(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
改変Ｈ１  ＨＡインフルエンザ血球凝集素（「ＨＡ」）ポリペプチドバリアントであって、そのアミノ酸配列が、Ａ／カリフォルニア／０４／２００９株に由来するＨＡ（配列番号４６）である基準野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと少なくとも９０％の同一性を示し、該改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントのアミノ酸配列は、
（ａ）野生型Ｈ３  ＨＡの残基１８６に対応する位置の残基がＰｒｏであり、野生型Ｈ３
ＨＡの残基１８９に対応する位置の残基がＴｈｒであり、かつ、野生型Ｈ３  ＨＡの残基２２７に対応する位置の残基がＡｌａであるか；または
（ｂ）野生型Ｈ３  ＨＡの残基２１９に対応する残基がＬｙｓであり、
ここで、該改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントが、野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してアンブレラトポロジーグリカンへの結合の増強を示す、
改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
【請求項２】
前記改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントが、野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較して少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、または少なくとも１０００倍のアンブレラ−トポロジーグリカンへの結合の増強を示すか、あるいは
前記改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントが、コーントポロジーグリカンよりもむしろアンブレラトポロジーグリカンに優先的に結合するか、あるいは
前記改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントが、野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してインフルエンザウイルスにヒトへの感染性の増強を示させる、
請求項１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
【請求項３】
薬学的組成物として処方された請求項１〜２のいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
【請求項４】
前記薬学的組成物が、弱毒化生ウイルスを含むワクチン組成物であるか、またはウイルス様粒子を含むワクチン組成物であるか、またはサブユニットワクチンであるワクチン組成物である、請求項３に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
【請求項５】
請求項１〜４のいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントに特異的に結合する抗体または抗体フラグメント。
【請求項６】
前記抗体または抗体フラグメントが、前記改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントとアンブレラトポロジーグリカンとの間の結合相互作用と競合する干渉剤である、請求項５に記載の抗体または抗体フラグメント。
【請求項７】
薬学的組成物として処方された請求項５および６のいずれか１項に記載の抗体または結合フラグメント。
【請求項８】
前記薬学的組成物がワクチン組成物である、請求項７に記載の抗体または抗体フラグメント。
【請求項９】
前記ワクチン組成物が弱毒化生ウイルスを含むか、または前記ワクチン組成物がウイルス様粒子を含むか、または前記ワクチン組成物がサブユニットワクチンであるか、またはアジュバントを含む、請求項８に記載の抗体または抗体フラグメント。
【請求項１０】
インフルエンザ感染症に罹患しているか罹患しやすい患者の処置、予防、診断、または層別化における使用のための組成物であって、請求項１〜４のいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントまたは請求項５および６のいずれか１項に記載の抗体または抗体フラグメントを含む、組成物。
【請求項１１】
インフルエンザ感染症に罹患しているか罹患しやすい患者を層別化するための組成物であって、前記組成物は、請求項１〜４のいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントまたは請求項５および６のいずれか１項に記載の抗体または抗体フラグメントを含み、
ここで、前記組成物は、集団中の各患者由来の血液と接触されることを特徴とし、
前記抗体または抗体フラグメントが患者の血液中の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントに結合する場合、以下：
前記患者が、Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０に対するワクチン接種の実施の際にインフルエンザのヒト結合または感染性の増強を示すインフルエンザ株から保護されるか、
前記患者が、ヒト結合または感染性の増強を示すインフルエンザ株による感染に対する感受性が低いか、
前記患者が事前に曝露されなかった患者よりもワクチン接種または処置の必要性が低いことを示す、組成物。
【請求項１２】
請求項１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントであって、そのアミノ酸配列が、野生型Ｈ３  ＨＡ配列における位置に対応する、９８、１３６、１３７、１３８、１４５、１５３、１５５、１５６、１５９、１８３、１８７、１９０、１９２、１９３、１９４、１９５、１９６、２１５、２１９、２２２、２２５、２２６、２２８、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸位置において、一つ以上の前記基準に対する配列置換をさらに含む、改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
【請求項１３】
前記改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントにおいて、
残基１４５に対応する位置の前記残基がＳｅｒおよびＡｓｎからなる群から選択される、
請求項１２に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
【請求項１４】
前記改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントにおいて、
残基２１９に対応する位置の前記残基がＬｙｓである、
請求項１２に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
【請求項１５】
前記改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントにおいて、
残基２２５に対応する位置の前記残基がＡｓｎ、ＧｌｙおよびＧｌｕからなる群から選択される、
請求項１２に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願への相互参照）
本願は、２００９年７月２日に出願された米国仮特許出願第６１／２２２，８８９号（「８８９出願」）への米国特許法第１１９条（ｅ）項の下の優先権に関し、かつこの優先権を主張する。この８８９出願の全体の内容は、本明細書中に参考として援用される。
【０００２】
（政府支援）
本願発明は、国立衛生研究所の国立一般医科学研究所により与えられた合衆国政府支援（契約番号ＧＭ５７０７３およびＵ５４  ＧＭ６２１１６）を得て成された。合衆国政府は本発明に一定の権利を有する。
【背景技術】
【０００３】
発明の背景
２００９年６月１１日に、ブタ起源の遺伝子の固有の組み合わせを含む新規のインフルエンザＡ（Ｈ１Ｎ１）ウイルス（以後、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１ウイルスという）の出現および世界的拡大に応え、世界保健機関は、世界的規模のパンデミックの警戒水準をフェーズ６（パンデミックフェーズ）に引き上げた（Ｇａｒｔｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，“Ａｎｔｉｇｅｎｉｃ  ａｎｄ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ  ｏｆ  Ｓｗｉｎｅ−Ｏｒｉｇｉｎ  ２００９Ａ（Ｈ１Ｎ１）Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  Ｖｉｒｕｓｅｓ  Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ  ｉｎ  Ｈｕｍａｎｓ”  Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｍａｙ  ２２，２００９，Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓ  Ｏｎｌｉｎｅ（本明細書中で参考として援用される））。この新規の菌株の出現を、メキシコのいくつかの地域でのインフルエンザ様疾病を有する患者数の増加ならびにそれに伴う入院数および死亡数の増加が報告された２００９年３月〜４月まで遡及して追跡することができる。２００９年３月〜６月１９日中に、６大陸８５ヶ国で４４，０００を超えるインフルエンザ２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１感染のヒト感染症例が検査で確認された。
【０００４】
このウイルスの急激な発生を考慮すると、そのビルレンス、伝播性、およびその起源に関連する不確定要素が存在している。２００９Ｈ１Ｎ１ウイルスの大流行に関するデータを解釈するために疫学的モデルを使用した最近の研究により、その伝播性が１９１８Ｈ１Ｎ１パンデミックについて見積もられた伝播性よりも低いことが示されている。２００９Ｈ１Ｎ１ウイルスのヒト感染のほとんどの症例では、症状は比較的軽度であったが、１５０人超の死亡が報告されている。さらに、感染個体の相当数（約４０％）は胃腸の窮迫および嘔吐を経験し、これは季節性インフルエンザで典型的に認められる比率より高い。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
発明の概要
本発明は、Ｈ１Ｎ１インフルエンザウイルス感染症の処置、予防、および／または診断のための組成物および方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、重篤なヒト感染性を獲得したＨ１Ｎ１インフルエンザウイルス感染症の処置、予防、および／または診断のための組成物および方法を提供する。
【０００６】
とりわけ、本発明は、Ｈ１Ｎ１インフルエンザ株と比較してヒト結合および／または感染性が増強したＨ１Ｎ１  ＨＡバリアントを定義する。かかるバリアントを、とりわけ、Ｈ１Ｎ１ウイルス、特にヒト結合および／または感染性が増強されたバリアントによるヒト感染症を処置、軽減、および／または予防するためのワクチンおよび／または治療薬の成分として使用することができる。あるいはまたはさらに、かかるバリアントを、ヒト感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアントの発生および／または感染を検出するための系における標準として使用することができる。
【０００７】
いくつかの態様では、本発明は、例えば、Ｈ１Ｎ１感染の検出で使用するためのＨ１Ｎ１  ＨＡポリペプチドに特異的に結合する薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、ヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアントに特異的に結合する薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、ヒト感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアントとヒト感染性が増強していないＨ１Ｎ１バリアントとを区別する薬剤を提供する。
【０００８】
いくつかの態様では、本発明は、Ｈ１Ｎ１  ＨＡポリペプチドと１つ以上のグリカン（例えば、アンブレラ−トポロジーグリカン）との間の結合相互作用を干渉（および／または競合）する薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、Ｈ１Ｎ１  ＨＡポリペプチドと１つ以上のα２−６シアリル化グリカンとの間の結合相互作用を干渉（および／または競合）する薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、Ｈ１Ｎ１  ＨＡポリペプチドと１つ以上の６’ＳＬＮ−ＬＮグリカンとの間の結合相互作用を干渉（および／または競合）する薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、結合相互作用が干渉されるＨ１Ｎ１  ＨＡポリペプチドは、ヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアントである。
【０００９】
既に記述したように、いくつかの実施形態では、本発明は、Ｈ１Ｎ１インフルエンザの存在および／または感染を検出するための監視を行うための系を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、ヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１Ｎ１インフルエンザバリアントの存在および／または感染を検出するための監視を行うための系を提供する。
【００１０】
いくつかの実施形態では、本発明は、Ｈ１Ｎ１インフルエンザ株の感染に対する集団（例えば、ヒト集団）のワクチン接種および／または処置のためのストラテジーを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、ヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１Ｎ１インフルエンザバリアントの感染に対する集団（例えば、ヒト集団）のワクチン接種および／または処置のためのストラテジーを提供する。
【００１１】
いくつかの実施形態では、本発明は、患者集団の層別化（例えば、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１との類似性を示す１つ以上のウイルスに事前に曝露された被験体の同定）のためのストラテジーを提供する。この様式では、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１ウイルスの接触リスクが減少または増加し、そして／または２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１との類似性を示す１つ以上のウイルスに対する以前の体液性免疫の欠如によって免疫応答が潜在的に遅延した患者集団を同定することができると想定される。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】図１は、野生型ＨＡの例示的配列のアラインメントを示す図面である。配列を、ＮＣＢＩインフルエンザウイルス配列データベースから得た（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｏｍｅｓ／ＦＬＵ／ＦＬＵ．ｈｔｍｌ）。
【００１３】
【化１】
0005886194.tif 000002
【図２Ａ】図２は、ＨＡグリカン結合ドメインの配列アラインメントを示す図面である。灰色：シアル酸への結合に関与する保存アミノ酸。赤色：Ｎｅｕ５Ａｃα２−３／６Ｇａｌモチーフへの結合に関与する特定のアミノ酸。黄色：Ｑ２２６（１３７，１３８）およびＥ１９０（１８６，２２８）の位置決めに影響を及ぼすアミノ酸。緑色：Ｎｅｕ５Ａｃα２−３／６Ｇａｌモチーフに結合した他のモノサッカリド（または修飾物）への結合に関与するアミノ酸。ＡＳＩ３０、ＡＰＲ３４、ＡＤＵ６３、ＡＤＳ９７、およびＶｉｅｔ０４の配列を、その各結晶構造から得た。他の配列を、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ（ｈｔｔｐ：／／ｕｓ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ）から得た。略語：ＡＤＡ７６、Ａ／ｄｕｃｋ／Ａｌｂｅｒｔａ／３５／７６（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２３）；ＡＳＩ３０、Ａ／ブタ／アイオワ／３０（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２４）；ＡＰＲ３４、Ａ／プエルトリコ／８／３４（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２５）；ＡＳＣ１８、Ａ／サウスカロライナ／１／１８（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２６）；ＡＴ９１、Ａ／テキサス／３６／９１（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２７）；ＡＮＹ１８、Ａ／ニューヨーク／１／１８（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２８）；ＡＤＵ６３、Ａ／アヒル／ウクライナ／１／６３（Ｈ３Ｎ８）（配列番号２９）；ＡＡＩ６８、Ａ／アイチ／２／６８（Ｈ３Ｎ２）（配列番号３０）；ＡＭ９９、Ａ／モスクワ／１０／９９（Ｈ３Ｎ２）（配列番号３１）；ＡＤＳ９７、Ａ／アヒル／シンガポール／３／９７（Ｈ５Ｎ３）（配列番号３２）；Ｖｉｅｔ０４、Ａ／ベトナム／１２０３／２００４（Ｈ５Ｎ１）（配列番号３３）。
【図２Ｂ】図２は、ＨＡグリカン結合ドメインの配列アラインメントを示す図面である。灰色：シアル酸への結合に関与する保存アミノ酸。赤色：Ｎｅｕ５Ａｃα２−３／６Ｇａｌモチーフへの結合に関与する特定のアミノ酸。黄色：Ｑ２２６（１３７，１３８）およびＥ１９０（１８６，２２８）の位置決めに影響を及ぼすアミノ酸。緑色：Ｎｅｕ５Ａｃα２−３／６Ｇａｌモチーフに結合した他のモノサッカリド（または修飾物）への結合に関与するアミノ酸。ＡＳＩ３０、ＡＰＲ３４、ＡＤＵ６３、ＡＤＳ９７、およびＶｉｅｔ０４の配列を、その各結晶構造から得た。他の配列を、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ（ｈｔｔｐ：／／ｕｓ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ）から得た。略語：ＡＤＡ７６、Ａ／ｄｕｃｋ／Ａｌｂｅｒｔａ／３５／７６（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２３）；ＡＳＩ３０、Ａ／ブタ／アイオワ／３０（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２４）；ＡＰＲ３４、Ａ／プエルトリコ／８／３４（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２５）；ＡＳＣ１８、Ａ／サウスカロライナ／１／１８（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２６）；ＡＴ９１、Ａ／テキサス／３６／９１（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２７）；ＡＮＹ１８、Ａ／ニューヨーク／１／１８（Ｈ１Ｎ１）（配列番号２８）；ＡＤＵ６３、Ａ／アヒル／ウクライナ／１／６３（Ｈ３Ｎ８）（配列番号２９）；ＡＡＩ６８、Ａ／アイチ／２／６８（Ｈ３Ｎ２）（配列番号３０）；ＡＭ９９、Ａ／モスクワ／１０／９９（Ｈ３Ｎ２）（配列番号３１）；ＡＤＳ９７、Ａ／アヒル／シンガポール／３／９７（Ｈ５Ｎ３）（配列番号３２）；Ｖｉｅｔ０４、Ａ／ベトナム／１２０３／２００４（Ｈ５Ｎ１）（配列番号３３）。
【図３】図３は、Ｈ１  ＨＡに特徴的な保存されたサブシーケンスを示す配列アラインメントを示す図面である。図３Ａは、図３Ａがさらなる保存されたサブシーケンスの存在を示すことを除いて、図１Ａ中に示した同一のアラインメントを示す。図３Ｂは、図３Ａがさらなる保存されたサブシーケンスの存在を示すことを除いて、図１Ｃ中に示した同一のアラインメントを示す。
【図４Ａ−１】図４（Ａ）は、ヒト適合ＨＡ（ＳＣ＿１＿１８、Ｓｏｌｌｓ＿３＿０６、Ｂｒｉｓ＿５０＿０７）と並記した２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡ（ＣＡ＿０４＿０９）ならびにその変異形態（Ｍｕｔ＿１）およびＭｕｔ＿２）の配列アラインメントを示す図面である。灰色で強調した残基は、α２−６結合に直接または間接的に寄与する。赤色で示した残基は、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡ（ＣＡ＿０４＿０９）と比較してヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアント中で変化した残基である。
【００１４】
【化２】
0005886194.tif 000003
図４（Ｂ）は、２００９季節性株（アイチ＿９＿０９）、２００７〜２００８季節性株（Ｂｒｉｓ＿５９＿０７）、および「ブタインフルエンザ」株（Ｃａｌ＿０４＿０９）由来のインフルエンザＨ１Ｎ１  ＨＡの配列アラインメントを示す図面である。ＡＡｉｃｈｉ＿９＿０９（配列番号４０）＝Ａ／アイチ／９／２００９；ＡＢｒｉｓ＿５９＿０７（配列番号４１）＝Ａ／ブリズベーン／５９／２００７；ＡＣａｌ＿０４＿０９（配列番号４２）＝Ａ／カリフォルニア／０４／２００９。α２−６結合に直接または間接的に関与する残基を灰色で強調している。図４（Ｃ）は、１９１８年パンデミック（ＳＣ＿１＿１８）、１９３０ブタ単離体（ＳｗＩＡ＿１５＿３０）、および「ブタインフルエンザ」株（Ｃａｌ＿０４＿０９）由来のインフルエンザＨ１Ｎ１  ＨＡの配列アラインメントを示す図面である。ＳＣ＿１＿１８（配列番号４３）＝Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８；ＳｗＩＡ＿１５＿３０（配列番号４４）＝Ａ／ブタ／ＩＡ／１５／１９３０；ＡＣａｌ＿０４＿０９（配列番号４５）＝Ａ／カリフォルニア／０４／２００９。α２−６結合に直接または間接的に関与する残基を灰色で強調している。
【図４Ａ−２】図４（Ａ）は、ヒト適合ＨＡ（ＳＣ＿１＿１８、Ｓｏｌｌｓ＿３＿０６、Ｂｒｉｓ＿５０＿０７）と並記した２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡ（ＣＡ＿０４＿０９）ならびにその変異形態（Ｍｕｔ＿１）およびＭｕｔ＿２）の配列アラインメントを示す図面である。灰色で強調した残基は、α２−６結合に直接または間接的に寄与する。赤色で示した残基は、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡ（ＣＡ＿０４＿０９）と比較してヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアント中で変化した残基である。
【００１５】
【化２】
0005886194.tif 000004
図４（Ｂ）は、２００９季節性株（アイチ＿９＿０９）、２００７〜２００８季節性株（Ｂｒｉｓ＿５９＿０７）、および「ブタインフルエンザ」株（Ｃａｌ＿０４＿０９）由来のインフルエンザＨ１Ｎ１  ＨＡの配列アラインメントを示す図面である。ＡＡｉｃｈｉ＿９＿０９（配列番号４０）＝Ａ／アイチ／９／２００９；ＡＢｒｉｓ＿５９＿０７（配列番号４１）＝Ａ／ブリズベーン／５９／２００７；ＡＣａｌ＿０４＿０９（配列番号４２）＝Ａ／カリフォルニア／０４／２００９。α２−６結合に直接または間接的に関与する残基を灰色で強調している。図４（Ｃ）は、１９１８年パンデミック（ＳＣ＿１＿１８）、１９３０ブタ単離体（ＳｗＩＡ＿１５＿３０）、および「ブタインフルエンザ」株（Ｃａｌ＿０４＿０９）由来のインフルエンザＨ１Ｎ１  ＨＡの配列アラインメントを示す図面である。ＳＣ＿１＿１８（配列番号４３）＝Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８；ＳｗＩＡ＿１５＿３０（配列番号４４）＝Ａ／ブタ／ＩＡ／１５／１９３０；ＡＣａｌ＿０４＿０９（配列番号４５）＝Ａ／カリフォルニア／０４／２００９。α２−６結合に直接または間接的に関与する残基を灰色で強調している。
【図４Ｂ】図４（Ａ）は、ヒト適合ＨＡ（ＳＣ＿１＿１８、Ｓｏｌｌｓ＿３＿０６、Ｂｒｉｓ＿５０＿０７）と並記した２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡ（ＣＡ＿０４＿０９）ならびにその変異形態（Ｍｕｔ＿１）およびＭｕｔ＿２）の配列アラインメントを示す図面である。灰色で強調した残基は、α２−６結合に直接または間接的に寄与する。赤色で示した残基は、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡ（ＣＡ＿０４＿０９）と比較してヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアント中で変化した残基である。
【００１６】
【化２】
0005886194.tif 000005
図４（Ｂ）は、２００９季節性株（アイチ＿９＿０９）、２００７〜２００８季節性株（Ｂｒｉｓ＿５９＿０７）、および「ブタインフルエンザ」株（Ｃａｌ＿０４＿０９）由来のインフルエンザＨ１Ｎ１  ＨＡの配列アラインメントを示す図面である。ＡＡｉｃｈｉ＿９＿０９（配列番号４０）＝Ａ／アイチ／９／２００９；ＡＢｒｉｓ＿５９＿０７（配列番号４１）＝Ａ／ブリズベーン／５９／２００７；ＡＣａｌ＿０４＿０９（配列番号４２）＝Ａ／カリフォルニア／０４／２００９。α２−６結合に直接または間接的に関与する残基を灰色で強調している。図４（Ｃ）は、１９１８年パンデミック（ＳＣ＿１＿１８）、１９３０ブタ単離体（ＳｗＩＡ＿１５＿３０）、および「ブタインフルエンザ」株（Ｃａｌ＿０４＿０９）由来のインフルエンザＨ１Ｎ１  ＨＡの配列アラインメントを示す図面である。ＳＣ＿１＿１８（配列番号４３）＝Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８；ＳｗＩＡ＿１５＿３０（配列番号４４）＝Ａ／ブタ／ＩＡ／１５／１９３０；ＡＣａｌ＿０４＿０９（配列番号４５）＝Ａ／カリフォルニア／０４／２００９。α２−６結合に直接または間接的に関与する残基を灰色で強調している。
【図４Ｃ】図４（Ａ）は、ヒト適合ＨＡ（ＳＣ＿１＿１８、Ｓｏｌｌｓ＿３＿０６、Ｂｒｉｓ＿５０＿０７）と並記した２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡ（ＣＡ＿０４＿０９）ならびにその変異形態（Ｍｕｔ＿１）およびＭｕｔ＿２）の配列アラインメントを示す図面である。灰色で強調した残基は、α２−６結合に直接または間接的に寄与する。赤色で示した残基は、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡ（ＣＡ＿０４＿０９）と比較してヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアント中で変化した残基である。
【００１７】
【化２】
0005886194.tif 000006
図４（Ｂ）は、２００９季節性株（アイチ＿９＿０９）、２００７〜２００８季節性株（Ｂｒｉｓ＿５９＿０７）、および「ブタインフルエンザ」株（Ｃａｌ＿０４＿０９）由来のインフルエンザＨ１Ｎ１  ＨＡの配列アラインメントを示す図面である。ＡＡｉｃｈｉ＿９＿０９（配列番号４０）＝Ａ／アイチ／９／２００９；ＡＢｒｉｓ＿５９＿０７（配列番号４１）＝Ａ／ブリズベーン／５９／２００７；ＡＣａｌ＿０４＿０９（配列番号４２）＝Ａ／カリフォルニア／０４／２００９。α２−６結合に直接または間接的に関与する残基を灰色で強調している。図４（Ｃ）は、１９１８年パンデミック（ＳＣ＿１＿１８）、１９３０ブタ単離体（ＳｗＩＡ＿１５＿３０）、および「ブタインフルエンザ」株（Ｃａｌ＿０４＿０９）由来のインフルエンザＨ１Ｎ１  ＨＡの配列アラインメントを示す図面である。ＳＣ＿１＿１８（配列番号４３）＝Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８；ＳｗＩＡ＿１５＿３０（配列番号４４）＝Ａ／ブタ／ＩＡ／１５／１９３０；ＡＣａｌ＿０４＿０９（配列番号４５）＝Ａ／カリフォルニア／０４／２００９。α２−６結合に直接または間接的に関与する残基を灰色で強調している。
【図５Ａ】図５は、グリカン受容体の特異性を理解するためのフレームワークを示す図面である。α２−３−および／またはα２−６結合グリカンは、異なるトポロジーを採用することができる。本発明によれば、ＨＡポリペプチドが一定のこれらのトポロジーに結合する能力は、ＨＡポリペプチドに異なる宿主（例えば、ヒト）の感染を媒介する能力を付与する。この図のパネルＡに示すように、本発明は、２つの特に関連するトポロジー（「コーン」トポロジーおよび「アンブレラ」トポロジー）を定義する。コーントポロジーはα２−３−および／またはα２−６結合グリカンが採用することができ、コアに結合した短鎖オリゴサッカリドまたは分岐オリゴサッカリドの典型である（それにもかかわらず、このトポロジーは一定の長鎖オリゴサッカリドが採用することができる）。アンブレラトポロジーは、α２−６結合グリカンが唯一採用することができ（おそらく、α２−６結合中に存在する余剰のＣ５−Ｃ６結合によって付与される高次構造の複数性の増加に起因する）、長鎖オリゴサッカリドまたは長鎖オリゴサッカリド分岐（特にモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃ−を含む）を有する分岐グリカンが主に採用する。本明細書中に記載のように、ＨＡポリペプチドがアンブレラグリカントポロジーに結合する能力により、ヒト受容体への結合および／またはヒト感染を媒介する能力が付与される。この図のパネルＢは、トリサッカリドモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃのそれぞれのグリコシドねじれ角によって支配されるα２−３およびα２−６のトポロジーを詳細に示す。パラメータ（θ）−トポロジーを特徴付けるためにこれらのトリサッカリドモチーフ中のＮｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌ糖およびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度を定義した。α２−３およびα２−６モチーフのθ輪郭と高次構造マップの重ね合わせは、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用し、α２−６モチーフがコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングしたことを示す（パネルＣ）。α２−３およびα２−６によってサンプリングされたコーン様トポロジーでは、ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖は、コーンに及ぶ領域に沿って存在する。ＨＡのコーン様トポロジーとの相互作用は、主に付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＮｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に関与する。他方では、α２−６に固有のアンブレラ様トポロジーでは、＼ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖はＨＡ結合部位に向かって曲がっている（ＨＡ−α２−６共結晶構造で認められるように）。より長いα２−６オリゴサッカリド（例えば、少なくともテトラサッカリド）は、ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃのアセチル基の間の糖内ファンデルワールス接触によって安定化されるので、この高次構造を好むであろう。アンブレラ様トポロジーとのＨＡ相互作用は、Ｎｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に加えて、付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖との接触を含む。この図のパネルＣは、α２−３およびα２−６によるコーン様およびア��ブレラ様トポロジーの高次構造サンプリングを示す。セクション（Ａ）〜（Ｄ）は、それぞれ、Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌ結合、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合、Ｇａｌβ１−３ＧｌｃＮＡｃ結合、およびＧａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ結合の高次構造（φ、Ψ）マップを示す。ＧｌｙｃｏＭａｐｓ  ＤＢ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅｓ．ｄｅ／ｍｏｄｅｌｉｎｇ／ｇｌｙｃｏｍａｐｓｄｂ／）から入手したこれらのマップを、ＭＭ３力場を使用したアブイニシオＭＤシミュレーションを使用して作成した。エネルギー分布を、赤（最高エネルギーを示す）から最低エネルギーを示す緑色までに色分けしている。囲った領域１〜５は、ＨＡ−グリカン共結晶構造中のα２−３およびα２−６オリゴサッカリドについて認められた（φ，Ψ）値を示す。この高次構造がゴーシュであるα２−３を有するＡ／アイチ／２／６８  Ｈ３Ｎ２  ＨＡの共結晶構造（富化領域２）を除いて、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌのトランス型の高次構造（富化領域１）が優勢である。他方では、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌのシス型高次構造（富化領域３）が優勢である。コーン様トポロジーは富化領域１および２によってサンプリングされ、アンブレラ様トポロジーは富化領域３によってサンプリングされる。セクション（Ｅ）〜（Ｆ）は、それぞれα２−３モチーフおよびα２−６モチーフによるコーン様およびアンブレラ様トポロジーのサンプリングを示す。高次構造マップ中の赤色で標識した領域を、所与の値の組（φ，Ψ）についてのθパラメータ（Ｎｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌおよびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度）を計算するための外側境界として使用した。エネルギーカットオフに基づいて、θ＞１１０°の値を使用してコーン様トポロジーを特徴付け、θ＜１００°を使用してアンブレラ様トポロジーを特徴付けた。θ輪郭の高次構造エネルギーマップとの重ね合わせは、アンブレラ様トポロジーを採用することがエネルギー的に不利であったので、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用することを示した。他方では、α２−６モチーフはコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングし、このサンプリングを、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合のω角（Ｏ−Ｃ６−Ｃ５−Ｈ５）に基づいて分類した。
【図５Ｂ−１】図５は、グリカン受容体の特異性を理解するためのフレームワークを示す図面である。α２−３−および／またはα２−６結合グリカンは、異なるトポロジーを採用することができる。本発明によれば、ＨＡポリペプチドが一定のこれらのトポロジーに結合する能力は、ＨＡポリペプチドに異なる宿主（例えば、ヒト）の感染を媒介する能力を付与する。この図のパネルＡに示すように、本発明は、２つの特に関連するトポロジー（「コーン」トポロジーおよび「アンブレラ」トポロジー）を定義する。コーントポロジーはα２−３−および／またはα２−６結合グリカンが採用することができ、コアに結合した短鎖オリゴサッカリドまたは分岐オリゴサッカリドの典型である（それにもかかわらず、このトポロジーは一定の長鎖オリゴサッカリドが採用することができる）。アンブレラトポロジーは、α２−６結合グリカンが唯一採用することができ（おそらく、α２−６結合中に存在する余剰のＣ５−Ｃ６結合によって付与される高次構造の複数性の増加に起因する）、長鎖オリゴサッカリドまたは長鎖オリゴサッカリド分岐（特にモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃ−を含む）を有する分岐グリカンが主に採用する。本明細書中に記載のように、ＨＡポリペプチドがアンブレラグリカントポロジーに結合する能力により、ヒト受容体への結合および／またはヒト感染を媒介する能力が付与される。この図のパネルＢは、トリサッカリドモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃのそれぞれのグリコシドねじれ角によって支配されるα２−３およびα２−６のトポロジーを詳細に示す。パラメータ（θ）−トポロジーを特徴付けるためにこれらのトリサッカリドモチーフ中のＮｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌ糖およびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度を定義した。α２−３およびα２−６モチーフのθ輪郭と高次構造マップの重ね合わせは、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用し、α２−６モチーフがコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングしたことを示す（パネルＣ）。α２−３およびα２−６によってサンプリングされたコーン様トポロジーでは、ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖は、コーンに及ぶ領域に沿って存在する。ＨＡのコーン様トポロジーとの相互作用は、主に付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＮｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に関与する。他方では、α２−６に固有のアンブレラ様トポロジーでは、＼ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖はＨＡ結合部位に向かって曲がっている（ＨＡ−α２−６共結晶構造で認められるように）。より長いα２−６オリゴサッカリド（例えば、少なくともテトラサッカリド）は、ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃのアセチル基の間の糖内ファンデルワールス接触によって安定化されるので、この高次構造を好むであろう。アンブレラ様トポロジーとのＨＡ相互作用は、Ｎｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に加えて、付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖との接触を含む。この図のパネルＣは、α２−３およびα２−６によるコーン様およ��アンブレラ様トポロジーの高次構造サンプリングを示す。セクション（Ａ）〜（Ｄ）は、それぞれ、Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌ結合、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合、Ｇａｌβ１−３ＧｌｃＮＡｃ結合、およびＧａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ結合の高次構造（φ、Ψ）マップを示す。ＧｌｙｃｏＭａｐｓ  ＤＢ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅｓ．ｄｅ／ｍｏｄｅｌｉｎｇ／ｇｌｙｃｏｍａｐｓｄｂ／）から入手したこれらのマップを、ＭＭ３力場を使用したアブイニシオＭＤシミュレーションを使用して作成した。エネルギー分布を、赤（最高エネルギーを示す）から最低エネルギーを示す緑色までに色分けしている。囲った領域１〜５は、ＨＡ−グリカン共結晶構造中のα２−３およびα２−６オリゴサッカリドについて認められた（φ，Ψ）値を示す。この高次構造がゴーシュであるα２−３を有するＡ／アイチ／２／６８  Ｈ３Ｎ２  ＨＡの共結晶構造（富化領域２）を除いて、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌのトランス型の高次構造（富化領域１）が優勢である。他方では、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌのシス型高次構造（富化領域３）が優勢である。コーン様トポロジーは富化領域１および２によってサンプリングされ、アンブレラ様トポロジーは富化領域３によってサンプリングされる。セクション（Ｅ）〜（Ｆ）は、それぞれα２−３モチーフおよびα２−６モチーフによるコーン様およびアンブレラ様トポロジーのサンプリングを示す。高次構造マップ中の赤色で標識した領域を、所与の値の組（φ，Ψ）についてのθパラメータ（Ｎｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌおよびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度）を計算するための外側境界として使用した。エネルギーカットオフに基づいて、θ＞１１０°の値を使用してコーン様トポロジーを特徴付け、θ＜１００°を使用してアンブレラ様トポロジーを特徴付けた。θ輪郭の高次構造エネルギーマップとの重ね合わせは、アンブレラ様トポロジーを採用することがエネルギー的に不利であったので、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用することを示した。他方では、α２−６モチーフはコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングし、このサンプリングを、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合のω角（Ｏ−Ｃ６−Ｃ５−Ｈ５）に基づいて分類した。
【図５Ｂ−２】図５は、グリカン受容体の特異性を理解するためのフレームワークを示す図面である。α２−３−および／またはα２−６結合グリカンは、異なるトポロジーを採用することができる。本発明によれば、ＨＡポリペプチドが一定のこれらのトポロジーに結合する能力は、ＨＡポリペプチドに異なる宿主（例えば、ヒト）の感染を媒介する能力を付与する。この図のパネルＡに示すように、本発明は、２つの特に関連するトポロジー（「コーン」トポロジーおよび「アンブレラ」トポロジー）を定義する。コーントポロジーはα２−３−および／またはα２−６結合グリカンが採用することができ、コアに結合した短鎖オリゴサッカリドまたは分岐オリゴサッカリドの典型である（それにもかかわらず、このトポロジーは一定の長鎖オリゴサッカリドが採用することができる）。アンブレラトポロジーは、α２−６結合グリカンが唯一採用することができ（おそらく、α２−６結合中に存在する余剰のＣ５−Ｃ６結合によって付与される高次構造の複数性の増加に起因する）、長鎖オリゴサッカリドまたは長鎖オリゴサッカリド分岐（特にモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃ−を含む）を有する分岐グリカンが主に採用する。本明細書中に記載のように、ＨＡポリペプチドがアンブレラグリカントポロジーに結合する能力により、ヒト受容体への結合および／またはヒト感染を媒介する能力が付与される。この図のパネルＢは、トリサッカリドモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃのそれぞれのグリコシドねじれ角によって支配されるα２−３およびα２−６のトポロジーを詳細に示す。パラメータ（θ）−トポロジーを特徴付けるためにこれらのトリサッカリドモチーフ中のＮｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌ糖およびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度を定義した。α２−３およびα２−６モチーフのθ輪郭と高次構造マップの重ね合わせは、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用し、α２−６モチーフがコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングしたことを示す（パネルＣ）。α２−３およびα２−６によってサンプリングされたコーン様トポロジーでは、ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖は、コーンに及ぶ領域に沿って存在する。ＨＡのコーン様トポロジーとの相互作用は、主に付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＮｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に関与する。他方では、α２−６に固有のアンブレラ様トポロジーでは、＼ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖はＨＡ結合部位に向かって曲がっている（ＨＡ−α２−６共結晶構造で認められるように）。より長いα２−６オリゴサッカリド（例えば、少なくともテトラサッカリド）は、ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃのアセチル基の間の糖内ファンデルワールス接触によって安定化されるので、この高次構造を好むであろう。アンブレラ様トポロジーとのＨＡ相互作用は、Ｎｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に加えて、付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖との接触を含む。この図のパネルＣは、α２−３およびα２−６によるコーン様およ��アンブレラ様トポロジーの高次構造サンプリングを示す。セクション（Ａ）〜（Ｄ）は、それぞれ、Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌ結合、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合、Ｇａｌβ１−３ＧｌｃＮＡｃ結合、およびＧａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ結合の高次構造（φ、Ψ）マップを示す。ＧｌｙｃｏＭａｐｓ  ＤＢ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅｓ．ｄｅ／ｍｏｄｅｌｉｎｇ／ｇｌｙｃｏｍａｐｓｄｂ／）から入手したこれらのマップを、ＭＭ３力場を使用したアブイニシオＭＤシミュレーションを使用して作成した。エネルギー分布を、赤（最高エネルギーを示す）から最低エネルギーを示す緑色までに色分けしている。囲った領域１〜５は、ＨＡ−グリカン共結晶構造中のα２−３およびα２−６オリゴサッカリドについて認められた（φ，Ψ）値を示す。この高次構造がゴーシュであるα２−３を有するＡ／アイチ／２／６８  Ｈ３Ｎ２  ＨＡの共結晶構造（富化領域２）を除いて、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌのトランス型の高次構造（富化領域１）が優勢である。他方では、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌのシス型高次構造（富化領域３）が優勢である。コーン様トポロジーは富化領域１および２によってサンプリングされ、アンブレラ様トポロジーは富化領域３によってサンプリングされる。セクション（Ｅ）〜（Ｆ）は、それぞれα２−３モチーフおよびα２−６モチーフによるコーン様およびアンブレラ様トポロジーのサンプリングを示す。高次構造マップ中の赤色で標識した領域を、所与の値の組（φ，Ψ）についてのθパラメータ（Ｎｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌおよびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度）を計算するための外側境界として使用した。エネルギーカットオフに基づいて、θ＞１１０°の値を使用してコーン様トポロジーを特徴付け、θ＜１００°を使用してアンブレラ様トポロジーを特徴付けた。θ輪郭の高次構造エネルギーマップとの重ね合わせは、アンブレラ様トポロジーを採用することがエネルギー的に不利であったので、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用することを示した。他方では、α２−６モチーフはコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングし、このサンプリングを、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合のω角（Ｏ−Ｃ６−Ｃ５−Ｈ５）に基づいて分類した。
【図５Ｃ−１】図５は、グリカン受容体の特異性を理解するためのフレームワークを示す図面である。α２−３−および／またはα２−６結合グリカンは、異なるトポロジーを採用することができる。本発明によれば、ＨＡポリペプチドが一定のこれらのトポロジーに結合する能力は、ＨＡポリペプチドに異なる宿主（例えば、ヒト）の感染を媒介する能力を付与する。この図のパネルＡに示すように、本発明は、２つの特に関連するトポロジー（「コーン」トポロジーおよび「アンブレラ」トポロジー）を定義する。コーントポロジーはα２−３−および／またはα２−６結合グリカンが採用することができ、コアに結合した短鎖オリゴサッカリドまたは分岐オリゴサッカリドの典型である（それにもかかわらず、このトポロジーは一定の長鎖オリゴサッカリドが採用することができる）。アンブレラトポロジーは、α２−６結合グリカンが唯一採用することができ（おそらく、α２−６結合中に存在する余剰のＣ５−Ｃ６結合によって付与される高次構造の複数性の増加に起因する）、長鎖オリゴサッカリドまたは長鎖オリゴサッカリド分岐（特にモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃ−を含む）を有する分岐グリカンが主に採用する。本明細書中に記載のように、ＨＡポリペプチドがアンブレラグリカントポロジーに結合する能力により、ヒト受容体への結合および／またはヒト感染を媒介する能力が付与される。この図のパネルＢは、トリサッカリドモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃのそれぞれのグリコシドねじれ角によって支配されるα２−３およびα２−６のトポロジーを詳細に示す。パラメータ（θ）−トポロジーを特徴付けるためにこれらのトリサッカリドモチーフ中のＮｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌ糖およびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度を定義した。α２−３およびα２−６モチーフのθ輪郭と高次構造マップの重ね合わせは、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用し、α２−６モチーフがコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングしたことを示す（パネルＣ）。α２−３およびα２−６によってサンプリングされたコーン様トポロジーでは、ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖は、コーンに及ぶ領域に沿って存在する。ＨＡのコーン様トポロジーとの相互作用は、主に付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＮｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に関与する。他方では、α２−６に固有のアンブレラ様トポロジーでは、＼ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖はＨＡ結合部位に向かって曲がっている（ＨＡ−α２−６共結晶構造で認められるように）。より長いα２−６オリゴサッカリド（例えば、少なくともテトラサッカリド）は、ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃのアセチル基の間の糖内ファンデルワールス接触によって安定化されるので、この高次構造を好むであろう。アンブレラ様トポロジーとのＨＡ相互作用は、Ｎｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に加えて、付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖との接触を含む。この図のパネルＣは、α２−３およびα２−６によるコーン様およ��アンブレラ様トポロジーの高次構造サンプリングを示す。セクション（Ａ）〜（Ｄ）は、それぞれ、Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌ結合、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合、Ｇａｌβ１−３ＧｌｃＮＡｃ結合、およびＧａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ結合の高次構造（φ、Ψ）マップを示す。ＧｌｙｃｏＭａｐｓ  ＤＢ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅｓ．ｄｅ／ｍｏｄｅｌｉｎｇ／ｇｌｙｃｏｍａｐｓｄｂ／）から入手したこれらのマップを、ＭＭ３力場を使用したアブイニシオＭＤシミュレーションを使用して作成した。エネルギー分布を、赤（最高エネルギーを示す）から最低エネルギーを示す緑色までに色分けしている。囲った領域１〜５は、ＨＡ−グリカン共結晶構造中のα２−３およびα２−６オリゴサッカリドについて認められた（φ，Ψ）値を示す。この高次構造がゴーシュであるα２−３を有するＡ／アイチ／２／６８  Ｈ３Ｎ２  ＨＡの共結晶構造（富化領域２）を除いて、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌのトランス型の高次構造（富化領域１）が優勢である。他方では、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌのシス型高次構造（富化領域３）が優勢である。コーン様トポロジーは富化領域１および２によってサンプリングされ、アンブレラ様トポロジーは富化領域３によってサンプリングされる。セクション（Ｅ）〜（Ｆ）は、それぞれα２−３モチーフおよびα２−６モチーフによるコーン様およびアンブレラ様トポロジーのサンプリングを示す。高次構造マップ中の赤色で標識した領域を、所与の値の組（φ，Ψ）についてのθパラメータ（Ｎｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌおよびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度）を計算するための外側境界として使用した。エネルギーカットオフに基づいて、θ＞１１０°の値を使用してコーン様トポロジーを特徴付け、θ＜１００°を使用してアンブレラ様トポロジーを特徴付けた。θ輪郭の高次構造エネルギーマップとの重ね合わせは、アンブレラ様トポロジーを採用することがエネルギー的に不利であったので、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用することを示した。他方では、α２−６モチーフはコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングし、このサンプリングを、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合のω角（Ｏ−Ｃ６−Ｃ５−Ｈ５）に基づいて分類した。
