(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＤＮＡ保持体の製造方法であって、
固相担体（ただし、カルボジイミド基、窒素イペリット基、アミノ基及びアルデヒド基のいずれかを備えるものを除く。）上に、識別用塩基配列と、チミンリッチな塩基配列と、を備える１又は２以上のＤＮＡを、供給する供給工程と、
前記チミンリッチな塩基配列を介して前記ＤＮＡを直接固定化する固定化工程と、
を備え、
前記固定化工程は、クエン酸緩衝液の存在下で前記１又は２以上のＤＮＡに紫外線照射して前記固相担体に固定化する工程である、方法。
【請求項２】
前記識別用塩基配列は、Ｔ（チミン）の含有量（識別用塩基配列中のチミン塩基数／識別用塩基配列の全塩基数×１００）が５０％未満である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記識別用塩基配列は、前記Ｔの含有量が４０％以下である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記識別用塩基配列は、前記Ｔの含有量が３０％以下である、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
前記識別用塩基配列は、前記Ｔの含有量が２０％以下である、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
前記識別用塩基配列は、前記Ｔの含有量が１０％以下である、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
前記固相担体は、多孔質体である、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記固相担体は、合成樹脂又は天然高分子を含む、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
前記チミンリッチな塩基配列は、前記ＤＮＡの５’末端側及び３’末端側のいずれか又は双方に備えられる、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記チミンリッチな塩基配列は、２以上の連続するチミンからなる、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記チミンリッチな塩基配列は、３又は４以上の連続するチミンからなる、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
前記チミンリッチな塩基配列は、５又は６以上の連続するチミンからなる、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記識別用塩基配列は、配列番号１〜１００及びその相補配列から選択される、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
ＤＮＡ保持体のＤＮＡのハイブリダイズ能を安定化する方法であって、
固相担体（ただし、カルボジイミド基、窒素イペリット基、アミノ基及びアルデヒド基のいずれかを備えるものを除く。）上に、識別用塩基配列と、チミンリッチな塩基配列と、を備える１又は２以上のＤＮＡを、供給する供給工程と、
前記チミンリッチな塩基配列を介して前記ＤＮＡを直接固定化する固定化工程と、
を備え、
前記固定化工程は、クエン酸緩衝液の存在下で前記１又は２以上のＤＮＡを紫外線照射によって前記固相担体に固定化する工程である、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願は、２０１０年７月１６日出願の日本国特許出願である特願２０１０−１６２３３５に基づく優先権を主張するものであって、その全内容が引用により本願に組み込まれる。
本発明は、対象物を識別するための識別情報を保持する保持体及びその利用に関し、特に、ＤＮＡを含有する識別情報を保持する保持体及びその利用に関する。
【背景技術】
【０００２】
近年、製品、部品（中間製品含む）、水産物、農産物、銀行券、証券等の各種の流通物品を品質、安全性、改ざん防止、真偽判定の観点から、管理することが要請されるようになってきている。【０００３】
こうした各種の識別対象の流通や移動の監視・管理は、通常、識別対象に固有のあるいは予め関連付けられた識別情報を付与しておき、その識別情報を、適時に識別することによって行われる。例えば、ＤＮＡの塩基配列を利用してＤＮＡインキを作製し、このＤＮＡインキを用いて識別対象に印刷し、適時に、ＤＮＡの塩基配列を検出することで、偽造や改ざん等を回避する技術も提案されている(特許文献１)。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】特開2008-187991号公報
【発明の概要】
【０００５】
流通や移動を通じて、識別情報を保持した識別対象は、様々な環境に曝されることになる。一方、ＤＮＡを利用して識別対象を識別するのにあたって、その識別能を高度に維持する必要がある。そのためには、ＤＮＡが識別対象において安定してかつ劣化を生じることなく保持される必要がある。
【０００６】
ＤＮＡは、波長200〜300nm程度の紫外光で損傷が生じることがある。また、流通中に、摩擦的な外力がかかったり、温度や湿度の変化など生じると、ＤＮＡが識別対象から脱離されるほか、識別対象上において切断される可能性もある。
【０００７】
このような場合には、付与されたＤＮＡを正確に検出することが困難になり、識別能が低下する恐れがある。
【０００８】
また、精度よく識別対象を識別するには、その検出が簡易にかつ迅速に実行できることも重要である。
【０００９】
そこで、本明細書の開示は、識別能の良好な識別情報の保持体及びその利用を提
【００１０】
本発明者らは、識別対象を識別するための識別情報として用いるＤＮＡをその保持体上において化学的に安定してかつ脱離を抑制して保持するために鋭意検討した。その結果、ＤＮＡを構成する塩基の一種であるチミン又はその誘導体を用いて、ＤＮＡの保持体への固定化能を向上させて、化学に安定してかつ摩擦等による脱離を抑制して固定化できるという知見を得た。本明細書の開示によれば、以下の手段が提供される。
【００１１】
（１）識別対象を識別するため識別情報を保持する保持体であって、
前記識別対象に予め関連付けられた識別用塩基配列と、チミンリッチな塩基配列と、を有する１又は２以上のＤＮＡを、備える、保持体。
