【手続補正書】
【提出日】平成23年7月13日(2011.7.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
化合物が基質特異的にガンマセクレターゼを阻害するか否かを決定するための方法であって、
（ａ）ガンマセクレターゼ開裂部位を含んでなる第１のガンマセクレターゼ基質と、化合物およびガンマセクレターゼとを、ガンマセクレターゼ活性が可能な条件下で接触させること；
（ｂ）別途、ガンマ開裂部位を含んでなる第２のガンマセクレターゼ基質と、化合物およびガンマセクレターゼとを、ガンマセクレターゼ活性が可能な条件下で接触させること；
（ｃ）第１の基質および第２の基質のガンマ開裂部位でのガンマセクレターゼ活性の量を測定すること； 
（ｄ）工程（ａ）でのガンマ開裂部位でのガンマセクレターゼ活性の量と、工程（ｂ）でのガンマ開裂部位でのガンマセクレターゼ活性の量とを比較し、工程（ａ）でのガンマ開裂部位でのガンマセクレターゼ活性の量が、工程（ｂ）での量と相違する場合、その化合物がガンマセクレターゼを基質特異的に阻害していると決定すること
を含む、方法であって、該第２のガンマセクレターゼ基質が、
式：
［ＪＭＤΔＣ４］−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−［ＴＭＤ］（式ＩＩ）
［式中、
ＪＭＤΔＣ４は、ガンマセクレターゼ基質の膜近傍ドメイン（ＪＭＤ）配列のアミノ酸配列を含んでなり、ここでＪＭＤは４つのＣ末端ペプチドを欠いており；
［ＴＭＤ］は、ガンマセクレターゼ基質の膜貫通ドメイン配列を含んでなり；
Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３およびＸ４は、独立して任意のアミノ酸から選択される］
を含んでなる、方法。
【請求項２】
Ｘ１はＳ、Ｔ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｖ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ａ、Ｋ、Ｅ、Ｉ、Ｆ、Ｈ、ＷおよびＤから選択され；
Ｘ２は任意のアミノ酸であり；
Ｘ３はＳ、Ｎ、Ｄ、Ｐ、Ｅ、Ｒ、Ｔ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｖ、Ｇ、Ｗ、ＨおよびＡから選択され；
Ｘ４は任意のアミノ酸である、
請求項１記載の方法。
【請求項３】
Ｘ１はＳ、Ｔ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｖ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ａ、Ｋ、Ｅ、Ｉ、Ｆ、Ｈ、ＷおよびＤから選択され；
Ｘ３はＳ、Ｎ、Ｄ、Ｐ、Ｅ、Ｒ、Ｔ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｖ、Ｇ、Ｗ、ＨおよびＡから選択され；
Ｘ２およびＸ４はＬ、Ｉ、Ｈ、Ｅ、Ｖ、Ａ、Ｓ、Ｔ、Ｄ、Ｎ、Ｐ、Ｋ、ＱおよびＲから選択される、請求項１記載の方法。
【請求項４】
Ｘ１はＳ、Ｔ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、ＲおよびＤから選択され；
Ｘ２は任意のアミノ酸であり；
Ｘ３はＳ、Ｎ、Ｄ、ＰおよびＡから選択され；
Ｘ４は任意のアミノ酸である、請求項１記載の方法。
【請求項５】
第２のガンマセクレターゼ基質のＸ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４が、ＧＬＮＫ、ＳＬＳＳ、ＧＳＮＫ、ＧＳＮＳ、ＰＰＡＱ、ＳＳＮＫ、ＧＳＳＫ、ＱＨＡＲ、ＱＡＳＲ、ＴＴＤＮ、ＲＤＳＴ、ＤＶＤＲまたはＱＩＰＥを含んでなる、請求項１記載の方法。
【請求項６】
第２のガンマセクレターゼ基質の［ＴＭＤ］が配列番号１３を含んでなる、請求項１記載の方法。
【請求項７】
第２のガンマセクレターゼ基質の［ＪＭＤΔＣ４］が配列番号３〜５および７〜１２から選択される、請求項１記載の方法。
【請求項８】
式ＩＩで示される第２のガンマセクレターゼ基質が、以下からなる群から選択される配列を含んでなる請求項１記載の方法：
（ａ）  (C99GVP-APLP2): LEDAEFRHDS GLEEERESVG PLREDFSLSS GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号16）；
（ｂ）  (C99GVP-NOTCH1): LEDAEFRHDS GPYKIEAVQS ETVEPPPPAQ GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号17）；
（ｃ）  (C99GVP-SREBP1):  LEDAEFRHDS GAKPEQRPSL HSRGMLDRSR GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号18）； 
（ｄ）  (C99APPD4-APLP2): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVSLSS GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号42）；
（ｅ）  (C99-APP-(G25S): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVSSNK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号43)
（ｆ）  C99-APP-(S26L): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVGLNK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号44)
（ｇ）  C99-APP-(N27S): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVGSSK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号45)
