(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
薬学的に受容可能なキャリア、（ｉ）配列番号９または配列番号２１を含むアミノ酸配列を有する第１のポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントもしくは相同体あるいは（ｉｉ）配列番号１０または配列番号２０を含むアミノ酸配列を有する第１のポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントもしくは相同体、および、配列番号６または配列番号７を含むアミノ酸配列を有する第２のポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントもしくは相同体を含む、ワクチン処方物。
【請求項２】
前記ワクチン処方物が、配列番号１、２、３、４、５、８、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８または１９のいずれかを含むアミノ酸配列を有する第３のポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントもしくは相同体をさらに含む、請求項１に記載されるワクチン処方物。
【請求項３】
前記第１のポリペプチドが配列番号９または配列番号２１または配列番号１０または配列番号２０からなるアミノ酸配列またはその免疫原性フラグメントもしくは相同体を有し、前記第２のポリペプチドが配列番号６または配列番号７からなるアミノ酸配列またはその免疫原性フラグメントもしくは相同体を有する、請求項１に記載されるワクチン処方物。
【請求項４】
前記フラグメントが、Ｎ末端、Ｃ末端、または両方から１〜２０アミノ酸残基取り除かれた配列番号９、１０、２０、２１、６または７のいずれかの切断フラグメントである、請求項１〜３のいずれかに記載されるワクチン処方物。
【請求項５】
前記相同体が、配列番号９、１０、２０、２１、６または７のいずれかに対して、または、Ｎ末端、Ｃ末端、または両方から１〜２０アミノ酸残基取り除かれた配列番号９、１０、２０、２１、６または７のいずれかの切断フラグメントに対して少なくとも９０％の同一性を有する、請求項１〜４のいずれかに記載されるワクチン処方物。
【請求項６】
配列番号１２のアミノ酸配列を含む第３のポリペプチドをさらに含む、請求項１に記載されるワクチン処方物。
【請求項７】
配列番号１３のアミノ酸配列を含む第３のポリペプチドをさらに含む、請求項１に記載されるワクチン処方物。
【請求項８】
前記１つ以上のポリペプチドが免疫原性キャリアに結合体化されるか、または前記処方物が少なくとも１つの脂質付加ポリペプチドを含む、請求項１〜７のいずれかに記載されるワクチン処方物。
【請求項９】
アジュバントをさらに含む、請求項１〜８のいずれかに記載されるワクチン処方物。
【請求項１０】
前記アジュバントが、ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）のアゴニストである、請求項９に記載されるワクチン処方物。
【請求項１１】
前記アジュバントがミョウバンである、請求項９に記載されるワクチン処方物。
【請求項１２】
前記ワクチン処方物が、１μｇ〜１０００μｇのそれぞれのポリペプチドおよび１μｇ〜２５０μｇのアジュバントを含む、請求項９に記載されるワクチン処方物。
【請求項１３】
ＴＨ１７細胞に接触後、少なくとも１．５倍ＴＨ１７細胞応答を誘導する、請求項１〜１２のいずれかに記載されるワクチン処方物。
【請求項１４】
前記ワクチン処方物が、感染していない被験体において、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによる感染を阻害するか、個体におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのコロニー形成を阻害するか、またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの症状を阻害する、請求項１〜１３のいずれかに記載されるワクチン処方物。
【請求項１５】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染に苦しむか、または罹患しやすい被験体を処置するための、請求項１〜１４のいずれかに記載されるワクチン処方物。
【請求項１６】
前記ワクチン処方物が、感染していない被験体において、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによる感染を阻害するか、被験体においてＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのコロニー形成を阻害するか、または被験体においてＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの症状を阻害する、請求項１５に記載されるワクチン処方物。
【請求項１７】
前記ワクチン処方物が、１、２、または３用量以内で被験体を処置する、請求項１５に記載されるワクチン処方物。
【請求項１８】
前記被験体がヒトである、請求項１５に記載されるワクチン処方物。
【請求項１９】
薬学的に受容可能なキャリア、（ｉ）配列番号９または配列番号２１を含むアミノ酸配列を有する第１のポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントもしくは相同体あるいは（ｉｉ）配列番号１０または配列番号２０を含むアミノ酸配列を有する第１のポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントもしくは相同体、配列番号６または配列番号７を含むアミノ酸配列を有する第２のポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントもしくは相同体、および、ＳＰ００２４、ＳＰ０８８２、ＳＰ１０７２、ＳＰ０６４１、ＳＰ１５７４、ＳＰ１６５５、ＳＰ２１０６、ＳＰ１４７３、ＳＰ０６０５、ＳＰ１１７７、ＳＰ０３３５、ＳＰ０９０６、ＳＰ１８２８、ＳＰ２１５７、ＳＰ１２２９、ＳＰ１１２８、ＳＰ１８３６、ＳＰ１８６５、ＳＰ０９０４、ＳＰ０７６５、ＳＰ１６３４、ＳＰ０４１８、ＳＰ１９２３、ＳＰ１３１３、ＳＰ０７７５、ＳＰ０３１４、ＳＰ０９１２、ＳＰ０１５９、ＳＰ０９１０、ＳＰ２１４８、ＳＰ１４１２、ＳＰ０３７２、ＳＰ１３０４、ＳＰ２００２、ＳＰ０６１２、ＳＰ１９８８、ＳＰ０４８４、ＳＰ０８４７、ＳＰ１５２７、ＳＰ０５４２、ＳＰ０４４１、ＳＰ０３５０、ＳＰ００１４、ＳＰ１９６５、ＳＰ０１１７、ＳＰ０９８１、ＳＰ２２２９、ＳＰ２１３６、ＳＰ１１７９、ＳＰ１１７４、ＳＰ２２１６、ＳＰ１３９３、ＳＰ０６４１．１、ＳＰ１３８４、およびＳＰ２０３２からなる群から選択される１つ以上の追加のポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントもしくは相同体を含む、免疫原性組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本願は、２００９年６月２９日に出願された米国仮特許出願第６１／２２１，５４１号、２００９年９月８日に出願された米国仮特許出願第６１／２４０，６１６号、２００９年９月８日に出願された米国仮特許出願第６１／２４０，５９８号、および２０１０年３月２２日に出願された米国仮特許出願第６１／３１６，２６７号の出願日の利益を主張する。参考とされる出願の全体の教示は、本明細書中で参考として明確に援用される。
【背景技術】
【０００２】
Ｉ．背景
肺炎球菌の疾患は、米国および世界中で、疾病および死の主な原因であることが続いている。毎年、何百万もの、肺炎、髄膜炎、菌血症、および中耳炎の症例が、病原菌Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの感染による。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、健康な成人の約５％〜約１０％および健康な子供の２０％〜４０％の鼻咽腔にコロニーを形成するグラム陽性の被包性球菌である。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅがエウスタキオ管、鼻洞（ｎａｓａｌ  ｓｉｎｕｓ）、肺、血流、髄膜、関節隙、骨および腹膜腔に持ち込まれるときに正常なコロニー形成が感染性になる。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、その生物が免疫系を逃れるのを可能にするいくつかの毒性因子を有する。例としては、宿主の免疫細胞による食作用を防ぐ多糖類の莢膜、補体媒介性オプソニン作用を阻害するプロテアーゼ、および宿主細胞の溶解を引き起こすタンパク質が挙げられる。多糖類の莢膜において、複雑な多糖類の存在は、肺炎球菌を異なる血清型に分ける基礎を形成する。現在までに、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの９３種の血清型が同定されている。
【０００３】
種々の薬学的組成物は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによる感染に対する免疫応答を役立てるために使用されている。多価の肺炎球菌ワクチンＰＰＶ−２３は、成人および高齢の集団において、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに起因する肺炎および他の侵襲性疾患を防ぐために開発された。上記ワクチンは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの２３種の血清型からの莢膜多糖類（ＣＰ）を含む。Ｔ細胞非依存性抗原として、これらのＣＰは、繰り返し投薬を必要とする短期の抗体応答のみを誘導し、これは免疫寛容のリスクを増加させる。抗莢膜抗体と称される、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対して得られた抗体は、成人および免疫応答性の個体において防御抗体として認識される。しかし、２歳の年齢より下の子供および高齢者を含む免疫無防備な個体は、Ｔ細胞非依存性抗原にあまりよく応答せず、従って、ＰＰＶ−２３による最適な防御を与えられない。二番目のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅワクチンであるＰｒｅｖｎａｒは、ジフテリアトキソイドタンパク質に結合体化された、７種のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来の細菌性多糖類を含む。このワクチンは、ＢおよびＴ細胞応答の両方を誘導する。しかし、このワクチンは、７種の肺炎球菌の血清型に対して防御するのみなので、血清型の置き換えは、Ｐｒｅｖｎａｒを無効にし得る。ＰＰＶ−２３は、同じ限定を欠点として持つ。血清型の置き換えは、いくつかの臨床試験および疫学研究において、すでに実証されており、そしてそのことにより恐らくは、さらにより高いコストでの、ワクチンの異なる処方物が開発されることが必要である可能性が高まる。さらに、ＰＰＶ−２３およびＰｒｅｖｎａｒの両方は、製造するのが高価であり、発展途上の世界におけるそれらの入手の可能性を大いに限定する。
【０００４】
従って、現在の戦略が提供するものよりも有効な薬学的組成物を設計する必要性が依然として存在する。特に、このような組成物は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する免疫応答を引き出す新規または特異的な抗原を組み込むことが必要である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
ＩＩ．要約
Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、特に非常に若い人、高齢者、または免疫無防備な患者において主要な健康への懸念である。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅについてのＤＮＡおよびタンパク質の配列情報は、しばらく公知であり、研究者らは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対するワクチンを作り出そうと長く試みているが、主要な問題は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのゲノムにおける約２１００個の遺伝子の中から、どのようにして防御のポリペプチドを同定するかであった。本願は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのゲノムにおけるほとんどの免疫原性タンパク質を同定するように設計された全ゲノムスクリーニングの結果を表す。上記スクリーニングからのいくつかのヒットは、マウスモデルにおいて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのコロニー形成に対して防御されることが示されている。従って、本開示は、とりわけ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅにおける特定の高度に有効なワクチンを提供する。上記ワクチンは、治療または予防に使用され得る。本開示はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する免疫応答を引き出すために、特異的な抗原および上記抗原を使用する方法を提供する。
【０００６】
本開示は、例えば、薬学的に受容可能なキャリア、および配列番号１〜１１のいずれかを含むアミノ酸配列を有する１つまたはそれより多くのポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを含み、そして配列番号１２もしくは１３のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを必要に応じてさらに含むワクチン処方物を提供する。
【０００７】
本開示はまた、薬学的に受容可能なキャリア、および配列番号１１からなるアミノ酸配列を有するポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを含むワクチン処方物を提供する。さらに、本開示は、薬学的に受容可能なキャリア、および配列番号１２を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドを含むワクチン処方物を提供する。
【０００８】
さらに、本願は、薬学的に受容可能なキャリア、および配列番号１４〜２１のいずれかを含むアミノ酸配列を有する１つまたはそれより多くのポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを含むワクチン処方物を提供する。
【０００９】
本願は、とりわけ、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染に苦しむか、または罹患しやすい被験体を処置する方法であって、上記方法は、有効な量の、本明細書中に記載されるワクチン処方物のいずれかを投与する工程を含む、方法を提供する。
【００１０】
本開示は、薬学的に受容可能なキャリア、および配列番号１〜１３のいずれかを含むアミノ酸配列を有する２つまたはそれより多くのポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを含む免疫原性組成物をさらに提供し、ここで上記ポリペプチドの少なくとも１つは、配列番号１〜１０のうちの１つを含むアミノ酸配列、またはその免疫原性フラグメントを有する。
【図面の簡単な説明】
【００１１】
【図１】図１は、実施例５に記載されるように、示されたタンパク質（複数可）およびコレラ毒素で免疫され、次にＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの死滅させた非被包性全細胞で刺激されたマウスからの血液サンプルによって生成されたＩＬ−１７の濃度を示す。左のパネルは、分散形式でのデータを示し、右のパネルは、各サンプルについての平均値および標準偏差を示す。免疫群「Ａｌｌ  ３」は、ＳＰ２１０８、ＳＰ０１４８、およびＳＰ１６３４の組み合わせで免疫された動物を示す。
【図２】図２は、実施例５に記載されるように、示されたタンパク質（複数可）およびコレラ毒素で免疫され、次に３種のタンパク質（ＳＰ２１０８、ＳＰ０１４８、およびＳＰ１６３４）の組み合わせで刺激されたマウスからの血液サンプルによって生成されたＩＬ−１７の濃度を表す。
【図３】図３は、実施例５に記載されるように、示されたタンパク質（複数可）およびコレラ毒素で免疫され、次にＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの鼻内投与でチャレンジされたマウスにおける鼻の洗浄物から得られた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのコロニーの数を示す。００３は、対照の無関係な抗原を表す。
【図４】図４は、実施例６に記載されるように、示されたタンパク質（複数可）およびコレラ毒素で免疫され、次にＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの死滅させた非被包性全細胞で刺激されたマウスからの血液サンプルによって生成されたＩＬ−１７の濃度を示す。
【図５】図５は、実施例５に記載されるように、示されたタンパク質（複数可）およびコレラ毒素で免疫され、次に示されたタンパク質および組み合わせによって刺激されたマウスからの血液サンプルによって生成されたＩＬ−１７の濃度を示す。
【図６】図６は、実施例６に記載されるように、示されたタンパク質（複数可）およびコレラ毒素で免疫され、次にＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの鼻内投与でチャレンジされたマウスにおける鼻の洗浄物から得られた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのコロニーの数を示す。遺伝子名ＵＳ１２（ＮＰ＿０４４５４３．１、ＮＣ＿００１７９８．１；本図において００３と示される）を持つＨＳＶ−２タンパク質ＩＣＰ４７、およびオボアルブミン（ＯＶＡ）は、対照抗原を表す。
【図７】図７は、実施例７に記載されるように、示されたタンパク質（複数可）およびコレラ毒素で免疫され、次にＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの鼻内投与でチャレンジされたマウスにおける鼻の洗浄物から得られた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのコロニーの数を示す。
【図８】図８は、実施例８に記載されるように、示されたタンパク質（複数可）およびコレラ毒素で免疫され、次にＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの鼻内投与でチャレンジされたＢＡＬＢ／ｃマウスにおける鼻の洗浄物から得られたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのコロニーの数を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
ＩＶ．詳細な説明
Ａ．Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅワクチンおよび免疫原性組成物における使用のための特定のポリペプチドおよび核酸
