(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体における甲状腺癌と関連するＥｐ−ＩＣＤを検出するための方法であって：該方法は、
（ａ）該被験体から得られた試料中のＥｐ−ＩＣＤを検出または同定する工程；および
（ｂ）該検出された量を、標準について検出された量と比較する工程
を含む、方法。
【請求項２】
被験体から得られた試料中のＥｐ−ＩＣＤのレベルと標準との差を、該被験体における甲状腺癌の指標とするための方法であって：該方法は、
該試料中のＥｐ−ＩＣＤを検出する工程；および
（ａ）該試料中のＥｐ−ＩＣＤのレベルを（ｂ）該標準と比較する工程を含み、ここでは、該標準は、甲状腺癌に罹患していない患者におけるＥｐ−ＩＣＤのレベル、低悪性度の甲状腺癌に罹患した患者におけるＥｐ−ＩＣＤのレベル、異なる疾患段階の患者におけるＥｐ−ＩＣＤのレベルまたは該被験体の非癌性組織におけるＥｐ−ＩＣＤのレベルであり、
該標準と比較した該試料中のＥｐ−ＩＣＤのより高いレベルは、甲状腺癌の存在を示す、方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法によってＥｐ−ＩＣＤを検出する工程、および、Ｅｐ−ＩＣＤの発現の差を検出する工程を含む、甲状腺試料を特徴付けまたは分類するための方法。
【請求項４】
ＥｐＥｘの発現の差を検出する工程をさらに含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記Ｅｐ−ＩＣＤが核Ｅｐ−ＩＣＤおよび／または細胞質Ｅｐ−ＩＣＤを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項６】
Ｅｐ−ＩＣＤのレベルを、被験体における未分化甲状腺癌（ＡＴＣ）の指標とするための方法であって：該方法は、
被験体由来の試料を、Ｅｐ−ＩＣＤのレベルを測定し得る試薬と接触させることによって、該試料におけるＥｐ−ＩＣＤを検出する工程
を含み、ここで、該被験体由来の試料における、異なる時点で該被験体から採取された同様の試料から得られる対照レベル、または、ＡＴＣを有さない被験体から採取された同様の試料から得られる対照レベルを上回る、Ｅｐ−ＩＣＤのレベルの増加が、該被験体におけるＡＴＣの指標となる、方法。
【請求項７】
前記試薬がまた、ＥｐＥｘのレベルも測定し得る、請求項６に記載の方法であって、ここで、前記被験体由来の試料における、異なる時点で該被験体から採取された同様の試料から得られる対照レベル、または、ＡＴＣを有さない被験体から採取された同様の試料から得られる対照レベルを上回る、ＥｐＥｘのレベルの減少が、該被験体におけるＡＴＣの指標となる、方法。
【請求項８】
Ｅｐ−ＩＣＤのレベルを、被験体における甲状腺癌の進行の指標とするための方法であって：該方法は、
（ａ）第１の時点で、該被験体由来の試料中のＥｐ−ＩＣＤを検出する工程；
（ｂ）次の時点で、工程（ａ）を繰り返す工程；および
（ｃ）工程（ａ）および工程（ｂ）で検出されたＥｐ−ＩＣＤのレベルを比較する工程を含み、ここでは、工程（ａ）と比較した工程（ｂ）におけるＥｐ−ＩＣＤのより高いレベルが、癌の進行の指標となる、方法。
【請求項９】
Ｅｐ−ＩＣＤのレベルを、被験体における浸潤性の甲状腺癌または転移能を持つ甲状腺癌の存在の指標とするための方法であって：該方法は、
（ａ）Ｅｐ−ＩＣＤに特異的に結合する結合剤を提供する工程；
（ｂ）該結合剤とＥｐ−ＩＣＤを含む複合体の形成を可能にする条件下で、該結合剤を該被験体由来の試料と接触させる工程；
（ｃ）該複合体の量を測定することによって該試料中のＥｐ−ＩＣＤのレベルを決定する工程；および
（ｄ）該試料中のＥｐ−ＩＣＤのレベルを標準と比較する工程を含み、ここでは、該標準は、甲状腺癌に罹患していない患者におけるＥｐ−ＩＣＤのレベル、低悪性度の甲状腺癌に罹患した患者におけるＥｐ−ＩＣＤのレベル、異なる疾患段階の患者におけるＥｐ−ＩＣＤのレベルまたは該被験体の非癌性組織におけるＥｐ−ＩＣＤのレベルであり、
該標準と比較した該試料中のＥｐ−ＩＣＤのより高いレベルは、該被験体における浸潤性の甲状腺癌または転移能を持つ甲状腺癌の存在を示す、方法。
【請求項１０】
Ｅｐ−ＩＣＤのレベルを、患者における甲状腺癌のための治療の有効性の評価の指標とするための方法であって：該方法は、
（ａ）該治療の少なくとも一部を該患者に提供する前に該患者から得られた第１の試料におけるＥｐ−ＩＣＤのレベル；と
（ｂ）治療後の該患者から得られた第２の試料における、Ｅｐ−ＩＣＤのレベル
を比較する工程を含み、ここで、該第１の試料と比較した、該第２の試料におけるＥｐ−ＩＣＤのより低いレベルは、該治療が、甲状腺癌を阻害するのに有効であることを示す、方法。
【請求項１１】
前記甲状腺癌が浸潤性または転移性の甲状腺癌である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記甲状腺癌が未分化甲状腺癌である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
被験体において甲状腺癌を治療する方法において使用するための、Ｅｐ−ＩＣＤに特異的な抗体を含む組成物。
【請求項１４】
浸潤性の甲状腺癌または転移能を持つ甲状腺癌を検出および／または診断するためのキットであって、甲状腺癌マーカーに特異的に結合する少なくとも１つの結合剤、または、甲状腺癌マーカーをコードするポリヌクレオチドの一部にハイブリダイズするかもしくは該ポリヌクレオチドの一部を増幅する少なくとも１つの薬剤を含み、ここで、該甲状腺癌マーカーがＥｐ−ＩＣＤである、キット。
【請求項１５】
ＥｐＥｘに特異的に結合する少なくとも１つの結合剤、または、ＥｐＥｘの一部にハイブリダイズするかもしくはＥｐＥｘの一部を増幅する少なくとも１つの薬剤をさらに含む、請求項１４に記載のキット。
【請求項１６】
前記Ｅｐ−ＩＣＤに特異的に結合する少なくとも１つの結合剤が、抗体または抗体断片である、請求項１４または１５に記載のキット。
【請求項１７】
前記ＥｐＥｘに特異的に結合する少なくとも１つの結合剤が、抗体または抗体断片である、請求項１５に記載のキット。
【請求項１８】
前記ＥｐＥｘに結合する薬剤が、ＥｐＥｘのＥＧＦ１ドメイン内のアミノ酸に結合する、請求項１７に記載のキット。
【請求項１９】
Ｅｐ−ＩＣＤをコードするポリヌクレオチドの一部にハイブリダイズするかもしくは該ポリヌクレオチドの一部を増幅する前記少なくとも１つの薬剤が、配列番号３または配列番号４である、請求項１４、１５、１７および１８のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２０】
浸潤性の甲状腺癌または転移能を持つ甲状腺癌を検出および／または診断するための、１つ以上の化合物、試薬、容器、装置、または説明書をさらに含む、請求項１４、１５、１７および１８のいずれか一項に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、甲状腺癌を検出する、診断する、予想する、モニタリングする、および特性決定するため、ならびに、甲状腺癌の処置のための、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌）と関係があるマーカー、組成物、キット、ならびに方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
上皮細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）は、いくつかのヒトの悪性腫瘍中で頻繁に過剰発現を示す、４０ｋＤａの膜貫通型糖タンパク質である［非特許文献１；非特許文献２；非特許文献３］。ＥｐＣＡＭは、迅速に増殖している上皮腫瘍上でのその高発現が原因で、癌マーカーとして最初に同定された［非特許文献４の中で議論されている］。正常な上皮は、変化しやすいが、一般的には癌細胞よりも低いレベルでＥｐＣＡＭを発現する。これは、正常な幹細胞および前駆細胞中でも過剰発現され［非特許文献５；非特許文献６；非特許文献７］、そして、乳癌、結腸癌、膵臓癌、および前立腺癌中の癌源細胞の中でも過剰発現される［Ａｌ−Ｈａｊｊ  Ｍら、２００３；Ｏ’Ｂｒｉｅｎ  ＣＡら、２００７；Ｒｉｃｃｉ−Ｖｉｔｉａｎｉ  Ｌら、２００７］。最近、ＥｐＣＡＭが、広汎性子宮全摘出術後の子宮頸癌患者において、末梢血中のＥ６／Ｅ７−ＨＰＶ腫瘍遺伝子を発現している循環中の腫瘍細胞の中で検出された［Ｗｅｉｓｍａｎｎ  Ｐら、２００９］。多くの癌組織および正常組織のＥｐＣＡＭ染色について、大規模なデータベースがある。しかし、これらの研究は全て、ＥｐＣＡＭ前駆体もしくは細胞に結合したＥｐＥｘ、または両方を検出しかねない、ＥｐＣＡＭの細胞外ドメインに特異的な抗体を使用していた［非特許文献３］。
【０００３】
ＥｐＣＡＭは、細胞接着、細胞増殖、分化、移動、細胞周期の調節において重要な役割を担う多面的分子であり、癌および幹細胞のシグナル伝達に関与している［Ｍｕｎｚら、２００９］。ＥｐＣＡＭ発現を調節する分子機構は十分には理解されていない。最近、制御的膜内切断（ＲＩＰ）が、インビトロおよびインビボでその分裂促進的シグナルトランスデューサーとして作用することが示された［Ｍａｅｔｚｅｌら、２００９］。ＥｐＣＡＭエクトドメインであるＥｐＥｘの、プロテアーゼ−ＴＡＣＥおよびプレセニリン−２による切断および脱落により、その細胞内ドメイン（Ｅｐ−ＩＣＤ）が遊離し、これは核に移行する。ＦＨＬ２ならびにＷｎｔ経路の構成要素であるβ−カテニンおよびＬｅｆ−１とのＥｐ−ＩＣＤの会合により、Ｌｅｆ−１コンセンサス部位でＤＮＡに結合し、遺伝子の転写を誘導して、細胞増殖の増大をもたらす核複合体が形成し、これは、免疫不全マウスにおいて発癌性であることが示されている［Ｍａｅｔｚｅｌ，２００９］。発癌性シグナルトランスデューサー、細胞接着分子、および癌幹細胞マーカーとしてのＥｐＣＡＭの多数の役割を考慮すると［Ｌｉｔｖｉｎｏｖ  ＳＶら、１９９７；Ｍｕｎｚら、２００９］、ヒトの癌における核Ｅｐ−ＩＣＤの臨床的重要性を立証することが重要である。
【０００４】
核Ｅｐ−ＩＣＤは、ヒトの結腸癌において予備的研究段階にあることが最近報告されたが、正常な結腸上皮においてはそうではない［Ｍａｅｔｚｅｌ，２００９］。固形腫瘍における相当の不均質性を考慮すると、他のヒトの癌における核Ｅｐ−ＩＣＤの臨床的重要性はまだ立証されていない。さらに、ＥｐＣＡＭは、ｃ−ｍｙｃ、サイクリンＡおよびＥのアップレギュレーションにより細胞増殖を増大させることが示されている［Ｍｕｎｚら、２００４］。
【０００５】
甲状腺癌（ＴＣ）は、内分泌系悪性腫瘍全体の９０％を占め、世界中では１２２，８００例の年間発症率、そして米国においてはおよそ３３，０００の症例が新たに診断されると推定される［Ｒｅｉｓら、２００５；Ｊｅｍａｌら、２００８］。未分化甲状腺癌（ａｎａｐｌａｓｔｉｃ  ｔｈｙｒｏｉｄ  ｃａｎｃｅｒ）（ＡＴＣ）は稀であるが、この悪性腫瘍の極めて浸潤性の形態であり、甲状腺癌全体の２％未満を占める。ＡＴＣは一般的には、局所的に拡がり、隣接構造を圧迫する、迅速に拡大する頸部腫瘤の症状を示し、所属リンパ節と遠隔部位に広まる傾向がある［Ｐａｓｉｅｋａ  ＪＬら、２００３；Ａｒｅ  Ｃ  ＆  Ｓｈａｈａ  ２００６］。最も高分化型の甲状腺癌は、それらに初期転移の傾向があるにもかかわらず、良好な予後を示し、９５％を上回る５年相対生存率がある。しかし、分化の度合いが低い甲状腺腫瘍である未分化甲状腺腫瘍および他の浸潤転移性甲状腺癌は致命的であり得、生存期間メジアンは４か月から５年の範囲である［Ａｒｅ  Ｃ  ＆  Ｓｈａｈａ，２００６］。臨床転帰におけるこのばらつきは、それらの悪性腫瘍の発生の間に浸潤性甲状腺腫瘍および非浸潤性甲状腺腫瘍が後天的に獲得した遺伝子損傷の差が原因であり得る。
【０００６】
ＡＴＣの病因は、ＢＲＡＦ、ＲＡＳ、β−カテニン、ＰＩＫ３ＣＡ、ＴＰ５３、ＡＸＩΝ１、ＰＴＥＮ、およびＡＰＣ遺伝子中の突然変異と関係がある［Ｓｍａｌｌｒｉｄｇｅ  ＲＣら、２００９の中で議論されている］。セリン／スレオニンキナーゼＰｏｌｏ様キナーゼ１（ＰＬＫ１）のアップレギュレーションを示すという、ＡＴＣ中での遺伝子発現の特徴が同定されており、ＡＴＣにおける治療標的としてのその可能性が研究されている［Ｓａｌｖａｔｏｒｅ  Ｇら、２００７  ＣＲ；Ｎａｐｐｉ  ＴＣら、２００９］。しかし、浸潤性ＴＣを同定するための、実証された予想用分子マーカーは存在していない。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Ｓｐｉｚｚｏら、Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  Ｔｒｅａｔ．（２００４）；８６：２０７〜１３
【非特許文献２】Ｗｅｎｔ  Ｐら、Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ．（２００６）；９４：１２８〜３５
【非特許文献３】Ｗｅｎｑｉ  Ｄら、Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ．（２００９）；１３５：１２７７〜８５
【非特許文献４】Ｔｒｚｐｉｓ  Ｍら、Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ．（２００７）；１７１：３８６〜９５
【非特許文献５】Ｓｔｉｎｇｌ  Ｊら、Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  Ｔｒｅａｔ．（２００１）；６７：９３〜１０９
【非特許文献６】Ｓｃｈｍｅｌｚｅｒ  Ｅら、Ｆｒｏｎｔ  Ｂｉｏｓｃｉ．（２００８）；１３：３０９６〜１００
【非特許文献７】Ｔｒｚｐｉｓ  Ｍら、Ｆｒｏｎｔ  Ｂｉｏｓｃｉ．（２００８）；１３：５０５０〜５
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明は、甲状腺癌のマーカーに関する。具体的には、ＥｐＣＡＭポリペプチドおよびそのドメイン（具体的には、エクトドメインＥｐＥｘと細胞内ドメインＥＰ−ＩＣＤ）、ならびに、β−カテニン（本明細書中ではまとめて「ポリペプチド甲状腺癌マーカー」という）、ならびに、そのようなポリペプチドおよびそのドメインをコードするポリヌクレオチド（本明細書中ではまとめて「ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー」という）が、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌、より具体的には、未分化甲状腺癌（ＡＴＣ））の生体マーカーを構成する。ポリペプチド甲状腺癌マーカーおよびポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー、ならびにそれらの一部または断片は、本明細書中ではまとめて「甲状腺癌マーカー」と呼ばれる場合がある。
【０００９】
用語「甲状腺癌マーカー」には、本発明のいくつかの態様においては、Ｗｎｔタンパク質およびＷｎｔタンパク質をコードするポリヌクレオチドが含まれ得る。したがって、「ポリペプチド甲状腺癌マーカー」には、いくつかの態様においては、Ｗｎｔタンパク質が含まれ、そして「ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー」には、いくつかの態様においては、Ｗｎｔタンパク質をコードするポリヌクレオチドが含まれる。
【００１０】
したがって、甲状腺癌マーカーおよび甲状腺癌マーカーと相互作用する物質が、甲状腺癌の検出、診断、特性決定、分類、およびモニタリング（すなわち、癌の進行または治療的処置の有効性のモニタリング）に、甲状腺癌の素因がある被験体の同定に、ならびに、予後または患者の生存性の決定に使用され得る。本発明の複数の態様においては、甲状腺癌マーカー（具体的には、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、およびＥｐＥｘ）が、甲状腺癌の浸潤性（ａｇｇｒｅｓｓｉｖｅｎｅｓｓ）の特性決定に使用される。本発明のいくつかの態様においては、上記甲状腺癌マーカーは、転移能または患者の生存性を決定するために使用される。本発明はまた、甲状腺組織の状態を評価するための方法と、甲状腺癌の診断および治療のための方法も検討する。
【００１１】
甲状腺癌マーカー（単数または複数）がアッセイされる本発明の方法は、他のマーカーをアッセイする方法と比較して高い感度および／または特異性を有し得る。臨床的感度の向上は、約５〜１０％の感度の向上、具体的には、６〜９％の感度の向上、より具体的には、８％の感度の向上であり得る。本発明の方法の１つの実施形態においては、腫瘍試料中で検出された甲状腺癌マーカー（単数または複数）は、少なくとも約８０〜９９％の甲状腺癌の臨床的感度を提供し、具体的には、９０〜９５％、より具体的には、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、または９８％の甲状腺癌の臨床的感度を提供する。核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、および細胞質β−カテニンのうちの１つ以上が腫瘍試料中で検出される本発明の複数の実施形態においては、臨床的感度は約８０〜９０％を上回り得、より具体的には、約８０〜８５％を上回る、最も具体的には、約８３％、８４％、８５％、９０％、９５％、または９８％を上回り得る。臨床的感度および特異性は、当業者に公知の方法を使用して決定され得る。
【００１２】
本発明の方法にしたがうと、試料中の甲状腺癌マーカーは、（ａ）マーカーに対応するポリペプチドもしくはポリペプチド断片；（ｂ）マーカーがそれと実質的に同一である少なくとも１つの部分を有している転写された核酸もしくはその断片；および／または（ｃ）転写された核酸もしくはその断片（ここでは、上記核酸はマーカーとハイブリダイズする）の、試料中での存在を検出することにより評価することができる。
【００１３】
本発明の１つの態様においては、患者において、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌、より具体的には、未分化甲状腺癌）と関係がある甲状腺癌マーカーを検出するための方法が提供される。この方法には以下の工程が含まれるか、または本質的に以下の工程からなる：
（ａ）患者から試料を得る工程；
（ｂ）１つ以上の甲状腺癌マーカーを上記試料中で検出または同定する工程、および
（ｃ）上記検出した量を、標準について検出した量と比較する工程。
【００１４】
本発明の方法にしたがうと、甲状腺組織は、例えば、（ａ）甲状腺癌マーカー；（ｂ）ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーがそれと実質的に同一である少なくとも１つの部分を有している、転写された核酸もしくはその断片；および／または（ｃ）転写された核酸もしくはその断片（ここでは、上記核酸はポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーとハイブリダイズする）の、試料中での存在を検出することにより、評価あるいは特性決定することができる。試料中の甲状腺癌マーカーは、本明細書中に記載される、当該分野で一般的に公知の方法により決定され得る。
【００１５】
１つの態様において、本発明は、甲状腺試料を特性決定または分類するための方法を提供する。この方法には、対照と比較して第１の複数の甲状腺癌マーカーの発現の差を検出する工程が含まれる。第１の複数のマーカーは、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、および状況に応じてＥｐＥｘからなる。
【００１６】
本発明の１つの態様は、患者において甲状腺癌を検出するための方法を提供する。この方法には、患者から得た試料中の甲状腺癌マーカーの状態を決定する工程が含まれ、ここでは、試料中の異常な状態が甲状腺癌の存在を示す。甲状腺癌マーカーは、特定の病期と相関関係があり得る。したがって、本発明の別の態様は、患者において甲状腺癌の特定の病期を診断する方法を提供する。この方法には、患者から得た試料中の甲状腺癌マーカーの状態を決定する工程が含まれ、ここでは、マーカーの異常な状態が特定の病期の存在を示す。
【００１７】
本発明の別の態様は、患者において甲状腺癌をスクリーニングする方法を提供する。この方法には、甲状腺癌のリスクがあるか、または患者から得た試料中の甲状腺癌マーカーの状態をスクリーニングし、決定する必要がある患者を同定する工程が含まれる。ここでは、マーカーの異常な状態が、甲状腺癌の存在またはその特定の病期を示す。
【００１８】
別の態様は、甲状腺癌の処置の候補である患者を同定する工程、および上記患者から得た試料中の甲状腺癌マーカーの状態を決定する工程を含む診断方法を提供する。ここでは、試料中の甲状腺癌マーカーの異常な状態が、処置が望ましいかまたは必要であることを示す。
【００１９】
本発明の複数の態様においては、異常な状態は、上昇した状態、低い状態、または陰性の状態であり得る。甲状腺癌を検出または診断するための本発明の１つの実施形態においては、異常な状態は上昇した状態である。
【００２０】
１つの態様において、本発明は、被験体においてＡＴＣを診断するための方法を提供する。この方法には以下の工程が含まれる：
（ａ）被験体由来の試料を、標的である甲状腺癌マーカー（具体的には、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、ならびに状況に応じてＥｐＥｘおよびｃ−ｍｙｃから選択される少なくとも１つの甲状腺癌マーカー）のレベルを測定することができる試薬と接触させる工程；ならびに
（ｂ）ＡＴＣを有していない被験体から、または異なる時間に上記被験体から採取した類似する試料から得た対照レベルを上回る、上記被験体由来の試料中の、Ｅｐ−ＩＣＤおよびβ−カテニン、および状況に応じてｃ−ｍｙｃのうちの少なくとも１つのレベルの増大、ならびに、状況に応じてＥｐＥｘの低下に基づいて、上記被験体においてＡＴＣの診断を提供する工程。
【００２１】
本発明のこの態様の複数の実施形態においては、測定される甲状腺癌マーカーは核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、細胞質β−カテニン、および状況に応じてＥｐＥｘである。
【００２２】
本発明の１つの実施形態においては、患者において、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌、より具体的には、未分化甲状腺癌）と関係がある、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、ＥｐＥｘ、およびＥｐＣＡＭのうちの１つ以上を検出するための方法が提供される。この方法には、以下の工程が含まれるか、または本質的に以下の工程からなる：
（ａ）患者から試料を得る工程；
（ｂ）Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、ＥｐＥｘ、およびＥｐＣＡＭのうちの１つ以上を、上記試料中で検出または同定する工程；ならびに
（ｃ）上記検出した量を標準について検出した量と比較する工程。
【００２３】
本発明の特定の実施形態においては、患者においてＡＴＣを診断するための方法が提供される。この方法には以下の工程が含まれるか、または本質的に以下の工程からなる：
（ａ）核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、および細胞質β−カテニンのうちの１つ以上を試料中で検出または同定する工程；ならびに
（ｂ）上記検出した量を、標準について検出した量と比較する工程であって、ここでは、核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、および細胞質β−カテニンのうちの１つ以上の増大がＡＴＣの指標となる工程。
【００２４】
本発明の特定の実施形態においては、患者においてＡＴＣを診断するための方法が提供される。この方法には以下の工程が含まれるか、または本質的に以下の工程からなる：
（ａ）核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、細胞質β−カテニン、およびＥｐＥｘ（例えば、膜ＥｐＥｘ）のうちの１つ以上を、試料中で検出または同定する工程；ならびに
（ｂ）上記検出した量を標準について検出した量と比較する工程であって、ここでは、核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、および細胞質β−カテニンのうちの１つ以上の増大、ならびにＥｐＥｘの減少もしくはＥｐＥｘが存在しないことがＡＴＣの指標となる、工程。
【００２５】
本発明の特定の態様においては、患者において、浸潤性甲状腺癌または転移性甲状腺癌と関係がある甲状腺癌マーカー（好ましくは、Ｅｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニン）を検出するための方法が提供される。この方法には以下の工程が含まれるか、または本質的に以下の工程からなる：
（ａ）患者から試料（例えば、腫瘍試料）を得る工程；
（ｂ）甲状腺癌マーカー（好ましくは、Ｅｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニン）を、上記試料中で検出する工程；ならびに
（ｃ）上記検出した量を標準について検出した量またはカットオフ値と比較する工程。
【００２６】
用語「検出する」または「検出」には、標的マーカー（単数または複数）、サブユニット、試薬が結合した標的の組み合わせなどの有無をアッセイすることまたは別の方法で立証すること、あるいは、甲状腺癌の１つ以上の実質的特徴（例えば、浸潤性、転移能、または患者の生存性）を確認する、立証する、または別の方法で決定するためにアッセイを行うことが含まれる。標準は、疾患を有していない対照被験体または初期段階の疾患（例えば、甲状腺乳頭癌のような低悪性度の甲状腺癌）を有している対照被験体由来の試料について、あるいは、上記被験体の他の試料から定量化したレベルに対応し得る。
【００２７】
本発明は、患者が甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌または転移性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）に罹患しているかどうか、またはその素因があるかどうかを評価する方法を提供する。この方法には：
（ａ）患者由来の甲状腺癌マーカーのレベル；と
（ｂ）甲状腺癌に罹患していない対照患者または低悪性度の甲状腺癌に罹患した対照患者から得た同じタイプの試料中の甲状腺癌マーカーの標準レベル
とを比較する工程が含まれる。ここでは、甲状腺癌マーカーの対応する標準レベルと比較した甲状腺癌マーカーのレベルの変化が、患者が甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌または転移性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）に罹患していることの指標となる。
【００２８】
患者が浸潤性甲状腺癌または転移性甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）に罹患しているかどうかを評価するための本発明の方法の１つの態様では、対応する正常レベルもしくは低悪性度の甲状腺癌を有している患者由来のレベルと比較した、試料中での高レベルの核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、または細胞質β−カテニンと、低レベルのＥｐＥｘ（例えば、膜ＥｐＥｘ）またはＥｐＥｘが存在しないことが、患者が浸潤性甲状腺癌または転移性甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）に罹患していることの指標となる。
【００２９】
患者が未分化甲状腺癌に罹患しているかどうかを評価するための本発明の方法の１つの実施形態においては、患者由来の試料中の核Ｅｐ−ＩＣＤのレベルが標準に対して比較され、標準と比較して高レベルの核Ｅｐ−ＩＣＤが未分化甲状腺癌の指標となる。
【００３０】
患者が未分化甲状腺癌に罹患しているかどうかを評価するための本発明の方法の１つの実施形態においては、患者由来の試料中の核β−カテニンのレベルが標準に対して比較され、標準と比較して高レベルの核β−カテニンが未分化甲状腺癌の指標となる。
【００３１】
患者が未分化甲状腺癌に罹患しているかどうかを評価するための本発明の方法の１つの実施形態においては、患者由来の試料中の細胞質β−カテニンのレベルが標準に対して比較され、標準と比較して高レベルの細胞質β−カテニンが未分化甲状腺癌の指標となる。
【００３２】
患者が未分化甲状腺癌に罹患しているかどうかを評価するための本発明の方法の１つの実施形態においては、患者由来の試料中の膜ＥｐＥｘのレベルが標準に対して比較され、標準と比較して低レベルの膜ＥｐＥｘまたは膜ＥｐＥｘが存在しないことが未分化甲状腺癌の指標となる。
【００３３】
患者が濾胞性甲状腺癌（ＦＴＣ）に罹患しているかどうかを評価するための本発明の方法の１つの実施形態においては、患者由来の試料中の膜ＥｐＥｘ、核Ｅｐ−ＩＣＤ、細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンのレベルが標準に対して比較される。
【００３４】
患者が濾胞性甲状腺癌（ＦＴＣ）に罹患しているかどうかを評価するための本発明の方法の１つの実施形態においては、患者由来の試料中の膜ＥｐＥｘ、核Ｅｐ−ＩＣＤ、および細胞質Ｅｐ−ＩＣＤのレベルが標準に対して比較される。１つの実施形態では、核Ｅｐ−ＩＣＤが存在しないことまたは低レベルの核Ｅｐ−ＩＣＤと、状況に応じて、高レベルの細胞質β−カテニンが存在する。
【００３５】
患者が甲状腺乳頭癌（ＰＴＣ）に罹患しているかどうかを評価するための本発明の方法の１つの実施形態においては、患者由来の試料中の膜ＥｐＥｘ、核Ｅｐ−ＩＣＤ、細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンのレベルが標準に対して比較される。１つの実施形態では、核Ｅｐ−ＩＣＤおよびβ−カテニンは存在しないか、または、低レベルの核Ｅｐ−ＩＣＤおよびβ−カテニンが存在する。
【００３６】
患者が、甲状腺の扁平上皮細胞癌に罹患しているかどうかを評価するための本発明の方法の１つの実施形態においては、患者由来の試料中の膜ＥｐＥｘ、核Ｅｐ−ＩＣＤ、細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンのレベルが標準に対して比較される。
【００３７】
特定の態様においては、本発明の方法は、被験体において甲状腺癌の病期を診断するため、または被験体において甲状腺癌を特性決定するために使用される。１つの実施形態では、この方法には：
（ａ）上記患者由来の試料（例えば、生検試料）に由来する甲状腺癌マーカーのレベル；と
（ｂ）甲状腺癌を持たない患者または甲状腺癌の異なる病期（例えば、低悪性度の甲状腺癌）にある対照患者から得た同じタイプの対照試料中、あるいは、異なる時間に採取したその患者由来の試料による甲状腺癌マーカーのレベル
とを比較する工程が含まれ、ここでは、対照試料中の対応するレベルと比較した甲状腺癌マーカーのレベルの変化が、その患者が、より浸潤性の甲状腺癌または転移性の甲状腺癌に罹患していることの指標となる。
【００３８】
複数の実施形態において、浸潤性甲状腺癌はＡＴＣであり、甲状腺癌マーカーは、核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、および細胞質β−カテニンのうちの１つ以上である。特定の実施形態においては、甲状腺癌マーカーは核Ｅｐ−ＩＣＤである。
【００３９】
本発明はさらに、被験体における、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌または転移性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）の検出あるいは診断のための、非侵襲的であり非外科的である方法を提供する。この方法には以下の工程が含まれる：被験体から試料（例えば、生検試料）を得る工程；上記試料を甲状腺癌マーカー（単数または複数）を検出するための手順に供する工程；甲状腺癌を有していない対照被験体または低悪性度の甲状腺癌を有している対照被験体から、あるいは異なる時間に採取したその患者由来の試料から得た甲状腺癌マーカー（単数または複数）のレベルに対して、甲状腺癌マーカー（単数または複数）のレベルを比較することにより、甲状腺癌を検出あるいは診断する工程。本発明のこの方法の複数の実施形態においては、甲状腺癌マーカー（単数または複数）は、核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、細胞質β−カテニンのうちの１つ以上である。特定の実施形態においては、甲状腺癌マーカーは核Ｅｐ−ＩＣＤである。
【００４０】
本発明の複数の態様においては、浸潤性甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）が、対照から、または異なる時間に採取したその患者由来の試料から得たそのようなレベルと比較した場合の、核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、細胞質β−カテニンのうちの１つ以上のレベルの増大の決定により検出される、診断される、または特性決定される。
【００４１】
特定の実施形態においては、本発明は、被験体において甲状腺癌の浸潤性を診断するための方法を提供する。この方法には以下の工程が含まれる：
（ａ）被験体由来の試料（例えば、腫瘍試料）中の核Ｅｐ−ＩＣＤの量を決定する工程；
（ｂ）上記試料中の核β−カテニンおよびβ−カテニンの一方または両方の量を決定する工程；
（ｃ）上記試料中のＥｐＥｘの量を決定する工程；
（ｄ）工程（ａ）の結果と工程（ｂ）の結果、および状況に応じて工程（ｃ）の結果を数学的に組み合わせて、数学的組み合わせを得る工程；ならびに
（ｅ）甲状腺癌の浸潤性に対して上記数学的組み合わせを比較するかまたは相関させる工程。
【００４２】
上記組み合わせは、好ましくは、予め決定された標準についての数学的組み合わせに対して比較される。
【００４３】
１つの態様においては、本発明は、患者において甲状腺癌の進行をモニタリングするための方法を提供する。この方法には以下の工程が含まれる：
（ａ）最初の時点の患者試料（例えば、生検試料）中の甲状腺癌マーカー（単数または複数）を検出する工程；
（ｂ）次の時点で工程（ａ）を繰り返し行う工程；および
（ｃ）（ａ）で検出したレベルと（ｂ）で検出したレベルを比較し、それにより、患者において甲状腺癌の進行をモニタリングする工程。
【００４４】
本発明は、甲状腺癌を有している患者を分類するための方法を提供する。この方法には、患者由来の試料（例えば、腫瘍試料）中の甲状腺癌マーカー（単数または複数）を測定する工程、および分類群に階層化した甲状腺癌患者から甲状腺癌マーカーについて測定した値に対して、測定した値を相関させる工程が含まれる。この方法は、患者の生存性を予想するために使用することができる。ここでは、甲状腺癌マーカー（単数または複数）が生存性の予想となり、上記分類群には、全生存率が既知である群が含まれる。本発明のこの方法の複数の態様においては、甲状腺癌マーカー（単数または複数）は、Ｅｐ−ＩＣＤおよびβ−カテニン（具体的には、核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、および細胞質β−カテニン）から選択される。様々な実施形態において、測定される値は、より正確な定量化を提供するため、そして実験によるばらつきを補正するために正規化することができる。
