(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
子宮内膜がんの有無を試験するためのインビトロ方法であって、患者からの試料におけるバイオマーカーＰ４ＨＢのレベルを検出すること、ここで、子宮内膜がんに罹患していない個体を代表する対照値と比較した該バイオマーカーのレベルの増加は、子宮内膜がんの存在を示す、を含む方法。
【請求項２】
ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、またはＥＦＥＭＰ２のうちの１つ以上のレベルを検出することをさらに含み、ＥＦＥＭＰ２のレベルの減少が子宮内膜がんの存在を示し、ＧＭＩＰまたはＩＫＢＫＥのレベルの増加が子宮内膜がんの存在を示す、請求項１に記載のインビトロ方法。
【請求項３】
ＦＡＳＴＫＤ１、ＤＤＲ１、ＳＩＲＴ６またはＰＨＫＧ２のレベルを検出することをさらに含み、ＦＡＳＴＫＤ１、ＤＤＲ１、ＳＩＲＴ６またはＰＨＫＧ２のレベルの増加が子宮内膜がんの存在を示す、請求項１または２に記載のインビトロ方法。
【請求項４】
ＡＣＡＡ１、ＡＰ１Ｍ２、ＥＰＳ８Ｌ２、Ｐ２ＲＸ４、ＰＰＦＩＢＰ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ａ、ＣＧＮ、ＲＡＳＳＦ７、ＲＮＦ１８３、ＴＪＰ３、ＳＯＣＳ２、およびＤＣＮから選択される１〜１２個のバイオマーカーのレベルを検出することをさらに含み、ＳＯＣＳ２および／またはＤＣＮのレベルの減少が子宮内膜がんの存在を示し、ＡＣＡＡ１、ＡＰ１Ｍ２、ＥＰＳ８Ｌ２、Ｐ２ＲＸ４、ＰＰＦＩＢＰ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ａ、ＣＧＮ、ＲＡＳＳＦ７、ＲＮＦ１８３、およびＴＪＰ３から選択される１以上のバイオマーカーのレベルの増加が子宮内膜がんの存在を示す、請求項１〜３のいずれか一項に記載のインビトロ方法。
【請求項５】
該患者からの該試料が、閉経前、閉経期、または閉経後の患者からの試料であるか、該患者が閉経前、閉経期、または閉経後の患者である、請求項１〜４のいずれか一項に記載のインビトロ方法。
【請求項６】
該試料が、組織試料、血液および／または血清、ならびに子宮液から選択される、請求項１〜５のいずれか一項に記載のインビトロ方法。
【請求項７】
該試料が子宮液試料である、請求項６に記載のインビトロ方法。
【請求項８】
該子宮液試料が吸引によって得られる、請求項７に記載のインビトロ方法。
【請求項９】
バイオマーカーに対応するｍＲＮＡのレベルが決定される、請求項１〜８のいずれか一項に記載のインビトロ方法。
【請求項１０】
バイオマーカーのレベルが抗体で決定される、請求項１〜８のいずれか一項に記載のインビトロ方法。
【請求項１１】
バイオマーカーのレベルがＲＴ−ＰＣＲによって決定される、請求項１〜９のいずれか一項に記載のインビトロ方法。
【請求項１２】
子宮内膜がんを診断するための診断組成物の製造のための、Ｐ４ＨＢ  ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、またはその相補鎖である核酸の使用。
【請求項１３】
子宮内膜がんを診断するための診断組成物の製造のための、Ｐ４ＨＢ用のプライマーである核酸の使用。
【請求項１４】
子宮内膜がんを診断するための診断組成物の製造のための、Ｐ４ＨＢ用のプローブである核酸の使用。
【請求項１５】
子宮内膜がんの診断に使用するための、Ｐ４ＨＢ用のプローブを含むキット。
【請求項１６】
子宮内膜がんの診断に使用するための、Ｐ４ＨＢ用のプライマーを含むキット。
【請求項１７】
子宮内膜がんを診断するための診断組成物の製造のための、Ｐ４ＨＢに対する抗体の使用。
【請求項１８】
子宮内膜がんの診断に使用するための、Ｐ４ＨＢに対する抗体を含むキット。
【請求項１９】
請求項１〜１１のいずれか一項に記載のインビトロ方法であって、子宮内膜がんの症状または危険因子を有する患者からの子宮液吸引物試料中のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、ここに、該バイオマーカーは、子宮内膜がんに罹患していない個体を代表する対照値と比較して子宮内膜がんにおいて差異的に発現され、（１）Ｐ４ＨＢ、ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、ＦＡＳＴＫＤ１、ＤＤＲ１、ＳＩＲＴ６、ＰＨＫＧ２、ＡＣＡＡ１、ＡＰ１Ｍ２、ＥＰＳ８Ｌ２、Ｐ２ＲＸ４、ＰＰＦＩＢＰ２、ＰＰＰ１Ｒ１６Ａ、ＣＧＮ、ＲＡＳＳＦ７、ＲＮＦ１８３、またはＴＪＰ３のレベルが、患者の子宮内膜吸引物試料においてアップレギュレートされている場合、その患者は子宮内膜がんを有する可能性が増大しており、（２）ＥＦＥＭＰ２、ＳＯＣＳ２、またはＤＣＮのレベルが吸引物試料においてダウンレギュレートされている場合、その患者は子宮内膜がんを有する可能性が増大している方法。
【請求項２０】
子宮内膜がんの有無を試験するためのインビトロ方法であって、子宮内膜がんの症状または危険因子を有するヒト患者からの子宮液試料中の２〜９個のバイオマーカーのＲＮＡ発現のレベルを定量ＰＣＲによって決定することを含み、ここに、該マーカーは、Ｐ４ＨＢ、ならびにＥＦＥＭＰ２、ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、ＤＤＲ１、ＦＡＳＴＫＤ１、ＳＩＲＴ６、ＰＨＫＧ２、およびＳＯＣＳ２から選択される１以上であり、子宮内膜がんに罹患していない個体を代表する対照値と比較したＰ４ＨＢ、ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、ＤＤＲ１、ＦＡＳＴＫＤ１、ＳＩＲＴ６もしくはＰＨＫＧ２のレベルの増加および／またはＥＦＥＭＰ２もしくはＳＯＣＳ２のレベルの減少が子宮内膜がんの存在を示す方法。
【請求項２１】
該レベルの検出が、該１つ以上のバイオマーカーを、該１つ以上のバイオマーカーを特異的に増幅する能力を有するプライマーおよび試薬類と接触させること、ならびに該増幅されたバイオマーカーにハイブリダイズする１つまたは複数のプローブを使って該増幅された１つ以上のバイオマーカーのレベルを検出することを含む、請求項１〜９、１１、１９または２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
該プローブが、該増幅されたバイオマーカーに特異的にハイブリダイズする、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２およびＦＡＳＴＫＤ１；ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２およびＤＤＲ１；ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２およびＰＨＫＧ２；ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２およびＳＩＲＴ６；ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２およびＡＣＡＡ１；ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＳＯＣＳ２およびＥＦＥＭＰ２；ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２およびＥＰＳ８Ｌ２；ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２およびＰ２ＲＸ４；ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２およびＰＰＦＩＢＰ２；ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２およびＰＰＰ１Ｒ１６Ａ；ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２、ＡＣＡＡ１およびＦＡＳＴＫＤ１；ＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２、ＰＨＫＧ２およびＦＡＳＴＫＤ１；またはＧＭＩＰ、ＩＫＢＫＥ、Ｐ４ＨＢ、ＥＦＥＭＰ２、ＳＩＲＴ６およびＦＡＳＴＫＤ１を含むマーカーの組合せが検出される、請求項３〜１１および２０〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
子宮内膜がんの危険因子または症状を有する患者からパイペル装置またはシリンジで得られた子宮液試料を、該子宮液試料中のＲＮＡを保存し、その分解を防止または低減する能力を有する薬剤と接触させること；該試料における、該バイオマーカーと１つ以上の内在性遺伝子とに対応するｍＲＮＡの発現レベルを、定量ＰＣＲを使って決定すること；該バイオマーカーの発現レベルを、１つ以上の内在性遺伝子で標準化すること；該バイオマーカーの標準化されたレベルを、子宮内膜がんに罹患していない個体を代表する対照値と比較することをさらに含み、前記バイオマーカーの差異的発現が、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を示す、請求項１〜１１および２０〜２３のいずれか一項に記載のインビトロ方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
［発明の分野］
本発明は、子宮がんの検出、診断、予後に関する。本発明は、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNに対応するバイオマーカーが、子宮内膜がんを有する患者からの試料と比較して対照試料においては差異的に発現（differentially expressed）し、それゆえに子宮内膜がんを検出するのに役立つという、驚くべき発見に関する。特にこれらのバイオマーカーは、優れた感度、特異度、および/または罹患個体を非罹患個体から分離する能力を有する。さらにまた、本発明者らは、原発子宮内膜がん腫瘍組織におけるこれらのバイオマーカーの差異的発現（differential expression）が、対照値と比較した子宮液試料におけるそれらの発現レベルと相関することも見いだした。したがってこれらのバイオマーカーは、それらが罹患個体から得られるいくつかの異なるタイプの試料において差異的に発現することが見いだされるという点で、ロバストである。
【背景技術】
【０００２】
［発明の背景］
欧州では毎年、子宮内膜がんの新規症例が約150,000例あり、約46,000人の女性がこの疾患で死亡する（Ferlayら (2007) Ann. Onc. 18:581-592）。米国では、子宮内膜癌の新規症例が約41,000例診断され、7,300人の女性が毎年死亡する（インターネット上で利用できるAmerican Cander Societyの統計を参照されたい）。子宮内膜がんの発生率と子宮内膜がんによる死亡率は増加しつつある。
【０００３】
子宮内膜がん（EC）は、最もよく見られる女性生殖管の浸潤性腫瘍であり、西洋諸国の女性では4番目に多い（Jemalら (2008) CA Caner J Clin 58:71-96）。この致命的な疾患と闘うために、子宮内膜がんの診断、予後、および分類の新しい方法が必要とされている。
【０００４】
多くの場合、子宮内膜がんは、疾患関連症状の表出により、その初期段階において早期に検出される。残念ながら、患者の20％は、予後不良、生存率の低下、より進行した疾患に関係する主な指標である子宮筋層浸潤および/またはリンパ節転移（lymph node affectation）を呈する。子宮内膜がんの一次治療モダリティは外科的処置である。
【０００５】
子宮がん（例えば子宮内膜がん）の一般的な症状には、異常な膣出血または腟分泌物、排尿困難、骨盤痛、および性交痛などがある。子宮がんは通常、閉経後に起こる。子宮内膜がんの他の危険因子には、肥満していること、エストロゲン単独ホルモン補充療法を受けていること、タモキシフェン（tamixofen）による処置、がんの遺伝的素因を有すること（例えばリンチ症候群）などがある。子宮内膜がんの標準的処置は、その病期に依存してさまざまである。処置は、通常、子宮を除去するための外科手術（これは子宮摘出術と呼ばれる）を伴うが、他の選択肢として、ホルモン療法および放射線療法も挙げられる。
【０００６】
子宮内膜がんを診断するために臨床において日常的に使用される方法には、生検とそれに続く細胞学的分析および/または経膣超音波検査が含まれる。子宮内膜癌の診断は通常、子宮内膜吸引物の病理学的検査（20〜30％）および子宮鏡ガイド下生検（biopsy-guided hysteroscopy）（70〜80％）によって行われる。子宮鏡検査による診断の成功率は90％を上回り、偽陽性は、子宮内膜腺癌の前駆病変（過形成）；無視できない悪性度を呈し（0〜4.8％）、無症候性または良性の外観であっても除去しなけらばならない子宮内膜ポリープ；または子宮内膜過形成と識別することが困難なびまん型の子宮内膜腺癌の場合に生じる。したがって、分子マーカーに基づく、より非侵襲的な診断検査が必要とされている。そのような、分子マーカーに基づく、より非侵襲的な検査は、子宮がんの、よりルーチンなスクリーニングを可能にするだろう。より非侵襲的な方法で得られる分子マーカーに基づき、しかも子宮内膜生検に匹敵する感度と特異度を有する診断検査により、不必要な子宮鏡検査を排除することができる。
【０００７】
子宮内膜癌は低悪性度（I型）および高悪性度（2型）に分類することができる。新規症例の約80％に相当するI型類内膜子宮内膜がん（エストロゲン依存性と呼ばれることもある）は、エストロゲン刺激に関連する低悪性度腫瘍であり、通常は閉経期または閉経後の女性において発生し、通常は、異型を伴うまたは異型を伴わない子宮内膜過形成が先行して起こる。II型非類内膜子宮内膜がんは、通常、より高齢の女性を冒し、より低分化であり、予後が悪く、エストロゲン刺激に関連せず、萎縮性子宮内膜に関係するか、時には子宮内膜ポリープと関係する。
【０００８】
I型がんは、典型的には、PTEN、KRAS2、DNAミスマッチ修復異常（DNA mismatch repair defects）、CTNNB1に変化を有し、近二倍体（near diploid）核型を有することが知られている。II型がんは、典型的には、TP53突然変異およびErBB2過剰発現を有し、ほとんどが非二倍体である。Sugiyamaら（(2003) Clin. Can. Res. 9:5589-5600）は、I型子宮内膜がんとII型子宮内膜がんとを対比して、一定の遺伝子が選択的にアップレギュレートまたはダウンレギュレートされると報告した。例えば彼らは、I型がんでは、MLH1が、DNA損傷シグナリングおよびDNA損傷修復に関係する他の遺伝子、例えばO6-メチル-グアニンDNAメチルトランスフェラーゼ、DNAポリメラーゼα触媒サブユニット、およびKu（p70/p80）抗原などと共に、ダウンレギュレートされることを見いだした。VEGF-Cは、I型がんでは、II型がんと比較して、タンパク質レベルでもmRNAレベルでもアップレギュレートされることがわかった。KRASは、II型がんにおいてアップレギュレートされることがわかった。STAT1はI型がんにおいてアップレギュレートされ、STAT2はII型がんにおいてアップレギュレートされた。Konecnyら（(2009) British Journal of Cancer 100, 89-95）は、インサイチューハイブリダイゼーションにおける蛍光によって測定されるHER2遺伝子増幅の割合はII型がんの方が大きいのに対して、IHC技法によって測定されるEGFR発現はII型がんの方が有意に低いと報告している。Dengら（(2005) Clin. Can. Res. vol. 11, no 23:8258-8264）は、EIG121がI型エストロゲン関連がんのマーカーであると報告している。
【０００９】
子宮がんは細胞タイプに応じて組織学的にも分類される。最も一般的な細胞タイプは類内膜型と呼ばれ、新たに診断される症例の80％前後に相当する。それほど一般的ではない他の子宮がんは、漿液性癌および明細胞癌と呼ばれる。I型がんの大半が類内膜細胞タイプであるのに対して、非類内膜子宮がんである可能性はII型がんの方が高い。II型がんは、I型がんと比べて、転移しやすく、予後が悪い。典型的には、I型がんの方が予後がよく、治療に対して、より良く応答する。
【００１０】
いくつかの研究が、子宮がんを分類するための遺伝子発現プロファイルを検討している。Sugiyamaら（(2003) Clin. Canc. Res. 9:5589-5600）は、I型がんとII型がんの間では、45個の遺伝子がI型がんにおいて高く発現し、24個はI型がんにおいて高く発現したと報告している。Risingerら（(2003) Canc. Res. 63:6-11）は、子宮内膜がんの異なる組織亜型のマイクロアレイ分析は、相異なる遺伝子発現プロファイルを有すると報告している。彼らは、191個の遺伝子が、類内膜子宮内膜がんと非類内膜子宮内膜がんの間で、2倍を超える発現量の差を示すことを見いだした。
【００１１】
子宮内膜がんのための子宮内膜がんバイオマーカーはいくつか同定されている。上昇したレベルのCA 125、CA 15-3、およびCA 19-9は、より短い生存期間と関連する。CA 125は腫瘍サイズおよび腫瘍病期と相関し、子宮外進展の独立予測因子である。
【００１２】
子宮がんを検出するための血清マーカーは文献に報告されている。Yurkovetskyら（(2007) Gyn. Onc. 107:58-65）は、プロラクチンが、子宮内膜がんに対する感度と特異度を有する血清バイオマーカーであることをつきとめた。I期と比較してIII期の疾患を有する患者では、血清CA 125、CA 15-3およびCEAが高いことを、彼らは見いだした。プロラクチン、GH、エオタキシン、E-セレクチン、およびTSHの5バイオマーカーパネルは、子宮内膜がんを卵巣がんおよび乳がんと弁別した。
【００１３】
子宮内膜がんの診断に関して臨床家にとってもう一つの重要な問題は、同時性がんに関係する。Guirguisら（Gyn. Onc. (2008) 108:370-376）は、卵巣がん患者の10％が子宮内膜に腫瘍を有し、子宮内膜がんを有する患者の5〜25％も卵巣内に腫瘍を有すると報告している。がんの原発部位を決定することは処置上重要な意味を持つ。III期子宮内膜癌は、外科手術とそれに続く化学療法および/または放射線とによって処置されるが、二重原発性I期卵巣および子宮内膜がんは、より良い予後を有し、アジュバント療法を必要としないかもしれない。
【００１４】
子宮内膜がんを診断する現在の方法は、多くの場合、患者を不快にし、視覚像の主観的解釈に依拠することもある。より非侵襲的な子宮内膜がんのスクリーニング方法であって、解釈が、より非主観的である方法が必要とされている。加えて、子宮内膜がんの早期検出に役立つ新しいマーカーも必要とされている。子宮内膜がんを検出するための現在の方法には、頚管拡張子宮内膜掻爬（dilation and curettage）法があり、これはゴールドスタンダードであるとみなされているが、この方法は侵襲的であり、かなりの不快を引き起こす場合があり、解釈には熟練した病理学者を必要としうるので、一般スクリーニングツールとしては適切でない。子宮内膜がんを診断するための、より非侵襲的なもう一つの方法では、子宮内膜の厚さを測定する経膣超音波検査が行われる。閉経後出血がある患者の研究では、4mmのカットオフを使った場合に、経膣超音波検査は100％の感度と60％の特異度を持つことが見いだされた（Gullら (2003) Am. J. Obstet. Gynecol. 188(2):401-408）。膣出血がない女性では、子宮内膜厚測定の感度は、6mmの閾で17％、5mmの閾で33％だった（Fleischerら (2001) Am. J. Obstet. Gynecol. 184:70-75）。子宮内膜がんだけでなく他の条件でも子宮内膜の厚さが増加する場合があるので、TVSは偽陽性率が高い。閉経前および閉経期の女性におけるTVSの使用に伴う潜在的課題の一つは、子宮内膜の厚さが月経周期の時期の関数として変動することである。さらにまた、タモキシフェンを服用している女性も、肥厚した子宮内膜を有する。したがって、子宮内膜がんの診断においてTVSの能力を補完しかつ/または改善することができる技法およびマーカーが必要とされている。
【００１５】
子宮内膜がんのスクリーニングに現在利用することができるツールに改善の余地があることは明らかである。
【発明の概要】
【００１６】
［発明の概要］
本発明は、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNに対応するバイオマーカーが、子宮内膜がんを有する患者からの試料と比較して対照試料においては差異的に発現し、それゆえに子宮内膜がんを検出するのに役立つという、驚くべき発見に関する。特にこれらのバイオマーカーは、優れた感度、特異度、および/または罹患個体を非罹患個体から分離する能力を有する。さらにまた、本発明者らは、原発子宮内膜がん腫瘍組織におけるこれらのバイオマーカーの差異的発現が、対照値と比較した子宮液試料におけるそれらの発現レベルと相関することも見いだした。したがってこれらのバイオマーカーは、それらが罹患個体から得られるいくつかの異なるタイプの試料において、非罹患個体と比較して差異的に発現することが見いだされるという点で、ロバストである。
【００１７】
したがって本発明は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を診断するためのインビトロ診断方法であって、
（1）患者からの試料におけるACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、およびTJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーのレベルを検出すること（ここで、対照値と比較した該1〜17個のバイオマーカーのレベルの増加は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大の診断を示す）、および/または
（2）EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルを検出すること（ここで、対照値と比較したEFEMP2、SOCS2、および/またはDCNのレベルの減少は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大の診断を示す）
を含む方法に関する。
【００１８】
したがって本発明は、子宮内膜がんを診断するためのインビトロ診断方法であって、
（1）患者からの試料におけるP4HB、GMIP、IKBKE、FASTKD1、DDR1、SIRT6、PHKG2、ACAA1、AP1M2、EPS8L2、P2RX4、PPFIBP2、PPP1R16A、CGN、RASSF7、RNF183、およびTJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーのレベルを検出すること（ここで、対照値と比較した該1〜17個のバイオマーカーのレベルの増加は、子宮内膜がんの存在を示す）、および/または
（2）EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルを検出すること（ここで、対照値と比較したEFEMP2、SOCS2、および/またはDCNのレベルの減少は、子宮内膜がんの存在を示す）
を含む方法に関する。
【００１９】
表1のバイオマーカーは、マイクロアレイ研究で決定した場合に、子宮内膜がん試料と正常試料との間で差異的に発現することが見いだされた（発明の詳細な説明に記載する表1を参照されたい）。本発明者らは、表1のバイオマーカーのそれぞれが個別に、子宮内膜がんの診断に関して適中度を有することを見いだした。さらにまた、表1のマーカーの組合せのレベルが、子宮内膜がんの診断に関して、さらなる適中度を有することも見いだした（実施例5参照）。例えば驚いたことに、本発明者らは、2〜20個のバイオマーカーをさまざまな組合せで含んでいてフィンガープリントパターンを与える表1のバイオマーカーのサブグループが、子宮内膜がんの診断または検出に関して優れた適中度を有することを見いだした。一般に、表1のバイオマーカーのうちの2つ以上が試料中で差異的に発現している場合、その個体が子宮内膜がんを有する可能性は増大する。そのうえ、本発明者らは、表1に記載するバイオマーカーに加えて他のバイオマーカーをフィンガープリントパターンに追加することでも適中度を増大させることができ、子宮内膜がんの分類、子宮内膜がん以外の疾患の鑑別診断、および子宮内膜がん予後に役立ちうることを見いだした。表1に、本発明のバイオマーカーに対応する遺伝子、mRNA、およびタンパク質について、ENSEMBLアクセッション番号を記載する。一部のバイオマーカーは選択的転写産物を有する。本発明は、これらの選択的転写産物（またはタンパク質アイソフォーム）のいずれでも、それが子宮内膜がんの有無と相関する限り、その差異的発現を決定することに関する。子宮内膜がんの検出にとって好ましい転写産物（またはタンパク質アイソフォーム）は、実施例に示すアレイプローブを使って検出されたものである。
【００２０】
本発明者らは、表1のマーカーを子宮液試料中に検出することができ、これらのマーカーの発現のレベルが、原発腫瘍および子宮液（例えば子宮洗浄または子宮吸引によって得られるもの）において相関することも見いだした。
【００２１】
したがって本発明は、試験試料において、表1に記載するバイオマーカーのうちの1〜20個のレベルを決定するための方法を提供する。この方法は、患者からの試験試料を用意または取得すること；試料における表1のバイオマーカーのうちの1〜20個のレベルを決定すること；および試験試料におけるバイオマーカーのレベルを対照値（例えば対照試料、対照値、または対照スコア）と比較することを含みうる。表1に示す、子宮内膜がんにおいて過剰発現することが見いだされたバイオマーカーのレベルが、対照値（例えば対照試料、対照値、および/または対照スコア）と比較して、患者から得られた試験試料において高いことは、子宮内膜がん、子宮内膜がんの可能性の増大、および/または前がん状態（例えば子宮内膜過形成）を示す。表1に示す、子宮内膜がんにおいて過少発現することが見いだされたバイオマーカーのレベルが、対照値（例えば対照試料、対照値、および/または対照スコア）と比較して、患者から得られた試験試料において低いことは、子宮内膜がん、子宮内膜がんの可能性の増大、および/または前がん状態（例えば子宮内膜過形成）を示す。バイオマーカーのレベルは、RT-PCR、定量PCR、マルチプレックスPCR、ノーザンハイブリダイゼーション、マイクロアレイ解析、ツーハイブリッドアッセイ、例えばGAL4 DNA結合ドメインに基づくアッセイ、抗体に基づくアッセイ、EIA、ブロットアッセイ、サンドイッチアッセイなどを含む適当なアッセイを使って、決定することができる。子宮内膜がんの診断のために、体液および組織における表1のバイオマーカーのレベルを決定することができる。例えば生検によって得られた腫瘍組織における表1のバイオマーカーのレベルを決定することができる。子宮吸引物および/または子宮液から得た試料における表1のバイオマーカーのレベルを決定することができる。血液、血清、または血漿における表1のバイオマーカーのレベルを決定することができる。
【００２２】
表1のバイオマーカーには、子宮内膜がんにおいてアップレギュレートされることがこれらの研究で見いだされたACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、およびTJP3と、子宮内膜がんにおいてダウンレギュレートされることが見いだされたDCN、SOCS2、およびEFEMP2とが含まれる。ある実施形態では、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を検出するために本発明の方法において使用されるバイオマーカーに、表1に記載するアップレギュレートされるバイオマーカーのうちの1〜17個と、表1に記載するダウンレギュレートされるマーカーのうちの1〜3個が含まれる。
【００２３】
ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1つ以上のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現しているのであれば、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。この実施形態の一態様によれば、試料は、組織試料および体液試料から選択される。ある態様では、体液試料が子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００２４】
したがって本発明は、子宮内膜がんを診断するためのインビトロ診断方法であって、
（1）患者からの試料における、P4HB、GMIP、IKBKE、FASTKD1、DDR1、SIRT6、PHKG2、ACAA1、AP1M2、EPS8L2、P2RX4、PPFIBP2、PPP1R16A、CGN、RASSF7、RNF183、およびTJP3から選択される1つ以上のバイオマーカーのレベルを検出すること（ここで、対照値と比較した該1つ以上のバイオマーカーのレベルの増加は、子宮内膜がんの存在を示す）、および/または
（2）EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1つ以上のバイオマーカーのレベルを検出すること（ここで、対照値と比較したEFEMP2、SOCS2、および/またはDCNのレベルの減少は、子宮内膜がんの存在を示す）
を含む方法に関する。
【００２５】
さらにもう一つの実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するためのインビトロ診断方法であって、
（1）患者からの試料における、P4HB、GMIP、IKBKE、FASTKD1、DDR1、SIRT6、PHKG2、ACAA1、AP1M2、EPS8L2、P2RX4、PPFIBP2、PPP1R16A、CGN、RASSF7、RNF183、およびTJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーのレベルを検出すること（ここで、対照値と比較した該1〜17個のバイオマーカーのレベルの増加は、子宮内膜がんの存在を示す）、および/または
（2）EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルを検出すること（ここで、対照値と比較したEFEMP2、SOCS2、および/またはDCNのレベルの減少は、子宮内膜がんの存在を示す）
を含む方法に関する。
【００２６】
ある実施形態において、本インビトロ診断方法は、P4HBのレベルを検出することを含む。もう一つの実施形態において、本インビトロ診断方法は、EFEMP2のレベルを検出することを含む。さらにもう一つの実施形態において、本インビトロ方法は、IKBKEのレベルを検出することを含む。さらにもう一つの実施形態において、本インビトロ診断方法は、GMIPのレベルを検出することを含む。
【００２７】
本発明のインビトロ診断方法によれば、P4HBに加えて、GMIP、IKBKE、またはEFEMP2の1つ以上のレベルを検出してもよい。本インビトロ診断方法は、EFEMP2に加えて、P4HB、IKBKE、またはGMIPの1つ以上のレベルを検出することを、さらに含みうる。本インビトロ診断方法は、IKBKEに加えて、GMIP、EFEMP2、またはP4HBの1つ以上のレベルを検出することをさらに含みうる。また、本インビトロ診断方法はFASTKD1、DDR1、SIRT6、および/またはPHKG2のレベルを検出することをさらに含むことができるとも考えられる。本インビトロ診断方法は、ACAA1、AP1M2、EPS8L2、P2RX4、PPFIBP2、PPP1R16A、CGN、RASSF7、RNF183、TJP3、SOCS2、およびDCNから選択される1〜12個のバイオマーカーのレベルを検出することを、さらに含みうる。
【００２８】
ある実施形態では、患者が、子宮内膜がんの危険因子を有するか、子宮内膜がんのスクリーニングを受けている。さらに、患者からの試料は、異常子宮出血を伴う患者からの（から得られる）試料であることができる。言い換えると、患者は異常子宮出血を患っていてもよい。該患者からの試料は、厚さの増加した子宮内膜を有する患者からの（から得られる）試料であることができる。したがって患者は、厚さが増加した子宮内膜を有しうる。
【００２９】
患者からの試料は、閉経前、閉経期、または閉経後の患者からの（から得られる）試料であることができる。したがって患者は、閉経前、閉経期、または閉経後の患者である。ある実施形態では、患者が閉経前である。もう一つの実施形態では、患者が閉経期である。さらにもう一つの実施形態では、患者が閉経後である。
【００３０】
試料は組織試料、血液および/または血清、および/または子宮液であることができる。ある実施形態では、試料が子宮液試料である。子宮液試料は吸引によって得ることができる。
【００３１】
ある実施形態では、バイオマーカーのレベルが、本発明に従って、抗体を使って決定される。バイオマーカーのレベルは、RT-PCRによって決定することもできる。
【００３２】
以下のマーカーを、本発明のインビトロ診断方法に従って検出することができる：P4HB、IKBKE、EFEMP2、SOCS2、FASTKD1、GMIP、DDR1、SIRT6、PHKG2、EPS8L2、PPP1R16A、P2RX4、RASSF7、および/またはTJP3。以下のマーカーも、本発明のインビトロ診断方法に従って検出することができる：P4HB、IKBKE、SOCS2、GMIP、DDR1、SIRT6、PHKG2、EPS8L2、PPP1R16A、P2RX4、RASSF7、および/またはTJP3。
【００３３】
検出されるマーカーは、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、および/またはSOCS2であることができる。検出されるマーカーは、P4HB、RASSF7、RNF183および/またはIKBKEであることもできる。
【００３４】
ある実施形態において、本インビトロ診断方法は、2〜20個のマーカーの検出を含む。
【００３５】
好ましくは、以下のマーカーの組合せを検出する：P4HB、EFEMP2、SIRT6、GMIP、FASTKD1およびDDR1。以下のマーカーの組合せの検出も好ましい：P4HB、EFEMP2、SIRT6、GMIP、FASTKD1およびPHKG2。以下のマーカーの組合せの検出も好ましい：P4HB、EFEMP2、SIRT6、ACAA1、AP1M2、EPS8L2、IKBKE、P2RX4、PPFIBP2およびPPP1R16A。
【００３６】
以下のマーカーの組合せを、本発明に従って検出することも、好ましい：
GMIP、IKBKE、PFHB、EFEMP2；
DDR1、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P4HB、PHKG2、SIRT6、EFEMP2；
P4HB、EFEMP2、IKBKE、GMIP、FASTKD1。
【００３７】
本発明に関して、P4HBの組合せを含むマーカーの組合せ（すなわちP4HBを含むマーカーのセット）は、特に好ましい。
【００３８】
ここでは以下に挙げるマーカーの組合せの検出も考えられる：
DDR1、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P4HB、PHKG2、SIRT6、EFEMP2；SOCS2；
P4HB、SOCS2；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、FASTKD1；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、DDR1；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、PHKG2；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、SIRT6；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、ACAA1；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、AP1M2；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EFEMP2；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EPS8L2；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、P2RX4；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、PPFIB2；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、PPP1R16A；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、ACAA1、FASTKD1；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、FASTKD1、PHKG2；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、FASTKD1、SIRT6；
GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2。
【００３９】
1つ以上の追加バイオマーカーを、本明細書に開示するインビトロ診断方法に従って、検出してもよい。1つ以上の追加バイオマーカーは、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択することができる。ある実施形態では、1つ以上の追加バイオマーカーが鑑別診断バイオマーカーから選択される。
【００４０】
1つ以上の補助バイオマーカーは、予後マーカーから選択することができる。1つ以上の補助バイオマーカーは、子宮内膜がん分類マーカーから選択することができる。
【００４１】
さらにもう一つの実施形態において、本発明は、子宮内膜がんの診断に使用するための、
IKBKE mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
P4HB mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
SOCS2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
GMIP mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
DDR1 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
EPS8L2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；および
PPP1R16A mRNA、cDNA、またはその相補鎖
から選択される核酸に関する。
【００４２】
本発明は、子宮内膜がんの診断に使用するための、
IKBKE用のプライマー；
P4HB用のプライマー；
SOCS2用のプライマー；
GMIP用のプライマー；
DDR1用のプライマー；
EPS8L2用のプライマー；および
PPP1R16A用のプライマー；
から選択される核酸にも関係する。
【００４３】
ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんの診断に使用するための、
IKBKE用のプローブ；
P4HB用のプローブ；
SOCS2用のプローブ；
GMIP用のプローブ；
DDR1用のプローブ；
EPS8L2用のプローブ；および
PPP1R16A用のプローブ
から選択される核酸に関する。
【００４４】
子宮内膜がんの診断に使用するための本明細書に記載のプローブを2つ以上含むキットも、本発明に関連して考えられる。さらに、子宮内膜がんの診断に使用するための本明細書に開示する2つ以上のプライマー/プライマー対のためのプライマーを含むキットも、本発明に関連して考えられる。
【００４５】
さらにもう一つの実施形態において、本発明は、子宮内膜がんの診断に使用するための、
IKBKEに対する抗体；
P4HBに対する抗体；
SOCS2に対する抗体；
GMIPに対する抗体；
DDR1に対する抗体；
EPS8L2に対する抗体；および
PPP1R16Aに対する抗体
から選択される抗体に関する。
【００４６】
したがって、子宮内膜がんの診断に使用するための、本明細書に開示する2つ以上の抗体に対する抗体を含むキットが考えられる。本発明はさらに、本明細書に定義し説明する1〜20個のバイオマーカーのレベルを評価することによる子宮内膜がんの診断に使用するための、子宮液を取得するためのキットに関する。
【００４７】
本発明のインビトロ診断方法は、2個のバイオマーカー、3個のバイオマーカー、4個のバイオマーカー、5個のバイオマーカー、7個のバイオマーカー、10個のバイオマーカー、15個のバイオマーカーまたは20個のバイオマーカーのレベルを決定/検出することを含みうる。
【００４８】
ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんを診断するためのインビトロ診断方法であって、子宮内膜がんの症状または危険因子を有する患者から子宮液吸引物試料を取得すること、および子宮内膜がんに罹患していない個体を代表する対照値と比較して子宮内膜がんにおいて差異的に発現する1〜100個のバイオマーカーマーカー（biomarkers markers）のレベルを決定することを含み、（1）1〜100個のバイオマーカーのレベルが、患者の子宮内膜吸引物試料および対照値においてアップレギュレートされている場合、その患者は子宮内膜がんを有する可能性が増大しており、（2）1〜100個のバイオマーカーのレベルが吸引物試料においてダウンレギュレートされている場合、その患者は子宮内膜がんを有する可能性が増大しているという方法に関する。
【００４９】
本発明はさらに、子宮内膜がんの診断に使用するための、
ACAA1 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
AP1M2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
CGN mRNA、cDNA、またはその相補差；
FASTKD1 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
P2RX4 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
RASSF7 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
RNF183 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
PHKG2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
PPFIBP2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
SIRT6 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
TJP3 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；
EFEMP2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；および
DCN mRNA、cDNA、またはその相補鎖
から選択される核酸に関する。
【００５０】
また、子宮内膜がんの診断に使用するための、
ACAA1用のプライマー；
AP1M2用のプライマー；
CGN用のプライマー；
FASTKD1用のプライマー；
P2RX4用のプライマー；
RASSSF7用のプライマー；
RNF183用のプライマー；
SIRT6用のプライマー；
PPFIBP2用のプライマー；
PHKG2用のプライマー；
TJP3用のプライマー；
EFEMP2用のプライマー；および
DCN用のプライマー；
から選択される核酸も、本発明の主題である。
【００５１】
さらにもう一つの実施形態において、本発明は、子宮内膜がんの診断に使用するための、
ACAA1用のプローブ；
AP1M2用のプローブ；
CGN用のプローブ；
FASTKD1用のプローブ；
P2RX4用のプローブ；
RASSF7用のプローブ；
RNF183用のプローブ；
SIRT6用のプローブ；
PPFIBP2用のプローブ；
PHKG2用のプローブ；
TJP3用のプローブ；
EFEMP2用のプローブ；および
DCN用のプローブ
から選択される核酸に関する。
【００５２】
もう一つの実施形態において、本発明は、子宮内膜がんの診断に使用するための、
ACAA1に対する抗体；
AP1M2に対する抗体；
CGNに対する抗体；
FASTKD1に対する抗体；
P2RX4に対する抗体；
RASSF7に対する抗体；
RNF183に対する抗体；
SIRT6に対する抗体；
PPFIBP2に対する抗体；
PHKG2に対する抗体；
TJP3に対する抗体；
EFEMP2に対する抗体；および
DCNに対する抗体
から選択される抗体に関する。
【００５３】
本明細書において説明し定義する抗体、核酸、プローブ、プライマー/プライマー対、および/またはキットは、本発明による子宮内膜がんの診断に役立つ。したがって、本明細書において説明し定義する抗体、核酸、プローブ、プライマー/プライマー対、および/またはキットは、子宮内膜がんの診断用である。同様に、子宮内膜がんを診断するための診断組成物を製造するための抗体、核酸、プローブ、プライマー/プライマー対、および/またはキットの使用も考えられる。本明細書において説明し定義する抗体、核酸、プローブ、プライマー/プライマー対、および/またはキットを含む、子宮内膜がんの診断に使用するための診断組成物も、本発明に関連して考えられる。
【００５４】
これに関連して、子宮内膜がんを診断することは、ヒトまたは動物の体に施される診断方法であって、
（i）純粋に知的活動としての演繹的な医学的または獣医学的決定段階に相当する厳密な意味での治療的目的のための診断、
（ii）その診断を下すためには欠かすことのできない先行ステップ、および
（iii）これらの先行ステップのうち技術性を持つものを実行したときに起こるヒトまたは動物の体との特異的な相互作用
に関係する特徴を含むまたは包含する方法を含むか、またはそのような方法に関係しうる。
【００５５】
さらにもう一つの実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するためのインビトロ診断方法であって、婦人科がんの症状または危険因子を有するヒト患者からの子宮液試料を用意または取得すること、およびP4HB、EFEMP2、GMIP、IKBKE、DDR1、FASTKD1、SIRT6、PHKG2、およびSOCS2から選択される2〜9個のバイオマーカーのRNA発現のレベルを定量PCRによって決定することを含み、対照と比較したP4HB、GMIP、IKBKE、DDR1、FASTKD1、SIRT6、およびPHKG2から選択される1〜7個のバイオマーカーのレベルの増加および/またはEFEMP2またはSOCS2のレベルの減少が子宮内膜がんの存在を示す方法に関する。好ましくは、婦人科がんは子宮内膜がんである。
【００５６】
ある実施形態では、P4HB、EFEMP2、GMIP、IKBKE、DDR1、FASTKD1、SIRT6、およびPHKG2から選択される2〜8個のバイオマーカーの発現レベルを決定することができる。2〜8個のバイオマーカーは、P4HB、GMIP、IKBKE、DDR1、FASTKD1、SIRT6、PHKG2、およびSOCS2から選択することもできる。
【００５７】
レベルの検出は、該1つ以上のバイオマーカーを、該1つ以上のバイオマーカーを特異的に増幅する能力を有するプライマーおよび試薬類と接触させること、ならびに該増幅されたバイオマーカーにハイブリダイズする1つまたは複数のプローブを使って該増幅された1つ以上のバイオマーカーのレベルを検出することを含みうる。プローブは、該増幅されたバイオマーカーに特異的にハイブリダイズする。
【００５８】
特に、以下に挙げるバイオマーカーの組合せを、本発明の方法に従って検出することができる：P4HBおよびEFEMP2；P4HBおよびIKBKE；P4HBおよびGMIP；EFEMP2およびIKBKE；EFEMP2およびP4HB；P4HB、GMIP、およびIKBKE；P4HB、GMIP、およびIKBKE。
【００５９】
以下に挙げるマーカーの組合せも、本方法に従って検出することができる：IKBKEおよびP4HB；IKBKEおよびSOCS2；P4HBおよびSOCS2；GMIPおよびIKBKE；GMIPおよびP4HB；GMIPおよびSOCS2；GMIP、SOCS2、およびIKBKE；GMIP、SOCS2、およびP4HB；GMIP、IKBKE、およびP4HB；IKBKE、P4HB、およびSOCS2；GMIP、IKBKE、P4HB、およびSOCS2；GMIP、SOCS2、IKBKE、およびEPS8L2；GMIP、SOCS2、P4HB、およびEPS8L2；GMIP、IKBKE、P4HB、およびEPS8L2；IKBKE、P4HB、SOCS2、およびEPS8L2；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、およびDDR1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EPS8L2、およびPPP1R16A；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、PHKG2、およびRASSF7；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EPS8L2、およびDDR1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EPS8L2、PPP1R16A、およびDDR1；DDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPP1R16A、RASSF7、SIRT6、TJP3、およびSOCS2；またはDDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPP1R16A、RASSF7、SIRT6、TJP3、RNF183およびSOCS2を含む組合せ。
【００６０】
さらに、以下に挙げるマーカーの組合せを、本方法に従って検出することができる：GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびFASTKD1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびDDR1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびPHKG2；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびSIRT6；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびACAA1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびEFEMP2；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびEPS8L2；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびP2RX4；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびPPFIBP2；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびPPP1R16A；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、ACAA1およびFASTKD1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、PHKG2およびFASTKD1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、SIRT6およびFASTKD1；ACAA1、AP1M2、EPS8L2、IKBKE、P2RX4、P4HB、PPFIBP2、PPP1R16A、SIRT6、およびEFEMP2；GMIP、IKBKE、P4HB、およびEFEMP2；DDR1、FASTKD1、PHKG2、SIRT6、SOCS2、GMIP、IKBKE、P4HB、およびEFEMP2；DDR1、FASTKD1、PHKG2、SIRT6、GMIP、IKBKE、P4HB、およびEFEMP2；またはP4HB、EFEMP2、IKBKE、GMIP、およびFASTKD1を含む組合せ。
【００６１】
さらに、次に挙げるマーカーの組合せを、本方法に従って検出することができる：GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびFASTKD1；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびDDR1；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびPHKG2；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびSIRT6；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびACAA1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびEFEMP2；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびEPS8L2；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびP2RX4；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびPPFIBP2；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびPPP1R16A；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2、ACAA1およびFASTKD1；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2、PHKG2およびFASTKD1；またはGMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2、SIRT6およびFASTKD1を含む組合せ。
【００６２】
本発明の方法は、パイペル（pipelle）装置またはシリンジを使って、子宮内膜がんの危険因子または症状を有する患者から得られる子宮液試料を用意すること；該試料を、該子宮液試料中のRNAを保存し、その分解を防止または低減する能力を有する薬剤と、接触させること；該試料における、1〜20個の本明細書記載のマーカー（好ましくは2〜8個のマーカー）と1つ以上の内在性遺伝子とに対応するmRNAの発現レベルを、定量PCRを使って決定すること；1〜20個の本明細書記載のバイオマーカー（好ましくは2〜8個のマーカー）の発現レベルを、1つ以上の内在性遺伝子を使って標準化すること；1〜20個のバイオマーカー（好ましくは2〜8個のマーカー）の標準化されたレベルを対照値と比較することを、さらに含むことができ、それらバイオマーカーのうちの1〜20個（好ましくは2〜8個のマーカー）の差異的発現は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を示す。
【００６３】
本発明は、さらに、パイペル装置またはシリンジを使って、子宮内膜がんの危険因子または症状を有する患者から得られる子宮液試料を用意すること；該試料を、該子宮液試料中のRNAを保存し、その分解を防止または低減する能力を有する薬剤と接触させること；該試料における、1〜20個の本明細書記載のマーカー（好ましくは2〜8個のマーカー）と1つ以上の内在性遺伝子とに対応するmRNAの発現レベルを、定量PCRを使って決定すること；1〜20個の本明細書記載のバイオマーカー（好ましくは2〜8個のマーカー）の発現レベルを、1つ以上の内在性遺伝子を使って標準化すること；1〜20個のバイオマーカー（好ましくは2〜8個のマーカー）の標準化されたレベルを対照値と比較することをさらに含み、それらバイオマーカーのうちの1〜20個（好ましくは2〜8個のマーカー）の差異的発現が、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を示す、インビトロ診断方法に関する。
【００６４】
1つ以上の内在性遺伝子は、POLR2A、B2M、PFN1、HMBS、G6PD、およびPABPN1から選択することができる。
【００６５】
ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、およびACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーおよび/またはEFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。この実施形態の具体的一態様において、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーのレベルが対照値と比較して増加している場合および/またはEFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルが対照値と比較して減少している場合、それは、子宮内膜がんを示すか、子宮内膜がんを有する見込みの増大を示す。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００６６】
