【手続補正書】
【提出日】平成23年5月20日(2011.5.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌を発症するように遺伝子的に改変された非ヒトトランスジェニック哺乳類であって、該哺乳類に由来する癌細胞のゲノムが、遺伝子改変を有さないそのような哺乳類における染色体構造異常の頻度よりも少なくとも５倍高い頻度において染色体構造異常を含む、哺乳類。
【請求項２】
げっ歯類である、請求項１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項３】
マウスである、請求項１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項４】
下記：
（ａ）ＤＮＡ修復機能に関与する蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子、および、テロメア長を合成し、そして維持する成分をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子；または、
（ｂ）ＤＮＡ修復機能に関与する蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子、および、ＤＮＡ損傷チェックポイント蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子；または、
（ｃ）ＤＮＡ損傷チェックポイント蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子、および、テロメア長を合成し、そして維持する成分をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子；
の操作された不活性化を含む、請求項１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項５】
前記ＤＮＡ修復機能に関与する蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子が、非相同性の末端結合（ＮＨＥＪ）に関与する蛋白質、相同組み換えに関与する蛋白質、およびＤＮＡ修復ヘリカーゼからなる群より選択される、請求項４記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項６】
前記関与する蛋白質がリガーゼ４、ＸＲＣＣ４、Ｈ２ＡＸ、ＤＮＡＰＫｃｓ、Ｋｕ７０、Ｋｕ８０、Ａｒｔｅｍｉｓ、Ｃｅｒｎｕｎｎｏｓ／ＸＬＦ、ＭＲＥ１１、ＮＢＳ１、およびＲＡＤ５０からなる群より選択されるＮＨＥＪである、請求項５記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項７】
前記相同組み換えに関与する蛋白質がＲＡＤ５１、ＲＡＤ５２、ＲＡＤ５４、ＸＲＣＣ３、ＲＡＤ５１Ｃ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２（ＦＡＮＣＤ１）、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＮＣＪ（ＢＲＩＰ１／ＢＡＣＨ１）、ＦＡＮＣＬ、およびＦＡＮＣＭからなる群より選択される、請求項５記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項８】
前記ＤＮＡ修復ヘリカーゼが、ＢＬＭおよびＷＲＮからなる群より選択される、請求項５記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項９】
前記ＤＮＡ損傷チェックポイント蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子がｐ５３、ｐ２１、ＡＰＣ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＭＤＭ２、ＭＤＭ４、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、ＭＲＥ１１、ＮＢＳ１、ＲＡＤ５０、ＭＤＣ１、ＳＭＣ１、ＡＴＲＩＰ、およびクラスピンからなる群より選択される、請求項４記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項１０】
テロメア長を合成または維持する成分をコードする１つ以上の遺伝子が、テロメア構造を維持する蛋白質である、請求項４記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項１１】
前記テロメア構造を維持する蛋白質がＴＲＦ１、ＴＲＦ２、ＰＯＴ１ａ、ＰＯＴ１ｂ、ＲＡＰ１、ＴＩＮ２、およびＴＰＰ１からなる群より選択される、請求項１０記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項１２】
前記哺乳類が低下したテロメラーゼ活性のために操作される、請求項１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項１３】
テロメラーゼ逆転写酵素（ｔｅｒｔ）遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子が不活性化される、請求項４または１２記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項１４】
前記テロメラーゼ逆転写酵素（ｔｅｒｔ）遺伝子の両方の対立遺伝子が不活性化される、請求項１３記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項１５】
テロメラーゼＲＮＡ（ｔｅｒｃ）遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子が不活性化される、請求項４または１２記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項１６】
前記テロメラーゼＲＮＡ（ｔｅｒｃ）遺伝子の両方の対立遺伝子が不活性化される、請求項１５記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項１７】
ｐ５３の少なくとも１つの対立遺伝子が不活性化される、請求項１、１２または１５の何れか１項に記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項１８】
ｐ５３の両方の対立遺伝子が不活性化される、請求項１７記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項１９】
毛細血管拡張性運動失調突然変異（ａｔｍ）遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子が不活性化される、請求項１、１２、１５または１７の何れか１項に記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項２０】
