【手続補正書】
【提出日】平成22年11月4日(2010.11.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する患者試料をＳＰＩＮＫ１検出試薬と接触させる工程；
（ｂ）患者試料におけるＳＰＩＮＫ１の発現レベルを検出し、検出されたＳＰＩＮＫ１発現レベルを、前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する正常試料におけるＳＰＩＮＫ１の既知の発現レベルと比較する工程；および
（ｃ）患者試料とＥＲＧおよび／またはＥＴＶ１検出試薬とを接触させて、ＥＲＧおよび／またはＥＴＶ１の発現が存在する場合、患者試料におけるＥＲＧおよび／またはＥＴＶ１の発現レベルを検出する工程
を含む、患者における前立腺癌を同定するための方法であって、
（１）患者試料において、既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１の過剰発現が検出された場合、ならびに／または（２）患者試料において、既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１の過剰発現が検出されかつＥＲＧおよび／もしくはＥＴＶ１の発現が検出されなかったかもしくは正常レベルで検出された場合に、前記患者試料の供給源である患者における前立腺癌が同定される、方法。
【請求項２】
工程（ｂ）が、ＳＰＩＮＫ１のＲＮＡを検出することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】
工程（ｂ）が、ＳＰＩＮＫ１のタンパク質を検出することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項４】
患者試料が、前立腺組織、血液、尿、精液、前立腺分泌物、または単離された前立腺細胞を含む、請求項１記載の方法。
【請求項５】
患者試料においてＳＰＩＮＫ１の過剰発現を検出する工程により、患者における浸潤性および／または進行性前立腺癌を同定する、請求項１記載の方法。
【請求項６】
試料においてＳＰＩＮＫ１の過剰発現を検出する工程により、処置後の患者における前立腺癌の再発のリスクの増加を同定する、請求項１記載の方法。
【請求項７】
前記処置が根治的前立腺切除術を含む、請求項６記載の方法。
【請求項８】
ＥＲＧおよび／またはＥＴＶ１が、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧおよび／またはＴＭＰＲＳＳ２：ＥＴＶ１を含む遺伝子融合体として発現される、請求項１記載の方法。
【請求項９】
患者試料において、ＳＰＩＮＫ１の過剰発現が検出され、かつＥＲＧおよび／またはＥＴＶ１の発現が検出されない、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
患者試料を、単一の工程でＳＰＩＮＫ１、ＥＲＧおよび／またはＥＴＶ１検出試薬と接触させる、請求項１記載の方法。
【請求項１１】
（ａ）前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する患者試料を、ＳＰＩＮＫ１検出試薬、ＰＣＡ３検出試薬、ＧＯＬＰＨ２検出試薬、およびＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧ検出試薬と接触させる工程；ならびに
（ｂ）患者試料におけるＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、ＧＯＬＰＨ２、およびＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧのうちの１つまたは複数の有無または発現レベルを検出し、検出されたＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、ＧＯＬＰＨ２、および／またはＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの発現レベルを、前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する正常試料におけるＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、ＧＯＬＰＨ２、および／またはＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの既知の発現レベルと比較する工程
を含む、患者における前立腺癌を同定するための方法であって、
（１）患者試料において、既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１の過剰発現が検出された場合、
（２）既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１の過剰発現が検出され、かつ既知の正常発現レベルと比較したＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの過剰発現が検出されない場合、
