(57)【要約】  抗体可変領域と特異的に結合する分子や、該分子をスクリーニングする方法を提供することを課題とし、以下を解決手段とした。ｉ）ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー１〜７、ヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー１〜６、及び、ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー１〜１１の各ファミリーにおけるアミノ酸配列のアラインメントを行い、ヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列を同定する。ｉｉ）同定されたヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列を含むポリペプチドを調製し、該ポリペプチド用いて抗体可変領域と特異的に結合する分子をスクリーニングする。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程（ａ）及び（ｂ）によりヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列を同定する方法。
（ａ）ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー１〜７、ヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー１〜６、及び、ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー１〜１１の各ファミリーにおけるアミノ酸配列のアラインメントを行う工程；
（ｂ）上記（ａ）により得られたアラインメントから、ヒト抗体可変領域の各アミノ酸位置における最も頻度の高いアミノ酸の種類を決定する工程；
【請求項２】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号１に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号１に示されるアミノ酸配列において、
第２位のアミノ酸がＶ、又はＭであり、
第９位のアミノ酸がＡ、又はＰであり、
第１４位のアミノ酸がＰ、Ｌ、又はＴであり、
第１６位のアミノ酸がＡ、Ｓ、又はＴであり、
第２４位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、
第２７位のアミノ酸がＹ、Ｇ、又はＦであり、
第２９位のアミノ酸がＦ、又はＬであり、
第３０位のアミノ酸がＴ、Ｎ、又はＳであり、
第３１位のアミノ酸がＧ、Ｓ、Ｅ、又はＹであり、
第３２位のアミノ酸がＹ、Ｌ、Ｓ又はＲであり、
第３３位のアミノ酸がＹ、Ｄ、Ｓ、Ａ、Ｔ、又はＧであり、
第３４位のアミノ酸がＭ、Ｉ、Ｖ、又はＬであり、
第３５位のアミノ酸がＨ、Ｎ、Ｓ、又はＱであり、
第３８位のアミノ酸がＲであり、
第４１位のアミノ酸がＰ、Ｔ、又はＲであり、
第４２位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、
第４３位のアミノ酸がＱ、又はＫであり、
第４４位のアミノ酸がＧ、Ｒ、又はＡであり、
第４８位のアミノ酸がＭ、又はＩであり、
第５０位のアミノ酸がＷ、Ｒ、Ｉ、又はＧであり、
第５１位のアミノ酸がＩ、Ｍ、Ｆ、又はＳであり、
第５２位のアミノ酸がＮ、Ｄ、Ｉ、Ｓ、Ｖ、又はＴであり、
第５３位のアミノ酸がＰ、Ａ、又はＶであり、
第５４位のアミノ酸がＮ、Ｓ、Ｅ、Ｉ、Ｙ、Ｇ、又はＦであり、
第５５位のアミノ酸がＳ、Ｇ、Ｄ、Ｆ、Ｌ、又はＮであり、
第５７位のアミノ酸がＧ、Ｎ、Ｓ、Ｅ、Ｔ、又はＩであり、
第５８位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、
第５９位のアミノ酸がＮ、Ｇ、Ｓ、Ｉ、又はＫであり、
第６１位のアミノ酸がＡ、又はＳであり、
第６３位のアミノ酸がＫ、又はＥであり、
第６４位のアミノ酸がＦ、又はＬであり、
第６６位のアミノ酸がＧ、Ｅ、又はＤであり、
第６７位のアミノ酸がＲ、又はＷであり、
第７０位のアミノ酸がＭ、Ｓ、又はＩであり、
第７２位のアミノ酸がＲ、Ｅ、Ａ、又はＴであり、
第７３位のアミノ酸がＤ、又はＮであり、
第７４位のアミノ酸がＴ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、又はＲであり、
第７６位のアミノ酸がＩ、Ｔ、Ａ、又はＭであり、
第７７位のアミノ酸がＳ、又はＤであり、
第７９位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、
第８４位のアミノ酸がＳ、又はＲであり、
第８５位のアミノ酸がＲ、又はＳであり、
第８９位のアミノ酸がＥ、又はＤである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項３】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号２に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号２に示されるアミノ酸配列において、
第１位のアミノ酸がＱ、又はＲであり、
第２位のアミノ酸がＩ、又はＶであり、
第５位のアミノ酸がＫ、又はＲであり、
第１０位のアミノ酸がＴ、Ａ、又はＶであり、
第１６位のアミノ酸がＱ、又はＥであり、
第２２位のアミノ酸がＣ、又はＲであり、
第２３位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、
第２４位のアミノ酸がＦ、又はＶであり、
第３１位のアミノ酸がＴ、又はＮであり、
第３２位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、
第３３位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、
第３４位のアミノ酸がＶ、Ｅ、又はＭであり、
第３５位のアミノ酸がＧ、Ｗ、Ｒ、又はＣであり、
第３６位のアミノ酸がＶ、Ｃ、又はＡであり、
第３７位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、
第５０位のアミノ酸がＬ、又はＩであり、
第５２位のアミノ酸がＬ、Ｒ、又はＨであり、
第５４位のアミノ酸がＹ、Ｄ、又はＦであり、
第５５位のアミノ酸がＷ、又はＳであり、
第５６位のアミノ酸がＮ、又はＤであり、
第５８位のアミノ酸がＤ、又はＥであり、
第６０位のアミノ酸がＲ、Ｙ、Ｆ、又はＳであり、
第６２位のアミノ酸がＳ、又はＧであり、
第６３位のアミノ酸がＰ、又はＴであり、
第６６位のアミノ酸がＫ、又はＮであり、
第６７位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、
第７２位のアミノ酸がＴ、又はＳであり、
第７８位のアミノ酸がＮ、又はＳであり、
第９３位のアミノ酸がＧ、又はＡであり、
第９４位のアミノ酸がＴ、又はＶである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項４】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号３に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号３に示されるアミノ酸配列において、
第１位のアミノ酸がＱ、Ｅ、又はＴであり、
第２位のアミノ酸がＶ、又はＤであり、
第３位のアミノ酸がＱ、又はＨであり、
第５位のアミノ酸がＶ、又はＬであり、
第６位のアミノ酸がＥ、又はＤであり、
第７位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、
第８位のアミノ酸がＧ、Ｒ、又はＡであり、
第１０位のアミノ酸がＧ、Ｖ、又はＡであり、
第１１位のアミノ酸がＬ、又はＶであり、
第１２位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、
第１３位のアミノ酸がＫ、Ｑ、Ｒ、又はＥであり、
第１５位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、
第１６位のアミノ酸がＧ、Ｒ、又はＰであり、
第１７位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、
第１９位のアミノ酸がＲ、又はＫであり、
第２０位のアミノ酸がＬ、又はＰであり、
第２３位のアミノ酸がＡ、又はＴであり、
第２５位のアミノ酸がＳ、又はＣであり、
第２６位のアミノ酸がＧ、又はＡであり、
第２８位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、
第３０位のアミノ酸がＳ、Ｄ、又はＧであり、
第３１位のアミノ酸がＤ、Ｓ、Ｎ、Ｙ、又はＧであり、
第３２位のアミノ酸がＹ、Ｎ、Ｓ、Ａ、又はＨであり、
第３３位のアミノ酸がＹ、Ｓ、Ｅ、Ｄ、Ａ、Ｖ、Ｇ、Ｔ、Ｗ、又はＰであり、
第３４位のアミノ酸がＭ、又はＬであり、
第３５位のアミノ酸がＳ、Ｎ、Ｈ、又はＤであり、
第３７位のアミノ酸がＩ、Ｖ、Ｆ、又はＡであり、
第３８位のアミノ酸がＲ、又はＨであり、
第３９位のアミノ酸がＱ、Ｒ、又はＫであり、
第４０位のアミノ酸がＡ、又はＰであり、
第４１位のアミノ酸がＰ、Ｔ、又はＳであり、
第４５位のアミノ酸がＬ、又はＰであり、
第４６位のアミノ酸がＥ、又はＶであり、
第４７位のアミノ酸がＷ、又はＹであり、
第４９位のアミノ酸がＳ、Ａ、又はＧであり、
第５０位のアミノ酸がＲ、Ｆ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｓ、Ｌ、Ｙ又はＮであり、
第５１位のアミノ酸がＩ、Ｎ、Ｖ、又はＴであり、
第５２位のアミノ酸がＲ、Ｋ、Ｅ、Ｓ、Ｙ、Ｎ、Ｗ、又はＧであり、
第５２位のアミノ酸の次に、Ｓ、又はＮが挿入されており、
第５３位のアミノ酸の前に、Ｋが挿入されており、
第５３位のアミノ酸がＡ、Ｔ、Ｗ、Ｓ、Ｇ、Ｙ、又はＱ、若しくは欠失しており、
第５４位のアミノ酸がＳ、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｄ、又はＹであり、
第５５位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、
第５６位のアミノ酸がＳ、Ｇ、又はＹ、若しくは欠失しており、
第５７位のアミノ酸がＴ、Ａ、Ｒ、Ｓ、Ｎ、Ｅ、Ｄ、又はＹであり、
第５８位のアミノ酸がＩ、Ｔ、又はＫであり、
第５９位のアミノ酸がＤ、Ｅ、Ａ、Ｓ、Ｙ、Ｈ、Ｎ、Ｇ、又はＴであり、
第６１位のアミノ酸がＡ、Ｔ、Ｇ、Ｐ、又はＶであり、
第６２位のアミノ酸がＤ、Ｇ、Ｎ、又はＡであり、
第６３位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、
第６４位のアミノ酸がＶ、Ａ、又はＲであり、
第６５位のアミノ酸がＫ、又はＭであり、
第６６位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、
第６７位のアミノ酸がＲ、又はＱであり、
第６９位のアミノ酸がＴ、Ｉ、又はＡであり、
第７３位のアミノ酸がＤ、Ｖ、又はＥであり、
第７４位のアミノ酸がＮ、Ｄ、又はＧであり、
第７５位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、
第７６位のアミノ酸がＫ、Ｔ、又はＲであり、
第７７位のアミノ酸がＮ、Ｓ、又はＫであり、
第７８位のアミノ酸がＳ、Ｔ、Ｒ、Ｆ、又はＩであり、
第７９位のアミノ酸がＡ、又はＬであり、
第８０位のアミノ酸がＹ、Ｆ、又はＨであり、
第８１位のアミノ酸がＬ、Ｖ、又はＱであり、
第８３位のアミノ酸がＭ、Ｋ、又はＴであり、
第８４位のアミノ酸がＮ、Ｉ、Ｓ、又はＧであり、
第８５位のアミノ酸がＳ、Ｎ、又はＲであり、
第８６位のアミノ酸がＬ、又はＲであり、
第８７位のアミノ酸がＲ、Ｉ、又はＫであり、
第８８位のアミノ酸がＴ、Ａ、Ｐ、又はＤであり、
第８９位のアミノ酸がＥ、又はＧであり、
第９０位のアミノ酸がＤ、又はＧであり、
第９１位のアミノ酸がＴ、又はＭであり、
第９３位のアミノ酸がＶ、Ｌ、又はＡである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項５】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号４に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号４に示されるアミノ酸配列において、
第２位のアミノ酸がＶ、又はＬであり、
第６位のアミノ酸がＥ、Ｄ、又はＱであり、
第７位のアミノ酸がＳ、Ｗ、又はＬであり、
第９位のアミノ酸がＰ、Ｓ、又はＡであり、
第１２位のアミノ酸がＶ、又はＬであり、
第１６位のアミノ酸がＱ、Ｄ、Ｅ、又はＧであり、
第２３位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、
第２４位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、
第２５位のアミノ酸がＳ、Ｔ、又はＹであり、
第２９位のアミノ酸がＩ、Ｖ、又はＦであり、
第３０位のアミノ酸がＳであり、
第３１位のアミノ酸がＳ、又はＧであり、
第３２位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、
第３２位のアミノ酸の次に、Ｇ、Ｓ、又はＤが挿入されており、
第３３位のアミノ酸がＹ、又はＮであり、
第３４位のアミノ酸がＹ、Ｓ、又はＷであり、
第３６位のアミノ酸がＳ、Ｇ、又はＣであり、
第３８位のアミノ酸がＩ、又はＶであり、
第４１位のアミノ酸がＨ、又はＰであり、
第４２位のアミノ酸がＰ、Ｌ、又はＡであり、
第４３位のアミノ酸がＧであり、
第４４位のアミノ酸がＫであり、
第４５位のアミノ酸がＧであり、
第５１位のアミノ酸がＹ、Ｃ、Ｓ、Ｒ、又はＥであり、
第５２位のアミノ酸がＩ、又はＦであり、
第５３位のアミノ酸がＹ、Ｎ、又はＩであり、
第５４位のアミノ酸がＹ、Ｈ、又はＴであり、
第５８位のアミノ酸がＴ、又はＩであり、
第５９位のアミノ酸がＹ、又はＮであり、
第６０位のアミノ酸がＹ、又はＮであり、
第６７位のアミノ酸がＲ、又はＬであり、
第６８位のアミノ酸がＶ、Ａ、又はＩであり、
第７０位のアミノ酸がＭ、又はＩであり、
第７４位のアミノ酸がＴ、Ｋ、Ｐ、又はＲであり、
第７８位のアミノ酸がＱ、又はＨであり、
第８０位のアミノ酸がＳ、Ｐ、又はＹであり、
第８２位のアミノ酸がＫ、又はＮであり、
第８３位のアミノ酸がＬ、又はＰであり、
第８４位のアミノ酸がＳ、又はＧであり、
第８８位のアミノ酸がＡ、又は欠失しており、
第８９位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、
第９１位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、
第９２位のアミノ酸がＡ、又はＧであり、
第９４位のアミノ酸がＹ、又はＤである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項６】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号５に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号５に示されるアミノ酸配列において、
第３４位のアミノ酸がＩ、又はＴであり、
第４２位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、
第７５位のアミノ酸がＳ、又はＰである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項７】
以下の（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号６に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号６に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項８】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号７に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号７に示されるアミノ酸配列において、
第８４位のアミノ酸がＣ、又はＳであり、
第８５位のアミノ酸がＳ、又はＴである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項９】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号８に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号８に示されるアミノ酸配列において、
第１位のアミノ酸がＤ、Ａ、Ｎ、又はＶであり、
第３位のアミノ酸がＱ、Ｗ、又はＲであり、
第４位のアミノ酸がＭ、又はＬであり、
第５位のアミノ酸がＴ、又はＩであり、
第９位のアミノ酸がＳ、又はＦであり、
第１０位のアミノ酸がＴ、Ｓ、Ａ、Ｌ、又はＦであり、
第１１位のアミノ酸がＬ、Ｍ、Ｖ、又はＦであり、
第１５位のアミノ酸がＶ、又はＴであり、
第２０位のアミノ酸がＴ、又はＳであり、
第２２位のアミノ酸がＴ、Ｉ、又はＳであり、
第２４位のアミノ酸がＲ、Ｑ、又はＷであり、
第２５位のアミノ酸がＡ、Ｖ、又はＭであり、
第２６位のアミノ酸がＳ、又はＲであり、
第２７位のアミノ酸がＱ、又はＥであり、
第２８位のアミノ酸がＧ、Ｓ、又はＤであり、
第３０位のアミノ酸がＲ、又はＳであり、
第３１位のアミノ酸がＳ、又はＮであり、
第３２位のアミノ酸がＷ、Ａ、Ｙ、Ｄ、又はＮであり、
第３４位のアミノ酸がＡ、Ｎ、又はＧであり、
第３６位のアミノ酸がＹ、又はＦであり、
第３７位のアミノ酸がＱ、Ｌ、又はＲであり、
第４１位のアミノ酸がＧ、Ｅ、又はＡであり、
第４３位のアミノ酸がＡ、Ｖ、又はＳであり、
第４５位のアミノ酸がＫ、又はＥであり、
第４６位のアミノ酸がＬ、Ｒ、Ｓ、又はＨであり、
第４７位のアミノ酸がＬ、又はＦであり、
第４８位のアミノ酸がＩ、又はＬであり、
第５０位のアミノ酸がＤ、Ｋ、Ｓ、Ａ、又はＹであり、
第５２位のアミノ酸がＳ、又はＫであり、
第５３位のアミノ酸がＳ、Ｎ、Ｔ、又はＤであり、
第５５位のアミノ酸がＥ、Ｑ、又はＨであり、
第５６位のアミノ酸がＳ、Ｔ、又はＰであり、
第５９位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、
第６５位のアミノ酸がＳ、又はＲであり、
第７０位のアミノ酸がＥ、又はＤであり、
第７１位のアミノ酸がＦ、又はＹであり、
第７３位のアミノ酸がＬ、又はＦであり、
第７６位のアミノ酸がＳ、又はＩであり、
第７７位のアミノ酸がＳ、Ｎ、又はＣであり、
第７９位のアミノ酸がＱ、又はＫであり、
第８０位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、
第８１位のアミノ酸がＤ、又はＥであり、
第８３位のアミノ酸がＦ、Ｖ、又はＩであり、
