(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を測定する方法であって、
（ｉ）ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される少なくとも４つの抗原に対する、被験者から得た試料中のＩｇＧ抗体及びＩｇＭ抗体の反応性を測定し、それによって前記複数の抗原への試料の反応性パターンを決定することと、
（ｉｉ）前記試料の反応性パターンを対照の反応性パターンと比較することと
を含み、
対照試料の前記反応性パターンと比較した、
ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＢＭＰ４、Ｆ５０、ＨＧＦ及びＨＳＰ６０ｐ１８から成る群から選択される抗原に対する、前記ＩｇＧ抗体の反応性における統計的に有意な差異、及び／または、ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＣＭＶ、ＨＲＰ、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される抗原に対する、前記ＩｇＭ抗体の反応性における統計的に有意な差異を含む反応性パターンは、前記被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である方法。
【請求項２】
前記ＩｇＧ抗体の反応性が、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、及びｄｓＤＮＡから成る複数の抗原に対して測定され、及び、前記ＩｇＭ抗体の反応性が、ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ＭＰＯ、カルジオリピン及びコラーゲンＩＩＩから成る複数の抗原に対して測定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ヒアルロン酸、ＢＭＰ４、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、Ｆ５０、ＨＧＦ及びＨＳＰ６０ｐ１８から成る群から選択される複数の抗原または、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、およびｄｓＤＮＡからなる群から選択される複数の抗原に対する被験者から得た試料中のＩｇＧ抗体の反応性を測定することを含み、前記対照試料の反応性パターンと比較した被験者から得た前記試料の反応性パターン間の統計的に有意な上方調節は前記被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
（ｉ）ＣＤ９９、ＩＧＦＢＰ１、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＣＭＶ、ＨＲＰ、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される複数の抗原、（ｉｉ）ＣＤ９９、ＩＧＦＢＰ１、ＭＰＯ、カルジオリピン、およびコラーゲンＩＩＩからなる群から選択される複数の抗原、または（ｉｉｉ）ＣＤ９９、ＩＧＦＢＰ１、ＭＰＯ、およびカルジオリピンからなる群から選択される複数の抗原に対する、被験者から得た試料中のＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含み、
前記対照試料の反応性パターンと比較した被験者から得た前記試料の反応性パターン間の統計的に有意な下方調節は前記被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも４つの抗原が、ＣＤ９９、ＭＰＯ及びコラーゲンＩＩＩから成る群から選択される複数の抗原を含み、
前記ＣＤ９９、ＭＰＯ及びコラーゲンＩＩＩから成る群から選択される複数の抗原に対する、被験者から得た試料中のＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含み、前記対照試料の反応性パターンと比較した前記試料の反応性パターン間の統計的に有意な下方調節が、前記被験者が腎臓寛解のＳＬＥに罹っているという指摘である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
ＳＬＥが、活動性ＳＬＥ、及び臨床的に寛解であるＳＬＥから選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
ＳＬＥを測定する方法であって、
（ｉ）ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ＭＰＯ及びコラーゲンＩＩＩから成る群から選択される複数の抗原に対する前記試料におけるＩｇＭ抗体の反応性を測定すること、及び、ヒアルロン酸に対する被験者から得た試料中のＩｇＧ抗体の反応性を測定し、それによってＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ＭＰＯ、コラーゲンＩＩＩ、およびヒアルロン酸から成る群から選択される少なくとも４つの抗原への試料の反応性パターンを決定することと、
（ｉｉ）前記試料の反応性パターンを対照の反応性パターンと比較することと
を含み、
前記対照の前記反応性パターンと比較した前記被験者から得た前記試料の前記反応性パターンの統計的に有意な差異は、前記被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である方法。
【請求項８】
ｄｓＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ、及びＥＢＶから選択される少なくとも１つの抗原に対する前記試料におけるＩｇＧ抗体の反応性を測定すること、及び／または、カルジオリピンに対する前記試料におけるＩｇＭ抗体の反応性を測定することをさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記試料が血清試料である、請求項１または７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記対照が、少なくとも１人の健常な人に由来する試料、健常な人のセットに由来する対照試料のパネル、及び対照の人に由来するデータの保存セットから成る群から選択される、請求項１または７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数の抗原が、抗原アレイの形体で使用される、請求項１または７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記試料中の抗体の反応性を測定する前に前記試料を１：１０に希釈することをさらに含む請求項１または７のいずれか１項の方法。
【請求項１３】
被験者におけるＳＬＥの診断のためのキットであって、
ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴの抗原を含み、
前記抗原から成る群から選択される少なくとも４つの抗原に対する、被験者から得た試料中のＩｇＧ抗体及びＩｇＭ抗体の反応性を測定することでＳＬＥを測定するために使用される、
キット。
【請求項１４】
前記キットが抗原アレイの形体である、請求項１３に記載のキット。
【請求項１５】
抗原プローブのセットであって、
ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴの抗原プローブを含み、
前記抗原から成る群から選択される少なくとも４つの抗原に対する、被験者から得た試料中のＩｇＧ抗体及びＩｇＭ抗体の反応性を測定することでＳＬＥを測定するために使用される、
抗原プローブのセット。
【請求項１６】
ＳＬＥを測定することによりＳＬＥを診断するための診断用組成物を調製するための抗原プローブセットの使用であって、
前記抗原プローブセットがＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、ＩＧＦＢＰ１、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される少なくとも４つの抗原を含み、
前記診断用組成物が試料中の抗体の反応性を測定するのに使用され、前記ＩｇＧ抗体の反応性は、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＢＭＰ４、Ｆ５０、ＨＧＦ及びＨＳＰ６０ｐ１８から成る群から選択される抗原に対して測定され、及び／または、前記ＩｇＭ抗体の反応性は、ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＣＭＶ、ＨＲＰ、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される抗原に対して測定され、それによって前記少なくとも４つの抗原に対する試料の反応性パターンを測定し、対照試料の反応性パターンと比較した前記試料の反応性パターンの統計的に有意な差異はＳＬＥについての指摘である、使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、被験者において全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を診断する方法及びキットに関する。特に、本発明は被験者においてＳＬＥを診断するのに有用な特定の抗体の特性に関する。
【背景技術】
【０００２】
全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）は若い女性に圧倒的に発症する自己免疫が病因の炎症性疾患である。ＳＬＥは、腎臓、皮膚、関節、神経系、漿膜、血液細胞及び血管を含む身体の臓器系の多数を冒し得る。ＳＬＥの特定の原因は不明であるが、遺伝因子、人種因子、ホルモン因子及び環境因子を含む複数の因子が疾病の発症に関わっている。
【０００３】
ＳＬＥの経過は普通、慢性的で再発性であり、予測できない。未治療のＳＬＥは皮膚や関節の発病から、肺、心臓及び腎臓を含む内蔵に進行するので致命的である可能性があるために、ＳＬＥの早期で正確な診断及び／又はＳＬＥ発症のリスクの評価を行うことが特に重要になっている。ＳＬＥは、疾病の兆候がほとんどないか又は全くない介在期間を伴った一連の再燃として現れる。尿中タンパク質の量によって測定される腎臓の損傷はＳＬＥにおける病原性に関連する損傷の最も急性の領域の１つであり、その疾病の死亡率及び罹患率の少なくとも５０％の割合を占める。
【０００４】
ＳＬＥは血中での異常な自己抗体の産生を特徴とする。１００を超える異なった自己分子が異なった患者にて自己抗体を結合することが見い出されており（Ｓｈｅｒｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｓｅｍｉｎ．  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．  Ｒｈｅｕｍ．  ３４：５０１−３７）、血液を循環し、最終的には組織に沈着する免疫複合体を形成する。これらの免疫複合体の沈着は慢性の炎症を引き起こし、最終的には組織の損傷を引き起こす。自己抗体はまた、溶血性貧血及び血小板減少症に寄与する直接的な病理効果も有する。
【０００５】
通常、米国リウマチ学会（ＡＣＲ）によって定義された１１の基準に基づいてＳＬＥの診断を行うことができる。これらの基準には、頬部発疹、円板状発疹、光過敏症、口腔潰瘍、関節炎、漿膜炎、腎臓疾患、神経疾患、血液疾患（たとえば、白血球減少、リンパ球減少、溶血性貧血又は血小板減少）、免疫疾患及び抗核抗体（ＡＮＡ）が挙げられる（Ｔａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  １９９７，  ４０：１７２５）。１１の基準のうち少なくとも４つを満たせば被験者は臨床的にＳＬＥと診断され得る。にもかかわらず、ＳＬＥは４つ未満の基準が存在しても可能であり得る。
【０００６】
抗核抗体やｄｓＤＮＡ、リン脂質及びＳｍタンパク質に対する自己抗体がＳＬＥ診断に使用される１１の基準の中にある（Ｔａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ  １９９７，  ４０：１７２５）一方で、ＳＬＥと診断された多数の患者は、特に臨床的に寛解である場合、これらの自己抗体を欠く。
【０００７】
ＳＬＥのような複雑な自己免疫疾患の臨床的管理における最も難しい難題の１つは、患者における疾病の正確で早期の特定である。加えて、臨床家達がＳＬＥの病態生理学的な態様、臨床的活動性、治療への応答又は予後を正確に定義することを可能にする信頼できる診断マーカーが特定されていない。
抗原チップ
【０００８】
抗原マイクロアレイは免疫応答の高処理能力の性状分析のために最近開発されたツールであり（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２，  Ｎａｔ  Ｍｅｄ  ８，  ２９５−３０１）、ワクチン接種及び自己免疫疾患における免疫応答を分析するのに使用されている（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００２；  Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３，  Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  ２１，  １０３３−９；  Ｑｕｉｎｔａｎａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４；  Ｋａｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００６，  Ｎａｔ  Ｍｅｄ  １２，  １３８−４３）。健常及び疾病におけるマウス（Ｑｕｉｎｔａｎａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４；  Ｑｕｉｎｔａｎａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｊ  Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ  １７，  １９１−７）及びヒト（Ｍｅｒｂｌ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００７，  Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  １１７，  ７１２−８；  Ｑｕｉｎｔａｎａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３，  Ｊ  Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ  ２１，  ６５−７５）の自己免疫レパトアの以前の解析で示されたように、複数の反応性のパターンは単一の抗原／抗体の関係（Ｑｕｉｎｔａｎａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００６，  Ｌｕｐｕｓ  １５，  ４２８−３０）よりも啓発的であり得ることが仮定されている。従って、自己抗体のレパトアは、疾病の病態形成への双方の新しい見識を提供し、疾患の過程の免疫生体マーカー（Ｃｏｈｅｎ，  ２００７，  Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ７，  ５６９−７４）として役立つ可能性を有する。
