-関連アタノ遺伝子3)、ＶＥＧＦ(血管内皮増殖因子A)、YY1(YY1転写制御因子)、AKT2(v-aktマウス胸腺腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ2)、FURIN(フューリン(対形成した塩基性アミノ酸切断酵素))、ATBF1(AT-結合性転写制御因子1)、CCND1(サイクリンD1)、CHERP(カルシウム恒常性小胞体タンパク質)、CSDA(冷ショックドメインプロテインA)、DOK2(ドッキングタンパク質2,56kDa)、FOXJ1(フォークヘッドボックスJ1)、HEXA(ヘキソサミニダーゼA(αポリペプチド))、LAMP2(リソソーム関連膜タンパク質2)、MCAM(メラノーマ細胞接着分子)、NFKB2(Ｂ細胞２（ｐ４９／ｐ１００）におけるκ軽ポリペプチド遺伝子エンハンサー の核因子））、PTGER4(プロスタグランジンE受容体4(サブタイプEP4))、DAD1(細胞死に対するディフェンダー1)、ILF3(インターロイキンエンハンサー結合因子、3,90kDa)、RFXANK(X関連アンキリン含有タンパク質の調節因子）、SMAD3(SMADファミリー3)、TNFRSF1B(腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリ,メンバー1B)、VIM(ビメンチン)、CD24(CD24分子)、DAP(死-関連タンパク質)、ＨＬＡ−ＤＲＢ１(主要組織適合性複合体,クラスII,DR β1)、HSPB1(熱ショック27kDaタンパク質1)、PRKACA(タンパク質リン酸化酵素,サイクリックAMP依存的,触媒作用性,α)、HDAC5(ヒストンデアセチラーゼ5)、CDC25B(細胞分裂周期25ホモログB)、TGIF(TGIF-誘発性因子ホメオボックス1)、及びTGFBI(トランスフォーミング増殖因子,βー誘導性,68kDa)からなる群から選択される１または複数の遺伝子の候補についての発現値を含み、また
上記基準発現プロファイルが、上記１または複数の遺伝子についての基準発現値を含み、上記基準発現値が、
（ｉ）移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発したことが分っている移植ドナーから得られた生体試料由来の１または複数の遺伝子についてのＧＶＨＤ＋発現値を含むＧＶＨＤ＋発現プロファイルを、
（ｉｉ）移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発しなかったことが分っている移植ドナーから得られる生体試料由来の１または複数の遺伝子についてのＧＶＨＤ−発現値を含むＧＶＨＤ−発現プロファイル
と比較することによって得られ、
それによって前記基準発現値を、上記ＧＶＨＤ−発現値を含むＧＶＨＤ−のクラスから上記ＧＶＨＤ＋発現値を含むＧＶＨＤ＋のクラスをそれにより分離する上記ＧＶＨＤ＋とＧＶＨＤ−の発現値の間の発現の中間レベルか、または判別分析に基づくＧＶＨＤ＋およびＧＶＨＤ−のクラスへの発現値の分離として定義される上記ＧＶＨＤ＋とＧＶＨＤ−の発現値の間の発現レベルか、またはその両方として求める、ステップ、および
（ｂ）上記候補遺伝子発現プロファイルを上記基準遺伝子発現プロファイルと比較することによって、移植レシピエント中での移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）の発現の上記候補遺伝子発現のリスクを評価するステップ、
を含む。
【００５４】
ある実施形態では上記ＧＶＨＤ＋のクラス内の候補の発現値は、上記候補移植ドナーが移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する高いリスクを有することを示す。
【００５５】
別の実施形態では上記ＧＶＨＤ−のクラス内の候補の発現値は、上記候補移植ドナーが移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する低い／より少ないリスクを有することを示す。
【００５６】
別の態様において本発明は、候補移植ドナーの、移植レシピエント中で移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を誘発するリスクを評価する方法（例えばｉｎ  ｖｉｔｒｏ法）に関し、上記方法は、
（ａ）ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＨＤＡＣ２、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、ＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８ＩＰ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＮＦＡＴ５、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択される１または複数の遺伝子についての発現値を含み、上記移植ドナー由来の生体試料から得られる遺伝子の発現プロファイルを、対応する基準遺伝子の発現プロファイルと比較するステップ、および
（ｂ）上記比較に基づいて移植レシピエント中で上記候補移植ドナーが移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を誘発するリスクを評価するステップ
を含む。
【００５７】
ある実施形態では上記基準遺伝子の発現プロファイルは移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発したことが分っている移植ドナーから得られ、発現プロファイルの差異はその候補移植ドナーが移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する低いリスクを有することを示す。
【００５８】
別の実施形態では上記基準遺伝子の発現プロファイルは移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発したことが分っている移植ドナーから得られ、ほぼ類似の発現プロファイルはその候補移植ドナーが移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する高いリスクを有することを示す。
【００５９】
別の実施形態では上記基準遺伝子の発現プロファイルは移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発しなかったことが分っている移植ドナーから得られ、発現プロファイルの差異はその候補移植ドナーが移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する高いリスクを有することを示す。
【００６０】
別の実施形態では上記基準遺伝子の発現プロファイルは移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発しなかったことが分っている移植ドナーから得られ、ほぼ類似の発現プロファイルはその候補移植ドナーが移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する低いリスクを有することを示す。
【００６１】
生体試料の「遺伝子の発現プロファイル」または「発現プロファイル」という用語は、その試料中の１または複数の遺伝子の核酸（例えばｍＲＮＡ）またはポリペプチドのレベルを表す一組の値を意味する。発現プロファイルは、例えば少なくとも約２種類の遺伝子、少なくとも約５種類の遺伝子、少なくとも約１０種類の遺伝子、または少なくとも約５０種類、１００種類、２００種類、またはそれ以上の遺伝子の発現レベルを表す値を含むことができる。本発明の範囲内にある生体試料は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはポリペプチド（タンパク質）をそれから単離することができる細胞物質を含む任意の生体試料であることができる。遺伝子の発現レベルは、その遺伝子に符合する試料中に存在するＤＮＡ、ＲＮＡ、またはタンパク質の量によって求めることができる。したがって遺伝子発現プロファイルは、その生体試料内の特定の遺伝子と互いに関連のあるＤＮＡ、ＲＮＡ、および／またはタンパク質のレベルを含むことができる。
【００６２】
「候補」遺伝子の発現プロファイルは、候補ドナー由来の生体試料中で求められる。本発明の方法ではレシピエント中でＧＶＨＤを誘発するリスクを評価するために、候補遺伝子のプロファイルを、対応する「基準」遺伝子の発現プロファイルと比較することができる。
【００６３】
このような基準遺伝子発現プロファイルは、（ｉ）レシピエント中でＧＶＨＤを誘発したことが分っているドナーから得られる生体試料において求めた１または複数のＧＶＨＤ＋基準プロファイルを、（ｉｉ）レシピエント中でＧＶＨＤを誘発しなかったことが分っているドナーから得られる生体試料において求めた１または複数のＧＶＨＤ−基準プロファイルと比較することによって決定される。この基準プロファイルは、本明細書中で言及した１または複数の遺伝子についての基準発現値を含む。所与の遺伝子についての「基準発現値」（あるいは「分離基準値」または「識別基準値」）はその遺伝子のＧＶＨＤ＋とＧＶＨＤ−の基準値の間にあり、すべての発現値を２つのクラス、すなわち（１）ＧＶＨＤ＋の基準値を含む基準値側またはゾーンにあるもの、および（２）ＧＶＨＤ−の基準値を含む基準値側またはゾーンにあるものに分ける。厳密な意味では発現値のＧＶＨＤ＋およびＧＶＨＤ−のクラスは、上記１または複数の遺伝子のそれぞれについて定められ、したがって所与の候補遺伝子についての発現値がＧＶＨＤ＋クラスに入るか、それともＧＶＨＤ−クラスに入るかがリスクの評価を可能にする。２つのクラスを分離する境界を定めるこのような基準発現値はまた、「区分線」と呼ぶこともできる。
【００６４】
ある実施形態ではこの基準値は、判別分析（例えば、利用できるＧＶＨＤ＋およびＧＶＨＤ−基準値に基づくＬｉｎｅａｒ  Ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＬＤＡ）、Ｑｕａｄｒａｔｉｃ  Ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＱＤＡ））によって求められる。
【００６５】
ある実施形態ではこの基準値は、ＧＶＨＤ＋とＧＶＨＤ−の基準値の間の発現中間レベルである。このような場合、ＧＶＨＤ−の基準値よりもＧＶＨＤ＋の基準値の近い候補の発現値がＧＶＨＤ＋のクラスの中に含まれることになる。同様にＧＶＨＤ＋の基準値よりもＧＶＨＤ−基準値の近い候補の発現値がＧＶＨＤ−のクラスの中に含まれることになる。
【００６６】
本発明はさらに、移植レシピエント中で候補移植ドナーが移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を誘発するリスクを評価する方法に関するものであり、この方法は上記候補ドナー由来の生体試料において、ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＨＤＡＣ２、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、ＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８ＩＰ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＮＦＡＴ５、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択される１または複数の遺伝子の核酸またはポリペプチドレベルでの発現レベルを求めるステップを含み、対応する基準発現レベルと比較した上記発現レベルの変化は移植レシピエント中で上記候補ドナーがＧＶＨＤを誘発する低いリスクを有することを示す。
【００６７】
ある実施形態では上記遺伝子の発現レベルは、配列番号１〜２０６（奇数は核酸配列を表し、偶数はポリペプチド配列を表す）から選択される配列を含む１または複数の核酸またはそれによってコードされるポリペプチドの発現レベルを求めることによって決定される。
【００６８】
発現レベルは、一般に細胞由来のｍＲＮＡの検出および／またはポリペプチドやタンパク質などの発現産物の検出によって検出することができる。本明細書中で述べる核酸によってコードされる転写物および／またはタンパク質の発現は、当業界における様々な既知の方法のいずれかによって測定することができる。一般に患者の試料中の核酸分子（例えばＤＮＡまたはＲＮＡ）の核酸配列は、遺伝子の配列または発現を測定または検出する任意の適切な方法または手法によって検出することができる。このような方法には、これらには限定されないが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、ｉｎ−ｓｉｔｕ  ＰＣＲ、定量ＰＣＲ（ｑ−ＰＣＲ）、ｉｎ−ｓｉｔｕハイブリッド形成法、サザンブロット法、ノーザンブロット法、配列分析、マイクロアレイ分析、レポーター遺伝子の検出、または他のＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド形成プラットフォームが挙げられる。ＲＮＡ発現についてはその好ましい方法には、これらには限定されないが、本発明の遺伝子の１または複数の全体または一部をコードする転写物とハイブリッドを形成する標識したプローブを用いた細胞ｍＲＮＡの抽出およびノーザンブロット法と、本発明の遺伝子の１または複数から発現させたｍＲＮＡの遺伝子特異的プライマー、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、定量ＰＣＲ（ｑ−ＰＣＲ）、および逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）を用いた増幅、続いて様々な手段のいずれかによるその生成物の定量的検出と、細胞由来の全ＲＮＡの抽出（次いでそれを標識し、様々な表面のいずれかの上に配列した本発明の遺伝子の全部または一部をコードするｃＤＮＡまたはオリゴヌクレオチドをプローブするために用いる）と、ｉｎ−ｓｉｔｕハイブリッド形成と、リポーター遺伝子の検出とが挙げられる。遺伝子の転写レベルの定量化の脈絡において使用する場合、用語「数量化」または「定量化」は、絶対的または相対的な数量化を意味することができる。絶対的数量化は、既知濃度の１または複数の標的核酸を介在させ、未知のもののハイブリッド形成強度をその既知の標的核酸と照合する（例えば、標準曲線の作成により）ことによって達成することができる。別法では相対的数量化は、２種類以上の遺伝子間の、または２種類以上の処理間のハイブリッド形成シグナルを比較してハイブリッド形成強度の変化を数量化することによって、また含意転写レベルによって達成することができる。