第８５位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、
第８８位のアミノ酸がＧ、又はＣである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項１０】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号９に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号９に示されるアミノ酸配列において、
第２位のアミノ酸がＩ、又はＶであり、
第７位のアミノ酸がＴ、又はＳであり、
第１１位のアミノ酸がＬ、又はＳであり、
第１２位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、
第１７位のアミノ酸がＱ、又はＥであり、
第２３位のアミノ酸がＣ、又はＦであり、
第２４位のアミノ酸がＫ、又はＲであり、
第３０位のアミノ酸がＬ、又はＶであり、
第３１位のアミノ酸がＨ、Ｄ、又はＹであり、
第３３位のアミノ酸がＤ、又はＮであり、
第３３位のアミノ酸の次に、Ｄが挿入されており、
第３５位のアミノ酸がＫ、Ｎ、又はＹであり、
第３６位のアミノ酸がＴ、又はＮであり、
第３９位のアミノ酸がＹ、Ｄ、Ｓ、又はＮであり、
第４０位のアミノ酸がＷ、又はＣであり、
第４１位のアミノ酸がＹ、Ｌ、又はＦであり、
第４２位のアミノ酸がＬ、又はＱであり、
第４４位のアミノ酸がＫ、又はＲであり、
第４８位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、
第５０位のアミノ酸がＱ、又はＲであり、
第５１位のアミノ酸がＬ、又はＲであり、
第５５位のアミノ酸がＥ、Ｌ、Ｔ、又はＫであり、
第５６位のアミノ酸がＶ、Ｇ、Ｌ、又はＩであり、
第５８位のアミノ酸がＳ、Ｎ、又はＹであり、
第５９位のアミノ酸がＲ、又はＷであり、
第６０位のアミノ酸がＦ、Ａ、又はＤであり、
第６９位のアミノ酸がＧ、又はＤであり、
第７２位のアミノ酸がＳ、又はＡである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項１１】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号１０に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号１０に示されるアミノ酸配列において、
第４位のアミノ酸がＬ、又はＭであり、
第９位のアミノ酸がＡ、Ｇ、又はＰであり、
第１３位のアミノ酸がＬ、又はＶであり、
第１９位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、
第２４位のアミノ酸がＲ、又はＧであり、
第２８位のアミノ酸がＳ、又はＧであり、
第３２位のアミノ酸がＳ、又はＮ、若しくは欠失しており、
第３３位のアミノ酸がＮ、又は欠失しており、
第３５位のアミノ酸がＡ、Ｔ、又はＳであり、
第４３位のアミノ酸がＱ、又はＬであり、
第５１位のアミノ酸がＤ、又はＧであり、
第５４位のアミノ酸がＮ、Ｓ、又はＴであり、
第５８位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、
第６１位のアミノ酸がＡ、又はＤであり、
第６８位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、
第７０位のアミノ酸がＴ、又はＲであり、
第７１位のアミノ酸がＤ、又はＥであり、
第７８位のアミノ酸がＳ、又はＲであり、
第８０位のアミノ酸がＥ、又はＱであり、
第８１位のアミノ酸がＰ、又はＳである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項１２】
以下の（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号１１に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号１１に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項１３】
以下の（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号１２に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号１２に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項１４】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号１３に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号１３に示されるアミノ酸配列において、
第１位のアミノ酸がＥ、又はＤであり、
第２位のアミノ酸がＩ、又はＶであり、
第４位のアミノ酸がＬ、又はＭであり、
第９位のアミノ酸がＤ、又はＡであり、
第１１位のアミノ酸がＱ、又はＬであり、
第１６位のアミノ酸がＫ、又はＧであり、
第２４位のアミノ酸がＲ、又はＱであり、
第２７位のアミノ酸がＱ、又はＥであり、
第２８位のアミノ酸がＳ、又はＧであり、
第３１位のアミノ酸がＳ、又はＮであり、
第３２位のアミノ酸がＳ、又はＹであり、
第３４位のアミノ酸がＨ、又はＹであり、
第４３位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、
第５５位のアミノ酸がＦ、又はＩであり、
第７３位のアミノ酸がＬ、又はＦであり、
第７６位のアミノ酸がＮ、又はＳである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項１５】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号１４に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号１４に示されるアミノ酸配列において、
第４位のアミノ酸がＬ、又はＶであり、
第１０位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、
第１２位のアミノ酸がＧ、Ｅ、又はＡであり、
第１３位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、
第１５位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、
第１７位のアミノ酸がＲ、又はＫであり、
第２３位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、
第２８位のアミノ酸がＮ、又はＤであり、
第２９位のアミノ酸がＩ、又はＭであり、
第３１位のアミノ酸がＳ、Ｎ、又はＡであり、
第３１位のアミノ酸の次に、Ｇが挿入されており、
第３２位のアミノ酸がＮ、又はＹであり、
第３３位のアミノ酸がＹ、Ａ、Ｄ、又はＴであり、
第３５位のアミノ酸がＹ、Ｎ、Ｈ、又はＳであり、
第４３位のアミノ酸がＴ、又はＫであり、
第５１位のアミノ酸がＲ、Ｓ、Ｙ、Ｇ、Ｄ、又はＥであり、
第５２位のアミノ酸がＮ、又はＤであり、
第５３位のアミノ酸がＮ、Ｄ、又はＳであり、
第５４位のアミノ酸がＱ、Ｌ、Ｎ、又はＫであり、
第５５位のアミノ酸がＲ、又はＬであり、
第５９位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、
第６０位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、
第６２位のアミノ酸がＲ、又はＱであり、
第７０位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、
第７３位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、
第７５位のアミノ酸がＡ、又はＧであり、
第７７位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、
第８０位のアミノ酸がＲ、Ｑ、又はＷであり、
第８１位のアミノ酸がＳ、Ａ、Ｔ、又はＰであり、
第８２位のアミノ酸がＥ、又はＧである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項１６】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号１５に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号１５に示されるアミノ酸配列において、
第８位のアミノ酸がＰ、Ａ、又はＲであり、
第９位のアミノ酸がＳ、又はＦであり、
第１０位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、
第１２位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、
第１３位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、
第１８位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、
第３１位のアミノ酸がＧ、Ｓ、又はＤであり、
第３３位のアミノ酸がＮ、又はＤであり、
第３４位のアミノ酸がＹ、Ｌ、Ｒ、又はＨであり、
第３６位のアミノ酸がＳ、又はＦであり、
第４０位のアミノ酸がＱ、又はＫであり、
第４１位のアミノ酸がＨ、Ｐ、又はＲであり、
第４２位のアミノ酸がＰ、又はＬであり、
第４３位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、
第４４位のアミノ酸がＫ、又はＴであり、
第４５位のアミノ酸がＡ、又はＴであり、
第４６位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、
第４７位のアミノ酸がＫ、又はＲであり、
第４９位のアミノ酸がＭ、又はＬであり、
第５２位のアミノ酸がＥ、Ｄ、又はＮであり、
第５３位のアミノ酸がＶ、又はＧであり、
第５４位のアミノ酸がＳ、又はＮであり、
第５５位のアミノ酸がＫ、Ｎ、又はＴであり、
第６０位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、
第６１位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、
第６２位のアミノ酸がＤ、又はＮであり、
第６３位のアミノ酸がＲ、又はＬであり、
第６４位のアミノ酸がＦ、又はＳであり、
第６５位のアミノ酸がＳ、又はＦであり、
第７２位のアミノ酸がＴ、Ｍ、又はＶであり、
第７７位のアミノ酸がＶ、Ｉ、又はＴであり、
第８１位のアミノ酸がＱ、又はＫであり、
第８２位のアミノ酸がＡ、又はＳであり、
第８４位のアミノ酸がＤ、又はＶであり、
第８７位のアミノ酸がＤ、又はＮであり、
第８９位のアミノ酸がＹ、又はＨである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項１７】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号１６に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号１６に示されるアミノ酸配列において、
第２位のアミノ酸がＹ、又はＳであり、
第３位のアミノ酸がＥ、Ｖ、又はＧであり、
第４位のアミノ酸がＬ、又はＰであり、
第５位のアミノ酸がＴ、又はＭであり、
第７位のアミノ酸がＰ、Ｌ、Ｄ、又はＶであり、
第８位のアミノ酸がＬ、Ｈ、Ｐ、又はＳであり、
第９位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、
第１３位のアミノ酸がＡ、又はＳであり、
第１４位のアミノ酸がＬ、Ｔ、又はＰであり、
第１５位のアミノ酸がＧ、又はＡであり、
第１６位のアミノ酸がＱ、又はＫであり、
第１７位のアミノ酸がＴ、Ａ、又はＭであり、
第１８位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、
第１９位のアミノ酸がＲ、又はＳであり、
第２３位のアミノ酸がＧ、Ｓ、又はＱであり、
第２５位のアミノ酸がＮ、Ｄ、又はＥであり、
第２６位のアミノ酸がＮ、Ａ、Ｖ、Ｋ、又はＳであり、
第２７位のアミノ酸がＩ、Ｌ、又はＭであり、
第２８位のアミノ酸がＧ、Ｐ、Ａ、Ｒ、又はＥであり、
第２９位のアミノ酸がＳ、Ｙ、Ｋ、Ｅ、Ｄ、又はＧであり、
第３０位のアミノ酸がＫ、Ｑ、Ｎ、Ｙ、又はＳであり、
第３１位のアミノ酸がＮ、Ｓ、Ａ、又はＹであり、
第３２位のアミノ酸がＶ、Ａ、又はＥであり、
第３３位のアミノ酸がＨ、Ｙ、Ｒ、Ｄ、Ｃ、又はＳであり、
第３５位のアミノ酸がＹ、又はＦであり、
第３９位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、
第４２位のアミノ酸がＡ、Ｄ、Ｆ、又はＳであり、
第４４位のアミノ酸がＶ、又はＥであり、
第４７位のアミノ酸がＩ、又はＶであり、
第４９位のアミノ酸がＲ、Ｓ、Ｄ、Ｋ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、又はＹであり、
第５０位のアミノ酸がＤ、Ｋ、又はＳであり、
第５１位のアミノ酸がＳ、又はＮであり、
第５２位のアミノ酸がＮ、Ｄ、Ｅ、又はＫであり、
第５４位のアミノ酸がＰ、又はＹであり、
第５５位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、
第５６位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、
第５９位のアミノ酸がＥ、又はＤであり、
第６５位のアミノ酸がＮ、Ｓ、Ｔ、又はＫであり、
第６６位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、
第６８位のアミノ酸がＮ、又はＴであり、
第６９位のアミノ酸がＴ、Ｉ、又はＭであり、
第７０位のアミノ酸がＡ、Ｔ、又はＶであり、
第７１位のアミノ酸がＴ、又はＳであり、
第７５位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、
第７６位のアミノ酸がＲ、又はＧであり、
第７７位のアミノ酸がＡ、Ｉ、Ｖ、又はＴであり、
第７８位のアミノ酸がＱ、Ｅ、又はＬであり、
第７９位のアミノ酸がＡ、Ｖ、又はＴであり、
第８０位のアミノ酸がＧ、Ｅ、又はＭであり、
第８３位のアミノ酸がＡ、又はＤであり、
第８７位のアミノ酸がＣ、又はＹである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項１８】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号１７に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号１７に示されるアミノ酸配列において、
第１位のアミノ酸がＱ、又はＬであり、
第２位のアミノ酸がＰ、又はＬであり、
第７位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、
第８位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、
第１３位のアミノ酸がＳ、又はＬであり、
第１６位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、
第１８位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、
第２７位のアミノ酸がＧ、又はＥであり、
第３０位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、
第３２位のアミノ酸がＩ、Ａ、又はＴであり、
第３４位のアミノ酸がＡ、又はＥであり、
第３６位のアミノ酸がＨ、又はＹであり、
第３９位のアミノ酸がＱ、又はＲであり、
第４１位のアミノ酸がＧ、又はＥであり、
第４２位のアミノ酸がＫ、又はＲであり、
第４３位のアミノ酸がＡ、Ｇ、又はＳであり、
第４５位のアミノ酸がＲ、又はＱであり、
第４７位のアミノ酸がＬ、又はＩであり、
第５０位のアミノ酸がＬ、又はＶであり、
第５１位のアミノ酸がＥ、Ｎ、又はＫであり、
第５２位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、
第５３位のアミノ酸がＳ、又はＤであり、
第５６位のアミノ酸がＹ、又はＨであり、
第５７位のアミノ酸がＮ、又はＳであり、
第６０位のアミノ酸がＳ、又はＤであり、
第６２位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、
第６７位のアミノ酸がＳ、又はＭであり、
第７４位のアミノ酸がＤ、又はＥであり、
第７９位のアミノ酸がＩ、又はＦであり、
第８１位のアミノ酸がＮ、又はＳであり、
第８４位のアミノ酸がＬ、Ｆ、又はＳであり、
第８５位のアミノ酸がＥ、又はＤであり、
第８９位のアミノ酸がＤ、又はＥであり、
第９１位のアミノ酸がＹ、又はＨである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項１９】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号１８に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号１８に示されるアミノ酸配列において、
第２位のアミノ酸がＡ、又はＰであり、
第８位のアミノ酸がＳ、Ａ、Ｔ、又はＰであり、
第１０位のアミノ酸がＬ、Ｓ、又はＨであり、
第１４位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、
第１６位のアミノ酸がＡ、又はＥであり、
第１８位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、
第１９位のアミノ酸がＳ、又はＲであり、
第２０位のアミノ酸がＬ、又はＦであり、
第２３位のアミノ酸がＴ、又はＭであり、
第２５位のアミノ酸がＲ、Ｓ、又はＰであり、
第２７位のアミノ酸がＧ、又はＤであり、
第２８位のアミノ酸がＩ、又はＦであり、
第２９位のアミノ酸がＮ、又はＳであり、
第３０位のアミノ酸がＶ、又はＬであり、
第３２位のアミノ酸がＴ、Ｓ、又はＤであり、
第３３位のアミノ酸がＹ、又はＦであり、
第３４位のアミノ酸がＲ、Ｎ、又はＷであり、
第３６位のアミノ酸がＹ、Ｆ、又はＲであり、
第４１位のアミノ酸がＫ、又はＮであり、
第４３位のアミノ酸がＧ、又はＥであり、
第４４位のアミノ酸がＳ、又はＮであり、
第４５位のアミノ酸がＰ、又はＬであり、
第４７位のアミノ酸がＱ、又はＲであり、
第５１位のアミノ酸がＲ、Ｓ、又はＹであり、
第５３位のアミノ酸がＫ、Ｙ、又はＨであり、
第５７位のアミノ酸がＤ、Ｓ、又はＮであり、
第５９位のアミノ酸がＱ、Ｈ、又はＧであり、
第７２位のアミノ酸がＫ、又はＮであり、
第７６位のアミノ酸がＡ、Ｔ、又はＳであり、
第７８位のアミノ酸がＡ、又はＴであり、
第８０位のアミノ酸がＩ、又はＬであり、
第８２位のアミノ酸がＬ、Ｖ、又はＲであり、
