(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
体細胞に、以下の(i)〜(iii)：(i) Oct3/4、Sox2、Klf4及びサイクリンD3
(ii) Oct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc及びサイクリンDファミリーメンバー
(iii) Oct3/4、Sox2、Klf4、L-Myc及びサイクリンDファミリーメンバー
のいずれかのタンパク質又はそれらをコードする核酸の組み合わせを含む因子を接触させることを含む、iPS細胞の製造方法であって、
該サイクリンDファミリーメンバーは、サイクリンD1、T286AサイクリンD1、サイクリンD2又はサイクリンD3である、方法。
【請求項２】
前記サイクリンDファミリーメンバーが、T286AサイクリンD1又はサイクリンD３である、請求項１記載の方法。
【請求項３】
以下の(i)〜(iii)：(i) Oct3/4、Sox2、Klf4及びサイクリンD3
(ii) Oct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc及びサイクリンDファミリーメンバー
(iii) Oct3/4、Sox2、Klf4、L-Myc及びサイクリンDファミリーメンバー
のいずれかのタンパク質又はそれらをコードする核酸の組み合わせを含有してなる、体細胞からのiPS細胞誘導剤。
【請求項４】
前記サイクリンDファミリーメンバーが、T286AサイクリンD1又はサイクリンD３である、請求項３記載の剤。
【請求項５】
下記の工程：
（1）請求項１又は２に記載の方法によりiPS細胞を製造する工程、及び
（2）上記工程（1）で得られたiPS細胞に分化誘導処理を行い、iPS細胞を体細胞に分化させる工程、
を含む、体細胞の製造方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、人工多能性幹細胞（以下、iPS細胞ともいう）の樹立効率の改善方法及びそのための薬剤に関し、より詳細には、体細胞からのiPS細胞の樹立効率を改善する因子［遺伝子又はタンパク質］、及びこれら因子を用いたiPS細胞の樹立効率の改善方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
近年、マウス及びヒトのiPS細胞が相次いで樹立された。Takahashi及びYamanakaは、Fbx15遺伝子座にネオマイシン耐性遺伝子をノックインしたレポーターマウス由来の線維芽細胞に、Oct3/4、Sox2、Klf4及びc-Myc遺伝子を導入し強制発現させることによって、iPS細胞を誘導した［1］。Okitaらは、Fbx15よりも多能性細胞に発現が限局しているNanogの遺伝子座に緑色蛍光タンパク質（GFP）及びピューロマイシン耐性遺伝子を組み込んだトランスジェニックマウスを作製し、該マウス由来の線維芽細胞で上記4遺伝子を強制発現させ、ピューロマイシン耐性かつGFP陽性の細胞を選別することにより、遺伝子発現やエピジェネティック修飾が胚性幹（ES）細胞とほぼ同等のiPS細胞（Nanog iPS細胞）を樹立することに成功した［2］。その後、c-Myc遺伝子を除いた3因子によってもiPS細胞を作製できることが明らかとなった［3］。
【０００３】
さらに、Takahashiらは、ヒトの皮膚由来線維芽細胞にマウスと同様の4遺伝子を導入することにより、iPS細胞を樹立することに成功した［4］。一方、Yuらは、Klf4とc-Mycの代わりにNanogとLin28を使用してヒトiPS細胞を作製した［5］。このように、体細胞に特定因子を導入することにより、ヒト及びマウスで、分化多能性においてES細胞と遜色のないiPS細胞を作製できることが示された。
【０００４】
しかし、iPS細胞の樹立効率は1%以下と低く、特に、iPS細胞から分化した組織や個体において腫瘍化が懸念されるc-Mycを除く3因子（Oct3/4、Sox2、Klf4）を体細胞に導入してiPS細胞を作製した場合、その樹立効率が極めて低いという問題点がある。
【０００５】
最近、本発明者らは、p53-p21経路の阻害により、iPS細胞の樹立効率が顕著に増大することを報告した［6］。p53は腫瘍抑制タンパク質であり、「ゲノムの守護神」と称される。p53は細胞ストレスにより誘導され、転写因子として機能し、それにより細胞周期を制御し、アポトーシスを誘導することが報告された。しかしながら、様々な生物学的機能を有する下流遺伝子が多数発見され、p53が様々な生理作用を有することが明らかとなった。そのため、体細胞の初期化にp53-p21経路のどの因子が関与するかは未解明のままである。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Takahashi, K. and Yamanaka, S., Cell, 126: 663-676 (2006)
【非特許文献２】Okita, K. et al., Nature, 448: 313-317 (2007)
【非特許文献３】Nakagawa, M. et al., Nat. Biotethnol., 26: 101-106 (2008)
【非特許文献４】Takahashi, K. et al., Cell, 131: 861-872 (2007)
【非特許文献５】Yu, J. et al., Science, 318: 1917-1920 (2007)
【非特許文献６】Hong, H. et al., Nature, 460: 1132-1135 (2009)
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
（発明の要約）
本発明の目的は、iPS細胞の樹立効率を改善する手段を提供することであり、それを用いた効率的なiPS細胞の製造方法を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明者らは、マウス胎児線維芽細胞（MEF）に、p53-p21経路の様々な候補遺伝子を4遺伝子（Oct3/4、Sox2、Klf4及びc-Myc）又は3遺伝子（Oct3/4、Sox2及びKlf4）とともにトランスフェクトし、細胞を試験して樹立効率が改善するか否かを調べた。その結果、本発明者らは、サイクリンDファミリーに属する遺伝子（サイクリンD1、D2及びD3）が、MEFからのiPS細胞の樹立効率を顕著に改善することを発見した。これらの遺伝子は、成人ヒト皮膚線維芽細胞（HDF）からのiPS細胞の樹立効率も改善した。サイクリンD遺伝子は顕著な細胞増殖刺激効果を有さなかったので、該遺伝子のiPS細胞樹立効率改善効果は、主に細胞増殖刺激以外の何らかのメカニズムによるものと示唆される。
【０００９】
本発明者らは、これらの知見に基づいてさらに研究を重ねた結果、本発明を完成するに至った。
【００１０】
即ち、本発明は以下の通りのものである。
［1］iPS細胞の樹立効率の改善方法であって、核初期化工程において、サイクリンDファミリーに属するタンパク質及びそれらをコードする核酸からなる群より選択される1以上の因子を体細胞に接触させることを含む、方法。
［2］前記タンパク質が、サイクリンD1、サイクリンD2及びサイクリンD3である、上記［1］記載の方法。
［3］サイクリンDファミリーに属するタンパク質及びそれらをコードする核酸からなる群より選択される因子を含有してなる、iPS細胞の樹立効率改善剤。
［4］前記タンパク質が、サイクリンD1、サイクリンD2及びサイクリンD3である、上記［3］記載の剤。
［5］体細胞に核初期化物質と、サイクリンDファミリーに属するタンパク質及びそれらをコードする核酸からなる群より選択される1以上の因子とを接触させることを含む、iPS細胞の製造方法。
［6］核初期化物質が、Octファミリーのメンバー、Soxファミリーのメンバー、Klf4ファミリーのメンバー、Mycファミリーのメンバー、Linファミリーのメンバー及びNanog、並びにそれらをコードする核酸からなる群より選択される、上記［5］記載の方法。
［7］核初期化物質が、Oct3/4、Sox2及びKlf4、又はそれらをコードする核酸である、上記［6］記載の方法。
［8］核初期化物質が、Oct3/4、Sox2、Klf4及びc-Myc、又はそれらをコードする核酸である、上記［6］記載の方法。
［9］核初期化物質が、Oct3/4、Sox2、Klf4及びL-Myc、又はそれらをコードする核酸である、上記［6］記載の方法。
［10］サイクリンDファミリーに属するタンパク質が、サイクリンD1、サイクリンD2及びサイクリンD3である、上記［5］〜［9］のいずれかに記載の方法。
［11］サイクリンDファミリーに属するタンパク質及びそれらをコードする核酸からなる群より選択される因子と、核初期化物質とを含有してなる、体細胞からのiPS細胞誘導剤。
［12］核初期化物質が、Octファミリーのメンバー、Soxファミリーのメンバー、Klf4ファミリーのメンバー、Mycファミリーのメンバー、Linファミリーのメンバー及びNanog、並びにそれらをコードする核酸からなる群より選択される、上記［11］記載の剤。
［13］核初期化物質が、Oct3/4、Sox2及びKlf4、又はそれらをコードする核酸である、上記［12］記載の剤。
［14］核初期化物質が、Oct3/4、Sox2、Klf4及びc-Myc、又はそれらをコードする核酸である、上記［12］記載の剤。
