(57)【要約】  本明細書の開示は、より分析性能に優れたプローブセットを提供する。本明細書の開示は、以下の表に記載の塩基配列又はその相補配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する１種又は２種以上のプローブからなるプローブセットとする。【表１９】2012173015.tif 000021
2012173015.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の表に記載の塩基配列又はその相補配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する１種又は２種以上のプローブからなる、プローブセット。
【表１５】
2012173015.tif 000017
【請求項２】
以下の表に記載の塩基配列又はその相補配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する１種又は２種以上のプローブからなる、請求項１に記載のプローブセット。
【表１６】
2012173015.tif 000018
【請求項３】
以下の表に記載の塩基配列又はその相補配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する１種又は２種以上のプローブからなる、請求項１又は２に記載のプローブセット。
【表１７】
2012173015.tif 000019
【請求項４】
請求項１に記載の表に記載の塩基配列又はその相補配列からなる群から選択される１０種以上の塩基配列を有する１０種以上のプローブからなる、請求項３に記載のプローブセット。
【請求項５】
少なくとも以下の表に記載の塩基配列又は相補配列を有するプローブを含む、請求項４に記載のプローブセット。
【表１８】
2012173015.tif 000020
【請求項６】
請求項１〜５のいずれかに記載のプローブセットが担体に固定化されたアレイ。
【請求項７】
請求項１〜５のいずれかに記載のプローブセットを用いてハイブリダイゼーションを実施するハイブリダイゼーション工程と、
前記ハイブリダイゼーション工程のハイブリダイズ産物を検出する検出工程と、
を備える、プローブセットの使用方法。
【請求項８】
プローブのスクリーニング方法であって、
融解温度が５７℃以上６１℃以下であり、２３塩基長の正規直交配列である塩基配列を有するプローブについて、前記塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションを実施するハイブリダイゼーション工程と、
前記ハイブリダイゼーション工程において、所定時間内におけるハイブリッド形成率が所定数値以上のプローブを選択する工程と、
を備える、スクリーニング方法。
【請求項９】
プローブのスクリーニング方法であって、
融解温度が５７℃以上６１℃以下であり、２３塩基長の正規直交配列である塩基配列を有するプローブについて、前記塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションを実施するハイブリダイゼーション工程と、
前記ハイブリダイゼーション工程において、所定時間内におけるハイブリッド形成率が所定数値範囲内のプローブを選択する工程と、
を備える、スクリーニング方法。
【請求項１０】
プローブセットであって、
以下の（ａ）及び(ｂ）を充足する、プローブからなる、セット。
（ａ）融解温度が５７℃以上６１℃以下であり、２３塩基長の正規直交配列である塩基配列を有する。
（ｂ）ハイブリダイゼーション開始後３６００秒後におけるハイブリッド形成率に対する
ハイブリダイゼーション開始後１５秒後のハイブリッド形成率が５０％以上である。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願は、日本国特許出願特願２０１１−１３３２８５に基づく優先権を主張する出願であって、その全内容が引用により本明細書に組み込まれる。【０００２】
本明細書は、プローブセット及びその利用に関する。
【背景技術】
【０００３】
微生物などの特定生物の検出あるいは同定のほか、相同遺伝子の探索、塩基配列の決定、遺伝子の変異や多型の検出などに、プローブハイブリダイゼーション技術が多用されている。プローブハイブリダイゼーション技術は、生物起源のＤＮＡなどのポリヌクレオチドにおける特定の塩基配列（以下、標的配列ともいう。）を、オリゴヌクレオチドプローブを用い、塩基対を形成させるハイブリダイゼーションによって検出する技術である。プローブハイブリダイゼーションにおいては、複数のプローブを固定化したアレイが用いられることが多い。【０００４】
アレイには、従来、標的配列に相補的な塩基配列を有するプローブが固定化されている。こうしたアレイでは、一般に、プローブと生物起源のＤＮＡ試料とのハイブリダイゼーションには、サンプルの種類や固定化されたプローブの長さ、塩基配列や形態（１本鎖又は２本鎖）によっても異なるが、概ね数時間から４８時間程度を要するとされている（非特許文献１）。【０００５】
また、融解温度（Ｔｍ）を一定温度範囲内とし、安定な二次構造を形成せず、しかも、相補的な配列と高度に特異的にハイブリダイゼーションするように選択された人工的な１００個の塩基配列を決定し、この塩基配列を有するユニバーサルプローブを固定化したユニバーサルアレイを用いる方法も報告されている（非特許文献１、特許文献１）。この方法では、ＤＮＡ試料から、アレイ上のプローブ中の特定塩基配列と関連付けた識別配列を有するハイブリダイゼーション用サンプルをリガーゼ反応等を用いた連結分子として予め調製しておく。こうしたサンプルを、ユニバーサルアレイに適用すれば、サンプル中の識別配列が予め関連付けられたプローブとハイブリダイゼーションすることになる。ユニバーサルプローブでは、塩基配列の多様性が低減されていることなどから、ハイブリダイゼーション時間は１時間程度でも可能となっている。また、融解温度をなるべく近接させたプローブを用いることがより一層好ましいことも記載されている（特許文献１）。【０００６】
さらに、こうした１００種の塩基配列を有する１００のプローブのうち一部のプローブについてハイブリダイゼーション率（速度）について検討されている（非特許文献２）。この文献には、プローブ末端に二次構造を形成しないプローブが、そうでないプローブよりもハイブリダイゼーション促進能が高いことが記載されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
【特許文献１】特開２００８−３０６９４１号公報
【非特許文献】
【０００８】
