【手続補正書】
【提出日】平成23年8月26日(2011.8.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
アルマジロリピートタンパク質の収集物であって、各アルマジロリピートタンパク質が、アルマジロリピート配列モチーフ
【表１】
2010539915.tif 000001
を伴う少なくとも２つの連続リピートモジュールを含む少なくとも１つのリピートドメインを含み、ここで「ｘ」は任意のアミノ酸を表示し、「±」は任意のアミノ酸又は欠失を表示しそして該配列モチーフ上の位置のナンバリング中でカウントされず、「ａ」は無極性側鎖を伴うアミノ酸を表示し、「ｐ」は極性側鎖を伴う残基を表示し、該アルマジロリピートタンパク質の少なくとも１つが、標的ポリペプチドに結合することができ、該アルマジロリピートタンパク質により結合された該標的ポリペプチドの部分が、伸長したコンホメーションにある収集物。
【請求項２】
該リピートドメインが、Ｎ末端キャッピングモジュールそれに続く非ライブラリーリピートモジュール、及び／又はＣ末端キャッピングモジュールそれに先行する非ライブラリーリピートモジュールをさらに含み、該キャッピングモジュールが該リピートモジュールの任意の１つとは異なるアミノ酸配列を有する、請求項１記載の収集物。
【請求項３】
Ｎ末端キャッピングモジュールが、配列モチーフ
【表４０】
2010539915.tif 000002
を含み、そして／又は
Ｃ末端キャッピングモジュールが、配列モチーフ
【表４１】
2010539915.tif 000003
を含む、請求項２記載の収集物。
【請求項４】
該アルマジロリピートタンパク質が、アルマジロリピート配列モチーフ
【表３２】
2010539915.tif 000004
を伴うリピートモジュールを含み、「ｘ」は任意のアミノ酸を示し、「ａ」は残基Ａ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｔ、Ｖ、Ｗ及びＹのいずれかを示し、「ｐ」は残基Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ及びＹのいずれかを示す、請求項１〜３のいずれか一項記載の収集物。
【請求項５】
該アルマジロリピートタンパク質が、アルマジロリピート配列モチーフ
【表３３】
2010539915.tif 000005
を伴うリピートモジュールを含み、「１」及び「２」は任意のアミノ酸残基を表わす、請求項４記載の収集物。
【請求項６】
該アルマジロリピートタンパク質が、アルマジロリピート配列モチーフ
【表３４】
2010539915.tif 000006
を伴うリピートモジュールを含み、「ｘ」は任意のアミノ酸を示し、「ａ」は残基Ａ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｔ、Ｖ、Ｗ及びＹのいずれかを示し、「ｐ」は残基Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ及びＹのいずれかを示す、請求項１〜３のいずれか一項記載の収集物。
【請求項７】
該アルマジロリピートタンパク質が、アルマジロリピート配列モチーフ
【表３５】
2010539915.tif 000007
を伴うリピートモジュールを含み、「１」及び「２」は任意のアミノ酸残基を表わす、請求項６記載の収集物。
【請求項８】
該アルマジロリピートタンパク質が、アルマジロリピート配列モチーフ
【表３６】
2010539915.tif 000008
を伴うリピートモジュールを含み、「ｘ」は任意のアミノ酸を示し、「ａ」は残基Ａ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｍ、Ｐ、Ｔ、Ｖ、Ｗ及びＹのいずれかを示し、「ｐ」は残基Ａ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ及びＹのいずれかを示す、請求項１〜３のいずれか一項記載の収集物。
【請求項９】
該アルマジロリピートタンパク質が、アルマジロリピート配列モチーフ