［15］核初期化物質が、Oct3/4、Sox2、Klf4及びL-Myc、又はそれらをコードする核酸である、上記［12］記載の剤。
［16］サイクリンDファミリーに属するタンパク質が、サイクリンD1、サイクリンD2及びサイクリンD3である、上記［11］〜［15］のいずれかに記載の剤。
［17］サイクリンD1、サイクリンD2又はサイクリンD3をコードする外来性核酸を含む、iPS細胞。
［18］外来性核酸がゲノムに組み込まれている、上記［17］記載のiPS細胞。
［19］上記［17］又は［18］記載のiPS細胞に対して分化誘導処理を行い、iPS細胞を体細胞に分化させることを含む、体細胞の製造方法。
［20］下記の工程：
（1）上記［5］〜［10］のいずれかに記載の方法によりiPS細胞を製造する工程、及び
（2）上記工程（1）で得られたiPS細胞に分化誘導処理を行い、iPS細胞を体細胞に分化させる工程、
を含む、体細胞の製造方法。
［21］iPS細胞の樹立効率改善のための、サイクリンDファミリーに属するタンパク質及びそれらをコードする核酸からなる群より選択される1以上の因子の使用。
［22］サイクリンDファミリーに属するタンパク質が、サイクリンD1、サイクリンD2及びサイクリンD3である、上記［21］記載の使用。
［23］iPS細胞の製造のための、サイクリンDファミリーに属するタンパク質及びそれらをコードする核酸からなる群より選択される1以上の因子の使用であって、該因子を核初期化物質とともに体細胞に接触させる、使用。
［24］核初期化物質が、Octファミリーのメンバー、Soxファミリーのメンバー、Klf4ファミリーのメンバー、Mycファミリーのメンバー、Lin28ファミリーのメンバー及びNanog、並びにそれらをコードする核酸からなる群より選択される、上記［23］記載の使用。
［25］核初期化物質が、Oct3/4、Sox2及びKlf4、又はそれらをコードする核酸である、上記［24］記載の使用。
［26］核初期化物質が、Oct3/4、Sox2、Klf4及びc-Myc、又はそれらをコードする核酸である、上記［24］記載の使用。
［27］核初期化物質が、Oct3/4、Sox2、Klf4及びL-Myc、又はそれらをコードする核酸である、上記［24］記載の使用。
［28］サイクリンDファミリーに属するタンパク質が、サイクリンD1、サイクリンD2及びサイクリンD3である、上記［23］〜［27］のいずれかに記載の使用。
［29］体細胞の製造における、上記［17］又は［18］記載のiPS細胞の使用。
［30］体細胞を製造するための細胞ソースとしての、上記［17］又は［18］記載のiPS細胞。
【００１１】
本発明のiPS細胞樹立効率改善因子は、上述のとおり、マスター遺伝子p53自体を阻害することなく、c-Mycを除く3因子によるiPS細胞樹立効率を顕著に改善できるので、例えば、iPS細胞の再生医療への応用等に有用である。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】図1は、実施例1の結果を示すグラフである。左図中の縦軸はトータル細胞数を示し、また右図中の縦軸はGFP陽性コロニー数（iPSコロニー数）を示す。また横軸は、Oct3/4、Sox2、Klf4及びc-Myc遺伝子と横軸に示す各遺伝子との組み合わせを示す。白棒は6継代目（passage 6）のMEFの結果を、また灰色及び黒棒は5継代目（passage 5）のMEFの結果を示す。
【図２】図2は、実施例2の結果を示すグラフである。左図中の縦軸はトータル細胞数を示し、また右図中の縦軸はGFP陽性コロニー数（iPSコロニー数）を示す。また横軸は、Oct3/4、Sox2及びKlf4遺伝子と横軸に示す各遺伝子との組み合わせを示す。
【図３】図3は、実施例3の結果を示すグラフである。左図中の縦軸はトータル細胞数を示し、また右図中の縦軸はGFP陽性コロニー数（iPSコロニー数）を示す。また横軸は、Oct3/4、Sox2及びKlf4遺伝子と横軸に示す各遺伝子との組み合わせを示す。
【図４】図4は、実施例4の結果を示すグラフである。図中の表は各遺伝子の組み合わせを示す。グラフの縦軸は、Oct3/4、Sox2及びKlf4を導入した場合のウエスタンブロット値（バンドの濃さ）を1とした場合の相対値を示す。
【図５】図5は、実施例5の結果を示すグラフである。図中、縦軸はiPS細胞コロニー数を示す。また横軸は、Oct3/4、Sox2、Klf4及びc-Myc遺伝子と横軸に示す各遺伝子との組み合わせを示す。
【００１３】
（発明の詳細な説明）
本発明は、iPS細胞の樹立効率の改善方法であって、体細胞の核初期化工程において、サイクリンDファミリーに属するタンパク質及びそれらをコードする核酸からなる群より選択される1以上の因子（以下、本発明の樹率効率改善因子ともいう）を体細胞に接触させることによる、方法を提供する。ここで、体細胞の核初期化は、体細胞に核初期化物質を導入することにより行われるので、本発明はまた、体細胞に上記因子と核初期化物質とを接触させることによる、iPS細胞の製造方法を提供する。尚、本明細書では、核初期化物質のみを単独で体細胞に導入してもiPS細胞が樹立できず、本発明の樹立効率改善因子とともに核初期化物質を体細胞に接触させることによりiPS細胞が樹立される場合も、「樹立効率の改善」に該当するものとして取り扱う。
【００１４】
(a) 体細胞ソース
本発明においてiPS細胞作製のための出発材料として用いることのできる細胞は、哺乳動物（例えば、ヒト、マウス、サル、ブタ、ラット等）由来の生殖細胞以外のいかなる細胞であってもよく、例えば、角質化する上皮細胞（例、角質化表皮細胞）、粘膜上皮細胞（例、舌表層の上皮細胞）、外分泌腺上皮細胞（例、乳腺細胞）、ホルモン分泌細胞（例、副腎髄質細胞）、代謝・貯蔵用の細胞（例、肝細胞）、境界面を構成する内腔上皮細胞（例、I型肺胞細胞）、内鎖管の内腔上皮細胞（例、血管内皮細胞）、運搬能をもつ繊毛のある細胞（例、気道上皮細胞）、細胞外マトリックス分泌用細胞（例、線維芽細胞）、収縮性細胞（例、平滑筋細胞）、血液と免疫系の細胞（例、Tリンパ球）、感覚に関する細胞（例、桿細胞）、自律神経系ニューロン（例、コリン作動性ニューロン）、感覚器と末梢ニューロンの支持細胞（例、随伴細胞）、中枢神経系の神経細胞とグリア細胞（例、星状グリア細胞）、色素細胞（例、網膜色素上皮細胞）、及びそれらの前駆細胞(組織前駆細胞)等が挙げられる。細胞の分化の程度や細胞を採取する動物の齢等に特に制限はなく、未分化な前駆細胞(体性幹細胞も含む)であっても、最終分化した成熟細胞であっても、同様に本発明における体細胞の起源として使用することができる。ここで未分化な前駆細胞としては、例えば神経幹細胞、造血幹細胞、間葉系幹細胞、歯髄幹細胞等の組織幹細胞（体性幹細胞）が挙げられる。
【００１５】
体細胞を採取するソースとなる哺乳動物個体は特に制限されないが、得られるiPS細胞がヒトの再生医療用途に使用される場合には、拒絶反応が起こらないという観点から、患者本人又はHLAの型が同一若しくは実質的に同一である他人から体細胞を採取することが特に好ましい。ここでHLAの型が「実質的に同一」とは、免疫抑制剤等の使用により、該体細胞由来のiPS細胞から分化誘導することにより得られた細胞を患者に移植した場合に移植細胞が生着可能な程度にHLAの型が一致していることをいう。例えば主たるHLA(例えばHLA-A、HLA-B及びHLA-DRの3遺伝子座）が同一である場合等が挙げられる（以下同じ）。また、ヒトに投与（移植）しない場合、例えば、患者の薬剤感受性や副作用の有無を評価するためのスクリーニング用の細胞のソースとしてiPS細胞を使用する場合には、同様に患者本人又は薬剤感受性や副作用と相関する遺伝子多型が同一である他人から体細胞を採取することが望ましい。
【００１６】
哺乳動物から分離した体細胞は、核初期化工程に供するに先立って、細胞の種類に応じてその培養に適した自体公知の培地で前培養することができる。そのような培地としては、例えば、約5〜20%の胎仔ウシ血清を含む最小必須培地（MEM）、ダルベッコ改変イーグル培地（DMEM）、RPMI1640培地、199培地、F12培地等が挙げられるが、それらに限定されない。本発明の樹立効率改善因子及び核初期化物質（さらに必要に応じて、他のiPS細胞の樹立効率改善物質）との接触に際し、例えば、カチオニックリポソーム等の導入試薬を用いる場合には、導入効率の低下を防ぐため、無血清培地に交換しておくことが好ましい場合がある。
【００１７】
(b) 本発明の樹立効率改善因子
サイクリンDは、細胞周期の進行の制御に関与するサイクリンタンパク質ファミリーのメンバーである。サイクリンDの合成は、G1期の間に開始され、G1／S期移行を促進する。増殖細胞では、サイクリンD-CDK4／6複合体がRbをリン酸化し、これにより、S期への進行に重要なサイクリンE等の複数の遺伝子発現が誘導され得る。サイクリンDファミリーには、サイクリンD1、サイクリンD2及びサイクリンD3が含まれる。
【００１８】
本発明で使用されるサイクリンDファミリーのメンバーは、任意の哺乳動物（例えば、ヒト、マウス、ラット、サル、ウシ、ウマ、ブタ、イヌ等）由来のタンパク質又はそれらをコードする核酸であってよいが、ヒト又はマウス由来のものが好ましい。ヒト及びマウス由来のサイクリンD1、サイクリンD2及びサイクリンD3のアミノ酸配列並びにcDNA配列情報は、表1に記載されるNCBI accession numbersを参照することにより取得することができ、当業者は、該cDNA配列情報に基づいて容易に各タンパク質をコードする核酸を単離し、また必要に応じて、組換えタンパク質を製造することができる。