（２）前記チミンリッチな塩基配列は、前記ＤＮＡの５’末端側及び３’末端側のいずれか又は双方に備えられる、（１）に記載の保持体。
（３）前記識別用塩基配列は、Ｔ（チミン）の含有量（識別用塩基配列中のチミン塩基数／識別用塩基配列の全塩基数×１００）が５０％未満である、（１）又は（２）に記載の保持体。
（４）  前記識別用塩基配列は、前記Ｔ含有量が１０％以下である、（３）に記載の保持体。
（５）前記チミンリッチな塩基配列は、２以上の連続するチミンからなる、（１）〜（４）のいずれかに記載の保持体。
（６）前記チミンリッチな塩基配列は、３又は４以上の連続するチミンからなる、（１）〜（５）のいずれかに記載の保持体。
（７）前記チミンリッチな塩基配列は、５又は６以上の連続するチミンからなる、（１）〜（５）のいずれかに記載の保持体。
（８）前記識別用塩基配列は、配列番号１〜１００及びその相補配列から選択される、（１）〜（７）のいずれかに記載の保持体。
（９）前記１又は２以上のＤＮＡは前記保持体において化学結合により結合されている、（１）〜（８）のいずれかに記載の保持体。
（１０）前記１又は２以上のＤＮＡを含む、複数個のドット状体が、目視で識別可能なパターンを構成する、（９）に記載の保持体。
（１１）前記パターンを２種以上備える、（１０）に記載の保持体。
（１２）２種以上の前記パターンは、前記パターン間で共通しない前記識別用塩基配列を有する１又は２以上のＤＮＡからなるドット状体で構成されている、（１１）に記載の保持体。
（１３）２種以上の前記パターンは、少なくともその一部が重なって配置されている、（１２）に記載の保持体。
（１４）前記保持体の前記ＤＮＡを備える部分を覆うカバーを備える、（１）〜（１３）のいずれかに記載の保持体。
（１５）  識別対象の識別方法であって、
前記識別対象に付与された（１）〜（１４）のいずれかに記載の保持体上の前記ＤＮＡに対して、前記識別用塩基配列と相補的な塩基配列を有する１又は２以上のプローブを接触させる工程と、
前記識別用塩基配列と前記プローブとのハイブリダイゼーション産物を検出する工程と、
を備える、方法。
（１６）識別対象の識別キットであって、
（１）〜（１４）のいずれかに記載の保持体と、
前記識別用塩基配列と相補的な塩基配列を有する１又は２以上のプローブと、
を備える、キット。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
本明細書の開示は、ＤＮＡ中の識別用塩基配列を識別情報として用いる、識別対象を識別するための保持体及びその利用に関する。本明細書に開示される保持体によれば、識別情報を保持するＤＮＡの分解が抑制され、かつ脱離などが抑制されて保持体上に保持されているため、識別の正確性、精度及び再現性に優れた、識別能が良好な保持体が提供される。また、このように識別情報を保持するＤＮＡが保持体上に保持されることで、迅速でかつ簡易な検出も可能となる。また、配列番号１〜１００で表される塩基配列及びその相補的配列から選択される識別用塩基配列を用いていることから、特異性の高い識別能が確保され、識別対象を高い選択性で、迅速に識別することができる。以下、本明細書の開示の実施形態について詳細に説明する。
【００１３】
（保持体）
本明細書に開示される保持体は、識別対象を識別するため識別情報を保持する保持体であって、前記識別対象に予め関連付けられた識別用塩基配列を前記識別情報として有するとともに、その少なくともその一部においてチミンリッチな塩基配列を有する、１又は２以上のＤＮＡを、備えることができる。
【００１４】
（識別対象）
本明細書に開示される保持体（以下、単に本保持体という。）によって識別される識別対象は、特に限定されないで、各種の流通物品や媒体が挙げられる。流通物品としては、商業的にあるいは非商業的に流通する全ての物品が対象となる。例えば、各種工業製品、部品（中間製品含む）、水産物、農産物、芸術品、書籍などのほか、銀行券、証券などが挙げられる。また、個人を識別するためのＩＤカードのほか、各種証明書等も含まれる。
【００１５】
本保持体は、各種形態を採ることができる。例えば、フィルム、シート、基板などの各種形状の担体に対して識別情報を保持するものであってもよい。この場合、本保持体は、識別対象に対して、接着などの化学的手段やそのほかの物理的手段により、固定化される。また、本保持体が、識別対象の一部であってもよい。例えば、識別対象の一部に識別情報が保持されていてもよい。
【００１６】
上記担体の形状としては、例えば、フィルム、平板、粒子、成形品（ビーズ、ストリップ、マルチウェルプレートのウェルまたはストリップ、チューブ、メッシュ、連続発泡フォーム、膜、紙、針、ファイバー、プレート、スライド及び細胞培養容器等）、ラテックス等を挙げることができる。また、それらの大きさについては、特に制限は無い。検出を考慮すると、識別情報を付与する領域が平坦状であることが好ましい。
【００１７】
ＤＮＡである識別情報が保持される担体又は識別対象の部位（担体等）を構成する材料としては、物理的吸着又は化学結合によってＤＮＡを固定化することができ、通常のハイブリダイゼーションの条件に耐えうるものであれば特に制限されない。具体的には、核酸の固定及びハイブリダイゼーション等に用いる溶剤に不溶であり、かつ常温若しくはその付近の温度範囲内（例えば０〜１００℃）で固体又はゲル状であるものが挙げられる。
【００１８】
このような担体等の材質としては、具体的には、プラスチック、無機高分子、金属、天然高分子、セラミック等が挙げられる。上記プラスチックとして具体的には、紫外線照射により生体分子を固定化することができるものであれば特に制限されず、具体的には、熱可塑性樹脂、熱硬化性樹脂及び共重合体等が挙げられる。