表1のバイオマーカーのうち、CGN、P4HB、PPP1R16A、IKBKE、RASSF7、RNF183、およびTJP3のレベルは、正常試料（例えば子宮内膜がんを有さないもの）におけるそれらの発現と比較して、RT-PCR研究において、最も高い平均過剰発現レベルを有することがわかった。したがって、これらのマーカーについてはRT-PCR実験が統計的に有意な形で（試験した試料セットについて全てのp値は0.0001未満である）高い過剰発現レベルを示したことから、これらは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する可能性の増大を診断するための好ましいマーカーに相当する。したがって、CGN、P4HB、PPP1R16A、IKBKE、RASSF7、RNF183、およびTJP3のレベルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する可能性の増大の優れた予測因子である。これらのマーカーのレベルは、その発現レベルがそれほど高くないかつ/または有意でない他のマーカーと比較して、偽陽性を与える可能性が低い。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにCGN、P4HB、PPP1R16A、IKBKE、RASSF7、RNF183、およびTJP3から選択される1つ以上のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーの1つ以上が対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大したがんの可能性を有すると診断される方法を提供する。CGN、P4HB、PPP1R16A、IKBKE、RASSF7、RNF183、およびTJP3から選択される1〜7個のバイオマーカーならびにACAA1、AP1M2、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、P2RX4、PHKG2、PPFIBP2、SIRT6、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜13個のバイオマーカーを含むフィンガープリントパターン/発現プロファイルは、子宮内膜がんの可能性の増大を診断しかつ/または予測するための一組の好ましいプロファイルの一例である。そのようなプロファイルの具体例を後述する。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００６７】
表1のバイオマーカーのうち、一部のバイオマーカーのレベルは、正常試料（または対照）および月経周期の分泌期にある患者からの試料と比較して、がんを有する患者からの試料を区別できることがわかった。したがって、ACAA1、DDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、RASSF7、SIRT6、TJP3、SOCS2、およびDCNのレベルは、閉経前および閉経後の女性ならびに閉経期の女性における子宮内膜がんの優れた予測因子であり、これらのマーカーのレベルは、その発現レベルが周期の関数として変動する他のマーカーと比較して偽陽性を与える可能性が低い。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにACAA1、DDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、LSR、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、RASSF7、SIRT6、TJP3、SOCS2、およびDCNから選択される1つ以上のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーの1つ以上が対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。ACAA1、DDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、SIRT6、TJP3、SOCS2、およびDCNから選択される1〜15個のマーカーならびにAP1M2、CGN、FASTKD1、RNF183、およびEFEMP2から選択される1〜5個のマーカーを含むフィンガープリントパターン/発現プロファイルは、このプロファイル中のマーカーの少なくとも一つの発現レベルが月経周期の時期の関数として変動しないことから、子宮内膜がんの可能性の増大を診断しかつ/または予測するための一組の好ましいプロファイルの一例である。そのようなプロファイルの具体例を後述する。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００６８】
ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにIKBKE、P4HB、SOCS2、GMIP、DDR1、EPS8L2、PPP1R16A、P2RX4、PHKG2、RASSF7、SIRT6、TJP3、AP1M2、RNF183、およびDCNから選択される1つ以上のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーの1つ以上が対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００６９】
ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにIKBKE、P4HB、SOCS2、GMIP、DDR1、EPS8L2、PPP1R16A、P2RX4、PHKG2、RASSF7、SIRT6、およびTJP3から選択される1つ以上のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーの1つ以上が対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００７０】
本発明のある実施形態では、子宮内膜がんの診断および/または子宮内膜がんの可能性の増大の診断にとって好ましいバイオマーカーが、IKBKE、P4HB、SOCS2、GMIP、DDR1、EPS8L2、およびPPP1R16Aである。ある態様では、原発腫瘍におけるバイオマーカーのレベルが決定される。ある態様では、血液、血漿または血清におけるバイオマーカーのレベルが決定される。ある態様では、子宮液におけるバイオマーカーのレベルが決定される。したがって、この実施形態による方法は、試料を取得すること、ならびにIKBKE、P4HB、SOCS2、GMIP、DDR1、EPS8L2、およびPPP1R16Aから選択される1〜7個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、ここで、対照値と比較したこれらのバイオマーカーの1つ以上の差異的発現は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する危険の増大を示す。この発明の一態様では、バイオマーカーのタンパク質レベルが決定および/または推定される。もう一つの態様では、mRNA発現レベルが決定および/または推定される。
【００７１】
本発明のある実施形態では、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための好ましいバイオマーカーに、GMIP、IKBKE、P4HB、RASSF7、DDR1、RNF183、EFEMP2およびSOCS2が含まれる。GMIP、IKBKE、P4HB、RASSF7、DDR1、RNF183、EFEMP2およびSOCS2は、優れたAUROC値を持つことが見いだされたので、研究した試料セットにおいて、予想外に良好な分類指標である。ある態様では、原発腫瘍におけるバイオマーカーのレベルが決定される。ある態様では、血液、血漿または血清におけるバイオマーカーのレベルが決定される。ある態様では、子宮液におけるバイオマーカーのレベルが決定される。したがって、この実施形態による方法は、試料を取得すること、ならびにGMIP、IKBKE、P4HB、RASSF7、DDR1、RNF183、EFEMP2およびSOCS2から選択される1〜8個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、ここで、対照値と比較したこれらのバイオマーカーの1つ以上の差異的発現は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する危険の増大を示す。この発明の一態様では、バイオマーカーのタンパク質レベルが決定および/または推定される。もう一つの態様では、mRNA発現レベルが決定および/または推定される。
【００７２】
本発明のある実施形態では、子宮内膜がんの診断および/または子宮内膜がんの可能性の増大の診断にとって好ましいバイオマーカーに、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2およびSOCS2が含まれる。これらの研究の結果として、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2およびSOCS2は、子宮内膜がん診断に関して、優れた特異度を有することがわかった。ある態様では、原発腫瘍におけるバイオマーカーのレベルが決定される。ある態様では、血液、血漿または血清におけるバイオマーカーのレベルが決定される。ある態様では、子宮液におけるバイオマーカーのレベルが決定される。したがって、この実施形態による方法は、試料を取得すること、ならびにP2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2およびSOCS2から選択される1〜5個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、ここで、対照値と比較したこれらのバイオマーカーの1つ以上の差異的発現は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する危険の増大を示す。この発明の一態様では、バイオマーカーのタンパク質レベルが決定および/または推定される。もう一つの態様では、mRNA発現レベルが決定および/または推定される。
【００７３】
本発明のある実施形態では、子宮内膜がんの診断および/または子宮内膜がんの可能性の増大の診断にとって好ましいバイオマーカーに、IKBKE、P4HB、RASSF7、およびRNF183が含まれる。これらの研究の結果として、IKBKE、P4HB、RASSF7、およびRNF183は、子宮内膜がん診断に関して、優れた感度を有することがわかった。ある態様では、原発腫瘍におけるバイオマーカーのレベルが決定される。ある態様では、血液、血漿または血清におけるバイオマーカーのレベルが決定される。ある態様では、子宮液におけるバイオマーカーのレベルが決定される。したがってこの実施形態による方法は、試料を取得すること、ならびにIKBKE、P4HB、RASSF7、およびRNF183から選択される1〜4個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、ここで、対照値と比較したこれらのバイオマーカーの1つ以上の差異的発現は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する危険の増大を示す。この発明の一態様では、バイオマーカーのタンパク質レベルが決定および/または推定される。もう一つの態様では、mRNA発現レベルが決定および/または推定される。
【００７４】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにGMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EPS8L2、PPP1R16A、およびTJP3から選択される2〜7個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。本明細書に開示する研究の結果として、驚いたことに、GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EPS8L2、PPP1R16A、およびTJP3から選択されるバイオマーカーの組合せ（例えばプロファイルおよび/またはフィンガープリントパターン）は、子宮内膜がんに関して優れた感度および特異度を有し、これらのマーカーのさまざまな組合せに関するAUROC値は、子宮内膜がんを有する患者を、子宮内膜がんを有さない人々から分離するという、これらのマーカーの能力を示すことがわかった。
【００７５】
この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００７６】
ある実施形態において、本発明は子宮内膜がんを診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにGMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EFEMP2、PHKG2、SIRT6、DDR1、およびFASTKD1から選択される2〜9個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。本明細書に開示する研究の結果として、驚いたことに、GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EFEMP2、PHKG2、SIRT6、DDR1、およびFASTKD1から選択されるバイオマーカーの組合せ（例えばプロファイルおよび/またはフィンガープリントパターン）は、子宮内膜がんに関して優れた感度および特異度を有し、これらのマーカーのさまざまな組合せに関するAUROC値は、子宮内膜がんを有する患者を、子宮内膜がんを有さない人々から分離するという、これらのマーカーの能力を示すことがわかった。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。この実施形態の具体的一態様において、本インビトロ診断方法は、子宮内膜がんの危険因子または症状を有する患者からパイペル装置またはシリンジを使って得られる子宮液試料を用意すること；該試料を、該子宮液試料中のRNAを保存し、その分解を防止または低減する能力を有する薬剤と接触させること；該試料において、該2〜9個のマーカーおよび1つ以上の内在性遺伝子に対応するmRNAの発現レベルを、定量PCRを使って決定すること；該2〜9個のバイオマーカーの発現レベルを、1つ以上の内在性遺伝子を使って標準化すること；2〜9個のバイオマーカーの標準化されたレベルを対照値と比較することを含み、ここで、それらバイオマーカーのうちの2〜9個の差異的発現は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を示す。この方法の具体的一態様において、該1つ以上の内在性遺伝子は、POLR2A、B2M、PFN1、HMBS、G6PD、およびPABPN1から選択される。
【００７７】
ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにGMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2、PHKG2、SIRT6、DDR1、およびFASTKD1から選択される2〜8個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。本明細書に開示する研究の結果として、驚いたことに、GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2、PHKG2、SIRT6、DDR1、およびFASTKD1から選択されるバイオマーカーの組合せ（例えばプロファイルおよび/またはフィンガープリントパターン）は、子宮内膜がんに関して優れた感度および特異度を有し、これらのマーカーのさまざまな組合せに関するAUROC値は、子宮内膜がんを有する患者を、子宮内膜がんを有さない人々から分離するという、これらのマーカーの能力を示すことがわかった。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、2〜8個のバイオマーカーのレベルが、定量PCRによって決定される。この実施形態の具体的一態様において、本インビトロ診断方法は、子宮内膜がんの危険因子または症状を有する患者からパイペル装置またはシリンジを使って得られる子宮液試料を用意すること；該試料を、該子宮液試料中のRNAを保存し、その分解を防止または低減する能力を有する薬剤と接触させること；該試料において、該2〜9個のマーカーおよび1つ以上の内在性遺伝子に対応するmRNAの発現レベルを、定量PCRを使って決定すること；該2〜8個のバイオマーカーの発現レベルを、1つ以上の内在性遺伝子を使って標準化すること；2〜8個のバイオマーカーの標準化されたレベルを対照値と比較することを含み、ここで、それらバイオマーカーのうちの2〜8個の差異的発現は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を示す。この方法の具体的一態様において、該1つ以上の内在性遺伝子は、POLR2A、B2M、PFN1、HMBS、G6PD、およびPABPN1から選択される。
【００７８】
ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにGMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、PHKG2、SIRT6、DDR1、およびFASTKD1から選択される2〜8個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。本明細書に開示する研究の結果として、驚いたことに、GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、PHKG2、SIRT6、DDR1、およびFASTKD1から選択されるバイオマーカーの組合せ（例えばプロファイルおよび/またはフィンガープリントパターン）は、子宮内膜がんに関して優れた感度および特異度を有し、これらのマーカーのさまざまな組合せに関するAUROC値は、子宮内膜がんを有する患者を、子宮内膜がんを有さない人々から分離するという、これらのマーカーの能力を示すことがわかった。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、2〜8個のバイオマーカーのレベルが定量PCRによって決定される。この実施形態の具体的一態様において、本インビトロ診断方法は、子宮内膜がんの危険因子または症状を有する患者からパイペル装置またはシリンジを使って得られる子宮液試料を用意すること；該試料を、該子宮液試料中のRNAを保存し、その分解を防止または低減する能力を有する薬剤と接触させること；該試料において、該2〜8個のマーカーおよび1つ以上の内在性遺伝子に対応するmRNAの発現レベルを、定量PCRを使って決定すること；該2〜8個のバイオマーカーの発現レベルを、1つ以上の内在性遺伝子を使って標準化すること；2〜8個のバイオマーカーの標準化されたレベルを対照値と比較することを含み、ここで、それらバイオマーカーのうちの2〜8個の差異的発現は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を示す。この方法の具体的一態様において、該1つ以上の内在性遺伝子は、POLR2A、B2M、PFN1、HMBS、G6PD、およびPABPN1から選択される。
【００７９】
ある実施形態において本発明は、予後、診断および/または薬理ゲノミクスに使用するために患者から得られた試料を特徴づけるための方法を提供する。表1のバイオマーカーの1つ以上のレベルを決定することによる、患者から得られる試料の特徴づけは、子宮内膜がんの診断、疾患進行、子宮内膜がんタイプ（および/またはサブタイプ）の診断、および適当な治療的処置の選択に関する情報を提供するために使用することができる。本発明の方法によれば、試料は個体から得られる。個体は、健康な人、がんと診断された個体、がんを有すると疑われる個体、がんの症状を1つ以上呈する個体、および/またはがんのスクリーニングを所望する個体であることができる。本方法は、患者から得た試料における表1のバイオマーカーのレベルを決定するステップを含む。あるいは、これらの方法では、バイオマーカーをRNAおよび/またはタンパク質で決定するための方法（IHC、mRNA発現解析など）を使用することもできる。対照値と比較して、子宮内膜がんにおいてアップレギュレートされることが見いだされた、表1のバイオマーカーのうちの1〜17個のレベルの増加の検出、または子宮内膜がんにおいてダウンレギュレートされることが見いだされた1〜3個のバイオマーカーのレベルの減少の検出は、その患者が増大した子宮内膜がんの可能性を有することを示す。
【００８０】
ある実施形態において本発明は、婦人科がんを診断するための方法であって、表1に記載するバイオマーカーのうちの1〜20個をアッセイまたは検出するための診断試薬の使用を含む方法を提供する。この実施形態のより具体的な一態様では、診断試薬が、子宮内膜がんの診断を目的として、表1に記載するバイオマーカーのうちの1〜20個のレベルを検出するために使用される。この実施形態のさらに具体的な一態様では、診断試薬が、子宮内膜がんの検出を目的として、表1に記載するバイオマーカーのうちの1〜20個のレベルを検出するために使用される。この実施形態の一態様では、1〜20個のバイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様では、2〜17個のバイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様では、3〜15個のバイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様では、1〜20個のバイオマーカーに対応するタンパク質またはポリペプチドのレベルが決定される。この実施形態の一態様では、2〜17個のバイオマーカーに対応するタンパク質またはポリペプチドのレベルが決定される。この実施形態の一態様では、3〜15個のバイオマーカーに対応するタンパク質またはポリペプチドのレベルが決定される。この実施形態の一態様では、分析される試料が腫瘍試料である。この実施形態の一態様では、分析される試料が子宮液試料である。この実施形態の一態様では、分析される試料が血清、血液、または血漿試料である。ある態様では、使用される試料が、子宮から小さな内膜試料（例えば子宮液）を吸い取るために使用される柔らかいストロー状の装置（パイペル）を使用することによって得られる。ある態様では、試料が、キューレットと呼ばれる鋭利なツールを使用して、小さな試料を掻き取り、それをシリンジまたは吸引管で集めること（例えば頚管拡張子宮内膜掻爬術）によって得られる。ある態様では、試料が、電子吸引装置（例えばVabraアスピレータ）を使用することによって得られる。ある態様では、試料が、液体の噴霧（ジェット洗浄）を使って子宮を裏打ちする組織の一部を洗い落とすことによって得られる。いくつかの態様では、洗浄を行う前に、ブラシを使って、内膜の一部を剥がしておくこともできる。ある態様では、血液、血清、または血漿試料が、本発明のバイオマーカーのうちの1〜20個について分析される。
【００８１】
マイクロアレイ研究において、GMIPは、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。GMIPの発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってGMIPは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、GMIPを含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにGMIPおよび表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、GMIP単独では表6において0.88のAUROC値を有し、IKBKE単独では0.90のAUROC値を有するが、これら2つのマーカーを一つのプロファイルに組み合わせた場合、特異度が著しく増加してAUROC値は0.92になる（増加したAUROC値は集団を分離する能力の増大を示す）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００８２】
マイクロアレイ研究において、IKBKEは、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。IKBKEの発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってIKBKEは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、IKBKEを含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにIKBKEおよび表1から選択される2〜19個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、IKBKE単独では表6において0.90のAUROC値を有し、P4HB単独では0.97のAUROC値を有するが、これら2つのマーカーを一つのプロファイルに組み合わせた場合、特異度が100％まで著しく増加してAUROC値は0.98になる（増加したAUROC値は集団を分離する能力の増大を示す）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００８３】
マイクロアレイ研究において、P4HBは、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。P4HBの発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってP4HBは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、P4HBを含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにP4HBおよび表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、P4HB単独では表6において0.97のAUROC値を有し、SOCS2単独では0.93のAUROC値を有するが、これら2つのマーカーを一つのプロファイルに組み合わせた場合、特異度が100％まで著しく増加してAUROC値は1になる（増加したAUROC値は集団を分離する能力の増大を示す）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００８４】
マイクロアレイ研究において、SOCS2は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過少発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。SOCS2の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってSOCS2は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、SOCS2を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにSOCS2および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、SOCS2単独では表6において0.93のAUROC値を有し、GMIP単独では0.88のAUROC値を有するが、これら2つのマーカーを一つのプロファイルに組み合わせた場合、感度が100％まで著しく増加してAUROC値は0.999になる（増加したAUROC値は集団を分離する能力の増大を示す）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００８５】
マイクロアレイ研究において、EPS8L2は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.002未満のp値が得られた。EPS8L2は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってEPS8L2は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、EPS8L2を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにEPS8L2および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、EPS8L2を、GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、およびDDR1と組み合わせた場合、AUROC値は1であり、感度は96％に近く、特異度は100％である（表11参照）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００８６】
マイクロアレイ研究において、RASSF7は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0005未満のp値が得られた。RASSF7の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってRASSF7は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、RASSF7を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにRASSF7および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、RASSF7をDDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPP1R16A、SIRT6、TJP3およびSOCS2と組み合わせた場合、AUROC値は1であり、感度は100％であり、特異度は100％である（表11参照）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００８７】
マイクロアレイ研究において、DDR1は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.02未満のp値が得られた。DDR1の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってDDR1は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、DDR1を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにDDR1および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、DDR1をEPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPP1R16A、SIRT6、TJP3、SOCS2、およびRNF183と組み合わせた場合、AUROC値は1であり、感度は100％であり、特異度は100％である（表11参照）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００８８】
マイクロアレイ研究において、PPP1R16Aは、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。PPP1R16Aの発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってPPP1R16Aは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、PPP1R16Aを含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにPPP1R16Aおよび表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、PPP1R16AをGMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、およびEPS8L2と組み合わせた場合、AUROC値はほとんど1であり、感度はほとんど92％であり、特異度は100％である（表11参照）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００８９】
マイクロアレイ研究において、PHKG2は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。PHKG2の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってPHKG2は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、PHKG2を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにPHKG2および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、PHKG2をDDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PPP1R16A、SIRT6、TJP3、SOCS2、およびRNF183と組み合わせた場合、AUROC値は1であり、感度は100％であり、特異度は100％である（表11参照）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００９０】
マイクロアレイ研究において、P2RX4は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0005未満のp値が得られた。P2RX4の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってP2RX4は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、P2RX4を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにP2RX4および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、P2RX4をDDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P4HB、PHKG2、PPP1R16A、SIRT6、TJP3、SOCS2、およびRNF183と組み合わせた場合、AUROC値は1であり、感度は100％であり、特異度は100％である（表11参照）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００９１】
マイクロアレイ研究において、ACAA1は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。ACAA1の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってACAA1は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、ACAA1を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにACAA1および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【００９２】
マイクロアレイ研究において、AP1M2は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。AP1M2の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってAP1M2は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、AP1M2を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにAP1M2および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。
【００９３】
マイクロアレイ研究において、CGNは、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。CGNの発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってCGNは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、CGNを含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにCGNおよび表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。
【００９４】
マイクロアレイ研究において、FASTKD1は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。FASTKD1の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってFASTKD1は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、FASTKD1を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにFASTKD1および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。
【００９５】
マイクロアレイ研究において、PPFIBP2は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.02未満のp値が得られた。PPFIBP2の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってPPFIBP2は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、PPFIBP2を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにPPFIBP2および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。
【００９６】
マイクロアレイ研究において、RNF183は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。RNF183の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってRNF183は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、RNF183を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにRNF183および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、RNF183をDDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPP1R16A、SIRT6、TJP3、およびSOCS2と組み合わせた場合、AUROC値は1であり、感度は100％であり、特異度は100％である（表11参照）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。
【００９７】
マイクロアレイ研究において、SIRT6は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。SIRT6の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってSIRT6は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、SIRT6を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにSIRT6および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、SIRT6をDDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPP1R16A、TJP3、SOCS2、およびRNF183と組み合わせた場合、AUROC値は1であり、感度は100％であり、特異度は100％である（表11参照）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。
【００９８】
マイクロアレイ研究において、TJP3は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。TJP3の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってTJP3は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、TJP3を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにTJP3および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。例えば、TJP3をDDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPP1R16A、SIRT6、SOCS2、およびRNF183と組み合わせた場合、AUROC値は1であり、感度は100％であり、特異度は100％である（表11参照）。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。
【００９９】
マイクロアレイ研究において、EFEMP2は、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.0001未満のp値が得られた。EFEMP2の発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってEFEMP2は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、EFEMP2を含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにEFEMP2および表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。
【０１００】
マイクロアレイ研究において、DCNは、正常値（非罹患）と比較して子宮内膜がんを有する患者からの試料では、過剰発現していることがわかった。この結果はRT-PCR研究において確認され、非罹患個体からの吸引物試料と子宮内膜がんを有する個体からの吸引物との比較について、0.005未満のp値が得られた。DCNの発現は、原発腫瘍および子宮液において相関することもわかった。したがってDCNは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための優れたバイオマーカーである。さらにまた、DCNを含むフィンガープリントパターン/プロファイルは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するのに役立つと予想される。ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法であって、個体から試料を取得すること、ならびにDCNおよび表1から選択される2〜19個の他のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法を提供する。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。
【０１０１】
ある実施形態において本発明は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を診断するためのインビトロ診断方法であって、（1）患者からの試料におけるACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、およびTJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーのレベルを検出すること（ここで、対照値と比較した該1〜17個のバイオマーカーのレベルの増加は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大の診断を示す）、および/または（2）EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルを検出すること（ここで、対照値と比較したEFEMP2、SOCS2、および/またはDCNのレベルの減少は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大の診断を示す）を含む方法を提供する。好ましい一態様では、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を診断する方法が、表1に従って、1つ以上のアップレギュレートされるバイオマーカーと1つ以上のダウンレギュレートされるバイオマーカーとを使用することを伴う。
【０１０２】
この実施形態の一態様では、患者が子宮内膜がんの危険因子を有するか、子宮内膜がんのスクリーニングを受けている。
【０１０３】
この実施形態の一態様では、該患者からの試料が、異常な子宮出血を有する患者から得られる。
【０１０４】
この実施形態の一態様では、該患者からの試料が、厚さの増加した子宮内膜を有する患者から得られる。
【０１０５】
この実施形態の一態様では、該患者からの試料が、閉経前、閉経期、または閉経後の患者から得られる。
【０１０６】
この実施形態の一態様では、患者が閉経前である。
【０１０７】
この実施形態の一態様では、患者が閉経期である。
【０１０８】
この実施形態の一態様では、患者が閉経後である。
【０１０９】
この実施形態の一態様では、試料が組織試料、血液および/または血清、ならびに子宮液から選択される。
【０１１０】
この実施形態の一態様では、試料が子宮液試料である。
【０１１１】
この実施形態の一態様では、子宮液試料が吸引によって得られる。
【０１１２】
この実施形態の一態様では、バイオマーカーのレベルが抗体を使って決定される。
【０１１３】
この実施形態の一態様では、バイオマーカーのレベルがRT-PCRによって決定される。ある具体的態様では、バイオマーカーのレベルが定量RT-PCRによって決定される。
【０１１４】
この実施形態の一態様では、マーカーがIKBKE、P4HB、SOCS2、GMIP、DDR1、EPS8L2、PPP1R16A、P2RX4、PHKG2、RASSF7、SIRT6、およびTJP3から選択される。
【０１１５】
この実施形態の一態様では、マーカーがP2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、およびSOCS2から選択される。
【０１１６】
この実施形態の一態様では、マーカーがP4HB、RASSF7、RNF183、およびIKBKEから選択される。
【０１１７】
この実施形態の一態様では、2〜20個のマーカーが検出される。
【０１１８】
この実施形態の一態様では、1つ以上の追加の補助バイオマーカーが検出される。
【０１１９】
この実施形態の一態様では、1つ以上の補助バイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための追加のバイオマーカーから選択される。
【０１２０】
この実施形態の一態様では、1つ以上の補助バイオマーカーが鑑別診断バイオマーカーから選択される。
【０１２１】
この実施形態の一態様では、1つ以上の補助バイオマーカーが予後マーカーから選択される。
【０１２２】
この実施形態の一態様では、1つ以上の補助バイオマーカーが子宮内膜がん分類マーカーから選択される。
【０１２３】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんを有する可能性の増大を診断するための、IKBKE mRNA、cDNA、またはその相補鎖；P4HB mRNA、cDNA、またはその相補鎖；SOCS2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；GMIP mRNA、cDNA、またはその相補鎖；DDR1 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；EPS8L2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；およびPPP1R16A mRNA、cDNA、その相補鎖から選択される核酸を提供する。
【０１２４】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんの診断または子宮内膜がんを有する可能性の増大の診断に使用するための、ACAA1 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；AP1M2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；CGN mRNA、cDNA、またはその相補鎖；P2RX4 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；PPFIBP2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；RASSF7 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；TJP3 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；DCN mRNA、cDNA、またはその相補鎖；およびRNF183 mRNA、cDNA、またはその相補鎖から選択される核酸を提供する。
【０１２５】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんを有する可能性の増大を診断するための、EFEMP2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；PHKG2 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；SIRT6 mRNA、cDNA、またはその相補鎖；およびFASTKD1 mRNA、cDNA、またはその相補鎖から選択される核酸を提供する。
【０１２６】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんの診断および/または子宮内膜がんを有する可能性の増大の診断に使用するための、IKBKE用のプライマー；P4HB用のプライマー；SOCS2用のプライマー；GMIP用のプライマー；DDR1用のプライマー；EPS8L2用のプライマー；およびPPP1R16A用のプライマーから選択されるプライマーを提供する。
【０１２７】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんの診断および/または子宮内膜がんを有する可能性の増大の診断に使用するための、ACAA1用のプライマー；AP1M2用のプライマー；CGN用のプライマー；P2RX4用のプライマー；PPFIBP2用のプライマー；RASSF7用のプライマー；RNF183用のプライマー；TJP3用のプライマー；およびDCN用のプライマーから選択されるプライマーを提供する。
【０１２８】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんの診断および/または子宮内膜がんを有する可能性の増大の診断に使用するための、EFEMP2用のプライマー；SIRT6用のプライマー；PHKG2用のプライマー；およびFASTKD1用のプライマーから選択されるプライマーを提供する。
【０１２９】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する可能性の増大を診断するための、IKBKE用のプローブ；P4HB用のプローブ；SOCS2用のプローブ；GMIP用のプローブ；DDR1用のプローブ；EPS8L2用のプローブ；およびPPP1R16A用のプローブから選択される核酸を提供する。
【０１３０】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する可能性の増大を診断するための、ACAA1用のプローブ；AP1M2用のプローブ；CGN用のプローブ；P2RX4用のプローブ；PPFIBP2用のプローブ；RASSF7用のプローブ；RNF183用のプローブ；TJP3用のプローブ；およびDCN用のプローブから選択される核酸を提供する。
【０１３１】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する可能性の増大を診断するための、EFEMP2用のプローブ；FASTKD1用のプローブ；SIRT6用のプローブ；GMIP用のプローブ；およびPHKG2用のプローブから選択される核酸を提供する。
【０１３２】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんおよび/またはがんの可能性の増大を診断するための、本発明の1〜20個のバイオマーカーに対する2つ以上のプローブを含むキットを提供する。
【０１３３】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんおよび/またはがんの可能性の増大を診断するための、本発明の1〜20個のバイオマーカーのうちの2つ以上のためのプライマーを含むキットを提供する。
【０１３４】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する可能性の増大を診断するための、IKBKEに対する抗体；P4HBに対する抗体；SOCS2に対する抗体；GMIPに対する抗体；DDR1に対する抗体；EPS8L2に対する抗体；およびPPP1R16Aに対する抗体から選択される抗体を提供する。
【０１３５】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する可能性の増大を診断するための、ACAA1に対する抗体；AP1M2に対する抗体；CGNに対する抗体；P2RX4に対する抗体；PPFIBP2に対する抗体；RASSF7に対する抗体；RNF183に対する抗体；TJP3に対する抗体；およびDCNに対する抗体から選択される抗体を提供する。
【０１３６】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する可能性の増大を診断するための、EFEMP2に対する抗体；FASTKD1に対する抗体；SIRT6に対する抗体；GMIPに対する抗体；およびPHKG2に対する抗体から選択される抗体を提供する。
【０１３７】
この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんおよび/またはがんの可能性の増大を診断するための、表1の2つ以上のバイオマーカーに対する抗体を含むキットを提供する。
【０１３８】
この実施形態の一態様において、本発明は、表1の1〜20個のバイオマーカーのレベルを評価することによって子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断する目的で子宮液を取得するためのキットを提供する。
【０１３９】
この実施形態の一態様において、本インビトロ診断方法は、本発明の2つのバイオマーカーのレベルを決定することを含む。この実施形態の一態様において、本インビトロ診断方法は、本発明の3つのバイオマーカーのレベルを決定することを含む。この実施形態の一態様において、本インビトロ診断方法は、本発明の4個のバイオマーカーのレベルを決定することを含む。この実施形態の一態様において、本インビトロ診断方法は、本発明の5個のバイオマーカーのレベルを決定することを含む。この実施形態の一態様において、本インビトロ診断方法は、本発明の5個のバイオマーカーのレベルを決定することを含む。この実施形態の一態様において、本インビトロ診断方法は、本発明の7個のバイオマーカーのレベルを決定することを含む。この実施形態の一態様において、本インビトロ診断方法は、本発明の10個のバイオマーカーのレベルを決定することを含む。この実施形態の一態様において、本インビトロ診断方法は、本発明の15個のバイオマーカーのレベルを決定することを含む。この実施形態の一態様において、本インビトロ診断方法は、本発明の20個のバイオマーカーのレベルを決定することを含む。
【０１４０】
別段の定義がない限り、本明細書において使用する技術用語および科学用語はすべて、本発明が関係する技術分野の当業者が一般に理解している意味と同じ意味を有する。本発明の実施または試験には本明細書に記載するものと類似するまたは等価な方法および材料を使用することができるが、適切な方法および材料を以下に説明する。矛盾が生じた場合は、定義を含めて、本明細書が優先される。また、材料、方法および実施例は、単なる例示であって、限定を意図するものではない。
【０１４１】
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明白になるであろう。
【図面の簡単な説明】
【０１４２】
