(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ａ−ｘ−Ｂ、および
医薬的に許容できる賦形剤
を含む合成ナノ担体を含み、
ここで、ｘは、ペプチド配列を含むリンカーを含み、該配列はカテプシン切断部位を含み、
ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ前記第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドまたは天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、
ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ前記第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドまたは天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、かつ、
ここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない、
免疫応答を誘発、促進、抑制、誘導、および／または再誘導するための医薬組成物。
【請求項２】
前記組成物は、
Ａ−ｘ−Ｂ−ｙ−Ｃ、および
医薬的に許容できる賦形剤
を含み、
ここで、ｙは、リンカーを含むかまたはリンカーを全く含まなくてもよく、
ここで、Ｃは、第３のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ前記第３のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドまたは天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、かつ
ここで、Ａ、Ｂ、およびＣは、互いに１００％の同一性を有しない、
請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
（ａ）ｘおよび／またはｙは、アミドリンカー、ジスルフィドリンカー、硫化物リンカー、１，４−二置換１，２，３−トリアゾールリンカー、チオールエステルリンカー、ヒドラジドリンカー、イミンリンカー、チオ尿素リンカー、アミジンリンカー、またはアミンリンカーを含むリンカーを含む、または、
（ｂ）ｘおよび／またはｙは、ペプチド配列、リソソームプロテアーゼ切断部位、生分解性ポリマー、置換もしくは未置換アルカン、アルケン、芳香族もしくは複素環リンカー、ｐＨ感受性ポリマー、ヘテロ二官能性リンカーまたはオリゴマーグリコールスペーサーを含むリンカーを含む、または、
（ｃ）ｙは、リンカーを全く含まず、かつＡ−ｘ−ＢおよびＣは、前記組成物中に存在する混合物を含む、
請求項１または２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
請求項１または２で規定した組成物をコードするＤＮＡまたはＲＮＡなどの１つまたは複数の単離核酸、ここで単離核酸が複数存在する場合、該単離核酸は前記組成物を一緒にコードする、を含む医薬組成物であって、
ここで、ｘは、アミドリンカーを含むか、またはペプチドリンカーを含み、および／あるいは、ｙは、アミドリンカーを含むか、リンカーを含まないか、またはペプチドリンカーを含み、
ここで任意に、ｘは、
（ａ）リソソームプロテアーゼ切断部位を含むペプチドリンカーである、
前記医薬組成物。
【請求項５】
（ａ）ｘまたはｙは、リソソームプロテアーゼ切断部位を含むペプチドリンカーである、
（ｂ）ｙは、リンカーでなく、かつＡ−ｘ−ＢおよびＣは、前記組成物中の２つ以上の別々の単離核酸によってコードされ、ここで任意に、（ｉ）ｘは、アミドリンカーまたはペプチドリンカーであり、かつＡ−ｘ−ＢおよびＣは、前記組成物中の別々の単離核酸によってコードされる、または、（ｉｉ）ｘは、アミドリンカーまたはペプチドリンカーであり、かつＡ−ｘ−ＢおよびＣは、前記組成物中の同じ単離核酸によってコードされる、または、
（ｇ）ｙは、リンカーでなく、かつＡ−ｘ−ＢおよびＣは、前記組成物中の同じ単離核酸によってコードされる、
請求項４に記載の医薬組成物。
【請求項６】
請求項４または５に記載の１つまたは複数の単離核酸の完全長相補体である１つまたは複数の単離核酸を含む医薬組成物。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか一項に記載の医薬組成物であって、
ここで任意に、
（ａ）請求項１〜６のいずれか一項に記載の組成物の少なくとも一部は、前記合成ナノ担体の表面上に存在する、
（ｂ）請求項１〜６のいずれか一項に記載の組成物の少なくとも一部は、前記合成ナノ担体によってカプセル化される、および／または、
（ｃ）１つまたは複数の抗原をさらに含む、
前記医薬組成物。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の医薬組成物であって、Ａ−ｘ−Ｂがポリペプチドを含み、該ポリペプチドの配列は、（配列番号１〜４６として示される）以下のアミノ酸配列、すなわち
ＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ（配列番号１）（２１，ＴＴ３１７５５７（９５０−９６９））；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶ（配列番号２）（９，ＡｄＶｈｅｘ６４９５０（９１３−９２１））；ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号３）（１５，ＴＴ２７２１３（８３０−８４１））；
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬ（配列番号４）（２０，ＤＴ５２３３６（３３１−３５０））；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ（配列番号５）（３０，ＡｄＶＴＴ９５０）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号６）（２４，ＡｄＶＴＴ８３０）；
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬ（配列番号７）（３５，ＴＴ８３０ＤＴ）；
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号８）（３５，ＤＴＴＴ８３０）；
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号９）（２７，ＴＴ８３０ＤＴｔｒｕｎｃ）；
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号１０）（２９，ＤＴｔｒｕｎｃＴＴ８３０）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＰＭＧＬＰＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号１１）（２９，ＡｄＶｐｍｇｌｐｉＴＴ８３０）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＫＶＳＶＲＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号１２）（２９，ＡｄＶｋｖｓｖｒＴＴ８３０）；
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＰＭＧＬＰＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１３）（３２，ＴＴ８３０ｐｍｇｌｐＤＴＴｒｕｎｃ）；
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＫＶＳＶＲＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１４）（３２，ＴＴ８３０ｋｖｓｖｒＤＴＴｒｕｎｃ１）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１５）（２１，ＡｄＶＤＴｔ）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶｐｍｇｌｐＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１６）（２６，ＡｄＶｐＤＴｔ）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶｋｖｓｖｒＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１７）（２６，ＡｄＶｋＤＴｔ）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶｐｍｇｌｐＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ（配列番号１８）（３５，ＡｄＶｐＴＴ９５０）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶｋｖｓｖｒＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ（配列番号１９）（３５，ＡｄＶｋＴＴ９５０）；
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＴＬＬＹＶＬＦＥＶ（配列番号２０）（３６，ＴＴ８３０ＤＴｔＡｄＶ）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号２１）（３６，ＡｄＶＴＴ８３０ＤＴｔ）；
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶ（配列番号２２）（１７，ＤＴｔ−３）；
ＩＤＫＩＳＤＶＳＴＩＶＰＹＩＧＰＡＬＮＩ（配列番号２３）（２０，ＴＴ６３２）
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＩＤＫＩＳＤＶＳＴＩＶＰＹＩＧＰＡＬＮＩ（配列番号２４）（３７，ＤＴｔ−３ＴＴ６３２）；
ＩＤＫＩＳＤＶＳＴＩＶＰＹＩＧＰＡＬＮＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶ（配列番号２５）（３７，ＴＴ６３２ＤＴｔ−３）；
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶｐｍｇｌｐＩＤＫＩＳＤＶＳＴＩＶＰＹＩＧＰＡＬＮＩ（配列番号２６）（４３，ＤＴｔ−３ｐＴＴ６３２）；
ＩＤＫＩＳＤＶＳＴＩＶＰＹＩＧＰＡＬＮＩｐｍｇｌｐＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶ（配列番号２７）（４３，ＴＴ６３２ｐＤＴｔ−３）；
ＹＶＫＱＮＴＬＫＬＡＴ（配列番号２８）（１１，ｍｉｎＸ）；
ＣＹＰＹＤＶＰＤＹＡＳＬＲＳＬＶＡＳＳ（配列番号２９）（１９，７４３０）；
ＮＡＥＬＬＶＡＬＥＮＱＨＴＩ（配列番号３０）（１４，３１２０１ｔ）；
ＴＳＬＹＶＲＡＳＧＲＶＴＶＳＴＫ（配列番号３１）（１６，６６３２５）；
ＥＫＩＶＬＬＦＡＩＶＳＬＶＫＳＤＱＩＣＩ（配列番号３２）（２０，ＡＢＷ１）；
ＱＩＬＳＩＹＳＴＶＡＳＳＬＡＬＡＩＭＶＡ（配列番号３３）（２０，ＡＢＷ２）；
ＭＶＴＧＩＶＳＬＭＬＱＩＧＮＭＩＳＩＷＶＳＨＳＩ（配列番号３４）（２４，ＡＢＰ）；
ＥＤＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲＧＳＶ（配列番号３５）（１７，ＡＡＴ）；
ＣＳＱＲＳＫＦＬＬＭＤＡＬＫＬＳＩＥＤ（配列番号３６）（１９，ＡＡＷ）；
ＩＲＧＦＶＹＦＶＥＴＬＡＲＳＩＣＥ（配列番号３７）（１４，ＩＲＧ）；
ＴＦＥＦＴＳＦＦＹＲＹＧＦＶＡＮＦＳＭＥＬ（配列番号３８）（２１，ＴＦＥ）；
ＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲｋｖｓｖｒＮＡＥＬＬＶＡＬＥＮＱＨＴＩ（配列番号３９）（３１，ＡＡＴｋ３１２０ｔ）；
ＮＡＥＬＬＶＡＬＥＮＱＨＴＩｋｖｓｖｒＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲ（配列番号４０）（３１，３１２０ｔｋＡＡＴ）；
ＩＬＳＩＹＳＴＶＡＳＳＬＡＬＡＩｋｖｓｖｒＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲ（配列番号４１）（３３，ＡＢＷ２ｋＡＡＴ）；
ＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲｋｖｓｖｒＩＬＳＩＹＳＴＶＡＳＳＬＡＬＡＩ（配列番号４２）（３３，ＡＡＴｋＡＢＷ２）；
ＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲｋｖｓｖｒＣＳＱＲＳＫＦＬＬＭＤＡＬＫＬ（配列番号４３）（３２，ＡＡＴｋＡＡＷ）；
ＣＳＱＲＳＫＦＬＬＭＤＡＬＫＬｋｖｓｖｒＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲ（配列番号４４）（３２，ＡＡＷｋＡＡＴ）；
ＴＦＥＦＴＳＦＦＹＲＹＧＦＶＡＮＦＳＭＥＬＩＲＧＦＶＹＦＶＥＴＬＡＲＳＩＣＥ（配列番号４５）（３８，ＴＦＥＩＲＧ）；または
ＩＲＧＦＶＹＦＶＥＴＬＡＲＳＩＣＥＴＦＥＦＴＳＦＦＹＲＹＧＦＶＡＮＦＳＭＥＬ（配列番号４６）（３８，ＩＲＧＴＦＥ）
のいずれか１つに対して少なくとも７５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
ここで任意に、
（ａ）前記ポリペプチドの配列は、配列番号１〜４６として示されるアミノ酸配列のいずれか１つに対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、または、
（ｂ）前記ポリペプチドの配列は、配列番号１〜４６として示されるアミノ酸配列のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、
前記医薬組成物。
【請求項９】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の医薬組成物であって、ポリペプチドをコードする単離核酸を含み、前記ポリペプチドの配列は、配列番号１〜４６として示されるアミノ酸配列のいずれか１つに対して少なくとも７５％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
ここで任意に、
（ａ）前記ポリペプチドの配列は、配列番号１〜４６として示されるアミノ酸配列のいずれか１つに対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、または、
（ｂ）前記ポリペプチドの配列は、配列番号１〜４６として示されるアミノ酸配列のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、
前記医薬組成物。
【請求項１０】
請求項９に記載の単離核酸の完全長相補体である単離核酸を含む、医薬組成物。
【請求項１１】
請求項９または１０に記載の医薬組成物であって、前記単離核酸の配列は、（配列番号４７〜６８として示される）以下の核酸配列
ＴＴ９５０  ＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ
Ｃ１：ａａｔａａｔｔｔｔａｃｃｇｔｔａｇｃｔｔｔｔｇｇｔｔｇａｇｇｇｔｔｃｃｔａａａｇｔａｔｃｔｇｃｔａｇｔｃａｔｔｔａｇａａ（配列番号４７）ＡＦ１５４８２８        ２５０−３０９
Ｃ２（ヒト）：
ａａｃａａｃｔｔｃａｃｃｇｔｇａｇｃｔｔｃｔｇｇｃｔｇａｇａｇｔｇｃｃｃａａｇｇｔｇａｇｃｇｃｃａｇｃｃａｃｃｔｇｇａｇａｃｃ（配列番号４８）
ＡｄＶ  ＴＬＬＹＶＬＦＥＶ
Ｃ１：ａｃｇｃｔｔｃｔｃｔａｔｇｔｔｃｔｇｔｔｃｇａａｇｔ（配列番号４９）
ＦＪ０２５９３１  ２０８９１−２０９１７
Ｃ２（ヒト）：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｃｇｔｇｃｔｇｔｔｃｇａｇｇｔｇ（配列番号５０）
ＴＴ８３０：ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ
Ｃ１：ａｔｔｔｔａａｔｇｃａｇｔａｔａｔａａａａｇｃａａａｔｔｃｔａａａｔｔｔａｔａｇｇｔａｔａ（配列番号５１）
Ｘ０６２１４  ２８００−２８４４
Ｃ２（ヒト）：
Ａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号５２）
ＤＴ：ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬ
Ｃ１：ｃａａｔｃｇａｔａｇｃｔｔｔａｔｃｇｔｃｔｔｔａａｔｇｇｔｔｇｃｔｃａａｇｃｔａｔａｃｃａｔｔｇｇｔａｇｇａｇａｇｃｔａ（配列番号５３）
ＦＪ８５８２７２  １０６６−１１２５
Ｃ２（ヒト）：
ｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇｇｃｃａｔｃｃｃｃｃｔｇｇｔｇｇｇｃｇａｇｃｔｇ（配列番号５４）
ＡｄＶＴＴ９５０：ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ
Ｃ２（ヒト）：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｃｇｔｇｃｔｇｔｔｃｇａｇｇｔｇａａｃａａｃｔｔｃａｃｃｇｔｇａｇｃｔｔｃｔｇｇｃｔｇａｇａｇｔｇｃｃｃａａｇｇｔｇａｇｃｇｃｃａｇｃｃａｃｃｔｇｇａｇａｃｃ（配列番号５５）
ＡｄＶＴＴ８３０：ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ
Ｃ２（ヒト）：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｃｇｔｇｃｔｇｔｔｃｇａｇｇｔｇａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号５６）
ＴＴ８３０ＤＴ：ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬ
Ｃ２（ヒト）：
ａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇｇｃｃａｔｃｃｃｃｃｔｇｇｔｇｇｇｃｇａｇｃｔｇ（配列番号５７）
ＤＴＴＴ８３０：ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ
Ｃ２（ヒト）：
ｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇｇｃｃａｔｃｃｃｃｃｔｇｇｔｇｇｇｃｇａｇｃｔｇａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号５８）
ＴＴ８３０ＤＴｔｒｕｎｃ：ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ
Ｃ２（ヒト）：
ａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇ（配列番号５９）
ＤＴｔｒｕｎｃＴＴ８３０：ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ
Ｃ２（ヒト）：
ｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇｇｃｃａｔｃａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号６０）
ＡｄＶｐｍｇｌｐＴＴ８３０：ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＰＭＧ．ＬＰＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ
Ｃ１（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｔｇｔｇｃｔｇｔｔｔｇａａｇｔｇｃｃｇａｔｇｇｇｃｃｔｇｃｃｇａｔｔｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｔａｔｔａａａｇｃｇａａｃａｇｃａａａｔｔｔａｔｔｇｇｃａｔｔ（配列番号６１）
Ｃ２（ヒト）：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｃｇｔｇｃｔｇｔｔｃｇａｇｇｔｇｃｃｃａｔｇｇｇｃｃｔｇｃｃｃａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号６２）
ＡｄＶｋｖｓｖｒＴＴ８３０：ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＫＶＳ．ＶＲＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ
Ｃ１（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｔｇｔｇｃｔｇｔｔｔｇａａｇｔｇａａａｇｔｇａｇｃｇｔｇｃｇｃａｔｔｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｔａｔｔａａａｇｃｇａａｃａｇｃａａａｔｔｔａｔｔｇｇｃａｔｔ（配列番号６３）
Ｃ２（ヒト）：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｃｇｔｇｃｔｇｔｔｃｇａｇｇｔｇａａｇｇｔｇａｇｃｇｔｇａｇａａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号６４）
ＴＴ８３０ｐｍｇｌｐＤＴｔｒｕｎｃ：ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＰＭＧ．ＬＰＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ
Ｃ１（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））：
ａｔｔｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｔａｔｔａａａｇｃｇａａｃａｇｃａａａｔｔｔａｔｔｇｇｃａｔｔｃｃｇａｔｇｇｇｃｃｔｇｃｃｇｃａｇａｇｃａｔｔｇｃｇｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｇｃａｇ（配列番号６５）
Ｃ２（ヒト）：
ａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃｃｃｃａｔｇｇｇｃｃｔｇｃｃｃｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇ（配列番号６６）
ＴＴ８３０ｋｖｓｖｒＤＴｔｒｕｎｃ：ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＫＶＳ．ＶＲＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ
Ｃ１（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））：
ａｔｔｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｔａｔｔａａａｇｃｇａａｃａｇｃａａａｔｔｔａｔｔｇｇｃａｔｔａａａｇｔｇａｇｃｇｔｇｃｇｃｃａｇａｇｃａｔｔｇｃｇｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｇｃａｇ（配列番号６７）
Ｃ２（ヒト）：
ａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃａａｇｇｔｇａｇｃｇｔｇａｇａｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇ（配列番号６８）
のいずれか１つに対して少なくとも６０％の同一性を有する核酸配列を含み、
ここで任意に、
（ａ）前記単離核酸の配列は、配列番号４７〜６８として示される核酸配列のいずれか１つに対して少なくとも７０％の同一性を有する、または、
（ｂ）前記単離核酸の配列は、配列番号４７〜６８として示される核酸配列のいずれか１つの核酸配列を含む、
前記医薬組成物。
【請求項１２】
請求項１１に記載の単離核酸の完全長相補体である単離核酸を含む医薬組成物。
【請求項１３】
（ａ）請求項８に記載の医薬組成物、ここで任意に、（ｉ）抗原をさらに含む、（ｉｉ）請求項１〜１２のいずれか一項に記載の組成物の少なくとも一部は、前記合成ナノ担体の表面上に存在する、または、（ｉｉｉ）請求項１〜１２のいずれか一項に記載の組成物の少なくとも一部は、前記合成ナノ担体によってカプセル化される、または
（ｂ）請求項１〜１２のいずれか一項に記載の組成物を含むワクチン、ここで任意に、（ｉ）抗原、または（ｉｉ）アジュバントをさらに含む、
を含む、剤形。
【請求項１４】
対象に投与することを含む方法において用いるための、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の医薬組成物または請求項１３に記載の剤形。
【請求項１５】
前記天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチド、前記天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドまたは前記天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドは、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ）、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、種痘ウイルス、エプスタイン−バーウイルス、水疱瘡ウイルス、麻疹ウイルス、ラウス肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、ムンプスウイルス、コリネバクテリウム・ジフテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、ヒトアデノウイルス（Ｈｕｍａｎ  ａｄｅｎｏｖｉｒｉｄａｅ）、天然痘ウイルス、または、ヒトへの感染能を有し、かつ感染の開始後に感染性生物に特異的なヒトＣＤ４＋記憶細胞を生成する前記感染性生物、から得られるかまたは誘導されるペプチド配列を含む、請求項１〜１２および１４のいずれか一項に記載の医薬組成物または請求項１３または１４に記載の剤形。
【請求項１６】
ＡおよびＢ、または、ＡおよびＢおよびＣは、それぞれ、
（ａ）異なる感染性生物から得られるかまたは誘導されるペプチド配列、または、
（ｂ）同一の感染性生物から得られるかまたは誘導されるペプチド配列、または、
（ｃ）異なるＭＨＣＩＩ結合レパートリーを有するペプチド
を含む、請求項１〜１２、１４および１５のいずれか一項に記載の医薬組成物または請求項１３〜１５のいずれか一項に記載の剤形。
【請求項１７】
（ａ）Ａ、ｘ、またはＢ、または、（ｂ）Ａ、ｘ、Ｂ、ｙ、またはＣは、それぞれ、Ａ−ｘ−ＢまたはＡ−ｘ−Ｂ−ｙ−Ｃの水溶解度を増大させる配列または化学修飾を含み、ここで、前記配列または化学修飾は、親水性Ｎおよび／またはＣ末端アミノ酸、疎水性Ｎおよび／またはＣ末端アミノ酸の付加、約７．４のｐＩを得て、かつ約ｐＨ３．０で正の正味電荷を得るためのアミノ酸の置換、ならびに再配列を受けやすいアミノ酸の置換を含む、請求項１〜１２および１４〜１６のいずれか一項に記載の医薬組成物または請求項１３〜１６のいずれか一項に記載の剤形。
【請求項１８】
第１および／または第２のＭＨＣＩＩおよび／または第３のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、（ａ）５−ｍｅｒ〜５０−ｍｅｒ、（ｂ）５−ｍｅｒ〜３０−ｍｅｒ、（ｃ）６−ｍｅｒ〜２５−ｍｅｒの範囲の長さを有する、請求項１〜１２および１４〜１７のいずれか一項に記載の医薬組成物または請求項１３〜１７のいずれか一項に記載の剤形。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、２００９年８月２６日出願の米国仮特許出願第６１／２３７，１４７号明細書および２０１０年１月６日出願の米国仮特許出願第６１／３３５，６１１号明細書（それら各々の全内容は参照により本明細書中に援用される）の米国特許第１１９条下での利益を主張する。
【背景技術】
【０００２】
