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　特願２００７−３３４６０６「エポチロン生合成用遺伝子」拒絶査定不服審判事件〔平成２０年　４月２４日出願公開、特開２００８−　９２９５８〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯・本願発明
　本願は、１９９９（平成１１）年６月１６日（パリ条約による優先権主張外国庁受理　１９９８年６月１８日　米国，１９９８年９月２４日　米国，１９９９年２月５日　米国）を国際出願日とする特願２０００−５５４８３７号の一部を，特許法第４４条第1項の規定により分割出願した特願２００５−３０５９９８号の一部を，平成１９年１２月２６日にさらに分割出願したものであって，平成２０年１０月３１日付で特許請求の範囲及び明細書についての手続補正がなされ，平成２１年２月２４日付で拒絶査定がなされ，同年６月１日付で拒絶査定不服審判の請求がなされたものである。
　
第２　本願発明
　本願発明は，「エポチロン生合成用遺伝子」に関するものと認められるところ，本願の請求項１の記載は，平成２０年１０月３１日付で補正された特許請求の範囲に記載された以下のとおりのものであり，この記載事項により特定される発明を，以下，「本願発明」という。
　
「【請求項１】
　(ａ)核酸分子と作動可能に結合する異種プロモーター配列とを含むキメラ遺伝子を宿主に導入すること、および(ｂ)宿主中でエポチロンの生合成を起す条件下に宿主を増殖させることを含む、組換え宿主中でエポチロンを異種発現させる方法であって、上記核酸分子がエポチロンの生合成に関与するポリペプチドの少なくとも１種をコードするヌクレオチド配列を含み、当該ポリペプチドが下記の群から選択されたアミノ酸配列に少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むものであることを特徴とする方法：
　配列番号２、配列番号２のアミノ酸11-437、配列番号２のアミノ酸543-864、配列番号２のアミノ酸974-1273、配列番号２のアミノ酸1314-1385、配列番号３、配列番号３のアミノ酸72-81、配列番号３のアミノ酸118-125、配列番号３のアミノ酸199-212、配列番号３のアミノ酸353-363、配列番号３のアミノ酸549-565、配列番号３のアミノ酸588-603、配列番号３のアミノ酸669-684、配列番号３のアミノ酸815-821、配列番号３のアミノ酸868-892、配列番号３のアミノ酸903-912、配列番号３のアミノ酸918-940、配列番号３のアミノ酸1268-1274、配列番号３のアミノ酸1285-1297、配列番号３のアミノ酸973-1256、配列番号３のアミノ酸1344-1351、配列番号４、配列番号４のアミノ酸7-432、配列番号４のアミノ酸539-859、配列番号４のアミノ酸869-1037、配列番号４のアミノ酸1439-1684、配列番号４のアミノ酸1722-1792、配列番号５、配列番号５のアミノ酸39-457、配列番号５のアミノ酸563-884、配列番号５のアミノ酸1147-1399、配列番号５のアミノ酸1434-1506、配列番号５のアミノ酸1524-1950、配列番号５のアミノ酸2056-2377、配列番号５のアミノ酸2645-2895、配列番号５のアミノ酸2932-3005、配列番号５のアミノ酸3024-3449、配列番号５のアミノ酸3555-3876、配列番号５のアミノ酸3886-4048、配列番号５のアミノ酸4433-4719、配列番号５のアミノ酸4729-4974、配列番号５のアミノ酸5010-5082、配列番号５のアミノ酸5103-5525、配列番号５のアミノ酸5631-5951、配列番号５のアミノ酸5964-6132、配列番号５のアミノ酸6542-6837、配列番号５のアミノ酸6857-7101、配列番号５のアミノ酸7140-7211、配列番号６、配列番号６のアミノ酸35-454、配列番号６のアミノ酸561-881、配列番号６のアミノ酸1143-1393、配列番号６のアミノ酸1430-1503、配列番号６のアミノ酸1522-1946、配列番号６のアミノ酸2053-2373、配列番号６のアミノ酸2383-2551、配列番号６のアミノ酸2671-3045、配列番号６のアミノ酸3392-3636、配列番号６のアミノ酸3673-3745、配列番号７、配列番号７のアミノ酸32-450、配列番号７のアミノ酸556-877、配列番号７のアミノ酸887-1051、配列番号７のアミノ酸1478-1790、配列番号７のアミノ酸1810-2055、配列番号７のアミノ酸2093-2164、配列番号７のアミノ酸2165-2439、配列番号８、配列番号１０、配列番号１１および配列番号２２。」
　
第３　原査定の理由 
　原査定の理由の一つは，本願が特許法第３６条第４項（平成１４年改正前のもの。以下同様。）の規定を満たさず、特許を受けることができないというものであって，具体的には，平成２０年４月１８日付拒絶理由通知書及び平成２１年２月２４日付拒絶査定に理由２（２）として以下のように記載されている。 
　
１．平成２０年４月１８日付拒絶理由通知書
「２．この出願は、発明の詳細な説明の記載が下記の点で、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていない。
