【手続補正書】
【提出日】平成23年6月23日(2011.6.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）患者由来の生物学的試料を検出試薬と接触させる工程であって、該生物学的試料が、前立腺細胞もしくは画分、前立腺分泌物もしくは画分、またはそれらの組み合わせを含むかまたはそれらに由来する、工程と、
（ｂ）ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来の５´部分またはN末端部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分またはC末端部分とを有する遺伝子融合が該試料中に存在する場合、それを検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在がその患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
【請求項２】
（ａ）患者由来の生物学的試料を検出試薬と接触させる工程であって、該生物学的試料が、前立腺細胞もしくは画分、前立腺分泌物もしくは画分、またはそれらの組み合わせを含むかまたはそれらに由来する、工程と、
（ｂ）ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有する遺伝子融合が該試料中に存在する場合、それを検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在が患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
【請求項３】
前記ハウスキーピング遺伝子がＨＮＲＰ  Ａ２  Ｂ１である請求項２記載の方法。
【請求項４】
（ａ）患者由来の生物学的試料を検出試薬と接触させる工程であって、該生物学的試料が、前立腺細胞もしくは画分、前立腺分泌物もしくは画分、またはそれらの組み合わせを含むかまたはそれらに由来する、工程と、
（ｂ）アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＶ５由来の３´部分とを有する遺伝子融合が該試料中に存在する場合、それを検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在が患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
【請求項５】
前記アンドロゲン制御遺伝子が、ＴＭＰＲＳＳ２とＳＬＣ４５Ａ３とからなる群より選ばれる、請求項１または４記載の方法。
【請求項６】
前記アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域が、アンドロゲン制御遺伝子のプロモーター領域を含む、請求項１または４記載の方法。
【請求項７】
前記ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域が、ハウスキーピング遺伝子のプロモーター領域を含む、請求項２記載の方法。
【請求項８】
ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子がＥＴＶ１である請求項２記載の方法。
【請求項９】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
前記工程（ｂ）が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来の５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項２記載の方法。
【請求項１１】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＶ５由来の３´部分とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項４記載の方法。
【請求項１２】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来の５´部分とＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１３】
前記工程（ｂ）が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来の５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項２記載の方法。
【請求項１４】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＶ５由来の３´部分とを有するキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項４記載の方法。
【請求項１５】
前記試料が、組織、血液、血漿、血清、尿、尿の上澄み、尿細胞ペレット、精液、前立腺分泌物、および前立腺細胞からなる群より選ばれる、請求項１、２、４または５記載の方法。
【請求項１６】
ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子がＥＴＶ１またはＥＴＶ５である、請求項１、４、または５記載の方法。
【請求項１７】
前立腺癌に関連する、アンドロゲン制御遺伝子--ＥＴＳの遺伝子再配列を検出するための組成物の使用であって、該組成物が、ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子と特異的にハイブリッド形成する配列を含む第一のプローブと、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子と特異的にハイブリッド形成する配列を含む第二のプローブとを含む、使用
【請求項１８】
前立腺癌に関連する、アンドロゲン制御遺伝子--ＥＴＳの遺伝子再配列を検出するための組成物の使用であって、該組成物が、ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来の５´部分がＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分に融合している接合部とハイブリッド形成する配列を含むプローブを含む、使用
【請求項１９】
前立腺癌に関連する、アンドロゲン制御遺伝子--ＥＴＳの遺伝子再配列を検出するための組成物の使用であって、該組成物が、ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域とハイブリッド形成する配列を含む第一の増幅オリゴヌクレオチドと、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子とハイブリッド形成する配列を含む第二の増幅オリゴヌクレオチドとを含む、使用
【請求項２０】
前立腺癌に関連する、アンドロゲン制御遺伝子--ＥＴＳの遺伝子再配列を検出するための組成物の使用であって、該組成物が、ハウスキーピング遺伝子と特異的にハイブリッド形成する配列を含む第一のプローブと、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子と特異的にハイブリッド形成する配列を含む第二のプローブとを含む、使用
【請求項２１】
前立腺癌に関連する、アンドロゲン制御遺伝子--ＥＴＳの遺伝子再配列を検出するための組成物の使用であって、該組成物が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来の５´部分がＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分に融合している接合部とハイブリッド形成する配列を含むプローブを含む、使用