特定のワクチンの活性は、付随するＴ細胞ヘルプの供給によって促進されうる。Ｔ細胞ヘルプは、ＭＨＣＩＩとの複合体を形成しうる特定のペプチド抗原の提示を通じて誘発されうる。必要なことは、ワクチン応答における改善されたＴ細胞ヘルプを誘発しうる組成物および方法である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂ；および医薬的に許容できる賦形剤を含む組成物に関し、ここで、ｘは、リンカーを含むかまたはリンカーを全く含まず；ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み；ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【０００４】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂ；および医薬的に許容できる賦形剤を含む組成物に関し、ここで、ｘは、リンカーを含むかまたはリンカーを全く含まず；ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み；ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【０００５】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂ；および医薬的に許容できる賦形剤を含む組成物に関し、ここで、ｘはリンカーを含むかまたはリンカーを全く含まず；ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み；ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【０００６】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂ；および医薬的に許容できる賦形剤を含む組成物に関し、ここで、ｘはリンカーを含むかまたはリンカーを全く含まず；ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み；ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【０００７】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂ；および医薬的に許容できる賦形剤を含む組成物に関し、ここで、ｘは、アミドリンカー、ジスルフィドリンカー、硫化物リンカー、１，４−二置換１，２，３−トリアゾールリンカー、チオールエステルリンカー、ヒドラジドリンカー、イミンリンカー、チオ尿素リンカー、アミジンリンカー、またはアミンリンカーを含むリンカーを含み；ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み；ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【０００８】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂ；および医薬的に許容できる賦形剤を含む組成物に関し、ここで、ｘは、ペプチド配列、リソソームプロテアーゼ切断部位、生分解性ポリマー、置換もしくは未置換アルカン、アルケン、芳香族もしくは複素環リンカー、ｐＨ感受性ポリマー、ヘテロ二官能性リンカーまたはオリゴマーグリコールスペーサー（ｏｌｉｇｏｍｅｒｉｃ  ｇｌｙｃｏｌ  ｓｐａｃｅｒ）を含むリンカーを含み；ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み；ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【０００９】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をコードする１つまたは複数の単離核酸を含む組成物に関し、ここで、２つ以上の単離核酸が存在する場合、単離核酸は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をともにコードし、ここで、ｘは、リンカーを全く含まないか、アミドリンカーまたはペプチドリンカーを含み、ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【００１０】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をコードする１つまたは複数の単離核酸を含む組成物に関し、ここで、２つ以上の単離核酸が存在する場合、単離核酸は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をともにコードし、ここで、ｘは、アミドリンカーであるか、リンカーでないか、またはペプチドリンカーであり、ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【００１１】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をコードする１つまたは複数の単離核酸を含む組成物に関し、ここで、２つ以上の単離核酸が存在する場合、単離核酸は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をともにコードし、ここで、ｘは、アミドリンカーであるか、リンカーでないか、またはペプチドリンカーであり、ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【００１２】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をコードする１つまたは複数の単離核酸を含む組成物に関し、ここで、２つ以上の単離核酸が存在する場合、単離核酸は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をともにコードし、ここで、ｘは、アミドリンカーであるか、リンカーでないか、またはペプチドリンカーであり、ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【００１３】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をコードする１つまたは複数の単離核酸を含む組成物に関し、ここで、２つ以上の単離核酸が存在する場合、単離核酸は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をともにコードし、ここで、ｘは、アミドリンカーであり、ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【００１４】
一態様では、本発明は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をコードする１つまたは複数の単離核酸を含む組成物に関し、ここで、２つ以上の単離核酸が存在する場合、単離核酸は、Ａ−ｘ−Ｂを含む組成物をともにコードし、ここで、ｘは、リソソームプロテアーゼ切断部位を含むペプチドリンカーであり、ここで、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み；ここで、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつ第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチド、または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有するペプチドを含み、またここで、ＡおよびＢは、互いに１００％の同一性を有しない。
【００１５】
一態様では、本発明は、配列が配列番号１〜４６として示されるアミノ酸配列のいずれか１つに対して少なくとも７５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む組成物に関する。
【００１６】
一態様では、本発明は、配列が配列番号１〜４６として示されるアミノ酸配列のいずれか１つに対して少なくとも７５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離核酸を含む組成物に関する。
【００１７】
一態様では、本発明は、配列が配列番号４７〜６８として示される核酸配列のいずれか１つに対して少なくとも６０％の同一性を有する核酸配列を含む単離核酸を含む組成物に関する。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】ペプチド刺激ＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ／ＣＤ６２Ｌｈｉｇｈ中央記憶Ｔ細胞内でのＩＦＮ−γ発現を示すフローサイトメトリーデータの代表例を示す。
【図２】非刺激ＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｍｅｄ／ＣＤ６２Ｌｈｉｇｈ／ＩＦＮ−γ＋Ｔ細胞に対して正規化された中央記憶Ｔ細胞のパーセントを示す。クラスＩＩペプチドキメラは、強固なＣＤ４記憶Ｔ細胞リコール応答をもたらす。ペプチドは、４μＭの最終濃度で加えられた。陰性および陽性ＰＢＭＣ対照はそれぞれ、刺激されないかまたは５つのペプチドのプール（５ＰＰ）で刺激された。フローサイトメトリー分析に先立ち、細胞は、ＣＤ４−ＦＩＴＣ、ＣＤ４５ＲＡ−ＰＥおよびＣＤ６２ＬＣｙ７ＰＥで染色された。次いで、細胞は、透過性にされ、固定され、またＩＦＮ−γで染色された。中央記憶Ｔ細胞は、ＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｍｅｄｉｕｍ／ＣＤ６２Ｌｈｉｇｈ／ＩＦＮ−γ＋である。示される値は、ＣＤ４＋／ＣＤ６２Ｌゲート内に見出されるＣＤ６２Ｌ＋／ＩＦＮ−γ＋細胞のパーセントである。同値は、各ドナーに対する非刺激対照における値を差し引くことによって正規化された。
【図３】ペプチドに対して応答する記憶Ｔ細胞について陽性の（２０のうちの）ドナー数を示す。ドナーは、値がＣＤ４＋ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ集団内の中央記憶Ｔ細胞に対応する０．０８％より大きい場合、陽性であると考えられた。
【図４】ペプチドに特異的なＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ／ＣＤ６２Ｌｈｉｇｈ中央記憶Ｔ細胞内でのＴＮＦ−αおよびＩＦＮ−γの発現を示すフローサイトメトリーデータの代表例を示す。クラスＩＩペプチドキメラは、強固な樹状細胞／ＣＤ４中央記憶Ｔ細胞のリコール応答をもたらす。単球が、磁気ビーズ陰性選択によってＰＢＭＣから単離され、ＩＬ−４およびＧＭ−ＣＳＦ中で１週間成長し、樹状細胞（ＤＣ）分化が誘導された。自己ＣＤ４＋細胞が、凍結保存ＰＢＭＣから単離され、ペプチドの存在または不在下でＤＣとともに培養された。中央記憶Ｔ細胞内でのＴＮＦ−αおよびＩＦＮ−γの発現の検出は、上記のように行われた。未熟中央記憶Ｔ細胞が、ＩＦＮ−γ／ＴＮＦ−αおよびＩＬ−２を発現する一方、免疫委任エフェクター記憶Ｔ細胞は、ＩＬ−４またはＩＦＮ−γのみを発現する。
【図５】ペプチドに特異的なＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ／ＣＤ６２Ｌｈｉｇｈ中央記憶Ｔ細胞内でのＩＬ−４、ＴＮＦ−α、またはＩＦＮ−γの発現のパーセントを示す。ペプチドの存在または不在下で、樹状細胞／自己ＣＤ４  Ｔ細胞共培養物中でのサイトカイン発現が示される。（非刺激物に対して正規化された）フローサイトメトリーによって回収された７５０００の事象あたりのサイトカイン陽性記憶Ｔ細胞の数が示される。
【図６】ペプチドに特異的なＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ／ＣＤ６２Ｌｈｉｇｈ中央記憶Ｔ細胞内でのＴＮＦ−α＋ＩＦＮ−γまたはＴＮＦ−α＋ＩＬ−４の同時発現のパーセントを示す。ペプチドの存在または不在下で、樹状細胞／自己ＣＤ４  Ｔ細胞共培養物中でのサイトカイン同時発現が示される。
【図７】ＴＴ８３０ｐＤＴｔ変異体（それぞれ、配列番号１３、１０８〜１１３、１２６、１１４〜１１８）を示す。
【図８】ＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ（４つのドナー）中でのＣＤ６２Ｌ＋／ＩＦＮ−γ＋中央記憶Ｔ細胞のパーセントを示す。クラスＩＩペプチドキメラは、強固なＣＤ４記憶Ｔ細胞のリコール応答をもたらす。中央記憶Ｔ細胞は、ＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ／ＣＤ６２Ｌ＋／ＩＦＮ−γ＋である。示される値は、ＣＤ４＋／ＣＤ６２Ｌゲート内で見出されるＣＤ６２Ｌ＋／ＩＦＮ−γ＋細胞のパーセントである。
【図９】アデノウイルスエピトープを有するキメラペプチドを使用するＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ／ＣＤ６２Ｌｈｉｇｈ中央記憶Ｔ細胞（１６のドナー）のパーセントを示す。クラスＩＩペプチドキメラは、強固なＣＤ４記憶Ｔ細胞のリコール応答をもたらす。中央記憶Ｔ細胞は、ＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ／ＣＤ６２Ｌ＋／ＩＦＮ−γ＋である。示される値は、ＣＤ４＋／ＣＤ６２Ｌゲート内で見出されるＣＤ６２Ｌ＋／ＩＦＮ−γ＋細胞のパーセントである。配列番号１３、１７、１９および２０がそれぞれ示される。
【図１０】アデノウイルスＡｄＶｋＤＴｔ変異体におけるＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ／ＣＤ６２Ｌｈｉｇｈ中央記憶Ｔ細胞（１６のドナー）のパーセントを示す。修飾ＡｄＶｋＤＴｔペプチドキメラは、強固なＣＤ４記憶Ｔ細胞のリコール応答をもたらす。中央記憶Ｔ細胞は、ＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ／ＣＤ６２Ｌ＋／ＩＦＮ−γ＋である。示される値は、ＣＤ４＋／ＣＤ６２Ｌゲート内で見出されるＣＤ６２Ｌ＋／ＩＦＮ−γ＋細胞のパーセントである。配列番号７１〜７３および１２７〜１２９がそれぞれ示される。
【図１１】高度に保存されたｐａｎ  ＨＬＡ−ＤＲ特性について選択された、インフルエンザにおけるキメラエピトープを示す。配列番号３９〜４４、３２および９３〜９８がそれぞれ示される。
【図１２】キメラの保存されたインフルエンザエピトープにおけるＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ／ＣＤ６２Ｌｈｉｇｈ中央記憶Ｔ細胞（５つのドナー）のパーセントを示す。高度に保存された修飾インフルエンザペプチドキメラは、強固なＣＤ４記憶Ｔ細胞のリコール応答をもたらす。中央記憶Ｔ細胞は、ＣＤ４＋／ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ／ＣＤ６２Ｌ＋／ＩＦＮ−γ＋である。示される値は、ＣＤ４＋／ＣＤ６２Ｌゲート内で見出されるＣＤ６２Ｌ＋／ＩＦＮ−γ＋細胞のパーセントである。配列番号１０１〜１０６がそれぞれ示される。
【図１３】本発明の組成物および合成ナノ担体を用いて得られる抗ニコチン力価を示す。
【図１４】本発明の組成物および合成ナノ担体を用いて得られる抗ニコチン力価を示す。
【図１５】Ｉｍｍｕｎｅ  Ｅｐｉｔｏｐｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ＊（ＩＥＤＢ）Ｔ細胞エピトープ予測プログラムを用いたキメラエピトープ選択を示す。各ペプチドにおいては、３つの方法（ＡＲＢ、ＳＭＭ＿ａｌｉｇｎおよびＳｔｕｒｎｉｏｌｏ）の各々を用いたパーセンタイルランク（ｐｅｒｃｅｎｔｉｌｅ  ｒａｎｋ）が、ペプチドのスコアをＳＷＩＳＳＰＲＯＴデータベースから選択された５００万のランダムな１５ｍｅｒのスコアと比較することによって得られた。次いで、３つの方法におけるパーセンタイルランクを用い、コンセンサス法におけるランクが得られた。小さい数の（ｓｍａｌｌ  ｎｕｍｂｅｒｅｄ）パーセンタイルランクは、高親和性を示す。予測される高親和性結合（＜３のトップパーセンタイル）は、太字で示される。対立遺伝子分布は、ヨーロッパ人口（ブルガリア、クロアチア、キューバ（Ｅｕ）、チェコ、フィンランド、グルジア、アイルランド、北アメリカ（Ｅｕ）、スロベニア）について示される。
【図１６】単一およびキメラエピトープで予想されるＨＬＡ−ＤＲ集団範囲（ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ｃｏｖｅｒａｇｅ）−ヨーロッパを示す。
【図１７】インフルエンザＡ型における各クラスＩＩエピトープの予測される結合分析を示す。配列番号７８〜８２は、表の最初のカラム中に表される。
【図１８】インフルエンザＡ型におけるキメラエピトープの予測される結合分析を示す。
【図１９】インフルエンザＡ型およびＢ型における保存されたｐａｎ−クラスＩＩ  ＰＢ１キメラペプチドを示す。配列番号１０１〜１０６は、表の最初のカラム中に表される。
【図２０】予測されるクラスＩＩに対する結合親和性の低下を伴わないアミノ酸置換を示す。配列番号２、１２０〜１２２、３および１２３〜１２５がそれぞれ示される。
【００１９】
本発明について詳述する前に、本発明が、当然変化しうるものとして、特別に例示される材料またはプロセスパラメータに限定されないことは理解されるべきである。また、本明細書で使用される用語が、あくまで本発明の特定の実施形態を記述することを目的とし、本発明を説明するための代替用語の使用の限定が意図されていないことは理解されるべきである。
【００２０】
本明細書中で引用されるすべての発行物、特許および特許出願は、上記または下記のいずれかであっても、あらゆる目的においてそれら全体が参照により本明細書中に援用される。
【００２１】
単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、文脈において特に明示されない限り、複数の指示対象を含む。例えば、「ポリマー」という呼称は、２つ以上のかかる分子の混合物を含み、「溶媒」という呼称は、２つ以上のかかる溶媒の混合物を含み、「接着剤」という呼称は、２つ以上のかかる材料の混合物を含むなどである。
【発明を実施するための形態】
【００２２】
Ａ．はじめに
発明者は、予想外にまた驚くべきことに、上記の課題および制限が、本明細書で開示される本発明を実施することによって克服できることを発見した。特に、発明者は、予想外に、当該技術分野における課題および制限に対処するような本発明の組成物および関連する方法を提供することが可能であることを発見した。
【００２３】
ワクチンに対する免疫応答は、ワクチン中にクラスＩＩ結合記憶エピトープを含めることにより、有効に促進され、より強固な抗体応答をもたらすことが可能である。しかし、クラスＩＩは、３つの異なる遺伝子セット（ＨＬＡ−ＤＲ、ＤＰおよびＤＱ）から構成され、各々は異なるエピトープ結合親和性を有する。さらに、遺伝子の各々は、集団内に見出されうるいくつかの対立遺伝子を有し、それらは可変エピトープ結合能を有するタンパク質を生成することから、個別のＴ細胞エピトープは、制限されたクラスＩＩ対立遺伝子である。したがって、エピトープのクラスＩＩ制限は、エピトープが制限された集団範囲を有するという点で問題を引き起こす。広範な集団範囲を得るため、ペプチドであれば、ＤＰ、ＤＱ、およびＤＲに対して無差別（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ）かつ非選択的であるように設計されなければならないことになる。この問題は、ペプチドが、集団の大部分が暴露されている抗原に対して特異的であり、かつＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子の全体にわたって広範な活性を有するように設計することにより、克服されうる。広範であるが制限された活性を有する個別のエピトープは、例えば、破傷風毒素（ＴＴ）およびジフテリア毒素（ＤＴ）など、共通のワクチン中に見出されるエピトープを含む。さらに、集団の大部分が、暴露されておりかつ活性抗体力価（ａｃｔｉｖｅ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｔｉｔｒｅ）を有する対象の、アデノウイルス（ＡｄＶ）などの天然ウイルス中に見出されるエピトープは、幅広い集団範囲を有しうる。望ましくは、設計されるペプチドは、優性ＤＰ４対立遺伝子（ＤＰＡ１＊０１／ＤＰＢ１＊４０１およびＤＰＡ１＊０１０３／ＤＰＢ１＊０４０２）に対する高親和性エピトープおよび／あるいはＨＬＡ−ＤＲまたはＨＬＡ−ＤＱ対立遺伝子に対する高親和性エピトープを有することで、集団内での広範な反応性を有することになる。広範なクラスＩＩペプチドを同定するため、発明者は、予測されるＨＬＡクラスＩＩ親和性に基づき、キメラエピトープを設計し、試験した。
【００２４】
実施例中に示されるように、予測されるＨＬＡクラスＩＩ親和性に基づいて設計された本発明のペプチドは、ヒトにおける複数のＨＬＡクラスＩＩのＤＰ、ＤＱ、およびＤＲ対立遺伝子全体にわたって広範囲性を示し、かつ強固な記憶Ｔ細胞活性化をもたらす。これらの新しいペプチドは、いくつかのクラスＩＩ対立遺伝子全体にわたる広範囲性、およびＣＤ４＋記憶Ｔ細胞のリコール応答をもたらす上での有意な改善を示す。
【００２５】
実施例１〜４は、一般的な本発明のアプローチを例示する。実施例５および６は、ペプチドの物理特性の改良およびインフルエンザウイルスから得られるかまたは誘導される本発明の組成物を例示する。実施例７〜１３は、本発明の組成物の様々な適用を例示する。
【００２６】
本発明は、ここでより詳細に説明されることになる。
【００２７】
Ｂ．定義
「アジュバント」は、特異的抗原を構成しないが、同時投与される抗原に対する免疫応答の強さおよび寿命を増強する作用剤を意味する。かかるアジュバントは、限定はされないが、パターン認識受容体、例えばＴｏｌｌ様受容体、ＲＩＧ−１およびＮＯＤ様受容体（ＮＬＲ）の刺激剤、無機塩類、例えばカリ明礬、腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａ）、例えば大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｈｉａ  ｃｏｌｉ）、サルモネラ・ミネソタ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｍｉｎｎｅｓｏｔａ）、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、もしくはフレクスナー赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ）のモノホスホリル脂質（ＭＰＬ）Ａ、または具体的にはＭＰＬ（登録商標）（ＡＳ０４）（別々に上記細菌のＭＰＬ  Ａ）と結合されたカリ明礬、サポニン、例えばＱＳ−２１、Ｑｕｉｌ−Ａ、ＩＳＣＯＭ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ（商標）、エマルジョン、例えばＭＦ５９（商標）、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ（登録商標）ＩＳＡ５１およびＩＳＡ７２０、ＡＳ０２（ＱＳ２１＋スクアレン＋ＭＰＬ（登録商標））、リポソームおよびリポソーム製剤、例えばＡＳ０１、合成のもしくは特異的に調製された微粒子および微小担体、例えば淋菌（Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅ）、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）およびその他の細菌由来の外膜小胞（ＯＭＶ）、またはキトサン粒子、デポー形成剤（ｄｅｐｏｔ−ｆｏｒｍｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）、例えばＰｌｕｒｏｎｉｃ（登録商標）ブロック共重合体、特異的に修飾または調製されたペプチド、例えばムラミールジペプチド、アミノアルキルグルコサミニド４−ホスフェート（ｇｌｕｃｏｓａｍｉｎｉｄｅ  ４−ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）、例えばＲＣ５２９、またはタンパク質、例えば細菌トキソイドもしくは毒素断片を含みうる。
【００２８】
実施形態では、アジュバントは、限定はされないが、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、具体的には、ＴＬＲ２、３、４、５、７、８、９および／またはその組み合わせを含む、パターン認識受容体（ＰＲＲ）に対するアゴニストを含む。他の実施形態では、アジュバントは、Ｔｏｌｌ様受容体３に対するアゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体７および８に対するアゴニスト、またはＴｏｌｌ様受容体９に対するアゴニストを含み、好ましくは、列挙されたアジュバントは、イミダゾキノリン；Ｒ８４８など；アデニン誘導体、例えば米国特許第６，３２９，３８１号明細書（Ｓｕｍｉｔｏｍｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ）に開示されたもの；免疫刺激性ＤＮＡ；または免疫刺激性ＲＮＡを含む。特定の実施形態では、合成ナノ担体は、アジュバントとして、ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）７および８に対するアゴニスト（「ＴＬＲ７／８アゴニスト」）である化合物を組み込む。限定はされないが、イミダゾキノリンアミン、イミダゾピリジンアミン、６，７−融合シクロアルキルイミダゾピリジンアミン、および１，２−架橋イミダゾキノリンアミンを含む、米国特許第６，６９６，０７６号明細書（Ｔｏｍａｉらに付与）に開示されたＴＬＲ７／８アゴニスト化合物が有用である。好ましいアジュバントは、イミキモドおよびレシキモド（Ｒ８４８としても知られる）を含む。特定の実施形態では、アジュバントは、ＤＣ表面分子ＣＤ４０に対するアゴニストであってもよい。特定の実施形態では、耐性でなく免疫を刺激するため、合成ナノ担体は、（ナイーブＴ細胞のプライミングにとって必要とされる）ＤＣ成熟と、抗体免疫応答を促進するサイトカイン、例えばタイプＩインターフェロンの産生とを促進するアジュバントを取り込む。実施形態では、アジュバントはまた、免疫刺激性ＲＮＡ分子、例えば限定はされないが、二本鎖ＲＮＡまたはポリＩ：Ｃ（ＴＬＲ３刺激剤）、および／または、Ｆ．Ｈｅｉｌら、「Ｓｐｅｃｉｅｓ−Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｉｎｇｌｅ−Ｓｔｒａｎｄｅｄ  ＲＮＡ  ｖｉａ  Ｔｏｌｌ−ｌｉｋｅ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ７  ａｎｄ  ８」  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０３（５６６３）、１５２６−１５２９頁（２００４年）；Ｊ．Ｖｏｌｌｍｅｒら、「Ｉｍｍｕｎｅ  ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ  ｂｙ  ｃｈｅｍｉｃａｌｌｙ  ｍｏｄｉｆｉｅｄ  ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ  ａｎｄ  ｏｌｉｇｏｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」、国際公開第２００８０３３４３２Ａ２号パンフレット；Ａ．Ｆｏｒｓｂａｃｈら、「Ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ  ｏｌｉｇｏｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｍｏｔｉｆ（ｓ）  ａｎｄ  ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｔｏｌｌ−ｌｉｋｅ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ８  ｐａｔｈｗａｙ」、国際公開第２００７０６２１０７Ａ２号パンフレット；Ｅ．Ｕｈｌｍａｎｎら、「Ｍｏｄｉｆｉｅｄ  ｏｌｉｇｏｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ａｎａｌｏｇｓ  ｗｉｔｈ  ｅｎｈａｎｃｅｄ  ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ  ａｃｔｉｖｉｔｙ」、米国特許出願公開第２００６２４１０７６号明細書；Ｇ．Ｌｉｐｆｏｒｄら、「Ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ  ｖｉｒ���ｌ  ＲＮＡ  ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  ｕｓｅ  ｆｏｒ  ｔｒｅａｔｉｎｇ  ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ」、国際公開第２００５０９７９９３Ａ２号パンフレット；Ｇ．Ｌｉｐｆｏｒｄら、「Ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ  Ｇ，Ｕ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｏｌｉｇｏｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ，ａｎｄ  ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ  ｍｅｔｈｏｄｓ」、国際公開第２００３０８６２８０Ａ２号パンフレットに開示されたものを含んでもよい。一部の実施形態では、アジュバントは、ＴＬＲ−４アゴニスト、例えば細菌リポ多糖（ＬＰＳ）、ＶＳＶ−Ｇ、および／またはＨＭＧＢ−１であってもよい。一部の実施形態では、アジュバントは、ＴＬＲ−５アゴニスト、例えばフラジェリン、またはその一部または誘導体、例えば限定はされないが、米国特許第６，１３０，０８２号明細書、米国特許第６，５８５，９８０号明細書、および米国特許第７，１９２，７２５号明細書に開示されたもの、を含んでもよい。特定の実施形態では、合成ナノ担体は、タイプＩインターフェロン分泌を誘発し、かつ、ＴおよびＢ細胞活性化を刺激し、抗体産生および細胞毒性Ｔ細胞応答の増大をもたらす、ＣｐＧを含む免疫刺激性ＤＮＡ分子などのＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）−９に対するリガンドを組み込む（Ｋｒｉｅｇら、ＣｐＧ  ｍｏｔｉｆｓ  ｉｎ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ＤＮＡ  ｔｒｉｇｇｅｒ  ｄｉｒｅｃｔ  Ｂ  ｃｅｌｌ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ．、Ｎａｔｕｒｅ．１９９５年、３７４：５４６−５４９頁；Ｃｈｕら、ＣｐＧ  ｏｌｉｇｏｄｅｏｘｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｃｔ  ａｓ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ  ｔｈａｔ  ｓｗｉｔｃｈ  ｏｎ  Ｔ  ｈｅｌｐｅｒ  １（Ｔｈ１）  ｉｍｍｕｎｉｔｙ．  Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９９７年、１８６：１６２３−１６３１頁；Ｌｉｐｆｏｒｄら、ＣｐＧ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ｐｒｏｍｏｔｅ  Ｂ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ｔ  ｃｅｌｌ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｔｏ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ａｎｔｉｇｅｎ：ａ  ｎｅｗ  ｃｌａｓｓ  ｏｆ  ｖａｃｃｉｎｅ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ．  Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９７年、２７：２３４０−２３４４頁；Ｒｏｍａｎら、Ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ  ＤＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｆｕｎｃｔｉｏｎ  ａｓ  Ｔ  ｈｅｌｐｅｒ−１−ｐｒｏｍｏｔｉｎｇ  ａｄｊｕｖａｎｔｓ．  Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１９９７年、３：８４９−８５４頁；Ｄａｖｉｓら、ＣｐＧ  ＤＮＡ  ｉｓ  ａ  ｐｏｔｅｎｔ  ｅｎｈａｎｃｅｒ  ｏｆ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ｉｎ  ｍｉｃｅ  ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ  ｗｉｔｈ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｂ  ｓｕｒｆａｃｅ  ａｎｔｉｇｅｎ．  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９８年、１６０：８７０−８７６頁；Ｌｉｐｆｏｒｄら、Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ＤＮＡ  ａｓ  ｉｍｍｕｎｅ  ｃｅｌｌ  ａｃｔｉｖａｔｏｒ．  Ｔｒｅｎｄｓ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１９９８年、６：４９６−５００頁；米国特許第６，２０７，６４６号明細書（Ｋｒｉｅｇらに付与）；米国特許第７，２２３，３９８号明細書（Ｔｕｃｋらに付与）；米国特許第７，２５０，４０３号明細書（Ｖａｎ  Ｎｅｓｔらに付与）；または米国特許第７，５６６，７０３号明細書（Ｋｒｉｅｇらに付与））。
