【手続補正書】
【提出日】平成23年7月12日(2011.7.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】発明の名称
【補正方法】変更
【補正の内容】
【発明の名称】メチルトランスフェラーゼを標的にすることによるメチル化を元に戻す方法
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、2007年7月31日に出願の米国仮出願第60/962,795号、及び2008年7月30日に出願のPCT/US2008/071532の利益を請求し、それらの全開示は参照により明示的に本明細書に組み込まれる。
連邦助成研究に関する記載
本発明は、何らかの政府助成によってなされたものではなく、政府は本発明にいかなる権利も有しない。
【背景技術】
【手続補正３】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
所望のDNAメチル化パターンを、必要とする対象において回復する方法であって、DNMT1、DNMT3A及びDNMT3Bの一つ又は複数を含むメチルトランスフェラーゼの一つ又は複数を標的にするのに十分な一つ又は複数のmiR-29の有効量を投与することを含む、前記方法。
【請求項２】
メチル化によって発現抑制された腫瘍抑制遺伝子(TSG)の再発現を、必要とする対象において誘導する方法であって、DNMT1、DNMT3A及びDNMT3Bの一つ又は複数を含むメチルトランスフェラーゼの一つ又は複数を標的にするのに十分な一つ又は複数のmiR-29の有効量を投与することを含む、前記方法。
【請求項３】
TSGが、FHIT及びWWOXの一つ又は複数を含む、請求項2に記載の方法。
【請求項４】
in vitro及びin vivoの両方で腫瘍形成を、必要とする対象において抑制する方法であって、DNMT1、DNMT3A及びDNMT3Bの一つ又は複数を含むメチルトランスフェラーゼの一つ又は複数を標的にするのに十分な一つ又は複数のmiR-29の有効量を投与することを含む、前記方法。
【請求項５】
対象が肺癌患者である、請求項1に記載の方法。
【請求項６】
抑制する方法が非小細胞肺癌(NSCLC)のエピジェネティックな調節を含む、請求項4に記載の方法。
【請求項７】
広範なDNAメチル化を減少させる方法であって、DNMT1、DNMT3A及びDNMT3Bの一つ又は複数を含むメチルトランスフェラーゼの一つ又は複数を標的にする一つ又は複数のmiR-29の有効量を投与することを含み、miR-29の発現が、癌細胞でのDNAのエピジェネティックな修飾に寄与する、前記方法。
【請求項８】
少なくとも一つのヌクレオシド類似体を、de novo及び維持DNMT経路をブロックするのに十分な一つ又は複数のmiR-29と組み合わせることによって、DNA低メチル化を達成する、請求項7に記載の方法。
【請求項９】
ヌクレオシド類似体がデシタビンを含む、請求項8に記載の方法。
【請求項１０】
腫瘍抑制遺伝子(TSG)の発現を増加させる方法であって、細胞に一つ又は複数のmi-R29をトランスフェクトすることを含む、前記方法。
【請求項１１】
TSGが、FHIT及びWWOXタンパク質の一つ又は複数を含む、請求項10に記載の方法。
【請求項１２】
FHIT及び/又はWWOX酵素の発現レベルを下方調節する方法であって、細胞にmiR-29ファミリーの一又は複数のメンバーをトランスフェクトすることによって、少なくとも一つのDNMT1、DNMT3A及び／又はDNMT3Bを含む少なくとも一つのメチルトランスフェラーゼを調節することを含む、前記方法。
【請求項１３】
細胞が肺癌細胞である、請求項12に記載の方法。
【請求項１４】
広範なDNAメチル化を減少させる方法であって、肺癌細胞でmi-R29の発現を誘導することを含む、前記方法。
【請求項１５】
少なくとも一つの腫瘍抑制遺伝子(TSG)の発現を回復する方法であって、肺癌細胞でmi-R29の発現を誘導することを含む、前記方法。
【請求項１６】
合成miR-29を単独で又は他の治療法と組み合わせて用いるエピジェネティックな療法を開発する方法であって、腫瘍サプレッサーを再活性化し、癌細胞の異常なメチル化パターンを正常化することを含む、前記方法。
【請求項１７】
癌細胞が肺癌細胞である、請求項16に記載の方法。
【請求項１８】
対象が肺癌関連疾患を有するか、発症するリスクがあるか、又はそれに関して生存期間短縮の予後を有するかどうかを診断する方法であって、対象からの試験試料中の少なくとも一つのmiR遺伝子産物のレベルを測定することを含み、
対照試料中の対応するmiR遺伝子産物のレベルと比較した試験試料中のmiR遺伝子産物のレベルの変化が、対象が肺癌関連疾患を有するかそれを発症するリスクがあることを示し、
少なくとも一つのmiR遺伝子産物が、miR29a、miR-29b、miR-29c及びそれらの組合せからなる群から選択される、前記方法。
【請求項１９】
肺癌関連疾患の応答の少なくとも開始、素因又はそれに関する生存期間短縮の予後について試験する方法であって、
