(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
被検体におけるループスを同定する方法であって、被験体由来の生物学的試料中で、少なくとも一の全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）リスク遺伝子座においてバリエーションの存在を検出することを含み、ここで、少なくとも一のＳＬＥリスク遺伝子座が、ＴＮＩＰ１を含み、ここで、ＴＮＩＰ１でのバリエーションが、配列番号：７８に示された塩基配列におけるｒｓ７７０８３９２での一塩基多型（ＳＮＰ）のシトシン対立遺伝子であって、被検体がループスへの罹患を疑われている、方法。
【請求項２】
ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在を検出することをさらに含み、ここで、ＢＬＫにおけるバリエーションが、配列番号：１３に示された塩基配列におけるｒｓ９２２４８３での一塩基多型（ＳＮＰ）のチミン対立遺伝子である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも一の遺伝子座が、ＰＲＤＭ１をさらに含み、そして、ＰＲＭＤ１でのバリエーションが、配列番号：７９に示された塩基配列におけるｒｓ６５６８４３１でのＳＮＰのアデニン対立遺伝子である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも一の遺伝子座が、ＪＡＺＦ１をさらに含み、そして、ＪＡＺＦ１でのバリエーションが、配列番号：８０に示された塩基配列におけるｒｓ８４９１４２でのＳＮＰのチミン対立遺伝子である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
少なくとも一の遺伝子座が、ＵＨＲＦ１ＢＰ１をさらに含み、そして、ＵＨＲＦ１ＢＰ１でのバリエーションが、配列番号：８１に示された塩基配列におけるｒｓ１１７５５３９３でのＳＮＰのグアニン対立遺伝子である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも一の遺伝子座が、ＩＬ１０をさらに含み、そして、ＩＬ１０でのバリエーションが、配列番号：８２に示された塩基配列におけるｒｓ３０２４５０５でのＳＮＰのアデニン対立遺伝子である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
少なくとも一の遺伝子座が、ＩＦＩＨ１をさらに含み、そして、ＩＦＩＨ１でのバリエーションが、配列番号：８３に示された塩基配列におけるｒｓ１９９０７６０でのＳＮＰのチミン対立遺伝子である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
少なくとも一の遺伝子座が、ＣＦＢをさらに含み、そして、ＣＦＢでのバリエーションが、配列番号：８４に示された塩基配列におけるｒｓ６４１１５３でのＳＮＰのグアニン対立遺伝子である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
少なくとも一の遺伝子座が、ＣＬＥＣ１６Ａをさらに含み、そして、ＣＬＥＣ１６Ａでのバリエーションが、配列番号：８５に示された塩基配列におけるｒｓ１２７０８７１６でのＳＮＰのアデニン対立遺伝子である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも一の遺伝子座が、ＩＬ１２Ｂをさらに含み、そして、ＩＬ１２Ｂでのバリエーションが、配列番号：８６に示された塩基配列におけるｒｓ６８８７６９５でのＳＮＰのグアニン対立遺伝子である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
ループス治療剤へのループスを有する被検体の応答性を予測するための方法であって、バリエーションの存在が被験体がループス治療薬に応答するであろうことを示す、請求項１から１０の何れか一項に記載の方法。
【請求項１２】
被検体にループスを発症するリスクがあるかどうかを評価する方法であって、被検体由来の生物学的試料中において、ループスを発症するリスクを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが、ＴＮＩＰ１と、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、ＩＬ１０、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３からなる群から選択される二の遺伝子座とを含む少なくとも３つの全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）リスク遺伝子座でバリエーションを含み、ここで、
ＴＮＩＰ１でのバリエーションが、配列番号：７８に示された塩基配列におけるｒｓ７７０８３９２での一塩基多型（ＳＮＰ）のシトシン対立遺伝子であって、
ＰＲＤＭ１でのバリエーションが、配列番号：７９に示された塩基配列におけるｒｓ６５６８４３１でのＳＮＰのアデニン対立遺伝子であって、
ＪＡＺＦ１でのバリエーションが、配列番号：８０に示された塩基配列におけるｒｓ８４９１４２でのＳＮＰのチミン対立遺伝子であって、
ＵＨＲＦ１ＢＰ１でのバリエーションが、配列番号：８１に示された塩基配列におけるｒｓ１１７５５３９３でのＳＮＰのグアニン対立遺伝子であって、
ＩＬ１０でのバリエーションが、配列番号：８２に示された塩基配列におけるｒｓ３０２４５０５でのＳＮＰのアデニン対立遺伝子であって、
ＩＦＩＨ１でのバリエーションが、配列番号：８３に示された塩基配列におけるｒｓ１９９０７６０でのＳＮＰのチミン対立遺伝子であって、
ＣＦＢでのバリエーションが、配列番号：８４に示された塩基配列におけるｒｓ６４１１５３でのＳＮＰのグアニン対立遺伝子であって、
ＣＬＥＣ１６Ａでのバリエーションが、配列番号：８５に示された塩基配列におけるｒｓ１２７０８７１６でのＳＮＰのアデニン対立遺伝子であって、及び
ＩＬ１２Ｂでのバリエーションが、配列番号：８６に示された塩基配列におけるｒｓ６８８７６９５でのＳＮＰのグアニン対立遺伝子である、方法。
【請求項１３】
ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在を検出することをさらに含み、ここで、ＢＬＫでのバリエーションが、配列番号：１３に示された塩基配列におけるｒｓ９２２４８３での一塩基多型（ＳＮＰ）のチミン対立遺伝子である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
検出が、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む、請求項１から１３の何れか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願とのクロスリファレンス）
この出願は、その内容を出典明示によりここに援用する２００９年１０月７日出願の米国仮出願第６１／２７８５１０号の優先権を主張する。
【０００２】
（配列表）
本出願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩフォーマットで提示され、その内容を出典明示によりここに援用する配列表を含む。２０１０年１２月２７日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーはＰ４３２５Ｒ１Ｗ．ｔｘｔと命名され、５７８９６バイトのサイズである。
【０００３】
（技術分野）
進行性ループスの危険性を同定し、診断し、予後予測する方法、並びにループスを治療する方法が提供される。また提供されるものは、効果的なループス治療剤を同定し、ループス治療剤に対する応答性を予測する方法である。
【背景技術】
【０００４】
ループスは、主に２０〜４０歳の女性の、ほぼ１００万人のアメリカ人が罹患していると推定される自己免疫疾患である。ループスは結合組織を攻撃する抗体を伴う。ループスの主な態様は全身性のもの（全身性エリテマトーデス；ＳＬＥ）である。ＳＬＥは強い遺伝的な要素だけでなく環境的要素を持つ慢性的な自己免疫疾患である（例えば、Hochberg MC, Dubois' Lupus Erythematosus. 5版, Wallace DJ, Hahn BH, eds. Baltimore: Williams and Wilkins (1997)；Wakeland EK等, Immunity 2001;15(3):397-408; Nath SK等, Curr. Opin. Immunol. 2004;16(6):794-800; D’Cruz等, Lancet (2007), 369:587-596を参照）。限定するものではないが、皮膚エリテマトーデス（ＣＬＥ）、ループス腎炎（ＬＮ）、及び新生児ループスを含む様々な更なる型のループスが知られている。
【０００５】
未処置のループスは、皮膚と関節の侵襲から肺、心臓、及び腎臓（腎臓疾患が一番の問題）を含む内部臓器に進行するので、致死的になり得、よってループスの早期の精確な診断及び／又はその発症のリスクの評価が特に重要になる。ループスは、主に、徴候を殆どもしくは全く示さない期間をはさんで、連続して再燃するように思われる。尿中のタンパク尿の量で測定される腎臓損傷は、ＳＬＥの病原に関連した最も急性の損傷部位の一つであり、疾患の死亡率及び罹患率の少なくとも５０％を占める。
【０００６】
臨床的には、ＳＬＥは高親和性の自己抗体（ａｕｔｏＡｂｓ）によって特徴づけられる不均一な疾患である。自己抗体（ａｕｔｏＡｂｓ）はＳＬＥの病理発生において重要な役割を果たしており、疾患の多様な臨床上の症状は、腎臓、脳及び皮膚の炎症へ至る、血管内における抗体含有免疫複合体の沈着が原因である。自己抗体は溶血性貧血及び血小板減少症を引き起こす直接的な病原作用も併せ持つ。ＳＬＥは抗核抗体の産生、免疫複合体の循環、補体系の活性化を伴う。ＳＬＥは、２０から６０歳の女性７００人中およそ１人に発病する。ＳＬＥは何れの臓器系にも作用し、重症の組織損傷を引き起こしうる。特異性が様々な数多くの自己抗体がＳＬＥにおいて存在する。ＳＬＥ患者は、抗ＤＮＡ、抗Ｒｏ、及び抗血小板特異性を有し、例えば糸球体腎炎、関節炎、漿膜炎、新生児の完全心ブロック及び血液学的な異常のような疾患の臨床症状を惹起しうる自己抗体をしばしば産生する。これらの自己抗体は、おそらく中枢神経系障害にも関連しうる。Arbuckle等は、ＳＬＥの臨床発症前の自己抗体の発生を記述している（Arbuckle等 N. Engl. J. Med. 349(16): 1526-1533 (2003)）。ＳＬＥを含むループスの確定診断は容易ではなく、多因子徴候及び症状ベースの分類アプローチに応じて、臨床医によりなされる(Gill等, American Family Physician 68(11): 2179-2186(2003))。
【０００７】
ループスのような複合自己免疫疾患の臨床管理における最も困難なものの一つは、患者における疾患の精確で早期の同定である。長年にわたって、ＳＬＥ易罹患性に寄与すると考えられる多くの連鎖及び候補遺伝子が同定されている。ＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子ＤＲＢ１*０３０１及びＤＲＢ１*１５０１を担持するハプロタイプは、疾患、並びに核自己抗原に対する抗体の存在に明らかに関連している。例えば、Goldberg MA等, Arthritis Rheum. 19(2):129-32 (1976)；Graham RR等, Am J Hum Genet. 71(3):543-53 (2002)；及びGraham RR等, Eur J Hum Genet. 15(8):823-30 (2007)を参照。インターフェロン調節因子５(ＩＲＦ５)及びシグナル伝達性転写因子４(ＳＴＡＴ４)は、ＳＬＥに対する有意な危険因子であることが発見されている。例えば、Sigurdsson S等, Am J Hum Genet. 76(3):528-37 (2005)；Graham RR等, Nat Genet. 38(5):550-55 (2006)；Graham RR等, Proc Natl Acad Sci USA 104(16):6758-63 (2007)；及びRemmers EF等, N Engl J Med. 357(10):977-86 (2007)を参照。ＳＬＥの危険性のある遺伝子としてのＩＲＦ５及びＳＴＡＴ４の同定は、ある例では、Ｉ型インターフェロン(ＩＦＮ)経路が、ＳＬＥの病理発生において重要な役割を果たしていることを支持している。Ｉ型ＩＦＮはＳＬＥ症例の血清中に存在し、ＩＦＮの産生がＡｂと免疫複合体を含む核酸の存在に関連している (Ronnblom等, J Exp Med 194:F59 (2001)に概説; また、Baechler EC等, Curr Opin Immunol. 16(6):801-07 (2004)；Banchereau J等, Immunity 25(3):383-92 (2006)；Miyagi等, J Exp Med 204(10):2383-96 (2007)を参照)。ＳＬＥ症例の大部分は、血球細胞中に顕著なＩ型ＩＦＮ遺伝子発現「サイン」を示し(Baechler等, Proc Natl Acad Sci USA 100:2610 (2003)；Bennett等, J Exp Med 197:711 (2003))、血清中のＩＦＮ誘導性サイトカイン及びケモカインの量が上昇している（Bauer等., PLoS Med 3:e491 (2006)）。天然ＤＮＡ及びＲＮＡを含む免疫複合体は、樹上細胞及びＢ細胞によって発現されるトール様レセプター（ＴＬＲｓ）７及び９を刺激してＩ型インターフェロンを産生せしめ、それが免疫複合体形成を更に刺激する（Marshak-Rothstein等, Annu Rev Immunol 25, 419 (2007)に概説）。
【０００８】
さらに、多くの研究では、診断及び予防目的で信頼のおけるバイオマーカーを同定することが実施されている。しかしながら、ＳＬＥ罹患率に寄与すると考えられている多くの候補遺伝子及び対立遺伝子(変異体)は同定されているが、ＳＬＥの病態生理学的側面、臨床活動、治療に対する応答、予後、又は疾患を発症する危険性を、臨床医等が正確に定義することのできる臨床的に有効な診断マーカー、例えばバイオマーカーは同定されていない。例えば、ヨーロッパ子孫の個体においてＳＬＥのリスクに寄与する少なくとも１３の共通の対立遺伝子が報告されている(Kyogoku等, Am J Hum Genet 75(3):504-7 (2004)；Sigurdsson等, Am J Hum Genet 76(3):528-37 (2005)；Graham等, Nat Genet 38(5):550-55 (2006)；Graham等, Proc Natl Acad Sci U S A 104(16):6758-63 (2007)；Remmers等, N Engl J Med 357(10):977-86 (2007)；Cunninghame Graham等, Nat Genet 40(1):83-89 (2008)；Harley等, Nat Genet 40(2):204-10 (2008)；Hom等, N Engl J Med 358(9):900-9 (2008)；Kozyrev等, Nat Genet 40(2):211-6 (2008)；Nath等, Nat Genet 40(2):152-4 (2008)；Sawalha等, PLoS ONE 3(3):e1727 (2008))。推定の関係ある対立遺伝子はＨＬＡ-ＤＲ３、ＨＬＡ-ＤＲ２、ＦＣＧＲ２Ａ、ＰＴＰＮ２２、ＩＴＧＡＭ及びＢＡＮＫ１に対して知られており（Kyogoku等, Am J Hum Genet 75(3):504-7 (2004)；Kozyrev等, Nat Genet 40(2):211-6 (2008)；Nath等, Nat Genet 40(2):152-4 (2008)）、一方でＩＲＦ５、ＴＮＦＳＦ４及びＢＬＫに対するリスクハロタイプがｍＲＮＡ及びタンパク質発現レベルに影響することによって、ＳＬＥに寄与している可能性がある（Sigurdsson等, Am J Hum Genet 76(3):528-37 (2005)；Graham等, Nat Genet 38(5):550-55 (2006)；Graham等, Proc Natl Acad Sci U S A 104(16):6758-63 (2007)；Cunninghame Graham等, Nat Genet 40(1):83-89 (2008)；Hom等, N Engl J Med 358(9):900-9 (2008)）。ＳＴＡＴ４、ＫＩＡＡ１５４２、ＩＲＡＫ１、ＰＸＫ、及び他の遺伝子、例えばＢＬＫに対する因果関係のある対立遺伝子は確定されていない（Remmers等,N Engl J Med 357(10):977-86 (2007)；Harley等, Nat Genet 40(2):204-10 (2008)；Hom等, N Engl J Med 358(9):900-9 (2008)；Sawalha等, PLoS ONE 3(3):e1727 (2008)）。また、ループスに関連したこれら及び他の遺伝的変異は、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６４４３０号（国際公開第２００８／１４４７６１号）に記載されている。ＳＬＥリスク及び今日までに記載されている疾患の種々の局面に対する、このような遺伝的変異の寄与が重要である一方、遺伝的変異の寄与についてのさらなる情報、例えばＳＬＥの顕著な臨床的不均一性は、決定されたままである。
【０００９】
従って、患者における疾患の存在を客観的に同定し、及び／又は疾患を分類し、ループスの病態生理学的な側面、臨床活動、治療に対する応答、予後、及び／又はループスを発症する危険性を定義するために使用することができる、付加的な分子ベースの診断方法があれば非常に有利となるであろう。加えて、疾患の様々な臨床上及び／又は病態生理学的及び／又は他の生物学的な指標に関連する分子ベースの診断マーカーがあれば有利となるであろう。よって、ループス並びに他の自己免疫疾患に関連した新規リスク遺伝子座及び多型を同定することが必要とされている。そのような連関性は、患者におけるループスの存在の同定又は疾患を発症する易罹患性の判定に多大な利益となるであろう。そのような連関性は、病態生理学的なループスの側面や、臨床活動、治療への応答性又は予後の同定にも役立つであろう。更に、そのような連関性に関する統計学的及び生物学的に有意かつ再現性のある情報は、例えば治療剤がこのような特定のループス患者の亜集団において治療的利点があるか又はあることが臨床研究で示されている場合に、特定の治療剤による治療により顕著な利益を受けると期待される特定の患者のサブセットを同定する努力における不可欠な要素として利用できる。
【００１０】
ここに記載した発明は上述の要望に応え、他の利益を提供するものである。
【００１１】
特許出願及び刊行物を含むここで引用される全ての文献は、あらゆる目的のために出典明示によってその全体を援用する。
【発明の概要】
【００１２】
本方法は、ＳＬＥに関連し、疾患リスクに挙する新規の遺伝子座のセット（ＳＬＥリスク遺伝子座）の発見に少なくとも部分的に基づく。また、ＳＬＥリスク遺伝子座に関連する対立遺伝子（アレル）のセットが提供される。さらに、ＳＬＥリスクを増加させる生物学的効果に関連した、ＢＬＫ遺伝子座内の関係ある対立遺伝子も含まれる。またさらに、他の自己免疫疾患及び増加するＳＬＥリスクに関連したリスク遺伝子座が提供される。
【００１３】
一態様では、被検体におけるループスを同定する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座のバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここでＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションが一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、被検体はループスへの罹患が疑われている方法が提供される。一実施態様では、検出は、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む。
【００１４】
他の態様では、被検体におけるループスを同定する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、被検体はループスへの罹患が疑われている方法が提供される。ある実施態様では、バリエーションは少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１３遺伝子座、又は２６遺伝子座において検出される。一実施態様では、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される。一実施態様では、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションは表４に記載されたＳＮＰを含む。ある実施態様では、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションで、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっているバリエーションの存在が、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在と組合せて検出され、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである。一実施態様では、検出は、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む。
【００１５】
さらなる他の態様では、被検体におけるループスを同定する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、被検体はループスへの罹患が疑われている方法が提供される。ある実施態様では、バリエーションは少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座において検出される。一実施態様では、少なくとも１の遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。一実施態様では、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションは表６に記載されたＳＮＰを含む。ある実施態様では、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションで、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっているバリエーションの存在が、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在と組合せて検出され、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである。一実施態様では、検出は、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む。
【００１６】
さらなる他の態様では、被検体におけるループスを同定する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで各々の遺伝子座におけるバリエーションが、それぞれ表４及び表６に記載された各々の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、被検体はループスへの罹患が疑われている方法が提供される。ある実施態様では、バリエーションは少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも７遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座において検出される。一実施態様では、表４に記載された少なくとも１の遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択され、表６に記載された少なくとも１の遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。一実施態様では、表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーション、及び表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションは、各々表４及び６に記載されたＳＮＰを含む。ある実施態様では、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションで、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっているバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションで、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっているバリエーションの存在が、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在と組合せて検出され、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである。一実施態様では、検出は、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む。
【００１７】
