【手続補正書】
【提出日】平成22年10月4日(2010.10.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
触媒コア部分、センサーアーム部分および基質アーム部分のうち少なくとも一つ、ならびに組織化助長因子（assembly facilitator）オリゴヌクレオチド、基質オリゴヌクレオチド、活性阻害因子および組織化阻害因子またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される少なくとも一つのさらなるオリゴヌクレオチド成分を含む少なくとも一つのオリゴヌクレオチドパートザイム（oligonucleotide partzyme）を含む、分子スイッチであって、多成分核酸（MNA）複合体を形成することができる分子スイッチ。
【請求項２】
分解された複合体、部分的に組織化した複合体、完全に組織化したMNAzyme、完全に組織化した触媒的に不活性なMNA複合体、またはMNAiを含む、請求項1記載のスイッチ。
【請求項３】
パートザイムセンサーアーム、パートザイム基質アーム、組織化助長因子オリゴヌクレオチド、基質オリゴヌクレオチド、活性阻害因子または組織化阻害因子のうち一つまたは複数が、少なくとも一つの自己相補性領域を含む、請求項1または2記載のスイッチ。
【請求項４】
パートザイムセンサーアーム、パートザイム基質アーム、組織化助長因子オリゴヌクレオチドまたは基質オリゴヌクレオチドのうち一つまたは複数が、少なくとも一つのアプタマーをさらに含む、請求項1〜3のいずれか一項記載のスイッチ。
【請求項５】
少なくとも一つの安定化アームをさらに含む、請求項1〜4のいずれか一項記載のスイッチ。
【請求項６】
その少なくとも一つの成分が、少なくとも一つのナノ粒子、ミクロ粒子、またはそれらの組み合わせをさらに含む、請求項1〜5のいずれか一項記載のスイッチ。
【請求項７】
分子スイッチとしてのMNA複合体の使用であって、該複合体が入力事象に応答して活性MNA複合体から不活性MNA複合体、または不活性MNA複合体から活性MNA複合体に遷移する、使用。
【請求項８】
不活性複合体が、分解された複合体、部分的に組織化した複合体、または完全に組織化した触媒的に不活性なMNA複合体、またはMNAiを含む、請求項7記載の使用。
【請求項９】
入力事象が、触媒的に活性なMNAzymeの組織化を結果的にもたらす、請求項7記載の使用。
【請求項１０】
遷移が出力シグナルの変化を結果的にもたらす、請求項7〜9のいずれか一項記載の使用。
【請求項１１】
出力シグナルが増幅される、請求項10記載の使用。
【請求項１２】
標的の存在下で形成される開始MNAzyme；該開始MNAzymeの産物の存在下で形成される第一のMNAzymeを含むカスケードを用いて標的を検出する方法であって、以下の段階：
（i）第一の基質を該開始MNAzymeにより修飾して第一の組織化助長因子を生成させる段階；
（ii）前記第一のMNAzymeを前記第一の組織化助長因子により組織化させる段階；
（iii）追加の基質を前記第一のMNAzymeにより修飾する段階
を含む方法であり；かつ
前記第一のまたは前記追加の基質のうち少なくとも一つの前記修飾が、前記標的の存在を示す検出可能な影響を生じさせる、方法。
【請求項１３】
標的の存在下で形成される開始MNAzyme；該開始MNAzymeの産物の存在下で形成される第一のMNAzyme；該第一のMNAzymeの産物の存在下で形成される追加のMNAzymeを含むカスケードを用いて標的を検出する方法であって、以下の段階：
（i）第一の基質を該開始MNAzymeにより修飾して第一の組織化助長因子を生成させる段階；
（ii）前記第一のMNAzymeを前記第一の組織化助長因子により組織化させる段階；
（iii）追加の基質を前記第一のMNAzymeにより修飾して追加の組織化助長因子を生成させる段階；
（iv）前記追加のMNAzymeを前記追加の組織化助長因子により組織化させる段階；
（v）前記第一の基質を前記追加のMNAzymeにより修飾して前記第一の組織化助長因子を生成させる段階；
（vi）前記第一のMNAzymeを（v）から放出された前記第一の組織化助長因子により組織化させ、それによって増幅カスケードを形成させる段階
を含む方法であり；かつ
前記第一のまたは前記追加の基質のうち少なくとも一つの前記修飾が、前記標的の存在を示す検出可能な影響を生じさせる、方法。
【請求項１４】
検出可能な影響が、蛍光分光法、表面プラズモン共鳴、質量分析法、NMR、電子スピン共鳴、偏光蛍光分光法、円二色性、イムノアッセイ、クロマトグラフィー、放射分析、光度計測法、シンチグラフィー、電子工学的方法、UV、可視光もしくは赤外分光法、酵素的方法、またはそれらの任意の組み合わせの少なくとも一つによって検出される、請求項12または13記載の方法。
【請求項１５】
