【事件の表示】
　特許第６１２６９８３号発明「真核細胞におけるエキソンスキッピングの誘導」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。
【結　論】
　特許第６１２６９８３号の特許請求の範囲を訂正請求書に添付された訂正特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項〔１−４〕、５、６、７について訂正することを認める。
　特許第６１２６９８３号の請求項１ないし７に係る特許を維持する。
【理　由】
第１　手続の経緯
　特許第６１２６９８３号の請求項１〜７に係る特許（以下、「本件特許」ということがある。）についての出願は、平成１３年９月２１日（パリ条約による優先権主張外国庁受理　２０００年９月２１日　欧州特許庁）を国際出願日とする特願２００２−５２９４９９号の一部を平成２３年４月２７日に新たな特許出願である特願２０１１−９８９５２号とし、さらにその一部を平成２５年１２月１８日に新たな特許出願としたものであって、平成２９年４月１４日にその特許権の設定登録がなされ、同年５月１０日に特許掲載公報が発行され、その後、その特許について、平成２９年１１月９日に特許異議申立人　古藤弘一郎（以下、「申立人」という。）により特許異議の申立てがなされ、平成３０年３月１４日付けで取消理由が通知され、その指定期間内である平成３０年６月１４日に意見書の提出及び訂正の請求があったものである。
　
第２　訂正請求について
１．訂正の内容
　平成３０年６月１４日付けの訂正請求書による訂正（以下、「本件訂正」という。）は、本件特許の特許請求の範囲を本件訂正請求書に添付した特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項１〜７について訂正をすることを求めるものであり、その訂正事項は以下のとおりである（下線部は訂正箇所を示す）。
　
（１）訂正事項１
　特許請求の範囲の請求項１に「且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含することを特徴とする医薬。」と記載されているのを、「且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド
（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）
　
（２）訂正事項２
　特許請求の範囲の請求項５に「且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする核酸運搬体。」と記載されているのを、「且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする核酸運搬体
（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）
　
（３）訂正事項３
　特許請求の範囲の請求項６に「且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用。」と記載されているのを、「且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用
（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）
　
（４）訂正事項４
　特許請求の範囲の請求項７に「且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用。」と記載されているのを、「且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用
（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）
　
２．本件訂正の適否 
（１）一群の請求項について
　訂正前の請求項２〜４は、請求項１を直接又は間接に引用するものであり、訂正前の請求項１〜４は一群の請求項である。そして、訂正事項１は、訂正前の請求項１に係る事項を訂正するものであるから、一群の請求項に対して請求されたものである。
　したがって、本件訂正事項１は、特許法１２０条の５第４項に規定される「一群の請求項」についてするものである。
　
（２）訂正の目的の適否、新規事項の追加の有無、特許請求の範囲の拡張・変更の存否
　上記訂正事項１〜４は、請求項１、５、６及び７において、アンチセンスオリゴヌクレオチドから、「ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるもの」を除外することにより、当該アンチセンスオリゴヌクレオチドを限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものであって、新規事項の追加に該当せず、また、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではない。
　
３．むすび 
　以上のとおりであるから、本件訂正は、特許法第１２０条の５第２項第１号に掲げる事項を目的とするものであり、かつ、同条第９項で準用する同法第１２６条第５項及び第６項の規定に適合するので、これを認める。
　
第３　本件発明
　上記のとおり本件訂正が認められるから、本件特許の請求項１〜７に係る発明は、平成３０年６月１４日付け訂正請求書に添付の訂正特許請求の範囲の請求項１〜７に記載された事項により特定される、以下のとおりのものである（以下、請求項１〜７の特許に係る発明を、その請求項に付された番号順に、「本件発明１」等ということがある。また、これらをまとめて「本件発明」ということがある。）。 
