(57)【要約】  本発明は一般に、血管形成を調節するために有用な組成物及び方法、並びに血管新生調節剤の体系的で効率的な同定を提供する方法を特徴とする。以下でより詳細に述べるように、インビトロ及び／又はインビボで特性化された血管新生の新規ペプチド調節剤を同定するために、バイオインフォマティクスに基づく体系的なコンピュータ援用方法を使用した。【特許請求の範囲】
【請求項１】
アミノ酸配列Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ３−Ｃ−Ｘ２−Ｇ（式中、Ｘは可変アミノ酸を示し、Ｗはトリプトファンであり、Ｃはシステインであり、Ｇはグリシンである）を含む単離ペプチド又は類似体であって、ペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項２】
ペプチドが、トロンボスポンジン１ドメイン又はトロンボスポンジン２ドメインの少なくとも１１個のアミノ酸を含む、請求項１に記載の単離ペプチド。
【請求項３】
ペプチドが、トロンボスポンジン１ドメイン又はトロンボスポンジン２ドメインの少なくとも１５個のアミノ酸を含む、請求項１に記載の単離ペプチド。
【請求項４】
ペプチドが、トロンボスポンジン１ドメイン又はトロンボスポンジン２ドメインの少なくとも２０個のアミノ酸を含む、請求項１に記載の単離ペプチド。
【請求項５】
ペプチドが、表１のトロンボスポンジン含有タンパク質（配列番号１〜７６）の１０個のアミノ酸を含む又は基本的にそれらからなる、請求項１に記載の単離ペプチド。
【請求項６】
ペプチドが、表１のトロンボスポンジン含有タンパク質（配列番号１〜７６）の１２個のアミノ酸を含む又は基本的にそれらからなる、請求項５に記載の単離ペプチド。
【請求項７】
ペプチドが、トロンボスポンジン含有タンパク質の少なくとも１５個のアミノ酸を含む又は基本的にそれらからなる、請求項６に記載の単離ペプチド。
【請求項８】
ペプチドが、トロンボスポンジン含有タンパク質の２０個のアミノ酸を含む又は基本的にそれらからなる、請求項７に記載の単離ペプチド。
【請求項９】
ペプチドが、トロンボスポンジン含有タンパク質の２５個のアミノ酸を含む又は基本的にそれらからなる、請求項８に記載の単離ペプチド。
【請求項１０】
ＡＡ１〜ＡＡ２０位置を有する２０個のアミノ酸（ＡＡ）配列を含む単離ペプチド又はその類似体であって、
ＡＡ１は、Ｘ、Ｓ、Ｔ、Ｇ、Ｑ又はＡであり；
ＡＡ２は、Ｘ、Ｐ、Ｅ、Ｓ、Ａ、Ｑ又はＫであり；
ＡＡ３は、Ｗであり；
ＡＡ４は、Ｘ、Ｓ、Ｔ、Ｇ、Ｅ、Ｄ、Ｒ又はＡであり；
ＡＡ５は、Ｘ、Ｐ、Ａ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｒ又はＶであり；
ＡＡ６は、Ｃであり；
ＡＡ７は、Ｘ、Ｓ、Ｎ又はＴであり；
ＡＡ８は、Ｘ、Ｖ、Ａ、Ｒ、Ｋ、Ｇ、Ｓ、Ｔ又はＥであり；
ＡＡ９は、Ｘ、Ｔ、Ｓ、Ｒ又はＮであり；
ＡＡ１０は、Ｃであり；
ＡＡ１１は、Ｘ、Ｇ、Ｓ又はＮであり；
ＡＡ１２は、Ｘ、Ｇ、Ｋ、Ｒ、Ｍ、Ｔ、Ｌ、Ｄ、Ｓ又はＰであり；
ＡＡ１３は、Ｇであり；
ＡＡ１４は、Ｘ、Ｖ、Ｉ、Ｍ、Ｔ、Ｈ、Ａ、Ｅ、Ｆ、Ｋ、Ｒ、Ｓ、Ｑ、Ｗ又はＹであり；
ＡＡ１５は、Ｘ、Ｑ、Ｓ、Ｒ、Ｋ、Ｙ又はＡであり；
ＡＡ１６は、Ｘ、Ｔ、Ｆ、Ｋ、Ｑ、Ｓ、Ｌ、Ｅ、Ｍ、Ｎ又はＶであり；
ＡＡ１７は、Ｘ、Ｒ、Ｓ又はＱであり；
ＡＡ１８は、Ｘ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｒ、Ｈ、Ｅ、Ｑ、Ａ又はＩであり；
ＡＡ１９は、Ｘ、Ｒ又はＶであり；及び
ＡＡ２０は、Ｒであり
（式中、Ｘは可変アミノ酸を示し、Ｗはトリプトファンであり、Ｃはシステインであり、Ｔはトレオニンであり、Ｓはセリンであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｒはアルギニンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）、そしてペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項１１】
Ｗ−Ｘ２−Ｃ−（Ｔ／Ｓ／Ｎ）−Ｘ２−Ｃ−Ｘ２−Ｇ；
Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｓ−Ｘ２−Ｃ−Ｇ−Ｘ−Ｇ−Ｘ３−Ｒ−Ｘ３；
Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｓ−Ｘ２−Ｃ−Ｇ−Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｒ−Ｘ１−（Ｒ／Ｖ）；
Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｓ−Ｘ−（Ｓ／Ｒ／Ｔ）−Ｃ−Ｇ−Ｘ−Ｇ−Ｘ３−Ｒ−Ｘ−（Ｒ／Ｖ）−Ｘ；
Ｗ−Ｘ２−Ｃ−（Ｔ／Ｓ／Ｎ）−Ｘ２−Ｃ−Ｘ２−Ｇ−Ｘ５−（Ｒ／Ｖ）；
Ｐ−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ３−Ｃ−Ｘ２−Ｇ；及び
（Ｓ／Ｇ／Ｑ）−Ｐ−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−（Ｔ／Ｓ）−Ｘ２−Ｃ−（Ｇ／Ｓ）−Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−（Ｒ／Ｓ）
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む又はそれからなる、請求項１０に記載の単離ペプチド。
【請求項１２】
トロンボスポンジン含有タンパク質の少なくともフラグメントを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが組織又は器官における血管形成を低下させ、そして表１に列挙するトロンボスポンジン含有タンパク質（配列番号１〜７６）から選択されるアミノ酸配列に少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項１３】
ＴＨＳＤ−１：ＱＰＷＳＱＣＳＡＴＣＧＤＧＶＲＥＲＲＲ；
ＴＨＳＤ−３：ＳＰＷＳＰＣＳＧＮＣＳＴＧＫＱＱＲＴＲ；
ＴＨＳＤ−６：ＷＴＲＣＳＳＳＣＧＲＧＶＳＶＲＳＲ；
ＣＩＬＰ：ＳＰＷＳＫＣＳＡＡＣＧＱＴＧＶＱＴＲＴＲ；
ＷＩＳＰ−１：ＳＰＷＳＰＣＳＴＳＣＧＬＧＶＳＴＲＩ；
ＷＩＳＰ−２：ＴＡＷＧＰＣＳＴＴＣＧＬＧＭＡＴＲＶ；
ＷＩＳＰ−３：ＴＫＷＴＰＣＳＲＴＣＧＭＧＩＳＮＲＶ；
Ｆ−スポンジン：ＳＥＷＳＤＣＳＶＴＣＧＫＧＭＲＴＲＱＲ；
Ｆ−スポンジン：ＷＤＥＣＳＡＴＣＧＭＧＭＫＫＲＨＲ；
ＣＴＧＦ：ＴＥＷＳＡＣＳＫＴＣＧＭＧＩＳＴＲＶ；
フィブリン−６：ＡＳＷＳＡＣＳＶＳＣＧＧＧＡＲＱＲＴＲ；
フィブリン−６：ＱＰＷＧＴＣＳＥＳＣＧＫＧＴＱＴＲＡＲ；
フィブリン−６：ＳＡＷＲＡＣＳＶＴＣＧＫＧＩＱＫＲＳＲ；
ＣＹＲ６１：ＴＳＷＳＱＣＳＫＴＣＧＴＧＩＳＴＲＶ；
ＮＯＶＨ：ＴＥＷＴＡＣＳＫＳＣＧＭＧＦＳＴＲＶ；
ＵＮＣ５−Ｃ：ＴＥＷＳＶＣＮＳＲＣＧＲＧＹＱＫＲＴＲ；
ＵＮＣ５−Ｄ：ＴＥＷＳＡＣＮＶＲＣＧＲＧＷＱＫＲＳＲ；
ＳＣＯ−スポンジン：ＧＰＷＥＤＣＳＶＳＣＧＧＧＥＱＬＲＳＲ；
プロペルジン：ＧＰＷＥＰＣＳＶＴＣＳＫＧＴＲＴＲＲＲ；
Ｃ６：ＴＱＷＴＳＣＳＫＴＣＮＳＧＴＱＳＲＨＲ；
ＡＤＡＭＴＳ様−４：ＳＰＷＳＱＣＳＶＲＣＧＲＧＱＲＳＲＱＶＲ；
ＡＤＡＭＴＳ−４：ＧＰＷＧＤＣＳＲＴＣＧＧＧＶＱＦＳＳＲ；
ＡＤＡＭＴＳ−８：ＧＰＷＧＥＣＳＲＴＣＧＧＧＶＱＦＳＨＲ；
ＡＤＡＭＴＳ−１６：ＳＰＷＳＱＣＴＡＳＣＧＧＧＶＱＴＲ；
ＡＤＡＭＴＳ−１８：ＳＫＷＳＥＣＳＲＴＣＧＧＧＶＫＦＱＥＲ；
セマフォリン５Ａ：ＧＰＷＥＲＣＴＡＱＣＧＧＧＩＱＡＲＲＲ；
セマフォリン５Ａ：ＳＰＷＴＫＣＳＡＴＣＧＧＧＨＹＭＲＴＲ；
セマフォリン５Ｂ：ＴＳＷＳＰＣＳＡＳＣＧＧＧＨＹＱＲＴＲ；
パピリン：ＧＰＷＡＰＣＳＡＳＣＧＧＧＳＱＳＲＳ；
パピリン：ＳＱＷＳＰＣＳＲＴＣＧＧＧＶＳＦＲＥＲ；
ＡＤＡＭ−９：ＫＣＨＧＨＧＶＣＮＳ；及び
ＡＤＡＭ−１２：ＭＱＣＨＧＲＧＶＣＮＮＲＫＮ
（式中、Ａはアラニンであり、Ｉはイソロイシンであり、Ｍはメチオニンであり、Ｈはヒスチジンであり、Ｙはチロシンであり、Ｋはリシンであり、Ｗはトリプトファンであり、Ｃはシステインであり、Ｔはトレオニンであり、Ｓはセリンであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｒはアルギニンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）
からなる群より選択されるアミノ酸配列に少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む又は基本的にそれからなる単離ペプチド又は類似体であって、ペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項１４】
アミノ酸配列Ｇ−Ｘ３−Ｃ−Ｌ−Ｘ−Ｐ−Ｘ１０−Ｋ−Ｘ−Ｌ（式中、Ｘは可変アミノ酸を示し、Ｇはグリシンを示し、Ｃはシステインを示し、Ｌはロイシンを示し、Ｐはプロリンを示し、Ｋはリシンである）を含む単離ペプチド又は類似体であって、ペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項１５】
ＡＡ１〜ＡＡ２２位置を有する２２個のアミノ酸配列を含む単離ペプチド又はその類似体であって、
ＡＡ１は、Ｘ、Ｎ又はＤであり；
ＡＡ２は、Ｇであり；
ＡＡ３は、Ｘ、Ｒ又はＫであり；
ＡＡ４は、Ｘ、Ｋ、Ｅ又はＱであり；
ＡＡ５は、Ｘ、Ａ、Ｉ、Ｌ又はＶであり；
ＡＡ６は、Ｃであり；
ＡＡ７は、Ｌであり；
ＡＡ８は、Ｘ、Ｄ又はＮであり；
ＡＡ９は、Ｐであり；
ＡＡ１０は、Ｘ、Ａ、Ｅ、Ｄ又はＫであり；
ＡＡ１１は、Ｘ、Ａ、Ｓ又はＥであり；
ＡＡ１２は、Ｐであり；
ＡＡ１３は、Ｘ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｒ又はＷであり；
ＡＡ１４は、Ｘ、Ｖ、Ｌ又はＩであり；
ＡＡ１５は、Ｘ、Ｋ又はＱであり；
ＡＡ１６は、Ｘ、Ｋ又はＲであり；
ＡＡ１７は、Ｘ、Ｉ又はＶであり；
ＡＡ１８は、Ｘ、Ｉ又はＶであり；
ＡＡ１９は、Ｘ、Ｅ又はＱであり；
ＡＡ２０は、Ｋであり；
ＡＡ２１は、Ｘ、Ｉ、Ｆ、Ｋ又はＭであり；及び
ＡＡ２２はＬであり
（式中、Ｘは可変アミノ酸を示し、Ａはアラニンであり、Ｉはイソロイシンであり、Ｆはフェニルアラニンであり、Ｄはアスパラギン酸であり、Ｍはメチオニンであり、Ｈはヒスチジンであり、Ｙはチロシンであり、Ｋはリシンであり、Ｗはトリプトファンであり、Ｃはシステインであり、Ｔはトレオニンであり、Ｓはセリンであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｒはアルギニンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）、そしてペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項１６】
Ｇ−Ｘ３−Ｃ−Ｌ−Ｘ−Ｐ−Ｘ１０−Ｋ−Ｘ−Ｌ；
（Ｎ／Ｄ／Ｋ）−Ｇ−Ｘ３−Ｃ−Ｌ−（Ｄ／Ｎ）−（Ｐ／Ｌ）−Ｘ５−（Ｋ／Ｑ）−（Ｋ／Ｒ／Ｎ）−（Ｉ／Ｖ／Ｌ）−（Ｉ／Ｖ／Ｌ）−Ｘ６；及び
（Ｎ／Ｄ）−Ｇ−（Ｒ／Ｋ）−Ｘ２−Ｃ−Ｌ−（Ｎ／Ｄ）−Ｐ−Ｘ２−（Ｐ／Ｎ）−Ｘ２−（Ｋ／Ｑ）−（Ｋ／Ｑ）−（Ｉ／Ｖ）−（Ｉ／Ｖ）−（Ｅ／Ｑ）−Ｋ−Ｘ−Ｌ
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む又は基本的にそれからなる、請求項１６に記載の単離ペプチド。
【請求項１７】
表１に列挙するＣＸＣケモカインタンパク質（配列番号９５〜１１６）に少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む又は基本的にそれからなる、単離ペプチド又はその類似体。
【請求項１８】
ＥＮＡ−７８：ＮＧＫＥＩＣＬＤＰＥＡＰＦＬＫＫＶＩＱＫＩＬＤ；
ＣＸＣＬ６：ＮＧＫＱＶＣＬＤＰＥＡＰＦＬＫＫＶＩＱＫＩＬＤＳ；
ＣＸＣＬ１：ＮＧＲＫＡＣＬＮＰＡＳＰＩＶＫＫＩＩＥＫＭＬＮＳ；
Ｇｒｏ−γ：ＮＧＫＫＡＣＬＮＰＡＳＰＭＶＱＫＩＩＥＫＩＬ；
βトロンボグロブリン／ＣＸＣＬ７：ＤＧＲＫＩＣＬＤＰＤＡＰＲＩＫＫＩＶＱＫＫＬ；
インターロイキン８（ＩＬ−８）／ＣＸＣＬ８：ＤＧＲＥＬＣＬＤＰＫＥＮＷＶＱＲＶＶＥＫＦＬＫ；
ＧＣＰ−２：ＮＧＫＱＶＣＬＤＰＥＡＰＦＬＫＫＶＩＱＫＩＬＤＳ
（式中、Ａはアラニンであり、Ｉはイソロイシンであり、Ｆはフェニルアラニンであり、Ｄはアスパラギン酸であり、Ｍはメチオニンであり、Ｈはヒスチジンであり、Ｙはチロシンであり、Ｋはリシンであり、Ｗはトリプトファンであり、Ｃはシステインであり、Ｔはトレオニンであり、Ｓはセリンであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｒはアルギニンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）
からなる群より選択されるアミノ酸配列に少なくとも８５％の同一性を有する単離ペプチド又は類似体であって、ペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項１９】
表１のＣ−Ｘ−Ｃケモカインタンパク質の少なくともフラグメントを含む、請求項１８に記載の単離ペプチド。
【請求項２０】
アミノ酸配列Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃ又はＰ−Ｆ−Ｘ−Ｅ−Ｃ−Ｘ−Ｇ−Ｘ５−Ａ−Ｎ（式中、Ｘは可変アミノ酸を示し、Ｆはフェニルアラニンであり、Ｃはシステインであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）
を含む単離ペプチド又は類似体であって、ペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項２１】
ペプチドが、表１に列挙するコラーゲンタンパク質の少なくとも２０個のアミノ酸を含む、請求項２０に記載の単離ペプチド。
【請求項２２】
ＩＶ型コラーゲンＣ４ポリペプチドの少なくともフラグメントを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが、細胞、組織又は器官における血管形成を低下させ、そして表１に列挙するコラーゲンタンパク質から選択されるアミノ酸配列に少なくとも８５％の同一性を有する配列を含む、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項２３】
以下のアミノ酸配列：
Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃ−Ｘ２−Ａ−Ｘ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｘ−Ｓ−Ｙ−Ｗ−Ｌ；又は
Ｌ−Ｘ２−Ｆ−Ｓ−Ｔ−Ｘ−Ｐ−Ｆ−Ｘ２−Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃ
の１つを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項２４】
配列Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃが、配列Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃ−Ｘ２−Ａ−Ｘ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｘ−Ｓ−Ｙ−Ｗ−Ｌの５’末端である、請求項２３に記載の単離ペプチド。
【請求項２５】
配列Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃが、アミノ酸配列Ｌ−Ｘ２−Ｆ−Ｓ−Ｔ−Ｘ−Ｐ−Ｆ−Ｘ２−Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃの３’末端である、請求項２３に記載の単離ペプチド。
【請求項２６】
アミノ酸配列Ｐ−Ｆ−（Ｉ／Ｌ）−Ｅ−Ｃ−Ｘ−Ｇ−Ｘ−（Ｒ／Ｇ）−Ｘ−（Ｙ／Ｆ）−（Ｙ／Ｆ）−Ａ−Ｎを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項２７】
４型コラーゲンのα６フィブリル：ＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡＲＲＮＤＫＳＹＷＬ；
４型コラーゲンのα５フィブリル：ＬＲＲＦＳＴＭＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦ；
４型コラーゲンのα４フィブリル：ＡＡＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨＦＦＡＮ；
４型コラーゲンのα４フィブリル：ＬＰＶＦＳＴＬＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹ；及び
４型コラーゲンのα４フィブリル：ＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡＱＲＮＤＲＳＹＷＬ
（式中、Ａはアラニンであり、Ｉはイソロイシンであり、Ｆはフェニルアラニンであり、Ｄはアスパラギン酸であり、Ｍはメチオニンであり、Ｈはヒスチジンであり、Ｙはチロシンであり、Ｋはリシンであり、Ｗはトリプトファンであり、Ｃはシステインであり、Ｔはトレオニンであり、Ｓはセリンであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｒはアルギニンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）
からなる群より選択されるアミノ酸配列に少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有する単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項２８】
アミノ酸配列Ｅ−Ｃ−Ｌ−Ｗ−Ｘ−Ｄ−Ｘ８−Ｇ−Ｘ−Ｙ−Ｘ５−Ｃを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項２９】
ペプチドが、表１に列挙するＴＩＭＰタンパク質の２３個のアミノ酸を含む又は基本的にそれらからなる、請求項２８に記載の単離ペプチド。
【請求項３０】
ペプチドが、表１に列挙するＴＩＭＰタンパク質の少なくとも２４個のアミノ酸を含む又は基本的にそれらからなる、請求項２５に記載の単離ペプチド。
【請求項３１】
ペプチドが、表１に列挙するＴＩＭＰタンパク質の３０個のアミノ酸を含む又は基本的にそれらからなる、請求項２５に記載の単離ペプチド。
【請求項３２】
ペプチドが、ＥＣＬＷＴＤＭＬＳＮＦＧＹＰＧＹＱＳＫＨＹＡＣＩに少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む又は基本的にそれから成り、そして細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、請求項２１に記載の単離ペプチド。
【請求項３３】
ＴＩＭＰの少なくともフラグメントを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが、表１に列挙するＴＩＭＰタンパク質から選択されるアミノ酸配列に少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有する配列を含み、そして細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体。
【請求項３４】
配列番号１〜１５６からなる群より選択されるアミノ酸配列の少なくともフラグメントを含む、単離ペプチド又はその類似体。
【請求項３５】
配列番号１〜１５６からなる群より選択されるアミノ酸配列に少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含む又は基本的にそれからなる、単離ペプチド又はその類似体。
【請求項３６】
ペプチドが、配列番号１〜１５６からなる群より選択されるアミノ酸配列に少なくとも９０％の同一性を有する、請求項３５に記載の単離ペプチド。
【請求項３７】
ペプチドが、配列番号１〜１５６からなる群より選択されるアミノ酸配列に少なくとも９５％の同一性を有する、請求項３５に記載の単離ペプチド。
【請求項３８】
ペプチドが、配列番号１〜１５６からなる群より選択されるアミノ酸配列からなる、請求項３２に記載の単離ペプチド又は類似体。
【請求項３９】
ペプチドが少なくとも１つの修飾を含む、請求項１〜３５のいずれか一項に記載の単離ペプチド。
【請求項４０】
修飾が、プロテアーゼ抵抗性、生体内分布又は治療効果を増大させる配列変化又は翻訳後修飾である、請求項３９に記載の単離ペプチド。
【請求項４１】
ペプチドが環化されている、請求項１〜３５のいずれか一項に記載の単離ペプチド。
【請求項４２】
ペプチドがペグ化されている、請求項１〜３５のいずれか一項に記載の単離ペプチド。
【請求項４３】
腫瘍マーカー又は内皮細胞マーカーに特異的に結合する物質（agent）に複合した、配列番号１〜１５６からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドを含む、ペプチド複合体。
【請求項４４】
物質が、ペプチドを腫瘍又は内皮細胞に標的として指向させる、請求項４３に記載のペプチド複合体。
【請求項４５】
物質がアプタマー又は抗体である、請求項４４に記載のペプチド複合体。
【請求項４６】
アプタマー又は抗体が、フィブロネクチン、テネイシンＣ、インテグリン、ＶＥＧＦ、前立腺特異的膜抗原、ＣＤ４４、又は腫瘍内皮マーカー（ＴＥＭ）に特異的に結合する、請求項４０に記載のペプチド複合体。
【請求項４７】
請求項１〜３５のいずれか一項に記載のペプチドをコードする単離核酸分子。
【請求項４８】
核酸分子が発現のために位置する、請求項４７に記載の核酸分子を含む発現ベクター。
【請求項４９】
哺乳動物細胞において核酸分子を発現するのに適したプロモーターをさらに含む、請求項４８に記載の発現ベクター。
【請求項５０】
請求項１〜３５のいずれか一項に記載のペプチド又はそのペプチドをコードする核酸分子を含む宿主細胞。
【請求項５１】
細胞が原核細胞又は真核細胞である、請求項５０に記載の宿主細胞。
【請求項５２】
細胞がインビトロ又はインビボである、請求項５０に記載の宿主細胞。
【請求項５３】
細胞がヒト細胞である、請求項５０に記載の宿主細胞。
【請求項５４】
内皮細胞又は内皮細胞を含む組織若しくは器官を、請求項１〜３５のいずれか一項に記載のペプチドの有効量と接触させ、それによって組織又は器官における血管形成を低下させることを含む、組織又は器官における血管形成を低下させる方法。
【請求項５５】
内皮細胞を含む組織又は器官を、請求項１〜３５のいずれか一項に記載のペプチドの有効量と接触させ、それによって組織又は器官における内皮細胞の増殖、遊走、生存又は安定性を低下させることを含む、組織又は器官における内皮細胞の増殖、遊走、生存又は安定性を低下させる方法。
【請求項５６】
内皮細胞を含む組織又は器官を、請求項１〜３５のいずれか一項に記載のペプチド又はペプチド複合体の有効量と接触させ、それによって組織又は器官における内皮細胞死を増大させることを含む、組織又は器官における内皮細胞死を増大させる方法。
【請求項５７】
組織又は器官が、膀胱、骨、脳、乳房、軟骨、神経組織、食道、ファロピウス管、心臓、膵臓、腸、胆嚢、腎臓、肝臓、肺、卵巣、前立腺、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、尿生殖路、尿管、尿道、子宮、眼、血球細胞、骨髄、新生物組織、遺伝子操作された組織（engineered tissue）及びリンパ管からなる群より選択される、請求項５４〜５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
（ａ）組織又は器官を、配列番号１〜１５６を含むポリペプチドをコードするベクターと接触させること；及び
（ｂ）組織又は器官の細胞においてポリペプチドを発現させ、それによって組織又は器官における血管形成を低下させること
を含む、組織又は器官における血管形成を低下させる方法。
【請求項５９】
組織又は器官が、インビトロ又はインビボである、請求項５４〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
細胞がヒト細胞、組織又は器官である、請求項５４〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
組織又は器官における血管の数又は容積が、対照症状に比べて少なくとも１０％低下する、請求項５４〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
ペプチドが内皮細胞に作用する、請求項５４〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
内皮細胞が、血管内皮細胞、リンパ管内皮細胞、内皮細胞系、一次培養内皮細胞、幹細胞に由来する内皮細胞、骨髄由来幹細胞、臍帯血由来細胞、ＨＵＶＥＣ、リンパ内皮細胞及び内皮前駆細胞からなる群より選択される、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
請求項１〜３５のいずれか一項に記載のペプチド又はペプチド複合体の有効量を被験者に投与し、それによって血管形成を低下させることを含む、その必要のある被験者において血管形成を低下させるための方法。
【請求項６５】
請求項１〜２８のいずれか一項に記載のペプチド又はペプチド複合体の有効量を被験者に投与し、それによって組織又は器官における内皮細胞の増殖、遊走、生存又は安定性を低下させることを含む、その必要のある被験者において内皮細胞の増殖、遊走、生存又は安定性を低下させる方法。
【請求項６６】
請求項１〜２８のいずれか一項に記載のペプチド又はペプチド複合体の有効量を被験者に投与し、それによって被験者において内皮細胞死を増大させることを含む、その必要のある被験者において内皮細胞死を増大させる方法。
【請求項６７】
被験者が、過度の又は望ましくない血管新生又は脈管形成によって特徴付けられる疾患又は障害を発症する危険度が高い、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
方法が、過度の又は望ましくない血管新生又は脈管形成によって特徴付けられる疾患又は障害を改善する又は予防する、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
疾患又は障害が、虚血性網膜症、眼内血管新生、加齢性黄斑変性、角膜血管新生、網膜血管新生、脈絡膜血管新生、糖尿病性黄班浮腫、糖尿病性網膜虚血、糖尿病性網膜浮腫、増殖性糖尿病性網膜症、未熟児網膜症及び網膜過形成遺残症候群（persistent hyperplastic retinal syndrome）からなる群より選択される眼疾患である、請求項６７又は６８に記載の方法。
【請求項７０】
疾患又は障害が、望ましくない免疫応答に関連し、強皮症、乾癬、関節リウマチ及びクローン病からなる群より選択される、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７１】
疾患又は障害が新生物形成である、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
新生物形成が、乳癌、白血病、リンパ腫、固形腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫及び前立腺癌からなる群より選択される、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
疾患又は障害が、喘息、変形性関節症、慢性閉塞性肺疾患からなる群より選択される炎症性疾患である、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
疾患又は障害が、ウイルス又は細菌感染である、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
過度の血管新生が、子宮内膜症、機能不全性不正子宮出血、及び卵胞嚢胞からなる群より選択される泌尿生殖器疾患に関連する、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
過度の血管新生が、カポジ肉腫、プラーク血管新生、アテローム性動脈硬化症、再狭窄、冠動脈側副枝、脳側副路、動静脈奇形、血管線維腫、創傷肉芽化、移植片動脈症（transplant arteriopathy）及びアテローム性動脈硬化症、血管奇形、ディ・ジョージ症候群、遺伝性出血性毛細血管拡張症、海綿状血管腫、皮膚血管腫及びリンパ管奇形からなる群より選択される症状に関連する、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
過度の血管新生が、放射線治療誘発性損傷及び化学療法誘発性損傷に関連する、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
疾患又は障害が肥満である、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
方法が、脂肪細胞又は組織の生存又は増殖を低下させる、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
方法が、血管新生又は脈管形成を低下させる、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８１】
方法が、血管発芽、内皮細胞増殖、血管リモデリング、再狭窄又は血管分化を調節する、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８２】
薬理学的に許容される賦形剤中に、請求項１〜３５のいずれか一項に記載の単離ペプチド又はペプチド複合体の有効量を含有する医薬組成物。
【請求項８３】
薬理学的に許容される賦形剤中に、請求項１〜２８のいずれか一項に記載のペプチド又はペプチド複合体をコードする核酸分子又はその一部の有効量を含有する医薬組成物。
【請求項８４】
配列番号１〜１５６の２個又はそれ以上のペプチドを含有する医薬組成物。
【請求項８５】
（ａ）対象とする生物学的機能を有する標準配列にアミノ酸配列同一性を有する初期ポリペプチド又はそのフラグメントを同定すること；
（ｂ）対象初期ポリペプチドのアミノ酸組成物を含むランダム配列を作製し、アミノ酸配列同一性を決定するためにランダム配列を標準配列と比較して、前記アミノ酸配列同一性がランダム配列のカットオフ値を決定すること；
（ｃ）工程ａの配列同一性を工程ｂのランダム配列カットオフ値と比較して、ランダム配列カットオフ値より有意に大きい配列同一性が対象アミノ酸配列を同定すること
を含む、対象とするアミノ酸配列を同定するための方法。
【請求項８６】
標準配列が、トロンボスポンジン含有タンパク質、コラーゲン、ＣＸＣケモカイン、クリングル含有タンパク質、ソマトトロピン、又はＴＩＭＰポリペプチドである、請求項５に記載の方法。
【請求項８７】
（ａ）血管新生調節活性を有する標準配列にアミノ酸配列同一性を有するポリペプチド又はそのフラグメントを同定すること；
（ｂ）ポリペプチド内の疎水性領域を同定すること；
（ｃ）少なくとも８５％の相同性を有する領域を同定するために疎水性領域のアミノ酸配列を第二生物の対応するアミノ酸配列と比較し、それによって血管新生調節活性を有するペプチドを同定すること
を含む、血管新生調節活性を有するペプチドを同定するための方法。
【請求項８８】
ペプチドが血管新生を阻害する又は増強する、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
配列番号１〜１５６からなる群より選択されるペプチドの有効量及び望ましくない又は過度の血管新生によって特徴付けられる疾患を治療するためにペプチドを使用するための指示書を含むキット。
【請求項９０】
（ａ）配列番号１〜１５６からなる群より選択されるペプチドを物質と接触させること；及び
（ｂ）ペプチドへの物質の結合を同定し、ペプチドに特異的に結合する物質を、血管新生調節活性を有すると同定すること
を含む、血管新生調節活性を有する物質を同定するための方法。
【請求項９１】
物質がペプチドに結合する、請求項９０に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願の相互参照）
本出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、２００５年９月１２日出願の米国特許出願第６０／７１６，３４１号の優先権を主張するものである。
【０００２】
（政府援助研究の下で為された発明に対する権利の言明）
この研究は、米国国立衛生研究所より認可番号ＨＬ７９６５３によって援助された。政府は本発明に一定の権利を有し得る。
【背景技術】
【０００３】
既存の血管から新規血管網が発達する過程である、血管新生は、様々な内因性調節因子によって厳密に制御されている。これらの調節因子は、新生血管の形態的及び機能的特徴を微細に調節する血管新生促進性及び抗血管新生のタンパク質を含む。そのような過程の調節が乱される場合、新生物形成、血液学的悪性疾患、関節リウマチ、糖尿病性網膜症、加齢性黄斑変性、アテローム性動脈硬化症、子宮内膜症、病的肥満、及び虚血性心疾患及び四肢疾患を含む、様々な病的症状が結果として起こり得る。これらや他の数多くの血管新生関連疾患及び症状のための治療薬として使用できる血管新生調節剤に対する差し迫った需要が存在する。いくつかの有望な血管新生調節剤が同定されたが、現在まで、そのような物質（agent）の実験的同定のための探索は経験的な時間のかかる工程であった。改善された血管新生調節剤及びそのような物質の生物活性を体系的に同定し、評価するための方法が緊急に求められている。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
以下で述べるように、本発明は一般に、血管新生調節剤、関連する予防及び治療方法、ならびにそのような物質の同定のためのスクリーニング方法を特徴とする。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
１つの態様では、本発明は一般に、細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、アミノ酸配列Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ３−Ｃ−Ｘ２−Ｇを含む又は基本的にそれからなる単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。様々な実施形態において、ペプチドは、トロンボスポンジン１ドメイン又はトロンボスポンジン２ドメインの少なくとも１１、１２、１５、２０、２５、３０、３５又はそれ以上のアミノ酸を含む。
【０００６】
もう１つの態様では、本発明は、ＡＡ１〜ＡＡ２０位置を有する２０アミノ酸（ＡＡ）配列を含む又は基本的にそれらからなる単離ペプチド又はその類似体であって、
ＡＡ１は、Ｘ、Ｓ、Ｔ、Ｇ、Ｑ又はＡであり；
ＡＡ２は、Ｘ、Ｐ、Ｅ、Ｓ、Ａ、Ｑ又はＫであり；
ＡＡ３は、Ｗであり；
ＡＡ４は、Ｘ、Ｓ、Ｔ、Ｇ、Ｅ、Ｄ、Ｒ又はＡであり；
ＡＡ５は、Ｘ、Ｐ、Ａ、Ｑ、Ｄ、Ｅ、Ｋ、Ｒ又はＶであり；
ＡＡ６は、Ｃであり；
ＡＡ７は、Ｘ、Ｓ、Ｎ又はＴであり；
ＡＡ８は、Ｘ、Ｖ、Ａ、Ｒ、Ｋ、Ｇ、Ｓ、Ｔ又はＥであり；
ＡＡ９は、Ｘ、Ｔ、Ｓ、Ｒ又はＮであり；
ＡＡ１０は、Ｃであり；
ＡＡ１１は、Ｘ、Ｇ、Ｓ又はＮであり；
ＡＡ１２は、Ｘ、Ｇ、Ｋ、Ｒ、Ｍ、Ｔ、Ｌ、Ｄ、Ｓ又はＰであり；
ＡＡ１３は、Ｇであり；
ＡＡ１４は、Ｘ、Ｖ、Ｉ、Ｍ、Ｔ、Ｈ、Ａ、Ｅ、Ｆ、Ｋ、Ｒ、Ｓ、Ｑ、Ｗ又はＹであり；
ＡＡ１５は、Ｘ、Ｑ、Ｓ、Ｒ、Ｋ、Ｙ又はＡであり；
ＡＡ１６は、Ｘ、Ｔ、Ｆ、Ｋ、Ｑ、Ｓ、Ｌ、Ｅ、Ｍ、Ｎ又はＶであり；
ＡＡ１７は、Ｘ、Ｒ、Ｓ又はＱであり；
ＡＡ１８は、Ｘ、Ｓ、Ｔ、Ｖ、Ｒ、Ｈ、Ｅ、Ｑ、Ａ又はＩであり；
ＡＡ１９は、Ｘ、Ｒ又はＶであり；及び
ＡＡ２０は、Ｒであり
（式中、Ｘは可変アミノ酸を示し、Ｗはトリプトファンであり、Ｃはシステインであり、Ｔはトレオニンであり、Ｓはセリンであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｒはアルギニンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）、そしてペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。様々な実施形態において、ペプチドは、
Ｗ−Ｘ２−Ｃ−（Ｔ／Ｓ／Ｎ）−Ｘ２−Ｃ−Ｘ２−Ｇ；
Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｓ−Ｘ２−Ｃ−Ｇ−Ｘ−Ｇ−Ｘ３−Ｒ−Ｘ３；
Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｓ−Ｘ２−Ｃ−Ｇ−Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｒ−Ｘ１−（Ｒ／Ｖ）；
Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｓ−Ｘ−（Ｓ／Ｒ／Ｔ）−Ｃ−Ｇ−Ｘ−Ｇ−Ｘ３−Ｒ−Ｘ−（Ｒ／Ｖ）−Ｘ；
Ｗ−Ｘ２−Ｃ−（Ｔ／Ｓ／Ｎ）−Ｘ２−Ｃ−Ｘ２−Ｇ−Ｘ５−（Ｒ／Ｖ）；
Ｐ−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ３−Ｃ−Ｘ２−Ｇ；及び
（Ｓ／Ｇ／Ｑ）−Ｐ−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−（Ｔ／Ｓ）−Ｘ２−Ｃ−（Ｇ／Ｓ）−Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−（Ｒ／Ｓ）
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。
【０００７】
もう１つの態様では、本発明は、トロンボスポンジン１ドメインを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが、細胞、組織又は器官における血管形成を低下させ、及び表１に列挙するＴＳＰ−１ドメインを含むペプチドから選択されるアミノ酸配列に少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む、前記単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。
【０００８】
さらにもう１つの態様では、本発明は、トロンボスポンジン１ドメインを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが、
ＴＨＳＤ−１：ＱＰＷＳＱＣＳＡＴＣＧＤＧＶＲＥＲＲＲ；
ＴＨＳＤ−３：ＳＰＷＳＰＣＳＧＮＣＳＴＧＫＱＱＲＴＲ；
ＴＨＳＤ−６：ＷＴＲＣＳＳＳＣＧＲＧＶＳＶＲＳＲ；
ＣＩＬＰ：ＳＰＷＳＫＣＳＡＡＣＧＱＴＧＶＱＴＲＴＲ；
ＷＩＳＰ−１：ＳＰＷＳＰＣＳＴＳＣＧＬＧＶＳＴＲＩ；
ＷＩＳＰ−２：ＴＡＷＧＰＣＳＴＴＣＧＬＧＭＡＴＲＶ；
ＷＩＳＰ−３：ＴＫＷＴＰＣＳＲＴＣＧＭＧＩＳＮＲＶ；
Ｆ−スポンジン：ＳＥＷＳＤＣＳＶＴＣＧＫＧＭＲＴＲＱＲ；
Ｆ−スポンジン：ＷＤＥＣＳＡＴＣＧＭＧＭＫＫＲＨＲ；
ＣＴＧＦ：ＴＥＷＳＡＣＳＫＴＣＧＭＧＩＳＴＲＶ；
フィブリン−６：ＡＳＷＳＡＣＳＶＳＣＧＧＧＡＲＱＲＴＲ；
フィブリン−６：ＱＰＷＧＴＣＳＥＳＣＧＫＧＴＱＴＲＡＲ；
フィブリン−６：ＳＡＷＲＡＣＳＶＴＣＧＫＧＩＱＫＲＳＲ；
ＣＹＲ６１：ＴＳＷＳＱＣＳＫＴＣＧＴＧＩＳＴＲＶ；
ＮＯＶＨ：ＴＥＷＴＡＣＳＫＳＣＧＭＧＦＳＴＲＶ；
ＵＮＣ５−Ｃ：ＴＥＷＳＶＣＮＳＲＣＧＲＧＹＱＫＲＴＲ；
ＵＮＣ５−Ｄ：ＴＥＷＳＡＣＮＶＲＣＧＲＧＷＱＫＲＳＲ；
ＳＣＯ−スポンジン：ＧＰＷＥＤＣＳＶＳＣＧＧＧＥＱＬＲＳＲ；
プロペルジン：ＧＰＷＥＰＣＳＶＴＣＳＫＧＴＲＴＲＲＲ；
Ｃ６：ＴＱＷＴＳＣＳＫＴＣＮＳＧＴＱＳＲＨＲ；
ＡＤＡＭＴＳ様−４：ＳＰＷＳＱＣＳＶＲＣＧＲＧＱＲＳＲＱＶＲ；
ＡＤＡＭＴＳ−４：ＧＰＷＧＤＣＳＲＴＣＧＧＧＶＱＦＳＳＲ；
ＡＤＡＭＴＳ−８：ＧＰＷＧＥＣＳＲＴＣＧＧＧＶＱＦＳＨＲ；
ＡＤＡＭＴＳ−１６：ＳＰＷＳＱＣＴＡＳＣＧＧＧＶＱＴＲ；
ＡＤＡＭＴＳ−１８：ＳＫＷＳＥＣＳＲＴＣＧＧＧＶＫＦＱＥＲ；
セマフォリン５Ａ：ＧＰＷＥＲＣＴＡＱＣＧＧＧＩＱＡＲＲＲ；
セマフォリン５Ａ：ＳＰＷＴＫＣＳＡＴＣＧＧＧＨＹＭＲＴＲ；
セマフォリン５Ｂ：ＴＳＷＳＰＣＳＡＳＣＧＧＧＨＹＱＲＴＲ；
パピリン：ＧＰＷＡＰＣＳＡＳＣＧＧＧＳＱＳＲＳ；
パピリン：ＳＱＷＳＰＣＳＲＴＣＧＧＧＶＳＦＲＥＲ；
ＡＤＡＭ−９：ＫＣＨＧＨＧＶＣＮＳ；及び
ＡＤＡＭ−１２：ＭＱＣＨＧＲＧＶＣＮＮＲＫＮ
（式中、Ａはアラニンであり、Ｉはイソロイシンであり、Ｍはメチオニンであり、Ｈはヒスチジンであり、Ｙはチロシンであり、Ｋはリシンであり、Ｗはトリプトファンであり、Ｃはシステインであり、Ｔはトレオニンであり、Ｓはセリンであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｒはアルギニンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）
からなる群より選択されるアミノ酸配列に少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％のアミノ酸配列同一性を有する配列を含み、そして細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。
【０００９】
もう１つの態様では、本発明は、アミノ酸配列Ｇ−Ｘ３−Ｃ−Ｌ−Ｘ−Ｐ−Ｘ１０−Ｋ−Ｘ−Ｌを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。
【００１０】
もう１つの態様では、本発明は、ＡＡ１〜ＡＡ２２位置を有する２２個のアミノ酸配列を含む単離ペプチド又はその類似体であって、
ＡＡ１は、Ｘ、Ｎ又はＤであり；
ＡＡ２は、Ｇであり；
ＡＡ３は、Ｘ、Ｒ又はＫであり；
ＡＡ４は、Ｘ、Ｋ、Ｅ又はＱであり；
ＡＡ５は、Ｘ、Ａ、Ｉ、Ｌ又はＶであり；
ＡＡ６は、Ｃであり；
ＡＡ７は、Ｌであり；
ＡＡ８は、Ｘ、Ｄ又はＮであり；
ＡＡ９は、Ｐであり；
ＡＡ１０は、Ｘ、Ａ、Ｅ、Ｄ又はＫであり；
ＡＡ１１は、Ｘ、Ａ、Ｓ又はＥであり；
ＡＡ１２は、Ｐであり；
ＡＡ１３は、Ｘ、Ｆ、Ｉ、Ｍ、Ｒ又はＷであり；
ＡＡ１４は、Ｘ、Ｖ、Ｌ又はＩであり；
ＡＡ１５は、Ｘ、Ｋ又はＱであり；
ＡＡ１６は、Ｘ、Ｋ又はＲであり；
ＡＡ１７は、Ｘ、Ｉ又はＶであり；
ＡＡ１８は、Ｘ、Ｉ又はＶであり；
ＡＡ１９は、Ｘ、Ｅ又はＱであり；
ＡＡ２０は、Ｋであり；
ＡＡ２１は、Ｘ、Ｉ、Ｆ、Ｋ又はＭであり；及び
ＡＡ２２はＬであり
（式中、Ｘは可変アミノ酸を示し、Ａはアラニンであり、Ｉはイソロイシンであり、Ｆはフェニルアラニンであり、Ｄはアスパラギン酸であり、Ｍはメチオニンであり、Ｈはヒスチジンであり、Ｙはチロシンであり、Ｋはリシンであり、Ｗはトリプトファンであり、Ｃはシステインであり、Ｔはトレオニンであり、Ｓはセリンであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｒはアルギニンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）、そしてペプチドが細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。様々な実施形態において、ペプチドは、
Ｇ−Ｘ３−Ｃ−Ｌ−Ｘ−Ｐ−Ｘ１０−Ｋ−Ｘ−Ｌ；
（Ｎ／Ｄ／Ｋ）−Ｇ−Ｘ３−Ｃ−Ｌ−（Ｄ／Ｎ）−（Ｐ／Ｌ）−Ｘ５−（Ｋ／Ｑ）−（Ｋ／Ｒ／Ｎ）−（Ｉ／Ｖ／Ｌ）−（Ｉ／Ｖ／Ｌ）−Ｘ６；及び
（Ｎ／Ｄ）−Ｇ−（Ｒ／Ｋ）−Ｘ２−Ｃ−Ｌ−（Ｎ／Ｄ）−Ｐ−Ｘ２−（Ｐ／Ｎ）−Ｘ２−（Ｋ／Ｑ）−（Ｋ／Ｑ）−（Ｉ／Ｖ）−（Ｉ／Ｖ）−（Ｅ／Ｑ）−Ｋ−Ｘ−Ｌ
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。
【００１１】
もう１つの態様では、本発明は、Ｃ−Ｘ−Ｃポリペプチドの少なくともフラグメントを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが、表１に列挙するＣ−Ｘ−Ｃモチーフを含むペプチドから選択されるアミノ酸配列に少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む、前記単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。
【００１２】
もう１つの態様では、本発明は、
ＥＮＡ−７８：ＮＧＫＥＩＣＬＤＰＥＡＰＦＬＫＫＶＩＱＫＩＬＤ；
ＣＸＣＬ６：ＮＧＫＱＶＣＬＤＰＥＡＰＦＬＫＫＶＩＱＫＩＬＤＳ；
ＣＸＣＬ１：ＮＧＲＫＡＣＬＮＰＡＳＰＩＶＫＫＩＩＥＫＭＬＮＳ；
Ｇｒｏ−γ：ＮＧＫＫＡＣＬＮＰＡＳＰＭＶＱＫＩＩＥＫＩＬ；
βトロンボグロブリン／ＣＸＣＬ７：ＤＧＲＫＩＣＬＤＰＤＡＰＲＩＫＫＩＶＱＫＫＬ；
インターロイキン８（ＩＬ−８）／ＣＸＣＬ８：ＤＧＲＥＬＣＬＤＰＫＥＮＷＶＱＲＶＶＥＫＦＬＫ；
ＧＣＰ−２：ＮＧＫＱＶＣＬＤＰＥＡＰＦＬＫＫＶＩＱＫＩＬＤＳ
（式中、Ａはアラニンであり、Ｉはイソロイシンであり、Ｆはフェニルアラニンであり、Ｄはアスパラギン酸であり、Ｍはメチオニンであり、Ｈはヒスチジンであり、Ｙはチロシンであり、Ｋはリシンであり、Ｗはトリプトファンであり、Ｃはシステインであり、Ｔはトレオニンであり、Ｓはセリンであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｒはアルギニンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）
からなる群より選択されるアミノ酸配列に少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の同一性を有し、そして組織又は器官における血管形成を低下させる、単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。１つの実施形態では、ペプチドは、Ｃ−Ｘ−Ｃポリペプチドの少なくともフラグメントを含む。
【００１３】
もう１つの態様では、本発明は、アミノ酸配列Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃ又はＰ−Ｆ−Ｘ−Ｅ−Ｃ−Ｘ−Ｇ−Ｘ５−Ａ−Ｎ（式中、Ｘは可変アミノ酸を示し、Ｆはフェニルアラニンであり、Ｃはシステインであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）を含み、そして組織又は器官における血管形成を低下させる、単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。１つの実施形態では、ペプチドは、ＩＶ型コラーゲンポリペプチドの少なくとも５、１０、２５、２０、２５、３０又は３５個のアミノ酸を含む。
【００１４】
さらにもう１つの態様では、本発明は、ＩＶ型コラーゲンＣ４ドメインの少なくともフラグメントを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが組織又は器官における血管形成を低下させ、そして表１に列挙するＩＶ型コラーゲンペプチドから選択されるアミノ酸配列に少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の同一性を有する配列を含む、前記単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。
【００１５】
もう１つの態様では、本発明は、以下のアミノ酸配列：
Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃ−Ｘ２−Ａ−Ｘ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｘ−Ｓ−Ｙ−Ｗ−Ｌ；又は
Ｌ−Ｘ２−Ｆ−Ｓ−Ｔ−Ｘ−Ｐ−Ｆ−Ｘ２−Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃ
の１つを含み、細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。１つの実施形態では、配列Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃは、配列Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃ−Ｘ２−Ａ−Ｘ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｘ−Ｓ−Ｙ−Ｗ−Ｌの５’末端である。もう１つの実施形態では、配列Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃは、アミノ酸配列Ｌ−Ｘ２−Ｆ−Ｓ−Ｔ−Ｘ−Ｐ−Ｆ−Ｘ２−Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃの３’末端である。
【００１６】
さらにもう１つの態様では、本発明は、アミノ酸配列Ｐ−Ｆ−（Ｉ／Ｌ）−Ｅ−Ｃ−Ｘ−Ｇ−Ｘ−（Ｒ／Ｇ）−Ｘ−（Ｙ／Ｆ）−（Ｙ／Ｆ）−Ａ−Ｎを含み、細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。
【００１７】
さらにもう１つの態様では、本発明は、
４型コラーゲンのα６フィブリル：ＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡＲＲＮＤＫＳＹＷＬ；
４型コラーゲンのα５フィブリル：ＬＲＲＦＳＴＭＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦ；
４型コラーゲンのα４フィブリル：ＡＡＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨＦＦＡＮ；
