【事件の表示】
　特許第５８１８２３７号発明「Ｎ−メチルアミノ酸およびその他の特殊アミノ酸を含む特殊ペプチド化合物ライブラリーの翻訳構築と活性種探索法」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。
【結　論】
　特許第５８１８２３７号の特許請求の範囲を訂正請求書に添付された訂正特許請求の範囲のとおり訂正後の請求項〔１−１３〕について訂正することを認める。
　特許第５８１８２３７号の請求項１ないし１３に係る特許を維持する。
【理　由】
第１　手続の経緯
　特許第５８１８２３７号の請求項１〜１３に係る特許についての出願は、平成２７年１０月９日付けでその特許権の設定登録がされ、その後、特許異議申立人金山愼一より請求項１〜１３に対して特許異議の申立てがされ、平成２８年７月２１日付けで取消理由が通知され、平成２８年９月２６日に意見書の提出及び訂正請求がされ、平成２８年１２月１９日に特許異議申立人金山愼一から意見書が提出され、平成２９年２月２７日付けで取消理由通知（決定の予告）がされ、同年５月２日に意見書の提出及び訂正請求がされ、同年７月１４日に特許異議申立人金山愼一から意見書が提出され、同年９月１４日に同年５月２日付け訂正請求に対する手続補正書が提出されたものである。
第２　訂正の適否
１　訂正の内容
（１）訂正事項１及び２
　特許権者は、特許請求の範囲の請求項１を以下の事項により特定されるとおりの請求項１として訂正することを請求する。
「　　【請求項１】
　次の工程を含む、ペプチドライブラリーから標的物質に結合する特殊ペプチドを選択する方法：
(i)核酸ライブラリーを調製し、特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡ
と大腸菌由来のリボゾームと
の
(ii)ペプチドライブラリーを標的物質に接触させる工程；及び
(iii)標的物質に結合する特殊ペプチドを選択する工程、ここで該特殊ペプチドは複数の特殊アミノ酸を含む
であって、
　前記(i)の工程において、ライブラリーを構成する各ペプチドが当該ペプチドをコードする核酸配列から翻訳され、核酸配列とその翻訳産物であるペプチドが連結されて、in vitroディスプレイライブラリーが構築され、
　核酸配列において、ペプチドをコードする領域が、異なる複数のトリプレットの繰り返しからなるランダム配列を含み、ランダム配列中のトリプレットの少なくとも一部が特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンに対応する配列であり、特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡのアンチコドンと特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンの対合により特殊アミノ酸がペプチド配列に導入され、
　前記(iii)の工程が、標的物質に結合するペプチドをコードする核酸配列を決定し、核酸配列からペプチド配列を決定し、複数の特殊アミノ酸を含むペプチドを選択することを含む、前記方法。」
（２）訂正事項３
　特許権者は、特許請求の範囲の請求項２を以下の事項により特定されるとおりの請求項２として訂正することを請求する。
「　　【請求項２】
　ペプチドをコードする領域が、さらに、
官能基１を持つアミノ酸を指定するコドン、及び
官能基２を持つアミノ酸を指定するコドン
に対応する配列を含み、
官能基１及び官能基２は結合形成反応が可能な一組の官能基であり、
前記（ｉ）の工程において、特殊アミノ酸でアシル化された伸長用tRNAのアンチコドンと特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンの対合により特殊アミノ酸がペプチド配列に導入され、翻訳産物であるペプチドが官能基１と官能基２の間の結合形成反応によって環状化されることにより、ライブラリーが環状特殊ペプチド
のライブラリーであり
　前記(iii)の工程が、標的物質に結合する環状特殊ペプチドをコードする核酸配列を決定し、核酸配列からペプチド配列を決定し、標的物質に結合する環状特殊ペプチドを選択することを含む、請求項１の方法。」
（３）訂正事項４
　特許権者は、特許請求の範囲の請求項１１を以下の事項により特定されるとおりの請求項１１として訂正することを請求する。
「　　【請求項１１】
　mRNAとその翻訳産物である環状特殊ペプチドの複合体からなるin vitroディスプレイライブラリーであって、該in vitroディスプレイライブラリーは請求項８の方法に使用される、in vitroディスプレイライブラリーを調製する方法であって、
　ペプチドをコードする領域が、以下の（ａ）〜（ｃ）：
（ａ）クロロアセチル基を持つアミノ酸を指定する人為的なコドン、
（ｂ）特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンを含む、異なる複数のトリプレットの繰り返しからなるランダム配列、及び
（ｃ）システインを指定するコドン
を含むmRNAライブラリーを、以下の（ｄ）及び（ｅ）のアミノアシルtRNA：
（ｄ）前記(a)のコドンと相補的なアンチコドンを有する、クロロアセチル基を持つアミノ酸でアシル化された人工tRNA
（ｅ）１種以上の特殊アミノ酸でアシル化された人工tRNA
並びに
（ｆ）システイン、システインtRNA、及びシステイニルRS(CysRS)、
及び
（ｇ）大腸菌由来のリボゾーム
を少なくとも含む再構成型の無細胞翻訳系で翻訳することにより、前記in vitroディスプレイライブラリーを調製する方法。」
（３）訂正事項５
　特許権者は、特許請求の範囲の請求項１２を以下の事項により特定されるとおりの請求項１２として訂正することを請求する。
「　　【請求項１２】
　環状特殊ペプチドと当該ペプチドをコードする核酸配列の複合体からなるin vitroディスプレイライブラリーを調製するためのキットであって、該キットは請求項８の方法に使用され、
(i)ペプチドをコードする領域が、以下の（ａ）〜（ｃ）を含むmRNA：
（ａ）クロロアセチル基を持つアミノ酸を指定する人為的なコドン、
（ｂ）特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンを含む、異なる複数のトリプレットの繰り返しからなるランダム配列、及び
（ｃ）システインを指定するコドン
及び
(ii)以下の（ｄ）及び（ｅ）のアミノアシルtRNA：
（ｄ）前記(a)のコドンと相補的なアンチコドンを有する、クロロアセチル基を持つアミノ酸を持つアミノ酸でアシル化された人工開始tRNA、
（ｅ）前記(b)の人為的なコドンと相補的なアンチコドンをそれぞれ有する、異なる特殊アミノ酸でそれぞれアシル化された人工伸長tRNA、
及び
(iii)システイン及びシステインでアシル化され得るtRNA、及び
(iv）単離された
大腸菌由来の
を少なくとも含む、前記キット。」
２　訂正の目的の適否、新規事項の有無、一群の請求項及び特許請求の範囲の拡張・変更の存否
（１）訂正事項１、４及び５について
　訂正事項１は、訂正前の請求項１に「(i)・・・特殊アミノ酸でアシル伸長用tRNAを含む無細胞翻訳系によって翻訳し、」と記載されているのを、、「(i)・・・特殊アミノ酸でアシル伸長用tRNA
と大腸菌由来のリボゾームと
（２）訂正事項２について
　訂正事項２に関する訂正は明瞭でない記載の釈明を目的としたものである。そして、本件明細書の発明の詳細な説明中の段落【００３０】には、「本発明者らは、遺伝暗号リプログラミング技術を利用して、複数の特殊アミノ酸を含む特殊ペプチドのライブラリー（特殊ペプチドライブラリーと称する）を構築し、これをディスプレイ系と組み合わせることで、標的物質に高い結合能を有する特殊ペプチドアプタマーのスクリーニングを行う技術を確立した。」と記載されているから、新規事項の追加に該当せず、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではない。
（３）訂正事項３について
　請求項２に対する訂正は、請求項１に対する訂正に基づき、訂正前の請求項２の「ライブラリーが環状特殊ペプチドを含み」との記載を、「環状特殊ペプチドのライブラリーであり」と訂正したものであり、上記（１）と同様に、明瞭でない記載の釈明を目的としたものであり、新規事項の追加に該当せず、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではない。
（４）一群の請求項について
　訂正前の請求項２〜１３は、それぞれ訂正の請求の対象である訂正前の請求項１を直接又は間接的に引用しているものであって、訂正前の請求項３から１３はそれぞれ訂正前の請求項２を直接又は間接的に引用しているものであるから、訂正事項１ないし３によって訂正される請求項１及び２に連動して訂正されるものである。したがって、訂正の請求は、一群の請求項ごとにされたものである。
３　小括
　したがって、上記訂正請求による訂正事項１〜５は、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号又は第４号に掲げる事項を目的とするものであり、かつ、同条第９項で準用する同法第１２６条第４項から第６項までの規定に適合するので、訂正後の請求項１〜１３について訂正を認める。
第３　当審の判断
１　取消理由通知に記載した取消理由について
（１）　訂正後の請求項１ないし１３に係る発明
　上記訂正請求により訂正された訂正後の請求項１および２に係る発明（以下「本件発明１および２」という。）は、上記第２の１（１）及び（２）の訂正の内容において示したとおりのものであり、訂正後の請求項１１及び１２に係る発明（以下「本件発明１１及び１２」という。）は、上記請求項１および２の訂正に連動して訂正されるとともに、それぞれ訂正事項４及び５で訂正された上記第２の１（３）及び（４）の訂正の内容において示したとおりのものであり、訂正後の請求項３ないし１０及び１３に係る発明（以下「本件発明３ないし１０及び１３」という。）は、上記請求項１および２の訂正に連動して訂正されたものである。
（２）甲各号証の記載の事項
ア　甲第１号証に記載の事項
　取消理由通知において引用した甲第１号証（Steven W.Millward et.al., Design of Cyclic Peptides That Bind Protein Surfaces with Antibody-Like Affinity, ACS Chem.Biol., Vol.2, No.9, 625〜634頁, 2007年9月21日）には、以下の事項が記載されている。
（甲１ａ)「
Figure 1. Schematic of cyclic mRNA display selection. 
The MX
10
K library was transcribed from synthetic DNA
 The resulting mRNA-peptide fusion library was purified and cyclized with DSG.
ＭＸ
１０
Ｋライブラリーは、合成ＤＮＡから転写され、
得られたｍＲＮＡ−ペプチド融合物ライブラリーを精製し、ＤＳＧで環化した。
（甲１ｂ）「…Cyclosporin, a cyclic 11-residue peptide produced commercially by the fungus Beauveria nivea acts as a potent orally bioavailable immunosuppressant (15). The enhanced proteolytic stability and cell permeability of cyclosporin are likely the result of both unnatural N-methyl amino acids (16, 17) and macrocyclization (18, 19). Using this molecule as a guide, we reasoned that ribosomally synthesized peptide libraries could be improved by incorporating (i) cyclic structure and (ii) N-methylated amino acids in the backbone. Previously, we demonstrated that the ribosome could be used to construct N-methylated peptides and that these oligomers were highly resistant to protease degradation (20). Disulfide-based cyclization has been used extensively as a structural constraint in phage display libraries (21, 22) but is compromised by reduction in the intracellular environment (23). More recently, we designed and synthesized a trillion-member cyclic peptide library in mRNA display format using a bis- NHS cross-linking reagent to join the N-terminus to an internal lysine residue (24).
Here we 
describe cyclic mRNA display and employ it to design macrocyclic peptide ligands for Gαi1. These libraries were constructed with an expanded genetic code, using N-methylphenylalanine (NMF) as the 21st amino acid.