【表３７】
2010539915.tif 000009
を伴うリピートモジュールを含み、「１」及び「２」は任意のアミノ酸残基を表わす、請求項８記載の収集物。
【請求項１０】
該アルマジロリピートタンパク質が、アルマジロリピート配列モチーフ
【表３８】
2010539915.tif 000010
を伴うリピートモジュールを含み、「ｘ」は任意のアミノ酸を示し、「ｓ」は残基Ａ、Ｉ、Ｌ、Ｖ及びＧからなる群より選択されるアミノ酸残基を表わし、「ｈ」は残基Ａ、Ｉ、Ｌ及びＶからなる群より選択されるアミノ酸残基を表わす、請求項１〜３のいずれか一項記載の収集物。
【請求項１１】
該アルマジロリピートタンパク質が、アルマジロリピート配列モチーフ
【表３９】
2010539915.tif 000011
を伴うリピートモジュールを含み、「１」及び「２」は任意のアミノ酸残基を表わす、請求項１０記載の収集物。
【請求項１２】
コンセンサス配列中の２０％までのアミノ酸残基を、対応するリピート単位中の対応する位置で見出されるアミノ酸残基により交換する、請求項１〜１１のいずれか一項記載の収集物。
【請求項１３】
該アルマジロリピート配列モチーフの位置２６及び２９のアミノ酸が、Ｋ又はＱのいずれかである、請求項１〜１２のいずれか一項記載の収集物。
【請求項１４】
該アルマジロリピートタンパク質の該アルマジロリピートドメインもしくは該リピートドメインの部分、又は該アルマジロリピートタンパク質の単一リピートモジュールの、請求項１〜１３記載のアルマジロリピートタンパク質の収集物をコードする核酸分子の収集物。
【請求項１５】
アルマジロリピートタンパク質が、設計されたアルマジロリピートタンパク質であり、標的分子に結合することができる、請求項１〜１３のいずれか一項記載の収集物からのアルマジロリピートタンパク質。
【請求項１６】
アルマジロリピートタンパク質が、事前に決定された特性を有する、請求項１〜１３のいずれか一項記載の収集物からのアルマジロリピートタンパク質。
【請求項１７】
請求項１５又は１６記載のアルマジロリピートタンパク質をコードする核酸。
【請求項１８】
選択を実施することなく標的ポリペプチドに結合することができるアルマジロリピートドメインを得るための方法であって、標的ポリペプチドが、伸長したコンホメーションにあり、該リピートドメインが、該標的ポリペプチド中に含まれるアミノ酸の小さな直線状ストレッチについて定義された結合特異性を有する事前に決定されたリピートモジュールから組み立てられる、方法。
【請求項１９】
アミノ酸の小さな直線状ストレッチについて定義された結合特異性を有するアルマジロリピートモジュールを得るための方法であって、以下の工程
（ａ）複数の内部リピートモジュールを含むアルマジロリピートタンパク質の推定又は入手；
（ｂ）該アルマジロリピートタンパク質の内部リピートモジュールをリピートモジュールライブラリーにより交換することによるアルマジロリピートタンパク質ライブラリーの生成；
（ｃ）アミノ酸の小さな直線状ストレッチを含む標的（ポリ）ペプチドへの結合能に従った該リピートタンパク質ライブラリーからのアルマジロリピートタンパク質の選択；
（ｄ）アミノ酸の該ストレッチに特異性を有する工程（ｃ）からの選択された該アルマジロリピートタンパク質からの選択されたリピートモジュールの単離
を含む、方法。
【請求項２０】
標的（ポリ）ペプチドに結合することができるアルマジロリピートタンパク質を得るための方法であって、以下の工程
（ａ）標的（ポリ）ペプチドの結合部分に関与する単一のアルマジロリピートモジュールに対応する核酸配列の推定又は入手；
（ｂ）請求項１〜１３記載のアルマジロリピートタンパク質をコードし、工程（ａ）に由来する核酸配列を含む核酸分子の構築；及び
（ｃ）工程（ｂ）に由来する核酸分子からのアルマジロリピートタンパク質の発現；及び
（ｄ）該標的（ポリ）ペプチドに結合することができる少なくとも１つのアルマジロリピートタンパク質を得るための該アルマジロリピートタンパク質のスクリーニング及び／又は該アルマジロリピートタンパク質からの選択
を含む、方法。