他の態様では、ループス治療剤へのループスの被検体の応答性を予測するための方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここでＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８２における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す方法が提供される。
【００１８】
他の態様では、ループス治療剤へのループスの被検体の応答性を予測するための方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す方法が提供される。ある実施態様では、被検体は、少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１３遺伝子座、又は２６遺伝子座におけるバリエーションを含む。一実施態様では、少なくとも１の遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される。一実施態様では、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションは表４に記載されたＳＮＰを含む。ある実施態様では、本方法は表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションと組合せて、表４に記載された少なくとも１の遺伝子剤に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す。
【００１９】
さらなる他の態様では、ループス治療剤へのループスの被検体の応答性を予測するための方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す方法が提供される。ある実施態様では、被検体は、少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座におけるバリエーションを含む。一実施態様では、少なくとも１の遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。一実施態様では、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションは表６に記載されたＳＮＰを含む。ある実施態様では、本方法は表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションと組合せて、表６に記載された少なくとも１の遺伝子剤に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す。
【００２０】
さらなる態様では、ループス治療剤へのループスの被検体の応答性を予測するための方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、また少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す方法が提供される。ある実施態様では、被検体は、少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも７遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座におけるバリエーションを含む。一実施態様では、表４に記載された少なくとも１の遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択され、表６に記載された少なくとも１の遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。一実施態様では、表４に記載された少なくとも１の遺伝子座、及び表６に記載された少なくとも１の遺伝子座は、各々表４及び表６に記載されたＳＮＰを含む。ある実施態様では、本方法は、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここで、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションと組合せて、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表４に記載された少なくとも１の遺伝子剤に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表６に記載された少なくとも１の遺伝子剤に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す。
【００２１】
さらに他の態様では、被検体においてループスを診断し又は予後予測する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここでＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法が提供される。
【００２２】
またさらなる態様では、被検体においてループスを診断し又は予後予測する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表４に記載されたＳＮＰを含むか、又は該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し；少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法が提供される。ある実施態様では、バリエーションは少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１３遺伝子座、又は２６遺伝子座において検出される。一実施態様では、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される。ある実施態様では、本方法は、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションと組合せて、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；表４に記載された少なくとも一の遺伝子座におけるバリエーションが、表４に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である。
【００２３】
またさらなる態様では、被検体においてループスを診断し又は予後予測する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、又は該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し；少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法が提供される。ある実施態様では、バリエーションは少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座において検出される。一実施態様では、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。ある実施態様では、本方法は、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在と組合せて、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；表６に記載された少なくとも一の遺伝子座におけるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である。
【００２４】
またさらなる他の態様では、被検体においてループスを診断し又は予後予測する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、各々表４及び６に記載されたＳＮＰを含むか、又は該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し；表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法が提供される。ある実施態様では、バリエーションは少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも７遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座において検出される。一実施態様では、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択され、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。ある実施態様では、本方法は、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在と組合せて、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表４に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し、表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である。
【００２５】
他の態様では、被検体におけるループスの診断又は予後を助ける方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここでＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法が提供される。
【００２６】
またさらなる他の態様では、被検体においてループスの診断又は予後を助ける方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表４に記載されたＳＮＰを含むか、又は該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し；少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法が提供される。ある実施態様では、バリエーションは少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１３遺伝子座、又は２６遺伝子座において検出される。一実施態様では、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される。ある実施態様では、本方法は、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションと組合せて、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；表４に記載された少なくとも一の遺伝子座におけるバリエーションが、表４に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である。
【００２７】
またさらなる態様では、被検体においてループスの診断又は予後を助ける方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、又は該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し；少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法が提供される。ある実施態様では、バリエーションは少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座において検出される。一実施態様では、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。ある実施態様では、本方法は、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在と組合せて、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；表６に記載された少なくとも一の遺伝子座におけるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である。
【００２８】
またさらなる態様では、被検体においてループスの診断又は予後を助ける方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、各々表４及び６に記載されたＳＮＰを含むか、又は該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し；表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法が提供される。ある実施態様では、バリエーションは少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも７遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座において検出される。一実施態様では、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択され、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。ある実施態様では、本方法は、ＢＬＫ ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在と組合せて、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を検出することを含み、ここで：生物学的試料は、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及び表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーション、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表４に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し、表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応するヌクレオチド位置に位置し、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションがＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、表４に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及び表６に記載された少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在、及びＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である。
【００２９】
一態様では、被検体のループス症状を治療する方法において、遺伝的変異がＳＬＥリスク遺伝子座におけるＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に存在することが知られており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、該症状を治療するのに効果的な治療剤を被検体に投与することを含む方法が提供される。
【００３０】
他の態様では、被検体のループス症状を治療する方法において、遺伝的変異が表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表４に記載されたＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に存在することが知られており、該症状を治療するのに効果的な治療剤を被検体に投与することを含む方法が提供される。一実施態様において、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される。
【００３１】
他の態様では、被検体のループス症状を治療する方法において、遺伝的変異が表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表６に記載されたＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に存在することが知られており、該症状を治療するのに効果的な治療剤を被検体に投与することを含む方法が提供される。一実施態様において、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。
【００３２】
他の態様では、ループス症状の被検体を治療する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座におけるＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に遺伝的変異がある被検体の症状の治療に有効な治療剤を被検体に投与し、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである方法が提供される。
【００３３】
さらなる他の態様では、ループス症状の被検体を治療する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表４に記載されたＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に遺伝的変異がある被検体の症状の治療に有効な治療剤を被検体に投与することを含む方法が提供される。一実施態様において、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される。
【００３４】
さらなる他の態様では、ループス症状の被検体を治療する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表６に記載されたＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に遺伝的変異がある被検体の症状の治療に有効な治療剤を被検体に投与することを含む方法が提供される。一実施態様において、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。
【００３５】
さらなる他の態様では、ループス症状の被検体を治療する方法において、少なくとも１の臨床試験において前記症状を治療するのに効果的であることが示された治療剤を被検体に投与することを含み、ここで、治療剤が、ＳＬＥリスク遺伝子においてＳＮＰに対応するヌクレオチド位置にそれぞれ遺伝的変異がある少なくとも５人のヒト被検体に投与され、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである方法が提供される。
【００３６】
さらなる他の態様では、ループス症状の被検体を治療する方法において、少なくとも１の臨床試験において前記症状を治療するのに効果的であることが示された治療剤を被検体に投与することを含み、ここで、治療剤が、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、表４に記載されたＳＮＰに対応したヌクレオチド位置にそれぞれ遺伝的変異がある少なくとも５人のヒト被検体に投与される方法が提供される。一実施態様において、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される。
【００３７】
さらなる他の態様では、ループス症状の被検体を治療する方法において、少なくとも１の臨床試験において前記症状を治療するのに効果的であることが示された治療剤を被検体に投与することを含み、ここで、治療剤が、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、表６に記載されたＳＮＰに対応したヌクレオチド位置にそれぞれ遺伝的変異がある少なくとも５人のヒト被検体に投与される方法が提供される。一実施態様において、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。
【００３８】
他の態様では、ループス治療剤を製造することを含む方法において、ループスであるか又はループスであると思われ、ＳＬＥリスク遺伝子座においてＳＮＰに対応する位置に遺伝的変異を有する被検体に薬剤を投与するための指示書と共に薬剤を包装し、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである方法が提供される。
【００３９】
さらなる他の態様では、ループス治療剤を製造することを含む方法において、ループスであるか又はループスであると思われ、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、表４に記載されたＳＮＰに対応する位置に遺伝的変異を有する被検体に薬剤を投与するための指示書と共に薬剤を包装する方法が提供される。
【００４０】
またさらなる態様では、ループス治療剤を製造することを含む方法において、ループスであるか又はループスであると思われ、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、表６に記載されたＳＮＰに対応する位置に遺伝的変異を有する被検体に薬剤を投与するための指示書と共に薬剤を包装する方法が提供される。
【００４１】
一態様では、ループス治療剤での治療のためにループスに罹患している患者を選択する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座におけるＳＮＰに対応するヌクレオチド位置における遺伝的変異の存在を検出することを含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである方法が提供される。一実施態様では、検出は、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む。
【００４２】
さらなる態様では、ループス治療剤での治療のためにループスに罹患している患者を選択する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表４に記載されたＳＮＰに対応するヌクレオチド位置における遺伝的変異の存在を検出することを含む方法が提供される。ある実施態様では、バリエーションは少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１３遺伝子座、又は２６遺伝子座において検出される。一実施態様では、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される。一実施態様では、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションは表４に記載されたＳＮＰを含む。一実施態様では、検出は、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む。
【００４３】
さらなる態様では、ループス治療剤での治療のためにループスに罹患している患者を選択する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表６に記載されたＳＮＰに対応するヌクレオチド位置における遺伝的変異の存在を検出することを含む方法が提供される。ある実施態様では、バリエーションは少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座において検出される。一実施態様では、少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座は、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。一実施態様では、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションは表６に記載されたＳＮＰを含む。一実施態様では、検出は、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む。
【００４４】
他の態様では、被検体にループスを発症するリスクがあるかどうかを評価する方法において、被検体から得た生物学的試料中において、ループスを発症するリスクを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが少なくとも３つのＳＮＰｓのセットを含み、各ＳＮＰが表４及び／又は表６に記載されたＳＬＥリスク遺伝子座で生じている方法が提供される。ある実施態様では、遺伝的サインは、少なくとも４つのＳＮＰ、又は少なくとも５つのＳＮＰ、又は少なくとも７つのＳＮＰ、又は少なくとも１０のＳＮＰのセットを含む。一実施態様では、ＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、ＩＬ１０、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。ある実施態様では、遺伝的サインはＳＬＥリスク遺伝子座にＳＮＰをさらに含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである。
【００４５】
