【手続補正書】
【提出日】平成23年6月6日(2011.6.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＳＭＹＤ３によるＶＥＧＦＲ１のメチル化を調整する因子を同定する方法であって、該方法が、
（ａ）以下から構成される群から選択される、メチルトランスフェラーゼ活性を有するＳＭＹＤ３ポリペプチドを、メチル化されるＶＥＧＦＲ１ペプチド及びコファクターと、ＶＥＧＦＲ１ペプチドのメチル化に適した条件下で、前記因子の存在下で接触させる工程；
（ｉ）配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、１又は２以上のアミノ酸が置換、欠失、又は挿入され、さらにここで、前記ポリペプチドが配列番号２のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｉｉｉ）配列番号２と少なくとも約８０％の相同性を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号２のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｉｖ）配列番号１のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号２のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；及び
（ｖ）配列番号２のアミノ酸配列の位置１１７〜２４６のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号２のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｂ）ＶＥＧＦＲ１ペプチドのメチル化レベルを検出する工程；及び
（ｃ）工程（ｂ）のメチル化レベルを前記因子の非存在下で検出した対照レベルと比較する工程を含み、
前記対照レベルと比較したメチル化レベルの増大又は減少が、前記因子がＳＭＹＤ３によるＶＥＧＦＲ１のメチル化を調整することを示す、方法。
【請求項２】
前記コファクターが、Ｓ−アデノシル−Ｌ−メチオニン（ＳＡＭ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記（ｉｉ）に定義されるポリペプチドが、２０以下の保存的アミノ酸置換を含む配列番号２のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記（ｉｉｉ）に定義されるポリペプチドが、配列番号２と少なくとも約９５％の相同性を有するアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記（ｉｖ）に定義されるポリペプチドが、配列番号１のヌクレオチド配列からなるポリペプチドに、高いストリンジェント条件下で特異的にハイブリダイズする、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記（ｖ）に定義されるポリペプチドが、配列番号２のアミノ酸配列の位置１００〜２５０のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記ＶＥＧＦＲ１ペプチドが、配列番号４のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または、その機能的変異体もしくは機能的断片である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記機能的ＶＥＧＦＲ１断片が、配列番号４のアミノ酸配列の位置８００〜１０００のアミノ酸配列を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記機能的ＶＥＧＦＲ１断片が、配列番号４のアミノ酸配列の位置８００〜８４１のアミノ酸配列を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記機能的ＶＥＧＦＲ１変異体が、以下の変異：Ｋ８１９Ａ、Ｋ８１９Ｅ及びＫ８１９Ｒの１又は２以上を含む、配列番号４のアミノ酸配列を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記メチル化レベルが、ＶＥＧＦＲ１のリジン８３１で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
ＳＭＹＤ３を過剰発現する癌治療のための化合物のスクリーニング方法であって、該方法が、
（ａ）ＶＥＧＦＲ１ペプチド又はそのＳＭＹＤ３結合領域を含む断片を、ＳＭＹＤ３ポリペプチド又はそのＶＥＧＦＲ１結合領域を含む断片と、ＶＥＧＦＲ１ペプチドとＳＭＹＤ３ポリペプチドとの結合を可能とする条件下及び試験化合物の存在下で接触させる工程；及び
（ｂ）ＶＥＧＦＲ１ペプチド又はそのＳＭＹＤ３結合領域を含む断片と、ＳＭＹＤ３ポリペプチド又はそのＶＥＧＦＲ１結合領域を含む断片との間の結合を阻害する試験化合物を、癌治療のための候補化合物として選択する工程
を含む、方法。
【請求項１３】
前記ＶＥＧＦＲ１ペプチドのＳＭＹＤ３結合領域を含む断片が、配列番号４のアミノ酸配列の位置８００〜１０００のアミノ酸配列を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＳＭＹＤ３ペプチドのＶＥＧＦＲ１結合領域を含む断片が、配列番号２のアミノ酸配列の位置１００〜２５０のアミノ酸配列を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記癌が、結腸直腸癌、肝細胞癌、膀胱癌及び乳癌からなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