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチド成分、および少なくとも一つの活性阻害因子分子を含む、MNAi。
【請求項１６】
少なくとも二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチド成分を含むMNAiであって、少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および第二のオリゴヌクレオチド成分が少なくとも一つのMNA複合体活性阻害因子の存在下で自己組織化することができ、少なくとも該第一および該第二のオリゴヌクレオチド成分のそれぞれが基質アーム部分、触媒コア部分およびセンサーアーム部分を含み；自己組織化が起こると、該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分のセンサーアーム部分がセンサーアームとして作用し、第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の基質アーム部分が基質アームとして作用し、かつ第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の触媒コア部分が非機能性触媒コアを形成し；かつ
自己組織化が起こると、少なくとも一つのセンサーアームが前記活性阻害因子と相互作用し、かつ前記第一および第二のオリゴヌクレオチド成分がその各々の触媒コア部分の会合のために近傍に維持されて、非機能性触媒コアを形成する、MNAi。
【請求項１７】
活性阻害因子が標的または基質である、請求項15または16記載のMNAi。
【請求項１８】
MNAiの少なくとも一つの成分がアプタマーまたはその部分を含み、該アプタマーまたはその部分が、核酸、タンパク質、糖タンパク質、脂質、リポタンパク質、細胞、ウイルス、細菌、古細菌、真菌、抗体、代謝産物、病原体、毒素、汚染物質、毒物、小分子、ポリマー、金属イオン、金属塩、プリオン、またはそれらの任意の誘導体、部分もしくは組み合わせを含む群から選択されるリガンドと結合する、請求項15〜17のいずれか一項記載のMNAi。
【請求項１９】
第一のMNAzyme、実質的に触媒的に不活性な形態で最初は存在するMNA複合体（MNAi）、該第一のMNAzymeによって修飾されて検出可能な影響をもたらしうる活性阻害因子を含むシグナルカスケードを用いる、組織化助長因子の検出のための方法であって、該活性阻害因子が活性阻害因子および潜在的基質の両方であり；かつ
前記第一のMNAzymeの触媒活性が可能な条件下での、前記組織化助長因子と該第一のMNAzymeに対するパートザイムとの会合が、該第一のMNAzymeの触媒活性を助長し、それによって前記活性阻害因子の修飾をもたらして、活性化因子組織化助長因子ドメインおよび該活性阻害因子の活性阻害因子ドメインを放出させ、該放出が前記検出可能な影響をもたらし；かつ
前記放出された活性化因子組織化助長因子ドメインが、前記MNA複合体の成分からの第二のMNAzymeの組織化を助長し；かつ
前記第二のMNAzymeの触媒活性が前記活性阻害因子を修飾して、さらなる活性阻害因子ドメインおよびさらなる活性化因子組織化助長因子ドメインを放出させ、該放出がさらなる検出可能な影響をもたらし；かつ
前記のさらなる活性化因子組織化助長因子ドメインが追加の第二のMNAzymeの組織化を助長し、それによってさらなる触媒的に活性な第二のMNAzymeをもたらし、それによって該組織化助長因子の存在を示すさらなる検出可能な影響をもたらし；かつ
触媒的に活性なMNAzymeの組織化が、温度、塩濃度、イオン強度、pH、二価陽イオンの有無、種類もしくは濃度、電荷、磁荷の変化、物理的操作、およびMNAもしくはモジュレーター成分もしくは微小環境の成分の濃度の変化、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される入力事象によって調節される、
検出方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０７】
もう一つの態様において、第一または第二の出力は、もう一つの全加算器に対する入力として作用する。
[請求項1001]
触媒コア部分、センサーアーム部分および基質アーム部分のうち少なくとも一つ、ならびに組織化助長因子(assembly facilitator)オリゴヌクレオチド、基質オリゴヌクレオチド、活性阻害因子および組織化阻害因子またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される少なくとも一つのさらなるオリゴヌクレオチド成分を含む少なくとも一つのオリゴヌクレオチドパートザイム(oligonucleotide partzyme)を含む、分子スイッチであって、多成分核酸(MNA)複合体を形成することができる分子スイッチ。
[請求項1002]
分解された複合体、部分的に組織化した複合体、完全に組織化したMNAzyme、または完全に組織化した触媒的に不活性なMNA複合体を含む、請求項1001記載のスイッチ。
