【事件の表示】
　特願２００２−３２７５１５「植物の遺伝子に生じた特徴的な塩基配列、及びそれを利用する方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１６年　４月１５日出願公開、特開２００４−１１３２３４〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続きの経緯
　本願は，平成１４年９月２７日の出願であって，平成１９年１２月２１日付で拒絶査定がなされたところ，平成２０年２月７日に審判請求がなされるとともに，平成２０年３月５日に手続補正がなされたものである。
　
第２　平成２０年３月５日の手続補正についての補正却下の決定
［補正却下の決定の結論］
　平成２０年３月５日の手続補正を却下する。
　
［理由］
　本件補正により，請求項１および２は，
　「【請求項１】
　オオムギの「はるな二条」、「赤神力」もしくは「H. spontaneum」に由来する塩基配列またはその相補配列からなるオリゴヌクレオチドを２つ以上組み合わせて有する、有用遺伝子を有する雑種を植物の雑種群から選抜するためのオリゴヌクレオチドセットであって、
　ここで、該塩基配列は、
　　配列番号１〜５３４の何れか１つに表されるＤＮＡ配列の部分配列でありかつ連続する７以上の塩基からなり、
　　表１〜表３９において置換有無がＲと判定されかつ領域内判定がｉｎと判定されたＳＮＰを含む
ことを特徴とする、オリゴヌクレオチドセット。
【請求項２】
　オオムギの「はるな二条」、「赤神力」もしくは「H. spontaneum」に由来する塩基配列またはその相補配列からなるオリゴヌクレオチドを２つ以上組み合わせて固定化してなる、有用遺伝子を有する雑種を植物の雑種群から選抜するためのＤＮＡチップであって、
　ここで、該塩基配列は、
　　配列番号１〜５３４の何れか１つに表されるＤＮＡ配列の部分配列でありかつ連続する１０〜３０塩基からなり、
　　表１〜表３９において置換有無がＲと判定されかつ領域内判定がｉｎと判定されたＳＮＰを含む
ことを特徴とする、ＤＮＡチップ。」
から，
　「【請求項１】
　配列番号１〜５３４の何れか１つに表される塩基配列またはその相補配列からなるオリゴヌクレオチドを全て組み合わせて有する、オオムギの「はるな二条」型、「赤神力」型または「H. spontaneum」型のいずれの型のＳＮＰ型を有する雑種を植物の雑種群から選抜するためのオリゴヌクレオチドセット。
【請求項２】
　配列番号１〜５３４の何れか１つに表される塩基配列またはその相補配列からなるオリゴヌクレオチドを全て組み合わせて固定化してなる、オオムギの「はるな二条」型、「赤神力」型または「H. spontaneum」型のいずれの型のＳＮＰ型を有する雑種を植物の雑種群から選抜するためのＤＮＡチップ。
」に補正された。
　
　上記補正は，補正前の請求項１の，「塩基配列は、配列番号１〜５３４の何れか１つに表されるＤＮＡ配列の部分配列でありかつ連続する７以上の塩基からな」るものを，「配列番号１〜５３４の何れか１つに表される塩基配列」と，その部分配列ではないものに変更するものであり，また，補正前の請求項２の，「塩基配列は、配列番号１〜５３４の何れか１つに表されるＤＮＡ配列の部分配列でありかつ連続する１０〜３０塩基からな」るものを，「配列番号１〜５３４の何れか１つに表される塩基配列」と，その部分配列ではないものに変更するものであるから，特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当しないし，誤記の訂正や明りょうでない記載を釈明するものでない。
　したがって、本件補正は、平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第４項の規定に違反するので、同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　
第３　本願発明について
　平成２０年３月５日の手続補正は，上記のとおり却下されたので，本願の請求項１に係る発明（以下，「本願発明」という。）は，平成１８年２月３日に提出された手続補正書の特許請求の範囲の請求項１に記載された次のとおりのものである。
　
「【請求項１】
　オオムギの「はるな二条」、「赤神力」もしくは「H. spontaneum」に由来する塩基配列またはその相補配列からなるオリゴヌクレオチドを２つ以上組み合わせて有する、有用遺伝子を有する雑種を植物の雑種群から選抜するためのオリゴヌクレオチドセットであって、
　ここで、該塩基配列は、
　　配列番号１〜５３４の何れか１つに表されるＤＮＡ配列の部分配列でありかつ連続する７以上の塩基からなり、
　　表１〜表３９において置換有無がＲと判定されかつ領域内判定がｉｎと判定されたＳＮＰを含む
