【手続補正書】
【提出日】平成23年4月27日(2011.4.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ロイコトリエンＣ４シンターゼ（ＬＴＣ４Ｓ）の活性を調節することが期待される化合物を選択し又は設計するための方法において、ＬＴＣ４Ｓの触媒部位又は基質結合領域と相互作用することが予想される化合物を選択し又は設計する分子モデル化手段を使用する工程を含み、ここで、ＬＴＣ４Ｓの触媒部位又は基質結合領域の少なくとも一部の三次元構造が化合物の三次元構造と比較され、前記触媒部位又は基質結合領域と相互作用することが予想される化合物が選択される方法。
【請求項２】
ＬＴＣ４Ｓの活性部位又は基質結合領域の少なくとも一部の三次元構造が、Ｎ末端ヘキサヒスチジンタグを含むＬＴＣ４Ｓポリペプチドに対して決定された三次元構造 (又はその一部) である請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＬＴＣ４Ｓの活性部位又は基質結合領域の少なくとも一部の三次元構造が、ヒトＬＴＣ４Ｓポリペプチドに対して決定された三次元構造 (又はその一部) である請求項１又は請求項２に記載の方法。
【請求項４】
ＬＴＣ４Ｓの活性部位又は基質結合領域の少なくとも一部の三次元構造が、界面活性剤を含む母液溶液、場合によってグルタチオン（ＧＳＨ）を含有する母液溶液を使用して得ることができる結晶のＸ線解析により得ることができる三次元構造 (又はその一部)である請求項１から３の何れか一項に記載の方法。
【請求項５】
界面活性剤がドデシルマルトシド（ＤＤＭ）である請求項４に記載の方法。
【請求項６】
ＬＴＣ４Ｓの活性部位又は基質結合領域の少なくとも一部の三次元構造が、母液溶液がＧＳＨを含有しない場合に表Ｉに示される構造座標（又はその一部分）又は母液溶液がＧＳＨを含有する場合に表ＩＩに示される構造座標（又はその一部分）に表される構造、又はそのような構造座標±２．０Å、１．５Å、１．０Å又は０．５Å未満のタンパク質骨格原子からの標準二乗偏差でモデル化された構造である、請求項１から５の何れか一項に記載の方法。
【請求項７】
選択された化合物が、「ＧＳＨ基質結合キャビティ」（完全長ヒトＬＴＣ４Ｓの残基Ａｒｇ５１、Ａｒｇ３０、Ａｒｇ１０４、Ｇｌｎ５３、Ａｓｎ５５、Ｇｌｕ５８、Ｔｙｒ５９、Ｔｙｒ９３、Ｔｙｒ９７、Ｉｌｅ２７、Ｐｒｏ３７、Ｌｅｕ１０８又は均等な残基を含む残基によって形成される）；「親油性基質結合クレバス」（Ａｌａ２０、Ｌｅｕ２４、Ｉｌｅ２７、Ｔｙｒ５９、Ｔｒｐ１１６、Ａｌａ１１２、Ｌｅｕ１１５、Ｌｅｕ１０８、Ｔｙｒ１０９、Ｌｅｕ６２、Ｖａｌ１１９、Ｔｈｒ６６、Ｖａｌ１６及びＬｅｕ１７、又は均等な残基を含む残基によって形成される）；又は「触媒部位」（Ａｒｇ１０４又はＡｒｇ３１、又は均等な残基を含む残基によって形成される）と称される構造領域の少なくとも一部をブロックし又はそれに結合することが予想される請求項１から６の何れか一項に記載の方法。
【請求項８】
化合物がＬＴＣ４Ｓの活性を調節するかどうかを評価し、活性を調節する化合物を選択する工程を含む請求項１から７の何れか一項に記載の方法。
【請求項９】
