(57)【要約】子宮体がんに対する感受性に関連したＤＮＡコピー数多型を示す、１００ｂ前後の塩基配列からなるヒト染色体領域を同定し、かかるＤＮＡコピー数多型の増減を基にした子宮体がん発症感受性の判定方法を提供することを課題とする。まず、末梢血由来のマイクロアレイを用いて、子宮体がんに特徴的なＤＮＡコピー数多型を示す染色体領域をスクリーニングにより単離する。続いて、かかるスクリーニングにより単離した染色体領域だけでなく、マイクロアレイでカバーされていない染色体領域を含めた、膨大な数の染色体領域の中から、子宮体がんに対する感受性に関連した、配列番号1〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡを同定する。そして、かかる配列番号1〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡのコピー数減少を検出することにより、子宮体がん発症感受性を判定することができる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡのコピー数減少を検出することを特徴とする子宮体がん発症感受性の判定方法。
【請求項２】
配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡから２つ以上を選択し、判別分析を行うことを特徴とする請求項１記載の判定方法。
【請求項３】
配列番号２、配列番号３、及び配列番号６で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡを選択することを特徴とする請求項２記載の判定方法。
【請求項４】
ＤＮＡのコピー数減少を定量ＰＣＲ法によって検出することを特徴とする請求項１〜３のいずれか記載の判定方法。
【請求項５】
配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡのコピー数減少を検出するための、プライマーセット若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えることを特徴とする子宮体がん発症感受性の判定用キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、子宮体がん発症感受性を判定する方法や、判定用キットに関する。
【背景技術】
【０００２】
我が国では死亡原因の第一位はがんであり、その対策は国民の健康という観点から最重要課題となっている。がんの死亡率を低下させる基本的な解決法は、がんに罹患しないことであり、「がんの発症予防及びがんの早期発見」が重要であるといわれているが、がん発症感受性（がんになりやすい体質）の判定方法が十分確立されていないため、がんの発症予防（一次予防）より早期発見（二次予防）に重点をおいた診断及び治療が行われているのが現状である。このため、各人の各種がん発症感受性を予め判定することができれば、「生活習慣や生活環境」等の改善を含めた効果的ながんの発症予防ができるだけでなく、現行のがん検診を効率的かつ効果的に実施することができ、受診率の向上にも繋がることが期待される。【０００３】
子宮体がんは世界的に女性の生殖器によく見られる悪性腫瘍の一つであり、２００４年においては１９９，０００の新規発症例と５５，０００人の死亡例が報告されている（非特許文献１）。また、日本においても子宮体がんの発症率及び死亡率は年々増加傾向にあり、２００９年の日本における罹患数は８，１８９例とされている。【０００４】
子宮体がんにおける一般的な症状として不正性器出血が挙げられる。不正性器出血を起こした女性に対する子宮体がんの検査方法としては、子宮内膜細胞診や子宮内膜組織診が標準的な方法として長年用いられている。また、子宮体がんになると子宮内膜の厚みが増すことが知られており、かかる子宮内膜の厚みを検査する方法として経膣超音波検査法が報告されている（非特許文献２）。さらに、子宮体がんにおいて、ＳＴＣ２（stanniocalcin 2）、ＭＳＨ２（mutS homolog 2）などの因子が高発現していることが報告されており（特許文献１）、これらを子宮体がんのバイオマーカーとして用いる方法が提案されている。【０００５】
他方、ＤＮＡコピー数多型（ＣＮＰ；copy number polymorphism）は、特定の染色体領域において、ＤＮＡが約１００ｋｂに渡って増幅又は欠失する状態があるとして２００４年に報告され、２００８年にはヒトのゲノムにはＤＮＡコピー数多型は約２０，０００カ所存在することが報告されている。ＤＮＡコピー数多型は、数千塩基対から数百万塩基対の配列のコピー数が、個人によって異なる現象である。遺伝子領域におけるＤＮＡコピー数多型により、通常ヒトの遺伝子は父母それぞれのゲノムに由来するものを１コピーずつ、あわせて２コピー受け継がれるが、個人によっては１細胞あたり、遺伝子が１コピーのみ、あるいは３コピー以上存在することが知られている。様々な薬の効きやすさや副作用の違いといった個人の体質差を生み出す原因として、１塩基多型（ＳＮＰ；Single Nucleotide Polymorphism）に代表される個人間の遺伝子の“塩基配列の違い”が広く知られていたが、最近ＤＮＡコピー数多型は遺伝子の“数の違い”の面から注目されてきている。【０００６】
本発明者らは、ＤＮＡコピー数多型を指標とした子宮体がんや大腸がんの発症感受性の判定方法を報告している（特許文献２）。しかし、かかる報告においては、子宮体がん患者特異的なＤＮＡコピー数多型を示す染色体領域を、ＢＡＣアレイを用いたスクリーニングにより１００ｋｂ前後の塩基配列まで限定しているに過ぎないこと、及び、かかるスクリーニングにより得られた染色体領域を基に、定量ＰＣＲ（Polymerase  Chain  Reaction）法を用いて特定したＬＯＣ４４０５５２遺伝子領域は、後の解析によりミトコンドリアＤＮＡ由来のものであることが判明していることから、未だに子宮体がんに対する感受性に関連したＤＮＡコピー数多型を示す、数十〜数百ｂの塩基配列からなるヒト染色体領域を特定するに至っていなかった。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
【特許文献１】特開２０１２−２１９４３号公報
【特許文献２】特開２００８−４８６６８号公報
【非特許文献】
【０００８】
【非特許文献１】The global burden of disease：2004update、World Health Organization、2008
【非特許文献２】Smith, R. A. et al., CA Cancer J Clin 51: 38-75 (2001)
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