（３）既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、および／もしくはＧＯＬＰＨ２の過剰発現が検出された場合、
（４）既知の正常発現レベルと比較したＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの存在、発現、もしくは過剰発現が検出された場合、または
（５）既知の正常発現レベルと比較したＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの存在、発現、もしくは過剰発現が検出され、かつ既知の正常発現レベルと比較したＰＣＡ３および／もしくはＧＯＬＰＨ２の過剰発現が検出された場合
に、前記患者試料の供給源である患者における前立腺癌が同定される、方法。
【請求項１２】
検出する工程が、ＳＰＩＮＫ１のＲＮＡを検出することを含む、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
検出する工程が、ＳＰＩＮＫ１のタンパク質を検出することを含む、請求項１１記載の方法。
【請求項１４】
患者試料が、前立腺組織、血液、尿、精液、前立腺分泌物、または単離された前立腺細胞を含む、請求項１１記載の方法。
【請求項１５】
（ａ）前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する患者試料を、ＥＲＧ検出試薬、ＴＦＦ３検出試薬、ＰＳＡ検出試薬、またはＡＭＡＣＲ検出試薬を含む１つまたは複数の検出試薬と接触させる工程；ならびに
（ｂ）患者試料におけるＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／またはＡＭＡＣＲの有無または発現レベルを検出し、検出されたＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／またはＡＭＡＣＲの発現レベルを、前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する正常試料におけるＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／またはＡＭＡＣＲの既知の発現レベルと比較する工程
をさらに含む方法であって、
前記選択肢（１）〜（５）のいずれか１つの検出と共に、既知の正常発現レベルと比較したＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／もしくはＡＭＡＣＲの１つまたは複数の過剰発現が検出された場合に、前記患者試料の供給源である患者における前立腺癌が同定される、請求項１１記載の方法。
【請求項１６】
（ａ）前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する患者試料を、ＳＰＩＮＫ１検出試薬、ＰＣＡ３検出試薬、ＧＯＬＰＨ２検出試薬、ならびにＴＭＰＲＥＳＳ遺伝子の転写制御領域の少なくとも一部分を含む５’部分およびＥＴＳファミリー遺伝子の少なくとも一部分を含む３’部分を有する遺伝子融合体（ＴＭＰＲＥＳＳ：ＥＴＳ）を検出するための試薬と接触させる工程；ならびに
（ｂ）患者試料におけるＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、ＧＯＬＰＨ２、およびＴＭＰＲＳＳ２：ＥＴＳの有無または発現レベルを検出し、検出されたＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、ＧＯＬＰＨ２、および／またはＴＭＰＲＳＳ２：ＥＴＳの発現レベルを、前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する正常試料におけるＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、ＧＯＬＰＨ２、および／またはＴＭＰＲＳＳ２：ＥＴＳの既知の発現レベルと比較する工程
を含む、患者における前立腺癌を同定するための方法であって、
（１）患者試料において、既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１の過剰発現が検出された場合、
（２）既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１の過剰発現が検出され、かつ既知の正常発現レベルと比較したＴＭＰＲＳＳ２：ＥＴＳの過剰発現が検出されない場合、
（３）既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、および／もしくはＧＯＬＰＨ２の過剰発現が検出された場合、
（４）既知の正常発現レベルと比較したＴＭＰＲＳＳ２：ＥＴＳの存在、発現、もしくは過剰発現が検出された場合、または
