【手続補正書】
【提出日】平成23年2月10日(2011.2.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の段階を含む、結腸直腸癌もしくはその前駆体または結腸直腸癌の素因を特定する方法：
結腸直腸細胞または結腸直腸細胞からの核酸を含有する試験試料において、
2010517582.tif 000001
からなる群より選択される少なくとも一つの遺伝子の後成的サイレンシングを検出する段階、
新生物である細胞、新生物の前駆体である細胞、もしくは新生物形成の素因を有する細胞を含有するものとして、または、新生物である細胞、新生物の前駆体である細胞、もしくは新生物形成の素因を有する細胞からの核酸を含有するものとして、該試験試料を特定する段階。
【請求項２】
前記試験試料が腺腫細胞を含有する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記試験試料が腺腫細胞からの核酸を含有する、請求項1記載の方法。
【請求項４】
前記試験試料が癌腫細胞または癌腫細胞からの核酸を含有する、請求項1記載の方法。
【請求項５】
少なくとも一つの前記遺伝子が、
2010517582.tif 000002
からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項６】
結腸直腸細胞または結腸直腸細胞からの核酸を含有する前記試験試料において、
2010517582.tif 000003
からなる群より選択される少なくとも一つの遺伝子の突然変異を検出する段階
をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項７】
前記試験試料が、新鮮な組織検体または凍結組織検体からの試験試料である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
前記試験試料が生検検体からの試験試料である、請求項1記載の方法。
【請求項９】
前記試験試料が外科的検体からの試験試料である、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
前記試験試料が細胞学的検体からの試験試料である、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
前記試験試料が、全血、骨髄、脳髄液、腹膜液、胸膜液、リンパ液、血清、粘液、血漿、尿、乳び、糞便、精液、痰、乳頭吸引液、唾液、スワブ検体、結腸洗浄検体およびブラシ検体からなる群より選択される体液から単離される、請求項1記載の方法。
【請求項１２】
新生物組織の外科的除去が患者のために推奨される、請求項8記載の方法。
【請求項１３】
アジュバント化学療法が患者のために推奨される、請求項8記載の方法。
【請求項１４】
アジュバント放射線療法が患者のために推奨される、請求項8記載の方法。
【請求項１５】
結腸鏡検査またはS字結腸鏡検査が患者のために推奨される、請求項11記載の方法。
【請求項１６】
増大した頻度の結腸鏡検査が患者のために推奨される、請求項8記載の方法。
【請求項１７】
結腸の画像診断検査が患者のために推奨される、請求項11記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも二つの遺伝子の後成的サイレンシングが検出される、請求項1記載の方法。
【請求項１９】
後成的サイレンシングが、前記遺伝子中のCpGジヌクレオチドモチーフのメチル化を検出する段階によって検出される、請求項1記載の方法。
【請求項２０】
後成的サイレンシングが、前記遺伝子のプロモーター中のCpGジヌクレオチドモチーフのメチル化を検出する段階によって検出される、請求項1記載の方法。
【請求項２１】
後成的サイレンシングが、前記遺伝子の発現の減少を検出する段階によって検出される、請求項1記載の方法。
【請求項２２】
後成的サイレンシングが、前記遺伝子のmRNAの減少を検出する段階によって検出される、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
前記遺伝子の発現の減少が、対照試料との比較によって決定される、請求項21記載の方法。
【請求項２４】
前記遺伝子のmRNAの減少が、ヌクレオチドプローブへのハイブリダイゼーションによって決定される、請求項22記載の方法。
【請求項２５】
発現の減少が、ヌクレオチド配列決定によって検出される、請求項21記載の方法。
【請求項２６】
発現の減少が、逆転写-ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)によって検出される、請求項21記載の方法。
