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　特願２００６−３１８６６８「環境ストレス応答性プロモーター」拒絶査定不服審判事件〔平成１９年　４月２６日出願公開、特開２００７−１０５０４９〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．出願の経緯 
 　本願は，平成１３年１１月１９日を出願日とする特願２００１−３５３０３８号の一部を，特許法第４４条第１項の規定により平成１６年５月３１日に新たな特許出願とした特願２００４−１６１３１３号の一部を，さらに同規定により平成１８年１１月２７日に新たな特許出願としたものであって，平成１９年６月２５日に特許請求の範囲について手続補正がされ，同年１１月１４日付で拒絶査定がなされ，同年１２月２０日に拒絶査定不服審判が請求されたものである。 
　
２．本願発明 
　本願の請求項１に係る発明（以下，「本願発明」という。）は，平成１９年６月２５日付手続補正書によって補正された特許請求の範囲に記載された以下のとおりのものと認める。 
「【請求項１】
以下の(a)又は(b)のDNAを含む，乾燥ストレスに応答して活性を示すプロモーター。
(a) 配列番号６３の塩基配列からなるDNA
(b) 配列番号６３の塩基配列において１若しくは数個の塩基が欠失，置換若しくは付加された塩基配列からなり，かつ乾燥ストレスに応答して活性を示すプロモーターとして機能するDNA」
　
３．引用例
　原査定の拒絶の理由で引用された，本願出願日前の２００１年１月に頒布された刊行物である，Plant Cell, 2001, Vol.13, p.61-72（以下，「引用例」という。）には，以下の事項が記載されている。 
 　 
（１）「全長ｃＤＮＡマイクロアレイを用いた乾燥及び低温ストレス下の１３００のArabidopsis遺伝子の発現パターンのモニタリング」（第６１頁，標題） 
 　 
（２）「全長ｃＤＮＡは植物ゲノムの機能解析にとって重要である。我々は，ビオチン化ＣＡＰトラッパー法を用いて，乾燥−処理，低温−処理又はストレスを受けていない植物のような異なる条件の植物，及び発芽から成熟種子に至る様々な成長段階の植物から全長のArabidopsisｃＤＮＡライブラリーを構築した。我々は，乾燥−及び低温−誘導性遺伝子及びＤＲＥＢ１Ａ／ＣＢＦ３の標的遺伝子を同定するために，〜１３００の全長ArabidopsisｃＤＮＡを用いたｃＤＮＡマイクロアレイを準備した。合計で，乾燥−及び低温−誘導性遺伝子としてそれぞれ４４及び１９のｃＤＮＡが単離され，そのうち３０及び１０のｃＤＮＡが，以前には乾燥−又は低温−誘導性遺伝子として報告されていない新規なストレス誘導性遺伝子であった。」（第６１頁要約，第１〜７行） 
 　 
（３）「乾燥−又は低温−処理した植物及び野生型のストレスを受けていない植物からのｍＲＮＡは，それぞれＣｙ３−標識及びＣｙ５−標識ｃＤＮＡプローブの準備のために使用された。これらのｃＤＮＡプローブを混合し，ｃＤＮＡマイクロアレイとハイブリダイズさせた。マイクロアレイ解析の再現性を評価するために，同じ実験を５回繰り返した（表２を見よ。）。異なるマイクロアレイの同じｍＲＮＡサンプルとのハイブリダイゼーションは良い相関を示した。我々は発現比率（乾燥／ストレス無負荷又は低温／ストレス無負荷）が，α−チューブリン遺伝子の発現比率の２倍より大きい遺伝子を，乾燥−又は低温−誘導性遺伝子とした。」（第６３頁左欄第１９行〜右欄第２行） 
 　 
（４）「合計で，４４の乾燥−誘導性遺伝子がｃＤＮＡマイクロアレイ解析で同定された（表１及び２）。これらの遺伝子のうち１４は，ｒｄ２９Ａ／ｃｏｒ７８，ｃｏｒ１５ａ，ｋｉｎ１，ｋｉｎ２，ｒｄ１７／ｃｏｒ４７，ｅｒｄ１０及びｒｄ２０のような，乾燥−誘導性遺伝子であることが報告されたものである（Kiyosue・・・）。これらの結果は，我々のｃＤＮＡマイクロアレイシステムがストレス−誘導性遺伝子を発見するために適切に機能したことを示した。」（第６３頁右欄第５〜１３行）