【請求項２２】
前立腺癌に関連する、アンドロゲン制御遺伝子--ＥＴＳの遺伝子再配列を検出するための組成物の使用であって、該組成物が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域とハイブリッド形成する配列を含む第一の増幅オリゴヌクレオチドと、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子とハイブリッド形成する配列を含む第二の増幅オリゴヌクレオチドとを含む、使用
【請求項２３】
前立腺癌に関連する、アンドロゲン制御遺伝子--ＥＴＳの遺伝子再配列を検出するための組成物の使用であって、該組成物が、ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域の、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子への融合から生じた、アミノ末端で切断されたＥＴＳファミリーメンバータンパク質に対する抗体を含む、使用。
【請求項２４】
前立腺癌に関連する、アンドロゲン制御遺伝子--ＥＴＳの遺伝子再配列を検出するための組成物の使用であって、該組成物が、ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来のアミノ末端部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来のカルボキシ末端部分とを有するキメラタンパク質に対する抗体を含む、使用。
【請求項２５】
前立腺癌に関連する、アンドロゲン制御遺伝子--ＥＴＳの遺伝子再配列を検出するための組成物の使用であって、該組成物が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域の、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子への融合から生じた、アミノ末端で切断されたＥＴＳファミリーメンバータンパク質に対する抗体を含む、使用。
【請求項２６】
前立腺癌に関連する、アンドロゲン制御遺伝子--ＥＴＳの遺伝子再配列を検出するための組成物の使用であって、該組成物が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来のアミノ末端部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来のカルボキシ末端部分とを有するキメラタンパク質に対する抗体を含む、使用。
【請求項２７】
ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子がＥＴＶ１またはＥＴＶ５である、請求項１７〜２６のいずれか一項記載の使用。
【請求項２８】
ハウスキーピング遺伝子がＨＮＲＰＡ２Ｂ１である、請求項２０〜２２または２５〜２６のいずれか一項記載の使用。
【請求項２９】
ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子がＥＴＶ１である、請求項２８記載の使用。
【請求項３０】
以下のうちの少なくとも一つを含む、患者における前立腺癌を診断するための組成物：
（a）ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来の５´部分がＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分に融合している接合部とハイブリッド形成する配列を含む、標識されたプローブ；
（b）ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域とハイブリッド形成する配列を含む第一の標識されたプローブ、ならびにＥＴＳファミリーメンバー遺伝子とハイブリッド形成する配列を含む第二の標識されたプローブ；
（c）ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域とハイブリッド形成する配列を含む第一の増幅オリゴヌクレオチド、ならびにＥＴＳファミリーメンバー遺伝子とハイブリッド形成する配列を含む第二の増幅オリゴヌクレオチド；
（d）ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域の、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子への融合から生じた、アミノ末端で切断されたＥＴＳファミリーメンバータンパク質に対する抗体；
（e）ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来のアミノ末端部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来のカルボキシ末端部分とを有するキメラタンパク質に対する抗体；
（f）ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子との融合に関連する欠失または再編成を検出するためのインサイツハイブリダイゼーションプローブ；
（g）ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来の５´部分がＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分に融合している接合部とハイブリッド形成する配列を含む、標識されたプローブ；
（h）ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域とハイブリッド形成する配列を含む第一の標識されたプローブ、ならびにＥＴＳファミリーメンバー遺伝子とハイブリッド形成する配列を含む第二の標識されたプローブ；
（i）ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域とハイブリッド形成する配列を含む第一の増幅オリゴヌクレオチド、ならびにＥＴＳファミリーメンバー遺伝子とハイブリッド形成する配列を含む第二の増幅オリゴヌクレオチド；
（j）ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域の、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子への融合から生じた、アミノ末端で切断されたＥＴＳファミリーメンバータンパク質に対する抗体；
（k）ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来のアミノ末端部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来のカルボキシ末端部分とを有するキメラタンパク質に対する抗体；
（l）ハウスキーピング遺伝子と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子との融合に関連する欠失または再編成を検出するためのインサイツハイブリダイゼーションプローブ。
【請求項３１】
ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子がＥＴＶ１またはＥＴＶ５である、請求項３０の（a）〜（f）のいずれか一項記載の組成物。
【請求項３２】
ハウスキーピング遺伝子がＨＮＲＰＡ２Ｂ１である、請求項３０の（g）〜（l）のいずれか一項記載の組成物。
【請求項３３】
ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子がＥＴＶ１である、請求項３２記載の組成物。
【請求項３４】
請求項３０〜３３記載の組成物のうち一つまたは複数を含むキット。