ＳＭＹＤ３を過剰発現する癌の治療のための化合物をスクリーニングする方法であって、該方法が、
（ａ）請求項１に記載の方法を用いてメチル化を調整する試験化合物を同定する工程；及び
（ｂ）前記試験化合物の非存在下で検出される対照メチル化レベルと比較して、メチル化される基質のメチル化レベルを減少させる試験化合物を選択する工程
を含む、方法。
【請求項１７】
前記癌が、結腸直腸癌、肝細胞癌、膀胱癌及び乳癌からなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
試験化合物のＶＥＧＦＲ１のメチル化調整能力を検出するキットであって、該キットが、
（ａ）以下から構成される群から選択される、メチルトランスフェラーゼ活性を有するＳＭＹＤ３ポリペプチド；
（ｉ）配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、１又は２以上のアミノ酸が置換、欠失、又は挿入され、さらにここで、前記ポリペプチドが配列番号２のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｉｉｉ）配列番号２と少なくとも約８０％の相同性を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号２のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｉｖ）配列番号１のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号２のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；及び
（ｖ）配列番号２のアミノ酸配列の位置１１７〜２４６のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号２のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｂ）前記（ａ）のポリペプチドによりメチル化され得るＶＥＧＦＲ１ペプチド；及び
（ｃ）ＶＥＧＦＲ１ペプチドのメチル化のためのコファクター
を含む、キット。
【請求項１９】
前記ＶＥＧＦＲ１ペプチドが、配列番号４のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または、その機能的変異体もしくは機能的断片である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記キットが、以下の：
（ｄ）Ｓ−アデノシルホモシステインヒドロラーゼ（ＳＡＨＨ）
をさらに含む、請求項１８に記載のキット。
【請求項２１】
前記（ｖ）に定義されるポリペプチドが、配列番号２のアミノ酸配列の位置１００〜２５０のアミノ酸配列を含む、請求項１８に記載のキット。
【請求項２２】
ポリペプチドのメチルトランスフェラーゼ活性を測定する方法であって、該方法が、
（ａ）Ｈ３Ｋ４メチルトランスフェラーゼを、メチル化されるＶＥＧＦＲ１ペプチド及びコファクターと、ＶＥＧＦＲ１ペプチドのメチル化を可能とする条件下で接触させる工程；
（ｂ）ＶＥＧＦＲ１ペプチドのメチル化レベルを検出する工程；及び
（ｃ）工程（ｂ）のメチル化とメチルトランスフェラーゼ活性とを関連付けることにより、メチルトランスフェラーゼ活性を測定する工程
を含む、方法。
【請求項２３】
前記ＶＥＧＦＲ１ペプチドが、少なくともＫ８３１を含むＶＥＧＦＲ１断片である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記コファクターが、Ｓ−アデノシル−Ｌ−メチオニンである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記ポリペプチドを、ＶＥＧＦＲ１ペプチド及びコファクターと、メチル化増強因子の存在下で接触させる、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
前記メチル化増強因子が、Ｓ−アデノシルホモシステインヒドロラーゼ（ＳＡＨＨ）である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
Ｋ８３１が、ＶＥＧＦＲ１のメチル化されたリジン８３１を認識する抗体で検出される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
前記Ｈ３Ｋ４メチルトランスフェラーゼが、
（ｉ）配列番号２（ＳＭＹＤ３）のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｉｉ）配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、１又は２以上のアミノ酸が置換、欠失、又は挿入され、さらにここで、前記ポリペプチドが配列番号２のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価な生物学的活性を有するポリペプチド；
（ｉｉｉ）配列番号２と少なくとも約８０％の相同性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチド；