（５）既知の正常発現レベルと比較したＴＭＰＲＳＳ２：ＥＴＳの存在、発現、もしくは過剰発現が検出され、かつ既知の正常発現レベルと比較したＰＣＡ３および／もしくはＧＯＬＰＨ２の過剰発現が検出された場合
に、前記患者試料の供給源である患者における前立腺癌が同定される、方法。
【請求項１７】
（ａ）前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する患者試料を、ＥＲＧ検出試薬、ＴＦＦ３検出試薬、ＰＳＡ検出試薬、またはＡＭＡＣＲ検出試薬を含む１つまたは複数の試薬と接触させる工程；ならびに
（ｂ）患者試料におけるＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／またはＡＭＡＣＲの有無または発現レベルを検出し、検出されたＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／またはＡＭＡＣＲの発現レベルを、前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する正常試料におけるＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／またはＡＭＡＣＲの既知の発現レベルと比較する工程
をさらに含む方法であって、
請求項１６記載の選択肢（１）〜（５）のいずれか１つの検出と共に、既知の正常発現レベルと比較したＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／またはＡＭＡＣＲの任意の１つまたは複数の過剰発現が検出された場合に、前記患者試料の供給源である患者における前立腺癌が同定される、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
ＳＰＩＮＫ１検出試薬と、任意で、（ａ）ＥＲＧ検出試薬および／もしくはＥＴＶ１検出試薬、または（ｂ）１つまたは複数のＴＭＰＲＳＳ２：ＥＴＳ遺伝子融合体の検出試薬とを含む、キット。
【請求項１９】
以下のうちの少なくとも１つを含む、請求項１８記載のキット：
（ａ）ＳＰＩＮＫ１のＲＮＡもしくはｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチドプローブ、および任意で、ＥＲＧのＲＮＡもしくはｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチドプローブ、またはＥＴＶ１のＲＮＡもしくはｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチドプローブ；
（ｂ）第１の対のそれぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、ＳＰＩＮＫ１のＲＮＡもしくはｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズする配列を含む、増幅オリゴヌクレオチド対、および任意で、第２の対のそれぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、ＥＲＧのＲＮＡもしくはｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズする配列を含む、増幅オリゴヌクレオチド対、またはそれぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、ＥＴＶ１のＲＮＡもしくはｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズする配列を含む、増幅オリゴヌクレオチド対；
（ｃ）ＳＰＩＮＫ１のタンパク質に特異的に結合する抗体、および任意で、ＥＲＧのタンパク質に特異的に結合する抗体、またはＥＴＶ１のタンパク質に特異的に結合する抗体；
（ｄ）ＳＰＩＮＫ１のＲＮＡまたはｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチドプローブ、および任意で、キメラＲＮＡまたはｃＤＮＡの５’部分がＴＭＰＲＳＳ２遺伝子から転写され、かつキメラＲＮＡまたはｃＤＮＡの３’部分がＥＲＧ遺伝子またはＥＴＶ１遺伝子から転写されたキメラＲＮＡまたはｃＤＮＡの接合部に特異的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチドプローブ；
（ｅ）第１の対のそれぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、ＳＰＩＮＫ１のＲＮＡもしくはｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズする配列を含む、増幅オリゴヌクレオチド対、および任意で、第２の対のそれぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、キメラＲＮＡまたはｃＤＮＡの５’部分がＴＭＰＲＳＳ２から転写され、かつキメラＲＮＡまたはｃＤＮＡの３’部分がＥＲＧ遺伝子またはＥＴＶ１遺伝子から転写されたキメラＲＮＡもしくはｃＤＮＡの接合部に特異的にハイブリダイズする配列を含む、増幅オリゴヌクレオチド対；または、