【００４５】
本発明の特に有用な態様においては、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（好ましくは、Ｅｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンをコードするポリヌクレオチド）が検出され、患者由来の試料（例えば、生検試料）中のポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーのレベルが、甲状腺癌を有していない患者、低悪性度の甲状腺癌を有している患者の試料由来のポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーのレベル、または同じ患者の複数の試料に由来するレベルと比較される。本発明の方法は、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー、および好ましくは、Ｅｐ−ＩＣＤをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズすることができる、１つ以上のポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、または核酸を利用することができる。本発明の１つの態様においては、Ｅｐ−ＩＣＤ  ｍＲＮＡが検出される。
【００４６】
本発明は、被験体由来の試料において甲状腺癌（より具体的には、甲状腺癌の病期）を診断および特性決定するための方法に関する。この方法には、上記試料から核酸（好ましくは、ｍＲＮＡ）を単離する工程、および上記試料中のポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーを検出する工程が含まれる。１つの実施形態では、標準または対照と比較した、上記試料中のＥｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンをコードするポリヌクレオチドの増大したレベルの存在が、甲状腺癌の浸潤性または転移能の指標となり、特に、ＡＴＣの指標となる。
【００４７】
本発明はまた、被験体において、甲状腺癌の存在または不在、あるいは、甲状腺癌の浸潤性または転移能を決定するため、具体的には、被験体においてＡＴＣを決定するための方法を提供する。この方法には、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）にハイブリダイズする核酸のレベルを試料中で検出する工程、および上記レベル（単数または複数）を予め決定した標準値またはカットオフ値と比較する工程、ならびにそれから、被験体における甲状腺癌の存在または不在、あるいは甲状腺癌の浸潤性または転移能を決定する、具体的には、被験体においてＡＴＣを決定する工程が含まれる。１つの実施形態においては、被験体において甲状腺癌の浸潤性または転移能を決定するための方法が提供される。この方法には以下の工程が含まれる：（ａ）被験体から採取した試料をＥｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させる工程；ならびに、（ｂ）予め決定した標準値またはカットオフ値と比較して、オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする核酸のレベルを上記試料中で検出し、それから、被験体における癌の浸潤性または転移能を決定する工程。
【００４８】
１つの態様においては、本発明は、患者において甲状腺癌の浸潤性または転移能を評価する方法を提供する。この方法は：
（ａ）患者由来の試料中のポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）のレベル；と
（ｂ）甲状腺癌に罹患していない対照患者もしくは低悪性度の甲状腺癌を有している対照患者から得た同じタイプの試料中、または異なる時間に採取したその患者由来の試料からのポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）の対照レベル
とを比較する工程を含む。ここでは、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）の対応する対照レベルと比較した、上記ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）レベルの変化が、甲状腺癌の浸潤性または転移能の指標となる。
【００４９】
患者が浸潤性または転移性甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）に罹患しているかどうかを評価するための本発明の特定の方法においては、対応する対照レベルと比較した、試料中の高レベルのＥｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンが、上記患者が浸潤性甲状腺癌または転移性甲状腺癌に罹患していることの指標となる。
【００５０】
特定の実施形態においては、ｍＲＮＡである核酸の量が、例えば、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）またはそのようなポリヌクレオチドの相補鎖（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）にハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーを使用して、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）のような増幅反応により検出される。他の実施形態では、ｍＲＮＡの量が、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）またはその相補鎖にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブを利用し、ハイブリダイゼーション技術を使用して検出される。
【００５１】
ｍＲＮＡの検出を使用する場合は、上記方法は、標準的な方法にしたがって、単離したｍＲＮＡを、ｃＤＮＡに変換するための試薬と混合する工程；変換したｃＤＮＡを、増幅産物を生成するための適切なプライマー混合物とともに増幅反応試薬で処理する工程；ならびに、試料中のポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）の存在を検出するために増幅産物を分析する工程により行うことができる。ｍＲＮＡについては、分析工程は、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）の存在を検出するためのＲＴ−ＰＣＲ分析を使用して行うことができる。分析工程は、増幅産物中のポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）の存在を定量的に検出する工程、ならびに、類似するプライマーを使用して導いた正常な試料および悪性腫瘍の試料（例えば、組織試料、具体的には、異なる病期の甲状腺癌を有している患者由来の組織試料）中での既知である有無についての予想される値のパネルに対して、検出したポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）の量を比較する工程により行うことができる。
【００５２】
したがって、本発明は、（ａ）試料からｍＲＮＡを単離する工程、および上記ｍＲＮＡを、ｍＲＮＡをｃＤＮＡに変換する試薬と混合する工程；（ｂ）変換したｃＤＮＡを、増幅産物を生成するために、増幅反応試薬およびポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）にハイブリダイズする核酸プライマーで処理する工程；（ｄ）ｍＲＮＡポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）の量を検出するために増幅産物を分析する工程；ならびに、（ｅ）類似する核酸プライマーを使用して導いた正常な組織および悪性腫瘍組織（例えば、異なる病期の甲状腺癌を持つ患者由来の組織）について予想した値のパネルについて検出した量に対して、ｍＲＮＡの量を比較する工程により、ｍＲＮＡが検出される方法を提供する。
【００５３】
タンパク質に基づく方法もまた、被験体において甲状腺癌（具体的には、甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣの浸潤性または転移能）を診断およびモニタリングするために使用することができる。この方法には、被験体由来の試料において甲状腺癌マーカーを検出する工程が含まれる。甲状腺癌マーカーは、甲状腺癌マーカーについての結合剤（ｂｉｎｄｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）、好ましくは、甲状腺癌マーカーと特異的に反応する抗体またはその一部を使用して検出され得る。
【００５４】
本発明は、患者が甲状腺癌（具体的には、浸潤性または転移性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）に罹患しているかどうかを評価する方法を提供する。この方法には：
（ａ）患者由来の試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカーのレベル；と
（ｂ）非癌試料中または低悪性度の甲状腺癌を持つ患者由来の試料中、あるいは、異なる時間に採取したその患者由来の試料によるポリペプチド甲状腺癌マーカーの対照レベル
とを比較する工程が含まれる。ここでは、対照レベルと比較した、患者由来の試料中での有意に異なるポリペプチド甲状腺癌マーカーのレベル（例えば、患者試料中で高い）が、上記患者が、甲状腺癌、または浸潤性もしくは転移性甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）に罹患していることの指標となる。
【００５５】
別の態様において、本発明は、患者において、甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）の有無、あるいは甲状腺癌の浸潤性または転移能を決定するための方法を提供する。この方法には、以下の工程が含まれる：（ａ）患者から得た生物学的試料を、ポリペプチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）に特異的に結合する結合剤と接触させる工程；および（ｂ）予め決定した標準値またはカットオフ値と比較して、結合剤（単数または複数）に結合するポリペプチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）の量を上記試料中で検出し、それから、患者における甲状腺癌の浸潤性または転移能の有無を決定する工程。
【００５６】
１つの実施形態において、本発明は、被験体由来の生物学的試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）を定量化することにより、被験体において甲状腺癌を検出する、診断する、病期診断する、およびモニタリングするための方法に関する。この方法には、（ａ）生物学的試料を、検出可能な物質で直接または間接的に標識されたポリペプチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）に特異的な抗体と反応させる工程；ならびに、（ｂ）検出可能な物質を検出する工程が含まれる。
【００５７】
別の実施形態において、本発明は、試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）の発現を検出するために抗体を使用する方法を提供する。この方法には：（ａ）ポリペプチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）に特異的な抗体を、抗体：タンパク質複合体の形成を可能にする条件下で試料と混合する工程；および（ｂ）上記複合体の形成を検出する工程が含まれる。ここでは、複合体の形成が、試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）の発現を示す。発現は、標準と比較され得、甲状腺癌、あるいは、甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）の浸潤性または転移能の診断となる。
【００５８】
１つの態様においては、本発明は、患者において甲状腺癌の進行をモニタリングするための方法を提供する。この方法には以下の工程が含まれる：
（ａ）第１の時点での患者試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカー（単数または複数）を検出する工程；および
（ｂ）次の時点で工程（ａ）を繰り返し行う工程；ならびに
（ｃ）（ａ）で検出したレベルと（ｂ）で検出したレベルを比較し、それにより、患者において甲状腺癌の進行をモニタリングする工程。
【００５９】
本発明はさらに、患者において、甲状腺癌（より具体的には、浸潤性または転移性甲状腺癌）についての治療の有効性を評価する方法に関する。この方法には：
（ａ）患者に治療の少なくとも一部を提供する前に患者から得た第１の試料中の甲状腺癌マーカーのレベル；と
（ｂ）治療後に患者から得た第２の試料中の甲状腺癌マーカーのレベル
とを比較する工程が含まれる。
【００６０】
第１の試料と比較した、第２の試料中の甲状腺癌マーカーの有意に異なるレベルが、その治療が甲状腺癌（より具体的には、未分化甲状腺癌）の阻害に有効であることの指標となる。１つの実施形態では、この方法は、甲状腺癌（より具体的には、浸潤性または転移性甲状腺癌）の阻害について治療の有効性を評価するために使用され、第１の試料と比較した第２の試料中での核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、または細胞質β−カテニンの低いレベルが、その治療が癌あるいは転移の阻害に有効であることの指標となる。治療は、甲状腺癌を処置するための任意の治療であり得、これには、化学療法、免疫療法、遺伝子治療、放射線治療、および外科手術による組織の切除が含まれるが、これらに限定されるわけではない。したがって、この方法は、例えば、全身腫瘍組織量の減少、腫瘍の浸潤性または転移能を評価するために、治療前、治療の間、および治療後に患者を評価するために使用され得る。
【００６１】
本発明は、甲状腺組織または甲状腺癌に対する環境要因の影響を決定するための方法を検討する。この方法には、環境要因の存在下および不在下での甲状腺癌マーカーを比較する工程が含まれる。
【００６２】
本発明はまた、甲状腺癌の処置について試験薬剤の潜在的有効性を評価するための方法、ならびに、甲状腺癌の処置のための薬剤を選択する方法を提供する。
【００６３】
本発明は、試験化合物の、甲状腺癌の一因となる可能性を評価する方法を検討する。この方法には以下の工程が含まれる：
（ａ）試験化合物の存在下および不在下で病的細胞の別々のアリコートを維持する工程；ならびに
（ｂ）各アリコート中の甲状腺癌マーカーのレベルを比較する工程。
【００６４】
試験化合物の不在下で維持したアリコートと比較した、試験化合物の存在下で維持した（または試験化合物に曝された）アリコート中でのマーカーのレベルの有意な差は、その試験化合物が甲状腺癌の一因となっている可能性があることを示す。
【００６５】
本発明はまた、甲状腺癌マーカーまたは甲状腺癌マーカーと相互作用する薬剤を含有する、薬学的組成物または診断用組成物を提供する。具体的には、本発明は、ポリペプチド甲状腺癌マーカーもしくはそのようなマーカーに結合する薬剤、またはポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーにハイブリダイズするかもしくはポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーを増幅する作用物質を含有している、薬学的組成物あるいは診断用組成物を提供する。
【００６６】
１つの実施形態において、この組成物には、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーまたはその断片に特異的にハイブリダイズするプローブが含まれる。別の実施形態においては、ポリメラーゼ連鎖反応方法論を使用してポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーを増幅することができる特異的プライマー（単数または複数）対を含有している組成物が提供される。なおさらなる実施形態においては、組成物に、ポリペプチド甲状腺癌マーカーまたはその断片に結合する結合剤（単数または複数）（例えば、抗体）が含まれる。プローブ、プライマー、および結合剤は、検出可能な物質で標識することができる。
【００６７】
１つの実施形態においては、本発明の薬学的組成物または診断用組成物には、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、および／またはＥｐＥｘに特異的な抗体が含まれる。１つの実施形態では、本発明の薬学的組成物または診断用組成物には、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、および／またはＥｐＥｘをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするヌクレオチド（例えば、プローブ）が含まれる。１つの実施形態では、本発明の診断用組成物に、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、および／またはＥｐＥｘをコードするポリヌクレオチドを増幅するプライマーが含まれる。
【００６８】
別の態様において、本発明は、甲状腺癌（具体的には、甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣの浸潤性または転移能）を診断するための組成物の製造における、甲状腺癌マーカーと相互作用する薬剤の使用に関する。
【００６９】
本発明の方法には、Ｗｎｔタンパク質、およびＷｎｔタンパク質をコードするポリヌクレオチドを検出する工程が含まれ得る。本発明の方法にはまた、甲状腺癌と関係があるさらに別のマーカー（例えば、ガレクチン−３、サイログロブリン、Ｅ−カドヘリン、β−アクチン、ＦＨＬ２、およびＬｅｆ−１）を検出する工程が含まれる場合もある。さらに、甲状腺癌マーカーの量は、甲状腺癌の他のマーカーと数学的に組み合わせることができる。１つの実施形態において、本発明は、被験体において甲状腺癌を検出するまたは診断するための方法を提供する。この方法には以下の工程が含まれる：
（ａ）被験体由来の試料中の甲状腺癌マーカーの量を決定する工程；
（ｂ）試料中の甲状腺癌と関係がある他のマーカー（具体的には、ガレクチン−３、サイログロブリン、Ｅ−カドヘリン、ｃ−Ｍｙｃ、β−アクチン、ＦＨＬ２、およびＬｅｆ−１からなる群より選択されるマーカー）の量を決定する工程；
（ｃ）工程（ａ）の結果と工程（ｂ）の結果を数学的に組み合わせて、数学的組み合わせを得る工程；ならびに
（ｄ）甲状腺癌の存在、または甲状腺癌の浸潤性もしくは転移能に対して、上記数学的組み合わせを比較するかあるいは相関させる工程。
【００７０】
この組み合わせは、好ましくは、予め決定された標準についての数学的組み合わせと比較される。特定の態様において、本発明は、甲状腺癌マーカーと、被験体由来の試料中のガレクチン−３およびサイログロブリンのうちの一方または両方との組み合わせを決定することにより、甲状腺癌を検出する、特性決定する、あるいは診断するための方法を提供する。
【００７１】
本発明にはまた、本発明の方法を実行するためのキットも含まれる。１つの態様において、本発明は、甲状腺癌マーカーを含む、甲状腺癌を検出する、診断する、または特性決定するためのキットを提供する。特定の態様において、本発明は、被験体において甲状腺癌を診断するまたは特性決定するための試験キットを提供する。これには、甲状腺癌マーカー（単数または複数）と相互作用する薬剤が含まれる。１つの実施形態では、キットは、患者が浸潤性または転移性甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）に罹患しているかどうかを評価するためのものであり、これには、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、および状況に応じてＥｐＥｘのレベルを同定するならびに／または評価するための試薬が含まれる。
【００７２】
したがって、本発明は、画像化のための標識を持ち、甲状腺癌マーカー（単数または複数）に結合する１種類以上の薬剤を哺乳動物に投与する工程、ならびにその後、哺乳動物を画像化する工程を含む、インビボ方法を検討する。本発明の好ましい態様にしたがうと、以下の工程を含む、甲状腺癌を画像化するためのインビボ方法が提供される：
（ａ）患者に、甲状腺癌マーカー（単数または複数）に結合する薬剤（この薬剤は、甲状腺癌を画像化するための標識を持っている）を注射する工程；
（ｂ）上記薬剤をインビボでインキュベートし、甲状腺癌マーカー（単数または複数）に結合できるようにする工程；および
（ｃ）甲状腺癌に局在化した標識の存在を検出する工程。
【００７３】
本発明の１つの実施形態においては、薬剤は、甲状腺癌マーカー（単数または複数）を認識する抗体である。本発明の別の実施形態では、薬剤は、甲状腺癌マーカー（単数または複数）を認識する化学物質である。
【００７４】
試薬は、甲状腺癌マーカー（単数または複数）を画像化するための標識を持つ。画像化に有用な標識の例は、陽電子放出型断層撮影（「ＰＥＴ」）スキャナー、化学発光物質（例えば、ルシフェリン）、および酵素マーカー（例えば、ペルオキシダーゼまたはホスファターゼ）により検出可能な、放射性標識、蛍光標識（例えば、フルオレセインおよびローダミン）、核磁気共鳴活性標識、陽電子を放出する放射性同位元素である。短射程放射線放射体（Ｓｈｏｒｔ−ｒａｎｇｅ  ｒａｄｉａｔｉｏｎ  ｅｍｉｔｔｅｒ）（例えば、短射程検出プローブにより検出可能な放射性同位元素）もまた利用することができる。
【００７５】
本発明はまた、甲状腺癌についての多数のマーカーを使用する、本明細書中に記載する、場所を特定する方法または画像化方法も検討する。
【００７６】
本発明は、本発明の薬学的組成物を被験体に投与する工程または本発明の薬学的組成物を使用する工程を含む、甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）を処置する方法を提供する。１つの態様においては、本発明は、甲状腺癌細胞（例えば、ＡＴＣ細胞）を破壊するかもしくはその増殖を阻害するか、またはＥｐ−ＩＣＤもしくはβ−カテニンの活性を遮断するために治療的に使用することができる、Ｅｐ−ＩＣＤまたはβ−カテニンに特異的なアンタゴニスト（例えば、抗体）を提供する。加えて、Ｅｐ−ＩＣＤまたはβ−カテニンは、Ｅｐ−ＩＣＤまたはβ−カテニンを発現する腫瘍の免疫介在性崩壊あるいは増殖阻害を促進するための様々な免疫治療方法において使用され得る。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
被験体において甲状腺癌と関係がある甲状腺癌マーカーを検出するための方法であって：（ａ）患者から試料を得る工程；
（ｂ）１つまたはそれより多い甲状腺癌マーカーを前記試料中で検出または同定する工程；および
（ｃ）検出した量を標準について検出した量と比較する工程
を含むか、あるいは本質的に前記工程からなり、ここでは、前記甲状腺癌マーカーがＥｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンである、方法。
（項目２）
甲状腺癌を診断するための方法であって：
（ａ）被験体由来の試料から抽出される甲状腺癌マーカーのレベル；と
（ｂ）対照試料中の甲状腺癌マーカーのレベル
とを比較する工程を含み、ここでは、前記対照中の対応するレベルと比較した、甲状腺癌マーカーのレベルの有意な差が甲状腺癌の指標となり、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、および状況に応じてＥｐＥｘである、方法。
（項目３）
前記被験体が、甲状腺癌のリスクがあるか、またはスクリーニングが必要な被験体である、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
甲状腺試料を特性決定または分類するための方法であって、対照と比較して甲状腺癌マーカーの発現の差を検出する工程を含み、ここでは、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、および状況に応じてＥｐＥｘである、方法。
（項目５）
被験体において甲状腺癌の特定の病期を診断する方法であって、前記被験体から得た試料中の甲状腺癌マーカーの状態を決定する工程を含み、ここでは、前記マーカーの異常な状態が特定の病期の存在を示し、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤまたはβ−カテニンである、方法。
（項目６）
甲状腺癌についての処置の候補である被験体を同定するための診断方法であって、前記被験体から得た試料中の甲状腺癌マーカーの状態を決定する工程を含み、ここでは、前記試料中の前記甲状腺癌マーカーの異常な状態が、処置が望ましいかまたは必要であることを示し、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、および状況に応じてＥｐＥｘである、方法。
（項目７）
前記異常な状態が、上昇した状態であってよく、低い状態であってよく、また陰性の状態であってもよい、項目５または６に記載の方法。
（項目８）
被験体において甲状腺癌の浸潤性または転移能を診断するための方法であって：
（ａ）前記被験体から試料を得る工程；
（ｂ）甲状腺癌マーカーを前記試料中で検出する工程；および
（ｃ）検出した量を標準について検出した量と比較する工程
を含み、ここでは、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンである、方法。
（項目９）
前記標準または対照が、より低い悪性度の甲状腺癌を持つ被験体において検出されたレベルまたは量を含む、項目１または８に記載の方法。
（項目１０）
被験体において未分化甲状腺癌（ＡＴＣ）を診断するための方法であって：
（ａ）被験体由来の試料を、標的である甲状腺癌マーカーのレベルを測定することができる試薬と接触させる工程であって、ここでは、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、および状況に応じてＥｐＥｘである、工程；および
（ｂ）ＡＴＣを有していない被験体から、もしくは異なる時間に前記被験体から採取した類似する試料から得た対照レベルを上回る、前記被験体由来の前記試料中での、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの少なくとも１つのレベルの増大、ならびに、状況に応じて、ＥｐＥｘの減少に基づいて、前記被験体においてＡＴＣの診断を提供する工程
を含む、方法。
（項目１１）
被験体において甲状腺癌の進行をモニタリングするための方法であって：（ａ）第１の時点での患者由来の試料中で甲状腺癌マーカーを検出する工程；（ｂ）次の時点で工程（ａ）を繰り返し行う工程；および（ｃ）工程（ａ）で検出したレベルと工程（ｂ）で検出したレベルを比較し、それにより、前記癌の進行をモニタリングする工程を含み、ここでは、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤまたはβ−カテニンである、方法。
（項目１２）
前記甲状腺癌マーカーが以下の工程により検出されるポリペプチドである、項目１〜１１のいずれか１項に記載の方法：
（ａ）前記試料を、前記ポリペプチドまたはその一部に特異的に結合する結合剤と接触させる工程；および
（ｂ）予め決定した標準と比較して、前記結合剤に結合するポリペプチドの量を前記試料中で検出する工程。
（項目１３）
被験体において浸潤性甲状腺癌または転移能を持つ甲状腺癌の存在を検出あるいは診断するための方法であって：
（ａ）甲状腺癌マーカーに特異的に結合する結合剤を提供する工程；
（ｂ）前記結合剤と前記甲状腺癌マーカーとを含有する複合体の形成を可能にする条件下で、前記結合剤を前記被験体由来の試料と接触させる工程；
（ｃ）前記複合体の存在または量を決定する工程；および
（ｄ）前記被験体における浸潤性甲状腺癌または転移能を持つ甲状腺癌の存在を決定するために、前記量を標準と比較する工程
を含み、ここでは、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤまたはβ−カテニンである、方法。
（項目１４）
前記結合剤が抗体である、項目１２または１３に記載の方法。
（項目１５）
前記甲状腺癌マーカーがポリヌクレオチドである、項目１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
前記ポリヌクレオチドがｍＲＮＡまたはその断片である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記ポリヌクレオチドが以下の工程により検出される、項目１５に記載の方法：
（ａ）前記試料を、前記ポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させる工程；および
（ｂ）予め決定した標準値またはカットオフ値と比較して、前記ポリヌクレオチドにハイブリダイズする核酸のレベルを前記試料中で検出し、それから、前記被験体における甲状腺癌の存在または不在を決定する工程。
（項目１８）
前記ｍＲＮＡが増幅反応を使用して検出される、項目１６に記載の方法。
（項目１９）
前記増幅反応が、前記ポリヌクレオチドまたはそのようなポリヌクレオチドの相補鎖にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマーを利用するポリメラーゼ連鎖反応である、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記ポリヌクレオチドがＲＴ−ＰＣＲを使用して検出される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記ｍＲＮＡが、前記ポリヌクレオチドまたはそのようなポリヌクレオチドの相補鎖にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブを利用するハイブリダイゼーション技術を使用して検出される、項目１６に記載の方法。
（項目２２）
被験体において甲状腺癌を阻害することについて試験薬剤の潜在的有効性を評価するための方法であって：（ａ）被験体から得た、前記試験薬剤に曝した第１の試料中の１つまたはそれより多い甲状腺癌マーカーのレベルであって、ここでは、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンである、レベルと、（ｂ）前記被験体から得た第２の試料中の前記甲状腺癌マーカーのレベルであって、ここでは、前記試料は前記試験薬剤に曝していない、レベルとを比較する工程を含み、ここでは、前記第２の試料と比較した前記第１の試料中での前記甲状腺癌マーカーの発現レベルの有意な差が、前記試験薬剤が、前記被験体において甲状腺癌を阻害することについて有効である可能性があることの指標となる、方法。
（項目２３）
被験体において甲状腺癌を阻害するための薬剤を選択する方法であって：（ａ）前記被験体から癌細胞を含有している試料を得る工程；（ｂ）前記試料のアリコートを複数の試験薬剤の存在下に別々に曝す工程；（ｃ）前記アリコートのそれぞれにおける１つまたはそれより多い甲状腺癌マーカーのレベルを比較する工程；および（ｄ）他の試験薬剤と比較して、前記試験薬剤のうちの１つを含有している前記アリコート中で前記甲状腺癌マーカーのレベルを変化させる前記試験薬剤のうちの１つを選択する工程を含み、ここでは、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンである、方法。
（項目２４）
他の試験薬剤と比較して、前記試験薬剤のうちの少なくとも１つを含有している前記アリコート中で前記甲状腺癌マーカーのレベルを変化させる、前記試験薬剤のうちの少なくとも１つを、前記被験体に対して投与する工程をさらに含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
試験化合物の甲状腺癌細胞の発癌の可能性を評価する方法であって：（ａ）前記試験化合物の存在下および不在下で、甲状腺癌細胞の別々のアリコートを維持する工程；ならびに、（ｂ）前記アリコートのそれぞれにおける１つまたはそれより多い甲状腺癌マーカーの発現を比較する工程を含み、ここでは、前記試験化合物の不在下で維持した前記アリコートと比較した、前記試験化合物の存在下で維持した前記アリコート中の甲状腺癌マーカーのレベルの有意な差が、前記試験化合物が、甲状腺癌細胞の発癌の可能性を持つことの指標となり、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンである、方法。
（項目２６）
前記試料が、組織、抽出物、細胞培養物、細胞溶解物、洗浄液（ｌａｖａｇｅ  ｆｌｕｉｄ）、または生理学的流体から得られる、項目１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
（項目２７）
前記試料が腫瘍組織から得られる、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
甲状腺癌マーカーに結合する結合剤、または甲状腺癌マーカーをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするかもしくは甲状腺癌マーカーをコードするポリヌクレオチドを増幅する作用物質を含有している、浸潤性甲状腺癌あるいは転移能を持つ甲状腺癌を検出ならびに／あるいは診断するためのキットであって、ここでは、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤまたはβ−カテニンである、キット。
（項目２９）
甲状腺癌マーカーに結合する抗体、または甲状腺癌マーカーをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするかもしくは甲状腺癌マーカーをコードするポリヌクレオチドを増幅するポリヌクレオチドの、甲状腺癌の浸潤性もしくは転移能を検出および／あるいは診断するための使用であって、ここでは、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤまたはβ−カテニンである、使用。
（項目３０）
甲状腺癌の浸潤性もしくは転移能を検出および／または診断することにおける使用のための、甲状腺癌マーカーに結合する抗体または甲状腺癌マーカーをコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするかもしくは甲状腺癌マーカーをコードするポリヌクレオチドを増幅するポリヌクレオチドを含有している組成物であって、ここでは、前記甲状腺癌マーカーが、Ｅｐ−ＩＣＤまたはβ−カテニンである、組成物。
（項目３１）
被験体において甲状腺癌を処置する方法であって、甲状腺癌の処置を必要とする被験体に対して、Ｅｐ−ＣＡＭ、Ｅｐ−ＩＣＤ、またはβ−カテニンに特異的な抗体を送達する工程を含む、方法。