【０００９】
本発明の発明者らの一部へのＰＣＴ公開番号ＷＯ０２／０８７５５は、クラスタリングを行い、それによって疾病の診断又は治療のモニターを必要とする患者被験者に由来する血清の不確定な免疫グロブリンと反応性である所定の抗原を特定するための方法、系及び製造物品を指向する。’７５５公開は、種々の疾患に罹った被験者に由来する血清の免疫グロブリンと反応性である抗原を特定するための抗原アレイの使用を開示している。さらに開示されているのは、複数の抗原の抗原サブセットをクラスタリングする工程を用いた、これらの方法で有用な診断方法及び系であり、前記抗原サブセットは、損傷された免疫系を有し、疾病に罹った複数の患者に由来する複数の抗体と反応性であり、得られたクラスターを持つ被験者の抗体を会合する又は解離する。
【００１０】
本発明の発明者らの一部への米国特許出願公開番号２００５／０２６０７７０は、抗原アレイ系及びその診断用途を開示している。該出願は、抗原プローブのセットの各抗原プローブを特異的に結合する被験者の免疫グロブリンの能力を測定することを含む、被験者における免疫疾患、特にＩ型糖尿病又はその素因を診断する方法を提供する。
【００１１】
本発明の発明者らの一部へのＰＣＴ公開番号ＷＯ１０／１２８５０６は、特に個体における急性心筋梗塞（ＡＭＩ）の過程の進展を認識するための、個体における循環器疾患の進展を特定する方法に関する。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
従来技術のいずれも、ＳＬＥを診断するための特異的な、信頼できる、正確な且つ識別力のあるアッセイを提供することができる抗原アレイを開示していない。そのような識別力のあるアッセイは、患者におけるＳＬＥの存在の特定又は疾病を発症する感度の判定において及び各患者のために適正な治療法を誂えることにおいて高度に有益である。
【００１３】
被験者においてＳＬＥを診断するのに有用な改善された診断方法及びキットに対するニーズが残っている。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
本発明は、被験者において全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を診断するための方法及びキットと、そのような診断を実践するための抗原プローブアレイと、そのようなアレイを生成するための抗原プローブを提供する。
【００１５】
本発明は、抗原アレイを用いてＳＬＥ患者の抗体の反応性を調べる場合得られる予期しない結果に部分的に基づく。解析は、独特の自己抗体の反応性パターンの特定を結果的に生じた。予想外に、独特の自己抗体パターンは疾患活動性とは無関係に持続し、長期の臨床的寛解（たとえば、腎臓寛解にある被験者）の患者にも存在する。有利なことに、反応性パターンはＳＬＥに対して際立って高い感度と高い特異性を示した。さらに、ＳＬＥ抗体パターンを有する健常対照の被験者は臨床的ＳＬＥを発症することが後で分かった。
【００１６】
従って、本発明は、ＳＬＥに関連する独特の抗原／自己抗体の反応性パターンを提供する。幾つかの単一抗原（たとえば、ヒアルロン酸）がＳＬＥを適正に診断するのにそれ自体で十分であるとして特定された一方で、本明細書で以下に表１で詳説するようにこれら抗原の特定の組み合わせが各抗原単独よりも、ＳＬＥ患者と対照被験者を識別するのに十分に正確であり、信頼できた。
【表１】
0005894539.tif 000002
【００１７】
第１の態様によれば、本発明は、被験者において全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を診断する方法を提供し、該方法は、
（ｉ）ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される複数の抗原に対する、被験者から得た試料中のＩｇＧ抗体及びＩｇＭ抗体の反応性を測定し、それによって複数の抗原への試料の反応性パターンを決定することと、
（ｉｉ）前記試料の反応性パターンを対照の反応性パターンと比較することを含み、
その際、対照の反応性パターンと比較した被験者から得た前記試料の反応性の有意な差異は、被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である。
【００１８】
一実施形態では、複数の抗原は少なくとも３つの抗原を含む。別の実施形態では、複数の抗原は少なくとも４つの抗原を含む。別の実施形態では、複数の抗原は少なくとも５つの抗原を含む。別の実施形態では、複数の抗原は少なくとも６つの抗原を含む。別の実施形態では、複数の抗原は少なくとも７つの抗原を含む。別の実施形態では、複数の抗原は少なくとも８つの抗原を含む。例となる実施形態によれば、複数の抗原はＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン及びコラーゲンＩＩＩから成る。各可能性は本発明の別々の実施形態を表す。
【００１９】
本明細書で使用されるとき、「複数の抗原」に対する「試料中の抗体の反応性」は、複数の抗原から選択された特定の抗原に対する試料中の各抗体の免疫反応性を指す。抗原に対する抗体の免疫反応性、すなわち、抗原を特異的に結合するその能力を用いて試料中の抗体の量を決定し得る。具体的には、「試料中のＩｇＧ抗体及びＩｇＭ抗体の反応性」を決定することは、複数の抗原から選択された特定の抗原に対する試料中の少なくとも１つのＩｇＧ抗体と複数の抗原から選択された特定の抗原に対する少なくとも１つのＩｇＭ抗体の反応性を指す。
【００２０】
従って、試料の反応性パターンは、試料における調べた抗体それぞれのレベルを反映し、それによって定量的アッセイを提供する。特定の実施形態では、反応性は定量的に決定される。従って、たとえば、抗原に対する抗体の反応性は上がってもよいし、下がってもよい。特定の実施形態では、（複数の抗原からの）特定の抗原に対する少なくとも１つの抗体の反応性は上方調節される。好ましくは、ＩｇＧ抗体の反応性は上方調節される（すなわち、高められる）。追加の実施形態では、特定の抗原に対する少なくとも１つの抗体の反応性は下方調節される。好ましくは、ＩｇＭ抗体の反応性は下方調節される（すなわち、低下する）。さらに別の特定の実施形態では、対照の反応性パターンと比較した被験者から得た前記試料の反応性パターンの有意な定量的差異は、被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である。
【００２１】
通常、複数の抗原に対する試料中の抗体の反応性を決定することは免疫アッセイを用いて行われる。有利なことに、複数の抗原は抗原アレイとして使用され得る。
【００２２】
別の実施形態では、方法は、前記複数の抗原に対する前記試料中の少なくとも１つのＩｇＧ抗体と少なくとも１つのＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含む。別の実施形態では、方法は、前記複数の抗原に対する前記試料中の複数のＩｇＧ抗体と複数のＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含む。
【００２３】
追加の実施形態によれば、方法は、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＢＭＰ４、Ｆ５０、ＨＧＦ及びＨＳＰ６０ｐ１８から成る群から選択される複数の抗原に対する被験者から得られた試料中のＩｇＧ抗体の反応性を測定することを含む。例となる実施形態によれば、方法は、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ及びｄｓＤＮＡから成る群から選択される複数の抗原に対する被験者から得られた試料中のＩｇＧ抗体の反応性を測定することを含む。特定の実施形態では、（複数の抗原から選択される）抗原に対するＩｇＧ抗体の反応性は上方調節される。これらの実施形態によれば、対照試料の反応性パターンと比較した被験者から得た前記試料の反応性パターンの有意な上方調節は、被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である。
【００２４】
一部の実施形態によれば、方法は、ＣＤ９９、ＩＧＦＢＰ１、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＣＭＶ、ＨＲＰ、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される複数の抗原に対する被験者から得られた試料中のＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含む。例となる実施形態によれば、方法は、ＣＤ９９、ＭＰＯ、ＩＧＦＢＰ１、カルジオリピン及びコラーゲンＩＩＩから成る群から選択される複数の抗原に対する被験者から得られた血清試料中のＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含む。別の実施形態によれば、方法は、ＣＤ９９、ＩＧＦＢＰ１、ＭＰＯ及びカルジオリピンから成る群から選択される複数の抗原に対する被験者から得られた血清試料中のＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含む。さらに別の実施形態によれば、方法は、ＣＤ９９、ＭＰＯ及びコラーゲンＩＩＩから成る群から選択される複数の抗原に対する被験者から得られた血清試料中のＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含む。特定の実施形態では、（複数の抗原から選択される）抗原に対するＩｇＭ抗体の反応性は下方調節される。特定の実施形態では、対照の反応性パターンと比較した被験者から得た前記試料の反応性パターンの有意な下方調節は、被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である。
【００２５】
別の実施形態によれば、方法は、ＣＤ９９、ＭＰＯ及びコラーゲンＩＩＩから成る群から選択される複数の抗原に対する被験者から得られた血清試料中のＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含む。特定の実施形態では、対照の反応性パターンと比較した被験者から得た前記試料の反応性パターンの有意な下方調節は、被験者が腎臓寛解でＳＬＥに罹っているという指摘である。
【００２６】
別の実施形態によれば、被験者から得られる試料は体液である。一部の実施形態によれば、試料は、血漿、血清、血液、脳脊髄液、滑膜液、喀痰、尿、唾液、涙液、リンパ検体、又は当該技術で既知のそのほかの体液から成る群から選択される。特定の実施形態によれば、被験者から得られる試料は、血漿、血清及び血液から成る群から選択される。一実施形態によれば、試料は血清試料である。各可能性は本発明の別々の実施形態を表す。
【００２７】
本発明の方法の特定の実施形態によれば、対照は、少なくとも１人の健常な人に由来する試料、健常な人のセットに由来する対照試料のパネル、及び健常な人に由来するデータの保存セットから成る群から選択される。通常、健常な人は、ＳＬＥ又はほかの形態のループスに罹っていない被験者である。別の実施形態では、健常な人は自己免疫疾患に罹っていない被験者である。
【００２８】
一部の実施形態によれば、方法はさらに、試料中の抗体の反応性を決定する前に、たとえば、１：１０以上に試料を希釈することを含む。
【００２９】
反応性パターン間の「有意な差異」は、異なった実施形態では、統計的に有意な差異を指し、他の実施形態では、熟練者によって認識されるような有意な差異を指す。
【００３０】
有利なことに、本発明の方法は、健常対照の被験者の反応性パターンとＳＬＥ患者のそれとの間を識別するために学習とパターン認識のアナライザ、クラスタリングアルゴリズムなどの使用を採用してもよい。そのようなものとして、この用語は具体的に、たとえば、複数の抗原に対する試験試料中の抗体の反応性を調べ、そのようなアルゴリズム及び／又はアナライザを用いて、陰性及び陽性の対照試料（たとえば、それぞれ、ＳＬＥに罹っていない対照被験者から得た試料又はＳＬＥに罹った患者から得た試料）の反応性パターンと得られた反応性パターンを比較することによって測定される差異を含む。差異はまた、そのような方法で得られた所定の分類規則と試験試料の反応性パターンを比較することによっても測定され得る。
【００３１】
特定の実施形態によれば、本発明は、ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される複数の抗原を含む、ＳＬＥの診断用のキットを提供する。
【００３２】
特定の実施形態では、複数の抗原は、ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン及びコラーゲンＩＩＩから成る。さらに別の実施形態では、複数の抗原は、ヒアルロン酸、ＣＤ９９、ＭＰＯ、ＩＧＦＢＰ１及びコラーゲンＩＩＩから成る。
【００３３】
本発明の原理によれば、キットは本明細書では抗原プローブのセットとも呼ばれる複数の抗原を含む。複数の抗原を含むこれらの抗原プローブのセットはＳＬＥを有する被験者の血清と特異的に反応性である。本発明の原理によれば、複数の抗原は抗原アレイの形態で有利に使用され得る。一部の実施形態によれば、抗原アレイは抗原チップの形態で好都合に配置される。
【００３４】
他の実施形態では、キットはさらに、複数の抗原に対する試料中の抗体の反応性を決定する手段を含み得る。たとえば、キットは、本発明の抗原プローブへの抗体の特異的な結合を測定するのに使用されてもよい試薬、検出可能な標識及び／又は容器を含有し得る。特定の実施形態では、前記キットは抗原アレイの形態である。他の実施形態では、前記キットはさらに、陰性及び／又は陽性の対照試料を含んでもよい。たとえば、陰性対照試料は、少なくとも１人の健常な人（たとえば、ＳＬＥに罹っていない人）に由来する試料を含有し得る。陽性対照は、診断されている少なくとも１人のＳＬＥに罹った人又はＳＬＥの亜型に罹った人（たとえば、腎臓寛解にあるＳＬＥ被験者又はループス腎炎のＳＬＥ被験者）に由来する試料を含有し得る。そのほかの非限定例は、健常な人若しくは病気の人のセットに由来する対照試料のパネル、又は対照個体に由来するデータの保存セットである。
【００３５】
他の実施形態では、キットはさらに複数の抗原に対する異なった試料中の抗体の反応性パターンを比較するための手段を含んでもよい。
【００３６】
別の態様によれば、本発明は、ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される抗原プローブを含む抗原プローブのセットを提供する。特定の実施形態では、抗原プローブのセットは、ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン及びコラーゲンＩＩＩから成る群から選択される抗原プローブを含む。
【００３７】
