【誤訳訂正書】
【提出日】平成23年8月19日(2011.8.19)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】特許請求の範囲
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  複数の捕捉オリゴヌクレオチドプローブが狭い範囲の融解温度を有する、相補的オリゴヌクレオチドプローブがほとんどミスマッチなくハイブリダイズする支持体上で使用するための、複数の捕捉オリゴヌクレオチドプローブの設計方法であり、以下の段階を含む方法：
(1)セット内の各四量体は、セット内のすべての他の四量体と少なくとも2つのヌクレオチド塩基が異なり、(2)互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、(3)回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在せず、かつ(4)1以下または3以上のヌクレオチドGまたはCを有する四量体はセット内に存在しない、4つのヌクレオチドが互いに結合した複数の四量体の第1のセットを提供する段階；
第1のセット内の2つから4つの四量体群を共に連結させて、多量体ユニットの集合（collection）を形成する段階；
多量体のユニットの集合から、同じ四量体から形成された全ての多量体ユニット、および多量体ユニットを形成する四量体の数の4倍未満の温度（摂氏）の融解温度を有する全ての多量体ユニットを除去して、多量体ユニットの修正された集合を形成する段階；
多量体ユニットの修正された集合を、融解温度の順に一覧にして並べる段階；
融解温度の2℃の増分内で、多量体ユニットの修正された集合の順番を、無作為化する（randomize）段階；
一覧中の多量体ユニットを交互に、各々が融解温度の順に並べられた第1および第2の亜集合（sub collection）に分割する段階；
第2の亜集合の順番を逆にする段階；
多量体ユニットの第1の集合を、逆にした多量体ユニットの第2の集合に順に結合させ、二重多量体ユニットの集合を形成する段階；ならびに
二重多量体ユニットの集合から、(1)四量体の数の11倍未満および四量体の数の15倍を上回る融解温度（摂氏）を有する二重多量体ユニット、(2)同じ四量体が3つ連結した二重多量体ユニット、および(3)同じ四量体が中断ありまたはなしで4つ連結した二重多量体ユニットを除去して、二重多量体ユニットの修正された集合を形成する段階。
【請求項２】  以下の段階をさらに含む、請求項1記載の方法：
支持体上で固定化されるべき相補的なオリゴヌクレオチドをその位置で捕捉できるように、二重多量体ユニットの修正された集合を支持体上の位置に配置する段階。
【請求項３】  二重多量体ユニットの集合が図26に示される、請求項2記載の方法。
【請求項４】  二重多量体ユニットの集合が図27に示される、請求項2記載の方法。
【請求項５】  除去される二重多量体ユニットの集合が、四量体の数の12.5倍未満および四量体の数の14倍を上回る融解温度（摂氏）を有する、請求項2記載の方法。
【請求項６】  多量体ユニットが12merを有し、二重多量体ユニットが24merを有し、二重多量体ユニットの融解温度が75℃から84℃である、請求項1記載の方法。
【請求項７】  以下の段階をさらに含む、請求項1記載の方法：
四量体の数の11倍未満および四量体の数の15倍を上回る融解温度（摂氏）を有する二重多量体ユニットを回収する（reclaim）段階；
回収した二重多量体ユニットの連結を離して、各々が多量体ユニット対を形成する段階；
四量体の数の11倍を上回り、四量体の数の17倍未満の融解温度（摂氏）を有する多量体ユニットを選択する段階；ならびに
選択された多量体ユニットを該方法に再度組み込む段階。
【請求項８】  請求項7の方法が繰り返される、請求項7記載の方法。
【請求項９】  以下の段階をさらに含む、請求項1記載の方法：
第1のセットおよびその相補体の中の四量体の円順列（circular permutation）を塩基ごとに産生することによって、複数の四量体の追加の異なるセットを作製する段階。
【請求項１０】  四量体のセットが表1に示されるものおよびその相補体である、請求項1記載の方法。
【請求項１１】  四量体のセットが、表1に示される四量体の1塩基の円順列およびその相補体である、請求項10記載の方法。
【請求項１２】  四量体のセットが、表1に示される四量体の2塩基の円順列およびその相補体である、請求項10記載の方法。
【請求項１３】  四量体のセットが、表1に示される四量体の3塩基の円順列およびその相補体である、請求項10記載の方法。
【請求項１４】  二重多量体ユニットの集合が図26に示される、請求項1記載の方法。
【請求項１５】  二重多量体ユニットの修正された集合が、図27に示される、請求項1記載の方法。
【請求項１６】  二重多量体ユニットの集合が、四量体の数の12.5倍未満および四量体の数の14倍を上回る融解温度（摂氏）を有する、請求項1記載の方法。
【請求項１７】  以下を含むオリゴヌクレオチドアレイ：
支持体；ならびに
支持体上で固定化されるべき相補的オリゴヌクレオチドが異なる位置で捕捉されるような、支持体上の異なる位置にある二重多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合であって、ここで24℃を上回る狭い温度範囲内で、ほとんどミスマッチなく、相補的オリゴヌクレオチドが二重多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合のメンバーにハイブリダイズすると考えられ、(1)セット内の各四量体は、セット内のすべての他の四量体と少なくとも2つのヌクレオチド塩基が異なり、(2)互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、(3)回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在しない、二重多量体ユニットオリゴヌクレオチドは、四量体のセットから形成され、かつ、二重多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合の中から以下のオリゴヌクレオチドが除去されている：(1)四量体の数の12.5倍未満および四量体の数の14倍を上回る融解温度（摂氏）を有するオリゴヌクレオチド、(2)同じ四量体が3つ連結した二重多量体ユニット、および(3)同じ四量体が中断ありまたはなしで4つ連結した多量体ユニット。
【請求項１８】  二重多量体ユニットの集合が図26に示される、請求項17記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項１９】  二重多量体ユニットの集合が、図27に示される、請求項17記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項２０】  二重多量体ユニットの集合が、四量体の数の12.5倍未満および四量体の数の14倍を上回る融解温度（摂氏）を有する、請求項17記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項２１】  二重多量体ユニットが24merを有し、二重多量体ユニットの融解温度が75℃から84℃である、請求項17記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項２２】  四量体のセットが表6に示されるものおよびその相補体である、請求項17記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項２３】  四量体のセットが、表6に示される四量体の1塩基の円順列およびその相補体である、請求項17記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項２４】  四量体のセットが、表6に示される四量体の2塩基の円順列およびその相補体である、請求項17記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項２５】  四量体のセットが、表6に示される四量体の3塩基の円順列およびその相補体である、請求項17記載のオリゴヌクレオチドアレイ。
【請求項２６】  以下の段階を含む、複数の標的ヌクレオチド配列中で、1つまたは複数の単一塩基の変化、挿入、欠失、または転座により異なる複数の配列のうち1つまたは複数を同定する方法：
複数の配列の違いを有する1つまたは複数の標的ヌクレオチド配列を含む可能性のある試料を提供する段階；
(a)標的特異的部分および位置特定可能な（addressable）アレイ特異的部分を有する第1のオリゴヌクレオチドプローブ、および(b)標的特異的部分および検出可能なレポーター標識を有する第2のオリゴヌクレオチドプローブにより各セットが特徴づけられる、複数のオリゴヌクレオチドプローブセットを提供する段階であって、ここで特定のセット中のオリゴヌクレオチドプローブは、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合、互いに連結するのに適しているが、試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、そのような連結を妨げるミスマッチを有する；
リガーゼを提供する段階；
試料、複数のオリゴヌクレオチドプローブセット、およびリガーゼを混合して、混合液を形成する段階；
任意のハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドが標的ヌクレオチド配列から分離される変性処理および、オリゴヌクレオチドプローブセットが塩基特異的にそれぞれの標的ヌクレオチド配列（試料中に存在する場合）上の隣接する位置にハイブリダイズし、互いに連結して、(a)位置特定可能なアレイ特異的部分、(b)互いに連結された標的特異的部分、および(c)検出可能なレポーター標識を含む連結産物配列を形成するハイブリダイゼーション処理を含む1回またはそれ以上のリガーゼ検出反応サイクルに混合液を供する段階であって、ここでオリゴヌクレオチドプローブセットは、各々の標的ヌクレオチド配列以外の試料中のヌクレオチド配列にハイブリダイズしてよいが、1つまたは複数のミスマッチの存在のために互いに連結せず、変性処理の間に個々に分離する；
異なる位置に固定化された異なる捕捉オリゴヌクレオチドを有する支持体を提供する段階であって、ここで、捕捉オリゴヌクレオチドは、位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的なヌクレオチド配列を有し、かつ二重多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合から形成され、ここで位置特定可能なアレイ特異的部分を有するオリゴヌクレオチドは、多量体ユニット中の四量体の数の4倍を上回る狭い温度範囲内で、捕捉オリゴヌクレオチドにほとんどミスマッチなくハイブリダイズすると考えられ、二重多量体ユニットオリゴヌクレオチドは以下のような四量体のセットから形成される：(1)セット内の各四量体は、セット内のすべての他の四量体と少なくとも2つのヌクレオチド塩基が異なり、(2)互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、(3)回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在せず、かつ、二重多量体ユニットの修正された集合を形成するために、二重多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合の中から以下のオリゴヌクレオチドが除去されている：(1)四量体の数の11倍の、および四量体の数の15倍を上回る融解温度（摂氏）を有するオリゴヌクレオチド、(2)同じ四量体が3つ連結した二重多量体ユニット、ならびに(3)同じ四量体が中断ありまたはなしで4つ連結した二重多量体ユニット；