【００７７】
本発明の他の目的、特徴、および利点は、以下の詳細な説明から明らかになるであろう。しかし、本発明の精神および範囲内での様々な変更および改変が、この詳細な説明から当業者に明らかであるので、詳細な説明と特異的な実施例は、本発明の好ましい実施形態を示してはいるものの、例示の目的のためのみに提供されていることが理解されるものとする。
【００７８】
本発明を、以下の図面と関連させてここに記載する。
【図面の簡単な説明】
【００７９】
【図１】図１は、甲状腺癌中のＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの免疫組織化学的分析である。未分化甲状腺癌は、検出可能な膜ＥｐＥｘ染色を示さなかった（ＩＡ）；分析した全ての他のサブタイプの甲状腺癌と正常な甲状腺組織は、原形質膜ＥｐＥｘ染色を示した（ＩＢ〜ＩＦ）。核Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、未分化の甲状腺癌と分化の度合いが低い甲状腺癌（ＩＩＡ〜ＩＩＣおよびＩＩＦ）においてのみ観察され、高分化型の甲状腺癌と正常な甲状腺組織（ＩＩＤ、ＩＩＥ）においては観察されなかった。核Ｅｐ−ＩＣＤ染色、核もしくは細胞質β−カテニン染色との相関は浸潤性甲状腺癌（ＩＩＩＡ〜ＩＩＩＣおよびＩＩＩＦ）において観察され、一方、膜性染色は、浸潤性が低い甲状腺癌と正常な甲状腺組織（ＩＩＩＤ、ＩＩＩＥ）において観察された。
【図２】図２は、同じ甲状腺癌患者におけるＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの免疫組織化学的分析である。膜ＥｐＥｘ染色は、未分化甲状腺癌切片においては観察されず（ＩＡ）、扁平上皮細胞切片中ではぼんやりした膜ＥｐＥｘ染色が観察され（ＩＢ）、強い膜ＥｐＥｘ染色が、分化の度合いが低い切片と正常な切片の両方において観察された（ＩＣ、ＩＤ）。未分化の切片と分化の度合いが低い切片における核および細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ染色（ＩＩＡ〜ＩＩＣ）、正常組織中での膜性および細胞質染色（ＩＩＤ）。未分化甲状腺癌切片中の核および細胞質β−カテニン染色（ＩＩＩＡ）、この検体の他のサブセット中の膜β−カテニン染色（ＩＩＩＢ〜ＩＩＩＤ）。
【図３−１】図３は、甲状腺癌中でのＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの発現のボックスプロット分析である。正常な甲状腺組織と様々なタイプの甲状腺癌のパラフィンに包埋した切片において免疫組織化学により決定した合計の免疫染色スコアの分布を示しているボックスプロット。縦軸は、実施例１に記載するようにして得た合計の免疫染色スコアを示す。パネルＡは、ＥｐＥｘ染色についてのボックスプロットを示す。Ｉは、正常組織およびＰＴＣ中での膜性局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＦＴＣおよびＳＣＣ中での様々に低下した発現（３のメジアンスコアを持つ、太い横線）を示す。パネルＡＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、およびＦＴＣ中でのＥｐＥｘの細胞質局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＳＣＣ中での様々に低下した発現を示す。パネルＡＩＩＩは、正常組織および甲状腺癌の全てのサブタイプに検出可能なＥｐＥｘの核局在化が存在しないことを示す。パネルＢは、Ｅｐ−ＩＣＤ染色についてのボックスプロットを示す。パネルＢＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での可変のＥｐ−ＩＣＤの膜局在化を示す。パネルＢＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの局在化を示す。パネルＢＩＩＩは、０のメジアンスコアを持つＰＴＣ、ＦＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、および正常な甲状腺組織と比較した、ＡＴＣにおける核局在化とＳＣＣ中での可変の発現を示す（３のメジアンスコアを持つ、太い横線、縦の棒で示すように０〜４の範囲）。パネルＣは、β−カテニン染色についてのボックスプロットを示す。ＣＩは、ＡＴＣのみにおける核染色を示す。パネルＣＩＩは、分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける細胞質β−カテニンを示す。パネルＣＩＩＩは、正常組織と、ＡＴＣのほとんどを除く分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける膜β−カテニンを示す。パネルＤは、Ｖｉｓｉｏｐｈａｒｍ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍを使用した、甲状腺癌の様々なサブタイプにおけるＥｐ−ＩＣＤの核染色を示す。分析した全てのＡＴＣ、１つのＰＤＰＴＣ、および１つのＰＤＦＴＣが核Ｅｐ−ＩＣＤの発現を示した。
【図３−２】図３は、甲状腺癌中でのＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの発現のボックスプロット分析である。正常な甲状腺組織と様々なタイプの甲状腺癌のパラフィンに包埋した切片において免疫組織化学により決定した合計の免疫染色スコアの分布を示しているボックスプロット。縦軸は、実施例１に記載するようにして得た合計の免疫染色スコアを示す。パネルＡは、ＥｐＥｘ染色についてのボックスプロットを示す。Ｉは、正常組織およびＰＴＣ中での膜性局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＦＴＣおよびＳＣＣ中での様々に低下した発現（３のメジアンスコアを持つ、太い横線）を示す。パネルＡＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、およびＦＴＣ中でのＥｐＥｘの細胞質局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＳＣＣ中での様々に低下した発現を示す。パネルＡＩＩＩは、正常組織および甲状腺癌の全てのサブタイプに検出可能なＥｐＥｘの核局在化が存在しないことを示す。パネルＢは、Ｅｐ−ＩＣＤ染色についてのボックスプロットを示す。パネルＢＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での可変のＥｐ−ＩＣＤの膜局在化を示す。パネルＢＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの局在化を示す。パネルＢＩＩＩは、０のメジアンスコアを持つＰＴＣ、ＦＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、および正常な甲状腺組織と比較した、ＡＴＣにおける核局在化とＳＣＣ中での可変の発現を示す（３のメジアンスコアを持つ、太い横線、縦の棒で示すように０〜４の範囲）。パネルＣは、β−カテニン染色についてのボックスプロットを示す。ＣＩは、ＡＴＣのみにおける核染色を示す。パネルＣＩＩは、分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける細胞質β−カテニンを示す。パネルＣＩＩＩは、正常組織と、ＡＴＣのほとんどを除く分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける膜β−カテニンを示す。パネルＤは、Ｖｉｓｉｏｐｈａｒｍ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍを使用した、甲状腺癌の様々なサブタイプにおけるＥｐ−ＩＣＤの核染色を示す。分析した全てのＡＴＣ、１つのＰＤＰＴＣ、および１つのＰＤＦＴＣが核Ｅｐ−ＩＣＤの発現を示した。
【図３−３】図３は、甲状腺癌中でのＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの発現のボックスプロット分析である。正常な甲状腺組織と様々なタイプの甲状腺癌のパラフィンに包埋した切片において免疫組織化学により決定した合計の免疫染色スコアの分布を示しているボックスプロット。縦軸は、実施例１に記載するようにして得た合計の免疫染色スコアを示す。パネルＡは、ＥｐＥｘ染色についてのボックスプロットを示す。Ｉは、正常組織およびＰＴＣ中での膜性局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＦＴＣおよびＳＣＣ中での様々に低下した発現（３のメジアンスコアを持つ、太い横線）を示す。パネルＡＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、およびＦＴＣ中でのＥｐＥｘの細胞質局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＳＣＣ中での様々に低下した発現を示す。パネルＡＩＩＩは、正常組織および甲状腺癌の全てのサブタイプに検出可能なＥｐＥｘの核局在化が存在しないことを示す。パネルＢは、Ｅｐ−ＩＣＤ染色についてのボックスプロットを示す。パネルＢＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での可変のＥｐ−ＩＣＤの膜局在化を示す。パネルＢＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの局在化を示す。パネルＢＩＩＩは、０のメジアンスコアを持つＰＴＣ、ＦＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、および正常な甲状腺組織と比較した、ＡＴＣにおける核局在化とＳＣＣ中での可変の発現を示す（３のメジアンスコアを持つ、太い横線、縦の棒で示すように０〜４の範囲）。パネルＣは、β−カテニン染色についてのボックスプロットを示す。ＣＩは、ＡＴＣのみにおける核染色を示す。パネルＣＩＩは、分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける細胞質β−カテニンを示す。パネルＣＩＩＩは、正常組織と、ＡＴＣのほとんどを除く分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける膜β−カテニンを示す。パネルＤは、Ｖｉｓｉｏｐｈａｒｍ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍを使用した、甲状腺癌の様々なサブタイプにおけるＥｐ−ＩＣＤの核染色を示す。分析した全てのＡＴＣ、１つのＰＤＰＴＣ、および１つのＰＤＦＴＣが核Ｅｐ−ＩＣＤの発現を示した。
【図３−４】図３は、甲状腺癌中でのＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの発現のボックスプロット分析である。正常な甲状腺組織と様々なタイプの甲状腺癌のパラフィンに包埋した切片において免疫組織化学により決定した合計の免疫染色スコアの分布を示しているボックスプロット。縦軸は、実施例１に記載するようにして得た合計の免疫染色スコアを示す。パネルＡは、ＥｐＥｘ染色についてのボックスプロットを示す。Ｉは、正常組織およびＰＴＣ中での膜性局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＦＴＣおよびＳＣＣ中での様々に低下した発現（３のメジアンスコアを持つ、太い横線）を示す。パネルＡＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、およびＦＴＣ中でのＥｐＥｘの細胞質局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＳＣＣ中での様々に低下した発現を示す。パネルＡＩＩＩは、正常組織および甲状腺癌の全てのサブタイプに検出可能なＥｐＥｘの核局在化が存在しないことを示す。パネルＢは、Ｅｐ−ＩＣＤ染色についてのボックスプロットを示す。パネルＢＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での可変のＥｐ−ＩＣＤの膜局在化を示す。パネルＢＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの局在化を示す。パネルＢＩＩＩは、０のメジアンスコアを持つＰＴＣ、ＦＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、および正常な甲状腺組織と比較した、ＡＴＣにおける核局在化とＳＣＣ中での可変の発現を示す（３のメジアンスコアを持つ、太い横線、縦の棒で示すように０〜４の範囲）。パネルＣは、β−カテニン染色についてのボックスプロットを示す。ＣＩは、ＡＴＣのみにおける核染色を示す。パネルＣＩＩは、分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける細胞質β−カテニンを示す。パネルＣＩＩＩは、正常組織と、ＡＴＣのほとんどを除く分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける膜β−カテニンを示す。パネルＤは、Ｖｉｓｉｏｐｈａｒｍ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍを使用した、甲状腺癌の様々なサブタイプにおけるＥｐ−ＩＣＤの核染色を示す。分析した全てのＡＴＣ、１つのＰＤＰＴＣ、および１つのＰＤＦＴＣが核Ｅｐ−ＩＣＤの発現を示した。
【図３−５】図３は、甲状腺癌中でのＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの発現のボックスプロット分析である。正常な甲状腺組織と様々なタイプの甲状腺癌のパラフィンに包埋した切片において免疫組織化学により決定した合計の免疫染色スコアの分布を示しているボックスプロット。縦軸は、実施例１に記載するようにして得た合計の免疫染色スコアを示す。パネルＡは、ＥｐＥｘ染色についてのボックスプロットを示す。Ｉは、正常組織およびＰＴＣ中での膜性局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＦＴＣおよびＳＣＣ中での様々に低下した発現（３のメジアンスコアを持つ、太い横線）を示す。パネルＡＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、およびＦＴＣ中でのＥｐＥｘの細胞質局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＳＣＣ中での様々に低下した発現を示す。パネルＡＩＩＩは、正常組織および甲状腺癌の全てのサブタイプに検出可能なＥｐＥｘの核局在化が存在しないことを示す。パネルＢは、Ｅｐ−ＩＣＤ染色についてのボックスプロットを示す。パネルＢＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での可変のＥｐ−ＩＣＤの膜局在化を示す。パネルＢＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの局在化を示す。パネルＢＩＩＩは、０のメジアンスコアを持つＰＴＣ、ＦＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、および正常な甲状腺組織と比較した、ＡＴＣにおける核局在化とＳＣＣ中での可変の発現を示す（３のメジアンスコアを持つ、太い横線、縦の棒で示すように０〜４の範囲）。パネルＣは、β−カテニン染色についてのボックスプロットを示す。ＣＩは、ＡＴＣのみにおける核染色を示す。パネルＣＩＩは、分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける細胞質β−カテニンを示す。パネルＣＩＩＩは、正常組織と、ＡＴＣのほとんどを除く分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける膜β−カテニンを示す。パネルＤは、Ｖｉｓｉｏｐｈａｒｍ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍを使用した、甲状腺癌の様々なサブタイプにおけるＥｐ−ＩＣＤの核染色を示す。分析した全てのＡＴＣ、１つのＰＤＰＴＣ、および１つのＰＤＦＴＣが核Ｅｐ−ＩＣＤの発現を示した。
【図３−６】図３は、甲状腺癌中でのＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの発現のボックスプロット分析である。正常な甲状腺組織と様々なタイプの甲状腺癌のパラフィンに包埋した切片において免疫組織化学により決定した合計の免疫染色スコアの分布を示しているボックスプロット。縦軸は、実施例１に記載するようにして得た合計の免疫染色スコアを示す。パネルＡは、ＥｐＥｘ染色についてのボックスプロットを示す。Ｉは、正常組織およびＰＴＣ中での膜性局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＦＴＣおよびＳＣＣ中での様々に低下した発現（３のメジアンスコアを持つ、太い横線）を示す。パネルＡＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、およびＦＴＣ中でのＥｐＥｘの細胞質局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＳＣＣ中での様々に低下した発現を示す。パネルＡＩＩＩは、正常組織および甲状腺癌の全てのサブタイプに検出可能なＥｐＥｘの核局在化が存在しないことを示す。パネルＢは、Ｅｐ−ＩＣＤ染色についてのボックスプロットを示す。パネルＢＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での可変のＥｐ−ＩＣＤの膜局在化を示す。パネルＢＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの局在化を示す。パネルＢＩＩＩは、０のメジアンスコアを持つＰＴＣ、ＦＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、および正常な甲状腺組織と比較した、ＡＴＣにおける核局在化とＳＣＣ中での可変の発現を示す（３のメジアンスコアを持つ、太い横線、縦の棒で示すように０〜４の範囲）。パネルＣは、β−カテニン染色についてのボックスプロットを示す。ＣＩは、ＡＴＣのみにおける核染色を示す。パネルＣＩＩは、分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける細胞質β−カテニンを示す。パネルＣＩＩＩは、正常組織と、ＡＴＣのほとんどを除く分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける膜β−カテニンを示す。パネルＤは、Ｖｉｓｉｏｐｈａｒｍ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍを使用した、甲状腺癌の様々なサブタイプにおけるＥｐ−ＩＣＤの核染色を示す。分析した全てのＡＴＣ、１つのＰＤＰＴＣ、および１つのＰＤＦＴＣが核Ｅｐ−ＩＣＤの発現を示した。
【図３−７】図３は、甲状腺癌中でのＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの発現のボックスプロット分析である。正常な甲状腺組織と様々なタイプの甲状腺癌のパラフィンに包埋した切片において免疫組織化学により決定した合計の免疫染色スコアの分布を示しているボックスプロット。縦軸は、実施例１に記載するようにして得た合計の免疫染色スコアを示す。パネルＡは、ＥｐＥｘ染色についてのボックスプロットを示す。Ｉは、正常組織およびＰＴＣ中での膜性局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＦＴＣおよびＳＣＣ中での様々に低下した発現（３のメジアンスコアを持つ、太い横線）を示す。パネルＡＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、およびＦＴＣ中でのＥｐＥｘの細胞質局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＳＣＣ中での様々に低下した発現を示す。パネルＡＩＩＩは、正常組織および甲状腺癌の全てのサブタイプに検出可能なＥｐＥｘの核局在化が存在しないことを示す。パネルＢは、Ｅｐ−ＩＣＤ染色についてのボックスプロットを示す。パネルＢＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での可変のＥｐ−ＩＣＤの膜局在化を示す。パネルＢＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの局在化を示す。パネルＢＩＩＩは、０のメジアンスコアを持つＰＴＣ、ＦＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、および正常な甲状腺組織と比較した、ＡＴＣにおける核局在化とＳＣＣ中での可変の発現を示す（３のメジアンスコアを持つ、太い横線、縦の棒で示すように０〜４の範囲）。パネルＣは、β−カテニン染色についてのボックスプロットを示す。ＣＩは、ＡＴＣのみにおける核染色を示す。パネルＣＩＩは、分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける細胞質β−カテニンを示す。パネルＣＩＩＩは、正常組織と、ＡＴＣのほとんどを除く分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける膜β−カテニンを示す。パネルＤは、Ｖｉｓｉｏｐｈａｒｍ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍを使用した、甲状腺癌の様々なサブタイプにおけるＥｐ−ＩＣＤの核染色を示す。分析した全てのＡＴＣ、１つのＰＤＰＴＣ、および１つのＰＤＦＴＣが核Ｅｐ−ＩＣＤの発現を示した。
【図３−８】図３は、甲状腺癌中でのＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの発現のボックスプロット分析である。正常な甲状腺組織と様々なタイプの甲状腺癌のパラフィンに包埋した切片において免疫組織化学により決定した合計の免疫染色スコアの分布を示しているボックスプロット。縦軸は、実施例１に記載するようにして得た合計の免疫染色スコアを示す。パネルＡは、ＥｐＥｘ染色についてのボックスプロットを示す。Ｉは、正常組織およびＰＴＣ中での膜性局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＦＴＣおよびＳＣＣ中での様々に低下した発現（３のメジアンスコアを持つ、太い横線）を示す。パネルＡＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、およびＦＴＣ中でのＥｐＥｘの細胞質局在化、ＡＴＣにおいては検出可能な発現が存在しないこと、ならびに、ＳＣＣ中での様々に低下した発現を示す。パネルＡＩＩＩは、正常組織および甲状腺癌の全てのサブタイプに検出可能なＥｐＥｘの核局在化が存在しないことを示す。パネルＢは、Ｅｐ−ＩＣＤ染色についてのボックスプロットを示す。パネルＢＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での可変のＥｐ−ＩＣＤの膜局在化を示す。パネルＢＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣおよびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣ中での細胞質Ｅｐ−ＩＣＤの局在化を示す。パネルＢＩＩＩは、０のメジアンスコアを持つＰＴＣ、ＦＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、および正常な甲状腺組織と比較した、ＡＴＣにおける核局在化とＳＣＣ中での可変の発現を示す（３のメジアンスコアを持つ、太い横線、縦の棒で示すように０〜４の範囲）。パネルＣは、β−カテニン染色についてのボックスプロットを示す。ＣＩは、ＡＴＣのみにおける核染色を示す。パネルＣＩＩは、分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける細胞質β−カテニンを示す。パネルＣＩＩＩは、正常組織と、ＡＴＣのほとんどを除く分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける膜β−カテニンを示す。パネルＤは、Ｖｉｓｉｏｐｈａｒｍ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍを使用した、甲状腺癌の様々なサブタイプにおけるＥｐ−ＩＣＤの核染色を示す。分析した全てのＡＴＣ、１つのＰＤＰＴＣ、および１つのＰＤＦＴＣが核Ｅｐ−ＩＣＤの発現を示した。
【図４】図４は、ヒトの原発性甲状腺腫瘍中のＥｐＣＡＭの定量的リアルタイムＰＣＲ分析である。ヒストグラムは、甲状腺癌の様々なサブセットの中でのＥｐＣＡＭ転写物のレベルを示す。
【図５Ａ】図５は、全生存率の累積寄与率のカプラン・マイヤー推定値である：（Ａ）膜ＥｐＥｘ発現の喪失。（Ｂ）核Ｅｐ−ＩＣＤの蓄積。（Ｃ）核β−カテニンの蓄積。（Ｄ）甲状腺癌において同時に起こる核Ｅｐ−ＩＣＤとβ−カテニンの発現。
【図５Ｂ】図５は、全生存率の累積寄与率のカプラン・マイヤー推定値である：（Ａ）膜ＥｐＥｘ発現の喪失。（Ｂ）核Ｅｐ−ＩＣＤの蓄積。（Ｃ）核β−カテニンの蓄積。（Ｄ）甲状腺癌において同時に起こる核Ｅｐ−ＩＣＤとβ−カテニンの発現。
【図５Ｃ】図５は、全生存率の累積寄与率のカプラン・マイヤー推定値である：（Ａ）膜ＥｐＥｘ発現の喪失。（Ｂ）核Ｅｐ−ＩＣＤの蓄積。（Ｃ）核β−カテニンの蓄積。（Ｄ）甲状腺癌において同時に起こる核Ｅｐ−ＩＣＤとβ−カテニンの発現。
【図５Ｄ】図５は、全生存率の累積寄与率のカプラン・マイヤー推定値である：（Ａ）膜ＥｐＥｘ発現の喪失。（Ｂ）核Ｅｐ−ＩＣＤの蓄積。（Ｃ）核β−カテニンの蓄積。（Ｄ）甲状腺癌において同時に起こる核Ｅｐ−ＩＣＤとβ−カテニンの発現。
【図６Ａ】図６は、ヒトの甲状腺癌由来細胞株中でのＥｐＣＡＭの発現である。（Ａ）パネルＩ  −  免疫組織化学  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＥｘはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＥｐＥｘ染色はＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中では観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩ  −  Ｅｐ−ＩＣＤを用いた免疫組織化学（１１４４）。Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜と細胞質に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＩＣＤはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中ではＥｐ−ＩＣＤ染色は観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩＩ。免疫蛍光  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴの原形質膜に（中央のパネル）、そしてＣＡＬ−６２中では細胞質に局在化していた（原寸×４００）。パネルＩＶ  −  核局在化を明確にするために、４’−６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）核酸染色（原寸×４００）を示す。（Ｂ）免疫蛍光分析。ＭＯＣ−３１での強いＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯおよびＷＲＯ細胞中では原形質膜に局在化していたが、Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＣＡＬ−６２細胞中では細胞質と核に局在化していた（原寸×４００）。（Ｃ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの発現のウェスタンブロット分析。細胞溶解物をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分離し、ＥｐＣＡＭに対する抗体（Ｂ３０２）を使用してＥｐＣＡＭについてプローブした（上のパネル）。確実に等量をローディングするために、同じ溶解物をβ−アクチンでプローブした（下のパネル）。４０ｋＤａのバンドが、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴ細胞中で観察されたが、ＴＰＣ−１細胞中ではバンドは検出されなかった。（Ｄ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの定量的リアルタイムＰＣＲ分析。ＡＲＯ、ＷＲＯ、ＴＴ細胞中でのＧＡＰＤＨに対するＥｐＣＡＭの比を示すが、ＴＰＣ−１細胞中では転写物を定量化することができなかった。（Ｅ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびβ−カテニンを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。（Ｆ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびｃ−ｍｙｃを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。
【図６Ｂ】図６は、ヒトの甲状腺癌由来細胞株中でのＥｐＣＡＭの発現である。（Ａ）パネルＩ  −  免疫組織化学  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＥｘはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＥｐＥｘ染色はＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中では観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩ  −  Ｅｐ−ＩＣＤを用いた免疫組織化学（１１４４）。Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜と細胞質に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＩＣＤはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中ではＥｐ−ＩＣＤ染色は観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩＩ。免疫蛍光  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴの原形質膜に（中央のパネル）、そしてＣＡＬ−６２中では細胞質に局在化していた（原寸×４００）。パネルＩＶ  −  核局在化を明確にするために、４’−６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）核酸染色（原寸×４００）を示す。（Ｂ）免疫蛍光分析。ＭＯＣ−３１での強いＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯおよびＷＲＯ細胞中では原形質膜に局在化していたが、Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＣＡＬ−６２細胞中では細胞質と核に局在化していた（原寸×４００）。（Ｃ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの発現のウェスタンブロット分析。細胞溶解物をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分離し、ＥｐＣＡＭに対する抗体（Ｂ３０２）を使用してＥｐＣＡＭについてプローブした（上のパネル）。確実に等量をローディングするために、同じ溶解物をβ−アクチンでプローブした（下のパネル）。４０ｋＤａのバンドが、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴ細胞中で観察されたが、ＴＰＣ−１細胞中ではバンドは検出されなかった。（Ｄ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの定量的リアルタイムＰＣＲ分析。ＡＲＯ、ＷＲＯ、ＴＴ細胞中でのＧＡＰＤＨに対するＥｐＣＡＭの比を示すが、ＴＰＣ−１細胞中では転写物を定量化することができなかった。（Ｅ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびβ−カテニンを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。（Ｆ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびｃ−ｍｙｃを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。
【図６Ｃ】図６は、ヒトの甲状腺癌由来細胞株中でのＥｐＣＡＭの発現である。（Ａ）パネルＩ  −  免疫組織化学  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＥｘはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＥｐＥｘ染色はＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中では観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩ  −  Ｅｐ−ＩＣＤを用いた免疫組織化学（１１４４）。Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜と細胞質に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＩＣＤはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中ではＥｐ−ＩＣＤ染色は観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩＩ。免疫蛍光  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴの原形質膜に（中央のパネル）、そしてＣＡＬ−６２中では細胞質に局在化していた（原寸×４００）。パネルＩＶ  −  核局在化を明確にするために、４’−６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）核酸染色（原寸×４００）を示す。（Ｂ）免疫蛍光分析。ＭＯＣ−３１での強いＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯおよびＷＲＯ細胞中では原形質膜に局在化していたが、Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＣＡＬ−６２細胞中では細胞質と核に局在化していた（原寸×４００）。（Ｃ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの発現のウェスタンブロット分析。細胞溶解物をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分離し、ＥｐＣＡＭに対する抗体（Ｂ３０２）を使用してＥｐＣＡＭについてプローブした（上のパネル）。確実に等量をローディングするために、同じ溶解物をβ−アクチンでプローブした（下のパネル）。４０ｋＤａのバンドが、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴ細胞中で観察されたが、ＴＰＣ−１細胞中ではバンドは検出されなかった。（Ｄ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの定量的リアルタイムＰＣＲ分析。ＡＲＯ、ＷＲＯ、ＴＴ細胞中でのＧＡＰＤＨに対するＥｐＣＡＭの比を示すが、ＴＰＣ−１細胞中では転写物を定量化することができなかった。（Ｅ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびβ−カテニンを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。（Ｆ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびｃ−ｍｙｃを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。
