【手続補正書】
【提出日】平成23年4月19日(2011.4.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
MAGE-A3遺伝子のメチル化状態を検出するためのプライマーまたはプローブを含むオリゴヌクレオチドであって、該プライマーまたはプローブが配列番号5、7または2のいずれかのヌクレオチド配列から本質的になり、または該オリゴヌクレオチドが配列番号6または3のヌクレオチド配列を含みもしくは本質的にそれらからなる、上記オリゴヌクレオチド。
【請求項２】
5'から3'の順序に、以下の連続する配列：
(a)約6〜30個のヌクレオチドの第1のヌクレオチド配列であって、該第1のヌクレオチド配列内のヌクレオチドが、分子エネルギー移動対の供与体部分と受容体部分から選択される第1の部分で標識され、供与体部分が、励起された場合、1個以上の特定の波長で蛍光を放出し、受容体部分が、該供与体部分により放出された蛍光を吸収および／もしくはクエンチする、前記ヌクレオチド配列；
(b)約3〜20個のヌクレオチドを含み、本質的にそれからなるか、またはそれからなる第2の一本鎖ヌクレオチド配列；
(c)約6〜30個のヌクレオチドを含み、本質的にそれからなるか、またはそれからなる第3のヌクレオチド配列であって、第3のヌクレオチド配列内のヌクレオチドが、前記供与体部分と受容体部分から選択される第2の部分で標識され、第2の部分が第1のヌクレオチド配列を標識しない前記群のメンバーであり、供与体部分が励起され、蛍光を放出する場合、受容体部分が供与体部分により放出された蛍光を吸収し、クエンチするように、第1の部分と第2の部分が近くなるように、二本鎖が第1のヌクレオチド配列と第3のヌクレオチド配列との間で形成することができるように、第3のヌクレオチド配列が第1のヌクレオチド配列と逆の順序で相補的である、前記ヌクレオチド配列；ならびに
(d)3'末端に配列番号5、7、2または4のいずれかの配列を含む、本質的にそれからなる、またはそれからなる約8〜40個のヌクレオチドを含み、本質的にそれからなるか、またはそれからなる、プライマーの3'末端の第4の一本鎖ヌクレオチド配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはそれからなり、二本鎖が形成されない場合、第1の部分と第2の部分が、第1および第2の部分の間の分子エネルギー移動を阻害する距離により分離される、請求項１に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項３】
プライマーまたはプローブが、配列番号1のステムループ構造をさらに含む、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項４】
配列番号6および7；配列番号2および3；配列番号2および4；または配列番号5および7のヌクレオチド配列から本質的になるプライマーを含むプライマー対。
【請求項５】
配列番号6および7または配列番号2および3のヌクレオチド配列から本質的になるか、またはそれからなる、請求項４に記載のプライマー対。
【請求項６】
請求項４または５のいずれか1項に定義されたプライマー対を含む、MAGE-A3遺伝子のメチル化状態を検出するためのキット。
【請求項７】
DNAを含有するサンプル中の非メチル化Mage-A3遺伝子の存在および／または量を検出する方法であって、
(a)該DNAを含有するサンプルと、該DNA中の非メチル化シトシン残基を選択的に修飾して、検出可能な修飾残基を産生するが、メチル化シトシン残基を修飾しない試薬とを接触させること／該サンプルを該試薬で処理すること、
(b)少なくとも1個のプライマーを、該試薬を用いる処理後に非メチル化DNAの配列にのみ結合するように設計し、プライマー対中の少なくとも1個のプライマーが、配列番号5、6、7、2または3のいずれかのヌクレオチド配列から本質的になる少なくとも1個のプライマー対を用いて、該サンプル中のDNAを増幅すること、
を含む前記方法。
【請求項８】
被験者における癌または癌の素因を診断する方法であって、請求項４または５のいずれか１項に定義されたプライマー対を用いることにより、被験者から得たDNAを含有するサンプル中のMAGE-A3遺伝子のメチル化状態を検出することを含み、サンプル中の非メチル化MAGE-A3の存在が、癌または癌の素因を示す、前記方法。
【請求項９】
MAGE-A3免疫療法剤を用いる治療にとって好適な患者を同定および／または選択する方法であって、請求項４または５のいずれか１項に定義されたプライマー対を用いることにより、患者のDNAを含有するサンプル中のMAGE-A3遺伝子のメチル化状態を検出することを含み、MAGE-A3遺伝子がメチル化されていない場合、患者をMAGE-A3免疫療法剤を用いる治療のために同定および／または選択する、前記方法。
【請求項１０】
