【手続補正書】
【提出日】平成23年8月1日(2011.8.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む単離、合成または組換え核酸：
（a）少なくとも１つのポリペプチドをコードする核酸（ポリヌクレオチド）であって、前記核酸が、以下の（i）または（ii）と少なくとも約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは99％を超えるか、または完全な（100％）配列同一性を有する配列を含み、ここで（i）または（ii）の核酸は、キシラナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードするか、またはキシラナーゼ特異的抗体を生成することができるポリペプチドまたはペプチド（エピトープまたは免疫原として機能するポリペプチドまたはペプチド）をコードする、前記核酸：
（i）表1に示す1つまたは2つ以上のヌクレオチド残基変化（またはその等価物）を有するか、または以下の括弧内のヌクレオチド残基変化（アミノ酸残基4をコードするコドンがACCからAACに変化；アミノ酸残基4をコードするコドンがACCからCGCに変化；アミノ酸残基4をコードするコドンがACCからCACに変化；アミノ酸残基9をコードするコドンがCCCからGACに変化；アミノ酸残基17をコードするコドンがTTCからGTCに変化；アミノ酸残基21をコードするコドンがTTCからTACに変化；アミノ酸残基33をコードするコドンがCTGからGCGに変化；アミノ酸残基38をコードするコドンがCGTからCACに変化；アミノ酸残基44をコードするコドンがAGCからACGに変化；アミノ酸残基63をコードするコドンがATCからGTCに変化；アミノ酸残基73をコードするコドンがGGCからTACに変化；アミノ酸残基73をコードするコドンがGGCからGAGに変化；アミノ酸残基73をコードするコドンがGGCからGTCに変化；アミノ酸残基108をコードするコドンがTTCからAAGに変化；アミノ酸残基125をコードするコドンがCAGからTACに変化；アミノ酸残基150をコードするコドンがGTAからGCCに変化；アミノ酸残基188をコードするコドンがAGCからGAGに変化；および／またはアミノ酸残基189をコードするコドンがTCCからCAGに変化）の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは18個、または前記残基変化のいくつかもしくは全部を有する配列番号:1の核酸（ポリヌクレオチド）配列；または
（ii）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21または配列番号:23の核酸（ポリヌクレオチド）配列；
（b）キシラナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードする核酸（ポリヌクレオチド）であって、前記ポリペプチドが配列番号:2の配列またはその酵素的に活性なフラグメントを含み、さらに、表1に示す少なくとも1つのアミノ酸残基変化（またはその等価物）を有するか、または以下の括弧内のアミノ酸残基変化（アミノ酸残基4がT（またはthrまたはスレオニン）からN（またはasnまたはアスパラギン）に変化；アミノ酸残基4がT（またはthrまたはスレオニニン）からR（またはargまたはアルギニン）に変化；アミノ酸残基4がT（またはthrまたはスレオニン）からH（またはhisまたはヒスチジン）に変化；アミノ酸残基9がP（またはproまたはプロリン）からD（またはaspまたはアスパラギン酸）に変化；アミノ酸残基17がF（またはpheまたはフェニルアラニン）からV（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基21がF（またはpheまたはフェニルアラニン）からY（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基33がL（またはleuまたはロイシン）からA（またはalaまたはアラニン）に変化；アミノ酸残基38がR（またはargまたはアルギニン）からH（またはhisまたはヒスチジン）に変化；アミノ酸残基44がS（またはserまたはセリン）からT（またはthrまたはスレオニン）に変化；アミノ酸残基63がI（またはileまたはイソロイシン）からV（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基73がG（またはglyまたはグリシン）からY（またはtyrまたはチロシン）に変化；アミノ酸残基73がG（またはglyまたはグリシン）からV（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基73がG（またはglyまたはグリシン）からE（またはgluまたはグルタミン酸）に変化；アミノ酸残基108がF（またはpheまたはフェニルアラニン）からK（またはlysまたはリジン）に変化；アミノ酸残基125がQ（またはglnまたはグルタミン）からY（またはtyrまたはチロシン）に変化；アミノ酸残基150がV（またはvalまたはバリン）からA（またはalaまたはアラニン）に変化；アミノ酸残基188がS（またはserまたはセリン）からE（またはgluまたはグルタミン酸）に変化；および／またはアミノ酸残基189がS（またはserまたはセリン）からQ（またはglnまたはグルタミン）に変化）の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは18個、または前記残基変化のいくつかもしくは全部を有する、前記核酸；
（ｃ）キシラナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドをコードする核酸（ポリヌクレオチド）であって、前記ポリペプチドが配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24またはその酵素的に活性なフラグメントの配列を含む、前記核酸。