さらに具体的には、熱可塑性樹脂としては、アイオノマー（スチレン系、オレフィン系）、ポリノルボルネン、ポリアセタール、ポリアリレート、ポリエーテルエーテルケトン、ポリエチレンオキサイド、ポリオキシメチレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリカーボネート、ポリスチレン、ポリスルホン、ポリパラメチルスチレン、ポリアリルアミン、ポリフェニレンエーテル、ポリフェニレンサルファイド、ポリブタジエン、ポリブチレンテレフタレート、ポリプロピレン、ポリメチルペンテン、ポリエーテルスルホン、ポリフェニレンスルフィド、ポリオキシベンゾイル、ポリオキシエチレン、酢酸セルロース、ポリジメチルシロキサン、ポリイソブチレン、セルローストリアセテート、ポリ−ｐ−フェニレンテレフタラミド、ポリイソプレン、ポリアクリロニトリル、ポリメチルペンテン、塩素プラスティック（ポリ塩化ビニル、ポリ塩化エチレン、塩素化ポリプロピレン、ポリ塩化ビニリデン）、フッ素プラスチック（テトラフルオロエチレン、ポリクロロトリフルオロエチレン、ポリフッ化ビニリデン）、ポリアミド（ナイロン6、ナイロン66）、ポリアミドイミド、ポリイミド（熱可塑性ポリイミド、ポリエーテルイミド）、ポリエチレンプラスティック（塩素化、高密度、低密度）、ポリビニルプラスティック（ポリ塩化ビニル、ポリ酢酸ビニル、ポリパラビニルフェノール、ポリビニルアルコール、ポリビニルエーテル、ポリビニルブチラール、ポリビニルホルマール）、液晶ポリマー（ポリエステル系液晶高分子）、アクリレートプラスティック（アミノポリアクリルアミド、ポリアクリル酸メチル、ポリメチルメタクリレート、エチルポリメタクリレート、ブチルポリメタクリレート）、熱可塑性エラストマー（スチレン系、オレフィン系、ウレタン系、ポリエステル系、ポリアミド系、1，2−ポリブタジエン系、塩化ビニル系、フッ素系、ポリアイオノマー系、塩素化ポリエチレン系、シリコーン系）等が挙げられる。
【００１９】
また、熱硬化性樹脂としては、エポキシ、ポリキシレン、ポリグアナミン、ポリジアリルフタレート、ポリビニルエステル、ポリフェノール、不飽和ポリエステル、ポリフラン、ポリイミド、ポリウレタン、ポリマレイン酸、メラミン、ユリア、アルキド、ベンゾグアナミン、ポリシアナート、ポリイソシアナート等が挙げられる。
【００２０】
さらに、共重合体としては、イソブチレン無水マレイン酸共重合体、アクリロニトリルアクリレートスチレン共重合体、アクリロニトリルEPDMスチレン共重合体、アクリロニトリルスチレン共重合体、アクリロニトリルブタジエンスチレン共重合体、ブタジエンスチレンメチルメタクリレート共重合体、エチレン塩化ビニル共重合体、エチレン酢酸ビニル共重合体、エチレン−エチルアクリレート共重合体、アクリロニトリル−ブタジエンスチレン共重合体、ポリエーテルエーテルケトン共重合体、フッ化エチレンポリプロピレン共重合体、テトラフルオロエチレンパーフロロアルキルビニルエーテル共重合体、テトラフルオロエチレンエチレン共重合体等が挙げられる。
【００２１】
上記の合成樹脂のうち、特に好ましいものとしては、ポリカーボネート、ポリメチルメタクリレート、アクリロニトリルブタジエンスチレン共重合体、ポリエチレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリフェノール、ポリスチレン、ポリアクリロニトリル、ポリ塩化ビニル、アラミド等が挙げられる。
【００２２】
また、上記合成樹脂に、染料、発色剤、可塑剤、顔料、重合禁止剤、表面改質剤、安定剤、密着性付与剤、熱硬化剤、分散剤、紫外線劣化防止剤等を必要に応じて添加した合成樹脂を用いることができる。さらに、前記合成樹脂は、形状を保持するために異なる種類の前記合成樹脂が積層しても良く、単一合成樹脂であっても良い。また、前記合成樹脂を２種類以上混合したポリマーアロイであっても良い。さらに、上記合成樹脂に、葉脈繊維、果実繊維、獣毛繊維、繭繊維、羽毛繊維、キチン、キトサン、石綿（アスベスト）等の線維を混合してもよい。
【００２３】
無機高分子として具体的には、ガラス、水晶、カーボン、シリカゲル及びグラファイト等が挙げられる。金属として具体的には、金、白金、銀、銅、鉄、アルミニウム、磁石、パラマグネット等が挙げられる。天然高分子としては、ポリアミノ酸、セルロース、キチン、キトサン、アルギン酸及びそれらの誘導体が挙げられる。セラミックとして具体的には、アパタイト、アルミナ、シリカ、炭化ケイ素、窒化ケイ素及び炭化ホウ素等が挙げられる。
【００２４】
上記担体等には、直接ＤＮＡを固定化してもよいが、さらに、担体等に対して固定化のための固定化相を付与してもよい。こうした固定化相としては、上記担体等上に担持される限り、単に物理的な接着性を利用して担持されていてもよく、また、化学的に共有結合等を介して担持されていてもよい。また、上記固定化相は、必要に応じ、担体等上の全面において担持されても、また、その一部において担持されてもよい。固定化相としては、上記した担体等の材料として説明した材料の他、有機低分子が挙げられる。上記有機低分子として具体的には、カルボジイミド基含有化合物、イソシアネート基含有化合物、窒素イペリット基含有化合物、アルデヒド基含有化合物、アミノ基含有化合物等が挙げられる。
【００２５】
固定化相は、担体等上に皮膜として担持されることが好ましい。担体等上に固定化相を皮膜で担持させる方法としては、スプレー、浸漬、ブラッシング、スタンプ、蒸着、フィルムコータを用いたコーティング等の公知の方法を用いることができる。
【００２６】
例えば、ガラス製担体等の表面全体にカルボジイミド基（樹脂）を導入する方法については、まず、３−アミノプロピルトリエトキシシラン等のアミノ置換オルガノアルコキシシランを適当な溶媒に溶解して得られた溶液に７０〜８０℃程度の温度条件下で担体等を概ね２〜３時間程度浸漬した後、これを取り出して水洗し、さらに、１００〜１２０℃程度で約４〜５時間加熱乾燥する。乾燥後、適当な溶媒中に浸し、カルボジイミド樹脂を加え３０〜１７０℃程度の温度条件下で１２時間程度攪拌し、洗浄すればよい。また、上記３−アミノプロピルトリエトキシシランのアミノ基と窒素イペリット基の核酸結合基以外の官能基を適当な溶媒を用いて反応させ、ガラス製担体等の表面に窒素イペリット基を導入することもできる。
【００２７】
また、ガラス製担体等にアミノ基以外場合や、担体等がガラス以外の材料からなる場合においても、上記担体の説明で挙げた各種材料表面に種々の官能基を導入することは、従来より一般的に行われていることであり、その方法も公知であるので、このような公知の方法を用いて担体等の表面への官能基の導入を行うことができる。
【００２８】
さらに、上記で挙げたプラスチック製担体等の中には、担体等表面に既に上記のような官能基を有するものも有り、この場合には担体等表面に官能基を導入することなしに、これをそのまま担体等の製造に用いることも可能である。また、このようなプラスチック製担体等であってもさらに官能基を導入して上記担体等の製造に用いることも可能である。
【００２９】
また、上記担体等や固定化相の材料に公知の光重合開始剤を混合することもできる。光重合開始剤を混合することによって、紫外線等の電磁波の照射による核酸の固定化の際の反応性が向上し得る。
【００３０】
（識別情報）