本発明の課題は、子宮体がんに対する感受性に関連したＤＮＡコピー数多型を示す、１００ｂ前後の塩基配列からなるヒト染色体領域を同定し、かかるＤＮＡコピー数多型の増減を基にした子宮体がん発症感受性の判定方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明者らは、末梢血由来のマイクロアレイを用いて、子宮体がんに特徴的なＤＮＡコピー数多型を示す染色体領域１５９箇所をスクリーニングにより得た。続いて、かかる１５９の領域だけでなく、マイクロアレイでカバーされていない領域を含めた膨大な数の染色体領域の中から、子宮体がんに特徴的なＤＮＡコピー数多型を示す、１００ｂ前後の塩基配列からなるヒト染色体領域を、長年の経験と勘に頼りながら探索したところ、子宮体がん患者において、配列番号１〜７のいずれかで示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡのコピー数が、健常者と比べ有意に減少していることを見いだし、本発明を完成するに至った。【００１１】
すなわち、本発明は、（１）配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡのコピー数減少を検出することを特徴とする子宮体がん発症感受性の判定方法や、（２）配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡから２つ以上を選択し、判別分析を行うことを特徴とする上記（１）記載の判定方法や、（３）配列番号２、配列番号３、及び配列番号６で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡを選択することを特徴とする上記（２）記載の判定方法や、（４）ＤＮＡのコピー数減少を定量ＰＣＲ法によって検出することを特徴とする上記（１）〜（３）のいずれか記載の判定方法に関する。【００１２】
上記本発明の判定方法には医師による診断行為は含まれず、また本発明のその他の態様としては、子宮体がん発症感受性を判定するためのデータを収集する方法や、子宮体がん治療の予後を予測するためのデータを収集する方法を挙げることができる。【００１３】
また、本発明は、（５）配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡのコピー数減少を検出するための、プライマーセット若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えることを特徴とする子宮体がん発症感受性の判定用キットに関する。
【発明の効果】
【００１４】
本発明により、子宮体がん特異的なＤＮＡコピー数多型を示す染色体領域のＤＮＡコピー数を検出することにより、子宮体がんになりやすい体質（子宮体がん発症感受性［子宮体がん発症リスク］）を判定することができる。特許文献２によると、子宮体がん特異的なＤＮＡコピー数多型を示す染色体領域は、１００ｋｂ前後の塩基長からなる巨大な長さのものであるため、かかる領域を検出する場合、費用対効果や時間対効果の面でネックとなるマイクロアレイ法に限られるのに対し、本発明によると、子宮体がん特異的なＤＮＡコピー数多型を示す染色体領域は、７５ｂ〜１１１ｂの塩基長からなる短い長さのものであるため、かかる領域を検出する場合、費用対効果や時間対効果に加えて、感度及び簡便性の面でも優れている定量ＰＣＲ法を用いることができる。
【図面の簡単な説明】
【００１５】
【図１】健常者群（Control）と子宮体がん患者群（EM ca）において、プライマー・プローブセット（Ｈｓ０３６２２８２９＿ｃｎ）を用いた定量ＰＣＲ法によるＤＮＡコピー数の検出結果を示す図である。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。点線は、カットオフ値を示す。○は各症例でのコピー数を示す。
【図２】健常者群（Control）と子宮体がん患者群（EM ca）において、プライマー・プローブセット（Ｈｓ０６８３４５３８＿ｃｎ）を用いた定量ＰＣＲ法によるＤＮＡコピー数の検出結果を示す図である。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。点線は、カットオフ値を示す。○は各症例でのコピー数を示す。
【図３】健常者群（Control）と子宮体がん患者群（EM ca）において、プライマー・プローブセット（Ｈｓ０７０５４２３２＿ｃｎ）を用いた定量ＰＣＲ法によるＤＮＡコピー数の検出結果を示す図である。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。点線は、カットオフ値を示す。○は各症例でのコピー数を示す。
【図４】健常者群（Control）と子宮体がん患者群（EM ca）において、プライマー・プローブセット（Ｈｓ０７４５２４９１＿ｃｎ）を用いた定量ＰＣＲ法によるＤＮＡコピー数の検出結果を示す図である。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。点線は、カットオフ値を示す。○は各症例でのコピー数を示す。
【図５】健常者群（Control）と子宮体がん患者群（EM ca）において、プライマー・プローブセット（Ｈｓ０５３８６１３１＿ｃｎ）を用いた定量ＰＣＲ法によるＤＮＡコピー数の検出結果を示す図である。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。点線は、カットオフ値を示す。○は各症例でのコピー数を示す。
【図６】健常者群（Control）と子宮体がん患者群（EM ca）において、プライマー・プローブセット（Ｈｓ０７１３７１１２＿ｃｎ）を用いた定量ＰＣＲ法によるＤＮＡコピー数の検出結果を示す図である。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。点線は、カットオフ値を示す。○は各症例でのコピー数を示す。
【図７】健常者群（Control）と子宮体がん患者群（EM ca）において、プライマー・プローブセット（Ｈｓ０２２９１１３１＿ｃｎ）を用いた定量ＰＣＲ法によるＤＮＡコピー数の検出結果を示す図である。横棒はそれぞれの群での平均値を表す。点線は、カットオフ値を示す。○は各症例でのコピー数を示す。
【図８】図２、３及び６で得られた結果を基に、判別分析を行った結果を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１６】
