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　特願２００６−３４５６２４「種子特異的プロモーターおよびその利用」拒絶査定不服審判事件〔平成１９年　５月１０日出願公開、特開２００７−１１１０５５〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯 ・本願発明
　本願は，平成１５年１０月３１日に出願した特願２００３−３７３８１５号の一部を，特許法第４４条第１項の規定により，平成１８年１２月２２日に新たな特許出願としたものであって、平成１９年１２月４日付で拒絶査定がなされ（発送同年１２月７日），平成２０年１月７日に拒絶査定不服審判の請求がなされ，同年２月４日に特許請求の範囲について誤記訂正に係る補正がなされたものであり，その請求項１に係る発明は，同補正がなされた特許請求の範囲の請求項１に記載された次のとおりのものと認める（以下「本願発明」という。）。
　
「下記（a）または（b）に記載の、種子においてプロモーター活性を有するDNA。
（a）配列番号：２に記載された塩基配列からなるDNA
（b）配列番号：２に記載された塩基配列に１または数個の塩基が付加、欠失、置換、または挿入された配列からなるDNA」
　
第２　引用例
　これに対して，原査定の拒絶の理由に引用された，本願の出願日前の２００３年（平成１５年）１月３日に頒布された国際公開第０３／０００９０５号（以下「引用例」という。）には，以下の事項が記載されている。
　
（１）「この発明は，植物バイオテクノロジー分野のものである。特に，この発明は，イネにおける穀粒の充実プロセスにおいて増産制御され，栄養上区別された異なる代謝経路において活性である発現産物の一連の遺伝子に関する。この発明は，また，該遺伝子を植物穀粒の組成及び栄養的形質を変更するために使用することに関する。」（１頁２〜５行）
（２）「適切なプロモーター及び／又は調節配列は，特に，植物の穀粒組織，例えば胚乳又は胚において優位かつ特異的に活性なものを含む。」（３頁１８〜２０行）
（３）「配列番号６４３−８８３はプロモーター配列である。」（７頁２３行）
（４）「『調節配列』及び『適切な調節配列』は，それぞれ，コード領域の上流（５’非翻訳配列），内部又は下流（３’非翻訳配列）に位置する塩基配列に係るものであり，転写，ＲＮＡのプロセッシング又は安定性，または関連するコード配列の翻訳に影響する。調節配列は，エンハンサー，プロモーター，翻訳リーダー配列，イントロン及びポリアデニル化シグナル配列を含む。それらは，天然及び合成の配列や，合成及び天然の配列の組合せを含んでもよい。上記したように，『適切な調節配列』は，プロモーターに限定されない。
　『５’非翻訳配列』は，コーディング配列の５’側（上流）に位置する塩基配列のことである。それは，完全にプロセッシングされたｍＲＮＡにおいて，開始コドンの上流に存在し，ｍＲＮＡの当初転写物のプロセッシング，ｍＲＮＡの安定性又は翻訳効率に影響を与える（…）。」（１０頁１２〜２３行）
（５）「『プロモーター』は，通常コーディング配列の上流（５’）にあり，ＲＮＡポリメラーゼ及び適切な転写のために必要な因子に認識されることにより，コーディング配列の発現をコントロールする。」（１１頁９〜１１行）
（６）「『組織特異的プロモーター』とは，植物の全ての組織の細胞で発現するのではなく，特定の器官（例えば葉又は種子）又は特定の組織（胚又は子葉）における一またはそれ以上の細胞型，あるいは特定の細胞型（葉の柔組織又は種子の貯蔵細胞）のみにおいて発現する調節プロモーターである。」（１２頁下から３行〜末行）
（７）「本発明の塩基配列は天然のものとミュータント（変異体）のものの双方を含む。そのような変異体は，所望の活性，すなわち，プロモーター活性，あるいは変異していない塩基配列のオープンリーディングフレームによりコードされる生産物の活性を維持するだろう。」（２２頁下から２行〜２３頁２行）