本明細書において、識別情報とは、識別対象を識別するための情報を意味する。識別情報は、１又は２以上のＤＮＡに含まれている。さらには、識別情報は、これらのＤＮＡが保持体上に付与されて構成するパターンに含まれていてもよい。パターンについては後述する。
【００３１】
本明細書において、ＤＮＡとは、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）をそれぞれ塩基として有するデオキシリボヌクレオチドの重合体を意味する。
【００３２】
識別情報は、一つの識別対象に関連付けえられており、また、識別情報は、１又は２以上のＤＮＡ中に備えられる１又は２以上の識別用塩基配列によって構成されている。したがって、一つの識別対象は、１のＤＮＡによって識別されるようになっていてもよいし、２以上のＤＮＡによってＮＤＡによって識別されるようになっていてもよい。
【００３３】
１のＤＮＡは、１の識別用塩基配列を有している。識別用塩基配列は、１の識別対象に予め関連付けられている。この関連付けによって、識別対象が識別情報によって識別されることになる。識別用塩基配列は、識別対象に固有のものであってもよいし、そうでなくてもよい。
【００３４】
識別対象に固有である場合とは、例えば、識別対象がゲノム上の特有の塩基配列や変異を有するとき、当該特有の塩基配列自体を識別用塩基配列とする場合が挙げられる。
【００３５】
識別用塩基配列は、天然由来であってもよいが、人工的に設計されたものであってもよい。人工的に設計された塩基配列を識別用配列として用いる場合とは、例えば、予め相互にミスハイブリダイゼーションがなく、そして、共通のハイブリダイゼーション条件で確実にハイブリダイズし検出できるような集合を構成する人工的塩基配列を用いることで、ハイブリダイゼーションによる、識別対象の検出を迅速かつ精度の高いものとすることができる。
【００３６】
こうした人工的塩基配列としては、例えば、配列番号１〜１００で表される塩基配列及びその相補的な塩基配列が挙げられる。これらの塩基配列は全て同一塩基長であり、融解温度（Ｔｍ）が４０℃以上８０℃以下、好ましくは５０℃以上７０℃以下であって、同一条件でのハイブリダイズにおいて均質なハイブリダイズ結果が得ることができる。同時に使用する２種類以上の人工的塩基配列の融解温度は、できるだけ近いことが好ましい。
【００３７】
なお、融解温度は、ＧＣ％法、Wallace法、Current Protocols in Molecular Biologyに準拠した方法（秀潤社刊バイオ実験イラストレイテッド３ 本当に増えるＰＣＲｐ．２５に記載）等により算出したものを採用できるが、本発明における融解温度の範囲および塩基配列濃度の影響を加味できるNearest-Neighbor法によって算出されることが好ましい。Nearest-Neighbor法による融解温度は、例えば、Visual OMP（トミーデジタルバイオロジー株式会社製）とのソフトウエアや日本遺伝子研究所（http://www.ngrl.co.jp/）が提供するソフトウエア（OligoCalculator;http://www.ngrl.co.jp/tool/ngrl_tool.html）により容易に取得できる。
【００３８】
このような人工的塩基配列における識別配列は、正規直交化配列ともいい、たとえば乱数から得られた所定塩基長のＤＮＡ配列に対して連続一致長、Nearest-Neighbor法による融解温度予測、ハミング距離、二次構造予測の計算を行うことにより設計される。正規直交化配列は、核酸の塩基配列であって、その融解温度が均一であるもの、即ち融解温度が一定範囲内に揃うように設計された配列であって、核酸自身が分子内（intramolecular）で構造化して、相補的な配列とのハイブリッド形成を阻害することのない配列であり、尚且つこれに相補的な塩基配列以外とは安定したハイブリッドを形成しない塩基配列を意味する。１つの正規直交化配列群に含まれる配列は、所望の組み合わせ以外の配列間および自己配列内において反応が生じ難いか、または反応が生じない。また、正規直交化配列は、ＰＣＲにおいて増幅させると、たとえば上述のクロスハイブリダイズのような問題に影響されずに、当該正規直交化配列を有する核酸の初期量に応じた量の核酸が定量的に増幅される性質を有している。上記のような正規直交化配列は、H.Yshida and A.Suyama,“Solution to 3-SAT by breadth first search”,DIMACS Vl.54, 9-20(2000)および特願２００３−１０８１２６に詳細が記載されている。これらの文献に記載の方法を使用して正規直交化配列を設計することができる。
【００３９】
識別情報は、１又は２以上の識別用塩基配列によって構成されていてもよい。異なる識別用塩基配列をそれぞれ有する２以上のＤＮＡによって識別情報が構成されることで、より確度の高い識別が可能とすることができる。また、一定数の人工的塩基配列を用いても、それらを組み合わせることで、当該一定数よりも多い識別対象を識別することができる。
【００４０】
識別用塩基配列は、後述するチミンリッチな塩基配列よりもチミン塩基比率が小さいことが好ましい。すなわち、識別用塩基配列は、Ｔ（チミン）の含有量（識別用塩基配列中のチミン塩基数／識別用塩基配列の全塩基数×１００）が５０％未満であることが好ましい。識別用塩基配列中にチミンが存在すると、固定化量及び／又はプローブとの反応量のほか、固定化後の紫外線照射等に対して劣化しやすくなるからである。所望の固定化量及び／又は反応量、劣化抑制が得られれば、チミン比率は特に限定しないが、好ましくは、４０％以下であり、より好ましくは３０％以下であり、さらに好ましくは２０％以下であり、一層好ましくは１０％以下であり、より一層好ましくは５％以下であり、さらに一層好ましくは、１％以下である。最も好ましくは、０％である。
【００４１】
ＤＮＡは、一つの識別用塩基配列とともに、チミンリッチな塩基配列を有している。チミンは、後述するように、ＤＮＡの保持体への化学結合に関与していると考えられ、チミンリッチな塩基配列を有することで簡易にかつ強固に担体にＤＮＡを結合させることができる。
【００４２】