本発明の子宮体がん発症感受性の判定方法としては、７５ｂ〜１１１ｂの塩基長の、配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡのコピー数減少を検出する方法（但し、医師による診断行為を除く。）であれば特に制限されず、また、本発明の子宮体がん発症感受性の判定用キットとしては、７５ｂ〜１１１ｂの塩基長の、配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡのコピー数減少を検出するための、プライマーセット若しくはプローブ、又はそれらの標識物を備えるキットであれば特に制限されず、ここで「ＤＮＡのコピー数減少」とは、判定対象の特定の染色体領域におけるＤＮＡのコピー数が、健常者と比べ、減少している状態のことをいい、「ＤＮＡのコピー数減少を検出する」とは、ＤＮＡコピー数の減少の程度及びＤＮＡコピー数減少の頻度を検出することをいい、「ＤＮＡのコピー数減少」の中には「遺伝子のコピー数減少」も含まれる。
【００１７】
本発明の配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡは、「ＮＣＢＩ；Feb 2009 human reference sequence（ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９）」のヒト染色体位置情報に基づいた領域として特定することもでき、具体的に配列番号１で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡは、７ｐ２２．３  （１，２７５，５３２−１，２７５，６４１）として、配列番号２で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡは、９ｑ２２．３２  （９８，２７７，５０４−９８，２７７，５９５）として、配列番号３で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡは、１４ｑ２２．１  （５１，２９６，２１０−５１，２９６，３２０）として、配列番号４で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡは、１５ｑ２２．２  （５９，７３２，２５３−５９，７３２，３４２）として、配列番号５で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡは、１５ｑ２６．１  （９３，６３１，１００−９３，６３１，１７４）として、配列番号６で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡは、１９ｑ１２  （３０，４３７，０５４−３０，４３７，１５５）として、配列番号７で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡは、２１ｑ２２．１３  （３８，１２２，０２０−３８，１２２，１２９）として、それぞれ特定することができる。また、かかるヒト染色体位置情報が、バージョンの更新等により変更があった場合には、対応する染色体領域を適宜選択することができる。
【００１８】
上記ＤＮＡのコピー数減少を検出する方法としては、ヒト血液又はヒト組織を検出試料として用い、例えばマイクロアレイ法、定量ＰＣＲ法、ＬＡＭＰ（Loop-Mediated  Isothermal  Amplification）法、ＦＩＳＨ（Fluorescence  in  situ  hybridization）法、ＳＭＡＰ（Smart  Amplification  Process）法等により検出する方法を挙げることができるが、ハイスループットで検出する場合、マイクロアレイ法が好ましく、ＤＮＡコピー数の減少を高精度に検出する場合、定量ＰＣＲ法が好ましい。
【００１９】
上記マイクロアレイ法に用いられるマイクロアレイ（マイクロチップ）は、ヒト染色体断片からなるプローブが支持体上の定められた領域に固定されているマイクロアレイ（マイクロチップ）であり、マイクロアレイ（マイクロチップ）の支持体としては、ハイブリダイゼーションに使用可能なものであればよく、例えばガラス、シリコン、プラスチックなどの基板や、ニトロセルロース膜、ナイロン膜等を好適に用いることができる。かかるマイクロアレイ（マイクロチップ）は、当業者に公知の任意の方法で製造することができるが、市販品を用いることもできる。例えば、Roche社製の２．１Ｍ  Ａｒｒａｙ（登録商標）、Macrogen社製のＭＡＣ  Ａｒｒａｙ（登録商標）、SPECTRAL GENOMICS社製のＳｐｅｃｔｒａｌＣｈｉｐ（登録商標）等の市販品を挙げることができ、これらの中でもRoche社の２．１Ｍ  Ａｒｒａｙを好適に例示することができる。
【００２０】
上記ハイブリダイゼーションとしては、例えばＣｙ−３、Ｃｙ−５等の蛍光物質であらかじめ標識した染色体ＤＮＡと、マイクロアレイ（マイクロチップ）表面上に固定されたプローブとが、ハイブリダイゼーションできればよく、ハイブリダイゼーションの条件は、モレキュラー・クローニング  ア・ラボラトリーマニュアル（Molecular  cloning  A  laboratory  manual）、第２版、第９．５２−９．５５頁（１９８９）等から適宜選択することができる。
【００２１】
上記定量ＰＣＲ法としては、例えば競合的ＰＣＲ法、リアルタイムＰＣＲ法等を挙げることができるが、汎用性に優れていることからリアルタイムＰＣＲ法が好ましい。リアルタイムＰＣＲ法における増幅されるＤＮＡを検出する方法としては、蛍光色素を結合させたプローブ（ＴａｑＭａｎプローブ）を用いたＴａｑＭａｎ法（特許第２８２５９７６号）や、ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ Ｉなどのインターカレーターを用いたインターカレーター法等を挙げることができるが、プライマーによる特異性にプローブによる特異性が加わり特異性がより高いため、ＴａｑＭａｎ法が好ましい。リアルタイムＰＣＲ法は、通常のサーマルサイクラー及び分光蛍光光度計が一体化されたリアルタイムＰＣＲ専用装置を用いて実施することができる。
【００２２】