【図５Ｃ−２】図５は、グリカン受容体の特異性を理解するためのフレームワークを示す図面である。α２−３−および／またはα２−６結合グリカンは、異なるトポロジーを採用することができる。本発明によれば、ＨＡポリペプチドが一定のこれらのトポロジーに結合する能力は、ＨＡポリペプチドに異なる宿主（例えば、ヒト）の感染を媒介する能力を付与する。この図のパネルＡに示すように、本発明は、２つの特に関連するトポロジー（「コーン」トポロジーおよび「アンブレラ」トポロジー）を定義する。コーントポロジーはα２−３−および／またはα２−６結合グリカンが採用することができ、コアに結合した短鎖オリゴサッカリドまたは分岐オリゴサッカリドの典型である（それにもかかわらず、このトポロジーは一定の長鎖オリゴサッカリドが採用することができる）。アンブレラトポロジーは、α２−６結合グリカンが唯一採用することができ（おそらく、α２−６結合中に存在する余剰のＣ５−Ｃ６結合によって付与される高次構造の複数性の増加に起因する）、長鎖オリゴサッカリドまたは長鎖オリゴサッカリド分岐（特にモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃ−を含む）を有する分岐グリカンが主に採用する。本明細書中に記載のように、ＨＡポリペプチドがアンブレラグリカントポロジーに結合する能力により、ヒト受容体への結合および／またはヒト感染を媒介する能力が付与される。この図のパネルＢは、トリサッカリドモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃのそれぞれのグリコシドねじれ角によって支配されるα２−３およびα２−６のトポロジーを詳細に示す。パラメータ（θ）−トポロジーを特徴付けるためにこれらのトリサッカリドモチーフ中のＮｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌ糖およびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度を定義した。α２−３およびα２−６モチーフのθ輪郭と高次構造マップの重ね合わせは、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用し、α２−６モチーフがコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングしたことを示す（パネルＣ）。α２−３およびα２−６によってサンプリングされたコーン様トポロジーでは、ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖は、コーンに及ぶ領域に沿って存在する。ＨＡのコーン様トポロジーとの相互作用は、主に付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＮｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に関与する。他方では、α２−６に固有のアンブレラ様トポロジーでは、＼ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖はＨＡ結合部位に向かって曲がっている（ＨＡ−α２−６共結晶構造で認められるように）。より長いα２−６オリゴサッカリド（例えば、少なくともテトラサッカリド）は、ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃのアセチル基の間の糖内ファンデルワールス接触によって安定化されるので、この高次構造を好むであろう。アンブレラ様トポロジーとのＨＡ相互作用は、Ｎｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に加えて、付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖との接触を含む。この図のパネルＣは、α２−３およびα２−６によるコーン様およ��アンブレラ様トポロジーの高次構造サンプリングを示す。セクション（Ａ）〜（Ｄ）は、それぞれ、Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌ結合、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合、Ｇａｌβ１−３ＧｌｃＮＡｃ結合、およびＧａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ結合の高次構造（φ、Ψ）マップを示す。ＧｌｙｃｏＭａｐｓ  ＤＢ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅｓ．ｄｅ／ｍｏｄｅｌｉｎｇ／ｇｌｙｃｏｍａｐｓｄｂ／）から入手したこれらのマップを、ＭＭ３力場を使用したアブイニシオＭＤシミュレーションを使用して作成した。エネルギー分布を、赤（最高エネルギーを示す）から最低エネルギーを示す緑色までに色分けしている。囲った領域１〜５は、ＨＡ−グリカン共結晶構造中のα２−３およびα２−６オリゴサッカリドについて認められた（φ，Ψ）値を示す。この高次構造がゴーシュであるα２−３を有するＡ／アイチ／２／６８  Ｈ３Ｎ２  ＨＡの共結晶構造（富化領域２）を除いて、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌのトランス型の高次構造（富化領域１）が優勢である。他方では、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌのシス型高次構造（富化領域３）が優勢である。コーン様トポロジーは富化領域１および２によってサンプリングされ、アンブレラ様トポロジーは富化領域３によってサンプリングされる。セクション（Ｅ）〜（Ｆ）は、それぞれα２−３モチーフおよびα２−６モチーフによるコーン様およびアンブレラ様トポロジーのサンプリングを示す。高次構造マップ中の赤色で標識した領域を、所与の値の組（φ，Ψ）についてのθパラメータ（Ｎｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌおよびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度）を計算するための外側境界として使用した。エネルギーカットオフに基づいて、θ＞１１０°の値を使用してコーン様トポロジーを特徴付け、θ＜１００°を使用してアンブレラ様トポロジーを特徴付けた。θ輪郭の高次構造エネルギーマップとの重ね合わせは、アンブレラ様トポロジーを採用することがエネルギー的に不利であったので、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用することを示した。他方では、α２−６モチーフはコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングし、このサンプリングを、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合のω角（Ｏ−Ｃ６−Ｃ５−Ｈ５）に基づいて分類した。
【図５Ｃ−３】図５は、グリカン受容体の特異性を理解するためのフレームワークを示す図面である。α２−３−および／またはα２−６結合グリカンは、異なるトポロジーを採用することができる。本発明によれば、ＨＡポリペプチドが一定のこれらのトポロジーに結合する能力は、ＨＡポリペプチドに異なる宿主（例えば、ヒト）の感染を媒介する能力を付与する。この図のパネルＡに示すように、本発明は、２つの特に関連するトポロジー（「コーン」トポロジーおよび「アンブレラ」トポロジー）を定義する。コーントポロジーはα２−３−および／またはα２−６結合グリカンが採用することができ、コアに結合した短鎖オリゴサッカリドまたは分岐オリゴサッカリドの典型である（それにもかかわらず、このトポロジーは一定の長鎖オリゴサッカリドが採用することができる）。アンブレラトポロジーは、α２−６結合グリカンが唯一採用することができ（おそらく、α２−６結合中に存在する余剰のＣ５−Ｃ６結合によって付与される高次構造の複数性の増加に起因する）、長鎖オリゴサッカリドまたは長鎖オリゴサッカリド分岐（特にモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃ−を含む）を有する分岐グリカンが主に採用する。本明細書中に記載のように、ＨＡポリペプチドがアンブレラグリカントポロジーに結合する能力により、ヒト受容体への結合および／またはヒト感染を媒介する能力が付与される。この図のパネルＢは、トリサッカリドモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃのそれぞれのグリコシドねじれ角によって支配されるα２−３およびα２−６のトポロジーを詳細に示す。パラメータ（θ）−トポロジーを特徴付けるためにこれらのトリサッカリドモチーフ中のＮｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌ糖およびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度を定義した。α２−３およびα２−６モチーフのθ輪郭と高次構造マップの重ね合わせは、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用し、α２−６モチーフがコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングしたことを示す（パネルＣ）。α２−３およびα２−６によってサンプリングされたコーン様トポロジーでは、ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖は、コーンに及ぶ領域に沿って存在する。ＨＡのコーン様トポロジーとの相互作用は、主に付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＮｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に関与する。他方では、α２−６に固有のアンブレラ様トポロジーでは、＼ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖はＨＡ結合部位に向かって曲がっている（ＨＡ−α２−６共結晶構造で認められるように）。より長いα２−６オリゴサッカリド（例えば、少なくともテトラサッカリド）は、ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃのアセチル基の間の糖内ファンデルワールス接触によって安定化されるので、この高次構造を好むであろう。アンブレラ様トポロジーとのＨＡ相互作用は、Ｎｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に加えて、付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖との接触を含む。この図のパネルＣは、α２−３およびα２−６によるコーン様およ��アンブレラ様トポロジーの高次構造サンプリングを示す。セクション（Ａ）〜（Ｄ）は、それぞれ、Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌ結合、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合、Ｇａｌβ１−３ＧｌｃＮＡｃ結合、およびＧａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ結合の高次構造（φ、Ψ）マップを示す。ＧｌｙｃｏＭａｐｓ  ＤＢ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅｓ．ｄｅ／ｍｏｄｅｌｉｎｇ／ｇｌｙｃｏｍａｐｓｄｂ／）から入手したこれらのマップを、ＭＭ３力場を使用したアブイニシオＭＤシミュレーションを使用して作成した。エネルギー分布を、赤（最高エネルギーを示す）から最低エネルギーを示す緑色までに色分けしている。囲った領域１〜５は、ＨＡ−グリカン共結晶構造中のα２−３およびα２−６オリゴサッカリドについて認められた（φ，Ψ）値を示す。この高次構造がゴーシュであるα２−３を有するＡ／アイチ／２／６８  Ｈ３Ｎ２  ＨＡの共結晶構造（富化領域２）を除いて、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌのトランス型の高次構造（富化領域１）が優勢である。他方では、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌのシス型高次構造（富化領域３）が優勢である。コーン様トポロジーは富化領域１および２によってサンプリングされ、アンブレラ様トポロジーは富化領域３によってサンプリングされる。セクション（Ｅ）〜（Ｆ）は、それぞれα２−３モチーフおよびα２−６モチーフによるコーン様およびアンブレラ様トポロジーのサンプリングを示す。高次構造マップ中の赤色で標識した領域を、所与の値の組（φ，Ψ）についてのθパラメータ（Ｎｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌおよびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度）を計算するための外側境界として使用した。エネルギーカットオフに基づいて、θ＞１１０°の値を使用してコーン様トポロジーを特徴付け、θ＜１００°を使用してアンブレラ様トポロジーを特徴付けた。θ輪郭の高次構造エネルギーマップとの重ね合わせは、アンブレラ様トポロジーを採用することがエネルギー的に不利であったので、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用することを示した。他方では、α２−６モチーフはコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングし、このサンプリングを、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合のω角（Ｏ−Ｃ６−Ｃ５−Ｈ５）に基づいて分類した。
【図５Ｃ−４】図５は、グリカン受容体の特異性を理解するためのフレームワークを示す図面である。α２−３−および／またはα２−６結合グリカンは、異なるトポロジーを採用することができる。本発明によれば、ＨＡポリペプチドが一定のこれらのトポロジーに結合する能力は、ＨＡポリペプチドに異なる宿主（例えば、ヒト）の感染を媒介する能力を付与する。この図のパネルＡに示すように、本発明は、２つの特に関連するトポロジー（「コーン」トポロジーおよび「アンブレラ」トポロジー）を定義する。コーントポロジーはα２−３−および／またはα２−６結合グリカンが採用することができ、コアに結合した短鎖オリゴサッカリドまたは分岐オリゴサッカリドの典型である（それにもかかわらず、このトポロジーは一定の長鎖オリゴサッカリドが採用することができる）。アンブレラトポロジーは、α２−６結合グリカンが唯一採用することができ（おそらく、α２−６結合中に存在する余剰のＣ５−Ｃ６結合によって付与される高次構造の複数性の増加に起因する）、長鎖オリゴサッカリドまたは長鎖オリゴサッカリド分岐（特にモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃ−を含む）を有する分岐グリカンが主に採用する。本明細書中に記載のように、ＨＡポリペプチドがアンブレラグリカントポロジーに結合する能力により、ヒト受容体への結合および／またはヒト感染を媒介する能力が付与される。この図のパネルＢは、トリサッカリドモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃのそれぞれのグリコシドねじれ角によって支配されるα２−３およびα２−６のトポロジーを詳細に示す。パラメータ（θ）−トポロジーを特徴付けるためにこれらのトリサッカリドモチーフ中のＮｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌ糖およびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度を定義した。α２−３およびα２−６モチーフのθ輪郭と高次構造マップの重ね合わせは、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用し、α２−６モチーフがコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングしたことを示す（パネルＣ）。α２−３およびα２−６によってサンプリングされたコーン様トポロジーでは、ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖は、コーンに及ぶ領域に沿って存在する。ＨＡのコーン様トポロジーとの相互作用は、主に付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＮｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に関与する。他方では、α２−６に固有のアンブレラ様トポロジーでは、＼ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖はＨＡ結合部位に向かって曲がっている（ＨＡ−α２−６共結晶構造で認められるように）。より長いα２−６オリゴサッカリド（例えば、少なくともテトラサッカリド）は、ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃのアセチル基の間の糖内ファンデルワールス接触によって安定化されるので、この高次構造を好むであろう。アンブレラ様トポロジーとのＨＡ相互作用は、Ｎｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に加えて、付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖との接触を含む。この図のパネルＣは、α２−３およびα２−６によるコーン様およ��アンブレラ様トポロジーの高次構造サンプリングを示す。セクション（Ａ）〜（Ｄ）は、それぞれ、Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌ結合、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合、Ｇａｌβ１−３ＧｌｃＮＡｃ結合、およびＧａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ結合の高次構造（φ、Ψ）マップを示す。ＧｌｙｃｏＭａｐｓ  ＤＢ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅｓ．ｄｅ／ｍｏｄｅｌｉｎｇ／ｇｌｙｃｏｍａｐｓｄｂ／）から入手したこれらのマップを、ＭＭ３力場を使用したアブイニシオＭＤシミュレーションを使用して作成した。エネルギー分布を、赤（最高エネルギーを示す）から最低エネルギーを示す緑色までに色分けしている。囲った領域１〜５は、ＨＡ−グリカン共結晶構造中のα２−３およびα２−６オリゴサッカリドについて認められた（φ，Ψ）値を示す。この高次構造がゴーシュであるα２−３を有するＡ／アイチ／２／６８  Ｈ３Ｎ２  ＨＡの共結晶構造（富化領域２）を除いて、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌのトランス型の高次構造（富化領域１）が優勢である。他方では、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌのシス型高次構造（富化領域３）が優勢である。コーン様トポロジーは富化領域１および２によってサンプリングされ、アンブレラ様トポロジーは富化領域３によってサンプリングされる。セクション（Ｅ）〜（Ｆ）は、それぞれα２−３モチーフおよびα２−６モチーフによるコーン様およびアンブレラ様トポロジーのサンプリングを示す。高次構造マップ中の赤色で標識した領域を、所与の値の組（φ，Ψ）についてのθパラメータ（Ｎｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌおよびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度）を計算するための外側境界として使用した。エネルギーカットオフに基づいて、θ＞１１０°の値を使用してコーン様トポロジーを特徴付け、θ＜１００°を使用してアンブレラ様トポロジーを特徴付けた。θ輪郭の高次構造エネルギーマップとの重ね合わせは、アンブレラ様トポロジーを採用することがエネルギー的に不利であったので、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用することを示した。他方では、α２−６モチーフはコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングし、このサンプリングを、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合のω角（Ｏ−Ｃ６−Ｃ５−Ｈ５）に基づいて分類した。
【図５Ｃ−５】図５は、グリカン受容体の特異性を理解するためのフレームワークを示す図面である。α２−３−および／またはα２−６結合グリカンは、異なるトポロジーを採用することができる。本発明によれば、ＨＡポリペプチドが一定のこれらのトポロジーに結合する能力は、ＨＡポリペプチドに異なる宿主（例えば、ヒト）の感染を媒介する能力を付与する。この図のパネルＡに示すように、本発明は、２つの特に関連するトポロジー（「コーン」トポロジーおよび「アンブレラ」トポロジー）を定義する。コーントポロジーはα２−３−および／またはα２−６結合グリカンが採用することができ、コアに結合した短鎖オリゴサッカリドまたは分岐オリゴサッカリドの典型である（それにもかかわらず、このトポロジーは一定の長鎖オリゴサッカリドが採用することができる）。アンブレラトポロジーは、α２−６結合グリカンが唯一採用することができ（おそらく、α２−６結合中に存在する余剰のＣ５−Ｃ６結合によって付与される高次構造の複数性の増加に起因する）、長鎖オリゴサッカリドまたは長鎖オリゴサッカリド分岐（特にモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃ−を含む）を有する分岐グリカンが主に採用する。本明細書中に記載のように、ＨＡポリペプチドがアンブレラグリカントポロジーに結合する能力により、ヒト受容体への結合および／またはヒト感染を媒介する能力が付与される。この図のパネルＢは、トリサッカリドモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃのそれぞれのグリコシドねじれ角によって支配されるα２−３およびα２−６のトポロジーを詳細に示す。パラメータ（θ）−トポロジーを特徴付けるためにこれらのトリサッカリドモチーフ中のＮｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌ糖およびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度を定義した。α２−３およびα２−６モチーフのθ輪郭と高次構造マップの重ね合わせは、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用し、α２−６モチーフがコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングしたことを示す（パネルＣ）。α２−３およびα２−６によってサンプリングされたコーン様トポロジーでは、ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖は、コーンに及ぶ領域に沿って存在する。ＨＡのコーン様トポロジーとの相互作用は、主に付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＮｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に関与する。他方では、α２−６に固有のアンブレラ様トポロジーでは、＼ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖はＨＡ結合部位に向かって曲がっている（ＨＡ−α２−６共結晶構造で認められるように）。より長いα２−６オリゴサッカリド（例えば、少なくともテトラサッカリド）は、ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃのアセチル基の間の糖内ファンデルワールス接触によって安定化されるので、この高次構造を好むであろう。アンブレラ様トポロジーとのＨＡ相互作用は、Ｎｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に加えて、付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖との接触を含む。この図のパネルＣは、α２−３およびα２−６によるコーン様およ��アンブレラ様トポロジーの高次構造サンプリングを示す。セクション（Ａ）〜（Ｄ）は、それぞれ、Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌ結合、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合、Ｇａｌβ１−３ＧｌｃＮＡｃ結合、およびＧａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ結合の高次構造（φ、Ψ）マップを示す。ＧｌｙｃｏＭａｐｓ  ＤＢ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅｓ．ｄｅ／ｍｏｄｅｌｉｎｇ／ｇｌｙｃｏｍａｐｓｄｂ／）から入手したこれらのマップを、ＭＭ３力場を使用したアブイニシオＭＤシミュレーションを使用して作成した。エネルギー分布を、赤（最高エネルギーを示す）から最低エネルギーを示す緑色までに色分けしている。囲った領域１〜５は、ＨＡ−グリカン共結晶構造中のα２−３およびα２−６オリゴサッカリドについて認められた（φ，Ψ）値を示す。この高次構造がゴーシュであるα２−３を有するＡ／アイチ／２／６８  Ｈ３Ｎ２  ＨＡの共結晶構造（富化領域２）を除いて、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌのトランス型の高次構造（富化領域１）が優勢である。他方では、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌのシス型高次構造（富化領域３）が優勢である。コーン様トポロジーは富化領域１および２によってサンプリングされ、アンブレラ様トポロジーは富化領域３によってサンプリングされる。セクション（Ｅ）〜（Ｆ）は、それぞれα２−３モチーフおよびα２−６モチーフによるコーン様およびアンブレラ様トポロジーのサンプリングを示す。高次構造マップ中の赤色で標識した領域を、所与の値の組（φ，Ψ）についてのθパラメータ（Ｎｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌおよびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度）を計算するための外側境界として使用した。エネルギーカットオフに基づいて、θ＞１１０°の値を使用してコーン様トポロジーを特徴付け、θ＜１００°を使用してアンブレラ様トポロジーを特徴付けた。θ輪郭の高次構造エネルギーマップとの重ね合わせは、アンブレラ様トポロジーを採用することがエネルギー的に不利であったので、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用することを示した。他方では、α２−６モチーフはコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングし、このサンプリングを、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合のω角（Ｏ−Ｃ６−Ｃ５−Ｈ５）に基づいて分類した。
【図５Ｃ−６】図５は、グリカン受容体の特異性を理解するためのフレームワークを示す図面である。α２−３−および／またはα２−６結合グリカンは、異なるトポロジーを採用することができる。本発明によれば、ＨＡポリペプチドが一定のこれらのトポロジーに結合する能力は、ＨＡポリペプチドに異なる宿主（例えば、ヒト）の感染を媒介する能力を付与する。この図のパネルＡに示すように、本発明は、２つの特に関連するトポロジー（「コーン」トポロジーおよび「アンブレラ」トポロジー）を定義する。コーントポロジーはα２−３−および／またはα２−６結合グリカンが採用することができ、コアに結合した短鎖オリゴサッカリドまたは分岐オリゴサッカリドの典型である（それにもかかわらず、このトポロジーは一定の長鎖オリゴサッカリドが採用することができる）。アンブレラトポロジーは、α２−６結合グリカンが唯一採用することができ（おそらく、α２−６結合中に存在する余剰のＣ５−Ｃ６結合によって付与される高次構造の複数性の増加に起因する）、長鎖オリゴサッカリドまたは長鎖オリゴサッカリド分岐（特にモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃ−を含む）を有する分岐グリカンが主に採用する。本明細書中に記載のように、ＨＡポリペプチドがアンブレラグリカントポロジーに結合する能力により、ヒト受容体への結合および／またはヒト感染を媒介する能力が付与される。この図のパネルＢは、トリサッカリドモチーフＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３／４ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃのそれぞれのグリコシドねじれ角によって支配されるα２−３およびα２−６のトポロジーを詳細に示す。パラメータ（θ）−トポロジーを特徴付けるためにこれらのトリサッカリドモチーフ中のＮｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌ糖およびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度を定義した。α２−３およびα２−６モチーフのθ輪郭と高次構造マップの重ね合わせは、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用し、α２−６モチーフがコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングしたことを示す（パネルＣ）。α２−３およびα２−６によってサンプリングされたコーン様トポロジーでは、ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖は、コーンに及ぶ領域に沿って存在する。ＨＡのコーン様トポロジーとの相互作用は、主に付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＮｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に関与する。他方では、α２−６に固有のアンブレラ様トポロジーでは、＼ＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖はＨＡ結合部位に向かって曲がっている（ＨＡ−α２−６共結晶構造で認められるように）。より長いα２−６オリゴサッカリド（例えば、少なくともテトラサッカリド）は、ＧｌｃＮＡｃおよびＮｅｕ５Ａｃのアセチル基の間の糖内ファンデルワールス接触によって安定化されるので、この高次構造を好むであろう。アンブレラ様トポロジーとのＨＡ相互作用は、Ｎｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖との接触に加えて、付番した位置（Ｈ３  ＨＡ付番に基づく）のアミノ酸のＧｌｃＮＡｃおよびそれに次ぐ糖との接触を含む。この図のパネルＣは、α２−３およびα２−６によるコーン様およ��アンブレラ様トポロジーの高次構造サンプリングを示す。セクション（Ａ）〜（Ｄ）は、それぞれ、Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌ結合、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合、Ｇａｌβ１−３ＧｌｃＮＡｃ結合、およびＧａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ結合の高次構造（φ、Ψ）マップを示す。ＧｌｙｃｏＭａｐｓ  ＤＢ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｌｙｃｏｓｃｉｅｎｃｅｓ．ｄｅ／ｍｏｄｅｌｉｎｇ／ｇｌｙｃｏｍａｐｓｄｂ／）から入手したこれらのマップを、ＭＭ３力場を使用したアブイニシオＭＤシミュレーションを使用して作成した。エネルギー分布を、赤（最高エネルギーを示す）から最低エネルギーを示す緑色までに色分けしている。囲った領域１〜５は、ＨＡ−グリカン共結晶構造中のα２−３およびα２−６オリゴサッカリドについて認められた（φ，Ψ）値を示す。この高次構造がゴーシュであるα２−３を有するＡ／アイチ／２／６８  Ｈ３Ｎ２  ＨＡの共結晶構造（富化領域２）を除いて、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌのトランス型の高次構造（富化領域１）が優勢である。他方では、ＨＡ結合ポケット中でＮｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌのシス型高次構造（富化領域３）が優勢である。コーン様トポロジーは富化領域１および２によってサンプリングされ、アンブレラ様トポロジーは富化領域３によってサンプリングされる。セクション（Ｅ）〜（Ｆ）は、それぞれα２−３モチーフおよびα２−６モチーフによるコーン様およびアンブレラ様トポロジーのサンプリングを示す。高次構造マップ中の赤色で標識した領域を、所与の値の組（φ，Ψ）についてのθパラメータ（Ｎｅｕ５ＡｃのＣ２原子とそれに次ぐＧａｌおよびＧｌｃＮＡｃ糖のＣ１原子との間の角度）を計算するための外側境界として使用した。エネルギーカットオフに基づいて、θ＞１１０°の値を使用してコーン様トポロジーを特徴付け、θ＜１００°を使用してアンブレラ様トポロジーを特徴付けた。θ輪郭の高次構造エネルギーマップとの重ね合わせは、アンブレラ様トポロジーを採用することがエネルギー的に不利であったので、α２−３モチーフが１００％コーン様トポロジーを採用することを示した。他方では、α２−６モチーフはコーン様およびアンブレラ様トポロジーの両方をサンプリングし、このサンプリングを、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合のω角（Ｏ−Ｃ６−Ｃ５−Ｈ５）に基づいて分類した。
【図６】図６は、コーン対アンブレラグリカントポロジーとのＨＡ残基の相互作用を示す図面である。ＨＡ−グリカン共結晶の分析により、ＨＡ結合部位に対するＮｅｕ５Ａｃの位置がほとんど不変であることが明らかとなる。Ｎｅｕ５Ａｃとの接触は、高度に保存された残基（Ｆ９８、Ｓ／Ｔ１３６、Ｗ１５３、Ｈ１８３、およびＬ／Ｉ１９４など）に関与する。他の糖との接触は、糖結合がα２−３またはα２−６のいずれであるのかおよびグリカントポロジーがコーンまたはアンブレラのいずれであるのかに応じて、異なる残基に関与する。例えば、コーントポロジーでは、主にＮｅｕ５ＡｃおよびＧａｌ糖と接触する。Ｅ１９０およびＱ２２６は、この結合において特に重要な役割を果たす。この図はまた、コーン構造への結合に関与し得る他の位置（例えば、１３７、１４５、１８６、１８７、１９３、２２２）を示す。場合によっては、異なる残基が異なるグリカン構造と異なる接触をすることができる。これらの位置中のアミノ酸型は、ＨＡポリペプチドがグリカン構造中に異なる修飾および／または分岐パターンを有する受容体に結合する能力に影響を及ぼし得る。アンブレラトポロジーでは、Ｎｅｕ５ＡｃおよびＧａｌを越えて糖と接触する。この図は、アンブレラ構造への結合に関与し得る残基（例えば、１３７、１４５、１５６、１５９、１８６、１８７、１８９、１９０、１９２、１９３、１９６、２２２、２２５、２２６）を示す。場合によっては、異なる残基は、異なるグリカン構造と異なる接触をすることができる。これらの位置中のアミノ酸型は、ＨＡポリペプチドがグリカン構造中に異なる修飾および／または分岐パターンを有する受容体に結合する能力に影響を及ぼし得る。いくつかの実施形態では、１９０位のＤ残基および／または２２５位のＤ残基は、アンブレラトポロジーへの結合に寄与する。
【図７】図７は、例示的なコーントポロジーを示す図面である。この図は、コーントポロジーを採用する一定の例示的な（しかし、包括的ではない）グリカン構造を示す。
【図８Ａ−１】図８は、例示的なアンブレラトポロジーを示す図面である。（Ａ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）ＮおよびＯ結合グリカン構造。（Ｂ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）Ｏ結合グリカン構造。
【図８Ａ−２】図８は、例示的なアンブレラトポロジーを示す図面である。（Ａ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）ＮおよびＯ結合グリカン構造。（Ｂ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）Ｏ結合グリカン構造。
【図８Ａ−３】図８は、例示的なアンブレラトポロジーを示す図面である。（Ａ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）ＮおよびＯ結合グリカン構造。（Ｂ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）Ｏ結合グリカン構造。
【図８Ａ−４】図８は、例示的なアンブレラトポロジーを示す図面である。（Ａ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）ＮおよびＯ結合グリカン構造。（Ｂ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）Ｏ結合グリカン構造。
【図８Ａ−５】図８は、例示的なアンブレラトポロジーを示す図面である。（Ａ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）ＮおよびＯ結合グリカン構造。（Ｂ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）Ｏ結合グリカン構造。
【図８Ａ−６】図８は、例示的なアンブレラトポロジーを示す図面である。（Ａ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）ＮおよびＯ結合グリカン構造。（Ｂ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）Ｏ結合グリカン構造。
【図８Ａ−７】図８は、例示的なアンブレラトポロジーを示す図面である。（Ａ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）ＮおよびＯ結合グリカン構造。（Ｂ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）Ｏ結合グリカン構造。
【図８Ｂ】図８は、例示的なアンブレラトポロジーを示す図面である。（Ａ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）ＮおよびＯ結合グリカン構造。（Ｂ）アンブレラトポロジーを採用することができる一定の例示的な（しかし、包括的ではない）Ｏ結合グリカン構造。
【図９Ａ】図９は、ＣＡ／０４（Ａ）およびＳＣ１８（Ｂ）ＨＡの用量依存性の直接受容体結合を示す図面である。代表的なビオチン化α２−３およびα２−６シアリル化グリカン（説明文中に示す）を含むストレプトアビジンプレートアレイを、本アッセイのために使用した。ＬＮはラクトサミン（Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ）に対応し、３’ＳＬＮおよび６’ＳＬＮはそれぞれＬＮに連結したＮｅｕ５Ａｃα２−３およびＮｅｕ５Ａｃα２−６に対応する。本アッセイを、以前に記載のように（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １０５：２８００，２００８）、ＨＡの多価提示を増強するための４：２：１の比率のＨＡ：一次抗体：二次抗体の事前の複合体化によって、０．０１〜４０μｇ／ｍｌの全ＨＡ濃度範囲について行った。６’ＳＬＮ−ＬＮへの選択的結合パターンは、両ＨＡで類似する。２μｇ／ｍｌ未満の濃度でＣＡ／０４  ＨＡについて検出可能な結合シグナルが認められないのに対して、ＳＣ１８  ＨＡはこれらの濃度での実質的結合を示し、このことはＣＡ／０４  ＨＡよりも結合親和性がはるかに高いことを示すことに留意のこと。
【図９Ｂ】図９は、ＣＡ／０４（Ａ）およびＳＣ１８（Ｂ）ＨＡの用量依存性の直接受容体結合を示す図面である。代表的なビオチン化α２−３およびα２−６シアリル化グリカン（説明文中に示す）を含むストレプトアビジンプレートアレイを、本アッセイのために使用した。ＬＮはラクトサミン（Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ）に対応し、３’ＳＬＮおよび６’ＳＬＮはそれぞれＬＮに連結したＮｅｕ５Ａｃα２−３およびＮｅｕ５Ａｃα２−６に対応する。本アッセイを、以前に記載のように（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １０５：２８００，２００８）、ＨＡの多価提示を増強するための４：２：１の比率のＨＡ：一次抗体：二次抗体の事前の複合体化によって、０．０１〜４０μｇ／ｍｌの全ＨＡ濃度範囲について行った。６’ＳＬＮ−ＬＮへの選択的結合パターンは、両ＨＡで類似する。２μｇ／ｍｌ未満の濃度でＣＡ／０４  ＨＡについて検出可能な結合シグナルが認められないのに対して、ＳＣ１８  ＨＡはこれらの濃度での実質的結合を示し、このことはＣＡ／０４  ＨＡよりも結合親和性がはるかに高いことを示すことに留意のこと。
【図１０】図１０は、ＣＡ／０４  ＨＡのヒト肺組織結合を示す図面である。上に、濃度２０μｇ／ｍｌでのＣＡ／０４  ＨＡのヒト気管組織切片の頂端面（白色矢印）への結合（赤色のヨウ化プロピジウム染色と比較して緑色）を示す。α２−６シアリル化グリカンを優先的に発現することが公知の（１８）気管組織の頂端面へのＨＡの結合に留意のこと。下に、濃度２０μｇ／ｍｌでのＨＡの肺胞組織切片への最小の結合を示す。ＨＡの気管組織切片へのシアル酸特異的結合を、０．２ＵのシアリダーゼＡ（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｕｒｅａｆａｃｉｅｎｓで組換え的に発現した）で予め処置した組織切片へのＨＡの最小の結合によって確認した。組換え的に発現したＨＡのヒト組織への結合を、以前に記載のように（Ｃｈａｎｄｒａｓｅｋａｒａｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  ２６：１０７，２００８（本明細書中で参考として援用される））、ＨＡの多価提示を増強するための４：２：１の比率のＨＡ：一次抗体：二次抗体の事前の複合体化によって行った。
【図１１】図１１は、Ｈ１Ｎ１  ＨＡのグリカン結合残基を示す図面である。残基を、ネットワーク形成クラスターに組織化する。クラスターと接触する糖単位（図１２中に示すように付番）を、最後の行に示す。２００９Ｈ１Ｎ１  ＨＡ中の固有のアミノ酸を赤色で強調している。ウイルス株についてのキー：ＳｏｌＩＳ＿３＿０６（Ａ／ソロモン諸島／３／０６）；Ｂｒｉｓ＿５９＿０７（Ａ／ブリズベーン／５９／０７）；ＮｅｗＣａｌ＿２０＿９９（Ａ／ニューカレドニア／２０／９９）；ＴＸ／１５（Ａ／テキサス／１５／２００９）；ＭＸ／４４８２（Ａ／メキシコ／４４８２／２００９）。
【図１２】図１２は、α２−６オリゴサッカリドに結合したＣＡ／０４  ＨＡの構造モデルを示す図面である。ＣＡ／０４  ＨＡのα２−６オリゴサッカリド（Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃβ１−３Ｇａｌβ１−４Ｇｌｃ）との接触を、以前に記載のように（Ｓｏｕｎｄａｒａｒａｊａｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  ２７，５１０，２００９（本明細書中で参考として援用される））、構造モデルの構築によって分析した。ＣＡ／０４  ＨＡのグリカン結合部位をイラストで図中に示す。イラスト中、キーアミノ酸の側鎖を棒で示す（炭素原子：灰色；酸素原子：赤色；窒素原子：青色に色分け）。α２−６オリゴサッカリドを棒で示し（炭素原子：緑色；酸素原子：赤色；窒素：青色に色分け）、非還元末端Ｎｅｕ５Ａｃ−１から還元末端Ｇｌｃ−５まで青色で標識した。Ｉｌｅ２１９／Ｇｌｕ２２７組み合わせに起因する相互作用ネットワークの潜在的な不安定化を、赤色点線の円で強調している。
【図１３】図１３は、ＣＡ０４  ＨＡのＲＢＳにおける不適合な相互作用の修正を示す図面である。（Ａ）ＣＡ０４  ＨＡのＲＢＳのヒト受容体との構造複合体（不適合のＩｌｅ２１９−Ｇｌｕ２２７接触を赤色円中に強調した）。（Ｂ）Ｌｙｓ２１９（赤色で強調）がＧｌｕ２２７とイオン的に接触しているヒト受容体と複合体化したＣＡ０４Ｍ１のＲＢＳ。（Ｃ）ヒト受容体と複合体化したＣＡ０４Ｍ２のＲＢＳ。（Ｄ）ヒト受容体と複合体化したＳＣ１８  ＨＡのＲＢＳ。ＣＡ０４Ｍ２  ＨＡのＲＢＳ中のＩｌｅ２１９、Ｐｒｏ１８６、およびＡｌａ２２７との間の疎水性相互作用ならびにＳｅｒ１８７、Ｔｈｒ１８９、およびＡｓｐ１９０との間の相互作用は、ＳＣ１８  ＨＡ中の類似残基間の相互作用に類似する。構造複合体を、キーアミノ酸の側鎖を含むイラストとして示したＲＢＳと共に立体的に示す。置換されたアミノ酸を赤色で標識している。ヒト受容体の棒表示を、炭素原子と共に橙色で示す。
【図１４】図１４は、グリカンアレイで使用したグリカンの命名法を示す図面である。
【図１５Ａ】図１５は、ＣＡ０４Ｍ１およびＣＡ０４Ｍ２  ＨＡのグリカン受容体結合性を示す図面である。（Ａ）ＣＡ０４Ｍ１の用量依存性直接グリカンアレイ結合。（Ｂ）ＣＡ０４Ｍ２の用量依存性直接グリカンアレイ結合。（Ｃ）ＣＡ０４、ＣＡ０４Ｍ１、ＣＡ０４Ｍ２、およびＳＣ１８  ＨＡの６’ＳＬＮ−ＬＮへの結合曲線。実験データ（「データ」を使用して示した不連続の目印）を、実施例４に記載のように作成した理論上の結合曲線（「モデル」を使用して示した線）と共に示す。ＳＣ１８  ＨＡのＫｄ’はおよそ６ｐＭであり（ＣＡ０４Ｍ２  ＨＡと同一範囲内）、それ故、同一ラベルを使用して示す。（Ｄ）ＣＡ０４、ＣＡ０４Ｍ１、およびＣＡ０４Ｍ２  ＨＡのヒト気管組織結合（赤色のヨウ化プロピジウムと比較して緑色で示したＨＡの染色）。気管組織切片の頂端面を、白色矢印を使用して示す。ＨＡの気管組織切片へのシアル酸特異的結合を、シアリダーゼＡ（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｕｒｅａｆａｃｉｅｎｓ由来）ならびにトリ受容体およびヒト受容体の両方に由来する末端シアル酸を切断する酵素を使用した組織切片の事前の処置に際の染色の喪失によって確認した。
【図１５Ｂ】図１５は、ＣＡ０４Ｍ１およびＣＡ０４Ｍ２  ＨＡのグリカン受容体結合性を示す図面である。（Ａ）ＣＡ０４Ｍ１の用量依存性直接グリカンアレイ結合。（Ｂ）ＣＡ０４Ｍ２の用量依存性直接グリカンアレイ結合。（Ｃ）ＣＡ０４、ＣＡ０４Ｍ１、ＣＡ０４Ｍ２、およびＳＣ１８  ＨＡの６’ＳＬＮ−ＬＮへの結合曲線。実験データ（「データ」を使用して示した不連続の目印）を、実施例４に記載のように作成した理論上の結合曲線（「モデル」を使用して示した線）と共に示す。ＳＣ１８  ＨＡのＫｄ’はおよそ６ｐＭであり（ＣＡ０４Ｍ２  ＨＡと同一範囲内）、それ故、同一ラベルを使用して示す。（Ｄ）ＣＡ０４、ＣＡ０４Ｍ１、およびＣＡ０４Ｍ２  ＨＡのヒト気管組織結合（赤色のヨウ化プロピジウムと比較して緑色で示したＨＡの染色）。気管組織切片の頂端面を、白色矢印を使用して示す。ＨＡの気管組織切片へのシアル酸特異的結合を、シアリダーゼＡ（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｕｒｅａｆａｃｉｅｎｓ由来）ならびにトリ受容体およびヒト受容体の両方に由来する末端シアル酸を切断する酵素を使用した組織切片の事前の処置に際の染色の喪失によって確認した。
【図１５Ｃ】図１５は、ＣＡ０４Ｍ１およびＣＡ０４Ｍ２  ＨＡのグリカン受容体結合性を示す図面である。（Ａ）ＣＡ０４Ｍ１の用量依存性直接グリカンアレイ結合。（Ｂ）ＣＡ０４Ｍ２の用量依存性直接グリカンアレイ結合。（Ｃ）ＣＡ０４、ＣＡ０４Ｍ１、ＣＡ０４Ｍ２、およびＳＣ１８  ＨＡの６’ＳＬＮ−ＬＮへの結合曲線。実験データ（「データ」を使用して示した不連続の目印）を、実施例４に記載のように作成した理論上の結合曲線（「モデル」を使用して示した線）と共に示す。ＳＣ１８  ＨＡのＫｄ’はおよそ６ｐＭであり（ＣＡ０４Ｍ２  ＨＡと同一範囲内）、それ故、同一ラベルを使用して示す。（Ｄ）ＣＡ０４、ＣＡ０４Ｍ１、およびＣＡ０４Ｍ２  ＨＡのヒト気管組織結合（赤色のヨウ化プロピジウムと比較して緑色で示したＨＡの染色）。気管組織切片の頂端面を、白色矢印を使用して示す。ＨＡの気管組織切片へのシアル酸特異的結合を、シアリダーゼＡ（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｕｒｅａｆａｃｉｅｎｓ由来）ならびにトリ受容体およびヒト受容体の両方に由来する末端シアル酸を切断する酵素を使用した組織切片の事前の処置に際の染色の喪失によって確認した。
【図１５Ｄ】図１５は、ＣＡ０４Ｍ１およびＣＡ０４Ｍ２  ＨＡのグリカン受容体結合性を示す図面である。（Ａ）ＣＡ０４Ｍ１の用量依存性直接グリカンアレイ結合。（Ｂ）ＣＡ０４Ｍ２の用量依存性直接グリカンアレイ結合。（Ｃ）ＣＡ０４、ＣＡ０４Ｍ１、ＣＡ０４Ｍ２、およびＳＣ１８  ＨＡの６’ＳＬＮ−ＬＮへの結合曲線。実験データ（「データ」を使用して示した不連続の目印）を、実施例４に記載のように作成した理論上の結合曲線（「モデル」を使用して示した線）と共に示す。ＳＣ１８  ＨＡのＫｄ’はおよそ６ｐＭであり（ＣＡ０４Ｍ２  ＨＡと同一範囲内）、それ故、同一ラベルを使用して示す。（Ｄ）ＣＡ０４、ＣＡ０４Ｍ１、およびＣＡ０４Ｍ２  ＨＡのヒト気管組織結合（赤色のヨウ化プロピジウムと比較して緑色で示したＨＡの染色）。気管組織切片の頂端面を、白色矢印を使用して示す。ＨＡの気管組織切片へのシアル酸特異的結合を、シアリダーゼＡ（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｕｒｅａｆａｃｉｅｎｓ由来）ならびにトリ受容体およびヒト受容体の両方に由来する末端シアル酸を切断する酵素を使用した組織切片の事前の処置に際の染色の喪失によって確認した。
【図１６−１】図１６は、天然バリアントＣＡ０４Ｍ３（Ａｓｐ２２５Ｇｌｕ）、ＣＡ０４Ｍ４（Ａｓｐ２２５Ａｓｎ）、およびＣＡ０４Ｍ５（Ａｓｐ２２５Ｇｌｙ）ＨＡと比較したＣＡ０４  ＨＡの用量依存性直接グリカンアレイ結合を示す図面である。Ｋｄ’を使用して定量した結合強度と共に、これらのＨＡの代表的なヒト受容体（６’ＳＬＮ−ＬＮ）への結合曲線も下のパネルに示す。ＣＡ０４Ｍ３およびＣＡ０４Ｍ４が同一のＣＡ０４のヒト受容体結合特異性を示すにもかかわらず、結合強度はＣＡ０４Ｍ４＞ＣＡ０４＞＞ＣＡ０４Ｍ３  ＨＡである。他方では、ＣＡ０４Ｍ５は、劇的に低いシグナル値でのヒト受容体への用量依存性結合を示し、トリ受容体についても同様である。これらの所見は、２２５位の側鎖の長さ（極性と比較した場合）がヒト受容体結合に影響を及ぼし得ることを示唆している。
【図１６−２】図１６は、天然バリアントＣＡ０４Ｍ３（Ａｓｐ２２５Ｇｌｕ）、ＣＡ０４Ｍ４（Ａｓｐ２２５Ａｓｎ）、およびＣＡ０４Ｍ５（Ａｓｐ２２５Ｇｌｙ）ＨＡと比較したＣＡ０４  ＨＡの用量依存性直接グリカンアレイ結合を示す図面である。Ｋｄ’を使用して定量した結合強度と共に、これらのＨＡの代表的なヒト受容体（６’ＳＬＮ−ＬＮ）への結合曲線も下のパネルに示す。ＣＡ０４Ｍ３およびＣＡ０４Ｍ４が同一のＣＡ０４のヒト受容体結合特異性を示すにもかかわらず、結合強度はＣＡ０４Ｍ４＞ＣＡ０４＞＞ＣＡ０４Ｍ３  ＨＡである。他方では、ＣＡ０４Ｍ５は、劇的に低いシグナル値でのヒト受容体への用量依存性結合を示し、トリ受容体についても同様である。これらの所見は、２２５位の側鎖の長さ（極性と比較した場合）がヒト受容体結合に影響を及ぼし得ることを示唆している。
【図１６−３】図１６は、天然バリアントＣＡ０４Ｍ３（Ａｓｐ２２５Ｇｌｕ）、ＣＡ０４Ｍ４（Ａｓｐ２２５Ａｓｎ）、およびＣＡ０４Ｍ５（Ａｓｐ２２５Ｇｌｙ）ＨＡと比較したＣＡ０４  ＨＡの用量依存性直接グリカンアレイ結合を示す図面である。Ｋｄ’を使用して定量した結合強度と共に、これらのＨＡの代表的なヒト受容体（６’ＳＬＮ−ＬＮ）への結合曲線も下のパネルに示す。ＣＡ０４Ｍ３およびＣＡ０４Ｍ４が同一のＣＡ０４のヒト受容体結合特異性を示すにもかかわらず、結合強度はＣＡ０４Ｍ４＞ＣＡ０４＞＞ＣＡ０４Ｍ３  ＨＡである。他方では、ＣＡ０４Ｍ５は、劇的に低いシグナル値でのヒト受容体への用量依存性結合を示し、トリ受容体についても同様である。これらの所見は、２２５位の側鎖の長さ（極性と比較した場合）がヒト受容体結合に影響を及ぼし得ることを示唆している。
【図１６−４】図１６は、天然バリアントＣＡ０４Ｍ３（Ａｓｐ２２５Ｇｌｕ）、ＣＡ０４Ｍ４（Ａｓｐ２２５Ａｓｎ）、およびＣＡ０４Ｍ５（Ａｓｐ２２５Ｇｌｙ）ＨＡと比較したＣＡ０４  ＨＡの用量依存性直接グリカンアレイ結合を示す図面である。Ｋｄ’を使用して定量した結合強度と共に、これらのＨＡの代表的なヒト受容体（６’ＳＬＮ−ＬＮ）への結合曲線も下のパネルに示す。ＣＡ０４Ｍ３およびＣＡ０４Ｍ４が同一のＣＡ０４のヒト受容体結合特異性を示すにもかかわらず、結合強度はＣＡ０４Ｍ４＞ＣＡ０４＞＞ＣＡ０４Ｍ３  ＨＡである。他方では、ＣＡ０４Ｍ５は、劇的に低いシグナル値でのヒト受容体への用量依存性結合を示し、トリ受容体についても同様である。これらの所見は、２２５位の側鎖の長さ（極性と比較した場合）がヒト受容体結合に影響を及ぼし得ることを示唆している。
【図１６−５】図１６は、天然バリアントＣＡ０４Ｍ３（Ａｓｐ２２５Ｇｌｕ）、ＣＡ０４Ｍ４（Ａｓｐ２２５Ａｓｎ）、およびＣＡ０４Ｍ５（Ａｓｐ２２５Ｇｌｙ）ＨＡと比較したＣＡ０４  ＨＡの用量依存性直接グリカンアレイ結合を示す図面である。Ｋｄ’を使用して定量した結合強度と共に、これらのＨＡの代表的なヒト受容体（６’ＳＬＮ−ＬＮ）への結合曲線も下のパネルに示す。ＣＡ０４Ｍ３およびＣＡ０４Ｍ４が同一のＣＡ０４のヒト受容体結合特異性を示すにもかかわらず、結合強度はＣＡ０４Ｍ４＞ＣＡ０４＞＞ＣＡ０４Ｍ３  ＨＡである。他方では、ＣＡ０４Ｍ５は、劇的に低いシグナル値でのヒト受容体への用量依存性結合を示し、トリ受容体についても同様である。これらの所見は、２２５位の側鎖の長さ（極性と比較した場合）がヒト受容体結合に影響を及ぼし得ることを示唆している。
【発明を実施するための形態】
【００１８】
ＨＡ配列エレメントの説明
ＨＡ配列エレメント１
ＨＡ配列エレメント１は、天然インフルエンザ単離体で見出された多数のＨＡタンパク質の残基９７〜１８５（基準としてＨ３  ＨＡを使用して残基の位置を割り当てる場合）におよそ対応する配列エレメントである。この配列エレメントは以下の基本構造を有する：
Ｃ（Ｙ／Ｆ）ＰＸ１ＣＸ２ＷＸ３ＷＸ４ＨＨＰ（式中、
Ｘ１はおよそ３０〜４５アミノ酸長であり、
Ｘ２はおよそ５〜２０アミノ酸長であり、
Ｘ３はおよそ２５〜３０アミノ酸長であり、
Ｘ４はおよそ２アミノ酸長である）。
【００１９】
いくつかの実施形態では、Ｘ１は、約３５〜４５、または約３５〜４３、または約３５、３６、３７、３８、３８、４０、４１、４２、または４３アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、Ｘ２は、約９〜１５、または約９〜１４、または約９、１０、１１、１２、１３、または１４アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、Ｘ３は、約２６〜２８、または約２６、２７、または２８アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、Ｘ４は配列（Ｇ／Ａ）（Ｉ／Ｖ）を有する。いくつかの実施形態では、Ｘ４は配列ＧＩを有し、いくつかの実施形態では、Ｘ４は配列ＧＶを有し、いくつかの実施形態では、Ｘ４は配列ＡＩを有し、いくつかの実施形態では、Ｘ４は配列ＡＶを有する。いくつかの実施形態では、ＨＡ配列エレメント１はジスルフィド結合を含む。いくつかの実施形態では、このジスルフィド結合は、９７位および１３９位（本明細書中で使用した基準Ｈ３付番方式に基づく）に対応する残基を架橋する。