（ｉｖ）配列番号１のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号２のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価な生物学的活性を有するポリペプチド；及び
（ｖ）配列番号２のアミノ酸配列の位置１１７〜２４６のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号２のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
から構成される群から選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２９】
前記（ｖ）で定義されるポリペプチドが、配列番号２のアミノ酸配列の位置１００〜２５０のアミノ酸配列を有する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
ＳＭＹＤ３のメチルトランスフェラーゼ活性を測定するキットであって、該キットが、
（ａ）ＳＭＹＤ３によりメチル化され得るＶＥＧＦＲ１ペプチド；
（ｂ）ＶＥＧＦＲ１ペプチドのメチル化のためのコファクター；及び
（ｃ）リジン８３１のメチル化を検出するための検出試薬
を含む、キット。
【請求項３１】
前記コファクターが、Ｓ−アデノシル−Ｌ−メチオニンである、請求項３０に記載のキット。
【請求項３２】
前記検出試薬が、ＶＥＧＦＲ１のメチル化されたリジン８３１を認識する抗体である、請求項３０に記載のキット。
【請求項３３】
前記キットが、ＳＭＹＤ３によるＶＥＧＦＲ１のメチル化を増強する因子をさらに含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
前記メチル化増強因子が、Ｓ−アデノシルホモシステインヒドロラーゼ（ＳＡＨＨ）である、請求項３３に記載のキット。
【請求項３５】
ＶＥＧＦＲ１のメチル化を認識する抗体。
【請求項３６】
ＶＥＧＦＲ１のリジン８３１のメチル化を認識する、請求項３５に記載の抗体。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
本明細書において言及される全ての出版物、特許出願、特許、およびその他の参考文献は、その全体が参照により引用される。矛盾する場合、定義を含む本明細書によって統制される。さらに、材料、方法、および実施例は、例示的なものに過ぎず、本発明を制限するためのものではない。
[請求項1001]
ＳＭＹＤ3によるＶＥＧＦＲ1のメチル化を調整する因子を同定する方法であって、該方法が、
（ａ）以下から構成される群から選択される、メチルトランスフェラーゼ活性を有するＳＭＹＤ3ポリペプチドを、メチル化されるＶＥＧＦＲ1ペプチド及びコファクターと、ＶＥＧＦＲ1ペプチドのメチル化に適した条件下で、前記因子の存在下で接触させる工程；
（ｉ）配列番号2のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｉｉ）配列番号2のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、1又は2以上のアミノ酸が置換、欠失、又は挿入され、さらにここで、前記ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｉｉｉ）配列番号2と少なくとも約80％の相同性を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｉｖ）配列番号1のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；及び
（ｖ）配列番号2のアミノ酸配列の位置117〜246のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｂ）ＶＥＧＦＲ1ペプチドのメチル化レベルを検出する工程；及び
（ｃ）工程（ｂ）のメチル化レベルを前記因子の非存在下で検出した対照レベルと比較する工程を含み、
前記対照レベルと比較したメチル化レベルの増大又は減少が、前記因子がＳＭＹＤ3によるＶＥＧＦＲ1のメチル化を調整することを示す、方法。
[請求項1002]
前記コファクターが、Ｓ−アデノシルホモシステインヒドロラーゼ（ＳＡＨＨ）である、請求項1001に記載の方法。
[請求項1003]
前記（ｉｉ）に定義されるポリペプチドが、20以下の保存的アミノ酸置換を含む配列番号2のアミノ酸配列を含む、請求項1001に記載の方法。
[請求項1004]
前記（ｉｉｉ）に定義されるポリペプチドが、配列番号2と少なくとも約95％の相同性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1001に記載の方法。
[請求項1005]
前記（ｉｖ）に定義されるポリペプチドが、配列番号1のヌクレオチド配列からなるポリペプチドに、高いストリンジェント条件下で特異的にハイブリダイズする、請求項1001に記載の方法。
[請求項1006]
前記（ｖ）に定義されるポリペプチドが、配列番号2のアミノ酸配列の位置100〜250のアミノ酸配列を含む、請求項1001に記載の方法。
[請求項1007]
前記ＶＥＧＦＲ1ペプチドが、配列番号4のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または、その機能的変異体もしくは機能的断片である、請求項1001に記載の方法。
[請求項1008]