（８）「特定の具体例において，本発明は，単離された核酸分子であって，植物又は植物細胞中において，結合された核酸セグメントの転写を誘導する植物の塩基配列，例えば，構造蛋白又は調節蛋白をコードするオープンリーディングフレームを含む結合された核酸分子であって，種子特異的または種子優先的に誘導されるものを提供する。特に，本発明の植物の塩基配列は，本質的に種子と比較して栄養組織では低活性であり，胚乳で最も活性が高い。転写誘導活性は，種子の発達と共に増大し，穀粒の充実時またはその間に最大のピークに達する。」（７８頁３〜９行）
（９）「本発明のプロモーターは，配列番号６４３−８８３のいずれかの，５０〜５００又は１００〜２５０を含む約２５〜２０００，例えば４０〜７５０，６０〜７５０，１２５〜７５０，２５０〜７５０，４００〜７５０，６００〜７５０に渡って連続する部分，又はそのオルソログのプロモーターであって，最小限のプロモーター領域を含む部分，を含む。」（７８頁２０〜２４行）
（１０）「例えば，種子特異的プロモーターは，遺伝子を発現させて大量の蛋白を生産したり，所望の油脂又は蛋白，例えば抗体を発現したり，種子などの栄養価が高める遺伝子を発現したりするために有用であり得る。特に，例えば，配列番号６４３−８８３で示された本発明による種子特異的又は種子優先的プロモーターは，配列番号１−４６１及び５０１−５１１の核酸配列で示されるオープンリーディングフレームを発現させるために有用である。」（８０頁３〜８行）
（１１）「特に，本発明により，本発明に係るプロモーターのいずれかを，そのままで又は変更して用いることができることが予想できる。配列番号６４３−８８３のような本発明のプロモーターの変異は，潜在的に，植物中導入遺伝子の発現のための要素の利用性を改善することができるであろう。これらの要素への変異導入は，ランダムに行うことができ，変異プロモーター配列は試行錯誤の手続により活性に関してスクリーニングできる。」（８０頁１４〜１９行）
（１２）「本発明に従ってプロモーターを含むクローンが単離された場合，該クローンの本質的プロモーター部分の境界を決定することが望まれるかもしれない。変異プロモーターを調製するための効率的手段は，プロモーター配列中の推定調節要素の特定に基づくものである。これは，類似の組織特異的に，又は発達において特徴的な仕方で発現することが知られているプロモーターの配列の比較により開始することができる。類似の発現パターンを示すプロモーター間で共有されている配列は，転写因子の結合候補であり，したがって発現パターンをもたらしている要素の見込みがある。これらの推定調節要素の確認は，各推定調節領域の欠失分析と，それに続く，欠失後の各構成物に機能的に連結されたレポーター遺伝子を用いた，欠失構成物の機能分析により行うことができる。そのように，一旦最初のプロモーター配列が提供されれば，その多くの異なる欠失変異体も容易に調製できる。
　このような欠失変異体，すなわち本発明のプロモーターの欠失変異体は，ランダムに調製してアッセイすることもできるであろう。この戦略によれば，一連の構成物が調製され，それぞれは，クローン（サブクローン）の異なる部分を含み，それからこれらの構成物は活性についてスクリーニングされる。活性のアッセイに適した手段は，欠失したプロモーター又は欠失した断片を含むイントロンの構成物を，選択又はスクリーニング可能なマーカーに結合させ，マーカー遺伝子を発現する細胞のみを単離するというものである。この方法で，多くの異なる欠失プロモーター構成物であって活性が保持又は亢進されたものが特定される。選択された構成物の比較により，活性を有する最小の断片が特定される。この断片は，外来遺伝子の発現のためのベクター構成物に使用することができるであろう。」（８３頁６行〜下から３行）
（１３）「例１：ＤＮＡ断片の単離及び配列決定
1.1　ゲノムＤＮＡ断片の単離及び配列決定
Oryza sativa L.のジャポニカ種『日本晴』の核からゲノムＤＮＡが単離され，約５００ｂｐの断片に切断された。…二重鎖ＤＮＡはｐＳＣ１０１に由来するノバルティス社の適切な中程度の増殖ベクター中に結合及びクローニングされた。…ベクターインサートは，ＰＣＲで増幅され，MegaBACE配列決定システム（Molecular Dynamics Amersham）を用いて配列決定された。」（１２３頁１４行〜１２４頁１２行）
