(57)【要約】  本発明は、少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含むプロテインＡ部分と、少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含むＳｂｉ部分とを含むポリペプチドを開示する。別の実施形態において、本発明は、それぞれがＩｇＧ結合ドメインを含む少なくとも２つの異なるブドウ球菌ポリペプチドを含む免疫原性組成物を開示する。
2009520758.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
それぞれがＩｇＧ結合ドメインを含む２つの異なるブドウ球菌ポリペプチドを含む免疫原性組成物。
【請求項２】
黄色ブドウ球菌に由来するプロテインＡポリペプチド又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を含む、請求項１記載の免疫原性組成物。
【請求項３】
プロテインＡポリペプチドが、配列番号１２〜４０に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を有する、請求項２記載の免疫原性組成物。
【請求項４】
プロテインＡポリペプチドが、配列番号５４〜７２に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するポリヌクレオチド又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片によりコードされる、請求項２記載の免疫原性組成物。
【請求項５】
プロテインＡポリペプチド又は１、２、３、４若しくは５つのＩｇＧ結合ドメインを含むその断片である、請求項２〜４のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項６】
黄色ブドウ球菌に由来するＳｂｉポリペプチド又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項７】
Ｓｂｉポリペプチドが、配列番号１〜１１に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を有する、請求項６記載の免疫原性組成物。
【請求項８】
Ｓｂｉポリペプチドが、配列番号４３〜５３に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するポリヌクレオチド又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片によりコードされる、請求項６又は７記載の免疫原性組成物。
【請求項９】
Ｓｂｉポリペプチド又は２つのＩｇＧ結合ドメインを含むその断片である、請求項６〜８のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項１０】
プロテインＡポリペプチド又はその断片がＳｂｉポリペプチド又はその断片と共有結合して融合タンパク質を形成している、請求項１〜９のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項１１】
融合タンパク質が、配列番号４１〜４２若しくは７６の配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するポリペプチド配列、又はプロテインＡ及びＳｂｉの両方に由来するＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を有する、請求項１０記載の免疫原性組成物。
【請求項１２】
融合タンパク質が、配列番号７３〜７５に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列を有するポリヌクレオチド、又はプロテインＡ及びＳｂｉの両方に由来するＩｇＧ結合ドメインをコードするその断片によってコードされるものである、請求項１０記載の免疫原性組成物。
【請求項１３】
別のブドウ球菌抗原を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項１４】
別のブドウ球菌抗原が黄色ブドウ球菌に由来するものである、請求項１３記載の免疫原性組成物。
【請求項１５】
別のブドウ球菌抗原が黄色ブドウ球菌５型莢膜多糖を含む、請求項１４記載の免疫原性組成物。
【請求項１６】
別のブドウ球菌抗原が黄色ブドウ球菌８型莢膜多糖を含む、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項１７】
別のブドウ球菌抗原がＰＮＡＧを含む、請求項１３〜１６のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項１８】
ＰＮＡＧの５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、又は１０％未満がＮ−アセチル化されている、請求項１７記載の免疫原性組成物。
【請求項１９】
黄色ブドウ球菌５型莢膜多糖がキャリアタンパク質と結合されている、請求項１５〜１８のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２０】
黄色ブドウ球菌８型莢膜多糖がキャリアタンパク質と結合されている、請求項１６〜１９のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２１】
ＰＮＡＧがキャリアタンパク質と結合されている、請求項１５〜２０のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２２】
キャリアタンパク質が、破傷風トキソイド、ジフテリアトキソイド、ＣＲＭ１９７、プロテインＤ、αトキシン、ＳｄｒＧ、ＣｌｆＡ、ＩｓｄＡ、ＩｓｄＢ、ＩｓｄＨ、プロテインＡ、Ｓｂｉ及びプロテインＡ−Ｓｂｉ融合タンパク質、又はそれらの断片からなる群より独立に選択される、請求項１５〜２１のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２３】
別のブドウ球菌抗原が、Ｅｂｈ、エラスチン結合タンパク質（ＥｂｐＳ）、ＥＦＢ（ＦＩＢ）、ＣｌｆＡ、ＣｌｆＢ、ＳｄｒＣ、ＳｄｒＧ、ＦｎｂＡ、ＦｂｐＡ、ＩｓａＡ／ＰｉｓＡ、ペニシリン結合タンパク質４、ＡｈｐＣ、ＳｓａＡ、Ａａｐ、ＳａｓＡ、ＩｓｄＡ、ＩｓｄＢ、ＩｓｄＣ、ＨａｒＡ（ＩｓｄＨ）、αトキシン（Ｈｌａ）、αトキシンＨ３５Ｒ変異体、及びＲＡＰからなる群より選択されるタンパク質を含む、請求項１８〜２２のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２４】
（ａ）配列番号１２〜４０からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有するプロテインＡ部分、又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含むその免疫原性断片と、（ｂ）配列番号１〜１１からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有するＳｂｉ部分、又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含むその免疫原性断片とを含むポリペプチド。
【請求項２５】
配列番号４１又は４２又は７６に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、請求項２４記載のポリペプチド。
【請求項２６】
少なくとも１つの別の抗原と結合している、請求項２４又は２５記載のポリペプチド。
【請求項２７】
少なくとも１つの別の抗原が、黄色ブドウ球菌５型多糖若しくはオリゴ糖、黄色ブドウ球菌８型多糖若しくはオリゴ糖、又はＰＮＡＧ（５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満若しくは１０％未満がＮ−アセチル化されていてもよい）を含む、請求項２６記載のポリペプチド。
【請求項２８】
（ａ）配列番号５４〜７２からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するプロテインＡコード領域、又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインをコードするその断片と、（ｂ）配列番号４３〜５３からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するＳｂｉコード領域、又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインをコードするその断片とを含むポリヌクレオチド。
【請求項２９】
配列番号７３〜７５に対して少なくとも８５％の同一性を有するポリヌクレオチド配列、又は少なくとも１つのプロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメイン及び少なくとも１つのＳｂｉ結合ドメインをコードするその断片を有する、請求項２８記載のポリヌクレオチド。
【請求項３０】
（ａ）配列番号１２〜４０からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するプロテインＡ様部分、又は任意選択で少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含んでもよいその免疫原性断片と、（ｂ）配列番号１〜１１からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するＳｂｉ様部分、又は任意選択で少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含んでもよいその免疫原性断片とを含む融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
【請求項３１】
請求項１〜２３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物又は請求項２４〜２７のいずれか１項に記載のポリペプチド、及び薬学的に許容される担体を含むワクチン。
【請求項３２】
請求項１〜２３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物又は請求項２４〜２７のいずれか１項に記載のポリペプチドに薬学的に許容される賦形剤を添加するステップを含む、請求項３１記載のワクチンの製造方法。
【請求項３３】
ブドウ球菌疾患の治療又は予防に使用するための請求項１〜２３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項３４】
ブドウ球菌疾患を治療又は予防するための医薬の製造における請求項１〜２３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物の使用。
【請求項３５】
ブドウ球菌疾患の治療又は予防方法であって、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物をその必要のある患者に投与することを含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ブドウ球菌免疫原性組成物及びワクチン、それらの製造、並びに医薬におけるかかる組成物の使用の分野に関する。より詳細には、本発明は、黄色ブドウ球菌（S. aureus）プロテインＡに由来する免疫グロブリン結合ドメインと、Ｓｂｉタンパク質に由来する免疫グロブリンドメインとを含む組成物に関する。プロテインＡ由来のＩｇＧ結合ドメインと、Ｓｂｉ由来のＩｇＧ結合ドメインとを含む融合タンパク質、並びにかかるタンパク質をコードするポリヌクレオチドについて記述する。
【背景技術】
【０００２】
プロテインＡは、黄色ブドウ球菌の、詳細に研究されている細胞壁関連タンパク質であり、いくつかの種に由来するＩｇＧのＦｃ領域及びＦａｂ領域に結合する。プロテインＡは、すべてがＩｇＧ結合活性を有する５つの連続したドメインと、それらに続く、このタンパク質を細胞壁に固定する領域とからなる（Lofdahlら、1983、Eur J Biochem156; 637-643）。プロテインＡは、乳房炎ワクチンでの使用に供するワクチン成分として研究されてきた（Carter及びKerr、J. Diary Sci、2003、86;1177-1186）。
【０００３】
さらに最近には、黄色ブドウ球菌によって発現される第２のＩｇＧ結合タンパク質として、Ｓｂｉが同定された（Zhangら、1998、Microbiology 144; 985-991及びZhangら、1999、145; 177-183）。Ｓｂｉタンパク質は、約４３６アミノ酸からなり、プロテインＡと同様な免疫グロブリン結合特異性を有する。Ｓｂｉは、このタンパク質のＮ末端に向かって２つのＩｇＧ結合ドメインを含有し、さらにＳｂｉのＣ末端に向かってアポリポタンパク質Ｈ結合ドメインを含有する。
【０００４】
黄色ブドウ球菌感染は抗生物質で治療され、ペニシリンが選択薬であるが、メチシリン耐性分離株にはバンコマイシンが使用される。抗生物質に対する広スペクトル耐性を示すブドウ球菌の割合は、１９８０年代以来ますます優勢となっており（Panliloら、Infect. Control Hosp. Epidemiol、1992、13; 582）、有効な抗菌剤療法にとって脅威となっている。加えて、バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌株が最近出現したため、いかなる有効な治療も利用可能でないメチシリン耐性黄色ブドウ球菌株が出現して蔓延するであろうという恐怖感が広まった。
【０００５】
受動免疫療法でブドウ球菌抗原に対する抗体を用いる代替的アプローチが研究されている。ポリクローナル抗血清の投与を行う治療が開発中である（国際公開第００／１５２３８号、国際公開第００／１２１３２号）。
【０００６】
幼児ラットモデルにおいて様々な用量のブドウ球菌プロテインＡ抗血清を用いて黄色ブドウ球菌菌血症から防御する試みは失敗であった。最も高いレベルの抗体でさえ、死亡率、菌血症、又は肺若しくは肝臓への転移感染を有意に減少させなかった（Greenbergら、Infection and Immunity 57;1113-1118、1989）。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
ブドウ球菌疾患から防御するワクチンを開発する必要性が残っている。ブドウ球菌防御機構の１つを遮断する方法が提供されれば、有効な能動的又は受動的免疫原性組成物が生成される可能性が増大するであろう。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
したがって、配列番号１２〜４０からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有するプロテインＡ様部分又は任意選択で少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含むその免疫原性断片と、配列番号１〜１１からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有するＳｂｉ様部分又は任意選択で少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含むその免疫原性断片とを含むポリペプチドを提供する。
【０００９】
かかるポリペプチドは、既知である黄色ブドウ球菌ＩｇＧ結合タンパク質のそれぞれに由来するＩｇＧ結合ドメインを含み、両方のＩｇＧ結合タンパク質に対して免疫応答が誘導されるのを可能にするポリペプチド配列を導入する好都合な方法である。
【００１０】
本発明の別の態様において、配列番号５４〜７２からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するプロテインＡコード領域又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインをコードするその断片と、配列番号４３〜５３からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するＳｂｉコード領域又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインをコードするその断片とを含むポリヌクレオチドを提供する。
【００１１】
本発明の別の態様において、それぞれがＩｇＧ結合ドメインを含む２つのブドウ球菌ポリペプチドを含む免疫原性組成物を提供する。
【００１２】
本発明の別の態様において、プロテインＡ由来のＩｇＧドメイン及びＳｂｉ由来のＩｇＧドメインを含む組成物に、薬学的に許容される賦形剤を添加するステップを含む、本発明のワクチンの製造方法を提供する。
【００１３】
本発明の別の態様において、ブドウ球菌疾患の予防又は治療に使用するための、本発明の免疫原性組成物を提供する。
【００１４】
本発明の別の態様において、ブドウ球菌疾患を治療又は予防するための医薬の製造における、本発明の免疫原性組成物の使用を提供する。
【００１５】
本発明の別の態様において、本発明の免疫原性組成物をその必要のある患者に投与することを含む、ブドウ球菌疾患の治療又は予防方法を提供する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１６】
本願は、それぞれがＩｇＧ結合ドメインを含む少なくとも２、３、４、若しくは５つ、又は正確に２、３、４、若しくは５つの異なるブドウ球菌ポリペプチドを含む免疫原性組成物を開示する。かかる免疫原性組成物は、ＩｇＧ結合ドメインを含まない別の抗原をさらに含みうる。
【００１７】
ブドウ球菌ポリペプチドは、ブドウ球菌細菌、例えば黄色ブドウ球菌（S. aureus）又は表皮ブドウ球菌（S. epidermidis）によって発現されるポリペプチドと定義される。ブドウ球菌ポリペプチドは、ブドウ球菌株に由来するものでもよいし、又は種々の発現系、例えば大腸菌（E.coli）で組換え発現されたものでもよい。ブドウ球菌ポリペプチドは、ＩｇＧ結合ドメインを含有する全長タンパク質又は全長タンパク質の断片でありうる。
【００１８】
異なるとは、上記ポリペプチドが別々の遺伝子によってコードされていることを意味する。一実施形態において、異なるポリペプチドは、非共有結合によって連結されたポリペプチド（すなわち、別々又は遊離のタンパク質）として存在する。一実施形態において、異なるポリペプチドは、共有結合によって架橋された結合体として存在する。一実施形態において、異なるポリペプチドは、少なくとも１つの融合タンパク質として存在する。
【００１９】
ＩｇＧ結合ドメインは、ＩｇＧに結合することができるドメインである。抗原と、ＦｖドメインのＣＤＲ領域との間の相互作用は、この定義から除外される。上記ＣＤＲ領域は通常、抗体がそれに対して生起された抗原と相互作用する。ＩｇＧ結合ドメインは通常、Ｆｃドメイン、又はＦａｂドメインの保存領域と相互作用する。プロテインＡの個々のＩｇＧ結合ドメインの、Ｆｃ及びＦ（ａｂ’）２ドメインへの結合が分析されている（Janssonら、FEMS Immunology and Medical Microbiology 20; 69-78、1998）。場合により、ＩｇＧ結合ドメインは、抗体又はそのフラグメント（Ｆｃ又はＦａｂなど）に０．１〜１０００、１〜５００、１〜１００、又は５〜５０×１０−６Ｍ−１若しくは約１０×１０−６Ｍ−１の親和性で結合することができる。
【００２０】
ＩｇＧ結合ドメインは通常、配列番号１、２、又は１２〜２１の配列に対して少なくとも６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９８％の同一性を有するアミノ酸配列を有する。ＩｇＧに結合し、かつ／又はプロテインＡ若しくはＳｂｉに対して免疫応答を生起させることのできる配列番号１、２、又は１２〜２１の断片も、ＩｇＧ結合タンパク質であると考えられる。
【００２１】
一実施形態において、本発明の免疫原性組成物は、黄色ブドウ球菌由来のプロテインＡポリペプチド、又はＩｇＧ結合ドメインを含有するその断片を含む。
【００２２】
一実施形態において、上記プロテインＡポリペプチドは、配列番号１２〜４０の配列に対して、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％若しくは１００％の同一性を有する配列又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を有する。
【００２３】
一実施形態において、上記プロテインＡポリペプチドは、配列番号５４〜７２に対して少なくとも６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％若しくは１００％の同一性を有する配列を有するポリヌクレオチド又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片によってコードされている。
【００２４】
プロテインＡは、約５２４アミノ酸又は正確に５２４アミノ酸（又は成熟タンパク質として約５０９アミノ酸若しくは正確に５０９アミノ酸）を含有する５８ｋＤａタンパク質である。それは、図１に示す通り、上記タンパク質のＮ末端に向かって位置する５つのＩｇＧ結合ドメイン（Ｅ、Ｄ、Ａ、Ｂ、及びＣ）を含む。プロテインＡのすべてのＩｇＧドメインが９１〜１００％の同一性を有している（ＣｌｕｓｔａｌＷプログラムで計算した）。
【００２５】
一実施形態において、上記プロテインＡポリペプチド又はその断片は、１、２、３、４又は５つのＩｇＧ結合ドメインを含む。例えば、上記免疫原性組成物は、ＩｇＧ結合ドメインＥ；Ｄ；Ａ；Ｂ；Ｃ；Ｅ及びＤ；Ｄ及びＡ；Ａ及びＢ；Ｂ及びＣ；Ｅ及びＡ；Ｅ及びＢ；Ｅ及びＣ；Ｄ及びＢ；Ｄ及びＣ；Ａ及びＣ；Ｅ、Ｄ及びＡ；Ｄ、Ａ及びＢ；Ａ、Ｂ及びＣ；Ｅ、Ｄ、Ａ及びＢ；Ｄ、Ａ、Ｂ及びＣ；又はＥ、Ｄ、Ａ、Ｂ及びＣを含む。一実施形態において、Ｅと、Ａ、Ｂ、Ｃ及びＤから選択される１、２、３又は４つのさらなるＩｇＧ結合ドメインとを含む組合せが存在する。ＩｇＧ結合ドメインのこれらの組合せは、単一ポリペプチドで存在してもよいし、２、３、４又は５つの別々のポリペプチドとして存在してもよい。一実施形態において、上記ＩｇＧドメインは、配列番号１２〜２１の配列を含むアミノ酸配列を有する。複数のプロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインが存在する場合、上記配列は配列番号２２〜３２のものでもよい。
【００２６】
あるいは、プロテインＡポリペプチドの配列は、配列番号３３〜４０の全体若しくは断片、又は配列番号３３〜４０の配列に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％若しくは９９％の同一性を有する変異体、又は配列番号６５〜７２によってコードされるポリペプチド、又は配列番号６５〜７２に対して少なくとも８０％、９０％、９５％、９８％若しくは９９％の同一性を有する変異体である。かかる断片は、少なくとも１、２、３、４又は５つのＩｇＧ結合ドメインを含む。かかる断片は、任意選択で少なくとも５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０又は３００アミノ酸を含有する。
【００２７】
上記プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインの配列は、配列番号１２〜２１に示されており、上記プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインは、配列番号１２〜２１に対して少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％又は１００％の同一性を有する配列を有する。
【００２８】
一実施形態において、上記プロテインＡの断片は、本質的には配列番号１２〜３２のアミノ酸配列からなるが、配列番号１２〜３２のＮ末端側及びＣ末端側のいずれか又は両方に、さらに付加的に１、２、３、４、５、１０、２０、３０、４０、５０又は１００アミノ酸を含む。一実施形態において、上記付加配列は、配列番号３３〜４０又は図４に示す、プロテインＡ内にみられる配列である。
【００２９】
本発明のポリペプチドの特定の変異体も想定されている。詳細には、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＤの３番目のアミノ酸がＫ若しくはＮでもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＤの２４番目のアミノ酸がＥ若しくはＡでもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＡの４６番目のアミノ酸がＡ若しくはＳでもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＡの５３番目のアミノ酸がＤ若しくはＥでもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＢの２３番目のアミノ酸がＮ若しくはＴでもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＢの４０番目のアミノ酸がＱ若しくはＶでもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＢの４２番目のアミノ酸がＡ若しくはＫでもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＢの４３番目のアミノ酸がＮ若しくはＥでもよく、かつ／又はプロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＢの４４番目のアミノ酸がＩ若しくはＬでもよい。
【００３０】
一実施形態において、Ｎ末端のＭ残基が配列番号１〜３２の配列に付加される。
【００３１】
一実施形態において、本発明の免疫原性組成物は、黄色ブドウ球菌由来のＳｂｉポリペプチド、又はＩｇＧ結合ドメインを含有するその断片を含む。
【００３２】
Ｓｂｉは、約４３６アミノ酸を含有する約４８ｋＤａのタンパク質である。上記タンパク質のＮ末端に向かって、２つのＩｇＧ結合ドメインが存在し、Ｓｂｉはさらに、アポリポタンパク質Ｈ（β２−ＧＰＩ）結合ドメインと、それに続くプロリンリッチドメインとを含む（図Ｃ参照）。
【００３３】
一実施形態において、上記Ｓｂｉポリペプチドは、配列番号１〜１１に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％若しくは１００％の同一性を有する配列、又はＩｇＧ結合ドメインを含有するその断片（任意選択で２つのＩｇＧ結合ドメインを含有する）を有する。かかる断片は、任意選択で少なくとも５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０又は３００アミノ酸を含有する。
【００３４】
一実施形態において、上記Ｓｂｉポリペプチドは、配列番号４３〜５３に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％若しくは１００％の同一性を有する配列を有するポリヌクレオチド又はＩｇＧ結合ドメインをコードするその断片（任意選択で２つのＩｇＧ結合ドメインをコードする）によってコードされる。
【００３５】
例えば、Ｓｂｉの断片は、Ｎ末端ＩｇＧ結合ドメイン、Ｃ末端ＩｇＧ結合ドメイン、又は両方のＩｇＧ結合ドメインからなるか、又はそれを含む。一実施形態において、上記断片は、配列番号１〜４に対して少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列を有する。
【００３６】
一実施形態において、上記Ｓｂｉの断片は、本質的には配列番号１〜４のアミノ酸配列からなるが、さらに付加的に１、２、３、４、５、１０、２０、３０、４０、５０又は１００アミノ酸を、配列番号１〜４のＮ末端側及びＣ末端側のいずれか又は両方に含む。一実施形態において、上記配列は、配列番号５〜１１及び図４に示す、Ｓｂｉタンパク質の配列である。
【００３７】
免疫原性組成物にＳｂｉの両ＩｇＧ結合ドメインが存在する場合、それらは別々のポリペプチド鎖に存在しても、同一のポリペプチド鎖に存在していてもよい。
【００３８】
一実施形態において、プロテインＡ（又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片）及びＳｂｉ（又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片）の両方が免疫原性組成物に存在する。これらの抗原は、別々のタンパク質として免疫原性組成物中に存在していてもよいし、又はそれらは、例えば融合タンパク質として、若しくは２つのポリペプチドを連結する架橋試薬を用いて、共有結合によって連結されていてもよい。
【００３９】
一実施形態において、上記ポリペプチドは、プロテインＡ部分とＳｂｉ部分とを含む。例えば、プロテインＡ部分は、配列番号１２〜４０からなる群からのアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％若しくは１００％の同一性を有するアミノ酸配列、又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含むその免疫原性断片を有し、Ｓｂｉ部分は、配列番号１〜１１からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％若しくは１００％の同一性を有するアミノ酸配列、又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含むその免疫原性断片を有する。
【００４０】
融合タンパク質又は架橋結合体に関して、上述したプロテインＡ又はＳｂｉの断片又は変異体のいずれをも組み入れることができる。
【００４１】
一実施形態において、上記ポリペプチドは、Ｓｂｉ部分のＮ末端側にプロテインＡ部分を含有する融合タンパク質である。あるいは、上記融合タンパク質は、プロテインＡ部分のＮ末端側にＳｂｉ部分を含有しうる。
【００４２】