【請求項２】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする単離、合成または組換え核酸（ポリヌクレオチド）であって、前記核酸が、表1に示す1つまたは2つ以上のヌクレオチド残基変化（またはその等価物）を有するか、または以下の括弧内のヌクレオチド残基変化（アミノ酸残基4をコードするコドンがACCからAACに変化；アミノ酸残基4をコードするコドンがACCからCGCに変化；アミノ酸残基4をコードするコドンがACCからCACに変化；アミノ酸残基9をコードするコドンがCCCからGACに変化；アミノ酸残基17をコードするコドンがTTCからGTCに変化；アミノ酸残基21をコードするコドンがTTCからTACに変化；アミノ酸残基33をコードするコドンがCTGからGCGに変化；アミノ酸残基38をコードするコドンがCGTからCACに変化；アミノ酸残基44をコードするコドンがAGCからACGに変化；アミノ酸残基63をコードするコドンがATCからGTCに変化；アミノ酸残基73をコードするコドンがGGCからTACに変化；アミノ酸残基73をコードするコドンがGGCからGAGに変化；アミノ酸残基73をコードするコドンがGGCからGTCに変化；アミノ酸残基108をコードするコドンがTTCからAAGに変化；アミノ酸残基125をコードするコドンがCAGからTACに変化；アミノ酸残基150をコードするコドンがGTAからGCCに変化；アミノ酸残基188をコードするコドンがAGCからGAGに変化；および／またはアミノ酸残基189をコードするコドンがTCCからCAGに変化）の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは18個、または前記残基変化のいくつかもしくは全部を有する配列番号:1の核酸（ポリヌクレオチド）配列を含む、または配列番号：１から成る、前記単離、合成または組換え核酸。
【請求項３】
請求項1または２記載の配列を含む核酸を含む、発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクルであって、場合によって、前記クローニングビヒクルが、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージまたは人工染色体を含む、前記発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル。
【請求項４】
前記ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはアデノ関連ウイルスベクターを含み、また人工染色体が、細菌人工染色体（BAC）、バクテリオファージP1-由来ベクター（PAC）、酵母人工染色体（YAC）または哺乳動物人工染色体（MAC）を含む、請求項３に記載のクローニングビヒクル。
【請求項５】
請求項1または２記載の配列を有する核酸を含むか、請求項３または４に記載の発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクルを含む形質転換細胞であって、場合によって、前記細胞が、細菌細胞、哺乳動物細胞、菌類細胞、酵母細胞、昆虫細胞または植物細胞である、前記形質転換細胞。
【請求項６】
請求項1または２記載の配列を有する核酸を含むか、請求項３または４に記載の発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル、または請求項５に記載の形質転換細胞を含むトランスジェニック非ヒト動物であって、場合によって、前記トランスジェニック非ヒト動物が、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、ブタ、ニワトリ、ヤギ、魚、イヌまたは乳牛である、前記トランスジェニック非ヒト動物。
【請求項７】
請求項1または２記載の配列を有する核酸を含むトランスジェニック植物、植物の部分または植物の種子であって、場合によって、前記植物が、トウモロコシ植物体、ソルガム植物体、ジャガイモ植物体、トマト植物体、コムギ植物体、オイルシード植物体、アブラナ、ダイズ植物体、イネ、オオムギ植物体、牧草、ワタ植物体、ヤシ、ゴマ植物体、落花生植物体、ヒマワリ植物体またはタバコ植物体である、前記トランスジェニック植物、植物の部分または植物の種子。
【請求項８】
キシラナーゼ活性を有する単離、合成または組換えポリペプチドであって、
（a）以下の（i）と少なくとも約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは99％より高いか、または100％の（完全な）配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、さらに（i）または（ii）のポリペプチドまたはペプチドが、キシラナーゼ、マンナナーゼおよび／またはグルカナーゼ活性を有するか、またはキシラナーゼ、マンナナーゼおよび／またはグルカナーゼ特異的抗体を生成することができる（ポリペプチドまたはペプチドはエピトープまたは免疫原として機能する）、前記ポリペプチドまたはペプチド：
（i）配列番号:2または酵素的に活性なそのフラグメントのアミノ酸配列であって、表1に示す少なくとも1つのアミノ酸残基変化（またはその等価物）を有するか、または以下の括弧内のアミノ酸残基変化（アミノ酸残基4がT（またはthrまたはスレオニン）からN（またはasnまたはアスパラギン）に変化；アミノ酸残基4がT（またはthrまたはスレオニニン）からR（またはargまたはアルギニン）に変化；アミノ酸残基4がT（またはthrまたはスレオニン）からH（またはhisまたはヒスチジン）に変化；アミノ酸残基9がP（またはproまたはプロリン）からD（またはaspまたはアスパラギン酸）に変化；アミノ酸残基17がF（またはpheまたはフェニルアラニン）からV（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基21がF（またはpheまたはフェニルアラニン）からY（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基33がL（またはleuまたはロイシン）からA（またはalaまたはアラニン）に変化；アミノ酸残基38がR（またはargまたはアルギニン）からH（またはhisまたはヒスチジン）に変化；アミノ酸残基44がS（またはserまたはセリン）からT（またはthrまたはスレオニン）に変化；アミノ酸残基63がI（またはileまたはイソロイシン）からV（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基73がG（またはglyまたはグリシン）からY（またはtyrまたはチロシン）に変化；アミノ酸残基73がG（またはglyまたはグリシン）からV（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基73がG（またはglyまたはグリシン）からE（またはgluまたはグルタミン酸）に変化；アミノ酸残基108がF（またはpheまたはフェニルアラニン）からK（またはlysまたはリジン）に変化；アミノ酸残基125がQ（またはglnまたはグルタミン）からY（またはtyrまたはチロシン）に変化；アミノ酸残基150がV（またはvalまたはバリン）からA（またはalaまたはアラニン）に変化；アミノ酸残基188がS（またはserまたはセリン）からE（またはgluまたはグルタミン酸）に変化；および／またはアミノ酸残基189がS（またはserまたはセリン）からQ（またはglnまたはグルタミン）に変化）の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは18個、または前記残基変化のいくつかもしくは全部を有する前記アミノ酸配列；または