…（２）請求項１の「エポチロンの生合成に関与するポリペプチドの少なくとも１種をコードするヌクレオチド配列を含み、該ポリペプチドが下記の群から選択されたアミノ酸配列に実質的に類似したアミノ酸配列を含むものである、分離された核酸分子」について、「下記の群」に示されるものの中には、例えば「配列番号２のアミノ酸11-437」や「配列番号２のアミノ酸543-864」のように、エポチロンの生合成に関与する酵素の一部であるドメインを構成するポリペプチドが含まれている。
　しかし、このようなドメインについて、該部分のみでは「エポチロンの生合成に関与するポリペプチド」とはいえないものであるから、これらのドメインをコードするポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子については何に使用できるか不明のものとなっている。　請求項２乃至３６についても同様である。
　よって、この出願の発明の詳細な説明は、当業者が請求項１乃至３６に係る発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されていない。」
　
２．平成２１年２月２４日付拒絶査定
「・理由２（２）について
　同日付け意見書において、ドメインの各々はエポチロン生合成において特異的な触媒機能を示し、それらドメイン（ポリペプチド）の機能は、本願明細書の段落［０１０１］〜［０１１３］に記載されているとおりであること、すなわち、本願の特許請求の範囲に記載されているドメイン／ポリペプチドは、それぞれ触媒機能に関与する重要な機能的単位なのであるから、エポチロンの生合成に関与する異なった機能的単位およびそれらをコードするヌクレオチド配列をクレームしている本願の特許請求の範囲の記載は許容できるものであることを主張している。
　ここで、確かに段落［０１０１］〜［０１１３］には各ドメインの触媒機能が記載されているものの、例えば、配列番号２のアミノ酸１３１４−１３８５はアシルキャリアー蛋白質相同ドメイン、配列番号３のアミノ酸７２−８１はモチーフＫ等と記載されており、これらのドメイン（ポリペプチド）が実際にどのような機能を有するか不明である。なので、これらのポリペプチドを単独で発現させた場合にエポチロン生合成機能を有するものとは認められず、全てのドメインが同時に発現される場合以外の「少なくとも１種をコードするヌクレオチドを含」む核酸分子を導入した場合にエポチロンを発現できるものとは認められない。請求項２乃至３４についても同様である。
　よって、この出願の発明の詳細な説明は、当業者が請求項１乃至３４に係る発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されていないので、特許法第３６条第４項に規定する要件をみたさず、特許を受けることができない。」
　
第４　実施可能要件（特許法第３６条第４項に規定する要件）の判断 
　
１．本願発明の選択肢について
　請求項１の「(ａ)核酸分子と作動可能に結合する異種プロモーター配列とを含むキメラ遺伝子を宿主に導入すること、および(ｂ)宿主中でエポチロンの生合成を起す条件下に宿主を増殖させることを含む、組換え宿主中でエポチロンを異種発現させる方法であって、上記核酸分子がエポチロンの生合成に関与するポリペプチドの少なくとも１種をコードするヌクレオチド配列を含み、当該ポリペプチドが下記の群から選択されたアミノ酸配列に少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むものであることを特徴とする方法：」との記載からみて，本願発明は，選択肢として，請求項１に列挙された各種アミノ酸配列のうちの任意の１つ（例えば酵素の一部に相当するドメインを構成するもの）のみをコードする核酸を宿主に導入して，組換え宿主中でエポチロンを異種発現させる方法を含んでいることは明らかである。
　そこで，本願の発明の詳細な説明の記載が，このような本願発明の方法について，当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているか否かについて，以下，検討する。 
　
２．本願の発明の詳細な説明の記載 
　
（１）「エポチロン生合成遺伝子」の異種発現について
　
ア　本願の発明の詳細な説明には，本願発明に係る「エポチロン生合成遺伝子」の異種発現について，以下のような記載がある。 
　
（ア）実施例１３
　「【０１１４】実施例１３ エポチロン生合成遺伝子の組換え発現 
　Sorangium cellulosumによる発酵で達成されるよりも多量にエポチロンを産生する目的で本発明のエポチロンシンターゼ遺伝子を異種生物中で発現した。異種発現に好適な宿主は元来ポリケチド、アクチノロジンを産生する、たとえば Streptomyces coelicolorのような放線菌である。この宿主での組換えPKS遺伝子発現技術はここに参考のために引用するMcDaniel ほか著、Science、262巻：1546-1550 (1993年)；Kaoほか著、Science、265巻：509-512 (1994年)；また、Holmesほか著、EMBO Journal、12 (8)巻：3183-3191(1993年)；Bibbほか著、Gene、38巻：215-226（1985年）；ならびに米国特許第5,521,077号；米国特許第5,672,491号；米国特許第5,712,146号には記載がある。 