【非特許文献１】DNAチップ応用技術：第5章DNAマイクロアレイの実際とその応用、第４３頁〜５４頁、２０００年８月発行、株式会社シーエムシー出版
【非特許文献２】Analytical Biochemistry, 364, 1, 2007, 78-85
【非特許文献３】Proceedings of the 13th international conference on DNA computing、pp.119-129, 2008、Springer-Verlag Berlin, Heidelberg
【発明の概要】
【０００９】
従来の一般的なプローブを用いたハイブリダイゼーションにおいては、プローブの塩基配列は標的配列に応じて決定されるため、プローブの配列を検討してハイブリダイゼーション時間を短縮するという試み自体が困難である。したがって、従来のプローブハイブリダイゼーションにおいては、こうした試みは具体的になされていない。
【００１０】
一方で、検出や診断についての迅速性の要請を考慮すると、ハイブリダイゼーション時間のさらなる短縮が望まれている。
【００１１】
ユニバーサルプローブを用いたハイブリダイゼーションにおいては、既に１時間というハイブリダイゼーション時間が達成されており、従来技術に比べて著しい改善がなされている。しかしながら、これらのユニバーサルプローブについてのさらなる改善について未だ報告はされていない。
【００１２】
また、本発明者らの検討によれば、二次構造を形成しにくくかつＴｍが均質に設計されたなユニバーサルプローブであっても、ハイブリダイゼーション速度の観点からみると相当程度大きな差があることがわかった。
【００１３】
そこで、本明細書は、より分析性能に優れたプローブセット及びその利用を提供する。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
本発明者らは、プローブのハイブリダイゼーション速度について種々検討したところ、実際のハイブリダイゼーションにおいては、予想を超えたハイブリダイゼーション速度の相違があるという知見を得た。さらに、ハイブリダイゼーション速度に基づいてプローブを選択することで従来では想定しえなかった程度のハイブリダイゼーション時間での分析を実現できることを見出し、本発明を完成した。また、ハイブリダイゼーション速度がそろったプローブを用いることで定量応答性の優れた分析を実現できることがわかった。本明細書は以下の手段を提供する。【００１５】
（１）以下の表に記載の塩基配列又はその相補配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する１種又は２種以上のプローブからなる、プローブセット。
【表１】
2012173015.tif 000003
（２）以下の表に記載の塩基配列又はその相補配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する１種又は２種以上のプローブからなる、（１）に記載のプローブセット。
【表２】
2012173015.tif 000004
（３）以下の表に記載の塩基配列又はその相補配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する１種又は２種以上のプローブからなる、（１）又は（２）に記載のプローブセット。
【表３】
2012173015.tif 000005
（４）（１）に記載の表に記載の塩基配列又はその相補配列からなる群から選択される１０種以上の塩基配列を有する１０種以上のプローブからなる、（３）に記載のプローブセット。
（５）少なくとも以下の表に記載の塩基配列又は相補配列を有するプローブを含む、（４）に記載のプローブセット。
【表４】
2012173015.tif 000006
（６）（１）〜（５）のいずれかに記載のプローブセットが担体に固定化されたアレイ。
（７）（１）〜（５）のいずれかに記載のプローブセットを用いてハイブリダイゼーションを実施するハイブリダイゼーション工程と、
前記ハイブリダイゼーション工程のハイブリダイズ産物を検出する検出工程と、
を備える、プローブセットの使用方法。
（８）プローブのスクリーニング方法であって、
融解温度が５７℃以上６１℃以下であり、２３塩基長の正規直交配列である塩基配列を有するプローブについて、前記塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションを実施するハイブリダイゼーション工程と、
前記ハイブリダイゼーション工程において、所定時間内におけるハイブリッド形成率が所定数値以上のプローブを選択する工程と、
を備える、スクリーニング方法。
（９）プローブのスクリーニング方法であって、
融解温度が５７℃以上６１℃以下であり、２３塩基長の正規直交配列である塩基配列を有するプローブについて、前記塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションを実施するハイブリダイゼーション工程と、
前記ハイブリダイゼーション工程において、所定時間内におけるハイブリッド形成率が所定数値範囲内のプローブを選択する工程と、
を備える、スクリーニング方法。
（１０）プローブセットであって、
以下の（ａ）及び(ｂ）を充足する、プローブからなる、セット。
（ａ）融解温度が５７℃以上６１℃以下であり、２３塩基長の正規直交配列である塩基配列を有する。
（ｂ）ハイブリダイゼーション開始後３６００秒後におけるハイブリッド形成率に対する
ハイブリダイゼーション開始後１５秒後のハイブリッド形成率が５０％以上である。
【図面の簡単な説明】
【００１６】
【図１】実施例における第１のプローブセットを固定化したＤＮＡマイクロアレイにおけるサンプルＤＮＡとのハイブリダイゼーションにおけるハイブリッド形成率を評価した結果を表として示す図である。
【図２】実施例における第１のプローブセットを固定化したＤＮＡマイクロアレイにおけるサンプルＤＮＡとのハイブリダイゼーションにおけるハイブリッド形成率を評価した結果を表として示す図である。
【図３】実施例における第１のプローブセットを固定化したＤＮＡマイクロアレイにおけるサンプルＤＮＡとのハイブリダイゼーションにおけるハイブリッド形成率を評価した結果を示す図である。
【図４】実施例における第２のプローブセットを固定化したＤＮＡマイクロアレイにおけるサンプルＤＮＡとのハイブリダイゼーションにおけるハイブリッド形成率を評価した結果を表として示す図である。
【図５】実施例における第２のプローブセットを固定化したＤＮＡマイクロアレイにおけるサンプルＤＮＡとのハイブリダイゼーションにおけるハイブリッド形成率を評価した結果を示す図である。