さらなる態様では、被検体においてループスを診断する方法において、上記被検体から得られた生物学的試料においてループスを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが少なくとも３つのＳＮＰｓのセットを含み、各ＳＮＰが表４及び／又は表６に記載されたＳＬＥリスク遺伝子座で生じている方法が提供される。ある実施態様では、遺伝的サインは、少なくとも４つのＳＮＰ、又は少なくとも５つのＳＮＰ、又は少なくとも７つのＳＮＰ、又は少なくとも１０のＳＮＰ、又は少なくとも１５のＳＮＰ、又は少なくとも２０のＳＮＰ、又は少なくとも３０のＳＮＰのセットを含む。一実施態様では、ＳＬＥリスク遺伝子座は、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、ＩＬ１０、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される。ある実施態様では、遺伝的サインはＳＬＥリスク遺伝子座にＳＮＰをさらに含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３(配列番号：１３)であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである。
発明の実施態様
実施態様１
被検体におけるループスを同定する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座のバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここでＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションが一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、バリエーションがヒト染色体８の染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、被検体はループスへの罹患が疑われている方法。
実施態様２
被検体におけるループスを同定する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対して一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、被検体はループスへの罹患が疑われている方法。
実施態様３
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１３遺伝子座、又は２６遺伝子座において検出される、実施態様２に記載の方法。
実施態様４
少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される、実施態様２に記載の方法。
実施態様５
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載されたＳＮＰを含む、実施態様２に記載の方法。
実施態様６
被検体におけるループスを同定する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対して一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、被検体はループスへの罹患が疑われている方法。
実施態様７
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は５遺伝子座において検出される、実施態様６に記載の方法。
実施態様８
少なくとも１の遺伝子座が、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様６に記載の方法。
実施態様９
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載されたＳＮＰを含む、実施態様６に記載の方法。
実施態様１０
表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを検出することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１に記載の方法。
実施態様１１
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを検出することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１に記載の方法。
実施態様１２
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを検出することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１０に記載の方法。
実施態様１３
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを検出することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様２に記載の方法。
実施態様１４
検出が、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む、実施態様１から１３のいずれか一項に記載の方法。
実施態様１５
ループス治療剤へのループスの被検体の応答性を予測するための方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここでＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションが一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す方法。
実施態様１６
ループス治療剤へのループスの被検体の応答性を予測するための方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対して一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す方法。
実施態様１７
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１３遺伝子座、又は２６遺伝子座において検出される、実施態様１６に記載の方法。
実施態様１８
少なくとも１の遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される、実施態様１６に記載の方法。
実施態様１９
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載されたＳＮＰを含む、実施態様１６に記載の方法。
実施態様２０
ループス治療剤へのループスの被検体の応答性を予測するための方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、ここで少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対して一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が治療剤への患者の応答性を示す方法。
実施態様２１
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は５遺伝子座において検出される、実施態様２０に記載の方法。
実施態様２２
少なくとも１の遺伝子座が、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様２０に記載の方法。
実施態様２３
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載されたＳＮＰを含む、実施態様６に記載の方法。
実施態様２４
表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるさらなるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表４に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１５に記載の方法。
実施態様２５
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１５に記載の方法。
実施態様２６
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様２４に記載の方法。
実施態様２７
表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、さらなるバリエーションを被検体が含むかどうかを判定することを含み、少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが表６に記載された少なくとも１の遺伝子座に対してＳＮＰの位置に対応したヌクレオチド位置で起こっている、実施態様１６に記載の方法。
実施態様２８
被検体においてループスを診断し又は予後予測する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここでＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、
（ａ）生物学的試料が、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）バリエーションが一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、
（ｃ）ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体の診断又は予後である方法。
実施態様２９
被検体においてループスを診断し又は予後予測する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで、
（ａ）生物学的試料が、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表４に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法。
実施態様３０
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４、又は少なくとも５遺伝子座、又は少なくとも１０遺伝子座、又は少なくとも１３遺伝子座、又は２６遺伝子座において検出される、実施態様２９に記載の方法。
実施態様３１
少なくとも１の遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される、実施態様２９に記載の方法。
実施態様３２
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表４に記載されたＳＮＰを含む、実施態様２９に記載の方法。
実施態様３３
被検体においてループスを診断し又は予後予測する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションの存在を被検体から得た生物学的試料において検出することを含み、ここで、
（ａ）生物学的試料が、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含む又は、又は該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションの存在が被検体におけるループスの診断又は予後である方法。
実施態様３４
バリエーションが少なくとも２遺伝子座、又は少なくとも３遺伝子座、又は少なくとも４遺伝子座、又は５遺伝子座において検出される、実施態様３３に記載の方法。
実施態様３５
少なくとも１の遺伝子座が、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様３３に記載の方法。
実施態様３６
少なくとも１の遺伝子座におけるバリエーションが表６に記載されたＳＮＰを含む、実施態様３３に記載の方法。
実施態様３７
（ａ）生物学的試料が、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるさらなるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが、表４に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションの存在が被検体におけるループス診断又は予後である、実施態様２８に記載の方法。
実施態様３８
（ａ）生物学的試料が、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるさらなるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションの存在が被検体におけるループス診断又は予後である、実施態様２８に記載の方法。
実施態様３９
（ａ）生物学的試料が、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるさらなるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションの存在が被検体におけるループス診断又は予後である、実施態様３７に記載の方法。
実施態様４０
（ａ）生物学的試料が、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座におけるさらなるバリエーションを含む核酸を含むことが知られているか、又は含むことが疑われ；
（ｂ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションが、表６に記載されたＳＮＰを含むか、該ＳＮＰに対応したヌクレオチド位置に位置し；
（ｃ）少なくとも１の遺伝子座におけるさらなるバリエーションの存在が被検体におけるループス診断又は予後である、実施態様２９に記載の方法。
実施態様４１
検出が、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む、実施態様２８から４０のいずれか一項に記載の方法。
実施態様４２
被検体のループス症状を治療する方法において、遺伝的変異がＳＬＥリスク遺伝子座における一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置に存在することが知られており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンであり、該症状を治療するのに効果的な治療剤を被検体に投与することを含む方法。
実施態様４３
被検体のループス症状を治療する方法において、遺伝的変異が、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表４に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置に存在することが知られており、該症状を治療するのに効果的な治療剤を被検体に投与することを含む方法。
実施態様４４
被検体のループス症状を治療する方法において、遺伝的変異が、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表６に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置に存在することが知られており、該症状を治療するのに効果的な治療剤を被検体に投与することを含む方法。
実施態様４５
ループス症状の被検体を治療する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座に遺伝的変異がある被検体の症状の治療に有効な治療剤を被検体に投与し、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、ＢＬＫ遺伝子座におけるバリエーションが一塩基多型（ＳＮＰ）の位置に対応したヌクレオチド位置で起こっており、ＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである方法。
実施態様４６
ループス症状の被検体を治療する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座に、表４に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置に遺伝的変異がある被検体の症状の治療に有効な治療剤を被検体に投与することを含む方法。
実施態様４７
少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される、実施態様４６に記載の方法。
実施態様４８
ループス症状の被検体を治療する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座に、表６に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応したヌクレオチド位置に遺伝的変異がある被検体の症状の治療に有効な治療剤を被検体に投与することを含む方法。
実施態様４９
少なくとも１の遺伝子座が、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様４８に記載の方法。
実施態様５０
ループス治療剤を製造し、ループスであるか又はループスであると思われ、ＳＬＥリスク遺伝子座において一塩基多型（ＳＮＰ）に対応する位置に遺伝的変異を有する被検体に薬剤を投与するための指示書と共に薬剤を包装することを含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである方法。
実施態様５１
ループス治療剤を製造し、ループスであるか又はループスであると思われ、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、表４に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応する位置に遺伝的変異を有する被検体に薬剤を投与するための指示書と共に薬剤を包装することを含む方法。
実施態様５２
ループス治療剤を製造し、ループスであるか又はループスであると思われ、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座において、表６に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応する位置に遺伝的変異を有する被検体に薬剤を投与するための指示書と共に薬剤を包装することを含む方法。
実施態様５３
ループス治療剤での治療のためにループスに罹患している患者を選択する方法において、ＳＬＥリスク遺伝子座における一塩基多型（ＳＮＰ）に対応するヌクレオチド位置での遺伝的変異の存在を検出することを含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである方法。
実施態様５４
ループス治療剤での治療のためにループスに罹患している患者を選択する方法において、表４に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表４に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応するヌクレオチド位置での遺伝的変異の存在を検出することを含む方法。
実施態様５５
少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０から選択される、実施態様５４に記載の方法。
実施態様５６
ループス治療剤での治療のためにループスに罹患している患者を選択する方法において、表６に記載された少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座における、表６に記載された一塩基多型（ＳＮＰ）に対応するヌクレオチド位置での遺伝的変異の存在を検出することを含む方法。
実施態様５７
少なくとも１のＳＬＥリスク遺伝子座が、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様５６に記載の方法。
実施態様５８
検出が、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む、実施態様５３から５７のいずれか一項に記載の方法。
実施態様５９
被検体にループスを発症するリスクがあるかどうかを評価する方法において、被検体から得た生物学的試料中において、ループスを発症するリスクを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが少なくとも３つの一塩基多型（ＳＮＰ）のセットを含み、各ＳＮＰが表４及び／又は表６に記載されたＳＬＥリスク遺伝子座で生じている方法。
実施態様６０
遺伝的サインが、少なくとも４つのＳＮＰ、又は少なくとも５つのＳＮＰ、又は少なくとも７つのＳＮＰ、又は少なくとも１０のＳＮＰ、又は少なくとも１５のＳＮＰ、又は少なくとも２０のＳＮＰ、又は少なくとも３０のＳＮＰのセットを含む、実施態様５９に記載の方法。
実施態様６１
各ＳＬＥリスク遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、ＩＬ１０、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様５９に記載の方法。
実施態様６２
遺伝的サインがＳＬＥリスク遺伝子座にＳＮＰをさらに含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである、実施態様５８に記載の方法。
実施態様６３
被検体においてループスを診断する方法において、被検体から得られた生物学的試料においてループスを示す遺伝的サインの存在を検出することを含み、ここで、該遺伝的サインが少なくとも３つの一塩基多型（ＳＮＰ）のセットを含み、各ＳＮＰが表４及び表６に記載されたＳＬＥリスク遺伝子座で生じている方法。
実施態様６４
遺伝的サインが、少なくとも４つのＳＮＰ、又は少なくとも５つのＳＮＰ、又は少なくとも７つのＳＮＰ、又は少なくとも１０のＳＮＰ、又は少なくとも１５のＳＮＰ、又は少なくとも２０のＳＮＰ、又は少なくとも３０のＳＮＰのセットを含む、実施態様６３に記載の方法。
実施態様６５
各ＳＬＥリスク遺伝子座が、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、ＩＬ１０、ＩＦＩＨ１、ＣＦＢ、ＣＬＥＣ１６Ａ、ＩＬ１２Ｂ、及びＳＨ２Ｂ３から選択される、実施態様６３に記載の方法。
実施態様６６
遺伝的サインがＳＬＥリスク遺伝子座にＳＮＰをさらに含み、ここでＳＮＰがｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）であり、ＳＬＥリスク遺伝子座がＢＬＫであり、バリエーションがヒト染色体８における染色体上の位置１１３８９３２２のチミンである、実施態様６３に記載の方法。
実施態様６７
検出が、プライマー伸長法；対立遺伝子特異的プライマー伸長法；対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５’ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコン使用アッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択されるプロセスを実施することを含む、実施態様５９から６６のいずれか一項に記載の方法。
【図面の簡単な説明】
【００４６】
【図１】実施例１に記載される付加的なＳＬＥリスク遺伝子座を同定するための所定のＳＮＰの標的複製研究のための実験計画の概要を示す。
【図２Ａ】ＳＬＥにおける新規な全ゲノムでの有意な連関と実施例１に記載されるＴＮＩＰ１(Ａ)内の新規リスク遺伝子座の同定を示す。
【図２Ｂ】ＳＬＥにおける新規な全ゲノムでの有意な連関と実施例１に記載されるＰＲＤＭ１(Ｂ)内の新規リスク遺伝子座の同定を示す。
【図２Ｃ】ＳＬＥにおける新規な全ゲノムでの有意な連関と実施例１に記載されるＪＡＺＦ１(Ｃ)内の新規リスク遺伝子座の同定を示す。
【図２Ｄ】ＳＬＥにおける新規な全ゲノムでの有意な連関と実施例１に記載されるＵＨＲＦ１ＢＰ１(Ｄ)内の新規リスク遺伝子座の同定を示す。
【図２Ｅ】ＳＬＥにおける新規な全ゲノムでの有意な連関と実施例１に記載されるＩＬ１０(Ｅ)内の新規リスク遺伝子座の同定を示す。
【図２Ｆ】実施例１に記載される本症例及びコントロール複製試料における独立したＳＮＰのＰ値のヒストグラム；ヌル分布下の結果の予測密度は破線により示される。
【図３】実施例１に記載される最初のＧＷＡＳにおけるＰ値により階層化されたメタアナリシスでの、候補（Ｐ＜１×１０−５）及び確認（Ｐ＜１×１０−８）状態に達する変異体の割合を示す。
【図４】実施例２に記載されるＢＬＫプロモーター領域内の連鎖不均衡ブロック（ｒ２で示す）を示す。
【図５Ａ】図５は、実施例２に記載される様々なハプロタイプを有するＢＬＫプロモーター領域のルシフェラーゼレポーター遺伝子発現アッセイの結果を示す。（Ａ）ＢＪＡＢ細胞におけるＳＮＰ ｒｓ９２２４８３ Ｃ＞Ｔ（配列番号：１３）；示されるデータは、３回のアッセイでの平均＋／−平均の標準誤差を表す；スポットバーは、グラフの左側に示したハプロタイプについての結果を示す；ハッチングのバーはリスクハプロタイプ２２-ＡＣＴ；白抜きのバーは非リスクのハプロタイプ２２-ＧＡＣ；＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、ｎｓ＝有意でない（ｔ検定）。図５Ａ−Ｆは配列番号：１５として「２２(ＧＴ)反復」を開示する。また、図５Ｃ−Ｆは配列番号：１３として「ｒｓ９２２４８３ Ｃ＞Ｔ」を開示する。
