【手続補正書】
【提出日】平成23年4月14日(2011.4.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
グリカンの混合物についての質量スペクトルを提供するステップと、
２つの質量単位［Ｍ］および［Ｍ＋２］だけ離れた、質量スペクトルにおける複数の質量ピークのペアについて、各ペアのシグナル強度比［Ｍ＋２］／［Ｍ］を求めるステップと、
少なくとも第１のグリカンに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比が１つ以上の類似のグリカンに対応する質量ピークに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比よりも選択された閾値だけ大きい場合に、第１のグリカンに関連する質量ピークを硫酸化グリカンの質量ピークとして同定するステップと、を含む、グリカンの混合物における硫酸化グリカンを同定するための方法。
【請求項２】
グリカンの混合物が、遊離グリカン、誘導体化グリカン、酵素処理したグリカン、切断産物グリカン、および実質的に無傷のタンパク質、ペプチドまたは脂質に結合されたグリカン、ならびにこれらの組み合わせを含む混合物のうちの１つ以上を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
グリカンの混合物が硫酸化グリカンおよびリン酸化グリカンを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも特定のグリカンの質量ピークに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比が１つ以上の類似のグリカンに対応する質量ピークに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比よりも選択された閾値だけ大きい場合に、目的の特定のグリカンの存在を同定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
１つ以上の類似のグリカンが、第１のグリカンと実質的に同一のグリカンファミリからのものである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
１つ以上の類似のグリカンの質量が、第１のグリカンの質量の約±２０％以内である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
選択された閾値が、１つ以上の類似のグリカンの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比の約１．１倍よりも大きい第１のグリカンに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
選択された閾値が、１つ以上の類似のグリカンの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比よりも約０．０２だけ大きい第１のグリカンに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
グリカンが、治療製剤、体液（血清、血漿、唾液、精液、尿、脳脊髄液など）、細胞表面物質、細胞外マトリクス、細胞内物質、組織培養、バイオリアクター、人間または動物の組織、植物、果物または野菜などの試料に由来する糖タンパク質、プロテオグリカン、および糖脂質から遊離または放出され、直鎖または分岐鎖の糖質（単糖または多糖）として定義される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
シグナル強度を、質量ピークの強度、質量ピーク下の総面積または質量ピーク下の面積の割合として定義する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
グリカンの混合物についての質量スペクトルを提供するステップと、
２つの質量単位［Ｍ］および［Ｍ＋２］だけ離れた、質量スペクトルにおける複数の質量ピークのペアについて、各ペアのシグナル強度比［Ｍ＋２］／［Ｍ］を求めるステップと、
少なくとも３つ以上の類似のグリカンについての［Ｍ＋２］／［Ｍ］比の分布に基づいて、質量ピークを硫酸化グリカンに由来するものとして同定するステップと、を含む、グリカンの混合物における硫酸化グリカンを同定するための方法。
【請求項１２】
質量ピークを硫酸化グリカン由来として同定するステップが、３つ以上の類似のグリカンについて［Ｍ＋２］／［Ｍ］比の二峰性分布で値が大きいほうの最頻値に［Ｍ＋２］／［Ｍ］比のある質量ピークを硫酸化グリカンとして同定することを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
グリカンの混合物が、遊離グリカン、誘導体化グリカン、酵素処理したグリカン、切断産物グリカン、および実質的に無傷のタンパク質、ペプチドまたは脂質に結合されたグリカン、ならびにこれらの組み合わせを含む混合物のうちの１つ以上を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