供する段階の後、位置特定可能なアレイ特異的部分が塩基特異的に捕捉オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするのに効果的な条件下で、混合液に支持体を接触させ、それによって、相補的捕捉オリゴヌクレオチドを有する部位において、位置特定可能なアレイ特異的部分を支持体上で捕捉する段階；ならびに
支持体上の特定の部位で捕捉された連結産物配列のレポーター標識を検出し、それにより試料中の1つまたは複数の標的ヌクレオチド配列の存在を示す段階。
【請求項２７】  連結接合部での完全な相補性により、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合は、セット中のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部で共に連結するのに適しているが、試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、セット中のオリゴヌクレオチドプローブにはそのような連結を妨げる、連結接合部における塩基のミスマッチがある、請求項26記載の方法。
【請求項２８】  ミスマッチが連結接合部の3'塩基にある、請求項27記載の方法。
【請求項２９】  連結接合部での完全な相補性により、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合は、セット中のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部で共に連結するのに適しているが、試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、セット中のオリゴヌクレオチドプローブにはそのような連結を妨げる、連結接合部の塩基に隣接する塩基にミスマッチがある、請求項26記載の方法。
【請求項３０】  ミスマッチが連結接合部の3'塩基に隣接する塩基にある、請求項29記載の方法。
【請求項３１】  試料が潜在的に、複数の配列の違いを有する複数の標的配列のうちの1つまたは複数を未知の量含む、請求項26記載の方法であり、以下の段階をさらに含む方法：
検出段階後に、試料から作製された捕捉された連結産物配列の量を、既知の量の標的ヌクレオチド配列を含む試料から作製された捕捉された連結産物配列の検量線と比較することによって、試料中の標的ヌクレオチド配列の量を定量する段階。
【請求項３２】  試料が潜在的に、複数の配列の違いを有する複数の標的ヌクレオチド配列のうちの1つまたは複数を未知の量含む、請求項26記載の方法であり、以下の段階をさらに含む方法：
既知の量の1つまたは複数のマーカー標的ヌクレオチド配列を提供する段階；
(a)マーカー標的ヌクレオチド配列に相補的な標的特異的部分および支持体上の捕捉オリゴヌクレオチドに相補的な位置特定可能なアレイ特異的部分を有する第1のオリゴヌクレオチドプローブ、および(b)マーカー標的ヌクレオチド配列に相補的な標的特異的部分および検出可能なレポーター標識を有する第2のオリゴヌクレオチドプローブにより各セットが特徴づけられる、複数のマーカー特異的オリゴヌクレオチドプローブセットを提供する段階であって、ここで特定のマーカー特異的オリゴヌクレオチドセット中のオリゴヌクレオチドプローブは、対応するマーカー標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合、互いに連結するのに適しているが、試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列または添加されたマーカー配列にハイブリダイズする場合は、そのような連結を妨げるミスマッチを有し、混合段階は試料、マーカー標的ヌクレオチド配列、複数のオリゴヌクレオチドプローブセット、複数のマーカー特異的オリゴヌクレオチドプローブセット、およびリガーゼを混合して混合液を形成する段階を含む；
特定の部位で支持体上に捕捉された連結されたマーカー特異的オリゴヌクレオチドセットのレポーター標識を検出し、それにより、試料中の1つまたは複数のマーカー標的ヌクレオチド配列の存在を示す段階；および
既知の量のマーカー標的ヌクレオチド配列から作製された捕捉された連結産物の量を、捕捉された他の連結産物の量と比較することによって、試料中の標的ヌクレオチド配列の量を定量する段階。
【請求項３３】  1つまたは複数のマーカー標的ヌクレオチド配列が、試料中の標的ヌクレオチド配列と、1つまたは複数の単一のヌクレオチド位置で異なる、請求項31記載の方法。
【請求項３４】  オリゴヌクレオチドプローブセットおよびマーカー特異的オリゴヌクレオチドプローブセットが、複数のオリゴヌクレオチドプローブ群を形成し、各群が単一のヌクレオチド位置での複数の対立遺伝子の違いを区別するために設計された1つまたは複数のオリゴヌクレオチドプローブセットを含み、各群のオリゴヌクレオチドプローブセット中では、第1のオリゴヌクレオチドプローブは共通の標的特異的部分を有し、かつ、第2のオリゴヌクレオチドプローブは所与の対立遺伝子またはマーカーヌクレオチド配列に塩基特異的にハイブリダイズする異なる標的特異的部分を有する、請求項33記載の方法。
【請求項３５】  オリゴヌクレオチドプローブセットおよびマーカー特異的オリゴヌクレオチドプローブセットが、複数のオリゴヌクレオチドプローブ群を形成し、各群が単一のヌクレオチド位置での複数の対立遺伝子の違いを区別するために設計された1つまたは複数のオリゴヌクレオチドプローブセットを含み、各群のオリゴヌクレオチドプローブセット中では、第2のオリゴヌクレオチドプローブは共通の標的特異的部分を有し、かつ、第1のオリゴヌクレオチドプローブは所与の対立遺伝子またはマーカーヌクレオチド配列に塩基特異的にハイブリダイズする異なる標的特異的部分を有する、請求項33記載の方法。
【請求項３６】  試料が潜在的に、複数の配列の違いを有する複数の標的ヌクレオチド配列のうちの2つまたはそれ以上を未知の量含む、請求項26記載の方法であり、以下の段階をさらに含む方法：
検出段階後に、試料内の複数の標的配列の各々により作製された捕捉された連結産物配列の相対量を比較することにより試料中の複数の標的ヌクレオチド配列のそれぞれの相対量を定量し、それにより試料内の2つまたはそれ以上の標的ヌクレオチド配列の相対レベルの定量測定を提供する段階。
【請求項３７】  オリゴヌクレオチドプローブセットの標的特異的部分が、実質的に同じ融解温度を有し、そのため類似のハイブリダイゼーション条件下で標的ヌクレオチド配列にハイブリダイズする、請求項26記載の方法。
【請求項３８】  単一の標的ヌクレオチド配列中の1つもしくは複数のヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違い、または複数の標的ヌクレオチド配列中の1つもしくは複数の位置における複数の対立遺伝子の違いが区別され、オリゴヌクレオチドプローブセットはそれぞれ複数のオリゴヌクレオチドプローブ群を形成し、各群は単一のヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違いを区別するために設計された1つまたは複数のオリゴヌクレオチドプローブセットを含み、各群のオリゴヌクレオチドプローブ中で、第2のオリゴヌクレオチドプローブは共通の標的特異的部分を有し、第1のオリゴヌクレオチドプローブは、所与の対立遺伝子に塩基特異的にハイブリダイズする異なる標的特異的部分を含み、検出段階において、異なる部位で支持体上に捕捉された各群の連結産物配列の標識が検出され、それによって、試料中の、1つまたは複数の標的ヌクレオチド配列中の1つまたは複数のヌクレオチド位置における1つまたは複数の対立遺伝子の存在を示す、請求項26記載の方法。
【請求項３９】  連結接合部での完全な相補性により、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合は、所与のセット中のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部で共に連結するのに適しているが、試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、第1のオリゴヌクレオチドプローブはそのような連結を妨げる連結接合部における塩基のミスマッチを有する、請求項38記載の方法。
【請求項４０】  単一の標的ヌクレオチド配列における、2つもしくはそれ以上の隣接するヌクレオチド位置、または重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とするヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違い、または複数の標的ヌクレオチド配列における、2つもしくはそれ以上の隣接するヌクレオチド位置、もしくは重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とするヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違いが、重複する標的特異的部分を有するオリゴヌクレオチドプローブを有するオリゴヌクレオチドプローブ群によって区別される、請求項38記載の方法。
【請求項４１】  連結接合部での完全な相補性により、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合は、セット中のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部で共に連結するのに適しているが、セット中のオリゴヌクレオチドプローブが試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、そのような連結を妨げる連結接合部における塩基のミスマッチが存在する、請求項40記載の方法。