化合物が全細胞、組織又は生物中におけるＬＴＣ４シグナル伝達を調節するかどうかを評価する工程を含み、活性を調節する化合物が選択され、場合によって化合物が全細胞、組織又は生物中におけるＬＴＣ４Ｓの活性を調節するかどうかを評価する工程をさらに含み、活性を調節する化合物が選択される、請求項１から８の何れか一項に記載の方法。
【請求項１０】
請求項１から３の何れか一項に記載のＬＴＣ４Ｓの三次元結晶形態であって、空間群Ｆ２３に属し、及び／又は４８ＬＴＣ４Ｓ鎖を含む単位格子を有し、及び／又は金属イオンが配位した複数の隣接ヒスチジンタグ（例えば各ＬＴＣ４Ｓ三量体に対して３又は各単位格子に対して１２）を含む結晶形態。
【請求項１１】
結晶形態が共結晶化分子を更に含み、場合によって共結晶化分子がＬＴＣ４Ｓ活性を調節する、請求項１０に記載の三次元結晶形態。
【請求項１２】
共結晶化分子がＧＳＨ又はＤＤＭのような界面活性剤である請求項１１に記載の三次元結晶形態。
【請求項１３】
ＬＴＣ４Ｓの活性部位又は基質結合領域（又はその一部）の構造；又は試験化合物に結合したＬＴＣ４Ｓの活性部位又は基質結合領域（又はその一部）の構造の生成における請求項１から３の何れか一項に記載のＬＴＣ４Ｓの使用。
【請求項１４】
標的ＬＴＣ４Ｓタンパク質又は他のＭＡＰＥＧファミリーメンバータンパク質又はそのホモ-又はヘテロ多量体（標的タンパク質）の三次元構造を予想する方法であって、標的タンパク質のアミノ酸配列の提示を、２．０Å、１．５Å、１．０Å又は０．５Å以下の標準二乗偏差だけ変動してもよい表Ｉ又はＩＩのＬＴＣ４Ｓのアミノ酸配列、又はその選択された座標と整列させ、アミノ酸配列の相同領域を一致させ；２．０Å、１．５Å、１．０Å又は０．５Å以下の標準二乗偏差だけ変動してもよい表Ｉ又はＩＩによって定義されたＬＴＣ４Ｓの対応領域、又はその選択された座標で前記標的タンパク質の一致した相同領域の構造をモデル化し；前記一致した相同領域の構造を実質的に保存する前記標的タンパク質に対するコンフォメーションを決定する工程を含む方法。
【請求項１５】
ＭＡＰＥＧファミリーメンバータンパク質又はそのホモ-又はヘテロ多量体の活性を調節することが予期される化合物を選択し又は設計する方法であって、ＭＡＰＥＧファミリーメンバータンパク質又はそのホモ-又はヘテロ多量体の触媒部位又は基質結合領域と相互作用することが予想される化合物を選択し又は設計する分子モデル化手段を使用する工程を含み、ここで、ＭＡＰＥＧファミリーメンバータンパク質又はそのホモ-又はヘテロ多量体の触媒部位又は基質結合領域の少なくとも一部の三次元構造を化合物の三次元構造と比較し、前記触媒部位又は基質結合領域と相互作用することが予想される化合物を選択し、ここで、ＭＡＰＥＧタンパク質又はそのホモ-又はヘテロ多量体の触媒部位又は基質結合領域の少なくとも一部の三次元構造が、請求項１４に記載の方法によって予想される三次元構造（又はその一部）である方法。
【請求項１６】
適合される分子構造がファルマコフォアモデルの形態である請求項１から９又は１５の何れか一項に記載の方法。
【請求項１７】