【請求項２７】
前記RT-PCRが非定量的に実施される、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
前記RT-PCRがリアルタイムでかつ定量的に実施される、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
後成的サイレンシングが、前記遺伝子によってコードされるタンパク質の減少を検出する段階によって検出される、請求項21記載の方法。
【請求項３０】
メチル化が、前記遺伝子の少なくとも一つの部分をメチル化感受性制限エンドヌクレアーゼと接触させることによって検出され、
該エンドヌクレアーゼが、非メチル化認識部位と比べてメチル化認識部位を優先的に開裂させ、それにより、該遺伝子の該部分の開裂が該遺伝子の該部分のメチル化を示す、
請求項19記載の方法。
【請求項３１】
メチル化が、前記遺伝子の少なくとも一つの部分をメチル化感受性制限エンドヌクレアーゼと接触させることによって検出され、
該エンドヌクレアーゼが、メチル化認識部位と比べて非メチル化認識部位を優先的に開裂させ、それにより、該遺伝子が該メチル化感受性制限エンドヌクレアーゼのための認識部位を含む場合、該遺伝子の該部分の開裂が該遺伝子の該部分の非メチル化を示す、
請求項19記載の方法。
【請求項３２】
メチル化が、
前記試験細胞の前記遺伝子の少なくとも一つの部分を、メチル化シトシン残基と比べて非メチル化シトシン残基を選択的に修飾する化学試薬、または非メチル化シトシン残基と比べてメチル化シトシン残基を選択的に修飾する化学試薬と接触させることによって、および
該接触により生成される産物を検出する段階によって
検出される、請求項19記載の方法。
【請求項３３】
前記検出段階が、
修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない少なくとも一つのプローブとのハイブリダイゼーション
を含む、請求項32記載の方法。
【請求項３４】
前記検出段階が、
非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない少なくとも一つのプローブとのハイブリダイゼーション
を含む、請求項32記載の方法。
【請求項３５】
前記検出段階が、
修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない少なくとも一つのプライマーを用いる、増幅産物を生成する増幅
を含む、請求項32記載の方法。
【請求項３６】
前記検出段階が、
非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない少なくとも一つのプライマーを用いる、増幅産物を生成する増幅
を含む、請求項32記載の方法。
【請求項３７】
前記産物が、電気泳動、ハイブリダイゼーション、増幅、プライマー伸長、配列決定、リガーゼ連鎖反応、クロマトグラフィー、質量分析法およびそれらに組み合わせからなる群より選択される方法によって検出される、請求項32記載の方法。
【請求項３８】
絶対的検出法である、請求項37記載の方法。
【請求項３９】
リアルタイム検出法である、請求項37記載の方法。
【請求項４０】
少なくとも二つの遺伝子に関して実施され、かつ
該少なくとも二つの遺伝子に関して生成された前記産物を比較する、
請求項37記載の方法。
【請求項４１】
前記化学試薬がヒドラジンである、請求項32記載の方法。
【請求項４２】
前記遺伝子のヒドラジンと接触させた少なくとも一つの部分についてのピペリジンによる開裂をさらに含む、請求項41記載の方法。
【請求項４３】
前記化学試薬が亜硫酸水素イオンを含む、請求項32記載の方法。
【請求項４４】
前記遺伝子の亜硫酸水素イオンと接触させた少なくとも一つの部分をアルカリで処理する段階をさらに含む、請求項43記載の方法。
【請求項４５】
細胞の新生物成長を低減または阻害する方法であって、
該細胞が癌に関連する少なくとも一つの遺伝子の後成的にサイレンシングされた転写を示す、以下の段階を含む方法：
細胞が、
2010517582.tif 000004
からなる群より選択される後成的にサイレンシングされた遺伝子を有すると決定する段階、
CpGジヌクレオチド脱メチル化剤、DNAメチルトランスフェラーゼインヒビターおよびヒストンデアセチラーゼ(HDAC)インヒビターからなる群より選択される一つまたは複数の剤と、該細胞を接触させることによって、該細胞中で後成的にサイレンシングされた該遺伝子によってコードされたポリペプチドの発現を回復させ、それにより該細胞の無秩序な成長を低減または阻害する段階。