チミンリッチな塩基配列とは、チミン（Ｔ）の含有率がＤＮＡ中の他の領域（例えば、識別用塩基配列）よりも高い塩基配列をいう。より具体的には、ＤＮＡの塩基配列において選択される２つのチミン（Ｔ）で特定される当該チミンを両端に含む一続きの塩基配列が、他の領域よりもチミンの含有量が高いことを意味している。より好ましくは、Ｔ（チミン）の含有量（前記一続きの塩基配列中のチミン塩基数／前記一続きの塩基配列の全塩基数×１００）が５０％以上である塩基配列である。より好ましくは６０％以上であり、さらに好ましくは７０％以上であり、一層好ましくは８０％以上であり、より一層好ましくは９０％以上であり、さらに一層好ましくは９５％以上であり、さらにまた好ましくは９８％以上であり、最も好ましくは１００％である。チミンリッチな塩基配列は、一つのチミンが連続することなく間隔をおいて含まれていることも好ましい。また、チミンリッチな塩基配列は、好ましくは、２以上のチミンが連続する塩基配列を含む。そして、より好ましくは連続するチミンの塩基配列からなる。チミンが連続する塩基配列は、チミンは、３又は４以上連続していることが好ましく、より好ましくは、５又は６以上連続していることが好ましく、さらに好ましくは、７又は８以上連続している。一層好ましくは９又は１０以上連続している。なお、チミンリッチな塩基配列がＤＮＡのほぼ全体又は全体に及んでいる場合が挙げられる。
【００４３】
チミンリッチな塩基配列は、ＤＮＡのいずれの部位にあってもよいが、識別用塩基配列の一部でないことが好ましい。チミンリッチな塩基配列は、識別用塩基配列とは別個に備えられることが好ましい。また、チミンリッチな塩基配列は、ＤＮＡの５’末端及び／又は３'末端を含んで備えられていてもよいし、当該末端を含まないが、５’末端側及び／又は３’末端側に備えられていてもよい。また、中央部にあってもよい。好ましくは、５’末端及び／又は３'末端を含んで備えられる。
【００４４】
ＤＮＡがチミンリッチな塩基配列を備えているため、ＤＮＡは、本保持体に化学結合により結合されている。
【００４５】
こうした１又は２以上のＤＮＡが保持体の担体に保持されることで、ＤＮＡ中の識別用塩基配列が識別情報として機能することとなる。識別情報は、好ましくは、適当なパターン（二次元形態）を伴って担体上等に保持される。すなわち、パターンとしては、特に限定されないが、例えば、記号、文字、数字、バーコード、画像のほか、これらの組み合わせであってもよい。こうしたパターンは目視可能であることが好ましい。
【００４６】
保持体上のＤＮＡは、保持体上において、１又は複数のドット状体として保持されていてもよい。個々のドット状体は、１又は２以上のＤＮＡから構成されている。一つの識別対象を識別するために一つのＤＮＡを用いる場合には、一つのドット状体が全て当該一つのＤＮＡで構成されている。また、一つの識別対象を識別するために、２以上のＤＮＡを用いる場合には、一つのドット状体が、一つのＤＮＡのみからなっていてもよいし、２以上のＤＮＡからなっていてもよい。あるいは、それぞれのＤＮＡからなる２以上のドット状体を組み合わせてもよい。
【００４７】
複数のドット状体が集合して目視可能な所定のパターンを構成していてもよい。ドット状体でパターンを構成することで、検出に必要なＤＮＡ量を低減できるとともに、ドット内のＤＮＡ濃度を高めることができるため、検出感度を高め、簡易かつ迅速に確度の高い検出が可能となる。一つのパターンは、通常、一つの識別対象の特定のために構成される。当該一つのパターンは、１又は２以上のＤＮＡからなるドット状体で構成されうる。なお、一つの識別対象に対して、一つのパターンを備えていてもよいし、２種以上を備えていてもよい。
【００４８】
２種以上のパターンを、同時に一つの担体又は識別対象上に備えることもできる。この場合、２種以上のパターンをコンパクトに保持するためには、２種以上のパターンの少なくとも一部が重なるように配置されることが好ましい。重なって配置される箇所は、それぞれのパターンに属する個々のドット状体が重ならないようにして配置されていてもよいし、重複して配置されていてもよい。また、パターンが重なって配置される箇所は、いずれか一方のパターンに属するドット状体のみで構成されていてもよい。さらには、パターンが重なって配置される箇所は、双方のパターンに属するドット状体がいずれも配置されていないとしてもよい。こうした状態であっても、パターン自体の存在は確認できるからである。
【００４９】
なお、２種以上のパターンは、一つの識別対象を識別するために備えられていてもよいし、それぞれ個別の識別対象を識別するために備えられていてもよい。いずれにしても、前記パターン間で共通しない前記識別用塩基配列を有する１又は２以上のＤＮＡからなるドット状体で構成されていることが好ましい。
【００５０】
なお、担体上等にＤＮＡを含むドット状体を形成する技術は、たとえば、公知のＤＮＡマイクロアレイなどの技術を適用することができる。すなわち、ＤＮＡを分散又は溶解した液体を、インクジェット方式あるいはピン方式など、公知の手法で担体上にスポットすればよい。
【００５１】
本保持体においては、ＤＮＡを備える部分を覆うカバーを備えることができる。こうしたカバーを備えることで、ＤＮＡの摩擦による脱離や紫外線照射による分解を抑制することができる。カバーは、前記保持体上の識別情報を付与した表面に密着するものであってもよい。すなわち、カバーは、粘着層を有して密着するフィルム状体、シート状体であってもよい。また、カバーは、前記保持体上の識別情報を付与した表面から所定距離離間して覆うものであってもよい。さらに、カバーは、前記保持体上の識別情報を付与した表面から所定距離離間し、前記表面上にキャビティを形成するようなカバーであってもよい。さらに、このようなキャビティを形成するカバーの場合、当該キャビティをハイブリダイゼーションのためのキャビティとして用いることも可能となる。この場合には、キャビティにハイブリダイゼーションのためのプローブ溶液などを注入可能な開口を備えることができる。あるいは、適時に当該開口を形成可能に設けることができる。例えば、外部から押圧により、開口が形成されるような脆弱部を設けてあってもよい。
【００５２】
さらに、本保持体上の識別情報たるＤＮＡを物理的刺激から保護するには、識別情報が保持される領域が周囲よりも低く形成されていることが好ましい。例えば、担体が、底面を有する凹部を備える場合、当該凹部に識別情報が保持されていることが好ましい。また、当該凹部は、ハイブリダイゼーションのためのキャビティとしても用いることができる。
【００５３】
本保持体においてハイブリダイゼーションのためのキャビティを備えることで、後述する識別対象の識別において、容易に接触工程を実施できる。
【００５４】