[請求項1003]
MNAiを含む、請求項1001または1002記載のスイッチ。
[請求項1004]
活性阻害因子が、前記オリゴヌクレオチドの少なくとも一つに対して実質的に非相補的なヌクレオチド配列を含む、請求項1001記載のスイッチ。
[請求項1005]
パートザイムセンサーアーム、パートザイム基質アーム、組織化助長因子オリゴヌクレオチドおよび基質オリゴヌクレオチドのうち一つまたは複数が、少なくとも二つの分子を含む、請求項1001〜1004のいずれか一項記載のスイッチ。
[請求項1006]
パートザイムセンサーアーム、パートザイム基質アーム、組織化助長因子オリゴヌクレオチド、基質オリゴヌクレオチド、活性阻害因子または組織化阻害因子のうち一つまたは複数が、少なくとも一つの自己相補性領域を含む、請求項1001〜1005のいずれか一項記載のスイッチ。
[請求項1007]
パートザイムセンサーアーム、パートザイム基質アーム、組織化助長因子オリゴヌクレオチドまたは基質オリゴヌクレオチドのうち一つまたは複数が、少なくとも一つのアプタマーおよび少なくとも一つの組織化阻害因子をさらに含む、請求項1001または1002記載のスイッチ。
[請求項1008]
その少なくとも一つの成分を、入力事象に対する複合体の感度が増大もしくは低下するように、および/または出力シグナルの強度が変化するように適合させることができる、請求項1001〜1007のいずれか一項記載のスイッチ。
[請求項1009]
活性阻害因子が、組織化助長因子ドメイン、活性阻害因子ドメイン、レポータードメイン、基質ドメイン、またはそれらの任意の組み合わせのうち少なくとも一つを含む、請求項1001〜1006のいずれか一項記載のスイッチ。
[請求項1010]
少なくとも一つの安定化アームをさらに含む、請求項1001〜1009のいずれか一項記載のスイッチ。
[請求項1011]
その少なくとも一つの成分が核酸を含む、請求項1001〜1010のいずれか一項記載のスイッチ。
[請求項1012]
その少なくとも一つの成分が、少なくとも一つのナノ粒子、ミクロ粒子、またはそれらの組み合わせをさらに含む、請求項1001〜1011のいずれか一項記載のスイッチ。
[請求項1013]
分子スイッチとしてのMNA複合体の使用であって、該複合体が入力事象に応答して不活性MNA複合体から活性MNA複合体に遷移する、使用。
[請求項1014]
不活性複合体が、分解された複合体、部分的に組織化した複合体、または完全に組織化した触媒的に不活性なMNA複合体を含む、請求項1013記載の使用。
[請求項1015]
不活性複合体が組織化阻害因子を含む、請求項1014記載の使用。
[請求項1016]
触媒的に不活性なMNA複合体がMNAiである、請求項1014記載の使用。
[請求項1017]
MNAiが、活性阻害因子ドメイン、活性化因子組織化助長因子ドメイン、レポータードメイン、基質ドメイン、またはそれらの任意の組み合わせのうち少なくとも一つを含む活性阻害因子を含む、請求項1016記載の使用。
[請求項1018]
活性MNAzymeへの遷移が、MNAiからの少なくとも活性阻害因子または活性阻害因子ドメインの置き換え(displacement)を含む、請求項1016または1017記載の使用。
[請求項1019]
置き換えが、活性阻害因子ドメインと活性化因子組織化助長因子ドメインとを連結している切断可能な基質の切断を伴う、請求項1018記載の使用。
[請求項1020]
入力事象が、阻害因子の除去またはその阻害機能の不活性化である、請求項1013記載の使用。
[請求項1021]
入力事象が、触媒的に活性なMNAzymeの組織化を結果的にもたらす、請求項1013記載の使用。
[請求項1022]
入力事象が、(i)外因性の供給(provision)によってもたらされるか、または(ii)MNA複合体の環境内での反応の産物である、活性化因子の供給を含む、請求項1013記載の使用。
[請求項1023]
分子スイッチとしてのMNA複合体の使用であって、該複合体が入力事象に応答して活性MNA複合体から不活性MNA複合体に遷移する、使用。
[請求項1024]
活性複合体がMNAzymeである、請求項1023記載の使用。
[請求項1025]
不活性MNA複合体への遷移が、活性MNA複合体の分解に伴うものである、請求項1023記載の使用。
[請求項1026]
不活性MNA複合体への遷移が、不活性MNA複合体の組織化に伴うものである、請求項1023記載の使用。
[請求項1027]
入力事象が、阻害因子の添加またはその阻害機能の活性化である、請求項1023記載の使用。
[請求項1028]
入力事象が阻害因子の結合である、請求項1023記載の使用。
[請求項1029]
阻害因子が組織化阻害因子である、請求項1028記載の使用。
[請求項1030]
阻害因子が活性阻害因子または活性阻害因子ドメインである、請求項1028記載の使用。
[請求項1031]