（ｈ）  C99-APP-(K28S): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVGSNS GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号46)
（ｉ）  (C99APPΔ4-NOTCH1): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVPPAQ GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号100）；
（ｊ）  (C99APPΔ4-SREBP1):  LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVDRSR GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号101）；
（ｋ）  (C99GVP-APLP2-gsnk): LEDAEFRHDS GLEEERESVG PLREDFGSNK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号19）；
（ｌ）  (C99GVP-NOTCH1-gsnk):  LEDAEFRHDS GPYKIEAVQS ETVEPPGSNK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号20）；および
（ｍ）  (C99GVP-SREBP1-gsnk):  LEDAEFRHDS GAKPEQRPSL HSRGMLGSNK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号21)。
【請求項９】
Ｘ２がセリンであり、Ｘ４がリジンである、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
Ｘ２がロイシンであり、Ｘ４がセリンである、請求項１記載の方法。
【請求項１１】
第１のガンマセクレターゼ基質がＡＰＰである、請求項１記載の方法。
【請求項１２】
ＪＭＤが、ＡＰＰ、ＡＰＬＰ２、Ｎｏｔｃｈ，ｅｒｂＢ４、チロシナーゼ、ｐ７５ＮＴＦＲ、ＳＣＮＢ２、ｎ−カドヘリンおよびＣＤ４４からなる群から選択されるガンマセクレターゼ基質の膜近傍ドメインを含んでなる、請求項１記載の方法。
【請求項１３】
［ＴＭＤ］が、ＡＰＰ、ＡＰＬＰ２、Ｎｏｔｃｈ，ｅｒｂＢ４、チロシナーゼ、ｐ７５ＮＴＦＲ、ＳＣＮＢ２、ｎ−カドヘリンおよびＣＤ４４からなる群から選択されるガンマセクレターゼ基質の膜貫通ドメインを含んでなる、請求項１記載の方法。
【請求項１４】
化合物が、第２のガンマセクレターゼ基質と比較して、第１のガンマセクレターゼ基質のガンマセクレターゼ活性を選択的に阻害するか否かを決定するための方法であって、
（ａ）ガンマセクレターゼ開裂部位を含んでなる第１のガンマセクレターゼ基質と、種々の濃度の化合物およびガンマセクレターゼとを、ガンマセクレターゼ活性が可能な条件下で接触させること；
（ｂ）別途、ガンマセクレターゼ開裂部位を含んでなる第２のガンマセクレターゼ基質と、種々の濃度の化合物およびガンマセクレターゼとを、ガンマセクレターゼ活性が可能な条件下で接触させること；
（ｃ）種々の化合物濃度で第１および第２のガンマセクレターゼ基質のそれぞれによって産生した細胞内ドメイン（ＩＣＤ）を測定し、第１のガンマセクレターゼ基質に対する化合物の効果の第１の用量応答曲線と、第２のガンマセクレターゼ基質に対する化合物の効果の第２の用量応答曲線とを作成すること；および
（ｄ）第１と第２の用量応答曲線を比較すること
を含んでなり、ここで、
第１のガンマセクレターゼ基質は、式ＩＩ：
［ＪＭＤΔＣ４］−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−［ＴＭＤ］
［式中、
［ＪＭＤΔＣ４］は、ガンマセクレターゼ基質の膜近傍ドメイン（ＪＭＤ）配列のアミノ酸配列を含み、ここでＪＭＤは４つのＣ末端ペプチドを欠いており；
［ＴＭＤ］は、ガンマセクレターゼ基質の膜貫通ドメイン配列を含んでなり；
Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４は、独立して任意のアミノ酸から選択される］
を含んでなり、
第２のガンマセクレターゼ基質は、式ＩＩ：
［ＪＭＤΔＣ４］−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−［ＴＭＤ］
［式中、Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４は、独立して任意のアミノ酸から選択される］
を含んでなる、方法。
【請求項１５】
Ｘ１はＳ、Ｔ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｖ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ａ、Ｋ、Ｅ、Ｉ、Ｆ、Ｈ、ＷおよびＤから選択され；
Ｘ２は任意のアミノ酸であり；
Ｘ３はＳ、Ｎ、Ｄ、Ｐ、Ｅ、Ｒ、Ｔ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｖ、Ｇ、Ｗ、ＨおよびＡから選択され；
Ｘ４は任意のアミノ酸である、請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
Ｘ１はＳ、Ｔ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｖ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ａ、Ｋ、Ｅ、Ｉ、Ｆ、Ｈ、ＷおよびＤから選択され；
Ｘ３はＳ、Ｎ、Ｄ、Ｐ、Ｅ、Ｒ、Ｔ、Ｆ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｖ、Ｇ、Ｗ、ＨおよびＡから選択され；
Ｘ２およびＸ４はＬ、Ｉ、Ｈ、Ｅ、Ｖ、Ａ、Ｓ、Ｔ、Ｄ、Ｎ、Ｐ、Ｋ、ＱおよびＲから選択される、請求項１４記載の方法。