第８８位のアミノ酸がＳ、又はＰである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項２０】
以下の（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号１９に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号１９に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項２１】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号２０に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号２０に示されるアミノ酸配列において、
第２位のアミノ酸がＡ、又はＴであり、
第２３位のアミノ酸がＧ、又はＡであり、
第３３位のアミノ酸がＨ、又はＹであり、
第３６位のアミノ酸がＹ、又はＮであり、
第４８位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、
第５２位のアミノ酸がＤ、又はＳであり、
第７８位のアミノ酸がＳ、又はＬであり、
第８０位のアミノ酸がＡ、又はＶである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項２２】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号２１に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号２１に示されるアミノ酸配列において、
第６３位のアミノ酸がＲ、又はＣである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項２３】
以下の（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号２２に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号２２に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項２４】
以下の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号２３に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号２３に示されるアミノ酸配列において、
第２８位のアミノ酸がＮ、又はＩであり、
第３７位のアミノ酸がＬ、又はＰであり、
第３８位のアミノ酸がＱ、又はＥであり、
第６３位のアミノ酸がＬ、又はＦである配列；
（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項２５】
以下の（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチド。
（ｉ）配列番号２４に示されるアミノ酸配列；
（ii）配列番号２４に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；
【請求項２６】
請求項２〜２５のいずれか記載のポリペプチドをコードする核酸。
【請求項２７】
以下の工程（ａ）及び（ｂ）を順次備えることを特徴とするヒト抗体可変領域と特異的に結合する分子をスクリーニングする方法。
（ａ）請求項２〜２５のいずれかに示されるアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチドを含むスクリーニング用ポリペプチドを調製する工程；
（ｂ）上記工程（ａ）により調製されたスクリーニング用ポリペプチドと被検物質とを接触させ、上記ポリペプチドと特異的に結合する被検物質を選択する工程；
【請求項２８】
スクリーニング用ポリペプチドが、アミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチドのＣ末端側に、さらにＣＤＲ３を含むことを特徴とする請求項２６記載の方法。
【請求項２９】
被検物質が、ペプチドであることを特徴とする請求項２６記載の方法。
【請求項３０】
ファージディスプレイ法を用いることを特徴とする請求項２６〜２８のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
請求項２６〜２９のいずれかに記載の方法により得られる、ヒト抗体可変領域と特異的に結合する分子。
【請求項３２】
ペプチドであることを特徴とする請求項３０記載の分子。
【請求項３３】
配列番号３２、６６、６９、７１、７８、８０、８２、８３、８５、８７、９０、９２、９４〜９９、若しくは１０４〜３０４のいずれかに示されるアミノ酸配列、又は上記アミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列からなるペプチド。
【請求項３４】
請求項２６〜２９のいずれかに記載の方法により得られる、ヒト抗体可変領域と特異的に結合する分子を用いて抗体を精製する方法。
【請求項３５】
配列番号３２、６６、６９、７１、７８、８０、８２、８３、８５、８７、９０、９２、９４〜９９、又は１０４〜３０４のいずれかに示されるアミノ酸配列、又は上記アミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列からなるペプチドを用いて抗体を精製する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列の同定方法や、ヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチドや、ヒト抗体可変領域と特異的に結合する分子をスクリーニングする方法や、該スクリーニング方法により得られるヒト抗体可変領域と特異的に結合する分子に関する。
【背景技術】
【０００２】
抗体は、特定分子に対する高い特異的結合能を有することから、生物学研究や臨床検査において広く用いられている。また、近年では、抗体そのものを治療用薬剤として治療に用いる試みが数多くなされており、特に癌細胞をターゲットとした抗体医薬の開発は非常に注目を集めている。【０００３】
抗体医薬の開発のためには、大規模な抗体製造と抗体精製を行う技術が必要とされ、抗体精製のために、現在最も一般的に利用されている方法はプロテインＡを用いたアフィニティクロマトグラフィー法である（非特許文献１〜３参照）。プロテインＡは黄色ブドウ球菌の細胞壁由来のタンパク質であり、抗体分子のＦｃ（定常）領域に強い結合能を持つことが知られている。定常領域には、様々な抗体分子のクラス・サブクラスを超えて共通した構造が保存されていることから、プロテインＡをリガンドとして用いたアフィニティクロマトグラフィーは、抗原の異なる様々な種類の抗体分子の精製に用いることができる。【０００４】
しかし、プロテインＡは高価な上に、免疫原性であることが知られている（非特許文献４及び５参照）。また、プロテインＡは抗体定常領域に親和性を示すが、抗体Ｆｖ（可変）領域には親和性を示さないことから、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ抗体）や、diabody抗体等のような、可変領域のみから構成される低分子抗体の精製には使用することができない。このため、定常領域を持たない抗体のアフィニティ精製にも利用することができる、安価で安全なリガンドの開発が求められている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】R.Vola et al., Cell Biophys. 24-25: 27-36 (1994)
【非特許文献２】Aybay and Imir, J. Immunol. Methods 233 (1-2): 77-81 (2000)
【非特許文献３】Ford et al., J. Chromatogr. B 754: 427-435 (2001)
【非特許文献４】Bensinger et al., J. Biol. Response Modif. 3: 347-351; (1984)
【非特許文献５】Ventura et al., Cancer Treat. Rep. 71 (4): 411-413 (1987)
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明の課題は、ヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチドや、抗体可変領域と特異的に結合する分子や、該分子をスクリーニングする方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
一般に、抗原認識部位である可変領域は、抗体ごとに異なる多様な配列からなると考えられており、異なる抗体に共通な可変領域配列が存在することは予想されていなかった。本発明者らは、免疫関係のデータベース［the international ImMunoGeneTics information system（ＩＭＧＴ）］からヒト抗体タンパクの可変領域のアミノ産配列に着目し、各ファミリーごとに相同性の高い配列（コンセンサス配列）の同定を行った。すなわち、ヒト抗体可変領域のアミノ酸配列データを用いて、ファミリーごとにアミノ酸配列のアラインメント解析を行い、配列番号１〜２４に示されるアミノ酸配列が各ファミリーのコンセンサスアミノ酸配列であることを見いだした。さらに、このコンセンサスアミノ酸配列を含むポリペプチドを調製して、ペプチドライブラリーをファージディスプレイ法にて発現させたファージライブラリーを用い、各ファミリー別の鋳型抗体に結合するペプチド配列のスクリーニングを行い、各ファミリーのコンセンサスアミノ酸配列を特異的に認識するペプチドを同定し、本発明を完成するに至った。
【発明の効果】
【０００８】
本発明によれば、抗体可変領域に高親和性の分子をスクリーニングすることが可能となり、ｓｃＦｖ抗体やdiabody抗体を含む様々な抗体の精製に利用可能な、安全で安価なリガンドの開発を行うことができる。また、本発明のスクリーニング方法により得られる、抗体可変領域を特異的に認識する分子は、抗体精製のためのアフィニティリガンドとして利用できる。【０００９】
また今回同定された各ファミリーに特異的なコンセンサス配列は、ペプチドライブラリーのみならず、ファージ等のスクリーニング法を用いたリガンドのスクリーニングやアプタマー等のヒト抗体用のアフィニテイリガンドの選別を行うすべての技術において、基本的な標的配列となるものであり、きわめて有用である。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】本発明のヒト抗体重鎖可変領域コンセンサス配列の設計方法を示す図である。
【図２】本発明のヒト抗体重鎖可変領域コンセンサス配列を示す図である。図中のアミノ酸配列番号はカバットの番号付け系に従ったものである。
【図３】本発明のヒト抗体重鎖可変領域（ＩＧＨＶ１〜４）コンセンサス配列をコードする塩基配列を示す図である。
【図４】本発明のヒト抗体重鎖可変領域（ＩＧＨＶ５〜７）コンセンサス配列をコードする塩基配列を示す図である。
【図５】本発明のヒト抗体重鎖可変領域コンセンサス配列へのＣＤＲ３配列の付加について示す図である。図中のアミノ酸配列番号はカバットの番号付け系に従ったものである。
【図６】本発明のMaltose-Binding Protein（ＭＢＰ）融合ヒト抗体重鎖可変領域コンセンサス配列の調製について示す図である。
【図７】Ａ）ＭＢＰ融合ヒト抗体重鎖又はκ軽鎖可変領域コンセンサス配列発現ベクターの構造を示す図である。調製したＢ）ＭＢＰ融合ヒト抗体重鎖可変領域タンパク質（ＭＢＰ−ＩＧＨＶＤＪ−６×ＨＩＳ）及びＣ）ＭＢＰ融合ヒト抗体κ軽鎖可変領域タンパク質（ＭＢＰ−ＩＧＫＶＤＪ−６×ＨＩＳ）をポリアクリルアミドゲル電気泳動しＣＢＢ染色した結果を示す図である。Ｍは分子量マーカーを、ＶＨ１〜７は抗体重鎖可変領域コンセンサス配列１〜７を、ＶＫ１〜６は抗体κ軽鎖可変領域コンセンサス配列１〜６を表す。
【図８】本発明のファージディスプレイ法を用いたアフィニティリガンドのスクリーニング方法について示す図である。
【図９】本発明のヒト抗体重鎖可変領域ファミリー（ＩＧＨＶ３）コンセンサス配列に特異的な結合能を有するペプチドの一次スクリーニングについて示す図である。
【図１０】本発明のヒト抗体重鎖可変領域ファミリー（ＩＧＨＶ３）コンセンサス配列に特異的な結合能を有するペプチドの調製方法を示す図である。
【図１１】本発明のヒト抗体重鎖可変領域ファミリー（ＩＧＨＶ３）コンセンサス配列に特異的な結合能を有するペプチドが、ＩＧＨＶ３コンセンサス配列に特異的に結合することを示す図である。
【図１２】Ａ）ペプチドコード４アフィニティリガンドとＭＢＰ−ＩＧＨＶＤＪ３−Ｈｉｓ（ＭＢＰ−ＶＨ３）、及びＢ）ペプチドコード１５アフィニティリガンドとＭＢＰ−ＩＧＫＶＤＪ３−６×Ｈｉｓ（ＭＢＰ−ＶＫ３）が、特異的な親和性を示すことをＳＰＲ解析により調べた結果を示す図である。グラフの縦軸は親和性、横軸は時間を表す。
【図１３】ファージＥＬＩＳＡ法による、ＩＧＨＶコンセンサス配列を認識するペプチドの２次スクリーニング結果を示す図である。
【図１４】ファージＥＬＩＳＡ法による、ＩＧＫＶ３，６コンセンサス配列を認識するペプチドの２次スクリーニング結果を示す図である。
【図１５】ＳＰＲ解析による１次スクリーニングと、ファージＥＬＩＳＡ法による２次スクリーニングによって同定された、ペプチド配列を示す。
【図１６】ペプチド磁気ビーズ免疫沈降法の概略を示す図である。
【図１７】ペプチド磁気ビーズによって回収されたハーセプチンｓｃＦｖ抗体の抗体回収率を示す図である。
【図１８】連続した２種のペプチド磁気ビーズとの反応による、抗体回収率変化の解析を目的とした実験プロトコールを示す図である。
【図１９】各ペプチド磁気ビーズの反応順で、コントロールに対するペプチドハーセプチンｓｃＦｖ抗体回収率変化をグラフ化した図である。
【図２０】５種の一アミノ酸変異ペプチド磁気ビーズを用いた免疫沈降法による、ペプチドハーセプチンｓｃＦｖ抗体回収率の結果を示す図である。
【図２１】Ｈｉｓ−Ｔａｇ ＥＬＩＳＡによる、ペプチドハーセプチンｓｃＦｖ抗体回収率の定量的測定結果を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
ヒト抗体遺伝子は、その可変領域で使用される遺伝子レパトワの種類によっていくつかのファミリーに分類される。重鎖遺伝子（ＶＨ）は、ＩＧＨＶ１−７の７種類、軽鎖遺伝子（ＶＫおよびＶＬ）は、それぞれＩＧＫＶ１−６の６種類，ＩＧＬＶ１−１１の１１種類と考えられる。抗体の可変領域の中で特に多様性の高い配列をもつＣＤＲ１，２（ＣＤＲ３はここでは省く）は、抗原との結合に関与すると思われるが、それ以外のＦＲ１−３の領域には、比較的ホモロジーの高い配列が存在する。以下、ＶＨ及びＶＫのファミリーごとに、ヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列を同定する方法や、同定されたアミノ酸コンセンサス配列について述べる。
【００１２】
本発明のヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列の同定方法としては、（ａ）ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー１〜７、ヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー１〜６、及び、ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー１〜１１の各ファミリーにおけるアミノ酸配列のアラインメントを行う工程；並びに（ｂ）上記（ａ）により得られたアラインメントから、ヒト抗体可変領域の各アミノ酸位置における最も頻度の高いアミノ酸の種類を決定する工程；によりヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列を同定する方法であれば特に制限されるものではなく、かかる同定方法により、以下に示すようなアミノ酸コンセンサス配列を具体的に同定することができる。本発明は、このようにして同定されたアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチドや、かかるポリペプチドをコードする核酸（ＤＮＡ及びＲＮＡ）にも関する。
【００１３】
ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー１のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号１に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号１に示されるアミノ酸配列において、第２位のアミノ酸がＶ、又はＭであり、第９位のアミノ酸がＡ、又はＰであり、第１４位のアミノ酸がＰ、Ｌ、又はＴであり、第１６位のアミノ酸がＡ、Ｓ、又はＴであり、第２４位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、第２７位のアミノ酸がＹ、Ｇ、又はＦであり、第２９位のアミノ酸がＦ、又はＬであり、第３０位のアミノ酸がＴ、Ｎ、又はＳであり、第３１位のアミノ酸がＧ、Ｓ、Ｅ、又はＹであり、第３２位のアミノ酸がＹ、Ｌ、Ｓ又はＲであり、第３３位のアミノ酸がＹ、Ｄ、Ｓ、Ａ、Ｔ、又はＧであり、第３４位のアミノ酸がＭ、Ｉ、Ｖ、又はＬであり、第３５位のアミノ酸がＨ、Ｎ、Ｓ、又はＱであり、第３８位のアミノ酸がＲであり、第４１位のアミノ酸がＰ、Ｔ、又はＲであり、第４２位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、第４３位のアミノ酸がＱ、又はＫであり、第４４位のアミノ酸がＧ、Ｒ、又はＡであり、第４８位のアミノ酸がＭ、又はＩであり、第５０位のアミノ酸がＷ、Ｒ、Ｉ、又はＧであり、第５１位のアミノ酸がＩ、Ｍ、Ｆ、又はＳであり、第５２位のアミノ酸がＮ、Ｄ、Ｉ、Ｓ、Ｖ、又はＴであり、第５３位のアミノ酸がＰ、Ａ、又はＶであり、第５４位のアミノ酸がＮ、Ｓ、Ｅ、Ｉ、Ｙ、Ｇ、又はＦであり、第５５位のアミノ酸がＳ、Ｇ、Ｄ、Ｆ、Ｌ、又はＮであり、第５７位のアミノ酸がＧ、Ｎ、Ｓ、Ｅ、Ｔ、又はＩであり、第５８位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、第５９位のアミノ酸がＮ、Ｇ、Ｓ、Ｉ、又はＫであり、第６１位のアミノ酸がＡ、又はＳであり、第６３位のアミノ酸がＫ、又はＥであり、第６４位のアミノ酸がＦ、又はＬであり、第６６位のアミノ酸がＧ、Ｅ、又はＤであり、第６７位のアミノ酸がＲ、又はＷであり、第７０位のアミノ酸がＭ、Ｓ、又はＩであり、第７２位のアミノ酸がＲ、Ｅ、Ａ、又はＴであり、第７３位のアミノ酸がＤ、又はＮであり、第７４位のアミノ酸がＴ、Ｅ、Ｋ、Ｍ、又はＲであり、第７６位のアミノ酸がＩ、Ｔ、Ａ、又はＭであり、第７７位のアミノ酸がＳ、又はＤであり、第７９位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、第８４位のアミノ酸がＳ、又はＲであり、第８５位のアミノ酸がＲ、又はＳであり、第８９位のアミノ酸がＥ、又はＤである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００１４】
ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー２のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号２に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号２に示されるアミノ酸配列において、第１位のアミノ酸がＱ、又はＲであり、第２位のアミノ酸がＩ、又はＶであり、第５位のアミノ酸がＫ、又はＲであり、第１０位のアミノ酸がＴ、Ａ、又はＶであり、第１６位のアミノ酸がＱ、又はＥであり、第２２位のアミノ酸がＣ、又はＲであり、第２３位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、第２４位のアミノ酸がＦ、又はＶであり、第３１位のアミノ酸がＴ、又はＮであり、第３２位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、第３３位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、第３４位のアミノ酸がＶ、Ｅ、又はＭであり、第３５位のアミノ酸がＧ、Ｗ、Ｒ、又はＣであり、第３６位のアミノ酸がＶ、Ｃ、又はＡであり、第３７位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、第５０位のアミノ酸がＬ、又はＩであり、第５２位のアミノ酸がＬ、Ｒ、又はＨであり、第５４位のアミノ酸がＹ、Ｄ、又はＦであり、第５５位のアミノ酸がＷ、又はＳであり、第５６位のアミノ酸がＮ、又はＤであり、第５８位のアミノ酸がＤ、又はＥであり、第６０位のアミノ酸がＲ、Ｙ、Ｆ、又はＳであり、第６２位のアミノ酸がＳ、又はＧであり、第６３位のアミノ酸がＰ、又はＴであり、第６６位のアミノ酸がＫ、又はＮであり、第６７位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、第７２位のアミノ酸がＴ、又はＳであり、第７８位のアミノ酸がＮ、又はＳであり、第９３位のアミノ酸がＧ、又はＡであり、第９４位のアミノ酸がＴ、又はＶである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００１５】
ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー３のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号３に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号３に示されるアミノ酸配列において、第１位のアミノ酸がＱ、Ｅ、又はＴであり、第２位のアミノ酸がＶ、又はＤであり、第３位のアミノ酸がＱ、又はＨであり、第５位のアミノ酸がＶ、又はＬであり、第６位のアミノ酸がＥ、又はＤであり、第７位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、第８位のアミノ酸がＧ、Ｒ、又はＡであり、第１０位のアミノ酸がＧ、Ｖ、又はＡであり、第１１位のアミノ酸がＬ、又はＶであり、第１２位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、第１３位のアミノ酸がＫ、Ｑ、Ｒ、又はＥであり、第１５位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、第１６位のアミノ酸がＧ、Ｒ、又はＰであり、第１７位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、第１９位のアミノ酸がＲ、又はＫであり、第２０位のアミノ酸がＬ、又はＰであり、第２３位のアミノ酸がＡ、又はＴであり、第２５位のアミノ酸がＳ、又はＣであり、第２６位のアミノ酸がＧ、又はＡであり、第２８位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、第３０位のアミノ酸がＳ、Ｄ、又はＧであり、第３１位のアミノ酸がＤ、Ｓ、Ｎ、Ｙ、又はＧであり、第３２位のアミノ酸がＹ、Ｎ、Ｓ、Ａ、又はＨであり、第３３位のアミノ酸がＹ、Ｓ、Ｅ、Ｄ、Ａ、Ｖ、Ｇ、Ｔ、Ｗ、又はＰであり、第３４位のアミノ酸がＭ、又はＬであり、第３５位のアミノ酸がＳ、Ｎ、Ｈ、又はＤであり、第３７位のアミノ酸がＩ、Ｖ、Ｆ、又はＡであり、第３８位のアミノ酸がＲ、又はＨであり、第３９位のアミノ酸がＱ、Ｒ、又はＫであり、第４０位のアミノ酸がＡ、又はＰであり、第４１位のアミノ酸がＰ、Ｔ、又はＳであり、第４５位のアミノ酸がＬ、又はＰであり、第４６位のアミノ酸がＥ、又はＶであり、第４７位のアミノ酸がＷ、又はＹであり、第４９位のアミノ酸がＳ、Ａ、又はＧであり、第５０位のアミノ酸がＲ、Ｆ、Ｃ、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｓ、Ｌ、Ｙ又はＮであり、第５１位のアミノ酸がＩ、Ｎ、Ｖ、又はＴであり、第５２位のアミノ酸がＲ、Ｋ、Ｅ、Ｓ、Ｙ、Ｎ、Ｗ、又はＧであり、第５２位のアミノ酸の次に、Ｓ、又はＮが挿入されており、第５３位のアミノ酸の前に、Ｋが挿入されており、第５３位のアミノ酸がＡ、Ｔ、Ｗ、Ｓ、Ｇ、Ｙ、又はＱ、若しくは欠失しており、第５４位のアミノ酸がＳ、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｄ、又はＹであり、第５５位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、第５６位のアミノ酸がＳ、Ｇ、又はＹ、若しくは欠失しており、第５７位のアミノ酸がＴ、Ａ、Ｒ、Ｓ、Ｎ、Ｅ、Ｄ、又はＹであり、第５８位のアミノ酸がＩ、Ｔ、又はＫであり、第５９位のアミノ酸がＤ、Ｅ、Ａ、Ｓ、Ｙ、Ｈ、Ｎ、Ｇ、又はＴであり、第６１位のアミノ酸がＡ、Ｔ、Ｇ、Ｐ、又はＶであり、第６２位のアミノ酸がＤ、Ｇ、Ｎ、又はＡであり、第６３位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、第６４位のアミノ酸がＶ、Ａ、又はＲであり、第６５位のアミノ酸がＫ、又はＭであり、第６６位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、第６７位のアミノ酸がＲ、又はＱであり、第６９位のアミノ酸がＴ、Ｉ、又はＡであり、第７３位のアミノ酸がＤ、Ｖ、又はＥであり、第７４位のアミノ酸がＮ、Ｄ、又はＧであり、第７５位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、第７６位のアミ���酸がＫ、Ｔ、又はＲであり、第７７位のアミノ酸がＮ、Ｓ、又はＫであり、第７８位のアミノ酸がＳ、Ｔ、Ｒ、Ｆ、又はＩであり、第７９位のアミノ酸がＡ、又はＬであり、第８０位のアミノ酸がＹ、Ｆ、又はＨであり、第８１位のアミノ酸がＬ、Ｖ、又はＱであり、第８３位のアミノ酸がＭ、Ｋ、又はＴであり、第８４位のアミノ酸がＮ、Ｉ、Ｓ、又はＧであり、第８５位のアミノ酸がＳ、Ｎ、又はＲであり、第８６位のアミノ酸がＬ、又はＲであり、第８７位のアミノ酸がＲ、Ｉ、又はＫであり、第８８位のアミノ酸がＴ、Ａ、Ｐ、又はＤであり、第８９位のアミノ酸がＥ、又はＧであり、第９０位のアミノ酸がＤ、又はＧであり、第９１位のアミノ酸がＴ、又はＭであり、第９３位のアミノ酸がＶ、Ｌ、又はＡである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００１６】
ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー４のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号４に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号４に示されるアミノ酸配列において、第２位のアミノ酸がＶ、又はＬであり、第６位のアミノ酸がＥ、Ｄ、又はＱであり、第７位のアミノ酸がＳ、Ｗ、又はＬであり、第９位のアミノ酸がＰ、Ｓ、又はＡであり、第１２位のアミノ酸がＶ、又はＬであり、第１６位のアミノ酸がＱ、Ｄ、Ｅ、又はＧであり、第２３位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、第２４位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、第２５位のアミノ酸がＳ、Ｔ、又はＹであり、第２９位のアミノ酸がＩ、Ｖ、又はＦであり、第３０位のアミノ酸がＳであり、第３１位のアミノ酸がＳ、又はＧであり、第３２位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、第３２位のアミノ酸の次に、Ｇ、Ｓ、又はＤが挿入されており、第３３位のアミノ酸がＹ、又はＮであり、第３４位のアミノ酸がＹ、Ｓ、又はＷであり、第３６位のアミノ酸がＳ、Ｇ、又はＣであり、第３８位のアミノ酸がＩ、又はＶであり、第４１位のアミノ酸がＨ、又はＰであり、第４２位のアミノ酸がＰ、Ｌ、又はＡであり、第４３位のアミノ酸がＧであり、第４４位のアミノ酸がＫであり、第４５位のアミノ酸がＧであり、第５１位のアミノ酸がＹ、Ｃ、Ｓ、Ｒ、又はＥであり、第５２位のアミノ酸がＩ、又はＦであり、第５３位のアミノ酸がＹ、Ｎ、又はＩであり、第５４位のアミノ酸がＹ、Ｈ、又はＴであり、第５８位のアミノ酸がＴ、又はＩであり、第５９位のアミノ酸がＹ、又はＮであり、第６０位のアミノ酸がＹ、又はＮであり、第６７位のアミノ酸がＲ、又はＬであり、第６８位のアミノ酸がＶ、Ａ、又はＩであり、第７０位のアミノ酸がＭ、又はＩであり、第７４位のアミノ酸がＴ、Ｋ、Ｐ、又はＲであり、第７８位のアミノ酸がＱ、又はＨであり、第８０位のアミノ酸がＳ、Ｐ、又はＹであり、第８２位のアミノ酸がＫ、又はＮであり、第８３位のアミノ酸がＬ、又はＰであり、第８４位のアミノ酸がＳ、又はＧであり、第８８位のアミノ酸がＡ、又は欠失しており、第８９位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、第９１位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、第９２位のアミノ酸がＡ、又はＧであり、第９４位のアミノ酸がＹ、又はＤである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００１７】
ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー５のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号５に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号５に示されるアミノ酸配列において、第３４位のアミノ酸がＩ、又はＴであり、第４２位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、第７５位のアミノ酸がＳ、又はＰである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００１８】
ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー６のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号６に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号６に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）又は（ii）に示される配列を好適に例示することができる。
【００１９】
ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー７のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号７に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号７に示されるアミノ酸配列において、第８４位のアミノ酸がＣ、又はＳであり、第８５位のアミノ酸がＳ、又はＴである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００２０】
ヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー１のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号８に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号８に示されるアミノ酸配列において、第１位のアミノ酸がＤ、Ａ、Ｎ、又はＶであり、第３位のアミノ酸がＱ、Ｗ、又はＲであり、第４位のアミノ酸がＭ、又はＬであり、第５位のアミノ酸がＴ、又はＩであり、第９位のアミノ酸がＳ、又はＦであり、第１０位のアミノ酸がＴ、Ｓ、Ａ、Ｌ、又はＦであり、第１１位のアミノ酸がＬ、Ｍ、Ｖ、又はＦであり、第１５位のアミノ酸がＶ、又はＴであり、第２０位のアミノ酸がＴ、又はＳであり、第２２位のアミノ酸がＴ、Ｉ、又はＳであり、第２４位のアミノ酸がＲ、Ｑ、又はＷであり、第２５位のアミノ酸がＡ、Ｖ、又はＭであり、第２６位のアミノ酸がＳ、又はＲであり、第２７位のアミノ酸がＱ、又はＥであり、第２８位のアミノ酸がＧ、Ｓ、又はＤであり、第３０位のアミノ酸がＲ、又はＳであり、第３１位のアミノ酸がＳ、又はＮであり、第３２位のアミノ酸がＷ、Ａ、Ｙ、Ｄ、又はＮであり、第３４位のアミノ酸がＡ、Ｎ、又はＧであり、第３６位のアミノ酸がＹ、又はＦであり、第３７位のアミノ酸がＱ、Ｌ、又はＲであり、第４１位のアミノ酸がＧ、Ｅ、又はＡであり、第４３位のアミノ酸がＡ、Ｖ、又はＳであり、第４５位のアミノ酸がＫ、又はＥであり、第４６位のアミノ酸がＬ、Ｒ、Ｓ、又はＨであり、第４７位のアミノ酸がＬ、又はＦであり、第４８位のアミノ酸がＩ、又はＬであり、第５０位のアミノ酸がＤ、Ｋ、Ｓ、Ａ、又はＹであり、第５２位のアミノ酸がＳ、又はＫであり、第５３位のアミノ酸がＳ、Ｎ、Ｔ、又はＤであり、第５５位のアミノ酸がＥ、Ｑ、又はＨであり、第５６位のアミノ酸がＳ、Ｔ、又はＰであり、第５９位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、第６５位のアミノ酸がＳ、又はＲであり、第７０位のアミノ酸がＥ、又はＤであり、第７１位のアミノ酸がＦ、又はＹであり、第７３位のアミノ酸がＬ、又はＦであり、第７６位のアミノ酸がＳ、又はＩであり、第７７位のアミノ酸がＳ、Ｎ、又はＣであり、第７９位のアミノ酸がＱ、又はＫであり、第８０位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、第８１位のアミノ酸がＤ、又はＥであり、第８３位のアミノ酸がＦ、Ｖ、又はＩであり、第８５位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、第８８位のアミノ酸がＧ、又はＣである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００２１】
ヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー２のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号９に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号９に示されるアミノ酸配列において、第２位のアミノ酸がＩ、又はＶであり、第７位のアミノ酸がＴ、又はＳであり、第１１位のアミノ酸がＬ、又はＳであり、第１２位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、第１７位のアミノ酸がＱ、又はＥであり、第２３位のアミノ酸がＣ、又はＦであり、第２４位のアミノ酸がＫ、又はＲであり、第３０位のアミノ酸がＬ、又はＶであり、第３１位のアミノ酸がＨ、Ｄ、又はＹであり、第３３位のアミノ酸がＤ、又はＮであり、第３３位のアミノ酸の次に、Ｄが挿入されており、第３５位のアミノ酸がＫ、Ｎ、又はＹであり、第３６位のアミノ酸がＴ、又はＮであり、第３９位のアミノ酸がＹ、Ｄ、Ｓ、又はＮであり、第４０位のアミノ酸がＷ、又はＣであり、第４１位のアミノ酸がＹ、Ｌ、又はＦであり、第４２位のアミノ酸がＬ、又はＱであり、第４４位のアミノ酸がＫ、又はＲであり、第４８位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、第５０位のアミノ酸がＱ、又はＲであり、第５１位のアミノ酸がＬ、又はＲであり、第５５位のアミノ酸がＥ、Ｌ、Ｔ、又はＫであり、第５６位のアミノ酸がＶ、Ｇ、Ｌ、又はＩであり、第５８位のアミノ酸がＳ、Ｎ、又はＹであり、第５９位のアミノ酸がＲ、又はＷであり、第６０位のアミノ酸がＦ、Ａ、又はＤであり、第６９位のアミノ酸がＧ、又はＤであり、第７２位のアミノ酸がＳ、又はＡである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００２２】
ヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー３のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号１０に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号１０に示されるアミノ酸配列において、第４位のアミノ酸がＬ、又はＭであり、第９位のアミノ酸がＡ、Ｇ、又はＰであり、第１３位のアミノ酸がＬ、又はＶであり、第１９位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、第２４位のアミノ酸がＲ、又はＧであり、第２８位のアミノ酸がＳ、又はＧであり、第３２位のアミノ酸がＳ、又はＮ、若しくは欠失しており、第３３位のアミノ酸がＮ、又は欠失しており、第３５位のアミノ酸がＡ、Ｔ、又はＳであり、第４３位のアミノ酸がＱ、又はＬであり、第５１位のアミノ酸がＤ、又はＧであり、第５４位のアミノ酸がＮ、Ｓ、又はＴであり、第５８位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、第６１位のアミノ酸がＡ、又はＤであり、第６８位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、第７０位のアミノ酸がＴ、又はＲであり、第７１位のアミノ酸がＤ、又はＥであり、第７８位のアミノ酸がＳ、又はＲであり、第８０位のアミノ酸がＥ、又はＱであり、第８１位のアミノ酸がＰ、又はＳである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００２３】
ヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー４のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号１１に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号１１に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）又は（ii）に示される配列を好適に例示することができる。
