【手続補正書】
【提出日】平成23年6月29日(2011.6.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
動物を、前記動物について予測されている有角／無角表現型に従って使用に割り当てる方法であって、
ａ．１または複数箇所の遺伝子座で動物の遺伝子型を決定するステップであり、少なくとも１箇所の遺伝子座が、少なくとも２つの対立遺伝子変種を有する一塩基多型（ＳＮＰ）を含有し、かつ少なくとも１つのＳＮＰが、表１に記載のＳＮＰから選択されるステップと、
ｂ．表１に記載のＳＮＰから選択された１つまたは複数のＳＮＰで評価された少なくとも１頭の動物の決定された遺伝子型を分析して、どの対立遺伝子変種が存在しているかを決定するステップと、
ｃ．同定された対立遺伝子を、有角または無角表現型と相関させるステップと、
ｄ．決定されたその遺伝子型に従って動物を使用に割り当てるステップと
を含む方法。
【請求項２】
潜在的子孫をつくるための潜在的親動物を選択する方法であって、
ａ．少なくとも１頭の潜在的親動物の遺伝子型を１または複数箇所のゲノム遺伝子座で決定するステップであり、少なくとも１箇所の遺伝子座が、少なくとも２つの対立遺伝子変種を有する一塩基多型（ＳＮＰ）を含有し、かつ少なくとも１つのＳＮＰが、表１に記載のＳＮＰから選択されるステップと、
ｂ．表１に記載のＳＮＰから選択された１つまたは複数のＳＮＰに関して評価された少なくとも１頭の動物の、決定された遺伝子型を分析して、どの対立遺伝子が存在しているかを決定するステップと、
ｃ．同定された対立遺伝子を、有角または無角表現型と相関させるステップと、
ｄ．少なくとも１頭の動物を、その遺伝子型に基づいて、繁殖使用に割り当てるステップと
を含む方法。
【請求項３】
後代動物を生産する方法であって、
ａ）請求項１に記載の方法に従って繁殖用に割り当てられた少なくとも１頭の潜在的親動物を同定するステップと、
ｂ）ｉ）自然繁殖、
ｉｉ）人工授精、
ｉｉｉ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏ受精、および／または
ｉｖ）前記動物から精液／精子もしくは少なくとも１つの卵子を収集し、それをそれぞれ第２の動物からの１または複数の卵子または精液／精子と接触させて、任意の手段によって受胎産物を生産すること
を含む過程を介して、割り当てられた動物から後代を生産するステップと
を含む方法。
【請求項４】
試料中にどの対立遺伝子が存在しているかを決定するための核酸アレイであって、表１に記載のＳＮＰからなる群から選択される少なくとも１つまたは複数のＳＮＰとストリンジェントな条件下でハイブリッド形成できる２つ以上の核酸配列を含む核酸アレイ。
【請求項５】
どの対立遺伝子が動物に存在しているかを決定する方法であって、
ａ．請求項４に記載のアレイを用意するステップと、
ｂ．前記アレイを使用して、動物の遺伝子型を決定するステップと、
ｃ．同定された少なくとも１つの対立遺伝子を、有角または無角表現型と相関させるステップと、
ｄ．少なくとも１頭の動物を、その遺伝子型に基づいて、繁殖使用に割り当てるステップと
を含む方法。
【請求項６】
表１に記載のＳＮＰの群から選択される少なくとも１つのＳＮＰと対立遺伝子関連にある遺伝子マーカーを同定することによって、有角／無角表現型に関連する遺伝子マーカーを同定する方法であって、
ａ）表１に記載のＳＮＰの群から選択されるマーカーＡ１と対立遺伝子関連にある疑いのある遺伝子マーカーＢ１を同定するステップと、
ｂ）Ａ１とＢ１とが対立遺伝子関連にあるかどうかを決定するステップと
を含み、少なくとも１００頭の動物の集団標本の式１に関してｒ２＞０．２である場合に対立遺伝子関連が存在し、式１が
【数１】
2011501659.tif 000001
であり、式中、Ａ１が表１に記載のＳＮＰの一対立遺伝子を表し、Ｂ１が別の遺伝子座の遺伝子マーカーを表し、ｆ（Ａ１Ｂ１）が、Ａ１およびＢ１の両方を有する頻度を示し、ｆ（Ａ１）が集団内のＡ１の頻度であり、ｆ（Ｂ１）が集団内のＢ１の頻度である方法。
【請求項７】
動物を、前記動物について予測されている有角／無角表現型に従って使用に割り当てる方法であって、