　【０１１５】方法の一つによれば異種宿主株を操作して染色体にアクチノロジン遺伝子クラスター(act)の欠失を導入する。本発明のエポチロンシンターゼ遺伝子を含む発現プラスミドを同種組換えによってシンターゼ遺伝子がベクター内に組立てられるように温度感受性ドナープラスミドからDNAをE. coli（McDanielほか著、(1993年)およびKaoほか著 (1994年)）のレシピエントシャトルベクターに伝達することによって構築する。別法では、エポチロンシンターゼ遺伝子クラスターを制限断片連結によってベクターに導入する。たとえば Kaoほか著 (1994年)に記載のような選択の後、Hopwoodほか著、Genetic Manipulation of Streptomycesに記載のプロトコルに従ってベクターからのDNAをact-マイナスStreptomyces coelicolor株に導入する。Laboratory Manual（John Innes Foundation、Norwich、英国、1985年）を参考のためにここに引用する。この組換えストレプトマイセス株を R2YE培地（Hopwoodほか著、(1985年)）で増殖させてエポチロンを得る。別法では本発明のエポチロンシンターゼ遺伝子をたとえば緑膿菌、バチルス、酵母、昆虫細胞および／または大腸菌のような他の宿主生物体で発現させる。PKSおよび NRPS遺伝子はT7プロモーターを用いるpT7-7ベクターを使って大腸菌中に発現させるのが好ましい。Tabor ほか著、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、82巻：1074- 1078（1985年）参照。別の態様では、PKおよびNRPS遺伝子は発現ベクターpKK223-3およびpKK223-2を使って大腸菌中でtacまたはtrcプロモーターによる転写または翻訳融合のいずれかにより発現させる。天然にはPKS酵素の翻訳後修飾に必要なホスホパントテン酸（P-pant）トランスフェラーゼを持たない異種宿主中での PKSおよびNRPS遺伝子の発現にはP-pantトランスフェラーゼとの宿主中での共発現（Kealeyほか著、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、95巻：505-509 (1998年）が必要である。」 
　
（イ）実施例１４
「【０１１６】 実施例１４ 産生株からのエポチロンの単離 
 在来の宿主および本発明の組換え宿主からエポチロンを抽出するために有用なポリケチド単離のための培養、醗酵および抽出操作法の例はここに参考のために引用するWO 93/10121；米国特許第 5,639,949号の実施例57；Gerthほか著、J. Antibiotics、49巻：560-563 (1996年)；1998年2月19日出願のスイス特許出願第396/98号；および米国特許出願第09/248,910号（Sorangium cellulosumの好適な突然変異株も開示）に記載されている。 
 以下は培養された、たとえばSo ce90株のようなSorangium cellulosumからエポチロンを単離するために有用な操作法であって、組換え宿主からエポチロンを単離するためにも使用できよう。 
【０１１７】Ａ：エポチロン産生株の培養： 
株：Sorangium cellulosum Soce-90 または本発明の組換え宿主株。……」
　
イ　以上の記載からみて，実施例１３には，使用する宿主や用いる手法については，参照文献を引用した一般的な記載しかなく，具体的に，本願発明１に含まれる配列のどの配列を用いて，どのような宿主を用いて，どのような手法により遺伝子を導入し，どのように発現させたのか，その結果としてどのようなデータが得られたのかについて記載は全くない。すなわち，実施例１３は，実際の実験による確認がなくとも，当業者であれば容易に記載できる程度の，具体的裏付けのない単なる予想が記載されているに過ぎないものと認められる。 
　また，実施例１４は，「産生株からのエポチロンの単離」というタイトルが付されているが，「…以下は培養された、たとえばSo ce90株のようなSorangium cellulosumからエポチロンを単離するために有用な操作法であって、組換え宿主からエポチロンを単離するためにも使用できよう。」（【０１１６】）という記載からも明らかなように，それに続く段落【０１１７】〜【０１４２】の記載は，So ce90株に関する記載であって，組換え宿主からエポチロンを単離した結果を記載したものではないと解される。しかも，「組換え宿主」とは，本来エポチロンを生産するSorangium cellulosum以外の宿主と解されるところ，宿主が何であるのかについての記載は全くなく，その場合に考慮されるべきSorangium cellulosumの場合とは異なる培養条件についての言及もない。したがって，実施例１４は，本願発明に係る「エポチロン生合成遺伝子」の発現によりエポチロンが生産されることを確認したものではない。
　
ウ　以上のように，本願の発明の詳細な説明には，請求項１に列挙された各種アミノ酸配列のうちの任意の１つのみをコードする核酸を宿主に導入する場合を含め，エポチロン生合成遺伝子の異種発現を確認した具体例は一切記載されていない。
　
（２）各配列を含むポリペプチドの有用性について
　
ア　請求項１に記載された各配列を含むポリペプチドの機能に関して，本願の発明の詳細な説明には以下のような記載がある。
　