【００２９】
一部の実施形態では、アジュバントは、壊死細胞（例えば尿酸結晶）から放たれる炎症誘発性刺激であってもよい。一部の実施形態では、アジュバントは、補体カスケードの活性化成分であってもよい（例えばＣＤ２１、ＣＤ３５など）。一部の実施形態では、アジュバントは、免疫複合体の活性化成分であってもよい。アジュバントはまた、補体受容体アゴニスト、例えばＣＤ２１またはＣＤ３５に結合する分子を含む。一部の実施形態では、補体受容体アゴニストは、合成ナノ担体の内因性補体オプソニン化を誘導する。一部の実施形態では、アジュバントは、サイトカインであり、細胞によって放出される小タンパク質または生物学的因子（５ｋＤ〜２０ｋＤの範囲内）であり、細胞−細胞相互作用、コミュニケーションおよび他の細胞の挙動に対して特異的効果を有する。一部の実施形態では、サイトカイン受容体アゴニストは、小分子、抗体、融合タンパク質、またはアプタマーである。
【００３０】
実施形態では、アジュバント投与の少なくとも一部は、合成ナノ担体とカップリングされる場合があり、好ましくは、アジュバント投与の全部が、合成ナノ担体とカップリングされる。他の実施形態では、アジュバント投与の少なくとも一部が合成ナノ担体とカップリングされることはない。実施形態では、アジュバント投与は、２種以上のアジュバントを含む。例えば、また限定はされないが、異なるＴＬＲ受容体に対して作用するアジュバントは併用してもよい。例として、実施形態では、ＴＬＲ７／８アゴニストは、ＴＬＲ９アゴニストと併用してもよい。別の実施形態では、ＴＬＲ７／８アゴニストは、ＴＬＲ４アゴニストと併用してもよい。さらに別の実施形態では、ＴＬＲ９アゴニストは、ＴＬＲ３アゴニストと併用してもよい。
【００３１】
「投与する」または「投与」は、薬剤を薬理学的に有用な方法で対象に提供することを意味する。
【００３２】
「抗原」は、Ｂ細胞抗原またはＴ細胞抗原を意味する。
【００３３】
「Ｂ細胞抗原」は、Ｂ細胞によって認識され、かつＢ細胞において免疫応答を引き起こす任意の抗原（例えば、Ｂ細胞上のＢ細胞受容体によって特異的に認識される抗原）を意味する。一部の実施形態では、Ｔ細胞抗原である抗原がまた、Ｂ細胞抗原である。他の実施形態では、Ｔ細胞抗原がさらにＢ細胞抗原であることはない。Ｂ細胞抗原は、限定はされないが、タンパク質、ペプチド、小分子、および炭水化物を含む。一部の実施形態では、Ｂ細胞抗原は、非タンパク質抗原である（すなわち、タンパク質またはペプチド抗原ではない）。一部の実施形態では、Ｂ細胞抗原は、病原菌に関連した炭水化物である。一部の実施形態では、Ｂ細胞抗原は、病原菌に関連した糖タンパク質または糖ペプチドである。病原菌は、細菌、ウイルス、真菌、原生動物、または寄生虫であってもよい。一部の実施形態では、Ｂ細胞抗原は、免疫原性が乏しい抗原である。一部の実施形態では、Ｂ細胞抗原は、乱用物質またはその一部である。一部の実施形態では、Ｂ細胞抗原は、中毒性のある物質（ａｄｄｉｃｔｉｖｅ  ｓｕｂｓｔａｎｃｅ）またはその一部である。中毒性のある物質は、限定はされないが、ニコチン、麻酔剤、鎮咳剤、精神安定剤、および鎮静剤を含む。一部の実施形態では、Ｂ細胞抗原は、毒素、例えば化学兵器または天然源から誘導される毒素である。Ｂ細胞抗原はまた、有害な環境作用物質（ｈａｚａｒｄｏｕｓ  ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ  ａｇｅｎｔ）であってもよい。一部の実施形態では、Ｂ細胞抗原は、自己抗原である。他の実施形態では、Ｂ細胞抗原は、アロ抗原、アレルゲン、接触感作物質、変性疾患抗原、ハプテン、感染性疾患抗原、癌抗原、アトピー性疾患抗原、自己免疫疾患抗原、中毒性のある物質、異種抗原、または代謝性疾患酵素もしくはその酵素生成物である。
【００３４】
「カップリングする（Ｃｏｕｐｌｅ）」または「カップリングされた（Ｃｏｕｐｌｅｄ）」または「カップリングする（Ｃｏｕｐｌｅｓ）」（および類似するもの）は、ある実体（例えばある部分）を別の１つの実体と化学的に結合することを意味する。一部の実施形態では、カップリングは、共有結合である。非共有結合の実施形態では、非共有カップリングは、限定はされないが、電荷相互作用、親和性相互作用、金属配位、物理吸着、宿主−ゲスト相互作用、疎水性相互作用、ＴＴスタッキング相互作用、水素結合相互作用、ファンデルワールス相互作用、磁気相互作用、静電相互作用、双極子−双極子相互作用、および／またはそれらの組み合わせを含む非共有的相互作用によって媒介される。
【００３５】
「誘導される」は、供給源から取得され、かつ実質的修飾を受けることを意味する。例えば、天然ペプチドまたは核酸、好ましくは天然コンセンサスペプチドまたは核酸に対してわずか５０％の同一性を有する配列を有するペプチドまたは核酸であれば、天然ペプチドまたは核酸から誘導されると述べられることになる。しかし、誘導される核酸は、遺伝子コードの縮重のみに起因し、天然核酸配列、好ましくは天然コンセンサス核酸配列に対して同一でない配列を有する核酸を含むように意図されていない。実質的修飾は、問題の材料の化学的または免疫学的特性に有意に影響を与える修飾である。誘導されるペプチドおよび核酸はまた、前記誘導されるペプチドおよび核酸における化学的または免疫学的特性が、天然ペプチドまたは核酸に対して改変されている場合、天然ペプチドまたは核酸配列に対して５０％を超える同一性を有する配列を有するものを含み得る。これらの化学的または免疫学的特性は、親水性、安定性、ＭＨＣＩＩに対する結合親和性、および合成ナノ担体などの担体とのカップリング能を含む。
【００３６】
「剤形」は、対象への投与に適した培地、キャリア、媒体、またはデバイスの中の薬剤を意味する。
【００３７】
「カプセル化する」または「カプセル化される」は、合成ナノ担体内部に封入する、好ましくは合成ナノ担体内部に完全に封入することを意味する。カプセル化される物質の大部分もしくは全部は、合成ナノ担体に対して外部の局所環境に暴露されない。カプセル化は、物質が合成ナノ担体に対して外部の局所環境に暴露された状態で残される、合成ナノ担体の表面上の物質の少なくとも一部の存在とは区別される。一実施形態では、物質の少なくとも一部が合成ナノ担体の表面上に存在している状態をもたらすプロセスの例が吸着である。
【００３８】
「ＭＨＣＩＩ結合ペプチド」は、主要組織適合性複合体クラスＩＩに、ペプチド／ＭＨＣ複合体がＴ細胞上のＴ細胞受容体と相互作用できるだけの十分な親和性で結合するペプチドを意味する。ペプチド／ＭＨＣ複合体とＴ細胞上のＴ細胞受容体との相互作用は、従来の技術を用いるサイトカイン産生および／またはＴ細胞増殖の測定を通じて確定されうる。実施形態では、ＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、ＭＨＣＩＩ分子への結合に対して、５０００ｎＭ以下、好ましくは５００ｎＭ以下、またより好ましくは５０ｎＭ以下の親和性ＩＣ５０値を有する。実施形態では、（明らかに第１、第２、および第３のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含む）本発明に従うＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、５−ｍｅｒ以上の長さを有し、またタンパク質と同程度の大きさであってもよい。他の実施形態では、（明らかに第１、第２、および第３のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含む）本発明に従うＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、５−ｍｅｒ〜５０−ｍｅｒの範囲、好ましくは５−ｍｅｒ〜４０−ｍｅｒの範囲、より好ましくは５−ｍｅｒ〜３０−ｍｅｒの範囲、またさらにより好ましくは６−ｍｅｒ〜２５−ｍｅｒの長さを有する。
【００３９】
「同一性」は、一次元配列アラインメントにおいて同様に配置されたアミノ酸もしくは残基または核酸塩基のパーセントを意味する。同一性は、比較されている配列がいかに密接に関連するかについての尺度である。一実施形態では、２つの配列間の同一性は、ＢＥＳＴＦＩＴプログラムを用いて判定することができる。実施形態では、列挙されるＭＨＣＩＩ結合ペプチド（Ａ、Ｂ、もしくはＣなど）は、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチド、および／または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対し、少なくとも７０％、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％、さらにより好ましくは少なくとも９７％、またはさらにより好ましくは少なくとも９９％の同一性を有しうる。実施形態では、Ａ、Ｂ、およびＣは、互いに１００％同一でなく、また実施形態では、ＡおよびＢは、互いに１００％同一でない。実施形態では、列挙される核酸は、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチド、および／または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドをコードする核酸配列、あるいはそれらをコードする核酸配列に相補的である核酸配列に対し、少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％、さらにより好ましくは少なくとも９７％、またはさらにより好ましくは少なくとも９９％の同一性を有しうる。
【００４０】
「単離核酸」は、その天然環境から分離され、その同定または使用を可能にするだけの十分な量で存在する核酸を意味する。単離核酸は、（ｉ）例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によってインビトロで増幅されるか；（ｉｉ）クローニングによって組換え的に生成されるか；（ｉｉｉ）切断およびゲル分離に従って精製されるか；あるいは（ｉｖ）例えば化学合成によって合成されるものであってもよい。単離核酸は、当該技術分野で周知の組換えＤＮＡ技術によって容易に操作可能なものである。したがって、５'および３'制限部位が既知であるかまたはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）のプライマー配列が開示されている、ベクター内に含まれるヌクレオチド配列は、単離されていると考えられるが、その天然宿主内にその天然状態で存在する核酸配列はそうではない。単離核酸は、実質的に精製されてもよいが、そうである必要はない。例えば、クローニングまたは発現ベクター内部の単離された核酸は、それが属する細胞内にほんのわずかな割合の材料を含みうる点で、純粋ではない。しかし、かかる核酸は、同用語が、それが当業者に既知の標準的技術によって容易に操作可能である理由で本明細書中で使用される場合、単離される。本明細書中に提供される核酸のいずれもが、単離されていてもよい。
【００４１】
「単離ポリペプチド」は、その天然環境から分離され、その同定または使用を可能にするだけの十分な量で存在するポリペプチドを意味する。これは、例えば、ポリペプチドが、（ｉ）発現クローニングによって選択的に生成されてもよく、あるいは（ｉｉ）クロマトグラフィーまたは電気泳動に従って精製されてもよいことを意味する。単離タンパク質またはポリペプチドは、実質的に純粋でありうるが、その必要がない。単離ポリペプチドは、薬剤中で医薬的に許容できる担体と混合可能であることから、ポリペプチドは、薬剤の重量に対してほんのわずかな割合を含んでもよい。にもかかわらず、ポリペプチドは、生体内でそれが結合可能な物質から分離されている点で単離されており、例えば他のタンパク質から単離されている。本明細書中に提供されるペプチドまたはポリペプチドのいずれもが、単離されていてもよい。
【００４２】
「リンカー」は、２つの化学成分を、単一の共有結合または複数の共有結合のいずれかを通じて互いに連結する部分を意味する。
【００４３】
「合成ナノ担体の最大寸法」は、合成ナノ担体の任意の軸に沿って測定されるナノ担体の最大寸法を意味する。「合成ナノ担体の最小寸法」は、合成ナノ担体の任意の軸に沿って測定される合成ナノ担体の最小寸法を意味する。例えば、回転楕円体の合成ナノ担体の場合、合成ナノ担体の最大および最小寸法は、実質的に同一となり、かつその直径のサイズとなる。同様に、立方形の合成ナノ担体の場合、合成ナノ担体の最小寸法は、その高さ、幅または長さの最小となる一方、合成ナノ担体の最大寸法は、その高さ、幅または長さの最大となる。一実施形態では、試料中の合成ナノ担体の総数に基づく、試料中の合成ナノ担体の少なくとも７５％、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％の最小寸法は、１００ｎｍより大きい。一実施形態では、試料中の合成ナノ担体の総数に基づく、試料中の合成ナノ担体の少なくとも７５％、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％の最大寸法は、５μｍ以下である。好ましくは、試料中の合成ナノ担体の総数に基づく、試料中の合成ナノ担体の少なくとも７５％、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％の最小寸法は、１１０ｎｍ以上、より好ましくは１２０ｎｍ以上、より好ましくは１３０ｎｍ以上、またより好ましくはさらに１５０ｎｍ以上。好ましくは、試料中の合成ナノ担体の総数に基づく、試料中の合成ナノ担体の少なくとも７５％、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％の最大寸法は、３μｍ以下、より好ましくは２μｍ以下、より好ましくは１μｍ以下、より好ましくは８００ｎｍ以下、より好ましくは６００ｎｍ以下、またより好ましくはさらに５００ｎｍ以下である。好ましい実施形態では、試料中の合成ナノ担体の総数に基づく、試料中の合成ナノ担体の少なくとも７５％、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％の最大寸法は、１００ｎｍ以上、より好ましくは１２０ｎｍ以上、より好ましくは１３０ｎｍ以上、より好ましくは１４０ｎｍ以上、またより好ましくはさらに１５０ｎｍ以上である。合成ナノ担体サイズの測定値は、合成ナノ担体を液体（通常は水性）培地中に懸濁し、動的光散乱（例えばＢｒｏｏｋｈａｖｅｎ  ＺｅｔａＰＡＬＳ機器を使用）を使用することによって得られる。
【００４４】
「天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチド」は、ＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原ＤＰに、ペプチド／ＨＬＡ−ＤＰ複合体がＴ細胞上のＴ細胞受容体と相互作用することを可能にするだけの十分な親和性で特異的に結合する、自然から得られるかまたは誘導されるペプチドを意味する。実施形態では、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原ＤＰに対し、５０００ｎＭ以下、好ましくは５００ｎＭ以下、またより好ましくは５０ｎＭ以下の親和性ＩＣ５０値を有する。実施形態では、天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドは、限定はされないが、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ）、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、種痘ウイルス、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）、水疱瘡ウイルス、麻疹ウイルス、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、ムンプスウイルス、コリネバクテリウム・ジフテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、ヒトアデノウイルス（Ｈｕｍａｎ  ａｄｅｎｏｖｉｒｉｄａｅ）、および／または天然痘ウイルスを含む、ウイルス、細菌または酵母から得られるかまたは誘導されるペプチド配列を含む。クラスＩＩエピトープの予測が、Ｉｍｍｕｎｅ  Ｅｐｉｔｏｐｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ＊（ＩＥＤＢ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｍｕｎｅｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇ／）Ｔ細胞エピトープ予測ツールを使用して行われた。各ペプチドにおいて、３つの方法（ＡＲＢ、ＳＭＭ＿ａｌｉｇｎおよびＳｔｕｒｎｉｏｌｏ）の各々に対するパーセンタイルランクが、ペプチドのスコアをＳＷＩＳＳＰＲＯＴデータベースから選択された５００万のランダムな１５ｍｅｒのスコアと比較することによって得られた。次いで、３つの方法におけるパーセンタイルランクを用い、コンセンサス法におけるランクが得られた。
【００４５】
「天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチド」は、ＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原ＤＱに、ペプチド／ＨＬＡ−ＤＱ複合体がＴ細胞上のＴ細胞受容体と相互作用することを可能にするだけの十分な親和性で特異的に結合する、自然から得られるかまたは誘導されるペプチドを意味する。実施形態では、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原ＤＱに対し、５０００ｎＭ以下、好ましくは５００ｎＭ以下、またより好ましくは５０ｎＭ以下の親和性ＩＣ５０値を有する。実施形態では、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドは、限定はされないが、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ）、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、種痘ウイルス、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）、水疱瘡ウイルス、麻疹ウイルス、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、ムンプスウイルス、コリネバクテリウム・ジフテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、ヒトアデノウイルス（Ｈｕｍａｎ  ａｄｅｎｏｖｉｒｉｄａｅ）、および／または天然痘ウイルスを含む、ウイルス、細菌または酵母から得られるかまたは誘導されるペプチド配列を含む。クラスＩＩエピトープの予測が、Ｉｍｍｕｎｅ  Ｅｐｉｔｏｐｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ＊（ＩＥＤＢ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｍｕｎｅｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇ／）Ｔ細胞エピトープ予測ツールを使用して行われた。各ペプチドにおいて、３つの方法（ＡＲＢ、ＳＭＭ＿ａｌｉｇｎおよびＳｔｕｒｎｉｏｌｏ）の各々に対するパーセンタイルランクが、ペプチドのスコアをＳＷＩＳＳＰＲＯＴデータベースから選択された５００万のランダムな１５ｍｅｒのスコアと比較することによって得られた。次いで、３つの方法におけるパーセンタイルランクを用い、コンセンサス法におけるランクが得られた。
【００４６】
「天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチド」は、ＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原ＤＲに、ペプチド／ＨＬＡ−ＤＲ複合体がＴ細胞上のＴ細胞受容体と相互作用することを可能にするだけの十分な親和性で特異的に結合する、自然から得られるかまたは誘導されるペプチドを意味する。実施形態では、天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原ＤＲに対し、５０００ｎＭ以下、好ましくは５００ｎＭ以下、またより好ましくは５０ｎＭ以下の親和性ＩＣ５０値を有する。実施形態では、天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドは、限定はされないが、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ）、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、種痘ウイルス、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）、水疱瘡ウイルス、麻疹ウイルス、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、ムンプスウイルス、コリネバクテリウム・ジフテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、ヒトアデノウイルス（Ｈｕｍａｎ  ａｄｅｎｏｖｉｒｉｄａｅ）、および／または天然痘ウイルスを含む、ウイルス、細菌または酵母から得られるかまたは誘導されるペプチド配列を含む。クラスＩＩエピトープの予測が、Ｉｍｍｕｎｅ  Ｅｐｉｔｏｐｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ＊（ＩＥＤＢ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｍｕｎｅｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇ／）Ｔ細胞エピトープ予測ツールを使用して行われた。各ペプチドにおいて、３つの方法（ＡＲＢ、ＳＭＭ＿ａｌｉｇｎおよびＳｔｕｒｎｉｏｌｏ）の各々に対するパーセンタイルランクが、ペプチドのスコアをＳＷＩＳＳＰＲＯＴデータベースから選択された５００万のランダムな１５ｍｅｒのスコアと比較することによって得られた。次いで、３つの方法におけるパーセンタイルランクを用い、コンセンサス法におけるランクが得られた。
【００４７】
「得られる」は、実質的修飾を伴わずに供給源から取得されることを意味する。実質的修飾は、問題の材料の化学的または免疫学的特性に有意に作用する修飾である。例えば、非限定例として、天然ペプチドまたはヌクレオチド配列、好ましくは天然コンセンサスペプチドまたはヌクレオチド配列に対し、９０％超、好ましくは９５％超、好ましくは９７％超、好ましくは９８％超、好ましくは９９％超、好ましくは１００％の同一性を有する配列、ならびに天然ペプチドまたは核酸と有意に異ならない化学的および／または免疫学的特性、を有するペプチドまたは核酸であれば、天然ペプチドまたはヌクレオチド配列から得られると称されることになる。得られる核酸は、専ら遺伝子コードの縮重に起因し、天然コンセンサスヌクレオチド配列と同一でない配列を有する核酸を含むように意図される。かかる核酸は、さらに、天然ヌクレオチド配列、好ましくは天然コンセンサスヌクレオチド配列に対して９０％未満の同一性を有する配列を有してもよい。これらの化学的または免疫学的特性は、ＭＨＣＩＩに対する親水性、安定性、結合親和性、ならびに合成ナノ担体などの担体とのカップリング能を含む。
【００４８】
「医薬的に許容できる賦形剤」は、本発明の組成物、剤形、ワクチンなどの実施形態を調合する上で、列挙されるペプチドと併用される薬理学的に不活性な材料を意味する。医薬的に許容できる賦形剤は、限定はされないが、糖類（グルコース、ラクトースなど）、抗菌剤などの防腐剤、再構成補助剤（ｒｅｃｏｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ  ａｉｄ）、着色剤、生理食塩水（リン酸塩緩衝生理食塩水など）、緩衝液、分散剤、安定化剤、本明細書中に記載の他の賦形剤、および従来既知の他のかかる材料を含む、当該技術分野で既知の種々の材料を含む。
【００４９】
「対象」は、ヒトおよび霊長類などの温血の哺乳類；鳥類；ネコ、イヌ、ヒツジ、ヤギ、ウシ、ウマおよびブタなどの家庭内または家畜動物；マウス、ラットおよびモルモットなどの実験動物；魚類、爬虫類、および野生動物などを含む動物を意味する。
【００５０】
「合成ナノ担体」は、天然に見出されない、サイズが５μｍ以下の少なくとも一次元を占める離散物体を意味する。アルブミンナノ粒子は、一般に合成ナノ担体中に含められるが、特定の実施形態では、合成ナノ担体は、アルブミンナノ粒子を含まない。実施形態では、合成ナノ担体は、キトサンを含まない。
【００５１】
合成ナノ担体は、限定はされないが、１つまたは複数の脂質に基づくナノ粒子、ポリマーナノ粒子、金属ナノ粒子、界面活性剤に基づくエマルション、デンドリマー、バッキーボール、ナノワイヤ、ウイルス様粒子、ペプチドもしくはタンパク質に基づく粒子（アルブミンナノ粒子など）、および／または、脂質−ポリマーナノ粒子などの、ナノ材料の組み合わせを用いて開発されるナノ粒子であってもよい。合成ナノ担体は、限定はされないが、回転楕円体、立方形、角錐形（ｐｙｒａｍｉｄ）、長方形、円筒形、ドーナツ形などを含む種々の異なる形状であってもよい。本発明による合成ナノ担体は、１つ以上の表面を含む。本発明の実施における使用に適しうる典型的な合成ナノ担体は、（１）米国特許第５，５４３，１５８号明細書（Ｇｒｅｆらに付与）に開示された生分解性ナノ粒子、（２）公開された米国特許出願公開第２００６０００２８５２号明細書（Ｓａｌｔｚｍａｎらに付与）の高分子ナノ粒子、（３）公開された米国特許出願公開第２００９００２８９１０号明細書（ＤｅＳｉｍｏｎｅらに付与）のリソグラフィで作製されたナノ粒子、（４）国際公開第２００９／０５１８３７号パンフレット（ｖｏｎ  Ａｎｄｒｉａｎらに付与）の開示物、または（５）公開された米国特許出願公開第２００８／０１４５４４１号明細書（Ｐｅｎａｄｅｓらに付与）に開示されたナノ粒子を含む。実施形態では、合成ナノ担体は、１：１、１：１．２、１：１．５、１：２、１：３、１：５、１：７を超える、または１：１０を超えるアスペクト比を有しうる。
【００５２】