ａ．１または複数箇所の遺伝子座で動物の遺伝子型を決定するステップであり、少なくとも１箇所の遺伝子座が、少なくとも２つの対立遺伝子変種を有する遺伝子マーカーを含有し、かつ少なくとも１つの遺伝子マーカーが、表３に記載の一遺伝子内に位置するステップと、
ｂ．表３に記載の一遺伝子内の１または複数箇所のＳＮＰ遺伝子座で評価された少なくとも１頭の動物の、決定された遺伝子型を分析して、どの対立遺伝子変種が存在しているかを決定するステップと、
ｃ．同定された対立遺伝子を、有角または無角表現型と相関させるステップと、
ｄ．前記動物を、その決定された遺伝子型に従って使用に割り当てるステップと
を含む方法。
【請求項８】
潜在的子孫をつくるための潜在的親動物を選択する方法であって、
ａ．少なくとも１頭の潜在的親動物の遺伝子型を１または複数箇所のゲノム遺伝子座で決定するステップであり、少なくとも１箇所の遺伝子座が、表３に記載の一遺伝子内に位置する遺伝子マーカーを含有するステップと、
ｂ．１つまたは複数の遺伝子マーカーに関して評価された少なくとも１頭の動物の、決定された遺伝子型を分析して、どの対立遺伝子が存在しているかを決定するステップと、
ｃ．同定された対立遺伝子を、有角または無角表現型と相関させるステップと、
ｄ．少なくとも１頭の動物を、その遺伝子型に基づいて、繁殖使用に割り当てるステップと
を含む方法。
【請求項９】
後代動物を生産する方法であって、
ａ．請求項８に記載の方法に従って繁殖用に割り当てられた少なくとも１頭の潜在的親動物を同定するステップと、
ｂ．ｉ）自然繁殖、
ｉｉ）人工授精、
ｉｉｉ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏ受精、および／または
ｉｖ）前記動物から精液／精子もしくは少なくとも１つの卵子を収集し、それをそれぞれ第２の動物からの１または複数の卵子または精液／精子と接触させて、任意の手段によって受胎産物を生産すること
を含む過程を介して、割り当てられた動物から後代を生産するステップとを含む方法。
【請求項１０】
表３に記載の一遺伝子内に位置する少なくとも１つのマーカーと対立遺伝子関連にある遺伝子マーカーを同定することによって、有角または無角表現型に関連する遺伝子マーカーを同定する方法であって、
ａ．表３に記載のＳＮＰの群から選択されるマーカーＡ１と対立遺伝子関連にある疑いのある遺伝子マーカーＢ１を同定するステップと、
ｂ．Ａ１およびＢ１が対立遺伝子関連にあるかどうかを決定するステップと
を含み、少なくとも１００頭の動物の集団標本の式１に関してｒ２＞０．２である場合に対立遺伝子関連が存在し、式１が
【数２】
2011501659.tif 000002
であり、式中、Ａ１が表３に記載のＳＮＰの一対立遺伝子を表し、Ｂ１が別の遺伝子座の遺伝子マーカーを表し、ｆ（Ａ１Ｂ１）が、Ａ１およびＢ１の両方を有する頻度を示し、ｆ（Ａ１）が集団内のＡ１の頻度であり、ｆ（Ｂ１）が集団内のＢ１の頻度である方法。
【請求項１１】
遺伝子発現を用いる、ウシ動物を選択する方法であって、
ａ．前記動物から試料を取得するステップと、
ｂ．前記試料を遺伝子発現に関して分析するステップと、
ｃ．前記動物を、遺伝子発現の分析に従って使用に割り当てるステップと
を含み、前記遺伝子が、表３に記載の遺伝子から選択される方法。
【請求項１２】
少なくとも１０の多型の、どの対立遺伝子が試料中に存在しているかを決定するための核酸アレイであって、表１および２に記載の多型から選択される１つまたは複数の多型とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成できる１つまたは複数の核酸配列を含む核酸アレイ。
【請求項１３】
動物の遺伝子型を１または複数箇所の遺伝子座で評価する方法であって、少なくとも１箇所の遺伝子座が、表１および２に記載の多型から選択される多型を含む方法。
【請求項１４】
表１および２ならびに配列表に記載の核酸の群から選択される、連続した少なくとも１７ヌクレオチドの核酸を含む単離されている核酸配列であって、前記核酸が表１および２ならびに配列表に記載の少なくとも１つの多型ヌクレオチドを含む核酸配列。
【請求項１５】
請求項１４に記載の核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成できる配列を含む単離されている核酸配列。