（b）請求項1または２記載の核酸配列によってコードされるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項９】
キシラナーゼ活性を有する単離、合成または組換えポリペプチドであって、前記ポリペプチドが配列番号:2または酵素的に活性なそのフラグメントのアミノ酸配列を含む配列を有し、さらに、表1に示す少なくとも1つのアミノ酸残基変化（またはその等価物）を有するか、または以下の括弧内のアミノ酸残基変化（アミノ酸残基4がT（またはthrまたはスレオニン）からN（またはasnまたはアスパラギン）に変化；アミノ酸残基4がT（またはthrまたはスレオニニン）からR（またはargまたはアルギニン）に変化；アミノ酸残基4がT（またはthrまたはスレオニン）からH（またはhisまたはヒスチジン）に変化；アミノ酸残基9がP（またはproまたはプロリン）からD（またはaspまたはアスパラギン酸）に変化；アミノ酸残基17がF（またはpheまたはフェニルアラニン）からV（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基21がF（またはpheまたはフェニルアラニン）からY（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基33がL（またはleuまたはロイシン）からA（またはalaまたはアラニン）に変化；アミノ酸残基38がR（またはargまたはアルギニン）からH（またはhisまたはヒスチジン）に変化；アミノ酸残基44がS（またはserまたはセリン）からT（またはthrまたはスレオニン）に変化；アミノ酸残基63がI（またはileまたはイソロイシン）からV（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基73がG（またはglyまたはグリシン）からY（またはtyrまたはチロシン）に変化；アミノ酸残基73がG（またはglyまたはグリシン）からV（またはvalまたはバリン）に変化；アミノ酸残基73がG（またはglyまたはグリシン）からE（またはgluまたはグルタミン酸）に変化；アミノ酸残基108がF（またはpheまたはフェニルアラニン）からK（またはlysまたはリジン）に変化；アミノ酸残基125がQ（またはglnまたはグルタミン）からY（またはtyrまたはチロシン）に変化；アミノ酸残基150がV（またはvalまたはバリン）からA（またはalaまたはアラニン）に変化；アミノ酸残基188がS（またはserまたはセリン）からE（またはgluまたはグルタミン酸）に変化；および／またはアミノ酸残基189がS（またはserまたはセリン）からQ（またはglnまたはグルタミン）に変化）の少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは18個、または前記残基変化のいくつかもしくは全部を有する、前記単離、合成または組換えポリペプチド。
【請求項１０】
請求項８または９記載のポリペプチドを含み、さらにシグナル配列またはプレプロ配列を欠く単離、合成または組換えポリペプチド。
【請求項１１】
請求項８または９記載のポリペプチドを含み、さらに異種シグナル配列または異種プレプロ配列を有する単離、合成または組換えポリペプチド。
【請求項１２】
ポリペプチドが少なくとも1つのグリコシル化部位を含むか、または1つの多糖類をさらに含み、場合によって、前記グリコシル化はN-結合グリコシル化であり、さらに場合によって、前記ポリペプチドはP.パストリス（pastoris）またはS.ポンベ（pombe）で発現された後でグリコシル化される、請求項８〜１１のいずれか1項記載の単離、合成または組換えポリペプチド。
【請求項１３】
請求項８〜１２のいずれかに記載のポリペプチドを含むタンパク質調製物であって、前記タンパク質調製物が液体、固体またはゲルを含む、前記タンパク質調製物。
【請求項１４】
請求項1または２記載の核酸配列または請求項８〜１２いずれかに記載のポリペプチドの連続する少なくとも30のアミノ酸をコードする核酸を含むベクターを過剰発現させる工程を含む、細胞で組換えキシラナーゼ、マンナナーゼおよび／またはグルカナーゼポリペプチドを過剰発現させる発現させる方法であって、過剰発現が、高活性プロモータの使用、二シストロンベクターの使用によって、またはベクターの遺伝子増幅によって達成される、前記方法。
【請求項１５】
（a）異種核酸配列を細胞に導入し（前記異種核酸配列は請求項1または２記載の配列または請求項８〜１２のいずれかに記載のポリペプチドの連続する少なくとも30のアミノ酸をコードする核酸を含む）、それによって形質転換植物細胞を作製する工程；および（b）前記形質転換細胞からトランスジェニック植物を作製する工程を含む、トランスジェニック植物を作製する方法であって、場合によって、工程（a）がさらに、植物細胞プロトプラストのエレクトロポレーションまたはマイクロインジェクションにより異種核酸配列を導入する工程を含み、さらに場合によって、工程（a）が、DNA粒子ボンバードメントによってまたはアグロバクテリウム・ツメファシエンス（Agrobacterium tumefaciens）宿主の使用によって、植物組織に異種核酸配列を直接導入する工程を含む、前記トランスジェニック植物の作製方法。
【請求項１６】
以下の工程を含む、植物細胞で異種核酸配列を発現させる方法：（a）プロモータに作動できるように連結した異種核酸配列で植物細胞を形質転換する工程（前記異種核酸配列は請求項１または２記載の配列または請求項８〜１２のいずれかに記載のポリペプチドの連続する少なくとも30のアミノ酸をコードする核酸を含む）；（b）前記異種核酸配列が前記植物細胞で発現する条件下で前記植物を生長させる工程
【請求項１７】