別の態様によれば、本発明は、本発明の抗原プローブのセットを含む製造物品を提供する。
【００３８】
別の態様によれば、本発明は、それを必要とする被験者にてＳＬＥを診断するために診断組成物を調製するための抗原プローブのセットの使用を提供する。一実施形態では、診断組成物は、試料中の抗体の反応性を測定するのに有用であり、それによって前記複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定し、その際、対照試料の反応性パターンと比較した前記試料の反応性パターンの有意な差異はＳＬＥについての指摘である。
【００３９】
別の態様によれば、本発明は、被験者においてＳＬＥを診断する方法を提供するが、該方法は、
（ｉ）ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＭＰＯ、コラーゲンＩＩＩから成る群から選択される複数の抗原に対する被験者から得られた試料中の抗体の反応性を測定し、それによって複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定することと、
（ｉｉ）対照の反応性パターンと前記試料の反応性パターンを比較することを含み、
その際、対照の反応性パターンと比較した被験者から得られた前記試料の反応性パターンの有意な差異は被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である。
【００４０】
一実施形態によれば、複数の抗原はさらに、ｄｓＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ、ＥＢＶ及びカルジオリピンから選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又は少なくとも３つの抗原を含む。各可能性は本発明の別々の実施形態を表す。
【００４１】
別の実施形態によれば、試料における抗体の反応性を測定することは、前記試料におけるＩｇＧ抗体及びＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含む。特定の実施形態では、工程（ｉ）は、ヒアルロン酸抗原に対する試料中のＩｇＧ抗体の反応性を測定することと、ＣＤ９９、ＭＰＯ、ＩＧＦＢＰ１、コラーゲンＩＩＩからなる群から選択される複数の抗原に対する試料中のＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含み、それによって複数の抗原に対する試料の反応性パターンを決定する。
【００４２】
本発明のそのほかの目的、特徴及び利点は、以下の説明及び図面から明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００４３】
【図１】ＳＬＥ患者を特徴付ける抗原の反応性に対する個々の被験者の抗体の反応性を示す図である。指定された抗原に対する抗体の反応性について、健常対照（黒四角）と腎臓寛解のＳＬＥ被験者（白抜き丸）と、急性ループス腎炎のＳＬＥ被験者（白抜き三角）と、腎臓が関与しないＳＬＥ被験者（星印）の血清を調べた。抗体の反応性の相対的な量をＹ軸に示した。Ｘ軸はそれらの相対的な反応性に従って順に被験者を並べた。
【図２】三次元主成分分析（ＰＣＡ）を示す図である。ＰＣＡは、腎臓寛解のＳＬＥ患者から健常対照を区別する７つの抗原の反応性に基づく（表６）。星型は、血清採取時点では健常であったが、後にＳＬＥを発症した被験者の特徴を表し、健常対照は黒四角で表し、腎臓寛解のＳＬＥ被験者は白抜き丸で示し、急性ループス腎炎の被験者は三角で示し、腎臓が関与しないＳＬＥ被験者は星印で表す。
【発明を実施するための形態】
【００４４】
本発明は、診断を実践するための抗原プローブアレイを用いて被験者において全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を診断する方法を提供し、そのようなアレイを生成するための特定の抗原プローブのセットを特定する。一部の実施形態によれば。本発明は、腎臓寛解のＳＬＥを含むＳＬＥの早期診断のための自己抗体に基づく生体マーカー検査に関する。
【００４５】
作用の特定の理論又はメカニズムに束縛されることを望まないで、本発明は、ＳＬＥ患者の血清における抗体の反応性特性が健常対照の人と明瞭に識別できたという知見に部分的に基づく。血清の自己抗体はＳＬＥにおいて鋭意検討されてきたが、本明細書に記載されるような独特の抗体免疫の特徴は今まで記載されてこなかった。有利なことに、本発明の独特の抗体の特徴は、ＳＬＥの診断に感度の高い、且つ特異性の高いアッセイを提供する。
【００４６】
一部の実施形態によれば、本発明は、被験者において全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を診断する方法を提供するが、該方法は、
（ｉ）ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される複数の抗原に対する、被験者から得た試料中のＩｇＧ抗体及びＩｇＭ抗体の反応性を測定し、それによって複数の抗原への試料の反応性パターンを決定することと、
（ｉｉ）前記試料の反応性パターンを対照の反応性パターンと比較することを含み、
その際、対照の反応性パターンと比較した被験者から得た前記試料の反応性パターンの有意な差異は、被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である。
【００４７】
好まれる実施形態では、方法は、前記複数の抗原に対する試料中のＩｇＧ抗体及びＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含む。別の実施形態では、前記複数の抗原に対する前記試料中の少なくとも１つのＩｇＧ抗体及び少なくとも１つのＩｇＭ抗体の反応性を測定することを含む。
【００４８】
試料の反応性パターンは試料にて調べた抗体それぞれのレベルを反映し、それによって定量的なアッセイを提供する。好まれる実施形態では、抗体は定量的に測定される。さらに別の好まれる実施形態では、対照の反応性パターンと比較した被験者から得た前記試料中の反応パターンの有意な定量的差異は、被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である。特定の実施形態では、抗原に対する試料中の抗体、具体的にはＩｇＧ抗体の反応性の上方調節は、対照における抗原に対する抗体の反応性レベルよりも少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、又は少なくとも約５倍高い（すなわち、大きい）増大（すなわち、上昇）を指す。別の実施形態では、抗原に対する試料中の抗体、具体的にはＩｇＭ抗体の反応性の下方調節は、対照における抗原に対する抗体の反応性レベルよりも少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、又は少なくとも約５倍低い減少（すなわち、低下）を指す。
【００４９】
本明細書で以下に例示されるように、自己抗体の抗原解析（たとえば、マイクロアレイ解析を用いた）は、ＳＬＥの異なった臨床形態と関連する血清の自己抗体パターンを特定することができ；特徴は、単一の自己抗体の反応性ではなくまとめた自己抗体パターンに基づいた。これらの情報を与えるパターンには、ＩｇＭ自己抗体と同様にＩｇＧ自己抗体も含まれた。さらに、情報を与えるパターンには、健常対照で見つかるものに対する自己抗体の反応性の上昇と共に低下も含まれた。
【００５０】
特定の実施形態では、方法は
（ｉ）ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ及びｄｓＤＮＡから成る群から選択される複数の抗原に対する被験者から得た試料中のＩｇＧ抗体の反応性を測定することと、
（ｉｉ）ＣＤ９９、ＭＰＯ、ＩＧＦＢＰ１、カルジオリピン及びコラーゲンＩＩＩから成る群から選択される複数の抗原に対する被験者から得た試料中のＩｇＭ抗体の反応性を測定し、それによって複数の抗原に対する試料中の反応性パターンを決定することと、
（ｉｉｉ）対照の反応性パターンと前記試料中の反応性パターンを比較することを含み、
その際、対照の反応性パターンと比べた被験者から得た前記試料中のＩｇＧ抗体の反応性パターンの有意な上昇は、被験者がＳＬＥに罹っているという指摘であり、又は対照の反応性パターンと比べた被験者から得た前記試料中のＩｇＭ抗体の反応性パターンの有意な低下は、被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である。
【００５１】
さらに別の実施形態では、対照の反応性パターンと比べた被験者から得た前記試料中のＩｇＧ抗体の反応性パターンの有意な上昇は、被験者がＳＬＥに罹っているという指摘であり、対照の反応性パターンと比べた被験者から得た前記試料中のＩｇＭ抗体の反応性パターンの有意な低下は、被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である。
抗原プローブ及び抗原プローブのセット
【００５２】
さらなる実施形態によれば、本発明は本明細書で詳説するようにＳＬＥを診断するのに有用な抗原プローブ及び抗原プローブのセットを提供する。
【００５３】
本発明の原理によれば、本発明はさらに、本明細書で抗原プローブのセットとも呼ばれる複数の抗原を提供する。複数の抗原を含むこれら抗原プローブのセットは、ＳＬＥを有する被験者の血清と特異的に反応性である。本発明の原理によれば、複数の抗原は抗原アレイの形態で有利に使用されてもよい。一部の実施形態によれば、抗原アレイは抗原チップの形態で好都合に配置される。
【００５４】
「プローブ」は本明細書で使用されるとき、成分に特異的に結合することが可能である任意の化合物を意味する。一態様によれば、本発明は、ＣＤ９９、ＩＧＦＢＰ１、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される複数の抗原を含む抗原プローブのセットを提供する。特定の実施形態によれば、抗原プローブのセットは本発明の抗原のサブセットを含む。特定の実施形態では、抗原のサブセットは、ＣＤ９９、ＩＧＦＢＰ１、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン、及びコラーゲンＩＩＩから成る。本発明の複数の抗原に対する抗体の反応性は当該技術で既知の技法に従って測定されてもよい。さらに、本発明で使用される抗原は当該技術で既知であり、たとえば、Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ又はＰｒｏｓｐｅｃから市販されている。
【００５５】
ヒアルロン酸
ヒアルロン酸は、結合組織、上皮組織及び神経組織の全体にわたって広く分布する陰イオン性の非硫酸化のグリコサミノグリカンである。特定の実施形態では、本発明のヒアルロン酸抗原は、たとえば、ヒト胎盤の臍帯血に由来するヒトのヒアルロン酸である（たとえば、Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから市販、カタログ番号Ｈ１８７６；ＣＡＳ番号９０６７−３２−７）。ヒアルロン酸の追加の非限定例は３１７９９−９１−４又は９０６７−３２−７から選択されるＣＡＳ番号を有する。
【００５６】
ＥＢＶ
ヒトヘルペスウイルス４（ＨＨＶ−４）とも呼ばれるエプステイン・バーウイルス（ＥＢＶ）は、ヘルペス科のウイルスである。ＥＢＶ抗原に対する抗体の反応性は当該技術で既知の技法に従って測定されてもよい。特定の実施形態では、本発明のＥＢＶ抗原は、ＨＨＶ−４早期抗原Ｄ型（ＧｅｎｅＢａｎｋ：ＣＡＤ５３４０７．１）、配列番号２で言及されるアミノ酸３０６〜３９０に存在するＣ末端領域を含有する。一実施形態では、前記ＥＢＶは配列番号２又はその類似体又はその断片から成る。ＥＢＶ抗原は、たとえば、カタログ番号ＣＭＶ−２７２でＰｒｏｓｐｅｃから市販されている。
【００５７】
二本鎖デオキシリボ核酸（ｄｓＤＮＡ）
抗ｄｓＤＮＡ抗体はＳＬＥに対して特異性が高く；症例の７０％に存在するが、ＳＬＥではない人々のたった０．５％にしか現れない。ｄｓＤＮＡ抗原に対する抗体の反応性は当該技術で既知の技法に従って測定されてもよい。特定の実施形態では、ｄｓＤＮＡは７３０４９−３９−５のＣＡＳ番号を有する。ｄｓＤＮＡ抗原は、カタログ番号Ｄ１５０１でＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから市販されている。
【００５８】
単鎖デオキシリボ核酸（ｓｓＤＮＡ）
ｓｓＤＮＡ抗原に対する抗体の反応性は当該技術で既知の技法に従って測定されてもよい。特定の実施形態では、ｓｓＤＮＡは９１０８０−１６−９のＣＡＳ番号を有する。ｓｓＤＮＡ抗原はカタログ番号Ｄ８８９９でＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから市販されている。
【００５９】
ＣＤ９９
ＣＤ９９（Ｅ２抗原、Ｔ細胞表面の糖タンパク質としても知られる）は、一部のリンパ球、皮質胸腺細胞及び卵巣の顆粒膜細胞の細胞膜に発現される。ほとんどの膵臓島細胞、精巣のセルトリ細胞及び一部の内皮細胞によってもその抗原は発現される。特定の実施形態では、本発明のＣＤ９９抗原は、ヒトＣＤ９９（ＮＰ＿００２４０５又はＮＰ＿００１１１６３７０．１）である。ヒトＣＤ９９アイソフォームＡ前駆体のアミノ酸配列は配列番号１で言及されている。一実施形態では、前記ＣＤ９９抗原は配列番号１又はその類似体又はその断片から成る。前記ＣＤ９９抗原は、カタログ番号ＰＲＯ−２９４でＰｒｏｓｐｅｃから市販されている。
【００６０】
ミエロペルオキシダーゼ（ＭＰＯ）
ＭＰＯは、取り込まれた外来粒子の貪食溶解の間に顆粒球によって使用される重要な酵素である。正常な組織及び種々の骨髄増殖性疾患では、好中球及び好酸球の型双方の骨髄細胞は成熟のすべての段階でＭＰＯに対する強い細胞質性の反応性を呈する。特定の実施形態では、本発明のＭＰＯ抗原はヒトＭＰＯ（ＮＰ＿０００２４１．１）である。ヒトＭＰＯのアミノ酸配列は配列番号３にて言及される。一実施形態では、前記ＭＰＯ抗原は配列番号３又はその類似体又はその断片から成る。前記ＭＰＯ抗原は、たとえば、カタログ番号ＥＮＺ−３３４でＰｒｏｓｐｅｃから市販されている。
【００６１】
インスリン様増殖因子結合タンパク質（ＩＧＦＢＰ−１）
ＩＧＦＢＰ−１は、インスリン様増殖因子結合タンパク質（ＩＧＦＢＰ−１）ファミリーのメンバーであり、ＩＧＦＢＰドメインとサイログロブリン１型ドメインを持つタンパク質をコードする。そのタンパク質はインスリン様増殖因子（ＩＧＦ）ＩとＩＩ双方を結合し、血漿中を循環する。ヒトＩＧＦＢＰ１は２８．８ｋＤａの分子量を有し、２１８アミノ酸を含有する一本鎖ポリペプチドとして組換え的に製造され得る。特定の実施形態では、本発明のＩＧＦＢＰ１抗原はヒトＩＧＦＢＰ１（ＮＰ＿０００５８７．１）である。ヒトＩＧＦＢＰ１のアミノ酸配列は配列番号４に言及される。一実施形態では、前記ＩＧＦＢＰ１抗原は配列番号４又はその類似体又はその断片から成る。前記ＩＧＦＢＰ１抗原はカタログ番号ＣＹＴ−２９９でＰｒｏｓｐｅｃから市販されている。
【００６２】
カルジオリピン