前記機能的ＶＥＧＦＲ1断片が、配列番号4のアミノ酸配列の位置800〜1000のアミノ酸配列を含む、請求項1007に記載の方法。
[請求項1009]
前記機能的ＶＥＧＦＲ1断片が、配列番号4のアミノ酸配列の位置800〜841のアミノ酸配列を含む、請求項1007に記載の方法。
[請求項1010]
前記機能的ＶＥＧＦＲ1変異体が、以下の変異：Ｋ819Ａ、Ｋ819Ｅ及びＫ819Ｒの1又は2以上を含む、配列番号4のアミノ酸配列を含む、請求項1007に記載の方法。
[請求項1011]
前記メチル化レベルが、ＶＥＧＦＲ1のリジン831で検出される、請求項1001に記載の方法。
[請求項1012]
ＳＭＹＤ3を過剰発現する癌治療のための化合物のスクリーニング方法であって、該方法が、
（ａ）ＶＥＧＦＲ1ペプチド又はそのＳＭＹＤ3結合領域を含む断片を、ＳＭＹＤ3ポリペプチド又はそのＶＥＧＦＲ1結合領域を含む断片と、ＶＥＧＦＲ1ペプチドとＳＭＹＤ3ポリペプチドとの結合を可能とする条件下及び試験化合物の存在下で接触させる工程；及び
（ｂ）ＶＥＧＦＲ1ペプチド又はそのＳＭＹＤ3結合領域を含む断片と、ＳＭＹＤ3ポリペプチド又はそのＶＥＧＦＲ1結合領域を含む断片との間の結合を阻害する試験化合物を、癌治療のための候補化合物として選択する工程
を含む、方法。
[請求項1013]
前記ＶＥＧＦＲ1ペプチドのＳＭＹＤ3結合領域を含む断片が、配列番号4のアミノ酸配列の位置800〜1000のアミノ酸配列を含む、請求項1012に記載の方法。
[請求項1014]
前記ＳＭＹＤ3ペプチドのＶＥＧＦＲ1結合領域を含む断片が、配列番号2のアミノ酸配列の位置100〜250のアミノ酸配列を含む、請求項1012に記載の方法。
[請求項1015]
前記癌が、結腸直腸癌、肝細胞癌、膀胱癌及び乳癌からなる群から選択される、請求項1012に記載の方法。
[請求項1016]
ＳＭＹＤ3を過剰発現する癌の治療のための化合物をスクリーニングする方法であって、該方法が、
（ａ）請求項1001に記載の方法を用いてメチル化を調整する試験化合物を同定する工程；及び
（ｂ）前記試験化合物の非存在下で検出される対照メチル化レベルと比較して、メチル化される基質のメチル化レベルを減少させる試験化合物を選択する工程
を含む、方法。
[請求項1017]
前記癌が、結腸直腸癌、肝細胞癌、膀胱癌及び乳癌からなる群から選択される、請求項1016に記載の方法。
[請求項1018]
試験化合物のＶＥＧＦＲ1のメチル化調整能力を検出するキットであって、該キットが、
（ａ）以下から構成される群から選択される、メチルトランスフェラーゼ活性を有するＳＭＹＤ3ポリペプチド；
（ｉ）配列番号2のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｉｉ）配列番号2のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、1又は2以上のアミノ酸が置換、欠失、又は挿入され、さらにここで、前記ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｉｉｉ）配列番号2と少なくとも約80％の相同性を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｉｖ）配列番号1のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；及び
（ｖ）配列番号2のアミノ酸配列の位置117〜246のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
（ｂ）前記（ａ）のポリペプチドによりメチル化され得るＶＥＧＦＲ1ペプチド；及び
（ｃ）ＶＥＧＦＲ1ペプチドのメチル化のためのコファクター
を含む、キット。
[請求項1019]
前記ＶＥＧＦＲ1ペプチドが、配列番号4のアミノ酸配列を含むポリペプチド、または、その機能的変異体もしくは機能的断片である、請求項1018に記載の方法。
[請求項1020]
前記キットが、以下の：
（ｄ）Ｓ−アデノシルホモシステインヒドロラーゼ（ＳＡＨＨ）
をさらに含む、請求項1018に記載のキット。
[請求項1021]
前記（ｖ）に定義されるポリペプチドが、配列番号2のアミノ酸配列の位置100〜250のアミノ酸配列を含む、請求項1018に記載のキット。
[請求項1022]
ポリペプチドのメチルトランスフェラーゼ活性を測定する方法であって、該方法が、
（ａ）Ｈ3Ｋ4メチルトランスフェラーゼを、メチル化されるＶＥＧＦＲ1ペプチド及びコファクターと、ＶＥＧＦＲ1ペプチドのメチル化を可能とする条件下で接触させる工程；
（ｂ）ＶＥＧＦＲ1ペプチドのメチル化レベルを検出する工程；及び
（ｃ）工程（ｂ）のメチル化とメチルトランスフェラーゼ活性とを関連付けることにより、メチルトランスフェラーゼ活性を測定する工程
を含む、方法。
[請求項1023]
前記ＶＥＧＦＲ1ペプチドが、少なくともＫ831を含むＶＥＧＦＲ1断片である、請求項1022に記載の方法。
[請求項1024]
前記コファクターが、Ｓ−アデノシル−Ｌ−メチオニンである、請求項1022に記載の方法。
[請求項1025]
前記ポリペプチドを、ＶＥＧＦＲ1ペプチド及びコファクターと、メチル化増強因子の存在下で接触させる、請求項1022に記載の方法。
[請求項1026]
前記メチル化増強因子が、Ｓ−アデノシルホモシステインヒドロラーゼ（ＳＡＨＨ）である、請求項1025に記載の方法。
[請求項1027]
Ｋ831が、ＶＥＧＦＲ1のメチル化されたリジン831を認識する抗体で検出される、請求項1023に記載の方法。