【００２０】
いくつかの実施形態では、特にＨ１ポリペプチドでは、Ｘ１は約４３アミノ酸長であり、そして／またはＸ２は約１３アミノ酸長であり、そして／またはＸ３は約２６アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、特にＨ１ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント１は以下の構造を有する：
ＣＹＰＸ１ＡＴ（Ａ／Ｔ）（Ａ／Ｓ）ＣＸ２ＷＸ３ＷＸ４ＨＨＰ（式中、
Ｘ１Ａはおよそ２７〜４２、またはおよそ３２〜４２、またはおよそ３２〜４０、またはおよそ２６〜４１、またはおよそ３１〜４１、またはおよそ３１〜３９、またはおよそ３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０アミノ酸長であり、Ｘ２〜Ｘ４は上記の通りである）。
【００２１】
いくつかの実施形態では、特にＨ１ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント１は以下の構造を有する：
ＣＹＰＸ１ＡＴ（Ａ／Ｔ）（Ａ／Ｓ）ＣＸ２Ｗ（Ｉ／Ｌ）（Ｔ／Ｖ）Ｘ３ＡＷＸ４ＨＨＰ（式中、
Ｘ１Ａはおよそ２７〜４２、またはおよそ３２〜４２、またはおよそ３２〜４０、またはおよそ３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０アミノ酸長であり、
Ｘ３Ａはおよそ２３〜２８、またはおよそ２４〜２６、またはおよそ２４、２５、または２６アミノ酸長であり、Ｘ２およびＸ４は上記の通りである）。
【００２２】
いくつかの実施形態では、特にＨ１ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント１は以下の配列を含む：
ＱＬＳＳＩＳＳＦＥＫ
（典型的にはＸ１内（Ｘ１Ａ内が含まれる）で、特にＸ１の約残基１２から始まる（例えば、図１〜３に示す通り））。
【００２３】
いくつかの実施形態では、特にＨ３ポリペプチドでは、Ｘ１は約３９アミノ酸長であり、そして／またはＸ２は約１３アミノ酸長であり、そして／またはＸ３は約２６アミノ酸長である。
【００２４】
いくつかの実施形態では、特にＨ３ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント１は以下の構造を有する：
ＣＹＰＸ１ＡＳ（Ｓ／Ｎ）（Ａ／Ｓ）ＣＸ２ＷＸ３ＷＸ４ＨＨＰ（式中、
Ｘ１Ａはおよそ２７〜４２、またはおよそ３２〜４２、またはおよそ３２〜４０、またはおよそ２３〜３８、またはおよそ２８〜３８、またはおよそ２８〜３６、またはおよそ２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０アミノ酸長であり、Ｘ２〜Ｘ４は上記の通りである）。
【００２５】
いくつかの実施形態では、特にＨ３ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント１は以下の構造を有する：
ＣＹＰＸ１ＡＳ（Ｓ／Ｎ）（Ａ／Ｓ）ＣＸ２ＷＬ（Ｔ／Ｈ）Ｘ３ＡＷＸ４ＨＨＰ（式中、
Ｘ１Ａはおよそ２７〜４２、またはおよそ３２〜４２、またはおよそ３２〜４０、またはおよそ３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０アミノ酸長であり、
Ｘ３Ａはおよそ２３〜２８、またはおよそ２４〜２６、またはおよそ２４、２５、または２６アミノ酸長であり、Ｘ２およびＸ４は上記の通りである）。
【００２６】
いくつかの実施形態では、特にＨ３ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント１は以下の配列を含む：
（Ｌ／Ｉ）（Ｖ／Ｉ）ＡＳＳＧＴＬＥＦ
（典型的にはＸ１内（Ｘ１Ａ内が含まれる）で、特にＸ１の約残基１２から始まる（例えば、図１および２に示す通り））。
【００２７】
いくつかの実施形態では、特にＨ５ポリペプチドでは、Ｘ１は約４２アミノ酸長であり、そして／またはＸ２は約１３アミノ酸長であり、そして／またはＸ３は約２６アミノ酸長である。
【００２８】
いくつかの実施形態では、特にＨ５ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント１は以下の構造を有する：
ＣＹＰＸ１ＡＳＳＡＣＸ２ＷＸ３ＷＸ４ＨＨＰ（式中、
Ｘ１Ａはおよそ２７〜４２、またはおよそ３２〜４２、またはおよそ３２〜４０、またはおよそ２３〜３８、またはおよそ２８〜３８、またはおよそ２８〜３６、またはおよそ２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０アミノ酸長であり、Ｘ２〜Ｘ４は上記の通りである）。
【００２９】
いくつかの実施形態では、特にＨ５ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント１は以下の構造を有する：
ＣＹＰＸ１ＡＳＳＡＣＸ２ＷＬＩＸ３ＡＷＸ４ＨＨＰ（式中、
Ｘ１Ａはおよそ２７〜４２、またはおよそ３２〜４２、またはおよそ３２〜４０、またはおよそ３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０アミノ酸長であり、
Ｘ３Ａはおよそ２３〜２８、またはおよそ２４〜２６、またはおよそ２４、２５、または２６アミノ酸長であり、Ｘ２およびＸ４は上記の通りである）。
【００３０】
いくつかの実施形態では、特にＨ５ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント１は、配列：
ＮＤＡＡＥＸＸ（Ｋ／Ｒ）
によって（すなわち、残基１８６〜１９３に対応する位置で）伸長される。
【００３１】
いくつかの実施形態では、特にＨ５ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント１は以下の配列を含む：
ＹＥＥＬＫＨＬＸＳＸＸＮＨＦＥＫ
（典型的にはＸ１内で、特にＸ１の約残基６から始まる（例えば、図１および２に示す通り））。
ＨＡ配列エレメント２
ＨＡ配列エレメント２は、天然インフルエンザ単離体で見出された多数のＨＡタンパク質の残基３２４〜３４０（Ｈ３  ＨＡに基づく付番方式を再度使用する）におよそ対応する配列エレメントである。この配列エレメントは、以下の基本構造を有する：
ＧＡＩＡＧＦＩＥ
いくつかの実施形態では、ＨＡ配列エレメント２は以下の配列を有する：
ＰＸ１ＧＡＩＡＧＦＩＥ（式中、
Ｘ１はおよそ４〜１４アミノ酸長、または約８〜１２アミノ酸長、または約１２、１１、１０、９、または８アミノ酸長である）。いくつかの実施形態では、この配列エレメントは、ＨＡ０切断部位を提供し、それにより、ＨＡ１およびＨＡ２が産生される。
【００３２】
いくつかの実施形態では、特にＨ１ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント２は以下の構造を有する：
ＰＳ（Ｉ／Ｖ）ＱＳＲＸ１ＡＧＡＩＡＧＦＩＥ（式中、
Ｘ１Ａはおよそ３アミノ酸長であり、いくつかの実施形態では、Ｘ１ＡはＧ（Ｌ／Ｉ）Ｆである）。
【００３３】
いくつかの実施形態では、特にＨ３ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント２は以下の構造を有する：
ＰＸＫＸＴＲＸ１ＡＧＡＩＡＧＦＩＥ（式中、
Ｘ１Ａはおよそ３アミノ酸長であり、いくつかの実施形態では、Ｘ１ＡはＧ（Ｌ／Ｉ）Ｆである）。
【００３４】
いくつかの実施形態では、特にＨ５ポリペプチドでは、ＨＡ配列エレメント２は以下の構造を有する：
ＰＱＲＸＸＸＲＸＸＲＸ１ＡＧＡＩＡＧＦＩＥ（式中、
Ｘ１Ａはおよそ３アミノ酸長であり、いくつかの実施形態では、Ｘ１ＡはＧ（Ｌ／Ｉ）Ｆである）。
定義
親和性：当該分野で公知のように、「親和性」は、特定のリガンド（例えば、ＨＡポリペプチド）のそのパートナー（例えば、ＨＡ受容体）への結合強度の基準である。いくつかの実施形態では、親和性は、一方の実体の他方の実体への結合の強度をいう。親和性を、異なる方法で測定することができる。
【００３５】
アミノ酸：本明細書中で使用する場合、用語「アミノ酸」は、その最も広義で、ポリペプチド鎖に組み込むことができる任意の化合物および／または物質をいう。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、一般構造Ｈ２Ｎ−Ｃ（Ｈ）（Ｒ）−ＣＯＯＨを有する。いくつかの実施形態では、アミノ酸は天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、アミノ酸は合成アミノ酸であり、いくつかの実施形態では、アミノ酸はＤ−アミノ酸であり、いくつかの実施形態では、アミノ酸はＬ−アミノ酸である。「標準アミノ酸」は、天然に存在するペプチド中で一般に見出される２０種の標準的なＬ−アミノ酸のいずれかをいう。「非標準アミノ酸」は、合成されるか天然供給源から得られるかと無関係に、標準アミノ酸以外の任意のアミノ酸をいう。本明細書中で使用する場合、「合成アミノ酸」は、化学修飾されたアミノ酸（塩、アミノ酸誘導体（アミドなど）、置換物、および／または化学反応および／または生合成によって修飾されたものが含まれるが、これらに制限されない）を含む。アミノ酸（ペプチド中のカルボキシ−および／またはアミノ末端アミノ酸が含まれる）を、メチル化、アミド化、アセチル化、保護基、および／またはその活性に悪影響を及ぼすことなくペプチドの循環半減期を変化させることができる他の化学基との置換によって修飾することができる。アミノ酸は、ジスルフィド結合に関与し得る。アミノ酸は、１つ以上の翻訳後修飾（１つ以上の化学実体（例えば、メチル基、酢酸基、アセチル基、リン酸基、ホルミル部分、イソプレノイド基、硫酸基、ポリエチレングリコール部分、脂質部分、炭水化物部分、ビオチン部分など）との関連など）を含むことができる。用語「アミノ酸」を「アミノ酸残基」と交換可能に使用し、遊離アミノ酸および／またはペプチドのアミノ酸残基をいうことができる。アミノ酸が遊離アミノ酸またはペプチドの残基をいうかどうかは本用語を使用した文脈から明らかであろう。
【００３６】
動物：本明細書中で使用する場合、用語「動物」は、動物界の任意のメンバーをいう。いくつかの実施形態では、「動物」は、いずれかの性および任意の発達段階のヒトをいう。いくつかの実施形態では、「動物」は、任意の発達段階の非ヒト動物をいう。一定の実施形態では、非ヒト動物は、哺乳動物（例えば、げっ歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類、および／またはブタ）である。いくつかの実施形態では、動物には、哺乳動物、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、昆虫類、および／または蠕虫類が含まれるが、これらに限定されない。一定の実施形態では、動物は、インフルエンザによる感染に罹患しやすい。いくつかの実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子改変動物、および／またはクローンであり得る。
【００３７】
およそ：本明細書中で使用する場合、用語「およそ」または「約」は、１つ以上の目的の値に適用する場合、記述した基準値に類似の値をいう。一定の実施形態では、用語「およそ」または「約」は、特に明記しないか、文脈から明らかでない限り、いずれかの方向（より多いか少ない）で記述した基準値の２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ未満に入る値の範囲をいう（かかる数字が可能な値の１００％を超える場合を除く）。
【００３８】
結合：用語「結合」は、本明細書中で使用する場合、典型的には、薬剤間の非共有結合をいうと理解されるであろう。本明細書中の多数の実施形態では、結合を、特定のグリカン（例えば、アンブレラトポロジーグリカンまたはコーントポロジーグリカン）に関して扱う。かかる結合を種々の文脈のいずれかで評価することができることが当業者に認識されるであろう。いくつかの実施形態では、結合を、遊離グリカンに関して評価する。いくつかの実施形態では、結合を、キャリアに結合した（例えば、共有結合した）グリカンに関して評価する。いくつかのかかる実施形態では、キャリアはポリペプチドである。いくつかの実施形態では、結合を、ＨＡ受容体に結合したグリカンに関して評価する。かかる実施形態では、受容体結合またはグリカン結合に対する基準を得ることができる。いくつかの実施形態では、結合は、結合剤がその環境下でその標的結合パートナーと他の潜在的な結合パートナーとを区別するという点で特異的である。
【００３９】
結合剤：一般に、用語「結合剤」を、本明細書中で、目的の薬剤に結合する任意の実体をいうために使用する。例えば、ＨＡ結合剤は、本明細書中に記載のように、１つ以上のＨＡポリペプチド（および／またはそのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分）に結合する。結合剤は、任意の化学型の結合剤であり得る。いくつかの実施形態では、結合剤はポリペプチド（例えば、抗体または抗体フラグメントが含まれる）である。いくつかの実施形態では、結合剤は小分子である。いくつかの実施形態では、結合剤は核酸である。いくつかの実施形態では、結合剤はアプタマーである。いくつかの実施形態では、結合剤はポリマーであり、いくつかの実施形態では、結合剤は非高分子である。いくつかの実施形態では、結合剤は炭水化物である。いくつかの実施形態では、結合剤はレクチンである。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡ結合剤はＨ１  ＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、結合剤はヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１  ＨＡポリペプチドバリアントに結合する。いくつかの実施形態では、本明細書中に提供した結合剤はアンブレラトポロジー遮断薬である。いくつかの実施形態では、本明細書中に提供した結合剤は、アンブレラトポロジー特異的遮断薬である。
【００４０】
生物学的に活性な：本明細書中で使用する場合、句「生物学的に活性な」は、生体システム、特に生物中で活性を有する任意の薬剤の特徴をいう。例えば、生物に投与した場合にその生物に生物学的影響を及ぼす薬剤を生物学的に活性と見なす。特定の実施形態では、タンパク質またはポリペプチドが生物学的に活性である場合、タンパク質またはポリペプチドの少なくとも１つの生物学的活性を共有するタンパク質またはポリペプチドの一部を、典型的には、「生物学的に活性な」部分という。
【００４１】
特徴的部分：本明細書中で使用する場合、句であるタンパク質またはポリペプチドの「特徴的部分」は、アミノ酸の連続的ストレッチまたは一連のアミノ酸の連続的ストレッチ（共にタンパク質またはポリペプチドの特徴である）を含む部分である。それぞれのかかる連続的ストレッチは、一般に、少なくとも２つのアミノ酸を含むであろう。さらに、当業者は、典型的には少なくとも５、１０、１５、２０、またはそれを超えるアミノ酸がタンパク質の特徴であることが必要であると認識するであろう。一般に、特徴的部分は、上記で特定した配列同一性に加えて、関連するインタクトなタンパク質と少なくとも１つの機能的特徴を共有する部分である。
【００４２】
特徴的配列：「特徴的配列」は、ポリペプチドまたは核酸ファミリーの全てのメンバーで見出される配列である。したがって、当業者は、ファミリーのメンバーを定義するために使用することができる。
【００４３】
コーントポロジー：句「コーントポロジー」を、本明細書中で、一定のグリカン、特にＨＡ受容体上のグリカンによって採用される三次元配置をいうために使用する。図５および７に示すように、コーントポロジーはα２−３シアリル化グリカンまたはα２−６シアリル化グリカンが採用することができ、いくつかの長鎖オリゴヌクレオチドもこの高次構造を採用することができるが、これは短鎖オリゴヌクレオチドの典型である。コーントポロジーは、およそ−６０、６０、または１８０のφ（Ｃ１−Ｃ２−Ｏ−Ｃ３／Ｃ６）値によって与えられた最小エネルギー高次構造の３つの領域をサンプリングし、且つΨ（Ｃ２−Ｏ−Ｃ３／Ｃ６−Ｈ３／Ｃ５）は−６０〜６０をサンプリングするＮｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌ結合のグリコシドねじれ角によって特徴付けられる。図７は、コーントポロジーを採用するグリカンの一定の代表例（しかし、包括的ではない）を示す。
【００４４】
〜に対応する：本明細書中で使用する場合、用語「〜に対応する」を、しばしば、ＨＡポリペプチド中のアミノ酸残基の位置／同一性を指定するために使用する。当業者は、簡潔にするために、１９０位の残基「に対応する」アミノ酸は、例えば、実際には特定のアミノ酸鎖中の１９０番目のアミノ酸である必要はなく、むしろ、野生型Ｈ３  ＨＡ中の１９０で見出される残基に対応するように、標準的な付番方式（野生型Ｈ３  ＨＡに基づく）を本明細書中で使用する（例えば、図１〜４に示す）ことを認識するであろう。当業者は、対応するアミノ酸の同定方法を容易に認識する。
【００４５】
分離度の除去：本明細書中で使用する場合、「分離度が除去された」アミノ酸は、グリカン結合に間接的な影響を及ぼすＨＡアミノ酸である。例えば、１分離度が除去されたアミノ酸は、以下のいずれかが可能である：（１）直接結合アミノ酸と相互作用すること、および／または（２）そうなければ、直接結合アミノ酸が宿主細胞のＨＡ受容体と関連するグリカンと相互作用する能力に影響を及ぼすこと。かかる１分離度が除去されたアミノ酸は、グリカン自体に直接結合してもしなくてもよい。２分離度が除去されたアミノ酸は、（１）１分離度が除去されたアミノ酸と相互作用し、そして／または（２）そうでなければ、１分離度が除去されたアミノ酸が直接結合アミノ酸などと相互作用する能力に影響を及ぼす。
【００４６】
直接結合アミノ酸：本明細書中で使用する場合、句「直接結合アミノ酸」は、宿主細胞のＨＡ受容体に関連する１つ以上のグリカンと直接相互作用するＨＡポリペプチドアミノ酸をいう。
【００４７】
改変：用語「改変」は、本明細書中で使用する場合、そのアミノ酸配列がヒトによって選択されたポリペプチドを説明している。例えば、改変ＨＡポリペプチドは、天然インフルエンザ単離体で見出されるＨＡポリペプチドのアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、改変ＨＡポリペプチドは、ＮＣＢＩデータベース中に含まれるＨＡポリペプチドのアミノ酸配列と異なるアミノ酸配列を有する。
【００４８】
ヒト結合および／または感染性増強バリアントＨＡ：本明細書中で使用する場合、句「ヒト結合および／または感染性増強バリアントＨＡ」は、ヒト上皮組織で見出されるＨＡ受容体、特にα２−６シアリル化グリカンを有するヒトＨＡ受容体に結合するＨＡポリペプチドの（例えば、Ｈ１  ＨＡポリペプチドの）バージョンをいう。いくつかの実施形態では、ヒト結合および／または感染性増強バリアントＨＡは、アンブレラトポロジーグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、ヒト結合および／または感染性増強バリアントＨＡはα２−６シアリル化グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、ヒト結合および／または感染性増強バリアントＨＡは長鎖α２−６シアリル化グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、ヒト結合および／または感染性増強バリアントＨＡは６’ＳＬＮ−ＬＮグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、「ヒト結合の増強」は、例えば、バリアントＨＡポリペプチドがその同族野生型ＨＡポリペプチド（例えば、対照Ｈ１  ＨＡポリペプチド株（表１中に提供した株など））で認められる結合と比較して結合の増加を示すことを意味する。いくつかの実施形態では、「ヒト結合の増強」は、例えば、バリアントＨＡポリペプチドが、その同族野生型ＨＡポリペプチド（例えば、対照Ｈ１  ＨＡポリペプチド株（表１中に提供した株など））で認められる結合と比較して、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、または少なくとも１０００倍の結合の増加を示すことを意味する。いくつかの実施形態では、「感染性の増強」は、例えば、バリアントＨＡポリペプチドを有するインフルエンザがその同族野生型ＨＡポリペプチド（例えば、対照Ｈ１  ＨＡポリペプチド株（表１中に提供した株など））を使用して認められる感染性と比較して被験体の感染性の増加を示すことを意味する。いくつかの実施形態では、「感染性の増強」は、例えば、その同族野生型ＨＡポリペプチド（例えば、対照Ｈ１  ＨＡポリペプチド株（表１中に提供した株など））を使用して認められる感染性と比較して、バリアントＨＡポリペプチドを有するインフルエンザが少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、または少なくとも１０００倍の被験体の感染性の増加を示すことを意味する。いくつかの実施形態では、「ヒト結合の増強」は、その同族野生型ＨＡポリペプチド（例えば、対照Ｈ１  ＨＡポリペプチド株（表１中に提供した株など））を使用して認められるヒト結合と比較して、バリアントＨ１  ＨＡポリペプチドがインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）、およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０のうちの１つ以上に存在するＨ１  ＨＡと実質的に同程度に増加する結合を示すことを意味する。いくつか��実施形態では、「感染性の増強」は、その同族野生型ＨＡポリペプチド（例えば、対照Ｈ１  ＨＡポリペプチド株（表１中に提供した株など））を使用して認められる感染性と比較して、バリアントＨ１  ＨＡポリペプチドを有するインフルエンザがインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）、およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０のうちの１つ以上に存在するＨ１  ＨＡと実質的に同程度に増加する感染性を示すことを意味する。一般に、本明細書中に記載のヒト結合増強Ｈ１  ＨＡポリペプチドは、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、表１を参照のこと）で見出されるＨ１  ＨＡポリペプチドと比較して、アンブレラ−トポロジーグリカンへの結合の増強（例えば、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、または少なくとも１０００倍の結合の増加）および／またはコーン−トポロジーグリカンと比較したアンブレラ−トポロジーグリカンへの結合における区別の増強（例えば、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、または少なくとも１０００倍の結合の増強）を示す。いくつかの実施形態では、ヒト結合増強Ｈ１  ＨＡは、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、表１を参照のこと）で見出されるＨ１  ＨＡポリペプチドと比較した場合のα２−６シアリル化された（例えば、長鎖α−２−６シアリル化された）、例えば、６’ＳＬＮ−ＬＮグリカンへの結合の増加を示す。当業者に認識されるように、かかる結合および／または感染性の増強を、種々のアッセイ（例えば、本明細書中に記載のアッセイが含まれる）のいずれかを使用して評価することができる。
【００４９】
Ｈ１ポリペプチド：「Ｈ１ポリペプチド」は、この用語を本明細書中で使用する場合、そのアミノ酸配列がＨ１に特徴的であり、且つＨ１が他のＨＡサブタイプと区別される少なくとも１つの配列エレメントを含むＨＡポリペプチドである。代表的なかかる配列エレメントを、アラインメント（例えば、図１〜４に示すアラインメントなど）によって決定することができ、例えば、ＨＡ配列エレメントのＨ１特異的実施形態に関して本明細書中に記載の配列エレメントが含まれる。
【００５０】
Ｈ３ポリペプチド：「Ｈ３ポリペプチド」は、この用語を本明細書中で使用する場合、そのアミノ酸配列がＨ３に特徴的であり、且つＨ３が他のＨＡサブタイプと区別される少なくとも１つの配列エレメントを含むＨＡポリペプチドである。代表的なかかる配列エレメントを、アラインメント（例えば、図１および２に示すアラインメントなど）によって決定することができ、例えば、ＨＡ配列エレメントのＨ３特異的実施形態に関して本明細書中に記載の配列エレメントが含まれる。
【００５１】
Ｈ５ポリペプチド：「Ｈ５ポリペプチド」は、この用語を本明細書中で使用する場合、そのアミノ酸配列がＨ５に特徴的であり、且つＨ５が他のＨＡサブタイプと区別される少なくとも１つの配列エレメントを含むＨＡポリペプチドである。代表的なかかる配列エレメントを、アラインメント（例えば、図１および２に示すアラインメントなど）によって決定することができ、例えば、ＨＡ配列エレメントのＨ５特異的実施形態に関して本明細書中に記載の配列エレメントが含まれる。
【００５２】
血球凝集素（ＨＡ）ポリペプチド：本明細書中で使用する場合、用語「血球凝集素ポリペプチド」（または「ＨＡポリペプチド」）は、そのアミノ酸配列が少なくとも１つのＨＡの特徴的配列を含むポリペプチドをいう。インフルエンザ単離体由来の広範な種々のＨＡ配列は当該分野で公知であり、実際、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）はデータベースを維持しており（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｏｍｅｓ／ＦＬＵ／ｆｌｕ．ｈｔｍｌ）、本出願の出願日の時点で９７９６のＨＡ配列を含んでいた。当業者は、このデータベースを参照して、一般にＨＡポリペプチド、および／または特定のＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、またはＨ１６ポリペプチド）、または特定の宿主（例えば、トリ、ラクダ、イヌ、ネコ、ジャコウネコ、環境、ウマ、ヒト、ヒョウ、ミンク、マウス、アシカ、ブナテン（ｓｔｏｎｅ  ｍａｒｔｉｎ）、ブタ、トラ、クジラなど）の感染を媒介するＨＡに特徴的な配列を容易に同定することができる。例えば、いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、インフルエンザウイルスの天然単離体で見出されるＨＡタンパク質の約残基９７と１８５との間、３２４と３４０との間、９６と１００との間、および／または１３０〜２３０で見出される１つ以上の特徴的な配列エレメントを含む。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、本明細書中で定義のＨＡ配列エレメント１および２の少なくとも１つを含むアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、いくつかの実施形態では約１００〜約２００、または約１２５〜約１７５、または約１２５〜約１６０、または約１２５〜約１５０、または約１２９〜約１３９、または約１２９、約１３０、約１３１、約１３２、約１３３、約１３４、約１３５、約１３６、約１３７、約１３８、または約１３９個のアミノ酸で相互に隔てられたＨＡ配列エレメント１および２を含むアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、グリカン結合に関与する領域９６〜１００および／または１３０〜２３０内の位置に残基を含むアミノ酸配列を有する。例えば、多数のＨＡポリペプチドは、１つ以上の以下の残基を含む：Ｔｙｒ９８、Ｓｅｒ／Ｔｈｒ１３６、Ｔｒｐ１５３、Ｈｉｓ１８３、およびＬｅｕ／Ｉｌｅ１９４。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、これらの残基の少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、または少なくとも５個全てを含む。
【００５３】
同一性：本明細書中で使用する場合、用語「同一性」は、高分子間（例えば、核酸分子間（例えば、ＤＮＡ分子および／またはＲＮＡ分子間）および／またはポリペプチド分子間の全体的な関連性をいう。２つの核酸配列の同一率の計算を、例えば、最適に比較するための２つの配列のアラインメントによって行うことができる（例えば、最適なアラインメントのために第１および第２の核酸配列の一方または両方にギャップを導入することができ、比較のために非同一配列を無視することができる）。一定の実施形態では、比較のためにアラインメントした配列の長さは、基準配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または実質的に１００％である。次いで、対応するヌクレオチド位置のヌクレオチドを比較する。第１の配列中の位置を第２の配列中の対応する位置と同一のヌクレオチドが占める場合、分子はその位置で同一である。２配列間の同一率は、２配列の最適なアラインメントのために導入される必要があるギャップ数および各ギャップの長さを考慮して、配列が共有する同一の位置の数の関数である。配列の比較および２配列間の同一率の決定を、数学アルゴリズムを使用して行うことができる。
【００５４】
干渉剤：本明細書中で使用する場合、用語「干渉剤」は、本明細書中に記載の指定の標的（例えば、特定のＨＡポリペプチドおよび／または特定のグリカン（アンブレラ−トポロジーグリカンなど））に結合する任意の実体をいう。干渉剤は、任意の化学型の干渉剤であり得る。いくつかの実施形態では、干渉剤はポリペプチド（例えば、抗体または抗体フラグメントが含まれる）であり、いくつかのかかる実施形態では、干渉剤はＨＡポリペプチドであり、他の実施形態では、干渉剤はそのアミノ酸配列がＨＡ特徴的配列を含まないポリペプチド（すなわち、「非ＨＡポリペプチド」）である。いくつかの実施形態では、干渉剤は小分子である。いくつかの実施形態では、干渉剤は核酸である。いくつかの実施形態では、干渉剤はアプタマーである。いくつかの実施形態では、干渉剤はポリマーであり、いくつかの実施形態では、干渉剤は非高分子である。いくつかの実施形態では、干渉剤は炭水化物である。いくつかの実施形態では、干渉剤はレクチンである。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の干渉剤は１つ以上のＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤はＨ１  ＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、ヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１  ＨＡポリペプチドバリアントに結合する。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の干渉剤は、アンブレラ様トポロジーを有するシアリル化グリカンに結合する。一定の実施形態では、干渉剤は、高い親和性および／または特異性を有するアンブレラ−トポロジーグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、コーン−トポロジーグリカンと比較して、アンブレラ−トポロジーグリカンへの結合を優先する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、血球凝集素と血球凝集素受容体上のグリカンへの結合を競合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、血球凝集素とアンブレラ−トポロジーグリカンへの結合を競合する。いくつかの実施形態では、本明細書中に提供した干渉剤はアンブレラトポロジー遮断薬である。いくつかの実施形態では、本明細書中に提供した干渉剤はアンブレラトポロジー特異的遮断薬である。いくつかの実施形態では、干渉剤は、アンブレラトポロジーグリカン模倣物に結合する。
【００５５】
単離された：用語「単離された」は、本明細書中で使用する場合、（ｉ）最初に産生された時に（天然か実験的設定かは無関係）関連した成分の少なくともいくつかから分離されているか、（ｉｉ）ヒトの手によって産生された薬剤または実体をいう。単離された薬剤または実体を、少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、またはそれを超える最初に関連した他の成分から分離することができる。いくつかの実施形態では、単離された薬剤は、純度が９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％超である。いくつかの実施形態では、単離した物質および／または実体の純度の計算には、賦形剤（例えば、緩衝液、溶媒、水など）を含まない。
【００５６】
結合特異的遮断薬（ＬＳＢＡ）：本明細書中で使用する場合、用語「結合特異的遮断薬」は、α２−６シアリル化グリカンを有するＨＡ受容体に結合する薬剤をいう。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡは、α２−３シアリル化グリカンを有するＨＡ受容体の親和性の少なくとも約４０、約５０、または約７５％でα２−６シアリル化グリカンを有するＨＡ受容体に選択的に結合する。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡは、α２−３シアリル化グリカンを有するＨＡ受容体の親和性の少なくとも約２、約４、約５、または約１０倍大きい親和性で、α２−６シアリル化グリカンを有するＨＡ受容体に選択的に結合する。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡは、α２−３シアリル化グリカンの親和性の少なくとも５０、１００、１５０、または２００％の親和性であるα２−６シアリル化グリカンに対する親和性を有する。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡは、血球凝集素とＨＡ受容体への結合を競合し得る。例えば、ＬＳＢＡは、結合の特徴（例えば、α２−６シアリル化グリカンまたはα２−３シアリル化グリカン）に基づいてインフルエンザウイルス粒子（例えば、ヒトまたはトリインフルエンザウイルス）のＨＡ受容体への結合を選択的に阻害することができる。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡはポリペプチドである。いくつかのかかる実施形態では、ＬＳＢＡポリペプチドは、天然に存在するポリペプチドのアミノ酸配列と実質的に同一であるか実質的に相同であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡポリペプチドはＨＡポリペプチドである。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡポリペプチドは、天然に存在するＨＡポリペプチドまたはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡポリペプチドは、ＨＡポリペプチドのアミノ酸配列に関連しないアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡポリペプチドは、抗体またはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡポリペプチドはレクチン（例えば、ＳＮＡ−１）である。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡはポリペプチドではない。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡは小分子である。いくつかの実施形態では、ＬＳＢＡは核酸である。
【００５７】
長鎖オリゴサッカリド：本開示のために、オリゴサッカリドを、典型的には、少なくとも４個のサッカリド残基を有する少なくとも１つの直鎖を含む場合、「長鎖」であると見なす。
【００５８】
非天然アミノ酸：句「非天然アミノ酸」は、アミノ酸の化学構造（すなわち、
【００５９】
【化３】
0005886194.tif 000007
）を有し、したがって、少なくとも２つのペプチド結合に関与することができるが、天然で見出されるＲ基とは異なるＲ基を有する実体をいう。いくつかの実施形態では、非天然アミノ酸は、水素よりもむしろ第２のＲ基を有することもでき、そして／またはアミノ部分またはカルボン酸部分上に１つ以上の他の置換基を有することができる。
【００６０】
ポリペプチド：「ポリペプチド」は、一般的に言えば、相互にペプチド結合によって結合した少なくとも２つの一連のアミノ酸の鎖である。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、それぞれが少なくとも１つのペプチド結合によって他と結合した少なくとも３〜５個のアミノ酸を含むことができる。当業者は、ポリペプチドが時折「非天然」アミノ酸または任意選択的にポリペプチド鎖に組み込むことができる他の実体を含むことを認識するであろう。
【００６１】
優先的に：本明細書中で使用する場合、第１の実体が基準実体より第２の実体への結合の増強を示す場合、第１の実体は、基準実体と比較して第２の実体に「優先的に」結合する。いくつかの実施形態では、第１の実体は、基準実体の約１．５倍、約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約６倍、約７倍、約８倍、約９倍、約１０倍、約２０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、または約１０００倍の結合親和性で第２の実体に結合するであろう。
【００６２】
純粋な：本明細書中で使用する場合、他の成分を実質的に含まない場合、薬剤または実体は、「純粋」である。例えば、約９０％を超える特定の薬剤または実体を含む調製物を典型的には純粋な調製物と見なす。いくつかの実施形態では、薬剤または実体は、少なくとも純度９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％である。
【００６３】
短鎖オリゴサッカリド：本開示のために、４個未満または確実に３個未満の残基を任意の直鎖中に有する場合、オリゴサッカリドを、典型的には、「短鎖」と見なす。
【００６４】
特異性：当該分野で公知のように、「特異性」は、特定のリガンド（例えば、ＨＡポリペプチド）がその結合パートナー（例えば、ヒトＨＡ受容体、特にヒト上気道ＨＡ受容体）を他の潜在的な結合パートナー（例えば、トリＨＡ受容体）と区別する能力の基準である。
【００６５】
実質的相同性：句「実質的相同性」を、本明細書中で、アミノ酸配列間または核酸配列間の比較をいうために使用する。当業者に認識されるように、対応する位置に相同な残基を含む場合、２つの配列を、一般に、「実質的に相同である」と見なす。相同な残基は同一の残基であり得る。あるいは、相同な残基は、適切に類似する構造および／または機能的特徴を有する同一でない残基であり得る。例えば、当業者に周知のように、一定のアミノ酸を、典型的には、「疎水性」または「親水性」アミノ酸および／または「極性」または「非極性」の側鎖を有するアミノ酸として分類する。一方のアミノ酸の同型の他方のアミノ酸への置換を、しばしば、「相同的」置換と見なすことができる。典型的なアミノ酸分類を以下にまとめる。
アラニン          Ａｌａ  Ａ  非極性  中性    １．８
アルギニン        Ａｒｇ  Ｒ  極性    正電荷  −４．５
アスパラギン      Ａｓｎ  Ｎ  極性    中性    −３．５
アスパラギン酸    Ａｓｐ  Ｄ  極性    負電荷  −３．５
システイン        Ｃｙｓ  Ｃ  非極性  中性    ２．５
グルタミン酸      Ｇｌｕ  Ｅ  極性    負電荷  −３．５
グルタミン        Ｇｌｎ  Ｑ  極性    中性    −３．５
グリシン          Ｇｌｙ  Ｇ  非極性  中性    −０．４
ヒスチジン        Ｈｉｓ  Ｈ  極性    正電荷  −３．２
イソロイシン      Ｉｌｅ  Ｉ  非極性  中性    ４．５
ロイシン          Ｌｅｕ  Ｌ  非極性  中性    ３．８
リジン            Ｌｙｓ  Ｋ  極性    正電荷  −３．９
メチオニン        Ｍｅｔ  Ｍ  非極性  中性    １．９
フェニルアラニン  Ｐｈｅ  Ｆ  非極性  中性    ２．８
プロリン          Ｐｒｏ  Ｐ  非極性  中性    −１．６
セリン            Ｓｅｒ  Ｓ  極性    中性    −０．８
トレオニン        Ｔｈｒ  Ｔ  極性    中性    −０．７
トリプトファン    Ｔｒｐ  Ｗ  非極性  中性    −０．９
チロシン          Ｔｙｒ  Ｙ  極性    中性    −１．３
バリン            Ｖａｌ  Ｖ  非極性  中性    ４．２
多義アミノ酸                        ３文字    １文字
アスパラギンまたはアスパラギン酸    Ａｓｘ      Ｂ
グルタミンまたはグルタミン酸        Ｇｌｘ      Ｚ
ロイシンまたはイソロイシン          Ｘｌｅ      Ｊ
不特定または未知のアミノ酸          Ｘａａ      Ｘ
当該分野で周知のように、アミノ酸または核酸配列を、種々のアルゴリズム（市販のコンピュータプログラムで利用可能なアルゴリズム（ヌクレオチド配列用のＢＬＡＳＴＮならびにアミノ酸配列用のＢＬＡＳＴＰ、ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ、およびＰＳＩ−ＢＬＡＳＴなど）が含まれる）のいずれかを使用して比較することができる。例示的なかかるプログラムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ｂａｓｉｃ  ｌｏｃａｌ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｓｅａｒｃｈ  ｔｏｏｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２１５（３）：４０３−４１０，１９９０；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ  ａｎｄ  ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：ａ  ｎｅｗ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｓｅａｒｃｈ  ｐｒｏｇｒａｍｓ，”  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２，１９９７；Ｂａｘｅｖａｎｉｓ，ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｗｉｌｅｙ，１９９８；およびＭｉｓｅｎｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，（ｅｄｓ．），Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１３２），Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，１９９９（その全てが本明細書中で参考として援用される）に記載されている。相同配列の同定に加えて、上記のプログラムにより、典型的には、相同性の指標が得られる。いくつかの実施形態では、２つの配列は、少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えるその対応する残基が残基の関連ストレッチと相同である場合、実質的に相同であると見なされる。いくつかの実施形態では、関連ストレッチは完全な配列である。いくつかの実施形態では、関連ストレッチは、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、またはそれを超える残基である。
【００６６】
実質的同一性：句「実質的同一性」を、本明細書中で、アミノ酸配列間または核酸配列間の比較をいうために使用する。当業者に認識されるように、２つの配列は、一般に、対応する位置に同一の残基を含む場合、「実質的に同一」であると見なされる。当該分野で周知のように、アミノ酸または核酸配列を、種々のアルゴリズム（市販のコンピュータプログラムで利用可能なアルゴリズム（ヌクレオチド配列用のＢＬＡＳＴＮならびにアミノ酸配列用のＢＬＡＳＴＰ、ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ、およびＰＳＩ−ＢＬＡＳＴなど）が含まれる）のいずれかを使用して比較することができる。例示的なかかるプログラムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ｂａｓｉｃ  ｌｏｃａｌ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｓｅａｒｃｈ  ｔｏｏｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２１５（３）：４０３−４１０，１９９０；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ  ａｌ．，“Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ  ａｎｄ  ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：ａ  ｎｅｗ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｓｅａｒｃｈ  ｐｒｏｇｒａｍｓ”，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２，１９９７；Ｂａｘｅｖａｎｉｓ，ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｗｉｌｅｙ，１９９８；およびＭｉｓｅｎｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，（ｅｄｓ．），Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．１３２），Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，１９９９（その全てが本明細書中で参考として援用される）に記載されている。同一配列の同定に加えて、上記のプログラムにより、典型的には、同一性の指標が得られる。いくつかの実施形態では、２つの配列は、少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれを超えるその対応する残基が残基の関連ストレッチと同一である場合、実質的に同一であると見なされる。いくつかの実施形態では、関連ストレッチは完全な配列である。いくつかの実施形態では、関連ストレッチは、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、またはそれを超える残基である。
【００６７】
〜に罹患する：疾患、障害、および／または容態（例えば、インフルエンザ感染症）「に罹患し」ている個体は、疾患、障害、および／または容態と診断されており、そして／またはその１つ以上の症状を示す。
【００６８】
〜に罹患しやすい：疾患、障害、および／または容態（例えば、インフルエンザ感染症）「に罹患しやすい」個体は、疾患、障害、および／または容態と診断されていない。いくつかの実施形態では、疾患、障害、および／または容態に罹患しやすい個体は、疾患、障害、および／または容態の症状を示し得る。いくつかの実施形態では、疾患、障害、および／または容態に罹患しやすい個体は、疾患、障害、および／または容態の症状を示さないかもしれない。いくつかの実施形態では、疾患、障害、および／または容態に罹患しやすい個体は、疾患、障害、および／または容態を発症するであろう。いくつかの実施形態では、疾患、障害、および／または容態に罹患しやすい個体は、疾患、障害、および／または容態を発症しないであろう。
【００６９】
治療薬：本明細書中で使用する場合、句「治療薬」は、被験体に投与した場合に治療効果を有し、そして／または所望の生物学的および／または薬理学的効果を誘発する任意の薬剤をいう。いくつかの実施形態では、治療薬は、インフルエンザ感染症の緩和、改善、低減、阻害、予防、その発症の遅延、その重症度の低減、および／またはその１つ以上の症状または特徴の発生の低減のために使用することができる任意の物質である。
【００７０】
治療有効量：本明細書中で使用する場合、用語「治療有効量」は、疾患、障害、および／または容態（例えば、インフルエンザ感染症）に罹患しているか罹患しやすい被験体に投与した場合に疾患、障害、および／または容態の処置、診断、予防、および／またはその発症の遅延に十分な本発明の組成物の量を意味する。
【００７１】
処置：本明細書中で使用する場合、用語「処置（ｔｒｅａｔ）」、「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」、または「処置（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」は、疾患、障害、および／または容態（例えば、インフルエンザ感染症）の部分的または完全な緩和、改善、軽減、阻害、予防、その発症の遅延、その重症度の低減、および／またはその１つ以上の症状または特徴の発生の軽減のために使用される任意の方法をいう。疾患、障害、および／または容態の徴候を示さない被験体に処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）を施すことができる。いくつかの実施形態では、疾患、障害、および／または容態に関連する病態の発症リスクの軽減のために、疾患、障害、および／または容態の初期徴候のみを示す被験体に処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）を施すことができる。
【００７２】
アンブレラトポロジー：句「アンブレラトポロジー」を、本明細書中で、一定のグリカン、特にＨＡ受容体上に結合したグリカンによって採用される三次元配置をいうために使用する。本発明は、アンブレラトポロジーグリカンへの結合がヒト宿主の感染を媒介するＨＡタンパク質に特徴的であるという認識を含む。図５に示すように、アンブレラトポロジーは、典型的にはα２−６シアリル化グリカンのみによって採用され、長鎖（例えば、テトラサッカリドを超える）オリゴサッカリドの典型である。いくつかの実施形態では、アンブレラ−トポロジーグリカンは、図５Ａ中に示した構造（右のパネル）と実質的に類似する三次元構造を示すグリカンである。いくつかの実施形態では、アンブレラ−トポロジーグリカンは、図５Ｂ−２（右のパネル）および図６（右のパネル）に示すアミノ酸残基を介してＨＡポリペプチドに接触するグリカンである。いくつかの実施形態では、アンブレラ−トポロジーグリカンは、図５Ｂ−２（右のパネル）に示すアミノ酸結合ポケットと接触し、そして／または特異的に結合することができるグリカンである。いくつかの実施形態では、グリカン構造トポロジーを、ＳｉａのＣ２と、ＧａｌのＣ１と、ＧｌｃＮＡｃのＣ１との間の角度として定義したパラメータθに基づいて分類する。θ＜１００°の値は、α２−３および短鎖α２−６グリカンによって採用されるコーン様トポロジーを示す。θ＞１１０°の値は、アンブレラ様トポロジー（長鎖α２−６グリカンによって採用されるトポロジーなど）（図６）を示す。アンブレラトポロジーの例を、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌ結合のφ角およそ−６０によって示す。図８は、アンブレラトポロジーを採用することができるグリカンの一定の代表的な（しかし、包括的ではない）例を示す。図８中に示す長鎖α２−６モチーフは、生物学的Ｎ結合グリカン、Ｏ結合グリカン、および糖脂質の一部として見出された長鎖（例えば、少なくともトリサッカリド）に非還元末端で連結したＮｅｕ５Ａｃα２−６を含む。ボックスで囲んだ挿入図は、ＨＡと高親和性で結合する生物学的グリカンの一部として見出されるアンブレラ−トポロジー長鎖α２−６グリカン部分の例を示す。いくつかの実施形態では、アンブレラ−トポロジーグリカン（例えば、ある部位）は、短鎖α２−６（例えば、単一のラクトサミン）分枝よりも高い比率で長鎖（例えば、複数のラクトサミン単位）α２−６オリゴサッカリド分枝を含む。いくつかの実施形態では、アンブレラ−トポロジーグリカン（例えば、ある部位）は、短いα２−６（例えば、単一のラクトサミン）分枝よりも約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約２０倍、約５０倍、または約５０倍を超える長鎖α２−６オリゴサッカリド分枝を含む。一定の実施形態では、アンブレラ−トポロジーグリカンおよび／またはグリカンデコイとのＨＡ相互作用の固有の特徴は、非還元末端にシアル酸（ＳＡ）および／またはＳＡアナログを含むグリカンとのＨＡ接触である。いくつかの実施形態では、オリゴサッカリドの鎖長は、少なくともトリサッカリド（ＳＡまたはＳＡアナログ以外）である。いくつかの実施形態では、図５Ａおよび５Ｂ−２（右側のパネル）中に示した付番した残基の組み合わせは、アンブレラ様トポロジーとの接触に関与する。一定の実施形態では、アンブレラトポロジーグリカンは、以下の形態のオリゴサッカリドである。
Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｓｕｇ１−Ｓｕｇ２−Ｓｕｇ３
（式中、
（ａ）Ｎｅｕ５Ａｃα２−６は、典型的には（しかし、必須ではない）、非還元末端に存在する。
（ｂ）Ｓｕｇ１：
（ｉ）αまたはβ立体配置（頻繁には、Ｎ結合およびＯ結合伸長についてはβ、ならびに糖タンパク質にＯ結合したＧａｌＮＡｃα−の場合はα）のヘキソース（頻繁には、ＧａｌまたはＧｌｃ）またはヘキソサミン（ＧｌｃＮＡｃまたはＧａｌＮＡｃ）であり、
（ｉｉ）Ｎｅｕ５Ａｃα２−６以外の糖は、いかなるＳｕｇ１の非還元位置にも結合せず（Ｓｕｇ１が糖タンパク質にＯ結合したＧａｌＮＡｃα−である場合を除く）、そして／または
（ｉｉｉ）非糖部分（硫酸、リン酸、グアニジウム、アミン、Ｎ−アセチルなど）を、Ｓｕｇ１の非還元位置（典型的には６位）に結合することができる（例えば、ＨＡとの接触を改善するため）。
（ｃ）Ｓｕｇ２および／またはＳｕｇ３は、
（ｉ）αまたはβ立体配置（頻繁には、β）のヘキソース（頻繁には、ＧａｌまたはＧｌｃ）またはヘキソサミン（ＧｌｃＮＡｃまたはＧａｌＮＡｃ）であり、そして／または
（ｉｉ）糖（Ｆｕｃなど）または非糖部分（硫酸、リン酸、グアニジウム、アミン、Ｎ−アセチルなど）をＳｕｇ２、Ｓｕｇ３、および／またはＳｕｇ４の非還元位置に結合することができる。
（ｄ）Ｎｅｕ５Ａｃα２−６結合から離れたオリゴサッカリド中の任意の２つの糖の間の結合は、１−２、１−３、１−４、および／または１−６（典型的には、１−３または１−４）であり得る。そして／または
（ｅ）Ｎｅｕ５Ａｃα２−６がＧａｌＮＡｃαに結合し、これが糖タンパク質にＯ結合し、さらなる糖がＧａｌＮＡｃαの非還元末端に結合した構造（例えば、
（ｉ）Ｎｅｕ５Ａｃα２−６（Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３）ＧａｌＮＡｃα−
（ｉｉ）Ｎｅｕ５Ａｃα２−６（Ｇａｌβ１−３）ＧａｌＮＡｃα−
））。
【００７３】