RESULTS AND DISCUSSION
Selection for Binding to Gαi1. We began with a library of the form MX10K, where X represents a random position encoded by an NNG/C codon. We had previously shown that a library of this general form could be cyclized with good efficiency by linking the N-terminus to the fixed lysine side chain via the bis-NHS reagent disuccinimidyl glutarate (DSG) (24). This work also demonstrated that it was possible to construct a trillionmember macrocyclic library containing an unnatural amino acid. In the present work, we combined these features to generate a trillion-member library containing NMF as the 21st amino acid.
This library was translated in the presence of ambersuppressor NMF-transfer RNA (tRNA)
CUA
 and cyclized with DSG (Figure 1). The random region was constructed with 10 tandem NNS repeats, resulting in UAG (amber) stop codons at a frequency of 3% at each of the random positions. The estimated diversity of the round 0 pool was 1.67 × 10
12
 unique sequences with ≧ 3 copies of each molecule.
The results of the selection are shown in Figure 2.The binding of each pool to the immobilized target began to increase in the fourth round and continued to increase until round 7. At this point, the library was sequenced; the results are shown in Figure 2, panel b.
「…真菌Ｂｅａｕｖｅｒｉａ　ｎｉｖｅａ　によって商業的に生産される１１残基の環状ペプチドであるシクロスポリンは、強力な経口的にバイオアベイラブルな免疫抑制剤として作用する（文献１５）。シクロスポリンの向上されたタンパク質分解安定性および細胞透過性は、おそらく非天然のＮ−メチルアミノ酸（文献１６，１７）と大環状化（文献１８，１９）の両方の結果による。この分子をガイドとして用いて、我々は、リボソーム性合成ペプチドライブラリーは（ｉ）環状構造と（Ｈ）バックボーン中のＮ−メチル化アミノ酸とを組み込むことで改善できると推論した。以前、我々は、リボソームを用いてＮ−メチル化ペプチドを構築することができること、およびこれらのオリゴマーがプロテアーゼ分解に対して高度に耐性であったことを実証した（文献２０）。ジスルフィドベースの環化は、ファージディスプレイライブラリ一における構造上の制約として広く使用されている（文献２１，２２）が、細胞内環境の低下によって損なわれる（文献２３）。より最近では、我々は、ビスＮＨＳ架橋試薬を用いて内部リジン残基をＮ末端に結合させて、ｍＲＮＡディスプレイでの一兆の成分からなる環状ペプチドライブラリーを設計し、合成した（文献２４）。
　ここでは、
我々は環状ｍＲＮＡディスプレイを記述し、Ｇαｉ１に対する大環状ペプチドリガンドを設計するためにそれを用いる。これらのライブラリーは、Ｎ−メチルフェニルアラニン（ＮＭＦ）を２１番目のアミノ酸として用いる拡張された遺伝子コードで構築された。
議論及び結果
Ｇαｉ１への結合のための選択
　我々は、式：ＭＸ１０Ｋ（式中、ＸはＮＮＧ／Ｃコドンでコードされたランダムな位置を表す。）のライブラリーで始めた。我々は、以前、この一般式のライブラリーがビスＮＨＳ試薬ジスクシンイミジルグルタレート（ＤＳＧ）を介して、固定されたリジン側鎖にＮ末端を連結することによって、高い効率で環化できることを示した（文献２４）。本研究はまた、非天然アミノ酸を含む一兆の成分からなる大環状ライブラリーを構築することが可能であることを実証した。本研究では、我々は、これらの特徴を組み合わせて、ＮＭＦを２１番目のアミノ酸として含む一兆の成分からなるライブラリーを生成した。
　
このライブラリーは、アンバー−サプレッサーＮＭＦ−トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）
ＣＵＡ
の存在下で翻訳され、ＤＳＧで環化された（図１）。ランダム領域は、縦に並んだ１０個のNNSの繰り返しで構築され、その結果、ランダムな各々の位置でのUAG（アンバー）停止コドンの頻度は約３％となった。ラウンド０のプールの見積られた多様性は、各分子が≧３コピーである、１．６７×１０
１２
の固有の配列であった。
選択の結果を図２に示す。固定化された標的への各プールの結合は、ラウンド４で増加し始め、ラウンド７まで増加し続けた。この時点でライブラリーを配列決定し、その結果を図２のパネルｂに示す。
（甲１ｃ）「In this work, we present the first selection of a redoxinsensitive, post-translationally cyclized peptide using a biological display library with an expanded genetic code. The selected cyclic peptide showed specificity for the GDP-bound state of the Gαi1 and moderate specificity for the Gαi class. Competition experiments showed that cycGiBP bound to Gαi1 with extremely high affinity (Ki ＝2.1 nM) and that cyclization resulted in a 15-fold improvement in binding affinity relative to the linear peptide. The cyclic peptide was also shown to have increased proteolytic stability relative to its linear counterpart. Taken together, cycGiBP represents an excellent lead compound for additional medicinal chemistry and in vivo studies. In the future, the use of cyclic, unnatural mRNA display libraries may enable the selection of highaffinity, high-specificity ligands with increased stability for biological applications.」（第６３１頁右欄第１８〜３４行、当審訳「本研究では、拡張された遺伝子コードを用いる生物学的ディスプレイライブラリーを使用して、翻訳後に環化された酸化還元非感受性ペプチドを初めて選択した。選択された環状ペプチドは、Ｇαｉ１のＧＤＰ結合状態に対する特異性と、Ｇαｉクラスに対する適度な特異性を示した。競合実験は、ｃｙｃＧｉＢＰがＧαｉ１に非常に高い親和性（Ｋｉ　＝２．１　ｎＭ）で結合すること、および環化によって直鎖状ペプチドと比較して１５倍の結合親和性の改善が得られることを示した。また、環状ペプチドは、その対応する直鎖状ペプチドと比較して増加したタンパク質分解安定性を有することが示された。まとめると、ｃｙｃＧｉＢＰは、追加の医薬品化学およびインビボ研究のための優れたリード化合物に相当する。将来、環状の非天然ｍＲＮＡディスプレイライブラリーを使用することで、生物学的用途のために高められた安定性を有する高親和性、高特異性リガンドを選択することが可能になるであろう。」)
(甲１ｄ)「METHODS
NMF-tRNA. The synthesis of N-methyl, N-nitroveratrylcarbonyl phenylalanine cyanomethyl ester was carried out according to the published protocol (20) with minor modifications. The final product was purified by silica gel chromatography in 1:1 EtOAc/ hexanes. Yield 187.5 mg (74%). Analysis by low-resolution electrospray ionization MS (ESI MS): [M + Na]＋ expected 479.15, observed 479.6. The synthesis of N-methyl, N-nitroveratrylcarbonyl phenylalanine-dCA was carried out according to previous protocol. Yield 0.5 mg (5.5%). Analysis by low-resolution ESI-MS: [M - H]- expected 1035.2, observed 1035.2. Following ligation to THG-73 tRNA (30), deprotection of the nitroveratryloxycarbonyl group was effected by photolysis with a xenon lamp equipped with a 315-nm cutoff filter, and the NMF-tRNA was immediately added to the translation reaction.」（(第６３１頁左欄下から第１４行〜第６３１頁右欄下から第１４行、当審訳「方法
ＮＭＦ―ｔＲＮＡ
　Ｎ‐メチル‐Ｎ‐二トロベラトリルカルボニルフェニルアラニンシアノメチルエステルの合成を、公表されたプロトコール（文献２０）に小さな変更を加えて実施した。最終生成物を、酢酸エチル／ヘキサン（１：１）を用いてシリカゲルクロマトグラフィーで精製した。収量＝１８７．５ｍｇ（７４％）。低分解能エレクトロスプレーイオン化ＭＳ（ＥＳＩ―ＭＳ）による分析：［Ｍ＋Ｎａ］＋計算値４７９．１５，観測値４７９．６。
　Ｎ‐メチル‐Ｎ‐二トロベラトリルカルボニルフェニルアラニン‐ｄＣＡの合成を、上記のプロトコールに従って行った。収量＝０．５ｍｇ（５．５％）。低分解能ＥＳＩ‐ＭＳによる分析：［Ｍ‐Ｈ］−　計算値１０３５．２，観測値１０３５．２。
　ＴＨＧ‐７３　ｔＲＮＡ（文献３０）への連結の後、ニトロベラトリルオキシカルボニル基の脱保護を、３１５ｎｍのカットオフフィルターを備えたキセノンランプで光分解することによって行い、そのＮＭＦ‐ｔＲＮＡを直ちに翻訳反応に添加した。」）
（甲１ｅ）「 
Synthesis of MX
10
K Library.
 5'…GCCAGACCCCGATTTSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNCATTGTAATTGTA AATA-GTAATTG…3', where N A,T,C,G and S G,C. The reagent bottle used for the “N” positions was made by mixing A:C:G:T in the ratio 3:3:2:2. The reagent bottle for “S” positions was made by mixing C:G in a 3:2 ratio.
MX10K library double-stranded DNA was amplified by five cycles of polymerase chain reaction (PCR) using the forward primer Gen-FP (5'…TAATACGACTCACTATAGGGACAATTACTATTTACAATTA CA…3') and the reverse primer MK10K-RP (5'…ACCGCTGCC AGACCCCGATT T…3'). The Round 0 mRNA pool was generated by T7 runoff transcription and purified by urea-PAGE. The purified mRNA was ligated to F30P (5'-dA21[C9]3dAdCdC-P; C9 tri-(ethylene glycol) phosphate (Glen Research), P puromycin (Glen Research)), via an oligonucleotide splint (MX10K-splint: 5'…TTTTTTTTTTTTTACCGCTGCCAGAC…3'). Following PAGE purification of the ligation reaction, the template was dissolved in water and quantitated by absorbance at 260 nm.」（第６３１頁右欄下から第１３行〜第６３２頁左欄第７行、当審訳「
ＭＸ
１０
Ｋライブラリーの合成
　アンチセンスＭＸ１０Ｋの一本鎖ＤＮＡテンプレートを、Ｋｅｃｋ　Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ　Ｐａｃｉｌｉｔｙ　（Ｙａｌｅ）で合成した。その配列は、
5'…GCCAGACCCCGATTTSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNCATTGTAATTGTAAATAGTAATTG…3'（式中、N＝A,T,C,G、およびS＝G,C)である。 “Nの位置に用いられる試薬ボトルは、A：C：G：Ｔを3：3：2：2の比率で混合して作成した。 “Sの位置に用いられる試薬ボトルは、C:Gを3：2の比率で混合して作成した。
　ＭＸ１０Ｋライブラリーの二本鎖ＤＮＡを、フォワードプライマーのＧｅｎ―ＦＰ（5'…TAATACGACTCACTATAGGGACAATTACTATTTACAATTACA…3'）およびリバースプライマーのＭＸ１０Ｋ―ＰＲ（5'…ACCGCTGCCAGACCCCGATTT…3'）を用いて、５サイクルのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）で増幅した。ラウンド０のｍＲＮＡプールを、Ｔ７ランオフ転写で生成させ、尿素―ＰＡＧＦで精製した。精製されたｍＲＮＡを、Ｆ３０Ｐ（5’‐ｄＡ２１［Ｃ９］３ｄＡｄＣｄＣ―Ｐ；Ｃ９＝トリ（エチレングリコール）ホスフェート（Ｇｌｅｎ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ），Ｐ＝ピューロマイシン（Ｇｌｅｎ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ））に、オリゴヌクレオチドスプリント（ＭＸ１０Ｋ―スプリント：5'…TTTTTTTTTTTTTACCGCTGCCAGAC…3'）を経由して連結させた。連結反応のＰＡＧＥ精製に続いて、テンプレートを水に溶解させ、２６０ｎｍの吸光度で定量した。」）
（甲１ｆ）「 Translation and Cyclization. Translation of the round 0 pool was aimed at generating an initial complexity of 
1.67×10
12
 unique mRNA-peptide fusion sequences
MX
10
K template was translated in rabbit reticulocyte lysate under standard conditions. The translation reaction was supplemented with 60 g of NMF−tRNA
CUA
 in 1 mM NaOAc (pH 4.5) and 
35
S-methionine.