毛細血管拡張性運動失調突然変異（ａｔｍ）遺伝子の両方の対立遺伝子が不活性化される、請求項１、１２、１５または１７の何れか１項に記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項２１】
前記哺乳類のゲノムが少なくとも１つの追加的な癌促進性の改変を含む、請求項１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項２２】
前記少なくとも１つの追加的な癌促進性の改変が活性化された癌遺伝子、不活性化された腫瘍抑制遺伝子、またはそれらの両方である、請求項２１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項２３】
前記活性化された癌遺伝子または前記不活性化された腫瘍抑制遺伝子が組み換え遺伝子である、請求項２２記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項２４】
追加的な癌生成性の改変が誘導性である、請求項２１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項２５】
前記追加的な癌生成性の改変が組織特異性である、請求項２１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項２６】
前記追加的な癌生成性の改変がＫｒａｓ活性化である、請求項２２、２４、または２５記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項２７】
Ｋｒａｓの活性化が膵臓特異的である、請求項２６記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
【請求項２８】
ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントの同定のための目的の染色体領域を同定する方法であって、非ヒトトランスジェニック哺乳類由来の癌細胞の集団におけるＤＮＡコピー数の変化を同定する工程を含み、該非ヒトトランスジェニック哺乳類のゲノムが、染色体不安定性を生じるように操作され、該ＤＮＡコピー数の変化の染色体領域が、ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントの同定のための目的の染色体領域である、方法。
【請求項２９】
ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントの同定のための目的の染色体領域を同定する方法であって、非ヒトトランスジェニック哺乳類由来の癌細胞の集団における染色体構造異常を同定する工程を含み、該非ヒトトランスジェニック哺乳類のゲノムが染色体不安定性を生じるように操作され、該染色体構造異常を含有する染色体領域が、ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントの同定のための目的の染色体領域である、方法。
【請求項３０】
前記非ヒトトランスジェニック哺乳類由来の癌細胞の集団におけるＤＮＡコピー数の変化を同定する工程、および染色体構造異常およびＤＮＡコピー数の変化を含有する該非ヒトトランスジェニック哺乳類の癌細胞のゲノム内の染色体領域を同定する工程を更に含み、染色体構造異常およびＤＮＡコピー数の変化を含有する該染色体領域が、ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントの同定のための目的の染色体領域である、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
潜在的にヒトの癌に関連する遺伝子を同定するための方法であって、以下：
（ａ）請求項２８、２９または３０の方法により目的の染色体領域を同定する工程；
（ｂ）非ヒトトランスジェニック哺乳類における目的の染色体領域内部の遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）において同定された遺伝子または遺伝子エレメントに相当するヒト遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；
を含み、該ヒト遺伝子または遺伝子エレメントが、潜在的にヒトの癌に関連する遺伝子または遺伝子エレメントである、方法。
【請求項３２】
潜在的にヒト癌に関連する遺伝子または遺伝子エレメントを同定する方法であって、以下：
（ａ）非ヒトトランスジェニック哺乳類に由来する癌細胞の集団におけるＤＮＡコピー数の変化を検出する工程であって、ここで該非ヒトトランスジェニック哺乳類のゲノムはゲノム不安定性を生じるように操作される、工程；
（ｂ）工程（ａ）において検出されたＤＮＡコピー数の変化の境界内部に位置する遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；
（ｃ）工程（ｂ）において同定された遺伝子または遺伝子エレメントに相当し、そしてヒト癌細胞中のＤＮＡコピー数の変化、または染色体構造異常の境界内部に位置するヒト遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；
を含み、工程（ｃ）において同定された該ヒト遺伝子または遺伝子エレメントが、ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントである、方法。
【請求項３３】
潜在的にヒト癌に関連する遺伝子または遺伝子エレメントを同定する方法であって、以下：
（ａ）非ヒトトランスジェニック哺乳類に由来する癌細胞の集団における染色体構造異常を検出する工程であって、ここで該非ヒトトランスジェニック哺乳類のゲノムはゲノム不安定性を生じるように操作される、工程；
（ｂ）工程（ａ）において検出された染色体構造異常の部位に位置する遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；
（ｃ）工程（ｂ）において同定された遺伝子または遺伝子エレメントに相当し、そしてヒト癌細胞中のＤＮＡコピー数の変化の境界内部、または染色体構造異常の部位に位置するヒト遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；
を含み、工程（ｃ）において同定された該ヒト遺伝子または遺伝子エレメントが、ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントである、方法。
【請求項３４】
前記非ヒトトランスジェニック哺乳類は、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類である、請求項２８、２９、３２および３３のいずれか１項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３２】