（ア）「【００５３】（配列表に列挙した配列に関する記載） 
配列番号１はエポチロン生合成遺伝子を含むオープン読取り枠（ORF）２２個を含む 68750 bpのコンティグのヌクレオチド配列である。 
配列番号２はepoA（配列番号１のヌクレオチド7610-11875）がコードするＩ型ポリケチドシンターゼ（EPOS A）の蛋白質配列である。 
配列番号３はepoP（配列番号１のヌクレオチド11872-16104）がコードする非リボソーム性ペプチド合成酵素（EPOS P）の蛋白質配列である。 
配列番号４はepoB（配列番号１のヌクレオチド16251-21749）がコードするＩ型ポリケチドシンターゼ（EPOS B）の蛋白質配列である。 
配列番号５はepoC (配列番号１のヌクレオチド21746-43519）がコードするＩ型ポリケチドシンターゼ（EPOS C）の蛋白質配列である。 
配列番号６はepoD (配列番号１のヌクレオチド43524-54920）がコードするＩ型ポリケチドシンターゼ (EPOS D）の蛋白質配列である。 
配列番号７はepoE (配列番号１のヌクレオチド54935-62254）がコードするＩ型ポリケチドシンターゼ（EPOS E）の蛋白質配列である。 
配列番号８はepoF（配列番号１のヌクレオチド62369-63628）がコードするチトクローム P450 酸化酵素ホモローグ（EPOS F）の蛋白質配列である。 
【００５４】 配列番号１０はorf2（配列番号１の逆方向相補鎖上のヌクレオチド3171-1900）がコードする蛋白質配列（Orf2）である。 
 配列番号１１はorf3（配列番号１のヌクレオチド3415-5556）がコードする蛋白質配列（Orf3）である。…
【００５６】 配列番号２２はorf14（配列番号１のヌクレオチド67334-68251）がコードする蛋白質配列（Orf14）である。」 
　
（イ）
 （【０１０１】の表１） 
　
（ウ）配列番号２について 
・「【０１０２】epoA（配列番号１のヌクレオチド 7610-11875）は単一モジュールからなるＩ型ポリケチドシンターゼ、EPOS A（配列番号２）をコードする。これは次のドメインを結合する： 
β-ケトアシルシンターゼ(KS)（配列番号１のヌクレオチド7643-8920、配列番号２のアミノ酸 11437）； 
アシル転移酵素 (AT)（配列番号１のヌクレオチド9236-10201、配列番号２のアミノ酸 543-864）； 
エノイルレダクターゼ(ER)（配列番号１のヌクレオチド 10529-11428、配列番号２のアミノ酸 974-1273）； および 
アシルキャリアー蛋白質相同ドメイン (ACP) (配列番号１のヌクレオチド 11549-11764、配列番号２のアミノ酸 1314-1385)。」 
・「【０１０３】配列比較およびモチーフ分析（Haydock ほか著、FEBS Lett. 374： 246248(1995年）；Tang ほか著、Gene、216巻：255-265 (1998年)）は EPOS A がコードする AT はマロニル-CoAに特異的であることを示す。EPOS Aは多酵素複合体に最後には2-メチルチアゾール環の部分となる（C26およびC20）酢酸ユニットを負荷することによってエポチロン生合成の開始に関与すると推測する。」 
 　 
（エ）配列番号３について 
・「【０１０４】epoP（配列番号１のヌクレオチド 11872-16104）はモジュール１個を含む非リボソーム性ペプチド合成酵素EPOS P（配列番号３）をコードする。EPOS Pは次のドメインを結合する： 
 ペプチド結合形成ドメインであって、モチーフK（配列番号３のアミノ酸72-81 [FPLTDIQESY]、配列番号１のヌクレオチド位置12085-12114に対応）；モチーフL（配列番号３のアミノ酸118-125 [VVARHDML]、配列番号１のヌクレオチド位置12223-12246に対応）；モチーフM（配列番号３のアミノ酸199-212 [SIDLINVDLG- SLSI]、配列番号１のヌクレオチド位置12466-12507に対応）；およびモチーフO（配列番号３のアミノ酸353-363 [GDFTSMVLLDI]、配列番号１のヌクレオチド位置12928-12960に対応）；で代表されるもの。」 
・「【０１０５】アミノアシルアデニレート形成ドメインであって、モチーフA（配列番号３のアミノ酸549-565 [LTYEELSRRSRRLGARL]、配列番号１のヌクレオチド位置13516 -13566に対応）；モチーフB（配列番号３のアミノ酸588-603 [VAVLAVLES GAAYVPI] 、配列番号１のヌクレオチド位置13633-13680に対応）；モチーフC（配列番号３のアミノ酸669-684 [AYVIYTSGSTGLPKGV]、配列番号１のヌクレオチド位置13876-13923に対応）；モチーフD（配列番号３のアミノ酸815-821 [SLGGATE] 、配列番号１のヌクレオチド位置14313-14334に対応）；モチーフE（配列番号３のアミノ酸868-892 [GQLYIGGVGLALGYWRDEEKTRKSF]、配列番号１のヌクレオチド位置14473-14547に対応）；モチーフF（配列番号３のアミノ酸903-912 [YKTGDLGRYL]、配列番号１のヌクレオチド位置14578-14607に対応）；モチーフG（配列番号３のアミノ酸918-940 [EFMGREDNQIKLRGYRVELGEIE]、配列番号１のヌクレオチド位置14623-14692に対応）；モチーフH (配列番号３のアミノ酸1268-1274 [LPEYMVP]、配列番号１のヌクレオチド位置15673-15693に対応)；およびモチーフI (配列番号３のアミノ酸1285-1297 [LTSNGKVDRKALR]、配列番号１のヌクレオチド位置15724-15762に対応)；で代表されるもの。」 