【００２４】
ヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー５のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号１２に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号１２に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）又は（ii）に示される配列を好適に例示することができる。
【００２５】
ヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー６のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号１３に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号１３に示されるアミノ酸配列において、第１位のアミノ酸がＥ、又はＤであり、第２位のアミノ酸がＩ、又はＶであり、第４位のアミノ酸がＬ、又はＭであり、第９位のアミノ酸がＤ、又はＡであり、第１１位のアミノ酸がＱ、又はＬであり、第１６位のアミノ酸がＫ、又はＧであり、第２４位のアミノ酸がＲ、又はＱであり、第２７位のアミノ酸がＱ、又はＥであり、第２８位のアミノ酸がＳ、又はＧであり、第３１位のアミノ酸がＳ、又はＮであり、第３２位のアミノ酸がＳ、又はＹであり、第３４位のアミノ酸がＨ、又はＹであり、第４３位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、第５５位のアミノ酸がＦ、又はＩであり、第７３位のアミノ酸がＬ、又はＦであり、第７６位のアミノ酸がＮ、又はＳである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示する
ことができる。
【００２６】
ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー１のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号１４に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号１４に示されるアミノ酸配列において、第４位のアミノ酸がＬ、又はＶであり、第１０位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、第１２位のアミノ酸がＧ、Ｅ、又はＡであり、第１３位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、第１５位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、第１７位のアミノ酸がＲ、又はＫであり、第２３位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、第２８位のアミノ酸がＮ、又はＤであり、第２９位のアミノ酸がＩ、又はＭであり、第３１位のアミノ酸がＳ、Ｎ、又はＡであり、第３１位のアミノ酸の次に、Ｇが挿入されており、第３２位のアミノ酸がＮ、又はＹであり、第３３位のアミノ酸がＹ、Ａ、Ｄ、又はＴであり、第３５位のアミノ酸がＹ、Ｎ、Ｈ、又はＳであり、第４３位のアミノ酸がＴ、又はＫであり、第５１位のアミノ酸がＲ、Ｓ、Ｙ、Ｇ、Ｄ、又はＥであり、第５２位のアミノ酸がＮ、又はＤであり、第５３位のアミノ酸がＮ、Ｄ、又はＳであり、第５４位のアミノ酸がＱ、Ｌ、Ｎ、又はＫであり、第５５位のアミノ酸がＲ、又はＬであり、第５９位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、第６０位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、第６２位のアミノ酸がＲ、又はＱであり、第７０位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、第７３位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、第７５位のアミノ酸がＡ、又はＧであり、第７７位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、第８０位のアミノ酸がＲ、Ｑ、又はＷであり、第８１位のアミノ酸がＳ、Ａ、Ｔ、又はＰであり、第８２位のアミノ酸がＥ、又はＧである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００２７】
ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー２のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号１５に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号１５に示されるアミノ酸配列において、第８位のアミノ酸がＰ、Ａ、又はＲであり、第９位のアミノ酸がＳ、又はＦであり、第１０位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、第１２位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、第１３位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、第１８位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、第３１位のアミノ酸がＧ、Ｓ、又はＤであり、第３３位のアミノ酸がＮ、又はＤであり、第３４位のアミノ酸がＹ、Ｌ、Ｒ、又はＨであり、第３６位のアミノ酸がＳ、又はＦであり、第４０位のアミノ酸がＱ、又はＫであり、第４１位のアミノ酸がＨ、Ｐ、又はＲであり、第４２位のアミノ酸がＰ、又はＬであり、第４３位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、第４４位のアミノ酸がＫ、又はＴであり、第４５位のアミノ酸がＡ、又はＴであり、第４６位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、第４７位のアミノ酸がＫ、又はＲであり、第４９位のアミノ酸がＭ、又はＬであり、第５２位のアミノ酸がＥ、Ｄ、又はＮであり、第５３位のアミノ酸がＶ、又はＧであり、第５４位のアミノ酸がＳ、又はＮであり、第５５位のアミノ酸がＫ、Ｎ、又はＴであり、第６０位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、第６１位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、第６２位のアミノ酸がＤ、又はＮであり、第６３位のアミノ酸がＲ、又はＬであり、第６４位のアミノ酸がＦ、又はＳであり、第６５位のアミノ酸がＳ、又はＦであり、第７２位のアミノ酸がＴ、Ｍ、又はＶであり、第７７位のアミノ酸がＶ、Ｉ、又はＴであり、第８１位のアミノ酸がＱ、又はＫであり、第８２位のアミノ酸がＡ、又はＳであり、第８４位のアミノ酸がＤ、又はＶであり、第８７位のアミノ酸がＤ、又はＮであり、第８９位のアミノ酸がＹ、又はＨである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示する
ことができる。
【００２８】
ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー３のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号１６に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号１６に示されるアミノ酸配列において、第２位のアミノ酸がＹ、又はＳであり、第３位のアミノ酸がＥ、Ｖ、又はＧであり、第４位のアミノ酸がＬ、又はＰであり、第５位のアミノ酸がＴ、又はＭであり、第７位のアミノ酸がＰ、Ｌ、Ｄ、又はＶであり、第８位のアミノ酸がＬ、Ｈ、Ｐ、又はＳであり、第９位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、第１３位のアミノ酸がＡ、又はＳであり、第１４位のアミノ酸がＬ、Ｔ、又はＰであり、第１５位のアミノ酸がＧ、又はＡであり、第１６位のアミノ酸がＱ、又はＫであり、第１７位のアミノ酸がＴ、Ａ、又はＭであり、第１８位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、第１９位のアミノ酸がＲ、又はＳであり、第２３位のアミノ酸がＧ、Ｓ、又はＱであり、第２５位のアミノ酸がＮ、Ｄ、又はＥであり、第２６位のアミノ酸がＮ、Ａ、Ｖ、Ｋ、又はＳであり、第２７位のアミノ酸がＩ、Ｌ、又はＭであり、第２８位のアミノ酸がＧ、Ｐ、Ａ、Ｒ、又はＥであり、第２９位のアミノ酸がＳ、Ｙ、Ｋ、Ｅ、Ｄ、又はＧであり、第３０位のアミノ酸がＫ、Ｑ、Ｎ、Ｙ、又はＳであり、第３１位のアミノ酸がＮ、Ｓ、Ａ、又はＹであり、第３２位のアミノ酸がＶ、Ａ、又はＥであり、第３３位のアミノ酸がＨ、Ｙ、Ｒ、Ｄ、Ｃ、又はＳであり、第３５位のアミノ酸がＹ、又はＦであり、第３９位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、第４２位のアミノ酸がＡ、Ｄ、Ｆ、又はＳであり、第４４位のアミノ酸がＶ、又はＥであり、第４７位のアミノ酸がＩ、又はＶであり、第４９位のアミノ酸がＲ、Ｓ、Ｄ、Ｋ、Ｅ、Ｑ、Ｇ、又はＹであり、第５０位のアミノ酸がＤ、Ｋ、又はＳであり、第５１位のアミノ酸がＳ、又はＮであり、第５２位のアミノ酸がＮ、Ｄ、Ｅ、又はＫであり、第５４位のアミノ酸がＰ、又はＹであり、第５５位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、第５６位のアミノ酸がＧ、又はＲであり、第５９位のアミノ酸がＥ、又はＤであり、第６５位のアミノ酸がＮ、Ｓ、Ｔ、又はＫであり、第６６位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、第６８位のアミノ酸がＮ、又はＴであり、第６９位のアミノ酸がＴ、Ｉ、又はＭであり、第７０位のアミノ酸がＡ、Ｔ、又はＶであり、第７１位のアミノ酸がＴ、又はＳであり、第７５位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、第７６位のアミノ酸がＲ、又はＧであり、第７７位のアミノ酸がＡ、Ｉ、Ｖ、又はＴであり、第７８位のアミノ酸がＱ、Ｅ、又はＬであり、第７９位のアミノ酸がＡ、Ｖ、又はＴであり、第８０位のアミノ酸がＧ、Ｅ、又はＭであり、第８３位のアミノ酸がＡ、又はＤであり、第８７位のアミノ酸がＣ、又はＹである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００２９】
ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー４のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号１７に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号１７に示されるアミノ酸配列において、第１位のアミノ酸がＱ、又はＬであり、第２位のアミノ酸がＰ、又はＬであり、第７位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、第８位のアミノ酸がＳ、又はＰであり、第１３位のアミノ酸がＳ、又はＬであり、第１６位のアミノ酸がＳ、又はＡであり、第１８位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、第２７位のアミノ酸がＧ、又はＥであり、第３０位のアミノ酸がＳ、又はＴであり、第３２位のアミノ酸がＩ、Ａ、又はＴであり、第３４位のアミノ酸がＡ、又はＥであり、第３６位のアミノ酸がＨ、又はＹであり、第３９位のアミノ酸がＱ、又はＲであり、第４１位のアミノ酸がＧ、又はＥであり、第４２位のアミノ酸がＫ、又はＲであり、第４３位のアミノ酸がＡ、Ｇ、又はＳであり、第４５位のアミノ酸がＲ、又はＱであり、第４７位のアミノ酸がＬ、又はＩであり、第５０位のアミノ酸がＬ、又はＶであり、第５１位のアミノ酸がＥ、Ｎ、又はＫであり、第５２位のアミノ酸がＧ、又はＳであり、第５３位のアミノ酸がＳ、又はＤであり、第５６位のアミノ酸がＹ、又はＨであり、第５７位のアミノ酸がＮ、又はＳであり、第６０位のアミノ酸がＳ、又はＤであり、第６２位のアミノ酸がＶ、又はＩであり、第６７位のアミノ酸がＳ、又はＭであり、第７４位のアミノ酸がＤ、又はＥであり、第７９位のアミノ酸がＩ、又はＦであり、第８１位のアミノ酸がＮ、又はＳであり、第８４位のアミノ酸がＬ、Ｆ、又はＳであり、第８５位のアミノ酸がＥ、又はＤであり、第８９位のアミノ酸がＤ、又はＥであり、第９１位のアミノ酸がＹ、又はＨである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００３０】
ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー５のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号１８に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号１８に示されるアミノ酸配列において、第２位のアミノ酸がＡ、又はＰであり、第８位のアミノ酸がＳ、Ａ、Ｔ、又はＰであり、第１０位のアミノ酸がＬ、Ｓ、又はＨであり、第１４位のアミノ酸がＰ、又はＳであり、第１６位のアミノ酸がＡ、又はＥであり、第１８位のアミノ酸がＡ、又はＶであり、第１９位のアミノ酸がＳ、又はＲであり、第２０位のアミノ酸がＬ、又はＦであり、第２３位のアミノ酸がＴ、又はＭであり、第２５位のアミノ酸がＲ、Ｓ、又はＰであり、第２７位のアミノ酸がＧ、又はＤであり、第２８位のアミノ酸がＩ、又はＦであり、第２９位のアミノ酸がＮ、又はＳであり、第３０位のアミノ酸がＶ、又はＬであり、第３２位のアミノ酸がＴ、Ｓ、又はＤであり、第３３位のアミノ酸がＹ、又はＦであり、第３４位のアミノ酸がＲ、Ｎ、又はＷであり、第３６位のアミノ酸がＹ、Ｆ、又はＲであり、第４１位のアミノ酸がＫ、又はＮであり、第４３位のアミノ酸がＧ、又はＥであり、第４４位のアミノ酸がＳ、又はＮであり、第４５位のアミノ酸がＰ、又はＬであり、第４７位のアミノ酸がＱ、又はＲであり、第５１位のアミノ酸がＲ、Ｓ、又はＹであり、第５３位のアミノ酸がＫ、Ｙ、又はＨであり、第５７位のアミノ酸がＤ、Ｓ、又はＮであり、第５９位のアミノ酸がＱ、Ｈ、又はＧであり、第７２位のアミノ酸がＫ、又はＮであり、第７６位のアミノ酸がＡ、Ｔ、又はＳであり、第７８位のアミノ酸がＡ、又はＴであり、第８０位のアミノ酸がＩ、又はＬであり、第８２位のアミノ酸がＬ、Ｖ、又はＲであり、第８８位のアミノ酸がＳ、又はＰである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００３１】
ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー６のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号１９に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号１９に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）又は（ii）に示される配列を好適に例示することができる。
【００３２】
ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー７のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号２０に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号２０に示されるアミノ酸配列において、第２位のアミノ酸がＡ、又はＴであり、第２３位のアミノ酸がＧ、又はＡであり、第３３位のアミノ酸がＨ、又はＹであり、第３６位のアミノ酸がＹ、又はＮであり、第４８位のアミノ酸がＴ、又はＡであり、第５２位のアミノ酸がＤ、又はＳであり、第７８位のアミノ酸がＳ、又はＬであり、第８０位のアミノ酸がＡ、又はＶである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００３３】
ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー８のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号２１に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号２１に示されるアミノ酸配列において、第６３位のアミノ酸がＲ、又はＣである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii
）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００３４】
ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー９のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号２２に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号２２に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）又は（ii）に示される配列を好適に例示することができる。
【００３５】
ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー１０のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号２３に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号２３に示されるアミノ酸配列において、第２８位のアミノ酸がＮ、又はＩであり、第３７位のアミノ酸がＬ、又はＰであり、第３８位のアミノ酸がＱ、又はＥであり、第６３位のアミノ酸がＬ、又はＦである配列；（iii）上記（ｉ）又は（ii）に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）〜（iii）のいずれかに示される配列を好適に例示することができる。
【００３６】
ヒト抗体λ軽鎖可変領域ファミリー１１のアミノ酸コンセンサス配列としては、例えば、（ｉ）配列番号２４に示されるアミノ酸配列；（ii）配列番号２４に示されるアミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列；の（ｉ）又は（ii）に示される配列を好適に例示することができる。
【００３７】