別の態様において、本発明は、ゲノム不安定性非ヒト哺乳類モデル（本発明のゲノム不安定性マウスモデルを包含する）を用いて同定されたＭＣＲのコピー数を、ＭＣＲの正常なコピー数と比較することにより、対象が癌に罹患しているか、または癌を発症する危険性を有するかどうかを評価する方法を提供する。ＭＣＲの正常なコピー数は、典型的には染色体当たり１つである。
本発明はまた、以下の項目を提供する。
（項目１）
癌を発症するように遺伝子的に改変された非ヒトトランスジェニック哺乳類であって、該哺乳類に由来する癌細胞のゲノムが、遺伝子改変を有さないそのような哺乳類における染色体構造異常の頻度よりも少なくとも５倍高い頻度において染色体構造異常を含む、哺乳類。
（項目２）
げっ歯類である、項目１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目３）
マウスである、項目１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目４）
下記：
（ａ）ＤＮＡ修復機能に関与する蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子およびテロメア長を合成し、そして維持する成分をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子；または、
（ｂ）ＤＮＡ修復機能に関与する蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子およびＤＮＡ損傷チェックポイント蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子；または、
（ｃ）ＤＮＡ損傷チェックポイント蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子およびテロメア長を合成し、そして維持する成分をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子；
の操作された不活性化を含む、項目１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目５）
上記ＤＮＡ修復機能に関与する蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子が、非相同性の末端結合（ＮＨＥＪ）に関与する蛋白質、相同組み換えに関与する蛋白質、およびＤＮＡ修復ヘリカーゼからなる群より選択される、項目４記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目６）
上記関与する蛋白質がリガーゼ４、ＸＲＣＣ４、Ｈ２ＡＸ、ＤＮＡＰＫｃｓ、Ｋｕ７０、Ｋｕ８０、Ａｒｔｅｍｉｓ、Ｃｅｒｎｕｎｎｏｓ／ＸＬＦ、ＭＲＥ１１、ＮＢＳ１、およびＲＡＤ５０からなる群より選択されるＮＨＥＪである、項目５記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目７）
上記相同組み換えに関与する蛋白質がＲＡＤ５１、ＲＡＤ５２、ＲＡＤ５４、ＸＲＣＣ３、ＲＡＤ５１Ｃ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２（ＦＡＮＣＤ１）、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ２；ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＮＣＪ（ＢＲＩＰ１／ＢＡＣＨ１）、ＦＡＮＣＬ、およびＦＡＮＣＭからなる群より選択される、項目５記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目８）
上記ＤＮＡ修復ヘリカーゼが、ＢＬＭおよびＷＲＮからなる群より選択される、項目５記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目９）
上記ＤＮＡ損傷チェックポイント蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子がｐ５３、ｐ２１、ＡＰＣ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＭＤＭ２、ＭＤＭ４、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、ＭＲＥ１１、ＮＢＳ１、ＲＡＤ５０、ＭＤＣ１、ＳＭＣ１、ＡＴＲＩＰ、およびクラスピンからなる群より選択される、項目４記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目１０）
テロメア長を合成または維持する成分をコードする１つ以上の遺伝子が、テロメア構造を維持する蛋白質である、項目４記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目１１）
上記テロメア構造を維持する蛋白質がＴＲＦ１、ＴＲＦ２、ＰＯＴ１ａ、ＰＯＴ１ｂ、ＲＡＰ１、ＴＩＮ２、およびＴＰＰ１からなる群より選択される、項目１０記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目１２）
上記哺乳類が低下したテロメラーゼ活性のために操作される、項目１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目１３）
テロメラーゼ逆転写酵素（ｔｅｒｔ）遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子が不活性化される、項目４または１２記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目１４）
上記テロメラーゼ逆転写酵素（ｔｅｒｔ）遺伝子の両方の対立遺伝子が不活性化される、項目１３記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目１５）
テロメラーゼＲＮＡ（ｔｅｒｃ）遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子が不活性化される、項目４または１２記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目１６）
上記テロメラーゼＲＮＡ（ｔｅｒｃ）遺伝子の両方の対立遺伝子が不活性化される、項目１５記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目１７）
ｐ５３の少なくとも１つの対立遺伝子が不活性化される、項目１、１２または１５の何れか１項に記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目１８）
ｐ５３の両方の対立遺伝子が不活性化される、項目１７記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目１９）
