(57)【要約】  この発明は、食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を比べて食道ガン患者由来の食道ガン組織において発現レベルの変化が認められるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片からなる群から選択される複数のポリヌクレオチドを含む食道ガン診断用組成物、キット又はＤＮＡチップ、或いは、該組成物、キット又はＤＮＡチップを用いて食道ガンを検出する方法。
2009142257.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体又はその断片からなる群から選択される３以上のポリヌクレオチドを含む、食道ガン診断用組成物：
（a）配列番号１〜３８で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（b）配列番号１〜３８で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
（c）配列番号１〜３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（d）配列番号１〜３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
（e）前記（a）〜（d）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片。
【請求項２】
前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記断片が、配列番号１〜３８のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３〜１００のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
前記断片が、配列番号６３〜１００のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項２に記載の組成物。
【請求項５】
下記の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体又はその断片からなる群から選択される２以上のポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の組成物：
（f）配列番号３９〜６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（g）配列番号３９〜６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
（h）配列番号３９〜６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（i）配列番号３９〜６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
（j）前記（f）〜（i）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片。
【請求項６】
前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
前記断片が、配列番号３９〜６２で表される塩基配列において、配列番号１０１〜１２４で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
前記断片が、配列番号１０１〜１２４で表される塩基配列、又はこれに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項６に記載の組成物。
【請求項９】
請求項１〜４のいずれかに記載の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の３以上を含む、食道ガン診断用キット。
【請求項１０】
請求項５〜８のいずれかに記載の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の２以上をさらに含む、請求項９に記載のキット。
【請求項１１】
前記ポリヌクレオチドが、配列番号１〜６２のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片である、請求項９又は１０に記載のキット。
【請求項１２】
前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、請求項１１に記載のキット。
【請求項１３】
前記断片が、配列番号１〜６２のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３〜１２４のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１２に記載のキット。
【請求項１４】
前記断片が、配列番号６３〜１２４のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、請求項１２に記載のキット。
【請求項１５】
前記断片が、配列番号６３〜１２４のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである、請求項１４に記載のキット。
【請求項１６】
配列番号６３〜１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの５以上から全部を含む、請求項９に記載のキット。
【請求項１７】
前記ポリヌクレオチドが、別個に又は任意に組み合わせて異なる容器に包装されている、請求項９〜１６のいずれか１項に記載のキット。
【請求項１８】
請求項１〜４のいずれかに記載の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の３以上を含む、食道ガン診断用ＤＮＡチップ。
【請求項１９】
請求項５〜８のいずれかに記載の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の２以上をさらに含む、請求項１８に記載のＤＮＡチップ。
【請求項２０】
配列番号６３〜１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの５以上〜全部を含む、請求項１８又は１９に記載のＤＮＡチップ。
【請求項２１】
請求項１〜８のいずれかに記載の組成物、請求項９〜１７のいずれかに記載のキット、請求項１８〜２０のいずれかに記載のＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、被験者由来の生体試料における標的核酸の発現レベルを測定することによって、被験者由来の検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと、又は食道ガン細胞が含まれることをｉｎ  ｖｉｔｒｏで判定する方法。
【請求項２２】
ＤＮＡチップを用いる、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
請求項１〜８のいずれかに記載の組成物、請求項９〜１７のいずれかに記載のキット、請求項１８〜２０のいずれかに記載のＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、食道ガン細胞を含む組織又は正常組織であることが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定する第１の工程、前記第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の検体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定する第３の工程、前記第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、被験者由来の検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと、又は食道ガン細胞が含まれることを判定する第４の工程を含む、食道ガンを判定する方法。
【請求項２４】
請求項１〜８のいずれかに記載の組成物、請求項９〜１７のいずれかに記載のキット、又は請求項１８〜２０のいずれかに記載のＤＮＡチップの、被験者由来の検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと、又は食道ガン細胞が含まれることをｉｎ  ｖｉｔｒｏで判定するための使用。
【請求項２５】
配列番号１〜３８で表される塩基配列によってコードされるポリペプチドに対する３以上の抗体又はその断片を用いて、被検者由来の食道ガン細胞或いは血液中の該ポリペプチドのレベルをｉｎ ｖｉｔｒｏで測定することを含む、被験者由来の検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと、又は食道ガン細胞が含まれることをｉｎ  ｖｉｔｒｏで判定する方法。
【請求項２６】
配列番号３９〜６２で表される塩基配列によってコードされるポリペプチドに対する２以上の抗体又はその断片をさらに使用して、該ポリペプチドのレベルを測定する、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記ポリペプチドが、配列番号１２５〜１８６で表されるアミノ酸配列を有する、請求項２５又は２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記ポリペプチドの発現レベルが、健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者において変化している場合、食道ガンであると決定する、請求項２５〜２７のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、食道ガンの判定又は検出に有用な診断（判定又は検出）用組成物、該組成物を利用した食道ガン検出又は判定方法、及び該組成物を利用した食道ガン診断又は検出キットに関する。
【背景技術】
【０００２】
食道は咽頭と胃の間をつなぐ管腔状の臓器であり、大部分は胸腔、一部は頸部と腹腔に存在する。胸腔の上部では気管と脊椎の間にあり、下部では心臓、大動脈と肺に囲まれている。食道は口から食べた食物を胃に送る働きをする。【０００３】
日本人の２００１年のガンによる死亡率は１０万人中２３８．８人である。死亡原因の中で食道ガンが占める割合は年々増加しており、２００１年度には男性では全ガン死亡例の５．０％、女性では１．４％が食道ガンであった。食道ガンの発症年齢のピークは６０〜７０歳代にあり、男性に発症が多い。また喫煙、飲酒、熱い嗜好物などの環境要因が発生に密接に関連する。さらに食道壁内部や周辺は血管やリンパ管が豊富であるため、発生したガンの転移が多いことが知られている。【０００４】
食道ガンの治療は進行度（日本食道疾患研究会編  臨床・病理  食道ガン取り扱い規約 １９９９年）や転移、全身状態を考慮して決定する。食道ガンの標準的な治療法は日本食道疾患研究会編「食道ガン治療ガイドライン」（２００２年）に示されている。現在最も一般的な療法は手術療法であり、ガンを含めた食道とリンパ節を含む周囲の組織を切除（リンパ節郭清）した上で、胃など他の臓器を用いて食道を再建する。ただし手術療法、特に広範囲のリンパ節郭清は患者に大きな負担を与え、手術後のＱＯＬ低下への配慮も必要である。粘膜内にとどまる早期のガンの場合には内視鏡的粘膜切除術が可能である場合がある。また根治療法、対症療法の両面から放射線照射が行われる場合がある。さらに手術療法や放射線療法と組み合わせて化学療法が行われる。化学療法では現在、５−ｆｌｕｏｒｏｕｒａｃｉｌとｃｉｓｐｌａｔｉｎの併用療法が最も有効であると考えられている。【０００５】
食道ガンは嚥下時の違和感、嚥下困難、胸骨後部痛や胸部違和感といった自覚症状を覚えた患者の受診によって発見されることが多い。しかしながらこれらの症状が発現するのは食道内でガンが成長した結果であり、自己所見による受診時に発見されるガンはすでに食道壁外進展や転移が起こっており予後不良であることが多い。【０００６】
食道ガンは食道造影検査及び内視鏡検査と生検組織検査にて診断が確定される。生検標本は内視鏡検査時や手術時に採取され、病理標本を作製した上で病理組織学的分類によって診断される。この時、内視鏡検査で得られた細胞の性質から食道ガンの有無が予測できる、迅速で簡便な診断法の開発が求められている。【０００７】
現在までに、食道ガン組織に特異的に含まれるマーカーを用いた分子生物学的診断方法が提案されている。この方法は迅速で客観的な結果をもたらし、迅速な診断の助けとなる。【０００８】
これまでに食道ガンの臨床検査用マーカーとして血清中のタンパク質マーカーであるＳＣＣ、ＣＹＦＲＡ２１−１、ＣＥＡなどが活用されているほか、特許文献１、２に記載のタンパク質などが報告されている。しかしこれらのマーカーは感度、特異度が乏しく、もっとも感度が高いとされているＣＹＦＲＡ２１−１についても、その感度は３３．９％（非特許文献１）から４３．９％（非特許文献２）程度である。したがってこれらの血清中マーカー及びその組み合わせの検出によって食道ガン細胞の存在の有無が確定されるという段階には至っていない。【０００９】
また、被験者より採取された生検試料に食道ガン細胞が含まれているか否かを特異的に判断するための遺伝子を利用したマーカーとしては、染色体異常（例えば特許文献３，４参照）や遺伝子の後成的配列（例えば特許文献５）が開示されているほか、ＤＮＡチップによる網羅的遺伝子発現解析の結果が複数報告されている（例えば特許文献６、非特許文献３〜８参照）。特に特許文献６においては組み合わせの検出によって食道ガン細胞の存在の有無を確定する２０種類の遺伝子が提供されているが、食道ガン細胞が含まれていることと食道ガン細胞が含まれていないことの判断をそれぞれ異なる判別マシーンを用いるため診断が複雑になるだけでなく、片方の判別マシーンが食道ガンを含むと予測し、もう片方が食道ガンを含まないと予測した場合に診断不可能となってしまう場合がある。さらに単独の遺伝子発現を指標としたマーカーとしては特許文献７、非特許文献９、１０に示されるＳＰＲＲ３遺伝子（Ｓｍａｌｌ  ｐｒｏｌｉｎｅ―ｒｉｃｈ ｐｒｏｔｅｉｎ  ３）、非特許文献１１に示されるｆｇｆ３遺伝子、特許文献７、非特許文献１２に示されるＣＳＴＢ遺伝子（ｃｙｓｔａｔｉｎ Ｂ、ｌｉｖｅｒ ｔｈｉｏｌ ｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）、特許文献８に示されるＵＣＰ２遺伝子（ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ｕｎｃｏｕｐｌｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ２）およびＣＯＬ３Ａ１（３’  ｒｅｇｉｏｎ  ｆｏｒ  ｐｒｏ−ａｌｐｈａ（ＩＩＩ）  ｃｏｌｌａｇｅｎ）、特許文献７に示されるＵＰＫ１Ａ遺伝子（ｕｒｏｐｌａｋｉｎ １Ａ）、非特許文献１３に示されるＨＳＰＡ１Ｂ遺伝子（Ｈｅａｔ  Ｓｈｏｃｋ  ７０ｋＤａ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  １）などが報告されている。また、上皮系悪性腫瘍のマーカーとしては特許文献９に示されるＲＲＭ１遺伝子（ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｒｅｄｕｃｔａｓｅ  Ｍ１  ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ）などが知られている。しかし、これらによっても食道ガンの存在の有無を診断することは十分でない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１０】
【特許文献１】特開２００３-２５９８７２号公報
【特許文献２】特表２０００-５１１５３６号公報
【特許文献３】特開２００１-１７２００号公報
【特許文献４】特開２００２-２７２４９７号公報
【特許文献５】特表２００４-５０５６１２号公報
【特許文献６】国際公開第２００６／１１８３０８号パンフレット
【特許文献７】国際公開第２００３／０４２６６１号パンフレット
【特許文献８】国際公開第２００３／０７６５９４号パンフレット
【特許文献９】国際公開第２００６／１１９４６４号パンフレット
【非特許文献】
【００１１】
【非特許文献１】Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｔ．ら、１９９８、Ｄｉｓｅａｓｅｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｅｓｏｐｈａｇｕｓ、第１１巻、ｐ．３５−３９
【非特許文献２】Ｋａｗａｇｕｃｈｉ，Ｈら、２０００、Ｃａｎｃｅｒ、第８９巻、ｐ．１４１３−１４１７
【非特許文献３】Ｌｕｏ, Ａ．ら、２００４年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第２３巻、ｐ.１２９１-１２９９
【非特許文献４】Ｚｈｉ, Ｈ．ら、２００３年、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、第１０６巻、ｐ.３２７-３３３
【非特許文献５】Ｌｕ, Ｊ．ら、２００１年、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、第９１巻、ｐ.２８８-２９４
【非特許文献６】Ｋａｚｅｍｉ-Ｎｏｕｒｅｉｎｉ，Ｓ．ら、２００４年、Ｗｏｒｌｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ 、第１０巻、ｐ.１７１６-１７２１
【非特許文献７】Ｘｕ, Ｓ．Ｈ．ら、２００３年、Ｗｏｒｌｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ 、第９巻、ｐ.４１７-４２２
【非特許文献８】Ｓｕ, Ｈ．ら、２００３年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６３巻、ｐ.３８７２-３８７６
【非特許文献９】Ｃｈｅｎ, Ｂ.Ｓ. ら、２０００年、Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ、第２１巻、ｐ.２１４７-２１５０
【非特許文献１０】Ａｂｒａｈａｍ, Ｊ.Ｍ.ら、１９９６年、Ｃｅｌｌ Ｇｒｏｗｔｈ  ＆ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ、第７巻、ｐ.８５５-８６０
【非特許文献１１】Ｋｉｔａｇａｗａ, Ｙ．ら、１９９１年、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第５１巻、p.１５０４-１５０８
【非特許文献１２】Ｓｈｉｒａｉｓｈｉ,Ｔ．ら、１９９８年、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、第７９巻、ｐ.１７５-１７８
【非特許文献１３】Ｋａｗａｎｉｓｈｉ，Ｋ．ら、１９９９年、Ｃａｎｃｅｒ、第８５巻、ｐ.１６４９-１６５７
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
しかしながら、上記の既存の指標は特異性及び／又は感受性に乏しいことや、生体試料からのその効率的な検出方法が確立していないことから一般に臨床上の利用は行われておらず、特異性及び感受性が高い食道ガンマーカーが切望されている。【００１３】
本発明は、食道ガンの診断及び治療に有用な疾患判定用組成物、該組成物を用いた食道ガンの判定（又は検出）方法、及び該組成物を利用した食道ガンの判定（又は検出又は診断）キットを提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
マーカー探索の方法としては、食道ガン細胞のうち、手術時に患者由来の食道ガン細胞と患者由来の非ガン細胞における遺伝子発現やタンパク質発現、又は細胞の代謝産物などの量を何らかの手段によって比較する方法や食道ガン患者と非ガン患者の体液中に含まれる遺伝子、タンパク質、代謝産物などの量を測定する方法が挙げられる。【００１５】
ＤＮＡアレイを用いた遺伝子発現量解析は、近年、このようなマーカー探索の手法として特に汎用されている。ＤＮＡアレイには数百から数万種の遺伝子に対応した塩基配列を利用したプローブが固定されている。被検試料をＤＮＡアレイに添加することによって試料中の遺伝子がプローブと結合し、この結合量を何らかの手段によって測定することにより、被検試料中の遺伝子発現量を知ることができる。ＤＮＡアレイ上に固定化するプローブに対応した遺伝子の選択は自由であり、また手術時又は内視鏡検査時に食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞を用いて、試料中の発現遺伝子量を比較することによって食道ガンマーカーとなりうる遺伝子群を推定することが可能である。【００１６】
上記の課題を解決するために、本発明者らは、手術時に食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞の遺伝子発現をＤＮＡチップによって解析し、食道ガンの検出マーカーに使用可能な遺伝子を見出し、さらにそれらの遺伝子の発現量が、非ガン細胞に比較して食道ガン細胞において減少、低減もしくは増加、増大していることを見出し、本発明を完成させた。【００１７】
１．発明の概要
本発明は、以下の特徴を有する。【００１８】
本発明は第一の実施態様において、下記の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体又はその断片からなる群から選択される３以上のポリヌクレオチドを含む、食道ガン診断用組成物である。【００１９】
（a）配列番号１〜３８で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（b）配列番号１〜３８で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
（c）配列番号１〜３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（d）配列番号１〜３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
（e）前記（a）〜（d）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片。【００２０】
また別の実施形態において、前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである上記の組成物である。【００２１】
また別の実施形態において、前記断片が、配列番号１〜３８のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３〜１００のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記の組成物である。【００２２】
また別の実施形態において、前記断片が、配列番号６３〜１００のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記の組成物である。【００２３】
また別の実施形態において、下記の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体又はその断片からなる群から選択される２以上のポリヌクレオチドをさらに含む、上記のいずれかに記載の組成物である。【００２４】
（f）配列番号３９〜６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（g）配列番号３９〜６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド
（h）配列番号３９〜６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片
（i）配列番号３９〜６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
（j）前記（f）〜（i）のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又は１５以上の連続した塩基を含むその断片。【００２５】
また別の実施形態において、前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、上記の組成物である。【００２６】
また別の実施形態において、前記断片が、配列番号３９〜６２で表される塩基配列において、それぞれ配列番号１０１〜１２４のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記の組成物である。【００２７】
また別の実施形態において、前記断片が、配列番号１０１〜１２４のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記の組成物である。【００２８】
本発明の第２の態様として、上記のいずれかに記載の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の３以上を含む、食道ガン診断用キットである。【００２９】
また別の実施形態において、上記のいずれかに記載の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の２以上をさらに含む、上記のキットである。【００３０】
また別の実施形態において、前記ポリヌクレオチドが、配列番号１〜６２のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片である、上記のキットである。【００３１】
また別の実施形態において、前記断片が、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドである、上記のキットである。【００３２】
また別の実施形態において、前記断片が、配列番号１〜６２のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３〜１２４のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記のキットである。【００３３】
また別の実施形態において、前記断片が、配列番号６３〜１２４のいずれかで表される塩基配列、又はこれらに相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである、上記のキットである。【００３４】
また別の実施形態において、前記断片が、配列番号６３〜１２４のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである、上記のキットである。【００３５】
また別の実施形態において、配列番号６３〜１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの５以上から全部を含む、上記のキットである。【００３６】
また別の実施形態において、前記ポリヌクレオチドが、別個に又は任意に組み合わせて異なる容器に包装されている、上記のいずれか１項に記載のキットである。【００３７】
また別の実施形態において、上記のいずれかに記載の(a)〜(e)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の３以上を含む、食道ガン診断用ＤＮＡチップである。【００３８】
本発明の第３の態様として、上記いずれかに記載の(f)〜(j)に示すポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の２以上をさらに含む、上記のＤＮＡチップである。【００３９】
また別の実施形態において、配列番号６３〜１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの５以上〜全部を含む、上記のＤＮＡチップである。【００４０】
第４の態様として、上記のいずれかに記載の組成物、上記のいずれかに記載のキット、上記のいずれかに記載のＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、被験者由来の生体試料における標的核酸の発現レベルを測定することによって、被験者由来の検体試料中に食道ガン細胞が含まれるかどうかをｉｎ  ｖｉｔｒｏで判定する方法である。【００４１】
また別の実施形態において、ＤＮＡチップを用いる上記の方法である。【００４２】