【図６】実施例における第３のプローブセットを固定化したＤＮＡマイクロアレイにおけるサンプルＤＮＡとのハイブリダイゼーションにおけるハイブリッド形成率を評価した結果を表として示す図である。
【図７】実施例における第３のプローブセットを固定化したＤＮＡマイクロアレイにおけるサンプルＤＮＡとのハイブリダイゼーションにおけるハイブリッド形成率を評価した結果を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１７】
本明細書は、ハイブリダイゼーションを短縮できるプローブセット及びその利用に関する。本明細書に開示されるプローブセットによれば、予想を超えて迅速なハイブリダイゼーションを達成し、極めて短時間でも検出精度を確保し信頼性に足るレベルでの標的配列の検出が可能となっている。こうした迅速な検出が可能となることにより、プローブハイブリダイゼーションの一層の適用拡大が可能となる。
【００１８】
また、本プローブセットによれば、ハイブリダイゼーション速度が近似しているので、定量応答性が良好なハイブリダイゼーションを達成できる。こうした定量的な検出が可能となることにより、プローブハイブリダイゼーションの一層の適用拡大が可能となる。
【００１９】
以下では、本発明の代表的かつ非限定的な具体例について、図面を参照して詳細に説明する。この詳細な説明は、本発明の好ましい例を実施するための詳細を当業者に示すことを単純に意図しており、本発明の範囲を限定することを意図したものではない。また、以下に開示される追加的な特徴ならびに発明は、さらに改善されたプローブセット及びその利用を提供するために、他の特徴や発明とは別に、又は共に用いることができる。
【００２０】
また、以下の詳細な説明で開示される特徴や工程の組み合わせは、最も広い意味において本発明を実施する際に必須のものではなく、特に本発明の代表的な具体例を説明するためにのみ記載されるものである。さらに、上記及び下記の代表的な具体例の様々な特徴、ならびに、独立及び従属クレームに記載されるものの様々な特徴は、本発明の追加的かつ有用な実施形態を提供するにあたって、ここに記載される具体例のとおりに、あるいは列挙された順番のとおりに組合せなければならないものではない。
【００２１】
本明細書及び／又はクレームに記載された全ての特徴は、実施例及び／又はクレームに記載された特徴の構成とは別に、出願当初の開示ならびにクレームされた特定事項に対する限定として、個別に、かつ互いに独立して開示されることを意図するものである。さらに、全ての数値範囲及びグループ又は集団に関する記載は、出願当初の開示ならびにクレームされた特定事項に対する限定として、それらの中間の構成を開示する意図を持ってなされている。
【００２２】
以下、本明細書の開示の各種実施形態について説明する。
【００２３】
（プローブセット）
本プローブセットは、表５に示す特定の塩基配列(配列番号１〜１００）又はその相補配列（配列番号１０１〜２００）から一定条件を充足するように選抜された塩基配列の群から選択される塩基配列を有するプローブセットである。
【００２４】
【表５】
2012173015.tif 000007
【００２５】
表５に記載する塩基配列は、正規直交配列ともいい、たとえば乱数から得られた所定塩基長のＤＮＡ配列に対して連続一致長、Nearest-Neighbor法による融解温度予測、ハミング距離、二次構造予測の計算を行うことにより設計される。正規直交配列は、核酸の塩基配列であって、その融解温度が均一であるもの、即ち融解温度が一定範囲内に揃うように設計された配列であって、核酸自身が分子内（intramolecular）で構造化して、相補的な配列とのハイブリッド形成を阻害することのない配列であり、尚且つこれに相補的な塩基配列以外とは安定したハイブリッドを形成しない塩基配列を意味する。１つの正規直交配列群に含まれる配列は、所望の組み合わせ以外の配列間および自己配列内において反応が生じ難いか、または反応が生じない。また、正規直交配列は、ＰＣＲにおいて増幅させると、たとえば上述のクロスハイブリダイズのような問題に影響されずに、当該正規直交配列を有する核酸の初期量に応じた量の核酸が定量的に増幅される性質を有している。上記のような正規直交配列は、H.Yoshida and A.Suyama,“Solution to 3-SAT by breadth first search”,DIMACS Vl.54, 9-20(2000)に記載された情報に基づいて設計された。なお、表５における各欄の左欄における三桁の数字は、配列番号に対応している。すなわち、表５中のＤ０１−００１〜１００で特定される塩基配列は、配列番号１〜１００に対応している。また、配列番号１〜１００で表される塩基配列と相補的な塩基配列が配列番号１０１〜２００で表される。
【００２６】
なお、表５の塩基配列の融解温度は、５７℃以上６１℃以下の範囲内となっている。なかでも、融解温度は好ましくは、５８℃以上６０℃以下であり、より好ましくは約５９℃である。融解温度は、Nearest-neighbor法を用い、０．１μＭのプローブ濃度で、５０ｍＭ Ｎａ+１，１．５ｍＭ Ｍｇ2+の条件で測定することができる。なお、本発明において用いられうる正規直交配列の融解温度は、上記温度に限定されるものではなく、一定範囲内、好ましくは目標とする融解温度の±２℃、より好ましくは±１℃の範囲内の一定範囲に設定することができる。
【００２７】
また、表５の塩基配列はいずれも２３塩基長であるが、本発明において用いられうる正規直交配列の塩基長は２３塩基長に限定するものではない。必要に応じてより少ないあるいはより多い塩基長の正規直交配列が設計される。
【００２８】
本プローブセットは、以下の表６に記載の塩基配列又はその相補配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列をそれぞれ有する１種又は２種以上のプローブからなることができる。以下の説明において、プローブセットに含まれるプローブが有する塩基配列は、以下の表等において具体的に表される塩基配列かあるいはその相補配列のいずれかである。一つのプローブセットにおいて、一つのプローブが表等において具体的に表される一つの塩基配列を有するとき、他のプローブは、他の具体的に表される塩基配列を有し、その相補配列を有していないことが好ましい。
【００２９】
【表６】
2012173015.tif 000008
【００３０】
表６に示す塩基配列を有するプローブは、ハイブリダイゼーション速度に基づいて選択されている。すなわち、これらのプローブは、３６００秒（１時間）のハイブリダイゼーションにおけるハイブリッド形成率（蛍光強度）に対してハイブリダイゼーション開始後１５秒以内にハイブリッド形成率が５０％以上となることができるプローブである。
