【事件の表示】
　平成　９年特許願第５３５５９８号「ＷＷドメインを有する新規ポリペプチドの同定と単離およびその利用方法」拒絶査定不服審判事件〔平成　９年１０月　９日国際公開、ＷＯ９７／３７２２３、平成１２年　６月２７日国内公表、特表２０００−５０８０７１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　
　本願は，１９９７年（平成９年）４月３日（パリ条約による優先権主張１９９６年４月３日，米国）を国際出願日とする出願であって，平成１８年６月２８日付けで最初の拒絶理由通知が通知され，平成１９年１月４日付けで意見書及び手続補正書が提出されたが，平成１９年９月６日付けで拒絶査定がなされ，これに対し，平成１９年１２月１７日に拒絶査定不服審判が請求されるとともに，平成２０年１月１６日付けで特許請求の範囲について手続補正がなされたものである。
　
第２　平成２０年１月１６日付けの手続補正についての補正の却下の決定
　
［補正却下の決定の結論］
　平成２０年１月１６日付けの手続補正を却下する。
　
［理由］
１．補正後の本願発明
　
　本件補正により，特許請求の範囲の請求項１は，平成１９年１月４日付けで補正された
「【請求項１】少なくとも１つのWWドメインを含む少なくとも１つのポリペプチドを同定する方法であって；
（ａ）少なくとも１つのPPPPY（配列番号３）モチーフまたはPPPPY様モチーフを含み且つ少なくとも１つのWWドメインに対し選択的結合親和性を有する少なくとも２つの認識単位を含む多価認識単位複合体を複数のポリペプチドに接触させ；そして
（ｂ）認識単位に対し選択的結合親和性を有する少なくとも１つのポリペプチドを同定することを含む，前記方法。」から，
　
「【請求項１】少なくとも１つのWWドメインを含む少なくとも１つのポリペプチドを同定する方法であって；
（ａ）認識単位を含む多価認識単位複合体を複数のポリペプチドに接触させ，ここにおいて認識単位はペプチドであって，少なくとも１つのWWドメインを有する分子に対して特異性を示し，認識単位ペプチドはSEQ ID NO:1，7，8，53-63，85，89，90，95，99，106，135-178から成る群より選択されるアミノ酸配列から成り；そして
（ｂ）認識単位ペプチドに対し親和性を有する少なくとも１つのポリペプチドを同定することを含む，前記方法。」へと補正された。
　
　上記補正は，（ａ）において，補正前の請求項１に記載した発明を特定するために必要な事項である「認識単位」を，「ペプチド」からなるものに限定し，さらに当該ペプチドが「SEQ ID NO:1，7，8，53-63，85，89，90，95，99，106，135-178から成る群より選択されるアミノ酸配列」からなるものに限定する補正であって，補正前の当該請求項に記載された発明と，その補正後の当該請求項に記載される発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題は同一のものである。
　また，上記補正は，（ｂ）において，「選択的結合」なる用語を削除しているが，これは「選択的結合親和性」の意図する親和性の程度が不明確であるとの拒絶の理由に対応してなされたものであり，「選択的結合親和性」がある特定の親和性の程度を意図するものではなく，認識単位に対する特異性であることを明らかにするため，「親和性」という用語が本来「生体物質の示す特異的な相互作用」を指すことを鑑み，冗長になっていた「選択的結合」という表現を削除したものと考えられる。
　したがって，上記補正は，特許法第１７条の２第４項第２号及び第４号（平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前のもの）の特許請求の範囲の減縮及び明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当する。
　そこで，本件補正後の前記請求項１に記載された発明（以下，「本願補正発明」という。）が，特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか（特許法第１７条の２第５項において準用する同法１２６条５項の規定に適合するか）について，以下に検討する。
　
２．特許法第２９条第２項について
　
（１）引用刊行物の記載
　（i）本願優先日前に頒布された刊行物である，Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, Vol.92, pp.7819-7823（以下，「引用例１」という。）には，以下の事項が記載されている。
