【手続補正書】
【提出日】平成21年11月26日(2009.11.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＡＴＭポリペプチドを含む細胞のＤＮＡ損傷を検出する方法であって：
該細胞のＣＯＰ１ポリペプチドを検出する工程を含み、対照との比較での該ＡＴＭポリペプチドによる該ＣＯＰ１ポリペプチドのリン酸化または該ＣＯＰ１ポリペプチドの発現レベルの低下がＤＮＡ損傷を示す、
方法。
【請求項２】
前記ＡＴＭポリペプチドは、ヒトＡＴＭポリペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＣＯＰ１ポリペプチドは、ヒトＣＯＰ１ポリペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記リン酸化は、セリンのリン酸化である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＣＯＰ１ポリペプチドは、該ＣＯＰ１ポリペプチドに特異的に結合する抗体を用いて検出される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記抗体は、ヒトＣＯＰ１ポリペプチドのアミノ酸残基３７７〜４００と実質的に同一のアミノ酸配列を含むペプチドを認識する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記抗体は、ヒトＣＯＰ１ポリペプチドのセリン３８７と相同であるアミノ酸配列を含むペプチドを認識する、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記ペプチドは、ヒトＣＯＰ１ポリペプチドのセリン３８７と相同であるリン酸化可能なアミノ酸残基上でリン酸化される、請求項６または７に記載の方法。
【請求項９】
前記ＡＴＭポリペプチドを検出する工程をさらに含み、前記ＣＯＰ１分子の該ＡＴＭ分子への結合は、ＤＮＡ損傷を示す、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
ＣＯＰ１  Ｅ３−リガーゼ活性の活性化、ＣＯＰ１自己ユビキチン化の活性化、ｐ５３−ＣＯＰ１複合体の破壊、ＣＯＰ１依存性ｐ５３ユビキチン化の減少、ＣＯＰ１の細胞質−核の比率の上昇、ＣＯＰ１ポリペプチドのターンオーバーおよびＣＯＰ１ポリペプチドの分解からなる群の１つまたは複数を検出する工程をさらに含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記細胞のｐ５３分子を検出する工程をさらに含み、対照との比較での該ｐ５３分子の発現レベルの上昇またはｐ５３活性の増強は、ＤＮＡ損傷を示す、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ｐ５３分子は、ヒトｐ５３分子である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記ｐ５３分子は、野生型ｐ５３分子である、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ｐ５３分子は、ｐ５３ポリペプチドである、請求項１１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ｐ５３ポリペプチドは、該ｐ５３ポリペプチドに特異的に結合する抗体を用いて検出される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記ｐ５３活性は、ｐ５３依存性トランス活性化の活性化、ｐ５３誘導性アポトーシスの活性化、ｐ２１分子の活性化、ｐ２１プロモーターの誘導、ｐ２１のｍＲＮＡレベルの上昇およびＰＵＭＡプロモーターの誘導からなる群の１つまたは複数から選択される、請求項１１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＤＮＡ損傷は、放射線または化合物（ｃｈｅｍｉｃａｌ  ｃｏｍｐｏｕｎｄ）によって引き起こされる、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記放射線は、電離放射線または紫外線である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記放射線は、放射線治療に由来する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記化合物（ｃｈｅｍｉｃａｌ  ｃｏｍｐｏｕｎｄ）は、アルキル化剤または化学療法剤である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記細胞は、ＤＮＡ損傷を有するか、またはＤＮＡ損傷の危険がある、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記細胞は、癌細胞である、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記癌細胞は、乳癌、卵巣癌、結腸癌、肺癌および移行細胞癌からなる群の１つまたは複数から選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記癌細胞は、癌治療を受けている被験体から取得される、請求項２２または２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記癌治療は、ＤＮＡ損傷を引き起こすことが既知であるか、あるいは、ＤＮＡ損傷の原因になる疑いがある、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記被験体は、ヒトである、請求項２４または２５に記載の方法。