【図１】本発明のバイオマーカーを含むバイオマーカーについて、原発腫瘍および子宮液におけるバイオマーカー発現レベルの相関関係を表す。詳細については実施例3を参照されたい。
【図２】図2Aおよび2Bは、RT-PCRによって決定した、子宮内膜がんを有する患者からの吸引物試料中に存在するRNAの相対量（RQ）（各遺伝子について対照試料と比較したもの）を表す箱ひげ図である。このプロットでは30個の腫瘍試料と24個の対照とを考慮した。箱は、各遺伝子についての四分位数間範囲を表し、ひげは、各遺伝子について、RQ値の10パーセンタイルから90パーセンタイルまでである。箱内のバーは、中央値RQを表す。白い箱は、各遺伝子について、腫瘍試料の値を表し、影付きの箱は、対照試料の値を表す。詳細については実施例4を参照されたい。
【図３】子宮内膜がんを有する患者（RNF183_T）、分泌期の正常者（RNF183_S）、子宮内膜がんを有さない正常者（RNF183_N）、および正常者全体（RNF183_Nt）から得た吸引物における、RT-PCRによって決定された、RNF183の発現レベルの一例を表す。
【図４】子宮内膜がんを有する患者（AP1M2_T）、分泌期の正常者（AP1M2_S）、子宮内膜がんを有さない正常者（AP1M2_N）、および正常者全体（AP1M2_Nt）から得た吸引物における、RT-PCRによって決定された、AP1M2の発現レベルの一例を表す。
【図５】子宮内膜がんを有する患者（CGN_T）、分泌期の正常者（CGN_S）、子宮内膜がんを有さない正常者（CGN_N）、および正常者全体（CGN_Nt）から得た吸引物における、RT-PCRによって決定された、CGNの発現レベルの一例を表す。
【図６】子宮内膜がんを有する患者（FASTKD1_T）、分泌期の正常者（FASTKD1_S）、子宮内膜がんを有さない正常者（FASTKD1_N）、および正常者全体（FASTKD1_Nt）から得た吸引物における、RT-PCRによって決定された、FASTKD1の発現レベルの一例を表す。
【図７】子宮内膜がんを有する患者（IKBKE _T）、分泌期の正常者（IKBKE_S）、子宮内膜がんを有さない正常者（IKBKE_N）、および正常者全体（IKBKE_Nt）から得た吸引物における、RT-PCRによって決定された、IKBKEの発現レベルの一例を表す。
【図８】子宮内膜がんを有する患者（P4HB_T）、分泌期の正常者（P4HB_S）、子宮内膜がんを有さない正常者（P4HB_N）、および正常者全体（P4HB_Nt）から得た吸引物における、RT-PCRによって決定された、P4HBの発現レベルの一例を表す。
【図９】子宮内膜がんを有する患者（SOCS2_T）、分泌期の正常者（SOCS2_S）、子宮内膜がんを有さない正常者（SOCS2_N）、および正常者全体（SOCS2_Nt）から得た吸引物における、RT-PCRによって決定された、SOCS2の発現レベルの一例を表す。
【図１０】本発明のバイオマーカーP4HBに対する抗体による子宮内膜がん組織のウェスタンブロットを表す。試験した試料には4つの正常組織（N）および4つの腫瘍組織（T）が含まれる。正常組織および腫瘍組織を同じ患者から得た。陽性対照として：子宮内膜腫瘍細胞株Ishikawaからの総タンパク質抽出物。実施例6参照。
【図１１】本発明のバイオマーカーAP1M2に対する抗体による子宮内膜がん組織のウェスタンブロットを表す。試験した試料には、4人の異なる患者からの、4つの正常組織（N）および4つの腫瘍組織（T）が含まれる。対応する正常組織および腫瘍組織を同じ患者から得た。陽性対照として：子宮内膜腫瘍細胞株Ishikawaからの総タンパク質抽出物。実施例6参照。
【図１２】本発明のバイオマーカーIKBKEに対する抗体による子宮内膜がん組織のウェスタンブロットを表す。試験した試料には正常組織（N）および腫瘍組織（T）が含まれる。対応する正常組織および腫瘍組織を同じ患者から得た。陽性対照として：子宮内膜腫瘍細胞株Ishikawaからの総タンパク質抽出物。実施例6参照。
【図１３】本発明のバイオマーカーEPS8L2に対する抗体による子宮内膜がん組織のウェスタンブロットを表す。試験した試料には、3人の異なる患者からの、3つの正常組織（N）および3つの腫瘍組織（T）が含まれる。陽性対照として：子宮内膜腫瘍細胞株からの総タンパク質抽出物。対応する正常組織および腫瘍組織を同じ患者から得た。実施例6参照。
【図１４】本発明のバイオマーカーDDR1に対する抗体による子宮内膜がん組織のウェスタンブロットを表す。試験した試料には正常組織（N）および腫瘍組織（T）が含まれる。対応する正常組織および腫瘍組織を同じ患者から得た。陽性対照として：子宮内膜腫瘍細胞株Ishikawaからの総タンパク質抽出物。実施例6参照。
【図１５】本発明のバイオマーカーCGNに対する抗体による子宮内膜がん組織のウェスタンブロットを表す。試験した試料には、4人の異なる患者からの、4つの正常組織（N）および4つの腫瘍組織（T）が含まれる。対応する正常組織および腫瘍組織を同じ患者から得た。陽性対照として：子宮内膜腫瘍細胞株Ishikawaからの総タンパク質抽出物。実施例6参照。
【図１６】本発明のバイオマーカーTJP3に対する抗体による子宮内膜がん組織のウェスタンブロットを表す。試験した試料には正常組織（N）および腫瘍組織（T）が含まれる。対応する正常組織および腫瘍組織を同じ患者から得た。陽性対照として：子宮内膜腫瘍細胞株Ishikawaからの総タンパク質抽出物。実施例6参照。
【図１７】48個の非腫瘍試料および33個の腫瘍試料を使用し、ACAA1、AP1M2、EPS8L2、IKBKE、P2RX4、P4HB、PPFIBP2、PPP1R16A、SIRT6、EFEMP2を使って計算されたがんのリスクを表す。実施例5参照。
【図１８】48個の非腫瘍試料および33個の腫瘍試料を使用し、FASTKD1、GMIP、P4HB、EFEMP2、SIRT6、およびPHKG2を使って計算されたがんのリスクを表す。実施例5参照。
【図１９】48個の非腫瘍試料および33個の腫瘍試料を使用し、FASTKD1、GMIP、P4HB、EFEMP2、DDR1、およびSIRT6を使って計算されたがんのリスクを表す。実施例5参照。
【発明を実施するための形態】
【０１４３】
［発明の詳細な説明］
本発明は、対照値（例えば正常組織（非罹患）または正常値）と比較した、子宮内膜がんを有する患者からの試料における、表1に記載するバイオマーカーのmRNA発現レベルにおける変化の関連性の発見に基づいている。したがってこれらのバイオマーカーは子宮内膜がんバイオマーカーに相当する。また、本発明者らは、驚いたことに、子宮内膜がん患者の子宮液から得られる試料が、表1に記載するバイオマーカーに関して、原発腫瘍からの発現プロファイルと概して相関する発現プロファイルを呈することを見いだした。さらにまた、本発明者らが見いだしたマーカーのいくつかは、細胞表面に、および/または血液ベースのマーカーとして血中に（または子宮液などの他の体液中に）見いだされると予想される。実施例6に示すように、アップレギュレートされる表1のバイオマーカーは、正常非罹患組織と比較して、初代細胞においてタンパク質レベルで過剰発現することがわかった。例えば、ウェスタンブロット分析によるP4HBのタンパク質レベルは、このバイオマーカーがタンパク質でも同様に過剰発現することを明らかにした。図11〜図16は、AP1M2、IKBKE、EPS8L2、DDR1、CGN、およびTJP3のタンパク質レベルでの過剰発現を示している。さらにまた、P4HB、PPP1R16AおよびEPS8L2は、組織マイクロアレイ（TMA）免疫組織化学（IHC）で決定した場合に、全ての癌組織タイプおよび悪性度の腫瘍細胞内で特異的な細胞質発現を示し、正常上皮腺内では細胞質染色が無いか、かすかだった。
【０１４４】
これらの研究は、現在の標準治療と比較して侵襲性の低い方法を使って検出することができる、単独でまたは組合せとして優れた適中度を有する、子宮内膜がん診断バイオマーカーを提供する。さらにまた、本発明者らは、子宮内膜吸引物試料において、子宮内膜がん罹患患者を、非罹患患者の異なるサブグループと識別することができる、バイオマーカーの特定のサブセットを同定した。
【０１４５】
本発明のバイオマーカーを同定し（発現マイクロアレイ）、検証する（RT-PCR）ために使用した研究のいくつかを以下に簡潔に説明し、実施例において、より詳しく説明する。
【０１４６】
より具体的に述べると、本発明者らは、正常組織と比較して子宮内膜がんにおいて差異的に発現する遺伝子を検出するために、発現マイクロアレイで遺伝子発現解析を行った。ここに開示する遺伝子発現マイクロアレイ研究により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん試料ではいくつかの遺伝子が過剰発現することが、明らかになった。マイクロアレイ実験戦略を使用することにより、正常子宮内膜組織におけるそれぞれのレベルと比較して子宮内膜がん試料では、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、およびTJP3が過剰発現し、EFEMP2、SOCS2、およびDCNが過少発現していることがわかった。これらの結果を表1に要約する。この表には、遺伝子の一般的略号、ENSMBLアクセッション番号（本発明のバイオマーカーに関係する遺伝子、転写産物、およびタンパク質に対応するもの）、倍率変化値および統計的有意性に関するp値が含まれる。
［表1］対照値（非罹患組織のプールから得られたもの、実施例1参照）と比較した原発腫瘍における子宮内膜がんバイオマーカーの差異的発現
【表１】
0005934093.tif 000002
【０１４７】
図1に示すように、表1のマーカーは、子宮内膜がんを有する患者における子宮液から得られた試料でも差異的に発現することがわかった。高度に相関しなかったマーカーは、図1の相関線から外れるか、さらに遠く離れる。
【０１４８】
子宮内膜がんにおけるACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、およびTJP3の過剰発現と、DCN、SOCS2、およびEFEMP2の過少発現を、独立した試料セットを使って、RT-PCRによって検証した。この研究に使用した試料は、子宮内膜がんを有する個体の子宮液および子宮内膜がんを有さない患者から得た。これらの結果を表2に要約し、図2Aおよび図2Bに図解する。これらの結果は、これらのマーカーが、正常個体および/または正常試料（例えば対照値）と比較して、子宮内膜がんを有する個体からの試料における子宮内膜がん試料では、統計的に有意な差異的発現を呈したことを証明している。
［表2］子宮内膜がんを有さない患者からの吸引物と比較した子宮内膜がんを有する患者からの吸引物試料におけるバイオマーカーの差異的発現
【表２−１】
0005934093.tif 000003
【０１４９】
ノンパラメトリックなマン・ホイットニー検定を使ってp値を計算した。平均RQは相対量を指し、SEMは平均の標準誤差を指す。
【０１５０】
原発組織および子宮液におけるこれらのバイオマーカーの発現レベルの相関関係の発見は、子宮液の不均質性および初期のマイクロアレイ研究における知見を考えると、驚くべきことであった。原発子宮内膜がんにおけるバイオマーカーのレベルが子宮液中に見いだされるものと統計的に有意に相関することが示されたのは、これが初めてだと考えられ、それゆえにこれは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの危険の増大に関する、より非侵襲的で、より標準化された、スクリーニング方法になる。それゆえに本発明は、子宮液試料を取得し、対照値と比較して子宮内膜がんにおいて差異的に発現するバイオマーカーのレベルを決定することによって、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんの可能性の増大を診断するための方法を提供する。ある態様では、子宮液試料が吸引によって得られる。ある態様では、子宮液試料が、子宮腔を穏やかに洗浄および/またはリンスすることによって得られる。ある態様では、mRNAのレベルが決定される。ある態様では、タンパク質のレベルが決定される。ある態様では、バイオマーカーが表1に記載する20個から選択される。
【０１５１】
驚いたことに、ある試料セットを使ってマイクロアレイ研究で決定された表1の個々のバイオマーカーに関するp値は、同じバイオマーカーを、異なる方法で患者から取得した異なる試料セットを使って異なる技法（定量RT-PCR）で解析した場合に、有意に改善した。一般にp値は、マイクロアレイ研究と比較して100倍以上改善した。
【０１５２】
本発明者らは、表1のバイオマーカーのそれぞれが個別に、子宮内膜がんの診断に関して適中度を有することを見いだした。さらにまた、これらのバイオマーカーの組合せは、子宮内膜がんの診断に関して、さらなる適中度を有する。例えば、驚いたことに、本発明者らは、2〜20個のバイオマーカーをさまざまな組合せで含む表1のバイオマーカーの数多くのサブグループが、子宮内膜がんの診断または検出に関して、優れた適中度を有するフィンガープリントパターンを与えることを見いだした。また、本発明者らは、表1に記載するバイオマーカーに加えて他のバイオマーカーをフィンガープリントパターンに追加することでも適中度を増大させることができ、子宮内膜がんの分類、子宮内膜がん以外の疾患の鑑別診断、および子宮内膜がん予後に役立ちうるとも考えている。
【０１５３】
ある実施形態において、本発明は、予後、診断および/または薬理ゲノミクスに使用するために患者から得られる試料を特徴づける方法を提供する。表1のバイオマーカーの1つ以上のレベルに応じた、患者から得られる試料の特徴づけは、疾患進行、子宮内膜がんタイプ（および/またはサブタイプ）の診断、および適当な治療的処置の選択に関する情報を提供するために使用することができる。本発明の方法によれば、試料は個体から得ることができる。個体は、健康な人、がんと診断された個体、がんを有すると疑われる個体、がんの症状を1つ以上呈する個体および/またはがんのスクリーニングを所望する個体であることができる。本方法は、患者から得た試料における表1のバイオマーカーのレベルを決定するステップを含む。バイオマーカーを決定するための代替的方法（IHC、mRNA発現解析など）を、これらの方法において使用することもできる。
【０１５４】
ある実施形態において、本発明は、個体から試料を取得すること、ならびにその試料における表1の1〜20個のバイオマーカーのレベルを決定することを含む、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する可能性の増大を診断するための方法を提供する。アップレギュレートされるバイオマーカーのうちの1〜17個のレベルが対照値と比較して増加し、かつ/またはダウンレギュレートされるマーカーの1〜3個のレベルが対照値と比較して減少している場合、その患者は 子宮内膜がんを有する可能性が増大している。
【０１５５】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんの症状を有する患者から試料を取得すること、およびその試料における表1の1〜20個のバイオマーカーのレベルを決定することを含む、子宮内膜がんを診断するための方法を提供する。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんの症状が、閉経後女性における膣出血および/または点状出血（spotting）、異常子宮出血、異常月経期、40歳より高齢の女性における閉経前女性の正常月経期間の出血、極めて長い、激しい、または頻繁な出血エピソード、慢性的な失血が引き起こす貧血、下腹痛または骨盤痛（pelvic cramping）、閉経後女性における希薄な白いまたは透明な膣分泌物、および閉経期の疑わしい症状から選択される。したがって、この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、閉経後女性における膣出血および/または点状出血、異常子宮出血、異常月経期、40歳より高齢の女性における閉経前女性の正常月経期間の出血、極めて長い、激しい、または頻繁な出血エピソード、慢性的な失血が引き起こす貧血、下腹痛または骨盤痛、閉経後女性における希薄な白いまたは透明な膣分泌物、および閉経期の疑わしい症状を有する個体からの試料を取得または用意すること、ならびにACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーおよび/またはEFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法に関する。この実施形態の具体的一態様では、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーのレベルが対照値と比較して増加し、かつ/またはEFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルが対照値と比較して減少している場合、それは、子宮内膜がんを示すか、子宮内膜がんを有する見込みの増大を示す。この実施形態の一態様によれば、子宮内膜がんを検出するための1つ以上のバイオマーカーのレベルは、1つ以上の内在性バイオマーカーまたは内在性遺伝子に対して標準化される。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。
【０１５６】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんの危険因子を有する患者から試料を取得すること、およびその試料における表1の1〜20個のバイオマーカーのレベルを決定することを含む、子宮内膜がんを診断するための方法を提供する。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんの危険因子が、高レベルのエストロゲン、子宮内膜過形成、肥満、高血圧、多嚢胞性卵巣症候群、未経産、不妊、早発月経、遅発閉経、子宮内膜ポリープまたは子宮内膜の他の良性成長、糖尿病、タモキシフェンばく露、過形成、高い動物脂摂取量、骨盤部放射線療法、乳がん、卵巣がん、毎日の大量アルコール消費、がんの家族歴、HNPCCの家族歴、およびHNPCC突然変異保因者であることから選択される。この実施形態の一態様では、腫瘍を有する患者を月経周期の分泌期にある患者と識別するために、バイオマーカーが選択される。したがってこの実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、高レベルのエストロゲン、子宮内膜過形成、肥満、高血圧、多嚢胞性卵巣症候群、未経産、不妊、早発月経、遅発閉経、子宮内膜ポリープまたは子宮内膜の他の良性成長、糖尿病、タモキシフェンばく露、過形成、高い動物脂摂取量、骨盤部放射線療法、乳がん、卵巣がん、毎日の大量アルコール消費、がんの家族歴、HNPCCの家族歴、およびHNPCC突然変異保因者であることであるがんの危険因子を有する個体からの試料を取得または用意すること、ならびにACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーおよび/またはEFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法に関する。この実施形態の具体的一態様では、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーのレベルが対照値と比較して増加し、かつ/またはEFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルが対照値と比較して減少している場合、それは、子宮内膜がんを示すか、子宮内膜がんを有する見込みの増大を示す。この実施形態の一態様によれば、子宮内膜がんを検出するための1つ以上のバイオマーカーのレベルは、1つ以上の内在性バイオマーカーまたは内在性遺伝子に対して標準化される。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。この実施形態の好ましい一態様において、本方法は、子宮液試料における、表1の1〜17個のアップレギュレートされるバイオマーカーおよび表1の1〜3個のダウンレギュレートされるマーカーのレベルを、定量PCRによって決定することを伴う。
【０１５７】
ある実施形態において、本発明は、厚さの増加した子宮内膜を有する患者からの試料を取得することを含む、子宮内膜がんを診断するための方法を提供する。この実施形態の一態様では、子宮内膜の厚さが経膣超音波検査によって測定される。「増加した厚さ」とは、さらなる精密検査または調査が正当化される患者を特定するために当技術分野において一般に使用されている値を上回る厚さを指す。この実施形態の方法は、厚さの増加した子宮内膜を有する患者から得られる試料における、表1の1〜20個のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様によれば、試料は子宮液試料である。この実施形態のもう一つの態様では、1〜20個のmRNAバイオマーカーのレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、1〜20個のタンパク質バイオマーカーのレベルが決定される。この実施形態の一態様では、バイオマーカーが、子宮内膜がん罹患患者からの試料と、子宮内膜の厚さが増加する別の状態を有する患者からの試料とを識別する能力を有するものから選択される。子宮内膜の厚さが増加するが、必ずしも子宮内膜がん患者には存在しない状態として、例えばタモキシフェンばく露、ホルモンへのばく露、月経周期の時期（一般に増殖期から分泌期への途上は子宮内膜厚が増加する）などが挙げられるが、これらに限るわけではない。子宮内膜がんに罹患した患者からの試料を、分泌期の非子宮内膜がん罹患患者から分離する機能を十分に果たすいくつかの好ましいバイオマーカーを、実施例の表9に示す。したがって、この実施形態の一態様において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、子宮内膜厚が増加している個体からの試料を取得または用意すること、ならびにACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーおよび/またはEFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルを決定することを含み、該マーカーが対照値と比較して差異的に発現している場合、その個体は、子宮内膜がんおよび/または増大した子宮内膜がんの可能性を有すると診断される方法に関する。この実施形態の具体的一態様では、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3から選択される1〜17個のバイオマーカーのレベルが対照値と比較して増加し、かつ/またはEFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される1〜3個のバイオマーカーのレベルが対照値と比較して減少している場合、それは、子宮内膜がんを示すか、子宮内膜がんを有する見込みの増大を示す。この実施形態の一態様によれば、子宮内膜がんを検出するための1つ以上のバイオマーカーのレベルが、1つ以上の内在性バイオマーカーまたは内在性遺伝子に対して標準化される。この実施形態の一態様によれば、試料は組織試料および体液試料から選択される。ある態様において、体液試料は子宮液試料または子宮吸引物である。この実施形態の一態様によれば、バイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様によれば、バイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。この実施形態の好ましい一態様において、本方法は、子宮液試料において、表1の1〜17個のアップレギュレートされるバイオマーカーおよび表1の1〜3個のダウンレギュレートされるマーカーのレベルを定量PCRによって決定することを伴う。
【０１５８】
プロファイル、フィンガープリントパターン、および組合せ
本明細書に開示する初期マイクロアレイ研究により、表1のバイオマーカーのそれぞれは、独立バイオマーカーとして、子宮内膜がんの診断に関して適中度を有することが証明された。さらにまた、マーカーの組合せ（例えばプロファイルまたはフィンガープリントパターン）は、子宮内膜がんに関して増大した適中度を有することもわかった。したがって、これらのマーカーは個別のマーカーとして使用するだけでなく、それらを2〜20個のバイオマーカーの組み合わせとして、子宮内膜がんの診断に使用することもできる。一部の実施形態では、追加のマーカーを、鑑別診断的目的（子宮内膜がん以外の疾患または状態（例えば子宮内膜過形成、子宮内膜症、卵巣がん、類線維腫など）を除外または確認する）、子宮内膜がんのタイプの分類（例えばI型かII型か）、子宮内がんの細胞タイプの分類、および予後のために、プロファイルまたはフィンガープリントパターンに含めることができる。
【０１５９】
ある実施形態において、本発明は、表1のバイオマーカーのうちの2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個を含むプロファイルおよび/またはフィンガープリントパターンを規定する。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんの診断および/または子宮内膜がんの可能性の増大の診断に使用するために、プロファイル中のバイオマーカーに対応するmRNAのレベルが決定される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんの診断および/または子宮内膜がんの可能性の増大の診断に使用するために、プロファイル中のバイオマーカーに対応するタンパク質のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、子宮液から得られる試料において、バイオマーカーのレベルが決定される。この実施形態の一態様では、血清、血液、または血漿から得られる試料において、バイオマーカーのレベルが決定される。
【０１６０】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、ACAA1バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。ACAA1を含む組合せまたは副組合せは、ACAA1およびAP1M2；ACAA1およびCGN；ACAA1およびDDR1；ACAA1およびEPS8L2；ACAA1およびFASTKD1；ACAA1およびGMIP；ACAA1およびIKBKE；ACAA1およびP2RX4；ACAA1およびP4HB；ACAA1およびPHKG2；ACAA1およびPPFIBP2；ACAA1およびPPP1R16A；ACAA1およびRASSF7；ACAA1およびRNF183；ACAA1およびSIRT6；ACAA1およびTJP3；ACAA1およびEFEMP2；ACAA1およびSOCS2；またはACAA1およびDCNである。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料（suspected sample）が解析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１６１】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、AP1M2バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。AP1M2を含む組合せまたは副組合せは、AP1M2およびACAA1；AP1M2およびCGN；AP1M2およびDDR1；AP1M2およびEPS8L2；AP1M2およびFASTKD1；AP1M2およびGMIP；AP1M2およびIKBKE；AP1M2およびP2RX4；AP1M2およびP4HB；AP1M2およびPHKG2；AP1M2およびPPFIBP2；AP1M2およびPPP1R16A；AP1M2およびRASSF7；AP1M2およびRNF183；AP1M2およびSIRT6；AP1M2およびTJP3；AP1M2およびEFEMP2；AP1M2およびSOCS2；またはAP1M2およびDCNである。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１６２】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、CGNバイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。CGNを含む組合せまたは副組合せは、CGNおよびAP1M2；ACAA1およびCGN；CGNおよびDDR1；CGNおよびEPS8L2；CGNおよびFASTKD1；CGNおよびGMIP；CGNおよびIKBKE；CGNおよびP2RX4；CGNおよびP4HB；CGNおよびPHKG2；CGNおよびPPFIBP2；CGNおよびPPP1R16A；CGNおよびRASSF7；CGNおよびRNF183；CGNおよびSIRT6；CGNおよびTJP3；CGNおよびEFEMP2；CGNおよびSOCS2；またはCGNおよびDCNである。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１６３】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、DDR1バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を検出するのに役立つ好ましい組合せまたは副組合せは、DDR1およびP4HB；DDR1およびGMIP；DDR1およびIKBKE；DDR1およびEFEMP2；DDR1およびSOCS2；DDR1、P4HB、およびGMIP；DDR1、P4HB、GMIP、およびIKBKE；DDR1、P4HB、GMIP、IKBKEおよびEFEMP2；またはDDR1、GMIP、IKBKE、P4HB、およびSOCS2である。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１６４】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、EPS8L2バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。EPS8L2を含む組合せまたは副組合せは、EPS8L2およびAP1M2；EPS8L2およびCGN；EPS8L2およびDDR1；EPS8L2およびEPS8L2；EPS8L2およびFASTKD1；EPS8L2およびGMIP；EPS8L2およびIKBKE；EPS8L2およびP2RX4；EPS8L2およびP4HB；EPS8L2およびPHKG2；EPS8L2およびPPFIBP2；EPS8L2およびPPP1R16A；EPS8L2およびRASSF7；EPS8L2およびRNF183；EPS8L2およびSIRT6；EPS8L2およびTJP3；EPS8L2およびEFEMP2；EPS8L2およびSOCS2；EPS8L2およびACAA1；またはEPS8L2およびDCNである。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１６５】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、FASTKD1バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を検出するのに役立つ好ましい組合せまたは副組合せは、FASTD1およびP4HB；FASTKD1およびGMIP；FASTKD1およびIKBKE；FASTKD1およびEFEMP2；FASTKD1およびSOCS2；FASTD1およびDDR1；FASTKD1およびSIRT6；FASTKD1およびPHKG2；FASTKD1、P4HB、およびGMIP；FASTKD1、P4HBおよびIKBKE；FASTKD1、P4HB、およびEFEMP2；FASTKD1、P4HB、EFEMP2、IKBKE、およびGMIP；FASTKD1、P4HB、EFEMP2、SIRT6、DDR1、およびGMIP；またはFASTKD1、P4HB、EFEMP2、SIRT6、PHKG2、およびGMIPである。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１６６】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、GMIPバイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を検出するのに役立つ好ましい組合せまたは副組合せは、GMIPおよびP4HB；FASTKD1およびGMIP；GMIPおよびIKBKE；GMIPおよびEFEMP2；GMIPおよびSOCS2；GMIPおよびDDR1；GMIPおよびSIRT6；GMIPおよびPHKG2；GMIP、P4HB、およびIKBKE；GMIP、SOCS2、およびIKBKE；GMIP、SOCS2、およびP4HB；GMIP、IKBKE、P4HB、およびEFEMP2；GMIP、IKBKE、P4HB、およびSOCS2；GMIP、P4HB、EFEMP2、IKBKE、およびFASTKD1；GMIP、P4HB、EFEMP2、SIRT6、DDR1、およびFASTKD1；またはGMIP、P4HB、EFEMP2、SIRT6、PHKG2、およびFASTKD1である。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１６７】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、IKBKEバイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を検出するのに役立つ好ましい組合せまたは副組合せは、IKBKEおよびP4HB；IKBKEおよびGMIP；IKBKEおよびFASTKD1；IKBKEおよびEFEMP2；IKBKEおよびSOCS2；IKBKEおよびDDR1；IKBKEおよびSIRT6；IKBKEおよびPHKG2 ；IKBKE、P4HB、およびGMIP；IKBKE、P4HB、およびEFEMP2；IKBKE、GMIP、およびEFEMP2；IKBKE、P4HB、およびSOCS2；IKBKE、GMIP、P4HB、およびSOCS2；IKBKE、GMIP、P4HB、およびEFEMP2；IKBKE、P4HB、EFEMP2、GMIP、およびFASTKD1；またはIKBKE、DDR1、GMIP、P4HB、PHKG2、SIRT6、およびEFEMP2である。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１６８】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、P2RX4バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。P2RX4を含む組合せまたは副組合せは、P2RX4およびAP1M2；P2RX4およびCGN；P2RX4およびDDR1；P2RX4およびEPS8L2；P2RX4およびFASTKD1；P2RX4およびGMIP；P2RX4およびIKBKE；P2RX4およびP4HB；P2RX4およびPHKG2；P2RX4およびPPFIBP2；P2RX4およびPPP1R16A；P2RX4およびRASSF7；P2RX4およびRNF183；P2RX4およびSIRT6；P2RX4およびTJP3；P2RX4およびEFEMP2；P2RX4およびSOCS2；P2RX4およびACAA1；またはP2RX4およびDCNである。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１６９】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、P4HBバイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を検出するのに役立つ好ましい組合せまたは副組合せは、FASTD1およびP4HB；P4HBおよびGMIP；P4HBおよびIKBKE；P4HBおよびEFEMP2；P4HBおよびSOCS2；P4HBおよびDDR1；P4HBおよびSIRT6；P4HBおよびPHKG2；P4HB、GMIP、およびIKBKE；P4HB、GMIP、およびSOCS2；P4HB、GMIP、およびEFEMP2；P4HB、IKBKE、GMIP、およびSOCS2；P4HB、IKBKE、GMIP、およびEFEMP2；P4HB、EFEMP2、IKBKE、GMIP、およびFASTKD1；P4HB、EFEMP2、SIRT6、GMIP、DDR1、およびFASTKD1；P4HB、EFEMP2、SIRT6、GMIP、PHKG2、およびFASTKD1；またはDDR1、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P4HB、PHKG2、SIRT6、およびEFEMP2である。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１７０】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、PHKG2バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を検出するのに役立つ好ましい組合せまたは副組合せは、PHKG2およびP4HB；PHKG2およびGMIP；PHKG2およびIKBKE；PHKG2およびEFEMP2；PHKG2およびSOCS2；PHKG2およびDDR1；PHKG2およびSIRT6；FASTKD1およびPHKG2；PHKG2、P4HB、およびEFEMP2；PHKG2、P4HB、GMIP；PHKG2、P4HB、IKBKE、およびEFEMP2；PHKG2、P4HB、IKBKE、およびSOCS2；P4HB、EFEMP2、SIRT6、GMIP、PHKG2、およびFASTKD1；またはDDR1、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P4HB、PHKG2、SIRT6、およびEFEMP2である。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１７１】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、PPFIBP2バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。PPFIBP2を含む組合せまたは副組合せは、PPFIBP2およびAP1M2；PPFIBP2およびCGN；PPFIBP2およびDDR1；PPFIBP2およびEPS8L2；PPFIBP2およびFASTKD1；PPFIBP2およびGMIP；PPFIBP2およびIKBKE；PPFIBP2およびP2RX4；PPFIBP2およびP4HB；PPFIBP2およびPHKG2；PPFIBP2およびPPP1R16A；PPFIBP2およびRASSF7；PPFIBP2およびRNF183；PPFIBP2およびSIRT6；PPFIBP2およびTJP3；PPFIBP2およびEFEMP2；PPFIBP2およびSOCS2；PPFIBP2およびACAA1；またはPPFIBP2およびDCNである。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１７２】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、PPP1R16Aバイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。PPP1R16Aを含む組合せまたは副組合せは、PPP1R16AおよびAP1M2；PPP1R16AおよびCGN；PPP1R16AおよびDDR1；PPP1R16AおよびEPS8L2；PPP1R16AおよびFASTKD1；PPP1R16AおよびGMIP；PPP1R16AおよびIKBKE；PPP1R16AおよびP2RX4；PPP1R16AおよびP4HB；PPP1R16AおよびPHKG2；PPFIBP2およびPPP1R16A；PPP1R16AおよびRASSF7；PPP1R16AおよびRNF183；PPP1R16AおよびSIRT6；PPP1R16AおよびTJP3；PPP1R16AおよびEFEMP2；PPP1R16AおよびSOCS2；PPP1R16AおよびACAA1；またはPPP1R16AおよびDCNである。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１７３】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、RASSF7バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。RASSF7を含む組合せまたは副組合せは、RASSF7およびAP1M2；RASSF7およびCGN；RASSF7およびDDR1；RASSF7およびEPS8L2；RASSF7およびFASTKD1；RASSF7およびGMIP；RASSF7およびIKBKE；RASSF7およびP2RX4；RASSF7およびP4HB；RASSF7およびPHKG2；RASSF7およびPPP1R16A；RASSF7およびRNF183；RASSF7およびSIRT6；RASSF7およびTJP3；RASSF7およびEFEMP2；RASSF7およびSOCS2；RASSF7およびACAA1；またはRASSF7およびDCNである。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１７４】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、RNF183バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。RNF183を含む組合せまたは副組合せは、RNF183およびAP1M2；RNF183およびCGN；RNF183およびDDR1；RNF183およびEPS8L2；RNF183およびFASTKD1；RNF183およびGMIP；RNF183およびIKBKE；RNF183およびP2RX4；RNF183およびP4HB；RNF183およびPHKG2；RNF183およびPPP1R16A；RASSF7およびRNF183；RNF183およびSIRT6；RNF183およびTJP3；RNF183およびEFEMP2；RNF183およびSOCS2；RNF183およびACAA1；またはRNF183およびDCNである。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１７５】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、SIRT6バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を検出するのに役立つ好ましい組合せまたは副組合せは、SIRT6およびP4HB；SIRT6およびGMIP；SIRT6およびIKBKE；SIRT6およびEFEMP2；SIRT6およびSOCS2；SIRT6およびDDR1；FASTKD1およびSIRT6；SIRT6およびPHKG2；SIRT6、P4HB、およびEFEMP2；SIRT6、P4HB、およびIKBKE；SIRT6、IKBKE、およびEFEMP2；SIRT6、P4HB、およびSOCS2；SIRT6、P4HB、IKBKE、およびGMIP；SIRT6、P4HB、EFEMP2、GMIP、DDR1、およびFASTKD1；SIRT6、P4HB、EFEMP2、GMIP、PHKG2、およびFASTKD1；またはSIRT6、P4HB、EFEMP2、GMIP、IKBKE、PHKG2、DDR1、およびFASTKD1である。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１７６】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、TJP3バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。TJP3を含む組合せまたは副組合せは、TJP3およびAP1M2；TJP3およびCGN；TJP3およびDDR1；TJP3およびEPS8L2；TJP3およびFASTKD1；TJP3およびGMIP；TJP3およびIKBKE；TJP3およびP2RX4；TJP3およびP4HB；TJP3およびPHKG2；TJP3およびPPP1R16A；TJP3およびRNF183；TJP3およびSIRT6；TJP3およびRASSF7;TJP3およびEFEMP2；TJP3およびSOCS2；TJP3およびACAA1；またはTJP3およびDCNである。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１７７】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、EFEMP2バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、SOCS2、およびDCNから選択される。子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を検出するのに役立つ好ましい組合せまたは副組合せは、EFEMP2およびP4HB；EFEMP2およびGMIP；EFEMP2およびIKBKE；FASTKD1およびEFEMP2；EFEMP2およびSOCS2；EFEMP2およびDDR1；EFEMP2およびSIRT6；EFEMP2およびPHKG2；EFEMP2、P4HB、およびIKBKE；EFEMP2、IKBKE、およびGMIP；EFEMP2、IKBKE、およびFASTKD1；EFEMP2、GMIP、およびDDR1；EFEMP2、SIRT6、およびFASTKD1；EFEMP2、IKBKE、GMIP、およびP4HB；EFEMP2、P4HB、IKBKE、GMIP、およびFASTKD1；EFEMP2、P4HB、SIRT6、DDR1、GMIP、およびFASTKD1；EFEMP2、P4HB、SIRT6、PHKG2、GMIP、およびFASTKD1；またはEFEMP2、P4HB、IKBKE、GMIP、DDR1、PHKG2、SIRT6、およびFASTKD1である。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１７８】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、SOCS2バイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、およびDCNから選択される。子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大を検出するのに役立つ好ましい組合せまたは副組合せは、SOCS2およびP4HB；SOCS2およびGMIP；SOCS2およびIKBKE；SOCS2およびEFEMP2；FASTKD1およびSOCS2；SOCS2およびDDR1；SOCS2およびSIRT6；SOCS21およびPHKG2；SOCS2、P4HB、およびIKBKE；SOCS2、GMIP、およびP4HB；SOCS2、P4HB、およびIKBKE；GMIP、P4HB、IKBKE、およびSOCS2；SOCS2、GMIP、IKBKE、P4HB、およびDDR1;またはSOCS2、DDR1、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P4HB、PHKG2、SIRT6、およびEFEMP2である。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１７９】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを診断するための方法であって、DCNバイオマーカーのレベルを1つ以上のバイオマーカーのレベルと組み合わせて決定することを含む方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、予後バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカー、および子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、前記1つ以上のバイオマーカーが、鑑別診断バイオマーカー、子宮内膜がんの検出に役立つバイオマーカー、および子宮内膜がんを分類するのに役立つバイオマーカーから選択される。この実施形態の一態様では、子宮内膜がんを検出するのに役立つ前記1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、およびSOCS2から選択される。DCNを含む組合せまたは副組合せは、DCNおよびAP1M2；DCNおよびCGN；DCNおよびDDR1；DCNおよびEPS8L2；DCNおよびFASTKD1；DCNおよびGMIP；DCNおよびIKBKE；DCNおよびP2RX4；DCNおよびP4HB；DCNおよびPHKG2；DCNおよびPPP1R16A；DCNおよびRNF183；DCNおよびSIRT6；DCNおよびRASSF7；DCNおよびEFEMP2；DCNおよびSOCS2；またはDCNおよびACAA1である。この実施形態の一態様では、バイオマーカーの遺伝子発現のレベルが決定される。この実施形態のもう一つの態様では、タンパク質発現のレベルが決定される。この実施形態の一態様では、腫瘍試料または被疑試料が分析される。もう一つの態様では、体液試料が分析される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮液から得られた試料が分析される。この実施形態のさらにもう一つの態様では、血清試料または血液試料が分析される。ある態様では、分析される試料が細胞から得られる。
【０１８０】
本発明のインビトロ診断方法の好ましい一態様では、マーカーの組合せのレベルが検出され、該組合せは、IKBKEおよびP4HB；IKBKEおよびSOCS2；P4HBおよびSOCS2；GMIPおよびIKBKE；GMIPおよびP4HB；GMIPおよびSOCS2；GMIP、SOCS2、およびIKBKE；GMIP、SOCS2、およびP4HB；GMIP、IKBKE、およびP4HB；IKBKE、P4HB、およびSOCS2；GMIP、IKBKE、P4HB、およびSOCS2；GMIP、SOCS2、IKBKE、およびEPS8L2；GMIP、SOCS2、P4HB、およびEPS8L2；GMIP、IKBKE、P4HB、およびEPS8L2；IKBKE、P4HB、SOCS2、およびEPS8L2；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、およびDDR1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EPS8L2、およびPPP1R16A；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、PHKG2、およびRASSF7；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EPS8L2、およびDDR1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、EPS8L2、PPP1R16A、およびDDR1；DDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPP1R16A、RASSF7、SIRT6、TJP3、およびSOCS2；またはDDR1、EPS8L2、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPP1R16A、RASSF7、SIRT6、TJP3、RNF183およびSOCS2を含む。
【０１８１】
本発明のインビトロ診断方法のもう一つの好ましい態様では、マーカーの組合せのレベルが検出され、該組合せは、GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびFASTKD1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびDDR1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびPHKG2；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびSIRT6；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびACAA1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびEFEMP2；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびEPS8L2；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびP2RX4；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびPPFIBP2；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびPPP1R16A；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、ACAA1およびFASTKD1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、PHKG2およびFASTKD1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2、SIRT6およびFASTKD1；ACAA1、AP1M2、EPS8L2、IKBKE、P2RX4、P4HB、PPFIBP2、PPP1R16A、SIRT6、およびEFEMP2；GMIP、IKBKE、P4HB、およびEFEMP2；DDR1、FASTKD1、PHKG2、SIRT6、SOCS2、GMIP、IKBKE、P4HB、およびEFEMP2；DDR1、FASTKD1、PHKG2、SIRT6、GMIP、IKBKE、P4HB、およびEFEMP2；またはP4HB、EFEMP2、IKBKE、GMIP、およびFASTKD1を含む。
【０１８２】
本発明のインビトロ診断方法のさらにもう一つの好ましい態様では、マーカーの組合せのレベルが検出され、該組合せは、GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびFASTKD1；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびDDR1；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびPHKG2；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびSIRT6；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびACAA1；GMIP、IKBKE、P4HB、SOCS2およびEFEMP2；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびEPS8L2；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびP2RX4；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびPPFIBP2；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2およびPPP1R16A；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2、ACAA1およびFASTKD1；GMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2、PHKG2およびFASTKD1；またはGMIP、IKBKE、P4HB、EFEMP2、SIRT6およびFASTKD1を含む。
【０１８３】
補助バイオマーカー
「補助バイオマーカー」とは、表1の1つ以上のバイオマーカーと一緒に使用することができるバイオマーカーを指す。補助バイオマーカーは、患者が有しうる疾患または状態をさらに特徴づけるために、本発明の方法において使用することができる。
【０１８４】
鑑別診断バイオマーカーは、類似する臨床症状を呈しうる疾患を識別するのに役立つ。例えば、患者は子宮内膜がんの症状（例えば膣出血および/または骨盤痛）を有しうるが、これらの症状は異なる疾患（例えば卵巣がん）によって引き起こされることもある。そこで、鑑別診断バイオマーカーは、疾患を特徴づけるための情報を与える。子宮内膜がんと類似する症状を呈しうる疾患の例には、子宮類線維腫、子宮内膜症、子宮内膜過形成、子宮肉腫−もう一つのタイプの子宮がん、子宮平滑筋腫、子宮内膜ポリープ（ポリープの一タイプ）、子宮頸がん、萎縮性子宮内膜、腺筋症、萎縮性膣炎、卵巣腫瘍、平滑筋肉腫、および子宮内膜増殖などがある。
【０１８５】
原発子宮内膜がん組織におけるバイオマーカーのレベルは子宮液におけるそれらのレベルと相関させることができるという本発明者らの発見によれば、子宮液試料を、子宮内膜がん以外の状態の鑑別診断に使用することができると考えられる。したがって、ある態様において、本発明は、患者から子宮液試料を取得すること、および子宮内膜がんを非子宮内膜がんと識別する能力を有する1つ以上のバイオマーカーのレベルを決定することによって、子宮内膜がんを鑑別診断する方法を提供する。子宮内膜症用の鑑別診断バイオマーカーは子宮内膜症を子宮内膜がんと識別するのに役立つ。卵巣がん用の鑑別診断バイオマーカーは、卵巣がんを子宮内膜がんと識別するのに役立つ。子宮内膜がんを卵巣がんと識別するのに役立つバイオマーカーの例には、Yurkovetskyら（Gyn. Onc. (2007) 107:58-65）に記載されているもの（彼らは、この論文において、子宮内膜がんを卵巣がんおよび乳がんと弁別するためのプロラクチン、GH、エオタキシン、E-セレクチン、およびTSHの5バイオマーカーパネルを報告している）などがあるが、これらに限るわけではない。