カルジオリピン（１，３−ビス（ｓｎ−３’−ホスファチジル）−ｓｎ−グリセロール）は、哺乳類組織で低濃度にて見い出され、内部ミトコンドリア膜にて最も多く見い出されるミトコンドリアのリン脂質である。カルジオリピンは、フィブロネクチン、ビトロネクチン及びＩ型コラーゲンの細胞付着を阻害する。特定の実施形態では、本発明のカルジオリピン抗原はウシのカルジオリピンである。カルジオリピン抗原に対する抗体の反応性は当該技術で既知の技法に従って測定されてもよい。特定の実施形態では、カルジオリピンは、３８３９０７−１０−６のＣＡＳ番号を有する。ウシのカルジオリピン抗原は、たとえば、カタログ番号Ｃ０５６３でＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから市販されている。
【００６３】
ＩＩＩ型コラーゲン
ＩＩＩ型コラーゲンはヒト組織で２番目に最も豊富なコラーゲンであり、特に、たとえば、皮膚、血管及び種々の内臓のような弾性特性を示す組織に存在する。ＩＩＩ型コラーゲンの変異は動脈、内臓、関節及び皮膚が冒され、大動脈が破裂すると突然死を引き起こし得るエーラー・ダンロス症候群、ＥＤＳＩＶの最も重篤な形態の原因となる。特定の実施形態では、本発明のＩＩＩ型コラーゲン抗原は、たとえば、ヒトの胎盤由来のＢｏｒｎｓｔｅｉｎ及びＴｒａｕｂのＩＩＩ型コラーゲンである。ＩＩＩ型コラーゲン抗原に対する抗体の反応性は当該技術で既知の技法に従って測定されてもよい。特定の実施形態では、ＩＩＩ型コラーゲンは９００７−３４−５のＣＡＳ番号を有する。ＩＩＩ型コラーゲン抗原は、たとえば、カタログ番号Ｃ４４０７でＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから市販されている。
【００６４】
ＩＶ型コラーゲン
ほとんどのコラーゲンとは異なって、基底膜の独占的なメンバーであり、分子間及び分子内の複合体の相互作用を介して、ＩＶ型コラーゲンは、細胞の接着、移動及び分化に影響する超分子ネットワークを形成する（Ｋｈｏｓｈｎｏｏｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｉｃｒｏｓｃ  Ｒｅｓ  Ｔｅｃｈ．  ２００８  Ｍａｙ；７１（５）：３５７−７０）。特定の実施形態では、本発明のＩＶ型コラーゲン抗原は、たとえば、ヒトの胎盤由来のＢｏｒｎｓｔｅｉｎ及びＴｒａｕｂのＩＶ型コラーゲンである。ＩＶ型コラーゲン抗原に対する抗体の反応性は当該技術で既知の技法に従って測定されてもよい。特定の実施形態では、ＩＶ型コラーゲンは９００７−３４−５のＣＡＳ番号を有する。ＩＶ型コラーゲン抗原は、たとえば、カタログ番号Ｃ７５２１でＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから市販されている。
【００６５】
アクチン
アクチンは、種間で非常に高度に保存されている４３ｋＤａのタンパク質である。３つの主なアクチンのアイソタイプ（α、β及びγ）があり、アイソタイプ間で＞９０％のアミノ酸（ａａ）相同性を示し、特定のアイソタイプのメンバー内で＞９８％の相同性を示す。アクチンは、筋肉の収縮、細胞の運動性、細胞分裂及び細胞質分裂、小胞及び小器官の移動、細胞のシグナル伝達、及び細胞の接合と細胞の形状の確立と維持を含む多数の重要な細胞性の過程に加わる。特定の実施形態では、本発明のアクチン抗原はウシのアクチンである。アクチン抗原に対する抗体の反応性は当該技術で既知の技法に従って測定されてもよい。特定の実施形態では、アクチンは５１００５−１４−２のＣＡＳ番号を有する。ウシのアクチン抗原は、たとえば、カタログ番号Ａ３６５３でＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから市販されている。
【００６６】
骨形成タンパク質−４（ＢＭＰ−４）
ＢＭＰ４はヒトにおける軟骨内の骨形成の開始に重要な役割を担う。ＢＭＰ４発現の低下は、遺伝性疾患、進行性骨化性線維形成異常症を含む種々の骨疾患に関連している。ヒトＢＭＰ４（たとえば、ＮＰ＿５７０９１２．２）は、単量体の非グリコシル化ポリペプチド鎖（１３００９ダルトンの分子量）として大腸菌にて組換えで製造され得る。特定の実施形態では、本発明のＢＭＰ４抗原は、ヒトＢＭＰ４（たとえば、カタログ番号ＣＹＴ−３６１でＰｒｏｓｐｅｃから市販されている）である。特定の実施形態では、ＢＭＰ４抗原は、配列番号５（ＳＰＫＨＨＳＱＲＡＲＫＫＮＫＮＣＲＲＨＳＬＹＶＤＦＳＤＶＧＷＮＤＷＩＶＡＰＰＧＹＱＡＦＹＣＨＧＤＣＰＦＰＬＡＤＨＬＮＳＴＮＨＡＩＶＱＴＬＶＮＳＶＮＳＳＩＰＫＡＣＣＶＰＴＥＬＳＡＩＳＭＬＹＬＤＥＹＤＫＶＶＬＫＮＹＱＥＭＶＶＥＧＣＧＣＲ）又はその類似体又はその断片で言及されるようなアミノ酸配列を有する。
【００６７】
ＣＭＶ
ＣＭＶ（サイトメガロウイルス）は、単純性ヘルペスウイルス１型及び２型、水疱帯状疱疹ウイルス、及びエプステインバーウイルスを含むＨｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅのＢｅｔａｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｎａｅ亜科に属する。ＣＭＶは、脂質膜で取り囲まれた１６２の六方晶系タンパク質カプソメアを持つ二本鎖直鎖のＤＮＡウイルスである。ＣＭＶは２３０〜２４０キロ塩基対に及ぶ、ヘルペスウイルスで最大のゲノムを有する。ヒトＣＭＶはＬ−Ｓゲノム成分（クラスＥ）の反転によって生じた４ゲノム異性体の存在を含む独特の反転した反復から構成される。以下の本明細書の実施例で使用されるＣＭＶ抗原はアミノ酸１０１１〜１０４８に存在するＣＭＶＰｐ１５０（ＵＬ３２）免疫優勢領域を含有する大腸菌に由来する組換えタンパク質である。前記ＣＭＶＰｐ１５０（たとえば、ＧＩ：２２４４９６１３７又はＧＩ：２２４４９６１３５）は当業者に既知である。前記ＣＭＶＰｐ１５０のアミノ酸配列は配列番号６に言及される。一実施形態では、前記ＣＭＶＰｐ１５０は配列番号６又はその類似体又はその断片から成る。本発明のＣＭＶ抗原は、たとえば、カタログ番号ＣＭＶ−２１６でＰｒｏｓｐｅｃから市販されている。
【００６８】
Ｆ５０
以下の本明細書の実施例で使用されるＦ５０抗原は、配列番号７で言及されるようなアミノ酸配列、ＣＶＫＧＧＴＴＫＩＦＬＶＧＤＹＳＳＳＡＥを有するオリゴペプチドである。一実施形態では、前記Ｆ５０抗原は配列番号７又はその類似体又はその断片から成る。
【００６９】
肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）
ＨＧＦは、細胞増殖と細胞の運動性の双方を調節する多機能性増殖因子である。それは、肝細胞及び一次上皮細胞に対して強い細胞分裂促進効果を発揮する。ヒトＨＧＦは、７８．０ｋＤａの総分子量を有する４６３アミノ酸のα鎖と２３４アミノ酸のβ鎖を含有するヘテロ二量体の非グリコシル化ポリペプチドとしてバキュロウイルスにて組換えで製造され得る。特定の実施形態では、本発明のＨＧＦ抗原はヒトＨＧＦ（ＡＡＡ６４２９７．１）である。前記ヒトＨＧＦのアミノ酸配列は配列番号８で言及される。一実施形態では、前記ＨＧＦは配列番号８又はその類似体又はその断片から成る。前記ＨＧＦ抗原は、たとえば、カタログ番号ＣＹＴ−２４４でＰｒｏｓｐｅｃから市販されている。
【００７０】
西洋ワサビペルオキシド（ＨＲＰ）
西洋ワサビペルオキシダーゼは、４つのジスルフィド架橋を含有する単鎖ポリペプチドである。それは１８％の炭水化物を含有する糖タンパク質である。炭水化物組成は、特定のアイソザイムによってガラクトース、アラビノース、キシロース、フコース、マンノース、マンノサミン及びガラクトサミンから成る。ＨＲＰは、ペルオキシダーゼのフェロフォトポルフィリン群に属し、西洋ワサビの根（Ａｍｏｒａｃｉａ  ｒｕｓｔｉｃａｎａ）から単離され得る。ＨＲＰ抗原に対する抗体の反応性は当該技術で既知の技法に従って測定されてもよい。特定の実施形態では、ＨＲＰは９００３−９９−０のＣＡＳ番号を有する。ＨＲＰ抗原は、たとえば、カタログ番号Ｐ６７８２でＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈから市販されている。
【００７１】
ＨＳＰ６０ｐ１８
以下の本明細書の実施例で使用されるＨＳＰ６０ｐ１８は、配列番号９で言及されるようなアミノ酸配列、ＱＳＩＶＰＡＬＥＩＡＮＡＨＲＫＰＬＶＩＩＡを有するオリゴペプチドである。一実施形態では、前記ＨＳＰ６０ｐ１８抗原は配列番号９又はその類似体又はその断片から成る。
【００７２】
風疹ウイルス（ＲＶ）
ＲＶは、Ｔｏｇａｖｉｒｉｄａｅ科のエンベロープのあるプラス鎖のＲＮＡウイルスである。特定の実施形態では、ＲＶ抗原は、アミノ酸１〜１２３のＲＶカプシドＣ領域を含有する大腸菌に由来する組換えタンパク質である。ＲＶカプシドＣのアミノ酸配列、たとえば、ＮＰ＿７４０６６２．１は当業者に既知である。ＲＶカプシドＣのアミノ酸１〜１２３のアミノ酸配列は配列番号１０で言及される。一実施形態では、ＲＶ抗原は配列番号１０又はその類似体又はその断片から成る。前記ＲＶ抗原は、たとえば、カタログ番号ＲＵＢ−２９３でＰｒｏｓｐｅｃから市販されている。
【００７３】
Ｓ１００Ａ４
Ｓ１００Ａ４（Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ４、メタスタシン、カルバスクリンとしても知られる）は、２ＥＦハンドカルシウム結合モチーフを含有するタンパク質のＳ１００ファミリーのメンバーである。Ｓ１００Ａはα鎖とβ鎖で構成される。Ｓ１００Ａ４は、運動性、反転及びチューブリン重合で機能し得る。特定の実施形態では、本発明のＳ１００Ａ４抗原はヒトＳ１００Ａ４（ＣＡＧ２９３４１．１）である。ヒトＳ１００Ａ４のアミノ酸配列は配列番号１１で言及される。一実施形態では、前記Ｓ１００Ａ４抗原は配列番号１１又はその類似体又はその断片から成る。前記Ｓ１００Ａ４抗原は、たとえば、カタログ番号ＰＲＯ−３０７でＰｒｏｓｐｅｃから市販されている。
【００７４】
ＣＩＴＥＤ１
ヒトのＣｂｐ／ｐ３００−相互作用トランス活性化因子１（ＣＩＴＥＤ１、メラニン細胞特異的タンパク質１又はＭＳＧ１としても知られる）は、１９３のアミノ酸を有するタンパク質である（ＮＰ＿００１１３８３５９．１）。ヒトＣＩＴＥＤ１のアミノ酸配列は配列番号１２で言及される。一実施形態では、前記ＣＩＴＥＤ１抗原は配列番号１２又はその類似体又はその断片から成る。ＣＩＴＥＤ１抗原は、たとえば、カタログ番号ＰＲＯ−２９５でＰｒｏｓｐｅｃから市販されている。
【００７５】
ＦＨＩＴ
ＦＨＩＴ（脆弱ヒスチジン三連構造）は、プリン代謝に関与するヒスチジン三連構造遺伝子ファミリーのメンバーである。ＦＨＩＴタンパク質は腫瘍サプレッサーであり、多数の種類の癌で発現が低下するか、発現しない。特定の実施形態では、本発明のＦＨＩＴ抗原はヒトＦＨＩＴ（ＡＢＭ６６０９３．１）である。ヒトＦＨＩＴのアミノ酸配列は配列番号１３で言及される。一実施形態では、前記ＦＨＩＴ抗原は配列番号１３又はその類似体又はその断片から成る。前記ＦＨＩＴ抗原は、たとえば、カタログ番号ＰＲＯ−２９７でＰｒｏｓｐｅｃから市販されている。
【００７６】
好ましくは、複数の抗原は本発明の抗原のセットを含む。さらに他の実施形態では、複数の抗原（又は抗原プローブのセット）は、そのサブセット、たとえば、それぞれ本発明の抗原から選択される少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０又は１１の異なった抗原のサブセットを含む、又はそれから成るが、その際、各可能性は本発明の別々の実施形態を表す。そのようなサブセットは、診断アッセイの最適な感度及び／又は特異性を生じるように選択され得る。他の実施形態では、プローブのセットは１０までの、又は他の実施形態では、１５、２０、３０、４０若しくは５０までの異なった抗原を含む。そのようなプローブのセットがＳＬＥの被験者を確実に特定するのに十分であるとみなされる一方で、本発明の抗原プローブのセットは、特定に実施形態では、さらに多数の抗原、たとえば２５以上の抗原を含む抗原アレイの形態で好都合に使用され得ることが留意されるべきである。
【００７７】
特定の実施形態によれば、本発明の抗原プローブのセットは、ＳＬＥの診断のために本明細書で詳説されるようなＣＤ９９、ＩＧＦＢＰ１、ヒアルロン酸、ＭＰＯ、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、及びカルジオリピンから選択される複数の抗原を含む。
【００７８】
別の実施形態では、複数の抗原はヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ及びｄｓＤＮＡから成る。本明細書で開示されるように、抗原のこのサブセットは、ＳＬＥの被験者から得られた血清におけるＩｇＧ抗体との上方調節された反応性を示した。別の実施形態では、複数の抗原はＣＤ９９、ＭＰＯ、ＩＧＦＢＰ１及びカルジオリピンから成る。本明細書で開示されるように、抗原のこのサブセットは、ＳＬＥの被験者から得られた血清におけるＩｇＭ抗体との下方調節された反応性を示した。
【００７９】
別の実施形態では、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＣＤ９９、ＭＰＯ及びコラーゲンＩＩＩの抗原から成るプローブのセットは、腎臓寛解のＳＬＥ被験者とＳＬＥに罹っていない健常な人の間を識別するのに十分である。別の実施形態では、複数の抗原はヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ及びｄｓＤＮＡから成る。本明細書で開示されるように、抗原のこのサブセットは、ＳＬＥ、特に腎臓寛解のＳＬＥの被験者から得られた血清におけるＩｇＧ抗体との上方調節された反応性を示した。別の実施形態では、複数の抗原はＣＤ９９、ＭＰＯ及びコラーゲンＩＩＩから成る。本明細書で開示されるように、抗原のこのサブセットは、ＳＬＥ、たとえば、腎臓寛解のＳＬＥの被験者から得られた血清におけるＩｇＭ抗体との下方調節された反応性を示した。
【００８０】