ことを特徴とする、オリゴヌクレオチドセット。」
　
第４　原査定の理由
　平成１９年１２月２１日付の拒絶査定の理由の概要は，本願発明は、その出願前日本国内又は外国において頒布された下記の刊行物に記載された発明又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明に基いて、その出願前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであり，また，本願は、発明の詳細な説明の記載について、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていないというものである。
第５　当審の判断
（１）特許法第２９条第２項について
１．引用例
　原査定の拒絶の理由にて引用された，本願出願日前に頒布された刊行物である「佐藤　和広　他，育種学研究2001．Oct., 第３巻,別冊２号, p.114」（以下，「引用例」という。）は，「オオムギＥＳＴに見いだされた一塩基置換多型」なる表題のもので，
　「岡山大学資源生物科学研究所では国立遺伝学研究所との共同研究によって，ｃＤＮＡクローンの大量シーケンシングプロジェクトを進めており，現在までに約４３，０００シーケンスを解析し，約１万のUnigeneを得た（佐藤ら2001)．その結果を解析したところ，異なる系統に由来するクローンが同じUnigeneに含まれている場合に，一塩基置換多型が認められたので報告する．
［材料および方法］醸造用オオムギ「はるな二条」（発芽時の芽，幼苗の葉身，止葉期の上位3葉），在来ハダカムギ「赤神力」（栄養成長期の葉身）および野生オオムギＨ．ｓｐｏｎtａｎｅｕｍ（OUH602）（止葉期の上位3葉）を使用し，高橋ら（育種学研究第2巻別1）の方法に従ってcDNAライブラリーをそれぞれ作成した．シーケンス解析は国立遺伝学研究所のシーケンシングセンターで行った．各クローン3'および5’の両端からシーケンス解析し,Dynaclustv4.0を用いてクローンのクラスタリングおよびmultiple　alignmentを行った．さらに，コンティグ配列に異なる塩基配列が含まれている際にその部位を検出するアプリケーションを作成して，それぞれの遺伝子型で異なる配列が２クローン以上ある場合に一塩基置換とした(Fig.l)．
［結果および考察］一塩基置換の総数は1,104であり，特にはるな二条とOUH602の間に存在する多型が703と最も多かった(Table1）．また，一塩基置換は複数の系統間に認められる場合もあった．ただし，系統別のシーケンス解析総数は，「はるな二条」(27,403)，「H602」(11,848)および「赤神力」(4,169)と大きく異なっているので，系統間の多型性程度は一塩基置換の数で単純に比較できない，
　1,104の一塩基置換をクラスター別に整理すると，369に集約できた．クラスター内に１つの一塩基置換を有するクラスターが最も多いものの，むしろ複数の一塩基置換を有するクラスターが多く，クラスター内に最大25の多型配列が認められた（Table2）．
　これらの一塩基置換については，それぞれプライマーを設計してシーケンス解析し，ゲノム上の配列を再確認している，また，一塩基置換の多型部位を用いてそれぞれのクラスター（ＥＳＴ）をマップするための手法を開発している．」と記載されるとともに，図１及び表１，２が掲げられている。
　
２．対比
　上記した引用例の記載から明らかなように，そこには，オオムギの品種間で，一塩基置換の多型部位を有する369のクラスターが記載され，表１に，「はるな二条」，「赤神力」及び「Ｈ．ｓｐｏｎtａｎｅｕｍ（OUH602）」のそれぞれの間で異なる一塩基置換の多型部位が複数あることが示され，表２にクラスターグループに複数の一塩基置換の多型部位があることが示されている。そうすると，引用例には，「はるな二条」，「赤神力」及び「Ｈ．ｓｐｏｎtａｎｅｕｍ（OUH602）」のそれぞれの間で異なるＳＮＰを含む複数のクラスター，すなわち２つ以上組み合わせたオリゴヌクレオチドセットが記載されているものである。
　そうすると，本願発明と引用例に記載された発明は，「オオムギの「はるな二条」、「赤神力」もしくは「H. spontaneum」に由来する塩基配列またはその相補配列からなるオリゴヌクレオチドを２つ以上組み合わせて有する、オリゴヌクレオチドセットであって、
　ここで、該塩基配列は、ＳＮＰを含むオリゴヌクレオチドセット」ある点で一致しているが，以下の点で相違している。
　
相違点１：
　本願発明のオリゴヌクレオチドセットは，有用遺伝子を有する雑種を植物の雑種群から選抜するためのものであるのに対し，引用例には，そのようなことが記載されていない点。
　
相違点２：