４型コラーゲンのα４フィブリル：ＬＰＶＦＳＴＬＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹ；及び
４型コラーゲンのα４フィブリル：ＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡＱＲＮＤＲＳＹＷＬ
（式中、Ａはアラニンであり、Ｉはイソロイシンであり、Ｆはフェニルアラニンであり、Ｄはアスパラギン酸であり、Ｍはメチオニンであり、Ｈはヒスチジンであり、Ｙはチロシンであり、Ｋはリシンであり、Ｗはトリプトファンであり、Ｃはシステインであり、Ｔはトレオニンであり、Ｓはセリンであり、Ｎはアスパラギンであり、Ｇはグリシンであり、Ｒはアルギニンであり、Ｖはバリンであり、Ｐはプロリンであり、そしてＱはグルタミンである）
からなる群より選択されるアミノ酸配列に少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％のアミノ酸配列同一性を有する単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。
【００１８】
さらにもう１つの態様では、本発明は、アミノ酸配列Ｅ−Ｃ−Ｌ−Ｗ−Ｘ−Ｄ−Ｘ８−Ｇ−Ｘ−Ｙ−Ｘ５−Ｃを含み、細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。様々な実施形態において、ペプチドは、ＴＩＭＰタンパク質の２３、２４、２５、３０、３５又は４０個のアミノ酸を含む又は基本的にそれらからなる。もう１つの実施形態では、ペプチドは、ＥＣＬＷＴＤＭＬＳＮＦＧＹＰＧＹＱＳＫＨＹＡＣＩに少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む又は基本的にそれから成り、細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる。
【００１９】
さらにもう１つの態様では、本発明は、ＴＩＭＰの少なくともフラグメントを含む単離ペプチド又はその類似体であって、ペプチドが、表１に列挙するＴＩＭＰペプチドから選択されるアミノ酸配列に少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％のアミノ酸配列同一性を有する配列を含み、そして細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる、前記単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。
【００２０】
さらにもう１つの態様では、本発明は、配列番号１〜１５６からなる群より選択されるアミノ酸配列の少なくともフラグメントを含む単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。
【００２１】
さらにもう１つの態様では、本発明は、配列番号１〜１５６からなる群より選択されるアミノ酸配列に少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む又は基本的にそれからなる、単離ペプチド又はその類似体を特徴とする。他の実施形態では、ペプチドは、配列番号１〜１５６からなる群より選択されるアミノ酸配列に少なくとも９０％、９５％又は１００％の同一性を有する。他の実施形態では、ペプチドは、配列番号１〜１５６のアミノ酸配列と少なくとも１、２、３又は４個のアミノ酸において異なる。１つの実施形態では、前記のいずれかの態様の単離ペプチド又は類似体は、配列番号１〜１５６からなる群より選択されるアミノ酸配列からなる。他の実施形態では、ペプチドは、プロテアーゼ抵抗性、生体内分布又は治療効果を増大させる、配列番号１〜１５６のアミノ酸内の少なくとも１つの修飾（例えば、配列変化、修飾アミノ酸、翻訳後修飾）を含む。他の実施形態では、ペプチドは環化又はペグ化されている。
【００２２】
さらにもう１つの態様では、本発明は、腫瘍マーカー又は内皮細胞マーカーに特異的に結合する物質に複合した、配列番号１〜１５６からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するペプチドを含む、ペプチド複合体を特徴とする。一実施形態では、物質（例えば、アプタマー又は抗体）は、ペプチドを腫瘍又は内皮細胞に標的として指向させる。他の実施形態では、アプタマー又は抗体は、フィブロネクチン、テネイシンＣ、インテグリン、ＶＥＧＦ、前立腺特異的膜抗原、ＣＤ４４、又は腫瘍内皮マーカー（ＴＥＭ）に特異的に結合する。
【００２３】
さらにもう１つの態様では、本発明は、前記のいずれかの態様のペプチドをコードする単離核酸分子を特徴とする。
【００２４】
さらにもう１つの態様では、本発明は、前記のいずれかの態様の核酸分子を含む発現ベクターであって、核酸分子が発現のために位置している、前記発現ベクターを特徴とする。１つの態様では、ベクターは、哺乳動物細胞において核酸分子を発現するのに適したプロモーターをさらに含む。
【００２５】
さらにもう１つの態様では、本発明は、前記のいずれかの態様のペプチド又はそのペプチドをコードする核酸分子を含む宿主細胞を特徴とする。１つの実施形態では、細胞は、原核細胞又は真核細胞（例えば、インビトロ又はインビボの細胞）である。もう１つの実施形態では、細胞はヒト細胞である。
【００２６】
さらにもう１つの態様では、本発明は、内皮細胞、又は内皮細胞を含む組織又は器官を、前記のいずれか一つの態様のペプチドの有効量と接触させ、それによって組織又は器官における血管形成を低下させることを含む、細胞、組織又は器官における血管形成を低下させる方法を特徴とする。
【００２７】
さらにもう１つの態様では、本発明は、内皮細胞を含む細胞、組織又は器官を、前記のいずれか一つの態様のペプチドの有効量と接触させ、それによって組織又は器官における内皮細胞の増殖、遊走、生存又は安定性を低下させることを含む、組織又は器官における内皮細胞の増殖、遊走、生存又は安定性を低下させる方法を特徴とする。
【００２８】
さらにもう１つの態様では、本発明は、内皮細胞を含む組織又は器官を、前記のいずれかの態様のペプチド又はペプチド複合体の有効量と接触させ、それによって組織又は器官における内皮細胞死を増大させることを含む、組織又は器官における内皮細胞死を増大させる方法を特徴とする。
【００２９】
前記のいずれかの態様の様々な実施形態において、細胞、組織又は器官は、膀胱、骨、脳、乳房、軟骨、神経組織、食道、ファロピウス管、心臓、膵臓、腸、胆嚢、腎臓、肝臓、肺、卵巣、前立腺、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、精巣、胸腺、甲状腺、気管、尿生殖路、尿管、尿道、子宮、眼、血球細胞、骨髄、新生物組織、遺伝子操作された組織（engineered tissue）及びリンパ管からなる群より選択される。
【００３０】
もう１つの態様では、本発明は、組織又は器官を、配列番号１〜１５６のポリペプチドをコードするベクターと接触させること；及び組織又は器官の細胞においてポリペプチドを発現させ、それによって組織又は器官における血管形成を低下させること、を含む、組織又は器官における血管形成を低下させる方法を特徴とする。
【００３１】
前記のいずれかの態様の１つの実施形態では、組織又は器官は、インビトロ又はインビボである。もう１つの実施形態では、細胞は、ヒト細胞、組織又は器官である。さらにもう１つの実施形態では、組織又は器官における血管の数又は容積を、対照症状に比べて少なくとも１０％低下させる。さらにもう１つの実施形態では、ペプチドは、内皮細胞（例えば、血管内皮細胞、リンパ管内皮細胞、内皮細胞系、一次培養内皮細胞、幹細胞に由来する内皮細胞、骨髄由来幹細胞、臍帯血由来細胞、ＨＵＶＥＣ、リンパ内皮細胞及び内皮前駆細胞）に作用する。
【００３２】
さらにもう１つの態様では、本発明は、前記のいずれかの態様のペプチド又はペプチド複合体の有効量を被験者に投与し、それによって血管形成を低下させることを含む、その必要のある被験者において血管形成を低下させるための方法を特徴とする。
【００３３】
さらにもう１つの態様では、本発明は、請求項１〜２８のいずれか一つに記載のペプチド又はペプチド複合体の有効量を被験者に投与し、それによって組織又は器官における内皮細胞の増殖、遊走、生存又は安定性を低下させることを含む、その必要のある被験者において内皮細胞の増殖、遊走、生存又は安定性を低下させる方法を特徴とする。
【００３４】
さらにもう１つの態様では、本発明は、前記のいずれかの態様のペプチド又はペプチド複合体の有効量を被験者に投与し、それによって被験者において内皮細胞死を増大させることを含む、その必要のある被験者において内皮細胞死を増大させる方法を特徴とする。１つの実施形態では、被験者は、過度の又は望ましくない血管新生又は脈管形成によって特徴付けられる疾患又は障害を発症する危険度が高い。もう１つの実施形態では、前記方法は、過度の又は望ましくない血管新生又は脈管形成によって特徴付けられる疾患又は障害を改善する又は予防する。前記態様のさらなる他の実施形態では、疾患又は障害は、虚血性網膜症、眼内血管新生、加齢性黄斑変性、角膜血管新生、網膜血管新生、脈絡膜血管新生、糖尿病性黄班浮腫、糖尿病性網膜虚血、糖尿病性網膜浮腫、増殖性糖尿病性網膜症、未熟児網膜症、及び網膜過形成遺残症候群（persistent hyperplastic retinal syndrome）からなる群より選択される眼疾患である。前記態様のさらなる他の実施形態では、疾患又は障害は、望ましくない免疫応答に関連し、強皮症、乾癬、関節リウマチ、及びクローン病からなる群より選択される。前記態様のさらなる他の実施形態では、疾患又は障害は、新生物形成（例えば、乳癌、白血病、リンパ腫、固形腫瘍、小細胞肺癌、黒色腫及び前立腺癌）である。前記態様のさらなる他の実施形態では、疾患又は障害は、喘息、変形性関節症、慢性閉塞性肺疾患からなる群より選択される炎症性疾患である。前記態様のさらなる他の実施形態では、疾患又は障害は、ウイルス又は細菌感染である。前記態様のさらなる他の実施形態では、過度の血管新生は、子宮内膜症、機能不全性不正子宮出血及び卵胞嚢胞からなる群より選択される泌尿生殖器疾患に関連する。さらなる他の実施形態では、過度の血管新生は、カポジ肉腫、プラーク血管新生、アテローム性動脈硬化症、再狭窄、冠動脈側副枝、脳側副路、動静脈奇形、血管線維腫、創傷肉芽化、移植片動脈症（transplant arteriopathy）及びアテローム性動脈硬化症、血管奇形、ディ・ジョージ症候群、遺伝性出血性毛細血管拡張症、海綿状血管腫、皮膚血管腫及びリンパ管奇形からなる群より選択される症状に関連する。前記態様のさらなる他の実施形態では、過度の血管新生は、放射線治療誘発性損傷及び化学療法誘発性損傷に関連する。前記態様のさらなる他の実施形態では、疾患又は障害は肥満である（例えば、脂肪細胞又は組織の生存又は増殖を低下させる）さらなる他の実施形態では、前記方法は、血管新生又は脈管形成を低下させる、又は血管発芽、内皮細胞増殖、血管リモデリング、再狭窄、又は血管分化を調節する。
【００３５】
もう１つの態様では、本発明は、薬理学的に許容される賦形剤中に、前記のいずれか一つの態様の単離ペプチド又はペプチド複合体の有効量を含有する組成物を特徴とする。
【００３６】
さらにもう１つの態様では、本発明は、薬理学的に許容される賦形剤中に、前記のいずれか一つの態様のペプチド又はペプチド複合体をコードする核酸分子又はその一部の有効量を含有する医薬組成物を特徴とする。さらなる他の実施形態では、組成物は、配列番号１〜１５６の２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、５０、１００、１２５、１５０又はそれ以上のペプチドを含む。
【００３７】
さらにもう１つの態様では、本発明は、
（ａ）対象とする生物学的機能を有する標準配列にアミノ酸配列同一性を有する初期ポリペプチド又はそのフラグメントを同定すること；
（ｂ）対象初期ポリペプチドのアミノ酸組成物を含むランダム配列を作製し、アミノ酸配列同一性を決定するためにランダム配列を標準配列と比較して、前記アミノ酸配列同一性がランダム配列のカットオフ値を決定すること；
（ｃ）工程ａの配列同一性を工程ｂのランダム配列カットオフ値と比較して、ランダム配列カットオフ値より有意に大きい（５％、１０％、２０％、２５％、５０％、７５％又は１００％）配列同一性が対象アミノ酸配列を同定すること
を含む、対象とするアミノ酸配列を同定するための方法を特徴とする。１つの実施形態では、標準配列は、トロンボスポンジン含有タンパク質、コラーゲン、ＣＸＣケモカイン、クリングル含有タンパク質、ソマトトロピン又はＴＩＭＰポリペプチドである。
【００３８】
さらにもう１つの態様では、本発明は、
（ａ）血管新生調節活性を有する標準配列にアミノ酸配列同一性を有するポリペプチド又はそのフラグメントを同定すること；
（ｂ）ポリペプチド内の疎水性領域を同定すること；及び
（ｃ）少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の相同性を有する領域を同定するために疎水性領域のアミノ酸配列を第二生物の対応するアミノ酸配列と比較し、それによって血管新生調節活性を有するペプチドを同定すること
を含む、血管新生調節活性を有するペプチドを同定するための方法を特徴とする。１つの実施形態では、ペプチドは、血管新生を阻害する又は増強する。
【００３９】
さらにもう１つの態様では、本発明は、配列番号１〜１５６からなる群より選択されるペプチドの有効量及び望ましくない又は過度の血管新生によって特徴付けられる疾患を治療するためにペプチドを使用するための指示書を含むキットを特徴とする。
【００４０】
さらにもう１つの態様では、本発明は、配列番号１〜１５６からなる群より選択されるペプチドを物質と接触させること；及びペプチドへの物質の結合を同定し、ペプチドに特異的に結合する物質を、血管新生調節活性を有すると同定すること、を含む、血管新生調節活性を有する物質を同定するための方法を特徴とする。１つの実施形態では、物質はペプチドに結合する。
【００４１】
本発明は、血管新生を調節する物質を提供する。本発明の他の特徴及び利点は、詳細な説明及び特許請求の範囲から明らかである。
【００４２】
（定義）
「トロンボスポンジン含有タンパク質」とは、アミノ酸モチーフＷ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ２−Ｇを含む、又は１型トロンボスポンジンの保存されたドメインに少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有し、そして血管新生調節活性を有する、タンパク質、その類似体、又はフラグメントを意味する。トロンボスポンジン含有タンパク質の例は、ＡＤＡＭＴＳ  １〜１８、ＢＡＩ  １〜３、Ｃ６、ＣＬＩＰ、フィブリン−６、パピリン、プロペルジン、セマフォリン５Ａ、セマフォリン５Ｂ、ＡＤＡＭ−９及びＡＤＡＭ−１２を含む。
【００４３】
「Ｔｓｐ−１ドメイン」とは、「Lawler and Hynes J. Cell Biol. 103:1635-1648, 1986」によって述べられているように、アミノ酸３６１〜４１２、４１７〜４７３又は４７４〜５３０を含むヒトトロンボスポンジンのドメインに相同性を有する約５０−６１アミノ酸を含むドメインを意味する。特に、Ｔｓｐ−１ドメインは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、「Lawler and Hynes J. Cell Biol. 103:1635-1648, 1986」によって述べられているように、各々２〜４個のアミノ酸によって分離された２又は３個の保存されたトリプトファン残基；６個の保存されたシステイン残基；及び２個の高度に保存されたアルギニン及び２個のグリシンを含む、５７個のアミノ酸を含む。
【００４４】
「Ｔｓｐ−２ドメイン」とは、「Lawler and Hynes J. Cell Biol. 103:1635-1648, 1986」によって述べられているように、アミノ酸５３１〜５７１、５７２〜６２９又は６３０〜６７４を含むヒトトロンボスポンジンのドメインに相同性を有する約５５〜６１個のアミノ酸を含むドメインを意味する。特に、Ｔｓｐ−２ドメインは、「Lawler and Hynes J. Cell Biol. 103:1635-1648, 1986」によって述べられているように、６個の保存されたシステイン残基を含み、４６残基にわたって２０％〜３５％のペアワイズ同一性を有する。
【００４５】
「コラーゲン」とは、少なくともアミノ酸モチーフＣ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃを含む、又はＩＶ型コラーゲンのα１、２、４、５又は６ドメインに少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有し、及び血管新生調節活性を有する、タンパク質、その類似体又はフラグメントを意味する。
【００４６】
「Ｃ−Ｘ−Ｃケモカイン」とは、少なくともアミノ酸モチーフＧ−Ｘ３−Ｃ−Ｌ−Ｘ−Ｐ−Ｘ１０−Ｋ−Ｘ−Ｌを含む、又はＣ−Ｘ−Ｃケモカインモチーフ、Ｇｌｕ−Ｌｅｕ−Ａｒｇ（ＥＬＲ）を含むＣ−Ｘ−Ｃケモカインに少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有し、及び血管新生調節活性を有するポリペプチドを意味する。Ｃ−Ｘ−Ｃケモカインの例は、Ｇｒｏ−α／ＣＸＣ１、Ｇｒｏ−β／ＣＸＣＬ２、Ｇｒｏ−γ／ＣＸＣＬ３、ＰＦ−４／ＣＸＣＬ４、ＥＮＡ−７８／ＣＸＣＬ５、ＧＣＰ−２／ＣＸＣＬ６、ＴＨＢＧ−β／ＣＸＣＬ７、ＩＬ−８／ＣＸＣＬ８及びＩＰ−１０／ＣＸＣＬ１０を含む。
【００４７】
「クリングル含有タンパク質」とは、クリングルドメインを含み、そして血管新生調節活性を有するポリペプチド、その類似体又はフラグメントを意味する。クリングルドメインは、「Varadi, A. (1984) FEBS Lett. 171, 131-136」によって定義されるように、保存された３個のジスルフィド結合を有する約８０個のアミノ酸を含むタンパク質構造である。クリングル含有タンパク質の例は、キニノーゲン、ＡＫ−３８タンパク質、リポタンパク質及びトロンビンを含む。
【００４８】
「ソマトトロピン」とは、ソマトトロピンドメインを含むヒトプロラクチン／成長ホルモンファミリーの成員に少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチド、その類似体、又はフラグメントを意味する。例えば、「Struman, Proc Natl Acad Sci USA. 1999 February 16;96(4):1246-1251」参照されたい。ソマトトロピンの例は、成長ホルモン１（ＧＨ−１）、成長ホルモン２（ＧＨ−２）、ソマトリベリン及び胎盤性ラクトゲンを含む。
【００４９】
「ＴＩＭＰ」とは、少なくともモチーフＥ−Ｃ−Ｌ−Ｗ−Ｘ−Ｄ−Ｘ８−Ｇ−Ｘ−Ｙ−Ｘ５−Ｃを含む、又はＴＩＭＰ−２のループ６ドメインに少なくとも８５％のアミノ酸配列同一性を有し、そして血管新生調節活性を有する、ポリペプチド、その類似体又はフラグメントを意味する。ＴＩＭＰの例は、ＴＩＭＰ３及びＴＩＭＰ４を含む。
【００５０】
「血管形成」とは、血管新生、脈関係性、未成熟血管網の形成、血管リモデリング、血管安定化、血管成熟、血管分化又は機能的血管網の確立などの、血管の発達及び／又は成熟の１つ又はそれ以上の段階を含む動的工程である。
【００５１】
「血管新生」とは、既存の血管を起源とする新しい血管の成長を意味する。血管新生は、単位面積当たりの血管セグメントの長さの合計、機能的血管密度（単位面積当たりの灌流血管の長さの合計）、又は血管容積密度（組織の単位容積当たりの血管容積の合計）を測定することによって評価できる。
【００５２】
「脈管形成」とは、幹細胞、血管芽細胞又は他の前駆細胞を起源とする新しい血管の発達を意味する。
【００５３】
「血管安定性」とは、血管網の維持を意味する。
【００５４】
「変化」とは、内因性野生型標準配列と比較した遺伝子又はポリペプチドの配列の変化又は修飾（例えば、翻訳後修飾）を意味する。
【００５５】
「改善する」とは、疾患の発症又は進行を低下させる、抑制する、減弱する、低減する、停止させる、又は安定化することを意味する。
【００５６】
「抗体」とは、免疫原に結合する能力を有する、何らかの免疫グロブリンポリペプチド、又はそのフラグメントを意味する。
【００５７】
本開示において、「含む（comprises, comprising, containing）」及び「有する（having）」等は、米国特許法において与えられている意味を有し、「含む（includs, including）」等を意味し得る；「基本的に成る（consisting essentially of）」又は「基本的に存する（consists essentially）」等は、米国特許法において与えられている意味を有し、この用語は制限を伴わず、記述されている基本的又は新規特徴が、記述されている存在を超えた存在によって変化しない限り、記述されている存在を超えた存在を許容するが、先行技術の実施形態を排除する。
【００５８】
動物における「癌」は、発癌性細胞の一般的な特徴、例えば、制御不能の増殖、特殊化した機能の喪失、不死性、重大な潜在的転移能、抗アポトーシス活性の著しい増大、迅速な成長及び増殖速度、及びある種の特徴的な形態及び細胞マーカーを有する細胞の存在を指す。一部の状況では、癌細胞は腫瘍の形態である；そのような細胞は、動物内で局所的に存在し得るか、又は独立した細胞として、例えば、白血病細胞として血流中で循環し得る。
【００５９】
「疾患」とは、細胞、組織又は器官の正常な機能を損なう又は妨げる何らかの症状又は障害を意味する。
【００６０】
「有効量」とは、処置されていない患者と比較して疾患の症状を改善するために必要な量を意味する。血管新生関連疾患の治療的処置のために本発明を実施するために使用される活性化合物の有効量は、投与の様式、被験者の年齢、体重及び全般的な被験者の健康状態に依存して異なる。最終的には、主治医又は獣医が適切な量と投与計画を決定する。そのような量が「有効量」と称される。
【００６１】
「フラグメント」とは、ポリペプチド又は核酸分子の一部分を意味する。この部分は、好ましくは、標準核酸分子又はポリペプチドの全長の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％を含む。フラグメントは、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０又は１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００又は１０００ヌクレオチド又はアミノ酸を含み得る。
【００６２】
「単離核酸分子」とは、本発明の核酸分子が由来する生物の天然に生じるゲノムにおいてその遺伝子に隣接する遺伝子を伴わない核酸（例えば、ＤＮＡ）を意味する。この用語は、したがって、例えば、ベクター、自律複製するプラスミド又はウイルス、原核生物又は真核生物のゲノムＤＮＡに組み込まれた組換えＤＮＡ；又は他の配列とは独立して別個の分子として存在する組換えＤＮＡ（例えば、ＰＣＲ又は制限エンドヌクレアーゼ消化によって生産されるｃＤＮＡあるいはゲノム又はｃＤＮＡフラグメント）を含む。加えて、この用語は、ＤＮＡ分子から転写されるＲＮＡ分子、ならびに付加的なポリペプチド配列をコードするハイブリッド遺伝子の一部である組換えＤＮＡを含む。
【００６３】
「単離ポリペプチド」とは、それが天然に付随する成分から切り離された本発明のポリペプチドを意味する。一般的には、ポリペプチドは、それが天然に結合しているタンパク質及び天然に生じる有機分子を少なくとも６０重量％伴わないとき、単離されている。好ましくは、試料（ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ）は、本発明のポリペプチドの少なくとも７５重量％、より好ましくは少なくとも９０重量％、最も好ましくは少なくとも９９重量％である。本発明の単離ポリペプチドは、例えば、天然ソースからの抽出によって、そのようなポリペプチドをコードする組換え核酸の発現によって、又はタンパク質を化学合成することによって入手し得る。純度は、何らかの適切な方法によって、例えば、カラムクロマトグラフィー、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、又はＨＰＬＣ分析によって測定できる。
【００６４】
「マーカー」とは、疾患又は障害に関連する発現レベル又は活性の変化を有する何らかのタンパク質又はポリヌクレオチドを意味する。
【００６５】
「新生物形成」とは、細胞分裂の不適切に高いレベル、アポトーシスの不適切に低いレベル、又はその両方によって引き起こされる又はそれらを生じさせる疾患を意味する。固形腫瘍、血液疾患及び癌は新生物形成の例である。
【００６６】
「作動可能に連結された」とは、第一ポリヌクレオチドが、適切な分子（例えば、転写アクチベータータンパク質）が第二ポリヌクレオチドに結合したとき第一ポリヌクレオチドの転写を指令する第二ポリヌクレオチドに隣接して位置することを意味する。
【００６７】
「ペプチド」とは、ポリペプチドの何らかのフラグメントを意味する。一般的には、ペプチドの長さは５〜１０００個のアミノ酸（例えば、５、１０、１５、２０、２５、５０、１００、２００、２５０、５００、７５０及び１０００）の範囲で変化する。
【００６８】
「ポリペプチド」とは、長さ又は翻訳後修飾にかかわりなく、アミノ酸の何らかの鎖を意味する。
【００６９】
「プロモーター」とは、転写を指令するのに十分なポリヌクレオチドを意味する。
【００７０】
「低下させる」とは、本明細書において述べるような、標準的な当分野で公知の方法によって検出されるパラメータ（例えば、血管形成）の低下を意味する。本明細書において使用する「低下させる」は、１０％の変化、好ましくは２５％の変化、より好ましくは４０％の変化、及びさらに一層好ましくは５０％又はそれ以上の変化を含む。
【００７１】
「標準」とは、標準症状又は対照症状を意味する。
【００７２】
「被験者」とは、ヒト、又はウシ、ウマ、イヌ、ヒツジ又はネコなどの非ヒト哺乳動物を含むが、これらに限定されない哺乳動物を意味する。
【００７３】
「実質的に同一」とは、標準アミノ酸配列（例えば、本明細書において述べるアミノ酸配列のいずれか一つ）又は核酸配列（例えば、本明細書において述べる核酸配列のいずれか一つ）に少なくとも５０％の同一性を示すポリペプチド又は核酸分子を意味する。好ましくは、そのような配列は、比較のために使用される配列に対してアミノ酸レベル又は核酸レベルで少なくとも６０％、より好ましくは８０％又は８５％、さらに一層好ましくは９０％、９５％、さらには９９％同一である。
【００７４】
配列同一性は、一般的には配列解析ソフトウエア（例えば、「the Genetics Computer Group, University of Wisconsin Biotechnology Center, 1710 University Avenue, Madison, Wis. 53705」の「Sequence Analysis Software Package, BLAST, BESTFIT, GAP」又は「PILEUP/PRETTYBOX」プログラム）を用いて測定される。そのようなソフトウエアは、様々な置換、欠失及び／又は他の修飾に相同性の程度を割り当てることによって同一又は類似配列を適合させる。保存的置換は、一般的には以下の群の中での置換を含む：グリシン、アラニン；バリン、イソロイシン、ロイシン；アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン；セリン、トレオニン；リシン、アルギニン；及びフェニルアラニン、チロシン。同一性の程度を決定するための例示的なアプローチでは、密接に関連する配列を指示するｅ−３〜ｅ−１００の範囲の確率スコアで、ＢＬＡＳＴプログラムを使用し得る。
【００７５】
２つの核酸又はポリペプチド配列に関する「配列同一性」又は「同一性」は、指定された比較ウインドウにわたって最大に一致するように整列したとき同じである２つの配列内の残基への言及を含み、付加、欠失及び置換を考慮することができる。配列同一性のパーセンテージをタンパク質に関して使用するとき、同一でない残基位置はしばしば保存的アミノ酸置換によって異なり、保存的アミノ酸置換では、アミノ酸残基が類似の化学的性質（例えば、電荷又は疎水性）を有する他のアミノ酸残基で置換されており、したがって分子の機能的性質を有害に変化させないことが認識される。配列が保存的置換によって異なる場合、配列同一性パーセントは、置換の保存的性質に関して補正するために上方に調整され得る。そのような保存的置換によって異なる配列は、配列類似性を有すると称される。この調整を行うためのアプローチは当業者に周知である。一般的には、保存的置換を完全なミスマッチではなく部分的ミスマッチとして採点し、それにより配列同一性パーセンテージを増加させることを含む。したがって、例えば、同一アミノ酸に１のスコアが与えられ、非保存的置換にはゼロのスコアが与えられる場合、保存的置換にはゼロと１の間のスコアが与えられる。保存的置換の採点は、例えば、「Meyers and Miller, Computer Applic. Biol. Sci, 4:11-17, 1988」のアルゴリズムに従って、例えば、ＰＣ／ＧＥＮＥプログラム（Intelligenetics, Mountain View, Calif., USA）において実施されるように算定される。
【００７６】
「配列同一性のパーセンテージ」は、比較ウインドウにわたって２つの最適に整列した配列を比較することによって決定される数値を意味し、この場合比較ウインドウにおけるポリヌクレオチド配列の部分は、２つのその配列の最適アラインメントのために参照配列（付加、置換又は欠失を含まない）と比較して、付加、置換又は欠失（すなわちギャップ）を含み得る。パーセンテージは、同一の核酸塩基又はアミノ酸残基が両方の配列に存在してマッチする位置の数を生じる、位置の数を決定すること、マッチした位置の数を比較ウインドウ内の位置の総数で除すること、及びその結果に１００を乗じて配列同一性のパーセンテージを得ることによって算定される。
【００７７】
ポリヌクレオチドに関して様々な文法的形態での「実質的同一性」又は「相同」という用語は、ポリヌクレオチドが、標準パラメータを使用した上記アラインメントプログラムの１つを用いて、参照配列と比較して所望の同一性、例えば、少なくとも６０％の同一性、好ましくは少なくとも７０％の配列同一性、より好ましくは少なくとも８０％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層好ましくは少なくとも９５％の同一性を有する配列を含むことを意味する。当業者は、これらの数値を、コドンの縮重、アミノ酸類似性、読み枠の位置づけ等を考慮に入れることにより、２つのヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質の対応する同一性を決定するために適切に調整できることを認識する。これらの目的のためのアミノ酸配列の実質的同一性は、通常少なくとも６０％、より好ましくは少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、さらに一層好ましくは少なくとも９５％の配列同一性を意味する。
【００７８】
ヌクレオチド配列が実質的に同一であることのもう１つの指標は、２つの分子がストリンジェント条件下で互いにハイブリダイズするかどうかである。しかし、ストリンジェント条件下で互いにハイブリダイズしない核酸は、それらがコードするポリペプチドが実質的に同一である場合、まだ実質的に同一である。これは、例えば、遺伝暗号によって許容される最大のコドン縮重を用いて核酸のコピーが作製するときに起こり得る。２つの核酸配列が実質的に同一であることの１つの指標は、第一核酸がコードするポリペプチドが、第二核酸によってコードされるポリペプチドと免疫学的に交差反応性であることであるが、そのような交差反応性は２つのポリペプチドが実質的に同一とみなされるための必要条件ではない。
【００７９】
「発現ベクター」は、宿主細胞において特定遺伝子の転写を可能にする一連の指定された核酸エレメントを担持する、組換え又は合成によって作製された、核酸構築物である。一般的には、遺伝子発現は、構成的又は誘導的プロモーター、組織優先的調節エレメント及びエンハンサーを含む、一定の調節エレメントの制御下に置かれる。
【００８０】
「組換え宿主」は、クローニングベクター又は発現ベクターのいずれかを含む何らかの原核又は真核細胞であり得る。この用語はまた、宿主細胞の染色体又はゲノム内にクローニングされた遺伝子を含むように遺伝子操作された原核又は真核細胞を含む。
【００８１】
「作動可能に連結された」という用語は、調節エレメントと遺伝子又はそのコード配列の間の連結を表わすために使用される。すなわち、遺伝子発現は、一般的には構成的又は誘導的プロモーター、組織特異的調節エレメント及びエンハンサーを含む、一定の調節エレメントの制御下に置かれる。そのような遺伝子又はコード配列は、調節エレメントと「作動可能に連結されて（operably linked to, operatively linked to, operably associated with）」いると称され、遺伝子又はコード領域が調節エレメントによって制御される又は影響を受けることを意味する。
【００８２】
「標準（参照）配列」は、配列比較のための基礎として使用される定義された配列である。標準配列は、指定配列のサブセット又は全体、例えば、完全長ｃＤＮＡ又は遺伝子配列のセグメント、又は完全なｃＤＮＡ又は遺伝子配列であり得る。ポリペプチドに関しては、標準ポリペプチド配列の長さは、一般に少なくとも約５、１０又は１５個のアミノ酸、好ましくは少なくとも約２０個のアミノ酸、より好ましくは少なくとも約２５個のアミノ酸、さらに一層好ましくは約３５個のアミノ酸、約５０個のアミノ酸、約１００個のアミノ酸又は約１５０個のアミノ酸である。核酸については、標準核酸配列の長さは、一般に少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約６０ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも約７５ヌクレオチド、さらに一層好ましくは約１００ヌクレオチド、約３００ヌクレオチド又は約４５０ヌクレオチド又はその付近又はその間の何らかの整数である。
【００８３】
比較のための配列のアラインメントの方法は、当分野において公知である。比較のための配列の最適アラインメントは、「Smith and Waterman, Adv. Appl. Math., 2:482, 1981」のローカルホモロジーアルゴリズムによって；「Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443, 1970」のホモロジーアラインメントアルゴリズムによって；「Pearson and Lipman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 8:2444, 1988」の類似性検索法によって；「Intelligenetics, Mountain View, Calif.」によるＰＣ／ＧｅｎｅプログラムのＣＬＵＳＴＡＬ；「Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group (GCG), 7 Science Dr., Madison, Wis., USA」のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ及びＴＦＡＳＴＡを含むが、これらに限定されない、これらのアルゴリズムのコンピュータでの実行によって実施し得る；ＣＬＵＳＴＡＬプログラムは、「Higgins and Sharp, Gene 73:237-244, 1988」、「Corpet, et al., Nucleic Acids Research, 16:881-90, 1988」、「Huang, et al., Computer Applications in the Biosciences 8:1-6, 1992」及び「Pearson, et al., Methods in Molecular Biology, 24:7-331, 1994」によって詳細に説明されている。データベース類似性検索のために使用できるＢＬＡＳＴファミリーのプログラムは以下を含む：ヌクレオチドデータベース配列に対するヌクレオチド問い合わせ配列のためのＢＬＡＳＴＮ；タンパク質データベース配列に対するヌクレオチド問い合わせ配列のためのＢＬＡＳＴＸ；タンパク質データベース配列に対するタンパク質問い合わせ配列のためのＢＬＡＳＴＰ；ヌクレオチドデータベース配列に対するタンパク質問い合わせ配列のためのＴＢＬＡＳＴＮ；ヌクレオチドデータベース配列に対するヌクレオチド問い合わせ配列のためのＴＢＬＡＳＴＸ。「Current Protocols in Molecular Biology, Chapter 19, Ausubel, et al., Eds., Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York, 1995」を参照されたい。上記プログラムの新しいバージョン又は新しいプログラム全体が、疑う余地なく将来使用可能となり、本発明と共に使用できる。
【００８４】
異なる指定がない限り、ここで提供される配列同一性／類似性の数値は、一連のＢＬＡＳＴ  ２．０スイートプログラム又はその後継プログラムを用いて、デフォルトパラメータを使用して得られる数値を指す（Altschul et al., Nucleic Acids Res, 2:3389-3402, 1997）。これらのパラメータのデフォルト設定は、今後必要に応じて容易に変更され得ることが了解されるべきである。
【００８５】
当業者に理解されるように、ＢＬＡＳＴ検索は、タンパク質がランダム配列としてモデル化できると仮定する。しかし、実際の多くのタンパク質は、ホモポリマートラクト、短期反復配列あるいは１つ又はそれ以上のアミノ酸が富化された領域であり得る非ランダム配列の領域を含む。そのような低複雑度領域は、タンパク質の他の領域が完全に異なる場合でも無関係なタンパク質の間に整列され得る。多くの低複雑度領域フィルタープログラムが、そのような低複雑度アラインメントを低減するために使用できる。例えば、ＳＥＧ（Wooten and Federhen, Comput. Chem., 17:149-163, 1993）及びＸＮＵ（Clayerie and States, Comput. Chem., 17:191-1, 1993）低複雑度領域フィルターが、単独で又は組み合わせて使用できる。
【００８６】
本明細書において使用する、「治療する」、「治療すること」、「治療」等の用語は、疾患及び／又はそれに関連する症状を低減する又は改善することを指す。除外されないが、疾患又は症状を治療することは、疾患、症状又はそれに関連する症状が完全に排除されることを必要としないことは認識される。
【００８７】
本明細書において使用する、「腫瘍」は、悪性又は良性にかかわらず、すべての新生物細胞成長及び増殖、及びすべての前癌及び癌細胞及び組織を指す。
【００８８】
本明細書において使用する、「予防する」、「予防すること」、「予防」、「予防的処置」等の用語は、疾患又は症状を有していないが、発症する危険度が高い又は感受性のある被験者において、疾患又は症状を発症する可能性を低下させることを指す。
【発明を実施するための最良の形態】
【００８９】
本発明は、一般に、血管形成を調節するために有用な組成物及び方法、ならびに血管新生阻害剤の体系的で効率的な同定を提供する方法を特徴とする。以下で詳述するように、バイオインフォマティクスに基づく体系的なコンピュータ計算方法論を、血管新生の推定上の新規内因性阻害剤を同定し、分類するために使用した。抗血管新生又はアポトーシス促進性の特性を有するタンパク質及びタンパク質フラグメントのリストを作成した。これらの公知の抗血管新生フラグメントに対する類似性及びこれらの配列内の保存されたドメインの存在に基づき、推定上の新規血管新生阻害剤を同定し、分類した。これらの新規血管新生阻害剤は、ＡＤＡＭ、ＡＤＡＭＴＳ、ＣＸＣ及びセマフォリンタンパク質ファミリーの成員、ならびに凝固因子、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体及び様々なクリングル含有タンパク質を含む。ヒットしたものの間での類似性のクラスター化は、タンパク質配列内での抗血管新生活性の局在に関する予測を行うことを可能にした。使用した強力なコンピュータ援用方法は、新規抗血管新生タンパク質及びフラグメントの効率的な同定を提供した。多様なこれらのペプチドの抗血管新生活性をインビトロ及び／又はインビボで実験的に特性決定した。
【００９０】
（血管新生）
既存の血管系からの新しい微小血管の成長又は発芽を含む血管新生、及び新生脈管成長を含む脈管形成は、胚形成、癌、関節リウマチ、糖尿病性網膜症、肥満、アテローム性動脈硬化症、虚血性心疾患及び四肢疾患、及び創傷治癒を含む、多くの生理的及び病的症状に必須である。７０以上の疾患が血管新生依存性であると同定された（Carmeliet,Nature,438:932-6,2005）。生理的条件下で、新しい微小血管の成長は、内因性血管新生促進性因子と抗血管新生因子の間の均衡を維持することによって厳密に調節され、統合されている。この調節の均衡を乱すことは、癌、加齢性黄斑変性及び関節リウマチにおけるような過度の新生血管形成、又は虚血性心疾患及び四肢疾患、虚血性脳及び神経変性におけるような不十分な血管新生を導き得る。
【００９１】
血管新生は、内皮細胞（ＥＣ）、血管周囲細胞、血管平滑筋細胞及び間質細胞（例えば、幹細胞及び実質細胞）の間の相互作用を含む複雑な多段階工程である。これらの相互作用は、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、塩基性線維芽細胞増殖因子（ｂＦＧＦ又はＦＧＦ−２）及びアンギオポエチンなどの分泌因子を通して、ならびに細胞間相互作用及び細胞−細胞外マトリックス（ＥＣＭ）相互作用を通して起こる。内皮細胞−ＥＣＭ相互作用は、内皮細胞の遊走、増殖、分化及びアポトーシスを含む、血管新生のために決定的に重要な数多くの過程を調節する。血管新生過程は、間質細胞の動員を含み得るネットワークの安定化及びリモデリング、ならびに一部の脈管の退縮（ｐｒｕｎｉｎｇ）を含む。多くの場合、血管新生は低酸素に対する応答として起こる。低酸素誘導因子、ＨＩＦ１αと呼ばれる転写因子は、その活性が実質及び間質細胞においてＶＥＧＦの上方調節を導く酸素センサーとして働くことが明らかにされた（Semenza, Physiology (Bethesda), 19:176-82, 2004）。ＶＥＧＦは、いくつかのヘパリン結合及び非ヘパリン結合スプライス変異体アイソフォームの形態のホモ二量体として分泌される；間質腔を通して拡散し、内皮細胞受容体ＶＥＧＦＲ１及びＶＥＧＦＲ２、ならびにニューロピリン１などの補助受容体に結合することができ、それによって内皮細胞増殖及び遊走を導くシグナル伝達カスケードを開始させる。内皮細胞活性化の結果として、内皮細胞マトリックスメタロプロテイナーゼ、ＭＭＰの産生が増大する；ＭＭＰは、内皮細胞遊走及び毛細管発芽に対する物理的障壁を構成する、毛細管基底膜及びＥＣＭを選択的に分解するために必要である。ＭＭＰ及びそれらの関連分子はまた、その多くが抗血管新生性であると同定されている、ＥＣＭタンパク質の隠れた（cryptic）部位を暴露する上で（Davis et al., Anat Rec, 268:252-75, 2002; Folkman, Annu Rev Med, 57:1-18, 2006; Rundhaug, J Cell Mol Med, 9:267-85, 2005; Schenk and Quaranta, Trends Cell Biol, 13:366-75, 2003）、そして細胞表面受容体をプロセシングする上で（Mott and Werb, Curr Opin Cell Biol, 16:558-64, 2004）重要な役割を果たす。
【００９２】
（望ましくない血管新生に関連する疾患）
血管新生を調節する過程が崩壊した場合、疾病が生じ得る。そのような疾病は多種多様な組織及び器官系に影響を及ぼす。過度の又は望ましくない血管新生によって特徴付けられる疾患は、本明細書において述べる治療薬による治療に感受性である。
【００９３】
数多くの器官における過度の血管新生は、新生物形成及び血液学的悪性疾患を含む、癌及び転移に結びつく。
【００９４】
血管新生関連疾患及び障害は眼において一般に認められ、失明をもたらし得る。そのような疾患は、加齢性黄斑変性、脈絡膜血管新生、硝子体過形成遺残症候群、糖尿病性網膜症及び未熟児網膜症（ＲＯＰ）を含むが、これらに限定されるものではない。
【００９５】
血管及びリンパ管を含むプラークが形成される移植片動脈症及びアテローム性動脈硬化症、血管奇形、ディ・ジョージ症候群、遺伝性出血性毛細血管拡張症、海綿状血管腫、皮膚血管腫、及びリンパ管奇形を含む、多くの血管新生関連疾患は、血管及びリンパ管に関連する。
【００９６】
骨、関節及び／又は軟骨を侵す他の血管新生疾患及び障害は、関節炎、滑膜炎、骨髄炎、骨棘形成及びＨＩＶ誘導の骨髄血管新生を含むが、これらに限定されるものではない。
【００９７】
胃腸管も、血管新生疾患及び障害に罹患しやすい。これらは、炎症性腸疾患、腹水、腹膜癒着及び肝硬変を含むが、これらに限定されるものではない。
【００９８】
腎臓を侵す血管新生疾患及び障害は、糖尿病性ネフロパシー（初期段階：糸球体血管係蹄肥大）を含むが、これに限定されるものではない。
【００９９】
生殖系における過度の血管新生は、子宮内膜症、不正子宮出血、卵巣嚢胞、卵巣過剰刺激に結びつく。
【０１００】
肺では、過度の血管新生は、原発性肺高血圧症、喘息、鼻ポリープ、鼻炎、慢性気道炎症、嚢胞線維症に関連する。
【０１０１】
皮膚における過度の又は望ましくない血管新生によって特徴付けられる疾患及び障害は、乾癬、いぼ、アレルギー性皮膚炎、瘢痕ケロイド、化膿性肉芽腫、水疱形成疾患、ＡＩＤＳ患者におけるカポジ肉腫、全身性硬化症を含む。
【０１０２】
肥満も過度の血管新生（例えば、脂肪の多い食事によって誘導される血管新生）に関連する。血管新生阻害剤の投与によって脂肪組織が減少し得る。
【０１０３】
過度の血管新生は、全身性硬化症、多発性硬化症、シェーグレン病（一部にはマスト細胞及び白血球の活性化による）などの様々な自己免疫疾患に結びつく。望ましくない血管新生はまた、（リンパ）−血管新生プログラムを誘導する又は内皮細胞を形質転換する、（リンパ）−血管新生遺伝子を発現する病原体に関連するものを含む、多くの感染症に結びつく。そのような感染症は、ＨＩＦ−１レベル、ＨＩＶ−Ｔａｔレベル、抗菌ペプチドレベルを増大させる細菌感染、又は組織リモデリングに関連するものを含む。
【０１０４】
ウイルス感染などの感染症は、本発明の物質による治療に感受性である過剰な血管新生を引き起こし得る。ヒトにおいて見られるウイルスの例は、レトロウイルス科（Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）（ＨＩＶ−１などのヒト免疫欠損ウイルス（ＨＤＴＶ−ＩＩＩ、ＬＡＶＥ又はＨＴＬＶ−ＩＩＩ／ＬＡＶ又はＨＩＶ−ＩＩＩとも称される）；及びＨＩＶ−ＬＰなどの他の単離ウイルス）；ピコルナウイルス科（Ｐｉｃｏｒｎａｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、ポリオウイルス、Ａ型肝炎ウイルス；エンテロウイルス、ヒトコクサッキーウイルス、ライノウイルス、エコーウイルス）；カルシウイルス科（Ｃａｌｃｉｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、胃腸炎を引き起こす系統）；トガウイルス科（Ｔｏｇａｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、ウマ脳症ウイルス、風疹ウイルス）；フラビウイルス科（Ｆｌａｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、デング熱ウイルス、脳炎ウイルス、黄熱病ウイルス）；コロナウイルス科（Ｃｏｒｏｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、コロナウイルス）；ラブドウイルス科（Ｒｈａｂｄｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、水疱性口内炎ウイルス、狂犬病ウイルス）；フィロウイルス科（Ｆｉｌｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、エボラウイルス）；パラミクソウイルス科（Ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、パラインフルエンザウイルス、流行性耳下腺炎ウイルス、麻疹ウイルス、ＲＳウイルス）；オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、インフルエンザウイルス）；ブンガウイルス科（Ｂｕｎｇａｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、ハンターンウイルス、ブンガウイルス、フレボウイルス及びナイロウイルス）；アレナウイルス科（Ａｒｅｎａｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、出血熱ウイルス）；レオウイルス科（Ｒｅｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、レオウイルス、オルビウイルス及びロタウイルス）；ビルナウイルス科（Ｂｉｒｎａｖｉｒｉｄａｅ）；ヘパドナウイルス科（Ｈｅｐａｄｎａｖｉｒｉｄａｅ）（Ｂ型肝炎ウイルス）；パルボウイルス科（Ｐａｒｖｏｖｉｒｉｄａｅ）（パルボウイルス）；パポバウイルス科（Ｐａｐｏｖａｖｉｒｉｄａｅ）（パピローマウイルス、ポリオーマウイルス）；アデノウイルス科（Ａｄｅｎｏｖｉｒｉｄａｅ）（大部分のアデノウイルス）；ヘルペスウイルス科（Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅ）（単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）１型及び２型、水痘帯状疱疹ウイルス、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、ヘルペスウイルス）；ポックスウイルス科（Ｐｏｘｖｉｒｉｄａｅ）（痘瘡ウイルス、ワクシニアウイルス、ポックスウイルス）；及びイリドウイルス科（Ｉｒｉｄｏｖｉｒｉｄａｅ）（例えば、アフリカ豚コレラウイルス）；及び未分類ウイルス（例えば、デルタ型肝炎の病原因子（Ｂ型肝炎ウイルスの欠損サテライトであると思われる）、非Ａ・非Ｂ型肝炎（クラス１＝経口伝播型；クラス２＝非経口伝播型（すなわちＣ型肝炎）；ノーウォーク及び関連ウイルス、及びアストロウイルス）を含むが、これらに限定されるものではない。