本保持体が、担体上に識別情報を備えて、別途、識別対象に固定化されるべきものである場合、担体には、識別対象に対する固定化手段を備えていることが好ましい。例えば、当該固定化手段は、接着層、粘着層などが挙げられる。こうした固定化手段は、本保持体がフィルム状、シート状の場合に有効である。また、本保持体がタグ形態を有する場合、固定化手段としては、接着層や粘着層のほか、係止、嵌合等による固定化手段を備えることができる。固定化手段は、識別対象から本保持体を分離可能なものであることが好ましい。分離可能とすることで、後述する識別対象の識別を容易に実施できる。
【００５５】
（識別方法）
次に、本保持体を用いて識別対象を識別する方法について説明する。すなわち、本明細書に開示される識別対象の識別方法は、識別対象に付与された本保持体に上の前記識別情報に対して、前記識別用塩基配列と相補的な塩基配列を有する１又は２以上のプローブを接触させる工程と、前記識別情報と前記プローブとのハイブリダイゼーション産物を検出する工程と、を備えることができる。本識別方法によれば、本保持体において良好な識別能が確保されているため、良好な確度で識別対象を識別できる。そして、当該識別工程は、別途、識別対象の管理、監視、認証、同定、追跡等の方法にそのまま適用することができる。
【００５６】
（接触工程）
接触工程は、識別対象に付与された本保持体に上の識別情報に対して、この識別情報に含まれる識別用塩基配列と相補的な塩基配列を有する１又は２以上のプローブを接触させる工程とすることができる。接触工程において、識別対象が予め関連付けられた識別用塩基配列を備えているとき、プローブとハイブリダイズ産物を形成することができる。すなわち、本接触工程は、ＤＮＡ中の識別用塩基配列とプローブとのハイブリダイゼーションを行わせることを目的としている。プローブは、識別対象に予め付与した識別用塩基配列に対応するプローブだけを供給してもよいし、ユニバーサルに多くの識別対象に適用可能に組成したプローブを供給してもよい。
【００５７】
プローブは、識別用塩基配列とハイブリダイズ産物を形成できる程度に相補的であればよいが、好ましくは、完全に相補的である。識別用塩基配列が、配列番号１〜１００で表される塩基配列及びその相補的な塩基配列から選択されるとき、プローブは、配列番号１〜１００で表される塩基配列及びその相補的な塩基配列から選択される。
【００５８】
プローブは、その後の検出のために、標識されていることが好ましい。標識としては従来公知のものを適宜選択して用いることができる。それ自体励起されると蛍光シグナルを発する蛍光物質などの各種色素であってもよいし、さらに酵素反応や抗原抗体反応により第２成分と組み合わせて各種シグナルを発する物質であってもよい。典型的には、Ｃｙ３、Alexa555、Ｃｙ５、Alexa647等の蛍光標識物質を用いることができる。また、ビオチンとストレプトアビイジンＨＰＲとを組み合わせて基質による処理等による発色による検出を用いてもよい。
【００５９】
プローブは、識別対象に固有のプローブを含んでいてもよいが、ユニバーサルに多くの識別対象に適用可能に組成したプローブセットであってもよい。配列番号１〜１００で表される塩基配列及びその相補的塩基配列を有するプローブであれば、相互にミスハイブリダイゼーションがないため、こうした塩基配列を識別用配列として用いた本保持体であればユニバーサルに適用可能なセットとすることができる。
【００６０】
接触工程の条件は特に限定しない。通常のハイブリダイズ媒体を用いることができる。適度な温度に設定することができる。例えば、配列番号１〜１００で表される塩基配列又は当該塩基配列に相補的な配列などの高度に選択的な識別用塩基配列を利用する場合には、配列番号１〜１００で表される塩基配列又は当該塩基配列に相補的な塩基配列を利用する場合には、３０℃以上８０℃以下、好ましくは３０℃以上４０℃以下の温度を採用できる。より好ましくは、３５℃以上４０℃以下である。また、時間は、1秒以上１時間以下であることが好ましい。より好ましくは、1秒以上５分以下であり、さらに好ましくは１秒以上１分以下である。好ましくは、３０℃以上４０℃以下、より好ましくは、３５℃以上４０℃以下で、かつ、好ましくは１秒以上５分以下、より好ましくは、１秒以上１分以下の接触工程とすることができる。
【００６１】
なお、接触工程に際しては、本保持体を識別対象から分離してもよい。分離可能な固定化手段により本保持体が識別対象に固定化されている場合には、識別対象とから分離した状態で接触工程を実施できる。また、可能な場合には、識別対象上で接触工程を実施してもよい。例えば、本保持体上に、ハイブリダイゼーション用のキャビティを備える場合が挙げられる。
【００６２】
後段の検出工程に先立って、過剰のプローブを洗浄除去することが好ましい。識別情報たるＤＮＡは担体等に固定化されているため、余分なプローブを洗浄しても、ハイブリダイゼーション産物は、担体等上に保持される。
【００６３】
（検出工程）
検出工程は、前記識別情報中の識別用塩基配列と前記プローブとのハイブリダイゼーション産物を検出する工程とすることができる。こうしたハイブリダイゼーション産物を検出することにより、識別対象を識別できる。検出工程におけるハイブリダイズ産物の検出方法は特に限定されない。連結分子が標識を有する場合には、その標識を検出すればよい。また、電気的な検出方法などにより、二重鎖を検出してもよい。
【００６４】
ハイブリダイズ産物が検出されたとき、識別対象が同定される。すなわち、識別対象の同一性が判定されるため、改ざんされていないこと、置換されていないこと、損なわれていないことなどが判定できる。また、ハイブリダイズ産物が検出されないとき、識別対象の不存在ないし識別対象の非同一と判定される。すなわち、識別対象は失われたか、改ざんされたか、損なわれたかなどと判定される。
【００６５】
識別情報として、１又は２以上のＤＮＡが目視可能なパターンを形成している場合には、そのパターンを目視で視認することにより容易に識別対象の識別が可能となり、識別対象が同定される。また、配列番号１〜１００で表される塩基配列及びその相補的配列を利用する場合には、高度に選択的にハイブリダイズ産物が生成されるため、迅速に確度の高い識別が可能である。さらに、一つの識別対象に対して、２以上のＤＮＡ、すなわち、２以上の識別用塩基配列が関連付けられている場合にも、確度の高い識別が可能となる。
【００６６】
検出工程に要する時間は、特に限定しないが、1秒以上１時間以下とすることできる。本方法においては、例えば、配列番号１〜１００で表される塩基配列及びその相補的配列から選択されるような高度に選択的な識別用塩基配列を用いることで、一般的な検出温度(５０℃〜７０℃)と比べ４０℃以下（例えば３７℃程度）でハイブリダイズ及び検出が可能であるため、検出工程の迅速化も可能となっている。より好ましくは1秒以上５分以下であり、さらに好ましくは１秒以上１分以下である。