　本願発明の，「オオムギの「はるな二条」、「赤神力」もしくは「H. spontaneum」に由来する塩基配列またはその相補配列からなるオリゴヌクレオチド」における塩基配列が，「配列番号１〜５３４の何れか１つに表されるＤＮＡ配列の部分配列でありかつ連続する７以上の塩基からな」るものであるとともに，「表１〜表３９において置換有無がＲと判定されかつ領域内判定がｉｎと判定されたＳＮＰを含む」ものであるのに対し，引用例には，オリゴヌクレオチドセットがＳＮＰを含むことが記載されているだけであり，その配列さえ全く示されていない点。
　
３．判断
ア）相違点１について
　ＳＮＰをマーカーとして育種に用いようとすることは周知のことであり（例えば，Current Opinion in Plant Biology, 5 (2002) p.94-100，Proc. Natl, Acad. Sci. USA., 98 (2001) p.11479-11484，The Veterinary Journal, 160 (2000) p.42-52など），オオムギの育種技術の当業者であれば，オオムギの育種のために，オオムギにおけるＳＮＰを見出し，有用遺伝子を有する雑種を植物の雑種群から選抜するために，そのＳＮＰを利用したいと，当然に想到するものである。そして，複数の有用形質を持ったものを育種しようとすれば，２つ以上組み合わせたオリゴヌクレオチドセットとするものである。
　
イ）相違点２について
　引用例には，「はるな二条」、「赤神力」及び「H. spontaneum」のそれぞれの間にあるＳＮＰを見出す方法が記載されているのであるから，当業者であれば，引用例に記載されると同様にすれば，多くの一塩基置換の多型部位のあるｃＤＮＡ配列に到達することができるものであり，当業者は，費用と時間をかけさえすれば，本願発明の配列番号１〜５３４の塩基配列に容易に到達することができるものである。そして，ＳＮＰの利用方法として周知の方法である育種に，見出したＳＮＰを利用しようとすれば，ＳＮＰが検出できるように，ＳＮＰを含む適宜の長さ，例えば１７〜２５程度の塩基の長さのプライマーやプローブを設計するものである。
　また，引用例に記載された方法により見出されるＳＮＰは，ｃＤＮＡクローンをもとにしたものであるから，タンパク質に翻訳される配列が相当量含まれるものであり，コードされるアミノ酸も異なるものが当然に含まれるものであり，「表１〜表３９において置換有無がＲと判定されかつ領域内判定がｉｎと判定されたＳＮＰを含む」ものに限定することも格別に困難ではない。
　そして，明細書の段落００８４には，「このＳＮＰの存在がオオムギの品種間で表現型に相違をもたらす場合（つまり、遺伝子と、当該遺伝子に一塩基多型が生じたアリルとで与える表現型が異なる場合）には、品種識別の用途に加え、例えば、１）この表現型に関与する遺伝子を取得するマーカー（遺伝子取得用マーカー）として、２）戻し交雑の際に反復親(recurrent parent)と交配すべき候補雑種を選別するマーカー（候補雑種選別用マーカー）として、３）遺伝子導入の成否を判定するマーカー（導入成否判定用マーカー）として、４）戻し交雑や遺伝子工学的手法などにより取得した新品種を選別するマーカー（新品種選別用マーカー）として、使用可能である」ことが説明されているが，非コード領域のＳＮＰであっても，それと連鎖する有用遺伝子を有する雑種を植物の雑種群から選抜することに利用できるものであり，そのことにより本願発明のＳＮＰが，マーカーとして優れたものであることにならないし，本願において特定された「表１〜表３９において置換有無がＲと判定されかつ領域内判定がｉｎと判定されたＳＮＰを含む」ものが，どのような形質と関連しているかも明細書には明らかにされていないものであり，本願発明に係る個々のＳＮＰが，引用例に記載される方法により容易に得られるＳＮＰと比較して，格別な効果があるものではない。
　
ウ）まとめ
　以上検討したところによれば，本願発明は，引用例に記載された発明に基づいて，当業者が容易に発明できたものと認めるほかない。
　
エ）請求人の主張
　請求人は，ｉ）引用例には、具体的な配列は何ら記載されておらず，ＥＳＴデータが存在しない以上、当業者は、これらの品種間における塩基の違いに基づくＳＮＰを見出すことができないこと，ii）ＥＳＴ配列データは極めて精度が低いのに対し，本願発明においては，９８％という高精度を示していること，iii）発現量が低い遺伝子について，複数のＥＳＴ配列をえることはそれほど容易でないこと，iv）精度（信憑性）が高い配列情報を取得することは、そのための時間と費用も膨大であること，ｖ）引用例を読んだ当業者であれば、「本願発明者らがすでに正確な配列決定を行った可能性が高い」と判断するか、あるいは、「今から無駄に多大な労力を費やして配列決定を行ったとしても本願発明者らより早くその情報を得ることができない」と判断するはずであること，を主張するので検討する。
　