【００３１】
また、こうしたプローブは、ハイブリダイゼーション開始後９００秒以内に対３６００秒時のハイブリッド形成率が８５％以上（表６中Ａを付記して示す。）、好ましくは９０％以上（表６中ＡＡを付記して示す。）であり、より好ましくは９５％以上（表６中ＡＡＡを付記して示す。）に到達することができる。
【００３２】
また、表６に示す塩基配列を有するプローブのうち、さらに、ハイブリダイゼーション開始から一定時間後（例えば、１５秒後、３０秒後、６０秒後、１２０秒後、２４０秒後及び９００秒後等）における対３６００秒時のハイブリッド形成率が一定範囲内にあるプローブが選択されることが好ましい。例えば、前記ハイブリッド形成率の差が２０％以内であることが好ましく、より好ましくは１５％以内であり、さらに好ましくは１０％以内であり、一層このましくは５％以内であるプローブが選択されることが好ましい。こうしたプローブからなるプローブセットであれば、迅速でかつ定量性に優れたハイブリダイゼーションが可能となる。
【００３３】
本プローブセットは、好ましくは以下の表に記載の塩基配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列を有するプローブからなる。これらのプローブは、ハイブリダイゼーション開始後１５秒以内に対３６００秒時のハイブリッド形成率が６５％以上となるプローブである。こうしたプローブによればより迅速にかつ精度の高いハイブリッド形成を検出することができる。これらのプローブにおいても、上述のとおり、ハイブリダイゼーション開始から一定時間後（例えば、１５秒後、３０秒後、６０秒後、１２０秒後、２４０秒後及び９００秒後等）における対３６００秒時のハイブリッド形成率が一定範囲内にあるプローブが選択されることが好ましい。
【００３４】
本プローブセットは、より好ましくは、以下の表７に記載の塩基配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列を有するプローブからなる。
【００３５】
【表７】
2012173015.tif 000009
【００３６】
これらのプローブは、ハイブリダイゼーション開始後１５秒以内に対３６００秒時のハイブリッド形成率が７０％以上となるプローブである。こうしたプローブによればより迅速にかつ精度の高いハイブリッド形成を検出することができる。これらのプローブにおいても、上述のとおり、ハイブリダイゼーション開始から一定時間後（例えば、１５秒後、３０秒後、６０秒後、１２０秒後、２４０秒後及び９００秒後等）における対３６００秒時のハイブリッド形成率が一定範囲内にあるプローブが選択されることが好ましい。
【００３７】
本プローブセットは、より好ましくは、以下の表８に記載の塩基配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列を有するプローブからなる。
【００３８】
【表８】
2012173015.tif 000010
【００３９】
これらのプローブは、ハイブリダイゼーション開始後１５秒以内に対３６００秒時のハイブリッド形成率が７５％以上となるプローブである。こうしたプローブによればより迅速にかつ精度の高いハイブリッド形成を検出することができる。これらのプローブにおいても、上述のとおり、ハイブリダイゼーション開始から一定時間後（例えば、１５秒後、３０秒後、６０秒後、１２０秒後、２４０秒後及び９００秒後等）における対３６００秒時のハイブリッド形成率が一定範囲内にあるプローブが選択されることが好ましい。
【００４０】
本プローブセットを構成するプローブは、ハイブリダイゼーション開始後１５秒以内に対３６００秒時のハイブリッド形成率が８０％以上であることがより好ましく、同８５％以上であることがさらに好ましい。
【００４１】
本プローブセットは、表６に示す塩基配列群から選択される１種又は２種以上の塩基配列を有するプローブからなるが、好ましくはさらに多種類のプローブからなる。例えば、より好ましくは、３種類以上、４種以上、６種類以上、８種類以上、１０種類以上、２０種類以上、さらには３０種類以上、最も好ましくは３３種類以上を含むことが好ましい。本プローブセットは、本プローブセットを構成するプローブと同等あるいはそれ以上のハイブリッド形成率を実現する他のプローブが含まれていてもよい。
【００４２】
本プローブセットは、以下の表９に示す塩基配列又はその相補配列からなる群から選択される１種又は２種以上の塩基配列を有する１種又は２種以上のプローブからなることが好ましい。好ましくは、これらの全てを少なくとも含むことが好ましい。これらのプローブは、いずれもハイブリダイゼーション開始後３０秒以内に対３６００秒時の８５％以上のハイブリッド形成率を有しており、さらには、ハイブリダイゼーション開始後３０秒以内に対３６００秒時の８８％以上のハイブリッド形成率を有している。
【００４３】
【表９】
2012173015.tif 000011
【００４４】
なお、本プローブセットを構成するプローブを選択する際のハイブリダイゼーション条件としては、ハイブリダイゼーション液の組成は、１〜１０×ＳＳＣ（クエン酸ナトリウム緩衝液；１×ＳＳＣ組成：０．１５ＭＮａＣｌ、１５ｍＭクエン酸ナトリウム、ｐＨ７．０）（好ましくは、１〜２×ＳＳＣ）及び０．１〜１．０％ＳＤＳ（ドデシル硫酸ナトリウム）（好ましくは、０．１〜０．３％程度）の緩衝液等を用いてハイブリダイゼーション温度を２０℃〜７０℃程度することが好ましい。必要に応じて、ＤＭなどのホルムアミドを１０〜５０％添加することができる。さらに、ＥＤＴＡなどを1mＭ〜１０ｍＭ（好ましくは２ｍＭ）添加することもできる。典型的には、以下の組成とすることができる。
20×SSC             2.0 ml
10％SDS             0.8 ml
100％Formamide     12.0 ml
100 mM EDTA         0.8 ml
水                 24.4 ml
40.0 ml
【００４５】
なお、以上の実施形態によれば、本プローブセットは、以下の形態を採ることもできる。すなわち、以下の（ａ）及び(ｂ）を充足する、プローブを含む、セットという形態を採ることができる。
（ａ）融解温度が５７℃以上６１℃以下であり、２３塩基長の正規直交配列である塩基配列を有する。
（ｂ）ハイブリダイゼーション開始後３６００秒後におけるハイブリッド形成率に対する
ハイブリダイゼーション開始後１５秒後のハイブリッド形成率が５０％以上である。
なお、条件（ｂ）については、本プローブセットを構成するプローブの各種形態を適用することができる。
【００４６】