本願は、表１に列挙される１つもしくはそれより多くのポリペプチドもしくは遺伝子、または下に記載されるようなその改変体もしくはフラグメントを含むＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅワクチンを記載する。上記ワクチンは、表１の配列を含むポリペプチドまたはその改変体もしくは免疫原性フラグメント、あるいは表１の配列からなるポリペプチドまたはその改変体もしくは免疫原性フラグメントを含み得る。各遺伝子およびポリペプチドのＤＮＡおよびタンパク質の配列は、公的に入手可能なデータベースである、（ワールドワイドウェブにおけるＮＣＢＩ  ＮＩＨのウェブサイト（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｉｔｅｓ／ｅｎｔｒｅｚ？ｄｂ＝ｇｅｎｅ）における）Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅにおいて、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４ゲノムにおけるローカスタグ（Ｌｏｃｕｓ  Ｔａｇ）について検索することによって見出され得、示された配列はまた、本願に含まれ得る。
【００１３】
表１．ワクチン処方物のための免疫原性ポリペプチド
【００１４】
【表１−１】
0005931724.tif 000002
【００１５】
【表１−２】
0005931724.tif 000003
表１の特定のポリペプチド、およびその改変体は、より詳しく下に記載される。
【００１６】
１．ＳＰ００２４（配列番号１）およびその改変体
ＳＰ００２４は、アミノ酸２７〜アミノ酸１６３に伸びる、保存された炭酸脱水酵素ドメインを含む１６５アミノ酸の仮定のタンパク質（ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ）を表す。このコンセンサスモチーフに基づいて、ＳＰ００２４は、亜鉛結合タンパク質であり得る。
【００１７】
いくつかの実施形態において、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含むワクチンまたは薬学的組成物は、ＳＰ００２４から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドを含む。上記ポリペプチドはまた、少なくとも２０残基のフラグメントの改変体であり得る。特定の実施形態において、上記ポリペプチドは、ＳＰ００２４由来の、１５０以下、１２５以下、または１００以下の連続するアミノ酸を含む。
【００１８】
２．ＳＰ０８８２（配列番号２）およびその改変体
ＳＰ０８８２は、２７４アミノ酸の保存された仮定のタンパク質である。タンパク質（アミノ酸２〜２７０）の多くは、エステラーゼまたはリパーゼ様領域を形成する。
【００１９】
いくつかの実施形態において、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含むワクチンまたは薬学的組成物は、ＳＰ０８８２から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドを含む。上記ポリペプチドはまた、少なくとも２０残基のフラグメントの改変体であり得る。特定の実施形態において、上記ポリペプチドは、ＳＰ０８８２由来の、２５０以下、２７５以下、２００以下、１７５以下、１５０以下、１２５以下、または１００以下の連続するアミノ酸を含む。
【００２０】
ＳＰ０８８２Ｎと名づけられた１つの特定の切断（ｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ）改変体は、ＳＰ０８８２のＮ末端の１３０アミノ酸からなり、配列番号３として示される。ＳＰ０８８２Ｎは、異なる血清型の中で特によく保存される領域を含む。特定の実施形態において、ＳＰ０８８２もしくはＳＰ０８８２Ｎを含むポリペプチド、またはどちらかの免疫原性フラグメントはまた、外因性リーダー配列を含む。上記リーダー配列は、例えば、ＳＰ２１０８のリーダー配列であり得る。２つの例示的なこのようなポリペプチドは、配列番号４および５である。
【００２１】
ＳＰ０８８２のＤＮＡ配列およびタンパク質配列の改変体は、とりわけ、米国特許出願公開第２００９／０２１５１４９号および国際出願ＷＯ２００２／０７７０２１、ＷＯ９８／１８９３１、およびＷＯ２００７／１０６４０７に記載される。ＳＰ０８８２Ｎの改変体は、国際出願ＷＯ２００８／１４６１６４に開示される。
【００２２】
配列のバリエーションは、異なるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清型間でタンパク質レベルで起こり、異なるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清型からのＳＰ０８８２配列の組み合わせを例示するコンセンサス配列は、配列番号１４〜１７として提供される。従って、特定の実施形態において、ワクチン処方物は、配列番号１４〜１７のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチド、もしくは配列番号１４〜１７のいずれかからなるアミノ酸配列を有するポリペプチド、または（例えば、配列番号２〜５のうちの１つを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドの代わりに）その免疫原性フラグメントを含む。
【００２３】
ＳＰ０８８２の異なる改変体をコードする核酸配列は、配列番号２４〜２６として提供されるが、遺伝コードにおける縮重に起因して、他のＤＮＡ配列（コドン最適化配列が挙げられる）が、これらのポリペプチドをコードし得る。
【００２４】
３．ＳＰ０１４８（配列番号７）およびその改変体
タンパク質ＳＰ０１４８は、「ＡＢＣトランスポーター、基質結合タンパク質」と名づけられている。このクラスのタンパク質は、代表的に、膜貫通タンパク質複合体と一時的に相互作用する細胞外タンパク質である。このような複合体は、ＡＴＰ加水分解によって産生されるエネルギーを使用して、細胞膜を横切って特定の基質を移動させる。ＳＰ０１４８は、膜結合型輸送複合体の代表である、アミノ酸４０〜２４６に及ぶ保存されたＰＢＰｂ（ペリプラズム結合タンパク質）ドメインを含む２７６アミノ酸のタンパク質である。さらに、ＳＢ０１４８は、主としてＰＢＰｂドメインと同一の広がりを持ち（ｃｏ−ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ）、アミノ酸４０〜２４４に伸びる、細菌性細胞外溶質結合タンパク質（ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ  ｓｏｌｕｔｅ−ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ）、ファミリー３ドメインを有する。いくつかの実施形態において、ワクチンまたは他の組成物は、１つまたはそれより多くの上記ドメインおよびモチーフを含むか、または欠いているＳＰ０１４８の切断変異体を含む。
【００２５】
いくつかの実施形態において、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含むワクチンまたは薬学的組成物は、ＳＰ０１４８から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドを含む。上記ポリペプチドはまた、少なくとも２０残基のフラグメントの改変体であり得る。特定の実施形態において、上記ポリペプチドは、ＳＰ０１４８からの、２５０以下、２７５以下、２００以下、１７５以下、１５０以下、１２５以下、または１００以下の連続するアミノ酸を含む。
【００２６】
内因性のＳＰ０１４８は、その分泌を指示し得る推定上のシグナル配列を含む。いくつかの実施形態において、シグナル配列（配列番号６）が欠けているＳＰ０１４８の改変体が使用される。配列番号６のポリペプチドは、配列番号２７の核酸によってコードされるが、他の核酸配列（コドン最適化配列が挙げられる）が使用され得る。配列番号２８は、本明細書中でのスクリーニングにおいて使用されるＳＰ０１４８の全長配列をコードする。
【００２７】
ＳＰ０１４８のアミノ酸配列およびヌクレオチド配列の改変体は、米国特許出願公開第２００５／００２０８１３号、米国特許第７，３７８，５１４号および同第７，５０４，１１０号、ならびに欧州特許出願第ＥＰ１５７２８６８号および同第ＥＰ１８５５７１７号において見出され得る。
【００２８】
異なるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ血清型からのＳＰ０１４８配列の組み合わせを例示するコンセンサス配列は、配列番号１８および１９として提供される。従って、特定の実施形態において、ワクチン処方物は、配列番号１８〜１９のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチド、もしくは配列番号１８〜１９のいずれかからなるアミノ酸配列を有するポリペプチド、またはその免疫原性フラグメント（例えば、配列番号６または７のうちの１つを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドの代わりに）を含む。
【００２９】
４．ＳＰ１０７２（配列番号８）およびその改変体
ｄｎａＧとしても知られるＳＰ１０７２は、ＲＮＡプライマーの形成を触媒するＤＮＡプライマーゼ酵素であり、このＲＮＡプライマーは、ＤＮＡポリメラーゼがＤＮＡ複製を開始するのを可能にする。５８６アミノ酸のタンパク質ＳＰ１０７２は、いくつかの保存されたモチーフを含む。Ｎ末端から始めて、アミノ酸２〜９６は、ジンクフィンガードメインを形成し、ＤＮＡプライマーゼの触媒コアは、アミノ酸１２２〜２５０に及び、高度に保存されたトポイソメラーゼ−プライマーゼ（ＴＯＲＰＩＭ）ヌクレオチジルトランスフェラーゼ／ヒドロラーゼドメイン領域は、アミノ酸２５８〜３３０に伸びる。いくつかの実施形態において、ワクチンまたは他の組成物は、１つまたはそれより多くの上記ドメインおよびモチーフを含むか、または欠いているＳＰ１０７２の切断変異体を含む。
【００３０】
いくつかの実施形態において、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含むワクチンまたは薬学的組成物は、ＳＰ１０７２から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドを含む。上記ポリペプチドはまた、少なくとも２０残基のフラグメントの改変体であり得る。特定の実施形態において、上記ポリペプチドは、ＳＰ１０７２からの、５５０以下、５００以下、４５０以下、４００以下、３５０以下、３００以下、２５０以下、２００以下、１５０以下、または１００以下の連続するアミノ酸を含む。
【００３１】
５．ＳＰ２１０８（配列番号９）およびその改変体
ポリペプチドＳＰ２１０８は、長さが４２３アミノ酸であり、ＭａｌＸ、マルトース／マルトデキストリンＡＢＣトランスポーターまたはマルトース／マルトデキストリン結合タンパク質として交互に公知である。タンパク質（アミノ酸３〜４２３）の多くは、ＭａｌＥ（マルトース結合ペリプラズム）ドメインとして分類される。さらに、ＳＰ２１０８は、その分泌を指示するシグナル配列を含む。いくつかの実施形態において、ワクチンまたは他の組成物は、１つまたはそれより多くの上記ドメインおよびモチーフを含むＳＰ２１０８の切断変異体を含む。
【００３２】
いくつかの実施形態において、本明細書中における組成物および方法は、シグナル配列を欠いているＳＰ２１０８改変体の使用を必要とする。この改変体は、ポリペプチド配列の配列番号１０によって表され、例えば、配列番号２９に従う核酸によってコードされ得る。
【００３３】
いくつかの実施形態において、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含むワクチンまたは薬学的組成物は、ＳＰ２１０８から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドを含む。上記ポリペプチドはまた、少なくとも２０残基のフラグメントの改変体であり得る。特定の実施形態において、上記ポリペプチドは、ＳＰ２１０８からの、４００以下、３５０以下、３００以下、２５０以下、２００以下、１５０以下、または１００以下の連続するアミノ酸を含む。
【００３４】
異なる血清型からのＳＰ２１０８配列の組み合わせを例示するコンセンサス配列は、配列番号２０および２１として提供される。従って、特定の実施形態において、ワクチン処方物は、配列番号２０〜２１のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチド、もしくは配列番号２０〜２１のいずれかからなるアミノ酸配列を有するポリペプチド、またはその免疫原性フラグメント（例えば、配列番号９または１０のうちの１つを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドの代わりに）を含む。
【００３５】
６．ＳＰ０６４１（配列番号１２）およびその改変体
ＳＰ０６４１は、長さが２１４４アミノ酸であって、ＰｒｔＡ、細胞壁関連セリンプロテアーゼとしても公知である。全長ＳＰ０６４１は、多数の保存されたモチーフ：タンパク質結合表面を形成し得る、アミノ酸４８５と５９７との間に広がるＰＡ＿２モチーフ；Ｆｎ３様ドメイン（アミノ酸８００〜９３９）；およびアミノ酸２２６〜４４９および６３９〜７７７に位置するＳ８  Ｃ５ａタイプの２つの予測される触媒ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ワクチンまたは他の組成物は、１つまたはそれより多くの上記ドメインおよびモチーフを含むか、または欠いているＳＰ０６４１の切断変異体を含む。
【００３６】
いくつかの実施形態において、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含むワクチンまたは薬学的組成物は、ＳＰ０６４１から選択される少なくとも２０個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドを含む。上記ポリペプチドはまた、少なくとも２０残基のフラグメントの改変体であり得る。特定の実施形態において、上記ポリペプチドは、ＳＰ０６４１からの、１０００以下、９００以下、８００以下、７００以下、６００以下、５００以下、４００以下、３００以下、２００以下、または１００以下の連続するアミノ酸を含む。
【００３７】
ＳＰ０６４１の特定の他の切断変異体もまた使用され得る。例えば、ＳＰ０６４１Ｎ（配列番号１３）と称されるポリペプチドは、ＳＰ０６４１のＮ末端に近いアミノ酸２４〜６８４に対応する６６１アミノ酸からなる。ＳＰ０６４１Ｎ（およびＳＰ０６４１のアミノ酸６８６〜１３３３に対応する）におおよそ隣接して、切断改変体ＳＰ０６４１Ｍ（配列番号１１）によって捕捉される６４８残基領域がある。
【００３８】
ＳＰ０６４１の改変体は、例えば、米国特許第７，３３８，７８６号、同第６，５７３，０８２号、および同第７，１３２，１０７号、ならびに国際出願ＷＯ００／０６７３８に開示される。
【００３９】
配列番号３０および３１は、それぞれ、ＳＰ０６４１ＭおよびＳＰ０６４１ＮのＤＮＡ配列を示すが、遺伝コードにおける縮重に起因して、他のＤＮＡ配列（コドン最適化配列が挙げられる）が、ＳＰ０６４１をコードし得る。
【００４０】
表１および２のポリペプチド（例えば、ＳＰ００２４、０８８２、０８８２Ｎ、シグナル配列を有するか、もしくは有さない０１４８、１０７２、シグナル配列を有するか、もしくは有さないＳＰ１０２８、ＳＰ０６４１、ＳＰ０６４１Ｍ、またはＳＰ０６４１Ｎ）に相同なポリペプチドはまた、本明細書中で開示される組成物および方法において、使用され得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの個々の株は、互いに比較して数多くの変異を含み、これらのうちのいくつかは、異なる株間で異なるタンパク質配列をもたらす。当業者は、アミノ酸配列またはその一部を、異なるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株からの相同なアミノ酸配列で容易に置換し得る。特定の局面において、本願は、表１および２のポリペプチドに対して、少なくとも９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％の同一性を有する免疫原性ポリペプチド、またはその免疫原性フラグメントを提供する。血清型のバリエーションは、表１および２のポリペプチドの上記の改変体を設計するために使用され得る。
【００４１】
いくつかの実施形態において、本明細書におけるワクチン組成物は、表１または２のタンパク質のフラグメント（例えば、ＳＰ００２４、ＳＰ０８８２、ＳＰ０８８２Ｎ、シグナル配列を有するか、もしくは有さない０ＳＰ１４８、ＳＰ１０７２、シグナル配列を有するか、もしくは有さないＳＰ１０２８、ＳＰ０６４１、ＳＰ０６４１Ｍ、またはＳＰ０６４１Ｎのフラグメント）を含む。いくつかの実施形態において、本願は、表１または２のポリペプチドに大きさが近い切断変異体を提供する（例えば、配列番号１〜１３のうちの１つ）。例えば、それらは、一方または両方の末端から、せいぜい、１、２、３、４、５、１０、または２０アミノ酸を欠いていることがある。内部の欠失（例えば、１〜１０、１１〜２０、２１〜３０、または３１〜４０アミノ酸の欠失）も企図される。
【００４２】
特定の実施形態において、ワクチン処方物は、配列番号１４〜２１のいずれかを含むアミノ酸配列を有する１つまたはそれより多くのポリペプチド、または配列番号１４〜２１のいずれかからなるアミノ酸配列を有する１つまたはそれより多くのポリペプチドを含む。特定の実施形態において、フラグメントは、配列番号１４〜２１のいずれかの切断フラグメントであり、ここで、１〜５、１〜１０、または１〜２０アミノ酸残基は、Ｎ末端、Ｃ末端、または両方から取り除かれる。特定の実施形態において、フラグメントは、配列番号１４〜２１のいずれかの切断フラグメントであり、ここで、１〜１０アミノ酸残基は、Ｎ末端、Ｃ末端、または両方から取り除かれる。例えば、１０アミノ酸残基は、Ｎ末端およびＣ末端のそれぞれから取り除かれ得、結果として２０アミノ酸残基が取り除かれたタンパク質となる。
【００４３】
上の表１に記載されるこれらの核酸およびポリペプチドの他に、本願はまた、表１および／もしくは表２に列挙される１つもしくはそれより多くのポリペプチドもしくは遺伝子、または本明細書中に記載されるような、その改変体もしくはフラグメントを含む免疫原性組成物を提供する。各遺伝子およびタンパク質のＤＮＡ配列およびタンパク質の配列は、上に記載されるように、公的に入手可能なデータベースであるＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅにおいて、ローカスタグを検索することにより見出され得る。
表２．ヒトおよびマウスのスクリーニングにおいて同定された免疫原性タンパク質
【００４４】
【表２−１】
0005931724.tif 000004
【００４５】
【表２−２】
0005931724.tif 000005
代表的に、本発明の化合物に存在するポリペプチドは、単独で、または改変体としてのいずれかで免疫原性であり、このものは、別のポリペプチドに融合されるか、またはアジュバントと混合されるか、またはアジュバントに対して複合体化されるポリペプチドを含む。改変体はまた、本明細書中に記載されるような、１００％より低い配列同一性を有する配列を含む。特定の実施形態において、表１または２の抗原は、全長のポリペプチドとして提供される。さらに、当業者は、適切な免疫原性を有する、フラグメント、前駆体、および類似体を使用し得る。
【００４６】
これらのポリペプチドは、哺乳動物（例えば、マウス、モルモット、またはヒト）において免疫原性であり得る。免疫原性ポリペプチドは、代表的に、アッセイまたは被験体において、著しい免疫応答を起こすことが可能なものである。例えば、免疫原性ポリペプチドは、Ｔ細胞によって産生されるＩＬ−１７の量を増加させ得る。実施例１〜４に記載されるＩＬ−１７アッセイは、免疫原性ポリペプチドを同定するために使用され得るアッセイの例である。あるいは、免疫原性ポリペプチドは、（ｉ）上記ポリペプチドに結合する抗体（例えば、中和抗体）の産生を誘導し得、（ｉｉ）ＴＨ１免疫を誘導し得、（ｉｉｉ）例えば、ＣＤ８＋  Ｔ細胞を増加させること、および／または感染部位または再感染部位にＣＤ８＋  Ｔ細胞の局在化を増加させることによって、ＣＤ８＋  ＣＴＬ応答を活性化し得、（ｉｖ）ＴＨ１７免疫を誘導し得、および／または（ｖ）先天免疫を活性化し得る。いくつかの実施形態において、免疫原性ポリペプチドは、その抗原に特異的な、検出可能な量の抗体の産生をもたらす。
