【手続補正書】
【提出日】平成22年11月19日(2010.11.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の遺伝的背景に基づいてガン治療を選択するための方法であり、
突然変異若しくは非機能性ＮＡＤ（Ｐ）Ｈ：キノン酸化還元酵素１（ＮＱＯ１）遺伝子又は遺伝子産物の存在、あるいは正常若しくは機能性ＮＱＯ１遺伝子又は遺伝子産物の不在を、化学療法を開始する前に健康な細胞又は腫瘍細胞を含む患者から採取したサンプルから判別し、前記ＮＱＯ１遺伝子は、ヌクレオチド配列に変化を有している工程と、
正常又は機能性ＮＱＯ１遺伝子を有し、あるガン治療により治療する群と、突然変異又は非機能性ＮＱＯ１遺伝子を有し、前記ガン治療から除外したほうがよい別の群との少なくとも２つの群に患者を分類する工程を含む方法。
【請求項２】
ホモ接合、ヘミ接合又はその他の遺伝子若しくはゲノム変化による、患者から採取したサンプルにおける正常若しくは機能性ＮＱＯ１遺伝子又は遺伝子産物の不在が、患者を前記ガン治療から除外したほうがよいことを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＮＱＯ１遺伝子が、非機能性ＮＱＯ１遺伝子に至る１つ以上のヌクレオチドの変化を有する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
ＮＱＯ１遺伝子が、Ｃ．６０９Ｃ＞Ｔアレル又はＮＱＯ１＊２多型を含む、ＮＣＢＩ配列ＩＤ：Ｊ０３９３４．１又はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に記載のｒｅｆＳＮＰ  ＩＤ：ｒｓ１８００５６６におけるポリヌクレオチド配列の６０９位でのシトシンからチミンへの置換に対応し、コードされた遺伝子産物における１８７位でのプロリンからセリンへのアミノ酸変化（Ｐ１８７Ｓ）に至る、ヌクレオチド配列における変化を有する、請求項１から３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
ホモ接合、ヘミ接合又はその他の遺伝子若しくはゲノム変化により、腫瘍細胞中のＮＱＯ１遺伝子が非機能性である又は正常な遺伝子若しくは遺伝子産物が不在である、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
ヌクレオチド配列における変化が、ＮＣＢ１配列ＩＤ：Ｊ０３９３４．１若しくはＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に記載のｒｅｆＳＮＰ  ＩＤ：ｒｓ１８００５６６のポリヌクレオチド配列の６０９位又は前記ポリヌクレオチド配列における、同様の機能的影響に至る１つ以上のヌクレオチドのその他の変化と連鎖不均衡の状態にある、請求項１から５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
２つのｃ．６０９Ｃ＞Ｔアレルが患者に存在し、患者がｃ．６０９Ｃ＞Ｔアレルのホモ接合保因者であること及び患者をガン治療から除外したほうがよいことを示す、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
１つのｃ．６０９Ｃ＞Ｔアレルが腫瘍中に存在し、もう一方のアレルが欠損している又は不活性であり、腫瘍細胞がｃ．６０９Ｃ＞Ｔアレルについてヘミ接合であること及び患者をガン治療から除外したほうがよいことを示す、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
ヌクレオチド位置ｃ．６０９におけるヌクレオチドを同定し、
ｃ．６０９位に２つのＴアレルが存在するなら突然変異又は非機能性ＮＱＯ１遺伝子を有する群に、ｃ．６０９位に存在するアレルの１つがＣであるなら、正常又は機能性ＮＱＯ１遺伝子を有する群に患者を分類することを含む、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
ガン治療が化学療法を含み、前記化学療法は、好ましくはトポイソメラーゼＩＩ阻害剤を含む化学療法剤を用いて行われ、トポイソメラーゼＩＩ阻害剤は、好ましくはアムサクリン、ミトキサントロン、ピロキサントロン、ダクチノマイシン、アントラサイクリン、エピポドフィロトキシン誘導体又はこれらの誘導体を含み、アントラサイクリンは、好ましくはドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、アクラルビシン、エピルビシン又はこれらの誘導体を含む、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