本プローブセットを構成するプローブは、上記塩基配列を有して、相補的な塩基配列を有する検出対象中のＤＮＡ等のポリヌクレオチドとハイブリダイゼーション可能であればよい。したがって、塩基配列を保持しうるものであればよく、塩基を有する骨格は特に限定しない。したがって、プローブは、ＤＮＡ、ペプチド核酸、モルホリノ核酸、メチルフォスフォネート核酸およびＳ-オリゴ核酸などの各種人工合成核酸であってもよい。さらに、プローブは、１本鎖であっても２本鎖であってもよいが、担体に固定化される場合には、１本鎖とすることが好ましい。
【００４７】
プローブは、必要に応じて識別標識を備えることができる。識別標識としては、従来公知の各種の識別標識を備えることができ、当業者であれば、適当な識別標識を選択して、本プローブセットのプローブに付与することができる。
【００４８】
プローブは、後述する担体に化学的にあるいは物理的吸着等によって固定化するための構造を備えることができる。プローブは、従来公知の各種の方法で固相担体表面に固定化することができる。こうした構造は、プローブハイブリダイゼーションの分野の当業者において周知であり、保持体等の種類に応じて当業者であれば適宜選択し、プローブを保持体に固定化することができる。また、プローブは、固定化のための構造部分に対する適当なリンカー配列を備えていてもよい。リンカー配列は、好ましくはプローブ間において同一塩基長で同一配列とする。
【００４９】
こうしたプローブセットは、検出対象中の特定の塩基配列を直接的に又は間接的に検出することができる。直接的に検出する場合としては、例えば、予め検出対象に対してプローブセットを付与しておき、プローブに含まれる特定の塩基配列を識別用塩基配列として用いて検出対象の識別に用いる場合が挙げられる。こうした場合の検出対象として、市場を流通する製品、部品（中間製品を含む）、水産物、農産物、銀行券等が挙げられる。検出対象に付与されているプローブセットを構成するプローブの識別用塩基配列を、これらに相補的な塩基配列を有する検出用のプローブセットで検出対象を同定することができる。この場合、検出対象に付与されるプローブセットが後述するアレイであることが好ましい。また、検出用のプローブセットは溶液サンプルであることが好ましい。
【００５０】
また、検出対象中の特定の塩基配列を間接的に検出する場合としては、検出対象が生物体の場合が挙げられる。この場合、非特許文献２及び特許文献１等に開示の方法が挙げられる。すなわち、生物体の標的配列をハイブリダイゼーション反応及びリガーゼ反応等を用いて、本プローブセットを構成するプローブの特定塩基配列に予め関連付けられた塩基配列（特定塩基配列と同一又は相補的な塩基配列）を有するようなリガーゼ産物を取得して、このリガーゼ産物の標識体を本プローブセットに提供することで、検出対象中の標的配列を検出したり同定したりすることができる。この場合、本プローブセットとして、後述するアレイが用いられることが好ましい。
【００５１】
本プローブセットは、溶液に溶解して溶液中のハイブリダイゼーション反応に用いることができるし、適当な担体に固定化された状態での固液反応としてのハイブリダイゼーション反応に用いることもできる。
【００５２】
（プローブのスクリーニング方法）
本発明によれば、以上のことから、プローブのスクリーニング方法も提供される。すなわち、本スクリーニング方法は、例えば、融解温度が５７℃以上６１℃以下であり、例えば塩基長が２３塩基長の正規直交配列である塩基配列を有するプローブについて、前記塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションを実施するハイブリダイゼーション工程と、前記ハイブリダイゼーション工程において、所定時間内におけるハイブリッド形成率が所定数値以上のプローブを選択する工程と、を備えることができる。また、本スクリーニング方法は、例えば、融解温度が５７℃以上６１℃以下であり、例えば塩基長が２３塩基長の正規直交配列である塩基配列を有するプローブに基づいて選択された塩基配列を有するプローブについて、前記塩基配列と相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションを実施するハイブリダイゼーション工程と、前記ハイブリダイゼーション工程において、所定時間内におけるハイブリッド形成率が所定数値範囲内のプローブを選択する工程と、を備えることができる。この方法によれば、ユニバーサルプローブとして分析能の高いプローブを効率的に選択することができる。
【００５３】
スクリーニング工程においてプローブの選択となるハイブリダイゼーション速度については、本プローブセットを構成するプローブについて適用される各種形態を適用することができる。
【００５４】
（プローブセットが固定化されたアレイ）
本明細書に開示されるアレイは、本プローブセットが担体に保持されている。プローブセットは、物理的吸着又は化学結合によって担体に固定化され保持されている。担体は、通常のハイブリダイゼーションの条件に耐えうるものであれば特に制限されない。具体的には、核酸の固定及びハイブリダイゼーション等に用いる溶剤に不溶であり、かつ常温若しくはその付近の温度範囲内（例えば０〜１００℃）で固体又はゲル状であるものが挙げられる。
【００５５】
このような担体の材質としては、具体的には、プラスチック、無機高分子、金属、天然高分子、セラミック等が挙げられる。上記プラスチックとして具体的には、紫外線照射により生体分子を固定化することができるものであれば特に制限されず、具体的には、熱可塑性樹脂、熱硬化性樹脂及び共重合体等が挙げられる。さらに具体的には、熱可塑性樹脂としては、アイオノマー（スチレン系、オレフィン系）、ポリノルボルネン、ポリアセタール、ポリアリレート、ポリエーテルエーテルケトン、ポリエチレンオキサイド、ポリオキシメチレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリカーボネート、ポリスチレン、ポリスルホン、ポリパラメチルスチレン、ポリアリルアミン、ポリフェニレンエーテル、ポリフェニレンサルファイド、ポリブタジエン、ポリブチレンテレフタレート、ポリプロピレン、ポリメチルペンテン、ポリエーテルスルホン、ポリフェニレンスルフィド、ポリオキシベンゾイル、ポリオキシエチレン、酢酸セルロース、ポリジメチルシロキサン、ポリイソブチレン、セルローストリアセテート、ポリ−ｐ−フェニレンテレフタラミド、ポリイソプレン、ポリアクリロニトリル、ポリメチルペンテン、塩素プラスティック（ポリ塩化ビニル、ポリ塩化エチレン、塩素化ポリプロピレン、ポリ塩化ビニリデン）、フッ素プラスチック（テトラフルオロエチレン、ポリクロロトリフルオロエチレン、ポリフッ化ビニリデン）、ポリアミド（ナイロン6、ナイロン66）、ポリアミドイミド、ポリイミド（熱可塑性ポリイミド、ポリエーテルイミド）、ポリエチレンプラスティック（塩素化、高密度、低密度）、ポリビニルプラスティック（ポリ塩化ビニル、ポリ酢酸ビニル、ポリパラビニルフェノール、ポリビニルアルコール、ポリビニルエーテル、ポリビニルブチラール、ポリビニルホルマール）、液晶ポリマー（ポリエステル系液晶高分子）、アクリレートプラスティック（アミノポリアクリルアミド、ポリアクリル酸メチル、ポリメチルメタクリレート、エチルポリメタクリレート、ブチルポリメタクリレート）、熱可塑性エラストマー（スチレン系、オレフィン系、ウレタン系、ポリエステル系、ポリアミド系、1，2−ポリブタジエン系、塩化ビニル系、フッ素系、ポリアイオノマー系、塩素化ポリエチレン系、シリコーン系）等が挙げられる。