不活性MNA複合体がMNAiである、請求項1023記載の使用。
[請求項1032]
活性阻害因子または組織化阻害因子が、(i)外因性の供給によってもたらされるか、または(ii)MNA複合体の環境内での反応の産物である、請求項1027〜1030のいずれか一項記載の使用。
[請求項1033]
遷移が出力シグナルの変化を結果的にもたらす、請求項1013〜1032のいずれか一項記載の使用。
[請求項1034]
入力事象が、温度、塩濃度、イオン強度、pH、二価陽イオンの有無、種類もしくは濃度、電荷、磁荷の変化、物理的操作、およびMNAもしくはモジュレーター成分もしくは微小環境の成分の濃度の変化、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される、請求項1013〜1032のいずれか一項記載の使用。
[請求項1035]
出力シグナルの変化が、以前には存在していなかったシグナルの出現、以前に存在していたシグナルの消失、または出力シグナルの増加もしくは減少である、請求項1033記載の使用。
[請求項1036]
出力シグナルが基質の修飾の程度に依存し、該修飾が、切断、連結、ポルフィリンメタル化(prophyrin metallation)、炭素-炭素結合、エステル結合もしくはアミド結合の形成、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される、請求項1033記載の使用。
[請求項1037]
出力シグナルが、蛍光分光法、表面プラズモン共鳴、質量分析法、NMR、電子スピン共鳴、偏光蛍光分光法、円二色性、イムノアッセイ、クロマトグラフィー、放射分析、光度計測法、シンチグラフィー、電子工学的方法、UV、可視光もしくは赤外分光法、酵素的方法、またはそれらの任意の組み合わせによって決定される、請求項1033記載の使用。
[請求項1038]
決定が、出力シグナルを定量化することが可能な様式で行われる、請求項1037記載の使用。
[請求項1039]
入力事象の大きさが、定量化された出力シグナルから決定される、請求項1038記載の使用。
[請求項1040]
入力事象または出力シグナルの一方または両方が増幅される、請求項1033記載の使用。
[請求項1041]
出力シグナル増幅がシグナルカスケードによる、請求項1040記載の使用。
[請求項1042]
二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチド成分、および少なくとも一つの活性阻害因子分子を含む、MNAi。
[請求項1043]
少なくとも一つの組織化助長因子をさらに含む、請求項1042記載のMNAi。
[請求項1044]
活性阻害因子が、活性化因子組織化助長因子ドメイン、活性阻害因子ドメイン、レポータードメイン、基質ドメイン、またはそれらの任意の組み合わせのうち少なくとも一つを含む、請求項1042または1043記載のMNAi。
[請求項1045]
活性阻害因子ドメイン、活性化因子組織化助長因子ドメインおよびレポータードメインのうち少なくとも二つが、活性阻害因子の別個のドメイン上に位置する、請求項1044記載のMNAi。
[請求項1046]
活性阻害因子ドメイン、活性化因子組織化助長因子ドメインおよびレポータードメインのうち少なくとも二つが、不安定なリンカーまたは切断可能な基質によって連結されている、請求項1044または1045記載のMNAi。
[請求項1047]
基質が、活性化因子組織化助長因子ドメイン、活性阻害因子ドメイン、レポータードメイン、またはそれらの任意の組み合わせのうち少なくとも一つを含む、請求項1042〜1046のいずれか一項記載のMNAi。
[請求項1048]
活性阻害因子が、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチド成分のうち少なくとも一つに対して実質的に非相補的なヌクレオチド配列を含む、請求項1042〜1047のいずれか一項記載のMNAi。
[請求項1049]
組織化助長因子が標的である、請求項1043記載のMNAi。
[請求項1050]
標的が、DNA、メチル化DNA、アルキル化DNA、RNA、メチル化RNA、マイクロRNA、siRNA、shRNA、tRNA、mRNA、snoRNA、stRNA、smRNA、プレ-マイクロRNAおよびプリ-マイクロRNA、他の非コーディングRNA、リボソームRNA、それらの誘導体、アンプリコン、またはそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される核酸である、請求項1049記載のMNAi。
[請求項1051]
MNAiの少なくとも一つの成分がアプタマーをさらに含む、請求項1042または1043記載のMNAi。
[請求項1052]