【請求項４２】  単一の標的ヌクレオチド配列における、重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とする、1つもしくは複数のヌクレオチド位置における、挿入、欠失、マイクロサテライトリピート、転座、もしくはその他のDNA再配列からなる複数の対立遺伝子の違い、または複数の標的ヌクレオチド配列における、重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とする、1つもしくは複数のヌクレオチド位置における、挿入、欠失、マイクロサテライトリピート、転座、もしくはその他のDNA再配列からなる複数の対立遺伝子の違いが区別され、オリゴヌクレオチドプローブセットが複数のオリゴヌクレオチドプローブ群を形成し、各群は、重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とする、1つまたは複数のヌクレオチド位置における、挿入、欠失、マイクロサテライトリピート、転座、およびその他のDNA再配列からなる群より選択される、複数の対立遺伝子の違いを区別するために設計された1つまたは複数のオリゴヌクレオチドプローブセットを含み、ここで、各群のオリゴヌクレオチドプローブセット中で、第2のオリゴヌクレオチドプローブは共通の標的特異的部分を有し、第1のオリゴヌクレオチドプローブは、所与の対立遺伝子に塩基特異的にハイブリダイズする異なる標的特異的部分を含み、検出段階において、異なる部位で支持体上に捕捉された各群の連結産物配列の標識が検出され、それによって、試料中で、1つまたは複数のヌクレオチド位置における、挿入、欠失、マイクロサテライトリピート、転座、およびその他のDNA再配列からなる群より選択される、1つまたは複数の対立遺伝子の違いの存在を示す、請求項26記載の方法。
【請求項４３】  オリゴヌクレオチドプローブセットが重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とする、1つまたは複数のヌクレオチド位置における、挿入、欠失、およびマイクロサテライトリピートからなる群より選択される複数の対立遺伝子の違いを区別するために設計され、各群のオリゴヌクレオチドプローブセット中で、第2のオリゴヌクレオチドプローブは共通の標的特異的部分を有し、第1のオリゴヌクレオチドプローブは、所与の対立遺伝子に塩基特異的にハイブリダイズする異なる長さの反復配列を含む異なる標的特異的部分を有する、請求項42記載の方法。
【請求項４４】  過剰な正常配列の存在下で、単一の標的ヌクレオチド配列における、複数の隣接ヌクレオチド位置もしくは重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とするヌクレオチド位置における少量の複数の対立遺伝子の違い、または、過剰な正常配列の存在下で、複数の標的ヌクレオチド配列における、重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とする複数のヌクレオチド位置における少量の複数の対立遺伝子の違いが区別され、オリゴヌクレオチドプローブセットは複数のオリゴヌクレオチドプローブ群を形成し、各群は、単一のヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違いを区別するために設計された1つまたは複数のオリゴヌクレオチドプローブセットを含み、群内の1つまたは複数のセットは共通の第2のオリゴヌクレオチドプローブを有し、第1のオリゴヌクレオチドプローブは正常な対立遺伝子を除く所与の対立遺伝子に塩基特異的にハイブリダイズする異なる標的特異的部分を有し、検出段階においては、異なる部位で支持体上に捕捉された各群の連結産物配列の標識が検出され、それによって、試料中の、1つまたは複数の標的ヌクレオチド配列の1つまたは複数のヌクレオチド位置における1つまたは複数の量の少ない対立遺伝子の存在を示す、請求項26記載の方法。
【請求項４５】  連結接合部での完全な相補性により、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合は、セット中のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部で共に連結するのに適しているが、セット中のオリゴヌクレオチドプローブが試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、第1のオリゴヌクレオチドプローブはそのような連結を妨げる連結接合部における塩基のミスマッチを有する、請求項44記載の方法。
【請求項４６】  過剰な正常配列の存在下で、単一の標的ヌクレオチド配列内の、複数の隣接ヌクレオチド位置もしくは重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とするヌクレオチド位置における少量の複数の対立遺伝子の違い、または、過剰な正常配列の存在下で、複数の標的ヌクレオチド配列における、重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とする、複数のヌクレオチド位置における少量の複数の対立遺伝子の違いが試料中で定量される、請求項44記載の方法であって、以下の段階をさらに含む方法：
既知の量の1つまたは複数のマーカー標的ヌクレオチド配列を提供する段階；
(a)マーカー標的ヌクレオチド配列に相補的な標的特異的部分および位置特定可能なアレイ特異的部分を有する第1のオリゴヌクレオチドプローブ、および(b)マーカー標的ヌクレオチド配列に相補的な標的特異的部分および検出可能なレポーター標識を有する第2のオリゴヌクレオチドプローブにより各セットが特徴づけられる、複数のマーカー特異的オリゴヌクレオチドプローブセットを提供する段階、ここで特定のマーカー特異的オリゴヌクレオチドセット中のオリゴヌクレオチドプローブは、対応するマーカー標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合、共に連結するのに適しているが、試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列または添加されたマーカー配列にハイブリダイズする場合は、そのような連結を妨げるミスマッチを有する；
各々の群が、マーカーヌクレオチド配列を含む、単一のヌクレオチド位置での複数の対立遺伝子の違いを区別するために設計された1つまたは複数のオリゴヌクレオチドプローブセットもしくはマーカー特異的オリゴヌクレオチドプローブセットを含む、複数のオリゴヌクレオチドプローブ群を提供する段階、ここで群内の1つまたは複数のセットは共通の第2のオリゴヌクレオチドプローブを有し、第1のオリゴヌクレオチドプローブは正常な対立遺伝子を除く所与の対立遺伝子またはマーカーヌクレオチド配列に塩基特異的にハイブリダイズする異なる標的特異的部分を有し、混合段階が試料、マーカー標的ヌクレオチド配列、複数のオリゴヌクレオチドプローブセット、複数のマーカー特異的オリゴヌクレオチドプローブセット、およびリガーゼを混合して混合液を混合する段階を含む；
特定の部位で支持体上に捕捉された連結されたマーカー特異的オリゴヌクレオチドセットのレポーター標識を検出し、それによって試料中の1つまたは複数のマーカー標的ヌクレオチド配列の存在を示す段階；ならびに
既知の量のマーカー標的ヌクレオチド配列から作製された捕捉された連結産物の量と少量の未知の試料から作製されたその他の捕捉された連結産物の量を比較することによって、試料中の標的ヌクレオチド配列の量を定量する段階。
【請求項４７】  連結接合部での完全な相補性により、選択された条件下で対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合は、セット中のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部で共に連結するのに適しているが、セット中のオリゴヌクレオチドプローブが試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、第1のオリゴヌクレオチドプローブはそのような連結を妨げる連結接合部における塩基のミスマッチを有する、請求項46記載の方法。
【請求項４８】  単一の標的ヌクレオチド配列中の1つもしくは複数のヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違い、または複数の標的ヌクレオチド配列中の1つまたは複数の位置における、複数の対立遺伝子の違いが区別され、オリゴヌクレオチドセットは複数のオリゴヌクレオチドプローブ群を形成し、各群は、単一のヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違いを区別するために設計された1つまたは複数のオリゴヌクレオチドプローブセットを含み、各群のオリゴヌクレオチドプローブ中で、第1のオリゴヌクレオチドプローブは共通の標的特異的部分を有し、第2のオリゴヌクレオチドプローブは、所与の対立遺伝子に塩基特異的にハイブリダイズする異なる標的特異的部分を含み、検出段階においては、特定の部位で支持体上に捕捉された各群の連結産物配列の異なるレポーター標識が検出され、それによって、試料中の、1つまたは複数の標的ヌクレオチド配列中の1つまたは複数のヌクレオチド位置における1つまたは複数の対立遺伝子の存在が示される、請求項26記載の方法。
【請求項４９】  連結接合部での完全な相補性により、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合は、セット中のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部で共に連結するのに適しているが、セット中のオリゴヌクレオチドプローブが試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、第2のオリゴヌクレオチドプローブはそのような連結を妨げる連結接合部における塩基のミスマッチを有する、請求項48記載の方法。
【請求項５０】  単一の標的ヌクレオチド配列における、2つもしくはそれ以上の隣接するヌクレオチド位置、もしくは重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とするヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違い、または複数の標的ヌクレオチド配列における、2つもしくはそれ以上の隣接するヌクレオチド位置、もしくは重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とするヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違いが区別され、オリゴヌクレオチドプローブ群が、重複する標的特異的部分を有するオリゴヌクレオチドプローブを含む、請求項48記載の方法。
【請求項５１】  連結接合部での完全な相補性により、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合は、セット中のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部で共に連結するのに適しているが、セット中のオリゴヌクレオチドプローブが試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、第2のオリゴヌクレオチドプローブが、そのような連結を妨げる連結接合部における塩基のミスマッチを有する、請求項50記載の方法。