（ｆ）ＳＰＩＮＫ１のタンパク質に特異的に結合する抗体、および任意で、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧのタンパク質に特異的に結合する抗体、またはＴＭＰＲＳＳ２：ＥＴＶ１のタンパク質に特異的に結合する抗体。
【請求項２０】
ＳＰＩＮＫ１検出試薬、ＰＣＡ３検出試薬、ＧＯＬＰＨ２検出試薬、および１つまたは複数のＴＭＰＲＳＳ２：ＥＴＳ遺伝子融合体の検出試薬を含む、キット。
【請求項２１】
以下のうちの少なくとも１つを含む、請求項２０記載のキット：
（ａ）少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブであって、
（ｉ）ＳＰＩＮＫ１のＲＮＡまたはｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチドプローブ、および
（ｉｉ）
（Ａ）ＰＣＡ３のＲＮＡもしくはｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズする配列、
（Ｂ）ＧＯＬＰＨ２のＲＮＡもしくはｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズする配列、または
（Ｃ）キメラＲＮＡもしくはｃＤＮＡの５’部分がＴＭＰＲＳＳ２遺伝子から転写され、かつキメラＲＮＡもしくはｃＤＮＡの３’部分がＥＲＧ遺伝子から転写されたキメラＲＮＡもしくはｃＤＮＡの接合部に特異的にハイブリダイズする配列を含む、プローブ
を含む、１つまたは複数の追加のオリゴヌクレオチドプローブ
を含む、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプローブ；
（ｂ）少なくとも２対の増幅オリゴヌクレオチドであって、
（ｉ）それぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、ＳＰＩＮＫ１のＲＮＡまたはｃＤＮＡの反対の鎖に特異的にハイブリダイズする配列を含む、増幅オリゴヌクレオチド対、および
（ｉｉ）
（Ａ）それぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、ＰＣＡ３のＲＮＡもしくはｃＤＮＡの反対の鎖に特異的にハイブリダイズする配列を含むか、
（Ｂ）それぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、ＧＯＬＰＨ２のＲＮＡもしくはｃＤＮＡの反対の鎖に特異的にハイブリダイズする配列を含むか、または
（Ｃ）前記増幅オリゴヌクレオチドが、
（１）それぞれの増幅オリゴヌクレオチドがＴＭＰＲＳＳ２遺伝子もしくはその対応するｃＤＮＡから転写されたキメラＲＮＡの５’部分の反対の鎖に特異的にハイブリダイズする配列を含む第１の対と、それぞれの増幅オリゴヌクレオチドがＥＲＧ遺伝子もしくはその対応するｃＤＮＡから転写されたキメラＲＮＡの３’部分の反対の鎖に特異的にハイブリダイズする配列を含む第２の対とを含む、２対の増幅オリゴヌクレオチド、または
（２）それぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、キメラＲＮＡもしくはｃＤＮＡの５’部分がＴＭＰＲＳＳ２遺伝子から転写され、かつキメラＲＮＡもしくはｃＤＮＡの３’部分がＥＲＧ遺伝子から転写されたキメラＲＮＡもしくはｃＤＮＡの接合部の反対の鎖に特異的にハイブリダイズする配列を含む、１対の増幅オリゴヌクレオチドを含む、
少なくとももう１対の増幅オリゴヌクレオチド
を含む、少なくとも２対の増幅オリゴヌクレオチド；または
（ｃ）少なくとも２つの抗体であって、
（ｉ）ＳＰＩＮＫ１のタンパク質に特異的に結合する抗体、および
（ｉｉ）
（Ａ）ＧＯＬＰＨ２のタンパク質、
（Ｂ）ネイティブＥＲＧタンパク質、
（Ｃ）ＴＭＰＲＳＳ２遺伝子とＥＲＧ遺伝子との融合体によってコードされる、アミノ末端が切断されたＥＲＧのタンパク質、または
（Ｄ）ＴＭＰＲＳＳ２遺伝子によってコードされたアミノ末端部と、ＥＲＧ遺伝子によってコードされたカルボキシ末端部とを有するキメラタンパク質
に特異的に結合する、少なくとももう１つの抗体
を含む、少なくとも２つの抗体。
【請求項２２】
ＥＲＧ検出試薬、ＴＦＦ３検出試薬、ＰＳＡ検出試薬、またはＡＭＡＣＲ検出試薬を含む任意の１つまたは複数の試薬をさらに含む、請求項２０記載のキット。
【請求項２３】
尿試料の評価に用いられる、請求項１８〜２２のいずれか一項記載のキット。
【請求項２４】
（ａ）前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する生体試料を、ＳＰＩＮＫ１検出試薬と接触させる工程；および