【００５６】
また、熱硬化性樹脂としては、エポキシ、ポリキシレン、ポリグアナミン、ポリジアリルフタレート、ポリビニルエステル、ポリフェノール、不飽和ポリエステル、ポリフラン、ポリイミド、ポリウレタン、ポリマレイン酸、メラミン、ユリア、アルキド、ベンゾグアナミン、ポリシアナート、ポリイソシアナート等が挙げられる。
【００５７】
さらに、共重合体としては、イソブチレン無水マレイン酸共重合体、アクリロニトリルアクリレートスチレン共重合体、アクリロニトリルEPDMスチレン共重合体、アクリロニトリルスチレン共重合体、アクリロニトリルブタジエンスチレン共重合体、ブタジエンスチレンメチルメタクリレート共重合体、エチレン塩化ビニル共重合体、エチレン酢酸ビニル共重合体、エチレン−エチルアクリレート共重合体、アクリロニトリル−ブタジエンスチレン共重合体、ポリエーテルエーテルケトン共重合体、フッ化エチレンポリプロピレン共重合体、テトラフルオロエチレンパーフロロアルキルビニルエーテル共重合体、テトラフルオロエチレンエチレン共重合体等が挙げられる。
【００５８】
上記の合成樹脂のうち、特に好ましいものとしては、ポリカーボネート、ポリメチルメタクリレート、アクリロニトリルブタジエンスチレン共重合体、ポリエチレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリフェノール、ポリスチレン、ポリアクリロニトリル、ポリ塩化ビニル、アラミド等が挙げられる。
【００５９】
無機高分子として具体的には、ガラス、水晶、カーボン、シリカゲル及びグラファイト等が挙げられる。金属として具体的には、金、白金、銀、銅、鉄、アルミニウム、磁石、パラマグネット等が挙げられる。天然高分子としては、ポリアミノ酸、セルロース、キチン、キトサン、アルギン酸及びそれらの誘導体が挙げられる。セラミックとして具体的には、アパタイト、アルミナ、シリカ、炭化ケイ素、窒化ケイ素及び炭化ホウ素等が挙げられる。
【００６０】
上記担体には、直接プローブが保持されていてもよいが、さらに、担体に対して固定化のための固定化相が付与されていてもよい。こうした固定化相としては、上記担体上に担持される限り、単に物理的な接着性を利用して担持されていてもよく、また、化学的に共有結合等を介して担持されていてもよい。また、上記固定化相は、必要に応じ、担体等上の全面において担持されても、また、その一部において担持されてもよい。固定化相としては、上記した担体等の材料として説明した材料の他、有機低分子が挙げられる。上記有機低分子として具体的には、カルボジイミド基含有化合物、イソシアネート基含有化合物、窒素イペリット基含有化合物、アルデヒド基含有化合物、アミノ基含有化合物等が挙げられる。
【００６１】
固定化相は、担体上に皮膜として担持されることが好ましい。担体上に固定化相を皮膜で担持させる方法としては、スプレー、浸漬、ブラッシング、スタンプ、蒸着、フィルムコータを用いたコーティング等の公知の方法を用いることができる。
【００６２】
例えば、ガラス製担体の表面全体にカルボジイミド基（樹脂）を導入する方法については、まず、３−アミノプロピルトリエトキシシラン等のアミノ置換オルガノアルコキシシランを適当な溶媒に溶解して得られた溶液に７０〜８０℃程度の温度条件下で担体等を概ね２〜３時間程度浸漬した後、これを取り出して水洗し、さらに、１００〜１２０℃程度で約４〜５時間加熱乾燥する。乾燥後、適当な溶媒中に浸し、カルボジイミド樹脂を加え３０〜１７０℃程度の温度条件下で１２時間程度攪拌し、洗浄すればよい。また、上記３−アミノプロピルトリエトキシシランのアミノ基と窒素イペリット基の核酸結合基以外の官能基を適当な溶媒を用いて反応させ、ガラス製担体の表面に窒素イペリット基を導入することもできる。
【００６３】
また、ガラス製担体にアミノ基以外場合や、担体がガラス以外の材料からなる場合においても、上記担体の説明で挙げた各種材料表面に種々の官能基を導入することは、従来より一般的に行われていることであり、その方法も公知であるので、このような公知の方法を用いて担体等の表面への官能基の導入を行うことができる。
【００６４】
さらに、上記で挙げたプラスチック製担体の中には、担体表面に既に上記のような官能基を有するものも有り、この場合には担体等表面に官能基を導入することなしに、これをそのまま担体等の製造に用いることも可能である。また、このようなプラスチック製担体等であってもさらに官能基を導入して上記担体等の製造に用いることも可能である。
【００６５】
また、上記担体や固定化相の材料に公知の光重合開始剤を混合することもできる。光重合開始剤を混合することによって、紫外線等の電磁波の照射による核酸の固定化の際の反応性が向上し得る。
【００６６】
（プローブセットの使用方法）
本プローブセットの使用方法は、本プローブセットを用いてハイブリダイゼーションを実施するハイブリダイゼーション工程と、前記ハイブリダイゼーション工程で得られたハイブリダイズ産物を検出する工程と、を備える、検出対象を検出する方法とすることできる。本プローブセットは、特異的ハイブリダイゼーションを迅速に実現できるため、迅速に検出対象を同定又は検出することができる。
【００６７】
本明細書に開示される使用方法は、本プローブセットを用いる限り特に限定されない。本発明方法において、検出とは、検出対象に対して予め本プローブセット（識別用プローブセット）を提供しておき、検出対象を、プローブ（識別用プローブ）中の特定塩基配列（識別用塩基配列）で識別しておく。そして、こうした検出対象に対してこれらの検出用プローブセットのプローブの識別用塩基配列に相補的な塩基配列を有する検出用プローブセット（これも本プローブセットである。）とのハイブリダイゼーションを実施し、検出対象を同定することのほか、真贋、改変、劣化等を検出又は識別することを含んでいる。本方法は、検出対象の管理、監視、認証、同定、追跡等の方法としても利用できる。以下、まずこの実施形態について説明する。