【請求項１７】
Ｘ１はＳ、Ｔ、Ｇ、Ｐ、Ｑ、ＲおよびＤから選択され；
Ｘ２は任意のアミノ酸であり；
Ｘ３はＳ、Ｎ、Ｄ、ＰおよびＡから選択され；
Ｘ４は任意のアミノ酸である、請求項１４記載の方法。
【請求項１８】
第１のガンマセクレターゼ基質のＸ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４が第２のガンマセクレターゼ基質に由来し、第２のポリペプチドのＸ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４と異なる、請求項１４記載の方法。
【請求項１９】
第１の用量応答曲線と比較して、第２の用量応答曲線における高濃度側へのシフトは、その化合物が、第２のガンマセクレターゼ基質と比較して、第１のガンマセクレターゼ基質に対して選択的であることを示している、請求項１４記載の方法。
【請求項２０】
第１および第２のガンマセクレターゼ基質のＸ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４は、ＧＬＮＫ、ＳＬＳＳ、ＧＳＮＫ、ＧＳＮＳ、ＰＰＡＱ、ＳＳＮＫ、ＧＳＳＫ、ＱＨＡＲ、ＱＡＳＲ、ＴＴＤＮ、ＲＤＳＴ、ＤＶＤＲまたはＱＩＰＥから独立に選択される、請求項１４記載の方法。
【請求項２１】
第１および第２のガンマセクレターゼ基質の［ＴＭＤ］が配列番号１３を含んでなる、請求項１４記載の方法。
【請求項２２】
第１および第２のガンマセクレターゼ基質の［ＪＭＤΔＣ４］が配列番号３〜５および７〜１２から独立に選択される、請求項１４記載の方法。
【請求項２３】
式ＩＩで示されるガンマセクレターゼ基質が、以下からなる群から選択される配列を含んでなる請求項１４記載の方法：
（ａ）  (C99GVP-APLP2): LEDAEFRHDS GLEEERESVG PLREDFSLSS GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号16）；
（ｂ）  (C99GVP-NOTCH1): LEDAEFRHDS GPYKIEAVQS ETVEPPPPAQ GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号17）；
（ｃ）  (C99GVP-SREBP1):  LEDAEFRHDS GAKPEQRPSL HSRGMLDRSR GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号18）； 
（ｄ）  (C99APPD4-APLP2): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVSLSS GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号42）；
（ｅ）  (C99-APP-(G25S): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVSSNK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号43)
（ｆ）  C99-APP-(S26L): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVGLNK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号44)
（ｇ）  C99-APP-(N27S): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVGSSK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号45)
（ｈ）  C99-APP-(K28S): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVGSNS GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号46)
（ｉ）  (C99APPΔ4-NOTCH1): LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVPPAQ GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号100）；
（ｊ）  (C99APPΔ4-SREBP1):  LEDAEFRHDS GYEVHHQKLV FFAEDVDRSR GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号101）；
（ｋ）  (C99GVP-APLP2-gsnk): LEDAEFRHDS GLEEERESVG PLREDFGSNK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号19）；
（ｌ）  (C99GVP-NOTCH1-gsnk):  LEDAEFRHDS GPYKIEAVQS ETVEPPGSNK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号20）；および
（ｍ）  (C99GVP-SREBP1-gsnk):  LEDAEFRHDS GAKPEQRPSL HSRGMLGSNK GAIIGLMVGG VVIATVIVIT LVML  （配列番号21)。
【請求項２４】
Ｘ２がセリンであり、Ｘ４がリジンである、請求項１４記載の方法。
【請求項２５】
Ｘ２がロイシンであり、Ｘ４がセリンである、請求項１４記載の方法。
【請求項２６】
ＪＭＤが、ＡＰＰ、ＡＰＬＰ２、Ｎｏｔｃｈ，ｅｒｂＢ４、チロシナーゼ、ｐ７５ＮＴＦＲ、ＳＣＮＢ２、ｎ−カドヘリンおよびＣＤ４４からなる群から選択されるガンマセクレターゼ基質の膜近傍ドメインを含んでなる、請求項１４記載の方法。
【請求項２７】
［ＴＭＤ］が、ＡＰＰ、ＡＰＬＰ２、Ｎｏｔｃｈ，ｅｒｂＢ４、チロシナーゼ、ｐ７５ＮＴＦＲ、ＳＣＮＢ２、ｎ−カドヘリンおよびＣＤ４４からなる群から選択されるガンマセクレターゼ基質の膜貫通ドメインを含んでなる、請求項１４記載の方法。