【手続補正書】
【提出日】平成23年6月24日(2011.6.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５８】
〔従来の方法と式（１）とのクロストークのマトリックスの比較〕
特定の４チャネルの場合を考える。ＨＰＶ較正検定におけるＦＡＭ、ＨＥＸ、ＪＡ２７０、及びＣＹ５．５のクロストーク係数の全てを比較することは有益である。以下の表２には、従来の方法をしようして計算されたクロストーク係数が示される。一方、表３は、式（１）を使用して計算された係数を示す。式（１）は、対角要素（a11、a22、a33、a44）を使用しない。そこでこれらのセルは「−」が付される。このＨＰＶ較正の組について既に説明したように、ノイズが最小限でありプラトが明確であるときは、クロストーク係数の２つの組は、ほぼ同一になるように期待される。
【表３】
2010531649.tif 000001
【表４】
2010531649.tif 000002
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６３】
１つの実施形態に従って、減法線形モデル（subtractive  linear  model）を使用してクロストーク係数を適用して、補正したクロストークデータの組を生成する。式（１）の線形減法モデルは、以下の式（６）で示される。
ｆ1c =ｆ1 -(a12f2 + a13f3 + a14f4)
ｆ2c =ｆ2 -(a21f1 + a23f3 + a24f4)
ｆ3c =ｆ3 -(a31f1 + a32f2 + a34f4)                  （６）
ｆ4c =ｆ4 -(a41f1 + a42f2 + a43f3)
ここでfiは、チャネル（ｉ）の測定された蛍光色素信号であり、ficは、チャネル（ｉ）の補正したクロストーク信号であり、係数aIJは、チャネル（Ｊ）からチャネル（Ｉ）へのクロストーク係数を示す。このモデルは、異なるチャネルの中の基準信号の分析において何も仮定しない。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６４】
式（２）の線形減法モデルは、以下の式（７）で示される。
ｆ1c =ｆ1 -(a12f2 + a13f3 + a14f4) - (r + S*i)
ｆ2c =ｆ2 -(a21f1 + a23f3 + a24f4) - (r + S*i)
ｆ3c =ｆ3 -(a31f1 + a32f2 + a34f4) - (r + S*i)          （７）
ｆ4c =ｆ4 -(a41f1 + a42f2 + a43f3) - (r + S*i)
ここでfiは、チャネル（ｉ）の測定された蛍光色素信号であり、ficは、チャネル（ｉ）の補正したクロストーク信号である。係数aIJは、チャネル（Ｊ）からチャネル（Ｉ）へのクロストーク係数を示す。式（７）は、全てのチャネルに共通するゲイン及び線形項、ｒ及びｓを使用する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６５】
式（３）の線形減法モデルは、以下の式（８）で示される。
ｆ1c =ｆ1 -(a12f2 + a13f3 + a14f4) - (r1 + S1*i)
ｆ2c =ｆ2 -(a21f1 + a23f3 + a24f4) - (r2 + S2*i)
ｆ3c =ｆ3 -(a31f1 + a32f2 + a34f4) - (r3 + S3*i)           （８）
ｆ4c =ｆ4 -(a41f1 + a42f2 + a43f3) - (r4 + S4*i)
ここでfiは、チャネル（ｉ）の測定された蛍光色素信号であり、ficは、チャネル（ｉ）の補正したクロストーク信号である。係数aIJは、チャネル（Ｊ）からチャネル（Ｉ）へのクロストーク係数を示す。式（８）は、それぞれのチャネルで異なるゲイン及び線形項、ｒ及びｓを使用する。
【手続補正５】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
特定の異なる電磁的な波長帯をそれぞれが分離する操作が可能である少なくとも２つの光学素子を有するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）光学検出システムのクロストーク係数の決定方法であって、
ＰＣＲ成長処理の獲得範囲に亘りＰＣＲデータの組をそれぞれの光学素子のために獲得するステップと、
少なくとも２つのフィルタの範囲における少なくとも２つの色素スペクトルのオーバーラップによって生成されるクロストークデータの組をそれぞれ他の光学素子のために同時に獲得するステップであって、前記クロストークデータの組は、前記獲得範囲に亘って獲得されるステップと、
前記獲得範囲に亘る前記ＰＣＲデータの組と前記クロストークデータの組とを使用してクロストーク係数を決定するステップと、
を含み、クロストーク係数を決定するステップは、前記獲得範囲に亘る前記ＰＣＲデータの組と前記クロストークデータの組との間の二乗和を最小化するステップを含むことを特徴とする決定方法。
【請求項２】
前記データ獲得範囲は、複数のＰＣＲサイクルを示し、クロストーク係数を決定するステップは、前記獲得範囲に亘るそれぞれのＰＣＲデータの組とクロストークデータの組との間の二乗和を最小化するステップを含む請求項１に記載の決定方法。
【請求項３】
二乗和を最小化するステップは、
【数１】
2010531649.tif 000003
の式を使用するステップを含み、ここでｉは、ＰＣＲサイクル数であり、Signaliは、光学素子の前記ＰＣＲデータの組であり、XTSignaliは、光学素子の前記クロストークデータの組であり、ｑは、乗法ゲイン因子である請求項１、又は請求項２に記載の決定方法。
【請求項４】
二乗和を最小化するステップは、
【数２】