癌の治療の成功可能性を予測する方法であって、請求項４または５のいずれか１項に定義されたプライマー対を用いることにより、患者のDNAを含有するサンプル中のMAGE-A3遺伝子のメチル化状態を検出することを含み、MAGE-A3遺伝子がメチル化されていない場合、MAGE-A3免疫療法剤を用いる治療の成功可能性が、該遺伝子がメチル化されている場合よりも高い、前記方法。
【請求項１１】
癌のための好適な治療計画を選択する方法であって、請求項４または５のいずれか１項に定義されたプライマー対を用いることにより、患者のサンプル中のMAGE-A3遺伝子のメチル化状態を検出することを含み、MAGE-A3遺伝子がメチル化されていない場合、免疫療法剤を治療のために選択する、前記方法。
【請求項１２】
腫瘍に罹患する患者の治療のための医薬の製造におけるMAGE-A3を含む組成物の使用であって、該患者が、請求項４または５のいずれか１項に定義されたプライマー対を用いることにより、MAGE-A3遺伝子のメチル化状態を測定することに基づいて、治療のために選択された、前記使用。
【請求項１３】
MAGE-A3を発現する腫瘍を再発しやすい患者の治療のための医薬の製造におけるMAGE-A3を含む組成物の使用であって、該患者が、請求項４または５のいずれか１項に定義されたプライマー対を用いることにより、MAGE-A3遺伝子のメチル化状態を測定することに基づいて、治療のために選択された、前記使用。
【請求項１４】
MAGE-A3を含む組成物が、完全長MAGE-A3、実質的に完全長のMAGE-A3またはMAGE-A3の断片、例えば、MAGE-A3のペプチドを含む、請求項１２または１３のいずれか１項に記載の使用。
【請求項１５】
MAGE-A3ペプチドが、
2010538633.tif 000001
から選択される、請求項１４に記載の使用。
【請求項１６】
MAGE-A3が、完全長MAGE-A3または1〜10個のアミノ酸がMAGE-A3タンパク質のN末端および／もしくはC末端から欠失された、実質的に完全長のMAGE-A3の断片である、請求項１４に記載の使用。
【請求項１７】
MAGE-A3がMAGE3のアミノ酸3〜314(合計312個のアミノ酸)である、請求項１４に記載の使用。
【請求項１８】
MAGE-A3タンパク質、断片またはペプチドを融合パートナータンパク質に連結する、請求項１４に記載の使用。
【請求項１９】
MAGE-A3タンパク質、断片またはペプチドおよび融合パートナータンパク質を、化学的に結合させるか、または組換え融合タンパク質として発現させる、請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
融合パートナータンパク質が、グラム陰性細菌ヘモフィルス・インフルエンザBまたはその誘導体の表面タンパク質であるプロテインDである、請求項１８または１９に記載の使用。
【請求項２１】
プロテインD誘導体が、プロテインDの最初の1/3、プロテインDの最初のほぼ1/3、プロテインDの最初のN末端の100〜110残基またはプロテインDの最初のN末端の109残基を含む、請求項２０に記載の使用。
【請求項２２】
分泌またはシグナル配列を、プロテインD融合パートナーのN末端にさらに含有させる、請求項２０または２１に記載の使用。
【請求項２３】
MAGE-A3が、プロテインDのシグナル配列；プロテインDのアミノ酸1〜109；MAGE-A3タンパク質に由来する312個のアミノ酸(アミノ酸3〜314)；スペーサー；およびポリヒスチジン尾部を含む融合タンパク質である、請求項１６〜２２のいずれか１項に記載の使用。
【請求項２４】
融合パートナータンパク質が、LytA、あるいは残基178で始まるC末端中に認められるLytA分子の反復部分を含むかもしくはそれからなるか、または残基188〜305を含むその誘導体である、請求項１８または２０に記載の使用。
【請求項２５】
融合パートナータンパク質が、NS1(ヘマグルチニン)、またはNS1のN末端の81アミノ酸を含むその誘導体である、請求項１８または２０に記載の使用。
【請求項２６】
MAGE-A3が誘導体化された遊離チオールを含む、請求項１２〜２５のいずれか１項に記載の使用。
【請求項２７】
前記組成物が、MAGE-A3タンパク質、その断片もしくはペプチドまたは融合タンパク質をコードする核酸分子を含む、請求項１２〜２６のいずれか１項に記載の使用。
【請求項２８】
前記核酸分子を発現ベクター内に提供する、請求項２７に記載の使用。
【請求項２９】
MAGE-A3を含有する組成物が、1種以上のアジュバント、免疫刺激サイトカインおよびケモカインをさらに含む、請求項１２〜２８のいずれか１項に記載の使用。
【請求項３０】
前記アジュバントがモノホスホリルリピドAまたはその誘導体、サポニンまたはその誘導体およびTLR9アンタゴニストのうちの1種以上を含む、請求項２９に記載の使用。
【請求項３１】
TLR9アゴニストがCpG含有オリゴヌクレオチドである、請求項２９または３０に記載の使用。
【請求項３２】
前記アジュバントを、必要に応じて、コレステロールおよび／もしくはトコフェロールを含有する、水中油乳濁液もしくは油中水乳濁液中で製剤化するか、またはリポソーム組成物中で製剤化する、請求項２９〜３１のいずれか１項に記載の使用。