（１４）「1.2　ｃＤＮＡ断片の単離及び配列決定
イネｃＤＮＡライブラリーの構築　…
イネｃＤＮＡライブラリーの配列決定　E.coliコロニーから単離されたプラスミドにクローニングされたｃＤＮＡのＤＮＡ配列は，通常のジデオキシ配列決定法により決定された。」（１２４頁１９行〜１２５頁４行）
（１５）「例２：ジーンチップ（登録商標）の標準プロトコール
ジーンチップ（登録商標）を用いた標準プロトコールにより，植物の遺伝子発現の定量的測定が行われた。」（１２５頁下から６〜４行）
（１６）「例４：遺伝子発現プロファイルの特徴付け
4.1　データ分析１
　異なる組織及び発展段階のものから抽出されたイネRNAに基づくイネの遺伝子アレイ及びプローブが，チップ上の遺伝子の発現プロファイルを特定するために用いられた。イネアレイは，２３０００以上の遺伝子（約１８０００のユニークな遺伝子）又はイネゲノムのほぼ５０％を含み，１６のオリゴヌクレオチドプローブセットがミスマッチプローブセットを含まない点を除いて，シロイヌナズナジーンチップ（アフィメトリクス社）と同様のものである。したがって，発現レベルは，各遺伝子に対する１６プローブセットの強度レベルを解析する内蔵ソフトウエアによって決定される。予め定められた統計基準に適合しない場合は，最強及び最弱のプローブは除外され，残りのセットが平均されて発現値が決定される。最終的な発現値は，以下に示すようにソフトウエアにより正規化される。そのような分析におけるジーンチップの利点は，全体的な遺伝子発現分析，定量的結果，高度に再現可能なシステムを含むこと，及びノーザン分析以上の高い感度を有することである。
4.2　データ分析２
データ分析は，GeneSpring（シリコンジェネティクス社，カナダ）及びAlignAceにより行われた。ジーンチップの配列は，ACのイネコンティグ配列に対してblastサーチされた。最も一致するコンティグが抽出され，それぞれのコンティグに対し５つの遺伝子予測プログラムが実行された。プログラムは，シロイヌナズナ及びトウモロコシについてはGenscan，イネとシロイヌナズナについてはGmhmm，イネについてはFgenesh及びGlimmerが用いられた。推定CDSs（コーディング領域）の全てについて，一番ヒットした推定CDSを選ぶために，ジーンチップの配列に対して再びblastサーチを行った。Perlによるスクリプトが用いられ，推定プロモーター配列である２kbが抽出された。」（１３１頁下から１３行〜１３２頁１０行）
（１７）「例１１：プロモーター分析
例３及び４に記載したジーンチップ分析により，穀粒充実の間に種子組織において発現している遺伝子が明らかになった。関連の転写物の発現プロファイルからプロモーター候補が特定され，それらは配列番号６４３−８８３として提示されている。
プロモーター候補はＰＣＲによって得られ，イントロンを含むＧＵＳレポーター遺伝子に融合される。組織化学的及び蛍光化学的なＧＵＳアッセイが，安定に形質転換されたイネ及びトウモロコシ植物において行われ，形質転換体のＧＵＳ活性が検出される。」（１８２頁１２行〜１９行）
　
　また，引用例に記載された配列番号６６６の塩基配列については，ＷＩＰＯ（世界知的所有権機関）により引用例の国際公開と同日に，その電子データが公開されている（http://www.wipo.int/published_pct_sequences/publication/2003/0103/WO03_000905/WO2003-000905-001.zip）。
　
　上記の記載事項から，引用例には，イネ由来の種子特異的な発現をするプロモーターとして，配列番号６６６の配列からなるＤＮＡが記載されているものと認められる。
　そして，上記の電子データによれば，この配列番号６６６の配列は全２１９９塩基からなり，その７２７〜２１９９位は，本願発明に係る配列番号２の全１４８９塩基のうちの１〜１４７３位に相当している。ここで，配列番号６６６の配列の１５４９位がＧであって，本願発明に係る配列番号２の対応する部位の８２３位がＡであるのと相違する他は，配列番号６６６の１５５４，１５５７，１５７３，１５７６，１５７９及び１６１２位において塩基が明確に特定されておらず，配列番号２のＤＮＡとは相違する可能性がある。すなわち，引用例に記載された配列番号６６６のＤＮＡは，本願発明に係る配列番号２と対応する配列部分においては，１箇所の塩基が相違し，その他最大６箇所の塩基が相違する可能性のある配列からなるものである。
また，本願発明に係る配列番号２のうち，３’側の１４７４〜１４８９位の塩基配列は，引用例の配列番号６６６には含まれていないが，そのうち１４７５位以降の１５塩基は，開始コドンで始まるコーディング領域（ＯＲＦ）であって，プロモーター部分ではなく，１４７４位の１塩基のみがＯＲＦの上流に位置している。
　
第３　対比
　上記のように，引用例記載の配列番号６６６は，そのうちの本願発明に係る配列番号２と対応する部分についてみると，該配列の数個の塩基を置換し，さらに３’末端の１個の塩基を欠失させたものに相当する。
　また，本願発明は，その選択肢（ｂ）に係る部分においては，配列番号２からなるＤＮＡのみならず，それに１または数個の塩基が付加，欠失，置換または挿入された配列からなるＤＮＡであってプロモーター活性を有するものをも包含するものである。そして，配列番号２は，上記のようにプロモーター活性に関係のないコーディング領域の配列も含んでいるところ，該選択肢（ｂ）は，配列番号２において，それに包含される３’側のコーディング領域を除いた部分，すなわち１〜１４７４位の部分が，引用例記載の配列番号６６６の対応する部分，すなわち７２７〜２１９９位と同一の塩基配列となるものも，１または数個の塩基が付加及び置換された配列からなるＤＮＡであってプロモーター活性を有するものとして含んでいることになる（以下，この態様を「本願発明’」という。）。
　そして，引用例記載の配列番号６６６のＤＮＡも，実際に種子で発現している遺伝子の上流側に存在するＤＮＡであり，本願明細書で実際にそのプロモーター活性が確認されている配列番号２のＤＮＡと高度の相同性を有するものであるから，種子におけるプロモーター活性を有しているものと強く推認される。
　そこで，この本願発明’を，引用例に記載された事項と比較すると，両者は，
　種子においてプロモーター活性を有するＤＮＡであって，その包含する配列（本願発明’に係る配列番号２の１〜１４７４位からなる部分配列であって，それに１または数個の塩基が付加及び置換された配列と，引用例記載の配列番号６６６の７２７〜２１９９位からなる部分配列）が共通するＤＮＡである点で一致し，以下の点で相違する。
　
相異点１：
　本願発明’のＤＮＡ配列は，その５’側に，引用例記載の配列番号６６６の１〜７２６位の塩基配列を含まず，かつ，配列番号６６６の２１９９位の３’側に１４塩基からなる塩基配列（１４７５〜１４８９位）が付加されたものである点
　
相異点２：
　本願発明の元となる配列番号２のＤＮＡについては，そのプロモーター活性が確認されているのに対し，引用例には，配列番号６６６のＤＮＡについては，一般的なプロモーター活性の確認法についての記載はあるが，具体的にそのプロモーター活性を確認した記載はない点
　
第４　当審の判断
　
　上記相違点について検討する。
　
１．相異点１について
　請求人も，審判請求書の請求の理由（平成２０年３月１０日付補正書）の（３−４）において，「そもそもプロモーター領域が遺伝子コード領域の上流に位置することは、出願時において既に当業者に周知でありました。したがいまして、原審審査官の『先の引用文献１には、配列番号：６６６の配列からなるＤＮＡの下流に存在する遺伝子がイネの成熟過程において発現することが記載されているのであるから、当該遺伝子の５’側約２ｋｂｐの上流配列である、配列番号：６６６の配列中にプロモーター活性に必須の配列が含まれるであろうことは、先の引用文献１に接した当業者が十分に期待し得たことである。』とのご意見につきましては、審判請求人も特に異論はございません。」と認めるとおり，引用例に記載された配列番号６６６にプロモーター活性に必須の配列が含まれるであろうことは，当業者であれば容易に予想しうることである（なお，配列番号６６６中には，プロモーターに特有なＴＡＴＡボックスや，グルテリン等の種子貯蔵蛋白質のプロモーターにおいて保存されているＧＣＮ４モチーフやＡＡＣＡモチーフ（The Plant Joulnal, 1998, 14(6), p.673-683を参照。）の存在も認められる。）。