【００４７】
特定の実施形態において、ポリペプチドは、ヒトの自己抗原および／または消化管共生細菌（ｇｕｔ  ｃｏｍｍｅｎｓａｌ  ｂａｃｔｅｒｉａ）（例えば、特定のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａおよびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの種）に対して、２０％より低い、３０％より低い、４０％より低い、５０％より低い、６０％より低い、または７０％より低い同一性を有する。ヒトの自己抗原の例としては、インスリン、増殖性細胞核抗原、シトクロムＰ４５０、およびミエリン塩基性タンパク質が挙げられる。
【００４８】
本開示は、例えば、薬学的に受容可能なキャリア、および配列番号１〜１１のいずれかを含むアミノ酸配列を有する１つまたはそれより多くのポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを含み、そして配列番号１２もしくは１３のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを必要に応じてさらに含む、ワクチン処方物を提供する。特定の実施形態において、ワクチン処方物は、配列番号１〜１３のいずれかを含むアミノ酸配列を有する少なくとも２つの異なるポリペプチド、またはその免疫原性フラグメントを含み、ここで、上記ポリペプチドの少なくとも１つは、配列番号１〜１０のうちの１つを含むアミノ酸配列、またはその免疫原性フラグメントを有する。ここで、用語「異なる」は、上記２つのペプチドのそれぞれが、配列番号１〜１３から選択される異なる配列に由来することを示す。
【００４９】
ワクチン処方物はまた、配列番号１〜１１のいずれかからなるアミノ酸配列を有する１つまたはそれより多くのポリペプチドを含み得る。
【００５０】
いくつかの実施形態において、ワクチン処方物は、少なくとも２つのポリペプチドを含み、各ポリペプチドは、（ｉ）〜（ｖｉ）の異なる群に属する：（ｉ）配列番号１またはその免疫原性フラグメント、（ｉｉ）配列番号２〜５のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント、（ｉｉｉ）配列番号６〜７のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント、（ｉｖ）配列番号８またはその免疫原性フラグメント、（ｖ）配列番号９〜１０のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント、および（ｖｉ）配列番号１１〜１３のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント。このような組み合わせの例は下に列挙される：
【００５１】
【化１】
0005931724.tif 000006
【００５２】
【化２】
0005931724.tif 000007
【００５３】
【化３】
0005931724.tif 000008
特定の実施形態において、ワクチン処方物は、配列番号１〜１３のいずれかを含むアミノ酸配列を有する少なくとも３つの異なるポリペプチド、またはその免疫原性フラグメントを含み、ここで、上記ポリペプチドの少なくとも１つは、配列番号１〜１０のうちの１つを含むアミノ酸配列を有する。特定のこのような実施形態において、ワクチン処方物は、少なくとも３つのポリペプチドを含み、各ポリペプチドは、（ｉ）〜（ｖｉ）の異なる群に属する：（ｉ）配列番号１またはその免疫原性フラグメント、（ｉｉ）配列番号２〜５のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント、（ｉｉｉ）配列番号６〜７のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント、（ｉｖ）配列番号８またはその免疫原性フラグメント、（ｖ）配列番号９〜１０のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント、および（ｖｉ）配列番号１１〜１３のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント。このような組み合わせの例は下に列挙される：
【００５４】
【化４】
0005931724.tif 000009
【００５５】
【化５】
0005931724.tif 000010
【００５６】
【化６】
0005931724.tif 000011
【００５７】
【化７】
0005931724.tif 000012
【００５８】
【化８】
0005931724.tif 000013
【００５９】
【化９】
0005931724.tif 000014
いくつかの実施形態において、ワクチン処方物は、配列番号１４〜２１のいずれかを含むアミノ酸配列を有する少なくとも２つの異なるポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを含む。特定のこのような実施形態において、ワクチン処方物は、少なくとも２つのポリペプチドを含み、各ポリペプチドは、（ｉ）〜（ｉｉｉ）の異なる群に属する：（ｉ）配列番号１４〜１７のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント、（ｉｉ）配列番号１８〜１９のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント、および（ｉｉｉ）配列番号２０〜２１のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント。このような組み合わせの例は下に列挙される：
【００６０】
【化１０】
0005931724.tif 000015
いくつかの局面において、配列番号１４〜２１の１つまたはそれより多くを含むワクチン処方物は、配列番号１〜１３のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチドをさらに含む。
【００６１】
特定の実施形態において、ワクチン処方物は、配列番号１４〜２１のいずれかを含むアミノ酸配列を有する少なくとも３つの異なるポリペプチド、またはその免疫原性フラグメントを含む。特定のこのような実施形態において、ワクチン処方物は、（ｉ）〜（ｉｉｉ）の３つを含む：（ｉ）配列番号１４〜１７のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント、（ｉｉ）配列番号１８〜１９のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント、および（ｉｉｉ）配列番号２０〜２１のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント。このような組み合わせの例は下に列挙される：
【００６２】
【化１１】
0005931724.tif 000016
ポリペプチドは、１つまたはそれより多くの免疫原性部分、および１つまたはそれより多くの非免疫原性部分を含み得る。免疫原性部分は、種々の方法によって同定され得、その方法としては、タンパク質マイクロアレイ、ＥＬＩＳＰＯＴ／ＥＬＩＳＡ技術、および／または問題のポリペプチドの異なる欠失変異体（例えば、フラグメント）についての特定のアッセイが挙げられる。免疫原性部分はまた、コンピューターアルゴリズムによって同定され得る。（ＥｐｉＶａｘによって製造される）ＥｐｉＭａｔｒｉｘのような、いくつかのこのようなアルゴリズムは、コンピューターによるマトリックスアプローチを使用する。抗原エピトープを同定するための、他のコンピューターによるツールとしては、ＰＥＰＶＡＣ（Ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ  ＥＰｉｔｏｐｅ−ｂａｓｅｄ  ＶＡＣｃｉｎｅ（ｉｍｍｕｎａｘ．ｄｆｃｉ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ＰＥＰＶＡＣにおけるワールドワイドウェブ上でＤａｎａ  Ｆａｒｂｅｒ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅによってホストされる））、およびＭＨＣＰｒｅｄ（部分的最小二乗法アプローチを使用し、ｗｗｗ．ｊｅｎｎｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ＭＨＣＰｒｅｄにおけるワールドワイドウェブ上でＴｈｅ  Ｊｅｎｎｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅによってホストされる）が挙げられる。本明細書中に記載されるポリペプチドの免疫原性フラグメントは、実験的に測定されるか、またはアルゴリズムによって同定されるときに、少なくとも１つの免疫原性部分を含む。上に記載されるツールによって同定されるペプチドとしては、以下が挙げられる：
【００６３】
【化１２−１】
0005931724.tif 000017
【００６４】
【化１２−２】
0005931724.tif 000018
【００６５】
【化１３−１】
0005931724.tif 000019
【００６６】
【化１３−２】
0005931724.tif 000020
従って、いくつかの局面において、本願は、本明細書中に記載される抗原の免疫原性フラグメントを提供する。いくつかの例において、上記フラグメントは、全長ポリペプチド、または表１または２のポリペプチドに大きさが近い。例えば、それらは、一方または両方の末端から、せいぜい、１、２、３、４、５、１０、または２０アミノ酸を欠いていることがある。特定の実施形態において、上記ポリペプチドは、長さが１００〜５００アミノ酸、または長さが１５０〜４５０アミノ酸、または長さが２００〜４００アミノ酸、または長さが２５０〜２５０アミノ酸である。いくつかの実施形態において、上記ポリペプチドは、長さが、１００〜２００、１５０〜２５０、２００〜３００、２５０〜３５０、３００〜４００、３５０〜４５０、または４００〜５００アミノ酸である。上に記載されるフラグメントまたはそのサブフラグメント（例えば、８〜５０、８〜３０、または８〜２０アミノ酸残基のフラグメント）は、好ましくは、下に記載される生物学的活性（例えば、放出されるＩＬ−１７の量を、少なくとも１．５倍または２倍またはそれより多く増加させること（例えば、絶対測定としてか、またはオボアルブミンのような免疫学的に不活性なタンパク質と比較してのいずれか））のうちの１つを有する。フラグメントは、本明細書中に記載されるワクチンにおいてポリペプチドとして使用され得るか、または別のタンパク質、タンパク質フラグメント、またはポリペプチドに融合され得る。
【００６７】
いくつかの実施形態において、上記フラグメントは、配列番号１〜１３のＮ末端、Ｃ末端、または両方から１〜５、１〜１０、または１〜２０アミノ酸残基が取り除かれた配列番号１〜１３のいずれかの切断フラグメントである。いくつかのこのような実施形態において、同じ数の残基は、Ｎ末端およびＣ末端から取り除かれ、他方、他の実施形態において、Ｃ末端と比較して、Ｎ末端から異なる数の残基が取り除かれる。
【００６８】
特定の局面において、本願は、表１および２のポリペプチドに対して、少なくとも９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％の同一性を有する免疫原性ポリペプチドを提供する。本開示はまた、薬学的に受容可能なキャリア、および配列番号１〜１１のいずれかに対して、少なくとも９０％、９５％、９８％、または９９％同一である配列を含むアミノ酸配列を有する１つまたはそれより多くのポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを含み、そして配列番号１２または１３のいずれかに対して、少なくとも９０％、９５％、９８％、または９９％同一である配列を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを必要に応じてさらに含む、ワクチン処方物を提供する。特定の実施形態において、ワクチン処方物は、配列番号１〜１３のいずれかに対して、少なくとも９０％、９５％、９８％、または９９％同一である配列を含むアミノ酸配列を有する少なくとも２つの異なるポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントを含み、ここで、上記ポリペプチドの少なくとも１つは、配列番号１〜１０のうちの１つに対して、少なくとも９０％、９５％、９８％、または９９％同一である配列を含むアミノ酸配列、またはその免疫原性フラグメントを有する。
【００６９】
いくつかの実施形態において、表１または２からの１つまたはそれより多くの（例えば、２、３、４、またはそれより多くの）ポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントもしくは改変体は、混合物中に提供される。いくつかの実施形態において、表１または２からの２、３、４、またはそれより多くのポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントもしくは改変体は、互いに共有結合している（例えば、融合タンパク質として）。
【００７０】
いくつかの実施形態において、ワクチン処方物は、配列番号１〜１３のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチド以外に、実質的に他のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含まない。いくつかの実施形態において、ワクチン処方物は、表１のポリペプチド以外に、実質的に他のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含まない。いくつかの実施形態において、ワクチン処方物は、表１または２のポリペプチド以外に、実質的に他のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含まない。
【００７１】
特定の実施形態において、ワクチン処方物または免疫原性組成物は、配列番号１〜１３のいずれかを含むアミノ酸配列を有するポリペプチド以外に、実質的に他のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含まない。特定のこのような実施形態において、ワクチン処方物または免疫原性組成物は、配列番号１〜１３のいずれかからなるアミノ酸配列を有するポリペプチド以外に、実質的に他のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含まない。いくつかの実施形態において、ワクチン処方物または免疫原性組成物は、表１および２のポリペプチドのアミノ酸配列のいずれかを含む（または該アミノ酸配列のいずれかからなる）アミノ酸配列を有するポリペプチド以外に、実質的に他のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドを含まない。実質的にとは、この文脈において、他のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅポリペプチドの、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満、５％未満、３％未満、２％未満、またはさらに１％未満を指す。
【００７２】
特定の実施形態において、ワクチン組成物は、ＴＨ１７細胞に接触後、対照の無関係な抗原（例えば、遺伝子名ＵＳ１２を有するＨＳＶ−２タンパク質ＩＣＰ４７）によって誘導されるよりも、少なくとも１．５倍のＴＨ１７細胞応答を誘導する。いくつかの実施形態において、ワクチン処方物は、感染していない被験体において、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによる感染を阻害する。特定の実施形態において、ワクチン処方物は、個体におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのコロニー形成を阻害する。いくつかの実施形態において、ワクチン処方物は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの症状を阻害する。
【００７３】
特定の実施形態において、本願は、上に記載されるポリペプチドの１つまたはそれより多くをコードする核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはその類似体）を提供する。上に記載されるポリペプチドについての基礎となるＤＮＡ配列は、タンパク質産物の配列に影響しない手法で改変され得、そしてこのような配列は、本発明に含まれる。例えば、ＤＮＡ配列は、コドン最適化され、宿主（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞系（例えば、バキュロウイルス発現系を用いて）、または哺乳動物（例えば、ヒトまたはチャイニーズハムスターの卵巣）の細胞系において、発現を改善し得る。
【００７４】
特定の実施形態において、本願は、表１または２における遺伝子、または上記遺伝子の改変体または一部に対して、少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはその類似体）を提供する。特定の実施形態において、上記核酸は、長さが、６００〜２０００、８００〜１８００、１０００〜１６００、１２００〜１４００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、上記核酸は、長さが、６００〜１６００、８００〜１８００、または１０００〜２０００ヌクレオチドである。上記核酸は、例えば、表１および２のポリペプチドまたはその免疫原性フラグメントの、組換え生産のために使用され得る。
【００７５】
いくつかの実施形態において、ワクチンまたは免疫原性組成物は、融合タンパク質および／または融合ＤＮＡ構築物を含み得る。本明細書中に記載されるポリペプチドは、改変なしで使用され得る。特定の実施形態において、より小さい関連ポリペプチド（例えば、フラグメントまたは同様のもの）が使用され、それらの分子量が約５０００ダルトンより小さい（例えば、１５００ダルトン〜５０００ダルトン）とき、改変は、所望される免疫応答を引き出すことにおいて有用であり得る。例えば、より小さいポリペプチドは、適切な免疫原性キャリア（例えば、破傷風トキソイド、ニューモリシン  キーホールリンペットヘモシアニン、または同様のもの）に結合体化され得る。特定の実施形態において、ワクチン処方物は、少なくとも１つの脂質付加（ｌｉｐｉｄａｔｅｄ）ポリペプチドを含む。結合体化は、直接的または間接的（例えば、リンカーを介する）であり得る。他の実施形態において、構築物は、表１または２からの遺伝子またはタンパク質、またはその免疫原性フラグメントもしくは改変体、およびタグを含み得る。タグは、Ｎ末端またはＣ末端であり得る。例えば、タグは、核酸またはポリペプチドに付加され得、精製、検出、溶解性を容易にするか、または他の望ましい特徴をタンパク質または核酸に付与する。例えば、精製タグは、親和性精製に使用され得るペプチド、オリゴペプチド、またはポリペプチドであり得る。例としては、Ｈｉｓ、ＧＳＴ、ＴＡＰ、ＦＬＡＧ、ｍｙｃ、ＨＡ、ＭＢＰ、ＶＳＶ−Ｇ、チオレドキシン、Ｖ５、アビジン、ストレプトアビジン、ＢＣＣＰ、カルモジュリン、Ｎｕｓ、Ｓタグ、リポタンパク質Ｄ、およびβガラクトシダーゼが挙げられる。特定の例示的なＨｉｓタグとしては、ＨＨＨＨＨＨ（配列番号３２）およびＭＳＹＹＨＨＨＨＨＨ（配列番号３３）が挙げられる。他の実施形態において、ポリペプチドは、タンパク質精製タグのようなタグがなく、精製タグに対する親和性に頼らない方法によって精製される。いくつかの実施形態において、融合タンパク質は短い。いくつかの例において、この融合タンパク質は、表１または２のポリペプチドの一方または両方の末端に１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、または２０以下の追加のアミノ酸を含む。