【図５Ｂ】図５は、実施例２に記載される様々なハプロタイプを有するＢＬＫプロモーター領域のルシフェラーゼレポーター遺伝子発現アッセイの結果を示す。（Ｂ）ダウディ細胞におけるＳＮＰ ｒｓ９２２４８３ Ｃ＞Ｔ（配列番号：１３）；示されるデータは、３回のアッセイでの平均＋／−平均の標準誤差を表す；スポットバーは、グラフの左側に示したハプロタイプについての結果を示す；ハッチングのバーはリスクハプロタイプ２２-ＡＣＴ；白抜きのバーは非リスクのハプロタイプ２２-ＧＡＣ；＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、ｎｓ＝有意でない（ｔ検定）。図５Ａ−Ｆは配列番号：１５として「２２(ＧＴ)反復」を開示する。また、図５Ｃ−Ｆは配列番号：１３として「ｒｓ９２２４８３ Ｃ＞Ｔ」を開示する。
【図５Ｃ】図５は、実施例２に記載される様々なハプロタイプを有するＢＬＫプロモーター領域のルシフェラーゼレポーター遺伝子発現アッセイの結果を示す。（Ｃ）ＢＪＡＢ細胞におけるＳＮＰ ｒｓ１３８２５６８ Ａ＞Ｃ／Ｇ＞Ｃ；示されるデータは、３回のアッセイでの平均＋／−平均の標準誤差を表す；スポットバーは、グラフの左側に示したハプロタイプについての結果を示す；ハッチングのバーはリスクハプロタイプ２２-ＡＣＴ；白抜きのバーは非リスクのハプロタイプ２２-ＧＡＣ；＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、ｎｓ＝有意でない（ｔ検定）。図５Ａ−Ｆは配列番号：１５として「２２(ＧＴ)反復」を開示する。また、図５Ｃ−Ｆは配列番号：１３として「ｒｓ９２２４８３ Ｃ＞Ｔ」を開示する。
【図５Ｄ】図５は、実施例２に記載される様々なハプロタイプを有するＢＬＫプロモーター領域のルシフェラーゼレポーター遺伝子発現アッセイの結果を示す。（Ｄ）ダウディ細胞におけるＳＮＰ ｒｓ１３８２５６８ Ａ＞Ｃ／Ｇ＞Ｃ；示されるデータは、３回のアッセイでの平均＋／−平均の標準誤差を表す；スポットバーは、グラフの左側に示したハプロタイプについての結果を示す；ハッチングのバーはリスクハプロタイプ２２-ＡＣＴ；白抜きのバーは非リスクのハプロタイプ２２-ＧＡＣ；＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、ｎｓ＝有意でない（ｔ検定）。図５Ａ−Ｆは配列番号：１５として「２２(ＧＴ)反復」を開示する。また、図５Ｃ−Ｆは配列番号：１３として「ｒｓ９２２４８３ Ｃ＞Ｔ」を開示する。
【図５Ｅ】図５は、実施例２に記載される様々なハプロタイプを有するＢＬＫプロモーター領域のルシフェラーゼレポーター遺伝子発現アッセイの結果を示す。（Ｅ）ＢＪＡＢ細胞におけるＳＮＰ ｒｓ４８４０５６８ Ｇ＞Ａ；示されるデータは、３回のアッセイでの平均＋／−平均の標準誤差を表す；スポットバーは、グラフの左側に示したハプロタイプについての結果を示す；ハッチングのバーはリスクハプロタイプ２２-ＡＣＴ；白抜きのバーは非リスクのハプロタイプ２２-ＧＡＣ；＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、ｎｓ＝有意でない（ｔ検定）。図５Ａ−Ｆは配列番号：１５として「２２(ＧＴ)反復」を開示する。また、図５Ｃ−Ｆは配列番号：１３として「ｒｓ９２２４８３ Ｃ＞Ｔ」を開示する。
【図５Ｆ】図５は、実施例２に記載される様々なハプロタイプを有するＢＬＫプロモーター領域のルシフェラーゼレポーター遺伝子発現アッセイの結果を示す。（Ｆ）ダウディ細胞におけるＳＮＰ ｒｓ４８４０５６８ Ｇ＞Ａ３；示されるデータは、３回のアッセイでの平均＋／−平均の標準誤差を表す；スポットバーは、グラフの左側に示したハプロタイプについての結果を示す；ハッチングのバーはリスクハプロタイプ２２-ＡＣＴ；白抜きのバーは非リスクのハプロタイプ２２-ＧＡＣ；＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、ｎｓ＝有意でない（ｔ検定）。図５Ａ−Ｆは配列番号：１５として「２２(ＧＴ)反復」を開示する。また、図５Ｃ−Ｆは配列番号：１３として「ｒｓ９２２４８３ Ｃ＞Ｔ」を開示する。
【図６】実施例２に記載されるダウディ細胞における、１８（ＧＴ）反復（配列番号：１４）又は２２（ＧＴ）反復（配列番号：１５）の何れか、及びＳＮＰ ｒｓ１３８２５６８ Ａ＞Ｃ／Ｇ＞Ｃを有するＢＬＫプロモーター領域のルシフェラーゼレポーター遺伝子発現アッセイの結果を示す。示したデータは、２回のアッセイでの、平均＋／−平均の標準誤差を表す；ｎｓ＝有意でない（ｔ検定）。図６は配列番号：１４の「１８(ＧＴ)反復」、配列番号：１５の「２２(ＧＴ)反復」、及び配列番号：１３の「ｒｓ９２２４８３ Ｃ＞Ｔ」を開示する。
【図７】ＳＮＰ、ｒｓ９２２４８３の配列（配列番号：１３）、及び実施例２に記載されるＢＬＫ遺伝子座に対する原因対立遺伝子のＳＮＰ内の位置を示す。原因対立遺伝子の位置は、太字の括弧により示され；Ｃ／Ｔバリエーションは太字で示す。
【発明を実施するための形態】
【００４７】
本発明の実施には、別段の記載がない限り、当業者の技量の範囲内にある分子生物学(組換え技術を含む)、微生物学、細胞生物学、生化学、及び免疫学の一般的な技術を使用する。かかる技術は、例えば"Molecular Cloning: A Laboratory Manual", 2版 (Sambrook等, 1989)；"Oligonucleotide Synthesis" (M. J. Gait編, 1984)；"Animal Cell Culture" (R. I. Freshney編, 1987)；"Methods in Enzymology" (Academic Press, Inc.)；"Current Protocols in Molecular Biology" (F. M. Ausubel等編, 1987,及び定期的改訂版)；"PCR: The Polymerase Chain Reaction", (Mullis等編, 1994)のような文献で十分に説明されている。さらに、本発明で用いられるプライマー、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドは当該分野で知られている標準的な技術を使用して産生せしめることができる。
【００４８】
特に別に定義しない限り、ここで使用する技術用語及び科学用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般的に理解されているものと同じ意味を有する。Singleton等, Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2版, J. Wiley & Sons (New York, N.Y. 1994)、及びMarch, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4版, John Wiley & Sons (New York, N.Y. 1992)は、本願で使用される用語の多くに対する一般的な手引きを当業者に提供する。
【００４９】
定義
本明細書の解釈の目的で、以下の定義が適用され、必要な場合はいつでも、単数で使用した用語には複数形も含まれ、その逆もしかりである。この明細書及び付随する請求項に使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」には、内容に他に明確に示されないならば、複数の指示対象が含まれる。よって、例えば「ａ ｐｒｏｔｅｉｎ」なる指示対象には複数のタンパク質が含まれ；「ａ ｃｅｌｌ」なる指示対象には細胞の混合物が含まれる。以下に示す何れかの定義が、出典明示によってここに援用された何れかの文献と矛盾する場合には、以下に記載する定義が優先する。
【００５０】
ここで使用される「ループス」又は「ループス症状」は、一般に、結合組織を攻撃する抗体を伴う自己免疫性疾患又は障害である。ループスの主な形態は、全身性のもの、つまり、ＳＬＥ及び亜急性皮膚ＳＬＥを含む全身性エリテマトーデス(ＳＬＥ)、並びに他のタイプのループス（腎炎、腎外、脳炎、小児性、腎臓以外、円板状、及び脱毛性を含む）である。
【００５１】
ここで交換可能に使用される「ポリヌクレオチド」又は「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを称し、ＤＮＡ及びＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾されたヌクレオチド又は塩基、及び／又はそれらのアナログ、又はＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼによりポリマー中に取り込まれうる任意の基質でありうる。ポリヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド、例えばメチル化ヌクレオチド及びそれらのアナログを含みうる。存在するならば、ヌクレオチド構造に対する修飾は、ポリマーの組み立ての前又は後になされ得る。ヌクレオチドの配列は非ヌクレオチド成分により中断されていてもよい。ポリヌクレオチドは重合後に、例えば標識成分とのコンジュゲーションにより、更に修飾されてもよい。他のタイプの修飾には、例えば「キャップ(caps)」、アナログとの自然に生じたヌクレオチドの一又は複数の置換、ヌクレオチド間修飾、例えば非荷電連結(例えばホスホン酸メチル、ホスホトリエステル、ホスホアミダート、カルバマート等)及び荷電連結(ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート等)を有するもの、ペンダント部分、例えばタンパク質(例えばヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリ−Ｌ−リジン等)を含むもの、インターカレーター(intercalators)を有するもの(例えばアクリジン、ソラレン等)、キレート剤を含むもの(例えば金属、放射性金属、ホウ素、酸化的金属等)、アルキル化剤を含むもの、修飾された連結を含むもの(例えばアルファアノマー核酸等)、並びにポリヌクレオチド(類)の未修飾形態が含まれる。更に、糖類中に通常存在する任意のヒドロキシル基は、例えばホスホナート基、ホスファート基で置き換えられてもよく、標準的な保護基で保護されていてもよく、又は付加的なヌクレオチドへの更なる連結を調製するように活性化されてもよく、もしくは固体支持体にコンジュゲートされていてもよい。５'及び３'末端ＯＨはホスホリル化でき、又は１〜２０の炭素原子を有するアミン又は有機キャップ基部分で置換することもできる。また他のヒドロキシルは標準的な保護基に誘導体化されうる。またポリヌクレオチドは当該分野で一般的に知られているリボース又はデオキシリボース糖類の類似形態のものをまた含み、これらには例えば２'-Ｏ-メチル-２'-Ｏ-アリル、２'-フルオロ又は２'-アジド-リボース、炭素環式糖のアナログ、α-アノマー糖、エピマー糖、例えばアラビノース、キシロース類又はリキソース類、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式アナログ、及び非塩基性ヌクレオシドアナログ、例えばメチルリボシドが含まれる。一又は複数のホスホジエステル連結は代替の連結基で置き換えてもよい。これらの代替の連結基には、限定されるものではないが、ホスファートがＰ(Ｏ)Ｓ(「チオアート」)、Ｐ(Ｓ)Ｓ(「ジチオアート」)、「(Ｏ)ＮＲ２(「アミダート」)、Ｐ(Ｏ)Ｒ、Ｐ(Ｏ)ＯＲ'、ＣＯ又はＣＨ２(「ホルムアセタール」)と置き換えられた実施態様のものが含まれ、ここでそれぞれのＲ又はＲ'は独立して、Ｈ又は、エーテル(-Ｏ-)結合を含んでいてもよい置換もしくは未置換のアルキル(１−２０Ｃ)、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル又はアラルジルである。ポリヌクレオチド中の全ての結合が同一である必要はない。先の記述は、ＲＮＡ及びＤＮＡを含むここで言及される全てのポリヌクレオチドに適用される。
【００５２】
ここで使用される「オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも約７のヌクレオチド長で、約２５０未満のヌクレオチド長である短い一本鎖ポリヌクレオチドを称する。オリゴヌクレオチドは合成であってもよい。「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」なる用語は、相互に排他的なものではない。ポリヌクレオチドについての上の説明はオリゴヌクレオチドに等しく完全に適用可能である。
【００５３】
「プライマー」なる用語は、核酸にハイブリダイズすることができ、一般的に遊離３’−ＯＨ基を提供することによって、相補的核酸のハイブリダイゼーションを可能にする一本鎖ポリヌクレオチドを称する。
【００５４】
「遺伝的変異」又は「ヌクレオチド変異」なる用語は、参照配列（例えば、よく見出される及び／又は野生型の配列、及び／又は主要対立遺伝子の配列）に対するヌクレオチド配列における変化（例えば一塩基多型（ＳＮＰ）等、一又は複数のヌクレオチドの挿入、欠失、反転、又は置換）を称する。該用語は、他に示さない限り、ヌクレオチド配列の相補鎖における対応する変化もまた包含する。一実施態様では、遺伝的変異は、体細胞多型である。一実施態様において、遺伝的変異は生殖系列多型である。
【００５５】
「一塩基多型」又は「ＳＮＰ」は、異なった対立遺伝子、又は別のヌクレオチドが集団中に存在するＤＮＡ中の一塩基位置を称する。ＳＮＰの位置は、通常は、対立遺伝子の高度に保存されている配列（例えば集団の１／１００又は１／１０００未満のメンバーで変動する配列）が前にありまた後に続く。個体は各ＳＮＰの位置における対立遺伝子に対してホモ接合性又はヘテロ接合性でありうる。
【００５６】
「アミノ酸変異」は、参照配列に対するアミノ酸配列中の変化（例えば、一又は複数のアミノ酸の挿入、置換、又は欠失、例えば内部欠損又はＮ末端又はＣ末端トランケーション）である。
【００５７】
「バリエーション」は、ヌクレオチド変異又はアミノ酸変異の何れかを称する。
【００５８】
「ＳＮＰの位置に対応するヌクレオチド位置における遺伝的変異」、「ＳＮＰの位置に対応するヌクレオチド位置におけるヌクレオチド変異」なる用語及びその文法的な変形表現は、ゲノム中において前記ＳＮＰによって占められる相対的対応ＤＮＡ位置におけるポリヌクレオチド配列のヌクレオチド変異を称する。該用語は、他の定義が示されない限り、ヌクレオチド配列の相補鎖における対応するバリエーションも包含する。
【００５９】
「アレイ」又は「マイクロアレイ」なる用語は、基質上でのハイブリダイズ可能なアレイエレメント、好ましくはポリヌクレオチドプローブ（例えばオリゴヌクレオチド）の規則正しい整列を称する。基質は、ガラススライドなどの固体基質、又はニトロセルロースメンブレンなどの半固体基質でありうる。
【００６０】
「増幅」なる用語は、参照核酸配列又はその相補鎖の一又は複数のコピーを生産するプロセスを称する。増殖は、線形的又は指数関数的（例えばＰＣＲ）でありうる。「コピー」は、鋳型配列に対する完全な配列相補性又は同一性を必ずしも意味するものではない。例えば、コピーは、ヌクレオチドアナログ、例えばデオキシイノシン、意図的な配列変化(例えば鋳型に完全には相補的ではないがハイブリダイズすることができる配列を含んでなるプライマーにより導入される配列変化)及び／又は増幅中に起こる配列エラーを含みうる。
【００６１】
「対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド」なる用語は、ヌクレオチド変異（一般には置換）を含む標的核酸の領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを称する。「対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション」は、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドがその標的核酸にハイブリダイズされるときに、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド中のヌクレオチドがヌクレオチド変異と塩基対を特異的に形成することをを意味する。特定のヌクレオチド変異に対して対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーションが可能な対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドはその変異「に対して特異的」であると言われる。
【００６２】
「対立遺伝子特異的プライマー」なる用語は、プライマーである対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを称する。
【００６３】
「プライマー伸長アッセイ」なる用語は、ヌクレオチドが核酸に付加され、直接的又は間接的に検出される、より長い核酸又は「伸長産物」を生じるアッセイを称する。ヌクレオチドは核酸の５'又は３'末端を伸長するように付加されうる。
【００６４】
「対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ」なる用語は、プライマーが（ａ）ヌクレオチド変異の３'又は５'の領域で標的核酸にハイブリダイズし、（ｂ）ポリメラーゼにより伸長されることにより、ヌクレオチド変異に相補的なヌクレオチドが伸長産物に取り込まれるプライマー伸長アッセイを称する。
【００６５】
「対立遺伝子特異的プライマー伸長アッセイ」なる用語は、対立遺伝子特異的プライマーが標的核酸にハイブリダイズして伸長されるプライマー伸長アッセイを称する。
【００６６】
「対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ」なる用語は、（ａ）対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドが標的核酸にハイブリダイズされ、（ｂ）ハイブリダイゼーションが直接的又は間接的に検出される、アッセイを称する。
【００６７】
「５’ヌクレアーゼアッセイ」なる用語は、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドの標的核酸へのハイブリダイゼーションにより、ハイブリダイズされたプローブの核酸分解切断が起こり、検出可能なシグナルが生じるアッセイを称する。
【００６８】
「分子ビーコンを用いたアッセイ」なる用語は、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドの標的核酸へのハイブリダイゼーションが、遊離オリゴヌクレオチドから発せられる検出シグナルレベルよりも高い検出シグナルレベルを生じるアッセイを称する。
【００６９】
「オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ」なる用語は、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド及び第２のオリゴヌクレオチドが標的核酸上で互いに隣接してハイブリダイズし、(直接又は介在性ヌクレオチドを通して間接的に)共にライゲートし、ライゲーション産物が直接的又は間接的に検出されるアッセイを称する。
【００７０】
「標的配列」、「標的核酸」又は「標的核酸配列」なる用語は、一般的に、ヌクレオチド変異が存在すると推測されるか、又は存在することが知られている対象のポリヌクレオチドを称し、増幅により生成されるかかる標的核酸のコピーも含む。
【００７１】
「検出」なる用語は、直接的及び間接的な検出を含む検出する任意の手段を含む。
【００７２】
「ＳＬＥリスク遺伝子座」及び「確認されたＳＬＥリスク遺伝子座」なる用語は、表４及び表６に示された遺伝子座、及びＢＬＫ遺伝子座の任意の一つを称する。
【００７３】
「ＳＬＥリスク対立遺伝子」及び「確認されたＳＬＥリスク対立遺伝子」なる用語は、ＳＬＥリスク遺伝子座で起こっている変異を称する。このような変異は、一塩基多型、挿入、及び欠失を含むが、これだけに限定される訳ではない。所定の例示的なＳＬＥリスク対立遺伝子を表４及び表６に示す。
【００７４】
ここで使用される場合、ループスを発症する「リスクがある」被検体は、検出可能な疾患又は疾患の症状を有していても有していなくてもよく、ここに記載の治療方法の前に検出可能な疾患又は疾患の症状を示していても示していなくてもよい。「リスクがある」とは被検体が一又は複数の危険因子を有することを示し、ここに記載され、当該分野で知られているように、該危険因子はループスの発症と相関している測定可能なパラメーターである。これらの危険因子の一又は複数を有する被検体は、これらの危険因子の一又は複数を持たない被検体より、ループスを発症する可能性が高い。
【００７５】
「診断」なる用語は、分子又は病的状態、疾患又は状態の同定又は分類を称するためにここでは用いられる。例えば、「診断」は特定のタイプのループス症状、例えばＳＬＥの同定を称する。また、「診断」は、例えば組織／臓器の関与により(例えばループス腎炎)、分子的特徴による(例えば特定の遺伝子又は核酸領域内の遺伝的変異(群)によって特徴付けられる患者亜集団)、ループスの特定のサブタイプの分類を称する。
【００７６】
「診断を助ける」なる用語は、ループスの症状や状態の特定のタイプの存在、又は性質に関する臨床上の決定を支援する方法を称するために用いられる。例えば、ループスの診断を助ける方法は、個体からの生体試料中における一又は複数のＳＬＥリスク遺伝子座又はＳＬＥリスク対立遺伝子の存在を測定すること含みうる。
【００７７】
「予後」なる用語は、ループスのような自己免疫性疾患の例えば再発、再燃、及び薬剤耐性を含む自己免疫性疾患に起因し得る疾患症状の可能性の予測を称するためにここで用いられる。「予測」なる用語は、患者が薬剤又は薬剤セットに対して有利に又は不利に応答する可能性を称するためにここでは用いられる。
【００７８】
ここで使用される「治療」とは、治療される個体又は細胞の自然の経過を変化させる試みにおける臨床的介入を称し、臨床病理経過中又はその前に実施することができる。治療の所望する効果には、疾患又はその状態ないし症状の発症又は再発の予防、疾患の状態ないし症状の緩和、疾病の任意の直接的又は間接的な病理学的結果の低減、疾病の進行速度の低減、病状の回復又は緩和、及び寛解の達成又は予後の改善が含まれる。いくつかの実施態様では、本発明の方法及び組成物は疾患又は障害の発達を遅らせるために有用である。
【００７９】
「有効量」とは、所望される治療的又は予防的結果を達成するのに必要な期間、必要な用量での有効量を称する。個体に所望する反応を引き出すための治療剤の「治療的有効量」は、病状、年齢、性別、個体の体重、及び抗体の能力等の要因に応じて変わり得る。また、治療的有効量とは、治療剤の任意の毒性又は有害な影響を、治療的に有益な効果が上回る量でもある。「予防的有効量」は、所望する予防的結果を達成するのに必要な期間、用量で有効な量を称する。必ずではないが、典型的には、予防的用量は、疾病の前又は初期の段階に患者に使用されるために、予防的有効量は治療的有効量よりも少ない。
【００８０】
「個体」、「被検体」又は「患者」は脊椎動物である。ある実施態様では、脊椎動物は哺乳動物である。哺乳動物には、これに限定されないが、霊長類（ヒト及び非ヒト霊長類を含む）及び齧歯類（例えばマウス及びラット）が含まれる。ある実施態様では、哺乳動物はヒトである。
【００８１】
ここで使用される場合、「患者亜集団」及びその文法上の変形は、疾患が属する広範な疾患カテゴリーにおいて他の者から患者サブセットを区別する一又は複数の典型的な測定可能な及び／又は識別可能な特徴を有することに特徴がある患者サブセットを称する。このような特徴には、疾患サブカテゴリー(例えばＳＬＥ、ループス腎炎)、性別、生活習慣、病歴、関与する臓器／組織、治療歴などが含まれる。
【００８２】
「コントロール被検体」はループスである又はループス症状ではないと診断されており、ループス又はループス症状に関係するの何らかの兆候もしくは症状に侵されていない健康な被検体を称する。
【００８３】
ここで使用される「試料」なる用語は、例えば理学的、生化学的、化学的及び／又は生理学的特徴に基づいて特性を示す及び／又は同定される、細胞実体及び／又は他の分子実体を含有する対象とする被検体から得られる、又は対象とする被検体由来の組成物を称する。例えば、「生物学的試料」又は「疾患試料」なる表現及びこの変形は、特徴付けられている細胞実体及び／又は分子実体を含むことが予測される、又はそうであることが知られている対象の被検体から得た任意の試料を意味する。
【００８４】
「組織又は細胞の試料」は、被検体又は患者の組織から採取された同種の細胞の集まりを意味する。組織又は細胞試料の供給源は、新鮮な、凍結された及び／又は保存されていた臓器や組織の試料又は生検又は吸引による固形組織；血液又はいずれかの血液成分；大脳脊髄液、羊水、腹水又は間質液などの体液；被検体の妊娠期又は発生期の任意の時期の細胞であってもよい。また、組織試料は原発性又は培養した細胞又は細胞株であってもよい。場合によっては、組織又は細胞の試料は罹患組織／臓器から得られる。組織試料は、防腐剤、抗凝血物質、バッファー、固定液、栄養分、抗生物質など天然の組織にはもともと混在していない化合物を含んでもよい。ここで使用される「参照試料」、「参照細胞」、「参照組織」、「コントロール試料」、「コントロール細胞」又は「コントロール組織」は、本発明の方法又は組成物が同定するために用いられている疾患又は状態に罹患していないことがわかっているか、又は考えられている供給源から採取した試料、細胞又は組織を称する。一実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、本発明の組成物又は方法によって疾患又は状態が同定される被検体又は患者と同じ身体の健康な部分から採取される。一実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞又はコントロール組織は、本発明の組成物又は方法によって疾患又は状態が同定される被検体又は患者でない個体の身体の健康な部分から採取される。