【図６Ｄ】図６は、ヒトの甲状腺癌由来細胞株中でのＥｐＣＡＭの発現である。（Ａ）パネルＩ  −  免疫組織化学  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＥｘはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＥｐＥｘ染色はＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中では観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩ  −  Ｅｐ−ＩＣＤを用いた免疫組織化学（１１４４）。Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜と細胞質に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＩＣＤはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中ではＥｐ−ＩＣＤ染色は観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩＩ。免疫蛍光  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴの原形質膜に（中央のパネル）、そしてＣＡＬ−６２中では細胞質に局在化していた（原寸×４００）。パネルＩＶ  −  核局在化を明確にするために、４’−６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）核酸染色（原寸×４００）を示す。（Ｂ）免疫蛍光分析。ＭＯＣ−３１での強いＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯおよびＷＲＯ細胞中では原形質膜に局在化していたが、Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＣＡＬ−６２細胞中では細胞質と核に局在化していた（原寸×４００）。（Ｃ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの発現のウェスタンブロット分析。細胞溶解物をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分離し、ＥｐＣＡＭに対する抗体（Ｂ３０２）を使用してＥｐＣＡＭについてプローブした（上のパネル）。確実に等量をローディングするために、同じ溶解物をβ−アクチンでプローブした（下のパネル）。４０ｋＤａのバンドが、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴ細胞中で観察されたが、ＴＰＣ−１細胞中ではバンドは検出されなかった。（Ｄ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの定量的リアルタイムＰＣＲ分析。ＡＲＯ、ＷＲＯ、ＴＴ細胞中でのＧＡＰＤＨに対するＥｐＣＡＭの比を示すが、ＴＰＣ−１細胞中では転写物を定量化することができなかった。（Ｅ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびβ−カテニンを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。（Ｆ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびｃ−ｍｙｃを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。
【図６Ｅ】図６は、ヒトの甲状腺癌由来細胞株中でのＥｐＣＡＭの発現である。（Ａ）パネルＩ  −  免疫組織化学  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＥｘはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＥｐＥｘ染色はＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中では観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩ  −  Ｅｐ−ＩＣＤを用いた免疫組織化学（１１４４）。Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜と細胞質に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＩＣＤはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中ではＥｐ−ＩＣＤ染色は観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩＩ。免疫蛍光  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴの原形質膜に（中央のパネル）、そしてＣＡＬ−６２中では細胞質に局在化していた（原寸×４００）。パネルＩＶ  −  核局在化を明確にするために、４’−６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）核酸染色（原寸×４００）を示す。（Ｂ）免疫蛍光分析。ＭＯＣ−３１での強いＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯおよびＷＲＯ細胞中では原形質膜に局在化していたが、Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＣＡＬ−６２細胞中では細胞質と核に局在化していた（原寸×４００）。（Ｃ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの発現のウェスタンブロット分析。細胞溶解物をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分離し、ＥｐＣＡＭに対する抗体（Ｂ３０２）を使用してＥｐＣＡＭについてプローブした（上のパネル）。確実に等量をローディングするために、同じ溶解物をβ−アクチンでプローブした（下のパネル）。４０ｋＤａのバンドが、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴ細胞中で観察されたが、ＴＰＣ−１細胞中ではバンドは検出されなかった。（Ｄ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの定量的リアルタイムＰＣＲ分析。ＡＲＯ、ＷＲＯ、ＴＴ細胞中でのＧＡＰＤＨに対するＥｐＣＡＭの比を示すが、ＴＰＣ−１細胞中では転写物を定量化することができなかった。（Ｅ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびβ−カテニンを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。（Ｆ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびｃ−ｍｙｃを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。
【図６Ｆ】図６は、ヒトの甲状腺癌由来細胞株中でのＥｐＣＡＭの発現である。（Ａ）パネルＩ  −  免疫組織化学  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＥｘはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＥｐＥｘ染色はＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中では観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩ  −  Ｅｐ−ＩＣＤを用いた免疫組織化学（１１４４）。Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた結腸癌細胞）、ＷＲＯ（これまでは浸潤性の濾胞性甲状腺癌細胞と考えられていた結腸癌細胞）、およびＴＴ（甲状腺髄様癌細胞）においては原形質膜と細胞質に局在化していた。細胞質Ｅｐ−ＩＣＤはＣＡＬ−６２中で検出されたが、ＴＰＣ−１（低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞）中ではＥｐ−ＩＣＤ染色は観察されなかった（原寸×２００）。パネルＩＩＩ。免疫蛍光  −  ＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴの原形質膜に（中央のパネル）、そしてＣＡＬ−６２中では細胞質に局在化していた（原寸×４００）。パネルＩＶ  −  核局在化を明確にするために、４’−６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）核酸染色（原寸×４００）を示す。（Ｂ）免疫蛍光分析。ＭＯＣ−３１での強いＥｐＥｘ染色は、ＡＲＯおよびＷＲＯ細胞中では原形質膜に局在化していたが、Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、ＣＡＬ−６２細胞中では細胞質と核に局在化していた（原寸×４００）。（Ｃ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの発現のウェスタンブロット分析。細胞溶解物をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分離し、ＥｐＣＡＭに対する抗体（Ｂ３０２）を使用してＥｐＣＡＭについてプローブした（上のパネル）。確実に等量をローディングするために、同じ溶解物をβ−アクチンでプローブした（下のパネル）。４０ｋＤａのバンドが、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴ細胞中で観察されたが、ＴＰＣ−１細胞中ではバンドは検出されなかった。（Ｄ）甲状腺癌細胞株の同じパネル中でのＥｐＣＡＭの定量的リアルタイムＰＣＲ分析。ＡＲＯ、ＷＲＯ、ＴＴ細胞中でのＧＡＰＤＨに対するＥｐＣＡＭの比を示すが、ＴＰＣ−１細胞中では転写物を定量化することができなかった。（Ｅ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびβ−カテニンを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。（Ｆ）甲状腺癌細胞株の同じパネルにおいてＭＯＣ−３１およびｃ−ｍｙｃを用いた免疫蛍光ＥｐＥｘ染色。
【図７−１】図７は、癌細胞株および陽性対照である結腸癌細胞株を免疫毒素ＶＢ４−８４５／ＶＢ６−８４５で処理した際のＥｐＣＡＭ陽性甲状腺癌細胞の増殖の阻害を示す。
【図７−２】図７は、癌細胞株および陽性対照である結腸癌細胞株を免疫毒素ＶＢ４−８４５／ＶＢ６−８４５で処理した際のＥｐＣＡＭ陽性甲状腺癌細胞の増殖の阻害を示す。
【図７−３】図７は、癌細胞株および陽性対照である結腸癌細胞株を免疫毒素ＶＢ４−８４５／ＶＢ６−８４５で処理した際のＥｐＣＡＭ陽性甲状腺癌細胞の増殖の阻害を示す。
【図８】図８は、様々な濃度のＶＢ４−８４５での処理の前後にウェスタンブロットにより決定した、複数の細胞株中でのＥｐＣＡＭの発現に対するＶＢ４−８４５の効果を示す。
【図９Ａ】図９は、甲状腺乳頭癌−１（Ｔｈｙｒｏｉｄ  ｐａｐｉｌｌａｒｙ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ−１）（ＴＰＣ−１）細胞およびＶＢ４（Ａ）およびＰＢＳ（Ｂ）で処理したＳＣＩＤマウスにおける腫瘍の大きさのばらつきを示す。
【図９Ｂ】図９は、甲状腺乳頭癌−１（Ｔｈｙｒｏｉｄ  ｐａｐｉｌｌａｒｙ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ−１）（ＴＰＣ−１）細胞およびＶＢ４（Ａ）およびＰＢＳ（Ｂ）で処理したＳＣＩＤマウスにおける腫瘍の大きさのばらつきを示す。
【図１０】図１０は、甲状腺癌中でのＥｐＥｘの膜染色を示している散布図である。
【図１１】図１１は、甲状腺癌中でのＥｐＥｘの細胞質染色を示している散布図である。
【図１２】図１２は、甲状腺癌中でのＥｐ−ＩＣＤの膜染色を示している散布図である。
【図１３】図１３は、甲状腺癌中でのＥｐ−ＩＣＤの細胞質染色を示している散布図である。
【図１４】図１４は、甲状腺癌中でのＥｐ−ＩＣＤの核染色を示している散布図である。
【図１５】図１５は、ＡＴＣをＰＴＣと識別するための、ＥｐＩＣＤの核染色のＲＯＣ曲線分析である。
【図１６】図１６は、ＡＴＣをＰＴＣと識別するための、ＥｐＥｘの膜染色のＲＯＣ分析である。
【図１７】図１７は、甲状腺腫瘍中でのＥｐＥｘおよびＥｐ−ＩＣＤの発現の免疫組織化学的分析を示す。顕微鏡写真は、良性甲状腺腫瘍（Ａ）、非浸潤性悪性甲状腺腫瘍（Ｃ）、浸潤性悪性甲状腺腫瘍（Ｅ）および（Ｇ）におけるＥｐＥｘの膜発現の染色を示す。Ｅｐ−ＩＣＤの核発現は、良性甲状腺腫瘍（Ｂ）、非浸潤性悪性甲状腺腫瘍（Ｄ）、浸潤性悪性甲状腺腫瘍（Ｆ）および（Ｈ）において観察される。Ｍ、膜染色；Ｎ、核染色。顕微鏡写真は全て、原寸×４００である。
【図１８】図１８は、フィリピン人患者における膜ＥｐＥｘ発現の散布図分析である。良性甲状腺腫瘍、臨床的には非浸潤性である甲状腺悪性腫瘍および臨床的には浸潤性である甲状腺悪性腫瘍における合計の免疫染色スコアの分布を示している散布図。縦軸は、実施例に記載する合計の免疫組織化学染色スコアを示す。≧４のカットオフを、陽性を決定するために使用した。ＥｐＥｘの膜発現の低下が、分析したフィリピン人の浸潤性の悪性腫瘍の症例のほとんどにおいて観察された。高い膜ＥｐＥｘ発現が、良性腫瘍の症例と非浸潤性悪性腫瘍の症例の全てにおいて観察された。≦４のカットオフスコアを、陽性（膜発現の喪失）を決定するために使用した。
【図１９】図１９は、フィリピン人患者における核Ｅｐ−ＩＣＤの発現の散布図分析である。良性甲状腺腫瘍、臨床的には非浸潤性である甲状腺悪性腫瘍、および臨床的には浸潤性である甲状腺悪性腫瘍において決定した合計の免疫染色スコアの分布を示している散布図。縦軸は、実施例に記載する合計の免疫組織化学染色スコアを示す。≧４のカットオフを、陽性を決定するために使用した。Ｅｐ−ＩＣＤの核発現の増大が、分析したフィリピン人の浸潤性の甲状腺悪性腫瘍のほぼ全てにおいて観察されたが、良性腫瘍と非浸潤性の悪性腫瘍の症例においては観察されなかった。
【図２０】図２０は、フィリピン人の良性甲状腺腫瘍、非浸潤性癌および浸潤性癌における、膜ＥｐＥｘ（Ａ、Ｃ）および核Ｅｐ−ＩＣＤ（Ｂ、Ｄ）の受信者動作特性（Ｒｅｃｅｉｖｅｒ  ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ）（ＲＯＣ）曲線を示す。ＲＯＣ曲線を、膜ＥｐＥｘおよび核Ｅｐ−ＩＣＤの発現の感度と１−特異性に基づいて作製した。縦軸は感度を示し、横軸は１−特異性を示す。癌についての感度、特異性、および曲線下面積（ＡＵＣ）値を表８にまとめる。
【図２１】図２１は、核Ｅｐ−ＩＣＤのボックスプロット分析（Ｂ）と膜ＥｐＥｘの発現の喪失（Ａ）を示す。
【図２２】図２２は、膜ＥｐＥｘの発現と核Ｅｐ−ＩＣＤの発現のボックスプロット分析を示す。良性甲状腺腫瘍、臨床的には非浸潤性である甲状腺悪性腫瘍、および臨床的には浸潤性である甲状腺悪性腫瘍の組織切片の、免疫組織化学により決定した合計の免疫染色スコアの分布を示しているボックスプロット。縦軸は、実施例に記載する合計の免疫組織化学染色スコアを示す。Ａ．ＥｐＥｘの膜発現の低下が、分析したフィリピン人である浸潤性悪性腫瘍の症例のほとんどにおいて観察された。高い膜ＥｐＥｘの発現が、良性腫瘍の症例と非浸潤性悪性腫瘍の症例の全てにおいて観察された。≦４のカットオフを、陽性（膜発現の喪失）を決定するために使用した。Ｂ．Ｅｐ−ＩＣＤの核発現の増大が、分析したフィリピン人である浸潤性の甲状腺悪性腫瘍のほぼ全てにおいて観察されたが、良性腫瘍と非浸潤性悪性腫瘍の症例においては観察されなかった。≧４のカットオフを、陽性を決定するために使用した。
【発明を実施するための形態】
【００８０】
（発明の詳細な説明）
本発明は、甲状腺癌マーカーの発現と、甲状腺癌（具体的には、甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ、の浸潤性または転移能）との間での新しく発見した相関関係に関する。本明細書中に記載される甲状腺癌マーカーは、甲状腺癌を（具体的には、甲状腺癌（より具体的には、ＡＴＣ）の浸潤性または転移能を）診断する、検出する、あるいは特性決定するための方法を提供する。試料中の浸潤性または転移性甲状腺癌の存在または不在を診断あるいは検出するための方法、および甲状腺癌の進行をモニタリングするための方法、ならびに患者の甲状腺癌の診断および特性決定と関係がある甲状腺癌の特徴についての情報を提供するための方法を提供する。
【００８１】
他の場所に明記されない限りは、本明細書中で使用する全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する分野の当業者により通常理解されている意味と同じ意味を有する。以下の定義は当業者を補い、本出願に関するものであり、いずれの関連する場合または無関係の場合にも帰属するものではない。本明細書中に記載する方法と同様または等価である任意の方法および材料を本発明の実施において使用することができるが、特定の材料および方法が本明細書中に記載される。
【００８２】
終点により本明細書中に記載する数的範囲には、その範囲内に含まれる全ての数および分数が含まれる（例えば、１〜５には、１、１．５、２、２．７５、３、３．９０、４、および５が含まれる）。その全ての数および分数が、用語「約」により修飾されると見なされることもまた理解される。用語「約」は、言及されている数のプラスまたはマイナス０．１〜５０％、５〜５０％、または１０〜４０％、好ましくは、１０〜２０％、より好ましくは、１０％、または１５％を意味する。本明細書中および添付の特許請求の範囲において使用する場合は、単数形の「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」には、その状況が別に明記されない限りは、複数についての言及も含まれる。
【００８３】
用語「甲状腺癌」は、甲状腺の任意の悪性のプロセスをいう。甲状腺癌の例としては、甲状腺乳頭癌、甲状腺乳頭癌の濾胞性変異型、濾胞腺癌、ヒュルトレ細胞腫、未分化甲状腺癌、甲状腺髄様癌、甲状腺リンパ腫、分化の度合いが低い甲状腺癌、および甲状腺原発血管肉腫が挙げられるが、これらに限定されない。本発明の複数の態様においては、甲状腺癌は甲状腺髄様癌である。本発明の複数の態様においては、甲状腺癌は浸潤性の癌であるか、または転移能があり、具体的には、浸潤性の甲状腺髄様癌もしくは濾胞性甲状腺癌、または転移能がある甲状腺髄様癌もしくは濾胞性甲状腺癌である。本発明の複数の態様においては、甲状腺癌は未分化の甲状腺癌（ＡＴＣ）である。
【００８４】
「転移能」は、開始部位（すなわち、甲状腺）から体内の他の部位へと移動する癌細胞の能力または可能性をいう。
【００８５】
用語「試料」などは、甲状腺癌マーカーまたは結合剤（例えば、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な抗体）を発現しているまたはそれを含有していることがわかっているか、あるいはそのように疑われる材料を意味する。試料は生物学的供給源に由来し得（「生物学的試料」）、例えば、組織（例えば、生検試料）、抽出物、または細胞培養物（細胞（例えば、腫瘍細胞）を含む）、細胞溶解物、および生物学的もしくは生理学的流体（ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｆｌｕｉｄ）（例えば、全血、血漿、血清、唾液、脳脊髄液、汗、尿、母乳、腹水など）であり得る。試料は、供給源から得たものがそのままで直接使用される場合があり、また、試料の特性を変化させるための予備処理（例えば、血液からの血漿の調製、粘性がる液体の希釈など）後に使用される場合もある。本発明の特定の態様においては、試料は、ヒトの血清のようなヒトの生理学的流体である。本発明の特定の態様においては、試料は生検試料である。本発明の特定の態様においては、試料は良性組織、悪性組織、または正常組織の試料である。
【００８６】
本発明にしたがって分析することができる試料としては、臨床的に関連する供給源由来のポリヌクレオチド、好ましくは、発現されたＲＮＡまたはそれに由来する核酸（ｃＤＮＡ、またはＲＮＡポリメラーゼプロモーターが組み込まれているｃＤＮＡから導いた増幅したＲＮＡ）が挙げられる。当業者に明らかであるように、標的ポリヌクレオチドには、全細胞ＲＮＡ、ポリ（Ａ）＋メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）またはその分画、細胞質ｍＲＮＡ、あるいはｃＤＮＡから転写されたＲＮＡ（すなわち、ｃＲＮＡ）を含むが、これらに限定されないＲＮＡが含まれ得る。
【００８７】
標的ポリヌクレオチドは、当該分野で公知の方法を使用して、１つ以上のヌクレオチドで検出可能に標識することができる。標識は、ＲＮＡの長さに沿って均一に取り込まれることが好ましく、高い効率で行われることがさらに好ましい。検出可能な標識は、発光標識、蛍光標識、生物発光標識、化学発光標識、放射性標識、および比色分析用様式であり得るが、これらに限定されるわけではない。
【００８８】
患者試料由来の標的ポリヌクレオチドは、標準のポリヌクレオチドとは異なるように標識することができる。標準には、正常な個体（例えば、甲状腺癌に罹患していないかまたは甲状腺癌の素因がない個体、具体的には、正常な個体または異なる病期にある患者由来の試料からプールしたもの）由来の標的ポリペプチドが含まれる。標的ポリヌクレオチドは、同じ個体に由来し得るが、異なる時間に採取されたものであり得、これにより、一連の処置の間および後のマーカーの発現の変化もしくはマーカーの発現がないことにより、処置の有効性が示される。
【００８９】
用語「被験体」、「患者」、および「個体」は、本明細書中では互換的に使用され、甲状腺癌に罹患しているか、または甲状腺癌を有していると疑われる、甲状腺癌の素因がある、または甲状腺癌についてスクリーニングされている（具体的には、実際の浸潤性甲状腺癌もしくは転移能（より具体的には、ＡＴＣ）、またはその疑い）哺乳動物のような温血動物をいう。この用語には、家畜、競技用動物、霊長類、およびヒトが含まれるが、これらに限定されない。好ましくは、この用語はヒトをいう。
【００９０】
本明細書中で使用される場合は、用語甲状腺癌を「有していると疑われる被験体」は、甲状腺癌の指標となる１つ以上の症候（例えば、顕著なしこりまたは塊）を示しているか、あるいは、癌についてのスクリーニングが行われている（例えば、定期健診の際に）被験体をいう。甲状腺癌を有していると疑われる被験体はまた、１つ以上のリスクファクターを有し得る。甲状腺癌を有していると疑われる被験体は、一般的には、癌について試験されていない。しかし、甲状腺癌を「有していると疑われる被験体」には、最初の診断が下されたが、その病期が明らかではない個体が含まれる。この用語にはさらに、かつて癌を有していたヒト（例えば、寛解状態にある個体）が含まれる。
【００９１】
本明細書中で使用される場合は、用語「甲状腺癌のリスクがある被験体」は、甲状腺癌（具体的には、浸潤性または転移性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）の発症についての１つ以上のリスクファクターを持つ被験体をいう。リスクファクターとしては、性別、年齢、遺伝的素因、環境暴露、これまでの癌の発症、既存の癌以外の疾患、および生活習慣が挙げられるが、これらに限定されない。
【００９２】
本明細書中で使用される場合は、用語被験体において「甲状腺癌を特性決定すること」は、被験体における癌試料の１つ以上の特性の同定をいい、これには、被験体の予後または生存性が含まれるが、これらに限定されるわけではない。癌は、１つ以上のマーカー（本明細書中に開示する甲状腺癌マーカーを含むがこれに限定されない）の発現の同定により特性決定され得る。
【００９３】
本明細書中で使用される場合は、用語「処置する」または「処置」は、特定の症状の１つ以上の症候または特徴を部分的あるいは完全に緩和する、改善する、軽減する、阻害する、予防する、その発症を遅らせる、その重篤度を下げる、および／またはその発症を少なくするために使用される任意の方法をいう。処置は、症状を伴う病状を発症するリスクを小さくする目的のために、その症状の徴候を示していないおよび／またはその症状の極めて初期の徴候を示している被験体に投与され得る。したがって、被験体の状態に応じて、この用語は、本発明のいくつかの態様においては、症状を予防することをいい、これには、症状の発症を予防すること、または症状と関係がある徴候を予防することが含まれる。この用語にはまた、症状および／または症候が重篤な状態に進行しないように、その症状および／または症候を維持することが含まれる。処置は、短期間の方法、また、長期にわたる方法のいずれで行われる場合もある。この用語はまた、症状に苦しむ前にそのような症状の重篤度またはそのような症状と関係がある症候を軽減することもいう。そのような苦しむ前の症状の予防またはその重篤度の低下は、その症状に苦しんでいる時ではない、被験体への治療の投与をいう。予防にはまた、症状の再発、またはそのような症状と関係がある１つ以上の症候の予防も含まれる。用語「処置」および「治療的に」は、「処置」を上記で定義したのと同様に、処置の行動をいう。介入の目的は、症状と闘うことであり、これには、症候もしくは合併症の発症を予防するまたは遅らせるため、あるいは、症候もしくは合併症を緩和するため、あるいは症状を排除するための治療の投与が含まれる。
【００９４】
「ポリペプチド」および「タンパク質」は本明細書中では互換的に使用され、これは、共有結合および／または非共有結合により連結されたアミノ酸の少なくとも１つの分子鎖を示す。この用語には、ペプチド、オリゴペプチド、およびタンパク質、ならびにポリペプチドの翻訳後修飾（例えば、グリコシル化、アセチル化、リン酸化など）が含まれる。タンパク質断片、アナログ、突然変異型または変異型タンパク質、融合タンパク質などもまた、この用語の意味に含まれる。
【００９５】
用語「ＥｐＣＡＭ」は、上皮成長因子（ＥＧＦ）様ドメインとサイログロブリン反復ドメインを含有するＩ型膜タンパク質をいう。具体的には、これは、大きな細胞外ドメイン（２６５アミノ酸）（ＥｐＥｘ）、２３アミノ酸の１つの膜貫通部分（配列番号１のアミノ酸２６６〜２８８）、および２６アミノ酸の短い細胞質ドメイン（Ｅｐ−ＩＣＤ  −  配列番号１の−アミノ酸２８９〜４１３）からなる。２つのＥＧＦ様反復は、細胞外ドメインの中に位置している（Ｂａｌｚａｒら、２００１）。成熟酵素は３１４アミノ酸からなる［ＥｐＣＡＭ（ＣＤ３２６）の概要については、Ｂａｅｕｅｒｉｅ  ＰＡ  ａｎｄ  Ｏ  Ｇｉｒｅｓ，Ｂｒｉｔｉｓｈ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ（２００７）９６，４１７−４２３頁を参照のこと］。この用語には、ＥｐＣＡＭ（具体的には、ヒトＥｐＣＡＭ）の天然配列のポリペプチド、イソ型、前駆体、およびキメラまたは融合タンパク質が含まれる。本発明で利用することができるＥｐＣＡＭポリペプチドとしては、アクセッション番号ＮＰ＿００２３４５および配列番号１の中で見られる配列を含むポリペプチドが挙げられるが、これに限定されない。本発明の特定の態様においては、ＥｐＣＡＭの複数のドメイン（具体的には、Ｅｐ−ＩＣＤとＥｐＥｘ）が本発明の方法において利用される。
【００９６】
用語「β−カテニン」は、いくつかのアルマジロリピート（すなわち、タンパク質−タンパク質相互作用に関与しているおよそ５０個のアミノ酸の配列）を含む接着結合タンパク質をいう。各反復は３つのへリックスからなり、へリックス１とへリックス３は互いに逆並行であり、へリックス２と直角に交わり、そしてへリックス１とへリックス２との間の鋭角のターンを可能にするグリシン残基が保存されている（Ａｂｅｒｌｅ  Ｈ，ら、Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｓｃｉ．１９９４年１２月；１０７（Ｐｔ  １２）：３６５５−６３；ｖａｎ  Ｈｅｎｇｅｌ，Ｊ．，ら、Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔ．Ｃｅｌｌ  Ｇｅｎｅｔ．７０（１−２），６８−７０（１９９５）を参照のこと）。この用語には、β−カテニン（具体的には、ヒトβ−カテニン）の天然配列のポリペプチド、イソ型、前駆体、およびキメラまたは融合タンパク質が含まれる。本発明において利用することができるβ−カテニンポリペプチドとしては、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｐ３５２２２．１、Ｇｅｎｂａｎｋ  ＮＰ＿００１０９１６７９、および配列番号７の中で見られる配列を含有しているポリペプチドが挙げられるが、これらに限定されるわけではない。
【００９７】
「Ｗｎｔタンパク質」は、胚発生の間の細胞間相互作用を調節する、高度に保存されている分泌型シグナル伝達分子のファミリーをいう。Ｗｎｔタンパク質には、Ｗｎｔシグナル伝達分子の産生、標的細胞上の受容体とのそれらの相互作用、および細胞のＷｎｔリガンドとの接触により生じる標的細胞の生理学的反応を調節するタンパク質が含まれ、これには標的タンパク質が含まれる。Ｗｎｔタンパク質としては、Ｗｎｔタンパク質（例えば、Ｗｎｔｌ、Ｗｎｔ３、Ｗｎｔ４、Ｗｎｔ５Ｂ、Ｗｎｔ７Ａ、Ｗｎｔ１０Ａ、Ｗｎｔ１０Ｂ）、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ（ＦＲＺ）ファミリーの細胞表面受容体、Ｄｉｓｈｅｖｅｌｌｅｄファミリータンパク質、ａｘｉｎタンパク質（例えば、Ａｘｉｎ１、Ａｘｉｎ２）、ＷＴＸ、ＰＯＲＣ１、ＲＳＰＯ４、ＶＡＮＧＬ１、ＧＳＫ−３、ＡＰＣ、ＴＣＦ／ＬＥＦファミリーの転写因子（例えば、ＴＣＦ４）、膜貫通タンパク質ＬＲＰ、スクレロスチン（ｓｃｌｅｒｏｓｔｉｎ）、三量体Ｇタンパク質、ＣＫ１、ＧＳＫ３、Ｎｏｒｒｉｎ、ＷＴＸ、ＰＯＲＣ１、ＲＳＰＯ４、ＶＡＮＧＬ１、および標的タンパク質（例えば、Ｃ−ｍｙｃ）が挙げられるが、これらに限定されるわけではない（ＭａｃＤｏｎａｌｄ  ＢＴ，ら、Ｄｅｖ  Ｃｅｌｌ．２００９年７月；１７（１）：９−２６；Ｃａｄｉｇａｎ  ＫＭ  Ｃｕｒｒ  Ｂｉｏｌ．２００８年１０月２８日；１８（２０）：Ｒ９４３−７を参照のこと）。
【００９８】
「天然配列のポリペプチド」には、天然由来のポリペプチドと同じアミノ酸配列を有しているポリペプチドが含まれる。そのような天然配列のポリペプチドは自然界から単離することができるか、または組み換えもしくは合成手段により産生することができる。この用語には、特に、自然界に存在している短縮型もしくは分泌型のポリペプチド、ポリペプチド変異体（自然界に存在している変異体形態（例えば、異なるようにスプライシングされた形態もしくはスプライシング変異体を含む）、および自然界に存在している対立遺伝子変異体が含まれる。
【００９９】
用語「ポリペプチド変異体」は、天然配列のポリペプチドと少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％のアミノ酸配列同一性、具体的には、少なくとも約７０〜８０％、より具体的には、少なくとも約８５％、なおより具体的には、少なくとも約９０％、最も具体的には、少なくとも約９５％、９７％、または９９％のアミノ酸配列同一性を有しているポリペプチドを意味する。特定のポリペプチド変異体は、アクセッション番号ＮＰ＿００２３４５、および配列番号１、またはＳｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｐ３５２２２．１、Ｇｅｎｂａｎｋ  ＮＰ＿００１０９１６７９、および配列番号７において同定されている配列に対して、少なくとも７０〜８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％のアミノ酸配列同一性を有する。そのような変異体としては、例えば、１つ以上のアミノ酸残基が、ポリペプチドの全長配列もしくは成熟配列のＮ末端またはＣ末端に付加されているか、あるいはそのＮ末端またはＣ末端から欠失しているポリペプチドが挙げられ、これには他の種由来の変異体が含まれるが、天然配列ポリペプチドは除外される。本発明の態様においては、変異体は、対応する天然配列のポリペプチドの免疫原性活性を保持している。
【０１００】
２つのアミノ酸配列または２つの核酸配列の配列同一性は、配列をアラインメントし、必要に応じて最大のパーセント配列同一性を得るためにギャップを導入した後の、そして配列同一性の一部としての保存的置換を全く考慮しない、ポリペプチド中のアミノ酸残基あるいは核酸配列と同一である候補配列中のアミノ酸残基あるいはヌクレオチドの割合（％）として定義される。パーセントアミノ酸配列同一性またはパーセント核酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、例えば、公に利用することができるコンピューターソフトウェア（ＧＣＧプログラムパッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ  Ｊ．ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １２（１）：３８７，１９８４）；ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、およびＦＡＳＴＡ（Ａｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ら、Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０，１９９０）を含む）を使用して、様々な従来法で行うことができる。ＢＬＡＳＴ  Ｘプログラムは、ＮＣＢＩおよび他の供給業者（ＢＬＡＳＴ  Ｍａｎｕａｌ，Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．ら、ＮＣＢＩ  ＮＬＭ  ＮＩＨ  Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．２０８９４；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．ら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０，１９９０）から公に入手することができる。当業者は、アラインメントを測定するための適切なパラメーター（比較しようとする配列の全長にわたり最大のアラインメントを得るために必要な任意のアルゴリズムを含む）を決定することができる。同一性および類似性を決定するための方法は、公に入手することができるコンピュータープログラムにおいて体系化されている。