【０１８６】
いくつかの子宮内膜がんバイオマーカーが同定されている。CA 125は、腫瘍サイズおよび腫瘍病期と相関し、子宮外進展の独立予測因子である。子宮がんを検出するための血清マーカーは文献に報告されている。
【０１８７】
予後バイオマーカー：CA 125、CA 15-3、およびCA 19-9のレベルの上昇は、生存期間の短縮と関連する。III期の疾患を有する患者では、血清CA 125、CA 15-3およびCEAが、I期と比較して高いことが見いだされている。もう一つの予後マーカー群には、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、およびHER2が含まれる。
【０１８８】
子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカーには、がんの病期、細胞タイプ、および/または子宮内膜がんのタイプ（例えばI型かII型か）を判断するためのものが含まれる。子宮内膜がんを分類するためのバイオマーカーの例には、Sugiyamaら (2003) Clin. Can. Res. 9:5589-5600に記載されているものなどがあるが、これらに限るわけではない。II型よりもI型において高い発現を示す遺伝子には、MMP11、RHOG、および血小板由来増殖因子Bサブユニット前駆体、STAT2、オクタマー結合転写因子1、およびGATA-6、増殖因子VEGF-C前駆体、カスパーゼ（カスパーゼ1/IL-1β変換酵素）などがある。I型よりもII型において高い発現を示す遺伝子には、PIRIN、EGR1、STAT1、IFN調節因子1、およびKRASなどがある。Konecnyら（(2009) British Journal of Cancer 100, 89-95）は、インサイチューハイブリダイゼーションにおける蛍光によって測定されるHER2遺伝子増幅率はII型がんの場合の方が大きかったのに対し、IHC技法によって測定されるEGFR発現は、II型がんの場合の方が有意に低かったと報告している。Dengら（(2005) Clin. Can. Res. vol. 11, no 23:8258-8264）は、EIG121はI型エストロゲン関連がんのマーカーであると報告している。漿液性がんと類内膜がんのような異なる組織型の子宮内膜がんを識別するために、子宮内膜がんを分類するためのマーカーを使用することもできる。Risingerら（(2003) Canc. Res. 63:6-11）は、乳頭状漿液性がんを類内膜がんと識別することができるバイオマーカーを同定した。例えばAGR2、TFF3、DUSP6、IGF2、FOLR1、およびUCHL1は、乳頭状漿液性がんと類内膜がんとでは差異的に発現することが、マイクロアレイによって見いだされ、RT-PCRによって検証された。AGR2、TFF3、DUSP6は、類内膜タイプのがんにおいてアップレギュレートされることがわかったのに対して、IGF2、FOLR1およびUCHL1は乳頭状漿液性がんにおいてアップレギュレートされることがわかった。
【０１８９】
原発子宮内膜がん組織におけるバイオマーカーのレベルは子宮液におけるそれらのレベルと相関させることができるという本発明者らの発見によれば、子宮液試料を使って、子宮内膜がんのタイプを分類することができると考えられる。子宮内膜がんのタイプを分類するとは、I型がんとII型がんを識別することを指しうる。子宮内膜がんのタイプを分類するとは、組織型および/または組織亜型を決定することも指すことができる。したがって、ある態様において本発明は、患者から子宮液試料を取得すること、および子宮内膜がんを分類する能力を有する1つ以上のバイオマーカーのレベルを決定することによる、子宮内膜がんを分類するための方法を提供する。
【０１９０】
「子宮内膜がんを検出するための補助バイオマーカー」とは、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する危険の増大を診断するために表1のバイオマーカーに加えて使用することができるバイオマーカーを指す。Yurkovetskyら（Gyn. Onc. (2007) 107:58-65）は、プロラクチンが子宮内膜がんに関して感度と特異度を有する血清バイオマーカーであることを突きとめた。Yurkovetskyらは、プロラクチン、GH、エオタキシン、E-セレクチン、およびTSHが子宮内膜がんを診断するのに役立つマーカーであることを見いだした。
【０１９１】
これらの実施形態のいくつかの態様では、1つ以上の補助バイオマーカーを、子宮内膜がんを有すると疑われる患者からの試料における変化について調べる。具体的一態様では、補助バイオマーカーが血清バイオマーカーから選択される。より具体的な一態様では、血清バイオマーカーが、CA 125、CA 15-3、CA 19-9、CEA、AFP、CA 72-4、VEGF、bFGF、IGFBPI、HGF、ErbB2、EGFR、TGFα、Fas、FasL、Cyfra 21-1、MMP-1、MMP-2、MMP-3、MMP-7、MMP-8、MMP-9、MMP-12、MMP-13、tPAI、sICAM、sVCAM、sE-セレクチン、アディポネクチン、レジスチン、IL-6、IL-8、TNFα、TNFR I、G-CSF、CD40L、IL-2R、IP-10、MCP-1、MIP-1α、MIP-1β、MIF、エオタキシン、RANTES、FSH、LH、TSH、ACTH、プロラクチン、GH、βHCG、hK8、hK10、活性PAI-1、ULBP-1、ULBP-2、ULBP-3、MICA、アンジオスタチン、SCC、血清アミロイドA、TTR、S100、メソテリン、およびミエロペルオキシダーゼ（MPO）から選択される1つ以上のタンパク質である。より具体的な一態様では、血清バイオマーカーが、プロラクチン、GH、エオタキシン、e-セレクチンおよびFSHから選択される。さらに具体的な一態様では、血清バイオマーカーがプロラクチンである。いくつかの態様では、子宮吸引物中の補助バイオマーカー（例えばmRNAレベルおよび/またはタンパク質レベル）を調べることができる。
【０１９２】
試料
本発明は、いくつかの実施形態において、子宮内膜がんを有すると疑われる患者またはがんのスクリーニングを所望する患者からの試料から、表1の1つ以上のバイオマーカーを特徴づけることに関係する。本発明において使用することができるそのような試料の例は、体液、組織試料、および/または細胞である。本発明のバイオマーカーを特徴づけるために使用される方法としては、具体的なそのマーカーに依存して、例えばバイオマーカーに対応する遺伝子のDNAコピー数を調べること、バイオマーカーに関係するタンパク質を検出すること、バイオマーカーのmRNA発現レベルを決定することなどを挙げることができる。本発明は、診断、予後、病期分類、治療に対する応答の予測を含むいくつかの応用に役立つ。本発明者らは、例えば原発腫瘍におけるmRNA、原発腫瘍におけるタンパク質、吸引物中のmRNA、および吸引物中のタンパク質などといったいくつかの異なる試料において、表1のバイオマーカーの差異的発現の証拠を見いだした。表1のバイオマーカーには、子宮内膜がん患者からの試料において、標準レベルと比較して過剰発現しているものが含まれる。また、表1のバイオマーカーの一部は、子宮内膜がん患者からの試料において、標準レベルと比較して過少発現している。
【０１９３】
本発明は、いくつかの実施形態において、患者試料（例えば腫瘍、がん細胞、がんであると疑われる試料、体液（例えば子宮液）、血液、血清、血漿、および膣血液/分泌物）から、および/または個体の「正常」細胞から、表1のバイオマーカーの1つ以上を特徴づけることに関する（あるいは細胞からの正常値の代わりに対照値を使用することもできる）。
【０１９４】
ある態様では、分析される試料が、子宮内膜がんの危険因子を有する患者から得られる。子宮内膜がんの危険因子には、リンチ症候群、リンチ症候群を有する人と遺伝的に関係があること、肥満、エストロゲン単独ホルモン補充療法を受けていること、タモキシフェン（tamixofen）による先行処置などがあるが、これらに限るわけではない。
【０１９５】
この実施形態の一態様では、分析される試料が子宮液試料である。ある態様では、使用される試料が、子宮から小さな内膜試料を吸い取るために使用される柔らかいストロー状の装置（パイペル）を使用することによって得られる。ある態様では、試料が、キューレットと呼ばれる鋭利なツールを使用して、小さな試料を掻き取り、それをシリンジまたは吸引管で集めること（例えば頚管拡張子宮内膜掻爬術）によって得られる。ある態様では、試料が、電子吸引装置（例えばVabraアスピレータ）を使用することによって得られる。ある態様では、試料が、液体の噴霧（ジェット洗浄）を使って子宮を裏打ちする組織の一部を洗い落とすことによって得られる。いくつかの態様では、洗浄を行う前に、ブラシを使って、内膜の一部を剥がしておくこともできる。
【０１９６】
ある実施形態では、バイオマーカーを分析するための試料が、シリンジまたはパイペルタイプの装置を使って得られる。ある実施形態では、患者の内腔（例えば子宮）から子宮液試料を収集するための装置が、その一端に開口部を有する胴部、その胴部内を軸方向に作動しうるプランジャ（この胴部およびプランジャは、プランジャが軸方向に運動した時に変動する体積を有する流体チャンバを規定している）、および流体チャンバから胴部の開口部を通って伸びる中空の細長い管を含み、その管は、プランジャが軸方向に運動した時に管が胴部に対して伸びたり収納されたりするように、軸方向運動に関してプランジャと作動的に係合しており、かつ管は、その中空管を通って流体チャンバに出入りする流体流路が設けられるように、流体チャンバと流体連通している。この実施形態の一態様では、その装置を使って試料を取得した後に、その試料が、目的のバイオマーカーの完全性を保持する薬剤に入れて保存される。例えば、分析されるバイオマーカーがRNAのような核酸である場合は、試料中のRNA分子の分解を防ぐ薬剤に入れて試料を保存することができ、バイオマーカーがタンパク質ならば、例えばタンパク質を保護する薬剤に入れて、試料を保存することができる。RNA分子の分解を防ぐ薬剤の例は、RNase阻害剤（例えばQiagenのRNeasy、AmbionのSUPERase In（商標）、またはEpicenter BiotechnologiesのScriptGuard（商標）RNase阻害剤）またはRNAを生物学的溶液から析出させる分子（例えばトリフェニルメタン色素（例えばメチルグリーン、クリスタルバイオレット、およびパラローズアニリン）、クレシルバイオレット、ポリアミン、およびコバルトイオン）である。タンパク質の分解を防ぐ薬剤の例は、プロテアーゼ阻害剤（例えばPMSF（フェニルメタンスルホニルフルオリド、RocheのCompleteプロテアーゼインヒビターカクテル、またはペプスタチン）または組織を固定する薬剤（ホルマリン）である。
【０１９７】
したがって本発明は、ある実施形態において、子宮内膜がんのインビトロ診断方法であって、子宮内膜がんの症状または危険因子を有する患者から子宮液吸引物試料を取得すること、および子宮内膜がんに罹患していない個体を代表する対照値と比較して子宮内膜がんにおいて差異的に発現する1〜100個のバイオマーカーマーカー（biomarkers markers）のレベルを決定することを含み、（1）1〜100個のバイオマーカーのレベルが、患者の子宮内膜吸引物試料および対照値においてアップレギュレートされている場合、その患者は子宮内膜がんを有する可能性が増大しており、（2）1〜100個のバイオマーカーのレベルが吸引物試料においてダウンレギュレートされている場合、その患者は子宮内膜がんを有する可能性が増大している方法を提供する。この態様におけるバイオマーカーは、子宮内膜がん患者試料において、子宮内膜がんを罹患していない患者からの試料と比較して差異的に発現し、子宮内膜がんまたは子宮内膜がんの可能性の増大の診断に役立つ、任意のバイオマーカーであることができる。好ましいバイオマーカーは本明細書において表1に記載する1〜20個である。
【０１９８】
バイオマーカーを検出する方法
本発明は、子宮内膜がんを診断するのに役立つバイオマーカーの同定に関する。本発明は、子宮内膜がんを診断するために、表1のバイオマーカーの1つ以上を検出する方法を提供する。子宮内膜がんを診断するために、本発明の方法を使って、表1のバイオマーカーに対応する1つ以上のタンパク質を検出することができる。子宮内膜がんを診断するために、本発明の方法を使って、表1のバイオマーカーに対応する1つ以上のmRNAを検出することができる。患者から得られた試料、例えば子宮組織、子宮液、または血液から得られた試料中のバイオマーカーを検出することができる。
【０１９９】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、試料を取得すること、およびその試料において、表1のバイオマーカーのうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個のレベルを検出することを伴う。具体的一態様において、本方法は、表1に記載する2個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する3個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する4個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する5個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する6個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する7個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する8個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する9個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する10個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する11個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する12個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する13個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する14個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する15個以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの20個のレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの2〜20個のレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの3〜20個のレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの3〜17個のレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの4〜17個のレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの5〜17個のレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの10〜17個のレベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、500個未満の異なるバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、250個未満の異なるバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、100個未満の異なるバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、50個未満の異なるバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。過剰発現する表1のバイオマーカーのう��の1つ以上のレベルの増加および/または過少発現する表1のバイオマーカーのうちの1つ以上のレベルの低下は、子宮内膜がんの可能性が増大していることを示す。この実施形態のいくつかの態様では、分析されるバイオマーカーに、表1に記載するもの以外のものが含まれると理解される。
【０２００】
これらの実施形態のいくつかの態様において、本方法は、試料を取得すること、およびその試料における、表1のバイオマーカーのうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個のmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する2個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する3個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する4個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する5個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する6個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する7個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する8個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する9個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する10個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する11個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する12個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する13個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する14個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する15個以上のバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの20個のmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの2〜20個のmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの3〜20個のmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの3〜17個のmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの4〜17個のmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの5〜17個のmRNAのレベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの10〜20個のmRNAのレベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、500個未満の異なるバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、250個未満の異なるバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、100個未満の異なるバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。この実施形���の一態様において、本方法は、50個未満の異なるバイオマーカーのmRNAのレベルを決定することを伴う。過剰発現する表1のバイオマーカーに対応する1つ以上のmRNAのレベルの増加および/または過少発現する表1のバイオマーカーの1つ以上のレベルの減少は、子宮内膜がんの可能性が増大していることを示す。この実施形態のいくつかの態様では、分析されるバイオマーカーに、表1に記載するもの以外のものが含まれると理解される。
【０２０１】
これらの実施形態のいくつかの態様において、本方法は、試料を取得すること、およびその試料における、表1のバイオマーカーのうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個のタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する2個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する3個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する4個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する5個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する6個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する7個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する8個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する9個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する10個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する11個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する12個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する13個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する14個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載する15個以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの20個のタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの2〜20個のタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの3〜20個のタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの3〜17個のタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの4〜17個のタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの5〜17個のタンパク質レベルを決定することを伴う。具体的一態様において、本発明は、表1に記載するバイオマーカーのうちの10〜17個のタンパク質レベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、500個未満の異なるバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、250個未満の異なるバイオマーカーのタンパク質レベルを決定す��ことを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、100個未満の異なるバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、50個未満の異なるバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。この実施形態の一態様において、本方法は、1〜10個の異なるバイオマーカーのタンパク質レベルを決定することを伴う。表1のバイオマーカーに対応する1つ以上のタンパク質のレベルの増加は、子宮内膜がんの可能性が増大していることを示す。この実施形態のいくつかの態様では、分析されるバイオマーカーに、表1に記載するもの以外のものが含まれると理解される。
【０２０２】
ある実施形態において、本発明は、血清、血液、および/または血漿中の1つ以上のタンパク質バイオマーカーを検出するための方法を提供する。この実施形態の具体的一態様では、1つ以上のバイオマーカーが、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される。より具体的な一態様では、1つ以上のバイオマーカーが、IKBKE、P4HB、SOCS2、GMIP、DDR1、EPS8L2、PPP1R16A、P2RX4、PHKG2、RASSF7、SIRT6、TJP3、AP1M2、RNF183、およびDCNから選択される。この実施形態のもう一つの具体的態様において、本方法は、IKBKEのレベルを検出することを含む。この実施形態のもう一つの具体的態様において、本方法は、P4HBのレベルを検出することを含む。この実施形態のもう一つの具体的態様において、本方法は、SOCS2のレベルを検出することを含む。この実施形態のもう一つの具体的態様において、本方法は、GMIPのレベルを検出することを含む。この実施形態のもう一つの具体的態様において、本方法は、AP1M2のレベルを検出することを含む。この実施形態のもう一つの具体的態様において、本方法は、EPS8L2のレベルを検出することを含む。この実施形態のもう一つの具体的態様において、本方法は、DDR1のレベルを検出することを含む。この実施形態のもう一つの具体的態様において、本方法は、CGNのレベルを検出することを含む。この実施形態のもう一つの具体的態様において、本方法は、TJP3のレベルを検出することを含む。
【０２０３】
これらの実施形態のいくつかの態様において、本発明は、表1に記載するものの1つ以上に加えて、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、もしくは50個またはそれ以上のバイオマーカーのレベルを決定することを伴う。これらのマーカーは、その発現レベルが子宮内膜がんを有する患者において変化することが知られているものであることができる。あるいは、他の疾患（例えば子宮内膜症、卵巣がん、および類線維腫）を鑑別診断するために、がんのタイプを分類するために、予後情報を得るために、かつ/または治療法を選択するための情報を得るために、追加のバイオマーカーを使用することもできる。この実施形態の具体的一態様では、子宮液試料中の追加バイオマーカーが分析される。
【０２０４】
本発明の具体的一態様では、表1に記載する1つ以上のバイオマーカーが、約5〜200塩基の長さを有するオリゴヌクレオチドである異なるプローブをアレイ上に有するアレイにおいて検出される。もう一つの具体的態様では、アレイ上の異なるプローブのそれぞれが、約15〜200、15〜150、15〜100、15〜75、15〜60、または20〜55塩基の長さを有するオリゴヌクレオチドである。ある態様では、アレイが、表1に記載する2個以上のバイオマーカーに対するプローブを有する。ある態様では、アレイが、表1に記載する3個以上のバイオマーカーに対するプローブを有する。ある態様では、アレイが、表1に記載する4個以上のバイオマーカーに対するプローブを有する。ある態様では、アレイが、表1に記載する5個以上のバイオマーカーに対するプローブを有する。ある態様では、アレイが、表1に記載する6個以上のバイオマーカーに対するプローブを有する。ある態様では、アレイが、表1に記載する7個以上のバイオマーカーに対するプローブを有する。ある態様では、アレイが、1000個未満の異なる遺伝子に対するプローブを有する。ある態様では、アレイが、500個未満の異なる遺伝子に対するプローブを有する。ある態様では、アレイが、100個未満の異なる遺伝子に対するプローブを有する。
【０２０５】
これらの実施形態のいくつかの態様では、表1に記載する1つ以上のバイオマーカーのコピー数が決定される。この実施形態のもう一つの態様では、子宮内膜がんを検出するために、表1のバイオマーカー（またはそれらのバイオマーカーに対応する遺伝子座）のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、または20個のコピー数プロファイルが決定される。
【０２０６】
ある態様では、本発明は、表1に記載するバイオマーカーに対応する核酸にハイブリダイズし、本発明の方法に従って子宮内膜がんを診断する目的で、該バイオマーカーに対応する核酸またはそのフラグメントを増幅するために使用することができるプライマーを提供する。より具体的な一態様では、プライマーが、バイオマーカーの1つ以上のエクソンを増幅するように設計される。もう一つの態様では、プライマーが、バイオマーカーの1つ以上のエクソンのフラグメントを増幅するように設計される。ある態様では、プライマーが、RT-PCR解析に適している。ある態様において、本発明の方法は、表1のバイオマーカーに対応する核酸を増幅するためのプライマーの使用、およびその増幅産物に対するプローブによる増幅産物の検出を伴う。もう一つの態様において、本発明の方法は、表1のバイオマーカーに対応する核酸を増幅するためのプライマーの使用、およびその増幅産物の定量を可能にする色素による増幅産物の検出を伴う。
【０２０７】
ある態様において、本発明は、表1のバイオマーカーに対応する核酸またはそのフラグメントを検出するための、それらバイオマーカーに対するプローブを提供する。これらのプローブは、例えば子宮内膜がんを診断するために、本発明の方法において使用することができる。具体的一態様では、プローブが、バイオマーカーmRNAのためのプローブ、またはバイオマーカーに対応するmRNAから得られる核酸のためのプローブである。具体的一態様では、プローブが、表1のバイオマーカーの2つの連続するエクソン（または2つ以上の連続するエクソンのフラグメント）に対応する。具体的な一態様では、プローブが、バイオマーカーのエクソンまたはそのフラグメントに対応する。具体的一態様では、プローブが、バイオマーカーのプロモーター領域の少なくとも一部とバイオマーカーのエクソン1の少なくとも一部とに対応する。
【０２０８】
本発明の一態様では、子宮内膜がんの有無を検出するために、マルチプレックスPCRアッセイを使って、表1のバイオマーカーのうちの2〜20個のレベルを評価する。より具体的な一態様では、表1の3〜20個のバイオマーカーのレベルを、マルチプレックスPCRによって評価する。より具体的な一態様では、表1の4〜20個のバイオマーカーのレベルを、マルチプレックスPCRによって評価する。より具体的な一態様では、表1の5〜20個のバイオマーカーのレベルを、マルチプレックスPCRによって評価する。より具体的な一態様では、表1の6〜20個のバイオマーカーのレベルを、マルチプレックスPCRによって評価する。より具体的な一態様では、表1の7〜20個のバイオマーカーのレベルを、マルチプレックスPCRによって評価する。より具体的な一態様では、表1の8〜20個またはそれ以上のバイオマーカーのレベルを、マルチプレックスPCRによって評価する。より具体的な一態様では、表1の9〜20個のバイオマーカーのレベルを、マルチプレックスPCRによって評価する。より具体的な一態様では、表1の10〜20個またはそれ以上のバイオマーカーのレベルを、マルチプレックスPCRによって評価する。より具体的な一態様では、表1の15〜20個のバイオマーカーのレベルを、マルチプレックスPCRによって評価する。より具体的な一態様では、表1の20個のバイオマーカーのレベルを、マルチプレックスPCRによって評価する。
【０２０９】
定量PCR
いくつかの実施形態において、本発明は、定量PCRに依拠して、表1の1つ以上のバイオマーカーのレベルを決定する。具体的一態様では、定量PCR法が定量RT-PCRである。本方法は、半定量的または完全定量的であることができる。
【０２１０】
本発明のバイオマーカーを検出するための本発明の方法は、競合的定量PCRまたはリアルタイム定量PCRを含むことができ、これらはどちらも、標準DNAの段階希釈液の増幅によって構築される標準曲線との比較により、試料中のターゲット遺伝子濃度を推定する。定量PCRまたはリアルタイム定量PCRは、標準曲線の作成方法が実質的に異なる。競合的QPCRでは、内部競合物DNAが、段階希釈した標準試料と未知試料（例えば患者から得たもの）の両方に、既知濃度で加えられる。同時増幅後に、内部競合物およびターゲットPCR産物の比が、標準希釈液と未知試料の両方について計算され、競合物-ターゲットPCR産物比を標準希釈液の初期ターゲットDNA濃度に対してプロットした標準曲線が構築される。競合物とターゲットDNAの増幅効率が等しいと仮定すると、患者試料中の後者の濃度は、この標準曲線から外挿することができる。
【０２１１】
リアルタイムQPCRでは、増幅産物の蓄積が、ターゲットDNAの標準希釈液と、未知量のターゲットDNAを含有する試料の両方において、連続的に測定される。標準曲線は、標準試料における初期テンプレート濃度を、ある特定閾濃度の産物を生じさせるのに要求されるPCRサイクル数（Ct）と相関させることによって構築される。試験試料では、ターゲットPCR産物の蓄積を同じCt後に測定することにより、標準曲線からのターゲットDNA濃度の内挿が可能になる。リアルタイムQPCRは、ルーチン解析におけるターゲットDNAの、より迅速かつ容易な測定を可能にするが、競合的QPCRは、依然として、環境試料におけるターゲット定量の重要な選択肢である。既知量の競合物DNAとターゲットDNAとの同時増幅は、阻害基質の存在および標準希釈液には明らかに存在しない大量のバックグラウンドDNAによる増幅効率の試料間変動を補正するための直観的方法である。
【０２１２】
もう一つのタイプのQPCRは応用定量的PCR（applied quantitatively PCR）である。しばしば「相対的定量PCR（relative quantitative PCR）」と呼ばれるこの方法は、特定核酸の相対濃度を決定する。本発明との関連では、患者から単離されたmRNA種に対してRT-PCRが行われる。特定mRNA種の濃度を決定することにより、その特定mRNA種をコードする遺伝子が差異的に発現するかどうかを決定することができる。
【０２１３】
ある実施形態において、本発明は、患者の細胞、組織、または体液から試験試料を取得すること、表1のバイオマーカーの1つ以上のレベルを検出すること、および試料中のバイオマーカーのレベルを、正常試料に予想されるレベル（または対照値）と比較することを含む方法を提供する。
【０２１４】
ある実施形態において、本発明は、患者から被疑腫瘍試料を取得すること、表1に記載する1つ以上のバイオマーカーのレベルを検出すること、および試料中のバイオマーカーのレベルを、正常非罹患試料に予想されるレベル（または対照値）と比較することを含む方法を提供する。。
【０２１５】
ある実施形態において、本発明は、患者から細胞を含む試料を取得すること、該細胞における表1のバイオマーカーの1つ以上のレベルを検出すること、および細胞中のバイオマーカーのレベルを正常非罹患細胞に予想されるレベル（または対照値）と比較することを含む方法を提供する。
【０２１６】
ある実施形態において、本発明は、患者の体液から試験試料を取得すること、表1のバイオマーカーの1つ以上のレベルを検出すること、および試料中のバイオマーカーのレベルを、正常非罹患試料に予想されるレベルと比較することを含む方法を提供する。この実施形態の一態様では、体液が吸引によって得られる子宮液である。この実施形態の一態様では、体液が、コーニア・パイペル（cornier pipelle）を使った吸引によって得られる子宮液である。この実施形態の一態様では、体液が子宮液である。この実施形態のもう一つの態様では、体液が膣分泌物である。ある実施形態において、本発明は、患者の血液または血清試料から試験試料を取得すること、表1のバイオマーカーの1つ以上のレベルを検出すること、および試料中のバイオマーカーのレベルを正常非罹患試料に予想されるレベルと比較することを含む方法を提供する。
【０２１７】
ある実施形態において、本発明は、患者の尿から試験試料を取得すること、表1のバイオマーカーの1つ以上のレベルを検出すること、および尿中のバイオマーカーのレベルを対照値について予想されるレベルと比較することを含む方法を提供する。
【０２１８】
ある実施形態において、本発明は、ブラシを使って患者の子宮から試験試料を取得すること、表1のバイオマーカーの1つ以上のレベルを検出すること、および試料中のバイオマーカーのレベルを正常試料に予想されるレベルと比較することを含む方法を提供する。
【０２１９】
表1のバイオマーカーの1つ以上のレベルが増加していることは、その組織における子宮内膜がんまたは前がん状態、例えば子宮内膜過形成を示しうる。この実施形態の一態様において、本方法は、表1の1つ以上のバイオマーカーを分析する必要がある患者を同定することを伴う。
【０２２０】
この実施形態のもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを診断または予測するための方法を提供する。この態様の方法は、（1）細胞、組織、および/または体液から試験試料を取得すること、（2）正常である細胞、組織、または体液から対照試料を取得するか、正常対照値を取得すること、および（3）試験試料と対照試料の両方において、表1のバイオマーカーの1つ以上に対応する1つ以上のmRNA転写産物のレベルを検出または測定することを含む。1つ以上の転写産物のレベルが対照試料よりも試験試料において高ければ、それは、試験試料細胞または組織における子宮内膜がん（および/または子宮内膜がんを有する危険の増大）または前がん状態を示す。もう一つの態様において、対照試料は、異なる個体から取得されるか、または母集団から得られたベースラインデータに基づく標準化された値であることができる。この実施形態の一態様において、本方法は、表1のバイオマーカーの1つ以上を分析する必要がある患者を同定することを伴う。ある態様では、表1のバイオマーカーの1つ以上の分析を必要とする患者が、子宮内膜がんを有する危険がある患者、子宮内膜がんを有すると疑われる患者、かつ/またはスクリーニングを受けている患者である。
【０２２１】
この実施形態のさらにもう一つの態様において、本方法は、細胞、組織、または体液から試験試料を取得すること；その試料における表1のバイオマーカーの1つ以上の（例えば1細胞あたりの）DNAコピー数を検出すること；および（例えば定量的および/または定性的に）検出された試料中のDNAコピー数を、対照試料または既知の値（または対照値）と比較し、それによって、バイオマーカーのコピー数が試験試料において増幅されているかどうかを決定することを含む。この実施形態の一態様において、本方法は、表1のバイオマーカーの1つ以上を分析する必要がある患者を同定することを伴う。ある態様では、表1のバイオマーカーの1つ以上を分析する必要がある患者が、子宮内膜がんを有する危険がある患者、子宮内膜がんを有すると疑われる患者、かつ/またはスクリーニングを受けている患者である。
【０２２２】
この実施形態のさらにもう一つの態様において、本発明は、（1）細胞、組織、または体液から試験試料を取得すること、その試料を、表1のバイオマーカーの1つ以上に対応するタンパク質またはそのフラグメントに対する抗体と接触させること、および試験試料におけるバイオマーカーのレベルを検出することを含み、ここで、対照値と比較したバイオマーカーのレベルの増加は、その患者が前がん状態またはがん状態を有しうることを示す。もう一つの態様において、対照値は、異なる個体から取得されるか、または母集団から得られたベースラインデータに基づく標準化された値であることができる。あるいは、子宮内膜がんを有さない正常な患者からの測定に基づいて先に確立された、子宮内膜がんを有さない集団を代表するバイオマーカーの所与のレベルを、対照値として使用することもできる。子宮内膜がんを有さない集団を代表する対照試料から得られるデータに基づく参照データベースからの対照データポイントも、対照値として使用することができる。この実施形態の一態様において、本方法は、表1のバイオマーカーの1つ以上を分析する必要がある患者を同定することを伴う。ある態様では、バイオマーカーを分析する必要がある患者が、子宮内膜がんを有する危険がある患者、子宮内膜がんを有すると疑われる患者、かつ/またはスクリーニングを受けている患者である。
【０２２３】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、本発明のバイオマーカーの発現を、内在性バイオマーカーと比較することを伴う。例えば、表1に記載するバイオマーカーの1つ以上の発現レベルが、内在性バイオマーカーの発現のレベルに対して標準化される。したがって、ある具体的態様では、内在性バイオマーカーが、POLR2A、B2M、PFN1、HMBS、G6PD、およびPABPN1から選択される。これらの内在性バイオマーカーについて、ENSMBLリファレンス番号を以下に記載する。
【表２−２】
0005934093.tif 000004
【０２２４】
診断試薬および予後試薬
本発明は、本発明のバイオマーカー（例えば表1に記載するもの）を検出するための試薬を提供する。これらの試薬は、子宮内膜がんを検出および/または診断する目的で、表1のバイオマーカーのタンパク質レベルおよび核酸レベルを検出するのに役立つ。子宮内膜がんを診断する目的でバイオマーカーの組合せを検出するには、以下の試薬を使用することができる。個々のバイオマーカーのそれぞれに関して、核酸、プローブ、プライマーなどの具体例を、実施例に記載する。
【０２２５】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、ACAA1核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、ACAA1核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、ACAA1核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２２６】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、ACAA1タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのACAA1ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのACAA1ポリペプチドを提供する。
【０２２７】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、AP1M2核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、AP1M2核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、AP1M2核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２２８】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、AP1M2タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのAP1M2ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのAP1M2ポリペプチドを提供する。
【０２２９】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、CGN核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、CGN核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、CGN核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２３０】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、CGNタンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのCGNポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのCGNポリペプチドを提供する。
【０２３１】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、DDR1核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、DDR1核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、DDR1核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２３２】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、DDR1タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのDDR1ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのDDR1ポリペプチドを提供する。
【０２３３】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、EPS8L2核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、EPS8L2核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、EPS8L2核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２３４】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、EPS8L2タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのEPS8L2ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのEPS8L2ポリペプチドを提供する。
【０２３５】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、FASTKD1核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、FASTKD1核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、FASTKD1核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２３６】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、FASTKD1タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのFASTKD1ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのFASTKD1ポリペプチドを提供する。
【０２３７】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、GMIP核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、GMIP核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、GMIP核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２３８】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、GMIPタンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのGMIPポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのGMIPポリペプチドを提供する。
【０２３９】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、IKBKE核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、IKBKE核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、IKBKE核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２４０】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、IKBKEタンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのIKBKEポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのIKBKEポリペプチドを提供する。
【０２４１】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、P2RX4核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、P2RX4核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、P2RX4核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２４２】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、P2RX4タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのP2RX4ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのP2RX4ポリペプチドを提供する。
【０２４３】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、P4HB核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、P4HB核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、P4HB核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２４４】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、P4HBタンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのP4HBポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのP4HBポリペプチドを提供する。
【０２４５】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PHKG2核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PHKG2核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PHKG2核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２４６】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PHKG2タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのPHKG2ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのPHKG2ポリペプチドを提供する。
【０２４７】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PPFIBP2核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PPFIBP2核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PPFIBP2核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２４８】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PPFIBP2タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのPPFIBP2ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのPPFIBP2ポリペプチドを提供する。
【０２４９】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PPP1R16A核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PPP1R16A核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PPP1R16A核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２５０】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、PPP1R16Aタンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのPPP1R16Aポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのPPP1R16Aポリペプチドを提供する。
【０２５１】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、RASSF7核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、RASSF7核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、RASSF7核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２５２】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、RASSF7タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのRASSF7ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのRASSF7ポリペプチドを提供する。
【０２５３】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、RNF183核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、RNF183核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、RNF183核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２５４】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、RNF183タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのRNF183ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのRNF183ポリペプチドを提供する。
【０２５５】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、SIRT6核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、SIRT6核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、SIRT6核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２５６】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、SIRT6タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのSIRT6ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのSIRT6ポリペプチドを提供する。