【００８５】
ここでの目的のために、組織試料の「切断部分(切片)」とは、組織試料の一部又は一片、例えば組織試料から切り出した組織又は細胞の一薄片を意味する。本発明が、組織試料の同じ切断部分が形態学的及び分子的レベルで分析されるか、又はタンパク質及び核酸の両方に関して分析される方法を含む場合に、組織試料の複数の切断部分が採取され、本発明に係る分析に供されてもよいと理解される。
【００８６】
「相関」又は「相関する」は、任意の方法で、第一の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果を、第二の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果と比較することを意味する。例えば、第二のプロトコルを行う際に第一の分析又はプロトコルの結果を用いてもよいし、及び／又は第一の分析又はプロトコルの結果を用いて、第二の分析又はプロトコルを行うかどうかを決定してもよい。遺伝子発現分析又はプロトコルの実施態様に関し、遺伝子発現分析又はプロトコルの結果を用いて、特定の治療投薬計画を実行するかどうかを決定してもよい。
【００８７】
ここで使用される場合、「標識」なる言葉は、核酸プローブや抗体などの試薬に直接的又は間接的にコンジュゲートないしは融合され、コンジュゲートないしは融合した試薬の検出を容易にする化合物又は組成物を称する。標識自体が検出可能なもの(例えば放射性標識又は蛍光性標識)であってもよく、酵素標識の場合、検出可能な基質化合物ないしは組成物の化学的変化を触媒するものであってもよい。
【００８８】
「医薬」は、疾患、障害及び／又は状態を治療するために活性な薬剤である。一実施態様では、疾患、障害及び／又は状態は、ループス又はその症状又は副作用である。
【００８９】
本発明に従って用いられる場合、特定の治療剤又は治療選択に対する「耐性の増加」なる用語は、薬剤の標準的な用量又は標準的な治療手順に対する応答の減少を意味する。
【００９０】
本発明に従って用いられる場合、特定の治療剤又は治療選択に対する「感受性の減少」なる用語は、薬剤の標準的な用量又は標準的な治療手順に対する応答の減少を意味し、この応答の減少は薬剤の用量や治療の強度を増やすことによって、(少なくとも部分的に)補われうるものである。
【００９１】
被検体の「患者応答」及びその変形は、限定するものではないが以下のものを含む患者に利益を示す任意のエンドポイントを使用して評価できる。（１）緩徐化及び完全な停止を含む、ある程度の疾患進行の阻害；（２）疾患出現及び／又は症状の数の減少；（３）病変サイズの減少；（４）近接する末梢器官及び／又は組織への疾患細胞浸潤の阻害（すなわち減少、緩徐化又は完全な停止）；（５）疾患の拡がりの阻害（すなわち減少、緩徐化又は完全な停止）；（６）必ずではないが疾患病変の退縮又は除去が生じ得る自己免疫応答の減少；（７）障害と関連する一又は複数の症状の、ある程度の軽減；（８）治療後の無症候期間の増加；及び／又は（９）治療後の特定の時点での死亡率の減少。
【００９２】
ここで使用される「ループス治療剤」、「ループスを治療するために有効な治療的薬剤」及びこれらの文法上の変形は、臨床医によって有効な量で施された場合にループスを有する被検体に治療上の有益をもたらすことがわかっているか、臨床上示されるか、又はそうであることが期待される薬剤を称する。一実施態様では、このフレーズには、有効な量で施された場合にループスを有する被検体に治療上の効果をもたらすことが期待される臨床上許容される薬剤として、製造業者によって販売される、さもなくば有資格臨床医によって用いられる任意の薬剤が含まれる。一実施態様では、ループス治療剤には、アセチルサルチル酸(例えばアスピリン)、イブプロフェン(モトリン)、ナプロキセン(Naprosyn)、インドメタシン(インドシン)、ナブメトン(Relafen)、トルメチン(Tolectin)を含む非ステロイド性抗炎症薬(ＮＳＡＩＤ)、並びに治療上同等な活性成分(一又は複数)及びその製剤を含む任意の他の実施態様が含まれる。一実施態様では、ループス治療剤には、アセトアミノフェン(例えばタイルノール)、副腎皮質ステロイド又は抗マラリア薬(例えばクロロキン、ヒドロキシクロロキン)が含まれる。一実施態様では、ループス治療剤には、免疫調節性薬剤(例えばアザチオプリン、シクロホスファミド、メトトレキセート、シクロスポリン)が含まれる。一実施態様では、ループス治療剤は、抗Ｂ細胞薬剤(例えば抗ＣＤ２０(例えばリツキシマブ)、抗ＣＤ２２)、抗サイトカイン薬剤(例えば抗腫瘍壊死因子α、抗インターロイキン１レセプター(例えばアナキンラ)、抗インターロイキン１０、抗インターロイキン６レセプター、抗インターフェロンα、抗Ｂ-リンパ球刺激因子)、同時刺激のインヒビター(例えば抗ＣＤ１５４、ＣＴＬＡ４-Ｉｇ(例えばアバタセプト))、Ｂ細胞アネルギーのモジュレーター(例えばＬＪＰ３９４(例えばアベチムス(abetimus))である。一実施態様では、ループス治療剤には、ホルモン治療(例えばＤＨＥＡ)および抗ホルモン療法(例えば抗プロラクチン薬剤ブロモクリプチン)が含まれる。一実施態様では、ループス治療剤は、免疫吸着を提供する薬剤、抗補体因子(例えば抗Ｃ５ａ)、Ｔ細胞ワクチン、Ｔ細胞レセプターゼータ鎖による細胞形質移入、またはペプチド療法(例えば、抗DNAイディオタイプを標的とするedratide)である。
【００９３】
ここで使用される、「販売承認」がある治療剤、又は「治療剤として承認され」ている治療剤、又はその文法上の変形は、関係政府団体(例えば、連邦、州ないしは地方の管理機関、部門、局)により、特定の疾患(例えばループス)又は患者亜集団(例えばループス腎炎を有する患者、特定の民族性、性別、生活習慣、疾患リスク性質などを有する患者)の治療のために、ある商業団体(例えば営利団体)によって、及び／又は該団体を介して、及び／又は該団体の代わりに販売されることが承認、許諾、登録又は権限を与えられている(例えば薬剤製剤、医薬の形態の)薬剤を称する。関連する政府独立団体には、例えば、食品・医薬品局(ＦＤＡ)、欧州医薬品審査庁(ＥＭＥＡ)およびその同等団体が含まれる。
【００９４】
「抗体」(Ａｂ)及び「免疫グロブリン」(Ｉｇ)は、類似の構造的特徴を有する糖タンパク質を称する。抗体は、特定の抗原に対して結合特異性を示すが、免疫グロブリンは、抗体と、一般に抗原特異性を欠く抗体様分子の双方を含む。後者の種類のポリペプチドは、例えばリンパ系では低レベルで、骨髄腫では高レベルで産出される。
【００９５】
「抗体」及び「免疫グロブリン」なる用語は、最も広義で相互に交換可能に使用され、モノクローナル抗体(例えば、全長又は無傷のモノクローナル抗体)、ポリクローナル抗体、一価抗体、多価抗体、多重特異性抗体(例えば、所望の生物活性を示す限り二重特異性抗体)が含まれ、さらにある種の抗体断片(ここに詳細に記載されるもの)も含まれ得る。抗体は、キメラ、ヒト、ヒト化及び／又は親和成熟したものであってよい。
【００９６】
「完全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」という用語は、ここでは交換可能に使用され、実質的にインタクトな形態の抗体を称し、以下に定義するような抗体断片は称さない。この用語は、特にＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を称する。
【００９７】
「抗体断片」は、インタクトな抗体の一部、好ましくはその抗原結合領域を含む。抗体断片の例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ(ａｂ')２、及びＦｖ断片；ダイアボディ(diabodies)；直鎖状抗体；単鎖抗体分子；及び抗体断片から形成された多重特異性抗体が含まれる。
【００９８】
抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗体結合断片を生成し、その各々は単一の抗原結合部位を持ち、残りは容易に結晶化する能力を反映して「Ｆｃ」断片と命名される。ペプシン処理はＦ(ａｂ')２断片を生じ、それは２つの抗原結合部位を持ち、抗原を交差結合することができる。
【００９９】
「Ｆｖ」は、完全な抗原結合部位を含む最小抗体断片である。ある実施態様では、二本鎖Ｆｖ種は、堅固な非共有結合をなした一つの重鎖及び一つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。集合的に、Ｆｖの６つのＣＤＲが抗体に抗原結合特異性を付与する。しかし、単一の可変ドメイン(又は抗原に対して特異的な３つのＣＤＲのみを含むＦｖの半分)でさえ、全結合部位よりも親和性が低くなるが、抗原を認識して結合する能力を有している。
【０１００】
またＦａｂ断片は、重鎖及び軽鎖の可変ドメインを含み、軽鎖の定常ドメインと重鎖の第一定常領域(ＣＨ１)を有する。Ｆａｂ'断片は、抗体ヒンジ領域からの一又は複数のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に数個の残基が付加している点でＦａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ'-ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基が一つの遊離チオール基を担持しているＦａｂ'に対するここでの命名である。Ｆ（ａｂ'）２抗体断片は、間にヒンジシステインを有するＦａｂ'断片の対として生産された。また、抗体断片の他の化学結合も知られている。
【０１０１】
ここで使用される「モノクローナル抗体」なる用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を称し、すなわち、集団に含まれる個々の抗体は、少量で存在しうる可能性がある変異、例えば自然に生じる突然変異を除いて同一である。従って、「モノクローナル」との形容は、個別の抗体の混合物ではないという抗体の性質を示す。ある実施態様では、このようなモノクローナル抗体は、通常、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含み、この場合、標的に結合するポリペプチド配列は、複数のポリペプチド配列から単一の標的結合ポリペプチド配列を選択することを含むプロセスにより得られる。例えば、この選択プロセスは、雑種細胞クローン、ファージクローン又は組換えＤＮＡクローンのプールのような複数のクローンからの、唯一のクローンの選択とすることができる。選択された標的結合配列を更に変化させることにより、例えば標的への親和性の向上、標的結合配列のヒト化、細胞培養液中におけるその産生の向上、インビボでの免疫原性の低減、多選択性抗体の生成等が可能になり、並びに、変化させた標的結合配列を含む抗体も、本発明のモノクローナル抗体であることを理解すべきである。異なる決定基(エピトープ)に対する異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体の調製物とは異なり、モノクローナル抗体の調製物の各モノクローナル抗体は、抗原の単一の決定基に対するものである。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体の調製物は、それらが他の免疫グロブリンで通常汚染されていないという点で有利である。
【０１０２】
「モノクローナル」との形容は、抗体の、実質的に均一な抗体の集団から得られたものであるという特性を示し、抗体を何か特定の方法で生産しなければならないこと解釈されるものではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は様々な技術によって作製することができ、それらの技術には、例えば、ハイブリドーマ法(例えば、Kohler等, Nature, 256:495 (1975)；Harlow等, Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988)；Hammerling等: Monoclonal Antibodies and T-Cell hybridomas 563-681 (Elsevier, N. Y., 1981))、組換えＤＮＡ法(例えば、米国特許第４８１６５６７号参照)、ファージディスプレイ技術(例えば、Clackson等, Nature, 352:624-628 (1991)；Marks等, J. Mol. Biol. 222:581-597 (1992)；Sidhu等, J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Lee等, J. Mol. Biol. 340(5);1073-1093 (2004)；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34):12467-12472 (2004)；及びLee等, J. Immounol. Methods 284(1-2): 119-132 (2004))、並びに、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の一部又は全部、或るいはヒト免疫グロブリン配列をコードする遺伝子を有する動物にヒト又はヒト様抗体を生成する技術(例えば、国際公開第９８／２４８９３号；国際公開第９６／３４０９６号；国際公開第９６／３３７３５号；国際公開第９１／１０７４１号；Jakobovits等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551 (1993)；Jakobovits等, Nature 362: 255-258 (1993)；Bruggemann等, Year in Immunol. 7:33 (1993)；米国特許第５５４５８０７号；同第５５４５８０６号；同第５５６９８２５号；同第５６２５１２６号；同第５６３３４２５号；同第５６６１０１６号; Marks等, Bio.Technology 10: 779-783 (1992)；Lonberg等, Nature 368: 856-859 (1994)；Morrison, Nature 368: 812-813 (1994)；Fishwild等, Nature Biotechnol. 14: 845-851 (1996)；Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826 (1996)及びLonberg及びHuszar, Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93 (1995)参照)が含まれる。
【０１０３】
ここでモノクローナル抗体は、特に「キメラ」抗体を含み、それは特定の種由来又は特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体において、対応する配列に一致する又は類似する重鎖及び／又は軽鎖の一部であり、残りの鎖は、所望の生物学的活性を表す限り、抗体断片のように他の種由来又は他の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体において、対応する配列に一致するか又は類似するものである(米国特許第４８１６５６７号；及びMorrison等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855(1984))。
【０１０４】
非ヒト(例えばマウス)の抗体の「ヒト化」型は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むキメラ抗体である。一実施態様では、ヒト化抗体は、レシピエントの高頻度可変領域の残基が、マウス、ラット、ウサギ又は所望の特異性、親和性及び／又は能力を有する非ヒト霊長類のような非ヒト種(ドナー抗体)からの高頻度可変領域の残基によって置換されたヒト免疫グロブリン(レシピエント抗体)である。例として、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域(ＦＲ)残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも、もしくはドナー抗体にも見出されない残基を含んでいてもよい。これらの修飾は抗体の特性をさらに洗練するために行われる。一般に、ヒト化抗体は、全てあるいは実質的に全ての高頻度可変ループが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、全てあるいは実質的に全てのＦＲが、ヒト免疫グロブリン配列のものである少なくとも一又は典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含むであろう。また、ヒト化抗体は、場合によっては免疫グロブリン定常領域(Ｆｃ)の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリンのものの少なくとも一部も含む。さらなる詳細については、Jones等, Nature 321:522-525(1986)；Riechmann等, Nature 332:323-329(1988)；及びPresta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596(1992)を参照のこと。また次の文献とそこに引用されている文献を参考のこと：Vaswani及びHamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1:105-115 (1998)；Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038 (1995)；Hurle及びGross, Curr. Op. Biotech. 5:428-433 (1994)。
【０１０５】
「ヒト抗体」は、ヒトによって生産される抗体のアミノ酸配列に相当するアミノ酸配列を含むもの、及び／又はここに開示されたヒト抗体を作製する任意の技術を使用して製造されたものである。そのような技術には、ファージディスプレイのようなヒト由来組み合わせライブラリーのスクリーニング（例えば、Marks等, J. Mol. Biol., 222: 581-597 (1991)及びHoogenboom等, Nucl. Acids Res., 19: 4133-4137 (1991)参照）；ヒトモノクローナル抗体産生のためのヒトミエローマ及びマウス−ヒトヘテロミエローマ細胞株の使用(例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984)；Brodeur等, Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)及びBoerner等, J. Immunol., 147: 86 (1991)参照)；及び内因性の免疫グロブリンを産生しない、ヒト抗体の完全なレパートリーを産生可能なトランスジェニック動物（例えばマウス）におけるモノクローナル抗体の生成(例えば、Jakobovits等, Proc. Natl. Acad. Sci USA, 90: 2551 (1993)；Jakobovits等, Nature, 362: 255 (1993)；Bruggermann等, Year in Immunol., 7: 33 (1993)参照)が含まれる。ヒト抗体のこの定義は、特に非ヒト動物由来の抗原結合残基を含むヒト化抗体を除く。
【０１０６】
「親和成熟」抗体とは、その改変を有していない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じさせる、その一又は複数のＣＤＲにおいて一又は複数の改変を持つものである。一実施態様では、親和成熟抗体は、標的抗原に対してナノモル又はピコモルの親和性を有する。親和成熟抗体は、当該分野において知られている手順によって生産される。Marks等, Bio/Technology, 10：779-783(1992)は、ＶＨ及びＶＬドメインシャッフリングによる親和成熟について記載している。ＨＶＲ及び／又はフレームワーク残基のランダム突然変異誘導は、Barbas等, Proc Nat Acad. Sci, USA 91：3809-3813(1994)；Schier等, Gene, 169：147-155(1995)；Yelton等, J. Immunol.155：1994-2004(1995)；Jackson等, J. Immunol.154(7)：3310-9(1995)；及びHawkins等, J. Mol. Biol.226：889-896(1992)に記載されている。
【０１０７】
「阻止(ブロック)抗体」又は「アンタゴニスト抗体」は、結合する抗原の生物学的活性を阻害するか又は低下させる抗体である。特定の阻止抗体又はアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を、部分的又は完全に阻害する。
【０１０８】
「小分子」又は「有機小分子」は、ここでは５００ダルトン以下の分子量を有する有機分子と定義される。
【０１０９】
ここで用いられる単語「標識」は、検出可能な化合物又は組成物を意味する。標識は、それ自体（例えば放射性同位元素標識又は蛍光標識）が検出可能であってもよく、酵素的な標識においては検出可能な生成物を生じる基質化合物又は組成物の触媒化学変化であってもよい。検出可能な標識としての機能を果たす放射性核種には、例えばＩ−１３１、Ｉ−１２３、Ｉ−１２５、Ｙ−９０、Ｒｅ−１８８、Ｒｅ−１８６、Ａｔ−２１１、Ｃｕ−６７、Ｂｉ−２１２及びＰｄ−１０９が含まれる。
【０１１０】
核酸、ポリペプチド又は抗体のような「単離された」生物学的分子は、少なくとも１つの自然環境の構成成分から同定及び分離、及び／又は回収されたものである。
【０１１１】
ここでの「およそ」の値又はパラメーターをいう場合、その値又はパラメーター自体に関する実施態様を含む(記載する)。例えば、「およそＸ」との記載には「Ｘ」の記載が含まれる。
【０１１２】
一般的技術
ループスに関連するヌクレオチド変異がここでは提供される。これらの変異は、ループスのバイオマーカーを提供し、及び／又は、ループスの発症、持続及び／又は進行の素因となり又は寄与する。従って、ここに開示される発明は、例えばループスの診断及び治療に関する方法及び組成物における様々な設定において有用である。
【０１１３】
ある実施態様において、本方法は、予後、すなわちループスのような自己免疫性疾患の例えば再発、再燃、及び薬剤耐性を含む自己免疫性疾患に起因し得る疾患症状の可能性の予測に関する。一実施態様において、予測はそれらの応答性の程度に関する。一実施態様において、予測は、例えば特定の治療的薬剤による治療、及び疾患の再発を伴わない一定期間の治療の後に患者が生存しているか改善しているかどうか、及び／又はその可能性に関する。本発明の予測方法は、任意の特定の患者のために最も好適な治療様式を選択することによって、治療決定を臨床的に行うことができる。本発明の予測方法は、患者が、治療投薬計画、例えば特定の治療剤や組み合わせの投与、外科的介入、ステロイド治療などを含む特定の治療投薬計画に有利に応答するかどうか、又は治療投薬計画の後に患者が長期に生存しているかどうかを予測する際の有用なツールである。ＳＬＥの診断は、現在の米国リウマチ学会(American College of Rheumatology)(ＡＣＲ)判定基準に従ってもよい。活動中の疾患は、１つのイギリス諸島ループス活動性グループ(British Isles Lupus Activity Group)(ＢＩＬＡＧ)の「Ａ」判定基準又は２つのＢＩＬＡＧ「Ｂ」判定基準によって定められてもよい。ＳＬＥを診断するために用いられるいくつかの兆候、症状又は他の指標(出典：Tan等 "The Revised Criteria for the Classification of SLE" Arth Rheum 25 (1982))は、頬にわたる発疹などの頬部発疹、円板状(ジスコイド)発疹、又は赤い隆起したパッチ、日光に対する反応のような光線過敏症、結果として生じる皮膚発疹の発症又は増加、鼻又は口内の潰瘍のような口腔内潰瘍(通常痛くない)、関節炎、例として２以上の末梢関節を伴う非びらん性関節炎(関節のまわりの骨が破壊されない関節炎)、漿膜炎、胸膜炎又は心膜炎、尿中の過剰タンパク質などの腎臓疾患(０．５ｇｍ／日より多い又は試験スティックにおいて３＋)及び／又は細胞性キャスト(尿及び／又は白血球及び／又は尿細管細胞から得られる異常な成分)、神経学的兆候、症状又は他の指標、発作(痙攣)、及び／又は引き起こすことがわかっている代謝性障害又は薬剤がない場合の精神異常、及び溶血性貧血又は白血球減少症(１立方ミリメートルにつき４０００細胞未満の白血球数)又はリンパ球減少症(１立方ミリメートルにつき１５００未満)又は血小板減少(１立方ミリメートルにつき１０００００未満の血小板)などの血液学的兆候、症状又は他の指標であってもよい。白血球減少症及びリンパ球減少症は一般に二以上の原因で検出されるはずである。血小板減少症は一般に、それを誘導することが知られている薬剤がない場合に検出されるはずである。本発明はループスのこれらの兆候、症状又は他の指標に限定されるものではない。
【０１１４】
遺伝的変異の検出
上記の方法の何れかに係る核酸は、ゲノムＤＮＡ；ゲノムＤＮＡから転写されるＲＮＡ；又はＲＮＡから産生されるｃＤＮＡでありうる。核酸は、脊椎動物、例えば哺乳動物に由来しうる。核酸は、その供給源から直接得られる場合、又はそれがその供給源に見出される核酸のコピーである場合、特定の供給源「に由来する（から誘導された）」という。
【０１１５】
核酸は、核酸のコピー、例えば増幅により生じるコピーを含む。例えば、変異を検出するための材料の所望量を得るために、ある状況下では、増幅が望ましいことがある。ついで、アンプリコンに、変異がアンプリコン内に存在するかどうか決定するために、以下に記載するもののような変異検査法を施してもよい。