　
（５）「植物ＥＳＴマイクロアレイの使用に関するいくつかの報告が発表されている。本研究では，我々は，Arabidopsis全長ｃＤＮＡマイクロアレイを使用したが，それにはいくつかの利点がある。全長ｃＤＮＡマイクロアレイを使用すると，さらなる機能解析のための全長ｃＤＮＡの単離が簡単である。Arabidopsisの全長cDNA配列をArabidopsisのゲノム配列と比較することによって，個々の遺伝子のプロモーター配列及びシス作用性エレメントを，全長ｃＤＮＡ配列に基づいて研究することもできる。」（第６７頁左欄下から１２〜４行） 
 　 
（６）「本研究では，我々は全長ｃＤＮＡマイクロアレイを用いて，４４の乾燥−誘導性遺伝子及び１９の低温−誘導性遺伝子を同定した（表１及び２）。それらの中で，それぞれ３０及び１０の遺伝子が新規な乾燥−及び低温−誘導性遺伝子であった。さらに，我々は１２のＤＲＥＢ１Ａ標的遺伝子を同定し，そのうち６つが新規な遺伝子であった。これらの結果は，全長ｃＤＮＡマイクロアレイ解析がストレス−誘導性遺伝子及びストレス−誘導性遺伝子の発現を制御する転写因子の標的遺伝子を同定するための有力な手段であることを示す。我々の全長ｃＤＮＡマイクロアレイを用いれば，更なる機能解析のための全長ｃＤＮＡを単離することは簡単である。我々は，新規なストレス−誘導性遺伝子及ストレス−関連転写因子の新規な標的遺伝子を同定するために，＞１０，０００のArabidopsis全長ｃＤＮＡを単離し，そのｃＤＮＡクローンを用いてｃＤＮＡマイクロアレイを準備することを計画中である。」（第６８頁右欄下から３行〜第６９頁左欄第１２行） 
 　 
（７）「配列の相同性はＧｅｎＢａｎｋ／ＥＭＢＬデータベースでＢＬＡＳＴプログラムを用いて検討した。」（第７０頁左欄第１６〜１８行） 
 　 
　引用例の記載事項（１）〜（７）によれば，引用例には，乾燥及び低温ストレス処理を行った植物由来のｍＲＮＡから調製したｃＤＮＡを，Arabidopsis全長ｃＤＮＡを含有する全長ｃＤＮＡマイクロアレイにハイブリダイズさせ，無処理の植物由来のｍＲＮＡから調製したｃＤＮＡを上記マイクロアレイにハイブリダイズさせた場合と比較して，発現比率が，α−チューブリン遺伝子の発現比率の２倍を超える遺伝子を，負荷したストレスによって誘導される遺伝子として同定する方法及びその方法により同定された乾燥ストレスにより誘導される遺伝子のｃＤＮＡが記載されている。 
　
４．対比
　本願発明における「配列番号６３の塩基配列からなるＤＮＡ」について，発明の詳細な説明及び図面を参照すると，以下の事項が説明されている。
（１） 乾燥ストレス処理又は高塩濃度ストレス処理を行った植物由来のｍＲＮＡから調製したｃＤＮＡを，７０００個のArabidopsis全長ｃＤＮＡを含有する全長ｃＤＮＡマイクロアレイにハイブリダイズさせ，無処理の植物由来のｍＲＮＡから調製したｃＤＮＡを上記マイクロアレイにハイブリダイズさせた場合と比較した時の発現比率が，内部標準となるα−チューブリン遺伝子の発現比率の２倍を超える遺伝子を，負荷したストレスによって誘導される遺伝子として単離したこと（段落【００６９】−【００７７】，【００８１】−【００８８】）。 
（２）単離された遺伝子の塩基配列を解析し，ＧｅｎＢａｎｋ／ＥＭＢＬデータベースのゲノム情報をもとに，ＢＬＡＳＴプログラムを用いて配列のホモロジー検索を行い，９０種の遺伝子とその上流に位置する塩基配列１〜９０が得られたこと。（段落【００３６】，【００７８】，【００９０】，【００９４】及び【００９７】） 
（３）ＦＬ０５−２０−Ｍ１６遺伝子のストレス処理時間と発現比率との関係を示す特性図（図７８）。 
（４）ＦＬ０５−２０−Ｍ１６遺伝子の上流に位置する１０００塩基対からなる塩基配列（【配列表】の配列番号６３）。 
  　