（a）キシラナーゼ活性を有するポリペプチドまたはその酵素的に活性なフラグメントを提供する工程（前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドは請求項1または２記載の配列を含む核酸によってコードされる）；（b）キシラン、セルロースまたはヘミセルロースを含む組成物を提供する工程；および（c）キシラナーゼが前記キシラン-、セルロース-、またはヘミセルロース-含有組成物を加水分解、液化、分解または破壊する条件下で工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程を含む、キシラン-、セルロース-、またはヘミセルロース-含有組成物を加水分解、液化、分解または破壊する方法であって、場合によって、前記組成物が、植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞または動物細胞を含む、前記方法。
【請求項１８】
キシラナーゼ、マンナナーゼおよび／またはグルカナーゼ活性を有するポリペプチド、または酵素的に活性なそのフラグメントを含む生地またはパン製品であって、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドが請求項１または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記生地またはパン製品。
【請求項１９】
生地またはパン製品を、キシラナーゼ、マンナナーゼおよび／またはグルカナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチド、または酵素的に活性なそのフラグメントと、生地のコンディショニングに十分な条件下で接触させることを含む、生地をコンディショニングする方法であって、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記方法。
【請求項２０】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチドを含む飲料であって、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記飲料。
【請求項２１】
キシラナーゼ、マンナナーゼおよび／またはグルカナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチド、または酵素的に活性なそのフラグメントを、飲料または飲料前駆材料に、飲料の粘性を低下させるために十分な条件下で添加することを含む、飲料を製造する方法であって、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされ、場合によって、前記飲料または飲料前駆材料が麦芽汁またはビールである、前記飲料製造方法。
【請求項２２】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチドを含む、食品、飼料または栄養サプリメントであって、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記食品、飼料または栄養サプリメント。
【請求項２３】
動物の常食における栄養サプリメントとしてキシラナーゼを利用する方法であって、前記方法が、キシラナーゼ活性を有するポリペプチドの連続する少なくとも30アミノ酸を含むキシラナーゼ酵素、または酵素的に活性なそのフラグメントを含む栄養サプリメントを調製する工程（前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる）；および前記栄養サプリメントを動物に与え、前記動物が摂取する飼料または食品中に含まれるキシランの利用を増進させる工程を含み、場合によって、前記動物がヒトまたは非ヒトであり、場合によって前記動物が反芻動物または単胃動物である、前記方法。
【請求項２４】
キシラナーゼ酵素が、細菌、酵母、植物、昆虫、菌類および動物から成る群から選択される生物で、キシラナーゼをコードするポリヌクレオチドを発現させることによって調製され、場合によって、前記生物が、S.ポンベ（pombe）、S.セレビシアエ（cerevisiae）、ピキア・パストリス（Pichia pastoris）、大腸菌（E. coli）、B.セレウス（cereus）、ストレプトミセス種、バチルス種、及びラクトバチルス種からなる群から選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチド、または酵素的に活性なそのフラグメントを含む食用酵素デリバリーマトリックスであって、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされ、場合によって、前記キシラナーゼ、マンナナーゼおよび／またはグルカナーゼ活性が熱安定性である、前記食用酵素デリバリーマトリックス。
【請求項２６】
以下の工程を含む、キシラナーゼサプリメントを動物にデリバーする方法であって、前記方法が、顆粒状の食用担体および熱安定性組換えキシラナーゼ酵素を含むペレット形状の食用酵素デリバリーマトリックスを調製する工程（前記ペレットはその中に含まれるキシラナーゼ酵素を容易に水性媒体中に分散させる）、および前記食用酵素デリバリーマトリックスを動物に与える工程を含み、前記組換えキシラナーゼ酵素は請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされ、場合によって、前記顆粒状食用担体は、穀類の胚芽、脱油した穀類の胚芽、干し草、アルファルファ、チモシー、ダイズ外皮、ヒマワリのひき割り種子およびコムギのミッドから成る群から選択される担体を含み、さらに場合によって、前記キシラナーゼ酵素はグリコシル化されて、ペレット化条件下で熱安定性を提供し、さらに場合によって、前記デリバリーマトリックスは、穀類の胚芽およびキシラナーゼを含む混合物をペレット化することによって形成され、さらに場合によって、前記ペレット化条件は蒸気を当てることを含み、さらに場合によって、前記ペレット化条件は約80℃を超える温度を約5分適用することを含み、前記酵素は、酵素1ミリグラムにつき少なくとも350から約900単位の比活性を保持する、前記方法。
【請求項２７】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチド、または酵素的に活性なそのフラグメントを含む洗剤組成物であって、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記洗剤組成物。
【請求項２８】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチド、または酵素的に活性なそのフラグメントを含む医薬組成物であって、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記医薬組成物。