【０２５７】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、TJP3核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、TJP3核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、TJP3核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２５８】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、TJP3タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのTJP3ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのTJP3ポリペプチドを提供する。
【０２５９】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、EFEMP2核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、EFEMP2核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、EFEMP2核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２６０】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、EFEMP2タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのEFEMP2ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのEFEMP2ポリペプチドを提供する。
【０２６１】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、SOCS2核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、SOCS2核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、SOCS2核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２６２】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、SOCS2タンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのSOCS2ポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのSOCS2ポリペプチドを提供する。
【０２６３】
ある実施形態において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、DCN核酸を提供する。関連する一態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、DCN核酸を増幅するためのプライマーを提供する。関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、DCN核酸にハイブリダイズすることができるプローブを提供する。
【０２６４】
関連するもう一つの態様において、本発明は、子宮内膜がんを検出するために、DCNタンパク質に免疫学的に結合する抗体を提供する。関連する一態様において、本発明は、抗体を産生させるためのDCNポリペプチドを提供する。関連するさらにもう一つの態様において、本発明は、マーカーに対する免疫応答を生じさせるためのDCNポリペプチドを提供する。
【０２６５】
キット
本発明は、表1のバイオマーカーの1つ以上を検出するためのキットも提供する。ある実施形態において、キットは、婦人科がんを検出および/または診断するのに役立つ。別の実施形態において、キットは、子宮内膜がんを検出および/または診断するのに役立つ。ある態様において、キットは、CGNを検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、CGNを検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、AP1M2を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、AP1M2を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、EPS8L2を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、EPS8L2を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、IKBKEを検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、IKBKEを検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、PPP1R16Aを検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、PPP1R16Aを検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、RASSF7を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、RASSF7を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、TJP3を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、TJP3を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、P2RX4を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、P2RX4を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、RNF183を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、RNF183を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、GMIPを検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、GMIPを検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、PHKG2を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、PHKG2を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、P4HBを検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、P4HBを検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、PPFIBP2を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、PPFIBP2を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、FASTKD1を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、FASTKD1を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、DDR1を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、DDR1を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、SIRT6を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、SIRT6を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、ACAA1を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、ACAA1を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、DCNを検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、DCNを検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、SOCS2を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、SOCS2を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、EFEMP2を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、EFEMP2を検出するための手段を含有する。
【０２６６】
ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの2〜20個を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの2〜20個を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの3〜20個を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの3〜20個を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの4〜20個を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの4〜20個を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの5〜20個を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの5〜20個を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの6〜20個を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの6〜20個を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの7〜20個を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの7〜20個を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの8〜20個を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの8〜20個を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの9〜20個を検出するための試薬を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの9〜20個を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの10〜20個を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの10〜20個を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの15〜20個を検出するための手段を含有する。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの1〜20個をRT-PCR評価するための試薬を含む。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの1〜20個をRT-PCR評価するための手段を含む。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの1〜20個をマイクロアレイ評価するための試薬を含む。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの1〜20個をマイクロアレイ評価するための手段を含む。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの1〜20個を抗体に基づいて評価するための試薬を含む。ある態様において、キットは、表1のバイオマーカーのうちの1〜20個を抗体に基づいて評価するための手段を含む。ある態様において、キットは、表1に記載するバイオマーカーの1つ以上に加えて、異なるバイオマーカーを検出するための試薬を有する。ある態様において、キットは、表1に記載するバイオマーカーのうちの1〜20個に加えて、異なるバイオマーカーを検出するための手段を有する。ある態様において、キットは、表1の2〜20個のマーカーのマルチプレックスPCRを行うための試薬を有する。ある態様において、キット���、表1の2〜20個のマーカーのマルチプレックスPCRを行うための手段を有する。
【０２６７】
いくつかの態様において、キットは、分析用の試料を取得するための装置を有する。ある態様では、装置がパイペルである。もう一つの態様では、装置が、引用により本明細書にそのまま組み込まれる米国特許第7,207,951号（2007年4月24日発行）に記載されているものである。もう一つの態様では、装置が掻爬（curretage）である。もう一つの態様では、装置がブラシである。ブラシ装置の一例はタオ（tao）ブラシである。
【０２６８】
いくつかの態様において、キットは、患者から得た試料を安定化するための薬剤を有する。例えば具体的一態様において、薬剤は、患者から得た試料を安定化するためのバッファーであり、RNA保存液を含む。もう一つの態様では、薬剤が、血液または血清試料を安定化するのに役立つ薬剤である。
【０２６９】
表1のバイオマーカーに対する診断用抗体
診断用の表1のバイオマーカーの1つ以上（ターゲットタンパク質ともいう）に対する診断用抗体は、いくつもの方法で得ることができる。さらにまた、表1のバイオマーカーのいくつかに対する抗体は、市販されているか、文献に記載されている。これら既知の抗体は、本発明の方法において使用することができ、かつ/または新しい抗体を工学的に作製するための基礎として使用することができる。ファージディスプレイ技法を使って、表1のバイオマーカーの1つ以上に対する抗体を生成させることができる。標準的なハイブリドーマ技術を使って、表1のバイオマーカーの1つ以上に対する抗体を生成させることができる。表1のバイオマーカーのいくつかに対する抗体は当技術分野において知られている。実施例を参照されたい。いくつかの態様では、表1のバイオマーカーの1つ以上に対する抗体が、動物源（例えばマウス、ラット、またはウサギ）に由来する。
【０２７０】
ポリクローナル抗体
ターゲットタンパク質抗体はポリクローナル抗体を含みうる。ポリクローナル抗体の製造方法は当業者には知られている。ポリクローナル抗体は、例えば免疫剤と所望であればアジュバントとを1回以上注射することなどによって、哺乳動物中で生じさせることができる。典型的には、免疫剤および/またはアジュバントが、複数回の皮下または腹腔内注射によって、動物に注射されるであろう。免疫剤は、ターゲットタンパク質ポリペプチド（またはそのフラグメント）またはその融合タンパク質を含みうる。免疫化される哺乳動物において免疫原性であることが知られているタンパク質に免疫剤をコンジュゲートすることも有用でありうる。そのような免疫原性タンパク質の例には、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシチログロブリン、およびダイズトリプシンインヒビターなどがあるが、これらに限るわけではない。使用することができるアジュバントの例には、フロイント完全アジュバントおよびM PL-TDMアジュバント（モノホスホリルリピドA、合成トレハロースジコリノミコレート）などがある。当業者は、過度の実験を行わなくても、免疫化プロトコールを選択することができる。
【０２７１】
モノクローナル抗体
もう一つの選択肢として、ターゲットタンパク質抗体はモノクローナル抗体であってもよい。モノクローナル抗体は、KohlerおよびMilstein (1975) Nature 256:495に記載されているようなハイブリドーマ法を使って製造することができる。ハイブリドーマ法では、典型的には、マウス、ハムスター、または他の適当な宿主動物を免疫剤で免疫化して、免疫剤に特異的に結合するであろう抗体を産生するリンパ球またはその能力を有するリンパ球を生じさせる。あるいは、リンパ球をインビトロで免疫化してもよい。
【０２７２】
免疫剤は、典型的には、ターゲットタンパク質ポリペプチド（またはそのフラグメント）またはその融合タンパク質を含むであろう。一般的には、ヒト由来の細胞が望まれる場合には末梢血リンパ球（「PBL」）を使用し、非ヒト哺乳動物源が望まれる場合には、脾細胞またはリンパ節細胞を使用する。次に、それらのリンパ球を、ポリエチレングリコールなどの適切な融合剤を使って不死化細胞株と融合して、ハイブリドーマ細胞を形成させる（Goding「Monoclonal Antibodies: Principles and Practice」Academic Press, (1986) pp. 59-103）。不死化細胞株は通常、形質転換された哺乳動物細胞、特に齧歯類動物、ウシおよびヒト由来の骨髄腫細胞である。通常はラットまたはマウス骨髄腫細胞株が使用される。ハイブリドーマ細胞は適切な培養培地（好ましくは、融合していない不死化細胞の成長または生存を阻害する物質を1つ以上含有するもの）中で培養することができる。例えば、親細胞が酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（HGPRTまたはHPRT）を欠く場合、ハイブリドーマのための培養培地は、典型的には、HGPRT欠損細胞の成長を妨げる物質であるヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジンを含むであろう（「HAT培地」）。
【０２７３】
好ましい不死化細胞株は、効率よく融合し、選択した抗体産生細胞による高レベルな抗体発現を支持し、HAT培地などの培地に対して感受性を有するものである。より好ましい不死化細胞株は、例えば、Salk Institute Cell Distribution Center（カリフォルニア州サンディエゴ）やAmerican Type Culture Collection（バージニア州マナッサス）から入手することができるマウス骨髄腫株である。ヒト骨髄腫およびマウス-ヒトヘテロ骨髄腫細胞株も、ヒトモノクローナル抗体の生産に関して記述されている（Kozbor (1984) J. Immunol. 133:3001；Brodeurら「Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications」Marcel Dekker, Inc., ニューヨーク, (1987) pp. 51-63）。
【０２７４】
次に、ハイブリドーマ細胞を培養した培養培地を、ターゲットタンパク質に対するモノクローナル抗体の存在についてアッセイすることができる。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって産生されたモノクローナル抗体の結合特異性を、免疫沈降によって、またはラジオイムノアッセイ（RIA）や酵素結合免疫吸着アッセイ（ELISA）などのインビトロ結合アッセイによって決定する。モノクローナル抗体の結合アフィニティは、例えばMunsonおよびPollard (1980) Anal. Biochem. 107:220のスキャッチャード解析によって決定することができる。
【０２７５】
所望のハイブリドーマ細胞を同定したら、それらのクローンを限界希釈法によってサブクローニングし、標準的な方法で成長させることができる［「Monoclonal Antibodies: Principles and Practice」Academic Press, (1986) pp. 59-103］。この目的に適した培養培地には、例えば、ダルベッコ変法イーグル培地およびRPMI-1640培地などがある。あるいは、ハイブリドーマ細胞を、哺乳動物の腹水として生体内で成長させてもよい。
【０２７６】
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、例えばプロテインA-Sepharose、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、またはアフィニティークロマトグラフィーなどといった従来の免疫グロブリン精製手法によって、培養培地または腹水から単離または精製することができる。
【０２７７】
モノクローナル抗体は、米国特許第4,816,567号に記述されているような組換えDNA法によって作製することもできる。本発明のモノクローナル抗体をコードするDNAは、従来の方法を使って（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合する能力を有するオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）、容易に単離し、配列決定することができる。本発明のハイブリドーマ細胞は、そのようなDNAの好ましい供給源として役立つ。ひとたび単離されたら、そのDNAを発現ベクターに入れ、それを、本来は免疫グロブリンタンパク質を産生しないサルCOS細胞、チャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞、または骨髄腫細胞などの宿主細胞にトランスフェクトして、組換え宿主細胞中でモノクローナル抗体を合成させることができる。DNAは、例えばヒト重鎖および軽鎖定常ドメインのコード配列で相同なマウス配列を置換すること［米国特許第4,816,567号；Morrisonら, 前掲］や、非免疫グロブリンポリペプチドのコード配列の全部または一部を免疫グロブリンコード配列に共有結合することなどによって、修飾することもできる。そのような非免疫グロブリンポリペプチドで本発明の抗体の定常ドメインを置換するか、そのような非免疫グロブリンポリペプチドで本発明の抗体の一方の抗原結合部位の可変ドメインを置換してキメラ二価抗体を作製することができる。
【０２７８】
抗体は一価抗体であってもよい。一価抗体を作製するための方法は当技術分野ではよく知られている。例えば、ある方法は免疫グロブリン軽鎖と修飾重鎖の組換え発現を伴う。重鎖は、一般に、Fc領域中の任意の点において、重鎖架橋が妨げられるように切断される。あるいは、架橋を防ぐために、関連システイン残基が別のアミノ酸残基で置換されるか、削除される。
【０２７９】
インビトロ法も一価抗体の製造に適している。抗体の消化によるそのフラグメント（特にFabフラグメント）の作製は、当技術分野において知られる定型的な技法を使って達成することができる。
【０２８０】
ファージディスプレイ
本発明のバイオマーカーに対する抗体は、コンビナトリアルライブラリーを使って所望する1または複数の活性を有する合成抗体クローンをスクリーニングすることによって作製することもできる。基本的には、合成抗体クローンは、ファージコートタンパク質に融合された抗体可変領域（Fv）のさまざまなフラグメントをディスプレイするファージを含有するファージライブラリーをスクリーニングすることによって選択される。そのようなファージライブラリーは、所望の抗原に対するアフィニティークロマトグラフィーによってパンニングされる。所望の抗原に結合する能力を有するFvフラグメントを発現するクローンを抗原に吸着させることで、ライブラリー中の非結合クローンから分離する。次に結合クローンを抗原から溶出させ、それを、さらなる抗原吸着/溶出サイクルによってさらに濃縮することができる。本発明のバイオマーカーに対する抗体は、適切な抗原スクリーニング手法を設計して目的のファージクローンを選択した後、目的のファージクローンからのFv配列と、Kabatら「Sequences of Porteins of Immunological Interest」Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, メリーランド州ベセスダ (1991), vol. 1-3に記載されている適切な定常領域（Fc）配列とを使って、完全長抗体クローンを構築することによって得ることができる。
【０２８１】
抗体コンジュゲート
本発明の抗体（およびそのフラグメント）は、診断用の分子にコンジュゲートすることができる。例えば、子宮内膜がんを診断または検出するために、表1のバイオマーカーに対する抗体を（例えばイメージング用の）検出可能なラベルにコンジュゲートすることができる。適切な検出可能マーカーには、放射性同位体、ナノ粒子、蛍光化合物、生物発光化合物、化学発光化合物、金属キレーターまたは酵素などがあるが、これらに限るわけではない。診断剤を抗体にコンジュゲートするための技法はよく知られている（Holmesら (2001) Curr Protoc Cytom. May；Chapter 4:Unit 4.2；Kumarら (2008) ACS Nano. Mar;2(3):449-56；Rosenthalら (2006) Laryngoscope Sep;116(9):1636-41）。また、薬剤を診断用抗体にコンジュゲートするためのキットも市販されている。
【０２８２】
データおよび情報
本発明の一態様において、本発明は、データを比較し、編集するための方法に関し、ここでは、データが電子形式または紙形式で格納される。電子形式は、電子メール、ディスク、コンパクトディスク（CD）、デジタルバーサタイルディスク（DVD）、メモリーカード、メモリーチップ、ROMまたはRAM、光磁気ディスク、テープ、ビデオ、ビデオクリップ、マイクロフィルム、インターネット、共有ネットワーク、共有サーバーなどからなる群より選択することができ、この場合、データは、電送、ビデオディスプレイ、遠距離通信によって、または上記格納形式のいずれかを使って、表示され、伝達され、または解析され；データは、標本をサンプリングした場所で、または上述のプロセスに従ってデータが伝送された場所で、比較され、編集される。この実施形態のデータは、表1のバイオマーカーの分析の結果に関する情報である。
【０２８３】
本明細書に記載したバイオマーカー、試薬、ターゲット、アッセイ、試験、調査（inquiries）および方法論は、診断技術の発見、診断技術の開発、安全性および有効性のモニタリング、比較試験、マーケティングなど、さまざまな状況で使用することができる。本発明が提供する情報は、規制当局、医師および他の医療提供者、製造者、所有者（owner）、研究者、患者、および/または一般大衆に伝達することができる。この情報およびこれに類する情報は、例えば探索的研究、前臨床環境および臨床環境、ラベリング、生産、広告、および販売などにおいて使用することができる。
【０２８４】
定義
本明細書にいう「ACAA1バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「ACAA1核酸」または「ACAA1タンパク質」を指す。ACAA1核酸は、ヒトACAA1遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、ACAA1核酸は、ACAA1 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。ACAA1タンパク質は、ACAA1遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。ACAA1バイオマーカーの例を、ACAA1バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２８５】
本明細書にいう「AP1M2バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「AP1M2核酸」または「AP1M2タンパク質」を指す。AP1M2核酸は、ヒトAP1M2遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、AP1M2核酸は、AP1M2 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。AP1M2タンパク質は、AP1M2遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。AP1M2バイオマーカーの例を、AP1M2バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２８６】
本明細書にいう「CGNバイオマーカー」は、特異的に検出することができる「CGN核酸」または「CGNタンパク質」を指す。CGN核酸は、ヒトCGN遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、CGN核酸は、CGN mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。CGNタンパク質は、CGN遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。CGNバイオマーカーの例を、CGNバイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２８７】
本明細書にいう「DDR1バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「DDR1核酸」または「DDR1タンパク質」を指す。DDR1核酸は、ヒトDDR1遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、DDR1核酸は、DDR1 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。DDR1タンパク質は、DDR1遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。DDR1バイオマーカーの例を、DDR1バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２８８】
本明細書にいう「EPS8L2バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「EPS8L2核酸」または「EPS8L2タンパク質」を指す。EPS8L2核酸は、ヒトEPS8L2遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、EPS8L2核酸は、EPS8L2 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。EPS8L2タンパク質は、EPS8L2遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。EPS8L2バイオマーカーの例を、EPS8L2バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２８９】
本明細書にいう「FASTKD1バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「FASTKD1核酸」または「FASTKD1タンパク質」を指す。FASTKD1核酸は、ヒトFASTKD1遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、FASTKD1核酸は、FASTKD1 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。FASTKD1タンパク質は、FASTKD1遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。FASTKD1バイオマーカーの例を、FASTKD1バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２９０】
本明細書にいう「GMIPバイオマーカー」は、特異的に検出することができる「GMIP核酸」または「GMIPタンパク質」を指す。GMIP核酸は、ヒトGMIP遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、GMIP核酸は、GMIP mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。GMIPタンパク質は、GMIP遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。GMIPバイオマーカーの例を、GMIPバイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２９１】
本明細書にいう「IKBKEバイオマーカー」は、特異的に検出することができる「IKBKE核酸」または「IKBKEタンパク質」を指す。IKBKE核酸は、ヒトIKBKE遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、IKBKE核酸は、IKBKE mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。IKBKEタンパク質は、IKBKE遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。IKBKEバイオマーカーの例を、IKBKEバイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２９２】
本明細書にいう「P2RX4バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「P2RX4核酸」または「P2RX4タンパク質」を指す。P2RX4核酸は、ヒトP2RX4遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、P2RX4核酸は、P2RX4 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。P2RX4タンパク質は、P2RX4遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。P2RX4バイオマーカーの例を、P2RX4バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２９３】
本明細書にいう「P4HBバイオマーカー」は、特異的に検出することができる「P4HB核酸」または「P4HBタンパク質」を指す。P4HB核酸は、ヒトP4HB遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、P4HB核酸は、P4HB mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。P4HBタンパク質は、P4HB遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。P4HBバイオマーカーの例を、P4HBバイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２９４】
本明細書にいう「PHKG2バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「PHKG2核酸」または「PHKG2タンパク質」を指す。PHKG2核酸は、ヒトAP1M2遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、PHKG2核酸は、PHKG2 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。PHKG2タンパク質は、PHKG2遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。PHKG2バイオマーカーの例を、PHKG2バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２９５】
本明細書にいう「PPFIBP2バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「PPFIBP2バイオマーカー核酸」または「PPFIBP2バイオマーカータンパク質」を指す。PPFIBP2バイオマーカー核酸は、ヒトPPFIBP2遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、PPFIBP2バイオマーカー核酸は、PPFIBP2バイオマーカーmRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。PPFIBP2バイオマーカータンパク質は、PPFIBP2バイオマーカー遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。PPFIBP2バイオマーカーバイオマーカーの例を、PPFIBP2バイオマーカーバイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２９６】
本明細書にいう「PPP1R16Aバイオマーカー」は、特異的に検出することができる「PPP1R16A核酸」または「PPP1R16Aタンパク質」を指す。PPP1R16A核酸は、ヒトPPP1R16A遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、PPP1R16A核酸は、PPP1R16A mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。PPP1R16Aタンパク質は、PPP1R16A遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。PPP1R16Aバイオマーカーの例を、PPP1R16Aバイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２９７】
本明細書にいう「TJP3バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「TJP3核酸」または「TJP3タンパク質」を指す。TJP3核酸は、ヒトTJP3遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、TJP3核酸は、TJP3 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。TJP3タンパク質は、TJP3遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。TJP3バイオマーカーの例を、TJP3バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２９８】
本明細書にいう「RASSF7バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「RASSF7核酸」または「RASSF7タンパク質」を指す。RASSF7核酸は、ヒトRASSF7遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、RASSF7核酸は、RASSF7 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。RASSF7タンパク質は、RASSF7遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。RASSF7バイオマーカーの例を、RASSF7バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０２９９】
本明細書にいう「RNF183バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「RNF183核酸」または「RNF183タンパク質」を指す。RNF183核酸は、ヒトRNF183遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、RNF183核酸は、RNF183 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。RNF183タンパク質は、RNF183遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。RNF183バイオマーカーの例を、RNF183バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０３００】
本明細書にいう「SIRT6バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「SIRT6核酸」または「SIRT6タンパク質」を指す。SIRT6核酸は、ヒトSIRT6遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、SIRT6核酸は、SIRT6 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。SIRT6タンパク質は、SIRT6遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。SIRT6バイオマーカーの例を、SIRT6バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０３０１】
本明細書にいう「DCNバイオマーカー」は、特異的に検出することができる「DCN核酸」または「DCNタンパク質」を指す。DCN核酸は、ヒトDCN遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、DCN核酸は、DCN mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。DCNタンパク質は、DCN遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。LSRバイオマーカーの例を、DCNバイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０３０２】
本明細書にいう「SOCS2バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「SOCS2核酸」または「SOCS2タンパク質」を指す。SOCS2核酸は、ヒトSOCS2遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、SOCS2核酸は、SOCS2 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。SOCS2タンパク質は、SOCS2遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。SOCS2バイオマーカーの例を、SOCS2バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０３０３】
本明細書にいう「EFEMP2バイオマーカー」は、特異的に検出することができる「EFEMP2核酸」または「EFEMP2タンパク質」を指す。EFEMP2核酸は、ヒトEFEMP2遺伝子またはそのフラグメントに対応するRNA分子、DNA分子、または他の核酸であることができる。例えば、EFEMP2核酸は、EFEMP2 mRNA分子に対応するcDNAまたはそのフラグメントであることができる。EFEMP2タンパク質は、EFEMP2遺伝子によってコードまたは発現されるタンパク質（またはそのフラグメント）を指す。EFEMP2バイオマーカーの例を、EFEMP2バイオマーカー、核酸、およびタンパク質を検出するのに役立ついくつかの試薬と共に、実施例に記載する。
【０３０４】
本明細書において使用する用語「感度」は、スクリーニング検査で陽性と判定される参考試験（reference test）陽性（罹患）被験者の比率を指す。
【０３０５】
本明細書において使用する用語「特異度」は、スクリーニング検査で陰性と判定される参考試験陰性（健常）被験者の比率を指す。
【０３０６】
本明細書において使用する用語「分泌期」は、当技術分野における標準的手法、例えば子宮内膜または子宮から得られる組織の病理学的検査などを使って、月経周期の他の段階と識別することが可能な月経周期の時期を指す。分泌期は出血（月経）を伴う。
【０３０７】
本明細書において使用する用語「ROC」または「受信者動作特性」は、感度対（1−特異度）のグラフプロット、言い換えると、真の陽性率対偽陽性の分率のプロットを指す。ROC曲線下面積またはAUROCは、0〜1の範囲をとることができる。1というROC曲線下面積は、完璧な検査または群の完璧な分離であり、0.5というROC下面積は、分類指標が本質的に群を分離できず、それゆえに有用でないことを示す。
【０３０８】
動物における「がん」は、発がん性細胞に典型的な特徴、例えば制御されない増殖、専門化した機能の喪失、不死、著しい転移能、抗アポトーシス活性の著しい増加、迅速な成長および増殖速度、ならびに一定の特徴的形態および細胞マーカーなどを有するがん細胞の存在を指す。
【０３０９】
「がんを検出する」または「がんを診断する」という表現は、動物におけるがんまたは前がん状態の有無を決定することを指す。「がんを検出する」は、動物における前がん性細胞またはがん性細胞の存在の可能性に関する証拠を得ること、またはがんの発生に対する患者の素因を評価することを指す場合もある。がんを検出することは、本発明の方法を単独で使用するか、他の方法と組み合わせて使用するか、動物の健康状態に関する他の情報を考慮しつつ使用することによって、達成することができる。
【０３１０】
本明細書にいう「腫瘍」は、悪性であるか良性であるかを問わず、全ての新生物細胞成長および増殖、ならびに全ての前がん性およびがん性細胞および組織を指す。
【０３１１】
「前がん性」という用語は、悪性腫瘍またはがんにつながりうる変化に関係する特徴を有する細胞または組織を指す。
【０３１２】
一般に「遺伝子」は、調節機能、触媒機能を有し、かつ/またはタンパク質をコードするRNAに転写されうるゲノム上の領域である。真核生物遺伝子は、典型的には、イントロンとエクソンとを有し、それらは、互いに異なる形態の成熟タンパク質をコードする異なるRNAスプライ種変異体を生成するような構成をとりうる。本発明が、表1に記載するバイオマーカーのスプライス変異体、対立遺伝子変異体および選択的プロモーター部位または選択的ポリアデニル化部位ゆえに生じる転写産物など、見いだされうる全てのコード転写産物を包含することは、当業者には理解されるであろう。それゆえ「完全長」遺伝子またはRNAは、自然界に存在する任意のスプライス変異体、対立遺伝子変異体、他の選択的転写産物、組換え技術によって生成するスプライス変異体であって自然界に存在する変異体と同じ機能を保持しているもの、および結果として生じるRNA分子を包含する。がん遺伝子を含む遺伝子の「フラグメント」は、その遺伝子の任意の部分であることができ、それは、例えば触媒ドメイン、DNA結合ドメインなどの機能的ドメインに相当してもよいし、相当しなくてもよい。フラグメントは、好ましくは、少なくとも25個の連続するアミノ酸、好ましくは少なくとも約30、40、50、60、65、70、75個またはそれ以上の連続するアミノ酸、またはその前後もしくはその間にある任意の整数個をコードするヌクレオチド配列を含みうる。本発明のいくつかの態様では、遺伝子という用語が、「遺伝子座」という用語（これは、それがRNAをコードするか、タンパク質をコードするか、調節要素をコードするかとは無関係に、より一般的にゲノムDNAの領域を指す）と可換的に使用されることは、当業者にはわかる。
【０３１３】
本明細書にいう「差異的発現遺伝子転写産物」は、健常な生物における同じ組織の細胞または同じ生物における同じ組織の細胞に見いだされる遺伝子転写物のレベルまたは状態と比較して、腫瘍またはがんを有する生物の異なる細胞または組織タイプにおいて、異なるレベルで見いだされる遺伝子転写産物を指す。腫瘍またはがんを有する生物では、遺伝子転写産物の多重コピーが見いだされ、一方、健常な生物では、または同じ生物の同じ組織の健常な細胞では、見いだされる遺伝子転写物のコピー数が少ない場合、または過少発現する遺伝子については、その逆である場合がある。一般に、差異的に発現する転写産物は、罹患試料または罹患患者からの試料において測定したときに、非罹患試料または非罹患患者からの試料を代表する対照値と比較して、検出可能な程度に異なる発現レベルを有するものである。差異的発現の例として、非罹患試料との比較で10％以上、20％以上、30％以上、40％以上、または50％以上の変化が挙げられる。
【０３１４】
本明細書において使用する用語「ポリペプチド」は、ペプチド結合によって互いに結合されたアミノ酸を指す。ポリペプチドのアミノ酸配列は、ポリペプチド鎖のアミノ酸をコードするDNA塩基の配列によって決定することができる。本明細書に記載するポリペプチドには、全タンパク質、全タンパク質のフラグメント、タンパク質のエピトープなどが含まれるが、これらに限るわけではない。本明細書において使用するポリペプチド、ペプチド、およびタンパク質という用語は、1つ以上のペプチド結合によって結合された2つ以上のアミノ酸残基（天然または非天然）を有する分子を指す。
【０３１５】
「差異的発現遺伝子」は、ターゲット、フィンガープリント、またはパスウェイ遺伝子であることができる。例えば、本明細書にいう「フィンガープリント遺伝子」は、その発現パターンを、腫瘍およびがんを評価するための予後マーカーまたは診断マーカーとして使用することができる、または腫瘍およびがん、例えば子宮内膜がんの処置に役立つ化合物を同定するために使用することができる、差異的発現遺伝子を指す。フィンガープリント遺伝子は、表1のバイオマーカーに対応する1つ以上の遺伝子（または対応するバイオマーカー、例えばタンパク質）であることができる。
【０３１６】
本明細書にいう「フィンガープリントパターン」は、一連（所与の状態について存在するフィンガープリント遺伝子のうち、2個から全部の範囲にわたりうる）のフィンガープリント遺伝子の発現パターンを決定した場合に生成するパターンを指す。フィンガープリントパターンを「プロファイル」と呼ぶこともできる。表1のバイオマーカーのうちの1〜20個を含むフィンガープリントパターンまたは発現プロファイルを、本発明の同じ診断、予後および方法に使用することができる。
【０３１７】
本明細書にいう「パスウェイ遺伝子」とは、腫瘍およびがんに関与する他の遺伝子産物と相互作用するタンパク質またはポリペプチドをコードする遺伝子である。パスウェイ遺伝子は、ターゲット遺伝子および/またはフィンガープリント遺伝子の特徴も示すことができる。
【０３１８】
本明細書にいう「検出可能な」RNA発現レベルとは、当技術分野において現在知られている標準的な技法またはいつか将来的に標準になるであろう技法、例えばディファレンシャルディスプレイ法、RT（逆転写酵素）共役ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、ノーザンブロット法および/またはRNase保護分析などによって検出することができるレベルを意味する。
【０３１９】
本発明の核酸分子、例えば表1の1つ以上のバイオマーカーに対応するもの、およびその部分配列/選択的転写産物は、以下に述べるように、インサートの発現を容易にするであろうベクターに挿入することができる。核酸分子およびそれらがコードするポリペプチドは、診断剤としてそのまま使用するか、診断剤として臨床的に役立つ抗体を産生させるために（ポリペプチドの場合は直接的に、また核酸分子の場合は間接的に）使用することができる。したがって、本発明の核酸を含有するベクター、これらのベクターをトランスフェクトした細胞、発現されるポリペプチド、および全ポリペプチドまたはその抗原性フラグメントに対して産生させた抗体は、本発明の態様に含まれる。
【０３２０】
「単離されたDNA分子」は、ある生物の染色体DNAまたはゲノムDNAから分離されたDNAのフラグメントである。また、単離は、元の供給源または環境からのある程度の分離を含意するとも定義される。
【０３２１】
しばしば「コピーDNA」と呼ばれる「相補的DNA」（cDNA）は、逆転写酵素によってmRNAテンプレートから形成される一本鎖DNA分子である。当業者は、そのような一本鎖DNA分子とその相補的DNA鎖とを含む二本鎖DNA分子を指すために「cDNA」という用語も使用する。
【０３２２】
「発現」という用語は、遺伝子産物の生合成を指す。
【０３２３】
「クローニングベクター」は、宿主細胞において自律的に複製する能力を有する核酸分子、例えばプラスミド、コスミドまたはバクテリオファージである。クローニングベクターは、典型的には、（i）ベクターの必須の生物学的機能を失わずに確定可能な方法で外来DNA配列を挿入することができる1つまたは少数の制限エンドヌクレアーゼ認識部位と、（ii）クローニングベクターで形質転換またはトランスフェクトされた細胞の同定および選択に使用するのに適したマーカー遺伝子とを含有する。マーカー遺伝子には、テトラサイクリン耐性またはアンピシリン耐性を与える遺伝子などがあるが、これらに限るわけではない。
【０３２４】
「発現ベクター」は、宿主細胞における特定遺伝子の転写を可能にする一連の指定された核酸要素を保持する、組換え的または合成的に作製される核酸コンストラクトである。典型的には、遺伝子発現は、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーター、組織選択的調節要素、およびエンハンサーを含む、一定の調節要素の制御下に置かれる。
【０３２５】
「組換え宿主」は、クローニングベクターまたは発現ベクターを含有する任意の原核細胞または真核細胞であることができる。この用語は、クローン化された遺伝子を宿主細胞の染色体またはゲノムに含有するように遺伝子操作されている原核細胞または真核細胞も包含する。
【０３２６】
「作動可能に連結された」という用語は、調節要素と遺伝子またはそのコード領域との間の結びつきを説明するために使用される。すなわち、遺伝子発現は典型的には、構成的プロモーターまたは誘導性プロモーター、組織特異的調節要素、およびエンハンサーを含む一定の調節要素の制御下に置かれる。そのような遺伝子またはコード領域は、調節要素に「作動可能に連結されている」または「作動的に連結されている」または「作動可能に結合している」といい、その遺伝子またはコード領域が、その調節要素によって制御され、またはその調節要素の影響を受けることを意味する。
【０３２７】
「配列ホモロジー」は、2つ以上の核酸、ポリヌクレオチド、タンパク質、またはポリペプチドの間の配列の関係を記載するために用いられ、（a）基準配列、（b）比較ウインドウ、（c）配列同一性、（d）配列同一性百分率、および（e）実質的同一または「相同的」などの用語との関連で、これらの用語と一緒に理解される。
【０３２８】
「基準配列」は、配列比較の基礎として使用される所定の配列である。基準配列は、指定された配列のサブセットまたは全体、例えば、完全長cDNAもしくは遺伝子配列のセグメント、または完全なcDNAもしくは遺伝子配列であることができる。ポリペプチドの場合、基準ポリペプチド配列の長さは、少なくとも約16アミノ酸、少なくとも約20アミノ酸、少なくとも約25アミノ酸、および約35アミノ酸、約50アミノ酸、または約100アミノ酸から選択することができる。核酸の場合、基準核酸配列の長さは、少なくとも約50ヌクレオチド、少なくとも約60ヌクレオチド、少なくとも約75ヌクレオチド、および約100ヌクレオチドもしくは約300ヌクレオチド、またはその前後もしくはその間の任意の整数から選択することができる。
【０３２９】
「比較ウインドウ」は、あるポリヌクレオチド配列の連続する指定されたセグメントへの言及を含み、そのセグメントにおいてポリヌクレオチド配列を基準配列と比較することができ、ポリヌクレオチド配列のうち、比較ウインドウ内にある部分は、それら2つの配列の最適なアラインメントが得られるように、基準配列（これは付加、置換、または欠失を含まない）と比較して付加、置換、または欠失（すなわちギャップ）を含みうる。一般に、比較ウインドウは長さが少なくとも20個の連続するヌクレオチドであり、場合によっては、30、40、50、100、またはそれ以上の長さであることができる。ポリヌクレオチド配列にギャップを組み入れることにより、基準配列に対して、誤認を招くような高い類似性が生じるのを避けるために、典型的にはギャップペナルティが導入され、それがマッチ数から差し引かれることは、当業者には理解される。
【０３３０】