【００６８】
本使用方法は、ハイブリダイゼーション工程と、検出工程と、を備えることができる。
【００６９】
（ハイブリダイゼーション工程）
ハイブリダイゼーション工程は、検出対象に付与された識別用プローブセットと、このプローブに含まれる識別用塩基配列と相補的な塩基配列を有する１又は２以上の検出用プローブを含む検出用プローブセットとのハイブリダイゼーションを実施する工程とすることができる。ハイブリダイゼーション工程において、検出対象が予め関連付けられた識別用プローブを備えているとき、検出対象上の識別用プローブと検出用プローブとがハイブリダイズ産物を形成することができる。検出用プローブセットは、検出対象に予め付与した識別用塩基配列に対応するプローブだけを供給してもよいし、ユニバーサルに多くの検出対象に適用可能に組成したプローブを供給してもよい。
【００７０】
検出用プローブは、標識されていることが好ましい。標識としては従来公知のものを適宜選択して用いることができる。それ自体励起されると蛍光シグナルを発する蛍光物質などの各種色素であってもよいし、さらに酵素反応や抗原抗体反応により第２成分と組み合わせて各種シグナルを発する物質であってもよい。典型的には、Ｃｙ３、Alexa555、Ｃｙ５、Alexa647等の蛍光標識物質を用いることができる。また、ビオチンとストレプトアビイジンＨＰＲとを組み合わせて基質による処理等による発色による検出を用いてもよい。
【００７１】
ハイブリダイゼーション工程の条件は特に限定しない。通常のハイブリダイズ媒体を用いることができる。また、適度な温度に設定することができる。本方法においては、ハイブリダイゼーション時間を１５分以下とすることができる。また、好ましくは１０分以下とすることもでき、さらに５分以下とすることもできる。
【００７２】
なお、ハイブリダイゼーション工程に際しては、アレイを検出対象から分離してもよい。分離可能な固定化手段によりアレイが検出対象に固定化されている場合には、検出対象とから分離した状態でハイブリダイゼーション工程を実施できる。また、可能な場合には、検出対象上でハイブリダイゼーション工程を実施してもよい。例えば、本アレイ上に、ハイブリダイゼーション用のキャビティを備える場合が挙げられる。
【００７３】
後段の検出工程に先立って、過剰のプローブを洗浄除去することが好ましい。識別用プローブは担体に固定化されているため、余分なプローブを洗浄しても、ハイブリダイズ産物は、担体上に保持される。
【００７４】
（検出工程）
検出工程は、ハイブリダイゼーション工程のハイブリダイズ産物を検出する工程とすることができる。ハイブリダイゼーション産物を検出することにより、検出対象を検出・同定できる。検出工程におけるハイブリダイズ産物の検出方法は特に限定されない。連結分子が標識を有する場合には、その標識を検出すればよい。また、電気的な検出方法などにより、二重鎖を検出してもよい。
【００７５】
ハイブリダイズ産物が検出されたとき、検出対象が識別、同定される。すなわち、検出対象の同一性が判定されるため、改ざんされていないこと、置換されていないこと、損なわれていないことなどが判定できる。また、ハイブリダイズ産物が検出されないとき、検出対象の不存在ないし検出対象の非同一と判定される。すなわち、検出対象は失われたか、改ざんされたか、損なわれたかなどと判定される。
【００７６】
検出工程に要する時間は、特に限定しないが、1秒以上１時間以下とすることできる。本方法においては、例えば、特定の識別用塩基配列を用いるため、一般的な検出温度(５０℃〜７０℃)と比べ４０℃以下（例えば３７℃程度）でハイブリダイズ及び検出が可能であるため、検出工程の迅速化も可能となっている。より好ましくは1秒以上５分以下であり、さらに好ましくは１秒以上１分以下である。
【００７７】
また、本明細書において検出とは、生物体の核酸等において存在する可能性のある塩基配列（標的配列）を、ハイブリダイゼーション反応とリガーゼ反応を用いて、本プローブセットのプローブに関連付けられた塩基配列（特定塩基配列と同一又は相補的な塩基配列）を有するリガーゼ産物を媒介物として、本プローブセットとのハイブリダイゼーションを実施し、検出対象を検出することを含んでいる。この種の方法は、非特許文献２、特許文献１のほか、特開２００９−２３２７７８号公報、特開２００９−２４号公報、を参照して実施することができる。
【００７８】
すなわち、例えば、特許文献１によれば、試料中の１種又は２種以上の標的核酸中の多型又は変異を検出する方法に、本プローブセットを構成するプローブをキャプチャープローブとして用いることができる。また、特開２００９−２３２７７８号公報に記載の標的核酸中の変異を検出する方法に、本プローブセットを構成するプローブをキャプチャープローブとして用いることができる。さらに、特開２００９−２４号公報に記載の標的核酸中の変異の検出方法において、本プローブセットを構成するプローブをキャプチャープローブとして用いることができる。
【００７９】
なお、この種の方法において、「核酸」とは、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、全ＲＮＡ、ｈｎＲＮＡおよび合成ＲＮＡを含む全てのＤＮＡおよびＲＮＡが含まれる。
【００８０】
なお、標的核酸とは、標的配列を有する核酸であり、標的配列とは、例えば、体質、遺伝病、癌などの特定疾患についての発症、疾患診断、治療予後、薬剤や治療の選択などのヒト、非ヒト動物などの生物における遺伝子上の指標となる塩基配列が挙げられる。典型的には、ＳＮＰなどの多型や先天的又は後天的変異が挙げられる。また、病原菌やウイルスなどの微生物由来の塩基配列も標的配列に含まれる。
【実施例】
【００８１】
以下、本発明を実施例を挙げて具体的に説明するが、以下の実施例は本発明を説明するものであって、本発明の範囲を限定するものではない。
【実施例１】
【００８２】
（１）サンプル検出用DNAマイクロアレイの作製
ガラス基板（東洋鋼鈑社製geneslide）に、5’末端をアミノ基で修飾した合成オリゴDNA（シグマ アルドリッチ ジャパン株式会社製）を溶かした水溶液をキャプチャープローブとして、日本ガイシ株式会社製GENESHOT（登録商標）スポッターを用いてスポットした。使用した合成オリゴDNA配列は、文献（Analytical Biochemistry 364(2007)78-85）のSupplementary Table1記載のD1-1からD1-100（表１０）の100種すべて（第１のプローブセット）、D1-001からD1-100のうち表１１に示す５２種（第２のプローブセット）及び表１２に示す４８種（第３のプローブセット）の３セットとして、これらのセットをそれぞれ固定化したアレイを作製した。スポットの後、８０℃、1時間のベークを行った。【００８３】