また別の実施形態において、いずれかに記載の組成物、上記のいずれかに記載のキット、上記のいずれかに記載のＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、食道ガン細胞を含む組織であることが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定する第１の工程、前記第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の検体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定する第３の工程、前記第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、検体試料中に食道ガン細胞が含まれることを判定する第４の工程を含む、食道ガンを判定する方法である。【００４３】
また別の実施形態において、上記のいずれかに記載の組成物、上記のいずれかに記載のキット、又は上記のいずれかに記載のＤＮＡチップの、食道ガンの有無をｉｎ ｖｉｔｒｏで予測するための使用である。【００４４】
また別の実施形態において、配列番号１〜３８で表される塩基配列によってコードされるポリペプチドに対する３以上の抗体又はその断片を用いて、被検者由来の食道ガン細胞或いは血液中の該ポリペプチドのレベルをｉｎ ｖｉｔｒｏで測定することを含む、被検者の食道ガンの有無をｉｎ  ｖｉｔｒｏで予測する方法である。【００４５】
また別の実施形態において、配列番号３９〜６２で表される塩基配列によってコードされるポリペプチドに対する２以上の抗体又はその断片をさらに使用して、該ポリペプチドのレベルを測定する、上記の方法である。【００４６】
また別の実施形態において、前記ポリペプチドが、配列番号１２５〜１８６で表されるアミノ酸配列を有する、上記の方法である。【００４７】
また別の実施形態において、前記ポリペプチドの発現レベルが、健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者において変化している場合、食道ガンであると決定する、上記のいずれか１項に記載の方法である。【００４８】
２．定義
本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。【００４９】
ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質などの略号による表示は、「塩基配列又はアミノ酸配列を含む明細書等の作成のためのガイドライン」（日本国特許庁編）及び当技術分野における慣用に従うものとする。【００５０】
本明細書において「ポリヌクレオチド」とは、ＲＮＡ及びＤＮＡのいずれも包含する核酸として用いられる。なお、上記ＤＮＡには、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、及び合成ＤＮＡのいずれもが含まれる。また上記ＲＮＡには、ｔｏｔａｌ  ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、及び合成ＲＮＡのいずれもが含まれる。また、本明細書では、ポリヌクレオチドは核酸と互換的に使用される。【００５１】
本明細書において「ｃＤＮＡ」とは、遺伝子の発現によって生じたＲＮＡに相補的な配列のＤＮＡ鎖全長、及びその部分配列からなるＤＮＡ断片、を包含する。ｃＤＮＡは、ＲＮＡを鋳型にして、ポリＴプライマーを用いるＲＴ−ＰＣＲ(逆転写−ポリメラーゼ連鎖反応)によって合成されうる。【００５２】
本明細書において「遺伝子」とは、２本鎖ＤＮＡのみならず、それを構成する正鎖（又はセンス鎖）又は相補鎖（又はアンチセンス鎖）などの各１本鎖ＤＮＡを包含することを意図して用いられる。またその長さによって特に制限されるものではない。【００５３】
従って、本明細書において「遺伝子」は、特に言及しない限り、ヒトゲノムＤＮＡを含む２本鎖ＤＮＡ、ｃＤＮＡを含む１本鎖ＤＮＡ（正鎖）、該正鎖と相補的な配列を有する１本鎖ＤＮＡ（相補鎖）、及びこれらの断片のいずれも含む。また該「遺伝子」は特定の塩基配列（又は配列番号）で示される「遺伝子」だけではなく、これらによってコードされるタンパク質と生物学的機能が同等であるタンパク質、例えば同族体（すなわち、ホモログ）、スプライスバリアントなどの変異体、及び誘導体をコードする「遺伝子」が包含される。かかる同族体、変異体又は誘導体をコードする「遺伝子」としては、具体的には、後に記載したストリンジェントな条件下で、上記の配列番号１〜６２で示されるいずれかの特定塩基配列の相補配列とハイブリダイズする塩基配列を有する「遺伝子」を挙げることができる。【００５４】
例えばヒト由来のタンパク質の同族体（すなわち、ホモログ）又はそれをコードする遺伝子としては、当該タンパク質又はそれをコードするヒト遺伝子に対応する他生物種のタンパク質又は遺伝子が例示でき、これらのタンパク質又は遺伝子ホモログは、ＨｏｍｏｌｏＧｅｎｅ（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ｈｏｍｏｌｏＧｅｎｅ/）により同定することができる。具体的には特定のヒトアミノ酸又は塩基配列をＢＬＡＳＴプログラム（Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．ら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ.Ｓ.Ａ.、 １９９３年、第９０巻、ｐ.５８７３―５８７７、 ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ＢＬＡＳＴ/）にかけて一致する（Ｓｃｏｒｅが最も高く、Ｅ−ｖａｌｕｅが０でかつＩｄｅｎｔｉｆｙが１００％を示す）配列の登録番号（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ｎｕｍｂｅｒ）を取得することができる。ＢＬＡＳＴプログラムとしては、ＢＬＡＳＴＮ（遺伝子）、ＢＬＡＳＴＸ(タンパク質)などが知られている。例えば、遺伝子検索の場合、上記ＢＬＡＳＴ検索からの登録番号をＵｎｉＧｅｎｅ（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ＵｎｉＧｅｎｅ/）に入力して得られたＵｎｉＧｅｎｅＣｌｕｓｔｅｒＩＤ（Ｈｓ．で示す番号）をＨｏｍｏｌｏＧｅｎｅに入力する。結果として得られた他生物種遺伝子とヒト遺伝子との遺伝子ホモログの相関を示したリストから、特定の塩基配列で示されるヒト遺伝子に対応する遺伝子ホモログとして、他生物種の遺伝子を選抜することができる。またこの方法において、ＢＬＡＳＴプログラムの代わりにＦＡＳＴＡプログラム（ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｄｄｂｊ．ｎｉｇ．ａｃ．ｊｐ／ｓｅａｒｃｈ／ｆａｓｔａ−ｅ．ｈｔｍｌ）を用いてもよい。【００５５】
なお、「遺伝子」は、機能領域の別を問うものではなく、例えば発現制御領域、コード領域、エキソン又はイントロンを含むことができる。【００５６】
本明細書において「転写産物」とは、遺伝子のＤＮＡ配列を鋳型にして合成されたメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）のことをいう。ＲＮＡポリメラーゼが遺伝子の上流にあるプロモーターと呼ばれる部位に結合し、ＤＮＡの塩基配列に相補的になるように３'末端にリボヌクレオチドを結合させていく形でメッセンジャーＲＮＡが合成される。このメッセンジャーＲＮＡには遺伝子そのもののみならず、発現制御領域、コード領域、エキソン又はイントロンをはじめとする転写開始点からポリＡ配列の末端にいたるまでの全配列が含まれる。【００５７】
本明細書において「翻訳産物」とは、転写によって合成されたメッセンジャーＲＮＡが、スプライシングなどの修飾を受ける/受けないにかかわらず、その情報を元に合成されたタンパク質を示す。メッセンジャーＲＮＡの翻訳過程においては、まずリボソームとメッセンジャーＲＮＡが結合し、次にメッセンジャーＲＮＡの塩基配列に従ってアミノ酸がつながっていき、タンパク質が合成される。【００５８】
本明細書において「プローブ」とは、遺伝子の発現によって生じたＲＮＡ又はそれに由来するポリヌクレオチドを特異的に検出するために使用されるポリヌクレオチド及び／又はそれに相補的なポリヌクレオチドを包含する。【００５９】
本明細書において「プライマー」とは、遺伝子の発現によって生じたＲＮＡ又はそれに由来するポリヌクレオチドを特異的に認識し、増幅する、連続するポリヌクレオチド及び／又はそれに相補的なポリヌクレオチドを包含する。【００６０】
ここで相補的なポリヌクレオチド（相補鎖、逆鎖）とは、配列番号によって定義される塩基配列からなるポリヌクレオチドの全長配列、又はその部分配列、（ここでは便宜上、これを正鎖と呼ぶ）に対してＡ：Ｔ（Ｕ）、Ｇ：Ｃといった塩基対関係に基づいて、塩基的に相補的な関係にあるポリヌクレオチドを意味する。ただし、かかる相補鎖は、対象とする正鎖の塩基配列と完全に相補配列を形成する場合に限らず、対象とする正鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズできる程度の相補関係を有するものであってもよい。【００６１】
本明細書において「ストリンジェントな条件」とは、プローブが他の配列に対するよりも、検出可能により大きな程度（例えばバックグラウンドよりも少なくとも２倍）で、その標的配列に対してハイブリダイズする条件をいう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、ハイブリダイゼーションが行われる環境によって異なる。ハイブリダイゼーション及び／又は洗浄条件のストリンジェンシーを制御することにより、プローブに対して１００％相補的である標的配列が同定され得る。【００６２】
本明細書において「変異体」とは、核酸の場合、多型性、突然変異、転写時の選択的スプライシングなどに起因した天然の変異体、あるいは遺伝暗号の縮重に基づく変異体、あるいは配列番号１〜６２で表される塩基配列又はその部分配列において１以上、好ましくは１もしくは数個、の塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む変異体、あるいは該塩基配列又はその部分配列と約８０％以上、約８５％以上、約９０％以上、約９５％以上、約９７％以上、約９８％以上、約９９％以上の％同一性を示す変異体、あるいは該塩基配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドと上記定義のストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸を意味し、一方、タンパク質又はペプチドの場合、配列番号１２５〜１８６で表されるアミノ酸配列又はその部分配列おいて１以上、好ましくは１もしくは数個、のアミノ酸の欠失、置換、付加又は挿入を含む変異体、あるいは該アミノ酸配列又はその部分配列と約８０％以上、約８５％以上、約９０％以上、約９５％以上、約９７％以上、約９８％以上、約９９％以上の％同一性を示す変異体を意味する。【００６３】
本明細書において「数個」とは、約１０、９、８、７、６、５、４、３又は２個の整数を意味する。【００６４】
本明細書において「％同一性」は、上記のＢＬＡＳＴやＦＡＳＴＡによるタンパク質又は遺伝子の検索システムを用いて、ギャップを導入して、又はギャップを導入しないで、決定することができる（Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．ら、１９９３年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第９０巻、ｐ.５８７３-５８７７；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ら、１９９０年、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、第２１５巻、ｐ．４０３−４１０；Ｐｅａｒｓｏｎ，Ｗ．Ｒ．ら、１９８８年、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、第８５巻、ｐ.２４４４-２４４８）。【００６５】
本明細書において「誘導体」とは、核酸の場合、蛍光団などによるラベル化誘導体、修飾ヌクレオチド(例えばハロゲン、メチルなどのアルキル、メトキシなどのアルコキシ、チオ、カルボキシメチルなどの基を含むヌクレオチド及び塩基の再構成、二重結合の飽和、脱アミノ化、酸素分子の硫黄分子への置換などを受けたヌクレオチドなど)を含む誘導体など、一方、タンパク質の場合、アセチル化、アシル化、アルキル化、リン酸化、硫酸化、グリコシル化、ビオチン化などの化学修飾誘導体を意味する。【００６６】
本明細書において「診断（又は検出又は判定）用組成物」とは、食道ガンの罹患の有無、罹患の程度もしくは改善の有無や改善の程度を診断するために、また食道ガンの予防、改善又は治療に有用な候補物質をスクリーニングするために、直接又は間接的に利用されるものをいう。これには食道ガンの罹患に関連して生体内、特に食道組織において発現が変動する遺伝子を特異的に認識し、また結合することのできるヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチド、及び該遺伝子の翻訳産物であるタンパク質を検出することができる抗体が包含される。これらのヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドは、上記性質に基づいて生体内、組織や細胞内などで発現した上記遺伝子を検出するためのプローブとして、また生体内で発現した上記遺伝子を増幅するためのプライマーとして有効に利用することができる。【００６７】
本明細書において検出・診断対象となる「生体組織」とは、食道ガンの発生にともない本発明の遺伝子が発現変化する組織を指す。具体的には食道組織及びその周辺のリンパ節、また転移が疑われる他臓器などを指す。【００６８】
本明細書で使用される「ＥＹＡ２遺伝子」又は「ＥＹＡ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１）で示されるｅｙｅｓ  ａｂｓｅｎｔ  ｈｏｍｏｌｏｇ２遺伝子（ＤＮＡ）、ＨＴＧ、ＰＲＫＣＢＰ１、ＲＰＳ２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１に記載のＥＹＡ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＡＬ０４９５４０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＹＡ２遺伝子はＺｉｍｍｅｒｍａｎ  Ｊ．Ｅ．ら、１９９７年、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．第７巻、ｐ.１２８−１４１に記載される方法によって得ることができる。【００６９】
本明細書で使用される「ＳＥＲＦ１Ａ遺伝子」又は「ＳＥＲＦ１Ａ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２）で示されるＳｍａｌｌ  ＥＤＲＫ−ｒｉｃｈ  ｆａｃｔｏｒ１遺伝子（ＤＮＡ）、４Ｆ５、Ｈ４Ｆ５、ＳＭＡ  ｍｏｄｉｆｉｅｒ１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２に記載のＳＥＲＦ１Ａ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＡＦ０７３５１９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＥＲＦ１Ａ遺伝子はＳｃｈａｒｆ Ｊ．Ｍ．ら、１９９８年、Ｎａｔ． Ｇｅｎｅｔ．、第２０巻、ｐ.８３−８６に記載される方法によって得ることができる。【００７０】
本明細書で使用される「ＩＧＨＧ１遺伝子」又は「ＩＧＨＧ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３）で示されるｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｈｅａｖｙ ｃｏｎｓｔａｎｔ  ｇａｍｍａ  １遺伝子（ＤＮＡ）、Ｇ１ｍ  ｍａｒｋｅｒ、ＦＬＪ３９９８８、ＦＬＪ４００３６、ＦＬＪ４０２５３、ＦＬＪ４０５８７、ＦＬＪ４０７８９、ＦＬＪ４０８３４、ＭＧＣ４５８０９、ＤＫＦＺｐ６８６Ｈ１１２１３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３に記載のＩＧＨＧ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＣ＿００００１４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＩＧＨＧ１遺伝子はＨｏｏｄ  Ｌ．ら、１９６８年、Ｎａｔｕｒｅ、第２２０巻、ｐ.７６４−７６７に記載される方法によって得ることができる。【００７１】
本明細書で使用される「ＩＴＳＮ２遺伝子」又は「ＩＴＳＮ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４）で示されるＩＮＴＥＲＳＥＣＴＩＮ２遺伝子（ＤＮＡ）、ＳＨ３ｄｏｍａｉｎ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ １Ｂ、ＳＨ３Ｐ１８、ＳＨ３Ｐ１８−ｌｉｋｅ ＷＡＳＰ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４に記載のＩＴＳＮ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１９５９５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＩＴＳＮ２遺伝子はＰｕｃｈａｒｃｏｓ Ｃ．ら、２０００年、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．、第４７８巻、ｐ.４３−５１に記載される方法によって得ることができる。【００７２】
本明細書で使用される「ＲＡＢ１１ＦＩＰ５遺伝子」又は「ＲＡＢ１１ＦＩＰ５」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５）で示されるＨｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ  ＲＡＢ１１  ｆａｍｉｌｙ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ５（ｃｌａｓｓＩ）遺伝子（ＤＮＡ）、ＫＩＡＡ０８５３、ＲＩＰ１１、ｐｐ７５、ＧＡＦ１、ＤＫＦＺＰ４３４Ｈ０１８、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５に記載のＲＡＢ１１ＦＩＰ５遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＢＣ０３５０１３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＡＢ１１ＦＩＰ５遺伝子はＩｔｏ Ｔ．ら、１９９９年、Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｉｎｖｅｓｔ．、第１０４巻、ｐ.１２６５−１２７５に記載される方法によって得ることができる。【００７３】
本明細書で使用される「ＨＳＰＡ１Ａ遺伝子」又は「ＨＳＰＡ１Ａ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号６）で示されるＨｅａｔ  ｓｈｏｃｋ  ７０ｋＤａ  ｐｒｏｔｅｉｎ  １Ａ遺伝子（ＤＮＡ）、ＨＡＰＡ１（ＤＮＡ）、ＨＳＰ７０．１（ＤＮＡ）、ＨＳＰ７０−１／ＨＳＰ７０−２（ＤＮＡ）、ＨＳＰＡ１Ｂ（ＤＮＡ）、ＨＳＰ７２（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号６に記載のＨＳＰＡ１Ａ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿００５３４５やその他生物種ホモログなどが包含される。ＨＳＰＡ１Ａ遺伝子はＩｔｏ Ｔ．ら、１９９８年、Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．（Ｔｏｋｙｏ）、第１２４巻、ｐ.３４７−３５３に記載される方法によって得ることができる。【００７４】
本明細書で使用される「ＮＭＵ遺伝子」又は「ＮＭＵ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号７）で示されるｎｅｕｒｏｍｅｄｉｎ  Ｕ  ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、ｎｅｕｒｏｍｅｄｉｎ−Ｕ−２５、ＮｍＵ−２５、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号７に記載のＮＭＵ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６６８８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＮＭＵ遺伝子はＡｕｓｔｉｎ Ｕ．ら、１９９５年、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．、第１４巻、ｐ.１５７−１６９に記載される方法によって得ることができる。【００７５】
本明細書で使用される「Ｅ２Ｆ３遺伝子」又は「Ｅ２Ｆ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号８）で示されるＥ２Ｆ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ｆａｃｔｏｒ  ３遺伝子（ＤＮＡ）、Ｅ２Ｆ−３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号８に記載のＥ２Ｆ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１９４９）やその他生物種ホモログなどが包含される。Ｅ２Ｆ３遺伝子はＬｅｅｓ Ｊ．Ａ．ら、１９９３年、Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ．、第１３巻、ｐ７８１３−７８２５に記載される方法によって得ることができる。【００７６】
本明細書で使用される「ＥＳＲ２遺伝子」又は「ＥＳＲ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号９）で示されるＥｓｔｒｏｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｂｅｔａ遺伝子（ＤＮＡ）、ＥＲ−ＢＥＴＡ、Ｅｒｂ、ＮＲ３Ａ２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号９に記載のＥＳＲ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１４３７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＳＲ２遺伝子はＤｏｔｚｌａｗ Ｈ．ら、１９９７年、Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ． Ｍｅｔａｂ．、第８２巻、ｐ．２３７１−２３７４に記載される方法によって得ることができる。【００７７】
本明細書で使用される「ＣＦＤＰ１遺伝子」又は「ＣＦＤＰ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１０）で示されるＣｒａｎｉｏｆａｃｉａｌ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ １遺伝子（ＤＮＡ）、Ｂｕｃｅｎｔａｕｒ、ＢＣＮＴ、ＣＰ２７、ｐ９７、ＳＷＣ５、Ｙｅｔｉ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１０に記載のＣＦＤＰ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６３２４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＦＤＰ１遺伝子はＤｉｅｋｗｉｓｃｈ Ｔ．Ｇ．ら、１９９９年、Ｇｅｎｅ、第２３５巻、ｐ．１９−３０に記載される方法によって得ることができる。【００７８】
本明細書で使用される「ＨＳＰＣ１９０遺伝子」又は「ＨＳＰＣ１９０」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１１）で示されるＰｒｏａｐｏｐｔｏｔｉｃ ｃａｓｐａｓｅ ａｄａｐｔｏｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、ｃａｓｐａｓｅ−２  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ、ＭＧＣ２９５０６、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１１に記載のＨＳＰＣ１９０遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１６４５９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＨＳＰＣ１９０遺伝子はＫａｔｏｈ Ｍ．ら、２００３年、Ｉｎｔ． Ｊ． Ｏｎｃｏｌ．、第２３巻、ｐ．２３５−２４１に記載される方法によって得ることができる。【００７９】
本明細書で使用される「ＣＯＬ１Ａ２遺伝子」又は「ＣＯＬ１Ａ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１２）で示されるＣｏｌｌａｇｅｎ ａｌｐｈａ−２（Ｉ） ｃｈａｉｎ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、Ａｌｐｈａ−２ ｔｙｐｅ Ｉ ｃｏｌｌａｇｅｎ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１２に記載のＣＯＬ１Ａ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． Ｚ７４６１６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＯＬ１Ａ２遺伝子はＭｏｔｔｅｓ Ｍ．ら、１９９８年、Ｈｕｍ． Ｍｕｔａｔ．、第１２巻、ｐ．７１−７２に記載される方法によって得ることができる。【００８０】
本明細書で使用される「ＧＣＳ１遺伝子」又は「ＧＣＳ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１３）で示されるＭａｎｎｏｓｙｌ−ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ ｇｌｕｃｏｓｉｄａｓｅ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ａ−ｇｌｕｃｏｓｉｄａｓｅ Ｉ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１３に記載のＧＣＳ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６３０２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＣＳ１遺伝子はＫａｌｚ−Ｆｕｌｌｅｒ Ｂ．ら、１９９５年、Ｅｕｒ． Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．、第２３１巻、ｐ．３４４−３５１に記載される方法によって得ることができる。【００８１】
本明細書で使用される「ＰＡＲＬ遺伝子」又は「ＰＡＲＬ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１４）で示されるＰｒｅｓｅｎｉｌｌｉｎｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｒｈｏｍｂｏｉｄ−ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１４に記載のＰＡＲＬ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１８６２２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＡＲＬ遺伝子はＰｅｌｌｅｇｒｉｎｉ Ｌ．ら、２００１年、Ｊ． Ａｌｚｈｅｉｍｅｒｓ Ｄｉｓ．、第３巻、ｐ．１８１−１９０に記載される方法によって得ることができる。【００８２】