【００７６】
Ｂ．免疫原性組成物
本開示はまた、薬学的キャリアと一緒に、免疫原性ポリペプチドまたはこれらの免疫原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む薬学的組成物を提供する。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来の抗原は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａに感染したマウス由来または健康なヒトドナー由来の免疫細胞をスクリーニングすることにより同定された。ヒトドナーは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅが非常に一般的な疾患であり、コロニー形成する病原菌であるので、恐らく、彼らの一生の間のある時点でＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに曝されている。手短に言えば、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原のライブラリーは、細菌に発現され、抗原提示細胞（ＡＰＣ）と混合された。ＡＰＣは、次いで、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来ポリペプチドを、マウスから、またはヒトドナーから単離されたリンパ球に提示した。リンパ球の応答は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する反応性についてアッセイされた。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅで免疫したヒトドナーならびにマウスは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原に特異的なリンパ球を産生した。従って、本開示は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによる感染を中和するために、免疫したマウスまたはヒト、または感染したマウスまたはヒトにおいて強い免疫応答を引き出すＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組成物を企図する。
【００７７】
表１および２は、本明細書中に記載されるスクリーニング方法に従って同定されたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原についてのタンパク質配列および対応するヌクレオチド配列を列挙する。抗原は、マウスおよびヒトのＴ細胞のスクリーニングにおいて同定された。マウスのＴ細胞のスクリーニングにおいて、同定された抗原は、少なくとも２回のスクリーニングに供された：免疫応答を引き出した４つの抗原のプールを同定するためのゲノム全体の回（ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｒｏｕｎｄ）、その後の、ゲノム全体の回において同定されたプールから免疫応答を引き出した単一の抗原を、個々に試験および同定するためのデコンボリューションの回。対照的に、ヒトのＴ細胞のスクリーニングにおいて、２つの異なる組の抗原プールが作製され、その結果、ポリペプチドは、１回目と２回目のプールとの間で異なるポリペプチドと組み合わされた。結果として、１回目および２回目の組の両方において、どのポリペプチドが陽性プールにあるかを同定することにより、どのポリペプチドが抗原であるかを決定することは可能である。表１は、上のスクリーニング方法のうちの１つによって同定され、続いて、実施例５〜８に記載されるマウスモデルにおいて、さらなる試験に供された抗原（およびその改変体）を列挙する。従って、本開示に従う組成物は、表１もしくは２に列挙される遺伝子または対応する遺伝子産物のうちの１つ、もしくは２つ、もしくはそれより多くを含み得る。
【００７８】
免疫原性組成物はまた、上記連鎖球菌ポリペプチドの一部（例えば、欠失変異体、切断変異体、オリゴヌクレオチド、およびペプチドフラグメント）を含み得る。いくつかの実施形態において、上記ポリペプチドの一部は、免疫原性である。タンパク質の一部の免疫原性は、全長タンパク質の免疫原性を決定するために使用されるものと同じアッセイを用いて、容易に決定される。いくつかの実施形態において、ポリペプチドの一部は、全長タンパク質と実質的に同じ免疫原性を有する。いくつかの実施形態において、その免疫原性は、全長タンパク質（例えば、表１および２のポリペプチド）の免疫原性よりも１０％以下、２０％以下、３０％以下、４０％以下、または５０％以下低い。ペプチドフラグメントは、例えば、直鎖状、環状、または分岐したフラグメントであり得る。
【００７９】
本明細書中に記載されるワクチン処方物および免疫原性組成物のいくつかの実施形態は、膜移行配列（ＭＴＳ：ｍｅｍｂｒａｎｅ  ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｎｇ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）を含む免疫原性ポリペプチド（例えば、表１または２のポリペプチド）を含み、哺乳動物の細胞へのポリペプチドの導入およびその後の細胞媒介性免疫応答の刺激を容易にする。例示的な膜移行配列としては、カポジ線維芽細胞増殖因子のシグナル配列における疎水性領域、α−シヌクレイン、β−シヌクレイン、またはγ−シヌクレインのＭＴＳ、アンテナペディアホメオドメインの３番目のヘリックス、ＳＮ５０、インテグリンβ３  ｈ−領域、ＨＩＶ  Ｔａｔ、ｐＡｎｔｐ、ＰＲ−３９、アバエシン（ａｂａｅｃｉｎ）、アピダエシン（ａｐｉｄａｅｃｉｎ）、Ｂａｃ５、Ｂａｃ７、Ｐ．ｂｅｒｇｈｅｉ  ＣＳタンパク質、および米国特許第６，２４８，５５８号、同第６，４３２，６８０号、および同第６，２４８，５５８号に記載されるＭＴＳが挙げられる。
【００８０】
特定の実施形態において、抗原（例えば、表１または２のポリペプチド）は、他の分子に共有結合している。これは、例えば、抗原の、半減期、溶解性、バイオアベイラビリティー、または免疫原性を増加し得る。抗原に共有結合していることがある分子としては、炭水化物、ビオチン、ポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）、ポリシアル酸、Ｎ−プロピオニル化ポリシアル酸、核酸、多糖類、およびＰＬＧＡが挙げられる。３００ｇ／ｍｏｌより低い分子量〜１０，０００，０００ｇ／ｍｏｌを超える分子量の範囲に及ぶ、多くの異なるタイプのＰＥＧがある。ＰＥＧ鎖は、直鎖状、分岐、または櫛型（ｃｏｍｂ）または星型（ｓｔａｒ）形状を伴うものであり得る。いくつかの実施形態において、タンパク質の天然に生成される形態は、免疫系を刺激する部分に共有結合している。このような部分の例は、脂質部分である。いくつかの例において、脂質部分は、ＴＬＲ２のようなＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）によって認識され、先天免疫系を活性化する。
【００８１】
Ｃ．表１および２のタンパク質に特異的な抗体
本明細書中に開示される別の局面は、抗原組成物（例えば、表１または２において列挙されるタンパク質のうちの１つまたはその免疫原性フラグメント）に対して生成される抗体の調製である。例えば、本開示は、それぞれが表１または２の異なるタンパク質を認識する、２つ、３つ、４つ、または５つの抗体の組み合わせを提供する。多様な抗体のいずれかが含まれる。このような抗体としては、例えば、ポリクローナル、モノクローナル、組換え、ヒト化もしくは部分的にヒト化、単鎖、Ｆａｂ、およびそれらのフラグメントなどが挙げられる。抗体は、あらゆるアイソタイプ（例えば、ＩｇＧ、種々のＩｇＧアイソタイプ（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４など））であり得；そしてそれらは、抗体を産生するあらゆる動物種（ヤギ、ウサギ、マウス、ニワトリ、または同様のものが挙げられる）由来であり得る。いくつかの実施形態において、Ｆａｂ分子は、Ｅ．ｃｏｌｉのような遺伝子が形質転換された宿主において、発現され、そして組み立てられる。ラムダベクター系は、例えば、前者の抗体を生成する対象のそれと同等またはそれを超える潜在的な多様性を有するＦａｂの集団を発現するために利用できる。Ｈｕｓｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９），Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６，１２７５−８１を参照のこと。
【００８２】
Ｄ．Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原を認識する抗体を含むワクチンまたは免疫原性組成物の構成要素
特定の実施形態において、ワクチンまたは免疫原性組成物は、抗原および以下の１つまたはそれより多くを含む：アジュバント、安定剤、バッファー、界面活性剤、制御放出構成要素、塩、保存剤、および上記抗原に特異的な抗体。
【００８３】
１．アジュバント
本明細書中に記載されるワクチン処方物および免疫原性組成物は、アジュバントを含み得る。アジュバントは、それらの、作用の主なメカニズムに基づいて、大まかに２つのクラスに分けられ得る：ワクチン送達系アジュバントおよび免疫刺激性（ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ）アジュバント（例えば、Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ．ＨＩＶ  Ｒｅｓ．１：３０９−２０，２００３を参照のこと）。ワクチン送達系は、しばしば粒状処方物（例えば、エマルジョン、ミクロ粒子（ｍｉｃｒｏｐａｒｔｉｃｌｅ）、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ））であり、それは、例えば、粒子および／またはマトリックス、およびリポソームであり得る。対照的に、免疫刺激性アジュバントは、時には、病原体に由来し、病原体関連分子パターン（ＰＡＭＰ：ｐａｔｈｏｇｅｎ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｐａｔｔｅｒｎ）（例えば、リポ多糖類（ＬＰＳ）、モノホスホリルリピッド（ＭＰＬ）、またはＣｐＧ含有ＤＮＡ）を表し得、それらは、先天免疫系の細胞を活性化する。
【００８４】
あるいは、アジュバントは、有機および無機として分類され得る。無機アジュバントとしては、ミョウバン塩（ａｌｕｍ  ｓａｌｔ）（例えば、リン酸アルミニウム、非晶質のアルミニウムヒドロキシホスフェイト硫酸塩（ａｍｏｒｐｈｏｕｓ  ａｌｕｍｉｎｕｍ  ｈｙｄｒｏｘｙｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ｓｕｌｆａｔｅ）、および水酸化アルミニウム）が挙げられ、これらは、ヒトワクチンにおいて、一般的に使用される。有機アジュバントは、高分子を含む有機分子を含む。有機アジュバントの例は、コレラ毒素である。
【００８５】
アジュバントはまたは、それらが誘導する応答によって分類され得る。いくつかの実施形態において、アジュバントは、ＴＨ１細胞またはＴＨ２細胞の活性化を誘導する。他の実施形態において、アジュバントは、Ｂ細胞の活性化を誘導する。さらに他の実施形態において、アジュバントは、抗原提示細胞の活性化を誘導する。これらのカテゴリーは、相互排反ではない；いくつかの場合、アジュバントは、１つより多くのタイプの細胞を活性化する。
【００８６】
特定の実施形態において、アジュバントは、ＴＨ１７細胞の活性化を誘導する。それは、ＴＨ１７細胞がＩＬ−１７を分泌するように促進し得る。いくつかの実施形態において、ＴＨ１７細胞の活性化を誘導するアジュバントは、以下のアッセイにおいて、少なくとも２倍の、およびいくつかの場合、１０倍の実験サンプル対対照の比を生み出すものである。そのアッセイにおいて、実験者は、細胞の２つの集団によって分泌されるＩＬ−１７レベルを比較する：（１）アジュバントおよびＴＨ１７活性化を誘導することが知られるポリペプチドで処理される細胞、および（２）アジュバントおよび無関係な（対照）ポリペプチドで処理される細胞。ＴＨ１７細胞の活性化を誘導するアジュバントは、集団（１）の細胞が、集団（２）の細胞よりも多くのＩＬ−１７を、２倍より多く、または１０倍より多く産生することをもたらし得る。ＩＬ−１７は、例えば、ＥＬＩＳＡまたはウエスタンブロットによって測定され得る。特定の毒素（例えば、コレラ毒素および不安定毒素（ｌａｂｉｌｅ  ｔｏｘｉｎ）（腸毒性大腸菌すなわちＥＴＥＣによって産生される））は、ＴＨ１７応答を活性化する。従って、いくつかの実施形態において、アジュバントは毒素である。コレラ毒素は、マウスモデルにおいて首尾よく使用されて、表１からの特定のポリペプチドと共同して防御免疫を誘導した（実施例５〜８を参照のこと）。不安定毒素の１つの形態は、Ｉｎｔｅｒｃｅｌｌによって生産される。アジュバントとして活性はあるが、毒性が著しく劣る不安定毒素の変異体誘導体もまた使用され得る。不安定毒素の例示的な無毒化変異体誘導体としては、ＡＤＰリボシルトランスフェラーゼ活性を欠いている変異体が挙げられる。不安定毒素の特定の無毒化変異体誘導体としては、ＬＴＫ７（Ｄｏｕｃｅ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｍｕｔａｎｔｓ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ｈｅａｔ−ｌａｂｉｌｅ  ｔｏｘｉｎ  ｌａｃｋｉｎｇ  ＡＤＰ−ｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ａｃｔ  ａｓ  ｎｏｎｔｏｘｉｃ，ｍｕｃｏｓａｌ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ”  ＰＮＡＳ  Ｖｏｌ．９２，ｐｐ．１６４４−１６４８，Ｆｅｂｒｕａｒｙ  １９９５）およびＬＴＫ６３（Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｉｎｎａｔｅ  Ｉｍｐｒｉｎｔｉｎｇ  ｂｙ  ｔｈｅ  Ｍｏｄｉｆｉｅｄ  Ｈｅａｔ−Ｌａｂｉｌｅ  Ｔｏｘｉｎ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（ＬＴＫ６３）Ｐｒｏｖｉｄｅｓ  Ｇｅｎｅｒｉｃ  Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  ａｇａｉｎｓｔ  Ｌｕｎｇ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ”Ｔｈｅ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２００４，１７３：７４３５−７４４３），ＬＴ−Ｇ１９２（Ｄｏｕｃｅ  ｅｔ  ａｌ．“Ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ  ｄｅｔｏｘｉｆｉｅｄ  ｍｕｔａｎｔｓ  ｏｆ  ｈｅａｔ−ｌａｂｉｌｅ  ｔｏｘｉｎ  ｆｒｏｍ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ａｒｅ  ａｂｌｅ  ｔｏ  ａｃｔ  ａｓ  ｏｒａｌ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ”Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．１９９９  Ｓｅｐ；６７（９）：４４００−６），ならびにＬＴＲ７２（“Ｍｕｃｏｓａｌ  ａｄｊｕｖａｎｔｉｃｉｔｙ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ  ｏｆ  ＬＴＲ７２，ａ  ｎｏｖｅｌ  ｍｕｔａｎｔ  ｏｆ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ｈｅａｔ−ｌａｂｉｌｅ  ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ  ｗｉｔｈ  ｐａｒｔｉａｌ  ｋｎｏｃｋｏｕｔ  ｏｆ  ＡＤＰ−ｒｉｂｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ．”Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ．１９９８  Ａｐｒ  ６；１８７（７）：１１２３−３２）が挙げられる。
【００８７】
いくつかの実施形態において、アジュバントは、ＶＬＰ（ウイルス様粒子）を含む。１つのこのようなアジュバントプラットフォ−ムであるアルファウイルスレプリコンは、アルファウイルスを用いてＴＨ１７細胞の活性化を誘導し、それは、Ａｌｐｈａｖａｘにより生産される。アルファウイルスレプリコン系の特定の実施形態において、アルファウイルスは、目的の抗原、目的のサイトカイン（例えば、ＩＬ−１７またはＩＬ−１７産生を刺激するサイトカイン）、または両方を発現するように操作され得、ヘルパー細胞系において産生され得る。より詳細な情報は、米国特許第５，６４３，５７６号および同第６，７８３，９３９号において見出され得る。いくつかの実施形態において、ワクチン処方物は、サイトカインをコードする核酸と組み合わせて患者に投与される。
【００８８】
アジュバントの特定のクラスは、ＴＨ１７応答を活性化するためにｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）を活性化する。ＴＬＲは、白血球の膜上に見出され得る周知のタンパク質であり、外来の抗原（微生物抗原が挙げられる）を認識する。公知のＴＬＲリガンドを目的の抗原と一緒に投与すること（例えば、融合タンパク質として）は、目的の抗原に特異的な免疫応答の発達を促進し得る。ＴＬＲを活性化する１つの例示的なアジュバントは、モノホスホリルリピッドＡ（ＭＰＬ）を含む。慣習的に、ＭＰＬは、グラム陰性細菌（例えば、Ｓ．ｍｉｎｎｅｓｏｔａ）から得られる無毒化リポ多糖類（ＬＰＳ）エンドトキシンとして産生されてきた。特に、ＬＰＳの連続して起こる酸および塩基の加水分解は、免疫活性のあるリピッドＡ画分（それはＭＰＬである）を生み出し、それは、ＬＰＳ中に存在するサッカリド基を欠き、およびＬＰＳ中に存在するホスフェイトのうちの１つを除く全てを欠いている。合成ＴＬＲアゴニスト（特に、ＴＬＲ４アゴニスト）の数は、Ｅｖａｎｓ  ＪＴ  ｅｔ  ａｌ．“Ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ａｎｔｉｇｅｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ｖｉａ  ｔｈｅ  ＴＬＲ４  ｌｉｇａｎｄｓ  ＭＰＬ  ａｄｊｕｖａｎｔ  ａｎｄ  Ｒｉｂｉ．５２９．”Ｅｘｐｅｒｔ  Ｒｅｖ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ  ２００３  Ａｐｒ；２（２）：２１９−２９において開示される。ＭＰＬアジュバントのように、これらの合成化合物は、ＴＬＲを介して先天免疫系を活性化する。ＴＬＲアゴニストの別のタイプは、合成リン脂質二量体（例えば、Ｅ６０２０（Ｉｓｈｉｚａｋａ  ＳＴ  ｅｔ  ａｌ．“Ｅ６０２０：ａ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｔｏｌｌ−ｌｉｋｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ４  ａｇｏｎｉｓｔ  ａｓ  ａ  ｖａｃｃｉｎｅ  ａｄｊｕｖａｎｔ．”Ｅｘｐｅｒｔ  Ｒｅｖ．Ｖａｃｃｉｎｅｓ．２００７  Ｏｃｔ；６（５）：７７３−８４．））である。種々のＴＬＲアゴニスト（ＴＬＲ４アゴニストが挙げられる）は、例えば、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＩＲＤＩ）、Ｃｏｒｉｘａ、Ｅｓａｉ、Ａｖａｎｔｉ  Ｐｏｌａｒ  Ｌｉｐｉｄｓ，Ｉｎｃ．、およびＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈによって生産および／または販売されている。ＴＬＲを活性化する別の例示的なアジュバントは、ＭＰＬの混合物、トレハロースジコイノミコレート（ＴＤＭ：Ｔｒｅｈａｌｏｓｅ  Ｄｉｃｏｙｎｏｍｙｃｏｌａｔｅ）、およびジオクタデシルジメチルアンモニウムブロミド（ＤＤＡ）を含む。別のＴＬＲ活性化アジュバントは、Ｒ８４８（レシキモド）である。