【００１９】
【表１】
0005888753.tif 000002
【００２０】
また、上記の各アミノ酸配列と80%以上、好ましくは90%以上、より好ましくは95%以上、特に好ましくは97%以上の同一性を有し、且つ野生型タンパク質と同等以上のiPS細胞樹立効率改善能力を有する天然若しくは人工の変異タンパク質及びそれをコードする核酸も、本発明の樹立効率改善因子として利用することができる。
【００２１】
サイクリンDファミリーのメンバー（それらをコードする核酸を含む）は、いずれか1種のみを用いてもよいし、2種以上を組み合わせて用いてもよい。
【００２２】
サイクリンDタンパク質の体細胞への導入は、該物質がタンパク性因子である場合、自体公知の細胞へのタンパク質導入方法を用いて実施することができる。そのような方法としては、例えば、タンパク質導入試薬を用いる方法、タンパク質導入ドメイン（PTD）若しくは細胞透過性ペプチド（CPP）融合タンパク質を用いる方法、マイクロインジェクション法等が挙げられる。タンパク質導入試薬としては、カチオン性脂質をベースとしたBioPOTER Protein Delivery Reagent（Gene Therapy Systems）、Pro-JectTM Protein Transfection Reagent（PIERCE）及びProVectin（IMGENEX）、脂質をベースとしたProfect-1（Targeting Systems）、膜透過性ペプチドをベースとしたPenetrain Peptide（Q biogene）及びChariot Kit（Active Motif）、HVJエンベロープ（不活化センダイウイルス）を利用したGenomONE（石原産業）等が市販されている。導入はこれらの試薬に添付のプロトコルに従って行うことができるが、一般的な手順は以下の通りである。サイクリンDタンパク質を適当な溶媒（例えば、PBS、HEPES等の緩衝液）に希釈し、導入試薬を加えて室温で5〜15分程度インキュベートして複合体を形成させ、これを無血清培地に交換した細胞に添加して37℃で1ないし数時間インキュベートする。その後培地を除去して血清含有培地に交換する。
【００２３】
PTDとしては、ショウジョウバエ由来のAntP、HIV由来のTAT（Frankel, A. et al, Cell 55, 1189-93 (1988)；Green, M. & Loewenstein, P.M. Cell 55, 1179-88 (1988) ）、Penetratin（Derossi, D. et al, J. Biol. Chem. 269, 10444-50 (1994)）、Buforin II（Park, C. B. et al. Proc. Natl Acad. Sci. USA 97, 8245-50 (2000)）、Transportan（Pooga, M. et al. FASEB J. 12, 67-77 (1998)）、MAP（model amphipathic peptide）（Oehlke, J. et al. Biochim. Biophys. Acta. 1414, 127-39 (1998)）、K-FGF（Lin, Y. Z. etal. J. Biol. Chem. 270, 14255-14258 (1995)）、Ku70（Sawada, M. et al. Nature Cell Biol. 5, 352-7 (2003)）、Prion（Lundberg, P. et al. Biochem. Biophys. Res. Commun. 299, 85-90 (2002)）、pVEC（Elmquist, A. et al. Exp. Cell Res. 269, 237-44 (2001)）、Pep-1（Morris, M. C. et al. Nature Biotechnol. 19, 1173-6 (2001)）、Pep-7（Gao, C. et al. Bioorg. Med. Chem. 10, 4057-65 (2002)）、SynBl（Rousselle, C. et al. Mol. Pharmacol. 57, 679-86 (2000)）、HN-I（Hong, F. D. & Clayman, G L. Cancer Res. 60, 6551-6 (2000)）、HSV由来のVP22等のタンパク質の細胞通過ドメインを用いたものが開発されている。PTD由来のCPPとしては、11R（Cell Stem Cell, 4:381-384 (2009)）や9R（Cell Stem Cell, 4:472-476 (2009)）等のポリアルギニンが挙げられる。
【００２４】
サイクリンD1、サイクリンD2又はサイクリンD3のcDNAとPTD若しくはCPP配列とを組み込んだ融合タンパク質発現ベクターを作製して組換え発現させ、融合タンパク質を回収して導入に用いる。導入は、タンパク質導入試薬を添加しない以外は上記と同様にして行うことができる。
【００２５】
マイクロインジェクションは、先端径1μm程度のガラス針にタンパク質溶液を入れ、細胞に穿刺導入する方法であり、確実に細胞内にタンパク質を導入することができる。
【００２６】
その他、エレクトロポレーション法、セミインタクトセル法（Kano, F. et al. Methods in Molecular Biology, Vol. 322, 357-365 (2006))、Wr-tペプチドによる導入法（Kondo, E. et al., Mol. Cancer Ther. 3(12), 1623-1630 (2004))等のタンパク質導入法も用いることができる。
【００２７】
タンパク質導入操作は1回以上の任意の回数（例えば、1回以上10回以下、又は1回以上5回以下等）行うことができ、好ましくは導入操作を2回以上（例えば3回又は4回）繰り返して行うことができる。導入操作を繰り返し行う場合の間隔としては、例えば6〜48時間、好ましくは12〜24時間が挙げられる。
【００２８】
サイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸の種類に特に制限はない。該核酸はDNAであってもRNAであってもよく、或いはDNA/RNAキメラであってもよいが、好ましくはDNAである。また、該核酸は二本鎖であっても、一本鎖であってもよい。二本鎖の場合は、二本鎖DNA、二本鎖RNA又はDNA：RNAのハイブリッドでもよい。
【００２９】
サイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸は、例えば、ヒト若しくは他の哺乳動物（例えば、マウス、ラット、サル、ブタ、イヌ等）の細胞又は組織［例えば、胸腺、骨髄、脾臓、脳、脊髄、心臓、骨格筋、腎臓、肺、肝臓、膵臓若しくは前立腺の細胞及び組織、これら細胞の前駆細胞、幹細胞又は癌細胞等］から、常法に従ってクローニングすることができる。
【００３０】
サイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸の体細胞への導入は、自体公知の細胞への遺伝子導入方法を用いて実施することができる。サイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸は、宿主となる体細胞で機能し得るプロモーターを含む適当な発現ベクターに挿入される。発現ベクターとしては、例えば、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、センダイウイルス等のウイルスベクター、動物細胞発現プラスミド（例えば、pA1-11、pXT1、pRc/CMV、pRc/RSV、pcDNAI/Neo）等が用いられ得る。
【００３１】
そのためのベクターは、得られるiPS細胞の用途に応じて適宜選択することができる。例えば、アデノウイルスベクター、プラスミドベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、センダイウイルスベクター、エピソーマルベクター等が使用され得る。
【００３２】
発現ベクターにおいて使用されるプロモーターとしては、例えば、EF1αプロモーター、CAGプロモーター、SRαプロモーター、SV40プロモーター、LTRプロモーター、CMV（サイトメガロウイルス）プロモーター、RSV（ラウス肉腫ウイルス）プロモーター、MoMuLV（モロニーマウス白血病ウイルス）LTR、HSV-TK（単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ）プロモーター等が用いられる。なかでも、EF1αプロモーター、CAGプロモーター、MoMuLV LTR、CMVプロモーター、SRαプロモーター等が好ましい。
【００３３】
発現ベクターは、プロモーターの他に、所望によりエンハンサー、ポリA付加シグナル（polyadenylation signal）、選択マーカー遺伝子、SV40複製起点等を含有していてもよい。選択マーカー遺伝子としては、例えば、ジヒドロ葉酸還元酵素遺伝子、ネオマイシン耐性遺伝子、ピューロマイシン耐性遺伝子等が挙げられる。
【００３４】
サイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸は、単独で発現ベクター上に組み込んでもよいし、1以上の初期化遺伝子とともに1つの発現ベクターに組み込んでもよい。遺伝子導入効率の高いレトロウイルスやレンチウイルスベクターを用いる場合は前者が、プラスミド、アデノウイルス、エピソーマルベクター等を用いる場合は後者を選択することが好ましい場合があるが、特に制限はない。