・「【０１０６】アミノアシルアデニレート形成ドメインのモチーフGとモチーフHの間に挿入された未知ドメイン（配列番号３のアミノ酸973-1256、配列番号１のヌクレオチド位置14788-15639に対応）；および 
 ペプチジルキャリアー蛋白質相同的ドメイン（PCP）であって、モチーフJ（配列番号３のアミノ酸1344-1351 [GATSIHIV] 、配列番号１のヌクレオチド位置15901-15924に対応）で代表されるもの。」 
・「【０１０７】ここに、EPOS Pはアデニル化によるシステインの活性化に関与していると提唱する。活性化システインをアミノアシル-S-PCPとして結合し、酵素結合したシステインとEPOS Aが供給するアセチル-S-ACPとの間のペプチド結合を形成し、分子内ヘテロ環形成によって最初にチアゾリン環を形成する。EPOS Pの未知のドメインはNAD(P)Hオキシダーゼおよびバチルス種の還元酵素に非常に弱い相同性を示す。そこでこの未知のドメインおよび／またはEPOS AのERドメインは初期の2-メチルチアゾリン環から 2-メチルチアゾールへの酸化に関与しているのかもしれない。」 
　
（オ）配列番号４について 
「【０１０８】epoB（配列番号１のヌクレオチド16251-21749）は単一モジュールを持つＩ型ポリケチドシンターゼである EPOS B（配列番号４）をコードし、次のドメインを結合する：KS（配列番号１のヌクレオチド16269-17546、配列番号４のアミノ酸7-432）；AT（配列番号１のヌクレオチド17865-18827、配列番号４のアミノ酸539-859）；デヒドラターゼ（DH)（配列番号１のヌクレオチド18855-19361、配列番号４のアミノ酸869-1037）；β-ケトレダクターゼ(KR)（配列番号１のヌクレオチド20565-21302、配列番号４のアミノ酸1439-1684）；および ACP（配列番号１のヌクレオチド21414-21626、配列番号４のアミノ酸1722-1792）の各ドメイン。配列比較とモチーフの分析でEPOS BがコードするATはメチルマロニル-CoAに特異的であることを示す。EPOS Aはメチルマロニル-S-ACPによる 2-メチル-4-チアゾールカルボキシ-S-PCP 出発基のClaisen-様縮合反応を触媒すると同時にC17位のb-ケト基をエノイルに還元して、最初のポリケチド鎖伸長反応に関与するものと思われる。」 
　
（カ）配列番号５について 
「【０１０９】epoC（配列番号１のヌクレオチド21746-43519）はモジュール４個を持つＩ型ポリケチドシンターゼであるEPOS C（配列番号５）をコードする。EPOS Cの第１モジュールはKS（配列番号１のヌクレオチド21860-23116、配列番号５のアミノ酸39-457）；マロニルCoA 特異的AT（配列番号１のヌクレオチド23431-24397、配列番号５のアミノ酸563-884）；KR（配列番号１のヌクレオチド25184-25942、配列番号５のアミノ酸1147-1399）；およびACP（配列番号１のヌクレオチド26045-26263、配列番号５のアミノ酸434-1506）；を結合する。このモジュールはアセテート伸長ユニット（C14-C13）を導入し、C15位にあるβ-ケト基をヒドロキシル基に還元するが、これはエポチロンマクロラクトン環の最終的なラクトン形成に寄与する。EPOS Cの第２モジュールはKS（配列番号１のヌクレオチド26318-27595、配列番号５のアミノ酸1524-1950）；マロニル CoA 特異的AT（配列番号１のヌクレオチド27911-28876、配列番号５のアミノ酸2056-2377）；KR（配列番号１のヌクレオチド29678-30429、配列番号５のアミノ酸2645-2895）；およびACP（配列番号１のヌクレオチド30539-30759、配列番号５のアミノ酸2932-3005）；を結合する。このモジュールはアセテート伸長ユニット（C12-C11）を取込んでおり、C13位のβ-ケト基をヒドロキシル基に還元する。そこでエポチロンの発生期のポリケチド鎖はエポチロンAに対応し、エポチロンBのC12 位メチル側鎖の導入にはPKS後にC-メチル転移酵素の活性が必要であると思われる。C13-C12 位でのエポキシ環形成もPKS後酸化工程が必要であろう。EPOS Cの第３モジュールはKS（配列番号１のヌクレオチド30815-32092、配列番号５のアミノ酸3024-3449）；マロニル CoA-特異的AT（配列番号１のヌクレオチド32408-33373、配列番号５のアミノ酸3555-3876）；DH（配列番号１のヌクレオチド33401-33889、配列番号５のアミノ酸3886-4048）；ER（配列番号１のヌクレオチド35042-35902、配列番号５のアミノ酸4433-4719）；KR（配列番号１のヌクレオチド35930-36667、配列番号５のアミノ酸4729-4974）；および ACP（配列番号１のヌクレオチド36773-36991、配列番号５のアミノ酸5010-5082）を結合する。