また，種子特異的なプロモーターが有用であることは，引用例にも記載されている（例えば前記記載事項（１０））ように周知であり，引用例には，欠失変異体を用いて本質的プロモーター部分の境界を決定する手法や，配列番号６６６を始めとするプロモーター候補について，その活性を確認する方法も記載されている（例えば前記記載事項（１２），（１７））。
　したがって，引用例記載の配列番号６６６について，そのプロモーター活性を確認すること，及び，どの部分がプロモーター部分であるかを決定するために各種の欠失体を製造し，その活性を試験することは，当業者が容易になし得たことである。従って，引用例記載の配列番号６６６について，そのような試験のために，ＯＲＦの直近である３’側とは反対側の５’の配列を適宜欠失させることは，当業者であれば容易に想到することである。
　また，引用例記載の配列番号６６６は，コーディング領域の５’側に位置する推定プロモーター配列であり，その３’側にコーディング領域の一部分の配列が付加されることは，例えばクローニングの際に使用した制限酵素による切断等により，しばしば起こり得ることであって，この点に特に技術的な困難性はない。
　したがって，引用例に記載された事項から，本願発明’の配列に至ることは当業者であれば容易になし得ることである。
　
２．相異点２について
　前記したように，引用例には，配列番号６６６のＤＮＡが種子特異的プロモーターの候補として記載され，そのプロモーター活性を確認することやその手法についても記載されているのであるから，その記載どおりに種子特異的なプロモーター活性を確認することは，当業者がきわめて容易に行うことができることである。
　
３．本願発明’の効果について
　上記したように，本願発明’は，プロモーター活性に影響しうる非コーディング領域の配列に関しては，引用例記載の配列番号６６６と比較すると，その５’側の７２６塩基が欠失している点で相違している。以下，この相違がプロモーター活性に影響するか否かを検討する。
　請求人が，平成１９年８月２７日付意見書において提出した参考文献１（Plant Biotechnology Journal,（2004） 2, p113-125）に基づく主張によれば，配列番号６６６は，α−エクスパンシン（後述のアクセッション番号AF394558のExpansin23のことと解される。）のコード配列を約１ｋｂ含んでいる。しかしながら，本願発明に係る配列番号２も同様にその１−３１７位にα−エクスパンシンのコード配列を含んでおり，結局のところ，両配列に含まれている非コーディング領域（プロモーター部分）においては，本願発明’のものも，引用例記載の配列番号６６６も変わるところはない。
　そして，請求人は，本願発明’が含むα−エクスパンシンのコード配列が，引用例記載の配列番号６６６が含むものよりも短いことにより，配列番号６６６のＤＮＡと比較してプロモーター活性が顕著に高いことについては，何ら具体的な根拠を提示していない。
　したがって，その実際のプロモーター活性も同等のものと解されるところ，本願発明’のプロモーターが引用例記載の配列番号６６６と比較して顕著な効果を奏するものとは認められない。
　
４．請求人の主張
（１）請求人は，平成２２年７月２３日付け回答書において，概ね以下のように主張している。
　
ア　引用例に開示されているような遺伝子コード領域の上流2kbの範囲内に、実際に有用なプロモーター配列が含まれているか否かは、当業者にとっても全く不明である。真核多細胞生物の転写調節領域は複雑なものであり、単に遺伝子の上流2kbの配列を開示しただけでは、プロモーター配列を当業者が実施可能な形で開示したことにはならず、また、そのような配列を同列に多数列挙した文献から、実際に有益なプロモーター配列の同定を容易に導くことはできない。