【請求項２７】
細胞のＤＮＡ損傷に対する応答を増強する方法であって、該細胞をＣＯＰ１ポリペプチドの分解を高める化合物に曝露する工程を含む、方法。
【請求項２８】
前記化合物は、ＡＴＭ分子を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記ＡＴＭ分子は、活性化されたＡＴＭポリペプチドである、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記化合物は、前記ＣＯＰ１ポリペプチドのＡＴＭポリペプチドへの結合を強化するか、または、ＡＴＭポリペプチドによる該ＣＯＰ１ポリペプチドのリン酸化を増強する、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
ＣＯＰ１ポリペプチドとＡＴＭポリペプチドとの相互作用を増強する方法であって、該ＣＯＰ１ポリペプチドおよび該ＡＴＭポリペプチドと、該ＣＯＰ１ポリペプチドの該ＡＴＭポリペプチドへの結合を強化する化合物とを接触させる工程を含む、方法。
【請求項３２】
前記結合は、前記ＣＯＰ１ポリペプチドの分解、ＣＯＰ１  Ｅ３−リガーゼ活性の活性化、ＣＯＰ１自己ユビキチン化の活性化、ＣＯＰ１−ｐ５３複合体の破壊、ＣＯＰ１依存性ｐ５３ユビキチン化の減少、ＣＯＰ１ポリペプチドの細胞質／核の比率の上昇およびｐ５３分子の発現レベルの上昇の１つまたは複数をもたらす、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記接触は、細胞のＤＮＡ損傷に対する応答を増強させる、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記細胞は、ＤＮＡ損傷を有するか、またはＤＮＡ損傷の危険がある、請求項２７〜３０および請求項３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記細胞は、Ａ−Ｔ細胞である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記細胞は、癌細胞である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
ＤＮＡ損傷に対する前記応答は、細胞アポトーシスまたはｐ５３活性化を含む、請求項２７〜３０および請求項３３〜３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
前記ｐ５３活性化は、ｐ５３依存性トランス活性化の活性化、ｐ５３誘導性アポトーシスの活性化、ｐ２１分子の活性化、ｐ２１プロモーターの誘導およびＰＵＭＡプロモーターの誘導からなる群の１つまたは複数から選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記ＣＯＰ１ポリペプチドは、ヒトＣＯＰ１ポリペプチドである、請求項２６〜３８のいずれか１項に記載の方法
【請求項４０】
前記ＡＴＭポリペプチドは、ヒトＡＴＭポリペプチドである、請求項２８〜３９のいずれか１項に記載の方法
【請求項４１】
前記化合物は、ヒトＣＯＰ１ポリペプチドのセリン３８７と相同であるアミノ酸残基のリン酸化を増強する、請求項２７〜４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
前記化合物は、ヒトＣＯＰ１ポリペプチドのセリン３８７のリン酸化を増強する、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記化合物は、ヒトＣＯＰ１ポリペプチドのセリン３８７と相同である残基を含むＣＯＰ１ポリペプチドまたはそのフラグメントを含む、請求項２７〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４４】
前記化合物は、ヒトＣＯＰ１ポリペプチドのアミノ酸残基３７７〜４００と実質的に同一の配列を含むポリペプチドを含む、請求項２７〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４５】
前記化合物は、リン酸化が可能であるアミノ酸残基のリン酸化を含む、請求項４３または４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記アミノ酸残基は、ヒトＣＯＰ１ポリペプチドのセリン３８７と相同である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記化合物は、ヒトＣＯＰ１ポリペプチドのセリン３８７と相同である残基でのセリンからトレオニン、グルタミン酸塩またはアスパラギン酸塩への置換を含むＣＯＰ１ポリペプチドを含む、請求項２７〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４８】