少なくとも二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチド成分を含むMNAi組成物であって、少なくとも第一のオリゴヌクレオチド成分および第二のオリゴヌクレオチド成分が少なくとも一つのMNA複合体活性阻害因子の存在下で自己組織化することができ、少なくとも該第一および該第二のオリゴヌクレオチド成分のそれぞれが基質アーム部分、触媒コア部分およびセンサーアーム部分を含み;自己組織化が起こると、該第一および第二のオリゴヌクレオチド成分のセンサーアーム部分がセンサーアームとして作用し、第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の基質アーム部分が基質アームとして作用し、かつ第一および第二のオリゴヌクレオチド成分の触媒コア部分が非機能性触媒コアを形成し;かつ
自己組織化が起こると、少なくとも一つのセンサーアームが前記活性阻害因子と相互作用し、かつ前記第一および第二のオリゴヌクレオチド成分がその各々の触媒コア部分の会合のために近傍に維持されて、非機能性触媒コアを形成する、MNAi組成物。
[請求項1053]
少なくとも一つの組織化助長因子をさらに含む、請求項1052記載のMNAi組成物。
[請求項1054]
活性阻害因子が、活性化因子組織化助長因子ドメイン、活性阻害因子ドメイン、レポータードメイン、基質ドメイン、またはそれらの任意の組み合わせのうち少なくとも一つを含む、請求項1052記載のMNAi組成物。
[請求項1055]
活性阻害因子ドメイン、活性化因子組織化助長因子ドメインおよびレポータードメインのうち少なくとも二つが、活性阻害因子の別個のドメイン上に位置する、請求項1054記載のMNAi組成物。
[請求項1056]
活性阻害因子ドメイン、活性化因子組織化助長因子ドメインおよびレポータードメインのうち少なくとも二つが、不安定なリンカーまたは切断可能な基質によって連結されている、請求項1054または1055記載のMNAi組成物。
[請求項1057]
活性阻害因子が基質である、請求項1052記載のMNAi組成物。
[請求項1058]
活性阻害因子が、二つまたはそれ以上のオリゴヌクレオチド成分のうち少なくとも一つに対して実質的に非相補的なヌクレオチド配列を含む、請求項1052記載のMNAi組成物。
[請求項1059]
複合体の少なくとも一つの成分が少なくとも一つのアプタマーまたはその部分を含み、該アプタマーまたはその部分が、核酸、タンパク質、糖タンパク質、脂質、リポタンパク質、細胞、ウイルス、細菌、古細菌、真菌、抗体、代謝産物、病原体、毒素、汚染物質、毒物、小分子、ポリマー、金属イオン、金属塩、プリオン、またはそれらの任意の誘導体、部分もしくは組み合わせを含む群から選択されるリガンドと結合する、請求項1052記載のMNAi組成物。
[請求項1060]
第一のMNAzyme、実質的に触媒的に不活性な形態で最初は存在するMNA複合体(MNAi)、該第一のMNAzymeによって修飾されて検出可能な影響をもたらしうる活性阻害因子を含むシグナルカスケードを用いる、組織化助長因子の検出のための方法であって、該活性阻害因子が活性阻害因子および潜在的基質の両方であり;かつ
前記第一のMNAzymeの触媒活性が可能な条件下での、前記組織化助長因子と該第一のMNAzymeに対するパートザイムとの会合が、該第一のMNAzymeの触媒活性を助長し、それによって前記活性阻害因子の修飾をもたらして、活性化因子組織化助長因子ドメインおよび該活性阻害因子の活性阻害因子ドメインを放出させ、該放出が前記検出可能な影響をもたらし;かつ
前記放出された活性化因子組織化助長因子ドメインが、前記MNA複合体の成分からの第二のMNAzymeの組織化を助長し;かつ
前記第二のMNAzymeの触媒活性が前記活性阻害因子を修飾して、さらなる活性阻害因子ドメインおよびさらなる活性化因子組織化助長因子ドメインを放出させ、該放出がさらなる検出可能な影響をもたらし;かつ
前記のさらなる活性化因子組織化助長因子ドメインが追加の第二のMNAzymeの組織化を助長し、それによってさらなる触媒的に活性な第二のMNAzymeをもたらし、それによって該組織化助長因子の存在を示すさらなる検出可能な影響をもたらす、
検出方法。
[請求項1061]
活性阻害因子がレポーター-阻害因子-助長因子である、請求項1060記載の方法。
[請求項1062]
活性阻害因子、第一のMNAzymeまたは第二のMNA複合体成分のうち一つまたは複数が、不溶性支持体に結び付けられる、請求項1060または1061記載の方法。
[請求項1063]
活性阻害因子、第一のMNAzymeまたは第二のMNA複合体成分のうち一つまたは複数が溶液中に遊離している、請求項1060〜1062のいずれか一項記載の方法。
[請求項1064]
活性阻害因子が、組織化助長因子ドメイン、活性阻害因子ドメイン、レポータードメイン、基質ドメイン、またはそれらの任意の組み合わせのうち少なくとも一つを含む、請求項1060〜1063のいずれか一項記載の方法。
[請求項1065]