　
イ　多くのゲノム配列が既知となった近年においても、プロモーター配列の同定は非常に難しい問題として残されているというのが実状である。例えば、Carvalho et al.,IEEE/ACM Trans. Comp. Biol. Bioinform., 3: 126-140（参考文献２）には『プロモーター配列を同定することは、原核生物でも真核生物でも困難なことでよく知られる』（127ページ左段1〜3行）と述べられ、また、Abeel et al., Doctoral Symposium Ghent University 2007, poster session（参考文献３）には『蛋白質をコードする遺伝子部分を同定するのは容易であるが、コアプロモーター領域を同定するのは、はるかに難しい』（Background、9〜10行目）と述べられている。さらに、Gershenzon et al., BMC Genomics 7: 161（参考文献４）にも『転写の実験研究は、未だに非常に労力と時間を必要とするプロセスである』（Abstract、1〜2行目）と記載されている。
　
ウ　引用例は、遺伝子コード領域の上流2kb以内に位置するという理由からプロモーターを含むと推定される配列を240個も羅列したものに過ぎず、これらの配列の中で特にSEQ ID NO:666の配列が活性の高い有益なプロモーターを含むものであることについては、該引用文献には記載がないことはもちろんのこと、示唆するところもない。
　
エ　本願出願日当時、既に大量のゲノム情報が存在し、単純に候補となりうる遺伝子配列はSEQ ID NO:666の配列以外にも無数に存在していたから，引用文献１の開示は、本願発明に係るプロモーターの同定を容易に導くものではない。 
　
オ　Katsube-Tanaka et al., Biochemica et Biophysica Acta 1699(2004), p.95-102（参考文献５）に記載されているように，数多く存在するグルテリン遺伝子の中で、どのプロモーターの活性が高いかは、遺伝子を導入して発現レベルを比較しない限りわからない。参考文献５に示されているタンパク質レベルでの発現では、グルテリンＢファミリー内の比較でもα1（GluB-4由来）はα5やα6(GluB2、GluB1由来）に比べて種子中の蓄積レベルが低く、GluB-4のプロモーターがGluB-1やGluB-2よりも強いプロモーター活性を示すとは予想出来ず，本願のGluB-4プロモーターの活性の高さは、その長さが短いことを考慮すればさらに驚くべきことである。 
　
カ　また、イネ種子の中ではアジアの品種ではGluAファミリーが種子内に大量に蓄積されているが、そのプロモーター活性を調べると、GluBファミリーやGluCよりもかなり低く、種子内の蓄積レベルと単離されたプロモーターでの活性レベルは全く異なり、まだ予知できないクロマチン構造の問題等が関与している可能性が考えられる。
　
キ　引用例に記載されたプロモーター断片の活性は一切不明で、比較の対象とはなり得なかったものである。仮に、当業者がSEQ ID NO:666の配列にプロモーターが含まれると考えたとしても、そこに活性の高いプロモーターが存在すると予測する理由はなく、そのような場合には、平均的な活性のプロモーターの存在を仮定する以外なかったはずである。一方、本願発明に係るプロモーターは、本願実施例５に記載のとおり、本願明細書に開示のプロモーターの中で最強の種子特異的プロモーター活性を発揮するものであり、平均的な活性のプロモーターに比べ、明らかに高い活性を有している。本願発明に係るGluB-4 プロモーターが、このように高い活性（ユビキチンプロモーターの約6倍、1.3kb GluB-1プロモーターの約20倍）を示すことは、先行技術からはまったく予測不可能であり、本願発明は予想外の優れた効果を有するものである。
　