【００３５】
上記においてサイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸と、1以上の初期化遺伝子とを、1つの発現ベクターに組み込む場合、これら複数の遺伝子は、好ましくはポリシストロニック発現を可能にする配列を介して発現ベクターに組み込むことができる。ポリシストロニック発現を可能にする配列を用いることにより、1種類の発現ベクターに組み込まれている複数の遺伝子をより効率的に発現させることが可能になる。ポリシストロニック発現を可能にする配列としては、例えば、口蹄疫ウイルスの2A配列（PLoS ONE3, e2532, 2008、Stem Cells 25, 1707, 2007）、IRES配列（U.S. Patent No. 4,937,190）等、好ましくは2A配列を用いることができる。
【００３６】
サイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸を含む発現ベクターは、ベクターの種類に応じて、自体公知の手法により細胞に導入することができる。例えば、ウイルスベクターの場合、該核酸を含むプラスミドを適当なパッケージング細胞（例、Plat-E細胞）や相補細胞株（例、293細胞）に導入して、培養上清中に産生されるウイルスベクターを回収し、各ウイルスベクターに応じた適切な方法により、該ベクターを細胞に感染させる。例えば、ベクターとしてレトロウイルスベクターを用いる具体的手段がWO2007/69666、Cell, 126, 663-676 (2006)及びCell, 131, 861-872 (2007)に開示されており、レンチウイルスベクターを用いる場合については、Science, 318, 1917-1920 (2007)に開示がある。iPS細胞を再生医療のための細胞ソースとして利用する場合、サイクリンDファミリーのタンパク質の発現（再活性化）又はその外来性核酸が組み込まれた近傍に存在する内因性遺伝子の活性化は、iPS細胞由来の分化細胞から再生された組織における発癌リスクを高める可能性があるので、サイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸は細胞の染色体に組み込まれず、一過的に発現することが好ましい。かかる観点からは、染色体への組込みが稀なアデノウイルスベクターの使用が好ましい。アデノウイルスベクターを用いる具体的手段は、Science, 322, 945-949 (2008)に記載されている。また、アデノ随伴ウイルスベクターも染色体への組込み頻度が低く、アデノウイルスベクターと比べて細胞毒性や炎症惹起作用が低いので、別の好ましいベクターとして挙げられる。センダイウイルスベクターは染色体外で安定に存在することができ、必要に応じてsiRNAにより分解除去することができるので、同様に好ましく利用され得る。センダイウイルスベクターについては、J. Biol. Chem., 282, 27383-27391 (2007)や特許第3602058号に記載のものを用いることができる。
【００３７】
レトロウイルスベクターやレンチウイルスベクターを用いる場合は、いったん導入遺伝子のサイレンシングが起こったとしても、後に再活性化される可能性があるので、例えば、Cre/loxPシステムを用いて、不要となった時点でサイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸を切り出す方法が好ましく用いられ得る。即ち、該核酸の両端にloxP配列を配置しておき、iPS細胞が誘導された後で、プラスミドベクター若しくはアデノウイルスベクターを用いて細胞にCreリコンビナーゼを作用させ、loxP配列に挟まれた領域を切り出すことができる。また、LTR U3領域のエンハンサー−プロモーター配列は、挿入突然変異によって近傍の宿主遺伝子を上方制御する可能性があるので、当該配列を欠失、若しくはSV40等のポリアデニル化配列で置換した3’-自己不活性化（SIN）LTRを使用して、切り出されずゲノム中に残存するloxP配列より外側のLTRによる内因性遺伝子の発現制御を回避することがより好ましい。Cre-loxPシステム及びSIN LTRを用いる具体的手段は、Soldner et al., Cell, 136: 964-977 (2009)、Chang et al., Stem Cells, 27: 1042-1049 (2009)等に開示されている。
【００３８】
一方、非ウイルスベクターであるプラスミドベクターの場合には、リポフェクション法、リポソーム法、エレクトロポレーション法、リン酸カルシウム共沈殿法、DEAEデキストラン法、マイクロインジェクション法、遺伝子銃法等を用いて該ベクターを細胞に導入することができる。ベクターとしてプラスミドを用いる具体的手段は、例えばScience, 322, 949-953 (2008)等に記載されている。
【００３９】
プラスミドベクターやアデノウイルスベクター等を用いる場合、遺伝子導入は1回以上の任意の回数（例えば、1回以上10回以下、又は1回以上5回以下等）行うことができる。2種以上の発現ベクターを体細胞に導入する場合には、これらの全ての種類の発現ベクターを同時に体細胞に導入することが好ましいが、この場合においても、導入操作は1回以上の任意の回数（例えば、1回以上10回以下、又は1回以上5回以下等）行うことができ、好ましくは導入操作を2回以上（例えば3回又は4回）繰り返して行うことができる。
【００４０】
尚、アデノウイルスやプラスミドを用いる場合でも、導入遺伝子が染色体に組み込まれることがあるので、結局はサザンブロットやPCRにより染色体への遺伝子挿入がないことを確認する必要がある。そのため、上記Cre-loxPシステムのように、いったん染色体に導入遺伝子を組み込んだ後に、該遺伝子を除去する手段を用いることは好都合であり得る。別の好ましい一実施態様においては、トランスポゾンを用いて染色体に導入遺伝子を組み込んだ後に、プラスミドベクター若しくはアデノウイルスベクターを用いて細胞に転移酵素を作用させ、導入遺伝子を完全に染色体から除去する方法が用いられ得る。好ましいトランスポゾンとしては、例えば、鱗翅目昆虫由来のトランスポゾンであるpiggyBac等が挙げられる。piggyBacトランスポゾンを用いる具体的手段は、Kaji, K. et al., Nature, 458: 771-775 (2009)、Woltjen et al., Nature, 458: 766-770 (2009)に開示されている。
【００４１】
別の好ましい非組込み型ベクターとして、染色体外で自律複製可能なエピソーマルベクターが挙げられる。エピソーマルベクターを用いる具体的手段は、Yu et al., Science, 324, 797-801 (2009)に開示されている。必要に応じて、エピソーマルベクターの複製に必要なベクター要素の5’側及び3’側にloxP配列を同方向に配置したエピソーマルベクターにサイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸を挿入した発現ベクターを構築し、これを体細胞に導入することもできる。
【００４２】
該エピソーマルベクターとしては、例えば、EBV、SV40等に由来する自律複製に必要な配列をベクター要素として含むベクターが挙げられる。自律複製に必要なベクター要素としては、具体的には、複製開始点と、複製開始点に結合して複製を制御するタンパク質をコードする遺伝子であり、例えば、EBVにあっては複製開始点oriPとEBNA-1遺伝子、SV40にあっては複製開始点oriとSV40 large T antigen遺伝子が挙げられる。
【００４３】
エピソーマル発現ベクターは、サイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸の転写を制御するプロモーターを含む。該プロモーターとしては、前記と同様のプロモーターが用いられ得る。また、エピソーマル発現ベクターは、前記と同様に、所望によりエンハンサー、ポリA付加シグナル、選択マーカー遺伝子等をさらに含有していてもよい。選択マーカー遺伝子としては、例えば、ジヒドロ葉酸還元酵素遺伝子、ネオマイシン耐性遺伝子等が挙げられる。
【００４４】
本発明で使用されるloxP配列としては、バクテリオファージP1由来の野生型loxP配列の他、導入遺伝子の複製に必要なベクター要素を挟む位置に同方向で配置された場合に、組換えを起こしてloxP配列間の配列を欠失させ得る任意の変異loxP配列が挙げられる。変異loxP配列としては、例えば、5’側反復配列に変異のあるlox71、3’側反復配列に変異のあるlox66、スペーサー部分に変異のあるlox2272やlox511等が挙げられる。該ベクター要素の5’側及び3’側に配置される2つのloxP配列は、同一であっても異なっていてもよいが、スペーサー部分に変異のある変異loxP配列の場合は同一のもの（例、lox2272配列同士、lox511配列同士）が用いられる。好ましくは、5’側反復配列に変異のある変異loxP配列（例、lox71）と3’側反復配列に変異のある変異loxP配列（例、lox66）との組合せが挙げられる。この場合、組換えの結果染色体上に残るloxP配列は5’側及び3’側の反復配列に二重変異を有するため、Creリコンビナーゼに認識されにくく、不必要な組換えにより染色体の欠失変異を起こすリスクが低減される。lox71とlox66とを用いる場合、前記ベクター要素の5’側及び3’側にいずれの変異loxP配列を配置してもよいが、変異部位がloxP配列の外端に配置されるような向きで変異loxP配列を挿入する必要がある。本発明の好ましいエピソーマルベクターはCreリコンビナーゼを作用させなくても、早期に細胞から脱落する自己消失型ベクターであるが、例外的に細胞からの脱落に時間がかかる場合も想定されるので、Creリコンビナーゼ処理による不必要な組換え等のリスクに備えてloxP配列を設計しておくことが好ましい場合もある。