本発明の子宮体がん発症感受性の判定方法において、ＤＮＡのコピー数減少を定量ＰＣＲ法によって検出するためのプライマーセットとしては、検出する染色体領域を増幅できるプライマーセットであれば、プライマー配列の長さ、ヒト染色体領域とアニーリングする部位等は、ＤＮＡの増幅効率や特異性を考慮して適宜選択することができる。本発明の配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡのコピー数減少を検出するために、例えば、ＤＮＡを増幅するプライマーセットとＴａｑＭａｎ法による検出プローブとがセットになった、Applied  Biosystems社製のプライマー・プローブセットを、Applied  Biosystems社のホームページ（http://www5.appliedbiosystems.com/tools/cnv/）等から製品番号を検索し、注文することにより入手することができ、配列番号１で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡを検出するプライマー・プローブセットとして「Ｈｓ０３６２２８２９＿ｃｎ」を、配列番号２で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡを検出するプライマー・プローブセットとして「Ｈｓ０６８３４５３８＿ｃｎ」を、配列番号３で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡを検出するプライマー・プローブセットとして「Ｈｓ０７０５４２３２＿ｃｎ」を、配列番号４で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡを検出するプライマー・プローブセットとして「Ｈｓ０７４５２４９１＿ｃｎ」を、配列番号５で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡを検出するプライマー・プローブセットとして「Ｈｓ０５３８６１３１＿ｃｎ」を、配列番号６で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡを検出するプライマー・プローブセットとして「Ｈｓ０７１３７１１２＿ｃｎ」を、配列番号７で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡを検出するプライマー・プローブセットとして「Ｈｓ０２２９１１３１＿ｃｎ」を、具体的に挙げることができる。また、配列番号８で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡを検出する内部コントロール用プライマー・プローブセット「RNaseP」を併用することができる。
【００２３】
上記ＬＡＭＰ法としては、特定の遺伝子領域を増幅するための複数のプライマー、鋳型ＤＮＡ、鎖置換型ＤＮＡ合成酵素、ｄＮＴＰ等を混合し、一定温度（６５℃付近）で一定時間反応させ、反応液の濁度により増幅を検出する方法を挙げることができる。
【００２４】
上記ＦＩＳＨ法としては、染色体標本の標的とするゲノム領域に、ハイブリダイズ可能なＤＮＡ配列を有するプローブをＦＩＴＣ（Fluorescein  isothiocyanate）、ＴＲＩＴＣ（Tetramethyl  rhodamin  isothiocyanate）、ＣｙＤｙｅ（登録商標）などの蛍光物質で標識したプローブＤＮＡと、染色体領域とをハイブリダイゼーションさせ、それにより得られる蛍光シグナルの数量を蛍光顕微鏡下で計数する手法を挙げることができる。また、標的とする対象領域と同一染色体上に存在するＤＮＡに対しては、プローブを異なる蛍光で標識し、同時にハイブリダイゼーションを行うと、コピー数異常をより正確に評価することが可能となる。
【００２５】
上記ＳＭＡＰ法としては、特定の遺伝子領域を増幅するための複数のプライマー、鋳型ＤＮＡ、鎖置換型ＤＮＡ合成酵素、ｄＮＴＰ等を混合し、一定温度（６０℃付近）で一定時間反応させ、反応液の蛍光強度により増幅を検出する方法を挙げることができる。
【００２６】
本発明の判定方法の精度を高めるために、配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡから２つ以上の領域を選択し、判別分析を行うことが好ましく、選択する領域の数や種類については、感度（真の子宮体がん患者群において、検査陽性［子宮体がん感受性ありと判別］となる確率）及び特異度（真の健常者群において、検査陰性と判別［子宮体がん感受性なしと判別］できる確率）、及び／又は、陽性的中率（検査陽性者［子宮体がん感受性ありと判別］群において、真の子宮体がんである確率）及び陰性的中率（検査陰性［子宮体がん感受性なしと判別］群において、真の健常者である確率）を考慮して適宜選択することができ、感度及び特異度としては、ともに少なくとも５０％であればよく、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、最も好ましくは少なくとも９０％を挙げることができ、陽性的中率及び陰性的中率は、ともに少なくとも５０％であればよく、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、最も好ましくは少なくとも９０％を挙げることができる。感度（％）は、式「（［真の子宮体がん患者群のうちで検査陽性者の数］／［真の子宮体がん患者数］）ｘ１００」に入力することにより算出することができ、特異度（％）は、式「（［真の健常者群のうちで検査陰性者の数］／［真の健常者数］）×１００」に入力することにより算出することができ、陽性的中率（％）は、式「（［検査陽性者群のうちで真の子宮体がん患者の数］／［検査陽性者数］）×１００」に入力することにより算出することができ、陰性的中率（％）は、式「（［検査陰性者群のうちで真の健常者の数］／［検査陰性者数］）×１００」に入力することにより算出することができる。
【００２７】
また、本発明の判定方法において、選択するＤＮＡとしては、少なくとも配列番号２で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡが含まれていることが好ましく、選択する領域の中に、配列番号２で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡが含まれる場合の具体的なＤＮＡの組合せとしては、配列番号２及び配列番号１で示される塩基配列からなる２つのＤＮＡの組合せや、配列番号２及び配列番号３で示される塩基配列からなる２つのＤＮＡの組合せや、配列番号２及び配列番号４で示される塩基配列からなる２つのＤＮＡの組合せや、配列番号２及び配列番号５で示される塩基配列からなる２つのＤＮＡの組合せや、配列番号２及び配列番号６で示される塩基配列からなる２つのＤＮＡの組合せや、配列番号２及び配列番号７で示される塩基配列からなる２つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１及び配列番号３で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１及び配列番号４で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１及び配列番号５で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１及び配列番号６で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１及び配列番号７で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