Translation mixtures were diluted 1:10 in dT binding buffer (10 mg mL 1 dT cellulose, 1 M NaCl, 20 mM Tris, 1 mM EDTA, 0.2% (v/v) Triton X-100, pH8) and agitated for 1 h at 4 ℃. The dT cellulose was filtered and washed with dT wash buffer (300 mM NaCl, 20 mM Tris, pH 8). The DNA.peptide conjugates were eluted with 10 mM NH4OH and ethanol precipitated in the presence of linear acrylamide (Ambion).
The round 0 pool was cyclized by adding 190 L of dTpurified fusions in 50 mM phosphate buffer (pH 8) to 50 L of DSG (1 mg mL 1 in DMF). The reaction was allowed to proceed for 1 h, and the fusions were repurified by dT-cellulose and ethanol precipitated.
In subsequent rounds, 60 pmol of library template was translated in the presence of 12 g of NMF-tRNA
CUA
 in 1 mM NaOAc (pH 4.5). Cyclization was performed by adding 40 L of dTpurified fusions in 50 mM phosphate buffer (pH 8) to 10 L of DSG (1 mg mL 1 in DMF).
　ラウンド０のプールの翻訳は、３倍のオーバーサンプリングで
１．６７×１０
１２
の固有のｍＲＮＡ‐ペプチド融合物配列
ＭＸ
１０
Ｋテンプレートを、ウサギ網状赤血球溶解物中、標準的条件の下で翻訳した。翻訳反応に，１ｍＭのＮａＯＡｃ（ｐＨ＝４．５）および
３５
Ｓ‐メチオニンの中の６０μｇのＮＭＦ‐ｔＲＮＡ
ＣＵＡ
を加えた。
　翻訳混合物を、ｄＴ結合緩衝液（１０ｍｇ／ｍｌのｄＴセルロース，１ＭのＮａＣｌ，２０ｍＭのトリス，１ｍＭのＥＤＴＡ，０．２％（ｖ／ｖ）のトリトンＸ‐１００，ｐＨ＝８）中に１：１０で希釈し、４℃で１時間、攬拌した。ｄＴセルロースを濾過し、ｄＴ洗浄緩衝液（３００ｍＭのＮａＣｌ，２０ｍＭのトリス、ｐＨ＝８）で洗浄した。ＤＮＡ‐ペプチド複合体を、１０ｍＭのＮＨ４ＯＨで溶出させ、リニアアクリルアミド（Ａｍｂｉｏｎ）の存在下、エタノール沈殿させた。
　ラウンド０のプールを、５０ｍＭのリン酸緩衝液（ｐＨ＝８）中、５０μｌのＤＳＧ（１ｍｇ／ｍｌ　ＤＭＦ）に１９０μＬのｄＴ‐精製融合物を添加することで、環化させた。反応を１時間進行させ、融合物をｄＴ‐セルロースで再精製し、エタノール沈殿をさせた。
　
その後のラウンドでは、６０ピコモルのライブラリーのテンプレートを、１ｍＭのＮａＯＡｃ（ｐＨ＝４．５）中、１２μｇのＮＭＦ‐ｔＲＮＡ
ＣＵＡ
の存在下で翻訳した。環化は、５０ｍＭのリン酸緩衝液（ｐＨ＝８）中、４０μＬのｄＴ精製融合物を１０μＬのＤＳＣ（１ｍｇ／ｍ１　ＤＭＦ）に加えて行った。
（甲１ｇ）「 Selection. 
Following ethanol precipitation of the round 0 DSGtreated fusions, the pellet was dissolved in 100 L of dH
2
O (0.005% (v/v) Tween-20) and reverse transcribed with Superscript II RNase H- under standard conditions.
Following reverse transcription, the library 
containing 50 μL of Gαi1-NeutrAvidin agarose
The binding reaction was carried out at 4 ℃ for 1 h. The reaction was filtered, and the resin was washed four times with 1X selection buffer and twice with 1X selection buffer (-BSA, -tRNA) at 4 ℃. 
the library was amplified by 15 cycles of PCR.
In subsequent rounds, the binding reaction was carried out in 1 mL of selection buffer containing 6 L od Gαi1-NeutrAvidin agarose. PCR amplification of the eluted library members was carried until a 96-bp band was observed on a 4% agarose gel (11.14 cycles). The binding for each round was determined by adding 5 L of radiolabeled library to 2 L of Gαi1-NeutrAvidin agarose in 800 L of 1X selection buffer. After 1 h at 4 ℃, the resin was washed as described above and analyzed by scintillation counting to determine the fraction of counts bound.」（第６３２頁右欄第３５行〜左欄第５９行、当審訳「選択
　
ラウンド０のＤＳＧ処理された融合物のエタノール沈殿の後、ペレクトを１００μＬのｄＨ
２
Ｏ（０．００５％（ｖ／ｖ）　Ｔｗｅｅｎ‐２０）に溶解させ、標準的な条件下でＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ　ＩＩ　ＲＮａｓｅ　Ｈ−で逆転写した。逆転写の後、ライブラリーを、５０μＬのＧαｉ１−ニュートラアビブジンアガロース
に添加した。結合反応を４℃て１時間、行った。反応物を濾過し、樹脂を４℃で１×選択緩衝液で４回、１×選択緩衝液（‐ＢＳＡ，‐ｔＲＮＡ）で２回、洗浄した。
ライブラリーを１５サイクルのＰＣＲで増幅した。
　その後のラウンドでは、結合反応を、６μＬのＧαｉ１‐ニュートラアビジンアガロースを含む１ｍｌの選択緩衝液中で行った。９６‐ｂｐのバンドが４％アガロースゲル上で観察されるまで、溶出したライブラリーメンバーのＰＣＲ増幅を行った（１１〜１４サイクル）。各ラウンドの結合を、８００μＬの１×選択緩衝液中の２μＬのＧαｉ１−ニュートラアビジンアガロースに５μＬの放射性標識されたライブラリーを加えることで決定した。４℃での１時間の後、樹脂を上記と同様に洗浄し、シンチレーション測定によって分析し、結合したカウントの分画を決定した。」）
（甲１ｈ）「 Pool 7 Analysis. The round 7 pool was amplified by 12 cycles of PCR and purified using the MinElute PCR Purification Kit (Qiagen). The purified PCR product was subcloned into the PCR 4-TOPO vector (Invitrogen) followed by transformation into TOP10 competent cells (Invitrogen). Individual clones were sequenced (Laragen). Sequence analysis of the least conserved round 6 and 7 clones (positions 9, 10, and 11; 14 total clones) gave 132 “N” positions with compositions A 22%, T 17%, G 20%, C 41% and 66 G/C positions with compositions of G 44% and C 56%. The amino acid compositions tended to small/polar residues with S 25%, A 16%, Q 16%, T 16%, D 6%, P 5%, R 5%, G 5%, L 1.5%, N 1.5%, W 1.5%, and C 1.5%. The sequences were thus consistent with the idea that the original library was not badly biased.
Five clones (R7.2, R7.3, R7.4, R7.6, R7.12) were further amplified and used to generate templates for mRNA.peptide fusion formation as described above. Following translation in the presence of 35S-methionine, fusions were treated with RNase cocktail (Ambion) for 15 min at 37 ℃ and purified by dT-cellulose and ethanol precipitation. The 16-L aliquots of fusion (in 50 mM phosphate buffer) were treated with 4 L of either DMF or DSG (1 mg mL.1) in DMF and allowed to react at RT for 1 h. The reactions were quenched with NaOH, neutralized with HCl, and added directly to 900 L of 1X selection buffer containing 3 L of Gαi1-NeutrAvidin agarose (preblocked with biotin). After 1 h at 4 ℃, the solid resin was washed twice in 1X selection buffer and once with 1X selection buffer (-BSA, -tRNA). The counts remaining on the Gαi1-NeutrAvidin-agarose were assayed by scintillation counting. The bulk library from round 7 was treated as described above and included as a positive control.」(第６３２頁左欄第６０行〜右欄第２４行、当審訳「プール７の分析
　ラウンド７のプールを、１２サイクルのＰＣＲで増幅し、ＭｉｎＥｌｕｔｅ　ＰＣＲ　Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ　Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて精製した。精製したＰＣＲ産物を、ＰＣＲ４‐ＴＯＰＯベクター（ｉｎｖｉｔｒｅｇｅｎ）にサブクローニングし、続いてＴＯＰ１０コンピテント細胞（ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）への形質転換を行った。個々のクローンを配列決定（Ｌａｒａｇｅｎ）した。最も少なく保存されたラウンド０と７のクローン（位置９，１０及び１１；全部で１４クローン）の配列分析によって、１３２の“Ｎ”の位置がＡ＝２２％、Ｔ＝１７％、Ｏ＝２０％、Ｃ＝４１％の組成であり、６６のＧ／Ｃの位置がＧ＝４４％およびＣ＝５６％の組成であることが示された。アミノ酸組成は、Ｓ＝２５％，Ａ＝１６％，Ｑ＝１６％，Ｔ＝１６％，Ｄ＝６％，Ｐ＝５％、Ｒ＝５％、Ｇ＝５％、Ｌ＝１．５％，Ｎ＝１．５％，Ｗ＝１．５％およびＣ＝１．５％で、小さい／極性残基となる傾向があった。従って、配列は、元のライブラリーがひどく偏ってはいなかったとの考えと矛盾しない。