【００４５】
2つのloxP配列は、導入遺伝子の複製に必要なベクター要素（即ち、複製開始点、又は複製開始点に結合して複製を制御するタンパク質をコードする遺伝子配列）の5’側及び3’側に、同方向に配置される。loxP配列が挟むベクター要素は、複製開始点、又は複製開始点に結合して複製を制御するタンパク質をコードする遺伝子配列のいずれか一方だけであってもよいし、両方であってもよい。
【００４６】
エピソーマルベクターは、例えばリポフェクション法、リポソーム法、エレクトロポレーション法、リン酸カルシウム共沈殿法、DEAEデキストラン法、マイクロインジェクション法、遺伝子銃法等を用いて該ベクターを細胞に導入することができる。具体的には、例えばScience, 324: 797-801 (2009)等に記載される方法を用いることができる。
【００４７】
iPS細胞から導入遺伝子の複製に必要なベクター要素が除去されたか否かの確認は、該ベクター要素のヌクレオチド配列を含む核酸をプローブ又はプライマーとして用い、該iPS細胞から単離したエピソーム画分を鋳型としてサザンブロット分析又はPCR分析を行い、バンドの有無又は検出バンドの長さを調べることにより実施することができる。エピソーム画分の調製は当該分野で周知の方法を用いて行えばよく、例えば、Science, 324: 797-801 (2009)等に記載される方法を用いることができる。
【００４８】
(c) 核初期化物質
本明細書において、「核初期化物質」には、本発明のiPS細胞樹立効率改善因子とともに体細胞に接触させると該体細胞からiPS細胞を誘導できる限り、タンパク性因子、それをコードする核酸（ベクターに組み込まれた形態を含む）、又は低分子化合物が含まれ得る。核初期化物質がタンパク性因子又はそれをコードする核酸の場合、好ましくは以下の組み合わせが例示される（以下においては、タンパク性因子の名称のみを記載する）。
(1) Oct3/4、Klf4、c-Myc
(2) Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2（ここで、Sox2はSox1、Sox3、Sox15、Sox17又はSox18で置換可能である。また、Klf4はKlf1、Klf2又はKlf5で置換可能である。さらに、c-MycはT58A（活性型変異体）、N-Myc又はL-Mycで置換可能である。）
(3) Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2、Fbx15、Nanog、Eras、ECAT15-2、TclI、β-catenin (活性型変異体S33Y)
(4) Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2、TERT、SV40 Large T antigen（以下、SV40LT）
(5) Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2、TERT、HPV16 E6
(6) Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2、TERT、HPV16 E7
(7) Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2、TERT、HPV6 E6、HPV16 E7
(8) Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2、TERT、Bmil
（以上の因子の詳細についてはWO 2007/069666を参照（但し、上記(2)の組み合わせにおいて、Sox2からSox18への置換、Klf4からKlf1若しくはKlf5への置換については、Nature Biotechnology, 26, 101-106 (2008)を参照）。「Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2」の組み合わせについては、Cell, 126, 663-676 (2006)、Cell, 131, 861-872 (2007) 等も参照。「Oct3/4、Klf2（又はKlf5）、c-Myc、Sox2」の組み合わせについては、Nat. Cell Biol., 11, 197-203 (2009) も参照。「Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2、hTERT、SV40LT」の組み合わせについては、Nature, 451, 141-146 (2008)も参照。）
(9) Oct3/4、Klf4、Sox2（Nature Biotechnology, 26, 101-106 (2008)を参照）
(10) Oct3/4、Sox2、Nanog、Lin28（Science, 318, 1917-1920 (2007)を参照）
(11) Oct3/4、Sox2、Nanog、Lin28、hTERT、SV40LT（Stem Cells, 26, 1998-2005 (2008)を参照）
(12) Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2、Nanog、Lin28（Cell Research (2008) 600-603を参照）
(13) Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2、SV40LT（Stem Cells, 26, 1998-2005 (2008)も参照）
(14) Oct3/4、Klf4（Nature 454:646-650 (2008)、Cell Stem Cell, 2:525-528(2008))を参照）
(15) Oct3/4、c-Myc（Nature 454:646-650 (2008)を参照）
(16) Oct3/4、Sox2 (Nature, 451, 141-146 (2008), WO2008/118820を参照)
(17) Oct3/4、Sox2、Nanog (WO2008/118820を参照)
(18) Oct3/4、Sox2、Lin28 (WO2008/118820を参照)
(19) Oct3/4、Sox2、c-Myc、Esrrb (ここで、EssrrbはEsrrgで置換可能である。Nat. Cell Biol., 11, 197-203 (2009) を参照)
(20) Oct3/4、Sox2、Esrrb (Nat. Cell Biol., 11, 197-203 (2009) を参照)
(21) Oct3/4、Klf4、L-Myc (Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 107, 14152-14157 (2010) を参照)
(22) Oct3/4、Nanog
(23) Oct3/4 (Cell 136: 411-419 (2009)、Nature, 08436, doi:10.1038 published online(2009))
(24) Oct3/4、Klf4、c-Myc、Sox2、Nanog、Lin28、SV40LT（Science, 324: 797-801 (2009)を参照）
【００４９】
上記(1)-(24)において、Oct3/4に代えて他のOctファミリーのメンバー、例えばOct1A、Oct6等を用いることもできる。また、Sox2（又はSox1、Sox3、Sox15、Sox17、Sox18）に代えて他のSoxファミリーのメンバー、例えばSox7等を用いることもできる。さらに、上記(1)-(24)において、c-Myc又はLin28を核初期化物質として含む場合、c-Myc又はLin28に代えてそれぞれL-Myc又はLin28Bを用いることもできる。
【００５０】
また、上記(1)-(24)には該当しないが、それらのいずれかにおける構成要素をすべて含み、且つ任意の他の物質をさらに含む組み合わせも、本発明における「核初期化物質」の範疇に含まれ得る。また、核初期化の対象となる体細胞が上記(1)-(24)のいずれかにおける構成要素の一部を、核初期化のために十分なレベルで内在的に発現している条件下にあっては、当該構成要素を除いた残りの構成要素のみの組み合わせもまた、本発明における「核初期化物質」の範疇に含まれ得る。
【００５１】
これらの組み合わせの中で、Oct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc若しくはL-Myc、Nanog、Lin28若しくはLin28B、及びSV40LTから選択される少なくとも1つ、好ましくは2つ以上、より好ましくは3つ以上が、好ましい核初期化物質の例として挙げられる。
【００５２】