【０１０１】
ポリペプチド変異体には、全長のポリペプチドよりも少ないアミノ酸を含む、天然のポリペプチドのアミノ酸配列に対して十分に同一であるアミノ酸配列、または天然のポリペプチドのアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列を含有するポリペプチドが含まれる。ポリペプチドの一部分または断片は、例えば、３〜５、８〜１０、１０、１５、１５〜２０、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、またはそれ以上のアミノ酸の長さのポリペプチドであり得る。ポリペプチドの複数の領域が欠失した部分あるいは断片は、組み換え技術により調製することができ、ポリペプチドに特異的な抗体を形成する能力のような、１つ以上の機能的活性について評価することができる。ポリペプチドの１つの部分または断片には、ポリペプチドの１つのドメイン、具体的には、１つの細胞外ドメインまたは細胞内ドメインが含まれ得る。
【０１０２】
対立遺伝子変異体もまた、１つ以上のアミノ酸置換、付加、または欠失がコードされるタンパク質に導入されるように、天然のポリペプチド配列をコードする核酸に置換、付加、または欠失を導入することにより作製することができる。突然変異は、標準的な方法（例えば、部位特異的突然変異誘発およびＰＣＲ媒介性突然変異誘発）により導入することができる。１つの実施形態では、保存的置換が、１つ以上の予想される非必須アミノ酸残基に作製される。「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が類似する側鎖を持つアミノ酸で置き換えられている置換であり、そのいくつかは当該分野で公知である。
【０１０３】
自然界に存在している対立遺伝子変異体には、天然のポリペプチド配列由来の保存的アミノ酸置換が含まれる場合があり、またこれには、ポリペプチドホモログ（例えば、マウスポリペプチド）中の対応する位置に由来するアミノ酸の置換が含まれる場合もある。
【０１０４】
本明細書中で開示するポリペプチドには、キメラタンパク質または融合タンパク質が含まれる。「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」には、異種ポリペプチド（すなわち、異なるポリペプチド）に動作可能であるように連結されたポリペプチド全体またはその一部（好ましくは、生物学的活性のある部分）が含まれる。融合タンパク質において、用語「動作可能であるように連結された」は、ポリペプチドと異種ポリペプチドが互いにインフレームで融合されていることを示すように意図される。異種ポリペプチドは、ポリペプチドのＮ末端に融合することができ、また、Ｃ末端に融合することもできる。有用な融合タンパク質は、ポリペプチドがＧＳＴ配列のＣ末端に融合されているＧＳＴ融合タンパク質である。融合タンパク質の別の例は、ポリペプチド全体またはその一部が免疫グロブリンタンパク質ファミリーの１つのメンバーに由来する配列に対して融合されている、免疫グロブリン融合タンパク質である。キメラタンパク質および融合タンパク質は、標準的な組み換えＤＮＡ技術により作製することができる。
【０１０５】
本明細書中に開示する方法において使用されるポリペプチドは、様々な供給源から（例えば、ヒトの複数の組織タイプから、または他の供給源から）単離される場合があり、また、組み換え方法もしくは合成方法により、またはこれらの技術および類似する技術の任意の組み合わせにより調製される場合もある。
【０１０６】
「ポリヌクレオチド」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態、リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドのいずれかをいう。この用語には、二本鎖および一本鎖のＤＮＡ、ならびに、二本鎖および一本鎖のＲＮＡ、ポリヌクレオチドのメチル化もしくはキャッピングのような修飾型ならびに未修飾の形態が含まれる。用語「ポリヌクレオチド」と「オリゴヌクレオチド」は本明細書中では互換的に使用される。ポリヌクレオチドには、さらなるコード配列または非コード配列が含まれる場合があるが、必ずしも必要ではなく、また、これが、他の分子および／または担体もしくは支持材料に対して連結させられている場合もあるが、これは必ずしも必要ではない。本発明の方法で使用するためのポリヌクレオチドは、特定の方法に適している任意の長さであり得る。特定の用途においては、この用語は、アンチセンス核酸分子（例えば、センスポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーに対して逆方向のｍＲＮＡまたはＤＮＡ鎖）をいう。
【０１０７】
ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーとしては、ポリペプチド甲状腺癌マーカー（天然配列のポリペプチド、ポリペプチド甲状腺癌マーカーの一部を含むポリペプチド変異体、イソ型、前駆体、およびキメラポリペプチドを含む）をコードするポリヌクレオチドが挙げられる。本発明において利用することができるＥｐＣＡＭポリペプチドをコードするポリヌクレオチドとしては、アクセッション番号ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／ＴｒＥＭＢＬ  Ｑ６ＦＧ２６、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ  １６４２２、Ｇｅｎｂａｎｋ  ＮＭ＿００２３５４およびＢＣ０１４７８５、または配列番号２の配列、あるいはそれらの断片を含有する核酸が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。本発明において利用することができるβ−カテニンポリペプチドをコードするポリヌクレオチドとしては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００１９０４．３、ＮＭ＿００１０９８２０９、またはＮＭ＿００１０９８２１０、あるいは、配列番号８、９、または１０の配列を含有する核酸が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。
【０１０８】
本発明の方法において使用されるポリヌクレオチドとしては、相補的核酸配列、およびこれらの配列に対して実質的に同一である（例えば、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、または４５％、好ましくは、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性）核酸が挙げられる。
【０１０９】
ポリヌクレオチドにはまた、遺伝子コードの縮重が原因で、１つの核酸配列とは異なる配列も含まれる。一例として、本明細書中に開示する甲状腺癌マーカーのヌクレオチド配列内のＤＮＡ配列多型は、そのアミノ酸配列には影響を及ぼさないサイレント突然変異を生じ得る。１つ以上のヌクレオチドにおけるバリエーションが、自然な対立遺伝子のバリエーションが原因で、１つの集団の個体間に存在し得る。ポリペプチドのアミノ酸配列中に変化を導くＤＮＡ配列多型もまた存在し得る。
【０１１０】
本明細書中に開示する方法において使用することができるポリヌクレオチドとしてはまた、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーの核酸配列に対してストリンジェントな条件（好ましくは、高ストリンジェンシーの条件）下でハイブリダイズする核酸も挙げられる。ＤＮＡのハイブリダイゼーションを促進する適切なストリンジェンシーの条件は当業者に公知であるか、またはＡｕｓｕｂｅｌら（編）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１−６．３．６の中に見ることができる。一般的には、ストリンジェントな条件は、定義したイオン強度およびｐＨでの特定の配列についての熱融点（ｔｈｅｒｍａｌ  ｍｅｌｔｉｎｇ  ｐｏｉｎｔ）（Ｔｍ）よりも約５℃低く選択され得る。Ｔｍは、標的配列に相補的であるプローブの５０％がその標的配列に対して平衡状態でハイブリダイズする温度（定義されたイオン強度、ｐＨ、および核酸濃度下での）である。一般的には、ストリンジェントな条件は、塩濃度が約１．０Ｍ未満のナトリウムイオンまたは他の塩（例えば、約０．０１〜１．０Ｍのナトリウムイオン）であり、そして温度が、短いプローブ、プライマー、またはオリゴヌクレオチド（例えば、１０〜５０ヌクレオチド）については少なくとも約３０℃であり、そして長いプローブ、プライマー、およびオリゴヌクレオチドについては少なくとも６０℃である条件である。例えば、ハイブリダイゼーションは、６．０×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）で、約４５℃で行われ得、続いて、２．０×ＳＳＣで、５０℃での、または６×ＳＣＣ、０．５％のＳＤＳ、および５０％のホルムアミドを含有する溶液中で４２℃での洗浄が行われ得、続いて、０．１×ＳＣＣおよび０．５％のＳＤＳの溶液中で６８℃での洗浄が行われ得る。
【０１１１】
ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーにはまた、短縮型の核酸または核酸断片、およびＤＮＡに対応するｍＲＮＡの選択的スプライシングにより生じる、本明細書中で開示するかまた言及する核酸の変異体形態も含まれる。ポリヌクレオチドの断片としては、特定のヌクレオチド配列の１つの領域に対応する（すなわち、特定のヌクレオチド配列の１つの領域と同一であるかまたはそれに相補的である）おおよそ少なくとも約６ヌクレオチド、具体的には、少なくとも約８ヌクレオチド、より具体的には、少なくとも約１０〜１２ヌクレオチド、そしてなおより具体的には、１５〜２０ヌクレオチドの連続する配列を含むポリヌクレオチド配列が挙げられる。
【０１１２】
対照または標準（例えば、正常なレベル、異なる病期に由来するレベル、または１人の患者由来の他の試料中でのレベル）と比較した患者試料中での、マーカーの「有意に異なる」レベルまたはマーカーレベルの「有意な差」は、その検出アッセイの標準誤差より大きいまたは小さいレベルを示し得、好ましくは、レベルは、対照または標準よりも、それぞれ、少なくとも約１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍高いか、あるいは低い。
【０１１３】
「マイクロアレイ」および「アレイ」は、甲状腺癌と関係がある生体分子を検出するため（例えば、遺伝子発現を測定するため）に使用することができる、核酸またはヌクレオチドのアレイ、あるいはタンパク質またはペプチドのアレイをいう。例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｉｎｃ．より製造されているインサイチュで合成されたオリゴヌクレオチドアレイＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）、またはＩｎｃｙｔｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｉｎｃ．により製造されているスポット状のｃＤＮＡアレイであるＬｉｆｅＡｒｒａｙ（商標）のように、様々なアレイが市販されている。マイクロアレイの準備、使用、および分析は当業者に周知である（例えば、Ｂｒｅｎｎａｎ，Ｔ．Ｍ．ら（１９９５）米国特許第５，４７４，７９６号；Ｓｃｈｅｎａら（１９９６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９３：１０６１４−１０６１９；Ｂａｌｄｅｓｃｈｗｅｉｌｅｒら（１９９５），ＰＣＴ出願番号ＷＯ９５／２５１１１６；Ｓｈａｌｏｎ，Ｄ．ら（１９９５）ＰＣＴ出願番号ＷＯ９５／３５５０５；Ｈｅｌｌｅｒ，Ｒ．Ａ．ら（１９９７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９４：２１５０−２１５５；およびＨｅｌｌｅｒ，Ｍ．Ｊ．ら（１９９７）米国特許第５，６０５，６６２号を参照のこと）。
【０１１４】
「結合剤」は、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的に結合するポリペプチド、抗体、リボソーム、またはアプタマーのような物質をいう。物質は、それが、ポリペプチド甲状腺癌マーカーと検出可能なレベルで反応し、無関係な配列または異なるポリペプチドの配列を含有するペプチドと検出できるほどには反応しない場合に、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに「特異的に結合する」。結合特性はＥＬＩＳＡを使用して評価することができ、ＥＬＩＳＡは当業者が容易に行うことができる。
【０１１５】
結合剤は、ペプチド成分、ＲＮＡもしくはＤＮＡ分子、またはポリペプチドを持つ、あるいはそれらを持たないリボソームであり得る。結合剤は、ポリペプチド甲状腺癌マーカー配列、そのペプチド変異体、またはそのような配列の非ペプチド模倣物を含むポリペプチドであり得る。例として、ポリペプチド甲状腺癌マーカーの配列は、上記ポリペプチドにより媒介される機能を調節することができるポリペプチドのペプチド部分であり得る。
【０１１６】
アプタマーとしては、核酸およびタンパク質に結合するＤＮＡまたはＲＮＡ分子が挙げられる。甲状腺癌マーカーに結合するアプタマーは従来技術を使用して、過度の実験を行うことなく産生することができる［例えば、アプタマーのインビトロでの選択を記載している以下の刊行物を参照のこと：Ｋｌｕｇら、Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｏｒｔｓ  ２０：９７−１０７（１９９４）；Ｗａｌｌｉｓら、Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．２：５４３−５５２（１９９５）；Ｅｌｌｉｎｇｔｏｎ，Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．４：４２７−４２９（１９９４）；Ｌａｔｏら、Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．２：２９１−３０３（１９９５）；Ｃｏｎｒａｄら、Ｍｏｌ．Ｄｉｖ．１：６９−７８（１９９５）；およびＵｐｈｏｆｆら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．６：２８１−２８７（１９９６）］。
【０１１７】
本発明での使用のための抗体としては、以下が挙げられるが、これらに限定されるわけではない：合成抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組み換え体抗体、抗体断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２）、ｄＡｂ（ドメイン抗体；Ｗａｒｄら、１９８９，Ｎａｔｕｒｅ，３４１：５４４−５４６を参照のこと）、抗体重鎖、細胞内抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体軽鎖、単鎖Ｆｖｓ（ｓｃＦｖ）（例えば、単特異的抗体、二重特異的抗体などを含む）、抗イディオタイプ（ａｎｔ−Ｉｄ）抗体、抗体部分を含むタンパク質、キメラ抗体（例えば、マウス抗体の結合特異性を含むが、残りの部分はヒト起源のものである抗体）、誘導体（例えば、酵素結合体または標識された誘導体）、ダイアボディー、直鎖抗体、ジスルフィド結合により連結されたＦｖｓ（ｓｄＦｖ）、多重特異的抗体（例えば、二重特異的抗体）、上記のいずれかのエピトープ結合断片、および必要な特異性の抗原認識部位を含む免疫グロブリン分子の任意の他の改変された立体配置。抗体には、任意のタイプの抗体（例えば、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、およびＩｇＹ）、任意のクラスの抗体（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、およびＩｇＡ２）、または任意のサブクラスの抗体（例えば、ＩｇＧ２ａおよびＩｇＧ２ｂ）が含まれ、抗体は、必ずしも、任意の特定のタイプ、クラス、またはサブクラスのものである必要はない。本発明の特定の実施形態においては、抗体はＩｇＧ抗体、またはそのクラスもしくはサブクラスである。抗体は、鳥類および哺乳類（例えば、ヒト、マウス、ロバ、ヒツジ、ウサギ、ヤギ、モルモット、ラクダ、ウマ、またはニワトリ）を含む任意の動物起源由来の抗体であり得る。
【０１１８】
「組み換え体抗体」には、組み換え手段により調製されたか、発現させられたか、作製されたか、または単離された抗体（例えば、宿主細胞にトランスフェクトされた組み換え発現ベクターを使用して発現させられた抗体、組み換え体であるコンビナトリアル抗体ライブラリーから単離された抗体、ヒト免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニックであるおよび／またはトランスクロモソーマル（ｔｒａｎｓｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ）である動物（例えば、マウスまたはウシ）から単離された抗体、あるいは、免疫グロブリン遺伝子配列の他のＤＮＡ配列へのスプライシング（ｓｌｉｃｉｎｇ）を含む任意の他の手段によって調製されたか、発現させられたか、作製されたか、または単離された抗体）が含まれる。
【０１１９】
「モノクローナル抗体」は、均質であるかまたは実質的に均質である抗体の１つの集団から得られる抗体をいう。一般的には、それぞれのモノクローナル抗体が、１つの抗原上の単一のエピトープを認識する。本発明の複数の態様においては、モノクローナル抗体は、単一のハイブリドーマまたは他の細胞により産生される抗体であり、これは、例えば、ＥＬＩＳＡまたは当該分野で公知の他の抗原結合アッセイもしくは競合結合アッセイにより決定されるように、１つの甲状腺癌マーカーにのみ特異的に結合する。この用語は、抗体を作製するための特定の方法には限定されず、例えば、これらは、ハイブリドーマ法により産生される場合があり、また、当該分野で公知の方法を使用してファージライブラリーから単離される場合もある。
【０１２０】
モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体、断片、ならびにキメラを含む抗体は、当業者に周知の方法を使用して調製することができる。単離された天然のポリペプチド甲状腺癌マーカーまたは組み換え体であるポリペプチド甲状腺癌マーカーを、抗体を調製するために利用することができる。例えば、モノクローナル抗体の調製については、Ｋｏｈｌｅｒら（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７；Ｋｏｚｂｏｒら（１９８５）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ８１：３１−４２；Ｃｏｔｅら（１９８３）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ８０：２０２６−２０３０；およびＣｏｌｅら（１９８４）Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  ６２：１０９−１２０を；モノクローナルＦａｂ断片の調製については、Ｈｕｓｅら（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−１２８１を；そして、抗体を同定するためのファージミドまたはＢ−リンパ球免疫グロブリンライブラリーの調製については、Ｐｏｕｎｄ（１９９８）Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊを参照のこと。ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な抗体はまた、科学的供給業者または商業的供給業者から入手することもできる。本発明の１つの実施形態においては、抗体は、これらが１０−７Ｍより大きいか、それに等しいＫａで結合する場合には、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに対して反応性がある。
【０１２１】
ＥｐＣＡＭポリペプチドに特異的な抗体の例を表１に示す。
【０１２２】
マーカーの「状態」は、マーカーの有無、もしくは程度／レベル、またはマーカーのいくつかの物理的、化学的、もしくは遺伝的特徴をいう。そのような特徴としては、発現レベル、活性レベル、構造（配列情報）、コピー数、翻訳後修飾などが挙げられるが、これらに限定されるわけではない。マーカーの状態は、直接決定される場合も、また間接的に決定される場合もある。いくつかの実施形態においては、状態は、試料中のマーカーのレベルを決定することにより決定される。試料中の要素の「レベル」は、当該分野でのその通常の意味を有し、これには、定量的決定（例えば、ｍｇ／ｍＬ、倍数変化など）と定性的決定（例えば、マーカーの有無の決定、またはマーカーのレベルが標準と比較して高いか、低いか、またはさらには存在するかどうかの決定）が含まれる。
【０１２３】
用語「異常な状態」は、試料中のマーカーの状態がマーカーについての参照状態とは異なることを意味する。参照状態は、正常な被験体由来の試料、症状を有している複数被験体由来の平均化された試料、または異なる時間に採取した同じ被験体由来の試料（単数または複数）中のマーカーの状態であり得る。異常な状態としては、マーカー（単数または複数）の増大、低下、有無が挙げられる。試料中のマーカーレベルの決定には、試料中のマーカーのレベルを決定することが含まれ、異常な状態は、標準と比較した低いレベル（検出不可能なレベルを含む）または高いレベル（ゼロを上回る任意の量を含む）のいずれかであり得る。被験体は、被験体の試料中のマーカーの状態が症状と相関関係がある（例えば、マーカーのレベルが標準または参照に近いか、あるいは、その値を超えると症状と相関関係があるというおおよその閾値を超えるレベルで存在している）場合に、本明細書中で開示する症状について高い可能性を有し得る。本明細書中に開示する症状について高い可能性がある被験体として、マーカーが異常な状態である被験体が挙げられ、そのような場合として、被験体がそのような状態を有していない場合でも、被験体はその状態について高い可能性がある。
【０１２４】
「上昇した状態」は、マーカーの１つ以上の特性が標準よりも高いことを意味する。本発明の複数の態様においては、この用語は、標準と比較した１つの特性の増大をいう。「低い状態」は、マーカーの１つ以上の特性が、標準よりも低いことを意味する。本発明の複数の態様においては、この用語は、標準と比較した１つの特性の低下をいう。「陰性の状態」は、マーカーの１つ以上の特性が存在しないまたは検出不可能であることを意味する。
【０１２５】
（一般的方法）
様々な方法を、甲状腺癌マーカーを含む甲状腺癌の診断および予後の評価、ならびにそのような障害の素因がある被験体の同定に利用することができる。このような方法では、例えば、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーおよびその断片、ならびに、ポリペプチド甲状腺癌マーカー（ペプチド断片を含む）に特異的な結合剤（例えば、抗体）を利用することができる。具体的には、上記ポリヌクレオチドおよび抗体は、例えば、（１）ポリヌクレオチド突然変異の存在の検出、あるいは、障害ではない状態と比較した、ｍＲＮＡの過剰発現または低発現のいずれかの検出、あるいは、特定の症状もしくはそのような症状に対する罹患しやすさと相関関係があり得るポリヌクレオチド転写物の選択的にスプライシングされた形態の定性的もしくは定量的検出；および（２）障害ではない状態と比較したポリペプチドの過剰量または過少量のいずれか、あるいは、障害状態もしくは障害状態への進行と相関関係がある修飾された（例えば、全長よりも短い）ポリペプチドの存在の検出に使用することができる。
【０１２６】
本明細書中に開示する方法は、（例えば、宿主から新しく取り出した細胞の群において）悪性細胞の存在の可能性を評価するために使用することができる。このような方法は、腫瘍を検出するため、それらの増殖を定量化し、モニタリングするため、および疾患の診断および予後診断に役立てるために使用することができる。例えば、高レベルの核Ｅｐ−ＩＣＤ、核β−カテニン、または細胞質β−カテニンが、浸潤性甲状腺癌または転移性甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）の指標となる。
【０１２７】
１つの態様において、本発明は、甲状腺癌（より具体的には、ＡＴＣ）の浸潤性または病期を決定するための方法を検討する。この方法には、患者由来の細胞中のポリペプチド甲状腺癌マーカーおよび甲状腺癌と関係がある他のマーカーのレベルのプロフィールを作る工程、ならびに、このプロフィールを参照プロフィールと比較して、疾患の浸潤性または病期の指標となる試験細胞についてのプロフィールを同定する工程が含まれる。
【０１２８】
本発明の方法には、試験しようとする被験体由来の試料中で定量化した甲状腺癌マーカーの量を、予め決定した標準値またはカットオフ値と比較することが必要である。標準値は、別の試料またはその被験体由来のより早い段階での試料について定量化されたレベル、あるいは、対照試料（具体的には、低悪性度の癌を有している被験体由来の試料）について定量化されたレベルに対応し得る。健康な被験体または癌被験体由来の対照試料についてのレベルは、前向きおよび／または後ろ向き統計学的試験により立証することができる。臨床的に明らかな疾患または異常を有していない健康な被験体を、統計学的試験のために選択することができる。診断は、対照試料または同じ被験体について定量化された以前のレベルと比較して、統計学的に異なる甲状腺癌マーカーのレベルを見出すことにより行うことができる。
【０１２９】
本発明はまた、甲状腺癌の多数のマーカーを使用する、本明細書中に記載する方法を検討する。したがって、本発明は、生物学的試料を、甲状腺癌マーカーまたは甲状腺癌の特異的指標となる他のマーカーの存在を分析するための方法を検討する。本明細書中に記載する方法は、他のマーカーまたはそれらのマーカーをコードするポリヌクレオチドを検出するための試薬を含めることにより改変することができる。他のマーカーの例としては、ガレクチン−３、サイログロブリン、Ｅ−カドヘリン、β−カテニン、ＦＨＬ２、およびＬｅｆ−１、ｃ−Ｍｙｃ、ならびにβ−アクチン（具体的には、ガレクチン−３）が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。
【０１３０】
（核酸の方法）
本明細書中に記載するように、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌または転移能を持つ甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）を、試料中のポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーのレベルに基づいて検出することができる。核酸分子を検出するための技術（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）およびハイブリダイゼーションアッセイ）は当該分野で周知である。
【０１３１】
プローブを、ポリヌクレオチドを検出するためのハイブリダイゼーション技術において使用することができる。この技術には、一般的には、核酸中の相補的配列に対するプローブの特異的アニーリングに好ましい条件下で（例えば、本明細書中で議論するようなストリンジェントな条件下で）、患者由来の試料または他の細胞性の供給源から得た核酸をプローブと接触させ、インキュベートすることが含まれる。インキュベーション後、アニーリングしなかった核酸が除去され、プローブにハイブリダイズした核酸の存在が、もしあれば、検出される。
【０１３２】
試料中のポリヌクレオチドの検出に使用するヌクレオチドプローブは、当該分野で公知の従来法を使用して構築することができる。プローブには、生物のゲノムの一部に対応するＤＮＡまたはＤＮＡ模倣物、あるいは、相補性ＲＮＡまたはＲＮＡ模倣物が含まれ得る。核酸は、塩基部分で、糖部分で、またはリン酸骨格部分で修飾することができる。ＤＮＡは、標準的な方法（例えば、ゲノムＤＮＡまたはクローニングした配列のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅）を使用して得ることができる。当該分野で公知のコンピュータープログラムを使用して、必要な特異性と最適な増幅特性を持つプライマーを設計することができる。
【０１３３】
ヌクレオチドプローブは、３２Ｐ、３Ｈ、１４Ｃなどの適切なシグナルを提供し、十分な半減期を有する放射性標識のような検出可能な物質で標識することができる。使用できる他の検出可能な物質としては、特異的に標識された抗体、蛍光化合物、酵素、標識抗原に対して特異的な抗体、および発光化合物によって認識される抗原が挙げられる。検出しようとする核酸に対するプローブのハイブリダイゼーションおよび結合の速度、ならびにハイブリダイゼーションに利用できる核酸の量に関して適切な標識を選択することができる。標識プローブは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（第２版）に一般的に記載されているように、ニトロセルロースフィルターもしくはナイロンメンブレンのような固体支持体上の核酸にハイブリダイズさせることができる。核酸プローブは、好ましくはヒト細胞中で、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーを検出するために使用することができる。ヌクレオチドプローブはまた、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーを含む甲状腺癌の診断に、甲状腺癌の進行をモニタリングする際に、また、治療的処置をモニタリングする際にも有用であり得る。
【０１３４】
試料中のポリヌクレオチドの検出には、ＰＣＲのような増幅方法を使用する特定の遺伝子配列の増幅、これに続いて行われる、増幅した分子の、当業者に公知の技術を使用する分析が含まれ得る。例えば、ＰＣＲに基づくアッセイでは、ポリヌクレオチドの一部分を増幅させるため、および試料に由来するポリヌクレオチドの一部分を増幅させるために、オリゴヌクレオチドプライマーを利用することができる。ここでは、上記オリゴヌクレオチドプライマーは上記ポリヌクレオチドに特異的である（すなわち、それにハイブリダイズする）。増幅されたｃＤＮＡが、次に、当技術分野で周知の技術（例えば、ゲル電気泳動法）を使用して分離され、検出される。
【０１３５】
アッセイ条件下でハイブリダイゼーションを最大化するためには、本発明の方法において利用するプライマーおよびプローブは、一般には、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーの一部分に対して少なくとも約６０％、好ましくは、少なくとも約７５％、およびより好ましくは少なくとも約９０％の同一性を有する；すなわちこれらは、少なくとも１０ヌクレオチド、および好ましくは、少なくとも２０ヌクレオチドの長さである。１つの実施形態においては、プライマーおよびプローブは、少なくとも約１０〜４０ヌクレオチドの長さである。プライマーの例は、配列番号３〜６である。
【０１３６】
ハイブリダイゼーション反応および増幅反応はまた、本明細書中で議論するように、ストリンジェントな条件下で行うこともできる。
【０１３７】
本明細書に記載するハイブリダイゼーション技術および増幅技術を使用して、ポリヌクレオチド発現の質的側面および量的側面をアッセイすることができる。例えば、ＲＮＡはポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーを発現することが知られている細胞型または組織から単離し、ハイブリダイゼーション（例、標準的なノーザン分析）またはＰＣＲ技術を利用して試験することができる。
【０１３８】
プライマーおよびプローブは、生検または切除により得た患者組織の組織切片（固定したものおよび／または凍結したもの）上でインサイチュで、すなわち、直接使用することができる。
【０１３９】
本発明の１つの態様においては、ＰＣＲが逆転写と組み合わせて適用される、逆転写酵素−ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を利用する方法が提供される。一般的には、ＲＮＡが、標準的な技術を使用して試料組織から抽出され、ｃＤＮＡを生成するために逆転写される。ｃＤＮＡは、ポリメラーゼ連鎖反応のための鋳型として使用される。ｃＤＮＡは、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーに特異的であるように設計されたプライマーのセットにハイブリダイズさせられる。プライマーおよび鋳型がアニーリングすると、ＤＮＡポリメラーゼを利用してプライマーから伸長させて、鋳型のコピーが合成される。ＤＮＡ鎖は変性させられ、臭化エチジウム染色およびアガロースゲル電気泳動法によって可視化できるように十分なＤＮＡが生成するまで、この手順が複数回繰り返される。
【０１４０】
増幅は、甲状腺癌が疑われる被験体、甲状腺癌に罹患していないかまたは初期段階の疾患を有しているかまたは浸潤性もしくは転移性疾患（具体的には、ＡＴＣ）を有している個体から得られた試料について行うことができる。この反応は、少なくとも２桁の範囲に及ぶ倍率のｃＤＮＡの段階希釈液について行うことができる。非癌性の試料または初期段階の癌の試料の同じ希釈物と比較した、被験体試料の倍率希釈物中での発現の統計学的有意差を、癌の存在に対して陽性と見なすことができる。
【０１４１】
ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーに由来するオリゴヌクレオチドまたはより長い断片を、マイクロアレイ中で標的として使用できる。マイクロアレイを使用して、ポリヌクレオチドの発現レベルをモニタリングし、遺伝子の変異、突然変異、および多型を同定することができる。マイクロアレイからの情報は、遺伝子機能を決定するため、障害の遺伝的根拠を理解するため、障害を診断するため、および治療薬を開発してその活性をモニターするために使用できる。したがって、本発明にはまた、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーおよび状況に応じて他の甲状腺癌マーカーを含有しているアレイも含まれる。アレイは、そのアレイ内のポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーの発現をアッセイするために使用することができる。本発明は、ポリヌクレオチドの発現の定量化を可能にする。