上記したように、各ヒト抗体は、ＶＨおよびＶＫごとに使用しているファミリーの種類が規定されており、使用されている各ファミリーの頻度では、ＶＨではＩＧＨＶ３やＩＧＨＶ４が、ＶＫではＩＧＫＶ１の頻度が高いといわれている。例えば、ヒト癌遺伝子HER2/neu（c-erbB-2）の遺伝子産物であるＨＥＲ２蛋白に特異的に結合することで抗腫瘍効果を発揮する抗ＨＥＲ２ヒト化モノクローナル抗体であるハーセプチン（登録商標、一般名；トラスツズマブ）の場合は、ＩＧＨＶ３とＩＧＫＶ１が使用され、抗血管内皮細胞増殖因子（ＶＥＧＦ）に対するヒト化モノクローナル抗体であるアバスチン（登録商標、一般名；ベバシズマブ）の場合は、ＩＧＨＶ７とＩＧＫＶ１が使用され、慢性リンパ性白血病治療薬であるヒト化抗ＣＤ５２モノクローナル抗体であるマブキャンパス（登録商標、一般名；アレムツズマブ）の場合は、ＩＧＨＶ４とＩＧＫＶ１が使用され、上皮成長因子受容体に対するヒトモノクローナル抗体であるベクチビックス（登録商標、一般名；パニツムマブ）の場合は、ＩＧＨＶ４とＩＧＫＶ１が使用される。したがって、個々のヒト（ヒト化）抗体ごとにファミリーにマッチさせたヒト抗体可変領域と特異的に結合するペプチド等の分子をスクリーニングすることによって、各種のヒト（ヒト化）抗体の精製に利用可能なリガンドを汎用的に得ることができる。また、かかるリガンドを使用すれば、さまざまな定常領域をもたない低分子抗体を含め、ヒト抗体の選別に汎用的に使用できる技術となり、その有用性は非常に高い。以下、ヒト抗体可変領域と特異的に結合する分子をスクリーニングする方法や、スクリーニングで得られるペプチドについて述べる。
【００３８】
本発明のヒト抗体可変領域と特異的に結合する分子をスクリーニングする方法としては、（ａ）本発明のヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチドを含むスクリーニング用ポリペプチドを調製する工程；（ｂ）上記工程（ａ）により調製されたポリペプチドと被検物質とを接触させ、上記ポリペプチドと結合する被検物質を選択する工程；を順次備えることを特徴とするスクリーニング方法であれば特に制限されず、上記工程（ａ）において、上記本発明のアミノ酸コンセンサス配列を含むスクリーニング用ポリペプチドを調製する方法としては、上記スクリーニング用ポリペプチドのアミノ酸配列に従って一般的な化学合成法により調製してもよいし、上記スクリーニング用ポリペプチドのアミノ酸配列に対応する塩基配列を基に、遺伝子工学的手法を用いて調製してもよいが、遺伝子工学的手法を用いて調製することが好ましく、また、調製された上記スクリーニング用ポリペプチドは、イオン交換クロマトグラフィー、分配クロマトグラフィー、ゲルクロマトグラフィー、アフィニティクロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、向流分配法等の通常の方法に従って精製することが好ましい。上記スクリーニング用ポリペプチドとしては、本発明のヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチドを含むものであれば特に制限されないが、ヒト抗体可変領域の立体構造を形成させるために、上記ヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチドのＣ末端に、ヒト抗体可変領域のＣＤＲ３領域のアミノ酸配列からなるポリペプチドが付加されたものであることが好ましく、また、上記スクリーニング用ポリペプチドは、調製や精製に用いるためのマーカー配列やタグ配列を、さらに含むものであってもよい。
【００３９】
上記工程（ｂ）としては、上記工程（ａ）により調製されたヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列を含むポリペプチドと被検物質とを接触させ、上記ヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列を含むポリペプチドと特異的に結合する被検物質を選択する工程であれば特に制限されるものではないが、上記ポリペプチドと被検物質とを適当な液体中で接触させることが好ましく、具体的には、上記ポリペプチドと被検物質とをＰＢＳ等の適当な緩衝液中でインキュベートして接触させることが好ましい。また、上記「被検物質」としては、特に制限されないが、具体的には、ペプチド、タンパク質、核酸、糖、低分子化合物等を好適に例示することができ、なかでも、ペプチドであることが好ましい。上記工程（ｂ）において、被検物質がペプチドである場合には、例えば、ファージディスプレイ法（Smith, G. P., Science, 288, 1315-1317, 1985）を用いて、上記本発明のポリペプチドと結合するペプチドを選択することができる。ファージディスプレイ法は、ファージの外殻タンパク質にランダムなアミノ酸配列を有するペプチド（通常、アミノ酸数５〜１２個程度）を、融合タンパク質として提示させたファージライブラリを用いてスクリーニングする方法であり、ファージライブラリは、Smith, G. P., Science, 288, 1315-1317 (1985)、J. K. Scott and G. P. Smith, Science, 249, 386-390 (1990)等に記載された方法にしたがって、ランダム化したＤＮＡを化学合成してファージＤＮＡの外殻タンパク質をコードする遺伝子に挿入し、このＤＮＡを大腸菌に導入することにより調製することができる。また、例えば、Phage Display Peptide Library Kit（New England Biolab社製）等の市販のファージライブラリを用いることもできる。スクリーニングにより得られたヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列を含むポリペプチドと特異的に結合する被検物質は、さらにヒト抗体可変領域のアミノ酸コンセンサス配列との親和性を調べることもでき、例えばＥＬＩＳＡ法やＳＰＲ解析などの公知の手法を用いることができる。
【００４０】
また、本発明のヒト抗体可変領域と特異的に結合する分子としては、上記本発明のスクリーニング方法により得られる分子であれば特に制限されず、例えば、ペプチド、タンパク質、核酸、糖、低分子化合物等を挙げることができるが、ペプチドであることが好ましい。かかるペプチドとして具体的には、配列番号３２〜４７や、配列番号６６〜３０４を挙げることができ、中でも配列番号３２、６６、６９、７１、７８、８０、８２、８３、８５、８７、９０、９２、９４〜１００、及び１０４〜３０４に示されるアミノ酸配列の他、上記アミノ酸配列において、１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列からなるペプチドを好適に例示することができる。本発明のヒト抗体可変領域と特異的に結合する分子は、抗体、中でも定常領域をもたない抗体、例えば一本鎖抗体（ｓｃＦｖ抗体）や、diabody抗体等のような、可変領域のみから構成される低分子抗体とも結合することができ、抗体精製のためのアフィニティリガンドとして有用である。本発明のヒト抗体可変領域と特異的に結合するリガンドペプチドは、バクテリア由来ではないため、バクテリア由来のプロテインＡと異なり安全である上に、安価に調製することができ、免疫原性も低いという利点を有する。
【００４１】
上記「１若しくは数個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列」としては、例えば、１〜５個、好ましくは１〜４個、より好ましくは１〜３個、特に１又は２個のアミノ酸が欠失、置換、又は付加されたアミノ酸配列を挙げることができる。
【００４２】
明確な三次元構造を持つ一本鎖核酸で、抗体と似た方法で標的分子と結びつくことができ、免疫原性（抗体を作らせる性質）がほとんどないアプタマーは、核酸医薬の一種として、血管新生因子を標的とした加齢性黄斑変性症治療薬のマクゲン（Macugen；登録商標）等を代表に開発が進んでいる。アプタマーのもう一つの用途として注目されるのが、ヒトＩｇＧ特異的に結合するＲＮＡアプタマーの性質を利用した、抗体精製用分離剤である。精製時に酸性条件下での溶出を要するため、抗体の失活・凝集を指摘されるプロテインＡ樹脂精製法に代わり、アプタマー樹脂は抗体を中性で溶出出来ることを最大の特徴とする。このため、今回同定されたアミノ酸コンセンサス配列情報、特にアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチドをコードするＲＮＡを、抗体精製用分離アプタマー剤に応用すれば、工業生産レベルに高効率な抗体精製用分離剤として、新規抗体医薬品の実用化に寄与する。その他、本発明のアミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチドをコードするＤＮＡは、アミノ酸コンセンサス配列からなるポリペプチドを遺伝子工学的に調製する上で有用である。
【実施例１】
【００４３】
［ヒト抗体重鎖及び軽鎖可変領域のコンセンサス配列の決定］
ＩＭＧＴ Database（http://imgt.cines.fr/）よりヒト抗体アミノ酸配列データを入手して、以下に示すように、ファミリーごとにアミノ酸配列のアラインメント解析を行った。【００４４】
＜ヒト抗体重鎖＞
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ１（３１種）：
ＩＧＨＶ１−２−０２、ＩＧＨＶ１−２−０４、ＩＧＨＶ１−２−０３、ＩＧＨＶ１−２−０１、ＩＧＨＶ１−８−０１、ＩＧＨＶ１−４６−０１、ＩＧＨＶ１−４６−０３、ＩＧＨＶ１−４６−０２、ＩＧＨＶ１−２４−０１、ＩＧＨＶ１−６９−０３、ＩＧＨＶ１−６９−１３、ＩＧＨＶ１−６９−１２、ＩＧＨＶ１−６９−０１、ＩＧＨＶ１−９６−０７、ＩＧＨＶ１−６９−１１、ＩＧＨＶ１−６９−０５、ＩＧＨＶ１−６９−０６、ＩＧＨＶ１−６９−０２、ＩＧＨＶ１−６９−０８、ＩＧＨＶ１−９６−０４、ＩＧＨＶ１−６９−０９、ＩＧＨＶ１−６９−１０、ＩＧＨＶ１−１８−０１、ＩＧＨＶ１−１８−０２、ＩＧＨＶ１−３−０１、ＩＧＨＶ１−３−０２、ＩＧＨＶ１−５８−０１、ＩＧＨＶ１−５８−０２、ＩＧＨＶ１−４５−０１、ＩＧＨＶ１−４５−０３、ＩＧＨＶ１−４５−０２。【００４５】
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ２（２４種）：
ＩＧＨＶ２−５−０４、ＩＧＨＶ２−５−０７、ＩＧＨＶ２−５−０１、ＩＧＨＶ２−５−０３、ＩＧＨＶ２−５−１０、ＩＧＨＶ２−５−０５、ＩＧＨＶ２−５−０６、ＩＧＨＶ２−５−０９、ＩＧＨＶ２−５−０２、ＩＧＨＶ２−５−０８、ＩＧＨＶ２−７０−０１、ＩＧＨＶ２−７０−１３、ＩＧＨＶ２−７０−０２、ＩＧＨＶ２−７０−０７、ＩＧＨＶ２−７０−０８、ＩＧＨＶ２−７０−１１、ＩＧＨＶ２−７０−０３、ＩＧＨＶ２−７０−０６、ＩＧＨＶ２−７０−０５、ＩＧＨＶ２−７０−０４、ＩＧＨＶ２−７０−１０、ＩＧＨＶ２−７０−０９、ＩＧＨＶ２−７０−１２、ＩＧＨＶ２−２６−０１。【００４６】
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ３（８７種）：
ＩＧＨＶ３−１１−０１、ＩＧＨＶ３−１１−０３、ＩＧＨＶ３−２１−０１、ＩＧＨＶ３−２１−０２、ＩＧＨＶ３−４８−０１、ＩＧＨＶ３−４８−０２、ＩＧＨＶ３−４８−０３、ＩＧＨＶ３−１３−０１、ＩＧＨＶ３−１３−０３、ＩＧＨＶ３−１３−０２、ＩＧＨＶ３−４７−０１、ＩＧＨＶ３−４７−０２、ＩＧＨＶ３−９−０１、ＩＧＨＶ３−２０−０１、ＩＧＨＶ３−４３−０１、ＩＧＨＶ３−４３−０２、ＩＧＨＶ３−７−０１、ＩＧＨＶ３−７−０２、ＩＧＨＶ３−３０−３−０１、ＩＧＨＶ３−３０−３−０２、ＩＧＨＶ３−３０−１７、ＩＧＨＶ３−３０−１６、ＩＧＨＶ３−３０−１４、ＩＧＨＶ３−３０−１１、ＩＧＨＶ３−３０−０７、ＩＧＨＶ３−３０−０４、ＩＧＨＶ３−３０−０１、ＩＧＨＶ３−３０−０８、ＩＧＨＶ３−３０−０９、ＩＧＨＶ３−３０−１５、ＩＧＨＶ３−３０−０１、ＩＧＨＶ３−３０−０８、ＩＧＨＶ３−３０−０９、ＩＧＨＶ３−３０−１５、ＩＧＨＶ３−３０−１０、ＩＧＨＶ３−３０−０３、ＩＧＨＶ３−３０−０６、ＩＧＨＶ３−３０−１２、ＩＧＨＶ３−３０−１８、ＩＧＨＶ３−３０−１９、ＩＧＨＶ３−３３−０１、ＩＧＨＶ３−３３−０３、ＩＧＨＶ３−３３−０４、ＩＧＨＶ３−３３−０２、ＩＧＨＶ３−３０−０２、ＩＧＨＶ３−７４−０１、ＩＧＨＶ３−７４−０２、ＩＧＨＶ３−７４−０３、ＩＧＨＶ３−２３−０１、ＩＧＨＶ３−２３−０２、ＩＧＨＶ３−２３−０４、ＩＧＨＶ３−２３−０３、ＩＧＨＶ３−２３−０５、ＩＧＨＶ３−３８−０１、ＩＧＨＶ３−３８−０２、ＩＧＨＶ３−ｄ−０１、ＩＧＨＶ３−５３−０１、ＩＧＨＶ３−５３−０３、ＩＧＨＶ３−５３−０２、ＩＧＨＶ３−６６−０１、ＩＧＨＶ３−６６−０２、ＩＧＨＶ３−６４−０１、ＩＧＨＶ３−６４−０２、ＩＧＨＶ３−６４−０３、ＩＧＨＶ３−６４−０５、ＩＧＨＶ３−６４−０４、ＩＧＨＶ３−１６−０１、ＩＧＨＶ３−１６−０２、ＩＧＨＶ３−１９−０１、ＩＧＨＶ３−３５−０１、ＩＧＨＶ３−１５−０１、ＩＧＨＶ３−１５−０５、ＩＧＨＶ３−１５−０２、ＩＧＨＶ３−１５−０７、ＩＧＨＶ３−１５−０４、ＩＧＨＶ３−１５−０６、ＩＧＨＶ３−１５−０３、ＩＧＨＶ３−１５−０８、ＩＧＨＶ３−４９−０３、ＩＧＨＶ３−４９−０５、ＩＧＨＶ３−４９−０１、ＩＧＨＶ３−４９−０４、ＩＧＨＶ３−４９−０２、ＩＧＨＶ３−７２−０１、ＩＧＨＶ３−７２−０２、ＩＧＨＶ３−７３−０１、ＩＧＨＶ３−７３−０２。【００４７】
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ４（７２種）：
ＩＧＨＶ４−３１−０９、ＩＧＨＶ４−３１−１０、ＩＧＨＶ４−３１−０７、ＩＧＨＶ４−３１−０８、ＩＧＨＶ４−３１−０１、ＩＧＨＶ４−３１−０３、ＩＧＨＶ４−３１−０２、ＩＧＨＶ４−３１−０４、ＩＧＨＶ４−３１−０６、ＩＧＨＶ４−３０−２−０１、ＩＧＨＶ４−３０−２−０２、ＩＧＨＶ４−３０−２−０４、ＩＧＨＶ４−３０−２−０３、ＩＧＨＶ４−３０−４−０３、ＩＧＨＶ４−３０−４−０４、ＩＧＨＶ４−３０−４−０１、ＩＧＨＶ４−３０−４−０５、ＩＧＨＶ４−３０−４−０６、ＩＧＨＶ４−３０−４−０２、ＩＧＨＶ４−３１−０５、ＩＧＨＶ４−６１−０４、ＩＧＨＶ４−５９−０２、ＩＧＨＶ４−６１−０８、ＩＧＨＶ４−６１−０６、ＩＧＨＶ４−６１−０７、ＩＧＨＶ４−６１−０１、ＩＧＨＶ４−６１−０３、ＩＧＨＶ４−５９−０１、ＩＧＨＶ４−５９−０３、ＩＧＨＶ４−５９−０７、ＩＧＨＶ４−５９−０９、ＩＧＨＶ４−５９−０８、ＩＧＨＶ４−５９−０４、ＩＧＨＶ４−５９−０６、ＩＧＨＶ４−５９−０５、ＩＧＨＶ４−３９−０４、ＩＧＨＶ４−３９−０５、ＩＧＨＶ４−３９−０３、ＩＧＨＶ４−３９−０１、ＩＧＨＶ４−３９−０７、ＩＧＨＶ４−３９−０６、ＩＧＨＶ４−３９−０２、ＩＧＨＶ４−６１−０５、ＩＧＨＶ４−４−０７、ＩＧＨＶ４−６１−０２、ＩＧＨＶ４−３４−０１、ＩＧＨＶ４−３４−１３、ＩＧＨＶ４−３４−０２、ＩＧＨＶ４−３４−０３、ＩＧＨＶ４−３４−０６、ＩＧＨＶ４−３４−０７、ＩＧＨＶ４−３４−０８、ＩＧＨＶ４−３４−０４、ＩＧＨＶ４−３４−０５、ＩＧＨＶ４−３４−１２、ＩＧＨＶ４−３４−１１、ＩＧＨＶ４−５９−１０、ＩＧＨＶ４−３４−０９、ＩＧＨＶ４−３４−１０、ＩＧＨＶ４−ｂ−０１、ＩＧＨＶ４−ｂ−０２、ＩＧＨＶ４−４−０３、ＧＨＶ４−４−０４、ＧＨＶ４−４−０５、ＧＨＶ４−４−０１、ＧＨＶ４−４−０６、ＧＨＶ４−４−０２、ＧＨＶ４−２８−０１、ＧＨＶ４−２８−０４、ＧＨＶ４−２８−０３、ＧＨＶ４−２８−０２、ＧＨＶ４−２８−０５。
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ５（５種）：
ＩＧＨＶ５−５１−０２、ＩＧＨＶ５−５１−０４、ＩＧＨＶ５−５１−０３、ＩＧＨＶ５−５１−０１、ＩＧＨＶ５−５１−０５。
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ６（２種）：
ＩＧＨＶ６−１−０１、ＩＧＨＶ６−１−０２。
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ７（３種）：
ＩＧＨＶ７−４−１−０１、ＩＧＨＶ７−４−１−０２、ＩＧＨＶ７−４−１−０３。【００４８】
＜ヒト抗体κ軽鎖＞
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ１（２８種）：
ＩＧＫＶ１−５−０１、ＩＧＫＶ１−５−０２、ＩＧＫＶ１−５−０３、ＩＧＫＶ１−１３−０２、ＩＧＫＶ１Ｄ−１３−０１、ＩＧＫＶ１−３７−０１、ＩＧＫＶ１Ｄ−３７−０１、ＩＧＫＶ１−２７−０１、ＩＧＫＶ１−３３−０１、ＩＧＫＶ１Ｄ−３３−０１、ＩＧＫＶ１−３９−０１、ＩＧＫＶ１Ｄ−３９−０１、ＩＧＫＶ１−１７−０１、ＩＧＫＶ１−１７−０２、ＩＧＫＶ１−６−０１、ＩＧＫＶ１−１６−０１、ＩＧＫＶ１−１７−０１、ＩＧＫＶ１−１２−０１、ＩＧＫＶ１−１２−０２、ＩＧＫＶ１Ｄ−１２−０１、ＩＧＫＶ１Ｄ−１２−０２、ＩＧＫＶ１Ｄ−１６−０１、ＩＧＫＶ１Ｄ−１６−０２、ＩＧＫＶ１−８−０１、ＩＧＫＶ１Ｄ−８−０１、ＩＧＫＶ１−９−０１、ＩＧＫＶ１Ｄ−４３−０１、ＩＧＫＶ１Ｄ−４２−０１。【００４９】
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ２（１３種）：
ＩＧＫＶ２−２９−０２、ＩＧＫＶ２−２９−０３、ＩＧＫＶ２Ｄ−２９−０２、ＩＧＫＶ２Ｄ−２９−０１、ＩＧＫＶ２−２８−０１、ＩＧＫＶ２Ｄ−２８−０１、ＩＧＫＶ２−４０−０１、ＩＧＫＶ２−４０−０２、ＩＧＫＶ２Ｄ−４０−０１、ＩＧＫＶ２−２４−０１、ＩＧＫＶ２Ｄ−２４−０２、ＩＧＫＶ２−３０−０１、ＩＧＫＶ２Ｄ−３０−０１。
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ３（１２種）：
ＩＧＫＶ３−１１−０１、ＩＧＫＶ３Ｄ−１１−０１、ＩＧＫＶ３−１１−０２、ＩＧＫＶ３−２０−０１、ＩＧＫＶ３Ｄ−２０−０１、ＩＧＫＶ３−２０−０２、ＩＧＫＶ３−７−０１、ＩＧＫＶ３−７−０３、ＩＧＫＶ３−７−０２、ＩＧＫＶ３Ｄ−７−０１、ＩＧＫＶ３−１５−０１、ＩＧＫＶ３Ｄ−１５−０１。
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ４（１種）：
ＩＧＫＶ４−１。
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ５（１種）：
ＩＧＫＶ５−２。
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ６（３種）：
ＩＧＫＶ６−２１、ＩＧＫＶ６Ｄ−２１、ＩＧＫＶ６Ｄ−４１。【００５０】
＜ヒト抗体λ軽鎖＞
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ１（１１種）：
ＩＧＬＶ１−４７−０１、ＩＧＬＶ１−４７−０２、ＩＧＬＶ１−４４−０１、ＩＧＬＶ１−３６−０１、ＩＧＬＶ１−４０−０２、ＩＧＬＶ１−４０−０３、ＩＧＬＶ１−４０−０１、ＩＧＬＶ１−５０−０１、ＩＧＬＶ１−５１−０１、ＩＧＬＶ１−５２−０２、ＩＧＬＶ１−４１−０１。
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ２（２０種）：