このモジュールはアセテート伸長単位（C10-C9）を導入し、C11位のβ-ケト基を完全に還元する。EPOS C の第４モジュールはKS（配列番号１のヌクレオチド 37052-38320、配列番号５のアミノ酸 51035525）；メチルマロニル CoA-特異的AT（配列番号１のヌクレオチド38636-39598、配列番号５のアミノ酸5631-5951）；DH（配列番号１のヌクレオチド39635-40141、配列番号５のアミノ酸5964-6132）；ER（配列番号１のヌクレオチド41369-42256、配列番号５のアミノ酸6542-6837）；KR（配列番号１のヌクレオチド42314-43048、配列番号５のアミノ酸6857-7101）；およびACP（配列番号１のヌクレオチド43163-43378、配列番号５のアミノ酸 7140-7211）;を結合する。このモジュールはプロピオネート伸長ユニット（C24およびC8-C7）を導入し、C9のβ-ケト基を完全に還元する。」 
　
（キ）配列番号６について 
「【０１１０】epoD (配列番号１のヌクレオチド43524-54920)はモジュール２個をもつＩ型ポリケチドシンターゼ EPOS D（配列番号６）をコードする。第１モジュールはKS（配列番号１のヌクレオチド43626-44885、配列番号６のアミノ酸35-454）；メチルマロニル CoA-特異的AT（配列番号１のヌクレオチド45204-46166、配列番号６のアミノ酸561-881）；KR（配列番号１のヌクレオチド46950-47702、配列番号６のアミノ酸1143-1393）；およびACP（配列番号１のヌクレオチド7811-48032、配列番号６のアミノ酸1430-1503）を結合している。このモジュールはプロピオネート伸長ユニット（C23およびC6-C5）を導入し、ヒドロキシ基のC7にあるβ-ケト基を還元する。第２モジュールはKS（配列番号１のヌクレオチド48087-49361、配列番号６のアミノ酸1522-1946）；メチルマロニルCoA-特異的AT（配列番号１のヌクレオチド49680-50642、配列番号６のアミノ酸2053-2373）；DH（配列番号１のヌクレオチド50670-51176、配列番号６のアミノ酸2383-2551）；メチル転移酵素（MT）（配列番号１のヌクレオチド51534-52657、配列番号６のアミノ酸2671-3045）；KR（配列番号１のヌクレオチド53697-54431、配列番号６のアミノ酸3392-3636）；およびACP（配列番号１のヌクレオチド54540-54758、配列番号６のアミノ酸3673-3745）を結合する。このモジュールはプロピオネート伸長ユニット（C21またはC22およびC4-C3）を導入し、ヒドロキシ基のC5にあるβ-ケト基を還元する。エポチロンはC5 にケト基を持つのでこの還元は少し予想外であった。この種のPKSモジュールに推測される還元能力とポリケチド最終産物の対応する位置での酸化還元状態との間の差異については文献報告がある（例えば, Schweckeほか著、Proc. Natl. Acad. Sci. USA、92巻：7839-7843 (1995年)；Schuppほか著、FEMS Microbiology Letters、159巻：201-207 (1998年)参照）。エポチロンの重要な特徴はC4（C21およびC22）gem-メチル側鎖の存在である。EPOS D の第２モジュールは伸長しつつあるポリケチド鎖のC4にプロピオネートユニットを導入して、メチル側鎖１個を提供すると予想される。このモジュールはまたPKS のDHドメインとKRドメインとの間にHMWP1のイェルシニアバクチンシンターゼに見られるものと類似の配列で導入されたメチル転移酵素ドメインを含む（Gehring, A. M., DeMoll, E., Fetherston, J. D., Mori, I., Mayhew, G. F., Blattner, F. R., Walsh, C. T., and Perry, R. D.著、Iron acquisition in plague: modular logic in enzymatic biogenesis of yersiniabactin by Yersinia pestis、Chem. Biol.、5巻：573-586、1998年）。EPOS DにあるこのMTドメインはC4に第２のメチル側鎖基（C21またはC22）を導入すると提唱される。」 
　
（ク）配列番号７について 
「【０１１１】epoE（配列番号１のヌクレオチド54935-62254）はモジュール１個からなるＩ型ポリケチドシンターゼEPOS E（配列番号７）をコードし、KS（配列番号１のヌクレオチド55028-56284、配列番号７のアミノ酸32-450）；マロニル CoA-特異的AT（配列番号１のヌクレオチド56600-57565、配列番号７のアミノ酸556-877）；DH（配列番号１のヌクレオチド57593-58087、配列番号７のアミノ酸887-1051）；おそらく非機能的ER（配列番号１のヌクレオチド59366-60304、配列番号７のアミノ酸1478-1790）；KR（配列番号１のヌクレオチド60362-61099、配列番号７のアミノ酸1810-2055）；ACP（配列番号１のヌクレオチド61211-61426、配列番号７のアミノ酸2093-2164）およびチオエステラーゼ(TE)（配列番号１のヌクレオチド61427-62254、配列番号７のアミノ酸2165-2439）；を結合する。このモジュールにあるERドメインはいくつかの高度に非正常なアミノ酸置換を持つ活性部位モチーフを結合しており、おそらくこれがこのドメインを不活性にしている。このモジュールはアセテート伸長ユニット（C2-C1）を導入し、C3にあるP-ケトをエノイル基に変換する。エポチロンはC3にヒドロキシ基を持つので、この還元はまたEPOS Dの第２モジュールについて報告したように余剰であるとも思われる。EPOS EのTEドメインはC1カルボキシ基とC15ヒドロキシ基の間のラクトン化による伸長したポリケチド鎖の放出と環化に寄与している。」