本明細書で使用される「ＣＥＬＳＲ２遺伝子」又は「ＣＥＬＳＲ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１５）で示されるＣａｄｈｅｒｉｎ ＥＧＦ ＬＡＧ ｓｅｖｅｎ−ｐａｓｓ Ｇ−ｔｙｐｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ２ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ−ｌｉｋｅ  ２、ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ−ｌｉｋｅ  ｄｏｍａｉｎｓ  ３、Ｆｌａｍｉｎｇｏ １、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１５に記載のＣＥＬＳＲ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１４０８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＥＬＳＲ２遺伝子はＮａｋａｙａｍａ Ｍ．ら、１９９８年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第５１巻、ｐ．２７−３４に記載される方法によって得ることができる。【００８３】
本明細書で使用される「ＮＤＲＧ１遺伝子」又は「ＮＤＲＧ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１６）で示されるＮ−ｍｙｃ ｄｏｗｎｓｔｒｅａｍ ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｇｅｎｅ １遺伝子（ＤＮＡ）、ＧＣ４、ＲＴＰ、ＮＤＲ１、ＮＭＳＬ、ＴＤＤ５、ＣＡＰ４３、ＣＭＴ４Ｄ、ＨＭＳＮＬ、ＲＩＴ４２、ＴＡＲＧ１、ＰＲＯＸＹ１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１６に記載のＮＤＲＧ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６０９６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＮＤＲＧ１遺伝子はＫｏｋａｍｅ Ｋ．ら、１９９６年、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．、第２７１巻、ｐ．２９６５９−２９６６５に記載される方法によって得ることができる。【００８４】
本明細書で使用される「ＳＬＣ２５Ａ４４遺伝子」又は「ＳＬＣ２５Ａ４４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１７）で示されるｓｏｌｕｔｅ  ｃａｒｒｉｅｒ  ｆａｍｉｌｙ  ２５，ｍｅｍｂｅｒ  ４４遺伝子（ＤＮＡ）、ＦＬＪ９０４３１、ＫＩＡＡ０４４６、ＲＰ１１−５４Ｈ１９．３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１７に記載のＳＬＣ２５Ａ４４遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１４６５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＣ２５Ａ４４遺伝子はＨａｉｔｉｎａ Ｔ．ら、２００６年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第８８巻、ｐ．７７９−７９０に記載される方法によって得ることができる。【００８５】
本明細書で使用される「ＴＵＳＣ２遺伝子」又は「ＴＵＳＣ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１８）で示されるｔｕｍｏｒ  ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ  ｃａｎｄｉｄａｔｅ  ２遺伝子（ＤＮＡ）、ＰＡＰ，ＦＵＳ１、ＰＤＡＰ２、Ｃ３ｏｒｆ１１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１８に記載のＴＵＳＣ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００７２７５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＴＵＳＣ２遺伝子はＬｅｒｍａｎ Ｍ．Ｉ．ら、２０００年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．、第６０巻、ｐ．６１１６−６１３３に記載される方法によって得ることができる。【００８６】
本明細書で使用される「ＳＬＣ４Ａ１遺伝子」又は「ＳＬＣ４Ａ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号１９）で示されるＳｏｌｕｔｅ  ｃａｒｒｉｅｒ  ｆａｍｉｌｙ  ４，ａｎｉｏｎ  ｅｘｃｈａｎｇｅｒ，ｍｅｍｂｅｒ  １遺伝子（ＤＮＡ）、ＤＩ、ＦＲ、ＳＷ、ＷＤ、ＷＲ、ＡＥ１、ＷＤ１、ＢＮＤ３、ＥＰＢ３、ＣＤ２３３、ＥＭＰＢ３、ＲＴＡ１Ａ、ＭＧＣ１１６７５３、ＭＧＣ１２６６１９、ＭＧＣ１２６６２３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号１９に記載のＳＬＣ４Ａ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０００３４２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＣ４Ａ１遺伝子はＬｕｘ  Ｓ．Ｅ．ら、１１８９年、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ．、第８６巻、ｐ．９０８９−９０９３に記載される方法によって得ることができる。【００８７】
本明細書で使用される「ＭＳ４Ａ７遺伝子」又は「ＭＳ４Ａ７」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２０）で示されるＭｅｍｂｒａｎｅ−ｓｐａｎｎｉｎｇ  ４−ｄｏｍａｉｎｓ，ｓｕｎｆａｍｉｌｙ Ａ，ｍｅｍｂｅｒ ７遺伝子（ＤＮＡ）、ＣＦＦＭ４、ＭＳ４Ａ８、４ＳＰＡＮ２、ＣＤ２０Ｌ４、ＭＧＣ２２３６８、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２０に記載のＭＳ４Ａ７遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿２０６９３８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＳ４Ａ７遺伝子はＩｓｈｉｂａｓｈｉ Ｋ．ら、２００１年、Ｇｅｎｅ、第２６４巻、ｐ．８７−９３に記載される方法によって得ることができる。【００８８】
本明細書で使用される「ｔｈｙｍｏｓｉｎ  ｂｅｔａ−４遺伝子」又は「ＴＭＳＢ４Ｘ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２１）で示されるｔｈｙｍｏｓｉｎ  ｂｅｔａ−４遺伝子（ＤＮＡ）、ＦＸ、ＴＢ４Ｘ、ＰＴＭＢ４、ＴＭＳＢ４、ｔｈｙｍｏｓｉｎ  ｂｅｔａ−４，  Ｘ−ｌｉｎｋｅｄ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２１に記載のＴＭＳＢ４Ｘ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０２１１０９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＴＭＳＢ４Ｘ遺伝子はＧｏｎｄｏ Ｈ．ら１９８７年、Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、第１３９巻、ｐ．３８４０−３８４８に記載される方法によって得ることができる。【００８９】
本明細書で使用される「ＰＲＣ１遺伝子」又は「ＰＲＣ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２２）で示されるｐｒｏｔｅｉｎ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ｏｆ  ｃｙｔｏｋｉｎｅｓｉｓ  １遺伝子（ＤＮＡ）、ｐｒｏｔｅｉｎ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｇ  ｃｙｔｏｋｉｎｅｓｉｓ  １、ＡＳＥ１、ＭＧＣ１６７１、ＭＧＣ３６６９、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２２に記載のＰＲＣ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００３９８１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＰＲＣ１遺伝子はＪｉａｎｇ Ｗ．ら、１９９８年、Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ．、第２巻、ｐ．８７７−８８５に記載される方法によって得ることができる。【００９０】
本明細書で使用される「ＶＣＰ遺伝子」又は「ＶＣＰ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２３）で示されＶａｌｏｓｉｎ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、ｐ９７、ＴＥＲＡ、ＩＢＭＰＦＤ、ＭＧＣ８５６０、ＭＧＣ１３１９９７、ＭＧＣ１４８０９２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２３に記載のＶＣＰ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００７１２６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＶＣＰ遺伝子はＤｒｕｃｋ Ｔ．ら、１９９５年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第３０巻、ｐ．９４−９７に記載される方法によって得ることができる。【００９１】
本明細書で使用される「ＲＢＭ９遺伝子」又は「ＲＢＭ９」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２４）で示されるＲＮＡ ｂｉｎｄｉｎｇ ｍｏｔｉｆ ｐｒｏｔｅｉｎ  ９遺伝子（ＤＮＡ）、ＲＴＡ、ｆｘｈ、Ｆｏｘ−２、ＨＮＲＢＰ２、ＨＲＮＢＰ２、ｄｊ１０６I２０．３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２４に記載のＲＢＭ９遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１４３０９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＢＭ９遺伝子はＮｏｒｒｉｓ Ｊ．Ｄ．ら、２００２年、Ｍｏｌ． Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．、第１６巻、ｐ．４５９−４６８に記載される方法によって得ることができる。【００９２】
本明細書で使用される「ＧＰＲ１２６遺伝子」又は「ＧＰＲ１２６」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２５）で示されるＧ ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ  １２６遺伝子（ＤＮＡ）、ＦＬＪ１４９３７、ＤＫＦＺｐ５６４Ｄ０４６２、ＶＩＧＲ、ＤＲＥＧ、ＰＳ１ＴＰ２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２５に記載のＧＰＲ１２６遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＢＣ０７５７９８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＰＲ１２６遺伝子はＳｔｅｈｌｉｋ Ｃ．ら、２００４年、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．、第５６９巻、ｐ．１４９−１５５に記載される方法によって得ることができる。【００９３】
本明細書で使用される「ＨＯＸＡ１０遺伝子」又は「ＨＯＸＡ１０」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２６）で示されるＨｏｍｅｏｂｏｘ  Ａ１０遺伝子（ＤＮＡ）、ＨＯＸ１．８、ＭＧＣ１２８５９、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２６に記載のＨＯＸＡ１０遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＢＣ０１３９７１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＨＯＸＡ１０遺伝子はＬｏｗｎｅｙ Ｐ．ら、１９９１年、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．、第１９巻、ｐ．３４４３−３４４９ に記載される方法によって得ることができる。【００９４】
本明細書で使用される「ＰＰＰ１Ｒ１Ａ遺伝子」又は「ＰＰＰ１Ｒ１Ａ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２７）で示されるｐｒｏｔｅｉｎ  ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ  １，ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ（ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）ｓｕｂｕｎｉｔ  １Ａ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２７に記載のＰＰＰ１Ｒ１Ａ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００６７４１）やｐｒｏｔｅｉｎ  ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  １、ＩＰＰ−１、Ｉ−１、その他生物種ホモログなどが包含される。ＰＰＰ１Ｒ１Ａ遺伝子はＥｎｄｏ Ｓ．ら、１９９６年、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第３５巻、ｐ．５２２０−５２２８に記載される方法によって得ることができる。【００９５】
本明細書で使用される「ＭＹＯ９Ｂ遺伝子」又は「ＭＹＯ９Ｂ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２８）で示されｍｙｏｓｉｎｅ  ＩＸＢ遺伝子（ＤＮＡ）、ＭＹＲ５、ＣＥＬＩＡＣ４、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２８に記載のＭＹＯ９Ｂ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００４１４５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＹＯ９Ｂ遺伝子はＷｉｒｔｈ  Ｊ．Ａ．ら、１９９６年、Ｊ． Ｃｅｌｌ． Ｓｃｉ．、第１０９巻、ｐ．６５３−６６１に記載される方法によって得ることができる。【００９６】
本明細書で使用される「ＳＬＣＯ４Ｃ１遺伝子」又は「ＳＬＣＯ４Ｃ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号２９）で示されるｓｏｌｕｔｅ  ｃａｒｒｉｅｒ  ｏｒｇａｍｉｃ  ａｎｉｏｎ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ  ｆａｍｉｌｙ、ｍｅｍｂｅｒ４Ｃ１遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号２９に記載のＳＬＣＯ４Ｃ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿１８０９９１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＣＯ４Ｃ１遺伝子はＭｉｋｋａｉｃｈｉ  Ｔ．ら、２００４年、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ．、第１０１巻、ｐ．３５６９-３５７４に記載される方法によって得ることができる。【００９７】
本明細書で使用される「ＳＥＲＰＩＮＢ１３遺伝子」又は「ＳＥＲＰＩＮＢ１３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３０）で示されるＨＵＲＰＩＮ 遺伝子（ＤＮＡ）、ＨＡＣＡＴ  ＵＶ−ＲＥＰＲＥＳＳＩＢＬＥ  ＳＥＲＰＩＮ、ＰＲＯＴＥＡＳＥ  ＩＮＨＩＢＩＴＯＲ  １３、ＨＥＡＤＰＩＮ，ＳＥＲＰＩＮ  Ｂ１３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３０に記載のＳＥＲＰＩＮＢ１３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０１２３９７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＥＲＰＩＮＢ１３遺伝子はＳｐｒｉｎｇ  Ｐ．ら、１９９９年、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．、第２６４巻、ｐ．２９９−３０４に記載される方法によって得ることができる。  
本明細書で使用される「ＳＤＣ２遺伝子」又は「ＳＤＣ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３１）で示されるＳｙｎｄｅｃａｎ２遺伝子（ＤＮＡ）、ｈｅｐａｒａｎ  ｓｕｌｆａｔｅ  ｐｒｏｔｅｏｇｌｙｃａｎ  １，ｃｅｌｌ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ，ｆｉｂｒｏｇｌｙｃａｎ、Ｈｕｍａｎ  ｈｅｐａｒａｎ  ｓｕｌｆａｔｅ  ｐｒｏｔｅｏｇｌｙｃａｎ（ＨＳＰＧ）ｃｏｒｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ３‘ｅｎｄ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３１に記載のＳＤＣ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．Ｊ０４６２１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＤＣ２遺伝子はｄｅ  Ｂｏｅｃｋ  Ｈ．ら、１９８７年、Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｊ．、第２４７巻、ｐ．７６５−７７１に記載される方法によって得ることができる。  
本明細書で使用される「ＴＯＲ１Ａ遺伝子」又は「ＴＯＲ１Ａ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３２）で示されるｔｏｒｓｉｎ  ｆａｍｉｌｙ，ｍｅｍｂｅｒ  Ａ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｄｙｓｔｏｎｉａ１、ＤＹＴ１、ＤＱ２、ｔｏｒｓｉｎ  Ａ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３２に記載のＴＯＲ１Ａ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０００１１３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＴＯＲ１Ａ遺伝子はＯｚｅｌｉｕｓ  Ｌ．Ｊ．ら、１９９７年、Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．、第１７巻、ｐ．４０−４８に記載される方法によって得ることができる。  
本明細書で使用される「ＲＰＬ１８Ａ遺伝子」又は「ＲＰＬ１８Ａ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３３）で示されるｒｉｂｏｓｏｍａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｌ１８ａ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３３に記載のＲＰＬ１８Ａ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０００９８０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＰＬ１８Ａ遺伝子はＡｄａｍｓ  Ｍ．Ｄ．ら、１９９２年、Ｎａｔｕｒｅ、第３５５巻、ｐ．６３２−６３４に記載される方法によって得ることができる。  
本明細書で使用される「ＧＡＳ７遺伝子」又は「ＧＡＳ７」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３４）で示されるＧｒｏｗｔｈ−ａｒｒｅｓｔ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｐｒｏｔｅｉｎ７遺伝子（ＤＮＡ）、ＧＡＳ−７、ＭＧＣ１３４８、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３４に記載のＧＡＳ７遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿２０１４３２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＡＳ７遺伝子はＪｕ  Ｙ．Ｔ．ら、１９９８年、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ．、第９５巻、ｐ．１１４２３−１１４２８に記載される方法によって得ることができる。  
本明細書で使用される「ＷＩＳＰ１遺伝子」又は「ＷＩＳＰ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３５）で示されるＷＮＴ１  ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｐａｔｈｗａｙ  ｐｒｏｔｅｉｎ  １遺伝子（ＤＮＡ）、ＣＣＮ４、ＷＩＳＰ１ｃ、ＷＩＳＰ１ｉ、ＷＩＳＰ１ｔｃ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３５に記載のＷＩＳＰ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿００３８８２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＷＩＳＰ１遺伝子はＰｅｎｎｉｃａ  Ｄ．ら、１９９８年、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ．、第９５巻、ｐ．１４７１７−１４７２２に記載される方法によって得ることができる。  
本明細書で使用される「ＣＡＣＮＧ４遺伝子」又は「ＣＡＣＮＧ４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３６）で示されるＶｏｌｔａｇｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｃａｌｃｉｕｍ  ｃｈａｎｎｅｌ  ｇａｍｍａ−４  ｓｕｂｕｎｉｔ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｎｅｕｒｏｎａｌ  ｖｏｌｔａｇｅ−ｇａｔｅｄ  ｃａｌｃｉｕｍ  ｃｈａｎｎｅｌ  ｇａｍｍａ−４  ｓｕｂｕｎｉｔ、ＭＧＣ１１１３８、ＭＧＣ２４９８３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３６に記載のＣＡＣＮＧ４遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０１４４０５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＡＣＮＧ４遺伝子はＢｕｒｇｅｓｓ  Ｄ．Ｌ．ら、１９９９年、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．、第９巻、ｐ．１２０４−１２１３に記載される方法によって得ることができる。  
本明細書で使用される「Ｓ１００Ｐ遺伝子」又は「Ｓ１００Ｐ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３７）で示されるＳ−１００Ｐ  ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｓ１００  ｃａｌｃｉｕｍ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐ、ＭＩＧ９、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３７記載のＳ１００Ｐ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿００５９８０）やその他生物種ホモログなどが包含される。Ｓ１００Ｐ遺伝子はＢｅｃｋｅｒ  Ｔ．ら、１９９２年、Ｅｕｒ．  Ｊ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．、第２０７巻、ｐ．５４１−５４７に記載される方法によって得ることができる。  
本明細書で使用される「ＵＣＨＬ５遺伝子」又は「ＵＣＨＬ５」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３８）で示されるｕｂｉｑｕｉｔｉｎ  ｃａｒｂｏｘｙｌ−ｔｅｒｍｉｎａｌ  ｈｙｄｒｏｌａｓｅ  Ｌ５遺伝子（ＤＮＡ）、ＵＣＨ３７、ＣＧＩ−７０、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３８に記載のＵＣＨＬ５遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０１５９８４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＵＣＨＬ５遺伝子はＷｉｃｋｓ  Ｓ．Ｊ．ら、２００５年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第２４巻、ｐ．８０８０−８０８４に記載される方法によって得ることができる。【００９８】
本明細書で使用される「ＡＰＱ３遺伝子」又は「ＡＰＱ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号３９）で示されるＡｑｕａｐｏｒｉｎ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号３９に記載のＡＰＱ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．  ＮＭ＿００４９２５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＡＰＱ３遺伝子はＫｕｒｉｙａｍａ Ｈ．ら、１９９７年、Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ｒｅｓ． Ｃｏｍｍｕｎ．、第２４１巻、ｐ．５３−５８に記載される方法によって得ることができる。【００９９】
本明細書で使用される「ＮＳＵＮ５遺伝子」又は「ＮＳＵＮ５」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４０）で示されるＮＯＬ１／ＮＯＰ２／Ｓｕｎ ｄｏｍａｉｎ ｆａｍｉｌｙ，ｍｅｍｂｅｒ ５遺伝子（ＤＮＡ）、ｐ１２０、ＮＯＬ１Ｒ、ＮＯＬ１、ＭＧＣ９８６、ＮＳＵＮ５Ａ、ＷＢＳＣＲ２０、ＦＬＪ１０２６７、ＷＢＳＣＲ２０Ａ、ｐ１２０（ＮＯＬ１）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４０に記載のＮＳＵＮ５遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１８０４４）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＮＳＵＮ５遺伝子はＤｏｌｌ Ａ．ら、２００１年、Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔ． Ｃｅｌｌ Ｇｅｎｅｔ．、第９５巻、ｐ．２０−２７に記載される方法によって得ることができる。【０１００】
本明細書で使用される「Ｂ４ＧＡＬＴ２遺伝子」又は「Ｂ４ＧＡＬＴ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４１）で示されるＵＤＰ−Ｇａｌ：ｂｅｔａＧｌｃＮＡｃ ｂｅｔａ  １，４−ｇａｌａｃｔｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ，ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ ２遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４１に記載のＢ４ＧＡＬＴ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＢＣ０９６８２１）やその他生物種ホモログなどが包含される。Ｂ４ＧＡＬＴ２遺伝子はＬｏ Ｎ．Ｗ．ら、１９９８年、Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ、第８巻、ｐ．５１７−５２６に記載される方法によって得ることができる。【０１０１】