【請求項４６】
前記遺伝子が、
2010517582.tif 000005
からなる群より選択される、請求項45記載の方法。
【請求項４７】
前記接触がインビトロで実施される、請求項45記載の方法。
【請求項４８】
前記接触が、前記細胞を含む非ヒト哺乳動物対象に前記剤を投与することによってインビボで実施される、請求項45記載の方法。
【請求項４９】
前記剤が脱メチル化剤であり、かつ、
該剤が、5-アザ-2'-デオキシシチジン、5-アザ-シチジン、ゼブラリン、プロカインおよびL-エチオニンからなる群より選択される、
請求項45記載の方法。
【請求項５０】
細胞の新生物成長を低減または阻害する方法であって、
該細胞が癌に関連する少なくとも一つの遺伝子の後成的にサイレンシングされた転写を示す、以下の段階を含む方法：
細胞が、
2010517582.tif 000006
からなる群より選択される後成的にサイレンシングされた遺伝子を有すると決定する段階、
該遺伝子によってコードされたポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを該細胞に導入し、該ポリペプチドを該細胞中で発現させ、それにより該細胞中の該ポリペプチドの発現を回復させる段階。
【請求項５１】
前記遺伝子が、
2010517582.tif 000007
からなる群より選択される、請求項50記載の方法。
【請求項５２】
患者の癌細胞が、
2010517582.tif 000008
からなる群より選択される後成的にサイレンシングされた遺伝子を有すると決定された、癌患者を治療するための薬学的組成物であって、
CpGジヌクレオチド脱メチル化剤、DNAメチルトランスフェラーゼインヒビターおよびヒストンデアセチラーゼ(HDAC)インヒビターからなる群より選択される一つまたは複数の剤を、該患者の癌細胞中の後成的にサイレンシングされた該遺伝子の発現を回復させるのに十分な量で含む、薬学的組成物。
【請求項５３】
前記剤が脱メチル化剤であり、かつ
該剤が、5-アザ-2'-デオキシシチジン、5-アザ-シチジン、ゼブラリン、プロカインおよびL-エチオニンからなる群より選択される、
請求項52記載の薬学的組成物。
【請求項５４】
前記遺伝子が、
2010517582.tif 000009
からなる群より選択される、請求項52記載の薬学的組成物。
【請求項５５】
患者の癌細胞が、
2010517582.tif 000010
に示されるものから選択される後成的にサイレンシングされた遺伝子を有すると決定された、癌患者を治療するための薬学的組成物であって、
後成的にサイレンシングされた該遺伝子によってコードされたポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み、該ポリペプチドを該患者の腫瘍において発現させ、それにより癌における該ポリペプチドの発現を回復させるための、薬学的組成物。
【請求項５６】
後成的にサイレンシングされた前記遺伝子が、
2010517582.tif 000011
からなる群より選択される、請求項55記載の薬学的組成物。
【請求項５７】
以下の段階を含む、癌患者を治療するための治療戦略を選択する方法：
該患者の癌細胞中での遺伝子の発現が、CpGジヌクレオチド脱メチル化剤、DNAメチルトランスフェラーゼインヒビターおよびヒストンデアセチラーゼ(HDAC)インヒビターからなる群より選択される一つまたは複数の剤によって再活性化され、
該遺伝子が、
2010517582.tif 000012
からなる群より選択される、
該遺伝子を特定する段階、および
該癌患者を治療するための該遺伝子の発現を増大させる治療剤を選択する段階。
【請求項５８】
前記遺伝子が、
2010517582.tif 000013
からなる群より選択される、請求項57記載の方法。
【請求項５９】
前記治療剤が、前記遺伝子をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項57記載の方法。
【請求項６０】
前記脱メチル化剤が5-アザ-2'-デオキシシチジンである、請求項57記載の方法。
【請求項６１】
前記治療剤が5-アザ-2'-デオキシシチジンである、請求項57記載の方法。
【請求項６２】
前記癌細胞が外科的検体から得られる、請求項57記載の方法。
【請求項６３】
前記癌細胞が生検検体から得られる、請求項57記載の方法。
【請求項６４】
前記癌細胞が細胞学的試料から得られる、請求項57記載の方法。
【請求項６５】
前記癌細胞が糞便、粘液、血清、血液または尿から得られる、請求項57記載の方法。
【請求項６６】
パッケージ中に、