本発明のアッセイで使用される抗原プローブは当該技術で周知の方法を用いて精製又は合成され得る。たとえば、抗原タンパク質又は抗原ペプチドは、固相（たとえば、Ｂｏｃ−又はｆ−Ｍｏｃ化学反応）合成法又は液相合成法を含むが、これらに限定されない既知の組換え法又は合成法を用いて製造され得る（Ｓｔｅｗａｒｔ  ａｎｄ  Ｙｏｕｎｇ，  １９６３；  Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ，  １９７３；  Ｓｃｈｒｏｄｅｒ  ａｎｄ  Ｌｕｐｋｅ，  １９６５；  Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１）。当業者は、本発明の抗原プローブを入手する又は合成するのに必要とされる専門技術を持つであろう。抗原プローブの一部は、本明細書で以下の詳説されるように、たとえば、Ｓｉｇｍａ（米国、ＭＯ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ）、Ｐｒｏｓｐｅｃ（イスラエル、Ｎｅｓｓ−Ｚｉｏｎａ）、Ａｂｎｏｖａ（台湾、台北）、Ｍａｔｒｅｙａ  ＬＬＣ（米国、ＰＡ、Ｐｌｅａｓａｎｔ  Ｇａｐ）、Ａｖａｎｔｉ  Ｐｏｌａｒ  Ｌｉｐｉｄｓ（米国、ＡＬ、Ａｌａｂａｓｔｅｒ）、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ（米国、ＣＡ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）、Ｃｈｅｍｉｃｏｎ（米国、ＣＡ、Ｔｅｍｅｃｕｌａ）、ＧｅｎｅＴｅｘ（米国、ＴＸ、Ｓａｎ  Ａｎｔｏｎｉｏ）、Ｎｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ（米国、ＣＯ、Ｌｉｔｔｌｅｔｏｎ）、Ａｓｓａｙ  Ｄｅｓｉｇｎｓ（米国、ＭＩ、Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ）、ＰｒｏＳｃｉ  Ｉｎｃ．（米国、ＣＡ、Ｐｏｗａｙ）、ＥＭＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（米国、ＣＡ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）、Ｃａｙｍａｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ（米国、ＭＩ、Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ）、ＨｙＴｅｓｔ（フィンランド、Ｔｕｒｋｕ）、Ｍｅｒｉｄｉａｎ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ（米国、ＴＮ、Ｍｅｍｐｈｉｓ）及びＢｉｏｄｅｓｉｇｎ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ（米国、ＭＥ、Ｓａｃｏ）からも市販されている。
【００８１】
本発明は、抗原プローブと同様にそのホモログ、断片及び誘導体を、これらホモログ、断片及び誘導体がこれらの抗原プローブと免疫的に交差反応性である限り、利用することが留意されるべきである。用語「免疫的に交差反応性」は本明細書で使用されるとき、同一の抗体によって特異的に結合される２以上の抗原を指す。用語「ホモログ」は本明細書で使用されるとき、抗原のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％の同一性を有するペプチドを指す。交差反応性は、たとえば、競合アッセイ（既知の抗原に対する抗体の結合を競合的に阻害する試験抗原の能力を測定する）のような多数の免疫アッセイ法のいずれかによって決定することができる。
【００８２】
用語「断片」は本明細書で使用されるとき、抗原プローブと免疫的に交差性のままであり、たとえば、標的抗原を免疫特異的に認識するポリペプチドの一部又はポリペプチド類似体を指す。断片は、各抗原の約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約９５％の長さを有し得る。
【００８３】
用語ペプチドは通常、約５０アミノ酸残基までの長さのポリペプチドを指す。特定の実施形態によれば、本発明の抗原ペプチドは１０〜５０アミノ酸の長さであってもよく、通常、約１０〜３０又は約１５〜２５のアミノ酸の長さである。
【００８４】
その用語は、自然のペプチド（分解生成物、合成的に合成されたペプチド又は組換えペプチド）、ペプチド模倣体（通常、合成的に合成されたペプチド）及びペプチド類似体ペプトイド及びセミペプトイドを包含し、たとえば、生体内でペプチドをさらに安定にする又は細胞への侵入をさらに可能にする修飾を有し得る。そのような修飾には、Ｎ末端修飾；Ｃ末端修飾；ＣＨ２−ＮＨ、ＣＨ２−Ｓ、ＣＨ２−Ｓ＝Ｏ、Ｏ＝Ｃ−ＮＨ、ＣＨ２−Ｏ、ＣＨ２−ＣＨ２、Ｓ＝Ｃ−ＮＨ、ＣＨ＝ＣＨ及びＣＦ＝ＣＨを含むが、これらに限定されないペプチド結合の修飾；主鎖の修飾；及び残基の修飾が挙げられるが、これらに限定されない。
【００８５】
カルボキシアミドとして、還元された末端アルコールとして又は薬学上許容可能な塩として、たとえば、ナトリウム塩、カリウム塩、リチウム塩若しくはカルシウム塩を含む金属塩として、又は有機塩基との塩として、又は硫酸、塩酸若しくはリン酸を含む無機酸又は酢酸若しくはマレイン酸のような有機酸との塩として、末端カルボキシ酸を有する本発明の抗原を使用してもよい。
【００８６】
機能的な誘導体は、前記ペプチドのアミノ酸側鎖及び／又はカルボキシ部分及び／又はアミノ部分への化学修飾から成る。そのような誘導体化された分子には、たとえば、遊離のアミノ基が誘導体化されてアミン塩酸塩、ｐ−トルエンスルホニル基、カルボベンゾキシ基、ｔ−ブチルオキシカルボニル基、クロロアセチル基又はホルミル基を形成する分子が挙げられる。遊離のカルボキシル基は誘導体化されて塩、メチル及びエチルエステル又は別の型のエステル又はヒドラジドを形成してもよい。遊離のヒドロキシル基が誘導体化されてＯ−アシル又はＯ−アルキル誘導体を形成してもよい。ヒスチジンのイミダゾール窒素を誘導体化してＮ−ｉｍ−ベンジルヒスチジンを形成してもよい。化学誘導体としても挙げられるのは、２０の標準アミノ酸残基の天然に存在する又は修飾された１以上のアミノ酸誘導体を含有するポリペプチドである。たとえば、４−ヒドロキシルプロリンがプロリンについて置換されてもよく；５−ヒドロキシルリジンがリジンについて置換されてもよく；３−メチルヒスチジンがヒスチジンについて置換されてもよく；ホモセリンがセリンについて置換されてもよく；及びオルニチンがリジンについて置換されてもよい。
【００８７】
本明細書に記載されるアミノ酸残基は、特に指示されない限り、「Ｌ」異性体の形態である。しかしながら、ペプチドが所望の抗体特異性を実質的に保持する限り、Ｌ−アミノ酸残基について「Ｄ」異性体形態が置換され得る。
【００８８】
好適な類似体は、現在標準のペプチド合成法及び装置又は組換え法によって容易に合成され得る。そのような類似体はすべて本質的に、そのアミノ酸配列に関して本発明の抗原に基づくが、１以上の欠失した、置換された又は付加されたアミノ酸残基を有するであろう。アミノ酸残基が置換される場合、想定されるそのような保存的置き換えは、ポリペプチドの構造又は抗原性を有意に変化させないものである。たとえば、塩基性アミノ酸は他の塩基性アミノ酸で置き換えられ、酸性のものは酸性のもので、中性のものは中性のもので置き換えられるであろう。上記で詳説したような保存的置換を含む類似体に加えて、類似体が本発明のペプチドと免疫的に交差反応性である限り、非保存的アミノ酸置換を含む類似体がさらに熟考される。
【００８９】
他の態様では、これらのペプチドをコードする核酸と、これらの核酸を含むベクターと、それらを含有する宿主細胞が提供される。これらの核酸、ベクター及び宿主細胞は当該技術で既知の組換え法によって容易に作製される（たとえば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１を参照）。たとえば、本発明の抗原をコードする単離された核酸は、その天然の供給源から、遺伝子全体（すなわち、完全な遺伝子）又はその一部として得ることができる。組換えＤＮＡ技術（たとえば、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）増幅、クローニング）又は化学合成を用いて核酸分子を作製することができる。核酸配列には、そのような修飾が本発明の機能的ペプチドをコードする核酸分子の能力を実質的に妨害しないような方法でヌクレオチドが挿入、欠失、置換及び／又は反転された天然の対立遺伝子変異体及び修飾された核酸配列を含むが、これらに限定されない天然の核酸配列及びそのホモログが挙げられる。
【００９０】
本発明のアッセイで使用される脂質抗原は当該技術で周知の方法を用いて精製又は合成され得る（たとえば、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｏｆ  Ｌｉｐｉｄｓ，  Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｓ，  ａｎｄ  Ｍｅｍｂｒａｎｅｓ，  ４．ｓｕｐ．ｔｈ  Ｅｄ．（２００２；  Ｖａｎｃｅ  Ｄ  Ｅ  ａｎｄ  Ｖａｎｃｅ，  Ｊ  Ｅ，  ｅｄｉｔｏｒｓ；  Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，  Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，  Ｂｏｓｔｏｎ）；  Ｅｎｚｙｍｅｓ  ｉｎ  Ｌｉｐｉｄ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ  （２０００；  Ｂｏｒｎｓｈｅｕｅｒ，  Ｕ  Ｔ，  ｅｄｉｔｏｒ；  Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ，  Ｗｅｉｎｈｅｉｍ，  Ｎ．Ｙ．）；  Ｌｉｐｉｄ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ａｎｄ  Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｅ  （１９９９；  Ｇｕｎｓｔｏｎｅ，  Ｆ  Ｄ，  ｅｄｉｔｏｒ；  Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄ  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｓｈｅｆｆｉｅｌｄ，  Ｅｎｇｌａｎｄ；  ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，  Ｆｌａ．）；  Ｌｉｐｉｄ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，  ５．ｓｕｐ．ｔｈ  Ｅｄ  （２００２；  Ｇｕｒｒ，  Ｍ  Ｉ，  Ｈａｒｗｏｏｄ，  Ｊ  Ｌ，  ａｎｄ  Ｆｒａｙｎ，  Ｋ  Ｎ，  ｅｄｉｔｏｒｓ；  Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，  Ｏｘｆｏｒｄ，  Ｍａｌｄｅｎ，  Ｍａｓｓを参照）。別の実施形態では、本発明のアッセイで使用される脂質抗原は、本明細書で以下に詳説されるように商業的に購入され得る。
診断方法
【００９１】
一部の実施形態によれば、本発明はＳＬＥの検出に有用な診断方法を提供する。
【００９２】
一部の実施形態によれば、本発明の方法は、ヒアルロン酸、ＣＤ９９、ＩＧＦＢＰ１、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される複数の抗原に対する試験被験者から得た試料中の抗体の反応性を測定し、それによって複数の抗原に対する試料中の反応性パターンを決定し、対照の反応性パターンと前記試料中の反応性パターンを比較することによって達成される。一実施形態では、対照試料の反応性パターンと比較した前記試料中の反応性パターンの有意な差異は被験者がＳＬＥに罹っていることを示す。
【００９３】
本明細書で使用されるとき、「複数の抗原」に対する「試料中の抗体の反応性」は、複数の抗原から選択される特定の抗原に対する試料中の各抗体の免疫反応性を指す。抗原に対する抗体の免疫反応性、すなわち、抗原を特異的に結合する能力を用いて試料中の抗体の量を測定し、それによって定量的アッセイを提供し得る。試料中の調べられた抗体のそれぞれの計算されたレベルをそれら抗原に対する試料の反応性パターンと選択的に呼ぶ。
【００９４】
ある抗原に「向けられた」ある抗体は、本明細書で使用されるとき、その抗原を特異的に結合することが可能である抗体である。複数の抗原に向けられた抗体のレベルを決定することは試料中の各抗体のレベルを測定することを含み、その際、各抗体は、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＣＤ９９、ＭＰＯ、ＩＧＦＢＰ１、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから選択される特定の抗原に向けられる。この工程は通常、本明細書で詳説されるような免疫アッセイを用いて実施される。
【００９５】
他の実施形態では、前記複数の抗原に対する前記試料中の抗体の反応性（及び試料中の調べられた抗体それぞれのレベル）を測定することは以下の過程によって実施される：
（ｉ）特異的な抗原／抗体複合体が形成され得るような条件下で試料を前記複数の抗原を含む抗原プローブのセットに接触させることと、
（ｉｉ）各抗原プローブについて形成される抗原／抗体複合体の量を定量すること。
【００９６】
抗原／抗体複合体の量は、試料中の調べられた抗体のレベル（又は抗原との試料の反応性）を示す。
【００９７】
特定の実施形態では、試験試料及び対照試料はＩｇＧ抗体及び／又はＩｇＭ抗体を含む。特に試験試料及び対照試料はＩｇＧ抗体及びＩｇＭ抗体を含み得る。さらに別の好まれる実施形態では、試験試料及び対照試料は複数のＩｇＧ抗体及び複数のＩｇＭ抗体を含む。別の実施形態では、本発明の複数の抗原に由来する特定に抗原に対する少なくとも１つの抗体の反応性は上方調節される。別の実施形態では、特定に抗原に対する少なくとも１つの抗体の反応性は下方調節される。
【００９８】
別の態様によれば、本発明は、被験者がＳＬＥを発症するリスクにあるかどうかを評価する方法を提供し、該方法は、（ｉ）ヒアルロン酸、ＣＤ９９、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、ＩＧＦＢＰ１、カルジオリピン、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、アクチン、ＢＭＰ４、ＣＭＶ、Ｆ５０、ＨＧＦ、ＨＲＰ、ＨＳＰ６０ｐ１８、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴから成る群から選択される複数の抗原に対する被験者から得た試料中のＩｇＧ抗体及びＩｇＭ抗体の反応性を測定し、それによって複数の抗原に対する試料中の反応性パターンを決定することと、（ｉｉ）対照の反応性パターンと試料中の反応性パターンを比較することを含み、対照の反応性パターンと比較した被験者から得た前記試料中の反応性パターンの有意な差異は、被験者がＳＬＥに罹っているという指摘である。
【００９９】
例となる実施形態によれば、複数の抗原は、ヒアルロン酸、ＣＤ９９、ＥＢＶ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ＭＰＯ、ＩＧＦＢＰ１、カルジオリピン及びコラーゲンＩＩＩから成る。別の実施形態によれば、複数の抗原は、ヒアルロン酸、ＣＤ９９、ＭＰＯ、ＩＧＦＢＰ１及びコラーゲンＩＩＩから成る。
【０１００】
一部の実施形態では、本発明の方法は、本明細書で詳説するように、ＳＬＥの亜型のための特異的な生体マーカーとして抗体の情報が得られるパターンを情報的に特徴付けるための抗原マイクロアレイ方式を採用する。
【０１０１】
診断方法はその感度及び特異性で異なる。診断アッセイの「感度」は、検査で陽性と出る病気の個体の比率（「真の陽性」の比率）である。アッセイで検出されない病気の個体は「偽陰性」である。病気ではなく、アッセイで陰性と出る被験者は「真の陰性」と呼ばれる。診断アッセイの「特異性」は１マイナス偽陽性率であり、その際、「偽陽性」率は検査では陽性と出る病気ではない者の比率として定義される。
【０１０２】