【００８９】
いくつかの実施形態において、アジュバントは、サポニンであるか、またはサポニンを含む。代表的に、サポニンは、トリテルペングリコシド（例えば、Ｑｕｉｌｌａｊａ  ｓａｐｏｎａｒｉａの木の樹皮から単離されたもの）である。生物学的供給源由来のサポニン抽出物は、（例えば、クロマトグラフィーにより）さらに分画されて、最良のアジュバント活性および受容可能な毒性を有する抽出物の部分を単離する。アジュバントとして使用されるＱｕｉｌｌａｊａ  ｓａｐｏｎａｒｉａの木由来の抽出物の代表的な画分は、画分ＡおよびＣとして公知である。
【００９０】
本明細書中に記載されるワクチン処方物に使用され得るサポニンの特定の形態は、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）である。ＩＳＣＯＭは、アジュバントの当該分野において認識されている（ａｒｔ−ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ）クラスであり、それは、一般にキラヤサポニン画分および脂質（例えば、コレステロールおよびリン脂質（例えば、ホスファチジルコリン））を含む。特定の実施形態において、ＩＳＣＯＭは、目的のポリペプチドまたは核酸と一緒に組み立てられる。しかし、異なるサポニン画分は、異なる比で使用され得る。さらに、異なるサポニン画分は、同じ粒子中に一緒に存在するか、実質的に１粒子当たり１つのみの画分を有するかのどちらかであり得る（その結果、画分ＡおよびＣの示される比は、粒子を異なる画分と一緒に混合することにより生み出される）。この文脈において、「実質的に」とは、２０％未満、１５％未満、１０％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、またはさらに１％未満を指す。このようなアジュバントは、７０〜９５  Ａ：３０〜５  Ｃ（例えば、７０  Ａ：３０  Ｃ〜７５  Ａ：５  Ｃ、７５  Ａ：５  Ｃ〜８０  Ａ：２０  Ｃ、８０  Ａ：２０  Ｃ〜８５  Ａ：１５  Ｃ、８５  Ａ：１５  Ｃ  〜９０  Ａ：１０  Ｃ、９０  Ａ：１０  Ｃ〜９５  Ａ：５  Ｃ、または９５  Ａ：５  Ｃ〜９９  Ａ：１  Ｃ）の比に混合される画分Ａおよび画分Ｃを含み得る。
【００９１】
特定の実施形態において、アジュバントの組み合わせが使用される。アジュバントの３つの例示的な組み合わせは、ＭＰＬとミョウバン、Ｅ６０２０とミョウバン、およびＭＰＬとＩＳＣＯＭである。
【００９２】
アジュバントは、抗原に共有結合していることがある。いくつかの実施形態において、アジュバントは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）の活性化を介して炎症応答を誘導するタンパク質を含み得る。いくつかの実施形態において、これらのタンパク質の１つまたはそれより多くは、選択の抗原と組換え融合されていることがあり、その結果、結果として生じる融合分子は、樹状細胞の成熟を促進し、樹状細胞を活性化してサイトカインおよびケモカインを産生し、そして最終的には、Ｔ細胞への抗原の提示およびＴ細胞応答の開始を増大させる（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ２００５；６５（１１），ｐｐ４９４７−４９５４を参照のこと）。特定の実施形態において、本明細書中に記載されるポリペプチドは、Ｌｕら（“Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  ａｇａｉｎｓｔ  Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃａｌ  ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｆａｔａｌ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ  ｂｙ  ａ  ｔｒｉｖａｌｅｎｔ  ｃｏｎｊｕｇａｔｅ  ｏｆ  ａ  ｆｕｓｉｏｎ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ  ｗａｌｌ  ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ．”Ｉｎｆｅｃｔ  Ｉｍｍｕｎ．２００９  Ｍａｙ；７７（５）：２０７６−８３）に記載される、三価のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ肺炎球菌表面付着因子Ａ：分子を非毒性にするが、ＴＬＲ４媒介性炎症特性（ＴＬＲ４−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  ｐｒｏｐｅｒｔｙ）を妨害しない３つのアミノ酸置換（Ｗ４３３Ｆ、Ｄ３８５Ｎ、およびＣ４２８Ｇ）を持つニューモリシン誘導体−細胞壁多糖類（ＰｓａＡ：ＰｄＴ−ＣＰ）コンジュゲートシステムの関連において存在する。上記コンジュゲートシステムは「ニューモリシン非毒性誘導体ＰｄＴとのＰｓａＡの融合タンパク質であり、次にＣＰを上記融合タンパク質に連結される」。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載される１つまたはそれより多くのポリペプチドは、三価の結合体において、ＰｓａＡの代わりに使用される。三価の結合体系は、代表的にミョウバンを含み、通常非経口で投与される。抗原に共有結合し得る他の例示的なアジュバントは、多糖類、ニューモリシン、合成ペプチド、リポペプチド、および核酸を含む。
【００９３】
代表的に、同じアジュバントまたはアジュバントの混合物は、ワクチンの各用量に存在する。しかし、必要に応じて、アジュバントは、ワクチンの最初の用量と共に投与され得、その後の用量と共には投与されない（すなわち、ブースター注射（ｂｏｏｓｔｅｒ  ｓｈｏｔ））。あるいは、強いアジュバントがワクチンの最初の用量と共に投与され得、より弱いアジュバントまたはより少ない用量の強いアジュバントがその後の用量と共に投与され得る。アジュバントは、抗原の投与前に、抗原の投与と並行して、または抗原の投与後に患者に投与され得る（時には、１時間以内、２時間以内、６時間以内、または１２時間以内、および時には１日以内、２日以内、または５日以内に）。
特定のアジュバントは、ヒト患者、非ヒト動物、または両方に適している。
【００９４】
２．ワクチンまたは免疫原性組成物の追加の構成要素
上に記載される抗原およびアジュバントの他に、ワクチン処方物または免疫原性組成物は、１つまたはそれより多くの追加の構成要素を含み得る。
【００９５】
特定の実施形態において、ワクチン処方物または免疫原性組成物は、１つまたはそれより多くの安定剤（例えば、糖（例えば、スクロース、グルコース、またはフルクトース）、ホスフェイト（例えば、リン酸二ナトリウム、リン酸二水素カリウム、リン酸二カリウム、またはリン酸一ナトリウム）、グルタメート（例えば、Ｌ−グルタミン酸一ナトリウム）、ゼラチン（例えば、加工処理（ｐｒｏｃｅｓｓｅｄ）ゼラチン、加水分解ゼラチン、またはブタのゼラチン）、アミノ酸（例えば、アルギニン、アスパラギン、ヒスチジン、Ｌ−ヒスチジン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、トレオニン、リジン、フェニルアラニン、チロシン、およびそれらのアルキルエステル）、イノシン、またはホウ酸ナトリウム）を含み得る。
【００９６】
特定の実施形態において、ワクチン処方物または免疫原性組成物は、１つまたはそれより多くのバッファー（例えば、重炭酸ナトリウムとアスコルビン酸との混合物）を含む。いくつかの実施形態において、ワクチン処方物は、食塩水（例えば、リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ））または蒸留水において投与され得る。
【００９７】
特定の実施形態において、ワクチン処方物または免疫原性組成物は、１つまたはそれより多くの界面活性剤（例えば、ポリソルベート８０（Ｔｗｅｅｎ  ８０）、Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００、ポリエチレングリコールｔｅｒｔ−オクチルフェニルエーテルｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール４−（１，１，３，３−テトラメチルブチル）フェニル−ポリエチレングリコール（ＴＲＩＴＯＮ  Ｘ−１００）；ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート  ポリエチレングリコールソルビタンモノラウレート（ＴＷＥＥＮ  ２０）；およびホルムアルデヒドおよびオキシランを有する４−（１，１，３，３−テトラメチルブチル）フェノールポリマー（ＴＹＬＯＸＡＰＯＬ））を含む。界面活性剤は、イオン性または非イオン性であり得る。
【００９８】
特定の実施形態において、ワクチン処方物または免疫原性組成物は、１つまたはそれより多くの塩（例えば、塩化ナトリウム、塩化アンモニウム、塩化カルシウム、または塩化カリウム）を含む。
【００９９】
特定の実施形態において、保存剤は、ワクチンまたは免疫原性組成物中に含まれる。他の実施形態において、保存剤は使用されない。保存剤は、複数回用量ワクチンバイアルにおいて、最もよく使用され、単一用量ワクチンバイアルにおいては、それほどよく必要とされない。特定の実施形態において、保存剤は、２−フェノキシエタノール、メチル、およびプロピルパラベン、ベンジルアルコール、および／またはソルビン酸である。
【０１００】
特定の実施形態において、ワクチン処方物または免疫原性組成物は、制御放出処方物である。
【０１０１】
Ｅ．ＤＮＡワクチン
特定の局面において、ワクチンは、本明細書に開示される核酸のうちの１つ、または本明細書中に記載されるポリペプチドのうちの１つに対応する核酸を含む。核酸ワクチンが患者に投与されるとき、対応する遺伝子産物（例えば、所望される抗原）は、患者の身体において産生される。いくつかの実施形態において、最適化組換えポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンベクターは、哺乳動物（ヒトを含む）へと送達されて治療または予防の免疫応答を誘導し得る。核酸は、例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、または合成核酸であり得る。核酸は、一本鎖または二本鎖であり得る。
【０１０２】
核酸ワクチンベクター（例えば、アデノウイルス、リポソーム、乳頭腫ウイルス、レトロウイルスなど）は、インビボでの細胞の形質導入のために哺乳動物に直接投与され得る。核酸ワクチンは、あらゆる適切な様式（非経口投与が挙げられる）での投与のための薬学的組成物として処方され得る。
【０１０３】
感染または他の状態の処置または予防において投与されるべきベクターの有効な量を決定することにおいて、医師は、もしあれば、ベクターの毒性、疾患の進行、および抗ベクター抗体の産生を評価する。しばしば、ベクター由来の裸の核酸に等価な用量は、代表的な７０ｋｇの患者に対して約１μｇ〜１ｍｇであり、核酸を送達するために使用されるベクターの用量は、等価な量の治療上の核酸を生じるように計算される。投与は、単一または分割された用量を介して達成され得る。核酸ワクチンベクターの毒性および治療上の効力は、細胞培養物または実験動物における標準的な薬学的手順を用いて決定され得る。
【０１０４】
核酸ワクチンは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、改変された核酸、またはそれらの組み合わせを含み得る。いくつかの実施形態において、上記ワクチンは、１つまたはそれより多くのクローニングまたは発現ベクターを含む；例えば、上記ワクチンは、複数の発現ベクターを含み得、そのそれぞれは、哺乳動物の細胞において、ヌクレオチドコーディング領域の自律発現が可能で少なくとも１つの免疫原性ポリペプチドを産生する。発現ベクターは、しばしば、１つまたはそれより多くのコーディング領域に作動可能に繋がれている真核生物のプロモーター配列を含む（例えば、強い真核生物プロモーターのヌクレオチド配列）。本明細書における組成物および方法は、任意の特定の真核生物プロモーターの使用に関与し得、多種多様なものが知られている：例えば、ＣＭＶまたはＲＳＶプロモーター。上記プロモーターは、宿主細胞に関して異種であり得る。使用されるプロモーターは、構成的プロモーターであり得る。
【０１０５】
本組成物および方法において有用なベクターは、環状または直鎖状、一本鎖または二本鎖であり得、プラスミド、コスミド、またはエピソームであり得る。適切な実施形態において、各ヌクレオチドコーディング領域は、別個のベクター上にある；しかし、１つまたはそれより多くのコーディング領域は、単一のベクター上に存在し得ること、そしてこれらのコーディング領域は、単一または複数のプロモーターの制御下にあり得ることが理解されるべきである。
【０１０６】
数多くのプラスミドは、核酸ワクチンの生産のために使用され得る。核酸ワクチンの適切な実施形態は、ベクターとして、プラスミドＶＲ１０１２（Ｖｉｃａｌ  Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ  Ｃａｌｉｆ．）、ｐＣＭＶＩ．ＵＢＦ３／２（Ｓ．Ｊｏｈｎｓｔｏｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｔｅｘａｓ）、またはｐｃＤＮＡ３．１（ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，Ｃａｌｉｆ．）を用いる構築物を用いる。さらに、ベクター構築物は、動物の免疫系を刺激する免疫刺激性配列（ＩＳＳ）（例えば、非メチル化ｄＣｐＧモチーフ）を含み得る。核酸ワクチンはまた、免疫原性ポリペプチドを含む融合産物をコードし得る。プラスミドＤＮＡもまた、経口投与されるＤＮＡワクチンに適した方法である送達系として弱毒性細菌を用いて送達され得る。細菌は、独立して複製するプラスミドを用いて形質転換され、それは、宿主細胞における弱毒性細菌の死後に宿主細胞の細胞質へと放出されるようになる。
【０１０７】
核酸を動物へと送達するための代替的なアプローチは、ウイルスベクターまたは細菌ベクターの使用に関与する。適切なウイルスベクターの例としては、アデノウイルス、ポリオウイルス、ワクシニアのようなポックスウイルス、カナリア痘ウイルス、および鶏痘ウイルス、ヘルペスウイルス（ナマズヘルペスウイルスが挙げられる）、アデノウイルス関連ベクター、およびレトロウイルスが挙げられる。例示的な細菌ベクターとしては、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｅｄｗａｒｄｓｉｅｌｌａ  ｉｃｔａｌｕｒｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｒｕｃｋｅｒｉｉ、およびＬｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓの弱毒性の形態が挙げられる。いくつかの実施形態において、核酸は、免疫原性ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の自律発現が可能なベクター（例えば、プラスミド）である。
【０１０８】
Ｆ．ワクチンの使用
本明細書中に記載されるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅワクチンは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの予防および／または治療上の処置のために使用され得る。従って、本願は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染に苦しむか、または罹患しやすい被験体を処置する方法であって、有効な量の、本明細書中に記載されるワクチン処方物のいずれかを投与する工程を含む、方法を提供する。いくつかの局面において、上記方法は、個体におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのコロニー形成を阻害する。いくつかの局面において、上記方法は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの症状を阻害する。ワクチン接種を受ける被験体は、男性または女性であり得、子供または成人であり得る。いくつかの実施形態において、処置されている上記被験体は、ヒトである。他の実施形態において、上記被験体は、非ヒト動物である。
【０１０９】
１．予防的使用
予防の実施形態において、ワクチンは被験体に投与されて、疾患における最初かつ必要な段階であるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの確立に対して（例えば、コロニー形成に対して防御することにより）防御するのを助け得る免疫応答を誘導する。従って、いくつかの局面において、上記方法は、コロニー形成していない被験体または感染していない被験体におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによる感染を阻害する。別の局面において、上記方法は、すでにコロニー形成された個体においてコロニー形成の持続期間を低減し得る。
【０１１０】
いくつかの実施形態において、本発明のワクチン組成物は、防御免疫を付与し、ワクチン接種した個体が、その個体のワクチンへの曝露の結果として、症状の発症の遅延を示すかまたは症状の重症度の低減を示すことを可能にする。特定の実施形態において、症状の重症度の低減は、少なくとも２５％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、またはさらに少なくとも９０％である。特定の実施形態において、ワクチン接種した個体が、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅとの接触の際に症状を示さないか、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによってコロニー形成されないか、または両方であり得る。防御免疫は、以下のメカニズムのうちの１つまたはそれより多くによって代表的に達成される：粘膜性免疫、体液性免疫、または細胞性免疫。粘膜性免疫は、主に、気道、胃腸管、および尿生殖路の粘膜表面上の分泌性ＩｇＡ（ｓＩＧＡ）抗体の結果である。ｓＩＧＡ抗体は、抗原処理（ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ）細胞、ＢおよびＴリンパ球に媒介される一連のイベントの後に生成され、それは、身体の粘膜裏打ち（ｍｕｃｏｓａ−ｌｉｎｅｄ）組織上のＢリンパ球によるｓＩＧＡの産生をもたらす。体液性免疫は、代表的に、血清中のＩｇＧ抗体およびＩｇＭ抗体の結果である。細胞性免疫は、細胞傷害性Ｔリンパ球を介してか、またはマクロファージおよびＴリンパ球が関与する遅延型過敏症、ならびに抗体の必要性なしでＴ細胞が関与する他のメカニズムを介して達成され得る。特に、細胞性免疫は、ＴＨ１またはＴＨ１７細胞によって媒介され得る。
【０１１１】