号３及び配列番号４で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号３及び配列番号５で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号３及び配列番号６で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号３及び配列番号７で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号４及び配列番号５で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号４及び配列番号６で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号４及び配列番号７で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号５及び配列番号６で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号５及び配列番号７で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号６及び配列番号７で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３及び配列番号４で示される塩基配列からなる４つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３及び配列番号５で示される塩基配列からなる４つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３及び配列番号６で示される塩基配列からなる４つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３及び配列番号７で示される塩基配列からなる４つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号３、配列番号４及び配列番号５で示される塩基配列からなる４つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号３、配列番号４及び配列番号６で示される塩基配列からなる４つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号３、配列番号４及び配列番号７で示される塩基配列からなる４つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号３、配列番号５及び配列番号６で示される塩基配列からなる４つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号３、配列番号５及び配列番号７で示される塩基配列からなる４つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号３、配列番号６及び配列番号７で示される塩基配列からなる４つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３、配列番号４及び配列番号５で示される塩基配列からなる５つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３、配列番号４及び配列番号６で示される塩基配列からなる５つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３、配列番号４及び配列番号７で示される塩基配列からなる５つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３、配列番号５及び配列番号６で示される塩基配列からなる５つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３、配列番号５及び配列番号７で示される塩基配列からなる５つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３、配列番号６及び配列番号７で示される塩基配列からなる５つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５及び配列番号６で示される塩基配列からなる６つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５及び配列番号７で示される塩基配列からなる６つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６及び配列番号７で示される塩基配列からなる６つのＤＮＡの組合せや、配列番号２、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６及び配列番号７で示される塩基配列からなる７つのＤＮＡの組合せを挙げることができ、これらの中でも、配列番号２、配列番号３及び配列番号６で示される塩基配列からなる３つのＤＮＡの組合せが好ましい。
【００２８】
上記判別分析としては、予めどのサンプル（検出試料）がどの群（健常者群又は子宮体がん患者群）に属すのかというデータをもとに、どの群に属すのかわからないサンプルがどの群に属すのかを判別する関数（判別関数）を求める手法であれば制限されず、判別関数のうち、線形判別関数として、例えば超平面・直線による判別関数等を挙げることができ、非線形判別関数として、例えば超曲面・曲線によるマハラノビス氾距離による判別関数等を挙げることができる。
【００２９】
判定対象と対照となる健常者における、本発明の配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡのコピー数をそれぞれ検出し、両ＤＮＡのコピー数を比較して、判定対象にＤＮＡのコピー数減少が有意に認められた場合、判定対象の子宮体がん発症感受性（子宮体がん発症リスク）が高いと判定することができる。なお、本発明における、子宮体がん発症感受性を判定するためのデータを収集する方法や子宮体がん治療の予後を予測するためのデータを収集する方法には、判定対象と対照となる健常者のＤＮＡコピー数の検出結果をデータとして収集する工程が含まれる。
【００３０】
本発明の子宮体がん発症感受性の判定用キットにおけるプライマーセットとしては、本発明の配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡの上流及び下流の配列の一部とアニーリングしうる相補的なプライマーセットであれば、プライマー配列の長さ、該ヒト染色体領域とアニーリングする部位、増幅するＤＮＡの長さ等は、ＤＮＡの増幅効率や特異性を考慮して適宜選択することができる。また、上記判定用キットには、配列番号８で示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡを検出する内部コントロール用プライマー・プローブセット「RNaseP」を含めることができる。
