【手続補正書】
【提出日】平成22年12月6日(2010.12.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
前立腺癌の進行の評価のための、体液中における少なくとも１種のホメオドメイン含有転写因子又はそれらの断片を検出及び／又は定量する方法。
【請求項２】
前記ホメオドメイン含有転写因子がＨＯＸペプチド又はＥＮ−２ペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ペプチド又はそれらの断片が、ＨＯＸＣ４、ＨＯＸＢ５、ＨＯＸＢ６、ＨＯＸＡ３、ＨＯＸＤ９及び／又はＥＮ−２であるか、又はそれらから得られる、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記ペプチド又はそれらの断片が、ＨＯＸＣ４、ＨＯＸＢ５、ＨＯＸＢ６及び／又はＥＮ−２であるか、又はそれらから得られる、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
前記ペプチド又はそれらの断片が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５及び／又は配列番号６であるか、又はそれらから得られる、請求項１から３までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記ペプチド又はそれらの断片が、配列番号１、配列番号２、配列番号３及び／又は配列番号４であるか、又はそれらから得られる、請求項１から４までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記断片が、前記配列番号に対して少なくとも８０％の配列相同性、より好ましくは前記配列番号に対して８５％、より好ましくは９０％、より好ましくは９５％、より好ましくは９７％、より好ましくは９９％、最も好ましくは９９．９％の配列相同性を有する、請求項５又は６に記載の方法。
【請求項８】
前記断片が前記配列番号の少なくとも４個の連続したアミノ酸を含む、請求項５又は７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
少なくとも１種のＨＯＸペプチド、ＥＮ−２ペプチド又はそれらの断片が試験対象の生物試料中に存在する、請求項３から８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記体液が、細胞液、脳脊髄液（ＣＳＦ）、精液、尿、血液又は唾液である、請求項１から９までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記体液が血液又は血清である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前立腺癌の発症、進行、安定化、改善及び／又は緩解を検出するための、請求項１から１１までのいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも２回の検出及び／又は定量ステップを、時間的に間隔をおいて行う、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも２回のステップを、数日、数週間、数年又は数カ月間の間隔をおいて行って、少なくとも１種のＨＯＸペプチド又はそれらの断片のレベルが変化したかどうかを判定することにより、癌の進行が変化したかどうかが示され、これによって、前記少なくとも１種のペプチドのレベルの経時的な上昇は癌の発症又は進行を示し、前記少なくとも１種のペプチドのレベルの減少は癌の改善及び／又は緩解を示す可能性があるので、２回以上採取された試料中のバイオマーカーのレベルの比較が可能となる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
試験試料中に存在する前記ペプチドのレベルを１種又は複数の対照におけるレベルと比較することを含む、請求項１から１４までのいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
体液中で検出可能な少なくとも１種のホメオドメイン含有転写因子、例えば、ＨＯＸペプチド若しくはＥＮ−２ペプチド又はそれらの断片の量を定量又は検出すること、及び前記試験試料中の前記少なくとも１種のペプチドの量を癌ではない正常対象から得られた対照の正常生物試料中に存在する量と比較することを含み、前記試験試料中に見出される前記少なくとも１種のホメオドメイン含有転写因子又はそれらの断片のレベルの上昇が、前記疾患が進行しているか、又は発症したことを示す、前立腺癌の検出のための方法。
【請求項１７】
「ｔ検定」を使用することによって測定して、信頼区間が好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９５％、より好ましくは少なくとも９９％、より好ましくは少なくとも９９．５％、より好ましくは少なくとも９９．９５％、最も好ましくは少なくとも９９．９９％であれば、前記上昇が統計的に有意である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
対照と早期前立腺癌を示す試料との間の上昇が約１１０〜２００％の間、最も好ましくは約１２５％である、請求項１６又は１７に記載の方法。
【請求項１９】
対照と前記後期前立腺癌を示す試料との間の上昇が約５５０〜６２０％、より好ましくは約５６０〜６００％の間、より好ましくは約５７０〜５９０％の間、最も好ましくは約５８０％である、請求項１６又は１７に記載の方法。