ＩＧＬＶ２−８−０１、ＩＧＬＶ２−８−０３、ＩＧＬＶ２−８−０２、ＩＧＬＶ２−１１−０１、ＩＧＬＶ２−１１−０２、ＩＧＬＶ２−１１−０３、ＩＧＬＶ２−１４−０３、ＩＧＬＶ２−１４−０４、ＩＧＬＶ２−１４−０１、ＩＧＬＶ２−１４−０２、ＩＧＬＶ２−２３−０１、ＩＧＬＶ２−２３−０３、ＩＧＬＶ２−２３−０２、ＩＧＬＶ２−１８−０２、ＩＧＬＶ２−１８−０４、ＩＧＬＶ２−１８−０１、ＩＧＬＶ２−１８−０３、ＩＧＬＶ２−３３−０１、ＩＧＬＶ２−３３−０２、ＩＧＬＶ２−３３−０３。
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ３（１８種）：
ＩＧＬＶ３−９−０１、ＩＧＬＶ３−９−０２、ＩＧＬＶ３−１２−０１、ＩＧＬＶ３−１２−０２、ＩＧＬＶ３−２１−０２、ＩＧＬＶ３−２１−０３、ＩＧＬＶ３−２１−０１、ＩＧＬＶ３−２５−０２、ＩＧＬＶ３−２５−０３、ＩＧＬＶ３−２５−０１、ＩＧＬＶ３−１６−０１、ＩＧＬＶ３−１０−０１、ＩＧＬＶ３−１０−０２、ＩＧＬＶ３−２７−０１、ＩＧＬＶ３−２２−０１、ＩＧＬＶ３−１−０１、ＩＧＬＶ３−１９−０１、ＩＧＬＶ３−３２−０１。
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ４（６種）：
ＩＧＬＶ４−６０−０１、ＩＧＬＶ４−６０−０２、ＩＧＬＶ４−６０−０３、ＩＧＬＶ４−６９−０１、ＩＧＬＶ４−６９−０２、ＩＧＬＶ４−３−０１。
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ５（８種）：
ＩＧＬＶ５−４５−０２、ＩＧＬＶ５−４５−０３、ＩＧＬＶ５−４５−０１、ＩＧＬＶ５−３９−０１、ＩＧＬＶ５−３９−０２、ＩＧＬＶ５−４８−０１、ＩＧＬＶ５−３７−０１、ＩＧＬＶ５−５２−０１。
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ６（１種）：
ＩＧＬＶ６−５７−０１。
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ７（３種）：
ＩＧＬＶ７−４６−０１、ＩＧＬＶ７−４６−０２、ＩＧＬＶ７−４３−０１。
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ８（３種）：
ＩＧＬＶ８−６１−０１、ＩＧＬＶ８−６１−０３、ＩＧＬＶ８−６１−０２。
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ９（３種）：
ＩＧＬＶ９−４９−０１、ＩＧＬＶ９−４９−０３、ＩＧＬＶ９−４９−０２。
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ１０（３種）：
ＩＧＬＶ１０−５４−０１、ＩＧＬＶ１０−５４−０３、ＩＧＬＶ１０−５４−０２。
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ１１（１種）：
ＩＧＬＶ１１−５５−０１。【００５１】
アラインメント解析の結果、以下のように各ファミリーのコンセンサス配列を決定した。
＜ヒト抗体重鎖＞
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ１コンセンサス配列（配列番号１：ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＳＹＡＭＨＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＩＮＰＮＳＧＮＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＭＴＲＤＴＳＴＳＴＡＹＭＥＬＳＳＬＲＳＥＤＴＡＶＹＹＣ）
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ２コンセンサス配列（配列番号２：ＱＶＴＬＫＥＳＧＰＡＬＶＫＰＴＱＴＬＴＬＴＣＴＦＳＧＦＳＬＳＴＳＧＭＧＶＳＷＩＲＱＰＰＧＫＡＬＥＷＬＡＬＩＤＷＤＤＤＫＲＹＳＴＳＬＫＳＲＬＴＩＳＫＤＴＳＫＮＱＶＶＬＴＭＴＮＭＤＰＶＤＴＡＴＹＹＣ）
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ３コンセンサス配列（配列番号３：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＳＹＡＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＶＩＳＳＳＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣ）
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ４コンセンサス配列（配列番号４：ＱＶＱＬＱＥＳＧＰＧＬＶＫＰＳＥＴＬＳＬＴＣＴＶＳＧＧＳＩＳＳＧＹＹＷＳＷＩＲＱＰＰＧＫＧＬＥＷＩＧＹＩＹＹＳＧＳＴＹＹＮＰＳＬＫＳＲＶＴＩＳＶＤＴＳＫＮＱＦＳＬＫＬＳＳＶＴＡＡＤＴＡＶＹＹＣ）
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ５コンセンサス配列（配列番号５：ＥＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＥＳＬＫＩＳＣＫＧＳＧＹＳＦＴＳＹＷＩＧＷＶＲＱＭＰＧＫＧＬＥＷＭＧＩＩＹＰＧＤＳＤＴＲＹＳＰＳＦＱＧＱＶＴＩＳＡＤＫＳＩＳＴＡＹＬＱＷＳＳＬＫＡＳＤＴＡＭＹＹＣ）
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ６コンセンサス配列（配列番号６：ＱＶＱＬＱＱＳＧＰＧＬＶＫＰＳＱＴＬＳＬＴＣＡＩＳＧＤＳＶＳＳＮＳＡＡＷＮＷＩＲＱＳＰＳＲＧＬＥＷＬＧＲＴＹＹＲＳＫＷＹＮＤＹＡＶＳＶＫＳＲＩＴＩＮＰＤＴＳＫＮＱＦＳＬＱＬＮＳＶＴＰＥＤＴＡＶＹＹＣ）
ヒト抗体重鎖ＩＧＨＶ７コンセンサス配列（配列番号７：ＱＶＱＬＶＱＳＧＳＥＬＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＳＹＡＭＮＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＩＮＴＮＴＧＮＰＴＹＡＱＧＦＴＧＲＦＶＦＳＬＤＴＳＶＳＴＡＹＬＱＩＳＳＬＫＡＥＤＴＡＶＹＹＣ）【００５２】
＜ヒト抗体κ軽鎖＞
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ１コンセンサス配列（配列番号８：ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＧＩＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＳＬＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣ）
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ２コンセンサス配列（配列番号９：ＤＩＶＭＴＱＴＰＬＳＬＰＶＴＰＧＱＰＡＳＩＳＣＲＳＳＱＳＬＬＨＳＤＧＮＴＹＬＤＷＹＬＱＫＰＧＱＳＰＱＬＬＩＹＫＶＳＮＲＦＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＫＩＳＲＶＥＡＥＤＶＧＶＹＹＣ）
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ３コンセンサス配列（配列番号１０：ＥＩＶＭＴＱＳＰＡＴＬＳＬＳＰＧＥＲＡＴＬＳＣＲＡＳＱＳＶＳＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＲＬＬＩＹＧＡＳＴＲＡＴＧＩＰＡＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＶＹＹＣ）
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ４コンセンサス配列（配列番号１１：ＤＩＶＭＴＱＳＰＤＳＬＡＶＳＬＧＥＲＡＴＩＮＣＫＳＳＱＳＶＬＹＳＳＮＮＫＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹＷＡＳＴＲＥＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＡＥＤＶＡＶＹＹＣ）
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ５コンセンサス配列（配列番号１２：ＥＴＴＬＴＱＳＰＡＦＭＳＡＴＰＧＤＫＶＮＩＳＣＫＡＳＱＤＩＤＤＤＭＮＷＹＱＱＫＰＧＥＡＡＩＦＩＩＱＥＡＴＴＬＶＰＧＩＰＰＲＦＳＧＳＧＹＧＴＤＦＴＬＴＩＮＮＩＥＳＥＤＡＡＹＹＦＣ）
ヒト抗体κ軽鎖ＩＧＫＶ６コンセンサス配列（配列番号１３：ＥＩＶＬＴＱＳＰＤＦＱＳＶＴＰＫＥＫＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＩＧＳＳＬＨＷＹＱＱＫＰＤＱＳＰＫＬＬＩＫＹＡＳＱＳＦＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＮＳＬＥＡＥＤＡＡＴＹＹＣ）【００５３】
＜ヒト抗体λ軽鎖＞
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ１コンセンサス配列（配列番号１４：ＱＳＶＬＴＱＰＰＳＶＳＧＡＰＧＱＲＶＴＩＳＣＳＧＳＳＳＮＩＧＮＮＹＶＨＷＹＱＱＬＰＧＴＡＰＫＬＬＩＹＧＮＮＮＲＰＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＫＳＧＴＳＡＳＬＡＩＴＧＬＱＳＥＤＥＡＤＹＹＣ）
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ２コンセンサス配列（配列番号１５：ＱＳＡＬＴＱＰＰＳＶＳＧＳＰＧＱＳＶＴＩＳＣＴＧＴＳＳＤＶＧＧＹＮＹＶＳＷＹＱＱＨＰＧＫＡＰＫＬＭＩＹＥＶＳＫＲＰＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＫＳＧＮＴＡＳＬＴＩＳＧＬＱＡＥＤＥＡＤＹＹＣ）
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ３コンセンサス配列（配列番号１６：ＳＹＥＬＴＱＰＰＳＶＳＶＳＰＧＱＴＡＲＩＴＣＳＧＤＮＬＧＫＫＹＡＨＷＹＱＱＫＰＧＱＡＰＶＬＶＩＹＫＤＳＥＲＰＳＧＩＰＥＲＦＳＧＳＳＳＧＮＴＡＴＬＴＩＳＧＡＱＡＥＤＥＡＤＹＹＣ）
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ４コンセンサス配列（配列番号１７：ＱＰＶＬＴＱＳＰＳＡＳＡＳＬＧＡＳＶＫＬＴＣＴＬＳＳＧＨＳＳＹＩＩＡＷＨＱＱＱＰＧＫＡＰＲＹＬＭＫＬＥＳＤＧＳＨＳＫＧＤＧＩＰＤＲＦＳＧＳＳＳＧＡＤＲＹＬＴＩＳＮＬＱＳＥＤＥＡＤＹＹＣ）
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ５コンセンサス配列（配列番号１８：ＱＰＶＬＴＱＰＳＳＬＳＡＳＰＧＡＳＡＲＬＴＣＴＬＲＳＧＩＮＶＧＴＹＲＩＹＷＹＱＱＫＰＧＳＰＰＲＹＬＬＲＹＫＳＤＳＤＫＱＱＧＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＫＤＡＳＡＮＡＧＩＬＬＩＳＧＬＱＳＥＤＥＡＤＹＹＣ）
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ６コンセンサス配列（配列番号１９：ＮＦＭＬＴＱＰＨＳＶＳＥＳＰＧＫＴＶＴＩＳＣＴＲＳＳＧＳＩＡＳＮＹＶＱＷＹＱＱＲＰＧＳＳＰＴＴＶＩＹＥＤＮＱＲＰＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＩＤＳＳＳＮＳＡＳＬＴＩＳＧＬＫＴＥＤＥＡＤＹＹＣ）ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ７コンセンサス配列（配列番号２０：ＱＡＶＶＴＱＥＰＳＬＴＶＳＰＧＧＴＶＴＬＴＣＧＳＳＴＧＡＶＴＳＧＨＹＰＹＷＦＱＱＫＰＧＱＡＰＲＴＬＩＹＤＴＳＮＫＨＳＷＴＰＡＲＦＳＧＳＬＬＧＧＫＡＡＬＴＬＳＧＡＱＰＥＤＥＡＥＹＹＣ）
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ８コンセンサス配列（配列番号２１：ＱＴＶＶＴＱＥＰＳＦＳＶＳＰＧＧＴＶＴＬＴＣＧＬＳＳＧＳＶＳＴＳＹＹＰＳＷＹＱＱＴＰＧＱＡＰＲＴＬＩＹＳＴＮＴＲＳＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＩＬＧＮＫＡＡＬＴＩＴＧＡＱＡＤＤＥＳＤＹＹＣ）
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ９コンセンサス配列（配列番号２２：ＱＰＶＬＴＱＰＰＳＡＳＡＳＬＧＡＳＶＴＬＴＣＴＬＳＳＧＹＳＮＹＫＶＤＷＹＱＱＲＰＧＫＧＰＲＦＶＭＲＶＧＴＧＧＩＶＧＳＫＧＤＧＩＰＤＲＦＳＶＬＧＳＧＬＮＲＹＬＴＩＫＮＩＱＥＥＤＥＳＤＹＨＣ）
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ１０コンセンサス配列（配列番号２３：ＱＡＧＬＴＱＰＰＳＶＳＫＧＬＲＱＴＡＴＬＴＣＴＧＮＳＮＮＶＧＮＱＧＡＡＷＬＱＱＨＱＧＨＰＰＫＬＬＳＹＲＮＮＮＲＰＳＧＩＳＥＲＬＳＡＳＲＳＧＮＴＡＳＬＴＩＴＧＬＱＰＥＤＥＡＤＹＹＣ）
ヒト抗体λ軽鎖ＩＧＬＶ１１コンセンサス配列（配列番号２４：ＲＰＶＬＴＱＰＰＳＬＳＡＳＰＧＡＴＡＲＬＰＣＴＬＳＳＤＬＳＶＧＧＫＮＭＦＷＹＱＱＫＰＧＳＳＰＲＬＦＬＹＨＹＳＤＳＤＫＱＬＧＰＧＶＰＳＲＶＳＧＳＫＥＴＳＳＮＴＡＦＬＬＩＳＧＬＱＰＥＤＥＡＤＹＹＣ）
【実施例２】
【００５４】
［ヒト抗体重鎖コンセンサス配列からなるタンパク質の作製］
図３及び４に示すように、ヒト抗体重鎖コンセンサス配列（配列番号１〜７）をコードする塩基配列（配列番号２５〜３１）を合成した。さらに、図５に示すように、Overlap Extension ＰＣＲ法を用いて、上記各ヒト抗体重鎖コンセンサス配列をコードする塩基配列にペルツズマブ重鎖ＣＤＲ３（１０５−１２８）及びヒスチジンタグを付加した。ＣＤＲ３の付加は、作製したペプチドに立体構造をとらせるためのものである。次に、図６及び７に示すように、発現型プラスミド（マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）融合発現）に、ＣＤＲ３（１０５−１２８）を付加したヒト抗体重鎖コンセンサス配列をコードする塩基配列を導入して、ヒト抗体重鎖コンセンサス配列発現プラスミドを作製した。上記ヒト抗体重鎖コンセンサス配列発現プラスミドにより形質転換した大腸菌を培養してペリプラズム画分を抽出し、アミロースレジンを用いて精製した。さらに、ニッケルビーズによる精製を行い、ＭＢＰ融合ヒト抗体重鎖可変領域タンパク質（ＭＢＰ−ＩＧＨＶＤＪ−６×Ｈｉｓ）を作製した。【００５５】
同様に、ヒト抗体κ軽鎖コンセンサス配列（配列番号８〜１３）をコードする塩基配列（配列番号４８〜５３）にペルツズマブκ軽鎖ＣＤＲ３（１０５−１２８）及びヒスチジンタグを付加した塩基配列を合成した。次に、発現型プラスミド（マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）融合発現）に、ＣＤＲ３（１０５−１２８）を付加したヒト抗体κ軽鎖コンセンサス配列をコードする塩基配列を導入して、配列番号６０〜６５の塩基配列を有するヒト抗体κ軽鎖コンセンサス配列発現プラスミドを作製した（図７）。上記ヒト抗体κ軽鎖コンセンサス配列発現プラスミドにより形質転換した大腸菌を培養してペリプラズム画分を抽出し、アミロースレジンを用いて精製した。さらに、ニッケルビーズによる精製を行い、ＭＢＰ融合ヒト抗体軽鎖可変領域タンパク質（ＭＢＰ−ＩＧＫＶＤＪ−６×Ｈｉｓ）（配列番号５４〜５９）を作製した。
作製したＭＢＰ融合ヒト抗体重鎖可変領域タンパク質（ＭＢＰ−ＩＧＨＶＤＪ−６×Ｈｉｓ）及びＭＢＰ融合ヒト抗体軽鎖可変領域タンパク質（ＭＢＰ−ＩＧＫＶＤＪ−６×Ｈｉｓ）をポリアクリルアミドゲル電気泳動に供し、クマシーブリリアントブルー（ＣＢＢ）で染色した結果を図６及び７に示す。
【実施例３】
【００５６】
［ヒト抗体重鎖コンセンサス配列を認識するペプチドの１次スクリーニング］
ファージディスプレイ法により、ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー３（ＩＧＨＶ３）コンセンサス配列を認識するペプチドのスクリーニングを行った（図８）。４回のパニング後の溶出ファージプラークのうち、任意の３２クローンを選択し、モノクローナルファージを調製した。このモノクローナルファージから、１本鎖ファージゲノムを抽出し、配列を解析した。その結果、図９に示すような１６種類（配列番号３２〜４７）のペプチド配列が得られ、３２クローンのうち１７クローンが配列番号３２に示される共通のアミノ酸配列（ＧＡＭＨＬＰＷＨＭＧＴＬ）であることが明らかとなった。この配列番号３２に示されるアミノ酸配列からなるペプチド（ＧＡＭＨＬＰＷＨＭＧＴＬ）を、ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー３（ＩＧＨＶ３）コンセンサス配列を特異的に認識する可能性のあるペプチドとして、ペプチド３と命名した。
【実施例４】
【００５７】
［ペプチド３とＩＧＨＶ３コンセンサス配列との結合］
図１０に示すように、ペプチド３（配列番号３２）をコードする塩基配列を、発現用プラスミド（グルタチオンＳトランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合発現ベクター）に導入して、ペプチド３発現プラスミドを作製した。上記ペプチド３発現プラスミドにより形質転換した大腸菌を培養して可溶化画分を抽出し、ニッケルビーズによる精製を行い、ＧＳＴ融合ペプチド３を作製した。実施例２で作製したＭＢＰ融合ＩＧＨＶＤＪ３タンパク質をマイクロプレートに固相化させ、上記ＧＳＴ融合ペプチド３、マウス抗ＧＳＴモノクローナル抗体、及びＨＲＰ標識ヒツジ抗マウスＩｇＧモノクローナル抗体を用いてＥＬＩＳＡ法を行い、ペプチド３とＩＧＨＶ３コンセンサス配列との結合を調べた。図１１に示す結果から、ペプチド３はＩＧＨＶ３コンセンサス配列と特異的に結合することが明らかとなった。
【実施例５】
【００５８】
［ヒト抗体重鎖コンセンサス配列を認識するペプチドの１次スクリーニングとＳＰＲ解析］
また、同様にヒト抗体重鎖可変領域ファミリー１〜７（ＩＧＨＶ１〜７）コンセンサス配列を認識するペプチドのスクリーニングを行った。そして、同定したペプチド（配列番号６６〜７３）と、ファージディスプレイ法でテンプレートとして使用したヒト抗体重鎖可変領域ファミリータンパク質との親和性を、ＳＰＲ解析により、Multiple cycleで調べた。ＳＰＲ解析は、以下の方法で行った。【００５９】
（ペプチドリガンドのＳＰＲ法を用いた親和性測定）
BIAcore X100（GE Healthcare社製）の機器を用いて表面プラズモン共鳴法（ＳＰＲ）で測定した。ＣＭ５センサーチップへのＭＢＰ−Ｆｖタンパクの固定化はｐＨ５．０の１０ｍＭ酢酸溶液を用いて行った。チップへのリガンド固定化量は３０００〜８０００レスポンスユニット（ＲＵ）の間で行われた。合成したペプチド、および購入したペプチド（Filgen社）をアナライトとし、ＨＢＳ緩衝液（０．１５Ｍ ＮａＣｌ、３ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ２０）をもちいて溶解し、流速１０μｌ／ｍｉｎまたは３０μｌ／ｍｉｎ、２５℃、最大１５０μＭの濃度で測定した。チップの再生を行う際には０．５％ Ｔｗｅｅｎ２０−ＰＢＳを用いた。BIAcore X100エバリュエーションソフトウェアを用いて測定データから動態定数を算出した。【００６０】
