【手続補正書】
【提出日】平成23年10月27日(2011.10.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｐＤＣ−ＳＩＧＮおよびｐＬＳＥＣｔｉｎからなる群から選択される１つ以上のタンパク質をコードするヌクレオチド配列、前記ヌクレオチド配列の少なくとも１つの相補体、ならびに前記ヌクレオチド配列の少なくとも１つの機能的な定義された部分を含む単離された核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が融合タンパク質をコードする、核酸分子。
【請求項２】
前記融合タンパク質は少なくとも２つのタンパク質を含み、ｐＬＳＥＣｔｉｎが、ｐＤＣ−ＳＩＧＮか、または２つのタンパク質のうちの少なくとも１つの機能的な定義された部分に連結されている、請求項１に記載の核酸分子。
【請求項３】
前記融合タンパク質は、ｈＤＣ−ＳＩＧＮ、ｈＬ−ＳＩＧＮ、ｈＬＳＥＣｔｉｎおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質、またはその機能的な定義された部分をさらに含む、請求項１に記載の核酸分子。
【請求項４】
前記融合タンパク質は、ｈＤＣ−ＳＩＧＮ、ｈＬ−ＳＩＧＮ、ｈＬＳＥＣｔｉｎおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質、またはその機能的な定義された部分をさらに含む、請求項２に記載の核酸分子。
【請求項５】
前記融合タンパク質は、ｐＤＣ−ＳＩＧＮまたはｐＬＳＥＣｔｉｎの炭水化物認識ドメインと、ｈＤＣ−ＳＩＧＮ、ｈＬ−ＳＩＧＮ、ｈＬＳＥＣｔｉｎの細胞質尾部、膜貫通ドメインもしくは反復ネック領域またはそれらの組み合わせとを含有する、請求項３に記載の核酸分子。
【請求項６】
ｐＤＣ−ＳＩＧＮをコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号１またはその相補鎖を含む、核酸分子。
【請求項７】
ｐＩＣＡＭ−３をコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号４またはその相補鎖を含む、核酸分子。
【請求項８】
請求項１、２、３、４、５、６または７のいずれか一項に記載の核酸分子を含有する生物学的に機能的なプラスミドまたはウイルスベクター。
【請求項９】
前記ベクターはｐＴｒｉＥｘ−１．１Ｎｅｏである、請求項８に記載の生物学的に機能的なプラスミドまたはウイルスベクター。
【請求項１０】
ｐＤＣ−ＳＩＧＮ、ｐＩＣＡＭ−３およびｐＬＳＥＣｔｉｎからなる群から選択される少なくとも１つ以上のタンパク質ならびにそれらの機能的な定義された部分を発現する単離されたトランスフェクト細胞または細胞系統。
【請求項１１】
前記細胞または細胞系統は融合タンパク質を発現する、請求項１０に記載の細胞または細胞系統。
【請求項１２】
前記融合タンパク質は少なくとも２つのタンパク質を含み、ｐＬＳＥＣｔｉｎが、ｐＤＣ−ＳＩＧＮか、または２つのタンパク質のうちの少なくとも１つの機能的な定義された部分に連結されている、請求項１１に記載の細胞または細胞系統。
【請求項１３】
前記融合タンパク質は、ｈＤＣ−ＳＩＧＮ、ｈＬ−ＳＩＧＮ、ｈＬＳＥＣｔｉｎおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質、またはその機能的な定義された部分をさらに含む、請求項１１に記載の細胞または細胞系統。
【請求項１４】
前記融合タンパク質は、ｈＤＣ−ＳＩＧＮ、ｈＬ−ＳＩＧＮ、ｈＬＳＥＣｔｉｎおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質、またはその機能的な定義された部分をさらに含む、請求項１２に記載の細胞または細胞系統。
【請求項１５】
前記融合タンパク質は、ｐＤＣ−ＳＩＧＮまたはｐＬＳＥＣｔｉｎの炭水化物認識ドメインと、ｈＤＣ−ＳＩＧＮ、ｈＬ−ＳＩＧＮ、ｈＬＳＥＣｔｉｎの細胞質尾部、膜貫通ドメインもしくは反復ネック領域またはそれらの組み合わせとを含有する、請求項１３に記載の細胞または細胞系統。
【請求項１６】
前記細胞または細胞系統は、樹状細胞、マクロファージ細胞、単球系細胞、リンパ系細胞および絨毛細胞からなる群から選択される、請求項１０、１１、１２または１３のいずれか一項に記載の細胞または細胞系統。
【請求項１７】
前記細胞または細胞系統は、ＢＨＫ−２１、ＭＡＲＣ−１４５、ＰＫ−１５、ＣＯＳ−７、ＶＥＲＯ、ＣＶ−１、ＬＬＣ−ＭＫ２、ＭＤＣＫ、ＭＤＢＫ、Ｒａｊｉ  Ｂ、ＣＨＯ−Ｋ１、３Ｄ４／３１、ＩＰＥＣ−Ｊ２、ＴＨＰ−１、ＲＡＷ２６４．７、ＭＡ−１０４、２９３ＴおよびＳＴ細胞からなる群から選択される、請求項１０、１１、１２または１３のいずれか一項に記載の細胞または細胞系統。
【請求項１８】