【請求項２９】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチド、または酵素的に活性なそのフラグメントを投与することを含む、微生物を除去するかまたは微生物から動物を保護する方法であって、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされ、場合によって、前記微生物が細菌またはサルモネラである、前記方法。
【請求項３０】
紙もしくは紙製品、木材、木材パルプもしくは木材製品、またはリサイクル木材もしくは紙組成物を、キシラナーゼ活性を有するポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントと接触させることを含む、紙もしくは紙製品、紙廃棄物、木材、木材パルプもしくは木材製品、またはリサイクル木材もしくは紙組成物中のリグニン量を減少（脱リグニン化）させるかまたはリグニンを可溶化する方法であって、前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記方法。
【請求項３１】
木材、木材製品、紙パルプ、紙製品または紙廃棄物を、キシラナーゼ活性を有するポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントと接触させることを含む、バイオマス、木材、木材製品、紙パルプ、紙製品または紙廃棄物中のセルロース、ヘミセルロースまたはキシランを加水分解する方法であって、前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記方法。
【請求項３２】
紙、麻または亜麻パルプをキシラナーゼおよび漂白剤、または酵素的に活性なそのフラグメントと接触させることを含む、紙、麻または亜麻パルプを酵素的に脱色する方法であって、前記キシラナーゼが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記キシラナーゼ、マンナナーゼおよび／またはグルカナーゼが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされ、場合によって、前記脱色剤が酸素または過酸化水素を含む、前記方法。
【請求項３３】
リグノセルロースパルプをキシラナーゼ（前記キシラナーゼが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記キシラナーゼが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる）または酵素的に活性なそのフラグメントと接触させることを含む、リグノセルロースパルプを脱色する方法。
【請求項３４】
紙、紙廃棄物、リサイクル紙製品の酵素的脱インク、非接触印刷された紙廃棄物または非接触および接触印刷された紙廃棄物の混合物のトーナーの脱インクのための方法であって、紙、紙廃棄物、リサイクル紙製品、非接触印刷紙廃棄物または接触印刷紙廃棄物を、キシラナーゼまたは酵素的に活性なそのフラグメントと接触させることを含み、前記キシラナーゼは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記キシラナーゼが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記方法。
【請求項３５】
織物、編物糸、服地または布地を、キシラナーゼまたは酵素的に活性なそのフラグメントと、布地の漂白をもたらすために適切な条件下で接触させることを含む、織物、編物糸、服地または布地を脱色する方法であって、前記キシラナーゼが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記キシラナーゼが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされ、場合によって、前記織物、編物糸、服地または布地が非木綿系セルロース性の織物、編物糸、服地または布地を含む、前記方法。
【請求項３６】
新聞紙をキシラナーゼまたは酵素的に活性なそのフラグメントと接触させることを含む、新聞紙を脱色または脱インクする方法であって、前記キシラナーゼは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記キシラナーゼは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記方法。
【請求項３７】
木材または木材製品を、キシラナーゼ活性を有するポリペプチド（前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を含むか、または前記ポリペプチドは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる）または酵素的に活性なそのフラグメントと接触させることを含む、木材または木材製品中のリグニンを減少させる方法。
【請求項３８】
以下の工程を含む、バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプ中のリグニンを、高温および塩基性pH条件下で減少させる方法：（a）キシラナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントを提供する工程であって、前記ポリペプチドが、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下でキシラナーゼ活性を保持し、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するキシラナーゼを含むか、または前記キシラナーゼが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記工程；（b）リグニン含有バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを提供する工程；および（c）前記バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを工程（a）のポリペプチドと、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下で接触させる工程であって、前記ポリペプチドが、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプ中のリグニンを減少させる、前記工程。