本明細書で使用される「ＣＤ４８遺伝子」又は「ＣＤ４８」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４２）で示されるＣＤ４８ ｍｏｌｅｃｕｌｅ遺伝子（ＤＮＡ）、ＢＣＭ１、ＢＬＡＳＴ、ｈＣＤ４８、ｍＣＤ４８、ＢＬＡＳＴ１、ＳＬＡＭＦ２、ＭＥＭ−１０２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４２に記載のＣＤ４８遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１７７８）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＤ４８遺伝子はＷｏｎｇ Ｙ．Ｗ．ら、１９９０年、Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ．、第１７１巻、ｐ．２１１５−２１３０に記載される方法によって得ることができる。【０１０２】
本明細書で使用される「ＤＡＢ２遺伝子」又は「ＤＡＢ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４３）で示されるＤｉｓａｂｌｅｄ ｈｏｍｏｌｏｇ ２，ｍｉｔｏｇｅｎ−ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ  ｐｈｏｓｐｈｏｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、ＤＯＣ２、ＤＯＣ−２、ＦＬＪ２６６２６、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４３に記載ＤＡＢ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１３４３やその他生物種ホモログなどが包含される。ＤＡＢ２遺伝子はＡｌｂｅｒｔｓｅｎ Ｈ．Ｍ．ら、１９９６年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第３３巻、ｐ．２０７−２１３に記載される方法によって得ることができる。【０１０３】
本明細書で使用される「ＥＢＩ３遺伝子」又は「ＥＢＩ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４４）で示されるＥｐｓｔｅｉｎ−ｂａｒｒ  ｖｉｒｕｓ  ｉｎｄｕｃｅｄ  ｇｅｎｅ  ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４４に記載のＥＢＩ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５７５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＢＩ３遺伝子はＤｅｖｅｒｇｎｅ Ｏ．ら、１９９６年、Ｊ． Ｖｉｒｏｌ．、第７０巻、ｐ．１１４３−１１５３に記載される方法によって得ることができる。【０１０４】
本明細書で使用される「ＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子」又は「ＭＡＰ３Ｋ１２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４５）で示されｍｉｔｏｇｅｎ−ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｋｉｎａｓｅ  ｋｉｎａｓｅ  １２遺伝子（ＤＮＡ）、ＤＬＫ、ＭＵＫ、ＺＰＫ、ＺＰＫＰ１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４５に記載のＭＡＰＫ１２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿００６３０１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子はＲｅａｄｙ Ｕ．Ｒ．とＰｌｅａｓｕｒｅ  Ｄ．、１９９４年、Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  Ｒｅｓ．  Ｃｏｍｍｕｎ．、第２０２巻、ｐ．６１３−６２０に記載される方法によって得ることができる。【０１０５】
本明細書で使用される「ＳＰＥＮ遺伝子」又は「ＳＰＥＮ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４６）で示されるｓｐｅｎ  ｈｏｍｏｌｏｇ，ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ遺伝子（ＤＮＡ）、ＭＩＮＴ，ＳＨＡＲＰ，ＫＩＡＡ０９２９，ＲＰ１−１３４Ｏ１９．１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４６に記載のＳＰＥＮ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０１５００１）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＰＥＮ遺伝子はＳｈｉ  Ｔ．ら、２００１年、Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．、第１５巻、ｐ．１１４０−１１５１に記載される方法によって得ることができる。  
本明細書で使用される「ＡＲＨＧＥＦ３遺伝子」又は「ＡＲＨＧＥＦ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４７）で示されるＲｈｏ  ｇｕａｎｉｎｅ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｅｘｃｈａｎｇｅ  ｆａｃｔｏｒ（ＧＥＦ）３遺伝子（ＤＮＡ）、ＧＥＦ、ＳＴＡ３、ＸＰＬＮ、ＭＧＣ１１８９０５、ＤＫＦＺＰ４３４Ｆ２４２９、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４７に記載のＡＲＨＧＥＦ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿０１９５５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＡＲＨＧＥＦ３遺伝子はＴｈｉｅｓｅｎ  Ｓ．ら、２０００年、Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  Ｒｅｓ．  Ｃｏｍｍｕｎ．、第２７３巻、ｐ．３６４−３６９に記載される方法によって得ることができる。  
本明細書で使用される「ＣＯＬ３Ａ１遺伝子」又は「ＣＯＬ３Ａ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４８）で示される３‘  ｒｅｇｉｏｎ  ｆｏｒ  ｐｒｏ−ａｌｐｈａ（ＩＩＩ）  ｃｏｌｌａｇｅｎ遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４８に記載のＣＯＬ３Ａ１遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．Ｘ０６７００）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＯＬ３Ａ１遺伝子はＬｏｉｄｌ  Ｈ．Ｒ．ら、１９８４年、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．、第１６巻、ｐ．９３８３−９３９４に記載される方法によって得ることができる。  
本明細書で使用される「ＣＳＴＢ遺伝子」又は「ＣＳＴＢ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号４９）で示されるＣｙｓｔａｔｉｎ−Ｂ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｓｔｅｆｉｎ−Ｂ、Ｌｉｖｅｒ ｔｈｉｏｌ ｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ、ＣＰＩ−Ｂ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号４９に記載のＣＳＴＢ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．ＮＭ＿０００１００）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＳＴＢ遺伝子は、Ｊｅｒａｌａ， Ｒ．ら、１９８８年、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．、第２３９巻、ｐ.４１−４４に記載される方法によって得ることができる。【０１０６】
本明細書で使用される「ＳＰＲＲ３遺伝子」又は「ＳＰＲＲ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５０）で示されるＳｍａｌｌ  ｐｒｏｌｉｎｅ−ｒｉｃｈ  ｐｒｏｔｅｉｎ３遺伝子（ＤＮＡ）、Ｃｏｒｎｉｆｉｎｅ、Ｅｓｏｐｈａｇｉｎ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５０に記載のＳＰＲＲ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５４１６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＰＲＲ３遺伝子はＡｂｒａｈａｍ Ｊ．Ｍ．ら、１９９６年、Ｃｅｌｌ Ｇｒｏｗｔｈ Ｄｉｆｆｅｒ．、第７巻、ｐ.８５５−８６０に記載される方法によって得ることができる。【０１０７】
本明細書で使用される「ＳＬＩＴ２遺伝子」又は「ＳＬＩＴ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５１）で示されるＳｌｉｔ ｈｏｍｏｌｏｇ２  ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｓｌｉｔ−２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５１に記載のＳＬＩＴ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００４７８７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＩＴ２遺伝子はＨｏｌｍｅｓ Ｇ．Ｐ．ら、１９９８年、Ｍｅｃｈ． Ｄｅｖ．、第７９巻、ｐ.５７−７２に記載される方法によって得ることができる。【０１０８】
本明細書で使用される「ＣＡＭＫ２Ｂ遺伝子」又は「ＣＡＭＫ２Ｂ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５２）で示されるＣａｌｃｉｕｍ／ｃａｌｍｏｄｕｌｉｎ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ｔｙｐｅ  ＩＩ  ｂｅｔａ  ｃｈａｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、ＣａＭ−ｋｉｎａｓｅ  ＩＩ  ｂｅｔａ  ｃｈａｉｎ、ＣａＭ  ｋｉｎａｓｅ  ＩＩ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ｂｅｔａ、ＣａＭＫ−ＩＩ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ｂｅｔａ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５２に記載ＣＡＭＫ２Ｂ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１２２０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＣＡＭＫ２Ｂ遺伝子はＴｏｍｂｅｓ Ｒ．Ｍ．ら、１９９７年、Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ａｃｔａ．、第１３５５巻、ｐ.２８１−２９２に記載される方法によって得ることができる。【０１０９】
本明細書で使用される「ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子」又は「ＳＬＣ２Ａ１４」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５３）で示されるＳｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ  ２遺伝子（ＤＮＡ）、ｆａｃｉｌｉｔａｔｅｄ  ｇｌｕｃｏｓｅ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ  ｍｅｍｂｅｒ  １４、Ｇｌｕｃｏｓｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ ｔｙｐｅ  １４、ＧＬＵＴ１４、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５３に記載のＳＬＣ２Ａ１４遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿１５３４４９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子はＷｕ Ｘら、２００２年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第８０巻、ｐ.５５３−５５７に記載される方法によって得ることができる。【０１１０】
本明細書で使用される「ＳＡＴＢ２遺伝子」又は「ＳＡＴＢ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５４）で示されるＤＮＡ−ｂｉｏｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ＳＡＴＢ２遺伝子（ＤＮＡ）、Ｓｐｅｃｉａｌ ＡＴ−ｒｉｃｈ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ−ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ２、ＦＬＪ２１４７４、ＫＩＡＡ１０３４、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５４に記載のＳＡＴＢ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１５２６５）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＡＴＢ２遺伝子はＦｉｔｚＰａｔｒｉｃｋ Ｄ．Ｒ．ら、２００３年、Ｈｕｍ． Ｍｏｌ． Ｇｅｎｅｔ．、第１２巻、ｐ.２４９１−２５０１に記載される方法によって得ることができる。【０１１１】
本明細書で使用される「ＳＥＰＴ６遺伝子」又は「ＳＥＰＴ６」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５５）で示されるＳｅｐｔｉｎ−６遺伝子（ＤＮＡ）、ＫＩＡＡ０１２８、ＭＧＣ１６６１９、ＭＧＣ２０３３９、ＳＥＰ２、ＳＥＰＴ２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５５に記載のＳＥＰＴ６遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０１５１２９）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＳＥＰＴ６遺伝子はＳｕｉ Ｌ．ら、２００３年、Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ｒｅｓ． Ｃｏｍｍｕｎ．、第３０４巻、ｐ. ３９３−３９８に記載される方法によって得ることができる。【０１１２】
本明細書で使用される「ＧＡＬＮＳ遺伝子」又は「ＧＡＬＮＳ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５６）で示されるＧａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ（Ｎ−ａｃｅｔｙｌ）−６−ｓｕｌｆａｔｅ  ｓｕｌｆａｔａｓｅ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｍｏｒｑｕｉｏ ｓｙｎｄｒｏｍｅ，ｍｕｃｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｏｓｉｓ ｔｙｐｅ ＩＶＡ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５６に記載のＧＡＬＮＳ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿０００５１２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＧＡＬＮＳ遺伝子はＮａｋａｓｈｉｍａ Ｙ．ら、１９９４年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第２０巻、ｐ．９９−１０４に記載される方法によって得ることができる。【０１１３】
本明細書で使用される「ＴＲＯＡＰ遺伝子」又は「ＴＲＯＡＰ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５７）で示されるＴｒｏｐｈｉｎｉｎ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（ＤＮＡ）、ｔａｓｔｉｎ、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５７に記載のＴＲＯＡＰ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５４８０）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＴＲＯＡＰ遺伝子はＦｕｋｕｄａ Ｍ．Ｎ．ら、１９９５年、Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．、第９巻、ｐ．１１９９−１２１０に記載される方法によって得ることができる。【０１１４】
本明細書で使用される「ＸＲＣＣ３遺伝子」又は「ＸＲＣＣ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５８）で示されるＸ−ｒａｙ ｒｅｐａｉｒ ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔｉｎｇ ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ ｒｅｐａｉｒ ｉｎ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｃｅｌｌｓ ３遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５８に記載のＸＲＣＣ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５４３２）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＸＲＣＣ３遺伝子はＴｅｂｂｓ Ｒ．Ｓ．ら、１９９５年、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、第９２巻、ｐ．６３５４−６３５８に記載される方法によって得ることができる。【０１１５】
本明細書で使用される「ＦＧＦ３遺伝子」又は「ＦＧＦ３」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号５９）で示されるＦｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ３遺伝子（ＤＮＡ）、ｍｕｒｉｎｅ  ｍａｍｍａｒｙ  ｔｕｍｏｒ  ｖｉｒｕｓ  ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ  ｓｉｔｅ（ｖ−ｉｎｔ−２）ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ｈｏｍｏｌｏｇ、ＩＮＴ−２、ＨＢＧＦ−３、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号５９に記載のＦＧＦ３遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００５２４７）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＦＧＦ３遺伝子はＢｒｏｏｋｅｓ Ｓ．ら、１９８９年、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ、第４巻、ｐ．４２９−４３６に記載される方法によって得ることができる。【０１１６】
本明細書で使用される「ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子」又は「ＥＩＦ４ＥＢＰ２」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号６０）で示されるｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ  ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ  ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ  ｆａｃｔｏｒ  ４Ｅ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ２遺伝子（ＤＮＡ）、４ＥＢＰ２、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号６０に記載のＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００４０９６）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子はＰａｕｓｅ Ａ．ら、１９９４年、Ｎａｔｕｒｅ．、第３７１巻、ｐ．７６２−７６７に記載される方法によって得ることができる。ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子は食道ガン株化細胞の転移性亜株で発現が増加していることが、Ｋａｗａｍａｔａ  Ｈ.ら、２００３年、Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、第９４巻、ｐ.６９９―７０６に示されている。【０１１７】
本明細書で使用される「ＲＲＭ１遺伝子」又は「ＲＲＭ１」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号６１）で示されるｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｒｅｄｕｃｔａｓｅ  Ｍ１  ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ遺伝子（ＤＮＡ）、Ｒ１、ＲＲ１、ＲＩＲ１、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号６１に記載のＲＲＭ１ 遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ． ＮＭ＿００１０３３）やその他生物種ホモログなどが包含される。ＲＲＭ１遺伝子はＰａｒｋｅｒ Ｎ．Ｊ．ら、１９９４年、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、第１９巻、ｐ．９１−９６に記載される方法によって得ることができる。【０１１８】
本明細書で使用される「Ｍ６ＰＲ遺伝子」又は「Ｍ６ＰＲ」という用語は、配列番号で指定しない限り、特定塩基配列（配列番号６２）で示されるｍａｎｎｏｓｅ−６−ｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ（ｃａｔｉｏｎ  ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ）遺伝子（ＤＮＡ）、その同族体、変異体及び誘導体などをコードする遺伝子（ＤＮＡ）を包含する。具体的には、配列番号６２に記載のＭ６ＰＲ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｏ．ＮＭ＿００２３５５）やその他生物種ホモログなどが包含される。Ｍ６ＰＲ遺伝子はＰｏｈｌｍａｎｎ  Ｒ．ら、１９８７年、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ、第８４巻、ｐ．５５７５−５５７９に記載される方法によって得ることができる。
【発明の効果】
【０１１９】
本発明は、食道ガンの診断及び治療に有用な疾患判定用組成物及び該組成物を用いた食道ガンの判定（又は検出）方法を提供するものであり、これによって、食道ガンに対して特異的かつ高予測率の、及び迅速でかつ簡便な、判定方法を提供するという格別の作用効果を有する。【０１２０】
本明細書は本願の優先権の基礎である日本国特許出願2008-133491号の明細書および／または図面に記載される内容を包含する。
【図面の簡単な説明】
【０１２１】
【図１】表１に記載の遺伝子に対応する配列番号６３〜１２４のポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の食道ガン細胞の存在検出率を示す。縦軸は、検体中の食道ガン組織の存在を検出できる確率、横軸は、表１に記載の配列番号において、順に増やした、食道ガン検出に必要な遺伝子の合計数をそれぞれ示す。
【図２】表１に記載の遺伝子に対応する配列番号６３〜１２４のポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の食道ガン細胞の存在検出率を示す。縦軸は、検体中の食道ガン組織の存在率を示す確率、横軸は左から順に食道ガン組織から得たｔｏｔａｌ  ＲＮＡと食道ガンを含まない組織から得たｔｏｔａｌ  ＲＮＡの比率が９：１，８：２，７：３，６：４，５：５，４：６，３：７，２：８，１：９となるように混合したＲＮＡのカクテルから得たデータをそれぞれ示す。
【図３】表１に記載の遺伝子に対応する配列番号６３〜１２４のポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の生検組織由来の食道ガン細胞の存在検出率を示す。縦軸は、生検中の食道ガン組織の存在率を示す確率、横軸は左の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含まない生検組織から得たデータ、右の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含む生検組織から得たデータをそれぞれ示す。
【図４】国際公開第２００６／１１８３０８号に記載の食道ガン診断用組成物に対応するポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の食道ガン細胞の存在検出率を示す。判別マシーンは特許文献６に記載の方法に従い、ガン判別用判別マシーンを作成して生検中の食道ガン組織の存在率を判別した。縦軸は、生検中の食道ガン組織の存在率を示す確率、横軸は左の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含まない生検組織から得たデータ、右の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含む生検組織から得たデータをそれぞれ示す。
【図５】国際公開第２００６／１１８３０８号に記載の食道ガン診断用組成物に対応するポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の食道ガン細胞の存在検出率を示す。判別マシーンは特許文献６に記載の方法に従い、非ガン判別用判別マシーンを作成して生検中の食道ガン組織の存在率を判別した。縦軸は、生検中の食道ガン組織の存在率を示す確率、横軸は左の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含まない生検組織から得たデータ、右の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含む生検組織から得たデータをそれぞれ示す。