アンブレラトポロジー遮断薬（ＵＴＢＡ）：本明細書中で使用する場合、用語「アンブレラトポロジー遮断薬」は、アンブレラトポロジーグリカンを有するＨＡ受容体に結合する薬剤をいう。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡは、ヒト上気道中に見出されるアンブレラトポロジーグリカンを有するＨＡ受容体に結合する。ＵＢＴＡは、アンブレラトポロジーグリカンおよび／またはコーントポロジーグリカンのいずれかに結合することができる。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡは、コーントポロジーグリカンに対する親和性の５０、１００、１５０、または２００％でアンブレラトポロジーグリカンに選択的に結合する。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡは、コーントポロジーグリカンに対する親和性の５０〜１５０％でアンブレラトポロジーグリカンに選択的に結合する。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡは、コーントポロジーグリカンとほぼ同一の親和性でアンブレラトポロジーグリカンに結合する。例えば、いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡは、コーントポロジーグリカン（例えば、３’ＳＬＮ−ＬＮ）への結合の約５０〜２００％、５０〜１５０％、またはほぼ同一の親和性でアンブレラトポロジーグリカン（例えば、６’ＳＬＮ−ＬＮ）に結合する。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡは、受容体のグリカントポロジー（例えば、アンブレラまたはコーン）に基づいて、インフルエンザウイルス粒子（例えば、ヒトまたはトリインフルエンザウイルス）のＨＡ受容体への結合を選択的に阻害する。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡはポリペプチドである。いくつかのかかる実施形態では、ＵＴＢＡポリペプチドは、天然に存在するポリペプチドのアミノ酸配列と実質的に同一であるか実質的に相同なアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡポリペプチドはＨＡポリペプチドである。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡポリペプチドは天然に存在するＨＡポリペプチドまたはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡポリペプチドは、ＨＡポリペプチドのアミノ酸配列に関連しないアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡポリペプチドは抗体またはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡポリペプチドはレクチン（例えば、ＳＮＡ−１）である。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡはポリペプチドではない。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡは小分子である。いくつかの実施形態では、ＵＴＢＡは核酸である。
【００７４】
アンブレラトポロジーグリカン模倣物：「アンブレラトポロジーグリカン模倣物」は、本明細書中に記載の結合剤に結合するアンブレラトポロジーグリカン以外の薬剤である。いくつかの実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、ＨＡポリペプチドに結合する薬剤である。いくつかのかかる実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、残基１３６、１３７、１４５、１５３、１５５、１５６、１５９、１８６、１８７、１８９、１９０、１９２、１９３、１９４、１９６、２２２、２２５、２２６、２２８、およびその組み合わせからなる群から選択されるＨＡポリペプチド残基と相互作用する薬剤である。いくつかのかかる実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、残基からなる群から選択されるＨＡポリペプチド残基と相互作用する薬剤である。いくつかのかかる実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、残基１５６、１５９、１８９、１９２、１９３、１９６、およびその組み合わせからなる群から選択されるＨＡポリペプチド残基と相互作用する薬剤である。いくつかのかかる実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、残基１８６、１８７、１８９、１９０、およびその組み合わせからなる群から選択されるＨＡポリペプチド残基と相互作用する薬剤である。いくつかのかかる実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、残基１３７、１４５、１９０、２２６、２２８、およびその組み合わせからなる群から選択されるＨＡポリペプチド残基と相互作用する薬剤である。いくつかのかかる実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、残基１９０、２２２、２２５、２２６、およびその組み合わせからなる群から選択されるＨＡポリペプチド残基と相互作用する薬剤である。いくつかのかかる実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、残基１３６、１５３、１５５、１９４、およびその組み合わせからなる群から選択されるＨＡポリペプチド残基と相互作用する薬剤である。いくつかのかかる実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、残基１９０および２２６からなる群から選択されるＨＡポリペプチド残基と相互作用する薬剤である。いくつかのかかる実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、残基２２２、２２５、および２２６からなる群から選択されるＨＡポリペプチド残基と相互作用する薬剤である。いくつかのかかる実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、残基１９０、１９２、１９３、および２２５からなる群から選択されるＨＡポリペプチド残基と相互作用する薬剤である。いくつかのかかる実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン模倣物は、残基１８６、１９３、および２２２からなる群から選択されるＨＡポリペプチド残基と相互作用する薬剤である。上記のアミノ酸位置がＨ３  ＨＡ付番方式に基づくことに留意のこと。一定の実施形態では、ＨＡトポロジーグリカン模倣物は、アンブレラトポロジーグリカンとＨＡポリペプチドとの相互作用を競合する薬剤である。
【００７５】
アンブレラトポロジー特異的遮断薬（ＵＴＳＢＡ）：本明細書中で使用する場合、用語「アンブレラトポロジー特異的遮断薬」は、ヒト上気道中に見出されるアンブレラトポロジーグリカンを有するＨＡ受容体に結合する薬剤をいう。ＵＴＳＢＡは、アンブレラトポロジーグリカンＨＡに選択的に結合する。例えば、ＵＴＳＢＡは、コーントポロジーグリカン（例えば、３’ＳＬＮ−ＬＮ）への結合よりも少なくとも約２、４、５、または１０倍の親和性でアンブレラトポロジーグリカン（例えば、６’ＳＬＮ−ＬＮ）に結合する。典型的には、ＵＴＳＢＡのアンブレラトポロジーグリカンに対する親和性は、１ｎＭ超である。典型的には、ＵＴＳＢＡのコーントポロジーグリカンに対する親和性は、アンブレラトポロジーグリカンのヒト適合ＨＡ（ＳＣ１８、Ｍｏｓ９９、Ｔｘ９１など）およびα２−６結合植物レクチン（ＳＮＡ−Ｉなど）への結合親和性の少なくとも２〜３桁小さい。用量依存性直接結合アッセイによって測定した場合のＵＴＳＢＡの結合親和性は、典型的には少なくとも１ｎＭであろう。典型的には、ＵＴＳＢＡのコーントポロジーグリカンに対する親和性は、コーントポロジーグリカンのトリＨＡ（Ｖｉｅｔ０４０５、Ａｖ１８など）への結合親和性よりほぼ１〜３桁小さい。いくつかの実施形態では、グリカントポロジー（例えば、アンブレラまたはコーン）に基づいて、ＵＴＳＢＡは、インフルエンザウイルス粒子（例えば、ヒトまたはトリインフルエンザウイルス）のＨＡ受容体（例えば、Ｈ１、Ｈ２、もしくはＨ３またはヒト適合Ｈ５、Ｈ７、もしくはＨ９）への結合を選択的に阻害する。いくつかの実施形態では、ＵＴＳＢＡはポリペプチドである。いくつかのかかる実施形態では、ＵＴＳＢＡポリペプチドは、天然に存在するポリペプチドのアミノ酸配列と実質的に同一であるか実質的に相同であるアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、ＵＴＳＢＡポリペプチドはＨＡポリペプチドである。いくつかの実施形態では、ＵＴＳＢＡポリペプチドは天然に存在するＨＡポリペプチドまたはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、ＵＴＳＢＡポリペプチドは、ＨＡポリペプチドのアミノ酸配列に関連しないアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、ＵＴＳＢＡポリペプチドは抗体またはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、ＵＴＳＢＡポリペプチドはレクチン（例えば、ＳＮＡ−１）である。いくつかの実施形態では、ＵＴＳＢＡはポリペプチドではない。いくつかの実施形態では、ＵＴＳＢＡは小分子である。いくつかの実施形態では、ＵＴＳＢＡは核酸である。
【００７６】
ワクチン接種：本明細書中で使用する場合、用語「ワクチン接種」は、例えば、疾患原因因子に対して免疫応答を生じさせることを意図する組成物の投与をいう。本発明の目的のために、ワクチン接種を、疾患原因因子への曝露前、曝露中、および／または曝露後、一定の実施形態では、因子への曝露前、曝露中、および／または曝露直後に施すことができる。いくつかの実施形態では、ワクチン接種は、ワクチン接種組成物の適切な間隔での複数の投与を含む。
【００７７】
バリアント：本明細書中で使用する場合、用語「バリアント」は、目的の特定のポリペプチド（例えば、ＨＡポリペプチド）とその配列が比較される「親」ポリペプチドとの間の関係を説明する相対語である。特定の位置での少数の配列の変化を別にすれば、目的のポリペプチドが親のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を有する場合、目的のポリペプチドは親ポリペプチドの「バリアント」であると見なされる。典型的には、親と比較してバリアント中の残基の２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％未満が置換されている。いくつかの実施形態では、バリアントは、親と比較して１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１個の置換された残基を有する。しばしば、バリアントは、非常に少数（例えば、５、４、３、２、または１個未満）の置換された機能的残基（すなわち、特定の生物学的活性に関与する残基）を有する。さらに、親と比較して、バリアントは、典型的には、せいぜい５、４、３、２、または１個の付加または欠失を有し、しばしば、付加や欠失を持たない。さらに、任意の付加または欠失は、典型的には、約２５、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１０、９、８、７、６個未満であり、一般に、約５、４、３、または２残基未満である。いくつかの実施形態では、親ポリペプチドは、天然に見出されるポリペプチドである。例えば、親ＨＡポリペプチドは、インフルエンザウイルスの天然（例えば、野生型）の単離体（例えば、野生型ＨＡ）中に見出されるポリペプチドである。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡ親ポリペプチドは、表１に示した任意のインフルエンザ株のＨ１ポリペプチド特性に対応し得る。いくつかの実施形態では、バリアントＨ１  ＨＡポリペプチドは、表１に示した任意のインフルエンザ株の１つ以上のＨ１ポリペプチド特性と比較して、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、５０、１００個、または１００個を超える置換、欠失、および／または付加を有する。
【００７８】
ベクター：本明細書中で使用する場合、「ベクター」は、連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子をいう。いくつかの実施形態では、ベクターは、宿主細胞（真核細胞または原核細胞など）中に連結された核酸の染色体外の複製および／または発現が可能である。作動可能に連結された遺伝子の発現を指示することができるベクターを、本明細書中で「発現ベクター」という。
【００７９】
野生型：当該分野で理解されるように、句「野生型」は、一般に、天然で見出されるようなタンパク質または核酸の通常の形態をいう。例えば、野生型ＨＡポリペプチドは、インフルエンザウイルスの天然の単離体で見出される。種々の異なる野生型ＨＡ配列を、ＮＣＢＩインフルエンザウイルス配列データベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｏｍｅｓ／ＦＬＵ／ＦＬＵ．ｈｔｍｌ）中に見出すことができる。
【００８０】
本発明の一定の特定の実施形態の詳細な説明
とりわけ、本発明は、Ｈ１Ｎ１インフルエンザ株で見出されるＨ１ポリペプチド（例えば、表１を参照のこと）と比較してヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１Ｎ１  ＨＡバリアントを定義する。かかるバリアントを、とりわけ、Ｈ１Ｎ１ウイルス、特にヒト結合および／または感染性が増強されたバリアントによるヒト感染症を処置、軽減、および／または予防するためのワクチンおよび／または治療薬の成分として使用することができる。あるいはまたはさらに、かかるバリアントを、ヒト感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアントの発生および／または感染の検出のための系における標準として使用することができる。
【００８１】
いくつかの態様では、本発明は、例えば、Ｈ１Ｎ１感染の検出で使用するためのＨ１Ｎ１  ＨＡポリペプチドに特異的に結合する薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、ヒト感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアントに特異的に結合する薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、ヒト感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアントとヒト感染性が増強されていないＨ１Ｎ１バリアントとを区別する薬剤を提供する。
【００８２】
いくつかの態様では、本発明は、Ｈ１Ｎ１  ＨＡポリペプチドと１つ以上のグリカン（例えば、アンブレラ−トポロジーグリカン）との間の結合相互作用を干渉する（そして／または競合する）薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、Ｈ１Ｎ１  ＨＡポリペプチドと１つ以上のα２−６シアリル化グリカンとの間の結合相互作用を干渉する（そして／または競合する）薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、Ｈ１Ｎ１  ＨＡポリペプチドと１つ以上の６’ＳＬＮ−ＬＮグリカンとの間の結合相互作用を干渉する（そして／または競合する）薬剤を提供する。いくつかの実施形態では、その結合相互作用が干渉されるＨ１Ｎ１  ＨＡポリペプチドは、ヒト感染性が増強されたＨ１Ｎ１バリアントである。
【００８３】
血球凝集素（ＨＡ）
インフルエンザウイルスは、ウイルス粒子の膜内に包埋した２つの糖タンパク質（血球凝集素（ＨＡ）およびノイラミニダーゼ（ＮＡ））を含む脂質膜エンベロープによって特徴づけられるＲＮＡウイルスである。１６種の公知のＨＡサブタイプおよび９種のＮＡサブタイプが存在し、異なるインフルエンザ株を、株のＨＡおよびＮＡサブタイプの数に基づいて命名する。アミノ酸配列同一性および結晶構造の比較に基づいて、ＨＡサブタイプは、２つの主要な群および４つのより小さなクレードに分類されている。異なるＨＡサブタイプは、必ずしも高いアミノ酸配列同一性を共有しないが、異なるＨＡサブタイプの全体的な三次元構造は相互に類似しており、分類のために使用することができるいくつかのわずかな相違を有する。例えば、中心のα−ヘリックスに対する膜遠位サブドメインの特定の方向は、ＨＡサブタイプを決定するために一般に使用される１つの構造的特徴である（Ｒｕｓｓｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，３２５：２８７，２００４）。
【００８４】
ＨＡは、Ｈ１〜Ｈ１６と呼ばれる１６種のサブタイプのうちの１つのホモトリマーとして膜内に存在する。今までのところ、これらのサブタイプのうちのわずか３種（Ｈ１、Ｈ２、およびＨ３）のみがヒト感染に適応するようになっている。ヒト感染に適応しているＨＡ（例えば、パンデミックＨ１Ｎ１（１９１８）およびＨ３Ｎ２（１９６７−６８）インフルエンザサブタイプ由来のＨＡ）の報告された１つの特徴は、α２−３シアリル化グリカンに優先的に結合するそのトリ前駆体と比較したα２−６シアリル化グリカンに優先的に結合する能力である（Ｓｋｅｈｅｌ  ＆  Ｗｉｌｅｙ，Ａｎｎｕ  Ｒｅｖ  Ｂｉｏｃｈｅｍ，６９：５３１，２０００；Ｒｏｇｅｒｓ，＆  Ｐａｕｌｓｏｎ，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，１２７：３６１，１９８３；Ｒｏｇｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３０４：７６，１９８３；Ｓａｕｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３１：９６０９，１９９２；Ｃｏｎｎｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，２０５：１７，１９９４；Ｔｕｍｐｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３１０：７７，２００５（その全てが本明細書中で参考として援用される））。しかし、本発明者らは、ヒト宿主への感染能力が特定の結合のグリカンへの結合とあまり相関せず、特定のトポロジーのグリカンへの結合との相関がより高いことを発見した（例えば、米国特許出願公開第２００９／０２６９３４２号、同第２０１０／０００４１９５号、および同第２０１０／０１２５０４３号（その全てが本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。したがって、本発明者らは、ヒト感染を媒介するＨＡがアンブレラトポロジーグリカンに結合し、しばしば、（コーン−トポロジーグリカンがα２−６シアリル化グリカンであり得るか、含み得るにもかかわらず）コーントポロジーグリカンよりもアンブレラトポロジーグリカンの優先を示すことを証明している。
【００８５】
（α２−３およびα２−６結合の両方の）シアリル化オリゴサッカリドに結合したＨ１（ヒトおよびブタ）、Ｈ３（トリ）、およびＨ５（トリ）サブタイプ由来のＨＡのいくつかの結晶構造が利用可能であり、ＨＡのこれらのグリカンとの明確な相互作用に関与する特異的アミノ酸に関する分子的洞察を提供する（Ｅｉｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，２３２：１９，１９９７；Ｈａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ，９８：１１１８１，２００１；Ｈａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，３０９：２０９，２００３；Ｇａｍｂｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０３：１８３８，２００４；Ｓｔｅｖｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０３：１８６６，２００４；Ｒｕｓｓｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊ  Ｊ  ２３：８５，２００６；Ｓｔｅｖｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３１２：４０４，２００６（その全てが本明細書中で参考として援用される））。
【００８６】
例えば、単独またはα２−３またはα２−６シアリル化オリゴサッカリドに結合したＨ５（Ａ／アヒル／シンガポール／３／９７）の結晶構造により、結合したグリカンと直接相互作用する一定のアミノ酸が同定され、１つ以上の分離度が除去されたアミノ酸も同定される（Ｓｔｅｖｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９８：１１１８１，２００１（本明細書中で参考として援用される））。場合によっては、これらの残基の高次構造は、結合状態と非結合状態とで異なる。例えば、Ｇｌｕ１９０、Ｌｙｓ１９３、およびＧｌｎ２２６は全て直接結合相互作用に関与し、結合状態と非結合状態とで異なる高次構造を有する。Ｇｌｕ１９０の近位のＡｓｎ１８６の高次構造もまた、結合状態と非結合状態とで有意に異なる。
【００８７】
ＨＡポリペプチド
本発明は、ＨＡポリペプチドを提供する。本明細書中で使用する場合、用語「ＨＡポリペプチド」は、ＨＡポリペプチドのフラグメント、ＨＡポリペプチドの一部（例えば、特徴的部分）、および／またはＨＡポリペプチドのバリアントを含むと理解される。ＨＡポリペプチドフラグメント、ＨＡポリペプチドの一部、およびバリアントＨＡポリペプチドを、以下に「ＨＡポリペプチドの一部および／またはフラグメント」および「バリアントＨＡポリペプチド」と表題をつけた小節中により詳細に記載している。
【００８８】
本発明は、特に、ＨＡ  Ｈ１ポリペプチドを提供する。本明細書中で使用する場合、用語「Ｈ１ポリペプチド」は、Ｈ１ポリペプチドのフラグメント、Ｈ１ポリペプチドの一部（例えば、特徴的部分）、および／またはＨ１バリアントであるポリペプチドを含むと理解される。Ｈ１ポリペプチドフラグメント、Ｈ１ポリペプチドの一部、およびＨ１バリアントポリペプチドを、以下に「ＨＡポリペプチドの一部および／またはフラグメント」および「バリアントＨＡポリペプチド」と表題をつけた小節中により詳細に記載している。
【００８９】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、アンブレラトポロジーグリカンに関して指定の結合特性を有する単離ＨＡポリペプチドである。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、アンブレラトポロジーグリカンに関して指定の結合特性を有する改変ＨＡポリペプチドである。
【００９０】
いくつかの実施形態では、指定の結合特性を有する提供したＨＡポリペプチドはＨ１ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、提供したＨＡポリペプチドは、基準Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１  ＨＡバリアントポリペプチドである。いくつかの実施形態では、かかるＨ１  ＨＡバリアントポリペプチドを改変する。いくつかの実施形態では、かかるＨ１  ＨＡバリアントポリペプチドを、環境下で見出されたインフルエンザ株から単離する。ヒト結合および／または感染性が増強された例示的なＨ１  ＨＡバリアントポリペプチドには、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）、Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチド（例えば、そのフラグメントおよび／またはその特徴的部分）が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１  ＨＡバリアントポリペプチド（インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）、およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドなど）を、さらにより増強されたヒト結合および／または感染性を示すように改変する。いくつかの実施形態では、ヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１  ＨＡポリペプチドは、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）、Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０中で見出されたＨ１ポリペプチドを特異的に排除する。
【００９１】
いくつかの実施形態では、基準Ｈ１  ＨＡポリペプチドには、表１中に示す１つ以上の株由来のＨＡタンパク質が含まれる。いくつかの実施形態では、基準Ｈ１  ＨＡポリペプチドには、ＧＩＳＡＩＤインフルエンザポータルデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｐｌａｔｆｏｒｍ．ｇｉｓａｉｄ．ｏｒｇ／ｄａｎｔｅ−ｃｍｓ／ｌｉｖｅ／ｓｔｒｕｋｔｕｒ．ｊｄａｎｔｅ？ａｉｄ＝１１３１）および／またはＮＣＢＩ  Ｆｌｕデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｏｍｅｓ／ＦＬＵ／ＦＬＵ．ｈｔｍｌ）の一方または両方に列挙された２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１「ブタインフルエンザ」単離体中に見出される任意のＨ１  ＨＡが含まれる。
表１：２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１中で見出された例示的なＨ１  ＨＡポリペプチドの配列
【００９２】
【表１】
0005886194.tif 000008
インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０中に見出されるＨ１  ＨＡポリペプチドの配列を、表２中に示す。
表２：パンデミックＨ１インフルエンザ株由来の例示的なＨ１  ＨＡポリペプチドの配列
【００９３】
【表２】
0005886194.tif 000009
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１ポリペプチド）は、インフルエンザワクチンの開発および／または調製に有用である。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１ポリペプチド）は、インフルエンザ治療薬の開発および／または調製に有用である。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１ポリペプチド）は、インフルエンザの診断に有用な試薬の開発および／もしくは調製ならびに／または患者がＨ１  ＨＡインフルエンザウイルスに感染しているかどうかの決定に有用である。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１ポリペプチド）は、潜在的なパンデミックＨ１  ＨＡインフルエンザウイルスの出現の監視に有用である。治療方法、予防方法、および診断方法を、「Ｈ１含有インフルエンザの検出」および「処置」と表題をつけた節中により詳細に記載している。
【００９４】
バリアントＨＡポリペプチド
一定の実施形態では、提供したＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１ポリペプチド）は、少数の特定の配列の変化を別にすればそのアミノ酸配列が親ＨＡのアミノ酸配列と同一であるという点で、親ＨＡポリペプチドのバリアントである。いくつかの実施形態では、親ＨＡは、インフルエンザウイルスの天然の単離体中で見出されるＨＡポリペプチド（例えば、野生型ＨＡポリペプチド）である。いくつかの実施形態では、親ＨＡは、表１に記載のＨＡのうちの１つである。以下の「ＨＡポリペプチドの一部および／またはフラグメント」と表題をつけた節に記載のように、本明細書中に記載の任意の一部および／またはフラグメントは、ＨＡポリペプチドのフラグメントおよび／または特徴的部分であり得る。
【００９５】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、その対応する親ＨＡポリペプチドと異なるグリカン結合特性を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡバリアントポリペプチドは、その同族親ＨＡポリペプチドよりも高いアンブレラグリカン（例えば、コーングリカンと比較して）に対する親和性および／または特異性を有する。一定の実施形態では、かかるＨＡポリペプチドバリアントは、改変バリアントである。
【００９６】
いくつかの実施形態では、ＨＡバリアントポリペプチドは、その同族親ＨＡポリペプチドよりも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超えるアンブレラグリカン（例えば、コーングリカンと比較して）に対する親和性および／または特異性を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡバリアントポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスは、その同族親ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスよりも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える増強されたヒト感染性を有する。
【００９７】
いくつかの実施形態では、グリカン結合特性が変化したＨＡポリペプチドバリアントは、グリカン結合部位内またはグリカン結合部位に影響を及ぼす残基の配列変化を有する。いくつかの実施形態では、かかる置換は、結合したグリカンと直接相互作用するアミノ酸の置換であり、他の実施形態では、かかる置換は、１分離度が除去されたアミノ酸が、（１）直接結合アミノ酸と相互作用するか、（２）そうでなければ、直接結合アミノ酸がグリカンと相互作用する能力に影響を及ぼすが、グリカン自体と直接相互作用しないか、（３）そうでなければ、直接結合アミノ酸がグリカンと相互作用し、且つグリカン自体と直接相互作用もするという点で、結合したグリカンと相互作用するアミノ酸から１分離度が除去されたアミノ酸の置換である。ＨＡポリペプチドバリアントは、１つ以上の直接結合アミノ酸の置換、１つ以上の第１の分離度−アミノ酸の置換、１つ以上の第２の分離度−アミノ酸の置換、またはこれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、１つ以上のアミノ酸のさらにより高い分離度との置換を含むことができる。
【００９８】
いくつかの実施形態では、グリカン結合特性が変化したＨＡポリペプチドバリアントは、Ｎｅｕ５ＡｃおよびＧａｌを越えて糖と接触する残基の配列変化を有する（例えば、図６を参照のこと）。
【００９９】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して少なくとも１つのアミノ酸置換を有する。一定の実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、同族野生型親ＨＡと比較して１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２０を超えるアミノ酸置換を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、または少なくとも５００個の野生型アミノ酸残基によって分離された１つ以上のアミノ酸置換を有する。いくつかの実施形態では、かかるアミノ酸置換の約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、約１００％がグリカン結合部位内に存在する。いくつかの実施形態では、かかるアミノ酸置換の少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％がグリカン結合部位内に存在する。
【０１００】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して少なくとも１つのアミノ酸の付加および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２０を超える残基の付加および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、または少なくとも５００個の野生型アミノ酸残基によって分離された残基の１つ以上の付加および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、かかるアミノ酸の付加および／または欠失の約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、約１００％がグリカン結合部位内に存在する。いくつかの実施形態では、かかるアミノ酸の付加および／または欠失の少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％がグリカン結合部位内に存在する。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、同族野生型親ＨＡと約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％同一である。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、同族野生型親ＨＡの約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約１５０、約２００、約２５０、約３００、約３５０、約４００、約４５０、約５００、または約５５０個のアミノ酸の連続ストレッチと約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％同一である。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、残基９８、１３６、１３７、１３８、１４５、１５３、１５５、１５６、１５９、１８３、１８６、１８７、１８９、１９０、１９２、１９３、１９４、１９５、１９６、２１５、２１９、２２２、２２５、２２６、２２７、および２２８のうちの１つ以上に対応する位置に配列の置換、付加、および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、残基１５６、１５９、１８９、１９２、１９３、および１９６のうちの１つ以上に対応する位置および／または残基１８６、１８７、１８９、および１９０のうちの１つ以上に対応する位置および／または残基１９０、２２２、２２５、および２２６のうちの１つ以上に対応する位置および／または残基１３７、１４５、１９０、２２６、および２２８のうちの１つ以上に対応する位置に配列の置換、付加、および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、残基１９０、２２５、２２６、および２２８のうちの１つ以上に対応する位置に配列の置換、付加、および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、残基１４５、１８６、１８９、２１９、および／または２２７のうちの１つ以上に対応する配列の置換、付加、および／または欠失を有する。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較してグリカンに直接結合するポリペプチド領域中に存在するアミノ酸から選択される残基（残基１３６、１４５（例えば、Ｌｙｓ１４５）、１５３、１５５、１５６、１８３、１８６、１８９、１９０、１９２、１９３、１９４、１９６、２１５、２２２、２２５、２２６、および／または２２７が含まれるが、これらに限定されない）に、１つ以上のアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較してグリカンに直接結合するポリペプチド領域に隣接して存在するアミノ酸から選択される残基（残基Ａｌａ／Ｔｈｒ１３７、Ａｌａ／Ｓｅｒ１３８、Ｐｒｏ／Ｓｅｒ１８６、Ｓｅｒ／Ｔｈｒ／Ａｓｎ１８７、Ａｌａ／Ｔｈｒ１８９、Ｉｌｅ／Ｌｙｓ２１９、Ｇｌｕ／Ａｌａ２２７、および／またはＬｙｓ２２２が含まれるが、これらに限定されない）に、１つ以上のアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、グリカンに直接結合するポリペプチド領域に隣接して存在するアミノ酸は、グリカンに直接結合するポリペプチド領域中に存在するアミノ酸がＨＡポリペプチドと受容体との間の相互作用を媒介する能力に影響を及ぼす。少数であるが例を挙げると、いくつかの実施形態では、Ａｌａ／Ｔｈｒ１３７および／またはＡｌａ／Ｓｅｒ１３８は、Ｔｈｒ／Ｓｅｒ１３６および／またはＧｌｎ２２６に影響を及ぼし、Ｐｒｏ／Ｓｅｒ１８６、Ｓｅｒ／Ｔｈｒ／Ａｓｎ１８７、および／またはＡｌａ／Ｔｈｒ１８９はＡｓｐ１９０に影響を及ぼし、Ｉｌｅ／Ｌｙｓ２１９および／またはＧｌｕ／Ａｌａ２２７はＰｒｏ／Ｓｅｒ１８６に影響を及ぼし、Ｇｌｕ２２７はＬｙｓ２２２に影響を及ぼし、そして／またはＬｙｓ２２２はＡｓｐ２２５に影響を及ぼす。
【０１０５】
一定の実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して、１分離度が除去されたアミノ酸が、（１）直接結合アミノ酸と相互作用するか、（２）そうでなければ、直接結合アミノ酸がグリカンと相互作用する能力に影響を及ぼすが、グリカン自体と直接相互作用しないか、（３）そうでなければ、直接結合アミノ酸がグリカンと相互作用し、且つグリカン自体と直接相互作用もするという点で、結合したグリカンと相互作用するアミノ酸から１分離度が除去されたアミノ酸から選択される残基に１つ以上のアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する（残基Ａｌａ／Ｔｈｒ１３７、Ａｌａ／Ｓｅｒ１３８、Ｐｒｏ／Ｓｅｒ１８６、Ｓｅｒ／Ｔｈｒ／Ａｓｎ１８７、Ａｌａ／Ｔｈｒ１８９、Ｉｌｅ／Ｌｙｓ２１９、Ｇｌｕ／Ａｌａ２２７、および／またはＬｙｓ２２２が含まれるが、これらに限定されない）。
【０１０６】
一定の実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して残基１４５にアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する。一定の実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して残基１８６にアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する。一定の実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して残基１８９にアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する。一定の実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して残基２１９にアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する。一定の実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して残基２２７にアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して、１４５、１８６、１８９、２１９、および２２７から選択される残基に１つ以上のアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して、残基１８６、１８９、および２２７に１つ以上のアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して、残基１８６、１８９、２２５、および２２７に１つ以上のアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１ポリペプチドバリアントは、野生型親ＨＡと比較して、残基２１９および２２５に１つ以上のアミノ酸の置換、付加、および／または欠失を有する。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１バリアントは、以下のアミノ酸置換のうちの１つ以上を有する：Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ、Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、Ｇｌｙ２２７Ａｌａ。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１バリアントは、以下のアミノ酸置換のうちの１つ以上を有する：Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ、Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、Ａｓｐ２２５Ｇｌｕ、Ａｓｐ２２５Ａｓｎ、またはＡｓｐ２２５Ｇｌｙ、および／またはＧｌｙ２２７Ａｌａ。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、アミノ酸１４５位、１８６位、１８９位、２１９位、および／または２２７位のうちの１つ以上に少なくとも１つの付加および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、アミノ酸１４５位、１８６位、１８９位、２１９位、２２５位、および／または２２７位のうちの１つ以上に少なくとも１つの付加および／または欠失を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、アミノ酸１３７位、１５６位、１８６位、１８７位、１８９位、１９０位、１９３位、２２５位、２２６位、２２７位、および／または２２８位のうちの１つ以上に少なくとも１つの付加および／または欠失を有する。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアント、特にＨ１バリアントは、以下のアミノ酸置換組のうちの１つ以上を有する。
【０１１０】
Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ
Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ
Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ
Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ
Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
Ｌｙｓ１４５ＳｅｒまたはＬｙｓ１４５Ａｓｎ
Ｌｙｓ１４５ＳｅｒまたはＬｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
Ｌｙｓ１４５ＳｅｒまたはＬｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ
Ａｓｐ２２５Ａｓｎ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ
Ａｓｐ２２５Ａｓｎ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
Ａｓｐ２２５Ｇｌｙ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ
Ａｓｐ２２５Ｇｌｙ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
Ａｓｐ２２５Ｇｌｕ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ
Ａｓｐ２２５Ｇｌｕ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、Ｇｌｕ２２７Ａｌａ
いくつかのかかる実施形態では、アンブレラグリカンに対するバリアントの親和性および／または特異性が増加されるように、ＨＡポリペプチドは野生型ＨＡと比較して少なくとも１つのさらなる置換を有する。言い換えれば、ＨＡポリペプチドは、本段落中に列挙した１つ以上の任意のアミノ酸置換組および１つ以上のさらなるアミノ酸置換を含むことができる。少数であるが例を挙げると、ＨＡポリペプチドは、例えば、９８位、１３６位、１３７位、１３８位、１４５位、１５３位、１５５位、１５６位、１５９位、１８３位、１８６位、１８７位、１８９位、１９０位、１９２位、１９３位、１９４位、１９５位、１９６位、２１５位、２１９位、２２２位、２２５位、２２６位、２２７位、および２２８位、および／またはその組み合わせに、本段落中に列挙した１つ以上の任意のアミノ酸置換組および１つ以上のさらなるアミノ酸置換を含むことができる。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、本節に記載の任意のアミノ酸位置および／またはアミノ酸位置組の少なくとも１つの付加および／または欠失を有する。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド（ＨＡポリペプチドバリアントが含まれる）は、Ｓ１４５、Ｎ１４５、Ｌ２１９、Ｐ１８６、Ｔ１８９、および／またはＡ２２７を含む配列を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド（ＨＡポリペプチドバリアントが含まれる）は、Ｄ１９０、Ｄ２２５、Ｌ２２６、および／またはＳ２２８を含む配列を有する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、Ｄ１９０およびＤ２２５を含む配列を有し、いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドは、Ｌ２２６およびＳ２２８を含む配列を有する。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドバリアントは、親ＨＡ、特に親野生型ＨＡと比較して開いた結合部位を有する。
【０１１４】
ＨＡポリペプチドの一部および／またはフラグメント
本発明は、ＨＡポリペプチドおよびこれをコードする核酸の特徴的部分を提供する。一般に、特徴的部分は、共にＨＡポリペプチドの特徴を示すアミノ酸の連続ストレッチまたはアミノ酸の連続ストレッチの集団を含む部分である。かかる各連続ストレッチは、一般に、少なくとも２つのアミノ酸を含むであろう。さらに、当業者は、典型的には、少なくとも５、１０、１５、２０、またはそれを超えるアミノ酸がＨ５  ＨＡポリペプチドの特徴を示すために必要であると認識するであろう。一般に、特徴的部分は、上記指定の配列同一性に加えて、関連するインタクトなＨＡポリペプチドと少なくとも１つの機能的特徴を共有する部分である。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドの特徴的部分は、関連する全長ＨＡポリペプチドとグリカン結合特性を共有する。
【０１１５】
「バリアントＨＡポリペプチド」と表題をつけた上の節中に記載のように、本明細書中に記載の任意の部分および／またはフラグメントは、バリアントＨＡポリペプチド部分および／またはフラグメントであり得る。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドフラグメントおよび／またはＨＡポリペプチドの特徴的部分は、同族野生型親ＨＡの約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約１５０、約２００、約２５０、約３００、約３５０、約４００、約４５０、約５００、または約５５０アミノ酸の連続ストレッチに対応する。いくつかの実施形態では、かかる連続ストレッチは、非ＨＡポリペプチド配列内という状況で、連続ストレッチの５’末端、３’末端、または５’末端および３’末端の両方に存在する。いくつかの実施形態では、非ＨＡポリペプチド配列は、約１アミノ酸長、約２アミノ酸長、約３アミノ酸長、約４アミノ酸長、約５アミノ酸長、約６アミノ酸長、約７アミノ酸長、約８アミノ酸長、約９アミノ酸長、約１０アミノ酸長、約１５アミノ酸長、約２０アミノ酸長、約２５アミノ酸長、約５０アミノ酸長、約７５アミノ酸長、約１００アミノ酸長、約２５０アミノ酸長、約５００アミノ酸長、約７５０アミノ酸長、約１０００アミノ酸長、約２０００アミノ酸長、約３０００アミノ酸長、約４０００アミノ酸長、約５０００アミノ酸長、約６０００アミノ酸長、約７０００アミノ酸長、約８０００アミノ酸長、約９０００アミノ酸長、約１０，０００アミノ酸長、または約１０，０００アミノ酸長超である。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、２つ以上のＨＡポリペプチド、そのフラグメント、および／またはその特徴的部分（例えば、それぞれ、同族野生型親ＨＡの約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約１５０、約２００、約２５０、約３００、約３５０、約４００、約４５０、約５００、または約５５０個のアミノ酸の連続ストレッチに対応するもの）を、共にタンデムに融合する。いくつかの実施形態では、タンデムＨＡポリペプチドは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０、１００、または１００個を超えるＨＡポリペプチド、そのフラグメント、および／またはその特徴的部分を含む。いくつかの実施形態では、かかるタンデム融合物中の各ＨＡポリペプチド、そのフラグメント、および／またはその特徴的部分は、非ＨＡポリペプチドリンカーによって相互にフラグメントおよび／または部分から分離されている。
【０１１８】
非ＨＡポリペプチド
いくつかの実施形態では、本発明は、そのアミノ酸配列が特徴的なＨＡ配列を含まないポリペプチドを提供する。かかるポリペプチドを、本明細書中で、「非ＨＡポリペプチド」という。いくつかの実施形態では、非ＨＡポリペプチドは、事前に選択された（例えば、合理的デザイン（例えば、基準配列と比較した戦略的アミノ酸変化（付加、欠失、および／または置換）の導入が含まれる）による）アミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、非ＨＡポリペプチドは、確率論的に決定される（例えば、本明細書中に定義の望ましい結合特性に基づいて同定される）アミノ酸配列を有する。非ＨＡポリペプチドは、本明細書中に記載の結合剤、干渉剤などであり得る。
【０１１９】
ポリペプチドの産生
ポリペプチド（例えば、ＨＡポリペプチドおよび／または非ＨＡポリペプチド）、そのバリアント、そのフラグメント、および／またはその特徴的部分（および／またはこれらのいずれかをコードする核酸）を、任意の利用可能な手段によって産生することができる。
【０１２０】
ポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）を、例えば、ポリペプチドコード核酸を発現するように改変された宿主細胞系の利用によって産生することができる。
【０１２１】
任意の系を使用して、ポリペプチド（バリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）を産生することができる（卵、バキュロウイルス、植物、酵母、メイディン・ダービーイヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ）、またはベロ（アフリカミドリザル腎臓）細胞など）。あるいはまたはさらに、ポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）を、組換え技術を使用して（発現ベクターの使用（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ＣＳＨＬ  Ｐｒｅｓｓ，１９８９（本明細書中で参考として援用される））などによる）細胞中に発現させることができる。
【０１２２】
あるいはまたはさらに、ポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）を、合成手段によって産生することができる。
【０１２３】
あるいはまたはさらに、ポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）、特にＨＡポリペプチドを、インタクトなウイルス中という状況（そうでなければ、野生型、弱毒化型、死菌型など）で産生することができる。ポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）を、ウイルス様粒子中という状況で産生することができる。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）を、インフルエンザウイルスから単離および／または精製することができる。例えば、ウイルスを、卵（孵化鶏卵など）中で成長させることができ、この場合、採取した物質は典型的には尿膜腔液である。あるいはまたはさらに、インフルエンザウイルスは、ウイルスを成長させるための組織培養を使用した任意の方法によって誘導することができる。ウイルス成長に適切な細胞基質には、例えば、イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫまたはＭＤＣＫのクローン由来の細胞、ＭＤＣＫ様細胞など）、サル腎臓細胞（ＡＧＭＫ細胞（ベロ細胞が含まれる）、連続細胞株としての培養上皮細胞、２９３Ｔ細胞、ＢＫ−２１細胞、ＣＶ−１細胞など）、または商業的供給源（例えば、ＡＴＣＣ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，Ｍｄ．）から容易に利用可能なワクチンを目的としたインフルエンザウイルス産生に適切な任意の他の哺乳動物細胞型が含まれる。適切な細胞基質には、ヒト細胞（ＭＲＣ−５細胞など）も含まれる。適切な細胞基質は細胞株に制限されず、例えば、初代細胞（ニワトリ胚線維芽細胞など）も含まれる。
【０１２５】
ポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）を、アンブレラ−トポロジーグリカンに結合することができるポリペプチドのスクリーニングおよび／または選択が容易に可能な条件下で、ポリペプチド（単独または複合体の一部（ウイルス粒子またはウイルスの一部が含まれる））を産生する細胞または生物の培養によって生成、同定、単離、および／または産生することができることが当業者に認識されるであろう。一例であるが、いくつかの実施形態では、アンブレラトポロジーグリカン（例えば、特定の特異性および／または親和性を有する）に結合するバリアントが明らかになり、そして／または好む条件下で一連のポリペプチド（例えば、ＨＡバリアントポリペプチド）を産生および／または研究するのに有用であり得る。いくつかの実施形態では、かかる一連のポリペプチド（例えば、ＨＡバリアントポリペプチド）は、自然界の進化に起因する。いくつかの実施形態では、かかる一連のポリペプチド（例えば、ＨＡバリアントポリペプチド）は、改変に起因する。いくつかの実施形態では、かかる一連のポリペプチド（例えば、ＨＡバリアントポリペプチド）は、改変と自然進化との組み合わせに起因する。
【０１２６】
核酸
一定の実施形態では、本発明は、ＨＡポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）をコードする核酸を提供する。他の実施形態では、本発明は、ＨＡポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）をコードする核酸に相補的な核酸を提供する。
【０１２７】
他の実施形態では、本発明は、ＨＡポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）をコードする核酸とハイブリッド形成する核酸分子を提供する。かかる核酸を、例えば、プライマーまたはプローブとして使用することができる。少数であるが例を挙げると、かかる核酸を、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）におけるプライマーとして、ハイブリッド形成（ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリッド形成が含まれる）のためのプローブとして、および／または逆転写−ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）のためのプライマーとして使用することができる。
【０１２８】