【請求項３９】
（a）キシラナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントを提供する工程であって、前記ポリペプチドが、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下でキシラナーゼ活性を保持し、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するキシラナーゼを含むか、または前記キシラナーゼが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記工程；（b）バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを提供する工程；および（c）前記バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを工程（a）のポリペプチドと、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下で接触させる工程を含む、バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを高温および塩基性pHの条件下で処理する方法であって、前記ポリペプチドが、バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプ中の化合物の加水分解を触媒し、さらに場合によって、前記バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプが軟木および硬木を含むか、または前記木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプが軟木および硬木に由来し、さらに場合によって、処理後にパルプが少なくとも約10％または少なくとも約32％の粘性を有する、前記方法。
【請求項４０】
（a）キシラナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントを提供する工程であって、前記ポリペプチドが、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下でキシラナーゼ活性を保持し、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するキシラナーゼを含むか、または前記キシラナーゼが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記工程；（b）バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを提供する工程；および（c）前記バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを工程（a）のポリペプチドと、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下で接触させる工程を含む、バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを高温および塩基性pHの条件下で脱色する方法であって、前記ポリペプチドが、バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプ中の化合物の加水分解を触媒し、それによって、前記木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを漂白する、前記方法。
【請求項４１】
（a）キシラナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントを提供する工程であって、前記ポリペプチドが、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下でキシラナーゼ活性を保持し、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するキシラナーゼを含むか、または前記キシラナーゼが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記工程；（b）バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを提供する工程；および（c）前記バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを工程（a）のポリペプチドと、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下で接触させる工程を含む、高温および塩基性pHの条件下におけるバイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプ漂白処理で、漂白剤の使用を減らす方法であって、前記ポリペプチドが、バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプ中の化合物の加水分解を触媒し、それによって、前記バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを漂白し、漂白処理における漂白剤の使用を減らし、場合によって、前記漂白剤が、塩素、二酸化塩素、焼灼剤、過酸化物または前記の任意の組合せを含む、前記方法。
【請求項４２】
（a）キシラナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントを提供する工程であって、前記ポリペプチドが、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下でキシラナーゼ活性を保持し、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するキシラナーゼを含むか、または前記キシラナーゼが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記工程；（b）インク含有-木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを提供する工程；および（c）前記木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを工程（a）のポリペプチドと、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下で接触させる工程を含む、高温および塩基性pHの条件下で紙またはパルプを脱インクする方法であって、前記ポリペプチドが、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙または紙パルプ中の化合物の加水分解を触媒し、それによって、前記木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプの脱インクを促進する、前記方法。