　
（ケ）配列番号８及び配列番号２２について 
「【０１１３】配列決定された領域ではepoEの下流にはORFが１１個確認されている。epoF（配列番号１のヌクレオチド62369-63628）はチトクロームP450オキシゲナーゼに強い配列類似性を持つ推測上の蛋白質EPOS F（配列番号８）をコードする。EPOS FはC12, C5 および／またはC3炭素の酸化還元状態の調整に寄与しているであろう。orf14（配列番号１のヌクレオチド67334-68251）の推測上の蛋白質産物、Orf 14（配列番号２２）はStreptomyces coelicolorから得られ、機能が提唱されていない仮想上の蛋白質であるGI:3293544に強い類似性を示し、またヒト胎児肺蛋白質であるGI：2654559に強い類似性を示す。これはまた、Methanobacterium thermoautotrophicum からの GI：2623026 のようなカチオン排出系蛋白質にはより遠い関連性があるので、産生細胞からのエポチロンの放出にも寄与しているかも知れない。…」 
　
（コ）配列番号１０及び配列番号１１について 
「【０１１２】配列決定された epoAの上流領域にはORF５個が検出されている。部分的に配列決定されたorf1は配列データバンクには相同体を持たなかった。orf2（配列番号１逆方向相補鎖のヌクレオチド3171-1900）に推測される蛋白質産物（Orf2, 配列番号１0）はMycobacteriumおよびStreptomyces coelicolorから得られる仮想的ORFに強い類似性を示し、また別の細菌からのカルボキシぺプチダ-ゼおよび DDぺプチダ-ゼにはより遠縁の類似性を示す。orf3（配列番号１のヌクレオチド3415-5556）の推測上の蛋白質産物であるOrf3 (配列番号１１）は別の細菌のNa/H アンチポーターに相同性を示す。Orf3は産生株からのエポチロン放出に寄与しているであろう。…」 
　
イ　本願の発明の詳細な説明には，機能推定の根拠となる配列の相同性については，単に相同性の有無や「強い類似性」，「遠縁の類似性」などの記載はあるが，具体的に，どの配列とどの程度の類似性があるのか，比較された配列の機能についてはどの程度のことが知られているのかについての，具体的な記載はない。 
　また，モチーフについても，各モチーフについての説明はなく，その存在と機能との関係も十分に説明されていない。さらに，各配列についての機能の推定の例を挙げると以下のとおりである。 
　
（ア）配列番号３のアミノ酸973-1256については，未知ドメインであることが記載され，NAD(P)Hオキシダーゼおよびバチルス種の還元酵素に非常に弱い相同性を示すことが記載され，「初期の2-メチルチアゾリン環から 2-メチルチアゾールへの酸化に関与しているのかもしれない。」と推定されている（前記記載事項ア（エ））。 
　
（イ）配列番号７のアミノ酸1478-1790のＥＲドメインについては，本願の発明の詳細な説明において，非機能的であると推定されている（前記記載事項ア（ク））。 
　
（ウ）配列番号２２については，機能が提唱されていない仮想上の蛋白質であるGI:3293544に強い類似性を示し、またヒト胎児肺蛋白質であるGI：2654559に強い類似性を示すこと、及びMethanobacterium thermoautotrophicum からの GI：2623026 のようなカチオン排出系蛋白質にはより遠い関連性を示すことから，産生細胞からのエポチロン放出にも寄与しているかもしれないとの記載かある（前記記載事項ア（ケ））。 
　
（エ）配列番号１０については，MycobacteriumおよびStreptomyces coelicolorから得られる仮想的ORFに強い類似性を示し、また別の細菌からのカルボキシぺプチダ-ゼおよび DDぺプチダ-ゼにはより遠縁の類似性があることが記載されている（前記記載事項ア（コ））。 
　
（オ）配列番号１１は別の細菌のNa/H アンチポーターに相同性を示し，Orf3は産生株からのエポチロン放出に寄与している可能性があることが記載されている（前記記載事項ア（コ））。 
　
ウ　以上のように，これらの配列については，それ自体が非機能的であると推定されていたり，類似性が比較されているポリペプチド自体の有用性が不明であったり，あるいは推定される機能がきわめて漠然としていて，具体的な用途が推認できないもの等が含まれている。
　
エ　また，請求項１に列挙された各配列は，単なるドメインをコードすると推定されるものも含んでおり，例えば，本願発明に含まれる核酸分子をコードする配列番号３の８１５−８２１アミノ酸は，全部で７個のアミノ酸からなるものであって，そのような短いポリペプチドがどのような有用性があるのかは不明であり，また，この配列を有していれば特定の具体的な用途が推認できるような機能が奏されるとの技術常識があるということもできない。