【００６９】
発現レベルは、本明細書中で述べた方法（例えば、比較または評価）で用いるのに適した任意のデータの形態によって表わすことができる。幾つかの実施形態ではこのようなデータは、コンピュータで読取り可能な媒体上に記録することができる。
【００７０】
本発明の選択された遺伝子のタンパク質発現レベルを測定する方法は、当業界でよく知られている。このような方法の例には、これらには限定されないが、ウェスタンブロット法、イムノブロット、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、免疫沈降、表面プラズモン共鳴、化学発光、蛍光偏光、燐光、免疫組織化学分析、マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析法、マイクロサイトメトリー、マイクロアレイ、顕微鏡法、蛍光表示式細胞分取法（ＦＡＣＳ）、フローサイトメトリー、およびこれらには限定されないがＤＮＡ結合、リガンド結合、および他のタンパク質パートナーとの相互作用を含めたタンパク質の性質に基づくアッセイが挙げられる。
【００７１】
遺伝子の発現レベルを正規化するための方法は当業界でよく知られている。細胞または組織間の試料抽出効率の違いがその遺伝子発現レベルの評価を低下させるので、例えば本発明の遺伝子の発現レベルは、この遺伝子のｍＲＮＡレベルとハウスキーピング遺伝子のｍＲＮＡレベルの相対比、またはこの遺伝子によってコードされるタンパク質のタンパク質レベルとハウスキーピング遺伝子のタンパク質レベルの相対比に基づいて正規化することができる。「ハウスキーピング遺伝子」は、その発現が試料を通じて、または組織を通じて実質的に同一の遺伝子、あるいは外部刺激に応じた変化に対して比較的反応しない遺伝子である。ハウスキーピング遺伝子は、試料のＲＮＡの正規化を可能にするはずの当該遺伝子によってコードされるもの以外の任意のＲＮＡ分子、または各反応に加えられた全ＲＮＡの量を正規化するために使用することができる任意の他のマーカーであることができる。例えばＧＡＰＤＨ遺伝子、Ｇ６ＰＤ遺伝子、ＡＣＴＩＮ遺伝子、リボソームＲＮＡ、３６Ｂ４  ＲＮＡ、ＰＧＫ１、ＲＰＬＰ０などをハウスキーピング遺伝子として使用することができる。
【００７２】
遺伝子の発現レベルの目盛を定めるための方法は当業界でよく知られている。例えば遺伝子の発現は、市販されている基準試料を用いて目盛を定めることができる。基準試料の例には、これらには限定されないが、Stratagene（登録商標）QPCR Human Reference Total RNA、Clontech(商標)Universal Reference Total RNA、およびXpressRef(商標)Universal Reference Total RNAが挙げられる。
【００７３】
さらに遺伝子発現の正規化および目盛定めは、競合的関係にある予測遺伝子対、すなわち予測遺伝子対における遺伝子２に対する遺伝子１の比率を使った予測モデルの直接的方法で行うこともでき、これは更なる基準遺伝子の必要性を回避する（実施例中のＰＩＡモデルに関する部分参照）。個々のハウスキーピング遺伝子および／または基準試料を基準にして予測遺伝子のレベルを記録する代わりの、予測遺伝子２を基準にした予測遺伝子１のレベルは、直接的に高い情報内容をもつ相対的発現測定値の比を与える。
【００７４】
核酸アレイは、本発明の遺伝子の発現を検出するのに特に有用である。遺伝子発現モニタリングにおける高密度アレイの作製および応用については以前に、例えば国際公開第９７／１０３６５号、国際公開第９２／１０５８８号、米国特許第６，０４０，１３８号、米国特許第５，４４５，９３４号、または国際公開第９５／３５５０５号中で開示されており、これらのすべては参照によりその全体が本明細書中に組み込まれる。また、アレイの例は、Hacia等の論文Nature Genetics 14:441、Lockhart等の論文Nat. Biotechnol. 14:1675~1680、およびDe Risi等の論文Nature Genetics 14:457を参照されたい。これらのそれぞれは参照によりその全体が本明細書中に組み込まれる。一般にアレイ中では既知遺伝子の一部であるオリゴヌクレオチド、ｃＤＮＡ、またはゲノムＤＮＡが基板上の既知の場所を占める。核酸の標的試料は、このようなオリゴヌクレオチドのアレイとハイブリッドを形成し、次いでそのアレイ中で各プローブとハイブリッドを形成した標的核酸の量が数量化される。一つの好ましい数量化の方法は、共焦顕微鏡と蛍光標識を使用することである。Affymetrix GeneChip(商標)Array system（Affymetrix、Santa Clara、CA）およびAtlas(商標)Human cDNA Expression Array systemは、ハイブリッド形成を数量化するのに特に適しているが、任意の同様のシステムまたは他の事実上同等の検出法もまた使用できることは当業者には明らかなはずである。特に好ましい実施形態では本明細書中で述べた遺伝子の知識を用いて、本明細書中で述べた方法を選別するためのポリヌクレオチド、ｃＤＮＡ、またはゲノムＤＮＡの新規なアレイを設計することができる。このような多数の新規なポリヌクレオチドは本発明の一部であると考えられ、下記に詳細に述べる。
【００７５】
アレイ上でのスクリーニング用の好適な核酸試料は、当該転写物または当該転写物から得られる核酸（すなわち、移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する低いリスクと関連のある遺伝子から得られる本発明の転写物）を含有する。本明細書中で用いられる転写物由来の核酸とは、結局のところこのｍＲＮＡ転写物またはそのサブ配列がその合成のための鋳型として働いた核酸を指す。したがって転写物から逆転写されたｃＤＮＡ、そのｃＤＮＡから転写されたＲＮＡ、ｃＤＮＡから増幅されたＤＮＡ、増幅ＤＮＡから転写されたＲＮＡなどはすべてこの転写物から得られ、このような得られた産物の検出は試料中の元の転写物の存在および／または発生量を示す。したがって好適な試料には、これらには限定されないが遺伝子または複数遺伝子の転写物、転写物から逆転写されたｃＤＮＡ、そのｃＤＮＡから転写されたＲＮＡ、それら遺伝子から増幅されたＤＮＡ、増幅ＤＮＡから転写されたＲＮＡなどが挙げられる。好ましくはこのような試料は、生体試料の全ＲＮＡ標本（例えば、末梢血単核細胞すなわちＰＢＭＣ、免疫細胞、免疫細胞分集団）である。より好ましくは、幾つかの実施形態ではこのような核酸試料は、そのような生体試料から単離された全ｍＲＮＡである。
【００７６】
全ｍＲＮＡを単離する方法は当業者によく知られている。一実施形態では全核酸は、例えば酸性グアニジウム−フェノール−クロロホルム（acid guanidinium-phenol-chloroform）抽出法およびポリＡを用いて所与の試料から単離され、またｍＲＮＡは、オリゴｄＴカラムクロマトグラフィーにより、または（ｄＴ）ｎ磁気ビーズを用いることにより単離される（例えば、Sambrook等著Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2nd ed.）Vol.1~3, Cold Spring Harbor Laboratory (1989)、またはCurrent Protocols in Molecular Biology, F. Ausubel等ad. Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York (1987)参照）。
【００７７】
ある実施形態では前述の基準遺伝子発現プロファイルはデータベース内に収められる。本明細書中で用いられる用語「データベース」または「遺伝子発現データベース」は、所与の試料型（または複数の試料型）についての発現プロファイルを指す。複数の遺伝子発現プロファイルを用いて遺伝子発現データベースを作成することができる。これら遺伝子発現プロファイルを統計的に解析して、特定の試料型（例えば、移植レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する「高いリスク」または「低いリスク」に関連のある試料）を特徴づける遺伝子発現レベルを識別する。
【００７８】
別の実施形態では前述の比較を、コンピュータ・アルゴリズムを用いて行う。よく知られたアルゴリズムの例には、線形または非線形回帰アルゴリズムや、線形または非線形分類アルゴリズムや、ＡＮＯＶＡや、ニューラルネットワークアルゴリズムや、遺伝的アルゴリズムや、サポートベクターマシンアルゴリズムや、クラス解析またはクラスター化アルゴリズムや、デシジョンツリーを用いたクラスアルゴリズムや、カーネル部分最小自乗アルゴリズム、カーネルマッチング追跡アルゴリズム、カーネルフィッシャー判別解析（kernel fisher discriminate analysis）アルゴリズム、またはカーネル主成分分析アルゴリズムなどのカーネル系マシンアルゴリズムや、ベイズ確率関数アルゴリズムや、マルコフブランケットアルゴリズムや、帰納的特徴解消（recursive feature elimination）またはエントロピーを用いた帰納的特徴解消アルゴリズムや、委員会ネットワーク中に配置された多数のアルゴリズムや、順方向フローティングサーチ（forward floating search）または逆方向フローティングサーチ（backward floating search）アルゴリズムが挙げられる。
【００７９】
本発明の方法に有用な遺伝子発現プロファイル（例えば基準発現プロファイル）は、コンピュータで読取り可能な媒体などの自動的に読み取ることができる電子媒体（磁気的、光学的など）上で示すことができる。この媒体は、そのような媒体中で遺伝子発現プロファイルを評価するための取扱説明書もまた含むことができるキットの一部であることができる。例えばキットは、上記遺伝子の組み合せの遺伝子発現プロファイルを比較するためのコンピュータ取扱説明書を有するＣＤ−ＲＯＭを含むことができる。キットはまた、被験試料（例えば候補移植ドナー）由来の遺伝子発現プロファイルと比較することができるようにキット中にディジタル方式で記録された遺伝子発現プロファイルを有することもできる。キットはまた、複数の遺伝子発現プロファイルの比較を可能にするデータ解析ツール（例えばコンピュータプログラム）を含むこともできる。
【００８０】
別の態様において本発明は、ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＨＤＡＣ２、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、ＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８ＩＰ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＮＦＡＴ５、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択される１または複数の遺伝子の遺伝子発現レベルの情報を含むＧＶＨＤリスク評価用の発現プロファイルマップを提供する。
【００８１】
ある実施形態では前述の発現プロファイルマップは、コンピュータで読取り可能な媒体中に格納されたディジタル情報である。用語「コンピュータで読取り可能な媒体」とは、コンピュータ・プロセッサに情報（例えばデータおよび取扱説明書）を格納または与えるための任意の素子またはシステムを指す。コンピュータで読取り可能な媒体の例には、これらには限定されないが、ＤＶＤ、ＣＤ、ハードディスクドライブ、磁気テープ、およびネットワークを通じて媒体を流すためのサーバーが挙げられる。
【００８２】
用語「ＧＶＨＤリスク評価用発現プロファイルマップ」とは、特定の型の移植ドナー（例えば、レシピエント中でＧＶＨＤを誘発したことが分っている移植ドナー、またはレシピエント中でＧＶＨＤを誘発しなかったことが分っている移植ドナー）由来の生体試料中の一組の遺伝子の発現レベルを提示したものを指す。このマップは、グラフによる表示（例えば紙またはコンピュータ画面上）、物理学的表示（例えば、ゲルまたはアレイ）、あるいはコンピュータで読取り可能な媒体中に格納されたディジタル方式の表示として提示することができる。各マップは、ある特定の型の移植ドナーに対応することができ、こうして候補移植ドナー試料と比較するための鋳型を提供する。実施形態ではマップは、同じ型の複数の移植ドナー由来の生体試料を含むプールされた試料から作成される。
【００８３】