【請求項４３】
（a）キシラナーゼ活性を有する少なくとも1つのポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントを提供する工程であって、前記ポリペプチドが、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下でキシラナーゼ活性を保持し、前記ポリペプチドが請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するキシラナーゼを含むか、または前記キシラナーゼが請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記工程；（b）リグニン含有-木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを提供する工程；および（c）工程（b）の前記木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプを工程（a）のポリペプチドと、少なくとも約85℃の温度および少なくとも約pH11の塩基性pHを含む条件下で接触させる工程を含む、高温および塩基性pHの条件下で木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプからリグニンを遊離させる方法であって、前記ポリペプチドが、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙または紙パルプ中の化合物の加水分解を触媒し、それによって、前記木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプからリグニンの遊離を促進させ、場合によって、処理後にパルプが約10％の粘性を有する、前記方法。
【請求項４４】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチド（前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記ポリペプチドは請求項１または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる）または酵素的に活性なそのフラグメントを含む、バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙または紙パルプを含む組成物であって、場合によって、前記バイオマス、木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプが、軟木および硬木を含むか、または前記木材、木材パルプ、クラフトパルプ、紙、紙製品または紙パルプが軟木および硬木に由来する、前記組成物。
【請求項４５】
キシラン-、セルロース-またはヘミセルロース-含有組成物を、キシラナーゼ活性を有するポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントと接触させることを含むアルコールを製造する方法であって、前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記ポリペプチドは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされ、場合によってさらに発酵を含み、さらに場合によって前記アルコールがエタノールであるかまたはエタノールを含む、前記方法。
【請求項４６】
アルコールおよびキシラナーゼ活性を有するポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントを含む組成物であって、前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記ポリペプチドは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、または請求項５４に記載の酵素混合物またはカクテルを含み、場合によって、前記アルコールがエタノールであるか、またはエタノールを含む、前記組成物。
【請求項４７】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントを含むコンタクトレンズ洗浄溶液であって、前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記ポリペプチドは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、または請求項５４に記載の酵素混合物またはカクテルを含む前記コンタクトレンズ洗浄溶液。
【請求項４８】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチド（前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記ポリペプチドは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる）または酵素的に活性なそのフラグメント、または請求項５４に記載の酵素混合物またはカクテルを含む、廃棄物処理溶液。
【請求項４９】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチドまたは酵素的に活性なそのフラグメントを含む、固形石鹸または液体石鹸であって、前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記ポリペプチドは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる、前記固形石鹸または液体石鹸。
【請求項５０】
キシラナーゼ活性を有するポリペプチド（前記ポリペプチドは請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列を有するか、または前記ポリペプチドは請求項1または２に記載の配列を含む核酸によってコードされる）または酵素的に活性なそのフラグメントを含む、チューインガム、ロゼンジまたはキャンデー。