（ｂ）ＳＰＩＮＫ１の発現が存在する場合、試料におけるＳＰＩＮＫ１の発現レベルを検出し、検出されたＳＰＩＮＫ１の発現レベルと前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する正常試料におけるＳＰＩＮＫ１の既知の発現レベルとを比較する工程
を含む、生体試料を特徴付けるための方法であって、生体試料におけるＳＰＩＮＫ１の既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１の過剰発現の検出により、新生物性前立腺細胞または新生物形成状態の開始の素因となる細胞の存在が示される、方法。
【請求項２５】
生体試料をＥＲＧおよび／またはＥＴＶ１検出試薬と接触させて、ＥＲＧおよび／またはＥＴＶ１の発現が存在する場合、前記試料におけるその発現レベルを検出する工程をさらに含む方法であって、
（１）既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１の過剰発現が生体試料において検出された場合、または（２）既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１の過剰発現が検出され、かつＥＲＧおよび／またはＥＴＶ１の発現が検出されない場合に、生体試料における新生物性前立腺細胞または新生物形成状態の開始の素因となる細胞の存在が前記試料において同定される、請求項２４記載の方法。
【請求項２６】
工程（ｂ）が、ＳＰＩＮＫ１のＲＮＡを検出することを含む、請求項２４記載の方法。
【請求項２７】
工程（ｂ）が、ＳＰＩＮＫ１のタンパク質を検出することを含む、請求項２４記載の方法。
【請求項２８】
生体試料が、前立腺組織、血液、尿、精液、前立腺分泌物、または単離された前立腺細胞を含む、請求項２４記載の方法。
【請求項２９】
生体試料においてＳＰＩＮＫ１の過剰発現を検出する工程により、前記生体試料の供給源である患者における浸潤性および／または進行性前立腺癌が同定される、請求項２４記載の方法。
【請求項３０】
試料においてＳＰＩＮＫ１の過剰発現を検出する工程により、前記生体試料の供給源である患者における、処置後の前立腺癌の再発のリスクの増加が同定される、請求項２４記載の方法。
【請求項３１】
前記処置が根治的前立腺切除術を含む、請求項３０記載の方法。
【請求項３２】
ＥＲＧおよび／またはＥＴＶ１が、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧおよび／またはＴＭＰＲＳＳ２：ＥＴＶ１を含む遺伝子融合体として発現される、請求項２５記載の方法。
【請求項３３】
患者試料を、単一の工程でＳＰＩＮＫ１、ＥＲＧおよび／またはＥＴＶ１検出試薬と接触させる、請求項２５記載の方法。
【請求項３４】
試料が患者から得られ、かつ治療剤による患者の処置の前または後に前記試料が得られて特徴付けられる、請求項２４〜３３のいずれか一項記載の方法。
【請求項３５】
治療剤による試料の処置の前または後に前記試料が特徴付けられる、請求項２４〜３３のいずれか一項記載の方法。
【請求項３６】
（ａ）前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する生体試料を、ＳＰＩＮＫ１検出試薬、ＰＣＡ３検出試薬、ＧＯＬＰＨ２検出試薬、およびＴＭＰＲＥＳＳ２：ＥＲＧ検出試薬と接触させる工程；ならびに
（ｂ）患者試料におけるＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、ＧＯＬＰＨ２、およびＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧのうちの１つまたは複数の有無または発現レベルを検出し、検出されたＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、ＧＯＬＰＨ２、および／またはＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの発現レベルを、前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する正常試料におけるＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、ＧＯＬＰＨ２、および／またはＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの既知の発現レベルと比較する工程
を含む、生体試料を特徴付けるための方法であって、
（１）患者試料において、既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１の過剰発現が検出された場合、
（２）既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１の過剰発現が検出され、かつ既知の正常発現レベルと比較したＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの過剰発現が検出されない場合、