本質的にあらゆる個体は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染するようになる特定のリスクを有する。しかし、特定のサブ集団は、感染のリスクの増加を有する。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるようなワクチン処方物（例えば、表１もしくは２からの１つもしくはそれより多くのポリペプチドを含む組成物、または上記ポリペプチドをコードする核酸、または上記ポリペプチドと反応性のある抗体）は、免疫無防備である患者に投与される。
【０１１２】
医学的処置から生じる免疫無防備な状態は、問題の個体を、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに感染するより高いリスクに曝す可能性がある。免疫機能を危うくすることが知られる処置の前に、または処置の間に免疫無防備な状態を有する個体において感染を予防的に処置することは可能である。免疫機能を危うくすることが知られる処置の前に、または処置の間に抗原組成物（例えば、表１または２からの２つまたはそれより多くの抗原、または抗原をコードする核酸）、または表１または２からの２つまたはそれより多くの抗原に対して反応性のある抗体で予防的に処置することにより、その後のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を防ぐこと、または免疫無防備な状態に起因して感染にかかっている個体のリスクを低減することが可能である。仮に個体がＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染にかかるなら（例えば、免疫無防備な状態をもたらす処置の後に）、抗原組成物を個体に投与することにより、感染を処置することもまた可能である。
【０１１３】
以下の群は、肺炎球菌の疾患またはその合併症の増加したリスクにあり、従って、これらの群のうちの１つまたはそれより多くに入る被験体にとって本明細書中に記載されるワクチン処方物を受けることは有利である：特に１ヶ月〜５歳、または２ヶ月〜２歳の子供；無脾症、脾臓の機能障害、または鎌状赤血球症を有する少なくとも２歳の年齢である子供；ネフローゼ症候群、慢性脳脊髄液漏、ＨＩＶ感染、または免疫抑制に関連する他の状態を有する少なくとも２歳の年齢である子供。
【０１１４】
別の実施形態において、肺炎球菌の抗原組成物の少なくとも１用量は、肺炎球菌の疾患またはその合併症の増加したリスクにある以下の群における成人に与えられる：６５歳の年齢の全ての人；無脾症、脾臓の機能障害、または鎌状赤血球症を有する成人；以下の状態を有する成人：慢性心臓性呼吸疾患、硬変症、アルコール中毒、慢性腎疾患、ネフローゼ症候群、糖尿病、慢性脳脊髄液漏、ＨＩＶ感染、ＡＩＤＳ、および免疫抑制に関連する他の状態（ホジキン病、リンパ腫、多発性骨髄腫、臓器移植のための免疫抑制）、人工内耳を有する個体；長期の健康問題（例えば、心疾患および肺疾患）を有する個体、ならびに、感染に対する身体の抵抗性を低下させる任意の薬物または処置を受けている個体（例えば、長期のステロイド、特定のがん薬物、放射線療法）；アラスカの先住民および特定のアメリカ先住民集団。
【０１１５】
２．治療上の使用
治療の適用において、ワクチンは、患者を処置するのに十分な量でＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染に苦しむ患者に投与され得る。患者を処置することは、この場合、感染した個体におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの、症状、細菌の量（ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｌｏａｄ）、または両方を低減することを指す。いくつかの実施形態において、患者を処置することは、症状の持続期間を低減すること、または症状の強さを低減することを指す。いくつかの実施形態において、ワクチンは、ワクチン接種した患者からのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの伝播性を低減する。特定の実施形態において、上に記載される低減は、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、またはさらに少なくとも９０％である。
【０１１６】
治療の実施形態において、ワクチンは、感染後に個体に投与される。ワクチンは、感染の少し後に（例えば、症状が発現する前に）投与され得るか、または症状の発現の間もしくは後に投与され得る。
【０１１７】
治療のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅワクチンは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の種々の徴候の症状の強さおよび／または持続期間を低減し得る。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染は、多くの形態を取り得る。いくつかの場合、感染した患者は、肺炎、急性副鼻腔炎、中耳炎（耳の感染）、髄膜炎、菌血症、敗血症、骨髄炎、敗血症性関節炎、心内膜炎、腹膜炎、心膜炎、蜂巣炎、または脳膿瘍を発達させる。
【０１１８】
３．ワクチン接種の効力をアッセイする
本明細書中に開示されるワクチンでのワクチン接種の効力は、上に記載される臨床結果の他に、多数の手法で決定され得る。まず、当業者は、ワクチン接種後の被験体由来のＴ細胞を刺激することによってＩＬ−１７レベル（特にＩＬ−１７Ａ）をアッセイし得る。ＩＬ−１７レベルは、ワクチン接種前の同じ被験体のＩＬ−１７レベルと比較され得る。ＩＬ−１７（例えば、ＩＬ−１７Ａ）レベルの増加（例えば１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、または１００倍、またはより多くの増加）は、ワクチンに対する応答の増加を示すことになる。代替的に（または組み合わせで）、当業者は、肺炎球菌を死滅させることについて、患者由来のＴ細胞または抗体の存在下で好中球をアッセイし得る。肺炎球菌を死滅させることの増加（例えば、１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、または１００倍、またはより増加）は、ワクチンに対する応答の増加を示すことになる。さらに、当業者は、ＴＨ１７細胞の活性化を測定し得、ここでＴＨ１７細胞の活性化の増加（例えば、１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、または１００倍、またはより多くの増加）は、ワクチンに対する応答の増加に相関する。当業者はまた、ワクチンに特異的な抗体のレベルを測定し得、ここで特異的な抗体のレベルの増加（例えば、１．５倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、または１００倍、またはより多くの増加）は、ワクチン効力の増加に相関する。特定の実施形態において、これらのアッセイのうちの２つまたはそれより多くが使用される。例えば、当業者は、ＩＬ−１７レベルおよびワクチン特異的抗体のレベルを測定し得る。代替的に、当業者は、疫学的マーカー（例えば、ワクチン接種していない個体と比較して、ワクチン接種した個体における肺炎球菌の感染の、発生、重症度、または持続期間）に従い得る。
【０１１９】
ワクチン効力はまた、種々のモデル系（例えば、マウスモデル）において、アッセイされ得る。例えば、マウスのＢＡＬＢ／ｃまたはＣ５７ＢＬ／６株が使用され得る。試験ワクチンを被験体に投与後（単一用量または複数回用量として）に、実験者は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのチャレンジ用量を投与する。いくつかの場合において、上記チャレンジ用量は、ワクチン接種していない動物において、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのコロニー形成（特に鼻のコロニー形成）をもたらすのに十分であり、いくつかの場合において、上記チャレンジ用量は、ワクチン接種していない動物における高い致死率をもたらすのに十分である。当業者は、次に、ワクチン接種した動物におけるコロニー形成の低減、または致死率の低減を測定し得る。実施例５および６は、マウスモデルにおいて、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの鼻のコロニー形成を阻害することについての表１のポリペプチドの効力を示す。
【０１２０】
Ｇ．免疫原性組成物の使用
１．Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染に対する防御
本開示の免疫原性組成物は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する免疫応答を引き出すように設計される。本明細書中に記載される組成物（例えば、表１もしくは２の１つもしくはそれより多くのポリペプチドを含むもの、または上記ポリペプチドをコードする核酸）は、それが投与される哺乳動物において、抗体応答もしくは細胞媒介性免疫応答、または両方を刺激し得る。いくつかの実施形態において、上記組成物は、ＴＨ１への偏りのある（ｂｉａｓｅｄ）ＣＤ４＋  Ｔ細胞応答、ＴＨ１７への偏りのあるＣＤ４＋  Ｔ細胞応答、またはＣＤ８＋  Ｔ細胞応答を刺激し；単一の構成要素の組成物の場合において、上記組成物は、抗体応答、ＴＨ１への偏りのあるＣＤ４＋  Ｔ細胞応答、ＴＨ１７への偏りのあるＣＤ４＋  Ｔ細胞応答、および／またはＣＤ８＋  Ｔ細胞応答を刺激し得る。
【０１２１】
特定の実施形態において、上記組成物（例えば、表１もしくは２の１つもしくはそれより多くのポリペプチドを含むもの、または上記ポリペプチドをコードする核酸、または上記ペプチドと反応性のある抗体）は、サイトカインまたはサイトカイン（例えば、ＩＬ−１７）をコードするヌクレオチドコーディング領域を含み、哺乳動物の免疫系に対して追加の刺激を提供する。特定の実施形態において、上記組成物は、サイトカイン（例えば、ＩＬ−１７）を含む。
【０１２２】
理論によって縛られることを望まないが、いくつかの実施形態において、ＴＨ１７細胞応答は、本明細書中に開示される組成物（例えば、表１または２の１つまたはそれより多くのポリペプチドを含むもの）に対して免疫応答を高めること（ｍｏｕｎｔｉｎｇ）において有益である。特定の実施形態において、活性のあるＴＨ１７応答は、肺炎球菌の感染を排除することにおいて有益である。例えば、ＩＬ−１７Ａ受容体を欠いているマウスは、肺炎球菌チャレンジからの全細胞ワクチンベースの防御の減少を示す（Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−１７Ａ  ｍｅｄｉａｔｅｓ  ａｃｑｕｉｒｅｄ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ｔｏ  ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃａｌ  ｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ．”ＰＬｏＳ  Ｐａｔｈｏｇ．２００８  Ｓｅｐ  １９；４（９））。さらに、同じ著者は、全細胞ワクチンで処置されたマウスにおいて、ＩＬ−１７Ａの応答レベルが増加することを示した。
【０１２３】
従って、本明細書において、本明細書中に記載される組成物（例えば、表１または２の１つまたはそれより多くのポリペプチドを含むもの）を被験体に投与することによって、ＩＬ−１７産生を増加させる方法が提供される。さらに、本願は、上記組成物を被験体に投与することによって、ＴＨ１７細胞を活性化する方法を提供する。特定の実施形態において、ＩＬ−１７Ａレベルの増加は、好中球または好中球様細胞によって（例えば、好中球または好中球様細胞のリクルート（ｒｅｃｒｕｉｔｍｅｎｔ）および活性化を誘導することによって）肺炎球菌を死滅させることの増加をもたらす。特定の実施形態において、この肺炎球菌を死滅させることは、抗体および補体に依存しない。しかし、特異的な抗体の産生および補体の活性化は、肺炎球菌感染の排除の一因となる有用な追加のメカニズムであり得る。
【０１２４】
薬学的キャリアと一緒に免疫原性ポリペプチドまたは免疫原性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む免疫原性組成物もまた提供される。
【０１２５】
いくつかの例において、上記免疫原性組成物は、配列番号１〜１３の１つまたはそれより多くのポリペプチドをコードする１つまたはそれより多くの核酸（例えば、配列番号２４〜３１から選択される１つまたはそれより多くの核酸）を含む。いくつかの実施形態において、これらの核酸は、免疫した個体において発現され、コードされたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原を産生し、そしてこのように産生されたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原は、上記免疫した個体において免疫刺激性効果を生じ得る。
【０１２６】
このような核酸含有免疫刺激性組成物は、例えば、複製の起点、および配列番号１〜１３の１つまたはそれより多くのポリペプチドをコードする１つまたはそれより多くの核酸の発現を駆動するプロモーター含み得る。このような組成物はまた、プロモーター（時には、強いウイルスプロモーター）が挿入される細菌プラスミドベクター、配列番号１〜１３の１つまたはそれより多くのポリペプチドをコードする１つまたはそれより多くの核酸、およびポリアデニル化／転写終止配列を含み得る。いくつかの例において、上記核酸はＤＮＡである。
【０１２７】
Ｈ．診断上の使用
本願は、とりわけ、患者におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの検出のための、迅速で、費用のかからない、感度の高い、そして特異的な方法を提供する。この点において、それは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を有する患者、またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染のリスクにある患者を試験および処置している全ての病院および医師に有用であるはずである。検出キットは、任意の現地の病院研究室において設置されるのに十分単純であり得、抗体およびその抗原結合部分は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を有する患者、またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染のリスクにある患者を処置している全ての病院に容易に入手可能にされ得る。本明細書中で用いられる場合、「患者」は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を有するか、またはＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染にかかる可能性を有するいずれかの個体（例えば、ヒト）を指す。患者は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を有するか、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染にかかる可能性を有するか、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染から回復した、個体（例えば、ヒト）、および／またはその感染状況が未知である個体であり得る。
【０１２８】
いくつかの実施形態において、当業者は、２つまたはそれより多くの抗体を用いて診断上のアッセイを実施し得、その抗体のそれぞれは、表１および２の抗原のうちの１つに結合して、個体におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅを検出する。本開示はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を有している疑いのある患者からの生物学的サンプルを表現型決定する（ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｎｇ）方法を提供する：（ａ）患者から生物学的サンプルを得る工程；（ｂ）Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのエピトープに対する、抗体または抗原結合部分の結合を考慮に入れる条件下で、上記サンプルを、２つまたはそれより多くのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的抗体またはその抗原結合部分と接触させる工程であって；ここで結合は、上記サンプルにおけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの存在を示す、工程。いくつかの実施形態において、上記生物学的サンプルに対する結合は、陰性対照組織に対する、同じ抗体の結合と比較され、ここで、上記陰性対照組織と比較して上記生物学的サンプルがＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの存在を示す場合、上記患者は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を有する可能性があるとして同定される。いくつかの場合において、１つの抗体の結合は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの存在を示し；他の場合において、２つまたはそれより多くの抗体の結合は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの存在を示す。前述の試験は、適切に調整されて、例えば、表１に記載されるタンパク質のうちの１つの抗体免疫反応性相同体（別の細菌種由来）を用いることによって他の細菌感染を検出し得る。いくつかの実施形態において、表１または２におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質に対して得られた抗体はまた、特に上記相同体が高率の配列同一性を有する場合に、別のＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種における該相同体を結合する。
【０１２９】
あるいは、当業者は、表１または２の抗原を使用して、個体における抗Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗体を検出し得る。本開示はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を有する疑いのある患者からの生物学的サンプルを表現型決定する方法を提供する：（ａ）患者から生物学的サンプルを得る工程；（ｂ）上記サンプルに存在する任意の宿主抗体へと抗原（またはその部分）の結合を考慮に入れる条件下で、上記サンプルを、表１もしくは２から選択される２つもしくはそれより多くのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ特異的抗原またはその部分と接触させる工程であって；ここで結合は、上記サンプルにおける抗Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗体の存在を示す、工程。いくつかの実施形態において、上記生物学的サンプルに対する結合は、陰性対照組織に対する、同じ抗原の結合と比較され、ここで、陰性対照組織と比較して上記生物学的サンプルが抗Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗体の存在を示す場合、上記患者は、（１）Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を有する、または（２）過去にＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を有していたことがあるかのいずれかの可能性があるとして同定される。いくつかの場合において、１つの抗体を検出することは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅについての現在または過去の感染を示し；他の場合において、２つまたはそれより多くの抗体を検出することは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅについての現在または過去の感染を示す。前述の試験は、適切に調整されて、例えば、表１に記載されるタンパク質の相同体（別の細菌種（例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｌ種）由来）を用いることによって他の細菌感染を検出し得る。