【請求項５１】
（a）請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列および少なくとも1つの異種炭水化物結合モジュール（CBM）を含むキメラキシラナーゼ、または（b）場合によって前記CBMが、CBM3a、CBM3b、CBM4、CBM6、CBM22またはX14を含む、（a）のキメラキシラナーゼ。
【請求項５２】
少なくとも1つの異種炭水化物結合モジュール（CBM）を含むキメラキシラナーゼであって、前記CBMが、請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列の炭水化物結合部分配列、またはX14モジュールを含む炭水化物結合部分配列を含む、前記キメラグリコシダーゼ、キシラナーゼおよび／またはグルカナーゼ。
【請求項５３】
新規な炭水化物結合特異性または強化された炭水化物結合特異性を有するキメラキシラナーゼを設計する方法であって、前記方法が、異種または追加の内因性炭水化物結合モジュール（CBM）をグリコシダーゼに挿入する工程を含み、前記CBMが、請求項８〜１２のいずれかに記載のアミノ酸配列の炭水化物結合部分配列、またはX14モジュールを含む炭水化物結合部分配列を含む、前記方法。
【請求項５４】
（a）請求項８〜１２のいずれかに記載の少なくとも1つの酵素、および1つまたは2つ以上の他の酵素を含む酵素混合物またはカクテル、または（b）1つまたは2つ以上の他の酵素が、別のキシラナーゼ、マンナナーゼおよび／またはグルカナーゼ、セルラーゼ、リパーゼ、エステラーゼ、プロテアーゼ、またはエンドグルコシダーゼ、エンド-ベータ-1,4-グルカナーゼ、ベータ-グルカナーゼ、エンド-ベータ-1,3(4)-グルカナーゼ、クチナーゼ、ペルオキシダーゼ、カタラーゼ、ラッカーゼ、アミラーゼ、グルコアミラーゼ、ペクチナーゼ、レダクターゼ、オキシダーゼ、フェノールオキシダーゼ、リグニナーゼ、プルラナーゼ、アラビナナーゼ、ヘミセルラーゼ、マンナナーゼ、キシログルカナーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼおよび／またはグルカナーゼ、ペクチンアセチルエステラーゼ、ラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ、ポリガラクツロナーゼ、ラムノガラクツロナーゼ、ガラクタナーゼ、ペクチンリアーゼ、ペクチンメチルエステラーゼ、セロビオヒドロラーゼおよび／またはトランスグルタミナーゼである、（a）の混合物またはカクテル。
【請求項５５】
請求項５４に記載の酵素混合物またはカクテル、および／または請求項８〜１２のいずれかに記載のポリペプチドの使用を含む、任意の有機化合物、植物または木材もしくは木材製品もしくは副産物、木材廃棄物、紙パルプ、紙製品もしくは紙廃棄物もしくは副産物中のキシラン、セロロースまたはヘミセルロースを加水分解する方法。
【請求項５６】
（a）アルコールおよび請求項８〜１２のいずれかに記載のポリペプチド、または請求項５４に記載の酵素混合物もしくはカクテルを含む液体組成物；（b）前記アルコールが、エタノール、プロパノール、ブタノールおよび／またはメタノールであるか、または前記を含む、（a）の組成物；（c）燃料、バイオ燃料、合成液またはガスまたは合成ガスを含むか、または前記に含まれる、（a）または（b）の液体組成物。
【請求項５７】
エンドグルカナーゼ、オリゴメラーゼI（ベータ-グルコシダーゼ）、CBH1（GHファミリー7）、CBH2（GHファミリー6）、キシラナーゼ（GHファミリー11）、アラビノフラノシダーゼ、キシラナーゼ（GHファミリー10）、およびオリゴメラーゼII（ベータ-キシロシダーゼ）を含む、請求項５４に記載の酵素混合物またはカクテルであって、これら酵素の1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つおよび／または8つ全てが請求項８〜１２のいずれかに記載のポリペプチドである、前記酵素混合物またはカクテル。
【請求項５８】
少なくとも約20、25、30、50、75、100、125、150、175、200、225、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150もしくはそれより大きいヌクレオチド残基の長さまたは完全長を有する、請求項１記載の核酸。
【請求項５９】
キシラナーゼ活性を有するが、シグナル配列、プレプロドメイン、ドッケリンドメイン、および／または炭水化物結合モジュール（CBM）を欠く、請求項８記載のポリペプチド。
【請求項６０】
炭水化物結合モジュールが、キシラン結合モジュール、セルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、キシロース結合モジュール、マンナンセ結合モジュール、キシログルカン特異的モジュールおよび／またはアラビノフラノシダーゼ結合モジュールを含むまたは、キシラン結合モジュール、セルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、キシロース結合モジュール、マンナン結合モジュール、キシログルカン特異的モジュールおよび／またはアラビノフラノシダーゼ結合モジュールを含む、請求項５９記載のポリペプチド。
【請求項６１】
さらに異種配列を含む、請求項８、５９または６０記載のポリペプチド。
【請求項６２】
異種配列が
（ａ）異種シグナル配列、異種炭水化物結合モジュール、異種ドッケリンドメイン、異種触媒ドメイン（CD）、またはその組合せをコードする配列；
（ｂ）前記異種シグナル配列、炭水化物結合モジュールまたは触媒ドメイン（CD）が異種リグノセルロース酵素に由来する、（ａ）の配列；または
（ｃ）タグ、エピトープ、標的誘導ペプチド、切断性配列、検出性部分または酵素、
を含むまたは（ａ）〜（ｃ）のいずれかからなる、請求項６１記載のポリペプチド。
【請求項６３】
異種配列または異種炭水化物結合モジュールが、キシラン結合モジュール、セルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、キシロース結合モジュール、マンナン結合モジュール、キシログルカン特異的モジュールおよび／またはアラビノフラノシダーゼ結合モジュールを含むまたはこれらからなる、請求項６１または６２記載のポリペプチド。
【請求項６４】
異種シグナル配列が、コードされたタンパク質を空胞、小胞体、葉緑体またはデンプン顆粒へ誘導する、請求項６３記載のポリペプチド。