比較のために配列をアラインメントする方法は、当技術分野ではよく知られている。比較のための配列の最適アラインメントは、SmithおよびWaterman (1981) Adv. Appl. Math., 2:482のローカルホモロジーアルゴリズムによって行うか、NeedlemanおよびWunsch (1970) J. Mol. Biol., 48:443のホモロジーアラインメントアルゴリズムによって行うか、PearsonおよびLipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 8:2444の類似性検索法（search for similarity method）によって行うか、これらのアルゴリズムのコンピュータ実装、例えば限定するわけではないが、Intelligenetics（カリフォルニア州マウンテンビュー）によるPC/GeneプログラムのCLUSTAL、Wisconsin Genetics Software Package（Genetics Computer Group (GCG)、米国ウィスコンシン州マディソン、サイエンスドライブ7）のGAP、BESTFIT、BLAST、FASTA、およびTFASTAなどによって行うことができ、CLUSTALプログラムは、HigginsおよびSharp (1988) Gene 73:237-244；Corpetら (1988) Nucleic Acids Research, 16:881-90；Huangら, Computer Applications in the Biosciences, 8:1-6, 1992；およびPearsonら (1994) Methods in Molecular Biology, 24:7-331に、詳しく記述されている。データベース類似性検索に使用することができるBLASTファミリーのプログラムには、ヌクレオチドデータベース配列に対するヌクレオチドクエリー配列用のBLASTN；タンパク質データベース配列に対するヌクレオチドクエリー配列用のBLASTX；タンパク質データベース配列に対するタンパク質クエリー配列用のBLASTP；ヌクレオチドデータベース配列に対するタンパク質クエリー配列用のTBLASTN；およびヌクレオチドデータベース配列に対するヌクレオチドクエリー配列用のTBLASTXが含まれる。「Current Protocols in Molecular Biology」の第19章（Ausubelら編、Greene Publishing and Wiley-Interscience、ニューヨーク、1995）を参照されたい。上記のプログラムの新しいバージョンまたは新しいプログラムが将来入手可能になることは疑いの余地がなく、それらも本発明と共に使用することができる。
【０３３１】
別段の表示がない限り、本明細書に記載する配列同一性/類似性値は、BLAST 2.0プログラムスイートまたはその後継ソフトを使用し、デフォルトパラメータを使って得られる値を指す。Altschulら (1997) Nucleic Acids Res, 2:3389-3402。これらのパラメータのデフォルト設定は将来的には必要に応じて容易に変更することができると理解すべきである。
【０３３２】
当業者には理解されるであろうとおり、BLAST検索は、タンパク質をランダム配列としてモデル化することができると仮定している。しかし、実際のタンパク質は多くが、非ランダム配列の領域を含み、それらは、ホモポリマートラクト（homopolymeric tract）、短周期リピート、または1つ以上のアミノ酸が豊富な領域でありうる。そのような低複雑度領域は、たとえタンパク質の他の領域が全く似ていなくても、無関係なタンパク質の間でアラインメントされうる。いくつかの低複雑度フィルタープログラムを使用して、そのような低複雑度アラインメントを減少させることができる。例えばSEG（WootenおよびFederhen, (1993) Comput. Chem. 17:149-163）およびXNU（ClaverieおよびStates (1993) Comput. Chem., 17:191-1）低複雑度フィルターを、単独でまたは組み合わせて使用することができる。
【０３３３】
2つの核酸配列またはポリペプチド配列に関して「配列同一性」または「同一性」には、指定された比較ウインドウの全体にわたって最大の一致が得られるようにアラインメントした時に同じである2つの配列中の残基への言及が含まれ、付加、欠失および置換を考慮に入れることができる。配列同一性百分率をタンパク質に関して使用する場合、同一でない残基位置は、しばしば保存的アミノ酸置換によって相違することが知られており、この場合は、アミノ酸残基が、類似する化学的性質（例えば電荷または疎水性）を持つ他のアミノ酸残基を置換しているので、その分子の機能的性質を有害に変化させない。配列の保存的置換に相違がある場合は、置換の保存的性質について補正するために、配列同一性百分率を上向きに調節することができる。そのような保存的置換によって相違する配列は、配列類似性を有すると言われる。この調節を行うためのアプローチは当業者にはよく知られている。典型的には、これは、完全なミスマッチではなく部分的なミスマッチとして保存的置換をスコア化し、それによって配列同一性百分率を増加させることを伴う。したがって例えば、同一アミノ酸が1というスコアを与えられ、非保存的置換が0というスコアを与えられる場合、保存的置換は0と1の間のスコアを与えられる。保存的置換のスコアは、例えば、プログラムPC/GENE（Intelligenetics、米国カリフォルニア州マウンテンビュー）などに実装されているMeyersおよびMiller (1988) Computer Applic. Biol. Sci., 4: 11-17のアルゴリズムに従って、計算することができる。
【０３３４】
「配列同一性百分率」とは、2つの最適にアラインメントされた配列を比較ウインドウ全体にわたって比較することによって決定される値を意味し、この場合、ポリヌクレオチド配列のうち、比較ウインドウ内にある部分は、それら2つの配列の最適なアラインメントが得られるように、基準配列（これは付加、置換、または欠失を含まない）と比較して付加、置換、または欠失（すなわちギャップ）を含みうる。百分率は、両方の配列中に同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が存在する位置の数を決定することで合致した位置の数を求め、その合致した位置の数を比較ウインドウ内の位置の総数で割り、その結果に100をかけて、配列同一性百分率を得ることによって計算される。
【０３３５】
「実質的同一性」または「相同的」という用語は、ポリヌクレオチドに関連して、そのさまざまな文法的形態で、あるポリヌクレオチドが、上述のアライメントプログラムを使用して標準的パラメータで基準配列と比較した場合に所望の同一性、例えば少なくとも60％の同一性、好ましくは少なくとも70％の配列同一性、より好ましくは少なくとも80％、さらに好ましくは少なくとも90％、さらに好ましくは少なくとも95％の同一性を有する配列を含むことを意味する。これらの値を適切に調節して、コドンの縮重、アミノ酸の類似性、読み枠の位置などを考慮することにより、2つのヌクレオチド配列がコードするタンパク質の対応する同一性を決定できることは、当業者には理解されるであろう。アミノ酸配列の実質的同一性は、これらの目的では、通常、少なくとも60％、より好ましくは少なくとも70％、80％、90％、さらに好ましくは少なくとも95％の配列同一性を意味する。
【０３３６】
ヌクレオチド配列が実質的に同一であることのもう一つの目安は、ストリンジェンな条件下で2つの分子が互いにハイブリダイズするかどうかである。しかし、ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズしない核酸でも、それらがコードするポリペプチドが実質的に同一であれば、実質的に同一である。これは、例えばある核酸のコピーを、遺伝暗号が許す最大限のコドン縮重を使って作製した場合に、起こりうる。2つの核酸配列が実質的に同一であることの目安の一つは、第1核酸によってコードされるポリペプチドが、第2核酸によってコードされるポリペプチドと免疫学的に交差反応することであるが、2つのポリペプチドが実質的に同一であると見なされるために、そのような交差反応性が必要なわけではない。
【０３３７】
「実質的同一性」または「相同的」という用語は、ペプチドに関連して、そのさまざまな文法的形態で、あるペプチドが、指定された比較ウインドウの全体にわたって基準配列に対して、所望の同一性、例えば少なくとも60％の同一性、好ましくは基準配列に対して少なくとも70％の配列同一性、より好ましくは80％、さらに好ましくは85％、さらに好ましくは少なくとも90％または95％の配列同一性を有する配列を含むことを示す。好ましくは、最適アラインメントは、NeedlemanおよびWunsch (1970) J. Mol. Biol., 48:443のホモロジーアラインメントアルゴリズムを使って行われる。2つのペプチド配列が実質的に同一であることの目安は、一方のペプチドが第2のペプチドに対して産生させた抗体と免疫学的に反応することであるが、2つのポリペプチドが実質的に同一であると見なされるために、そのような交差反応性が必要なわけではない。したがって、例えば2つのペプチドが保存的置換によってのみ相違する場合、そのペプチドは、もう一つのペプチドに対して実質的に同一である。「実質的に類似する」ペプチドは、同一でない残基位置が保存的アミノ酸変化によってのみ異なりうる点以外は、上述のように共通の配列を持つ。保存的置換には、典型的には、以下の群内での置換が含まれるが、これらに限るわけではない：グリシンおよびアラニン；バリン、イソロイシン、およびロイシン；アスパラギン酸およびグルタミン酸；アスパラギンおよびグルタミン；セリンおよびスレオニン；リジンおよびアルギニン；ならびにフェニルアラニンおよびチロシン、ならびに当業者に知られる他の置換。
【０３３８】
本明細書にいう「生物学的対象」とは、表1のバイオマーカーに対応する核酸またはポリペプチドを含有するまたは含有すると疑われる、インビボ、エクスビボ、またはインサイチューで取得され、到達され、または収集されるターゲット生物学的物体を指す。
【０３３９】
本明細書にいう「生物学的試料」は、生物学的対象から得られる試料を指し、表1のバイオマーカーに対応する核酸またはポリペプチドを含有するまたは含有すると疑われる、インビボ、エクスビボ、またはインサイチューで取得され、到達され、または収集された、生物学的組織または体液由来の試料が含まれる。生物学的試料には、前がんまたはがん細胞または組織を含有する生物学的対象の領域からの試料も含まれる。そのような試料は、患者などのヒトを含む哺乳動物から単離された器官、組織、フラクションおよび細胞などであることができるが、これらに限るわけではない。生物学的試料には、組織を含む生物学的試料の切片、例えば組織学的目的のために採取された凍結切片も含まれうる。本明細書にいう生物学的試料は、「対照」または「対照試料」または「試験試料」であることができる。生物学的試料は、よく使用される臨床実務（例えば吸引、ブラシ、掻爬、または子宮鏡検査）を使って、子宮から取得することができる。
【０３４０】
「対照」または「対照値」は、子宮内膜がんを有さない健常な対象を代表するもの、または異なる個体から得られる情報、またはある集団もしくは他の許容される情報源から得られたベースラインデータに基づきうる標準化された値を指す。対照は、子宮内膜がんを有さない正常な個体からの測定値に基づいて前もって確立された、子宮内膜がんを有さない集団を代表する、表1のバイオマーカーの所与のレベルも指すことができる。対照は、がんを持たない集団を代表する対照試料から得られたデータに基づくデータベース中の基準データポイントであることもできる。さらに、対照は、具体的年齢、性別、民族または他の人口学的パラメータによって設定することもできる。場合により、対照は、その特定の測定において暗黙的である。対照値または対照は「対照スコア」と呼ぶこともできる。対照スコアは、本発明の1つ以上のバイオマーカーの発現レベルを決定することによって得られる値であることができる。例えば、1つ以上のバイオマーカーのレベルの測定に基づいてスコア値（ある個体がある状態を有する可能性の有無を示すことができるもの）を与える式を生成するためのさまざまなプログラムおよびアルゴリズムが市販されている。もう一つの例では、一定の閾を上回るまたは下回るスコアが、疾患を有する可能性の増大（または減少）を示しうる。対照スコア値は、単一のマーカーまたはマーカーの組合せに基づくことができる。
【０３４１】
「対照試料」とは、がんを有さない健常な動物、またはがんを有さない集団から得られる正常な生物学的対象を代表する、生物学的材料の試料を指す。対照試料における表1のバイオマーカーのレベルは、望ましくは、がんを有さない同じ種の正常な動物に典型的なレベルである。この試料は、本発明に記載の方法において使用する目的で動物から収集するか、本発明の方法において使用するのに適した、がんを有さない正常な動物を代表する任意の生物学的材料であることができる。対照試料は、がんを有する動物またはがんを有すると疑われる動物の正常組織から得ることもできる。
【０３４２】
本明細書にいう「試験試料」は、表1のバイオマーカーに対応する核酸またはポリペプチドを含有するまたは含有すると疑われる、インビボ、エクスビボ、またはインサイチューで取得され、到達され、または収集される、生物学的組織または体液に由来する試料を含む生物学的試料を指す。試験試料には、前がんまたはがん細胞または組織を含有する生物学的試料も含まれる。試験試料には、組織を含む生物学的試料の切片、例えば組織学的目的のために採取された凍結切片も含まれうる。
【０３４３】
「生物学的対象、生物学的試料、または試験試料を用意する」とは、本発明に記載する方法に使用するための組織または細胞試料を含む生物学的対象をインビボ、エクスビボ、またはインサイチューで得ることを意味する。ほとんどの場合、これは、細胞の試料を動物から取り出すことによって行われるであろうが、インビボ、エクスビボ、またはインサイチューで達成すること、または前もって単離された細胞（例えば別の人から、別の時点で、および/または別の目的のために単離されたもの）を使用して達成することもできる。試料は、血液、血清、および子宮液などの供給源から得ることもできる。
【０３４４】
「データ」は、限定するわけではないが、上述の「生物学的試料」、「試験試料」、「対照試料」、および/または「対照」に関して得られた情報などを包含し、ここでは、その情報が、診断、予防、モニタリングまたは治療に使用するための試験レベルの生成に応用される。本発明は、データを比較し編集するための方法に関し、ここでは、データが電子形式または紙形式で格納される。電子形式は、電子メール、ディスク、コンパクトディスク（CD）、デジタルバーサタイルディスク（DVD）、メモリーカード、メモリーチップ、ROMまたはRAM、光磁気ディスク、テープ、ビデオ、ビデオクリップ、マイクロフィルム、インターネット、共有ネットワーク、共有サーバーなどからなる群より選択することができ、この場合、データは、電送、ビデオディスプレイ、遠距離通信によって、または上記格納形式のいずれかを使って、表示され、伝達され、または解析され；データは、標本をサンプリングした場所で、または上述のプロセスに従ってデータが伝送された場所で、比較され、編集される。
【０３４５】
遺伝子の「過剰発現」またはリボヌクレオチドもしくはタンパク質のレベルの「増加」もしくは「上昇」は、遺伝子、リボヌクレオチドまたはポリペプチドの対照レベル/値と比較して検出可能な程度に高い、遺伝子、リボヌクレオチドまたはポリペプチドのレベルを指す。比較は、発現量の数値測定結果の統計的解析によって行うか、適格な研究者による実験結果の目視検査によって行うことができる。過剰発現の例として、非罹患試料と比較した罹患試料における10％以上、20％以上、30％以上、40％以上、または50％以上の変化が挙げられる。
【０３４６】
遺伝子の「過少発現」またはリボヌクレオチドもしくはタンパク質のレベルの「減少」もしくは「低下」は、遺伝子、リボヌクレオチドまたはポリペプチドの対照レベルと比較して検出可能な程度に低い、遺伝子、リボヌクレオチドまたはポリペプチドのレベルを指す。比較は、発現量の数値測定結果の統計的解析によって行うか、適格な研究者による実験結果の目視検査によって行うことができる。過少発現の例として、非罹患試料と比較した罹患試料における10％以上、20％以上、30％以上、40％以上、または50％以上の変化が挙げられる。
【０３４７】
対照試料に「予想」されるリボヌクレオチドまたはポリペプチドのレベルとは、がんを有さない典型的な試料を表すレベルであって、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの上昇した存在または診断に役立つ存在とは識別することができるレベルを指す。好ましくは「予想」レベルは、哺乳動物の年齢、性別、病歴などの因子に関して、および試験される特定の生物学的対象に関して、調節されるであろう。
【０３４８】
「単離された」、「精製された」または「生物学的に純粋な」という用語は、通常はその天然状態において見いだされるようにそれに付随して存在する構成成分を、さまざまな程度に含まない材料を指す。「単離する」は、元の供給源または環境からのある程度の分離を指す。「精製する」は単離よりも程度の高い分離を表す。「精製された」または「生物学的に純粋な」タンパク質は、どの不純物も、そのタンパク質の生物学的性質に著しい影響を及ぼさないか、他の有害な帰結を引き起こさないほど十分に、他の物質を含まない。すなわち、本発明の核酸またはペプチドは、それが、実質的に細胞物質を含まないか、ウイルス物質を含まないか、組換えDNA技法によって製造される場合に培養培地を含まないか、化学合成される場合に化学前駆体もしくは他の化学薬品を含まないのであれば、精製されている。純度および均一性は、典型的には、分析化学的技法を使って、例えばポリアクリルアミドゲル電気泳動または高性能液体クロマトグラフィーを使って決定される。「精製された」という用語は、核酸またはタンパク質が電気泳動ゲルにおいて本質的に1本のバンドをもたらすことを表しうる。例えばリン酸化または糖鎖付加などの修飾を受けうるタンパク質の場合、異なる修飾は、別々に精製することができる異なる単離タンパク質をもたらしうる。本明細書に記載する異なる方法では、本発明に従って、さまざまな精製レベルを必要に応じて適用することができる。標準について別段の指定がない場合には、当技術分野において知られる通常の純度標準を使用することができる。
【０３４９】
「単離された核酸分子」は、状況に応じて、ある生物の天然ゲノムにおいて近接している5'側および3'側の遺伝子または遺伝子フラグメントのコード配列から分離された、核酸分子を指すことができる。「単離された核酸分子」という用語には、自然には存在しない核酸分子、例えば組換えDNA技法によって作出された核酸分子も包含される。
【０３５０】
「核酸」は、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド、およびそのポリマーであって、一本鎖型または二本鎖型であるものを指す。この用語は、合成、天然および非天然の、基準核酸と類似する結合特性を有する、そして基準ヌクレオチドと同じように代謝される、既知のヌクレオチド類似体または修飾バックボーン残基もしくは結合を含有する核酸を包含する。そのような類似体の例には、例えばホスホロチオエート、ホスホルアミデート、メチルホスホネート、キラルメチルホスホネート、2-O-メチルリボヌクレオチド、およびペプチド核酸（PNA）などがあるが、これらに限るわけではない。
【０３５１】
別段の表示がない限り、ある特定核酸配列は、明示的に示した配列だけでなく、保存的に修飾されたその変異体（例えば縮重コドン置換）および相補配列も、暗黙のうちに包含する。具体的に述べると、縮重コドン置換は、1つ以上の選ばれた（または全ての）コドンの3番目の位置が混合塩基および/またはデオキシイノシン残基で置換された配列を作製することによって達成することができる（Batzerら (1991) Nucleic Acid Res. 19:081；Ohtsukaら (1985) J. Biol. Chem. 260:2605-2608 (1985)；Rossoliniら (1994) Mol. Cell. Probes 8:91-98）。核酸という用語は、遺伝子、cDNA、mRNA、オリゴヌクレオチド、およびポリヌクレオチドという用語と可換的に使用することができる。
【０３５２】
「ラベル」または「検出可能部分」は、目的の核酸分子またはタンパク質と連結された時に、それを分光法的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段、または化学的手段によって検出できるようにする組成物である。例えば、有用なラベルには、放射性同位元素、磁気ビーズ、金属ビーズ、コロイド粒子、蛍光色素、高電子密度試薬、酵素（例えば、ELISAによく使用されるもの）、ビオチン、ジゴキシゲニン、またはハプテンなどがある。「標識された核酸またはオリゴヌクレオチドプローブ」は、核酸またはプローブに結合しているレベルの存在を検出することによってその核酸またはプローブの存在を検出することができるように、共有結合的に、リンカーもしくは化学結合によって、または非共有結合的に、イオン結合、ファンデルワールス力、静電引力、疎水性相互作用、もしくは水素結合によって、ラベルに結合しているものである。
【０３５３】
本明細書にいう「核酸プローブまたはオリゴヌクレオチドプローブ」は、1タイプ以上の化学結合によって、通常は相補的塩基対合によって、通常は水素結合形成によって、相補的配列のターゲット核酸に結合する能力を有する核酸と定義される。本明細書にいうプローブは、天然塩基（すなわち、A、G、C、またはT）または修飾塩基（7-デアザグアノシン、イノシンなど）を含みうる。さらに、プローブ中の塩基は、その結合がハイブリダイゼーションを甚だしく妨害しない限り、ホスホジエステル結合以外の結合によって連結されていてもよい。プローブが、ハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーによっては、プローブ配列との完全な相補性を欠くターゲット配列にも結合しうることは、当業者には理解されるであろう。プローブは、好ましくは、例えば同位体、発色団、発光団、色素原で直接標識されるか、ビオチン（このビオチンには後にストレプトアビジン複合体が結合しうる）で間接的に標識される。プローブの有無をアッセイすることにより、目的のターゲット遺伝子の有無を検出することができる。
【０３５４】
「に選択的（または特異的）にハイブリダイズする」という表現は、ある特定ヌクレオチド配列が複雑な混合物（例えば全細胞またはライブラリーDNAまたはRNA）中に存在する場合に、その配列にのみ、ある分子が結合、二重鎖化、またはハイブリダイズすることを指す。
【０３５５】
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」という表現は、プローブが、典型的には複雑な核酸混合物において、そのターゲット相補配列にはハイブリダイズするが、他の配列にはハイブリダイズしないであろう条件を指す。ストリンジェントな条件は配列依存的であり、状況が異なれば異なるであろう。例えば、長い配列ほど高い温度で特異的にハイブリダイズすることができる。核酸のハイブリダイゼーションに関する包括的な指針は、Tijssen（1993）「Techniques in Biochemistry and Molecular Biology-Hybridization with Nucleic Probes」の「Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid assays」に見いだされる。本発明に関して、本明細書において使用する用語「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」は、互いに少なくとも60％相同なヌクレオチド配列が典型的には互いにハイブリダイズした状態に留まるような、ハイブリダイゼーションおよび洗浄の条件を述べるものとする。好ましくは、条件は、互いに少なくとも約65％、より好ましくは少なくとも約70％、さらに好ましくは少なくとも約75％以上相同である配列が典型的には互いにハイブリダイズした状態を保つような条件である。
【０３５６】
一般に、ストリンジェントな条件は、所定のイオン強度、pHにおけるその特定配列の熱融解点（Tm）よりも約5〜10℃低くなるように選択される。Tmは、ターゲットに相補的なプローブの50％が、平衡時に、ターゲット配列にハイブリダイズする（所定のイオン強度、pH、および核酸濃度における）温度である（ターゲット配列は過剰に存在するので、Tmでは、平衡時に、プローブの50％が占有される）。ストリンジェントな条件は、pH7.0〜8.3において、塩濃度が約1.0Mナトリウムイオン、典型的には約0.01〜1.0Mのナトリウムイオン濃度（または他の塩類）であり、温度が、短いプローブ（例えば10〜50ヌクレオチド）の場合は少なくとも約30℃、長いプローブ（例えば50ヌクレオチド超）の場合は少なくとも60℃であるような条件になるだろう。ストリンジェントな条件は、不安定化剤、例えばホルムアミドの添加によって達成することもできる。選択的または特異的ハイブリダイゼーションの場合、陽性シグナルはバックグラウンドの少なくとも2倍、好ましくはバックグラウンドハイブリダイゼーションの10倍である。
【０３５７】
例示的なストリンジェントハイブリダイゼーション条件は、例えば次のとおりであることができる：50％ホルムアミド、5×SSCおよび1％SDS、42℃でインキュベート、または5×SSCおよび1％SDS、65℃でインキュベートし、0.2×SSCおよび0.1％SDS、65℃で洗浄。代替的条件には、例えば、68℃で20時間のハイブリダイゼーション後に、2×SSC、0.1％SDS中、55℃で30分間を2回、および60℃で15分間を3回の洗浄と、少なくとも同程度にストリンジェントな条件が含まれる。もう一つの代替的な条件セットは、6×SSC中、約45℃でハイブリダイゼーションの後、0.2×SSC、0.1％SDS中、50〜65℃で1回以上の洗浄である。PCRの場合、低ストリンジェンシー増幅には約36℃の温度が典型的であるが、アニーリング温度はプライマー長に依存して約32℃と約48℃の間で変動しうる。高ストリンジェンシーPCR増幅の場合、約62℃の温度が典型的であるが、高ストリンジェンシーアニーリング温度は、プライマー長および特異性に依存して、約50℃〜約65℃の範囲で変動しうる。高および低ストリンジェンシー増幅のどちらについても、典型的なサイクル条件は、90〜95℃で30秒〜2分間の変性相、30秒〜2分間持続するアニーリング相、および約72℃で1〜2分間の伸長相を含む。
【０３５８】
ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズしない核酸でも、それらがコードするポリペプチドが実質的に同一であれば、実質的に同一であることができる。これは、例えばある核酸のコピーを、遺伝暗号が許す最大限のコドン縮重を使って作製した場合に、起こりうる。そのような場合、核酸は典型的には中等度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする。例示的な「中等度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、40％ホルムアミド、1M NaCl、1％SDSのバッファー中、37℃でのハイブリダイゼーション、および1×SSC中、45℃での洗浄を含む。陽性ハイブリダイゼーションはバックグラウンドの少なくとも2倍である。代替的なハイブリダイゼーションおよび洗浄条件を利用して、類似するストリンジェンシー条件を得ることもできることは、当業者にはすぐに理解されるであろう。
【０３５９】
「ターゲット遺伝子」または「ターゲットバイオマーカー」または「ターゲット核酸」または「ターゲットタンパク質」という用語は、ターゲット核酸（DNAおよびRNA）またはタンパク質（またはポリペプチド）（例えば表1のバイオマーカーに対応するもの）を指すことができ、（i）ここに示すID番号についてEnsemblデータベースに示されているヌクレオチド配列との実質的なヌクレオチド配列相同性（例えば少なくとも60％の同一性、好ましくは少なくとも70％の配列同一性、より好ましくは少なくとも80％、さらに好ましくは少なくとも90％、さらに好ましくは少なくとも95％）、または（ii）Ensemblレコードに示されているアミノ酸配列との少なくとも65％の配列相同性、または（iii）Ensemblレコードに示されているヌクレオチド配列との実質的なヌクレオチド配列相同性（例えば少なくとも60％の同一性、好ましくは少なくとも70％の配列同一性、より好ましくは少なくとも80％、さらに好ましくは少なくとも90％、さらに好ましくは少なくとも95％）とコードされているアミノ酸配列との実質的配列相同性とを有する、その多型変異体、対立遺伝子、突然変異体、および種間ホモログを包含することができる。本明細書において使用する場合、別段の指定がない限り、これらの用語は、全遺伝子配列、mRNA配列、および/またはタンパク質配列、ならびにこれらの配列のフラグメントを指す。より具体的な定義では、これらの用語は、バイオマーカーを特異的に同定するために使用することができる最少量の核酸またはアミノ酸配列を指す。ターゲット遺伝子/バイオマーカーが多数のスプライス型および変異型を持ちうることは、当業者にはわかる。リファレンス番号（例えばEntrez遺伝子IDまたはEnsembl）によってある特定のターゲット遺伝子または遺伝子座に言及した場合は、全てのスプライス型および変異型が、本発明のさまざまな実施形態に包含される。ターゲット遺伝子/バイオマーカーは、調節要素も含むことができる。これらの配列は、ヒトの集団における1人の特定個体を代表する。ヒトは、その遺伝子配列が互いに異なる。これらの変異は非常にわずかであり、時には、遺伝子あたり約1〜10ヌクレオチドの頻度で起こる。任意の特定遺伝子の異なる形態がヒト集団内に存在する。これらの異なる形態を対立遺伝子変異体と呼ぶ。対立遺伝子変異体は、多くの場合、コードされているタンパク質のアミノ酸配列を変化させない。そのような変異体を同義であるという。たとえそれらがコードされているアミノ酸を変化させるとしても（非同義）、タンパク質の機能は典型的には影響を受けない。そのような変化は進化的または機能的に中立である。本願において遺伝子DI（GenbankまたはEnsembl）に言及する場合、全ての対立遺伝子変異体はその用語に包含されるものとする。バイオマーカーについて与えられた遺伝子ID配列は、単に、野生型ヒト配列の代表例として記載されているに過ぎない。本発明は、増幅された遺伝子または領域（およびそれらがコードするタンパク質）の単一の対立遺伝子型に限定されない。
【実施例】
【０３６０】
本発明の好ましい実施形態を示すために、以下に実施例を挙げる。以下の実施例において開示する技法が、本発明の実施にあたって本発明者らが使用して十分に機能した技法を表すこと、したがってそれらが、それを実施するための好ましい形態を構成すると見なされうることは、当業者には理解されるはずである。しかし、当業者は、ここに開示する具体的実施形態には多くの変更を加えることができ、それでもなお、本発明の要旨および範囲から逸脱することなく、同様のまたは類似する結果が得られることも、本開示に照らして理解すべきである。
【０３６１】
［実施例1］
子宮内膜がんバイオマーカーの同定
子宮内膜がんを予測および/または診断するためのバイオマーカーを同定するために、いくつかの分化段階にある56の子宮内膜原発腫瘍からの遺伝子発現レベルを、DNAマイクロアレイ技法によって10の正常（すなわち子宮内膜がんを有さない）子宮内膜組織と比較した。この技法により、本発明者らは、特定タイプの細胞、組織、器官における全ゲノムの発現をチェックするか、この場合であれば、子宮内膜がんと健常子宮内膜組織の間の差異的遺伝子発現をチェックすることができる。マイクロアレイチップは、規則的パターンで配置された小さなDNA配列を含有し、典型的には何千もの遺伝子について、プローブが特異的アドレスを持つ。試料中の特異的mRNAの量はアレイ上のそのハイブリダイゼーションシグナルによって推定することができる。
【０３６２】
試料の説明
腫瘍試料を外科手術を受けた患者から取得し、対照組織は同じ患者の子宮内膜組織の非罹患領域から得た。標本の調製中は、肉眼的に、隣接する子宮筋層からがんを切離するように注意を払った。
【０３６３】
10個の対照試料（そのうちの9個はそれぞれの対応腫瘍試料と対をなし、10個目は萎縮性子宮内膜であった）を使用した。他の試験試料の基本的特徴を下記の表3に要約する。
［表3］マイクロアレイ研究に使用した罹患試料
【表３−１】
0005934093.tif 000005
【表３−２】
0005934093.tif 000006
【０３６４】
RNeasyミニキット（Qiagen、ドイツ・ヒルデン）を使用し、製造者によって提供された説明書に従って、全RNAを抽出した。得られたRNAの量および品質をNanodrop（Nandrop ND-1000、Agilent 2100 Bioanalyzer）で測定し、低品質RNAをアレイハイブリダイゼーションプロセスから除外した。
【０３６５】
マイクロアレイ設計
遺伝子発現に関するマイクロアレイは、ENSEMBLデータベースを使ってTethysアルゴリズムで設計した。高品質プローブが見つからなかった配列については、Oryzon最適化Agilentプローブで設計を補った。DNAマイクロアレイ合成はAgilentに外部委託した。
【０３６６】
この全ゲノム遺伝子発現アレイは、
・ENSEMBLデータベース由来の20148のOryzon High Qualityプローブ
・5698のOryzon（商標）最適化Agilentプローブ
を含有した。プローブの総数は25846だった。
【０３６７】
aRNAラベリング
AmbionのMessageAmpキット（96回用キットは製品番号：1819、20回用キットは製品番号1751）を使ってCy3およびCy5標識aRNAを作製した。これらのキットを、Oryzon Genomicsによって導入されたいくつかの変更を加えて使用する。RNAラベリングは、本質的には、AmbionがMessageAmplificationキットと共に商品化しているEberwineプロトコール（Van Gelder, 1992）（Ambion/Applied Biosystems）を使用し、これに軽微な変更を加えて行った。500ngの全RNAをオリゴ(dT)24の存在下で逆転写し、第2鎖合成を行い、CTP_Cy3またはCTP_Cy5（PerkinElmer）を使って、このdsDNAの転写を行った。増幅されたcRNAをNanodrop ND-1000で定量し、cRNAの品質をAgilent RNA Bionalyzer 2100で管理した。
【０３６８】
マイクロアレイハイブリダイゼーション
マイクロアレイハイブリダイゼーションは、Agilentガスケット（G2534-60002）、Agilentハイブリダイゼーションチャンバ（G2534A）を使用し、Agilent DNAハイブリダイゼーションオーブン（G2545A）中で、Agilentの指示に従って、60℃および17時間のハイブリダイゼーション時間で行った。ハイブリダイゼーションプロセスではOryzonハイブリダイゼーション対照も使用する。3つのトウモロコシcDNAクローン（Xet、Zm42、Exp）に対応するハイブリダイゼーションプロセス用の対照を、全ての分析に含める。Expは、陰性スパイク対照として使用されるものであり、増幅も標識もされなかった。XetおよびZm42 PCRフラグメントは、ユニバーサルプライマーを使ってベクターからPCR増幅によって作製され、インビトロ転写系（T7またはT3 Megascriptキット；Ambion）とCTP_Cy3またはCTP_Cy5（PerkinElmer）とを使って、cRNAを作製した。陽性スパイク対照XetおよびZm42はどちらも、Cy5フルオロフォアとCy3フルオロフォアの両方を持つ。
【０３６９】
データ収集
初期生データは、Agilent DNAマイクロアレイスキャナ（G2505B）およびAgilent収集ソフトウェア（Feature Extraction Software）を使って取得した。実施した抽出プロトコールでは、バックグラウンド除去、色素バイアスの計算、および比率補正を使用しない。
【０３７０】
データ解析
マイクロアレイ設計には、スキャナおよびアレイの性能をモニタリングし、空間的均一性を管理し、偏差を補正するために、多数の対照を含めた。こうして、マイクロアレイデータ測定値の総合誤差は、対照からのデータの拡張解析によって見積もることができる。
【０３７１】
平均倍率変化またはM値は、ベイズ理論を使って修正改良t-スチューデント統計量を導き出す調整t統計量（BaldiおよびLong, 2001）の絶対値に従い、それらが0とは異なる可能性に基づいて、順位づけすることができる。倍率変化に基づく選択を行うために、平均M分布を使用した。この分布は正規分布に調節され、反復プロセスを使ってその分布から外れる平均M数が定義される。カットオフは、平均からの標準偏差（σ）のn倍として選択される。この方法によってロバストな平均および標準偏差が生成し、データのノイズ分布に対してカットオフ値を動的に調節することが可能になる。典型的には、試料データ分布の平均FC＞3σまたは平均FC＜-3σの値を選択した。
【０３７２】
間接的分析比較では、腫瘍試料における特定バイオマーカーの発現レベルを、20の細胞株（黒色腫、肺がん、卵巣がん、大腸がん、およびいくつか非がん細胞株）の群から得られた基準RNAプールと比較した。正常試料（対照）における特定遺伝子の発現レベルを同じ基準プールと比較し、腫瘍と正常子宮内膜組織の間の最終発現倍率変化をインシリコで生成して、基準プールを排除した。
【０３７３】
倍率過剰発現、p-値、および他の因子に基づいて、候補遺伝子を、子宮内膜がんに関するバイオマーカーとして選択した。発明の詳細な説明に記載する表1に、これらの手法を使って同定された17個の過剰発現する遺伝子と3個の過少発現する遺伝子を示す。これらの遺伝子の過剰発現を、次の実施例で述べるように、RT-PCRによって検証した。
【０３７４】
マイクロアレイ研究の結果を、発明の詳細な説明に記載する表1に要約する。表1は、各遺伝子に使用される一般的略号、ENSMBL遺伝子、転写産物およびタンパク質アクセッション番号を、過剰発現倍率および計算されたp値と共に示している。
【０３７５】
［実施例2］
子宮液試料の調製
全ての患者から完全なインフォームドコンセントを得てから、コーニア・パイペルを利用して、子宮内膜吸引物を収集した。吸引物（子宮液）を、直ちに、500マイクロリットルのRNA保存液（RNAlater、Ambion）が入っているエッペンドルフチューブに移した。試料を遠心分離し、子宮腔からの代表的細胞集団を含有するペレットを、さらにRNA抽出（Qiagen）のために処理した。品質検査（Bioanalyzer）を行ってから、選択した子宮内膜癌マーカーについて、Taqman技術による遺伝子発現の解析を行った。
【０３７６】
［実施例3］
原発腫瘍中のバイオマーカーと子宮液中のバイオマーカーの相関関係
実施例2の手法によって得た原発腫瘍試料および子宮液試料のバイオマーカーのレベルを、実施例4で説明する一般RT-PCRプロトコールに従って、RT-PCRで比較した。この研究におけるバイオマーカーに、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNを含めたところ、それらの発現レベルは、原発腫瘍と子宮内膜吸引物（子宮液）との間で、驚くほど相関することがわかった。図1参照。図1からわかるように、いくつかの子宮内膜がんバイオマーカーの発現レベルは、子宮液および原発腫瘍において相関する。特に、腫瘍試料中と子宮液から得られる試料中のACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNに対応するバイオマーカーの発現には、高レベルの相関関係があることがわかった。したがって、本発明者らは、驚いたことに、子宮液から得られる試料中のそれらの発現レベルに基づいて、子宮内膜がんの可能性の増大を診断または予測するために使用することができる一群の遺伝子を見いだした。さらにまた、本発明者らは、子宮内膜がんに関するバイオマーカーを評価するために子宮液を使用できることも示した。例えば、がんを特徴づけるために、子宮液において、子宮内膜がんに関する予後バイオマーカー、子宮内膜がんを病期分類するためのバイオマーカー、子宮内膜がんのタイプ（1型かII型か）または型（類内膜型、明細胞型、漿液型など）を決定するためのバイオマーカー、補助診断バイオマーカー、鑑別診断バイオマーカーをアッセイすることができる。
【０３７７】
［実施例4］
定量RT-PCRによるバイオマーカーの過剰発現の確認
アレイデータを得た後、正常組織と比較して腫瘍組織においてアップレギュレートされる遺伝子とダウンレギュレートされる遺伝子の群を、一つにはそれらのp値および標準偏差に基づいて、選択した。これらの候補は、その発現レベルを、異なる腫瘍試料セットを使用して、別個の技法で決定するために選択された。
【０３７８】
Applied Biosystemsのマイクロフルイディックカード（Microfluidic Cards：MFC）を使って、腫瘍試料および正常子宮内膜組織試料から単離されたRNAで、RT-PCRを行った。この場合、健常組織と発癌性組織は、どちらのタイプも、顕微解剖手法によって同じ患者から得られた。これらの研究により、表1のマーカーの大半について、マイクロアレイ結果が確認された。もう一セットのRT-PCR研究を、子宮内膜がん患者（確認済み）から得た吸引物と非罹患個体からの吸引物とを使って行った。吸引物試料を使ったこれらの研究を以下にさらに詳しく説明する。
【０３７９】
実施例2で述べた手法と類似する手法に従って吸引物試料を得た。罹患試料および非罹患試料に関する患者特徴の説明は、下記の表4および表5で行う。
【０３８０】
簡単に述べると、マイクロフルイディックカードのウェルは、アレイで選択されたターゲットのリアルタイム増幅を検出するApplied Biosystemsの蛍光5'ヌクレアーゼアッセイを含有している。遺伝子発現の相対レベルは、ABI PRISM（登録商標）7900HT配列検出システム（7900HT SDS）相対定量ソフトウェアを使って、PCR中に生成する蛍光データから決定される。
【０３８１】
データ解析は、比較ΔΔCt相対定量法を使って行った。修正t-検定を用いる統計解析によって差異的発現遺伝子を確認した。
【０３８２】
この実施例で説明した研究に使用した試料には次に挙げるものを含めた：
30人の子宮内膜がんを有する患者からの試料；25の類内膜腺癌であって、うち9個はG3、9個はG2および7個はG1であるもの；および異なるII型癌（4つはG3および1つはG2）からの5つの腫瘍試料。
【０３８３】
24人の子宮内膜がんを有さない患者からの試料（「対照」または「正常」）。これらは試料の不均一な混合物であり、その一部は、ポリープのような他の非腫瘍病変を持つ患者からのものである。すなわち、4個は萎縮性子宮内膜を有する患者からの試料、4個は正常試料、2個は閉経後女性から得たポリープを有する患者からの試料、および11個は閉経前女性からの試料（そのうちの7個は分泌期、4個は増殖期にあるもの）。試料の概要について下記の表を参照されたい。
［表4］RT-PCR研究のための罹患試料
【表４】
0005934093.tif 000007
［表5］RT-PCR研究のための非罹患試料
【表５】
0005934093.tif 000008
【０３８４】
実験手法
RNA試料を上述の手法に従って吸引物試料から単離し、品質管理を行ってから、最終試料選択を行った。吸引物試料は実施例2で述べたように集めた。
【０３８５】
RT-PCRは、Applied Biosystemsの7900HTシステム用標準プロトコールに従って行った。このプロトコールは、2段階法であり、MFCにローディングされると、ABI PRISM（登録商標）7900HTシステムにより、第1ステップではHigh Capacity cDNAキットを使ってRNA試料からcDNAが作製され、第2ステップではcDNAが増幅される。
【０３８６】
RT-PCRデータは、実施例1で同定された20個の遺伝子のセットについて収集し、POLR2Aレベルとの比較で定量した。30個の腫瘍試料と子宮内膜がんではない24個の試料（正常試料）に対応する吸引物のRQ値を箱ひげ図で図示する。図2Aおよび2Bを参照されたい。発明の詳細な説明に記載した表2に、この試料セットにおけるこれらのマーカーについて算出された平均RQ値、平均の標準偏差およびp値を要約する。マイクロアレイ研究において対照試料セットを使って得られたp値（表1）が、異なる試料において、異なる技法（マイクロアレイ対RT-PCR）および異なる試料源（吸引物対原発腫瘍）を使って、有意に改善されたことがわかる。ほとんどの場合、これらのバイオマーカーについて、p値は100倍以上改善した。これは、一つには、マイクロアレイ実験設計のロバスト性および本発明者らの基準に基づくロバストなマーカー選択に関係している。
【０３８７】
次の表は、30個の腫瘍試料と24個の対照試料からのRQ値を比較した場合の本願における個々の遺伝子の感度および特異度ならびに各遺伝子のROC曲線下面積（AUROC）を示している。データの計算には、サポートベクターマシン（SVM）プログラムを使用した。これらの研究において同定されたマーカーは、子宮内膜がんの可能性の増大を予測することおよび/または子宮内膜がんの診断に関して、優れた感度および/または特異度を有することが、下記の表からわかる。さらにまた、これらのバイオマーカーに関するAUROC値は、これらのマーカーが子宮内膜がんの診断に、極めて有用であることを示している。
［表6］罹患（子宮内膜がん）個体および非罹患個体における吸引物試料から決定された本発明のバイオマーカーに関する感度、特異度およびAUROC値
【表６】
0005934093.tif 000009
【０３８８】
対照試料は、閉経前女性と閉経後女性を含む不均一な群だった。それと同時に、閉経前女性からの吸引物は、その試料を採取した際の子宮の子宮内膜周期の時期、すなわち増殖期か分泌期かに応じて、2つのカテゴリーに分類することができた。分泌期の患者か増殖期の患者かという特徴付けは、病理学者が標準的な技法を使って行った。
【０３８９】
吸引物が分泌期にある閉経前女性から採取された場合には、試験した遺伝子の一部は子宮内膜がんに関して偽陽性結果を与えうる。周期時期に応じてどの遺伝子が偽陽性を与えうるか、またはその他のどれが腫瘍試料と分泌期とを識別できるかをチェックするために、本発明者らは、腫瘍を異なる対照群と比較する統計解析を行った。
・腫瘍と対照試料（全ての対照試料：24試料）との対比
・腫瘍と対照試料−分泌期にあるもの（17試料）との対比
・腫瘍試料と分泌期にある対照試料（7試料）との対比
・腫瘍試料と閉経後女性からの対照試料（11試料）との対比。
【０３９０】
それぞれの比較について、GraphPad Prismプログラムを使ってROC曲線下面積を算出し、これらの群間の相違が有意であるどうかを見るために、anova検定を適用した。
【０３９１】
下記の表では、p値に関して次の略号を使用する：
*** p＜0.0001
** p＜0.001
* p＜0.01
ns（有意でない）。
【０３９２】
表に示すように、対照試料の性質（閉経後か、閉経前で分泌期か、増殖期か）とは無関係に、腫瘍試料を対照から分離する、P4HBまたはSOCS2のような遺伝子が存在する。P2RX4またはPPFIBP2のような他の遺伝子は、閉経後女性からの対照と比較すると、腫瘍試料（罹患試料）と分泌期の試料とを、より良く識別することができた。
【０３９３】
この観察結果から、検査が閉経前女性を調べているか閉経後女性を調べているかに応じて、異なるアルゴリズムおよび/または異なる遺伝子セットを使用するという可能性が生まれる。さらにまた、子宮内膜の問題に関するスクリーニングの一次モダリティは、子宮内膜厚を推定するために使用される経膣超音波検査であり、子宮内膜が（一定の閾を越えて）厚い患者は、子宮内膜がんまたは他の疾患もしくは状態を有する可能性が高い。子宮内膜厚は、月経の時期の関数としても変動し、分泌期の個体は増殖期の個体よりも厚い子宮内膜を有する。したがってこれらの知見は、本発明の方法およびバイオマーカーを使って、経膣超音波検査の子宮内膜がん同定能力を補助および改善しうることを示している。
【０３９４】
［表7］子宮内膜がんに罹患した患者からの吸引物（30個）と子宮内膜がんを罹患していない患者の全個体から得た吸引物（24個）とにおけるバイオマーカーの発現レベルを比較した、RT-PCR研究に関するデータの要約
【表７】
0005934093.tif 000010
【０３９５】
表7は、これらの20個のバイオマーカーが、子宮内膜がん罹患患者からの吸引物を、全ての対照非罹患患者からの吸引物と、高いROC値および/または優れた統計的有意性で識別する能力を有することを示している。
【０３９６】
［表8］子宮内膜がんに罹患した患者からの吸引物（30個）と子宮内膜がんを罹患していない患者であって分泌期ではなかった個体から得た吸引物（17個）とにおけるバイオマーカーの発現レベルを比較した、RT-PCR研究に関するデータの要約
【表８】
0005934093.tif 000011
【０３９７】
表8は、子宮内膜がん罹患患者からの吸引物を、分泌期の患者を除く全ての対照非罹患患者からの吸引物と識別する能力を有する、本発明の20個のバイオマーカーのランキングを示している。表7は、本発明のバイオマーカーが、これらの集団の分離に関して、高いROC値および/または優れた統計的有意性を有することを示している。
【０３９８】
［表9］子宮内膜がんに罹患した患者からの吸引物（30個）と子宮内膜がんを罹患していない患者であって分泌期にあった個体から得た吸引物（7個）とにおけるバイオマーカーの発現レベルを比較した、RT-PCR研究に関するデータの要約
【表９】
0005934093.tif 000012
【０３９９】
表9から分かるように、子宮内膜がん罹患患者からの吸引物を分泌期にある非子宮内膜がん罹患患者からの吸引物と識別する能力を有する好ましいマーカーには、高いROC値および/または優れた統計的有意性を有するP4HB、SOCS2、P2RX4、IKBKE、PPFIB2、DDR1およびDCNが含まれる。
【０４００】
上記表7および9のデータからわかるように、腫瘍を有する患者からの吸引物と全ての非罹患患者（分泌期を含む）からの吸引物とを区別する能力または腫瘍を有する患者からの吸引物と分泌期の非罹患患者からの吸引物とを区別する能力を有する遺伝子の例には、高い統計的有意性およびROC値を有するP4HB、SOCS2、およびIKBKEが含まれる。
【０４０１】
［表10］子宮内膜がんに罹患した患者からの吸引物（30個）と子宮内膜がんを罹患していない閉経後患者から得た吸引物（11個）とにおけるバイオマーカーの発現レベルを比較した、RT-PCR研究に関するデータの要約
【表１０】
0005934093.tif 000013
【０４０２】
表10から分かるように、子宮内膜がん罹患患者からの吸引物を、閉経後の非子宮内膜がん罹患患者からの吸引物と識別する能力を有する好ましいマーカーには、高いROC値および/または優れた統計的有意性を有するPHKG2、P4HB、EFEMP2、RNF183、およびSOCS2が含まれる。
【０４０３】
図2Aおよび2B（箱ひげ図）について述べると、RQ：相対量、これは、対照試料上に存在する同じ遺伝子の量と比較した、腫瘍試料上に存在する特定遺伝子のRNAの相対量である。
【０４０４】
RQを算出するために、各遺伝子のCt値を、内在性遺伝子のCtに対して標準化して、デルタCtを得た。式：2-(デルタCt)を使ってRQを算出した。
【０４０５】
いくつかの内在性遺伝子は、標準化のための他の対照と共に、標準化のための対照として使用することができる。一例として好ましい内在性遺伝子は次に挙げる特徴を有する。例えば、それは、がん発生のような異なる状況にある同じ組織において構成的に発現する遺伝子である。したがって、これは、qRT-PCRに関して、試料をローディングする時のcDNAの量の相違または実験的理由によるばらつきを標準化するために使用することができる。
【０４０６】
本発明者らは、標準化用の考えうる内在性遺伝子として、4つの異なるハウスキーピング遺伝子を試験した：18S、B2M、PFN-1およびPOLR2A。最終的に、それらのなかではPOLR2Aが最も安定な遺伝子であり、これを内在性遺伝子として使用して、全ての計算および統計を行った。その発現レベルは、本発明者らの試験において問題にしている遺伝子と類似しており、試験のために選択した遺伝子と比較して発現量が極めて高い18Sとは異なっている。本発明の方法では、必要ならば、標準化のために、POLR2A、B2M、PFN1、HMBS、G6PD、またはPABPN1などの内在性バイオマーカーまたは他の安定な遺伝子を使用することができると考えられる。
【０４０７】
［実施例5］
子宮内膜がんを診断するためのプロファイル
サポートベクターマシンに基づくアルゴリズムを使って、子宮内膜がんおよび/または子宮内膜がんを有する可能性の増大を予測するのに役立つ表1のマーカーの組合せを同定した。具体的には、一般に利用可能なプログラムDTREGプログラムを使って、データを解析した（wwwのDTREG.COMを参照されたい）。
【０４０８】
サポートベクターマシンアルゴリズムは、異なる表現型特徴を有する集団を分離するための遺伝子発現プロファイルの同定を含む数多くの応用に使用することができる。このアルゴリズムの背景にある概念は、データの多次元表現である。例えば各マーカーを異なる次元上にプロットし、このデータの多次元表現において、表現型を分離することができる平面を捜す。「真ん中（middle）」を通る平面は分離超平面と呼ばれ、解を表す。すなわち、線の一方の側にある答え（例えば所与のしきい値を上回る発現レベル）は一方のカテゴリー（例えばがん）に属し、線の他方の側にある答え（例えば所与のしきい値を上回る発現レベル）は他方のカテゴリー（例えばがんなし）に対応する。各データセットごとにいくつかの分離超平面が可能でありうる。問題はどれが最適な分離超平面であるかになる。サポートベクターマシン理論では、最適解を最大マージン超平面という。この最大マージン超平面は、2つの群を分離し、所与の発現プロファイルのいずれからも最大の距離をとるものである。
【０４０９】
個々の遺伝子は高い感度および特異度を示すものの、これらのパラメータは、いくつかの遺伝子を組み合わせると、さらに高くなる。2個ずつ、3個ずつ、4個ずつ、5個ずつ、6個ずつ、7個ずつ、そして全てを組み合わせた遺伝子の感度、特異度およびAUROCの例。データの概要については、下記の表を参照されたい。
［表11］組合せに関する適中度を要約したデータ
【表１１】
0005934093.tif 000014
【０４１０】
上記の表からわかるように、本発明のバイオマーカーの組合せについては極めて高い感度および特異度が得られ、AUROC値は極めて高い。したがってこれらの結果は、ACAA1、AP1M2、CGN、DDR1、EPS8L2、FASTKD1、GMIP、IKBKE、P2RX4、P4HB、PHKG2、PPFIBP2、PPP1R16A、RASSF7、RNF183、SIRT6、TJP3、EFEMP2、SOCS2、およびDCNから選択される2つ以上のマーカーの組合せが、子宮内膜がんの可能性の増大の予測および/または子宮内膜がんの診断に関して、予想外に良好な感度および特異度を与えることを示している。これらの結果は子宮液からの試料から得られたものであり、子宮液中に検出されるバイオマーカーの組合せが、子宮内膜がんの診断および/または特徴づけに役立ちうることを示している。さらにまた、これらの結果は閉経前および閉経後の女性からの試料において得られたものであり、それゆえに、これらのタイプの患者を横断的に調べることができるマーカーのセットを表している。プロファイルまたはフィンガープリントパターンの生成には異なるプログラムおよびアルゴリズムを使用できることを注記しておく。本発明は、ここで使用したDTREG以外のプログラムおよびアルゴリズムを用いるプロファイルおよび/またはフィンガープリントパターンも包含するものとする。表11に記載したプロファイルは、表1のバイオマーカーの組合せが子宮内膜がんに関して優れた感度および特異度を有することを例証するために用いた非限定的な例である。
【０４１１】
他の組合せ
感度および特異度の値は、診断検査の妥当性を完全に定義づけるものの、特定の検査結果に対して臨床的判断を下す際に、関連情報を与えないという欠点を有する。しかし、これらは、検査に固有の性質であるという利点を有し、それが適用される集団におけるその疾患の有病率とは無関係に、その妥当性を定義づける。
【０４１２】
感度
これは、診断検査を適用した時に、個々の患者が正しく分類される確率、またはがんを有する患者が陽性の結果を得る確率である。
【０４１３】
特異度
これは、診断検査を適用した時に、健常な個体が正しく分類される確率、または健常な個体が陰性の結果を得る確率である。したがって、感度と特異度により、診断検査の妥当性を評価することができる。しかしこれらの概念は、臨床実務ではあまり役に立たない。患者が診断検査を受ける際に、医師はその診断に関して先験的情報を持たないので、検査の結果が陽性（または陰性）だとして、検査を受けた個体が疾患を有する（または有さない）確率はどれくらいかという疑問が生じる。これらの確率は、ある特定検査の陽性適中度および陰性適中度と呼ばれている。陽性適中度は、診断検査を適用した時、ある個体が陽性の結果である場合に、疾患を有する確率である。陰性適中度は、検査の結果が陰性であった個体が現実に健常である確率である。
【０４１４】
臨床家は、がんを持つ人々に間違った診断を受けさせることはできないので、陰性適中度が高い診断検査を好む。そのために、本発明者らは、最も高い陰性適中度を与えるこれらの組合せに優先順位を付けた。
【０４１５】
子宮液試料においてRT-PCRによって決定された表示のマーカーを使って、表12に示す以下の値を計算した。
［表12］
【表１２】
0005934093.tif 000015
【０４１６】
図18（P4HB、EFEMP2、SIRT6、DDR1、GMIP、およびFASTKD1）および図19（P4HB、EFEMP2、SIRT6、PHKG2、GMIP、およびFASTKD1）に示す組合せ、ならびに20個のマーカー全ての組合せは、100％の感度、特異度、NPV、およびPPVと、1のAUROCを有する。
【０４１７】
陰性適中度の最大化：新しい試料：3個の新しいがん試料と24個の非腫瘍試料を加えて、下記の分析における試料の総量（33個の腫瘍試料および48個の非腫瘍試料）とした。追加した試料は以下の特徴を有する：
【表１３】
0005934093.tif 000016
【表１４】
0005934093.tif 000017
【０４１８】
48個の非腫瘍試料と33個の腫瘍試料について、遺伝子ACAA1、AP1M2、EPS8L2、IKBKE、P2RX4、P4HB、PPFIBP2、PPP1R16A、SIRT6、およびEFEMP2の以下の組合せを使って、がんのリスクを計算し、その結果を図17に示す。
【０４１９】
図18は、48個の非腫瘍試料および33個の腫瘍試料について、FASTKD1、GMIP、P4HB、EFEMP2、DDR1、およびSIRT6を使って計算されたがんのリスクを表す。
【０４２０】
図19は、48個の非腫瘍試料および33個の腫瘍試料について、FASTKD1、GMIP、P4HB、EFEMP2、PHKG2、およびSIRT6を使って計算されたがんのリスクを表す。