　５つのクローン（Ｒ７．２．Ｒ７．３，Ｒ７．４，Ｒ７．６，Ｒ７．１２）をさらに増幅し、それらを用いて、ｍＲＮＡ−ペプチド融合物体の形成のためのテンプレートを上記と同様に生成させた。３５Ｓ‐メチオニンの存在下での翻訳に続いて、融合物を３７℃で１５分間、ＲＮａｓｅカクテル（Ａｍｂｉｏｎ）で処理し、ｄＴ‐セルロースおよびエタノール沈殿で精製した。融合物の１６μＬアリコート（５０ｍＭのリン酸緩衝液中）を、４μＬのＤＭＦまたはＤＭＦ中のＤＳＧ（１ｍｇ／ｍｌ）のいずれかで処理し、室温で１時間反応させた。反応をＮａＯＨでクエンチし、ＨＣｌで中和し、３μＬのＧαｉ１‐ニュートラアビジンアガロース（ビオチンで事前にブロックした）を含む９００μＬの１×選択緩衝液に直接添加した。４℃での１時間の後、固体樹脂を、１×選択緩衝液で２回、１Ｘ選択緩衝液（‐ＢＳＡ，‐ｔＲＮＡ）で１回、洗浄した。Ｇαｉ１‐ニュートラアピジンアガロース上に残っているカウントを、シンチレーション測定でアッセイした。ラウンド７からのバルクライブラリーを上記の通り処理し、陽性対照とした。」）
イ　甲第１号証に記載の発明
（ア）　（甲１ａ）の図には「ＭＸ１０ＫＤＮＡライブラリー」及び「ＭＸ１０ＫｍＲＮＡのライブラリー」と記載され、図の説明には「ＭＸ１０Ｋライブラリーは、合成ＤＮＡから転写され」と記載されていることから、次のことが理解される。
　ＭＸ１０ＫＤＮＡライブラリーがまず作られること。
　それをテンプレートとして、-AUG-（NNS）１０-AAA-の配列を有するＭＸ１０Ｋテンプレートにピューロマイシンを連結したＭＸ１０ＫｍＲＮＡライブラリーが作られること。
（イ）　（甲１ｅ）より、「ＭＸ１０Ｋライブラリーの合成・・・
5'…GCCAGACCCCGATTTSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNCATTGTAATTGTAAATAGTAATTG…3'（式中、N＝A,T,C,G、およびS＝G,C)である。 “Nの位置に用いられる試薬ボトルは、A：C：G：Ｔを3：3：2：2の比率で混合して作成した。 “Sの位置に用いられる試薬ボトルは、C:Gを3：2の比率で混合して作成した。」と記載されていることから、次のことが理解される。
　上記「ＭＸ１０ＫＤＮＡライブラリー」は、
5'…GCCAGACCCCGATTTSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNCATTGTAATTGTAAATAGTAATTG…3'
であり、式中N＝A,T,G,C、S＝G,Cである、並んだ１０個のNNSの繰り返されたランダム領域を含み、該ＭＸ１０ＫＤＮＡライブラリーから作られる該ＭＸ１０ＫｍＲＮＡライブラリーもランダム領域を有すること。
　
（ウ）　（甲１ｆ）に「１．６７×１０１２の固有のｍＲＮＡ‐ペプチド融合物配列」であった「ＭＸ１０Ｋテンプレートを，ウサギ網状赤血球溶解物中，標準的な条件の下で翻訳した。翻訳反応に，１ｍＭのＮａＯＡｃ（ｐＨ＝４．５）および３５Ｓ‐メチオニンの中の６０μｇのＮＭＦ‐ｔＲＮＡＣＵＡを加えた。」と記載されており、「ＮＭＦ」とは、「これらのライブラリーは、Ｎ−メチルフェニルアラニン（ＮＭＦ）を２１番目のアミノ酸として用いる拡張された遺伝子コードで構築された。」（甲１ｂ）との記載に照らし、特殊アミノ酸であるＮ−メチルフェニルアラニンを意味する。
　このことから、次のことが理解される。
　上記（ア）で得られたＭＸ１０ＫｍＲＮＡライブラリーをテンプレートとして、ウサギ網状赤血球溶解物中、ＮＭＦ‐ｔＲＮＡＣＵＡ（アンチコドンＣＵＡを有するＮ−メチルフェニルアラニン‐ｔＲＮＡ）存在下、標準的な条件の下で翻訳し、１．６７×１０１２の固有のｍＲＮＡ−ペプチド融合物ライブラリーを作成したこと。
　
（エ)　（甲１ａ）に「得られたｍＲＮＡ−ペプチド融合物ライブラリーを精製し、ＤＳＧで環化した。」と記載されていることから、次のことが理解される。
　上記（ウ）で得られたｍＲＮＡ−ペプチド融合物ライブラリーに含まれる１．６７×１０１２のｍＲＮＡ−ペプチド融合物を、ＤＳＧで環化したｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のライブラリーを作成すること。
　
（オ）　（甲１ｂ）に「このライブラリーは、アンバー−サプレッサーＮＭＦ−トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）ＣＵＡの存在下で翻訳され、ＤＳＧで環化された（図１）。ランダム領域は、縦に並んだ１０個のNNSの繰り返しで構築され、その結果、ランダムな各々の位置でのUAG（アンバー）停止コドンの頻度は約３％となった。ラウンド０のプールの見積られた多様性は、各分子が≧３コピーである、１．６７×１０１２の固有の配列であった。」と記載されている。
　そして、ＮＭＦ−トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）ＣＵＡの「ＮＭＦ」とは、「これらのライブラリーは、Ｎ−メチルフェニルアラニン（ＮＭＦ）を２１番目のアミノ酸として用いる拡張された遺伝子コードで構築された。」（甲１ｂ）との記載に照らし、特殊アミノ酸であるＮ−メチルフェニルアラニンを意味する。
　以上のことから、次のことが理解される。
上記（エ）で作成された「ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のライブラリー」は、ＭＸ１０Ｋに含まれるランダム領域において、ＮＮＳの各々の位置で特殊アミノ酸であるＮ−メチルフェニルアラニンに対応するUAG（アンバー）停止コドンを約３％含んおり、それにより環状ペプチドにランダムにＮ−メチルフェニルアラニンを含んでいるｍＲＮＡ−環状特殊ペプチド融合物も含有しているライブラリーであること。
　　
（カ）（甲１ｇ）より、「ラウンド０」と称される以下の工程で、上記（イ）で作られた「ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物」ライブラリーは、ＲＮａｓｅ　Ｈ−で逆転写され、該ライブラリーに含まれる「ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物」のそれぞれのｍＲＮＡに相補的なＤＮＡが合成されてＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーが形成されたことが理解される。「逆転写の後、ライブラリーを、５０μＬのＧαｉ１−ニュートラアビジンアガロース・・・に添加した。結合反応を４℃て１時間、行った。」と記載されているから、ＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーは、Ｇαｉ１−ニュートラアビジンアガロース、すなわち、固定化されたＧαｉ１と接触され、結合反応が行われたことが理解される。次いで「反応物を濾過し、樹脂を４℃で１×選択緩衝液で４回、１×選択緩衝液（‐ＢＳＡ，‐ｔＲＮＡ）で２回、洗浄した。」とあるから、固相化されたＧαｉ１と結合しなかったＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーのメンバーが洗浄されることで除去され、Ｇαｉ１と結合した複数のＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のみが選択され、新たなＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のライブラリーとなる。
　「ライブラリーを１５サイクルのＰＣＲで増幅した」と記載され、ＰＣＲはＤＮＡを増幅する手段であるから、該新たなＧαｉ１と結合したＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のライブラリーに含まれるそれぞれのＤＮＡがＰＣＲで増幅されたことが理解される。
　(甲１ｆ)に「その後のラウンドでは、６０ピコモルのライブラリーのテンプレートを、１ｍＭのＮａＯＡｃ（ｐＨ＝４．５）中、１２μｇのＮＭＦ‐ｔＲＮＡＣＵＡの存在下で翻訳した。環化は、５０ｍＭのリン酸緩衝液（ｐＨ＝８）中、４０μＬのｄＴ精製融合物を１０μＬのＤＳＣ（１ｍｇ／ｍ１　ＤＭＦ）に加えて行った。」とあるから、前記ＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のライブラリーからＰＣＲで増幅されたＤＮＡ群から、新たなｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のライブラリーが作成され、ラウンドが繰り返され、よりＧαｉ１と結合するｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物が選ばれることが理解される。
　以上のことを総合すると次の事項が理解される
　ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーは、逆転写され、その結果該ライブラリーに含まれるｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のそれぞれのｍＲＮＡに相補的なＤＮＡが合成されてＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーが形成される、
　該ＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーは、固定化されたＧαｉ１と接触され、結合反応が行われＧαｉ１と結合したＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物群が選択される、
　該選択されたＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物群に含まれるぞれぞれのＤＮＡがＰＣＲにより増幅される、
　該それぞれのＤＮＡから、Ｎ−メチルフェニルアラニン‐ｔＲＮＡＣＵＡの存在下で翻訳がなされ、新たなｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーが形成される
　以上のラウンドが繰り返されることで、よりＧαｉ１と結合するｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物が選ばれること。
　
（キ）（甲１ｂ）に「選択の結果を図２に示す。
固定化された標的への各プールの結合は、ラウンド４で増加し始め、ラウンド７まで増加し続けた。この時点でライブラリーを配列決定
　前記（カ）で行われたラウンド（ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物の逆転写、Ｇαｉ１と結合するＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物の選抜、ＰＣＲ、ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物への翻訳）が繰り返され、最終的にプールに含まれる選択されたＧαｉ１と結合するｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物の核酸配列が決定されること。
　
（ク） （甲１ｂ）に「我々は環状ｍＲＮＡディスプレイを記述し、Ｇαｉ１に対する大環状ペプチドリガンドを設計するためにそれを用いる」と記載されていることから、次のことがわかる。
　ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のライブラリーを用いた環状ｍＲＮＡディスプレイにより、Ｇαｉｌに結合する環状ペプチドを選択する方法であること。
　
（ケ）上記（ア）から（ク）を総合すると、甲１号証には、以下の発明（以下、「甲１発明」という。）が記載されていると認められる。
「（ａ）　ＭＸ１０ＫＤＮＡライブラリーが作られ、