結果を表１に示す。コード６ペプチドのｐＱは環状のピログルタミン酸を表す。中でも、コード４ペプチド（配列番号６９）や、コード８ペプチド（配列番号７１）がテンプレートとの親和性が高く、アフィニティリガンドとして特に優れていることが示された。【００６１】
【表１】
2013125221.tif 000002
【００６２】
また、同様にヒト抗体重鎖可変領域ファミリー１〜７（ＩＧＨＶ１〜７）コンセンサス配列を認識するペプチドのスクリーニングを行った。そして、同定したペプチド（配列番号８２〜９４）と、ファージディスプレイ法でテンプレートとして使用したヒト抗体重鎖可変領域ファミリータンパク質との結合を、ＳＰＲ解析により、single cycleで調べた結果を表２に示す。また、コード４ペプチド（配列番号６９）とＭＢＰ−ＶＨ３（ＭＢＰ−ＩＧＨＶＤＪ３−６×Ｈｉｓ）又はコントロールのＭＢＰとの親和性をＳＰＲ解析により調べた結果を図１２のＡに示す。【００６３】
【表２】
2013125221.tif 000003
【００６４】
ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー３（ＩＧＨＶ３）コンセンサス配列を認識するペプチドのうち、配列番号６９で示されるコード４ペプチドのアミノ酸配列の一アミノ酸をアルギニンに置換した１アミノ酸変異体（コード３３〜４４ペプチド；配列番号９５〜１０６）のペプチドを作製し、前記と同様にテンプレートとして使用したＭＢＰ−ＩＧＨＶＤＪ３−Ｈｉｓとの結合をＳＰＲ解析により、single cycleで調べた（表３）。【００６５】
【表３】
2013125221.tif 000004
【００６６】
結果から、コード３９〜４１のペプチドのテンプレートのＭＢＰ−ＩＧＨＶＤＪ３−Ｈｉｓとの結合が顕著に減少したことから、コード４ペプチドの７〜９番目のアミノ酸が、テンプレートとの結合に直接的に係るアミノ酸であり、結合に重要であることが示唆された。すなわち、これらの３アミノ酸以外のアミノ酸については、欠失、置換、挿入があっても、テンプレートとの結合能力はあまり影響を受けないと考えられる。
【実施例６】
【００６７】
［ヒト抗体κ軽鎖コンセンサス配列を認識するペプチドの１次スクリーニングとＳＰＲ解析］
また、同様にヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー１〜６（ＩＧＫＶ１〜６）コンセンサス配列を認識するペプチドのスクリーニングを行った。そして、同定したペプチド（配列番号７４〜８１）と、ファージディスプレイ法でテンプレートとして使用したヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリーとの結合を、ＳＰＲ解析により、Multiple cycleで調べた結果を表４に示す。中でも、コード１５ペプチド（配列番号７８）や、コード１８ペプチド（配列番号８０）がテンプレートとの親和性が高く、アフィニティリガンドとして特に優れていることが示された。また、コード１５ペプチドとＭＢＰ−ＶＫ３（ＭＢＰ−ＩＧＫＶＤＪ３−６×Ｈｉｓ）又はコントロールのＭＢＰとの親和性をＳＰＲ解析により調べた結果を図１２のＢに示す。【００６８】
【表４】
2013125221.tif 000005
【００６９】
上述のファージディスプレイを用いたアフィニティリガンド１次スクリーニングにおける、４回のパニング後の溶出ファージプラークのうち、任意に選択したクローン以外の１９８クローンについて、モノクローナルファージを調製し、ファージが提示する計１９８ペプチド（配列番号１０７〜３０４）のアミノ酸配列を同定した。これらのペプチドも、ヒト抗体重鎖コンセンサス配列および、ヒト抗体κ軽鎖コンセンサス配列を認識するペプチドの可能性がある。、
【実施例７】
【００７０】
［ヒト抗体重鎖コンセンサス配列またはヒト抗体κ軽鎖コンセンサス配列を認識するペプチドのファージＥＬＩＳＡ法による２次スクリーニング］
上記で同定した１９８ペプチドのうち、１９ペプチドについては、ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー（ＩＧＨＶ）コンセンサス配列タンパク（ＶＨ）を認識するペプチドの２次スクリーニングを、また、１９８ペプチドのうちの１７９ペプチドについては、ヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー３，６（ＩＧＫＶ３，６）コンセンサス配列タンパク（ＶＫ３，ＶＫ６）を認識するペプチドの２次スクリーニングを行った。２次スクリーニングの方法としては、同定されたペプチド配列を新たに合成することなく、各ペプチドを提示したファージクローンを用いたファージＥＬＩＳＡ法により２次スクリーニングを行った。【００７１】
（ファージＥＬＩＳＡ法による同定ペプチドの２次スクリーニング）
大腸菌 ＥＲ２７３８株に感染したＭ１３ファージに１９８種のペプチドを提示させ、３７℃で４．５時間振とう培養した後に、培養液を遠心した時の上清画分を検体試料とした。ネガティブコントロールとして、Ｍ１３ファージを含む大腸菌培養上清、或いは大腸菌のみの培養上清を使用した。スクリーニングするペプチドのターゲットとなる、ＭＢＰ融合ＶＨタンパクミックス、ＶＫ３タンパク、ＭＢＰ融合ＶＫ６タンパク、ＭＢＰタンパクは、全てＰＢＳバッファーに溶解した。マキシソープ イムノプレート(Nalge Nunc International)に１wellあたり１００ｎｇのターゲットタンパクをいれ、３７℃で１時間静置し、その後４℃ over night インキュベートによりターゲットタンパクをプレートに固層化した。ＰＢＳＴ（ＰＢＳ−０．０５％Tween２０）により各wellの洗浄を３回繰り返し、３％ＢＳＡ（Bovine Serum Albumin）溶液を各wellに２００ｕｌずつ入れ、３７℃で２時間ブロッキングした。各ペプチドを提示するファージが含まれる大腸菌の培養上清を、０．５％ＢＳＡ／ＰＢＳで１０倍希釈し、各wellに１００ｕｌずつ分注して室温で１時間静置した。ＰＢＳＴでwellを３回洗浄した後、１次抗体として、２０００倍希釈したウサギ抗ｆｄバクテリオファージ抗体（＃Ｂ７７８６：Sigma-Aldrich）を各wellに１００ｕｌずつ分注し、室温で１時間静置した。ＰＢＳＴにより各wellを３回洗浄後、２次抗体として、５０００倍希釈したＨＲＰ標識抗ウサギＩｇＧ抗体（＃ＮＡ９３４０：GE Healthcare）を各wellに１００ｕｌずつ分注して室温で１時間静置した。ＰＢＳＴでwellを５回洗浄した後、基質（OptEIA TMB Substrate Reagent Set:BD Bioscience）を各wellに１００ｕｌずつ分注して、室温で１５分間静置した後、１００ｕｌ １Ｍの硫酸１００ｕｌ／wellにより、反応を停止させた。吸光度は、マイクロプレートリーダー（Immuno Mini NJ-2300: Nalge Nunc International）により、４５０ｎｍの波長で計測した。【００７２】
ファージＥＬＩＳＡ法による、ＩＧＨＶコンセンサス配列を認識するペプチドの２次スクリーニングの結果を図１３に示す。図中、buffer：bufferのみ（ターゲットタンパク無し）、ＭＢＰ：Maltose-Binding Protein、ＶＨ：ＭＢＰ融合ＩＧＨＶ３コンセンサス配列ターゲットタンパク（ＶＨ３）を主としＶＨ４およびＶＨ６を含むターゲットタンパクのミックスをそれぞれ示す。Bufferはターゲットタンパク固層化のないネガティブコントロールを示し、ＭＢＰの値は、ＭＢＰ融合ＶＨタンパクにおける、非特異的結合（バックグラウンド）の値を指す。検体試料１９種の全てにおいて、ＶＨ特異的な結合を認めるペプチドは無かった（図１３）。【００７３】
ファージＥＬＩＳＡ法による、ＩＧＫＶ３，６コンセンサス配列を認識するペプチドの２次スクリーニングの結果を図１４に示す。ＭＢＰ：Maltose-Binding Protein、ＶＫ３：ＩＧＫＶ３コンセンサス配列ターゲットタンパク、ＶＫ６：ＭＢＰ融合ＩＧＫＶ６コンセンサス配列ターゲットタンパクを示す。ＭＢＰの値は、ＭＢＰ融合ＶＫ６タンパクにおける、非特異的結合の値を指す。１７９種のペプチド配列のうち７種の配列は、ＶＫ３と特異的に結合するペプチドであることが確認された（図１４）。ハーセプチンのファミリーは、一般にＩＧＨＶ３とＩＧＫＶ１と同定されているが、本実施例のファージＥＬＡＳＡ法によるスクリーニングの結果、ＩＧＫＶ３ペプチドにおいてより高いハーセプチンに対する活性が認められた。ペプチドによっては、異なるファミリーを認識する点も考慮し、以降の実施例において、本結果を基に解析を進めた。以上、ＳＰＲ解析による１次スクリーニングにおいて、２種のペプチドを同定し、ファージＥＬＩＳＡ法による２次スクリーニングにおいて、７種のペプチドを同定することが出来た（図１５）。
【実施例８】
【００７４】
［磁気ビーズ免疫沈降法を用いたペプチドリガンド結合能の評価］
スクリーニングした計９種のペプチドリガンドを用いて、実際に一本鎖抗体をどの程度精製することが可能かを調べるため、合成した各９種のペプチドを結合させた磁気ビーズを作製した。更に、ハーセプチンとして知られるヒト癌遺伝子産物ＨＥＲ２蛋白特異的抗体の、ｓｃＦｖ（single chain Fv：ＶＨおよびＶＬから構成される可変領域［Ｆｖ］をフレキシブルなペプチドリンカーで結合した単鎖可変領域フラグメント）一本鎖抗体を作製し、該一本差抗体を前記９種のペプチド結合磁気ビーズに反応させる免疫沈降法により、ハーセプチンｓｃＦｖ抗体の精製／回収率を解析し、各ペプチドの抗体精製能を評価した。以下に、その方法を示す。【００７５】
（ペプチド磁気ビーズ免疫沈降法によるｓｃＦｖ抗体結合試験）
図１６に概略を示す。１００ｕｌの磁気ビーズ（Dynabeads M-280 Streptavidin：Invitrogen）を０．５％のTween２０を含むＴＢＳＴにて洗浄後、３％ＢＳＡ加ＴＢＳＴにて、室温１時間のブロッキングを行った。磁気スタンドにビーズ入りカラムをセットし、上清を除去後、ビオチン化させた上記９種のペプチドをＴＢＳＴにて１００μｇ／ｍＬに調整した後、１００μＬをカラムに添加した。１０−１５分毎に攪拌しながら、室温にて１時間反応させ、９種のペプチドをそれぞれビーズに結合させた。上清の未反応ビオチン化被検ペプチドを除去後、ビーズをＴＢＳＴおよびＰＢＳにて洗浄し、ＰＢＳにて１００μｇ／ｍＬに調製したＨｉｓタグ付ｓｃＦｖ抗体（自家調製）を、被検ペプチド結合ビーズに１００μＬ添加し、４℃で１６〜１８時間吸着反応を行った。反応終了後に磁気スタンドにて上清を除去後、ビーズを回収して１００μＬのLaemmli液を添加し、９９℃、１０分間の加熱処理により結合ペプチドをビーズから剥離した。磁気スタンドにてビーズを集め、上清を分取して２−メルカプトエタノール（２−ＭＥ）で還元し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ用サンプルとして供した。回収したｓｃＦｖ抗体は、１２％ミニゲル（Ｂｉｏ−ＲＡＤ）を用い、２５ｍＡ／ｇｅｌ／４０ｍｉｎの条件で電気泳動を行った後、４０Ｖ-６０分、９０Ｖ-２時間の条件でＰＶＤＦ膜に転写した。転写されたＰＶＤＦ膜はＴＢＳＴにて洗浄後、１％スキムミルクを含むＴＢＳＴにて４℃、１６−１８時間のブロッキングを行った。ＴＢＳＴにて洗浄後、１％スキムミルクを含むＴＢＳＴにて５０００倍希釈したＨＲＰ結合抗Ｈｉｓタグ抗体（Anti-His C-term抗体，Invitrogen）を、転写されたＰＶＤＦ膜と室温１時間反応させた。反応終了後にＰＶＤＦ膜をＴＢＳＴにより洗浄し、アマシャム社製ＥＣＬキットを用いて発色させた蛍光を、ルミノ・イメージアナライザー（Image Quant LAS 4000：GE Healthcare）にて測定した後、Image Quant TL（GE Healthcare）にて蛍光強度を数値化した。【００７６】
各ペプチド磁気ビーズによって回収されたハーセプチンｓｃＦｖ抗体を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ電気泳動にかけた後、各バンドのシグナル強度を画像解析により半定量化した（図１７）。図中１）−７）が、２次スクリーニングによって同定されたＩＧＫＶ３コンセンサス配列を認識するペプチドであり、８）が１次スクリーニングによって同定されたＩＧＫＶ３コンセンサス配列を認識するペプチド、９）が１次スクリーニングによって同定されたＩＧＨＶ３コンセンサス配列を認識するペプチドである。６）（コード１６６ペプチド）と９）（コード４ペプチド）において、ハーセプチンｓｃＦｖ抗体回収率３０％を超える結果が得られた。
【実施例９】
【００７７】
[ＶＨ／ＶＬヒト抗体リガンドの精製順組み合わせによるペプチドハーセプチンｓｃＦｖ抗体の回収率変化]
上記ペプチド磁気ビーズ免疫沈降法で回収率の高かった、コード１６６ペプチド（ＶＫ−６）およびコード４ペプチド（ＶＨ３−４）が結合する磁気ビーズを作製し、２種類のビーズを順に反応させ、結合したハーセプチンｓｃＦｖ抗体の各量を、ＳＤＳ-ＰＡＧＥ電気泳動によるバンド画像解析−半定量法により求めた（図１８）。【００７８】
各ペプチド磁気ビーズの反応順で、コントロールに対するペプチドハーセプチンｓｃＦｖ抗体回収率のグラフ化したものを、図１９に示す。２０μｇまたは１０μｇのハーセプチンｓｃＦｖ抗体タンパク-ＳＤＳ-PＡＧＥ泳動バンド蛍光強度を１００％として、１回目と２回目それぞれの反応により回収された抗体タンパクの、蛍光強度を割り出した。半定量的解析法のため、各合計値は１００％を超えた。Beads Onlyの左端グラフは、ペプチドを結合していない磁気ビーズを使用した場合の、非特異的（バックグラウンド）結合量を示す。初回の反応に、ハーセプチンｓｃＦｖ抗体のＶＨに結合するＶＨ３−４ペプチド磁気ビーズを使用し、初回反応でビーズと結合しなかった抗体を含む上清を、抗体のＶＬに結合するＶＫ−６ペプチド磁気ビーズと反応させた（図１９ 中央グラフ）。また、各反応順を逆にした場合の抗体回収率も解析した（図１９ 右グラフ）。結果、反応させる抗体の濃度が２０μgと１０μgのどちらの場合においても、先にＶＫ−６ペプチド磁気ビーズで反応させ、その後未回収抗体をＶＨ３−４ペプチド磁気ビーズで反応させた組み合わせ（図１９ 右グラフ）の方が、高い回収率であることが明らかとなった。
【実施例１０】
【００７９】
[一アミノ酸変異ペプチドによるｓｃＦｖ抗体回収率変化]
ヒト抗体重鎖可変領域ファミリー３（ＩＧＨＶ３）コンセンサス配列を認識するペプチドのうち、配列番号６９で示されるコード４ペプチドのアミノ酸配列の一アミノ酸をアラニンに置換した１アミノ酸変異体（コード２４３〜２４７ペプチド；配列番号３０５〜３０９）のペプチドを作製し（表５）、一アミノ酸変異ペプチドにはビオチンを結合させ、前記と同様にペプチド磁気ビーズを作製し、免疫沈降法にペプチドハーセプチンｓｃＦｖ抗体回収率を調べた。【００８０】
【表５】
2013125221.tif 000006
【００８１】
上記５種の一アミノ酸変異ペプチド磁気ビーズを用いた免疫沈降法による、ペプチドハーセプチンｓｃＦｖ抗体回収率の結果を図２０に示す。回収率は、７番目のアミノ酸がアラニンに変異したペプチド磁気ビーズ（コード２４５ペプチド）において、最高値の８４％の抗体回収に成功したのに対し、変異のないオリジナルペプチド磁気ビーズ（コード４ペプチド）では２３％であった。８番及び９番アミノ酸の変異では、回収率が急激に下降していることから、ハーセプチンｓｃＦｖ抗体のＶＨ鎖に対する結合には、コード４ペプチドの８番及び９番アミノ酸が強く関与している可能性が示唆された。【００８２】
ヒト抗体κ軽鎖可変領域ファミリー３（ＩＧＫＶ３）コンセンサス配列を認識するペプチドのうち、配列番号２２８で示されるコード１６６ペプチドのアミノ酸配列の一アミノ酸をアラニンに置換した１アミノ酸変異体（コード２４８〜２５９ペプチド；配列番号３１０〜３２１）（表６）についても同様に、変異の箇所によって、抗体の回収率が向上または低下する可能性がある。【００８３】
【表６】
2013125221.tif 000007
【実施例１１】
【００８４】
［His-Tag ELISAによるリガンドペプチド定量的結合量測定］
ペプチド結合磁気ビーズによるハーセプチンｓｃＦｖ抗体回収率に関し、より精密な定量結果を得るため、His-Tag Protein ELISA Kit (CELLBIOLABS, Inc.)を用いた、タンパク量測定を行った。解析は、キット添付のプロトコールに従って行い、ポリヒスチジンコートのマイクロプレートにスタンダードもしくは被検体を添加後、抗6-His抗体を反応させ、洗浄後にHRP標識の二次抗体を添加し、HRPに反応する発色基質を用いて450nmの吸光度を測定した。【００８５】
表５に示したヒト抗体重鎖可変領域ファミリー３（ＩＧＨＶ３）コンセンサス配列を認識するコード４ペプチド（ＶＨ３−４）および、その一アミノ酸変異ペプチド５種の、His-Tag Protein ELISAによる抗体回収率を示す（図２１）。ＳＤＳ−ＰＡＧＥによるバンド濃度の半定量的解析結果（図２０）とは異なり、７番目のアミノ酸がアラニンに変異したペプチド磁気ビーズ（Ｖ７Ｂ：コード２４５ペプチド）において、とりわけ高い回収率を示すことはなかったが、オリジナルのＶＨ３−４ペプチドにおいて、変異ペプチドに比して高い回収率が得られた。また、図１７で用いた、２次スクリーニングにより同定された６種のＩＧＫＶ３コンセンサス配列を認識するペプチドと、１次スクリーニングにより同定された１種のＩＧＫＶ３コンセンサス配列を認識するペプチド（Ｖｋ３）についても、同様にHis-Tag Protein ELISAを用いて回収抗体量を定量した（図２１）。ＳＤＳ−ＰＡＧＥによるバンド濃度の半定量的解析結果（図１７）とは異なり、コード１６１ペプチドにおいて最も高い回収率（８０％）が得られる結果となった。
【産業上の利用可能性】
【００８６】
本発明は、抗体精製の分野などに好適に利用することができる。
【図１】
2013125221.tif 000008
【図２】
2013125221.tif 000009
【図３】
2013125221.tif 000010
【図４】
2013125221.tif 000011
【図５】
2013125221.tif 000012
【図６】
2013125221.tif 000013
【図７】
2013125221.tif 000014
【図８】
2013125221.tif 000015
【図９】
2013125221.tif 000016
【図１０】
2013125221.tif 000017
【図１１】
2013125221.tif 000018
【図１２Ａ）】
2013125221.tif 000019
【図１２Ｂ）】
2013125221.tif 000020
【図１３】
2013125221.tif 000021
【図１４】
2013125221.tif 000022
【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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