【０１１６】
変異は、当業者に知られた所定の方法によって検出されうる。かかる方法は、ＤＮＡ配列決定、対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ及び対立遺伝子特異的プライマー伸長アッセイ（例えば、対立遺伝子特異的ＰＣＲ、対立遺伝子特異的ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）、及びｇａｐ−ＬＣＲ）を含むプライマー伸長アッセイ；対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ（例えばオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ）；切断剤からの保護を核酸二重鎖のミスマッチ塩基を検出するために用いる切断保護アッセイ；ＭｕｔＳタンパク質結合の分析；変異体及び野生型核酸分子の可動性を比較する電気泳動的解析；変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ、例えばMyers等 (1985) Nature 313:495に記載）；ミスマッチ塩基対のＲＮアーゼ切断の分析；ヘテロ二重鎖ＤＮＡの化学的又は酵素による切断の分析；マススペクトル分析（例えばＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）；遺伝子のビット分析（ＧＢＡ）；５’ヌクレアーゼアッセイ（例えばTaqMan（登録商標））；及び分子ビーコンを用いたアッセイを含むが、これに限定されるものではない。これらの方法の所定のものは、以下に更に詳細に検討する。
【０１１７】
標的核酸変異の検出は、その分野で公知の技術を用いて、標的核酸分子クローニング及び配列決定により達成され得る。あるいは、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）のような増幅技術を、腫瘍組織のゲノムＤＮＡ標本から直接標的核酸配列を増幅するために用いることができる。増幅された配列の核酸配列が決定され、変異が同定される。増幅技術はその分野で公知であり、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応はSaiki等, Science 239:487, 1988；米国特許第４６８３２０３号及び同第４６８３１９５号において記載される。
【０１１８】
その分野で公知であるリガーゼ連鎖反応もまた、標的核酸配列を増幅するために用いることができる。Wu等, Genomics 4:560-569 (1989)参照。さらに対立遺伝子特異的ＰＣＲとして公知の技術もまた、変異（例えば置換）を検出するために用いることができる。Ruano and Kidd (1989) Nucleic Acids Research 17:8392; McClay等 (2002) Analytical Biochem. 301:200-206参照。この技術のある実施態様において、対立遺伝子特異的プライマーを用いることができ、そのプライマーの３’末端ヌクレオチドは標的核酸における特定の変異に相補的である（すなわち、特異的に塩基対合できる）。特定の変異がない場合、増幅産物は観察されない。Amplification Refractory Mutation System（ＡＲＭＳ）もまた、変異（例えば置換）を検出するために用いることができる。ＡＲＭＳは、例えば、欧州特許出願公開０３３２４３５及びNewton等, Nucleic Acids Research, 17:7, 1989において記載される。
【０１１９】
変異（例えば置換）を検出するために有用な他の方法は（1）単一塩基伸長アッセイなどの対立遺伝子特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ（例えば、Chen等 (2000) Genome Res. 10: 549-557；Fan等 (2000) Genome Res. 10: 853-860；Pastinen等 (1997) Genome Res. 7: 606-614；及びYe等 (2001) Hum. Mut. 17: 305-316)参照）；（2）対立遺伝子特異的ＰＣＲを含む対立遺伝子特異的プライマー伸長アッセイ（Ye等 (2001) Hum. Mut. 17: 305-316；及びShen等 Genetic Engineering News, vol. 23, Mar. 15, 2003参照）；（3）５’ヌクレアーゼアッセイ（De La Vega等 (2002) BioTechniques 32：S48-S54（TaqMan（登録商標）アッセイを記載）； Ranade等 (2001) Genome Res. 11: 1262-1268；及びShi (2001) Clin. Chem. 47:164-172参照)；（4）分子ビーコンを用いるアッセイ（例えば、Tyagi等 (1998) Nature Biotech. 16:49-53；及びMhlanga等 (2001) Methods 25:463-71参照）；及び、（5）オリゴヌクレオチド・ライゲーション・アッセイ（例えば、Grossman等 (1994) Nuc. Acids Res. 22: 4527-4534；米国特許出願公開ＵＳ２００３／０１１９００４Ａ１；ＰＣＴ国際公開ＷＯ０１／９２５７９Ａ２；及び米国特許第６０２７８８９号参照）を含むが、これに限定されるものではない。
【０１２０】
変異は、ミスマッチ検出法によってもまた検出され得る。ミスマッチは、１００％相補的でないハイブリダイズされた二本鎖核酸である。完全な相補性の欠如は、欠失、挿入、逆転又は置換に起因している場合がある。ミスマッチ検出法の１つの例は、例えば、Faham等, Proc. Natl Acad. Sci. USA 102:14717-14722 (2005)及びFaham等, Hum. Mol. Genet. 10:1657-1664 (2001)において記載されるMismatch Repair Detection（ＭＲＤ）アッセイである。他のミスマッチ切断技術の例は、ＲＮアーゼ保護法であり、Winter等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82:7575, 1985及びMyers等, Science 230:1242, 1985においてその詳細が記載される。例えば、本発明の方法は、ヒト野生型標的核酸に相補的な標識化されたリボプローブを用いてもよい。組織試料の由来される標的核酸及びリボプローブは、共にアニール（ハイブリダイズ）され、二本鎖ＲＮＡ構造におけるいくつかのミスマッチを検出することが可能な酵素ＲＮアーゼＡによってその後消化される。ミスマッチがＲＮアーゼＡによって検出されると、ミスマッチの部位で切断される。従って、アニールされたＲＮＡ標本が電気泳動的ゲルマトリックスに分離され、ミスマッチが検出されてＲＮアーゼＡによって切断された場合、リボプローブ及びｍＲＮＡもしくはＤＮＡに対して全長二本鎖ＲＮＡより小さいＲＮＡ産物が確認される。リボプローブは、標的核酸の完全長である必要はなく、それが変異を有すると推測される位置を含むならば標的核酸の一部であってもよい。
【０１２１】
これと同様の方法で、例えば酵素的もしくは化学的な切断を通して、ミスマッチを検出するためにＤＮＡプローブを用いることができる。例えば、Cotton等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85:4397, 1988；及びShenk等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 72:989, 1975参照。あるいは、ミスマッチは、マッチする二本鎖と比較して、ミスマッチ二本鎖の電気泳動易動度の変動によって検出することができる。例えば、Cariello, Human Genetics, 42:726, 1988参照。変異を含むと推測される標的核酸は、リボプローブ又はＤＮＡプローブのいずれかにより、ハイブリダイゼーションの前に増幅されてもよい。特に標的核酸の変化が、大きな再配列、例えば欠失及び挿入である場合、その変化はサザンハイブリダイゼーションを用いても検出できる。
【０１２２】
標的核酸又は周囲のマーカー遺伝子に対する制限断片長多形性（ＲＦＬＰ）プローブを、変異、例えば挿入又は欠失の検出に用いることができる。挿入及び欠失を、標的核酸のクローニング、配列決定及び増幅により検出することができる。一本鎖ＤＮＡ高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析もまた、対立遺伝子の塩基変化変異体の検出に用いることができる。例えば、Orita等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:2766-2770, 1989及びGenomics, 5:874-879, 1989参照。
【０１２３】
マイクロアレイは、高緊縮条件下で、ｃＤＮＡ又はｃＲＮＡ試料等とハイブリダイズさせるために、整列させた数千シリーズの核酸プローブを典型的には使用するマルチプレックス技術である。プローブ-標的ハイブリダイゼーションは、標的中の核酸配列の相対量を測定するために、典型的にはフルオロフォア-、銀-、又は化学発光標識された標的を検出することにより、検出され、定量される。典型的なマイクロアレイにおいて、プローブは化学マトリックス(エポキシ-シラン、アミノ-シラン、リジン、ポリアクリルアミド又はその他を介して)に共有結合することにより、固体表面に付着する。固体表面は、例えばガラス、シリコンチップ、又は顕微鏡用ビーズである。例えば Affymetrix, Inc. 及びIllumina, Incにより製造されたものを含む、種々のマイクロアレイが商業的に入手可能である。
【０１２４】
生物学的試料は当業者に知られた所定の方法を使用して得ることができる。生物学的試料は、脊椎動物、特に哺乳動物から得ることができる。腫瘍組織の代表的な片を得るために組織バイオプシーがしばしば使用される。別法では、腫瘍細胞は、興味のある腫瘍細胞を含むことが知られているか含むと思われる組織又は液体の形態で間接的に得ることができる。例えば、肺癌病変部の試料は、切除術、気管支鏡検査法、細針吸引、気管支擦過によって、あるいは痰、肋膜体液又は血液から採取されてもよい。標的核酸（又はコードされたポリペプチド）中の変異は、腫瘍試料から、あるいは尿、痰又は血清などの他の身体試料から検出されうる。（癌細胞は腫瘍から脱離させられ、そのような身体試料中に見られる。）そのような身体組織をスクリーニングすることによって、癌のような疾患のために簡便で迅速な診断法が達成されうる。加えて、治療の経過は、そのような身体試料を標的核酸（又はコードされたポリペプチド）中の変異について試験することによって、より容易にモニターされうる。加えて、腫瘍細胞の組織調製物を濃縮する方法が当該分野で知られている。例えば、組織をパラフィン又はクリオスタット切片から単離することができる。癌細胞はまたフローサイトメトリー又はレーザーキャプチャー法によって正常細胞からまた分離することができる。
【０１２５】
被検体、又は組織又は細胞試料がここに開示された遺伝的変異を含むことが決定された後、有効量の適切なループス治療剤を被検体に投与して被検体中のループス症状を治療することができる。ここに記載された様々な病理症状の哺乳動物における診断は、当業者によってなすことができる。例えば哺乳動物におけるループスの診断又は検出に対して許容される診断技術は当該分野において利用可能である。
【０１２６】
ループス治療剤は、既知の方法に従い、例えばボーラスとしての静脈内投与、又は一定期間にわたる連続的な注入、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、骨液内、くも膜腔内、経口、局所的、又は吸入経路により投与され得る。場合によっては、投与は、様々な市販の装置を使用するミニポンプ注入によって実施することもできる。
【０１２７】
ループス治療薬を投与するための有効用量及び投与計画は経験的に決定されてもよく、このような決定は当業者の技量の範囲内である。単一又は複数用量が使用されうる。例えば、単独で用いられるインターフェロンインヒビターの有効用量又は有効量は１日につき約１ｍｇ／ｋｇから約１００ｍｇ／ｋｇ体重又はそれ以上の範囲でありうる。用量の種間のスケーリングは例えばMordenti等, Pharmaceut. Res., 8:1351 (1991)に開示されるような当該分野で知られている方法で実施されうる。
【０１２８】
ループス治療剤のインビボ投与が用いられる場合、通常の用量は、投与経路に応じて、約１０ｎｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇ(哺乳動物体重)日又はそれ以上、好ましくは約１μｇ／ｋｇ／日から１０ｍｇ／ｋｇ／日であってもよい。特定の用量及びデリバリーの方法に関する手引きは文献に提供されている；例えば、米国特許第４６５７７６０号、同第５２０６３４４号、又は同第５２２５２１２号を参照のこと。異なる製剤が異なる治療化合物及び異なる疾患に対して効果的であり、器官又は組織を標的とする投与は例えば他の器官又は組織に対するものとは異なった形でのデリバリーを必要としうることが予想される。
【０１２９】
また更なる療法を該方法に用いることができることが考慮される。一又は複数の他の療法には、問題の障害のためのステロイド投与や他の標準的な治療計画が含まれるがこれらに限定されるものではない。例えば目標とするループス治療剤とは異なる薬剤としてそのような他の療法が使用されうることが考えられる。
【０１３０】
キット
上記され又は先に提案された用途での使用のために、キット又は製造品も提供される。このようなキットは、バイアル、チューブなどのような一又は複数の容器手段を密に閉じ込めて収容するように区画化されている運搬手段を含み得、容器手段の各々は該方法で使用される別個の手段の一つを含む。例えば、容器手段の一つは、標識されているか又は検出可能に標識されうるプローブを含みうる。そのようなプローブは、ＳＬＥリスク遺伝子座を含むポリヌクレオチドに対して特異的なポリヌクレオチドでありうる。キットが標的核酸を検出するために核酸ハイブリダイゼーションを利用する場合、キットは、標的核酸配列の増幅のためのヌクレオチドを収容する容器、及び／又は酵素、蛍光又は放射性標識などのリポーター分子に結合した、アビジン又はストレプトアビジンなどのビオチン結合タンパク質のようなレポーター手段を含む容器を有していてもよい。
【０１３１】
キットは、典型的には、上述の容器と、商業的及び使用者の観点からみて望ましい材料、例えばバッファー、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用のための指示書を有するパッケージ挿入物を収容する一又は複数のその他の容器を具備する。特定の治療又は非治療的用途に組成物が使用されることを示すラベルが容器上にあってもよく、またそのラベルは上述したもののようにインビボ用途又はインビトロ用途の何れかについての指示を示すものであってもよい。
【０１３２】
キット中の他の任意成分には、一又は複数のバッファー（例えばブロックバッファー、洗浄バッファー、基質バッファーなど）、酵素標識によって化学的に変化する基質などの他の試薬（例えば色素原）、エピトープ探索溶液、コントロール試料（ポジティブコントロール及び／又はネガティブコントロール)、コントロールスライドなどがある。付加的な成分は、例えば限定されるものではないが、ヌクレアーゼ、リガーゼ、又はポリメラーゼを含む酵素である。
【０１３３】
マーケティング方法
また、本発明には、ループス治療剤、又はその薬学的に許容可能な組成物の販売方法であって、標的とする相手に対し、採取した試料がここに開示される遺伝子バリエーションの存在を示すループスを有する患者又は患者の集団の治療に、本薬剤又は本薬剤の薬学的組成物の使用を促す、指示する、及び／又は明確に述べることを含む方法が提供される。
【０１３４】
マーケティングは、通常、スポンサーが特定されてメッセージが制御される非個人的媒体を通した有料の通信である。ここでの目的のために行われるマーケティングには、公報、広告、製品の提供、後援、引受業務、及び販売促進が含まれる。この用語はまた大衆に訴えて、ここでの発明の購入、後援、又は承認の好ましいパターンに向かって、説得、通知、促進、動機付け又はそれ以外の方法で行動させるように設計された任意の活字媒体に現れるスポンサーがついた情報の告知を含む。
【０１３５】
診断方法のマーケティングは何れの手段で達成されてもよい。これらのメッセージを伝えるために使用されるマーケティング媒体の例には、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット及び看板が含まれ、電波媒体に登場するメッセージであるコマーシャルも含まれる。
【０１３６】
使用されるマーケティングの種類は、多くの要因、例えば、病院、保険会社、診療所、医師、看護師、及び患者等の標的とする相手の性質、並びに経費の考慮、及び医薬と診断の販売を規定する関連の法律及び規則に依存する。サービスのやりとり、及び／又はユーザーの人口統計及び所在地のようなその他のデータによって規定されるユーザーの特徴に基づいて、マーケティングを個別化又はカスタマイズしてもよい。
【０１３７】
以下は、本発明の方法及び組成物の例である。上の一般的な記述が提供されていれば、様々な他の実施態様が実施されうることが理解される。
【実施例】
【０１３８】
実施例を通して、所定の刊行物への言及は、実施例のセクションの終わりに完全な書誌的情報を示す番号によって示す。
【０１３９】
実施例１
新規なＳＬＥリスク遺伝子座の同定
方法及び被検体
被検体
ＳＬＥ症例の選別及び遺伝子タイピング、全ゲノム連関スキャン(ＧＷＡＳ)に使用される試料並びにニューヨークヘルスプロジェクト（ＮＹＨＰ）コレクション(Mitchell等, J Urban Health 81(2):301-10 (2004))からのコントロールは先に記載された(Hom等, N Engl J Med 358(9):900-9 (2008))。以下に詳述するように、ＳＬＥ症例は、３つの症例シリーズから構成された：ａ) ＮＩＨ／ＮＩＡＭＳが資金供給した管理機関である自己免疫性バイオマーカー協力ネットワーク(ＡＢＣｏＮ：Autoimmune Biomarkers Collaborative Network)(Bauer等, PLoS medicine 3(12):e491 (2006))から３３８の症例、及び複数自己免疫性疾患遺伝子共同体(ＭＡＤＧＣ：Multiple Autoimmune Disease Genetics Consortium)(Criswell等, Am J Hum Genet 76(4):561-71 (2005))から１４１の症例；ｂ) カリフォルニアサンフランシスコ大学(ＵＣＳＦ)ループス遺伝子プロジェクト(Seligman等, Arthritis Rheum 44(3):618-25 (2001)；Remmers等, N Engl J Med 357(10):977-86 (2007))から６１３の症例、及び；ｃ) ピッツバーグメディカルセンター大学(ＵＰＭＣ)(Demirci等, Ann Hum Genet 71(Pt 3):308-11 (2007))から３３５の症例とファインスタインメディカルリサーチ研究所で集められた８の症例。コントロールは１８６１のＮＹＨＰコレクションからの試料、公的に利用できるｉＣｏｎｔｒｏｌＤＢデータベース（Illumina Inc.から入手可能）からの１７２２の試料、及び公的に利用できる国際癌研究所癌遺伝子マーカーの感受性（ＣＧＥＭＳ）National Cancer Institute Cancer Genetic Markers of Susceptibility プロジェクト（URL：cgems.cancer.govで入手可能）からの４５６４の試料であった。
【０１４０】
１３１０のＳＬＥ症例及び７８５９のコントロールの全ゲノムデータセット
我々は過去にＳＬＥ症例試料の選択と遺伝子タイピングを記載した(Hom等, N Engl J Med 358(9):900-9 (2008))。全ＳＬＥ症例は自己報告に加え遺伝子タイピングによって確かめられたヨーロッパ系の北アメリカ人であった。ＳＬＥの診断（米国リウマチ学会(ＡＣＲ)規定の判定基準 [Hochberg等, Arthritis Rheum 40(9):1725[1997]の４以上の達成)は、医療記録検査(９４％)又は治療するリウマチ専門医(６％)による文書での判定基準によって全症例において確認された。これらの症例のための臨床データは他に提示した(Seligman等, Arthritis Rheum 44(3):618-25 (2001)；Criswell等, Am J Hum Genet 76(4):561-71 (2005)；Bauer等, PLoS medicine 3(12):e491 (2006)；Demirci等, Ann Hum Genet 71(Pt 3):308-11 (2007)；Remmers等, N Engl J Med 357(10):977-86 (2007))。ＮＹＨＰ試料の遺伝子タイピング及び選別は前述した(Hom等, N Engl J Med 358(9):900-9 (2008))。表１には、場所により組織化された提供された試料の数が記載されている。
【０１４１】
試料及びＳＮＰフィルタリングは以下に記載されるソフトフェアプログラムＰＬＩＮＫ及びＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ内の解析モジュールを使用して実施した（またPurcell等, Am J Hum Genet 81(3):559-75 (2007)；Price等, Nat Genet 38(8):904-09 (2006)を参照）。この研究では、症例及びコントロールの密接なマッチングを容易にするために、また確認され疑われたＳＬＥ遺伝子座における遺伝子型を提供するために、全ゲノムＳＮＰデータを使用した。
【０１４２】
0005937008.tif 000002
ａ記載された全ゲノム連関スキャンからの試料 (Hom, G等, N Engl J Med 358:900-9 (2008))。ｂプロファイルＳＬＥコンソーシアム(PROFILE SLE consortium)、カリフォルニア・サンフランシスコ大学(ＵＣＳＦ)(Thorburn, C.M等, Genes Immun 8:279-87 (2007)) 、ピッツバーグ・メディカルセンター大学(ＵＰＭＣ)、ミネソタ大学(ＵＭＮ)、及びジョンズホプキンス大学(ＪＨＵ)から引き出された合衆国コホートからの独立したＳＬＥ症例。ニューヨークヘルスプロジェクト(Gregersen等)からの合衆国コントロール、及びピッツバーグ大学及びＮＣＲＡＤからのアルツハイマー症例及びコントロール。ｃストックホルム、カロリンスカ、ソルナ、ウプサラ、ランド及びウーメオ、スウェーデンからのＳＬＥ症例及びコントロール。ｄストックホルムからの８２３のコントロールを、イルミナ(Illumina)３１７Ｋアレイを使用して遺伝子タイピングした。これらの試料におけるＳＮＰを、本方法に記載したようにして帰属させ、分析した。
【０１４３】
カスタムＳＮＰアレイ
以下に記載された品質管理基準をパスした１０８４８のＳＮＰでカスタムアレイを設計した。完全なアレイは１２８６４のＳＮＰを有していたが、２０１６のＳＮＰが品質管理基準を通らず、１０８４８のＳＮＰが分析に進んだ。カスタムアレイは、ＳＬＥ全ゲノム連関スキャンにおける名目上Ｐ＜０．０５に基づいて選択された３１８８のＳＮＰと、２５の過去に報告されたＳＬＥリスク遺伝子座からの５０５のＳＮＰと、他の自己免疫疾患から確認されたリスク対立遺伝子について文献探索後に選択された４２のＳＮＰと、人口部分構造の確認及びコントロールに使用される７１１３のＳＮＰから構成された。後者のグループは、大陸の人口差を定めるために使用されたＳＮＰ（Kosoy, R等, Hum. Mutat. 30:69-78 (2009)）及びヨーロッパ人口部分構造に対してリッチ化されたＳＮＰ（Tian, C等, PLoS Genet 4, e4 (2008)）を含んでいた。カスタムアレイは、そのiSelect Custom BeadChip及び以下に記載される品質管理フィルターをパスしたＳＮＰに対して与えたｒｓ同定数を使用してイルミナ社(Illumina, Inc.)により製造された。
【０１４４】
品質管理及びインピュテーション
合衆国のデータでは、全体で１４６４の合衆国症例と３０７８の合衆国コントロールを、カスタム１２Ｋチップともここでは呼ばれる上述のカスタムイルミナチップで遺伝子タイピングした。我々は、ストリンジェントな品質管理(ＱＣ)条件を使用し、高品質データが、最終分析に確実に含まれるようにした。すなわち、我々は、＞５％の欠けているデータを有する１１６の個体を除外し、ｂ）潜在的連関性に基づいた２７９の個体、及び州毎の同一性（ＩＢＳ）状態（ＰＩ Ｈａｔ＞０．１５）に基づく複製試料を除外した。我々は、ａ）＜５％の欠けているデータ、ｂ）ハーディー・ワインベルグ平衡（ＨＷＥ）ｐ値＞１×１０−６、ｃ）微量の対立遺伝子頻度（ＭＡＦ）＞０．０１％、及びｄ）症例とコントロールとの間の差次的欠損に対する検定において、ｐ値＞１×１０−５を有するＳＮＰのみを含めた。また、ＳＮＰをバッチ効果について検査した。上記フィルターの適用後、１１４４の症例と３００３のコントロール、及び１１０２４のＳＮＰの最終セットを分析に利用することができた。ＰＬＩＮＫを使用して全てのＱＣ検定を実施した（Purcell等, Am J Hum Genet 81(3):559-75 (2007)）。
【０１４５】