【００３１】
本発明の子宮体がん発症感受性の判定用キットにおけるプローブとしては、本発明の配列番号１〜７のいずれかに示される塩基配列からなるヒト染色体領域におけるＤＮＡの全部又は一部がハイブリダイゼーションするプローブであればよい。上記プローブの標識としては、例えばビオチン、蛍光、３２Ｐ等を挙げることができる。
【００３２】
以下、実施例により本発明をより具体的に説明するが、本発明の技術的範囲はこれらの例示に限定されるものではない。
【実施例１】
【００３３】
１．マイクロアレイによる子宮体がん発症感受性に関わるＤＮＡコピー数多型領域のスクリーニング
１−１  材料
〔１〕２０名の健常女性末梢血より抽出したＤＮＡ２０検体（健常者群）
〔２〕２０名の孤発性子宮体がん患者末梢血より抽出したＤＮＡ２０検体（子宮体がん患者群）
〔３〕２０名の健常女性末梢血より抽出したＤＮＡを１本のチューブにまとめたプールＤＮＡ（リファレンスＤＮＡ）【００３４】
１−２  方法
１−２−１  ＤＮＡの蛍光標識（Nimblegen Dual-Color DNA Labeling Kit[Roche社]を製品プルトコルに準拠し使用）
あらかじめ、Cy3-Random Nonamer及びCy5-Random Nonamer中に、それぞれRandom Primer Buffer９９８．２５μｌ並びにβメルカプトエタノール１．７５μｌを入れて希釈した。【００３５】
（１）テストＤＮＡの標識
〔１〕２本の０．５ｍｌチューブを用意し、各チューブ内に、テストＤＮＡ１μｇ（子宮体がん患者あるいは健常女性末梢血由来ＤＮＡ）、希釈済みCy-3-Random Nonamers  ４０μｌ、及びNuclease-free水を加えて全量８０μｌとした。
〔２〕９８℃１０分インキュベーション後、氷上で２分インキュベーションした。
〔３〕各チューブに以下の試薬類を加えた。
１０ｍＭ  ｄＮＴＰ  Ｍｉｘ  １０μｌ
Nuclease-free水  ８μｌ
５０Ｕ／μｌ  Klenow Fragment  ２μｌ
〔４〕３７℃で一晩インキュベーションした。
〔５〕各チューブにStop Solution（０．５Ｍ  ＥＤＴＡ）１０μｌを加えた。
〔６〕各チューブに５Ｍ  ＮａＣｌ１１．５μｌを加えた。
〔７〕各チューブにイソプロパノール１１０μｌを加えた。
〔８〕２本のチューブ内容物を１本の１．５ｍｌチューブ内にまとめた。
〔９〕よく混ぜた後、室温で１０分間インキュベーションした。
〔１０〕１２，０００ｇで１０分間遠心後、上澄みをピペットで吸って除去した。
〔１１〕各チューブに冷やした８０％エタノール５００μｌを加えて、１２，０００ｇで２分間遠心後、上澄みをピペットで吸って除去した。
〔１２〕遮光下で自然乾燥させＤＮＡをペレット化した。
〔１３〕−２０℃で保存した。【００３６】
（２）リファレンスＤＮＡの標識
〔１〕２本の０．５ｍｌチューブを用意し、各チューブ内に、リファレンスＤＮＡ１μｇ（３０名の健常女性末梢血由来プールＤＮＡ）、希釈済みCy-5-Random Nonamers４０μｌ、及びNuclease-free水を加えて全量８０μｌとした。
〔２〕９８℃１０分インキュベーション後、氷上で２分インキュベーションした。
〔３〕各チューブに以下の試薬を加えた。
１０ｍＭ  ｄＮＴＰ  Ｍｉｘ  １０μｌ
Nuclease-free水  ８μｌ
５０Ｕ／μｌ  Klenow Fragment  ２μｌ
〔４〕３７℃で一晩インキュベーションした。
〔５〕各チューブにStop Solution（０．５Ｍ  ＥＤＴＡ）１０μｌを加えた。
〔６〕各チューブに５Ｍ  ＮａＣｌ１１．５μｌを加えた。
〔７〕各チューブにイソプロパノール１１０μｌを加えた。
〔８〕２本のチューブ内容物を１本の１．５ｍｌチューブ内にまとめた。
〔９〕よく混ぜた後、室温で１０分間インキュベーションした。
〔１０〕１２，０００ｇで１０分間遠心後、上澄みをピペットで吸って除去した。
〔１１〕各チューブに冷やした８０％エタノール５００μｌを加えて、１２，０００ｇで２分間遠心後、上澄みをピペットで吸って除去した。
〔１２〕遮光下で自然乾燥させＤＮＡをペレット化した。
〔１３〕−２０℃で保存した。【００３７】
１−２−２  ハイブリダイゼーション
〔１〕各ペレットに２０μｌの精製水を加えて２０分間静置後、ボルテックスをかけた。
〔２〕ＤＮＡ濃度を測定した。
〔３〕０．５ｍｌチューブ内に、蛍光標識されたテストＤＮＡ  ３４μｇ、蛍光標識されたリファレンスＤＮＡ  ３４μｇ、及び精製水を加えて全量を１２．３μｌとした。
〔４〕NimbleGen Hybridization Kit（Roche社製）の以下の試薬を０．５ｍｌチューブ内に入れた。
2X Hybridization Buffer  ２９．５μｌ
Hybridization Component  A  １１．８μｌ
Alignment Oligo  １．２μl
〔５〕〔３〕の溶液中に、〔４〕の溶液３１．７μｌを加えた。
〔６〕９５℃５分インキュベーションの後、４２℃で５分以上インキュベーションした。
〔７〕２．１Ｍ  array（Roche社製）にNimblegen HX1 Mixer（Roche社製）をセットし、４２℃のヒートブロック上に静置した。
〔８〕〔５〕の溶液４１μｌを２．１Ｍ arrayに注入した。
〔９〕Nimblegen hybridization system（Roche社製）に２．１Ｍ  arrayスライドをセットし、７２時間ハイブリダイゼーションを行った。【００３８】
１−２−３  洗浄（NimbleGen Wash Buffer Kit及びNimbleGen Array Processing Accessories（Roche社製）を使用）
〔１〕洗浄液１、２及び３を作製した。
１）洗浄液１（２セット）
水（ＶＷＲ社製）  ２２５ｍｌ
10X Wash Buffer Ｉ  ２５ｍｌ
１Ｍ  ＤＴＴ  ２５μｌ
２）洗浄液２（１セット）
水（ＶＷＲ社製）２２５ｍｌ
10X Wash Buffer ＩＩ  ２５ｍｌ
１Ｍ  ＤＴＴ  ２５μｌ
３）洗浄液３（１セット）
水（ＶＷＲ社製）  ２２５ｍｌ
10X Wash Buffer ＩＩＩ  ２５ｍｌ
１Ｍ  ＤＴＴ  ２５μｌ
〔２〕４０℃に温めた洗浄液１に２．１Ｍ  arrayを浸し、Nimblegen HX1 Mixerを取り除いた。
〔３〕２．１Ｍ  arrayを洗浄液１中で１０〜１５秒間揺らして、hybridization bufferを除去した。