一定の実施形態では、核酸はＤＮＡまたはＲＮＡであり得、一本鎖または二本鎖であり得る。いくつかの実施形態では、核酸は１つ以上の非天然ヌクレオチドを含むことができ、他の実施形態では、核酸は天然のヌクレオチドのみを含む。
【０１２９】
ＨＡポリペプチド結合剤
本発明は、ＨＡポリペプチド結合剤を提供する。いくつかの実施形態では、結合剤は、本明細書中に記載の１つ以上のＨＡポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）に結合する実体である。ＨＡポリペプチド結合剤は、任意の化学型であり得る。いくつかの実施形態では、結合剤はポリペプチド（例えば、抗体または抗体フラグメントが含まれる）である。いくつかの実施形態では、かかる結合剤は小分子である。いくつかの実施形態では、かかる結合剤は核酸である。いくつかの実施形態では、かかる結合剤はアプタマーである。いくつかの実施形態では、結合剤はポリマーであり、いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤は非高分子である。いくつかの実施形態では、結合剤は炭水化物である。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤はレクチンである。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分が含まれる）に結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、ヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１  ＨＡポリペプチドバリアント（例えば、そのフラグメントおよび／または特徴的部分）に結合する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤は、同族親Ｈ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも高い親和性でＨ１  ＨＡポリペプチドバリアントに結合する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤は、同族親Ｈ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超えて高い親和性で、Ｈ１  ＨＡポリペプチドが増強されたヒト結合バリアントに結合する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤は、その同族親ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超えて高い親和性でＨ１  ＨＡポリペプチドが増強されたヒト結合バリアントを発現するインフルエンザウイルスに結合する。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤は、アンブレラ−トポロジーグリカンの構造および／または三次元特性を模倣する実体である。いくつかの実施形態では、かかる結合剤は、アンブレラ−トポロジーグリカンであるか、これを含む。いくつかの実施形態では、かかる結合剤は、コーン−トポロジーグリカンよりもアンブレラ−トポロジーグリカンに密接に類似する実体である。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、結合剤がＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に結合する場合、ＨＡポリペプチドは、ＨＡ受容体への結合を遮断される。したがって、いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤は、「ＨＡポリペプチド干渉剤」と表題をつけた下記の節に記載のように、「干渉剤」として機能することもできる。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤は、特定のＨＡポリペプチド（例えば、そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分）に優先的に結合する。例えば、いくつかの実施形態では、結合剤は、非Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してＨ１  ＨＡポリペプチドに優先的に結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、非Ｈ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性でＨ１  ＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、１つ以上の以下の変異：Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ、Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、および／またはＧｌｕ２２７Ａｌａを有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、１つ以上のこれらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、その変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドよりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｌｙｓ１４５ＳｅｒまたはＬｙｓ１４５Ａｓｎ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、およびＩｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｈ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、非Ｈ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、１つ以上の以下の変異：Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、および／またはＧｌｕ２２７Ａｌａを有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、１つ以上のこれらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、その変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｌｙｓ１４５ＳｅｒまたはＬｙｓ１４５Ａｓｎ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、およびＩｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する��
【０１３５】
いくつかの実施形態では、被験体に投与した場合、結合剤は、被験体内に存在する（例えば、被験体の血液内、粘膜組織内などに存在する）少なくとも約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、またはそれを超えるＨＡポリペプチドに結合する。
【０１３６】
一定の実施形態では、ＨＡポリペプチドへの結合剤の結合親和性を、一定範囲の濃度にわたって評価する。かかるストラテジーは、特に多価結合アッセイにおいて、単一濃度分析よりも有意に多い情報を提供する。いくつかの実施形態では、例えば、結合剤の結合親和性を、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、または１０倍超にわたる範囲の濃度で評価する。
【０１３７】
いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（例えば、そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分）に優先的に結合する結合剤は、種々の診断および／または監視方法（以下の「Ｈ１含有インフルエンザの検出」と呼ばれる節に記載の方法が含まれるが、これらに限定されない）に有用である。
【０１３８】
ＨＡポリペプチド干渉剤
本発明は干渉剤を提供する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、本明細書中に記載の指定の標的（例えば、特定のＨＡポリペプチドおよび／または特定のグリカン（アンブレラ−トポロジーグリカンなど））に結合する実体である。干渉剤は、任意の化学型であり得る。いくつかの実施形態では、干渉剤はポリペプチド（例えば、抗体または抗体フラグメントが含まれる）であり、いくつかのかかる実施形態では、干渉剤はＨＡポリペプチドであり、他の実施形態では、干渉剤は、そのアミノ酸配列がＨＡ特徴的配列を含まないポリペプチド（すなわち、「非ＨＡポリペプチド」）である。いくつかの実施形態では、干渉剤は小分子である。いくつかの実施形態では、干渉剤は核酸である。いくつかの実施形態では、干渉剤はアプタマーである。いくつかの実施形態では、干渉剤はポリマーであり、いくつかの実施形態では、干渉剤は非高分子である。いくつかの実施形態では、干渉剤は炭水化物である。いくつかの実施形態では、干渉剤はレクチンである。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の干渉剤は、１つ以上のＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤はＨ１  ＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、ヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１  ＨＡポリペプチドバリアントに結合する。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、干渉剤は、アンブレラ−トポロジーグリカン（例えば、ＨＡ受容体上の）とＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１  ＨＡポリペプチド）（そのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）が含まれる）への結合を競合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、アンブレラトポロジーグリカンがＨＡポリペプチドに結合するよりも高い親和性でＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、アンブレラトポロジーグリカンがＨＡポリペプチドに結合するよりも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性でＨＡポリペプチドに結合する。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の干渉剤は、アンブレラ様トポロジーを有するシアリル化グリカン（例えば、ＨＡ受容体上の）に結合する。一定の実施形態では、干渉剤は、高い親和性および／または特異性を有するアンブレラ−トポロジーグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、コーン−トポロジーグリカンと比較して、アンブレラ−トポロジーグリカンへの結合を優先する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、ＨＡとＨＡ受容体上のグリカンへの結合を競合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、ＨＡとアンブレラ−トポロジーグリカンへの結合を競合する。いくつかの実施形態では、本明細書中に提供した干渉剤はアンブレラトポロジー遮断薬である。いくつかの実施形態では、本明細書中に提供した干渉剤はアンブレラトポロジー特異的遮断薬である。いくつかの実施形態では、干渉剤はアンブレラトポロジーグリカン模倣物に結合する。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、干渉剤は、ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）とアンブレラトポロジーグリカン（例えば、ＨＡ受容体上の）への結合と競合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、ＨＡポリペプチドがアンブレラトポロジーグリカンに結合するよりも高い親和性でアンブレラトポロジーグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、アンブレラトポロジーグリカンに、ＨＡポリペプチドがアンブレラトポロジーグリカンに結合するよりも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。
【０１４３】
一定の実施形態では、干渉剤の結合親和性を、一定範囲の濃度にわたって評価する。かかるストラテジーは、特に多価結合アッセイにおいて、単一濃度分析よりも有意に多い情報を提供する。いくつかの実施形態では、例えば、干渉剤の結合親和性を、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、または１０倍超にわたる範囲の濃度で評価する。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、干渉剤の標的への結合は、ＨＡポリペプチドがＨＡ受容体に結合する能力を干渉する。いくつかの実施形態では、干渉剤の標的への結合により、ＨＡポリペプチドのＨＡ受容体への結合を約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９８％、約９９％、または約１００％減少させる。いくつかの実施形態では、例えば、干渉剤がＨＡポリペプチドのＨＡ受容体への結合能力を遮断するので、干渉剤はインフルエンザ感染症の処置および／または予防に有用である。
【０１４５】
いくつかの特定の干渉剤型を、以下でより詳細に考察する。
グリカンに結合する干渉剤
いくつかの実施形態では、干渉剤（例えば、ＨＡポリペプチド、ＬＳＢＡ、ＵＴＢＡ、ＵＴＳＢＡなど）は、アンブレラグリカン（および／またはアンブレラトポロジーグリカン模倣物）（ＨＡ受容体に存在するものなど）に結合する。一定の実施形態では、干渉剤は、高親和性でアンブレラトポロジーグリカン（および／またはアンブレラトポロジーグリカン模倣物）に結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、コーントポロジーグリカンへの結合よりも高い親和性でアンブレラトポロジーグリカンに結合する。一定の実施形態では、干渉剤は、しばしば高い親和性および／または特異性で複数の異なるアンブレラトポロジーグリカンに結合する。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、干渉剤は、高親和性でアンブレラトポロジーグリカン（例えば、長鎖α２−６シアリル化グリカン（例えば、Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃβ１−３Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ−など））に結合する。例えば、いくつかの実施形態では、干渉剤は、ヒトへの感染を媒介する野生型ＨＡ（例えば、Ｈ１Ｎ１  ＨＡまたはＨ３Ｎ２  ＨＡ）で認められる親和性に匹敵する親和性でアンブレラトポロジーグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、ヒトへの感染を媒介する野生型ＨＡのための条件に匹敵する条件下で認められた親和性の少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の親和性でアンブレラトポロジーグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、ヒトへの感染を媒介する野生型ＨＡに匹敵する条件下で認められた親和性より高い親和性でアンブレラグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、例示的な干渉剤には、ＬＳＢＡ、ＵＴＢＡ、および／またはＵＴＳＢＡが含まれる。
【０１４７】
一定の実施形態では、多価グリカンアレイ結合アッセイ（本明細書中に記載のものなど）で飽和シグナルを示すので、干渉剤は高い親和性を示す。いくつかの実施形態では、かかる研究において約４０００００以上（例えば、約５０００００、６０００００、７０００００、８０００００超など）のシグナルを示す場合、干渉剤は高親和性を示す。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の干渉剤は、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、またはそれを超える濃度範囲にわたって、いくつかの実施形態では、１０倍以上もの濃度範囲にわたってアンブレラグリカンへの飽和結合を示す。
【０１４８】
さらに、いくつかの実施形態では、干渉剤は、コーントポロジーグリカンへの結合よりも強くアンブレラトポロジーグリカン（および／またはアンブレラトポロジーグリカン模倣物）に結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、コーントポロジーグリカンへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性でアンブレラトポロジーグリカンに結合する。
【０１４９】
いくつかの実施形態では、干渉剤はα２−６シアリル化グリカンに結合し、いくつかの実施形態では、干渉剤はα２−６シアリル化グリカンに優先的に結合する。一定の実施形態では、干渉剤は、複数の異なるα２−６シアリル化グリカンに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、α２−３シアリル化グリカンに結合することができず、他の実施形態では、干渉剤α２−３シアリル化グリカンに結合することができる。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、干渉剤は、ヒト上気道の上皮細胞上に見出される受容体に結合する。一定の実施形態では、干渉剤は、気管支および／または気管内のＨＡ受容体に結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は肺深部中の受容体に結合することができず、他の実施形態では、干渉剤は肺深部中の受容体に結合することができる。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、干渉剤は、ヒト上気道組織（例えば、上皮細胞）中のＨＡ受容体上に見出されるグリカンの少なくとも約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、またはそれを超えたグリカンに結合する。
【０１５２】
いくつかの実施形態では、干渉剤は、図８に示す１つ以上のグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、図８に示す複数のグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、高い親和性および／または特異性で図８に示すグリカンに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、図７に示すグリカンへの結合と比較して図８に示すグリカンに優先的に結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、以下の形態のオリゴサッカリドに結合する：
Ｎｅｕ５Ａｃα２−６Ｓｕｇ１−Ｓｕｇ２−Ｓｕｇ３
（式中、
１．Ｎｅｕ５Ａｃα２−６は常にまたはほとんど常に非還元末端に存在する。
２．Ｓｕｇ１：
ａ．αまたはβ立体配置（頻繁には、Ｎ結合およびＯ結合伸長についてはβ、ならびに糖タンパク質にＯ結合したＧａｌＮＡｃα−の場合はα）のヘキソース（頻繁には、ＧａｌまたはＧｌｃ）またはヘキソサミン（ＧｌｃＮＡｃまたはＧａｌＮＡｃ）であり、
ｂ．Ｎｅｕ５Ａｃα２−６以外の糖がＳｕｇ１の非還元位置のいずれにも結合すべきではなく（Ｓｕｇ１が糖タンパク質にＯ結合するＧａｌＮＡｃα−である場合を除く）、そして／または
ｃ．非糖部分（硫酸、リン酸、グアニジウム、アミン、Ｎ−アセチルなど）を、ＨＡとの接触を改善するためにＳｕｇ１の非還元位置（典型的には、６位）に結合することができる。
３．Ｓｕｇ２および／またはＳｕｇ３：
ａ．αまたはβ立体配置（頻繁には、β）のヘキソース（頻繁には、ＧａｌまたはＧｌｃ）またはヘキソサミン（ＧｌｃＮＡｃまたはＧａｌＮＡｃ）、および／または
ｂ．糖（Ｆｕｃなど）または非糖部分（硫酸、リン酸、グアニジウム、アミン、Ｎ−アセチルなど）をＳｕｇ２、Ｓｕｇ３、および／またはＳｕｇ４の非還元位置に結合することができる。
４．Ｎｅｕ５Ａｃα２−６結合から離れたオリゴサッカリド中の任意の２つの糖の間の結合は、１−２、１−３、１−４、および／または１−６（典型的には、１−３または１−４）であり得る。そして／または
５．Ｎｅｕ５Ａｃα２−６がＧａｌＮＡｃαに結合し、これが糖タンパク質にＯ結合し、さらなる糖がＧａｌＮＡｃαの非還元末端に結合した構造（例えば、
ｉ．Ｎｅｕ５Ａｃα２−６（Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３）ＧａｌＮＡｃα−
ｉｉ．Ｎｅｕ５Ａｃα２−６（Ｇａｌβ１−３）ＧａｌＮＡｃα−））。
【０１５３】
本発明は、指定の結合特異性を有する干渉剤を提供し、アンブレラグリカンに関して指定の結合特性を有する干渉剤も提供する。
【０１５４】
ＨＡ受容体
いくつかの実施形態では、干渉剤は、ＨＡ受容体（例えば、そのフラグメントおよび／または特徴的部分）であるかこれを含む実体である。ＨＡは、糖タンパク質受容体への結合によって細胞表面と相互作用する。ＨＡ（例えば、Ｈ１  ＨＡポリペプチドならびに／またはそのバリアント、フラグメントおよび／もしくは特徴的部分）のＨＡ受容体への結合は、主にＨＡ受容体上のＮ結合グリカンによって媒介される。具体的には、インフルエンザウイルス粒子表面上のＨＡは、細胞宿主表面上のＨＡ受容体に会合するシアリル化グリカンを認識する。認識および結合後、宿主細胞はウイルス細胞を貪食し、ウイルスは周辺細胞に分布すべきより多数のウイルス粒子を複製および産生することができる。例示的なＨＡ−グリカン相互作用のいくつかの結晶構造が同定されており、表３に示す。
【０１５５】
表３：ＨＡ−グリカン複合体の結晶構造
【０１５６】
【表３】
0005886194.tif 000010
ＨＡ−α２−６シアリル化グリカン複合体を、ＡＳＩ３０＿Ｈ１＿２６およびＡＰＲ３４＿Ｈ１＿２６（Ｈ１）上へのＡＤＵ６３＿Ｈ３およびＡＤＳ９７＿Ｈ５のＨＡ１サブユニットならびにＶｉｅｔ０４＿Ｈ５のＣＡトレースの重ね合わせによって生成した。α２−６シアリル化グリカンを有するヒトＡ／アイチ／２／６８（Ｈ３Ｎ２）の構造複合体が公開されているが（Ｅｉｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，２３２：１９）、その座標はタンパク質データバンクで利用できなかった。ＳＡＲＦ２（ｈｔｔｐ：／／１２３ｄ．ｎｃｉｆｃｒｆ．ｇｏｖ／ｓａｒｆ２．ｈｔｍｌ）プログラムを使用して、重ね合わせのための異なるＨＡ１サブユニットの構造アラインメントを得た。
【０１５７】
ＨＡ受容体は受容体のＨＡ結合部位付近のα２−３またはα２−６シアリル化グリカンのいずれかによって修飾され、受容体結合グリカンの結合型は受容体のＨＡ結合部位の高次構造に影響を及ぼし、したがって、異なるＨＡに対する受容体の特異性に影響を及ぼすことができる。
【０１５８】
例えばトリＨＡのグリカン結合ポケットは狭い。本発明によれば、このポケットは、α２−３シアリル化グリカンのトランス高次構造および／またはコーン−トポロジーグリカン（α２−３またはα２−６結合のいずれであろうと）に結合する。
【０１５９】
トリ組織、同様にヒトの肺深部および胃腸（ＧＩ）管組織中のＨＡ受容体は、α２−３シアリル化グリカン結合によって特徴づけられ、さらに（本発明によれば）、主にコーントポロジーを採用するグリカン（α２−３シアリル化および／またはα２−６シアリル化グリカンが含まれる）によって特徴づけられる。かかるコーン−トポロジーグリカンを有するＨＡ受容体を、本明細書中でＣＴＨＡｒということができる。
【０１６０】
対照的に、気管支および上気道の気管中のヒトＨＡ受容体は、α２−６シアリル化グリカンによって修飾される。α２−３モチーフと異なり、α２−６モチーフは、Ｃ６−Ｃ５結合に起因するさらなる高次構造自由度を有する（Ｒｕｓｓｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊ  Ｊ  ２３：８５，２００６（本明細書中で参考として援用される））。かかるα２−６シアリル化グリカンに結合するＨＡは、この高次構造の自由さから生じる構造の多様性に適応するためのさらなる開いた結合ポケットを有する。さらに、本発明によれば、ＨＡは、アンブレラトポロジー中のグリカン（例えば、α２−６シアリル化グリカン）に結合する必要があり得、特に、ヒト上気道組織への感染を有効に媒介するために、強い親和性および／または特異性でかかるアンブレラトポロジーグリカンに結合する必要があり得る。アンブレラ−トポロジーグリカンを有するＨＡ受容体を、本明細書中で、ＵＴＨＡｒということができる。
【０１６１】
これらの空間的に制限されたグリコシル化プロフィールの結果として、ヒトは、通常、多数の野生型ブタＨＡ（例えば、ブタＨ１）を含むウイルスに感染しない。具体的には、ウイルスに遭遇する可能性が最も高いヒト気道部分（すなわち、気管および気管支）がコーングリカン（例えば、α２−３シアリル化グリカンおよび／または短鎖グリカン）を有する受容体を欠き、且つ野生型ブタＨＡが典型的にはコーングリカン（例えば、α２−３シアリル化グリカンおよび／または短鎖グリカン）と会合した受容体に主にまたは排他的に結合するので、ヒトがブタウイルスに感染するようになるのは稀である。アンブレラグリカン（例えば、長鎖α２−６シアリル化グリカン）を有する肺深部および／または胃腸管受容体に接近することができるウイルスと十分に密接に接触した場合のみ、ヒトは感染するようになる。
【０１６２】
レクチン
いくつかの実施形態では、本発明によって提供される結合剤はレクチンである。レクチンは、可溶性炭水化物または複合糖質（例えば、糖ペプチドまたは糖脂質）の一部である炭水化物部分に結合することができる糖結合タンパク質である。レクチンは、典型的には、一定の動物細胞を凝集させ、そして／または特定の糖部分の認識によって複合糖質を沈殿させる。例えば、ＳＮＡ−１は、α２−６シアル酸に対して高親和性を有するレクチンである。さらに別の例として、ｐｏｌｙｐｏｒｕｓ  ｓｑｕａｍｏｓｕｓレクチン（ＰＳＬ１ａおよびＰＳＬ１ｂ）は、アスパラギン結合糖タンパク質のＮｅｕ５Ａｃα２，６Ｇａｌβ１，４Ｇｌｃ／ＧｌｃＮＡｃトリサッカリド配列を含むシアリル化複合糖質の結合に対して高い親和性を有する。結合剤として作用することができるレクチンの非限定的な例には、ＳＮＡ−１、ＳＮＡ−１’、ＰＳＬ１ａ、ＰＳＬ１ｂ、およびこれらから誘導されたポリペプチドが含まれる。
【０１６３】
例示的なレクチンのアミノ酸配列を以下に示す。
【０１６４】
Ｓａｍｂｕｃｕｓ  Ｎｉｇｒａレクチン１  （Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号Ｕ２７１２２）
：
【０１６５】
【化４】
0005886194.tif 000011
Ｓａｍｂｕｃｕｓ  Ｎｉｇｒａレクチン１’（Ｇｅｎｂａｎｋ受入番号Ｕ６６１９１）：
【０１６６】
【化５】
0005886194.tif 000012
Ｐｏｌｙｐｏｒｏｕｓ  ｓｑｕａｍｏｓｕｓレクチン１ａ（ＵｎｉＰｒｏｔ  Ｑ７５ＷＴ９）
【０１６７】
【化６】
0005886194.tif 000013
Ｐｏｌｙｐｏｒｏｕｓ  ｓｑｕａｍｏｓｕｓ  レクチン  １ｂ（ＵｎｉＰｒｏｔ  Ｑ７５ＷＴ８）
【０１６８】
【化７】
0005886194.tif 000014
ＨＡポリペプチドに結合する干渉剤
いくつかの実施形態では、干渉剤は、ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）（本明細書中に記載の任意のＨＡポリペプチドなど）に結合する実体である。いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に結合する実体である。いくつかの実施形態では、干渉剤は、非Ｈ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも高い親和性でＨ１  ＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、非Ｈ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性でＨ１  ＨＡポリペプチドに結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、１つ以上の以下の変異：Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、および／またはＧｌｕ２２７Ａｌａを有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、１つ以上のこれらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、その変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｌｙｓ１４５ＳｅｒまたはＬｙｓ１４５Ａｓｎ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、およびＩｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１��００倍を超える親和性で結合する。
【０１６９】
いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｈ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、非Ｈ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、１つ以上の以下の変異：Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、および／またはＧｌｕ２２７Ａｌａを有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、１つ以上のこれらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、その変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｌｙｓ１４５ＳｅｒまたはＬｙｓ１４５Ａｓｎ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親和性で結合する。いくつかの実施形態では、干渉剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５ＡｓｎおよびＩｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザウイルスへの結合よりも２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、または１０００倍を超える親��性で結合する。
【０１７０】
本明細書中に記載の１つ以上の結合優先度を有する干渉剤は、インフルエンザ（例えば、Ｈ１  ＨＡインフルエンザ）の処置および／または予防のための治療薬として有用であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の１つ以上の結合優先度を有する干渉剤は、１つ以上のＬｙｓ１４５Ｓｅｒ、Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、および／またはＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザの処置および／または予防のための治療薬として有用であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の１つ以上の結合優先度を有する干渉剤は、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザの処置および／または予防のための治療薬として有用であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の１つ以上の結合優先度を有する干渉剤は、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザの処置および／または予防のための治療薬として有用であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の１つ以上の結合優先度を有する干渉剤は、Ｌｙｓ１４５ＳｅｒまたはＬｙｓ１４５Ａｓｎ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザの処置および／または予防のための治療薬として有用であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の１つ以上の結合優先度を有する干渉剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザの処置および／または予防のための治療薬として有用であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の１つ以上の結合優先度を有する干渉剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５ＡｓｎおよびＩｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを発現するインフルエンザの処置および／または予防のための治療薬として有用であり得る。
【０１７１】
いくつかの実施形態では、被験体に投与した場合、干渉剤は、被験体に存在する（例えば、被験体の血液内、粘膜組織内などに存在する）少なくとも約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、またはそれを超えるＨＡポリペプチド（例えば、ヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１ポリペプチドおよび／またはＨ１ポリペプチドバリアント）に結合する。
【０１７２】
アプタマー
いくつかの実施形態では、本発明で提供した結合剤はアプタマーである。アプタマー干渉剤は、アンブレラトポロジーグリカンおよび／またはＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分））への結合によって機能することができる。
【０１７３】
アプタマーは、特異的分子標的（例えば、アンブレラトポロジーグリカンおよび／またはＨＡポリペプチド、そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分）に強く結合する核酸（例えば、ＲＮＡ、ＤＮＡ）から構成される高分子である。特定のアプタマーを、直鎖ヌクレオチド配列によって説明することができ、典型的には、約１５〜６０ヌクレオチド長である。いかなる理論によっても拘束されることを望まないが、アプタマー中のヌクレオチド鎖が分子を複雑な三次元形状に折り畳む分子内相互作用を形成し、この三次元形状によってアプタマーがその標的分子の表面に強固に結合することが可能となると予想される。全ての可能なヌクレオチド配列の範囲内に存在する分子形状の異常な多様性を考慮して、豊富な分子標的（タンパク質および小分子が含まれる）のためのアプタマーを得ることができる。高特異性に加えて、アプタマーは、その標的に非常に高い親和性（例えば、タンパク質に対してピコモルから低ナノモルの範囲の親和性）を有する。アプタマーは化学的に安定であり、活性を喪失することなくボイルまたは凍結することができる。アプタマーは合成分子であるので、アプタマーは、種々の修飾を受けることができ、それにより、特定の適用のためにその機能を最適化することができる。例えば、アプタマーを、ｉｎ  ｖｉｖｏ適用で使用するために血中の酵素による分解に対するその感受性が劇的に軽減されるように修飾することができる。さらに、アプタマーを、その生体内分布または血漿滞留時間が変化するように修飾することができる。
【０１７４】
アンブレラトポロジーグリカン（および／またはアンブレラトポロジーグリカン模倣物）に結合することができるアプタマーの選択を、当該分野で公知の方法によって行うことができる。例えば、アプタマーを、ＳＥＬＥＸ法（試験管内進化法）（Ｔｕｅｒｋ，Ｃ．，ａｎｄ  Ｇｏｌｄ，Ｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：５０５−５１０（１９９０）（本明細書中で参考として援用される））を使用して選択することができる。ＳＥＬＥＸ法では、核酸分子の巨大ライブラリー（例えば、１０１５個の異なる分子）を産生し、そして／または標的分子（例えば、アンブレラトポロジーグリカンおよび／またはＨＡポリペプチド、そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分）を使用してスクリーニングする。標的分子を、ヌクレオチド配列ライブラリーと一定期間インキュベートする。次いで、当該分野で公知のいくつかの方法を使用して、混合物中の非結合分子からアプタマー標的分子を物理的に単離し、非結合分子を破棄することができる。次いで、標的分子に対して最高の親和性を有するアプタマーを標的分子から精製によって取り出し、酵素的に増幅させて標的分子に結合することができるアプタマーが実質的に富化された分子の新規のライブラリーを産生することができる。次いで、富化ライブラリーを使用して、新規の選択、分配、および増幅サイクルを開始することができる。この反復的な選択、分配、および増幅過程の５〜１５サイクル後、ライブラリーを、標的分子に強固に結合する少数のアプタマーに減少させる。次いで、混合物中の各分子を、単離し、そのヌクレオチド配列を決定し、結合親和性および特異性に関するその性質を測定し、比較することができる。次いで、単離したアプタマーを、標的結合および／またはアプタマー構造に寄与しないいかなるヌクレオチドも排除されるようにさらに精製し、それにより、そのコア結合ドメインに短縮されたアプタマーを産生することができる。アプタマーテクノロジーの概説についてのＪａｙａｓｅｎａ，Ｓ．Ｄ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４５：１６２８−１６５０（１９９９）（その技術全体が本明細書中で参考として援用される）を参照のこと。
【０１７５】
抗体
いくつかの実施形態では、干渉剤は、アンブレラ−トポロジーグリカンおよび／またはＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分））を認識する抗体である。
【０１７６】
抗体はモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体であり得、当業者に公知の種々の技術のいずれかによって調製することができる（例えば、Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８（本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。例えば、抗体を、細胞培養技術（モノクローナル抗体の生成または組換え抗体を産生させるための適切な細菌または哺乳動物の細胞宿主への抗体遺伝子のトランスフェクションが含まれる）によって産生することができる。
【０１７７】
本発明に適切な抗体には、任意のアンブレラトポロジーグリカンエピトープに免疫特異的に結合する抗体または抗体のフラグメントが含まれる。本明細書中で使用する場合、用語「抗体」には、指定のタンパク質またはペプチドまたはそのフラグメントに対して特異的反応性を示す免疫グロブリンおよびそのフラグメントが含まれることを意図する。適切な抗体には、ヒト抗体、霊長類化抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、ヒト化抗体、抱合抗体（すなわち、他のタンパク質、放射性標識、細胞毒素に抱合または融合した抗体）、小モジュール免疫医薬（「ＳＭＩＰｓ（商標）」）、単鎖抗体、ラクダ抗体、および抗体フラグメントが含まれるが、これらに制限されない。本明細書中で使用する場合、用語「抗体」には、インタクトなモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、単一ドメイン抗体（例えば、サメ単一ドメイン抗体（例えば、ＩｇＮＡＲまたはそのフラグメント））、少なくとも２つのインタクトな抗体から形成された多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、および抗体フラグメント（所望の生物学的活性を示す限り）も含まれる。本明細書中で使用される抗体ポリペプチドは、任意の型のもの（例えば、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭ）であり得る。
【０１７８】
本明細書中で使用する場合、「抗体フラグメント」には、インタクトな抗体の一部（例えば、抗体の抗原結合領域または可変領域など）が含まれる。抗体フラグメントの例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、およびＦｖフラグメント、トリアボディ、テトラボディ、線状抗体、一本鎖抗体分子、ならびに抗体フラグメントから形成した多特異性抗体が含まれる。用語「抗体フラグメント」には、特異的抗原に結合して複合体を形成することによって抗体のように作用する任意の合成または遺伝子改変タンパク質も含まれる。例えば、抗体フラグメントには、単離されたフラグメント、重鎖および軽鎖の可変領域からなる「Ｆｖ」フラグメント、軽鎖および重鎖可変領域がペプチドリンカーによって接続された組換え単鎖ポリペプチド分子（「ＳｃＦｖタンパク質」）、および超可変領域を模倣するアミノ酸残基からなる最小認識単位が含まれる。
【０１７９】
抗体を、当該分野で周知の方法を使用して生成することができる。例えば、抗体産生のためのプロトコールは、Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，（１９８８）によって記載されている。典型的には、抗体を、マウス、ラット、モルモット、ハムスター、ラクダ、ラマ、サメ、または他の適切な宿主中で生成することができる。あるいは、抗体をニワトリ中で作製し、ＩｇＹ分子を産生することができる（Ｓｃｈａｄｅ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９６）ＡＬＴＥＸ  １３（５）：８０−８５（本明細書中で参考として援用される））。いくつかの実施形態では、本発明に適切な抗体は、ヒトより下等な霊長類の抗体である。例えば、ヒヒ中での治療的に有用な抗体の一般的な惹起技術は、例えば、Ｇｏｌｄｅｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．の国際特許公開第ＷＯ９１／１１４６５号（１９９１；本明細書中で参考として援用される）およびＬｏｓｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ４６：３１０（１９９０；本明細書中で参考として援用される）中に見出すことができる。いくつかの実施形態では、モノクローナル抗体を、ハイブリドーマ法を使用して調製することができる（Ｍｉｌｓｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｃｕｅｌｌｏ，（１９８３）Ｎａｔｕｒｅ  ３０５（５９３４）：５３７−４０（本明細書中で参考として援用される））。いくつかの実施形態では、モノクローナル抗体を、組換え法によって作製することもできる（米国特許第４，１６６，４５２号，１９７９（本明細書中で参考として援用される））。
【０１８０】
いくつかの実施形態では、本発明に適切な抗体には、ヒト化抗体またはヒト抗体が含まれ得る。非ヒト抗体のヒト化形態は、キメラＩｇ、Ｉｇ鎖、または非ヒトＩｇ由来の最小配列を含むフラグメント（Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、または抗体の他の抗原結合サブシーケンスなど）である。一般に、ヒト化抗体は、非ヒト供給源から導入された１つ以上のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基を、しばしば、典型的には「移入」可変ドメインから取り出した「移入」残基という。ヒト化を、げっ歯類相補性決定領域（ＣＤＲ）またはＣＤＲ配列へのヒト抗体の対応する配列の置換によって行う（Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２（６１６２）：３２３−７，１９８８；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２３９（４８４７）：１５３４−６，１９８８（本明細書中で参考として援用される））。かかる「ヒト化」抗体は、実質的により少ないインタクトなヒト可変ドメインが非ヒト種由来の対応する配列に置換されたキメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号，１９８９（本明細書中で参考として援用される））である。いくつかの実施形態では、ヒト化抗体は、典型的には、いくつかのＣＤＲ残基およびおそらくいくつかのＦＲ残基がげっ歯類抗体中の類似の部位由来の残基に置換されたヒト抗体である。ヒト化抗体には、レシピエントのＣＤＲ由来の残基が所望の特異性、親和性、および能力を有する非ヒト種（ドナー抗体）（マウス、ラット、またはウサギなど）のＣＤＲ由来の残基に置換されたヒトＩｇ（レシピエント抗体）が含まれる。場合によっては、対応する非ヒト残基とヒトＩｇのＦｖフレームワーク残基を置換する。ヒト化抗体は、レシピエント抗体や移入されたＣＤＲまたはフレームワーク配列で見出されない残基を含むことができる。一般に、ヒト化抗体は実質的に全ての少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインを含み、ＣＤＲ領域の全てでないにしてもほとんどが非ヒトＩｇのＣＤＲ領域に対応し、且つＦＲ領域の全てでないにしてもほとんどがヒトＩｇコンセンサス配列のＦＲ領域である。ヒト化抗体はまた、任意選択的に、Ｉｇ定常領域（Ｆｃ）、典型的にはヒトＩｇの定常領域の少なくとも一部を含む（Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２（６１６２）：３２３−７，１９８８；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ．２３９（４８４７）：１５３４−６，１９８８（その全てが本明細書中で参考として援用される））。
【０１８１】
ヒト抗体を、種々の技術（ファージディスプレイライブラリー（Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．（１９９１）２８（９）：１０２７−３７；Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．（１９９１）２２２（３）：５８１−９７（その全てが本明細書中で参考として援用される））およびヒトモノクローナル抗体の調製（Ｒｅｉｓｆｅｌｄ  ａｎｄ  Ｓｅｌｌ，１９８５，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｕｒｖ．４（１）：２７１−９０（本明細書中で参考として援用される））が含まれる）を使用して産生することもできる。同様に、内因性Ｉｇ遺伝子が部分的または完全に不活化されたトランスジェニック動物へのヒトＩｇ遺伝子の導入を活用して、ヒト抗体を合成することができる。攻撃誘発の際、ヒト抗体産生が認められ、これはあらゆる点において（遺伝子再構成、アセンブリ、および抗体レパートリーが含まれる）ヒトで認められるものと酷似している（Ｆｉｓｈｗｉｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｉｇｈ−ａｖｉｄｉｔｙ  ｈｕｍａｎ  ＩｇＧ  ｋａｐｐａ  ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｆｒｏｍ  ａ  ｎｏｖｅｌ  ｓｔｒａｉｎ  ｏｆ  ｍｉｎｉｌｏｃｕｓ  ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ  ｍｉｃｅ，Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１９９６  Ｊｕｌｙ；１４（７）：８４５−５１；Ｌｏｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｔｉｇｅｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｈｕｍａｎ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｆｒｏｍ  ｍｉｃｅ  ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ  ｆｏｕｒ  ｄｉｓｔｉｎｃｔ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｎａｔｕｒｅ  １９９４  Ａｐｒｉｌ  ２８；３６８（６４７４）：８５６−９；Ｌｏｎｂｅｒｇ  ａｎｄ  Ｈｕｓｚａｒ，Ｈｕｍａｎ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｆｒｏｍ  ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ  ｍｉｃｅ，Ｉｎｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９５；１３（１）：６５−９３；Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｙ−ｐａｓｓｉｎｇ  ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ：ｂｕｉｌｄｉｎｇ  ｈｉｇｈ  ａｆｆｉｎｉｔｙ  ｈｕｍａｎ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｂｙ  ｃｈａｉｎ  ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｎ  Ｙ）．１９９２  Ｊｕｌｙ；１０（７）：７７９−８３（その全てが本明細書中で参考として援用される））。
【０１８２】
動物モデルにおける干渉剤の試験
本発明は、動物宿主における干渉剤（例えば、ＨＡポリペプチド、ＬＳＢＡ、ＵＳＢＡ、ＵＴＳＢＡ、アンブレラ−トポロジーグリカンなど）の試験方法を提供する。本明細書中で使用する場合、「動物宿主」には、インフルエンザ研究に適切な任意の動物モデルが含まれる。例えば、本発明に適切な動物宿主は、任意の哺乳動物宿主（霊長類、フェレット、ネコ、イヌ、ウシ、ウマ、げっ歯類（マウス、ハムスター、ウサギ、およびラットなど）が含まれる）であり得る。一定の実施形態では、本発明のために使用した動物宿主はフェレットである。特に、いくつかの実施形態では、動物宿主は、干渉剤（任意選択的に、組成物中）の投与前にウイルスの曝露または感染に対してナイーブである。いくつかの実施形態では、動物宿主を、干渉剤の投与前または同時にウイルスを接種するか、ウイルスに感染させるか、そうでなければウイルスに曝露する。本発明の実施で使用される動物宿主を、当該分野で公知の任意の方法によってウイルスを接種するか、ウイルスに感染させるか、そうでなければウイルスに曝露することができる。いくつかの実施形態では、動物宿主を、鼻腔内でウイルスを接種するか、ウイルスに感染させるか、そうでなければウイルスに曝露することができる。
【０１８３】
いくつかの実施形態では、適切な動物宿主は、ヒト気道で見出された分布と類似のアンブレラトポロジーグリカン対コーントポロジーグリカンおよび／またはα２−６グリカン対α２−３グリカンの分布を有し得る。例えば、ヒトにおけるインフルエンザウイルスに原因する疾患のモデルとして使用する場合に、動物宿主としてのフェレットはマウスより代表的であり得ると予想される（Ｔｕｍｐｅｙ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００７）３１５；６５５−６５９（本明細書中で参考として援用される））。いかなる理論にも拘束されることを望まないが、本発明は、フェレットは、マウスがヒトに類似するよりもヒト気道に類似の気道中のグリカンの分布を有し得るという考えを含む。
【０１８４】
ナイーブおよび／または接種した動物を、種々の研究のいずれかのために使用することができる。例えば、かかる動物モデルを、当該分野で公知のウイルス伝播研究のために使用することができる。ウイルス伝播研究におけるフェレットの使用がヒトにおけるウイルス伝播についての信頼できる予測因子として役立ち得ることが意図される。例えば、接種した動物（例えば、フェレット）からナイーブ動物へのウイルスインフルエンザの空気伝播は当該分野で公知である（Ｔｕｍｐｅｙ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００７）３１５；６５５−６５９（本明細書中で参考として援用される））。ウイルス伝播研究を使用して、干渉剤ポリペプチド（例えば、ＨＡポリペプチド）を試験することができる。例えば、干渉剤を、動物宿主におけるウイルス結合および／または感染性の遮断における前記干渉剤の有効性を決定するために、ウイルス伝播研究の前、間、または後に適切な動物宿主に投与することができる。動物宿主におけるウイルス伝播研究から収集した情報を使用して、ヒト宿主におけるウイルス結合および／または感染性の遮断における干渉剤の有効性を予測することができる。
【０１８５】
Ｈ１含有インフルエンザの検出
本発明は、インフルエンザ検出のための系、組成物、および方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、特定のＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、上記で「ＨＡポリペプチド結合剤」と表題をつけた節にさらに詳述するように、結合剤は、非Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してＨ１  ＨＡポリペプチドに優先的に結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、親Ｈ１  ＨＡポリペプチド（例えば、表１に見出される親Ｈ１  ＨＡインフルエンザ株）と比較してヒト結合および／または感染性が増強されたＨ１  ＨＡポリペプチドに優先的に結合する。
【０１８６】
いくつかの実施形態では、結合剤は、１つ以上の以下の変異：Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ、Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、および／またはＧｌｕ２２７Ａｌａを有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、１つ以上のこれらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドと比較して優先的に結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、その変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドと比較して優先的に結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドと比較して優先的に結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｌｙｓ１４５ＳｅｒまたはＬｙｓ１４５Ａｓｎ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドと比較して優先的に結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドと比較して優先的に結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は、Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５ＡｓｎおよびＩｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドに、これらの変異を持たないＨ１  ＨＡポリペプチドと比較して優先的に結合する。