（３）既知の正常発現レベルと比較したＳＰＩＮＫ１、ＰＣＡ３、および／もしくはＧＯＬＰＨ２の過剰発現が検出された場合、
（４）既知の正常発現レベルと比較したＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの存在、発現、もしくは過剰発現が検出された場合、または
（５）既知の正常発現レベルと比較したＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧの存在、発現、もしくは過剰発現が検出され、かつ既知の正常発現レベルと比較したＰＣＡ３および／もしくはＧＯＬＰＨ２の過剰発現が検出された場合
に、生体試料における、新生物性前立腺細胞または新生物形成状態の開始の素因となる細胞の存在が同定される、方法。
【請求項３７】
（ａ）生体試料を、ＥＲＧ検出試薬、ＴＦＦ３検出試薬、ＰＳＡ検出試薬、またはＡＭＡＣＲ検出試薬を含む１つまたは複数の試薬と接触させる工程；ならびに
（ｂ）患者試料におけるＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／またはＡＭＡＣＲの有無または発現レベルを検出し、検出されたＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／またはＡＭＡＣＲの発現レベルを、前立腺細胞またはその分泌物もしくは画分を含有する正常試料におけるＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／またはＡＭＡＣＲの既知の発現レベルと比較する工程
をさらに含む方法であって、
請求項３６記載の選択肢（１）〜（５）のいずれか１つの検出と共に、既知の正常発現レベルと比較したＥＲＧ、ＴＦＦ３、ＰＳＡ、および／またはＡＭＡＣＲの任意の１つまたは複数の過剰発現が検出された場合に、生体試料における、新生物性前立腺細胞または新生物形成状態の開始の素因となる細胞の存在が同定される、請求項３６記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
さらなる態様を以下に記載する。
[請求項1001]
(a)患者由来の前立腺細胞を含有する試料を提供する工程;
(b)前立腺細胞を含有する試料において、SPINK1の正常発現と比較したSPINK1の過剰発現を検出する工程;および
(c)前立腺細胞を含有する試料において、ERGおよび/またはETV1の正常発現を検出する工程
を含む、患者における前立腺癌を同定するための方法であって、
前立腺細胞を含有する試料において、ERGおよび/またはETV1の正常発現と比較したSPINK1の相互排他的な過剰発現を検出する工程により、患者における前立腺癌を同定する、方法。
[請求項1002]
工程(b)が、SPINK1のRNAの過剰発現を検出することを含む、請求項1001記載の方法。
[請求項1003]
工程(b)が、SPINK1のタンパク質の過剰発現を検出することを含む、請求項1001記載の方法。
[請求項1004]
前立腺細胞を含有する試料が、前立腺組織、血液、尿、精液、前立腺分泌物、または単離された前立腺細胞である、請求項1001記載の方法。
[請求項1005]
前立腺細胞を含有する試料において、SPINK1の過剰発現を検出する工程により、患者における浸潤性前立腺癌を同定する、請求項1001記載の方法。
[請求項1006]
前立腺細胞を含有する試料が、根治的前立腺切除術後の患者に由来し、かつSPINK1の過剰発現により、根治的前立腺切除術後の患者における前立腺癌の再発を同定する、請求項1001記載の方法。
[請求項1007]
(a)患者由来の前立腺細胞を含有する試料を提供する工程;ならびに
(b)前立腺細胞を含有する試料において、
(i)SPINK1の正常発現と比較したSPINK1の過剰発現、およびPCA3の正常発現と比較したPCA3の過剰発現、
(ii)SPINK1の正常発現と比較したSPINK1の過剰発現、およびGOLPH2の正常発現と比較したGOLPH2の過剰発現、
(iii)SPINK1の正常発現と比較したSPINK1の過剰発現、およびTMPRSS2:ERGの存在、
(iv)SPINK1の正常発現と比較したSPINK1の過剰発現、PCA3の正常発現と比較したPCA3の過剰発現、およびGOLPH2の正常発現と比較したGOLPH2の過剰発現、
(v)SPINK1の正常発現と比較したSPINK1の過剰発現、PCA3の正常発現と比較したPCA3の過剰発現、およびTMPRSS2:ERGの存在、
(vi)SPINK1の正常発現と比較したSPINK1の過剰発現、GOLPH2の正常発現と比較したGOLPH2の過剰発現、およびTMPRSS2:ERGの存在、または
(vii)SPINK1の正常発現と比較したSPINK1の過剰発現、PCA3の正常発現と比較したPCA3の過剰発現、GOLPH2の正常発現と比較したGOLPH2の過剰発現、およびTMPRSS2:ERGの存在
を検出する工程
を含む、患者における前立腺癌を同定するための方法であって、