〔４〕２．１Ｍ  arrayを洗浄液１（室温）中で２分間しっかり揺らして洗浄した。
〔５〕２．１Ｍ  arrayを洗浄液２（室温）中で１分間しっかり揺らして洗浄した。
〔６〕２．１Ｍ  arrayを洗浄液３（室温）中で１５秒間しっかり揺らして洗浄した。
〔７〕遠心器にてスライドを乾燥させた。【００３９】
１−２−４  アレイスライドのスキャニング及びデータ解析
〔１〕マイクロアレイスキャナGenePix 4000B（Axon instruments社製）に２．１Ｍ  arrayをセットしアレイの蛍光スキャニングを行った。
〔２〕取得した蛍光画像ファイルをNimbleScan v2.5ソフトウェア（Roche社製）にて解析を行い、２．１Ｍ  arrayにおける各プローブの蛍光強度情報を得た。
〔３〕Nexus copy numberソフトウェア（version5、BioDiscovery社製）にて健常者及び子宮体がん患者におけるコピー数多型領域を比較し、子宮体がん発症に関わるＣＮＰ領域をスクリーニングした。【００４０】
１−３  結果
子宮体がん患者群と健常者群において、〔１〕いずれかの群におけるコピー数変化の頻度が２５％以上であり〔２〕両群間のコピー数変化頻度に統計学的有意差があった（Ｆｉｓｈｅｒ検定でＰ値が０．０５未満）ＣＮＰ領域を１５９箇所同定した。
【実施例２】
【００４１】
２．定量ＰＣＲによる子宮体がん発症感受性を予測できるＣＮＰの同定
子宮体がん発症感受性を予測できるＣＮＰを同定するために、マイクロアレイ法よりスクリーニングした１５９箇所のＣＮＰ領域や、その近傍の領域を用いて、定量ＰＣＲ法による解析を進めた。なお、コントロールとして、１４番染色体のリボヌクレアーゼＰ（RNase P）（配列番号８）遺伝子領域のコピー数を定量した。【００４２】
２−１  材料
〔１〕：健常女性末梢血より抽出したＤＮＡ５０検体（健常者群）
〔２〕：子宮体がん患者（女性）末梢血より抽出したＤＮＡ４３検体（子宮体がん患者群）
〔３〕：１−１〔３〕の２０名の健常女性末梢血由来プールＤＮＡ（リファレンスＤＮＡ）【００４３】
２−２  方法
〔１〕以下の試薬類を加えた。
５ｎｇ／μｌ  ＤＮＡ  ２μｌ
TaqMan Genotyping Master Mix（Applied Biopsystems社製）  ５μｌ
TaqMan Copy Number Assayプライマー・プローブセット（Applied Biopsystems社製）  ０．５μｌ
TaqMan Copy Number Reference Assay RNase P（Applied Biopsystems社製）  ０．５μｌ
精製水  ２μｌ【００４４】
ＰＣＲプライマー及びプローブはApplied Biosystems社のホームページ（http://www5.appliedbiosystems.com/tools/cnv/）からプレデザイン製品を検索し、使用した。【００４５】
〔２〕定量ＰＣＲ
7900HT FastリアルタイムＰＣＲシステム(Applied Biopsystems社製)を用いて以下の表２に示すＰＣＲ反応を行った。【００４６】
【表１】
2013157215.tif 000002
【００４７】
CopyCallerソフトウェア（Applied Biopsystems社製)にてTaqMan Copy Number Assayプローブ・プライマーセットのコピー数を解析した。リファレンスＤＮＡにおける当該TaqMan Copy Number Assayプローブ・プライマーセットのコピー数を、内部コントロール（ＲＮａｓｅＰ、配列番号８）により補正して、２と仮設定し、テストサンプルにおける相対的コピー数を、同じく内部コントロール（ＲＮａｓｅＰ、配列番号８）により補正して、算出した。【００４８】
〔３〕ＰＣＲ増幅産物の塩基配列の同定
定量ＰＣＲにより増幅したＰＣＲ産物の塩基配列を同定するために、ＰＣＲ産物をｐＧＥＭ（登録商標）−Ｔ  Ｅａｓｙ  ｖｅｃｔｏｒ（プロメガ社製）へクローニングした後、BigDye Terminator Cycle Sequencing Kit（Applied Biosystems社製）を用いて塩基配列検出用サンプルを調製し、ＤＮＡシークエンサーABI PRISM(R) 3100（Applied Biosystems社製）にてＰＣＲ産物の塩基配列を決定した。【００４９】
２−３  結果
子宮体がん発症感受性を予測できる７つの染色体領域（ＵＮＣＸ遺伝子内の７ｐ２２．３  ［１，２７５，５３２−１，２７５，６４１］［配列番号１］、ＰＴＣＨ１遺伝子内の９ｑ２２．３２  ［９８，２７７，５０４−９８，２７７，５９５］［配列番号２］、ＮＩＮ遺伝子内の１４ｑ２２．１  ［５１，２９６，２１０−５１，２９６，３２０］［配列番号３］、ＦＡＭ８１Ａ遺伝子内の１５ｑ２２．２  ［５９，７３２，２５３−５９，７３２，３４２］［配列番号４］、ＲＧＭＡ遺伝子内の１５ｑ２６．１  ［９３，６３１，１００−９３，６３１，１７４］［配列番号５］、Ｃ１９ｏｒｆ２遺伝子内の１９ｑ１２  ［３０，４３７，０５４−３０，４３７，１５５］［配列番号６］及びＳＩＭ２遺伝子内の２１ｑ２２．１３  ［３８，１２２，０２０−３８，１２２，１２９］［配列番号７］）が存在することが明らかとなった。表２には、かかる７つの染色体領域のＮＣＢＩ；Ｆｅｂ．  ２００９  human  reference  sequence（ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９）をベースとした位置情報（表２、「染色体領域」参照）や、塩基配列情報（表２、「塩基配列（５’−３’）参照」）や、増幅に用いたプライマーセット（TaqMan  Copy  Number  Assayプローブ・プライマーセット）（表２、「Copy number Assay ID」、Applied  biosystems社ホームページ〔http://www5.appliedbiosystems.com/tools/cnv/〕参照）を示す。【００５０】
【表２】
2013157215.tif 000003
【００５１】
〔１〕図１及び表３（Ｈｓ０３６２２８２９＿ｃｎ）：プライマー・プローブセット（Ｈｓ０３６２２８２９＿ｃｎ）で増幅される染色体領域（７ｐ２２．３  ［１，２７５，５３２−１，２７５，６４１］）の０．５未満のＤＮＡコピー数は、健常者群では５０例中１２例（２４．０％）であったのに対し、子宮体がん患者群では４３例中４１例（９５．３％）と、子宮体がん患者群において０．５未満のＤＮＡコピー数の頻度が有意に高かった（Ｐ＜０．０００１、オッズ比６４．９、Ｆｉｓｈｅｒ検定）。【００５２】