　
（ア）「要旨　WWドメインは一見関連性のない複数のタンパク質，すなわちジストロフィン，Yes-associated protein（YAP），及び２つの転写調節因子であるRsp-5とFE65に見られるもので，半保存的な３８アミノ酸残基のモチーフであると以前から言われてきた。そのWWドメインの分子機能は今回まで知られていなかった。cDNA発現ライブラリーの機能的探索を用いて，YAPのWWドメインに対する，２つの推定リガンドを同定し，それらをWBP-1，WBP-2と命名した。これら２つの部分的クローンの間でのペプチド配列比較は，プロリンの多い領域と，それに続く１つのチロシン残基で構成される相同性のある領域（共通配列PPPPYを持つ）を明らかにした。我々はその領域をPYモチーフと呼ぶことにする。結合アッセイと位置特異的変異の導入は，PYモチーフがYAPのWWドメインに相対的に高い親和性と特異性をもって結合し，かつ，前提となるコンセンサス配列としてのXPPXYが，結合にとって重要であることを明らかにした。」（第7819頁左欄1〜16行）
　
（イ）「リガンドの分子クローニング　イソプロピルβ-D-チオガラクトシド飽和ニトロセルロース膜に転写された16日目のマウス胚cDNAライブラリー（Novagen）のプラークは，標識されたGST-WW-YAP融合タンパク質を用いて探索された。４回のスクリーニングが行われ，(31)に記述されたように，クローン群は最後にcre媒介性の切出しによって精製され，pEXlox中に挿入された。cDNAクローンの両方の鎖はサンガー法(28)を利用する直接配列分析によって分析された。」（7820頁左欄下から14〜6行）
　
（ウ）「WWドメインに対するリガンドのクローニング　我々は32P標識WW-YAP融合タンパク質を用いて，マウス胚ライブラリーをスクリーニングし，４回スクリーニングを行った後でも陽性を示すが，32P標識GSTプローブには結合しない，３つの部分的なクローンを単離した。これらクローンのうち２つは同一のものであることが証明された。長さが700bp及び1.8kbである２つのクローンの推定遺伝子産物はそれぞれWBP-1及びWBP-2と命名された（図２）。推定アミノ酸配列を用いて，ジェンバンク及び欧州分子生物学研究所のデータベースを探索すると，公知のタンパク質と有意義なホモロジーを有さないことが判明した。しかし，WBP-1及びWBP-2の配列を互いに比較すると，短いプロリンが豊富な領域にホモロジーが存在することがわかり，これをPYモチーフと命名した。PPPPYという不変のアミノ酸残基はWBP-1及びWBP-2のPYモチーフを構成する。WBP-1は１つしかこのようなPYモチーフを有さないが，WBP-2は順方向に２つ，逆方向に１つを有する。これらのデータは，PYモチーフがWBPsとWW-YAPとの間の結合を可能にする領域であることを指摘する。」（7820頁右欄24〜41行）
　
　（ii）本願優先日前に頒布された刊行物である，FEBS Letters, 1995, Vol.369, pp.67-71（以下，「引用例２」という。）には，以下の事項が記載されている。
　
（エ）「要約・・・このことはWWドメインが，プロリンの豊富な領域を介したタンパク質−タンパク質相互作用において，Srcホモロジー3（SH3）ドメインとは似て非なる役割を担っていることを示唆している。この発見に基づき，我々はさらなるタンパク質モジュールが存在するという仮説を立て，また，それらはプロリンの多いペプチドを，機能性プローブとして用いることにより，分離できるかもしれないという仮説を提案する。」（67頁左欄1〜22行）
　
（オ）「６．今後の動向　WWドメインや，最近解析されたPID/PTBドメイン[28]は，かなり大きなモジュールファミリーを代表しているから，将来はより多くのこれらモジュールやそれらのファミリーが発見されそうである[29,19]。WWドメインの歴史は，感受性配列の解析法と様々な実験アプローチとの組合せによるモジュールの特徴化は，非常に強力であることを示しており，関与するタンパク質や経路のさらなる探索を導くことができる。我々のデータから明らかな，１つの自明なアプローチは，新規で，生物学的に関連のあるタンパク質モジュールの探索に，様々なプロリンに富んだポリペプチドを，機能性プローブとして使用することである。」（70頁右欄31〜42行）