とりわけ、得られるiPS細胞を治療用途に用いることを念頭においた場合、Oct3/4、Sox2及びKlf4の3因子の組み合わせ（即ち、上記(9)）、又はOct3/4、Sox2、Klf4及びL-Mycの4因子の組み合わせ（即ち、上記(2)）が好ましく使用される。一方、iPS細胞を治療用途に用いることを念頭に置かない場合（例えば、創薬スクリーニング等の研究ツールとして用いる場合等)は、Oct3/4、Sox2及びKlf4の3因子、Oct3/4、Sox2、Klf4及びL-Mycの4因子のほか、Oct3/4、Sox2、Klf4及びc-Mycの4因子、Oct3/4、Sox2、Klf4及びc-Myc/L-Myc並びにNanog及び／又はLin28/Lin28bの5又は6因子、或いは上記5又は6因子にさらにSV40 Large T antigenを加えた6又は7因子を例示することができる。
【００５３】
上記の核初期化物質のマウス及びヒトcDNA配列情報は、WO 2007/069666に記載のNCBI accession numbersを参照することにより取得することができ（Nanogは当該公報中では「ECAT4」との名称で記載されている。尚、Lin28、Lin28b、Esrrb、Esrrg、L-Mycのマウス及びヒトcDNA配列情報は、それぞれ下記NCBI accession numbersを参照することにより取得できる。）、当業者は容易にこれらのcDNAを単離することができる。
遺伝子名    マウス          ヒト      
Lin28      NM_145833       NM_024674
Lin28b     NM_001031772    NM_001004317
Esrrb      NM_011934       NM_004452
Esrrg      NM_011935       NM_001438
L-Myc      NM_008506       NM_001033081
【００５４】
核初期化物質としてタンパク性因子自体を用いる場合には、得られたcDNAを適当な発現ベクターに挿入して宿主細胞に導入し、該培養細胞又はその馴化培地（conditioned medium）から組換えタンパク性因子を回収することにより調製することができる。一方、核初期化物質としてタンパク性因子をコードする核酸を用いる場合、得られたcDNAを、ウイルスベクター、エピソーマルベクター又はプラスミドベクターに挿入して発現ベクターを構築し、核初期化工程に供される。必要に応じて、上記Cre-loxPシステムやpiggyBacトランスポゾンシステムを利用することもできる。尚、2以上のタンパク性因子をコードする核酸を細胞に導入する場合、各核酸を別個のベクターに担持させてもよいし、複数の核酸をタンデムに繋いでポリシストロニックベクターとすることもできる。後者の場合、効率的なポリシストロニック発現を可能にするために、口蹄疫ウイルスの2A自己切断ペプチド（2A self-cleaving peptide）を各核酸の間に連結することが望ましい（Science, 322, 949-953, 2008）。
【００５５】
核初期化物質の体細胞への接触は、(a)該物質がタンパク性因子である場合、サイクリンDファミリーのタンパク質と同様にして、(b)該物質が(a)のタンパク性因子をコードする核酸である場合、上記サイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸と同様にして、実施することができる。
【００５６】
(d) 他のiPS細胞の樹立効率改善物質
従来iPS細胞の樹立効率が低いために、近年、その効率を改善する物質が種々提案されている。これら他の樹立効率改善物質は、本発明の上記iPS細胞の樹立効率改善因子とともに体細胞に接触させた場合、iPS細胞の樹立効率をより高めることが期待できる。
【００５７】
iPS細胞の樹立効率改善物質としては、例えば、ヒストンデアセチラーゼ（HDAC）阻害剤［例えば、バルプロ酸 (VPA)(Nat. Biotechnol., 26(7): 795-797 (2008))、トリコスタチンA、酪酸ナトリウム、MC 1293、M344等の低分子阻害剤、HDACに対するsiRNA及びshRNA（例、HDAC1 siRNA SmartpoolO (Millipore)、HuSH 29mer shRNA Constructs against HDAC1 (OriGene)等）等の核酸性発現阻害剤等］、DNAメチルトランスフェラーゼ阻害剤（例えば5’-アザシチジン）（Nat. Biotechnol., 26(7): 795-797 (2008))、G9aヒストンメチルトランスフェラーゼ阻害剤［例えば、BIX-01294 (Cell Stem Cell, 2: 525-528 (2008))等の低分子阻害剤、G9aに対するsiRNA及びshRNA（例、G9a siRNA(human) (Santa Cruz Biotechnology)等）等の核酸性発現阻害剤等］、L-チャネルカルシウムアゴニスト(例えばBayk8644) (Cell Stem Cell, 3, 568-574 (2008))、p53阻害剤（例えばp53に対するsiRNA、shRNA、ドミナントネガティブ変異体等 (Cell Stem Cell, 3, 475-479 (2008)、Nature 460, 1132-1135 (2009)))、UTF1(Cell Stem Cell, 3, 475-479 (2008))、Wntシグナリング（例えば可溶性Wnt3a）（Cell Stem Cell, 3, 132-135 (2008)）、2i/LIF (2iはマイトジェン活性化プロテインキナーゼシグナリング及びグリコーゲンシンターゼキナーゼ-3の阻害剤、PloS Biology, 6(10), 2237-2247 (2008))、ES細胞特異的miRNA（例えば、miR-302-367クラスター (Mol. Cell. Biol. doi:10.1128/MCB.00398-08)、miR-302 (RNA (2008) 14: 1-10)、miR-291-3p、miR-294及びmiR-295 (以上、Nat. Biotechnol. 27: 459-461 (2009))）等が挙げられるが、それらに限定されない。前記で核酸性の発現阻害剤はsiRNA若しくはshRNAをコードするDNAを含む発現ベクターの形態であってもよい。
【００５８】
尚、前記核初期化物質の構成要素のうち、例えばSV40 large T等は、体細胞の核初期化のために必須ではなく補助的な因子であるという点において、iPS細胞の樹立効率改善物質の範疇にも含まれ得る。核初期化の機序が明らかでない現状においては、核初期化に必須の因子以外の補助的な因子について、それらを核初期化物質として位置づけるか、或いはiPS細胞の樹立効率改善物質として位置づけるかは便宜的であってもよい。即ち、体細胞の核初期化プロセスは、体細胞への核初期化物質及びiPS細胞の樹立効率改善物質の接触によって生じる全体的事象として捉えられるので、当業者にとって両者を必ずしも明確に区別する必要性はないであろう。
【００５９】
iPS細胞樹立効率改善物質の体細胞への接触は、(a)該改善物質がタンパク性因子である場合、サイクリンDファミリーのタンパク質と同様にして、(b)該改善物質が(a)のタンパク性因子をコードする核酸である場合、上記サイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸と同様にして、実施することができる。
【００６０】
サイクリンDタンパク質又はそれをコードする核酸を含むiPS細胞の樹立効率改善物質は、該物質の非存在下と比較して体細胞からのiPS細胞樹立効率が有意に改善される限り、核初期化物質と同時に体細胞に接触させてもよいし、また、どちらかを先に接触させてもよい。一実施態様において、例えば、核初期化物質がタンパク性因子をコードする核酸であり、iPS細胞の樹立効率改善物質が化学的阻害物質である場合には、前者は遺伝子導入処理からタンパク性因子を大量発現するまでに一定期間のラグがあるのに対し、後者は速やかに細胞に作用しうることから、遺伝子導入処理から一定期間細胞を培養した後に、iPS細胞の樹立効率改善物質を培地に添加することができる。別の実施態様において、例えば、核初期化物質とiPS細胞の樹立効率改善物質とがいずれもウイルスベクターやプラスミドベクターの形態で用いられる場合には、両者を同時に細胞に導入してもよい。
【００６１】
(e) 培養条件による樹立効率の改善
体細胞の核初期化工程において低酸素条件下で細胞を培養することにより、iPS細胞の樹立効率をさらに改善することができる（Cell Stem Cell., 5(3): 237-241 (2009)、WO2010/013845）。本明細書において「低酸素条件」とは、細胞を培養する際の雰囲気中の酸素濃度が、大気中のそれよりも有意に低いことを意味する。具体的には、通常の細胞培養で一般的に使用される5-10% CO2/95-90%大気の雰囲気中の酸素濃度よりも低い酸素濃度の条件が挙げられ、例えば雰囲気中の酸素濃度が18%以下の条件が該当する。好ましくは、雰囲気中の酸素濃度は15%以下（例、14%以下、13%以下、12%以下、11%以下等）、10%以下（例、9%以下、8%以下、7%以下、6%以下等）、又は5%以下（例、4%以下、3%以下、2%以下等）である。また、雰囲気中の酸素濃度は、好ましくは0.1%以上（例、0.2%以上、0.3%以上、0.4%以上等）、0.5%以上（例、0.6%以上、0.7%以上、0.8%以上、0.9%以上等）、又は1%以上（例、1.1%以上、1.2%以上、1.3%以上、1.4%以上等）である。