（ｂ）　該ＭＸ１０ＫＤＮＡライブラリーをテンプレートとして、−ＡＵＧ−（ＮＮＳ）１０−ＡＡＡ−の配列を有するＭＸ１０Ｋテンプレートにピューロマイシンを連結したＭＸ１０ＫｍＲＮＡライブラリーが作られ、
　
（ｃ）　該ＭＸ１０ＫＤＮＡライブラリーは、
5'…GCCAGACCCCGATTTSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNSNNCATTGTAATTGTAAATAGTAATTG…3'
であり、式中N＝A,T,G,C、S＝G,Cである、並んだ１０個のNNSの繰り返されたランダム領域を含み、
　
（ｄ）　該ＭＸ１０ＫＤＮＡライブラリーから作られる該ＭＸ１０ＫｍＲＮＡライブラリーもランダム領域を有し、
　
（ｅ）　該ＭＸ１０ＫｍＲＮＡライブラリーをテンプレートとして、ウサギ網状赤血球溶解物中、ＮＭＦ‐ｔＲＮＡＣＵＡ（アンチコドンＣＵＡを有するＮ−メチルフェニルアラニン‐ｔＲＮＡ）の存在下、標準的な条件の下で翻訳し、１．６７×１０１２の固有のｍＲＮＡ−ペプチド融合物ライブラリーを作成し、
　
（ｆ）　該ｍＲＮＡ−ペプチド融合物ライブラリーに含まれるｍＲＮＡ−ペプチド融合物を、ＤＳＧで環化したｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のライブラリーを作成し、
　
（ｇ）　該ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のライブラリーは、ＭＸ１０Ｋに含まれるランダム領域において、NNSの各々の位置で特殊アミノ酸であるＮ−メチルフェニルアラニンに対応するUAG（アンバー）停止コドンを約３％含んでおり、それにより環状化ペプチドにランダムにＮ−メチルフェニルアラニンを含んでいるｍＲＮＡ−環状特殊ペプチド融合物も含有しているライブラリーであり、
（ｈ）　ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーは、逆転写され、その結果該ライブラリーに含まれるｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のそれぞれのｍＲＮＡに相補的なＤＮＡが合成されてＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーが形成され、
　
（ｉ）　該ＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーは、固定化されたＧαｉ１と接触され、結合反応が行われＧαｉ１と結合したＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物群が選択され、
　
（ｊ）　該選択されたＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物群に含まれるぞれぞれのＤＮＡがＰＣＲにより増幅され、
　
（ｋ）　該それぞれのＤＮＡから、Ｎ−メチルフェニルアラニン‐ｔＲＮＡＣＵＡの存在下で翻訳がなされ、新たなｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーが形成され、
　
（ｌ）　上記（ｈ）〜（ｋ）を１ラウンドとするラウンドが繰り返されることで、よりＧαｉ１と結合するｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物が選ばれ、
　
（ｍ）　ラウンドが繰り返され、最終的にプールに含まれる選択されたＧαｉ１と結合するｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物の核酸配列が決定され、
　
（ｎ）　ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物のライブラリーを用いた環状ｍＲＮＡディスプレイにより、Ｇαｉｌに結合する環状ペプチドを選択する方法。」
ウ　甲第３号証に記載の事項
　取消理由通知において引用した甲第３号証（林　剛介ほか、特殊環状ペプチドの翻訳合成と医薬品探索への展開，生化学，Vol.82，No.6，505〜514頁，2010年6月）には、以下の事項が記載されている。 
（甲３ａ）「シクロスポリンの化学構造中には，薬剤としての機能を安定して発揮するための仕掛けがいくつも隠されている．それは，ペプチド骨格の主鎖を形成するアミド結合の窒素の多くがメチル化されていること，タンパク質性アミノ酸とは異なる立体構造（D-アミノ酸）や側鎖を持った非タンパク質性アミノ酸を含有すること，環状構造を有していること，である．これらの構造的特徴が，シクロスポリンの細胞膜透過性や生体内のプロテアーゼに対する耐性，さらには標的タンパク質への高い親和性を付与していると考えられる．」（第５０６頁右欄第８〜１７行）
(甲３ｂ)「FIT システムではこの「遺伝暗号のリプログラミング」を最大限に活用している．
FIT システムは，我々の研究室で開発されたフレキシザイム（詳細は後述）によるアミノアシル化反応系と，大腸菌由来の再構成無細胞翻訳系
４，５）
から構成される（図1）．再構成無細胞翻訳系とは，大腸菌の持つ翻訳系を試験管内で再現したもので，リボソームやtRNA，ARS など翻訳に関わる因子をそれぞれ単離・精製し，再び一つに混ぜ合わせた翻訳系である．従来の無細胞翻訳系は細胞抽出液をそのまま用いるが，再構成系は，任意の構成因子（アミノ酸やARS 等）を翻訳系から自由に取り除くことができるという点で抽出系とは一線を画す．
（甲３ｃ）「図３
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
(甲３ｄ）「４． あらゆるアミノ酸でtRNA を自在にアミノアシル化する人工リボザイム〜フレキシザイム〜
　目的のアミノ酸（タンパク質性あるいは非タンパク質性）を目的のtRNA に連結する従来までの方法は，大きく分けて二つあった．一つ目は，ARS を使う方法である．天然に存在するARS は，上述のようにそれぞれ基質となるアミノ酸が決まっており，それ以外のアミノ酸をアミノアシル化する能力は基本的にない．しかし，いくつかのARSは，基質アミノ酸と類似構造を持つアミノ酸に対して，高くはないがアミノアシル化を進行させる能力を有する．いわばARS のミスアミノアシル化という現象を利用して非タンパク質性アミノ酸を導入したアミノアシルtRNA の合成が行われている６，７）．しかし，この方法ではアミノアシル化できないアミノ酸が多数存在し，汎用性の高い方法とはいえない． ARS に分子進化工学的手法を適用して改変し，その基質特異性を変化させる研究もあるが，この方法はアミノ酸とtRNA の組合わせを変えるたびに，新しくARSを取得しなければならないため，多大な労力を必要とする．そのため，多種類の非タンパク質性アミノ酸を簡便にアミノアシル化するという点で不利な方法である８，９）．
　もう一つは，合成化学的手法を駆使したものである．この方法は，原則的にアミノ酸の構造に制限がなく，多種多様なアミノアシルtRNA を合成することができる１０，１１）．しかし，tRNA の３′末端のヌクレオシドであるアデノシンの誘導体を，調製したいアミノ酸ごとに化学合成する必要があるため，多段階の煩雑な操作を必要とし，アミノアシルtRNA の調製に大きな労力がかかってしまう．我々が目標とする特殊環状ペプチドは，多種多様な非タンパク質性アミノ酸を含んでいるため，ライブラリー構築を考えると，より簡便に多様なアミノアシルtRNA の調製を可能にする方法が必要になってくる．
　
この問題を解決したのが，我々の研究室で開発された人工アミノアシル化RNA 触媒（リボザイム），「フレキシザイム」である．我々の研究室では，１０年以上前から様々な機能を持つ人工リボザイムの探索を行っており，これまでに，アミノアシル化リボザイムの他に，酸化リボザイム
１２）
の取得に成功している．２００１年に初めて分子進化工学の手法を駆使して取得されたアミノアシル化リボザイムは
１３）
，その後の改良を経て，現在では多種多様なアミノ酸を任意のtRNA にアミノアシル化することのできる２種類のリボザイム，ジニトロフレキシザイム（dFx）とエンハンストフレキシザイム（eFx）に進化している
１４，１５）
．
これらのフレキシザイムはアミノ酸のα位のアミノ基を認識していないので， N-メチルアミノ酸やα-ヒドロキシ酸，β-アミノ酸等もアミノアシル化することができる．
　ここで述べたフレキシザイムによるアミノアシルtRNA合成系と，再構成無細胞翻訳系を統合したFIT システムを用いることで，多様な非タンパク質性アミノ酸をコドンテーブルに割り当てることができる．その結果，次項で紹介する多様な骨格を持つ特殊ペプチドや特殊環状ペプチドの翻訳合成が可能になったのである．」（第５１０頁右欄第４行〜左欄第３２行）
(甲３ｅ）「一つ目は，クロロアセチル基とシステインのチオール基のSN２反応を利用した環状ペプチド形成法である（図４a）１９）．この反応によって生成するチオエーテル結合は，天然のペプチドやタンパク質中でよく見られるシステイン残基間のジスルフィド結合に比べて，細胞内の還元条件で安定である．この反応を進行させるには，クロロアセチル基を含んだペプチドを合成する必要があるが，それを可能にしたのが，既に述べたFIT システムである．つまり，フレキシザイムを用いてクロロアセチル基を有するアミノ酸（例えばN-クロロアセチルジアミノ酪酸）をtRNAにアミノアシル化した後，空きコドンを持った再構成無細胞翻訳系で翻訳合成することで，クロロアセチル基を含有したペプチドが合成される．また，この環化反応は，試薬の添加なしで進行する自発的な反応であるため，合成されたペプチドは翻訳反応系中で環化し，翻訳産物として直接環状ペプチドを得ることができる．さらに我々は，この環化技術とN-メチルアミノ酸導入技術を組み合わせて，環状N-メチルペプチドの翻訳合成にも成功している１７）．
　二つ目は，アジド基とアルキニル基間のHuisgen 反応を利用した環状ペプチドの合成技術である（図４b）２２）．この場合，アジド基を有するアミノ酸（アジドホモアラニン）とアルキニル基を有するアミノ酸（プロパルギルグリシン）とをアミノアシル化する必要がある．フレキシザイムで調製したこれら２種類のアミノアシルtRNA を含む無細胞翻訳系で翻訳されたペプチドに，一価の銅イオンを作用させることで，二つの官能基が反応してトリアゾール環が形成され，結果として環状ペプチドが生成する．この二つの官能基は，この条件下ではどのタンパク質性アミノ酸とも反応しないので，目的の位置で選択的に環状構造を作ることができる．また我々は，上述のクロロアセチル―システイン法と組み合わせることで，２環構造を有するペプチドの翻訳合成にも成功している２２）．生理活性を持つペプチドの中には，分子内に複数の環を有するものが多数存在することを考えると，このような二環性特殊ペプチドの翻訳合成が達成されたことは，意義深いことであろう．」（第５１１頁右欄第７行〜左欄第１７行）
（甲３ｆ）「
」
エ　甲第６号証に記載の事項
　取消理由通知において引用した甲第６号証（菅　裕明，汎用新バイオ技術の開発と創薬への期待，日本化学会・科学技術振興機構合同特別シンポジウム　「分子技術イニシャティブ」要旨集，２２頁〜２４頁，社団法人日本化学会，２０１０年３月２７日）には、以下の事項が記載されている。
(甲６ａ)「遺伝暗号のリプログラミング、すなわち蛋白質性アミノ酸から非蛋白質性アミノ酸へのリアサインメントには、対応するアシル化tRNA の合成、空コドンの作製、使用可能な非蛋白質性アミノ酸の同定、さらには環状化技術の開発等、「分子技術」としての障害は多い。当研究室では、それらひとつひとつの問題点を、１０年を超える歳月をかけて解決し、最適化することで達成してきた。
すなわち、アシル化tRNA合成には汎用性の高いtRNAアシル化触媒（Flexible tRNA acylation ribozyme; Flexizyme）を開発し、空きコドンの作製には因子やアミノ酸を抜いた不完全再構築大腸菌無細胞翻訳系（wPURE システム）を適応させた（図1）。
（甲６ｂ）「
　　図1 翻訳系「分子技術」開発の主要技術 フレキシザイム（1997〜2006）は、RNA 酵素（リボザイム）で、その3’末端の塩基がtRNAの3’末端配列CCA と塩基対を形成することでtRNA に結合する。フレキシザイムには、アミノ酸基質の選択性によって２種類eFx とdFxがある。eFx は、アミノ酸にシアノメチルエステル（CME）あるいは４−クロロベンジルチオエステル（CBT）を有するアミノ酸に触媒活性を示すリボザイムである。一般的には、フェニルアラニン類似体のような芳香環を有する基質に対してはCME を、嵩高いアルキル側鎖をもつアミノ酸にはCBT を対応させる。