　
（２）対比
　上記（イ）（ウ）に記載されているように，引用例１には，「32Pで標識されたGST-WW-YAP融合タンパク質を，マウス胚cDNAライブラリーにおいて発現している複数のポリペプチドに接触させ，前記融合タンパク質のWWドメインに対し親和性を有するポリペプチドを同定する方法」が記載されている。そして，上記（ウ）には，当該方法を実施した結果，WBP-1及びWBP-2という２つのポリペプチドが同定され，それらがプロリンに富んだPYモチーフ（PPPPY）を有し，当該モチーフがWWドメインとの結合に関与している旨も記載されている。
　そこで，本願補正発明と引用例１に記載された発明を対比すると，引用例１記載の「WWドメイン」及び「GST-WW-YAP融合タンパク質」は，本願補正発明の「認識単位」及び「認識単位を含む複合体」にそれぞれ相当するから，両者は「少なくとも１つのポリペプチドを同定する方法であって；
（ａ）認識単位を含む複合体を複数のポリペプチドに接触させ，ここにおいて認識単位はペプチドであって，；そして
（ｂ）認識単位ペプチドに対し親和性を有する少なくとも１つのポリペプチドを同定することを含む，前記方法。」である点で一致し，以下の点で相違している。
　
［相違点１］本願補正発明では，認識単位が少なくとも１つのWWドメインを有する分子に対して特異性を示し，「SEQ ID NO:1，7，8，53-63，85，89，90，95，99，106，135-178から成る群より選択されるアミノ酸配列」からなるポリペプチドであり，これを複数のポリペプチドに接触させ，WWドメインを含むポリペプチドを同定しているのに対し，引用例１記載の発明では，本願補正発明とプローブ及び目的対象物が入れ替わっており，認識単位がWWドメインを含むポリペプチドであり，これを複数のポリペプチドに接触させ，当該WWドメインを有する分子に対して特異性を示す（親和性を有する）ポリペプチドを同定している点。
　
［相違点２］本願補正発明では，認識単位を含む複合体として，少なくとも２つの認識単位を含む「多価認識単位複合体」が用いられているのに対し，引用例１記載の発明では，当該複合体が１つの認識単位しか含んでおらず，「多価認識単位複合体」が用いられていない点。
　
（３）相違点についての判断
上記［相違点１］について：
　上記引用例２の記載事項（エ）及び（オ）には，将来，より多くのタンパク質モジュールやそれらのファミリーが発見されるとの仮説に基づき，生物学的に関連のあるタンパク質モジュールを探索することが記載されており，その際，プロリンが豊富なポリペプチドを機能性プローブとして使用できる旨が記載されている。そして，上記（オ）には，前記タンパク質モジュールを代表するものとして，WWドメインが例示されている。
　してみると，引用例２には，プロリンが豊富なポリペプチドをプローブ（認識単位）として，様々なWWドメインを有するポリペプチドを同定するという本願補正発明の課題が示唆されており，引用例１の記載と共にこの課題に触れた当業者であれば，WBP-1やWBP-2のようなプロリンが豊富なポリペプチドを用いて，様々なWWドメインを含むポリペプチドを同定するという動機付けを強く抱くものである。
　また，引用例１には，WBP-1やWBP-2の具体的なアミノ酸配列が開示されており，当該アミノ酸配列は，本願補正発明の「SEQ ID NO:85又は8のアミノ酸配列」を含むものである。そして，前記WBP-1及びWBP-2のプロリンに富んだ領域がPPPPYであることも記載されているから，引用例１記載の発明において，WBP-1やWBP-2からPPPPYモチーフ配列を含む短い領域を切り出して認識単位とすることや，当該モチーフ配列以外のアミノ酸配列や当該モチーフ配列内のアミノ酸配列を一部変異させたペプチド配列を含む，本願補正発明のごとき「SEQ ID NO:1，7，53-63，89，90，95，99，106，135-178のアミノ酸配列」からなるポリペプチドを合成し，これを認識単位とすることも，当業者に格別の困難性は認められない。
　さらに，タンパク質間相互作用に基づく同定方法において，プローブと目的対象物を相互に入れ替えても，同じような同定ができることは当業者に自明なことであるから，引用例１記載の発明において，WWドメインに代えて，プロリンが豊富なポリペプチドをプローブ（認識単位）として用いれば，その結合相手であるWWドメインを含むポリペプチドが同定できることは当業者が合理的に予測し得たことである。