発現プロファイルのデータベースに既知の予知内容（例えば、移植レシピエント中でＧＶＨＤを発現するリスクが高いまたは低い）を尋ねることは、直接的または間接的な方法で行うことができる。「直接的」方法は、被験物（例えば、候補移植ドナー）の発現プロファイルをデータベース中の他の個々の遺伝子発現プロファイルと直接比較して、どのプロファイル（それ故どの予知内容）が最善の合致を実現させるかを決める場合である。別法では質問はより「間接的」に行うことができ、例えば被験物の発現プロファイルをある特定の予知課題（例えば「悪い」、あるいは予想値または値の範囲）について単純にデータベース中の「標準」プロファイルと比較することができる。「標準」プロファイルを比較的安価なデータ記憶媒体または他のメモリ素子（例えばコンピュータシステム）上に格納することができ、次いで本発明に従ってキットの一部を形成することができる。被験物の発現プロファイルを標準プロファイルおよび予め決められた母集団の統計的変動と比較することによってその被験物の発現プロファイルが、どの程度「標準」プロファイルとぴったり合致しているかに関して「信頼値」を与えることもまた可能である。
【００８４】
ある実施形態では前述の１または複数の遺伝子は、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８ＩＰ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＮＦＡＴ５、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択され、上記１または複数の遺伝子は、（ａ）レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する低い／より少ないリスクを有する移植ドナー由来の生体試料中でのより高い発現、および／または（ｂ）レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する高い／より多いリスクを有する移植ドナー由来の生体試料中でのより低い発現を示す。
【００８５】
別の実施形態では前述の１または複数の遺伝子は、ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＨＤＡＣ２、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、およびＰＰＩＥ、からなる群から選択され、上記１または複数の遺伝子は、レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する高い／より多いリスクを有する移植ドナー由来の生体試料中でのより高い発現、および／またはレシピエント中でＧＶＨＤを誘発する低い／より少ないリスクを有する移植ドナー由来の生体試料中でのより低い発現を示す。
【００８６】
ある実施形態では前述の生体試料はＣＤ４+Ｔ細胞を含み、かつ前述の１または複数の遺伝子が、ＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８ＩＰ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＶＩＭ、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩから選択される。さらなる実施形態では前述の１または複数の遺伝子は、ＴＣＩＲＧ１、ＳＭＡＤ３、ＡＴＢＦ１、ＡＫＴ２、ＣＤ１５１、ＳＩＬ、ＦＮＢＰ３、ＥＰ３００、ＮＭＩ、ＦＵＲＩＮ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩから選択される。
【００８７】
別の実施形態では前述の生体試料がＣＤ８+Ｔ細胞を含み、かつ前述の１または複数の遺伝子が、ＣＤ３Ｄ、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＴＣＩＲＧ１、ＰＩＡＳ４、ＮＦＡＴ５、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＦＵＲＩＮ、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、およびＣＤＣ２５Ｂから選択される。さらなる実施形態では前述の１または複数の遺伝子は、ＣＤ２４、ＮＦＡＴ５、およびＴＣＩＲＧ１から選択される。
【００８８】
別の実施形態では前述の生体試料はＣＤ４+Ｔ細胞を含み、かつ前述の１または複数の遺伝子は、ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、およびＹＷＨＡＱから選択される。
【００８９】
別の実施形態では前述の生体試料がＣＤ８+Ｔ細胞を含み、かつ前述の１または複数の遺伝子が、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＭＹＣＬ１、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、およびＲＡＮから選択される。さらなる実施形態では前述の１または複数の遺伝子は、ＰＲＦ１および／またはＳＨ３ＫＢＰ１である。
【００９０】
別の実施形態では前述の１または複数の遺伝子は、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦ−β）またはＴＧＦ−βシグナル伝達／経路と関連している。さらなる実施形態では前述の１または複数の遺伝子は、ＳＭＡＤ１、ＴＧＩＦ、ＰＲＦ１、ＦＮＢＰ３、ＴＧＦＢＩ、ＥＰ３００、およびＦＵＲＩＮから選択される。
【００９１】
一般に典型的な生体試料には、これらに限定されないが唾液、血清、リンパ液、血液、血球（例えば、末梢血単核細胞）、組織または細径針生検試料、尿、腹水、初乳、母乳、胎児液、涙、および胸膜液、あるいはこれら由来の細胞が挙げられる。実施形態では発現レベルの決定は、ＣＤ４+およびＣＤ８+などのＴ細胞のような免疫細胞などの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を用いて行う。
【００９２】
ある実施形態では前述のＧＶＨＤは急性ＧＶＨＤ（ａＧＶＨＤ）である。別の実施形態では前述のＧＶＨＤは慢性ＧＶＨＤ（ｃＧＶＨＤ）である。
【００９３】
さらなる実施形態では本発明は、配列番号１〜２０６（奇数は核酸配列を表す）のうちの核酸配列からなる群から選択される核酸配列、その補体、またはその部分と実質的に同一または実質的に相補的な核酸（例えばプローブ）の使用法（例えば、適切な条件下でのハイブリッド形成のための）に関する。
【００９４】
「相同」および「相同な」とは、２つのペプチドまたは２つの核酸分子間の配列類似性を指す。相同性は、位置合わせした配列中の各位置を比較することによって求めることができる。核酸配列間またはアミノ酸配列間の相同の度合いは、それら配列により共有される位置における同一または合致するヌクレオチドまたはアミノ酸の数の関数である。この用語が本明細書中で使用されるとき、その２つの配列が実質上同一であり、かつそれら配列の機能活性が保存されるならば、核酸またはポリペプチド配列は別の配列と「相同」である（本明細書中で用いる用語「相同な」は進化的同系性を意味しない）。２つの核酸またはポリペプチド配列は、最適に位置合わせ（間隙が容認された状態で）したときにそれらが少なくとも約５０％の配列類似性または同一性を共有するならば、かつ／またそれら配列が定義された機能的モチーフを共有するならば、「実質的に同一」であるとみなされる。代替の実施形態では、最適に位置合わせされた実質上同一の配列における配列類似性は、少なくとも６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％であることができる。本明細書中で用いられる配列間の相同の所与の割合は、最適に位置合わせされた配列における配列同一性の度合いを意味する。「無関係」または「非相同」な配列は、配列番号１〜２０６のいずれかと４０％未満の同一性を共有するが、好ましくは約２５％未満の同一性を共有する。「実質上相補的な」核酸は、一方の分子の補体が他方の分子と実質上同一の核酸である。
【００９５】
同一性の比較のための配列の最適な位置合わせは、SmithおよびWaterman（1981, Adv. Appl. Math 2: 482）の局所的相同アルゴリズム、NeedlemanおよびWunsch（1970, J. Mol. Biol. 48: 443）の相同位置合わせアルゴリズム、PearsonおよびLipman（1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444）の類似性検索法、およびこれらアルゴリズムのコンピュータ化インプリメンテーション（Wisconsin Genetics Software Package（Genetics Computer Group, Madison, WI, U.S.A.）中のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ等）などの様々なアルゴリズムを用いて行うことができる。配列同一性はまた、Altschul等の論文1990, J. Mol. Biol. 215: 403~10に記載のＢＬＡＳＴアルゴリズムを用いて（公開されているデフォルト設定を用いて）求めることができる。ＢＬＡＳＴ解析を行うためのソフトウェアは、National Center for Biotechnology Informationを通じて（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/でインターネットを通じて）入手することができる。ＢＬＡＳＴアルゴリズムはまず、データベースの配列中の同じ長さのワードと位置合わせした場合、幾つかの正の値の閾値スコアＴと合致またはこれを満たす質問配列中の長さＷの短いワードを識別することによって高スコア配列の対（ＨＳＰ）を識別するステップを伴う。Ｔは、近隣ワードのスコア閾値と呼ばれる。最初の近隣ワードヒットは、より長いＨＳＰを見出すために検索を開始するための種子として働く。このワードヒットは、累積アラインメントのスコアを増すことができる限り各配列に沿って両方向に伸展する。各方向のワードヒットの伸展は、下記パラメータ、すなわち累積アラインメントのスコアがその最大獲得値からＸ量だけ落ち込むか、１または複数の負のスコアリング残余アラインメントの累積のせいで累積スコアがゼロ以下になるか、あるいはどちらかの配列の端に達するかのいずれかを満たすと停止する。ＢＬＡＳＴアルゴリズムのパラメータＷ、Ｔ、およびＸは、アラインメントの敏感度および速度を決める。ＢＬＡＳＴプログラムは、デフォルトとして、１１のワード長さ（Ｗ）、５０のＢＬＯＳＵＭ６２スコアリング・マトリックス（HenikoffおよびHenikoff, 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915~10919）のアラインメント（Ｂ）、１０（または１または０．１または０．０１または０．００１または０．０００１）の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝４、および両鎖の比較を用いることができる。ＢＬＡＳＴアルゴリズムを用いた２つの配列間の統計的類似性の一つの尺度は、最小和確率（smallest sum probability）（Ｐ（Ｎ））であり、これはそれによって２つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列間の一致が偶然起こる確率の指標を与える。本発明の代替の実施形態では、これらヌクレオチドまたはアミノ酸配列は、複数の試験配列の比較において最小和確率が約１未満、好ましくは約０．１未満、より好ましくは約０．０１未満、最も好ましくは約０．００１未満であるならば実質上同一とみなす。
【００９６】
２つの核酸配列が実質上相補的であるという代りの目安は、それら２つの核酸配列が中等度の緊縮条件または好ましくは緊縮条件下で互いにハイブリッドを形成することである。中等度の緊縮条件下でのフィルター結合配列とのハイブリッド形成は、例えば０．５Ｍ  ＮａＨＰＯ4、７％ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ中で６５℃で行い、０．２×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ中で４２℃で洗浄することができる（Ausubel等編（1989）、Current Protocols in Molecular Biology, Vol.1, Green Publishing Associates, Inc., and John Wiley & Sons, Inc., New York、p.2.10.3参照）。別法では緊縮条件下でのフィルター結合配列とのハイブリッド形成は、例えば０．５Ｍ  ＮａＨＰＯ4、７％ＳＤＳ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ中で６５℃で行い、０．１×ＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ中で６８℃で洗浄することができる（Ausubel等編（1989）の上記参照）。ハイブリッド形成条件は、その検討対象の配列に応じて既知の方法に従って修正することができる（Tijssen著（1993）、Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology--Hybridization and Nucleic Acid Probes, Part １, Chapter ２「Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid probe assays」Elsevier, New York参照）。一般に緊縮条件は、規定のイオン強度およびｐＨにおいてその特定の配列の熱融点よりも約５℃低いように選択される。