【表１０】
2012173015.tif 000012
【００８４】
【表１１】
2012173015.tif 000013
【００８５】
【表１２】
2012173015.tif 000014
【００８６】
さらに、以下に記載した手順で、プローブの固定化を行った。すなわち、2×SSC/0.2％SDSで１５分洗浄後、９５℃の2×SSC/0.2％SDSで５分間洗浄し、さらに滅菌水を用いて１０回以上、上下振とうさせる洗浄を３回行った後、１０００ｒｐｍ、３分で遠心して液切りした。【００８７】
（２）ＤＮＡマイクロアレイを用いた検出
次に、３種のＤＮＡマイクロアレイ上のプローブセットの各プローブ配列に相補な塩基配列を表１３から選択し、こうした相補的塩基配列を有し、蛍光色素修飾されたサンプルＤＮＡのセットを準備した。３種のＤＮＡマイクロアレイに対して、対応する３種のサンプルＤＮＡセットを用いて、ハイブリダイゼーション反応性を評価した。反応操作及びその検出手順は以下の通りとした。【００８８】
【表１３】
2012173015.tif 000015
【００８９】
まず、ハイブリダイゼーション用の標識済みのＤＮＡサンプル溶液を以下のようにして調製した。
（ハイブリダイズ用標識サンプルＤＮＡ溶液の調製）
サンプルＤＮＡ溶液    9.0 μｌ
ハイブリダイズ用溶液  9.0 μｌ
合計                 18.0 μｌ【００９０】
なお、サンプルＤＮＡ溶液（各２μＭ）の組成は、以下の通りとした。
Alexa555-rD1-001〜100の100種(各１ｍＭ)      各２μｌ×100
TE                                                800 μｌ
1000 μｌ
【００９１】
また、ハイブリダイズ用溶液の組成は以下の通りとした。
20×SSC            2.0 ml
10％SDS            0.8 ml
100％Formamide    12.0 ml
100 mM EDTA        0.8 ml
ミリＱ水          24.4 ml
40.0 ml
【００９２】
ＤＮＡマイクロアレイとサンプルＤＮＡセットとのハイブリダイゼーションは以下のようにして行った。まず、調製した標識ＤＮＡサンプル溶液を、ヒートブロック(TAITEC社DTU-N）を使用し、９０℃で１分加熱した後、さらに８０℃で１分加熱した。次いで、上記サンプル溶液を各９μｌずつ、ＤＮＡマイクロアレイのスポットエリアにかけ、乾燥防止のため容器に密閉し、２３℃で１５秒、３０秒、１分、２分、４分、１５分、１時間それぞれの時間で静置にて反応させることによりハイブリダイゼーションを実施した。【００９３】
所定時間のハイブリダイゼーション後、以下の組成の洗浄液が入ったガラス染色バットに、ハイブリダイゼーション後のガラス基板を浸漬し、５分間上下振とうした。その後、滅菌水を入れたガラス染色バットにガラス基板を移し、1分間上下振とうした。さらに、２０００ｒｐｍで１分間遠心乾燥し、ガラス基板表面に残った水分を除去した。【００９４】
（洗浄液の組成）
ミリＱ水            188.0 ml
20×SSC              10.0 ml
10％SDS               2.0 ml
合計                200.0 ml【００９５】
スキャナーによる蛍光検出は以下のようにして行った。すなわち、Molecular Devices GenePix4000Bを使用して適宜測定条件を調節し、蛍光画像を取得した。さらにGenePix Proを使用し、得られた画像の蛍光シグナルの数値化を行った。さらに、３種のＤＮＡマイクロアレイによるハイブリダイゼーションにおいて、それぞれ１時間のハイブリダイゼーション後の各プローブから得られた蛍光強度を１００とした時の、反応時間毎、プローブ毎の相対値（ハイブリッド形成率）をプロットした。３種のアレイについての結果を図１〜図７に示す。図１〜３には、１００個のプローブからなる第１のプローブセットのＤＮＡマイクロアレイについての結果を示し、図４及び図５には、５２個のプローブからなる第２のプローブセットのＤＮＡマイクロアレイにいての結果を示し、図６及び図７には、４８個のプローブからなる第３のプローブセットのＤＮＡマイクロアレイにいての結果を示す。【００９６】
図１〜図３の結果から、反応直後（１５秒）の反応性及び１５分後（９００秒後）の反応性に関し、プローブ間で顕著な差が見られることが確認された。【００９７】
図４及び図５に示す第２のプローブセットを固定化したアレイの結果及び図６及び図７に示す第３のプローブセットを固定化したアレイの結果が示すように、第２のプローブセットと第３のプローブセットの間においては、反応直後（１５秒）の反応性及び１５分後（９００秒後）の反応性に関し、プローブセット間で顕著な差を確認できた。第２のプローブセットを構成するプローブは、いずれも１５秒以内に１時間ハイブリダイゼーション時のハイブリッド形成率の５０％以上となるプローブである。さらに、１５秒以内において５５％以上、より好ましくは６０％以上、さらに好ましくは６５％以上、一層好ましくは７０％以上、より一層好ましくは７５％以上、さらに一層好ましくは８０％以上のハイブリッド形成率のプローブを選択することで、より迅速なハイブリダイゼーションが可能となる。【００９８】
以上のことから、第２のプローブセットから選択されるプローブは、ハイブリダイゼーションを促進して迅速にハイブリダイズ産物を形成できることがわかった。すなわち、こうしたプローブセットから選択されるプローブを用いることで、ハイブリダイゼーション時のプローブ応答性(瞬時)および短時間での反応完結性の高いアレイを得ることが可能となった。【００９９】
以上の検討結果から、例えば、以下の１０種のプローブが迅速性及び定量性において最も優れるプローブとして選択された。
【表１４】
2012173015.tif 000016
【配列表フリーテキスト】
【０１００】
配列番号１〜２００：プローブ
【図１】
2012173015.tif 000022
【図２】
2012173015.tif 000023
【図４】
2012173015.tif 000024
【図６】
2012173015.tif 000025
【図３】
2012173015.tif 000026
【図５】
2012173015.tif 000027
【図７】
2012173015.tif 000028
【配列表】
2012173015000001.app
【国際調査報告】
2012173015.tif 000029
2012173015.tif 000030