約１００ｎｍ以下、好ましくは１００ｎｍ以下の最小寸法を有する本発明による合成ナノ担体は、補体を活性化する水酸基を有する表面を含まないか、あるいは補体を活性化する水酸基でない部分から本質的になる表面を含む。好ましい実施形態では、約１００ｎｍ以下、好ましくは１００ｎｍ以下の最小寸法を有する本発明による合成ナノ担体は、補体を実質的に活性化する表面を含まないか、あるいは補体を実質的に活性化しない部分から本質的になる表面を含む。より好ましい実施形態では、約１００ｎｍ以下、好ましくは１００ｎｍ以下の最小寸法を有する本発明による合成ナノ担体は、補体を活性化する表面を含まないか、あるいは補体を活性化しない部分から本質的になる表面を含む。一実施形態では、本発明に従う合成ナノ担体は、ウイルス様粒子を含まない。
【００５３】
「Ｔ細胞抗原」は、ＣＤ４＋Ｔ細胞抗原またはＣＤ８＋細胞抗原を意味する。「ＣＤ４＋Ｔ細胞抗原」は、ＣＤ４＋Ｔ細胞によって認識され、かつそれにおいて免疫応答を引き起こす任意の抗原、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞上のＴ細胞受容体により、クラスＩＩ主要組織適合性複合体分子（ＭＨＣ）に結合された抗原もしくはその一部の提示を介して特異的に認識される抗原を意味する。「ＣＤ８＋Ｔ細胞抗原」は、ＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識され、かつそれにおいて免疫応答を引き起こす任意の抗原、例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞上のＴ細胞受容体により、クラスＩ主要組織適合性複合体分子（ＭＨＣ）に結合された抗原もしくはその一部の提示を介して特異的に認識される抗原を意味する。一部の実施形態では、Ｔ細胞抗原である抗原がまた、Ｂ細胞抗原である。他の実施形態では、Ｔ細胞抗原がさらにＢ細胞抗原であることはない。Ｔ細胞抗原は、一般に、タンパク質またはペプチドであるが、脂質および糖脂質などの他の分子であってもよい。Ｔ細胞抗原は、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答を刺激する抗原である。
【００５４】
「ワクチン」は、特定の病原体または疾患に対する免疫応答を改善する物質の組成物を意味する。ワクチンは、典型的には、特定の抗原を外来物として認識し、それを対象の身体から除去するための、対象の免疫系を刺激する因子を有する。また、ワクチンが免疫学的「記憶」を確立することにより、個人が再免疫される場合、抗原は速やかに認識され、応答を受けることになる。ワクチンは、（例えば任意の病原体による未来の感染を予防するため）予防的でありうるか、または治療的でありうる（例えば癌の処置を目的とした腫瘍特異的抗原に対するワクチン）。本発明に従うワクチンは、１つまたは複数のＭＨＣＩＩ結合ペプチド、あるいは、１つまたは複数のＭＨＣＩＩ結合ペプチドをコードするかまたはそれをコードする１つまたは複数の核酸に対して相補的である、１つまたは複数の核酸を含んでもよい。
【００５５】
Ｃ．本発明のペプチドおよびそれを作製しかつ使用する方法
実施形態では、本発明の組成物およびそれに関する方法は、Ａ−ｘ−Ｂを含み、ここで、ｘは、リンカーを含むかまたはリンカーを全く含まない場合があり、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつＢは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含む。さらに、実施形態では、本発明の組成物およびそれに関する方法は、Ａ−ｘ−Ｂ−ｙ−Ｃを含み、ここで、ｘは、リンカーを含むかまたはリンカーを全く含まない場合があり、ｙは、リンカーを含むかまたはリンカーを全く含まない場合があり、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつＣは、第３のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含む。
【００５６】
特定の実施形態では、ｘおよび／またはｙ（ｙが存在する場合）は、リンカーを全く含まない場合があり、この場合、Ａ、Ｂ、Ｃ、および各々の様々な組み合わせは、本発明の組成物中に混合物として存在しうる。混合物として存在しうるかかる組み合わせの例として、限定はされないが、ＡおよびＢ、ＡおよびＢ−ｙ−Ｃ、Ａ−ｘ−ＢおよびＣ、ＡおよびＢおよびＣなどが挙げられ、ここで、「および」は、結合の不在を意味するように使用され、また「−ｘ−」または「−ｙ−」は、結合の存在を意味するように使用される。かかる混合物のアプローチを用いることで、多数の異なるＭＨＣＩＩ結合ペプチドを容易に組み合わせ、それにより、例えばＭＨＣＩＩ結合ペプチドの残基を有する単一のより大きい分子を生成する上で、使いやすさおよび／または合成の簡素化を提供することが可能である。混合物は、従来の薬剤混合法を用いて調合してもよい。これらは、２種以上の懸濁液（各々、１つまたは複数のペプチドセットを含有する）が直接組み合わされるか、または希釈剤を有する１つまたは複数の容器を介して結合される液体−液体混合を含む。ペプチドはまた、粉末形態で生成または保存されうることから、場合により、乾燥粉末−粉末混合を、２種以上の粉末を共通の媒体に再懸濁できるように、実施することが可能である。ペプチドの特性およびその相互作用ポテンシャルに依存し、混合経路のいずれであっても優位性が与えられうる。
【００５７】
混合物は、従来の製剤加工および配合技術を用いて作製することで、有用な剤形に到達してもよい。本発明の実施での使用に適した技術は、Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ  Ｍｉｘｉｎｇ：Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ、Ｅｄｗａｒｄ  Ｌ．Ｐａｕｌ，Ｖｉｃｔｏｒ  Ａ．Ａｔｉｅｍｏ−Ｏｂｅｎｇ、およびＳｕｚａｎｎｅ  Ｍ．Ｋｒｅｓｔａ編、２００４年、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎ、Ｉｎｃ．；およびＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ｏｆ  Ｄｏｓａｇｅ  Ｆｏｒｍ  Ｄｅｓｉｇｎ、第２版、Ｍ．Ｅ．Ａｕｔｅｎ編、２００１年、Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ  Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅにおいて見出されうる。実施形態では、ペプチド混合物を含む典型的な本発明の組成物は、無機または有機緩衝液（例えば、リン酸塩、炭酸塩、酢酸塩、またはクエン酸塩のナトリウムまたはカリウム塩）およびｐＨ調整剤（例えば塩酸、水酸化ナトリウムもしくは水酸化カリウム、クエン酸塩もしくは酢酸塩の塩、アミノ酸およびそれらの塩）、抗酸化剤（例えばアスコルビン酸、α−トコフェロール）、界面活性剤（例えばポリソルベート２０、ポリソルベート８０、ポリオキシエチレン９−１０ノニルフェノール、デオキシコール酸ナトリウム）、溶液および／または冷凍／溶解安定化剤（ｃｒｙｏ／ｌｙｏ  ｓｔａｂｉｌｉｚｅｒ）（例えば、スクロース、ラクトース、マンニトール、トレハロース）、浸透圧調整剤（ｏｓｍｏｔｉｃ  ａｄｊｕｓｔｍｅｎｔ  ａｇｅｎｔ）（例えば、塩または糖類）、抗菌剤（例えば、安息香酸、フェノール、ゲンタマイシン）、消泡剤（例えば、ポリジメチルシロゾン（ｐｏｌｙｄｉｍｅｔｈｙｌｓｉｌｏｚｏｎｅ））、防腐剤（例えば、チメロサール、２−フェノキシエタノール、ＥＤＴＡ）、高分子安定化剤および粘度調整剤（ｖｉｓｃｏｓｉｔｙ−ａｄｊｕｓｔｍｅｎｔ  ａｇｅｎｔ）（例えば、ポリビニルピロリドン、ポロキサマ４８８、カルボキシメチルセルロース）、ならびに共溶媒（例えば、グリセロール、ポリエチレングリコール、エタノール）を含んでもよい。
【００５８】
実施形態では、ｘおよび／またはｙ（それが存在する場合）は、リンカーを含んでもよい。実施形態では、リンカーは、ＭＨＣＩＩ結合ペプチドの一部であるアミノ酸（天然または修飾のいずれか）に直接接続してもよく、またはリンカーは、原子、好ましくは複数の原子の付加により、ＭＨＣＩＩ結合ペプチドに連結してもよい。リンカーは、限定はされないが、合成の容易性、化学的切断の促進、ＭＨＣＩＩ結合ペプチドの分離、（ジスルフィドのような）化学反応部位および／またはプロテアーゼ切断部位の挿入を含む多くの理由で有用でありうる。リンカーは、本発明の組成物が対象に投与される場合に遭遇する、特定の生理的条件下で切断される切断可能なリンカーおよび典型的な生理的条件下で切断しにくい切断不能なリンカーを含んでもよい。
【００５９】
特定の実施形態では、ｘおよび／またはｙ（それが存在する場合）は、アミドリンカー、ジスルフィドリンカー、硫化物リンカー、１，４−二置換１，２，３−トリアゾールリンカー、チオールエステルリンカー、またはイミンリンカーを含むリンカーを含んでもよい。本発明の実施において有用な追加的なリンカーは、チオールおよび酸から形成されるチオールエステルリンカー、ヒドラジンおよび酸から形成されるヒドラジドリンカー、アミンおよびアルデヒドまたはケトンから形成されるイミンリンカー、チオールおよびチオイソシアネート（ｔｈｉｏｉｓｏｃｙａｎｔｅ）から形成されるチオ尿素リンカー、アミンおよびイミデートエステルから形成されるアミジンリンカー、ならびにアミンおよびアルデヒドの還元的アミノ化から形成されるアミンリンカーを含む。実施形態では、ｘおよび／またはｙ（それが存在する場合）は、ペプチド配列、好ましくは、リソソームプロテアーゼ切断部位（例えばカテプシン切断部位）、生分解性ポリマー、置換もしくは未置換アルカン、アルケン、芳香族もしくは複素環リンカー、ｐＨ感受性ポリマー、ヘテロ二官能性リンカーまたはオリゴマーグリコールスペーサーを含む配列を含むリンカーを含んでもよい。
【００６０】
切断可能なリンカーは、限定はされないが、ペプチド配列、好ましくは、リソソームプロテアーゼ切断部位；生分解性ポリマー；ｐＨ分解性ポリマー；またはジスルフィド結合を含むペプチド配列を含む。リソソームプロテアーゼ切断部位は、セリンプロテアーゼ、トレオニンプロテアーゼ、アスパルテートプロテアーゼ、亜鉛プロテアーゼ、メタロプロテアーゼ、グルタミン酸プロテアーゼ、システインプロテアーゼ（ＡＭＳＨ／ＳＴＡＭＢＰ、カテプシンＦ、カテプシン３、カテプシンＨ、カテプシン６、カテプシンＬ、カテプシン７／カテプシン１  カテプシンＯ、カテプシンＡ、カテプシンＳ、カテプシンＢ、カテプシンＶ、カテプシンＣ／ＤＰＰＩ、カテプシンＸ／Ｚ／Ｐ、カテプシンＤ、レグマイン）を含むリソソームプロテアーゼによって切断されることが具体的に知られているペプチド配列を含む。生分解性ポリマーは、種々の生理的条件下で分解する一方、ｐＨ分解性ポリマーは、低い（生理的ｐＨに満たない）ｐＨ条件下で加速度的に分解する。特定の実施形態では、リンカーのペプチド配列は、配列番号９９または１１９で示されるアミノ酸配列を含む。
ｐｍｇｌｐ（配列番号９９）
ｓｋｖｓｖｒ（配列番号１１９）
【００６１】
追加的な情報については、Ａ．Ｐｕｒｃｅｌｌら、「Ｍｏｒｅ  ｔｈａｎ  ｏｎｅ  ｒｅａｓｏｎ  ｔｏ  ｒｅｔｈｉｎｋ  ｔｈｅ  ｕｓｅ  ｏｆ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ｉｎ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎ．」  Ｊ．Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ．２００７年；５：４０４−１４頁；Ｒ．Ｂｅｉら、「ＴＡＡ  ｐｏｌｙｅｐｉｔｏｐｅ  ＤＮＡ−ｂａｓｅｄ  ｖａｃｃｉｎｅｓ：Ａ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｈｅｒａｐｙ．」  Ｊ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．２０１０年；１０２７８５：１−１２頁；Ｗ．Ｗｒｉｇｇｅｒｓら、「Ｃｏｎｔｒｏｌ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ｄｙｎａｍｉｃｓ  ｂｙ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｌｉｎｋｅｒｓ．」  Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ．２００５年；８０（６）：７３６−４６頁；Ｊ．Ｔｉｍｍｅｒｍａｎら、「Ｃａｒｒｉｅｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｃｏｎｊｕｇａｔｅ  ｖａｃｃｉｎｅｓ：ｔｈｅ  “ｍｉｓｓｉｎｇ  ｌｉｎｋ”  ｔｏ  ｉｍｐｒｏｖｅｄ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ａｎｄ  ＣＴＬ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ？」  Ｈｕｍ  Ｖａｃｃｉｎ．２００９年３月；５（３）：１８１−３頁  Ｂ．Ｌａｗら、Ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ：ａ  ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｐｒｏｃｅｓｓ  ａｄａｐｔｅｄ  ｉｎ  ｄｒｕｇ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ，ｔｈｅｒａｐｙ，ａｎｄ  ｉｍａｇｉｎｇ．」  Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ  Ｃｈｅｍ．２００９年９月；２０（９）：１６８３−９５頁において見出されうる。
【００６２】
アミドリンカーは、第１の化学成分上のアミノ基と第２の化学成分のカルボキシル基との間に形成されるリンカーである。これらのリンカーは、好適に保護されたアミノ酸またはポリペプチドと化学的構造を形成する、従来のアミドリンカーのいずれかを用いて作製することができる。一実施形態では、列挙されるアミドリンカーであれば、ＡおよびＢ（またはＢおよびＣなど）の合成全体にわたって形成可能であることから、ｘおよび／またはｙの生成が簡素化される。このタイプの連結化学反応は、切断可能な連結基を含むように容易に調整可能である。
【００６３】
ジスルフィドリンカーは、例えばＲ１−Ｓ−Ｓ−Ｒ２の型の２つの硫黄原子間のリンカーである。ジスルフィドリンカーは、メルカプタン置換基（−ＳＨ）を有するペプチドなど、２つの同じもしくは異なる分子の酸化的カップリング、または、好ましくは、例えばＨ２Ｎ−Ｒ１−Ｓ−Ｓ−Ｒ２−ＣＯ２Ｈ（式中、アミノおよび／またはカルボキシル機能は好適に保護される）の型の予め形成されたリンカーの使用により、形成することができる。このタイプの連結化学反応は、還元的切断の影響を受けやすく、その場合、２つの別個の記憶ペプチド（ｍｅｍｏｒｙ  ｐｅｐｔｉｄｅ）の分離に至ることになる。これは、還元的環境が免疫学的対象の標的区画であるリソソーム内に見出されうることから、有意である。
【００６４】
ヒドラジドおよびアルデヒド／ケトンの化学反応を用い、リンカーを形成してもよい。第１のペプチド鎖に対する末端でヒドラジドまたはアルデヒド／ケトン機能を有する第１のペプチドが調製される。第２のペプチド鎖に対する末端でヒドラジド（第１のペプチドがアルデヒド／ケトンを有する場合）またはアルデヒド／ケトン（第１のペプチドがヒドラジドを有する場合）のいずれかを有する第２のペプチドが調製される。次いで、２つのペプチドの反応が可能になり、それによって２つのペプチドがヒドラゾン機能を通じて連結される。一般に、このようにして形成されるヒドラゾン結合は、酸性条件下、例えばリソソーム内に見出される条件下で切断可能である。リンカーの安定性の増大が所望される場合、ヒドラゾンを還元し、対応する安定な（切断不能な）アルキル化ヒドラジドを形成することができる（対応するアルキルアミンを形成するためのアルデヒドまたはケトンによるアミンの還元的アミノ化と同様）。
【００６５】
切断不能なリンカーは、種々の化学反応を用いて形成可能であり、また多数の異なる物質を用いて形成可能である。一般に、リンカーは、各々のかかる切断不能なリンカーが、リソソームｐＨ条件下で１２時間超にわたり安定である場合、切断不能であると考えられる。切断不能なリンカーの例として、限定はされないが、アミン、硫化物、トリアゾール、ヒドラゾン、アミド（エステル）、および置換もしくは未置換アルカン、アルケン、芳香族化合物または複素環；ポリマー；オリゴマーグリコールスペーサー；および／または非天然もしくは化学修飾されたアミノ酸を有する基が挙げられる。以下は、いくつかの一般的方法の例である。リストは決して完全ではなく、多数の他の方法が考えられる。
【００６６】
硫化物リンカーは、例えばＲ１−Ｓ−Ｒ２の型である。このリンカーは、メルカプタンのアルキル化またはペプチドなどの第１の分子上のメルカプタンのペプチドなどの第２の分子上の活性化アルケンへのＭｉｃｈａｅｌ付加、あるいはペプチドなどの第１の分子上のメルカプタンのペプチドなどの第２の分子上のアルケンへのラジカル付加によって作製可能である。硫化物リンカーはまた、例えばＨ２Ｎ−Ｒ１−Ｓ−Ｒ２−ＣＯ２Ｈ（ここで、アミノおよび／またはカルボキシル機能は好適に保護される）として、予め形成可能である。このタイプのリンカーは、切断に対して抵抗性を示すが、それを使用し、２つの好適に置換され、また保護されたペプチドを特異的に連結することが可能である。
【００６７】
トリアゾールリンカーは、具体的には、
【化１】
0005933437.tif 000002
（式中、Ｒ１およびＲ２は、任意の化学的実体であってもよい）
の型の１，２，３−トリアジンであってもよく、また第１のペプチドに結合されたアジドの第２のペプチドに結合されたアルキン末端への１，３−双極性付加によって作製される。この化学反応は、Ｓｈａｒｐｌｅｓｓら、Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．４１（１４）、２５９６頁、（２００２年）によって詳述されており、「Ｓｈａｒｐｌｅｓｓクリック反応」と称されることが多い。第１のペプチド鎖の末端でアジドまたはアルキン機能を有する第１のペプチドが調製される。第２のペプチド鎖の末端でアルキン（第１のペプチドがアジドを有する場合）またはアジド（第１のペプチドがアルキンを有する場合）のいずれかを有する第２のペプチドが調製される。次いで、２つのペプチドにより、２つのペプチドを１，２，３−トリアジン機能を通じて連結する触媒の存在下または不在下、３＋２付加環化での反応が可能になる。
【００６８】
硫黄「クリック」反応を用い、リンカーを形成してもよい。第１のペプチド鎖の末端でメルカプタンまたはアルケン機能を有する第１のペプチドが調製される。第２のペプチド鎖の末端でアルケン（第１のペプチドがメルカプタンを有する場合）またはメルカプタン（第１のペプチドがアルケンを有する場合）のいずれかを有する第２のペプチドが調製される。２つのペプチドにより、２つのペプチドを硫化物機能を通じて連結する、光またはラジカル源の存在下での反応が可能になる。
【００６９】
Ｍｉｃｈａｅｌ付加反応を用い、リンカーを形成してもよい。種々のＭｉｃｈａｅｌアクセプタおよびドナーの対がこの目的に使用可能であるが、この方法の好ましい例は、ＭｉｃｈａｅｌドナーとしてのメルカプタンおよびＭｉｃｈａｅｌアクセプタとしての活性化アルケンの使用である。この反応は、アルケンが電子欠乏である必要があり、かつラジカル触媒作用が必要でないという点で、上記の硫黄クリック反応と異なる。第１のペプチド鎖の末端でメルカプタンまたはアルケン機能を有する第１のペプチドが調製される。第２のペプチド鎖の末端でアルケン（第１のペプチドがメルカプタンを有する場合）またはメルカプタン（第１のペプチドがアルケンを有する場合）のいずれかを有する第２のペプチドが調製される。２つのペプチドにより、２つのペプチドを硫化物機能を通じて連結する酸または塩基の存在下での反応が可能になる。
【００７０】
実施形態では、ＡおよびＢ；ＡおよびＣ、ＢおよびＣ、ならびにＡ、Ｂ、およびＣはそれぞれ、異なるＭＨＣＩＩ結合レパートリーを有するペプチドを含む。ＤＰ、ＤＱおよびＤＲは、独立した遺伝子によってコードされるタンパク質である。非近交系ヒト集団においては、ＤＰ、ＤＱおよびＤＲの多数の変異体（対立遺伝子）が存在し、また各対立遺伝子は、異なる特性を示すペプチド結合を有する。例えば、特定の天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドは、一部のＤＰ対立遺伝子に結合しうるが、それ以外に結合しない場合がある。ペプチド「結合レパートリー」は、個別のペプチドが結合することになるＤＰ、ＤＱおよび／またはＤＲ中に見出される対立遺伝子の組み合わせを示す。すべてのＤＰ、ＤＱおよび／またはＤＲ対立遺伝子に結合することにより、最大１００％までの高い百分率の人においてメモリリコール（ｍｅｍｏｒｙ  ｒｅｃａｌｌ）応答を生成する、ペプチドおよび／またはその組み合わせの同定により、ワクチン効率を改善する手段が提供される。
【００７１】
実施形態では、ＡおよびＢはそれぞれ、異なる感染性生物から得られるかまたは誘導される配列を含む。実施形態では、Ａ、Ｂ、およびＣはそれぞれ、異なる感染性生物から得られるかまたは誘導されるペプチド配列を含む。実施形態では、好ましいペプチド配列であれば、Ｔ細胞によって認識可能なペプチドまたはタンパク質エピトープの配列であってもよい。好ましいペプチド配列は、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ）、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、種痘ウイルス、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）、水疱瘡ウイルス、麻疹ウイルス、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、ムンプスウイルス、コリネバクテリウム・ジフテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、ヒトアデノウイルス（Ｈｕｍａｎ  ａｄｅｎｏｖｉｒｉｄａｅ）、天然痘ウイルス、および／または、ヒトへの感染能を有し、かつ感染の開始後に感染性生物に特異的なヒトＣＤ４＋記憶細胞を生成する感染性生物、から得られるかまたは誘導されるＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含む。実施形態では、ＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ）、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、種痘ウイルス、エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）、水疱瘡ウイルス、麻疹ウイルス、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、ムンプスウイルス、コリネバクテリウム・ジフテリア（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、ヒトアデノウイルス（Ｈｕｍａｎ  ａｄｅｎｏｖｉｒｉｄａｅ）、天然痘ウイルス、および／またはヒトへの感染能を有し、かつ感染の開始後に感染性生物に特異的なヒトＣＤ４＋記憶細胞を生成する感染性生物、から得られるかまたは誘導される天然ＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチド、天然ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチド、および／または天然ＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対し、少なくとも７０％、好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％、さらにより好ましくは少なくとも９７％、またはさらにより好ましくは少なくとも９９％の同一性を有するペプチドを含む。実施形態では、Ａ、Ｂ、およびＣは、下記の実施例１〜６において概説される一般的方法を用い、最適な免疫応答を提供するように選択される。
【００７２】
特定の実施形態では、加工、調合のしやすさなどの目的で、および／または生体系内部での改善された送達のため、ＭＨＣＩＩ結合ペプチドの水溶解度を増加させることが望ましい場合がある。このため、親水性Ｎ末端および／またはＣ末端アミノ酸を付加するか、結合部位間にアミノ酸配列を付加もしくは修飾するか、または結合部位アミノ酸に置換を施すことにより、親水性の増大が得てもよい。親水性の増大は、例えば、低下したＧＲＡＶＹ（Ｇｒａｎｄ  Ａｖｅｒａｇｅ  ｏｆ  Ｈｙｄｒｏｐａｔｈｙ）スコアを介して測定し得る。有望な修飾の設計は、実現可能な場合、結合親和性に対する潜在的な負の効果を回避するかまたは制限するなどの影響を受けうる。
【００７３】
１つの有望な修飾経路は、結合部位エピトープに隣接するアミノ酸に基づく非結合部位アミノ酸の付加である（特に、それら隣接するアミノ酸がペプチドの平均または局所親水性を増大させることになる場合）。すなわち、その天然拡張配列内の結合部位エピトープが、親水性アミノ酸により、Ｎおよび／またはＣ末端側に隣接される場合、ペプチド内のそれら隣接する親水性アミノ酸の一部を保護することは、その水溶解度を増大させる。溶解度を増大させる可能性が高くなる隣接配列の不在下で、または親水性のさらなる増大が所望される場合、望ましくは天然配列に対する類似性に基づき、非天然による付加（ｎｏｎ−ｎａｔｉｖｅ  ａｄｄｉｔｉｏｎ）を行ってもよい。アミノ酸の類似性は、Ｂｌｏｓｕｍ  ４５もしくはＰＡＭ２５０マトリックスなどの指標により、または当該技術分野で既知の他の手段により、判定してもよい。例えば、エピトープが、−１．０のＧＲＡＶＹスコアを有し、かつＮ末端で天然アミノ酸配列ＥＡＳＦによって先行される場合（ＧＲＡＶＹ＝０．０７５）、ＥＡＳＦを含むためのペプチドの伸長であれば、ＧＲＡＶＹスコアが低下することになる。あるいは、ＡとＳ、ＳとＮ、またはＦとＹなど、前記ＥＡＳＦリード配列に対する１つまたは複数の置換（例えばＥＡＳＹ、ＧＲＡＶＹ＝−０．９５）、または切断および置換（例えばＮＹ、ＧＲＡＶＹ＝−２．４）の場合でも、親水性の増大を得ることができる。
【００７４】
場合により、ペプチドの水溶解度を低下させ、例えば疎水性担体マトリックス内部への封入を改善することが好ましい場合がある。かかる場合、親水性を低下させる以外は上記と同様の付加および置換を行ってもよい。
【００７５】
１つまたは複数のｐＨ値でペプチドの正味電荷を調節することが、さらに有利でありうる。例えば、最低溶解度がペプチドのｐＩ（等電ｐＨ）で観察される場合がある。低下した溶解度（ｐＨ７．４）およびｐＨ３．０で増大した溶解度を有することが望ましくなる場合、アミノ酸配列に対する修飾または付加を行い、７．４のｐＩを得て、またｐＨ３．０で有意な正味の正の電荷を得ることが可能である。塩基性ペプチドの場合、ＥもしくはＤなどの酸性残基の付加またはＫとＥの置換が、ｐＩが低下しうる場合の修飾例である。
【００７６】
ペプチドの生物学的または化学的安定性はまた、当該技術分野で既知の技術を用いる、アミノ酸または末端修飾基の付加または置換によって改善されうる。例として、限定はされないが、アミド化およびアセチル化が挙げられ、かつそれはまた、例えば、Ｃ末端Ｑ（Ｇｌｎ）を、再配列を受けにくいＬもしくは他のアミノ酸と置換する場合の置換を含んでもよい。
【００７７】
実施形態では、本発明は、配列が配列番号１〜４６として示されるアミノ酸配列のいずれか１つに対して少なくとも７５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド、および好ましくは、本明細書中の別の個所に記載されるＭＨＣＩＩ分子に結合するポリペプチドを含む組成物を対象とする。
ＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ（配列番号１）（２１，ＴＴ３１７５５７（９５０−９６９））；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶ（配列番号２）（９，ＡｄＶｈｅｘ６４９５０（９１３−９２１））；
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号３）（１５，ＴＴ２７２１３（８３０−８４１））；
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬ（配列番号４）（２０，ＤＴ５２３３６（３３１−３５０））；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ（配列番号５）（３０，ＡｄＶＴＴ９５０）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号６）（２４，ＡｄＶＴＴ８３０）；
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬ（配列番号７）（３５，ＴＴ８３０ＤＴ）；
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号８）（３５，ＤＴＴＴ８３０）；
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号９）（２７，ＴＴ８３０ＤＴｔｒｕｎｃ）；
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号１０）（２９，ＤＴｔｒｕｎｃＴＴ８３０）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＰＭＧＬＰＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号１１）（２９，ＡｄＶｐｍｇｌｐｉＴＴ８３０）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＫＶＳＶＲＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号１２）（２９，ＡｄＶｋｖｓｖｒＴＴ８３０）；