ク　本願明細書の実施例には、このプロモーターの時間的、空間的な発現パターンも詳細に開示されており，このような情報は、外来遺伝子の発現を適切に制御する際には極めて重要である。例えば、本願明細書の実施例２には、本発明にかかるプロモーターが胚乳における遺伝子発現を導くことが開示され、実施例４には、本発明に係るプロモーターの活性の種子発生過程中における経時的推移も明らかにされている。
　
（２）請求人の各主張について判断すると以下の通りである。
ア，ウ及びエについて
　前記の相異点についての判断で示したとおり，引用例には配列番号６６６が種子特異的プロモーターとして記載され，そのプロモーター活性を確認することやその手法，及び，欠失変異体を用いて本質的プロモーター部分の境界を決定する手法についても記載されているのであるから，その記載どおりに種子特異的なプロモーター活性を確認したり，その活性部分を特定することは，当業者がきわめて容易に行うことができることである。
　引用文献に，他に多くのプロモーター候補となる配列が記載されていたり，本願出願日当時において，大量のゲノム情報が存在していたとしても，引用例には，プロモーターの候補となる配列が，それぞれが個別に，塩基配列という化学構造が特定された物質として，当業者が認識でき，製造できるように開示されているのであるから，引用例記載の配列番号６６６を始めとする各配列について，そのプロモーター活性を確認することは当業者が容易に行うことができることである。特に，引用例記載の配列番号６６６について，そのプロモーター活性の確認を困難とするような格別の事情は認められない。
　
イについて
　請求人が提示した参考文献２及び３は，配列データに基づくプロモーター配列の同定についての文献であり，実際の実験に基づくプロモーター領域の決定が困難である旨の記載がされたものではない。しかも，参考文献３の記載は，コアプロモーター領域の同定についての記載であり，プロモーター領域の同定についての記載ではない。また，参考文献４の記載は，労力と時間が必要であるとの記載に過ぎず，プロモーター領域の決定が技術的に困難であることを示すものではない。
　
オ〜キについて
　請求人は，本願発明のプロモーターの活性の高さは，先行技術からまったく予測不可能であり、本願発明は予想外の優れた効果を有すると主張している。しかし，先行技術と比較した場合に，本願発明の進歩性の存在を推認するためには，先行技術の奏する効果と比較して本願発明の効果が顕著であることが求められるが，その場合の先行技術の奏する効果とは，先行技術で明らかにされている効果ではなく，先行技術が本来有する（内在する）効果であるというべきである。そもそも，顕著な効果が存在する場合に進歩性の存在を推認するのは，一見，容易と判断される発明であっても，それにより先行技術にはない効果が奏され，それが開示されたことに，技術的な貢献があるためであるからである。
　したがって，本願発明の効果が，例え，先行技術からは予想できない効果であるとしても，そもそも，先行技術も本願発明と同等の効果を奏することが明らかであれば，本願発明がそのような効果を奏したとしても，それは単なる効果の発見ともいうべきものであって，その技術的貢献に格別のものはなく，その進歩性の存在は推認されないというべきである。
　そこで，この点について検討すると，前記３．で述べたように，本願発明に係る配列番号２も，引用例に記載の配列番号６６６と同様に，５’側にα−エクスパンシンのコード配列を含んでおり，本願発明‘は，そのプロモーター部分の配列において引用例記載の配列番号６６６と相違はないから，本願発明’のプロモーター活性は，引用例記載の配列番号６６６が本来奏する効果に過ぎないということができる。
　また，仮にこの効果が引用例記載の配列番号６６６と比較して異なる効果であったとしても，引用例には配列番号６６６が種子特異的プロモーターの候補として記載され，その活性の確認法も記載されているのであるから，当業者であれば，その活性を確認してみようと強く動機づけられるものであり，その結果として本願明細書に記載された効果があったとしても，それは進歩性の判断を左右するものではない。