【図６】国際公開第２００６／１１８３０８号に記載の食道ガン診断用組成物に対応するポリヌクレオチドを組み合わせて用いた場合の食道ガン細胞の存在検出率を示す。判別マシーンは本明細書に記載の方法を用いて作成して生検中の食道ガン組織の存在率を判別した。縦軸は、生検中の食道ガン組織の存在率を示す確率、横軸は左の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含まない生検組織から得たデータ、右の枠が内視鏡により採取した食道ガン患者の食道ガンを含む生検組織から得たデータをそれぞれ示す。
【発明を実施するための形態】
【０１２２】
以下に本発明をさらに具体的に説明する。
【０１２３】
１．食道ガンの標的核酸
本発明の上記定義の食道ガン診断用組成物及びキットを使用して食道ガン又は食道ガン細胞の存在及び／又は不存在を判定するための食道ガンマーカーとしての標的核酸には、例えば、配列番号１〜６２で表される塩基配列を含むヒト遺伝子（すなわち、それぞれ、ＥＹＡ２、ＳＥＲＦ１Ａ、ＩＧＨＧ１、ＩＴＳＮ２、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５、ＨＳＰＡ１Ａ、ＮＭＵ、Ｅ２Ｆ３、ＥＳＲ２、ＣＦＤＰ１、ＨＳＰＣ１９０、ＣＯＬ１Ａ２、ＧＣＳ１、ＰＡＲＬ、ＣＥＬＳＲ２、ＮＤＲＧ１、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＴＵＳＣ２、ＳＬＣ４Ａ１、ＭＳ４Ａ７、ＴＭＳＢ４Ｘ、ＰＲＣ１、ＶＣＰ、ＲＢＭ９、ＧＰＲ１２６、ＨＯＸＡ１０、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、ＭＹＯ９Ｂ、ＳＬＣＯ４Ｃ１、ＳＥＲＰＩＮＢ１３、ＳＤＣ２、ＴＯＲ１Ａ、ＲＰＬ１８Ａ、ＧＡＳ７、ＷＩＳＰ１、ＣＡＣＮＧ４、Ｓ１００Ｐ、ＵＣＨＬ５、ＡＱＰ３、ＮＳＵＮ５、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＣＤ４８、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＳＰＥＮ、ＡＲＨＧＥＦ３、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＳＴＢ、ＳＰＲＲ３、ＳＬＩＴ２、ＣＡＭＫ２Ｂ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＡＴＢ２、ＳＥＰＴ６、ＧＡＬＮＳ、ＴＲＯＡＰ、ＸＲＣＣ３、ＦＧＦ３、ＥＩＦ４ＥＢＰ２、ＲＲＭ１、及びＭ６ＰＲ）、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体が含まれる。ここで、遺伝子、同族体、転写産物、ｃＤＮＡ、変異体及び誘導体は、上記定義のとおりである。好ましい標的核酸は、配列番号１〜６２で表される塩基配列を含むヒト遺伝子、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、より好ましくは該転写産物又はｃＤＮＡである。
【０１２４】
本発明において食道ガンの標的となる上記遺伝子はいずれも、健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者において発現レベルが増加／低下しているものである（後述の実施例の表１参照）。
【０１２５】
第１の標的核酸は、ＥＹＡ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＥＹＡ２遺伝子又はその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１２６】
第２の標的核酸は、ＳＥＲＦ１Ａ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＥＲＦ１Ａ遺伝子又はその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１２７】
第３の標的核酸は、ＩＧＨＧ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＩＧＨＧ１遺伝子又はその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１２８】
第４の標的核酸は、ＩＴＳＮ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＩＴＳＮ２遺伝子又はその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１２９】
第５の標的核酸は、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＲＡＢ１１ＦＩＰ５遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１３０】
第６の標的核酸は、ＨＳＰＡ１Ａ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＨＳＰＡ１Ａ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１３１】
第７の標的核酸は、ＮＭＵ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＮＭＵ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１３２】
第８の標的核酸は、Ｅ２Ｆ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＥ２Ｆ３遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１３３】
第９の標的核酸は、ＥＳＲ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＥＳＲ２遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１３４】
第１０の標的核酸は、ＣＦＤＰ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＦＤＰ１遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１３５】
第１１の標的核酸は、ＨＳＰＣ１９０遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＨＳＰＣ１９０遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１３６】
第１２の標的核酸は、ＣＯＬ１Ａ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＯＬ１Ａ２遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１３７】
第１３の標的核酸は、ＧＣＳ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＧＣＳ１遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１３８】
第１４の標的核酸は、ＰＡＲＬ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＡＲＬ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１３９】
第１５の標的核酸は、ＣＥＬＳＲ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＥＬＳＲ２遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１４０】
第１６の標的核酸は、ＮＤＲＧ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＮＤＲＧ１遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１４１】
第１７の標的核酸は、ＳＬＣ２５Ａ４４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＬＣ２５Ａ４４遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１４２】
第１８の標的核酸は、ＴＵＳＣ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＴＵＳＣ２遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１４３】
第１９の標的核酸は、ＳＬＣ４Ａ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＬＣ４Ａ１遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１４４】
第２０の標的核酸は、ＭＳ４Ａ７遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＭＳ４Ａ７遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１４５】
第２１の標的核酸は、ＴＭＳＢ４Ｘ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＴＭＳＢ４Ｘ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１４６】
第２２の標的核酸は、ＰＲＣ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＲＣ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１４７】
第２３の標的核酸は、ＶＣＰ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＶＣＰ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１４８】
第２４の標的核酸は、ＲＢＭ９遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＲＢＭ９遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１４９】
第２５の標的核酸は、ＧＰＲ１２６遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＧＰＲ１２６遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１５０】
第２６の標的核酸は、ＨＯＸＡ１０遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＨＯＸＡ１０遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１５１】
第２７の標的核酸は、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＰＰＰ１Ｒ１Ａ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１５２】
第２８の標的核酸は、ＭＹＯ９Ｂ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＭＹＯ９Ｂ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１５３】
第２９の標的核酸は、ＳＬＣＯ４Ｃ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＬＣＯ４Ｃ１遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１５４】
第３０の標的核酸は、ＳＥＲＰＩＮＢ１３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＥＲＰＩＮＢ１３遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１５５】
第３１の標的核酸は、ＳＤＣ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＤＣ２遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１５６】
第３２の標的核酸は、ＴＯＲ１Ａ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＴＯＲ１Ａ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１５７】
第３３の標的核酸は、ＲＰＬ１８Ａ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＲＰＬ１８Ａ遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１５８】
第３４の標的核酸は、ＧＡＳ７遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＧＡＳ７遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１５９】
第３５の標的核酸は、ＷＩＳＰ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＷＩＳＰ１遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１６０】
第３６の標的核酸は、ＣＡＣＮＧ４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＣＡＣＮＧ４遺伝子及びその転写産物の発現の増加が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１６１】
第３７の標的核酸は、Ｓ１００Ｐ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。Ｓ１００Ｐ遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１６２】
第３８の標的核酸は、ＵＣＨＬ５遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＵＣＨＬ５遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１６３】
第３９の標的核酸は、ＡＱＰ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＡＱＰ３遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１６４】
第４０の標的核酸は、ＮＳＵＮ５遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＮＳＵＮ５遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１６５】
第４１の標的核酸は、Ｂ４ＧＡＬＴ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＢ４ＧＡＬＴ２遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１６６】
第４２の標的核酸は、ＣＤ４８遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＤ４８遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１６７】
第４３の標的核酸は、ＤＡＢ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＤＡＢ２遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１６８】
第４４の標的核酸は、ＥＢＩ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＥＢＩ３遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１６９】
第４５の標的核酸は、ＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＭＡＰ３Ｋ１２遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１７０】
第４６の標的核酸は、ＳＰＥＮ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＰＥＮ遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１７１】
第４７の標的核酸は、ＡＲＨＧＥＦ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＡＲＨＧＥＦ３遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１７２】
第４８の標的核酸は、ＣＯＬ３Ａ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＣＯＬ３Ａ１遺伝子及びその転写産物の発現が食道ガンのマーカーになりうるということは知られている（Ｓｕ, Ｈ．ら、２００３年、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第６３巻、ｐ.３８７２-３８７６）。
【０１７３】
第４９の標的核酸は、ＣＳＴＢ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＣＳＴＢ遺伝子又はその転写産物の発現が食道ガンのマーカーになりうるということが知られている（ＷＯ０３０４２６６１、Ｓｈｉｒａｉｓｈｉ,Ｔ．ら、１９９８年、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ、第７９巻、ｐ.１７５-１７８）。
【０１７４】
第５０の標的核酸は、ＳＰＲＲ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＰＲＲ３遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８、国際公開２００３／０４２６６１パンフレット、Ｃｈｅｍ，Ｂ．Ｓ．ら、２０００年、Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ、第２１巻、ｐ２１４７−２１５０、Ａｂｒａｈａｍ，Ｊ．Ｍ．ら、１９９６年、Ｃｅｌｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  ＆  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ、第７巻、ｐ８５５−８６０）。
【０１７５】
第５１の標的核酸は、ＳＬＩＴ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＬＩＴ２遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１７６】
第５２の標的核酸は、ＣＡＭＫ２Ｂ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＣＡＭＫ２Ｂ遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１７７】
第５３の標的核酸は、ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＬＣ２Ａ１４遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１７８】
第５４の標的核酸は、ＳＡＴＢ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＳＡＴＢ２遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１７９】
第５５の標的核酸は、ＳＥＰＴ６遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでにＳＥＰＴ６遺伝子及びその転写産物の発現の減少が食道ガンのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【０１８０】
第５６の標的核酸は、ＧＡＬＮＳ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＧＡＬＮＳ遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１８１】
第５７の標的核酸は、ＴＲＯＡＰ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＴＲＯＡＰ遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１８２】
第５８の標的核酸は、ＸＲＣＣ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＸＲＣＣ３遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１８３】
第５９の標的核酸は、ＦＧＦ３遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＦＧＦ３遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１８４】
第６０の標的核酸は、ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＥＩＦ４ＥＢＰ２遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１８５】
第６１の標的核酸は、ＲＲＭ１遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。ＲＲＭ１遺伝子は上皮系悪性腫瘍のマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１９４６４Ａ１）。
【０１８６】
第６２の標的核酸は、Ｍ６ＰＲ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。Ｍ６ＰＲ遺伝子は食道ガンのマーカーとなることが知られている（ＷＯ０６１１８３０８）。
【０１８７】
２．食道ガンの標的ポリペプチド
本発明の上記定義の食道ガン診断用組成物及びキットを使用して食道ガン又は食道ガン細胞の存在及び／又は不存在を判定するための食道ガンマーカーとしての標的ポリペプチドには、例えば、配列番号１〜６２で表される塩基配列を含むヒト遺伝子（すなわち、それぞれ、ＥＹＡ２、ＳＥＲＦ１Ａ、ＩＧＨＧ１、ＩＴＳＮ２、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５、ＨＳＰＡ１Ａ、ＮＭＵ、Ｅ２Ｆ３、ＥＳＲ２、ＣＦＤＰ１、ＨＳＰＣ１９０、ＣＯＬ１Ａ２、ＧＣＳ１、ＰＡＲＬ、ＣＥＬＳＲ２、ＮＤＲＧ１、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＴＵＳＣ２、ＳＬＣ４Ａ１、ＭＳ４Ａ７、ＴＭＳＢ４Ｘ、ＰＲＣ１、ＶＣＰ、ＲＢＭ９、ＧＰＲ１２６、ＨＯＸＡ１０、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、ＭＹＯ９Ｂ、ＳＬＣＯ４Ｃ１、ＳＥＲＰＩＮＢ１３、ＳＤＣ２、ＴＯＲ１Ａ、ＲＰＬ１８Ａ、ＧＡＳ７、ＷＩＳＰ１、ＣＡＣＮＧ４、Ｓ１００Ｐ、ＵＣＨＬ５、ＡＱＰ３、ＮＳＵＮ５、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＣＤ４８、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＳＰＥＮ、ＡＲＨＧＥＦ３、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＳＴＢ、ＳＰＲＲ３、ＳＬＩＴ２、ＣＡＭＫ２Ｂ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＡＴＢ２、ＳＥＰＴ６、ＧＡＬＮＳ、ＴＲＯＡＰ、ＸＲＣＣ３、ＦＧＦ３、ＥＩＦ４ＥＢＰ２、ＲＲＭ１、及びＭ６ＰＲ）によってコードされるポリペプチド、例えば、配列番号１２５〜１８６で表されるアミノ酸配列を含むヒトポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体又は誘導体が含まれる。ここで、ポリペプチド、同族体、変異体及び誘導体は、上記定義のとおりである。好ましい標的ポリペプチドは、配列番号１２５〜１８６で表されるアミノ酸配列を含むヒトポリペプチドである。
【０１８８】
本発明において食道ガンの標的となる上記ポリペプチドはいずれも、対応する遺伝子及びその転写産物の発現量と同様に、非ガン組織に比べて食道ガン組織においてその発現量が低下すること、或いは血液中の該ポリペプチドのレベルが健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者において増加／低下することによって特徴付けられる。
【０１８９】
３．食道ガン診断用組成物
３．１核酸
本発明において、食道ガンを判定するための、あるいは食道ガンを診断するために使用可能な核酸組成物は、食道ガンの標的核酸としての、ヒト由来のＥＹＡ２、ＳＥＲＦ１Ａ、ＩＧＨＧ１、ＩＴＳＮ２、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５、ＨＳＰＡ１Ａ、ＮＭＵ、Ｅ２Ｆ３、ＥＳＲ２、ＣＦＤＰ１、ＨＳＰＣ１９０、ＣＯＬ１Ａ２、ＧＣＳ１、ＰＡＲＬ、ＣＥＬＳＲ２、ＮＤＲＧ１、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＴＵＳＣ２、ＳＬＣ４Ａ１、ＭＳ４Ａ７、ＴＭＳＢ４Ｘ、ＰＲＣ１、ＶＣＰ、ＲＢＭ９、ＧＰＲ１２６、ＨＯＸＡ１０、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、ＭＹＯ９Ｂ、ＳＬＣＯ４Ｃ１、ＳＥＲＰＩＮＢ１３、ＳＤＣ２、ＴＯＲ１Ａ、ＲＰＬ１８Ａ、ＧＡＳ７、ＷＩＳＰ１、ＣＡＣＮＧ４、Ｓ１００Ｐ、ＵＣＨＬ５、ＡＱＰ３、ＮＳＵＮ５、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＣＤ４８、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＳＰＥＮ、ＡＲＨＧＥＦ３、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＳＴＢ、ＳＰＲＲ３、ＳＬＩＴ２、ＣＡＭＫ２Ｂ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＡＴＢ２、ＳＥＰＴ６、ＧＡＬＮＳ、ＴＲＯＡＰ、ＸＲＣＣ３、ＦＧＦ３、ＥＩＦ４ＥＢＰ２、ＲＲＭ１、及びＭ６ＰＲ遺伝子、それらの同族体、それらの転写産物又はｃＤＮＡ、あるいはそれらの変異体又は誘導体の存在、発現レベル又は存在量を定性的及び/又は定量的に測定することを可能にする。
【０１９０】
上記の標的核酸は、健常な被験者と比べて食道ガンに罹患した被験者においてその発現レベルが増加又は低下（「増加／低下」）する。それゆえ、本発明の組成物は、食道ガン組織と正常食道組織について標的核酸の発現レベルを測定し、それらを比較するために有効に使用することができる。
【０１９１】
本発明で使用可能な組成物は、食道ガンに罹患した患者の生体組織において配列番号１〜６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、該塩基配列に相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でそれぞれハイブリダイズするポリヌクレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、ならびにそれらのポリヌクレオチド群の塩基配列において１５以上、好ましくは２０以上、より好ましくは２５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド群から選ばれた１又は複数（好ましくは３以上、より好ましくは５以上）のポリヌクレオチドの組み合わせを含む。
【０１９２】
具体的には、本発明の組成物は、以下の１又は複数（好ましくは３以上、より好ましくは５以上）のポリヌクレオチド又はその断片を含むことができる。
【０１９３】
（１）配列番号１〜６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０１９４】