【０１８７】
いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（例えば、そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分）に優先的に結合する結合剤は、種々の診断方法および／または監視方法に有用である。例えば、特定のＨＡポリペプチド（Ｈ１  ＨＡポリペプチドなど）（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、患者がインフルエンザウイルスに感染し、そして／またはインフルエンザウイルス感染症に罹患しているかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、患者がＨ１インフルエンザウイルスに感染し、そして／またはＨ１インフルエンザウイルス感染症に罹患しているかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、患者がＨ１ポリペプチドが増強されたヒト結合および／または感染性を示すという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスに感染し、そして／またはＨ１インフルエンザウイルス感染症に罹患しているかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、特定のＨ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤を使用して、患者がＨ１ポリペプチドが１つ以上の以下の変異：Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ、Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、および／またはＧｌｕ２２７Ａｌａを有するという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスに感染し、そして／またはＨ１インフルエンザウイルス感染症に罹患しているかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、患者がＨ１ポリペプチドがＩｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスに感染し、そして／またはＨ１インフルエンザウイルス感染症に罹患しているかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、患者がＨ１ポリペプチドがＳｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、および／またはＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスに感染し、そして／またはＨ１インフルエンザウイルス感染症に罹患しているかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、患者がＨ１ポリペプチドがＬｙｓ１４５ＳｅｒまたはＬｙｓ１４５Ａｓｎ変異を有��るという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスに感染し、そして／またはＨ１インフルエンザウイルス感染症に罹患しているかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、患者がＨ１ポリペプチドがＬｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスに感染し、そして／またはＨ１インフルエンザウイルス感染症に罹患しているかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、患者がＨ１ポリペプチドがＬｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、およびＩｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスに感染し、そして／またはＨ１インフルエンザウイルス感染症に罹患しているかどうかを決定することができる。
【０１８８】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド（Ｈ１  ＨＡポリペプチドなど）（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、サンプルがインフルエンザウイルスを含むかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、サンプルがＨ１インフルエンザウイルスを含むかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、サンプルがＨ１ポリペプチドが増強されたヒト結合および／または感染性を示すという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスを含むかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、特定のＨ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤を使用して、サンプルがそのＨ１ポリペプチドが１つ以上の以下の変異：Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ、Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、および／またはＧｌｕ２２７Ａｌａを有するという点で特徴づけられるＨ１インフルエンザウイルスを含むかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、サンプルがＨ１ポリペプチドがＩｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスを含むかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、サンプルがＨ１ポリペプチドがＳｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、および／またはＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスを含むかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、サンプルがＨ１ポリペプチドがＬｙｓ１４５ＳｅｒまたはＬｙｓ１４５Ａｓｎ変異を有するという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスを含むかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、サンプルがＨ１ポリペプチドがＬｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスを含むかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）に優先的に結合する結合剤をアッセイで使用して、サンプルがＨ１ポリペプチドがＬｙｓ１４５Ｓｅｒ／Ｌｙｓ１４５ＡｓｎおよびＩｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するという点で特徴づけられたＨ１インフルエンザウイルスを含むかどうかを決定することができる。
【０１８９】
本発明は、病理学的サンプル（血液、血清／血漿、末梢血単核球／末梢血リンパ球（ＰＢＭＣ／ＰＢＬ）、痰、尿、糞便、咽頭スワブ、皮膚変性スワブ、脳脊髄液、頸管スミア、膿汁サンプル、食品マトリックス、および身体の種々の部分（脳、脾臓、および肝臓など）由来の組織が含まれるが、これらに限定されない）中のＨＡポリペプチド（例えば、そのフラグメントおよび／または特徴的部分）を検出するためのＨＡポリペプチド結合剤を使用した系、組成物、および方法を提供する。本発明はまた、環境サンプル（土壌、水、およびフローラが含まれるが、これらに限定されない）中のＨＡポリペプチドを検出するための系、組成物、および方法を提供する。列挙していない他のサンプルも適用可能かもしれない。
【０１９０】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチドの検出方法は、病理学的サンプルおよび／または環境サンプルを準備する工程、サンプルをＨＡポリペプチド結合剤と接触させる工程、およびＨＡポリペプチド結合剤がネガティブコントロール結合剤と比較してサンプルに結合するかどうかを決定する工程を含む。いくつかの実施形態では、かかる方法は、接触工程の前にサンプルを処理する工程（例えば、１つ以上の精製工程にサンプルを供すること）を含む。いくつかの実施形態では、提供したＨＡポリペプチド結合剤を、検出可能な部分（例えば、蛍光標識、放射性標識、化学発光標識など）で標識する。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤は、免疫学的方法（例えば、ウェスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡ、免疫蛍光など）によって検出可能である。いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤を、接触工程前に、（例えば、ビーズ、マイクロタイター皿、アレイ、グリカンアレイなどに）固定する。
【０１９１】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤は、アンブレラトポロジーグリカン（アンブレラトポロジーグリカン模倣物が含まれる）であるか、これを含む。かかる実施形態では、グリカンをグリカンアレイに固定し、接触工程はグリカンアレイをサンプルと共にインキュベートすることを含む。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、ＨＡポリペプチド結合剤は、抗体（本明細書中に記載の抗体フラグメントが含まれる）であるか、これを含む。かかる実施形態では、抗体をビーズに固定し、接触工程は免疫沈降を行うことを含む。
【０１９３】
ＨＡポリペプチドに結合する抗体を、ウイルス中和試験で使用することもできる。この試験では、サンプルを目的のＨＡポリペプチドに特異的な抗体で処置し、そして非処置サンプルと比較した培養細胞への感染能力を試験する。このサンプル中のウイルスがかかるＨＡポリペプチドを含む場合、抗体はウイルスを中和し、ウイルスの培養細胞への感染を防止するであろう。あるいはまたはさらに、かかる抗体を、ＨＡ阻害試験で使用することもできる。この試験では、ＨＡタンパク質を所与のサンプルから単離し、特定のＨＡポリペプチドまたはＨＡポリペプチド組に特異的な抗体で処置し、非処置サンプルと比較した赤血球の凝集能力を試験する。サンプル中のウイルスがかかるＨＡポリペプチドを含む場合、抗体はＨＡポリペプチド活性を中和し、赤血球の凝集を防止するであろう（Ｈａｒｌｏｗ  ＆  Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ＣＳＨＬ  Ｐｒｅｓｓ，１９８８；ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔ／ｃｓｒ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ／ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ／ｉｎｆｌｕｅｎｚａ／ＷＨＯ＿ＣＤＳ＿ＣＳＲ＿ＮＣＳ＿２００２＿５／ｅｎ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ；ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔ／ｃｓｒ／ｄｉｓｅａｓｅ／ａｖｉａｎ＿ｉｎｆｌｕｅｎｚａ／ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ／ｌａｂｔｅｓｔｓ／ｅｎ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）。
【０１９４】
いくつかの実施形態では、かかる薬剤は、特定のＨＡポリペプチドをコードするヌクレオチドに特異的に結合し、ＲＴ−ＰＣＲまたはｉｎ  ｓｉｔｕハイブリッド形成によってかかるＨＡポリペプチドを特異的に検出するために使用することができる核酸を含むことができる（ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔ／ｃｓｒ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ／ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ／ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ／ＷＨＯ＿ＣＤＳ＿ＣＳＲ＿ＮＣＳ＿２００２＿５／ｅｎ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ；ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔ／ｃｓｒ／ｄｉｓｅａｓｅ／ａｖｉａｎ＿  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ  ／ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ／ｌａｂｔｅｓｔｓ／ｅｎ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）。一定の実施形態では、サンプルから単離された核酸を検出前に増幅させる。一定の実施形態では、診断試薬を検出可能に標識することができる。
【０１９５】
キット
本発明は、本発明の治療方法、予防方法、および／または診断方法の実施に有用な試薬を含むキットを提供する。キットの内容には、ＨＡポリペプチド、ＨＡポリペプチド結合剤、ＨＡポリペプチド干渉剤、そのフラグメント、そのバリアント、および／またはその特徴的部分が含まれるが、これらに限定されない。キットは、ＨＡポリペプチド、ＨＡポリペプチド結合剤、ＨＡポリペプチド干渉剤、そのフラグメント、そのバリアント、および／またはその特徴的部分をコードする核酸（例えば、発現プラスミド）を含むことができる。哺乳動物細胞株をキットと共に含めることもできる（ベロ細胞株およびＭＤＣＫ細胞株が含まれるが、これらに限定されない）。
【０１９６】
一定の実施形態では、本発明で用いるキットは、基準サンプル、サンプル処理のための説明書、試験実施方法、結果の解釈のための説明書、試験実施に必要な緩衝液および／または他の試薬を含むことができる。一定の実施形態では、キットは抗体群を含むことができる。
【０１９７】
本発明のいくつかの実施形態では、グリカンアレイを、以下で考察するように、診断薬および／またはキットとして使用することができる。
【０１９８】
一定の実施形態では、グリカンアレイおよび／またはキットを使用して、複数の用量（例えば、本明細書中に記載）でのＨＡポリペプチドのアンブレラグリカンへの結合を評価するための用量応答研究を行う。かかる研究は、試験したＨＡポリペプチドの結合特性に関する特に有益な洞察を提供し、特異的結合を評価するのに特に有用である。この型の用量応答結合研究は、多くの状況で有用に適用されている。一例に過ぎないが、この研究は、関連するＨＡポリペプチドバリアント系列における結合特性の進化の追跡（系列が自然進化、意図的改変、またはこれら２つの組み合わせによって生成されるかどうか）で有用であり得る。
【０１９９】
一定の実施形態では、グリカンアレイおよび／またはキットを使用して、所望の結合特性を有する結合剤（例えば、ＨＡポリペプチドおよび／またはＨＡポリペプチドバリアント）を誘導、同定、および／または選択する。例えば、いくつかの実施形態では、グリカンアレイおよび／またはキットを使用して、ポリペプチド結合剤（例えば、ＨＡポリペプチド）集団に進化的圧力（例えば、スクリーニング圧および／または淘汰圧）をかける。
【０２００】
いくつかの実施形態では、キットは使用説明書を含む。
【０２０１】
グリカンアレイ
公知の特異的なグリカン−グリカン結合タンパク質（ＧＢＰ）相互作用の現在の知識を急速に拡大するために、ｔｈｅ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ  ｆｏｒ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  Ｇｌｙｃｏｍｉｃｓ（ＣＦＧ；ｗｗｗ．ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｇｌｙｃｏｍｉｃｓ．ｏｒｇ）（国際的共同研究構想）は、いくつかのグリカン構造を含むグリカンアレイを開発しており、新規のグリカンリガンド特異性についてのＧＢＰの高処理スクリーニングが可能になった。グリカンアレイは１価および多価のグリカンモチーフ（すなわち、ポリアクリルアミド骨格に結合した）の両方を含み、各アレイは低濃度（１０μＭ）および高濃度（１００μＭ）の２６４個のグリカンおよび各濃度についての６個のスポットを含む（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｇｌｙｃｏｍｉｃｓ．ｏｒｇ／ｓｔａｔｉｃ／ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｃｏｒｅｈ５．ｓｈｔｍｌを参照のこと）。
【０２０２】
アレイは、主に、生理学的に多様なＮ−およびＯ結合グリカンを捕捉する合成グリカンを含む。合成グリカンに加えて、異なる哺乳動物糖タンパク質由来のＮ結合グリカン混合物もアレイ上に示される。
【０２０３】
本明細書中で使用する場合、グリカン「アレイ」は、任意選択的に固体支持体上に固定された１つ以上のグリカン組をいう。いくつかの実施形態では、「アレイ」は、物理的に間隙を介して分離された２つ以上の位置に系統的な配置またはパターンとして存在する一連のグリカンである。典型的には、グリカンアレイは、少なくとも４、８、１６、２４、４８、９６、または数百もしくは数千の個別の位置を有するであろう。一般に、グリカンアレイは、種々の形式のうちのいずれかを有し得る。生体分子に適用可能な種々の異なるアレイ形式は、当該分野で公知である。例えば、膨大な数のタンパク質および／または核酸アレイが周知である。当業者は、本発明のグリカンアレイに適切な標準的アレイ形式を直ちに認識するであろう。
【０２０４】
いくつかの実施形態では、グリカンアレイは、「マイクロアレイ」形式で存在する。マイクロアレイは、典型的には、５０〜２００ミクロン以下の距離で分離され、ナノモルからマイクロモル範囲またはナノグラムからピコグラムの範囲でサンプルが固定されるサンプル位置を有することができる。当該分野で公知のアレイ形式には、例えば、各個別のサンプル位置が例えば１０ミクロンの尺度を有する形式が含まれる。
【０２０５】
いくつかの実施形態では、グリカンアレイは、支持体上に空間的に固定された複数のグリカンを含む。本発明は、支持体上に整列されたグリカン分子を提供する。本明細書中で使用する場合、「支持体」は、グリカン分子の整列に使用するのに適切な任意の材料をいう。当業者に認識されるように、広範な種々の材料のいずれかを使用することができる。少数であるが例を挙げると、本発明で有用であり得る支持体材料には、疎水性膜（例えば、ニトロセルロース、ＰＶＤＦ、またはナイロン膜）が含まれる。かかる膜は当該分野で周知であり、例えば、Ｂｉｏ−Ｒａｄ，Ｈｅｍｅｌ  Ｈｅｍｐｓｔｅａｄ，ＵＫから入手することができる。
【０２０６】
いくつかの実施形態では、グリカンが整列される支持体は、金属酸化物を含むことができる。適切な金属酸化物には、酸化チタン、酸化タンタル、および酸化アルミニウムが含まれるが、これらに限定されない。かかる材料の例を、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｃｏｍｐａｎｙ  Ｌｔｄ，Ｆａｎｃｙ  Ｒｏａｄ，Ｐｏｏｌｅ，Ｄｏｒｓｅｔ．ＢＨ１２  ４ＱＨ  ＵＫから入手することができる。いくつかの実施形態では、かかる支持体は、金属酸化物ゲルであるか、これを含む。いくつかの実施形態では、かかる支持体は、シリカゲルまたは酸化アルミニウムゲル（かかる材料の例を、例えば、Ｍｅｒｃｋ  ＫＧａＡ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙから入手することができる）であるか、これを含む。
【０２０７】
本発明のいくつかの実施形態では、グリカンアレイを、通常の使用中にサイズまたは形状の変化に抵抗することができる支持体上に固定する。例えば、支持体は、グリカンを整列させるために使用するのに適切な成分材料でコーティングしたスライドガラスであり得る。また、いくつかの複合材料は、支持体に所望の固体性を与えることができる。
【０２０８】
本明細書中で証明されるように、アレイは、異なるＨＡポリペプチドおよびその結合特性の同定および／または特徴付けに有用である。一定の実施形態では、ＨＡポリペプチドをかかるアレイ上で試験して、アンブレラトポロジーグリカン（例えば、α２−６シアリル化グリカン、特にアンブレラトポロジーで整列した長鎖α２−６シアリル化グリカン）への結合能力を評価する。
【０２０９】
実際に、本発明は、ＨＡポリペプチドの結合能力を特徴付けるために、そして／または例えば、ヒト結合ＨＡポリペプチド（例えば、上記のＨ１  ＨＡポリペプチド）を検出するための診断薬として使用することができる１つ以上のアンブレラトポロジーグリカン、アンブレラトポロジーグリカンの模倣物、α２−６シアリル化グリカン、およびα２−３シアリル化グリカンであるか、これらを含むＨＡポリペプチド結合剤のアレイを提供する。当業者に明確であるように、かかるアレイは、任意のＨＡポリペプチド（例えば、研究者によってデザインおよび／または調製されたＨＡポリペプチドに加えて、天然インフルエンザ単離体中に見出されるＨＡポリペプチドが含まれる）の特徴付けまたは検出に有用である。
【０２１０】
いくつかの実施形態では、かかるアレイは、代表的には、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれを超えるヒトＨＡ受容体、特にヒト上気道ＨＡ受容体上に見出されるグリカン（例えば、アンブレラグリカン、しばしば、α２−６シアリル化グリカン、特に長鎖α２−６シアリル化グリカンであろう）を含む。いくつかの実施形態では、アレイは、図５〜８に示すグリカン構造のいくつかまたは全てを含む。いくつかの実施形態では、アレイは、これらの示したグリカンの少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれを超える％を含む。
【０２１１】
本発明は、グリカンアレイを使用してＨＡタンパク質を同定または特徴付ける方法を提供する。いくつかの実施形態では、例えば、かかる方法は、（１）ＨＡポリペプチドを含むサンプルを準備する工程、（２）サンプルをグリカンアレイと接触させる工程、および（３）アレイ上の１つ以上のグリカンへのＨＡポリペプチドの結合を検出する工程を含む。
【０２１２】
本発明のグリカンアレイと接触させるべきＨＡポリペプチドを含むサンプルに適切な供給源には、病理学的サンプルおよび／または環境サンプル（上記のものなど）が含まれるが、これらに限定されない。
【０２１３】
グリカンアレイへのＨＡポリペプチド結合のアッセイに適切な広範な種々の検出系は当該分野で公知である。例えば、ＨＡポリペプチドを、アレイとの接触前または接触後に検出可能に標識し（直接または間接的）、次いで、結合を局在化した標識の検出によって検出することができる。いくつかの実施形態では、スキャニングデバイスを使用して、アレイ上の特定の位置を試験することができる。
【０２１４】
あるいはまたはさらに、整列したグリカンへの結合を、例えば、熱量測定検出系、蛍光検出系、または放射性検出系、他の標識方法、または標識を必要としない他の方法を使用して測定することができる。一般に、蛍光検出は、典型的には、蛍光分子を用いたアレイの直接探索および蛍光シグナルのモニタリングを含む。あるいはまたはさらに、アレイを、間接的な蛍光検出（この場合、蛍光標識したストレプトアビジンの結合についての試験による）のために（例えば、ビオチンを用いて）タグ化した分子を使用して探索することができる。あるいはまたはさらに、蛍光消光法を使用することができる。この方法では、整列したグリカンを蛍光標識し、試験分子（異なるフルオロフォアで標識してもしていなくてもよい）を用いて探索する。かかる実施形態では、アレイへの結合は整列したグリカンから放射された蛍光を抑制するように作用し、したがって、蛍光放射の喪失によって結合を検出する。あるいはまたはさらに、整列したグリカンを、放射性物質の存在下で成長させた（放射性標識されたプローブが得られる）生体組織サンプルを用いて探索することができる。かかる実施形態における結合を、放射線放射の測定によって検出することができる。
【０２１５】
かかる方法は、ＨＡポリペプチドによるグリカンアレイへの結合および／または結合範囲の事実を決定するのに有用である。本発明のいくつかの実施形態では、かかる方法をさらに使用して、グリカン−ＨＡポリペプチド相互作用を干渉するか、そうでなければ変化させる薬剤を同定および／または特徴付けることができる。
【０２１６】
下記の方法は、炭水化物と相互作用することができると考えられる分子が実際に相互作用することができるかどうかを同定するか、分子が予想外に炭水化物と相互作用する能力を有するかどうかを同定するのに有用であり得る。
【０２１７】
本発明は、例えば、試験サンプル中の特定の薬剤を検出するためのアレイの使用方法を提供する。例えば、かかる方法は、（１）グリカンアレイを試験サンプル（例えば、ＨＡポリペプチド（例えば、Ｈ１  ＨＡポリペプチド）を含むと考えられるサンプル）と接触させる工程、および（２）試験サンプル中の任意の薬剤のアレイへの結合を検出する工程を含むことができる。
【０２１８】
アレイへの結合を使用して、例えば、結合剤とグリカンとの間の相互作用の動態を決定することができる。例えば、相互作用動態の決定方法は、（１）グリカンアレイを試験される分子と接触させる工程、および（２）結合剤と整列したグリカンとの間の相互作用の動態を測定する工程を含むことができる。
【０２１９】
結合剤のアレイ中の任意のグリカンとの相互作用の動態を、例えば、上で詳述した比色分析シグナルまたは蛍光シグナルの実時間変化によって測定することができる。かかる方法は、例えば、特定の結合剤が特異的炭水化物と異なる結合剤の同一の炭水化物との相互作用よりも高い結合度で相互作用することができるかどうかの決定において特に有用であり得る。
【０２２０】
勿論、ＨＡポリペプチドによるグリカン結合をアレイ形式自体に存在しないグリカンサンプルまたは供給源に対して評価することができると認識されるであろう。例えば、ＨＡポリペプチドを、組織サンプルおよび／または細胞株に結合させてそのグリカン結合特性を評価することができる。適切な細胞株には、例えば、任意の種々の哺乳動物細胞株、特にアンブレラトポロジーグリカン（例えば、少なくともそのいくつかはα２−６シアリル化グリカン、特に長鎖α２−６シアリル化グリカンであり得る）を含むＨＡ受容体を発現する細胞株が含まれる。いくつかの実施形態では、使用される細胞株は、アンブレラトポロジーを有する個別のグリカンを発現する。いくつかの実施形態では、使用される細胞株は多様なグリカンを発現する。いくつかの実施形態では、細胞株を臨床単離体から得、いくつかの実施形態では、細胞株を所望のグリカンの分布および／または蔓延を有するように維持または操作する。いくつかの実施形態では、組織サンプルおよび／または細胞株は、哺乳動物上気道の上皮細胞に特徴的なグリカンを発現する。
【０２２１】
処置
本発明は、インフルエンザ感染症の処置（例えば、緩和、改善、低減、その発症の遅延、その進行の阻害、その重症度の軽減、および／またはその１つ以上の症状または特徴の発生の軽減）および／または予防のための系、組成物、および方法を提供する。いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤（本明細書中に記載のものなど）を、種々の治療目的（例えば、インフルエンザ感染症の処置および／またはインフルエンザ感染に対して被験体を免疫化するためのワクチンの開発）のために使用することができる。
【０２２２】
本発明は、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および／またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０の感染症を首尾よく予防し、その発症を遅延させ、そして／または処置するワクチンおよび／または治療薬がインフルエンザ株２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）の感染症を首尾よく予防し、その発症を遅延させ、そして／または処置することができるという認識を含む。インフルエンザ株２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）の感染症を首尾よく予防し、その発症を遅延させ、そして／または処置するワクチンおよび／または治療薬は、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および／またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０の感染を首尾よく予防し、その発症を遅延させ、そして／または処置することができる。したがって、いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物（以下の節中に記載のものなど）は、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８、Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０、および／または２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）のうちの１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０および２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）を含む。
【０２２３】
いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物（以下の節中に記載のものなど）は、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８、Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０、および／または２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）のうちの１つ以上に存在する１つ以上のＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０および２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンおよび／または治療組成物は、インフルエンザ株２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。
【０２２４】
いくつかの実施形態では、ワクチン接種および／または処置方法（以下の節中に記載のものなど）は、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および／またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０への事前の曝露に基づいた患者集団の層別化を含む。かかる方法は、患者が、インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および／またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０の一方または両方に事前に曝露されていたかどうかを決定する工程を含む。種々の方法のいずれかを使用して、個体がインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および／またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０の一方または両方に事前に曝露されていたかどうかを決定することができる。少数であるが例を挙げると、白血球を患者から単離し、これを分析して任意の１９１８および／または１９３０陽性Ｂ細胞が存在するかどうかを決定することができる。あるいはまたはさらに、疫学的方法を使用して、特定の患者が１９１８株および／または１９３０株に曝露されているか曝露されていない確率を決定することができる。
【０２２５】
いくつかの実施形態では、患者がインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および／またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０の一方または両方に事前に曝露されていたことが決定された場合、その患者に、より低い濃度、より低い効力、および／またはより低い頻度で２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）ワクチンおよび／または治療薬を投与することができる。患者がインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および／またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０の一方または両方に事前に曝露されていないことが決定された場合、その患者に、より高い濃度、より高い効力、および／またはより頻繁に２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）ワクチンおよび／または治療薬を投与することができる。
【０２２６】
いくつかの実施形態では、患者がインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および／またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０の一方または両方に事前に曝露されていたことが決定された場合、その患者に、Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および／またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０に対する防御が証明されたワクチン組成物を使用してワクチン接種することができる。いくつかの実施形態では、患者がインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および／またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０の一方または両方に事前に曝露されていないことが決定された場合、その患者を、Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および／またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０に対する治療効果が証明された治療組成物を使用して処置することができる。
【０２２７】
Ａ．ワクチン接種
いくつかの実施形態では、本発明の干渉剤および／または結合剤（例えば、ＨＡポリペプチドならびに／またはそのフラグメント、バリアント、および／もしくは特徴的部分に結合する実体、アンブレラ−トポロジーグリカンに結合する実体）を、予防的適用のために使用することができる。いくつかの実施形態では、予防的適用は、インフルエンザ感染症の予防、その進行の阻害、および／またはその発症の遅延のための系および方法を含む。
【０２２８】
いくつかの実施形態では、インフルエンザワクチンを使用して、インフルエンザによる感染症を予防し、そして／またはその発症を遅延する。いくつかの実施形態では、ワクチン接種を特定のＨＡポリペプチドに合わせて作製する。例えば、ワクチン組成物は、Ｈ１  ＨＡポリペプチドならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分を含むことができる。いくつかの実施形態では、ワクチン組成物が未変性の高次構造を有し、防御反応（例えば、補体活性化、ウイルス中和など）を媒介し、そして／または強い抗体応答を誘導することができる抗原を含むことが望ましい。
【０２２９】
いくつかの実施形態では、干渉剤を、受動免疫化（すなわち、抗体を被験体に投与する免疫化）のために使用することができる。いくつかの実施形態では、受動免疫化のためのインフルエンザワクチンは、抗体干渉剤（本明細書中に記載のものなど）を含むことができる。いくつかの実施形態では、抗体が妊娠中に母親から胎児に移動する場合に受動免疫化が起こる。いくつかの実施形態では、抗体を個体に直接投与する（例えば、注射、経口などによる）。
【０２３０】
本発明は、能動免疫化（すなわち、微生物、タンパク質、ペプチド、エピトープ、ミモトープなどを被験体に投与する免疫化）のためのインフルエンザワクチンを提供する。いくつかの実施形態では、インフルエンザワクチンは、本明細書中に記載の１つ以上の干渉剤および／または結合剤を含むことができる。
【０２３１】
いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）（例えば、本明細書中（例えば、「ＨＡポリペプチド」と表題をつけた節中）に記載のＨＡポリペプチド、バリアント、フラグメント、特徴的部分、および／またはその組み合わせのうちのいずれか）を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、Ｈ１  ＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、１つ以上の以下の変異：Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、および／またはＧｌｕ２２７Ａｌａを有するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、アミノ酸２１９位に変異（例えば、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ）を有し、且つ９８、１３６、１３７、１３８、１４５、１５３、１５５、１５６、１５９、１８３、１８６、１８７、１８９、１９０、１９２、１９３、１９４、１９５、１９６、２１５、２１９、２２２、２２５、２２６、２２７、および２２８からなる群から選択されるアミノ酸位置に少なくとも１つのさらなるアミノ酸置換を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、アミノ酸１８６、１８９、および２２７位に変異（例えば、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ）を有し、且つ９８、１３６、１３７、１３８、１４５、１５３、１５５、１５６、１５９、１８３、１８６、１８７、１８９、１９０、１９２、１９３、１９４、１９５、１９６、２１５、２１９、２２２、２２５、２２６、２２７、および２２８からなる群から選択されるアミノ酸位置に少なくとも１つのさらなるアミノ酸置換を有するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、本明細書中に記載の１つ以上の任意のＨＡ  Ｈ１ポリペプチドを含む、生きている活性ウイルス粒子、本明細書中に記載の１つ以上の任意のＨＡ  Ｈ１ポリペプチドを含む弱毒化生ウイルス粒子、本明細書中に記載の１つ以上の任意のＨＡ  Ｈ１ポリペプチドを含むウイルス様粒子（ＶＬＰ）、本明細書中に記載の１つ以上の任意のＨＡ  Ｈ１ポリペプチドを含むサブユニットワクチン、および／またはその組み合わせを含む。
【０２３２】
いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）ならびに少なくとも１つのインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８、Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０、および／または２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）ならびにインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）ならびにインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）ならびにインフルエンザ株Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０および２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）およびインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）およびインフルエンザ株Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０を含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）およびインフルエンザ株２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）を含む。
【０２３３】
いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）およびインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８、Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０、および／または２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）のうちの少なくとも１つ中に存在する少なくとも１つのＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）ならびにインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）ならびにインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８および２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）ならびにインフルエンザ株Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０および２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）ならびにインフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）およびインフルエンザ株Ａ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ワクチンは、少なくとも１つのＨＡポリペプチド（ならびに／またはそのバリアント、フラグメント、および／もしくは特徴的部分）およびインフルエンザ株２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１（例えば、Ａ／ＣＡ／４／２００９）中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドを含む。
【０２３４】
いくつかの実施形態では、ワクチン組成物は、少なくとも１つのアジュバントを含む。任意のアジュバントを、本発明にしたがって使用することができる。多数のアジュバントが公知であり、多数のかかる化合物の有用な概要は国立衛生研究所によって準備されており、インターネット上（ｗｗｗ．ｎｉａｉｄ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｄａｉｄｓ／ｖａｃｃｉｎｅ／ｐｄｆ／ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ．ｐｄｆ）で見出すことができる。Ａｌｌｉｓｏｎ（１９９８，Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．Ｓｔａｎｄ．，９２：３−１１（本明細書中で参考として援用される））、Ｕｎｋｅｌｅｓｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，６：２５１−２８１（本明細書中で参考として援用される））、およびＰｈｉｌｌｉｐｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２，Ｖａｃｃｉｎｅ，１０：１５１−１５８（本明細書中で参考として援用される））も参照のこと。何百もの異なるアジュバントが当該分野で公知であり、本発明の実施で使用することができる。本発明で使用することができる例示的なアジュバントには、サイトカイン、アルミニウム塩（例えば、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウムなど；Ｂａｙｌｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，２０：Ｓ１８，２００２（本明細書中で参考として援用される））、ゲル型アジュバント（例えば、リン酸カルシウムなど）；微生物アジュバント（例えば、ＣｐＧモチーフを含む免疫調節ＤＮＡ配列；内毒素（モノホスホリル脂質Ａなど）（Ｒｉｂｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｅｎｄｏｔｏｘｉｎｓ，Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｕｂｌ．Ｃｏｒｐ．，ＮＹ，ｐ４０７，１９８６（本明細書中で参考として援用される））；外毒素（コレラ毒素、Ｅ．ｃｏｌｉ易熱性毒素、および百日咳毒素など）；ムラミルジペプチドなど）；油乳剤および乳化剤ベースのアジュバント（例えば、フロイントアジュバント、ＭＦ５９［Ｎｏｖａｒｔｉｓ］、ＳＡＦなど）；粒子アジュバント（例えば、リポソーム、生分解性ミクロスフィアなど）；合成アジュバント（例えば、非イオン性ブロックコポリマー、ムラミルペプチドアナログ、ポリホスファゼン、合成ポリヌクレオチドなど）；および／またはその組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。他の例示的アジュバントには、いくつかのポリマー（例えば、ポリホスファゼン；米国特許第５，５００，１６１号（本明細書中で参考として援用される）に記載）、Ｑ５７、サポニン（例えば、ＱＳ２１、Ｇｈｏｃｈｉｋｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，２４：２２７５，２００６（本明細書中で参考として援用される））、スクアレン、テトラクロロデカオキシド、ＣＰＧ７９０９（Ｃｏｏｐｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，２２：３１３６，２００４（本明細書中で参考として援用される））、ポリ［ジ（カルボキシラトフェノキシ）ホスファゼン］（ＰＣＣＰ；Ｐａｙｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，１６：９２，１９９８（本明細書中で参考として援用される））、インターフェロン−γ（Ｃａｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，１０：２３８，１９９２（本明細書中で参考として援用される））、ブロックコポリマーＰ１��０５（ＣＲＬ１００５；Ｋａｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，．１８：２１７７，２０００（本明細書中で参考として援用される））、インターロイキン−２（ＩＬ−２；Ｍｂｗｕｉｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，８：３４７，１９９０（本明細書中で参考として援用される））、ポリメチルメタクリラート（ＰＭＭＡ；Ｋｒｅｕｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｓｃｉ．，７０：３６７，１９８１（本明細書中で参考として援用される））などが含まれる。
【０２３５】
Ｂ．治療
本発明は、インフルエンザ感染症に罹患し、罹患しやすく、そして／または症状を示す患者を処置するための系および方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、インフルエンザ感染症に罹患し、罹患しやすく、そして／または症状を示す患者の層別化に有用な系および方法を提供する。
【０２３６】
いくつかの実施形態では、本発明の干渉剤および／または結合剤（例えば、ＨＡポリペプチドならびに／またはそのフラグメント、バリアント、および／もしくは特徴的部分に結合する実体、アンブレラ−トポロジーグリカンに結合する実体）を、治療的適応のために使用することができる。
【０２３７】
いくつかの実施形態では、治療的適応は、治療有効量の少なくとも１つの本発明の干渉剤および／または結合剤を必要とする被験体に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤の被験体への投与により、インフルエンザ感染症を緩和し、改善し、低減し、その発症を遅延し、その進行を阻害し、その重症度を軽減し、そして／または１つまたは複数のその徴候、症状、および／または特徴の発生を軽減することができる。
【０２３８】
いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤の投与により、被験体中に循環しているインフルエンザビリオン（例えば、新規の細胞に感染することができるインフルエンザビリオン）のレベルが軽減される。いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤の投与により、被験体中に循環しているインフルエンザビリオンのレベルを、非処置コントロールと比較して約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９９％、または約１００％軽減させる。
【０２３９】
いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤をｉｎ  ｖｉｔｒｏで使用して被験体中のウイルス負荷を軽減することができる。身体の構成要素（特にインフルエンザに感染した患者の身体の構成要素）のウイルス負荷の軽減のために、患者の血液を、インフルエンザビリオンの捕捉のために表面または固体支持体に結合した干渉剤および／または結合剤を含むデバイスに通過させる（例えば、米国特許第５，６９８，３９０号および同第４，６９２，４１１号（その両方が本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。文献中に見出される種々の他のデバイスを本抗体と共に使用して類似の結果を得ることができる。身体の構成要素は、体液（例えば、血液、血清など）、組織、および器官（肝臓など）などであり得る。
【０２４０】
いくつかの実施形態では、「被験体中のインフルエンザビリオンの循環レベル」は、被験体中のビリオンの絶対循環数をいう。いくつかの実施形態では、「被験体中のインフルエンザビリオンの循環レベル」は、被験体の血液の単位体積（例えば、ミリリットル、リットルなど）あたりのビリオン数をいう。いくつかの実施形態では、「被験体中のインフルエンザビリオンの循環レベル」はウイルス負荷という。
【０２４１】
いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤の投与により、ＨＡ受容体へのウイルスの結合が阻害される。いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤の投与により、少なくとも１つのＨＡ受容体へのウイルスの結合が、非処置コントロールと比較して約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１０００倍、約１０，０００倍、または約１０，０００倍を超えて阻害される。
【０２４２】
いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤の投与により、被験体中のインフルエンザビリオンが死滅および／または不活化される。いくつかの実施形態では、インフルエンザ抗体の投与により、非処置コントロールと比較して被験体中のインフルエンザビリオンの約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、約９９％、または約１００％が死滅および／または不活化される。
【０２４３】
いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤の投与により、標的細胞とのウイルス媒介融合が阻害される。いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤の投与により、標的細胞とのウイルス媒介融合が、非処置コントロールと比較して約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１０００倍、約１０，０００倍、または約１０，０００倍を超えて阻害される。
【０２４４】
いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤の投与により、ウイルス侵入に関連する１つ以上のタンパク質の高次構造の変化が阻害される。いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤の投与により、ウイルス侵入に関連する１つ以上のタンパク質の高次構造の変化が、非処置コントロールと比較して約２倍、約３倍、約４倍、約５倍、約１０倍、約５０倍、約１００倍、約５００倍、約１０００倍、約１０，０００倍、または約１０，０００倍を超えて阻害される。
【０２４５】
いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤の投与により、ＨＡポリペプチドおよび／またはＨＡ受容体の高次構造が変化する。例えば、投与された干渉剤および／または結合剤は、ＨＡポリペプチドおよび／またはＨＡ受容体に結合し、それにより、ＨＡポリペプチドおよび／またはＨＡ受容体の相互に認識および／または相互作用する能力を立体的に遮断することができる。いくつかの実施形態では、投与された干渉剤および／または結合剤は、ＨＡポリペプチドおよび／またはＨＡ受容体に結合し、それにより、ＨＡポリペプチドおよび／またはＨＡ受容体が相互に認識できなくするような方法でＨＡポリペプチドおよび／またはＨＡ受容体の三次元高次構造を変化させることができる。
【０２４６】
いくつかの実施形態では、処置および／またはワクチン接種レジメンを、特に、処置および／またはワクチン接種される個体に合わせて作製する。上記のように、本発明は、患者がＨ１  ＨＡインフルエンザまたは非Ｈ１  ＨＡインフルエンザに感染するかどうかを決定するのに有用な系、組成物、および方法を提供する。かかる方法を使用して、患者を処置および／またはワクチン接種カテゴリーに層別化することができる。いくつかの実施形態では、処置および／またはワクチン接種を処置および／またはワクチン接種される特定の個体に合わせて作製するので、かかる方法は有利であり得る。１つの特定の例であるが、患者がＨ１  ＨＡインフルエンザ感染群に分類される場合、Ｈ１  ＨＡインフルエンザの処置に有用な治療を患者に施すことができ、Ｈ１  ＨＡインフルエンザ処置に有用でない治療を施さないであろう。これにより、必要としない治療薬の投与に由来する有害反応のリスクが回避または軽減される。かかる方法により、かかる処置および／またはワクチン接種から利益が得られないかもしれない患者の処置および／またはワクチン接種の経費が削除される。