活性阻害因子が検出可能な部分およびクエンチャーを含み、第一のまたは第二のMNAzymeによる該活性阻害因子の修飾が起こると、該検出可能な部分によってもたらされる検出可能な影響が増加または減少する、請求項1060〜1064のいずれか一項記載の方法。
[請求項1066]
検出可能な影響が、蛍光分光法、表面プラズモン共鳴、質量分析法、NMR、電子スピン共鳴、偏光蛍光分光法、円二色性、イムノアッセイ、クロマトグラフィー、放射分析、光度計測法、シンチグラフィー、電子工学的方法、UV、可視光もしくは赤外分光法、酵素的方法、またはそれらの任意の組み合わせによって検出される、請求項1060記載の方法。
[請求項1067]
検出可能な影響が測定され、該測定の大きさが組織化助長因子の量を示す、請求項1065または1066記載の方法。
[請求項1068]
組織化助長因子が標的である、請求項1060記載の方法。
[請求項1069]
標的が、DNA、メチル化DNA、アルキル化DNA、RNA、メチル化RNA、マイクロRNA、siRNA、shRNA、tRNA、mRNA、snoRNA、stRNA、smRNA、プレ-マイクロRNAおよびプリ-マイクロRNA、他の非コーディングRNA、リボソームRNA、それらの誘導体、アンプリコン、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される核酸である、請求項1068記載の方法。
[請求項1070]
第一のMNAzymeおよび/または第二のMNA複合体の成分のうち少なくとも一つがアプタマーをさらに含む方法であって、該アプタマーと結合するリガンドの検出をもたらす、請求項1060記載の方法。
[請求項1071]
リガンドが、タンパク質、ポリペプチド、ペプチドまたは核酸、糖タンパク質、脂質、リポタンパク質、細胞、ウイルス、細菌、古細菌、真菌、抗体、代謝産物、病原体、毒素、汚染物質、毒物、生物体全体、小分子、ポリマー、金属イオン、金属塩、プリオン、またはそれらの任意の誘導体、部分もしくは組み合わせを含む、請求項1070記載の方法。
[請求項1072]
組織化助長因子が、入力事象として作用する合成オリゴヌクレオチドである、請求項1060記載の方法。
[請求項1073]
触媒的に活性なMNAzymeの組織化が、温度、塩濃度、イオン強度、pH、二価陽イオンの有無、種類もしくは濃度、電荷、磁荷の変化、物理的操作、およびMNAもしくはモジュレーター成分もしくは微小環境の成分の濃度の変化、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される入力事象によって調節される、請求項1060記載の方法。
[請求項1074]
標的の存在下で形成される開始MNAzyme;該開始MNAzymeの産物の存在下で形成される第一のMNAzyme;該第一のMNAzymeの産物の存在下で形成される追加のMNAzymeを含むカスケードを用いて標的を検出する方法であって、以下の段階:
(i)第一の基質を該開始MNAzymeにより修飾して第一の組織化助長因子を生成させる段階;
(ii)前記第一のMNAzymeを前記第一の組織化助長因子により組織化させる段階;
(iii)追加の基質を前記第一のMNAzymeにより修飾して追加の組織化助長因子を生成させる段階;
(iv)前記追加のMNAzymeを前記追加の組織化助長因子により組織化させる段階;
(v)前記第一の基質を前記追加のMNAzymeにより修飾して前記第一の組織化助長因子を生成させる段階;
(vi)前記第一のMNAzymeを(v)から放出された前記第一の組織化助長因子により組織化させ、それによって増幅カスケードを形成させる段階
を含む方法であり;かつ
前記第一のまたは前記追加の基質のうち少なくとも一つの前記修飾が、前記標的の存在を示す検出可能な影響を生じさせる、方法。
[請求項1075]
第一のまたは追加の組織化助長因子の一方または両方が、活性化因子組織化助長因子である、請求項1074記載の方法。
[請求項1076]
第一の基質が第一のMNAzymeの活性阻害因子である、請求項1074記載の方法。
[請求項1077]
増幅カスケードがフィードバック増幅カスケードである、請求項1074記載の方法。
[請求項1078]
追加の基質が、追加のMNAzymeに対する活性阻害因子である、請求項1074記載の方法。
[請求項1079]
第一および/または追加のMNAzymeが、少なくとも一つの組織化助長因子の存在下で触媒的に活性となる二つのパートザイムを含む、請求項1074記載の方法。
[請求項1080]
第一および/または追加のMNAzymeが、少なくとも二つの組織化助長因子成分の存在下で触媒的に活性となる二つのパートザイムを含む、請求項1074記載の方法。
[請求項1081]
第一および/または追加のMNAzymeが、三つまたはそれ以上の組織化助長因子成分の存在下で触媒的に活性となる二つのパートザイムを含む、請求項1074記載の方法。
[請求項1082]
標的が、検出、同定または定量化しようとする組織化助長因子分子である、請求項1074記載の方法。
[請求項1083]