毛細血管拡張性運動失調突然変異（ａｔｍ）遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子が不活性化される、項目１、１２、１５または１７の何れか１項に記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目２０）
毛細血管拡張性運動失調突然変異（ａｔｍ）遺伝子の両方の対立遺伝子が不活性化される、項目１、１２、１５または１７の何れか１項に記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目２１）
上記哺乳類のゲノムが少なくとも１つの追加的な癌促進性の改変を含む、項目１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目２２）
上記少なくとも１つの追加的な癌促進性の改変が活性化された癌遺伝子、不活性化された腫瘍抑制遺伝子、またはそれらの両方である、項目２１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目２３）
上記活性化された癌遺伝子または上記不活性化された腫瘍抑制遺伝子が組み換え遺伝子である、項目２２記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目２４）
追加的な癌生成性の改変が誘導性である、項目２１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目２５）
上記追加的な癌生成性の改変が組織特異性である、項目２１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目２６）
上記追加的な癌生成性の改変がＫｒａｓ活性化である、項目２２、２４、または２５記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目２７）
Ｋｒａｓの活性化が膵臓特異的である、項目２６記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目２８）
ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントの同定のための目的の染色体領域を同定する方法であって、非ヒト哺乳類由来の癌細胞の集団におけるＤＮＡコピー数の変化を同定する工程を含み、該非ヒト哺乳類のゲノムが、染色体不安定性を生じるように操作され、該ＤＮＡコピー数の変化の染色体領域が、ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントの同定のための目的の染色体領域である、方法。
（項目２９）
上記ＤＮＡコピー数の変化が再発性である、項目２８記載の方法。
（項目３０）
上記ＤＮＡコピー数の変化の再発が少なくとも２回である、項目２９記載の方法。
（項目３１）
上記ＤＮＡコピー数の変化がＤＮＡの増加である、項目２８記載の方法。
（項目３２）
上記ＤＮＡコピー数の変化がＤＮＡの減少である、項目２８記載の方法。
（項目３３）
上記非ヒト哺乳類のゲノムを操作して、
（ａ）ＤＮＡ修復機能に関与する蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子およびテロメア長を合成し、そして維持する成分をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子；または、
（ｂ）ＤＮＡ修復機能に関与する蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子およびＤＮＡ損傷チェックポイント蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子；または、
（ｃ）ＤＮＡ損傷チェックポイント蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子およびテロメア長を合成し、そして維持する成分をコードする１つ以上の遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子；
を不活性化する、項目２８記載の方法。
（項目３４）
上記ＤＮＡ修復機能に関与する蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子が、非相同性の末端結合（ＮＨＥＪ）に関与する蛋白質、相同組み換えに関与する蛋白質、およびＤＮＡ修復ヘリカーゼからなる群より選択される、項目３３記載の方法。
（項目３５）
上記ＮＨＥＪに関与する蛋白質がリガーゼ４、ＸＲＣＣ４、Ｈ２ＡＸ、ＤＮＡＰＫｃｓ、Ｋｕ７０、Ｋｕ８０、Ａｒｔｅｍｉｓ、Ｃｅｒｎｕｎｎｏｓ／ＸＬＦ、ＭＲＥ１１、ＮＢＳ１、およびＲＡＤ５０からなる群より選択される、項目３４記載の方法。
（項目３６）
上記相同組み換えに関与する蛋白質がＲＡＤ５１、ＲＡＤ５２、ＲＡＤ５４、ＸＲＣＣ３、ＲＡＤ５１Ｃ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２（ＦＡＮＣＤ１）、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＢ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ２；ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＮＣＪ（ＢＲＩＰ１／ＢＡＣＨ１）、ＦＡＮＣＬ、およびＦＡＮＣＭからなる群より選択される、項目３４記載の方法。
（項目３７）
上記ＤＮＡ修復ヘリカーゼが、ＢＬＭおよびＷＲＮからなる群より選択される、項目３４記載の方法。
（項目３８）
上記ＤＮＡ損傷チェックポイント蛋白質をコードする１つ以上の遺伝子がｐ５３、ｐ２１、ＡＰＣ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＭＤＭ２、ＭＤＭ４、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、ＭＲＥ１１、ＮＢＳ１、ＲＡＤ５０、ＭＤＣ１、ＳＭＣ１、ＡＴＲＩＰ、およびクラスピンからなる群より選択される、項目３３記載の方法。
（項目３９）
テロメア長を合成または維持する成分をコードする１つ以上の遺伝子が、テロメア構造を維持する蛋白質である、項目３３記載の方法。
（項目４０）
上記テロメア構造を維持する蛋白質がＴＲＦ１、ＴＲＦ２、ＰＯＴ１ａ、ＰＯＴ１ｂ、ＲＡＰ１、ＴＩＮ２、およびＴＰＰ１からなる群より選択される、項目３９記載の方法。
（項目４１）
上記非ヒトトランスジェニック哺乳類が、低下したテロメラーゼ活性のために操作される、項目２８記載の方法。
（項目４２）
テロメラーゼ逆転写酵素（ｔｅｒｔ）遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子が、上記非ヒトトランスジェニック哺乳類において不活性化される、項目３３または４１記載の方法。
（項目４３）
上記テロメラーゼ逆転写酵素遺伝子の両方の対立遺伝子が、上記非ヒトトランスジェニック哺乳類において不活性化される、項目４２記載の方法。
（項目４４）