【請求項２０】
早期試料又は対照に対する上昇が約１００％と３００％との間、好ましくは約２００％であることが早期から後期の疾患の癌の進行を示す、請求項１６又は１７に記載の方法。
【請求項２１】
前立腺癌の治療効果のモニターのための、対象の生物試料中に存在する少なくとも１種のホメオドメイン含有転写因子、例えば、ＨＯＸペプチド又はＥＮ−２ペプチド又はそれらの断片を検出及び／又は定量する方法。
【請求項２２】
体液中で検出可能な少なくとも１種のホメオドメイン含有転写因子、例えば、ＨＯＸペプチド又はＥＮ−２ペプチド又はそれらの断片の検出及び／又は定量が、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ、ＳＥＬＤＩ、１種又は複数のリガンドとの相互作用、１−Ｄ又は２−Ｄゲルをベースにした分析系、ＩＣＡＴ（登録商標）又はｉＴＲＡＱ（登録商標）を含む、液体クロマトグラフィーと質量分析技術を併用する液体クロマトグラフィー、薄層クロマトグラフィー及びＮＭＲ分光法からなる群の１種又は複数によって行われる、請求項７から２１までのいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
前記少なくとも１種のホメオドメイン含有転写因子、例えば、ＨＯＸペプチド又はＥＮ−２ペプチド又はそれらの断片の検出及び／又は定量が、サンドイッチ免疫測定法、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、放射性免疫測定法（ＲＡＩ）、酵素免疫測定法（ＥＩＡ）、ウェスタンブロッティング、免疫沈降法、及び金、銀若しくはラテックス粒子、磁気粒子又はＱ−ｄｏｔの使用を含む粒子ベースの免疫測定法からなる群の１種又は複数によって行われる、請求項１から２２までのいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
前記少なくとも１種のホメオドメイン含有転写因子、例えば、ＨＯＸペプチド又はＥＮ−２ペプチド又はそれらの断片の検出及び／又は定量が、マイクロタイタープレート、ストリップフォーマット、アレイ又はチップ上で実施される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記少なくとも１種のホメオドメイン含有転写因子、例えば、ＨＯＸペプチド又はＥＮ−２ペプチド又はそれらの断片の検出及び／又は定量が、好ましくはレポーターに結合した前記少なくとも１種のＨＯＸペプチド、ＥＮ−２ペプチド又はそれらの断片に特異的な抗体を含むＥＬＩＳＡによる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記少なくとも１種のＨＯＸペプチド、ＥＮ−２ペプチド又はそれらの断片の検出及び／又は定量がバイオセンサーによって行われる、請求項１から２５までのいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
前立腺癌のバイオマーカーとしての、体液中で検出可能な少なくとも１種のホメオドメイン含有転写因子、例えば、ＨＯＸペプチド又はＥＮ−２ペプチド又はそれらの断片の使用。
【請求項２８】
前記ペプチド又はそれらの断片が、ＨＯＸＣ４、ＨＯＸＢ５、ＨＯＸＢ６、ＨＯＸＡ３、ＨＯＸＤ９及び／又はＥＮ−２であるか、又はそれらから得られる、請求項２７に記載の使用。
【請求項２９】
前記ペプチド又はそれらの断片が、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５及び／又は配列番号６であるか、又はそれらから得られる、請求項２８に記載の使用。
【請求項３０】
前記ペプチド又はそれらの断片が、ＨＯＸＣ４、ＨＯＸＢ５、ＨＯＸＢ６及び／又はＥＮ−２であるか、又はそれらから得られる、請求項２７に記載の使用。
【請求項３１】
前記ペプチド又はそれらの断片が、配列番号１、配列番号２、配列番号３及び／又は配列番号４であるか、又はそれらから得られる、請求項３０に記載の使用。
【請求項３２】
前記断片が、前記配列番号に対して少なくとも８０％の配列相同性、より好ましくは前記配列番号に対して８５％、より好ましくは９０％、より好ましくは９５％、より好ましくは９７％、より好ましくは９９％、最も好ましくは９９．９％の配列相同性を有する、請求項２９又は３１のいずれか一項に記載の使用。
【請求項３３】
前記断片が前記配列番号の少なくとも４個の連続したアミノ酸を含む、請求項２９、３１又は請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記使用が、臨床スクリーニング、予後評価、治療結果のモニター、特定の治療的処置に最も応答する可能性が高い患者の同定の方法、並びに薬剤スクリーニング及び薬剤開発からなる群から選択される方法における使用である、請求項２７から３３のいずれか一項に記載の使用。
【請求項３５】
体液中で検出可能な少なくとも１種のＨＯＸペプチド、ＥＮ−２ペプチド又はそれらの断片に結合する、又は特異的に認識することができるリガンド及びレポーター手段を含む、請求項１から３４のいずれかの記載に応じた使用のためのキット。
【請求項３６】
アレイ又はチップである、請求項３５に記載のキット。
【請求項３７】
前記体液試料が実質的に細胞を含まない、請求項１から１０までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記患者がＰＳＡを検出するアッセイを使用して癌について陰性であると既に診断されている、請求項３４に記載の使用。