グリカンの混合物が硫酸化グリカンおよびリン酸化グリカンを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも特定のグリカンの質量ピークに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比が、１つ以上の類似のグリカンに対応する質量ピークに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比よりも選択された閾値だけ大きい場合に、目的の特定のグリカンの存在を同定することを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
１つ以上の類似のグリカンが、第１のグリカンと実質的に同一のグリカンファミリに由来する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１７】
グリカンの混合物における硫酸化グリカンを同定するための方法であって、グリカンの混合物についての質量スペクトルを提供するステップと、２つの質量単位［Ｍ］および［Ｍ＋２］だけ離れた、質量スペクトルにおける少なくとも１つのペアの質量ピークについて、シグナル強度比［Ｍ＋２］／［Ｍ］を求めるステップと、グリカンに関連する少なくとも［Ｍ＋２］／［Ｍ］比が、理論的な硫酸化グリカンに対してコンピュータ生成した質量スペクトルの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比と類似する場合に、グリカンに関連する質量ピークを硫酸化グリカンの質量ピークとして同定するステップと、を含む方法。
【請求項１８】
求めた質量比とコンピュータ生成した質量比が互いに約±２０％以内にある場合に、グリカンに関連して求めた［Ｍ＋２］／［Ｍ］比が理論的な硫酸化グリカンに対してコンピュータ生成した質量スペクトルの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比と類似する、請求項１７に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
本発明はまた、以下の項目を提供する。
（項目１）
グリカンの混合物についての質量スペクトルを提供するステップと、
２つの質量単位［Ｍ］および［Ｍ＋２］だけ離れた、質量スペクトルにおける複数の質量ピークのペアについて、各ペアのシグナル強度比［Ｍ＋２］／［Ｍ］を求めるステップと、
少なくとも第１のグリカンに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比が１つ以上の類似のグリカンに対応する質量ピークに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比よりも選択された閾値だけ大きい場合に、第１のグリカンに関連する質量ピークを硫酸化グリカンの質量ピークとして同定するステップと、を含む、グリカンの混合物における硫酸化グリカンを同定するための方法。
（項目２）
グリカンの混合物が、遊離グリカン、誘導体化グリカン、酵素処理したグリカン、切断産物グリカン、および実質的に無傷のタンパク質、ペプチドまたは脂質に結合されたグリカン、ならびにこれらの組み合わせを含む混合物のうちの１つ以上を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
グリカンの混合物が硫酸化グリカンおよびリン酸化グリカンを含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
少なくとも特定のグリカンの質量ピークに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比が１つ以上の類似のグリカンに対応する質量ピークに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比よりも選択された閾値だけ大きい場合に、目的の特定のグリカンの存在を同定することを含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
１つ以上の類似のグリカンが、第１のグリカンと実質的に同一のグリカンファミリからのものである、項目１に記載の方法。
（項目６）
１つ以上の類似のグリカンの質量が、第１のグリカンの質量の約±２０％以内である、項目１に記載の方法。
（項目７）
１つ以上の類似のグリカンが、第１のグリカンと実質的に同一のグリカンファミリからのものであり、その質量が第１のグリカンの質量の約±２０％以内である、項目１に記載の方法。
（項目８）
選択された閾値が、１つ以上の類似のグリカンの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比の約１．１倍よりも大きい第１のグリカンに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比である、項目１に記載の方法。
（項目９）
選択された閾値が、１つ以上の類似のグリカンの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比の約１．２倍よりも大きい第１のグリカンに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比である、項目１に記載の方法。
（項目１０）
選択された閾値が、１つ以上の類似のグリカンの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比の約１．５倍よりも大きい第１のグリカンに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比である、項目１に記載の方法。