【００６７】
以上説明したように、本識別方法によれば、良好な識別能を有する本保持体に対して、簡易にかつ迅速に接触工程及び検出工程を実施できる。したがって、確度の高い識別が可能となっている。また、こうした識別方法は、各種物品の流通、保管に関する、管理方法、監視方法、認証方法等においても同様の効果を奏する。
【００６８】
（識別キット）
本明細書に開示される識別対象の識別キットは、本保持体と、識別用塩基配列と相補的な塩基配列を有する１又は２以上のプローブと、を備えることができる。こうしたキットによれば、本保持体による識別を実施することができる。本識別キットにおける本保持体及びプローブについては、既に説明したこれらについての各種態様をそのまま適用することができる。
【００６９】
（本保持体の製造方法）
本保持体を製造方法は、上記した担体等の表面に、識別用塩基配列とチミンリッチな塩基配列とを有するＤＮＡを供給して両者を接触させて固定化する工程を備えることができる。固定化工程では、具体的には、例えば、両者の接触反応において固定化されるＤＮＡの活性が維持されるように、通常、ＤＮＡは水またはバッファー中に含まれる形で供給される。また、両者の接触中又は接触後に電磁波を照射することによって固定化することもできる。また、上記水またはバッファー中に公知の光重合開始剤を混合することもできる。
【００７０】
固定化に用いる電磁波としては、２２０ｎｍ〜３８０ｎｍの波長の紫外線が好ましい。なかでも、２８０nmの波長を含む紫外線を照射することが好ましい。具体的には、波長280nmを含むブロードな波形を有する紫外線であっても良い。照射量は、１０〜５０００ｍＪ/cm2が好ましく、１００〜２０００ｍＪ/cm2がさらに好ましい。好ましくは、200mJ/cm2以上である。
【００７１】
また、前記核酸溶液をスポット後紫外線照射前に乾燥させることができる。前記核酸溶液の乾燥方法としては、自然に乾燥させてもよく、加熱して乾燥させてもよい。加熱する場合の温度は、通常３０〜１００℃、好ましくは３５〜４５℃である。
【００７２】
ＤＮＡとカルボジイミド樹脂、窒素イペリット、ポリアミノ酸、ニトロセルロール等の公知の化合物を化学的に結合又は物理的に結合した状態で、これら混合物と担体を接触させ固定させてもよく、また、このときの固定は前記電磁波を照射して行ってもよい。
【００７３】
本明細書において微量のＤＮＡを、通常は、ＤＮＡを含有する水またはバッファーを、担体等に点状に供給する手段として、ディスペンサを用いる方法、ピンを用いる方法、インクジェットを用いる方法等が挙げられるが、本発明がこれらに限定されるものではない。また、このように溶液を微量に供給する装置は、一般に市販されており、本発明においてもこれらを用いることが可能である。
【００７４】
さらに、ブロッキング工程を備えていてもよい。本保持体は、さらに、必要に応じて過剰量のウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、カゼイン、サケ精子ＤＮＡ等を担体等に接触させ、ブロッキングを施すこともできる。
【００７５】
以上説明したように、本製造方法によれば、ＤＮＡの劣化や脱離が抑制されて良好な識別能を有するＤＮＡ保持体を得ることができる。
【実施例】
【００７６】
以下、本発明を具現化した実施例について説明するが、本明細書の開示は、以下の実施例に限定されるものではない。
【実施例１】
【００７７】
本実施例では、２３ｍｅｒの人工設計オリゴヌクレオチドの識別用塩基配列のうち、チミン（Ｔ）塩基の割合が少ないもの、チミン塩基の割合が多いもの、チミン塩基が全くないものの３通りの配列と、これら配列の５’末端及び／又は３’末端にｐｏｌｙＴ（チミンリッチな塩基配列）をつないだ配列からなるオリゴヌクレオチドを合成した。これらのオリゴヌクレオチドを樹脂基板にスポットし、固定した。スポット固定後の追加の紫外線照射による識別対象の識別能（検出能）への影響を評価するため、紫外線処理前後でのプローブとのハイブリダイズ反応を行い、蛍光シグナルの強度を比較した。なお、追加の紫外線照射処理は、オリゴヌクレオチドが固定された担体上に２００−３００ｎｍ程度の紫外光を長時間連続照射することにより行った。【００７８】
（１）オリゴヌクレオチドの固定化体の作製
熱可塑性プラスチックの一種であるポリカーボネート基板（２５ｍｍ±０．０５ｍｍ×７６ｍｍ±０．０５ｍｍ）上に、あらかじめ調製した合成オリゴヌクレオチド（ＤＮＡ）（日本遺伝子研究所社製：表１参照）を溶かした水溶液を日本ガイシ株式会社製ＧＥＮＥＳＨＯＴスポッターを用いてスポットした。オリゴヌクレオチドは、識別用塩基配列中のチミン塩基数が１０個、２個及び０個のＯｌｉｇｏ１−１、２−１、３−１の３種（配列番号１０１〜１０３）と、これらの５’末端にそれぞれＴが１０個からなるＰｏｌｙＴを結合させたＯｌｉｇｏ１−２、２−２、３−２の３種（配列番号１０４〜１０６）とした。また、配列番号１０１〜１０３で表される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの３’末端にそれぞれＴが１０個からなるＰｏｌｙＴを結合させたＯｌｉｇｏ１−３、２−３、３−３の３種（配列番号１０７〜１０９）とした。さらに、配列番号１０１〜１０３で表される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの５’末端及び３’末端にそれぞれＴが１０個からなるＰｏｌｙＴを結合させたＯｌｉｇｏ１−４、２−４、３−４の３種（配列番号１１０４〜１１２）とした。
【表１】
0005936541.tif 000002
【００７９】
なお、合成オリゴヌクレオチドの水溶液は以下のようにして調製した。
（ａ）添加剤１を用いたスポット用水溶液：ＳＳＣ系
６×ＳＳＣ（ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社２０×ＳＳＣを薄めたもの）と１００ｐｍｏｌ／μｌのオリゴヌクレオチドをそれぞれを等量混合したもの（各終濃度５０ｐｍｏｌ／μｌ，３×ＳＳＣ）
（ｂ）添加剤２を用いたスポット用水溶液：ＰＢＳ系
２×ＰＢＳ（ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社１０×ＰＢＳを薄めたもの）と１００ｐｍｏｌ／μｌのオリゴヌクレオチドをそれぞれを等量混合したもの（各終濃度５０ｐｍｏｌ／μｌ，１×ＰＢＳ）【００８０】