テロメラーゼＲＮＡ（ｔｅｒｃ）遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子が不活性化される、項目３３または４１記載の方法。
（項目４５）
テロメラーゼＲＮＡ遺伝子の両方の対立遺伝子が不活性化される、項目４４記載の方法。
（項目４６）
ｐ５３の少なくとも１つの対立遺伝子が、上記非ヒトトランスジェニック哺乳類において不活性化される、項目２８、３３、３９、４１、４２または４４の何れか１項に記載の方法。
（項目４７）
ｐ５３の両方の対立遺伝子が、上記非ヒトトランスジェニック哺乳類において不活性化される、項目４６記載の方法。
（項目４８）
毛細血管拡張性運動失調突然変異（ａｔｍ）遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子が、上記非ヒトトランスジェニック哺乳類において不活性化される、項目２８、３３、３９、４４または４６の何れか１項に記載の方法。
（項目４９）
毛細血管拡張性運動失調突然変異（ａｔｍ）遺伝子の両方の対立遺伝子が、上記非ヒトトランスジェニック哺乳類において不活性化される、項目４８の何れか１項に記載の方法。
（項目５０）
上記非ヒトトランスジェニック哺乳類のゲノムが、追加的な癌促進性の改変を含む、項目２８記載の方法。
（項目５１）
上記追加的な癌促進性の改変が、活性化された癌遺伝子、不活性化された腫瘍抑制遺伝子、またはそれらの両方である、項目５０記載の方法。
（項目５２）
上記活性化された癌遺伝子または該不活性化された腫瘍抑制遺伝子が組み換え遺伝子である、項目５１記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目５３）
追加的な癌生成性の改変が誘導性である、項目５０記載の方法。
（項目５４）
上記追加的な癌生成性の改変が組織特異性である、項目５０記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目５５）
上記追加的な癌生成性の改変がＫｒａｓ活性化である、項目５１、５３または５４記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目５６）
Ｋｒａｓの活性化が膵臓特異的である、項目５５記載の非ヒトトランスジェニック哺乳類。
（項目５７）
上記非ヒト哺乳類由来の癌細胞が固形腫瘍に由来する、項目２８記載の方法。
（項目５８）
上記固形腫瘍が造血系、間葉系または上皮系の起源のものである、項目５７記載の方法。
（項目５９）
上記非ヒト哺乳類由来の癌細胞が非固形腫瘍由来である、項目２８記載の方法。
（項目６０）
上記非ヒト哺乳類由来の癌細胞が、末端部黒子黒色腫、光線角化症、腺癌、腺様嚢胞癌、腺腫、腺肉腫、腺扁平上皮癌、副腎皮質癌、エイズ関連リンパ腫、肛門癌、退形成型神経膠腫、星状細胞腫瘍、星状細胞腫、バルトリン腺癌腫、基底細胞癌、胆道癌、骨癌、胆管癌、膀胱癌、脳幹神経膠腫、脳腫瘍、乳癌、気管支腺癌腫、毛細管癌腫、カルチノイド、癌腫、癌肉腫、海綿状、中枢神経系のリンパ腫、大脳星状細胞腫、子宮頸癌、結合組織癌、胆管癌、軟骨肉腫、脈絡叢乳頭腫／癌腫、明細胞癌腫、結腸癌、結腸直腸癌、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、嚢胞腺腫、内胚葉洞腫瘍、子宮内膜過形成、子宮内膜間質部肉腫、類内膜腺癌、上衣、上衣細胞腫、類上皮、食道癌、ユーイング肉腫、生殖腺外生殖細胞腫瘍、眼癌、線維層、限局性結節過形成、胆嚢癌、神経節膠腫、胃癌、ガストリノーマ、生殖細胞腫瘍、妊娠性絨毛腫瘍、多形性神経膠芽細胞腫、神経膠腫、グルカゴノーマ、頭部頸部癌、血管芽腫、血管内皮種、血管腫、肝細胞腺腫、肝臓腺腫症、肝細胞癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、視床下部および視路の神経膠腫、小児、インスリノーマ、上皮内新生物、上皮間扁平上皮細胞新生物、眼内黒色腫、上皮内新生物、侵襲性扁平上皮細胞癌腫、大細胞癌腫、島細胞癌腫、カポジ肉腫、腎臓癌、喉頭癌、平滑筋肉腫、悪性黒子黒色腫、白血病関連障害、口唇および口腔の癌、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、悪性中皮腫、悪性胸腺腫、髄芽細胞腫、髄上皮腫、黒色腫、髄膜、メルケル細胞癌腫、中皮、転移癌腫、粘液性類表皮癌、多発性骨髄腫／プラズマ細胞新生物、菌状息肉腫、骨髄形成異常症候群、骨髄増殖性障害、鼻腔および副鼻腔の癌、鼻咽頭癌、神経芽腫、神経線維腫症、神経上皮腺癌結節黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺癌、燕麦細胞癌、稀突起神経膠、稀星状細胞腫、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、膵臓ポリペプチド、卵巣癌、卵巣生殖細胞腫瘍、膵臓癌、乳頭血清腺癌、松果体細胞、下垂体腫瘍、プラズマ細胞腫、偽肉腫、肺芽腫、上皮小体癌、陰茎癌、褐色細胞腫、松果体およびテント上未分化神経外胚葉性腫瘍、下垂体腫瘍、プラズマ細胞新生物、胸膜肺芽腫、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌、呼吸系の癌、網膜芽腫、横紋筋肉腫、肉腫、漿液癌腫、皮膚癌、小細胞癌腫、小腸癌、軟組織癌腫、ソマトスタチン分泌腫瘍、扁平上皮癌腫、扁平上皮細胞癌、胃癌、間質腫瘍、中皮下、表在拡大型黒色腫、テント上未分化神経外胚葉性腫瘍、精巣癌、甲状腺癌、未分化癌腫、尿道癌、子宮肉腫、ブドウ膜黒色腫、いぼ状癌、膣癌、ビポーマ、外陰部癌、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、十分に分化された癌腫、ならびにウイルムス腫瘍からなる群より選択される癌の型に由来する、項目２８記載の方法。
（項目６１）
上記非ヒト哺乳類がマウスである、項目２８記載の方法。
（項目６２）
ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントの同定のための目的の染色体領域を同定する方法であって、非ヒト哺乳類由来の癌細胞の集団における染色体構造異常を同定する工程を含み、該非ヒト哺乳類のゲノムが染色体不安定性を生じるように操作され、該染色体構造異常を含有する染色体領域が、ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントの同定のための目的の染色体領域である、方法。
（項目６３）
上記非ヒト哺乳類由来の癌細胞の集団におけるＤＮＡコピー数の変化を同定する工程、および染色体構造異常およびＤＮＡコピー数の変化を含有する該非ヒト哺乳類の癌細胞のゲノム内の染色体領域を同定する工程を更に含み、染色体構造異常およびＤＮＡコピー数の変化を含有する該染色体領域が、ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントの同定のための目的の染色体領域である、項目６２記載の方法。
（項目６４）
上記ＤＮＡコピー数の変化が再発性である、項目６３記載の方法。