　
主張クについて
　引用例にも，記載されたプロモーター候補が胚乳で発現するであろうことが記載されている（特に前記記載事項（２）及び（８））。また，プロモーターによって，その活性の経時的推移も様々であることは，当業者にとって技術常識であり，本願の明細書に記載された配列番号２のプロモーター活性の経時的推移が，特に有用なものであるともいえないし，そもそも，本願発明は，選択肢（ｂ）として，種子におけるプロモーター活性を有する限り，配列番号２とは配列が一部相違するものも含むのであるから，そのような変異を有するものが配列番号２のものと同様のプロモーター活性の経時的推移を示すということもできず，このような効果があるとしても，それは本願発明の全体に関するものではないない。
　
　したがって，請求人の主張ア〜クは，いずれもこれを採用することができない。
　
５．小括
　以上のとおりであるから，本願発明’は，引用例に記載された発明に基づき当業者が容易に発明をすることができたものであり，それを包含する本願発明も，同様に，引用例に記載された発明に基づき当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
第５　むすび
　したがって，本願発明は，引用例に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　よって，結論のとおり審決する。
　
第６　付言
　なお，拒絶理由としては通知されていないので，審決の結論には無関係であるが，念のため，本願発明には，他の引用例に基づく特許法第２９条第２項の拒絶理由も存在することについて以下述べる。
　
　本願の出願時点で，GluB-4のゲノム配列は，ＯＲＦのアミノ酸配列及び５’フランキング配列1145bpを含めて電気通信回線を通じて公衆に利用可能であった（アクセッション番号AF537221，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AF537221，27-AUG-2002。）。ここで，引用例にも記載されている（例えば前記記載事項（１６））ように，コーディング領域に対するホモロジーサーチを行うことにより，推定プロモーター配列を抽出することは周知の手法である。そして，AF537221の配列をサーチすると，Plant Physiology, Nov 2002, Vol.130, p.1396-1405の表２に記載されたOs-Exp23（Expansin23）のゲノム配列AF394558（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/16517055?sat=OLD03satkey=6286421，14-NOV-2002。）がヒットする。このAF394558の配列は，Expansin23コード領域の３’フランキング配列としてGluB-4のＯＲＦをコードする配列の一部分までも含むものであるから，そのExpansin23コード領域とGluB-4のコード領域の間（以下，単に「コード間領域」という。）にGluB-4のブロモーターが存在することは，当業者であれば，そのアラインメントをみれば発現実験をするまでもなく容易に予想できることでもある。そしてこの結果として得られるコード間領域の配列は，本願発明に係る配列番号２が含むコード間領域と完全に一致している。
　本願発明に係る配列番号２は，このように配列データの比較により容易に導き出せるコード間領域について，その５’側にExpansin23コード領域の一部，及び３’側にGluB-4のコード領域の一部という，いずれも本来のゲノム配列上，コード間領域のフランキング配列として存在するが，プロモーター活性には不要である配列を付加したものに相当する。そして，当業者であれば，このような配列は容易に想到し得るものであり，その付加により何ら特別な効果を奏するものとはいえないから，本願発明の配列番号２に係るプロモーターは，上記の電気通信回線を通じて公衆に利用可能な配列データに基づき，当業者が容易に発明をすることができたものである。