（２）配列番号１〜６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
【０１９５】
（３）配列番号１〜６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０１９６】
（４）配列番号１〜３８で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
【０１９７】
（５）配列番号１〜３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０１９８】
（６）配列番号１〜３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
【０１９９】
（７）配列番号１〜３８で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２００】
（８）配列番号１〜３８で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２０１】
（９）配列番号３９〜６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２０２】
（１０）配列番号３９〜６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
【０２０３】
（１１）配列番号３９〜６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２０４】
（１２）配列番号３９〜６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
【０２０５】
（１３）配列番号３９〜６２で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２０６】
(１４) 配列番号３９〜６２で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２０７】
上記（１）〜(１４)のポリペプチドの断片は、各ポリヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する１５〜配列の全塩基数、１５〜５０００塩基、１５〜４５００塩基、１５〜４０００塩基、１５〜３５００塩基、１５〜３０００塩基、１５〜２５００塩基、１５〜２０００塩基、１５〜１５００塩基、１５〜１０００塩基、１５〜９００塩基、１５〜８００塩基、１５〜７００塩基、１５〜６００塩基、１５〜５００塩基、１５〜４００塩基、１５〜３００塩基、１５〜２５０塩基、１５〜２００塩基、１５〜１５０塩基、１５〜１４０塩基、１５〜１３０塩基、１５〜１２０塩基、１５〜１１０塩基、１５〜１００塩基、１５〜９０塩基、１５〜８０塩基、１５〜７０塩基、１５〜６０塩基、１５〜５０塩基、１５〜４０塩基、１５〜３０塩基又は１５〜２５塩基；２５〜配列の全塩基数、２５〜１０００塩基、２５〜９００塩基、２５〜８００塩基、２５〜７００塩基、２５〜６００塩基、２５〜５００塩基、２５〜４００塩基、２５〜３００塩基、２５〜２５０塩基、２５〜２００塩基、２５〜１５０塩基、２５〜１４０塩基、２５〜１３０塩基、２５〜１２０塩基、２５〜１１０塩基、２５〜１００塩基、２５〜９０塩基、２５〜８０塩基、２５〜７０塩基、２５〜６０塩基、２５〜５０塩基又は２５〜４０塩基；５０〜配列の全塩基数、５０〜１０００塩基、５０〜９００塩基、５０〜８００塩基、５０〜７００塩基、５０〜６００塩基、５０〜５００塩基、５０〜４００塩基、５０〜３００塩基、５０〜２５０塩基、５０〜２００塩基、５０〜１５０塩基、５０〜１４０塩基、５０〜１３０塩基、５０〜１２０塩基、５０〜１１０塩基、５０〜１００塩基、５０〜９０塩基、５０〜８０塩基、５０〜７０塩基又は５０〜６０塩基；６０〜配列の全塩基数、６０〜１０００塩基、６０〜９００塩基、６０〜８００塩基、６０〜７００塩基、６０〜６００塩基、６０〜５００塩基、６０〜４００塩基、６０〜３００塩基、６０〜２５０塩基、６０〜２００塩基、６０〜１５０塩基、６０〜１４０塩基、６０〜１３０塩基、６０〜１２０塩基、６０〜１１０塩基、６０〜１００塩基、６０〜９０塩基、６０〜８０塩基又は６０〜７０塩基などの範囲の塩基数を含むことができるが、これらに限定されないものとする。
【０２０８】
本発明の実施形態により、配列番号１〜６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチドの断片はそれぞれ、配列番号６３〜１２４で表される塩基配列又はその相補的配列、あるいはそれらの連続する１５塩基以上の部分配列、を含むことが好ましい。
【０２０９】
本発明の組成物には、例えば以下のポリヌクレオチドが包含される。
【０２１０】
(１)配列番号１〜３８で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２１１】
(２)配列番号１〜３８で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２１２】
(３)配列番号３９〜６２で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２１３】
(４)配列番号３９〜６２で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２１４】
(５)配列番号１〜３８で表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３〜１００で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２１５】
(６)配列番号１〜３８で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号６３〜１００で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２１６】
(７)配列番号３９〜６２で表される塩基配列において、配列番号１０１〜１２４で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２１７】
(８)配列番号３９〜６２で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号１０１〜１２４で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２１８】
本発明で使用される上記ポリヌクレオチド類又はその断片類はいずれもＤＮＡでもよいしＲＮＡでもよい。
【０２１９】
本発明の組成物としてのポリヌクレオチドは、ＤＮＡ組換え技術、ＰＣＲ法、ＤＮＡ／ＲＮＡ自動合成機による方法などの一般的な技術を用いて作製することができる。
【０２２０】
ＤＮＡ組換え技術及びＰＣＲ法は、例えばＡｕｓｕｂｅｌら，  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  ＵＳ  （１９９３）；  Ｓａｍｂｒｏｏｋら，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ    Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  ＵＳ  （１９８９）などに記載される技術を使用することができる。
【０２２１】
ヒト由来の、ＥＹＡ２、ＳＥＲＦ１Ａ、ＩＧＨＧ１、ＩＴＳＮ２、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５、ＨＳＰＡ１Ａ、ＮＭＵ、Ｅ２Ｆ３、ＥＳＲ２、ＣＦＤＰ１、ＨＳＰＣ１９０、ＣＯＬ１Ａ２、ＧＣＳ１、ＰＡＲＬ、ＣＥＬＳＲ２、ＮＤＲＧ１、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＴＵＳＣ２、ＳＬＣ４Ａ１、ＭＳ４Ａ７、ＴＭＳＢ４Ｘ、ＰＲＣ１、ＶＣＰ、ＲＢＭ９、ＧＰＲ１２６、ＨＯＸＡ１０、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、ＭＹＯ９Ｂ、ＳＬＣＯ４Ｃ１、ＳＥＲＰＩＮＢ１３、ＳＤＣ２、ＴＯＲ１Ａ、ＲＰＬ１８Ａ、ＧＡＳ７、ＷＩＳＰ１、ＣＡＣＮＧ４、Ｓ１００Ｐ、ＵＣＨＬ５、ＡＱＰ３、ＮＳＵＮ５、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＣＤ４８、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＳＰＥＮ、ＡＲＨＧＥＦ３、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＳＴＢ、ＳＰＲＲ３、ＳＬＩＴ２、ＣＡＭＫ２Ｂ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＡＴＢ２、ＳＥＰＴ６、ＧＡＬＮＳ、ＴＲＯＡＰ、ＸＲＣＣ３、ＦＧＦ３、ＥＩＦ４ＥＢＰ２、ＲＲＭ１、及びＭ６ＰＲ遺伝子は公知であり、前述のようにその取得方法も知られている。このため、これらの遺伝子をクローニングすることによって、本発明の組成物としてのポリヌクレオチドを作製することができる。
【０２２２】
本発明の組成物を構成するポリヌクレオチドは、ＤＮＡ自動合成装置を用いて化学的に合成することができる。この合成には一般にホスホアミダイト法が使用され、この方法によって約１００塩基までの一本鎖ＤＮＡを自動合成することができる。ＤＮＡ自動合成装置は、例えばＰｏｌｙｇｅｎ社、ＡＢＩ社、Ａｐｐｌｉｅｄ  ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ社などから市販されている。
【０２２３】
あるいは、本発明のポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡクローニング法によって作製することもできる。本発明において標的である上記遺伝子が発現される食道組織などの生体組織から抽出したｔｏｔａｌ  ＲＮＡをオリゴｄＴセルロースカラムで処理して得られるポリＡ（＋）ＲＮＡからＲＴ−ＰＣＲ法によってｃＤＮＡライブラリーを作製し、このライブラリーからハイブリダイゼーションスクリーニング、発現スクリーニング、抗体スクリーニングなどのスクリーニングによって目的のｃＤＮＡクローンを得ることができる。必要に応じて、ｃＤＮＡクローンをＰＣＲ法によって増幅することもできる。プローブ又はプライマーは、配列番号１〜６２に示される塩基配列に基づいて１５〜１００塩基の連続する配列の中から選択し、合成しうる。ｃＤＮＡクローニング技術は、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．& Ｒｕｓｓｅｌ，Ｄ． 著、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、２００１年１月１５日発行、の 第１巻７．４２〜７．４５、第２巻８．９〜８．１７に記載されている。
【０２２４】
３．２食道ガン診断用キット（抗体）
本発明はさらに、配列番号１２５〜１６２で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドに対する１又は複数（好ましくは３以上）の抗体、その断片、又はそれらの化学修飾誘導体を含む、食道ガン診断用キットを提供する。
【０２２５】
本発明のキットは、配列番号１６３〜１８６で表されるアミノ酸配列を有するポリペプチドに対する１又は複数（好ましくは２以上）の抗体、その断片又はそれらの化学修飾誘導体をさらに含むことができる。これらの抗体の併用によって、予後予測のための精度を高めることができる。
【０２２６】
すなわち、本発明により、食道ガンマーカーとしての、上記ＥＹＡ２、ＳＥＲＦ１Ａ、ＩＧＨＧ１、ＩＴＳＮ２、ＲＡＢ１１ＦＩＰ５、ＨＳＰＡ１Ａ、ＮＭＵ、Ｅ２Ｆ３、ＥＳＲ２、ＣＦＤＰ１、ＨＳＰＣ１９０、ＣＯＬ１Ａ２、ＧＣＳ１、ＰＡＲＬ、ＣＥＬＳＲ２、ＮＤＲＧ１、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＴＵＳＣ２、ＳＬＣ４Ａ１、ＭＳ４Ａ７、ＴＭＳＢ４Ｘ、ＰＲＣ１、ＶＣＰ、ＲＢＭ９、ＧＰＲ１２６、ＨＯＸＡ１０、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、ＭＹＯ９Ｂ、ＳＬＣＯ４Ｃ１、ＳＥＲＰＩＮＢ１３、ＳＤＣ２、ＴＯＲ１Ａ、ＲＰＬ１８Ａ、ＧＡＳ７、ＷＩＳＰ１、ＣＡＣＮＧ４、Ｓ１００Ｐ、ＵＣＨＬ５、ＡＱＰ３、ＮＳＵＮ５、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＣＤ４８、ＤＡＢ２、ＥＢＩ３、ＭＡＰ３Ｋ１２、ＳＰＥＮ、ＡＲＨＧＥＦ３、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＳＴＢ、ＳＰＲＲ３、ＳＬＩＴ２、ＣＡＭＫ２Ｂ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＡＴＢ２、ＳＥＰＴ６、ＧＡＬＮＳ、ＴＲＯＡＰ、ＸＲＣＣ３、ＦＧＦ３、ＥＩＦ４ＥＢＰ２、ＲＲＭ１、及びＭ６ＰＲ遺伝子によってコードされるポリペプチド、それらの同族体、あるいはそれらの変異体又は誘導体を検出するために、これらのポリペプチドに対する抗体を１又は複数組み合わせて用いることができる。
【０２２７】
これらのポリペプチドは、ＤＮＡ組換え技術によって得ることができる。例えば、上記のようにして得られたｃＤＮＡクローンを発現ベクターに組み込み、該ベクターによって形質転換又はトランスフェクションされた原核又は真核宿主細胞を培養することによって該細胞又は培養上清から得ることができる。ベクター及び発現系はＮｏｖａｇｅｎ社、宝酒造、第一化学薬品、Ｑｉａｇｅｎ社、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社、Ｐｒｏｍｅｇａ社、Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｉｔｉｃｓ社、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ社、Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社などから入手可能である。宿主細胞としては、細菌などの原核細胞（例えば大腸菌、枯草菌）、酵母（例えばサッカロマイセス・セレビシアエ）、昆虫細胞（例えばSf細胞）、哺乳動物細胞（例えばＣＯＳ、ＣＨＯ、ＢＨＫ）などを用いることができる。ベクターには、該ポリペプチドをコードするＤＮＡの他に、調節エレメント、例えばプロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、リボソーム結合部位、複製開始点、ターミネーター、選択マーカーなどを含むことができる。またポリペプチドの精製を容易にするために標識ペプチドをポリペプチドのＣ末端又はＮ末端につけた融合ポリペプチドとしてもよい。代表的な標識ペプチドには、６〜１０残基のヒスチジンリピート、ＦＬＡＧ、ｍｙｃペプチド、ＧＦＰポリペプチドなどが挙げられるが、標識ペプチドはこれらにかぎられるものではない。またＤＮＡ組換え技術については、Ｓａｍｂｒｏｏｋ， Ｊ． & Ｒｕｓｓｅｌ， Ｄ．（上記）に記載されている。
【０２２８】
標識ペプチドを付けずに本発明に係るポリペプチドを生産した場合には、その精製法として例えばイオン交換クロマトグラフィーによる方法を挙げることができる。またこれに加えて、ゲルろ過や疎水性クロマトグラフィー、等電点クロマトグラフィーなどを組み合わせる方法でもよい。一方、当該タンパクにヒスチジンリピート、ＦＬＡＧ、ｍｙｃ、ＧＦＰといった標識ペプチドを付けている場合には、一般に用いられるそれぞれの標識ペプチドに適したアフィニティークロマトグラフィーによる方法を挙げることができる。単離・精製が容易となるような発現ベクターを構築するとよい。特にポリペプチドと標識ペプチドとの融合ポリペプチドの形態で発現するように発現ベクターを構築し、遺伝子工学的に当該ポリペプチドを調製すれば、単離・精製も容易である。
【０２２９】
このようにして得られたポリペプチドを認識する抗体は、抗体の抗原結合部位を介して、該ポリペプチドに特異的に結合し得る。具体的には、配列番号１２５〜１８６のアミノ酸配列を有するポリペプチド又はその断片、その変異体ポリペプチド又は融合ポリペプチドなどを、それぞれに免疫反応性である抗体を産生するための免疫原として使用することが可能である。
【０２３０】
より具体的には、ポリペプチド、断片、変異体、融合ポリペプチドなどは、抗体形成を引き出す抗原決定基又はエピトープを含むが、これら抗原決定基又はエピトープは、直鎖でもよいし、より高次構造（断続的）でもよい。なお、該抗原決定基又はエピトープは、当該技術分野に知られるあらゆる方法によって同定できる。
【０２３１】
本発明のポリペプチドによってあらゆる態様の抗体が誘導される。該ポリペプチドの全部若しくは一部又はエピトープが単離されていれば、慣用的技術を用いてポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体のいずれも調製可能である。方法には例えば、Ｋｅｎｎｅｔら（監修），Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ：   Ａ  Ｎｅｗ   Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ａｎａｌｙｓｅｓ，Ｐｌｅ ｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８０に挙げられた方法がある。
【０２３２】
本発明の抗体としては、本発明の標的ポリペプチド又はその断片と特異的に結合するものであれば特に限定されず、モノクローナル抗体でもポリクローナル抗体でも使用することができるが、モノクローナル抗体を使用するのが好ましい。また、本発明の抗体のグロブリンタイプは、上記特徴を有するものである限り特に限定されるものではなく、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＤのいずれでもよい。
【０２３３】
＜モノクローナル抗体の作製＞
（１）免疫及び抗体産生細胞の採取
標的ポリペプチドからなる免疫原を、哺乳動物、例えばラット、マウス（例えば近交系マウスのＢａｌｂ／ｃ）、ウサギなどに投与する。免疫原の１回の投与量は、免疫動物の種類、投与経路などにより適宜決定されるものであるが、動物１匹当たり約５０〜２００μｇとされる。免疫は主として皮下、腹腔内に免疫原を注入することにより行われる。また、免疫の間隔は特に限定されず、初回免疫後、数日から数週間間隔で、好ましくは１〜４週間間隔で、２〜１０回、好ましくは３〜４回追加免疫を行う。初回免疫の後、免疫動物の血清中の抗体価の測定をＥＬＩＳＡ（Ｅｎｚｙｍｅ−Ｌｉｎｋｅｄ  Ｉｍｍｕｎｏ  Ｓｏｒｂｅｎｔ  Ａｓｓａｙ）法などにより繰り返し行い、抗体価がプラトーに達したときは、免疫原を静脈内又は腹腔内に注射し、最終免疫とする。そして、最終免疫の日から２〜５日後、好ましくは３日後に、抗体産生細胞を採取する。抗体産生細胞としては、脾臓細胞、リンパ節細胞、末梢血細胞等が挙げられるが、脾臓細胞又は局所リンパ節細胞が好ましい。
【０２３４】
（２）細胞融合
各標的ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を作製する。こうしたハイブリドーマは、慣用的技術によって産生し、そして同定することが可能である。こうしたハイブリドーマ細胞株を産生するための１つの方法は、動物を本発明のタンパク質で免疫し、免疫された動物から脾臓細胞を採取し、該脾臓細胞を骨髄腫細胞株に融合させ、それによりハイブリドーマ細胞を生成し、そして該酵素に結合するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を同定することを含む。抗体産生細胞と融合させる骨髄腫細胞株としては、マウスなどの動物の一般に入手可能な株化細胞を使用することができる。使用する細胞株としては、薬剤選択性を有し、未融合の状態ではＨＡＴ選択培地（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジンを含む）で生存できず、抗体産生細胞と融合した状態でのみ生存できる性質を有するものが好ましい。また株化細胞は、免疫動物と同種系の動物に由来するものが好ましい。骨髄腫細胞株の具体例としては、ＢＡＬＢ／ｃマウス由来のヒポキサンチン・グアニン・ホスホリボシル・トランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ）欠損細胞株であるＰ３Ｘ６３−Ａｇ．８株（ＡＴＣＣ  ＴＩＢ９）などが挙げられる。
【０２３５】
次に、上記骨髄腫細胞株と抗体産生細胞とを細胞融合させる。細胞融合は、血清を含まないＤＭＥＭ、ＲＰＭＩ−１６４０培地などの動物細胞培養用培地中で、抗体産生細胞と骨髄腫細胞株とを約１：１〜 ２０：１の割合で混合し、細胞融合促進剤の存在下にて融合反応を行う。細胞融合促進剤として、平均分子量１５００〜４０００ダルトンのポリエチレングリコール等を約１０〜８０％の濃度で使用することができる。また場合によっては、融合効率を高めるために、ジメチルスルホキシドなどの補助剤を併用してもよい。さらに、電気刺激（例えばエレクトロポレーション）を利用した市販の細胞融合装置を用いて抗体産生細胞と骨髄腫細胞株とを融合させることもできる。
【０２３６】
（３）ハイブリドーマの選別及びクローニング
細胞融合処理後の細胞から目的とするハイブリドーマを選別する。その方法として、細胞懸濁液を、例えばウシ胎児血清含有ＲＰＭＩ−１６４０培地などで適当に希釈後、マイクロタイタープレート上に２００万個/ウエル程度まき、各ウエルに選択培地を加え、以後適当に選択培地を交換して培養を行う。培養温度は、２０〜４０℃ 、好ましくは約３７℃である。ミエローマ細胞がＨＧＰＲＴ欠損株又はチミジンキナーゼ欠損株のものである場合には、ヒポキサンチン・アミノプテリン・チミジンを含む選択培地（ＨＡＴ培地）を用いることにより、抗体産生能を有する細胞と骨髄腫細胞株のハイブリドーマのみを選択的に培養し、増殖させることができる。その結果、選択培地で培養開始後、約１４日前後から生育してくる細胞をハイブリドーマとして得ることができる。
【０２３７】
次に、増殖してきたハイブリドーマの培養上清中に、目的とする抗体が存在するか否かをスクリーニングする。ハイブリドーマのスクリーニングは、通常の方法に従えばよく、特に限定されない。例えば、ハイブリドーマとして生育したウエルに含まれる培養上清の一部を採取し、酵素免疫測定法（ＥＩＡ：Ｅｎｚｙｍｅ  Ｉｍｍｕｎｏ  Ａｓｓａｙ、及びＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ：Ｒａｄｉｏ  Ｉｍｍｕｎｏ  Ａｓｓａｙ）等によって行うことができる。融合細胞のクローニングは、限界希釈法等により行い、最終的にモノクローナル抗体産生細胞であるハイブリドーマを樹立する。本発明のハイブリドーマは、後述するように、ＲＰＭＩ−１６４０、ＤＭＥＭ等の基本培地中での培養において安定であり、標的ポリペプチドと特異的に反応するモノクローナル抗体を産生、分泌するものである。
【０２３８】
（４）抗体の回収
モノクローナル抗体は、慣用的技術によって回収可能である。すなわち樹立したハイブリドーマからモノクローナル抗体を採取する方法として、通常の細胞培養法又は腹水形成法等を採用することができる。細胞培養法においては、ハイブリドーマを１０％ ウシ胎児血清含有ＲＰＭＩ−１６４０培地、ＭＥＭ培地又は無血清培地等の動物細胞培養培地中で、通常の培養条件（例えば３７℃、５％ＣＯ２濃度）で２〜１０日間培養し、その培養上清から抗体を取得する。腹水形成法の場合は、ミエローマ細胞由来の哺乳動物と同種系動物の腹腔内にハイブリドーマを約１０００万個投与し、ハイブリドーマを大量に増殖させる。そして、１〜２週間後に腹水又は血清を採取する。
【０２３９】
上記抗体の採取方法において、抗体の精製が必要とされる場合は、硫安塩析法、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ゲルクロマトグラフィーなどの公知の方法を適宜に選択して、又はこれらを組み合わせることにより、精製されたモノクローナル抗体を得ることができる。
【０２４０】
＜ポリクローナル抗体の作製＞
ポリクローナル抗体を作製する場合は、前記と同様にウサギ等の動物を免疫し、最終の免疫日から６〜６０日後に、酵素免疫測定法（ＥＩＡ及びＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法（ＲＩＡ）等で抗体価を測定し、最大の抗体価を示した日に採血し、抗血清を得る。その後は、抗血清中のポリクローナル抗体の反応性をＥＬＩＳＡ法などで測定する。
【０２４１】
＜検出法＞
本発明によれば、本発明の上記抗体を用いて、被検者由来の食道ガン細胞、血液等の生体試料中の該ポリペプチドのレベルをｉｎ ｖｉｔｒｏで測定することを含む、被験者の検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと／又は食道ガン細胞が含まれることをｉｎ  ｖｉｔｒｏで判定する方法が提供される。
【０２４２】
免疫学的測定法として例えば、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ、ＥＩＡ）、蛍光免疫測定法、放射免疫測定法（ＲＩＡ）、発光免疫測定法、免疫比濁法、ラテックス凝集反応、ラテックス比濁法、赤血球凝集反応、粒子凝集反応又はウェスタンブロット法が挙げられる。
【０２４３】
上記の方法において、標識を用いた免疫測定法により実施する場合には、本発明の抗体を固相化するか、又は試料中の成分を固相化して、それらの免疫学的反応を行うことができる。
【０２４４】
固相担体としては、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリビニルトルエン、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリ塩化ビニル、ナイロン、ポリメタクリレート、ラテックス、ゼラチン、アガロース、セルロース、セファロース、ガラス、金属、セラミックス又は磁性体等の材質よりなるビーズ、マイクロプレート、試験管、スティック又は試験片等の形状の不溶性担体を用いることができる。
【０２４５】
固相化は、固相担体と本発明の抗体又は試料成分とを物理的吸着法、化学的結合法又はこれらの併用等の公知の方法に従って結合させることにより行うことができる。
【０２４６】
さらにまた、本発明においては、本発明の抗体と、試料中の標的ポリペプチドとの反応を容易に検出するために、本発明の抗体を標識することにより該反応を直接検出するか、又は標識二次抗体を用いることにより間接的に検出する。本発明の検出方法においては、感度の点で、後者の間接的検出（ 例えばサンドイッチ法など） を利用することが好ましい。
【０２４７】
標識物質としては、酵素免疫測定法の場合には、ペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）、アルカリホスファターゼ、β − ガラクトシダーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコースオキシダーゼ、乳酸脱水素酵素、アミーゼ又はビオチン− アビジン複合体等を、蛍光免疫測定法の場合には、フルオレセインイソチオシアネート、テトラメチルローダミンイソチオシアネート、置換ローダミンイソチオシアネート、ジクロロトリアジンイソチオシアネート、Ａｌｅｘａ又はＡｌｅｘａＦｌｕｏｒｏ等を、そして放射免疫測定法の場合にはトリチウム、ヨウ素１２５又はヨウ素１３１等を用いることができる。また、発光免疫測定法は、ＮＡＤＨ−、ＦＭＮＨ２−、ルシフェラーゼ系、ルミノール−過酸化水素−ＰＯＤ系、アクリジニウムエステル系又はジオキセタン化合物系等を用いることができる。
【０２４８】
標識物質と抗体との結合法は、酵素免疫測定法の場合にはグルタルアルデヒド法、マレイミド法、ピリジルジスルフィド法又は過ヨウ素酸法等の公知の方法を、放射免疫測定法の場合にはクロラミンＴ法、ボルトンハンター法等の公知の方法を用いることができる。測定の操作法は、公知の方法（Ｃｕｒｒｅｎｔ  ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、１９９５年、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  Ｉｎｃ．、Ｃｕｒｒｅｎｔ  ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、２００１年、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  Ｉｎｃ．）により行うことができる。例えば、本発明の抗体を直接標識する場合には、試料中の成分を固相化し、標識した本発明の抗体と接触させて、マーカーポリペプチドと本発明の抗体との複合体を形成させる。そして未結合の標識抗体を洗浄分離して、結合標識抗体量又は未結合標識抗体量より試料中の標的ポリペプチドの量を測定することができる。