(1)試験対象からの試料中の、miR29a、miR-29b、miR-29c及びそれらの組合せからなる群から選択される少なくとも一つのmiR遺伝子産物を含む少なくとも一つのマーカーの発現レベルを判定すること、
(2)ステップ(1)で判定された発現レベルを、健康対象からの試料中のマーカーの対照発現レベルと比較すること、及び
(3)ステップ(2)の比較の結果が、
i)試験対象での少なくともマーカーの発現レベルが対照でのそれより高いこと、又は
ii)試験対象での少なくとも一つのマーカーの発現レベルが対照でのそれより低いことを示す場合に、対象が肺癌関連疾患を有すると判断することを含む、前記方法。
【請求項２０】
試料が、組織、血液、血漿、血清、尿及び糞便の一つ又は複数を含む、請求項19に記載の方法。
【請求項２１】
対象が、肺癌関連疾患を有するか、発症するリスクがあるか、又はそれに関して生存期間短縮の予後を有するかどうかを診断する請求項19に記載の方法であって、
(1)対象から得られた試験試料由来のRNAを逆転写して一組の標的オリゴデオキシヌクレオチドを提供すること、
(2)標的オリゴデオキシヌクレオチドを、miRNA特異的プローブオリゴヌクレオチドを含むマイクロアレイにハイブリダイズして、試験試料のハイブリダイゼーションプロファイルを提供すること、及び
(3)試験試料のハイブリダイゼーションプロファイルを、対照試料から生成されるハイブリダイゼーションプロファイルと比較することを含み、
少なくとも一つのmiRNAのシグナルの変化が、対象が肺癌関連疾患を有するか、発症するリスクがあるか、又はそれに関して生存期間短縮の予後を有することを示し、
少なくとも一つのmiRNAのシグナルが、対照試料から生成されるシグナルと比較して、上方制御又は下方制御され、
マイクロアレイが、miR29a、miR-29b、miR-29c及びそれらの組合せからなる群から選択される一つ又は複数のmiRNAについて、miRNA特異的プローブオリゴヌクレオチドを含む、
をさらに含む前記方法。
【請求項２２】
少なくとも一つの肺癌関連疾患の開始、進行、重症度、病状、攻撃性、段階、活性、障害、死亡率、罹患率、疾患細分類又は他の根底にある病原性若しくは病理学的特徴のうちの少なくとも一つに寄与する一つ又は複数の代謝経路を調べるためのマーカーであって、
miR29a、miR-29b、miR-29c及びそれらの組合せからなる群から選択される一つ又は複数のmiR遺伝子産物を含む、前記マーカー。
【請求項２３】
請求項22に記載のマーカーの一つ又は複数を含む組成物。
【請求項２４】
対象で少なくとも一つの肺癌関連疾患の開始又は発症の可能性を特定する方法であって、請求項22に記載のマーカーの一つ又は複数を測定することを提供する、前記方法。
【請求項２５】
一つ又は複数のマーカーが単離された試料に存在し、方法の全ステップがin vitroで実施される、請求項24に記載の方法。
【請求項２６】
肺癌関連疾患について試験するための試薬であって、請求項22に記載の少なくとも一つのマーカーのヌクレオチド配列、又は前記マーカーのヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含む、前記試薬。
【請求項２７】
肺癌関連疾患について試験するための試薬であって、請求項22に記載の少なくとも一つのマーカーによってコードされるタンパク質を認識する抗体を含む、前記試薬。
【請求項２８】
肺癌関連疾患について試験するためのDNAチップであって、請求項22に記載の少なくとも一つのマーカーを分析するためにプローブが固定化されている、前記DNAチップ。
【請求項２９】
少なくとも一つの肺癌関連疾患を予防、診断及び/又は治療するための療法の有効性を評価する方法であって、
(1)その有効性を評価する療法を動物に施すこと、及び
(2)請求項19に記載の少なくとも一つのマーカーを評価することによって、試験する治療法の、肺癌関連疾患の治療又は予防における有効性のレベルを判定することを含む、前記方法。
【請求項３０】
候補治療剤が、医薬組成物、機能性食品組成物及びホメオパシー組成物の一つ又は複数を含む、請求項29に記載の方法。
【請求項３１】
評価する療法がヒト対象で使用するためのものである、請求項30に記載の方法。
【請求項３２】
ヒト又は動物の体の手術又は療法による治療の方法でない、請求項31に記載の方法。
【請求項３３】
動物モデルで肺癌関連疾患応答を開始する能力について少なくとも一つの物質の可能性を評価する方法であって、
(1)動物で肺癌関連疾患応答を開始するのに十分な量の一つ又は複数の物質に動物を曝露した後に、請求項22に記載の上方制御又は下方制御されたマーカーの一つ又は複数を測定すること、及び
(2)上方制御又は下方制御されたマーカーの少なくとも一つが肺癌関連疾患応答を開始する能力を有するかどうか判定することを提供する、前記方法。
【請求項３４】
肺癌関連疾患を治療するための医薬組成物であって、