スポットの後、以下の手順で合成オリゴヌクレオチドの担体（基板）への固定を行った。すなわち、スポット済み基板をＵＶ照射装置（Ｓｐｅｃｔｒｏｌｉｎｅ社ＸＬ−１５００ＵＶ Ｃｒｏｓｓｌｉｎｋｅｒ）にセットし、６００ｍＪ／ｃｍ２で紫外線光を照射した。次いで、スライドラックにセットした基板を３〜５％ＢＳＡ水溶液中にて５０回上下振とう後、さらに、滅菌水中にて１０回上下振とうし、その後、遠心（１０００ｒｐｍ×２分）により液切りした。【００８１】
（２）プローブＤＮＡとの反応
（１）で作製したで作製した合成ＤＮＡ保持担体上のオリゴヌクレオチドを検出するためのプローブとして、５’末端をＣｙ３で修飾された合成ＤＮＡ（日本遺伝子研究所社製：以下３種の配列参照、配列番号１１３〜１１５）を使用した。【００８２】
【表２】
0005936541.tif 000003
【００８３】
まず初めに、上記３種プローブを用いた反応溶液を以下の組成で調製し、合成オリゴヌクレオチド保持担体（基板）への反応を行った。詳細な手順を以下に説明する。【００８４】
（プローブDNA溶液の調製）
Probe mixture(2.5nM, each) *       1.5 μｌ
Hybri Solution(×2)* 9.0 μｌ
milliQ水      7.5 μｌ
total  18.0 μｌ
* Probe mixture組成（2.5nM, each）
Probe 1(100nM)       10 μｌ
Probe 2(100nM)       10 μｌ
Probe 3(100nM)       10 μｌ
TE(ｐH8.0)    370 μｌ
400 μｌ

*Hybri Solution組成（×2）
20×SSC       2.0 mｌ
10％SDS       0.8 ml
100％Formamide     12.0 ml
100 mM EDTA   0.8 ml
milliQ 24.4 mｌ
40.0 mｌ【００８５】
（基板とのプローブDNA溶液の反応）
調製した反応プローブＤＮＡ溶液を、Applied Biosystems社のGeneAmp PCR System 9700を使用し、９０℃で１分加熱した後、ヒートブロック（ＴＡＩＴＥＣ社ＤＴＵ−Ｎ）を使用し８０℃で１分加熱した。上記プローブ溶液を各９μｌずつ、基板上のスポットエリアにかけ、乾燥防止のためコンフォート／プラス用サーモブロックＳｌｉｄｅ（eppendorf社）を使用し、３７℃で６０分間静置することにより反応を行った。【００８６】
（反応後基板洗浄液の調製）
Milli Q       188.0 mｌ
20×SSC       10.0 ml
10％SDS       2.0 mｌ
total     200.0 mｌ【００８７】
（基板上の余剰プローブの洗浄）
上記洗浄液をガラス染色バットに移した。プローブＤＮＡ溶液との反応終了後の基板を浸漬し５分間上下振とうした。滅菌水を入れたガラス染色バットに基板を移し、１分間上下振とうした。次いで、２０００ｒｐｍで１分間遠心乾燥し、基板上に残った水分を除去した。【００８８】
（３）（１）で作製された担体に追加で紫外光照射された基板の作製及びその基板へのプローブＤＮＡを用いた反応
アレイの長期保存安定性を確認するために、（１）にて作製済みの基板をＵＶ照射装置（Spectroline社XL-1500UV Crosslinker）にセットし、追加で紫外光を照射(それぞれ６００ｍＪ/ｃｍ2及び１２００ｍＪ/ｃｍ2)した基板を作製した。【００８９】
追加で紫外光を照射して得た各基板に対し、（２）で実施した方法と同様の方法でプローブDNAとの反応を行い、基板上の余剰プローブを洗浄した。【００９０】
（４）データ解析
（スキャナーによる蛍光検出）
（２）及び（３）において得た反応済み各基板について、Appleied Precision社ArrayWoRxを使用して適宜、露光時間を調節し、基板表面の蛍光画像を取得した。さらにGenePix Proを使用し、得られた画像の蛍光シグナルの数値化を行った。（２）で得られた基板上の各スポットの蛍光強度について結果を比較した。その結果を以下の表に示す。【００９１】
【表３】
0005936541.tif 000004
【００９２】
表３に示すように、オリゴヌクレオチド用水溶液の調製方法（ＳＳＣ系、ＰＢＳ系）に関係なく、オリゴヌクレオチドの識別用塩基配列中のチミン塩基数が少なくなるにつれ（Ｏｌｉｇｏ１−１、２−１、３−１、Ｏｌｉｇｏ１−２、２−２、３−２、Ｏｌｉｇｏ１−３、２−３、３−３及びＯｌｉｇｏ１−４、２−４、３−４の順）、プローブ反応量が向上する結果を確認した。また、オリゴヌクレオチドの末端のｐｏｌｙＴ結合の有無によるプローブ反応量への影響を確認したところ、ｐｏｌｙＴを結合したオリゴヌクレオチド（Ｏｌｉｇｏ１−２〜４、２−２〜４、３−２〜４）において、結合していないオリゴヌクレオチド（Ｏｌｉｇｏ１−１、２−１、３−１）と比べてプローブ反応量が数倍から１０倍程度に向上する結果を確認した。【００９３】
また、上記（３）により得られた基板上の各スポットの蛍光強度についての結果（ＳＳＣ系及びＰＢＳ系）を比較した。上記（２）の結果も加味した結果を以下の表に示す。【００９４】
【表４】
0005936541.tif 000005
【００９５】
【表５】
0005936541.tif 000006
【００９６】
表４に示すように、オリゴヌクレオチド水溶液の調製方法がＳＳＣ系の場合、Ｏｌｉｇｏ３−２（識別用塩基配列中のチミン数０、ＰｏｌｙＴ有り）において追加紫外光照射によるスポットの蛍光強度低減割合を従来の数十分の１から約１／３程度までに抑制できることを確認した。【００９７】
以上の結果から、オリゴヌクレオチドの識別用塩基配列中のチミン塩基数がより少なく、かつオリゴヌクレオチドの末端にｐｏｌｙＴが結合した配列において、基板上に固定されたオリゴヌクレオチドの紫外線による影響を小さくすることが可能であり、オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオチドを固定化したアレイの長期保存性が良好であることがわかった。【００９８】
また、表５に示すように、オリゴヌクレオチドスポット用水溶液調製方法がＰＢＳ系においては、ＳＳＣ系と比べ、追加紫外光照射によるスポットの蛍光強度低減割合がやや大きく、ＳＳＣ系でのスポット用水溶液調製が望ましいことがわかった。
【配列表フリーテキスト】
【００９９】
配列番号１〜１１５：プローブ
【配列表】
0005936541000001.app