【請求項５２】  単一の標的ヌクレオチド配列中の1つもしくは複数のヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違い、または複数の標的ヌクレオチド配列中の1つもしくは複数の位置における複数の対立遺伝子の違いが区別され、オリゴヌクレオチドセットが複数のプローブ群を形成し、各群が、単一のヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違いを区別するために設計された1つまたは複数のオリゴヌクレオチドプローブセットを含み、異なる群のオリゴヌクレオチドプローブ中で、第2のオリゴヌクレオチドプローブが共通の標的特異的部分を有するか、または第1のオリゴヌクレオチドプローブが共通の標的特異的部分を有し、検出段階において、特定の部位で支持体上に捕捉された各群の複数の標識された連結産物配列のうちの1つが検出され、それによって、試料中の、1つまたは複数の標的ヌクレオチド配列中の1つまたは複数のヌクレオチド位置における1つまたは複数の対立遺伝子の存在が示される、請求項26記載の方法。
【請求項５３】  連結接合部での完全な相補性により、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合は、所与のセット中のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部で共に連結するのに適しているが、セット中のオリゴヌクレオチドが試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、第1または第2のオリゴヌクレオチドプローブはそのような連結を妨げる連結接合部における塩基のミスマッチを有する、請求項52記載の方法。
【請求項５４】  標的ヌクレオチド配列における、2つもしくはそれ以上の隣接するヌクレオチド位置、もしくは重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とするヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違い、または複数の標的ヌクレオチド配列における、2つもしくはそれ以上の隣接するヌクレオチド位置、もしくは重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とするヌクレオチド位置における複数の対立遺伝子の違いが区別され、オリゴヌクレオチドプローブ群が、重複する標的特異的部分を有するプローブを含む、請求項52記載の方法。
【請求項５５】  連結接合部での完全な相補性により、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合は、セット中のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部で共に連結するのに適しているが、セット中のオリゴヌクレオチドが試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、第1または第2のオリゴヌクレオチドプローブはそのような連結を妨げる連結接合部における塩基のミスマッチを有する、請求項54記載の方法。
【請求項５６】  単一の標的ヌクレオチド配列中の単一のコドンについての全ての可能な単一塩基変異、単一の標的ヌクレオチド配列中の複数のコドンについての全ての可能な単一塩基変異、および複数の標的ヌクレオチド配列中の複数のコドンについての全ての可能な単一塩基変異が区別され、オリゴヌクレオチドセットが複数のオリゴヌクレオチドプローブ群を形成し、各群が単一コドンについての全ての可能な単一塩基変異を区別するために設計された1つまたは複数のオリゴヌクレオチドプローブセットからなり、各群のオリゴヌクレオチドプローブにおいて、第2のオリゴヌクレオチドプローブは、連結接合部の5'塩基のみにおいて異なり、かつ異なるレポーター標識を含み、第1のオリゴヌクレオチドプローブは、連結接合部における3'塩基のみにおいて異なり、かつ異なる位置特定可能なアレイ特異的部分を含む、または第1のオリゴヌクレオチドプローブは、連結接合部の塩基に隣接する3'塩基のみにおいて異なり、かつ異なる位置特定可能なアレイ特異的部分を含む、請求項53記載の方法。
【請求項５７】  連結接合部での完全な相補性により、対応する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合は、セット中のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部で共に連結するのに適しているが、セット中のオリゴヌクレオチドプローブが試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、第1のオリゴヌクレオチドプローブは連結接合部の3'塩基もしくは連結接合部の塩基に隣接する3'塩基にミスマッチを有する、または第2のオリゴヌクレオチドプローブはそのような連結を妨げる連結接合部の5'塩基にミスマッチを有する、請求項53記載の方法。
【請求項５８】  単一の標的ヌクレオチド配列中の単一のコドンについての全ての可能な単一塩基変異、または複数の標的ヌクレオチド配列における、2つまたはそれ以上の隣接するコドンについての、もしくは重複するオリゴヌクレオチドプローブセットを必要とするヌクレオチド位置における全ての可能な単一塩基変異が区別され、オリゴヌクレオチドプローブ群が重複する標的特異的部分を有するオリゴヌクレオチドプローブを含む、請求項57記載の方法。
【請求項５９】  変性処理が約80℃から105℃の温度である、請求項26記載の方法。
【請求項６０】  変性処理およびハイブリダイゼーション処理を含む各サイクルの長さが、約30秒から約5分である、請求項26記載の方法。
【請求項６１】  供する段階が、2サイクルから50サイクル繰り返される、請求項26記載の方法。
【請求項６２】  供する段階の合計時間が1分から250分である、請求項26記載の方法。
【請求項６３】  リガーゼが、サーマス・アクアティクス（Thermus aquaticus）リガーゼ、サーマス・サーモフィルス（Thermus thermophilus）リガーゼ、大腸菌（E. coli）リガーゼ、T4リガーゼ、およびピロコッカス（Pyrococcus）リガーゼからなる群より選択される、請求項26記載の方法。
【請求項６４】  検出可能なレポーター標識が、発色団（chlomophore）、蛍光部分、酵素、抗原、重金属、磁気プローブ、色素、リン光基、放射性物質、化学発光部分、および電気化学検出部分からなる群より選択される、請求項26記載の方法。
【請求項６５】  オリゴヌクレオチドプローブの標的特異的部分が、それぞれ20℃から85℃のハイブリダイゼーション温度を有する、請求項26記載の方法。
【請求項６６】  オリゴヌクレオチドプローブの標的特異的部分の長さが、20ヌクレオチドから28ヌクレオチドである、請求項26記載の方法。
【請求項６７】  混合液がさらに担体DNAを含む、請求項26記載の方法。
【請求項６８】  混合段階の前に試料中の標的ヌクレオチド配列を増幅する段階をさらに含む、請求項26記載の方法。
【請求項６９】  増幅段階が、試料をポリメラーゼに基づく増幅手順に供することによって行われる、請求項68記載の方法。
【請求項７０】  ポリメラーゼに基づく増幅手順が、DNAポリメラーゼを用いて行われる、請求項68記載の方法。
【請求項７１】  ポリメラーゼに基づく増幅手順が、逆転写酵素を用いて行われる、請求項68記載の方法。
【請求項７２】  ポリメラーゼに基づく増幅手順が、RNAポリメラーゼを用いて行われる、請求項68記載の方法。
【請求項７３】  増幅段階が、試料中の標的ヌクレオチド配列をリガーゼ連鎖反応過程に供することによって行われる、請求項68記載の方法。
【請求項７４】  オリゴヌクレオチドプローブセットが、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、修飾リボヌクレオチド、修飾デオキシリボヌクレオチド、ペプチド核酸、修飾ペプチド核酸、修飾リン酸-糖骨格オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド類似体、およびそれらの混合物からなる群より選択される、請求項26記載の方法。
【請求項７５】  細菌性、ウイルス性、寄生性（parasitic）、および真菌性の感染病原体（agent）によって引き起こされる感染症を検出するために使用される、請求項26記載の方法。
【請求項７６】  感染症が、大腸菌（Escherichia coli）、サルモネラ菌（Salmonella）、赤痢菌（Shigella）、クレブシエラ（Klebsiella）、シュードモナス（Pseudomonas）、リステリア菌（Listeria monocytogenes）、結核菌（Mycobacterium tuberculosis）、マイコバクテリウム・アビウム-イントラセルラーレ（Mycobacterium avium-intracellulare）、エルシニア（Yersinia）、フランシセラ（Francisella）、パスツレラ（Pasteurella）、ブルセラ（Brucella）、クロストリジウム（Clostridia）、百日咳菌（Bordetella pertussis）、バクテロイデス（bacteroides）、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）、肺炎連鎖球菌（Streptococcus pneumonia）、β型溶血連鎖球菌（β-Hemolytic strep.）、コリネバクテリウム（Corynebacteria）、レジオネラ（Legionella）、マイコプラズマ（Mycoplasma）、ウレアプラズマ（Ureaplasma）、クラミジア（Chlamydia）、淋菌（Neisseria gonorrhea）、髄膜炎菌（Neisseria meningitides）、インフルエンザ菌（Hemophilus influenza）、エンテロコッカス・フェカーリス（Enterococcus faecalis）、プロテウス・ブルガリス（Proteus vulgaris）、プロテウス・ミラビリス（Proteus mirabilis）、ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）、梅毒トレポネーマ（Treponema palladium）、ボレリア・バーグドーフェリ（Borrelia burgdorferi）、回帰熱ボレリア（Borrelia recurrentis）、リケッチア（Rickettsial）病原菌、ノカルジア（Nocardia）、およびアクチノミセス（Acitnomycetes）からなる群より選択される細菌によって引き起こされる、請求項75記載の方法。
【請求項７７】  感染症が、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Cryptococcus neoformans）、ブラストミセス・デルマティティディス（Blastomyces dermatitidis）、ヒストプラスマ・カプスラーツム（Histoplasma capsulatum）、コクシジオイデス・イミチス（Coccidioides immitis）、ブラジルパラコクシジオイデス（Paracoccidioides brasiliensis）、カンジダ・アルビカンス（Candida albicans）、アスペルギルス・フミガーツス（Aspergillus fumigatus）、藻菌類（Phycomycetes）(クモノスカビ（Rhizopus）)、スポロトリックス・シェンキィ（Sporothrix schenckii）、クロモミコーシス（Chromomycosis）、およびマズラミコーシス（Maduromycosis）からなる群より選択される真菌性感染病原体によって引き起こされる、請求項75記載の方法。