【０１０５】
本発明は、本明細書において述べる処方の化合物を含む医薬組成物の治療有効量を被験者（例えば、ヒトなどの哺乳動物）に投与することを含む、過度の又は望ましくない血管新生に関連する疾患及び／又は障害又はその症状を治療する方法を提供する。そこで、１つの実施形態は、血管新生関連疾患又は障害又はその症状に罹患している又は罹患しやすい被験者を治療する方法である。前記方法は、疾患又は障害が治療される条件下で疾患又は障害又はその症状を治療する（例えば、血管新生を予防する又は低減する）ために十分な本明細書において述べる化合物の治療量を哺乳動物に投与する工程を含む。
【０１０６】
本明細書において述べる方法は、そのような作用を生じさせるために、本明細書において述べる化合物（例えば、本明細書において述べるペプチド又は模倣物又はそれらの類似体）、又は本明細書において述べる組成物の有効量を被験者（そのような治療を必要とすると同定された被験者を含む）に投与することを含む。そのような治療を必要とする被験者を同定することは、被験者又は医療専門家の判断であり得、そして主観的（例えば、意見）又は客観的（例えば、テスト又は診断方法によって評価し得る）であり得る。
【０１０７】
一般に本発明の治療方法（予防的治療を含む）は、哺乳動物、特にヒトを含む、その必要のある被験者（例えば、動物、ヒト）への、本明細書において述べる処方の化合物などの、本明細書において述べる化合物の治療有効量の投与を含む。そのような治療は、疾患、障害又はその症状に罹患している、それを有する、罹患しやすい又は危険度が高い被験者、特にヒトに適切に投与される。「危険度の高い」被験者の判定は、診断テストあるいは被験者又は医療提供者の意見（例えば、遺伝学的テスト、酵素又はタンパク質マーカー、「マーカー」（ここで定義する）、家族暦等）による何らかの客観的又は主観的判定によって為され得る。本明細書において述べる化合物はまた、血管新生が関係する可能性がある他のいかなる疾患の治療においても使用し得る。
【０１０８】
１つの実施形態では、本発明は、治療経過を監視する方法を提供する。この方法は、疾患又はその症状を治療するために十分な本明細書において述べる化合物の治療量を投与された、血管新生に関連する疾患又はその症状に罹患している又は罹患しやすい被験者において、診断マーカー（「マーカー」）（本明細書において述べる化合物、タンパク質又はそのインジケータ等によって調節される、ここで記述する何らかの標的）又は診断計測（例えば、スクリーン、アッセイ）のレベルを測定する工程を含む。被験者の疾患症状を立証するために、この方法において測定されるマーカーのレベルを健常対照又は他の罹患患者におけるマーカーの公知レベルと比較することができる。好ましい実施形態では、被験者におけるマーカーの２回目のレベルを、１回目のレベルの測定よりも後の時点で測定し、疾患の経過又は治療の効果を監視するために２つのレベルを比較する。ある好ましい実施形態では、本発明に従った治療を開始する前に、被験者におけるマーカーの治療前レベルを測定する；マーカーのこの治療前レベルを、その後、治療の効果を測定するために、治療が開始された後の被験者におけるマーカーのレベルと比較することができる。
【０１０９】
（新生物形成の治療）
本発明の方法は、新生物形成の治療のために特に良好に適する。「新生物形成」とは、不適切に高いレベルの細胞分裂、不適切に低いレベルのアポトーシス、又はその両方によって引き起こされる又はそれらを生じさせる疾患を意味する。例えば、癌は増殖性疾患の一例である。癌の例は、限定を伴わずに、白血病（例えば、急性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄球性白血病、急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、慢性リンパ性白血病、）、真性赤血球増加症、リンパ腫（ホジキン病、非ホジキン病）、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、Ｈ鎖病、及び肉腫及び癌腫などの固形腫瘍（例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮腫、骨膜腫、中皮腫、ユーイング腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、膵癌、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭状癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原生癌、腎細胞癌、ヘパトーム、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎生期癌、ウィルムス腫、子宮頸癌、子宮がん、精巣癌、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、脳室上衣細胞腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏突起神経膠腫、神経鞘腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫及び網膜芽細胞腫）を含む。リンパ球増殖性疾患も増殖性疾患とみなされる。
【０１１０】
（本発明のペプチド）
本発明は、抗血管新生活性を有する治療物質（例えば、ポリペプチド、ペプチド、その類似体及びフラグメント）を同定するために強力なコンピュータ及びバイオインフォマティクスアプローチを利用する。そのような物質のアミノ酸配列を表１（以下）に示す。表１は、本発明のペプチドのペプチド配列、ならびにそれらが由来するタンパク質の名称、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号及び配列のアミノ酸位置を示す。アミノ酸は、ここでは、ＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎによって推奨される、それらの一般的に知られる１文字記号によって示される；それらはまた、それらの一般的に知られる３文字記号によっても言及される。
【０１１１】
【表１】
2009512423.tif 000002
2009512423.tif 000003
2009512423.tif 000004
2009512423.tif 000005
2009512423.tif 000006
2009512423.tif 000007
2009512423.tif 000008
2009512423.tif 000009
【０１１２】
（血管新生アッセイ）
本発明の治療物質の生物活性は、当分野において公知の、血管新生活性を検定するための何らかの方法を用いて特定決定される。インビトロ血管新生アッセイは、最近の総説において詳細に説明されている（Akhtar et al., Angiogenesis, 5:75-80, 2002; Auerbach et al., Cancer Metastasis Rev, 19:167-72, 2000; Auerbach et al., Clin Chem, 49:32-40, 2003; Staton et al., Int J Exp Pathol, 85:233-48, 2004; Vailhe et al., Lab Invest,81:439-52, 2001）。血管新生アッセイにおいて使用されてきた数多くの異なる内皮細胞系統が存在する：ウシ大動脈、ウシ網膜、ラット及びマウス微小血管、ヒト大動脈、ヒト膀胱微小血管、ヒト心臓微小血管、ヒト皮膚微小血管、ヒト肺微小血管及びヒト臍帯静脈内皮細胞。これらの内皮細胞はすべて、インビトロで分化し、毛細管様構造を形成することができる。この過程は、細胞を、Ｍａｔｒｉｇｅｌ（基底膜に類似した細胞外マトリックス物質）、Ｉ型コラーゲン、フィブロネクチン又はラミニンなどの細胞外マトリックス成分の単層で培養したときに起こる。血管新生応答をテストするために一般的に使用される内皮細胞系統は、ヒト臍帯静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）である。米国国立癌研究所（ＮＣＩ）は新規物質の抗血管新生効果をテストするためのガイドラインを発表した（http://dtp.nci.nih.gov/aa-resources/aa_index.html）；それらは、ＨＵＶＥＣを使用した増殖、遊走及び管腔形成アッセイを含む。
【０１１３】
最初に、選択した標準物質の抗血管新生作用を、それらを培養内皮細胞を含むウエルに添加することによって陽性対照として評価する。そのような標準抗血管新生物質は、要請によりＮＣＩから入手可能なフミギリン類似体ＴＮＰ−４７０及びパクリタキセルを含む。通常、標準細胞培養培地を陰性対照として使用する。以下で述べる実験を、統計的に有意で再現可能な結果を得るために必要に応じて数回反復する。ひとたびプラットフォームが、公知の物質で較正されてテストされると、新規の阻害剤がテストされる。
【０１１４】
（細胞増殖アッセイ）
これらのアッセイでは、抗血管新生物質を、内皮細胞増殖を変化させるそれらの能力に関してテストする。内皮細胞増殖の低下は、血管新生を阻害する物質を同定する。細胞の生存能力及び代謝活性を、種々の濃度及び様々な時間段階で抗血管新生ペプチドの存在下にて測定する。一例では、細胞増殖試薬、ＭＴＴを、生存細胞の代謝活性を測定する基質／アッセイにおいて使用する。アッセイは、不溶性紫色ホルマザン結晶を形成する、生存可能な代謝活性細胞による黄色テトラゾリウム塩、ＭＴＴの還元に基づき、不溶性紫色ホルマザン結晶は界面活性剤の添加によって可溶化される。ＭＴＴは、マイクロプレートで実施できる比色定量非放射性アッセイである。それは、細胞増殖、細胞依存性又は細胞傷害性を測定するのに適している。その手順は３つの工程を含む。最初に、細胞をマルチウエルプレートで培養し、次に黄色ＭＴＴと共に約２〜４時間インキュベートする。このインキュベーション期間中に、生存細胞は、それらのミトコンドリアにおいて、黄色ＭＴＴを紫色ホルマザン結晶に変換させる。２番目の工程は結晶の可溶化を含む。細胞を溶解するために界面活性剤溶液を添加し、着色結晶を可溶化する。アッセイの最後の工程は、細胞の溶解後の色の変化を測定することによって増殖の変化を定量することを含む。試料を、５７０ｎｍの波長でＥＬＩＳＡプレートリーダーを用いて読み取る。生成された色の量は、特定ウエル中に存在する生存可能細胞の数に直接比例する。他の増殖アッセイは、ＷＳＴ−１、ＸＴＴ、トリパンブルー、アラマーブルー及びＢｒｄＵを含む。ＭＴＴアッセイと異なり、ＷＳＴ−１アッセイでは、ホルマザン結晶を界面活性剤の添加によって可溶化する必要がない；それらは細胞培地に可溶性である。
【０１１５】
もう１つの例では、複製する細胞の新たに合成されたＤＮＡへのブロモデオキシウリジン（ＢｒｄＵ）の組込みを定量することによって細胞増殖を検定する。このアッセイは、ＢｒｄＵに対するマウスモノクローナル抗体を使用する細胞免疫検定法である。手順は４工程を含む。最初に、細胞をマイクロタイタープレートで培養し、ＢｒｄＵでパルス標識する。増殖する細胞だけがＢｒｄＵをそれらのＤＮＡに組み込む。次に細胞を変性溶液に固定する。ゲノムＤＮＡを変性し、組み込まれたＢｒｄＵを免疫検出に暴露する。ＢｒｄＵ標識は、ペルオキシダーゼ複合抗ＢｒｄＵ抗体と共にＤＮＡ内に位置する。ペルオキシダーゼ基質を使用して抗体を定量する。選択したペプチドの抗増殖作用をテストするため、内皮細胞を様々な量のペプチドの存在下に種々の時間間隔でインキュベートする。ＢｒｄＵによる細胞の標識後、細胞増殖試薬ＷＳＴ−１を添加し、細胞を再びインキュベートする。ホルマザン生成物を吸光度リーダーによって４５０ｎｍで定量する。その後、比色定量細胞増殖ＥＬＩＳＡ、ＢｒｄＵを用いてＢｒｄＵ組込みを測定する。このアッセイの結果は、細胞のＤＮＡ合成（抗増殖性）又は代謝活性（アポトーシス促進性）への抗血管新生ペプチドの作用を指示する。これらの手法を実施するためのキットは市販されている。
【０１１６】
好ましくは、本発明の物質は、細胞増殖を少なくとも約５％、１０％、２０％又は２５％低下させる。より好ましくは、細胞増殖を少なくとも約５０％、７５％、さらには１００％低下させる。
【０１１７】
（細胞アポトーシス及び細胞周期アッセイ）
抗血管新生活性を有する物質はまた、細胞数の変化を測定する（直接計数又は間接的比色定量評価）マイトジェンアッセイ（チミジン又は５−ブロモデオキシウリジンの組込み）を使用して、細胞増殖及び生存率への候補物質の作用を測定するアッセイにおいて同定することができる。細胞増殖、細胞生存率を低下させる、又は細胞死を増大させる物質が、抗血管新生活性を有すると同定される。アポトーシスによる細胞死は、ＴＵＮＥＬアッセイを使用して、又はカスパーゼ及びアネキシンＶなどのアポトーシスマーカーの発現を分析することによって測定できる（Fennell et al., J Biomol Screen, 11:296-302, 2006; Loo and Rillema, Methods Cell Biol, 57:251-64, 1998; Otsuki et al., Prog Histochem Cytochem, 38:275-339, 2003）。
【０１１８】
細胞集団におけるアポトーシスを検討するために多くの方法が開発された。アポトーシスは、膜崩壊に先立つゲノムＤＮＡの個別フラグメントへの切断によって特徴付けられる細胞死の形態である。ＤＮＡ切断はアポトーシスの特徴であるので、溶解前のＤＮＡ断片化を測定するアッセイは、アポトーシス細胞死の測定のために特に魅力的である。細胞集団から得たＤＮＡフラグメントを、「ＤＮＡラダー（はしご）」又ははしごの横木を形成する１８０ｂｐの倍数のバンドの存在又は不在を同定するためにアガロースゲル上で、又はヒストン複合ＤＮＡフラグメントの存在をＥＬＩＳＡによって定量することによって、検定する。
【０１１９】
アポトーシスの他の指標は、アポトーシスの初期段階に関与するカスパーゼの存在に関して検定することを含む。カスパーゼの出現は、多くの細胞機能を無効にする事象のカスケードを開始させる。カスパーゼの活性化は、酵素アッセイを利用することによってインビトロで分析できる。特定カスパーゼ、例えば、カスパーゼ３の活性は、カスパーゼを捕獲すること及び特定プロテアーゼに感受性の適切な基質のタンパク質分解切断を測定することにより、細胞溶解産物において測定できる（Fennell et al., J Biomol Screen, 11:296-302, 2006; Loo and Rillema, Methods Cell Biol, 57:251-64, 1998; Otsuki et al., Prog Histochem Cytochem, 38:275-339, 2003）。内皮細胞においてカスパーゼ活性又はＤＮＡ断片化を増大させる物質は、本発明の方法において有用と同定される。
【０１２０】
インビトロ手法に加えて、アポトーシスは、フローサイトメトリーを用いて測定できる。最も簡単な方法の１つは、ＤＮＡを染色するためにヨウ化プロピジウム（ＰＩ）を使用し、亜二倍体細胞を探索することである（Fennell et al., J Biomol Screen, 11:296-302, 2006; Loo and Rillema, Methods Cell Biol, 57:251-64, 1998; Otsuki et al., Prog Histochem Cytochem, 38:275-339, 2003）。
【０１２１】
ＤＮＡ含量／細胞周期分析のために最も一般的に使用される染料はヨウ化プロピジウム（ＰＩ）である。ＰＩは、二本鎖ＤＮＡの主溝に挿入し、６００ｎｍ付近に集まる広い発光を有し、４８８ｎｍで励起され得る高度蛍光付加物を生成する。ＰＩは二本鎖ＲＮＡにも結合することができるので、最適ＤＮＡ分解能のためには細胞をＲＮアーゼで処理する必要がある。他のフローサイトメトリーに基づく方法は、膜ホスファチジルセリンの細胞内表面から細胞外表面への転移を検出する、ＤＮＡ鎖の切断とアネキシンＶ結合を測定するＴＵＮＥＬアッセイを含む。
【０１２２】
（細胞遊走及び浸潤アッセイ）
もう１つの抗血管新生活性は、増殖因子勾配などの走化性勾配において存在する誘引物質へと向かう内皮細胞遊走を低下させる能力である。内皮細胞の運動性又は遊走は、ボイデンチャンバー手法（Auerbach et al., Cancer Metastasis Rev, 19:167-72, 2000; Auerbach et al., Clin Chem, 49:32-40, 2003; Taraboletti and Giavazzi, Eur J Cancer, 40:881-9, 2004）を用いて評価することができる。一例では、ボイデンチャンバーアッセイを使用して、アクチベーターの存在下でチャンバーの一方の側からの内皮細胞遊走をテストする。簡単に述べると、ボイデンチャンバーの下の区画を、細胞の能動的通過だけを許容するのに十分なほど小さい孔（３〜８μｍ細孔径）を有するマトリックス被覆ポリカーボネートフィルターによって上の区画（内皮細胞を含む）から分離する。マトリックスは、例えば、コラーゲン、ラミニン及びフィブロネクチンなどの細胞外マトリックスタンパク質を含み得る。アクチベーターは、血管内皮増殖因子及び線維芽細胞増殖因子２などの増殖因子、又は順化培地（例えば、腫瘍細胞又はＮＩＨ−３Ｔ３線維芽細胞からの）を含むが、これらに限定されるものではない。遊走は、一般的には、細胞がフィルターを通って移動してから４〜２０時間以内に迅速に起こる。遊走細胞の数を、阻害剤の存在下又は不在下で細胞透過性蛍光染料を用いて定量する；また、細胞計数のいかなる手段によっても定量できる。蛍光プレオートリーダーは、蛍光の量を測定し、それを細胞数に直接相関させることにより、遊走細胞を定量するために使用される。細胞遊走の低下は、血管新生を阻害するペプチドを同定する。好ましくは、細胞遊走又は運動性は、少なくとも約５％、１０％、２０％又は２５％低下する。より好ましくは、細胞遊走又は運動性は、少なくとも約５０％、７５％、さらには１００％低下する。
【０１２３】
他の実施形態では、本発明の抗血管新生物質は、例えば、細胞外マトリックス成分を分解する内皮細胞の能力を低下させることによって、内皮細胞の浸潤性を変化させる。一例では、血管新生阻害剤は、マトリックスメタロプロテイナーゼのタンパク質分解活性を低下させることによって作用する。プロテアーゼ活性を検定するための方法は当分野において公知である。マトリックスメタロプロテイナーゼ活性の定量は、ザイモグラム又はゼラチナーゼ活性アッセイを使用して実施できる（Frederiks and Mook, J Histochem Cytochem. 52:711-22, 2004）。好ましくは、プロテアーゼ活性は、少なくとも約５％、１０％、２０％又は２５％低下する。より好ましくは、プロテアーゼ活性は、少なくとも約５０％、７５％、さらには１００％低下する。
【０１２４】
もう１つの例では、内皮細胞の浸潤活性は、ボイデンチャンバー浸潤アッセイを用いて又はファゴキネティックトラック（phagokinetic tracks）を測定することによって測定される。浸潤アッセイは、フィルターを、細胞がフィルターを通って移動する前に分解しなければならない、数ミクロンの厚さのマトリックスの層、通常Ｍａｔｒｉｇｅｌ又は他の基底膜抽出物で被覆することを除き、基本的にはボイデン運動性アッセイに関して上述したとおりである（Auerbach et al., Cancer Metastasis Rev, 19:167-72, 2000; Auerbach et al., Clin Chem, 49:32-40, 2003; Taraboletti and Giavazzi, Eur J Cancer, 40:881-9, 2004）。細胞外マトリックス分解又は内皮細胞の浸潤性を低下させる化合物は、本発明の方法において有用である。
【０１２５】
（管腔形成アッセイ）
抗血管新生活性を有する物質を同定するもう１つの方法は、毛細管形成を低減する又は妨げる物質の能力を測定することを含む。様々な種類の内皮細胞（例えば、ＨＵＶＥＣ、ＨＭＶＥＣ（ヒト微小血管内皮細胞））が、細胞外マトリックスタンパク質、Ｍａｔｒｉｇｅｌ又は他の基質で均一に被覆したウエルにおいて培養したとき管腔を形成する。従って、アッセイは、内皮細胞分化を特徴付ける。内皮細胞を候補物質の存在下又は不在下で培養する。物質は、培地に添加し得るか又はゲルに存在又は適用し得る。一般的には、細胞を５％のＣＯ２雰囲気下３７℃にて一定期間（例えば、１〜４日間）インキュベートすることによって管腔形成への作用を測定する。これらの手法を実施するためのキットは市販されている。
【０１２６】
実験の出力は、形成される毛細管網の画像である。毛細管網の形態学的特徴に関して使用される一般的測定基準は、血管新生指数である。この指数は、ウエルの総観測表面積に対する結合管腔の全長の比として算定される。抗血管新生ペプチドの濃度の関数としての血管新生指数の変化が、テストした新規血管新生阻害剤の有効性についての決定因子である。
【０１２７】
（大動脈輪アッセイ）
大動脈輪アッセイはインビボ系とインビトロ系の両方の利点を統合する。制御された環境において血管新生因子又は阻害剤をテストするために有用なアッセイである。より重要な点として、このアッセイは血管新生に関与するすべての必要な工程を要約する（Staton et al., Int J Exp Pathol, 85:233-48, 2004）。
【０１２８】
血管新生を検討するこの定量的方法では、ラット及びマウスなどの様々な動物からの大動脈の輪セグメントを、フィブリン又はコラーゲンを含む三次元マトリックスに包埋し、血清及び増殖因子を含まない規定培地で培養する。微小血管が大動脈輪の表面から自然に発芽する。この血管新生過程は、大動脈から産生される内因性増殖因子によって媒介されるか又は特定濃度の増殖因子を外因性に適用することによって補助され得る。包埋した大動脈を１０〜１２日間インキュベートし、インキュベーション期間後に新しく形成された血管を定量する。微笑血管は、手動で計数するか又はコンピュータ援用画像解析を用いて数量化できる。血管新生又は抗血管新生活性に関して検定するためにテスト物質を培地に添加することができる。また、新生血管形成過程への抗血管新生ペプチドの作用の特異的機構を評価するために、種々の遺伝的背景を有する動物（例えば、ノックアウトマウス）からの大動脈を使用することができる。
【０１２９】
（インビボ血管新生アッセイ）
最近の総説は、血管新生に関与する７０を超える疾患症状を同定し、それらの約半数が異常な又は過度の血管新生又はリンパ管新生によって特徴付けられた（Carmeliet, Nature, 438:932-6, 2005）。抗血管新生活性を有すると同定された物質は、場合により、異常な又は過度の血管新生又はリンパ管新生を示す動物モデルを用いたインビボアッセイにおいてテストされる。
【０１３０】
（Ｍａｔｒｉｇｅｌプラグアッセイ）
１つのインビボアプローチでは、本発明の候補物質を、動物においてポリマーマトリックスを皮下に移植し、新生血管形成の徴候に関してマトリックスを検定することによって抗血管新生活性に関してテストする。１つの実施形態では、Ｍａｔｒｉｇｅｌプラグ又は腫瘍細胞と抗血管新生因子を含む同様の基質を、インビボでの血管新生を検討するために使用する（Auerbach et al., Cancer Metastasis Rev, 19:167-72, 2000; Staton et al., Int J Exp Pathol, 85:233-48, 2004）。Ｍａｔｒｉｇｅｌは、４℃で液体であるが、３７℃では固体ゲルを形成する。候補物質を、増殖因子などの誘引物質と共にゲルに懸濁する。次にＭａｔｒｉｇｅｌを皮下に注射し、その部位でＭａｔｒｉｇｅｌは、ゲル中に存在する血管新生促進性又は抗血管新生の物質の長期的な局所放出を可能にする固体プラグを形成する。その後プラグを除去し、顕微鏡を使用してプラグにおける内皮細胞又は内皮細胞細管の存在を同定することを含むがこれに限定されない、何らかの標準方法によって血管新生を評価する。一部の実施形態では、このアプローチを、新たに形成された脈管上の内皮特異的タンパク質（例えば、ＣＤ−３１／３４又はインテグリン）の免疫組織学的同定と組み合わせる。
【０１３１】
Ｍａｔｒｉｇｅｌプラグアッセイは、ここで同定する新規抗血管新生ペプチドの効果をテストするために適用できる。一例では、Ｍａｔｒｉｇｅｌを、様々な濃度で供給される（例えば、ＩＣ５０で）候補ペプチドの存在下又は不在下でヘパリン（通常２０Ｕ／ｍｌ）及び約５０ｎｇ／ｍｌの血管内皮増殖因子と混合する。対照動物には、抗血管新生フラグメントを含まないゲルを投与する。Ｍａｔｒｉｇｅｌをマウスに皮下注射し、１週間後に動物を犠死させる。その後Ｍａｔｒｉｇｅｌプラグを取り出し、４％パラホルムアルデヒドで固定する。次にプラグをパラフィンに包埋し、切片にして、ヘマトキシリンとエオシンで染色する。血管の数ならびに他の血管新生指数を評価する。
【０１３２】
（指定インビボ血管新生アッセイ（Ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ｉｎ  ｖｉｖｏ  ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ  ａｓｓａｙ）（ＤＩＶＡＡ））
指定インビボ血管新生アッセイ（ＤＩＶＡＡ）は、インビボで血管新生を検定する再現可能な定量的方法である。これは、アンギオリアクターを形成するために、あらかじめ混合した血管新生因子と共に又は血管新生因子なしで、何らかの種類の細胞外マトリックス（例えば、Ｍａｔｒｉｇｅｌ）を満たした、一方の側が閉じられたシリコンシリンダーの作製を含む（Guedez et al., Am J Pathol, 162:1431-9, 2003）。次にアンギオリアクターをマウスにおいて皮下に移植する。血管内皮細胞は細胞外マトリックスに移動し、アンギオリアクターにおいて脈管を形成する。早くも移植後９日目に、血管新生調節因子の作用を検定するために十分な細胞がアンギオリアクター内に存在する。候補物質を血管新生因子と共にマトリックスに含めてもよい。アンギオリアクターの設計は、再現可能で定量可能なインビボでの血管新生アッセイのための標準化されたプラットフォームを提供する。
【０１３３】
好都合にも、アンギオリアクターは、基底膜抽出物の吸収又は周囲組織への抗血管新生物質の拡散によるアッセイ誤差を防ぎ、上述したプラグアッセイにおいて必要な材料の分画だけを使用して実施し得、そして４つまでのアンギオリアクターを単一動物（例えば、マウス）に移植でき、分析のためにより多くのデータを提供し得る。血管新生応答は、アンギオリアクターの回収前のフルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）−デキストランの静脈内注射、それに続く分光蛍光光度法によって測定できる。あるいは、血管新生浸潤の定量的評価を得るために、アンギオリアクターの内容物を取り出し、ＦＩＴＣ−レクチンを使用して内皮細胞を染色することができる。ＦＩＴＣ−レクチン溶液の蛍光を、蛍光プレートリーダー、例えば、Ｖｉｃｔｏｒ  ３Ｖ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）を使用して４８５ｎｍ励起及び５１０ｎｍ発光で蛍光を測定する。シグナルの強度はアンギオリアクター内に存在する内皮細胞の数に直接比例する。この手法は、インビボでの血管新生調節因子の用量反応分析及び有効用量の同定を可能にする。
【０１３４】
（漿尿膜アッセイ）
漿尿膜アッセイ（ＣＡＭ）は、血管新生アッセイとして広く使用される（Auerbach et al., Cancer Metastasis Rev 19:167-172, 2000; Staton et al., Int J Exp Pathol 85:233-248, 2004; D Amato, In: Voest, E.E., and D Amore, P.A. (eds). Tumor Angiogenesis and Microcirculation, 2001, Marcel Dekker, New York-Basel）。１つの実施形態では、卵殻に窓を作ることによって７〜９日齢のニワトリ胚の漿尿膜を露出させる。候補物質は、その持続放出を与える製剤中で（例えば、徐放性ポリマーペレット中で、ゼラチンスポンジに吸収されて、又はプラスチックディスクに空気乾燥されて）提供される。候補物質製剤を、卵殻の窓を通して漿尿膜に移植する。窓を密封し、卵を再インキュベートする。７日齢のニワトリ胚における成熟免疫系の欠如は、免疫学的干渉のない血管新生のテストを可能にする。インオボアッセイの修正法では、卵の内容物全体をプラスチック培養皿に移す。３〜６日間のインキュベーション後にテスト物質を適用し、様々な血管新生指標を用いて血管新生を観測する。
【０１３５】
血管新生抑制ペプチドをテストする場合は、ポリマーペレットに増殖因子及び抗血管新生フラグメントの両方を充填し、漿尿膜に移植することができる。このアッセイの修正法は、有効な治療レジメンを同定するために種々の戦略を用いた候補物質の適用を可能にする。例えば、候補物質を、特定濃度の単回ボーラスとして；より低濃度にて種々の時点で；又は物質の持続放出を提供する種々の製剤中で適用する。これは、候補物質放出の時間的制御及び候補物質の血管新生抑制作用に関する薬剤投与の時間的変動の描写を提供する。
【０１３６】
（眼血管新生モデル）
角膜は無血管部位であり、おそらく縁から角膜支質に侵入するいかなる脈管も、新たに形成されたときに同定することができる。このアッセイでは、動物の角膜支質にポケットを作成する。血管新生応答は、通常、増殖因子を含む徐放性ペレット又はポリマーの移植によって開始される（Auerbach et al., Cancer Metastasis Rev, 19:167-72, 2000; Auerbach et al., Clin Chem, 49:32-40, 2003; D Amato, Tumor Angiogenesis and Microcirculation, 103-110, 2001; Staton et al., Int J Exp Pathol, 85:233-48, 2004）。
【０１３７】
血管新生阻害剤をテストするため、角膜における血管新生応答への候補物質の作用を、候補阻害剤と組み合わせた血管新生因子を含むペレットを角膜ポケットに移植した後に検定する。抗血管新生物質の効果はまた、網膜新生血管形成への抗血管新生作用を定量的に評価するための眼虚血性網膜症のマウスモデルを使用して評価することもできる。加えて、レーザー誘導の脈絡膜血管新生のマウスモデルが、脈絡膜新生血管形成への候補物質の抗血管新生作用を定量的に評価するために使用できる。テストされるペプチドは、ボーラス注射又は他の何らかの予定された投与によって投与できる。
【０１３８】
（チャンバーアッセイ）
慢性血管新生への候補物質の作用をインビボで検討するための他の方法は、移植透明チャンバーの使用を含む。チャンバーをアクセス可能な部位（例えば、ウサギの耳、背部皮下脂肪及び頭蓋窓チャンバー）に移植する（Auerbach et al., Clin Chem, 49:32-40, 2003; Staton et al., Int J Exp Pathol, 85:233-48, 2004）。これらの系の各々において、皮膚の一片（耳又は皮下脂肪チャンバー）又は頭蓋の一部（頭蓋チャンバー）を麻酔した動物から切除する。次に、腫瘍細胞又は血管新生刺激剤を含むペレットを暴露した表面に置き、スライドガラスで覆う。動物を回復させ、その後血管新生を観測する。前記モデルは、ｐＨ又は血流などの様々な血管新生ならびに組織パラメータの持続的測定を可能にする。角膜ポケットアッセイと同様に、あらかじめ定められた薬剤投与スケジュールを用いて血管新生抑制物質を経口的、局所的又は全身的に投与する。チャンバーアッセイにおいて血管新生を低下させる物質は、本発明の方法において有用と同定される。
【０１３９】
（腫瘍モデル）
多くの異なるインビボモデルが、特に腫瘍血管系への、潜在的抗血管新生又は抗癌治療の活性をテストするために開発された。免疫欠損マウスにおいて腫瘍を移植し、同系的に、すなわち皮下的に、起源組織において正常位置で、又は異種移植片として増殖させることができる（Auerbach et al., Clin Chem, 49:32-40, 2003; Staton et al., Int J Exp Pathol, 85:233-48, 2004）。いくつもの組織学的分析が、腫瘍に供給する血管への候補物質の作用を検討するために使用し得る。１つの実施形態では、腫瘍において新たに形成される血管系の血管密度を観測する；もう１つの実施形態では、血管構造を、例えば、血管単位長当たりの血管枝の数を計数することによって、観測する。もう１つの実施形態では、血管系を通る血流を測定する。
【０１４０】
腫瘍モデルは、候補抗血管新生物質の効果を検定するために分析できる様々な異なる条件を提供する。例えば、良好に血管化された腫瘍対血管化不良の腫瘍の安定性への候補物質の作用を検定できる；例えば、前立腺癌及び乳癌、陣細胞癌、及び化学的に誘発された血管肉腫及びカポジ肉腫などの血管起源のものを含む、種々の起源の腫瘍への候補物質の作用を分析することができる。インビボ腫瘍モデルのテストは、ヒト腫瘍血管新生の最大の近似を提供する。さらに、そのようなモデルは、大規模モデルにおいて及び異なる投与担体及び戦略下で、候補薬剤の薬物動態ならびにその効果を同時に検討する機会を提供する。
【０１４１】
（抗血管新生ペプチド及び類似体）
本発明は、抗血管新生活性を有する従来の治療ペプチドに限定されず、それらの生体内分布、選択性又は半減期を高める性質を有する様々な修飾ペプチドを含む。特に、本発明は、その必要のある被験者において細胞、組織又は器官における血管新生を阻害する能力を高めるように修飾されたペプチドを提供する。
【０１４２】
本発明は、配列の変化を生じさせることによって転写因子又はタンパク質形質導入ドメインのアミノ酸配列又は核酸配列を最適化するための方法を提供する。そのような変化は、ある種の突然変異、欠失、挿入又は翻訳後修飾を含み得る。本発明はさらに、本発明の何らかの天然に生じるポリペプチドの類似体を含む。類似体は、アミノ酸配列の相違によって、翻訳後修飾によって、又はその両方によって、本発明の天然に生じるポリペプチドと異なり得る。本発明の類似体は、一般に本発明の天然に生じるアミノ酸配列の全部又は一部と少なくとも８５％、より好ましくは９０％、最も好ましくは９５％、さらには９９％の同一性を示す。配列比較の長さは、少なくとも５、１０、１５又は２０個のアミノ酸残基、好ましくは少なくとも２５、５０又は７５個のアミノ酸残基、より好ましくは１００を超えるアミノ酸残基以上である。やはり、同一性の程度を決定するための例示的なアプローチでは、ＢＬＡＳＴプログラムを、密接に関連する配列を指示するｅ−３〜ｅ−１００の範囲の確率スコアで使用し得る。修飾は、ポリペプチドのインビボ及びインビトロ化学的誘導体化、例えば、アセチル化、カルボキシル化、リン酸化、又はグリコシル化を含む；そのような修飾は、ポリペプチド合成又はプロセシングの間又は単離修飾酵素による処理後に起こり得る。類似体はまた、一次配列の変化によって本発明の天然に生じるポリペプチドと異なり得る。これらは、天然及び誘発による（例えば、「Sambrook, Fritsch and Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed.), CSH Press, 1989」又は「Ausubel et al., supra）に述べられているように照射又はエタン硫酸メチルへの暴露によるランダム突然変異誘発から又は部位特異的突然変異誘発によって生じる）遺伝的変異を含む。また、Ｌ−アミノ酸以外の残基、例えば、Ｄ−アミノ酸あるいは非天然に生じる又は合成アミノ酸、例えば、β又はγアミノ酸を含む、環化ペプチド、分子及び類似体も含まれる。
【０１４３】
「アミノ酸」という用語は、天然に生じる及び合成アミノ酸、ならびに天然に生じるアミノ酸と同様に機能するアミノ酸類似体及びアミノ酸模倣物を指す。天然に生じるアミノ酸は、遺伝暗号によってコードされるもの、ならびに後で修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、及びＯ−ホスホセリン、ホスホトレオニンである。「アミノ酸類似体」は、天然に生じるアミノ酸と同じ基本化学構造を持つ化合物、すなわち水素に結合している炭素、カルボキシル基、アミノ基、及びＲ基、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのような類似体は、修飾Ｒ基（例えば、ノルロイシン）又は修飾ペプチドバックボーンを有するが、天然に生じるアミノ酸と同じ基本化学構造を保持する。「アミノ酸模倣物」は、アミノ酸の一般化学構造とは異なる構造を有するが、天然に生じるアミノ酸と同様に機能する化合物を指す。アミノ酸及び類似体は当分野において周知である。アミノ酸は、ここでは、それらの一般的に知られる３文字記号によって又はＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎによって推奨される１文字記号によって称され得る。ヌクレオチドも、同様に、それらの一般的に認められている１文字略号によって称され得る。
【０１４４】
「保存的に修飾された変異体」は、アミノ酸及び核酸配列の両方に適用される。特定核酸配列に関して、保存的に修飾された変異体は、同一又は類似アミノ酸配列をコードし、及び縮重配列を含む核酸を指す。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ及びＧＣＵは、すべてアラニンをコードする。したがって、アラニンが特定されるあらゆる位置で、これらのコドンのいずれもが、対応するヌクレオチド配列を構築する上で交換可能に使用できる。生じる核酸変異体は、同じタンパク質をコードするので（それが配列内の唯一の変更であると仮定して）、保存的に修飾された変異タンパク質である。当業者は、ＡＵＧ（メチオニンについての唯一のコドン）及びＵＧＧ（トリプトファン）を除き、核酸内の各々のコドンが、機能的に同一のペプチド又はタンパク質分子を生成するために保存的に修飾できることを認識する。アミノ酸配列に関して、当業者は、単一アミノ酸又は少数（一般的には約１０個未満）のアミノ酸を変化させる、付加する又は欠失させるポリペプチド又はタンパク質配列への置換、欠失又は付加は、その変化が化学的に類似のアミノ酸によるアミノ酸の置換を生じさせる場合、「保存的に修飾された変異体」であることを認識する。保存的置換は当分野において周知であり、例えば、アラニンのセリンへの変更；アルギニンのリシンへの変更；アスパラギンのグルタミン又はヒスチジンへの変更；アスパラギン酸のグルタミン酸への変更；システインのセリンへの変更；グルタミンのアスパラギンへの変更；グルタミン酸のアスパラギン酸への変更；グリシンのプロリンへの変更；ヒスチジンのアスパラギン又はグルタミンへの変更；イソロイシンのロイシン又はバリンへの変更；ロイシンのバリン又はイソロイシンへの変更；リシンのアルギニン、グルタミン又はグルタミン酸への変更；メチオニンのロイシン又はイソロイシンへの変更；フェニルアラニンのチロシン、ロイシン又はメチオニンへの変更；セリンのトレオニンへの変更；トレオニンのセリンへの変更；トリプトファンのチロシンへの変更；チロシンのトリプトファン又はフェニルアラニンへの変更；バリンのイソロイシン又はロイシンへの変更を含む。他の保存的及び半保存的置換は当分野において公知であり、本発明の実施において使用できる。
【０１４５】
「タンパク質」、「ペプチド」及び「ポリペプチド」という用語は、ここでは、長さ又は翻訳後修飾（例えば、グリコシル化又はリン酸化）にかかわらず、アミノ酸の何らかの鎖を表わすために使用される。したがって、これらの用語は、ここではアミノ酸残基のポリマーを指すために交換可能に使用できる。これらの用語はまた、１つ又はそれ以上のアミノ酸残基が対応する天然に生じるアミノ酸の人工的な化学的模倣物であるアミノ酸ポリマーに適用される。そこで、「ポリペプチド」という用語は、完全長の天然に生じるタンパク質、ならびに完全長の天然に生じるタンパク質又は天然に生じるタンパク質の特定ドメイン又は部分に対応する、組換え又は合成によって生産されたポリペプチドを含む。この用語はまた、原核細胞における発現を促進するために付加アミノ末端メチオニンを有する成熟タンパク質を包含する。
【０１４６】
本発明のポリペプチド及びペプチドは、化学合成できるか又は組換えＤＮＡ法によって合成できる；あるいはそれらは、標準的な生化学的精製方法に従って、それらが天然で発現される組織から精製できる。また、本発明のタンパク質又はポリペプチドの生物学的機能又は活性の１つ又はそれ以上を有する「機能的ポリペプチド」も、本発明に含まれる。これらの機能又は活性は、血管新生を阻害する能力（例えば、内皮細胞の増殖、遊走、生存又は管腔形成を低下させることによる）を含む。機能的ポリペプチドは、本明細書において述べるペプチドの標準配列（例えば、配列番号１〜１５６）であるとみなされるものから修飾された一次アミノ酸配列を含み得る。好ましくは、これらの修飾は、本明細書において述べるような保存的アミノ酸置換である。
【０１４７】
完全長ポリペプチドに加えて、本発明はまた、本発明のポリペプチドのいずれかのフラグメントを含む。本明細書において使用する、「フラグメント」という用語は、少なくとも５、１０、１３又は１５個のアミノ酸を意味する。他の実施形態では、フラグメントは、少なくとも２０個の隣接アミノ酸、少なくとも２１、２２、２３、２４又は２５個の隣接アミノ酸、又は少なくとも３０、３５、４０又は５０個の隣接アミノ酸であり、他の実施形態では、少なくとも６０〜８０個又はそれ以上の隣接アミノ酸である。本発明のフラグメントは、当業者に公知の方法によって作製できるか、又は通常のタンパク質プロセシング（例えば、生物活性のために必要でない新生ポリペプチドからのアミノ酸の除去、又は選択的ｍＲＮＡスプライシング又は選択的タンパク質プロセシング事象によるアミノ酸の除去）から生じ得る。
【０１４８】
非タンパク質転写因子／タンパク質形質導入ドメイン融合類似体は、融合タンパク質の機能的活性を模倣するように設計された化学構造を有する。そのような類似体は本発明の方法に従って投与される。融合タンパク質類似体は、もとの融合ポリペプチドの生理的活性を超えることがある。類似体設計のための方法は当分野において公知であり、類似体の合成は、生じる類似体が標準転写因子／タンパク質形質導入ドメイン融合ポリペプチドのリプログラミング又は再生活性を高めるように化学構造を修飾することにより、そのような方法に従って実施できる。これらの化学修飾は、選択的Ｒ基を置換すること及び標準融合ポリペプチドの特定炭素原子における飽和度を変化させることを含むが、これらに限定されない。好ましくは、融合タンパク質類似体はインビボ分解に対して比較的抵抗性であり、投与後、より長期的な治療作用を生じ得る。機能的活性を測定するためのアッセイは、以下の実施例で述べるものを含むが、これらに限定されるものではない。
【０１４９】
（ペプチド設計アプローチ）
反復設計アプローチ（DeFreest et al., J Pept Res, 63:409-19, 2004）は、候補抗血管新生ペプチドの構造と機能を最適化するための独自の機会を提供する。反復設計時に、最初のセットのアミノ酸を置換し、得られた物質の血管新生に対する作用を検定する。構造−機能関係の探求、まさに最も重要な点である反復設計と合成時のペプチドの生物物理的及び生化学的特徴保存の探求は、抗血管新生活性の最適化に寄与すると期待されている。いずれの残基が予測ペプチドの生物活性にとって必須であるかを決定するために、一連の類似体を作製し評価する。
【０１５０】
候補ペプチドのアミノ酸配列内の置換の種類を評価するため、最初にコンピュータ援用法を使用することができる。各々のアミノ酸の重要性を解明するための最も直接的な方法は、多数のオーソログ（異なる生物における同じ遺伝子座）におけるこれらのアミノ酸の保存を検討することである。異なる生物の間で保存されているアミノ酸を機能的に重要と同定される。生物物理学的見地から、静電的相互作用と疎水性分配が、ペプチドとそれらの受容体の相互作用を促進するために協力して働く。この意味で、いかなる点置換も、物質の正味電荷と疎水性の保存に適合すべきである（DeFreest et al., J Pept Res, 63:409-19, 2004）。ファージディスプレイ技術も、２０〜２５個のアミノ酸長の発現されたペプチドにおいてランダムな置換を実施するために使用できる（Scott and Smith, Science, 249:386-90, 1990）。各々の場合に、生じたペプチドを、本明細書において述べるアッセイのいずれかを使用して、血管新生へのその作用に関してテストする。
【０１５１】
予測ペプチドの活性の設計最適化はまた、物質の特定構造特徴を変化させることによっても実施できる。例えば、分子の頭−尾環化は直鎖状形態の分子よりも広い活性用量範囲を与え、ペプチドの安定性及び貯蔵寿命は損なわれないことが示された（DeFreest et al., J Pept Res, 63:409-19, 2004）。頭−尾結合は、ジスルフィド結合によって又はペプチド結合形成のいずれかによって起こり得る、ペプチド結合の使用は、貯蔵寿命のため、及び酸化還元状態が完全に制御できない条件下でペプチドを貯蔵又は使用したときに時として発現し得る二量体、三量体及びより高次の凝集体形成の排除のために有利であると考えられる。環化アプローチを以下の章で論じる。
【０１５２】
（直鎖状ペプチドの環化）
ペプチドの環化は、診断及び治療において有用なペプチド及びペプチド模倣薬剤を開発するための有用なアプローチであることが示された。ペプチドの環化は、これらの柔軟性のある直鎖状分子の立体配座自由度を低下させ、しばしば好ましくないエントロピー作用を低減することによってより高い受容体結合親和性をもたらす。より制約された構造フレームワークのゆえに、これらの物質は、特異的受容体のくぼみに対する親和性において、より選択的である。同じ理由により、構造的に制約された環状ペプチドは、タンパク質分解酵素の作用に対してより大きな安定性を与える。
【０１５３】
環化のための方法は、Ｎ末端とＣ末端アミノ酸残基の間のアミド結合の形成による、いわゆる「バックボーン−バックボーン（backbone to backbone）」環化、及び個々のアミノ酸の側鎖を含む環化に分類できる（Li and Roller, Curr Top Med Chem, 2:325-41, 2002）。直鎖状ペプチド及びペプチド模倣物の頭−尾環化を達成するために多くの新規アプローチが開発されたが、最も一般的に使用される方法は、今も、ペプチドカップリング試薬を用いた液相マクロ環化である。ペプチド環化の結果は、主として溶液中の直鎖状ペプチド前駆体の立体配座によって影響される。合成設計は、環の切断の方法及びペプチドカップリング試薬の合理的な選択によって影響される。妥当な環切断は、ペプチドマクロ環化反応を有意に促進するが、環化部位の良くない選択は、緩慢な反応速度及びラセミ化、二量体化及びオリゴマー化などの様々な副反応を伴い低収率をもたらし得る。
【０１５４】
個々のアミノ酸の側鎖を含む環化は、ω−チオアミノ酸残基（システイン、ホモシステイン）間のジスルフィド架橋の形成、グルタミン酸／アスパラギン酸とリシン残基との間のラクタム架橋の形成、カルボキシル、ヒドロキシル又はメルカプト官能基を含むアミノ酸残基間のラクトン又はチオラクトン架橋の形成、及びヒドロキシル又はメルカプト官能基を含むアミノ酸間のチオエーテル又はエーテル架橋の形成を含む。
【０１５５】
（組換えポリペプチド発現）
本発明は、ペプチド合成のための常套的方法により最も一般的に作製される治療ペプチドを提供する。そのような方法は、当分野において公知であり、本明細書において述べる。選択的アプローチを所望する場合は、ペプチドを、単独で又は発現を促進するポリペプチドに作動可能に連結される抗血管新生ペプチドを含むより大きな融合タンパク質の一部として、組み換えによって発現する。所望する場合は、ペプチドをその後、融合タンパク質から切断することができる（例えば、酵素的に）。融合タンパク質がペプチドの抗血管新生活性に干渉しない場合は、そのような切断は必要としないか、又はさらには望ましくないと考えられる。治療ペプチド又は治療ペプチドを含む融合タンパク質は、内皮細胞あるいはそのような細胞を含む組織又は器官に接触したとき、血管新生を低下させる。本発明の組換えポリペプチドは、当業者に公知の実質的に何れかの方法を用いて生産される。一般的には、組換えポリペプチドは、適切な発現媒体中のポリペプチドをコードする核酸分子又はそのフラグメントの全部又は一部で適切な宿主細胞を形質転換することによって生産される。
【０１５６】
分子生物学の分野の当業者は、多種多様な発現系のいずれもが、組換えタンパク質を与えるために使用し得ることを了解する。使用する厳密な宿主細胞は、本発明にとって決定的に重要ではない。本発明のポリペプチドは、原核生物宿主（例えば、大腸菌）又は真核生物宿主（例えば、サッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、昆虫細胞、例えば、Ｓｆ２１細胞、又は哺乳動物細胞、例えば、ＮＩＨ３Ｔ３、ＨｅＬａ又は好ましくはＣＯＳ細胞）において生産し得る。そのような細胞は、広範囲のソースから入手可能である（例えば、「the American Type Culture Collection, Rockland, Md.」、また、例えば、「Ausubel et al., Current Protocol in Molecular Biology, New York: John Wiley and Sons, 1997」も参照されたい）。形質転換又はトランスフェクションの方法及び発現媒体の選択は、選択する宿主系に依存する。形質転換及びトランスフェクションの方法は、例えば、「Ausubel et al. supra」に述べられている；発現媒体は、例えば、Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｖｅｃｔｏｒｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（P.H.Pouwels et al., 1985, Supp. 1987）において提供されるものから選択し得る。