【０１３０】
いくつかの実施形態において、哺乳動物細胞の免疫細胞応答は、エクスビボで定量化され得る。このような定量化の方法は、本明細書中に開示される組成物を哺乳動物Ｔ細胞にエクスビボで投与する工程、および上記組成物に応答した、哺乳動物Ｔ細胞のサイトカイン産生における変化を定量化する工程を含む。これらの方法において、上記サイトカインは、例えば、ＩＬ−１７であり得る。
【０１３１】
抗原（例えば、表１または２のポリペプチド）へのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗体の結合は、任意の適切な方法を用いて測定され得る。このような方法としては、ＥＬＩＳＡ（酵素結合イムノソルベントアッセイ）、ウエスタンブロット、競合アッセイ、およびスポットブロットが挙げられる。検出段階は、例えば、化学発光、蛍光、または比色定量であり得る。抗体−タンパク質結合を計測する１つの適切な方法は、Ｌｕｍｉｎｅｘ  ｘＭＡＰシステムであり、ここでペプチドは、色素含有ミクロスフィアに結合されている。上記ｘＭＡＰシステムが挙げられる特定のシステムは、マルチプレックス（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ）中の数個の異なるマーカーを測定するのにかない、抗体のレベルを一度に測定するために使用され得る。いくつかの実施形態において、他のシステムは、マルチプレックス中の複数のマーカーをアッセイするために使用される。例えば、プロファイリングは、以下のシステムのうちのいずれかを用いて実施され得る：抗原マイクロアレイ、ビーズマイクロアレイ、ナノバーコード粒子技術、ｃＤＮＡ発現ライブラリーからの配列したタンパク質、タンパク質インサイチュアレイ、生きている形質転換株のタンパク質アレイ、ユニバーサルタンパク質アレイ、ラボオンチップマイクロフルイディクス（ｌａｂ−ｏｎ−ａ−ｃｈｉｐ  ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ）、およびピン上ペプチド（ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ｏｎ  ｐｉｎｓ）。別のタイプの臨床アッセイは、抗体結合を検出するための化学発光アッセイである。ＶＩＴＲＯＳ  Ｅｃｉ  抗ＨＣＶアッセイが挙げられるいくつかのこのようなアッセイにおいて、抗体は、液体懸濁物においてミクロ粒子で作られた固相支持体に結合され、表面蛍光光度計は、酵素生成された蛍光産物を定量化するために使用される。
【０１３２】
いくつかの実施形態において、生物学的サンプルが、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの存在を示す場合（例えば、表１もしくは２の１つもしくはそれより多くのポリペプチド、または上記ポリペプチドのうちの１つに結合する抗体を検出することによって）、当業者は、本明細書中に記載される治療上有効な量の組成物および療法を患者に施行し得る。上記生物学的サンプルは、例えば、血液、精液、尿、膣の流体、粘液、唾液、便、尿、脳脊髄液、または組織サンプルを含み得る。いくつかの実施形態において、上記生物学的サンプルは、移植を意図される臓器である。特定の実施形態において、検出段階の前に、上記生物学的サンプルは、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの増殖を促進する培養条件に供される。
【０１３３】
本明細書における診断試験（例えば、表１もしくは２のポリペプチドを検出するもの、または上記ポリペプチドのうちの１つに結合する抗体）は、多様なサンプル（患者から取得されたサンプル、および他の供給源から得られたサンプルが挙げられる）中のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅを検出するために使用され得る。例えば、上記診断試験は、食物、飲料、または食物および飲料のための成分におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ；物体（例えば、医療機器、医療デバイス（例えば、人工内耳およびペースメーカー）、靴、服、家具（病院家具が挙げられる）、および掛け布（ｄｒａｐｅ）（病院の掛け布が挙げられる）上のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ；または環境（例えば、植物サンプル）から取得されるサンプルにおけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅを検出するために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書における試験は、動物（例えば、農業用動物（ウシ、ブタ、ニワトリ、ヤギ、およびウマなど）、伴侶動物（イヌ、ネコ、およびトリなど）、または野生動物）から取得されたサンプルにおいて実施され得る。特定の実施形態において、本明細書における試験は、細胞培養物（例えば、治療上のタンパク質を産生するヒト細胞の培養物、有用な生物学的分子を産生することが意図される細菌の培養物、または研究目的のために増殖された細胞の培養物）から取得されたサンプルにおいて実施され得る。
【０１３４】
本開示はまた、患者におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の場所を決定する方法であって、該方法は、（ａ）ラベルしたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗体またはその抗原結合部分を含む薬学的組成物を上記患者に投与する工程、および（ｂ）上記ラベルを検出する工程であって、ここで結合は、上記患者における特定の場所でのＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を示す工程を含む、方法を提供する。このような診断はまた、上記患者における結合のレベルを対照と比較する工程を含み得る。特定の実施形態において、上記方法は、上記患者がＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を有する場合、治療上有効な量のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ結合抗体またはその抗原結合部分を上記患者に投与することによって上記感染を処置する工程をさらに含む。特定の実施形態において、上記方法は、上記患者がＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染を有する場合、表１の治療上有効な量のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅタンパク質またはその免疫原性部分を、上記患者に投与することによって上記感染を処置する工程をさらに含む。上記方法は、上記患におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの場所および／または体積を決定する工程をさらに含み得る。この方法は、上記患者におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの広がりを評価するため、および局部療法が適切であるかどうかを決定するために使用され得る。
【０１３５】
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される抗Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗体は、感染の道筋の予測を立てるために使用され得る。いくつかの実施形態において、本明細書における抗Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗体は、患者から取得されたサンプルにおいて検出され得る。抗体が正常なレベルで存在する場合、それは、上記患者が抗Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する免疫応答を高めたことを示す。抗体が存在しないか、または低減したレベルで存在する場合、上記患者が、抗Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する十分な応答を高め損なっていることを示し、より積極的な処置が推奨される。いくつかの実施形態において、低減したレベルで存在する抗体は、正常な免疫系を有する患者において代表的である抗体レベルの５０％未満、２０％未満、１０％未満、５％未満、２％未満、または１％未満で存在する抗体を指す。抗体は、例えば、ＥＬＩＳＡを用いて、本明細書中に記載される抗原（例えば、表１および／または２におけるもの）のうちのいずれかに対する親和性によって検出され得る。
【０１３６】
いくつかの実施形態において、特定のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原（例えば、表１および／または２におけるもの）の検出は、患者におけるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染の進行および症状を予測するために使用され得る。本明細書における方法は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの検出に限定されないことが当業者によって理解される。他の実施形態は、関連する細菌（表１または２に記載されるタンパク質と相同であるタンパク質を有する細菌が挙げられる）の検出を含む。このような関連する細菌としては、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓの他の株が挙げられる。
【０１３７】
Ｉ．用量および投与経路
１．投薬形態、量、およびタイミング
各ワクチンまたは免疫原性組成物の用量における抗原の量は、有効な量として選択され、それは、上に記載されるように、単一用量か、または複数回用量にわたってかのいずれかにおいて予防または治療上の応答を誘導する。好ましくは、上記用量は、代表的なワクチンにおいて、著しい有害な副作用がない。このような量は、どの特定の抗原が用いられるかに依存して変動する。一般に、用量は、１μｇ〜１０００μｇのタンパク質、いくつかの例において、２μｇ〜１００μｇ、例えば、４μｇ〜４０μｇを含むことが予期される。いくつかの局面において、ワクチン処方物は、１μｇ〜１０００μｇのポリペプチドおよび１μｇ〜２５０μｇのアジュバントを含む。いくつかの実施形態において、送達されるべき抗原の適切な量は、被験体の年齢、重量、および健康（例えば、免疫無防備な状況）に依存する。存在するとき、代表的にアジュバントは、１用量当たり１μｇ〜２５０μｇ、例えば、５０μｇ〜１５０μｇ、７５μｇ〜１２５μｇ、または１００μｇの量で存在する。
【０１３８】
いくつかの実施形態において、上記ワクチンの１用量のみが投与され、上に記載される結果を達成する。他の実施形態において、初回のワクチン接種後、被験体は、１回またはそれより多くのブースト（ｂｏｏｓｔ）ワクチン接種、合計で２回、３回、４回、または５回のワクチン接種、を受ける。有利には、その数は、３回またはそれより少ない。ブーストワクチン接種は、例えば、上記初回のワクチン接種後、約１ヶ月、約２ヶ月、約４ヶ月、約６ヶ月、または約１２ヶ月で投与され得、その結果、１つのワクチン接種投薬計画は、０ヶ月、０．５ヶ月〜２ヶ月および４ヶ月〜８ヶ月での投与を含む。同じか、または異なる経路によって投与してもよい分割用量のワクチンを投与することは、有利であり得る。
【０１３９】
本明細書中に記載されるワクチンおよび免疫原性組成物は、多様な投薬形態を獲得し得る。特定の実施形態において、上記組成物は、固体形態または粉末にされた（例えば、凍結乾燥された）形態で提供され；それはまた、溶液形態で提供され得る。特定の実施形態において、投薬形態は、１用量の凍結乾燥組成物および少なくとも１つの別個の、希釈剤の滅菌容器として提供される。
【０１４０】
いくつかの実施形態において、上記組成物は、用量上昇様式で投与され、その結果上記組成物の連続投与は、前の投与よりも高濃度の組成物を含む。いくつかの実施形態において、上記組成物は、上記組成物の連続投与が前の投与よりも低濃度の組成物を含むような様式で投与される。
【０１４１】
治療の適用において、組成物は、疾患に苦しむ患者に、上記患者を処置するのに十分な量で投与される。本明細書中に記載される組成物の治療の適用は、伝播性を低減すること、疾患の進行を低下させること、細菌の生存率もしくは複製を低減すること、または毒性に必要なタンパク質の発現を阻害することを含む（例えば、上記組成物で処置されていない個体に起こるレベルの９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、または１０％まで）。
【０１４２】
予防の実施形態において、組成物は、ヒトまたは他の哺乳動物に投与され、感染性疾患または他の状態の確立を阻害し得る免疫応答を誘導する。いくつかの実施形態において、組成物は、細菌が感染を確立することを部分的にブロックし得る。
【０１４３】
いくつかの実施形態において、上記組成物は、抗生物質と組み合わせて投与される。この共同投与は、上記薬学的組成物が、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに最近曝された（または最近曝された疑いのある）患者に投与されるときに特に適している。多くの抗生物質（ペニシリン、アモキシリン、アモキシリン／クラブラネート、セフロキシム、セフォタキシム、セフトリアキソン、およびバンコマイシンが挙げられる）は、肺炎球菌の感染を処置するために使用される。適切な抗生物質は、感染のタイプおよび重症度、ならびに感染についての任意の公知の抗生物質耐性に基づいて選択され得る（Ｊａｃｏｂｓ  ＭＲ“Ｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ：ｒａｔｉｏｎａｌ  ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ  ｃｈｏｉｃｅｓ”Ａｍ  Ｊ  Ｍｅｄ．１９９９  Ｍａｙ  ３；１０６（５Ａ）：１９Ｓ−２５Ｓ）。
【０１４４】
２．投与の経路
本明細書中におけるワクチン処方物および薬学的組成物は、個体への投与、代表的に全身投与（例えば、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮内、皮下（ｓｕｂｃｕｔａｎｅｏｕｓ）、皮下（ｓｕｂｄｅｒｍａｌ）、経皮、頭蓋内、鼻内、粘膜、肛門、膣、経口、頬の経路、またはそれらは、吸入され得る）により送達され得るか、または局所的な適用により投与され得る。いくつかの実施形態において、投与の経路は筋肉内である。他の実施形態において、投与の経路は皮下である。さらに他の実施形態において、投与の経路は粘膜である。特定の実施形態において、投与の経路は、経皮または皮内である。
【０１４５】
投与の特定の経路は、指定されたアジュバントを含むワクチン処方物および免疫原性組成物に特に適している。特に、経皮投与は、毒素（例えば、コレラ毒素または不安定毒素）を含むＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅワクチンについての投与の１つの適切な経路であり；他の実施形態において、上記投与は、鼻内である。アルファウイルスレプリコンを用いて処方されるワクチンは、例えば、筋肉内または皮下経路によって投与され得る。モノホスホリル（Ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈｏｒｙ）リピッドＡ（ＭＰＬ）、トレハロースジコイノミコレート（ＴＤＭ）、およびジオクタデシルジメチルアンモニウムブロミド（ＤＤＡ）を含むワクチンは、筋肉内および皮下投与に（とりわけ）適している。レシキモドを含むワクチンは、例えば、局所または皮下投与され得る。
【０１４６】
３．処方物
ワクチン処方物または免疫原性組成物は、ヒト患者への投与に適していることがあり、ワクチンまたは免疫原性組成物の調製は、ＵＳＦＤＡガイドラインに従い得る。いくつかの実施形態において、上記ワクチン処方物または免疫原性組成物は、非ヒト動物への投与に適している。いくつかの実施形態において、上記ワクチンまたは免疫原性組成物は、エンドトキシンまたは体外毒素のいずれも実質的に含まない。エンドトキシンとしては、発熱物質（例えば、リポ多糖類（ＬＰＳ）分子）が挙げられ得る。上記ワクチンまたは免疫原性組成物はまた、熱または他の副作用をもたらし得る不活性なタンパク質フラグメントを実質的に含まないことがある。いくつかの実施形態において、上記組成物は、１％未満、０．１％未満、０．０１％未満、０．００１％未満、または０．０００１％未満のエンドトキシン、体外毒素、および／または不活性なタンパク質フラグメントを含む。いくつかの実施形態において、上記ワクチンまたは免疫原性組成物は、工業用水、水道水（ｔａｐ  ｗａｔｅｒ）、または蒸留水よりも低いレベルの発熱物質を有する。他のワクチンまたは免疫原性組成物構成要素は、当該分野において公知の方法（例えば、イオン交換クロマトグラフィー、限外濾過、または蒸留）を用いて精製され得る。他の実施形態において、上記発熱物質は、患者への投与の前に不活性化または破壊され得る。ワクチンのための原料（例えば、水、バッファー、塩および他の化学物質）はまた、スクリーニングおよび発熱物質除去（ｄｅｐｙｒｏｇｅｎａｔｅ）され得る。上記ワクチンにおける全ての材料は、滅菌であり得、上記ワクチンの各ロットは、滅菌性について試験され得る。従って、特定の実施形態において、上記ワクチンにおけるエンドトキシンレベルは、ＵＳＦＤＡによって設定されるレベルよりも低くなる（例えば、髄腔内注射可能な組成物について、産物の０．２エンドトキシン（ＥＵ）／ｋｇ；非髄腔内注射可能な組成物について、産物の５ＥＵ／ｋｇ、および滅菌水について、０．２５ＥＵ／ｍＬ〜０．５ＥＵ／ｍＬ）。
【０１４７】
特定の実施形態において、調製物は、（乾燥重量で）５０％未満、２０％未満、１０％未満、または５％未満の夾雑タンパク質を含む。特定の実施形態において、所望される分子は、他の生物学的高分子（例えば、他のタンパク質（特に、精製された調製物としてか、対象の再構成された混合物におけるそれらの機能においてのいずれかにおいて構成タンパク質の特徴を実質的に、隠す、減らす、混乱させる、または改変することがある他のタンパク質））が実質的に存在しない状態で存在する。特定の実施形態において、同じタイプの生物学的高分子の（乾燥重量で）少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または少なくとも９９．８％が現れる（しかし、水、バッファー、および他の低分子、特に、５０００未満の分子量を有する分子は存在し得る）。いくつかの実施形態において、精製されたサブユニットタンパク質を含む上記ワクチンまたは免疫原性組成物は、精製されたサブユニットの量に対して上記サブユニットタンパク質が発現された宿主細胞由来のタンパク質の５％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０．２％未満、０．１％未満を含む。いくつかの実施形態において、所望されるポリペプチドは、核酸および／または炭水化物を実質的に含まない。例えば、いくつかの実施形態において、上記ワクチンまたは免疫原性組成物は、５％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０．２％未満、または０．１％未満の宿主細胞ＤＮＡおよび／またはＲＮＡを含む。特定の実施形態において、同じタイプの生物学的高分子の（乾燥重量で）少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または少なくとも９９．８％未満が調製物中に存在する（しかし、水、バッファー、および他の低分子、特に、５０００未満の分子量を有する分子は存在し得る）。