〔２〕図２及び表３（Ｈｓ０６８３４５３８＿ｃｎ）：プライマー・プローブセット（Ｈｓ０６８３４５３８＿ｃｎ）で増幅される染色体領域（９ｑ２２．３２  ［９８，２７７，５０４−９８，２７７，５９５］）の０．５未満のＤＮＡコピー数は、健常者群では５０例中０例（０．０％）であったのに対し、子宮体がん患者群では４３例中２０例（４６．５％）と、子宮体がん患者群において０．５未満のＤＮＡコピー数の頻度が有意に高かった（Ｐ＜０．０００１、オッズ比８８．１、Ｆｉｓｈｅｒ検定）。【００５３】
〔３〕図３及び表３（Ｈｓ０７０５４２３２＿ｃｎ）：プライマー・プローブセット（Ｈｓ０７０５４２３２＿ｃｎ）で増幅される染色体領域（１４ｑ２２．１  ［５１，２９６，２１０−５１，２９６，３２０］）の１．０未満のＤＮＡコピー数は、健常者群では５０例中２例（４．０％）であったのに対し、子宮体がん患者群では４３例中１７例（３９．５％）と、子宮体がん患者群において１．０未満のＤＮＡコピー数の頻度が有意に高かった（Ｐ＜０．０００１、オッズ比１５．７、Ｆｉｓｈｅｒ検定）。【００５４】
〔４〕図４及び表３（Ｈｓ０７４５２４９１＿ｃｎ）：プライマー・プローブセット（Ｈｓ０７４５２４９１＿ｃｎ）で増幅される染色体領域（１５ｑ２２．２  ［５９，７３２，２５３−５９，７３２，３４２］）の１．５未満のＤＮＡコピー数は、健常者群では５０例中８例（１６．０％）であったのに対し、子宮体がん患者群では４３例中３７例（８６．０％）と、子宮体がん患者群において１．５未満のＤＮＡコピー数の頻度が有意に高かった（Ｐ＜０．０００１、オッズ比３２．４、Ｆｉｓｈｅｒ検定）。【００５５】
〔５〕図５及び表３（Ｈｓ０５３８６１３１＿ｃｎ）：プライマー・プローブセット（Ｈｓ０５３８６１３１＿ｃｎ）で増幅される染色体領域（１５ｑ２６．１  ［９３，６３１，１００−９３，６３１，１７４］）の１．５未満のＤＮＡコピー数は、健常者群では５０例中１８例（３６．０％）であったのに対し、子宮体がん患者群では４３例中３９例（９０．７％）と、子宮体がん患者群において１．５未満のＤＮＡコピー数の頻度が有意に高かった（Ｐ＜０．０００１、オッズ比１７．３、Ｆｉｓｈｅｒ検定）。【００５６】
〔６〕図６及び表３（Ｈｓ０７１３７１１２＿ｃｎ）：プライマー・プローブセット（Ｈｓ０７１３７１１２＿ｃｎ）で増幅される染色体領域（１９ｑ１２  ［３０，４３７，０５４−３０，４３７，１５５］）の１．５未満のＤＮＡコピー数は、健常者群では５０例中６例（１２．０％）であったのに対し、子宮体がん患者群では４３例中３６例（８３．８％）と、子宮体がん患者群において１．５未満のＤＮＡコピー数頻度が有意に高かった（Ｐ＜０．０００１、オッズ比３７．７、Ｆｉｓｈｅｒ検定）。【００５７】
〔７〕図７及び表３（Ｈｓ０２２９１１３１＿ｃｎ）：プライマー・プローブセット（Ｈｓ０２２９１１３１＿ｃｎ）で増幅される染色体領域（２１ｑ２２．１３  ［３８，１２２，０２０−３８，１２２，１２９］）の１．５未満のＤＮＡコピー数は、健常者群では５０例中７例（１４．０％）であったのに対し、子宮体がん患者群では４３例中３５例（８１．４％）と、子宮体がん患者群において１．５未満のＤＮＡコピー数の頻度が有意に高かった（Ｐ＜０．０００１、オッズ比２６．９、Ｆｉｓｈｅｒ検定）。【００５８】
上述した〔１〕〜〔７〕の定量ＰＣＲによる解析結果から、カットオフ値（子宮体がん患者と健常者とを判定するために定める値）を設定することにより、健常者群と比べ子宮体がん患者群の方が、陽性とする子宮体がん患者を有意に判定できた。この結果から、上記７つの染色体領域において、ＤＮＡコピー数多型を有する者を子宮体がん発症感受性が高いと判定することができることが明らかとなった。【００５９】
【表３】
2013157215.tif 000004
【００６０】
子宮体がん発症感受性を予測できる上記７つの染色体領域の中から様々な組合せパターンを選択し、判別分析を行った。図２、３及び６で得られた結果を基に判別分析を行ったところ、線形判別式（Ｙ＝［Ｈｓ０６８３４５３８＿ｃｎコピー数］×(−４．７５７０)＋［Ｈｓ０７０５４２３２＿ｃｎコピー数］×(３．１２０７)＋［Ｈｓ０７１３７１１２＿ｃｎコピー数］×（−４．０４９９）＋（７．４０６４）を用いて、判別得点Ｙを求めることができる。判別得点０以上を子宮体がん発症感受性ありとし、判別得点０未満を子宮体がん発症感受性なしとした場合、真の子宮体がん患者４３名中でこの判別式により「子宮体がん」と判定（判別得点が０点以上）されたのは３９名（感度：９０．７％）であるのに対し、真の健常者５０名中で「子宮体がんではない」と判定（判別得点が０点未満）されたのは４６名（特異度：９２．０％）であった。なお、「Ｈｓ０６８３４５３８＿ｃｎコピー数」とは、プライマー・プローブセット（Ｈｓ０６８３４５３８＿ｃｎ）で増幅される染色体領域のコピー数、すなわち「９ｑ２２．３２  （９８，２７７，５０４−９８，２７７，５９５）」のコピー数のことをいい、「Ｈｓ０７０５４２３２＿ｃｎコピー数」とは、プライマー・プローブセット（Ｈｓ０７０５４２３２＿ｃｎ）で増幅される染色体領域のコピー数、すなわち「１４ｑ２２．１  （５１，２９６，２１０−５１，２９６，３２０）」のコピー数のことをいい、「Ｈｓ０７１３７１１２＿ｃｎコピー数」とは、プライマー・プローブセット（Ｈｓ０７１３７１１２＿ｃｎ）で増幅される染色体領域のコピー数、すなわち「１９ｑ１２  （３０，４３７，０５４−３０，４３７，１５５）」のコピー数のことをいう。以上の結果から、３つの染色体領域（９ｑ２２．３２  ［９８，２７７，５０４−９８，２７７，５９５］、１４ｑ２２．１  ［５１，２９６，２１０−５１，２９６，３２０］、及び１９ｑ１２  ［３０，４３７，０５４−３０，４３７，１５５］）のＤＮＡコピー数を測定した結果を基に判別分析を行うと、感度及び特異度がともに９０％を超えて、また、陽性的中率及び陰性的中率がともに９０％を超えて判別することができることが明らかとなった。さらに、かかる３つの染色体領域の組合せが、感度及び特異度がともに、又は陽性的中率及び陰性的中率がともに９０％を超えて判別できる最小の数の組合せであることも明らかとなった。
【産業上の利用可能性】
【００６１】
本発明は、子宮体がん発症予防や早期発見に必要な定期検診等のがんの検診者の増加が期待される他、早期がんの段階で診断・治療をうける検診者が増えることや、子宮体がんによる死亡率を下げることが期待される。
【図１】
2013157215.tif 000005
【図２】
2013157215.tif 000006
【図３】
2013157215.tif 000007
【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
2013157215.tif 000012
【配列表】
2013157215000001.app
【国際調査報告】
2013157215.tif 000013
2013157215.tif 000014
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