【０１５７】
様々な発現系が、本発明のポリペプチドの生産のために存在する。そのようなポリペプチドを生産するために有用な発現ベクターは、限定されないが、染色体、エピソーム、及びウイルス由来のベクター、例えば、細菌プラスミド、バクテリオファージ、トランスポゾン、酵母エピソーム、挿入エレメント、酵母染色体エレメント及びバキュロウイルス、ＳＶ４０などのパポバウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルス及びレトロウイルスなどのウイルスに由来するベクター、及びそれらの組合せに由来するベクターを含む。
【０１５８】
ポリペプチド生産のための１つの特定細菌発現系は、大腸菌ｐＥＴ発現系（例えば、ｐＥＴ−２８）（Novagen, Inc., Madison, Wis）である。この発現系に従って、ポリペプチドをコードするＤＮＡを、発現を可能にするように設計された方向でｐＥＴベクターに挿入する。そのようなポリペプチドをコードする遺伝子は、Ｔ７調節シグナルの制御下にあるので、ポリペプチドの発現は、宿主細胞においてＴ７  ＲＮＡポリメラーゼの発現を誘導することによって達成される。これは、一般的にはＩＰＴＧ誘導に応答してＴ７  ＲＮＡポリメラーゼを発現する宿主菌株を使用して実施される。ひとたび生産されれば、その後、当分野で公知の標準的な方法、例えば、本明細書において述べる方法に従って組換えポリペプチドを単離する。
【０１５９】
ポリペプチド生産のためのもう１つの細菌発現系は、ｐＧＥＸ発現系（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）である。この系は、迅速な精製と機能的遺伝子産物の回収を伴う、融合タンパク質としての遺伝子又は遺伝子フラグメントの高レベル発現のために設計されたＧＳＴ遺伝子融合系を用いる。対象タンパク質は、日本住血吸虫（Schistosoma japonicum）からのグルタチオンＳ−トランスフェラーゼタンパク質のカルボキシル末端に融合し、それは、グルタチオンセファロース４Ｂを用いたアフィニティークロマトグラフィーによって細菌溶解産物から容易に精製される。融合タンパク質は、グルタチオンでの溶出による穏やかな条件下で回収できる。融合タンパク質からのグルタチオンＳ−トランスフェラーゼドメインの切断は、このドメインの上流の部位特異的プロテアーゼについての認識部位の存在によって促進される。例えば、ｐＧＥＸ−２Ｔプラスミドにおいて発現されるタンパク質は、トロンビンで切断し得る；ｐＧＥＸ−３Ｘにおいて発現されるものは、第Ｘａ因子で切断し得る。
【０１６０】
あるいは、本発明の組換えポリペプチドは、メチロトローフ酵母、ピキア・パストリス（Pichia pastoris）において発現される。ピキアは、メタノールを唯一の炭素源として代謝することができる。メタノールの代謝の第一段階は、酵素、アルコールオキシダーゼによるメタノールのホルムアルデヒドへの酸化である。ＡＯＸ１遺伝子によってコードされるこの酵素の発現は、メタノールによって誘導される。ＡＯＸ１プロモーターが誘導的ポリペプチド発現のために使用でき、又はＧＡＰプロモーターが対照遺伝子の構成的発現のために使用できる。
【０１６１】
ひとたび本発明の組換えポリペプチドが発現されれば、例えば、アフィニティークロマトグラフィーを用いてそれを単離する。一例では、本発明のポリペプチドに対して惹起した（例えば、本明細書において述べるように生産した）抗体をカラムに結合し、組換えポリペプチドを単離するために使用し得る。アフィニティークロマトグラフィーの前に、ポリペプチドを担持する細胞の溶解と分画を標準方法によって実施し得る（例えば、Ausubel et al., supra）。あるいは、ニッケルカラムに結合した、ヘキサヒスチジンタグなどの配列タグを用いて、ポリペプチドを単離する。
【０１６２】
ひとたび単離されれば、組換えタンパク質は、所望する場合には、例えば、高速液体クロマトグラフィーによってさらに精製することができる（例えば、「Fisher, Laboratory Techniques In Biochemistry and Molecular Biology, eds., Work and Burdon, Elsevier, 1980」を参照されたい）。本発明のポリペプチド、特に短いペプチドフラグメントはまた、化学合成によっても（例えば、「Solid Phase Peptide Synthesis, 2nd ed., 1984 The Pierce Chemical Co., Rockford, III.」に述べられている方法によって）生産できる。ポリペプチドの発現と精製のためのこれらの一般的手法はまた、有用なペプチドフラグメント又は類似体（本明細書において述べる）を生産し、単離するためにも使用できる。
【０１６３】
（コンビナトリアルペプチドライブラリー）
低分子ペプチドの合成による固体状態での生産に加えて、予測フラグメントのアミノ酸配列は、様々な遺伝的に修飾された生物を使用して、それらのゲノムへの関連ＤＮＡの挿入後に組換えによって発現され、生産され得る。１つのそのような広く使用される生物は、大腸菌である。コンビナトリアル生物学は、ペプチドをそれらがコードするＤＮＡに結びつけ、コードされるペプチドの大きなライブラリーを作製する能力に依存する。ＤＮＡ−コードされるペプチドのライブラリーを作製するための方法は、２つの群に分類できる。インビトロ法は、ペプチドが外因性リガンド又は細胞アクセスできるライブラリーを使用する。これらのライブラリーは、特定表現型を誘導するペプチドを富化するための細胞培養物に関するインビトロ結合選択において直接使用できる。これに対し、インビボ法は、生体細胞の内部で発現されるペプチドライブラリーを使用する。特定のライブラリー成員と標的タンパク質の間の相互作用を、選択的増殖の優位性又は宿主細胞の物理的性質の変化などの、宿主細胞への作用によって検出する（Pelletier and Sidhu, Curr Opin Biotechnol, 12:340-7, 2001）。
【０１６４】
ここで同定するペプチドなどのペプチドのセットを最適化するためには、ペプチドライブラリーを作製し、テストするためのインビトロ法が適切である。１つの実施形態では、初期配列のオリゴヌクレオチド指定突然変異誘発を使用する。もう１つの実施形態では、ペプチドのライブラリーを提示するためにファージを使用する。
【０１６５】
（オリゴヌクレオチド指定突然変異誘発）
オリゴヌクレオチド指定突然変異誘発は、予測抗血管新生フラグメントの母配列を含む１個又は複数のアミノ酸を修飾するために使用できる（Ryu and Nam, Biotechnol Prog, 16:2-16, 2000）。指定突然変異誘発は、所望突然変異をコードするオリゴヌクレオチドが対象ＤＮＡの１本の鎖にアニーリングし、ＤＮＡ合成の開始のためのプライマーとして働くという概念に基づく。このようにして、突然変異促進性オリゴヌクレオチドは、新たに合成された鎖に組み込まれる。突然変異促進性オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の塩基変化を組み込むが、多数の置換、挿入又は欠失を生じるように設計することができる。
【０１６６】
オリゴヌクレオチドはまた、化学合成の間に縮重オリゴヌクレオチドを生じる部位で塩基組成物を無作為化することにより、突然変異のライブラリーをコードすることができる。突然変異を局在化し、指定する能力は、ＤＮＡ挿入物を含むプラスミドベクターにハイブリダイズした合成オリゴヌクレオチドの使用によって大きく増強される。部位指定突然変異誘発のための一般的形式はいくつかの工程を含む。一本鎖領域を作製するために対象鋳型を含むプラスミドＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を変性する。合成突然変異型オリゴヌクレオチドを標的鎖にアニーリングする。ＤＮＡポリメラーゼを使用して新しい相補鎖を合成し、最後に新しい鎖の末端とオリゴヌクレオチドの間に生じたニックを塞ぐためにＤＮＡリガーゼを使用する。生じたヘテロ二本鎖を大腸菌における形質転換によって増殖させる。
【０１６７】
（ファージディスプレイ・ペプチドライブラリースクリーニング）
ファージディスプレイは、インビトロでのコンビナトリアル生物学のための１つの方法である。この方法は、ある種のバクテリオファージコートタンパク質に融合したペプチドが、コグネイトＤＮＡを同時に含むファージ粒子の表面に提示されるという所見に由来する（Landon et al., Curr Drug Discov Technol, 1:113-32, 2004）。
【０１６８】
ファージディスプレイは、初期ペプチド（例えば、本明細書において述べるペプチド）の変異体のライブラリーがファージビリオンの外側に発現され、各々の変異体をコードする遺伝物質は内側に存在する選択手法を表わす。これは、パニングと呼ばれるインビトロ選択工程によって所与の標的分子に対する結合親和性に基づく迅速な分配を可能にする、各々の変異体タンパク質配列とそれをコードするＤＮＡの間の物理的連鎖を作製する。その最も簡単な形態では、パニングは、ファージ提示されたペプチドのライブラリーを内皮細胞などの細胞の培養物を含むプレートと共にインキュベートし、非結合ファージを洗い流して、特異的に結合したファージを溶出することによって実施される。次に、溶出したファージを増幅し、集団を、培養する細胞の特定表現型、例えば、増殖の抑制などの表現型に関して富化するために付加的な結合／増幅サイクルを通して収集する。３〜４回のサイクル後、個々のクローンをＤＮＡ塩基配列決定及びＥＬＩＳＡによって特性決定する。
【０１６９】
「融合ファージ」のライブラリーは、所望特性を有するクローンを得るために速やかに選別され、ファージは、細菌宿主の継代によって容易に増幅できる。ファージディスプレイは、大腸菌特異的Ｍ１３バクテリオファージに関して最初に明らかにされ、これは現在もなお最も一般的なプラットフォームである。いくつかの他の大腸菌ファージもファージディスプレイに適合されており、真核生物系も開発された。
【０１７０】
（スクリーニングアッセイ）
本発明のポリペプチド及びフラグメントは、血管新生を調節する物質の同定のための標的として有用である。特に、ここで同定するペプチド（例えば、表１に列挙するペプチド）は、一般的にはより大きなポリペプチドの疎水性領域内に隠れているポリペプチドフラグメントである。ポリペプチド全体は、血管新生促進性であり得るが、本発明のペプチドは、一般的には抗血管新生性である。それ自体で、これらのペプチドの活性は、細胞又は細胞外環境に暴露されたとき、より大きなポリペプチドの血管新生促進性機能を低下させ得る。このアンタゴニスト機能が望ましくない場合は、これらのペプチドに結合する及び／又はこれらのペプチドの生物活性を阻害する物質を探索する。ひとたび同定されれば、血管新生を増強するためにそのような物質を使用する。もう１つのアプローチでは、本発明のペプチドに結合する又はその活性を増強する物質をスクリーニングすることによって抗血管新生物質を同定する。ひとたび同定されれば、血管新生を低減するためにそのような物質を使用する。
【０１７１】
あるいは、又は加えて、本発明のペプチドに特異的に結合する又は本発明のペプチドを阻害する候補物質を同定し得る。そのような候補化合物の効果は、ペプチドと相互作用するその能力に依存する。そのような相互作用は、多くの標準的結合手法及び機能アッセイ（例えば、「Ausubel et al., supra」に述べられているもの）を用いて容易に検定できる。例えば、候補化合物を、本発明のポリペプチドとの相互作用及び結合に関してインビトロでテストすることができ、血管新生を調節するその能力を何らかの標準アッセイ（例えば、本明細書において述べるもの）によって検定し得る。
【０１７２】
潜在的アンタゴニストは、本発明のペプチドに結合し、それによってその活性を阻害する又は消失させる有機分子、ペプチド、ペプチド模倣物、ポリペプチド、核酸リガンド、アプタマー及び抗体を含む。潜在的アンタゴニストはまた、ポリペプチドの結合部位に結合して占拠し、それによって、正常な生物活性を妨げるように細胞結合分子への結合を妨げる低分子を含む。
【０１７３】
１つの特定例では、クロマトグラフィーに基づく手法を用いて病原性ポリペプチドに結合する候補化合物を同定し得る。例えば、本発明の組換えポリペプチドを、ポリペプチドを発現するように遺伝子操作した細胞から標準手法によって精製するか、又は化学合成してもよく、ひとたび精製されればペプチドをカラムに固定化する。次に候補化合物の溶液をカラムに通し、ペプチドに特異的な化合物を、ペプチドに結合して、カラムに固定化されるその能力に基づいて同定する。化合物を単離するため、カラムを洗浄して非特異的結合分子を除去し、対象化合物をカラムから分離して収集する。この方法（又は他の何らかの適切な方法）によって単離された化合物は、所望する場合はさらに精製し得る（例えば、高速液体クロマトグラフィーによって）。加えて、これらの候補化合物は、血管新生を調節するそれらの能力に関してテストし得る（例えば、本明細書において述べるように）。このアプローチによって単離された化合物はまた、例えば、過度の又は望ましくない血管新生により特徴付けられる疾患又は障害を治療する又はその発症を予防するための治療薬として使用し得る。１ｎＭ、５ｎＭ、１０ｎＭ、１００ｎＭ、１ｍＭ又は１０ｍＭ以下の親和性定数でペプチドに結合すると同定される化合物は、本発明において特に有用とみなされる。
【０１７４】
本発明の方法は、血管新生を調節するために使用できるポリペプチド、その生物活性フラグメント又は類似体の高流量・低コストスクリーニングのために有用である。当業者は、細胞（例えば、内皮細胞）への候補ペプチドの作用が、一般的には候補ペプチドと接触していない対応する対照細胞と比較されることを認識する。したがって、スクリーニング方法は、候補ペプチドによって調節される細胞の発現プロフィール、表現型又は生物活性を未処置対照細胞の標準値と比較することを含む。
【０１７５】
一例では、候補ペプチドを様々な濃度で内皮細胞の培養培地に添加する。細胞の生存、管腔形成、アポトーシス、増殖、遊走を血管新生の指標として検定する。内皮細胞の生存、管腔形成、増殖又は遊走を低減するペプチドを、有用な抗血管新生物質として同定する。あるいは、内皮細胞の生存、管腔形成、増殖又は遊走を増強するペプチドを、有用な血管新生物質として同定する。もう１つの実施形態では、血管系の特徴である核酸分子又はポリペプチドの発現を観測する。一般的な細胞表面マーカーは、フィブロネクチン細胞外ドメインＢ、大きいテネイシンＣアイソフォーム、様々なインテグリン、ＶＥＧＦ受容体、前立腺特異的膜抗原、エンドグリン及びＣＤ４４アイソフォーム及び腫瘍内皮マーカー（ＴＥＭ）を含む。そのようなマーカーの発現を変化させるペプチド又は他の物質を、有用な血管新生の調節剤として同定する。血管系において発現される特徴的なポリペプチドの発現を低下させる物質は、本発明において有用とみなされる；そのような物質は、例えば、新生血管形成の望ましくない増大によって特徴付けられる損傷、疾患又は障害を予防する、遅延させる、改善する、安定化する、又は治療するための治療薬として使用し得る。他の実施形態では、内皮細胞において特徴的に発現されるマーカーの発現又は活性を増大させる物質は、血管新生の低下によって特徴付けられる損傷、疾患又は障害を予防する、遅延させる、改善する、安定化する、又は治療するために使用される。本明細書において述べる方法に従って同定される物質は、血管新生調節を必要とする患者に投与し得る。そのような物質が、本明細書において述べるようなペプチドである場合、当業者は、本発明がさらに、これらのペプチドをコードする核酸配列（例えば、表１に列挙されるもの）を提供することを認識する。
【０１７６】
（テスト化合物及び抽出物）
一般に、ペプチドは、天然産物又は合成（又は半合成）抽出物の大きなライブラリーから、又は化学物質ライブラリーから、又はポリペプチド又は核酸ライブラリーから同定される。そのような候補ポリペプチド又はそれらをコードする核酸分子は、生体内分布、プロテアーゼ抵抗性又は特異性を高めるように修飾し得る。次に、修飾されたペプチドを所望活性（例えば、血管新生調節活性）に関してスクリーニングする。薬剤研究開発の分野の当業者は、テスト抽出物又は化合物の厳密なソースは本発明のスクリーニング手順において決定的に重要ではないことを理解する。スクリーニングにおいて使用される物質は公知の化合物（例えば、他の疾患又は障害のために使用される公知のポリペプチド治療薬）を含み得る。あるいは、実質的にいかなる数の未知の化学的抽出物又は化合物も、本明細書において述べる方法を用いてスクリーニングできる。そのような抽出物又は化合物の例は、植物、真菌、原核生物又は動物に基づく抽出物、発酵ブロス及び合成化合物、ならびに既存のポリペプチドの修飾物を含むが、これらに限定されるものではない。
【０１７７】
細菌、真菌、植物及び動物抽出物の形態の天然ポリペプチドのライブラリーは、Ｂｉｏｔｉｃｓ（Sussex, UK）、Ｘｅｎｏｖａ（Slough, UK）、Ｈａｒｂｏｒ  Ｂｒａｎｃｈ  Ｏｃｅａｎｇｒａｐｈｉｃｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（Ft. Pierce, FIa.）、及びＰｈａｒｍａＭａｒ，Ｕ．Ｓ．Ａ．（Cambridge, Mass.）を含む数多くのソースから市販されている。そのようなポリペプチドは、当分野で公知の、本明細書において述べる方法を用いてタンパク質形質導入ドメインを含むように修飾できる。加えて、天然及び合成によって生産されるライブラリーは、所望する場合、当分野で公知の方法に従って、例えば、標準的な抽出及び分画方法によって作製される。分子ライブラリーの合成のための方法の例は、当分野において、例えば、「DeWitt et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90:6909, 1993; Erb et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:11422, 1994; Zuckermann et al., J. Med. Chem. 37:2678, 1994; Cho et al., Science 261:1303, 1993; Carrell et al.,Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2059, 1994; Carell et al., Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2061, 1994」及び「Gallop et al., J. Med. Chem. 37:1233, 1994」に見出される。さらに、所望する場合は、いかなるライブラリー又は化合物も標準的な化学的、物理的又は生化学的方法を用いて容易に修飾される。
【０１７８】
また、糖、脂質、ペプチド及び核酸に基づく化合物を含むが、これらに限定されない、ランダム又は指定合成（例えば、半合成又は完全合成）の多くのポリペプチドや化合物を作製するために、数多くの方法が使用可能である。合成化合物ライブラリーは、Ｂｒａｎｄｏｎ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ（Merrimack, N.H.）及びＡｌｄｒｉｃｈ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ（Milwaukee, Wis.）から市販されている。あるいは、候補化合物として使用される化合物は、標準合成手法及び当業者に公知の方法を使用して容易に入手可能な出発物質から合成できる。本明細書において述べる方法によって同定される化合物を合成するときに有用な合成化学変換及び保護基方法論（保護及び脱保護）は、当分野において公知であり、例えば、「R. Larock, Comprehensive Organic Transformations, VCH Publishers (1989); T.W. Greene and P.G.M. Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 2nd ed., John Wiley and Sons (1991); L. Fieser and M. Fieser, Fieser and Fieser's Reagents for Organic Synthesis, John Wiley and Sons (1994)」及び「L. Paquette, ed., Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis, John Wiley and Sons (1995)」及びそれらのその後の版に述べられているものを含む。
【０１７９】
化合物のライブラリーは、溶液中で（例えば、「Houghten, Biotechniques 13:412-421, 1992」）、又はビーズ上（Lam, Nature 354:82-84, 1991）、チップ（Fodor, Nature 364:555-556, 1993）、細菌（Ｌａｄｎｅｒの米国特許第５，２２３，４０９号）、胞子（Ｌａｄｎｅｒの米国特許第５，２２３，４０９号）、プラスミド（Cull et al., Proc Natl Acad Sci USA 89:1865-1869, 1992）又はファージ上（Scott and Smith, Science 249:386-390, 1990; Devlin,Science 249:404-406, 1990; Cwirla et al., Proc. Natl. Acad. Sci. 87:6378-6382, 1990; Felici, J. Mol. Biol. 222:301-310, 1991; Ladner, supra.）で提供され得る。
【０１８０】
加えて、薬剤研究開発の当業者は、デレプリケーション（ｄｅｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ、既知物質同定）（例えば、分類学的デレプリケーション、生物学的デレプリケーション及び化学的デレプリケーション、又はそれらの何らかの組合せ）あるいはそれらの活性が既に公知の物質の複製又は反復の排除のための方法を、可能な場合はいつでも使用すべきであることを容易に理解する。
【０１８１】
粗抽出物が血管新生調節活性を有することが認められるときは、認められた作用の原因である分子成分を単離するために明確な先導抽出物のさらなる分画が必要である。したがって、抽出、分画及び精製工程の目標は、血管新生を変化させる（増大させる又は低下させる）粗抽出物中の化学的実体の慎重な特性決定と同定である。そのような不均一抽出物の分画と精製の方法は当分野において公知である。所望する場合は、治療薬として有用であることが示された化合物を当分野で公知の方法に従って化学修飾する。
【０１８２】
（治療方法）
治療ポリペプチド、ペプチド、又はその類似体又はフラグメント、ならびにそのような分子をコードする核酸分子は、血管新生の望ましくない増大又は低下に関連する疾患又は損傷を予防する又は改善するために有用である。過度の血管新生を特徴とする疾患及び障害は、本発明の方法及び組成物を用いて治療し得る。そのような疾患及び障害は、新生物形成、血液学的悪性疾患、関節リウマチ、糖尿病性網膜症、加齢性黄斑変性、アテローム性動脈硬化症、及び病的肥満を含むが、これらに限定されるものではない。１つの実施形態では、本発明のペプチドを、血管新生関連疾患又は損傷の部位の１つ又はそれ以上の内皮細胞に送達する。
【０１８３】
他の実施形態では、本発明のペプチド（例えば、表１に列挙するペプチド）をコードする核酸分子を、血管新生の低下を必要とする細胞、組織又は器官に投与する。所望する場合は、ペプチドをより長いポリペプチドとの融合物として発現させる。その後、その所望治療作用を実現するためにペプチドをポリペプチドから切断し得る。そのような切断は、融合タンパク質がペプチドの生物活性に干渉しない場合には必要ではない。
【０１８４】
形質導入ウイルス（例えば、レトロウイルス、アデノウイルス及びアデノ関連ウイルス）ベクターは、特にその高い感染効率及び安定な組込みと発現のゆえに、体細胞遺伝子治療のために使用できる（例えば、「Cayouette et al., Human Gene Therapy 8:423-430, 1997」、「Kido et al., Current Eye Research 15:833-844, 1996」、「Bloomer et al., Journal of Virology 71:6641-6649, 1997」、「Naldini et al.,Science 272:263-267, 1996」及び「Miyoshi et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94:10319, 1997」を参照されたい）。例えば、完全長遺伝子シアリダーゼ遺伝子又はその一部をレトロウイルスベクターにクローニングすることができ、その内因性プロモーターから、レトロウイルスロングターミナルリピートから、又は対象とする標的細胞型（例えば、内皮細胞）に特異的なプロモーターから発現を駆動することができる。使用できる他のウイルスベクターは、例えば、ワクシニアウイルス、ウシパピローマウイルス、又はエプスタイン‐バーウイルスなどのヘルペスウイルスを含む（例えば、「Miller,Human Gene Therapy 15-14, 1990」、「Friedman, Science 244:1275-1281, 1989」、「Eglitis et al., BioTechniques 6:608-614, 1988」、「Tolstoshev et al., Current Opinion in Biotechnology 1:55-61, 1990」、「Sharp, The Lancet 337:1277-1278, 1991」、「Cornetta et al., Nucleic Acid Research and Molecular Biology 36:311-322, 1987」、「Anderson, Science 226:401-409, 1984」、「Moen, Blood Cells 17:407-416, 1991」、「Miller et al., Biotechnology 7:980-990, 1989」、「Le Gal La Salle et al., Science 259:988-990, 1993」及び「Johnson, Chest 107:77S-83S, 1995」のベクターも参照されたい）。レトロウイルスベクターは特に広く開発されており、臨床環境で使用されてきた（「Rosenberg et al., N. Engl. J. Med 323:370, 1990」、Ａｎｄｅｒｓｏｎらの米国特許第５，３９９，３４６号）。最も好ましくは、ウイルスベクターは、対象遺伝子を全身的に又は血管新生の部位の細胞に投与するために使用される。
【０１８５】
非ウイルスアプローチも、血管新生関連疾患を有する患者の細胞への治療薬の導入のために使用できる。例えば、核酸分子は、リポフェクチン（Feigner et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84:7413, 1987; Ono et al., Neuroscience Letters 17:259, 1990; Brigham et al., Am. J. Med. Sci. 298:278, 1989; Staubinger et al., Methods in Enzymology 101:512, 1983）、アシアロオロソムコイド‐ポリリシン複合体（Wu et al., Journal of Biological Chemistry 263:14621, 1988; Wu et al., Journal of Biological Chemistry 264:16985, 1989）の存在下で核酸を投与することによって、又は外科的条件下での微量注入によって（Wolff et al., Science 247:1465, 1990）、細胞に導入できる。好ましくは、核酸をリポソーム及びプロタミンと組み合わせて投与する。
【０１８６】
遺伝子導入はまた、インビトロでのトランスフェクションを含む非ウイルス手段を用いて達成できる。そのような方法は、リン酸カルシウム、ＤＥＡＥデキストラン、電気穿孔、及びプロトプラスト融合の使用を含む。リポソームはまた、細胞へのＤＮＡの送達のために潜在的に有益であり得る。患者の罹患組織への正常遺伝子の移植はまた、エクスビボで培養可能な細胞型（例えば、自家又は異種一次細胞又はその子孫）に正常核酸を導入し、その後細胞（又はその子孫）を疾患又は損傷の部位の標的組織に注入することによって達成できる。
【０１８７】
そのような方法における使用のためのｃＤＮＡ発現は、何らかの適切なプロモーター（例えば、ヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）、又はメタロチオネンプロモーター）から指令し、適切な哺乳動物調節エレメントによって調節することができる。例えば、所望する場合は、腸上皮細胞などの特定細胞型において遺伝子発現を選択的に指令することが知られるエンハンサーを、核酸の発現を指令するために使用できる。使用するエンハンサーは、限定を伴わずに、組織又は細胞特異的エンハンサーとして特徴付けられるものを含み得る。あるいは、ゲノムクローンを治療構築物として使用する場合、調節は、コグネイト調節配列によって、又は所望する場合は、上述したプロモーター又は調節エレメントのいずれかを含む、異種ソースに由来する調節配列によって媒介され得る。
【０１８８】
本発明に含まれるもう１つの治療アプローチは、潜在的な又は実際の疾病罹患組織の部位に直接に（例えば、腸への投与によって）又は全身的に（例えば、何らかの従来の組換えタンパク質投与手法によって）、シアリダーゼポリペプチド、その生物活性フラグメント又は変異体などの組換え治療薬を投与することを含む。投与するタンパク質の用量は、個々の患者の大きさと健康状態を含む数多くの因子に依存する。特定被験者に関して、詳細な投与計画は、個体の必要性及び組成物を投与する又は投与を監督する人物の専門的判断に従って経時的に調整されるべきである。一般に、何らかの医薬的に許容される製剤中で、成人に対して１日当たり０．１ｍｇ〜１００ｍｇが投与される。
【０１８９】
（薬剤治療）
本発明は、変化したレベルの血管新生に関連する疾患の治療のための治療薬として作用することができる組成物（核酸、ペプチド、低分子阻害剤及び模倣物を含む）を、同定するための簡単な手段を提供する。従って、本明細書において述べる方法を用いて医学的価値を有することが発見された化学的実体は、薬剤として又は、例えば、合理的薬剤設計による、既存の化合物の構造修飾のための情報として有用である。そのような方法は、望ましくない血管新生を特徴とする様々な症状に作用を及ぼす化合物をスクリーニングするために有用である。
【０１９０】
治療用途のために、ここで開示する方法を用いて同定される組成物又は物質は、全身的に、例えば、例えば、生理食塩水などの医薬的に許容される緩衝液中に製剤されて、投与され得る。好ましい投与経路は、例えば、患者において薬剤の継続的・持続的レベルを提供する皮下、静脈内、腹腔内、筋肉内又は皮内注射を含む。ヒト患者又は他の動物の治療は、生理的に許容される担体中の本明細書において述べる治療薬の治療有効量を使用して実施される。適切な担体及びそれらの製剤は、例えば、Ｅ．Ｗ．Ｍａｒｔｉｎによる「Remington's Pharmaceutical Sciences」に述べられている。投与すべき治療薬の量は、投与方法、患者の年齢及び体重に依存して、及び疾患又は障害の臨床症状によって異なる。一般に、量は、血管新生の変化に関連する他の疾患の治療において使用される他の薬剤に関して使用される量の範囲内であるが、ある種の場合には、化合物の高い特異性のゆえに、より低い量が必要とされる。化合物は、当業者に公知の診断方法によって決定される、血管新生に関連する臨床及び生理的症状を制御する用量で投与される。
【０１９１】
腎ろ過、酵素分解、細網内皮系（ＲＥＳ）による取込み、及び非標的器官及び組織における蓄積を通しての循環からの除去を緩慢化する製剤中で治療ペプチドを投与することは好都合である。加えて、非標的器官及び組織における広範囲の分布を制限する薬剤を投与するための方法は、より低濃度の薬剤を投与することを可能にし、有害な副作用を低減して、経済的利益を提供する。様々な方法が、本発明の物質の排泄を緩慢化するために使用可能である。１つの実施形態では、本明細書において述べる物質の制御放出を与える埋め込み型装置を使用する。そのような装置は当分野において公知であり、ポリマーゲル及びマイクロ構造のチップ（ｍｉｃｒｏ−ｆａｂｒｉｃａｔｅｄ  ｃｈｉｐ）を含むが、これらに限定されるものではない。これらの装置のいくつかは、既に臨床で使用されているか又は臨床治験においてテストされている（Moses et al., Cancer Cell, 4:337-41, 2003）。抗血管新生物質のための様々な送達方法は組織特異的であり、例えば、眼内及び眼周囲注射又は眼への遺伝子導入である（Akiyama et al., J Cell Physiol, 2006; Saishin et al., Hum Gene Ther, 16:473-8, 2005）。抗血管新生薬剤送達の主題に関する数多くの総説が入手可能である。
【０１９２】
（透過性及び保持亢進効果（Enhanced permeability and retention effect））
新生物形成又は血管新生部位の治療に関して、「透過性及び保持亢進効果（ＥＰＲ）」は、水溶性ポリマーに複合したペプチド及びタンパク質を含む、長い循環半減期を有する高分子量（４０ｋＤａ又はそれ以上）の巨大分子が蓄積する天然機構を構成する（Shukla and Krag,Expert Opin Biol Ther,6:39-54, 2006; Torchilin and Lukyanov, Drug Discov Today, 8:259-66, 2003）。この作用は、それらの組織のある種の特徴のために起こる。第一の特徴は、腫瘍又は新たに形成された血管系は、健康な組織の血管系と異なり、５０ｋＤａまで、さらにはそれ以上の分子量を有する巨大分子に対して透過性である。これは、巨大分子が、間質腔に侵入することを可能にする。もう１つの特徴は、多くの腫瘍の場合、正常組織からの巨大分子の排出の責任を担うリンパ系が損なわれることである。このために、新生血管形成組織に侵入した巨大分子は長期間そこに保持される。本明細書において述べる低分子量ペプチドの保持を高めるため、ペプチドを適切なポリマーに複合するか又はミクロリザーバーシステムを用いて送達し得る。
【０１９３】
（ペプチド及びタンパク質ポリマーの複合）
ポリマー鎖との複合又はミクロリザーバーシステムにおける薬剤の濃度などの、ペプチドの分子量を増大させる機構は、組織におけるペプチドの保持時間を増大させる傾向がある（Duncan, Nat Rev Drug Discov, 2:347-60, 2003）。さらに、腎ろ過と排泄は、主として４０ｋＤａ又はそれ以下の分子量（ＭＷ）を有するタンパク質の全身循環からの速やかなクリアランスの役割を担う。対象ペプチドの速やかなクリアランスと保持増大は、ペプチドを水溶性ポリマーと複合することによって達成できる。好ましくは、ペプチド−ポリマー複合体は、少なくとも約３０ｋＤａ、３５ｋＤａ、４０ｋＤａ、５０ｋＤａ、７５ｋＤａ又は１００ｋＤａの分子量を有する。ペプチド及びタンパク質−ポリマー複合の付加的な利益は、酵素分解に対する抵抗性の増大及び免疫原性の低下を含む。
【０１９４】
内因性タンパク質であっても、血流及び間質腔におけるプロテアーゼ分解に対して感受性であり得るか、又は免疫応答を誘導し得る。酵素分解及びタンパク質に対する免疫応答は、全身循環からのその迅速な排出を生じさせる。加えて、免疫応答の発現は、反復投与時のアレルギー反応及びアナフィラキシーショックの可能性の理由から潜在的に危険である。ポリマー結合によるタンパク質保護の機序はどちらの場合も同様である。タンパク質に結合したポリマー分子は、プロテアーゼの活性部位、及び抗原処理細胞への結合を妨げる、立体障害を創造する。ペプチド／タンパク質−ポリマー複合の例は、ポリ（エチレングリコール）との複合体及びポリ（スチレン−コ−無水マレイン酸）との複合体を含む。
【０１９５】
（ポリ（エチレングリコール）との複合体）
いくつかのポリマーがタンパク質安定化のために使用され、その成功の程度は様々であった。ポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）は、治療の潜在的可能性を有するタンパク質の修飾のために広く使用されるポリマーの１つである（Thanou and Duncan, Curr Opin Investig Drugs, 4:701-9, 2003; Vicent and Duncan, Trends Biotechnol, 24:39-47, 2006）。このポリマーは安価であり、毒性が低く、薬剤規制局によって内服用に承認されている。ＰＥＧは、様々な分子量で、タンパク質への共有結合のための化学的に活性化された即時使用形態で市販されている。
【０１９６】
（スチレン・無水マレイン酸共重合体との複合体）
一部の場合には、腎クリアランス自体を防ぐのに十分なほど大きくはないが、それらの複合薬剤と共に、血清アルブミン又はリポタンパク質などの、天然の循環時間が長い血漿成分に結合できるポリマーと複合することによって、薬剤の循環時間を増大させることができる（Thanou and Duncan,Curr Opin Investig Drugs, 4:701-9, 2003; Vicent and Duncan, Trends Biotechnol, 24:39-47, 2006）。
【０１９７】
同定された抗血管新生ペプチドが小さなサイズと低い分子量であり、そしてペプチドよりも桁違いに大きい複合ポリマーがフラグメントの活性を立体的に障害し得る高い確率を有するので、タンパク質複合の方法は、血管新生部位における物質の保持を増大させるための最も効率的な方法ではないと考えられる。より魅力的なシナリオは、ミクロリザーバー（resevoir）送達システムでのペプチドの投与である。
【０１９８】
（医薬組成物の製剤）
変化したレベルの血管新生に関連する疾患又は障害の治療のための化合物の投与は、他の成分と組み合わせて、変化したレベルの血管新生に関連する疾患又は障害を改善する、低減する又は安定化する上で有効な治療薬の濃度（例えば、血管新生を低下させるために十分な量）を生じさせる何らかの適切な手段によって実施し得る。化合物は、何らかの適切な担体物質中に任意の適切な量で含まれ得るが、一般に組成物の総重量の１〜９５重量％の量で存在する。組成物は、非経口的（例えば、皮下、静脈内又は腹腔内）投与経路に適する投与形態で提供され得る。医薬組成物は従来の製薬慣例に従って製剤され得る（例えば、「Remington: The Science and Practice of Pharmacy (20th ed.), ed. A.R. Gennaro, Lippincott Williams & Wilkins, 2000 and Encyclopedia of Pharmaceutical Technology, eds. J. Swarbrick and J.C. Boylan, 1988-1999, Marcel Dekker, New York」を参照されたい）。
【０１９９】
本発明に従った医薬組成物は、実質的に投与直後に又は任意の所定の時点で又は投与の一定期間後に活性化合物を放出するように製剤され得る。後者のタイプの組成物は一般に制御放出製剤として知られ、（ｉ）長期間にわたって体内で薬剤の実質的に一定な濃度を生じさせる製剤；（ｉｉ）所定の遅延時間後、長期間にわたって体内で薬剤の実質的に一定な濃度を生じさせる製剤；（ｉｉｉ）同時に活性物質の血漿レベルの変動に関連する望ましくない副作用を最小限に抑えながら体内で比較的一定な有効レベルを維持することにより、所定の期間にわたって作用を持続する製剤（鋸歯状動態パターン）；（ｉｖ）例えば、制御放出組成物を中枢神経系又は脳脊髄液中に又はそれに隣接して空間的に位置づけることによって、作用を局在化する製剤；（ｖ）用量が、例えば、毎週１回又は２週間に１回投与されるように、好都合な投与を可能にする製剤；及び（ｖｉ）週に数回低用量の薬剤を服用する必要があるメトロノーム治療のために好都合な投与を可能にする製剤；（ｖｉｉ）変化したレベルの血管新生に関連する疾患又は障害においてその機能が乱される特定細胞型（例えば、内皮細胞）に治療薬を送達するために担体又は化学的誘導体を使用することにより、変化したレベルの血管新生に関連する疾患又は障害を標的する製剤を含む。
【０２００】
一部の適用に関して、制御放出製剤は、血漿レベルを治療レベルに維持するのに１日の間に頻繁に投与する必要性を取り除く。
【０２０１】
問題の化合物の放出速度が代謝速度を上回る制御された放出を得るために、多くの方法のいずれかに従うことができる。一例では、例えば、様々な種類の制御放出組成物及び被覆物を含む、様々な製剤パラメータと成分の適切な選択によって制御放出が得られる。したがって、治療薬は、適切な賦形剤と共に、投与後に制御された様式で治療薬を放出する医薬組成物に製剤される。例は、単一又は多単位錠剤又はカプセル組成物、油性溶液、懸濁液、乳剤、マイクロカプセル、ミクロスフェア、分子複合体、ナノ粒子、パッチ及びリポソームを含む。
【０２０２】
（ミクロリザーバー送達システム）
一部の適用に関して、本発明のペプチドを送達するためにミクロリザーバー又はミクロ粒子担体が使用される。そのようなシステムは、リポソーム、ミセル、ポリマーミクロ粒子及び細胞ゴーストを含む。そのような担体の使用は、直接分子複合体に比べて担体に対する活性物質のはるかに高い比率を生じさせる。それらはまた、担体壁が薬剤分子を環境から完全に隔離するので、非経口投与時に酵素分解及び他の破壊因子に対してより高い度合いの保護を提供する。これらの担体の付加的な利点は、多数の薬剤種が併用療法において使用できるように、１つの担体が多薬剤種を送達できることである。すべてのミクロ粒子は、大き過ぎるため腎ろ過によって失われることはない（Thanou and Duncan, Curr Opin Investig Drugs, 4:701-9, 2003）。ミクロ粒子送達システムの例は、リポソーム及びミセルを含むが、これらに限定されるものではない。
【０２０３】
（リポソーム）
微粒子薬剤担体の中で、リポソームは最も広く検討されており、ペプチド及びタンパク質の被包に適した性質を有する。リポソームは、水性空間を被包する同心球状リン脂質二重層によって形成される小胞である（Moses et al., Cancer Cell, 4:337-41, 2003）。これらの粒子は生体適合性で、生物学的に不活性であり、毒性又は抗原反応をほとんど生じさせない。それらの内側の水性画分はペプチド及びタンパク質の被包のために使用できる。リポソーム作製のための多くの手法は、ペプチド及びタンパク質の完全性と適合する操作しか必要としない（Allen and Cullis, Science, 303: 1818-22, 2004）。他のミクロ粒子送達システムと同様に、ＲＥＳの細胞は従来のリポソームを迅速に除去する。
【０２０４】
１つの実施形態では、ＰＥＧなどの柔軟な親水性ポリマーを移  植した表面修飾長期循環リポソームを使用する。このアプローチは、リポソーム表面への血漿タンパク質吸着及びその後のＲＥＳによるリポソームの認識と取込みを防ぐ。リポソームは、タンパク質複合巨大分子と共通して、ＥＰＲ効果によって様々な起源の腫瘍内に蓄積することができる。現在、少なくとも２つの従来の抗癌剤、ダウノルビシン及びドキソルビシンのリポソーム形態が臨床で使用されている（Torchilin and Lukyanov, Drug Discov Today, 8:259-66, 2003）。
【０２０５】
（ミセル）
もう１つのアプローチでは、両親媒性ＰＥＧ−リン脂質複合体から調製されるものを含む、ミセル又はポリマーミセルを、本発明の物質を送達するために使用し得る。そのような製剤は、それらの安定性のゆえに特に興味深い（Torchilin and Lukyanov, Drug Discov Today, 8:259-66, 2003）。これらの粒子はリポソームよりも小さく、内側水性空間を持たない。ミセルに充填するため、ペプチドをこれらの粒子の表面に結合するか又は化学結合した疎水性アンカーによってそれらに組み込むことができる。薬理学的物質の送達のために開発された生分解性ミセルの一例は、ポリ｛［（コレステリルオキソカルボニルアミドエチル）メチルビス（エチレン）アンモニウムヨージド］エチルホスフェート｝（ＰＣＥＰ）ミセルである（Wen, Mao et al., J Pharm Sci. 93:2142-57, 2004）。その骨格内に陽性電荷を担持し、側鎖に親油性コレステロールを担持するので、ＰＣＥＰは、水性緩衝液中室温で６０〜１００ｎｍの平均径を有するミセルへと自己構築する。ＰＣＥＰは、それ自体内皮細胞に対してポリ−Ｌ−リシン及びリポフェクタミンよりも低い細胞傷害性を示すので、抗血管新生物質を送達するための優れたプラットフォームである。
【０２０６】
（ナノ粒子）
ますます多くの物質が、コロイドナノ粒子によって送達されつつある。そのような製剤は、耐性の非細胞性及び細胞性機構を克服し、正常組織における毒性を低下させつつ標的細胞に対する薬剤の選択性を増大させる。ナノ粒子は、一般的にはサブミクロン（＜１μｍ）のコロイド系である。一部の実施形態では、ナノ粒子はポリマー（生分解性又は非生分解性）で作製される。ナノ粒子の作製のために使用される工程に従って、ナノスフェア又はナノカプセルを得ることができる。ナノスフェア（薬剤が粒子全体に分散しているマトリックス系）と異なり、ナノカプセルは、薬剤が、単一ポリマー膜によって取り囲まれた水性又は油性空洞に閉じ込められている小胞系である。ナノカプセルは、「リザーバー」システムの１つの形態である。
【０２０７】
一部の実施形態では、ナノ粒子は、ナノ粒子表面を効率的に被覆するために親水性ポリマー（ポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）、ポロキサミン、ポロキサマー、多糖）を使用して作製される。これらの被覆物は、血漿タンパク質を撃退する粒子表面の親水性及び中性鎖の動的「雲（cloud）」を提供する。親水性ポリマーは、２つの方法で、すなわち界面活性剤の吸着によってあるいはブロック又は分枝コポリマーの使用によって、表面に導入される。
【０２０８】
（非経口組成物）
医薬組成物は、従来の非毒性の医薬的に許容される担体及びアジュバントを含む投与形態、製剤中で、あるいは適切な送達装置又はインプラントを通して、注射、注入又は移植（皮下、静脈内、筋肉内、腹腔内等）によって非経口的に投与し得る。そのような組成物の製剤及び調製は医薬製剤の当業者に周知である。製剤は、「Remington: The Science and Practice of Pharmacy, supra」に見出される。
【０２０９】
非経口用の組成物は、単位投与形態（例えば、単回用量アンプル）で、又は数回分の用量を含有し、適切な防腐剤が添加されていてもよい（以下参照）バイアル中で提供され得る。組成物は、溶液、懸濁液、乳剤、注入装置、又は移植のための送達装置の形態であり得るか、又は使用前に水又は別の適切な媒体で再構成される乾燥粉末として提供され得る。活性治療薬を別にして、組成物は適切な非経口的に許容される担体及び／又は賦形剤を含み得る。活性治療薬は、制御放出のためにミクロスフェア、マイクロカプセル、ナノ粒子、リポソーム等に組み込まれ得る。さらに、組成物は、懸濁化剤、可溶化剤、安定剤、ｐＨ調整剤、張度調整剤及び／又は分散剤を含み得る。
【０２１０】
上述したように、本発明に従った医薬組成物は無菌注射に適した形態であり得る。そのような組成物を調製するため、適切な活性血管新生調節治療薬を非経口的に許容される液体媒質に溶解又は懸濁する。使用し得る許容される媒質及び溶媒には、水、適切な量の塩酸、水酸化ナトリウム又は適切な緩衝液の添加によって適切なｐＨに調整した水、１，３−ブタンジオール、リンガー液、及び等張塩化ナトリウム溶液及びデキストロース溶液がある。水性製剤はまた、１つ又はそれ以上の防腐剤（例えば、メチル、エチル又はｎ−プロピルｐ−ヒドロキシベンゾエート）を含み得る。化合物の１つが水に難溶性であるか又はわずかに可溶性である場合は、溶解促進剤又は可溶化剤を添加し得るか、又は溶媒が１０〜６０ｗ／ｗ％のプロピレングリコール等を含み得る。
【０２１１】
（制御放出非経口組成物）
制御放出非経口組成物は、水性懸濁液、ミクロスフェア、マイクロカプセル、磁気ミクロスフェア、油性溶液、油性懸濁液又は乳剤の形態であり得る。あるいは、活性薬剤は、生体適合性担体、リポソーム、ナノ粒子、インプラント又は注入装置に組み込まれ得る。
【０２１２】
ミクロスフェア及び／又はマイクロカプセルの作製における使用のための材料は、例えば、ポリガラクチン、ポリ（イソブチルシアノアクリレート）、ポリ（２−ヒドロキシエチル−Ｌ−グルタミン）及びポリ乳酸などの生分解性／生浸食性ポリマーである。制御放出非経口製剤を製剤するときに使用し得る生体適合性担体は、炭水化物（例えば、デキストラン）、タンパク質（例えば、アルブミン）、リポタンパク質、又は抗体である。インプラントにおける使用のための材料は、非生分解性（例えば、ポリジメチルシロキサン）又は生分解性（例えば、ポリ（カプロラクトン）、ポリ乳酸、ポリ（グリコール酸）又はポリ（オルトエステル）又はそれらの組合せ）であり得る。
【０２１３】
（経口使用のための固体投与形態）