スウェーデンのデータでは、カスタム１２Ｋチップで遺伝子タイピングされた８８８の症例と５２７のコントロールを分析に使用できた。また、イルミナ社の３１７ＫヒトＨａｐＭａｐビーズアレイ（ここでは３１７Ｋアレイとも称される）で遺伝子タイピングされた１１１５のスウェーデンコントロールの別のセットも、分析に導入した。我々は次の工程に従って二つのデータセットを組み合わせた。第１に、１２Ｋ及び３１７Ｋデータの間の６７８９ＳＮＰの重複データセットを作成した。我々はこのデータセットを使用し、潜在的連関性と複製試料についてスウェーデンの複製コホートを調べた。その結果、３１３の試料を除外した（ＰＩ Ｈａｔ＞０．１５）。品質管理チェックの後、我々は、カスタム１２Ｋチップにおいて遺伝子タイピングされた８６３の症例と５２３のコントロール、及び３１７Ｌイルミナチップで遺伝子タイピングされた８３１のコントロールを分析に進めた。第２に、我々は、３１７Ｋアレイを用いて遺伝子タイピングされた８３１のスウェーデンコントロールをインピュテートし（以下参照）、重複ＳＮＰのより大きなセットを作成した。残ったＳＮＰから、我々は、インピュテーションにより４６０５のＳＮＰを捕捉した。１１３９４の重複ＳＮＰの最終セットを分析に進めた。我々は、上述したものと同じ閾値を使用してこのデータセットにおいてＳＮＰをフィルターにかけた。インピュテーションにより捕捉されなかった残りの１２５０のＳＮＰを、１２Ｋチップで遺伝子タイピングされたスウェーデン試料の最初のセットにおいてのみ分析した。
【０１４６】
３１７Ｋアレイで遺伝子タイピングされた８３１のスウェーデンコントロールを、参照として第ＩＩ相ＨａｐＭａｐ ＣＥＵ試料を使用するＭＡＣＨ（URL sph.umich.edu/csg/abecasis/MACHで利用されるハプロタイピングソフトウェアプログラムをベースにしたマルコフ鎖）を用いてインピュートした。第ＩＩ相ＨａｐＭａｐ ＣＥＵは、「第ＩＩ相」データリリースからの北及び西ヨーロッパ(ＣＥＵ)の祖先を有するＵｔａｈレジデントとして知られているヒトハプロタイププロジェクトからの試料に言及する（またLi等. Am J Hum Genet S79 at 2290 (2006)を参照）。インピュテーションの前、我々は、３１７ＫのＳＮＰにストリンジェントな品質管理チェックを適用した。次の基準（１）ＭＡＦ＞１％、（２）欠損率＜５％、及び（３）ＨＷＥ ｐ値＞１×１０−６を通過した２９３２４２のマーカーのサブセットをインピュテーションに含めた。インピュテーション後、低いインピュテーション品質、すなわちＭＡＣＨにより報告されたＲ−二乗＿Ｈａｔ（ＲＳＱＲ＿ＨＡＴ）＜０．４０のＳＮＰを廃棄した。１１３９４のマーカーの重複セットを分析に利用できた。インピュテーションにおける不確実性を考慮に入れるために、遺伝子型判定よりもむしろ確率スコアを分析において使用した。
【０１４７】
全ゲノム連関研究試料のインピュテーションでは、メタアナリシスで使用された遺伝子型データは、イルミナ５５０Ｋ全ゲノムＳＮＰプラットフォームを用いて遺伝子タイピングされた１３１０のＳＬＥ症例からであった（Hom, G等, N Engl J Med 358:900-9 (2008)参照）。ＳＬＥ症例の試料の選択及び遺伝子タイピングは先に記載された（Hom, G等, N Engl J Med 358:900-9 (2008)）。先に記載された３５８３のコントロール（Hom, G等, N Engl J Med 358:900-9 (2008)）に加えて、公的に利用できる癌遺伝子感受性マーカー(Cancer Genetic Markers of Susceptibility)（ＣＧＥＭＳ）プロジェクトからの４５６４のコントロール試料を、承認を得た後に含めた（URL：cgems.cancer.govで入手可能）。７８５９のコントロールの全試料を、先に記載したデータ品質管理フィルターを使用して検査した（Hom, G等, N Engl J Med 358:900-9 (2008)）。我々は次にＩＭＰＵＴＥバージョン１を使用し ( URL www.stats.ox.ac..uk/~marchini/software/gwas/impute.htmlで入手可能)、参照としてＨａｐＭａｐ第ＩＩ相ＣＥＵ試料を使用して遺伝子タイピングを推察した（Marchini, J等, Nat. Genet. 39:906-913 (2007)）。我々はＳＮＰＴＥＳＴ（URL www.stats.ox.ac.uk/~marchini/software/gwas/snptest_v1.1.4.htmlで入手可能）を使用し、連関統計を作成した（Marchini, J等, Nat. Genet. 39:906-913 (2007)）。特に、連関統計は付加的なモデル（−ＳＮＰＴＥＳＴにおけるFrequentist１オプション）を使用して作成し、インピュートされた遺伝子型の不確実性に対して調節した（−ＳＮＰＴＥＳＴにおける適切なオプション）。連関統計の順位リストを使用し、記載されたように複製に対する領域を選択した。
【０１４８】
複製試料における集団層別化
各複製コホートについて、我々は、祖先情報マーカを使用して可能な集団層別化を修正した。ストリンジェントな品質管理基準をパスした５４８６の相関していない祖先情報マーカーのサブセットを使用し、ソフトウェアＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴを用いて、遺伝的変異の上位１０の主成分を推察した（Price等, Nat Genet 38(8):904-09 (2006)）。各試料セットから外れ値を除去した（σ＞６として定義）。すなわち、我々は合衆国コホートから２７の遺伝的外れ値を、スウェーデンコホートから４５の外れ値をそれぞれ除去した。第１の２の固有ベクトルに沿って、合衆国及びスウェーデンの複製コレクションの双方に、ある程度の集団層別化が観察された。症例−コントロール層別化に対して修正するために、我々は、次の方法の一つを使用した：(１)我々は、遺伝子型データが利用可能であれば、合衆国の複製データセット及びスウェーデンのデータセットに、ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴに導入されたコクラン-アーミテージ検定統計量の修正を適用した；(２)我々はインピュートされたスウェーデンデータの分析に、ロジスティック回帰モデルにおける共変数として主成分を使用した。
【０１４９】
連関分析
合衆国データについて、検定統計量におけるいくつかのインフレーションが、連関性に対して未修正１-自由度の対立遺伝子検定を実施した後に観察された（PLINK [Purcell, S等. Am J Hum Genet 81:559-75 (2007)]）。合衆国試料における集団層別化について修正するために、５４８６の相関していない祖先情報マーカーを使用する主成分分析（ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴ）を実施した。第１に、我々は遺伝的外れ値を除去した（σ＞６として定義）。第２に、コクラン-アーミテージ傾向のカイ二乗検定統計量を、１１２９の症例及び２９９１のコントロールにおいて、遺伝子タイピングされたＳＮＰについて算出し、第１の４つの固有ベクトルを使用してＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴにおいて、各ＳＮＰの検定統計値を調節した。各ＳＮＰについての検定統計量をベースにした両側ｐ値を算出した。集団層別化の修正後、合衆国試料におけるλｇｃは１．０５であった。
【０１５０】
スウェーデンデータについて、我々は、１２Ｋ試料並びに付加的なイルミナ３１７Ｋコントロールにおいて遺伝子タイピングされた５４８６の祖先情報マーカーを使用し、スウェーデンコホートの隠し集団層別化を試験した。遺伝的外れ値を除去した後、我々は、カスタム１２Ｋチップにおいて遺伝子タイピングされた８３４の症例及び５１５のコントロール、及びイルミナ３１７Ｋチップにおいて遺伝子タイピングされた８３２のコントロールを有していた。我々は、２つのイルミナアレイの間の６７８９のＳＮＰの重複セットにおいて、ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴにて実行される検定統計の修正を使用した。ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴは、インピュートされた遺伝子タイピングデータを用いて使用されることを意図していないために、１２Ｋ試料において遺伝子タイピングされた４６０５のＳＮＰのセットで層別化を修正し、イルミナ３１７Ｋ試料にインピュートするため、我々は、ＳＮＰＴＥＳＴにて実行されるロジスティック回帰モデルにおける共変数として、上で決定された第１の４つの固有ベクトルを使用した。イルミナ３１７Ｋにインピュートすることにより捕捉されない１２５０のマーカーの小さなセットを、カスタム１２Ｋチップにおいて遺伝子タイピングされた８３４の症例及び５１５のコントロールでのみ分析した。集団層別化について修正した後、スウェーデン試料におけるλｇｃは１．１０であった。
【０１５１】
メタアナリシス
我々は加重ｚスコア法を使用してメタアナリシスを実施した。異なるコホートにわたる結果を組合せるために、ヒトゲノムの対立遺伝子を、Ｃ／Ｇ及びＡ／Ｔ ＳＮＰに関連した曖昧さを回避するために、国立生物工学情報センター(ＮＣＢＩ)の３６参照配列の順方向ストランドに配向させた。ヒトゲノムのＮＣＢＩ参照配列は、URL www.ncbi.nlm.nih.govから入手可能である。また、Pruitt等, Nucl. Acids Res. 35 (データーベース号):D61-D65 (2007)を参照。各コホートに対するＰ値を、任意の参照対立遺伝子に対して効果の方向を考慮してｚスコアに転換させた。加重したｚスコアの合計を、各コホートの試料サイズの平方根により、各ｚスコアを加重し、ついで、全試料サイズの平方根で合計を割ることにより算出した。スウェーデン及び合衆国の複製コホートに対する組合せｚスコアを、片側ｐ値に転換させた。メタアナリシスｚスコアを両側ｐ値に転換させ、連関性の証拠を評価した。我々は、５×１０−８の閾値を通過したＳＮＰが、ＳＬＥと圧倒的に関連していると考えた。全ゲノム有意性をパスしなかった１×１０−５未満の組合せｐ値を有する遺伝子座は、強力な候補であると考えた。自由に入手可能なＭＥＴＡＬソフトウェアパッケージ(URL www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Metalで入手可能)を使用し、メタアナリシス法を実施した。プールされたオッズ比を算出するために、我々は、ＭＥＴＡＬソフトウェアにより実行されるコクラン-マントル-ヘンチェル(ＣＭＨ)法を使用した.オッズ比を、各ＳＮＰに対するリスク対立遺伝子に対して算出した。また、コントロールにおける加重平均対立遺伝子頻度を、各ＳＮＰのリスク対立遺伝子に対して算出した。
【０１５２】
説明された分散パーセント（Percent Variance Explained）
我々の複製研究において１×１０−５未満のメタｐ値を有するＳＮＰと、ＳＬＥに以前から関連しているＳＮＰについて、我々は、説明された分散パーセントを算出した。ＳＬＥが、平均０及び分散１で正規分布している基礎的傾向スコアを有すると仮定する傾向閾値モデルを使用した。我々は、母集団においてＳＬＥの有病率は０．１％と仮定した。各遺伝子型の閾値を算出するために、我々は、コントロールにおける対立遺伝子頻度と、我々の分析からのオッズ比(ＯＲ)に対応する効果量（エフェクトサイズ）を使用した。
【０１５３】
交互作用分析（Interaction Analysis）
トップシグナル間のエピスタシス効果を探すために、我々は表２、４及び６の全てのＳＮＰのリストをコンパイルし、ＰＬＩＮＫにおいて実行されるエピスタシスオプションを使用し、各複製コホートにおいて交互作用分析を実施した。より大きな統計的検出力を達成するために、我々は症例のみの分析（case-only analysis）を実施した。検定の数を修正した後、いずれのＳＮＰ-ＳＮＰ交互作用も、ｐ＜０．０５のレベルでの有意性は見出されなかった。
【０１５４】
条件付き分析（Conditional Analysis）
ＳＬＥとの強い連関性を示す各ゲノム領域において、我々は最も強いシグナルを示すＳＮＰを選択した。我々はこのＳＮＰにおける条件に対してＰＬＩＮＫを使用し、ＳＬＥとの強い連関性を示す他のＳＮＰを探した。
【０１５５】
全身性エリテマトーデスの新規リスク遺伝子座としての、ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０を同定する大規模複製研究
近年の全ゲノム関連(ＧＷＡ)及び候補遺伝子研究にて、全ゲノム有意性(Ｐ＜５×１０−８)を達成する、少なくとも１５の共通リスク対立遺伝子を同定する。これらには、自己抗体の適応免疫及び生成にとって重要な遺伝子(ＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子、ＢＬＫ、ＰＴＰＮ２２、及びＢＡＮＫ１)、及び先天免疫及びインターフェロンシグナル伝達における役割を担っている遺伝子(ＩＴＧＡＭ、ＴＮＦＡＩＰ３、ＳＴＡＴ４、及びＩＲＦ５) (Cunninghame Graham, D.S等, Nat. Genet. 40:83-89 (2008)；Graham, R.R等, Nat. Genet. 40(9):1059-61 (2008)；Graham, R.R等, J Intern Med 265:680-88 (2009)；Harley, J.B等, Nat. Genet. 40:204-10 (2008)；Hom, G等, N Engl J Med 358:900-9 (2008)；Kozyrev, S.V等, Nat. Genet. 40:211-6 (2008)；Sawalha, A.H等, PLoS ONE 3:e1727 (2008)；Sigurdsson, S等, Am J Hum Genet 76:528-37 (2005))が含まれる。付加的なリスク遺伝子座の同定を、我々は、１３１０の症例及び７８５９のコントロールの最新ＧＷＡＳ７５において、名目上Ｐ値＜０．０５を示す２４６６の遺伝子座からのＳＮＰの標的複製研究にて実施した。また我々は、２５の過去に報告されたＳＬＥリスク遺伝子座からのＳＮＰ、他の自己免疫疾患に関連している３５の遺伝子座からの４２のＳＮＰ、及び７０００超の祖先情報マーカーを遺伝子タイピングした。実験の設計の概説を図１に示す。上述したＳＮＰをイルミナカスタムＳＮＰアレイに導入した。合衆国及びスウェーデンからの独立した症例及びコントロールにおいて、アレイを遺伝子タイピングした。８２３のスウェーデンコントロールをイルミナ３１０Ｋ ＳＮＰアレイを使用して遺伝子タイピングし、上の方法で記載されたようにして変異体を分析した。
【０１５６】
特に、上述したように、我々は＞１２０００の変異体からなるカスタムＳＮＰアレイを設計し、アメリカ合衆国(１１２９のＳＬＥ症例、及び２９９１のコントロール)及びスウェーデン(８３４のＳＬＥ症例及び１３３８のコントロール)からの、２つの独立したＳＬＥ症例及びコントロール集団を遺伝子タイピングした。合衆国コントロールは、２２１５のアルツハイマー病の症例／コントロール試料を含み、ＳＬＥ及びアルツハイマーの遺伝的部分構造が独立していることが予期されるため、コントロールとして許容可能であると思われる。次に、データ品質フィルターを適用し、実施性に乏しい試料及びＳＮＰの人口外れ値、及び複製／血縁にある個体を除去した(上の方法を参照)。これらの品質管理基準に従って、１０８４８のＳＮＰの最終セットを、図１に示したようにして試験した。３７３５の変異体についての連関統計を算出し、７１１３の祖先情報マーカーを使用して集団層別化に対して修正した(上の方法を参照)。
【０１５７】
最初に、我々は、ＳＬＥと関連することが過去に報告されている２５の変異体（２３の遺伝子座から）を試験した(表２を参照)。さらに我々は、現在の組合せデータセットにおいて全ゲノム有意性（Ｐ＜５×１０−８）に達した９の遺伝子座を含む２１の変異体（Ｐ＜０．０５）についての連関性の証拠を見出した。全ゲノム有意性の結果は、ＨＬＡクラスＩＩ ＤＲ３（ＤＲＢ１＊０３０１）、ＩＲＦ５、ＴＮＦＡＩＰ３、ＢＬＫ、ＳＴＡＴ４、ＩＴＧＡＭ、ＰＴＰＮ２２、ＰＨＲＦ１（ＫＩＡＡ１５４２）、及びＴＮＦＳＦ４（ＯＸ４０Ｌ）であった。分析により、９の遺伝子座からの変異体についての付加的な証拠が提供され、そこでは単一の以前の研究で、全ゲノムの有意性レベルが報告されている：ＨＬＡ＊ＤＲ２、ＴＮＦＡＩＰ３（ｒｓ６９２０２２０）、ＢＡＮＫ１、ＡＴＧ５、ＰＴＴＧ１、ＰＸＫ、ＦＣＧＲ２Ａ、ＵＢＥ２Ｌ３、及びＩＲＡＫ１／ＭＥＣＰ２）。
【０１５８】
初期の候補遺伝子研究では、ＳＬＥについての可能性のあるリスク対立遺伝子として、ＭＥＣＰ２が同定された(Sawalha, A.H等, PLoS ONE 3:e1727 (2008))。しかしながら、現在のデータセットでは、ＩＲＡＫ１近傍のＳＮＰ、ＭＥＣＰ２周囲の連鎖不均衡の同定領域内に位置し、シグナル伝達する、トール様レセプター７及び９についての重要遺伝子が、連関性の最も強い証拠を示した。同様の発見が最近報告されており(Jacob, C.O等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA (2009))、ＩＲＡＫ１／ＭＥＣＰ２遺伝子座における関連した対立遺伝子を決定するためのさらなる研究が必要となるであろう。さらに我々は、３つの遺伝子座 - ＴＹＫ２、ＩＣＡ１及びＮＭＮＡＴ２−全ゲノムレベルで連関性の証拠はないが、以前から有意性が示されている−についての連関性の証拠を見出した(Harley, J.B等, Nat. Genet. 40:204-10 (2008)；Sigurdsson, S等, Am J Hum Genet 76:528-37 (2005))。４つの以前より関連していた変異体−ＬＹＮ、ＳＣＵＢＥ１、ＴＬＲ５及びＬＹ９−は、組合せデータセットにおいて、連関性についての何の証拠も観察されていない。
【０１５９】
新規なＳＬＥリスク遺伝子座を同定するために、我々は、１３１０のＳＬＥ症例及び７８５９のコントロールの拡張セットにおいて遺伝子タイピングされた５０２０３３のＳＮＰを含んでいた我々の全ゲノムデータセット(Hom, G等, N Engl J Med 358, 900-9 (2008))において、ＳＬＥに対して連関性の証拠が示した２４４６の異なる遺伝子座から計３１８８のＳＮＰを調べた。このデータセットを使用し、我々は、参照として第ＩＩ相ＨａｐＭａｐ ＣＥＵ試料を使用し、変異体を＞２．１にインピュートし(上の方法を参照)、連関統計の順位リストを作成した。Ｐ＜０．０５の変異体をカスタム複製アレイへの可能な含有のために選択した。効果的な遺伝子タイピングのために、我々は相関する変異体の群を同定し (ｒ２＞０．２)、ついで、各群から少なくとも２のＳＮＰを選択し、ここで最も低いＰ値は＜０．００１であった。残った群について、群中の最も低いＰ値を有するＳＮＰを含めた。複製試料において、我々は連関統計(本方法を参照)を算出し、予期されるヌル分布に対する複製結果の有意なリッチ化を観察した。過去に報告されたＳＬＥリスク対立遺伝子を除外すると、Ｐ＜０．０５（予想６４、Ｐ＝２×１０−１５）を有する１３４の遺伝子座、及びＰ＜０．００１（予想１、Ｐ＝１×１０−９）を有する１２の遺伝子座が存在し、真のポジティブの存在が示唆された。
【０１６０】
図２Ａ−２Ｅのそれぞれには、ＴＮＩＰ１（図２Ａ）、ＰＲＤＭ１（図２Ｂ）、ＪＡＺＦ１（図２Ｃ）、ＵＨＲＦ１ＢＰ１（図２Ｄ）、及びＩＬ−１０（図２Ｅ）で定まる遺伝子座を囲む５００ｋｂ領域内のｘ軸上のゲノム位置に対してｙ軸上にプロットされた全ゲノム連関性スキャンからの連関性結果が示されている。最も連関性のあるマーカーについてのメタアナリシスＰ値は、図２Ａ−２Ｅのそれぞれにおいて塗り潰された四角により示される。図２Ａ−２Ｆの各々について、ゲノムスキャンからのＰ値は、全ゲノム関連変異体に対するＬＤを示すようにマークされている：点描の円はｒ２＞０．８；破線の円はｒ２＞０．５；縞状の円はｒ２＞０．２；白抜きの円はｒ２＜０．２を示す。図２Ａ−２Ｅの底部に沿って、ＣＥＵ ＨａｐＭａｐからの組換え率（黒の実線）及び既知のヒト遺伝子を各プロットの下に示した。図２Ｂ（ＰＲＤＭ１）では、ＡＴＧ５遺伝子近傍の過去に報告され、独立したＳＬＥリスク遺伝子座（ｒｓ２２４５２１４）を黒い実線の円で示した。図２Ｆは、１９６３の症例及び４３２９のコントロール複製試料における１２５６の独立したＳＮＰ（アレイ中の任意の他のＳＮＰに対してｒ２＜０．１）のＰ値のヒストグラムを示す。ヌル分布下、結果の予期された密度は図２Ｆに破線で示される。図２Ｆに示されるように、Ｐ＜０．０５未満の結果の有意なリッチ化が観察された。
【０１６１】
従って、複製研究では、有意性（Ｐ＜５×１０−８）について全ゲノム閾値を越えた組合せＰ値を有する５つの新規ＳＬＥリスク遺伝子座：ＴＮＩＰ１、ＰＲＤＭ１、ＪＡＺＦ１、ＵＨＲＦ１ＢＰ１、及びＩＬ１０が同定された。これらと他の遺伝子座に対する詳細の統計的連関性を以下の表４に示す。
【０１６２】
ＴＮＦ-アルファ誘導性タンパク質３（ＴＮＦＡＩＰ３）交互作用タンパク質１（ＴＮＩＰ１）のイントロン内に存在する５ｑ３３．１上の変異体ｒｓ７７０８３９２は、３つ全てのコホートにおいてＳＬＥと有意に連関しており、組合せＰ＝３．８×１０−１３（図２Ａ）を有していた。ＴＮＩＰ１近傍の変異体は、近年、乾癬のリスクの原因であることが見出されているが（Nair, R.P等, Nat Genet 41:199-204 (2009))、ＳＬＥ及び乾癬変異体は２１Ｋｂだけ離れており、異なる遺伝的シグナルであると思われる（ｒ２＝０．００１）。ＴＮＩＰ１及びＴＮＦＡＩＰ３は交互作用するタンパク質であるが(Heyninck, K.等, FEBS Lett 536:135-40 (2003))、ＴＮＦＡＩＰ３の調節におけるＴＮＩＰ１の正確な役割は知られていない。ＳＬＥ(Graham, R.R等, Nat. Genet. 40(9):1059-61 (2008), Musone, S.L等, Nat. Genet. 40(9):1062-64 (2008))、関節リウマチ(Plenge, R.M等, Nat Genet 39:1477-82 (2007))、乾癬(Nair, R.P等, Nat Genet 41:199-204 (2009))及びＩ型糖尿病 (Fung, E.Y等, Genes Immun 10:188-91 (2009))とのＴＮＦＡＩＰ３近傍の複数の区別される変異体の連関は、この経路が自己免疫疾患の調節において重要な役割を有することを示唆している。
【０１６３】
第２の確認されたリスク変異体（ｒｓ６５６８４３１、Ｐ＝７．１２×１０−１０）は、ＺＮＦドメイン（ＰＲＤＭ１、ＢＬＩＭＰ１としても知られている）及びＡＰＧ５オートファジー５-様（ＡＴＧ５）と、ＰＲドメイン含有１との間の遺伝子間領域に同定された。ｒｓ６５６８４３１でのシグナルは、ｒｓ６５６８４３１がｒｓ２２４５２１４と共にｒ２＜０．１を有し、ｒｓ２２４５２１４が、ｒｓ６５６８４３１が導入された条件付きロジスティック回帰後、ＳＬＥ（Ｐ＜１×１０−５）との有意な相関性を保持しているため、ＡＴＧ５、ｒｓ２２４５２１４(Harley, J.B等, Nat Genet 40:204-10 (2008))(表４を参照)内の過去に報告されているＳＬＥリスク対立遺伝子とは異なると思われる(図２Ｂ)。
【０１６４】
他のジンクフィンガー遺伝子１との並置体（ＪＡＺＦ１）のプロモーター領域は、第３の新規に確認されたＳＬＥ遺伝子座（ｒｓ８４９１４２、Ｐ＝１．５４×１０−９）（図２Ｃ）である。興味あることに、この同じ変異体は２型糖尿病(Zeggini, E等, Nat Genet 40:638-45 (2008))のリスクと、高さの差異(Johansson, A等, Hum Mol Genet 18:373-80 (2009))に以前から関連していた。ＪＡＺＦ１近傍の別の前立腺癌対立遺伝子ｒｓ１０４８６５６７(Thomas, G等, Nat Genet 40:310-5 (2008))は現在の研究では連関性の証拠を示さなかった。
【０１６５】
ＳＬＥにおける第４の新規リスク遺伝子座は、ＩＣＢＰ９０結合タンパク質１（ＵＨＲＦＢＰ１、ｒｓ１１７５５３９３、Ｐ＝２．２２×１０−８）の非同義対立遺伝子（Ｒ４５４Ｑ）により定まる（図２Ｄ）。この対立遺伝子は、複数の経路に関連した転写及びメチル化因子である、ＵＨＲＦ１の推定結合パートナーにおける非保存的アミノ酸変化である(Arita, K.等, Nature 455:818-21 (2008))。ＵＨＲＦＢＰ１リスク対立遺伝子は、伸長した連鎖不均衡の領域内にあり、ＳＬＥ自己抗体によってしばしば標的とされるＲＮＡプロセシング複合体の一部である小核リボヌクレオタンパク質ポリペプチドＣ（ＳＮＰＲＣ）を含む複数の遺伝子を包含する。
【０１６６】
同定された第５の新規のＳＬＥ遺伝子座はインターロイキン-１０（ＩＬ１０；ｒｓ３０２４５０５、Ｐ＝３．９５×１０−８）（図２Ｅ）である。ＩＬ１０は、免疫応答をダウンレギュレートするように機能する重要な免疫調節サイトカインであり(Diveu, C等, Curr Opin Immunol 20:663-8 (2008))、ＩＬ１０の変異はＳＬＥに関連していることが報告されている(Nath, S.K等, Hum Genet 118:225-34 (2005))。ＳＬＥに関連した変異体は潰瘍性大腸炎(Franke, A等, Nat Genet 40:1319-23 (2008))及びＩ型糖尿病(Barrett, J.C等. , Nature Genetics 41:703 - 707 (2009))に対するリスクの原因として最近同定されているＳＮＰと同一であり、これらの疾患におけるＩＬ１０経路での共有病態生理学の可能性が示唆される。
【０１６７】