【０４２１】
図17に示すように、最初の組合せは、全ての試料を正しく分類することができるが、がんを有する一部の健常試料のパーセンテージは50％に極めて近い。すなわち、この組合せを使用すると、一部のがん試料は近くなりすぎて分類を誤る。要するに、がん患者を誤って分類して、誤診する危険がある。図18および図19における組合せは、それぞれ1つおよび2つの健常患者試料を誤って分類しているが、これらはどちらも、全てのがん患者を正しく分類しており、しかもそれを、先の組合せよりも高いがんのリスクのパーセンテージで行う。このことから、これらの組合せは、臨床的観点から利用価値がある。
【０４２２】
［実施例6］
表1のバイオマーカーに対応するタンパク質の検出
表1のバイオマーカーに対応するタンパク質の検出は、当業者が利用できるいくつもの手段によって達成することができる。この方法によれば、対照からの試料（または対照値は確立されている）および罹患個体からの試料を取得し（例えば血清、組織、および子宮液）、その特定バイオマーカーに対して選択的または特異的な抗体でプローブする。タンパク質を検出するための一方法はウェスタンブロット分析であり、これを、P4HBを例に挙げて説明する。
【０４２３】
正常子宮内膜組織および腫瘍子宮内膜がん組織からのヒト試料のウェスタンブロット分析を行って、これらの試料におけるP4HB（約60kDa）のタンパク質レベルを調べた。
【０４２４】
ゲルに各試料からの全タンパク質抽出物40μgをローディングした。図10に示すように、腫瘍試料は、P4HBに関して、正常組織よりはるかに強く染色された。
【０４２５】
試験した試料には4つの正常組織（N）と4つの腫瘍組織（T）が含まれる。正常組織と腫瘍組織は同じ患者から得た。陽性対照として：子宮内膜腫瘍細胞株Ishikawaからの総タンパク質抽出物。使用した抗体：LifeSpanのLS-C38385。
【０４２６】
この結果から、アレイ実験およびTaqMan実験で得られた結果が、タンパク質レベルで確認される。
【０４２７】
ウェスタンブロット分析を、AP1M2、IKBKE、EPS8L2、DDR1、CGN、およびTJP3について行った。図X〜図Xを参照されたい。これらの結果から、アレイ実験およびTaqMan実験で得られた結果が、タンパク質レベルで確認される。
【０４２８】
免疫組織化学的検証のために、組織マイクロアレイを構築した。正常組織から異なるタイプおよび悪性度の子宮内膜癌まで完全にカバーするために、70個のパラフィン包埋癌（56個の類内膜癌、6個の漿液性乳頭癌、1個の粘液性癌、4個の明細胞癌、3個の癌肉腫）、および11個の非新生物子宮内膜（4個の萎縮性子宮内膜、3個の増殖性子宮内膜、1個の分泌性子宮内膜および3個の過形成）から代表的な領域を注意深く選択し、個々のパラフィンブロック上に印を付けた。各パラフィンブロックから直径1mmの組織コアを2つずつ取得し、新しいパラフィンブロックに正確に配置した。全ての組織マイクロアレイパラフィンブロックから5μmの切片を取得した。プロトコールは、Hospital Vall D'Hebronの施設内倫理委員会によって承認され、全ての患者からインフォームドコンセントを得た。P4HB、PPP1R16AおよびEPS8L2は、抗原回復にクエン酸緩衝液pH7.3を使用して、間接免疫ペルオキシダーゼアッセイによって検出した。切片を、P4HBに対する一次抗体（LS-C38385）およびPPP1R16Aに対する一次抗体（H00084988-M06）と共にそれぞれ1：500および1：100の希釈液を使って室温で1時間、また、EPS8L2に対する一次抗体（H00064787-B01）と共に1：100の希釈度で終夜、インキュベートした。その後、切片をペルオキシダーゼコンジュゲートヤギ抗マウス免疫グロブリン（EnVision Dual System、DAKO、デンマーク・グロストルップ）と共にインキュベートした。内在性ペルオキシダーゼ活性を3％H2O2でクエンチした。切片を洗浄し、反応をジアミノベンジジンで呈色させた後、ヘマトキシリンで対比染色した。タンパク質の半定量的評価は、3人の研究者が別々に行い、染色の強度と陽性細胞のパーセンテージをスコア化した。
【０４２９】
TMA免疫組織化学により、正常子宮内膜腺と比較して、腫瘍腺における、3つのタンパク質の差異的発現が確認された。P4HB、PPP1R16AおよびEPS8L2は、どの癌組織型および悪性度でも腫瘍細胞内での特異的細胞質発現を呈し、正常上皮腺内では細胞質染色は存在しないか、かすかだった。これらの結果から、本明細書に記載するマイクロアレイ実験および定量PCR実験においてこれらのタンパク質について得られた結果が、タンパク質レベルで確認される。
【０４３０】
［実施例7］
ACAA1
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、ACAA1が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織ではACAA1が過剰発現することが証明され、驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、ACAA1は過剰発現していることが、実施例2〜4で述べた方法によってわかった。実施例5は、ACAA1を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０４３１】
ACAA1に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000333167に記載されており、配列番号1に示す配列を有する。
【化１−１】
0005934093.tif 000018
【化１−２】
0005934093.tif 000019
【０４３２】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000333664に記載されており、配列番号2に示す配列を有する。
【化２】
0005934093.tif 000020
【０４３３】
配列ACAA1を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０４３４】
ACAA1を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０４３５】
フォワード：配列番号3 GAGCTTCTCTCGGCAGTCAT
リバース：配列番号4 CTCAGAAACTGGGCGATTC
【０４３６】
フォワード：配列番号5 GCAATCATGGCCCGAATC
リバース：配列番号6 CCCCGACGAACACTGTCTAT
【０４３７】
フォワード：配列番号7 GTGCCTTTGTCCACTGTCAA
リバース：配列番号8 ACAGGCCATGCCAATGTC
【０４３８】
フォワード：配列番号9 TCACGGGAGAAGCAGGATAC
リバース：配列番号10 CTCTTGGTGCCCTTGTCATC
【０４３９】
フォワード：配列番号11 GGCTGACAGTGAGTGACGTG
リバース：配列番号12 AGGGGGTTCACCTTCTCAG
【０４４０】
フォワード：配列番号13 GTGGCATCAGAAATGGGTCT
リバース：配列番号14 CTCTGGCCTTCTCCTTCTCC
【０４４１】
フォワード：配列番号15 ATTACTTCGCGCTTGATGGA
リバース：配列番号16 AGGGCAAAGGTATCCTGCTT
【０４４２】
フォワード：配列番号17 GCCTGCCTTCAAGAAAGATG
リバース：配列番号18 TAAGACCTCAGGACCCCAAG
【０４４３】
フォワード：配列番号19 TGGGGTCCTGAGGTCTTATG
リバース：配列番号20 TCTCGAAGATGTCCACGTCA
【０４４４】
フォワード：配列番号21 GTGGCATCAGAAATGGGTCT
リバース：配列番号22 AGGGCAAAGGTATCCTGCTT
【０４４５】
フォワード：配列番号23 TGACCCAGGATGAGGGTATC
リバース：配列番号24 TCTCGAAGATGTCCACGTCA
【０４４６】
フォワード：配列番号25 GGAGACTGTGCCTTTGTCCA
リバース：配列番号26 CTCTGTCAGCCAGGGACAT
【０４４７】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０４４８】
ACAA1を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には次に挙げるものがある。
【０４４９】
配列番号27 CGGTTCTCAAGGACGTGAAT
配列番号28 AGTGACATCCCGGAGACTGT
配列番号29 GTGGCATCAGAAATGGGTCT
配列番号30 AGCTGAGATTGTGCCTGTGA
配列番号31 ATCAATGAGGCCTTTGCAAG
配列番号32 ACAGAGGGAACCCTGGAAAT
配列番号33 GATTGCCTGATTCCTATGGG
配列番号34 GTCCAAGGCAGAAGAGTTGG
配列番号35 ATGCCATCCCAGTAGCTTTG
配列番号36 GCCTGTGGGATAACCTCTGA
配列番号37 AAACTGAAGCCTGCCTTCAA
配列番号38 ATAGACAGTGTTCGTCGGGG
【０４５０】
マイクロアレイ上で使用したACAA1核酸を検出するためのプローブは、配列番号39に示す配列を有する：GCTACGCAGACAGTCCTGCTGCTCTAGCAGCAAGGCAGTAACACCACAAAAGCAAAACCA。
【０４５１】
ACAA1に対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０４５２】
ACAA1に対する抗体には、Atlas Antibodiesのウサギポリクローナル抗ACAA1カタログ番号HPA006764（最初の転写産物だけを認識する）、および完全長ヒトACAA1タンパク質に対して産生させたAbnova（MaxPab）のマウスポリクローナル抗体カタログ番号H00000030-B01などがあるが、これらに限るわけではない。
【０４５３】
［実施例8］
AP1M2
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、AP1M2（アダプター関連タンパク質複合体1、ミュー2サブユニット）（D9Ertd818e、HSMU1B、MU-1B、MU1Bとも呼ばれている）が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織ではAP1M2が過剰発現することが証明され、驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、AP1M2は過剰発現していることが、実施例2〜4で述べた方法によってわかった。実施例5は、AP1M2を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０４５４】
AP1M2は、細胞内の多くの小胞輸送経路において中枢的な役割を果たすヘテロ四量体クラスリンアダプター関連タンパク質複合体1（AP-1）のサブユニットである。このタンパク質はチロシンベースの局在化シグナルと相互作用する能力を有する。AP1はもっぱら上皮細胞において発現する。全てのAP複合体は、100〜130kDaの2つの大サブユニット（AP1ではαおよびβ1）、50kDaの中サブユニット（AP1ではμ1）、および17〜20kDaの小サブユニット（AP1ではσ1）を含む。PMID：10338135
【０４５５】
クラスリン被覆小胞では、AP-2は脂質二重層とクラスリン格子の間に位置し、おそらくクラスリンを膜に固定しているのであろう。AP1M2は、極性上皮細胞および一部の外分泌細胞において特異的に発現する、Mu1Bと呼ばれるアダプター中鎖（adaptor medium chain）ファミリーのメンバーである。Mu1Bは、遍在的に発現するAP-1のMu1Aサブユニットに最も近い関係にある（アミノ酸レベルで79％の同一性）。
【０４５６】
AP1M2に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000250244に記載されており、配列番号40に示す配列を有する。
【化３】
0005934093.tif 000021
【０４５７】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000250244に記載されており、配列番号41に示す配列を有する。
【化４】
0005934093.tif 000022
【０４５８】
配列ENST00000250244を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcなどのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０４５９】
AP1M2を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０４６０】
フォワード：配列番号42 CGCCACCATGTCCGCCTCGGCTG
リバース：配列番号43 GCTCAATCTTGCTCATGGCCAC（Ex2）
【０４６１】
フォワード：配列番号44 CAGGTCCACTTCCTATGGATC（ex2）
リバース：配列番号45 CAAAGTTGTCCCGGATGCTC（Ex4）
【０４６２】
フォワード：配列番号46 CGCTCCGAGGGTATCAAG（EX5）
リバース：配列番号47 CTTGCTGCGGCCAGTGAGC（ex6-7)
【０４６３】
フォワード：配列番号48 GACTTTGAGCTCATGTCATACC（Ex7）
リバース：配列番号49 CTTAATACTCCAAATCACGACG（Ex9）
【０４６４】
フォワード：配列番号50 GTTTGAGATCCCCTACTTC（Ex10）
リバース：配列番号51 GCCTGGTAACCACTTTTCTCAATG（Ex11）
【０４６５】
フォワード：配列番号52 CTGGGTTCGCTACATCACC（Ex11）
リバース：配列番号53 GCCCCGTGTTCAAGC（Ex12）
【０４６６】
フォワード：配列番号54 CATGCCTTTGCTGGTACAG（Ex2）
リバース：配列番号55 GAGTACACCAGGGAGGCATTG（Ex3）
【０４６７】
フォワード：配列番号56 CTCCCTGGTGTACTCCTTC（Ex3）
リバース：配列番号57 GCTGTCGGTGGTCTGCGGGAA G（Ex4）
【０４６８】
フォワード：配列番号58 CAGCAAGATCCTGCAGGAG（Ex4-5)
リバース：配列番号59 CAGGTTGACAGACTCTATG（Ex5）
【０４６９】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０４７０】
AP1M2を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの例には次に挙げるものがある。
配列番号60
ATGAAGAAATAGAAGAGGGGCTTGAAGTCCTCCTCGCGAGTGCCTTCTTGCAATTACCTG
配列番号61
CCAGGTCCACTTCCTATGGATCAAACACAGCAACCTCTACTTGGTGGCCACCACATCG
配列番号62
GACAATAGAGGTATTCTGCGAATACTTCAAGGAGCTGGAGGAG
配列番号63
CAATGACCGCGTGCTCTTCGAGCTCACTGGCCGCAGCAAGAACAAATCAGTAGA
配列番号64
TTTCCCGGGGGGCAAGGAGTACTTGATGCGAGCCCACTTTGGCCTCCCCAGTGTGG
【０４７１】
AP1M2に対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０４７２】
AP1M2に対する抗体には、同タンパク質のアミノ酸1〜320を含む組換えAP1M2タンパク質を抗原とするアフィニティ精製ウサギポリクローナル抗体であるProteintech Group, Inc.のカタログ番号10618-1-AP、および完全長タンパク質に対するマウスポリクローナル抗体であるAbnovaのカタログ番号H00010053-B01などがあるが、これらに限るわけではない。
【０４７３】
［実施例9］
CGN
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、CGN（DKFZp779N1112、FLJ39281、およびKIAA1319とも呼ばれている）が過剰発現することがわかった。正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織ではCGNが過剰発現することが証明され、驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、CGNは過剰発現していることが、実施例2〜4で述べた方法によってわかった。実施例5は、CGNを他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０４７４】
CGNに対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000271636に記載されており、配列番号65に示す配列を有する。
ENSG00000143375：遺伝子、1転写産物のみ
ENST00000271636
【化５−１】
0005934093.tif 000023
【化５−２】
0005934093.tif 000024
開始コドンと停止コドンはボールド体で示されている。
【０４７５】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000271636に記載されており、配列番号66に示す配列を有する。
【化６】
0005934093.tif 000025
【０４７６】
配列CGNを増幅するためのプライマーは、Oligo Calcなどのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。CGNを増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０４７７】
フォワード：配列番号67 GCTTTAGCCGTTCTCGTCA
リバース：配列番号68 CTGGTCTCGAAGGAGGTCTG
【０４７８】
フォワード：配列番号69 CAGACCTCCTTCGAGACCAG
リバース：配列番号70 TTCCTCCTCACAGAGGTTTCA
【０４７９】
フォワード：配列番号71 TACAGCGAAAGCTGGATGAA
リバース：配列番号72 AGTCGGCTGCACTCTTCTGT
【０４８０】
フォワード：配列番号73 TGCAGAACAAGCTGAAACAT
リバース：配列番号74 GCTGCTCCTCTACTCGCTGT
【０４８１】
フォワード：配列番号75 GGGCATTGGCAGAGTATGTT
リバース：配列番号76 TTCCATCTCCTCCTTCTCCA
【０４８２】
フォワード：配列番号77 CAGCAACTGCGACAGGACT
リバース：配列番号78 CATTTTCCTCCTGGGTCTCC
【０４８３】
フォワード：配列番号79 CTGAGCTGGAGGAGCAGAAG
リバース：配列番号80 TGCAGGGCTTGCTTAGAGTC
【０４８４】
フォワード：配列番号81 TGGAGCAAGAGGCAGAGAAC
リバース：配列番号82 ACTCTGTTTCCAGCCGTGAG
【０４８５】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０４８６】
CGNを検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号83 CAGGACTGGGTCCTTCAGAG
配列番号84 CAGGCAGTGTGGACCATATG
配列番号85 GCTAGAGCCATCCCAAGTTG
配列番号86 TGAGCCTGCTAAGGAGGTGT
配列番号87 TAGAGCCACCAAGCAGGAAC
配列番号88 TTCCAAGGCTAAGATGGTGG
配列番号89 GACAGGACTGTGGACCGACT
配列番号90 TGAAGGGTCTCGAGGAAAAA
アレイのプローブ配列番号91
GGGAAGAGGTAAGGGGGATGATTCACCTCCATATTTCCTAAGCAGGTTGTATAGGGAGCC
【０４８７】
CGNに対する抗体には、ウサギ抗ヒトシングリン（Cingulin）(CGN）ポリクローナル、非コンジュゲート、Lifespan Bioscienceのカタログ番号LS-C22229-100（C末端領域）；およびマウス抗ヒトシングリン（CGN）モノクローナル、非コンジュゲート、クローン6a40、Lifespan Bioscienceのカタログ番号LS-C22230-100（C末端領域）などがあるが、これらに限るわけではない。
【０４８８】
［実施例10］
DDR1
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、DDR1が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織ではDDR1が過剰発現することが証明され、驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、DDR1は過剰発現していることが、実施例2〜4で述べた方法によってわかった。実施例5は、DDR1を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０４８９】
DDR1に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000376570に記載されており、配列番号92に示す配列を有する。
【化７−１】
0005934093.tif 000026
【化７−２】
0005934093.tif 000027
【０４９０】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号EP0000365754に記載されており、配列番号93に示す配列を有する。
【化８】
0005934093.tif 000028
【０４９１】
配列DDR1を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０４９２】
DDR1を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０４９３】
フォワード：配列番号94 CATCTCTGCTTCCAGCTCCT
リバース：配列番号95 TACTCCTCCTCCTTGGGAAA
【０４９４】
フォワード：配列番号96 AGCTACCGGCTGCGTTACT
リバース：配列番号97 CTTCAGCACCACTCCCTCAG
【０４９５】
フォワード：配列番号98 CGTCTGTCTGCGGGTAGAG
リバース：配列番号99 CCGTCATAGGTGGAGTCGTT
【０４９６】
フォワード：配列番号100 CAACGACTCCACCTATGACG
リバース：配列番号101 TGCTCCATCCCACATAGTCA
【０４９７】
フォワード：配列番号102 TGACTATGTGGGATGGAGCA
リバース：配列番号103 CCAGCGTGTGCATGTTGTTA
【０４９８】
フォワード：配列番号104 TGTCTCAGTGCCCCTTGG
リバース：配列番号105 GTGCCGGAGAGGAATTGTT
【０４９９】
フォワード：配列番号106 ACCTCCCACCAACTTCAGC
リバース：配列番号107 CAGCAGGAGCAGGATGATG
【０５００】
フォワード：配列番号108 CATCATCCTGCTCCTGCTG
リバース：配列番号109 CCAGGGACAGAGAGGTGAAC
【０５０１】
フォワード：配列番号110 ACCGCCCAGGTCCTAGAG
リバース：配列番号111 CGGTAGGCTGGATTGGAGA
【０５０２】
フォワード：配列番号112 CACCCTTTGCTGGTAGCTGT
リバース：配列番号113 CGAATGATGTTTGGGTCCTT
【０５０３】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０５０４】
DDR1を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号114 ACAGCAGGTTGGAGAGCAGT
配列番号115 GTCAGGAGGTGATCTCAGGC
配列番号116 CTCTATGGCTGCCTCTGGAG
配列番号117 GTGGGGCTGGATGACTTTAG
配列番号118 AGTTTGAGTTTGACCGGCTG
配列番号119 CCCTGGTTACTCTTCAGCGA
配列番号120 CTTGGAGCTGGAGCCCAG
配列番号121 AGGGTGTTGGAAGAGGAGCT
配列番号122 ACTCTGCTCCCTGTGTCCC
配列番号123 GCCAGGAATGATTTCCTGAA
【０５０５】
DDR1核酸を検出するために使用したプローブ（マイクロアレイ上で使用したもの）は、配列番号124に示す配列を有する：
ATTGGGATTGGGGGGAAAGAGGGAGCAACGGCCCATAGCCTTGGGGTTGGACATCTCTAG。
【０５０６】
DDR1に対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０５０７】
DDR1に対する抗体には、MCK10に対するウサギポリクローナル抗体、Abcamのカタログ番号ab5508、エピトープ：アミノ酸31〜47；および全長に対するマウス抗ヒトDDR1ポリクローナル抗体、非コンジュゲート、Abnovaカタログ番号H00000780-A01などがあるが、これらに限るわけではない。
【０５０８】
［実施例11］
EPS8L2
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、EPS8L2（EPS8様2、AI042819、AW545405、Eps8l2_predicted、Eps8l2 predicted、EPS8R2、FLJ16738、FLJ21935、FLJ22171、MGC126530、MGC3088とも呼ばれている）が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織ではEPS8L2が過剰発現することが証明され、驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、EPS8L2は過剰発現していることが、実施例2〜4で述べた方法によってわかった。実施例5は、EPS8L2を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０５０９】
EPS8L2遺伝子は、上皮増殖因子受容体の基質である上皮増殖因子受容体経路基質8（EPS8）に関連するタンパク質をコードしている。eps8L類は、アクチンリモデリングにつながるRTK活性化シグナリング経路における機能的冗長性を担う新規タンパク質ファミリーを規定する。このファミリーのメンバーは成長因子刺激をアクチン構成に結びつける。eps8ファミリーのメンバーは、推定PTBドメイン、中央SH3ドメインおよびC末端エフェクター領域からなる共通のモジュラー構成を持っている。eps8L類のSH3ドメインは、プロリン-X-X-アスパラギン酸-チロシン（pXXDY）コンセンサスを含有するペプチドに対してユニークな結合選択性を示し、SH3ドメインファミリー内に発生学的に明確なサブファミリーを構成する。（PMID：14565974）。
【０５１０】
EPS8L2の機能は不明であるが、乳がんおよび甲状腺がんの遺伝子発現解析により、このファミリーのもう一つのメンバーであるEps8は新規推定がん遺伝子と同定され、線維肉腫細胞における腫瘍細胞遊走にも関連づけられた。（PMID：16618726）（PMID：17075124）（PMID：15289329）
【０５１１】
EPS8L2に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000318562および配列番号125に記載されている。
【化９】
0005934093.tif 000029
開始コドンおよび停止コドンはマイクロアレイプローブに対応する位置と共にボールド体で示されている。
【０５１２】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000320828に記載されており、配列番号126に示す配列を有する。
【化１０】
0005934093.tif 000030
【０５１３】
配列ENST00000318562を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。EPS8L2を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０５１４】
フォワード：配列番号127 GAG ACC TGG CGC CCC GGC（Ex1）
リバース：配列番号128 GTG GCC CCG GTC TGA GGC（Ex2）
【０５１５】
フォワード：配列番号129 GAG CCA GTC CGG GGC CGT G（Ex2）
リバース：配列番号130 CTT GGG GCT CAT CTT GGC（Ex3）
【０５１６】
フォワード：配列番号131 CGA CGG TGT GGC CAA GAT GAG（Ex3）
リバース：配列番号132 CGT GGT ACT GCG AGG TC（Ex4）
【０５１７】
フォワード：配列番号133 CTCCAACGTCATCATGCAC（Ex4）
リバース：配列番号134 GATGGCGTCGTCCACAGAC（Ex5）
【０５１８】
フォワード：配列番号135 CAGTCGCTGCGGCTGCTGG（Ex5）
リバース：配列番号136 GGACCGTCTGGCTGCGCTG（Ex6）
【０５１９】
フォワード：配列番号137 GATGTCCACTTCTTCCACTGC（Ex6）
リバース：配列番号138 CCGAATCTTCTCCTGGTGTC（Ex8）
【０５２０】
フォワード：配列番号139 GAGGCCAAGAATCGCGTGGGC（Ex8）
リバース：配列番号140 GTCCAGGGCGCAGTTGAGG（Ex10）
【０５２１】
フォワード：配列番号141 CGACTGCTTCCAGAAAATC（Ex11）
リバース：配列番号142 CGAAGAGGAAGTGCACGAG（Ex12）
【０５２２】
フォワード：配列番号143 GATGTCGCTGTGGGAGTCAC（Ex13）
リバース：配列番号144 GAGGGGCACCTGTGGCTC（Ex14）
【０５２３】
フォワード：配列番号145 GGTGGAGGGGCTGGCGTC（Ex14）
リバース：配列番号146 GGCTCTGAAGTG GGGCTGTG（Ex15）
【０５２４】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０５２５】
EPS8L2を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。
【０５２６】
プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号147
GCTTCCCGGGGAACAAAGACGAGCTCATGCAGCACATGGACGAGGTCAACGACGAGCTCA
配列番号148
GCAGAGCTGGTGCACGAGGACATCGAGAGCGCGTTGGCCGACTGCCGG
配列番号149
GCCGTCGGGAGTCGCAGGAGGAGCCGCGGGCCGTGCTGGCTCAGAAGATAG
配列番号150
GCTCGTGTGCCAGGACTCGGAGCAGAGCAAGCCGGATGTCCAC
配列番号151
GTACAGCCAGCTCACCATGCAGAAGGCCTTCCTGGAGAAGCAGCAAAG
【０５２７】
EPS8L2に対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０５２８】
EPS8L2に対する抗体には、部分組換えEPS8L2（アミノ酸615〜アミノ酸715）に対して産生させたマウスモノクローナル抗体である、Abnovaカタログ番号H00064787-M01、および完全長ヒトEPS8L2タンパク質に対して産生させたマウスポリクローナル抗体であるAbnovaカタログ番号H00064787-B01などがあるが、これらに限るわけではない。
【０５２９】
［実施例12］
FASTKD1
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、FASTKD1が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織ではFASTKD1が過剰発現することが証明され、驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、FASTKD1は過剰発現していることが、実施例2〜4で述べた方法によってわかった。実施例5は、FASTKD1を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０５３０】
FASTKD1に対応するmRNAの配列は、ENSEMBLアクセッション番号ENST00000260971に記載されており、配列番号152に示す配列を有する。
【化１１】
0005934093.tif 000031
【０５３１】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000260971に記載されており、配列番号153に示す配列を有する。
【化１２】
0005934093.tif 000032
【０５３２】
FASTKD1核酸配列を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０５３３】
FASTKD1核酸を増幅するためのプライマー対の例には次に挙げるものがある。
【０５３４】
フォワード：配列番号154 TGAATGACGATACCCTGGTG
リバース：配列番号155 AGCCTTCTCCATGCTTCTGT
【０５３５】
フォワード：配列番号156 CCATGACCCGCTAGTTGAAG
リバース：配列番号157 TGATCTGCTAGGCAAGAGGAA
【０５３６】
フォワード：配列番号158 TTCCTCTTGCCTAGCAGATCA
リバース：配列番号159 TGTTGACCATCAAGACAGACA
【０５３７】
フォワード：配列番号160 TCCTCTGTGTAATCATCCTGCT
リバース：配列番号161 CTCGCCAGTTAGGTCCTCTG
【０５３８】
フォワード：配列番号162 GGAGCAATGGGAGATATGGA
リバース：配列番号163 TTCCTTTGGAAATGCAGAAAA
【０５３９】
フォワード：配列番号164 TGCATTTCCAAAGGAAGGAG
リバース：配列番号165 CAAGTGAGGAGAAGGGAGCA
【０５４０】
フォワード：配列番号166 AAATGTTGGGGAGATTGCAT
リバース：配列番号167 TCAATACGCTGAATGGACGA
【０５４１】
フォワード：配列番号168 GATCCACCTCAAAGGGATGA
リバース：配列番号169 GGCCAAAGAGAAACCAAGAA
【０５４２】
フォワード：配列番号170 GTGTTTCTTGGTTTCTCTTTGG
リバース：配列番号171 CTGTTGTGTTCCATCCATGC
【０５４３】
フォワード：配列番号172 GCATTGGGACAACTACCAGAA
リバース：配列番号173 GTATGGGAGCGCAAAAGAAG
【０５４４】
フォワード：配列番号174 TGTGTTGCTTCATATTTGTACCC
リバース：配列番号175 CATAGCAGATTTTCCTTTCATGTG
【０５４５】
フォワード：配列番号176 TGACCGCTTCTGTCAACAAT
リバース：配列番号177 TGAATCCAAAAATTCCAAAGC
【０５４６】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０５４７】
FASTKD1を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号178 GACCCGCTAGTTGAAGCACT
配列番号179 ACAGAAGCATGGAGAAGGCT
配列番号180 GAACTTGGAAACCACACAGGA
配列番号181 TTGTAGCATTGGGACCCATT
配列番号182 TGCATAAACATTTGGATGGC
配列番号183 TTCTGGTCCGTGCTATTTCC
配列番号184 GTGGCTGTTCAGCAGATTGA
配列番号185 GAACTTGCGTGCAACATCTT
配列番号186 CCAGAAGATCTGCTAAAGGCA
配列番号187 TGCCCTGGGAATCAAATATC
配列番号188 GGATTGCTTTGGAATTTTTGG
配列番号189 ATGGATGGAACACAACAGCA
【０５４８】
マイクロアレイ上で使用したFASTKD1核酸を検出するためのプローブは、配列番号190に示す配列を有する：TGAATGGAACTCTATGGCACTGTCAACAAAGGATGCTCGGATGGACTACCTGAGAGA。
【０５４９】
FASTKD1に対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０５５０】
FASTKD1に対する抗体には、N末端（アミノ酸2〜100）に対するマウス抗ヒトFLJ21901ポリクローナル抗体、カタログ番号H00079675-A01などがあるが、これに限るわけではない。
【０５５１】
［実施例13］
IKBKE
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、IKK-I；IKKE；IKKI；KIAA0151；MGC125294；MGC125295；MGC125297とも呼ばれているIKBKE（Inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase epsilon）が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織ではIKBKEが過剰発現することが証明され、驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、IKBKEは過剰発現していることが、実施例4で述べた方法によってわかった。実施例5は、IKBKEを他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０５５２】
IKBKEは、IkBをリン酸化する能力を有する大IkBキナーゼ複合体のメンバーである。IKKは、IκBαのユビキチン化および分解に必要なIκBα中の2つのセリン残基の一方だけをリン酸化する。しかしIkBαの分解はNF-kB上の核局在化シグナルを露出させて、その核内移行をもたらし、それは、そこで特異的プロモーターに結合して、転写を活性化する。（PMID：10882136）。
【０５５３】
IKBKEに対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000367120に記載されており、配列番号191に示す配列を有する。
【化１３−１】
0005934093.tif 000033
【化１３−２】
0005934093.tif 000034
開始コドンと停止コドンはボールド体で示されている。
【０５５４】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000356087に記載されており、配列番号192に示す配列を有する。
【化１４】
0005934093.tif 000035
【０５５５】
配列ENST00000367120を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０５５６】
IKBKEを増幅するためのプライマー対の例には次に挙げるものがある。
【０５５７】
フォワード：配列番号193 GTGCCACAGACAGAAAGCATAAC（EX2）
リバース：配列番号194 GGCTGTGCTCTGCATCTC（ex3）
【０５５８】
フォワード：配列番号195 GGGGCCACTGCCAGTGTG（ex3）
リバース：配列番号196 GCAGGTAGCTGGTAGTGTTGAAG（ex4）
【０５５９】
フォワード：配列番号197 GAGGTCCTGCGGAAGCTGAAC（ex4）
リバース：配列番号198 CACTCAGCAGGCTCCCACTG（ex5）
【０５６０】
フォワード：配列番号199 CCTGAGGATGAGTTCCTGGTG（ex5）
リバース：配列番号200 GTCGCGATGCACAATGCCGTTC（ex6）
【０５６１】
フォワード：配列番号201 GGATGATGATGAGAAGTTCGTCTC
リバース：配列番号202 GAACGCTTTTTGCTGGGGC（ex7）
【０５６２】
フォワード：配列番号203 CATCCCCTTTGGTGGGCCAC（ex7）
リバース：配列番号204 CCGTTCTCCCGCCTCTGG（ex8）
【０５６３】
フォワード：配列番号205 CCTGGAGTGGAGCTACACC（ex8）
リバース：配列番号206 CACTTGGCCTGCTCCACCTC（ex9）
【０５６４】
フォワード：配列番号207 GTCCCAGGCAGTCCTGCAC（ex9）
リバース：配列番号208 GACGCTGGGCTCGAGGACAC（ex10）
【０５６５】
フォワード：配列番号209 GACCCTCTTCAGCACAGCCAT C
リバース：配列番号210 GCCGCAGGGCCTGGTAGC（ex12）
【０５６６】
フォワード：配列番号211 GATCCAGGAACTGAAGGCGGC（ex14）
リバース：配列番号212 CCTGATCCCGGCTCTTCAC（ex15）
【０５６７】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０５６８】
IKBKEを検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。
【０５６９】
プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号213
CTCCTGTTCTTTCTATGCTTGGTCTGACTGAGCCTAAAGTTGAGAAAATGGGTGGCCAAG
配列番号214
CATCACCTGCCAGCTGTCACTGGGGCTGCAGAGCC
配列番号215
CTATATCCATGCCCACAACACGATAGCCATTTTCC
配列番号216
GGACGTCCCCAAGTTCGTCCCCAAAGTGGACCTGCAGGCG
配列番号217
GGTCCAGGAGAGTCTCAGCAAGCTCCTGGAAGAGCTATCTCAC
【０５７０】
IKBKEに対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０５７１】
IKBKEに対する抗体には、ヒトIKKEのアミノ酸700〜800内で選択されたKLHコンジュゲート合成ペプチドを抗原としたウサギポリクローナル抗体であるAbcamカタログ番号ab37596；およびヒトIKKイオタ/IKKイプシロンのアミノ酸残基175〜188、525〜540、または567〜580に対応する合成ペプチドに対するマウスモノクローナル抗体であるAbcamカタログ番号ab12142などがあるが、これらに限るわけではない。
【０５７２】
［実施例14］
PHKG2
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、PHKG2が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織ではPHKG2が過剰発現することが証明され、驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、PHKG2は過剰発現していることが、実施例2〜4で述べた方法によってわかった。実施例5は、PHKG2を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０５７３】
PHKG2に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000328273に記載されており、配列番号218に示す配列を有する。
【化１５−１】
0005934093.tif 000036
【化１５−２】
0005934093.tif 000037
開始コドンと停止コドンはボールド体で示されている。
【０５７４】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000329968に記載されており、配列番号219に示す配列を有する。
【化１６】
0005934093.tif 000038
【０５７５】
配列PHKG2を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcなどのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０５７６】
PHKG2を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０５７７】
フォワード：配列番号220 CCGCCAAAGAGTTTTACCAG
リバース：配列番号221 TCCATAATCTTCACCGCAAA
【０５７８】
フォワード：配列番号222 GGCGAGAGACACACATCCTT
リバース：配列番号223 CAAACACCAGGAACATGAAGC
【０５７９】
フォワード：配列番号224 GCTTCATGTTCCTGGTGTTTG
リバース：配列番号225 TTTTCAGAGAGGGCCACCTT
【０５８０】
フォワード：配列番号226 GGAAGGGAGAGCTGTTTGACT
リバース：配列番号227 TGTTGTTGGCATGGAGAAAG
【０５８１】
フォワード：配列番号228 TCAGATTTCGGGTTCTCCTG
リバース：配列番号229 ATAGCCTGGGTGGGTTTCAT
【０５８２】
フォワード：配列番号230 ATGAAACCCACCCAGGCTAT
リバース：配列番号231 TGCGTAACATCAGGATCTGC
【０５８３】
フォワード：配列番号232 CGTTCCAGCACTGTCAAAGA
リバース：配列番号233 CCTTCACAACGCTCAAAGAA
【０５８４】
フォワード：配列番号234 ACCCCTTCTTTGAGCGTTGT
リバース：配列番号235 CGTACACGATGGGTGCTTAG
【０５８５】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０５８６】
PHKG2を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号236 CCGTTGTGTTCATCGAGCTA
配列番号237 CATCACCCTCATCGATTCCT
配列番号238 GGAAGGGAGAGCTGTTTGACT
配列番号239 AGGAAACCAGGTCCATCATG
配列番号240 CAGGGTATCTAGCGCCAGAG
配列番号241 CCTGTGGGGTGATCTTGTTC
配列番号242 ACAGCTGAGCAGGCCCTAC
配列番号243 GTTGTGGCAGTGTGGACAGT
【０５８７】
マイクロアレイ上で使用したPHKG2核酸を検出するためのプローブは、配列番号244に示す配列を有する：CTCAACCCCAGGGATTCCCAGGAAGCAGAACTCTCCAGAAGAAGGGTTTTGATCATTCCA。
【０５８８】
PHKG2に対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０５８９】
PHKG2に対する抗体には、完全長タンパク質に対するマウスモノクローナル抗体である抗PHKG2、SIGMAのカタログ番号WH0005261M1；PHKG2抗体-N末端、Abcamのカタログ番号ab71129；およびヒトPHKG2のアミノ酸8〜57の領域に対するPHKG2抗体、Abcamのカタログ番号ab28642などがあるが、これらに限るわけではない。
【０５９０】
［実施例15］
P4HB
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、P4HBが過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織ではP4HBが過剰発現することが証明され、驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、P4HBは過剰発現していることが、実施例2〜4で述べた方法によってわかった。実施例5は、P4HBを他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０５９１】
P4HBに対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000331483に記載されており、配列番号245に示す配列を有する。
【化１７】
0005934093.tif 000039
開始コドンおよび停止コドンはマイクロアレイプローブに対応する位置と共にボールド体で示されている。
【０５９２】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000327801に記載されており、配列番号246に示す配列を有する。
【化１８】
0005934093.tif 000040
【０５９３】
配列P4HBを増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０５９４】
P4HBを増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０５９５】
フォワード：配列番号247：GCTGCGGAAAAGCAACTTC
リバース：配列番号248 CTGATCTCGGAACCTTCTGC
【０５９６】
フォワード：配列番号249 GGCTATCCCACCATCAAGTT
リバース：配列番号250 TCTTCAGCCAGTTCACGATG
【０５９７】
フォワード：配列番号251 GCAGAGTCCTTGGTGGAGTC
リバース：配列番号252 TGGAAGTGATCCCAAATGGT
【０５９８】
フォワード：配列番号253 ACCATTTGGGATCACTTCCA
リバース：配列番号254 GGTGACCTCCCCTTCAAAGT
【０５９９】
フォワード：配列番号255 CCCCTTGTCATCGAGTTCAC
リバース：配列番号256 TGCTCAGTTTGCCGTCATAG
【０６００】
フォワード：配列番号257 TCACATCCTGCTGTTCTTGC
リバース：配列番号258 GTCGCTGTCGATGAAGATGA
【０６０１】
フォワード：配列番号259 GACGGCAGAGAGGATCACAG
リバース：配列番号260 TTCTTCCCAACAAGCACCTT
【０６０２】
フォワード：配列番号261 AGCCTGTCAAGGTGCTTGTT
リバース：配列番号262 CAAATGGGAGCCAACTGTTT
【０６０３】
フォワード：配列番号263 ACAGCTTCCCCACACTCAAG
リバース：配列番号264 CACCGCTCTCCAGGAATTT
【０６０４】
フォワード：配列番号265 GCACGCTGGATGGTTTTAAG
リバース：配列番号266 TCATCGTCTTCCTCCATGTCT
【０６０５】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０６０６】
P4HBを検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号267 CACAAGTACCTGCTGGTGGA
配列番号268 GGCTTCCCCCAAGGAATATA
配列番号269 GCTTCTTCAAGGACGTGGAG
配列番号270 CTCGACAAAGATGGGGTTGT
配列番号271 TCACATCCTGCTGTTCTTGC
配列番号272 CTATGACGGCAAACTGAGCA
配列番号273 AAAATCAAGCCCCACCTGAT
配列番号274 TGAAGACGTGGCTTTTGATG
配列番号275 GGTCATTGATTACAACGGGG
配列番号276 ATGACGATCTCGAGGACCTG
【０６０７】
マイクロアレイ上で使用したP4HB核酸を検出するためのプローブは、配列番号277に示す配列を有する：
GGCATTTCTATTTCACAATCGAATTGAACACATTGGCCAAATAAAGTTGAAATTTTCCCC。
【０６０８】
P4HBに対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０６０９】
P4HBに対する抗体には、残基400〜500に対する抗P4HB、Abcamのカタログ番号ab31811（ウサギポリクローナル）；およびLifespan BiosciencesのPDI（P4HB）マウス抗ヒトモノクローナル抗体、カタログ番号LS-C38385などがあるが、これらに限るわけではない。
【０６１０】
［実施例16］
P2RX4
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、P2RX4が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、実施例2で述べるように、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織では、P2RX4が過剰発現することが証明された。驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、P2RX4は過剰発現していることが、実施例4で述べた方法によってわかった。実施例5は、P2RX4を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０６１１】
P2RX4
(P2X4；P2X4R；P2RX4とも呼ばれる）
P2Xプリン受容体4（P2X4）（ATP受容体）（プリン作動性受容体
ENSG00000135124
【０６１２】
P2RX4に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000337233に記載されており、配列番号278に示す配列を有する。
【化１９】
0005934093.tif 000041
開始コドンおよび停止コドンはマイクロアレイプローブに対応する位置と共にボールド体で示されている。
【０６１３】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000336607に記載されており、配列番号279に示す配列を有する。
【化２０】
0005934093.tif 000042
ENST00000359949
ENSP00000353032
配列番号280
【化２１】
0005934093.tif 000043
【０６１４】
P2RX4を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０６１５】
フォワード：配列番号281 AACTGCTCATCCTGGCCTAC
リバース：配列番号282 GTCGTAACGGAGCTGACCAC
【０６１６】
フォワード：配列番号283 GGATGTGGCGGATTATGTG
リバース：配列番号284 CCTGTGTCTGGTTCATGGTG
【０６１７】
フォワード：配列番号285 AGATTCCAGATGCGACCACT
リバース：配列番号286 CAGACCCGTTGAAAGCTACG
【０６１８】
フォワード：配列番号287 TCTGTCAAGACGTGTGAGGTG
リバース：配列番号288 CCAAAAGAGTGAAGTTTTCTGC
【０６１９】
フォワード：配列番号289 TTTTGGTTAAGAACAACATCTGG
リバース：配列番号290 ATATGGGGCAGAAGGGATCT
【０６２０】
フォワード：配列番号291 CGCTTCGACATCATTGTGTT
リバース：配列番号292 TAGCAGTGCCAGGCCAGAG
【０６２１】
フォワード：配列番号293 GAAAAGACTCTACTATCGGGAGAA
リバース：配列番号294 CTGTTCTTTGATGGGGCTGT
【０６２２】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０６２３】
P2RX4を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。
【０６２４】
プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号295 TTGTGTGGGAAAAGGGCTAC
配列番号296 TTCGTCATGACCAACGTGAT
配列番号297 TCAGATGCCAGCTGTACTGC
配列番号298 GTGGAGGATGACACACACGT
配列番号299 TCCTTCCCAACATCACCACT
配列番号300 GAAGGCAGGGAAATTTGACA
配列番号301 GGGTCTTGCTAGTGAGCTGG
【０６２５】
マイクロアレイ上で使用したP2RX4核酸を検出するためのプローブは、配列番号302に示す配列を有する：
CTCCTCAGAGAAGCGCTGTGCTAAGGTGATCGAGGACCAGACATTAAAGCGTGATTTTCT。