ガン治療が早期治癒的治療、転移性ガンの治療又はアントラサイクリン系アジュバント化学療法、好ましくはエピルビシンを用いたアントラサイクリン系アジュバント化学療法を含む、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
患者が、乳癌、肺癌、膀胱癌、前立腺癌、卵巣癌、すい臓癌、胃癌、結腸直腸癌、大腸癌、非ホジキンリンパ腫、頭頸部癌、大細胞肺癌、小細胞肺癌、軟部組織肉腫又は小児腫瘍などのガン又は悪性腫瘍、好ましくは乳癌又は任意の転移性ガン又は悪性腫瘍を患っている、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ガン治療から除外したほうがよい患者の群に属する患者が、ｃ．６０９Ｃ＞Ｔアレル若しくはＮＱＯ１遺伝子のＮＱＯ１＊２多型若しくは同様の機能的影響に至る、前記ポリヌクレオチド配列における１つ以上のヌクレオチドのその他の変化についてホモ接合である乳癌患者又はｃ．６０９Ｃ＞Ｔアレル若しくはＮＱＯ１＊２多型若しくは同様の機能的影響に至る、前記ポリヌクレオチド配列における１つ以上のヌクレオチドのその他の変化についてヘミ接合の腫瘍細胞を有する患者であり、前記ガン治療がアントラサイクリン系アジュバント化学療法である、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ガン治療から除外したほうがよい患者の群に属する患者が、ｃ．６０９Ｃ＞Ｔアレル又はＮＱＯ１＊２多型又はＮＱＯ１遺伝子の同様の機能的影響に至る１つ以上のヌクレオチドのその他の変化についてヘテロ接合である乳癌患者であり、ガンがｐ５３免疫陽性腫瘍を含み、前記ガン治療はアントラサイクリン系アジュバント化学療法である、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
突然変異若しくは非機能性ＮＱＯ１遺伝子又は遺伝子産物の存在、あるいは正常若しくは機能性ＮＱＯ１遺伝子又は遺伝子産物の不在を、患者由来であり、患者が受け継いだ遺伝子型又は腫瘍の遺伝子型を表すＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質又はこれらのフラグメントを含むサンプルから判別する、前記請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記の判別が、遺伝子型同定方法、表現型同定方法又はＤＮＡ、ＲＮＡ若しくはアミノ酸に基づいたいずれの方法も含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
遺伝子型同定方法が、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を検出する又は遺伝子型同定する技法、あるいはＮＱＯ１遺伝子におけるｃ．６０９Ｃ＞Ｔアレル又はＮＱＯ１＊２多型の同定を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
表現型同定方法が、ＮＱＯ１遺伝子における多型又はその他の遺伝子若しくはゲノム変化によるＮＱＯ１遺伝子産物の欠損の検出を含む、あるいは表現型同定方法が、ホモ接合、ヘミ接合又はその他の遺伝子若しくはゲノム変化によるＮＱＯ１遺伝子産物におけるＰ１８７Ｓ突然変異又はＮＱＯ１遺伝子産物の不在を同定することを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
患者の遺伝的背景に基づいてガン治療を選択するための、臨床試験計画を最適化するための方法であり、
患者から採取したサンプルから、突然変異若しくは非機能性ＮＱＯ１遺伝子又は遺伝子産物の存在、あるいは正常若しくは機能性ＮＱＯ１遺伝子又は遺伝子産物の不在を判別し、
少なくとも２つの群に患者を分類することを含み、正常又は機能性ＮＱＯ１遺伝子を有する群はあるガン治療で治療し、突然変異又は非機能性ＮＱＯ１遺伝子を有する別の群は前記ガン治療から除外したほうがよい方法。
【請求項２０】
患者の遺伝的背景に基づいて転移性ガンを治療するための、ガン治療を選択するための方法であり、
健康な細胞又は腫瘍細胞を含む患者から採取したサンプルから、突然変異若しくは非機能性ＮＱＯ１遺伝子又は遺伝子産物の存在、あるいは正常若しくは機能性ＮＱＯ１遺伝子又は遺伝子産物の不在を判別し、前記ＮＱＯ１遺伝子は、ヌクレオチド配列に変化を有する工程と、
正常又は機能性ＮＱＯ１遺伝子を有し、あるガン治療により治療する群と、突然変異又は非機能性ＮＱＯ１遺伝子を有し、前記ガン治療から除外したほうがよい別の群との少なくとも２つの群に患者を分類する工程を含む方法。