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＰＭＧＬＰＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１３）（３２，ＴＴ８３０ｐｍｇｌｐＤＴＴｒｕｎｃまたはＴＴ８３０ｐＤＴｔ）；
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＫＶＳＶＲＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１４）（３２，ＴＴ８３０ｋｖｓｖｒＤＴＴｒｕｎｃ１）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１５）（２１，ＡｄＶＤＴｔ）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶｐｍｇｌｐＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１６）（２６，ＡｄＶｐＤＴｔ）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶｋｖｓｖｒＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１７）（２６，ＡｄＶｋＤＴｔ）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶｐｍｇｌｐＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ（配列番号１８）（３５，ＡｄＶｐＴＴ９５０）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶｋｖｓｖｒＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ（配列番号１９）（３５，ＡｄＶｋＴＴ９５０）；
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＴＬＬＹＶＬＦＥＶ（配列番号２０）（３６，ＴＴ８３０ＤＴｔＡｄＶ）；
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号２１）（３６，ＡｄＶＴＴ８３０ＤＴｔ）；
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶ（配列番号２２）（１７，ＤＴｔ−３）；
ＩＤＫＩＳＤＶＳＴＩＶＰＹＩＧＰＡＬＮＩ（配列番号２３）（２０，ＴＴ６３２）
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＩＤＫＩＳＤＶＳＴＩＶＰＹＩＧＰＡＬＮＩ（配列番号２４）（３７，ＤＴｔ−３ＴＴ６３２）；
ＩＤＫＩＳＤＶＳＴＩＶＰＹＩＧＰＡＬＮＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶ（配列番号２５）（３７，ＴＴ６３２ＤＴｔ−３）；
ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶｐｍｇｌｐＩＤＫＩＳＤＶＳＴＩＶＰＹＩＧＰＡＬＮＩ（配列番号２６）（４３，ＤＴｔ−３ｐＴＴ６３２）；
ＩＤＫＩＳＤＶＳＴＩＶＰＹＩＧＰＡＬＮＩｐｍｇｌｐＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶ（配列番号２７）（４３，ＴＴ６３２ｐＤＴｔ−３）；
ＹＶＫＱＮＴＬＫＬＡＴ（配列番号２８）（１１，ｍｉｎＸ）；
ＣＹＰＹＤＶＰＤＹＡＳＬＲＳＬＶＡＳＳ（配列番号２９）（１９，７４３０）；
ＮＡＥＬＬＶＡＬＥＮＱＨＴＩ（配列番号３０）（１４，３１２０１ｔ）；
ＴＳＬＹＶＲＡＳＧＲＶＴＶＳＴＫ（配列番号３１）（１６，６６３２５）；
ＥＫＩＶＬＬＦＡＩＶＳＬＶＫＳＤＱＩＣＩ（配列番号３２）（２０，ＡＢＷ１）；
ＱＩＬＳＩＹＳＴＶＡＳＳＬＡＬＡＩＭＶＡ（配列番号３３）（２０，ＡＢＷ２）；
ＭＶＴＧＩＶＳＬＭＬＱＩＧＮＭＩＳＩＷＶＳＨＳＩ（配列番号３４）（２４，ＡＢＰ）；
ＥＤＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲＧＳＶ（配列番号３５）（１７，ＡＡＴ）；
ＣＳＱＲＳＫＦＬＬＭＤＡＬＫＬＳＩＥＤ（配列番号３６）（１９，ＡＡＷ）；
ＩＲＧＦＶＹＦＶＥＴＬＡＲＳＩＣＥ（配列番号３７）（１４，ＩＲＧ）；
ＴＦＥＦＴＳＦＦＹＲＹＧＦＶＡＮＦＳＭＥＬ（配列番号３８）（２１，ＴＦＥ）；
ＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲｋｖｓｖｒＮＡＥＬＬＶＡＬＥＮＱＨＴＩ（配列番号３９）（３１，ＡＡＴｋ３１２０ｔ）；
ＮＡＥＬＬＶＡＬＥＮＱＨＴＩｋｖｓｖｒＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲ（配列番号４０）（３１，３１２０ｔｋＡＡＴ）；
ＩＬＳＩＹＳＴＶＡＳＳＬＡＬＡＩｋｖｓｖｒＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲ（配列番号４１）（３３，ＡＢＷ２ｋＡＡＴ）；
ＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲｋｖｓｖｒＩＬＳＩＹＳＴＶＡＳＳＬＡＬＡＩ（配列番号４２）（３３，ＡＡＴｋＡＢＷ２）；
ＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲｋｖｓｖｒＣＳＱＲＳＫＦＬＬＭＤＡＬＫＬ（配列番号４３）（３２，ＡＡＴｋＡＡＷ）；
ＣＳＱＲＳＫＦＬＬＭＤＡＬＫＬｋｖｓｖｒＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲ（配列番号４４）（３２，ＡＡＷｋＡＡＴ）；
ＴＦＥＦＴＳＦＦＹＲＹＧＦＶＡＮＦＳＭＥＬＩＲＧＦＶＹＦＶＥＴＬＡＲＳＩＣＥ（配列番号４５）（３８，ＴＦＥＩＲＧ）（配列番号１０３）；または
ＩＲＧＦＶＹＦＶＥＴＬＡＲＳＩＣＥＴＦＥＦＴＳＦＦＹＲＹＧＦＶＡＮＦＳＭＥＬ（配列番号４６）（３８，ＩＲＧＴＦＥ）（配列番号１０４）
【００７８】
本発明に従うペプチド、特にＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、種々の従来の技術を用いて作製してもよい。特定の実施形態では、ペプチドは、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄまたはそれに類する樹脂を使用する固体支持体上の合成などの標準的方法を用い、合成的に作製してもよい。これは、かかる合成用に設計された機械の有無にかかわらず行うことができる。
【００７９】
他の実施形態では、本発明に従うペプチド、特にＭＨＣＩＩ結合ペプチドを発現するため、組換え技術を用いてもよい。かかる実施形態では、全ペプチド配列（およびリンカー配列（妥当な場合））をコードする核酸であれば、細胞系に形質移入される場合、転写されることになる発現ベクターにクローン化されることになる。実施形態では、発現ベクターは、特に、プラスミド、レトロウイルス、またはアデノウイルスを含んでもよい。ペプチド（および連結基（存在する場合））に対するＤＮＡは、標準の分子生物学的アプローチを用い、例えばポリメラーゼ連鎖反応を用いることによって単離し、ＤＮＡ断片を生成することができ、次いでそれは精製され、発現ベクターにクローン化され、細胞系に形質移入される。本発明の実施において有用な追加的技術は、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、２００７年、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎ，Ｉｎｃ．；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（第３版）  Ｊｏｓｅｐｈ  Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｐｅｔｅｒ  ＭａｃＣａｌｌｕｍ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（Ｍｅｌｂｏｕｒｎｅ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）；Ｄａｖｉｄ  Ｒｕｓｓｅｌｌ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｔｅｘａｓ  Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ（Ｄａｌｌａ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ）において見出されうる。
【００８０】
本発明の組換えペプチドの生成は、異なる生物由来の細胞、例えばＣＨＯ細胞、昆虫細胞（例えばバキュロウイルス発現用）、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）などを使用し、いくつかの方法で行ってもよい。さらに、最適なタンパク質翻訳を得るため、核酸配列は、細胞の供給元である生物において一般に使用されるコドンを含むように修飾し得る。配列番号１〜４６は、破傷風トキソイド、ジフテリア毒素、およびアデノウイルスペプチドから得られるかまたは誘導される配列の例を含み、また配列番号４７〜６８は、ヒトおよび大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）における好ましいコドン使用に基づく、等価なＤＮＡ配列を含む。特定種におけるコドン使用が最適化されたＤＮＡを使用することにより、最適な組換えタンパク質の生成が可能になりうる。コドン頻度は、例えば様々なコドン使用レコードから入手可能な頻度データを使用し、ヒトでの使用を意図して最適化可能である。１つのかかるレコードが、Ｃｏｄｏｎ  Ｕｓａｇｅ  Ｄａｔａｂａｓｅである。Ｙ．Ｎａｋａｍｕｒａら、「Ｃｏｄｏｎ  ｕｓａｇｅ  ｔａｂｕｌａｔｅｄ  ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ＤＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｄａｔａｂａｓｅｓ：ｓｔａｔｕｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｙｅａｒ  ２０００．」  Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２８、２９２頁（２０００年）。
【００８１】
実施形態では、本発明の組成物は、本明細書中に提供されるペプチドをコードする核酸を含む。かかる核酸は、Ａ、Ｂ、もしくはＣ、またはそれらの組み合わせをコードすることができる。核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡ、例えばｍＲＮＡであってもよい。実施形態では、本発明の組成物は、本明細書中に提供される核酸のいずれかの相補体、例えば完全長相補体、または（遺伝子コードの縮重に起因する）縮重物（ｄｅｇｅｎｅｒａｔｅ）を含む。
【００８２】
実施形態では、核酸は、Ａ−ｘ−Ｂをコードし、ここで、ｘは、アミドリンカーまたはペプチドリンカーであり、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつＢは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含む。さらに、実施形態では、核酸は、Ａ−ｘ−Ｂ−ｙ−Ｃをコードし、ここで、ｘは、アミドリンカーまたはペプチドリンカーであり、ｙは、アミドリンカーまたはペプチドリンカーであり、Ａは、第１のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、Ｂは、第２のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含み、かつＣは、第３のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを含む。
【００８３】
目的の特定の配列は、下に列挙される。天然配列は、組成物１（Ｃ１）である。ヒトコドン使用の頻度に基づく最良のヒト配列は、組成物２（Ｃ２）である。変換は、Ｔｈｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｍａｎｉｐｕｌａｔｉｏｎ  Ｓｕｉｔｅ：ＪａｖａＳｃｒｉｐｔ(登録商標）  ｐｒｏｇｒａｍｓ  ｆｏｒ  ａｎａｌｙｚｉｎｇ  ａｎｄ  ｆｏｒｍａｔｔｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ａｎｄ  ＤＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２８：１１０２−１１０４頁（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．ｏｒｇ／ｓｍｓ２／ｒｅｖ＿ｔｒａｎｓ．ｈｔｍｌ）を用いて行われた。
ＴＴ９５０：ＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ（配列番号１）
Ｃ１：ａａｔａａｔｔｔｔａｃｃｇｔｔａｇｃｔｔｔｔｇｇｔｔｇａｇｇｇｔｔｃｃｔａａａｇｔａｔｃｔｇｃｔａｇｔｃａｔｔｔａｇａａ（配列番号４７）ＡＦ１５４８２８  ２５０−３０９
Ｃ２（ヒト）：
ａａｃａａｃｔｔｃａｃｃｇｔｇａｇｃｔｔｃｔｇｇｃｔｇａｇａｇｔｇｃｃｃａａｇｇｔｇａｇｃｇｃｃａｇｃｃａｃｃｔｇｇａｇａｃｃ（配列番号４８）
ＡｄＶ：ＴＬＬＹＶＬＦＥＶ（配列番号２）
Ｃ１：ａｃｇｃｔｔｃｔｃｔａｔｇｔｔｃｔｇｔｔｃｇａａｇｔ（配列番号４９）
ＦＪ０２５９３１  ２０８９１−２０９１７
Ｃ２（ヒト）：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｃｇｔｇｃｔｇｔｔｃｇａｇｇｔｇ（配列番号５０）
ＴＴ８３０：ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号３）
Ｃ１：ａｔｔｔｔａａｔｇｃａｇｔａｔａｔａａａａｇｃａａａｔｔｃｔａａａｔｔｔａｔａｇｇｔａｔａ（配列番号５１）
Ｘ０６２１４  ２８００−２８４４
Ｃ２（ヒト）：
Ａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号５２）
ＤＴ：ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬ（配列番号４）
Ｃ１：ｃａａｔｃｇａｔａｇｃｔｔｔａｔｃｇｔｃｔｔｔａａｔｇｇｔｔｇｃｔｃａａｇｃｔａｔａｃｃａｔｔｇｇｔａｇｇａｇａｇｃｔａ（配列番号５３）
ＦＪ８５８２７２  １０６６−１１２５
Ｃ２（ヒト）：
ｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇｇｃｃａｔｃｃｃｃｃｔｇｇｔｇｇｇｃｇａｇｃｔｇ（配列番号５４）
キメラエピトープ：
ＡｄＶＴＴ９５０：ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ（配列番号５）
Ｃ２（ヒト）：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｃｇｔｇｃｔｇｔｔｃｇａｇｇｔｇａａｃａａｃｔｔｃａｃｃｇｔｇａｇｃｔｔｃｔｇｇｃｔｇａｇａｇｔｇｃｃｃａａｇｇｔｇａｇｃｇｃｃａｇｃｃａｃｃｔｇｇａｇａｃｃ（配列番号５５）
ＡｄＶＴＴ８３０：ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号６）
Ｃ２（ヒト）：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｃｇｔｇｃｔｇｔｔｃｇａｇｇｔｇａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号５６）
ＴＴ８３０ＤＴ：ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬ（配列番号７）
Ｃ２（ヒト）：
ａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇｇｃｃａｔｃｃｃｃｃｔｇｇｔｇｇｇｃｇａｇｃｔｇ（配列番号５７）
ＤＴ  ＴＴ８３０：ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＰＬＶＧＥＬＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号８）
Ｃ２（ヒト）：
ｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇｇｃｃａｔｃｃｃｃｃｔｇｇｔｇｇｇｃｇａｇｃｔｇａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号５８）
ＴＴ８３０ＤＴｔｒｕｎｃ：ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号９）
Ｃ２（ヒト）：
ａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇ（配列番号５９）
ＤＴ  ｔｒｕｎｃ  ＴＴ８３０：ＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＡＩＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号１０）
Ｃ２（ヒト）：
ｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇｇｃｃａｔｃａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号６０）
予測されたキメラカテプシン切断ユニバーサルエピトープ
ＡｄＶｐｍｇｌｐＴＴ８３０：ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＰＭＧ．ＬＰＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号１１）
Ｃ１（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｔｇｔｇｃｔｇｔｔｔｇａａｇｔｇｃｃｇａｔｇｇｇｃｃｔｇｃｃｇａｔｔｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｔａｔｔａａａｇｃｇａａｃａｇｃａａａｔｔｔａｔｔｇｇｃａｔｔ（配列番号６１）
Ｃ２（ヒト）：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｃｇｔｇｃｔｇｔｔｃｇａｇｇｔｇｃｃｃａｔｇｇｇｃｃｔｇｃｃｃａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号６２）
ＡｄＶｋｖｓｖｒＴＴ８３０：ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＫＶＳ．ＶＲＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩ（配列番号１２）
Ｃ１（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｔｇｔｇｃｔｇｔｔｔｇａａｇｔｇａａａｇｔｇａｇｃｇｔｇｃｇｃａｔｔｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｔａｔｔａａａｇｃｇａａｃａｇｃａａａｔｔｔａｔｔｇｇｃａｔｔ（配列番号６３）
Ｃ２（ヒト）：
ａｃｃｃｔｇｃｔｇｔａｃｇｔｇｃｔｇｔｔｃｇａｇｇｔｇａａｇｇｔｇａｇｃｇｔｇａｇａａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃ（配列番号６４）
ＴＴ８３０ｐｍｇｌｐＤＴｔｒｕｎｃ：ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＰＭＧ．ＬＰＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１３）
Ｃ１（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））：
ａｔｔｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｔａｔｔａａａｇｃｇａａｃａｇｃａａａｔｔｔａｔｔｇｇｃａｔｔｃｃｇａｔｇｇｇｃｃｔｇｃｃｇｃａｇａｇｃａｔｔｇｃｇｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｇｃａｇ（配列番号６５）
Ｃ２（ヒト）：
ａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃｃｃｃａｔｇｇｇｃｃｔｇｃｃｃｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇ（配列番号６６）
ＴＴ８３０ｋｖｓｖｒＤＴｔｒｕｎｃ：ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＫＶＳ．ＶＲＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１４）
Ｃ１（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））：
ａｔｔｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｔａｔｔａａａｇｃｇａａｃａｇｃａａａｔｔｔａｔｔｇｇｃａｔｔａａａｇｔｇａｇｃｇｔｇｃｇｃｃａｇａｇｃａｔｔｇｃｇｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｇｃａｇ（配列番号６７）
Ｃ２（ヒト）：
ａｔｃｃｔｇａｔｇｃａｇｔａｃａｔｃａａｇｇｃｃａａｃａｇｃａａｇｔｔｃａｔｃｇｇｃａｔｃａａｇｇｔｇａｇｃｇｔｇａｇａｃａｇａｇｃａｔｃｇｃｃｃｔｇａｇｃａｇｃｃｔｇａｔｇｇｔｇｇｃｃｃａｇ（配列番号６８）
【００８４】
実施形態では、ペプチドリンカーは、リソソームプロテアーゼ切断部位（例えばカテプシン切断部位）を含む。特定の実施形態では、ペプチドリンカーをコードする核酸配列は、配列番号６９または７０として示される核酸配列、その縮重物または相補体を含む。
ｃｃｇａｔｇｇｇｃｃｔａｃｃａ（配列番号６９）
ａａｇｇｔｃｔｃａｇｔｇａｇａａｃ（配列番号７０）
【００８５】
実施形態では、本発明の核酸によってコードされるＡ、Ｂおよび／またはＣは、天然ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、またはＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対して少なくとも７０％の同一性を有する。特定の実施形態では、核酸によってコードされるＡ、Ｂおよび／またはＣは、天然ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、またはＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドに対し、好ましくは少なくとも７５％、より好ましくは少なくとも８０％、さらにより好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％、さらにより好ましくは少なくとも９７％、またはさらにより好ましくは少なくとも９９％の同一性を有する。好ましくは、かかる核酸は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合するペプチドをコードする。  
【００８６】
実施形態では、核酸は、それ故、天然ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、またはＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドをコードする核酸配列に対して少なくとも６０％の同一性を有する核酸配列を含む。特定の実施形態では、核酸は、天然ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、またはＨＬＡ−ＤＲ結合ペプチドをコードする核酸配列に対し、好ましくは少なくとも６５％、より好ましくは少なくとも７０％、さらにより好ましくは少なくとも７５％、さらにより好ましくは少なくとも８０％、さらにより好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％、さらにより好ましくは少なくとも９７％、またはさらにより好ましくは少なくとも９９％の同一性を有する。  
【００８７】
パーセント同一性は、インターネット（ｆｔｐ：／ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｕｂ／）を通じて入手可能な、ＮＣＢＩ（Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍａｒｙｌａｎｄ）によって開発された様々な公的に利用可能なソフトウェアツールを用いて計算されうる。典型的なツールは、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖで利用可能なＢＬＡＳＴシステムを含む。ペアワイズおよびＣｌｕｓｔａｌ  Ｗアラインメント（ＢＬＯＳＵＭ３０マトリックスセッティング）ならびにＫｙｔｅ−Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅハイドロパシー分析は、ＭａｃＶｅｃｔｏｒ配列分析ソフトウェア（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｇｒｏｕｐ）を用いて得ることができる。上記核酸のワトソン−クリック（Ｗａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ）相補体（完全長相補体を含む）もまた、本発明によって包含される。
【００８８】
また、本明細書中に提供される核酸のいずれかにハイブリダイズする核酸が、本明細書中に提供される。標準の核酸ハイブリダイゼーション法を用い、選択されたパーセント同一性の関連核酸配列が同定可能である。本明細書で使用される用語「ストリンジェントな条件」は、当該技術分野で周知であるパラメータを示す。かかるパラメータは、塩、温度、プローブ長などを含む。ハイブリダイゼーション時に得られた塩基ミスマッチの量は、約０％（「高ストリンジェンシー」）から約３０％（「低ストリンジェンシー」）の範囲でありうる。高ストリンジェンシー条件の一例が、ハイブリダイゼーション緩衝液（３．５×ＳＳＣ、０．０２％フィコル、０．０２％ポリビニルピロリドン、０．０２％ウシ血清アルブミン、２．５ｍＭ  ＮａＨ２ＰＯ４（ｐＨ７）、０．５％ＳＤ、２ｍＭ  ＥＤＴＡ）中、６５℃でのハイブリダイゼーションである。ＳＳＣは０．１５Ｍ塩化ナトリウム／０．０１５Ｍクエン酸ナトリウム、ｐＨ７であり、ＳＤＳはドデシル硫酸ナトリウムであり、またＥＤＴＡはエチレンジアミン四酢酸である。ハイブリダイゼーション後、核酸が移される膜は、例えば、室温で２×ＳＳＣ、次いで最大６８℃の温度、０．１〜０．５×ＳＳＣ／０．１×ＳＤＳで洗浄される。
【００８９】
実施形態では、核酸は、プロモーターに作動可能に連結することができる。原核生物宿主における発現は、原核生物調節領域を用いて行うことができる。真核生物宿主における発現は、真核生物調節領域を用いて行うことができる。かかる領域は、一般に、ＲＮＡ合成の開始を誘導するのに十分なプロモーター領域を含み得る。実施形態では、核酸は、宿主の性質に依存し、転写および翻訳調節配列をさらに含んでもよい。転写および翻訳調節シグナルは、ウイルス源、例えばレトロウイルス、アデノウイルス、ウシパピローマウイルス、シミアンウイルス、またはそれに類するものから得られるかまたは誘導されてもよい。
【００９０】
実施形態では、核酸は、所望される配列を宿主細胞染色体に融合する能力があるベクターに挿入される。追加的因子もまた、ｍＲＮＡの最適な合成にとって必要とされうる。これらの因子は、スプライスシグナル、ならびに転写プロモーター、エンハンサー、および終結シグナルを含んでもよい。
【００９１】
実施形態では、核酸は、レシピエント宿主内での自己複製能を有するプラスミドまたはウイルスベクターに組み込まれる。この目的のため、多種多様なベクター、例えば原核生物および真核生物ベクターのいずれかを使用してもよい。真核生物ベクターは、ウイルスベクターであり得る。例えば、限定はされないが、ベクターは、ポックスウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、アデノウイルスベクターまたは多数のレトロウイルスベクターのいずれかであり得る。ウイルスベクターは、挿入ＤＮＡまたは挿入ＲＮＡの発現を引き起こすため、ＤＮＡまたはＲＮＡウイルスのいずれかを含む。
【００９２】
ベクターまたは他のコンストラクトは、種々の好適な手段、すなわち、形質転換、形質移入、複合、原形質融合、エレクトロポレーション、リン酸カルシウム沈殿、直接マイクロインジェクションなどのいずれかにより、適切な宿主細胞に導入することができる。さらに、ＤＮＡまたはＲＮＡは、細胞に直接注入することができ、または微粒子もしくはナノ粒子、例えば本明細書中に提供される合成ナノ担体に付着させてから、細胞膜を貫通するように駆動してもよい。
【００９３】