(a)メチル化シトシン残基を修飾するが、非メチル化シトシン残基を修飾しない試薬、または(b)非メチル化シトシン残基を修飾するが、メチル化シトシン残基を修飾しない試薬と、
2010517582.tif 000014
に示されるものから選択される遺伝子の転写開始点から約1kb以内である領域に増幅条件下で特異的にハイブリダイズする、オリゴヌクレオチドプライマー対と
を含む、試験試料におけるメチル化を評価するためのキット。
【請求項６７】
前記遺伝子が、
2010517582.tif 000015
からなる群より選択される、請求項66記載のキット。
【請求項６８】
オリゴヌクレオチドプライマー対の少なくとも一つが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、または、
該オリゴヌクレオチドプライマー対の少なくとも一つが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、
請求項66記載のキット。
【請求項６９】
(a)修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、第一のオリゴヌクレオチドプローブ、
(b)非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、第二のオリゴヌクレオチドプローブ、または
(c)該第一および第二のオリゴヌクレオチドプローブの両方
をさらに含む、請求項66記載のキット。
【請求項７０】
(a)修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、第一のオリゴヌクレオチドプローブ、
(b)非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、第二のオリゴヌクレオチドプローブ、または
(c)該第一および第二のオリゴヌクレオチドプローブの両方
をさらに含む、請求項66記載のキット。
【請求項７１】
オリゴヌクレオチドプローブをさらに含む、請求項66記載のキット。
【請求項７２】
DNAを増幅するためのDNAポリメラーゼをさらに含む、請求項66記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２３】
本発明のもう一つの態様は、試験試料におけるメチル化を評価するためのキットである。キットは、少なくとも以下の試薬：(a)メチル化シトシン残基を修飾するが、非メチル化シトシン残基を修飾しない試薬、または(b)非メチル化シトシン残基を修飾するが、メチル化シトシン残基を修飾しない試薬と、
2010517582.tif 000016
に示されるものから選択される遺伝子についての転写開始点から約1kb以内である領域に増幅条件下で特異的にハイブリダイズする、オリゴヌクレオチドプライマー対とを含む。
[請求項101]
以下の段階を含む、結腸直腸癌もしくはその前駆体または結腸直腸癌の素因を特定する方法:
結腸直腸細胞または結腸直腸細胞からの核酸を含有する試験試料において、
2010517582.tif 000017
からなる群より選択される少なくとも一つの遺伝子の後成的サイレンシングを検出する段階、
新生物である細胞、新生物の前駆体である細胞、もしくは新生物形成の素因を有する細胞を含有するものとして、または、新生物である細胞、新生物の前駆体である細胞、もしくは新生物形成の素因を有する細胞からの核酸を含有するものとして、該試験試料を特定する段階。
[請求項102]
前記試験試料が腺腫細胞を含有する、請求項101記載の方法。
[請求項103]
前記試験試料が腺腫細胞からの核酸を含有する、請求項101記載の方法。
[請求項104]
前記試験試料が癌腫細胞または癌腫細胞からの核酸を含有する、請求項101記載の方法。
[請求項105]
少なくとも一つの前記遺伝子が、
2010517582.tif 000018
からなる群より選択される、請求項101記載の方法。
[請求項106]
結腸直腸細胞または結腸直腸細胞からの核酸を含有する前記試験試料において、
2010517582.tif 000019
からなる群より選択される少なくとも一つの遺伝子の突然変異を検出する段階
をさらに含む、請求項101記載の方法。
[請求項107]
前記試験試料が、新鮮な組織検体または凍結組織検体からの試験試料である、請求項101記載の方法。
[請求項108]
前記試験試料が生検検体からの試験試料である、請求項101記載の方法。
[請求項109]
前記試験試料が外科的検体からの試験試料である、請求項101記載の方法。
[請求項110]
前記試験試料が細胞学的検体からの試験試料である、請求項101記載の方法。
[請求項111]