　
オ　したがって，それらをコードする核酸分子を宿主に導入することによりエポチロンを異種発現させる本願方法は，使用できない方法である，あるいは使用できない態様を含んでいる方法である，といわざるを得ない。
　
３．請求人の主張について
　
（１）拒絶査定の理由に関し，請求人は，審判請求書の【請求の理由】の「（３−２）理由２について」において，以下のように主張している。
　
「理由２の根拠について、原審の審査官殿は、拒絶査定の備考欄で次のように述べられた：
　『ここで、確かに段落［０１０１］〜［０１１３］には各ドメインの触媒機能が記載されているものの、例えば、配列番号２のアミノ酸１３１４−１３８５はアシルキャリアー蛋白質相同ドメイン、配列番号３のアミノ酸７２−８１はモチーフＫ等と記載されており、これらのドメイン（ポリペプチド）が実際にどのような機能を有するか不明である。なので、これらのポリペプチドを単独で発現させた場合にエポチロン生合成機能を有するものとは認められず、全てのドメインが同時に発現される場合以外の「少なくとも１種をコードするヌクレオチドを含」む核酸分子を導入した場合にエポチロンを発現できるものとは認められない。請求項２乃至３４についても同様である。』
　しかしながら、請求人は、上記ご認定について、以下述べる理由により承服することができない。
　本願発明のエポチロン遺伝子クラスターは、マルチドメイン（multi-domain）タンパク質である種々のタイプＩポリケチドシンターゼにおける異なったタンパク質をコードするものである（本願明細書実施例１２参照）。これらのドメインの各々は、エポチロン生合成において特異的な触媒機能を示し、それらドメイン（ポリペプチド）の機能は、本願明細書の段落［０１０１］〜［０１１３］に記載されているとおりである。すなわち、本願の特許請求の範囲に記載されているドメイン／ポリペプチドは、それぞれ触媒機能に関与する重要な機能的単位である。従って、エポチロンの生合成に関与する異なった機能的単位およびそれらをコードするヌクレオチド配列をクレームしている本願の特許請求の範囲の記載は許容いただけるものと思料する。」
　
（２）しかし，本願の特許請求の範囲に記載されている各ドメイン／ポリペプチドが、仮に，それぞれ触媒機能に関与する重要な機能的単位であったとしても，それはエポチロンの生合成におけるごく一部の経路に関与するにすぎず，その１つをコードするヌクレオチドを導入しても組換え宿主中でエポチロンが異種発現するとは到底考えられない。
　しかも，前記２．（２）で述べたように，本願明細書の段落【０１０１】〜【０１１３】に記載された各ドメインの機能は，単なる推定によるものにすぎず，そのような機能を奏する可能性が低いもの，あるいはそもそも推定される機能自体不明なものも含まれていることは，すでに述べたとおりである。
　したがって，請求人の主張は採用することができない。
　
（３）さらにいえば，本願の出願後に頒布された本願発明の発明者による対応文献と認められるChemistry  Biology, 7(2), 2000, p.97-109には，「EPOS AのERドメインは機能を有するかもしれないし，有しないかもしれない。なぜなら，ERと推定される配列モチーフGGVGxAAxQxAR（単一文字表記アミノ酸，xは任意のアミノ酸）における高度に保存されたアルギニンがグルタミンに置換されているからである。」（100頁右欄2〜6行）という記載があり，請求人が主張する機能について発明者自身が懐疑的であることが示されている。 
　また，同様に本願の出願後に頒布された文献であるChemistry  Biology 8, 2001, p.899-912には，S. cellulosumのEpoAサブユニットについて，「150kDaの４つのドメインから成るS. cellulosumのEpoAサブユニットをE.coliで発現させようと試みたが，様々な成長条件において不活性なタンパクが生産された。」（900頁右欄10〜12行），及び「Sorangiumの全長EpoAを，E.coliにおける外来遺伝子の発現により，可溶で活性の状態で生成しようとする我々の努力は，未だ成功しておらず，そこで我々は，KSおよびATドメインを求めることは避けてEpoAのACPドメインを単離した。」（907頁右欄3〜12行）と記載されており，EpoAサブユニットの使用が困難であることが示されている。 
　これらのことからも，本願発明が，当業者が実施できる程度に本願の発明の詳細な説明に記載されているとはいえないことが裏付けられている。 
　
４．小括 
 　以上のとおり，本願の発明の詳細な説明には，「エポチロン生合成遺伝子」の異種発現についての具体的記載はなく，また，請求項１に列挙された各配列の有用性についての記載を見ても，各配列の中には，その機能が不明であったり，非機能的であると推定されているものも含まれている。
　したがって，本願の発明の詳細な説明に，本願発明について，当業者がその実施ができる程度に明確かつ十分に記載されているということはできない。 
　
第５　むすび
　したがって、原査定のその他の拒絶の理由を検討するまでもなく、本願は、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていない。  
　よって，結論のとおり審決する。