前記化合物は、ＣＯＰ１模倣体化合物を含む、請求項２７〜４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４９】
ＡＴＭ分子を含む細胞のＤＮＡ損傷に対する応答を増強させる化合物を同定する方法であって、該方法は、該細胞のＤＮＡ損傷を促進するのに好適な条件下、試験化合物の存在下または非存在下でＣＯＰ１ポリペプチドをインキュベートする工程と、該試験化合物の存在下で、該ＣＯＰ１ポリペプチドの分解が増強されるか否かを判定する工程とを含み、該ＣＯＰ１ポリペプチドの分解を高める化合物は、ＤＮＡ損傷に対する応答を増強する化合物である、方法。
【請求項５０】
前記判定する工程は、対照との比較で行われる、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記ＡＴＭ分子は、前記ＣＯＰ１ポリペプチドをリン酸化できる、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
ＣＯＰ１  Ｅ３−リガーゼ活性の活性化、ＣＯＰ１自己ユビキチン化の活性化、ＣＯＰ１−ｐ５３複合体の破壊、ＣＯＰ１依存性ｐ５３ユビキチン化の減少、ＣＯＰ１ポリペプチドの細胞質／核の比率の上昇、ｐ５３活性の増強およびｐ５３分子の発現レベルの上昇からなる群の１つまたは複数が、前記化合物によって増強されるか否かを判定する工程をさらに含み、このような増強は、前記化合物がＤＮＡ損傷に対する応答を増強する化合物であることを示す、請求項４９〜５１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
前記ｐ５３活性は、ｐ５３依存性トランス活性化の活性化、ｐ５３誘導性アポトーシスの活性化、ｐ２１分子の活性化、ｐ２１プロモーターの誘導およびＰＵＭＡプロモーターの誘導からなる群の１つまたは複数から選択される、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
ＤＮＡ損傷の促進に好適な前記条件は、照射である、請求項４９〜５３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５５】
ＤＮＡ損傷に対する前記応答は、細胞アポトーシスまたはｐ５３活性化を含む、請求項４９〜５４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
ＣＯＰ１ポリペプチドとＡＴＭポリペプチドとの相互作用を増強する化合物を同定するための方法であって：
ａ）試験化合物の存在下または非存在下でＡＴＭポリペプチドとともにＣＯＰ１ポリペプチドをインキュベートする工程と；
ｂ）該試験化合物が該ＣＯＰ１ポリペプチドの該ＡＴＭポリペプチドへの結合を増大または安定化させるか否かを判定する工程と、
を含み、
該ＣＯＰ１ポリペプチドの該ＡＴＭポリペプチドへの結合を増大または安定化させる試験化合物は、ＣＯＰ１ポリペプチドとＡＴＭポリペプチドとの相互作用を増強する化合物である、方法。
【請求項５７】
本質的にヒトＣＯＰ１のアミノ酸残基３７７〜４００と実質的に同一または相同であるアミノ酸配列からなる、単離されたペプチド。
【請求項５８】
本質的に図６に示したようなアミノ酸配列からなる、単離されたペプチド。
【請求項５９】
前記ペプチドは、ＳＱモチーフのセリンの置換を含む、請求項５７または５８に記載のペプチド。
【請求項６０】
前記置換は、アスパラギン酸塩置換またはグルタミン酸塩置換である、請求項５９に記載のペプチド。
【請求項６１】
ヒトＣＯＰ１ポリペプチドのＳ３８７と相同であるリン酸化を含む、単離されたリン酸化ＣＯＰ１ペプチドまたは組換えリン酸化ＣＯＰ１ペプチド。
【請求項６２】
ヒトＣＯＰ１ポリペプチドのＳ３８７と相同であるアミノ酸残基でのアスパラギン酸塩置換またはグルタミン酸塩置換を含む、単離されたＣＯＰ１ペプチドまたは組換えＣＯＰ１ペプチド。
【請求項６３】
請求項５７〜６２のいずれか１項に記載のペプチドのＣＯＰ１模倣体化合物。
【請求項６４】
請求項５７〜６２のいずれか１項に記載のペプチドまたは請求項６３に記載の模倣体をコードする、核酸分子。
【請求項６５】
プロモーターに作動的に連結された、請求項６４に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項６６】
プロモーターに作動的に連結されたＡＴＭ核酸分子をさらに含む、請求項６５に記載のベクター。
【請求項６７】
請求項６５または６６に記載のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項６８】
ヒトＣＯＰ１のセリン３８７と相同であるアミノ酸残基でリン酸化されているアミノ酸配列に特異的に結合する、試薬。
【請求項６９】
前記アミノ酸配列は、Ｓ３８７リン酸化ヒトＣＯＰ１である、請求項６８に記載の試薬。