【００９７】
ある実施形態ではハイブリッド形成に先立ってその核酸試料を増幅することが望ましい。当業者は、どの増幅方法を用いるにせよ定量的結果が所望の場合は、定量増幅を達成するようにその増幅された核酸の相対頻度を維持または制御する方法が使用されることを理解するはずである。「定量」増幅の方法は、当業者にはよく知られている。例えば定量ＰＣＲは、同じプライマーを用いて既知量の制御配列を同時に共増幅することを伴う。これは、ＰＣＲ反応の検量に使用することができる内部標準を与える。例えば高密度アレイは、次にその増幅された核酸の定量化用の内部標準に特異的なプローブを含むことができる。他の好適な増幅方法には、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）(Innis等著PCR Protocols. A guide to Methods and Application. Academic Press, Inc. San Diego (1990)）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（WuおよびWallaceの論文Genomics, 4:560、Landegren等の論文Science, 241:1077、およびBarringer等の論文Gene, 89: 117参照）、転写増幅（Kwoh等の論文Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86: 1173）、および自己持続配列複製（self-sustained sequence replication）（Guatelli等の論文Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87: 1874）があるがこれらには限定されない。
【００９８】
本発明の別の態様は、レシピエント中でＧＶＨＤを誘発する高いまたは低いリスクを有する移植ドナー由来の生体試料中の選択的に調節された遺伝子の発現を検出して遺伝子発現プロファイルを決定するための１または複数のポリヌクレオチドオリゴヌクレオチド（プローブおよび／またはプライマー）に関する。
【００９９】
別の態様において本発明は、ＣＸＣＲ６、ＳＭＡＤ１、ＦＡＦ１、ＳＨ３ＫＢＰ１、ＨＤＡＣ２、ＩＬ１Ｒ１、ＣＤＣ４２、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＦＲＤ１、ＩＧＦＢＰ２、ＩＲＦ３、ＬＩＧ４、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＥ、ＲＡＳＧＲＰ１、ＳＴＡＴ１、ＴＦＲＣ、ＴＲＩＭ２２、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＣＤＣ２５Ａ、ＧＳＲ、ＰＲＦ１、ＢＣＡＰ３１、ＲＡＮＢＰ２、ＳＮＲＰＮ、ＳＯＣＳ５、ＡＮＸＡ５、ＣＤ６３、ＣＤ８１、ＣＫＳ２、ＣＰＥ、ＭＡＤ、ＭＹＣＬ１、ＰＤＣＤ８、ＲＨＯＡ、ＳＫＰ２、ＹＷＨＡＱ、ＧＡＰＤ、ＰＰＩＥ、ＲＡＮ、ＦＯＳＢ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＴＬＲ４、ＣＤ３Ｄ、ＧＡＢ２、ＭＡＰＫ８ＩＰ１、ＳＭＯ、ＣＤ１５１、ＥＰ３００、ＦＮＢＰ３、ＩＬ６Ｒ、ＮＭＩ、ＰＤＫ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ｂ、ＳＩＬ、ＳＮＲＰ７０、ＳＴＫ３８、ＴＣＩＲＧ１、ＣＤ１Ａ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＧ、ＩＬＦ１、ＬＡＴ、ＭＧＭＴ、ＴＬＲ１、ＲＧＳ１３、ＴＨＢＳ１、ＮＦＡＴ５、ＰＩＡＳ４、ＡＤＤ１、ＢＡＧ３、ＶＥＧＦ、ＹＹ１、ＡＫＴ２、ＦＵＲＩＮ、ＡＴＢＦ１、ＣＣＮＤ１、ＣＨＥＲＰ、ＣＳＤＡ、ＤＯＫ２、ＦＯＸＪ１、ＨＥＸＡ、ＬＡＭＰ２、ＭＣＡＭ、ＮＦＫＢ２、ＰＴＧＥＲ４、ＤＡＤ１、ＩＬＦ３、ＲＦＸＡＮＫ、ＳＭＡＤ３、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＶＩＭ、ＣＤ２４、ＤＡＰ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＳＰＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＨＤＡＣ５、ＣＤＣ２５Ｂ、ＴＧＩＦ、およびＴＧＦＢＩからなる群から選択される１または複数の遺伝子をコードする２種類以上の単離された核酸、これらの補体、あるいはこれらの部分またはフラグメントのコレクションを提供する。
【０１００】
ある実施形態では前述の核酸は、配列番号１〜２０６（奇数が核酸配列を表す）からなる群から選択される配列を含む。
【０１０１】
「オリゴヌクレオチド」とは、ハイブリッド形成を促進する条件下で核酸またはその補体中で標的配列と特異的にハイブリッドを形成し、それによって標的配列またはその増幅された核酸の検出を可能にする核酸オリゴマーを含むことを意味する。検出は、直接的（すなわち、標的または増幅配列と直接ハイブリッドを形成するプローブからもたらされる）または間接的（すなわち、プローブを標的または増幅配列に連結させる中間分子構造体とハイブリッドを形成するプローブからもたらされる）のどちらでもよい。一般にはプローブの「標的」とは、普通の水素結合または「塩基の対合」によってプローブ配列の少なくとも一部と特異的にハイブリッドを形成する増幅された核酸配列内の配列（すなわち、増幅配列のサブセット）を指す。「十分相補的な」配列は、たとえ標的配列とプローブ配列が完全には相補的でないとしても、それら２つの配列の安定なハイブリッド形成を可能にする。プローブは、標識されても標識されなくてもよい。
【０１０２】
本発明のポリヌクレオチドプローブは、本明細書中で同定された少なくとも１種類の核酸配列のＲＮＡ転写物またはそれから得られるヌクレオチドと相補的な１または複数のポリヌクレオチドプローブまたはその補体から成り立つか、あるいは基本的にそれらから成り立っている。上記制限内の複数のポリヌクレオチドは、本明細書中で述べた少なくとも１種類の遺伝子、好ましくは少なくとも２種類またはそれ以上の遺伝子のＲＮＡ転写物またはそれらから得られるヌクレオチドと相補的な少なくとも１個またはそれ以上のポリヌクレオチドプローブ（例えば、可能なプローブの最大数まで、全整数刻みで少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個など）を含む。このような遺伝子は、本明細書中で示す表中に列挙されている遺伝子のいずれかから選択され、全整数（例えば、１個、２個、３個、４個、‐‐‐）で任意の数の遺伝子を含むことができる。また複数種のプローブを使用して同一遺伝子を検出することも、また同一遺伝子の様々なスプライス変異型を検出することもできる。ある態様ではポリヌクレオチドのそれぞれは、長さが少なくともヌクレオチド５個である。ある態様ではヌクレオチドプローブは少なくとも１つのポリヌクレオチドプローブからなり、各ポリヌクレオチドプローブは長さが少なくともヌクレオチド５個であり、かつ各ポリヌクレオチドプローブは、配列番号１〜２０６（奇数が核酸配列を表す）からなる群から選択される核酸配列を含むか、またはそれを含む転写物を発現させる遺伝子のＲＮＡ転写物またはそれから得られるヌクレオチドと相補的である。別の態様ではポリヌクレオチドプローブは、配列番号１〜２０６（奇数が核酸配列を表す）のなかの核酸配列からなる群から選択される核酸配列を含むか、またはそれを含む転写物を発現させる少なくとも２種類の遺伝子のＲＮＡ転写物またはそれから得られるヌクレオチドと相補的なポリヌクレオチドを含む。別の態様ではポリヌクレオチドプローブは、配列番号１〜２０６（奇数が核酸配列を表す）からなる群から選択される核酸配列を含むか、またはそれを含む転写物を発現させる少なくとも５種類の遺伝子、少なくとも１０種類の遺伝子、少なくとも２５種類の遺伝子、少なくとも５０種類の遺伝子、またはこれら遺伝子の全部までのＲＮＡ転写物またはそれから得られるヌクレオチドと相補的なポリヌクレオチドプローブを含む。
【０１０３】
本発明によれば単離されたポリヌクレオチドまたは単離された核酸分子は、その自然環境から取り出された（すなわちヒトの操作を施された）核酸分子であり、その核酸分子が自然界で見出されるその自然環境はゲノムまたは染色体である。したがって「単離」とは、その核酸分子が精製された度合いを必ずしも反映しないが、その分子はその核酸分子が自然界で見出されるゲノム全体または染色体全体を含んではいないことを指す。本発明のポリヌクレオチドプローブに有用なポリヌクレオチドは、一般には所与の試料（例えば末梢血液細胞）中の完全長の遺伝子（またはその部分／フラグメント）同定用のハイブリッド形成プローブまたはＰＣＲプライマーとして使用するのに適した本発明の遺伝子の部分／フラグメント（センスまたはナンセンス鎖）である。単離された核酸分子は、例えば本発明によるリポーター構築物を産生するように遺伝子または遺伝子の一部（例えば、調節領域またはプロモーター）を含むことができる。単離された核酸分子はまた、自然界では普通はその指定の核酸配列に隣接しない追加の核酸（すなわち非相同配列）によって隣接（すなわち、その配列の５′および／または３′末端に）された或る指定の核酸配列を含むこともできる。単離された核酸分子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）、あるいはＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかの誘導体（例えばｃＤＮＡ）を含むことができる。語句「核酸分子」は本来は物質的な核酸分子を指し、また語句「核酸配列」は本来はその核酸分子上のヌクレオチドの配列を指すが、これら２つの語句は、特にタンパク質をコードすることができる核酸分子または核酸配列に関しては区別なく使用することができる。好ましくは本発明の単離された核酸分子は、組換えＤＮＡ技術（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅、クローニング）または化学合成を用いて生成される。
【０１０４】
本発明の核酸分子またはポリヌクレオチドの最小サイズは、天然のタンパク質をコードする核酸分子の相補配列と安定なハイブリッドを形成する（例えば、中等度、高度、または非常に高度の緊縮条件下で）ことができるプローブまたはオリゴヌクレオチドプライマーを形成するのに十分な、あるいは本明細書中で考察したアッセイでまたは任意の治療法において標的として使用するのに十分なサイズである。ポリヌクレオチドがオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーの場合、そのポリヌクレオチドのサイズは、ハイブリッド形成条件自体（例えば、温度、塩濃度、およびホルムアミド濃度）だけでなく、核酸の組成およびその核酸分子と或る相補配列の間の相同性または同一性のパーセントによって決まることがある。オリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーとして使用されるポリヌクレオチドの最小サイズは、長さが少なくともヌクレオチド約５個、好ましくは約５個から約５０個の範囲、または整数刻みで中間の任意の長さを含むヌクレオチド約５００個以上（１０００個、２０００個など）（すなわち、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、‐‐‐３３個、３４個、‐‐‐２５６個、２５７個、‐‐‐５００個、‐‐‐１０００個、‐‐‐）、より好ましくは長さがヌクレオチド約１０個から約４０個、最も好ましくはヌクレオチド約１５個から約４０個である。本発明の核酸分子の最大サイズに関しては、その核酸分子はタンパク質をコードする配列または完全長のタンパク質をコードする核酸配列のタンパク質の一部を含むことができるから実際的な制限以外は何の制限もない。
【０１０５】
ある実施形態ではポリヌクレオチドプローブを検出マーカーと複合させる。本発明で使用するのに適した検出可能な標識には、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電気的、光学的、または化学的手段によって検出可能な任意の組成物が含まれる。本発明において有用な標識には、標識したストレプトアビジンまたはアビジン複合体で染色するためのビオチン、磁気ビーズ（例えばCynabeads（商標））、蛍光染料（例えばフルオレセイン、テキサスレッド、ローダミン、グリーン蛍光タンパク質など）、放射能標識（例えば、3Ｈ、125Ｉ、35Ｓ、14Ｃ、または32Ｐ）、酵素（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼ、およびＥＬＩＳＡにおいて普通に用いられる他の酵素）、および金コロイドあるいは着色ガラスまたはプラスチック（例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックスなど）のビーズなどの比色標識が挙げられる。好ましくはポリヌクレオチドプローブは基板上に固定化される。
【０１０６】