一部の実施形態では、複数の抗原は、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は少なくとも９９％の特異性と組み合わせた少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも９９％の感度を示すように選択される。一部の実施形態では、感度及び特異性の双方が少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％である。
【０１０３】
一実施形態では、方法は、対照被験者（たとえば、ＳＬＥに罹っていない健常な人）と比較した場合、少なくとも７０％の感度で少なくとも８５％の特異性でＳＬＥを識別する。別の実施形態では、方法は、対照被験者と比べた場合、少なくとも８０％の感度で少なくとも９０％の特異性でＳＬＥを識別する。別の実施形態では、方法は、対照被験者と比べた場合、少なくとも９０％の感度で少なくとも９０％の特異性でＳＬＥを識別する。
抗体、試料及び免疫アッセイ
【０１０４】
抗体又は免疫グロブリンは、ジスルフィド結合で一緒に連結された２つの重鎖と２つの軽鎖を含み、各軽鎖は「Ｙ」形の構造にてジスルフィド結合によって各重鎖に連結される。各重鎖は一方の末端に可変ドメイン（ＶＨ）を有し、その後に多数の定常ドメイン（ＣＨ）が続く。各軽鎖は一方の末端に可変ドメイン（ＶＬ）を、他方の末端に定常ドメイン（ＣＬ）を有し、軽鎖の可変ドメインは重鎖の可変ドメインと共に並び、軽鎖の定常ドメインは重鎖の第１定常ドメイン（ＣＨ１）と共に並ぶ。軽鎖と重鎖の各対の可変ドメインは抗原結合部位を形成する。
【０１０５】
重鎖のアイソタイプ（ガンマ、アルファ、デルタ、イプシロン又はミュー）は免疫グロブリンのクラス（それぞれＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ又はＩｇＭ）を決定する。軽鎖は、あらゆる抗体クラスに見られる２つのアイソタイプ（カッパκ又はラムダλ）のいずれかである。
【０１０６】
用語「抗体（単数）」又は「抗体（複数）」が使用される場合、これは、たとえば、ポリクローナル抗体又はモノクローナル抗体（ｍＡｂｓ）のような無処理の抗体と同様にたとえば、Ｆａｂ又はＦ（ａｂ’）２断片のようなそのタンパク分解断片を含むことが意図されることが理解されるべきである。本発明の範囲内（たとえば、本明細書で詳説されるような免疫アッセイ試薬のような））にさらに含まれるのは、キメラ抗体、組換え抗体及び遺伝子操作抗体、及びそれらの断片である。
【０１０７】
軽鎖及び重鎖双方の可変領域全体又は本質的に全体を含む例となる機能的な抗体断片は以下のように定義される：
（ｉ）Ｆｖ：２つの鎖として発現される軽鎖の可変領域と重鎖の可変領域から成る遺伝子操作された断片として定義される；
（ｉｉ）単鎖Ｆｖ（「ｓｃＦｖ」）：好適なポリペプチドリンカーで連結された軽鎖の可変領域と重鎖の可変領域を含む遺伝子操作された単鎖分子；
（ｉｉｉ）Ｆａｂ：抗体全体を酵素パパインで処理し、無傷の軽鎖と、重鎖の可変ドメイン及びＣＨ１ドメインから成る重鎖のＦｄ断片とを得ることによって得られる抗体分子の一価の抗原結合部分を含有する抗体分子の断片；
（ｉｖ）Ｆａｂ’：抗体全体を酵素ペプシンで処理し、その後還元する（抗体分子当たり２つのＦａｂ’断片が得られる）ことによって得られる抗体分子の一価の抗原結合部分を含有する抗体分子の断片；並びに
（ｖ）Ｆ（ａｂ’）２：抗体全体を酵素ペプシンで処理（すなわち、２つのジスルフィド結合によって一緒に保持されるＦａｂ’断片の二量体）することによって得られる抗体分子の一価の抗原結合部分を含有する抗体分子の断片。
【０１０８】
用語「抗原」は本明細書で使用されるとき、抗体によって結合され得る分子又は分子の一部である。抗原は通常、動物が抗原のエピトープに結合することが可能である抗体を産生するよう仕向けることが可能である。抗原は１以上のエピトープを有し得る。上記で指す特異的な反応は、抗原が高度に選択的な方法でそれに相当する抗体と反応し、他の抗原によって誘発され得る多数の他の抗体とは反応しないことを指すこととする。「抗原性ペプチド」は抗体を特異的に結合することが可能であるペプチドである。
【０１０９】
別の実施形態では、抗原プローブを特異的に結合する抗体の能力の検出は、特異的な抗原／抗体複合体の形成を定量することによって実施され得る。用語「特異的に結合する」は本明細書で使用されるとき、抗体の抗原への結合が無関係な分子の存在によって競合的に阻害されないことを意味する。
【０１１０】
特定の実施形態では、本発明の方法は、被験者から単離されたＩｇＧアイソタイプの抗体を、又は他の実施形態では、ＩｇＭの抗体を特異的に結合する本発明の抗原の能力を測定することによって実施される。
【０１１１】
被験者から好適な抗体を含有する生体試料を得る方法は、十分に当業者の能力の範囲内である。通常、好適な試料は、全血及びたとえば、血漿や血清のようなそれに由来する生成物を含む。他の実施形態では、他の抗体含有試料、たとえば、ＣＳＦ、尿及び唾液の試料が使用され得る。
【０１１２】
多数の周知の流体採取方法を利用して、本発明の方法を実施するために被験者から生体試料を採取することができる。
【０１１３】
本発明によれば、被験者のペプチドと共に好適な免疫アッセイを使用することができる。そのような技法は当業者に周知であり、多数の標準的な免疫学のマニュアル及び教科書に記載されている。特定の好ましい実施形態では、抗原プローブアレイに基づいた方法を用いて、抗原プローブを特異的に結合する抗体の能力を測定する。好ましくは、血清に含有される抗体と不動化された抗原プローブとの間の特異的な結合を可能にするように被験者の好適に希釈された血清（たとえば、１：１０に希釈された）と共にアレイをインキュベートし、未結合の血清をアレイから洗い流し、所望のアイソタイプの抗体の検出可能な標識を結合したリガンドと共に、洗浄したアレイをインキュベートし、未結合の標識をアレイから洗い流し、各抗原プローブに結合した標識のレベルを測定する。
【０１１４】
一部の態様によれば、本発明の方法は本発明の発明者らの一部へのＷＯ０２／０８７５５及びＵ．Ｓ．２００５／０２６０７７０に開示されたような抗原アレイを用いて実践され得る。ＷＯ０２／０８７５５は、クラスタリングのための方式と製造物品を指向し、それによって疾患の診断を必要とする又は治療のモニタリングを必要とする患者被験者に由来する血清の不確定な免疫グロブリンと反応性である所定の抗原を特定する。さらに開示されているのは、複数の抗原の抗原サブセットをクラスタリングする工程を採用する診断方法及びこれら診断方法に有用な方式であり、複数の抗体と反応性である前記抗原サブセットは複数の抗原に由来し、得られたクラスターを持つ被験者の抗体に会合する又はそれを解離する。本発明の発明者らの一部への米国特許出願公開番号２００５／０２６０７７０は、抗原アレイ方式と診断へのその使用を開示している。該出願は、抗原プローブのセットの各抗原プローブを特異的に結合する被験者の免疫グロブリンの能力を測定することを含む、被験者における免疫疾患、特にＩ型糖尿病又はそれへの素因を診断する方法を提供する。前記開示の教示は本明細書で完全に言及されるかのようにその全体が本明細書に組み入れられる。
【０１１５】
他の実施形態では、酵素結合免疫吸収アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、多重ビーズ（たとえば、Ｌｕｍｉｎｅｘによって作製された方式）によるフローサイトメトリー、表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）、偏光解析法、及びたとえば、レーザー走査、光検出、光電子増倍管を介した光子検出、デジタルカメラに基づく方式又はビデオ方式による写真撮影、放射線計数、蛍光検出、電子検出、磁気検出及び抗原／抗体結合の定量的測定を可能にするそのほかの方式を採用する種々のそのほかの免疫アッセイを限定しないで含む種々のそのほかの免疫アッセイが使用され得る。
【０１１６】
本発明の方法に好適なアレイを調製するために種々の方法が開発されている。最先端の方法には、平面支持体、通常、顕微鏡スライドのようなガラス支持体の表面上における接近して間隔を空けた特定のアドレス可能な位置に抗原プローブを含有する別個の溶液を塗布する又はそれで「スポット」を作り、それに続いて好適な熱処理及び／又は化学処理によって処理し、支持体の表面に抗原プローブを付着させるロボット装置の使用が関与する。好都合なことに、表面上にエポキシ基のような反応性基の層を残す化学処理によって先ず、ガラス表面を活性化し、それは、遊離のアミン基又はチオール基を含有する任意の分子を共有結合する。好適な支持体には、シリコン、ニトロセルロース、紙、セルロース性支持体なども挙げられ得る。
【０１１７】
好ましくは、アレイの特定のアドレス可能な位置に付着させる本発明の各抗原プローブ又は別個のサブセットの抗原プローブは、統計的に強固なデータの生成を可能にするために、アレイの少なくとも２つ、さらに好ましくは３つの別々の特定のアドレス可能な位置に独立して付着させる。
【０１１８】
本発明の抗原プローブに加えて、アレイは対照抗原プローブ又はそのほかの標準的化学物質を有利に含み得る。そのような対照抗原プローブは標準化対照プローブを含み得る。標準化対照プローブから得られるシグナルは、結合条件、標識の強度、「読み取り」効率及び所与の結合している抗体／プローブリガンドの相互作用を変動させるそのほかの因子における変動についての対照を提供する。たとえば、抗原プローブアレイのそのほかの抗原プローブすべてから読み取られる蛍光強度のようなシグナルは、標準化対照プローブからのシグナル（たとえば、蛍光強度）によって分割され、それによって測定値を標準化する。標準化対照プローブは抗原プローブのアレイ上で種々のアドレス可能な位置に結合し、抗体／リガンドプローブの効率における空間変動を制御することができる。好ましくは、標準化対照プローブは、アレイの角又は縁に位置してアレイの中央と同様に縁効果を制御する。
【０１１９】
標識された抗体リガンドは、種々の好適な型の抗体リガンドのいずれであってもよい。好ましくは、抗体リガンドは、使用される被験者の抗体のＦｃ部分を特異的に結合することが可能である抗体である。たとえば、被験者の抗体がＩｇＭアイソタイプである場合、抗体リガンドは好ましくは、被験者のＩｇＭ抗体のＦｃ領域に特異的に結合することが可能である抗体である。
【０１２０】
被験者の抗体のリガンドを種々の種類の検出可能な標識に抱合させてもよい。好ましくは、標識は蛍光色素分子であり、最も好ましくはＣｙ３である。或いは、蛍光色素分子は、Ｃｙ５、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、フィコエリスリン（ＰＥ）、ローダミン、テキサスレッドなどを含む種々の蛍光色素分子のいずれかであってもよい。特定のアイソタイプの抗体に特異的な、好適な蛍光色素分子を結合した抗体は、供給業者から広く入手可能であり、その製造方法は定評がある。
【０１２１】
応用や目的によって、その抗原プローブに結合する能力を種々の方法で解析するために被験者の抗体を単離してもよい。被験者の抗体が血液の血清又は血漿又はその希釈物（たとえば、１：１０希釈）の形態にて好適で、好都合であり得る一方で、抗原プローブを特異的に結合するその能力について調べる前に所望の程度の精製に抗体を供してもよい。被験者の抗体全体又は抗体の可変領域を含む被験者の抗体断片を用いて本発明の方法を実践してもよい。
データ解析
【０１２２】
一部の実施形態では、本発明の方法は、ＳＬＥの亜型を有する被験者の反応性パターンと対照被験者の反応性パターンの間を識別するために、学習とパターン認識のアナライザ、クラスタリングアルゴリズム等の使用を採用してもよい。たとえば、方法は、複数の抗原に対する試験試料中の抗体の反応性を測定することと、そのようなアルゴリズム及び／又はアナライザを用いて、得られたパターンを陰性及び陽性の対照試料の反応性パターンと比較することを含み得る。
【０１２３】
従って、別の実施形態では、対照試料の反応性パターンと比較した試験試料中の反応性パターンの有意な差異は、差異が学習とパターン認識のアルゴリズムを用いて計算される場合、被験者がＳＬＥに罹っていることを示す。たとえば、アルゴリズムには、主成分分析（ＰＣＡ）、部分最小二乗法（ＰＬＳ）、多重線形回帰（ＭＬＲ）、主成分回帰（ＰＣＲ）、線形判別解析（ＬＤＡ）を含む判別関数解析（ＤＦＡ）、並びに最近傍アルゴリズム、人工神経ネットワーク、連結二方向クラスタリングアルゴリズム、多層パーセプトロン（ＭＬＰ）、生成回帰神経ネットワーク（ＧＲＮＮ）、ファジー推論システム（ＦＩＳ）、自己組織化マップ（ＳＯＭ）、遺伝アルゴリズム（ＧＡＳ）、ニューロファジーシステム（ＮＦＳ）、適応共鳴理論（ＡＲＴ）を含むクラスター解析を含むが、これらに限定されない統計アルゴリズムを含む監視型又は非監視型の分類子が、限定しないで挙げられ得る。
【０１２４】
特定の実施形態では、所定のカットオフに対して（又は多数の所定のカットオフに対して）試験試料中で定量された各抗体の量を比較するために１以上のアルゴリズム又はコンピュータプログラムを使用してもよい。或いは、ヒトによって手動で必要な工程を実施するための１以上の指示書が提供され得る。
【０１２５】
パターン解析を決定し、比較するためのアルゴリズムには、主成分分析、フィッシャー線形解析、神経ネットワークアルゴリズム、遺伝アルゴリズム、ファジー論理様式認識などが挙げられるが、これらに限定されない。解析が完了した後、得られた情報はディスプレイに表示することができ、ホストコンピュータに送信することができ、その後の検索のために保存装置に保存することができる。
【０１２６】
アルゴリズムの多くは、神経ネットワークに基づいたアルゴリズムである。神経ネットワークは入力層と、処理層と出力層を有する。神経ネットワークにおける情報は処理層全体を介して分配される。処理層はノードへの相互接続によってニューロンを刺激するノードで構成される。データの収集における基礎的なパターンを示す統計的な解析と同様に、神経ネットワークは所定の基準に基づいてデータの収集における一貫したパターンを検索する。
【０１２７】
好適なパターン認識アルゴリズムには、主成分分析（ＰＣＡ）、フィッシャー線形判別解析（ＦＬＤＡ）、クラス類似性のソフト独立型モデリング（ＳＩＭＣＡ）、Ｋ−最近傍（ＫＮＮ）、神経ネットワーク、遺伝アルゴリズム、ファジー論理及びそのほかのパターン認識のアルゴリズムが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、フィッシャー線形判別解析（ＦＬＤＡ）及び模範判別解析（ＣＤＡ）及びその組み合わせを用いて出力の特徴とデータベースから利用できるデータを比較することができる。
【０１２８】
他の実施形態では、主成分分析が使用される。主成分分析（ＰＣＡ）には、多数の相関する変数を少数の非相関変数に変換する数学的技法が関与する。少数の非相関変数は主成分として知られる。第１の主成分又は固有ベクトルはデータにおけるできるだけ多くの変動性を説明し、各連続成分はできるだけ多くの残りの変動性を説明する。ＰＣＡの主な目的はデータの次元性を減らし、新しい基礎的な変数を特定することである。
【０１２９】