【０２４９】
また、例えば標識二次抗体を用いる場合には、本発明の抗体と試料とを反応させ（一次反応）、さらに標識二次抗体を反応させる（二次反応）。一次反応と二次反応は逆の順序で行ってもよいし、同時に行ってもよいし、又は時間をずらして行ってもよい。一次反応及び二次反応により、固相化した標的ポリペプチド−本発明の抗体−標識二次抗体の複合体、又は固相化した本発明の抗体−標的ポリペプチド−標識二次抗体の複合体が形成する。そして未結合の標識二次抗体を洗浄分離して、結合標識二次抗体量又は未結合標識二次抗体量より試料中の標的ポリペプチドの量を測定することができる。
【０２５０】
具体的には、酵素免疫測定法の場合は標識酵素にその至適条件下で基質を反応させ、その反応生成物の量を光学的方法等により測定する。蛍光免疫測定法の場合には蛍光物質標識による蛍光強度を、放射免疫定法の場合には放射性物質標識による放射能量を測定する。発光免疫測定法の場合は発光反応系による発光量を測定する。
【０２５１】
本発明の方法では、免疫比濁法、ラテックス凝集反応、ラテックス比濁法、赤血球凝集反応又は粒子凝集反応等の免疫複合体凝集物の生成を、その透過光や散乱光を光学的方法により測るか、目視的に測る測定法により実施する場合には、溶媒としてリン酸緩衝液、グリシン緩衝液、トリス緩衝液又はグッド緩衝液等を用いることができ、更にポリエチレングリコール等の反応促進剤や非特異的反応抑制剤を反応系に含ませてもよい。
【０２５２】
本発明のキットに含まれる抗体は、個別に又は混合物の形態で存在しるし、あるいは固相担体に結合されていてもよいし又は遊離の形態でもよい。さらに本発明のキットは、標識二次抗体、担体、洗浄バッファー、試料希釈液、酵素基質、反応停止液、精製された標準物質としてのマーカー(標的)ポリペプチド、使用説明書、等を含むことができる。
【０２５３】
４．食道ガン診断用キット（核酸）
本発明はまた、本発明の組成物に含まれるものと同じポリヌクレオチド、その変異体及び/又はその断片の１つ又は複数(好ましくは３以上、より好ましくは５以上)を含む食道ガン診断（検出）用キットを提供する。
【０２５４】
本発明のキットは、好ましくは、上記３．１に記載したポリヌクレオチド類から選択される１又は複数のポリヌクレオチド又はその断片を含む。
【０２５５】
本発明のキットは、配列番号１〜３８で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの断片を３以上含むことができる。
【０２５６】
本発明のキットは、さらに配列番号３９〜６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、その相補的配列を含むポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチドの断片を２以上含むことができる。
【０２５７】
本発明のキットに含むことができるポリヌクレオチド断片は、例えば下記の（１）〜（５）からなる群より選択される５以上のＤＮＡである：
（１）配列番号１〜６２で表される塩基配列又はその相補的配列において、１５以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
【０２５８】
（２）配列番号１〜６２で表される塩基配列又はその相補的配列において、６０以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
【０２５９】
（３）配列番号１〜６２で表される塩基配列又はその相補的配列において、それぞれ配列番号６３〜１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むＤＮＡ。
【０２６０】
（４）配列番号６３〜１２４で表される塩基配列からなるＤＮＡ。
【０２６１】
（５）配列番号６３〜１２４で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むＤＮＡ。
【０２６２】
好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号１〜３８のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの１５以上、好ましくは２０以上、より好ましくは２５以上の連続した塩基を含む断片である。
【０２６３】
別の好ましい実施形態では、本発明のキットは、上記のポリヌクレオチドに加えて、配列番号４７で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの１５以上の連続した塩基を含む断片をさらに含むことができる。
【０２６４】
好ましい実施形態では、前記断片は、１５以上、好ましくは２０以上、より好ましくは２５以上、さらに好ましくは６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドであることができる。
【０２６５】
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号１〜６２のいずれかで表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３〜１２４のいずれかで表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド、又は該ポリヌクレオチドの配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
【０２６６】
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号６３〜１２４のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
【０２６７】
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号６３〜１２４のいずれかで表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチドである。
【０２６８】
別の好ましい実施形態では、前記断片が、配列番号６３〜１２４のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである。
【０２６９】
上記の組み合わせの例は、配列番号１〜６２に示した塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片（例えば配列番号６３〜１２４）について、後述の表１に示す遺伝子の優先順位（第１番目から第６２番目まで）の高い方から順番に遺伝子を組み合わせることである。この仕方で６２種の遺伝子を順番に組み合わせたときの、食道ガンの存在検出確率（％）を、食道ガン検出に必要な遺伝子数に対してプロットすると、確率は、例えば、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）のみで４２．１％、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）及びＣＳＴＢ（配列番号４９）の組み合わせで５２．６％、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）、ＣＳＴＢ（配列番号４９）及びＥＹＡ２（配列番号１）の組み合わせで５９．６％、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）、ＣＳＴＢ（配列番号４９）、ＥＹＡ２（配列番号１）及びＳＥＲＦ１Ａ（配列番号２）の組み合わせで５９．７％、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）、ＣＳＴＢ（配列番号４９）、ＥＹＡ２（配列番号１）、ＳＥＲＦ１Ａ（配列番号２）及びＩＧＨＧ１（配列番号３）の組み合わせで８６．０％となり、同様にして、６２種の遺伝子すべてを組み合わせたとき、確率は９６．５％となる（図１）。
【０２７０】
従って、本発明の実施形態において、好ましい最少の組み合わせは、ＳＰＲＲ３（配列番号５０）、ＣＳＴＢ（配列番号４９）、ＥＹＡ２（配列番号１）、ＳＥＲＦ１Ａ（配列番号２）及びＩＧＨＧ１（配列番号３）の組み合わせであり、それを構成する各ポリヌクレオチド又は断片は、配列番号５０、４９、１、２又は３に示した塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、及び/又はその断片から選択される。さらに、上記の５種の遺伝子に、表１に示す他の遺伝子を追加することができ、これによって確率を、例えば８９％以上、９１％以上、９２％以上、９６％以上に高めることができる。
【０２７１】
別のより好ましい実施形態によれば、本発明のキットは、配列番号６３〜１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの３以上（好ましくは５以上）〜全部を含むことができる。
【０２７２】
本発明において、ポリヌクレオチドの断片のサイズは、各ポリヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する１５〜配列の全塩基数、１５〜５０００塩基、１５〜４５００塩基、１５〜４０００塩基、１５〜３５００塩基、１５〜３０００塩基、１５〜２５００塩基、１５〜２０００塩基、１５〜１５００塩基、１５〜１０００塩基、１５〜９００塩基、１５〜８００塩基、１５〜７００塩基、１５〜６００塩基、１５〜５００塩基、１５〜４００塩基、１５〜３００塩基、１５〜２５０塩基、１５〜２００塩基、１５〜１５０塩基、１５〜１４０塩基、１５〜１３０塩基、１５〜１２０塩基、１５〜１１０塩基、１５〜１００塩基、１５〜９０塩基、１５〜８０塩基、１５〜７０塩基、１５〜６０塩基、１５〜５０塩基、１５〜４０塩基、１５〜３０塩基又は１５〜２５塩基；２５〜配列の全塩基数、２５〜１０００塩基、２５〜９００塩基、２５〜８００塩基、２５〜７００塩基、２５〜６００塩基、２５〜５００塩基、２５〜４００塩基、２５〜３００塩基、２５〜２５０塩基、２５〜２００塩基、２５〜１５０塩基、２５〜１４０塩基、２５〜１３０塩基、２５〜１２０塩基、２５〜１１０塩基、２５〜１００塩基、２５〜９０塩基、２５〜８０塩基、２５〜７０塩基、２５〜６０塩基、２５〜５０塩基又は２５〜４０塩基；５０〜配列の全塩基数、５０〜１０００塩基、５０〜９００塩基、５０〜８００塩基、５０〜７００塩基、５０〜６００塩基、５０〜５００塩基、５０〜４００塩基、５０〜３００塩基、５０〜２５０塩基、５０〜２００塩基、５０〜１５０塩基、５０〜１４０塩基、５０〜１３０塩基、５０〜１２０塩基、５０〜１１０塩基、５０〜１００塩基、５０〜９０塩基、５０〜８０塩基、５０〜７０塩基又は５０〜６０塩基；６０〜配列の全塩基数、６０〜１０００塩基、６０〜９００塩基、６０〜８００塩基、６０〜７００塩基、６０〜６００塩基、６０〜５００塩基、６０〜４００塩基、６０〜３００塩基、６０〜２５０塩基、６０〜２００塩基、６０〜１５０塩基、６０〜１４０塩基、６０〜１３０塩基、６０〜１２０塩基、６０〜１１０塩基、６０〜１００塩基、６０〜９０塩基、６０〜８０塩基又は６０〜７０塩基などの範囲の塩基数である。
【０２７３】
本発明のキットを構成する上記の組み合わせは、あくまでも例示であり、他の種々の可能な組み合わせのすべてが本発明に包含されるものとする。
【０２７４】
本発明のキットには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片に加えて、食道ガンの検出を可能とする既知の又は将来見出されるポリヌクレオチドも包含させることができる。
【０２７５】
本発明のキットに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片は、個別に又は任意に組み合わせて異なる容器に包装される。
【０２７６】
５．ＤＮＡチップ
本発明はさらに、本発明の組成物及び/又はキットに含まれるものと同じポリヌクレオチド(或いは、上記の３．１節の組成物及び/又は４節のキットに記載されたポリヌクレオチド)、変異体、断片及びそれらの組み合わせを含む食道ガン診断用ＤＮＡチップを提供する。
【０２７７】
ＤＮＡチップの基板としては、ＤＮＡを固相化できるものであれば特に制限はなく、スライドガラス、シリコン製チップ、ポリマー製チップ及びナイロンメンブレンなどを例示することができる。またこれらの基板にはポリＬリジンコートやアミノ基、カルボキシル基などの官能基導入などの表面処理がされていてもよい。
【０２７８】
また固相化法については一般に用いられる方法であれば特に制限はなく、スポッター又はアレイヤーと呼ばれる高密度分注機を用いてＤＮＡをスポットする方法や、ノズルより微少な液滴を圧電素子などにより噴射する装置（インクジェット）を用いてＤＮＡを基板に吹き付ける方法、又は基板上で順次ヌクレオチド合成を行う方法を例示することができる。高密度分注機を用いる場合には、例えば多数のウェルを持つプレートのおのおののウェルに異なった遺伝子溶液を入れておき、この溶液をピン（針）で取り上げて基板上に順番にスポットすることによる。インクジェット法では、ノズルより遺伝子を噴射し，基板上に高速度で遺伝子を整列配置することによる。基板上でのＤＮＡ合成は、基板上に結合した塩基を光又は熱によって脱離する官能基で保護し、マスクを用いることにより特定部位の塩基だけに光又は熱を当て、官能基を脱離させる。その後、塩基を反応液に加えて、基板上の塩基とカップリングさせる工程を繰り返すことによって行われる。
【０２７９】
固相化されるポリヌクレオチドは、上記で説明した本発明の全てのポリヌクレオチドである。
【０２８０】
例えば、そのようなポリヌクレオチドは、以下の１又は複数（好ましくは５以上）のポリヌクレオチド又はその断片を含むことができる。
【０２８１】
（１）配列番号１〜６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２８２】
（２）配列番号１〜６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
【０２８３】
（３）配列番号１〜３８で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２８４】
（４）配列番号１〜３８で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２８５】
（５）配列番号１〜３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２８６】
（６）配列番号１〜３８で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
【０２８７】
（７）配列番号１〜３８で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２８８】
（８）配列番号１〜３８で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２８９】
（９）配列番号３９〜６２で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２９０】
（１０）配列番号３９〜６２で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２９１】
（１１）配列番号３９〜６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド群、それらの変異体、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２９２】
（１２）配列番号３９〜６２で表される塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド群。
【０２９３】
（１３）配列番号３９〜６２で表される塩基配列の各々と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２９４】
(１４)配列番号３９〜６２で表される塩基配列の各々からなるＤＮＡとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド群、又は１５以上の連続した塩基を含むそれらの断片。
【０２９５】
(１５)配列番号１〜３８で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２９６】
(１６)配列番号１〜３８で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２９７】
(１７)配列番号３９〜６２で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、１５以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２９８】
(１８)配列番号３９〜６２で表される塩基配列又はその相補的配列の各々において、６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０２９９】
(１９)配列番号１〜３８で表される塩基配列において、それぞれ配列番号６３〜１００で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０３００】
(２０)配列番号１〜３８で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号６３〜１００で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０３０１】
(２１)配列番号３９〜６２で表される塩基配列において、それぞれ配列番号３９〜６２で表される塩基配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０３０２】
(２２)配列番号３９〜６２で表される塩基配列に相補的な配列において、それぞれ配列番号３９〜６２で表される塩基配列に相補的な配列を含み、かつ６０以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【０３０３】
好ましい実施形態によれば、本発明のＤＮＡチップは、配列番号６３〜１２４で表される塩基配列又はその相補的配列を含むポリヌクレオチドの５以上から全部を含むことができる。
【０３０４】
本発明において、固相化されるポリヌクレオチドは、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ、合成ＤＮＡ、合成ＲＮＡのいずれでもよいし、あるいは１本鎖でもよいし又は２本鎖でもよい。
【０３０５】
標的遺伝子、ＲＮＡ又はｃＤＮＡの発現レベルを検出、測定することができるＤＮＡチップの例としては、東レ株式会社の３Ｄ−Ｇｅｎｅ、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＧｅｎｅ Ｃｈｉｐ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０ Ａｒｒａｙ、Ａｇｉｌｅｎｔ社のＷｈｏｌｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｏｌｉｇｏ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ、タカラバイオ社のＩｎｔｅｌｌｉＧｅｎｅ（登録商標）ＨＳ Ｈｕｍａｎ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ＣＨＩＰなどを挙げることができる。
【０３０６】
ＤＮＡチップの作製について、例えば予め調製したプローブを固相表面に固定化する方法を使用することができる。予め調製したポリヌクレオチドプローブを固相表面に固定化する方法では、官能基を導入したポリヌクレオチドを合成し、表面処理した固相担体表面にオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドを点着し、共有結合させる（例えば、Ｊ．Ｂ．Ｌａｍｔｕｒｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１９９４年、第２２巻、ｐ．２１２１−２１２５、Ｚ．Ｇｕｏら、Ｎｕｃｌｅｉｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓｅａｒｃｈ、１９９４年、第２２巻、ｐ．５４５６−５４６５）。ポリヌクレオチドは、一般的には、表面処理した固相担体にスペーサーやクロスリンカーを介して共有結合される。ガラス表面にポリアクリルアミドゲルの微小片を整列させ、そこに合成ポリヌクレオチドを共有結合させる方法も知られている（Ｇ．Ｙｅｒｓｈｏｖら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、１９９６年、第９４巻、ｐ．４９１３）。また、シリカマイクロアレイ上に微小電極のアレイを作製し、電極上にはストレプトアビジンを含むアガロースの浸透層を設けて反応部位とし、この部位をプラスに荷電させることでビオチン化ポリクレオチドを固定し、部位の荷電を制御することで、高速で厳密なハイブリダイゼーションを可能にする方法も知られている（Ｒ．Ｇ．Ｓｏｓｎｏｗｓｋｉら、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｕ．Ｓ．Ａ．、１９９７年、第９４巻、ｐ．１１１９―１１２３）。
【０３０７】
６．食道ガンの検出法
本発明は、本発明の組成物、キット、ＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、検体試料中に食道ガン細胞が含まれるかどうかをｉｎ  ｖｉｔｒｏで判定する方法であって、手術時又は内視鏡検査時に食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞を用いて、試料中の発現遺伝子量を比較して、該検体試料中の細胞の標的核酸の発現量が増加／低下している場合、該検体試料中に食道ガン細胞が存在すると判定することを含み、ここで、該標的核酸が該組成物、キット又はＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片によって検出可能なものである、方法を提供する。
【０３０８】
本発明はまた、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップの、被験者由来の検体試料中の食道ガンのｉｎ  ｖｉｖｏ検出のための使用を提供する。
【０３０９】
本発明の上記方法において、組成物、キット又はＤＮＡチップは、上で説明したような、本発明のポリヌクレオチド、その変異体又はその断片を単一であるいはあらゆる可能な組み合わせで含むものが使用される。
【０３１０】
本発明の食道ガンの検出、判定又は（遺伝子）診断において、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片は、プライマーとして又はプローブとして用いることができる。プライマーとして用いる場合には、通常１５〜５０塩基、好ましくは１５〜３０塩基、より好ましくは１８〜２５塩基の塩基長を有するものが例示できる。また検出プローブとして用いる場合には、例えば１５塩基〜全配列の塩基数、好ましくは２５〜１０００塩基、より好ましくは２５〜１００塩基の塩基長を有するものが例示できるが、この範囲に限定されない。
【０３１１】
本発明の組成物又はキットに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片は、ノーザンブロット法、サザンブロット法、ＲＴ−ＰＣＲ法、ｉｎ  ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダイゼーション法などの、特定遺伝子を特異的に検出する公知の方法において、定法に従ってプライマー又はプローブとして利用することができる。測定対象試料としては、使用する検出方法の種類に応じて、被験者の食道組織又は食道ガン細胞の存在が疑われる生体組織の一部又は全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収する。さらにそこから常法に従って調製したｔｏｔａｌ ＲＮＡを用いてもよいし、さらに該ＲＮＡをもとにして調製される、ｃＤＮＡ、ポリＡ（＋）ＲＮＡを含む各種のポリヌクレオチドを用いてもよい。
【０３１２】
あるいは、生体組織における本発明の遺伝子、ＲＮＡ、ｃＤＮＡなどの核酸の発現量は、ＤＮＡチップ（ＤＮＡマクロアレイを含む）を用いて検出あるいは定量することができる。この場合、本発明の組成物又はキットはＤＮＡチップのプローブとして使用することができる（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社のＨｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０  Ａｒｒａｙでは２５塩基の長さのポリヌクレオチドプローブが用いられる）。かかるＤＮＡチップを生体組織から採取したＲＮＡをもとに調製される標識ＤＮＡ又はＲＮＡとハイブリダイズさせ、該ハイブリダイズによって形成された上記プローブと標識ＤＮＡ又はＲＮＡとの複合体を、該標識ＤＮＡ又はＲＮＡの標識を指標として検出することにより、生体組織中での本発明食道ガン関連遺伝子の発現の有無又は発現レベル（発現量）を評価することができる。本発明の方法では、ＤＮＡチップを好ましく使用できるが、これは、ひとつの生体試料について同時に複数遺伝子の発現の有無又は発現レベルの評価が可能である。
【０３１３】
本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップは、食道ガンの診断、判定又は検出（罹患の有無や罹患の程度の診断）のために有用である。具体的には、該組成物、キット又はＤＮＡチップを使用した食道ガンの診断は、手術時又は内視鏡検査時に食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞を用いて、試料中の発現遺伝子量を比較、又は手術時又は内視鏡検査時に食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞と同等の生体組織との比較を行い、該診断用組成物で検出される遺伝子の発現レベルの違いを判定することによって行うことができる。この場合、遺伝子発現レベルの違いには、発現の有無だけではなく、食道ガン患者由来の食道ガン細胞と非ガン細胞胞の両者ともに発現がある場合でも、両者間の発現量を比較した時の差がある場合が含まれる。例えばＥＹＡ２遺伝子は食道ガンで発現誘導／減少を示すので、被験者の食道ガン組織では発現／減少しており、該発現量と正常食道組織の発現量と比べて差があれば、試料中に食道ガン細胞が含まれないこと／又は食道ガン細胞が含まれることを判定できる。
【０３１４】
本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップを利用した検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと／又は食道ガン細胞が含まれることの検出方法は、被験者の生体組織の一部又は全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収し、そこに含まれる遺伝子を、本発明のポリヌクレオチド群から選ばれた単数又は複数のポリヌクレオチド、その変異体又はその断片を用いて検出し、その遺伝子発現量を測定することにより、食道ガンの有無又はその程度を診断することを含む。また本発明の食道ガンの検出方法は、例えば食道ガン患者において、該疾患の改善のために治療薬を投与した場合における該疾患の改善の有無又はその程度を検出、判定又は診断することもできる。
【０３１５】
本発明の方法は、例えば以下の（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）の工程：
（ａ）被験者由来の検体試料を、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップのポリヌクレオチドと接触させる工程、
（ｂ）生体試料中の標的核酸の発現レベルを、上記ポリヌクレオチドをプローブとして用いて測定する工程、
（ｃ）（ｂ）の結果をもとに、該検体試料中の食道ガン（細胞）の存在又は不存在を判定する工程、
を含むことができる。
【０３１６】
本発明方法で用いられる検体試料としては、被験者の生体組織、例えば食道組織及びその周辺組織、食道ガンが疑われる組織など、から調製される試料を挙げることができる。具体的には該組織から調製されるＲＮＡ含有試料、或いはそれからさらに調製されるポリヌクレオチドを含む試料は、被験者の生体組織の一部又は全部をバイオプシーなどで採取するか、もしくは手術によって摘出した生体組織から回収し、そこから常法に従って調製することができる。
【０３１７】
ここで被験者とは、哺乳動物、例えば非限定的にヒト、サル、マウス、ラットなどを指し、好ましくはヒトである。
【０３１８】
本発明の方法は、測定対象として用いる生体試料の種類に応じて工程を変更することができる。