一実施形態ではポリヌクレオチドプローブは、マイクロアレイまたは高密度アレイ中のハイブリッド形成可能な要素である。用語「マイクロアレイ」は、基板上のハイブリッド形成可能なアレイ要素の、好ましくはポリヌクレオチド／核酸プローブの定序配列を指す。核酸アレイは当業界でよく知られており、例えば米国特許第６，１７７，２４８号には当該特定の遺伝子の発現レベルの比較に用いることが記載され、この特許はその全体が参照により本明細書に援用される。核酸アレイは、異種核酸の大きな集団の存在下での遺伝子の発現レベルの小さな変動を数量化するのに適している。本発明により示された遺伝子のアイデンティティを知れば、基板上での新たな合成によって、または基板の特定の場所へ核酸配列を点在させるかまたは移動させることによって核酸アレイを作り出すことができる。これら核酸は、当該配列のクローンセグメントを含有する細菌プラスミドなどの生物材料から精製かつ／または単離される。本明細書中で述べたすべての遺伝子は、このような核酸の同定に適したオリゴヌクレオチドを産生することができるように少なくとも部分的には以前に配列決定されていることに気付く。本明細書中で述べた遺伝子のそれぞれについてのデータベース受託番号は、本明細書中の表の中で示される。好適な核酸はまた、ポリメラーゼ連鎖反応またはｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写によるなど、鋳型の増幅によっても生成される。
【０１０７】
当業者は、莫大な数のアレイ設計物が本発明の実施に適していることを理解するはずである。一般にアレイは、当該配列と特異的にハイブリッドを形成する複数のプローブを含むはずである。さらにアレイはまた、１または複数の制御プローブおよび／または「試験プローブ」を含むこともできる。試験プローブは、例えば、他のオリゴヌクレオチドについてさきに述べたような最小または最大長さを有するオリゴヌクレオチドであることができる。試験プローブは、二本鎖または一本鎖ＤＮＡ配列であることができる。ＤＮＡ配列は、天然源から単離またはクローン化するか、あるいは鋳型として天然の核酸を用いて天然源から増幅するか、あるいは合成的に生成する。これらのプローブは、その発現を検出するように設計されている遺伝子の特定のサブ配列と相補的な配列を有する。したがって試験プローブは、検出すべき標的核酸と特異的にハイブリッドを形成することができる。
【０１０８】
マイクロアレイ手法の例においてはｃＤＮＡクローンのＰＣＲ増幅された挿入断片を稠密なアレイの状態に基板に塗布する。マイクロチップ上に固定化されたマイクロアレイ遺伝子は、緊縮条件下でのハイブリッド形成に適している。蛍光標識ｃＤＮＡプローブは、考察の対象の組織から抽出したＲＮＡの逆転写による蛍光ヌクレオチドの取込みにより作製することができる。チップに塗布された標識ｃＤＮＡプローブは、そのアレイ上のＤＮＡのそれぞれの箇所と特異的にハイブリッドを形成する。非特異的に結合したプローブを除去するために緊縮洗浄した後、チップを共焦レーザー顕微鏡法か、またはＣＣＤカメラなどの別の検出法によって走査する。それぞれのアレイ要素のハイブリッド形成の定量化により対応するｍＲＮＡの存在量の評価が可能になる。二色蛍光の場合、ＲＮＡの２つの供給源から作製された別々に標識したｃＤＮＡプローブを、二つ一組でアレイとハイブリッド形成させる。したがって、各指定遺伝子に対応するそれら二つの供給源からの転写物の相対的存在量が同時に求められる。この小型化した規模のハイブリッド形成は、大量の遺伝子の発現パターンの便利かつ迅速な評価を可能にする。このような方法は、細胞当たりわずかなコピーの状態で発現する希少転写物を検出するために必要な敏感度を有し、かつ発現レベルの少なくとも約２倍の差を再現可能に検出することが示されている（Schena等の論文Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(2): 106~149 (1996)）。マイクロアレイ分析は、Affymetrix GenChipの技術またはIncyteのマイクロアレイ技術を用いるなど、製造業者のプロトコルに従って市販の設備により行うことができる。
【０１０９】
本発明の別の実施形態は、例えばレシピエント中でＧＶＨＤを誘発する低いまたは高いリスクを有する移植ドナー由来の生体試料中の調節された遺伝子の発現を検出するための、ポリペプチドと特異的に結合する化学試薬などの試薬、または天然の産物、または抗体、またはその抗原結合フラグメントに関する。実施形態において試薬は、移植ドナー由来の生体試料中で調節された遺伝子によってコードされるタンパク質と選択的に結合し、かつ抗体を用いてタンパク質産物として検出することができる化学試薬、または天然の産物、または抗体、またはその抗原結合フラグメントを含む。さらに試薬は、配列番号１〜２０６（偶数がポリペプチド配列を表す）から選択される１または複数の遺伝子によってコードされるタンパク質またはその部分（ペプチド）と選択的に結合する化学試薬、または天然の産物、または抗体、またはその抗原結合フラグメントを含む。ある態様において試薬は、そのそれぞれが、配列番号１〜２０６からなる群から選択される核酸配列を含む遺伝子、またはその核酸配列を含む転写物を発現させる遺伝子によってコードされるタンパク質と選択的に結合する１または複数の抗体、その抗原結合フラグメント、または抗原結合ペプチドからなる。
【０１１０】
本発明によれば語句「選択的に結合する」とは、指定されたタンパク質と優先的に結合する化学試薬、天然の産物、抗体、抗原結合フラグメント、または結合相手（抗原結合ペプチド）の能力を指す。より具体的には語句「選択的に結合する」とは、或るタンパク質の別の分子（例えば、化学試薬、天然の産物、抗体、そのフラグメント、または抗原と結合する相手）との特異的結合において、任意の標準的アッセイ（例えば、イムノアッセイ、蛍光）により測定されるその結合のレベルがそのアッセイのための背景対照よりも統計的に有意に高い結合を指す。例えば、イムノアッセイを行う場合、それら対照は一般に化学試薬、天然の産物、抗体、または抗原結合フラグメントのみを含有する（すなわち抗原が存在しない）反応ウェル／管を含み、抗原不在下でのその化学試薬、天然の産物、抗体、またはその抗原結合フラグメントによる反応性（例えば、そのウェルとの非特異的結合）の量は背景とみなされる。結合は、酵素イムノアッセイ（例えば、蛍光、ＥＬＩＳＡ、イムノブロット法など）を含めた当業界において標準的な様々な方法を用いて測定することができる。
【０１１１】
本発明の単離抗体には、このような抗体または様々な度合いに精製した抗体を含有する血清を挙げることができる。本発明の全抗体は、ポリクローナルまたはモノクローナルであることができる。別法では１または複数の抗体ドメインが端を切り取られるか、または不在の抗原結合フラグメント（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ′、またはＦ（ａｂ）2フラグメント）などの全抗体の機能的等価物、ならびに一本鎖抗体または２種類以上のエピトープと結合することができる抗体（例えば、二重特異性抗体）あるいは１または複数の異なる抗原と結合することができる抗体（例えば、二重または多重特異性抗体）を含めた遺伝子工学により生成された抗体またはその抗原結合フラグメントもまた、本発明において利用することができる。
【０１１２】
一般に抗体の生成においては、適切な実験動物、例えばこれらには限定されないがウサギ、ヒツジ、ハムスター、テンジクネズミ、マウス、ラット、またはニワトリを含めた動物を、それに対する抗体が望まれる抗原と触れさせる。一般には動物は、その動物に注入される有効量の抗原で免疫にされる。有効量の抗原とは、その動物による抗体の産生を引き起こすのに必要な量を指す。次いで所定の期間にわたってその動物の免疫系が反応するに任せる。この免疫化過程は、免疫系が抗原に対する抗体を生みだすことが分かるまで繰り返すことができる。その抗原に対して特異的なポリクローナル抗体を得るには血清をその所望の抗体を含有する動物から回収する（または、ニワトリの場合は抗体を卵から回収することができる）。このような血清は試薬として有用である。ポリクローナル抗体は、血清（または卵）から、例えばその血清を硫酸アンモニウムで処理することによってさらに精製することができる。
【０１１３】
診断またはリスク評価の用途の場合、試薬（すなわち、抗体またはその抗原結合フラグメント）は、そのままの状態であるか、あるいは管、ビーズ、マイクロアレイ、またはこの分野で使用される任意の他の都合のよい支持体などの固体支持体上に固定化される。固定化は、直接的または間接的手段を用いて達成される。直接的手段には、受動的吸着（非共有結合）、または支持体と試薬の間の共有結合が挙げられる。「間接的手段」とは、試薬と相互作用する抗試薬化合物を最初に固体支持体に付着させることを意味する。間接的手段はまた、例えばビタミンなどの分子を試薬上にグラフトし、その対応する受容体を固相上に固定化する配位子−受容体系を使用することもできる。これはビオチン−スプレプトアビジン系によって例示される。別法ではペプチド尾部を化学的または遺伝子操作によって試薬に加え、そのグラフトまたは融合生成物をそのペプチド尾部の受動的吸着または共有結合によって固定化する。
【０１１４】
このような診断薬は、その取扱説明書もまた含むキット中に含めることができる。試薬は、それがその標的と結合したときに試薬の検出を可能にする検出手段により標識される。標識手段は、フルオレセインイソシアネートまたはフルオレセインイソチオシアネート、などの蛍光剤、あるいは西洋ワサビペルオキシダーゼまたはルシフェラーゼまたはアルカリ性ホスファターゼなどの酵素、あるいは125Ｉまたは51Ｃｒなどの放射性元素であることができる。
【０１１５】
本発明はまた、移植後の合併症についての（例えばＧＶＨＤの発現についての）患者のリスクを評価するためのキットを特徴とする。このキットは、成功裡に移植されるのを助けるまたは移植を阻む過程で役割を演じる遺伝子（核酸（例えばｍＲＮＡ）またはタンパク質）の発現または活性を評価するための試薬を含むことができる。これら核酸の発現を評価するためのキットは、例えば当該核酸（例えば、その発現が移植後の合併症の高いリスクと相関関係を示す核酸）と特異的に結合するプローブまたはプライマーを含むことができる。核酸の発現評価用のこのキットは、基準（例えば試験結果をそれと比較することができ、それにより酵素活性または結合条件の変動などの診断試験の読出しを変える可能性のある要因を評価することができる既知量の核酸を含有する試料）として有用な物質を提供することができる。核酸の発現を評価するためのキットは、核酸の発現レベルを評価する際に役立つ他の試薬（例えば、ＰＣＲ反応を行うための、または核酸とのプローブの結合を検出するための緩衝液および他の試薬）をさらに含むことができる。これに加えてまたはその代りとしてキットは、タンパク質（例えば抗体）を検出するための試薬を含むことができる。このキットは、遺伝子の発現を評価するために使用されるアッセイを実施するための取扱説明書およびそのアッセイの結果に基づいてリスクを決定するための取扱説明書を提供することができる。例えばこれら取扱説明書は、当該遺伝子の発現レベル（例えば基準または対照と比較した）が、移植による不都合な結末の高いリスクと相関関係があることを示すことができる。キットはまた、取扱説明書、容器、コンピュータで読取り可能な媒体（例えば、データ解析プログラム、基準遺伝子発現プロファイルなどを含む）、対照試料、および分析用の試料を入手し処理するための他の試薬を提供することもできる。
【０１１６】
本発明はさらに、個別の治療計画の作成方法を提供する。上記方法を通じて得られる情報を用いて移植レシピエント用の個別の治療計画を作成することができる。したがって本発明はさらに、移植レシピエント用の個別の治療計画の作成方法を提供する。この方法は、例えば上記遺伝子分析方法のいずれかを使用し、得られた結果を考慮して移植レシピエント用の治療計画を立案することによって行うことができる。レシピエントが望ましくない臨床的結末（例えばＧＶＨＤの発現）のリスクがあることをそれら遺伝子発現のレベルが示す場合、そのレシピエントは有効量の拒絶反応抑制剤による治療の候補である。遺伝子発現レベルまたはその遺伝子発現プロファイルに応じて、そのレシピエントが程度の差はあれ標準的養生法よりも積極的な治療法を必要とすることもあり、またそのレシピエントが標準的養生法に最も合っていると決定することもある。このように治療した場合、ＧＶＨＤなどの移植に関連した合併症を治療または予防することができる。逆に、異なる結果（すなわち幾つかの遺伝子の異なるレベルの発現）は、その患者が望ましくない臨床的結末を多分経験しないことを示している可能性がある。その場合には患者は拒絶反応抑制剤を避け（またはより積極的でない養生法を必要とし）、かつそれらの関連する副作用を避けることができる。
【０１１７】
当を得ていると思われる場合、この拒絶反応抑制療法を現在使用されている治療薬のいずれかと併用して行うことができる。一般にこれらの薬剤は、担体／医薬品添加物（生理食塩水）中に懸濁され、経口的にあるいは吸入または静脈内注射により投与されるか、あるいは様々な方法で注入または移植される（筋外または筋内に）。標準用量は、遺伝子発現分析の結果に応じて増減することができる。例えば用量は、患者が通常服用するはずの用量の少なくとも２倍、３倍、４倍、６倍、８倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、または１５０倍程度であることができる。
【０１１８】
本発明の様々な実施形態を本明細書中で開示するが、多くの改変および修正を当業者の共通の一般知識に従って本発明の範囲内で行うことができる。このような修正には、実質的に同一の方法で同一の結果を達成するために本発明の任意の態様の代わりに既知の等価物を用いることが含まれる。数値の範囲には、その範囲を限定する数値が含まれる。特許請求の範囲において単語「含む（comprising）」は範囲を設定しない用語として用いられ、実質的には語句「含む（including）がこれらには限定されない」と同等である。下記の実施例は本発明の様々な態様を例示するものであり、本明細書中で開示される本発明の広い態様を限定するものではない。