主成分分析は、２つ以上の共分散行列の構造を階層的な方法で比較する。たとえば、１つの行列は、単一の定数に行列の各要素が乗じられることを除いて別の行列と同一であり得る。従って、行列は互いに比例する。さらに詳しくは、行列は同一の固有ベクトル（又は主成分）を共有するが、その固有ベクトルは定数が異なる。行列間の別の関係は、それらが一般に主成分を共有するが、その固有ベクトルは異なるということである。主成分分析で使用される数学的技法は、固有解析と呼ばれる。最大の固有値に関連する固有ベクトルは第１の主成分として同じ方向を有する。２番目に大きな固有値に関連する固有ベクトルは第２の主成分の方向を決定する。固有値の合計は正方行列のトレースに等しく、固有ベクトルの最大数はこの行列の行の数に等しい。
【０１３０】
別の実施形態では、アルゴリズムは分類子である。分類子の１つの型は、トレーニングセットからのデータを伴ったアルゴリズムを「トレーニング」することによって創られ、その性能は、試験セットデータによって評価される。本発明と併せて使用される分類子の例は、判別解析、決定木解析、受信者動作曲線又は分割スコア解析である。
【０１３１】
用語「決定木」は、分類に採用されるフローチャート様の木構造を持つ分類子を指す。決定木はサブセットへのデータセットの分割の繰り返しから成る。各分割は、変数１つに適用される単純な規則から成り、たとえば、「変数１」の値が「閾値１」より大きければ、左に行き、それ以外は右に行く。従って、所与の特徴の空間は長方形のセットに区画化され、各長方形がクラス１つに割り振られる。
【０１３２】
用語「試験セット」又は「未知の」又は「検証セット」は、トレーニングセットに含まれない項目から成る利用可能なデータセット全体のサブセットを指す。試験データを適用して分類子の性能を評価する。
【０１３３】
用語「トレーニングセット」又は「既知のセット」又は「参照セット」は、利用可能なデータセット全体のそれぞれのサブセットを指す。このサブセットは通常、無作為に選択され、分類子の構築を目的に単に使用される。
ＳＬＥを診断すること
【０１３４】
本発明の方法は、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を診断するのに有用である。一部の実施形態では、ＳＬＥは皮膚ＳＬＥである。追加の実施形態では、前記ＳＬＥは亜急性の皮膚ＳＬＥ又はＳＣＬＥである。たとえば、腎炎、腎臓外、脳炎、小児の、非腎臓の、円板状の（ＤＬＥ）及び脱毛症のようなループスのそのほかの形態も本発明の方法及びキットを用いて診断され得る。各可能性は本発明の別々の実施形態を表す。「ループス」は本明細書で使用されるとき、結合組織を攻撃する抗体を含む自己免疫疾患又は障害である。
【０１３５】
本明細書で使用されるとき、用語「診断すること」又は「診断」は、たとえば、個体から得た生体試料（たとえば、血清）における抗体の、複数の抗原に対する反応性を検出することを含む、特に種々の診断手順の結果から兆候、症状によって医学的状態又は疾患（たとえば、ＳＬＥ）を特定する過程を指す。さらに、本明細書で使用されるとき、用語「診断すること」又は「診断」は、疾患をスクリーニングすること、疾患の存在又は重症度を検出すること、１以上の類似の又は同一の症状を特徴とし得るそれら疾患を含むそのほかの疾患からある疾患を区別すること、疾患の予後を提供すること、疾患の予後又は再発をモニタリングすること、並びに治療有効性及び／又は疾患、障害若しくは状態の再発の評価、並びに疾患のための治療法及び／又は治療を選択すること、疾患の所与の治療法の最適化、疾患の治療をモニタリングすること、及び／又は特定の患者若しくは亜集団についての治療法の好適性を予測すること、又は患者若しくは亜集団にて治療製品の適切な用量を決定することを包含する。
【０１３６】
本明細書の以下（実施例４）で実証されるように、健康な状態にあり、標準の抗ＤＮＡ抗体が陰性であったときの被験者から試料を得たが、８ヵ月後、彼女は非特異的な症状に悩まされ始め、最終的にはさらに７ヵ月後、ＳＬＥの診断基準を満たすことが見い出された。従って、抗原マイクロアレイの特徴は前臨床ＳＬＥも検出し得る。特定の実施形態では、本発明の方法及びキットは前臨床ＳＬＥを診断するのに有用である。さらに別の特定の実施形態では、本発明の方法及びキットはＳＬＥの早期検出に有用である。
【０１３７】
一実施形態では、本発明の方法に従って診断される被験者は症候性である。他の実施形態では被験者は無症候性である。
【０１３８】
診断手順は生体内又は試験管内で、好ましくは試験管内で実施することができる。
ＳＬＥを診断する基準
【０１３９】
１９８２年の米国リウマチ学会（ＡＣＲ）の基準はＳＬＥを診断するのに必要な特徴を要約している。１１の基準のうち４つの存在はＳＬＥについて８５％の感度と９５％の特異性を生じる。ＳＬＥ患者は臨床的特徴とループスの血清学的な証拠の組み合わせを示し得る。
・漿膜炎−検査又は診断用ＥＣＧ又は画像化にて胸膜炎、心膜炎
・口腔潰瘍−普通、疼痛なしで口腔又は鼻咽腔；口蓋が最も特徴的である
・関節炎−非糜爛性、圧痛又は腫脹を伴った２箇所以上の末梢の関節
・光過敏症−光への暴露に対する異常な皮膚の反応
・血液障害−白血球減少症（２回以上にわたって＜４×１０３個／μＬ）、リンパ球減少症（２回以上にわたって＜１５００個／μＬ）、血小板減少症（原因薬物の非存在下で＜１００×１０３個／μＬ）、溶血性貧血
・腎臓の関与−タンパク尿（＞０．５ｇ／ｄ又は尿検査で３＋陽性）又は細胞円柱
・ＡＮＡ−高い力価が一般に特異的（＞１：１６０）；薬剤誘発のループスに関連した薬物の非存在下でなければならない
・免疫的な現象−ｄｓＤＮＡ；抗スミス（Ｓｍ）抗体、抗リン脂質抗体（抗カルジオリピン免疫グロブリンＧ［ＩｇＧ］又は免疫グロブリンＭ［ＩｇＭ］又はループス性抗凝固因子）、梅毒、エリテマトーデス（ＬＥ）細胞についての生物学的に疑陽性の血清学試験の結果（１９９７年に省略された）
・神経障害−他の原因の非存在下にて痙攣発作又は精神病
・頬部発疹−頬及び鼻梁にわたる固定された紅斑、平坦又は隆起
・円板状発疹−角化性落屑及び毛孔性角栓、多くは瘢痕を伴った紅斑性の隆起した縁のある病変
【０１４０】
ＳＬＥの診断に最も一般に使用される手段のうち２つは、全身性エリテマトーデス疾患活動性指標（ＳＬＥＤＡＩ）及び全身性ループス活動性測定（ＳＬＡＭ）である。
ＳＬＥ疾患活動性指標（ＳＬＥＤＡＩ）
【０１４１】
ＳＬＥＤＡＩは、関与する各臓器系の重要性に重みを加えることによって疾患活動性を測定する指標である。ＳＬＥＤＡＩは９つの臓器系を表す２４の項目を含む。既往歴、身体検査及び臨床検査によって変数が得られる。関与する臓器の重要性に基づいて各項目に１〜８の重みをつける。たとえば、口腔潰瘍には２というスコアを付ける一方で痙攣発作には８のスコアをつける。ＳＬＥＤＡＩに関与する臨床検査パラメータには、白血球数、血小板数、尿検査、血清のＣ３、Ｃ４及び抗ｄｓＤＮＡが挙げられる。最大総スコアは１０５である。
全身性ループス活動性測定（ＳＬＡＭ）
【０１４２】
ＳＬＡＭには１１の臓器系を表す３２の項目が含まれる。項目は存在／非存在としてスコア化されるだけでなく、重症度に基づいて１〜３の尺度で等級化される。ＳＬＡＭについての可能な総スコアは８６である。ＳＬＥＤＡＩ及びＳＬＡＭ双方は、経時的な変化に対して妥当であり、信頼でき、感受性であることが示されており（Ｌｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．  １９８９，  Ａｒｔｈ  Ｒｈｅｕｍ  ３２：１１０７−１８）、研究プロトコール及び臨床試験で広く使用されている。これらの指標は、ＳＬＥにおける疾患活動性の新しく提案された血清学的な又は炎症性のマーカーの値を調べるのに特に有用である。
【０１４３】
これらの手段の明らかな有用性にもかかわらず、若干の欠点が存在する。先ず、同一セットの患者にてＳＬＡＭとＳＬＥＤＡＩの間で常に完全な一致があるとは限らない。これらの矛盾には幾つかの考えられる理由がある。ＳＬＥＤＡＩとは異なって、ＳＬＡＭには、疲労や発熱のような全身症状が含まれ、それが活動性ＳＬＥに起因するとみなされてもよく又はみなされなくてもよく；この活動性指標は内科医の解釈に依存する。加えて、ＳＬＥＤＡＩは、一部の臓器系で穏やかな程度の活動性を捕捉せず、たとえば、溶血性貧血のような数種の活動性について記述子を有さない。
【０１４４】
本発明の一部の実施形態をさらに完全に説明するために以下の実施例を提示する。しかしながら、それらは本発明の広い範囲を限定すると決して解釈されるべきではない。
実施例
材料及び方法
ヒト被験者
【０１４５】
試験は、参加する各臨床施設の施設内倫理委員会によって認可され、参加者すべてからインフォームドコンセントを得た。
【０１４６】
ＳＬＥ患者３群と対照群を調べた；腎臓寛解の患者１５人、活動性ループス腎炎の患者１４人、腎臓の関与がない患者１１人、及び年齢と性別の一致した健常対照１６人である。血液試料及び臨床データは、イスラエルのＳｈｅｂａメディカルセンターのリウマチ部及び血液学部門；イスラエル、エルサレムのＥｉｎ  ＫｅｒｅｍのＨａｄａｓｓａｈメディカルセンターのリウマチ部；並びにコロンビア、ＭｅｄｅｌｌｉｎのＣｏｒｐｏｒａｃｉｏｎ  ｐａｒａ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｃｉｏｎｅｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｓの細胞生物学と免疫遺伝学の部門にてＳＬＥ患者から採取した。患者はすべて米国リウマチ学会のＳＬＥについての基準を満たした（Ｔａｎ  ｅｔ  ａｌ：  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．  Ｒｈｅｕｍ．  ２５：１２７１，  １９８２；  ｕｐｄａｔｅｄ  ｂｙ  ＭＣ  Ｈｏｃｈｂｅｒｇ，  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．  Ｒｈｅｕｍ．  １９９７；  ４０：１７２５）。活動性ループス腎炎のＳＬＥ患者は≧８のＳＬＥＤＡＩと以下：≧１ｇのタンパク尿の新規発症；尿タンパクの上昇；≧２のクレアチニン比；又はベースラインの血清クレアチニンの≧５０％の上昇の１つによって定義した。腎臓寛解のＳＬＥ患者は、上記で定義されたような活動性ループス腎炎を有するといったん診断されたが、今は全身性エリテマトーデス活動性指標（ＳＬＥＤＡＩ）≦４と以下：ベースラインレベルの２５％以内へのタンパク尿の低下を伴ったベースラインの血清クレアチニンへの復帰、又はベースラインのタンパク尿への復帰とベースラインレベルの２５％以内の血清クレアチニンの復帰の１つを伴う個人であった。寛解の患者はすべて少なくとも６ヵ月間安定のままであり、寛解の平均期間は８年であり、その範囲は３ヵ月〜３０年であった。既知の腎臓関与のない患者は、過去において及び少なくとも１年間の経過観察の間に腎臓の関与で悩まされなかったことが分かっていた。診断からの平均期間は７年であり、その範囲は０．５〜２７年だった。追加の患者データは表２に示す（値は平均値±標準誤差又はパーセントである）。
【表２】
0005894539.tif 000003
抗原マイクロアレイ及び血清試験
【０１４７】
Ｍｅｒｂｌら、２００７年、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．１１７：７１２−８及びＱｕｉｎｔａｎａら、２００６年、Ｌｕｐｕｓ、１５：４２８−３０；及びＱｕｉｎｔａｎａら、２００４年、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．１０１：１４６１５−２１に記載されたように抗原マイクロアレイのチップを調製した。
【０１４８】
４８ピンのロボットを用いてエポキシ活性化ガラス基材の上に３つ組にてそれぞれ最適な濃度（ほとんど１ｍｇ／ｍＬ）で６９４の抗原のスポットを作った（Ｍｉｃｒｏｇｒｉｄ  ６００，  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ，  Ａｎｎ  Ａｒｂｏｒ，  ＭＩ，  ＵＳＡ）。これらの抗原にはタンパク質、選択したタンパク質の配列由来の合成ペプチド、ヌクレオチド、リン脂質及びそのほかの自己分子及び非自己分子が含まれた。次いで３７℃にて１時間１％ウシ血清アルブミンでマイクロアレイをブロックした。３７℃にて１時間カバースリップのもとでブロッキング緩衝液中の試験血清（１：１０希釈）をインキュベートした。次いでアレイを洗浄し、ヤギ抗ヒトＩｇＧＣｙ３結合抗体とヤギ抗ヒトＩｇＭＣｙ５結合抗体（双方共、米国、ＰＡ、Ｗｅｓｔ  ＧｒｏｖｅのＪａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ社から購入）を一緒に混合した１：５００希釈の２つの抗体と共に３７℃にて１時間インキュベートした。レーザーによって画像収集を実施し（米国、ＣＡ、Ｓａｎｔａ  ＣｌａｒａのＡｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、結果をＱｕａｎｔａｒｒａｙソフトウエア（米国、ＭＡ、ＢｉｌｌｅｒｉｃａのＰａｃｋａｒｄ  ＢｉｏＣｈｉｐ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）とさらに開発されたソフトウエアによって解析した。各抗原スポットへの結合のシグナル強度の定量的範囲は０〜６５，０００であり、検出のこの範囲によって１：１０希釈での試験試料の信頼できるデータを得るのが可能になった（Ｑｕｉｎｔａｎａ  ｅｔ  ａｌ．．  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ．  １０５：１８８８９−９４）。別にＥＬＩＳＡ（ＱＵＡＮＴＡ−Ｌｉｔｅ，  Ｉｎｏｖａ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  ＣＡ）とＦａｒｒアッセイ（Ｗｏｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １６１：  ８０６）を用いて抗ＤＮＡ抗体も測定した。
画像解析及びデータ処理
【０１４９】
技術的には、各スライドの視覚的検査によって不良スポットを手動で除外した。次いで各抗原の複数のスポットの前景と背景の強度を平均化し、前景と背景との差異の底が１０の対数値を算出し；５００未満の差異を５００に固定し、次いで対数変換した。異なったスライド間の差異を調整するために、各スライド（相当するＩｇＭ又はＩｇＧのチャンネルにて）の平均レーザー強度値を次いで差し引いた。次いでデータセット全体にわたる最小値がゼロに等しくなるように各抗原の値を移した。得られた値をそのスポットの抗原への抗体の結合の抗原反応性として解釈した。スライドの８０％を超えてゼロの反応性を示した抗原は、スライド全域での変動係数が２０％未満である抗原なので除外した。こうして、６９４のＩｇＭと６９４のＩｇＧの抗原反応性をＩｇＭとＩｇＧのチャンネル間でほぼ同等に分割して約９３０の反応性に減らした。
統計的解析
【０１５０】