（項目６５）
上記ＤＮＡコピー数の変化の再発が少なくとも２回である、項目６４記載の方法。
（項目６６）
上記ＤＮＡコピー数の変化の均一なコピー数セグメント境界を測定する工程を更に含む、項目２８または６３記載の方法。
（項目６７）
上記ＤＮＡコピー数の変化が再発性である、項目６６記載の方法。
（項目６８）
潜在的にヒトの癌に関連する遺伝子を同定するための方法であって、以下：
（ａ）項目２８、６２または６３の方法により目的の染色体領域を同定する工程；
（ｂ）非ヒト哺乳類における目的の染色体領域内部の遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；および、
（ｃ）工程（ｂ）において同定された遺伝子または遺伝子エレメントに相当するヒト遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；
を含み、該ヒト遺伝子または遺伝子エレメントが、潜在的にヒトの癌に関連する遺伝子または遺伝子エレメントである、方法。
（項目６９）
上記ヒト遺伝子が工程（ｂ）において同定された遺伝子または遺伝子エレメントに対してオーソロガス、パラロガス、または相同である、項目６８記載の方法。
（項目７０）
工程（ｂ）において同定された非ヒト哺乳類の遺伝子または遺伝子エレメント、工程（ｃ）において同定されたヒト遺伝子または遺伝子エレメント、またはそれらの両方における突然変異を検出する工程を更に含む、項目６８記載の方法。
（項目７１）
潜在的にヒト癌に関連する遺伝子または遺伝子エレメントを同定する方法であって、以下：
（ａ）非ヒト哺乳類に由来する癌細胞の集団におけるＤＮＡコピー数の変化を検出する工程であって、ここで該非ヒト哺乳類のゲノムはゲノム不安定性を生じるように操作される、工程；
（ｂ）工程（ａ）において検出されたＤＮＡコピー数の変化の境界内部に位置する遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；
（ｃ）工程（ｂ）において同定された遺伝子または遺伝子エレメントに相当し、そしてヒト癌細胞中のＤＮＡコピー数の変化、または染色体構造異常の境界内部に位置するヒト遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；
を含み、工程（ｃ）において同定されたヒト遺伝子または遺伝子エレメントが、ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントである、方法。
（項目７２）
上記ＤＮＡコピー数の変化が再発性である、項目７１記載の方法。
（項目７３）
潜在的にヒト癌に関連する遺伝子または遺伝子エレメントを同定する方法であって、以下：
（ａ）非ヒト哺乳類に由来する癌細胞の集団における染色体構造異常を検出する工程であって、ここで該非ヒト哺乳類のゲノムはゲノム不安定性を生じるように操作される、工程；
（ｂ）工程（ａ）において検出された染色体構造異常の部位に位置する遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；
（ｃ）工程（ｂ）において同定された遺伝子または遺伝子エレメントに相当し、そしてヒト癌細胞中のＤＮＡコピー数の変化の境界内部、または染色体構造異常の部位に位置するヒト遺伝子または遺伝子エレメントを同定する工程；
を含み、工程（ｃ）において同定されたヒト遺伝子または遺伝子エレメントが、ヒト癌に潜在的に関連する遺伝子または遺伝子エレメントである、方法。
（項目７４）
工程（ｂ）において同定された非ヒト哺乳類の遺伝子または遺伝子エレメント、工程（ｃ）において同定されたヒト遺伝子または遺伝子エレメント、またはそれらの両方における突然変異を検出する工程を更に含む、項目７１または７３記載の方法。
（項目７５）
コピー数のプロファイリング、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、ＰＣＲ、および核酸配列決定からなる群より選択される技術を用いて、上記ＤＮＡコピー数の変化を同定する、項目２８、６３、７１または７３の何れか１項に記載の方法。
（項目７６）
上記コピー数のプロファイリングが比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）である、項目７５記載の方法。
（項目７７）
上記ＣＧＨが、単一チャンネルハイブリダイゼーションプロファイリングまたは二重チャンネルハイブリダイゼーションプロファイリングである、項目７６記載の方法。
（項目７８）
上記ＣＧＨがアレイＣＧＨである、項目７６記載の方法。
（項目７９）
上記ＣＧＨが単一ヌクレオチド多形（ＳＮＰ）ＣＧＨである、項目７６記載の方法。
（項目８０）
再発性の遺伝子コピー数の変化の最小共通領域（ＭＣＲ）を定義する工程を更に含む、項目２８、６３、７１または７３の何れか１項に記載の方法。
（項目８１）
上記ＭＣＲが２試料間のオーバーラップの境界により定義される、項目８０記載の方法。
（項目８２）
上記ＭＣＲが、ある単一の腫瘍の、少なくとも１つの他の腫瘍におけるより大きい改変のバックグラウンドに対する境界により定義される、項目８０記載の方法。
（項目８３）
上記ＭＣＲが１０Ｍｂ未満である、項目８０記載の方法。
（項目８４）
上記ＭＣＲが、±０．１５（ｌｏｇ２尺度）の最小のコピー数の変化の幅を有する、項目８０記載の方法。
（項目８５）
上記染色体構造異常がスペクトル核タイピング（ＳＫＹ）を用いて検出される、項目６２、７１、または７３に記載の方法。
（項目８６）
γ−セクレターゼ阻害剤療法に対して低下した応答を有する場合がある、Ｔ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｔ−ＡＬＬ）を有する対象を同定するための方法であって、該対象に由来する腫瘍細胞におけるＦＢＸＷ７の発現または活性を検出することを含み、ここで対照と比較した場合のＦＢＸＷ７の低下した発現または活性が、該対象がγ−セクレターゼ阻害剤療法に対して低下した応答を有する場合があることを示す、方法。
（項目８７）
上記対象がヒトである、項目８６記載の方法。
（項目８８）
上記対象に由来する腫瘍細胞中のＮＯＴＣＨ１の発現または活性を検出することを更に含み、ここで対照と比較した場合のＮＯＴＣＨ１の上昇した発現または活性が、該対象がγ−セクレターゼ阻害剤療法に対して低下した応答を有する場合があることを示す、項目８６記載の方法。
（項目８９）
上記対照が、上記対象に由来する同じ細胞型の非腫瘍細胞である、項目８６または８８記載の方法。
（項目９０）
ＦＢＸＷ７の発現または活性の低下が、ＦＢＸＷ７遺伝子の遺伝子改変により引き起こされる、項目８６記載の方法。
（項目９１）
ＦＢＸＷ７遺伝子の遺伝子改変が、少なくとも１つのＦＢＸＷ７遺伝子の欠失である、項目９０記載の方法。
（項目９２）
上記ＦＢＸＷ７遺伝子の遺伝子改変が、ＦＢＸＷ７遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子における突然変異である、項目９０記載の方法。