【実施例】
【０１１９】
材料および方法：
（患者）
血液の悪性腫瘍をもつ患者と、それらの健康な、ＨＬＡ遺伝子型の一致する同胞ドナーのみがこの検討に関係した。このＡＨＣＴ骨髄機能廃絶療法は、シクロホスファミド（１２０ｍｇ／ｋｇ）と全身放射線照射（１２ＧＹ）か、またはブスルファン（１６ｍｇ／ｋｇ）とシクロホスファミド（２００ｍｇ／ｋｇ）から成り立つ。すべての患者が、操作されていない末梢血幹細胞移植片（Ｇ−ＣＳＦで動員した）を受け、またサイクロスポリンＡおよび短期間メトトレキセートからなるＧＶＨＤ予防薬を与えられた（von Bueltzingsloewen等の論文Blood 81: 849）。ドナー血液試料は、Ｇ−ＣＳＦによる末梢血前駆細胞の動員の１日前に得た。ａＧＶＨＤおよびｃＧＶＨＤの診断は、臨床的評価および以前に記録された判断基準による組織学的確認の後に行った（Vogelsang等の論文（2003）Annu. Rev. Med 54:29、Poulin等の論文（2003）Blood 102:4600、Przepiorka等の論文（1995）Bone Marrow Transplant. 15:825）。悪性度０および悪性度Ｉ−ＩＶのａＧＶＨＤの患者をそれぞれａＧＶＨＤ−およびａＧＶＨＤ＋とみなした（Przepiorka等、上記）。ｃＧＶＨＤのすべての被験者は臨床的に拡張性ＧＶＨＤを示した（Vogelsang等の論文、上記）。
【０１２０】
（ＲＮＡの単離、増幅、およびマイクロアレイハイブリッド形成）
ＲＮＡ抽出キット（Qiagen）を用いて試料ＲＮＡを抽出し、次いでMessageAmp(商標)ＲＮＡキット（Ambion）を用いて製造業者の取扱説明書に従って増幅した。ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ｈｕｍａｎ  ＲＮＡ（Stratagene）を同じ方法で調製した。試料プローブはａＲＮＡ  Ｃｙ−５（Ｒ値）蛍光染料３μｇによる直接標識によって調製し、一方、ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＲＮＡプローブはＣｙ−３（Ｇ値）によるｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ａＲＮＡの直接標識によって調製した。すべての患者の試料を、３７℃で１８時間マイクロアレイ上で増幅したｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ａＲＮＡとハイブリッドを形成させた。マイクロアレイ上の詳細な情報、ならびに標識およびハイブリッド形成の手順はhttp://www.microarrays.ca/で得ることができ、またJansova等の論文（2006）Clin. Genet. 69:218およびBosinger等の論文（2004）J Immunol. 173(11):6858に記載されている。
【０１２１】
（マイクロアレイデータの前処理）
マイクロアレイは、ScanArray Express Scanner(商標)（Packard Bioscience）を用いてｃｙ−５およびｃｙ−３についてそれぞれ波長６３５（Ｒ）および５３２（Ｇ）ｎｍで分解能１０μｍで１６ビットで走査して、Genepix Pro(商標)6.0画像解析ソフトウェア（Molecular Devices Corporation）を用いて数量化される画像（ｔｉｆｆ）ファイルを作成した。不良個所にそれらの形態に従って手で目印を付ける。結果をQuantarray(商標)ファイル（ＱＡＦ）として残す。その強度値は０〜２16−１（６５５３５）単位の範囲に及ぶ。ｔｉｆｆおよびＱＡＦファイルを永久保存および更なる解析のために圧縮し、アーカイブ保存する。次いでこれらマイクロアレイを、まず質の劣る個所の目印のあるアレイを目視検査によって、次に数量化された出力ファイルを走査し、各チャンネル上の全強度分布および目印を付けた箇所の数を測定する自動化スクリプトによって質をスクリーニングした。箱型図、ＭＡ図、および強度分布図を描き、調べた。数量化した各出力ファイルを、Ｒ言語および環境（http://www.r-project.org、Wit等著（2004）Statistics for Microarrays: Design, Analysis and Inference（John Wiley and Sons Ltd, England, p1~265）、Dalgaard著（2002）Introductory Statistics with R（Springer、p1~288）、Maindonald等著（2003）Data Analysis and Graphics Using R（Cambridge University Press, Cambridge p1~362）、Everitt等著（2006）A Handbook of Statistical Analysis using R（Chapman & Hall / CRC, Boca Raton, FL. p1~304））、およびLimmaパッケージ（Smyth（2005）Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor, 397~420）を下記の前処理のステップを通過させた。最低強度フィルタリングについてはＲおよびＧ値を、閾値以下の値を予測するための代用置換手段で処理した。アレイ内の正規化については未処理の併合ＲおよびＧチャンネルをｌｏｗｅｓｓで正規化（ｐｒｉｎｔ−ｔｉｐによるグループ化）してｌｏｇ２比に変換した（Smyth（上記）、およびFukunaga著Introduction to Statistical Pattern Recognition (2nd edition), Academic Press, New York, 1990, p1~592）。次いでアレイのプールのアレイ間の平均輝度の通約性をｌｏｇ分布正規化のゼロセンタリングを用いて保証した。クローン（遺伝子）の複製箇所の両方が品質管理に合格した場合、それら複製クローンの平均プロファイルを計算し、そのクローンを代表するプロファイルとして使用した。クローンの複製箇所の一方のみが品質管理に合格した場合、そのプロファイルのみを川下の解析において使用した。次いですべてのデータを更なる解析用にｌｏｇ１０（Ｒｅｄ／Ｇｒｅｅｎ）発現比として表わした。
【０１２２】
（ｑＲＴ−ＰＣＲ）
全ＲＮＡは、High Capacity cDNA Archive Kit(商標)をその製造業者により記載されているランダムプライマーと共に使用（Applied Biosystems）して逆転写し、最終体積５０μｌにした。逆転写試料を分光光度計の測定値を用いて数量化し、濃度５ｎｇ／μｌに希釈し、−２０℃で保管した。基準ＲＮＡ（Human reference total RNA, Stratagene, Ca）もまたｃＤＮＡに転写し、標準物質として使用した。遺伝子発現レベルは、Applied Biosystems（ABI Assays on Demand(商標)、http://www.appliedbiosystems.com/）から得られる市販の下記のプライマーとプローブのセット、すなわちＡＫＴ２（Ｈｓ００６０９８４６ ｍ１）、ＡＴＢＦ１（Ｈｓ００１９９３４４ ｍ１）、ＣＤ１５１（Ｈｓ００１７０４０７ ｍ１）、ＥＰ３００（Ｈｓ００２３０９３８ ｍ１）、ＦＡＦ１（Ｈｓ００１６９５４４ ｍ１）、ＦＵＲＩＮ（Ｈｓ００１５９８２９ ｍ１）、ＩＬ１Ｒ１（Ｈｓ００９９１００１ ｍ１）、ＩＬ６Ｒ（Ｈｓ００７９４１２１ ｍ１）、ＭＹＣＬ１（Ｈｓ００６０７１３６ ｇ１）、ＮＭＩ（Ｈｓ００１９０７６８ ｍ１）、ＰＤＣＤ８（Ｈｓ００３７７５８５ ｍ１）、ＲＡＮ（Ｈｓ００７４１０９９ ｇ１）、ＳＨ３ＫＢＰ１（Ｈｓ００２３０４１４ ｍ１）、ＳＩＬ（Ｈｓ００１６１７００ ｍ１）、ＳＭＡＤ３（Ｈｓ００７０６２９９ ｓ１）、ＳＫＴ３８（Ｈｓ００１７９３６７ ｍ１）、ＴＣＩＲＧ１（Ｈｓ００２４６０３９ ｍ１）、ＴＧＦＢＩ（Ｈｓ００１６５９０８ ｍ１）、ＴＧＩＦ（Ｈｓ００８２０１４８ ｇ１）、ＦＮＢＰ３（Ｈｓ００２１５４６５ ｍ１）、ＮＦＡＴ５（Ｈｓ００２３２４３７ ｍ１）、ＰＲＦ１（Ｈｓ００１６９４７３ ｍ１）、ＣＤ２４（Ｈｓ０２３７９６８７ ｓ１）を用いて測定した。ヒトＧＡＰＤＨ（グリセルアルデヒド−３−リン酸脱水素酵素）のpre-developed TaqMan(商標)assay（PN4326317E）を内在性対照として用いた。ＰＣＲ反応は、総体積１０μｌ中のｃＤＮＡ試料４μｌ（２０ｎｇ）、TaqMan Universal PCR Master Mix(商標)（Applied Biosystems）5μｌ、およびTaqMan(商標)Gene Expression Assays（２０×）０．５μｌを用いて行った。増幅レベルを検出するにはABI PRISM(商標)7900HT Sequence Detection System（Applied Biosystems）を使用し、最初の９５℃で１０分間のステップ、続いて９５℃で１５秒間および６０℃で１分間の４０サイクルにプログラムを組んだ。すべての反応は３回行い、その平均値を数量化のために使用した。標的遺伝子の相対的数量化は、△△ＣＴ法を用いて求めた。手短に言えば標的遺伝子のＣｔ（閾値サイクル）の値を内在性対照遺伝子（ＧＡＰＤＨ）に正規化（△ＣＴ＝Ｃｔ標的−ＣｔGAPDH）し、標準物質（Human reference RNA）と比較（△△ＣＴ＝Ｃｔ試料−Ｃｔ標準物質）する。相対的発現量（ＲＱ）は、Sequence Detection System（ＳＤＳ）2.2.2ソフトウェア（Applied Biosystems）および式ＲＱ＝２-△△CTを用いて計算した。
【０１２３】
(予測的相互作用分析（ＰＩＡ））
ＰＩＡは、ＧＶＨＤを個々に予測する１５種類の遺伝子により形成される１０５種類の遺伝子対上で、マイクロアレイおよびｑＲＴ−ＰＣＲの実験の両方で行った。遺伝子対および単一遺伝子は、下記に概略を述べる統計的方法に従ってＧＶＨＤ＋試料をＧＶＨＤ−と区別するそれらの能力に関して比較された。
【０１２４】
１）２クラス判別分析：ＬＤＡ（線形判別分析）の基本式（Fukunaga、上記）を、単一遺伝子または２つの遺伝子の存在量に基づき２つのクラス（ＧＶＨＤ＋対ＧＶＨＤ−）の分離点を求めるために使用した。列ベクトル：
【数１】
2009538599.tif 000003
は、遺伝子対のｌｏｇ１０存在量を表す。Ｔは転置行列を示す。ｃ１は或る既知のクラス（例えばＧＶＨＤ＋）を示し、またｃ２は第二の既知のクラス（例えばＧＶＨＤ−）を示す。その２クラス一般線形判別式は、
【数２】
2009538599.tif 000004
であり、式中の遺伝子対のベクトル
【数３】
2009538599.tif 000005
は、それぞれのクラスの平均値であり、Σ-1は、遺伝子対のデータから得られるプールされた共分散行列Σによる遺伝子対の逆数であり、この共分散行列Σはそのデータから得られる級内共分散行列の試料数で重みづけした和である。Ｐc1およびＰc2は、これら２つのクラスの事前確率である。式１中のｌｎ（Ｐc2／Ｐc1）項は、この場合にはＰc2＝Ｐc1に設定するのでゼロである。ＬＤＡにおいてデータ中のクラス１試料と比較したクラス２試料の比率には密接な関係はない。ＬＤＡにおいて密接な関係のあるものは、個々の試料のデータ値、クラスの平均値、および級内変動であり、事前確率自体ではない。式１をゼロに設定することにより区分線Ｌ：
【数４】
2009538599.tif 000006
の一般式の範囲が定まる。式中、
【数５】
2009538599.tif 000007
は、データ依存性定数である。次いで一般Ｌを、
【数６】
2009538599.tif 000008
として勾配／切片形式で直接書くことができる。しかし下記で述べることになるＰＩＡにおいては、式３の特別な、慎重に条件付けした形式が用いられる。すなわち区分線Ｌは、勾配が−１（ＳＰＩＡ）または＋１（ＣＰＩＡ）を有し、２つのクラスの平均値：
【数７】
2009538599.tif 000009
の間の弦を二等分する。
【０１２５】
２）予測的競合および相乗相互作用分析（ＳＰＩＡおよびＣＰＩＡ）：さきに述べたように遺伝子Ｘと遺伝子Ｙの積Ｘ×Ｙは現象論的遺伝子−遺伝子相乗相互作用（ＳＰＩＡ）を、また遺伝子Ｘと遺伝子Ｙの存在比Ｘ／Ｙ（またはＹ／Ｘ）は現象論的遺伝子−遺伝子競合相互作用（ＣＰＩＡ）を表す。ここでｘ＝ｌｏｇ10（Ｘ）、ｙ＝ｌｏｇ10（Ｙ）、また新しい座標または軸ｕ＝ｘ＋ｙおよびｖ＝ｘ−ｙと定義する。ｕに関して（ｘ、ｙ）にクラスを分離することをＳＰＩＡと呼び、またｖに関してクラスを分離することをＣＰＩＡと呼ぶ。ＰＩＡは、ＳＰＩＡまたはＣＰＩＡのいずれかを指す。したがってＳＰＩＡにおける良いクラス分離は、区分線ｕ＝ｘ＋ｙ＝定数（ｙ＝−ｘ＋定数、すなわち勾配は−１と同値）によって（ｘ、ｙ）にうまく分離することによって実証され、またＣＰＩＡにおける良いクラス分離は、区分線ｖ＝ｘ−ｙ＝定数（ｙ＝ｘ−定数、すなわち勾配は＋１と同値）によって（ｘ、ｙ）にうまく分離することによって実証される。したがって、ここではその勾配を−１または＋１に慎重に条件付けしたモデル下でＬＤＡを適用する。
【０１２６】