【請求項７８】  感染症が、ヒト免疫不全ウイルス、ヒトTリンパ球好性ウイルス、肝炎ウイルス（例えば、Ｂ型肝炎ウイルスおよびＣ型肝炎ウイルス）、エプスタイン-バーウイルス、サイトメガロウイルス、ヒトパピローマウイルス、オルソミクソウイルス、パラミクソウイルス、アデノウイルス、コロナウイルス、ラブドウイルス、ポリオウイルス、トガウイルス、ブンヤウイルス、アレナウイルス、風疹ウイルス、およびレオウイルスからなる群より選択されるウイルス性感染病原体によって引き起こされる、請求項75記載の方法。
【請求項７９】  感染症が、熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）、四日熱マラリア原虫（Plasmodium malaria）、三日熱マラリア原虫（Plasmodium vivax）、卵形マラリア原虫（Plasmodium ovale）、回旋糸状虫（Onchocerca volvulus）、リーシュマニア（Leishmania）、トリパノソーマ種（Trypanosoma spp.）、住血吸虫種（Schistosoma spp.）、赤痢アメーバ（Entamoeba histolytica）、クリプトスポリジウム（Cryptosporidium）、ジアルジア種（Giardia spp.）、トリコモナス種（Trichomonas spp.）、大腸バランチジウム（Balantidium coli）、バンクロフト糸状虫（Wuchereria bancrofti）、トキソプラズマ種（Toxoplasma spp.）、蟯虫（Enterobius vermicularis）、回虫（Ascaris lumbricoides）、鞭虫（Trichuris trichiura）、メジナ虫（Dracunculus medinesis）、吸虫類（trematodes）、広節裂頭条虫（Diphyllobothrium latum）、条虫種（Taenia spp.）、ニューモシスチス・カリニ（Pneumocystis carinii）、およびアメリカ鉤虫（Necator americanis）からなる群より選択される寄生性感染病原体によって引き起こされる、請求項75記載の方法。
【請求項８０】  遺伝病を検出するために使用される、請求項26記載の方法。
【請求項８１】  遺伝病が、21ヒドロキシラーゼ欠損症、嚢胞性線維症、脆弱Ｘ症候群、ターナー症候群、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ダウン症候群、心臓病、単一遺伝子疾患、HLA型判定（HLA typing）、フェニルケトン尿症、鎌形赤血球貧血、テイ・サックス（Tay-Sachs）症候群、地中海貧血、クラインフェルター症候群、ハンチントン病、自己免疫疾患、リピドーシス、肥満疾患（obesity defect）、血友病、先天性代謝異常、および糖尿病からなる群より選択される、請求項80記載の方法。
【請求項８２】  癌遺伝子、腫瘍抑制遺伝子、またはDNAの増幅、複製、組み換え、もしくは修復に関与する遺伝子が関与する癌を検出するために使用される、請求項26記載の方法。
【請求項８３】  癌が、BRCA1遺伝子、p53遺伝子、家族性大腸ポリポーシス、Her2/Neu増幅、Bcr/Ab1、K-ras遺伝子、16型および18型のヒトパピローマウイルス、白血病、大腸癌、乳癌、肺癌、前立腺癌、脳腫瘍、中枢神経系腫瘍、膀胱腫瘍、メラノーマ、肝臓癌、骨肉腫およびその他の骨癌、精巣癌および卵巣癌、ENT腫瘍、ならびに異型接合性の喪失からなる群より選択される遺伝子に関連している、請求項82記載の方法。
【請求項８４】  環境モニタリング、法医学、ならびに食品および飼料の業界のモニタリングに使用される、請求項26記載の方法。
【請求項８５】  検出する段階が以下の段階を含む、請求項26記載の方法：
特定の部位で支持体をスキャンして、オリゴヌクレオチドプローブセットの連結が起こったかどうかを同定する段階；および
同定した連結を標的ヌクレオチド配列の有無に相関させる段階。
【請求項８６】  スキャンする段階が、走査電子顕微鏡、電子顕微鏡、共焦点顕微鏡、電荷結合素子、操作トンネル電子顕微鏡、赤外顕微鏡、原子間力顕微鏡、電気伝導度、および蛍光またはリン光体の画像化によって行われる、請求項85記載の方法。
【請求項８７】  相関させる段階が、コンピュータを用いて行われる、請求項85記載の方法。
【請求項８８】  混合液を支持体に接触させる段階が、45℃〜90℃の温度で最高60分間までの期間である、請求項26記載の方法。
【請求項８９】  複数の捕捉オリゴヌクレオチドの一部が同じヌクレオチド配列を有し、かつ異なる標的ヌクレオチド配列の一部について異なる標識が使用される、請求項26記載の方法。
【請求項９０】  複数の捕捉オリゴヌクレオチドがそれぞれ異なるヌクレオチド配列を有する、請求項26記載の方法。
【請求項９１】  各々の捕捉オリゴヌクレオチドが、連結したオリゴヌクレオチドプローブセットが接触段階の際にハイブリダイズしない仕切り（barrier）オリゴヌクレオチドによって、隣接する捕捉オリゴヌクレオチドと分割された、隣接する捕捉オリゴヌクレオチドを有する、請求項89記載の方法。
【請求項９２】  オリゴヌクレオチドプローブセットの位置特定可能なアレイ特異的部分に捕捉オリゴヌクレオチドがハイブリダイズする温度よりも低い温度で、オリゴヌクレオチドプローブセットが標的ヌクレオチド配列にハイブリダイズする、請求項26記載の方法。
【請求項９３】  以下の段階をさらに含む、請求項26記載の方法：
混合液を一連のリガーゼ検出反応サイクルに供する段階の後に、混合液を化学的または酵素的に処理して、連結しなかったオリゴヌクレオチドプローブを破壊する段階。
【請求項９４】  処理する段階がエキソヌクレアーゼを用いて行われる、請求項93記載の方法。
【請求項９５】  以下の段階をさらに含む、請求項26記載の方法：
捕捉オリゴヌクレオチドに結合したオリゴヌクレオチドを除去して、固定化された捕捉オリゴヌクレオチドを有する支持体の再利用を可能にする段階。
【請求項９６】  支持体が、異なる部位に固定化された異なる捕捉オリゴヌクレオチドを含み、異なる捕捉オリゴヌクレオチドは異なる位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的であり、それによって、異なるオリゴヌクレオチドプローブセットが支持体上の異なる部位で捕捉されて検出される、請求項26記載の方法。
【請求項９７】  支持体が、支持体上に固定化された同じ捕捉オリゴヌクレオチドを含み、捕捉オリゴヌクレオチドはすべての位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的であり、オリゴヌクレオチドプローブセットに結合した標識が異なっており、それによって、異なるオリゴヌクレオチドプローブセットが異なる標識により検出されて区別される、請求項26記載の方法。
【請求項９８】  二重多量体ユニットの集合が図26に示される、請求項26記載の方法。
【請求項９９】  二重多量体ユニットの集合が図27に示される、請求項26記載の方法。
【請求項１００】  除去された二重多量体ユニットの集合が、四量体の数の12.5倍未満および四量体の数の14倍を上回る融解温度（摂氏）を有する、請求項26記載の方法。
【請求項１０１】  二重多量体ユニットが24merを有し、かつ二重多量体ユニットの融解温度が75℃〜84℃である、請求項26記載の方法。
【請求項１０２】  四量体のセットが表1に示されたものおよびその相補体である、請求項26記載の方法。
【請求項１０３】  四量体のセットが、表1に示される四量体の1塩基の円順列およびその相補体である、請求項26記載の方法。
【請求項１０４】  四量体のセットが、表1に示される四量体の2塩基の円順列およびその相補体である、請求項26記載の方法。
【請求項１０５】  四量体のセットが、表1に示される四量体の3塩基の円順列およびその相補体である、請求項26記載の方法。
【請求項１０６】  複数の標的ヌクレオチド配列における単一塩基の変化、挿入、欠失、または転座により異なる複数の配列のうち1つまたは複数を同定するためのキットであり、以下を含むキット：
リガーゼ；
特定のセット中のオリゴヌクレオチドプローブは、各々の標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする場合、共に連結するのに適しているが、試料中に存在する他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合は、そのような連結を妨げるミスマッチを有する、(a)標的配列特異的部分および位置特定可能なアレイ特異的部分を有する第1のオリゴヌクレオチドプローブ、および(b)標的配列特異的部分および検出可能なレポーター標識を有する第2のオリゴヌクレオチドプローブにより各々が特徴づけられる、複数のオリゴヌクレオチドプローブセット；ならびに
異なる位置に固定化された異なる捕捉オリゴヌクレオチドを有する支持体、ここで、捕捉オリゴヌクレオチドは、位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的なヌクレオチド配列を有し、二重多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合から形成されており、ここで位置特定可能なアレイ特異的部分を有するオリゴヌクレオチドは、多量体ユニット中の四量体の数の4倍を上回る狭い温度範囲内で、ほとんどミスマッチなく捕捉オリゴヌクレオチドのメンバーにハイブリダイズすると考えられ、二重多量体ユニットオリゴヌクレオチドは以下のような四量体のセットから形成され：(1)セット内の各四量体は、セット内のすべての他の四量体と少なくとも2つのヌクレオチド塩基が異なり、(2)互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、(3)回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在せず、かつ、捕捉オリゴヌクレオチドが位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的なヌクレオチド配列を有する、二重多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合の中から以下のオリゴヌクレオチドが除去されている：(1)四量体の数の11倍未満および四量体の数の15倍を上回る融解温度（摂氏）を有するオリゴヌクレオチド、(2)同じ四量体が3つ連結した二重多量体ユニット、ならびに(3)同じ四量体が中断ありまたはなしで4つ連結した多量体ユニット。