統計的解析を行って抗原反応性と、対象の異なった群間を区別できる抗原反応性の群を特定した。それぞれｎＡとｎＢの対象から成る（各対象は別々のマイクロアレイのスライドにある）Ａ群とＢ群としてここでは一般に指定して、同様の方法で差異の比較を行った。Ａ群とＢ群の間の区別の量を推定するために、リーブワンアウト（ＬＯＯ）法を適用した（Ｄｕｄａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１，  Ｐａｔｔｅｒｎ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ．  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，  Ｉｎｃ．，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ．  ６５４  ｐｐ）。ｎＡ＋ｎＢのうち対象１つを除外しておき、残りのｎＡ＋ｎＢ−１を用いてＡ群とＢ群を分離するための候補抗原を選択する。Ａ群とＢ群（対象１つを除く）の間でＴ検定を適用し、５％の偽発見率（ＦＤＲ）閾値をパスしたｄ抗原を選択した（Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５，  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｒｏｙａｌ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  Ｂ．  ５７：２８９−３００）。次いでこれらの抗原を用い、Ｋ＝３のＫ−最近傍アルゴリズム（Ｄｕｄａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１）を用いて除外した対象を分類した。さらに具体的には、除外した対象が、そのほかのｎＡ＋ｎＢ−１の対象を含有するｄ−次元の空間にてその３つの最近傍対象データポイントを探し求め、これら３つの対象の最重要等級に従って分類を行う。この方法をｎＡ＋ｎＢの対象すべてについて繰り返し；表３に現れる性能は単に、特異性（１−疑陽性率）と感度（１−偽陰性率）の大きさとして定量された誤分類の数であった。
【０１５１】
抗原反応性を分離するリストの組成は、特定のＬＯＯ交差検証の実行にて除外される特定の対象によって異なり得る。Ａ群とＢ群を分離するのに重要な役割を担う抗原反応性をさらに特定するために、ＬＯＯ試験の少なくとも９０％にて候補リストに現れる抗原反応性を選択した。単純な閾値基準を用いて除外された対象を分類することによって、これら選択された抗原反応性のそれぞれと共に単独でＬＯＯ法を繰り返し：特異性を最大化するその閾値に対象を向けるｎＡ＋ｎＢ−１の反応性の値を見つけ、次いでこの閾値を用いて除外したポイントを分類した。ｎＡ＋ｎＢの対象にわたるこの分類の平均のＬＯＯ特異性と感度は表４及び表６における選択された抗原のそれぞれについて見られる。抗原反応性の組み合わせの性能を調べるために、主成分分析（ＰＣＡ）を用いた一次元空間に特定の組み合わせを投影し、上記の単一反応性と同様に処理した。
【０１５２】
ＬＯＯ試験に加えて、抗原反応性を差別化するリストとＡ群とＢ群の対象をひとまとめにし、３つの最近傍を介した試験セットＣを分類するのに用いた。たとえば、腎臓寛解のＳＬＥ被験者から健常対照を分離する頻度の高い抗原反応性のリスト全体を用いてほかの２つのＳＬＥ群−腎臓再発のものと腎臓が関与しないものを分類した。図２は、主成分分析（ＰＣＡ）の表示（Ｄｕｄａ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１）を用いた３次元空間へのこれら抗原反応性の投影を示す。
実施例１
抗原マイクロアレイの反応性は健常対照からＳＬＥ被験者を区別する。
【０１５３】
表３は、リーブワンアウト（ＬＯＯ）試験に基づいた、３つのＳＬＥ群：全ＳＬＥ被験者と腎臓寛解のＳＬＥ被験者と活動性ループス腎炎のＳＬＥ被験者と比べた健常対照被験者の合計９３０の抗体の反応性の広範囲解析を示す。平均ＬＯＯ感度と特異性はＫ＝３の最近傍分類子について提示する。
【０１５４】
解析は、マイクロアレイの反応性が健常対照からＳＬＥ被験者の３つの群を明らかに分離したことを示す。健常対照と腎臓が関与しないＳＬＥ被験者の間の比較は、ＬＯＯ試験の一部で抗原が５％のＦＤＲレベルを超えなかったので表には現れない。さらに、試験に利用できる数が限定されているＳＬＥ被験者の種々の亜群は、ＬＯＯ試験のいずれかで５％ＦＤＲレベルを抗体反応性のいずれもパスしなかったので互いに分離することができなかった。
【表３】
0005894539.tif 000004
実施例２
ＳＬＥ被験者は、個々の反応性の上方調節及び下方調節の双方を示す。
【０１５５】
表５は、健常対照の被験者から群としてＳＬＥ患者すべてを区別した特定の抗体の反応性を列記する。８つのＩｇＧ抗体の反応性は対照と比べたとき、ＳＬＥ群にて上方調節された：ｄｓＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ、ヒアルロン酸、ＥＢＶ、ＢＭＰ４、Ｆ５０、ＨＧＦ及びｈｓｐ６０ｐ１８。さらに１３のＩｇＭ抗体の反応性は対照と比べたとき、ＳＬＥ群にて下方調節された：ＭＰＯ、ＩＧＦＢＰ１、ＣＤ９９、カルジオリピン、アクチン、ＣＭＶ、コラーゲンＩＩＩ、コラーゲンＩＶ、ＨＲＰ、ＲＶ、Ｓ１００Ａ４、ＣＩＴＥＤ１及びＦＨＩＴ。
【０１５６】
表４は、健常対照の被験者から群としてＳＬＥ患者すべてを区別した特定の抗体の反応性を列記する。図１は、各血清における表４で列記した抗原への抗体の反応性の相対量を示す。これら抗原のそれぞれについての２群間の差異は５％のＦＤＲレベルを超えた（ｐ＜０．０００７）。４つのＩｇＧ抗体の反応性はＳＬＥ群で上方調節され；以前見い出されていたｄｓＤＮＡとｓｓＤＮＡに対する古典的な反応性、ＳＬＥに強く関連することが以前見い出されていた（Ｂａｒｚｉｌａｉ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００７，  Ａｎｎ．  Ｎ  Ｙ  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  １１０８：５６７−７７）エプステイン・バーウイルス（ＥＢＶ）に対する反応性及びヒアルロン酸への驚くべき反応性（図１）。
【表４】
0005894539.tif 000005
【０１５７】
４つの新規の抗原への反応性は、すべてＩｇＭであるが、ＳＬＥにて下方調節されることが見い出された：インスリン様増殖因子結合タンパク質１（ＩＧＦＢＰ１）、ＣＤ９９、カルジオリピン及びミエロペルオキシダーゼ（ＭＰＯ）。これらの抗原へのＳＬＥ被験者のＩｇＭ抗体の反応性は、健常対照に比べて低下する又は検出不能である傾向があった（図１）。ＭＰＯ及びカルジオリピンに対する低下したＩｇＭ抗体の反応性とは対照的に、これらの抗原に対する上昇したＩｇＧ抗体はＳＬＥ及びそのほかの血管炎関連の疾患に関連していた（Ｂａｒｚｉｌａｉ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００７；  Ｓｅｎ  ａｎｄ  Ｉｓｅｎｂｅｒｇ，  ２００３  Ｌｕｐｕｓ  １２：６５１−８；  Ｌｏｖｅ，  Ｐ．Ｅ．  ａｎｄ  Ｓａｎｔｏｒｏ，  Ｓ．Ａ．  １９９０，  Ａｎｎ．  Ｉｎｔｅｒｎ．  Ｍｅｄ．  １１２：６８２−９８；  Ｍｏｒｅｌａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９１．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｉｍｍｕｎｏｐａｔｈｏｌ．  ６０：４１２−８）。
【０１５８】
表４は、ヒアルロン酸に対するＩｇＧの反応性を除いて、そのほかの個々の反応性が＜８０％のＳＬＥについて感度を示したことを示す。しかしながら、各反応性の特異性は上昇したＩｇＧであれ、低下したＩｇＭであれ、＞８０％だった。８つの反応性すべての組み合わせは感度を＞９０％まで高め；４つのＩｇＧの上昇した反応性の組み合わせは、４つのＩｇＭの低下した反応性の組み合わせよりも感受性であり、それぞれ９０％に比べて６８％だった。組み合わせたセットのそれぞれの特異性は８８％で等しかった。
【表５】
0005894539.tif 000006
実施例３
寛解にあるＳＬＥ被験者はＳＬＥの特徴を維持する
【０１５９】
重要な疑問は、臨床的な腎臓寛解がＳＬＥ抗体パターンの健常状態への復帰に関連するかどうかということである。表６は臨床的寛解にあるＳＬＥ患者が依然としてＳＬＥの特徴を維持していたことを示す。これらの患者は、ＳＬＥ被験者の一般的セットを特徴付ける同一の４つの抗原：ｄｓＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ、ヒアルロン酸及びＥＢＶに対する有意に上方調節されたＩｇＧの反応性を示した。さらに、寛解にある者は３つのＩｇＭ反応性の下方調節を示し、そのうち２つは全体としてＳＬＥ群の特徴であり、ＣＤ９９及びＭＰＯに対する低下したＩｇＭ反応性は双方の群に存在したが、寛解にある者はカルジオリピン及びＩＧＦＢＰ１ではなくコラーゲンＩＩＩに対する低下したＩｇＭ反応性を示した（図１）。
【０１６０】
表６はまた、４つの上昇したＩｇＧの反応性と３つの低下したＩｇＭの反応性の組み合わせが１００％の感度と９４％の特異性をもたらしたことを示す。従って、反応性の組み合わせは成分反応単独のいずれよりも程度の高い精度を提供し得る。実施された上昇ＩｇＭ反応性の組み合わせたセットと同様に実施された低下ＩｇＭ反応性の組み合わせたセットがＳＬＥの特徴であると思われることにも留意のこと。
【表６】
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実施例４
ＳＬＥ寛解の特徴もそのほかのＳＬＥ群を特徴付ける
【０１６１】
寛解中のＳＬＥに特徴的な抗原への反応性のリストは一般にＳＬＥに適用し得るのかどうかを判定するために、我々は健常対照から寛解中の被験者を分離する７つの抗原（表６）を用いて１４人の活動性ループス腎炎のＳＬＥ患者及び１１人の腎臓が関与しないＳＬＥ患者を分類した。
【０１６２】
１５人の寛解中のＳＬＥ患者と１６人の健常対照に基づいて、３つの最近傍のアルゴリズムを介してこれら２５人のＳＬＥ患者を分類した。これら２５人のＳＬＥ患者のうち２３人が正しく分類され、９２％の感度を生成した。２６人のＳＬＥ患者のうちたった２人は誤分類された（示さず）。
【０１６３】
図２は、健常対照被験者の３次元ＰＣＡ表示（７つの別々の抗原によって渡された空間から投影された）及び種々のＳＬＥ亜群のそれを示す。健常対照は明らかに７つの抗原への反応性によって寛解中のＳＬＥ被験者から分離された。さらに、長期寛解中の人、急性ループス腎炎の人、又は腎臓が関与しない人は完全に重なり合っていた。言い換えれば、表３における抗原への反応性の寛解リストは、急性ループス腎炎のＳＬＥ被験者及び腎臓が関与しないＳＬＥ被験者を含むＳＬＥの抗体の特徴を構成する。特に、図２のＳＬＥの領域に投影された被験者を青色の星型で印したが；この被験者の血清は彼女が健常状態で標準的な抗ＤＮＡ抗体が陰性であったときに得られたが、８ヵ月後彼女は非特異的な症状に悩まされ始め、さらに７ヵ月後、最終的にはＳＬＥの診断基準を満たすことが見い出された。従って、抗原マイクロアレイの特徴は前臨床ＳＬＥも検出する。
【０１６４】
参考文献
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Ｌｉ，  Ｑ．Ｚ．，  Ｘｉｅ，  Ｃ．，  Ｗｕ，  Ｔ．，  Ｍａｃｋａｙ，  Ｍ．，  Ａｒａｎｏｗ，  Ｃ．，  Ｐｕｔｔｅｒｍａｎ，  Ｃ．，  Ｍｏｈａｎ，  Ｃ．  ２００５．  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｕｔｏａｎｔｉｂｏｄｙ  ｃｌｕｓｔｅｒｓ  ｔｈａｔ  ｂｅｓｔ  ｐｒｅｄｉｃｔ  ｌｕｐｕｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｕｓｉｎｇ  ｇｌｏｍｅｒｕｌａｒ  ｐｒｏｔｅｏｍｅ  ａｒｒａｙｓ．  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔ．  １１５：３４２８−３９．
Ｑｕｉｎｔａｎａ，  Ｆ．Ｊ．，  Ｍｅｒｂｌ，  Ｙ．，  Ｓａｈａｒ，  Ｅ．，  Ｄｏｍａｎｙ，  Ｅ．，  Ｃｏｈｅｎ，  Ｉ．Ｒ．  ２００６．  Ａｎｔｉｇｅｎ−ｃｈｉｐ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ｆｏｒ  ａｃｃｅｓｓｉｎｇ  ｇｌｏｂａｌ  ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ａｂｏｕｔ  ｔｈｅ  ｓｔａｔｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｂｏｄｙ．  Ｌｕｐｕｓ  １５：４２８−３０．
Ｑｕｉｎｔａｎａ，  Ｆ．Ｊ．，  Ｈａｇｅｄｏｒｎ，  Ｐ．Ｈ．，  Ｅｌｉｚｕｒ，  Ｇ．，  Ｍｅｒｂｌ，  Ｙ．，  Ｄｏｍａｎｙ，  Ｅ．，  Ｃｏｈｅｎ，  Ｉ．Ｒ．  ２００４．  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｉｍｍｕｎｏｍｉｃｓ：  ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ＩｇＧ  ａｕｔｏａｎｔｉｂｏｄｙ  ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅｓ  ｐｒｅｄｉｃｔｓ  ｔｈｅ  ｆｕｔｕｒｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｏｆ  ｍｉｃｅ  ｔｏ  ｉｎｄｕｃｅｄ  ｄｉａｂｅｔｅｓ．  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ  Ｓ  Ａ．  １０１  Ｓｕｐｐｌ  ２：  １４６１５−２１．
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【０１６５】
特定の実施形態の前述の記載は、現在の知識を適用することによって他者が、過度の実験を行うことなく、且つ一般の概念から逸脱することなく、そのような実施形態を容易に改変し、及び／又は種々の応用に適合させることができる本発明の一般的な性質を完全に明らかにしているので、そのような応用や改変は、開示された実施形態の同等物の意味及び範囲の中に包含されるべきであり、そのように意図される。本明細書で採用された言語表現及び専門用語は説明目的であって限定目的ではないことが理解されるべきである。種々の開示された機能を実行するための手段、材料及び工程は本発明から逸脱することなく種々の代替形態を取り得る。
【図１（１）】
0005894539.tif 000008
【図１（２）】
0005894539.tif 000009
【図１（３）】
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【図１（４）】
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【図２】
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【配列表】
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