経口使用のための製剤は、非毒性の医薬的に許容される賦形剤との混合物中に有効成分を含有する錠剤を含む。そのような製剤は当業者に公知である。賦形剤は、例えば、不活性希釈剤又は充填剤（例えば、スクロース、ソルビトール、糖、マンニトール、微結晶セルロース、ジャガイモデンプンを含むデンプン、炭酸カルシウム、塩化ナトリウム、ラクトース、リン酸カルシウム、硫酸カルシウム又はリン酸ナトリウム）；造粒及び崩壊剤（例えば、微結晶セルロースを含むセルロース誘導体、ジャガイモデンプンを含むデンプン、クロスカルメロースナトリウム、アルギン酸塩又はアルギン酸）；結合剤（例えば、スクロース、グルコース、ソルビトール、アカシア、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、ゼラチン、デンプン、プレゼラチン化デンプン、微結晶セルロース、ケイ酸アルミニウムマグネシウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、エチルセルロース、ポリビニルピロリドン又はポリエチレングリコール）；及び潤滑剤、流動促進剤、及び付着防止剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸亜鉛、ステアリン酸、シリカ、硬化植物油又は滑石）であり得る。他の医薬的に許容される賦形剤は、着色剤、香味料、可塑剤、湿潤剤、緩衝剤などである。  
【０２１４】
錠剤は被覆されていなくてもよく、又は、場合により胃腸管における崩壊と吸収を遅延させ、それによってより長期間にわたる持続的作用を提供するために、公知の手法によって被覆され得る。被覆物は、所定のパターンで活性薬剤を放出するように適合され得るか（例えば、制御放出製剤を実現するため）、又は胃の通過後まで活性薬剤を放出しないように適合され得る（腸溶剤皮）。被覆物は、糖衣錠、フィルムコーティング（例えば、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、メチルセルロース、メチルヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、カルボキシメチルセルロース、アクリレートコポリマー、ポリエチレングリコール及び／又はポリビニルピロリドンに基づく）、又は腸溶剤皮（例えば、メタクリル酸コポリマー、酢酸フタル酸セルロース、フタル酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、酢酸コハク酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、酢酸フタル酸ポリビニル、シェラック及び／又はエチルセルロースに基づく）であり得る。さらに、モノステアリン酸グリセリル又はジステアリン酸グリセリルなどの時間遅延材料も使用し得る。
【０２１５】
固体錠剤組成物は、望ましくない化学変化（例えば、活性血管新生調節治療薬の放出前の化学分解）から組成物を保護するように適合された被覆物を含み得る。被覆物は、「Pharmaceutical Technology, supra」に述べられているのと同様にして固体投与形態に適用し得る。
【０２１６】
少なくとも２つの血管新生調節治療薬を錠剤中で一緒に混合し得るか、又は分配し得る。一例では、第二血管新生調節治療薬の実質的部分が第一血管新生調節治療薬の放出前に放出されるように、第一血管新生調節治療薬は錠剤の内側に含まれ、第二血管新生調節治療薬は外側に含まれる。
【０２１７】
経口使用のための製剤はまた、チュアブル錠剤として、又は有効成分が不活性固体希釈剤（例えば、ジャガイモデンプン、ラクトース、微結晶セルロース、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム又はカオリン）と混合されている硬ゼラチンカプセル、又は有効成分が水又は油性媒質、例えば、落花生油、流動パラフィン又はオリーブ油と混合されている軟ゼラチンカプセルとして提供され得る。粉末及び顆粒は、錠剤及びカプセルに関して上述した成分を使用して、例えば、混合機、流動床装置又は噴霧乾燥装置を用いて従来のように調製し得る。
【０２１８】
（制御放出経口投与形態）
経口使用のための制御放出組成物は、活性物質の溶解及び／含む拡散を制御することによって活性血管新生調節治療薬を放出するように構築される。溶解又は拡散制御放出は、化合物の錠剤、カプセル、ペレット又は顆粒製剤の適切な被覆物によって、又は化合物を適切なマトリックスに組み込むことによって達成できる。制御放出被覆物は、上記被覆物質の１つ又はそれ以上、及び／又は例えば、シェラック、蜜ろう、グリコワックス、カスターワックス、カルナウバろう、ステアリルアルコール、モノステアリン酸グリセリル、ジステアリン酸グリセリル、パルミトステアリン酸グリセロール、エチルセルロース、アクリル樹脂、ｄｌ−ポリ乳酸、酢酸酪酸セルロース、ポリ塩化ビニル、ポリ酢酸ビニル、ビニルピロリドン、ポリエチレン、ポリメタクリレート、メタクリル酸メチル、２−ヒドロキシメタクリレート、メタクリル酸ヒドロゲル、１，３−ブチレングリコール、エチレングリコールメタクリレート、及び／又はポリエチレングリコールを含み得る。制御放出マトリックス製剤では、マトリックス材料はまた、例えば、水和メチルセルロース、カルナウバろう及びステアリルアルコール、カルボポル９３４、シリコーン、トリステアリン酸グリセリル、メチルアクリレート−メチルメタクリレート、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン及び／又はハロゲン化フルオロカーボンを含み得る。
【０２１９】
１つ又はそれ以上の治療化合物を含む制御放出組成物はまた、浮遊性（buoyant）錠剤又はカプセル（すなわち経口投与後、一定期間胃の内容物の上に浮遊する錠剤又はカプセル）の形態であり得る。化合物の浮遊性錠製剤は、賦形剤及び２０〜７５ｗ／ｗ％の親水コロイド、例えば、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース又はヒドロキシプロピルメチルセルロースと化合物の混合物を造粒することによって作製できる。得られた顆粒を、次に、錠剤に圧縮することができる。胃液と接触したとき、錠剤は、その表面の周りに実質的に水不透過性のゲル障壁を形成する。このゲル障壁は、１未満の密度を維持することに関与し、それによって錠剤を胃液中で浮遊したままに保持する。
【０２２０】
（ポリマー制御放出インプラント）
もう１つの実施形態では、本発明の物質は、医薬物質を貯蔵し、周囲の組織への拡散によってその送達を可能にする生分解性ポリマー制御放出装置を移植することによって送達される。制御放出装置は、それぞれ妊娠の予防のため及び脳腫瘍治療のために臨床で使用される、Ｎｏｒｐｌａｎｔ及びＧｌｉａｄｅｌを含む。血管新生促進性又は抗血管新生の因子の局所送達は、物質を生体適合性ポリマーマトリックス内に被包することによって達成できる。次に、制御放出ポリマーシステムを所望組織部位に移植し、その部位で前記システムは可溶性因子を組織の間質腔内に直接放出する。拡散性物質は、局所組織内の損傷細胞の生存又は機能に影響を及ぼす、又は組織領域内での細胞増殖と遊走又はアポトーシスと遊走の抑制を惹起するシグナルを与えることができる。
【０２２１】
制御放出インプラントは、一般的には、不活性の生体適合性ポリマー、例えば、ポリ（エチレン−コ−ビニルアセテート）（ＥＶＡｃ）、又は生分解性ポリマー、例えば、ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）（ＰＬＧＡ）を含む（Torchilin and Lukyanov, Drug Discov Today, 8:259-66, 2003）。ＥＶＡｃ−マトリックスシステムは、タンパク質ホルモン、増殖因子、抗体、抗原及びＤＮＡを放出するために使用されてきた。ＥＶＡｃマトリックスは、薬剤放出に対する高度の制御、広範囲の薬剤の放出を許容する汎用性、及び生物活性の良好な保持を可能にする。生分解性ポリマーも、増殖因子、タンパク質ホルモン、抗体、抗原及びＤＮＡを放出するために使用されてきた。生分解性材料は、タンパク質を放出した後、移植部位から消失する。ポリマーゲルも、局所又は局在的タンパク質送達のために有用であり得る。多数のタンパク質因子を放出するシステムも可能である（Saltzman and Olbricht, Nat Rev Drug Discov, 1:177-86, 2002; Torchilin and Lukyanov, Drug Discov Today, 8:259-66, 2003）。
【０２２２】
生分解性ポリマーは、溶解して、分子量の低下を受けずに体内から清掃される水溶性ゲルに加えて、表面又はバルク浸食によって分解される非水溶性ポリマーを含む。ペプチド送達システムの作製において潜在的に使用できる多くの異なる種類の生分解性ポリマーがある。それらは、天然由来及び合成材料の両方を含む。
【０２２３】
（ポリマーシステムの生体適合性）
タンパク質医薬品のための薬剤送達システムとして使用されるポリマーは、薬剤送達システムを受容する生物へのポリマーの作用及び送達するタンパク質へのポリマーの作用の両方に関して生体適合特性を示す必要がある。ポリマー送達システムのいくつかの態様は、最終的にその全体的生体適合性に、又はその欠如に寄与する。反復モノマー種からなるポリマー自体は、潜在的に抗原性、発癌性又は毒性であり得るか、又は生物と何らかの固有の不適合性を有し得る。移植材料の形状もその生体適合性に関係づけられており、滑らかな表面は粗表面よりも刺激性でなく、より生体適合性である（Saltzman and Olbricht, Nat Rev Drug Discov, 1:177-86, 2002）。
【０２２４】
（薬剤安定性）
タンパク質とポリマー材料の間の相互作用は、タンパク質とポリマーに特異的であると思われる。拡散特性に関する重要なパラメータである分子量と、電荷間相互作用（タンパク質−ポリマー及びタンパク質−タンパク質）を支配するタンパク質（及び一部の場合には同様にポリマーも）の等電点が問題となる。加えて、タンパク質上のシステインの存在は、分子間（すなわちタンパク質−ポリマー）ジスルフィド結合の形成を促進し得る。さらに、タンパク質の一次アミノ酸配列を、ポリマー材料に関連する化学修飾を受けやすくし得る。タンパク質上の炭水化物の存在又は不在は、ポリマー材料との相互作用を増強又は予防し、タンパク質の流体力学的容積に影響を及ぼし得る。タンパク質の相対的疎水性がポリマー上の疎水性部位と相互作用し得る。最後に、タンパク質薬剤の不均一性が、組換え法によって生産されるタンパク質に関してしばしば存在する（Bilati et al., Eur J Pharm Biopharm, 59:375-88, 2005; Gombotz and Pettit, Bioconjug Chem, 6:332-51, 1995; Saltzman and Olbricht, Nat Rev Drug Discov, 1:177-86, 2002）。
【０２２５】
（バルク浸食ポリマー）
（乳酸・グリコール酸共重合体（ＰＬＧＡ））
乳酸・グリコール酸共重合体（ＰＬＧＡ）は、数十年間にわたって生分解性構造において、そしてより最近では薬剤送達ミクロ担体として成功裏に使用されており、広範な使用の結果として、それらの生体適合性及び物理化学的性質について多くが知られている。ＰＬＧＡコポリマーは、溶媒キャスティング、圧縮成形及び溶媒蒸発手法による、フィルム、ロッド、スフェアを含む様々な形態に製造できるので、送達システムにおける使用に良く適している。ＰＬＧＡコポリマーから製造されるペプチド薬剤送達システムの例は、ＦＤＡの承認を受けており、Ｌｕｐｒｏｎ  Ｄｅｐｏｔ、Ｚｏｌａｄｅｘ及びＤｅｃａｐｅｐｔｙｌ（Frokjaer and Otzen, Nat Rev Drug Discov, 4:298-306, 2005）などの製品が市販されているので入手可能である。
【０２２６】
（ＰＥＧ及びＰＬＡのブロックコポリマー）
ＰＥＧ及びＰＬＡのブロックコポリマーは、送達システムにおける使用のために合成された。正味の結果は、ＰＬＡ系に固有の性質である低い量の疎水性を有する生分解性ポリマーである。これらのコポリマー系は、２個のポリマーのランダムなブロックから構成され、分子が両親媒性である場合は２個のブロックであり、親水性ミクロ相が存在する場合は３個のブロックになる。これらのコポリマーから作られる装置に組み込まれるペプチドは、疎水性相互作用を通して送達システムに吸着する可能性が低い。ポリマーは、ミクロ相分離により非常に迅速に膨潤することが示され、２〜３週間にわたって分解が起こった（Bilati et al., Eur J Pharm Biopharm, 59:375-88, 2005; Gombotz and Pettit, Bioconjug Chem, 6:332-51, 1995）。
【０２２７】
ポリ（シアノアクリレート）
ポリ（シアノアクリレート）は、タンパク質及びペプチドのための送達システムとして注目を集めてきた。それらは水の存在下で室温にて自然重合を受け、それらの浸食はモノマー鎖の長さとｐＨによって制御されることが示された。ひとたび形成されると、ポリマーは緩やかに加水分解され、鎖の切断とホルムアルデヒドの遊離をもたらす。ポリマーは毒性ではないが、分解副産物として放出されるホルムアルデヒドは毒性の懸念を生じさせる。それらの使用の特徴的な例は、アルキルシアノアクリレートの界面乳化重合によって調製されるインスリンのための送達システムである（Gombotz and Pettit, Bioconjug Chem, 6:332-51, 1995）。
【０２２８】
（表面浸食ポリマー）
（ポリ無水物）
ポリ無水物は表面浸食ポリマーの１つのクラスである。無水物結合の加水分解は酸によって抑制され、ポリマー加水分解工程のカルボン酸産物の酸性によるバルク浸食の阻害を生じさせる。それらの疎水性成分の比率を変えることにより、数日間から数年間の範囲まで分解速度を制御することができる。いくつかのタンパク質は、ポリ無水物送達システムに成功裏に組み込まれ、システムから放出された。インスリン及びミオグロブリンの組込みは、ホットメルトマイクロカプセル化手法又は溶媒除去によるマイクロカプセル化を用いてポリ無水物ミクロスフェアにおいて成功裏に達成された（Gombotz and Pettit, Bioconjug Chem, 6:332-51, 1995）。
【０２２９】
（ポリ（オルトエステル））
ポリ（オルトエステル）は、薬剤送達システムのために開発された表面浸食ポリマーのもう１つの例である。ＬＨＲＨ類似体ナファレリン、インスリン及びリゾチームを含むいくつかのタンパク質及びペプチドが、ポリ（オルトエステル）送達システムに組み込まれた。
【０２３０】
（ヒドロゲル）
タンパク質のための送達システムとしての生分解性ヒドロゲルの使用は、それらの生体適合性及びタンパク質薬剤に対する相対的不活性のゆえに特に興味深い（Gombotz and Pettit, Bioconjug Chem, 6:332-51, 1995）。ヒドロゲルは、担体の連続体を通してタンパク質を透過させることができるポリマーの唯一の種類である。生分解性ヒドロゲルからのタンパク質の初期放出速度は、したがって、一般にゲルの水性チャネルを通して拡散制御され、タンパク質の分子量に反比例する。ひとたびポリマー分解が起こると、タンパク質がまだヒドロゲル内に残存する場合は、浸食制御放出はシステムに寄与し得る。タンパク質の放出のために生分解性ヒドロゲルシステムを使用するときにはいくつかの不都合を考慮しなければならない。水によって迅速に膨潤するそれらの能力は、非常に速い放出速度とポリマー分解速度を導き得る。加えて、ヒドロゲルは、水で膨潤したとき機械的強度が急速に低下し得る。ヒドロゲルの例は、プルロニックポリオル、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（ビニルピロリドン）、無水マレイン酸、セルロース、ヒアルロン酸誘導体、アルギネート、コラーゲン、ゼラチン、デンプン及びデキストランを含む。
【０２３１】
（選択的薬剤送達）
治療薬の選択的送達は、薬剤の機能的濃度が標的部位において正常組織よりも高くなる、何らかの方法を含む。多種多様な方法が「選択的送達」のカテゴリーに分類され得、薬剤が新生血管形成領域において物理的に単離される選択的血管投与と同程度に単純で機械的な介入措置を含む。その種の機械的選択性の一例はまた、ＥＰＲ効果である。
【０２３２】
大部分の戦略は、しかしながら、医薬的である。これらのアプローチでは、正常細胞と標的細胞の生化学的及び物理的性質の相違とそれらの微小環境を選択的送達のために利用する。１つの実施形態では、その物理的性質のゆえに、標的部位において選択的に蓄積する本発明のペプチドを送達するために担体を使用する。もう１つの実施形態では、組織関連抗原に結合する本発明のペプチドにリガンドを複合する。もう１つの実施形態では、本発明の物質は、組織部位で選択的に活性化され得る不活性形態に維持される。さらにもう１つの実施形態では、送達部位でペプチドを放出するために外部エネルギー照射を使用する。
【０２３３】
種々のアプローチの組合せを用いた様々なテクノロジーが、治療薬の選択的送達のために絶えず開発されている。これらの送達システムは、癌細胞及び新生血管抗原、低酸素症又は高浸透圧などの種々の標的；モノクローナル抗体（ｍＡｂ）、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、ペプチド及びオリゴヌクレオチドなどの標的物質；化学的又は生物学的毒素、放射性同位体、遺伝子、酵素、免疫調節剤、オリゴヌクレオチド、画像化剤及び診断薬のようなエフェクター；リポソーム、乳剤、ミセル、ナノ粒子、ポリマー複合体又はインプラントを含む、既に述べたコロイド系；及び熱、放射線、超音波又は磁場を利用するシステムなどの薬剤放出スイッチを使用する（Allen and Cullis, Science, 303:1818-22, 2004; Gombotz and Pettit, Bioconjug Chem, 6:332-51, 1995; Moses et al., Cancer Cell, 4:337-41, 2003; Neri and Bicknell, Nat Rev Cancer, 5:436-46, 2005; Saltzman and Olbricht, Nat Rev Drug Discov, 1:177-86, 2002）。
【０２３４】
（腫瘍マーカー標的）
アプタマー及び抗体テクノロジーの出現は、本発明のペプチドを選択標的組織に送達するための癌特異的モノクローナル抗体及びアプタマーの使用を容易にした。インビボで腫瘍内皮を標的する抗体及びアプタマーは特に興味深い。それらの標的は、フィブロネクチン細胞外ドメインＢ、高分子テネイシンＣアイソフォーム、様々なインテグリン、ＶＥＧＦ受容体、前立腺特異的膜抗原、エンドグリン及びＣＤ４４アイソフォームを含むが、これらに限定されるものではない（Shukla and Krag, Expert Opin Biol Ther, 6:39-54, 2006）。あるいは、腫瘍自体を標的してもよく、例示的な腫瘍マーカーは、ＣＡ−１２５、ガングリオシドＧ（Ｄ２）、Ｇ（Ｍ２）及びＧ（Ｄ３）、ＣＤ２０、ＣＤ５２、ＣＤ３３、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＣＥＡ、ボンベシン様ペプチド、ＰＳＡ、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、上皮増殖因子受容体、ｅｒｂＢ２、ｅｒｂＢ３、ｅｒｂＢ４、ＣＤ４４ｖ６、Ｋｉ−６７、癌関連ムチン、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦＲ（例えば、ＶＥＧＦＲ３）、エストロゲン受容体、ルイスＹ抗原、ＴＧＦβ１、ＩＧＦ−１受容体、ＥＧＦα、ｃ−Ｋｉｔ受容体、トランスフェリン受容体、ＩＬ−２Ｒ及びＣＯ１７−１Ａを含む。本発明のアプタマー及び抗体は、乳房、前立腺、結腸、肺、咽頭、甲状腺、リンパ系、リンパ管、喉頭、食道、口腔粘膜、膀胱、胃、腸、肝臓、膵臓、卵巣、子宮、頚、精巣、真皮、骨、血液及び脳を含むが、これらに限定されない、多種多様な組織型に由来する腫瘍を認識することができる。本発明に関して、腫瘍細胞は、新生物（例えば、癌）細胞又は癌細胞塊であり、それらはまた、血管系及び／又は支質などの、しかし必ずしもマクロファージではない、癌細胞の成長及び／又は増殖を支持する細胞を包含し得る。例えば、、したがって本発明は、抗体又はアプタマーが、癌細胞、あるいは腫瘍の血管系又は腫瘍及び／又は間質細胞に供給する血管を含む細胞などの癌細胞の成長及び／又は増殖に関与する細胞の、細胞表面エピトープ（又は受容体結合分子のエピトープ）に特異的に結合する、被験者において腫瘍細胞の増殖を低下させるための組成物及び方法を考慮する。本発明の方法は、新生物疾患を有するヒトへの投与に特に適する。
【０２３５】
（抗体）
抗体は、免疫科学の当業者に周知である。腫瘍又は内皮細胞において発現されるポリペプチドに特異的に結合する抗体は、本発明の方法において特に有用である。本明細書において使用する、「抗体」という用語は、無傷抗体分子だけでなく、免疫原結合能力を保持する抗体分子のフラグメントも意味する。そのようなフラグメントも当分野で公知であり、インビトロ及びインビボで常套的に使用される。従って、本明細書において使用する「抗体」という用語は、無傷免疫グロブリン分子だけでなく公知の活性フラグメントＦ（ａｂ ）２及びＦａｂも意味する。無傷抗体のＦｃフラグメントを欠くＦ（ａｂ ）２及びＦａｂフラグメントは、循環からより速やかに清掃され、無傷抗体のより低い非特異的組織結合を有し得る（Wahl et al., J Nucl. Med. 24:316-325, 1983）。本発明の抗体は、全長天然抗体、二重特異性抗体；キメラ抗体；Ｆａｂ、Ｆａｂ 、一本鎖Ｖ領域フラグメント（ｓｃＦｖ）及び融合ポリペプチドを含む。
【０２３６】
１つの実施形態では、ポリペプチドに結合する抗体はモノクローナルである。あるいは、抗体はポリクローナル抗体である。ポリクローナル抗体の作製と使用も当業者に公知である。本発明はまた、重鎖と軽鎖の一方の対が第一抗体から得られ、他方の対の重鎖と軽鎖が異なる第二抗体から得られる、ハイブリッド抗体を包含する。そのようなハイブリッドはまた、ヒト化重鎖と軽鎖を用いて形成し得る。そのような抗体はしばしば「キメラ」抗体と称される。
【０２３７】
一般に、無傷抗体は「Ｆｃ」及び「Ｆａｂ」領域を含むと言われる。Ｆｃ領域は補体の活性化に関与し、抗原結合には関わらない。Ｆｃ 領域が酵素的に切断された、又はＦｃ 領域なしで作製された、「Ｆ（ａｂ ）２」フラグメントと称される抗体は、無傷抗体の両方の抗原結合部位を保持する。同様に、Ｆｃ領域が酵素的に切断された、又はＦｃ領域なしで作製された、「Ｆａｂ 」フラグメントと称される抗体は、無傷抗体の抗原結合部位の一方を保持する。Ｆａｂ フラグメントは、共有結合した抗体軽鎖と、「Ｆｄ」と表わされる抗体重鎖の一部からなる。Ｆｄフラグメントは抗体特異性の主要決定基である（１個のＦｄフラグメントは、抗体特異性を変化させずに１０個までの異なる軽鎖と結合し得る）。単離Ｆｄフラグメントは免疫原性エピトープに特異的に結合する能力を保持する。
【０２３８】
抗体は、ＨＳＰ２７ポリペプチド又は表１に示すポリペプチド、又はそれらの免疫原性フラグメントを免疫原として使用して、当分野で公知の方法のいずれかによって作製できる。抗体を得るための１つの方法は、適切な宿主動物を免疫原で免疫し、ポリクローナル又はモノクローナル抗体作製のための標準手順に従うことである。免疫原は、細胞表面での免疫原の提示を促進する。適切な宿主の免疫は多くの方法で実施できる。ＨＳＰ２７ポリペプチド又は表１に示すポリペプチド、又はそれらの免疫原性フラグメントをコードする核酸配列を、宿主の免疫細胞によって取り込まれる送達媒体中で宿主に提供し得る。細胞は、次に、宿主において免疫応答を生じさせる細胞表面上の受容体を発現する。あるいは、ＨＳＰ２７ポリペプチド又は表１に示すポリペプチド、又はそれらの免疫原性フラグメントをインビトロで細胞において発現させ、その後ポリペプチドを単離して、抗体を惹起させる適切な宿主に受容体を投与することができる。
【０２３９】
いずれかのアプローチを使用して、その後抗体を宿主から精製することができる。抗体精製方法は、塩析沈殿（例えば、硫酸アンモニウムによる）、イオン交換クロマトグラフィー（例えば、、好ましくは中性ｐＨで実施され、漸増イオン強度の段階勾配で溶出される陽イオン又は陰イオン交換カラムで）、ゲルろ過クロマトグラフィー（ゲルろ過ＨＰＬＣを含む）、及びプロテインＡ、プロテインＧ、ヒドロキシアパタイト及び抗免疫グロブリンなどの親和性樹脂でのクロマトグラフィーを含み得る。
【０２４０】
抗体は、抗体を発現するように遺伝子操作されたハイブリドーマ細胞から好都合に作製できる。ハイブリドーマを作製する方法は当分野において周知である。ハイブリドーマ細胞は適切な培地で培養することができ、消費された培地を抗体ソースとして使用できる。対象抗体をコードするポリヌクレオチドを、次に、抗体を産生するハイブリドーマから得ることができ、その後、抗体を合成によって又はこれらのＤＮＡ配列から組換えによって作製し得る。大量の抗体の生産のためには、一般に腹水を得ることがより好都合である。腹水を惹起する方法は一般に、ハイブリドーマ細胞を免疫学的にナイーブな組織適合性又は免疫寛容哺乳動物、特にマウスに注射することを含む。哺乳動物を、適切な組成物、例えば、Ｐｒｉｓｔａｎｅの事前投与によって腹水生産のために初回感作し得る。
【０２４１】
本発明の方法によって作製されるモノクローナル抗体（Ｍａｂ）は、当分野で公知の方法によって「ヒト化」できる。「ヒト化」抗体は、少なくとも配列の一部が、その最初の形態からよりヒト免疫グロブリン様になるように変化した抗体である。抗体をヒト化するための手法は、非ヒト動物（例えば、マウス）抗体を作製するとき特に有用である。マウス抗体をヒト化するための方法の例は、米国特許第４，８１６，５６７号、同第５，５３０，１０１号、同第５，２２５，５３９号、同第５，５８５，０８９号、同第５，６９３，７６２号及び同第５，８５９，２０５号の中で述べられている。
【０２４２】
（アプタマー）
核酸アプタマーは、「Osborne et al., Curr. Opin. Chem. Biol. 1:5-9, 1997」及び「Cerchia et al., FEBS Letters 528:12-16, 2002」によって述べられているように、高い親和性と特異性で標的タンパク質又は他の分子への結合を指令する特定球状構造へと折りたたまれることによって機能する、一本鎖核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡ）である。「アプタマー」とは、タンパク質に結合する一本鎖ポリヌクレオチドを意味する。望ましくは、アプタマーは約〜１５ｋＤの低分子である。アプタマーは、ＳＥＬＥＸ（試験管内人工進化法：systematic evolution of ligands by exponential enrichment）と呼ばれる手順によっておよそ１０１４〜１０１５個のランダムなオリゴヌクレオチド配列からなるライブラリーより単離される。「Tuerk et al., Science, 249:505-510, 1990; Green et al., Methods Enzytnology. 75-86, 1991; Gold et al., Annu. Rev. Biochem., 64:763-797, 1995; Uphoff et al., Curr. Opin. Struct. Biol., 6:281-288, 1996」を参照されたい。アプタマーを作製する方法は、当分野において公知であり、例えば、米国特許第６，３４４，３１８号、同第６，３３１，３９８号、同第６，１１０，９００号、同第５，８１７，７８５号、同第５，７５６，２９１号、同第５，６９６，２４９号、同第５，６７０，６３７号、同第５，６３７，４６１号、同第５，５９５，８７７号、同第５，５２７，８９４号、同第５，４９６，９３８号、同第５，４７５，０９６号、同第５，２７０，１６３号、及び米国特許出願公開第２００４０２４１７３１号、同第２００３０１９８９８９号、同第２００３０１５７４８７号及び同第２００２０１７２９６２号に述べられている。
【０２４３】
本発明のアプタマーは、対象細胞（例えば、腫瘍細胞又は腫瘍に供給する内皮細胞）によって発現されるポリペプチドに特異的に結合することができる。「特異的に結合する」とは、非腫瘍ポリペプチドがアプタマーによって特異的に結合されないこと又はアプタマーによってごくわずかしか結合されないことのいずれかを意味する。一般にアプタマーは、一般的にはピコモル範囲内の結合定数を有する。１、１０、１５、２５、５０、７５又は１００ｎＭの見かけ解離定数を有するアプタマーは、本発明の方法において特に有用である。
【０２４４】
１つの実施形態では、腫瘍に供給する血管上で発現される抗原がアプタマーの分子標的である。アプタマーはタンパク質の生物学的機能の直接拮抗物質として働くことができるので、そのようなポリペプチドを標的するアプタマーは、血管新生、脈管形成、血管安定化又はリモデリングを調節するために使用できる。そのようなアプタマーの治療的利益は、主としてアプタマー結合によって引き起こされる生物学的拮抗作用に由来する。
【０２４５】
本発明は、３’及び５’エキソヌクレアーゼならびにエンドヌクレアーゼに対して保護する修飾を有する安定化されたアプタマーを包含する。そのような修飾は、望ましくはインビボでのアプタマーの安定性を高める一方で標的親和性を維持する。様々な実施形態において、本発明のアプタマーは、所与のヌクレオ塩基配列のリボース及び／又はリン酸及び／又は塩基位置に化学的置換を含む。例えば、本発明のアプタマーは、リボース部分の２’位置における化学修飾、アプタマーの環化、３’キャップ形成及び「スピーゲルマー（spiegelmer）」テクノロジーを含む。それらの２’−ＯＣＨ３修飾対応物で連続的に置換されたＡ及びＧヌクレオチドを有するアプタマーは、本発明の方法において特に有用である。そのような修飾は、一般的にはアプタマーの親和性と特異性を保持することに関して良好に耐容される。様々な実施形態において、アプタマーは、少なくとも１０％、２５％、５０％又は７５％の修飾ヌクレオチドを含む。他の実施形態では、アプタマーのヌクレオチドの８０〜９０％までもが安定化置換を含む。他の実施形態では、２’−ＯＭｅアプタマーを合成する。そのようなアプタマーは、安価に合成され、天然ポリメラーゼは２ −ＯＭｅヌクレオチド三リン酸を基質として許容しないので、２’−ＯＭｅヌクレオチドは宿主ＤＮＡに再循環されることができないため、望ましい。ＡＲＣ２４５と命名された完全な２’−Ｏ−メチルアプタマーは、非常に安定であるため、血漿中３７℃で９６時間後又は１２５℃で加圧滅菌した後、分解が検出できなかったことが報告された。本明細書において述べる方法を用いて、アプタマーは、大きさを低減し、安定性を高めるために選択される。１つの実施形態では、２’−Ｆ及び２’−ＯＣＨ３修飾を有するアプタマーが、ヌクレアーゼ抵抗性アプタマーを生成するために使用される。アプタマーを安定化する他の修飾は当分野において公知であり、例えば、米国特許第５，５８０，７３７号；及び米国特許出願公開第２００５００３７３９４号、同第２００４０２５３６７９号、同第２００４０１９７８０４号及び同第２００４０１８０３６０号に述べられている。
【０２４６】
標準的な方法を使用して、当分野で公知の実質的にいかなる腫瘍マーカー又は内皮細胞発現ポリペプチドに結合する腫瘍マーカー又は内皮細胞特異的アプタマーも、選択することができる。
【０２４７】
（フィブロネクチン細胞外ドメインＢ（ＥＤＢ）
フィブロネクチンは、血漿及び組織中に多量に存在する高分子糖タンパク質である。ＥＤＢは、一次転写産物のレベルで選択的スプライシングの機構により組織リモデリング条件下でフィブロネクチン分子に挿入される９１個のアミノ酸のＩＩＩ型相同性ドメインである。ＥＤＢは、健常成体個体においては基本的に検出不能である。ＥＤＢ含有フィブロネクチンは、多くの攻撃的固形腫瘍及び血管新生内皮において豊富であり、組織に依存して、主として血管又は広汎性間質パターンの発現を示す。
【０２４８】
（高分子テネイシンＣアイソフォーム）
テネイシンは、脊椎動物において認められる４つの細胞外マトリックス糖タンパク質のファミリーである。それらは、一般的には多くの異なる結合組織中に存在する。テネイシンはマトリックス構造に寄与し、細胞外マトリックスに接触する細胞の行動に影響を及ぼし得る。ドメインＡ１とＤの間の領域内の選択的スプライシングの異なるパターンの結果として、テネイシンＣのいくつかのアイソフォームが生成され得る。スプライスされた余分なドメインを含むアイソフォームは、「低分子」テネイシンアイソフォームに比べて正常組織ではより限られた発現パターンを示す、腫瘍関連抗原であることがしばらく前から知られてきた。テネイシンＣのＣドメインは、最も限られた発現パターンを示す余分なドメインである。正常成体組織では、免疫組織化学及びノーザンブロット分析によって検出不能であるが、攻撃的脳腫瘍及び一部の肺腫瘍では、顕著な血管周囲染色パターンを伴って、強力に発現される。
【０２４９】
（インテグリン）
血管リモデリング及び血管新生の間、内皮細胞は、細胞浸潤と増殖を増強するいくつかの細胞表面分子の発現増大を示す。１つのそのような分子は、インビボでの血管新生の間の内皮細胞生存において鍵となる役割を果たし、治療分子、特に内皮細胞へのインターナリゼーションを必要とするもののための標的として働き得る、インテグリンαｖ−β３である。αｖ−β３に対するモノクローナル抗体は、抗血管新生活性を示し、腫瘍血管を選択的に染色することが示された。
【０２５０】
（ＶＥＧＦ及びそれらの受容体）
ＶＥＧＦは、血管新生を促進し、血管透過性を増大させ、及び血管及びリンパ管における内皮細胞生存に寄与するタンパク質のクラスである。癌の進行へのＶＥＧＦＡの寄与は、最近、ヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ；Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）が初めて癌治療のために承認されたことによって強調された。腫瘍におけるＶＥＧＦ及びＶＥＧＦ受容体の過剰発現は広く実証されている。ＶＥＧＦＡ、ＶＥＧＦ受容体２及びＶＥＧＦＡ−ＶＥＧＦ受容体２複合体に対するモノクローナル抗体の選択的腫瘍局在は、血管新生血管系を標的するための卓越した選択性機構として使用できる。
【０２５１】
（前立腺特異的膜抗原）
前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）は、タンパク質分解活性を有する膜糖タンパク質である。ＰＳＭＡは主として前立腺において発現され、前立腺癌を有する患者ではしばしば血清濃度が増大する。いくつかのテストは、種々の固形腫瘍の新生血管系におけるＰＳＭＡの過剰発現を報告したが、正常血管系での発現は、乳房、十二指腸、腎臓及び前立腺の一部の脈管に限られる。
【０２５２】
（エンドグリン）
エンドグリン（ＣＤ１０５）は、腫瘍血管系において過剰発現され、腫瘍内皮についてのマーカーとして使用されるトランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦ）共受容体である。
【０２５３】
（ＣＤ４４アイソフォーム）
ＣＤ４４は、選択的スプライシングと広汎な翻訳後修飾の両方に起因する、大きな分子不均一性を有する細胞表面受容体である。ＣＤ４４のアイソフォームに特異的である、放射性標識モノクローナル抗体ＴＥＳ−２３は、動物モデルにおける腫瘍標的実験において印象的な成績を示した。ＴＥＳ−２３は、ＣＤ４４Ｈとして知られる、変異体エクソンを欠く、広く分布する形態のＣＤ４４を認識する。
【０２５４】
（腫瘍内皮マーカー（ＴＥＭ））
ＴＥＭは、腫瘍内皮マーカーとして役立つタンパク質をコードする遺伝子のファミリーである（Carson-Walter, Watkins, et al., Cancer Res. 61:6649-55, 2001）。これらの遺伝子は、腫瘍血管新生の間に高い発現を示す。生物学的及び臨床的見地から、細胞表面膜に関連するＴＥＭは特に興味深い。従って、４つのそのような遺伝子、ＴＥＭ１、ＴＥＭ５、ＴＥＭ７及びＴＥＭ８が特性決定されており、それらすべてが推定上の膜貫通ドメインを含む。ＴＥＭ５は７回膜貫通型受容体であると思われ、一方ＴＥＭ１、ＴＥＭ７及びＴＥＭ８は１回だけ膜を貫通する。これらのＴＥＭのうち３つ（ＴＥＭ１、ＴＥＭ５及びＴＥＭ８）は、マウス腫瘍における腫瘍脈管、胚及び生体組織ならびに発生中のマウス胚の血管系において豊富に発現される。正常成体マウス組織におけるこれらのＴＥＭの発現は検出不能である。
【０２５５】
（プロドラッグ活性化を通しての選択的送達）
本発明の物質の選択的送達は、標的部位で活性薬剤に変換されるプロドラッグ形態を投与することによって達成できる。大部分のプロドラッグは、「トリガ」、「リンカー」及び「エフェクター」を有するように設計される。「トリガ」は、組織特異的代謝後、「リンカー」を修飾し、「エフェクター」の活性化を生じさせる。選択的活性化のために潜在的に利用可能ないくつかの機構がある。あるものは、腫瘍の場合には選択的酵素発現又は低酸素などの、組織生理学の独特の態様を利用し、また別の機構は組織抗原特異的送達手法に基づく。
【０２５６】
（細胞からの標的分泌酵素）
このアプローチは、細胞によって選択的に産出され、分泌される酵素によって切断されるまで、細胞から「隠されて」いるプロドラッグを使用する。プロドラッグ活性化のために使用される酵素の一般的な例は、ＭＭＰ−９である。
【０２５７】
（標的腫瘍低酸素）
生体還元薬剤活性化の化学における進歩は、低酸素選択的薬剤送達システムの設計を導いた。これらのプロドラッグは、最初にレダクターゼによる１個の電子の還元を受けてラジカルアニオンを与え、正常細胞では親化合物へと再び酸化されるが、低酸素腫瘍細胞では、それらはより親水性の形態へとさらに還元され、内側に捕獲される。これらの薬剤は、必要とされる活性化酵素に富む規定された低酸素分画を有する腫瘍に選択的に送達され得る。
【０２５８】
（抗体依存性酵素−プロドラッグ療法）
抗体依存性酵素−プロドラッグ療法（ＡＤＥＰＴ）は２段階アプローチであり、最初に抗体−酵素構築物を静脈内投与する。これは、プロドラッグを活性化する酵素に結合した組織特異的標的に対する抗体からなる。第二段階では、非結合抗体−酵素複合体構築物を循環から清掃した後、プロドラッグを静脈内投与する。プロドラッグは、酵素切断性部分の化学的付加によって活性を低下させた物質である。プロドラッグは腫瘍結合抗体−酵素によって活性形態に変換され、完全に活性な形態の物質の局所蓄積を生じさせる。
【０２５９】
（外部エネルギー制御送達）
一部の選択的送達戦略は、治療薬を濃縮する又は送達するために外部エネルギーを組織部位に集中させることを含む。このカテゴリーの様々な送達システムが実験段階にあるが、一部は臨床治験においても使用された。それらの戦略は、光線力学療法を通した選択的送達、磁気標的型送達、Ｘ線暴露を通した選択的送達、放射線誘導の選択的送達及び超音波誘導送達を含む。
【０２６０】
（眼送達の方法）
本発明の組成物（例えば、表１に列挙するペプチド）はまた、過度の血管新生によって特徴付けられる加齢性黄斑変性、脈絡膜血管新生、硝子体過形成遺残症候群、糖尿病性網膜症、及び未熟児網膜症などの眼疾患を治療するために特に適する。
【０２６１】
１つのアプローチでは、眼の硝子体への直接移植に適した眼装置を通して本発明の組成物を投与する。本発明の組成物は、例えば、米国特許第５，６７２，６５９号及び同第５，５９５，７６０号に述べられているような持続放出性組成物として提供され得る。そのような装置は、有害な局所及び全身的副作用の危険性を伴わずに眼を治療するための様々な組成物の持続的制御放出を提供することが認められている。本発明の眼送達方法の目的は、インプラントの持続期間を延長させるため、その大きさを最小限に抑えながら眼内装置又はインプラントに含まれる薬剤の量を最大化することである。例えば、米国特許第５，３７８，４７５号、同第６，３７５，９７２号及び同第６，７５６，０５８号、及び米国特許公開第２００５００９６２９０号及び同第２００５０１２６９４４８号を参照されたい。そのようなインプラントは、生分解性及び／又は生体適合性インプラントであるか、又は非生分解性インプラントであり得る。生分解性眼インプラントは、例えば、米国特許公開第２００５００４８０９９号に述べられている。インプラントは活性物質に対して透過性又は不透過性であり得、及び前眼房又は後眼房などの眼房に挿入され得るか又は強膜、経脈絡膜腔（transchoroidal space）、又は硝子体の外側の無血管領域に移植され得る。あるいは、本発明の組成物のための貯蔵所として働くコンタクトレンズも薬剤送達のために使用し得る。
【０２６２】
好ましい実施形態では、インプラントは、治療の所望部位、例えば、眼内腔及び眼の斑点への薬剤の経強膜拡散を可能にするために、強膜上などの無血管領域に位置づけ得る。さらに、経胸膜拡散の部位は、好ましくは斑に近接する。組成物の送達のためのインプラントの例は、そのすべてが参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第３，４１６，５３０号；同第３，８２８，７７７号；同第４，０１４，３３５号；同第４，３００，５５７号；同第４，３２７，７２５号；同第４，８５３，２２４号；同第４，９４６，４５０号；同第４，９９７，６５２号；同第５，１４７，６４７号；同第５，１６４，１８８号；同第５，１７８，６３５号；同第５，３００，１１４号；同第５，３２２，６９１号；同第５，４０３，９０１号；同第５，４４３，５０５号；同第５，４６６，４６６号；同第５，４７６，５１１号；同第５，５１６，５２２号；同第５，６３２，９８４号；同第５，６７９，６６６号；同第５，７１０，１６５号；同第５，７２５，４９３号；同第５，７４３，２７４号；同第５，７６６，２４２号；同第５，７６６，６１９号；同第５，７７０，５９２号；同第５，７７３，０１９号；同第５，８２４，０７２号；同第５，８２４，０７３号；同第５，８３０，１７３号；同第５，８３６，９３５号；同第５，８６９，０７９号；同第５，９０２，５９８号；同第５，９０４，１４４号；同第５，９１６，５８４号；同第６，００１，３８６号；同第６，０７４，６６１号；同第６，１１０，４８５号；同第６，１２６，６８７号；同第６，１４６，３６６号；同第６，２５１，０９０号；及び同第６，２９９，８９５号、及び国際公開公報第ＷＯ０１／３０３２３号及び同第ＷＯ０１／２８４７４号に述べられている装置を含むが、これらに限定されるものではない。
【０２６３】
実施例は、以下を含むが、これらに限定されない：所望の局所又は全身的な生理的又は薬理的作用を得る上で有効な作用物質の有効量を含む内部リザーバー、作用物質の通過に対して不透過性であり、第一末端と第二末端を備え、内部リザーバーの少なくとも一部を覆う内部チューブであって、それ自体の重量を支えることができるような寸法及び材料で作られている内部チューブ、内部チューブの第一末端に位置づけられ、内部チューブの第一末端を通してのリザーバーからの作用物質の通過を予防する不透過性の膜、及び内部チューブの第二末端に位置づけられ、内部チューブの第二末端を通してのリザーバーからの作用物質の拡散を許容する透過性の膜を含む、持続放出性薬剤送達システム；本発明の化合物を眼の硝子体に送達するための持続放出装置、又は本発明の化合物を眼のセグメントに投与するための移植可能な持続放出装置を移植する工程を含む、本発明の化合物を眼のセグメントに投与するための方法；ａ）診断作用を得る上で有効な又は所望の局所又は全身的な生理的又は薬理的作用を得る上で有効な少なくとも１つの第一作用物質の治療有効量を含有する薬剤コア；ｂ）薬剤コアを受け入れるための内側画分を取り囲んで規定する、作用物質の通過に対して基本的に不透過性の少なくとも１つの単位カップ（unitary cup）であって、開放上端を含み、開放上端の少なくとも一部の周囲に少なくとも１つの陥凹した溝を有する単位カップ；ｃ）作用物質の通過に対して透過性であり、単位カップの開放上端に位置づけられている透過性プラグであって、溝が透過性プラグと相互作用してプラグを正しい位置に保持し、開放上端を閉鎖する、及びまた透過性プラグを通しての、薬剤コアから及び単位カップの開放上端からの作用物質の通過を許容する透過性プラグ；及びｄ）診断作用を得る上で有効な又は所望の局所又は全身的な生理的又は薬理的作用を得る上で有効な少なくとも１つの第二作用物質、を含む持続放出性薬剤送達装置；又は、所望溶解度を有する作用物質の有効量を含有する内部コア、及び作用物質に対して透過性であるポリマー被覆層を含み、ポリマー被覆層が内部コアを完全に覆う、持続放出性薬剤送達装置。
【０２６４】
眼送達のための他のアプローチは、本発明の化合物を眼に、好ましくは網膜色素上皮細胞及び／又はブルーフ膜に標的するためのリポソームの使用を含む。例えば、化合物を上述したようにリポソームと複合し、この化合物／リポソーム複合体を、化合物を所望眼部位又は細胞に差し向ける静脈内注射を使用して、眼疾患を有する患者に注入し得る。網膜色素上皮細胞及び／又はブルーフ膜の近傍へのリポソーム複合体の直接注入はまた、一部の形態の眼ＰＣＤとの複合体の標的も提供できる。特定実施形態では、化合物を眼内持続性装置（ＶＩＴＲＡＳＥＲＴ又はＥＮＶＩＳＩＯＮなど）によって投与する。特定実施形態では、化合物を後部テノン嚢下注入によって送達する。もう１つの特定実施形態では、本発明の組成物を含有するマイクロエマルジョン粒子を、ブルーフ膜、網膜色素上皮細胞、又はその両方から脂質を取り込むために眼組織に送達する。
【０２６５】
眼適用に関して、ナノ粒子は、血清半減期を延長させることによって被包された薬剤の効果を改善することが示されたコロイド担体系である。ポリアルキルシアノアクリレート（ＰＡＣＡ）ナノ粒子は、「Stella et al., J. Pharm. Sci., 2000. 89:p.1452-1464」。「Brigger et al., Int. J. Pharm., 2001. 214:p.37-42」、「Calvo et al., Pharm. Res., 2001. 18:p.1157-1166」及び「Li et al., Biol. Pharm. Bull., 2001. 24:p.662-665」によって述べられているように、臨床開発段階にあるポリマーコロイド薬剤送達システムである。ポリ乳酸（ＰＬＡ）と乳酸・グリコール酸共重合体（ＰＬＧＡ）のコポリマーのような、生分解性ポリ（ヒドロキシル酸）は、生物医学適用において広く使用されており、特定臨床適用に関してＦＤＡの承認を取得した。加えて、ＰＥＧ−ＰＬＧＡナノ粒子は、以下を含む多くの望ましい担体特徴を有する：（ｉ）被包される作用物質が、全担体系のかなり高い重量比率で含まれること；（ｉｉ）被包工程の第一段階で使用される作用物質の量が、かなり高いレベルで最終担体に組み込まれること（封入効率）；（ｉｉｉ）担体が、凍結乾燥され、凝集せずに溶液に再溶解される能力を有すること；（ｉｖ）担体が生分解性であること；（ｖ）担体系が小さなサイズであること；及び（ｖｉ）担体が粒子の持続性を増強すること。
【０２６６】
ナノ粒子は、当分野で公知の実質的にいかなる生分解性殻を使用しても合成される。１つの実施形態では、ポリ乳酸（ＰＬＡ）又は乳酸・グリコール酸共重合体（ＰＬＧＡ）などのポリマーを使用する。そのようなポリマーは生体適合性及び生分解性であり、望ましくはナノ粒子の光化学効果及び循環寿命を増大させる修飾を受けやすい。１つの実施形態では、粒子の負電荷を増大させ、したがって負に荷電した核酸アプタマーとの相互作用を制限する末端カルボン酸基（ＣＯＯＨ）でポリマーを修飾する。ナノ粒子はまた、同じく循環中での粒子の半減期と安定性を増大させる、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）で修飾される。あるいは、ＣＯＯＨ基を、アミン修飾アプタマーへの共有結合複合のためにＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）エステルに変換する。
【０２６７】
本発明の組成物及び方法において有用な生体適合性ポリマーは、ポリアミド、ポリカーボネート、ポリアルキレン、ポリアルキレングリコール、ポリアルキレンオキシド、ポリアルキレンテレフタレート、ポリビニルアルコール、ポリビニルエーテル、ポリビニルエステル、ハロゲン化ポリビニル、ポリビニルピロリドン、ポリグリコリド、ポリシロキサン、ポリウレタン及びそのコポリマー、アルキルセルロース、ヒドロキシアルキルセルロース、セルロースエーテル、セルロースエステル、ニトロセルロース、アクリル及びメタクリルエステルのポリマー、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシブチルメチルセルロース、酢酸セルロース、プロピオン酸セルロース、酢酸酪酸セルロース、酢酸フタル酸セルロース、カルボキシエチルセルロース、三酢酸セルロース、硫酸セルロースナトリウム塩、ポリ（メタクリル酸メチル）、ポリ（メタクリル酸エチル）、ポリ（メタクリル酸ブチル）、ポリ（メタクリル酸イソブチル）、ポリ（メタクリル酸ヘキシル）、ポリ（メタクリル酸イソデシル）、ポリ（メタクリル酸ラウリル）、ポリ（メタクリル酸フェニル）、ポリ（アクリル酸メチル）、ポリ（アクリル酸イソプロピル）、ポリ（アクリル酸イソブチル）、ポリ（アクリル酸オクタデシル）、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリ（エチレングリコール）、ポリ（エチレンオキシド）、ポリ（テレフタル酸エチレン）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（酢酸ビニル）、ポリ（塩化ビニル）、ポリスチレン、ポリビニルピロリドン、ポリヒアルロン酸、カゼイン、ゼラチン、グルチン、ポリ無水物、ポリアクリル酸、アルギネート、キトサン、ポリ（メタクリル酸メチル）、ポリ（メタクリル酸エチル）、ポリ（メタクリル酸ブチル）、ポリ（メタクリル酸イソブチル）、ポリ（メタクリル酸ヘキシル）、ポリ（メタクリル酸イソデシル）、ポリ（メタクリル酸ラウリル）、ポリ（メタクリル酸フェニル）、ポリ（アクリル酸メチル）、ポリ（アクリル酸イソプロピル）、ポリ（アクリル酸イソブチル）、ポリ（アクリル酸オクタデシル）及びこれらのいずれかの組合せを含むが、これらに限定されるものではない。１つの実施形態では、本発明のナノ粒子は、ＰＥＧ−ＰＬＧＡポリマーを含む。