３）分類能力の測定：直接抜取り法（straightforward sampling statistics）を用いて、ｐ値によって、また分類される試料の総数に対する正確に分類された試料の数（精度）によってクラス分離を特徴づけた。ＳＰＩＡまたはＣＰＩＡにおける遺伝子対（Ｘ、Ｙ）のクラス分離能力を、単一軸ｘ、ｙ、ｕ、ｖ上で容易に評価することができる。（ｘ、ｙ）中の試料を、例えばｘ軸上へ投影する場合、分類能力は、Ｈ0、すなわちμxc1＝μxc2下での２つの平均値の差に関する単純σc12＝σc22両側ｔ検定によって生じたｐ値により評価される。これは、ｙ、ｕ、ｖ軸についても同様に別々に計算される。本発明者等は、クラスが「単一変数」のｕ軸またはｖ軸に沿って、ｘ軸上だけよりもうまく、またｙ軸上だけよりもうまく分離する遺伝子対（Ｘ、Ｙ）を捜し求める。
【０１２７】
実施例２
実験モデル：
ＧＶＨＤ予測符号について本明細書中で述べた検討において本発明者等は、ＡＨＣＴドナーＴ細胞の広域遺伝子発現プロファール分析をレシピエント中でのＧＶＨＤの発現と相互に関連づけることを望んだ。第二の目的は、ドナーの遺伝子発現プロファイルがレシピエント中で長期間続くかどうかを評価することであった。末梢血を、移植前の５０体のＡＨＣＴドナー（０日と呼ぶ）から、また３６５日目に４０体のレシピエントから得た（図１）。これらドナーおよびレシピエントはＨＬＡ遺伝子が一致する同胞である。ＧＶＨＤを示すことなく少なくとも１００日間生存した場合、それらレシピエントは急性ＧＶＨＤ（ａＧＶＨＤ）に対して陰性とみなされた。ＡＨＣＴ後３６５日間慢性ＧＶＨＤ（ｃＧＶＨＤ）なしのままであった場合、それらレシピエントはｃＧＶＨＤに対して陰性とみなした。ＣＤ４+およびＣＤ８+のＴ細胞サブセットはマイクロビーズで精製した。全ＲＮＡを、上記でのべたように精製し、増幅し、逆転写し、ヒトＨ１９Ｋアレイ（１９，００８個のＥＳＴ）上でハイブリッドを形成させ、Ｔ細胞ＲＮＡもまたImmunArray（免疫関連遺伝子由来の３，４１１個のＥＳＴ）上でハイブリッドを形成させた。ImmunArrayは、免疫反応のより良いカバー範囲のための追加の遺伝子を与えてＨ１９Ｋアレイを補完する（Jansova等（上記）およびBosinger等（上記））。
【０１２８】
したがってこの研究設計は、生物学的ノイズをできるだけ小さくするために４つの特徴を含んでいる。第一に必然的に器官の機能不全（例えば、腎不全）を与える臓器移植片とは異なり、ＡＨＣＴドナーは健康な被験体である。これは、油断のならない慢性的な病気（およびそれらの治療）が、正常な遺伝子発現の背景変動よりも著しく大きい広域遺伝子発現の変化を引き起こす恐れがあるため重要である（Whitney等の論文（2003）Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.100:1896）。第二に本発明者等の検討は、精製したＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞上で行われた。第三にＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞は、この検討の臨床的終点である抗ＭｉＨＡ  ＧＶＨＤの誘発にとって必要かつ十分である（Korngold等の論文（1983） Immunol. Rev. 71:5−Perreault等の論文Immunol. Today 19:69）。第四にＡＨＣＴレシピエントは、標準化された治療法とＧＶＨＤの診断用の一律の基準とを使用する単一の総合施設において治療された。
【０１２９】
マイクロアレイを用いたドナーＴ細胞遺伝子発現プロファイル分析：
本出願者は、２つの方法、すなわちＦ検定と特別な条件を付けた線形判別解析（ＬＤＡ）、および４クラス分けを用いて８回の検索を行った。クラス分けは、ＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞について、ｉ）ＧＶＨＤに罹ったレシピエント対ａＧＶＨＤに罹っていないレシピエント（ｃＧＶＨＤの有無にかかわらず）、およびｉｉ）ＧＶＨＤに罹っていないレシピエント対ｃＧＶＨＤに罹ったレシピエント（ａＧＶＨＤの有無にかかわらず）である。レシピエントは、ＡＨＣＴの後、最低１年の追跡調査後にＧＶＨＤの徴候をまったく示さない場合、ＧＶＨＤ−とみなした。ＧＶＨＤを予測するＬＤＡ精度（そのレシピエントがＧＶＨＤを示すドナーかそうでないドナーかを区別する能力）≧６５％およびクラス分類Ｆ検定のｐ値≦０．０５（図２Ａ）を示す遺伝子を分析用に選択した。さらにａＧＶＨＤを予測する遺伝子の多くはｃＧＶＨＤもまた予測することが分かった（図２Ｂ）。これらＧＶＨＤを予測する遺伝子の実質的な割合は、ＣＤ４+とＣＤ８+ドナーＴ細胞の両方に共通であった（図２Ｃ）。多くのＧＶＨＤ関連遺伝子はＣＤ４+またはＣＤ８+Ｔ細胞にのみ見出されたので、実施形態においてはＴ細胞のサブセットを独立して分析した（図２Ｃ）。ImmunArrayとＨ１９Ｋのデータセットから現れる遺伝子のなかでは注記を付けられるものおよびＴ細胞生物学において実証済みまたは推定上の機能を有するものを表Ｉ中に列挙する。全体的にＧＶＨＤ−と比べてＧＶＨＤ＋のドナーにおいて発現が調節（上向け調節／下向け調節）された遺伝子の数は、ＣＤ４+Ｔ細胞については２２／４２、またＣＤ８+Ｔ細胞については３１／４０であった。これら遺伝子の約６０％が、細胞増殖、シグナル伝達、または遺伝子転写に関与している。
【０１３０】
実施例４
ＧＶＨＤ予測遺伝子の数量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ（ＱＲＴ−ＰＣＲ）分析：
単一遺伝子の予測値：マイクロアレイで同定した予測遺伝子の妥当性を評価するためにＱＲＴ−ＰＣＲ分析をドナーＣＤ４+（ｎ＝３３）およびＣＤ８+（ｎ＝３５）Ｔ細胞から抽出した新鮮なｍＲＮＡアリコート上で行った。分析は、ｃＧＶＨＤ予測遺伝子に焦点を合わせ、表Ｉ中に存在する２４種類の遺伝子を含めた２６種類の遺伝子の全体を試験した。この２４種類の遺伝子は２つの基準に基づいて選択された。すなわち、それらは細胞増殖および／またはサイトカインのシグナル伝達に関与し、かつｃＧＶＨＤ−と比べてｃＧＶＨＤ＋ドナーでは違った風に発現した。表Ｉの予備的な分析は、少なくとも５種類のｃＧＶＨＤ予測遺伝子がトランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦ−β）シグナル伝達経路の成分であることを示した。これらの５種類の遺伝子は、定量ＰＣＲ検討用に選択された。ＴＧＦ−β経路のあり得る役割をさらに評価するために、本発明者等は、トランスフォーミング増殖β誘導型因子（ＴＧＩＦ）およびトランスフォーミング増殖因子、β−誘導型、６８ｋＤａ（ＴＧＦＢＩ）（これらはマイクロアレイ上には存在しない）の発現もまた、それらがＴＧＦ−βの転写の標的であるために試験した。個々の遺伝子の能力は、分散分析（ＡＮＯＶＡ）およびＬＤＡを用いて評価した。統計的有意性はＡＮＯＶＡのｐ値に対応しており、一方、分類能力（総合精度、敏感度、および特異度）はＬＤＡから得られた。敏感度は真陽性／（真陽性＋偽陰性）を表し、特異度は真陰性／（真陰性＋偽陽性）を示す。
【０１３１】
試験された２６種類の遺伝子のうち１７種類、すなわち表Ｉから拾い上げた１５種類の遺伝子（これらはマイクロアレイおよびｑＲＴ−ＰＣＲにおいて一致した変換指向性（change-directionality）を示した）プラス２種類の追加の遺伝子は、ｃＧＶＨＤ＋とｃＧＶＨＤ−ドナーでは違った風に発現した（表ＩＩ）。個々のｃＧＶＨＤ予測遺伝子の統計的有意性（ＡＮＯＶＡのｐ値）は０．０４６から０．０００８の範囲にあり、またそれらのＧＶＨＤ予測精度（ＬＤＡ）は６４から８０％の範囲にあった（表ＩＩ）。注目すべきことに１７種類の遺伝子の特異度と敏感度の間には逆相関（ｒ＝−０．５３、ｐ＝０．０３）があった。したがって幾種類かの遺伝子はＧＶＨＤの発現の予測においてそれが存在しないよりは良く、また他の遺伝子については逆であった。ＰＲＦ１は最も良い特異度を示した（表ＩＩ、図３）。ＰＲＦ１は、ＣＤ８+Ｔ細胞中でのその高い発現がＧＶＨＤの発現と関連があるパーフォリンをコードする。ＳＭＡＤ３、すなわちＴＧＦ−β結合後に活性化される転写因子は、最も高い敏感度を示した（表ＩＩ、図３）。ＣＤ４+Ｔ細胞中での高レベルのＳＭＡＤ３転写は、ＧＶＨＤが存在しないことと相関する。ＬＤＡで得られたクラス区分線に基づいてＳＭＡＤ３の特異度および敏感度は５３％および８９％、総合精度は７３％であった。本発明者等は、すべてのｃＧＶＨＤ＋ドナーを区分線の片側に配列するために区分線を再配置した（以降、１００％ｃＧＶＨＤ＋区分線と呼ぶ）。定義により敏感度を１００％まで増大させたこの新しい区分線は、また特異度を変えることなく総合精度を７９％まで増大させた（図３）。したがって低レベルのＳＭＡＤ３はすべてのＧＶＨＤ＋および一部のＧＶＨＤ−ドナー中に見出され、一方、高レベルのＳＭＡＤ３を発現させるすべてのドナーはＧＶＨＤ−であった（図３）。これは機械論的には、高レベルのＳＭＡＤ３はＧＶＨＤの防止には十分（だが必要ではない）であり、一方、低レベルがＧＶＨＤの発現には必要（だが十分ではない）であることを示唆する。
【０１３２】
本明細書中で述べた検討において、ｑＲＴ−ＰＣＲにより試験されたＴＧＦ−β経路のすべての成分および標的はＧＶＨＤ−と比較してＧＶＨＤ＋ドナー中では違った風に発現することが分かった（表ＩＩ）。ＧＶＨＤ＋ドナーと比較してＧＶＨＤ−ドナーは、ＥＰ３００、ＦＵＲＩＮ、ＦＮＢＰ３、ＳＭＡＤ３、ＴＧＦＢＩ、およびＴＧＩＦの上向け調節と、ＰＲＦ１の抑制とを示した。その発現差異がｑＲＴ−ＰＣＲにより確認された１０種類の他のＧＶＨＤ予測遺伝子（ＡＫＴ２、ＡＴＢＦ１、ＣＤ２４、ＣＤ１５１、ＭＹＣＬ１、ＮＦＡＴ５、ＮＭＩ、ＳＩＬ、ＳＨ３ＫＢＰ１、およびＴＣＩＲＧ１）が、細胞の成長および増殖の調節に関与している（Woodgett等の論文（2005）Curr. Opin. Cell Biol.17:150、Jung等の論文（2005）Development 132:5157、Li等の論文（2004）J. Exp Med. 200:1083、Wright等の論文（2004）Mol. Cell Biol 24:5978、Ingvarssonの論文（1990）Semin. Cancer Biol. 1:359、Go等の論文（2004）Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.101:10673、Zhu等の論文（1999）Cell 96:121、Aplan等の論文（1991）Mol. Cell Biol. 11:5462、Soubeyran等の論文（2002）Nature 416:183、Utku等の論文（2004）J. Immunol. 173:2342）。
【０１３３】
ペアワイズ相互作用モデルを用いた予測的相互作用分析：最も単純な形では遺伝子／遺伝子相互作用は、現象学的には競合的または相乗的であることができる。本発明者等は、このような相互作用を特定の遺伝子対の発現パターンに反映させることができると仮定した。例えば遺伝子Ｘおよび遺伝子Ｙが競合的相互作用を示す場合、遺伝子Ｘ／Ｙの発現比がＧＶＨＤの結末を決めるはずである。すなわちＧＶＨＤの存在または不在は、それぞれ高いまたは低いＸ／Ｙ比と相関関係があるはずである。あるいは相乗的相互作用についてはＧＶＨＤの発現は、それら遺伝子の積Ｘ×Ｙによって調節されるはずである。したがって本発明者等は、競合または相乗モデルの脈絡内で遺伝子対の発現比および積を調べた。この目的を達成するために本発明者等は、マイクロアレイおよびｑＲＴ−ＰＣＲの両実験で検証された１５種類のＧＶＨＤ予測遺伝子によって形成される遺伝子対を評価した（表ＩおよびＩＩ）。分析された遺伝子対の総数は、Ｎ（Ｎ−１）／２、すなわち１０５に一致する。本発明者等は予測のための競合的および相乗的相互作用分析（ＣＰＩＡおよびＳＰＩＡ）が、そのｃＧＶＨＤ予測のためのｐ値が構成遺伝子のｐ値の少なくとも１０分の１である遺伝子対を目立たせるかどうかを問うた。４種類の遺伝子対は、このかなり厳しい基準を満たした（図４）。これらＰＩＡは、ＣＢＬ（Soubeyran等、上記）（免疫シグナル伝達の負の調節因子）と相互作用し、かつＣＤ８+Ｔ細胞顆粒開口放出細胞毒性経路（Barry等の論文（2002）Nat.Rev. Immunol. 2:401）の精髄成分であるＰＲＦ１と相互作用するＮＦＡＴ５、すなわち浸透ストレスによって誘発される遺伝子発現を調節する転写因子（Go等、上記）が、ＳＨ３ＫＢＰ１（別名ＣＩＮ８５）との競合的相互作用を示すことを示唆する。同様にこれらＰＩＡは、Ｔ細胞活性化およびサイトカイン反応の負の調節因子であるＴＣＩＲＧ１（別名ＴＩＲＣ７）（Utku等、上記）との競合的相互作用示すこと、およびＡｇ誘導型Ｔ細胞増殖の負の調節因子であるＣＤ１５１（Wright等、上記）が、ＳＩＬ、すなわちその発現が細胞増殖と関連している遺伝子（Erez等の論文（2004）Oncogene 23:5371）と相乗的に共同して働くことを示唆する。
【０１３４】
ＰＩＡによって発見された遺伝子対は、予測精度の点で構成単一遺伝子よりもすぐれた能力を与えることができる。能力向上は、ＬＤＡと、２本のクラス区分線、すなわちＬＤＡで得られた区分線および１００％ｃＧＶＨＤ＋区分線（敏感度を最大にするように設計された）とを用いたＳＨ３ＫＢＰ１／ＮＦＡＴ５遺伝子対の更なる分析によって例示される（図４）。ＬＤＡで得られた区分線と比べて、１００％ｃＧＶＨＤ＋区分線は、総合精度を損なうことなく敏感度を２２〜３９％増加させた（図４）。ＬＤＡで得られた区分線を用いた場合、ＳＨ３ＫＢＰ１／ＮＦＡＴ５遺伝子対は、単一遺伝子と比べて敏感度において６％の増加および総合精度において３％の増加をもたらした。１００％ｃＧＶＨＤ＋区分線（定義により１００％敏感度を与える）の場合、総合精度の増加は８％であった。臨床的見地からはこれらデータは、ＰＩＡが、構成遺伝子と比較してきわめて高い予測精度およびｐ値を有する遺伝子対を同定できることを示唆する。さらにこれらは、より多数の被験体を含めた更なる検討において、より高次の組合せ検索により遺伝子発現プロファイル分析の予測能力を顕著に改善することができることを暗示する（Baranzini等の論文（2005）PloS. Biol. 3:e2）。