Ｄ．本発明のペプチド：組成物および方法の使用
本発明の組成物が任意の好適な方法で作製可能であり、かつ本発明が本明細書中に記載の方法を用いて生成可能な組成物に全く限定されることがないことは理解されるべきである。適切な方法の選択は、関連している特定の部分の特性に注意を払う必要がある場合がある。
【００９４】
本発明の組成物は、限定はされないが、非経口（皮下、筋肉内、静脈内、または皮内など）；経口；経鼻、経粘膜、直腸；眼、または経皮を含む、種々の投与経路によって投与してもよい。
【００９５】
本明細書中に記載の組成物および方法を用い、免疫応答を誘発、促進、抑制、誘導、または再誘導することができる。本明細書中に記載の組成物および方法は、癌、感染性疾患、代謝疾患、変性疾患、自己免疫疾患、炎症性疾患、免疫学的疾患、あるいは他の障害および／または症状などの状態の予防および／または処置のために使用することができる。本明細書中に記載の組成物および方法はまた、依存、例えばニコチンまたは麻酔剤への依存の処置のために使用することができる。本明細書中に記載の組成物および方法はまた、毒素、毒性物質、環境毒素、または他の有害な作用剤への暴露に起因する状態の予防および／または処置のために使用することができる。本明細書中に記載の組成物および方法はまた、例えば本明細書中に提供される組成物がインビボまたはインビトロでＴ細胞と接触状態に置かれる場合、Ｔ細胞増殖またはサイトカイン産生を誘発または促進するように使用することができる。
【００９６】
一実施形態では、本発明の組成物は、複合体、または非複合体、ワクチンと並行投与してもよい。実施形態では、本発明の組成物は、担体ペプチドまたはタンパク質、あるいは１つまたは複数の抗原と共有結合または非共有結合してもよい。有用な担体は、限定はされないが、破傷風トキソイド（ＴＴ）、ジフテリアトキソイド（ＤＴ）、ジフテリア毒素の非毒性突然変異体ＣＲＭ１９７、Ｂ群髄膜炎菌（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）由来の外膜タンパク質複合体、およびスカシ貝ヘモシアニン（ＫＬＨ）を含む、複合ワクチンにおいて有用であることで知られる担体タンパク質を含む。他の担体は、本明細書中の他の個所に記載の合成ナノ担体、および従来から既知でありうる他の担体を含み得る。
【００９７】
複合は、従来の共有または非共有複合技術を用いて行ってもよい。かかる複合されるかまたは従来のワクチン中に本発明の組成物を使用するための有用な技術は、限定はされないが、概して、Ｍ．Ｄ．Ｌａｉｒｍｏｒｅら、「Ｈｕｍａｎ  Ｔ−ｌｙｍｐｈｏｔｒｏｐｉｃ  ｖｉｒｕｓ  ｔｙｐｅ  １  ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ｉｎ  ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ａｎｄ  ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓ  ｗｉｔｈ  ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ  Ｔ−ｃｅｌｌ  ｅｐｉｔｏｐｅｓ  ｅｎｈａｎｃｅ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ  ａｎｄ  ｏｖｅｒｃｏｍｅ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ．」  Ｊ  Ｖｉｒｏｌ．Ｏｃｔ；６９（１０）：６０７７−８９頁（１９９５年）；Ｃ．Ｗ．Ｒｉｔｔｅｒｓｈａｕｓｅら、「Ｖａｃｃｉｎｅ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｉｎｈｉｂｉｔ  ＣＥＴＰ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｖｉｖｏ  ａｎｄ  ｒｅｄｕｃｅ  ａｏｒｔｉｃ  ｌｅｓｉｏｎｓ  ｉｎ  ａ  ｒａｂｂｉｔ  ｍｏｄｅｌ  ｏｆ  ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ．」  Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ  Ｔｈｒｏｍｂ  Ｖａｓｃ  Ｂｉｏｌ．Ｓｅｐ；２０（９）：２１０６−１２頁（２０００年）；ＭＶ  Ｃｈｅｎｇａｌｖａｌａら、「Ｅｎｈａｎｃｅｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ  ｏｆ  ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｂ  ｓｕｒｆａｃｅ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｂｙ  ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｈｅｌｐｅｒ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｅｐｉｔｏｐｅ  ｆｒｏｍ  ｔｅｔａｎｕｓ  ｔｏｘｏｉｄ．」  Ｖａｃｃｉｎｅ．Ｍａｒ  ５；１７（９−１０）：１０３５−４１頁（１９９９年）；ＮＫ  Ｄａｋａｐｐａｇａｒｉら、「Ａ  ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ｍｕｌｔｉ−ｈｕｍａｎ  ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ−２  Ｂ  ｃｅｌｌ  ｅｐｉｔｏｐｅ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｍｅｄｉａｔｅｓ  ｓｕｐｅｒｉｏｒ  ａｎｔｉｔｕｍｏｒ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ．」  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ａｐｒ  １５；１７０（８）：４２４２−５３頁（２００３年）；Ｊ．Ｔ．Ｇａｒｒｅｔｔら、「Ｎｏｖｅｌ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ  ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌ  ｅｐｉｔｏｐｅｓ  ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｓ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ａｎｄ  ｉｎ  ｖｉｖｏ  ａｎｔｉｔｕｍｏｒ  ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ＨＥＲ−２／ｎｅｕ．」  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｊｕｎ  １；１７８（１１）：７１２０−３１頁（２００７年）において記載されるものを含む。
【００９８】
他の実施形態では、本発明の組成物は、媒体中で、抗原または従来のワクチンと組み合わせ、注入可能な混合物を形成してもよい。混合物は、従来の製剤加工および配合技術を用いて作製することで、有用な剤形に到達できる。本発明の実施での使用に適した技術は、限定はされないが、Ｍ．Ｆ．Ｐｏｗｅｌｌら、Ｖａｃｃｉｎｅ  Ｄｅｓｉｇｎ、１９９５年、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ発行；またはＬ．Ｃ．Ｐａｏｌｅｔｔｉら編、Ｖａｃｃｉｎｅｓ：ｆｒｏｍ  Ｃｏｎｃｅｐｔ  ｔｏ  Ｃｌｉｎｉｃ．Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｔｅｓｔｉｎｇ  ｏｆ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｕｓｅ  １９９９年、ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ発行、を含む種々のソースにおいて見出されうる。
【００９９】
実施形態では、本発明の組成物は、合成ナノ担体と併用してもよい。多種多様な合成ナノ担体は、本発明に従って使用してもよい。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、球体または回転楕円体である。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、平面または円盤状である。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、立方体または立方形である。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、長円または楕円である。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、円筒形、円錐形、または角錐形である。
【０１００】
サイズ、形状、および／または組成の点から比較的均一である合成ナノ担体の集団を、各合成ナノ担体が類似の特性を有するように使用することは望ましい場合が多い。例えば、合成ナノ担体の総数に基づいて、合成ナノ担体の少なくとも８０％、少なくとも９０％、もしくは少なくとも９５％は、合成ナノ担体の平均直径または平均寸法の５％、１０％、もしくは２０％の範囲内に含まれる最小寸法または最大寸法を有してもよい。一部の実施形態では、合成ナノ担体の集団は、サイズ、形状、および／または組成に関して異種であってもよい。
【０１０１】
合成ナノ担体は、固体または空洞であってもよく、また１つ以上の層を含んでもよい。一部の実施形態では、各層は、それ以外の層に対して固有の組成および固有の特性を有する。一例だけ示すと、合成ナノ担体は、コア／シェル構造を有してもよく、ここでコアは第１層（例えばポリマーコア）であり、またシェルは第２層（例えば脂質二重層または単層）である。合成ナノ担体は、複数の異なる層を含んでもよい。
【０１０２】
一部の実施形態では、合成ナノ担体は、場合により、１つ以上の脂質を含んでもよい。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、リポソームを含んでもよい。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、脂質二重層を含んでもよい。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、脂質単層を含んでもよい。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、ミセルを含んでもよい。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、脂質層（例えば、脂質二重層、脂質単層など）によって囲まれたポリマーマトリックスを含むコアを含んでもよい。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、脂質層（例えば、脂質二重層、脂質単層など）によって囲まれた非ポリマーコア（例えば、金属粒子、量子ドット、セラミック粒子、骨粒子、ウイルス粒子、タンパク質、核酸、炭水化物など）を含んでもよい。
【０１０３】
一部の実施形態では、合成ナノ担体は、１つ以上のポリマーを含んでもよい。一部の実施形態では、かかるポリマーは、コーティング層（例えば、リポソーム、脂質単層、ミセルなど）によって囲まれうる。一部の実施形態では、合成ナノ担体の様々な成分は、ポリマーとカップリングされうる。
【０１０４】
一部の実施形態では、免疫特徴表面、標的化部分、オリゴヌクレオチドおよび／または他の要素は、ポリマーマトリックスと共有結合されうる。一部の実施形態では、共有結合は、リンカーによって媒介される。一部の実施形態では、免疫特徴表面、標的化部分、オリゴヌクレオチドおよび／または他の要素は、ポリマーマトリックスと非共有結合されうる。例えば、一部の実施形態では、免疫特徴表面、標的化部分、オリゴヌクレオチドおよび／または他の要素は、ポリマーマトリックスの内部にカプセル化され、それによって囲まれ、および／またはその全体にわたって分散されうる。その他または追加として、免疫特徴表面、標的化部分、オリゴヌクレオチドおよび／または他の要素は、疎水性相互作用、電荷相互作用、ファンデルワールス力などにより、ポリマーマトリックスと結合されうる。
【０１０５】
多種多様なポリマーおよびそれからポリマーマトリックスを形成するための方法は、既知である。一般に、ポリマーマトリックスは、１つ以上のポリマーを含む。ポリマーは、天然または非天然（合成）ポリマーであってもよい。ポリマーは、２つ以上のモノマーを含むホモポリマーまたは共重合体であってもよい。配列の観点では、共重合体は、ランダム、ブロックであってもよく、またはランダムおよびブロック配列の組み合わせを含んでもよい。典型的には、本発明によるポリマーは、有機ポリマーである。
【０１０６】
本発明における使用に適したポリマーの例は、限定はされないが、ポリエチレン、ポリカーボネート（例えば、ポリ（１，３−ジオキサン−２−オン））、ポリ無水物（例えば、ポリ（セバシン酸無水物））、ポリプロピルフメレート（ｐｏｌｙｐｒｏｐｙｌｆｕｍｅｒａｔｅ）、ポリアミド（例えばポリカプロラクタム）、ポリアセタール、ポリエーテル、ポリエステル（例えば、ポリラクチド、ポリグリコリド）、ポリラクチド−コ−グリコリド、ポリカプロラクトン、ポリヒドロキシ酸（例えばポリ（β−ヒドロキシアルカノエート））、ポリ（オルソエステル）、ポリシアノアクリレート、ポリビニルアルコール、ポリウレタン、ポリホスファゼン、ポリアクリル酸塩、ポリメタクリル酸塩、ポリ尿素、ポリスチレン、およびポリアミンを含む。
【０１０７】
一部の実施形態では、本発明によるポリマーは、米国食品医薬品局（Ｕ．Ｓ．Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）（ＦＤＡ）によって、２１Ｃ．Ｆ．Ｒ．１７７．２６００下でヒト使用が認可されているポリマー、例えば限定はされないが、ポリエステル（例えば、ポリ乳酸、ポリ（乳酸−コ−グリコール酸）、ポリカプロラクトン、ポリバレロラクトン、ポリ（１，３−ジオキサン−２−オン））；ポリ無水物（例えば、ポリ（セバシン酸無水物））；ポリエーテル（例えばポリエチレングリコール）；ポリウレタン；ポリメタクリル酸塩；ポリアクリル酸塩；およびポリシアノアクリレートを含む。
【０１０８】
一部の実施形態では、ポリマーは親水性であってもよい。例えば、ポリマーは、アニオン基（例えば、リン酸基、硫酸基、カルボン酸基）；カチオン基（例えば、第四級アミン基）；または極性基（例えば、水酸基、チオール基、アミン基）であってもよい。一部の実施形態では、親水性ポリマーマトリックスを含む合成ナノ担体は、合成ナノ担体中に親水性環境をもたらす。一部の実施形態では、ポリマーは、疎水性であってもよい。一部の実施形態では、疎水性ポリマーマトリックスを含む合成ナノ担体は、合成ナノ担体中に疎水性環境をもたらす。ポリマーの親水性または疎水性の選択は、合成ナノ担体内部に組み込まれる（例えばカップリングされる）材料の性質に対して影響を有しうる。
【０１０９】
一部の実施形態では、ポリマーは、１つ以上の部分および／または官能基で修飾してもよい。種々の部分または官能基は、本発明に従って使用してもよい。一部の実施形態では、ポリマーは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、炭水化物、および／または多糖類由来の非環状ポリアセタールで修飾してもよい（Ｐａｐｉｓｏｖ、２００１年、ＡＣＳ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｓｅｒｉｅｓ、７８６：３０１頁）。特定の実施形態は、米国特許第５５４３１５８号明細書（Ｇｒｅｆらに付与）または国際公開第２００９／０５１８３７号パンフレット（Ｖｏｎ  Ａｎｄｒｉａｎらによる）の一般的な教示を用いて行ってもよい。
【０１１０】
一部の実施形態では、ポリマーは、脂質または脂肪酸基で修飾してもよい。一部の実施形態では、脂肪酸基は、酪酸、カプロン酸、カプリル酸、カプリン酸、ラウリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、アラキジン酸、ベヘン酸、またはリグノセリン酸のうちの１つ以上であってもよい。一部の実施形態では、脂肪酸基は、パルミトレイン酸、オレイン酸、バクセン酸、リノール酸、α−リノール酸、γ−リノール酸、アラキドン酸、ガドレイン酸、アラキドン酸、エイコサペンタエン酸、ドコサヘキサエン酸、またはエルカ酸のうちの１つ以上であってもよい。
【０１１１】
一部の実施形態では、ポリマーは、乳酸およびグリコール酸単位、例えばポリ（乳酸−コ−グリコール酸）およびポリ（ラクチド−コ−グリコリド）（集合的に本明細書中で「ＰＬＧＡ」と称される）を含む共重合体；ならびにグリコール酸単位（本明細書中で「ＰＧＡ」と称される）および乳酸単位、例えばポリ−Ｌ−乳酸、ポリ−Ｄ−乳酸、ポリ−Ｄ，Ｌ−乳酸、ポリ−Ｌ−ラクチド、ポリ−Ｄ−ラクチド、およびポリ−Ｄ，Ｌ−ラクチド（集合的に本明細書中で「ＰＬＡ」と称される）を含むホモポリマー、を含むポリエステルであってもよい。一部の実施形態では、典型的なポリエステルは、例えば、ポリヒドロキシ酸；ＰＥＧ共重合体ならびにラクチドおよびグリコリドの共重合体（例えば、ＰＬＡ−ＰＥＧ共重合体、ＰＧＡ−ＰＥＧ共重合体、ＰＬＧＡ−ＰＥＧ共重合体、およびそれらの誘導体）を含む。一部の実施形態では、ポリエステルは、例えば、ポリ（カプロラクトン）、ポリ（カプロラクトン）−ＰＥＧ共重合体、ポリ（Ｌ−ラクチド−コ−Ｌ−リジン）、ポリ（セリンエステル）、ポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロリンエステル）、ポリ[α−（４−アミノブチル）−Ｌ−グリコール酸]、およびそれらの誘導体を含む。
【０１１２】
一部の実施形態では、ポリマーは、ＰＬＧＡであってもよい。ＰＬＧＡは、乳酸およびグリコール酸の生体適合性および生分解性共重合体であり、かつ様々な形態のＰＬＧＡは、乳酸：グリコール酸の比によって特徴づけられる。乳酸は、Ｌ−乳酸、Ｄ−乳酸、またはＤ，Ｌ−乳酸であってもよい。ＰＬＧＡの分解速度は、乳酸：グリコール酸比を変更することによって調節してもよい。一部の実施形態では、本発明に従って使用されるべきＰＬＧＡは、約８５：１５、約７５：２５、約６０：４０、約５０：５０、約４０：６０、約２５：７５、または約１５：８５の乳酸：グリコール酸比によって特徴づけられる。
【０１１３】
一部の実施形態では、ポリマーは、１つ以上のアクリルポリマーであってもよい。特定の実施形態では、アクリルポリマーは、例えば、アクリル酸およびメタクリル酸共重合体、メチルメタクリレート共重合体、エトキシエチルメタクリレート、シアノエチルメタクリレート、アミノアルキルメタクリレート共重合体、ポリ（アクリル酸）、ポリ（メタクリル酸）、メタクリル酸アルキルアミド共重合体、ポリ（メチルメタクリレート）、ポリ（メタクリル酸無水物）、メチルメタクリレート、ポリメタクリレート、ポリ（メチルメタクリレート）共重合体、ポリアクリルアミド、アミノアルキルメタクリレート共重合体、グリシジルメタクリレート共重合体、ポリシアノアクリレート、および上記ポリマーのうちの１つ以上を含む組み合わせを含む。アクリルポリマーは、第四級アンモニウム基の含量が少ない、アクリル酸およびメタクリル酸エステルの完全に重合された共重合体を含んでもよい。
【０１１４】
一部の実施形態では、ポリマーは、カチオンポリマーであってもよい。一般に、カチオンポリマーは、核酸の負に帯電した鎖（例えば、ＤＮＡ、またはそれらの誘導体）を濃縮し、および／または保護することができる。ポリ（リジン）（Ｚａｕｎｅｒら、１９９８年、Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌ．Ｒｅｖ．、３０：９７頁；およびＫａｂａｎｏｖら、１９９５年、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．、６：７頁）、ポリ（エチレンイミン）（ＰＥＩ；Ｂｏｕｓｓｉｆら、１９９５年、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．、ＵＳＡ、１９９５年、９２：７２９７頁）、およびポリ（アミドアミン）デンドリマー（Ｋｕｋｏｗｓｋａ−Ｌａｔａｌｌｏら、１９９６年、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．、ＵＳＡ、９３：４８９７頁；Ｔａｎｇら、１９９６年、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．、７：７０３頁；およびＨａｅｎｓｌｅｒら、１９９３年、Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．、４：３７２頁）などのアミン含有ポリマーは、生理的ｐＨで正に帯電し、核酸とイオン対を形成し、種々の細胞系における形質移入を媒介する。実施形態では、本発明の合成ナノ担体は、カチオンポリマーを含まなくてもよい（または除外してもよい）。
【０１１５】
一部の実施形態では、ポリマーは、カチオン側鎖を担持する分解性ポリエステルであってもよい（Ｐｕｔｎａｍら、１９９９年、Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ、３２：３６５８頁；Ｂａｒｒｅｒａら、１９９３年、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１１５：１１０１０頁；Ｋｗｏｎら、１９９８年、Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ、２２：３２５０頁；Ｌｉｍら、１９９９年、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１２１：５６３３頁；およびＺｈｏｕら、１９９０年、Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ、２３：３３９９頁）。これらのポリエステルの例として、ポリ（Ｌ−ラクチド−コ−Ｌ−リシン）（Ｂａｒｒｅｒａら、１９９３年、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１１５：１１０１０頁）、ポリ（セリンエステル）（Ｚｈｏｕら、１９９０年、Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ、２３：３３９９頁）、ポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロリンエステル）（Ｐｕｔｎａｍら、１９９９年、Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ、３２：３６５８頁；およびＬｉｍら、１９９９年、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１２１：５６３３頁）、およびポリ（４−ヒドロキシ−Ｌ−プロリンエステル）（Ｐｕｔｎａｍら、１９９９年、Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ、３２：３６５８頁；およびＬｉｍら、１９９９年、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１２１：５６３３頁）が挙げられる。
【０１１６】
これらや他のポリマーの特性およびそれらを調製するための方法は、当該技術分野で周知である（例えば、米国特許第６，１２３，７２７号明細書；米国特許第５，８０４，１７８号明細書；米国特許第５，７７０，４１７号明細書；米国特許第５，７３６，３７２号明細書；米国特許第５，７１６，４０４号明細書；米国特許第６，０９５，１４８号明細書；米国特許第５，８３７，７５２号明細書；米国特許第５，９０２，５９９号明細書；米国特許第５，６９６，１７５号明細書；米国特許第５，５１４，３７８号明細書；米国特許第５，５１２，６００号明細書；米国特許第５，３９９，６６５号明細書；米国特許第５，０１９，３７９号明細書；米国特許第５，０１０，１６７号明細書；米国特許第４，８０６，６２１号明細書；米国特許第４，６３８，０４５号明細書；および米国特許第４，９４６，９２９号明細書；Ｗａｎｇら、２００１年、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１２３：９４８０頁；Ｌｉｍら、２００１年、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、１２３：２４６０頁；Ｌａｎｇｅｒ、２０００年、Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．、３３：９４頁；Ｌａｎｇｅｒ、１９９９年、Ｊ．Ｃｏｎｔｒｏｌ．Ｒｅｌｅａｓｅ、６２：７頁；およびＵｈｒｉｃｈら、１９９９年、Ｃｈｅｍ．Ｒｅｖ．、９９：３１８１頁を参照）。より一般的には、特定の好適なポリマーを合成するための種々の方法は、Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｏｌｙｍｅｒｉｃ  Ａｍｉｎｅｓ  ａｎｄ  Ａｍｍｏｎｉｕｍ  Ｓａｌｔｓ、Ｇｏｅｔｈａｌｓ編、Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ、１９８０年；Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒｉｚａｔｉｏｎ、Ｏｄｉａｎ編、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、第４版、２００４年；Ｃｏｎｔｅｍｐｏｒａｒｙ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、Ａｌｌｃｏｃｋら編、Ｐｒｅｎｔｉｃｅ−Ｈａｌｌ、１９８１年；Ｄｅｍｉｎｇら、１９９７年、Ｎａｔｕｒｅ、３９０：３８６頁；および米国特許第６，５０６，５７７号明細書、米国特許第６，６３２，９２２号明細書、米国特許第６，６８６，４４６号明細書、および米国特許第６，８１８，７３２号明細書において記載がなされている。
【０１１７】
一部の実施形態では、ポリマーは、直鎖状または分枝状ポリマーであってもよい。一部の実施形態では、ポリマーは、デンドリマーであってもよい。一部の実施形態では、ポリマーは、実質的に互いに架橋されていてもよい。一部の実施形態では、ポリマーは、実質的に架橋を含まなくてもよい。一部の実施形態では、ポリマーは、架橋ステップを受けることなく、本発明に従って使用してもよい。さらに、本合成ナノ担体が、上記および他のポリマーのいずれかの、ブロック共重合体、グラフト共重合体、混和物、混合物、および／または付加物を含んでもよいことは理解されるべきである。当業者は、本明細書中に列挙されるポリマーが、例示的な、包括的でない、本発明に従って使用可能なポリマーのリストを示すことを理解するであろう。
【０１１８】
一部の実施形態では、合成ナノ担体は、ポリマー成分を含まなくてもよい。一部の実施形態では、合成ナノ担体は、金属粒子、量子ドット、セラミック粒子などを含んでもよい。一部の実施形態では、非重合体合成ナノ担体は、非重合体成分の凝集体、例えば金属原子（例えば金原子）の凝集体である。
【０１１９】
一部の実施形態では、合成ナノ担体は、場合により、１つ以上の両親媒性実体を含んでもよい。一部の実施形態では、両親媒性実体は、安定性が高まり、均一性が改善され、または粘度が高まった合成ナノ担体の生成を促進しうる。一部の実施形態では、両親媒性実体は、脂質膜（例えば、脂質二重層、脂質単層など）の内部表面と結合されうる。当該技術分野で既知の多数の両親媒性実体は、本発明による合成ナノ担体の作製における使用に適する。かかる両親媒性実体は、限定はされないが、ホスホグリセリド；ホスファチジルコリン；ジパルミトイルホスファチジルコリン（ＤＰＰＣ）；ジオレイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）；ジオレイルオキシプロピルトリエチルアンモニウム（ＤＯＴＭＡ）；ジオレイルホスファチジルコリン；コレステロール；コレステロールエステル；ジアシルグリセロール；ジアシルグリセロールスクシネート；ジホスファチジルグリセロール（ＤＰＰＧ）；ヘキサデカノール；ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの脂肪アルコール；ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル；表面活性脂肪酸、例えばパルミチン酸またはオレイン酸；脂肪酸；脂肪酸モノグリセリド；脂肪酸ジグリセリド；脂肪酸アミド；ソルビタントリオレアート（Ｓｐａｎ（登録商標）８５）グリココレート；ソルビタンモノラウレート（Ｓｐａｎ（登録商標）２０）；ポリソルベート２０（Ｔｗｅｅｎ（登録商標）２０）；ポリソルベート６０（Ｔｗｅｅｎ（登録商標）６０）；ポリソルベート６５（Ｔｗｅｅｎ（登録商標）６５）；ポリソルベート８０（Ｔｗｅｅｎ（登録商標）８０）；ポリソルベート８５（Ｔｗｅｅｎ（登録商標）８５）；ポリオキシエチレンモノステアレート；サーファクチン；ポロキサマー；ソルビタントリオレアートなどのソルビタン脂肪酸エステル；レシチン；リゾレシチン；ホスファチジルセリン；ホスファチジルイノシトール；スフィンゴミエリン；ホスファチジルエタノールアミン（セファリン）；カルジオリピン；ホスファチジン酸；セレブロシド；リン酸ジセチル；ジパルミトイルホスファチジルグリセロール；ステアリルアミン；ドデシルアミン；ヘキサデシル−アミン；アセチルパルミテート（ａｃｅｔｙｌ  ｐａｌｍｉｔａｔｅ）；グリセロールリシノレエート；ヘキサデシルステレート；イソプロピルミリステート；チロキサポール；ポリ（エチレングリコール）５０００−ホスファチジルエタノールアミン；ポリ（エチレングリコール）４００−モノステアレート；リン脂質；高い界面活性剤特性を有する合成および／または天然洗剤；デオキシコール酸塩；シクロデキストリン；カオトロピック塩；イオン対試薬；ならびにそれらの組み合わせを含む。両親媒性実体成分は、異なる両親媒性実体の混合物であってもよい。当業者は、これが、典型的であり、包括的でない、界面活性剤活性を有する物質のリストを示すことを理解するであろう。任意の両親媒性実体は、本発明に従って使用されるべき合成ナノ担体の生成において使用してもよい。