　してみると，引用例１記載の発明において，引用例２に示唆された課題及び動機付けに基づき，WWドメインに代えて，本願補正発明のごとき「SEQ ID NO:1，7，8，53-63，85，89，90，95，99，106，135-178から成る群より選択されるアミノ酸配列」からなるポリペプチドを認識単位として用い，WWドメインを含むポリペプチドを同定することは当業者が容易になし得ることである。
　また，本願補正発明の「SEQ ID NO:1，7，8，53-63，85，89，90，95，99，106，135-178から成る群より選択されるアミノ酸配列」からなるポリペプチドを，認識単位として用いることにより，予想外に格別の効果が奏されているとは認められない。
　
上記［相違点２］について：
　本願優先日当時の技術水準を考慮すると，ある抗原に結合する抗体を検出する際，検出感度を向上させるために，１つのアタッチメントに複数の抗原ペプチド（認識単位）を結合させた多抗原ペプチド（「多価認識単位複合体」に相当）を用いることは当業者に周知の技術である（Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1988, Vol.85, pp.5409-5413，Journal of Immunological Methods, 1989, Vol.124, pp.53-61，特表平６−５０５８０６号公報等参照）。
　また，本願優先日前，WWドメインを含むタンパク質は多数公知であり，それらの多くが１分子中に２個以上のWWドメインを持つものであることも当業者に広く知られている事項である（TIBS, 1994, Vol.19, pp.531-533，Biochem. Biophys.Res. Commun., 1994, Vol.205, pp.1201-1205，J. Biol. Chem., 1995, Vol.270, pp.14733-14741等参照）。
　したがって，引用例１記載の発明において，検出感度を向上させることを目的として，認識単位の数を増加させた多価認識単位複合体を用いることは当業者が容易になし得ることである。そして，WWドメインを含むタンパク質を同定しようとする場合，当該タンパク質の中に２個以上のWWドメインが含まれている可能性が高いと予測し，それに合わせて認識単位の数も２個以上に増加させ，検出感度や検出効率を一層向上させようとすることも当業者であれば容易に想到し得たことである。
　また，標的ポリペプチドと反応する認識単位をビオチン化し，酵素等で標識されたアビジン（以下，ストレプトアビジンも含む）と反応させ，ビオチン−アビジン複合体を形成させたものをプローブとして用いて，標的ポリペプチドを同定する方法は当業者に広く採用されているものである（Anal. Biochem., 1988, Vol.171, pp.1-32，Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, Vol.90, pp.11939-11943，J. Biol. Chem., 1994, Vol.269, pp.23853-23856等参照）。また，アビジンが，４つのビオチン結合部位を有することは当業者に周知の事項であり，ビオチン化された認識単位がフリーな状態であるアビジンと反応すれば，多価認識単位複合体となる蓋然性が高いものである。
　したがって，引用例１記載の発明において，周知の多抗原ペプチドの技術又はビオチン−アビジンの標識化技術を適用し，PPPPYモチーフ配列又は該モチーフ配列の一部を変異させたペプチド配列を含むポリペプチドが２個以上結合した多価認識単位複合体を用いることは当業者が容易になし得ることである。
　また，本願明細書には，多価認識単位複合体を用いた実施例しか記載されておらず，１価の認識単位複合体と多価認識単位複合体とを比較した対照実験が記載されていないから，多価認識単位複合体を用いたことにより，予想外に格別の効果が奏されているとは認められない。
　
　以上のとおり，本願補正発明は，引用例１〜２に記載された事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により，特許出願の際独立して特許を受けることができないものである。
　
３．特許法３６条第４項について
　
（１）本願明細書等の記載