【請求項１０７】  それぞれの標的ヌクレオチド配列以外のヌクレオチド配列に対するオリゴヌクレオチドプローブセットのミスマッチがそれぞれの標的ヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合に、各セットのオリゴヌクレオチドプローブが互いに連結する連結接合部の塩基にある、請求項106記載のキット。
【請求項１０８】  ミスマッチが、連結接合部に3'末端を有するオリゴヌクレオチドプローブセットのオリゴヌクレオチドプローブ上にある、請求項106記載のキット。
【請求項１０９】  それぞれの標的ヌクレオチド配列以外のヌクレオチド配列に対するオリゴヌクレオチドプローブセットのミスマッチがそれぞれの標的ヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合に、各セットのオリゴヌクレオチドプローブが互いに連結する連結接合部に隣接する塩基にある、請求項106記載のキット。
【請求項１１０】  ミスマッチが、連結接合部に3'末端を有するオリゴヌクレオチドプローブセットのオリゴヌクレオチドプローブ上にある、請求項109記載のキット。
【請求項１１１】  リガーゼが、サーマス・アクアティクス（Thermus aquaticus）リガーゼ、サーマス・サーモフィルス（Thermus thermophilus）リガーゼ、大腸菌（E. coli）リガーゼ、T4リガーゼ、およびピロコッカス（Pyrococcus）リガーゼからなる群より選択される、請求項106記載のキット。
【請求項１１２】  標的ヌクレオチド配列の予備増幅に適した増幅プライマー、および
ポリメラーゼ
をさらに含む、請求項106記載のキット。
【請求項１１３】  支持体が、異なる特定の部位に固定化された異なる捕捉オリゴヌクレオチドを含み、異なる捕捉オリゴヌクレオチドは異なる位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的であり、それによって異なるオリゴヌクレオチドプローブセットが支持体上の異なる部位でハイブリダイズして検出される、請求項106記載のキット。
【請求項１１４】  支持体が、支持体上に固定化された同じ捕捉オリゴヌクレオチドを含み、捕捉オリゴヌクレオチドはすべての位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的であり、かつオリゴヌクレオチドプローブセットに結合した標識は異なり、それによって、オリゴヌクレオチドプローブセットが異なる標識によって検出されて区別される、請求項106記載のキット。
【請求項１１５】  オリゴヌクレオチドプローブセットの位置特定可能なアレイ特異的部分に捕捉オリゴヌクレオチドがハイブリダイズする温度よりも低い温度で、オリゴヌクレオチドプローブセットがそれぞれ標的ヌクレオチド配列に対してハイブリダイズするように、オリゴヌクレオチドプローブセットおよび捕捉オリゴヌクレオチドが構成されている、請求項106記載のキット。
【請求項１１６】  二重多量体ユニットの集合が図26に示される、請求項106記載のキット。
【請求項１１７】  二重多量体ユニットの集合が図27に示される、請求項106記載のキット。
【請求項１１８】  除去された二重多量体ユニットの集合が、四量体の数の12.5倍未満および四量体の数の14倍を上回る融解温度（摂氏）を有する、請求項106記載のキット。
【請求項１１９】  二重多量体ユニットが24merを有し、二重多量体ユニットの融解温度が75℃〜84℃である、請求項106記載のキット。
【請求項１２０】  四量体のセットが表1に示されるものまたはその相補体である、請求項106記載のキット。
【請求項１２１】  四量体のセットが、表1に示される四量体の1塩基の円順列およびその相補体である、請求項106記載のキット。
【請求項１２２】  四量体のセットが、表1に示される四量体の2塩基の円順列およびその相補体である、請求項106記載のキット。
【請求項１２３】  四量体のセットが、表1に示される四量体の3塩基の円順列およびその相補体である、請求項106記載のキット。
【請求項１２４】  固体支持体上で捕捉オリゴヌクレオチドに対して不適切に交差ハイブリダイズすると考えられるリガーゼ検出反応オリゴヌクレオチドの合成を避けるための方法であり、以下の段階を含む方法：
リガーゼ検出反応オリゴヌクレオチドを捕捉オリゴヌクレオチドと比較する段階；および
リガーゼ検出反応オリゴヌクレオチドに交差ハイブリダイズする可能性のある任意の捕捉オリゴヌクレオチドを同定する段階。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００２】
発明の属する分野
本発明は、複数の捕捉オリゴヌクレオチドプローブが狭い範囲の融解温度を有し、相補的オリゴヌクレトチドがほとんどミスマッチなくハイブリダイズする支持体上で使用するための複数の捕捉オリゴヌクレオチドプローブを設計する方法に関する。本発明の別の局面は、支持体上に固定された複数のオリゴヌクレオチドプローブを有する支持体、複数の標的ヌクレオチド配列における単一塩基変化、挿入、欠失または転座を検出するために支持体を使用する方法、およびオリゴヌクレオチドが固定されている支持体を含むそのような検出用のキットに関する。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２４】
発明の概要
本発明は、複数の捕捉オリゴヌクレオチドプローブが狭い範囲の融解温度を有し、相補的オリゴヌクレトチドがほとんどミスマッチなくハイブリダイズする支持体上で使用するための複数の捕捉オリゴヌクレオチドプローブを設計する方法に関する。本方法の第1段階は、（1）セット内の各四量体がセット内の他の全ての四量体と少なくとも2ヌクレオチド塩基異なり、（2）互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、（3）回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在せず、かつ（4）1以下または3以上のヌクレオチドGまたはCを有する四量体はセット内に存在しない、互いに連結された4個のヌクレオチドである、複数の四量体の第1のセットを提供する段階を含む。第1のセットの2個から4個の四量体の群は多量体ユニットの集合を形成するために互いに連結される。多量体ユニットの集合から、同じ四量体から形成された全ての多量体ユニット、および多量体ユニットを形成する四量体の数の4倍未満の融解温度（摂氏）を有する全ての多量体ユニットが、多量体ユニットの修飾型集合を形成するために除去される。多量体ユニットの修飾型集合は一覧において融解温度順に配置される。多量体ユニットの修飾型集合の順番は、融解温度の2℃の増分内で無作為化される。一覧中の交互の多量体ユニットはその後、第1および第2の亜集合に分割され、各々は融解温度順に配置される。2番目の亜集合の順番を反転させた後、2倍の多量体ユニットの集合を形成するために、反転された2番目の集合に第1の集合が順に連結される。2倍の多量体ユニットの修飾型集合を形成するために、2倍の多量体ユニットの集合から、（1）四量体の数の11倍未満および四量体の数の15倍超の融解温度（摂氏）を有する、（2）同じ3個の四量体が相互に連結された2倍の多量体ユニット、および（3）同じ4個の四量体が分断ありでまたはなしで相互に連結された2倍の多量体ユニットを有するそれらのユニットが除去される。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２５】
本発明の別の局面は、支持体および支持体上の異なる部位の2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合を含むので、固体支持体上に固定された相補的オリゴヌクレオチドが異なる位置に捕捉されることができる、オリゴヌクレオチドアレイに関する。相補的オリゴヌクレオチドは、24℃超の狭い温度範囲内で2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合の構成員にほとんどミスマッチなくハイブリダイズすると考えられる。（1）セット内の各四量体がセット内の他の全ての四量体と少なくとも2ヌクレオチド塩基異なり、（2）互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、および（3）回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在しない、四量体セットから2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドが形成され、2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合はそれから以下のオリゴヌクレオチドを除去した：（1）四量体の数の12.5倍未満および四量体の数の14倍超の融解温度（摂氏）を有するオリゴヌクレオチド、（2）同じ3つの四量体が相互に連結された2倍の多量体ユニット、および（3）同じ4つの四量体が分断ありでまたはなしで相互に連結された多量体ユニット。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２６】
本発明のさらに別の局面は、複数の標的ヌクレオチド配列における一つまたは複数の単一塩基変化、挿入、欠失または転座により異なる、一つまたは複数の配列を同定する方法に関する。この方法は複数の配列差異を有する一つまたは複数の標的ヌクレオチド配列を潜在的に含む試料を提供することを含む。複数のオリゴヌクレオチドプローブセットにはまた、（a）標的特異的部分および位置特定可能なアレイ特異的部分を有する第1のオリゴヌクレオチドプローブ、および（b）標的特異的部分および検出可能なレポーター標識を含む第2のオリゴヌクレオチドプローブにより特徴付けられる各セットが提供される。特定のセットにおけるオリゴヌクレオチドプローブは、相当する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする時には、相互連結されるのに適切であるが、しかし試料中に存在するその他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合はそのような連結を妨害するミスマッチを有する。リガーゼにはまた、試料、複数のオリゴヌクレオチドプローブセット、および混合液を形成するために混濁されたリガーゼが提供される。任意のハイブリダイズしているオリゴヌクレオチドが標的ヌクレオチド配列から分離される変性処理、および、もし試料中に存在するならば各々の標的ヌクレオチド配列に、塩基特異的な様式でオリゴヌクレオチドプローブセットが隣接部位でハイブリダイズし、および（a）位置特定可能なアレイ特異的部分、（b）互いに連結された標的特異的部分、および（c）検出可能なレポーター標識を含む、連結産物配列を形成するために互いに連結される、ハイブリダイゼーション処理を含む一回または複数のリガーゼ検出反応サイクルにこの混合液は供される。オリゴヌクレオチドプローブセットは各々の標的ヌクレオチド配列以外の、試料中に存在するヌクレオチド配列にハイブリダイズしうるが、しかし一つまたは複数のミスマッチの存在のために相互に連結されず、変性処理で個々に分離される。