【０２６８】
本発明の組成物はまた、局所的に送達し得る。局送達のために、組成物は、眼送達に関して認可されている何らかの医薬的に許容される賦形剤中で提供される。好ましくは、組成物は滴形態で眼の表面に送達される。一部の適用に関しては、組成物の送達は、角膜を通しての眼の内部への化合物の拡散に基づく。
【０２６９】
当業者は、眼ＰＣＤを治療するために本発明の化合物を使用するための最良の治療計画が直接決定できることを認識する。これは実験法の問題ではなく、むしろ、医学技術分野において常套的に実施される最適化の１つである。ヌードマウスでのインビボ検討はしばしば、投与と送達レジメンを最適化するために始めるべき出発点を提供する。注射の頻度は、一部のマウス検討で実施されたように、当初は週に１回である。しかしこの頻度は、初期臨床治験から得られた結果と個々の患者の必要性に依存して、毎日から２週間ごと、さらには月に１回まで最適に調整され得る。
【０２７０】
当業者は、動物モデルと比較してヒトのための用量を修正することが当分野で常套的であることを認識するので、ヒト投与量は、最初、マウスで使用される化合物の量から推定することによって決定し得る。ある実施形態では、用量は、約１ｍｇ化合物／Ｋｇ体重〜約５０００ｍｇ化合物／Ｋｇ体重；又は約５ｍｇ化合物／Ｋｇ体重〜約４０００ｍｇ化合物／Ｋｇ体重；又は約１０ｍｇ化合物／Ｋｇ体重〜約３０００ｍｇ化合物／Ｋｇ体重；又は約５０ｍｇ化合物／Ｋｇ体重〜約２０００ｍｇ化合物／Ｋｇ体重；又は約１００ｍｇ化合物／Ｋｇ体重〜約１０００ｍｇ化合物／Ｋｇ体重；又は約１５０ｍｇ化合物／Ｋｇ体重〜約５００ｍｇ化合物／Ｋｇ体重までに及び得ると想定される。他の実施形態では、この用量は、約１、５、１０、２５、５０、７５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、５０００ｍｇ／Ｋｇ体重であり得る。他の実施形態では、より高い用量が使用され得ると想定され、そのような用量は、約５ｍｇ化合物／Ｋｇ体重〜約２０ｍｇ化合物／Ｋｇ体重の範囲内であり得る。他の実施形態では、用量は、８、１０、１２、１４、１６又は１８ｍｇ／Ｋｇ体重であり得る。言うまでもなく、この投与量は、そのような治療プロトコールにおいて常套的に実施されるように、初期臨床治験の結果と個々の患者の必要性に依存して、上方又は下方調整され得る。
【０２７１】
（併用療法）
場合により、本明細書において述べる血管新生調節治療薬は、何らかの他の標準的な活性血管新生調節治療薬と組み合わせて投与し得る；そのような方法は当業者に公知であり、「Remington s Pharmaceutical Sciences by E.W. Martin」に述べられている。例えば、本発明の抗血管新生ペプチドは、何らかの他の抗血管新生ペプチド又は公知の抗血管新生薬と併用して投与し得る。そのような薬剤を以下に列挙する（Folkman, Annu Rev Med. 57:1-18, 2006）。
薬剤                                        臨床治験
１．アルファスタチン
２．アンギオスタチン
３．アレステン
４．アンチトロンビンＩＩＩ                （トランケート型）
５．カンスタチン
６．エンドスタチン                        （臨床治験第ＩＩ相）
７．フィブリン−５
８．ヒスチジンリッチ糖タンパク質のフラグメント
９．インターフェロンβ                    （臨床治験験第ＩＩＩ相）
１０．マスピン
１１．２−メトキシエストラジオール        （臨床治験第ＩＩ相）
１２．ＰＥＸ
１３．色素上皮由来因子（ＰＥＤＦ）
１４．血小板因子４（ＰＦ４）
１５．セマフォリン３Ｆ
１６．ｓＦｌｔ−１
１７．テトラヒドロコルチゾル              （臨床治験第ＩＩＩ相）
１８．トロンボスポンジン１（及び２）      （臨床治験第ＩＩ相）
１９．ＴＩＭＰ−２
２０．トロポニンＩ
２１．タムスタチン
２２．バソスタチン
【０２７２】
新生物形成の治療のために、本発明のペプチド（例えば、表１に列挙されているもののいずれか１つ又はそれ以上）を何らかの従来の治療（例えば、化学療法、放射線治療、ホルモン療法、手術、凍結外科手術）と組み合わせて投与し得る。本発明の医薬組成物は、所望する場合は、新生物形成の治療において一般的に使用される１つ又はそれ以上の化学療法剤、例えば、酢酸アビラテロン、アルトレタミン、アンヒドロビンブラスチン、オーリスタチン、ベキサロテン、ビカルタミド、ＢＭＳ１８４４７６、２，３，４，５，６−ペンタフルオロ−Ｎ−（３−フルオロ−４−メトキシフェニル）ベンゼンスルホンアミド、ブレオマイシン、Ｎ，Ｎ−ジメチル−Ｌ−バリル−Ｌ−バリル−Ｎ−メチル−Ｌ−バリル−Ｌ−プロリル−１−Ｌ−プロリン−ｔ−ブチルアミド、カケクチン、セマドチン、クロラムブシル、シクロフォスファミド、３ ，４ −ジデヒドロ−４ −デオキシ−８ −ノルビンカロイコブラスチン、ドセタキソール、ドキセタキセル、シクロフォスファミド、カルボプラチン、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、シスプラチン、クリプトフィシン、シクロフォスファミド、シタラビン、ダカルバジン（ＤＴＩＣ）、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドラスタチン、ドキソルビシン（アドリアマイシン）、エトポシド、５−フルオロウラシル、フィナステリド、フルタミド、ヒドロキシ尿素及びヒドロキシ尿素タキサン、イフォスファミド、リアロゾール、ロニダミン、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、メクロレタミン（ナイトロジェンマスタード）、メルファラン、ミボブリンイセチオネート、リゾキシン、セルテネフ、ストレプトゾシン、マイトマイシン、メトトレキサート、５−フルオロウラシル、ニルタミド、オナプリストン、パクリタキセル、プレドニムスチン、プロカルバジン、ＲＰＲ１０９８８１、リン酸ストラムスチン、タモキシフェン、タソネルミン、タキソール、サリドマイド、トレチノイン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、硫酸ビンデシン及びビンフルニンを含む。化学療法剤の他の例は、「Cancer Principles and Practice of Oncology by V.T. Devita and S. Hellman (editors), 6th edition (Feb.15,2001), Lippincott Williams & Wilkins Publishers」に見出される。
【０２７３】
（キット）
本発明は、過度の又は望ましくない血管新生によって特徴付けられる疾患又は障害の治療又は予防のためのキットを提供する。１つの実施形態では、キットは、単位投与形態中に表１の１つ又はそれ以上のペプチド（配列番号１〜１５６）の有効量を含有する治療又は予防組成物を含む。一部の実施形態では、キットは、治療又は予防ワクチンを含む滅菌容器を含む；そのような容器は、箱、アンプル、ビン、バイアル、チューブ、袋、パウチ、ブリスターパック、又は当分野で公知の他の適切な容器形態であり得る。そのような容器は、プラスチック、ガラス、ラミネート紙、金属箔、又は薬剤を保持するのに適した他の材料で作られ得る。
【０２７４】
所望する場合は、本発明のペプチドは、過度の又は望ましくない血管新生を有する又は発症する危険度が高い被験者に本発明のペプチドを投与するための指示書と共に提供される。指示書は一般に、虚血の治療又は予防のためあるいはその必要のある組織に対して血管新生を促進するための組成物の使用についての情報を含む。他の実施形態では、指示書は以下の少なくとも１つを含む：発現ベクターの説明；虚血又はその症状の治療又は予防のための用量スケジュール及び投与法；注意；警告；適応症；禁忌；過量上方；有害反応；動物薬理学；臨床治験；及び／又は参考文献。指示書は、直接容器上（存在するとき）に印刷され得るか、又は容器に適用されるレベルとして、あるいは容器内に又は容器と共に供給される別個の用紙、パンフレット、カード又はフォルダーとして印刷され得る。
【０２７５】
（本発明の方法）
本発明の実施は、異なる指示がない限り、十分に当業者の範囲内である、分子生物学（組換え手法を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学及び免疫学の従来の手法を使用する。そのような手法は、「"Molecular Cloning:A Laboratory Manual", second edition (Sambrook, 1989); "Oligonucleotide Synthesis" (Gait, 1984); "Animal Cell Culture" (Freshney, 1987); "Handbook of Experimental Immunology" (Weir, 1996); "Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells" (Miller and Calos, 1987); "Current Protocols in Molecular Biology" (Ausubel, 1987); "PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis, 1994); "Current Protocols in Immunology" (Coligan, 1991)」などの文献において詳細に説明されている。これらの手法は、本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドの生産に適用でき、それら自体、本発明を作製し、実施する上で考慮され得る。特定実施形態のために特に有用な手法を以下の章で論じる。
【実施例１】
【０２７６】
血管新生阻害剤を同定するためのバイオインフォマティクスアプローチ
この２０年間に、血管新生の過程を刺激する又は阻害する数多くの内因性調節剤が、同定された。これらの刺激及び阻害エレメントの微妙な調節の障害は、病的症状を導く。癌進行の１つの顕著な特徴は、しばしば血管新生スイッチと称される、血管新生促進性成分へのこれらの調節エレメントのシフトである（Folkman, Semin Oncol, 29:15-8, 2002）。
【０２７７】
血管新生促進性調節エレメントは、様々な増殖因子を含む。増殖因子シグナル伝達は、自由拡散及び膜結合マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）、プラスミン、及び様々なセリン、システイン及びアスパラギン酸プロテイナーゼ（カテプシン）などの細胞外マトリックス（ＥＣＭ）プロセシング酵素の発現を促進する。細胞外マトリックスをプロセシングする上でのこれらの酵素、特に細胞分泌プロテアーゼの重要性は、実験的に（Neri and Bicknell, Nat Rev Cancer, 5:436-46, 2005）及び理論的に（Karagiannis and Popel, J Biol Chem, 279:39105-14, 2004）実証されているが、この役割が固有のものではないかもしれないという指摘がある。最近になって初めて、ＥＣＭ成分のタンパク質分解プロセシングが、クリプティックフラグメントとして知られる、生物学的に活性なタンパク質フラグメントの暴露を生じさせることが理解された（Davis et al., Am J Pathol, 156:1489-98, 2000）。これらのフラグメントは、完全に機能的な成分であるか、あるいは、通常はＥＣＭ高分子の構造の内部で細胞外環境から隠されている、より大きな配列内の活性部位を含む。高分子のタンパク質プロセシングはこれらのフラグメントを明らかにし、ひとたび解き放たれると、それらは血管新生の調節剤として作用し得る。これらのフラグメントの大部分は、抗血管新生及びアポトーシス促進性の活性を有し、それらは血管新生の内因性阻害剤として働く。他のフラグメントは、血管新生促進の特性を有している。本発明は、血管新生阻害剤に焦点を合わせる。
【０２７８】
関連文献の広範な検索後、公知の強力な抗血管新生フラグメントのアミノ酸配列を収集した。公知の抗血管新生及びアポトーシス促進性の活性を有する合計３６のタンパク質が見出された（表２）。
【０２７９】
【表２】
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タンパク質は、それらの活性が局在するアミノ酸配列の長さについての情報に従って分類している。タンパク質はアルファベット順に列挙している。
【０２８０】
公知の抗血管新生タンパク質のアミノ酸配列から推論される情報に基づき、これらのタンパク質を、タンパク質ファミリーごとに体系的に分類した。公知の抗血管新生活性ドメインの大部分が保存されたタンパク質ドメイン内に局在することを認めた後、これらの保存されたドメインに従ってタンパク質を分類した。この分類と共に、活性フラグメントのアミノ酸配列からの情報を、配列類似性を評価し、抗血管新生作用を誘導する可能性が高い新規タンパク質を予測するために使用した。
【０２８１】
これらのタンパク質を、活性フラグメント及びそれらの抗血管新生活性の局在化に関する公知の情報に従って、公知の活性フラグメントの長さによって３つのクラスに分けた（すなわち、２０〜６０個のアミノ酸、１００〜１５０個のアミノ酸、又は１５０個のアミノ酸以上）。これらの３６個のタンパク質の一部は、強力な抗血管新生活性を示すことが知られる、約２０個のアミノ酸までを有する公知の「活性ドメイン」を有する。また別のタンパク質は、同定された活性を有するが未知の活性をドメインを含む１００〜１５０個のアミノ酸のタンパク質フラグメントであり、さらに別のタンパク質は、強力な血管新生阻害剤であることが知られる、１５０個の以上の隣接アミノ酸配列を有する、完全長タンパク質又は大きなタンパク質ドメインである。
【０２８２】
公知の抗血管新生活性を有するタンパク質又はタンパク質フラグメントについての上位２０２の同定された類似性のヒットしたものを表３に示す。２０２のヒットしたもののうちで、そのうちの一部は問い合わせの間で重複するが、１５０以上が異なる新規抗血管新生タンパク質セグメントである。表２からのタンパク質を含む問い合わせを最初の欄に示し、アルファベット順に整理している。表２のタンパク質の中で、同定された類似性と２０〜６０個のアミノ酸の長さを有するものは、７個の類似タンパク質ドメインを有する血小板因子４；各々が４５個の同定された類似フラグメントを有する、トロンボスポンジン１の様々なフラグメント；及び各々約５個の類似フラグメントを有する様々なタムスタチンであった。動態された類似性と１００〜１５０個のアミノ酸長を有するタンパク質は、アンギオスタチンクリングル；各々約８個の上位類似タンパク質部位を有する、ＣＸＣケモカインＧｒｏ−β、ＩＰ−１０及びＭＩＧ；各々３個の類似フラグメントを有する成長ホルモン１及び胎盤ラクトゲン；ならびに１個の同定された類似性を有するキニノーゲンを含んだ。ヒットしたものを、それらの同定番号及び類似するそれらの配列の対応部分と共に示す。それらを、問い合わせとの類似性の度合いに従って、類似性の高いものから順に、３つの欄にまとめている。類似性の表記である「同一」、「高度に類似」及び「類似」は、算定されたスコアに対応する：８０〜１００％のスコアを有するタンパク質は「同一」、６０〜８０％は「高度に類似」及び４５〜６０％は「類似」であった。
【０２８３】
【表３】
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表３は、公知の抗血管新生活性を有するタンパク質又はタンパク質フラグメントに関して同定された類似性のヒットしたものを示す。２０〜６０個のアミノ酸（ＰＦ−４、ＴＩＭＰ−６／ループ６、ＴＳＰ及びＴｕｍｓ）及び１００〜１５０個のアミノ酸（アンギオスタチンクリングル、ＣＸＣ、ソマトトロピン及びキニノーゲン）の抗血管新生タンパク質又はタンパク質フラグメントとの類似性を、ヒトプロテオームに対するＢＬＡＳＴ検索において同定した。結果をフィルターにかけ、算定されたスコアに基づき、８０〜１００％の類似性を「同一」、６０〜８０％を「高度に類似」及び４５〜６０％を「類似」と同定する。問い合わせ（最初の欄）をアルファベット順に列挙する。ヒットしたものを、それらの同定番号及び同一であるそれらの配列の対応部分と共に示す。それらを問い合わせとの類似性の度合いに従ってまとめている。
【０２８４】
問い合わせ配列内に存在する保存されたドメインを同定するため、ＮＣＢＩの保存ドメイン（ＣＤ）検索オプション（（Marchler-Bauer and Bryant,Nucleic Acids Res, 32: W327-31, 2004）をタンパク質ＢＬＡＳＴアルゴリズムの一部として使用した。次に、保存されたドメインを同定するためにＥＭＢＬのＳＭＡＲＴ（Letunic et al., Nucleic Acids Res, 32:D142-4, 2004）配列解析を使用した。タンパク質内の局在化ならびにタンパク質の生物学的機能を含む各々のヒットしたものについての情報を、ＥＭＢＬのＨａｒｖｅｓｔｅｒデータベース（Liebel et al., Bioinformatics, 20:1962-3, 2004）を用いて収集した。公知の活性ドメインを有するタンパク質の場合は、２０個のアミノ酸のフラグメントだけでなく全問い合わせタンパク質配列を使用した。その後、問い合わせ内で活性ドメインを局在化し、それらが特定保存ドメインに属する又は含まれるかどうかに関して分類した。
【０２８５】
配列類似性検索のため、ｐ−ＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用した。各々の検索は、期待値を１０から１０００に増大させ、ワードサイズを３から２に低下させたことを除き、アルゴリズムのデフォルトオプションを用いてヒトタンパク質に関して実施した。小さな長さの一部の問い合わせ（１５〜２０個のアミノ酸）が、これらの低レベル判定基準を用いて算定された結果が有意であり得、したがって最初から拒絶されるべきではないことを示唆したため、これらの変更を行った。有意の類似性を有するタンパク質を、最初にこれらの低レベル判定基準を用いて同定した。問い合わせの各々について、配列類似性を有する約１０００個の初期のヒットしたものが同定された。結果は、抗血管新生フラグメントが起源とする母系タンパク質などの高類似性のヒット、ならびに中間及び低レベル類似性の結果を含んだ。
【０２８６】
ＮＣＢＩのｐ−ＢＬＡＳＴによって提供された結果のｅ値を考慮した後、Ｍｏｎｔｅ  Ｃａｒｌｏ型アルゴリズムを用いて初期のヒットしたものをフィルターにかけた。０．１より小さいｅ値を有するタンパク質を収集した。これらのヒットしたものが、ｐ−ＢＬＡＳＴ検索を用いて見出されたことを考慮すると、問い合わせとヒットしたものの間の類似性に関してある程度の証拠が存在した。したがって、初期問い合わせと実際の類似ｐ−ＢＬＡＳＴのヒットしたもののアラインメントについてのスコアは、この同じｐ−ＢＬＡＳＴのヒットしたものとアミノ酸のランダムな配列を整列することによって得られるスコアよりも高いと期待することは妥当であった。
【０２８７】
初期問い合わせ、すなわちもとの抗血管新生他のアミノ酸組成物を保存することにより、及びアミノ酸位置をランダムに入れ替えた後、問い合わせの各々について１００個の新しいランダム配列のセットを作製した。これらのランダム配列を、後ほど、ランダム対非ランダム同一性を指定するカットオフ値を決定するために使用した。ランダムアラインメントについてのカットオフ値は以下のように決定した。各配列内のアミノ酸位置をランダムに変化させることにより、問い合わせの各々について１００個のランダム配列のセットを作製した。初期ｐ−ＢＬＡＳＴのヒットしたものの各々に対するこれらの１００個の人工配列の各々の類似性を算定し、生じたスコアを極値分布確率密度関数に適合させた。この分布は、アラインメントスコアが有意のヒットではなくランダムなヒットである確率を表わす。ｐ−ＢＬＡＳＴのヒットしたものの各々と最初のタンパク質のローカルアラインメントについてのスコアを、次に、ランダム配列の各々のスコアに重ね合わせ、ランダム配列カットオフ値より大きいスコアを有するものを保持した。ランダム配列のパーセンテージ同一性スコアは２０％未満であった。５０％以上のスコアを有する配列だけを保持した。８０％以上のスコアを有意の同一性とみなした。
【０２８８】
ＢＬＯＳＵＭ  ５０置換行列をスコアリング行列として使用して、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムでローカルアラインメントを実施した。ＢＬＯＳＵＭ  ５０行列は、遠い進化起源を有するか又は密接に関連する配列であるかに関わらず類似の全体構造を共有する可能性が高い、高度に類似のタンパク質を同定する（Pearson, Methods Mol Biol, 132:185-219, 2000）。ビットでの、各々のアラインメントについて生じたスコアを、それ自体と初期問い合わせのアラインメントのスコアをスケーリング係数として使用してスケーリングした。類似性についての閾値として、４０％を超えるスケーリングスコアを使用した。すべてのアルゴリズムをＭａｔｌａｂ（Mathworks, Natick, MA）で実行した。
【０２８９】
表３の結果は、表１に示す分類に対応する３つの項に提示されている：（１）保存されたドメインと公知の活性フラグメントを有する抗血管新生タンパク質；（２）保存されたドメインと未知の活性フラグメントを有する抗血管新生タンパク質；及び（３）保存されたドメインを持たない抗血管新生タンパク質。公知の抗血管新生活性を有するタンパク質又はタンパク質フラグメントについての上位２０２の同定された類似性のヒットしたものを表３に示す。最初の欄は問い合わせ配列を含む。
【０２９０】
（保存されたドメインと公知の活性フラグメントを有する抗血管新生タンパク質）
抗血管新生フラグメント内に含まれる又はこれらのフラグメントを含む特徴的なドメインに基づき、確立された抗血管新生作用を有する８つのタンパク質ファミリーを同定した。これらのタンパク質ファミリーは、１型トロンボスポンジン含有タンパク質、Ｃ−Ｘ−Ｃケモカイン、コラーゲン、ソマトトロピン、セルピン、ラミニン球状（ＬＧ）ドメイン含有タンパク質、クリングル含有タンパク質、及び補体第一成分（Ｃ１ｑ）含有タンパク質である。メタロプロテイナーゼの組織阻害剤（ＴＩＭＰ）などの、特徴的なドメインを含まない他のタンパク質も同定した。これらのタンパク質の各々は多数の保存されたドメインを含み得るが、ここではタンパク質を、公知の抗血管新生配列との近似性に基づき、抗血管新生活性を有する可能性が最も高い保存されたドメインによって分類する。ひとたびタンパク質が特徴的なドメインによって分類されれば、それらを、同じく保存されたドメインを含む公知のヒトタンパク質配列全部と比較し、その結果を類似性判定基準に基づいてクラスター化した。
【０２９１】
（プロテオーム問い合わせ）
類似性の同定を、類似の保存されたドメインを有するタンパク質を超えてプロテオーム全体にも拡大した。そこで、表３の最初の欄で同定された保存ドメインを、ヒトプロテオーム内に存在する全配列に問い合わせるために使用した；真に類似のヒットしたものを同定するために結果をフィルターにかけた。この手順の結果は、表１に列挙する抗血管新生タンパク質の公知の活性フラグメントに対する類似性に基づき、抗血管新生作用を及ぼし得るペプチドのセットの同定であった。同定された抗血管新生タンパク質／ペプチドのこのセットを表３に示す。抗血管新生特性を含む、これらのタンパク質の機能を以下で述べる。
【０２９２】
（トロンボスポンジンに関連する抗血管新生ペプチド）
トロンボスポンジン（ＴＳＰ）１及び２は、インビボで血管新生を阻害し、インビトロで培養微小血管内皮細胞の遊走と増殖を阻害する、広く特徴付けられた能力を有するマトリックス細胞（matricellular）タンパク質である（Carpizo and Iruela-Arispe, Cancer Metastasis Rev, 19:159-65, 2000; de Fraipont et al., Trends Mol Med, 7:401-7, 2001）。発育中の腫瘍及び創傷治癒の様々なモデルにおける血管新生は、トロンボスポンジン１又は２の存在によって低減又は遅延される（de Fraipont et al., Trends Mol Med, 7:401-7, 2001）。これらのタンパク質は、どちらも類似の構造機構を有し、３コピーの類似の保存されたドメイン、Ｉ型ＴＳＰドメインを含む。これらの保存されたドメインは、トロンボスポンジン配列内のそれらの局在化に従い、アミノ酸末端から出発してＴＳＰ１．１、ＴＳＰ１．２及びＴＳＰ１．３と称される。公知の抗血管新生特性及びＩ型ＴＳＰドメインを有する他のタンパク質は、脳特異的血管新生阻害剤（ＢＡＩ−１、ＢＡＩ−２及びＢＡＩ−３）及びＡＤＡＭＴＳ−１及び８（ＭＥＴＨ−１及びＭＥＴＨ−２）を含む。公知の強力な血管新生阻害剤であるＢＡＩ−１は、５個のＴＳＰ１ドメインを含み、一方ＢＡＩ−２及びＢＡＩ−３は、４個のＴＳＰ１ドメインを有する。ＡＤＡＭＴＳ−１／ＭＥＴＨ−１は、３個のＴＳＰ１ドメインを有し、ＡＤＡＭＴＳ−８／ＭＥＴＨ−２は、２個のＴＳＰ１ドメインを有する。
【０２９３】
ＢＡＩ−１は、主として正常脳組織で発現されるが癌性脳組織では発現されない膜貫通タンパク質をコードする、ｐ５３誘導的遺伝子である（Nishimori et al., Oncogene, 15:2145-50, 1997）。ＢＡＩ−１は、保存されたドメイン、Ｇタンパク質共役受容体タンパク質分解切断部位（ＧＰＳ）でタンパク質分解によって切断され、１２０ｋＤａの細胞外フラグメント、バスキュロスタチンを放出する（Kaur et al., Oncogene, 24:3632-42, 2005）。バスキュロスタチンは、５個のＴＳＰ１ドメインすべてを含み、強力な抗血管新生活性を示す（Koh et al., Exp Cell Res, 294:172-84, 2004）。
【０２９４】
ＡＤＡＭＴＳ−１／ＭＥＴＨ−ｌ及びＡＤＡＭＴＳ−８／ＭＥＴＨ−２は、マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）の増大しつつあるファミリーである、メタロスポンジンファミリーのタンパク質に属する。これら２つのタンパク質は、ＡＤＡＭタンパク質を含む、レプロリシンサブファミリーに類似性を示す。ＭＥＴＨ−１及びＭＥＴＨ−２は、抗血管新生特性を示し、内皮細胞増殖を阻害する（Iruela-Arispe et al., Ann N Y Acad Sci, 995:183-90, 2003; Luque et al., J Biol Chem, 278:23656-65, 2003; Rodriguez-Manzaneque et al., J Biol Chem, 275:33471-9, 2000; Vazquez et al., J Biol Chem, 274:23349-57, 1999）。ＴＳＰ１反復配列は単独で、インビトロでのＶＥＧＦ誘導の血管新生を抑制することができるが、その抗血管新生作用のためにはＭＥＴＨ−１の触媒活性が必要であることが実験的に示された（Luque et al., J Biol Chem, 278:23656-65, 2003）。これらの結果は、ＭＥＴＨ−１活性を説明する少なくとも２つの潜在的機構が存在することを指示する。触媒ドメインは、自触反応的に直接に、又はもう１つ別のＭＥＴＨ−１に結合してその活性フラグメントを切断した後間接的に、ＴＳＰ１ドメインの切断と放出のために必要であると仮定される（Iruela-Arispe et al., Ann N Y Acad Sci, 995:183-90, 2003）。
【０２９５】
ＴＳＰ１ドメインを有するもう１つの公知の抗血管新生タンパク質、トロンボスポンジン１は広くマッピングされており、その活性が局在化されている（Tolsma et al., J Cell Biol, 122:497-511, 1993）。トロンボスポンジン１に由来するいくつかのペプチドは、抗血管新生特性を有することを示した。このタンパク質のプロコラーゲンドメインは、抗遊走作用を及ぼすことが示されたが、それぞれＴＳＰ１．２及びＴＳＰ１．３の保存されたドメイン内に存する、２つの活性ドメインＭＡＬ−ＩＩ及びＭＡＬ−ＩＩＩは抗血管新生性である（Tolsma et al., J Cell Biol, 122:497-511, 1993）。
【０２９６】
ＴＳＰ１の保存されたドメインがＴＳＰ１含有タンパク質における抗血管新生活性の主要遺伝子座であることを考慮して、プロテオーム内の公知のＴＳＰ１ドメイン全部とトロンボスポンジン１のＴＳＰ１．２及びＴＳＰ１．３の間の類似性を問い合わせた。これら２つのドメイン、ならびに対応する活性フラグメントンＭＡＬ−ＩＩ及びＭＡＬ−ＩＩＩは、ヘミセンチン、セマフォリン５Ａ及び５Ｂ、及びＡＤＡＭＴＳ−２、４、６、７、１０、１２、１３、１４、１６及び２０を含む多くのＡＤＡＭＴＳ酵素のＴＳＰ１の保存されたドメインに高い類似性を示す（図１）。類似性はまた、パピリン、ＣＬＩＰ−２、及びネトリン受容体ＵＮＣ−５Ｂ、５Ｃ及び５Ｄ内でも同定された。トロンボスポンジン１のＴＳＰ１．１ドメインは、これらのタンパク質のいずれとも類似性を共有しない（図１）。
【０２９７】
（ＡＤＡＭＴＳタンパク質のＴＳＰ１．１）
ＭＡＬ−ＩＩ及びＭＡＬ−ＩＩＩとＡＤＡＭＴＳタンパク質のＴＳＰ１．１の高い類似性は、この特異的ドメインが強力な抗血管新生調節剤として働く可能性が高いことを示す。最初のＩ型ＴＳＰモチーフは、その他のドメインとクラスター化されず、通常は下流でクラスター化される、その他のＴＳＰ１ドメインから上流に位置する。この独特の局在が、おそらくこのモチーフをより切断しやすくしている。さらに、ＡＤＡＭＴＳ分子の大部分においてＴＳＰ１．１ドメインは、システインリッチな、同じく保存された、この分子の結合親和性を機能的に調節する、ドメインの近くに位置する。
【０２９８】
（ヘミセンチン（フィブリン６）、ＣＬＩＰ−１及び２、パピリン並びにＵＮＣ）
上述した戦略はまた、特に興味深い、ヘミセンチン（フィブリン６）、ＣＬＩＰ−１及び２、パピリン並びにＵＮＣのタンパク質を同定した。ヘミセンチンは、４８個の縦列Ｉｇモジュールを有する膜結合細胞接着分子である。ヘミセンチンは、線維芽細胞、網膜色素上皮細胞及び内皮細胞において発現される。それは、生殖細胞シンシチウムの機械的安定化、機械感覚性のニューロンの表皮への固定及びヘミデスモソームの組織化に影響を及ぼす。軟骨中間層タンパク質１及び２（ＣＬＩＰ−１及びＣＬＩＰ−２）は、主として関節軟骨細胞において発現され、軟骨スカフォールド形成に影響を及ぼす分泌タンパク質である；パピリンはプロテオグリカン硫酸タンパク質である。ＵＮＣは、神経発生の間の軸索伸長と遊走を指令する膜貫通ネトリン受容体である。トロンボスポンジン１の抗血管新生フラグメントとのそれらの高い類似性のゆえに、これらのタンパク質のフラグメントは潜在的な血管新生阻害因子である。
【０２９９】
（ＢＡＩ−２及びＢＡＩ−３のＴＳＰ１．２並びにＢＡＩ−１のＴＳＰ１．３）
ＢＡＩは、抗血管新生活性を示すことが明らかにされているが、この活性はこれまで分子内で局在化されていなかった。ＭＡＬ−ＩＩ及びＭＡＬ−ＩＩＩの類似ドメインへのＢＡＩのＴＳＰ１ドメインの各々の配列類似性、及びＭＡＬ配列を使用して得られた予測ヒットとのＢＡＩの類似性のクラスター化（図１）は、ＢＡＩ−２及びＢＡＩ−３の２番目のＴＳＰ１ドメイン（ＴＳＰ１．２）及びＢＡＩ−１の３番目のＴＳＰ１ドメインが抗血管新生活性を有する可能性が高いことを示唆する。ＴＳＰ１．２は、予測タンパク質の大部分と散在的な類似性を示す（図１）。ＢＡＩ−２のＴＳＰ１．２ドメインもトロンボスポンジン１のＴＳＰ１．２と高度に類似するが、ＢＡＩ−３のＴＳＰ１．２ドメインはトロンボスポンジン１のＴＳＰ１．２及びＴＳＰ１．３に類似する。ＢＡＩ−１に関しては、類似性を示すのは３番目のトロンボスポンジンドメイン（ＴＳＰ１．３）である。
【０３００】
（ＷＩＳＰ−１、Ｆ−スポンジン、プロペルジン、Ｃ６、ＮＯＶＨ及びＣＹＲ６１）
最後に、全プロテオームに対する活性ドメインＭＡＬ−ＩＩ及びＭＡＬ−ＩＩＩのＢＬＡＳＴ検索は、ＴＳＰの保存されたドメインを有するタンパク質を含む多数のヒットしたものを同定した（表２）。これらのヒットしたものは、ＷＩＳＰ−１、Ｆ−スポンジン、プロペルジン、補体成分Ｃ６、神経芽細胞腫発現のＮＯＶＨ及びＣＹＲ６１を含む（表３）。ＷＩＳＰ−１、ＮＯＶＨ及びＣＹＲ６１は結合組織増殖因子ファミリーに属し、以前に血管新生促進の活性を有すると同定された。抗血管新生ＭＡＬ−ＩＩ及びＭＡＬ−ＩＩＩに対するそれらの類似性に基づき、ここで報告する結果は、これらのタンパク質のタンパク質分解プロセシングが血管新生抑制性フラグメントを生成する可能性が高いことを指示する。
【０３０１】
（ＣＸＣタンパク質）
２番目のクラスターのタンパク質はＣＸＣタンパク質ファミリーに属し、ＣＸＣの保存されたドメインを含む。これらのタンパク質は、血小板第４因子（ＰＦ−４／ＣＸＣリガンド４）、γインターフェロンによって誘導されるモノカイン（ＭＩＧ／ＣＸＣリガンド９）、インターフェロンγ誘導タンパク質１０（ＩＰ−１０／ＣＸＣリガンド１０）、インターフェロン誘導Ｔ細胞α化学誘引物質（ＩＴＡＣ／ＣＸＣリガンド１１）及びＢ細胞誘引ケモカイン１（ＢＣＡ−１／ＣＸＣリガンド１３）を含む（Belperio et al., J Leukoc Biol, 68:1-8, 2000; Romagnani et al., Trends Immunol, 25:201-9, 2004; Strieter et al., Semin Cancer Biol, 14:195-200, 2004）。
【０３０２】
ＣＸＣケモカインは、４個の保存されたシステインを含み、最初の２個が非保存残基によって分離されている（すなわちＣ−Ｘ−Ｃ）ヘパリン結合タンパク質である。大部分のＣＸＣケモカインのＮ末端部分は、３つのアミノ酸残基、Ｇｌｕ−Ｌｅｕ−Ａｒｇ（ＥＬＲ）を含む；このＥＬＲモチーフは、これらのサイトカインの一次構造の最初のシステインに先だつ。ＥＬＲモチーフを含む（ＥＬＲ＋）ＣＸＣサイトカインは血管新生の強力な促進因子であり（Romagnani et al., Trends Immunol, 25:201-9, 2004）；これに対し、ＥＬＲモチーフを欠く（ＥＬＲ−）ものは、血管新生の強力な阻害剤である（Romagnani et al., Trends Immunol, 25:201-9, 2004）と推測されてきた。しかしまた、ルイス肺癌細胞において、ＥＬＲ＋タンパク質であるβＧＲＯタンパク質（ＣＸＣリガンド２）が、血管新生阻害剤であることも示された（Cao et al., J Exp Med, 182:2069-77, 1995）。
【０３０３】
最も広く検討されているＣＸＣ血管新生抑制性タンパク質は、ＰＦ−４である（Bikfalvi, Semin Thromb Hemost, 30:379-85, 2004; Bikfalvi and Gimenez-Gallego, Semin Thromb Hemost, 30:137-44, 2004）。ヘパリン及びヘパラン硫酸グリコサミノグリカン（ＧＡＧ）に高親和性で結合するＰＦ−４の能力は、その生物学的機能のいくつかのために重要であると思われる。ＰＦ−４は、ｂＦＧＦ及びＶＥＧＦに応答して、それらの受容体に結合することによって又は増殖因子がそれらの受容体に結合するのを妨げるＰＦ４−ＶＥＧＦ及びＰＦ４−ｂＦＧＦへテロ二量体を形成することによって、内皮細胞の遊走、増殖及びインビボでの血管新生を阻害する（Bikfalvi, Semin Thromb Hemost, 30:379-85, 2004）。ＰＦ−４のいくつかの公知のアイソフォームが存在する；ここでの番号付けは、最初に報告された配列を指す（Deuel et al., Proc Natl Acad Sci USA, 74:2256-8, 1977）。ＰＦ−４１７−７０フラグメントは、エラスターゼによる完全長ＰＦ−４のタンパク質分解プロセシングによって産生される天然フラグメントである。１〜１７個のアミノ酸ドメインは、ジスルフィド結合を通して切断されたタンパク質に結合したままである。完全長ＰＦ−４のＣ末端フラグメントであるＰＦ−４４７−７０／ＣＴＦは、非常に強力な血管新生抑制性フラグメントである（Bikfalvi and Gimenez-Gallego, Semin Thromb Hemost, 30:137-44, 2004）。このフラグメントは、ＣＸＣの保存されたドメイン内に含まれる。
【０３０４】
他のＣＸＣファミリー成員の活性フラグメントは、これまで同定されていなかった。抗血管新生活性を有するペプチドフラグメントがそれらのＣＸＣの保存されたドメイン内に存在すると仮定して、これらのＣＸＣドメインの各々の、推定上の抗血管新生タンパク質の対応するドメインとの類似性を判定した。ＧＲＯ−βのＣＸＣドメインは、ＥＬＲ＋タンパク質であるが、やはり抗血管新生性であると考えられる。図２Ａは、公知の血管新生抑制性タンパク質のＣＸＣドメインと、ＧＲＯ−α、ＧＲＯ−β、ＥＮＡ−７８及びＧＣＰ−２などのＥＬＲ＋タンパク質のものとの顕著に高い類似性を示す。この類似性は、完全長タンパク質が血管新生性であり得る場合でも、それらのＣＸＣドメイン内のフラグメントは血管新生抑制性であることを示唆する。
【０３０５】
ＰＦ−４ の抗血管新生活性をＣＸＣドメインの特定部分に局在化し、この活性フラグメントの配列を、類似タンパク質フラグメントを検索するために使用した。これらの類似性は、最初にすべてのＣＸＣドメインの集団に関して、その後ヒトプロテオーム全体について同定された。驚くべきことに、ＰＦ−４の活性ドメインは、ＥＬＲ＋タンパク質であるＧＲＯ−α、ＧＲＯ−β、ＧＣＰ−２、ＥＮＡ−７８及びＴＨＢＧ−２のＣＸＣドメインのフラグメントと類似性を共有することが認められ（図２Ａ）、これらのタンパク質のフラグメントが抗血管新生性であり得るという主張の裏付けを提供した。
【０３０６】
全プロテオームに対するＰＦ−４の活性ドメインのＢＬＡＳＴ検索を実施し、この検索の結果を、Ｍｏｎｔｅ  Ｃａｒｌｏアルゴリズムを用いてフィルターにかけた。これらの結果を表３に要約する。ＣＸＣ関連タンパク質を除き、ヒットしたものは、ＣＣモチーフケモカイン１、２及び１９及びリンホタクチンを含み、そのすべてが比較的低い類似性を示したが、それでも類似性閾値を上回った。最後に、公知の抗血管新生活性を有するケモカインのＣＸＣドメインであるが、未知の活性フラグメントも、プロテオームに対して検索し、その結果をフィルターにかける。その結果は、ＢＣＡ−１のＣＸＣドメインが、ＣＣモチーフリガンド３、７及び１３などの、ＣＸＣ以外のタンパク質と類似性を共有することを指示した。ＣＸＣファミリーのその他の成員の対応するドメインは有意の類似性を示さなかった。
【０３０７】
（ＩＶ型コラーゲン由来フラグメント）
抗血管新生フラグメントの重要なソースは、様々なＩＶ型コラーゲンαフィブリル
の非膠原性／ＮＣ１ドメインである。６つのＩＶ型コラーゲンαフィブリル：α１〜α６が存在する。各々は、４本のＩＶ型膠原線維の平面マクロ構造への共有結合構築に関与する、タンパク質のＮ末端のシステインリッチ７Ｓドメイン；中央の三重らせん膠原性ドメイン；及びα鎖のヘテロ三量体への自己構築に関与する、Ｃ末端ＮＣ１ドメインから構成される。α１及びα２鎖は、組織の大部分において主として発現される形態であり；α３−α６は特殊な基底膜で認められる。
【０３０８】
α１（ＣＩＶ）ＮＣ１（アレステン）（Colorado et al.,Cancer Res,60:2520-6,2000）、α２（ＣＩＶ）ＮＣ１（カンスタチン）（Kamphaus et al.,J Biol Chem,275:1209-15,2000）、α３（ＣＩＶ）ＮＣ１（タムスタチン）（Maeshima et al.,J Biol Chem,276:15240-8,2001）のフラグメントは、血管新生及び腫瘍細胞増殖を阻害することが示されたが、残りのα（ＣＩＶ）フィブリルの対応するドメインは、まだ類似の性質を示すことが明らかにされていない。上記ドメインから、タムスタチンの抗血管新生特性は、α３（ＣＩＶ）ＮＣ１の４つの特異的フラグメント：Ｔｕｍ２、Ｔｕｍ３、Ｔｕｍ４及びＴｕｍ７に局在化された（Maeshima et al., J Biol Chem, 275:21340-8, 2000; Maeshima et al., J Biol Chem, 276:31959-68, 2001）。
【０３０９】
すべてのＩＶ型コラーゲンαフィブリルのＮＣ１ドメインは、ＩＶ型プロコラーゲンドメイン、Ｃ４．１及びＣ４．２内に保存されたＣ末端縦列反復配列の２コピーを含む。驚くべきことに、タムスタチンの活性ドメインは、両方の保存されたドメイン内に局在化でき、それらにまたがらない。それらの各々は、独立してＣ４．１又はＣ４．２に属する。さらに、最も強力なフラグメント、Ｔｕｍ２、Ｔｕｍ３及びＴｕｍ７はＣ４．１にだけ局在し、残りのＴｍ４はＣ４．２に局在する。
【０３１０】
すべてのＩＶ型コラーゲンαフィブリルの様々なＣ４ドメインの、タムスタチンの活性フラグメントに対する類似性を調べるためにバイオインフォマティクスアプローチを使用した。α５及びα６フィブリルのＣ４．１ドメインが、抗血管新生作用を示し得ることを予測するために類似性判定基準を使用した（図２Ｂ）。それらの血管新生抑制の潜在能は、全体配列ではなくＮＣ１ドメインの特定フラグメント内に存する可能性が高い。さらに、Ｃ４．１及びＣ４．２ドメインの各々は、コラーゲンフィブリルの対応ドメインに対してのみ類似性を担持することが認められた（図２Ｂ）。
【０３１１】
タムスタチンの活性ドメインを全プロテオームと比較したとき、Ｔｕｍ４だけが有意のヒットを生じた。Ｔｕｍ４は、ＡＤＡＭ−９とＡＤＡＭ−１２及びより低い度合いでテナシンＣと類似性を共有する。ＡＤＡＭ−９とＡＤＡＭ−１２は、例えば、受精、筋発達及び神経発生を含む、細胞間及び細胞−マトリックス相互作用を含む多様な生物学的過程に関与する膜結合型タンパク質である。これらのタンパク質の両方について、類似性領域は分子の細胞外部分に局在する。テナシンＣは、細胞遊走を阻害すると思われる基質接着分子であり、大部分のインテグリンについてのリガンドである。タムスタチンへのその配列類似性から、分子のフラグメントは抗血管新生性であり得ると思われる。
【０３１２】
（保存されたドメインと未知の活性フラグメントを有する抗血管新生タンパク質）
上記タンパク質ファミリーすべてにおいて、少なくとも１つの成員は、公知の活性ドメインを有し、抗血管新生活性は約２０個のアミノ酸ドメイン内に局在化された。この情報を、関連ファミリー成員における類似ドメインの機能を予測するために使用した。加えて、活性ドメインの部位に関する情報を使用して、タンパク質ファミリーの他の成員並びにこのドメインを有するより遠い関係のタンパク質との類似性を同定した。
【０３１３】
以下では、タンパク質ファミリーをそれらの保存されたドメインによって分類する。これらのタンパク質は抗血管新生作用を示すことが明らかにされたが、それらの活性ドメインはまだ局在化されていない。それらの活性ドメインは、共通の保存されたドメインの配列内に隠されている可能性が高く、この仮説に基づいて類似性を同定した。これらの問い合わせが、これまで、これらの保存されたドメイン内の抗血管新生活性を同定したという事実がこの仮説を裏付ける。
【０３１４】
（セルピン）
セリンプロテイナーゼ阻害剤（セルピン）は、凝固、フィブリン溶解、補体活性化及び食作用において機能するセリンプロテイナーゼの活性を調節する（van Gent et al., Int J Biochem Cell Biol, 35:1536-47, 2003）。強力な血管新生活性を有するこのファミリーの成員は、色素上皮由来因子（ＰＥＤＦ）、マスピン、アンチトロンビン、カリスタチン及びアンギオテンシノーゲンのフラグメントを含む。
【０３１５】
ＰＥＤＦの抗血管新生活性は、既存の血管には作用せず、新たに形成する脈管に選択的に作用する（Bouck, Trends Mol Med, 8:330-4, 2002）。インビボで、ＰＥＤＦは、虚血により網膜において又は増殖因子により角膜において誘導される血管新生をブロックする。どちらの場合も、ＰＥＤＦは、新生脈管の形成に関与する内皮細胞にアポトーシスを開始させる（Abe et al., Am J Pathol, 164:1225-32, 2004）。ＰＥＤＦのセルピンドメインはユニークである；いかなる他のセルピンドメインとも有意の類似性を有さず、α２アンチプラスミンのセルピンとのみごく小さな類似性を共有する（図２Ｃ）。２つのタンパク質は同じ分岐群、セルピンの分岐群Ｆに属する。α２アンチプラスミンは、プラスミン及びトリプシンを阻害し、キモトリプシンを不活性化するセリンプロテアーゼ阻害剤である。最近、２つの機能的抗血管新生タンパク質部位がＰＥＤＦにおいて同定された：３４個のアミノ酸配列及び１０個のアミノ酸のＴＧＡドメインは、このタンパク質の抗血管新生特性の責任を担うことが示された（Filleur et al., Cancer Res, 65:5144-52, 2005）。これらの部位はセルピンドメインを超えて伸びる。３４個のアミノ酸配列及びＴＧＡドメインを、プロテオーム内の他のタンパク質との類似性を直接検索するために使用した。興味深いことに、この検索は類似性ヒットを生じなかった。ＰＥＤＦは、そのセルピンドメインのレベル及びその抗血管新生タンパク質部位のレベルの両方においてユニークである。
【０３１６】
マスピン（乳房セルピン）は、セルピンスーパーファミリーの成員であり、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤及びα１−アンチトリプシンなどの他の阻害剤、ならびにオボアルブミンなどの非阻害剤セリンタンパク質に関連する新規プロテアーゼ阻害剤である（Maass et al., Acta Oncol, 39:931-4, 2000）。インビトロでの浸潤アッセイは、内因性及び外因性マスピンが基底膜マトリックスを通しての内皮細胞の浸潤を阻害することを明らかにした（Maass et al., Acta Oncol, 39:931-4, 2000; Schaefer and Zhang, Curr Mol Med, 3:653-8, 2003）。マスピンは、セルピンの分岐群Ｂに属し、その保存されたドメインにおいて白血球エラスターゼ阻害因子、扁平上皮癌抗原１、細胞質アンチプロテイナーゼ２及び３、及び胎盤トロンビン阻害因子に類似する（図２Ｃ）。興味深いことに、これらのタンパク質は、すべて細胞質性である。扁平上皮癌抗原は腫瘍細胞によって血漿中に分泌される。これらのタンパク質は、セリン型エンドペプチダーゼ阻害剤活性を示す。白血球エラスターゼ阻害因子は、好中球プロテアーゼエラスターゼ、カテプシンＧ及びプロテイナーゼ３の活性を調節する。胎盤トロンビン阻害因子は、トロンビンを阻害し、細胞質アンチプロテイナーゼ３は、グランザイムＢを阻害する。それらは公知の抗血管新生機能を有さないが、タンパク質の特異的フラグメントは、そのような機能を有し得る。
【０３１７】
アンチトロンビンは、血漿由来の一本鎖糖タンパク質である。多数の生物学的に重要な性質を有する複雑な分子であるアンチトロンビンは、強力な抗凝固因子であり、同時に抗炎症特性も有し、そのいくつかは凝固カスケードへの関与に関連する。トロンビンによる切断から生じるアンチトロンビンの反応性ループとその潜在形態の両方が、抗血管新生活性を示す（O Reilly et al., Science, 285:1926-8, 1999）。アンチトロンビンは、セルピンの分岐群Ｃに属する。その保存されたドメインは、細胞質プロテイナーゼ阻害因子２及び胎盤トロンビン阻害因子の対応するセルピンドメインに類似する（図２Ｃ）。
【０３１８】
カリスタチンは、血管平滑筋細胞及びヒト血管の内皮細胞において認められる。血圧調節、炎症に対する保護、脈管構造の弛緩、及び新生内膜過形成の刺激を含む多数の生物学的機能を有する。カリスタチンはまた、抗血管新生特性を有する（Miao et al., Blood, 100:3245-52, 2002; Miao et al., Am J Physiol Cell Physiol, 284:C1604-13, 2003）。野生型カリスタチンは、ヒト微小血管内皮細胞のＶＥＧＦ誘導性増殖、成長及び遊走を阻害するが、保存されたセルピンドメイン内に存するヘパリン結合活性を欠く突然変異体はそれらを阻害しない（Miao et al., Am J Physiol Cell Physiol, 284:C1604-13, 2003）。カリスタチンは分岐群Ａに属し、その保存されたセルピンドメインは、α１アンチキモトリプシン、プロテインＣ阻害剤／ＰＡＩ−３、コルチコステロイド結合グロブリン、チロキシン結合グロブリン及び胚中心Ｂ細胞発現タンパク質の対応するドメインに類似する（図２Ｃ）。これらのヒットしたものは、すべて細胞外セリン型エンドペプチダーゼ阻害剤であり、凝固カスケードの一部として機能する。α１アンチキモトリプシンは好中球カテプシンＧ及び細胞キマーゼを阻害し、プロテインＣ阻害剤と胚中心Ｂ細胞発現タンパク質は、どちらもプロテインＣ及びプラスミノーゲン活性化因子を阻害する。コルチコステロイド及びチロキシン結合グロブリンは、大部分の脊椎動物の血液中を循環する、主要なホルモン輸送タンパク質である。
【０３１９】
アンギオテンシノーゲンは、レニン−アンギオテンシン系の主要エフェクターであるアンギオテンシンＩＩに変換される不活性デカペプチド、アンギオテンシンＩの前駆体である。完全長アンギオテンシノーゲン（ＡＧＴ１−４５２）、デス［Ａｎｇ  Ｉ］アンギオテンシノーゲン（ＡＧＴ１１−４５２）、及びこのタンパク質のＣ末端切断産物であるＲＣＬ切断アンギオテンシノーゲン（ＡＧＴ１−４１２）は抗血管新生性である（Celerier et al.,Hypertension,39:224-8,2002）。アンギオテンシノーゲンのセルピンドメインと他のセルピンモチーフの間の類似性の検索は、有意の結果を生じなかった（図２Ｃ）。同様に、全プロテオームからのタンパク質に対しても有意の類似性を認めなかった。
【０３２０】
（ソマトトロピンホルモン）
ソマトトロピンホルモンは保存されたドメインを共有するが、活性な抗血管新生フラグメントはこれまで同定されていなかった。このファミリーは、公知の血管新生抑制作用を有するタンパク質である、成長ホルモン、ラクトゲン及びプロラクチンを含む。
【０３２１】