　本願の図15A，B，C及びD，図24A及びB，又は図25には，GST融合タンパク質として発現させた種々のWWドメインに対する相対的な結合性について，ビオチン化ペプチドを検討した交差親和性マッピング実験の結果が記載されている。ここで，前記ビオチン化ペプチドのアミノ酸配列は個々の図面毎に特定されており，図15Aでは，SEQ ID NO:1, 7-8, 53-63, 85, 89-90, 95, 99, 106, 135-141，図15Bでは，SEQ ID NO:7-8, 53-58, 61-63, 85, 89-90, 95, 99, 106, 135-141，図15Cでは，SEQ ID NO:142-159，図15Dでは，SEQ ID NO:56-58, 95, 106, 174-178，図24Aでは，SEQ ID NO:1, 59-60, 160-169，図24Bでは，SEQ ID NO:1, 59-60, 62-63, 160-173，図25では，SEQ ID NO:8, 179-182からなるものである。
　
（２）当審の判断
　本願の図15A，B，C及びD，図24A及びB，又は図25に示された実験結果を総合すると，SEQ ID NO:8, 53-54, 56-60, 85, 89, 95, 106, 135-138, 140, 142-145, 147, 149-152, 156, 158-159, 161, 164-165, 168, 170,-171, 174-177からなるペプチドは，少なくとも１種のWWドメインに対して交差親和性を示すものであると認められるが，残りのSEQ ID NO:1, 7, 55, 61-63, 90, 99, 139, 141, 146, 148, 153-155, 157, 160, 162-163, 166-167, 169, 172-173, 178からなるペプチドは，個々のWWドメインに対して交差親和性を示さないか，又は交差親和性を示すことが不明なものである。
　してみると，後者の交差親和性を示さないか又は不明のペプチドは，WWドメインを含むポリペプチドを同定するために使用できない蓋然性が高いから，本願の発明の詳細な説明は，本願補正発明について，当業者が容易に実施できる程度に明確かつ十分に記載されているとは認められない。
　したがって，本願補正発明は，特許法第３６条第４項に規定される要件を満たしておらず，特許出願の際独立して特許を受けることができないものである。
　
４．小括
　以上のとおりであるから，本件補正は，平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するので，同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。 
　
第３　本願発明について
　
　平成２０年１月１６日付けの手続補正は上記のとおり却下されたので，本願の請求項１に係る発明（以下，「本願発明」という。）は，平成１９年１月４日付け手続補正書の特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により特定される，以下のとおりのものである。
　
「【請求項１】少なくとも１つのWWドメインを含む少なくとも１つのポリペプチドを同定する方法であって；
（ａ）少なくとも１つのPPPPY（配列番号３）モチーフまたはPPPPY様モチーフを含み且つ少なくとも１つのWWドメインに対し選択的結合親和性を有する少なくとも２つの認識単位を含む多価認識単位複合体を複数のポリペプチドに接触させ；そして
（ｂ）認識単位に対し選択的結合親和性を有する少なくとも１つのポリペプチドを同定することを含む，前記方法。」
　
１．特許法第２９条第２項について
　
（１）引用刊行物の記載
　上記「第２　２．（１）」に記載したとおりである。
　
（２）対比・判断
　本願発明は，上記「第２　２．」で検討した本願補正発明から，「認識単位」が，「ペプチド」からなること，及び，当該ペプチドが「SEQ ID NO:1，7，8，53-63，85，89，90，95，99，106，135-178から成る群より選択されるアミノ酸配列」からなること，という特定を省いたものである。
　また，上記「第２　１．」で検討したとおり，本願補正発明の「親和性」は，「選択的結合親和性」という明りょうでない記載を釈明したものであり，両者の意味に実質的な相違はない。
　そうすると，本願発明の構成要件をすべて含み，さらに他の構成要件を付加したものに相当する本願補正発明が，前記「第２　２．」で示したとおり，引用例１〜２に記載された事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，本願発明も同様の理由により，引用例１〜２に記載された事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものである。