捕捉オリゴヌクレオチドが位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的なヌクレオチド配列を有し、2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合から形成される、異なる部位に固相化された異なる捕捉オリゴヌクレオチドが支持体に提供される。位置特定可能なアレイ特異的部分を有するオリゴヌクレオチドは、多量体ユニット内の四量体の数の4倍超の狭い温度範囲内で、捕捉オリゴヌクレオチドの集合の構成員に、ほとんどミスマッチなくハイブリダイズすると考えられる。（1）セット内の各四量体がセット内の他の全ての四量体と少なくとも2ヌクレオチド塩基異なり、（2）互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、および（3）回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在しない四量体セットから2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドが形成される。2倍の多量体ユニットの修飾型集合を形成するために、2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合はそれから以下のオリゴヌクレオチドを除去している：（1）四量体の数の11倍未満および四量体の数の15倍超の融解温度（摂氏）を有するオリゴヌクレオチド、（2）同じ3つの四量体が相互に連結された2倍の多量体ユニット、および（3）同じ4つの四量体が分断ありでまたはなしで相互��連結された2倍の多量体ユニット。混合液を一回または複数のリガーゼ検出反応サイクルに供した後に、位置特定可能なアレイ特異的部分が捕捉オリゴヌクレオチドプローブに塩基特異的様式でハイブリダイズし、それにより位置特定可能なアレイ特異的部分が、相補的捕捉オリゴヌクレオチドを有する部位に支持体上で捕捉されるのに有効な条件下で混合液が支持体に接触される。特定部位において支持体に捕捉された連結産物のレポーター標識が検出され、試料中に一つまたは複数の標的ヌクレオチド配列が存在することを示す。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２７】
本発明の別の局面は、複数の標的ヌクレオチド配列における1塩基の変化、挿入、欠失または転座により異なる一つまたは複数の配列を同定するキットに関する。リガーゼに加えて、そのキットは、特定のセットにおけるオリゴヌクレオチドプローブは、各々の標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする時は互いに連結されるのに適切であるが、しかしに存在するその他のヌクレオチド配列にハイブリダイズする時はそのような連結を妨害するミスマッチを有する、（a）標的配列特異的部分および位置特定可能なアレイ特異的部分を有する第1のオリゴヌクレオチドプローブ、および（b）標的配列特異的部分および検出可能なレポーター部分を含む第2のオリゴヌクレオチドプローブにより各々が特徴付けられる複数のオリゴヌクレオチドプローブセットを含む。捕捉オリゴヌクレオチドが位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的なヌクレオチド配列を有し、2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合から形成される、異なる部位に固相化された異なる捕捉オリゴヌクレオチドを有する支持体もまたキット中に見出される。位置特定可能なアレイ特異的部分を有するオリゴヌクレオチドは、多量体ユニット内の四量体の数の4倍超の狭い温度範囲内で、捕捉オリゴヌクレオチドの集合の構成員にほとんどミスマッチなくハイブリダイズすると考えられる。（1）セット内の各四量体がセット内の他の全ての四量体と少なくとも2ヌクレオチド塩基異なり、（2）互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、および（3）回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在しない、四量体セットから、2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドが形成される。2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合はそれから以下のオリゴヌクレオチドを除去している：捕捉オリゴヌクレオチドが位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的なヌクレオチド配列を有する、（1）四量体の数の11倍未満および四量体の数の15倍超の融解温度（摂氏）を有するオリゴヌクレオチド、（2）同じ3つの四量体が相互に連結された2倍の多量体ユニット、および（3）同じ4つの四量体が分断ありまたはなしで相互に連結された2倍の多量体ユニット。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２９】
発明および図面の詳細な説明
本発明は、複数の捕捉オリゴヌクレオチドプローブが狭い範囲の融解温度を有し、相補的オリゴヌクレトチドがほとんどミスマッチなくハイブリダイズする支持体上で使用するための複数の捕捉オリゴヌクレオチドプローブを設計する方法に関する。本方法の第1段階は、（1）セット内の各四量体がセット内の他の全ての四量体と少なくとも2ヌクレオチド塩基異なり、（2）互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、（3）回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在せず、かつ（4）1以下または3以上のヌクレオチドGまたはCを有する四量体はセット内に存在しない、互いに連結された4個のヌクレオチドである、複数の四量体の第1のセットを提供する段階を含む。第1のセットの2個から4個の四量体の群は多量体ユニットの集合を形成するために互いに連結される。多量体ユニットの集合から、同じ四量体から形成された全ての多量体ユニット、および多量体ユニットを形成する四量体の数の4倍未満の融解温度（摂氏）を有する全ての多量体ユニットが、多量体ユニットの修飾型集合を形成するために除去される。多量体ユニットの修飾型集合は一覧において融解温度順に配置される。多量体ユニットの修飾型集合の順番は、融解温度の2℃の増分内で無作為化される。一覧中の交互の多量体ユニットはその後、第1および第2の亜集合に分割され、各々は融解温度順に配置される。2番目の亜集合の順番を反転させた後、2倍の多量体ユニットの集合を形成するために、反転された2番目の集合に第1の集合が順に連結される。2倍の多量体ユニットの修飾型集合を形成するために、2倍の多量体ユニットの集合から、（1）四量体の数の11倍未満および四量体の数の15倍超の融解温度（摂氏）を有する、（2）同じ3個の四量体が相互に連結された2倍の多量体ユニット、および（3）同じ4個の四量体が分断ありでまたはなしで相互に連結された2倍の多量体ユニットを有するそれらのユニットが除去される。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３０】
本発明の別の局面は、支持体および支持体上の異なる部位の2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合を含むので、固体支持体上に固定された相補的オリゴヌクレオチドが異なる位置に捕捉されることができる、オリゴヌクレオチドアレイに関する。相補的オリゴヌクレオチドは、24℃超の狭い温度範囲内で2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合の構成員にほとんどミスマッチなくハイブリダイズすると考えられる。（1）セット内の各四量体がセット内の他の全ての四量体と少なくとも2ヌクレオチド塩基異なり、（2）互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、および（3）回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在しない、四量体セットから2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドが形成され、2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合はそれから以下のオリゴヌクレオチドを除去した：（1）四量体の数の12.5倍未満および四量体の数の14倍超の融解温度（摂氏）を有するオリゴヌクレオチド、（2）同じ3つの四量体が相互に連結された2倍の多量体ユニット、および（3）同じ4つの四量体が分断ありでまたはなしで相互に連結された多量体ユニット。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３１】
本発明のさらに別の局面は、複数の標的ヌクレオチド配列における一つまたは複数の単一塩基変化、挿入、欠失または転座により異なる、一つまたは複数の配列を同定する方法に関する。この方法は複数の配列差異を有する一つまたは複数の標的ヌクレオチド配列を潜在的に含む試料を提供することを含む。複数のオリゴヌクレオチドプローブセットにはまた、（a）標的特異的部分および位置特定可能なアレイ特異的部分を有する第1のオリゴヌクレオチドプローブ、および（b）標的特異的部分および検出可能なレポーター標識を含む第2のオリゴヌクレオチドプローブにより特徴付けられる各セットが提供される。特定のセットにおけるオリゴヌクレオチドプローブは、相当する標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする時には、相互連結されるのに適切であるが、しかし試料中に存在するその他の任意のヌクレオチド配列にハイブリダイズする場合はそのような連結を妨害するミスマッチを有する。リガーゼにはまた、試料、複数のオリゴヌクレオチドプローブセット、および混合液を形成するために混濁されたリガーゼが提供される。任意のハイブリダイズしているオリゴヌクレオチドが標的ヌクレオチド配列から分離される変性処理、および、もし試料中に存在するならば各々の標的ヌクレオチド配列に、塩基特異的な様式でオリゴヌクレオチドプローブセットが隣接部位でハイブリダイズし、および（a）位置特定可能なアレイ特異的部分、（b）互いに連結された標的特異的部分、および（c）検出可能なレポーター標識を含む、連結産物配列を形成するために互いに連結される、ハイブリダイゼーション処理を含む一回または複数のリガーゼ検出反応サイクルにこの混合液は供される。オリゴヌクレオチドプローブセットは各々の標的ヌクレオチド配列以外の、試料中に存在するヌクレオチド配列にハイブリダイズしうるが、しかし一つまたは複数のミスマッチの存在のために相互に連結されず、変性処理で個々に分離される。捕捉オリゴヌクレオチドが位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的なヌクレオチド配列を有し、2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合から形成される、異なる部位に固相化された捕捉オリゴヌクレオチドが支持体に提供される。