【００６２】
細胞の環境において低酸素状態を創出する手法は特に制限されないが、酸素濃度の調節可能なCO2インキュベーター内で細胞を培養する方法が最も容易であり、好適な例として挙げられる。酸素濃度の調節可能なCO2インキュベーターは、種々の機器メーカーから販売されている（例えば、Thermo scientific社、池本理化学工業、十慈フィールド、和研薬株式会社等のメーカー製の低酸素培養用CO2インキュベーター等）。
【００６３】
低酸素条件下で細胞培養を開始する時期は、iPS細胞の樹立効率が正常酸素濃度（20％）の場合に比して改善されることを妨げない限り特に限定されず、体細胞へのサイクリンDタンパク質又はそれ（ら）をコードする核酸、及び核初期化物質の接触より前であっても、該接触と同時であっても、該接触より後であってもよいが、例えば、体細胞にサイクリンDタンパク質又はそれ（ら）をコードする核酸、及び核初期化物質を接触させた直後から、或いは接触後一定期間（例えば、1ないし10（例、2、3、4、5、6、7、8又は9）日）おいた後に低酸素条件下で培養することが好ましい。
【００６４】
低酸素条件下で細胞を培養する期間も、iPS細胞の樹立効率が正常酸素濃度（20％）の場合に比して改善されることを妨げない限り特に限定されず、例えば3日以上、5日以上、7日以上又は10日以上で、50日以下、40日以下、35日以下又は30日以下の期間等が挙げられるが、それらに限定されない。低酸素条件下での好ましい培養期間は、雰囲気中の酸素濃度によっても変動し、当業者は用いる酸素濃度に応じて適宜当該培養期間を調整することができる。また、一実施態様において、iPS細胞の候補コロニーの選択を、薬剤耐性を指標にして行う場合には、薬剤選択を開始する迄に低酸素条件から正常酸素濃度に戻すことが好ましい。
【００６５】
さらに、低酸素条件下で細胞培養を開始する好ましい時期及び好ましい培養期間は、用いられる核初期化物質の種類、正常酸素濃度条件下でのiPS細胞樹立効率等によっても変動する。
【００６６】
(f) iPS細胞の選択及び確認
核初期化物質と本発明のiPS細胞樹立効率改善因子（及び他のiPS細胞樹立効率改善因子）とを接触させた後、細胞を、例えばES細胞の培養に適した条件下で培養することができる。マウス細胞の場合、通常の培地に分化抑制因子としてLeukemia Inhibitory Factor（LIF）を添加して培養を行う。一方、ヒト細胞の場合には、LIFの代わりに塩基性線維芽細胞増殖因子（bFGF）及び／又は幹細胞因子（SCF）を添加することが望ましい。また通常、細胞は、フィーダー細胞として、放射線や抗生物質で処理して細胞分裂を停止させたマウス胎仔由来の線維芽細胞（MEF）の共存下で培養される。MEFとしては、通常STO細胞等がよく使われるが、iPS細胞の誘導には、SNL細胞（McMahon, A. P. & Bradley, A. Cell 62, 1073-1085 (1990)）等がよく使われている。フィーダー細胞との共培養は、核初期化物質と本発明のiPS細胞樹立効率改善因子との接触より前から開始してもよいし、該接触時から、或いは該接触より後（例えば1〜10日後）から開始してもよい。
【００６７】
iPS細胞の候補コロニーの選択は、薬剤耐性とレポーター活性を指標とする方法と目視による形態観察による方法とが挙げられる。前者としては、例えば、分化多能性細胞において特異的に高発現する遺伝子（例えば、Fbx15、Nanog、Oct3/4等、好ましくはNanog又はOct3/4）の遺伝子座に、薬剤耐性遺伝子及び／又はレポーター遺伝子をターゲッティングした組換え体細胞を用い、薬剤耐性及び／又はレポーター活性陽性のコロニーを選択するというものである。そのような組換え体細胞としては、例えばFbx15遺伝子座にβgeo（β-ガラクトシダーゼとネオマイシンホスホトランスフェラーゼとの融合タンパク質をコードする）遺伝子をノックインしたマウス（Takahashi & Yamanaka, Cell, 126, 663-676 (2006)）由来のMEFやTTF、或いはNanog遺伝子座に緑色蛍光タンパク質（GFP）遺伝子とピューロマイシン耐性遺伝子を組み込んだトランスジェニックマウス（Okita et al., Nature, 448, 313-317 (2007)）由来のMEFやTTF等が挙げられる。一方、目視による形態観察で候補コロニーを選択する方法としては、例えばTakahashi et al., Cell, 131, 861-872 (2007)に記載の方法が挙げられる。レポーター細胞を用いる方法は簡便で効率的ではあるが、iPS細胞がヒトの治療用途を目的として作製される場合、安全性の観点から目視によるコロニー選択が望ましい。
【００６８】
選択されたコロニーの細胞がiPS細胞であることの確認は、上記したNanog（若しくはOct3/4）レポーター陽性（ピューロマイシン耐性、GFP陽性等）及び目視によるES細胞様コロニーの形成によっても行い得るが、より正確を期すために、アルカリフォスファターゼ染色や、各種ES細胞特異的遺伝子の発現を解析したり、選択された細胞をマウスに移植してテラトーマ形成を確認する等の試験を実施することもできる。
【００６９】
サイクリンDファミリーのタンパク質をコードする核酸を体細胞に導入した場合、得られるiPS細胞は、当該外来性核酸を含む点で、従来公知のiPS細胞とは異なる新規細胞である。特に、当該外来性核酸がレトロウイルスやレンチウイルス等を用いて体細胞に導入された場合、当該外来性核酸は通常、得られるiPS細胞のゲノム中に組み込まれているので、外来性核酸を含むという形質は安定に保持される。
【００７０】
(g) iPS細胞の用途
このようにして樹立されたiPS細胞は、種々の目的で使用することができる。例えば、ES細胞で報告されている分化誘導法（例えば、神経幹細胞への分化誘導法としては、特開2002-291469、膵幹様細胞への分化誘導法としては、特開2004-121165、造血細胞への分化誘導法としては、特表2003-505006、胚葉体の形成による分化誘導法としては、特表2003-523766に記載の方法等を参照されたい）を利用して、iPS細胞から種々の細胞（例、心筋細胞、血液細胞、神経細胞、血管内皮細胞、インスリン分泌細胞等）への分化を誘導することができる。従って、患者本人やHLAの型が同一若しくは実質的に同一である他人から採取した体細胞を用いてiPS細胞を誘導すれば、そこから所望の細胞（即ち、該患者が罹病している臓器の細胞や疾患に対する治療効果を発揮する細胞等）に分化させて該患者に移植するという、自家移植又は同種移植による幹細胞療法が可能となる。さらに、iPS細胞から分化させた機能細胞（例、肝細胞）は、対応する既存の細胞株よりも実際の生体内での該機能細胞の状態をより反映していると考えられるので、医薬候補化合物の薬効や毒性のin vitroスクリーニング等にも好適に用いることができる。
【００７１】
以下に実施例を挙げて本発明をより具体的に説明するが、本発明がこれらに限定されないことは言うまでもない。
【実施例】
【００７２】
実施例１：p53-p21経路関連因子がiPS細胞樹立に及ぼす効果の検討（1）
p53-p21経路に存在する各種因子（PCNA、CDK2、サイクリンD1)がiPS細胞の樹立効率に影響を及ぼすか否かを調べた。
【００７３】
Nanog-GFP-IRES-Purorを有するNanogレポーターマウス（Okita K. et al, Nature 448, 313-317(2007)）から得られた胎仔線維芽細胞（MEF）に対して、以下の遺伝子をレトロウイルスで導入した。
1) マウス由来のOct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc、DsRed
2) マウス由来のOct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc、PCNA
3）マウス由来のOct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc、CDK2
4）マウス由来のOct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc、サイクリンD1
【００７４】
レトロウイルスは、前日に6ウェル培養プレート (Falcon) の1ウェル当り0.6×106で播種したPlat-E細胞 (Morita, S. et al., Gene Ther. 7, 1063-1066) にレトロウイルス発現ベクター (Cell, 126, 663-676 (2006)) を個々に導入して作製した。培養液はDMEM/10% FCS (DMEM(Nacalai tesque)、10% FCS、50 units ペニシリン及び 50μg/ml ストレプトマイシン）を使用し、37℃、5% CO2で培養した。ベクターの導入のためにFuGene6 transfection reagent (Roche) 4.5μLをOpti-MEM I Reduced-Serum Medium (Invitrogen) 100μLに入れ、室温で5分間静置した。その後、各発現ベクターを1.5μg加え、さらに室温で15分静置してからPlat-Eの培養液に加えた。2日目にPlat-Eの上清を新しい培地に換え、3日目に培養上清を回収して0.45μm 滅菌フィルター（sterile filter）（Whatman）で濾過し、ポリブレン (Nacalai) を4μg/mLとなるように加えてウイルス液とした。