【０２４７】
Ｃ．薬学的組成物
いくつかの実施形態では、本発明は、本明細書中に記載の干渉剤および／または結合剤を含む薬学的組成物を提供する。例えば、いくつかの実施形態では、干渉剤および／または結合剤ポリペプチド（例えば、ＨＡポリペプチド、ＨＡポリペプチドに結合するポリペプチド、そのバリアント、および／またはそのフラグメント）、かかるポリペプチドをコードする核酸、かかるポリペプチドまたは核酸の特徴的か生物学的に活性なフラグメント、かかるポリペプチドまたはフラグメントに結合し、そして／またはこれと競合する抗体、かかるポリペプチドまたはこれに結合するグリカンと相互作用するか、これと競合する小分子などを薬学的組成物中に含める。いくつかの実施形態では、ポリペプチドではない（例えば、小分子、アンブレラトポロジーグリカンおよびその模倣物、炭水化物、アプタマー、ポリマー、核酸などである）干渉剤および／または結合剤を薬学的組成物中に含める。
【０２４８】
本発明は、かかる薬学的組成物の投与によるインフルエンザ感染症の処置および／または予防を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物を、インフルエンザ感染症に罹患しているか罹患しやすい被験体に投与する。いくつかの実施形態では、被験体がインフルエンザ感染症に一般に関連する１つ以上の症状を示す場合、被験体をインフルエンザ感染症に罹患していると見なす。いくつかの実施形態では、被験体は、インフルエンザウイルスに曝露されていたことが知られているか、曝露されていたと考えられる。いくつかの実施形態では、被験体がインフルエンザウイルスに曝露されていたことが知られているか曝露されていたと考えられる場合、被験体をインフルエンザ感染症に罹患しやすいと見なす。いくつかの実施形態では、被験体がインフルエンザウイルスに感染していたことが知られているか疑われる他の個体と接触している場合、および／または被験体がインフルエンザ感染症が流行していることが知られているか流行していると考えられる場所に存在しているか存在していた場合、被験体はインフルエンザウイルスに曝露されていたことが知られているか、曝露されていたと考えられる。
【０２４９】
いくつかの実施形態では、インフルエンザ感染症に罹患しているか罹患しやすい被験体を、薬学的組成物の投与前、投与中、または投与後にＨＡポリペプチドを認識する抗体について試験する。いくつかの実施形態では、かかる抗体を有する被験体に、ＨＡポリペプチドを含む薬学的組成物を投与しない。いくつかの実施形態では、薬学的組成物および／または結合剤の適切な用量を、かかる抗体の検出（またはその欠如）に基づいて選択する。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、処置および／またはワクチン接種のための特定の被験体、投与のための特定の結合剤または組成物、および／または投与のための特定の用量またはレジメンの選択を、例えば、書面、印刷物、または電子記憶形態に記録する。
【０２５１】
本明細書中に提供した組成物を、１つ以上のインフルエンザ感染症の症状の発症前または発症後に投与することができる。
【０２５２】
本発明は、本明細書中に記載のＨＡポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤の投与によるインフルエンザ感染症の処置および／または予防（例えば、ワクチン接種）を含む。いくつかの実施形態では、本発明のインフルエンザ感染症の処置を、ワクチン投与によって行う。現在まで、インフルエンザワクチンの開発において多数の成果が得られているが、さらなる改良の余地がある。本発明は、ＨＡポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤を含むワクチンを提供する。少数であるが例を挙げると、ワクチンは、アンブレラグリカン（例えば、α２−６結合アンブレラグリカン（例えば、長鎖α２−６シアリル化グリカンなど））に結合する干渉剤、ＨＡポリペプチドに結合する結合剤、および／またはその組み合わせを含むことができる。いくつかの実施形態では、組成物は、非アンブレラトポロジーグリカンに優先的に結合する薬剤を実質的に含まない。いくつかのかかる実施形態では、薬学的組成物は、せいぜい５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％、または１％のアンブレラトポロジーグリカン以外のＨＡ受容体グリカンに結合する薬剤を含む。
【０２５３】
いくつかの実施形態では、本発明は、ワクチンおよびこれらのワクチンのヒト被験体（例えば、インフルエンザ感染症に罹患しているか罹患しやすい個体）への投与を提供する。一定の実施形態では、ワクチンは、１つ以上の以下を含む組成物である：（１）不活化ウイルス、（２）弱毒化生インフルエンザウイルス（例えば、複製欠損ウイルス）、（３）干渉剤（例えば、ＨＡポリペプチド、ＬＳＢＡ、ＵＴＢＡ、ＵＴＢＳＡなど）、（４）干渉剤ポリペプチド（例えば、ＨＡポリペプチド）および／またはその特徴的または生物学的に活性な部分をコードする核酸、（５）干渉剤ポリペプチド（例えば、ＨＡポリペプチド）またはその特徴的または生物学的に活性な部分をコードするＤＮＡベクター、（６）結合剤（例えば、ＨＡポリペプチドに結合する実体）、（７）結合剤ポリペプチドおよび／またはその特徴的または生物学的に活性な部分をコードする核酸、（８）結合剤ポリペプチドおよび／またはその特徴的または生物学的に活性な部分をコードするＤＮＡベクター、（９）発現系（例えば、抗原として使用すべき１つ以上のＨＡポリペプチドを発現する細胞）、および／または（１０）ウイルス様粒子。
【０２５４】
したがって、いくつかの実施形態では、本発明は、不活化インフルエンザワクチンを提供する。一定の実施形態では、不活化インフルエンザワクチンは、以下の３つの抗原調製物型のうちの１つを含む：不活化全ウイルス、精製されたウイルス粒子を界面活性剤または脂質エンベロープを可溶化するための他の試薬で破壊したサブビリオン（「スプリット」ワクチン）または精製ＨＡポリペプチド（「サブユニット」ワクチン）。一定の実施形態では、ウイルスを、ホルムアルデヒド、β−プロピオラクトン、エーテル、界面活性剤含有エーテル（ツウィーン−８０など）、セチルトリメチルアンモニウムブロミド（ＣＴＡＢ）、およびトリトンＮ１０１、デオキシコール酸ナトリウム、およびトリ（ｎ−ブチル）ホスファートでの処置によって不活化することができる。尿膜腔液（卵内で産生されたウイルス由来）の清澄化の前後に不活化が起こり得、ビリオンを遠心分離によって単離および精製する（Ｎｉｃｈｏｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｔｅｘｔｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ，Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｍａｌｄｅｎ，ＭＡ，１９９８（本明細書中で参考として援用される））。ワクチンの効力を評価するために、一元放射免疫拡散（ＳＲＤ）試験を使用することができる（Ｓｃｈｉｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｕｌｌ．Ｗｏｒｌｄ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｏｒｇａｎ．，５２：４３−５０  ＆  ２２３−３１，１９７５；Ｍｏｓｔｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，２：５３１，１９７５（本明細書中で参考として援用される））。
【０２５５】
いくつかの実施形態では、本発明は、ワクチンに有用なウイルス様粒子（ＶＬＰ）を提供する。一般に、ＶＬＰは、アセンブリした場合に未変性ウイルスの高次構造を模倣するタンパク質抗原の複数のコピーを含む。いくつかの実施形態では、ＶＬＰは、強いＴ細胞および／またはＢ細胞免疫応答を誘発することができる高次構造エピトープを提示するインフルエンザウイルス表面タンパク質（例えば、本発明のＨＡポリペプチド）の反復的高密度ディスプレイを含む。ＶＬＰがいかなるウイルス遺伝子材料も含まないので、ＶＬＰはワクチン組成物中の弱毒化ウイルスよりも安全であり得る。ＶＬＰを、種々の細胞培養系（哺乳動物細胞株、昆虫細胞株、酵母、植物細胞などが含まれる）で産生することができる。ＶＬＰの一般的な考察については、例えば、公開されたＰＣＴ出願ＷＯ０２／０００８８５、ＷＯ０５／０２０８８９、ＷＯ０６／１０８２２６、ＷＯ０７／１３０３２７、ＷＯ０７／１３０３３０、ＷＯ０８／００５７７７、ＷＯ０８／０４００６０、ＷＯ０８／０５４５３５、ＷＯ０８／０６１２４３、ＷＯ０８／０９４１９７、ＷＯ０８／０９４２００、ＷＯ０８／１４８１０４、ＷＯ０９／００９８７６、ＷＯ０９／０１２４８９、ＷＯ１０／００６４５２、および米国特許出願公開第２００５／０００９００８号（それらの全てが本明細書中で参考として援用される）を参照のこと。
【０２５６】
いくつかの実施形態では、本発明のＶＬＰは、リポパーティクルと呼ばれる特殊化ＶＬＰである。一般に、リポパーティクルは、高濃度の目的の高次構造的にインタクトな膜タンパク質を含むように改変された安定で高度に精製された均一なＶＬＰである。いくつかの実施形態では、本発明のリポパーティクルは、インフルエンザエンベロープタンパク質および／または他のインフルエンザ抗原を含む。
【０２５７】
本発明は弱毒化生インフルエンザワクチンも提供し、弱毒化方法は当該分野で周知である。一定の実施形態では、逆遺伝学（部位特異的変異誘発など）の使用によって弱毒化する。
【０２５８】
いくつかの実施形態では、ワクチンで用いるインフルエンザウイルスを、卵（例えば、有胚ニワトリ卵）中で成長させる。この場合、採取した材料は尿膜腔液である。あるいはまたはさらに、インフルエンザウイルスは、ウイルスを成長させるための組織培養を使用した任意の方法から誘導することができる。ウイルス成長に適切な細胞基質には、例えば、イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫまたはＭＤＣＫのクローン由来の細胞、ＭＤＣＫ様細胞など）、サル腎臓細胞（ＡＧＭＫ細胞（ベロ細胞が含まれる）、連続細胞株としての培養上皮細胞、２９３Ｔ細胞、ＢＫ−２１細胞、ＣＶ−１細胞など）、または商業的供給源（例えば、ＡＴＣＣ、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、Ｍｄ．）から容易に利用可能なワクチンを目的としたインフルエンザウイルス産生に適切な任意の他の哺乳動物細胞型（上気道の上皮細胞が含まれる）が含まれる。適切な細胞基質には、ヒト細胞（ＭＲＣ−５細胞など）も含まれる。適切な細胞基質は細胞株に制限されず、例えば、初代細胞（ニワトリ胚線維芽細胞など）も含まれる。
【０２５９】
いくつかの実施形態では、ワクチンは、１つ以上のアジュバントをさらに含む。任意のアジュバントを、本発明に従って使用することができる。多数のアジュバントが公知であり、多数のかかる化合物の有用な概要は国立衛生研究所によって準備されており、インターネット上（ｗｗｗ．ｎｉａｉｄ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｄａｉｄｓ／ｖａｃｃｉｎｅ／ｐｄｆ／ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ．ｐｄｆ）で見出すことができる。Ａｌｌｉｓｏｎ（１９９８，Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．Ｓｔａｎｄ．，９２：３−１１（本明細書中で参考として援用される）），Ｕｎｋｅｌｅｓｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，６：２５１−２８１（本明細書中で参考として援用される）），およびＰｈｉｌｌｉｐｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２，Ｖａｃｃｉｎｅ，１０：１５１−１５８（本明細書中で参考として援用される））も参照のこと。何百もの異なるアジュバントが当該分野で公知であり、本発明の実施で使用することができる。例えば、アルミニウム塩（例えば、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウムなど、Ｂａｙｌｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，２０：Ｓ１８，２００２）およびモノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ；Ｒｉｂｉ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８６，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｅｎｄｏｔｏｘｉｎｓ，Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｕｂｌ．Ｃｏｒｐ．，ＮＹ，ｐ４０７，１９８６）を、ヒトワクチンにおけるアジュバントとして使用することができる。あるいはまたはさらに、本発明にしたがって使用することができる例示的アジュバントには、サイトカイン、リン酸カルシウム、微生物アジュバント（例えば、ＣｐＧモチーフを含む免疫調節ＤＮＡ配列；内毒素（モノホスホリル脂質Ａなど）（Ｒｉｂｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｅｎｄｏｔｏｘｉｎｓ，Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｕｂｌ．Ｃｏｒｐ．，ＮＹ，ｐ４０７，１９８６（本明細書中で参考として援用される））；外毒素（コレラ毒素、Ｅ．ｃｏｌｉ易熱性毒素、および百日咳毒素など）；ムラミルジペプチドなど）；油乳剤および乳化剤ベースのアジュバント（例えば、フロイントアジュバント、ＳＡＦなど）；粒子アジュバント（例えば、リポソーム、生分解性ミクロスフィアなど）；合成アジュバント（例えば、非イオン性ブロックコポリマー、ムラミルペプチドアナログ、ポリホスファゼン、合成ポリヌクレオチドなど）；ポリマー（例えば、ポリホスファゼン；米国特許第５，５００，１６１号（本明細書中で参考として援用される）に記載）、Ｑ５７、スクアレン、および／またはテトラクロロデカオキシドが含まれる。
【０２６０】
あるいはまたはさらに、新規の化合物は、現在、ヒトワクチン中のアジュバント（ＭＦ５９（Ｃｈｉｒｏｎ  Ｃｏｒｐ．，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｈｉｒｏｎ．ｃｏｍ／ｉｎｖｅｓｔｏｒｓ／ｐｒｅｓｓｒｅｌｅａｓｅｓ／２００５／０５１０２８．ｈｔｍｌ）、ＣＰＧ  ７９０９（Ｃｏｏｐｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，２２：３１３６，２００４（本明細書中で参考として援用される））、およびサポニン（ＱＳ２１など）（Ｇｈｏｃｈｉｋｙａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，２４：２２７５，２００６（本明細書中で参考として援用される））など）として試験されている。
【０２６１】
さらに、インフルエンザワクチンの免疫原性を増強するためのいくつかのアジュバントは当該分野で公知である（ポリ［ジ（カルボキシラトフェノキシ）ホスファゼン］（ＰＣＣＰ；Ｐａｙｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，１６：９２，１９９８（本明細書中で参考として援用される））、インターフェロン−γ（Ｃａｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，１０：２３８，１９９２（本明細書中で参考として援用される））、ブロックコポリマーＰ１２０５（ＣＲＬ１００５；Ｋａｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，．１８：２１７７，２０００（本明細書中で参考として援用される））、インターロイキン−２（ＩＬ−２；Ｍｂｗｕｉｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｖａｃｃｉｎｅ，８：３４７，１９９０（本明細書中で参考として援用される））、およびポリメチルメタクリラート（ＰＭＭＡ；Ｋｒｅｕｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｓｃｉ．，７０：３６７，１９８１（本明細書中で参考として援用される））など）。
【０２６２】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物はアジュバントを含まない（例えば、提供した組成物は本質的にアジュバントを含まない）。いくつかの実施形態では、薬学的組成物はミョウバンアジュバントを含まない（例えば、提供した組成物は本質的にミョウバンを含まない）。
【０２６３】
本発明は、ウイルス感染症の処置および／またはワクチン接種で有用な他の治療組成物を提供する。いくつかの実施形態では、処置および／またはワクチン接種を、ＨＡポリペプチドの発現または活性を干渉する薬剤の投与によって行う。
【０２６４】
いくつかの実施形態では、本発明は、提供したポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤に関連する抗体または他の薬剤を含む薬学的組成物を提供する。例えば、本発明は、特定のＨＡポリペプチド（例えば、アンブレラグリカンに結合するＨＡポリペプチド）、核酸（ＲＮＡｉのために使用することができるＨＡ配列に相補的な核酸配列など）、ＨＡ受容体への結合を競合するグリカン、グリカン−ＨＡポリペプチド相互作用を競合する小分子または糖模倣物（ｇｌｙｃｏｍｏｍｅｔｉｃ）、または任意のその組み合わせを含むウイルス粒子を認識する抗体を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、多様な構造を有する異なる薬剤集団を使用する。いくつかの実施形態では、治療組成物は、１つ以上の多価薬剤を含む。いくつかの実施形態では、処置は、曝露直後または曝露の疑いがある場合の緊急投与を含む。
【０２６５】
一般に、薬学的組成物は、無菌の生体適合キャリア（滅菌水、生理食塩水、緩衝化生理食塩水、またはデキストロース溶液が含まれるが、これらに限定されない）などの１つ以上の不活性薬剤に加えて治療薬を含むであろう。あるいはまたはさらに、組成物は、薬学的に許容され得る賦形剤（本明細書中で使用する場合、所望の粒子投薬形態に適切な任意および全ての溶媒、分散媒、希釈剤、または他の液体ビヒクル、分散液または懸濁液の助剤、崩壊剤、表面活性剤、等張剤、増粘剤または乳化剤、防腐剤、緩衝剤、固体結合剤、造粒剤、潤滑剤、着色剤、甘味剤、香味物質、および香料などが含まれる）を含むことができる。Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，２１ｓｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ，（Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ，２００６（本明細書中で参考として援用される））は、薬学的組成物の処方で使用される種々の賦形剤およびその公知の調製技術を開示している。任意の従来の賦形剤媒質が物質またはその誘導体に不適合である場合（任意の望ましくない生物学的影響を生じるか、薬学的組成物の任意の他の成分と有害な様式で相互作用することなどによる）を除き、その使用は、本発明の範囲内であることが意図される。
【０２６６】
一定の実施形態では、薬学的組成物は、脂質小胞、生物利用可能および／または生体適合性および／または生分解性のマトリックス、または他の微粒子をカプセル化するか、捕捉するか、結合した治療薬を含むであろう。
【０２６７】
いくつかの実施形態では、提供した薬学的組成物は、凝集されないＨＡポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤を含むであろう。例えば、いくつかの実施形態では、乾燥重量または数で１％、２％、５％、１０％、２０％、または３０％未満のＨＡポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤が凝集物中に存在する。
【０２６８】
いくつかの実施形態では、提供した薬学的組成物は、変性されていないＨＡポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤を含むであろう。例えば、いくつかの実施形態では、乾燥重量または数で１％、２％、５％、１０％、２０％、または３０％未満の投与したＨＡポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤が変性されている。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、提供した薬学的組成物は、不活性でないＨＡポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤を含むであろう。例えば、いくつかの実施形態では、乾燥重量または数で１％、２％、５％、１０％、２０％、または３０％未満の投与したＨＡポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤が不活性である。
【０２７０】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物を、提供したＨＡポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤の免疫原性を軽減するように処方する。例えば、いくつかの実施形態では、提供したＨＡポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤を、その免疫原性をマスキングする薬剤（ポリエチレングリコールおよび／またはカルボキシメチルセルロースなど）に関連させる（例えば、結合する）。いくつかの実施形態では、提供したＨＡポリペプチド、干渉剤、および／または結合剤は、免疫原性を軽減するさらなるグリコシル化を有する。
【０２７１】
経口および非経口投与のための液体投薬形態には、薬学的に許容され得る乳濁液、マイクロエマルジョン、溶液、懸濁液、シロップ、および／またはエリキシルが含まれるが、これらに限定されない。有効成分に加えて、液体投薬形態は、当該分野で一般に使用される不活性希釈剤（例えば、水または他の溶媒、溶解補助剤および乳化剤（エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、１，３−ブチレングリコール、ジメチルホルムアミド、油（特に、綿実油、アメリカホドイモ油、トウモロコシ油、胚芽油、オリーブ油、ヒマシ油、およびゴマ油）、グリセロール、テトラヒドロフルフリルアルコール、ポリエチレングリコール、およびソルビタンの脂肪酸エステルなど）、およびその混合物など）を含むことができる。不活性希釈剤に加えて、経口組成物は、アジュバント（湿潤剤、乳化剤および懸濁剤、甘味料、香味物質、および／または香料など）を含むことができる。非経口投与のための一定の実施形態では、組成物を、溶解補助剤（クレモフォール（登録商標）、アルコール、油、変性油、グリコール、ポリソルベート、シクロデキストリン、ポリマー、および／またはその組み合わせなど）と混合する。
【０２７２】
直腸または膣投与のための組成物は、典型的には、周囲温度で固体であるが、体温で液体であり、したがって、直腸または膣腔内で融解し、有効成分を放出する適切な非刺激性の賦形剤（カカオバター、ポリエチレングリコール、または坐剤用ワックスなど）との組成物の混合によって調製することができる坐剤である。
【０２７３】
経口投与のための固体投薬形態には、カプセル、錠剤、丸薬、粉末、および顆粒が含まれる。かかる固体投薬形態では、有効成分を、少なくとも１つの不活性な薬学的に許容され得る賦形剤（クエン酸ナトリウムまたは第二リン酸カルシウムおよび／または充填剤またはエキステンダー（例えば、デンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、およびケイ酸）、結合剤（例えば、カルボキシメチルセルロース、アルギン酸塩、ゼラチン、ポリビニルピロリジノン、スクロース、およびアカシア）、湿潤剤（例えば、グリセロール）、崩壊剤（例えば、寒天、炭酸カルシウム、ジャガイモデンプン、タピオカデンプン、アルギン酸、一定のケイ酸塩、および炭酸ナトリウム）、溶液遅延剤（例えば、パラフィン）、吸収促進剤（例えば、第四級アンモニウム化合物）、湿潤薬（例えば、セチルアルコールおよびグリセロールモノステアラート）、吸収剤（例えば、カオリンおよびベントナイトクレイ）、および潤滑剤（例えば、タルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固体ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウム）、およびその混合物など）と混合する。カプセル、錠剤、および丸薬の場合、投薬形態は緩衝剤を含むことができる。
【０２７４】
本発明の化合物の局所および／または経皮投与のための投薬形態には、軟膏、ペースト、クリーム、ローション、ゲル、粉末、溶液、スプレー、吸入剤、および／またはパッチが含まれ得る。一般に、有効成分を、無菌条件下で薬学的に許容され得る賦形剤および／または任意の必要な防腐剤および／または必要であり得る緩衝液と混合する。さらに、本発明は、しばしば身体への化合物の送達を調節するという付加価値を有する経皮貼布の使用を意図する。かかる投薬形態を、例えば、適切な媒質への化合物の溶解および／または分配によって調製することができる。あるいはまたはさらに、速度調節膜の準備および／またはポリマーマトリックスおよび／またはゲル中の化合物の分散のいずれかによって速度を調節することができる。
【０２７５】
処方物および医薬品の製造における一般的考察は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１９ｔｈ  ｅｄ．，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ，１９９５（本明細書中で参考として援用される）中に見出すことができる。
【０２７６】
本発明は、薬学的組成物の投与のためのキットを提供する。例えば、いくつかの実施形態では、本発明は、少なくとも１用量のＨＡポリペプチド、ＨＡポリペプチド結合剤、ＨＡポリペプチド干渉剤、そのフラグメント、そのバリアント、および／またはその特徴的部分を含むキットを提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、最初の単位用量およびその後の単位用量の結合剤を含むキットを提供する。いくつかのかかる実施形態では、最初の単位用量がその後の単位用量より多いか、２つの用量が等しい。
【０２７７】
いくつかの実施形態では、キットは、送達デバイス（例えば、吸入器）の少なくとも１つの構成要素を含む。いくつかのかかる実施形態では、本発明は、送達デバイス（例えば、吸入器）の少なくとも１つの構成要素および一定用量のＨＡポリペプチド、ＨＡポリペプチド結合剤、ＨＡポリペプチド干渉剤、そのフラグメント、そのバリアント、および／またはその特徴的部分を含むキットを提供する。いくつかの実施形態では、キットは使用説明書を含む。
【０２７８】
Ｄ．投与
薬学的組成物を、必要とする任意の被験体（例えば、任意の動物）（ヒトが含まれる）に投与することができる。薬学的組成物を、単独または１つ以上の他の治療薬（ワクチンおよび／または抗体が含まれるが、これらに限定されない）との組み合わせのいずれかで投与することができる。「〜と組み合わせて」は、これらの送達方法が本発明の範囲内であるにもかかわらず、薬剤を同時に投与しなければならないことや、同時送達のために処方しなければならないことを意味することを意図しない。一般に、各薬剤を、その薬剤のために決定した用量および時間において投与するであろう。さらに、本発明は、その生物学的利用能を改善することができるか、その代謝を軽減または改変することができるか、その排泄を阻害することができるか、体内でのその分布を改変することができる薬剤と組み合わせた薬学的組成物の送達を含む。本発明の薬学的組成物を必要とする任意の被験体（例えば、任意の動物）の処置および／またはワクチン接種のために使用することができるにもかかわらず、これらを、最も好ましくは、ヒトの処置および／またはワクチン接種で使用する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物および／または結合剤を、１つ以上の抗ウイルス薬（例えば、オセルタミビル（タミフル）、ザナマビル（レレザ）など）および／またはシアリダーゼと組み合わせて投与する。
【０２７９】
薬学的組成物を、処置および／またはワクチン接種に有効な任意の投与量および任意の投与経路を使用して投与することができる。正確な必要量は、被験体の種、年齢、および全身状態、感染の重症度、特定の組成物、その投与様式、およびその活性様式などに応じて患者ごとに異なるであろう。薬学的組成物を、典型的には、それぞれ投与を容易にし、投薬量を均一にするために投薬単位形態で処方する。しかし、本発明の組成物の１日総使用量が健全な医学的判断の範囲内で担当医によって決定されると理解されるであろう。特定の被験体または生物に特異的な治療有効用量は、種々の要因（処置および／またはワクチン接種される障害および障害の重症度；使用される特異的ワクチン組成物の活性；投与後の組成物の半減期；被験体の年齢、体重、全身健康、性別、食事；使用される特異的化合物の投与時間、投与経路、および排泄率；処置の持続時間；使用される特異的化合物と組み合わせてか同時に使用される薬物などの要因；ならびに当該医学分野で周知の類似の要因が含まれる）に依存するであろう。
【０２８０】
本発明の薬学的組成物を、任意の経路で投与することができる。いくつかの実施形態では、本発明の薬学的組成物を、種々の経路（経口（ＰＯ）、静脈内（ＩＶ）、筋肉内（ＩＭ）、動脈内、髄内、髄腔内、皮下（ＳＱ）、脳室内、経皮、皮膚間、皮内、直腸（ＰＲ）、膣、腹腔内（ＩＰ）、胃内（ＩＧ）、局所（例えば、粉末、軟膏、クリーム、ゲル、ローション、および／または液滴）、粘膜、鼻腔内、口内、経腸、硝子体、舌下；気管内点滴注入、気管支点滴注入、および／または吸入；口腔噴霧剤、鼻内噴霧、および／またはエアロゾル、および／または門脈カテーテルが含まれる）によって投与する。
【０２８１】
一般に、最も適切な投与経路は、種々の要因（投与される薬剤の性質（例えば、投与時のその安定性）、被験体の状態（例えば、被験体が特定の投与様式に耐えることができるかどうか）などが含まれる）に依存するであろう。特定の実施形態では、薬学的組成物を鼻腔内投与することができる。特定の実施形態では、薬学的組成物を気管内点滴注入によって投与することができる。特定の実施形態では、薬学的組成物を気管支点滴注入によって投与することができる。特定の実施形態では、薬学的組成物を吸入によって投与することができる。特定の実施形態では、薬学的組成物を鼻内噴霧として投与することができる。特定の実施形態では、薬学的組成物を粘膜投与することができる。特定の実施形態では、薬学的組成物を経口投与することができる。特定の実施形態では、薬学的組成物を静脈内注射によって投与することができる。特定の実施形態では、薬学的組成物を筋肉内注射によって投与することができる。特定の実施形態では、薬学的組成物を皮下注射によって投与することができる。現在、経口もしくは鼻内噴霧またはエアロゾル経路（例えば、吸入による）が、肺および呼吸器系に治療薬を直接送達するために最も一般的に使用されている。しかし、本発明は、薬物送達科学であり得る進歩を考慮した任意の適切な経路による薬学的組成物の送達を含む。
【０２８２】
いくつかの実施形態では、吸入またはエアロゾル送達のための調製物は、複数の粒子を含む。いくつかの実施形態では、かかる調製物の平均粒径は、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、または１３ミクロンである。いくつかの実施形態では、吸入またはエアロゾル送達のための調製物を、乾燥粉末として処方する。いくつかの実施形態では、吸入またはエアロゾル送達のための調製物を、湿式粉体（例えば、湿潤剤の含有による）として処方する。いくつかの実施形態では、湿潤剤は、水、生理食塩水、または生理学的ｐＨの他の液体からなる群から選択される。
【０２８３】
いくつかの実施形態では、組成物を、液滴として鼻または口腔に投与する。いくつかの実施形態では、用量は、複数の液滴（例えば、１〜１００、１〜５０、１〜２０、１〜１０、１〜５など）を含むことができる。
【０２８４】
いくつかの実施形態では、組成物を、定量の薬学的組成物を送達させるデバイスを使用して投与する。
【０２８５】
薬学的組成物を、所望の結果を達成するのに適切な任意の用量で投与することができる。いくつかの実施形態では、所望の結果は、インフルエンザ感染の強度、重症度、および／または頻度の軽減、および／またはその１つ以上の症状の発生の遅延である。
【０２８６】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物を、インフルエンザＨＡとアンブレラトポロジーグリカンへの結合を競合するのに有効な用量のＨＡポリペプチド（例えば、そのバリアント、フラグメント、および／または特徴的部分）が投与されるように処方する。いくつかの実施形態では、インフルエンザＨＡによるかかる結合は、１つ以上の用量の組成物の投与後にかかる投与を行わないレベルと比較して減少する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物を、組成物を投与された被験体中（例えば、被験体の気道中）に存在する少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または９９％を超えるＨＡ結合部位（例えば、アンブレラトポロジーグリカンを含むＨＡ結合部位）を飽和させるのに有効なＨＡポリペプチドの用量が投与されるように処方する。
【０２８７】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物を、ＨＡ受容体と（例えば、インフルエンザウイルス粒子の表面上の）ＨＡポリペプチドへの結合を競合するのに有効な用量の干渉剤（例えば、アンブレラトポロジーグリカン模倣物）が投与されるように処方する。いくつかの実施形態では、インフルエンザＨＡポリペプチドのＨＡ受容体への結合は、１つ以上の用量の組成物の投与後にかかる投与を行わないレベルと比較して減少する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物を、組成物を投与された被験体中（例えば、被験体の気道中）に存在する少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または９９％を超えるＨＡ結合部位（例えば、アンブレラトポロジーグリカンを含むＨＡ結合部位）を飽和させるのに有効な干渉剤の用量が投与されるように処方する。
【０２８８】
一定の実施形態では、薬学的組成物を、所望の治療効果を得るために被験体体重において１日あたり約０．００１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、または約１ｍｇ／ｋｇ〜約２５ｍｇ／ｋｇの治療薬を送達させるのに十分な投薬レベルで投与することができる。所望の投薬量を、被験体に１回のみ送達させることができる。所望の投薬量を、１日３回超、１日３回、１日２回、１日１回、１日おき、３日おき、毎週、２週間毎、３週間毎、４週間毎、２ヶ月毎、６ヶ月毎、１２ヶ月毎、２年毎、３年毎、４年毎、５年毎、１０年毎、または２０年毎に送達させることができる。一定の実施形態では、所望の投薬量を、複数回の投与（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５回、またはそれを超える投与）を使用して送達させることができる。
【０２８９】
本発明の組成物を併用療法で使用することができると認識されるであろう。組み合わせレジメンで使用するための治療（例えば、治療薬または手順）の特定の組み合わせは、所望の治療薬および／または手順の適合性ならびに達成すべき所望の治療効果を考慮するであろう。使用した治療により、同一の目的のための所望の効果を達成することができるか（例えば、インフルエンザ感染症の処置、予防、および／または発症の遅延に有用な薬剤をインフルエンザ感染症の処置、予防、および／または発症の遅延に有用な別の薬剤と同時に投与することができる）、異なる効果（例えば、任意の有害作用の調節）を達成することができると認識されるであろう。本発明は、その生物学的利用能を改善し、その代謝を軽減および／または改変し、その排泄を阻害し、そして／または体内のその分布を改変することができる薬剤と組み合わせた薬学的組成物の送達を含む。
【０２９０】
本発明の薬学的組成物を、単独または１つ以上の他の治療薬と組み合わせて投与することができる。「〜と組み合わせて」は、これらの送達方法が本発明の範囲内であるにもかかわらず、薬剤を同時に投与しなければならないこと、および／または同時送達のために処方しなければならないことを意味することを意図しない。組成物を、１つ以上の所望の他の治療薬または医学的手順と同時、前、または後に投与することができる。組み合わせ中で使用される治療活性剤を単一の組成物中で共に投与することができるか、異なる組成物中で個別に投与することができると認識されるであろう。一般に、各薬剤を、その薬剤のために決定した用量および／または日程で投与するであろう。
【０２９１】
一般に、組み合わせて使用される薬剤を、薬剤が個別に使用されるレベルを超えないレベルで使用すると予想される。いくつかの実施形態では、組み合わせ中で使用されるレベルは、個別で使用されるレベルより低いであろう。
【０２９２】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物を、１つ以上の抗ウイルス薬（例えば、オセルタミビル（タミフル）、ザナマビル（レレザ）など）および／またはシアリダーゼと組み合わせて投与する。
【実施例】
【０２９３】
実施例１：２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡのグリカン結合特異性
本発明者らは、主にブタに感染する２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡのグリカン結合特異性を特徴付け、Ｈ１  ＨＡの変異形態（季節性およびパンデミックのインフルエンザＡのＨ１Ｎ１ウイルスの両方に由来するＨＡに特徴的な効率的なヒト−ヒト空気伝播のためにヒトに適応するであろう）を同定した。いくつかの２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１株が単離および配列決定されているにもかかわらず、これらの間にはいくつかの遺伝子内変異が存在する。したがって、本発明者らは、代表的な２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１ウイルス（すなわち、Ａ／カリフォルニア／０４０９（以後ＣＡ／０４という））由来のＨＡを使用した。
【０２９４】
材料と方法
ＣＡ／０４血球凝集素のヒト呼吸器組織への結合
ホルマリン固定し、パラフィン包埋した正常なヒト気管組織切片およびヒト肺胞組織切片を、それぞれＵＳ  ＢｉｏｌｏｇｉｃａｌおよびＵＳ  Ｂｉｏｍａｘから購入した。組織切片を脱パラフィンし、再水和し、１％ＢＳＡを含むＰＢＳにて室温（ＲＴ）で３０分間プレブロッキングした。ＨＡ−抗体プレ複合体を、２０μｇ／ｍｌの組換えＣＡ／０４  ＨＡタンパク質の一次抗体（マウス抗６×Ｈｉｓタグ、Ａｂｃａｍ）および二次抗体（Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８ヤギ抗マウスＩｇＧ、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ）とそれぞれ４：２：１の比率にて氷上で２０分間インキュベートすることによって生成した。組織結合研究を、組織切片の希釈したＨＡ−抗体複合体との室温で３時間のインキュベーションによって行った。細胞核を視覚化するために、切片を、ヨウ化プロピジウム（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；ＴＢＳＴ中１：１００）にて室温で２０分間対比染色した。シアリダーゼ前処置の場合、組織切片を、タンパク質とのインキュベーションの前に０．２単位のシアリダーゼＡ（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｕｒｅａｆａｃｉｅｎｓ由来の組換え体、Ｐｒｏｚｙｍｅ）と３７℃で３時間インキュベートした。次いで、切片を洗浄し、Ｚｅｉｓｓ  ＬＳＭ５１０レーザー走査型共焦点顕微鏡下で観察した。
ＣＡ／０４  ＨＡの用量依存性直接受容体結合
組換え的に発現したＣａ／０４  ＨＡの受容体特異性を、α２−３およびα２−６シアリル化グリカンの両方を含む一連のグリカンを使用して調査した。ストレプトアビジンコーティングした高結合能の３８４ウェルプレート（Ｐｉｅｒｃｅ）のウェルを、５０μｌの２．４μＭビオチン化グリカンと４℃で一晩インキュベートした。含まれるグリカンは３’−ＳＬＮ、３’−ＳＬＮ−ＬＮ、３’ＳＬＮ−ＬＮ−ＬＮ、６’−ＳＬＮ、および６’ＳＬＮ−ＬＮ（ＬＮはラクトサミン（Ｇａｌβ１−４ＧｌｃＮＡｃ）に対応し、３’ＳＬＮおよび６’ＳＬＮはそれぞれＬＮに結合したＮｅｕ５Ａｃα２−３およびＮｅｕ５Ａｃα２−６に対応する）であり、その供給源要求プログラムによってＣｏｎｓｏｒｔｉｕｍ  ｏｆ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  Ｇｌｙｃｏｍｉｃｓ（ｗｗｗ．ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｇｌｙｃｏｍｉｃｓ．ｏｒｇ）から入手した。ＨＡ複合体の保存液を、適量のＨＡタンパク質、一次抗体（マウス抗６×ＨｉｓタグＩｇＧ、Ａｂｃａｍ）および二次抗体（ＨＲＰ抱合ヤギ抗マウスＩｇＧ、Ｓａｎｔａｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）とそれぞれ４：２：１の比率にて氷上で２０分間インキュベートすることによって調製した。適量の予め複合体化したストックＨＡを、１％ＢＳＡを含む２５０μｌのＰＢＳで希釈した。５０μｌの予め複合体化したＨＡをグリカンコーティングした各ウェルに添加し、室温で２時間インキュベートし、その後にＰＢＳＴ（ＰＢＳ＋０．１％ツウィーン−２０）で３回洗浄し、ＰＢＳで３回洗浄した。結合シグナルを、製造者の説明書に従ってＡｍｐｌｅｘ  Ｒｅｄペルオキシダーゼアッセイ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用してＨＲＰ活性に基づいて決定した。適切なネガティブコントロールを含めた。
【０２９５】
結果
２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡのグリカン結合性
見かけ上の結合定数Ｋｄ’を使用して、ビオチン−ストレプトアビジン（ｓｔｒｅｐａｔｉｖｉｄｉｎ）ベースのグリカンアレイプラットフォーム上の代表的なヒト受容体およびトリ受容体へのＨＡの用量依存性結合を定量した（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１０５：２８００−０５（本明細書中で参考として援用される））。パラメータＫｄ’を、多価結合についてのヒル式を使用した結合データ（ＨＡ濃度範囲にわたる）のフィッティングによって計算することができる（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１０５：２８００−０５（本明細書中で参考として援用される））。三量体ＨＡ単位は、３つのＨＡ単量体（単量体あたり１つのＲＢＳを有する）から構成される。ストレプトアビジンプレートアレイのウェル中のビオチン化グリカンの空間的配置は、三量体ＨＡ単位中の３つのＨＡ単量体のうちのたった１つに結合することを好む。したがって、ＨＡ−グリカン相互作用における多価性を特異的に増強するために、以前に記載のように、組換えＨＡを一次抗体および二次抗体と４：２：１（ＨＡ：一次：二次）の比率で予め複合体化した（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１０５：２８００−０５；およびＳｔｅｖｅｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００６，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，４：８５７−６４（その両方が本明細書中で参考として援用される））。アレイプラットフォーム上のグリカンと比較したプレ複合体中の４つの三量体ＨＡ単位の同一の空間配置は異なるＨＡを通してアビディティ効果を均一にし、それ故、異なるＨＡのグリカン結合強度の間で定量的に比較することが可能である。
【０２９６】
２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡのグリカン結合性を、用量依存性直接受容体結合アッセイ（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ，１０５：２８００−５（本明細書中で参考として援用される））およびヒト肺組織結合アッセイ（Ｃｈａｎｄｒａｓｅｋａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２６：１０７−１３（本明細書中で参考として援用される））を使用して試験した。これらのアッセイを、以前に記載のように可溶性タンパク質を産生するようにデザインされた構築物を使用して組換え発現したＣＡ／０４  ＨＡを使用して行った（Ｃｈａｎｄｒａｓｅｋａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２６：１０７−１３（本明細書中で参考として援用される））。直接グリカン受容体結合アッセイでは、ＣＡ／０４  ＨＡは、単一のα２−６グリカン（６’ＳＬＮ−ＬＮ）のみへの用量依存性結合およびα２−３グリカンへの最小結合のみを示した（図９Ａ）。Ｃａｌ／０４  ＨＡの結合パターンが１９１８パンデミックインフルエンザＡウイルス（Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８；またはＳＣ１８）由来のＨＡの結合パターンと類似している一方で、ＣＡ／０４  ＨＡの結合親和性はＳＣ１８  ＨＡの結合親和性より低い（図９Ｂ）。
【０２９７】
ＣＡ／０４  ＨＡの組織結合の試験は、ＣＡ／０４  ＨＡがヒト気管（代表的な上気道の）組織切片の頂端面に均一に結合することを示す（図１０）。この結合パターンは、気管組織の頂端面上のα２−６シアリル化グリカンの支配的分布（Ｃｈａｎｄｒａｓｅｋａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２６：１０７−１３（本明細書中で参考として援用される））および直接結合アッセイにおけるＣＡ／０４  ＨＡのα２−６結合と相関する。ＣＡ／０４が肺胞へのいくらかの結合を示すにもかかわらず、この結合は気管結合ほど強くなく、直接結合アッセイで認められた最小のα２−３結合と一致する。
【０２９８】
上記データに基づいて、Ａ／２００９Ｈ１Ｎ１  ＨＡがパンデミックＳＣ１８  ＨＡの類似の結合選択性を有する一方で、そのα２−６結合親和性はＳＣ１８  ＨＡの親和性より実質的に低いことが明らかである。空気伝播効率（例えば、ヒトにおけるインフルエンザＡウイルス伝播のために確立された動物モデルであるフェレット動物モデルを使用）がウイルスＨＡのα２−６結合親和性と相関することが以前に証明されていた（Ｔｕｍｐｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００７，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３１５：６５５−５９（本明細書中で参考として援用される））。実際に、効率的に伝播するＳＣ１８ウイルスのＨＡ中の単一アミノ酸変異により、非効率に伝播するウイルス（ＮＹ１８）が得られた。ＮＹ１８  ＨＡのα２−６結合親和性は、ＳＣ１８  ＨＡの親和性よりも実質的に低かった（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ，１０５：２８００−５（本明細書中で参考として援用される））。類似の様式では、ＳＣ１８  ＨＡよりも実質的により低いＣＡ／０４  ＨＡのα２−６結合親和性は、このウイルスが効率的なヒト−ヒト空気伝播のためのヒト宿主への適応が依然として完全でなかったことを示す。この結論と一致して、ＣＡ０４  ＨＡのより低いヒト受容体結合強度は、高伝播性ＳＣ１８と比較して、フェレットにおいて認められたより低いＣＡ０４ウイルスの伝播効率と相関した（例えば、Ｔｕｍｐｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００７，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３１５：６５５−５９；およびＭａｉｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３２５：４８４−８７（その両方が本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。マウスにおいても類似の結果が得られた（Ｍａｉｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３２５：４８４−８７（本明細書中で参考として援用される））。
【０２９９】
２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡの構造分析
本研究で使用した２００９Ａ（Ｈ１Ｎ１）ＨＡの受容体結合部位（ＲＢＳ）（Ｓｏｕｎｄａｒａｒａｊａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２７：５１０−３（本明細書中で参考として援用される））ならびにＳＣ１８および最近の季節性インフルエンザＨ１Ｎ１ウイルス由来の受容体結合部位を比較した（図１１）。ＣＡ／０４  ＨＡとＳＣ１８  ＨＡとの間の結合パターンの類似性は、Ａｓｐ１９０およびＡｓｐ２２５（α２−６グリカンと最適に接触するヒト適応Ｈ１Ｎ１  ＨＡの「顕著な特徴のある」アミノ酸である）を含むこれらのＨＡの間の「類似または相似」ＲＢＳ残基の大部分から潜在的に生じ得る。ＳＣ１８とＣＡ／０４  ＨＡとの間のＲＢＳの相違は、１４５位、１８６位、１８９位、２１９位、および２２７位で起こる。ＣＡ／０４  ＨＡは、シアル酸のためのさらなる係留接触が得られる固有のＬｙｓ１４５を有する（Ｓｏｕｎｄａｒａｒａｊａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２７：５１０−３（本明細書中で参考として援用される））。Ａｓｐ１９０との相互作用ネットワークが形成されるように１８６、１８７、１８９の残基を配置する（Ｓｏｕｎｄａｒａｒａｊａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２７：５１０−３（本明細書中で参考として援用される））。ＳＣ１８  ＨＡの場合、このネットワークは、Ｔｈｒ１８７、Ｔｈｒ１８９、およびＡｓｐ１９０の酸素原子を含む（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ，１０５：２８００−５；およびＧａｍｂｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０３，１８３８−４２（その両方が本明細書中で参考として援用される））。類似の様式で、ＣＡ／０４  ＨＡの場合、Ｓｅｒ１８６、Ｔｈｒ１８７、およびＡｓｐ１９０の酸素原子は、このネットワークを潜在的に形成することができる。残基２１９および２２７は、同様に、残基１８６の配向に影響を及ぼす。残基２１９および２２７の比較（図１１）により、両アミノ酸のいずれかが疎水性であるか（Ａｌａ２１９およびＡｌａ２２７など）（ＳＣ１８  ＨＡで認められるように）、これらが荷電残基（Ｌｙｓ２１９およびＧｌｕ２２７など）である（季節性インフルエンザＨＡで認められるように）ことが明らかとなる。本発明は、２００９Ａ（Ｈ１Ｎ１）ＨＡが完全に疎水性ではなく、完全に荷電もされていない相互作用組が得られるＩｌｅ２１９とＧｌｕ２２７との固有の組み合わせを有するという認識を含む。この組み合わせは、１８６、２１９、および２２７の残基の疎水性またはイオン性のネットワークを不安定化し、それにより、α２−６シアリル化グリカンとの最適な接触を破壊することができる（図１２）。２００９Ａ（Ｈ１Ｎ１）ＨＡのＲＢＳの分析により、類似の結合パターンにもかかわらずＳＣ１８  ＨＡと比較してＣＡ／０４  ＨＡのα２−６結合親和性が低いことに対する説明が得られる。（図９）。
【０３００】
構造分析（図１２）により、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１  ＨＡに固有のＲＢＳ中のアミノ酸の組み合わせに起因するより低い親和性が説明される。本発明は、ＲＢＳ中の変異によってα２−６グリカンとの最適な接触のためのＡｓｐ１９０の配置の問題を解決することができ、それ故、α２−６結合に対する親和性が増加し得るという認識を含む。本発明によれば、この問題を解決すると考えられる変異の可能な組み合わせには、以下が含まれる。
・Ｉｌｅ２１９→Ｌｙｓ：これは、残基２１９位、２２２位、２２５位、２２７位の間の相互作用ネットワークを実質的に（完全でないにしても）イオン性にし、次いで、Ａｓｐ１９０との相互作用を得るためにＳｅｒ１８６が配置され、次いで、α２−６と接触させるためにＡｓｐ１９０を配置するであろう。変異ＨＡ中の相互作用ネットワークのこの部分は、最近の季節性インフルエンザＨ１Ｎ１  ＨＡで認められる部分に類似する。
・Ｓｅｒ１８６→Ｐｒｏ／Ａｌａ１８９→Ｔｈｒ／Ｇｌｕ２２７→Ａｌａ：これは、残基１８６位、２１９位、および２２７位の間の相互作用ネットワークを疎水性にし、変異ＨＡ中のＴｈｒ１８９がＴｈｒ１８７と共にＡｓｐ１９０との相互作用を得るために配置され、次いでα２−６と接触させるためにＡｓｐ１９０を配置するであろう。変異ＨＡ中の相互作用ネットワークのこの部分は、ＳＣ１８で認められる部分に類似する。
【０３０１】
上で列挙した変異の両組み合わせにより、いかなる最近の季節性インフルエンザＨ１Ｎ１  ＨＡおよびＳＣ１８  ＨＡとも異なる固有のＨＡが得られる。
【０３０２】
考察
２００９年の初期に、新規のＨ１Ｎ１インフルエンザウイルス株（２００９Ｈ１Ｎ１という）は、北米トリプルリアソータントブタＨ１ウイルスが起源であった。このウイルスによって提起された世界的な健康の脅威により、その後ＷＨＯはこの株をパンデミックと分類した（ＷＨＯ，２００９，Ｗｅｅｋｌｙ  Ｅｐｉｄ．Ｒｅｃ．，８４：２４９−５７（本明細書中で参考として援用される））。鍵となる２００９Ｈ１Ｎ１インフルエンザウイルスタンパク質の大規模な配列および構造分析に基づいて、本発明者らは、ウイルスの性質（ウイルス血球凝集素（ＨＡ）のグリカン−受容体結合、薬物耐性、ビルレンス、および伝播性が含まれる）を調査した（例えば、Ｒｅｓｕｌｔｓ  ａｂｏｖｅ  Ｓｏｕｎｄａｒａｒａｊａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２７：５１０−１３（本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。ＣＡ／０４  ＨＡがα２−６グリカンに優先的に結合する（α２−３グリカンと対照的）ことが証明された上記の実施例１に示す結果と対照的に、Ｃｈｉｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．（２００９，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２７：７９７−９９（本明細書中で参考として援用される））は、その後に脂質ベースのグリカンアレイプラットフォームの文脈で２００９Ｈ１Ｎ１ウイルスがα２→３−（トリ受容体）およびα２→６−（ヒト受容体）結合シアリル化グリカンの両方に結合したことを報告した。
【０３０３】