miR29a、miR-29b、miR-29c及びそれらの組合せからなる群から選択される少なくとも一つのmiR遺伝子産物、及び
薬学的に許容される担体
を含む、前記医薬組成物。
【請求項３５】
肺癌関連疾患が腺癌である、請求項34に記載の医薬組成物。
【請求項３６】
請求項22に記載のマーカーの少なくとも一つから選択される、肺癌関連疾患のマーカーに結合する少なくとも一つの捕捉試薬を含む製造品。
【請求項３７】
肺癌関連疾患を治療するための治療剤の候補化合物についてスクリーニングするためのキットであって、
請求項22に記載の少なくとも一つのマーカーの一つ又は複数の試薬、及び
少なくとも一つのマーカーを発現する細胞
を含む、前記キット。
【請求項３８】
マーカーの存在が、少なくとも一つのマーカーに特異的に結合する抗体又は抗体フラグメントを含む試薬を用いて検出される、請求項37に記載のキット。
【請求項３９】
試薬が、標識、放射標識又はビオチン標識され、及び/又は抗体又は抗体フラグメントが、放射標識、発色団標識、蛍光団標識又は酵素標識される、請求項38に記載のキット。
【請求項４０】
試薬が、抗体、試薬が結合しているか結合することができるプローブ、及び固定化金属キレートの一つ又は複数を含む、請求項38に記載のキット。
【請求項４１】
肺癌関連疾患のためのスクリーニング試験であって、
請求項22に記載のマーカーの一つ又は複数を、そのようなマーカーの基質及び試験剤と接触させること、及び
試験剤がマーカーの活性を調節するかどうか判定することを含む、前記スクリーニング試験。
【請求項４２】
方法の全ステップがin vitroで実施される、請求項41に記載のスクリーニング試験。
【請求項４３】
請求項22に記載の少なくとも一つのマーカーに対する抗体を含む、対象で肺癌関連疾患の存在を予測するためのマイクロアレイ。
【請求項４４】
マーカーの発現レベルが、転写されたポリヌクレオチド又はその部分の存在を検出することによって評価され、転写されたポリヌクレオチドがマーカーのコード領域を含む、請求項43に記載のマイクロアレイ。
【請求項４５】
試料が肺癌関連の体液又は組織である、請求項44に記載のマイクロアレイ。
【請求項４６】
試料が患者から得られる細胞を含む、請求項45に記載のマイクロアレイ。
【請求項４７】
複数のデジタルコード化された参照プロファイルを有するデータベースを含むコンピュータ可読媒体であって、少なくとも第一の参照プロファイルは、肺癌関連疾患応答の兆候を示している一又は複数の対象に由来する一つ又は複数の試料中の少なくとも第一のマーカーのレベルを表し、
マーカーが、miR29a、miR-29b、miR-29c及びそれらの組合せからなる群から選択される一つ又は複数のmiR遺伝子産物を含む、前記コンピュータ可読媒体。
【請求項４８】
肺癌関連疾患応答の兆候を示している一又は複数の対象、又は肺癌関連疾患を有する対象に由来する一つ又は複数の試料中の少なくとも第二のマーカーのレベルを表す少なくとも第二の参照プロファイルを含む、請求項47に記載のコンピュータ可読媒体。
【請求項４９】
対象が、肺癌関連疾患を有するか、その素因があるか、又はそれに関して生存期間の不良な予後を有するかどうか判定するためのコンピュータシステムであって、
請求項47に記載のデータベース、及び
コンピュータに対象のプロファイルを受け取らせ、対象プロファイルに診断上関連している適合する参照プロファイルをデータベースから同定させ、対象が肺癌関連疾患を有するか、その素因があるかどうかの表示を生成させるための、コンピュータ実行可能コードを含むサーバー
を含む、前記コンピュータシステム。
【請求項５０】
対象で肺癌関連疾患の存在、非存在、性質又は程度を評価するためのコンピュータを利用した方法であって、
(1)対象から得た試料からのデータを分類するためのモデル又はアルゴリズムを含むコンピュータを提供することであって、
分類が、少なくとも一つのマーカーの存在、非存在又は量についてデータを分析することを含み、
マーカーが、miR29a、miR-29b、miR-29c及びそれらの組合せからなる群から選択される一つ又は複数のmiR遺伝子産物を含むこと、
(2)対象から得た生体試料からのデータを入力すること、及び
(3)肺癌関連疾患の存在、非存在、性質又は程度を表示するために生体試料を分類することを含む、前記方法。
【請求項５１】
少なくとも一つのmiR遺伝子産物及びその組合せが、その単離された変異体又は生物学的活性断片又は機能同等物、又はそれに結合する抗体を含む、請求項50に記載の方法。
【請求項５２】
肺癌関連疾患が腺癌である、請求項51に記載の方法。
【請求項５３】
miR29a、miR-29b、miR-29c及びそれらの組合せからなる群から選択される一つ又は複数のmiR遺伝子産物の変化した発現の少なくとも一つが存在する、肺癌の動物モデル。
【請求項５４】
動物モデルがヒト以外の脊椎動物である、請求項53に記載の動物モデル。
【請求項５５】
動物モデルがマウス、ラット、ウサギ又は霊長類である、請求項54に記載の動物モデル。