【０１４２】
本発明は、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーを含有しているマイクロアレイを提供する。１つの実施形態においては、本発明は、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌または転移能を持つ甲状腺癌、具体的には、ＡＴＣ）と関係がある試料を識別するためのマイクロアレイを提供する。このマイクロアレイには、支持体に結合させたポリヌクレオチドプローブの位置を指定することができるアレイ、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーに相補的でありそれにハイブリダイズすることができる配列を含むポリヌクレオチドプローブが含まれている。
【０１４３】
１つの実施形態においては、アレイを、そのアレイ中のポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーの発現の時間的経過をモニタリングするために使用することができる。これは、腫瘍の進行のような様々な生物学的状況において行うことができる。
【０１４４】
アレイはまた、正常細胞と異常細胞におけるポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーおよび状況に応じた他の甲状腺癌マーカーの示差的発現パターンを確認するためにも有用であり得る。これは、診断的または治療的介入のための分子標的となる可能性がある一連の核酸を提供し得る。
【０１４５】
（タンパク質の方法）
結合剤を、様々な診断用途およびアッセイ用途に使用することができる。試料中の標的分子を検出するために結合剤を使用するための様々なアッセイ形式が当業者に公知である（例えば、Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，ＮＹ，１９８８を参照のこと）。一般的には、被験体における浸潤性甲状腺癌または転移能を持つ甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）の有無を、（ａ）被験体由来の試料を結合剤と接触させること；（ｂ）試料中で、結合剤に結合するポリペプチドのレベルを検出すること；および（ｃ）ポリペプチドのレベルを、予め決定した標準値またはカットオフ値と比較することにより決定することができる。本発明の特定の態様においては、結合剤は抗体である。
【０１４６】
１つの態様において、本発明は、被験体由来の生物学的試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカーを定量化することによる、被験体において甲状腺癌をモニタリングまたは診断するための診断方法を提供する。この方法には、試料を、検出可能な物質で直接または間接的に標識されたポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な抗体と反応させる工程、および検出可能な物質を検出する工程が含まれる。
【０１４７】
本発明の１つの態様においては、以下の工程を含むか、または本質的に以下の工程からなる、甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）の浸潤性または転移能を検出あるいは診断するための方法が提供される：
（ａ）ポリペプチド甲状腺癌マーカーを含有していると疑われる試料を得る工程；
（ｂ）抗体に結合して複合体を形成させるために有効な条件下で、上記試料を、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的に結合する抗体と接触させる工程；
（ｃ）上記複合体の量を定量化することにより、上記試料中に存在するポリペプチド甲状腺癌マーカーの量を測定する工程；および
（ｄ）上記試料中に存在するポリペプチド甲状腺癌マーカーの量を、対照中のポリペプチド甲状腺癌マーカーの量と比較する工程であって、ここでは、対照中の量と比較した試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカーの量の変化または有意な差が、浸潤性甲状腺癌または転移能を持つ甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）の指標となる、工程。
【０１４８】
１つの実施形態において、本発明は、以下の工程を含む、個体において甲状腺癌の進行をモニタリングするための方法を検討する：
（ａ）ポリペプチド甲状腺癌マーカーに結合する抗体を個体由来の試料と、上記抗体と試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカーを含有する複合体が形成するように、接触させる工程；
（ｂ）上記試料中の複合体形成の存在もしくは量を決定または検出する工程；
（ｃ）遅い時点で、工程（ａ）と工程（ｂ）を繰り返し行う工程；および
（ｄ）工程（ｂ）の結果と工程（ｃ）の結果を比較する工程であって、ここでは、複合体の形成量の差が、疾患、病期、進行、上記個体の癌の浸潤性および／または転移能の指標となる、工程。
【０１４９】
複合体の量はまた、甲状腺癌のリスクがない個体、または異なる病期の甲状腺癌に罹患している個体、あるいは異なる時点での同じ個体に由来する複合体の量の典型である値に対して比較することもできる。
【０１５０】
ポリペプチド甲状腺癌マーカーまたは誘導体（例えば、酵素結合体または標識誘導体）と特異的に反応する抗体を、様々な試料（例えば、生物学的材料、具体的には、組織試料）中のポリペプチド甲状腺癌マーカーを検出するために使用することができる。これらは、診断用試薬または予後診断用試薬として使用することができ、これらは、ポリペプチド甲状腺癌マーカーのレベルの異常、または構造の異常、および／あるいはポリペプチド甲状腺マーカーの時間的、組織的、細胞性、もしくは細胞内での位置の異常を検出するために使用することができる。抗体はまた、ポリペプチド甲状腺癌マーカーを含む、甲状腺癌に対するそれらの影響を決定するために、インビトロで可能性がある治療用化合物をスクリーニングするためにも使用することができる。インビトロでの免疫アッセイもまた、特定の治療法の有効性を評価またはモニタリングするために使用することができる。
【０１５１】
抗体は、ポリペプチド甲状腺癌マーカーの抗原性決定基と抗体との間での結合相互作用による任意の免疫アッセイに使用することができる。試料中の抗原のインビトロでの決定のための免疫アッセイ手順もまた、当該分野で周知である［免疫アッセイ手順の一般的な記載については、例えば、Ｐａｔｅｒｓｏｎら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎ．３７：６５９（１９８６）およびＢｕｒｃｈｅｌｌら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎ．３４：７６３（１９８４）を参照のこと］。試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカーの質的および／または定量的決定は、直接または間接的のいずれかの形式での、競合的あるいは非競合的免疫アッセイ手順により行うことができる。抗体を使用するポリペプチド甲状腺癌マーカーの検出としては、例えば、正方向、逆方向、または同時の様式のいずれかで行われる免疫アッセイを挙げることができる。免疫アッセイの例は、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素イムノアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、免疫蛍光法、免疫沈降法、ラテックス凝集法、血球凝集法、組織化学検査、およびサンドイッチ（免疫測定）アッセイである。あるいは、抗体のポリペプチド甲状腺癌マーカーに対する結合は、例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標）、微小熱量測定法、またはナノカンチレバー（ｎａｎｏ−ｃａｎｔｉｌｉｖｅｒ）のような、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）手順を使用して直接検出することができる。これらの用語は、当業者に周知であり、当業者であれば他の免疫アッセイ形式を知っているか、または過度の実験を行わずとも、容易に認識できるであろう。
【０１５２】
ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な抗体は、検出可能な物質で標識することができ、この検出可能な物質の存在に基づいて生物学的試料中での場所を突き止めることができる。検出可能な物質の例として以下が挙げられるが、これらに限定されるわけではない：放射性同位体（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３５Ｓ、１２５Ｉ、１３１Ｉ）、蛍光標識（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、ランタニドリン光体）、ルミノールなどの発光標識；および酵素標識（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリンホスファターゼ、アセチルコリンエステラーゼ）、ビオチニル基（これは、マーキングされたアビジン（例えば、光学的方法もしくは熱量測定方法により検出できる蛍光マーカーまたは酵素活性を含有するストレプトアビジン）により検出することができる）、ならびに、二次レポーター（例えば、ロイシンジッパー対配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）により認識される予め決定されたポリペプチドエピトープ。いくつかの実施形態では、標識は、立体障害の可能性を減少させるために、様々な長さのスペーサーアームを介して結合させられる。抗体は、電子顕微鏡によって容易に可視化される電子密度の高い物質（例えば、フェリチンもしくはコロイド状金）に結合させることもできる。
【０１５３】
抗体を検出できるように標識することができる１つの方法は、抗体を酵素に直接連結させることである。後に、酵素がその基質に曝されると、酵素は検出することができる生成物を産生する。酵素である検出可能な物質の例は、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ、アセチルコリンエステラーゼ、マレイン酸デヒドロゲナーゼ、リボヌクレアーゼ、ウレアーゼ、カタラーゼ、グルコース−６−リン酸（ｇｌｕｃｏｓｅ−６−ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）、ブドウ球菌ヌクレアーゼ、δ−５−ステロイドイソメラーゼ、酵母アルコールデヒドロゲナーゼ、α−グリセロホスフェート、トリオースホスフェートイソメラーゼ、アスパラギナーゼ、グルコースオキシダーゼ、およびアセチルコリンエステラーゼである。
【０１５４】
免疫アッセイシステムにおいて感度を高めるためには、蛍光を放射する金属原子（例えば、Ｅｕ（ユーロピウム）および他のランタニド）を使用することができる。これらは、金属キレートを形成する基（例えば、ＤＴＰＡまたはＥＤＴＡ）により所望する分子に結合させることができる。
【０１５５】
生体発光化合物はまた、検出可能な物質としても使用され得る。生体発光性の検出可能な物質の例は、ルシフェリン、ルシフェラーゼ、およびエクオリンである。
【０１５６】
一次抗原−抗体反応が、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに対して反応性がある抗体に対して特異性を有している二次抗体の導入により増幅される、間接的方法もまた利用され得る。例えば、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに対して特異性を有している抗体がウサギＩｇＧ抗体である場合は、二次抗体は、本明細書中に記載するように検出可能な物質で標識されたＦｃ断片特異的抗体である、ヤギ抗ウサギＩｇＧである。
【０１５７】
上記抗体を結合させるまたは標識するための方法は、当業者であれば容易に行うことができる。
【０１５８】
光学顕微鏡および電子顕微鏡を使用して抗原の位置を確認するための当該分野で公知の細胞化学的技術が、ポリペプチド甲状腺癌マーカーを検出するために使用され得る。一般的には、抗体が検出可能な物質で標識され得、ポリペプチド甲状腺癌マーカーが、検出可能な物質の存在に基づいて組織および細胞中で位置を確認され得る。
【０１５９】
本発明の方法の状況では、試料、結合剤（例えば、抗体）またはポリペプチド甲状腺癌マーカーが、担体または支持体（例えば、アガロース、セルロース、ニトロセルロース、デキストラン、セファデックス、セファロース、リポソーム、カルボキシメチルセルロース、ポリアクリルアミド、ポリスチレン、濾紙、イオン交換樹脂、プラスチックフィルム、ナイロン、または絹など）上に固定され得る。支持体材料は、球状、円筒状、または平坦状を含む任意の可能な形態とすることができる。したがって、担体は、例えば、チューブ、試験プレート、ウェル、ビーズ、ディスク、球体などの形状であり得る。固定化された材料は、知られている化学的方法または物理的方法（例えば、臭化シアノゲンカップリング）を使用して、材料を好適な不溶性担体と反応させることによって調製することができる。結合剤（例えば、抗体）を、第１の結合剤に特異的な第２の結合剤を使用して間接的に固定化することができる。例えば、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的なマウス抗体を、担体または支持体上にコーティングされたＦｃフラグメント特異的抗体であるヒツジ抗マウスＩｇＧ抗体を使用して固定化することができる。
【０１６０】
放射性標識が検出可能な物質として使用される場合、ポリペプチド甲状腺癌マーカーの位置を、オートラジオグラフィーによって局在化することができる。オートラジオグラフィーの結果は、様々な光学的方法によりオートラジオグラフにおける粒子の密度を測定することにより、または粒子を計数することにより、定量化することができる。
【０１６１】
時間分解蛍光測定法を、蛍光シグナル、標識、または検出可能な物質を検出するために使用することができる。例えば、Ｃｈｒｉｓｔｏｐｏｕｌｏｓ  ＴＫおよびＤｉａｍａｎｄｉｓ  ＥＰ、Ａｎａｌ  Ｃｈｅｍ、１９９２：６４：３４２〜３４６に記載される方法を、従来の時間分解型蛍光計とともに使用することができる。
【０１６２】
本発明の１つの実施形態にしたがうと、生物学的試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカーを検出するための免疫アッセイには、結合剤とポリペプチド甲状腺癌マーカーを含有する複合体（単数または複数）の形成を可能にする条件下で、試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的に結合する結合剤の量を接触させる工程、および上記試料中に含まれるポリペプチド甲状腺癌マーカーの量の測定値として、上記複合体（単数または複数）の存在または量を決定する工程が含まれる。
【０１６３】
本発明の１つの実施形態にしたがうと、ポリペプチド甲状腺癌マーカー抗体が、酵素で直接または間接的に標識され、上記酵素の基質が添加される方法が提供される。ここでは、基質は、その基質、または酵素と基質との反応産物が、ランタニド金属（好ましくは、ユーロピウムおよびテルビウム）と蛍光複合体を形成するように選択される。ランタニド金属（単数または複数）が添加され、ポリペプチド甲状腺癌マーカーが、蛍光複合体の蛍光を測定することにより試料中で定量化される。酵素は、ランタニド金属と錯体を形成する、その酵素の基質またはその酵素と基質との反応産物の能力に基づいて選択される。
【０１６４】
そのような蛍光複合体を提供する酵素および酵素の基質の例は、Ｄｉａｍａｎｄｉｓの米国特許第５，３１２，９２２号に記載されている。例えば、抗体が、アルカリホスファターゼで直接または間接的に標識される場合は、この方法で利用される基質は、４−メチルウンベリフェリルホスフェート、５−フルオロサリチルホスフェート、またはジフルニサルホスフェートであり得る。複合体の蛍光強度は、典型的には、時間分解型蛍光計を使用して測定される。
【０１６５】
ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な抗体はまた、酵素で間接的に標識される場合もある。例えば、抗体がリガンド結合対の一方のパートナーに対して結合させられ得、そして酵素が、リガンド結合対の他方のパートナーに対してカップリングさせられ得る。代表的な例として、アビジン−ビオチン、およびリボフラビン−リボフラビン結合タンパク質が挙げられる。複数の実施形態では、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な抗体が酵素で標識される。
【０１６６】
本発明の方法の複数の態様には、（ａ）被験体由来の生物学的試料をポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な抗体と反応させる工程（ここでは、上記抗体は酵素で直接または間接的に標識される）；（ｂ）酵素の基質を添加する工程（ここでは、上記基質または上記酵素と基質との反応産物が蛍光複合体を形成するように、基質が選択される）；（ｃ）蛍光複合体の蛍光を測定することにより、上記試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカーを定量化する工程；および（ｄ）被験体患者または対照被験体由来の他の試料について得られたレベルに対して、定量化したレベルを比較する工程が含まれる。１つの実施形態では、ポリペプチド甲状腺癌マーカーはＥｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンであり、上記定量化したレベルが、正常な被験体、初期段階の疾患を有している被験体、または異なる時点での同じ被験体について定量化したレベルに対して比較される。ここでは、対照被験体と比較したマーカーのレベルの増大が、ＡＴＣおよび／または予後不良もしく生存性の指標となる。
【０１６７】
本発明の特定の実施形態には、以下の工程が含まれる：
（ａ）生物学的試料を、検出可能な物質で直接または間接的に標識されたポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な第１の抗体および固定化されたポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な第２の抗体とともにインキュベートする工程；
（ｂ）上記第１の抗体を上記第２の抗体から分離して、第１の抗体相と第２の抗体相を提供する工程；
（ｃ）上記第１の抗体相と上記第２の抗体相中の検出可能な物質を検出し、それにより、上記生物学的試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカーを定量化する工程；および
（ｄ）定量化したポリペプチド甲状腺癌マーカーを、予め決定した標準についてのレベルと比較する工程。
【０１６８】
標準は、疾患を有していないかまたは初期段階の疾患を有している対照被験体由来の試料について、あるいはその被験体の他の試料から定量化したレベルに対応し得る。標準と比較したＥｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンレベルの増大が、未分化甲状腺癌の指標となり得る。
【０１６９】
１つの実施形態にしたがうと、本発明は、免疫アッセイによってポリペプチド甲状腺癌マーカーを測定することによる、試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカーを決定するための手段を提供する。様々な競合的または非競合的免疫アッセイ方法を、血清中のポリペプチド甲状腺癌マーカーを測定するために使用できることは、当業者に明らかであろう。競合的方法では、典型的には、ポリペプチド甲状腺癌マーカーおよびポリペプチド甲状腺癌マーカーの標識された形態に対する固定化された抗体または固定化することができる抗体が利用される。試料のポリペプチド甲状腺癌マーカーと標識されたポリペプチド甲状腺癌マーカーが、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な抗体に対する結合について競合する。抗体に結合した得られる標識されたポリペプチド甲状腺癌マーカー（結合した画分）の、結合しないままであったもの（非結合画分）との分離後、結合した画分または非結合画分のいずれかにおいて標識の量が測定され、そして、任意の従来の様式で（例えば、標準曲線との比較により）試験試料中のポリペプチド甲状腺癌マーカーの量と相関させられ得る。
【０１７０】
別の態様では、非競合的方法が、ポリペプチド甲状腺癌マーカーの決定に使用される。最も一般的な方法は「サンドイッチ」法である。このアッセイでは、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な２つの抗体が利用される。これらの抗体のうちの一方は直接または間接的に標識され（「検出抗体」）、もう一方は固定化されるかまたは固定化することができる（「捕獲抗体」）。捕獲抗体と検出抗体は、試験試料と同時に、または連続して接触させることができる。連続的な方法は、捕獲抗体を試料とともにインキュベーションし、検出抗体をその後の予め決定された時間で添加することによって行うことができる。あるいは、検出抗体を最初に試料とともにインキュベーションすることができ、次いで捕獲抗体を加えることができる。必要なインキュベーション（単回または複数回）が行われた後、アッセイを完了させるために、捕獲抗体が液体の試験混合物から分離され、標識が、分離された捕獲抗体相の少なくとも一部分において、または、液体の試験混合物の残り部分の少なくとも一部分において測定され得る。一般的には、捕獲抗体は捕獲抗体相において測定される。その理由は、捕獲抗体相が、捕獲抗体と検出抗体との間で「サンドイッチ」になったポリペプチド甲状腺癌マーカーを含むからである。別の実施形態においては、標識が、捕獲抗体と液体の試験混合物を分離することなく測定され得る。
【０１７１】
具体的には、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な本発明のマウスポリクローナル／モノクローナル抗体と、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的なウサギポリクローナル／モノクローナル抗体のサンドイッチ免疫アッセイが利用される。
【０１７２】
ポリペプチド甲状腺癌マーカーについての典型的な二部位免疫測定アッセイでは、捕獲抗体と検出抗体のうちの一方または両方がポリクローナル抗体であるか、あるいは、捕獲抗体と検出抗体のうちの一方または両方がモノクローナル抗体である（すなわち、ポリクローナル／ポリクローナル、モノクローナル／モノクローナル、またはモノクローナル／ポリクローナル）。検出抗体において使用される標識は、当該分野で従来から知られている任意の標識から選択することができる。標識は酵素または化学発光部分であり得るが、しかし、放射性同位体、蛍光団、および検出可能なリガンド（例えば、リガンドについての標識された結合パートナーによる二次的な結合によって検出することができる）などもまた可能である。１つの態様においては、抗体は、酵素と基質との反応産物が蛍光複合体を形成するように選択される基質を添加することによって検出される酵素で標識される。捕獲抗体は、試験混合物の残り部分から分離されるための手段を提供するように選択され得る。したがって、捕獲抗体は、既に固定化された形態または不溶性の形態でアッセイに導入することができるか、あるいは、固定化することができる形態（すなわち、固定化がアッセイへの捕獲抗体の導入に続いて達成されることを可能にする形態）であり得る。固定化された捕捉抗体には、固相（例えば、磁性粒子、ラテックス粒子、マイクロタイタープレートウエル、ビーズ、キュベットまたは他の反応容器）に共有結合的または非共有結合により結合させた抗体を含めることができる。固定化することができる捕獲抗体の一例が、リガンド部分（例えば、ハプテン、ビオチンなど）で化学的に修飾され、続いて、リガンドについての結合パートナー（例えば、抗体、アビジンなど）の固定化された形態との接触によって固定化することができる抗体である。１つの実施形態においては、捕獲抗体は、固相に結合させた捕獲抗体についての種特異的な抗体を使用して固定化することができる。
【０１７３】
（スクリーニング方法）
本発明ではまた、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）の処置におけるそれらの潜在的有効性について試験薬剤または試験化合物を評価するための方法を検討する。試験薬剤および試験化合物としては、ペプチド（例えば、Ｉｇテールの融合タンパク質を含む可溶性ペプチド、ランダムペプチドライブラリーのメンバー、ならびに、Ｄ型および／またはＬ型のアミノ酸から作製されたコンビナトリアルケミストリーにより誘導した分子ライブラリーのメンバー）、ホスホペプチド（ランダムまたは部分縮重の特異的ホスホペプチドライブラリーのメンバーを含む）、抗体［例えば、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、抗イディオタイプ抗体、キメラ抗体、単鎖抗体、断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ）２、およびＦａｂ発現ライブラリー断片、およびそれらのエピトープ結合断片）］、ポリヌクレオチド（例えば、アンチセンス、ｓｉＲＮＡ）、ならびに、小さい有機分子または無機分子が挙げられるが、これらに限定されない。これらの薬剤または化合物は、内因性の生理学的化合物、または天然の化合物、または合成化合物であり得る。
【０１７４】
本発明は、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）の処置における潜在的有効性について、試験薬剤を評価するための方法を提供する。この方法には：
（ａ）患者から得た、試験薬剤に曝した第１の試料中の１つ以上の甲状腺癌マーカー、および状況に応じた他のマーカーのレベル；と
（ｂ）患者から得た第２の試料中で、１つ以上の甲状腺癌マーカー、および状況に応じた他のマーカーのレベル（ここでは、上記試料は試験薬剤に曝していない）
とを比較する工程が含まれる。ここでは、第２の試料と比較した第１の試料中の１つ以上の甲状腺癌マーカーおよび状況に応じた他のマーカーの発現レベルの有意な差が、この試験薬剤がその患者の甲状腺癌の処置に有効である可能性があることの指標となる。
【０１７５】
第１の試料および第２の試料は、患者から得た単一の試料の複数の部分であり得、または、患者から得たプールした試料の一部分でもあり得る。
【０１７６】
１つの態様において、本発明は、患者において甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）を処置するための薬剤を選択する方法を提供する。この方法には：
（ａ）患者から試料を得る工程；
（ｂ）複数の試験薬剤の存在下で試料のアリコートを別々に維持する工程、
（ｃ）アリコートのそれぞれの中での１つ以上の甲状腺癌マーカーおよび状況に応じた他のマーカーを比較する工程；ならびに、
（ｄ）他の試験薬剤と比較して、その試験薬剤を含有するアリコートにおいて１つ以上の甲状腺癌マーカーおよび状況に応じた他のマーカーのレベルを変化させる試験薬剤の１つを選択する工程
が含まれる。
【０１７７】
１つの態様において、本発明は、被験体において甲状腺癌を阻害するための薬剤を選択する方法を提供する。この方法には、（ａ）被験体から癌細胞を含有している試料を得る工程；（ｂ）複数の試験薬剤の存在下に試料のアリコートを別々に曝す工程；（ｃ）アリコートのそれぞれの中での１つ以上の甲状腺癌マーカーを比較する工程；ならびに（ｄ）他の試験薬剤と比較して、その試験薬剤を含有しているアリコートにおいて甲状腺癌マーカーのレベルを変化させる試験薬剤の１つを選択する工程が含まれ、ここでは、甲状腺癌マーカーは、Ｅｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンである。この方法にはさらに、被験体に、他の試験薬剤と比較してその試験薬剤を含有しているアリコートにおいて甲状腺癌マーカーのレベルを変化させる試験薬剤のうちの少なくとも１つを投与する工程が含まれ得る。
【０１７８】
１つの態様において、本発明は、試験化合物の甲状腺癌細胞の発癌の可能性を評価する方法を提供する。この方法には：（ａ）試験化合物の存在下および不在下で甲状腺癌細胞の別々のアリコートを維持する工程；ならびに、（ｂ）アリコートのそれぞれの中での１つ以上の甲状腺癌マーカーの発現を比較する工程が含まれる。ここでは、試験化合物の不在下で維持したアリコートと比較した、試験化合物の存在下で維持した甲状腺癌マーカーのレベルの有意な差が、その試験化合物が甲状腺癌細胞の発癌の可能性を持つことの指標となる。ここでは、甲状腺癌マーカーは、Ｅｐ−ＩＣＤおよび／またはβ−カテニンである。
【０１７９】
（キット）
本発明は、甲状腺癌を診断するため、および具体的には、甲状腺癌（より具体的には、ＡＴＣ）の浸潤性または転移能を検出するために本発明の方法を実行するためのキットを検討する。そのようなキットは典型的に、診断アッセイを行うために必要な２つ以上の構成要素が含まれる。構成要素としては、化合物、試薬、容器および／または装置が挙げられるが、これらに限定されるわけではない。したがって、本明細書中に記載する方法は、本明細書中に記載する少なくとも１つの薬剤（例えば、抗体、プローブ、プライマーなど）を含有する事前に包装された診断キットを利用することにより行うことができる。そのような診断キットは、例えば、臨床状況において、甲状腺癌に罹患している患者を診断するために、また、甲状腺癌を発症する素因を示すそのような個体を診断するために、および具体的には、甲状腺癌（より具体的には、ＡＴＣ）の浸潤性または転移能を決定するために都合よく使用することができる。
【０１８０】
本発明は、甲状腺癌を診断するため、具体的には、甲状腺癌（より具体的には、ＡＴＣ）の浸潤性または転移能を決定するための、本明細書中に記載する結合剤（単数または複数）を含有しているキットを含む容器を検討する。例えば、キットには、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的な抗体、酵素（単数または複数）で標識された抗体に対する抗体、および酵素（単数または複数）の基質が含まれ得る。キットにはまた、マイクロタイタープレートのウェル、標準、アッセイ希釈液、洗浄緩衝液、接着プレートのカバー、および／またはキットを使用して本発明の方法を実行するための説明書も含まれ得る。
【０１８１】
１つの態様では、本発明は、被験体において甲状腺癌（具体的には、甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣの浸潤性または転移能）を診断するための試験キットを提供する。これには、ポペプチド甲状腺癌マーカーに結合する抗体、および／またはポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーにハイブリダイズするかもしくはポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーを増幅するポリヌクレオチドが含まれる。別の態様では、本発明は、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに結合する抗体、および／またはポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーにハイブリダイズするかもしくはポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーを増幅するポリヌクレオチドの、甲状腺癌の診断または検出、具体的には、甲状腺癌の浸潤性もしくは転移能の診断または検出のための組成物の製造における使用に関する。
【０１８２】
本発明のさらなる態様では、キットに、ポリペプチド甲状腺癌マーカーのエピトープに特異的に結合する抗体または抗体断片と、甲状腺癌細胞と関係があるそれらのエピトープに対する抗体の結合を検出するための手段が、試験の前にさらに希釈され得る濃縮物（凍結乾燥させられた組成物を含む）としてのいずれかで含まれる。具体的には、本発明は、甲状腺癌（具体的には、ＡＴＣ）の浸潤性または転移能を診断するためのキットを提供する。このキットには、既知の量の、ポリペプチド甲状腺癌マーカーに特異的に結合する第１の結合剤が含まれる。ここでは、第１の結合剤に検出可能な物質が含まれるか、または第１の結合剤が検出可能な物質に直接もしくは間接的に結合する。
【０１８３】
試料中のポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーのレベルを検出するためのキットが設計され得る。そのようなキットには、一般的に、本明細書中に記載するオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーが含まれ、これらは、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーにハイブリダイズするか、またはポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーを増幅する。オリゴヌクレオチドは、例えば、ＰＣＲまたはハイブリダイゼーション手順において使用され得る。標的のポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーを検出するために有用な試験キットもまた提供され、これには、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカー、およびその断片または相補物を含有している容器が含まれる。キットには、配列番号３〜６のプライマーのうちの１つ以上が含まれ得る。
【０１８４】
本発明のキットにはさらに、血液を採取し安定化させるためのランセットおよび吸収紙または布を含む、試験試料（例えば、血清）を収集するために有用なツールを含む容器が含まれ得る。
【０１８５】
（コンピューターシステム）
本明細書中で検討する分析方法は、以下に記載する当該分野で公知のコンピューターシステムおよび方法の使用により実行することができる。したがって、本発明は、１つ以上の甲状腺癌マーカーを含むコンピューターで読み取り可能な媒体を提供される。「コンピューターで読み取り可能な媒体」は、コンピューターによる直接の読み取りおよびアクセスが行われ得る任意の媒体をいい、これには、磁気記憶媒体（例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスク記憶媒体、および磁気テープ）；光学記憶媒体（例えば、ＣＤ−ＲＯＭ）；電気的記憶媒体（例えば、ＲＡＭおよびＲＯＭ）、ならびに、これらのカテゴリーのハイブリッド（例えば、磁気／光学記憶媒体）が含まれるが、これらに限定されない。したがって、本発明は、患者および対照について同定されたマーカーがその上に記録されているコンピューターで読み取り可能な媒体を検討する。