【０１２０】
一部の実施形態では、合成ナノ担体は、場合により、１つ以上の炭水化物を含んでもよい。炭水化物は、天然または合成であってもよい。炭水化物は、誘導体化された天然炭水化物であってもよい。特定の実施形態では、炭水化物は、限定はされないが、グルコース、フルクトース、ガラクトース、リボース、ラクトース、スクロース、マルトース、トレハロース、セロビオース、マンノース、キシロース、アラビノース、グルクロン酸、ガラクトロン酸、マンヌロン酸、グルコサミン、ガラクトサミン、およびノイラミン酸を含む、単糖類または二糖類を含む。特定の実施形態では、炭水化物は、限定はされないが、ブルラン、セルロース、微晶質セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、ヒドロキシセルロース（ＨＣ）、メチルセルロース（ＭＣ）、デキストラン、シクロデキストラン（ｃｙｃｌｏｄｅｘｔｒａｎ）、グリコーゲン、ヒドロキシエチルスターチ、カラギーナン、グリコン、アミロース、キトサン、Ｎ，Ｏ−カルボキシメチルキトサン、アルギンおよびアルギン酸、デンプン、キチン、イヌリン、コンニャク、グルコマンナン、プスチュラン（ｐｕｓｔｕｌａｎ）、ヘパリン、ヒアルロン酸、カードラン、およびキサンタンを含む多糖類である。実施形態では、本発明の合成ナノ担体は、炭水化物、例えば多糖類を含まない（または詳細には除外する）。特定の実施形態では、炭水化物は、限定はされないが、マンニトール、ソルビトール、キシリトール、エリスリトール、マルチトール、およびラクチトールを含む、糖アルコールなどの炭水化物誘導体を含んでもよい。
【０１２１】
本発明による組成物は、薬学的に許容できる賦形剤と組み合わされた本合成ナノ担体またはワクチンコンストラクトを含んでもよい。組成物は、有用な剤形に到達するため、従来の医薬品製造および配合技術を用いて作製してもよい。一実施形態では、本合成ナノ担体は、防腐剤とともに注入するため、無菌生理食塩溶液中に懸濁される。実施形態では、典型的な本発明の組成物は、無機または有機緩衝液（例えば、リン酸塩、炭酸塩、酢酸塩、またはクエン酸塩のナトリウムまたはカリウム塩）およびｐＨ調整剤（例えば塩酸、水酸化ナトリウムもしくは水酸化カリウム、クエン酸塩もしくは酢酸塩の塩、アミノ酸およびそれらの塩）、抗酸化剤（例えばアスコルビン酸、α−トコフェロール）、界面活性剤（例えばポリソルベート２０、ポリソルベート８０、ポリオキシエチレン９−１０ノニルフェノール、デオキシコール酸ナトリウム）、溶液および／または冷凍／溶解安定化剤（例えば、スクロース、ラクトース、マンニトール、トレハロース）、浸透圧調整剤（例えば、塩または糖類）、抗菌剤（例えば、安息香酸、フェノール、ゲンタマイシン）、消泡剤（例えば、ポリジメチルシロゾン）、防腐剤（例えば、チメロサール、２−フェノキシエタノール、ＥＤＴＡ）、高分子安定化剤および粘度調整剤（例えば、ポリビニルピロリドン、ポロキサマ４８８、カルボキシメチルセルロース）、ならびに共溶媒（例えば、グリセロール、ポリエチレングリコール、エタノール）を含む賦形剤を含んでもよい。
【０１２２】
本発明に従うＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、限定はされないが、Ｃ．Ａｓｔｅｔｅら、「Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ａｎｄ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＰＬＧＡ  ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ」  Ｊ．Ｂｉｏｍａｔｅｒ．Ｓｃｉ．Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｅｄｎ、第１７巻、第３号、２４７−２８９頁（２００６年）；Ｋ．Ａｖｇｏｕｓｔａｋｉｓ  「Ｐｅｇｙｌａｔｅｄ  Ｐｏｌｙ（Ｌａｃｔｉｄｅ）  ａｎｄ  Ｐｏｌｙ（Ｌａｃｔｉｄｅ−Ｃｏ−Ｇｌｙｃｏｌｉｄｅ）  Ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ：Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ，Ｐｒｏｐｅｒｔｙ  ａｎｄ  Ｐｏｓｓｉｂｌｅ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ」  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  １：３２１−３３３頁（２００４年）；Ｃ．Ｒｅｉｓら、「Ｎａｎｏｅｎｃａｐｓｕｌａｔｉｏｎ  Ｉ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｄｒｕｇ−ｌｏａｄｅｄ  ｐｏｌｙｍｅｒ  ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ」  Ｎａｎｏｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２：８−２１（２００６年）を含む種々の方法を用い、合成ナノ担体にカプセル化してもよい。限定はされないが、米国特許第６，６３２，６７１号明細書（Ｕｎｇｅｒに付与）、２００３年１０月１４日に開示された方法を含む、ペプチドなどの材料を合成ナノ担体にカプセル化するのに適した他の方法を用いてもよい。別の実施形態では、ＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、概して、Ｍ．Ｓｉｎｇｈら、「Ａｎｉｏｎｉｃ  ｍｉｃｒｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ  ａｒｅ  ａ  ｐｏｔｅｎｔ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｆｒｏｍ  Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ  ｓｅｒｏｔｙｐｅ  Ｂ．」  Ｊ  Ｐｈａｒｍ  Ｓｃｉ．Ｆｅｂ；９３（２）：２７３−８２頁（２００４年）に記載のように、合成ナノ担体の表面に吸着させてもよい。
【０１２３】
実施形態では、本発明に従う組成物は、抗原および／またはアジュバントを含んでもよい。実施形態では、本発明に従うワクチンは、抗原および／またはアジュバントとともに本発明の組成物を含んでもよい。本発明の実施において有用な、異なるタイプの抗原および／またはアジュバントは、本明細書中の別の個所に記載されている。本明細書中の別の個所に記載のように、本発明の組成物のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、抗原および／またはアジュバントに共有的または非共有的にカップリングされてもよく、またはそれらは、抗原および／またはアジュバントと混合されてもよい。材料をカップリングまたは混合するための一般的技術は、本明細書中の別の個所に記載されており、かかる技術を、本発明の組成物のＭＨＣＩＩ結合ペプチドを、抗原および／またはアジュバントを対象または相手にカップリングまたは混合するのに適してもよい。利用可能な共有複合方法に関する詳細な説明については、Ｈｅｒｍａｎｓｏｎ  Ｇ．Ｔ．「Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ」、第２版、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓ、Ｉｎｃ．発行、２００８年を参照のこと。共有結合に加え、カップリングは、予め形成された担体、例えば合成ナノへの吸着により、または担体、例えば合成ナノ担体の形成の間でのカプセル化により、行ってもよい。好ましい実施形態では、本発明の組成物のＭＨＣＩＩ結合ペプチドは、合成ナノ担体にカップリングされ、合成ナノ担体はまた、抗原および／またはアジュバントにカップリングされる。
【０１２４】
合成ナノ担体は、当該技術分野で既知の多種多様な方法を用いて調製してもよい。例えば、合成ナノ担体は、ナノ沈殿、流体チャネルを用いるフローフォーカシング、スプレー乾燥、単一および二重エマルション溶媒蒸発、溶媒抽出、相分離、ミリング、マイクロエマルション法、マイクロ加工、ナノ加工、犠牲層、単純および複合コアセルベーション、および当業者に周知の他の方法のような方法によって形成してもよい。その他または追加として、単分散半導体、導電性、磁性、有機、および他のナノ材料のための水性および有機溶媒合成については、記載がなされている（Ｐｅｌｌｅｇｒｉｎｏら、２００５年、Ｓｍａｌｌ、１：４８頁；Ｍｕｒｒａｙら、２０００年、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍａｔ．Ｓｃｉ．、３０：５４５頁；およびＴｒｉｎｄａｄｅら、２００１年、Ｃｈｅｍ．Ｍａｔ．、１３：３８４３頁）。追加的な方法が、文献において記載がなされている（例えば、Ｄｏｕｂｒｏｗ編、「Ｍｉｃｒｏｃａｐｓｕｌｅｓ  ａｎｄ  Ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ  ｉｎ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ａｎｄ  Ｐｈａｒｍａｃｙ」  ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ、１９９２年；Ｍａｔｈｉｏｗｉｔｚら、１９８７年、Ｊ．Ｃｏｎｔｒｏｌ．Ｒｅｌｅａｓｅ、５：１３頁；Ｍａｔｈｉｏｗｉｔｚら、１９８７年、Ｒｅａｃｔｉｖｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒｓ、６：２７５頁；およびＭａｔｈｉｏｗｉｔｚら、１９８８年、Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉ．、３５：７５５頁、さらに米国特許第５５７８３２５号明細書および米国特許第６００７８４５号明細書を参照）。
【０１２５】
様々な材料が、限定はされないが、Ｃ．Ａｓｔｅｔｅら、「Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ａｎｄ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＰＬＧＡ  ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ」  Ｊ．Ｂｉｏｍａｔｅｒ．Ｓｃｉ．Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｅｄｎ、第１７巻、第３号、２４７−２８９頁（２００６年）；Ｋ．Ａｖｇｏｕｓｔａｋｉｓ  「Ｐｅｇｙｌａｔｅｄ  Ｐｏｌｙ（Ｌａｃｔｉｄｅ）  ａｎｄ  Ｐｏｌｙ（Ｌａｃｔｉｄｅ−Ｃｏ−Ｇｌｙｃｏｌｉｄｅ）  Ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ：Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ，Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ  ａｎｄ  Ｐｏｓｓｉｂｌｅ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ」  １：３２１−３３３頁（２００４年）；Ｃ．Ｒｅｉｓら、「Ｎａｎｏｅｎｃａｐｓｕｌａｔｉｏｎ  Ｉ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｄｒｕｇ−ｌｏａｄｅｄ  ｐｏｌｙｍｅｒｉｃ  ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ」  Ｎａｎｏｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２：８−２１頁（２００６年）を含む種々の方法を用い、望ましくは合成ナノ担体へのカプセル化を通じてカップリングしてもよい。材料、例えばオリゴヌクレオチドを合成ナノ担体にカプセル化するのに適した他の方法、例えば限定はされないが、米国特許第６，６３２，６７１号明細書（Ｕｎｇｅｒに付与）（２００３年１０月１４日）中に開示される方法を用いてもよい。
【０１２６】
特定の実施形態では、合成ナノ担体は、ナノ沈殿プロセスまたはスプレー乾燥によって調製される。合成ナノ担体の調製に使用される条件を変更することにより、所望されるサイズまたは特性（例えば、疎水性、親水性、外的形態、「粘性」、形状など）の粒子が生成されうる。合成ナノ担体を調製する方法および使用される条件（例えば、溶媒、温度、濃度、気流速度など）は、合成ナノ担体にカップリングされるべき材料および／またはポリマーマトリックスの組成物に依存する場合がある。
【０１２７】
上記の方法のいずれかによって調製される粒子が所望される範囲外のサイズ範囲を有する場合、粒子を、例えばふるいを使用してサイジングしてもよい。
【０１２８】
本発明の組成物が任意の好適な方法で作製可能であり、かつ本発明が本明細書中に記載の方法を用いて生成可能な組成物に決して限定されないことは理解されるべきである。適切な方法の選択には、結合されている特定の部分の特性への注意が必要な場合がある。
【０１２９】
一部の実施形態では、本合成ナノ担体は、無菌条件下で作製されるか、最終滅菌されている。これは、得られる組成物が無菌性および非感染性を示すことから、非滅菌組成物と比較される場合、安全性が改善されることを保証しうる。これは、特に、合成ナノ担体を受ける対象が、免疫不全を有し、感染症を患っており、および／または感染症にかかりやすい場合において、貴重な安全性尺度を提供する。一部の実施形態では、本合成ナノ担体は、凍結乾燥させ、長期間活性を低下させることのない調合方法に応じて、懸濁液中にまたは凍結乾燥粉末として保存してもよい。
【０１３０】
本組成物は、限定はされないが、非経口（皮下、筋肉内、静脈内、または皮内など）；経口；経鼻、経粘膜、直腸；眼、または経皮を含む種々の投与経路によって投与してもよい。
【実施例】
【０１３１】
Ｅ．実施例
本発明は、本発明の特定の態様および実施形態の、限定としてではなくあくまで例示目的で、含められる以下の実施例を参照することにより、より容易に理解されるであろう。
【０１３２】
当業者は、直前に記載の実施形態の様々な適応および修飾が、本発明の範囲および精神から逸脱することなく設けられうることを理解するであろう。当該技術分野で既知の他の好適な技術および方法は、本明細書中に記載の本発明の説明を踏まえた、当業者による極めて多数の特定のモダリティにおいて適用することができる。
【０１３３】
したがって、本発明が、本明細書中に詳述される場合と異なるように実施することができることが理解されるべきである。上記は、例示的であっても、限定的でないことが意図されている。多数の他の実施形態が、当業者にとっては、上記をレビューする際に理解されるであろう。したがって、本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲を踏まえ、またかかる特許請求の範囲において権利を与えられた相当物の全範囲と併せて、判断される必要がある。
【０１３４】
実施例１：ユニバーサル記憶ペプチドの生成
キメラペプチドを生成するため、クラスＩＩエピトープの予測を、Ｉｍｍｕｎｅ  Ｅｐｉｔｏｐｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＩＥＤＢ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｍｕｎｅｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇ／）Ｔ細胞エピトープ予測ツールを使用して行った。各ペプチドにおいては、予測ツールは、３つの方法（ＡＲＢ、ＳＭＭ＿ａｌｉｇｎおよびＳｔｕｒｎｉｏｌｏ）の各々に対し、パーセンタイルランクを生成する。ランキングは、ペプチドのスコアをＳＷＩＳＳＰＲＯＴデータベースから選択される５百万のランダムな１５ｍｅｒのスコアに対して比較することによって生成される。次いで、３つの方法に対するパーセンタイルランクの中央値を用い、コンセンサス法におけるランクを生成する。コンセンサス法を用いて評価されるべきペプチドは、ヒトに感染し、感染開始後にその感染性生物に特異的なヒトＣＤ４＋記憶細胞を生成する能力がある感染性生物を含む様々な供給源から誘導されるかまたは得られる配列を用いて生成してもよい。かかる感染性生物の例を、本明細書中の他の箇所で言及している。
【０１３５】
特定の実施形態では、予測ＨＬＡ−ＤＲおよびＨＬＡ−ＤＰエピトープを同定するため、個別のタンパク質およびペプチドエピトープを、破傷風毒素、ジフテリア毒素またはアデノウイルスから選択し、分析した。全タンパク質分析においては、ＨＬＡ−ＤＲ予測エピトープを、コンセンサスランキング（予測される高親和性バインダー）およびＨＬＡ−ＤＲ対立遺伝子全体にわたる広範囲性に基づいて選択した。さらに、ＨＬＡ−ＤＰ０４０１およびＤＰ０４０２に対する予測される高親和性バインダーであるエピトープを選択した。ＤＰに対するこれら２つの対立遺伝子を、北アメリカにおける高パーセントの集団（約７５％）内で見出されることが理由で選択した。特定の実施形態では、個別のエピトープから得られた結果に基づき、場合により、予測される最も広い範囲および高親和性結合をもたらすことになるキメラペプチドを生成した。図１５〜１６を参照のこと。図１５に示されるように、ＡもしくはＢ単独を有するが双方を有しない組成物に対してより広範な予測範囲およびより高い親和性結合を有するＡ−ｘ−Ｂ型を有する組成物が生成されうる。
【０１３６】
場合により、カテプシン切断部位を、ペプチドの接合部に挿入した。使用のため、キメラペプチドを合成し（ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ）、水に再懸濁した。
【０１３７】
上記の特定の実施形態を使用し、ＨＬＡ−ＤＲおよびＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドを含む最適化された組成物を生成したが、同じ技術を用い、ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドを含む最適化された組成物を生成してもよい。
【０１３８】
実施例２：コアアミノ酸配列評価
ＨＬＡ−ＤＰおよびＨＬＡ−ＤＲに特異的なエピトープの双方は、切断分析により、コア結合エピトープについて評価している（１，２）。特異的ＨＬＡ−クラスＩＩタンパク質に対して選択的なコアアミノ酸配列が、いくつかのエピトープにおいて共通に見出されている。この例として、ＨＬＡ−ＤＰ４に対するペプチド結合特異性のスーパータイプを構成することが同定されている共通のコア結合構造が挙げられる（３）。これらのコアアミノ酸が高親和性結合を可能にする構造配置を維持する可能性は高い。結果として、クラスＩＩに対する結合能を阻害することなく、非コア領域のアミノ酸を類似の化学特性と置換することが可能である（４）。これは、置換分析、次いでエピトープ結合予測プログラムを用いて実験的に示されうる。分析を行うため、個別のアミノ酸置換を導入し、クラスＩＩに対する予測される親和性結合を、ＩＥＤＢ  Ｔ細胞結合予測ツールを用いて判定した（図２０を参照）。
【０１３９】
この場合、２つの例を示し、ここでパートＡでは、アデノウイルスエピトープにおける最大７０％の置換が、ＤＰ４への結合に対する親和性を破壊することはなかった。パートＢでは、破傷風トキソイドエピトープにおける最大７０％の置換が、そのＨＬＡＤＲ０１０１もしくはＨＬＡＤＲ０４０４（ＤＲ対立遺伝子を代表する）に対する予測される結合を阻害しないことを示した。したがって、アミノ酸配列の修飾を通じた広範なＨＬＡ範囲を有する高親和性キメラペプチドの生成により、ペプチドのＭＨＣＩＩに対する結合能は破壊されなかった。さらに、改善されたペプチドの予測される親和性が、本実施例において示されるように、アミノ酸の置換によって得ることができる。
【０１４０】
上記の特定の実施形態を用い、ＨＬＡ−ＤＲもしくはＨＬＡ−ＤＰ結合ペプチドを含む最適化された組成物を例示したが、同じ技術を使用し、ＨＬＡ−ＤＱ結合ペプチドを含む最適化された組成物を生成することが可能である。
【０１４１】
参考文献：
１．いくつかのＤＲ結合エピトープの切断分析。Ｏ'Ｓｕｌｌｉｖａｎ  Ｄ．、Ｓｉｄｎｅｙ  Ｊ．、Ｄｅｌ  Ｇｕｅｒｃｉｏ  Ｍ．Ｆ．、Ｃｏｌｏｎ  Ｓ．Ｍ．、ＳｅｔｔｅＡ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９１年２月１５日；１４６（４）：１２４０−６頁。
２．アデノウイルスヘキソンＴ細胞エピトープは、大部分の成体によって認識され、最も共通のクラスＩＩ対立遺伝子であるＨＬＡ  ＤＰ４によって制限される。Ｔａｎｇ  Ｊ．、Ｏｌｉｖｅ  Ｍ．、Ｃｈａｍｐａｇｎｅ  Ｋ．、  Ｆｌｏｍｅｎｂｅｒｇ  Ｎ．、Ｅｉｓｅｎｌｏｈｒ  Ｌ．、Ｈｓｕ  Ｓ．、Ｆｌｏｍｅｎｂｅｒｇ  Ｐ．Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．２００４年９月；１１（１８）：１４０８−１５頁。
３．最も頻出するＨＬＡＩＩ分子であるＨＬＡ−ＤＰ４は、新しいスーパータイプのペプチドの結合特異性を規定する。Ｃａｓｔｅｌｌｉ  Ｆ．Ａ．、Ｂｕｈｏｔ  Ｃ．、Ｓａｎｓｏｎ  Ａ．、Ｚａｒｏｕｒ  Ｈ．、Ｐｏｕｖｅｌｌｅ−Ｍｏｒａｔｉｌｌｅ  Ｓ．、Ｎｏｎｎ  Ｃ．、Ｇａｈｅｒｙ−Ｓｅｇａｒｄ  Ｈ．、Ｇｕｉｌｌｅｔ  Ｊ．Ｇ．、Ｍｅｎｅｚ  Ａ．、Ｇｅｏｒｇｅｓ  Ｂ．、Ｍａｉｌｌｅｒｅ  Ｂ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００２年１２月１５日；１６９（１２）：６９２８−３４頁。
４．ＣＤ４（＋）Ｔ細胞エピトープの予測がＨＬＡ−ＤＰ４分子に制限される。Ｂｕｓｓｏｎ  Ｍ．、  Ｃａｓｔｅｌｌｉ  Ｆ．Ａ．、Ｗａｎｇ  Ｘ．Ｆ．、Ｃｏｈｅｎ  ＷＭ、Ｃｈａｒｒｏｎ  Ｄ．、Ｍｅｎｅｚ  Ａ．、Ｍａｉｌｌｅｒｅ  Ｂ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ    Ｍｅｔｈｏｄｓ．２００６年１２月  ２０；３１７（１−２）：１４４−５１頁。
【０１４２】
実施例３：ペプチドの評価
キメラエピトープペプチドを含む本発明の組成物を、（１）リコール応答の効力；（２）無作為集団の試料集団（Ｎ＝２０）に対するリコール応答の頻度；および（３）個体（Ｎ＝２０）内での抗原特異的記憶Ｔ細胞の頻度について評価した。
【０１４３】
単一のエピトープおよびキメラエピトープの効力を、ヒトＰＢＭＣをペプチドでインビトロで２４時間刺激し、次いで細胞をフローサイトメトリーによって分析することによって評価した。活性化ＣＤ４中央記憶Ｔ細胞は、表現型：ＣＤ４＋ＣＤ４５ＲＡｌｏｗ  ＣＤ６２Ｌ＋ＩＦＮ−γ＋を有する。選択されたエピトープに特異的なリコール応答の集団内での頻度を評価するため、２０の末梢血ドナーを、サイトカイン発現の誘発について評価した。
【０１４４】
要するに、全血は、Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｂｌｏｏｄ  Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ）から得た。血液を、リン酸塩緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中で１：１に希釈し、次いで３５ｍＬを、５０ｍＬの管内、１２ｍＬのＦｉｃｏｌｌ−ｐａｑｕｅ  ｐｒｅｍｉｕｍ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）上に重層した。管を１４００ＲＰＭで３０分間回転し、遷移期ＰＢＭＣを回収し、１０％ウシ胎仔血清（ＦＣＳ）を有するＰＢＳで希釈し、１２００ｒｐｍで１０分間回転した。細胞を、細胞凍結媒体（ｃｅｌｌ  ｆｒｅｅｚｉｎｇ  ｍｅｄｉａ）（Ｓｉｇｍａ製）に再懸濁し、直ちに−８０℃で一晩凍結させた。長期間貯蔵する間、細胞を液体窒素に移した。細胞を、必要に応じて解凍し（３７℃の水槽）、１０％ＦＣＳを有するＰＢＳに再懸濁し、沈降させ、５％熱不活化ヒト血清（Ｓｉｇｍａ）ｌ−グルタミン、ペニシリンおよびストレプトマイシン）を補充した培地（ＲＰＭＩ[ｃｅｌｌｇｒｏ]）中、５×１０６個の細胞／ｍＬに再懸濁した。
【０１４５】
記憶Ｔ細胞リコール応答アッセイにおいては、細胞を、（ＧｅｎＳｃｒｉｐｔから入手した）本発明に記載の４μＭのペプチドを有する２４ウェルプレート内で、３７℃（５％ＣＯ２）で２時間培養した。次いで、培地の１ｍＬあたり１μＬのブレフェルジンＡ（Ｇｏｌｇｉｐｌｕｇ，ＢＤ）を添加し、細胞を３７℃のインキュベーターに４〜６時間戻した。次いで、細胞をより低温（２７℃）のインキュベーター（５％ＣＯ２）に一晩移し、次いでフローサイトメトリー分析のために処理した。活性化記憶Ｔ細胞の検出を、細胞とＣＤ４−ＦＩＴＣ、ＣＤ４５ＲＡ−ＰＥ、ＣＤ６２Ｌ−Ｃｙ７ＰＥ（ＢＤ）とのインキュベーションと、その後の膜浸透化および固定（ＢＤ）によって行った。インターフェロン−γの細胞内発現を、インターフェロン−γ−ＡＰＣモノクローナル（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）を使用して検出した。次いで、２００，０００〜５００，０００個の細胞を、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｒｅフローサイトメーターおよびＣｅｌｌｑｕｅｓｔソフトウェアを使用して分析した。細胞は、ＣＤ４＋、ＣＤ４５ＲＡｍｅｄｉｕｍ、ＣＤ６２ＬｈｉｇｈおよびＩＦＮ−γ陽性である場合、陽性とスコアリングした。
【０１４６】
キメラペプチドによる活性化を示すフローサイトメトリーデータの代表例を図１に示し、すべてのデータの概要を図２に示す。
【０１４７】
データは次のことを示す。（１）本発明に従うキメラペプチドは、個別のペプチド単独の場合より多数の中央記憶Ｔ細胞を活性化し、またキメラペプチドＴＴ８３０ｐｍｇｌｐＤＴｔ（カテプシン切断部位を有する）は、最大の応答をもたらした。（２）本発明のキメラペプチドは、個別のペプチドの場合より多くの人々からリコール応答を得て、ＴＴ８３０ｐｍｇｌｐＤＴｔは２０／２０のドナーにおいて陽性である（図３）。（３）カテプシン切断部位を有するキメラペプチドＴＴ８３０ｐｍｇｌｐＤＴｔは、その個別の成分（ＴＴ８３０およびＤＴ）単独よりも高い活性を示し、また切断部位を有しない以外は同一のペプチド（ＴＴ８３０ＤＴ）より優れており、これは、カテプシン切断部位の本発明のキメラペプチドへの付加が促進されたリコール応答を提供しうることを示唆している。（４）データから、図１５に示されるＴ細胞エピトープ予測分析が確認される。分析によると、ＴＴ８３０およびＤＴエピトープ（ＴＴ８３０ＤＴｔ）の双方からなるキメラペプチドが、広範囲のＨＬＡ−ＤＲ対立遺伝子にわたって最高の結合親和性を提供することになり、またカテプシン切断部位を含めることにより（ＴＴ８３０ｐｍｇｌｐＤＴｔ）、応答が促進されることが予測された。ＴＴ８３０またはＴＴ９５０のＤＰに特異的なエピトープＡｄＶへの付加により、陽性応答（ｒｅｓｐｏｎｄｅｒｓ）の数が、ＡｄＶエピトープ単独の場合に対して改善されなかった。ＡｄＶＴＴ８３０の高親和性および広範囲性は、ＡｄＶおよびＴＴ８３０の接合部でのネオエピトープ（ｎｅｏｅｐｉｔｏｐｅ）の生成に起因するもであった。高親和性の予測がもたらされうる一方、ネオエピトープは、免疫された個体においてメモリリコール応答を誘発しないことになる。エピトープ間にカテプシン切断部位を含めることにより、ネオエピトープが除外される。ある場合には、カテプシン切断部位の挿入により、おそらくは、エピトープをクラスＩＩ結合に適さないようにする構造上の改変に起因し、ＡｄＶエピトープ（ＡｄＶｐＴＴ８３０）の活性が除かれた。
【０１４８】
実施例４：ペプチド活性化記憶Ｔ細胞の試験
初期の中央記憶細胞は、特定のペプチドで再活性化される場合、複数のサイトカイン（ＩＬ−２、ＴＮＦ−α、ＩＦＮ−γ）を発現する一方、免疫委任（ｃｏｍｍｉｔｔｅｄ）エフェクター記憶Ｔ細胞は、ＴＨ２免疫委任エフェクター記憶に対してＩＬ−４を、またＴＨ１免疫委任エフェクター記憶に対してＩＦＮ−γを選択的に発現すると考えられる。ペプチド活性化記憶Ｔ細胞の状態を、樹状細胞／ＣＤ４細胞共培養物の多色細胞内サイトカイン分析を用いて試験した。
【０１４９】
ヒト末梢血単球を、樹状細胞への分化を誘導するため、陰性選択の磁気ビーズ（Ｄｙｎａｌ）を用いて単離し、ＧＭ−ＣＳＦおよびＩＬ−４の存在下で１週間培養した。同種ＣＤ４  Ｔ細胞を、磁気ビーズ分離（Ｄｙｎａｌ）を用いて単離し、ペプチドの存在または不在下、ＤＣの存在下で共培養した。そのポイントからの刺激および分析用のプロトコルは、実施例２における上記のＰＢＭＣにおける場合と同一である。
【０１５０】
ペプチドＴＴ８３０ＤＴ（配列番号７）およびＴＴ８３０ｐＤＴｔ（ＴＴ８３０ｐｍｇｌｐＤＴＴｒｕｎｃまたは配列番号１３）による刺激の結果、ＴＮＦ−αおよびＩＦＮ−γの発現が増大したが、ＩＬ−４では増大しなかった（図４、５）。多色フローサイトメトリーによると、ＴＴ８３０ＤＴｔおよびＴＴ８３０ｐＤＴｔの双方で処理されたＰＢＭＣが、ペプチド誘発性のＴＮＦ−αおよびＩＦＮ−γの同時発現を有するが、ＴＮＦ−αおよびＩＬ−４の同時発現を有しないことが示されたが（図６）、これは初期の中央記憶細胞が活性化されることを示唆している。
【０１５１】