プロラクチン（ＰＲＬ）は、主として下垂体前葉のラクトトロフ細胞によって合成され、分泌されるポリペプチドホルモンである。プロラクチンはまた、乳房上皮、胎盤、子宮及び免疫系を含む下垂体外部位でも合成される（Harris et al., Ann Med, 36:414-25, 2004）。ＰＲＬは、生殖の調節、浸透調節及び免疫調節に関与する。成長ホルモン（ＧＨ）は成長と形態形成に関わる。成長ホルモンは、すべての脊椎動物において大部分が下垂体前葉で産生される。ヒト胎盤は、ｈＧＨの２つの構造類似体、ヒト胎盤ラクトゲン（ｈＰＬ）及びｈＧＨの変異体（ｈＧＨ−Ｖ）を発現する。ＰＲＬ／ＧＨファミリーの成員及び由来ペプチドは、血管新生の刺激と阻害の両方を行うことが報告されている（Struman et al., Proc Natl Acad Sci USA, 96:1246-51, 1999）。一般に、ヒトＰＲＬ／ＧＨファミリーの完全長成員、すなわちｈＰＲＬ、ｈＰＬ及びｈＧＨは、脈管形成を刺激し、一方それらの切断型１６ｋＤａ  Ｎ末端フラグメントは、インビボ及びインビトロの両方で抗血管新生性である。ＰＲＬのタンパク質分解切断は、カテプシンＤによってＰＲＬ産生の部位で起こり、１６ｋＤａ（１６Ｋ−ｈＰＲＬ）と６ｋＤａの２つのフラグメントを生じる。ＰＲＬはまた、カリクレインによっても切断され得、２２ｋＤａのフラグメントを生じる。抗血管新生特性を有し、脈管形成を抑制することによって、マウスにおける前立腺腫瘍増殖を阻害するのは、１６Ｋ−ｈＰＲＬ（Ｎ末端フラグメント）である。切断型ＰＲＬは、マウス、ラット及びヒト血清において認められ、一方遊離の１４及び１６ｋＤａ  ＰＲＬは、ラットの視床下部神経下垂体系によって分泌されると思われる。ヒトＧＨは、プラスミン、トロンビン及びスブチリシンによって切断され、類似フラグメントを生成する（Struman et al., Proc Natl Acad Sci USA, 96:1246-51, 1999）。
【０３２２】
これら３つの抗血管新生タンパク質、成長ホルモンの１６ｋＤａフラグメント、胎盤ラクトゲン及びプロラクチンは、それらの配列内にソマトトロピンホルモンの保存されたドメインを含む。類似性同定は、ソマトトロピンホルモンの保存されたドメインを含むタンパク質を対象とした。同定されたタンパク質は、３つの問い合わせの初期セットのソマトトロピンホルモンファミリーのアイソフォームである。すべての場合に、ソマトトロピンの保存されたドメイン又はその大部分が、抗血管新生特性を有することが既に公知の１６ｋＤａフラグメント内に含まれる。
【０３２３】
興味深いことに、プロラクチンのソマトトロピンドメインは、同じファミリーのいずれのドメインとも類似性を示さない；このドメインはユニーク部分であると思われる（図２Ｄ）。これに対し、ＧＨ及びＰＲＬの両方が、その他のファミリー成員の大部分のソマトトロピンドメインと有意の類似性を共有する。特に、下垂体と胎盤特異的成長ホルモンのソマトトロピンドメインは互いに高度に類似し、また、ラクトゲン及びラクトゲン（絨毛膜体乳腺発育ホルモン）ＣＳ−５の対応するドメインとも類似性を共有する。ラクトゲンの保存されたドメインは、２つの成長ホルモンアイソフォーム及びラクトゲンのＣＳ−５のソマトトロピンドメインに類似する（図２Ｄ）。
【０３２４】
最も興味深い結果は、全プロテオーム内での１６ｋＤａ抗血管新生フラグメントの類似性についての直接検索から生じた。やはり、プロラクチンの１６ｋＤａフラグメントは、いかなる他のタンパク質とも類似性を示さなかった；驚くべきことに、しかしながら、成長ホルモン及びラクトゲンの１６ｋＤａフラグメントは、ソマトリベリン（成長ホルモン放出因子）に高度に類似することが認められた。ソマトリベリンは、グルカゴンタンパク質ファミリーに属し、下垂体からの成長ホルモン放出を刺激する４４個のアミノ酸フラグメントに切断されるプレタンパク質として視床下部から分泌される。上述したように、完全長ソマトトロピンは血管新生促進性である；ソマトリベリンは血管新生刺激因子であると考えられる。ソマトリベリンの１６ｋＤａ抗血管新生フラグメントへの高度の類似性は、このタンパク質が抗血管新生行動を示し得ることを指示する。
【０３２５】
保存されたドメインを共有し、未知の活性フラグメントを有するこれらのタンパク質ファミリーの各々は、多数のタンパク質成員を含む。公知の抗血管新生タンパク質の４つは、それらの配列内に特徴的な保存されたドメインを含むが、対応するタンパク質ファミリーの１つの成員だけが血管新生抑制性と同定された。これらのタンパク質は、どちらも以下の章で論じる、ラミニン球状保存ドメインを含むパールカンのフラグメント、エンドレペリン及びクリングルドメインを含むアンギオスタチンである。
【０３２６】
（ラミニン球状ドメイン含有タンパク質）
パールカンは主要な基底膜ヘパラン硫酸プロテオグリカンである。他の基底膜分子の安定化に関与し、細胞接着ならびに血管透過性を調節する。パールカンのＣ末端であるエンドレペリンは、ＣＡＭ及びマトリゲルアッセイにおいて内皮細胞遊走、コラーゲンにおける管腔形成及び血管新生を阻害することが示された（Bix and Iozzo, Trends Cell Biol, 15:52-60, 2005; Mongiat et al., J Biol Chem, 278:4238-49, 2003）。エンドレペリンは、ＬａｍＧ分子の各々の対の中で２つのＥＧＦ様ドメインによって分離される、３つのＬａｍＧ保存ドメイン、ＬａｍＧｌ（ＬＧｌ）、ＬａｍＧ２（ＬＧ２）及びＬａｍＧ３（ＬＧ３）からなる。生理学的に、エンドレペリンはＭＭＰ−１及びＭＭＰ−３によってタンパク質分解切断され、３つのＬａｍＧドメインカセット又は最後のＬａｍＧドメインであるＬａｍＧ３を放出する。
【０３２７】
同じファミリーの他の配列に対するエンドレペリンの球状ラミニンドメインの類似性は有意でない。２番目と３番目のドメイン、ＬａｍＧ２及びＬａｍＧ３はどちらも、もう１つのプロテオグリカンであるアグリンのＬａｍＧ１及びＬａｍＧ２とのみ類似性を示した。アグリンは、アセチルコリン受容体及び筋線維における他のシナプス後タンパク質の凝集を誘導するもう１つの基底膜タンパク質であり、神経筋接合部の形成のために決定的に重要である。２つのＥＧＦ様モチーフによって分けられた３つの連続するＬａｍＧドメインによって明示されるように、アグリンのＣ末端のエンドレペリンへの構造類似性は、そのＣ末端領域も抗血管新生活性を有し得ることを示唆する。
【０３２８】
パールカンのＬａｍＧドメインと全プロテオームの間の類似性の直接検索は、付加的な有意の結果を提供しなかった。
【０３２９】
（クリングル含有タンパク質）
最も詳細に検討された血管新生阻害剤の１つがアンギオスタチンである（O Reilly et al., Cell, 79:315-28, 1994）。アンギオスタチンの構造は、プラスミノーゲンの最初の４つのクリングル（Ｋ）ドメインを含む。クリングル構造は、多くのタンパク質に存在し、そのようなタンパク質は、１〜数個のクリングルをどこかに含み得る。各々のクリングルドメインの一次アミノ酸配列は、約８０個のアミノ酸からなる。クリングルタンパク質は共通の機能を共有しないが、増殖因子、プロテアーゼ又は凝固因子として働く。大部分のクリングル含有タンパク質は、１個のクリングルドメインだけを有するが、糖タンパク質であるアポリポタンパク質は、３８個のクリングルドメインを含むという点で異常である。アンギオスタチンの親タンパク質、プラスミノーゲンは、合計５個のクリングルドメインを含み、５番目のドメインはアンギオスタチンから除外される。他の個々のクリングルドメインと同様に、ヒトプラスミノーゲンのＫ５ドメインは、８０個のアミノ酸残基を含む。一次構造アラインメントは、Ｋ５がＫ１と顕著な配列同一性（〜６０％）を示すが、Ｋ２、Ｋ３及びＫ４もＫ５と有意の相同性を共有することを示す。タンパク質分解／変性され、適切に折りたたまれた組換えＫ５は、内皮細胞に対してその他の個々のクリングルドメインよりも強力なアポトーシス促進性の作用を示す。実際に、Ｋ５単独で、アンギオスタチンのＫ１〜４よりも数倍大きな作用を示す。この予想外の所見は、Ｋ５が別の機構によって内皮細胞増殖を阻害し得るか、又はＫ５が内皮細胞上の阻害性標的のより強力な誘導物質であることを示唆する。様々なインビトロ検討において、内皮細胞アポトーシスを誘導する上でのクリングル力価の順位は、Ｋ５＞Ｋ１・Ｋ２・Ｋ３複合体＞Ｋ１・Ｋ２・Ｋ４複合体＞Ｋ１＞Ｋ３＞Ｋ２＞Ｋ４であることが示された（Cao and Xue, Semin Thromb Hemost, 30:83-93, 2004）。
【０３３０】
本明細書において述べるバイオインフォマティクスアプローチは、アンギオスタチンのクリングルに類似するフラグメントを同定する上で有用であることが明らかになった。最も強力な血管新生阻害剤、クリングル５は、以下のクリングル含有タンパク質と類似性を共有することが認められた：マクロファージ刺激因子１、肝細胞増殖因子、リポタンパク質／Ｌｐ（ａ）、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体１及び２、凝固第ＩＩ因子（トロンビン）及び第ＸＩＩ因子（ハーゲマン因子）、ヒアルロン酸結合タンパク質２、組織プラスミノーゲン活性化因子及びクリングル含有タンパク質ＫＲＥＭＥＮ−１及び２。
【０３３１】
クリングル１〜４は、マクロファージ刺激因子１、肝細胞増殖因子及びリポタンパク質／Ｌｐ（ａ）を含むより小さな群のタンパク質に類似する。上記タンパク質すべてがそれらの配列内に多数のクリングルドメインを含み、プラスミノーゲンはそれらの大部分と類似性を示す。特に、Ｋ５は、トリプシン様セリンプロテアーゼドメインに隣接して局在するアポリポタンパク質の最後の３８番目のクリングル、ならびにアポリポタンパク質の最後のクリングルだけからなるタンパク質、抗血管新生タンパク質ＡＫ−３８に極めて類似する（図２Ｅ）。３８個のクリングル（クリングル２〜２９は、同一である）からなるリポタンパク質は、プラスミノーゲンのクリングルと異なる様式の類似性を示す。３８番目を別にして、そのクリングルのすべてが、プラスミノーゲンのＫ３及びＫ４に著しく類似し、最後のクリングルだけがプラスミノーゲンのＫ５に類似する。種々のプラスミノーゲンのクリングルの周囲のリポタンパク質の類似性のクラスター化は、Ｋ５が、クリングル１〜４とは異なる、別個の部分であることを示唆する。
【０３３２】
もう１つの候補物質は、顆粒球／マクロファージコロニー刺激因子のファミリーに属する、マクロファージ刺激因子１である。これらは、顆粒球及び単球／マクロファージを含む白血球の産生、分化及び機能を制御することによって造血に寄与するサイトカインである。マクロファージ刺激因子１は、免疫防御、骨代謝、リポタンパク質クリアランス、受胎能及び妊娠において役割を果たす。マクロファージ刺激因子の４個のクリングルは、主としてプラスミノーゲンのＫ１、Ｋ２及びＫ３に類似性を示す（図２Ｅ）。
【０３３３】
肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）は、成熟肝実質細胞のための強力なマイトジェンである。それは、また、肝栄養因子であると思われ、広い範囲の組織及び細胞型についての増殖因子として作用する。ＨＧＦは４個のクリングルを含む；それらのうちで、クリングル２及び３はプラスミノーゲンのＫ２、３及び４に有意の類似性を示す（図２Ｅ）。したがって、それらは強力な抗血管新生活性を有する可能性が高い。プラスミノーゲンのクリングル５に有意の類似性を有する他のタンパク質は、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体１及び２、トロンビン、ハーゲマン因子（凝固第ＸＩＩ因子）、ヒアルロン酸結合タンパク質２、及び組織プラスミノーゲン活性化因子である（表２）。これらのタンパク質すべてが、血液凝固カスケードのメディエイタとしてのそれらの公知の役割に加えて、抗血管新生特性を有すると考えられる。
【０３３４】
（補体成分Ｃ１ｑ含有タンパク質）
ＶＩＩＩ型コラーゲンは、強力な抗血管新生作用を有するフラグメントを含むことが明らかにされた。このタンパク質は、内皮細胞、ケラチノサイト、マスト細胞及び腫瘍細胞によって合成されるＥＣＭ成分である。２個のα１と１個のα２フィブリルから構成されるヘテロ三量体である。α１（ＣＶＩＩＩ）フィブリルのＮＣ１ドメインは、エンドスタチンのような抗血管新生活性を示す（Xu et al., Biochem Biophys Res Commun, 289:264-8, 2001）。しかし、その活性はまだタンパク質上の特定部位に位置づけられていない。
【０３３５】
興味深いことに、α１（ＣＶＩＩＩ）ＮＣ１ドメインは、フラグメントの大部分にまたがり、おそらくそれをエンドスタチンと機能的に区別する保存されたドメイン、補体成分Ｃ１ｑドメインを含む。上述したバイオインフォマティクスアプローチは、ＶＩＩＩ型コラーゲンの血管新生抑制性フラグメント内に含まれるＣ１ｑの保存されたドメインと他のＣ１ｑドメインの間の類似性を検討するために使用した。このドメインは、ＶＩＩＩ型コラーゲンのα２フィブリル及びＸ型コラーゲンのα１フィブリルの対応するドメインに高度に類似する。したがって、これらのフラグメントの両方が、α１（ＣＶＩＩＩ）ＮＣ１のものに類似した血管新生抑制特性を有し得る。α１（ＣＶＩＩＩ）ＮＣ１及び完全長ＮＣ１フラグメントのＣ１ｑドメインと全プロテオームの間の類似性の直接検索も、この同じ群のタンパク質を同定した。
【０３３６】
（保存されたドメインを含まない抗血管新生タンパク質）
最後に、血管新生抑制活性がタンパク質の配列内の特定活性ドメインに厳密に位置づけられる公知の血管新生阻害剤の非常に小さな群が存在する。それらのタンパク質は、それらの配列内にこれまでに同定された保存ドメインを含まない。キニノーゲン、メタロプロテイナーゼ２の組織阻害因子のループ６、カルレティキュリン及びＸＶＩＩＩ型及びＸＶ型コラーゲンエンドスタチンを含む、血管新生抑制性活性ドメインの大部分は、約２０〜６０個のアミノ酸長である（表１）。
【０３３７】
高分子量キニノーゲン（ＨＫ）は様々な生理的機能を有する血漿タンパク質である。最初はブラジキニンの前駆体として同定された、多くの心臓血管過程を調節する生物活性ペプチドであるＨＫは、現在、フィブリン溶解、血栓症及び炎症において重要な役割を果たすことが知られている。ＨＫは内皮細胞に結合し、そこで血漿カリクレインによって切断されてブラジキニン（ＢＫ）を放出することができる。分子の残りの部分である切断されたＨＫは、切断高分子量キニノーゲン又はＨＫａと称される（Guo and Colman, J Thromb Haemost, 3:670-6, 2005）。ＢＫは集中的に検討されてきたが、ＨＫａ生成の生理的意味は明らかでない。最近の検討は、ＨＫａは血管新生を阻害するが、ＢＫは血管新生を促進することを明らかにした（Guo and Colman, J Thromb Haemost, 3:670-6, 2005）。マッピング検討は、ＨＫのＤ５領域のペプチド（ＨＫ４８６−５０２）は細胞遊走を阻害するが、ペプチドＨＫ４４０−４５５は細胞増殖を阻害する責任を担うことを指示した（Colman et al., Blood, 95:543-50, 2000; Guo et al., Arterioscler Thromb Vasc Biol, 21:1427-33, 2001）。ＨＫ４４０−４５５活性ドメインとプロテオーム内の他のタンパク質フラグメントとの間の類似性についての本発明者らの検索は、ヘムに結合し、分解と鉄回収のためにそれを肝臓に輸送するヘモペキシン、並びに亜鉛輸送特性を有する内在性膜タンパク質である、溶質輸送体ファミリー３９タンパク質の比較的類似性の低いアイソフォームを同定した。
【０３３８】
Ｍｏｓｅｓらは（Fernandez et al., J Biol Chem, 278:40989-95, 2003）、ＴＩＭＰ−２のＮ末端ドメインとＣ末端ドメインの両方を遺伝子操作し、生産するためにピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ）発現系を使用して、ＴＩＭＰ−２のＭＭＰ阻害活性と抗血管新生活性の脱共役を明らかにした。彼らは、両方のドメインが胚ＣＡＭアッセイにおいて血管新生を阻害したが、Ｃ末端ドメイン及び野生型ＴＩＭＰ−２はマウス角膜ポケットアッセイにおいてＮ末端ＴＩＭＰ−２ドメインよりも有効な血管新生の阻害剤であることを認めた。さらに、Ｎ端末ドメインの阻害能力は、ＭＭＰ阻害活性に応じて決まる。内皮細胞増殖を阻害するＴＩＭＰ−２の能力は、ＴＩＭＰ−２のＣ末端ドメイン、特にＣ末端ジスルフィドループであるループ６に局在化された。ループ６は、ＴＩＭＰ−４及びＴＩＭＰ−３の対応するドメインに有意の類似性を示し、ＴＩＭＰ−１に対してはより低い度合いの類似性を示した。
【０３３９】
カルレティキュリンは、ユニークな小胞体（ＥＲ）内腔常在タンパク質である。このタンパク質は、ＥＲ管腔内とＥＲ環境の外側の両方で、多くの細胞機能に影響を及ぼす。ＥＲ管腔において、カルレティキュリンは、２つの主要な機能：Ｃａ２＋ホメオスタシスの監視と調節を実行する。カルレティキュリンのＮ末端ドメインのアミノ酸１〜１８０（両端を含む）であるバソスタチンは、インビボで抗腫瘍作用を示す血管新生阻害因子である（Pike et al., J Exp Med, 188:2349-56, 1998; Pike et al., Blood, 94:2461-8, 1999）。バソスタチンと同様に、全長タンパク質、カルレティキュリンは、内皮細胞増殖と血管新生を選択的に阻害するが、他の系統の細胞は阻害しない。そのＮ末端の１〜１２０個のアミノ酸を持たないカルレティキュリンは、バソスタチンの作用と同程度に内皮細胞増殖を阻害する。カルレティキュリンの内部フラグメント１２０〜１８０は、血管新生を阻害し、おそらくバソスタチンの血管新生抑制作用の責任を担うタンパク質フラグメントである。バソスタチンは、遠位のヒットしたもの（distal hit）である、同じくＥＲカルシウム結合タンパク質であるカルネキシンを除き、他のいかなるタンパク質にも類似性を示さなかった。
【０３４０】
強力な抗血管新生フラグメントの重要なソースであるエンドスタチンは、ＸＶＩＩＩ型コラーゲンである（O Reilly et al., Cell 88;277-85, 1997）。ＣＸＶＩＩＩのα１鎖のＮＣ１の２０〜２２ｋＤａフラグメントがエンドスタチンとして同定された。ＣＸＶのα１鎖のＮＣ１ドメインの類似のフラグメントは、ＣＸＶＩＩＩ−エンドスタチンと類似の性質を有することが示された（Sasaki, et al., J Mol Biol 301;l179-90, 2000; Ramchandran et al., Biochem Biophys Res Commun 255;735-9, 1999）。エンドスタチンと類似の抗血管新生作用を示す、ＣＸＶのα１鎖のＮＣ１０の類似の２２ｋＤａフラグメントは、レスチンと同定された。これら２つのフラグメントは、互いの類似性を別にして、ＢＬＡＳＴ検索及び全プロテオームに対してフィルターをかける場合においていかなる他の有意の類似ヒットも示さなかった。
【０３４１】
本発明は、公知の内因性抗血管新生タンパク質及びタンパク質フラグメントを分類する体系的な手段を提供する。類似性判定基準に基づき、多くの類似配列が同定された。これらの類似性は、同定されたポリペプチド及びフラグメントが抗血管新生特性を示すことを示唆する。生物情報学的分析を用いて同定されたタンパク質の大部分の場合に、公知の抗血管新生タンパク質及びフラグメントとの関係はそれまで同定されていなかった。これらの新たに同定されたタンパク質及びフラグメントは、抗血管新生治療のための新規薬剤候補物質を構成する。
【０３４２】
現在まで、潜在的な抗血管新生タンパク質の同定は純粋に経験的に実施されてきた。選択されたタンパク質はプロテアーゼによってタンパク質分解処理され、切断されたフラグメントは、様々なインビトロ及びインビボ血管新生プロトコールにおいてテストされた。この工程は、数多くのタンパク質と、抗血管新生タンパク質部位の局在化、すなわち特定作用の責任を担うタンパク質領域に関する多大の情報を生成した、一部の場合には、２０〜６０個のアミノ酸長の特異的タンパク質部位が同定された；しかし、ほとんどの場合、抗血管新生行動は、１００〜１５０個のアミノ酸長のより長いフラグメント、さらには全長タンパク質に起因すると考えられた。タンパク質部位の同定及びこれらの部位が、考慮した保存されたドメイン内に局在するという所見は、抗血管新生行動がこの保存されたドメイン内に局在することを示唆する。同じタンパク質ファミリーに属する多数のタンパク質の保存されたドメインと抗血管新生フラグメントの間の類似性の同定は、類似の機能を示し得る新規候補物質をもたらした。この結論は、ヒットしたアミノ酸配列だけに基づいており、構造的判定基準に基づいてはいない。さらに、活性抗血管新生部位がまだ位置づけられていないタンパク質の場合には、血管新生の抑制活性が局在するアミノ酸配列の推定される領域を同定するために類似性判定基準を用いた。
【０３４３】
全ヒトプロテオームの生物情報学的分析に基づき、抗血管新生候補物質の集団は、細胞外マトリックスに存在するタンパク質又は循環中のタンパク質からなる。一部の場合には、新規にヒットしたものは、公知の血管新生促進性の活性を有するタンパク質のフラグメントである。ソマトトロピンホルモンについて示されたように、全長タンパク質は血管新生を促進するが、そのタンパク質の小さなフラグメントは抗血管新生性である可能性がある。この性質は、二元的行動を有するタンパク質の新規カテゴリーを定義する。理論に縛られるのは望むところではないが、そのようなタンパク質の機能を制御するのは、おそらく最初のタンパク質をより小さなフラグメントへと処理する酵素の発現である。
【０３４４】
また、血管新生促進性から抗血管新生機能へのシフトはアミノ酸の小さなサブセットによって制御される可能性がある。本明細書において同定するタンパク質に関しては、公知の抗血管新生フラグメントに類似性を示す、公知の血管新生促進性の行動を有するタンパク質は、これらの公知のフラグメントに高度に類似するが、それらと同一ではない。やはり、理論に縛られるのは望むところではないが、２つのタンパク質の間で異なるアミノ酸のサブセットがそれらの血管新生特性を制御する可能性がある。これらのサブセット内での潜在的突然変異が、２つの完全に異なる性質の間での推移の制御機構を提供し得る。
【０３４５】
この分析は、新規内因性血管新生阻害剤を同定することを試みる初めてのコンピュータアプローチである。抗血管新生の行動が備わっている特異的なタンパク質部位の知識は、新規候補物質を同定することを提供する。これらのコンピュータによって同定される候補物質は、その後、本明細書において述べるように抗血管新生特性に関して実験的にテストされる。血管新生阻害剤を検索して掘り起こすこの工程は、コンピュータと実験努力の組合せを必要とする。そのような統合的アプローチは、抗血管新生タンパク質フラグメントの体系的で効率的な同定及び血管新生スイッチの制御についての現在の理解の前進をもたらす。
【実施例２】
【０３４６】
増殖実験の結果
上述したように、コンピュータバイオインフォマティクスアルゴリズムを、潜在的抗血管新生特性を有し得る、天然に生じる内因性タンパク質のフラグメントのセットを同定するために使用した。アルゴリズムは、公知の抗血管新生活性を有するタンパク質又はタンパク質フラグメントについて約２００の類似性のヒットしたものを同定した。２００ヒットのうちで一部が重複するが、１５０以上が、別の推定上の新規な抗血管新生タンパク質フラグメントである。新規フラグメントの中で、７個の同定された類似タンパク質ドメインを有する血小板因子４；各々が４５個の同定された類似フラグメントを有する、トロンボスポンジン１の様々なフラグメント；及び各々約５個の類似フラグメントを有する様々なタムスタチン、に類似するヒットしたものが存在した。同定された類似性及び１００〜１５０個のアミノ酸長を有するタンパク質は、アンギオスタチンクリングル；各々約８個の上位類似性タンパク質部位を有する、ＣＸＣケモカインＧｒｏ−β、ＩＰ−１０及びＭＩＧ；各々３個の類似フラグメントを有する成長ホルモン１及び胎盤ラクトゲン；１個の同定された類似性を有するキニノーゲンを含んだ。
【０３４７】
同定されたポリペプチド及びペプチドの生物活性をテストするために、実験の中規模処理量（medium-throughput）のプラットフォームを使用した。新規物質の抗血管新生効果をテストするためのＮＣＩ（国立癌研究所、National Cancer Institute）のガイドライン（http://dtp.nci.nih.gov/aa-resources/aa_index.html）に従って、内皮細胞増殖アッセイを使用した。内皮細胞増殖は新しい毛細管新芽形成のために重要である；したがって、増殖を阻害することは血管新生の完全な又は部分的阻害のために十分であるはずである。タンパク質の活性ドメインが同定されていない場合、抗血管新生活性を有するアミノ酸配列同定するために公知の抗血管新生フラグメント又はタンパク質に類似性を示すフラグメントを検定する。以下で述べる増殖アッセイにおいて活性を示さないペプチドは、本明細書において述べる機能アッセイにおいて血管新生調節活性に関してテストする。増殖アッセイに加えて、遊走アッセイ及び指定インビボ血管新生アッセイ（Directed In Vivo Angiogenesis Assay, DIVAA）の例を以下に提示する。
【０３４８】
（ペプチドの合成と取り扱い）
ペプチドは、固相合成手法を用いて、「Department of Oncology, Johns Hopkins University」のカスタムペプチド合成施設及び商業的供給者（Abgent, San Diego, CA; New England Peptide, Inc., Gardner, MA）を利用して生産される。各々のペプチドについてＨＰＬＣ及び質量分析法が実施され、同一性と純度の証明が提供される。この手順は、＞９５％純粋なペプチド１０ｍｇを生成する。１０ｍｇが製造者によって１ｍｇバイアルのアリコートに分けられ、発送される。各々のペプチド１ｍｇを最終溶液１００μｌに希釈し、１０，０００μｇ／ｍｌのペプチド濃度を与える。この１００μｌを１０×１０μｌの保存溶液に分けて凍結する。
【０３４９】
ペプチドを溶解するために必要な適切な溶媒を予測するため、アミノ酸鎖の疎水性を計算する。より疎水性のペプチドは、ＤＭＳＯなどの極性溶媒を必要とする。さもなければペプチドは、市販の平衡塩類溶液、ハンクス平衡塩類溶液（ＨＢＳＳ）に希釈される。ペプチドが強い疎水性ではなく、高度に親水性でもない場合、溶媒は、ＨＢＳＳ２０μｌから出発して少量の溶媒へのペプチドの溶解度をテストすることによって実験的に決定される。ペプチドがＨＢＳＳに可溶性でない場合は、少量の固体ペレットが試験管の底部に形成される。この相の分離は、ＨＢＳＳが適切な溶媒ではないことの十分な指標である。本発明者らは次に、ＤＭＳＯ８０μｌを使用して、前記工程を反復する。ペプチドがＨＢＳＳ２０μｌに可溶性であれば、さらに８０μｌを添加して最終容量１００μｌとする。これまですべての場合に、この手順が種々の溶媒への固体ペプチドの溶解度を確立する上で十分であることが実証された。
【０３５０】
すべての溶媒に関して、保存溶液９×１０μｌを−８０℃で保存し、１０番目の１０μｌを、標準希釈溶液を与えるために使用する。１０，０００μｇ／ｍｌのペプチド１０μｌを含む単一バイアルにＨＢＳＳ９０μｌを添加し、１，０００μｇ／ｍｌ溶液１００μｌを生成した。これらの１００μｌを１０×１０μｌのアリコートに分け、−８０℃で保存した。
【０３５１】
（実験プロトコール）
様々なペプチドの細胞増殖への作用を、ペプチドを培養下のヒト臍帯静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）に投与することによってアッセイした。トロンボスポンジン１含有タンパク質、Ｃ−Ｘ−Ｃケモカイン、コラーゲン由来ペプチド及びメタロプロテイナーゼの組織阻害因子からのペプチドを含む４つの異なるタンパク質ファミリーに属する４５個のペプチドをテストした。
【０３５２】
各々のペプチドの力価を、ペプチドの投与後２日目と４日目に増殖アッセイを用いて、そして３日目に異なる細胞密度を使用する同様のアッセイを用いてテストした。４日間の実験において、インキュベーションの２日後に細胞培地を交換し、培地と共に初期濃度でペプチドを交換した。ＴＮＰ−４７０は、抗血管新生効果を評価するための陽性対照として使用した抗血管新生化合物である。各ポリペプチドの活性は、したがって、ＴＮＰ−４７０活性のパーセンテージとして表わされ、すなわち実験で得られた光学密度は、以下で説明するように陰性対照が０％、陽性対照が１００％であるように測定される（図４）。各々のプレートは、０．１μｇ／ｍｌ  ＴＮＰ−４７０を投与されたＨＵＶＥＣ細胞を有するウエルを含んだ。例えば、内皮細胞増殖に同じ作用を及ぼすペプチドは、ＴＮＰ−４７０の活性の１００％を有する。活性は１００％を超える場合があることに留意されたい。
【０３５３】
多くの場合に、認められたテストされるペプチドの活性はＴＮＰ−４７０活性の４０％に達し、一部の場合には８０％に達した。より高いペプチド濃度ではペプチドの一部の活性がさらに増大すると考えられる。また一部のペプチドは二相性の活性を有する。「二相性活性」を有するペプチドは中間濃度で最大活性を有するが、この抗血管新生の活性は、非常に高い又は非常に低い濃度では低下した。この二相性活性は時間依存的であり得る。２日目に二相性行動を示すペプチドが、４日後に付随する活性増大を伴ってこの特徴を変化させ得る。ほとんどの場合、ペプチドは経時的に活性を獲得するか、又は一定レベルの活性を維持する。
【０３５４】
一方向及び二方向ＡＮＯＶＡを使用して統計的有意性をテストした；ｐ＜０．００１を＊＊によって示し、ｐ＜０．０５を＊によって示す。
【０３５５】
（増殖実験結果の分析）
このアッセイにおいて、ＨＵＶＥＣが増殖する能力への予測上の抗血管新生フラグメントの作用を特性決定した。細胞の増殖速度の低下は、それらの物質が血管新生過程を妨げることができることを示す。増殖に関してテストするために一般的に使用される方法は、種々の濃度の抗血管新生フラグメントの存在下に様々な時間工程で、内皮細胞の生存能と代謝活性を観測することである。細胞増殖試薬ＷＳＴ−１を、生細胞の代謝活性を測定するための基質／アッセイとして使用した。ＷＳＴ−１は比色定量の非放射性アッセイであり、マイクロプレートで実施できる。細胞増殖、細胞生存能又は細胞傷害性を測定するのに適する。アッセイは、生存可能で代謝活性な細胞によって赤色テトラゾリウム塩、ＷＳＴ−１が還元され、細胞培地に可溶性の黄色ホルマザン結晶を形成する反応に基づく。ＭＴＴなどの他のホルマザンに基づくアッセイと異なり、ホルマザン結晶を界面活性剤の添加によって可溶化する必要はない；それらは細胞培地に可溶性である。
【０３５６】
細胞を上記のように培養する。ひとたび細胞が８０％の集密度に達すれば、それらをトリプシン処理し、ＥＧＭ−２に再懸濁する。血球計数器を用いて細胞密度を評価する。使用したすべての内皮細胞が継代４〜継代８であった。
【０３５７】
増殖アッセイは２つの工程を含んだ。最初の工程において、９６ウエルプレートについて約５，０００細胞／ウエルの細胞を、細胞外マトリックス基質を伴わずにウエルに一晩（８時間）接種した。マルチチャンネルピペッターを使用して初期細胞培養培地を取り出し、候補ペプチドを適用した。各ペプチド０．０１μｇ／ｍｌ、０．１μｇ／ｍｌ、１μｇ／ｍｌ及び１０μｇ／ｍｌの４つの異なる濃度の対数尺度を使用した。各々の濃度を４回テストした。細胞の生存能は、ペプチドの適用後２日目と４日目に検査した。生存能低下についての陽性対照として、０．１μｇ／ｍｌのＴＮＰ−４７０（フマギリンの合成類似体である、Ｏ−（クロロ−アセチル−カルバモイル）フマギロール；ＴＮＰ−４７０はＮＣＩより提供された）を培地と共に与え、正常生存能についての陰性対照として、いかなる物質も添加せずに細胞を培養した。次に細胞を１０μｌ／ウエルの赤色ＷＳＴ−１試薬と共に約２〜４時間インキュベートした。このインキュベーション期間中、生細胞は、それらのミトコンドリアにおいて、赤色ＷＳＴ−１を、培地に溶解する黄色ホルマザン結晶に変換した。アッセイの２番目の工程は、細胞を溶解した後、色の変化を測定することによって実施した、増殖の変化の定量を含んだ。ＥＬＩＳＡプレートリーダーＶｉｃｔｏｒ３  Ｖ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）を使用して５７０ｎｍの波長で試料を読み取った。生じた色の量は生細胞の数に直接比例する。各々のプレートについて、細胞培養培地と染料だけを含む無細胞ウエルにおけるシグナルを測定することにより、この値をバックグランドと比較した。このバックグラウンドシグナルを、各々の細胞含有ウエルからのシグナルから差し引いた。生じたシグナルを、光学密度（Ｏ．Ｄ．）で示した。２日間培養中の細胞に適用した単一ペプチドの測定からの光学密度結果の一般的な例を、図３に示す。
【０３５８】
この図では、投与したペプチドの各濃度について４ウエル／試料の各々に関する光学密度をプロットした。数値は、標準偏差と共に４回の測定の平均値として示した。０ペプチド濃度と示される最初の点は、陰性対照の無細胞ウエルに存在するバックグラウンドシグナルであった。ＴＮＰ−４７０と示される最後の点は、０．１μｇ／ｍｌのＴＮＰ−４７０を適用したウエルの収集物である。このウエルを陽性対照として使用した。
【０３５９】
光学密度結果を、陽性及び陰性対照を用いて測定する。各ウエルからの光学密度測定値の各々を陰性対照（完全培地のみ）の平均光学密度で除して、結果を０％〜１００％で測定した。１００％はＴＮＰ−４０の活性を示し、０％は陰性対照ウエルで測定されたゼロの抗増殖活性を示すのを測定で用いた。この測定法を用いて、図３を使用して図４に示すペプチド活性の測定を作成した。２日目と４日目の結果を、それら自体の陰性及び陽性対照によって測定したことに留意されたい。
【０３６０】
５，０００細胞／ウエルを接種した２日目と４日目の増殖実験に加えて、２，０００細胞／ウエルの密度で接種した細胞を使用して、ＨＵＶＥＣの増殖能力へのペプチドの作用も検討した。このより低い細胞接種密度は、細胞培地を交換せずに実験をさらに１日延長することを可能にした。連続３日間細胞に適用したときのペプチドの作用も本明細書において報告する。増殖アッセイは、やはり２つの工程を含んだ。最初の工程において、９６ウエルプレートについて２，０００細胞／ウエルを、細胞外マトリックス基質を伴わずにウエルに一晩（８時間）接種した。マルチチャンネルピペッターを使用して初期細胞培養培地を取り出した。細胞を同調させるため、細胞を４時間血清飢餓させ、候補ペプチドを添加した。血清飢餓の間に、細胞培養培地を「完全」培地から増殖因子又は血清を含まない「基礎」培地に変更した。４時間の血清飢餓は細胞の増殖に影響を及ぼさなかった。このアッセイのために、０．０１μｇ／ｍｌ、０．１μｇ／ｍｌ、１μｇ／ｍｌ及び１０μｇ／ｍｌペプチドの４つの異なる濃度の対数尺度を使用した。加えて、より高い濃度の３０μｇ／ｍｌペプチドも適用した。やはり各々の濃度を４回テストした。
【０３６１】
ペプチド適用の３日後、ＷＳＴ−１染料を約２〜４時間（通常は３時間後に色が飽和する）適用した。その後２日間と４日間のアッセイについて述べたようにＥＬＩＳＡプレートリーダーで増殖をテストした。２及び４日間のプロトコールと３日間のプロトコールは、それぞれ５，０００細胞／ウエル対２，０００細胞／ウエルを接種した点で異なっていたことに留意されたい。
【０３６２】
２つのファミリーは保存されたドメインを含み（ＴＳＰ−１含有タンパク質及びＣ−Ｘ−Ｃケモカイン）、２つのファミリーは保存されたドメインを含まない（コラーゲン及びＴＩＭＰ）、４つのタンパク質ファミリーのペプチドを、コンピュータで予測したフラグメントの抗血管新生活性を測定するために実験的にスクリーニングした。
【０３６３】
（トロンボスポンジン１含有タンパク質に由来するペプチド）
トロンボスポンジン１ドメイン（ＴＳＰ−１）を含む３２個のペプチドを上述した増殖アッセイにおいてテストした。これらのテストの結果は以下の通りである。
【０３６４】
（ＴＨＳＤ−１）
トロンボスポンジンＩ型ドメイン含有１（ＴＨＳＤ−１）は、トロンボスポンジン１に類似のドメインを含む細胞表面タンパク質である。予測上の抗血管新生フラグメント（ＱＰＷＳＱＣＳＡＴＣＧＤＧＶＲＥＲＲＲ）は約２０％の活性を示した。この活性は、すべての適用濃度について、図５Ａに示すようにペプチド適用の４日間を通じてほぼ一定であった。ＴＨＳＤ−１の最大活性は低ペプチド濃度（０．０１μｇ／ｍｌ）で達成された。同様の活性が３日間のアッセイで認められた（図５Ｂ）。３０μｇ／ｍｌの高濃度では活性の実質的な増大があった。
【０３６５】
（ＴＨＳＤ−３）
抗血管新生活性を有すると予測されたドメインを含むトロンボスポンジンＩ型ドメイン含有タンパク質（ＴＨＳＤ）の２番目のアイソフォームは、ＴＨＳＤ−３である。ＴＨＳＤ−３フラグメント（ＳＰＷＳＰＣＳＧＮＣＳＴＧＫＱＱＲＴＲ）は、２、３又は４日間のアッセイにおいて内皮細胞増殖に作用を及ぼさなかった（図６Ａ及び６Ｂ）。
【０３６６】
（ＴＨＳＤ−６）
抗血管新生作用を及ぼすと予測されたドメインを含むトロンボスポンジンＩ型ドメイン含有タンパク質（ＴＨＳＤ）の３番目のアイソフォームは、ＴＨＳＤ−６である。ＴＨＳＤ−６フラグメント（ＷＴＲＣＳＳＳＣＧＲＧＶＳＶＲＳＲ）は、２日目に約２０％及び３日目に３０％の最大活性に達した。この活性は２、３及び４日間のアッセイにおいて二相性であった（図７Ａ及び７Ｂ）。ＴＨＳＤ−６は、０．１μｇ／ｍｌで投与したとき最大力価を示した。
【０３６７】
（ＣＬＩＰ）
ＣＬＩＰは軟骨中間層タンパク質である。ＴＳＰ−１ドメインと予測上の抗血管新生フラグメント（ＳＰＷＳＫＣＳＡＡＣＧＱＴＧＶＱＴＲＴＲ）を含む。ＣＬＩＰは、ペプチドを適用して細胞をインキュベートした４日間を通じて一貫して維持された二相性活性を示した（図８Ａ）。ペプチドの最大活性（〜３０％）は、１μｇ／ｍｌ濃度で認められる。より低濃度（０．０１及び０．１μｇ／ｍｌ）では、活性が１５％に低下し、より高濃度（１０μｇ／ｍｌ）でも活性が低下する（５％）。３日間のアッセイに関して（図８Ｂ）同様の二相性応答が認められた。３日間のアッセイでは、０．１μｇ／ｍｌペプチド濃度で最大活性が認められた。
【０３６８】
（ＷＩＳＰ−１）
ＷＩＳＰ−１は、ＷＮＴ１誘導性シグナル伝達経路タンパク質１である。結合組織増殖因子（ＣＴＧＦ）ファミリーに属する細胞分泌タンパク質である。線維芽細胞において高レベルで発現され、結腸腫瘍で過剰発現される。Ａｋｔキナーゼの活性化を通してＤＮＡ損傷に応答したｐ５３媒介性アポトーシスを減弱する。予測上の抗血管新生フラグメント（ＳＰＷＳＰＣＳＴＳＣＧＬＧＶＳＴＲＩ）は、４日間の適用後に中間的な活性（〜２０％）を示すが、２日後ではその活性は統計的に有意でなくなる（図９Ａ）。３日間のアッセイについてのＷＩＳＰ−１活性は、中間レベルを保持したが、３０μｇ／ｍｌではより高レベルに達した（図９Ｄ）。
【０３６９】
（ＷＩＳＰ−２）
ＷＮＴ１誘導性シグナル伝達経路タンパク質１のもう１つのアイソフォームは、ＷＩＳＰ−２である。ＷＩＳＰ−２に由来するフラグメント、ＴＡＷＧＰＣＳＴＴＣＧＬＧＭＡＴＲＶは、０．０１μｇ／ｍｌの低濃度で極めて強力であり、ペプチド適用の２日目以後に二相性応答を示す（図９Ｂ）。３日間のアッセイに関しては、ＷＩＳＰ−２ペプチドは２０％の中間的活性を保持した（図９Ｅ）。
【０３７０】
（ＷＩＳＰ−３）
推定上の抗血管新生作用を有するフラグメントを含むと予測された同じファミリーのタンパク質の３番目のアイソフォームは、ＷＩＳＰ−３である。ＷＩＳＰ−２と同様に、ＷＩＳＰ−３のフラグメント、ＴＫＷＴＰＣＳＲＴＣＧＭＧＩＳＮＲＶは、０．０１μｇ／ｍｌの低ペプチド濃度で力価を示し、やはり二相性であった（図９Ｃ）。３日間の適用アッセイにおいて、ペプチド活性は、濃度が増加すると共に有意に増大した（図９Ｆ）。
【０３７１】
（Ｆ−スポンジン）
Ｆ−スポンジン、又は血管平滑筋細胞増殖促進因子は、抗血管新生性であると予測されるトロンボスポンジンドメインを含む。Ｆ−スポンジンの２つのフラグメントが推定上の抗血管新生活性を有すると同定された。タンパク質の最初のフラグメント、ＳＥＷＳＤＣＳＶＴＣＧＫＧＭＲＴＲＱＲに関して、２日間の適用後のペプチドの活性は統計的に有意でなかった。４日後、低ペプチド濃度（０．０１μｇ／ｍｌ）で優勢である著明な活性及びペプチドの活性の二相性プロフィールへのシフトが存在した（図１０Ａ）。興味深いことに高ペプチド濃度では、３日間のアッセイの間、ペプチドは活性増大を示す（図１０Ｃ）。Ｆ−スポンジン及び／又は２番目の予測フラグメント、ＷＤＥＣＳＡＴＣＧＭＧＭＫＫＲＨＲは、４日間の適用後に最大で１０％に達する小さな活性を示す（図１０Ｂ）。２日間のアッセイの間のその活性は統計的に有意でないが（図１０Ｃ）、３日間のアッセイでは活性を示した（図１０Ｄ）。
【０３７２】
（ＣＴＧＦ）
結合組織増殖因子、ＣＴＧＦは、軟骨細胞の増殖と分化を促進するタンパク質のファミリーについての基本型である。ＣＴＧＦはまた、線維芽細胞、筋線維芽細胞、内皮及び上皮細胞を含む多くの細胞型においてヘパリン及び二価カチオン依存性細胞接着を媒介する。抗血管新生性であると予測されるペプチド（ＴＥＷＳＡＣＳＫＴＣＧＭＧＩＳＴＲＶ）は、４日間の適用後に４０％活性に達し（図１１Ａ）、活性は中間濃度（１μｇ／ｍｌ）で飽和すると思われた。２日後のペプチドの力価は低かった（図１１Ａ）。ＣＴＧＦは経時的な活性増大を示した。３日間のアッセイの結果は、２日間のアッセイで認められた結果に類似していた（図１１Ｂ）。
【０３７３】
（フィブリン６）
フィブリン３及びフィブリン５タンパク質は抗血管新生性であることが示されている。これらのフィブリンはＥＧＦスーパーファミリーに属する。免疫グロブリンスーパーファミリーに属する、フィブリン６又はヘミセンチン１は、抗血管新生活性を有すると予測される多数のＴＳＰ−１ドメインを含む。フィブリン６の２つの異なるドメインが、バイオインフォマティクス分析によって推定上の抗血管新生特性を有すると同定された。これらの１つ（ＡＳＷＳＡＣＳＶＳＣＧＧＧＡＲＱＲＴＲ）は、４日間のアッセイにおいて約３０％の活性を示した（図１２Ａ）。興味深いことに、２日間のアッセイではペプチドは二相性活性を示した。低濃度（０．１μｇ／ｍｌ）で最大活性に達したが、より低い又はより高い濃度では、活性がより低かった。３日間のアッセイの間に、ペプチドは２日後に認められたのと同様の活性を示した（すなわち０．１μｇ／ｍｌのペプチド濃度で２０％の最大値に達する二相性応答）（図１２Ｄ）。フィブリン６に由来する２番目のフラグメント（ＱＰＷＧＴＣＳＥＳＣＧＫＧＴＱＴＲＡＲ）はさらに大きな力価を示した。このフラグメントは、適用後４日目に最大活性（〜４０％）に達した（図１２Ｂ）。２番目のフラグメントはまた、４日間の適用後に二相性行動を示した。その最大活性は、テストした最も低い濃度である０．０１μｇ／ｍｌで認められた。興味深いことに、３日間のアッセイでは、ペプチド濃度の増加と共に抗血管新生活性が増大した（図１２Ｅ）。フィブリン６の３番目のフラグメント（ＳＡＷＲＡＣＳＶＴＣＧＫＧＩＱＫＲＳＲ）は３０％に達する活性によって特徴付けられた（図１２Ｃ）。濃度が増加すると共にペプチド活性が増大する、同様の応答が３日間のアッセイで認められた（図１２Ｆ）。
【０３７４】
（ＣＹＲ６１）
ＣＹＲ６１又はシステインリッチな血管新生誘導物質６１は、増殖因子誘導的最初期遺伝子によってコードされる、分泌性のシステインリッチなヘパリン結合タンパク質である。細胞外マトリックス関連シグナル伝達分子である。ＣＹＲ６１は、インテグリンとの相互作用を通して内皮細胞の接着を促進し、増殖因子誘導のＤＮＡ合成を増大させる。予測フラグメント（ＴＳＷＳＱＣＳＫＴＣＧＴＧＩＳＴＲＶ）は、内皮細胞への二相性抗増殖活性を示した。最大（３０％）活性は０．０１μｇ／ｍｌで認められた（図１３Ａ）。３日間のアッセイにおいて（図１３Ｂ）、ペプチドの活性は同様であり、０．１μｇ／ｍｌ濃度で３０％の最大活性に達した。
【０３７５】
（ＮＯＶＨ）
ＮＯＶＨ又は腎芽細胞腫（nephroblastoma）過剰発現タンパク質は、腫瘍細胞増殖の調節において役割を果たす最初期タンパク質である。ＮＯＶＨのＴＳＰ−１ドメインは、抗血管新生活性を及ぼすと予測された。予測上の抗血管新生フラグメント（ＴＥＷＴＡＣＳＫＳＣＧＭＧＦＳＴＲＶ）は、低ペプチド濃度（０．０１μｇ／ｍｌ）で２０％の最大活性に達し（図１４Ａ）、その活性はペプチド適用の４日間を通じて保持された。３日間のアッセイでは、活性は濃度と共に単調増加を示した（図１４Ｂ）。
【０３７６】
（ＵＮＣ−５Ｃ及びＵＮＣ−５Ｄ）
ＵＮＣ−５Ｃ及びＵＮＣ−５Ｄは、ネトリン受容体のＵＮＣ−５ファミリーに属する。ネトリンは、神経発生の間の軸索伸長と細胞遊走を指令する分泌タンパク質である。それらは、一部の細胞型については誘引物質として働き、別の細胞型に対しては忌避物質として働く二機能性タンパク質であり、これらの反対の作用は、２つの種類の受容体によって媒介されると思われる。ＵＮＣ−５ファミリーの受容体は、ネトリンに対する忌避応答を媒介する；それらは、細胞外領域内に２つの免疫グロブリン（Ｉｇ）様ドメインと２つのＩ型トロンボスポンジンドメイン（ＴＳＰ−１）を含む膜貫通タンパク質である。ＴＳＰ−１ドメインのフラグメントは、抗血管新生作用を及ぼすと予測される。ＵＮＣ５−Ｃに由来するフラグメント（ＴＥＷＳＶＣＮＳＲＣＧＲＧＹＱＫＲＴＲ）は、ペプチド適用の２日目には無視し得る活性しか有していなかったが、４日後には２０％活性に達した（図１５Ａ）。３日間の適用実験に関しては、ペプチド応答は、４日間の適用と同様であり、１０μｇ／ｍｌで２０％の最大値であった。３０μｇ／ｍｌでは、ペプチドの活性は４０％に増大した（図１５Ｃ）。ＵＮＣ５−Ｄからのフラグメント（ＴＥＷＳＡＣＮＶＲＣＧＲＧＷＱＫＲＳＲ）は、４日間のアッセイ全体を通じて一定な活性を有し、活性は２０％に達した（図１５Ｂ）。３日間のアッセイにおけるＵＮＣ５−Ｄの活性は、同様に二相性であったが、ここでは最大値は０．１〜１μｇ／ｍｌで３０％に達した（図１５Ｄ）。
【０３７７】
（ＳＣＯ−スポンジン）
ＳＣＯ−スポンジンは、トロンボスポンジンファミリーの類縁物質であり、交連下器官（ＳＣＯ）によって分泌される糖タンパク質に対応する。ＳＣＯ−スポンジンはまた、神経凝集を調節することが知られている。抗血管新生性であると予測されるＴＳＰ−１ペプチドフラグメント（ＧＰＷＥＤＣＳＶＳＣＧＧＧＥＱＬＲＳＲ）は、２〜４日間のアッセイの両方について高ペプチド濃度で約１５％及び３日間のアッセイについて２５％の最大効率に達する低い抗増殖活性を示した（図１６Ａ及び１６Ｂ）。
【０３７８】
（プロペルジン）
プロペルジン又はＰ因子は、先天性免疫系の選択的補体経路において活性な血漿タンパク質である。そのＴＳＰ−１ドメインからのフラグメント（ＧＰＷＥＰＣＳＶＴＣＳＫＧＴＲＴＲＲＲ）は、抗血管新生作用を及ぼすと予測された。このペプチドは、最小テスト濃度（０．０１μｇ／ｍｌ）で３０％の最大活性に達した（図１７Ａ）。４日間のペプチド適用後、二相性応答を示し、低濃度（０．０１μｇ／ｍｌ及び０．１μｇ／ｍｌ）で２０％の最大活性が認められた。３日間の増殖アッセイでは（図１７Ｂ）、活性は３０μｇ／ｍｌで有意に増大した。
【０３７９】
（Ｃ６）
免疫系の一部として機能するもう１つのタンパク質は、補体成分６タンパク質（Ｃ６）である。Ｃ６は補体カスケードの成分である。細胞膜内に侵入して、細胞の溶解を生じさせることができる膜傷害性複合体の一部である。Ｃ６が含むＴＳＰ−１ドメインの一部である、予測上の抗血管新生フラグメント（ＴＱＷＴＳＣＳＫＴＣＮＳＧＴＱＳＲＨＲ）は、細胞との４日間のインキュベーション後、高ペプチド濃度で３５％の最大活性を示した（図１８Ａ）。Ｃ６の活性は、免疫応答経路に属するその他のペプチドフラグメントである、プロペルジンにおいて認められる活性とは異なっていた。３日間のアッセイでの増殖結果（図１８Ｂ）は、２日間のアッセイで認められたものと同様であった。活性は二相性であり、中間ペプチド濃度で２５％の最大値に達した（図１８Ｂ）。
【０３８０】
（ＡＤＡＭＴＳファミリー）
ＴＳＰ−１ドメインを含み、抗血管新生作用を及ぼすと予測されるフラグメントの大きな部分が、ＡＤＡＭＴＳファミリーのタンパク質に属する。このファミリーの成員は、プロペプチド領域、メタロプロテイナーゼドメイン、ディスインテグリン様ドメイン及びトロンボスポンジン１型（ＴＳＰ−１）モチーフを含む、いくつかの異なるタンパク質モジュールを共有する。このタンパク質に属するテストしたペプチドは、トロンボスポンジン反復配列含有１タンパク質（ＴＲＳＣ１）又はＡＤＡＭＴＳ様４、ＡＤＡＭＴＳ−４、ＡＤＡＭＴＳ−８、ＡＤＡＭＴＳ−１６及びＡＤＡＭＴＳ−１８である。
【０３８１】
（ＴＲＳＣ１）
ＴＳＲＣ１又はＡＤＡＭＴＳ様４は、２日間のペプチド適用後、内皮細胞の増殖能力にごくわずかな活性を示した予測上の抗血管新生フラグメント（ＳＰＷＳＱＣＳＶＲＣＧＲＧＱＲＳＲＱＶＲ）を有するタンパク質である。４日後、中間ペプチド濃度で顕著な活性が存在した。活性プロフィールは二相性であり、０．１μｇ／ｍｌで２５％の最大値に達した（図１９Ａ）。３日間のアッセイの実験結果は（図１９Ｂ）、４日間のアッセイにおけるものと同様であった。３０μｇ／ｍｌの最高適用濃度ではペプチド活性が増大した。
【０３８２】
（ＡＤＡＭＴＳ−４）
ＡＤＡＭＴＳ−４タンパク質は、抗血管新生性であると予測されるＴＳＰ−１ドメイン（ＧＰＷＧＤＣＳＲＴＣＧＧＧＶＱＦＳＳＲ）を含む。その抗増殖活性に関してテストしたときＡＤＡＭＴＳ−４フラグメントは、４日間のペプチド適用後その最高テスト濃度（１０μｇ／ｍｌ）で３５％効力の最大値に達した（図２０Ａ）。同様の結果が３日間のアッセイで認められた（図２０Ｂ）。
【０３８３】
（ＡＤＡＭＴＳ−８）
ＡＤＡＭＴＳファミリーに属し、抗血管新生性であると予測されるＴＳＰ−１ドメインを含む２番目のタンパク質がＡＤＡＭＴＳ−８である。ＡＤＡＭＴＳ−８からのフラグメント（ＧＰＷＧＥＣＳＲＴＣＧＧＧＶＱＦＳＨＲ）は、２日間のペプチド適用後１μｇ／ｍｌ濃度で３５％の最大活性を及ぼした（図２１Ａ）。４日間のアッセイにおいても１μｇ／ｍｌで３０％の最大活性が認められた。１０μｇ／ｍｌの最大テスト濃度では、より低濃度での活性と比較してペプチドの活性が低下した。この二相性応答は、２日間、３日間及び４日間のアッセイで認められた（図２１Ａ及び２１Ｂ）。
【０３８４】
（ＡＤＡＭＴＳ−１６）