【０１８６】
「記録された」は、情報をコンピューターで読み取り可能な媒体上に保存するためのプロセスをいう。当業者は、本明細書中に開示する１つ以上のマーカーについての情報を含む製品を作製するために、情報をコンピューターで読み取り可能な媒体上に記録するための現在知られている方法のうちの任意のものを容易に適応させることができる。
【０１８７】
様々なデータ処理装置のプログラムおよび形式を、１つ以上の甲状腺癌マーカーについての情報を保存するために使用することができる。例えば、情報は、ＷｏｒｄＰｅｒｆｅｃｔおよびＭｉｃｒｏＳｏｆｔ  Ｗｏｒｄのような市販されているソフトウェアでフォーマットされた文書作成処理用テキストファイルで表すことができ、あるいは、データベースアプリケーション（例えば、ＤＢ２、Ｓｙｂａｓｅ、Ｏｒａｃｌｅなど）で保存されたＡＳＣＩＩファイルの形態で表すことができる。いくつものデータプロセッサー構造化形式（例えば、テキストファイルまたはデータベース）を、マーカー情報がその上に記録されているコンピューターで読み取り可能な媒体を得るために適応させることができる。
【０１８８】
マーカー情報をコンピューターで読み取り可能な形態で提供することにより、当業者は、様々な目的のためにその情報に日常的にアクセスすることができる。例えば、当業者は、治療の間または治療後に得られたマーカー情報をデータ記憶手段内に保存されている情報と比較するために、コンピューターで読み取り可能な形態の情報を使用することができる。
【０１８９】
本発明は、患者が甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）を有しているかどうか、または、そのような症状についての素因があるかどうかを決定するための方法を実行するための命令を収容するための媒体を提供する。この方法には、１つ以上の甲状腺癌マーカーの有無を決定すること、ならびに、そのようなマーカーの有無に基づいて、上記症状または上記症状についての素因を決定すること、そして、状況に応じて、医療手当または処置を勧告することが含まれる。
【０１９０】
本発明はまた、被験体が本明細書中に開示する症状を有しているかどうか、または本明細書中に開示する症状についての素因があるかどうかを決定するための方法を、電子的システムで、および／またはネットワークで提供する。この方法には、１つ以上のマーカーの有無を決定すること、ならびに、そのようなマーカーの有無に基づいて、被験体が上記症状を有しているかどうか、または上記症状についての素因があるかどうかを決定すること、そして、状況に応じて、医療手当または処置を勧告することが含まれる。
【０１９１】
本発明はさらに、被験体が本明細書中に開示する症状を有しているかどうか、または本明細書中に開示する症状についての素因があるかどうかを決定するための方法をネットワークで提供する。この方法には、（ａ）被験体についての表現型情報と、被験体由来の試料に関連する本明細書中に開示する１つ以上のマーカーについての情報を受け取ること、（ｂ）マーカーに対応するネットワークから情報を取得すること、および（ｃ）表現型情報とマーカーについての情報に基づいて、被験体が上記症状を有しているかどうか、または上記症状についての素因があるかどうかを決定すること、ならびに、（ｄ）状況に応じて、医療手当または処置を勧告することが含まれる。
【０１９２】
本発明はなおさらに、病的細胞または病的組織を同定する選択された記録を同定するためのシステムを提供する。本発明のシステムには、一般には、デジタルコンピューター、コンピューターに接続されたデータベースサーバー、データがその上に保存されているデータベースサーバーに接続されたデータベース（データには、本明細書中に開示する１つ以上のマーカーを含むデータの記録を含む）、および、所望する選択基準に基づく質問をデータベース内のデータファイルに適用して、所望する選択基準と合致する記録の報告を得るためのコード機構が含まれる。
【０１９３】
本発明は、被験体が本明細書中に開示する症状（具体的には、ＡＴＣ）を有しているかどうか、または本明細書中に開示する症状についての素因があるかどうかを決定するための事業方法を検討する。この方法は、（ａ）被験体についての表現型情報と、被験体由来の試料に関連する本明細書中に開示する１つ以上のマーカーについての情報とを受け取ること、（ｂ）マーカーに対応するネットワークから情報を取得すること、および（ｃ）表現型情報、マーカーについての情報、および取得した情報に基づいて、被験体が上記症状を有しているかどうか、または上記症状についての素因があるかどうかを決定すること、および状況に応じて、医療手当または処置を勧告することが含まれる。
【０１９４】
本発明の１つの態様では、本明細書中に記載するコンピューターシステム、構成要素および方法は、症状をモニターするために、または症状の病期を決定するために使用される。
【０１９５】
（治療的適用）
本発明は、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）を含む、本明細書中に開示する甲状腺癌マーカーと関係がある治療的適用を検討する。甲状腺癌マーカーは、治療の標的であり得る。例えば、核Ｅｐ−ＩＣＤが、浸潤性甲状腺癌およびＡＴＣの処置の標的であり得る。治療方法としては、抗体療法の使用を含む免疫療法が挙げられる。１つの態様で、本発明は、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）を予防するために使用することができる１つ以上の抗体を提供する。別の態様において、本発明は、甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）を予防する、阻害する、または軽減する方法を提供する。この方法には、甲状腺癌マーカー（例えば、Ｅｐ−ＩＣＤ）に結合する抗体を、上記症状または上記症状の発症を予防する、阻害する、または軽減するために有効な量で患者に投与する工程が含まれる。
【０１９６】
甲状腺癌マーカー（具体的には、Ｅｐ−ＩＣＤ）に結合する抗体は、標識、薬物、または細胞傷害性薬剤、受容体の標的結合領域、接着分子、リガンド、酵素、サイトカイン、またはケモカインと組み合わせることができる。本発明の複数の態様においては、甲状腺癌マーカー（具体的には、Ｅｐ−ＩＣＤ）が細胞傷害性薬剤（例えば、化学療法薬）、または毒素、もしくはその活性断片に結合させられ得る。毒素およびその対応する断片の例として、ジフテリアＡ鎖、外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、クルシン、クロチン、フェノマイシン、エノマイシンなどが挙げられる。細胞傷害性薬剤は、抗体に対して放射性同位体を結合させること、または抗体に共有結合させられたキレート化剤に対する放射性核種の結合により調製された放射性化学物質であり得る。抗体はまた、１つ以上の低分子毒素（例えば、カリケアマイシン、メイタンシン、トリコテセン（ｔｒｉｃｈｏｔｈｅｎｅ）、およびＣＣ１０６５）に結合させることができる（米国特許第５，２０８，０２０号を参照のこと）。
【０１９７】
本発明の方法は、１種類の抗体、ならびに、異なる個々の抗体（例えば、他のマーカーの異なるエピトープを認識する抗体）の組合せまたは「カクテル」を投与することを検討する。そのようなカクテルが、甲状腺癌マーカーの異なるエピトープに結合する、および／または異なるエフェクター機構を利用する抗体を含むので、そのようなカクテルは特定の利点をいくつか有し得る。組み合わせたそのような抗体は、相乗的な治療効果を示し得る。加えて、１つ以上のマーカー特異的抗体の投与を、他の治療剤と組み合わせることができる。特異的抗体は、その「ネイクド（ｎａｋｅｄ）」形態もしくは非結合形態で投与することができ、または、それに結合体化された治療剤を有し得る。
【０１９８】
本発明はまた、被験体において甲状腺癌を処置する方法を検討する。この方法には、Ｅｐ−ＣＡＭ（具体的には、ＥｐＥｘまたはＥｐ−ＩＣＤ）に特異的な抗体を、それを必要とする被験体に送達する工程が含まれる。本発明の１つの態様においては、抗体は、細胞傷害性薬剤または毒素（上記を参照のこと）に結合させられる。抗体は、例えば、米国特許第７５５７１９０号、および同ＵＳ７４５９５３８号、米国特許出願公開番号第２００５０１６３７８５号および同第２００７０１２２４０６号および同第２００７０１９６３６６号、ならびに、ＭｃＤｏｎａｌｄら（Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ａｎｄ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ２００８；２：１０５−１１４）に開示されている治療用抗体であり得る。特定の実施形態では、抗体は、毒素（より具体的には、ＶＢ４−８４５免疫毒素）に結合させられた抗体である（Ｖｉｖｅｎｔｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．，Ｏｎｔａｒｉｏ，Ｃａｎａｄａ）。
【０１９９】
より具体的には、本発明の１つの態様にしたがい、甲状腺癌を有している被験体を処置する方法が提供される。ここでは、Ｅｐ−ＣＡＭ（具体的には、ＥｐＥｘまたはＥｐ−ＩＣＤ）に特異的な抗体が治療有効量で投与される。さらなる態様においては、抗体は薬学的に許容され得る形態で提供される。
【０２００】
１つの態様においては、本発明は、甲状腺癌の処置のための薬学的組成物を提供する。ここでは、上記組成物は、Ｅｐ−ＣＡＭ（具体的には、ＥｐＥｘまたはＥｐ−ＩＣＤ）に特異的な抗体を、薬学的に許容され得る担体、賦形剤、またはビヒクルとともに含むことを特徴とする。
【０２０１】
本発明の方法で使用される抗体は、所望される送達方法に適している担体を含む薬学的組成物に配合することができる。適している担体には、抗体と組み合わせた場合にも、抗体の機能を保持し、かつ、被験体の免疫系との反応性を有さない任意の物質が含まれる。例としては、滅菌リン酸塩緩衝化生理的食塩水および静菌水などのような、多数の標準的な薬学的担体の全てが含まれる（一般的には、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（第１６版、Ａ．Ｏｓａｌ編、１９８０）を参照のこと）。
【０２０２】
１つ以上のマーカー特異的抗体処方物は、抗体を部位または損傷に送達することができる任意の経路によって投与することができる。投与経路としては、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮内などが挙げられるが、これらに限定されない。抗体調製物を凍結乾燥させて、滅菌粉末として、（好ましくは減圧下）保存することができ、その後、例えば、ベンジルアルコール保存剤を含有する静菌水、または滅菌水で、注射前に再構成することができる。
【０２０３】
処置には、一般的には、有効用量での許容され得る投与経路による抗体調製物の反復投与が含まれる。投薬量は、当業者によって一般に理解されている様々な要因に依存し、そのような要因には、症状の病因、症状の病期、使用する抗体の結合親和性および半減期、患者におけるマーカーの発現の程度、および所望される定常状態での抗体濃度レベル、処置の頻度、ならびに、本発明の処置方法との組合せで使用される何らかの治療剤の影響が含まれる。適切な用量を規定する際の決定要素は、特定の状況において治療的に有効であるために必要な特定の抗体の量である。反復投与は、所望される効果を達成するために必要とされ得る。１つ以上のマーカー抗体の直接的な投与もまた可能であり、特定の状況で利点を有し得る。
【０２０４】
患者は、最も効果的な投薬計画および関連する要素の決定を助けるために、甲状腺癌マーカーについて評価され得る。本明細書中に記載するアッセイ方法または類似するアッセイが、処置前の患者においてマーカーレベルを定量化するために使用され得る。そのようなアッセイはまた、治療期間を通じてモニタリングするために使用することができ、他のパラメーター（例えば、マーカーのレベル）を評価することと組合せて治療の成功を判定するために有用であり得る。
【０２０５】
本明細書中で開示するポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーは、そのポリヌクレオチドを高レベルで発現するベクターで細胞または組織をトランスフェクトすることにより、オフにすることができる。そのような構築物は、細胞を、翻訳できないセンス配列またはアンチセンス配列で満たすことができる。ＤＮＡに組み込まれなくても、そのようなベクターは、全てのコピーが内在性ヌクレアーゼにより機能しなくなるまで、ＲＮＡ分子を転写し続けることができる。レトロウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルスまたはワクシニアウイルスに由来するベクター、あるいは様々な細菌プラスミドに由来するベクターを、標的化された臓器、組織または細胞集団にポリヌクレオチドを送達するために使用することができる。当業者に周知の方法を、アンチセンスのようなポリヌクレオチドを発現するであろう組み換え体ベクターを構築するために使用することができる（Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）およびＡｕｓｕｂｅｌら（前出）に記載されている技術を参照のこと）。
【０２０６】
インビボ治療、インビトロ治療およびエクスビボ治療に適している、ベクターを細胞または組織に導入するための方法は当該分野で周知である。例えば、トランスフェクションによる送達またはリポソームが当該分野で周知である。
【０２０７】
遺伝子発現の改変を、ポリヌクレオチド甲状腺癌マーカーの調節領域（すなわち、プロモーター、エンハンサー、およびイントロン）に対するアンチセンス分子（ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＰＮＡ）を設計することによって得ることができる。好ましくは、オリゴヌクレオチドは、転写開始部位（例えば、リーダー配列の−１０領域から＋１０領域までの間）に由来する。アンチセンス分子はまた、それらが、転写物がリボソームに結合することを妨げることによりｍＲＮＡの翻訳を阻害するように設計することができる。阻害はまた、「三重らせん」塩基対形成方法論を使用して達成することができる。三重らせん塩基対形成は、ポリメラーゼ、転写因子、または調節分子が結合するために十分に開く二重らせんの能力を損なう。三本鎖ＤＮＡを使用する治療的利点は、Ｇｅｅ  Ｊ  Ｅらにより（Ｈｕｂｅｒ  Ｂ  ＥおよびＢ  Ｉ  Ｃａｒｒ（１９９４）、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃ  Ａｐｐｒｏａｒｃｈｅｓ、Ｆｕｔｕｒａ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．、Ｍｔ  Ｋｉｓｃｏ、Ｎ．Ｙ．中に）まとめられている。
【０２０８】
リボザイムは、ＲＮＡの特異的な切断を触媒する酵素活性ＲＮＡ分子である。リボザイムは、相補的な標的ＲＮＡに対するリボザイム分子の配列特異的ハイブリダイゼーション、その後のエンドヌクレアーゼ的切断によって作用する。したがって、本発明は、ポリヌクレオチドマーカーのエンドヌクレアーゼ的切断を特異的かつ効率的に触媒することができる、操作されたハンマーヘッドモチーフリボザイム分子が検討される。
【０２０９】
任意の可能性があるＲＮＡ標的内の特異的なリボザイム切断部位は、ＧＵＡ、ＧＵＵ、およびＧＵＣの配列を含むリボザイム切断部位について標的分子をスキャンすることによって最初に同定することができる。そのような部位が同定されると、切断部位を含有する標的遺伝子のその領域に対応する１５リボヌクレオチド〜２０リボヌクレオチドの短いＲＮＡ配列を、オリゴヌクレオチドを無効にし得る二次構造の特徴について評価することができる。候補の標的の好適性もまた、リボヌクレアーゼ保護アッセイを使用して、相補的なオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションに対する接近し易さを調べることによって明らかにすることができる。
【０２１０】
本発明は、患者の甲状腺癌（具体的には、浸潤性甲状腺癌、より具体的には、ＡＴＣ）を予防する、阻害する、または軽減する方法を提供し、この方法には、以下の工程が含まれる：
（ａ）患者から腫瘍試料を得る工程；
（ｂ）複数の試験薬剤の存在下で試料のアリコートを別々に維持する工程；
（ｃ）それぞれのアリコートにおける、本明細書中に開示する甲状腺癌マーカーおよび状況に応じた１つ以上の他のマーカーのレベルを比較する工程；
（ｄ）他の試験薬剤と比較して、その試験薬剤を含有しているアリコートの中で甲状腺癌マーカーおよび状況に応じた他のマーカーのレベルを変化させる少なくとも１つの試験薬剤を、患者に投与する工程。
【０２１１】
本明細書中に記載する活性な治療用物質を、従来の様式で、例えば、注射（皮下、静脈内など）、経口投与、吸入、経皮適用または直腸投与により投与することができる。投与経路に応じて、活性な物質は、活性な物質を不活性化する可能性がある酵素、酸、および他の天然の状態の作用から活性な物質を保護するために、１つの物質でコーティングすることができる。適切な界面活性剤を用いて適切な溶媒中の、遊離の塩基または薬学的に許容され得る塩としての活性な化合物の溶液を、調製することができる。グリセロール、液状ポリエチレングリコール、およびそれらの混合物中の分散液を、あるいは油中の分散液を調製することができる。
【０２１２】
本明細書中に記載する組成物は、被験体に投与することができる薬学的に許容され得る組成物の調製についてそれ自体が公知である方法によって調製することができ、その結果、有効量の活性な物質が、薬学的に許容され得るビヒクルとの混合物において組み合わせられる。適しているビヒクルは、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ（第２１版，２００５，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（編），Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ）、および１９９９年に刊行されたＴｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａ：Ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｆｏｒｍｕｌａｒｙ（ＵＳＰ  ２４  ＮＦ１９）に記載されている。これに基づくと、組成物には、１つ以上の医薬的に許容され得るビヒクルまたは希釈剤を一緒に含み、そして生理学的流体に関して適しているｐＨおよび等浸透圧を持つ緩衝化された溶液中に含まれる、活性な物質の溶液が含まれるが、これに限定されない。
【０２１３】
組成物は、単独で、または他の治療剤もしくは他の処置形態との組み合わせのいずれかで、治療剤として適応される。本発明の組成物は、同時に、別々に、または、他の治療剤もしくは治療と連続して投与することができる。
【０２１４】
本発明の方法を使用して同定された組成物および試薬／化合物の治療活性は、適切な動物モデルを使用してインビボで評価することができる。
【０２１５】
下記の非限定的な実施例は本発明の例示である。
【実施例】
【０２１６】
（実施例１）
ヒトの原発性甲状腺癌中ならびに浸潤性および非浸潤性甲状腺癌細胞株のパネル中でのＥｐＥｘタンパク質とＥｐ−ＩＣＤタンパク質の発現を、ＥｐＣＡＭのＥｐ−ＥｘドメインとＥｐ−ＩＣＤドメインに特異的な抗体を使用する免疫組織化学（ＩＨＣ）により調べ、その知見をウェスタンブロッティングにより確認した。ＥｐＣＡＭの過剰発現が転写量の増大に寄与しているかどうかを決定するために、定量的リアルタイムＰＣＲ（Ｑ−ＰＣＲ）をこれらの腫瘍中のＥｐＣＡＭ転写物の分析に使用した。さらに、核のＥｐ−ＩＣＤとβ−カテニンについての同時染色を、甲状腺癌における発癌性Ｅｐ−ＩＣＤシグナル伝達の予後的重要性を立証するために行った。
【０２１７】
以下の材料と方法を、本実施例に記載する研究に利用した。
【０２１８】
（材料および方法）
（患者および組織検体）
本研究は、Ｏｎｔａｒｉｏ  Ｅｔｈｉｃｓ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ａｎｄ  Ｍｏｕｎｔ  Ｓｉｎａｉ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｔｏｒｏｎｔｏ，Ｃａｎａｄａにより承認された。全ての特許の情報を提供し、署名入り同意を得た。３０個の甲状腺癌パラフィンブロックを、Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ，Ｍｏｕｎｔ  Ｓｉｎａｉ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｔｏｒｏｎｔｏ，Ｃａｎａｄａのアーカイブから回収した。１５個の甲状腺腫瘍と１５個の隣接する正常組織を含む３０個の新しい凍結試料もまた、定量的リアルタイムＰＣＲ分析のための研究に含めた。これらの組織をＲＮＡｌａｔｅｒ  ＴｉｓｓｕｅＰｒｏｔｅｃｔ溶液（Ｑｉａｇｅｎ，Ｍｉｓｓｉｓｓａｕｇａ，ＯＮ）中で急速冷凍し、使用するまで−８０℃で保存した。それぞれの症例をさらなる実験の前に病理学者により精査した。
【０２１９】
患者の経過観察のデータをデータバンクから検索して、腫瘍中でのタンパク質発現を腫瘍転帰と相関させてこれらのタンパク質の予後との関連を評価した。患者を最短で１５カ月間、最長で１９９カ月間経過観察した。
【０２２０】
（抗体）
抗ＥｐＣＡＭモノクローナル抗体ＭＯＣ−３１（ＡｂＤ  Ｓｅｒｏｔｅｃ，Ｏｘｆｏｒｄ，ＵＫ）は、ＥｐＣＡＭのアミノ末端領域中の細胞外成分（ＥＧＦ１ドメイン−ａａ２７〜５９）を認識する［Ｃｈａｕｄｒｙ  Ｍａら、２００７］。ＥｐＣＡＭの細胞内ドメイン、α−ＥｐＩＣＤ抗体１１４４（Ｅｐｉｔｏｍｉｃｓ）は、ＥｐＣＡＭの細胞質ドメインを認識する。β−カテニンのａａ５７１〜７８１に対して惹起させられたβ−カテニン抗体（カタログ番号６１０１５４，Ｂ  Ｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ，ＣＡ）およびｃ−ｍｙｃ抗体（Ｃ１９，ｓｃ−７８８，アフィニティー精製されたウサギポリクローナル抗体，Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｃ．）。
【０２２１】
（細胞株）
Ｍ．Ｒｉｎｇｅｌ，Ｔｈｅ  Ｏｈｉｏ  Ｓｔａｔｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＯＨによる結腸癌細胞株ＷＲＯ（これまでは甲状腺癌細胞株と考えられていた）とＡＲＯ結腸癌細胞株（これまではＡＴＣ細胞株と考えられていた）を、１０％のウシ胎児血清（ＦＢＳ）、２ｍｍｏｌ／ＬのＬ−グルタミン、１ｍｍｏｌ／Ｌのピルビン酸ナトリウム、および１×の非必須アミノ酸を補充したＲＰＭＩ  １６４０の中で増殖させた。ＴＰＣ−１（高分化型の甲状腺乳頭癌細胞株）を、５％のＦＢＳと２ｍｍｏｌ／ＬのＬ−グルタミンを補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）中で維持した。甲状腺髄様癌株ＴＴ（Ｊ．Ｆａｇｉｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉ，Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉ，ＯＨによる）を、１０％のＦＢＳを補充したＦ−１２Ｋ培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇｒａｎｄ  Ｉｓｌａｎｄ，ＮＹ）中で増殖させた。未分化甲状腺癌細胞株ＣＡＬ６２（Ｊ．Ｆａｇｉｎによる）を、１０％のＦＢＳを補充したＤＭＥＭ中で増殖させた。全ての細胞株を、加湿した５％のＣＯ２インキュベーターの中で３７℃で培養し、７０〜８０％のコンフルエント細胞を以下に記載する実験に使用した。
【０２２２】
（甲状腺癌中でのＥｐＥｘおよびＥｐ−ＩＣＤの発現についての免疫組織化学）
４μｍの厚みの連続切片をパラフィンブロックから切り、ガラススライド上にマウントした。これらの切片を脱パラフィンし、キシレンと段階的なアルコール系列により水和した。これらのスライドを０．３％のＨ２Ｏ２で室温で３０分間処理して、内因性のペルオキシダーゼ活性をブロックした。正常なウマまたはヤギ血清で非特異的結合をブロックした後、これらの切片を、抗ＥｐＥｘマウスモノクローナル抗体ＭＯＣ−３１（希釈率１：２００）またはα−ＥｐＩＣＤ抗体１１４４（希釈率１：２００）、またはマウスモノクローナルβ−カテニン抗体（希釈率１：２００）とともに３０分間、そしてビオチニル化された二次抗体（ウマ抗マウス抗体またはヤギ抗ウサギ抗体）とともに３０分間インキュベートした。これらの切片を、最後に、ＶＥＣＴＡＳＴＡＩＮ  Ｅｌｉｔｅ  ＡＢＣ  Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｖｅｃｔｏｒ  ｌａｂｓ，Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ，ＣＡ）とともにインキュベートし、ジアミノベンゼジン（ｄｉａｍｉｎｏｂｅｎｚｅｄｉｎｅ）を色素原として使用した。
【０２２３】
（免疫組織化学染色の評価）
免疫陽性染色（Ｉｍｍｕｎｏｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｓｔａｉｎｉｎｇ）を、記載されているように組織切片の５つの領域において評価した［Ｒａｌｈａｎら、２００８］。臨床転帰について盲検とした２人の評価者により観察した時に、上皮細胞が、細胞質、原形質膜、および／または核において免疫陽性を示した場合には、切片を陽性としてスコアした。これらの切片は以下のようにスコアした：０、＜１０％の細胞が免疫反応性を示した；１、１０〜３０％の細胞が免疫反応性を示した；２、３０〜５０％の細胞が免疫反応性を示した；３、５０〜７０％の細胞が免疫反応性を示した；および４、＞７０％の細胞が免疫反応性を示した。切片をまた、以下のように、強度に基づいて半定量的にスコアした：０、なし；１、弱い；２、中程度；および３、強い。最後に、合計スコア（０〜７の範囲）を、甲状腺癌と正常な甲状腺組織切片のそれぞれについて、陽性率のスコアと強度のスコアを足し算することにより得た。免疫組織化学のデータについて、以前に記載されているように統計分析を行った［Ｒａｌｈａｎら、２００８］。
【０２２４】
免疫組織化学的スコアのデータを、Ｖｉｓｉｏｐｈａｒｍ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｖｉｓｉｏｐｈａｒｍ，Ｈｏｒｓｈｏｌｍ，Ｄｅｎｍａｒｋ）を使用して確認した。このソフトウェアは、陽性である茶色の染色の強度の差に基づいて膜性、細胞質性、または核の染色を同時に定量化することができないので、核染色だけを定量化した。
【０２２５】
（統計分析）
免疫組織化学のデータについて、ＳＰＳＳ  １０．０ソフトウェア（Ｃｈｉｃａｇｏ）を使用して統計分析を行った。ボックスプロットを使用して、正常な甲状腺組織と甲状腺癌における膜ＥｐＥｘ、核Ｅｐ−ＩＣＤ、および核または細胞質β−カテニンの発現の合計スコアの分布を決定した。≧２のカットオフを、統計試験についての核β−カテニン免疫陽性の陽性基準と定義した。膜β−カテニンについては、６のスコアを発現の喪失と定義した。
【０２２６】
ＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、および／またはβ−カテニンの染色の発現と、患者の全体的な生存性との間での相関関係を、カプラン・マイヤープロットを用いて生存性のデータから構築した生命表を使用して評価した。
【０２２７】
（細胞株、凍結検体、パラフィン切片からのＲＮＡの単離、およびファーストストランドｃＤＮＡの合成）
ＲＮＡの単離は全て、製造業者の説明書にしたがって行った。全ＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ，Ｍａｒｙｌａｎｄ，ＭＡ）を使用して細胞株から抽出した。Ｈｉｇｈ  Ｐｕｒｅ  ＲＮＡ  Ｔｉｓｓｕｅ  ＫｉｔとＨｉｇｈ  Ｐｕｒｅ  ＲＮＡ  Ｐａｒａｆｆｉｎ  Ｋｉｔ（Ｒｏｃｈｅ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、それぞれ、新しい凍結甲状腺組織検体およびＦＦＰＥ試料からＲＮＡを単離した。ＲＮＡの量を、ＮＤ−１０００分光光度計（Ｎａｎｏｄｒｏｐ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ，ＤＥ）を使用して測定した。ファーストストランドｃＤＮＡの合成は、Ｔｒａｎｓｃｉｐｔｏｒ  Ｆｉｒｓｔ  Ｓｔｒａｎｄ  ｃＤＮＡ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  Ｋｉｔ（Ｒｏｃｈｅ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して行った。５μｌの反応産物を、リアルタイムＰＣＲの鋳型として使用した。
【０２２８】
（定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ）
定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ（Ｑ−ＰＣＲ）分析を、ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  Ｉ  Ｍａｓｔｅｒキット（Ｒｏｃｈｅ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）とともにＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ４８０（Ｒｏｃｈｅ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を、製造業者の説明書にしたがって使用して行った。リアルタイムＰＣＲ反応を、９５℃で５分間のインキュベーションにより開始し、続いて、４５サイクルの、９５℃で１０秒間の変性、６５℃で１５秒間のアニーリング、および７２℃で１５秒間の伸長を行った。融解曲線分析を、ＰＣＲの完了直後に行った。全ての反応を３連で行い、この実験を少なくとも２回繰り返した。データを、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ４８０ソフトウェア１．５を使用して分析した。
【０２２９】
ＥｐＣＡＭおよびＧＡＰＤＨについてのプライマーは、ＰｒｏｂｅＦｉｎｄｅｒアッセイ設計ソフトウェア（Ｒｏｃｈｅ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して設計し、これは、Ｓｉｇｍａにより合成され、ＨＰＬＣ精製された。プライマー配列は以下のとおりであった：ＥｐＣＡＭ、５’−ＣＣＡＴＧＴＧＣＴＧＧＴＧＴＧＴＧＡＡ−３’［配列番号３］（正方向）および５’−ＴＧＴＧＴＴＴＴＡＧＴＴＣＡＡＴＧＧＡＴＧＡＴＣＣＡ−３’［配列番号４］（逆方向）；ＧＡＰＤＨ、５’−ＡＧＣＣＡＣＡＴＣＧＣＴＣＡＧＡＣＡＣ−３’［配列番号５］（正方向）および５’−ＧＣＣＣＡＡＴＡＣＧＡＣＣＡＡＡＴＣＣ−３’［配列番号６］（逆方向）。
【０２３０】
（免疫組織化学）
浸潤性および非浸潤性甲状腺癌細胞（ＷＲＯ、ＣＡＬ−６２、ＴＴ、およびＴＰＣ−１）と対照細胞（ＡＲＯ）をカバーガラス上にプレートし（１×１０３）、一晩増殖させた。その後、細胞をＰＢＳで３回洗浄し、４％のパラホルムアルデヒドを使用して固定した。免疫組織化学によるＥｐ−Ｅｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの検出のために、固定した細胞を、ＭＯＣ−３１、１１４４（希釈率１：２００）、またはマウスモノクローナルβ−カテニン抗体で、それぞれ３０分間染色し、ビオチニル化した二次抗体で３０分間染色した。切片を最後に、ＶＥＣＴＡＳＴＡＩＮ  Ｅｌｉｔｅ  ＡＢＣ  Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｖｅｃｔｏｒ  ｌａｂｓ，Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ，ＣＡ）とともにインキュベートし、ジアミノベンゼジン（ｄｉａｍｉｎｏｂｅｎｚｅｄｉｎｅ）を色素原として使用した。
【０２３１】
免疫蛍光の検出のためには、ヤギ抗マウスＩｇＧ−ＦＩＴＣ（Ｓｉｇｍａ，Ｓｔ  Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）またはＩｇＧ−Ａｌｅｘａを二次抗体として使用した。核をＤＡＰＩで染色した。免疫蛍光を蛍光顕微鏡（Ｌｅｉｃａ  ＤＭ  ＩＲＢＥ，Ｈｏｕｓｔｏｎ，ＴＸ）を使用して検出した。
【０２３２】
（ウェスタンブロッティング）
細胞溶解物を、溶解緩衝液（０．１５ｍＭのＮａＣｌ、５ｍＭのＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）、１％のＴｒｉｔｏｎ、１０ｍＭのＴｒｉｓ−Ｃｌ（ｐＨ７．４））およびプロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）中に調製した。細胞溶解物（３０μｇのタンパク質）をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分解し、ＰＶＤＦメンブレン（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ，ＭＡ）に移した。このメンブレンを抗ＥｐＣＡＭマウスモノクローナル抗体Ｂ３０２（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ，ＣＡ）（希釈率１：５００）で、続いて、西洋ワサビペルオキシダーゼ結合二次ヤギ抗マウス抗体で、そして製造業者の説明書（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ）にしたがって化学発光検出システムでプローブした。タンパク質ローディングについての対照として、ブロットを、マウスモノクローナル抗体Ｃ−４（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ，ＣＡ）（希釈率１：１０００）を使用してβ−アクチンについてプローブした。定量化は、ＩｍａｇｅＧａｕｇｅソフトウェア（Ａｌｔｕｒａ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｉｎｃ．）を使用した濃度測定により行った。
【０２３３】
（結果）
（甲状腺癌中でのＥｐＥｘおよびＥｐ−ＩＣＤの発現の免疫組織化学的分析）
甲状腺癌中でのＥｐ−ＥｘとＥｐ−ＩＣＤの臨床的重要性を決定するために、それらの発現を、それぞれ、ドメイン特異的抗体ＭＯＣ−３１および１１４４を使用して免疫組織化学によりアーカイブした組織において分析した。原形質膜でのＥｐＥｘ免疫反応性はＡＴＣにおいては観察されなかった（図１、パネルＩＡ）。膜ＥｐＥｘの喪失によりその細胞質／核での蓄積を生じたかどうかを決定するために、Ｅｐ−ＩＣＤの免疫染色を１１４４抗体を使用して行った。強い核および細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ免疫染色がＡＴＣにおいて観察された（図１、パネルＩＩＡ）。活性化されたＥｐ−ＩＣＤは、β−カテニンに結合し、インビトロで癌細胞の細胞増殖を活性化させることが示されている［Ｍａｅｔｚｅｌら、２００９］。β−カテニンの免疫染色を、細胞質／核Ｅｐ−ＩＣＤと核／細胞質β−カテニンとの間に何らかの相関関係があるかどうかを決定するために、連続切片において行った。この研究は、ＡＴＣにおける細胞質および核β−カテニンの同時免疫染色を示した（図１、パネルＩＩＩＡ）。