位置特定可能なアレイ特異的部分を有するオリゴヌクレオチドは、多量体ユニット内の四量体の数の4倍超の狭い温度範囲内で、捕捉オリゴヌクレオチドの集合の構成員に、ほとんどミスマッチなくハイブリダイズすると考えられる。（1）セット内の各四量体がセット内の他の全ての四量体と少なくとも2ヌクレオチド塩基異なり、（2）互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、および（3）回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在しない四量体セットから2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドが形成される。2倍の多量体ユニットの修飾型集合を形成するために、2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合はそれから以下のオリゴヌクレオチドを除去している：（1）四量体の数の11倍未満および四量体の数の15倍超の融解温度（摂氏）を有するオリゴヌクレオチド、（2）同じ3つの四量体が相互に連結された2倍の多量体ユニット、および（3）同じ4つの四量体が分断ありでまたはなしで相互に連結��れた2倍の多量体ユニット。混合液を一回または複数のリガーゼ検出反応サイクルに供した後に、位置特定可能なアレイ特異的部分が捕捉オリゴヌクレオチドプローブに塩基特異的様式でハイブリダイズし、それにより位置特定可能なアレイ特異的部分が、相補的捕捉オリゴヌクレオチドを有する部位に支持体上で捕捉されるのに有効な条件下で混合液が支持体に接触される。特定部位において支持体に捕捉された連結産物のレポーター標識が検出され、試料中に一つまたは複数の標的ヌクレオチド配列が存在することを示す。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３２】
本発明の別の局面は、複数の標的ヌクレオチド配列における1塩基の変化、挿入、欠失または転座により異なる一つまたは複数の配列を同定するキットに関する。リガーゼに加えて、そのキットは、特定のセットにおけるオリゴヌクレオチドプローブは、各々の標的ヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイズする時は互いに連結されるのに適切であるが、しかしに存在するその他のヌクレオチド配列にハイブリダイズする時はそのような連結を妨害するミスマッチを有する、（a）標的配列特異的部分および位置特定可能なアレイ特異的部分を有する第1のオリゴヌクレオチドプローブ、および（b）標的配列特異的部分および検出可能なレポーター部分を含む第2のオリゴヌクレオチドプローブにより各々が特徴付けられる複数のオリゴヌクレオチドプローブセットを含む。捕捉オリゴヌクレオチドが位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的なヌクレオチド配列を有し、2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合から形成される、異なる部位に固相化された異なる捕捉オリゴヌクレオチドを有する支持体もまたキット中に見出される。位置特定可能なアレイ特異的部分を有するオリゴヌクレオチドは、多量体ユニット内の四量体の数の4倍超の狭い温度範囲内で、捕捉オリゴヌクレオチドの集合の構成員にほとんどミスマッチなくハイブリダイズすると考えられる。（1）セット内の各四量体がセット内の他の全ての四量体と少なくとも2ヌクレオチド塩基異なり、（2）互いに相補的な2つの四量体はセット内に存在せず、および（3）回文構造または2ヌクレオチドの反復である四量体はセット内に存在しない、四量体セットから、2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドが形成される。2倍の多量体ユニットオリゴヌクレオチドの集合はそれから以下のオリゴヌクレオチドを除去している：捕捉オリゴヌクレオチドが位置特定可能なアレイ特異的部分に相補的なヌクレオチド配列を有する、（1）四量体の数の11倍未満および四量体の数の15倍超の融解温度（摂氏）を有するオリゴヌクレオチド、（2）同じ3つの四量体が相互に連結された2倍の多量体ユニット、および（3）同じ4つの四量体が分断ありまたはなしで相互に連結された2倍の多量体ユニット。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】図面の簡単な説明
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【図面の簡単な説明】
【図１】  先行技術および本発明のポリメラーゼ連鎖反応（PCR）/リガーゼ検出反応（LDR）の各過程を示す流れ図であり、点変異などの生殖系列上の変異の検出に関するものである。
【図２】  先行技術および本発明のPCR/LDR過程を示す流れ図であり、癌に関連した変異の検出に関するものである。
【図３】  同一遺伝子の2種の多型（すなわち対立遺伝子の差）におけるホモ接合体またはへテロ接合体の検出を目的とした、対立遺伝子特異的なプローブ上のアドレスを用いる本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図４】  同一遺伝子上の2種の多型（すなわち対立遺伝子の差）におけるホモ接合体またはへテロ接合体の検出を目的とした、共通プローブ上のアドレスを用いる本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図５】  所与の部位において可能なすべての塩基を識別する対立遺伝子特異的なプローブ上のアドレスを用いる、本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図６】  任意の部位において生じうるすべての塩基を識別する共通プローブ上のアドレスを用いる本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図７】  近傍の2か所の部位に存在しうる任意の塩基の有無の検出を目的として、対立遺伝子特異的なプローブ上のアドレスを用いる本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図８】  近傍の2か所の部位に存在しうる任意の塩基の有無の検出を目的として、共通プローブ上のアドレスを用いる本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図９】  挿入および欠失を識別する対立遺伝子特異的なプローブ上のアドレスを用いる本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図１０】  挿入および欠失を識別する共通プローブ上のアドレスを用いる本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図１１】  正常配列が大半を占める中で、数度が低い変異（コドン内）を検出するために対立遺伝子特異的なプローブ上のアドレスを用いる本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図１２】  正常配列が大半を占める中で、数度が低い変異（コドン内）を検出するために共通プローブ上のアドレスを用いる本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図１３】  アドレスが共通プローブ上に位置し、かつ対立遺伝子の差が異なる蛍光シグナルF1、F2、F3、およびF4により識別される、本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図１４】  隣接する対立遺伝子および近接する対立遺伝子の両方を検出する、本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図１５】  ひとつのコドンに対して可能な全ての一塩基変異を検出する、本発明のPCR/LDR過程を示す略図である。
【図１６Ａから図１６Ｐ】  p53チップハイブリダイゼーションおよび洗浄の条件を示す。
【図１７】  オリゴヌクレオチドプローブの捕獲に関する別のフォーマットを示す。図17Bでは、位置特定可能なアレイに特異的な部分が、対立遺伝子特異的なプローブ上にある。各対立遺伝子は、それぞれアドレスZ1およびZ2上の蛍光シグナルの捕獲により識別される。図17Cでは、位置特定可能なアレイに特異的な部分は共通プローブ上にあり、各対立遺伝子は各2本の対立遺伝子に対応する蛍光シグナルF1およびF2の捕獲により識別される。
【図１８】  共有結合修飾、グラフト、固体支持体へのオリゴマー接着のための化学反応を示す。
【図１９】  一連の固有の24merを作製するために使用されることができる、少なくとも2塩基異なる36個の四量体を用いた本発明にしたがった設計を示す。
【図２０】  BRCA1およびBRCA2の変異を検出するためのPCR/PCR/LDR法の概要を示す。
【図２１】  ゲルに基づくアッセイ法におけるBRCA1およびBRCA2の3つの特定の変異を検出するための多重LDR検出を示す。
【図２２】  普遍的DNAマイクロアレイを用いたBRCA1およびBRCA2の3つの特定の変異を検出するための多重LDR検出の概要を示す。
【図２３】  位置特定可能な普遍的マイクロアレイ上のBRCA1およびBRCA2の3つの特定の変異を検出するためのLDR検出を示す。
【図２４】  大腸腫瘍由来のDNAにおける変異の存在を示すp53チップハイブリダイゼーションを示す。
【図２５Ａから図２５ＭＭＭＭ】  本発明にしたがって作製された4633個の捕捉オリゴヌクレオチドの一覧を示す。
【図２６Ａから図２６Ｊ】  本発明にしたがって作製された465個の捕捉オリゴヌクレオチドの一覧を示す。
【図２７Ａおよび図２７Ｂ】  本発明にしたがって作製された96個の捕捉オリゴヌクレオチドの一覧を示す。
【図２８Ａおよび図２８Ｂ】  本発明にしたがって作製された65個の捕捉オリゴヌクレオチドの一覧を示す。
【図２９Ａから図２９ＳＳＳＳ】  本発明にしたがって作製された4633個の捕捉オリゴヌクレオチド（20merPNAの形で）の一覧を示す。
【図３０】  本発明にしたがって作製された96個の捕捉オリゴヌクレオチドの一覧に対する融解温度（すなわちTm）の分布を示す。
【図３１】  本発明にしたがって作製された465個の捕捉オリゴヌクレオチドの一覧に対する融解温度（すなわちTm）の分布を示す。
【図３２】  本発明にしたがって作製された4633個の捕捉オリゴヌクレオチドの一覧に対する融解温度（すなわちTm）の分布を示す。
【図３３】  本発明にしたがって作製された4633個の捕捉オリゴヌクレオチドの一覧に対する融解温度（すなわちTm）の並び替えられた分布を示す。
【図３４】  本発明にしたがって作製された65、96、465および4633個の捕捉オリゴヌクレオチドの一覧における四量体使用度を示す。
【図３５Ａから図３５Ｒ】  アレイ捕捉プローブが標的配列にハイブリダイズしないように設計されることを確実にするための、標的配列をアレイ捕捉プローブと比較するコンピュータープログラムを記載する。
【図３６】  位置特定可能な普遍的マイクロアレイにおける7個の特定のK-ras変異のLDR検出を示す。