ＡＤＡＭＴＳ−１６は、抗血管新生性であると予測されるＴＳＰ−１ドメインを含むもう１つのタンパク質である。ＡＤＡＭＴＳ−１６フラグメント（ＳＰＷＳＱＣＴＡＳＣＧＧＧＶＱＴＲ）は、４日目に強い活性を示し、０．０１μｇ／ｍｌ及び０．１μｇ／ｍｌ濃度で３０％の最大値が認められる二相性応答を示した（図２２Ａ）。０．１μｇ／ｍｌ以上の濃度ではペプチドの活性が低下した。３日間のアッセイでは、３０μｇ／ｍｌの最高適用濃度でペプチド活性の増大が認められた（図２２Ｂ）。
【０３８５】
（ＡＤＡＭＴＳ−１８）
ＡＤＡＭＴＳ−１８は、その抗増殖活性に関して実験的にテストした、ＴＳＰ−１ドメインを含むもう１つのタンパク質である。ＡＤＡＭＴＳ−１８由来のフラグメント（ＳＫＷＳＥＣＳＲＴＣＧＧＧＶＫＦＱＥＲ）の活性は、ＡＤＡＭＴＳ−８の活性と同様であった（図２３Ａ）。ペプチドは、細胞との２日間のインキュベーション後、１μｇ／ｍｌで３０％の活性を示した（図２３Ａ）。ＡＤＡＭＴＳ−８に関して認められたように、１０μｇ／ｍｌでは、より低濃度での活性と比較してペプチドの活性が低下した。この二相性応答は、２日間及び４日間のアッセイで認められた。３日間のアッセイでは、最高ペプチド濃度（３０μｇ／ｍｌ）でペプチドの活性が有意に増大した。
【０３８６】
（セマフォリン）
セマフォリンは、ＴＳＰ−１ドメインを含むタンパク質のもう１つのファミリーである。セマフォリン５Ａの２つのフラグメントとセマフォリン５Ｂの１つのフラグメントが、抗血管新生活性を有すると予測された。セマフォリンは神経発生時の軸索誘導に関与し、それらの一部は抗血管新生活性を有することが示されたが、セマフォリン５Ａ及び５Ｂは抗血管新生物質として同定されていない。
【０３８７】
（セマフォリン５Ａ及び５Ｂ）
最初のセマフォリン５Ａフラグメント（ＧＰＷＥＲＣＴＡＱＣＧＧＧＩＱＡＲＲＲ）は、２日間のペプチド適用後に極めてわずかな抗増殖活性を示し、４日間のアッセイでは中間的な活性を示した。活性は、２及び４日間のアッセイに関して１μｇ／ｍｌ以上の濃度で２５％の最大値に達し（図２４Ａ）、３日間のアッセイでは３５％に達した（図２４Ｄ）。テストした２番目のセマフォリン５ＡフラグメントであるＳＰＷＴＫＣＳＡＴＣＧＧＧＨＹＭＲＴＲは、抗増殖活性を示さなかった（図２４Ｂ及び２４Ｅ）。セマフォリン５ＢフラグメントであるＴＳＷＳＰＣＳＡＳＣＧＧＧＨＹＱＲＴＲは、１０％の抗増殖活性を示した（図２４Ｃ）。３日間のアッセイにおいて同様の結果を得た（図２４Ｄ〜Ｆ）。
【０３８８】
（パピリン）
ＴＳＰ−１含有タンパク質に属するもう１つのタンパク質はパピリンである。パピリンは、発生の間に機能するプロテオグリカン様硫酸糖タンパク質である。タンパク質配列の異なるＴＳＰ−１ドメイン内に含まれるパピリンの２つのフラグメントを、内皮細胞増殖を抑制するそれらの能力に関して実験的にテストした。パピリンの最初のフラグメント、ＧＰＷＡＰＣＳＡＳＣＧＧＧＳＱＳＲＳは、３０％の強力な抗増殖活性を示した（図２５Ａ）。パピリンの２番目のフラグメント、ＳＱＷＳＰＣＳＲＴＣＧＧＧＶＳＦＲＥＲはそれほど強力でなく、ごくわずかな抗増殖活性しか示さなかった（図２５Ｂ）。３日間のアッセイにおいてもこれらのフラグメントに関して同様の結果を得た（図２５Ｃ及び２５Ｄ）。
【０３８９】
（ＡＤＡＭ）
ＴＳＰ−１ドメインを含むタンパク質のもう１つのファミリーは、ＡＤＡＭである。このファミリーの成員は、膜結合型タンパク質であり、受精、筋発達及び神経発生を含む、細胞間及び細胞−マトリックス相互作用を含む多様な生物学的過程に関係付けられてきた。ＡＤＡＭタンパク質は、ＳＨ３ドメイン含有タンパク質と相互作用し、有糸分裂停止欠損タンパク質２βに結合して、またＴＰＡが誘導する膜結合型ヘパリン結合性ＥＧＦ様増殖因子の細胞外ドメイン切断にも関与する。
【０３９０】
（ＡＤＡＭ−９）
推定上の抗血管新生フラグメントが、ＡＤＡＭ−９において同定された。タンパク質フラグメントであるＫＣＨＧＨＧＶＣＮＳＮＫＮは、約２０％の抗増殖活性を示した（図２６Ａ）。同様の活性が、３日間の増殖アッセイで認められた（図２６Ｃ）。
【０３９１】
（ＡＤＡＭ−１２）
ＡＤＡＭ−１２アイソフォーム由来のフラグメントであるＭＱＣＨＧＲＧＶＣＮＮＲＫＮは、２日目に１及び１０μｇ／ｍｌの濃度で活性を示した（図２６Ｂ）。同様の結果が３日間のアッセイで認められ、ペプチド濃度が増加すると共に活性が増大した（図２６Ｄ）。
【０３９２】
（Ｃ−Ｘ−Ｃケモカイン由来のペプチド）
Ｃ−Ｘ−Ｃケモカインに由来する６個のペプチドが、このファミリーの公知の抗血管新生タンパク質フラグメントとの類似性に基づき、抗血管新生活性を示すと予測された。
【０３９３】
（Ｇｒｏ−α／ＣＸＣＬ１）
Ｇｒｏ−α又はＣＸＣＬ１は、好中球に対する走化活性を示す。また炎症においても役割を果たし、内皮細胞へのその作用を自己分泌的に示した。抗血管新生作用を及ぼすと予測されたペプチドフラグメント（ＮＧＲＫＡＣＬＮＰＡＳＰｒＶＫＫＩＩＥＫＭＬＮＳ）は、１５％の抗増殖活性を示した。この活性は４日間のテスト中一定なままであった（図２７Ａ）。ペプチドは、０．０１及び０．１μｇ／ｍｌで最大活性を示したが、より高濃度では低い活性を示した。テストした最大ペプチド濃度、１０μｇ／ｍｌでは、その活性は統計的に有意でなかった。３日間の増殖アッセイでは、３０μｇ／ｍｌの最高テスト濃度でペプチド活性が有意に増大した（図２７Ｂ）。
【０３９４】
（Ｇｒｏ−γ／ＣＸＣＬ３）
Ｇｒｏ−γ又はＣＸＣＬ３は、Ｇｒｏ−αに対して類似の走化性を示した。予測上の抗血管新生フラグメントであるＮＧＫＫＡＣＬＮＰＡＳＰＭＶＱＫＩＩＥＫＩＬは、４日間のインキュベーション後１５％の活性を示し、さらに２日間のインキュベーションの間にわずかな活性増大を示した。最多活性は、２及び４日間のアッセイと３日間のアッセイの両方において０．０１μｇ／ｍｌの最も低い適用ペプチド濃度で認められた（図２８Ａ及び２８Ｂ）。
【０３９５】
（ＴＨＢＧ／ＣＸＣＬ７）
βトロンボグロブリン（ＴＨＢＧ）又はＣＸＣＬ７は、Ｃ−Ｘ−Ｃケモカインファミリーに属する血小板由来増殖因子である。強力な化学誘引物質であり、好中球の活性化因子である。ＤＮＡ合成、有糸分裂、解糖、細胞内ｃＡＭＰ蓄積、プロスタグランジンＥ２分泌、及びヒアルロン酸と硫酸グリコサミノグリカンの合成を含む、様々な細胞過程を刺激することが示された。ペプチドであるＤＧＲＫＩＣＬＤＰＤＡＰＲＩＫＫＩＶＱＫＫＬは、抗血管新生活性を有すると予測された。１０μｇ／ｍｌで１５％の活性を示した（図２９Ａ）。同様の活性が３日間のアッセイで認められた（図２９Ｂ）。
【０３９６】
（ＩＬ−８／ＣＸＣＬ８）
インターロイキン８（ＩＬ−８）又はＣＸＣＬ８は、炎症応答の主要メディエイタの１つである。このケモカインはいくつかの細胞型によって分泌される。化学誘引物質として機能し、また強力な血管新生因子でもある。ＩＬ−８由来のペプチドフラグメントであるＤＧＲＥＬＣＬＤＰＫＥＮＷＶＱＲＷＥＫＦＬＫは、２及び４日間のアッセイにおいてその最大適用濃度（１０μｇ／ｍｌ）で２０％の抗増殖活性を示した（図３０Ａ）。３日間のアッセイでは、その活性は３０μｇ／ｍｌでより高かった（図３０Ｂ）。
【０３９７】
（ＥＮＡ−７８／ＣＸＣＬ５）
ＥＮＡ−７８又はＣＸＣＬ５は、同じくＣ−Ｘ−Ｃケモカインファミリーに属する炎症性ケモカインである。このケモカインは、インターロイキン１（ＩＬ−１）又は腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）による刺激に応答してインターロイキン８（ＩＬ−８）に付随して生成される。このケモカインは好中球活性化に関わる強力なケモタキシンであるＥＮＡ−７８由来ペプチドであるＮＧＫＥＩＣＬＤＰＥＡＰＦＬＫＫＶＩＱＫＩＬＤは抗血管新生性であると予測された。このペプチドは、テストした最小濃度（０．０１μｇ／ｍｌ）でさえも２日目に約３０％の活性を示した（図３１Ａ）。３日間のアッセイでは、テストしたすべての濃度にわたってこの活性が再現可能であった（図３１Ｂ）。３０μｇ／ｍｌの最高濃度で、ペプチドは高い活性を示した。
【０３９８】
（ＧＣＰ−２／ＣＸＣＬ６）
Ｃ−Ｘ−Ｃケモカイン由来のフラグメントであるＣＸＣＬ６は、２〜４日間のアッセイと３日間のアッセイにおいて類似の活性を示した。ＧＣＰ−２又はＣＸＣＬ６は、抗血管新生性であると予測されたフラグメント（ＮＧＫＱＶＣＬＤＰＥＡＰＦＬＫＫＶＩＱＫＩＬＤＳ）を含む走化性タンパク質である（図２３Ａ及び２３Ｂ）。ＧＣＰ−２由来のペプチドは、２〜４日間のアッセイと３日間のアッセイの両方で二相性行動を示した。２日目に０．０１μｇ／ｍｌで３０％の活性を示した。より高いペプチド濃度では、ペプチドの活性が低下した。１０μｇ／ｍｌでは実質的に抗増殖活性を認めなかった。３日間のアッセイでは、３０μｇ／ｍｌでその活性が増大した（図３２Ｂ）。
【０３９９】
（コラーゲン由来のペプチド）
コラーゲン配列に由来する２つのペプチドの抗血管新生活性をテストした。４型コラーゲンのα６フィブリルからのペプチド及び４型コラーゲンのα５フィブリルからのペプチド。
【０４００】
（４型コラーゲンのα６フィブリル）
最初のペプチドは、４型コラーゲンのα６フィブリル（Ｃ４α６）に由来した。配列：ＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡＲＲＮＤＫＳＹＷＬを有するペプチドは、４日目に１５％の抗増殖活性を示した（図３３Ａ）。同様のプロフィールが３日間の増殖アッセイでも認められたが（図３３Ｂ）、３０μｇ／ｍｌ濃度で、ペプチド活性が８０％に増大した。
【０４０１】
（４型コラーゲンのα５フィブリル）
抗血管新生活性を有すると予測されたコラーゲン配列由来のペプチドの２番目のセットは、４型コラーゲンのα５フィブリル（Ｃ４α５）に由来した。２個のそのようなペプチドが存在した。最初のペプチドであるＬＲＲＦＳＴＭＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦは、２及び４日間の増殖アッセイに関してその最高適用濃度である１０μｇ／ｍｌで８０％の活性を示した（図３４Ａ）。３日間のアッセイでは、共通濃度に関するペプチド活性は再現可能であり、３０μｇ／ｍｌのより高い濃度でテストしたときにはさらに一層活性が増大した（図３４Ｃ）。２番目のペプチドであるＳＡＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹＡＮＳは、２又は４日目には低い活性を示したが、３日間のアッセイにおいて３０μｇ／ｍｌの最高適用濃度で活性が増大する（図３４Ｂ及び３４Ｄ）。
【０４０２】
（４型コラーゲンのα４フィブリル）
推定上の抗血管新生活性を有するコラーゲン由来のペプチドの３番目のセットは、４型コラーゲンのα４フィブリル（Ｃ４α４）に由来した。最初のペプチドであるＡＡＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨＦＦＡＮは、２日間のインキュベーション後に中間的な活性を示した（図３５Ａ）。３日間のアッセイにおいても活性は同様であったが（図３５Ｄ）、適用ペプチド濃度を増加させると共に活性が増大した。２番目のペプチドであるＬＰＶＦＳＴＬＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹは、同様の行動を示した（図３５Ｂ及び３５Ｅ）。３番目のペプチドであるＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡＱＲＮＤＲＳＹＷＬは、２又は４日目に低い抗増殖活性を示した（図３５Ｃ）。３日間のアッセイでは、その活性はより大きくなり、そしてより高いペプチド濃度で増大した（図３５Ｆ）。
【０４０３】
（メタロプロテイナーゼの組織阻害因子（ＴＩＭＰ））
メタロプロテイナーゼの組織阻害因子（ＴＩＭＰ）の配列に由来するペプチドを、テストした。ＴＩＭＰ−３に由来するペプチドであるＥＣＬＷＴＤＭＬＳＮＦＧＹＰＧＹＱＳＫＨＹＡＣＩは、抗血管新生活性を有すると予測された。このフラグメントは、２日目に最大３０％の活性を示した（図３６Ａ）。同様の応答が、３日間のアッセイの間に認められた（図３６Ｂ）。
【０４０４】
（スクランブルペプチド）
抗増殖活性が特異的であるかどうかを判定するため、スクランブルペプチドの作用を検討した。これらのペプチドは、テストしたペプチドと同じアミノ酸を含んだが、ペプチド配列内のアミノ酸の順序がランダムに入れ替えられていた。例えば、３５％の最大抗増殖活性を有する二相性応答を示した、もとの配列であるＮＧＫＱＶＣＬＤＰＥＡＰＦＬＫＫＶＩＱＫＩＬＤＳを有するＣ−Ｘ−Ｃ由来のＧＣＰ−２／ＣＸＣＬ６は、ランダム配列、ＱＤＶＦＮＫＤＧＫＶＩＬＬＳＰＱＡＩＣＬＰＫＥＫに順序変更された。また、３０％の最大抗増殖活性を示したＴＩＭＰ３由来ペプチドであるＥＣＬＷＴＤＭＬＳＮＦＧＹＰＧＹＱＳＫＨＹＡＣＩは、ＬＣＭＴＫＳＤＣＹＱＰＡＷＹＩＨＥＧＦＹＮＬＳＧへとランダムに順序変更された。これらのランダムにスクランブルされたペプチドの抗増殖作用は、２及び４日間のアッセイに関していかなる濃度でも統計的に有意ではなかった（図３７Ａ及び３７Ｂ）。
【実施例３】
【０４０５】
インビボスクリーニングの結果
指定インビボ血管新生アッセイ（ＤＩＶＡＡ）を、配列：ＳＡＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹＡＮＳを有する４型コラーゲンのα５フィブリルの抗血管新生効果をテストするために使用した。このペプチドは、インビトロアッセイにおいて、その濃度が増加すると共に増大する抗血管新生活性を示した。このペプチドは、インビトロスクリーニングアッセイでは、中間的な活性だけを示した。このペプチドを、有機溶媒を含まずに２００μｇ／ｍｌで緩衝液に可溶化した。ＤＩＶＡＡは、血管新生を検定する再現可能で定量的なインビボ法である。その方法は、一方の側が閉じられており、血管新生因子を前混合した又は血管新生因子を含まない、あるタイプの細胞外マトリックス（例えば、Ｍａｔｒｉｇｅｌ又はＢＭＥ−基底膜抽出物）を満たした２０μｌ容積のシリコンシリンダーの調製を含む。次にこれらのアンギオリアクターを、マウスの背側腹部に皮下移植した。血管新生の開始に伴って、血管内皮細胞が細胞外マトリックス内に移動し、アンギオリアクターにおいて脈管を形成する。早くも移植後９日目に、血管新生調節因子に対する有効な用量応答を測定するために十分な細胞が存在するようになる。
【０４０６】
ＤＩＶＡＡアンギオリアクターのセットを、調製した。それらの各々を、ペプチドと増殖因子を含む基底膜抽出物（細胞外マトリックス）で満たした。使用した基底膜抽出物は、エンゲルブレスホルムスワム（Engelbreth-Holm-Swarm, EHS）腫瘍から精製された可溶性形態の基底膜、Ｃｕｌｔｕｒｅｘ（登録商標）（Trevigen, Inc., Gaithersburg, MD）であった。抽出物は、３７℃でゲル化して再構成基底膜を形成する。基底膜抽出物の主要成分には、ラミニンＩ、ＩＶ型コラーゲン、エンタクチン及びヘパラン硫酸プロテオグリカンを含む。使用した抽出物は、増殖因子不含であった。これは、マトリックスが、外因性に適用されるいかなる固有の増殖因子も含まないことを意味する。陽性対照として、製造者の指示に従って（Trevigen, Inc., Gaithersburg, MD）、基底膜抽出物２００μｌにつきｂＦＧＦ３７．５ｎｇ及びＶＥＧＦ１２．５ｎｇを用いた。陰性対照として、低い増殖因子だけを含むバイオリアクター基底膜抽出物を使用した。ペプチド適用のために、細胞外マトリックスを陽性対照成分（マトリックス２００μｌにつきｂＦＧＦ３７．５ｎｇ及びＶＥＧＦ１２．５ｎｇ、及び２００μｇ／ｍｌの４型コラーゲンのα５フィブリルペプチド（配列：ＳＡＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹＡＮＳ））と混合した。各条件及び各マウスにつき２つのリアクターを使用した。各々の条件を４回反復した。ＤＩＶＡＡリアクターを、Ｃ５７ＢＬ／６雌性マウスの腹部に皮下移植した。各マウスにつき２つのアンギオリアクターを、腹部の各々の側に１つずつ移植し、テストした条件につき４匹のマウスを使用した。
【０４０７】
移植の１１日後、マウスを犠牲にし、それらの腹部からアンギオリアクターを取り出した。図３８Ａは、各々の条件についてのアンギオリアクターからのマイクロ写真を示す。陰性対照で認められたよりも少ない内皮細胞が、阻害性ペプチドを含む細胞外マトリックスに浸潤した。左端のパネルには、良好に発達した血管系を有する陽性対照アンギオリアクターが示されている。真ん中のパネルには阻害性ペプチドを含むアンギオリアクター、及び右側には陰性対照が示されている。この図は、ペプチドが血管新生を強力に阻害したことを示す。
【０４０８】
血管新生浸潤の定量的評価を得るため、アンギオリアクターの内容物をシリンダーから取り出し、ＦＩＴＣ−レクチンを使用して内皮細胞を染色した（図３８Ａ）。ひとたびチューブがマウスから取り出されれば、アンギオリアクターの内部を、細胞外マトリックス消化溶液、Ｃｅｌｌｓｐｅｒｓｅ（Trevigen,Inc.,Gaithersburg,MD）として市販されている３６ｋＤａのバチルス菌由来の中性メタロプロテイナーゼ３００μｌで洗浄し、リアクターの内容物及び洗浄液をマイクロチューブに移した。１時間のインキュベーション後、チューブを室温にて２５０×ｇで５分間遠心分離した。細胞ペレットと不溶性分画を保持した。細胞表面受容体を回復させるためペレットを完全細胞培地（ＥＧＭ−２、Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ）５００μｌに再懸濁し、３７℃で１時間インキュベートした。次に細胞ペレットを収集するため、細胞を室温にて２５０×ｇで５分間遠心分離した。ペレットをＦＩＴＣ−レクチン溶液に再懸濁し、４℃で一晩インキュベートした。
【０４０９】
ＦＩＴＣ−レクチン溶液の蛍光を、蛍光プレートリーダー（Ｖｉｃｔｏｒ  ３Ｖ，Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）を使用して４８５ｎｍ励起及び５１０ｎｍ発光で蛍光を測定することによって定量した。シグナルの強度は、アンギオリアクター内に存在する内皮細胞の数に直接比例した。結果を、１００％が陽性対照の平均値を表わすようにパーセンテージスケールで測定した（図３８Ｂ）。
【実施例４】
【０４１０】
（ペプチドモチーフの解析）
予測ペプチドの配列との多重配列アラインメントを実施することにより、多くの配列に共通する特定モチーフの保存が認められた。多重配列アラインメントは、異なるファミリーに属するペプチドの配列に対して、ＣｌｕｓｔａｌＷアルゴリズムを用いて実施した。アラインメントを実施するためには、ある特定の重要な数のペプチド配列が必要である。したがって検討するファミリーは、トロンボスポンジン１含有ペプチド及びＣ−Ｘ−Ｃケモカインファミリーに属するペプチドである。この解析をコラーゲン及びＴＩＭＰのファミリーにも拡大した。モチーフを表わすため、共通するアミノ酸の１文字略語、及び共通文字に介在する非共通アミノ酸を表わすために「Ｘ」の文字を使用する。間に２個以上の非共通アミノ酸が存在する場合、「Ｘ」の文字の後に非共通アミノ酸の数を示す。例えば、２つの保存された文字の間に３個の非共通アミノ酸が存在する場合、これは「ａ−Ｘ３−ｂ」と表わされ、ａとｂは保存された残基である。この表示法を、モチーフを表わすために一般的に使用する。
【０４１１】
最初に、実験的に明らかにされた抗血管新生活性を示すペプチドとの多重配列アラインメントを実施した。実験的にテストしたフラグメントについて算定されたモチーフが、抗血管新生予測ペプチドのすべてにおいて保存され、再現されるかどうかを調べるため、この算定を、その後、理論上の予測フラグメントすべてに拡大した。この解析の結果を、タンパク質ファミリーごとにまとめる。
【０４１２】
（トロンボスポンジン１（ＴＳＰ−１）ドメイン含有ペプチド）
３１個の予測されて実験的にテストされたＴＳＰ−１含有の短いペプチドの中から２９個が、非共通端を除去した後のＸ２−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ３−Ｃ−Ｘ２−Ｇ−Ｘ７又はＷ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ３−Ｃ−Ｘ２−Ｇの広範囲の４残基共通モチーフを共有し、一般的なＴＳＰ−１含有２０量体を生じた（図３９）。モチーフの最初のシステインに続く最初のアミノ酸、又は配列の７番目のアミノ酸は、Ｔ、Ｓ及びＮの間で変化し得る。したがってこのモチーフのより一般的な表示は、Ｘ２−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−（Ｔ／Ｓ／Ｎ）−Ｘ２−Ｃ−Ｘ２−Ｇ−Ｘ７であり、トレオニン又はセリンが７番目のアミノ酸位置にいて最も存在率の高い変化である。
【０４１３】
予測ペプチドの配列の間で共通する保存されたアミノ酸の閾値を変化させることにより、広範囲の４文字モチーフを上回る長さの個別共通モチーフを有するペプチドファミリーのサブセットが同定される。閾値は、共通モチーフを共有するペプチドのパーセンテージと定義される。そのようなペプチドの小群は、７個のアミノ酸長の共通モチーフを有する１８個のＴＳＰ−１含有予測ペプチドからなるものである（６０％閾値）。そのモチーフは、Ｘ２−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｓ−Ｘ２−Ｃ−Ｇ−Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｒ−Ｘ３である。共通変化は１９番目のアミノ酸で起こり、アルギニン又はバリンのいずれかであり得、アルギニンが最も存在率の高いアミノ酸である。その場合モチーフは、Ｘ２−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｓ−Ｘ２−Ｃ−Ｇ−Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｒ−Ｘ１−（Ｒ／Ｖ）−Ｘｌと表記される。同様に９番目のアミノ酸は、アルギニン、セリン又はトレオニンのいずれかによって変化し得る。その場合モチーフは、Ｘ２−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｓ−Ｘ１−（Ｓ／Ｒ／Ｔ）−Ｃ−Ｇ−Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−Ｒ−Ｘ１−（Ｒ／Ｖ）−Ｘｌと表わすことができ、トレオニンが最も存在率の高いアミノ酸である（図４０Ａ）。同様に４５％閾値で１３の配列に共通するもう１つのモチーフは、５文字モチーフＸ１−Ｐ−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ３−Ｃ−Ｘ２−Ｇ−Ｘ７である。このモチーフの共通変化は、（Ｓ／Ｇ／Ｑ）−Ｐ−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−（Ｔ／Ｓ）−Ｘ２−Ｃ−（Ｇ／Ｓ）−Ｘ１−Ｇ−Ｘ３−（Ｒ／Ｓ）−Ｘ３と表記することができる（図４０Ｂ）。
【０４１４】
予測フラグメントの配列内に存在するモチーフを算定することに加えて、モチーフが推定された２９のペプチド配列内に存在する可能なアミノ酸すべてを解析することができる。すべての可能な置換を有するこの２０量体を、各々のアミノ酸が２９の配列内に存在する頻度と共に以下の表（表４）に示す。
【０４１５】
【表４】
2009512423.tif 000017
【０４１６】
上記モチーフは、両方のＴＳＰ−１含有タンパク質について、既に増殖アッセイにおいて実験的にテストしたペプチドフラグメントの配列から同定された。配列のグループ内のモチーフの同定のための特異的アプローチは、すべての理論的に予測される抗血管新生フラグメントの場合に一般化できる。ＴＳＰ−１含有フラグメントに関して、多重配列アラインメント評価を反復するが、ここでは理論的に予測されるフラグメント全部が含まれる。
【０４１７】
すべての理論的に予測されるＴＳＰ−１含有タンパク質の場合に関して、多重配列アラインメントは、すべてのテスト配列の９７％において共通モチーフを生成した。このモチーフは、上述したように、Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ３−Ｃ−Ｘ２−Ｇ（図４１）であり、一般的２０量体はＸ２−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ３−Ｃ−Ｘ２−Ｇ−Ｘ７と表わすことができる。このモチーフがＴＳＰ−１ドメインだけの特徴ではない、言い換えるとＴＳＰ−１タンパク質の指紋（signature）ドメインでないことは興味深い。むしろ、抗血管新生活性に関連するＴＳＰ−１タンパク質のサブセットだけでなく、抗血管新生活性に関連する２型トロンボスポンジン含有タンパク質（ＴＳＰ−２）内にも存在する。したがって、Ｗ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ３−Ｃ−Ｘ２−Ｇモチーフは、少なくとも２つのタンパク質ファミリー（すなわちＴＳＰ−１及びＴＳＰ−２含有タンパク質）にわたる抗血管新生活性に結びつく。さらに、実験的にテストしたフラグメントと理論的に予測されたフラグメントの両方において、モチーフの最初のシステインに続くアミノ酸は、Ｔ、Ｓ及びＭの間で変化し得る。したがってモチーフのより詳細な表示は、Ｗ−Ｘ２−Ｃ−（Ｔ／Ｓ／Ｎ）−Ｘ２−Ｃ−Ｘ２−Ｇであり、セリンとトレオニンが第一システインに続く位置の主要アミノ酸である。
【０４１８】
共通変化は、２０量体の１９番目のアミノ酸で起こり、アルギニン又はバリンのいずれかであり、アルギニンが最も存在率の高いアミノ酸である。その場合、モチーフは、Ｘ２−Ｗ−Ｘ２−Ｃ−（Ｔ／Ｓ／Ｎ）−Ｘ２−Ｃ−Ｘ２−Ｇ−Ｘ５−（Ｒ／Ｖ）−Ｘと表記される。
【０４１９】
（Ｃ−Ｘ−Ｃケモカインに由来するペプチド）
６個の予測されて実験的にテストされたＣ−Ｘ−Ｃケモカインに基づき、それらのすべてが、６個のアミノ酸の共通モチーフを含む。このモチーフは、Ｘ−Ｇ−Ｘ３−Ｃ−Ｌ−Ｘ−Ｐ−Ｘ１０−Ｋ−Ｘ−Ｌと表わすことができる（図４２）。予測フラグメントの配列内で起こる共通変化はわずかしかない。それらすべての場合について、モチーフは（Ｎ／Ｄ）−Ｇ−（Ｒ／Ｋ）−Ｘ２−Ｃ−Ｌ−（Ｎ／Ｄ）−Ｐ−Ｘ２−（Ｐ／Ｎ）−Ｘ２−（Ｋ／Ｑ）−（Ｋ／Ｑ）−（Ｉ／Ｖ）−（Ｉ／Ｖ）−（Ｅ／Ｑ）−Ｋ−Ｘ−Ｌと書き改めることができる。
【０４２０】
すべての可能な置換を含む予測上のＣ−Ｘ−Ｃケモカインの一般的２２量体を、以下の表（表５）に示す。
【０４２１】
【表５】
2009512423.tif 000018
【０４２２】
理論的に予測されるＣ−Ｘ−Ｃケモカインのすべてを使用して算定を反復した。これらの算定はまた、ごくわずかな変化を有する実験的にテストした短いフラグメントによって予測されたようにＸ−Ｇ−Ｘ３−Ｃ−Ｌ−Ｘ−Ｐ−Ｘｌ０−Ｋ−Ｘ−Ｌモチーフを、同定した（図４３）。
【０４２３】
理論的に予測されるＣ−Ｘ−Ｃケモカインすべてが、以下のように表記できる一般的２２量体を含む：
（Ｎ／Ｄ／Ｋ）−Ｇ−Ｘ３−Ｃ−Ｌ−（Ｐ／Ｎ）−（Ｐ／Ｌ）−Ｘ５−（Ｋ／Ｑ）−（Ｋ／Ｒ／Ｎ）−（Ｉ／Ｖ／Ｌ）−（Ｉ／Ｖ／Ｌ）−Ｘ６。
この解析は、より長い予測フラグメントの抗血管新生活性が、上記で同定したモチーフが存する部位に局在化されることを示す。
【０４２４】
（コラーゲン由来ペプチド）
Ｃ−Ｘ−Ｃケモカインにおける抗血管新生モチーフを同定するために使用したのと同じ手順が、コラーゲン関連フラグメントに存在する抗血管新生モチーフを同定するために使用できる。すべての理論的に予測されるフラグメントを使用して、２つの主要抗血管新生モチーフを同定した。最も豊富で十分に特性決定されているものは、保存された４個のアミノ酸反復配列：Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃを含む（図４４Ａ）。さらに２つのモチーフのセットを、図４４Ｂと４４Ｃに示す。４文字モチーフは、Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃ−Ｘ２−Ａ−Ｘ−Ｒ−Ｎ−Ｄ−Ｘ−Ｓ−Ｙ−Ｗ−Ｌの上流に出現する（図４４Ｂ）。４残基モチーフは、Ｌ−Ｘ２−Ｆ−Ｓ−Ｔ−Ｘ−Ｐ−Ｆ−Ｘ２−Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃモチーフの下流に出現する（図４４Ｃ）。
【０４２５】
上記７量体に加えて、コラーゲン由来ペプチドのより小さなサブセットに存在するもう１つのモチーフがある。それらのペプチドは、Ｃ−Ｎ−Ｘ３−Ｖ−Ｃを含まない。このモチーフは、一般配列：Ｘ２−Ｐ−Ｆ−Ｘ−Ｅ−Ｃ−Ｘ−Ｇ−Ｘ５−Ａ−Ｎによって表わされる。共通修飾は、配列：Ｘ２−Ｐ−Ｆ−（Ｉ／Ｌ）−Ｅ−Ｃ−Ｘ−Ｇ−Ｘ−（Ｒ／Ｇ）−Ｘ−（Ｙ／Ｆ）−（Ｙ／Ｆ）−Ａ−Ｎによって表わすことができる（図４５）。
【０４２６】
（ＴＩＭＰに由来するペプチド）
最後に、メタロプロテイナーゼの組織阻害因子に由来するペプチド内に認められるモチーフを同定した。使用したペプチドには、抗血管新生活性を有することが示された、ＴＩＭＰ−２のループ６フラグメントを含んだ。この解析は、図（図４６）に示すように配列Ｅ−Ｃ−Ｌ−Ｗ−Ｘ−Ｄ−Ｘ８−Ｇ−Ｘ−Ｙ−Ｘ５−Ｃを有するモチーフが、ＴＩＭＰペプチド内に存在することを示した。
【０４２７】
クリングル含有ペプチド及びソマトトロピンについては、抗血管新生モチーフは今までのところ同定されていない。
【実施例５】
【０４２８】
遊走実験の結果
作用物質の抗血管新生活性の重要な成分は、増殖因子のような、存在する誘引物質へと向かう内皮細胞遊走を低下させるその能力である。内皮細胞の運動性又は遊走は、改良ボイデンチャンバー手法を用いて評価することができる（Auerbach et al., Cancer Metastasis Rev, 19:167-72, 2000; Auerbach et al., Clin Chem, 49:32-40, 2003; Taraboletti and Giavazzi, Eur J Cancer, 40:881-9, 2004）。
【０４２９】
この実施例では、活性化因子の存在下でチャンバーの一方の側からの内皮細胞遊走をテストするために改良ボイデンチャンバーアッセイを使用した。簡単に述べると、ボイデンチャンバーの下方の区画を、細胞の能動的通過だけを許容するのに十分なほど小さい細孔（細孔径３μｍ）を有するラミニン被覆ポリカーボネートフィルターによって上方の区画（内皮細胞を含む）から分離した。細胞をチャンバーの上方区画に適用した。細胞接種密度は３００，０００細胞／ｍｌであった。一般的には、２５，０００〜３０，０００細胞の集団を各々のウエルに適用した。活性化因子は、血管内皮増殖因子及び線維芽細胞増殖因子２又は順化培地（例えば、腫瘍細胞又はＮＩＨ−３Ｔ３線維芽細胞からの）などの増殖因子を含むが、これらに限定されるものではない。本実施例では、ＶＥＧＦを活性化因子として使用し、増殖因子及び無血清培地に適用した。下方チャンバーに適用した活性化因子の濃度は、２０ｎｇ／ｍｌである。活性化因子を単独で陽性対照として適用した。テストする抗血管新生ペプチドを、無血清培地中２０ｎｇ／ｍｌの活性化因子と共に、３０μｇ／ｍｌで下方チャンバーに適用した。陰性対照として、無血清の増殖因子不含培地だけを適用した。一般的には４〜２０時間以内に、測定を行うのに十分な数の細胞がフィルターを通して遊走した。この実施例では、細胞を１６時間遊走させた。
【０４３０】
遊走細胞の数を、細胞透過性蛍光染料を使用して定量した。蛍光の量を測定し、それを細胞数に直接相関させることによって遊走細胞を定量するために蛍光プレートリーダーを使用した。細胞遊走の低下は血管新生を阻害するペプチドを同定する。本実施例では、実験終了の９０分前にカルセイン染料で細胞を染色した。カルセインは内皮細胞によってインターナリゼーションされ、下方チャンバーへと移動した細胞を、蛍光プレートリーダー（Ｖｉｃｔｏｒ  ３Ｖ，Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）を使用して４８５ｎｍ励起及び５１０ｎｍ発光で蛍光を測定することによって計数した。ウエルは蛍光不透過性であり、したがって下方チャンバーに移動した細胞からの蛍光放出だけが測定された。シグナルの強度は下方チャンバー内に存在する内皮細胞の数に直接比例した。１００％が、細胞がＶＥＧＦの存在下で遊走する陽性対照の平均値を表わすように結果を測定した（図４７）。テストしたペプチドの大部分は、２０ｎｇ／ｍｌＶＥＧＦの存在下で内皮細胞の遊走を有意に低下させた。適用したペプチドは、Ｃ４α６（ＹＣＮＩＮＥＶＣＨＹＡＲＲＮＤＫＳＹＷＬ）、Ｃ４α５（ＬＲＲＦＳＴＭＰＦＭＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦ）、ＴＩＭＰ３（ＥＣＬＷＴＤＭＬＳＮＦＧＹＰＧＹＱＳＫＨＹＡＣＩ）、Ｃ４α５（ＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡＳＲＮＤＹＳＹＷＬ）、Ｃ４α６（ＡＴＰＦＩＥＣＳＧＡＲＧＴＣＨＹＦＡＮ）、Ｃ４α４（ＡＡＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨＦＦＡＮ）、Ｃ４α４（ＬＰＶＦＳＴＬＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹ）、Ｃ４α４（ＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡＱＲＮＤＲＳＹＷＬ）、Ｃ４α５（ＳＡＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹＡＮＳ）、ＴＩＭＰ４（ＥＣＬＷＴＤＷＬＬＥＲＫＬＹＧＹＱＡＱＨＹＶＣＭ）であった。
【０４３１】
（長いペプチドの分析）
上記固相合成手法を用いて生産される予測上の短いペプチドフラグメントとは別に、５５〜１３４個のアミノ酸に及ぶ長さを有する予測上の抗血管新生フラグメントの集団が存在する。公知の抗血管新生ペプチドの性質に基づき、抗血管新生活性を有する約２５個のアミノ酸の短いドメインがこれらの長い配列内に存すると予想される。抗血管新生活性が局在するこのドメインを同定するため、プロテオミクスアプローチにおいて使用されるものに類似した「ショットガン」法を、最初に予測された長いフラグメントのより短いドメイン内で活性を局在化するために使用する。このショットガンアプローチによれば、長い配列の各々を、約２５個のアミノ酸長の多数の連続的な短いフラグメントに分割する。活性ドメインがこれらのフラグメントの間に存する可能性を明らかにするため、連続的なペプチドは、１０〜１５個のアミノ酸長の共通配列と重複している。したがって、より短いペプチドで予測上の長いペプチドの配列全体を効率よくカバーすることができる。しかし、この方法は時間と費用がかかる。
【０４３２】
長いフラグメントの活性ドメインを同定し、局在化するためのより体系的なアプローチは、ペプチドの物理化学的性質とより短いフラグメントのスクリーニングの結果を組み合わせることによって達成される。定義による潜在（cryptic）フラグメントは、残りのタンパク質環境から離れてタンパク質の三次元構造の中に隠されている配列からなる。水性環境に暴露されていないタンパク質の配列の部分は疎水性である。おそらく水性環境から隠されている潜在フラグメントは、疎水性であるか又は部分的に疎水性である。したがって、進化的に周囲の環境から隠されている、潜在フラグメントの活性ドメインは、主として疎水性であると考えられる。この仮説に基づき、より大きな予測フラグメントの配列内の活性ドメインの位置は、これらの大きなフラグメントの疎水性を計算することによって同定される。活性ドメインは、配列が疎水性である位置に局在する可能性が極めて高い。これらの方法を用いて、抗血管新生活性を有する配列を予測フラグメントのより大きな配列内で局在化する。
【０４３３】
疎水性に関する情報に加えて、活性であることがテストされており、特異的な保存されたドメインを含む又はその一部である短いペプチドの配列からの情報が、同じ保存されたドメインを含むより長いフラグメントの活性ドメインを同定するために、使用できる。活性であることが示されるより短いフラグメントの配列を有する長い予測ペプチドの配列に対して多重配列アラインメントを実施することにより、ペプチドの２つの集団内で共通する特異的モチーフの保存を検討することができる。そのようなモチーフが存在し、それら２つの集団の間で共通する場合、より長いフラグメントにおける共通モチーフの位置を活性ドメインの位置と直接関連付けることができる。そこから、長いフラグメントにおいて共通モチーフの周囲の配列を検討し、活性ドメインの位置を同定することができる。
【０４３４】
（他の実施形態）
上記の説明から、本発明を様々な用途及び条件に適合させるために、ここで述べる本発明に変更及び修正を加え得ることは明白である。そのような実施形態も、本発明の特許請求の範囲の範囲内である。
【０４３５】
ここでの変量の定義における要素のリストの詳細は、単一要素として又は列挙される要素の組合せ（又はサブコンビネーション）としてのその変量の定義を包含する。ここでの実施形態の列挙は、単一実施形態として又は何らかの他の実施形態若しくはその部分との組合せでの実施形態を包含する。
【０４３６】
本明細書において言及するすべての特許及び特許公開は、各々の独立した特許及び特許公開が特定して個別に、参照して組み込まれることが示されているごとくに、参照により本明細書に組み込まれる。
【図面の簡単な説明】
【０４３７】
【図１】図１は、種々のＩ型トロンボスポンジン（ＴＳＰ１）保存ドメインについての評価された（ｓｃａｌｅｄ）類似性スコア（ビット）を示す。問い合わせドメイン（垂直方向に位置するドメイン）と様々なタンパク質の対応するドメイン（水平方向に位置するドメイン）の間の類似性を算定する。４５％以上と採点される類似性を、図に示すようにグレースケールに色分けしている。
【図２】図２Ａ〜２Ｅは、共通の保存されたドメインの存在に基づいて分類される種々のタンパク質のファミリーについての評価された類似性スコア（ビット）を示す。図２Ａは、ＣＸＣの保存されたドメインを含むタンパク質についてのスコアを示す。図２Ｂは、ＩＶ型コラーゲンドメインを含むタンパク質についてのスコアを示す。図２Ｃは、セルピンファミリーの属するタンパク質についてのスコアを示す。図２Ｄは、クリングル含有タンパク質についてのスコアを示す。図２Ｅは、ソマトトロピンホルモンの保存されたドメインを含むタンパク質についてのスコアを示す。図１におけるように、問い合わせドメイン（垂直方向に位置するドメイン）と様々なタンパク質の対応するドメイン（水平方向に位置するドメイン）の間の類似性を算定する。４５％以上と採点される類似性をグレースケールに示す。
【図３】図３は、インビトロでの細胞増殖アッセイにおいて４つの異なる濃度でヒト臍帯静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）培養に適用した４型コラーゲンのα５フィブリルに由来するペプチドについての例示的な光学密度読み取りを示すグラフである。
【図４】図４は、インビトロでの細胞増殖アッセイにおいて４つの異なる濃度でＨＵＶＥＣ細胞培養に適用した図３の例示的ペプチドの活性を示すグラフである；活性は、陰性対照（細胞培養に完全培地だけを適用）からの光学密度測定値を０％とし、陽性対照（完全培地と１００ｎｇ／ｍｌのＴＮＰ−４７０を適用）からの光学密度測定値を１００％として評価する。その後のインビトロ増殖の結果はすべてこの方式で示している。
【図５】図５Ａ及び５Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＴＨＳＤ−１の活性を示すグラフである。
【図６】図６Ａ及び６Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＴＨＳＤ−３の活性を示すグラフである。
【図７】図７Ａ及び７Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＴＨＳＤ−６の活性を示すグラフである。
【図８】図８Ａ及び８Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＣＬＩＰの活性を示すグラフである。
【図９】図９Ａ〜９Ｆは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＷＩＳＰアイソフォームの活性を示すグラフである。図９Ａ及び９Ｄは、ＷＩＳＰ−１由来ペプチド、ＳＰＣＳＴＳＣＧＬＧＶＳＴＲＩの活性を示す。図９Ｂ及び９Ｅは、ＷＩＳＰ−２由来ペプチド、ＴＡＷＧＰＣＳＴＴＣＧＬＧＭＡＴＲＶの活性を示す。図９Ｃ及び９Ｆは、ＷＩＳＰ−３由来ペプチド、ＴＫＷＴＰＣＳＲＴＣＧＭＧＩＳＮＲＶの活性を示す。
【図１０】図１０Ａ〜１０Ｄは、インビトロ細胞増殖アッセイにおける２つのＦ−スポンジンフラグメントの活性を示すグラフである。
【図１１】図１１Ａ及び１１Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＣＴＧＦの活性を示すグラフである。
【図１２】図１２Ａ〜１２Ｆは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるフィブリン６の３つのフラグメントの活性を示すグラフである。図１２Ａ及び１２Ｄは、フィブリン６のＡＳＷＳＡＣＳＶＳＣＧＧＧＡＲＱＲＴＲフラグメントについての活性プロフィールを示す。図１２Ｂ及び１２Ｅは、フィブリン６のＱＰＷＧＴＣＳＥＳＣＧＫＧＴＱＴＲＡＲフラグメントについての活性プロフィールを示す。図１２Ｃ及び１２Ｅは、フィブリン６のＳＡＷＲＡＣＳＶＴＣＧＫＧＩＱＫＲＳＲフラグメントの活性プロフィールを示す。
【図１３】図１３Ａ及び１３Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＣＹＲ６１の活性を示すグラフである。
【図１４】図１４Ａ及び１４Ｂは、２及び４日間のペプチド適用後のＮＯＶＨの活性を示すグラフである。
【図１５】図１５Ａ〜１５Ｄは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＵＮＣ−５の２つのアイソフォームの活性を示すグラフである。図１５Ａ及び１５Ｃは、ＵＮＣ５−ＣのＴＥＷＳＶＣＮＳＲＣＧＲＧＹＱＫＲＴＲフラグメントについての活性プロフィールを示す。図１５Ｂ及び１５Ｄは、ＵＮＣ５−ＤのＴＥＷＳＡＣＮＶＲＣＧＲＧＷＱＫＲＳＲフラグメントについての活性プロフィールを示す。
【図１６】図１６Ａ及び１６Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＳＣＯ−スポンジンの活性を示すグラフである。
【図１７】図１７Ａ及び１７Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるプロペルジンの活性を示すグラフである。
【図１８】図１８Ａ及び１８Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＣ６の活性を示すグラフである。
【図１９】図１９Ａ及び１９Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＴＳＲＣ１の活性を示すグラフである。
【図２０】図２０Ａ及び２０Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＡＤＡＭＴＳ−４の活性を示すグラフである。
【図２１】図２１Ａ及び２１Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＡＤＡＭＴＳ−８の活性を示すグラフである。
【図２２】図２２Ａ及び２２Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＡＤＡＭＴＳ−１６の活性を示すグラフである。
【図２３】図２３Ａ及び２３Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＡＤＡＭＴＳ−１８の活性を示すグラフである。
【図２４】図２４Ａ〜２４Ｆは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるセマフォリン５Ａ及び５Ｂ由来ペプチドの活性を示すグラフである。図２４Ａ、Ｄは、セマフォリン５ＡのＧＰＷＥＲＣＴＡＱＣＧＧＧＩＱＡＲＲＲフラグメントについての活性プロフィールを示す。図２４Ｂ、Ｅは、セマフォリン５ＡのＳＰＷＴＫＣＳＡＴＣＧＧＧＨＹＭＲＴＲフラグメントについての活性プロフィールを示す。図２４Ｃ、Ｆは、セマフォリン５ＢのＴＳＷＳＰＣＳＡＳＣＧＧＧＨＹＱＲＴＲフラグメントの活性プロフィールを示す。
【図２５】図２５Ａ〜２５Ｄは、インビトロ細胞増殖アッセイにおける２つの異なるパピリンフラグメントの活性を示すグラフである。図２５Ａ及び２５Ｃは、第一フラグメントＧＰＷＡＰＣＳＡＳＣＧＧＧＳＱＳＲＳについての活性を示す。図２５Ｂ及び２５Ｄは、第二フラグメントＳＰＷＴＫＣＳＡＴＣＧＧＧＨＹＭＲＴＲについての活性を示す。
【図２６】図２６Ａ〜２６Ｄは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＡＤＡＭ−９及びＡＤＡＭ−１２に由来するフラグメントの活性を示すグラフである。
【図２７】図２７Ａ及び２７Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＧｒ−αの活性を示すグラフである。
【図２８】図２８Ａ及び２８Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＧｒ−γの活性を示すグラフである。
【図２９】図２９Ａ及び２９Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＴＨＢＧの活性を示すグラフである。
【図３０】図３０Ａ及び３０Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＩＬ−８フラグメントの活性を示すグラフである。
【図３１】図３１Ａ及び３１Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＥＮＡ−７８フラグメントの活性を示すグラフである。
【図３２】図３２Ａ及び３２Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＧＣＰ−２フラグメントの活性を示すグラフである。
【図３３】図３３Ａ及び３３Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＣ４−α６フラグメントの活性を示すグラフである。
【図３４】図３４Ａ〜３４Ｄは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＣ４−α５フラグメントの活性を示すグラフである。
【図３５】図３５Ａ〜３５Ｆは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＣ４−α４フラグメントの活性を示すグラフである。
【図３６】図３６Ａ及び３６Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおけるＴＩＭＰ−３フラグメントの活性を示すグラフである。
【図３７】図３７Ａ及び３７Ｂは、インビトロ細胞増殖アッセイにおける２つのスクランブルペプチドの活性を示すグラフである。
【図３８】図３８Ａ及び３８Ｂは、皮下移植した基底膜抽出物を満たしたＤＩＶＡＡアンギオリアクターを用いた実験での、Ｃ５７ＢＬ／６マウスにおけるインビボでの血管新生阻害を示す。
【図３９】図３９は、実験的に検討したＴＳＰ−１含有タンパク質全部において共通の４文字モチーフを示す。
【図４０】図４０は、６０％（Ａ）及び４５％（Ｂ）の閾値を用いた、ＴＳＰ−１含有ペプチドの共通モチーフを示す。
【図４１】図４１は、理論的に予測されるＴＳＰ−１含有タンパク質全部において共通の４文字モチーフを示す。影をつけた挿入部分において、予測モチーフはＴＳＰ−２ドメイン内でも同定される。
【図４２】図４２は、実験的に検討したＣ−Ｘ−Ｃ含有タンパク質全部において共通の６文字モチーフを示す。
【図４３】図４３は、理論的に予測される抗血管新生Ｃ−Ｘ−Ｃ含有タンパク質全部において共通のモチーフを示す。
【図４４】図４４Ａ〜４４Ｃは、理論的に予測される抗血管新生コラーゲン由来のペプチドフラグメントにおいて最も豊富なモチーフを示す。図４４Ｂ及び４４Ｃは、豊富な７量体をペプチド配列内で下流（Ｂ）又は上流（Ｃ）にシフトしたときの新規モチーフを示す。
【図４５】図４５は、コラーゲン由来ペプチドフラグメントの配列内のより共通でないモチーフを示す。
【図４６】図４６は、ＴＩＭＰに由来する予測上の抗血管新生フラグメント全部に共通のモチーフを示す。
【図４７】図４７は、改良ボイデンチャンバーを用いたＨＵＶＥＣの遊走への適用ペプチドの作用を示す。細胞を１６時間遊走させた。適用したペプチドは、Ｃ４α６（ｓｅｑ．ｌ）：ＹＣＮＴＮＥＶＣＨＹＡＲＲＮＤＫＳＹＷＬ、Ｃ４α５（ｓｅｑ．ｌ）：ＬＲＲＦＳＴＭＰＦＭＦＣＮＪＮＮＶＣＮＦ、ＴＩＭＰ３：ＥＣＬＷＴＤＭＬＳＮＦＧＹＰＧＹＱＳＫＨＹＡＣＩ、Ｃ４α５（ｓｅｑ．２）：ＦＣＮＩＮＮＶＣＮＦＡＳＲＮＤＹＳＹＷＬ、Ｃ４α６（ｓｅｑ．２）：ＡＴＰＦＩＥＣＳＧＡＲＧＴＣＨＹＦＡＮ、Ｃ４α４（ｓｅｑ．ｌ）：ＡＡＰＦＬＥＣＱＧＲＱＧＴＣＨＦＦＡＮ、Ｃ４α４（ｓｅｑ．２）：ＬＰＶＦＳＴＬＰＦＡＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹ、Ｃ４α４（ｓｅｑ．３）：ＹＣＮＩＨＱＶＣＨＹＡＱＲＮＤＲＳＹＷＬ、Ｃ４α５（ｓｅｑ．３）：ＳＡＰＦＩＥＣＨＧＲＧＴＣＮＹＹＡＮＳ、ＴＩＭＰ４：ＥＣＬＷＴＤＷＬＬＥＲＫＬＹＧＹＱＡＱＨＹＶＣＭであった。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
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【図４５】
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【図４６】
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【図４７】
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【配列表】
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