本発明のポリペプチドは、Ｅｂｈ（国際公開第０２／５９１４８号）、エラスチン結合タンパク質（ＥｂｐＳ、国際公開第９８／３８３１２号）、ＥＦＢ（ＦＩＢ）（国際公開第９４／０６８３０号）、ＣｌｆＡ（米国特許第６，００８，３４１号）、ＣｌｆＢ（国際公開第９９／２７１０９号）、ＳｄｒＣ（国際公開第９９／２７１０９号）、ＳｄｒＧ（国際公開第９７／４８７２７号）、ＦｎｂＡ（国際公開第０５／１１６０６４号に記載された変異体など）、ＦｂｐＡ、ＩｓａＡ／ＰｉｓＡ（独国特許第１９９  １７  ０９８号）、ＩｓｄＡ（国際公開第０２／５９１４８号、第０６／５９２４７号）、ＩｓｄＢ（国際公開第０２／０５９１４８号；国際公開第０５／０９３７９号及び国際公開第０５／０９３７８号に記載の変異体など）、ＩｓｄＣ（国際公開第０６／５９２４７号）、ＨａｒＡ（国際公開第０５／０９３７８号）、αトキシン（Ｈｌａ、米国特許第４，６１５，８８４号）、αトキシンＨ３５Ｒ変異体、ペニシリン結合タンパク質４（国際公開第０６／３３９１８号）、ＳｓａＡ（国際公開第０５／１１５１１３号）、Ａａｐ（国際公開第０５／８６６６３号）、ＲＡＰ（国際公開第９９／３２１３３号）、ＡｈｐＣ及び変異体（国際公開第０６／７８６８０号）、並びにＳａｓＡ（国際公開第０６／１２１６６４号）からなる群より任意選択で選択される別のブドウ球菌タンパク質に由来する配列をさらに含んでもよい。
【００４３】
一実施形態において、上記ポリペプチドは、配列番号４１、４２若しくは７６の配列に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％若しくは１００％の同一性を有するポリペプチド配列、又はＩｇＧ結合ドメイン、好ましくはプロテインＡ及びＳｂｉの両方に由来するＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を有する。
【００４４】
一実施形態において、上記ポリペプチドは、配列番号７３〜７５に対して少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％若しくは１００％の同一性を有する配列を有するポリヌクレオチド、又はＩｇＧ結合ドメイン、好ましくはプロテインＡ及びＳｂｉの両方に由来するＩｇＧ結合ドメインを含むその断片によってコードされる融合タンパク質である。
【００４５】
配列群１は配列番号４３〜７５を含有する。
【００４６】
配列群２は配列番号１〜４２及び７６を含有する。
【００４７】
本発明はさらに、
（ａ）配列群２の任意の配列のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性、好ましくは少なくとも９０％の同一性、より好ましくは少なくとも９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７％、９８％、若しくは９９％の同一性又は厳密な同一性を有するアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド；
（ｂ）配列群１の任意の配列に対して、配列群１の選択される配列の全長にわたって、少なくとも８５％の同一性、好ましくは少なくとも９０％の同一性、より好ましくは少なくとも９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７％、９８％、若しくは９９％の同一性又は厳密な同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド；あるいは
（ｃ）配列群２の任意の配列のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性、好ましくは少なくとも９０％の同一性、より好ましくは少なくとも９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性又は厳密な同一性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド
を提供する。
【００４８】
本発明は、本発明のポリペプチドの免疫原性断片、すなわち、配列群２から選択される対応するアミノ酸配列を含むポリペプチドと同じ又は実質的に同じ免疫原性活性を有する、プロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドの連続的部分も提供する。すなわち、上記断片は（必要ならば、キャリアと結合させる）、プロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドを認識する免疫応答を生起することができる。かかる免疫原性断片には、例えば、Ｎ末端リーダー配列、及び／又は膜貫通ドメイン、及び／又はＣ末端アンカードメインを欠失したプロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドが含まれうる。一実施形態において、本発明に係るプロテインＡ−Ｓｂｉの免疫原性断片は、配列群２から選択される配列に対して、前記配列の全長にわたって少なくとも８５％の同一性、好ましくは少なくとも９０％の同一性、より好ましくは少なくとも９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７％、９８％、若しくは９９％の同一性を有するポリペプチドの細胞外ドメインの実質的にすべてを含む。
【００４９】
断片は、本発明の任意なポリペプチドの任意のアミノ酸配列の、全体ではなく一部と完全に同じアミノ酸配列を有するポリペプチドである。プロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドのように、断片は、「独立的」でもよく、又は、それらが部分又は領域を形成する、より大きなポリペプチド中に、最も好ましくは、より大きな単一ポリペプチド中の単一の連続領域として包含されていてもよい。
【００５０】
一実施形態において、断片には、例えば、アミノ末端及び／又はカルボキシル末端のアミノ酸配列を含有する連続した一連の残基など、配列群２から選択されるアミノ酸配列又はその変異体の一部を有する切断ポリペプチドが含まれる。また、宿主細胞によって、又は宿主細胞内で産生された、本発明のポリペプチドの分解形態も好ましい。α−ヘリックス及びα−ヘリックス形成領域、βシート及びβシート形成領域、ターン及びターン形成領域、コイル及びコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領域、表面形成領域、基質結合領域、並びに高抗原性指標領域を含む断片など、構造的又は機能的な属性を特徴とする断片がさらに好ましい。
【００５１】
一実施形態において、断片には、配列群２から選択されるアミノ酸配列からの少なくとも１５、２０、３０、４０、５０又は１００の連続したアミノ酸を有するアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド、又は配列群２から選択されるアミノ酸配列から少なくとも１５、２０、３０、４０、５０又は１００の連続したアミノ酸が末端欠失又は欠失しているアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチドが含まれる。
【００５２】
本発明には、前述のポリペプチドの変異体、すなわち、保存的アミノ酸置換によって標準とは異なっているポリペプチドも含まれる。保存的アミノ酸置換では、ある残基が類似の特徴を有する別の残基で置換される。かかる置換の典型的なものは、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、及びＩｌｅの間におけるもの、Ｓｅｒ及びＴｈｒの間におけるもの、酸性残基であるＡｓｐ及びＧｌｕの間におけるもの、Ａｓｎ及びＧｌｎの間におけるもの、そして、塩基性残基であるＬｙｓ及びＡｒｇ、又は芳香族残基であるＰｈｅ及びＴｙｒの間におけるものである。
【００５３】
本発明のポリペプチドは、任意の適した方法で調製することができる。かかるポリペプチドには、単離された天然のポリペプチド、組換え産生されたポリペプチド、合成によって生成されたポリペプチド、又はこれらの方法の併用で産生されたポリペプチドが含まれる。かかるポリペプチドを調製する手段は、当技術分野で周知である。
【００５４】
ポリヌクレオチド
本発明は、上述した本発明のポリペプチドのいずれか１つをコードする任意のポリヌクレオチドを開示する。
【００５５】
本発明の別の実施形態は、配列番号５４〜７３からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％又は１００％の同一性を有するプロテインＡコード領域と、配列番号４３〜５３からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％、９９％又は１００％の同一性を有するＳｂｉコード領域とを含むポリヌクレオチドである。
【００５６】
配列番号４７〜５３及び６５〜７２の場合には、上記配列は、それぞれ完全なＳｂｉ又はプロテインＡのものである。少なくとも１、２、３、４又は５つのＩｇＧドメインをコードするこれらの配列の断片は、本発明のポリヌクレオチドのプロテインＡコード部分又はＳｂｉコード部分とみなされる。
【００５７】
本発明のポリヌクレオチドの特定の変異体も想定される。例えば、上記断片は、図Ｘに示す通り、１、２、３、４又は５つのＩｇＧ結合ドメインを含有する。詳細には、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＤの３番目のコドンがＫ若しくはＮをコードしてもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＤの２４番目のコドンがＥ若しくはＡをコードしてもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＡの４６番目のコドンがＡ若しくはＳをコードしてもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＡの５３番目のコドンがＤ若しくはＥをコードしてもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＢの２３番目のコドンがＮ若しくはＴをコードしてもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＢの４０番目のコドンがＱ若しくはＶをコードしてもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＢの４２番目のコドンがＡ若しくはＫをコードしてもよく、プロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＢの４３番目のコドンがＮ若しくはＥをコードしてもよく、かつ／又はプロテインＡ  ＩｇＧ結合ドメインＢの４４番目のコドンがＩ若しくはＬをコードしてもよい。
【００５８】
本発明の一実施形態において、上記ポリヌクレオチドは、配列番号５４〜７２からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％又は１００％の同一性を有するプロテインＡ様部分、又は少なくとも１、２、３、４又は５つのＩｇＧ結合ドメインを含むその免疫原性断片と、配列番号４３〜５３からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％又は１００％の同一性を有するＳｂｉ様部分、又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含むその免疫原性断片とを含む融合タンパク質をコードする。
【００５９】
一実施形態において、本発明のポリヌクレオチドは、配列番号７３又は７４に対して少なくとも８５％、９０％、９５％、９８％又は１００％の同一性を有するポリヌクレオチド配列を有する。
【００６０】
本発明の好ましい実施形態では、上記ポリヌクレオチドは、プロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドをコードする領域を含み、上記領域は、全長遺伝子、又はその変異体若しくは断片を含めた配列群１に示した配列を含む。
【００６１】
本発明のポリヌクレオチドは、ブドウ球菌の種、例えば黄色ブドウ球菌又は表皮ブドウ球菌の完全なゲノムＤＮＡを包含しない。
【００６２】
本発明の別の態様として、プロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチド及びポリヌクレオチド、とりわけ黄色ブドウ球菌又は表皮ブドウ球菌のプロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチド及びポリヌクレオチドをコード及び／又は発現する単離された核酸分子を提供し、上記核酸分子には、例えばプロセシングされていないＲＮＡ、リボザイムＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、並びにＢ型及びＺ型ＤＮＡが含まれる。本発明の別の実施形態には、生物学的、診断的、予防的、臨床的又は治療的に有用なポリヌクレオチド及びポリペプチド並びにそれらの変異体と、それらを含む組成物、好ましくは免疫原性組成物とが含まれる。
【００６３】
本発明の別の態様は、配列群２の推定アミノ酸配列を有するプロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド、及びそれらの近縁のポリヌクレオチド、並びにそれらの変異体に関する。
【００６４】
本発明の一実施形態は、黄色ブドウ球菌又は表皮ブドウ球菌由来のプロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドに関し、上記ポリペプチドは、配列群２から選択されるアミノ酸配列又はその変異体からなるか、又はそれを含む。
【００６５】
黄色ブドウ球菌を出発物質として用いて細菌由来の染色体ＤＮＡ断片をクローニング及び配列決定し、その後全長クローンを得る方法など、標準的なクローニング法及びスクリーニング法を使用して、配列群１に示したポリヌクレオチド配列などの、本明細書に提示した情報を用いて、プロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオチドを取得することができる。例えば、配列群１に示したポリヌクレオチド配列など、本発明のポリヌクレオチド配列を得るには、通常、大腸菌又は他の適当な宿主内にある、異なるブドウ球菌株の染色体ＤＮＡクローンのライブラリーを、部分配列に由来する好ましくは１７量体又はそれより長い放射性標識オリゴヌクレオチドをプローブとして用いて検索する。プローブと同一なＤＮＡを保持するクローンは、その後、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を使用して識別することができる。元のポリペプチド又はポリヌクレオチド配列から設計されたシーケンシングプライマーとのハイブリダイゼーションによって同定された個々のクローンを配列決定することによって、上記ポリヌクレオチド配列を両方向に伸長させて、全長遺伝子配列を決定することが可能となる。そのような配列決定は、例えばプラスミドクローンから調製された変性２本鎖ＤＮＡを用いて行うのが好都合である。適した技法は、Maniatis, T.、Fritsch, E.F.及びSambrookら、「MOLECULAR CLONING, A LABORATORY MANUAL」、第2版、Cold Spring Harbor Laboratory Press社、米国ニューヨーク州コールドスプリングハーバー（Cold Spring Harbor）所在（1989）に記載されている（とりわけ、Screening By Hybridization 1.90及びSequencing Denatured Double-Stranded DNA Templates 13.70を参照）。全長遺伝子配列を得るために、ゲノムＤＮＡの直接配列決定を行うこともできる。
【００６６】
さらに、配列群１に示した各ＤＮＡ配列は、当業者に周知のアミノ酸残基分子量値を用いて計算できる推定分子量を備えた、配列群２に記載のものとほぼ同数のアミノ酸残基を有するタンパク質をコードするオープンリーディングフレームを含有する。
【００６７】
配列群１のポリヌクレオチドは、それぞれ、開始コドンと終止コドンとの間に配列群２のポリペプチドをコードする。配列群１の各ポリヌクレオチドついて、開始コドンのヌクレオチド番号及び終止コドンの最初のヌクレオチドを表３に示す。別の態様において、本発明は、
（ａ）配列群１の任意の配列に対して、上記配列群１のポリヌクレオチド配列の全長にわたって少なくとも８５％の同一性、好ましくは少なくとも９０％の同一性、より好ましくは少なくとも９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７％、９８％、若しくは９９％の同一性又は厳密な同一性を有するポリヌクレオチド配列、あるいは
（ｂ）配列群２から選択される任意のアミノ酸配列に対して、上記配列群２のアミノ酸配列の全長にわたって少なくとも８５％の同一性、好ましくは少なくとも９０％の同一性、より好ましくは少なくとも９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７％、９８％、若しくは９９％の同一性又は１００％の厳密性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列
を含むか、又はそれからなる単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【００６８】
黄色ブドウ球菌以外の種に由来するホモログ及びオーソログを含めた、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、配列群１から選択される任意の配列又はその断片を含むか、又はそれからなる標識プローブ又は検出可能なプローブを用いて、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で（例えば、４５〜６５℃の範囲の温度及び０．１〜１％のＳＤＳ濃度を用いて）、適当なライブラリーをスクリーニングするステップ、並びに前記ポリヌクレオチド配列を含有する全長遺伝子及び／又はゲノムクローンを単離するステップを含む方法によって取得することができる。
【００６９】
本発明は、配列群１に示したコード配列（オープンリーディングフレーム）に、その全長にわたって同一なポリヌクレオチド配列を提供する。また本発明は、成熟ポリペプチド又はその断片のコード配列も、それ単独で、加えて、別のコード配列（リーダー配列若しくは分泌配列、又はプレタンパク質、プロタンパク質、若しくはプレプロタンパク質配列をコードする配列など）と同じリーディングフレーム中にある成熟ポリペプチド又は断片のコード配列を提供する。本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも１つの非コード配列も含有してもよい。上記非コード配列には、限定されるものではないが、少なくとも１つの５’及び３’非コード配列が含まれ、これらは、例えば、転写されるが翻訳されない配列、終結シグナル（ｒｈｏ依存性及びｒｈｏ非依存性終結シグナルなど）、リボソーム結合部位、コザック配列、ｍＲＮＡを安定化する配列、イントロン、及びポリアデニル化シグナルなどである。上記ポリヌクレオチド配列はまた、追加のアミノ酸をコードする追加のコード配列を含んでもよい。例えば、融合ポリペプチドの精製を容易にするマーカー配列をコードすることができる。本発明の特定の実施形態において、上記マーカー配列は、ｐＱＥベクター（Qiagen社）提供及びGentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., USA 86: 821-824 (1989)記載のヘキサヒスチジンペプチド、又はHAペプチドタグ（Wilsonら、Cell 37: 767 (1984)）であり、これらは両方とも、それらに融合したポリペプチド配列を精製するのに有用でありうる。本発明のポリヌクレオチドには、構造遺伝子と、自然状態でそれに随伴している遺伝子発現制御配列とを含むポリヌクレオチドも含まれるが、これらに限定されない。
【００７０】
「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」という用語は、本明細書で使用される場合、本発明のポリペプチド、詳細には細菌ポリペプチド、そしてより詳細には配列群２の配列のいずれかに示したアミノ酸配列を有する黄色ブドウ球菌のポリペプチドをコードする配列を含むポリヌクレオチドを包含する。この用語は、上記ポリペプチドをコードする単一の連続領域又は不連続な複数の領域（例えば、組み込まれたファージ、組み込まれた挿入配列、組み込まれたベクター配列、若しくは組み込まれたトランスポゾン配列によって、又はＲＮＡエディティング若しくはゲノムＤＮＡ再編成のため、中断されたポリヌクレオチド）を追加領域と共に含むポリヌクレオチドを包含し、上記追加領域はまた、コード配列及び／又は非コード配列を含有しうる。
【００７１】
本発明はさらに、配列群２の配列のいずれかの推定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変異体をコードする、本明細書に記載のポリヌクレオチドの変異体にも関する。本発明のポリヌクレオチドの断片は、例えば、本発明の全長ポリヌクレオチドを合成するために使用することができる。
【００７２】
別の特に好ましい実施形態は、配列群２のいずれかの配列であって、その配列中、いくつか、少数、５から１０、１から５、１から３、２、１又は０個のアミノ酸残基が任意の組合せで置換、修飾、欠失及び／又は付加されている、プロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドのアミノ酸配列を有するプロテインＡ−Ｓｂｉ変異体をコードするポリヌクレオチドである。これらの中では、プロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドの特性及び活性を改変しないサイレントな置換、付加、及び欠失が特に好ましい。
【００７３】
本発明の別の好ましい実施形態は、配列群２の配列のいずれかに示したアミノ酸配列を有するプロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに、それらの全長にわたって少なくとも８５％の同一性を有するポリヌクレオチド、及びかかるポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドである。あるいは、プロテインＡ−Ｓｂｉポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに、その全長にわたって少なくとも９０％同一な領域を含むポリヌクレオチド、及びそれに相補的なポリヌクレオチドが最も好ましい。この関連において、上記ポリヌクレオチドに対して、それらの全長にわたって少なくとも９５％の同一性を有するポリヌクレオチドが特に好ましい。さらに、少なくとも９５％を有するものの中では、少なくとも９７％を有するものが非常に好ましく、それらの中では、少なくとも９８％を有するもの及び少なくとも９９％を有するものがとりわけ非常に好ましく、少なくとも９９％を有するものがさらに好ましい。
【００７４】
好ましい実施形態は、配列群１から選択されるＤＮＡ配列によってコードされている成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機能又は活性を保持するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。
【００７５】
本発明の特定の好ましい実施形態によれば、配列群１の中のポリヌクレオチドなどのプロテインＡ−Ｓｂｉポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド、とりわけストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドが提供される。
【００７６】
本発明はさらに、本明細書に示したポリヌクレオチド配列にハイブリダイズするポリヌクレオチドにも関する。この関連において、本発明は特に、本明細書に記載のポリヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。本明細書で使用される場合、「ストリンジェントな条件」及び「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」という用語は、配列間で少なくとも９５％の同一性、好ましくは少なくとも９７％の同一性がある場合にのみ起こるハイブリダイゼーションを意味する。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の具体例は、５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハルト溶液、１０％デキストラン硫酸、及び２０ｍｇ／ｍｌ変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中、４２℃での終夜のインキュベーションと、それに続く０．１×ＳＳＣ中、約６５℃でのハイブリダイゼーション支持体の洗浄である。ハイブリダイゼーション条件及び洗浄条件は周知であり、Sambrookら、「Molecular Cloning: A Laboratory Manual」、第2版（米国ニューヨーク州コールドスプリングハーバー（Cold Spring Harbor））(1989)、特にその中の第１１章に例示されている。溶液ハイブリダイゼーションもまた、本発明で提供するポリヌクレオチド配列と共に使用することができる。
【００７７】
本発明は、配列群１の配列のいずれかに示したポリヌクレオチド配列について、完全な遺伝子を含有する適当なライブラリーを、配列群１の対応配列に示した前記ポリヌクレオチド配列又はその断片の配列を有するプローブを用いて、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でスクリーニングし、前記ポリヌクレオチド配列を単離することによって得られるポリヌクレオチド配列からなるか、又はそれを含むポリヌクレオチドも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るのに有用な断片には、例えば、本明細書中に他所で十分に記載されているプローブ及びプライマーが含まれる。
【００７８】
本発明のポリヌクレオチドアッセイに関して本明細書中の他所で論じられているように、例えば、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、及びゲノムＤＮＡのためのハイブリダイゼーションプローブとして本発明のポリヌクレオチドを使用して、プロテインＡ−Ｓｂｉをコードする全長ｃＤＮＡ及びゲノムクローンを単離したり、並びにプロテインＡ−Ｓｂｉ配列に対して高い同一性、特に高い配列同一性を有する他の遺伝子のｃＤＮＡ及びゲノムクローンを単離することができる。かかるプローブは、通常、少なくとも１５ヌクレオチド残基又は塩基対を含むであろう。好ましくは、かかるプローブは、少なくとも３０ヌクレオチド残基又は塩基対を有し、少なくとも５０ヌクレオチド残基又は塩基対を有しうる。特に好ましいプローブは、少なくとも２０ヌクレオチド残基又は塩基対を有し、かつ３０未満のヌクレオチド残基又は塩基対を有するであろう。
【００７９】
オリゴヌクレオチドプローブを合成するために、配列群１に示したＤＮＡ配列を用いたスクリーニングによって、プロテインＡ−Ｓｂｉ遺伝子のコード領域を単離することができる。その後、本発明の遺伝子の配列に相補的な配列を有する標識オリゴヌクレオチドを用いて、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ又はｍＲＮＡのライブラリーをスクリーニングし、上記プローブがライブラリーのどのメンバーにハイブリダイズするかを決定する。
【００８０】
全長ＤＮＡを取得するか、又は短いＤＮＡを伸長させるいくつかの方法、例えばＲＡＣＥ（Rapid Amplification of cDNA ends）法（例えば、Frohmanら、PNAS USA 85: 8998-9002、1988を参照）に基づくものが利用可能であり、かつ当業者によく知られている。ＭａｒａｔｈｏｎＴＭ技術（Clontech Laboratories社）などを例とする最近の変法により、例えば、より長いｃＤＮＡの探索が有意に単純化された。ＭａｒａｔｈｏｎＴＭ技法では、選択された組織から抽出されたｍＲＮＡからｃＤＮＡを調製し、「アダプター」配列をそれぞれの末端に連結させる。その後、上記ＤＮＡの「失われている」５’末端を増幅するために、遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドプライマー及びアダプター特異的なオリゴヌクレオチドプライマーの組合せを用いて、核酸増幅（ＰＣＲ）を行う。その後、「ネステッド」プライマー、すなわち、増幅産物内にアニーリングするように設計されたプライマー（通常、アダプター配列中のさらに３’側にアニーリングするアダプター特異的プライマー、及び選択された遺伝子配列中のさらに５’側にアニーリングする遺伝子特異的プライマー）を用いて上記ＰＣＲ反応を反復する。その後、ＤＮＡ配列決定によって、この反応の産物を分析することができ、上記産物を既にあるＤＮＡに直接連結させて完全な配列を生じさせるか、又は５’プライマーを設計するための新規の配列情報を用いて別の全長ＰＣＲを行うことによって、全長ＤＮＡを構築する。
【００８１】
本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドは、ポリヌクレオチドアッセイに関して本明細書でさらに論じられるように、例えば、疾患、とりわけヒト疾患の治療及び診断の発見のための研究試薬及び材料として利用することができる。
【００８２】
配列群１の配列に由来するオリゴヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、ここで同定されたポリヌクレオチドが感染組織中の細菌において全体又は一部が翻訳されているか否かを判定するための、本明細書に記載の方法、好ましくはＰＣＲで使用することができる。かかる配列は、病原体が達した感染の段階及び感染のタイプの診断にも有用性を有するであろうと認識されている。
【００８３】