（項目９３）
ＦＢＸＷ７遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子における突然変異が、１つ以上のヌクレオチドの挿入または欠失である、項目９２記載の方法。
（項目９４）
１つ以上のヌクレオチドの欠失が、少なくとも１つのＦＢＸＷ７遺伝子の５’末端、３’末端またはそれらの両方からのトランケーションをもたらす、項目９３記載の方法。
（項目９５）
上記挿入または欠失が、ＦＢＸＷ７遺伝子の５’未翻訳領域、３’未翻訳領域、またはコーディング領域において生じる、項目９３記載の方法。
（項目９６）
ＦＢＸＷ７遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子における突然変異が、１つ以上のヌクレオチドの置換である、項目９２記載の方法。
（項目９７）
上記置換がＦＢＸＷ７遺伝子の５’未翻訳領域、３’未翻訳領域、またはコーディング領域において生じ、そして該コーディング領域における置換はアミノ酸変化をもたらす、項目９６記載の方法。
（項目９８）
ＦＢＸＷ７遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子における突然変異が、ミスセンス突然変異またはナンセンス突然変異である、項目９２記載の方法。
（項目９９）
ＦＢＸＷ７遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子における突然変異が、該ＦＢＸＷ７遺伝子の第３のＷＤ４０ドメインまたは第４のＷＤ４０ドメインにある、項目９２記載の方法。
（項目１００）
ＦＢＸＷ７遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子における突然変異が、Ｇ４２３Ｖ、Ｒ４６５Ｃ、Ｒ４６５Ｈ、Ｒ４７９Ｌ、Ｒ４７９Ｑ、Ｒ５０５ＣおよびＤ５２７Ｇからなる群より選択される、項目９２記載の方法。
（項目１０１）
低下したＦＢＸＷ７発現が、上記腫瘍細胞におけるＦＢＸＷ７  ｍＲＮＡレベルを計測することにより測定される、項目８６記載の方法。
（項目１０２）
低下したＦＢＸＷ７発現が、上記腫瘍細胞におけるＦＢＸＷ７蛋白質レベルを計測することにより測定される、項目８６記載の方法。
（項目１０３）
低下したＦＢＸＷ７発現が、上記腫瘍細胞におけるＦＢＸＷ７活性レベルを計測することにより測定される、項目８６記載の方法。
（項目１０４）
上昇したＮＯＴＣＨ１発現が、上記腫瘍細胞におけるＮＯＴＣＨ１  ｍＲＮＡレベルを計測することにより測定される、項目８８記載の方法。
（項目１０５）
上昇したＮＯＴＣＨ１発現が、上記腫瘍細胞におけるＮＯＴＣＨ１蛋白質レベルを計測することにより測定される、項目８８記載の方法。
（項目１０６）
上昇したＮＯＴＣＨ１発現が、細胞における切断核内（ＩＣＮ）型のＮＯＴＣＨ１蛋白質の検出；ＮＯＴＣＨ１により調節される標的遺伝子へのＩＣＮのＮＯＴＣＨ１の上昇した結合の検出により計測される、項目８８記載の方法。
（項目１０７）
上昇したＮＯＴＣＨ１発現が、上記腫瘍細胞におけるＮＯＴＣＨ１活性レベルを計測することにより測定される、項目８８記載の方法。
（項目１０８）
ＦＢＸＷ７の発現を上昇させる薬剤で上記対象を治療することを更に含む、項目８６記載の方法。
（項目１０９）
上記薬剤が組み換えＦＢＸＷ７蛋白質またはその機能的に活性なフラグメントもしくは誘導体である、項目１０８記載の方法。
（項目１１０）
上記薬剤がＦＢＸＷ７蛋白質またはその機能的に活性なフラグメントもしくは誘導体をコードする核酸である、項目１０８記載の方法。
（項目１１１）
ＰＩ３Ｋ経路阻害剤での治療から利益を被る場合がある、Ｔ−ＡＬＬを有する対象を同定するための方法であって、該対象に由来する腫瘍細胞中のＰＴＥＮの発現または活性を検出することを含み、ここで対照と比較した場合のＰＴＥＮの低下した発現または活性が、該対象がＰＩ３Ｋ阻害剤での治療から利益を被る場合があることを示す、方法。
（項目１１２）
上記対象がヒトである、項目１１１記載の方法。
（項目１１３）
上記ＰＴＥＮの発現または活性の低下が、ＰＴＥＮ遺伝子の遺伝子改変により引き起こされる、項目１１１記載の方法。
（項目１１４）
上記ＰＴＥＮ遺伝子の遺伝子改変が、少なくとも１つのＰＴＥＮ遺伝子の欠失である、項目１１３記載の方法。
（項目１１５）
上記ＰＴＥＮ遺伝子の遺伝子改変が、ＰＴＥＮ遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子における突然変異である、項目１１３記載の方法。
（項目１１６）
上記ＰＴＥＮ遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子における突然変異が、１つ以上のヌクレオチドの挿入または欠失である、項目１１５記載の方法。
（項目１１７）
上記１つ以上のヌクレオチドの欠失が、少なくとも１つのＰＴＥＮ遺伝子の５’末端、３’末端またはそれらの両方からのトランケーションをもたらす、項目１１６記載の方法。
（項目１１８）
上記挿入または欠失が、ＰＴＥＮ遺伝子の５’未翻訳領域、３’未翻訳領域、またはコーディング領域において生じる、項目１１６記載の方法。
（項目１１９）
上記ＰＴＥＮ遺伝子の少なくとも１つの対立遺伝子における突然変異が、１つ以上のヌクレオチドの置換である、項目１１５記載の方法。
（項目１２０）
上記置換がＰＴＥＮ遺伝子の５’未翻訳領域、３’未翻訳領域、またはコーディング領域において生じ、そして該コーディング領域における置換はアミノ酸変化をもたらす、項目１１９記載の方法。
（項目１２１）
低下したＰＴＥＮ発現が、上記腫瘍細胞におけるＰＴＥＮ  ｍＲＮＡレベルを計測することにより測定される、項目１１１記載の方法。
（項目１２２）
低下したＰＴＥＮ発現が、上記腫瘍細胞におけるＰＴＥＮ蛋白質レベルを計測することにより測定される、項目１１１記載の方法。
（項目１２３）
低下したＰＴＥＮ発現が、上記腫瘍細胞におけるＰＴＥＮ活性レベルを計測することにより測定される、項目１１１記載の方法。
（項目１２４）
上記対象に由来する腫瘍細胞中のホスホＡＫＴレベルを検出することを更に含み、ここで対照と比較した場合の上昇したホスホＡＫＴレベルが、該対象がＰＩ３Ｋ阻害剤での治療から利益を被る場合があることを示す、項目１１１記載の方法。
（項目１２５）
上記対照が、該対象に由来する同じ細胞型の非腫瘍細胞である、項目１１１または１２４記載の方法。
（項目１２６）
ＰＴＥＮの発現を上昇させる薬剤で上記対象を治療することを更に含む、項目１１１記載の方法。
（項目１２７）
上記薬剤が、組み換えＰＴＥＮ蛋白質またはその機能的に活性なフラグメントもしくは誘導体である、項目１２６記載の方法。
（項目１２８）
上記薬剤が、ＰＴＥＮ蛋白質またはその機能的に活性なフラグメントもしくは誘導体をコードする核酸である、項目１２６記載の方法。
（項目１２９）
ＰＩ３Ｋ阻害剤で上記対象を治療することを更に含む、項目１１１記載の方法。
（項目１３０）