組合せた複製試料におけるＰ＜１×１０−５の有意な閾値を使用し、我々は、２１の付加的なＳＬＥ候補リスク遺伝子座を同定した（表４）。Ｐ＜１×１０−５を有する１未満の遺伝子座(０．０１)がメタアナリシスのヌル分布（Ｐ＝８×１０−７７）下で予想され、これらの遺伝子座のいくつかが真のポジティブ遺伝子座である可能性があることが示唆される。このリストにおける関心ある候補遺伝子は：ａ）先のＧＷＡＳに関係し、そのファミリーメンバーＩＲＦ５及びＩＲＦ７が確認されたＳＬＥリスク遺伝子座内にあるインターフェロン調節因子８（ＩＲＦ８）(Graham, R.R等, Nat. Genet. 40(9):1059-61 (2008))；ｂ）ＴＡＯキナーゼ３（ＴＡＯＫ３）、つまりリンパ球で発現するキナーゼのミスセンス対立遺伝子（ｒｓ４２８０７３、Ｎ４７Ｓ）；ｃ）リソソーム輸送レギュレーター（ＬＹＳＴ）、つまりヒトにおけるチェディアック-東症候群、リンパ増殖性疾患により特徴付けられる複合疾患の原因となる変異、；及びｄ）インターロイキン１２レセプター、ベータ２（ＩＬ１２ＲＢ２）、ＩＬ２３Ｒ及びＳＥＲＰＢＰ１を含む遺伝子座であるが、自己免疫疾患、炎症性腸疾患、乾癬及び強直性脊椎炎で報告されているＩＬ２３Ｒ変異体とは異なると思われるものを含む(Duerr, R.H等, Science 314:1461-3 (2006))。
【０１６８】
最近のＧＷＡ研究の顕著な特徴は、異なった複合疾患間で共有される多数の重複遺伝子座である(Zhernakova, A等, Nat Rev Genet 10:43-55 (2009))。我々は、ＳＬＥと連関する自己免疫疾患リスク対立遺伝子として過去に報告されている３５の遺伝子座からの４２の変異体を試験した(表６及び７)。単一の遺伝子座は未調節のＰ値＜５×１０−８を有していないが、我々は、連関対立遺伝子のリッチ化を見出した。検定した３５の遺伝子座から(４２の全変異体)、未調節のＰ＜０．０００４（偶然予期された１未満の結果、Ｐ＝４．４×１０−１２）、及び３５の前もって特定された遺伝子座に対するボンフェローニ補正後、Ｐ＜０．０５を有する５つの対立遺伝子が存在した。５つの変異体のそれぞれについて、ＳＬＥ関連対立遺伝子は過去に報告された対立遺伝子にマッチし、同じ方向の効果を有している(表６)。我々はＩ型糖尿病及びグレーブス病(Smyth, D.J等, Nat Genet 38:617-9 (2006)；Sutherland, A等, J Clin Endocrinol Metab 92:3338-41 (2007))と過去に関連していたＩＦＩＨ１（ｒｓ１９９０７６０、Ｐ＝３．３×１０−７）のミスセンス対立遺伝子の高度に有意な連関性を観察した。また、我々は、ＨＬＡクラスＩＩＩ領域に存在し、加齢黄斑変性の検証されたリスク対立遺伝子である補体因子Ｂ（ＣＦＢ、ｒｓ６４１１５３）のミスセンス対立遺伝子(Ｒ３２Ｑ)との連関性も観察した(Gold, B等, Nat Genet 38:458-62 (2006))。ＳＬＥリスク対立遺伝子は、ＳＬＥに関連した他のＨＬＡ領域変異体（ＤＲ２／ＤＲ３）と有意な連鎖不均衡(ＬＤ)ではなく、ＤＲ２及びＤＲ３を導入した条件付きロジスティック回帰分析後に有意なままであった。ＨＬＡは複合遺伝的領域であるが、ＳＮＰ ｒｓ６４１１５３の対立遺伝子が、報告されたＡＭＤリスク対立遺伝子とほぼ同一の保護効果を有していることは印象的である(Gold, B等, Nat Genet 38:458-62 (2006))。５つの候補疾患対立遺伝子のさらなる研究が示される。
【０１６９】
また、表７は、他の自己免疫疾患で同定されている４２の変異体について詳細な要約統計値を提供する。関心あることに、他の自己免疫疾患で有意な危険因子であるＣＴＬＡ４、ＩＬ２３Ｒ、ＮＯＤ２及びＣＤ４０からの変異体はＳＬＥに対する連関性の証拠を示さないようである。
【０１７０】
２６のＳＬＥリスク対立遺伝子（表２の過去に報告された２１の遺伝子座と、上述した５つの新規のＳＬＥ遺伝子座）を使用し、いくつかの付加的な分析を実施した。確認された遺伝子座を用いたペアワイズ交互作用分析を実施し、ＳＬＥ(Harley, J.B等, Nat Genet 40:204-10 (2008))及び他の複合疾患(Barrett, J.C等, Nat Genet 40:955-62 (2008))から、先の文献と一致し、非付加的交互作用についての証拠は観察されなかった。条件付きロジスティック回帰分析を使用しても、我々は、個々のリスク遺伝子座の任意でのリスクの原因となる複数の独立した対立遺伝子について、何の証拠も観察しなかった。次に我々は、Barrett等(Barrett, J.C等, Nat Genet 40:955-62 (2008))により記載された方法を使用し、確認されたＳＬＥリスク対立遺伝子の各々により説明されるパーセント分散を推定した。ＨＬＡ−ＤＲ３、ＩＲＦ５及びＳＴＡＴ４はそれぞれ＞１％の遺伝的分散を占めると推定され、残りの遺伝子座はそれぞれ１％未満の分散を占めた。併せると、２６のＳＬＥリスク遺伝子座がＳＬＥに対する推定８％の全遺伝的感受性を説明する。
【０１７１】
ＧＷＡＳ結果の標的複製は、付加的なリスク遺伝子座を確認するための効果的な研究設計である（Hirschhorn, J.N等, Nat Rev Genet 6:95-108 (2005)）。しかしながら、全ゲノム有意性についての許容されるＰ値基準に不十分な結果を複製する確率に関して、入手可能なデータはほとんどない。現在の研究では、最初のＧＷＡＳ研究からＰ＜０．０５の全ての変異体を複製に含めた。図３に示されるように、ＧＷＡＳ研究においてＰ値が低ければ低いほど、複製メタアナリシスにおいて候補又は確認された状態に達する確率は高くなる。関心あることに、何の候補又は確認された結果も、複製において検定された全ての変異体の〜５０％を占めるにもかかわらず、０．０５と０．０１の間のＧＷＡＳ Ｐを有する変異体の群から、現在の研究では得られなかった。これらの結果は、将来の標的研究設計の指針に有用でありうるが、確かに最初のＧＷＡＳ集団のサイズ、複製試料のサイズ、疾患構造、及び候補変異体のエフェクトサイズを、複製試作のプランニングにおいて注意深く考慮する必要がある。
【０１７２】
これらのデータは、免疫系の適応及び自然アームの機能に重要な遺伝子における共通の変異が、ＳＬＥ発症のリスクを確立するのに重要であるというさらなる証拠を提供する。同定された対立遺伝子の各々は、全体的な遺伝的リスクの一部のみを説明するが、これらの及び他の継続している研究は、ループスの病因への新規な見識を提供し、薬剤の発見及び開発のための新規な標的及び経路を示唆している。
【０１７３】
0005937008.tif 000003
臨界領域は、ＨａｐＭａｐ ＣＥＵ集団でｒ２＞０．４の変異体を含む最小領域として定められ、ＨＧ１８座標（Ｍｂ）で報告される。Ｐ値は示された症例／コントロール集団から算出され（ＧＷＡＳ：１３１０の症例及び７８５９のコントロール、合衆国：１１２９の症例及び２９９１のコントロール、スウェーデン：８３４の症例及び１３３８のコントロール、組合せ：３２７３の症例及び１２１８８のコントロール試料）、組合せＰ値は本方法に記載のようにして算出した。リスク対立遺伝子は＋参照ストランドに対して報告される。リスク対立遺伝子頻度はコントロール染色体における頻度である。オッズ比は上の方法に記載した組合せオッズ比である。ａはＧＷＡＳ試料において、方法に記載されたようにインピュートされ、複製試料において直接遺伝子タイピングされたマーカーを示す。ｂ ｒｓ３１３５３９４はＨＬＡ＊ＤＲ３（ＤＲＢ１＊０３０１）対立遺伝子に対してｒ２＝０．８７を有する。ｃ ｒｓ９２７１３６６はＨＬＡ＊ＤＲ２（ＤＲＢ１＊１５０１）対立遺伝子に対してｒ２＝０．９７を有する。拡張した要約統計に対しては表３を参照。Ｎ．Ａ．＝利用不可；ＱＣ基準にパスしなかったため（ＴＹＫ２、ＦＣＧＲ２Ａ、及びＩＲＡＫ１／ＭＥＣＰ２）、又は特定の変異体が全ゲノムアレイに存在しないため（ＴＬＲ５及びＩＲＦ５）。しかしながら、ｒｓ２０７０１９７（ＩＲＦ５領域）は、ゲノムスキャンでＰ＝２×１０−１１を有していたｒｓ１０４８８６３１と強い連鎖不均衡(ＬＤ)にある。
【０１７４】
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ここでの臨界領域はＨａｐＭａｐ ＣＥＵ集団でｒ２＞０．４の変異体を含む最小領域として定められ、ＨＧ１８座標（Ｍｂ）で報告される。対立遺伝子頻度は示された症例／コントロール集団から算出された（ＧＷＡＳ：１３１０の症例及び７８５９のコントロール、合衆国：１１２９の症例及び２９９１のコントロール、スウェーデン：８３４の症例及び１３３８のコントロール、組合せ：３２７３の症例及び１２１８８のコントロール試料）。対立遺伝子は＋参照ストランドに対して報告され、全データは対立遺伝子１(Ａ１)に言及する。各集団に対するオッズ比(ＯＤ)を列挙する。
【０１７５】
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試料、臨界領域、Ｐ値、リスク対立遺伝子、及びオッズ比は、表２の凡例に記載された通りである。ａはＧＷＡＳ試料から上の方法で記載されたようにインピュートされ、複製試料において直接遺伝子タイピングされたマーカーを示す。拡張した要約統計に対しては表５を参照。
【０１７６】
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ここでの臨界領域はＨａｐＭａｐ ＣＥＵ集団でｒ２＞０．４の変異体を含む最小領域として定義され、ＨＧ１８座標で報告される。対立遺伝子頻度は示された症例／コントロール集団から算出された（ＧＷＡＳ：１３１０の症例及び７８５９のコントロール、合衆国：１１２９の症例及び２９９１のコントロール、スウェーデン：８３４の症例及び１３３８のコントロール、組合せ：３２７３の症例及び１２１８８のコントロール試料）。対立遺伝子は＋参照ストランドに対して報告され、全データは対立遺伝子１(Ａ１)に言及する。各集団に対するオッズ比(ＯＤ)を列挙する。
【０１７７】
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表中の全対立遺伝子は、報告されている変異体と同一であるか又は報告されている変異体に対してｒ２＞０．８を有し、同じ方向の効果を持つ同じリスク対立遺伝子である。位置(塩基対)はＨＧ１８座標で報告される。試料、個体及び組合せＰ値、リスク対立遺伝子頻度及びＯＲは表２の凡例に記載された通りである。組合せ補正Ｐ値は、過去に報告された３５のリスク遺伝子座に対するボンフェローニ補正Ｐ値である。他の自己免疫連関：Ｔ１Ｄ＝Ｉ型糖尿病、ＡＭＤ＝加齢黄斑変性、ＭＳ＝多発性硬化症、ＩＢＤ＝炎症性腸疾患及びＰＳ＝乾癬。拡張された要約統計及び検定された変異体の完全なリストについては表７を参照。ａはＧＷＡＳ試料から方法に記載されたようにしてインピュートされ、複製試料において直接遺伝子タイピングされたマーカーを示す。
【０１７８】
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【０１７９】
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位置(塩基対)はＨＧ１８座標で報告される。Ｐ値は示した症例／コントロール集団から算出し（ＧＷＡＳ：１３１０の症例及び７８５９のコントロール、合衆国：１１２９の症例及び２９９１のコントロール、スウェーデン：８３４の症例及び１３３８のコントロール、組合せ：３２７３の症例及び１２１８８のコントロール試料）、組合せたＰ値は上記方法に記載したようにして算出した。複製Ｐ値は、合衆国及びスウェーデンの組合せた試料に対するメタＰ値を意味する。対立遺伝子は＋参照ストランドに対して報告され、全データは対立遺伝子１(Ａ１)に言及する。各集団に対するオッズ比(ＯＤ)を列挙する。
【０１８０】
実施例２
ＢＬＫに対する原因対立遺伝子の再配列化及び同定
上で検討したように、ＢＬＫは全ゲノム有意性（Ｐ＜５×１０−８）を達成するＳＬＥに関連したリスク遺伝子座として同定された。この連関性の遺伝学的基礎をさらに特徴付け、原因対立遺伝子を同定するために、我々は以下に記載するような、ＢＬＫ遺伝子座の再配列化研究及びレポーター遺伝子発現アッセイを実施した。
【０１８１】
再配列化研究では、自己免疫性バイオマーカー協力ネットワーク(ＡＢＣｏＮ）(Bauer等, PLoS medicine 3(12):e491 (2006))において１９２人の患者、ＮＩＨ／ＮＩＡＭＳ資金提供リポジトリ、及びニューヨーク癌プロジェクト(ＮＹＣＰ)(Mitchell等, J. Urban Health 81:301-10 (2004))の９６人のコントロール個体から単離されたＤＮＡのＢＬＫ遺伝子座の２．５ｋｂ上流のプロモーター配列、及び１３エクソンの全てを再配列化した。配列化の前に、ゲノムＤＮＡを製造者のプロトコルに従い、全ゲノムで増幅させた(Qiagen, Valencia, CA., Cat. No. 150045)。
【０１８２】
再配列化の結果は、１７の変異（１０の非同義、７の同義）がＢＬＫ遺伝子のコード化領域で見出されることを示した（表８）。これらの変異はいずれも、コントロールより症例において有意に高い頻度を示さなかった。非同義変異の全体的な頻度は、コントロール（７／９６）よりも症例（１４／１９１）において有意に高くはなかった。
【０１８３】
さらに、複数の共通のバリエーションが、ＢＬＫの非コード化領域で同定された(表９に示す)。これらのＳＮＰ（ｒｓ４８４０５６８、ｒｓ１３８２５６８［三重対立遺伝子ＳＮＰ（Ａ／Ｃ／Ｇ）；Ｃ対立遺伝子はリスク対立遺伝子として予め同定されていた］、及びｒｓ９２２４８３（配列番号：１３））は、ｒ２＞０．５を有するＧＷＡＳ(Hom等, N Engl J Med 358:900-09 (2008))（ｒｓ１３２７７１１３、オッズ比、１．３９、Ｐ＝１×１０−１０）から予め同定されていた遺伝子座と連関していることが示された。図４は、ハプロビュー(URL www.broadinstitute.org/haploview/haploviewで自由に入手可能なソフトウェア；Barrett J.C等, Bioinformatics 21:263-65 (2005)を参照）を使用して作成されたＢＬＫのプロモーター領域内の連鎖不均衡(ＬＤ)ブロック（ｒ２で示す）を示す。図の上部は、同定されたＳＮＰの相対位置を有するＢＬＫのプロモーター領域の概略ダイアグラムを示す。列挙したＳＮＰ間のｒ２値は、ボックス内に示す。２つのＳＮＰ間のＬＤの強度を、各ボックスに提供されるｒ２値で示す。ＧＷＡＳから同定された遺伝子座（ｒｓ１３２７７１１３）及び再配列化から同定された３つのＳＮＰ（ｒｓ４８４０５６８、ｒｓ１３８２５６８、及びｒｓ９２２４８３（配列番号：１３））を、図の上部の黒い境界で示す。
【０１８４】
この再配列化研究では、ＢＬＫのコード化領域における任意の共通変異は明らかにならなかった。しかしながら、プロモーター領域での３つの共通変異（ｒｓ４８４０５６８、ｒｓ１３８２５６８、及びｒｓ９２２４８３（配列番号：１３））が、ＳＬＥの増加するリスクと関連して、ＢＬＫの生物学的効果の潜在的な原因対立遺伝子として同定された。これらの各バリエーションを、連関性をさらに特徴付けるために以下に詳述するルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて用いた。
【０１８５】
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【０１８６】
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【０１８７】
ルシフェラーゼレポーター遺伝子アッセイを、ＢＬＫ媒介性遺伝子発現に対する３つのＳＮＰ、ｒｓ４８４０５６８、ｒｓ１３８２５６８、及びｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）の効果を調査するために実施した。ＢＬＫの上流配列（−２２５６〜＋５５ｂｐ）を、リスク又は非リスクハプロタイプを有する個体から、ゲノムＤＮＡを使用して増幅させた。各ＰＣＲ産物をｐＣＲ２．１−ＴＯＰＯベクター(Invitrogen, Carlsbad, CA; Cat. No. K4500-01)にクローニングし、ついでｐＧＬ４ルシフェラーゼレポーターベクター(Promega, Madison, WI; Cat. No. E6651)にサブクローニングした。非リスクハプロタイプを有するコンストラクトを、変異誘発に対する鋳型として使用し(Stratagene, La Jolla, CA; Cat. No. 10519-5)、様々なハプロタイプを作製した。
【０１８８】
ＰＣＲ増幅に使用されるプライマーは以下の通りであった：
順方向：ＣＣＡＣＣＴＣＴＣＴＴＣＣＧＣＣＴＴＴＣＴＣＡＴ（配列番号：１）；
逆方向：ＴＴＴＣＡＴＧＧＣＴＴＧＴＧＧＣＴＴＴＣＴＧＣＣ（配列番号：２）。変異誘発に使用されたプライマーを以下の表１０に列挙する。
【０１８９】
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【０１９０】
ウミシイタケルシフェラーゼコントロールレポーターベクターｐＲＬ−ＴＫ(Promega, Madison, WI；カタログ番号E2241)を正規化に使用した。細胞株ＢＪＡＢ(エプスタイン・バーウイルスゲノムを欠き、３つのヒトリンパ腫から誘導された、Ｂ細胞(骨髄由来)の特徴を有する連続したリンパ球細胞株；Klein等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 71:3283-86 (1974))、又はダウディ細胞株 (アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション(ATCC)カタログ番号CCL-213)を形質移入に使用した。各形質移入では、Amaxa(登録商標)Nucleofector(登録商標)装置(Lonza, Walkersville Inc., Walkersville, MD (Lonza Group Ltd., Switzerland)；カタログ番号AAD-1001)を使用し、各ベクターのＤＮＡ５μｇを用いて、５×１０６細胞を形質移入させた。細胞株Nucleofector(登録商標)キットＬ(Lonza, カタログ番号VCA-1005)を、Nucleofector(登録商標)装置プログラムＡ-０３０と共にダウディ細胞に使用した。細胞株Nucleofector(登録商標)キットＶ(Lonza, Cat. No. VCA-1005)を、Nucleofector(登録商標)装置プログラムＴ-０２０と共にＢＪＡＢ細胞に使用した。全ての形質移入を２回又は３回実施した。形質移入後、細胞を３７℃で１６時間インキュベートした。そのインキュベーション後、細胞を収集し、製造者の使用説明書に従い、デュアル−ルシフェラーゼ(登録商標)レポーターアッセイシステム (Promega, Madison, WI；カタログ番号E1960)を使用し、ルシフェラーゼ活性を測定した。
【０１９１】
上述したルシフェラーゼレポーターアッセイ系において測定されたＢＬＫ媒介性遺伝子発現に対する各ＳＮＰ ｒｓ４８４０５６８、ｒｓ１３８２５６８、及びｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）の効果を図５に示す。変異誘発により作製された種々のハプロタイプを、非リスク（野生型）ハプロタイプ２２−ＧＡＣ（各図５Ａ−Ｆの白抜きバー）及びリスクハプロタイプ２２−ＡＣＴ（各図５Ａ−Ｆのハッチングのバー）と比較した。
【０１９２】
図５Ａ及び５Ｂは、ＳＮＰ ｒｓ９２２４８３（Ｃ＞Ｔ）（配列番号：１３）が、ＢＪＡＢ（図５Ａ）及びダウディ細胞（図５Ｂ）の双方においてＢＬＫ媒介性遺伝子発現に対する有意な効果を生じることを示している。非リスクハプロタイプ２２−ＧＡＣ（オープンバー）と比較して、ハプロタイプ２２−ＧＡＴは、双方の細胞株でほぼ５０％まで転写活性を低下させることが示された。Ｔ対立遺伝子を有するハプロタイプは、Ｃ対立遺伝子を有するものよりも、一致して低い活性を示した。５つの独立した実験がＢＪＡＢ細胞で実施され、６つの独立した実験がダウディ細胞で実施された。示されたデータは３回のアッセイにおける平均＋／−平均の標準誤差（ｓ.ｅ.ｍ.）を表す；＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１（ｔ検定）。
【０１９３】
図５Ｃ及び５Ｄは、ＳＮＰ ｒｓ１３８２５６８（Ａ＞Ｃ／Ｇ＞Ｃ）が、いずれかの細胞株においてＢＬＫ媒介性発現に対して如何なる有意な効果も生じなかったことを示している。ハプロタイプ２２−ＧＣＣ及び２２−ＧＧＣ（スポットバー）の双方が、非リスクハプロタイプ２２−ＧＡＣ（白抜きバー）と比較して、同様のレベルのルシフェラーゼ活性を示した。５つの独立した実験がＢＪＡＢ細胞で実施され、６つの独立した実験がダウディ細胞で実施された。示されたデータは３回のアッセイにおける平均＋／−ｓ.ｅ.ｍ.を表す；＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、ｎｓ＝有意でない（ｔ検定）。
【０１９４】
図５Ｅ及び５Ｆは、ＳＮＰ ｒｓ４８４０５６８（Ｇ＞Ａ）が、ＢＪＡＢ細胞又はダウディ細胞においてＢＬＫ媒介性遺伝子発現に対して有意な効果を生じなかったことを示している。ハプロタイプ２２−ＡＡＣ（スポットバー）と非リスクハプロタイプ２２−ＧＡＣ（白抜きバー）との差異は、ＢＪＡＢ細胞では統計的に有意ではなかったが(図５Ｅ)、ダウディ細胞では統計的に有意であった(図５Ｆ)。ハプロタイプ２２−ＡＣＣ（スポットバー）が、非リスクハプロタイプ−ＧＡＣ(白抜きバー)と比較して、ルシフェラーゼ活性に如何なる欠陥も示さなかったという事実を考慮すると、Ａ対立遺伝子が原因対立遺伝子である可能性は大きく低下する(図５Ｆ)。示されたデータは３回のアッセイにおける平均＋／−ｓ.ｅ.ｍ.を表す；＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、ｎｓ＝有意でない（ｔ検定）。
【０１９５】
ＢＬＫプロモーターの上流の領域での(ＧＴ)反復が、ＢＬＫ遺伝子発現のエンハンサーとして機能しうることは、以前に示されている（Lin等, J Biol Chem 270: 25968 (1995)）。よって、我々は、(ＧＴ)反復の長さが、ＢＬＫプロモーターの転写活性に影響を及ぼすかどうか試験した。これらの実験を実施するため、１８の(ＧＴ)反復(配列番号：１４)又は２２の(ＧＴ)反復(配列番号：１５)の双方を有する個体からのゲノムＤＮＡ試料を、上述した方策を使用して、クローニングのために選択した。最終ベクターを配列化し、それらが正確な長さの(ＧＴ)反復を含んでいることを確認した。図６に示されるように、１８の(ＧＴ)反復(配列番号：１４)を有するハプロタイプは、ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて、２２の(ＧＴ)反復(配列番号：１５)を有するものと比較して、同様のレベルの転写活性を示した。示されたデータは２回のアッセイにおける平均＋／−ｓ.ｅ.ｍ.を表し、ｎｓ＝有意でない（ｔ検定）。
【０１９６】
要約すると、ＢＬＫ再配列化試作のこれらの結果及びルシフェラーゼレポーター遺伝子アッセイの結果は、ＳＮＰ ｒｓ９２２４８３（Ｃ＞Ｔ）（図７、配列番号：１３）が、ＳＬＥのリスク増加に関連した生物学的効果である、ＢＬＫの転写を低減させる原因対立遺伝子であることを示している。加えて、該結果は、ｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）のＴ対立遺伝子が、ＢＬＫ媒介性遺伝子発現のレベルを５０％低下させたことを示している。
【０１９７】
ＢＬＫの第１エクソンの進化的に保存された領域及び可能なヒト転写開始部位内にｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）が存在していることに留意することは興味深い。ヒトＩｎｒモチーフのコンセンサス配列は、ＹＹＡＮＷＹＹ（ＩＵＰＡＣヌクレオチドコード）として同定されている。Juven-Gershon等 Dev. Biol. 339:225-229 (2010)。ＳＮＰ ｒｓ９２２４８３（配列番号：１３）において、Ｉｎｒ領域中の第２の塩基は、コンセンサスモチーフに対して改変されている。従って、「野生型」ハプロタイプＩｎｒ配列はＣＣＡＣＣＴＣであるが、ＳＬＥリスクハプロタイプＩｎｒ配列はＣＴＡＣＣＴＣである。我々は、保存されたＩｎｒモチーフにおける第２の塩基の修飾が、ＴＦＩＩＤ転写複合体の親和性を変化させ、上述の転写の観察された差異が生じることを示唆する。
【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ】
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【図２Ｅ】
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【図２Ｆ】
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【図３】
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【図４】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図５Ｅ】
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【図５Ｆ】
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【図６】
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【図７】
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【配列表】
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