前記試験試料が、全血、骨髄、脳髄液、腹膜液、胸膜液、リンパ液、血清、粘液、血漿、尿、乳び、糞便、精液、痰、乳頭吸引液、唾液、スワブ検体、結腸洗浄検体およびブラシ検体からなる群より選択される体液から単離される、請求項101記載の方法。
[請求項112]
新生物組織の外科的除去が患者に推奨される、請求項108記載の方法。
[請求項113]
アジュバント化学療法が患者に推奨される、請求項108記載の方法。
[請求項114]
アジュバント放射線療法が患者に推奨される、請求項108記載の方法。
[請求項115]
結腸鏡検査またはS字結腸鏡検査が患者に推奨される、請求項111記載の方法。
[請求項116]
増大した頻度の結腸鏡検査が患者に推奨される、請求項108記載の方法。
[請求項117]
結腸の画像診断検査が患者に推奨される、請求項111記載の方法。
[請求項118]
少なくとも二つの遺伝子の後成的サイレンシングが検出される、請求項101記載の方法。
[請求項119]
後成的サイレンシングが、前記遺伝子中のCpGジヌクレオチドモチーフのメチル化を検出する段階によって検出される、請求項101記載の方法。
[請求項120]
後成的サイレンシングが、前記遺伝子のプロモーター中のCpGジヌクレオチドモチーフのメチル化を検出する段階によって検出される、請求項101記載の方法。
[請求項121]
後成的サイレンシングが、前記遺伝子の発現の減少を検出する段階によって検出される、請求項101記載の方法。
[請求項122]
後成的サイレンシングが、前記遺伝子のmRNAの減少を検出する段階によって検出される、請求項121記載の方法。
[請求項123]
前記遺伝子の発現の減少が、対照試料との比較によって決定される、請求項121記載の方法。
[請求項124]
前記遺伝子のmRNAの減少が、ヌクレオチドプローブへのハイブリダイゼーションによって決定される、請求項122記載の方法。
[請求項125]
発現の減少が、ヌクレオチド配列決定によって検出される、請求項121記載の方法。
[請求項126]
発現の減少が、逆転写-ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)によって検出される、請求項121記載の方法。
[請求項127]
前記RT-PCRが非定量的に実施される、請求項126記載の方法。
[請求項128]
前記RT-PCRがリアルタイムでかつ定量的に実施される、請求項126記載の方法。
[請求項129]
後成的サイレンシングが、前記遺伝子によってコードされるタンパク質の減少を検出する段階によって検出される、請求項121記載の方法。
[請求項130]
メチル化が、前記遺伝子の少なくとも一つの部分をメチル化感受性制限エンドヌクレアーゼと接触させることによって検出され、
該エンドヌクレアーゼが、非メチル化認識部位と比べてメチル化認識部位を優先的に開裂させ、それにより、該遺伝子の該部分の開裂が該遺伝子の該部分のメチル化を示す、
請求項119記載の方法。
[請求項131]
メチル化が、前記遺伝子の少なくとも一つの部分をメチル化感受性制限エンドヌクレアーゼと接触させることによって検出され、
該エンドヌクレアーゼが、メチル化認識部位と比べて非メチル化認識部位を優先的に開裂させ、それにより、該遺伝子が該メチル化感受性制限エンドヌクレアーゼのための認識部位を含む場合、該遺伝子の該部分の開裂が該遺伝子の該部分の非メチル化を示す、
請求項119記載の方法。
[請求項132]
メチル化が、
前記試験細胞の前記遺伝子の少なくとも一つの部分を、メチル化シトシン残基と比べて非メチル化シトシン残基を選択的に修飾する化学試薬、または非メチル化シトシン残基と比べてメチル化シトシン残基を選択的に修飾する化学試薬と接触させることによって、および
該接触により生成される産物を検出する段階によって
検出される、請求項119記載の方法。
[請求項133]
前記検出段階が、
修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない少なくとも一つのプローブとのハイブリダイゼーション
を含む、請求項132記載の方法。
[請求項134]
前記検出段階が、
非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない少なくとも一つのプローブとのハイブリダイゼーション
を含む、請求項132記載の方法。
[請求項135]
前記検出段階が、
修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない少なくとも一つのプライマーを用いる、増幅産物を生成する増幅
を含む、請求項132記載の方法。
[請求項136]
前記検出段階が、