　ｉ）の点について，ＥＳＴの配列を決定することは周知の技術であって，引用例に具体的なＥＳＴの配列が記載されていないとしても，引用例に記載される方法を参考に，ＳＮＰを見いだすことは容易になしえることにすぎない。
　ii）の点について，本願の出願前には，ヒトゲノム計画の進展とともに，高性能のシークエンサーが開発され，精度の高い配列決定が容易になしえることができ，９８％程度では，高精度とはいえないものである。
　iii）の点について，本願発明の配列番号１〜５３４の塩基配列のものが，発現量が低い遺伝子であり，ＳＮＰの同定が困難であったことを，請求人は何ら示していないし，発現量が低いとしても，そのことでＳＮＰの有用性が優れているものでもなく，請求人の主張は採用できない。
　iv）の点について，多大な時間と費用を要したというだけでは，進歩性のある発明をしたことにはならない。多大な時間と費用を費やして，ＥＳＴやＳＮＰのデータを蓄積したとしても，データベースとして意義のあるものを提供したことにはなるが，個々のＥＳＴやＳＮＰに格別の技術的意義があることにはならない。 
 　なお，引用例には，約４３，０００シーケンスを解析し，1,104のＳＮＰを見出したことが記載されているのに対し，これより１年もたたないで刊行された，平成１７年６月７日の早期審査に関する事情説明書に添付された「佐藤和広他，ブレインテクノニュース２００２．Ｊｕｌ．，Ｎｏ．９２，ｐ．１０−１２」には，約１２万シーケンスを解析し，４０００のＳＮＰを見出したことが記載されていることからみても，本願発明の５３４個の塩基配列を見出すことに，費やした時間と費用も，格別でないことが伺える。
　ｖ）の点について，オオムギのゲノムサイズは，約５０００Ｍｂｐとイネの１０倍以上あることから，引用例を当業者が見ても，完全なＥＳＴのデータベースが提供されるとも，有用なＳＮＰが全て提供されるとも判断しないことは当然のことであり，請求人の主張は，採用できない。
　
（２）特許法第３６条第４項第１号について
　平成１７年１１月３０日付の拒絶理由通知において，「請求項１の「オリゴヌクレオチドを２つ以上組み合わせて有する、植物の品種識別のためのオリゴヌクレオチドセット」について、本願明細書の発明の詳細な説明には、実際に配列番号１〜５３４の何れか１つに表されるＤＮＡ配列の部分配列でありかつ連続する７以上の塩基からなるオリゴヌクレオチドを用いて植物の品種識別ができたとの実施例はなく、例えば７塩基からなるオリゴヌクレオチドが一塩基の違いを認識して目的とするＤＮＡと特異的に結合し、品種を識別することができるかどうかは不明である。」ことが指摘されている。
　本願発明は，植物の品種識別のためのものではなく，有用遺伝子を有する雑種を植物の雑種群から選抜するためのものではあるが，いずれにしても，品種識別又は雑種の選抜のためには，７塩基からなるオリゴヌクレオチドが一塩基の違いを認識して目的とするＤＮＡと特異的に結合し、本願発明の特定のＳＮＰを識別することができなければならないものである。ところが，７塩基からなるような短い塩基配列は，本願発明のＳＮＰ部位のみならず，本願発明のＳＮＰ部位とは関連のない他の染色体部位やｃＤＮＡライブラリーの中にも，当然に頻出するのであるから，このような短いオリゴヌクレオチドでは，到底，本願発明の特定のＳＮＰを識別することができず，有用遺伝子を有する雑種を植物の雑種群から選抜することができないものである。
　したがって，本願発明に関して，本願の発明の詳細な説明は、当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に、記載したことにならない。
　
　なお請求人は，平成１７年１０月２４日付け意見書において「ＳＮＰを含む少なくとも７以上の塩基からなるオリゴヌクレオチドを２つ以上組み合わせることにより、１５塩基長以上の長さを有するプローブと同程度の検出効率を示すことを十分認識」していると主張しているが、本願発明は，「オオムギの「はるな二条」、「赤神力」もしくは「H. spontaneum」に由来する塩基配列またはその相補配列からなるオリゴヌクレオチドを２つ以上組み合わせて有する、オリゴヌクレオチドセット」であり，プライマーセットのように，１つのＳＮＰに関して，オリゴヌクレオチドを２つ以上組み合わせるものである旨の限定がなされていないものであるから，請求人の主張は，特許請求の範囲の記載に基づかないものであり，採用できない。
　
第６　むすび
　以上のとおりであるから，本願発明は，特許法第２９条第２項の規定により，特許を受けることができないものであり，また，本願の発明の詳細な説明の記載は，特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。
　
　したがって，本願に係るその他の請求項について検討するまでもなく，本願は拒絶すべきものである。