　したがって，本願発明は，特許法第２９条第２項の規定により，特許を受けることができない。
　
２．特許法第３６条第６項第２号について
　
　平成１８年６月２８日付の拒絶理由通知における特許法第３６条第６項第２号の要件に関する，理由４の１）の「請求項１に記載された『多価認識単位複合体』は，具体的にどのような認識単位であり，どのようなものが結合した複合体であるのかが想定できないので，上記請求項に係る発明が不明確である。」との拒絶理由に対して，請求人は，平成１９年１月４日付の手続補正書で，請求項１を，「少なくとも１つのPPPPY（配列番号３）モチーフまたはPPPPY様モチーフを含み且つ少なくとも１つのWWドメインに対し選択的結合親和性を有する少なくとも２つの認識単位を含む多価認識単位複合体」というものに補正したものである。
　しかし，本願明細書を参酌しても，「PPPPY様モチーフ」は明確に定義付けされておらず，また，「PPPPY様モチーフ」という特定には，「様」という比較の基準や程度が曖昧である文言が含まれており，PPPPYモチーフと，構造及び機能において，どの程度の類似性を持つものまでが含まれているのか不明であり，その技術的範囲を明確に把握することができない。
　したがって，「PPPPY様モチーフ」という記載では，依然として，具体的にどのような認識単位を意味しているのか不明であり，そのため「多価認識単位複合体」にどのようなものが結合しているのかも不明であるから，特許を受けようとする発明が明確でなく，特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。
　
３．特許法第３６条第４項について
　
　平成１８年６月２８日付の拒絶理由通知における特許法第３６条第４項の要件に関する，理由３の「請求項１には，多価認識単位複合体を使用してWWドメインを含むポリペプチドを同定する方法に係る発明が記載されている。一方，発明の詳細な説明には多価認識単位複合体の定義がなく，実施例等により具体的に示されているのは，PPPPYモチーフ配列または該モチーフ配列の一部のアミノ酸を変異したペプチド配列を含むポリペプチドが，WWドメインを含むポリペプチドと結合親和性を有することである。してみると，WWドメインを含むポリペプチドの同定を行うために，様々な形態の多数の複合体の中からWWドメインに対する選択的結合親和性を測定し，多価認識単位複合体として機能しうるものを選択することは，当業者に期待しうる程度を越える試行錯誤や複雑高度な実験を行う必要があると認められる。」との拒絶理由に対して，請求人は，平成１９年１月４日付の手続補正書で，請求項１を，「少なくとも１つのPPPPY（配列番号３）モチーフまたはPPPPY様モチーフを含み且つ少なくとも１つのWWドメインに対し選択的結合親和性を有する少なくとも２つの認識単位を含む多価認識単位複合体」というものに補正したものである。
　しかし，本願明細書を参酌しても，「PPPPY様モチーフ」については明確な定義付けがなく，そのため，多価認識単位複合体の定義は依然として不明確である。
　また，本願発明において特定された「PPPPY様モチーフ」には，「様」という比較の基準や程度が曖昧である文言が含まれており，PPPPYモチーフと構造及び機能において多少なりとも類似する多数のモチーフ（認識単位）がこれに含まれていると解されるから，このような多数の認識単位から構成される多価認識単位複合体の１つ１つについて，WWドメインに対する選択的結合親和性を測定し，所望の多価認識単位複合体として機能しうるものを選択することは，当業者に期待しうる程度を越える試行錯誤や複雑高度な実験を行う必要があると認められる。
　したがって，本願の発明の詳細な説明は，本願発明について，当業者が容易に実施できる程度に明確かつ十分に記載されているとは認められない。
　
第４　むすび
　
　以上のとおりであるから，本願の請求項１に係る発明は，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができす，また，本願は，特許法第３６条第６項第２号及び第４項に規定する要件を満たしていないから，他の請求項に係る発明については検討するまでもなく，本願は拒絶をすべきものである。
　
　よって，結論のとおり審決する。