非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない少なくとも一つのプライマーを用いる、増幅産物を生成する増幅
を含む、請求項132記載の方法。
[請求項137]
前記産物が、電気泳動、ハイブリダイゼーション、増幅、プライマー伸長、配列決定、リガーゼ連鎖反応、クロマトグラフィー、質量分析法およびそれらに組み合わせからなる群より選択される方法によって検出される、請求項132記載の方法。
[請求項138]
絶対的検出法である、請求項137記載の方法。
[請求項139]
リアルタイム検出法である、請求項137記載の方法。
[請求項140]
少なくとも二つの遺伝子に関して実施され、かつ
該少なくとも二つの遺伝子に関して生成された前記産物を比較する、
請求項137記載の方法。
[請求項141]
前記化学試薬がヒドラジンである、請求項132記載の方法。
[請求項142]
前記遺伝子のヒドラジンと接触させた少なくとも一つの部分についてのピペリジンによる開裂をさらに含む、請求項141記載の方法。
[請求項143]
前記化学試薬が亜硫酸水素イオンを含む、請求項132記載の方法。
[請求項144]
前記遺伝子の亜硫酸水素イオンと接触させた少なくとも一つの部分をアルカリで処理する段階をさらに含む、請求項143記載の方法。
[請求項145]
細胞の新生物成長を低減または阻害する方法であって、
該細胞が癌に関連する少なくとも一つの遺伝子の後成的にサイレンシングされた転写を示す、以下の段階を含む方法:
細胞が、
2010517582.tif 000020
からなる群より選択される後成的にサイレンシングされた遺伝子を有すると決定する段階、
CpGジヌクレオチド脱メチル化剤、DNAメチルトランスフェラーゼインヒビターおよびヒストンデアセチラーゼ(HDAC)インヒビターからなる群より選択される一つまたは複数の剤と、該細胞を接触させることによって、該細胞中で後成的にサイレンシングされた該遺伝子によってコードされたポリペプチドの発現を回復させ、それにより該細胞の無秩序な成長を低減または阻害する段階。
[請求項146]
前記遺伝子が、
2010517582.tif 000021
からなる群より選択される、請求項145記載の方法。
[請求項147]
前記接触がインビトロで実施される、請求項145記載の方法。
[請求項148]
前記接触が、前記細胞を含む哺乳動物対象に前記剤を投与することによってインビボで実施される、請求項145記載の方法。
[請求項149]
前記剤が脱メチル化剤であり、かつ、
該剤が、5-アザ-2'-デオキシシチジン、5-アザ-シチジン、ゼブラリン、プロカインおよびL-エチオニンからなる群より選択される、
請求項145記載の方法。
[請求項150]
細胞の新生物成長を低減または阻害する方法であって、
該細胞が癌に関連する少なくとも一つの遺伝子の後成的にサイレンシングされた転写を示す、以下の段階を含む方法:
細胞が、
2010517582.tif 000022
からなる群より選択される後成的にサイレンシングされた遺伝子を有すると決定する段階、
該遺伝子によってコードされたポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを該細胞に導入し、該ポリペプチドを該細胞中で発現させ、それにより該細胞中の該ポリペプチドの発現を回復させる段階。
[請求項151]
前記遺伝子が、
2010517582.tif 000023
からなる群より選択される、請求項150記載の方法。
[請求項152]
以下の段階を含む、癌患者を治療する方法:
該患者の癌細胞が、
2010517582.tif 000024
からなる群より選択される後成的にサイレンシングされた遺伝子を有すると決定する段階、
CpGジヌクレオチド脱メチル化剤、DNAメチルトランスフェラーゼインヒビターおよびヒストンデアセチラーゼ(HDAC)インヒビターからなる群より選択される一つまたは複数の剤を、該患者の癌細胞中の後成的にサイレンシングされた該遺伝子の発現を回復させるのに十分な量で該患者に投与する段階。
[請求項153]
前記剤が脱メチル化剤であり、かつ
該剤が、5-アザ-2'-デオキシシチジン、5-アザ-シチジン、ゼブラリン、プロカインおよびL-エチオニンからなる群より選択される、
請求項152記載の方法。
[請求項154]
前記遺伝子が、
2010517582.tif 000025
からなる群より選択される、請求項152記載の方法。
[請求項155]
以下の段階を含む、癌患者を治療する方法:
該患者の癌細胞が、
2010517582.tif 000026
に示されるものから選択される後成的にサイレンシングされた遺伝子を有すると決定する段階、