【００７５】
次に、3継代目のMEFを0.1% ゼラチン (Sigma) でコートした6ウェル培養プレート (Falcon) の1ウェル当り1.0×105で播種した。培養液はDMEM/10% FCSを使用し、37℃、5% CO2で培養した。翌日、前記1）〜4）の組み合わせで各レトロウイルス液を加え、一晩感染させて遺伝子を導入した。
【００７６】
ウイルス感染後3日目にMEFの培地を除き、ES細胞用培地を加えた。5日目に培地を除き、PBS 1 mLを加えて細胞を洗浄した。PBSを除いた後、0.25% トリプシン/1 mM EDTA (Invitrogen) を加えて、37℃で5分間程度反応させた。細胞が浮き上がったらES細胞用培地を加えて懸濁し、5000個の細胞を、マイトマイシンC処理したSTOフィーダー細胞を蒔いておいた100 mmディッシュに蒔いた。以後2日ごとにES細胞用培地の交換を行った。
【００７７】
感染から5日目の蒔き直し時に細胞数を数えた結果を図１（左）に示す。また5×103細胞/100 mmディッシュで蒔き直しし、感染から24日目にGFP陽性コロニー数を数えた結果を図１（右）に示す。4遺伝子にPCNA、CDK2又はサイクリンD1を加えても、細胞増殖を促進する効果は認められなかった（図1左）。しかしながら、サイクリンD1を加えた場合にiPS細胞コロニー数の顕著な上昇が認められた（図1右）。以上の結果から、サイクリンD1がiPS細胞の樹立効率を上昇させることが明らかとなり、またこの作用は主に細胞増殖以外の作用によるものであることが示唆された。
【００７８】
実施例２：p53-p21経路関連因子がiPS細胞樹立に及ぼす効果の検討（2）
実施例1と同様の実験を、4遺伝子ではなく3遺伝子（Oct3/4、Sox2、Klf4）にp53-p21経路の各遺伝子（PCNA、CDK2、サイクリンD1）を加えた組み合わせで行った。
【００７９】
感染から5日目の蒔き直し時に細胞数を数えた結果を図2（左）に示す。また5×104細胞/100 mmディッシュで蒔き直しし、感染から30日目にGFP陽性コロニー数を数えた結果を図2（右）に示す。実施例1と同様に、4遺伝子にPCNA、CDK2又はサイクリンD1を加えても細胞増殖を顕著に促進する効果は認められなかった（図2左）。しかしながら、サイクリンD1を加えた場合にiPS細胞コロニー数の顕著な上昇が認められた（図2右）。以上の結果から、4遺伝子の場合のみならず3遺伝子にサイクリンD1を加えた場合も、iPS細胞の樹立効率が上昇することが明らかとなった。またこの作用は主に細胞増殖以外の作用によるものであることが示唆された。
【００８０】
実施例３：サイクリンDファミリーがiPS細胞樹立に及ぼす効果の検討
サイクリンDファミリーに属する因子であるサイクリンD2及びサイクリンD3にも、サイクリンD1と同様のiPS細胞樹立効率上昇効果があるか否かを検討した。実験は実施例２と同様にして、3遺伝子（Oct3/4、Sox2、Klf4）にサイクリンDファミリーの各遺伝子（サイクリンD1、サイクリンD2、サイクリンD3）を加えた組み合わせで行った。
【００８１】
感染から5日目の蒔き直し時に細胞数を数えた結果を図3（左）に示す。また2×105細胞/100 mmディッシュで蒔き直しし、感染から28日目にGFP陽性コロニー数を数えた結果を図3（右）に示す。実験は3回の実験の平均値を示す。3遺伝子にサイクリンD1、サイクリンD2又はサイクリンD3を加えても細胞増殖を顕著に促進する効果は認められなかった（図3左）。一方、3遺伝子にサイクリンD2又はサイクリンD3を加えた場合も、サイクリンD1と同様にiPS細胞コロニー数の顕著な上昇が認められた（図3右）。以上の結果から、サイクリンD1のみならずサイクリンD2及びサイクリンD3も、iPS細胞の樹立効率を上昇させることが明らかとなった。またこの作用は主に細胞増殖以外の作用によるものであることが示唆された。
【００８２】
実施例４：内在性サイクリンD1の初期化過程における発現
核初期化過程における内在性サイクリンD1の発現を検討した。Nanogレポーターマウスから得られたMEFに対して、実施例1と同様の手法により、以下の遺伝子をレトロウイルスで導入した。
(1) マウス由来のOct3/4、Sox2、Klf4、DsRed
(2) マウス由来のOct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc
(3) マウス由来のOct3/4、Sox2、Klf4、L-Myc
(4) マウス由来のc-Myc、DsRed
(5) マウス由来のL-Myc、DsRed
【００８３】
感染から3日目及び5日目に、内在性のサイクリンD1を常法によりウエスタンブロットで検出した結果を図4に示す。図4は、Oct3/4、Sox2及びKlf4を導入した場合の値（バンドの濃さ）を1とした場合の相対値を示す。図4に示されるように、3遺伝子（Oct3/4、Sox2、Klf4）又は4遺伝子（Oct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc又はOct3/4、Sox2、Klf4、L-Myc）で初期化誘導することにより、内在性サイクリンD1の発現量が上昇していたことから、サイクリンD1が初期化の早い段階で発現誘導されることが明らかとなった。なおサイクリンD１の発現上昇は、c-Myc又はL-Mycの単独導入によっても検出された。
【００８４】
実施例５：サイクリンD1がヒトiPS細胞樹立に及ぼす効果の検討
サイクリンD1がヒトiPS細胞の樹立に効果を及ぼすか否かを検討した。
【００８５】
成人（白人女性、73歳）の皮膚由来線維芽細胞（HDF：細胞名1503）に対して、Takahashi, K.ら, Cell, 131: 861-872 (2007)に記載の方法に従い、レンチウイルス(pLenti6/UbC-Slc7a1)を用いて、マウスエコトロピックウイルスレセプターSlc7a1遺伝子を発現させた。この細胞（1×105個/ウェル、6ウェルプレート）に対して、Takahashi, K.ら, Cell, 131: 861-872 (2007) に記載の方法に従い、以下の遺伝子をレトロウイルスで導入し、生じたiPS細胞コロニー数を4遺伝子（Oct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc）導入の場合と比較した。
1) ヒト由来のOct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc、マウス由来の天然型サイクリンD1
2) ヒト由来のOct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc、マウス由来のT156A サイクリンD1
3) ヒト由来のOct3/4、Sox2、Klf4、c-Myc、マウス由来のT286A サイクリンD1
【００８６】
ここで「T156A サイクリンD1」とはサイクリンD1の156番目のスレオニンをアラニンに置換した不活性型変異体（不活性型ミュータントサイクリンD1）である。サイクリンD1は細胞周期をS期へと移行する作用を有するが、T156A サイクリンD1はこの作用が減弱されることが知られている。
【００８７】
また「T286A サイクリンD1」とはサイクリンD1の286番目のスレオニンをアラニンに置換することにより、核からの排除に抵抗性を示し、その結果プロテオソームによる分解に抵抗性を有するようになった、サイクリンD1の安定型変異体である。
【００８８】
ウイルス感染から7日後に細胞を回収し、フィーダー細胞上への蒔き直しを行った（0.5×105個/100 mmディッシュ）。フィーダー細胞にはマイトマイシンCで処理して、細胞分裂を止めたSNL細胞（McMahon, A. P. & Bradley, A. Cell 62, 1073-1085 (1990)）を用いた。感染10日後から霊長類ES細胞培養用培地 (ReproCELL) に4 ng/mlの組換えヒトbFGF（WAKO）を加えた培地で培養を行った。感染から24日目に得られたiPS細胞コロニー数を測定した結果を図5に示す。4遺伝子に天然型サイクリンD1を加えることにより、iPS細胞コロニー数が劇的に増加した。その効果はドミナントネガティブ変異体であるT156A サイクリンD1を用いた場合は抑制され、一方、安定型変異体であるT286A サイクリンD1を用いた場合はさらに増加した。以上によりサイクリンD1はヒト細胞にも効果を有することが明らかとなった。
【００８９】
本発明を好ましい態様を強調して説明してきたが、好ましい態様が変更され得ることは当業者にとって自明であろう。本発明は、本発明が本明細書に詳細に記載された以外の方法で実施され得ることを意図する。従って、本発明は添付の「請求の範囲」の精神及び範囲に包含されるすべての変更を含むものである。
【００９０】
ここで述べられた特許及び特許出願明細書を含む全ての刊行物に記載された内容は、ここに引用されたことによって、その全てが明示されたと同程度に本明細書に組み込まれるものである。
【００９１】
本願は、米国仮特許出願第61/410,178号を基礎としており、その内容は、ここで参照したことにより本明細書に組み込まれる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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