グリカンアレイプラットフォーム上の全ウイルスの分析は、Ｃｈｉｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．によって報告されるように、ＨＡのグリカン受容体結合部位（ＲＢＳ）中のアミノ酸置換から生じる結合のわずかな相違を理解するためのいくつかの課題を示す。例えば、１つの一般的に使用されているウイルス力価の測定方法は、ウイルスが赤血球（ＲＢＣ）を凝集する能力（ＲＢＣ表面上のシアリル化グリカン受容体へのウイルスＨＡの結合によって媒介される性質）に基づく。しかし、グリカン−受容体結合性が変化した変異株を相互または基準野生型（ＷＴ）株と比較するためにこの方法を使用すると、ウイルスのＷＴおよび変異形態の同一の赤血球凝集力価が同数のウイルス粒子に対応しないかもしれないという事実によって複雑になる。直接標識したウイルスの使用（Ｋｕｍａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００７，Ｖｉｒｏｌ．Ｊ．，４：４２（本明細書中で参考として援用される））またはＣｈｉｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．によって報告された等濃度のウイルスタンパク質に基づいたウイルス力価の調整（例えば、ゲル電気泳動を使用）によって、この問題を一定範囲に回避することができる。
【０３０４】
実施例１に示したデータおよび結論後に公開された研究は、（典型的には、高いウイルス濃度またはＨＡ濃度での）定性的特徴に注目している。これらの研究を、アレイ上の最大数のグリカンについて結合シグナルを認めることができるようにデザインした（例えば、Ｃｈｉｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２７：７９７−９９；およびＨｕａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０，ＰＬｏＳ  Ｃｕｒｒｅｎｔｓ：Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ（その両方が本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。これらの研究は、所与のＨＡまたはウイルスに結合するトリ受容体およびヒト受容体数の漠然とした考えを提供しているが、ＨＡ−グリカン相互作用の結合強度（または親和性）を定量および比較するのに適切ではない。対照的に、本発明者らは、ＨＡ濃度範囲にわたる結合を分析するアッセイのデザインおよびアビディティおよび／または協同性の影響を考慮することによる飽和へのアプローチの測定によって定量的情報を得た。
【０３０５】
まとめると、本発明者らは、２００９Ｈ１Ｎ１のＨＡ−グリカン受容体結合性を特徴付けた。本発明者らは、代表的な２００９Ｈ１Ｎ１ウイルス（Ａ／カリフォルニア／０４／０９または「ＣＡ０４」）由来のＨＡがグリカンアレイプラットフォームおよびヒト上気道上皮上のヒト受容体に特異的に結合し、トリ受容体への観察可能な結合は示さないことを証明した（上記の結果およびＭａｉｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３２５：４８４−８７（本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。しかし、ＣＡ０４  ＨＡのヒト受容体への結合強度は、プロトタイプの１９１８Ｈ１Ｎ１パンデミックであるＡ／サウスカロライナ／１／１９１８（「ＳＣ１８」）由来のＨＡの結合強度より実質的に低かった（上記の結果およびＭａｉｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３２５：４８４−８７（本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。ＣＡ０４  ＨＡのより低いヒト受容体結合強度は、フェレットにおける高伝播性ＳＣ１８（Ｔｕｍｐｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００７，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３１５：６５５−５９（本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）と比較して、観察されたＣＡ０４ウイルスのより低い伝播効率と相関していた（上記の結果およびＭａｉｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３２５：４８４−８７（本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。ＣＡ０４  ＨＡによるトリ受容体への観察可能な結合の欠如は、最近の２００９Ｈ１Ｎ１  ＨＡのグリカンマイクロアレイ分析（Ｈｕａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０，ＰＬｏＳ  Ｃｕｒｒｅｎｔｓ：Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ（本明細書中で参考として援用される））と一致するが、全ウイルスを使用したＣｈｉｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．による報告における所見と対照的である。いかなる特定の理論にも拘束されることを望まないが、これらの相違は、ＨＡの提示の相違（例えば、全ウイルス上と比較した組換えタンパク質）および異なるアレイプラットフォーム中のグリカン受容体に起因し得る（Ｃｈｉｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．を参照のこと）。
【０３０６】
実施例２：２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１単離体と１９１８および１９３０パンデミック株単離体との比較
１９１８年および１９３０年に、その親株と比較してヒト感染性が増強されたＨ１インフルエンザウイルス株が出現した。これらの各株は、ヒトにおいてインフルエンザ感染症のパンデミックを引き起こした。
【０３０７】
本発明者らは、Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８株およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０株の結合および／または配列の特徴を代表的な２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１株であるＡ／カリフォルニア／０４０９（ＣＡ／０４）と比較した。本発明は、他の２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１株について類似の結果が得られるであろうという認識を含む。本発明は、２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１がＡ／サウスカロライナ／１／１９１８株およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０株の両方、特に１９１８株と有意に類似することを証明している（図４Ａ〜Ｃ）。この所見は、とりわけ、（１）Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８株およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０株、特に１９１８株に対する免疫化によって２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１に対するいくつかの交差反応性防御を得ることができ、そして／または（２）Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８株およびＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０株、特に１９１８株に事前に曝露された個体が、（ａ）感染に対してより低い罹患しやすいことができ、したがって、事前に曝露されていない個体よりもワクチン接種および／または処置の必要性が低いことを証明することができ、（ｂ）より低い濃度、より低い効力、および／またはより低い投薬頻度でのワクチンおよび／または治療組成物が必要であり得、そして／または（ｃ）以前の曝露によって初回刺激を受け、おそらく首尾の良いワクチン接種を達成することができることを意味する。
【０３０８】
実施例３：Ｈ１  ＨＡポリペプチドの結合特性
当業者は、本明細書を読んだ後、本明細書中に記載の技術を使用して任意の供給源由来のＨ１ポリペプチドの結合特性を分析または決定することができると認識するであろう。以下の表４は、種々の株由来の種々のＨ１  ＨＡポリペプチドの配列を提供する。表４に示したいくつかの配列は、ＨＡ１領域（例えば、グリカン受容体結合部位の全部または一部を含む）に対応する。多数のさらなるＨ１  ＨＡポリペプチド配列を、公共データベース（ＧＩＳＡＩＤインフルエンザポータルデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｐｌａｔｆｏｒｍ．ｇｉｓａｉｄ．ｏｒｇ／ｄａｎｔｅ−ｃｍｓ／ｌｉｖｅ／ｓｔｒｕｋｔｕｒ．ｊｄａｎｔｅ？ａｉｄ＝１１３１）および／またはＮＣＢＩ  Ｆｌｕデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｏｍｅｓ／ＦＬＵ／ＦＬＵ．ｈｔｍｌ）が含まれるが、これらに限定されない）からアクセスすることができる。
表４：例示的なＨ１  ＨＡポリペプチドの配列
【０３０９】
【表４−１】
0005886194.tif 000015
【０３１０】
【表４−２】
0005886194.tif 000016
【０３１１】
【表４−３】
0005886194.tif 000017
これらの株の結合特性を、例えば、アンブレラ−トポロジーグリカンおよび／またはコーン−トポロジーグリカンに関して評価することができる。結合特性を、例えば、α２−６シアリル化グリカンおよび／またはα２−３シアリル化グリカンに関して評価することができる。いくつかの実施形態では、結合特性を、少なくとも長鎖α２−６シアリル化グリカン（例えば、６’ＳＬＮ−ＬＮグリカン）に関して評価する。
【０３１２】
当業者は、本明細書を読んだ後、適切なグリカン結合特性および／または適切なヒト感染性（例えば、ヒトパンデミック感染性ではない）を示す表４に列挙した任意のＨ１ポリペプチドを、「増強された」ヒト結合Ｈ１  ＨＡポリペプチドを比較する基準として使用することができると認識するであろう。同程度に、適切なグリカン結合特性（例えば、コーン−トポロジーグリカンと比較したアンブレラ−トポロジーグリカンへの広範な結合および／またはアンブレラ−トポロジーグリカンの優先性）および／または適切なヒト感染性（例えば、ヒトパンデミック感染性）を示す表４に列挙した任意のＨ１ポリペプチドを、特定のＨ１  ＨＡポリペプチド（例えば、特定のＨ１  ＨＡポリペプチドバリアント）の「増強された」ヒト結合を確認するための比較因子として使用することができる。
【０３１３】
実施例４：変異した２００９Ｈ１Ｎ１インフルエンザＡウイルスＨＡの受容体結合特性
材料と方法
ＨＡのクローニング、バキュロウイルス合成、発現、および精製
簡潔に述べれば、それぞれＷＴまたは変異ＨＡ遺伝子を有する組換えバキュロウイルスを使用して、ＢＤ  Ｂａｃｕｌｏｇｏｌｄ  Ｍａｘ−ＸＰ  ＳＦＭ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ，ＣＡ）中で培養されたＳｆ９細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）の懸濁培養物を感染させた（ＭＯＩ＝１）。感染をモニタリングし、感染３〜４日後に馴化培地を採取した。採取した馴化培地由来の可溶性ＨＡを、ニッケルアフィニティクロマトグラフィ（ＨｉｓＴｒａｐ  ＨＰカラム，ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）を使用して精製した。ＨＡを含む溶離画分をプールし、濃縮し、１００ＫＭＷＣＯスピンカラム（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ，ＭＡ）を使用して１×ＰＢＳ（ｐＨ８．０）（Ｇｉｂｃｏ）と緩衝液を交換した。精製したタンパク質を、ＢＣＡ法（Ｐｉｅｒｃｅ）を使用して定量した。
ＣＡ／０４および変異体の相同性ベースの構造モデリング
ＳＷＩＳＳ−ＭＯＤＥＬウェブベースの自動化相同性モデリングプラットフォーム（ｈｔｔｐ：／／ｓｗｉｓｓｍｏｄｅｌ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／）を使用して、ＣＡ０４、ＣＡ０４Ｍ１、およびＣＡ０４Ｍ２の相同性構造モデルを構築した。ＳＷＩＳＳ−ＭＯＤＥＬによって選択されたテンプレート構造は、２００９Ｈ１Ｎ１  ＨＡの最近解決された結晶構造（ＰＤＢ  ＩＤ：３ＬＺＧ）であった。ＨＡ−ヒト受容体複合体の出発ポーズを、ヒト受容体を有する１９１８Ｈ１Ｎ１  ＨＡの共結晶構造（ＰＤＢ  ＩＤ：２ＷＲＧ）でのモデリングしたＨＡ構造の重ね合わせによって得た。出発構造複合体を、エネルギー最小化（５００工程の最急降下およびその後の５００工程の共役勾配）に供した。ＡＭＢＥＲ力場を使用して、電位および電荷を割り当てた。ＡＭＢＥＲのデフォルトバージョンは、ＩｎｓｉｇｈｔＩＩ分子モデリングスイート（Ａｃｃｅｌｒｙｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）のディスカバーモジュールを使用して得たものであった。
組換えＷＴおよび変異ＣＡ０４  ＨＡのヒト気管組織切片への結合
パラフィン処理したヒト気管（ＵＳ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）組織切片を脱パラフィンし、再水和し、１％ＢＳＡを含むＰＢＳと３０分間インキュベートして非特異的結合を防止した。ＨＡを、一次抗体（マウス抗６×Ｈｉｓタグ、Ａｂｃａｍ）および二次抗体（Ａｌｅｘａ  ｆｌｕｏｒ  ４８８ヤギ抗マウス、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）とそれぞれ４：２：１のモル比率にて氷上で２０分間予め複合体化した。組織結合を、予め複合体化したＨＡの１％ＢＳＡ−ＰＢＳでの希釈によって異なるＨＡ濃度にわたって行った。次いで、組織切片を、ＨＡ−抗体複合体と室温（ＲＴ）で３時間インキュベートした。組織切片を、ヨウ化プロピジウム（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；ＴＢＳＴ中１：１００）によって対比染色した。組織切片をマウントし、次いで、共焦点顕微鏡下（Ｚｅｉｓｓ  ＬＳＭ５１０レーザー走査型共焦点顕微鏡法）で観察した。シアリダーゼ前処置の場合、組織切片を、タンパク質とのインキュベーションの前に０．２単位のシアリダーゼＡ（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｕｒｅａｆａｃｉｅｎｓ由来の組換え体、Ｐｒｏｚｙｍｅ）と３７℃で３時間インキュベートした。この酵素は、Ｎｅｕ５Ａｃα２→３ＧａｌおよびＮｅｕ５Ａｃα２→６Ｇａｌモチーフの両方から末端Ｎｅｕ５Ａｃを切断することを証明している。
【０３１４】
ＷＴおよび変異ＣＡ０４  ＨＡの用量依存性直接結合
多価ＨＡ−グリカン相互作用を調査するために、以前に記載のように（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１０５：２８００−０５（本明細書中で参考として援用される））、ストレプトアビジンプレートアレイは、代表的なビオチン化α２→３およびα２→６シアリル化グリカンを含んでいた（図１４）。３’ＳＬＮ、３’ＳＬＮ−ＬＮ、３’ＳＬＮ−ＬＮ−ＬＮは代表的なトリ受容体である。６’ＳＬＮおよび６’ＳＬＮ−ＬＮは代表的なヒト受容体である。ビオチン化グリカンを、その供給源要求プログラムによってＣｏｎｓｏｒｔｉｕｍ  ｏｆ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  Ｇｌｙｃｏｍｉｃｓから入手した。ストレプトアビジンコーティングした高結合容量３８４ウェルプレート（Ｐｉｅｒｃｅ）を、ウェルを５０μｌの２．４μＭビオチン化グリカンと４℃で一晩インキュベートすることによって各ウェルの全容量に負荷した。過剰なグリカンを、ＰＢＳでの十分な洗浄によって除去した。三量体ＨＡ単位は、３つのＨＡ単量体（それ故、３つのＲＢＳ、各単量体について１つ）から構成される。ストレプトアビジンプレートアレイのウェル中のビオチン化グリカンの空間配置は、三量体ＨＡ単位中の３つのＨＡ単量体のうちのたった１つに結合することを好む。したがって、ＨＡ−グリカン相互作用における多価性を特異的に増強するために、組換えＨＡタンパク質を一次抗体および二次抗体と４：２：１（ＨＡ：一次：二次）の比率で予め複合体化した。全てのＨＡについてのプレ複合体中の４つの三量体ＨＡ単位の同一の空間配置により、そのグリカン結合親和性の間の比較が可能である。
【０３１５】
適量のヒスチジンタグ化ＨＡタンパク質，一次抗体（マウス抗６×ＨｉｓタグＩｇＧ）および二次抗体（ＨＲＰ抱合ヤギ抗マウスＩｇＧ（Ｓａｎｔａｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）をそれぞれ４：２：１の比率で含む保存液を氷上で２０分間インキュベートした。適量の予め複合体化した保存ＨＡを、１％ＢＳＡを含むＰＢＳを用いて２５０μｌに希釈した。５０μｌの予め複合体化したＨＡを、グリカンコーティングした各ウェルに添加し、室温で２時間インキュベートし、その後に上記洗浄工程を行った。結合シグナルを、製造者の説明書に従ってＡｍｐｌｅｘ  Ｒｅｄペルオキシダーゼアッセイ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，ＣＡ）を使用してＨＲＰ活性に基づいて決定した。実験を三連で行った。最小結合シグナルは、ネガティブコントロールで認められた（予め複合体化した単位のグリカンを含まないウェルへの結合および抗体のみのグリカンを含むウェルへの結合が含まれる）。Ｈ２  ＨＡ−グリカン結合についての結合パラメータ、協同性（ｎ）、および見かけ上の結合定数（Ｋｄ’）を、平均シグナル値（三連の分析由来）およびＨＡ濃度のヒル式の線形化形態：
【０３１６】
【化８】
0005886194.tif 000018
（式中、ｙは飽和度（平均結合シグナル／観察された最大結合シグナル）である）へのフィッティングによって計算した。ヒル式：
【０３１７】
【化９】
0005886194.tif 000019
（ｎおよびＫｄ’パラメータの組について）を使用して計算した理論値ｙを種々の濃度のＨＡに対してプロットして、図１５Ｄおよび図１６中に代表的なヒト受容体（６’ＳＬＮ−ＬＮ）についての結合曲線を得た。
【０３１８】
結果
ＣＡ０４Ｍ１（Ｉｌｅ２１９→Ｌｙｓ）およびＣＡ０４Ｍ２（Ｓｅｒ１８６→Ｐｒｏ＋Ａｌａ１８９→Ｔｈｒ＋Ｇｌｕ２２７→Ａｌａ）
実施例１では、ＣＡ０４のＲＢＳの配列および構造を、高伝播性ヒト適応Ｈ１Ｎ１  ＨＡと比較した。実施例１では、本発明者らは、ＣＡ０４  ＨＡ中のＩｌｅ２１９（疎水性）とＧｌｕ２２７（イオン性）との間の残基間相互作用の不適合がヒト受容体とのその最適な接触を潜在的に破壊し、それにより、結合強度の低下を担うと予想した（図１３Ａ）（Ｍａｉｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３２５：４８４−８７（本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。いかなる１つの特定の理論にも拘束されることを望まないが、この不適合は、ＲＢＳ中のＡｓｐ２２５に変異を獲得したにもかかわらず、天然バリアントがヒト受容体結合強度を実質的に改善する能力がないことを説明することができる。実施例１で説明するように、本発明者らは、この不適合の組み合わせの修正によって２００９Ｈ１Ｎ１  ＨＡのヒト受容体結合強度が改善されると洞察した。実施例１に示すように、ＣＡ０４  ＨＡのＲＢＳの構造分析により、この不適合の２つの可能な修正方法が示された。第１の可能性は、Ｌｙｓ２１９−Ｇｌｕ２２７相互作用をイオン性にすると考えられる単一のＩｌｅ２１９→Ｌｙｓ変異（ＣＡ０４Ｍ１）（図１３Ｂ）（季節性Ｈ１Ｎ１インフルエンザウイルスのＲＢＳで認められるものに類似する）に関連していた（Ｍａｉｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３２５：４８４−８７（本明細書中で参考として援用される））。第２の可能性は、相互作用を疎水性にすると考えられる３つのアミノ酸変化（Ｓｅｒ１８６→Ｐｒｏ／Ａｌａ１８９→Ｔｈｒ／Ｇｌｕ２２７→Ａｌａ（ＣＡ０４Ｍ２））（図１３Ｃ）（ＳＣ１８  ＨＡのＲＢＳで認められるもの（図１３Ｄ）に類似する）に関連していた。本発明者らは、ＣＡ０４Ｍ１変異体およびＣＡ０４Ｍ２変異体の組換え発現および用量依存性グリカンアレイ分析を使用したこれら（その予め複合体化した状態での）の分析によるその各グリカン受容体結合強度の定量によって実施例１に記載の予想が正確であることを確認した。
【０３１９】
ＣＡ０４Ｍ１およびＣＡ０４Ｍ２は、アレイ上での両方の代表的なヒト受容体（６’ＳＬＮおよび６’ＳＬＮ−ＬＮ；図１４）の特異的結合を示した（２０〜４０μｇ／ｍｌのより高い濃度でトリ受容体への最小結合シグナルのみが認められた）（図１５Ａ、Ｂ）。６’ＳＬＮ−ＬＮへのＣＡ０４Ｍ１（Ｋｄ’約５０ピコモル（ｐＭ））およびＣＡ０４Ｍ２（Ｋｄ’約６ｐＭ）の結合強度は、ＣＡ０４  ＨＡ（および２２５位での天然バリアント）よりも有意に高く、ＳＣ１８  ＨＡと同一範囲にある（図１５Ｃ）。ＣＡ０４、ＣＡ０４Ｍ１、およびＣＡ０４Ｍ２  ＨＡのヒト受容体結合強度の相違はまた、ヒト気管組織切片の頂端面（ヒト受容体を主に発現し、呼吸器液滴による有効なウイルス伝播のための標的である）のその染色を反映していた（例えば、Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１０５：２８００−０５；およびＣｈａｎｄｒａｓｅｋａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２６：１０７−１３（その両方が本明細書中で参考として援用される）を参照のこと）。ＣＡ０４  ＨＡと比較して、ＣＡ０４Ｍ１およびＣＡ０４Ｍ２の両ＨＡは、ヒト気管組織切片の頂端面のより強い染色を示す（図１５Ｄ）。したがって、実施例１で予想されるように、ＣＡ０４Ｍ１およびＣＡ０４Ｍ２の両ＨＡは、ヒトＨＡ受容体結合強度を改善した。
【０３２０】
Ｃｈｉｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．によって記載された定性的結合アッセイと対照的に、本発明者らは、ＷＴおよび変異体のＨＡの相対グリカン受容結合強度の相違を定量することができる組換えＨＡを使用して用量依存性結合アッセイを行った。かかるアッセイを使用して、本発明者らは、ＷＴ  ＨＡと比較して有意により高いヒト受容体結合強度を有するＣＡ０４  ＨＡの変異体（ＣＡ０４Ｍ１およびＣＡ０４Ｍ２）を証明した。これらの結果により、実施例１に示した予想（すなわち、２００９Ｈ１Ｎ１  ＨＡのＲＢＳ中の不適合な分子相互作用の修正によってそのヒト受容体結合強度が実質的に増加すること）が確証された。本発明は、定性的結合アッセイがおそらくこれらの変異の同定に失敗したであろうという認識を含む。
【０３２１】
本発明は、増加したヒト受容体結合強度を示す変異体２００９Ｈ１Ｎ１  ＨＡがおそらく２００９Ｈ１Ｎ１株のヒト伝播の増強を促進しそうであるという認識を含む。実際に、ヒト受容体結合強度は、１９１８パンデミックＨ１Ｎ１ウイルスのヒト−ヒト伝播性と相関することが示されている（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１０５：２８００−０５；およびＴｕｍｐｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００７，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３１５：６５５−５９（その両方が本明細書中で参考として援用される））。さらに、本発明は、かかる変異体ＨＡが本明細書中に記載のワクチンおよび／または治療薬の産生に有用であり得るという認識を含む。
ＣＡ０４Ｍ３（Ａｓｐ２２５→Ｇｌｕ）、ＣＡ０４Ｍ４（Ａｓｐ２２５→Ａｓｎ）、およびＣＡ０４Ｍ５（Ａｓｐ２２５→Ｇｌｙ）
２００９Ｈ１Ｎ１ウイルスの最近の単離体はＨＡのＲＢＳに変異を獲得しており、したがって、より高い病原性および伝播性を示す株の潜在的進化に関する懸念が生じている（Ｍｅｌｉｄｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍａｙ  ２０，２０１０，Ｖｉｒｕｓ  Ｒｅｓ．（本明細書中で参考として援用される））。特に、ヒト受容体結合に関与するＡｓｐ２２５（Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１０５：２８００−０５（本明細書中で参考として援用される））がＧｌｕ、Ａｓｎ、またはＧｌｙに変異している。血球凝集素（ＨＡ）のグリカン受容体結合部位（ＲＢＳ）中のかかる変異のモニタリングは、２００９Ｈ１Ｎ１ウイルスのヒト−ヒト伝播性に及ぼすその影響を評価するのに有用であり得る。２２５変異体の結合特異性の定性的評価は、その結合性がＷＴ  ＨＡに類似することを示した（Ｈｕａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０，ＰＬｏＳ  Ｃｕｒｒｅｎｔｓ：Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ（本明細書中で参考として援用される））。対照的に、本発明者らは、用量依存性グリカンアレイ結合分析を使用したヒト受容体結合強度に及ぼすＣＡ０４  ＨＡの状況で生成されたＡｓｐ２２５変異の影響についての定量的分析を行った（図１６）。
【０３２２】
本発明者らの分析は、代表的なヒト受容体への結合特異性（６’ＳＬＮ−ＬＮ；図１４）がＡｓｐ２２５→Ｇｌｕ（ＣＡ０４Ｍ３）とＡｓｐ２２５→Ａｓｎ（ＣＡ０４Ｍ４）変異体との間で同一であり、これは以前の研究で得られた結果と一致することを証明している（Ｈｕａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０，ＰＬｏＳ  Ｃｕｒｒｅｎｔｓ：Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ（本明細書中で参考として援用される））。しかし、そのヒト受容体結合強度は異なっていた（ＣＡ０４Ｍ４（Ｋｄ’約０．７ナノモル（ｎＭ））＞ＣＡ０４（Ｋｄ’約１ｎＭ）＞＞ＣＡ０４Ｍ３（Ｋｄ’約７ｎＭ））。Ａｓｐ２２５→Ｇｌｙ（ＣＡ０４Ｍ５）変異体は劇的に減少したヒト受容体への用量依存性結合を示し、これはトリ受容体にも結合した。ＣＡ０４Ｍ５変異体の代表的なトリ受容体への結合は、以前の研究と一致する（Ｈｕａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０，ＰＬｏＳ  Ｃｕｒｒｅｎｔｓ：Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ（本明細書中で参考として援用される））。実施例１およびＭａｉｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．（２００９，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３２５：４８４−８７（その両方が本明細書中で参考として援用される））に記載のようにフェレットおよびマウスにおいて伝播研究を行い、これらの結果を確認する。まとめると、２２５位に天然のアミノ酸置換を有する変異体は、ＷＴ  ＨＡよりも実質的に改善されたヒト受容体結合強度を示さない。
【０３２３】
等価物
当業者は、日常的実験しか使用せずに、本明細書中に記載の本発明の特定の実施形態の多数の等価物を認識するか確認することができる。本発明の範囲は、上記説明に制限されることを意図せず、むしろ、以下の特許請求の範囲に記載の通りである。
【０３２４】
本発明は、例えば以下を提供する。
（項目１）  野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してアンブレラ−トポロジーグリカンへの結合の増強を示す、改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目２）  前記改変ポリペプチドが、野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較して少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、または少なくとも１０００倍のアンブレラ−トポロジーグリカンへの結合の増強を示す、項目１に記載の改変ポリペプチド。
（項目３）  野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してインフルエンザウイルスのヒトへの感染性の増強を引き起こす改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目４）  前記改変ポリペプチドが、野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してインフルエンザウイルスの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、または少なくとも１０００倍のヒトへの感染性の増強を引き起こす、項
目３に記載の改変ポリペプチド。
（項目５）  Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０によって示される、インフルエンザウイルスの類似レベルのヒトへの感染性を引き起こす改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目６）  インフルエンザ株Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０中に存在するＨ１  ＨＡポリペプチドと類似レベルのアンブレラトポロジーグリカンへの結合を示す改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目７）  コーントポロジーグリカンよりもむしろアンブレラトポロジーグリカンに優先的に結合する改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目８）  Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントであって、その同族親Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較して１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のアミノ酸の置換、挿入、または欠失を含む、Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
（項目９）  前記ポリペプチドバリアントが、その同族親Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してアンブレラ−トポロジーグリカンへの結合の増強を示す、項目８に記載のポリペプチドバリアント。
（項目１０）  前記ポリペプチドバリアントがその同族親Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してインフルエンザウイルスのヒトへの感染性の増強を引き起こす、項目８に記載のポリペプチドバリアント。
（項目１１）  ２１９、１８６、１８９、および２２７からなる群から選択される１つ以上のアミノ酸位置に変異を含むＨ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
（項目１２）  Ｌｙｓ１４５Ｓｅｒ、Ｌｙｓ１４５Ａｓｎ、Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ、Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａからなる群から選択される変異を含むＨ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
（項目１３）  Ｉｌｅ２１９Ｌｙｓ変異を含むＨ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
（項目１４）  アミノ酸２２５位に変異をさらに含む、項目１３に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
（項目１５）  Ｓｅｒ１８６Ｐｒｏ、Ａｌａ１８９Ｔｈｒ、およびＧｌｕ２２７Ａｌａ変異を含むＨ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
（項目１６）  アミノ酸２２５位に変異をさらに含む、項目１５に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
（項目１７）  項目１〜９のいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドまたは項目１０〜１６のいずれか１項に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドバリアントに特異的に結合する結合剤。
（項目１８）  項目１７に記載の結合剤を試験Ｈ１  ＨＡポリペプチドと接触させる工程および前記結合剤が前記試験ポリペプチドに結合するかどうかを決定する工程を含む方法。
（項目１９）  Ｈ１  ＨＡポリペプチドとアンブレラトポロジーグリカンとの間の結合相互作用を競合する干渉剤。
（項目２０）  前記干渉剤が野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してアンブレラ−トポロジーグリカンへの結合の増強を示すＨ１  ＨＡポリペプチドバリアントである、項目１９に記載の干渉剤。
（項目２１）  前記干渉剤が、野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してインフルエンザウイルスのヒトへの感染性の増強を引き起こすＨ１  ＨＡポリペプチドバリアントである、項目１９に記載の干渉剤。
（項目２２）  改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド、Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアント、結合剤、および干渉剤からなる群から選択される実体を含む薬学的組成物。
（項目２３）  患者集団を層別化する方法であって、
患者集団を準備する工程、
前記集団中の各患者由来の血液を結合剤と接触させる工程、
前記結合剤が各患者の血液中のＨ１  ＨＡポリペプチドに結合するかどうかを決定する
工程、および
前記結合剤が患者の血液中のＨ１  ＨＡポリペプチドに結合する場合、以下：
前記患者が、Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０に対するワクチン接種の実施の際にインフルエンザのヒト結合または感染性の増強を示すインフルエンザ株から保護されるか、
前記患者が、ヒト結合または感染性の増強を示すインフルエンザ株による感染に対しより罹患しにくいか、
前記患者が事前に曝露されなかった患者よりもワクチン接種または処置の必要性が低いことを示す、
と決定される工程
を含む、方法。
（項目２４）  Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントを含む組成物の投与によるインフルエンザ感染症の処置方法であって、前記バリアントは、その同族野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してアンブレラ−トポロジーグリカンへの結合の増強を示す、方法。
（項目２５）  前記野生型Ｈ１  ＨＡが２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１単離体中に見出される、項目１〜６のいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目２６）  前記野生型Ｈ１  ＨＡを表１中に示す、項目１〜６のいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目２７）  改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドが２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１単離体中に見出されるＨ１  ＨＡ基準ポリペプチドと実質的に同一のアミノ酸配列を有する、項目７〜９のいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目２８）  改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドが表１上のＨ１  ＨＡ基準ポリペプチドと実質的に同一のアミノ酸配列を有する、項目７〜９のいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目２９）  前記改変ＨＡポリペプチドは、前記改変ポリペプチドが前記基準Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較して１〜１０個のアミノ酸置換を有することを除いて、Ｈ１  ＨＡ基準ポリペプチドと同一のアミノ酸配列を有する、項目２７または２８のいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目３０）  前記親Ｈ１  ＨＡポリペプチドが２００９Ａ／Ｈ１Ｎ１単離体中に見出される、項目１０〜１２のいずれか１項に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
（項目３１）  前記親Ｈ１  ＨＡポリペプチドが表１中に見出される、項目１０〜１２のいずれか１項に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドバリアント。
（項目３２）  項目１０〜１６のいずれか１項に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドバリアントを含むワクチン組成物。
（項目３３）  前記ワクチン組成物が弱毒化生ウイルスを含む、項目３２に記載のワクチン組成物。
（項目３４）  前記ワクチン組成物がウイルス様粒子を含む、項目３２に記載のワクチン組成物。
（項目３５）  前記ワクチン組成物がサブユニットワクチンである、項目３２に記載のワクチン組成物。
（項目３６）  前記Ｈ１  ＨＡポリペプチドバリアントが、アミノ酸９８位、１３６位、１３７位、１３８位、１４５位、１５３位、１５５位、１５６位、１５９位、１８３位、１８６位、１８７位、１８９位、１９０位、１９２位、１９３位、１９４位、１９５位、１９６位、２１５位、２１９位、２２２位、２２５位、２２６位、２２７位、および２２８位のうちの１つ以上に変異をさらに含む、項目３５に記載のワクチン組成物。
（項目３７）  アジュバントをさらに含む、３２〜３６のいずれか１項に記載のワクチン組成物。
（項目３８）  インフルエンザウイルス感染症に罹患しているか罹患しやすい個体に３２〜３７のいずれか１項に記載のワクチン組成物を投与する工程を含む方法。
本発明は、さらに以下を提供する。
（項目Ａ１）
改変Ｈ１  ＨＡインフルエンザ血球凝集素（「ＨＡ」）ポリペプチドであって、そのアミノ酸配列が、
Ｈ１  ＨＡ中の残基がＩｌｅではない野生型Ｈ３  ＨＡの残基２１９に対応する位置の残基、
Ｈ１  ＨＡ中の残基がＳｅｒではない、野生型Ｈ３  ＨＡの残基１８６に対応する位置の残基、
Ｈ１  ＨＡ中の残基がＰｒｏでもＡｌａでもない、野生型Ｈ３  ＨＡの残基１８９に対応する位置の残基、
Ｈ１  ＨＡ中の残基がＴｈｒでもＧｌｕでもない、野生型Ｈ３  ＨＡの残基２２７に対応する位置の残基、および
その組み合わせ
からなる群から選択される配列エレメントを含む、改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ２）
項目Ａ１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドであって、そのアミノ酸配列が野生型Ｈ３  ＨＡの残基２１９に対応する位置の残基を含み、Ｈ１  ＨＡ中の残基がＩｌｅではない、改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ３）
残基２１９に対応する位置の前記残基がＬｙｓである、項目Ａ２に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ４）
項目Ａ１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドであって、そのアミノ酸配列が野生型Ｈ３  ＨＡの残基１８６に対応する位置の残基をさらに含み、Ｈ１  ＨＡ中の残基がＳｅｒではない、改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ５）
残基１８６に対応する位置の前記残基がＰｒｏである、項目Ａ４に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ６）
項目Ａ１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドであって、そのアミノ酸配列が野生型Ｈ３  ＨＡの残基１８９に対応する位置の残基をさらに含み、Ｈ１  ＨＡ中の残基がＡｌａではない、改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ７）
残基１８９に対応する位置の前記残基がＴｈｒである、項目Ａ６に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ８）
項目Ａ１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドであって、そのアミノ酸配列が野生型Ｈ３  ＨＡの残基２２７に対応する位置の残基をさらに含み、Ｈ１  ＨＡ中の残基がＧｌｕではない、改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ９）
残基２２７に対応する位置の前記残基がＡｌａである、項目Ａ８に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ１０）
残基１８６に対応する位置の前記残基がＰｒｏであり、
残基１８９に対応する位置の前記残基がＴｈｒであり、
残基２２７に対応する位置の前記残基がＡｌａである、
項目Ａ２に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ１１）
項目Ａ１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドであって、そのアミノ酸配列が、
Ｈ１  ＨＡ中の残基がＳｅｒではない、野生型Ｈ３  ＨＡの残基１８６に対応する位置
の残基、
Ｈ１  ＨＡ中の残基がＰｒｏまたはＡｌａではない、野生型Ｈ３  ＨＡの残基１８９に対応する位置の残基、および
Ｈ１  ＨＡ中の残基がＴｈｒまたはＧｌｕではない、野生型Ｈ３  ＨＡの残基２２７に対応する位置の残基
を含む、改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ１２）
残基１８６に対応する位置の前記残基がＰｒｏである、項目Ａ１１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ１３）
残基１８９に対応する位置の前記残基がＴｈｒである、項目Ａ１１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ１４）
残基２２７に対応する位置の前記残基がＡｌａである、項目Ａ１１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ１５）
項目Ａ１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドであって、そのアミノ酸配列が野生型Ｈ３  ＨＡの残基２２５に対応する位置の残基をさらに含み、Ｈ１  ＨＡ中の残基がＡｓｐではない、改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ１６）
残基２２５に対応する位置の前記残基が、Ａｓｎ、Ｇｌｙ、およびＧｌｕからなる群から選択される、項目Ａ４８に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ１７）
項目Ａ１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドであって、そのアミノ酸配列が野生型Ｈ３  ＨＡの残基１４５に対応する位置の残基をさらに含み、Ｈ１  ＨＡ中の残基がＬｙｓではない、改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ１８）
残基１４５に対応する位置の前記残基が、ＳｅｒおよびＡｓｎからなる群から選択される、項目Ａ５０に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ１９）
前記改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドが、野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してアンブレラトポロジーグリカンへの結合の増強を示す、項目Ａ１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ２０）
前記改変ポリペプチドが、野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較して少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも５００倍、または少なくとも１０００倍のアンブレラ−トポロジーグリカンへの結合の増強を示す、項目Ａ１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ２１）
前記改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドが、コーントポロジーグリカンよりもむしろアンブレラトポロジーグリカンに優先的に結合する、項目Ａ１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ２２）
前記改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドが、野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してインフルエンザウイルスのヒトへの感染性の増強を示す、項目Ａ１に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ２３）
前記Ｈ１  ＨＡポリペプチドの配列が表１中に示される、前記項目Ａのいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ２４）
薬学的組成物として処方された前記項目Ａのいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ２５）
前記薬学的組成物がワクチン組成物である、項目Ａ２３に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ２６）
前記ワクチン組成物が弱毒化生ウイルスを含む、項目Ａ２４に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ２７）
前記ワクチン組成物がウイルス様粒子を含む、項目Ａ２４に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ２８）
前記ワクチン組成物がサブユニットワクチンである、項目Ａ２４に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ２９）
前記Ｈ１  ＨＡポリペプチドが、アミノ酸９８位、１３６位、１３７位、１３８位、１４５位、１５３位、１５５位、１５６位、１５９位、１８３位、１８６位、１８７位、１８９位、１９０位、１９２位、１９３位、１９４位、１９５位、１９６位、２１５位、２１９位、２２２位、２２５位、２２６位、２２７位、および２２８位のうちの１つ以上に変異をさらに含む、項目Ａ２４に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ３０）
前記ワクチン組成物がアジュバントをさらに含む、項目Ａ２４に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチド。
（項目Ａ３１）
前記項目Ａのいずれか１項に記載の改変Ｈ１  ＨＡポリペプチドに特異的に結合する結合剤。
（項目Ａ３２）
前記結合剤が、Ｈ１  ＨＡポリペプチドとアンブレラトポロジーグリカンとの間の結合相互作用と競合する干渉剤である、項目Ａ３１に記載の結合剤。
（項目Ａ３３）
前記結合剤が、野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してアンブレラ−トポロジーグリカンへの結合の増強を示すＨ１  ＨＡポリペプチドバリアントである、項目Ａ３２に記載の結合剤。
（項目Ａ３４）
前記結合剤が、野生型Ｈ１  ＨＡポリペプチドと比較してインフルエンザウイルスのヒトへの感染性の増強が示されるＨ１  ＨＡポリペプチドバリアントである、項目Ａ３２に記載の結合剤。
（項目Ａ３５）
薬学的組成物として処方された項目Ａ３１〜３４のいずれか１項に記載の結合剤。
（項目Ａ３６）
前記薬学的組成物がワクチン組成物である、項目Ａ３５に記載の結合剤。
（項目Ａ３７）
前記ワクチン組成物が弱毒化生ウイルスを含む、項目Ａ３６に記載の結合剤。
（項目Ａ３８）
前記ワクチン組成物がウイルス様粒子を含む、項目Ａ３６に記載の結合剤。
（項目Ａ３９）
前記ワクチン組成物がサブユニットワクチンである、項目Ａ３６に記載の結合剤。
（項目Ａ４０）
前記Ｈ１  ＨＡポリペプチドが、アミノ酸９８位、１３６位、１３７位、１３８位、１４
５位、１５３位、１５５位、１５６位、１５９位、１８３位、１８６位、１８７位、１８９位、１９０位、１９２位、１９３位、１９４位、１９５位、１９６位、２１５位、２１９位、２２２位、２２５位、２２６位、２２７位、および２２８位のうちの１つ以上に変異をさらに含む、項目Ａ３６に記載の結合剤。
（項目Ａ４１）
前記ワクチン組成物がアジュバントをさらに含む、項目Ａ３６に記載の結合剤。
（項目Ａ４２）
インフルエンザ感染症に罹患しているか罹患しやすい患者の処置、予防、診断、または層別化のための項目Ａ１〜３０のいずれか１項に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドまたは項目Ａ３１〜４１のいずれか１項に記載の結合剤。
（項目Ａ４３）
前記ポリペプチドまたは結合剤をインフルエンザ感染症の処置のために使用する、項目Ａ４２に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドまたは結合剤。
（項目Ａ４４）
前記ポリペプチドまたは結合剤をインフルエンザ感染症の予防のために使用する、項目Ａ４２に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドまたは結合剤。
（項目Ａ４５）
前記ポリペプチドまたは結合剤をインフルエンザ感染症の診断のために使用する、項目Ａ４２に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドまたは結合剤。
（項目Ａ４６）
前記ポリペプチドまたは結合剤を、
患者集団を準備する工程、
前記集団中の各患者由来の血液を結合剤と接触させる工程、
前記結合剤が各患者の血液中のＨ１  ＨＡポリペプチドに結合するかどうかを決定する工程、および
前記結合剤が患者の血液中のＨ１  ＨＡポリペプチドに結合する場合、以下：
前記患者が、Ａ／サウスカロライナ／１／１９１８またはＡ／ブタ／アイオワ／１５／１９３０に対するワクチン接種の実施の際にインフルエンザのヒト結合または感染性の増強を示すインフルエンザ株から保護されるか、
前記患者が、ヒト結合または感染性の増強を示すインフルエンザ株による感染に対する感受性が低いか、
前記患者が事前に曝露されなかった患者よりもワクチン接種または処置の必要性が低いことを示す、
と決定される工程
を行うことによって、インフルエンザ感染症に罹患しているか罹患しやすい患者の層別化のために使用する、項目Ａ４２に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドまたは結合剤。
（項目Ａ４７）
前記Ｈ１  ＨＡポリペプチドまたは結合剤を、インフルエンザ感染症に罹患しているか罹患しやすいと決定された患者におけるインフルエンザ感染症の処置または予防のために使用する、項目Ａ４３または４４に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドまたは結合剤。
（項目Ａ４８）
項目Ａ１〜３０のいずれか１項に記載のＨ１  ＨＡポリペプチドまたは項目Ａ３１〜４１のいずれか１項に記載の結合剤を、インフルエンザの処置または予防とする患者に投与することによる、インフルエンザの処置または予防。
【図１Ａ】
0005886194.tif 000020
【図１Ｂ】
0005886194.tif 000021
【図１Ｃ】
0005886194.tif 000022
【図２Ａ】
0005886194.tif 000023
【図２Ｂ】
0005886194.tif 000024
【図３Ａ】
0005886194.tif 000025
【図３Ｂ】
0005886194.tif 000026
【図４Ａ−１】
0005886194.tif 000027
【図４Ａ−２】
0005886194.tif 000028
【図４Ｂ】
0005886194.tif 000029
【図４Ｃ】
0005886194.tif 000030
【図５Ａ】
0005886194.tif 000031
【図５Ｂ−１】
0005886194.tif 000032
【図５Ｂ−２】
0005886194.tif 000033
【図５Ｃ−１】
0005886194.tif 000034
【図５Ｃ−２】
0005886194.tif 000035
【図５Ｃ−３】
0005886194.tif 000036
【図５Ｃ−４】
0005886194.tif 000037
【図５Ｃ−５】
0005886194.tif 000038
【図５Ｃ−６】
0005886194.tif 000039
【図６】
0005886194.tif 000040
【図７】
0005886194.tif 000041
【図８Ａ−１】
0005886194.tif 000042
【図８Ａ−２】
0005886194.tif 000043
【図８Ａ−３】
0005886194.tif 000044
【図８Ａ−４】
0005886194.tif 000045
【図８Ａ−５】
0005886194.tif 000046
【図８Ａ−６】
0005886194.tif 000047
【図８Ａ−７】
0005886194.tif 000048
【図８Ｂ】
0005886194.tif 000049
【図９Ａ】
0005886194.tif 000050
【図９Ｂ】
0005886194.tif 000051
【図１０】
0005886194.tif 000052
【図１１】
0005886194.tif 000053
【図１２】
0005886194.tif 000054
【図１３Ａ】
0005886194.tif 000055
【図１３Ｂ】
0005886194.tif 000056
【図１３Ｃ】
0005886194.tif 000057
【図１３Ｄ】
0005886194.tif 000058
【図１４】
0005886194.tif 000059
【図１５Ａ】
0005886194.tif 000060
【図１５Ｂ】
0005886194.tif 000061
【図１５Ｃ】
0005886194.tif 000062
【図１５Ｄ】
0005886194.tif 000063
【図１６−１】
0005886194.tif 000064
【図１６−２】
0005886194.tif 000065
【図１６−３】
0005886194.tif 000066
【図１６−４】
0005886194.tif 000067
【図１６−５】
0005886194.tif 000068
【配列表】
0005886194000001.app