[請求項1028]
前記Ｈ3Ｋ4メチルトランスフェラーゼが、
（ｉ）配列番号2（ＳＭＹＤ3）のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（ｉｉ）配列番号2のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、1又は2以上のアミノ酸が置換、欠失、又は挿入され、さらにここで、前記ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価な生物学的活性を有するポリペプチド；
（ｉｉｉ）配列番号2と少なくとも約80％の相同性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチド；
（ｉｖ）配列番号1のヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価な生物学的活性を有するポリペプチド；及び
（ｖ）配列番号2のアミノ酸配列の位置117〜246のアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、ここで、前記ポリペプチドが配列番号2のアミノ酸配列からなるポリペプチドと等価なメチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド；
から構成される群から選択される、請求項1022に記載の方法。
[請求項1029]
前記（ｖ）で定義されるポリペプチドが、配列番号2のアミノ酸配列の位置100〜250のアミノ酸配列を有する、請求項1028に記載の方法。
[請求項1030]
ＳＭＹＤ3のメチルトランスフェラーゼ活性を測定するキットであって、該キットが、
（ａ）ＳＭＹＤ3によりメチル化され得るＶＥＧＦＲ1ペプチド；
（ｂ）ＶＥＧＦＲ1ペプチドのメチル化のためのコファクター；及び
（ｃ）リジン831のメチル化を検出するための検出試薬
を含む、キット。
[請求項1031]
前記コファクターが、Ｓ−アデノシル−Ｌ−メチオニンである、請求項1030に記載のキット。
[請求項1032]
前記検出試薬が、ＶＥＧＦＲ1のメチル化されたリジン831を認識する抗体である、請求項1030に記載のキット。
[請求項1033]
前記キットが、ＳＭＹＤ3によるＶＥＧＦＲ1のメチル化を増強する因子をさらに含む、請求項1030に記載の方法。
[請求項1034]
前記メチル化増強因子が、Ｓ−アデノシルホモシステインヒドロラーゼ（ＳＡＨＨ）である、請求項1033に記載のキット。
[請求項1035]
ＶＥＧＦＲ1のメチル化を認識する抗体。
[請求項1036]
ＶＥＧＦＲ1のリジン831のメチル化を認識する、請求項1035に記載の抗体。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４８】
本発明によれば、ＳＭＹＤ３によりメチル化されるＶＥＧＦＲ１ペプチドの上記性質を、ＳＭＹＤ３及び他のＨ３Ｋ４活性の測定に利用してもよい。このようなペプチドのメチルトランスフェラーゼ活性の測定方法は：
（ａ）Ｈ３Ｋ４メチルトランスフェラーゼを、メチル化されるＶＥＧＦＲ１ペプチド及びコファクターとＶＥＧＦＲ１ペプチドのメチル化が可能な条件下で接触させる工程；
（ｂ）ＶＥＧＦＲ１ペプチドのメチル化レベルを検出する工程；及び
（ｃ）工程（ｂ）のメチル化レベルをメチルトランスフェラーゼ活性と関連させてメチルトランスフェラーゼ活性を測定する工程
を含む。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０１】
本発明において、好ましいＶＥＧＦＲ１ペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列から構成されるポリペプチドまたはその機能的変異体もしくは機能的断片を含む。好ましい断片には、配列番号４のアミノ酸配列の位置８００〜８４１のアミノ酸配列を含むか又は、それらから構成されるポリペプチド、或いは、ＶＥＧＦＲ１のリジン８３１を含むポリペプチドを含むが、これに限られない。さらに、好ましいコファクターは、Ｓ−アデノシル−Ｌ−メチオニン（ＳＡＭ）である。本発明に係るキットは、メチル化されたＶＥＧＦＲ１ペプチドを検出する試薬をさらに含んでもよい。例えば、メチル化ＶＥＧＦＲ１ペプチドを認識する抗体は検出試薬として使用可能である。アッセイを行うための説明書（例えば、書類、テープ、ＶＣＲ、ＣＤ−ＲＯＭ等）がキットに含まれてもよい。キットのアッセイフォーマットは、当業者には既知のメチルトランスフェラーゼアッセイ又は結合アッセイである。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２７】
本明細書中で示したように、ＳＭＹＤ３が誘導するリジン８３１のメチル化は、インビトロでのＶＥＧＦＲ１のキナーゼ活性増大をもたらす。理論に縛られることは望まないものの、この結果はリジン残基が、キナーゼドメインの“ＧＸＧＸＸＧ”モチーフからＮ末端に３アミノ酸に位置するという事実に由来すると考えられる。ゆえに、リジン８３１のメチル化はキナーゼドメインの立体構造を変化させうる。一方で、ＶＥＧＦＲ１の細胞質ドメインのＣ末端領域がキナーゼ活性に対して阻害的役割を有するため、ＶＥＧＦＲ１のメチル化は阻害的ドメインを抑制してキナーゼ活性を増大する（Shibuya M, Journal of biochemistry and molecular biology 2006, 39(5): 469-78）。