【０６２６】
P2RX4に対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０６２７】
P2RX4に対する抗体には、Novus Biologicalsのマウス抗ヒトP2RX4 Maxpabポリクローナル、非コンジュゲート、P2RX4（アミノ酸1〜アミノ酸388）完全長ヒトタンパク質、H00005025-B01、およびNovus Biologicalsのヤギ抗P2RX4ポリクローナル、非コンジュゲート、NBP1-00141、NP_002551.2の配列のC末端を表す合成ペプチド、配列番号303 YREKKYKYVEDYEQなどがあるが、これらに限るわけではない。
【０６２８】
［実施例17］
PPFIBP2
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、PPFIBP2が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、実施例2で述べるように、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織では、PPFIBP2が過剰発現することが証明された。驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、PPFIBP2は過剰発現していることが、実施例4で述べた方法によってわかった。実施例5は、PPFIBP2を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０６２９】
PPPFIBP2
PPPFIBP2に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000299492に記載されており、配列番号304に示す配列を有する。
【化２２−１】
0005934093.tif 000044
【化２２−２】
0005934093.tif 000045
開始コドンおよび停止コドンはマイクロアレイプローブに対応する位置と共にボールド体で示されている。
【０６３０】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000299492に記載されており、配列番号305に示す配列を有する。
【化２３】
0005934093.tif 000046
【０６３１】
配列ENST00000299492を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０６３２】
PPFIBP2を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
1）フォワード：配列番号306 GCTAGTCATGCGCTGGAAG
リバース：配列番号307 GAAGCTCCAGCATCTCCAAG
2）フォワード：配列番号308 CCCAGGTAAACCACCACAGT
リバース：配列番号309 CTGGTGTCCTTCCAGACACA
3）フォワード：配列番号310 TGTGTCTGGAAGGACACCAG
リバース：配列番号311 TCCTCCTGCTCTCTCTGCTC
4）フォワード：配列番号312 AAGAGCTCAGGCACCTCAAA
リバース：配列番号313 CTCACTGTGGAGAGCTGCTG
5）フォワード：配列番号314 AAACTTTGCTGCTTGCCAAT
リバース：配列番号315 TTGAGTGACCATCACAATCTCC
6）フォワード：配列番号316 TCTCTCAATCAATGAAGAAGAACC
リバース：配列番号317 TCCAGTGATTTCTGTGGCAAT
7）フォワード：配列番号318 GCCTCCAAGATGTAGCTCTCC
リバース：配列番号319 TCCACAGATTCACTTCTCAAGTC
8）フォワード：配列番号320 CGGAGCACAAATATCCCACT
リバース：配列番号321 CTTTGGGATTCCGTTTACCA
9）フォワード：配列番号322 TGGTAAACGGAATCCCAAAG
リバース：配列番号323 TTGGAGTCCCTGGTCCTAGA
10）フォワード：配列番号324 TCTAGGACCAGGGACTCCAA
リバース：配列番号325 GGGTGGCTGTCAATAAGGTG
【０６３３】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０６３４】
PPFIBP2を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。
【０６３５】
プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号326 CAGGCACTAAAACAGGTGCA
配列番号327 AGGGGATAAGGAGTCCCTCA
配列番号328 TTGAGACCCAGAAGCTCGAT
配列番号329 GAAATTGAGCGTCTGCACAG
配列番号330 TTACGGGGCTGTTAAACCAG
配列番号331 CAGCAAGTGGAACGCTACAA
配列番号332 TGCCACAGAAATCACTGGAA
配列番号333 ACACAGAAAGTGGCTGGGAC
配列番号334 TTCTACACTGACACGCTGGG
配列番号335 GGCCTGGCTCAGTATGTGAT
【０６３６】
マイクロアレイ上で使用したPPFIBP2核酸を検出するためのプローブは、配列番号336に示す配列を有する：
AGATCAAAGGGATGAGCAACAGGGACTTCTGCCACAGTGACAATGGAATTGTGTTGTGCC。
【０６３７】
PPP1R16Aに対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０６３８】
1）抗体:
2）マウス抗ヒトPPFIBP2モノクローナル抗体、非コンジュゲート、クローン3A5、Abnova Corporation、GSTタグを有するPPFIBP2（NP_003612、アミノ酸1〜アミノ酸101）部分組換えタンパク質。GSTタグのみの分子量は26KDaである。
3）ウサギ抗ヒトPPFIBP2精製-MaxPabポリクローナル抗体、非コンジュゲート、Abnova Corporation、PPFIBP2（NP_003612.1、アミノ酸1〜アミノ酸876）完全長ヒトタンパク質。
【０６３９】
［実施例18］
PPP1R16A
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、MGC14333およびMYPT3とも呼ばれているPPP1R16A（プロテインホスファターゼ1、調節（阻害）サブユニット16A）が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、実施例2で述べるように、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織では、PPP1R16Aが過剰発現することが証明された。驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、PPP1R16Aは過剰発現していることが、実施例4で述べた方法によってわかった。実施例5は、PPP1R16Aを他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０６４０】
ミオシンホスファターゼターゲティングサブユニット3（MYPT3）とも呼ばれるPPP1R16Aは、524アミノ酸残基を有し、そのうち、N末端の300アミノ酸残基内に5つのアンキリンリピートとコンセンサスPP1結合部位とが位置する、膜局在タンパク質である。224残基のC末端領域は、2つの予想（possible）Srcホモロジー3結合部位と、プレニル化モチーフ（CaaX）とを含有する。これらの構造的特徴は、R16Aがタンパク質-タンパク質相互作用ならびに細胞シグナリングを調節する足場タンパク質でありうることを示唆している。（PMID：18202305）。
【０６４１】
PPP1R16Aに対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000292539に記載されており、配列番号337に示す配列を有する。
【化２４−１】
0005934093.tif 000047
【化２４−２】
0005934093.tif 000048
開始コドンおよび停止コドンはマイクロアレイプローブに対応する位置と共にボールド体で示されている。
【０６４２】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000292539に記載されており、配列番号338に示す配列を有する。
【化２５】
0005934093.tif 000049
【０６４３】
配列ENST00000292539を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０６４４】
PPP1R16Aを増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０６４５】
フォワード：配列番号339 GTGTTGTCCTTCTGGAGGCCG（Ex2）
リバース：配列番号340 GCCGTCAGGCCGTCCTCGTTG（Ex3）
【０６４６】
フォワード：配列番号341 GCTGCCCGAAATGACCTGG（Ex3）
リバース：配列番号342 CGGAAATCATCAATGCAGC（Ex5）
【０６４７】
フォワード：配列番号343 GACGCCTCTGCATGCTGCGG（Ex5）
リバース：配列番号344 CACAGGTCATAGGGCATGTTC（Ex6）
【０６４８】
フォワード：配列番号345 GATGAGCAGACGCTGGACTG（Ex6）
リバース：配列番号346 CTCCGGATGTCGTCCAGC（Ex7）
【０６４９】
フォワード：配列番号347 CAGGCCGGGGCAGACCTC
リバース：配列番号348 GGCTCGGTGTTCCAGCAGCAG
【０６５０】
フォワード：配列番号349 GGGAGCCGCTGCACGCC
リバース：配列番号350 CCCGCACCTCCTCGTCCC
【０６５１】
フォワード：配列番号351 CTGCGCGCCCAGAGCCGC
リバース：配列番号352 GCGTGCTGCTTGCGGTAC
【０６５２】
フォワード：配列番号353 GCCAGACAGGCGCAGAGCTC
リバース：配列番号354 CTACTCGGCCATTGTGCG
【０６５３】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０６５４】
PPP1R16Aを検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。
【０６５５】
プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号355
TCTACTGTACAGGACACTGGCCCCTCTCAGGTCAGAAGACATGCCTGGAGGGATGTCTGGCTGCAAAGACTATTTTTATCC
配列番号356
CTGACGGCCCTGCACCAGTGCTGCATTGATGATTTCC
配列番号357
GACTGCCATGGCCGACCGTGGCATCACCCAG
配列番号358
GCTCGTGGCGCACGGGGCCGACCTGAACGC
配列番号359
GCGCCGGCAGCCGCGGGAAGGTGGTGAGG
【０６５６】
PPP1R16Aに対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０６５７】
PPP1R16Aに対する抗体には、部分組換えPPP1R16A：アミノ酸429〜アミノ酸529に対して産生させたマウスモノクローナル抗体である、Abnova Corporationのカタログ番号H00084988-M06；および完全長ヒトPPP1R16Aタンパク質に対して産生させたマウスポリクローナルAbnovaのカタログ番号H00084988-B01などがあるが、これらに限るわけではない。
【０６５８】
［実施例19］
RASSF7
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、2400009B11RIK、AW210608、C11ORF13、HRAS1、HRC1、MGC126069、MGC126070、およびRGD1306244とも呼ばれているRASSF7、Ras関連（RalGDS/AF-6）ドメインファミリー（N末端）メンバー7が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、実施例2で述べるように、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織では、RASSF7が過剰発現することが証明された。驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、RASSF7は過剰発現していることが、実施例4で述べた方法によってわかった。実施例5は、RASSF7を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０６５９】
RASSF7は、その配列中にRAドメインが存在することを特徴とする新しいRasエフェクターファミリーのメンバーである。これらは活性化Rasと直接的または間接的に相互作用するが、その生物学的作用の媒介におけるそれらの役割はまだ不明である。明白なのは、それらがRasによって媒介される成長阻害応答の一部を調整するらしいこと、そして腫瘍抑制遺伝子として働きうることである。事実、このファミリーのメンバーは、腫瘍ではそのプロモーターのメチル化によってサイレンシングされることが記述されている。（PMID：17692468）。
【０６６０】
RASSF7に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000344375に記載されており、配列番号360に示す配列を有する。
【化２６−１】
0005934093.tif 000050
【化２６−２】
0005934093.tif 000051
【０６６１】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000344226に記載されており、配列番号361に示す配列を有する。
【化２７】
0005934093.tif 000052
【０６６２】
配列ENST00000344375を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０６６３】
RASSF7を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０６６４】
フォワード：配列番号362 CTGCCAGGAAGTGGTCAT C（Ex1）
リバース：配列番号363 GCCGCTGCACAAGCACA（ex2）
【０６６５】
フォワード：配列番号364 CATGGAGCTGAAGGTG（ex1）
リバース：配列番号365 CTCAGGACAAACTGGAC（ex2）
【０６６６】
フォワード：配列番号366 GCCACTGAGCGCCTGC（Ex2）
リバース：配列番号367 GTCTGCTGGATGAACTG（EX3）
【０６６７】
フォワード：配列番号368 CAG CAG AGC GAG CCT TGC AG
リバース：配列番号369 CTG AGT GCC AGG AGG GC（Ex3）
【０６６８】
フォワード：配列番号370 CAC GGC CTG ACA GGG GCC（Ex3）
リバース：配列番号371 GCC TAG GCT GGG CAC （EX4）
【０６６９】
フォワード：配列番号372 CTCTGAGTCCCATGCTGG（EX4）
リバース：配列番号373 GACACCACTCTGGGGC（EX5）
【０６７０】
フォワード：配列番号374 TGCCCAGCCTAGGCCC（EX4）
リバース：配列番号375 GCCAGAGGACACCACTC（EX5）
【０６７１】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０６７２】
RASSF7を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には、次に挙げるものがある。
配列番号376
GAGAGGTCCTTCACTGTGTGTACACAGCAAGAGCATGTGTGTGCCACTTC
配列番号377
AGTGTCCTCCGAGCCAGGACAGGCATGTTGTTGGGACTGGCGGCCATGGAG
配列番号378
GAGCCGGGCCCTGGAGGCAGCAGAGCGAGCCTTGCAGGCTCAGGCTCAGGAGCTG
配列番号379
CGGCCTGACAGGGGCCCTCCTGGCACTCAGGGCCCTCTGCCTCCAGCCAGAGAGGAG
配列番号380
GAGGAGCTGGGCCATGAGGCCTTCTGGGAGCAAGAGCTGCGCCGGGAGCAGGCCCGGGAG
【０６７３】
RASSF7に対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０６７４】
RASSF7に対する抗体には、ウサギポリクローナル抗体であるLifeSpan Biosciencesのカタログ番号LS-C31793-100；およびエピトープ、配列番号381 CTDLRGLELRVQRNに対するヤギポリクローナル抗RASSF7である、Novus Biologicalsのカタログ番号NB100-93434などがあるが、これらに限るわけではない。
【０６７５】
［実施例20］
RNF183
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、RNF183が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、実施例2で述べるように、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織では、RNF183が過剰発現することが証明された。驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、RNF183は過剰発現していることが、実施例4で述べた方法によってわかった。実施例5は、RNF183を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０６７６】
RNF183に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000297894に記載されており、配列番号382に示す配列を有する。
【化２８】
0005934093.tif 000053
【０６７７】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000297894に記載されており、配列番号383に示す配列を有する。
【化２９】
0005934093.tif 000054
【０６７８】
配列RNF183を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcなどのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０６７９】
RNF183を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０６８０】
フォワード：配列番号384 GAGAAGCTGGGCTGGAG（エクソン3）
リバース：配列番号385 CAGCCACACACGGGGA（エクソン4）
【０６８１】
フォワード：配列番号386 CAGCTGTGTGCTAAGAACAAAG（エクソン3）
リバース：配列番号387 GCCCTGCTGCTCAGCCATC（エクソン4）
【０６８２】
フォワード：配列番号388 GCAGAAGGCAGCGAGGAC（エクソン3）
リバース：配列番号389 GGCAGCAATCCAGCATTTTG（エクソン4）
【０６８３】
フォワード：配列番号390 CTGCGTGGAATGTCTGGCC（エクソン4）
リバース：配列番号391 CAAGTCAGTGACAGGCTGC（エクソン4）
【０６８４】
フォワード：配列番号392 GTCTACACGCTGGACCTTG（エクソン4）
リバース：配列番号393 GATGCGGAACTGAGGGTTG（エクソン4）
【０６８５】
フォワード：配列番号394 CTACCTGATGGCCGTCATC（エクソン4）
リバース：配列番号395 CCAGCAGCAACCGAAAAAG（エクソン4）
【０６８６】
フォワード：配列番号396 CATGCGTGCAGGGCTGCA（エクソン1）
リバース：配列番号397 GTGCTGCTCTCCCAGGG（エクソン2）
【０６８７】
フォワード：配列番号398 CCG TGGAATCGATTCCCAG（エクソン2）
リバース：配列番号399 CTGTTTCTCATATGGGTCATTCG（エクソン3）
【０６８８】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０６８９】
RNF183を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号400 ATGGCTGAGCAGCAGGGCCGGGAGCTTGAGGCTGAGTGCCC
配列番号401 GCCCACGGACACTGCCATGCTCGCCCTGCTCC
配列番号402 GGACCAGCCCAAGAGCCGCTACTTCCTGCGCCAGCCT
配列番号403 CGCTGGACCTTGGCCCCCAGCCTGGGGGCCAG
配列番号404 GTTCCTTTGGGGTGTGGGGTGAGTGCTG
【０６９０】
マイクロアレイ上で使用したRNF183核酸を検出するためのプローブは、配列番号405に示す配列を有する：
CAGTGGTATCCAGGAACCTGACTAGCCCAAATAGCAAGTTGCATTTCTCACTGGAGCTGC。
【０６９１】
RNF183に対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０６９２】
［実施例21］
SIRT6
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、SIRT6が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、実施例2で述べるように、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織では、SIRT6が過剰発現することが証明された。驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、SIRT6は過剰発現していることが、実施例4で述べた方法によってわかった。実施例5は、SIRT6を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０６９３】
SIRT6に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000269860に記載されており、配列番号406に示す配列を有する。
【化３０】
0005934093.tif 000055
開始コドンおよび停止コドンはマイクロアレイプローブに対応する位置と共にボールド体で示されている。
【０６９４】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000269860に記載されており、配列番号407に示す配列を有する。
【化３１】
0005934093.tif 000056
【０６９５】
配列SIRT6を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０６９６】
SIRT6を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０６９７】
フォワード：配列番号408 TTGTGGAAGAATGTGCCAAG
リバース：配列番号409 CCTTAGCCACGGTGCAGAG
【０６９８】
フォワード：配列番号410 TCTTCCAGTGTGGTGTTCCA
リバース：配列番号411 TTGGCACATTCTTCCACAAA
【０６９９】
フォワード：配列番号412 AGCTGAGGGACACCATCCTA
リバース：配列番号413 GCAGGTTGACGATGACCAG
【０７００】
フォワード：配列番号414 GCTTCCTGGTCAGCCAGA
リバース：配列番号415 ATGTACCCAGCGTGATGGAC
【０７０１】
フォワード：配列番号416 GCTTCCTGGTCAGCCAGA
リバース：配列番号417 CTAGGATGGTGTCCCTCAGC
【０７０２】
フォワード：配列番号418 GAGAGCTGAGGGACACCATC
リバース：配列番号419 GTACCCAGCGTGATGGACAG
【０７０３】
フォワード：配列番号420 AGGATGTCGGTGAATTACGC
リバース：配列番号421 AAAGGTGGTGTCGAACTTGG
【０７０４】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０７０５】
SIRT6を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号422 TGTAAGACGCAGTACGTCCG
配列番号423 GACTTCAGGGACAAACTGGC
配列番号424 ACTGGGAGGACTCCCTGC
配列番号425 TGTAAGACGCAGTACGTCCG
配列番号426 TGTAAGACGCAGTACGTCCG
配列番号427 TAGACTGGGAGGACTCCCTG
配列番号428 GAGTCTGGACCATGGAGGAG
【０７０６】
マイクロアレイ上で使用したSIRT6核酸を検出するためのプローブは、配列番号429に示す配列を有する：
GAAGTGGGGGATCAGTAGAGGCTTGCACTGCCTTTGGGGCTGGAGGGAGA。
【０７０７】
SIRT6に対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０７０８】
SIRT6に対する抗体には、C末端に対するウサギポリクローナル抗SIRT6、Cell Signalling Technologyのカタログ番号2590；および部分組換えSIRT6アミノ酸141〜アミノ酸251に対して産生させたマウスモノクローナル抗体、Abnovaのカタログ番号H00051548-M01などがあるが、これらに限るわけではない。
【０７０９】
［実施例22］
TJP3
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、MGC119546、ZO-3、ZO3とも呼ばれているTJP3、タイトジャンクションタンパク質3（zona occludens 3）が過剰発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、実施例2で述べるように、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織では、TJP3が過剰発現することが証明された。驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、TJP3は過剰発現していることが、実施例4で述べた方法によってわかった。実施例5は、TJP3を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０７１０】
TJP3（ZO-3）は、最初は、ZO-1と共免疫沈降する130kDaタンパク質として同定された。これは、MAGUKタンパク質（膜結合型グアニル酸キナーゼ様ホモログ）のメンバーである。これらのタンパク質は、タイトジャンクションと呼ばれる細胞表面の特殊な領域における超分子複合体の形成と維持に関係している。タイトジャンクションは、単純な上皮細胞の側方膜の最も頂端部分に位置し、バリア機能およびフェンス機能に関与していると考えられる。
【０７１１】
MAGUKタンパク質をコードするcDNAのクローニングと配列決定により、その全てが、3つのPDZドメイン（PDZ1〜3）と、1つのSH3ドメインと、1つのグアニル酸キナーゼ様（GUK）ドメインとを、この順序でNH2末端から有することが示された（PMID：10966866）。これらのドメインのうち、PDZドメインは、さまざまなタンパク質、とりわけ内在性膜タンパク質のCOOH端（その大半はバリンで終わっている）に結合する。こうしてMAGUKは、形質膜の細胞質表面において複数の内在性膜タンパク質を架橋することで、特殊化した膜ドメインを樹立することができる。ZO-3は、ZO-2とは会合しないが、ZO-1とは会合するとも報告されている。ただし、ZO-3/ZO-1相互作用を担うドメインはまだ同定されていない。ZO-3は、オクルディンの細胞質ドメインに直接結合することも示された（Haskinsら, 1998）。
【０７１２】
TJP3に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000262968に記載されており、配列番号430に示す配列を有する。
【化３２−１】
0005934093.tif 000057
【化３２−２】
0005934093.tif 000058
【０７１３】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000262968に記載されており、配列番号431に示す配列を有する。
【化３３】
0005934093.tif 000059
【０７１４】
配列ENST00000262968を増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。
【０７１５】
TJP3を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０７１６】
フォワード：配列番号432 CCCTCGACCAGGTGGCTGAC（エクソン1）
リバース：配列番号433 CCTCCAGAGATCGCAATGC（エクソン2）
【０７１７】
フォワード：配列番号434 GTATCTGACGTGGTACCTG（エクソン2）
リバース：配列番号435 GGCAAACGCGGAGGTGGCATT C（エクソン3）
【０７１８】
フォワード：配列番号436 CGGGGTTTCCATGGAGAATG（エクソン3）
リバース：配列番号437 GCGGGCAGGTGGATCCTCC（エクソン4）
【０７１９】
フォワード：配列番号438 GCAGGACGTGCAGATGAAGC（エクソン4）
リバース：配列番号439 CCCGAATCTGTAATGTGCTTG（エクソン5）
【０７２０】
フォワード：配列番号440 GTGGGCTGCAGGAAGGAGATC（エクソン5）
リバース：配列番号441 GAACTGCCCACGATCTCTCAGC（エクソン6）
【０７２１】
フォワード：配列番号442 GATCGTGGGCAGTTCCTGG（エクソン6）
リバース：配列番号443 GATGTCTGCAGGGGGAGAGG（エクソン7）
【０７２２】
フォワード：配列番号444 CACCCCGGCATGCTCAGCG（エクソン7）
リバース：配列番号445 CCGAGATGGTTCTGGAATC（エクソン8）
【０７２３】
フォワード：配列番号446 GAGTCCCCGGCTTCGGCGG（エクソン8）
リバース：配列番号447 CGATCCTCCATGCTCTGACTG（エクソン9）
【０７２４】
フォワード：配列番号448 GTG CAG GCG GGC AGC CCG（エクソン10）
リバース：配列番号449 GTC CTG CTT CCT CTG CGT C（エクソン11）
【０７２５】
フォワード：配列番号450 CGAGAGCAGCAGACGCGGCC
リバース：配列番号451 GAGGTCAGCGGAGCTGTCG
【０７２６】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０７２７】
TJP3を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。
【０７２８】
プローブの他の例には次に挙げるものがある。
配列番号452
CAGGGACAGTGGCGACAGGACAGCATGCGAACCTATGAACGGGAAGCCCTGAAGAAAAAG
配列番号453
GAACAGCACACGGCCACACTGTCCAAGGACCCCCGCCGGGGC
配列番号454
ACCAAGATGGCCAACATCACAGTGAAACGTCCCCGGAGGATCCACCTGCCCGCC
配列番号455
CAGTGACAGCGACAGCTCGCCATTGGAGGAAGGCGTGACCATGGCTGATGAGAT
配列番号456
CGAGTGGTGTTGCGAGAAGCCAGTTTCAAGCGCCCGGTAGTGATCCTGGGACCC
【０７２９】
TJP3に対する他のプローブも、当技術分野において知られており、かつ/または当業者であれば容易に設計することができる。
【０７３０】
TJP3に対する抗体は市販されており、例えば、配列番号457 DEPPAPALARSSEPVQADESQSPRDRGRISAHQGAQVDSRHPQGQWRQDSMRTYEREALKKKFMRVHDAESSDEDGYDWGPATDLの配列（NP_055243、アミノ酸868〜アミノ酸953）を有する部分組換えTJP3に対して産生させたマウスポリクローナル抗体であるAbnovaのカタログ番号H00027134-A01；ヒトTJP3（ZO-3）タンパク質のC末端に由来する合成ペプチドに対するウサギポリクローナル抗体であるLifeSpan Biosciencesのカタログ番号LS-C18593；およびヒトTJP3（ZO-3）タンパク質のC末端に由来する合成ペプチドに対するウサギポリクローナル抗体であるLifeSpan Biosciencesのカタログ番号LS-C50518などがある。
【０７３１】
［実施例23］
EFEMP2
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、FBLN4、MBP1、およびUPH1とも呼ばれているEFEMP2が過少発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、実施例2で述べるように、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織では、EFEMP2が過少発現することが証明された。驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、EFEMP2は過少発現していることが、実施例4で述べた方法によってわかった。実施例5は、EFEMP2を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０７３２】
ENSG00000172638：1転写産物のみ
EFEMP2に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000307998に記載されており、配列番号458に示す配列を有する。
【化３４】
0005934093.tif 000060
【０７３３】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000309953に記載されており、配列番号459に示す配列を有する。
【化３５】
0005934093.tif 000061
【０７３４】
EFEMP2を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０７３５】
フォワード：配列番号460 TGCTCTTGGGATCAGCTTCT
リバース：配列番号461 CCTCAGGGATGGTCAGACAC
【０７３６】
フォワード：配列番号462 TGCCCACCAGGCTATGAG
リバース：配列番号463 CAGGCAAGTTATGGCAGTCC
【０７３７】
フォワード：配列番号464 AACTTGCCTGGCTCCTATCA
リバース：配列番号465 GTGCTGGCAGTAGCGGTAG
【０７３８】
フォワード：配列番号466 GGCCTAACAACCGCTCCT
リバース：配列番号467 CGACACAGGAAGGTCCCATA
【０７３９】
フォワード：配列番号468 TATGGGACCTTCCTGTGTCG
リバース：配列番号469 GATGCAGCGGTACTGACAGA
【０７４０】
フォワード：配列番号470 GTCAGTACCGCTGCATCAAC
リバース：配列番号471 CGCACCAGACTCACACTCAT
【０７４１】
フォワード：配列番号472 GTGGAGCCCTACATCCAGGT
リバース：配列番号473 TCCGAGGTGATGGTCATGTA
【０７４２】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０７４３】
EFEMP2を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には次に挙げるものがある。
【０７４４】
マイクロアレイ上に使用したプローブは配列番号474に示す配列を有する：
TTCATCCATTGTGCACCGCTACATGACCATCACCTCGGAGCGGAGCGTGC。
配列番号475 GAAGAGCCCGACAGCTACAC
配列番号476 CAGGCAAGTTATGGCAGTCC
配列番号477 CCTGATGGTTACCGCAAGAT
配列番号478 GTGAACGAGTGTGACATGGG
配列番号479 ATGGCTTCTCCTGCAGTGAT
配列番号480 ACGCCTCTGCCAAGACATT
配列番号481 ATGTCGAGAGCAGCCTTCAT
【０７４５】
EFEMP2に対する抗体には、完全長ヒトEFEMP2に対するマウス抗ヒトEFEMP2 MaxPab（登録商標）ポリクローナル抗体、非コンジュゲート、カタログ番号H00030008-B01；部分タンパク質、アミノ酸26〜アミノ酸443に対する抗EFEMP2モノクローナル抗体、非コンジュゲート、クローン2C8、カタログ番号H00030008-M01；およびヒトEFEMP2の内部領域に由来する合成ペプチドに対するウサギ抗ヒトEFEMP2ポリクローナル抗体、非コンジュゲート、カタログ番号ab74873などがある。
【０７４６】
［実施例24］
SOCS2
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、CIS2、Cish2、SOCS-2、SSI-2、SSI2、およびSTATI2とも呼ばれているSOCS2が過少発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、実施例2で述べるように、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織では、SOCS2が過少発現することが証明された。驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、SOCS2は過少発現していることが、実施例4で述べた方法によってわかった。実施例5は、SOCS2を他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０７４７】
SOCS2に対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000340600に記載されており、配列番号482に示す配列を有する。
【化３６−１】
0005934093.tif 000062
【化３６−２】
0005934093.tif 000063
開始コドンと停止コドンはボールド体で示されている。
【０７４８】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000339428に記載されており、配列番号483に示す配列を有する。
【化３７】
0005934093.tif 000064
【０７４９】
SOCS2を増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０７５０】
フォワード：配列番号484 AGTCACCAAGCCCCTTCC
リバース：配列番号485 GCTCTTTCTCCCCAGATCCT
【０７５１】
フォワード：配列番号486 GGGACTGCCTTTACCAACAA
リバース：配列番号487 TTTACATAGCTGCATTCGGAGA
【０７５２】
他のプライマーセットは、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている（例えばOligo Calcおよび/またはPrimer 3を使用する）。
【０７５３】
SOCS2を検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には次にあげるものがある。
【０７５４】
マイクロアレイ上で使用したプローブは、配列番号488に示す配列を有する：
AGTGTGGTTCATCTGATCGACTACTATGTTCAGATGTGCAAGGATAAGCGGACAGGTCCA。
配列番号489 GACTTTGTCATCCGTCCTCC
配列番号490 ACTTGGAAGAATATAAATTCCAGGT
【０７５５】
SOCS2に対する抗体には、部分タンパク質：アミノ酸99〜アミノ酸198に対するマウス抗ヒトSOCS2ポリクローナル抗体、非コンジュゲート、カタログ番号H00008835-A01；部分タンパク質：アミノ酸99〜アミノ酸198に対するマウス抗ヒトSOCS2モノクローナル抗体、非コンジュゲート、クローン3E7、カタログ番号H00008835-M01；タンパク質のC末端部分に対するウサギ抗ヒトSOCS2ポリクローナル抗体、非コンジュゲート、カタログ番号ab74533などがあるが、これらに限るわけではない。
【０７５６】
［実施例25］
DCN
実施例1に記載のマイクロアレイ実験により、正常子宮内膜組織と比較して子宮内膜がん原発組織では、CSCD、DSPG2、PG40、PGII、PGS2、およびSLRR1Bとも呼ばれているDCNが過少発現することがわかった。RT-PCRを使ったさらなる研究により、実施例2で述べるように、正常子宮内膜組織と比較して原発子宮内膜がん組織では、DCNが過少発現することが証明された。驚いたことに、子宮内膜がんを有する患者からの子宮液（例えば吸引物）から得られる試料において、DCNは過少発現していることが、実施例4で述べた方法によってわかった。実施例5は、DCNを他のバイオマーカーと組み合わせると、子宮内膜がんの診断に関して優れた予測力が得られることを示している。
【０７５７】
遺伝子ENSG00000011465からの6つの転写産物のうち、4つだけが、以下に挙げる本発明者らのアレイプローブとハイブリダイズした。
【０７５８】
DCNに対応するmRNAの配列はENSEMBLアクセッション番号ENST00000052754に記載されており、配列番号491に示す配列を有する。
【化３８−１】
0005934093.tif 000065
【化３８−２】
0005934093.tif 000066
停止コドンおよびマイクロアレイプローブに対応する位置がボールド体で示されている。
【０７５９】
対応するアミノ酸配列はENSEMBLアクセッション番号ENSP00000052754に記載されており、配列番号492に示す配列を有する。
【化３９】
0005934093.tif 000067
【０７６０】
配列DCNを増幅するためのプライマーは、Oligo Calcおよび/またはPrimer 3などのプライマー設計ソフトウェアを使って設計することができる。DCNを増幅するためのプライマー対の例には、次に挙げるものがある。
【０７６１】
フォワード：配列番号493 AGCTTTGAGGGCTCCTGTG
リバース：配列番号494 GCAAGCAGAAGGAGGATGAT
【０７６２】
フォワード：配列番号495 AATGCCATCTTCGAGTGGTC
リバース：配列番号496 TGCAGGTCTAGCAGAGTTGTG
【０７６３】
フォワード：配列番号497 AACCGAAATCAAAGATGGAGA
リバース：配列番号498 GTCCAGGTGGGCAGAAGTC
【０７６４】
フォワード：配列番号499 AATGCCATCTTCGAGTGGTC
リバース：配列番号500 CTGCTGATTTTGTTGCCATC
【０７６５】
フォワード：配列番号501 TGGCAACAAAATCAGCAGAG
リバース：配列番号502 GCCATTGTCAACAGCAGAGA
【０７６６】
フォワード：配列番号503 GGGCTGGCAGAGCATAAGTA
リバース：配列番号504 GTCCAGGTGGGCAGAAGTC
【０７６７】
フォワード：配列番号505 AACCGAAATCAAAGATGGAGA
リバース：配列番号506 CCAAAGGTGTAAATGCTCCAG
【０７６８】
フォワード：配列番号507 GAGATCACCAAAGTGCGAAA
リバース：配列番号508 AAAGCCCCATTTTCAATTCC
【０７６９】
フォワード：配列番号509 AATGCCATCTTCGAGTGGTC
リバース：配列番号510 AAAGCCCCATTTTCAATTCC
【０７７０】
他のプライマーセットも、当業者であれば容易に設計することができ、かつ/または当技術分野において知られている。
【０７７１】
DCNを検出するためのプローブは、所望する用途に応じて、多くの供給源から（例えば上述のプライマーおよび適当な試薬を使って）得ることができる。プローブの他の例には次に挙げるものが含まれる。
【０７７２】
マイクロアレイ上で使用したプローブは配列番号511に示す配列を有する：
TTTAACTGTGCTATGGAGTAGAAGCAGGAGGTTTTCAACCTAGTCACAGAGCAGCACC。
配列番号512 TTCCCGGATTAAAAGGTTCC
配列番号513 AAGTGCCAAAGGATCTTCCC
配列番号514 CCTGAAGAACCTTCACGTTG
配列番号515 TCCTCCTTCCCTTACGGAAT
配列番号516 ATGCAGCTAGCCTGAAAGGA
配列番号517 CATCCAGGTTGTCTACCTTCA
配列番号518 TGAAGAACCTTCACGCATTG
配列番号519 TGTCATAGAACTGGGCACCA
配列番号520 GTTCTGATTTGGAACTGGGC
【０７７３】
DCNに対する抗体には、組換え完全長タンパク質に対するマウス抗ヒトデコリンモノクローナル抗体、非コンジュゲート、カタログ番号ab54728；および組換え完全長タンパク質に対する抗DCNモノクローナル抗体、非コンジュゲート、クローン2B5-G5、カタログ番号H00001634-M02などがあるが、これらに限るわけではない。
【０７７４】
本発明のバイオマーカーのためのさらなるプライマー：
【０７７５】
ACAA1
配列番号521 tcacgggagaagcaggatac
配列番号522 cttgctctgggctcttgc
【０７７６】
配列番号523 ccagagattgcctgattcct
配列番号524 cctgcttctcccgtgaaat
【０７７７】
配列番号525 agctgggggacatctgtgt
配列番号526 cactcagaaactgggcgatt
【０７７８】
AP1M2
配列番号527 cacatcgaagaatgccaatg
配列番号528 gctccttgaagtattcgcaga
【０７７９】
配列番号529 tgctcttcgagctcactgg
配列番号530 cacgcactggtggaatttt
【０７８０】
配列番号531 gttcgctacatcacccagagt
配列番号532 gtaaggaagccccgtgttc
【０７８１】
CGN
配列番号533 gagcttacccgaaaagtgga
配列番号534 tctagcttctgccgcttctt
【０７８２】
配列番号535 ggagatactcgccaggttga
配列番号536 ccttaagctcctcctgtgtcc
【０７８３】
配列番号537 cctctgtgaggaggaaggttag
配列番号538 ttagtagaaccagaagaaaccatcac
【０７８４】
DDR1
配列番号539 tagagagccacccccgta
配列番号540 ccatatagtccccactgtaggc
【０７８５】
配列番号541 ccactctgctccctgtgtc
配列番号542 ctggcttctcaggctccata
【０７８６】
配列番号543 tggggactattaccgtgtgc
配列番号544 acgtcactcgcagtcgtg
【０７８７】
EPS8L2
配列番号545 gcagctcttctccctcaaca
配列番号546 cccactttgctgcttctcc
【０７８８】
配列番号547 caagatgagccccaaggac
配列番号548 tgatgacgttggagttggaa
【０７８９】
配列番号549 caaggatgaggtcctagaggtg
配列番号550 gatgttgcagggcacgta
【０７９０】
FASTKD1
配列番号551 tggaaattctggggtatcgt
配列番号552 gcatcctttgttgacagtgc
【０７９１】
配列番号553 cctgggaatcaaatatcgaaatag
配列番号554 ccaaaaattccaaagcaatcc
【０７９２】
配列番号555 aagaattaacttttctgcatttcca
配列番号556 cagaacagacacctcagttggt
【０７９３】
GMIP
配列番号557 aaccctggccatggagac
配列番号558 ccgccacttctcaatctcag
【０７９４】
配列番号559 cccagcaccacagtaccc
配列番号560 ctctgtggagttggaatctcg
【０７９５】
配列番号561 ctggtggcccatctgttc
配列番号562 ggttgttggcagacatcttgt
【０７９６】
IKBKE
配列番号563 acagttcaagaagtctaggatgagg
配列番号564 tggctaaatgactgaaattcacc
【０７９７】
配列番号565 ggacatccctcctctacctca
配列番号566 ggatctcaggcgttccag
【０７９８】
配列番号567 ctgcctgaggatgagttcct
配列番号568 gatgcacaatgccgttctc
【０７９９】
P2RX4
配列番号569 ccgttacgaccaaggtcaag
配列番号570 tgacgaagagggagttttcc
【０８００】
配列番号571 tctgtcaagacgtgtgaggtg
配列番号572 agtgaagttttctgcagccttta
【０８０１】
配列番号573 tctcctggctacaatttcagg
配列番号574 atgccataggccttgatgag
【０８０２】
P4HB
配列番号575 gcttcccccaaggaatataca
配列番号576 tcttcagccagttcacgatg
【０８０３】
配列番号577 gcaggggatgatgacgat
配列番号578 cgtcttcctccatgtctgg
【０８０４】
配列番号579 ctggagggcaaaatcaagc
配列番号580 ttcttcccaacaagcacctt
【０８０５】
PHKG2
配列番号581 gcagatccgactttcagatttc
配列番号582 ggggtcccacacaactctc
【０８０６】
配列番号583 ttccagcactgtcaaagacct
配列番号584 aaagaaggggtgctgtaggg
【０８０７】
配列番号585 aggctatggcaaggaggtc
配列番号586 tgcgtaacatcaggatctgc
【０８０８】
PPFIBP2
配列番号587 aggggataaggagtccctca
配列番号588 ctggtgtccttccagacaca
【０８０９】
配列番号589 gaatggaagctaaaggccact
配列番号590 atctttcagggccacctgtt
【０８１０】
配列番号591 aatcttcgagggagtggagtc
配列番号592 cagggtgtccccagtgaa
【０８１１】
PPP1R16A
配列番号593 ccctcccagtgttgtcctt
配列番号594 ccccactcccaaggaact
【０８１２】
配列番号595 gagtgctggacgcctctg
配列番号596 ttgaccgccaggagattg
【０８１３】
配列番号597 atgccctatgacctgtgtgat
配列番号598 gatgctgtcctgggtgatg
【０８１４】
RASSF7
配列番号599 cactagcccaagcaataggc
配列番号600 cactcttgtggcagcaactg
【０８１５】
配列番号601 cagcctggctctggtgag
配列番号602 ggagctctcggttcagctc
【０８１６】
配列番号603 tctgcctccagccagaga
配列番号604 ctccaggagttctgcgtcat
【０８１７】
RNF183
配列番号605 tccagagtagtctgcctgacc
配列番号606 catcctcagccacacacg
【０８１８】
配列番号607 tccagagtagtctgcctgacc
配列番号608 tgttgttgaaggggttccag
【０８１９】
配列番号609 tctgccaccgtgtctacg
配列番号610 cggaaacactccctcaaaga
【０８２０】
SIRT6
配列番号611 agctgagggacaccatccta
配列番号612 atgtacccagcgtgatggac
【０８２１】
配列番号613 aggatgtcggtgaattacgc
配列番号614 agaccagcctcgccagtt
【０８２２】
配列番号615 ggtcagccagaacgtgga
配列番号616 gtggagctctgccagtttgt
【０８２３】
TJP3
配列番号617 gtgggcatcttcgtgtcc
配列番号618 gaatggcacgtcattcacc
【０８２４】
配列番号619 atctggacggcggaagat
配列番号620 ggtgagggaggtctaggttgt
【０８２５】
配列番号621 tcatcaagcacattacagattcg
配列番号622 ggctagacaccccgttgat
【０８２６】
EFEMP2
配列番号623 actcgcagggggacttttac
配列番号624 catgagggaattcatggtga
【０８２７】
配列番号625 atcgggatggcttctcct
配列番号626 tgatgcagcggtactgaca
【０８２８】
配列番号627 agtaccgctgcatcaacga
配列番号628 cgcaccagactcacactcat
【０８２９】
SOCS2
配列番号629 ggagctcggtcagacagg
配列番号630 ctaatcaagaaagttccttctggtg
【０８３０】
配列番号631 cagtcaccaagccccttc
配列番号632 aagggatggggctctttct
【０８３１】
配列番号633 ggagctcggtcagacagg
配列番号634 gttccttctggtgcctctttt
【０８３２】
DCN
配列番号635 ggagactttaagaacctgaagaacc
配列番号636 cgttccaacttcaccaaagg
【０８３３】
配列番号637 ctgtcaatgccatcttcgag
配列番号638 gatcctttggcactttgtcc
【０８３４】
配列番号639 caatatcaccagcattcctcaag
配列番号640 ctgctgattttgttgccatc
【０８３５】
本明細書において言及した刊行物および特許出願はいずれも、本発明が関係する技術分野の当業者の水準を示すものである。全ての刊行物および特許出願は、個々の刊行物または特許出願について参照により組み込まれることを個別に明記した場合と同じ程度に、参照により本明細書に組み入れられる。刊行物および特許出願への単なる言及は、それらが本願にとって先行技術であることの自認を、必ずしも構成しない。
【０８３６】
以上、明解に理解できるように図解と実施例を挙げて、本発明をいくらか詳細に説明したが、本願請求項の範囲内で一定の改変および変更を実施できることは、明白であるだろう。
【図１】
0005934093.tif 000068
【図２−１】
0005934093.tif 000069
【図２−２】
0005934093.tif 000070
【図３】
0005934093.tif 000071
【図４】
0005934093.tif 000072
【図５】
0005934093.tif 000073
【図６】
0005934093.tif 000074
【図７】
0005934093.tif 000075
【図８】
0005934093.tif 000076
【図９】
0005934093.tif 000077
【図１０】
0005934093.tif 000078
【図１１】
0005934093.tif 000079
【図１２】
0005934093.tif 000080
【図１３】
0005934093.tif 000081
【図１４】
0005934093.tif 000082
【図１５】
0005934093.tif 000083
【図１６】
0005934093.tif 000084
【図１７】
0005934093.tif 000085
【図１８】
0005934093.tif 000086
【図１９】
0005934093.tif 000087
【配列表】
0005934093000001.app