後成的にサイレンシングされた該遺伝子によってコードされたポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを該患者に投与し、該ポリペプチドを該患者の腫瘍において発現させ、それにより癌における該ポリペプチドの発現を回復させる段階。
[請求項156]
後成的にサイレンシングされた前記遺伝子が、
2010517582.tif 000027
からなる群より選択される、請求項155記載の方法。
[請求項157]
以下の段階を含む、癌患者を治療するための治療戦略を選択する方法:
該患者の癌細胞中での遺伝子の発現が、CpGジヌクレオチド脱メチル化剤、DNAメチルトランスフェラーゼインヒビターおよびヒストンデアセチラーゼ(HDAC)インヒビターからなる群より選択される一つまたは複数の剤によって再活性化され、
該遺伝子が、
2010517582.tif 000028
からなる群より選択される、
該遺伝子を特定する段階、および
該癌患者を治療するための該遺伝子の発現を増大させる治療剤を選択する段階。
[請求項158]
前記遺伝子が、
2010517582.tif 000029
からなる群より選択される、請求項157記載の方法。
[請求項159]
癌患者のための前記治療剤を処方する段階をさらに含む、請求項157記載の方法。
[請求項160]
前記治療剤を癌患者に投与する段階をさらに含む、請求項157記載の方法。
[請求項161]
前記治療剤が、前記遺伝子をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項157記載の方法。
[請求項162]
前記脱メチル化剤が5-アザ-2'-デオキシシチジンである、請求項157記載の方法。
[請求項163]
前記治療剤が5-アザ-2'-デオキシシチジンである、請求項157記載の方法。
[請求項164]
前記癌細胞が外科的検体から得られる、請求項157記載の方法。
[請求項165]
前記癌細胞が生検検体から得られる、請求項157記載の方法。
[請求項166]
前記癌細胞が細胞学的試料から得られる、請求項157記載の方法。
[請求項167]
前記癌細胞が糞便、粘液、血清、血液または尿から得られる、請求項157記載の方法。
[請求項168]
パッケージ中に、
(a)メチル化シトシン残基を修飾するが、非メチル化シトシン残基を修飾しない試薬、または(b)非メチル化シトシン残基を修飾するが、メチル化シトシン残基を修飾しない試薬と、
2010517582.tif 000030
に示されるものから選択される遺伝子の転写開始点から約1kb以内である領域に増幅条件下で特異的にハイブリダイズする、オリゴヌクレオチドプライマー対と
を含む、試験試料におけるメチル化を評価するためのキット。
[請求項169]
前記遺伝子が、
2010517582.tif 000031
からなる群より選択される、請求項168記載のキット。
[請求項170]
オリゴヌクレオチドプライマー対の少なくとも一つが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、または、
該オリゴヌクレオチドプライマー対の少なくとも一つが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、
請求項168記載のキット。
[請求項171]
(a)修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、第一のオリゴヌクレオチドプローブ、
(b)非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、第二のオリゴヌクレオチドプローブ、または
(c)該第一および第二のオリゴヌクレオチドプローブの両方
をさらに含む、請求項168記載のキット。
[請求項172]
(a)修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、第一のオリゴヌクレオチドプローブ、
(b)非修飾メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にハイブリダイズするが、修飾された非メチル化CpGジヌクレオチドモチーフを含む配列にはハイブリダイズしない、第二のオリゴヌクレオチドプローブ、または
(c)該第一および第二のオリゴヌクレオチドプローブの両方
をさらに含む、請求項168記載のキット。
[請求項173]
オリゴヌクレオチドプローブをさらに含む、請求項168記載のキット。
[請求項174]
DNAを増幅するためのDNAポリメラーゼをさらに含む、請求項168記載のキット。