本発明は、成熟タンパク質であるポリペプチドと、追加のアミノ末端若しくはカルボキシル末端アミノ酸又は成熟ポリペプチド内部のアミノ酸（例えば、成熟型が複数のポリペプチド鎖を有する場合）とをコードするポリヌクレオチドも提供する。かかる配列は、とりわけ、前駆体から成熟型へのタンパク質プロセシングで機能を有しているものでもよく、タンパク質輸送を可能にしているものでもよく、タンパク質半減期を延長又は短縮しているものでもよく、あるいはアッセイ又は産生のためのタンパク質操作を容易にするものでもよい。ｉｎ  ｖｉｖｏで通常そうであるように、追加のアミノ酸は、細胞酵素によるプロセシングによって成熟タンパク質から除去されうる。
【００８４】
本発明のありとあらゆるポリヌクレオチドに関して、それに相補的なポリヌクレオチドも提供する。これらの相補的なポリヌクレオチドは、それらが相補的である各ポリヌクレオチドに対して完全に相補的であることが好ましい。
【００８５】
１つ又は複数のプロ配列に融合した成熟型ポリペプチドを有する前駆体タンパク質は、不活性型のポリペプチドでありうる。通常、プロ配列が除去されたときに、そのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の一部又はすべてが、活性化の前に除去されうる。通常、そのような前駆体はプロタンパク質と呼ばれる。
【００８６】
ヌクレオチドの表示には、標準的なＡ、Ｇ、Ｃ、Ｔ／Ｕに加えて、本発明の特定のポリヌクレオチドを記載する際には、「Ｎ」という語も使用される。「Ｎ」は、４種のＤＮＡ又はＲＮＡヌクレオチドのうち任意のものが、ＤＮＡ又はＲＮＡ配列中のそのような指定された位置に出現しうることを意味する。但し、Ｎは、隣接するヌクレオチド位置と組み合わせて正しいリーディングフレームで読んだ場合に、そのようなリーディングフレーム中で中途で終止コドンが生成するような影響を有するであろう核酸でないことが好ましい。
【００８７】
要約すると、本発明のポリヌクレオチドは、成熟タンパク質、成熟タンパク質及びリーダー配列（プレタンパク質と呼ばれることがある）、プレタンパク質のリーダー配列でない１つ又は複数のプロ配列を有する成熟タンパク質の前駆体、又はプレプロタンパク質をコードしうる。プレプロタンパク質は、プロタンパク質の前駆体であり、リーダー配列及び１つ又は複数のプロ配列を有し、プロ配列は、活性な成熟型ポリペプチドを産生するプロセシングステップ中に除去される。
【００８８】
本発明の一態様によれば、治療又は予防目的での本発明のポリヌクレオチドの使用、とりわけ遺伝子免疫法での使用が提供される。
【００８９】
遺伝子免疫法での本発明のポリヌクレオチドの使用は、筋肉へのプラスミドＤＮＡの直接注射（Wolffら、Hum Mol Genet (1992) 1: 363、Manthorpeら、Hum. Gene Ther. (1983) 4: 419）、特定のタンパク質キャリアと複合体化されたＤＮＡの送達（Wuら、J Biol Chem  (1989) 264: 16985）、リン酸カルシウムとのＤＮＡの共沈殿（Benvenisty及びReshef、PNAS USA (1986) 83: 9551）、様々な形態のリポソーム中へのＤＮＡの封入（Kanedaら、Science (1989) 243: 375）、粒子ボンバードメント（Tangら、Nature (1992) 356:152、Eisenbraunら、DNA Cell Biol (1993) 12: 791）、クローニングしたレトロウイルスベクターを用いたｉｎ  ｖｉｖｏ感染（Seegerら、PNAS USA(1984) 81: 5849）などの適した送達法を利用することが好ましいであろう。
【００９０】
ベクター、宿主細胞、発現系
本発明は、本発明の１又は複数のポリヌクレオチドを含むベクター、本発明のベクターで遺伝子改変された宿主細胞、及び組換え技法による本発明のポリペプチドの産生にも関する。かかるタンパク質を産生するのに、本発明のＤＮＡ構築物に由来するＲＮＡを用いた無細胞翻訳系を利用することもできる。
【００９１】
本発明の組換えポリペプチドは、発現系を含む遺伝子改変宿主細胞から、当業者に周知の方法で調製することができる。したがって、別の態様において、本発明は、本発明の１又は複数のポリヌクレオチドを含む発現系、そのような発現系で遺伝子改変された宿主細胞、組換え技法による本発明のポリペプチドの産生に関する。
【００９２】
本発明のポリペプチドを組換え産生させるために、本発明の発現系若しくはその一部、又はポリヌクレオチドが組み込まれるように宿主細胞を遺伝子改変することができる。宿主細胞内へのポリヌクレオチドの導入は、Davisら、「BASIC METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY」(1986)、及びSambrookら、「MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL」、第2版、Cold Spring Harbor Laboratory社、米国ニューヨーク州コールドスプリングハーバー（Cold Spring Harbor）所在(1989)などの多くの標準的な実験室マニュアルに記載されている方法、例えば、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、トランスベクション（transvection）、マイクロインジェクション、陽イオン性脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、接合、形質導入、スクレープローディング（scrape loading）、弾丸導入(ballistic introduction）及び感染などによって実施することができる。
【００９３】
適当な宿主の代表例には、連鎖球菌（streptococci）、ブドウ球菌（staphylococci）、腸球菌（enterococci）、大腸菌（E. coli）、放線菌（streptomyces）、ラン藻（cyanobacteria）、枯草菌（Bacillus subtilis）、髄膜炎菌（Neisseria meningitidis）、インフルエンザ菌（Haemophilus influenzae）及びモラクセラ・カタラーリス（Moraxella catarrhalis）の細胞などの細菌細胞; 酵母（yeast）、クルイベロミセス（Kluveromyces）、サッカロミセス（Saccharomyces）、ピキア（Pichia）、担子菌（basidiomycete）、カンジダ・アルビカンス（Candida albicans）及びアスペルギルス（Aspergillus）の細胞などの真菌細胞; ショウジョウバエ（Drosophila）Ｓ２及びヨトウガ（Spodoptera)Ｓｆ９の細胞などの昆虫細胞；ＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、２９３、ＣＶ−１、及びＢｏｗｅｓ黒色腫細胞などの動物細胞；並びに裸子植物又は被子植物の細胞などの植物細胞が含まれる。
【００９４】
本発明のポリペプチドを産生するのに、様々な発現系を使用することができる。かかるベクターには、とりわけ、染色体由来、エピソーム由来、及びウイルス由来のベクター、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エレメント由来、及び酵母染色体エレメント由来のベクター、並びにバキュロウイルス、ＳＶ４０などのパポーバウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、家禽ポックスウイルス、仮性狂犬病ウイルス、ピコルナウイルス、レトロウイルス及びアルファウイルスなどのウイルス由来のベクター、並びにそれらの組合せに由来するベクター、例えばコスミド及びファージミドなどのプラスミド及びバクテリオファージ遺伝因子に由来するものなどが含まれる。発現系構築物は、発現の調節及び開始を行う制御領域を含有しうる。通常、宿主内でポリヌクレオチドを維持、増幅若しくは発現し、かつ／又はポリペプチドを発現するのに適したいかなる系又はベクターも、これに関連した発現に使用することができる。例えば、Sambrookら、「MOLECULAR CLONING, A LABORATORY MANUAL」（同上）に記載のものなど、様々なよく知られており慣用の技法のうち任意のものによって、適切なＤＮＡ配列を発現系に挿入することができる。
【００９５】
真核生物における組換え発現系では、小胞体腔、細胞膜周辺腔又は細胞外環境への翻訳されたタンパク質の分泌のために、適切な分泌シグナルを発現されるポリペプチドに組み入れることができる。これらのシグナルは、そのポリペプチドの内因性のものでもよく、又はそれらは異種シグナルでもよい。
【００９６】
本発明のポリペプチドは、組換え細胞培養物から、硫酸アンモニウム又はエタノール沈殿、酸抽出、陰イオン又は陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニティクロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、及びレクチンクロマトグラフィーを含めた周知の方法によって回収及び精製することができる。精製には、イオン金属アフィニティクロマトグラフィー（ＩＭＡＣ）を利用するのが最も好ましい。細胞内合成、単離及び／又は精製中に上記ポリペプチドが変性する場合には、活性立体構造を再生するために、タンパク質をリフォールディングするための周知の技法を利用することができる。
【００９７】
上記発現系は、ウイルス又は細菌などの組換え生存微生物でもよい。対象とする遺伝子を生存組換えウイルス又は細菌のゲノムに挿入することができる。この生存ベクターでの播種及びｉｎ  ｖｉｖｏ感染は、抗原のｉｎ  ｖｉｖｏ発現及び免疫応答の誘導を引き起こすであろう。この目的で使用されるウイルス及び細菌は、例えば、ポックスウイルス（例えば種痘疹（vaccinia）、鶏痘（fowlpox）、カナリア痘（canarypox））、アルファウイルス（シンドビスウイルス、セムリキ森林ウイルス、ベネズエラウマ脳炎）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ピコルナウイルス（ポリオウイルス、ライノウイルス）、ヘルペスウイルス（水痘帯状疱疹ウイルスなど）、リステリア（Listeria）、サルモネラ（Salmonella）、シゲラ（Shigella）、ＢＣＧ、連鎖球菌である。これらのウイルス及び細菌は、病原性であってもよいし、生ワクチンを得るために様々な方法で弱毒化されていてもよい。そのような生ワクチンも本発明の一部を形成する。
【００９８】
別の抗原を含む免疫原性組成物
本発明の免疫原性組成物は、場合により別の抗原と組み合わせてもよい。ブドウ球菌ＩｇＧ結合タンパク質の中和によって、別の抗原に対して生起される免疫応答が改善されることがある。
【００９９】
一実施形態において、本発明の免疫原性組成物は、別のブドウ球菌抗原を含む。一実施形態において、その別のブドウ球菌抗原は、黄色ブドウ球菌又は表皮ブドウ球菌に由来するものである。別の抗原の例としては、ブドウ球菌多糖、例えば黄色ブドウ球菌５型莢膜多糖、黄色ブドウ球菌８型莢膜多糖、ＰＮＡＧ（これは場合により５０％、４０％、３０％、２０％又は１０％未満がアセチル化されていてもよい）が挙げられる。
【０１００】
ヒトへの感染を引き起こす黄色ブドウ球菌のほとんどの菌株が、５型又は８型多糖のいずれかを含む。約６０％のヒト菌株が８型であり、約３０％が５型である。５型及び８型莢膜多糖抗原の構造は、Moreauら、Carbohydrate Res. 201; 285 (1990)及び Fournierら、Infect. Immun. 45; 87 (1984) に記載されている。両者とも、その反復単位にＦｕｃＮＡｃｐと、スルフヒドリル基を導入するのに用いることができるＭａｎＮＡｃＡを有する。これらの構造は以下のように報告されていた：
５型
→4)-β-D-ManNAcA(3OAc)-(1→4)-α-L-FucNAc(1→3)-β-D-FucNAc-(1→
８型
→3)-β-D-ManNAcA(4OAc)-(1→3)-α-L-FucNAc(1→3)-β-D-FucNAc-(1→
【０１０１】
近年（Jones, Carbohydrate Research 340, 1097-1106 (2005)）、ＮＭＲ分光学的方法により、以下に示す構造に訂正された：
５型
→4)-β-D-ManNAcA-(1→4)-α-L-FucNAc(3OAc)-(1→3)-β-D-FucNAc-(1→
８型
→3)-β-D-ManNAcA(4OAc)-(1→3)-α-L-FucNAc(1→3)-α-D-FucNAc(1→
【０１０２】
多糖は、当業者に周知の方法（例えば、米国特許第６２９４１７７号に記載の方法）を用いて、黄色ブドウ球菌の好適な菌株から抽出することができる。例えば、ＡＴＣＣ１２９０２は５型黄色ブドウ球菌株であり、ＡＴＣＣ１２６０５は８型黄色ブドウ球菌株である。
【０１０３】
一実施形態において、本発明の免疫原性組成物には５型及び８型莢膜多糖の両方が存在する。あるいは本発明の免疫原性組成物は、５型又は８型多糖のいずれかを含む。
【０１０４】
多糖は天然のサイズでもよいし、あるいは、例えば、マイクロ流動体化、超音波照射又は化学処理によりサイジングしてもよい。本発明はまた、黄色ブドウ球菌由来の５及び８型多糖から誘導したオリゴ多糖も包含する。
【０１０５】
本発明の免疫原性組成物に含まれる５及び８型多糖は、好ましくは、後述するように、キャリアタンパク質と結合させるか、あるいは、結合させない。
【０１０６】
あるいはまた、本発明の免疫原性組成物は、５型又は８型多糖のいずれかを含有する。
【０１０７】
ＰＮＡＧは、多糖付着因子であり、Ｎ−アセチル及びＯ−スクシニル成分で置換されたβ−（１ →６）結合グルコサミンのポリマーから構成される。この多糖は、黄色ブドウ球菌及び表皮ブドウ球菌の両方に存在する（Joyceら、2003, Carbohydrate Research 338; 903；Maira-Litranら、2002, Infect. Imun. 70; 4433）。
【０１０８】
ＰＩＡ（又はＰＮＡＧ）は、４００ｋＤａを超えるものから、７５〜４００ｋＤａまで、１０〜７５ｋＤａまで、３０以下の反復単位からなるオリゴ糖（Ｎ−アセチル及びＯ−スクシニル成分で置換されたβ−（１→６）−結合グルコサミンからなる）まで、様々なサイズのものでよい。本発明の免疫原性組成物には、あらゆるサイズのＰＩＡ多糖又はオリゴ糖を用いることができるが、４０ｋＤａを超えるものが好ましい。サイジングは当分野で周知のあらゆる方法、例えば、マイクロ流動体化、超音波照射又は化学的切断（ＷＯ０３／５３４６２、ＥＰ４９７５２４、ＥＰ４９７５２５）により行うことができる。
【０１０９】
ＰＩＡ（ＰＮＡＧ）のサイズ範囲は、４０〜４００ｋＤａ、５０〜３５０ｋＤａ、４０〜３００ｋＤａ、６０〜３００ｋＤａ、５０〜２５０ｋＤａ又は６０〜２００ｋＤａである。
【０１１０】
ＰＩＡ（ＰＮＡＧ）は、アミノ基の酢酸基による置換によって、様々な程度のアセチル化を有しうる。ｉｎ  ｖｉｔｒｏで産生されるＰＩＡは、アミノ基でほぼ完全に（９５〜１００％）置換されている。あるいは、６０％未満、好ましくは５０％、４０％、３０％、２０％、１０％未満のＮ−アセチル化を有する脱アセチル化ＰＩＡ（ＰＮＡＧ）を用いることもできる。ＰＮＡＧの非アセチル化エピトープは、オプソニンによるグラム陽性菌、好ましくは黄色ブドウ球菌及び／又は表皮ブドウ球菌の死滅を媒介するのに有効であるため、脱アセチル化ＰＩＡ（ＰＮＡＧ）を用いるのが好ましい。一実施形態において、ＰＩＡ（ＰＮＡＧ）は、４０ｋＤａ〜３００ｋＤａのサイズを有し、６０％、５０％、４０％、３０％若しくは２０％未満のアミノ基がアセチル化されるように脱アセチル化されている。
【０１１１】
用語「脱アセチル化ＰＮＡＧ（ｄＰＮＡＧ）」とは、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％若しくは１０％未満のアミノ基がアセチル化されているＰＮＡＧ多糖又はオリゴ糖を意味する。
【０１１２】
一実施形態では、天然の多糖を化学的に処理することにより、ＰＮＡＧを脱アセチル化して、ｄＰＮＡＧを形成する。例えば、天然ＰＮＡＧを塩基性溶液で処理し、ｐＨが１０を超えるようにする。例えば、０．１〜５Ｍ、０．２〜４Ｍ、０．３〜３Ｍ、０．５〜２Ｍ、０．７５〜１．５Ｍ又は１Ｍ  ＮａＯＨ、ＫＯＨ若しくはＮＨ４ＯＨでＰＮＡＧを処理する。処理は、２０〜１００、２５〜８０、３０〜６０若しくは３０〜５０又は３５〜４５℃の温度で、少なくとも１０若しくは３０分、又は１、２、３、４、５、１０、１５若しくは２０時間にわたり実施する。ｄＰＮＡＧは、ＷＯ０４／４３４０５に記載されているように調製することもできる。
【０１１３】
本発明の免疫原性組成物に含有させる多糖は、好ましくは、後述するようにキャリアタンパク質と結合させるか、あるいは、結合させない。
【０１１４】
一実施形態において、本発明の免疫原性組成物は、５型及び８型莢膜多糖と、ＰＮＡＧとを含有する。
【０１１５】
一実施形態では、本発明の免疫原性組成物は、米国特許第６２９４１７７号に記載の黄色ブドウ球菌３３６抗原を含む。
【０１１６】
３３６抗原は、β結合ヘキソサミンを含み、Ｏアセチル基を含まず、ＡＴＣＣ５５８０４で寄託された黄色ブドウ球菌３３６型に対する抗体と特異的に結合する。
【０１１７】
一実施形態では、３３６抗原は、天然のサイズの多糖であるか、あるいは、例えば、マイクロ流動体化、超音波照射又は化学処理によりサイジングしてもよい。本発明はまた、３３６抗原から誘導したオリゴ多糖も包含する。
【０１１８】
３３６抗原は、本発明の免疫原性組成物に含有させる場合、好ましくは、後述するように、キャリアタンパク質と結合させるか、あるいは、結合させない。
【０１１９】
一実施形態において、キャリアタンパク質は、破傷風トキソイド、ジフテリアトキソイド、ＣＲＭ１９７、プロテインＤ、αトキシン、ＳｄｒＧ、ＣｌｆＡ、ＩｓｄＡ、ＩｓｄＢ、ＩｓｄＨ、プロテインＡ、Ｓｂｉ及びプロテインＡ−Ｓｂｉ融合タンパク質、又はそれらの断片からなる群より独立に選択される。
【０１２０】
一実施形態において、本発明において用いる多糖及びＰＮＡＧは、バイスタンダー（bystander）Ｔ細胞の助けをもたらすタンパク質キャリアと結合させる。多糖免疫原の作製に現在一般的に使用されているこのようなキャリアの例を以下に挙げる：ジフテリア及び破傷風トキソイド（それぞれＤＴ、ＤＴ  ｃｒｍ１９７及びＴＴ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、並びに、ツベルクリン精製タンパク質誘導体（ＰＰＤ）、インフルエンザ菌由来のプロテインＤ、ニューモリシン、又はこれらのうちいずれかの断片。使用に適した断片として、Ｔヘルパーエピトープを含む断片が挙げられる。特に、プロテインＤ断片は、タンパク質のＮ末端側の１／３を含んでいるのが好ましい。プロテインＤは、インフルエンザ菌由来のＩｇＤ結合タンパク質であり（ＥＰ０５９４６１０Ｂ１）、有望な免疫原である。
【０１２１】
これらのキャリアの一般的な使用、及び抗多糖抗体応答の誘導におけるそれらの成功にもかかわらず、これらにはいくつかの欠点が付随する。例えば、抗原特異的な免疫応答は、キャリア、この場合には破傷風毒素に対する既存の抗体の存在によって抑制されることがあることが知られている（Di John et al; Lancet, December 16, 1989）。大きな集団においては、ＤＴ及びＴＴの両方の抗原を用いて慣用的にワクチン接種されているため、ＤＴ及びＴＴの両方に対する既存の免疫を有する人の割合は非常に高い。ＵＫにおいては、例えば９５％の小児に対して、ＤＴ及びＴＴの両方を含むＤＴＰワクチンが投与されている。他の著者は、動物モデルにおけるペプチドワクチンに対するエピトープ抑制の問題について記載している（Sadら、Immunology, 1991; 74:223-227；Schutzeら、J. Immunol. 135: 4, 1985; 2319-2322）。
【０１２２】
他のブドウ球菌キャリアタンパク質はαトキソイドである。この天然形態は多糖と結合されることが多く、それは結合過程で毒性が低減するためである。あるいは、遺伝的に解毒したαトキシン、例えばＨｉｓ３５Ｌｅｕ又はＨｉｓ３５Ａｒｇ変異体などは、残存する毒性が低いためキャリアとして使用される。あるいはαトキシンは、架橋試薬であるホルムアルデヒド又はグルタルアルデヒドによる処理によって化学的に解毒される。遺伝的に解毒したαトキシンは、化学的に、好ましくは架橋試薬であるホルムアルデヒド又はグルタルアルデヒドによる処理によって解毒して、さらに毒性を低減してもよい。
【０１２３】
周知の方法（例えば、Likhiteによる米国特許第４，３７２，９４５号、Armorらによる米国特許第４，４７４，７５７号、及びJenningsら、米国特許第４，３５６，１７０号）のいずれかにより多糖をキャリアタンパク質に結合させることができる。好ましくは、ＣＤＡＰ結合化学を実施する（ＷＯ９５／０８３４８参照）。
【０１２４】
ＣＤＡＰでは、シアニル化試薬１−シアノ−ジメチルアミノピリジニウムテトラフルオロボレート（ＣＤＡＰ）を多糖−タンパク質コンジュゲートの合成に用いるのが好ましい。シアニル化反応は、比較的穏やかな条件下で行なうことができ、これによって、アルカリ感受性多糖の加水分解を阻止する。この合成により、キャリアタンパク質に直接結合させることができる。
【０１２５】
多糖は水溶液又は生理食塩水に可溶化する。ＣＤＡＰをアセトニトリルに溶解させ、その後多糖溶液に添加する。ＣＤＡＰは、多糖のヒドロキシル基と反応して、シアネートエステルを形成する。活性化ステップの後、キャリアタンパク質を添加する。リシンのアミノ基が活性化多糖と反応して、イソ尿素共有結合を形成する。結合反応後、多量の過剰グリシンを添加することにより、残留活性化官能基をクエンチする。生成物をゲル透過カラムに通過させ、非反応キャリアタンパク質と残留試薬を除去する。
【０１２６】
一実施形態において、本発明の免疫原性組成物は、Ｅｂｈ（ＷＯ０２／５９１４８）、エラスチン結合タンパク質（ＥｂｐＳ；ＷＯ９８／３８３１２）、ＥＦＢ（ＦＩＢ）（ＷＯ９４／０６８３０）、ＣｌｆＡ（米国特許第６００８３４１号）、ＣｌｆＢ（ＷＯ９９／２７１０９）、ＳｄｒＣ（ＷＯ９９／２７１０９）、ＳｄｒＧ（ＷＯ９７／４８７２７）、ＦｎｂＡ（ＷＯ０５／１１６０６４に記載の変異体など）、ＦｂｐＡ、ＩｓａＡ／ＰｉｓＡ（ＤＥ１９９  １７  ０９８）、ＩｓｄＡ（ＷＯ０２／５９１４８、ＷＯ０６／５９２４７）、ＩｓｄＢ（ＷＯ０２／０５９１４８；ＷＯ０５／０９３７９及びＷＯ０５／０９３７８に記載の変異体など）、ＩｓｄＣ（ＷＯ０６／５９２４７）、ＨａｒＡ（ＷＯ０５／０９３７８）、αトキシン（Ｈｌａ；米国特許第４６１５８８４号）、αトキシンＨ３５Ｒ変異体、ペニシリン結合タンパク質４（ＷＯ０６／３３９１８）、ＳｓａＡ（ＷＯ０５／１１５１１３）、Ａａｐ（ＷＯ０５／８６６６３）、ＲＡＰ（ＷＯ９９／３２１３３）、ＡｈｐＣ及び変異体（ＷＯ０６／７８６８０）、ＳａｓＡ（ＷＯ０６／１２１６６４）からなる群より選択されるタンパク質を含む。
【０１２７】
好ましい実施形態において、本発明の免疫原性組成物はさらに、以下の群の２、３又は４から選択される、２、３、４、５又は６以上のいくつかのタンパク質を含む：
・ａ群）以下からなる群より選択される、少なくとも１つのブドウ球菌細胞外成分結合タンパク質又はその断片：Ｅｂｈ、エラスチン結合タンパク質（ＥｂｐＳ）、ＥＦＢ（ＦＩＢ）、ＣｌｆＡ、ＣｌｆＢ、ＳｄｒＣ、ＳｄｒＧ、ＦｎｂＡ、ＳｓａＡ、ＳａｓＡ、Ａａｐ、ＡｈｐＣ、ペニシリン結合タンパク質４、ＩｓａＡ／ＰｉｓＡ；
・ｂ群）以下からなる群より選択される、少なくとも１つのブドウ球菌輸送タンパク質又はその断片：ＩｓｄＡ、ＩｓｄＢ、ＩｓｄＣ、ＨａｒＡ；
・ｃ群）以下からなる群より選択される、少なくとも１つのブドウ球菌毒性・トキシン調節因子又はその断片：αトキシン（Ｈｌａ）、αトキシンＨ３５Ｒ変異体、ＲＡＰ。
【０１２８】
ワクチン
本発明の別の態様は、本発明の免疫原性組成物及び薬学的に許容される担体を含むワクチンである。
【０１２９】
本発明の別の態様は、個体、特に哺乳動物、好ましくはヒトにおいて免疫応答を誘導する方法であって、該個体を感染、特に細菌感染、最も特にはブドウ球菌感染（黄色ブドウ球菌及び／又は表皮ブドウ球菌感染など）から防御するために抗体及び／又はＴ細胞免疫応答を生じさせるのに十分な本発明のポリヌクレオチド及び／若しくはポリペプチド、又はそのフラグメント若しくは変異体、あるいは上述したそれらの組合せを、該個体に接種することを含む方法に関する。また、かかる免疫応答が細菌の複製速度を遅くする方法を提供する。本発明のまた別の態様は、個体において免疫応答を誘導する方法であって、該個体（好ましくはヒト）を疾患（該個体において既に疾患が確定しているか否かにかかわらない）から防御するために免疫応答を誘導する、例えば抗体及び／又はＴ細胞免疫応答（例としてサイトカイン産生Ｔ細胞若しくは細胞傷害性Ｔ細胞）を生じさせるために、本発明のポリヌクレオチド及び／若しくはポリペプチド、又はそのフラグメント若しくは変異体、あるいは上述したそれらの組合せを発現させるための、本発明のポリヌクレオチド及び／若しくはポリペプチド、又はそのフラグメント若しくは変異体の発現を指令する核酸ベクター、配列又はリボザイムをかかる個体にｉｎ  ｖｉｖｏで送達することを含む方法に関する。遺伝子投与の一例は、該遺伝子を粒子又は他のものにコーティングして所望の細胞に加速することである。かかる核酸ベクターは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、リボザイム、改変型核酸、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、ＤＮＡ−タンパク質複合体、又はＲＮＡ−タンパク質複合体などである。
【０１３０】
本発明のさらなる態様は、そこで免疫応答を誘導することができる個体、好ましくはヒトに導入された場合に、かかる個体において本発明のポリヌクレオチド及び／又はそれにコードされるポリペプチド、あるいは上述したそれらの組合せに対して免疫応答を誘導する免疫原性組成物であって、組換えポリヌクレオチド及び／又はそれにコードされるポリペプチドを含む、並びに／あるいは上記ポリヌクレオチド、それにコードされるポリペプチド、又は本発明の他のポリペプチドの抗原をコードし発現するＤＮＡ及び／又はＲＮＡを含む免疫原性組成物に関する。免疫応答を治療又は予防として利用することも可能であり、これは抗体免疫及び／又は細胞性免疫、例えばＣＴＬ又はＣＤ４＋Ｔ細胞から生じる細胞性免疫などの形態でありうる。
【０１３１】
本発明のポリペプチド又はその断片は、共タンパク質（co-protein）又は化学的部分と融合してもよく、これは、それ自体は抗体を産生してもしなくてもよいが、第１のタンパク質を安定化し、抗原性及び／又は免疫原性、好ましくは防御特性を有する融合又は修飾タンパク質を産生することのできるものである。このように融合した組換えタンパク質は、好ましくは、抗原性補タンパク質、例えばインフルエンザ菌由来のリポタンパク質Ｄ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）又はβ−ガラクトシダーゼ、あるいはタンパク質を可溶化し、それらの生成及び精製を容易にする他の比較的高分子の補タンパク質をさらに含む。さらに、補タンパク質は、そのタンパク質を投与する生物の免疫系の一般的な刺激を提供するという意味で、アジュバントとして作用しうる。補タンパク質は第１のタンパク質のアミノ又はカルボキシ末端のいずれに結合していてもよい。
【０１３２】
本発明のワクチン組成物において、ポリペプチド及び／若しくはポリヌクレオチド、又はその断片、若しくはミモトープ、若しくは変異体、あるいは上述したそれらの組合せは、ベクター、例えば上述した組換え生存ベクター（例：生存細菌ベクター）などに存在することも可能である。
【０１３３】
また、本発明により、本発明のポリペプチド及び／又はポリヌクレオチド、並びに免疫刺激性ＤＮＡ配列、例えばSato, Y.ら、Science 273: 352 (1996)に記載されているものなどを含む組成物、特にワクチン組成物、及び方法が提供される。
【０１３４】
一実施形態では、本発明の免疫原性組成物を、薬学的に許容される賦形剤、及び／又は場合によりアジュバントと混合する。
【０１３５】
場合により本発明のワクチンにアジュバントを添加してもよい。好適なアジュバントとして、アルミニウム塩、例えば、水酸化アルミニウムゲル（ミョウバン）又はリン酸アルミニウムが挙げられるが、カルシウム、マグネシウム、鉄若しくは亜鉛の塩でもよく、あるいは、アシル化チロシン、若しくはアシル化糖、カチオン性若しくはアニオン性に誘導体化した多糖、又はポリホスホスファゼンの不溶性懸濁液でもよい。
【０１３６】
場合により、アジュバントは、ＴＨ１又はＴＨ２型応答のいずれかの選択的誘導物質である。高レベルのＴｈ１型サイトカインは、所与の抗原に対する細胞性免疫応答の誘導を助ける傾向があるのに対し、高レベルのＴｈ２型サイトカインは、該抗原に対する体液性免疫応答の誘導を助ける傾向がある。
【０１３７】
Ｔｈ１及びＴｈ２型免疫応答の区別は絶対的ではないことに留意する必要がある。実際には、個体は、主にＴｈ１又は主にＴｈ２として表示される免疫応答を支持する。しかし、多くの場合、Mosmann及びCoffmanによりマウスＣＤ４陽性Ｔ細胞クローンについて記載されている（Mosmann, T.R.及びCoffman, R.L. (1989) TH1 and TH2 cells: different patterns of lymphokine secretion lead to different functional properties. Annual Review of Immunology, 7, p145-173）ような表現でサイトカインのファミリーを考えるのが好都合である。伝統的には、Ｔｈ１型応答は、Ｔ−リンパ球によるＩＮＦ−γ及びＩＬ−２サイトカインの産生と関連している。Ｔｈ１型免疫応答の誘導に直接関連することが多いその他のサイトカインは、Ｔ細胞（例えば、ＩＬ−１２）により産生されない。対照的に、Ｔｈ２型応答は、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１０の分泌に関連する。主にＴｈ１型応答を促進する好適なアジュバント系を以下に挙げる：モノホスホリルリピドＡ又はその誘導体、具体的には３−デ−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡ（３Ｄ−ＭＰＬ）（その調製については、ＧＢ２２２０２１１  Ａを参照）；並びに、モノホスホリルリピドＡ、好ましくは、アルミニウム塩（例えば、リン酸アルミニウム若しくは水酸化アルミニウム）又は水中油型エマルションのいずれかと、３−デ−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡとの組合せ。このような組合せの場合、同じ粒状構造に抗原と３Ｄ−ＭＰＬを含有させることにより、抗原及び免疫刺激シグナルのさらに効率的な送達が可能になる。様々な研究から、３Ｄ−ＭＰＬはミョウバン吸着抗原の免疫原性をさらに増強できることが明らかにされた［Thoelenら、Vaccine (1998)  16:708-14；ＥＰ６８９４５４−Ｂ１］。