（項目１１）
選択された閾値が、１つ以上の類似のグリカンの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比よりも約０．０２だけ大きい第１のグリカンに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比である、項目１に記載の方法。
（項目１２）
選択された閾値が、１つ以上の類似のグリカンの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比よりも約０．０４だけ大きい第１のグリカンに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比である、項目１に記載の方法。
（項目１３）
グリカンが、治療製剤、体液（血清、血漿、唾液、精液、尿、脳脊髄液など）、細胞表面物質、細胞外マトリクス、細胞内物質、組織培養、バイオリアクター、人間または動物の組織、植物、果物または野菜などの試料に由来する糖タンパク質、プロテオグリカン、および糖脂質から遊離または放出され、直鎖または分岐鎖の糖質（単糖または多糖）として定義される、項目１に記載の方法。
（項目１４）
シグナル強度を、質量ピークの強度、質量ピーク下の総面積または質量ピーク下の面積の割合として定義する、項目１に記載の方法。
（項目１５）
グリカンの混合物についての質量スペクトルを提供するステップと、
２つの質量単位［Ｍ］および［Ｍ＋２］だけ離れた、質量スペクトルにおける複数の質量ピークのペアについて、各ペアのシグナル強度比［Ｍ＋２］／［Ｍ］を求めるステップと、
少なくとも３つ以上の類似のグリカンについての［Ｍ＋２］／［Ｍ］比の分布に基づいて、質量ピークを硫酸化グリカンに由来するものとして同定するステップと、を含む、グリカンの混合物における硫酸化グリカンを同定するための方法。
（項目１６）
質量ピークを硫酸化グリカン由来として同定するステップが、３つ以上の類似のグリカンについて［Ｍ＋２］／［Ｍ］比の二峰性分布で値が大きいほうの最頻値に［Ｍ＋２］／［Ｍ］比のある質量ピークを硫酸化グリカンとして同定することを含む、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
グリカンの混合物が、遊離グリカン、誘導体化グリカン、酵素処理したグリカン、切断産物グリカン、および実質的に無傷のタンパク質、ペプチドまたは脂質に結合されたグリカン、ならびにこれらの組み合わせを含む混合物のうちの１つ以上を含む、項目１５に記載の方法。
（項目１８）
グリカンの混合物が硫酸化グリカンおよびリン酸化グリカンを含む、項目１５に記載の方法。
（項目１９）
少なくとも特定のグリカンの質量ピークに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比が、１つ以上の類似のグリカンに対応する質量ピークに関連する［Ｍ＋２］／［Ｍ］比よりも選択された閾値だけ大きい場合に、目的の特定のグリカンの存在を同定することを含む、項目１５に記載の方法。
（項目２０）
１つ以上の類似のグリカンが、第１のグリカンと実質的に同一のグリカンファミリに由来する、項目１５に記載の方法。
（項目２１）
１つ以上の類似のグリカンの質量が、第１のグリカンの質量の約±２０％以内である、項目１５に記載の方法。
（項目２２）
１つ以上の類似のグリカンが、第１のグリカンと実質的に同一のグリカンファミリに由来し、その質量は第１のグリカンの質量の約±２０％以内である、項目１５に記載の方法。
（項目２３）
グリカンの混合物における硫酸化グリカンを同定するための方法であって、グリカンの混合物についての質量スペクトルを提供するステップと、２つの質量単位［Ｍ］および［Ｍ＋２］だけ離れた、質量スペクトルにおける少なくとも１つのペアの質量ピークについて、シグナル強度比［Ｍ＋２］／［Ｍ］を求めるステップと、グリカンに関連する少なくとも［Ｍ＋２］／［Ｍ］比が、理論的な硫酸化グリカンに対してコンピュータ生成した質量スペクトルの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比と類似する場合に、グリカンに関連する質量ピークを硫酸化グリカンの質量ピークとして同定するステップと、を含む方法。
（項目２４）
求めた質量比とコンピュータ生成した質量比が互いに約±２０％以内にある場合に、グリカンに関連して求めた［Ｍ＋２］／［Ｍ］比が理論的な硫酸化グリカンに対してコンピュータ生成した質量スペクトルの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比と類似する、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
求めた質量比とコンピュータ生成した質量比が互いに約±１０％以内にある場合に、グリカンに関連して求めた［Ｍ＋２］／［Ｍ］比が理論的な硫酸化グリカンに対してコンピュータ生成した質量スペクトルの［Ｍ＋２］／［Ｍ］比と類似する、項目２３に記載の方法。
本発明の上記および他の態様、実施形態、特長については、添付の図面を参照した以下の説明から一層よく理解できる。図面の各図は必ずしも一定の縮尺で作成したものではなく、本開示の原理を図示するにあたって強調を取り入れてある。