dFx は、アミノ酸に3,5-ジニトロベンジルエステルでアシル化した基質に触媒活性を示し、eFx より広範囲な側鎖に対応できるフレキシザイムで、一般的にはdFx を用いてアシル化tRNA を合成する。
特殊ペプチドの翻訳合成（2004〜）は、開始コドンにN-(2-クロロアセチル)-アミノ酸、伸長コドンに複数のN-メチルアミノ酸をアサインすることで、生体内で安定な非還元型チオエーテル結合を有する大環状特殊ペプチドを翻訳合成する技術である。
（３）　本件発明１について
　対比を容易にするために、本件発明１の特定事項を以下のように分説し見出しを付けることとする。
「　　【請求項１】
（Ａ）　次の工程を含む、ペプチドライブラリーから標的物質に結合する特殊ペプチドを選択する方法：
（ｉ）核酸ライブラリーを調製し、特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡと大腸菌由来のリボゾームとを含む無細胞翻訳系によって翻訳し、特殊アミノ酸がペプチド配列にランダムに導入された特殊ペプチドのライブラリーを調製する工程；
（ｉｉ）ペプチドライブラリーを標的物質に接触させる工程；及び
（ｉｉｉ）標的物質に結合する特殊ペプチドを選択する工程、ここで該特殊ペプチドは複数の特殊アミノ酸を含む
であって、
（Ｂ）　前記（ｉ）の工程において、ライブラリーを構成する各ペプチドが当該ペプチドをコードする核酸配列から翻訳され、核酸配列とその翻訳産物であるペプチドが連結されて、ｉｎ　ｖｉｔｒｏディスプレイライブラリーが構築され、
（Ｃ−１）　核酸配列において、ペプチドをコードする領域が、異なる複数のトリプレットの繰り返しからなるランダム配列を含み、ランダム配列中のトリプレットの少なくとも一部が特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンに対応する配列であり、
（Ｃ−２）　特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡのアンチコドンと特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンの対合により特殊アミノ酸がペプチド配列に導入され、
（Ｄ−１）　前記（ｉｉｉ）の工程が、標的物質に結合するペプチドをコードする核酸配列を決定し、核酸配列からペプチド配列を決定し、
（Ｄ−２）　複数の特殊アミノ酸を含むペプチドを選択することを含む、前記方法。」
　
ア　対比
　本件発明１と甲１発明とを対比する。
（ア）　本件発明１（Ａ）（ｉ）の特定事項について
ａ　甲１発明の（ｂ）「ＭＸ１０ＫｍＲＮＡライブラリーが作られ」ることは、ｍＲＮＡが核酸であるから、本件発明１（ｉ）の「核酸ライブラリーを調製」することに相当する。
　
ｂ　甲１発明の（ｅ）「ＮＭＦ‐ｔＲＮＡＣＵＡ（アンチコドンＣＵＡを有するＮ−メチルフェニルアラニン‐ｔＲＮＡ）」は、Ｎ−メチルフェニルアラニンが特殊アミノ酸であることから、本件発明１の「特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡ」に相当する。そして、甲１発明の（ｅ）「ウサギ網状赤血球溶解物」は、「無細胞翻訳系」の１種である。
　以上のことから、甲１発明の（ｅ）「該ＭＸ１０ＫｍＲＮＡライブラリーをテンプレートとして、ウサギ網状赤血球溶解物中、ＮＭＦ‐ｔＲＮＡＣＵＡ（アンチコドンＣＵＡを有するＮ−メチルフェニルアラニン‐ｔＲＮＡ）の存在下、標準的な条件の下で翻訳」することと、本件発明１の(i)の「翻訳」することとは、（ｉ）’「特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡ」「を含む無細胞翻訳系によって翻訳」する点で共通する。
ｃ　本件発明１の（ｉ）「特殊アミノ酸がペプチド配列にランダムに導入された特殊ペプチドのライブラリー」について、本件特許明細書に実施例として次のように記載されている。
「【０１２５】
例えば、NNUトリプレットによって発生するコドンの数は、１６種類（４×４×１＝１６）であり、・・・必ず環状化ペプチドが形成されるように設計した。その
実施例として、様々な大きさの環状ペプチドを調製するためにNNUコドンを８から１５回繰り返した
【０１２６】NNUライブラリーの利点としては、ランダム領域でUAA及びUAG、UGAで規定されるストップコドンが出現しないため、確度の高いライブラリーを構築することができる。また１６コドン中、４コドンがＮ−メチルアミノ酸を規定するため、
ペプチド中にＮ−メチルアミノ酸の導入確率を理論上では25%にまで高めることができる
Ｎ−メチルアミノ酸の出現確率は半減する
　NNU１つのコドンで特殊アミノ酸の導入確率が２５％であるということは、【０１２５】に記載された「NNUコドンを８」回繰り返すライブラリーにおける、特殊アミノ酸が最低１つ含まれる確率を、特殊アミノ酸が含まれない確率を計算して１００％から引くというやり方で計算する。
　NNU１つのコドン当たり、特殊アミノ酸が含まれない確率は７５％であり、０．７５の８乗、すなわち、０．１０（１０％）が特殊アミノ酸を全く含まない特殊ペプチドが作られる確率となる。
　１００％−１０％、すなわち、約９０％の確率で特殊アミノ酸が必ず１つはランダムに含まれる。
　仮に、NNUの繰り返しを更に増やしても、１００％に近づくことはあっても、１００％となることはあり得ない。
　
　そして、平成２９年１１月１５日付け回答書によると、「実質として特殊ペプチドのみのライブラリー」とは、様々な大きさの環状ペプチドを調整するために、NNUコドンを８から１５回繰り返すことにより、少なくとも約９０％もの高い確率で特殊アミノ酸が導入されたライブラリーである旨主張していることから、「特殊ペプチドのライブラリー」とは、１００％特殊ペプチドのみのライブラリーという意味ではなく、少なくとも約９０％もの高い確率で特殊アミノ酸が導入されたライブラリーであるといえる。
　以上、本件明細書に「NNUコドンを８」回繰り返す特殊アミノ酸が９０％含まれるライブラリーが実施例として記載されていること、さらに、【０１２６】には「Ｎ−メチルアミノ酸の出現確率は半減する」態様も記載されていることからすると、本件発明１（ｉ）の「特殊アミノ酸がペプチド配列にランダムに導入された特殊ペプチドのライブラリー」とは、特殊アミノ酸がペプチド配列にランダムに導入された特殊ペプチドを含むライブラリーと解釈される。
　
ｄ　そこで、本件発明１を上記したように解釈した上で、甲１発明と対比すると、甲１発明の（ｅ）工程で作成された「ｍＲＮＡ−ペプチド融合物ライブラリー」は、（ｆ）工程でペプチドが環状化され、（ｇ）「ｍＲＮＡ−環状化ペプチド融合物のライブラリー」となる。
　そして、甲１発明の（ｇ）「ｍＲＮＡ−環状化ペプチド融合物のライブラリー」を作成する工程は、（ｇ）「環状化ペプチドにランダムにＮ−メチルフェニルアラニンを含んでいるｍＲＮＡ−環状化特殊ペプチド融合物も含有しているライブラリーである」から、本件発明１の（ｉ）「特殊アミノ酸がペプチド配列にランダムに導入された特殊ペプチドのライブラリーを調製する工程」に相当する。
　
ｅ　以上を総合すると、甲１発明は、「（ｉ）　核酸ライブラリーを調製し、特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡを」「含む無細胞翻訳系によって翻訳し、特殊アミノ酸がペプチド配列にランダムに導入された特殊ペプチドのライブラリーを調製する工程」に相当する工程を具備しているといえる。
（イ）　本件発明１（Ａ）（ｉｉ）の特定事項について
　甲１発明の（ｇ）「ｍＲＮＡ−環状化ペプチド融合物のライブラリー」から逆転写により作成された（ｈ）「ＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリー」は、本件発明１の「（ｉｉ）ペプチドライブラリー」に相当する。
　そして、甲１発明の（ｉ）「該ＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーは、固定化されたＧαｉ１と接触」される工程は、本件発明１の「（ｉｉ）ペプチドライブラリーを標的物質に接触させる工程」に相当する。
　
（ウ）　本件発明１（Ａ）（ｉｉｉ）の特定事項について
　甲１発明の（ｍ）「ラウンドが繰り返され、最終的にプールに含まれる選択されたＧαｉ１と結合するｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物」を得る工程は、ペプチドを選択する工程であり、特殊ペプチドを選択する工程ではないから、本件特許発明１の「（ｉｉｉ）標的物質に結合する特殊ペプチドを選択する工程、ここで該特殊ペプチドは複数の特殊アミノ酸を含む」とは、「（ｉｉｉ）’標的物質に結合するペプチドを選択する工程」という点で共通する。
　
（エ）　本件発明１（Ａ）の特定事項について
ａ　甲１発明の（ｎ）「Ｇαｉｌ」は、それに結合する「環状ペプチド」を選択するためのものであるから、本件発明１の「標的物質」に相当する。
　
ｂ　また、甲１発明の（ｎ）「ｍＲＮＡ−環状化ペプチド融合物のライブラリー」は、環状化ペプチドというペプチドを有するから、本件発明１の「ペプチドライブラリー」に相当する。
　
ｃ　以上のことを踏まえると、甲１発明の（ｎ）「ｍＲＮＡ−環状化ペプチド融合物のライブラリーを用いた環状ｍＲＮＡディスプレイにより、Ｇαｉｌに結合する環状ペプチドを選択する方法」は、ライブラリーに（ｇ）「ｍＲＮＡ−環状化特殊ペプチド融合物」が含まれるものの、特殊ペプチドを含まない環状化ペプチドも選択され得る。
　そうすると、甲１発明の（ｎ）「ｍＲＮＡ−環状化ペプチド融合物のライブラリーを用いた環状ｍＲＮＡディスプレイにより、Ｇαｉｌに結合する環状ペプチドを選択する方法」と、本件発明１の（ｉ）、（ｉｉ）及び（ｉｉｉ）「の工程を含む、ペプチドライブラリーから標的物質に結合する特殊ペプチドを選択する方法」とは、上記（ア）から（ウ）における、（ｉ）’、（ｉｉ）及び（ｉｉｉ）'「の工程を含む、ペプチドライブラリーから標的物質に結合するペプチドを選択する」ことで共通する。
（オ）　本件発明１（Ｂ）の特定事項について
　甲１発明の（ｈ）「ＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリー」は、（ｅ）「該ＭＸ１０ＫｍＲＮＡライブラリーをテンプレートとして」、ペプチドが「ウサギ網状赤血球溶解物中」で「翻訳」された（ｇ）「ｍＲＮＡ−環状化ペプチド融合物のライブラリー」から逆転写により作成されたものである。
　また、甲１発明の（ｈ）「ＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリー」は、環状ペプチドをコードするｍＲＮＡが該環状ペプチドと連結されている。
　そして、甲１発明の（ｈ）「ＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリー」は、（ｎ）「環状ｍＲＮＡディスプレイ」のライブラリーであり、（ｉ）「該ＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリーは、固定化されたＧαｉ１と接触」させるもので、ｉｎ　ｖｉｔｒｏで選択が行われるライブラリーである。
　
　上記「（イ）　本件発明１（ｉ）の特定事項について」で検討したように、甲１発明は、本件発明１（ｉ）の工程を具備していることに照らすと、甲１発明の（ｈ）「ＤＮＡ−ｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物ライブラリー」を構築することは、本件発明１の「（Ｂ）　前記（ｉ）の工程において、ライブラリーを構成する各ペプチドが当該ペプチドをコードする核酸配列から翻訳され、核酸配列とその翻訳産物であるペプチドが連結されて、ｉｎ　ｖｉｔｒｏディスプレイライブラリー」が構築されたことに相当する。
　
（カ）　本件発明１（Ｃ−１）の特定事項について
　甲１発明の（ｇ）「該ｍＲＮＡ−環状化ペプチド融合物のライブラリー」が有する「ＭＸ１０Ｋに含まれるランダム領域」にある「NNS」の配列は、コドンを表し、本件発明１の「ペプチドをコードする領域が、異なる複数のトリプレットの繰り返しからなるランダム配列」に相当する。
　