前立腺細胞を含有する試料において、SPINK1の過剰発現を検出する工程により、患者における前立腺癌を同定する、方法。
[請求項1008]
工程(b)が、SPINK1のRNAの過剰発現を検出することを含む、請求項1007記載の方法。
[請求項1009]
工程(b)が、SPINK1のタンパク質の過剰発現を検出することを含む、請求項1007記載の方法。
[請求項1010]
前立腺細胞を含有する試料が、前立腺組織、血液、尿、精液、前立腺分泌物、または単離された前立腺細胞である、請求項1007記載の方法。
[請求項1011]
(a)患者由来の前立腺細胞を含有する試料を提供する工程;ならびに
(b)前立腺細胞を含有する試料において、
(i)SPINK1の正常発現と比較したSPINK1の過剰発現、
(ii)PCA3の正常発現と比較したPCA3の過剰発現、
(iii)GOLPH2の正常発現と比較したGOLPH2の過剰発現、および
(iv)TMPRSS2:ERGの存在
を検出する工程
を含む、患者における前立腺癌を同定するための方法であって、
前立腺細胞を含有する試料において、SPINK1の過剰発現を検出する工程により、患者における前立腺癌を同定する、方法。
[請求項1012]
以下のうちの少なくとも1つを含む、組成物:
(a)SPINK1のRNAまたはcDNAに特異的にハイブリダイズする配列を含む第1のオリゴヌクレオチドプローブ、ERGのRNAまたはcDNAに特異的にハイブリダイズする配列を含む第2のオリゴヌクレオチドプローブ、およびETV1のRNAまたはcDNAに特異的にハイブリダイズする配列を含む第3のオリゴヌクレオチドプローブ;
(b)第1の対のそれぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、SPINK1のRNAもしくはcDNAに特異的にハイブリダイズする配列を含む、第1の増幅オリゴヌクレオチド対、第2の対のそれぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、ERGのRNAもしくはcDNAに特異的にハイブリダイズする配列を含む、第2の増幅オリゴヌクレオチド対、およびそれぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、ETV1のRNAもしくはcDNAに特異的にハイブリダイズする配列を含む、第3の増幅オリゴヌクレオチド対;または、
(c)SPINK1のタンパク質に特異的に結合する第1の抗体、ERGのタンパク質に特異的に結合する第2の抗体、およびETV1のタンパク質に特異的に結合する第3の抗体。
[請求項1013]
以下のうちの少なくとも1つを含む、組成物:
(a)
(i)SPINK1のRNAまたはcDNAに特異的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチドプローブ、および
(ii)
(A)PCA3のRNAもしくはcDNA、
(B)GOLPH2のRNAもしくはcDNA、または
(C)キメラRNAの5'部分がTMPRSS2遺伝子から転写され、かつキメラRNAの3'部分がERG遺伝子から転写される、キメラRNAもしくはcDNAの接合部
に特異的にハイブリダイズする配列を含む、少なくとももう1つのオリゴヌクレオチドプローブ
を含む、少なくとも2つのオリゴヌクレオチドプローブ;
(b)
(i)それぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、SPINK1のRNAまたはcDNAに特異的にハイブリダイズする配列を含む、1対の増幅オリゴヌクレオチド、および
(ii)
(A)それぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、PCA3のRNAもしくはcDNAに特異的にハイブリダイズする配列を含むか、
(B)それぞれの増幅オリゴヌクレオチドが、GOLPH2のRNAもしくはcDNAに特異的にハイブリダイズする配列を含むか、または
(C)TMPRSS2遺伝子もしくはその対応するcDNAから転写されたキメラRNAの5'部分に特異的にハイブリダイズする配列を含む第1の増幅オリゴヌクレオチド、およびERG遺伝子もしくはその対応するcDNAから転写されたキメラRNAの3'部分に特異的にハイブリダイズする配列を含む第2の増幅オリゴヌクレオチドを含む、
少なくとももう1対の増幅オリゴヌクレオチド
を含む、少なくとも2対の増幅オリゴヌクレオチド;または
(c)
(i)SPINK1のタンパク質に特異的に結合する抗体、および
(ii)
(A)GOLPH2のタンパク質、
(B)ネイティブERGタンパク質、
(C)TMPRSS2遺伝子とERG遺伝子との融合体によってコードされる、アミノ末端が切断されたERGのタンパク質、または
(D)TMPRSS2遺伝子によってコードされたアミノ末端部と、ERG遺伝子によってコードされたカルボキシ末端部とを有するキメラタンパク質
に特異的に結合する、少なくとも2つの抗体
を含む、少なくとももう1つの抗体。