2010531649.tif 000004
の式を使用するステップを含み、ここでｉは、ＰＣＲサイクル数であり、Signaliは、光学素子の前記ＰＣＲデータの組であり、XTSignaliは、光学素子の前記クロストークデータの組であり、ｒは、共通のオフセットであり、ｓは、共通の傾きであり、ｑ１、ｑ２、及びｑ３は、乗法ゲイン因子である請求項１、又は請求項２に記載の決定方法。
【請求項５】
二乗和を最小化するステップは、
【数３】
2010531649.tif 000005
の式を使用するステップを含み、ここでｉは、ＰＣＲサイクル数であり、Signaliは、光学素子の前記ＰＣＲデータの組であり、XTSignaliは、光学素子の前記クロストークデータの組であり、ｒは、オフセットであり、ｓは、傾きであり、ｑは、乗法ゲイン因子である請求項１、又は請求項２に記載の決定方法。
【請求項６】
それぞれのＰＣＲデータの組と、それぞれのクロストークデータの組とのベースラインを決定するステップと、
クロストーク係数を決定するステップに先立ち、それぞれのデータの組から前記それぞれのベースラインを除去するステップと、
をさらに含む請求項１に記載の決定方法。
【請求項７】
線形除法モデルを使用して前記決定したクロストーク係数をＰＣＲデータの組に適用して、補正したクロストークデータの組を生成するステップをさらに含む請求項１に記載の決定方法。
【請求項８】
プロセッサを制御するコードを有して、特定の異なる電磁的な波長帯をそれぞれが分離する操作が可能である少なくとも２つの光学素子を有するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）光学検出システムのクロストーク係数を決定するコンピュータが読み取り可能な媒体であって、前記コードは、
ベースライン領域と、成長領域と、プラト領域とを含むＰＣＲ成長処理の獲得範囲に亘り獲得するＰＣＲデータの組をそれぞれの光学素子のために受信する命令と、
少なくとも２つのフィルタの範囲における少なくとも２つの色素スペクトルのオーバーラップによって生成されるそれぞれのフィルタのクロストークデータの組をそれぞれ他の光学素子のために同時に受信する命令であって、前記クロストークデータの組は、前記獲得範囲に亘り獲得される命令と、
前記獲得範囲に亘る前記ＰＣＲデータの組と前記クロストークデータの組とを使用してクロストーク係数を決定する命令と、
を含み、クロストーク係数を決定するステップは、前記獲得範囲に亘る前記ＰＣＲデータの組と前記クロストークデータの組との間の二乗和を最小化するステップを含むことを特徴とするコンピュータが読み取り可能な媒体。
【請求項９】
キネティック・ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）システムであって、
特定の異なる電磁的な波長帯をそれぞれが分離する操作が可能である少なくとも２つの光学素子を有する光学検出モジュールであって、
ベースライン領域と、成長領域と、プラト領域とを含むＰＣＲ成長処理の獲得範囲に亘るＰＣＲデータの組をそれぞれの光学素子のために獲得し、
少なくとも２つのフィルタの範囲における少なくとも２つの色素スペクトルのオーバーラップによって生成されるクロストークデータの組をそれぞれ他の光学素子のために同時に獲得するように構成される光学検出モジュールであって、前記クロストークデータの組は、前記獲得範囲に亘って獲得される光学検出モジュールと、
前記獲得したＰＣＲデータの組と前記獲得したクロストークデータの組とを処理して、前記獲得範囲に亘る前記ＰＣＲデータの組と前記クロストークデータの組とを使用してクロストーク係数を決定するように構成されるインテリジェンスモジュールと、
を含み、前記インテリジェンスモジュールは、前記獲得範囲に亘るそれぞれのＰＣＲデータの組とクロストークデータの組との間の二乗和を最小化することによって前記クロストーク係数を決定することを特徴とするシステム。
【請求項１０】
核酸融解分析システムであって、
特定の異なる電磁的な波長帯をそれぞれが分離する操作が可能である少なくとも２つの光学素子を有する光学検出モジュールであって、
温度獲得範囲に亘る融解データの組をそれぞれの光学素子のために獲得し、少なくとも２つのフィルタの範囲における少なくとも２つの色素スペクトルのオーバーラップによって生成され且つ前記温度獲得範囲に亘って獲得されるクロストークデータの組をそれぞれ他の光学素子のために同時に獲得し、
前記獲得範囲に亘るそれぞれの融解データの組とクロストークデータの組との間の二乗和を最小化することによってクロストーク係数を決定する、
ように構成される光学検出モジュールを含むことを特徴とするシステム。
【請求項１１】
特定の異なる電磁的な波長帯をそれぞれが分離する操作が可能である少なくとも２つの光学素子を有する光学検出システムのためのクロストーク係数の決定方法であって、
成長処理の獲得範囲に亘る第１のデータの組をそれぞれの光学素子のために獲得するステップと、
少なくとも２つのフィルタの範囲における少なくとも２つの色素スペクトルのオーバーラップによって生成されるクロストークデータの組をそれぞれ他の光学素子のために同時に獲得するステップであって、前記クロストークデータの組は、前記獲得範囲に亘って獲得されるステップと、
前記獲得範囲に亘る前記第１のデータの組と前記クロストークデータの組とを使用してクロストーク係数を決定するステップと、
を含み、クロストーク係数を決定するステップは、前記獲得範囲に亘る前記ＰＣＲデータの組と前記クロストークデータの組との間の二乗和を最小化するステップを含むことを特徴とする決定方法。
【請求項１２】
前記データ獲得範囲は、複数のＰＣＲサイクルを示し、クロストーク係数を決定するステップは、前記獲得範囲に亘るそれぞれのＰＣＲデータの組とクロストークデータの組との間の二乗和を最小化するステップを含む請求項１１に記載の決定方法。