ＴＴおよびＤＴに由来するＨＬＡ−ＤＲエピトープとともに、ＤＰ４に特異的なアデノウイルスエピトープからの配列を有する一連のキメラペプチドを、エピトープ間のカテプシンリンカーの存在下および不在化で作成した（図８）。上記のように、細胞を、４μＭの本発明に従うペプチド（ＧｅｎＳｃｒｉｐｔから入手）を有する２４ウェルプレート内で、３７℃および５％ＣＯ２で２時間培養した。次いで、培地の１ｍＬあたり１μＬのブレフェルジンＡ（Ｇｏｌｇｉｐｌｕｇ，ＢＤ）を添加し、細胞を３７℃のインキュベーターに４〜６時間戻した。次いで、細胞をより低温（２７℃）のインキュベーター（５％ＣＯ２）に一晩移し、次いでフローサイトメトリー分析のために処理した。活性化記憶Ｔ細胞の検出を、細胞とＣＤ４−ＦＩＴＣ、ＣＤ４５ＲＡ−ＰＥ、ＣＤ６２Ｌ−Ｃｙ７ＰＥ（ＢＤ）とのインキュベーションと、その後の膜浸透化および固定（ＢＤ）によって行った。インターフェロン−γの細胞内発現を、インターフェロン−γ−ＡＰＣモノクローナル（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）を使用して検出した。次いで、２００，０００〜５００，０００個の細胞を、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｒｅフローサイトメーターおよびＣｅｌｌｑｕｅｓｔソフトウェアを使用して分析した。細胞は、ＣＤ４＋、ＣＤ４５ＲＡｍｅｄｉｕｍ、ＣＤ６２ＬｈｉｇｈおよびＩＦＮ−γ陽性である場合、陽性とスコアリングした。記憶Ｔ細胞のリコール応答についての４つのドナーの分析によると、個別のペプチド、およびカテプシン切断部位を有しないヘテロ二量体ペプチドが、「ｋｖｓｖｒ」カテプシン切断部位を有するヘテロ三量体ペプチド（ＡｄＶｋＤＴｔ、ＡｄＶｋＴＴ９５０）に対するドナー応答と比べてより弱い応答をもたらすことが示された。さらに、ＡｄＶ、ＤＴ、およびＴＴエピトープを有するヘテロ三量体ペプチド（ＴＴ８３０ＤＴＡｄＶ）がまた、４つ全部のドナーにおいてリコール応答を示した。
【０１５２】
実施例５：物理特性を調節するためのＭＨＣＩＩ結合ペプチドの修飾
図７に示されるようにペプチド特性を変更するため、一連の修飾ＴＴ８３０ｐＤＴｔ（配列番号１３）配列を生成した。これらのタイプの修飾の一般的範囲および性質については、本明細書中の別の個所で説明されている。ペプチドの修飾の初期の目的は、１）水溶解度を改善すること（より低いＧＲＡＶＹ−ハイドロパシシティのグランドアベレージ（Ｇｒａｎｄ  Ａｖｅｒａｇｅ  ｏｆ  ｈｙｄｒｏｐａｔｈｉｃｉｔｙ）、２）Ｎおよび／またはＣ末端アミノ酸の修飾を通じてｐＩを変化させること、３）内部結合を修飾すること（Ｃａｔ  Ｓ切断ＰＭＧＬＰ）、および外部および内部結合の双方を修飾すること、４）Ｃａｔｈｅｓｐｉｎ  Ｂ切断に変更するかまたは他のペプチド分解プロセスを創出することにより、Ｃａｔ  Ｓ結合部位の修飾を通じたエンドソーム区画内でのペプチドの処理の重要性を理解すること、であった。
【０１５３】
さらに、ペプチドの疎水性を改変し、かつｐＩをほぼ中性のｐＨまで低下させるため、ＡｄＶｋＤＴ配列のバリエーションを生成した。Ｎ末端への配列付加が、部分的に、ＡｄＶ由来エピトープのＮ末端に先行する天然アミノ酸配列に対する類似性によって誘導された。
ＡｄＶｋＤＴｄ１  ＥＥＳＴＬＬＹＶＬＦＥＶｋｖｓｖｒＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＫ（３０）、ｐＩ＝６．６〜７．１（配列番号７１）
ＡｄＶｋＤＴｄ２  ＥＳＴＬＬＹＶＬＦＥＶｋｖｓｖｒＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＫＥ（３０）、ｐＩ＝６．６〜７．１（配列番号７２）
ＡｄＶｋＤＴｄ３  ＫＥＳＴＬＬＹＶＬＦＥＶｋｖｓｖｒＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＥ（３０）、ｐＩ＝６．６〜７．１（配列番号７３）
【０１５４】
ＡｄＶｋＤＴの変異体（配列番号７１〜７３）における結果を示す（図１０）。３つの異なるドナーからのすべての実験において、ＡｄＶｋＤＴ変異体（配列番号７１〜７３）は、非刺激（ＮＳ）対照と比べて、強固なリコール応答を誘発した。
【０１５５】
実施例６：インフルエンザに特異的な記憶ペプチド
特定の単一の病原体で最適化された本発明に従う組成物の例として、インフルエンザＡ型、インフルエンザＡおよびＢ型、またはインフルエンザＡ、Ｂ、およびＣ型内で高度に保存されたｐａｎ  ＨＬＡ−ＤＲエピトープを、ｈｔｔｐ：／／ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｂｌａｓｔ．ｃｇｉからのＮａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ’ｓ（ＮＩＨ）  Ｂｌａｓｔプログラムおよびヌクレオチドデータベースを、Ｉｍｍｕｎｅ  Ｅｐｉｔｏｐｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＩＥＤＢ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｍｕｎｅｅｐｉｔｏｐｅ．ｏｒｇ／）Ｔ細胞エピトープ予測ツールを使用したクラスＩＩエピトープ予測と併用し、同定した（図１１および１２）。個別のエピトープおよびキメラエピトープにおけるＴ細胞エピトープ予測結果を図１７〜１９に示し、予測された高親和性を有するキメラエピトープを、記憶Ｔ細胞応答を生成する能力について試験した。要するに、ＰＢＭＣを、４μＭのペプチドを有する２４ウェルプレート内、３７℃（５％ＣＯ２）で２時間培養した。次いで、ブレフェルジンＡを添加し、細胞を３７℃のインキュベーターに４〜６時間戻した。次いで、細胞をより低温（２７℃）のインキュベーター（５％ＣＯ２）に一晩移し、次いでフローサイトメトリー分析のために処理した。活性化記憶Ｔ細胞の検出を、細胞とＣＤ４−ＦＩＴＣ、ＣＤ４５ＲＡ−ＰＥ、ＣＤ６２Ｌ−Ｃｙ７ＰＥ（ＢＤ）とのインキュベーションによって行った。次いで、２００，０００〜５００，０００個の細胞を、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｒｅフローサイトメーターおよびＣｅｌｌｑｕｅｓｔソフトウェアを使用して分析した。細胞は、ＣＤ４＋、ＣＤ４５ＲＡｍｅｄｉｕｍ、ＣＤ６２ＬｈｉｇｈおよびＩＦＮ−γ陽性である場合、陽性とスコアリングした。
個別のエピトープ：
（ｍｉｎｘ）    ＹＶＫＱＮＴＬＫＬＡＴ                    （配列番号７４）  
７４３０）      ＣＹＰＹＤＶＰＤＹＡＳＬＲＳＬＶＡＳＳ    （配列番号７５）
（３１２０１ｔ）ＮＡＥＬＬＶＡＬＥＮＱＨＴＩ              （配列番号７６）  
（６６３２５）  ＴＳＬＹＶＲＡＳＧＲＶＴＶＳＴＫ          （配列番号７７）
（ＡＢＷ１）    ＥＫＩＶＬＬＦＡＩＶＳＬＶＫＳＤＱＩＣＩ  （配列番号７８）
（ＡＢＷ２）    ＱＩＬＳＩＹＳＴＶＡＳＳＬＡＬＡＩＭＶＡ  （配列番号７９）
（ＡＢＰ）      ＭＶＴＧＩＶＳＬＭＬＱＩＧＮＭＩＳＩＷＶＳＨＳＩ（配列番号８０）
（ＡＡＴ）      ＥＤＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲＧＳＶ        （配列番号８１）
（ＡＡＷ）      ＣＳＱＲＳＫＦＬＬＭＤＡＬＫＬＳＩＥＤ    （配列番号８２）
（ＩＲＧ）      ＩＲＧＦＶＹＦＶＥＴＬＡＲＳＩＣＥ        （配列番号８３）
（ＴＦＥ）      ＴＦＥＦＴＳＦＦＹＲＹＧＦＶＡＮＦＳＭＥＬ（配列番号８４）
（ＭＭＭ）      ＭＭＭＧＭＦＮＭＬＳＴＶＬＧＶ            （配列番号８５）
キメラエピトープ：
ＡＡＴｋ３１２０ｔ  ＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲｋｖｓｖｒＮＡＥＬＬＶＡＬＥＮＱＨＴＩ      （配列番号８６）
３１２０ｔｋＡＡＴ  ＮＡＥＬＬＶＡＬＥＮＱＨＴＩｋｖｓｖｒＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲ      （配列番号８７）
ＡＢＷ２ｋＡＡＴ  ＩＬＳＩＹＳＴＶＡＳＳＬＡＬＡＩｋｖｓｖｒＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲ      （配列番号８８）
ＡＡＴｋＡＢＷ２  ＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲｋｖｓｖｒＩＬＳＩＹＳＴＶＡＳＳＬＡＬＡＩ      （配列番号８９）
ＡＡＴｋＡＡＷ  ＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲｋｖｓｖｒＣＳＱＲＳＫＦＬＬＭＤＡＬＫＬ      （配列番号９０）
ＡＡＷｋＡＡＴ  ＣＳＱＲＳＫＦＬＬＭＤＡＬＫＬｋｖｓｖｒＬＩＦＬＡＲＳＡＬＩＬＲ      （配列番号９１）
ＡＢＷ９ｈｅｍａ  ＥＫＩＶＬＬＦＡＩＶＳＬＶＫＳＤＱＩＣＩ          （配列番号９２）
ＭＭＭＴＦＥ  ＭＭＭＧＭＦＮＭＬＳＴＶＬＧＶＴＦＥＦＴＳＦＦＹＲＹＧＦＶＡＮＦＳＭＥＬ    （配列番号９３）
ＴＦＥＭＭＭ  ＴＦＥＦＴＳＦＦＹＲＹＧＦＶＡＮＦＳＭＥＬＭＭＭＧＭＦＮＭＬＳＴＶＬＧＶ    （配列番号９４）
ＴＦＥＩＲＧ  ＴＦＥＦＴＳＦＦＹＲＹＧＦＶＡＮＦＳＭＥＬＩＲＧＦＶＹＦＶＥＴＬＡＲＳＩＣＥ  （配列番号９５）
ＩＲＧＴＦＥ  ＩＲＧＦＶＹＦＶＥＴＬＡＲＳＩＣＥＴＦＥＦＴＳＦＦＹＲＹＧＦＶＡＮＦＳＭＥＬ  （配列番号９６）
ＭＭＭｋＩＲＧ  ＭＭＭＧＭＦＮＭＬＳＴＶＬＧＶｋｖｓｖｒＩＲＧＦＶＹＦＶＥＴＬＡＲＳＩＣＥ    （配列番号９７）
ＩＲＧｋＭＭＭ  ＩＲＧＦＶＹＦＶＥＴＬＡＲＳＩＣＥｋｖｓｖｒＭＭＭＧＭＦＮＭＬＳＴＶＬＧＶ    （配列番号９８）
【０１５６】
キメラインフルエンザペプチド配列を図１１に示す。５つのＰＢＭＣドナーからのＴ細胞記憶リコール応答を図１２に示す。記憶Ｔ細胞リコール応答は、キメラエピトープＡＡＷｋＡＡＴ、ＡＡＴｋＡＢＷ２、３１２０ｔｋＡＡＴ、およびＡＢＷ２ｋＡＡＴについて陽性であったが、非キメラＨ５に制限されたｐａｎ  ＨＬＡ−ＤＲエピトープＡＢＷ９においてはそうではなかった。これらのデータは、インフルエンザに特異的なペプチドを有する、４つの本発明のキメラの保存されたエピトープが、メモリリコール応答の誘発において活性があることを示す。
【０１５７】
実施例７：合成ナノ担体調合物（予想）
レシキモド（別名Ｒ８４８）は、米国特許第５，３８９，６４０号明細書（Ｇｅｒｓｔｅｒらに付与）の実施例９９中に提供される合成に従って合成する。ＰＬＡ−ＰＥＧ−ニコチン複合体は、Ｓｅｌｅｃｔａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓにて、従来の複合方法を用いて調製する。ＰＬＡは、Ｄ，Ｌ−ラクチド（ＭＷ＝約１５ＫＤ〜１８ＫＤ）を用いる開環重合によって調製する。ＰＬＡ構造は、ＮＭＲによって確認する。ポリビニルアルコール（Ｍｗ＝１１ＫＤ〜３１ＫＤ、８５％が加水分解された）は、ＶＷＲ  ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃから購入する。これらを使用し、以下の溶液を調製する。
１．塩化メチレン中レシキモド（７．５ｍｇ／ｍＬ）
２．塩化メチレン中ＰＬＡ−ＰＥＧ−ニコチン（１００ｍｇ／ｍＬ）
３．塩化メチレン中ＰＬＡ（１００ｍｇ／ｍＬ）
４．水中ペプチド（１０ｍｇ／ｍＬ）、ペプチドは、配列：
ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＰＭＧＬＰＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１３）を有する
５．水中ポリビニルアルコール（５０ｍｇ／ｍＬ）
【０１５８】
溶液＃１（０．４ｍＬ）、溶液＃２（０．４ｍＬ）、溶液＃３（０．４ｍＬ）および溶液＃４（０．１ｍＬ）を小バイアル内で結合させ、混合物を、Ｂｒａｎｓｏｎ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｓｏｎｉｆｉｅｒ  ２５０を使用し、５０％の振幅で４０秒間超音波処理する。このエマルションに溶液＃５（２．０ｍＬ）を添加し、Ｂｒａｎｓｏｎ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｓｏｎｉｆｉｅｒ  ２５０を使用し、３５％の振幅で４０秒間の超音波処理により、第２のエマルションを形成する。これを、水（３０ｍＬ）を有するビーカーに添加し、この混合物を室温で２時間撹拌し、ナノ粒子を形成する。ナノ担体分散体の一部（１．０ｍＬ）を水（１４ｍＬ）で希釈し、これを、１００ＫＤの膜カットオフを有するＡｍｉｃｏｎ  Ｕｌｔｒａ遠心濾過装置での遠心分離によって濃縮する。容量が約２５０μＬである場合、水（１５ｍＬ）を添加し、粒子を、Ａｍｉｃｏｎ装置を使用して再び約２５０μＬに濃縮する。リン酸塩緩衝生理食塩水（ｐＨ＝７．５、１５ｍＬ）での２回目の洗浄を同様にして行い、最終濃縮物を全容量が１．０ｍＬになるまでリン酸塩緩衝生理食塩水で希釈する。これにより、濃度が約２．７ｍｇ／ｍＬの最終ナノ担体分散体が得られると予想される。
【０１５９】
実施例８：合成ナノ担体調合物（予想）
レシキモド（別名Ｒ８４８）は、米国特許第５，３８９，６４０号明細書（Ｇｅｒｓｔｅｒらに付与）の実施例９９中に提供される合成に従って合成する。ＰＬＡ−ＰＥＧ−ニコチン複合体は、Ｓｅｌｅｃｔａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓにて調製する。ＰＬＡは、Ｄ，Ｌ−ラクチド（ＭＷ＝約１５ＫＤ〜１８ＫＤ）を用いる開環重合によって調製する。ＰＬＡ構造は、ＮＭＲによって確認する。ポリビニルアルコール（Ｍｗ＝１１ＫＤ〜３１ＫＤ、８５％が加水分解された）は、ＶＷＲ  ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃから購入する。これらを使用し、以下の溶液を調製する。
１．塩化メチレン中ＰＬＡ−Ｒ８４８複合体（１００ｍｇ／ｍＬ）
２．塩化メチレン中ＰＬＡ−ＰＥＧ−ニコチン（１００ｍｇ／ｍＬ）
３．塩化メチレン中ＰＬＡ（１００ｍｇ／ｍＬ）
４．水中ペプチド（１２ｍｇ／ｍＬ）、ペプチドは、配列：
ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ（配列番号５）を有する
５．水中ポリビニルアルコール（５０ｍｇ／ｍＬ）
【０１６０】
溶液＃１（０．２５〜０．７５ｍＬ）、溶液＃２（０．２５ｍＬ）、溶液＃３（０．２５〜０．５ｍＬ）および溶液＃４（０．１ｍＬ）を、小型バイアル内で混合し、混合物を、Ｂｒａｎｓｏｎ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｓｏｎｉｆｉｅｒ  ２５０を使用し、５０％振幅で４０秒間超音波処理する。このエマルジョンに溶液＃５（２．０ｍＬ）を添加し、Ｂｒａｎｓｏｎ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｓｏｎｉｆｉｅｒ  ２５０を使用し、３５％振幅、４０秒間の超音波処理により、第２のエマルジョンを形成する。これを、リン酸塩緩衝溶液（３０ｍＬ）を含有するビーカーに添加し、この混合物を室温で２時間撹拌し、ナノ粒子を形成する。粒子を洗浄するため、ナノ粒子分散体（ｄｉｓｐｅｒｓｉｏｎ）の一部（７．０ｍＬ）を、遠心管に移し、５，３００ｇで１時間回転し、上清を除去し、ペレットを７．０ｍＬのリン酸塩緩衝生理食塩水に再懸濁する。予想される最終のナノ粒子分散体が約１０ｍｇ／ｍＬであるように、遠心分離手順を繰り返し、ペレットを２．２ｍＬのリン酸塩緩衝生理食塩水に再懸濁する。
【０１６１】
実施例９：本発明の組成物と担体タンパク質との複合（予想）
ペプチド（配列番号５）を、担体タンパク質ＣＲＭ１９７への複合のため、Ｃ末端に、追加的なＧｌｙ−ＣｙｓでＣｙｓのＣ末端のチオール基を介して修飾する。ＣＲＭ１９７は、その一次配列内に１つのアミノ酸変化を有するジフテリア毒素の非毒性突然変異体である。分子のアミノ酸位置５２に存在するグリシンは、単一の核酸コドン変化を介してグルタミン酸と置換される。この変化に起因し、タンパク質は、ＡＤＰ−リボシルトランスフェラーゼ活性が欠損し、非毒性になる。それは、５８，４０８Ｄａの分子量を有する。
【０１６２】
ＣＲＭ１９７の遊離アミノ基は、過剰なブロモ酢酸Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル（Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．（Ｓｔ．Ｌｏｕｉ、Ｍｏ．））との反応によってブロモアセチル化する。ＣＲＭ１９７（１５ｍｇ）は、１．０Ｍ  ＮａＨＣＯ３（ｐＨ８．４）中に溶解し、氷で冷却する。ブロモ酢酸Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステルの溶液（２００μＬのジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）中、１５ｍｇ）をＣＲＭ１９７溶液に徐々に添加し、溶液を、暗所、室温で、緩やかに２時間混合する。次いで、得られたブロモアセチル化（活性化）タンパク質を、１０Ｋ  ＭＷＣＯ膜による透析を介する血液透析濾過（ｄｉａｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ）によって精製する。ブロモアセチル化の度合いを、活性化ＣＲＭ１９７をシステインと反応させた後、アミノ酸分析および得られたカルボキシメチルシステイン（ＣＭＣ）の定量を行うことによって判定した。
【０１６３】
ブロモアセチル化ＣＲＭ１９７を、ｐＨ９．０で１Ｍ炭酸ナトリウム／重炭酸塩緩衝液中に溶解し、アルゴン下、２〜８℃で維持した。１Ｍ炭酸ナトリウム／重炭酸塩緩衝液（ｐＨ９．０）中のペプチド（ＴＬＬＹＶＬＦＥＶＮＮＦＴＶＳＦＷＬＲＶＰＫＶＳＡＳＨＬＥＴ−Ｇ−Ｃ（配列番号１０７；変更された配列番号５））（１０ｍｇ）の溶液をブロモアセチル化ＣＲＭ１９７溶液に添加し、混合物を、２〜８℃で１５〜２０時間撹拌する。次いで、残存するブロモアセチル基を、２０倍モル過剰のＮ−アセチルシステアミンで、２〜８℃で４〜８時間キャッピングする。次いで、得られたペプチド−ＣＲＭ１９７複合体を、０．０１Ｍリン酸ナトリウム緩衝液／０．９％ＮａＣｌ（ｐＨ７．０）に対する透析濾過による１０Ｋ  ＭＷＣＯ膜上での透析濾過により、室温で精製する。残余分のペプチド−ＣＲＭ１９７複合体を回収し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより、アミノ酸分析により、タンパク質含量について（ＬｏｗｒｙまたはＭｉｃｒｏ−ＢＣＡ比色分析アッセイ）、またマウスにおける免疫原性について分析する。
【０１６４】
実施例１０：本発明の組成物と抗原を含む従来のワクチンとの混合（予想）
ＰＬＡを、Ｄ，Ｌ−ラクチド（ＭＷ＝約１５ＫＤ〜１８ＫＤ）を用いる開環重合によって調製する。ＰＬＡ構造を、ＮＭＲによって確認する。ポリビニルアルコール（Ｍｗ＝１１ＫＤ〜３１ＫＤ、８７〜８９％が加水分解された）は、ＶＷＲ  ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃから購入する。これらを使用し、以下の溶液を調製する。
１．塩化メチレン中ＰＬＡ（１００ｍｇ／ｍＬ）
２．塩化メチレン中ＰＬＡ−ＰＥＧ（１００ｍｇ／ｍＬ）
３．水溶液中ペプチド（配列番号９１の配列を有するペプチド）（１０ｍｇ／ｍＬ）
４．水またはリン酸塩緩衝液中ポリビニルアルコール（５０ｍｇ／ｍＬ）
【０１６５】
溶液＃１（０．５〜１．０ｍＬ）、溶液＃２（０．２５〜０．５ｍＬ）、および溶液＃３（０．０５〜０．３ｍＬ）を、ガラス製プレッシャーチューブ内で混合し、混合物を、Ｂｒａｎｓｏｎ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｓｏｎｉｆｉｅｒ  ２５０を使用し、５０％振幅で４０秒間超音波処理する。このエマルジョンに溶液＃４（２．０〜３．０ｍＬ）を添加し、Ｂｒａｎｓｏｎ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｓｏｎｉｆｉｅｒ  ２５０を使用し、３０％振幅、４０〜６０秒間の超音波処理により、第２のエマルジョンを形成する。これを、リン酸塩緩衝溶液（３０ｍＬ）を含有するビーカーに添加し、この混合物を室温で２時間撹拌し、ナノ担体を形成する。粒子を洗浄するため、ナノ担体分散体の一部（２７．０〜３０．０ｍＬ）を、遠心管に移し、２１，０００ｇで４５分間回転し、上清を除去し、ペレットを３０．０ｍＬのリン酸塩緩衝生理食塩水に再懸濁する。遠心分離手順を繰り返し、ペレットを８．１−９．３ｍＬのリン酸塩緩衝生理食塩水に再懸濁する。
【０１６６】
一定分量４ｍＬの懸濁された合成ナノ担体を遠心分離し、合成ナノ担体を静置する。上清を廃棄し、０．５ｍＬの懸濁液Ｆｌｕａｒｉｘ（登録商標）三価インフルエンザウイルスワクチンを添加する。混合ワクチンを撹拌し、ナノ担体を再懸濁し、得られた懸濁液を、使用前に−２０℃で保存する。
【０１６７】
実施例１１：本発明の組成物と金ナノ担体とのカップリング（予想）
ステップ１：金ナノ担体（ＡｕＮＣ）の形成：５００ｍＬの１ｍＭ  ＨＡｕＣｌ４の水溶液を加熱し、コンデンサを備えた１Ｌの丸底フラスコ内で、激しく撹拌しながら１０分間還流する。次いで、５０ｍＬの４０ｍＭクエン酸三ナトリウムの溶液を、撹拌溶液に速やかに添加する。得られた深いワインレッド溶液を還流下で２５〜３０分間保持し、熱を回収し、溶液を室温まで冷却する。次いで、溶液を０．８μｍの膜フィルタを通して濾過し、ＡｕＮＣ溶液を得る。ＡｕＮＣを、可視分光学および伝導電子顕微鏡を使用して特徴づける。ＡｕＮＣは、直径が約２０ｎｍであり、クエン酸塩によってキャッピングされ、５２０ｎｍで吸収ピークを有する。
【０１６８】
ステップ２：ＡｕＮＣへの直接的ペプチド複合：実施例９のＣ末端ペプチド（Ｃ末端システインを有する配列番号５のペプチド）を、ＡｕＮＣに以下のようにしてカップリングする。ペプチド１４５μｌの溶液（１０ｍＭ（ｐＨ９．０）炭酸塩緩衝液中、１０μΜ）を、１ｍＬの２０ｎｍ直径のクエン酸塩でキャッピングされた金ナノ粒子（１．１６ｎＭ）に添加し、チオール対金のモル比２５００：１を得る。混合物を、アルゴン下、室温で１時間撹拌し、金ナノ粒子上でチオールとクエン酸塩との完全な交換を可能にする。次いで、ペプチド−ＡｕＮＣ複合体を、１２，０００ｇで３０分間の遠心分離によって精製する。さらなる分析およびバイオアッセイのため、上清をデカントし、ペプチド−ＡｕＮＣを含有するペレットを、ＷＦＩ水１ｍＬに再懸濁する。
【０１６９】
実施例１２：実施例５の修飾組成物を使用する合成ナノ担体
レシキモド（別名Ｒ８４８）は、米国特許第５，３８９，６４０号明細書（Ｇｅｒｓｔｅｒらに付与）の実施例９９中に提供される合成に従って合成し、アミドリンカーを使用し、ＰＬＧＡに複合し、ＰＬＧＡ−Ｒ８４８を形成した。ＰＬＧＡ（ＩＶ０．１０ｄＬ／ｇ）およびＰＬＡ（ＩＶ０．２１ｄＬ／ｇ）は、Ｌａｋｅｓｈｏｒｅ  Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓから購入した。ＰＬＡ−ＰＥＧ−ニコチン複合体は、従来の複合方法を用い、Ｓｅｌｅｃｔａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓにて調製した。ポリビニルアルコール（Ｍｗ＝１１ＫＤ〜３１ＫＤ、８７〜８９％が加水分解された）は、ＪＴ  Ｂａｋｅｒから購入した。
【０１７０】
これらを使用し、以下の溶液を調製した。
１．塩化メチレン中ＰＬＧＡ−Ｒ８４８（１００ｍｇ／ｍＬ）
２．塩化メチレン中ＰＬＡ−ＰＥＧ−ニコチン（１００ｍｇ／ｍＬ）
３．塩化メチレン中ＰＬＡ（１００ｍｇ／ｍＬ）
４．１０％ＤＭＳＯ、５０％乳酸ＵＳＰ、および４０％水からなる溶液中ペプチド（１０ｍｇ／ｍＬ）、ペプチドは、配列：ＥＥＳＴＬＬＹＶＬＦＥＶＫＶＳＶＲＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱＫ（配列番号７１）を有する
５．ｐＨ８のリン酸塩緩衝液中ポリビニルアルコール（５０ｍｇ／ｍＬ）
【０１７１】
小容器内で、溶液＃１（０．５ｍＬ）、溶液＃２（０．２５ｍＬ）および溶液＃３（０．２５ｍＬ）を混合し、溶液＃４（０．２５ｍＬ）を添加し、混合物を、Ｂｒａｎｓｏｎ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｓｏｎｉｆｉｅｒ  ２５０を使用し、５０％振幅で４０秒間超音波処理した。このエマルジョンに溶液＃５（２．０ｍＬ）を添加した。混合物を、Ｂｒａｎｓｏｎ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｓｏｎｉｆｉｅｒ  ２５０を使用し、３０％振幅で４０秒間超音波処理し、第２のエマルジョンを形成した。次いで、このエマルジョンを、７０ｍＭ（ｐＨ８）リン酸塩緩衝溶液（３０ｍＬ）を含有する５０ｍＬの撹拌ビーカーに添加し、次いで室温で２時間撹拌し、合成ナノ担体を形成した。
【０１７２】
合成ナノ担体を洗浄するため、合成ナノ担体分散体の一部（２７．５ｍＬ）を、５０ｍＬの遠心管に移し、４℃、９５００ｒｐｍ（１３，８００ｇ）で１時間回転し、上清を除去し、ペレットを２７．５ｍＬのＰＢＳ（リン酸塩緩衝生理食塩水）に再懸濁した。合成ナノ担体分散体の設定濃度が１０ｍｇ／ｍＬであるため、遠心分離に基づく洗浄手順を繰り返し、ペレットを８．５ｇのリン酸塩緩衝生理食塩水に再懸濁した。実濃度の重量測定を行い、その後、濃度をＰＢＳ中で５ｍｇ／ｍＬに調整した。
【０１７３】
合成ナノ担体調合物の免疫原性を、Ｃ５７ＢＬ６マウスにおける接種試験によって判定した。接種は、０日目のプライミングに続き、１４および２８日目の追加免疫（ｂｏｏｓｔ）といったスケジュールに従い、ナイーブＣ５７ＢＬ６マウス（５マウス／群）の後足蹠皮下に行った。各接種においては、全部で１００μｇのナノ担体を、後肢あたり５０μｇで注射した。２６、４０、５５、および６７日目、血清を採取した。血清についての抗ニコチン抗体力価を、ＥＣ５０値として測定した。同様に、対照群に、陽性対照として既知のマウスＭＨＣＩＩ結合ペプチド（オバルブミン３２３〜３３９アミド）を組み込むかまたはＭＨＣＩＩ結合ペプチドを全く有しない、同じ高分子製剤の合成ナノ担体を使用し、接種した。データを図１３に示す。
【０１７４】
実施例１３：本発明の組成物を使用する合成ナノ担体
ＰＬＧＡ（５０５０ＤＬＧ２．５Ａ、ＩＶ０．２５ｄＬ／ｇ）は、Ｌａｋｅｓｈｏｒｅ  Ｂｉｏｍａｔｅｒｉａｌｓから購入した。ＰＬＡ−ＰＥＧ−ニコチン複合体を、Ｓｅｌｅｃｔａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓにて調製した。ポリビニルアルコール（Ｍｗ＝１１ＫＤ〜３１ＫＤ、８７〜８９％が加水分解された）は、ＪＴ  Ｂａｋｅｒから購入した。
【０１７５】
これらを使用し、以下の溶液を調製した。
１．塩化メチレン中ＰＬＧＡ（１００ｍｇ／ｍＬ）
２．塩化メチレン中ＰＬＡ−ＰＥＧ−ニコチン（１００ｍｇ／ｍＬ）
３．水中１０％ＤＭＳＯからなる溶媒中ペプチド（４ｍｇ／ｍＬ）、ペプチドは、配列：ＩＬＭＱＹＩＫＡＮＳＫＦＩＧＩＰＭＧＬＰＱＳＩＡＬＳＳＬＭＶＡＱ（配列番号１３）を有する
４．ｐＨ８のリン酸塩緩衝液中ポリビニルアルコール（５０ｍｇ／ｍＬ）
【０１７６】
小容器内で、溶液＃１（０．３７５ｍＬ）および溶液＃３（０．１２５ｍＬ）を混合し、０．５０ｍＬの塩化メチレンで希釈した後、溶液＃３（０．２５ｍＬ）を添加し、混合物を、Ｂｒａｎｓｏｎ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｓｏｎｉｆｉｅｒ  ２５０を使用し、５０％振幅で４０秒間超音波処理した。このエマルジョンに溶液＃４（３．０ｍＬ）を添加した。混合物を、Ｂｒａｎｓｏｎ  Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｓｏｎｉｆｉｅｒ  ２５０を使用し、３０％振幅で６０秒間超音波処理し、第２のエマルジョンを形成した。次いで、このエマルジョンを、７０ｍＭ（ｐＨ８）リン酸塩緩衝溶液（３０ｍＬ）を含有する５０ｍＬの撹拌ビーカーに添加し、次いで室温で２時間撹拌し、合成ナノ担体を形成した。
【０１７７】
粒子を洗浄するため、合成ナノ担体分散体の一部（２９ｍＬ）を、５０ｍＬの遠心管に移し、４℃、２１，０００ｒｃｆで４５分間回転し、上清を除去し、ペレットを２９ｍＬのＰＢＳ（リン酸塩緩衝生理食塩水）に再懸濁した。合成ナノ担体分散体の設定濃度が１０ｍｇ／ｍＬであるため、遠心分離に基づく洗浄手順を繰り返し、ペレットを４．４ｇのＰＢＳに再懸濁した。実濃度の重量測定を行い、その後、濃度をＰＢＳ中で５ｍｇ／ｍＬに調整した。
【０１７８】
合成ナノ担体調合物の免疫原性を、ＢＡＬＢ／ｃマウスにおける接種試験によって判定した。合成ナノ担体は、注射の直前に、マウス−活性ＣｐＧアジュバントＰＳ−１８２６の溶液と混合した。接種は、０日目のプライミングに続き、１４および２８日目の追加免疫といったスケジュールに従い、ナイーブＢＡＬＢ／ｃマウス（５マウス／群）の後足蹠皮下に行った。各接種においては、全部で１００μｇの合成ナノ担体および２０μｇのＰＳ−１８２６を、後肢間に等間隔に注射した。２６および４０日目、血清を採取した。血清についての抗ニコチン抗体力価を、ＥＣ５０値として測定した。同様に、対照群に、既知のマウスＭＨＣＩＩ結合ペプチド（オバルブミン３２３〜３３９アミド）を組み込んだ陽性対照の合成ナノ担体、およびＭＨＣＩＩ結合ペプチドが欠如した陰性対照のナノ担体を有する類似の高分子製剤の合成ナノ担体を使用し、接種した。結果を図１４に示す。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【配列表】
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