【０１３８】
増強された系には、モノホスホリルリピドＡとサポニンの組合せ、特に、ＷＯ９４／００１５３に開示されているようなＱＳ２１と３Ｄ−ＭＰＬの組合せ、若しくは、ＷＯ９６／３３７３９に開示されているように、ＱＳ２１をコレステロールでクエンチする低反応原性（less reactogenic）組成物が含まれる。水中油型エマルション中のＱＳ２１、３Ｄ−ＭＰＬ及びトコフェロールを含む特に効力の高いアジュバントがＷＯ９５／１７２１０に記載されており、これは好ましい製剤である。好ましくは、前記に加え、ワクチンはサポニン、さらに好ましくはＱＳ２１を含む。製剤は、さらに水中油型エマルションとトコフェロール（ＷＯ９５／１７２１０）を含んでもよい。本発明は、薬学的に許容される賦形剤、例えば、３Ｄ−ＭＰＬと一緒に本発明のタンパク質を混合することを含む、ワクチン製剤の製造方法も提供する。非メチル化ＣｐＧ含有オリゴヌクレオチド（ＷＯ９６／０２５５５）もまたＴＨ１応答の好ましい誘導物質であり、本発明における使用に適している。
【０１３９】
本発明のワクチン製剤を用いて、全身又は粘膜経路を介した該ワクチンの投与により、感染しやすい哺乳動物を防御又は治療することができる。このような投与としては、筋内、腹腔内、皮内若しくは皮下経路に注射；又は、口内／消化管、気道、尿生殖管への粘膜投与が挙げられる。本発明のワクチンは単一用量として投与することもできるが、その成分を同時に、又は時間を変えて共投与してもよい。共投与のために、任意のＴｈ１アジュバントを様々な投与形態の一部又は全部に存在させてもよい。単一の投与経路以外にも、２つの異なる投与経路を用いてもよい。さらには、本発明のワクチンを初回免疫ではＩＭ投与し、追加免疫ではＩＮ投与することも可能である。
【０１４０】
各ワクチン用量における抗原の量は、典型的なワクチンにおいて有意な有害副作用を起こさずに、免疫防御応答を誘導する量として選択する。このような量は、使用する具体的な免疫原、及びその提示方法に応じて変動する。一般に、各用量は、多糖又はオリゴ糖抗原の場合には０．１〜１００μｇの糖、多糖コンジュゲートの場合には０．１〜５０μｇ、０．１〜１０μｇ、１〜１０μｇ、又は１〜５μｇを含む。
【０１４１】
ワクチンにおけるタンパク質抗原の含量は、典型的には１〜１００μｇ、好ましくは５〜５０μｇ、最も典型的には５〜２５μｇの範囲にある。最初のワクチン接種後、適切な間隔をおいて、１又は複数回の追加免疫を被験者に実施してもよい。
【０１４２】
ワクチン製剤は、Vaccine Design（“The subunit and adjuvant approach”（Powell M.F.及びNewman M.J.編）（1995 Plenum Press New York））に概要が記載されている。リポソームへの封入はFullertonによる米国特許第４，２３５，８７７号に記載されている。
【０１４３】
本発明のワクチンは溶液として、又は凍結乾燥させて保存することができる。場合により、スクロース、トレハロース若しくはラクトースのような糖の存在下で溶液を凍結乾燥する。場合によっては、凍結乾燥し、使用前に即時に再構成するものである。凍結乾燥によって、さらに安定した組成物（ワクチン）が得られる。
【０１４４】
本発明のさらなる態様は、薬学的に許容される賦形剤を本発明の免疫原性組成物に添加するステップを含む、本発明のワクチンの製造方法に関する。
【０１４５】
本発明のさらなる態様は、ブドウ球菌疾患の治療又は予防に使用するための本発明の免疫原性組成物、ポリペプチド又はポリヌクレオチドに関する。
【０１４６】
本発明のさらなる態様は、ブドウ球菌疾患の治療又は予防のための医薬の製造における本発明の免疫原性組成物、ポリペプチド又はポリヌクレオチドの使用に関する。
【０１４７】
本発明のさらなる態様は、本発明の免疫原性組成物、ワクチン、ポリペプチド又はポリヌクレオチドをその必要のある患者に投与することを含む、ブドウ球菌疾患の治療又は予防方法に関する。
【０１４８】
本発明はまた、ブドウ球菌感染、特に、病院で獲得する院内感染の治療方法も包含する。
【０１４９】
本発明の免疫原性組成物又はワクチンは、選択的外科手術の場合に用いるのが特に有利である。このような患者は、手術日が事前にわかっているため、前もって接種することができる。黄色ブドウ球菌又は表皮ブドウ球菌感染に患者が暴露されるかどうかはわからないため、前述したように、両方を防御する本発明のワクチンを接種するのが好ましい。好ましくは、選択的外科手術を待機中の１６歳以上の成人を本発明の免疫原性組成物及びワクチンで処置する。
【０１５０】
本発明のワクチンで保健機関職員を接種するのも有利である。
【０１５１】
本発明のワクチン製剤を用いて、全身又は粘膜経路から上記ワクチンを投与することにより、感染しやすい哺乳動物を防御又は治療することができる。このような投与として、筋内、腹腔内、皮内若しくは皮下経路による注射；又は、口内／消化管、気道、尿生殖管への粘膜投与が挙げられる。
【０１５２】
各ワクチン用量における抗原の量は、典型的なワクチンにおいて有意な有害副作用を起こすことなく、免疫防御応答を誘導する量として選択する。このような量は、使用する具体的な免疫原、及びその提示方法に応じて変動する。ワクチンのタンパク質含量は、典型的には１〜１００μｇ、好ましくは５〜５０μｇ、最も典型的には１０〜２５μｇの範囲にある。一般に、各用量は、０．１〜１００μｇの多糖（存在する場合には）、好ましくは０．１〜５０μｇの多糖、好ましくは０．１〜１０μｇの多糖を含み、中でも１〜５μｇが最も好ましい範囲である。具体的ワクチンについての最適量は、被験者における適切な免疫応答の観察を含む標準的試験により確認することができる。最初のワクチン接種後、適切な間隔をおいて、１又は数回の追加免疫を被験者に実施することができる。
【０１５３】
本発明のワクチンはあらゆる経路により投与することができるが、皮膚内（ＩＤ）への前記ワクチンの投与は、本発明の一実施形態を形成する。ヒトの皮膚は、角質層と呼ばれる外側の「角質」表皮を含み、これは表皮を覆っている。この表皮の下に、真皮と呼ばれる層があり、この層は皮下組織を覆っている。研究者らは、皮膚、特に真皮にワクチンを注射すると、免疫応答を刺激することを明らかにしたが、これも多くのさらなる利点を伴うと考えられる。本明細書に記載するワクチンの皮内接種は、本発明の好ましい形態である。
【０１５４】
皮内注射の慣用の方法、すなわち、「マントウー法」は、皮膚を清浄した後、一方の手で引き伸ばし、狭いゲージ針（２６〜３１ゲージ）の斜端を上方に向け、１０〜１５°の角度で針を挿入する。針の斜端を挿入したら、針の軸を下げ、わずかに圧力を加えながらさらに進め、皮膚の下で持ち上げる。次に、極めてゆっくりと液体を挿入することにより、皮膚表面に水泡又は隆起を形成した後、針をゆっくりと引き抜く。
【０１５５】
さらに近年になり、皮膚内又は皮膚を介した液体薬剤投与のために専用に設計された装置が記載されており、例えば、ＷＯ９９／３４８５０及び欧州特許第１０９２４４４に記載されている装置、また、例えば、以下の文献に記載のジェット式注射装置が挙げられる：ＷＯ０１／１３９７７；米国特許第５，４８０，３８１号、米国特許第５，５９９，３０２号、米国特許第５，３３４，１４４号、米国特許第５，９９３，４１２号、米国特許第５，６４９，９１２号、米国特許第５，５６９，１８９号、米国特許第５，７０４，９１１号、米国特許第５，３８３，８５１号、米国特許第５，８９３，３９７号、米国特許第５，４６６，２２０号、米国特許第５，３３９，１６３号、米国特許第５，３１２，３３５号、米国特許第５，５０３，６２７号、米国特許第５，０６４，４１３号、米国特許第５，５２０，６３９号、米国特許第４，５９６，５５６号、米国特許第４，７９０，８２４号、米国特許第４，９４１，８８０号、米国特許第４，９４０，４６０号、ＷＯ９７／３７７０５及びＷＯ９７／１３５３７。ワクチン製剤の皮内投与の別の方法として、従来の注射器と針、固形ワクチンの弾道送達（ballistic delivery）のために設計されたデバイス（ＷＯ９９／２７９６１）、又は経皮パッチ（ＷＯ９７／４８４４０；ＷＯ９８／２８０３７）；あるいは、皮膚の表面に適用するもの（経皮送達（transdermal, transcutaneous）：ＷＯ９８／２０７３４；ＷＯ９８／２８０３７）がある。
【０１５６】
本発明のワクチンを皮膚、あるいはさらに具体的には真皮に投与する場合には、ワクチンは低液量、具体的には、約０．０５ｍｌ〜０．２ｍｌの量である。
【０１５７】
本発明の皮膚又は皮内ワクチンにおける抗原の含量は、筋内ワクチンに存在する通常の用量（前記参照）と同様でよい。しかし、製剤が「低用量」であることが皮膚又は皮内ワクチンの特徴である。従って、「低用量」ワクチンにおけるタンパク質抗原は、用量当たり０．１〜１０μｇ、好ましくは０．１〜５μｇほどの少量存在するのが好ましく、多糖（好ましくは結合した）抗原は、用量当たりの多糖が０．０１〜１μｇ、好ましくは０．０１〜０．５μｇの範囲で存在しうる。
【０１５８】
本明細書で用いる用語「皮内送達」とは、皮膚における真皮の領域にワクチンを送達することを意味する。しかし、ワクチンは、必ずしも真皮だけに位置させるわけではない。真皮は、ヒトの皮膚表面から約１．０〜約２．０ｍｍの間に位置する皮膚であるが、個体間や、身体の各部でいくらか差がある。一般に、皮膚の表面から１．５ｍｍ下に進めば真皮に到達すると考えられる。真皮は、表面の角質層及び表皮と、下方の皮下層との間に位置する。送達方法に応じて、ワクチンは最終的に真皮内だけ、又は主に真皮内に位置させることもあり、あるいは、最終的に表皮及び真皮内に分布させることもある。
【０１５９】
本発明の別の実施形態は、ブドウ球菌感染の予防又は治療方法であって、本発明のワクチンを、その必要のある患者、例えば選択的手術を待機中の患者、に投与するステップを含む方法である。
【０１６０】
用語「ブドウ球菌感染」は、哺乳動物、好ましくはヒト宿主に感染を引き起こすことができる黄色ブドウ球菌（S.aureus）及び／又は表皮ブドウ球菌（S. epidermidis）並びにその他のブドウ球菌株により引き起こされる感染を包含する。
【０１６１】
本発明がさらによく理解されるように、以下に実施例を記載する。これらの実施例は、説明を目的にするにすぎず、いかなる意味でも本発明の範囲を限定するものとして解釈すべきではない。
【実施例１】
【０１６２】
プロテインＡ−Ｓｂｉ融合タンパク質の大腸菌における組換え発現及び精製
６５ｋＤａのプロテインＡ−Ｓｂｉ融合タンパク質は、プロテインＡ遺伝子の断片とＳｂｉ遺伝子の断片を融合し、発現ベクターＴＣＭＰ１４にクローニングし、融合タンパク質を大腸菌において発現させることにより作製した。
【０１６３】
黄色ブドウ球菌プロテインＡ断片は、５つのＩｇＧ結合ドメインを含むがシグナルペプチド又はＣ末端細胞壁結合領域を含まない４３ｋＤａのプロテインＡ断片をコードするものであり、これを１１６４塩基対の断片としてＮＣＴＣ８３２５  ＤＮＡ株（ＡＴＣＣ３５５５６Ｄ）から増幅した。用いたプライマーは以下のとおりである：
2009520758.tif 000003
【０１６４】
Ｓｂｉ断片は、２つのＩｇＧ結合ドメインを含むがβ−２−糖タンパク質１のＩｇＧ結合ドメインは含まない２０ｋＤａのＳｂｉ断片をコードするものであり、これを５２２塩基対の断片としてＮＣＴＣ８３２５  ＤＮＡ株（ＡＴＣＣ３５５５６Ｄ）から増幅した。用いたプライマーは以下のとおりである：
2009520758.tif 000004
【０１６５】
２つの断片は、ＮｄｅＩ、ＢａｍＨＩ及びＳｐｅＩクローニング部位を利用してＴＣＭＰ１４ベクターにクローニングし、大腸菌ＡＲ５８に形質転換した。
【０１６６】
細菌の培養（４×２５０ｍｌ）をＬＢＴ＋カナマイシン５０μｇ／ｍｌにおいて３０℃で行った。タンパク質の発現は、４２℃の温度で４時間かけて誘導した。細菌培養物を遠心して細菌の細胞ペレットを形成させ、ペレットは抽出まで−２０℃で保存した。図２は、クーマシー染色した４〜２０％ＰＡＧＥを示すが、これは、プロテインＡ−Ｓｂｉ発現が誘導温度における４時間後に形質転換細胞において観察されることを示している。６５ｋＤａの新たなバンドがレーン５に現れたが、これは誘導温度で４時間インキュベートした細菌を含む。
【０１６７】
細菌ペレット（４×２５０ｍｌの細菌培養物に相当する）を、２０ｍＭリン酸（Ｎａ２ＨＰＯ４／ＮａＨ２ＰＯ４）、５００ｍＭ  ＮａＣｌ、ｐＨ７．４を含む結合バッファーに再懸濁した。タンパク質はプロテアーゼ感受性であるため、プロテアーゼ阻害剤（Ｐｅｆａｂｌｏｃｋ  １ｍＭ）をこの懸濁液に添加した。次に、細菌をフレンチプレスに４回通して溶解させた。溶解物を１３，０００ｒｐｍで２０分遠心し、懸濁液を精製に用いた。精製にはＨｉ−ＴｒａｐキレートＨＰ（５ｍｌ）カラム（Amersham Biosciences）を用いた。このカラムに懸濁液を導入し、次に２０ｍＭリン酸（Ｎａ２ＨＰＯ４／ＮａＨ２ＰＯ４）、５００ｍＭ  ＮａＣｌ、ｐＨ７．４で洗浄した。続いて、結合した融合タンパク質を、２０ｍＭリン酸（Ｎａ２ＨＰＯ４／ＮａＨ２ＰＯ４）、５００ｍＭ  ＮａＣｌ、１００ｍＭイミダゾール、ｐＨ７．４を含む溶出バッファーを用いて溶出した。精製後、溶出した画分をプールし、５０ｍＭリン酸（Ｎａ２ＨＰＯ４／ＮａＨ２ＰＯ４）、１５０ｍＭ  ＮａＣｌ、ｐＨ７．４に対して透析し、ろ過（０．２２μｍ）し、ＢＣＡＴＭタンパク質アッセイ（Pierce）キットを用いて定量した。精製の収量は４．７３ｍｇだった。
【０１６８】
精製したプロテインＡ−Ｓｂｉに対してＳＤＳ−ＰＡＧＥ及びウエスタンブロット分析を行った。図３は、クーマシー染色した４〜２０％ＰＡＧＥを示す。精製タンパク質サンプル中に６５ｋＤａの純粋なバンドが存在した。
【実施例２】
【０１６９】
黄色ブドウ球菌腹腔内感染により誘導されたマウス死亡モデルにおけるプロテインＡ−Ｓｂｉ融合タンパク質の評価
方法：
４週齢のＣＤ１雌マウス２５匹の群を、８μｇのプロテインＡ（ＰｒｏｔＡ）又はＰｒｏｔＡ−ＳＢＩ融合タンパク質（いずれもＡｌＰＯ４アジュバントを添加）で３回（第０日、第１４日、及び第２８日）、筋内注射により免疫した。対照マウスには、等量のＡｌＰＯ４アジュバント又は死滅全細胞黄色ブドウ球菌５血清型Ｒｅｙｎｏｌｄｓ（５  １０８ＣＦＵ）（ＡｌＰＯ４アジュバントを添加）を免疫した。第４２日に、５％のムチンを添加した５００μｌの黄色ブドウ球菌５  Ｒｅｙｎｏｌｄｓ株（３  １０６ＣＦＵ）をマウスの腹腔内に投与してチャレンジした。チャレンジ後４日目までマウスの死亡を調べた。
【０１７０】
結果：
結果を図４に示す。予想されたとおり、ＡｌＰＯ４単独で免疫したマウスでは防御が観察されなかった。同種の死滅全細胞で免疫した陽性対照群では非常に良好な防御が観察された。ＰｒｏｔＡで免疫した後に防御は観察されなかった。ＰｒｏｔＡ−ＳＢＩ構築物で免疫したマウスにおいては、統計学的に有意ではないが、高い生存率（２４％）が観察された。
【０１７１】
考察：
融合タンパク質におけるプロテインＡとＳｂｉ  ＩｇＧドメインの組み合わせの免疫によって、プロテインＡ単独での免疫よりも高い防御をもたらすことができる。このモデルにおけるプロテインＡ−Ｓｂｉ融合タンパク質での免疫により誘導される黄色ブドウ球菌感染に対する防御は、有効な黄色ブドウ球菌ワクチンを得るためにこの抗原を他の候補と組み合わせて使用することができることを示唆している。
【実施例３】
【０１７２】
プロテインＡ及びＳｂｉ配列のバイオインフォマティクス解析
ＣｌｕｓｔａｌＷプログラムを用いて黄色ブドウ球菌Ｃｏｌ株、Ｍｕ５０株、ＮＣＴＣ８３２５株、Ｎ３１５株、Ｍｗ２株、ＭＲＳＡ２５２株及びＭＳＳＡ４７６株由来のＳｂｉ配列を比較し、同一性％を計算した。このアライメントを図５に示すが、配列は９２〜１００％の同一性を有することがわかった。
【０１７３】
特定したＩｇＧ結合ドメインを表１に示す。
【表１】
2009520758.tif 000005
【０１７４】
ＣｌｕｓｔａｌＷプログラムを用いて黄色ブドウ球菌Ｃｏｌ株、Ｍｕ５０株、ＮＣＴＣ８３２５株、Ｎ３１５株、Ｍｗ２株、ＭＲＳＡ２５２株及びＭＳＳＡ４７６株由来のプロテインＡ配列を比較し、同一性％を計算した。このアライメントを図４に示すが、配列は９１〜１００％の同一性を有することがわかった。特定したＩｇＧ結合ドメインを表２に示す。
【表２】
2009520758.tif 000006
【実施例４】
【０１７５】
ＰｒｏｔＡ−ＳｄｒＧ−Ｓｂｉを含む融合タンパク質（＋／−１５０ｋＤａ）の構築
ｓｄｒＧをＰｒｏｔＡ遺伝子とＳｂｉ遺伝子の間のＢａｍＨＩ部位に挿入することにより実施例１に記載のプロテインＡ−Ｓｂｉ構築物にｓｄｒＧ遺伝子をクローニングし、ＰｒｏｔＡ−ＳｄｒＧ−Ｓｂｉ構築物を作製した。
【０１７６】
以下のプライマーを用いて、ＰＣＲにより表皮ブドウ球菌１２２２８株のゲノムＤＮＡからＳｄｒＧを増幅した：
2009520758.tif 000007
【０１７７】
得られた構築物は、配列番号７５の配列を有していた。この構築物を使用して、実施例１に記載のプロトコールによりプロテインＡ−ＳｄｒＧ−Ｓｂｉ融合タンパク質を発現させた。この発現でプロテインＡ−ＳｄｒＧ−Ｓｂｉタンパク質の１５０ｋＤａのタンパク質が生じ、これは４〜２０％ポリアクリルアミドゲル上で泳動させ、クーマシーブルーで染色するか、又は抗Ｈｉｓタグ抗体を用いたウエスタンブロットにより可視化した。
【０１７８】
配列
配列番号1：Sbi ドメイン1
TQNNYVTDQQKAFYQVLHLKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDS
【０１７９】
配列番号2：Sbiドメイン2
KNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLTEQEKNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKA
【０１８０】
配列番号3：SBIドメイン1及び2
TQNNYVTDQQKAFYQVLHLKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDSKN
PDRRVAQQNAFYNVLKNDNLTEQEKNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKA
【０１８１】
配列番号4：融合タンパク質のSbi部分
SENTQQTSTKHQTTQNNYVTDQQKAFYQVLHLKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSE
SLKDSKNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLTEQEKNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKAK
ERQNIENADKAIKDFQDNKAPHDKSAAYEANSKLPKDLRDKNNRFVEKVSIEKA
【０１８２】
配列番号5：Sbi Col
MKNKYISKLLVGAATITLATMISNGEAKASENTQQTSTKHQTTQNNYVTDQQKAFYQVLH
LKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDSKNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLTEQE
KNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKAKERQNIENADKAIKDFQDNKAPHDKSAAYEAN
SKLPKDLRDKNNRFVEKVSIEKAIVRHDERVKSANDAISKLNEKDSIENRRLAQREVNKA
PMDVKEHLQKQLDALVAQKDAEKKVAPKVEAPQIQSPQIEKPKVESPKVEVPQIQSPKVE
VPQSKLLGYYQSLKDSFNYGYKYLTDTYKSYKEKYDTAKYYYNTYYKYKGAIDQTVLTVL
GSGSKSYIQPLKVDDKNGYLAKSYAQVRNYVTESINTGKVLYTFYQNPTLVKTAIKAQET
ASSIKNTLSNLLSFWK
【０１８３】
配列番号6：Sbi Mu50
MHMKNKYISKLLVGAATITLATMISNGEAKASENTQQTSTKHQTTQNNYVTDQQKAFYQV
LHLKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDSKNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLTE
QEKNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKAKERQNIENADKAIKDFQDNKAPHDKSAAYE
ANSKLPKDLRDKNNRFVEKVSIEKAIVRHDERVKSANDAISKLNEKDSIENRRLAQREVN
KAPMDVKEHLQKQLDALVAQKDAEKKVAPKVEAPQIQSPQIEKPKAESPKVEVPQSKLLG
YYQSLKDSFNYGYKYLTDTYKSYKEKYDTAKYYYNTYYKYKGAIDQTVLTVLGSGSKSYI
QPLKVDDKNGYLAKSYAQVRNYVTESINTGKVLYTFYQNPTLVKTAIKAQETASSIKNTL
SNLLSFWK
【０１８４】
配列番号7：sbi MRSA252
MKNKYISKLLVGAATITLATMISNGEAKASENTQQTSTKHQTTQNNYVTDQQKAFYQVLH
LKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDSKNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLTEQE
KNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKAKERQNIENADKAIKDFQDNKAPHDKSAAYEAN
SKLPKDLRDKNNRFVEKVSIEKAIVRHDERVKSANDAISKLNEKDSIENRRLAQREVNKA
PMDVQKHLQKQLDALVAQKDAEKKVAPKVEAPQIQSPQIEKPKAESPKVEVPQIQSPKVE
VPQSKLLGYYQSLKDSFNYGYKYLTDTYKSYKEKYDTAKYYYNKYYQYKGLIDKTVLTTI
GSGYGSYIKPLEVSKESGNLAKSYAQVRNYVTESINTGKVLYAFYQKPELVKTAIKAQET
ATTFKNALTGIFKSFWK
【０１８５】
配列番号8：sbi MSSA476
MKNKYISKLLVGAATITLATMISNGEAKASENTQQTSTKHQTTQNNYVTDQQKAFYQVLH
LKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDSKNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLTEQE
KNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKAKERQNIENADKAIKDFQDNKAPHDKSAAYEAN
SKLPKDLRDKNNRFVEKVSIEKAIVRHDERVKSANDAISKLNVKDSIENRRLAQREVNKA
PMDVKEHLQKQLDALVAQKDAEKKVAPKVEAPQIQSPQIEKPKAESPKVEVPQIQSPKVE
VPQSKLLGYYQSLKDSFNYGYKYLTDTYKSYKEKYDTAKYYYNTYYKYKGAIDKAVLTLL
GDGSKSYIQPLKVDDKNGYLAKSYAQVRNYVTESINTGKVLYTFYQNPTLVKTAIKAQET
ASSIKNTITGLFNSFWK
【０１８６】
配列番号 9：sbi MW2
MKNKYISKLLVGAATITLATMISNGEAKASENTQQTSTKHQTTQNNYVTDQQKAFYQVLH
LKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDSKNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLTEQE
KNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKAKERQNIENADKAIKDFQDNKAPHDKSAAYEAN
SKLPKDLRDKNNRFVEKVSIEKAIVRHDERVKSANDAISKLNVKDSIENRRLAQREVNKA
PMDVKEHLQKQLDALVAQKDAEKKVAPKVEAPQIQSPQIEKPKAESPKVEVPQIQSPKVE
VPQSKLLGYYQSLKDSFNYGYKYLTDTYKSYKEKYDTAKYYYNTYYKYKGAIDKAVLTLL
GDGSKSYIQPLKVDDKNGYLAKSYAQVRNYVTESINTGKVLYTFYQNPTLVKTAIKAQET
ASSIKNTITGLFNSFWK
【０１８７】
配列番号10：sbi N315
MKNKYISKLLVGAATITLATMISNGEAKASENTQQTSTKHQTTQNNYVTDQQKAFYQVLH
LKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDSKNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLTEQE
KNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKAKERQNIENADKAIKDFQDNKAPHDKSAAYEAN
SKLPKDLRDKNNRFVEKVSIEKAIVRHDERVKSANDAISKLNEKDSIENRRLAQREVNKA
PMDVKEHLQKQLDALVAQKDAEKKVAPKVEAPQIQSPQIEKPKAESPKVEVPQIQSPKVE
VPQSKLLGYYQSLKDSFNYGYKYLTDTYKSYKEKYDTAKYYYNTYYKYKGAIDQTVLTVL
GSGSKSYIQPLKVDDKNGYLAKSYAQVRNYVTESINTGKVLYTFYQNPTLVKTAIKAQET
ASSIKNTLSNLLSFWK
【０１８８】
配列番号11：sbi NCTC8325
MKNKYISKLLVGAATITLATMISNGEAKASENTQQTSTKHQTTQNNYVTDQQKAFYQVLH
LKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDSKNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLTEQE
KNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKAKERQNIENADKAIKDFQDNKAPHDKSAAYEAN
SKLPKDLRDKNNRFVEKVSIEKAIVRHDERVKSANDAISKLNEKDSIENRRLAQREVNKA
PMDVKEHLQKQLDALVAQKDAEKKVAPKVEAPQIQSPQIEKPKVESPKVEVPQIQSPKVE
VPQSKLLGYYQSLKDSFNYGYKYLTDTYKSYKEKYDTAKYYYNTYYKYKGAIDQTVLTVL
GSGSKSYIQPLKVDDKNGYLAKSYAQVRNYVTESINTGKVLYTFYQNPTLVKTAIKAQET
ASSIKNTLSNLLSFWK
【０１８９】
配列番号12：SPA ドメイン1
NAAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQRNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDS
配列番号13：SPA ドメイン2 (V8)
QQNKFNKDQQSAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNES
配列番号14：ドメイン2 (Mu50)
QQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNES
【０１９０】
配列番号15：ドメイン3 (MRSA)
ADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNES
配列番号16：ドメイン3 (V8)
ADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDA
配列番号17：ドメイン3 (MU50)
ADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLSEAKKLNES
【０１９１】
配列番号18：ドメイン4 (MRSA)
ADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDA
配列番号19：ドメイン4 (V8)
ADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFIQSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDA
配列番号20：ドメイン4 (MU50)
ADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDA
【０１９２】
配列番号21：ドメイン5
ADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFIQSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDA
【０１９３】
配列番号22：ドメイン1+2
MAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQRNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQ
APKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEA
KKLNES
【０１９４】
配列番号23：ドメイン2-3
QQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEA
KKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANL
LSEAKKLNES
【０１９５】
配列番号24：ドメイン3-4
ADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANL
LSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQ
SANLLAEAKKLNDA
【０１９６】
配列番号25：ドメイン4-5
ADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQ
SANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFIQSLKD
DPSVSKEILAEAKKLNDAQA
【０１９７】
配列番号26：ドメイン1-3
MAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQRNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQ
APKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEA
KKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANL
LSEAKKLNES
【０１９８】
配列番号27：ドメイン2-4
QQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEA
KKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANL
LSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQ
SANLLAEAKKLNDA
【０１９９】
配列番号28：ドメイン3-5
QAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANL
LSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQ
SANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFIQSLKD
DPSVSKEILAEAKKLNDAQA
【０２００】
配列番号29：ドメイン1-4
AQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQRNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQ
APKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEA
KKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANL
LSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQ
SANLLAEAKKLNDA
【０２０１】
配列番号30：ドメイン2-5
QQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEA
KKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANL
LSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQ
SANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFIQSLKD
DPSVSKEILAEAKKLNDAQA
【０２０２】
配列番号31：ドメイン1-5
AQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQRNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQ
APKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEA
KKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANL
LSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQ
SANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFIQSLKD
DPSVSKEILAEAKKLNDAQA
【０２０３】
配列番号32：融合タンパク質のプロテインＡ部分
MAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQRNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQ
APKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEA
KKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANL
LSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQ
SANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFIQSLKD
DPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNNKPGKEDNNKPGKEDNNKPGKEDNNKPG
KEDNNKPGKEDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDGNK
PGKEDGNGVHVG
【０２０４】
配列番号33：SPA NCTC8425
MKKKNIYSIRKLGVGIASVTLGTLLISGGVTPAANAAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQ
RNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEA
QRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQR
NGFIQSLKDDPSQSANLLSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNG
FIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFI
QSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNNKPGKEDNNKPGKEDNNKPGKEDNNKPGK
EDNNKPGKEDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGN
GVHVVKPGDTVNDIAKANGTTADKIAADNKLADKNMIKPGQELVVDKKQPANHADANKAQ
ALPETGEENPFIGTTVFGGLSLALGAALLAGRRREL
【０２０５】
配列番号34：SPA Mu50
MKKKNIYSIRKLGVGIASVTLGTLLISGGVTPAANAAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQ
RNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEA
QRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQR
NGFIQSLKDDPSQSANLLSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNG
FIQSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNKKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDNKKP
GKEDGNKPGKEDNNKPGKEDGNKPGKEDNNKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNGVHVVK
PGDTVNDIAKANGTTADKIAADNKLADKNMIKPGQELVVDKKQPANHADANKAQALPETG
EENPFIGTTVFGGLSLALGAALLAGRRREL
【０２０６】
配列番号35：SPA N315
MKKKNIYSIRKLGVGIASVTLGTLLISGGVTPAANAAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQ
RNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEA
QRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQR
NGFIQSLKDDPSQSANLLSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNG
FIQSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNKKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDNKKP
GKEDGNKPGKEDNNKPGKEDGNKPGKEDNNKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNGVHVVK
PGDTVNDIAKANGTTADKIAADNKLADKNMIKPGQELVVDKKQPANHADANKAQALPETG
EENPFIGTTVFGGLSLALGAALLAGRRREL
【０２０７】
配列番号36：SPA MW2
MKKKNIYSIRKLGVGIASVTLGTLLISGGVTPAANAAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQ
RNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEA
QRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQR
NGFIQSLKDDPSQSANLLSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNG
FIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFI
QSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNNKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDNNKPGK
EDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDNNKPGKEDGNGVHVVKPGDTVNDIAKANGTTADK
IAADNKLADKNMIKPGQELVVDKKQPANHADANKAQALPETGEENPFIGTTVFGGLSLAL
GAALLAGRRREL
【０２０８】
配列番号 37：SPA  Col
LKKKNIYSIRKLGVGIASVTLGTLLISGGVTPAANAAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQ
RNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEA
QRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQR
NGFIQSLKDDPSQSANLLSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNG
FIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFI
QSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNNKPGKEDNNKPGKEDNNKPGKEDNNKPGK
EDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNGVHVVKPG
DTVNDIAKANGTTADKIAADNKLADKNMIKPGQELVVDKKQPANHADANKAQALPETGEE
NPFIGTTVFGGLSLALGAALLAGRRREL
【０２０９】
配列番号38：MRSA252
LKKKNIYSIRKLGVGIASVTLGTLLISGGVTPAANAAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQ
RNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADAQQNKFNKDQQSAFYEILNMPNLNEE
QRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQR
NGFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNG
FIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFI
QSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNNKPGKEDNNKPGKEDGNKPGKEDNKKPGK
EDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGN
GVHVVKPGDTVNDIAKANGTTADKIAADNKLADKNMIKPGQELVVDKKQPANHADANKAQ
ALPETGEENPFIGTTVFGGLSLALGAALLAGRRREL
【０２１０】
配列番号 39：SPA   MSSA476
LKKKNIYSIRKLGVGIASVTLGTLLISGGVTPAANAAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQ
RNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEA
QRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQR
NGFIQSLKDDPSQSANLLSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNG
FIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFI
QSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNNKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDNNKPGK
EDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDNNKPGKEDGNGVHVVKPGDTVNDIAKANGTTADK
IAADNKLADKNMIKPGQELVVDKKQPANHADANKAQALPETGEENPFIGTTVFGGLSLAL
GAALLAGRRREL
【０２１１】
配列番号40：SPA V8
MMTLQIHTGGINLKKKNIYSIRKLGVGIASVTLGTLLISGGVTPAANAAQHDEAQQNAFY
QVLNMPNLNADQRNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADAQQNKFNKDQQSAF
YEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYE
ILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFNKEQQNAFYEIL
HLPNLTEEQRNGFIQSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNNKPGKEDNNKPGKED
GNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNGV
HVVKPGDTVNDIAKANGTTADKIAVDNKLADKNMIKPGQELVVDKKQPANHADANKAQAL
PETGEENPFIGTTVFGGLSLALGAALLAGRRREL
【０２１２】
配列番号41：融合タンパク質
MAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQRNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADA
QQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPKAD
NNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLSEAKKLNESQAPKADNK
FNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFN
KEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFIQSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNNKPG
KEDNNKPGKEDNNKPGKEDNNKPGKEDNNKPGKEDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDN
KKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNGVHVGGSSENTQQTSTKHQTTQNNYVTDQQKAFYQ
VLHLKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDSKNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLT
EQEKNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKAKERQNIENADKAIKDFQDNKAPHDKSAAY
EANSKLPKDLRDKNNRFVEKVSIEKA
【０２１３】
配列番号42：融合タンパク質全長
MAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQRNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADA
QQNNFNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPKAD
NNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLSEAKKLNESQAPKADNK
FNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFN
KEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFIQSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNNKPG
KEDNNKPGKEDNNKPGKEDNNKPGKEDNNKPGKEDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDN
KKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNGVHVGGSSENTQQTSTKHQTTQNNYVTDQQKAFYQ
VLHLKGITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDSKNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLT
EQEKNNYIAQIKENPDRSQQVWVESVQSSKAKERQNIENADKAIKDFQDNKAPHDKSAAY
EANSKLPKDLRDKNNRFVEKVSIEKATSGHHHHHH
【０２１４】
配列番号43：Sbiドメイン1
ACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAAGTATTACATCTAAAAG
GTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGCGAACACCCAGAACGTGC
ACAAGAAGTATTCTCTGAATCACTTAAAGACAGC
配列番号44：Sbiドメイン2
AAGAACCCAGACCGACGTGTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATA
ACTTAACTGAACAAGAAAAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAG
CCAACAAGTTTGGGTAGAATCAGTACAATCTTCTAAAGCT
【０２１５】
配列番号45：Sbiドメイン1及び2
ACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAAGTATTACATCTAAAAG
GTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGCGAACACCCAGAACGTGC
ACAAGAAGTATTCTCTGAATCACTTAAAGACAGCAAGAACCCAGACCGACGTGTTGCACAA
CAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATAACTTAACTGAACAAGAAAAAAATAATT
ACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAGCCAACAAGTTTGGGTAGAATCAGTACA
ATCTTCTAAAGCT
【０２１６】
配列番号46：融合タンパク質のsbi部分
AGTGAAAACACGCAACAAACTTCAACTAAGCACCAAACAACTCAAAACAACTACGTAACAG
ATCAACAAAAAGCTTTTTATCAAGTATTACATCTAAAAGGTATCACAGAAGAACAACGTAA
CCAATACATCAAAACATTACGCGAACACCCAGAACGTGCACAAGAAGTATTCTCTGAATCA
CTTAAAGACAGCAAGAACCCAGACCGACGTGTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTC
TTAAAAATGATAACTTAACTGAACAAGAAAAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAA
CCCTGATAGAAGCCAACAAGTTTGGGTAGAATCAGTACAATCTTCTAAAGCTAAAGAACGT
CAAAATATTGAAAATGCGGATAAAGCAATTAAAGATTTCCAAGATAACAAAGCACCACACG
ATAAATCAGCAGCATATGAAGCTAACTCAAAATTACCTAAAGATTTACGTGATAAAAACAA
CCGCTTTGTAGAAAAAGTTTCAATTGAAAAAGCA
【０２１７】
配列番号47：Sbi Col
ATGAAAAATAAATATATCTCGAAGTTGCTAGTTGGGGCAGCAACAATTACGTTAGCTACA
ATGATTTCAAATGGGGAAGCAAAAGCGAGTGAAAACACGCAACAAACTTCAACTAAGCAC
CAAACAACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAAGTATTACAT
CTAAAAGGTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGCGAACACCCA
GAACGTGCACAAGAAGTATTCTCTGAATCACTTAAAGACAGCAAGAACCCAGACCGACGT
GTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATAACTTAACTGAACAAGAA
AAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAGCCAACAAGTTTGGGTA
GAATCAGTACAATCTTCTAAAGCTAAAGAACGTCAAAATATTGAAAATGCGGATAAAGCA
ATTAAAGATTTCCAAGATAACAAAGCACCACACGATAAATCAGCAGCATATGAAGCTAAC
TCAAAATTACCTAAAGATTTACGTGATAAAAACAACCGCTTTGTAGAAAAAGTTTCAATT
GAAAAAGCAATCGTTCGTCATGATGAGCGTGTGAAATCAGCAAATGATGCAATCTCAAAA
TTAAATGAAAAAGATTCAATTGAAAACAGACGTTTAGCACAACGTGAAGTTAACAAAGCA
CCTATGGATGTAAAAGAGCATTTACAGAAACAATTAGACGCATTAGTTGCTCAAAAAGAT
GCTGAAAAGAAAGTGGCGCCAAAAGTTGAGGCTCCTCAAATTCAATCACCACAAATTGAA
AAACCTAAAGTAGAATCACCAAAAGTTGAAGTCCCTCAAATTCAATCACCAAAAGTTGAG
GTTCCTCAATCTAAATTATTAGGTTACTACCAATCATTAAAAGATTCATTTAACTATGGT
TACAAGTATTTAACAGATACTTATAAAAGCTATAAAGAAAAATATGATACAGCAAAGTAC
TACTATAATACGTACTATAAATACAAAGGTGCGATTGATCAAACAGTATTAACAGTACTA
GGTAGTGGTTCTAAATCTTACATCCAACCATTGAAAGTTGATGATAAAAACGGCTACTTA
GCTAAATCATATGCACAAGTAAGAAACTATGTAACTGAGTCAATCAATACTGGTAAAGTA
TTATATACTTTCTACCAAAACCCAACATTAGTAAAAACAGCTATTAAAGCTCAAGAAACT
GCATCATCAATCAAAAATACATTAAGTAATTTATTATCATTCTGGAAATAA
【０２１８】
配列番号48：Sbi    Mu50
ATACACATGAAAAATAAATATATCTCGAAGTTGCTAGTTGGGGCAGCAACAATTACTTTA
GCTACAATGATTTCAAATGGGGAAGCAAAAGCGAGTGAAAACACGCAACAAACTTCAACT
AAGCACCAAACAACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAAGTA
TTACATCTAAAAGGTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGCGAA
CACCCAGAACGTGCACAAGAAGTATTCTCTGAATCACTTAAAGACAGCAAGAACCCAGAC
CGACGTGTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATAACTTAACTGAA
CAAGAAAAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAGCCAACAAGTT
TGGGTAGAATCAGTACAATCTTCTAAAGCTAAAGAACGTCAAAATATTGAAAATGCGGAT
AAAGCAATTAAAGATTTCCAAGATAACAAAGCACCACACGATAAATCAGCAGCATATGAA
GCTAACTCAAAATTACCTAAAGATTTACGCGATAAAAATAACCGCTTTGTAGAAAAAGTT
TCAATTGAAAAAGCAATCGTTCGTCATGATGAGCGTGTGAAATCAGCAAATGATGCAATC
TCAAAATTAAATGAAAAAGATTCAATTGAAAACAGACGTTTAGCACAACGTGAAGTTAAC
AAAGCACCTATGGATGTAAAAGAGCATTTACAGAAACAATTAGACGCATTAGTAGCTCAA
AAAGATGCTGAAAAGAAAGTGGCGCCAAAAGTTGAGGCTCCTCAAATTCAATCACCACAA
ATTGAAAAACCTAAAGCAGAATCACCAAAAGTTGAAGTCCCTCAATCTAAATTATTAGGT
TACTACCAATCATTAAAAGATTCATTTAACTATGGTTACAAGTATTTAACAGATACTTAT
AAAAGCTATAAAGAAAAATATGATACAGCAAAGTACTACTATAATACGTACTATAAATAC
AAAGGTGCGATTGATCAAACAGTATTAACAGTACTAGGTAGTGGTTCTAAATCTTACATC
CAACCATTGAAAGTTGATGATAAAAACGGCTACTTAGCTAAATCATATGCACAAGTAAGA