対象が癌に罹患しているか、または癌を発症する危険性を有するかどうかを評価する方法であって、該対象に由来する生物学的試料における、表１の増幅されたＭＣＲ中に位置する少なくとも１つの癌遺伝子または候補癌遺伝子の発現または活性のレベルを計測することを含み、ここで対照と比較した場合の該遺伝子の発現または活性の上昇が、該対象が癌に罹患しているか、または癌を発症する危険性を有することを示す、方法。
（項目１３１）
対象が癌に罹患しているか、または癌を発症する危険性を有するかどうかを評価する方法であって、該対象に由来する生物学的試料における、表１の欠失したＭＣＲ中に位置する少なくとも１つの癌遺伝子または候補癌遺伝子の発現または活性のレベルを計測することを含み、ここで対照と比較した場合の該遺伝子の発現または活性の低下が、該対象が癌に罹患しているか、または癌を発症する危険性を有することを示す、方法。
（項目１３２）
上記癌がリンパ腫である、項目１３０または１３１記載の方法。
（項目１３３）
上記リンパ腫がＴ−ＡＬＬである、項目１３２記載の方法。
（項目１３４）
対象が癌に罹患しているか、または癌を発症する危険性を有するかどうかを評価する方法であって、該方法が、該対象に由来する生物学的試料における、表１に列挙した少なくとも１つの増幅された最小共通領域（ＭＣＲ）のコピー数を測定することを含み、ここで該ＭＣＲの正常なコピー数と比較した場合の該試料中の該ＭＣＲの増大したコピー数が、該対象が癌に罹患しているか、または癌を発症する危険性を有することを示す、方法。
（項目１３５）
対象が癌に罹患しているか、または癌を発症する危険性を有するかどうかを評価する方法であって、該方法が、該対象に由来する生物学的試料における、表１に列挙した少なくとも１つの欠失した最小共通領域（ＭＣＲ）のコピー数を測定することを含み、ここで該ＭＣＲの正常なコピー数と比較した場合の該試料中の該ＭＣＲの減少したコピー数が、該対象が癌に罹患しているか、または癌を発症する危険性を有することを示す、方法。
（項目１３６）
上記癌がリンパ腫である、項目１３４または１３５記載の方法。
（項目１３７）
上記リンパ腫がＴ−ＡＬＬである、項目１３６記載の方法。
（項目１３８）
対象における癌の進行をモニタリングするための方法であって、該方法が、以下：
ａ）表１に列挙する癌遺伝子または候補癌遺伝子の発現または活性のレベルを、第１の時点における該対象由来の生物学的試料中で測定する工程；
ｂ）その後の時点において工程ａ）を反復する工程；および、
ｃ）工程ａ）およびｂ）における遺伝子の発現または活性を比較し、そしてそれから該対象における癌の進行をモニタリングする工程；
を含む、方法。
（項目１３９）
上記癌がリンパ腫である、項目１３８記載の方法。
（項目１４０）
上記リンパ腫がＴ−ＡＬＬである、項目１３９記載の方法。
（項目１４１）
対象における癌を治療するための試験薬剤の薬効を評価する方法であって、該方法が、以下：
ａ）該試験薬剤の存在下、該対象由来の生物学的試料中の表１の増幅されたＭＣＲ中に位置する少なくとも１つの癌遺伝子または候補癌遺伝子の発現または活性のレベルを測定する工程；および、
ｂ）該試験薬剤の非存在下、該対象由来の生物学的試料中の該遺伝子の発現または活性のレベルを測定する工程；
を含み、ここで工程（ｂ）と比較した場合の工程（ａ）における該遺伝子の低下した発現または活性が、該対象における該癌を治療するための該試験薬剤の潜在的な薬効を示す、方法。
（項目１４２）
対象における癌を治療するための試験薬剤の薬効を評価する方法であって、該方法が、以下：
ａ）該試験薬剤の存在下、該対象由来の生物学的試料中の表１の欠失したＭＣＲ中に位置する少なくとも１つの癌遺伝子または候補癌遺伝子の発現または活性のレベルを測定する工程；および、
ｂ）該試験薬剤の非存在下、該対象由来の生物学的試料中の該遺伝子の発現または活性のレベルを測定する工程；
を含み、ここで工程（ｂ）と比較した場合の工程（ａ）における該遺伝子の上昇した発現または活性が、該対象における該癌を治療するための該試験薬剤の潜在的な薬効を示す、方法。
（項目１４３）
上記癌がリンパ腫である、項目１４１または１４２記載の方法。
（項目１４４）
上記リンパ腫がＴ−ＡＬＬである、項目１４３記載の方法。
（項目１４５）
対象における癌を治療するための療法の効力を評価する方法であって、該方法が、以下：
ａ）該対象に該療法の少なくとも一部分を提供する前に、該対象由来の生物学的試料中の表１の増幅されたＭＣＲ中に位置する少なくとも１つの癌遺伝子または候補癌遺伝子の発現または活性のレベルを測定する工程；および、
ｂ）該療法の一部分の提供の後の該対象由来の生物学的試料中の該遺伝子の発現または活性のレベルを測定する工程；
を含み、ここで工程（ｂ）と比較した場合の工程（ａ）における該遺伝子の低下した発現または活性が、該対象における該癌を治療するための該療法の潜在的な効力を示す、方法。
（項目１４６）
対象における癌を治療するための療法の効力を評価する方法であって、該方法が、以下：
ａ）該対象に該療法の少なくとも一部分を提供する前に、該対象由来の生物学的試料中の表１の欠失したＭＣＲ中に位置する少なくとも１つの癌遺伝子または候補癌遺伝子の発現または活性のレベルを測定する工程；および、
ｂ）該療法の一部分の提供の後の該対象由来の生物学的試料中の該遺伝子の発現または活性のレベルを測定する工程；
を含み、ここで工程（ｂ）と比較した場合の工程（ａ）における該遺伝子の上昇した発現または活性が、該対象における該癌を治療するための該療法の潜在的な効力を示す、方法。
（項目１４７）
上記癌がリンパ腫である、項目１４５または１４６記載の方法。
（項目１４８）
上記リンパ腫がＴ−ＡＬＬである、項目１４７記載の方法。
（項目１４９）
癌に罹患した対象を治療する方法であって、表１の増幅されたＭＣＲ中に位置する少なくとも１つの癌遺伝子または候補癌遺伝子の発現または活性のレベルを低下させる薬剤を該対象に投与することを含む、方法。
（項目１５０）
癌に罹患した対象を治療する方法であって、表１の欠失したＭＣＲ中に位置する少なくとも１つの癌遺伝子または候補癌遺伝子の発現または活性のレベルを上昇させる薬剤を該対象に投与することを含む、方法。
（項目１５１）
上記癌がリンパ腫である、項目１４９または１５０記載の方法。
（項目１５２）
上記リンパ腫がＴ−ＡＬＬである、項目１５１記載の方法。
（項目１５３）
上記薬剤が、表１に列挙する癌遺伝子または候補癌遺伝子に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントである、項目１４９または１５０記載の方法。
（項目１５４）
対象が癌に罹患しているか、または癌を発症する危険性を有するかどうかを評価する方法であって、該方法が、該対象に由来する生物学的試料における、表５に列挙した少なくとも１つの最小共通領域（ＭＣＲ）のコピー数を測定することを含み、ここで該ＭＣＲの正常なコピー数と比較した場合の該試料中の該ＭＣＲのコピー数の変化が、該対象が癌に罹患しているか、または癌を発症する危険性を有することを示す、方法。
（項目１５５）
上記癌がリンパ腫である、項目１５４記載の方法。
（項目１５６）
上記リンパ腫がＴ−ＡＬＬである、項目１５５記載の方法。