 　上記事項（１）〜（４）によれば，本願発明の「配列番号６３の塩基配列からなるＤＮＡ」は，乾燥ストレス処理を行った植物由来のｍＲＮＡから調製したｃＤＮＡを，７０００個のArabidopsis全長ｃＤＮＡを含有する全長ｃＤＮＡマイクロアレイにハイブリダイズさせ，無処理の植物由来のｍＲＮＡから調製したｃＤＮＡを上記マイクロアレイにハイブリダイズさせた場合と比較した時の発現比率が，内部標準となるα−チューブリン遺伝子の発現比率の２倍を超える遺伝子として単離された，乾燥ストレスによって誘導されるＦＬ０５−２０−Ｍ１６遺伝子の上流に位置する１０００塩基対のＤＮＡである。 
 　よって，本願発明と引用例に記載されたＤＮＡの発明とを対比すると，両者は，「ストレス処理を行った植物由来のｍＲＮＡから調製したｃＤＮＡを，Arabidopsis全長ｃＤＮＡを含有する全長ｃＤＮＡマイクロアレイにハイブリダイズさせ，無処理の植物由来のｍＲＮＡから調製したｃＤＮＡを上記マイクロアレイにハイブリダイズさせた場合と比較した時の発現比率が，内部標準となるα−チューブリンの２倍を超える遺伝子として単離された，乾燥ストレスによって誘導される遺伝子」に関する発明である点で一致し，以下の点で相違する。 
相違点：本願発明は，配列番号６３の塩基配列からなる，乾燥ストレスによって誘導されるＦＬ０５−２０−Ｍ１６遺伝子の上流に位置する１０００塩基対のＤＮＡを含むプロモーターであるのに対し，引用例には，ＦＬ０５−２０−Ｍ１６遺伝子及び配列番号６３の塩基配列からなるＤＮＡを含むプロモーターについて，記載がない点。
　
５．判断
　上記相違点について検討する。
　引用例には，実際に使用した１３００の全長ｃＤＮＡよりも更に多いｃＤＮＡを含むArabidopsis全長ｃＤＮＡマイクロアレイを用いて，さらに新規なストレス誘導性遺伝子の同定を行うこと（記載事項（６）），及び同定されたストレス誘導性遺伝子のｃＤＮＡから，そのプロモーター配列について研究すること（記載事項（５））が記載されている。 
　よって，引用例に記載された方法を用いて，更なる新規な乾燥ストレス誘導性遺伝子を同定し，本願発明のような新規な乾燥ストレス誘導性遺伝子のプロモーターをコードするＤＮＡを得ることは，当業者が容易に想到し得るものである。 
　
　次に，そのようなスクリーニングを行った結果として得られた，配列番号６３の塩基配列からなるＤＮＡを含むプロモーターの奏する効果について検討する。
　請求人は，審判請求書において，本願発明に係るプロモーターは，乾燥処理から１時間で遺伝子の発現を大幅に活性化し，その後，活性化度合いを徐々に大ならしめ，乾燥処理から１０時間が経過しても遺伝子の発現活性化を高いレベルで維持するといった機能を有し（図７８を参照），乾燥ストレスに対して非常に急峻な応答性を示し，かつ発現比率も１０倍程度の高い値を示すプロモーターは，際だった発現活性化プロファイルであることを，本願発明の顕著な効果として主張している。
　確かに図７８に記載されるＦＬ０５−２０−Ｍ１６遺伝子の発現プロファイルは，請求人が主張するとおりの発現プロファイルを示すが，この発現プロファイルは，本願の発明の詳細な説明に説明されるように（４．対比（１）），配列番号６３の塩基配列からなるＤＮＡをプロモーターとして，ＦＬ０５−２０−Ｍ１６遺伝子の翻訳配列をその下流に連結して発現させたプロファイルではなく，ゲノム中に含まれるＦＬ０５−２０−Ｍ１６遺伝子の発現プロファイルを示すものである。
　そして，配列番号６３で示される塩基配列は，どのようなアルゴリズムにより，その１０００塩基対をプロモーター領域として特定したのかは，本願の発明の詳細な説明において何も説明がなされておらず，配列番号６３の塩基配列からなるＤＮＡをプロモーターとして他の遺伝子と連結して細胞に導入し，乾燥ストレス負荷によって，連結した他の遺伝子の発現を誘導させるといった，乾燥ストレス応答性プロモーターの機能を確認する実験も記載されていない。 