　また、甲１発明の（ｇ）「該ｍＲＮＡ−環状化ペプチド融合物のライブラリー」のｍＲＮＡの一部には、（ｇ）「特殊アミノ酸であるＮ−メチルフェニルアラニンに対応するUAG（アンバー）停止コドン」が含まれており、本件発明１の（Ｃ−１）「ランダム配列中のトリプレットの少なくとも一部が特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンに対応する配列」に相当する。
　以上を総合すると、甲１発明は、本件発明１の（Ｃ−１）「核酸配列において、ペプチドをコードする領域が、異なる複数のトリプレットの繰り返しからなるランダム配列を含み、ランダム配列中のトリプレットの少なくとも一部が特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンに対応する配列であ」ることを具備しているといえる。
（キ）　本件発明１（Ｃ−２）の特定事項について
　甲１発明の（ｅ）「該ＭＸ１０ＫｍＲＮＡライブラリーをテンプレートとして、ウサギ網状赤血球溶解物中、ＮＭＦ‐ｔＲＮＡＣＵＡ（アンチコドンＣＵＡを有するＮ−メチルフェニルアラニン‐ｔＲＮＡ）の存在下、標準的な条件の下で翻訳」することは、本件発明１（Ｃ−２）の「特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡのアンチコドンと特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンの対合により特殊アミノ酸がペプチド配列に導入され」ることに相当する。
（ク）　本件発明１（Ｄ−１）の特定事項について
　甲１発明の（ｍ）「ラウンドが繰り返され、最終的にプールに含まれる選択されたＧαｉ１と結合するｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物の核酸配列が決定される」ことは、決定された核酸配列はｍＲＮＡの配列を表し、そのｍＲＮＡの配列は環状ペプチドの配列に対応するから、本件発明１の（Ｄ−１）「標的物質に結合するペプチドをコードする核酸配列を決定し、核酸配列からペプチド配列を決定」することに相当する。
　
　しかしながら、上記「ｆ　本件発明１（ｉｉｉ）の特定事項について」で述べたように、甲１発明と本件発明１とは、「（ｉｉｉ）標的物質に結合するペプチドを選択する工程」で共通するのみである。
　よって、甲１発明の（ｍ）「ラウンドが繰り返され、最終的にプールに含まれる選択されたＧαｉ１と結合するｍＲＮＡ−環状ペプチド融合物の核酸配列が決定」することと、本件発明１の「（Ｄ−１）　前記（ｉｉｉ）の工程が、標的物質に結合するペプチドをコードする核酸配列を決定し、核酸配列からペプチド配列を決定」することとは、「（Ｄ−１）　前記（ｉｉｉ）の標的物質に結合するペプチドを選択する工程が、標的物質に結合するペプチドをコードする核酸配列を決定し、核酸配列からペプチド配列を決定」することで共通する。
（ケ）　本件発明１（Ｄ−２）の特定事項について
　甲１発明の（ｎ）「Ｇαｉｌに結合する環状ペプチドを選択する」ことと、本件発明１の「（Ｄ−２）　複数の特殊アミノ酸を含むペプチドを選択すること」とは、「（Ｄ−２）　ペプチドを選択することを含む」点で共通する。
　
　してみると、両者はつぎの一致点において一致し、各相違点において相違する。
＜一致点＞
（Ａ）　次の工程を含む、ペプチドライブラリーから標的物質に結合するペプチドを選択する
（ｉ）　核酸ライブラリーを調製し、
　特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡを含む無細胞翻訳系によって翻訳し、
　特殊アミノ酸がペプチド配列にランダムに導入された特殊ペプチドのライブラリーを調製する工程；
（ｉｉ）ペプチドライブラリーを標的物質に接触させる工程；及び
（ｉｉｉ）標的物質に結合するペプチドを選択する工程
（Ｂ）　前記（ｉ）の工程において、ライブラリーを構成する各ペプチドが当該ペプチドをコードする核酸配列から翻訳され、核酸配列とその翻訳産物であるペプチドが連結されて、ｉｎ　ｖｉｔｒｏディスプレイライブラリーが構築され、
（Ｃ−１）　核酸配列において、ペプチドをコードする領域が、異なる複数のトリプレットの繰り返しからなるランダム配列を含み、ランダム配列中のトリプレットの少なくとも一部が特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンに対応する配列であり、
（Ｃ−２）　特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡのアンチコドンと特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンの対合により特殊アミノ酸がペプチド配列に導入され、
（Ｄ−１）　前記（ｉｉｉ）の標的物質に結合するペプチドを選択する工程が、標的物質に結合するペプチドをコードする核酸配列を決定し、核酸配列からペプチド配列を決定
（Ｄ−２）　ペプチドを選択することを含む、前記方法。
＜相違点１＞
　一致点の（Ａ）（ｉ）の無細胞翻訳系が、本件発明１では、「大腸菌由来のリボゾーム」を含むものであるのに対して、甲１発明では、「ウサギ網状赤血球溶解物」である点。
＜相違点２＞
　一致点の（Ａ）、（ｉｉｉ）、（Ｄ−１）及び（Ｄ−２）におけるペプチドライブラリーから選択されるペプチドが、それぞれ本件発明１では、「（Ａ）特殊ペプチド」、「（ｉｉｉ）特殊ペプチドを選択する工程、ここで該特殊ペプチドは複数の特殊アミノ酸を含む」、「（Ｄ−１）前記（ｉｉｉ）の工程」及び「（Ｄ−２）　複数の特殊アミノ酸を含むペプチド」であるのに対して、甲１発明では、ペプチドライブラリーから選択されるペプチドが、特殊アミノ酸であるＮ−メチルフェニルアラニンが含まれる環状ペプチドが選択されることはあるかもしれないが、選択の対象は環状ペプチドであって、特殊ペプチドに注目して選択しているものではない点。
イ　判断
（ア）　相違点１について
　複数の特殊アミノ酸を含む特殊ペプチドを、コドン表に割り当て、大腸菌由来のリボゾームを含む無細胞翻訳系で翻訳する点は、甲第３号証及び甲第６号証などに見られるように周知である（以下、「周知技術１」という。）。
　本件発明１の無細胞翻訳系は、大腸菌由来のリボゾームを含むものであり、これは原核細胞の翻訳系である。そして、周知技術１も大腸菌由来のリボゾームを含む無細胞翻訳系であるから、原核細胞の翻訳系である。ところで、甲１発明の無細胞翻訳系は、「ウサギ網状赤血球溶解物」からなるものであるから、真核細胞の翻訳系である。
　真核細胞の翻訳系と原核細胞の翻訳系とでは、翻訳系に含まれるリボゾームの種類が異なり、翻訳系が翻訳できる核酸の種類が異なることは明らかである。
　また、真核細胞の翻訳系のリボゾームを原核細胞の翻訳系のリボゾームに変えたとしても、同じようなペプチドのライブラリーが調製されるといった技術常識は存在しない。
　そうすると、甲１発明に翻訳系の違う周知技術１を適用する動機付けがあるとはいえない。例え、甲１発明に周知技術１を適用したとしても、本件発明１と同様な特殊ペプチドのライブラリーが調製されることが、容易に予測できることであるともいえない。よって、甲１発明に周知技術１を適用することは、当業者が容易に想到できたことであるとはいえないから、他の相違点を検討するまでもなく、本件発明１は、甲１発明並びに周知技術１に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものではない。
ウ　申立人の主張について
　異議申立人金山愼一は、平成２９年７月１４日付け意見書において、
「原核細胞と真核細胞とでは、そもそもその翻訳に用いられるコドン表は基本的に同じものであり、原核細胞と真核細胞の翻訳系は大きく異ならない。原核細胞又は真核細胞由来の再構成された無細胞翻訳系を準備すれば、それぞれのコドンに対応する、それぞれの細胞に由来するｔＲＮＡに特定の被天然アミノ酸でアシル化したものと、それぞれの細胞のリボゾームを用いて同様のペプチドを合成することが可能である。従って、原核細胞のリボゾームであっても、真核細胞のリボゾームであっても、それぞれ再構成された無細胞翻訳系を準備し、それぞれのコドンに対応するｔＲＮＡに特定の被天然アミノ酸でアシル化したものを用いれば、同じ核酸ライブラリーによって、同じ特殊アミノ酸を含む特殊ペプチドライブラリーが得られる。」
旨、主張している。しかしながら、異議申立人は、上記主張を裏付ける証拠を示していないから、上記主張は採用されない。
エ　小括
　以上のとおり、本件発明１は、甲１発明並びに周知技術１に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものではない。
（４）本件発明２〜１３について
　本件発明２〜１３は、本件発明１を更に減縮したものであるから、上記本件発明についての判断と同様の理由により、甲１発明並びに周知技術１に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものではない。
（５）特許法第３６条第６項第１号及び第２号について
ア　取消理由の概要
　平成２８年７月２１日付け取消理由通知において、訂正前の請求項１において特定されている「（ペプチド）ライブラリー」が、「特殊ペプチドのみのライブラリー」となるのか、それとも「特殊ペプチド」以外のものが含まれるライブラリーとなるのかが、明確でなく、訂正前の請求項２において特定されている「ライブラリー」が「環状特殊ペプチドのみのライブラリー」を特定するものであるのか、「環状特殊ペプチド」以外のペプチドを含むライブラリーを特定するものであるのかが明確でないとして訂正前の請求項１及び２に係る特許と、これら特許を直接又は間接的に引用している請求項３ないし１３に係る特許は、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものであって、同法１１３条第４号に該当するから、取り消されるべきものである旨通知した。
　また、同取消理由通知において訂正前の請求項１において特定される「核酸配列」の「ライブラリー」は、そのランダム配列中に「特殊アミノ酸を指定する人為的コドン」を含まない「核酸配列」を含むものであり、その結果、ペプチドライブラリーには、少なくとも「特殊ペプチド」に該当しないものを含むものであると考えられるから、請求項１の「核酸配列」の特定は、発明の詳細な説明と対応しないとして、訂正前の請求項１に係る特許と、該特許を直接又は間接的に引用している請求項２ないし１３に係る特許は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものであって、同法１１３条第４号に該当するから、取り消されるべきものである旨通知した。
イ　当審の判断
　平成２９年平９月１４日付け手続補正書により補正された、平成２８年９月２６日付け訂正請求において、本件請求項１及び２は、上記第２の１の通り訂正され、同日付け意見書において被請求人は、「特殊ペプチドのライブラリー」が、「実質として特殊ペプチドのライブラリーとなるため明確である」旨主張した。そして、該主張に対し行った平成２９年１０月２５日付け審尋に対する平成２９年１１月１５日付け回答書において、「実質として特殊ペプチドのみのライブラリー」とは、様々な大きさの環状ペプチドを調整するために、NNUコドンを８から１５回繰り返すことにより、少なくとも約９０％もの高い確率で特殊アミノ酸が導入されたライブラリーである旨主張していることから、「特殊ペプチドのライブラリー」とは、１００％特殊ペプチドのみのライブラリーという意味では無く、少なくとも約９０％もの高い確率で特殊アミノ酸が導入されたライブラリーであると理解できるから、上記アの取消理由は解消した。
２　取消理由通知において採用しなかった特許異議申立理由について
ア　特許法第２９条第１項第３号について
　異議申立人金山愼一は、特許異議申立書において、本件発明１、２、４〜６及び１３は、本件特許の出願前に頒布された刊行物である甲第１号証に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号の規定により、特許を受けることができないものである旨主張している。
　しかしながら、上記１（３）アにおいて検討したとおり、甲１発明は、本件発明１と、＜相違点１＞及び＜相違点２＞で相違しており、また、本件発明２、４〜６及び１３とも、少なくとも同じ相違点で相違している。
　そうすると、本件発明１、２、４〜６及び１３は、甲第１号証に記載された発明であるとはいえないから、かかる主張は理由がない。