【請求項７０】
前記試薬は、抗体である、請求項６９に記載の試薬。
【請求項７１】
請求項６８に記載の試薬または請求項７０に記載の抗体をコードする、核酸分子。
【請求項７２】
プロモーターに作動的に連結された、請求項７１に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項７３】
請求項７２に記載のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項７４】
細胞のリン酸化ＣＯＰ１分子を検出するための説明書が付いた、請求項６８に記載の試薬または請求項７０に記載の抗体を含む、キット。
【請求項７５】
請求項５７〜６２のいずれか１項に記載のペプチドまたは請求項６３に記載の模倣体または該ペプチドまたは模倣体をコードする核酸配列を含む、医薬組成物。
【請求項７６】
処置を必要とする被験体のＤＮＡ損傷または癌を処置するための組成物であって、治療有効量の請求項５７〜６２のいずれか１項に記載のペプチドまたは請求項６３に記載の模倣体を含む組成物。
【請求項７７】
処置を必要とする被験体のＤＮＡ損傷または癌を処置するための組成物であって、治療有効量で請求項６４に記載の核酸を含む組成物。
【請求項７８】
被験体のＤＮＡ損傷を受けた細胞または癌を処置するための組成物であって、ＣＯＰ１ポリペプチドとＡＴＭポリペプチドとの結合を増強する化合物と、ＡＴＭポリペプチドによる該ＣＯＰ１ポリペプチドのリン酸化を増強する化合物とからなる群から選択される化合物を含む組成物。
【請求項７９】
前記組成物は、前記ＤＮＡ損傷を受けた細胞または癌のＣＯＰ１ポリペプチドのリン酸化を増大するのに有効な量で投与されるように用いられることを特徴とする、請求項７８に記載の組成物。
【請求項８０】
請求項４９または請求項５６に記載の方法に従って同定される、化合物。
【請求項８１】
被験体のＤＮＡ損傷または癌を処置する薬物を調製するための、請求項５７〜６２のいずれか１項に記載のペプチド、請求項６３に記載の模倣体または請求項８０に記載の化合物の、使用。
【請求項８２】
ＣＯＰ１分子をコードする組換え核酸分子およびＡＴＭ分子をコードする組換え核酸分子を含む、哺乳類細胞。
【請求項８３】
ｐ５３分子をコードする組換え核酸分子をさらに含む、請求項８２に記載の哺乳類細胞。
【請求項８４】
前記ＡＴＭ分子は、活性化されている、請求項８２または８３に記載の哺乳類細胞。
【請求項８５】
前記ＣＯＰ１分子は、構成的にリン酸化されているか、あるいは、構成的にリン酸化されない、請求項８２〜８４のいずれか１項に記載の哺乳類細胞。
【請求項８６】
前記ＣＯＰ１分子は、Ｓ３８７のＣＯＰ１リン酸化を抑えるＳ３８７の変異により、Ｓ３８７で構成的にリン酸化されない、請求項８５に記載の哺乳類細胞。
【手続補正２】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】全図
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１Ａ】
2009521925.tif 000001
【図１Ｂ】
2009521925.tif 000002
【図１Ｃ】
2009521925.tif 000003
【図１Ｄ】
2009521925.tif 000004
【図１Ｅ】
2009521925.tif 000005
【図２Ａ】
2009521925.tif 000006
【図２Ｂ】
2009521925.tif 000007
【図２Ｃ】
2009521925.tif 000008
【図２Ｄ】
2009521925.tif 000009
【図２Ｅ】
2009521925.tif 000010
【図２Ｆ】
2009521925.tif 000011
【図２Ｇ】
2009521925.tif 000012
【図２Ｈ】
2009521925.tif 000013
【図２Ｉ】
2009521925.tif 000014
【図２Ｊ】
2009521925.tif 000015
【図２Ｋ】
2009521925.tif 000016
【図３】
2009521925.tif 000017
【図４Ａ】
2009521925.tif 000018
【図４Ｂ】
2009521925.tif 000019
【図４Ｃ】
2009521925.tif 000020
【図４Ｄ】
2009521925.tif 000021
【図４Ｅ】
2009521925.tif 000022
【図４Ｆ】
2009521925.tif 000023
【図４Ｇ】
2009521925.tif 000024
【図４Ｈ】
2009521925.tif 000025
【図４Ｉ】
2009521925.tif 000026
【図５】
2009521925.tif 000027
【図６】
2009521925.tif 000028
【図７】
2009521925.tif 000029
【図８】
2009521925.tif 000030
【図９】
2009521925.tif 000031
【図１０】
2009521925.tif 000032
【図１１】
2009521925.tif 000033