【０２３４】
比較すると、分化の度合いが低い濾胞性甲状腺癌（ＰＤＦＴＣ）のサブセットは、細胞間接触の領域に局在化した強い局所性のＥｐＥｘ膜染色を示した（図１、パネルＩＢ）。中程度の核染色および細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ免疫染色が、これらの腫瘍において観察された（図１、パネルＩＩＢ）。そして、弱い細胞質染色および顕著な膜染色がβ−カテニンについて観察された（図１、パネルＩＩＩＢ）。分化の度合いが低い甲状腺乳頭癌（ＰＤＰＴＣ）はＥｐＥｘの膜染色を示した（図１、パネルＩＣ）。核染色およびぼんやりした細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ免疫染色は、これらの腫瘍においては観察されなかった（図１、パネルＩＩＣ）。膜染色および弱い細胞質染色がβ−カテニンについて観察された（図１、パネルＩＩＩＣ）。高分化型の甲状腺乳頭癌（ＷＤＰＴＣ）は強いＥｐＥｘ膜染色を示した（図１、パネルＩＤ）。これらの腫瘍においては、核染色は観察されなかったが、弱い細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ免疫染色が観察された（図１、パネルＩＩＤ）。そして強い膜染色がβ−カテニンについて観察された（図１、パネルＩＩＩＤ）。比較すると、正常な（非悪性）甲状腺組織は、基底のＥｐＥｘ膜免疫反応性を示し（図１、パネルＩＥ）、そしてぼんやりした細胞質もしくは核Ｅｐ−ＩＣＤ染色を示したか、または細胞質もしくは核Ｅｐ−ＩＣＤ染色を示さず（図１、パネルＩＩＥ）、β−カテニンについて基底の膜免疫反応性を示した（図１、パネルＩＩＩＥ）。扁平上皮細胞癌変異体は、ぼんやりしたＥｐＥｘ膜免疫反応性を示し（図１、パネルＩＦ）、強い細胞質および核Ｅｐ−ＩＣＤ染色を示し（図１、パネルＩＩＦ）、そしてβ−カテニンについては膜性および細胞質性の免疫反応性を示した（図１、パネルＩＩＩＦ）。
【０２３５】
核Ｅｐ−ＩＣＤ染色を、ｖｉｓｉｏフォーム（ｖｉｓｉｏｆｏｒｍ）を使用して定量化した。甲状腺癌の様々なサブタイプにおける核Ｅｐ−ＩＣＤ陽性の割合（％）を示しているヒストグラムを図１Ｇに示す。５つのＡＴＣが全て、核陽性を示した。核Ｅｐ−ＩＣＤ陽性の面積の合計は１２〜４０％の範囲に及んだ。注目すべきは、１つのＰＤＰＴＣと１つのＰＤＦＴＣもまた、核Ｅｐ−ＩＣＤ陽性を示したことであった。全体では、甲状腺腫瘍の様々なサブタイプにおけるβ−カテニンの発現の分析が、ＡＴＣにおける細胞質および核での発現を示したが、ＰＤＦＴＣおよびＰＤＰＴＣ中、ならびにＷＤＰＴＣ中、さらには非悪性甲状腺組織中では、膜局在化が観察された。
【０２３６】
異なる病状を有している同じ患者の様々な組織ブロック由来の組織切片の分析は、個々の甲状腺腫瘍において観察したように、これらのタンパク質の発現パターンにおいて差を示した。図２のパネルＡＩは、ＥｐＥｘの膜染色を示していないＡＴＣ切片を示す。一方、パネルＡＩＩは、連続ＡＴＣ切片中でのＥｐ−ＩＣＤの強い核および細胞質局在化を示し、パネルＡＩＩＩは、核および細胞質でのβ−カテニンの発現を示す。同じ患者由来の別の組織ブロックはＳＣＣを示し、パネルＢＩは、局所的なぼんやりした膜ＥｐＣＡＭの発現を示し、一方、パネルＢＩＩは、強い核および細胞質でのＥｐ−ＩＣＤの発現を示し、そしてパネルＢＩＩＩは、核および膜でのβ−カテニンの発現を示す。比較すると、ＰＤＦＴＣを示している同じ患者由来の別の組織ブロックは膜ＥｐＥｘだけを示したが（パネルＣＩ）、細胞質Ｅｐ−ＩＣＤだけが観察され（パネルＣＩＩ）、核の免疫染色を伴わない膜β−カテニンが観察された（パネルＣＩＩＩ）。同じ患者由来の正常な甲状腺組織は、ＥｐＣＡＭについて強い膜性染色（パネルＤＩ）を示し、Ｅｐ−ＩＣＤについては核での強い染色を示さず（パネルＤＩＩ）、β−カテニンについては膜性染色を示した（パネルＤＩＩＩ）。同じ患者において観察されたこれらの様々な染色パターンは、甲状腺癌の様々なサブセットにおけるこれらのタンパク質の示差的発現の観察を裏付ける。
【０２３７】
（ボックスプロット分析）
正常な甲状腺組織と甲状腺癌の様々なサブタイプのパラフィンに包埋した切片中で決定したＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの合計の免疫染色スコアの分布を、図３に示す。パネルＡは、ＥｐＥｘ染色についてのボックスプロットを示す。ＡＩは、正常組織およびＰＴＣ中での膜ＥｐＥｘ局在化を示し、ＡＴＣ中では検出できるほどの発現がないこと、ならびに、ＦＴＣおよびＳＣＣ中での様々に低下した発現を示す（３のメジアンスコアを持つ、太い横線）。パネルＡＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、およびＦＴＣ中での細胞質ＥｐＥｘ局在化を示し、ＡＴＣ中では検出できるほどの発現がないこと、およびＳＣＣ中での様々に低下した発現を示す。パネルＡＩＩＩは、正常組織、または甲状腺癌の全てにおいて、検出できるほどの核ＥｐＥｘ染色がないことを示す。
【０２３８】
パネルＢは、Ｅｐ−ＩＣＤ染色についてのボックスプロットを示す。Ｉは、いくつかのＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、およびＰＤＰＴＣにおける膜Ｅｐ−ＩＣＤ局在化を示すが、ＡＴＣ、ＦＴＣ、およびＳＣＣにおいては膜性染色を示さなかった。パネルＢＩＩは、正常組織、ＰＴＣ、ＡＴＣ、ＦＴＣ、およびＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、ならびにＰＤＦＴＣにおける細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ局在化を示す。パネルＢＩＩＩは、０のメジアンスコアを持つＰＴＣ、ＦＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、および正常な甲状腺組織と比較した、ＡＴＣ中での核Ｅｐ−ＩＣＤ局在化とＳＣＣ中での様々な発現（３のメジアンスコアを持つ、太い横線、縦の棒で示すように０〜４の範囲）を示す。
【０２３９】
パネルＣは、β−カテニン染色についてのボックスプロットを示す。Ｉは、ＡＴＣだけにおける核染色を示す。パネルＣＩＩは、分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける細胞質β−カテニンを示す。パネルＣＩＩＩは、正常組織と、ＡＴＣのほとんどを除く分析した甲状腺癌の全てのサブタイプにおける膜β−カテニンを示す。
【０２４０】
免疫組織化学的スコアのデータを、Ｖｉｓｉｏｐｈａｒｍ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｏｒ  Ｓｙｓｔｅｍを使用してさらに確認した。図３Ｄは、甲状腺癌の様々なサブタイプにおけるＥｐ−ＩＣＤの核染色を示す。分析した全てのＡＴＣおよび１つのＰＤＰＴＣおよび１つのＰＤＦＴＣが核Ｅｐ−ＩＣＤ発現を示した。
【０２４１】
（甲状腺癌中でのＥｐＣＡＭの発現の定量的リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ分析）
浸潤性甲状腺癌および非浸潤性甲状腺癌におけるＥｐＣＡＭの示差的発現を、Ｑ−ＰＣＲにより転写レベルで決定した。図４は、甲状腺腫瘍および非悪性（組織学的には正常な）甲状腺組織中でのＥｐＣＡＭ転写物のレベルを示す。ＡＴＣは、ＦＴＣおよびＰＴＣと比較して極めて低いレベルのＥｐＣＡＭ転写物を示した。ＥｐＣＡＭ転写物と甲状腺癌の浸潤性との間では相関関係は観察されなかった。
【０２４２】
（ＥｐＥｘ、Ｅｐ−ＩＣＤ、およびβ−カテニンの発現の疾患の転帰との関連性）
カプラン・マイヤー生存性分析により、核Ｅｐ−ＩＣＤの発現を示している甲状腺癌患者について全生存率の低下が明らかになった（ｐ＜０．０００１、図５Ａ）。全生存率のメジアンは、核Ｅｐ−ＩＣＤを示さなかった患者についての１８５カ月と比較して、核Ｅｐ−ＩＣＤを示している患者においては５カ月であった。膜ＥｐＥｘの喪失を示している患者は、膜性発現を示している患者（メジアン＝１８５カ月）よりも短い全生存率（メジアン＝５カ月）を有していた（ｐ＜０．０００１、図５Ｂ）。核β−カテニンを示している患者は、核β−カテニンを示さなかった患者（メジアン＝１８５カ月）よりも短い全生存率（メジアン＝５カ月）を有していた（ｐ＝０．００１４、図５Ｃ）。Ｅｐ−ＩＣＤおよびβ−カテニンの両方の核発現を示している甲状腺癌患者は、それらを示さなかった患者（メジアン＝１８５カ月）よりも短い全生存率（メジアン＝５カ月）を有していた（ｐ＝０．００１４、図５Ｄ）。
【０２４３】
（浸潤性のヒト甲状腺癌細胞株中でのＥｐＥｘの細胞内局在化）
浸潤性のヒト甲状腺癌および非浸潤性のヒト甲状腺癌において観察されたＥｐＥｘとＥｐ−ＩＣＤの示差的な細胞内局在化を、インビトロで増殖させた甲状腺癌細胞株においてシミュレーションし、免疫組織化学により決定した。原形質膜に局在化した強いＥｐＥｘ免疫染色が、ＷＲＯ細胞、甲状腺髄様癌ＴＴ、および陽性対照である結腸癌細胞ＡＲＯ（これまではＡＴＣ細胞と考えられていた）において免疫組織化学により検出されたが、未分化甲状腺癌細胞（ＣＡＬ−６２）と低悪性度の甲状腺乳頭癌細胞（ＴＰＣ−１）の中では膜ＥｐＣＡＭ染色は検出されなかった（図６Ａ、パネルＩ）。これらの知見を免疫蛍光により確認した（図６Ａ、パネルＩＩＩ）。
【０２４４】
細胞質および核でのＥｐ−ＩＣＤ染色がＣＡＬ−６２細胞において観察され、比較して、ＷＲＯ細胞は、細胞質Ｅｐ−ＩＣＤとぼんやりした核染色を示した（図６Ｂ、パネルＩＩおよびＩＶ）。図６Ｂ、パネルＩＶに示したＥｐＥｘ染色とＥｐ−ＩＣＤ染色を統合した画像は、ＷＲＯ細胞中での強い膜染色とぼんやりした細胞質染色を示す。ＴＴ細胞中では、ＥｐＥｘは、膜中の細胞間接触部位に強い局所性の染色と、ぼんやりした細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ染色を示した。比較すると、未分化ＣＡＬ−６２細胞は、核および細胞質Ｅｐ−ＩＣＤ染色を示し、ＥｐＥｘ染色は示さなかったかまたはぼんやりしたＥｐＥｘ染色を示した。対照的に、非浸潤性の甲状腺乳頭癌細胞株ＴＰＣ−１は、検出できるほどのＥｐＥｘ染色またはＥｐ−ＩＣＤ染色を示さなかった。
【０２４５】
ウェスタンブロット分析により、ＡＲＯ、ＷＲＯ、およびＴＴ細胞中でのＥｐＥｘの顕著な過剰発現が裏付けられた。比較すると、低いＥｐＥｘレベルがＣＡＬ−６２細胞中で観察され、そしてＴＰＣ−１細胞中ではＥｐＥｘは検出されなかった（図６Ｃ）。
【０２４６】
Ｑ−ＰＣＲ分析は、癌細胞株の同じパネル中でＥｐＣＡＭ転写物のレベルにおいて顕著な差を示さなかった。図６Ｄは、ＡＲＯ、ＷＲＯ、ＴＴ、およびＣＡＬ−６２細胞中でのＥｐＣＡＭ／ＧＡＰＤＨ比を示す。転写物は、ＴＰＣ−１細胞中では定量化できなかった。
【０２４７】
（発癌性シグナルトランスデューサーとしてのＥｐＣＡＭ）
ＥｐＣＡＭの発癌性は、その細胞内ドメインの切り離しにより活性化されるとの説が提案されている。この細胞内ドメインは、Ｗｎｔ経路の構成要素の活性化により細胞の核にシグナルを伝達することができる。原形質膜からのＥｐＥｘ発現の喪失、細胞質での蓄積、および核への移動と、Ｗｎｔ経路の構成要素であるβ−カテニンの細胞内局在化および標的遺伝子（例えば、ｃ−ｍｙｃ）の発現との間に何らかの相関関係があるかどうかを決定するために、これらのタンパク質の発現を甲状腺癌細胞株の上記パネルにおいて分析した。図６Ｅおよび６Ｆは、ＷＲＯ細胞およびＡＲＯ細胞における、細胞間接触部位での強いＥｐＥｘの発現と、β−カテニンおよびｃ−ｍｙｃの細胞質および核での局在化を示すが、これらはＣＡＬ−６２、ＴＴ、およびＴＰＣ−１細胞中では示されない。
【０２４８】
（考察）
本研究の重要な発見は以下である：（ｉ）未分化甲状腺腫瘍は膜ＥｐＥｘの喪失を示したが、腫瘍細胞の細胞質と核においてはＥｐ−ＩＣＤの蓄積の増大を示し、これは、同時に起こるβ−カテニンの発現と並行して起こった。このことは、Ｅｐ−ＩＣＤが、これらの腫瘍において発癌性シグナルトランスデューサーとして作用し得、その結果である、β−カテニンを含むＷｎｔ経路の構成要素の活性化が、これらの腫瘍の迅速な増殖とそれらの予後不良の主な原因となり得ることを示唆している；（ｉｉ）ＥｐＥｘの膜での過剰発現が、高分化型濾胞性甲状腺癌および甲状腺乳頭癌の両方において観察されたが、分化の度合いが低い濾胞性甲状腺癌および甲状腺乳頭癌のサブセットは核Ｅｐ−ＩＣＤを示した；（ｉｉｉ）ＥｐＥｘは、培養物中の癌細胞、ＷＲＯ、およびＴＴの表面上で過剰発現されていたが、未分化甲状腺癌細胞（ＣＡＬ６２）と浸潤性が低い細胞ＴＰＣ−１においては膜上では検出されず、一方で、核Ｅｐ−ＩＣＤがＣＡＬ６２細胞中で検出された。これらは、臨床的知見を裏付けている。
【０２４９】
本研究は、Ｅｐ−ＩＣＤの細胞質ドメインに特異的な抗体を使用することについての最初の報告である。Ｅｐ−ＩＣＤの細胞質ドメインは、ＡＴＣ中でのその細胞質および核での蓄積が実証されている。ＥｐＣＡＭの調節された膜内タンパク質分解（ＲＩＰ）は、最近、Ｅｐ−ＩＣＤを産生するとの説が提案されている。Ｅｐ−ＩＣＤは、癌細胞においてＥｐＣＡＭシグナル伝達を導入し、Ｗｎｔタンパク質を活性化し、それにより、β−カテニンと標的遺伝子であるｃ−ｍｙｃおよびサイクリンＤ１の核内での蓄積の増加を生じることが示されている（Ｍｕｎｚら、２００９）。ＡＴＣ中での細胞質および核でのＥｐ−ＩＣＤとβ−カテニンの同時発現が、Ｅｐ−ＩＣＤシグナル伝達の活性化とその結果であるＷｎｔ経路の構成要素の活性化の主な原因がＡＴＣの迅速な増殖であり得ることを示唆していることが明らかにされている。
【０２５０】
β−カテニンは、標準的なＷｎｔ経路に関与しているシグナル伝達因子として重要な役割を担っている［Ｌｉ  Ｈら、２００２］。β−カテニンの核局在化は、口腔白板症における前癌性の変化に関与しており［Ｉｓｈｉｄａ  Ｋら、２００７］、ヒトの癌（結腸直腸癌、胃癌、および食道癌を含む）の悪性転換と関係があることが知られている［Ｍｏｒｉｎ  ＰＪ  １９９７，Ｏｇａｓａｗａｒａ  Ｎ  ２００６，Ｔａｋａｙａｍａ  Ｔ，１９９６，Ｚｈｏｕ  ＸＢ  ２００２］。標準的なＷｎｔシグナル伝達経路の活性化は、β−カテニンの核転座を生じ［Ｌｕｓｔｉｇ  Ｂ  ２００３］、したがって、核β−カテニンは活性な細胞増殖についてのマーカーである。膜性および細胞質性の発現とは対照的に、β−カテニンの核局在化は、腫瘍の進行に関与している。ＡＴＣにおける核でのβ−カテニン発現は、これらの腫瘍の浸潤性の性質の反映である。
【０２５１】
さらに、浸潤性甲状腺癌細胞株ＣＡＬ６２におけるインビトロでの知見は、Ｅｐ−ＩＣＤ、β−カテニン、およびｃ−ｍｙｃの同時局在化を示唆しており、これは、ＡＴＣ、ならびに、ＳＣＣ、ＰＤＰＴＣ、およびＰＤＦＴＣのサブセットの浸潤性の性質の主要な原因であり得る、発癌性のＥｐ−ＩＣＤシグナル伝達の活性化、Ｗｎｔ経路の構成要素の活性化、およびその標的タンパク質であるｃ−ｍｙｃの過剰発現を裏付けている。生存性についての分析データもまた、膜ＥｐＥｘの喪失と甲状腺癌患者の全生存率の低下との関係を明らかに示している（ｐ＜０．０００１）。さらに、核Ｅｐ−ＩＣＤの蓄積（ｐ＜０．０００１）および核β−カテニンの発現（ｐ＝０．００１４）は、単独で、またはＥｐ−ＩＣＤ（ｐ＝０．００１４）との併用において、これらのタンパク質の核での蓄積を示さなかったこれらの甲状腺癌患者（メジアン＝１８５カ月）と比較した、低い全生存率（メジアン＝５カ月）と関係があることが明らかになった。これは、浸潤性甲状腺癌についての悪い予測として、単独での、または核β−カテニンとの組み合わせにおける核Ｅｐ−ＩＣＤの臨床的重要性を強調している最初の報告である。
【０２５２】
甲状腺癌細胞株および原発性甲状腺腫瘍におけるインビトロでの知見は、高分化型甲状腺癌および分化の度合いが低い甲状腺癌の原形質膜中でのＥｐＥｘの過剰発現を示唆しており、免疫療法の標的としてのその可能性を強調している。初期の免疫組織化学的研究において、Ｅｎｓｉｎｇｅｒら（２００６）が、高分化型の甲状腺癌および分化の度合いが低い甲状腺癌においてＥｐＥｘの過剰発現を報告したが、分析した２２個のＡＴＣにおいては発現が観察されなかったことに注目すべきである。この結果もまた、ＭＯＣ−３１（Ｅｐ−ＣＡＭの細胞外ドメインを認識する抗体）を使用して、ＡＴＣにおける細胞表面からのＥｐＥｘの発現の喪失を確認する。ほとんどの高分化型および分化の度合いが低い濾胞性甲状腺癌ならびに甲状腺乳頭癌細胞の原形質膜上でのＥｐＥｘの過剰発現は、ＥｐＥｘを癌マーカーとして、ならびに免疫療法の標的としての理想的な候補とする。ＡＴＣ中での膜ＥｐＥｘの喪失とその核局在化は、新規の治療的アプローチがこれらの腫瘍においてＥｐ−ＩＣＤを標的化するために必要であることを示唆している。
【０２５３】
（結論）
結論として、浸潤性甲状腺癌（未分化甲状腺癌、およびいくつかの分化の度合いが低い甲状腺乳頭癌）における膜ＥｐＥｘの喪失とＥｐ−ＩＣＤの核での蓄積が明らかになった。それに付随する、これらの腫瘍における核β−カテニンの増大は、これらの腫瘍におけるＷｎｔ経路のシグナル伝達の活性化を示唆していた。さらに、膜ＥｐＥｘの喪失、またはＥｐ−ＩＣＤの核での蓄積は、単独で、あるいはβ−カテニンとの組み合わせにおいて、甲状腺癌患者の低い全生存率と関係があった。Ｅｐ−ＩＣＤは浸潤性甲状腺癌のマーカーとなり得、新規の治療薬の標的である可能性がある。
【０２５４】
（実施例２）
（ＥｐＣＡＭ  −  可能性がある治療標的）
ＶＢ４−８４５／ＶＢ６−８４５で処理した場合のＥｐＣＡＭ陽性甲状腺癌の細胞増殖の阻害
ＥｐＣＡＭ特異的免疫毒素であるＶＢ４−８４５／ＶＢ６−８４５の細胞増殖に対する効果を、甲状腺癌細胞株のパネルにおいて、ならびに、様々なレベルのＥｐＣＡＭの発現を持つ陽性対照である結腸癌細胞株において試験した。図７に示すように、ＭＴＴをベースとする細胞の生存性アッセイは、ＶＢ４−８４５が、ＷＲＯ細胞およびＡＲＯ細胞において増殖を阻害し、それぞれ、１ｐＭおよび０．７ｐＭのＩＣ５０を有していたことを示した。比較すると、甲状腺髄様癌株ＴＴは、この免疫毒素での処理に対してわずかに反応したが、乳頭状細胞株ＴＰＣ−１および未分化細胞株ＣＡＬ−６２は、検出できるほどの膜性ＥｐＣＡＭ発現がなく、ＶＢ４−８４５に対して非反応性であった。同様の結果が、ＶＢ６−８４５で処理した同じ細胞株においても観察された（未公開データ）。
【０２５５】
甲状腺癌細胞株におけるＶＢ４−８４５によるアポトーシスの誘導
ＦＡＣＳによる、ＶＢ４−８４５で処理した甲状腺癌細胞の細胞周期分析は、ＴＴ細胞およびＴＰＣ−１細胞と比較した、ＷＲＯ細胞および陽性対照であるＡＲＯ細胞中でのｓｕｂＧ０画分の顕著な増加が反映するアポトーシスの時間依存性誘導を示した。細胞株中でのＥｐＣＡＭの発現に対するＶＢ４−８４５の効果もまた、様々な濃度のＶＢ４−８４５での処理の前後に、ウェスタンブロッティングにより決定した。図８は、免疫毒素で処理したＷＲＯ細胞中でのＥｐＣＡＭの発現の用量依存性の減少を示す。ＥｐＣＡＭの発現は、未処理のＴＰＣ−１細胞またはＶＢ４−８４５で処理したＴＰＣ−１細胞中で検出されなかった。
【０２５６】
免疫毒素とＥｐＣＡＭの結合により生じたＶＢ４−８４５細胞傷害性
免疫毒素ＶＢ４−８４５は、抗ＥｐＣＡＭ単鎖可変断片をＰｓｅｕｏｄｏｍｏｎａｓ外毒素Ａの毒性と組み合わせた組み換え体融合タンパク質である。このタンパク質には、２つのヘキサヒスチジンタグが隣接している。フローサイトメトリーアッセイにより決定すると、ＶＢ４−８４５との２時間のインキュベーション後に、抗Ｈｉｓ抗体が、ＥｐＣＡＭの発現を示している細胞において検出された。
【０２５７】
ＴＰＣ−１細胞（１０６）を、６週齢のＳＣＩＤマウスに注射した。４週間後、１００μｌのＰＢＳ中の７．５ｕｇのＶＢ４を、２日毎にそれぞれの腫瘍について腫瘍の周囲に注射した。およそ２週間後、マウスを、主に大きすぎる腫瘍を理由として屠殺した。腫瘍の大きさを測定し、ＶＢ４での処理とＰＢＳでの処理との間で比較した。また、ＥｐＣＡＭの発現を、インビボおよびインビトロの両方でＴＰＣ−１についてスクリーニングした。腫瘍の大きさのばらつきの理由から、腫瘍の容積を割合（％）に変換した。ＶＢ４で処理した場合には、１０個の腫瘍のうちの４個が小さくなったが（図９（Ａ））、ＰＢＳ群においては、８個の腫瘍のうちの１つしか小さくならなかった（図９（Ｂ））。
【０２５８】
（実施例３）
以下の材料および方法を本実施例に記載する研究において利用した。
【０２５９】
（患者および組織検体）
本研究は、Ｍｏｕｎｔ  Ｓｉｎａｉ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｅｔｈｉｃｓ  Ｂｏａｒｄ，Ｔｏｒｏｎｔｏ，Ｃａｎａｄａにより承認された。ＩＨＣ分析については、正常な甲状腺組織（Ｎ＝９）、非腫瘍性過形成性／コロイド結節（Ｎ＝１）、甲状腺乳頭癌（ＰＴＣ、Ｎ＝８６）、濾胞性甲状腺癌（ＦＴＣ、Ｎ＝２）、分化の度合いが低いＰＴＣ（Ｎ＝１）、分化の度合いが低いＦＴＣ（Ｎ＝１）、甲状腺髄様癌（Ｎ＝３）、島状癌（Ｎ＝６）、ＳＣＣ（Ｎ＝４）、未分化の甲状腺癌（Ｎ＝１１）のアーカイブされた組織ブロックを腫瘍バンクから取り出し、病理学者により精査し、以下に記載するようにＥｐ−ＩＣＤ抗体およびＥｐＥｘ抗体（Ｍｏｃ３１）での免疫染色のための組織切片の切断に使用した。
【０２６０】
以下は、研究結果についての考察である。
【０２６１】
（散布図分析）
図１０〜１４の散布図は、分析した、正常な甲状腺組織と甲状腺腫瘍の９つのサブタイプにおける、Ｅｐ−ＩＣＤおよびＥｐＥｘの膜／細胞質／核の免疫組織化学染色スコアの分布を説明する。ＡＴＣ群とＳＣＣ群は、膜ＥｐＥｘ染色の顕著な減少を示し、４未満の平均スコアを有しており、島状癌は膜ＥｐＥｘの中程度の減少を示した。注目すべきは、ＡＴＣがＥｐＥｘの喪失を示し、１未満の膜ＩＨＣスコアを有していたことである（図１０）。正常な甲状腺組織の群と同様に、他の浸潤性が低い甲状腺腫瘍のサブタイプは高いＥｐＥｘ膜染色を示し、６を上回る平均ＩＨＣスコアを有していた（図１０）。ＥｐＥｘの細胞質染色についての観察においては（図１１）、正常な甲状腺の群と同様に、いくつかの浸潤性が低い甲状腺癌のサブタイプ（例えば、ＰＴＣ、ＦＴＣ）は、ＡＴＣ、ＳＣＣ、および島状癌のサブタイプを含むより浸潤性である甲状腺癌のサブタイプよりも高いＥｐＥｘ染色を示した。ＡＴＣ群は、検出できるほどの低いＥｐＥｘ染色を示さなかったか、またはぼんやりした免疫反応性を示した。
【０２６２】
重要なこととして、ＥｐＣＡＭの細胞内細胞質ドメイン（Ｅｐ−ＩＣＤ）に特異的な抗体を使用した場合の、膜染色を図１２に示し、図１３は、甲状腺腫瘍のサブタイプの全てにおいて、および正常な甲状腺の群においてもまた観察された４〜５のＩＨＣスコアの平均発現レベルを示す。核Ｅｐ−ＩＣＤ染色の増大（≧４のカットオフを上回る）が、試験した１１個のＡＴＣ組織ブロックのうちの１０個において観察され（図１４）、４．７の平均染色スコアを有していた。浸潤性が低いサブタイプであるＳＣＣ群においては、４個の症例のうちの２個が、４のカットオフに達する核Ｅｐ−ＩＣＤ染色を示した。８６個のＰＴＣ組織ブロック全てのうち、大部分の腫瘍が極めて低いＥｐＩＣＤ核染色を示し、０．６の平均スコアを有していた（表２）。これは正常な群と類似している。他のサブタイプ（例えば、ＨＰ、ＦＴＣ、ＰＤＰＴＣ、ＰＤＦＴＣ、ＭＴＣ、島状癌）は全て、低レベルのＥｐＩＣＤ核染色を示し、０〜２の間のＥｐ−ＩＣＤ核発現スコアを有していた（図１４）。
【０２６３】
（甲状腺腫瘍におけるＥｐ−ＩＣＤおよびＥｐＥｘの発現の免疫組織化学的分析）
比較した２つの腫瘍である甲状腺癌サブタイプ（甲状腺乳頭癌と未分化甲状腺癌）のうち（表２）、ＡＴＣ群は、陽性を決定するために≧４のカットオフを選択した場合には１１個の組織ブロックのうちの１０個において（９０．９％）核Ｅｐ−ＩＣＤ陽性を示したが、１１個の組織全てが、≦４のカットオフ値でＥｐＥｘの膜発現の喪失を示した。８６個のＰＴＣ組織のうちの１個だけ（１．２％）が核Ｅｐ−ＩＣＤ陽性を明らかに示した。ＰＴＣにおける４．５の高い核ＥｐＩＣＤスコアの病歴との相関関係は、患者がリンパ節転移の証拠がある３５歳の男性であったことを明らかにした。３の核Ｅｐ−ＩＣＤスコアを持つ別のＰＴＣ患者は、敗血症を伴う転移性膵臓癌を有していた。Ｅｐ−ＩＣＤ染色スコアとＥｐＥｘ  ＩＨＣ染色スコアは、ＰＴＣ群とＡＴＣ群との間で有意に異なっており、これにより、浸潤性甲状腺癌を非浸潤性甲状腺癌（ＴＣ）と識別した。
【０２６４】
（ＲＯＣ曲線分析）
ＲＯＣ曲線を、最も浸潤性である甲状腺癌のサブタイプＡＴＣを、最も頻繁に観察されたが非浸潤性である甲状腺癌のサブタイプＰＴＣから識別するために、膜ＥｐＥｘと核Ｅｐ−ＩＣＤについて作製した（図１５および１６）。ＲＯＣ分析の結果を表４にまとめる。≧４のカットオフで、核Ｅｐ−ＩＣＤの蓄積により、９０．９％の感度、９８．８％の特異性、そして０．９９３１のＡＵＣで、ＡＴＣをＰＴＣから識別した（図１５および表４）。これは、高レベルの核ＥｐＩＣＤの蓄積が、浸潤性甲状腺癌のサブタイプを他の非浸潤性甲状腺癌のサブタイプから識別するための優れた生体マーカーとなる可能性があることを示唆している。図１５および表５に示すように、核ＥｐＩＣＤのＩＨＣ染色スコアのカットオフを２．５〜４の間で選択すると、この生体マーカー（核ＥｐＩＣＤ）は、９０〜１００％の高い感度、および９５〜９８％の高い特異性で、ＡＴＣをＰＴＣから識別することができる。≦４のカットオフでは、膜ＥｐＥｘ発現の喪失によってもまた、１００％の高い感度、９８．８％の高い特異性、および０．９１４のＡＵＣ値で、ＡＴＣの症例全てをＰＴＣから識別することができた（図１６および表６）。陽性予想値は９１．６７％であり、陰性予想値は１００％である（図１６および表６）。図１６および表７に示すように、ＥｐＥｘ膜ＩＨＣ染色スコアのカットオフを３．５〜５の間で選択すると、この生体マーカー（膜ＥｐＥｘ）により、９０〜１００％の高い感度および９５〜１００％の高い特異性で、ＡＴＣをＰＴＣから識別することができる。
【０２６５】
（実施例４）
（フィリピン人の甲状腺癌の研究）
フィリピン人の集団について、甲状腺癌の発症率が高いことを観察し、これらの腫瘍はフィリピン人ではない患者よりも浸潤性が高かった。ＥｐＥｘとＥｐ−ＩＣＤの発現を、フィリピン人患者の浸潤性甲状腺癌と非浸潤性甲状腺癌において分析した。結果を以下に示す。
【０２６６】
（フィリピン人の甲状腺腫瘍におけるＥｐ−ＩＣＤの発現の免疫組織化学的分析）
比較した３つの腫瘍群のうち（表３）、浸潤性悪性腫瘍群は、１０個の組織のうちの７個において核Ｅｐ−ＩＣＤ陽性を示し、４のＩＨＣスコアカットオフ値で、１０個の組織のうちの６個がＥｐＥｘの膜発現の喪失を示した。分析した９個の良性腫瘍の症例と１１個の非浸潤性悪性腫瘍の症例のいずれにおいても、ＥｐＥｘの膜発現の喪失は観察されなかった。非浸潤性甲状腺癌は、核Ｅｐ−ＩＣＤ陽性を示さず、分析した９個の良性腫瘍のうちのわずか１つだけが核Ｅｐ−ＩＣＤ陽性を示した。図１７に示す顕微鏡写真は、良性甲状腺腫瘍（Ａ）および非浸潤性悪性腫瘍（Ｃ）における膜ＥｐＥｘ発現を示し、ＥｐＥｘの膜発現の喪失が、１０個の浸潤性悪性甲状腺腫瘍の症例の全てにおいていくつかの領域で観察された（Ｅ、Ｇ）。Ｅｐ−ＩＣＤ核発現が、浸潤性悪性甲状腺腫瘍（Ｆ、Ｈ）において観察されたが、良性腫瘍群および非浸潤性悪性腫瘍群においては観察されなかった（Ｂ、Ｄ）。
【０２６７】
（ボックスプロット分析）
図１８および１９の散布図、図２１Ａおよび２１Ｂ、ならびに図２２Ａおよび２２Ｂのボックスプロットは、分析したフィリピン人の甲状腺腫瘍の症例の３つの群（全部で３０の症例）における膜ＥｐＥｘ染色スコアと核Ｅｐ−ＩＣＤ染色スコアの分布を示した。核Ｅｐ−ＩＣＤ染色の増大（≧４のカットオフを上回る）は、試験した１０個の浸潤性悪性腫瘍のうちの７個において見られ（図２２Ｂ）、４．３の平均染色スコアを示していた。≧４のカットオフに達した核Ｅｐ−ＩＣＤ染色は、９個の良性腫瘍のうちではわずか１つにおいてしか観察されず、１１個の非浸潤性悪性腫瘍組織のいずれにおいても観察されなかった。試験した９個の良性甲状腺腫瘍組織の全ておよび１１個の非浸潤性悪性腫瘍の全てが、高レベルの膜ＥｐＥｘ染色を示し、およそ７の平均スコアを有している（図２１（Ａ））。膜ＥｐＥｘ発現の喪失は、浸潤性悪性腫瘍の症例の３分の２において観察された（図２２Ａ）。
【０２６８】
（ＲＯＣ曲線分析）
ＲＯＣ曲線を、悪性甲状腺腫瘍を良性腫瘍から識別するために（図２０Ａ、Ｂ）、また、浸潤性悪性腫瘍を非浸潤性腫瘍と識別するために（図２０Ｃ、Ｄ）、膜ＥｐＥｘと核Ｅｐ−ＩＣＤについて作製した。結果を含む関連するＲＯＣ分析を表８にまとめる。
【０２６９】
核Ｅｐ−ＩＣＤの蓄積により、３３．３３％の感度、８８．８９％の特異性、および０．７０３のＡＵＣ値で、悪性甲状腺腫瘍を良性腫瘍と識別した。核Ｅｐ−ＩＣＤの蓄積により、８０％の感度、１００％の特異性、１．０のＡＵＣで、浸潤性悪性甲状腺腫瘍を非浸潤性癌と識別した（表８）。膜ＥｐＥｘの発現の喪失により、２８．５７％の感度、１００％の特異性、および０．８５７のＡＵＣ値で、悪性甲状腺腫瘍を良性腫瘍から識別した。核Ｅｐ−ＩＣＤの蓄積により、６０％の感度、１００％の特異性、および０．９１４のＡＵＣで、浸潤性の悪性甲状腺腫瘍を非浸潤性癌から識別した（表８）。
【０２７０】
【表１】
0006048660.tif 000002
【０２７１】
【表２】
0006048660.tif 000003
【０２７２】
【表３】
0006048660.tif 000004
【０２７３】
【表４】
0006048660.tif 000005
【０２７４】
【表５】
0006048660.tif 000006
【０２７５】
【表６】
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【０２７６】
【表７】
0006048660.tif 000008
【０２７７】
【表８】
0006048660.tif 000009
刊行物についての完全な引用
【０２７８】
【化１】
0006048660.tif 000010
【０２７９】
【化２】
0006048660.tif 000011
本発明は、本明細書中に記載される特定の実施形態によって範囲が限定されることはない。そのような実施形態は、本発明の１つの態様の単に１つの例示と意図され、また、任意の機能的に等価な実施形態が本発明の範囲には含まれるからである。実際、本明細書中に示され、また、記載された改変に加えて、本発明の様々な改変が、前記の説明および添付されている図面から当業者には明らかであろう。そのような改変は、添付の特許請求の範囲の範囲内に含まれるように意図される。
【０２８０】
本明細書中で言及した全ての刊行物、特許および特許出願は、それぞれの個々の刊行物、特許または特許出願が、その全体が言及により組み込まれたことが具体的かつ個々に示されているかのようにそれと同じ程度に、それらの全体が言及により組み込まれる。本明細書中で言及した全ての刊行物、特許、および特許出願は、それらの中で報告されている、本発明と一緒に使用され得る抗体、方法論などを記載および開示する目的のために、言及により本明細書中に組み込まれたこととする。本明細書中の事項はいずれも、本発明に、先の発明によるそのような開示が先行することの認識として解釈すべきではない。
【０２８１】
（配列表）
配列番号１
ＮＰ＿００２３４５
【０２８２】
【化３】
0006048660.tif 000012
配列番号２
ヒト上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ｍＲＮＡ
アクセッション  ＮＭ＿００２３５４
【０２８３】
【化４】
0006048660.tif 000013
配列番号３
【０２８４】
【化５】
0006048660.tif 000014
配列番号４
【０２８５】
【化６】
0006048660.tif 000015
配列番号５
【０２８６】
【化７】
0006048660.tif 000016
配列番号６
【０２８７】
【化８】
0006048660.tif 000017
配列番号７
β−カテニンＳｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ：Ｐ３５２２２．１およびＧｅｎｂａｎｋ  ＮＰ＿００１０９１６７９
【０２８８】
【化９】
0006048660.tif 000018
配列番号８
β−カテニンｍＲＮＡ  ＮＭ＿００１９０４．３（ヒト）
【０２８９】
【化１０】
0006048660.tif 000019
【０２９０】
【化１１】
0006048660.tif 000020
配列番号９
ＮＭ＿００１０９８２０９  ｍＲＮＡ  直鎖状ヒトカテニン（カドヘリン結合タンパク質）、β１、８８ｋＤａ
【０２９１】
【化１２】
0006048660.tif 000021
配列番号１０
ＮＭ＿００１０９８２１０  ｍＲＮＡ  直鎖状ヒトカテニン（カドヘリン結合タンパク質）、β１、
【０２９２】
【化１３】
0006048660.tif 000022
【図３−１】
0006048660.tif 000023
【図３−２】
0006048660.tif 000024
【図３−３】
0006048660.tif 000025
【図３−４】
0006048660.tif 000026
【図３−５】
0006048660.tif 000027
【図３−６】
0006048660.tif 000028
【図３−７】
0006048660.tif 000029
【図１０】
0006048660.tif 000030
【図１１】
0006048660.tif 000031
【図１２】
0006048660.tif 000032
【図１３】
0006048660.tif 000033
【図１４】
0006048660.tif 000034
【図１８】
0006048660.tif 000035
【図１９】
0006048660.tif 000036
【図１】
0006048660.tif 000037
【図２】
0006048660.tif 000038
【図３−８】
0006048660.tif 000039
【図４】
0006048660.tif 000040
【図５Ａ】
0006048660.tif 000041
【図５Ｂ】
0006048660.tif 000042
【図５Ｃ】
0006048660.tif 000043
【図５Ｄ】
0006048660.tif 000044
【図６Ａ】
0006048660.tif 000045
【図６Ｂ】
0006048660.tif 000046
【図６Ｃ】
0006048660.tif 000047
【図６Ｄ】
0006048660.tif 000048
【図６Ｅ】
0006048660.tif 000049
【図６Ｆ】
0006048660.tif 000050
【図７−１】
0006048660.tif 000051
【図７−２】
0006048660.tif 000052
【図７−３】
0006048660.tif 000053
【図８】
0006048660.tif 000054
【図９Ａ】
0006048660.tif 000055
【図９Ｂ】
0006048660.tif 000056
【図１５】
0006048660.tif 000057
【図１６】
0006048660.tif 000058
【図１７】
0006048660.tif 000059
【図２０】
0006048660.tif 000060
【図２１】
0006048660.tif 000061
【図２２】
0006048660.tif 000062
【配列表】
0006048660000001.app