標的が核酸を含む、請求項1074記載の方法。
[請求項1084]
核酸が、DNA、メチル化DNA、アルキル化DNA、RNA、メチル化RNA、マイクロRNA、siRNA、shRNA、tRNA、mRNA、snoRNA、stRNA、smRNA、プレ-マイクロRNAおよびプリ-マイクロRNA、他の非コーディングRNA、リボソームRNA、それらの誘導体、アンプリコン、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される、請求項1083記載の方法。
[請求項1085]
核酸の供給源が、合成、哺乳動物、ヒト、動物性、植物、真菌、細菌、ウイルス、古細菌、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される、請求項1084記載の方法。
[請求項1086]
MNAzymeの少なくとも一つが少なくとも一つのアプタマーをさらに含む、請求項1074記載の方法。
[請求項1087]
アプタマーが少なくとも一つのリガンドと結合する、請求項1086記載の方法。
[請求項1088]
リガンドが、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、核酸、糖タンパク質、脂質、リポタンパク質、細胞、ウイルス、細菌、古細菌、真菌、抗体、代謝産物、病原体、毒素、汚染物質、毒物、生物体全体、小分子、ポリマー、金属イオン、金属塩、プリオン、またはそれらの任意の誘導体、部分もしくは組み合わせを含む群から選択される、請求項1087記載の方法。
[請求項1089]
MNAzymeまたは基質の少なくとも一つの成分が、不溶性支持体に結び付けられているか、または溶液中に遊離している、請求項1074〜1088のいずれか一項記載の方法。
[請求項1090]
一つまたは複数の基質が検出可能な部分およびクエンチャー部分を含み、MNAzymeの少なくとも一つによる基質の修飾が起こると、該検出可能な部分によって検出可能な影響がもたらされる、請求項1074記載の方法。
[請求項1091]
検出可能な影響が、蛍光分光法、表面プラズモン共鳴、質量分析法、NMR、電子スピン共鳴、偏光蛍光分光法、円二色性、イムノアッセイ、クロマトグラフィー、放射分析、光度計測法、シンチグラフィー、電子工学的方法、UV、可視光もしくは赤外分光法、酵素的方法、またはそれらの任意の組み合わせのうち少なくとも一つによって検出される、請求項1090記載の方法。
[請求項1092]
検出可能な影響が測定され、該測定の大きさが標的の量を示す、請求項1090または1091記載の方法。
[請求項1093]
第一のMNAzymeに対するパートザイム、第一の基質、第二のMNAzymeに対するパートザイム、DNAzymeリガーゼ、第二の基質、追加のMNAzymeに対する追加のパートザイムおよび組織化助長因子、ならびに追加の基質を含むシグナル増幅カスケードを用いて標的を検出するための方法であって、以下の段階を含む方法:
(i)検出しようとする標的分子の存在下で、第一のMNAzymeに対する前記パートザイムから前記第一のMNAzymeを形成させる段階;
(ii)前記第一の基質を前記第一のMNAzymeで切断して、複数の切断産物を生成させる段階;
(iii)前記切断産物の少なくとも一つを前記DNAzymeリガーゼによって前記第二の基質と連結させて、前記追加のMNAzymeに対する連結されたパートザイムを作り出す段階;
(iv)前記切断産物の少なくとも一つによる組織化によって、第二のMNAzymeに対する該パートザイムから前記第二のMNAzymeを形成させる段階;
(v)前記第一の基質を前記第二のMNAzymeで切断して、さらなる前記複数の切断産物を生成させる段階;
(vi)さらなる前記複数の切断産物の少なくとも一つによる組織化によってさらなる前記第二のMNAzymeを形成させる段階であって、それによるさらなる該第二のMNAzymeの組織化が、さらなる該複数の切断産物の蓄積を結果的にもたらす増幅カスケードを形成し、さらなる該複数の切断産物の少なくとも一つが前記DNAzymeリガーゼに対する基質として作用する段階;
(vii)前記組織化助長因子と一緒に、前記追加のパートザイムを用いて、および前記連結されたパートザイムを用いて、前記追加のMNAzymeを形成させる段階;
(viii)前記追加の基質を前記追加のMNAzymeにより修飾して、前記標的の存在を示す検出可能な影響を結果的にもたらす段階。
[請求項1094]
増幅カスケードがフィードバック増幅カスケードである、請求項1093記載の方法。
[請求項1095]
第二の基質と連結された切断産物が、その3'末端に2',3'-環状リン酸を有する、請求項1093記載の方法。
[請求項1096]
切断産物の少なくとも一つが活性化因子組織化助長因子である、請求項1093記載の方法。
[請求項1097]
標的が、検出、同定または定量化しようとする分子である、請求項1093記載の方法。