イ　特許法第３６条第６項第１号及び第２号について
　異議申立人金山愼一は、特許異議申立書において、請求項１に記載の「特殊アミノ酸」及び「特殊ペプチド」が如何なるものまで包含するか、その外延が明確でないから、特許請求の範囲の記載は特許を受けようとする発明が不明確であり、また、すべての「特殊アミノ酸」について発明の詳細な説明中に記載したものであるとはいえないから、特許法第３６条第６項第１号及び第２号の要件を満たさないと主張しているが、本件明細書【００４８】に「特殊アミノ酸とは、天然の翻訳で使用される２０種類のタンパク質性アミノ酸とは構造の異なるアミノ酸全般を指し、人工的に合成したものであっても、自然界に存在するものであってもよい。つまり、タンパク質性アミノ酸の側鎖構造の一部が化学的に変更・修飾された非タンパク質性アミノ酸や人工アミノ酸、D体アミノ酸、N-メチルアミノ酸、N-アシルアミノ酸、β-アミノ酸、アミノ酸骨格上のアミノ基やカルボキシル基が置換された構造を有する誘導体等が全て含まれる。N-メチルアミノ酸は、アミノ酸のα位アミノ基にメチル基が一つ導入された特殊アミノ酸である。」と記載されており、この記載と当該技術分野の技術常識から「特殊アミノ酸」及び該「特殊アミノ酸」からなる「特殊ペプチド」が如何なるものであるか理解でき、該「特殊アミノ酸」や該「特殊アミノ酸」からなる「特殊ペプチド」を選択することによる効果も十分に理解できることから、かかる主張は理由がない。
ウ　特許法第３６条第４項第１号について
　異議申立人金山愼一は、特許異議申立書において、本件発明１は、ペプチドライブラリーから標的物質に結合する複数の特殊アミノ酸を含む特殊ペプ
チドを選択する方法であるが、標的物質によっては、甲１発明のように複数の特殊アミノ酸を含む特殊ペプチドが選択されず、本件発明１を当業者が実施できない可能性があるため、本件発明１は、当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されていないから、特許法第３６条第４項第１号の規定により特許を受けることができないと主張しているが、確かに複数の特殊アミノ酸を含む特殊ペプチドが選択されない場合が存在するものの、本件発明１には、「（Ｄ−１）　前記（ｉｉｉ）の工程が、標的物質に結合するペプチドをコードする核酸配列を決定し、核酸配列からペプチド配列を決定し、（Ｄ−２）　複数の特殊アミノ酸を含むペプチドを選択する」工程が記載されており、これらの工程から、複数の特殊アミノ酸を含む特殊ペプチドが容易に選択されることは明らかであるから、かかる主張は理由がない。
　また、同特許異議申立書において、ペプチドの翻訳合成に特殊アミノ酸を導入するための方法として、本件明細書に具体的に開示されているのは、フレキシザイムを用いた特殊アミノ酸の導入方法のみであり、フレキシザイムを用いる以外の特殊アミノ酸を導入する方法は何も開示されていないため、本件発明１は、当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されていないから、特許法第３６条第４項第１号の規定により特許を受けることができないと主張している。
　しかしながら、当該技術分野の技術常識からして、フレキシザイムを用いる以外の方法で、特殊アミノ酸を導入することができないとまではいえず、また、異議申立人はフレキシザイムを用いる以外の方法を示さなければ、特殊アミノ酸を導入するための方法を、当業者が実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されていないことになるという証拠を提示していないから、かかる主張は理由がない。
第４　まとめ
　以上のとおり、本件発明１ないし１３は甲１発明、周知技術１に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえないから、平成２８年７月２１日付け取消理由通知に記載した取消理由、平成２９年２月２７日付け取消理由通知（決定の予告）に記載した取消理由及び特許異議申立書に記載した特許異議申立理由によっては、本件発明１ないし１３に係る特許を取り消すことはできない。さらに、他に本件発明１ないし１３に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。
　よって、結論のとおり決定する。
【異議決定日】
平成２９年１２月１日（２０１７．１２．１）
【訂正の要旨】
審決（決定）の【理由】欄参照。
（５７）【特許請求の範囲】
　【請求項１】
　次の工程を含む、ペプチドライブラリーから標的物質に結合する特殊ペプチドを選択する方法：
　（ｉ）核酸ライブラリーを調製し、特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡ
と大腸菌由来のリボソームと
の
　（ｉｉ）ペプチドライブラリーを標的物質に接触させる工程；及び
　（ｉｉｉ）標的物質に結合する特殊ペプチドを選択する工程、ここで該特殊ペプチドは複数の特殊アミノ酸を含む
であって、
　前記（ｉ）の工程において、ライブラリーを構成する各ペプチドが当該ペプチドをコードする核酸配列から翻訳され、核酸配列とその翻訳産物であるペプチドが連結されて、ｉｎ　ｖｉｔｒｏディスプレイライブラリーが構築され、
　核酸配列において、ペプチドをコードする領域が、異なる複数のトリプレットの繰り返しからなるランダム配列を含み、ランダム配列中のトリプレットの少なくとも一部が特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンに対応する配列であり、特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡのアンチコドンと特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンの対合により特殊アミノ酸がペプチド配列に導入され、
　前記（ｉｉｉ）の工程が、標的物質に結合するペプチドをコードする核酸配列を決定し、核酸配列からペプチド配列を決定し、複数の特殊アミノ酸を含むペプチドを選択することを含む、前記方法。
　【請求項２】
　ペプチドをコードする領域が、さらに、
官能基１を持つアミノ酸を指定するコドン、及び
官能基２を持つアミノ酸を指定するコドン
に対応する配列を含み、
官能基１及び官能基２は結合形成反応が可能な一組の官能基であり、
　前記（ｉ）の工程において、特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡのアンチコドンと特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンの対合により特殊アミノ酸がペプチド配列に導入され、翻訳産物であるペプチドが官能基１と官能基２の間の結合形成反応によって環状化されることにより、ライブラリーが環状特殊ペプチド
のライブラリーであり
　前記（ｉｉｉ）の工程が、標的物質に結合する環状特殊ペプチドをコードする核酸配列を決定し、核酸配列からペプチド配列を決定し、標的物質に結合する環状特殊ペプチドを選択することを含む、請求項１の方法。
　【請求項３】
　前記（ｉ）の工程が、アシルｔＲＮＡ合成酵素様活性を持つＲＮＡ触媒を用いて特殊アミノ酸でｔＲＮＡをアシル化することを含む、請求項１又は２の方法。
　【請求項４】
　核酸ライブラリーがｍＲＮＡのライブラリーである、請求項１〜３のいずれかの方法。
　【請求項５】
　ランダム配列を構成するトリプレットが、以下の配列からなるコドン：
Ｎ１Ｎ２Ｕコドン｛Ｎ１及びＮ２はそれぞれ独立して、Ａ、Ｕ、ＣまたはＧのいずれかである｝
Ｎ１Ｎ２Ｋコドン｛Ｎ１及びＮ２はそれぞれ独立して、Ａ、Ｕ、ＣまたはＧのいずれかであり、Ｋは、ＣまたはＧのいずれかである｝、及び
Ｎ１Ｎ２Ｎ３コドン｛Ｎ１、Ｎ２及びＮ３はそれぞれ独立して、Ａ、Ｕ、ＣまたはＧのいずれかである｝、
から選択される、請求項１又は２の方法。
　【請求項６】
　ランダム配列が、Ｎ１Ｎ２Ｕコドン、Ｎ１Ｎ２Ｋコドン、Ｎ１Ｎ２Ｎ３コドンのいずれかの２回以上の繰り返しからなる、請求項５の方法。
　【請求項７】
　官能基１及び官能基２が、以下の官能基の組（Ａ）から（Ｃ）：
　【化１】
（式中、Ｘ１はＣｌまたはＢｒであり、そして、Ａｒは置換基を有していてもよい芳香環である）のいずれか一組である、請求項２の方法。
　【請求項８】
　官能基１を持つアミノ酸がクロロアセチル基を持つアミノ酸であり、官能基２を持つアミノ酸がシステインである、請求項２の方法。
　【請求項９】
　ペプチドをコードする領域が、以下の（ａ）〜（ｃ）：
　（ａ）クロロアセチル基を持つアミノ酸を指定する開始コドン、
　（ｂ）特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンを含む、ＮＮＵ｛Ｎは、Ａ、Ｕ、ＣまたはＧのいずれかのリボヌクレオチドである｝コドンの繰り返しからなるランダム配列、及び
　（ｃ）システインを指定するコドン
を含み、開始コドンと、クロロアセチル基を持つアミノ酸でアシル化された開始ｔＲＮＡのアンチコドンの対合により、クロロアセチル基を持つアミノ酸がペプチドＮ末端に導入され、ランダム配列中の特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンと、特殊アミノ酸でアシル化された伸長用ｔＲＮＡのアンチコドンとの対合により、特殊アミノ酸がペプチドに導入され、翻訳産物であるペプチドがクロロアセチル基とシステインのスルフィドリル基との間の結合形成反応によって環状化される、請求項８に記載の方法。
　【請求項１０】
　ライブラリーがリボソームディスプレイライブラリー、ｍＲＮＡディスプレイライブラリー、及びＲＡＰＩＤディスプレイライブラリーからなる群から選択されるいずれかである、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
　【請求項１１】
　ｍＲＮＡとその翻訳産物である環状特殊ペプチドの複合体からなるｉｎ　ｖｉｔｒｏディスプレイライブラリーであって、該ｉｎ　ｖｉｔｒｏディスプレイライブラリーは請求項８の方法に使用される、ｉｎ　ｖｉｔｒｏディスプレイライブラリーを調製する方法であって、
　ペプチドをコードする領域が、以下の（ａ）〜（ｃ）：
　（ａ）クロロアセチル基を持つアミノ酸を指定する人為的なコドン、
　（ｂ）特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンを含む、異なる複数のトリプレットの繰り返しからなるランダム配列、及び
　（ｃ）システインを指定するコドン
を含むｍＲＮＡライブラリーを、以下の（ｄ）及び（ｅ）のアミノアシルｔＲＮＡ：
　（ｄ）前記（ａ）のコドンと相補的なアンチコドンを有する、クロロアセチル基を持つアミノ酸でアシル化された人工ｔＲＮＡ
　（ｅ）１種以上の特殊アミノ酸でアシル化された人工ｔＲＮＡ
並びに
　（ｆ）システイン、システインｔＲＮＡ、及びシステイニルＲＳ（ＣｙｓＲＳ）
、及び
　（ｇ）大腸菌由来のリボソーム
を少なくとも含む再構成型の無細胞翻訳系で翻訳することにより、前記ｉｎ　ｖｉｔｒｏディスプレイライブラリーを調製する方法。
　【請求項１２】
　環状特殊ペプチドと当該ペプチドをコードする核酸配列の複合体からなるｉｎ　ｖｉｔｒｏディスプレイライブラリーを調製するためのキットであって、該キットは請求項８の方法に使用され、
　（ｉ）ペプチドをコードする領域が、以下の（ａ）〜（ｃ）を含むｍＲＮＡ：
　（ａ）クロロアセチル基を持つアミノ酸を指定する人為的なコドン、
　（ｂ）特殊アミノ酸を指定する人為的なコドンを含む、異なる複数のトリプレットの繰り返しからなるランダム配列、及び
　（ｃ）システインを指定するコドン
及び
　（ｉｉ）以下の（ｄ）及び（ｅ）のアミノアシルｔＲＮＡ：
　（ｄ）前記（ａ）のコドンと相補的なアンチコドンを有する、クロロアセチル基を持つアミノ酸を持つアミノ酸でアシル化された人工開始ｔＲＮＡ、
　（ｅ）前記（ｂ）の人為的なコドンと相補的なアンチコドンをそれぞれ有する、異なる特殊アミノ酸でそれぞれアシル化された人工伸長ｔＲＮＡ、
及び
　（ｉｉｉ）システイン及びシステインでアシル化され得るｔＲＮＡ、及び
　（ｉｖ）単離された
大腸菌由来の
を少なくとも含む、前記キット。
　【請求項１３】
　特殊アミノ酸が、Ｎ−メチルアミノ酸である、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。