タンパク質産物の産生のための方法であって、適切な栄養条件下で、請求項１、２、３、４、５、６または７のいずれか一項に記載の核酸分子でトランスフェクトされた原核または真核細胞を、前記タンパク質産物の発現を可能にする様式で増殖させる工程と、前記核酸分子の発現の所望されるタンパク質産物を単離する工程とを含む方法。
【請求項１９】
配列番号２、配列番号５または配列番号３７のアミノ酸配列に特異的に結合する単離されたモノクローナルまたはポリクローナル抗体。
【請求項２０】
前記抗体はポリクローナルであり、そして前記ポリクローナル抗体は、配列番号１３、配列番号１４または配列番号１３および配列番号１４の組み合わせを含むペプチド領域に特異的に結合する、請求項１９に記載の抗体。
【請求項２１】
請求項１９または２０に記載の抗体を産生するハイブリドーマ細胞系統。
【請求項２２】
（ａ）ｐＤＣ−ＳＩＧＮ、ｐＩＣＡＭ−３およびｐＬＳＥＣｔｉｎからなる群から選択される１つ以上のタンパク質をコードするヌクレオチド配列、前記ヌクレオチド配列の少なくとも１つの相補体、ならびに前記ヌクレオチド配列の少なくとも１つの機能的な定義された部分を含有するトランスフェクト細胞または細胞系統を提供する工程と；
（ｂ）前記トランスフェクト細胞または細胞系統を増殖培地において増殖させて、培養物を形成する工程と；
（ｃ）前記培養物にウイルスを播種する工程と；
（ｄ）前記播種された培養物を、培養物中でウイルスを繁殖させるのに有効な条件下でインキュベートする工程とを含む、ウイルスを繁殖させるための方法。
【請求項２３】
前記細胞を溶解して、細胞内のビリオンを放出させ、そしてウイルス抗原を採取する工程をさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
工程（ａ）は、融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含有するトランスフェクト細胞または細胞系統を提供する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
工程（ａ）における融合タンパク質は少なくとも２つのタンパク質を含み、ｐＬＳＥＣｔｉｎが、ｐＤＣ−ＳＩＧＮか、または２つのタンパク質のうちの少なくとも１つの機能的な定義された部分に連結されている、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
工程（ａ）における融合タンパク質は、ｈＤＣ−ＳＩＧＮ、ｈＬ−ＳＩＧＮ、ｈＬＳＥＣｔｉｎおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質、またはその機能的な定義された部分をさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
工程（ａ）における融合タンパク質は、ｈＤＣ−ＳＩＧＮ、ｈＬ−ＳＩＧＮ、ｈＬＳＥＣｔｉｎおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質、またはその機能的な定義された部分をさらに含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
工程（ａ）における融合タンパク質は、ｐＤＣ−ＳＩＧＮまたはｐＬＳＥＣｔｉｎの炭水化物認識ドメインと、ｈＤＣ−ＳＩＧＮ、ｈＬ−ＳＩＧＮ、ｈＬＳＥＣｔｉｎの細胞質尾部、膜貫通ドメインもしくは反復ネック領域またはそれらの組み合わせとを含有する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
工程（ａ）は、樹状細胞、マクロファージ細胞、単球系細胞、リンパ系細胞および栄養膜細胞からなる群から選択されるトランスフェクト細胞または細胞系統を提供する、請求項２２に記載の方法。
【請求項３０】
工程（ａ）は、ＢＨＫ−２１、ＭＡＲＣ−１４５、ＰＫ−１５、ＣＯＳ−７、ＶＥＲＯ、ＣＶ−１、ＬＬＣ−ＭＫ２、ＭＤＣＫ、ＭＤＢＫ、Ｒａｊｉ  Ｂ、ＣＨＯ−Ｋ１、３Ｄ４／３１、ＩＰＥＣ−Ｊ２、ＴＨＰ−１、ＲＡＷ２６４．７、ＭＡ−１０４、２９３ＴおよびＳＴ細胞からなる群から選択されるトランスフェクト細胞または細胞系統を提供する、請求項２２に記載の方法。
【請求項３１】
前記ウイルスは、ブタ繁殖呼吸障害症候群ウイルス、ブタ呼吸器型コロナウイルス、ブタ流行性下痢ウイルス、ブタ内在性レトロウイルス、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、感染性胃腸炎ウイルス、日本脳炎ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、デングウイルス、ウエストナイルウイルス、エボラウイルス、マールブルグウイルス、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス、ネココロナウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ブタサイトメガロウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、サル免疫不全ウイルス、ネコ免疫不全ウイルス、シンドビスウイルス、単純ヘルペスウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、Ｂ型インフルエンザウイルス、Ｃ型インフルエンザウイルス、ブタインフルエンザウイルス、ニパウイルス、ヘンドラウイルス、アフリカブタコレラウイルス、ブタコレラウイルス、ウシウイルス性下痢ウイルス、仮性狂犬病ウイルス、ブタポックスウイルス、水疱性口内炎ウイルス、狂犬病ウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、ウマ動脈炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルスおよび２型ブタサーコウイルスからなる群から選択される、請求項２２に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６２】
特に好適なタンパク質またはポリペプチドは、共通の用語として、同義的に使用され、配列番号２および図２ａ〜２ｂに記載のアミノ酸配列を有する単離されたｐＤＣ−ＳＩＧＮポリペプチドを包含し、単離されたｐＩＣＡＭ−３ポリペプチドは、配列番号５および図１１ａ〜１１ｂに記載のアミノ酸配列を有し、そして単離されたｐＬＳＥＣｔｉｎポリペプチドは、配列番号３７および図１４ｂ〜１４ｃに記載のアミノ酸配列を有する。ブタタンパク質の生物学的に活性な変異体も本発明にさらに包含される。当業者であれば、ポリペプチド配列由来のアミノ酸を改変、置換、欠失などし、そして過度の努力を伴わずに、親配列と同じか、または実質的に同じ活性を保持する生物学的に活性な変異体を産生させる仕方を知っている。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６９】
図１４ａに例示されるように、ｐＬＳＥＣｔｉｎ遺伝子は、エキソン１および９のサイズが決定されていない遺伝子の完全なコード領域にわたる９つのエキソンによってコードされた。すべての９つのエキソンの配列は、クローニングされた９０９ｂｐのｃＤＮＡならびにｐＬＳＥＣｔｉｎ  ＥＳＴの配列に完全に同一であり、遺伝子の確実性が示された。８つのイントロンのサイズは１１０〜３２０ｂｐで変動し、そしてイントロン上のすべてのアクセプターおよびドナー配列は、ＧＴ−ＡＧ規則に従った。他のＩＩ型のＣ型レクチンと同様に、ｐＬＳＥＣｔｉｎの推定コード領域は、アミノ末端からカルボキシル末端までの４つのドメイン、ＣＴ、ＴＭＤ、ネックおよびＣＲＤをコードする（図１４ｂおよび１４ｃ）。エキソン１の３’末端およびエキソン２の５’末端は、ＣＴをコードする。エキソン２の残りの部分は、ＴＭＤをコードする。ネック領域は、エキソン３〜６の全体およびエキソン７の最初の５ヌクレオチドにわたる。エキソン７の残りの部分、エキソン８全体およびエキソン９の５’末端は、ＣＲＤをコードする（図１４ａ）。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７０】
ｐＬＳＥＣｔｉｎ遺伝子とゲノムデータベースから利用可能な他の推定哺乳動物ＬＳＥＣｔｉｎ相同体との比較：ｐＬＳＥＣｔｉｎ遺伝子は、４つのドメインの対応するエキソンへの局在を含む、９つのエキソンの類似の構造およびサイズを、ヒトならびに推定ウシ、イヌ、マウスおよびラットＬＳＥＣｔｉｎ遺伝子と共有する。本発明の目的のためにウマＬＳＥＣｔｉｎ１〜３と命名された３つのＬＳＥＣｔｉｎ遺伝子相同体が、ウマゲノムデータベースにおいて見出された。ウマＬＳＥＣｔｉｎ１およびＬＳＥＣｔｉｎ２はまた、同じ遺伝子構造を伴う９つのエキソンを有するが、ウマＬＳＥＣｔｉｎ３だけは、８つのエキソンを含有する。通常の（ｃａｎｏｎｉｃａｌ）９エキソン含有ＬＳＥＣｔｉｎ遺伝子の２つのネックドメインをコードするエキソン（ｐＬＳＥＣｔｉｎ遺伝子に対応するエキソン３および４）を１つのエキソンに融合することによって、ウマＬＳＥＣｔｉｎ３において１つのエキソンが失われる。同様に、通常の９エキソン含有ＬＳＥＣｔｉｎ遺伝子のエキソン３および４を１つのエキソンに融合することにより、推定ヒトＬＳＥＣｔｉｎ偽遺伝子に存在する合計で８つのエキソンが生じた。しかし、ヒト偽遺伝子のタンパク質をコードする能力の消失は、チンパンジーＬＳＥＣｔｉｎ偽遺伝子と共に、提示された開始コドンＡＴＧにおける点変異（ＧからＡ）によるものである（図１５）。２つのアカゲザルＬＳＥＣｔｉｎ相同体、ＬＳＥＣｔｉｎ１およびＬＳＥＣｔｉｎ２を、ゲノム配列決定データに基づいて推定した。しかし、９つのエキソンが存在するにもかかわらず、相同体のいずれも、エキソン３における１ｎｔ挿入（ＬＳＥＣｔｉｎ１の場合）またはエキソン５における１ｎｔ欠失（ＬＳＥＣｔｉｎ２の場合）（偽遺伝子としても認識されている）により、ＣＲＤ欠失を伴うカルボキシル末端短縮型タンパク質産物をコードする（図１５）。