【０１４８】
上記ワクチンまたは免疫原性組成物は、妥当なリスク−利益比の内で、低毒性を有するか、または毒性を有さないことが好ましい。特定の実施形態において、上記ワクチンまたは免疫原性組成物は、ワクチン接種されている動物についてのＬＤ５０測定値よりも低い濃度で成分を含む。ＬＤ５０測定値は、マウスまたは他の実験モデル系において得られ得、ヒトおよび他の動物に対して推定され得る。ヒトおよび他の動物における化合物のＬＤ５０を判断する方法は、当該分野において周知である。ワクチン処方物または免疫原性組成物、およびその内の任意の構成要素は、ラットにおいて、１００ｇ／ｋｇよりも大きい、５０ｇ／ｋｇよりも大きい、２０ｇ／ｋｇよりも大きい、１０ｇ／ｋｇよりも大きい、５ｇ／ｋｇよりも大きい、２ｇ／ｋｇよりも大きい、１ｇ／ｋｇよりも大きい、５００ｍｇ／ｋｇよりも大きい、２００ｍｇ／ｋｇよりも大きい、１００ｍｇ／ｋｇよりも大きい、５０ｍｇ／ｋｇよりも大きい、２０ｍｇ／ｋｇよりも大きい、または１０ｍｇ／ｋｇよりも大きいＬＤ５０値を有し得る。毒性（例えば、ボツリヌス毒素（アジュバントとして用いられ得る））を含むワクチン処方物または免疫原性組成物は、ボツリヌス毒素のＬＤ５０よりも著しく小さいＬＤ５０を含むべきである。
【０１４９】
上記ワクチン処方物または薬学的組成物の導入に適した処方物は、投与の経路に従って変動する。非経口投与（例えば、関節内（関節において）、静脈内、筋肉内、皮内、腹腔内、鼻内、および皮下経路によって）に適した処方物は、水性および非水性の等張滅菌注射液剤（それは、抗酸化剤、バッファー、静菌薬、および上記処方物を、意図される受容者の血液と等張にする溶質を含み得る）、および水性および非水性の滅菌懸濁液（それは懸濁化剤、可溶化剤、増粘剤、安定剤、および保存剤を含み得る）を含む。上記処方物は、単位用量または複数回用量の密封容器（例えば、アンプルおよびバイアル）の中に提供され得る。
【０１５０】
注射液剤および懸濁液は、前に記載されたような滅菌の粉剤、顆粒剤、および錠剤から調製され得る。治療上のＴ細胞の養子移入の場合に、上記細胞は、静脈内または非経口投与され得る。
【０１５１】
経口投与に適した処方物は、（ａ）液体の液剤（例えば、希釈剤（例えば、水、食塩水、またはＰＥＧ４００）中に懸濁された有効な量のポリペプチドまたはパッケージされた核酸；（ｂ）それぞれが、あらかじめ決められた量の活性成分（液体、固体、顆粒、またはゼラチンとして）を含む、カプセル剤、サシェ、または錠剤；（ｃ）適切な液体中の懸濁液；および（ｄ）適切なエマルジョンからなり得る。錠剤の形態は、ラクトース、スクロース、マンニトール、ソルビトール、リン酸カルシウム、トウモロコシデンプン、バレイショデンプン、トラガカント、微結晶性セルロース、アカシア、ゼラチン、コロイド状二酸化ケイ素、クロスカルメロースナトリウム、滑石、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、および他の賦形剤、着色料、充填剤、結合剤、希釈剤、緩衝剤、湿潤剤、保存剤、香味剤、色素、崩壊剤、および薬学的に適合なキャリアのうちの１つまたはそれより多くを含み得る。舐剤の形態は、香味（通常、スクロースおよびアカシアまたはトラガカント）中に活性成分、ならびに不活性な基剤（例えば、ゼラチンおよびグリセリンのゲル、またはスクロースおよびアカシアエマルジョンのゲルなど）中に活性成分を含む香錠を含み得、活性成分の他に当該分野において公知のキャリアを含む。薬学的組成物は、（例えば、リポソーム中に、または活性成分の遅延放出を提供する処方物中に）カプセル化され得る。
【０１５２】
単独または他の適切な構成要素と組み合わせて、抗原は、エアゾール処方物にされて（例えば、それらは「霧状」にされ得る）、吸入を介して投与され得る。エアゾール処方物は、加圧された受容可能な噴射剤（例えば、ジクロロジフルオロメタン、プロパン、および窒素など）に入れられ得る。エアゾール処方物は、経口または鼻送達され得る。
【０１５３】
膣投与または直腸投与に適した処方物としては、例えば、座薬基剤を伴う、ポリペプチドまたはパッケージされた核酸からなる座薬が挙げられる。適切な座薬基剤としては、天然または合成のトリグリセリドまたはパラフィン系炭化水素が挙げられる。さらに、基剤（例えば、液体トリグリセリド、ポリエチレングリコール、およびパラフィン系炭化水素が挙げられる）を伴う、ポリペプチドまたはパッケージされた核酸の組み合わせからなるゼラチン直腸カプセルを使用することもまた可能である。
【０１５４】
Ｊ．ワクチン処方物および免疫原性組成物の調製および保存
本明細書中に記載されるＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅワクチンおよび免疫原性組成物は、多様な技術を用いて作り出され得る。例えば、ポリペプチドは、適切な宿主細胞において組換えＤＮＡ技術を用いて作り出され得る。適切な宿主細胞は、細菌の、酵母の、哺乳動物の、または他のタイプの細胞であり得る。上記宿主細胞は、改変されて、適切なポリペプチド遺伝子のうちの１つの外因性コピーを発現し得る。代表的に、上記遺伝子は、適切な調節配列（例えば、強いプロモーターおよびポリアデニル化配列）に作動可能に繋がれている。いくつかの実施形態において、上記プロモーターは、誘導可能または抑制可能である。他の調節配列は、当業者が上記ポリペプチドを精製することをどのように望むかに依存して、細胞質もしくは膜における、目的のポリペプチドの分泌もしくは排出、または目的のポリペプチドの保持を提供し得る。上記遺伝子は、染色体外プラスミド上に存在し得るか、または上記宿主ゲノムへと組み込まれ得る。当業者は、天然に存在する配列に対して１００％同一な核酸を使用することが必要でないことを認識する。むしろ、これらの配列に対するいくつかの改変物は、耐容性を示し（ｔｏｌｅｒａｔｅ）、望ましい場合がある。例えば、上記核酸は、遺伝コードの縮重を利用するように改変され得、その結果コードされたポリペプチドは、同じままである。いくつかの実施形態において、上記遺伝子は、コドン最適化されて、特定の宿主における発現を改善する。上記核酸は、例えば、ＰＣＲによってか、または化学合成によって作り出され得る。
【０１５５】
一旦、組換え細胞系が作り出されると、ポリペプチドは、そこから単離され得る。単離は、例えば、親和性精製技術によってか、または物理的分離技術（例えば、サイズカラム）によって達成され得る。
【０１５６】
本開示のさらなる局面において、１つまたはそれより多くのポリペプチドまたは免疫原性フラグメントまたはその改変体を、キャリアおよび／またはアジュバントと混合する工程を含む製造の方法が提供される。
【０１５７】
いくつかの実施形態において、ワクチン処方物および免疫原性組成物に含めるための抗原は、細胞培養物中に産生され得る。１つの方法は、表１または表２のアミノ酸配列を有するポリペプチドから選択される１つまたはそれより多くのポリペプチドをコードする１つまたはそれより多くの発現ベクターおよびクローニングヌクレオチドを提供する工程、次に上記ポリペプチドを発現および単離する工程を含む。
【０１５８】
本明細書中に記載される免疫原性ポリペプチド、および上記ポリペプチドを発現する核酸組成物は、核酸組成物を哺乳動物へと投与するためにパック、ディスペンサーデバイス、およびキットに包装され得る。例えば、１つまたはそれより多くの単位投薬形態を含むパックまたはディスペンサーデバイスが提供される。代表的に、本明細書中に開示されるもののような、化合物の投与の指示は、上記化合物が、示された状態の処置に適しているというラベル上の適切な表示とともに、パッケージングで提供される。
【実施例】
【０１５９】
Ｖ．実施例
実施例１．抗原同定およびプールした、ネズミのスクリーニング
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４ゲノムにおいて予測される各オープンリーディングフレームを、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）によって提示されることが可能なタグを含む発現ベクターへとクローニングした。各構築物を次にＥ．ｃｏｌｉにおいて発現し、ＭＨＣの関連においてタグを同定する代理アッセイによって全長の発現を確認した。スクリーニングは、国際出願ＷＯ  ２０１０／００２９９３において、より詳細に記載される。大きいライブラリーをスクリーニングすることを容易にするために、４つの誘導されたライブラリークローンが各ウェルに存在するように上記ライブラリーをプールした。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対して免疫したマウス由来のＴ細胞をスクリーニングするために、プールしたライブラリーのアリコートを腹膜由来のマクロファージへと添加した。上記マクロファージを、タグをつけたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原にＭＨＣを介して結合させた。３７℃で２時間後、上記マクロファージをＰＢＳで洗浄した。上記マクロファージを次に１％のパラフォルムアルデヒドで１５分間固定し、ＰＢＳで広範囲に洗浄した。１０５個のＴ細胞を２００μＬのＲＰ−１０培地の入った各ウェルへと添加した。上記Ｔ細胞は、コレラ毒素アジュバントとともに、死滅させたＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ細菌で２回免疫したマウスから、前に単離されていた。上記アッセイプレートを３７℃で７２時間インキュベートした。各ウェルの上清中のＩＬ−１７の量を、ＩＬ−１７ＥＬＩＳＡアッセイの使用を介して決定した。陽性結果についての閾値を、全てのサンプルの平均値より上の２標準偏差に設定した。
【０１６０】
実施例２．陽性ネズミプールのデコンボリューション
各ウェルにおける４つのクローンのうちのどの抗原（複数可）が、実施例１に記載されるプールしたスクリーニングにおいて観測された陽性応答を誘導するかを決定するために第二スクリーニングを使用した。各陽性プール中の全てのクローンを、二連のウェル中の腹膜のマクロファージ上へと個々にパルスした。初回のスクリーニングとして同じ遺伝的背景由来の免疫したマウスから単離されたＴ細胞を、実施例１に記載されるＩＬ−１７アッセイを用いてパルスしたマクロファージをスクリーニングするために使用した。二連のウェルにおいて、陰性対照サンプルの平均値より上の２標準偏差よりも大きい、平均の応答を誘導した個々の抗原を、陽性応答であると考えた。これらの陽性クローンに存在するライブラリープラスミドを、抗原の同一性を確かめるために配列決定した。上記抗原ＳＰ＿１５７４、ＳＰ＿１６５５、ＳＰ＿２１０６、ＳＰ＿０１４８、ＳＰ＿１４７３、ＳＰ＿０６０５、ＳＰ＿１１７７、ＳＰ＿０３３５、ＳＰ＿０９０６、ＳＰ＿１８２８、ＳＰ＿２１５７、ＳＰ＿１２２９、ＳＰ＿１１２８、ＳＰ＿１８３６、ＳＰ＿１８６５、ＳＰ＿０９０４、ＳＰ＿０８８２、ＳＰ＿０７６５、ＳＰ＿１６３４、ＳＰ＿０４１８、ＳＰ＿１９２３、ＳＰ＿１３１３、ＳＰ＿０７７５、ＳＰ＿０３１４、ＳＰ＿０９１２、ＳＰ＿０１５９、ＳＰ＿０９１０、ＳＰ＿２１４８、ＳＰ＿１４１２、ＳＰ＿０３７２、ＳＰ＿１３０４、ＳＰ＿２００２、ＳＰ＿０６１２、ＳＰ＿１９８８、ＳＰ＿０４８４、ＳＰ＿０８４７、ＳＰ＿１５２７、ＳＰ＿０５４２、ＳＰ＿０４４１、ＳＰ＿０３５０、ＳＰ＿００１４、ＳＰ＿１９６５、ＳＰ＿０１１７、およびＳＰ＿２１０８を、この方法を用いて確かめた。
【０１６１】
実施例３．抗原同定およびプールした、ヒトのスクリーニング
ＣＤ４＋  Ｔ細胞およびＣＤ１４＋  単球を、ヒトドナーから獲得された末梢血から単離した。Ｔｅｄｄｅｒ  ＴＦ  ａｎｄ  Ｊａｎｓｅｎ  ＰＪ（１９９７“Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌｓ．”Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｓｕｐｐ  ２３：７．３２．１−７．３２．１６）において本質的に記載されるように、上記単球を、ＧＭ−ＣＳＦおよびＩＬ−４含有培地中でそれらを培養することによって、樹状細胞へと分化させた。培養５日後、上記樹状細胞を３８４ウェルプレートへと播種した。ＣＤ４＋  Ｔ細胞を、培養中で増やし、十分な量を確保した。
【０１６２】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＴＩＧＲ４ゲノムにおいて予測される各オープンリーディングフレームを、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）によって提示されることが可能なタグを含む発現ベクターへとクローニングした。各構築物を次にＥ．ｃｏｌｉにおいて発現し、ＭＨＣの関連においてタグを同定する代理アッセイによって全長の発現を確認した。大きいライブラリーをスクリーニングすることを容易にするために、４つの誘導されたライブラリークローンが各ウェルに存在するように上記ライブラリーをプールした。ヒトＴ細胞をスクリーニングするために、プールしたライブラリーのアリコートを３８４ウェルプレート中の播種した樹状細胞へと添加した。３７℃で２時間後、上記樹状細胞を１％のパラフォルムアルデヒドで１５分間固定し、リン酸バッファーおよびリジンバッファーで広範囲に洗浄した。７０μＬのＲＰ−１０培地中の４０，０００個のＣＤ４＋  Ｔ細胞を３８４ウェルプレートの各ウェルへと添加した。上記アッセイプレートを３７℃で３日間インキュベートした。各ウェルの上清中のＩＬ−１７の量を、ＩＬ−１７ＥＬＩＳＡアッセイの使用を介して決定した。スクリーニングの異なる繰り返しにおいて、陽性結果についての閾値を、全てのサンプルの平均値より上の２標準偏差、陰性対照の平均値より上の２標準偏差、またはデータセットの中央値絶対偏差（ｍｅｄｉａｎ  ａｂｓｏｌｕｔｉｏｎ  ｄｅｖｉａｔｉｏｎ）の１．７８倍に設定した。陽性プールを次に実施例４に記載されるようにデコンボリューションした。
【０１６３】
実施例４．陽性ヒトプールのデコンボリューション
全ての抗原について、２つのプールスクリーニングの結果を比較することにより、デコンボリューションを実施した。この方法において、２つの異なる組のプールを調製し、その結果、ポリペプチドは、第一プールと第二プールとの間で３つの異なるポリペプチドを伴った。結果として、第一および第二の組の両方において、どのポリペプチドが陽性プールにあるかを同定することにより、どのポリペプチドが抗原であるかを決定することが可能である。このデコンボリューション法において、プールが、データセットの中央値絶対偏差の少なくとも１．７８倍である場合に、このプールを陽性として同定した。
【０１６４】
抗原が少なくとも２回の反復した第二スクリーニングにおいて陽性である場合に、この抗原を陽性ヒットとして同定した。抗原ＳＰ２１０８、ＳＰ０６４１、ＳＰ１３９３、ＳＰ００２４、ＳＰ０６４１．１、ＳＰ１０７２、ＳＰ１３８４およびＳＰ２０３２を、上のアプローチを用いて同定した。
【０１６５】
実施例５
ＳＰ２１０８、ＳＰ０１４８およびＳＰ１６３４ポリペプチド
ＳＰ２１０８ポリペプチド（配列番号９）、ＳＰ０１４８ポリペプチド（配列番号７）  およびＳＰ１６３４ポリペプチド（表２を参照のこと）を、ワクチン組成物として、１μｇのコレラ毒素と組み合わせて４μｇの上記ポリペプチドを用いて処方した。組み合わせについては、４μｇの各ポリペプチドを使用した。上記組成物を１週間離して３回、Ｃ５７ＢＬ／６マウスに鼻内投与した。次に、被験体を３週間休ませ、そのときに免疫原性のために採血した。このアッセイのために、逆行性（ｒｅｔｒｏｇｒａｄｅ）眼窩静脈叢からヘパリン加の全血液を収集した。丸底管において、死滅させた全細胞（ＷＣＣ）か、または３つのポリペプチドの組み合わせかのいずれかを用いて総ＰＢＭＣを３日間刺激した。次に、上清を集め、ＩＬ−１７レベルについてＥＬＩＳＡによって評価した。コレラ毒素単独（ＣＴ）またはＨＳＶ（００３）由来の関連のない抗原を、陰性対照として使用した。結果を図１および２に示す。上記被験体をさらに２週間休ませ、そのときにそれらをＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの鼻内投与でチャレンジした。上記被験体を１週間後に犠牲にし、鼻洗浄物からのコロニー形成単位（ＣＦＵ）の数を数えた。結果を図３に示す。
【０１６６】
実施例６
ＳＰ０８８２およびＳＰ０３１４ポリペプチド
本実施例は、ワクチン組成物の２用量のみを投与したことを除いて、実施例５と同じプロトコルを使用した。これらの実験において、実施例５で試験した３つのポリペプチドと共同してＳＰ０８８２ポリペプチド（配列番号２）およびＳＰ０３１４ポリペプチド（表２を参照のこと）を使用した。免疫原性アッセイの結果を図４および５に示す。コロニー形成アッセイの結果を図６に示す。
【０１６７】
実施例７
ＳＰ１０７２、ＳＰ０６４１Ｎ、およびＳＰ００２４ポリペプチド
本実施例は、１週間離して、ワクチン組成物の２用量を投与したことを除いて、実施例５のプロトコルと同様のプロトコルを使用した。最後の免疫の４週間後に、マウスを生タイプの６Ｂ  Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅを用いて鼻内チャレンジした。１週間後に、選択培地に鼻の洗浄物をプレートすること、およびＣＦＵを数えることによって、細菌負荷量（ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｂｕｒｄｅｎ）を各マウスにおいて評価した。各マウスから単離されたＣＦＵを、各免疫したコホートについてプロットする。結果を図７に示す。統計的に有意な結果を図に示す（＊＝ｐ＝値＜０．０５）。
【０１６８】
実施例８
ＢＡＬＢ／ｃマウスにおいて試験されたＳＰ０１４８、ＳＰ０３１４、ＳＰ０８８２、およびＳＰ２１０８ポリペプチド
異なるマウスの遺伝型にわたって同様の免疫応答が見られるかどうかを決定するために、数種のポリペプチドをＢＡＬＢ／ｃマウスに投与した。実施例５のプロトコルと同様のプロトコルを使用して、上記マウスを免疫し、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅでチャレンジし、ＣＦＵの数を記録した。この実験の結果を図８に示す。
【０１６９】
【化１４】
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【０１７０】
【化１５】
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【０１７１】
【化１６】
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【０１７２】
【化１７】
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【０１７３】
【化１８】
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【０１７４】
【化１９】
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【０１７５】
【化２０】
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【０１７６】
【化２１】
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【０１７７】
【化２２】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【配列表】
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