[請求項1098]
標的が核酸を含む、請求項1097記載の方法。
[請求項1099]
核酸が、DNA、メチル化DNA、アルキル化DNA、RNA、メチル化RNA、マイクロRNA、siRNA、shRNA、tRNA、mRNA、snoRNA、stRNA、smRNA、プレ-マイクロRNAおよびプリ-マイクロRNA、他の非コーディングRNA、リボソームRNA、それらの誘導体、アンプリコン、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される、請求項1098記載の方法。
[請求項1100]
核酸の供給源が、合成、哺乳動物、ヒト、動物、植物、真菌、細菌、ウイルス、古細菌、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される、請求項1099記載の方法。
[請求項1101]
第一のMNAzymeに対するパートザイム、第一の基質、第二のMNAzymeに対するパートザイム、DNAzymeリガーゼ、第二の基質、追加のパートザイム、追加のMNAzymeに対する組織化助長因子および追加の基質のうち少なくとも一つが、少なくとも一つのアプタマーをさらに含む、請求項1093記載の方法。
[請求項1102]
アプタマーが少なくとも一つのリガンドと結合する、請求項1101記載の方法。
[請求項1103]
リガンドが、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、核酸、糖タンパク質、脂質、リポタンパク質、細胞、ウイルス、細菌、古細菌、真菌、抗体、代謝産物、病原体、毒素、汚染物質、毒物、生物体全体、小分子、ポリマー、金属イオン、金属塩、プリオン、またはそれらの任意の誘導体、部分もしくは組み合わせを含む群から選択される、請求項1102記載の方法。
[請求項1104]
第一のMNAzymeに対するパートザイム、第一の基質、第二のMNAzymeに対するパートザイム、DNAzymeリガーゼ、第二の基質、追加のパートザイム、追加のMNAzymeに対する組織化助長因子および追加の基質のうち少なくとも一つが、少なくとも一つのナノ粒子、ミクロ粒子、またはそれらの組み合わせをさらに含む、請求項1093記載の方法。
[請求項1105]
第一のMNAzymeに対するパートザイム、第一の基質、第二のMNAzymeに対するパートザイム、DNAzymeリガーゼ、第二の基質、追加のパートザイム、追加のMNAzymeに対する組織化助長因子および追加の基質のうち少なくとも一つが、不溶性支持体に結び付けられているか、または溶液中に遊離している、請求項1093記載の方法。
[請求項1106]
基質の少なくとも一つが検出可能な部分およびクエンチャー部分を含み、MNAzymeによる基質の修飾が起こると、該検出可能な部分によって検出可能な影響がもたらされる、請求項1093記載の方法。
[請求項1107]
検出可能な影響が、蛍光分光法、表面プラズモン共鳴、質量分析法、NMR、電子スピン共鳴、偏光蛍光分光法、円二色性、イムノアッセイ、クロマトグラフィー、放射分析、光度計測法、シンチグラフィー、電子工学的方法、UV、可視光もしくは赤外分光法、酵素的方法、またはそれらの任意の組み合わせのうち少なくとも一つによって検出される、請求項1093記載の方法。
[請求項1108]
検出可能な影響が測定され、該測定の大きさが標的の量を示す、請求項1093記載の方法。
[請求項1109]
複数のMNA複合体を含む全加算器であって、二つの出力の四通りの可能な組み合わせを生成するために三つの入力の八通りの可能な組み合わせを含む全加算器であり、該四通りの可能な組み合わせが、出力無し(no output)、第一の出力、第二の出力、または第一および第二の両方の出力である、全加算器。
[請求項1110]
入力無し(no input)の存在が出力無しを生じさせる、請求項1109記載の全加算器。
[請求項1111]
任意の厳密に一つの入力に応答して第一の出力を生成する、請求項1109記載の全加算器。
[請求項1112]
任意の厳密に二つの入力に応答して第二の出力を生成する、請求項1109記載の全加算器。
[請求項1113]
三つの入力に応答して第一および第二の出力を生成する、請求項1109記載の全加算器。
[請求項1114]
入力の少なくとも一つが検出可能な事象である、請求項1109記載の全加算器。
[請求項1115]
出力の少なくとも一つが、蛍光分光法、表面プラズモン共鳴、質量分析法、NMR、電子スピン共鳴、偏光蛍光分光法、円二色性、イムノアッセイ、クロマトグラフィー、放射分析、光度計測法、シンチグラフィー、電子工学的方法、UV、可視光もしくは赤外分光法、酵素的方法、またはそれらの任意の組み合わせのうち少なくとも一つによって決定される、検出可能な事象または検出可能な影響である、請求項1109記載の全加算器。
[請求項1116]
第一または第二の出力の一つが、もう一つの全加算器に対する入力として作用する、請求項1109記載の全加算器。