合理的薬剤設計のコンピュータベースの方法において、（ａ）２．０Å、１．５Å、１．０Å又は０．５Å未満のタンパク質骨格原子の標準二乗偏差だけ変動してもよい表Ｉ又はＩＩで定義されたＬＴＣ４Ｓの座標又はその選択された座標を提供し；（ｂ）複数の分子断片の構造を提供し；（ｃ）分子断片の各々の構造を選択された座標に一致させ；（ｄ）分子断片を単一の分子に組み立てて候補調節因子分子を形成することを含み、場合によって（ｅ）分子断片又は調節因子分子を取得し又は合成し；及び（ｆ）分子断片又は調節因子分子をＬＴＣ４Ｓと接触させて、ＬＴＣ４Ｓと相互作用する分子断片又は調節因子分子の能力を決定する工程を更に含む方法。
【請求項１８】
ＬＴＣ４Ｓの三次元構造の提示を得る方法において、２．０Å、１．５Å、１．０Å又は０．５Å未満のタンパク質骨格原子の標準二乗偏差だけ変動してもよい表Ｉ又はＩＩのデータ又はその選択された座標を提供し、前記座標を表す三次元構造を構築し、場合によって（ａ）ワイヤ−フレームモデル；（ｂ）チキン−ワイヤモデル；（ｃ）ボール＆スティックモデル；（ｄ）空間充填モデル；（ｅ）スティックモデル；（ｆ）リボンモデル；（ｇ）スネークモデル；（ｈ）アローシリンダーモデル；（ｉ）電子密度マップ；（ｊ）分子表面モデルの構造を提示することを含む方法。
【請求項１９】
ＬＴＣ４Ｓ又は他のＭＡＰＥＧファミリーメンバータンパク質又はそのホモ-又はヘテロ多量体、ＬＴＣ４Ｓ又は他のＭＡＰＥＧファミリーメンバータンパク質又はそのホモ-又はヘテロ多量体と化合物との複合体と相互作用する化合物の構造を作成し及び／又はその最適化を実施するためのコンピュータシステムであって、（ａ）２．０Å、１．５Å、１．０Å又は０．５Å未満のタンパク質骨格原子の標準二乗偏差だけ変動してもよい表Ｉ又はＩＩのＬＴＣ４Ｓ座標データ又はその選択された座標であって、ＬＴＣ４Ｓの三次元構造を定める前記データ又はその前記選択された座標；（ｂ）２．０Å、１．５Å、１．０Å又は０．５Å未満のタンパク質骨格原子の標準二乗偏差だけ変動してもよい表Ｉ又はＩＩの座標データ又はその選択された座標に基づく標的の相同モデル化によって作成された標的ＭＡＰＥＧファミリーメンバータンパク質又はそのホモ-又はヘテロ多量体の原子座標データ；（ｃ）２．０Å、１．５Å、１．０Å又は０．５Å未満のタンパク質骨格原子の標準二乗偏差だけ変動してもよい表Ｉ又はＩＩの座標データ又はその選択された座標を参照してＸ線結晶学的データ又はＮＭＲデータを解釈することによって作成された標的ＭＡＰＥＧファミリーメンバータンパク質又はそのホモ-又はヘテロ多量体の原子座標データ；（ｄ）（ｂ）又は（ｃ）の原子座標データから誘導できる構造因子データ；及び（ｅ）２．０Å、１．５Å、１．０Å又は０．５Å未満のタンパク質骨格原子の標準二乗偏差だけ変動してもよい表Ｉ又はＩＩの原子座標データ又はその選択された座標の一又は複数を含むコンピュータ可読データを含み、場合によって原子座標データが、請求項７に列挙された残基によって提供される原子の少なくとも一つに対するものであるコンピュータシステム。
【請求項２０】
ロイコトリエンＣ４シンターゼ（ＬＴＣ４Ｓ）の活性を調節することが期待される化合物を選択し又は設計する方法であって、ＬＴＣ４Ｓのサブユニット相互作用領域と相互作用することが予想される化合物を選択し又は設計する分子モデル化手段を使用する工程を含み、ここで、ＬＴＣ４Ｓのサブユニット相互作用領域の少なくとも一部の三次元構造が化合物の三次元構造と比較され、前記基質相互作用領域と相互作用することが予想される化合物が選択される方法。