【０３１９】
測定対象物としてＲＮＡを利用する場合、食道ガン（細胞）の検出は、例えば下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）：
（ａ）被験者の生体試料から調製されたＲＮＡ又はそれから転写された相補的ポリヌクレオチド（ｃＤＮＡ）を、本発明の組成物、キット又はＤＮＡチップのポリヌクレオチドと結合させる工程、
（ｂ） 該ポリヌクレオチドに結合した生体試料由来のＲＮＡ又は該ＲＮＡから転写された相補的ポリヌクレオチドを、上記ポリヌクレオチドをプローブとして用いて測定する工程、
（ｃ） 上記（ｂ）の測定結果に基づいて、食道ガン（細胞）の存在又は不存在を判定する工程、
を含むことができる。
【０３２０】
本発明によって食道ガン（細胞）を検出、判定又は診断するために、例えば種々のハイブリダイゼーション法を使用することができる。かようなハイブリダイゼーション法には、例えばノーザンブロット法、サザンブロット法、ＲＴ−ＰＣＲ法、ＤＮＡチップ解析法、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダイゼーション法などを使用することができる。
【０３２１】
ノーザンブロット法を利用する場合は、本発明の診断用組成物をプローブとして用いることによって、ＲＮＡ中の各遺伝子発現の有無やその発現レベルを検出、測定することができる。具体的には、本発明の診断用組成物（相補鎖）を放射性同位元素（３２Ｐ、３３Ｐ、３５Ｓなど）や蛍光物質などで標識し、それを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーした被検者の生体組織由来のＲＮＡとハイブリダイズさせたのち、形成された診断用組成物（ＤＮＡ）とＲＮＡとの二重鎖を診断用組成物の標識物（放射性同位元素又は蛍光物質）に由来するシグナルを放射線検出器（ＢＡＳ-１８００ＩＩ、富士写真フィルム株式会社、などを例示できる）又は蛍光検出器（ＳＴＯＲＭ８６０、Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社、などを例示できる）で検出、測定する方法を例示することができる。
【０３２２】
定量ＲＴ―ＰＣＲ法を利用する場合には、本発明の上記診断用組成物をプライマーとして用いることによって、ＲＮＡ中の遺伝子発現の有無やその発現レベルを検出、測定することができる。具体的には、被検者の生体組織由来のＲＮＡから常法にしたがってｃＤＮＡを調製して、これを鋳型として標的の各遺伝子の領域が増幅できるように、本発明の診断用組成物から調製した１対のプライマー（上記ｃＤＮＡに結合する正鎖と逆鎖からなる）をｃＤＮＡとハイブリダイズさせて常法によりＰＣＲ法を行い、得られた二本鎖ＤＮＡを検出する方法を例示することができる。なお、二本鎖ＤＮＡの検出法としては、上記ＰＣＲをあらかじめ放射性同位元素や蛍光物質で標識しておいたプライマーを用いて行う方法、ＰＣＲ産物をアガロースゲルで電気泳動し、エチジウムブロマイドなどで二本鎖ＤＮＡを染色して検出する方法、産生された二本鎖ＤＮＡを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーさせて標識した診断用組成物をプローブとしてこれとハイブリダイズさせて検出する方法をとることができる。
【０３２３】
ＤＮＡチップ解析を利用する場合は、本発明の上記診断用組成物をＤＮＡプローブ（一本鎖又は二本鎖）として基板に貼り付けたＤＮＡチップを用いる。遺伝子群を基板に固相化したものには、一般にＤＮＡチップ及びＤＮＡアレイという名称があり、ＤＮＡアレイにはＤＮＡマクロアレイとＤＮＡマイクロアレイが包含されるが、本明細書ではＤＮＡチップといった場合、該ＤＮＡアレイを含むものとする。
【０３２４】
ハイブリダイゼーション条件は、限定されないが、例えば３０℃〜５０℃で、３〜４×ＳＳＣ、０．１〜０．５％ ＳＤＳ中で１〜２４時間のハイブリダイゼーション、より好ましくは４０℃〜４５℃で、３×ＳＳＣ、０．３％ＳＤＳ中で１〜２４時間のハイブリダイゼーション、そしてその後の洗浄を含む。洗浄条件としては、例えば、３０℃の３×ＳＳＣと０．１％ＳＤＳを含む溶液、及び４２℃の０．３×ＳＳＣ０．１％ＳＤＳを含む溶液、及び３０℃の０．１×ＳＳＣ溶液による連続した洗浄などの条件を挙げることができる。ここで、１×ＳＳＣは、１５０ｍＭ塩化ナトリウム及び１５ｍＭクエン酸ナトリウムを含む水溶液（ｐＨ７．２）である。相補鎖はかかる条件で洗浄しても対象とする正鎖とハイブリダイズ状態を維持するものであることが望ましい。具体的にはこのような相補鎖として、対象の正鎖の塩基配列と完全に相補的な関係にある塩基配列からなる鎖、並びに該鎖と少なくとも８０％の相同性を有する塩基配列からなる鎖を例示することができる。
【０３２５】
本発明の組成物又はキットのポリヌクレオチド断片をプライマーとしてＰＣＲを実施する際のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例としては、例えば１０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．３）、５０ｍＭＫＣｌ、１〜２ｍＭ  ＭｇＣｌ２などの組成のＰＣＲバッファーを用い、当該プライマーの配列から計算されたＴｍ±５〜１０℃において１５秒から１分程度処理することなどが挙げられる。かかるＴｍの計算方法としてＴｍ＝２×(アデニン残基数+チミン残基数)＋４×(グアニン残基数+シトシン残基数)などが挙げられる。
【０３２６】
これらのハイブリダイゼーションにおける「ストリンジェントな条件」の他の例については、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ， Ｊ． & Ｒｕｓｓｅｌ， Ｄ． 著、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ、２００１年１月１５日発行、の 第１巻７．４２〜７．４５、第２巻８．９〜８．１７などに記載されており、本発明において利用できる。
【０３２７】
本発明はまた、本発明の組成物、キット、ＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、被験者由来の検体試料中の標的核酸又は遺伝子の発現量を測定し、食道ガン組織と正常組織の遺伝子発現量を教師（訓練サンプル）としたサポートベクターマシーン（ＳＶＭ）を判別式として、検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと及び／又は含まれることを判定する方法を提供する。
【０３２８】
すなわち、本発明はさらに、本発明の組成物、キット、ＤＮＡチップ、又はそれらの組み合わせを用いて、検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと／又は食道ガン細胞が含まれることを判定することが既知の複数の生体試料中の標的核酸の発現量をｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定する第１の工程、前記第１の工程で得られた該標的核酸の発現量の測定値を教師とした判別式（サポートベクターマシーン）を作成する第２の工程、被験者の食道由来の検体試料中の該標的核酸の発現量を第１の工程と同様にｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定する第３の工程、前記第２の工程で得られた判別式に第３の工程で得られた該標的酢酸の発現量の測定値を代入し、該判別式から得られた結果に基づいて、検体試料中に食道ガン細胞が含まれないこと／又は食道ガン細胞が含まれることを判定する第４の工程を含む、ここで、該標的核酸が該組成物、キット又はＤＮＡチップに含まれるポリヌクレオチド、その変異体又はその断片によって検出可能なものである、前記方法を提供する。
【０３２９】
あるいは、本発明の方法は、例えば下記の工程（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）：
（ａ）食道ガン患者由来の食道ガン細胞を含む組織及び／又は食道ガン患者由来の食道ガン細胞を含まない組織であることが既知の生体試料中の標的遺伝子の発現量を、本発明による診断（検出）用組成物、キット又はＤＮＡチップを用いて測定する工程、
（ｂ）（ａ）で測定された発現量の測定値を、下記の数１〜数５の式に代入して、ＳＶＭと呼ばれる判別式を作成する工程、
（ｃ）被験者由来の検体試料中の該標的遺伝子の発現量を、本発明による診断（検出）用組成物、キット又はＤＮＡチップを用いて測定し、（ｂ）で作成した判別式にそれらを代入して、得られた結果に基づいて該検体試料中に食道ガン細胞が含まれるかどうかを判定する工程、
を含むことができる。
【０３３０】
ＳＶＭとは２クラスの分類問題を解くためにつくられた１９９５年にＡＴ＆ＴのＶ．Ｖａｐｎｉｋ（Ｔｈｅ  Ｎａｔｕｒｅ  ｏｆ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｌｅａｎｉｎｇ  Ｔｈｅｏｒｙ、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ、１９９５年発行）によって統計的学習理論の枠組みで提案された学習機械である。ＳＶＭは線形の識別器であるが、後述するカーネルを組み合わせることによって非線形問題を扱うことができる。異なるクラスの訓練サンプルについて、それらを識別する多数の超平面のうち、その超平面と訓練サンプルとの最小距離が最大となる超平面を識別面とすることにより、新たに与えられるテストサンプルがどのクラスに属するかを最も正確に識別することができる。
【０３３１】
ＳＶＭでは線形問題のみしか扱うことができないが、本質的に非線形な問題に対応するための方法として、特徴ベクトルを高次元へ非線形変換し、その空間で線形の識別を行う方法が知られている。こうすれば、元の空間で非線形モデルを用いているのと等価となる。しかし高次元への写像を行うと膨大な計算量が必要となり、汎化能力も減少する。ＳＶＭでは識別関数が入力パターンの内積のみに依存した形になっており、内積が計算できれば最適な識別関数を構成することが可能である。非線形に写像した空間での二つの要素の内積がそれぞれのもとの空間での入力のみで表現されるような式のことをカーネルと呼び、高次元に写像しながら、実際には写像された空間での特徴の計算を避けてカーネルの計算のみで最適な識別関数、すなわち判別式を構成することができる（例えば、麻生英樹ら著、統計科学のフロンテイア６「パターン認識と学習の統計学  新しい概念と手法」、岩波書店（２００４年））。
【０３３２】
本発明の方法で使用可能な判別式の算出例を以下に示す。
【０３３３】
ＳＶＭを決めるためには食道ガン細胞を含む組織又は正常組織であることが既知の生体試料中の標的遺伝子の発現量を教師（訓練サンプル）として用意し、以下の手順によって識別関数の定数を決定することができる。
【０３３４】
訓練サンプルｘｉは（＋１、−１）でクラス分けされる、食道ガン細胞を含む組織群、又は正常組織群のいずれかに属しているとする。これらの訓練サンプルが超平面によって線形分離できるとき、識別関数は例えば次式となる。
【数１】
2009142257.tif 000003
【０３３５】
（ここで、ｗは重み係数、ｂはバイアス定数、ｘはサンプルの変数を表す。）
ただし、この関数には制約条件：
【数２】
2009142257.tif 000004
【０３３６】
（ここで、Ｔは内積、ｙはサンプルのクラス、ζはスラック変数を表す。）
があるため、Ｌａｇｕｒａｎｇｅの未定乗数法を用いることによりＬａｇｕｒａｎｇｅ乗数αを用いた以下の最適化問題に帰着する。
【数３】
2009142257.tif 000005
【０３３７】
ここで、
【数４】
2009142257.tif 000006
【０３３８】
（ここで、Ｃは実験により決定される制限条件パラメーターを表す。）
この問題を解くと最終的に、
【数５】
2009142257.tif 000007
【０３３９】
が得られ、識別関数を一義的に得ることができる。この関数に新たに与えられる検体試料（食道ガン細胞を含むかどうか未知の組織の発現遺伝子量）についてのｘを代入することによって、ｆ（ｘ）をクラス分け（すなわち、＋１又は−１）することができ、検体試料がどちらのクラス（すなわち、食道ガン細胞を含む組織群又は食道ガン細胞を含まない組織群）に属するかを識別する。
【０３４０】
以上に示すように、未知試料のクラス分けを行うためのＳＶＭによる判定式の作成には２群の教師（訓練サンプル）が必要となる。この訓練サンプルは例えば今回の発明の場合、「食道ガン患者の食道ガン細胞を含む組織から得られた発現遺伝子（遺伝子  ｘ１，ｘ２，．．ｘｉ，．．．ｘｎ）」の各患者に対応したセット、及び「食道ガン患者の食道ガン細胞を含まない組織から得られた発現遺伝子（遺伝子  ｘ１，ｘ２，．．ｘｉ，．．．ｘｎ）」の各患者に対応したセット、の２群である。これらのセットについてそれぞれ測定される発現遺伝子数（ｎ）は実験のデザインによって様々ではあるが、個々の遺伝子については、どのような実験においても２群間で大きく差がある場合と、比較的差が少ない、あるいは差がない場合が観察される。ＳＶＭによる判別式の精度を上げるためには、訓練サンプルとなる２群に、明確な差があることが条件となるため、遺伝子セットの中から２群間で発現量に差がある遺伝子のみを抽出して利用することが必要である。
【０３４１】
また、ＳＶＭによる判別式に用いる遺伝子セットに属する遺伝子の抽出は、次のように行うことが好ましい。まず、食道ガン細胞を含む組織群と正常組織群について、群内発現量の中央値、群内発現量の平均値、平均値の差を検出するパラメトリック解析であるｔ検定、ノンパラメトリック解析であるＭａｎｎ―ＷｈｉｔｎｅｙのＵ検定などを利用して、各遺伝子の２群間の発現量の差を求める。次に、ここで求めた２群間の発現量の差が大きいと認められる順に遺伝子を１個ずつセットに組み込み、その都度判定率（確率）を算出する。この遺伝子セットへの遺伝子の組み込みは、算出される判定率が最大となるまで繰り返し、最大の判定率を得られた時点の遺伝子のセットを採用する。
【０３４２】
本発明の方法において、例えば、上に記載したような配列番号１〜６２に基づく１又は複数（好ましくは５以上）の上記ポリヌクレオチド、並びに/或いは、上に記載したような１〜６２に基づく１又は複数（好ましくは５以上）のポリヌクレオチド、からの任意の組み合わせを用いて、かつ上記の６２種の標的遺伝子の発現量がすべて食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織（正常組織）間で異なり、食道ガン患者由来の食道ガン組織において発現が増加／減少していることを指標にして、これら６２種の遺伝子について発現量を測定することにより、食道ガンを８０％以上、８５％以上、好ましくは９０％以上、より好ましくは９２％以上、さらに好ましくは９５％以上の確率で見分けることができる（図１）。
【０３４３】
本発明はさらに、上記６２種の遺伝子（例えば、配列番号１〜６２に相当する）又はその断片（例えば、配列番号６３〜１２４に相当する）によってコードされるポリペプチド、例えば配列番号１２５〜１８６で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、に対する１又は複数（好ましくは５以上）の抗体又はその断片を用いて、食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織間での該ポリペプチドの発現量、或いは血液中の該ポリペプチドのレベル(又は存在量)、をｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定することを含む、食道ガンの検出方法を提供する。
【０３４４】
かかる抗体又は断片は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、合成抗体、組換え抗体、多重特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、単鎖抗体、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片などを含む。ポリクローナル抗体は、精製ポリペプチドを結合した親和性カラムに結合させることを含む、いわゆる吸収法によって、特異的抗体として調製することができる。
【０３４５】
測定は、慣用の酵素又は蛍光団で標識した抗体又は断片と、組織切片又はホモゲナイズした組織とを接触させる工程、抗原−抗体複合体を定性的に又は定量的に測定する工程を含むことができる。検出は、例えば免疫電顕により標的ポリペプチドの存在とレベルを測定する方法、ＥＬＩＳＡや蛍光抗体法などの慣用法によって標的ポリペプチドのレベルを測定する方法などによって行い、食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を比べて食道ガン患者由来の食道ガン組織において標的ポリペプチドの発現量が増加／減少している場合、或いは血液中の該ポリペプチドのレベルが、食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を比べて食道ガン患者由来の食道ガン組織において増加／低下している場合、食道ガンがあると決定する。言い換えれば、前記ポリペプチドの発現量又はレベルが、食道ガン患者由来の食道ガン細胞の値と比較して増加／低下している場合、食道ガンがあると決定する。ここで、増加／低下とは、統計学的に有意な差（ｐ≦０．０５）があってもよい。
【０３４６】
本発明を以下の実施例によってさらに具体的に説明する。しかし、本発明は、この実施例によって制限されないものとする。
【実施例】
【０３４７】
１．実験者の臨床病理学的所見
インフォームドコンセントを得た５７名の食道ガン患者から、食道ガン摘出手術時又は食道生検実施時に食道の摘出組織を得た。摘出された組織片について肉眼的及び／又は病理組織学的に食道ガン組織を判断し、食道ガン病変部と正常組織部を分けてただちに凍結し、液体窒素中で保存した。【０３４８】
２．ｔｏｔａｌ  ＲＮＡ抽出とｃＤＮＡの調製
試料として食道ガン患者の食道組織における食道ガン病変部の組織及び非病変部の組織を用いた。おのおのの組織から、ＴＲＩｚｏｌ Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を用いて、同社推奨のプロトコールによりｔｏｔａｌ  ＲＮＡを調製した。【０３４９】
上述の方法で得られたｔｏｔａｌ  ＲＮＡ １μgについて、ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）プライマー及びランダムノナマーを併用し、ＣｙＳｃｒｉｂｅ Ｆｉｒｓｔ-Ｓｔｒａｎｄ ｃＤＮＡ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ（ＧＥヘルスケア社）を用いてメーカー推奨のプロトコールで逆転写反応を行った。食道ガン組織由来のｔｏｔａｌ  ＲＮＡにはＣｙ３−ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社）を、Ｈｕｍａｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  ＲＮＡ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社）にはＣｙ５−ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社）を添加して、メーカー推奨のプロトコールで逆転写反応時にｃＤＮＡの標識を行った。標識されたｃＤＮＡはＱＩＡｑｕｉｃｋ ＰＣＲ ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社）で精製してからハイブリダイズに用いた。【０３５０】
３．ＤＮＡチップの作製
ＤＮＡチップとしては東レ株式会社３Ｄ−Ｇｅｎｅヒト全遺伝子型ＤＮＡチップを用いて遺伝子の絞込みを行った。３Ｄ−Ｇｅｎｅヒト全遺伝子型ＤＮＡチップの操作については、同社の定める手順に基づいて実施した。３Ｄ−Ｇｅｎｅヒト全遺伝子型ＤＮＡチップを用いた解析の結果、食道ガンによって発現変動が起こる可能性がある遺伝子を重複なく計１１１９種抽出した。【０３５１】
抽出した１１１９種の遺伝子について、配列の重複をおこさないように配列特異性が高い部位の配列６０−７０残基をそれぞれ選択して合成し、東レ株式会社の１２９６柱の３Ｄ−Ｇｅｎｅ基板を用いたカスタムチップを作成した。【０３５２】
４．ハイブリダイゼーション
標識したｃＤＮＡをそれぞれ１μｇずつ分取し、ハイブリダイゼーションバッファー（東レ株式会社、日本）に溶解し、４２℃で１６時間ハイブリダイズを行った。ハイブリダイズ終了後、ＤＮＡチップを３０℃の３×ＳＳＣと０．１％ＳＤＳを含む溶液、及び４２℃の０．３×ＳＳＣと０．１％ＳＤＳを含む溶液、及び３０℃の０．１×ＳＳＣ溶液による連続した条件で洗浄した。【０３５３】
５．遺伝子発現量の測定
上述の方法によりハイブリダイゼーションを行ったＤＮＡチップをＤＮＡアレイスキャナー（ＳｃａｎＡｒｒａｙＬｉｔｅ、パーキンエルマージャパン）を用いてスキャンし、画像を取得してＧｅｎｅＰｉｘ  Ｐｒｏ５．０（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＤｅｖｉｃｅ）にて蛍光強度を数値化した。統計学的処理はＳｐｅｅｄ Ｔ．著「Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ」Ｃｈａｐｍａｎ & Ｈａｌｌ/ＣＲＣ，及びＣａｕｓｔｏｎ Ｈ．Ｃ．ら著「Ａ ｂｅｇｉｎｎｅｒ’ｓ ｇｕｉｄｅ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ａｎａｌｙｓｉｓ」Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇを参考にして行った。すなわちハイブリダイズ後の画像解析から得られたデータについて、それぞれの対数値をとり、ｇｌｏｂａｌ ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎにてノーマライゼーション補正を行った。その結果、食道ガン病変部の組織における発現量が、食道ガン非病変部の組織よりも減少、低減もしくは増加、増大している遺伝子を見出すことができた。これらの遺伝子を食道ガン検出用遺伝子として利用することができると考えられる。【０３５４】
６．予測スコアリングシステム
５７例の患者から得た検体を教師として、Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｐｒｏｆｉｌｅｒ（三井情報開発、日本）に搭載したＳＶＭを用いる判別式を作成した。この判別式によって、ノーマライゼーションを行った全５７例のデータについて、データの予測を行った。なおカーネルは、ｌｉｎｅａｒ  ｋｅｒｎｅｌを用いた。また遺伝子は二群間（食道ガン病変部の組織と食道ガン非病変部の組織）での群内発現量の中央値の差が大きい順に決定した。（表１：食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織（正常組織）での遺伝子転写産物の発現量比較）。
【表１】
2009142257.tif 000008
【０３５５】
表１の第７列に示す順位の上位から６２種の遺伝子を選び、食道ガン組織を識別するためのＳＶＭによる判別マシーンを作成した。第７列は、該当遺伝子の発現量について食道ガン組織の中央値（第５列）と正常組織の遺伝子発現量の中央値（第４列）を算出し、両群の中央値の差の絶対値が大きい順を示したものである。判別マシーンに利用する遺伝子数を決定するに当たり、第７列の順位の順に遺伝子を選定した。判別マシーンの作成には、５７例の食道ガン病変部の組織及び食道ガン非病変部の組織のセットのうち１例を除いた５６例で判別マシーンを作成し、残りの１例で判別マシーンの精度を計算する方法で評価した。その結果、プローブとして配列番号６３〜１２４のポリヌクレオチドの組合せを用いて測定した遺伝子発現を検討することにより、食道ガン病変部の組織と食道ガン非病変部の組織を、各々配列番号６３〜６５、１１１、１１２の５種のポリヌクレオチドの組合せによって８６．０％、配列番号６３〜６７、１１１〜１１５の１０種のポリヌクレオチドの組合せによって８７．７％、配列番号６３〜７１、１１１〜１１７の１６種のポリヌクレオチドの組合せによって９１．２％、配列番号６３〜７５、１１１〜１１７の２０種のポリヌクレオチドの組合せによって９３．０％、配列番号６３〜１２４の６２種のポリヌクレオチドの組合せによって９６％以上の確率で判別できるマシーンを得た（図１）。なお、この時、配列番号１１２のポリヌクレオチドのみをプローブとして遺伝子発現を検討した場合、食道ガン病変部の組織と食道ガン非病変部の組織を判別する確率は４２．１％であった。【０３５６】
次に、作成した判別マシーンが判別できる食道ガン患者由来の組織に混入した食道ガンを含まない組織の割合を確認するために、食道ガン組織から得たｔｏｔａｌ  ＲＮＡと食道ガンを含まない組織から得たｔｏｔａｌ  ＲＮＡの比率が９：１，８：２，７：３，６：４，５：５，４：６，３：７，２：８，１：９となるように混合したＲＮＡのカクテルを用いてｃＤＮＡの調製、ハイブリダイゼーション及び遺伝子発現量の測定を実施し、データを得た。これらのデータを５５例の患者から得た検体のデータを作成した判別マシーンを用いて予測したところ、食道ガンを含む組織の割合が６０％を超える場合、判別マシーンはデータをガン部と判別することが示された（図２）。【０３５７】
更に、作成した判別マシーンのより一般的な精度を確認するために、同じくインフォームドコンセントを得た５５名の食道ガン患者から、食道生検実施時に食道の生検組織を入手し、同じ方法でｔｏｔａｌ  ＲＮＡ抽出とｃＤＮＡの調製、ハイブリダイゼーション及び遺伝子発現量の測定を実施し、データを得た。これらのデータを５５例の患者から得た検体のデータを作成した判別マシーンを用いて予測したところ、Ａｃｃｕｒａｃｙが８５．５％の確率で食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別できた。また、このときの食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別する確率は１００％であった（図３）。【０３５８】
［比較例１］
本発明の食道ガン診断用組成物と特許文献６（国際公開第２００６／１１８３０８号）に記載の食道ガン診断用組成物のより一般的な精度を比較するために、同じくインフォームドコンセントを得た５５名の食道ガン患者から、食道生検実施時に食道の生検組織を入手し、本明細書に記載の方法でｔｏｔａｌ  ＲＮＡ抽出とｃＤＮＡの調製、ハイブリダイゼーション及び遺伝子発現量の測定を実施し、データを得た。これらのデータを５５例の患者から得た検体のデータを、特許文献６に記載の食道ガン診断用組成物を特許文献６に記載の方法を用いて判別マシーンを用いて予測したところ、ガン判別用判別マシーンはＡｃｃｕｒａｃｙが６１．８％の確率で食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別し（図４）、非ガン判別用判別マシーンはＡｃｃｕｒａｃｙが４７．３％の確率で食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別した（図５）。この結果は本発明の食道ガン診断用組成物と本発明の方法を用いて作成した判別マシーンを用いた食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別する確率よりも低く、特許文献６に記載の食道ガン診断用組成物及び特許文献６に記載の手法は手術検体に対しては高い精度を有するが、生検検体に対しては十分ではなく、本発明の食道ガン診断用組成物と本発明の方法が優位であることがわかった。【０３５９】
［比較例２］
特許文献６（国際公開第２００６／１１８３０８号）に記載の食道ガン診断用組成物を本発明の方法を用いて判別マシーンを用いて予測したところ、Ａｃｃｕｒａｃｙが７４．５％の確率で食道ガン患者由来の食道ガン組織と食道ガン患者由来の食道ガンを含まない組織を判別した（図６）。これらは本発明の食道ガン診断用組成物から作成した判別マシーンの精度よりも低くなっており、特許文献６に記載の食道ガン診断用組成物及び特許文献６に記載の手法は手術検体に対しては高い精度を有するが、生検検体に対しては十分ではなく、本発明の食道ガン診断用組成物と本発明の方法が優位であることがわかった。
【産業上の利用可能性】
【０３６０】
本発明により、特異性、感受性に優れた食道ガン判定用組成物を提供することができるため、少なくとも手術時又は内視鏡検査時に食道ガン患者から採取した組織に含まれる食道ガン組織の割合を判別するために非常に有用である。【０３６１】
本明細書で引用した全ての刊行物、特許および特許出願をそのまま参考として本明細書にとり入れるものとする。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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