【０１３５】
多重学習―検査データセット分割クロスバリデーション：試料の完全なセットに関して良好なｃＧＶＨＤ＋およびｃＧＶＨＤ−分別ｔ検定ｐ値を有する遺伝子は、これらクラス間の相違を見分ける統計的に有意な能力を有する（等平均帰無仮説を棄却する点で）。各遺伝子の多くの独立に得られた検査データセットに関するロバスト平均精度を、通常のクロスバリデーション手順を用いた各遺伝子の学習データセットの様々な選択（Baranzin等、上記）に基づいて求めた（Duda RO等（2001）Linear discriminant functions. In: Pattern classification New York: John Wiley & Sons, Inc. p215~281）。これらの解析は、ｃＧＶＨＤの発現を予測する１７種類の単一遺伝子（表Ｉ）上および４種類の遺伝子対を代表するＰＩＡ変数（図４Ａ）上で行った。具体的には各遺伝子について、５００回の相異なる学習試料６０％および検査試料４０％のデータセット分割は、それぞれのｃＧＶＨＤ＋およびｃＧＶＨＤ−試料の６０％を学習データセットにランダムに割り付け、また試料の残りの４０％をそれぞれの検査データセットに割り付ける（それぞれのデータ分割について）ことによって行われた。ＣＤ４+細胞については１１種類のｃＧＶＨＤ＋および９種類のｃＧＶＨＤ−試料が学習データセット用にランダムに選択され、一方、残りの７種類のｃＧＶＨＤ＋および６種類のｃＧＶＨＤ−の試料が検査データセットにおいて使用された。ＣＤ８+細胞については１１種類のｃＧＶＨＤ＋および１０種類のｃＧＶＨＤ−試料が学習データセット用にランダムに選択され、一方、残りの７種類のｃＧＶＨＤ＋および７種類のｃＧＶＨＤ−の試料が検査データセットにおいて使用された。検査データセットの精度は、対応する学習データセット由来のＬＤＡ予測モデル区分線を使用することによって５００回の学習／検査ランダム抽出分割のそれぞれについて別々に求められた。各遺伝子の各検査データセットの精度の確定は、ランダムに選択されたデータセット分割に関して毎回それまでその検査データに触れなかった予測モデルを用いて別々に５００回行った。
【０１３６】
各遺伝子についてロバストクロスバリデーション集合平均検査セット精度およびその標準偏差と、１０％精度を増すごとの指定精度の実現値を描いた棒グラフとを図５に示す。平均検査セットクロスバリデーション精度は７１％±１０％であること、ＣＤ４+細胞の場合にはＣＤ１５１などの遺伝子は精度７７％±９％を達成すること、またＣＤ８+細胞の場合にはＰＲＦ１は７６％±１０％を達成することが分かった。特にＰＩＡによって判定される遺伝子対の検査セットクロスバリデーション精度は、しばしばそれら単一遺伝子の精度を凌ぐ。例えばＣＤ１５１−ＳＩＬ遺伝子対は８０％±９％を達成し、一方、その構成遺伝子ＣＤ１５１およびＳＩＬはそれぞれ精度７７％±９％および６９％±１０％を与えた。さらに図５は、構成遺伝子の場合の７０％および８０％の柱状グラフビンから遺伝子対の場合の９０％および１００％のビンへの明白な移動を示す。これらのデータは、これら本明細書中に記録した１７種類の遺伝子および４種類の遺伝子対がｃＧＶＨＤ＋およびｃＧＶＨＤ−ドナー間で統計的に有意な違いを示すだけでなく、これらの違いがかなりの大きさであり、かつ全体的には確実に７０％を超える精度を与えることを実証する。したがってこれらの遺伝子および遺伝子対は、ｃＧＶＨＤの予測にとって特に臨床的な価値がある。
【０１３７】
実施例５
マイクロアレイに基づくドナー遺伝子プロファイルはレシピント中で長期間存続する：
ドナー遺伝子発現プロファイルの生物学的有意差を解析するために本発明者等は、レシピエント中にそれらの差が存続するかどうかを評価した。したがって本発明者等は、０日目（ｔ０）のドナー遺伝子プロファイルと３６５日目（ｔ３）のレシピエントのプロファイルの関係を調べた。処理しやすく、それにもかかわらず広範な解析用基盤を得るために本発明者等は、試験される２組の遺伝子のセット、すなわち３６５日目にｃＧＶＨＤ＋対ｃＧＶＨＤ−ドナーで発現差異を示す最上位４００種類の遺伝子と組み合わせて、０日目にｃＧＶＨＤ＋対ｃＧＶＨＤ−ドナーで発現差異を示す最上位４００種類の遺伝子をＨ１９Ｋチップ上に閉じ込めた（表Ｖ）。２組の遺伝子のセット間の重なりのために合計７１１の遺伝子が分析された。アレイの全域でほとんど変動を示さなかった遺伝子は、標本の相違を見分けるための有用な情報に寄与しないので排除した（Miller等の論文Cancer Cell 2:353）。本発明者等の分析の基礎をなす基本的前提条件は、ドナーのプロファイルがレシピエントに大部分移される場合、０日目のドナーと３６５日目のそのレシピエントの間の相関（ｔ０ｉ−ｔ３ｉ）が、ａ）０日目のそのドナーと他のドナーの相関（ｔ０ｉ−ｔ０）、およびｂ）３６５日目のそのレシピエントと他のレシピエントの相関（ｔ３ｉ−ｔ３）よりも強いはずであるというものであった。その逆もまた当てはまるはずであり、そのドナー特異的な特性は、レシピエントにおける適応変化が強支配的な場合、「洗い落とされる」べきである。対応するドナー−レシピエントペア間の平均の遺伝子発現プロファイルの相関（ｔ０ｉ−ｔ３ｉ）は、ドナー間の平均相関（ｔ０ｉ−ｔ０）よりも一貫して高く（ｐ＜１０-6）、またレシピエント間の平均相関（ｔ３ｉ−ｔ３）よりも一貫して高い（ｐ＜１０-6）ことが分かった。これは、ＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞の両方に当てはまる（図６）。したがってドナー遺伝子のプロファイルは、ＡＨＣＴの１年後に調べられるレシピエントのプロファイルに強い影響を与える。
【０１３８】
【表１】
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【０１３９】
【表２】
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【０１４０】
【表３】
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【０１４１】
【表４】
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【０１４２】
【表５】
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【０１４３】
【表６】
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【０１４４】
【表７】
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【０１４５】
【表８】
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【０１４６】
【表９】
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【０１４７】
【表１０】
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【０１４８】
【表１１】
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【０１４９】
【表１２】
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【０１５０】
【表１３】
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【０１５１】
【表１４】
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【０１５２】
【表１５】
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【０１５３】
【表１６】
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【０１５４】
【表１７】
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【０１５５】
本発明を上記本明細書中でその特定の実施形態として述べてきたが、これは別添の特許請求の範囲の精神および本質から逸脱することなく改変することができる。
【図面の簡単な説明】
【０１５６】
【図１】研究設計において、０および３６５日目にそれぞれ得られたドナーおよびレシピエントＴ細胞の図である。精製したＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞由来の全ＲＮＡを逆転写し、ヒトＨ１９Ｋアレイ（ドナーおよびレシピエントＴ細胞）およびThe Microarray Centre of The Toronto University Health Networkから得たImmunArray(商標)（ドナーＴ細胞）上でハイブリッドを形成させた。
【図２Ａ−Ｃ】一元分析により識別されたＧＶＨＤ予測遺伝子を示す図である。探索は二つの方法、すなわち統計的Ｆ検定および線形判別解析に基づくシステムを用いて行った。（Ａ）ＧＶＨＤ予測精度≧６５％およびｐ値≦０．０５を示す遺伝子の数。（Ｂ、Ｃ）Ｈ１９ＫおよびImmunArrayからのデータをプールした。ＧＶＨＤ予測遺伝子のなかでベン図は、ａＧＶＨＤ対ｃＧＶＨＤ予測遺伝子とＣＤ４+対ＣＤ８+Ｔ細胞遺伝子のプロファイル間の数の関係を表す。（Ｂ）において左＝ａＧＶＨＤの予測、右＝ｃＧＶＨＤの予測、中央＝ａＧＶＨＤおよびｃＧＶＨＤの予測。（Ｃ）において左＝ＣＤ４+の予測、右＝ＣＤ８+の予測、中央＝ａＧＶＨＤおよびｃＧＶＨＤの予測。
【図３Ａ−Ｂ】ＳＭＡＤ３およびＰＲＦ１のｑＲＴ−ＰＣＲデータのＬＤＡに基づく散布図である。ＳＭＡＤ３およびＰＲＦ１転写物のレベルを、それぞれＣＤ４+およびＣＤ８+Ｔ細胞で評価した。ｑＲＴ−ＰＣＲによって試験されたすべてのドナーについてデータを相対的遺伝子発現レベルに従って並べた。太い水平な黒の点線は、ＬＤＡ（線形判別解析）区分線（異なるクラス由来の試料のグループを分離する線）に対応する。ＳＭＡＤ３については１００％ＧＶＨＤ＋判別のためにコンピュータで位置を変えた区分線を示す（パネルＡ中の実線）。
【図４Ａ−Ｃ】ＧＶＨＤ予測遺伝子間の競合的および相乗的相互作用を示す図である。（Ａ）ＰＩＡ（予測的相互作用分析）は、ｃＧＶＨＤ予測用のｐ値が構成遺伝子のｐ値の少なくとも１０分の１（すなわち、より有効な）である４つの遺伝子対を同定した。（Ｂ）ＮＦＡＴ５、（Ｃ）ＳＨ３ＫＢＰ１、および（Ｄ）ＮＦＡＴ５／ＳＨ３ＫＢＰ１遺伝子対に対するｑＲＴ−ＰＣＲデータのＬＤＡに基づく散布図。点線はＬＤＡで得られた区分線を表す。実線は１００％ｃＧＶＨＤ+区分線（敏感度を最大にするように設計された）に対応する。
【図４Ｄ】ＧＶＨＤ予測遺伝子間の競合的および相乗的相互作用を示す図である。（Ｄ）ＮＦＡＴ５／ＳＨ３ＫＢＰ１遺伝子対に対するｑＲＴ−ＰＣＲデータのＬＤＡに基づく散布図。点線はＬＤＡで得られた区分線を表す。実線は１００％ｃＧＶＨＤ+区分線（敏感度を最大にするように設計された）に対応する。
【図５】多重学習−検査データセット分割クロスバリデーションを示す図である。各単一遺伝子（ｎ＝１７、パネル１〜１７）および遺伝子対（ｎ＝４、パネル１８〜２１）について、それぞれのｃＧＶＨＤ＋およびｃＧＶＨＤ−試料の６０％を学習データセットにランダムに割り付け、また試料の残りの４０％をそれぞれの検査データセットに割り付けることによって５００回の相異なる６０％学習試料および４０％検査試料のデータセット分割を行った。検査データセットの精度は、その対応する学習データセット由来のＬＤＡ予測モデルの区分線を用いることによって５００回の学習−検査ランダム抽出分割のそれぞれについて別々に求めた。棒グラフは、１０％精度きざみで特定の精度の発生を示す。各グラフ内の数は、平均検査セット精度（％）±標準偏差を表す。
【０１５７】
【図６】ドナー遺伝子のプロファイルがＡＨＣＴの１年後に調べたレシピエントのプロファイルに強い影響を与えることを示す図である。柱状グラフは、個々のドナーとそれらのレシピエントの発現プロファイル（情報を与える７１１種類の遺伝子）の間（ｔ０ｉ−ｔ３ｉ、左のバー）の、０日目の個々のドナーと他のドナーの間（ｔ０ｉ−ｔ０、中央のバー）の、また３６５日目の個々のレシピエントと他のレシピエントの間（ｔ３ｉ〜ｔ３、右のバー）の平均の相関を示す。*は（ｔ０ｉ−ｔ３ｉ）に関してのｐ＜１０-6。データは４０種類のドナー−レシピエント対から得たものである。
【図１】
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【図２Ａ−Ｃ】
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【図３Ａ−Ｂ】
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【図４Ａ−Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【図５】
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【図６】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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