　そして，植物ゲノムにおいては，通常，遺伝子コーディング領域の上流に当該遺伝子コーディング領域の発現に関与するプロモーターが存在していることは技術常識ではあるが，それが遺伝子コーディング領域から何塩基対上流から開始し，どの程度の長さで存在するかは遺伝子によって様々であり，本願の発明の詳細な説明に記載された配列番号１〜９０のように，どの遺伝子も一律に上流１０００塩基対に存在するという技術常識はない。
　さらに，本願出願日後に発表された植物プロモーターのコンピューター予測に関する総説であるPlant Physiology, 2003, Vol.132, p.1162-1176には，プロモーターには，転写開始位置の近傍に存在するコア領域と，離れた位置に存在する制御エレメントの部分があり，時空間の発現パターンを制御する制御エレメントの位置は遺伝子によって様々であり，遺伝子コーディング領域の数千塩基対上流に存在する場合や，遺伝子コーディング領域内のイントロン，さらには３’末端側の下流領域に存在する場合もあること（第１１６２頁右欄第８行〜第１１６３頁左欄第１４行），植物ゲノムにおいて，どのような塩基配列がプロモーターをコードするかを完全にコンピューターで予測することは，本願出願日後の２００３年においてもまだ困難であったこと（第１１６３頁右欄下から４行〜第１１６４頁左欄下から第６行），及び，これまで様々なプロモーターを予測するプログラムが報告されているが，植物ゲノムに適するものがなかったことが記載されている（第１１６５頁左欄下から１４行〜右欄第４行）。 
　このような本願出願日当時の技術常識及び技術水準を考慮すれば，図７８に記載される乾燥ストレス応答性の発現プロファイルを示すために必要な制御エレメントが，ＦＬ０５−２０−Ｍ１６遺伝子の上流に１０００塩基対に位置するとは限らず，また，プロモーター予測プログラムを用いれば，配列番号６３の塩基配列からなる１０００塩基対のＤＮＡの塩基配列自体からプロモーターをコードしていることが明らかであったというものでもないから，当該ＤＮＡが図７８に記載される発現プロファイルを誘導するのに必要な配列を全て含んでいるか否かは，実際に実験的に確認しなければ不明であったといえる。 　
　この点に関して，請求人が平成１９年６月２５日付けで提出した実験成績証明書のデータを見ても，乾燥処理後１０時間にしか活性が確認されておらず，１０時間後の発現比率も不明であるから，当該実験成績証明書のデータを参酌したとしても，本願発明に係るプロモーターが，図７８と同じ発現プロファイルを有するものとは認められない。
　したがって，請求人の主張する効果は，本願発明に係るプロモーターの効果としては参酌することができない。
　
　また仮に，請求人の主張する効果が本願発明に係るプロモーターの有する効果であるとしても，本願の発明の詳細な説明には，例えば図５５，図６７，図７７等に記載されるように，本願発明の発現プロファイルと同等又はそれ以上のレベルで，乾燥処理から１時間で活性化し，１０時間を経過しても高いレベルを維持する発現プロファイルを示すものが複数記載されていることから，本願発明は，乾燥応答性プロモーターとして，特に珍しい発現プロファイルを有するプロモーターを同定したというものではない。
　さらに，引用例において同定された乾燥誘導性遺伝子のうち，従来公知のｒｄ２９Ａ遺伝子のプロモーターについては，図７８の発現プロファイルと同様に，乾燥処理から１時間で遺伝子の発現を大幅に活性化し，乾燥処理から２４時間経過しても高いレベルで維持するという発現プロファイルを示し，本願発明より高い発現比率（１６倍以上）を示すプロモーターであることも知られているから（Plant Cell, 1994, Vol.6, p.251-264, 特に図１及び図２Ａを参照），本願発明の発現プロファイルが，従来公知の乾燥応答性プロモーターと比較して有利な効果を有するものともいえない。 
　
　以上であるから，請求人の主張は採用できず，本願発明が，引用例から予測できない顕著な効果を奏するものとは認められない。
　
６．むすび
　したがって，本願発明は，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　よって，結論のとおり審決する。