AACTATGTAACTGAGTCAATCAATACTGGTAAAGTATTATATACTTTCTACCAAAACCCA
ACATTAGTAAAAACAGCTATTAAAGCTCAAGAAACTGCATCATCAATCAAAAATACATTA
AGTAATTTATTATCATTCTGGAAATAA
【０２１９】
配列番号49：Sbi MRSA252
ATGAAAAATAAATATATCTCGAAGTTGCTAGTTGGGGCAGCAACAATTACTTTAGCTACA
ATGATTTCAAATGGGGAAGCAAAAGCGAGTGAAAACACGCAACAAACTTCAACTAAGCAC
CAAACAACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAAGTATTACAT
CTAAAAGGTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGCGAACACCCA
GAACGTGCACAAGAAGTATTCTCTGAATCACTTAAAGACAGCAAGAACCCAGACCGACGT
GTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATAACTTAACTGAACAAGAA
AAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAGCCAACAAGTTTGGGTA
GAATCAGTACAATCTTCTAAAGCTAAAGAACGTCAAAATATTGAAAATGCGGATAAAGCA
ATTAAAGATTTCCAAGATAACAAAGCACCACACGATAAATCAGCAGCATATGAAGCTAAC
TCAAAATTACCTAAAGATTTACGTGATAAAAATAACCGCTTTGTAGAAAAAGTTTCAATT
GAAAAAGCAATCGTTCGTCATGATGAGCGTGTGAAATCAGCAAATGATGCAATCTCAAAA
TTAAATGAAAAAGATTCAATTGAAAACAGACGTTTAGCACAACGTGAAGTTAATAAAGCA
CCTATGGATGTACAAAAGCATTTACAGAAACAATTAGACGCATTAGTAGCTCAAAAAGAT
GCTGAAAAGAAAGTGGCGCCAAAAGTTGAGGCTCCTCAAATTCAATCACCACAAATTGAA
AAACCTAAAGCAGAATCACCAAAAGTTGAAGTCCCTCAAATTCAATCACCAAAAGTTGAG
GTTCCTCAATCTAAATTATTAGGTTACTACCAATCATTAAAAGATTCATTTAACTATGGT
TACAAGTATTTAACAGATACTTATAAAAGCTATAAAGAAAAATATGATACAGCAAAGTAC
TACTATAATAAATATTACCAATATAAAGGTTTGATTGATAAAACAGTTTTAACAACTATC
GGTAGTGGCTATGGTTCATACATTAAACCTCTTGAAGTAAGCAAAGAAAGCGGGAACTTA
GCTAAATCATATGCACAAGTAAGAAACTATGTAACTGAGTCAATCAACACTGGTAAAGTG
TTATACGCATTCTACCAAAAACCAGAATTAGTAAAAACAGCTATTAAAGCTCAAGAAACA
GCAACAACTTTCAAAAACGCTTTAACAGGCATATTCAAATCATTCTGGAAATAA
【０２２０】
配列番号50：Sbi MSSA476
ATGAAAAATAAATATATCTCGAAGTTGCTAGTTGGGGCAGCAACAATTACTTTAGCTACA
ATGATTTCAAATGGGGAAGCAAAAGCGAGTGAAAACACGCAACAAACTTCAACTAAGCAC
CAAACAACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAAGTATTACAT
CTAAAAGGTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGCGAACACCCA
GAACGTGCACAAGAAGTATTCTCTGAATCACTTAAAGACAGCAAGAACCCAGACCGACGT
GTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATAACTTAACTGAACAAGAA
AAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAGCCAACAAGTTTGGGTA
GAATCAGTACAATCTTCTAAAGCTAAAGAACGTCAAAATATTGAAAATGCGGATAAAGCA
ATTAAAGATTTCCAAGATAACAAAGCACCACACGATAAATCAGCAGCATATGAAGCTAAC
TCAAAATTACCTAAAGATTTACGTGATAAAAATAACCGCTTTGTAGAAAAAGTTTCAATT
GAAAAAGCAATCGTTCGTCATGATGAGCGTGTGAAATCAGCAAATGATGCAATCTCAAAA
TTAAATGTAAAAGATTCAATTGAAAACAGACGTTTAGCACAACGTGAAGTTAACAAAGCA
CCTATGGATGTAAAAGAGCATTTACAGAAACAATTAGACGCATTAGTAGCTCAAAAAGAT
GCTGAAAAGAAAGTGGCGCCAAAAGTTGAGGCTCCTCAAATTCAATCACCACAAATTGAA
AAACCTAAAGCAGAATCACCAAAAGTTGAAGTCCCTCAAATCCAATCACCAAAAGTTGAG
GTTCCTCAATCTAAATTATTAGGTTACTACCAATCATTAAAAGATTCATTTAACTATGGT
TACAAGTATTTAACAGATACTTATAAAAGCTATAAAGAAAAATATGATACAGCAAAGTAC
TACTATAATACGTACTATAAATACAAAGGTGCGATTGACAAAGCTGTATTAACTTTACTT
GGCGATGGTTCTAAATCTTATATCCAACCATTGAAAGTTGATGATAAAAATGGCTATTTA
GCTAAATCATATGCACAAGTAAGAAACTATGTAACTGAGTCAATCAATACTGGTAAAGTA
TTATATACTTTCTACCAAAACCCAACATTAGTAAAAACAGCTATTAAAGCTCAAGAAACT
GCATCATCAATCAAAAATACAATAACTGGATTATTTAACTCATTCTGGAAATAA
【０２２１】
配列番号 51：Sbi MW2
ATGAAAAATAAATATATCTCGAAGTTGCTAGTTGGGGCAGCAACAATTACTTTAGCTACA
ATGATTTCAAATGGGGAAGCAAAAGCGAGTGAAAACACGCAACAAACTTCAACTAAGCAC
CAAACAACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAAGTATTACAT
CTAAAAGGTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGCGAACACCCA
GAACGTGCACAAGAAGTATTCTCTGAATCACTTAAAGACAGCAAGAACCCAGACCGACGT
GTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATAACTTAACTGAACAAGAA
AAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAGCCAACAAGTTTGGGTA
GAATCAGTACAATCTTCTAAAGCTAAAGAACGTCAAAATATTGAAAATGCGGATAAAGCA
ATTAAAGATTTCCAAGATAACAAAGCACCACACGATAAATCAGCAGCATATGAAGCTAAC
TCAAAATTACCTAAAGATTTACGTGATAAAAATAACCGCTTTGTAGAAAAAGTTTCAATT
GAAAAAGCAATCGTTCGTCATGATGAGCGTGTGAAATCAGCAAATGATGCAATCTCAAAA
TTAAATGTAAAAGATTCAATTGAAAACAGACGTTTAGCACAACGTGAAGTTAACAAAGCA
CCTATGGATGTAAAAGAGCATTTACAGAAACAATTAGACGCATTAGTAGCTCAAAAAGAT
GCTGAAAAGAAAGTGGCGCCAAAAGTTGAGGCTCCTCAAATTCAATCACCACAAATTGAA
AAACCTAAAGCAGAATCACCAAAAGTTGAAGTCCCTCAAATCCAATCACCAAAAGTTGAG
GTTCCTCAATCTAAATTATTAGGTTACTACCAATCATTAAAAGATTCATTTAACTATGGT
TACAAGTATTTAACAGATACTTATAAAAGCTATAAAGAAAAATATGATACAGCAAAGTAC
TACTATAATACGTACTATAAATACAAAGGTGCGATTGACAAAGCTGTATTAACTTTACTT
GGCGATGGTTCTAAATCTTATATCCAACCATTGAAAGTTGATGATAAAAATGGCTATTTA
GCTAAATCATATGCACAAGTAAGAAACTATGTAACTGAGTCAATCAATACTGGTAAAGTA
TTATATACTTTCTACCAAAACCCAACATTAGTAAAAACAGCTATTAAAGCTCAAGAAACT
GCATCATCAATCAAAAATACAATAACTGGATTATTTAACTCATTCTGGAAATAA
【０２２２】
配列番号 52：Sbi N315
ATGAAAAATAAATATATCTCGAAGTTGCTAGTTGGGGCAGCAACAATTACTTTAGCTACA
ATGATTTCAAATGGGGAAGCAAAAGCGAGTGAAAACACGCAACAAACTTCAACTAAGCAC
CAAACAACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAAGTATTACAT
CTAAAAGGTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGCGAACACCCA
GAACGTGCACAAGAAGTATTCTCTGAATCACTTAAAGACAGCAAGAACCCAGACCGACGT
GTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATAACTTAACTGAACAAGAA
AAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAGCCAACAAGTTTGGGTA
GAATCAGTACAATCTTCTAAAGCTAAAGAACGTCAAAATATTGAAAATGCGGATAAAGCA
ATTAAAGATTTCCAAGATAACAAAGCACCACACGATAAATCAGCAGCATATGAAGCTAAC
TCAAAATTACCTAAAGATTTACGCGATAAAAATAACCGCTTTGTAGAAAAAGTTTCAATT
GAAAAAGCAATCGTTCGTCATGATGAGCGTGTGAAATCAGCAAATGATGCAATCTCAAAA
TTAAATGAAAAAGATTCAATTGAAAACAGACGTTTAGCACAACGTGAAGTTAACAAAGCA
CCTATGGATGTAAAAGAGCATTTACAGAAACAATTAGACGCATTAGTAGCTCAAAAAGAT
GCTGAAAAGAAAGTGGCGCCAAAAGTTGAGGCTCCTCAAATTCAATCACCACAAATTGAA
AAACCTAAAGCAGAATCACCAAAAGTTGAAGTCCCTCAAATCCAATCACCAAAAGTTGAG
GTTCCTCAATCTAAATTATTAGGTTACTACCAATCATTAAAAGATTCATTTAACTATGGT
TACAAGTATTTAACAGATACTTATAAAAGCTATAAAGAAAAATATGATACAGCAAAGTAC
TACTATAATACGTACTATAAATACAAAGGTGCGATTGATCAAACAGTATTAACAGTACTA
GGTAGTGGTTCTAAATCTTACATCCAACCATTGAAAGTTGATGATAAAAACGGCTACTTA
GCTAAATCATATGCACAAGTAAGAAACTATGTAACTGAGTCAATCAATACTGGTAAAGTA
TTATATACTTTCTACCAAAACCCAACATTAGTAAAAACAGCTATTAAAGCTCAAGAAACT
GCATCATCAATCAAAAATACATTAAGTAATTTATTATCATTCTGGAAATAA
【０２２３】
配列番号53：Sbi NCTC8325
ATGAAAAATAAATATATCTCGAAGTTGCTAGTTGGGGCAGCAACAATTACGTTAGCTACA
ATGATTTCAAATGGGGAAGCAAAAGCGAGTGAAAACACGCAACAAACTTCAACTAAGCAC
CAAACAACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAAGTATTACAT
CTAAAAGGTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGCGAACACCCA
GAACGTGCACAAGAAGTATTCTCTGAATCACTTAAAGACAGCAAGAACCCAGACCGACGT
GTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATAACTTAACTGAACAAGAA
AAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAGCCAACAAGTTTGGGTA
GAATCAGTACAATCTTCTAAAGCTAAAGAACGTCAAAATATTGAAAATGCGGATAAAGCA
ATTAAAGATTTCCAAGATAACAAAGCACCACACGATAAATCAGCAGCATATGAAGCTAAC
TCAAAATTACCTAAAGATTTACGTGATAAAAACAACCGCTTTGTAGAAAAAGTTTCAATT
GAAAAAGCAATCGTTCGTCATGATGAGCGTGTGAAATCAGCAAATGATGCAATCTCAAAA
TTAAATGAAAAAGATTCAATTGAAAACAGACGTTTAGCACAACGTGAAGTTAACAAAGCA
CCTATGGATGTAAAAGAGCATTTACAGAAACAATTAGACGCATTAGTTGCTCAAAAAGAT
GCTGAAAAGAAAGTGGCGCCAAAAGTTGAGGCTCCTCAAATTCAATCACCACAAATTGAA
AAACCTAAAGTAGAATCACCAAAAGTTGAAGTCCCTCAAATTCAATCACCAAAAGTTGAG
GTTCCTCAATCTAAATTATTAGGTTACTACCAATCATTAAAAGATTCATTTAACTATGGT
TACAAGTATTTAACAGATACTTATAAAAGCTATAAAGAAAAATATGATACAGCAAAGTAC
TACTATAATACGTACTATAAATACAAAGGTGCGATTGATCAAACAGTATTAACAGTACTA
GGTAGTGGTTCTAAATCTTACATCCAACCATTGAAAGTTGATGATAAAAACGGCTACTTA
GCTAAATCATATGCACAAGTAAGAAACTATGTAACTGAGTCAATCAATACTGGTAAAGTA
TTATATACTTTCTACCAAAACCCAACATTAGTAAAAACAGCTATTAAAGCTCAAGAAACT
GCATCATCAATCAAAAATACATTAAGTAATTTATTATCATTCTGGAAATAA
【０２２４】
配列番号54：SPAドメイン1
AATGCTGCGCAACACGATGAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTCTTAAATATGCCT
AACTTAAATGCTGATCAACGCAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAA
AGTGCTAACGTTTTAGGTGAAGCTCAAAAACTTAATGACTCT
配列番号55：SPAドメイン2 (V8)
CAACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTAAACGAAGA
GCAACGCAATGGTTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGATCCAAGCCAAAGCACTAACGTTTT
AGGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCT
配列番号56：ドメイン2 (Mu50)
CAACAAAATAACTTCAACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCT
AACTTAAACGAAGCGCAACGTAACGGCTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGACCCAAGCCAA
AGCACTAATGTTTTAGGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCT
【０２２５】
配列番号57：ドメイン3 (MRSA)
GCTGACAACAATTTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAACATGCCT
AACTTGAACGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGTCAA
AGTGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAAAAGTTAAATGAATCT
配列番号58：ドメイン3 (V8)
GCTGACAACAATTTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAACATGCCT
AACTTGAACGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGTCAA
AGTGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAATGATGCA
配列番号59：ドメイン3 (MU50)
GCTGATAACAATTTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAATATGCCT
AACTTAAACGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAA
AGTGCTAACCTATTGTCAGAAGCTAAAAAGTTAAATGAATCT
【０２２６】
配列番号60：ドメイン4 (MRSA)
GCTGATAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCT
AACTTAAATGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAA
AGCGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAATGATGCA
配列番号61：ドメイン4 (V8)
GCTGACAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCT
AACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGCTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTG
AGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCT
配列番号62：ドメイン4 (MU50)
GCGGATAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCT
AACTTAAACGAAGAACAACGTAACGGCTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTG
AGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCT
【０２２７】
配列番号63：ドメイン5
GCTGACAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCT
AACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGCTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTG
AGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCT
【０２２８】
配列番号64：融合タンパク質のプロテインＡ部分
ATGGCGCAACACGATGAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTCTTAAATATGCCTAAC
TTAAATGCTGATCAACGCAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGT
GCTAACGTTTTAGGTGAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTCAAGCTCCAAAAGCTGATGCG
CAACAAAATAACTTCAACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCT
AACTTAAACGAAGCGCAACGTAACGGCTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGACCCAAGCCAA
AGCACTAACGTTTTAGGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGAT
AACAATTTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAATATGCCTAACTTA
AACGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGTGCT
AACCTATTGTCAGAAGCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCGGATAACAAA
TTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAACGAA
GAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCCTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGCGCTAACCTT
TTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAATGATGCTCAAGCACCAAAAGCTGACAACAAATTCAAC
AAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCTAACTTAACTGAAGAACAA
CGTAACGGCTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCA
GAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAATAACAAGCCTGGC
AAAGAAGACAATAACAAGCCTGGCAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAAC
AACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGT
AAAGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGATGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAAC
AAAAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGCAAAGAAGATGGCAACAAACCTGGT
AAAGAAGATGGTAACGGAGTACATGTCGGC
【０２２９】
配列番号65：SPA NCTC8325
TTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAATTCGTAAACTAGGTGTAGGTATTGCATCTGTAACT
TTAGGTACATTACTTATATCTGGTGGCGTAACACCTGCTGCAAATGCTGCGCAACACGAT
GAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTCTTAAATATGCCTAACTTAAATGCTGATCAA
CGCAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGTGCTAACGTTTTAGGT
GAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTCAAGCTCCAAAAGCTGATGCGCAACAAAATAACTTC
AACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTAAACGAAGCG
CAACGTAACGGCTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGACCCAAGCCAAAGCACTAACGTTTTA
GGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGATAACAATTTCAACAAA
GAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAATATGCCTAACTTAAACGAAGAACAACGC
AATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGTGCTAACCTATTGTCAGAA
GCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCGGATAACAAATTCAACAAAGAACAA
CAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAACGAAGAACAACGCAATGGT
TTCATCCAAAGCCTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGCGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAA
AAGCTAAATGATGCTCAAGCACCAAAAGCTGACAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAAT
GCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCTAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGCTTCATC
CAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTA
AACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAATAACAAGCCTGGCAAAGAAGACAATAAC
AAGCCTGGCAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAA
GAAGACAACAACAAGCCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAAA
AAACCTGGTAAAGAAGATGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAA
GAAGACGGCAACAAGCCTGGCAAAGAAGATGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGATGGTAAC
GGAGTACATGTCGTTAAACCTGGTGATACAGTAAATGACATTGCAAAAGCAAACGGCACT
ACTGCTGACAAAATTGCTGCAGATAACAAATTAGCTGATAAAAACATGATCAAACCTGGT
CAAGAACTTGTTGTTGATAAGAAGCAACCAGCAAACCATGCAGATGCTAACAAAGCTCAA
GCATTACCAGAAACTGGTGAAGAAAATCCATTCATCGGTACAACTGTATTTGGTGGATTA
TCATTAGCCTTAGGTGCAGCGTTATTAGCTGGACGTCGTCGCGAACTATAA
【０２３０】
配列番号66：SPA  Mu50
TTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAATTCGTAAACTAGGTGTAGGTATTGCATCTGTAACT
TTAGGTACATTACTTATATCTGGTGGCGTAACACCTGCTGCAAATGCTGCGCAACACGAT
GAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTGTTAAATATGCCTAACTTAAACGCTGATCAA
CGTAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGTGCTAACGTTTTAGGT
GAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTCAAGCTCCAAAAGCTGATGCGCAACAAAATAACTTC
AACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTAAACGAAGCG
CAACGTAACGGCTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGACCCAAGCCAAAGCACTAATGTTTTA
GGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGATAACAATTTCAACAAA
GAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAATATGCCTAACTTAAACGAAGAACAACGC
AATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGTGCTAACCTATTGTCAGAA
GCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCGGATAACAAATTCAACAAAGAACAA
CAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAACGAAGAACAACGTAACGGC
TTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAA
AAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGAC
GGCAACAAACCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCT
GGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAACCTGGCAAAGAAGAC
GGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCT
GGTAAAGAAGACGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACGGAGTACATGTCGTTAAA
CCTGGTGATACAGTAAATGACATTGCAAAAGCAAACGGCACTACTGCTGACAAAATTGCT
GCAGATAACAAATTAGCTGATAAAAACATGATCAAACCTGGTCAAGAACTTGTTGTTGAT
AAGAAGCAACCAGCAAACCATGCAGATGCTAACAAAGCTCAAGCATTACCAGAAACTGGT
GAAGAAAATCCATTCATCGGTACAACTGTATTTGGTGGATTATCATTAGCCTTAGGTGCA
GCGTTATTAGCTGGACGTCGTCGCGAACTATAA
【０２３１】
配列番号67：SPA N315
TTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAATTCGTAAACTAGGTGTAGGTATTGCATCTGTAACT
TTAGGTACATTACTTATATCTGGTGGCGTAACACCTGCTGCAAATGCTGCGCAACACGAT
GAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTGTTAAATATGCCTAACTTAAACGCTGATCAA
CGTAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGTGCTAACGTTTTAGGT
GAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTCAAGCTCCAAAAGCTGATGCGCAACAAAATAACTTC
AACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTAAACGAAGCG
CAACGTAACGGCTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGACCCAAGCCAAAGCACTAATGTTTTA
GGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGATAACAATTTCAACAAA
GAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAATATGCCTAACTTAAACGAAGAACAACGC
AATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGTGCTAACCTATTGTCAGAA
GCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCGGATAACAAATTCAACAAAGAACAA
CAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAACGAAGAACAACGTAACGGC
TTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAA
AAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGAC
GGCAACAAACCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCT
GGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAACCTGGCAAAGAAGAC
GGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCT
GGTAAAGAAGACGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACGGAGTACATGTCGTTAAA
CCTGGTGATACAGTAAATGACATTGCAAAAGCAAACGGCACTACTGCTGACAAAATTGCT
GCAGATAACAAATTAGCTGATAAAAACATGATCAAACCTGGTCAAGAACTTGTTGTTGAT
AAGAAGCAACCAGCAAACCATGCAGATGCTAACAAAGCTCAAGCATTACCAGAAACTGGT
GAAGAAAATCCATTCATCGGTACAACTGTATTTGGTGGATTATCATTAGCCTTAGGTGCA
GCGTTATTAGCTGGACGTCGTCGCGAACTATAA
【０２３２】
配列番号68：SPA MW2
TTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAATTCGTAAACTAGGTGTAGGTATTGCATCTGTAACT
TTAGGTACATTACTTATATCTGGTGGCGTAACACCTGCTGCAAATGCTGCGCAACACGAT
GAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTGTTAAATATGCCTAACTTAAACGCTGATCAA
CGTAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGTGCTAACGTTTTAGGT
GAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTCAAGCTCCAAAAGCTGATGCGCAACAAAATAACTTC
AACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTAAACGAAGCG
CAACGCAATGGTTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGATCCAAGCCAAAGCACTAACGTTTTA
GGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGACAACAATTTCAACAAA
GAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTGAACGAAGAACAACGC
AATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGTCAAAGTGCTAACCTATTGTCAGAA
GCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCGGATAACAAATTCAACAAAGAACAA
CAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAACGAAGAACAACGCAATGGT
TTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGCGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAA
AAGCTAAATGATGCACAAGCACCAAAAGCTGACAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAAT
GCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCTAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGCTTCATC
CAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTA
AACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAACAACAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAAC
AAACCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAACCTGGCAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGCAAA
GAAGACGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGATGGCAAC
AAGCCTGGCAAAGAAGACAACAACAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACGGAGTACATGTC
GTTAAACCTGGTGATACAGTAAATGACATTGCAAAAGCAAACGGCACTACTGCTGACAAA
ATTGCTGCAGATAACAAATTAGCTGATAAAAACATGATCAAACCTGGTCAAGAACTTGTT
GTTGATAAGAAGCAACCAGCAAACCATGCAGATGCTAACAAAGCTCAAGCATTACCAGAA
ACTGGTGAAGAAAATCCATTCATTGGTACAACTGTATTTGGTGGATTATCATTAGCGTTA
GGTGCAGCGTTATTAGCTGGACGTCGTCGCGAACTATAA
【０２３３】
配列番号69：PSA COL
TTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAATTCGTAAACTAGGTGTAGGTATTGCATCTGTAACT
TTAGGTACATTACTTATATCTGGTGGCGTAACACCTGCTGCAAATGCTGCGCAACACGAT
GAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTCTTAAATATGCCTAACTTAAATGCTGATCAA
CGCAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGTGCTAACGTTTTAGGT
GAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTCAAGCTCCAAAAGCTGATGCGCAACAAAATAACTTC
AACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTAAACGAAGCG
CAACGTAACGGCTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGACCCAAGCCAAAGCACTAACGTTTTA
GGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGATAACAATTTCAACAAA
GAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAATATGCCTAACTTAAACGAAGAACAACGC
AATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGTGCTAACCTATTGTCAGAA
GCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCGGATAACAAATTCAACAAAGAACAA
CAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAACGAAGAACAACGCAATGGT
TTCATCCAAAGCCTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGCGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAA
AAGCTAAATGATGCTCAAGCACCAAAAGCTGACAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAAT
GCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCTAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGCTTCATC
CAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTA
AACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAATAACAAGCCTGGCAAAGAAGACAATAAC
AAGCCTGGCAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGCAAA
GAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGATGGCAAC
AAGCCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGCAAA
GAAGATGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGATGGTAACGGAGTACATGTCGTTAAACCTGGT
GATACAGTAAATGACATTGCAAAAGCAAACGGCACTACTGCTGACAAAATTGCTGCAGAT
AACAAATTAGCTGATAAAAACATGATCAAACCTGGTCAAGAACTTGTTGTTGATAAGAAG
CAACCAGCAAACCATGCAGATGCTAACAAAGCTCAAGCATTACCAGAAACTGGTGAAGAA
AATCCATTCATCGGTACAACTGTATTTGGTGGATTATCATTAGCCTTAGGTGCAGCGTTA
TTAGCTGGACGTCGTCGCGAACTATAA
【０２３４】
配列番号70：SPA MRSA252
TTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAATTCGTAAACTAGGTGTAGGTATTGCATCTGTAACT
TTAGGTACATTACTTATATCTGGTGGCGTAACACCTGCTGCAAATGCTGCGCAACACGAT
GAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTGTTAAATATGCCTAACTTAAACGCTGATCAA
CGTAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGTGCTAACGTTTTAGGT
GAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTCAAGCTCCAAAAGCTGATGCGCAACAAAATAAGTTC
AACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTAAACGAAGAG
CAACGCAATGGTTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGATCCAAGCCAAAGCACTAACGTTTTA
GGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGACAACAATTTCAACAAA
GAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTGAACGAAGAACAACGC
AATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGTCAAAGTGCTAACCTTTTAGCAGAA
GCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGATAACAAATTCAACAAAGAACAA
CAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAATGAAGAACAACGCAATGGT
TTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGCGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAA
AAGCTAAATGATGCACAAGCACCAAAAGCTGACAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAAT
GCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCTAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGCTTCATC
CAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTA
AACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAACAACAAGCCTGGCAAAGAAGACAACAAC
AAGCCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCTGGCAAA
GAAGACGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCTGGCAAAGAAGATGGCAAC
AAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGATGGCAACAAGCCTGGTAAA
GAAGATGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGATGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACGGCAAC
GGAGTACATGTCGTTAAACCTGGTGATACAGTAAATGACATTGCAAAAGCAAACGGCACT
ACTGCTGACAAAATTGCTGCAGATAACAAATTAGCTGATAAAAACATGATCAAACCTGGT
CAAGAACTTGTTGTTGATAAGAAGCAACCAGCAAACCATGCAGATGCTAACAAAGCTCAA
GCATTACCAGAAACTGGTGAAGAAAATCCATTCATCGGTACAACTGTATTTGGTGGATTA
TCATTAGCGTTAGGTGCAGCGTTATTAGCTGGACGTCGTCGCGAACTATAA
【０２３５】
配列番号71：SPA MSSA476
TTGAAAAAGAAAAACATTTATTCAATTCGTAAACTAGGTGTAGGTATTGCATCTGTAACT
TTAGGTACATTACTTATATCTGGTGGCGTAACACCTGCTGCAAATGCTGCGCAACACGAT
GAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTGTTAAATATGCCTAACTTAAACGCTGATCAA
CGTAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGTGCTAACGTTTTAGGT
GAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTCAAGCTCCAAAAGCTGATGCGCAACAAAATAACTTC
AACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTAAACGAAGCG
CAACGCAATGGTTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGATCCAAGCCAAAGCACTAACGTTTTA
GGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGACAACAATTTCAACAAA
GAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTGAACGAAGAACAACGC
AATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGTCAAAGTGCTAACCTATTGTCAGAA
GCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCGGATAACAAATTCAACAAAGAACAA
CAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAACGAAGAACAACGCAATGGT
TTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGCGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAA
AAGCTAAATGATGCACAAGCACCAAAAGCTGACAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAAT
GCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCTAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGCTTCATC
CAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTA
AACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAACAACAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAAC
AAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAACCTGGCAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGCAAA
GAAGACGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGATGGCAAC
AAGCCTGGCAAAGAAGACAACAACAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACGGAGTACATGTC
GTTAAACCTGGTGATACAGTAAATGACATTGCAAAAGCAAACGGCACTACTGCTGACAAA
ATTGCTGCAGATAACAAATTAGCTGATAAAAACATGATCAAACCTGGTCAAGAACTTGTT
GTTGATAAGAAGCAACCAGCAAACCATGCAGATGCTAACAAAGCTCAAGCATTACCAGAA
ACTGGTGAAGAAAATCCATTCATTGGTACAACTGTATTTGGTGGATTATCATTAGCGTTA
GGTGCAGCGTTATTAGCTGGACGTCGTCGCGAACTATAA
【０２３６】
配列番号72：SPA V8
ATGATGACTTTACAAATACATACAGGGGGTATTAATTTGAAAAAGAAAAACATTTATTCA
ATTCGTAAACTAGGTGTAGGTATTGCATCTGTAACTTTAGGTACATTACTTATATCTGGT
GGCGTAACACCTGCTGCAAATGCTGCGCAACACGATGAAGCTCAACAAAATGCTTTTTAT
CAAGTGTTAAATATGCCTAACTTAAACGCTGATCAACGTAATGGTTTTATCCAAAGCCTT
AAAGATGATCCAAGCCAAAGTGCTAACGTTTTAGGTGAAGCTCAAAAACTTAATGACTCT
CAAGCTCCAAAAGCTGATGCGCAACAAAATAAGTTCAACAAAGATCAACAAAGCGCCTTC
TATGAAATCTTGAACATGCCTAACTTAAACGAAGAGCAACGCAATGGTTTCATTCAAAGT
CTTAAAGACGATCCAAGCCAAAGCACTAACGTTTTAGGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAA
TCTCAAGCACCGAAAGCTGACAACAATTTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAA
ATCTTGAACATGCCTAACTTGAACGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAA
GATGACCCAAGTCAAAGTGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAATGATGCACAA
GCACCAAAAGCTGACAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATTTTA
CATTTACCTAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGCTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGAT
CCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGCACCA
AAAGAGGAAGACAACAACAAGCCTGGCAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGAC
GGCAACAAACCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAACCT
GGTAAAGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGATGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGAC
GGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGATGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACGGCAACGGAGTA
CATGTCGTTAAACCTGGTGATACAGTAAATGACATTGCAAAAGCAAACGGCACTACTGCT
GACAAAATTGCTGTAGATAACAAATTAGCTGATAAAAACATGATCAAACCTGGTCAAGAA
CTTGTTGTTGATAAGAAGCAACCAGCAAACCATGCAGATGCTAACAAAGCTCAAGCATTA
CCAGAAACTGGTGAAGAAAATCCATTCATCGGTACAACTGTATTTGGTGGATTATCATTA
GCGTTAGGTGCAGCGTTATTAGCTGGACGTCGTCGCGAACTATAA
【０２３７】
配列番号73：融合タンパク質
ATGGCGCAACACGATGAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTCTTAAATATGCCTAAC
TTAAATGCTGATCAACGCAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGT
GCTAACGTTTTAGGTGAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTCAAGCTCCAAAAGCTGATGCG
CAACAAAATAACTTCAACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCT
AACTTAAACGAAGCGCAACGTAACGGCTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGACCCAAGCCAA
AGCACTAACGTTTTAGGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGAT
AACAATTTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAATATGCCTAACTTA
AACGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGTGCT
AACCTATTGTCAGAAGCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCGGATAACAAA
TTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAACGAA
GAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCCTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGCGCTAACCTT
TTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAATGATGCTCAAGCACCAAAAGCTGACAACAAATTCAAC
AAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCTAACTTAACTGAAGAACAA
CGTAACGGCTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCA
GAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAATAACAAGCCTGGC
AAAGAAGACAATAACAAGCCTGGCAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAAC
AACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGT
AAAGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGATGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAAC
AAAAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGCAAAGAAGATGGCAACAAACCTGGT
AAAGAAGATGGTAACGGAGTACATGTCGGCGGATCCAGTGAAAACACGCAACAAACTTCA
ACTAAGCACCAAACAACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAA
GTATTACATCTAAAAGGTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGC
GAACACCCAGAACGTGCACAAGAAGTATTCTCTGAATCACTTAAAGACAGCAAGAACCCA
GACCGACGTGTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATAACTTAACT
GAACAAGAAAAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAGCCAACAA
GTTTGGGTAGAATCAGTACAATCTTCTAAAGCTAAAGAACGTCAAAATATTGAAAATGCG
GATAAAGCAATTAAAGATTTCCAAGATAACAAAGCACCACACGATAAATCAGCAGCATAT
GAAGCTAACTCAAAATTACCTAAAGATTTACGTGATAAAAACAACCGCTTTGTAGAAAAA
GTTTCAATTGAAAAAGCA
【０２３８】
配列番号74：Hisタグを含む融合タンパク質
ATGGCGCAACACGATGAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTCTTAAATATGCCTAAC
TTAAATGCTGATCAACGCAATGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGT
GCTAACGTTTTAGGTGAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTCAAGCTCCAAAAGCTGATGCG
CAACAAAATAACTTCAACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCT
AACTTAAACGAAGCGCAACGTAACGGCTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGACCCAAGCCAA
AGCACTAACGTTTTAGGTGAAGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGAT
AACAATTTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTGAATATGCCTAACTTA
AACGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGTGCT
AACCTATTGTCAGAAGCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCGGATAACAAA
TTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAACGAA
GAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCCTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGCGCTAACCTT
TTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAATGATGCTCAAGCACCAAAAGCTGACAACAAATTCAAC
AAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCTAACTTAACTGAAGAACAA
CGTAACGGCTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCA
GAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAATAACAAGCCTGGC
AAAGAAGACAATAACAAGCCTGGCAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAAC
AACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGT
AAAGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGATGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAAC
AAAAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGCAAAGAAGATGGCAACAAACCTGGT
AAAGAAGATGGTAACGGAGTACATGTCGGCGGATCCAGTGAAAACACGCAACAAACTTCA
ACTAAGCACCAAACAACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAA
GTATTACATCTAAAAGGTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGC
GAACACCCAGAACGTGCACAAGAAGTATTCTCTGAATCACTTAAAGACAGCAAGAACCCA
GACCGACGTGTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATAACTTAACT
GAACAAGAAAAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAGCCAACAA
GTTTGGGTAGAATCAGTACAATCTTCTAAAGCTAAAGAACGTCAAAATATTGAAAATGCG
GATAAAGCAATTAAAGATTTCCAAGATAACAAAGCACCACACGATAAATCAGCAGCATAT
GAAGCTAACTCAAAATTACCTAAAGATTTACGTGATAAAAACAACCGCTTTGTAGAAAAA
GTTTCAATTGAAAAAGCAACTAGTGGCCACCATCACCATCACCATTAA
【０２３９】
配列番号75：プロテインＡ−SdrG−Sbi融合タンパク質
atgGCGCAACACGATGAAGCTCAACAAAATGCTTTTTATCAAGTCTTAAATATGCCTAACTTAAATGCTGATCAACGCAA
TGGTTTTATCCAAAGCCTTAAAGATGATCCAAGCCAAAGTGCTAACGTTTTAGGTGAAGCTCAAAAACTTAATGACTCTC
AAGCTCCAAAAGCTGATGCGCAACAAAATAACTTCAACAAAGATCAACAAAGCGCCTTCTATGAAATCTTGAACATGCCT
AACTTAAACGAAGCGCAACGTAACGGCTTCATTCAAAGTCTTAAAGACGACCCAAGCCAAAGCACTAACGTTTTAGGTGA
AGCTAAAAAATTAAACGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGATAACAATTTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAA
TCTTGAATATGCCTAACTTAAACGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGTGCT
AACCTATTGTCAGAAGCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCGGATAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAA
TGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAACGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCCTAAAAGATGACC
CAAGCCAAAGCGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAATGATGCTCAAGCACCAAAAGCTGACAACAAATTCAAC
AAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCTAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGCTTCATCCAAAG
CCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGAAATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGG
AAGACAATAACAAGCCTGGCAAAGAAGACAATAACAAGCCTGGCAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAAC
AACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGCAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACC
TGGTAAAGAAGATGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGCAAAG
AAGATGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGATGGTAACGGAGTACATGTCGGCggatccGAGGAGAATTCAGTACAAGACGTT
AAAGATTCGAATACGGATGATGAATTATCAGACAGCAATGATCAGTCTAGTGATGAAGAAAAGAATGATGTGATCAATAA
TAATCAGTCAATAAACACCGACGATAATAACCAAATAATTAAAAAAGAAGAAACGAATAACTACGATGGCATAGAAAAAC
GCTCAGAAGATAGAACAGAGTCAACAACAAATGTAGATGAAAACGAAGCAACATTTTTACAAAAGACCCCTCAAGATAAT
ACTCATCTTACAGAAGAAGAGGTAAAAGAATCCTCATCAGTCGAATCCTCAAATTCATCAATTGATACTGCCCAACAACC
ATCTCACACAACAATAAATAGAGAAGAATCTGTTCAAACAAGTGATAATGTAGAAGATTCACACGTATCAGATTTTGCTA
ACTCTAAAATAAAAGAGAGTAACACTGAATCTGGTAAAGAAGAGAATACTATAGAGCAACCTAATAAAGTAAAAGAAGAT
TCAACAACAAGTCAGCCGTCTGGCTATACAAATATAGATGAAAAAATTTCAAATCAAGATGAGTTATTAAATTTACCAAT
AAATGAATATGAAAATAAGGCTAGACCATTATCTACAACATCTGCCCAACCATCGATTAAACGTGTAACCGTAAATCAAT
TAGCGGCGGAACAAGGTTCGAATGTTAATCATTTAATTAAAGTTACTGATCAAAGTATTACTGAAGGATATGATGATAGT
GAAGGTGTTATTAAAGCACATGATGCTGAAAACTTAATCTATGATGTAACTTTTGAAGTAGATGATAAGGTGAAATCTGG
TGATACGATGACAGTGGATATAGATAAGAATACAGTTCCATCAGATTTAACCGATAGCTTTACAATACCAAAAATAAAAG
ATAATTCTGGAGAAATCATCGCTACAGGTACTTATGATAACAAAAATAAACAAATCACCTATACTTTTACAGATTATGTA
GATAAGTATGAAAATATTAAAGCACACCTTAAATTAACGTCATACATTGATAAATCAAAGGTTCCAAATAATAATACCAA
GTTAGATGTAGAATATAAAACGGCCCTTTCATCAGTAAATAAAACAATTACGGTTGAATATCAAAGACCTAACGAAAATC
GGACTGCTAACCTTCAAAGTATGTTTACAAACATAGATACGAAAAATCATACAGTTGAGCAAACGATTTATATTAACCCT
CTTCGTTATTCAGCCAAGGAAACAAATGTAAATATTTCAGGGAATGGTGATGAAGGTTCAACAATTATAGACGATAGCAC
AATAATTAAAGTTTATAAGGTTGGAGATAATCAAAATTTACCAGATAGTAACAGAATTTATGATTACAGTGAATATGAAG
ATGTCACAAATGATGATTATGCCCAATTAGGAAATAATAATGATGTGAATATTAATTTTGGTAATATAGATTCACCATAT
ATTATTAAAGTTATTAGTAAATATGACCCTAATAAGGATGATTACACGACTATACAGCAAACTGTGACAATGCAGACGAC
TATAAATGAGTATACTGGTGAGTTTAGAACAGCATCCTATGATAATACAATTGCTTTCTCTACAAGTTCAGGTCAAGGAC
AAGGTGACTTGCCTCCTGAAAAAACTTATAAAATCGGAGATTACGTATGGGAAGATGTAGATAAAGATGGTATTCAAAAT
ACAAATGATAATGAAAAACCGCTTAGTAATGTATTGGTAACTTTGACGTATCCTGATGGAACTTCAAAATCAGTCAGAAC
AGATGAAGATGGGAAATATCAATTTGATGGATTGAAAAACGGATTGACTTATAAAATTACATTCGAAACACCTGAAGGAT
ATACGCCGACGCTTAAACATTCAGGAACAAATCCTGCACTAGACTCAGAAGGTAATTCTGTATGGGTAACTATTAATGGA
CAAGACGATATGACGATTGATAGTGGATTTTATCAAACACCTAAATACAGCTTAGGGAACTATGTATGGTATGACACTAA
TAAAGATGGTATTCAAGGTGATGATGAAAAAGGAATCTCTGGAGTTAAAGTGACGTTAAAAGATGAAAACGGAAATATCA
TTAGTACAACTACAACCGATGAAAATGGAAAGTATCAATTTGATAATTTAAATAGTGGTAATTATATTGTTCATTTTGAT
AAACCTTCAGGTATGACTCAAACAACAACAGATTCTGGTGATGATGACGAACAGGATGCTGATGGGGAAGAAGTTCATGT
AACAATTACTGATCATGATGACTTTAGTATAGATAACGGATACTATGATGACGAAggatccAGTGAAAACACGCAACAAA
CTTCAACTAAGCACCAAACAACTCAAAACAACTACGTAACAGATCAACAAAAAGCTTTTTATCAAGTATTACATCTAAAA
GGTATCACAGAAGAACAACGTAACCAATACATCAAAACATTACGCGAACACCCAGAACGTGCACAAGAAGTATTCTCTGA
ATCACTTAAAGACAGCAAGAACCCAGACCGACGTGTTGCACAACAAAACGCTTTTTACAATGTTCTTAAAAATGATAACT
TAACTGAACAAGAAAAAAATAATTACATTGCACAAATTAAAGAAAACCCTGATAGAAGCCAACAAGTTTGGGTAGAATCA
GTACAATCTTCTAAAGCTAAAGAACGTCAAAATATTGAAAATGCGGATAAAGCAATTAAAGATTTCCAAGATAACAAAGC
ACCACACGATAAATCAGCAGCATATGAAGCTAACTCAAAATTACCTAAAGATTTACGTGATAAAAACAACCGCTTTGTAG
AAAAAGTTTCAATTGAAAAAGCAactagtGGCCACCATCACCATCACCATTAA
【０２４０】
配列番号76：プロテインＡ−SdrG−Sbi融合タンパク質
MAQHDEAQQNAFYQVLNMPNLNADQRNGFIQSLKDDPSQSANVLGEAQKLNDSQAPKADAQQNNFNKDQQSAFYEILNMP
NLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQAPKADNNFNKEQQNAFYEILNMPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSA
NLLSEAKKLNESQAPKADNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNGFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPKADNKFN
KEQQNAFYEILHLPNLTEEQRNGFIQSLKDDPSVSKEILAEAKKLNDAQAPKEEDNNKPGKEDNNKPGKEDNNKPGKEDN
NKPGKEDNNKPGKEDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDNKKPGKEDGNKPGKEDGNKPGKEDGNGVHVGGSEENSVQDV
KDSNTDDELSDSNDQSSDEEKNDVINNNQSINTDDNNQIIKKEETNNYDGIEKRSEDRTESTTNVDENEATFLQKTPQDN
THLTEEEVKESSSVESSNSSIDTAQQPSHTTINREESVQTSDNVEDSHVSDFANSKIKESNTESGKEENTIEQPNKVKED
STTSQPSGYTNIDEKISNQDELLNLPINEYENKARPLSTTSAQPSIKRVTVNQLAAEQGSNVNHLIKVTDQSITEGYDDS
EGVIKAHDAENLIYDVTFEVDDKVKSGDTMTVDIDKNTVPSDLTDSFTIPKIKDNSGEIIATGTYDNKNKQITYTFTDYV
DKYENIKAHLKLTSYIDKSKVPNNNTKLDVEYKTALSSVNKTITVEYQRPNENRTANLQSMFTNIDTKNHTVEQTIYINP
LRYSAKETNVNISGNGDEGSTIIDDSTIIKVYKVGDNQNLPDSNRIYDYSEYEDVTNDDYAQLGNNNDVNINFGNIDSPY
IIKVISKYDPNKDDYTTIQQTVTMQTTINEYTGEFRTASYDNTIAFSTSSGQGQGDLPPEKTYKIGDYVWEDVDKDGIQN
TNDNEKPLSNVLVTLTYPDGTSKSVRTDEDGKYQFDGLKNGLTYKITFETPEGYTPTLKHSGTNPALDSEGNSVWVTING
QDDMTIDSGFYQTPKYSLGNYVWYDTNKDGIQGDDEKGISGVKVTLKDENGNIISTTTTDENGKYQFDNLNSGNYIVHFD
KPSGMTQTTTDSGDDDEQDADGEEVHVTITDHDDFSIDNGYYDDEGSSENTQQTSTKHQTTQNNYVTDQQKAFYQVLHLK
GITEEQRNQYIKTLREHPERAQEVFSESLKDSKNPDRRVAQQNAFYNVLKNDNLTEQEKNNYIAQIKENPDRSQQVWVES
VQSSKAKERQNIENADKAIKDFQDNKAPHDKSAAYEANSKLPKDLRDKNNRFVEKVSIEKATSGHHHHHH
【図面の簡単な説明】
【０２４１】
【図１】プロテインＡ−Ｓｂｉ融合タンパク質の略図である。
【図２】プロテインＡ−Ｓｂｉ融合タンパク質の発現を示す、クーマシーブルー染色した４〜２０％ＰＡＧＥを示す図である。レーン１及び６は分子量マーカーを含有し、レーン２は誘導前のＡＲ５８大腸菌を含有し、レーン３は誘導４時間後のＡＲ５８大腸菌を含有し、レーン４は誘導前の、プロテインＡ−Ｓｂｉプラスミドで形質転換されたＡＲ５８大腸菌を含有し、レーン５は誘導４時間後の、プロテインＡ−Ｓｂｉで形質転換されたＡＲ５８大腸菌を含有する。
【図３】プロテインＡ−Ｓｂｉ融合タンパク質の精製を示す、クーマシーブルー染色した４〜２０％ＰＡＧＥを示す図である。レーン１及び７は分子量マーカーを含有し、レーン２はＨｉ−Ｔｒａｐカラムに添加する前の可溶性画分を含有し、レーン３は未誘導の培養物中の可溶性画分を含有し、レーン４はカラム精製されたタンパク質１μｇを含有し、レーン５はカラム精製されたタンパク質０．５μｇを含有し、レーン６はカラム精製されたタンパク質０．２５μｇを含有する。
【図４】ＣＤ１マウスにおける黄色ブドウ球菌５  Ｒｅｙｎｏｌｄｓ（３  １０Ｅ６）でチャレンジした後の死亡率調査を示すグラフである。三角形の印がついている線は、ＡｌＰＯ４アジュバントを添加した、黄色ブドウ球菌５  Ｒｅｙｎｏｌｄｓの死菌全細胞で免疫処置した後の生存を示す。菱形の印がついている線は、アジュバント単独で免疫処置した後の生存を示す。十字の印がついている線は、ＡｌＰＯ４アジュバントを添加したプロテインＡを接種した後の生存を示す。四角形の印がついている線は、ＡｌＰＯ４アジュバントを添加したプロテインＡ−Ｓｂｉ融合タンパク質を接種した後の生存を示す。
【図５−１】黄色ブドウ球菌の様々な株に由来するプロテインＡ及びＳｂｉタンパク質のアミノ酸アラインメントを示す図である。
【図５−２】図５−１と同じ
【図５−３】図５−１と同じ
【図５−４】図５−１と同じ
【図５−５】図５−１と同じ
【図５−６】図５−１と同じ
【図１】
2009520758.tif 000008
【図２】
2009520758.tif 000009
【図３】
2009520758.tif 000010
【図４】
2009520758.tif 000011
【図５−１】
2009520758.tif 000012
【図５−２】
2009520758.tif 000013
【図５−３】
2009520758.tif 000014
【図５−４】
2009520758.tif 000015
【図５−５】
2009520758.tif 000016
【図５−６】
2009520758.tif 000017
【配列表】
2009520758000001.xml
【手続補正書】
【提出日】平成20年8月21日(2008.8.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
それぞれがＩｇＧ結合ドメインを含む２つの異なる単離されたブドウ球菌ポリペプチドを含む免疫原性組成物。
【請求項２】
黄色ブドウ球菌に由来する単離されたプロテインＡポリペプチド又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を含む、請求項１記載の免疫原性組成物。
【請求項３】
単離されたプロテインＡポリペプチドが、配列番号１２〜４０に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を有する、請求項２記載の免疫原性組成物。
【請求項４】
黄色ブドウ球菌に由来する単離されたＳｂｉポリペプチド又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項５】
単離されたＳｂｉポリペプチドが、配列番号１〜１１に対して少なくとも８０％の同一性を有する配列又はＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を有する、請求項４記載の免疫原性組成物。
【請求項６】
単離されたプロテインＡポリペプチド又はその断片が単離されたＳｂｉポリペプチド又はその断片と共有結合して融合タンパク質を形成している、請求項１〜５のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項７】
融合タンパク質が、配列番号４１〜４２若しくは７６の配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するポリペプチド配列、又はプロテインＡ及びＳｂｉの両方に由来するＩｇＧ結合ドメインを含むその断片を有する、請求項６記載の免疫原性組成物。
【請求項８】
別のブドウ球菌抗原を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項９】
（ａ）配列番号１２〜４０からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有するプロテインＡ部分、又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含むその免疫原性断片と、（ｂ）配列番号１〜１１からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有するＳｂｉ部分、又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含むその免疫原性断片とを含むポリペプチド。
【請求項１０】
配列番号４１又は４２又は７６に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を有する、請求項９記載のポリペプチド。
【請求項１１】
（ａ）配列番号５４〜７２からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するプロテインＡコード領域、又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインをコードするその断片と、（ｂ）配列番号４３〜５３からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するＳｂｉコード領域、又は少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインをコードするその断片とを含むポリヌクレオチド。
【請求項１２】
（ａ）配列番号１２〜４０からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するプロテインＡ様部分、又は任意選択で少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含んでもよいその免疫原性断片と、（ｂ）配列番号１〜１１からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するＳｂｉ様部分、又は任意選択で少なくとも１つのＩｇＧ結合ドメインを含んでもよいその免疫原性断片とを含む融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド。
【請求項１３】
請求項１〜８のいずれか１項に記載の免疫原性組成物又は請求項９若しくは１０記載のポリペプチド、及び薬学的に許容される担体を含むワクチン。
【請求項１４】
請求項１〜８のいずれか１項に記載の免疫原性組成物又は請求項９若しくは１０記載のポリペプチドに薬学的に許容される賦形剤を添加するステップを含む、請求項１３記載のワクチンの製造方法。
【請求項１５】
ブドウ球菌疾患の治療又は予防に使用するための請求項１〜８のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項１６】
ブドウ球菌疾患を治療又は予防するための医薬の製造における請求項１〜８のいずれか１項に記載の免疫原性組成物の使用。
【請求項１７】
ブドウ球菌疾患の治療又は予防方法であって、請求項１〜８のいずれか１項に記載の免疫原性組成物をその必要のある患者に投与することを含む方法。
【国際調査報告】
2009520758.tif 000037
2009520758.tif 000038
2009520758.tif 000039
2009520758.tif 000040