「【請求項１】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）を包含することを特徴とする医薬。
【請求項２】
　スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていることを特徴とする、請求項１に記載の医薬。
【請求項３】
　該機能性ジストロフィンタンパク質が、変異ジストロフィンタンパク質または正常ジストロフィンタンパク質であることを特徴とする、請求項２に記載の医薬。
【請求項４】
　該変異ジストロフィンタンパク質が、ベッカー型筋ジストロフィー患者のジストロフィンタンパク質と同等であることを特徴とする、請求項３に記載の医薬。
【請求項５】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする核酸運搬体（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）。
【請求項６】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドの使用であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）。
【請求項７】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体の使用であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）。」
　
第４　取消理由の概要
　平成３０年３月１４日付けで通知した取消理由は、訂正前の本件特許は、特許法第２９条の２の規定により特許を受けることができないから、取り消されるべきものであるというものであり、具体的な理由は、以下のとおりである。
　
　甲２（特開２００２−１０７９０号公報）の優先権主張基礎出願である先願１（特願２０００−１２５４４８号）の願書に最初に添付された明細書、特許請求の範囲又は図面（以下、「先願明細書１」という。）には、以下の発明が記載されている。
「ヒトジストロフィンの前駆体ｍＲＮＡのエクソン５３に隣接するエクソンを構成する塩基配列において正常な塩基配列からの塩基の欠失による塩基数の変化に起因するＤＭＤであって、該塩基数の正味の変化が（３×Ｎ＋１）個（Ｎはゼロ又は自然数）の塩基の減少として表されるものであるＤＭＤの治療剤であって、 
　薬剤学的に許容し得る注射可能な媒質中に、配列表において配列番号４で示された塩基配列、すなわち、ｇａｃｃｔｇｃｔｃａ　ｇｃｔｔｃｔｔｃｃｔ　ｔａｇｃｔｔｃｃａｇ　ｃを有するＤＮＡ及びこれと同一の塩基配列を有するホスホロチオエートＤＮＡよりなる群より選ばれるものであるエクソン５３のＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを含有し、 
　ＤＭＤ患者への該アンチセンスオリゴヌクレオチドの投与により、スプライシングに際したエクソン５３のスキッピングを誘導し、上記塩基の欠失により起こっていたリーディングフレームのずれを修復し、部分的に機能回復したジストロフィンタンパク質を産生させ、ＤＭＤをＢＭＤに転換させ得る、
上記治療剤。」（以下、「先願発明１」という。）
　
「ヒトジストロフィンの前駆体ｍＲＮＡにおけるエクソン５３に隣接するエクソンを構成する塩基配列において正常な塩基配列からの塩基の欠失による塩基数の変化に起因するＤＭＤであって、該塩基数の正味の変化が（３×Ｎ＋１）個（Ｎはゼロ又は自然数）の塩基の減少として表されるものであるＤＭＤの治療剤の製造のためのアンチセンスオリゴヌクレオチドの使用であって、 
　該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列表において配列番号４で示された塩基配列、すなわち、ｇａｃｃｔｇｃｔｃａ　ｇｃｔｔｃｔｔｃｃｔ　ｔａｇｃｔｔｃｃａｇ　ｃを有するＤＮＡ及びこれと同一の塩基配列を有するホスホロチオエートＤＮＡよりなる群より選ばれるものであるエクソン５３のＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを含有し、 
　ＤＭＤ患者への該アンチセンスオリゴヌクレオチドの投与により、スプライシングに際したエクソン５３のスキッピングを誘導し、上記塩基の欠失により起こっていたリーディングフレームのずれを修復し、部分的に機能回復したジストロフィンタンパク質を産生させる、
　上記使用。」（以下、「先願発明２」という。）
　
　訂正前の本件特許の請求項１〜５に係る発明は、先願発明１と同一であり、訂正前の本件特許の請求項６及び７に係る発明は、先願発明２と同一である。
　
　よって、訂正前の本件請求項１〜７に係る特許は、特許法第２９条の２の規定により特許を受けることができないから、取り消されるべきものである。
　
第５　取消理由についての合議体の判断
　本件訂正による訂正後の本件発明１、５、６及び７の記載では、先願発明１及び先願発明２に含まれる「ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣである」「アンチセンスオリゴヌクレオチド」が除かれているから、本件発明１及び５は、先願発明１とは同一ではなく、また、本願発明６及び７は、先願発明２とは同一ではない。
　よって、上記「第４　取消理由の概要」に記載の特許法第２９条の２に係る取消理由は解消している。
　この点は、請求項１を引用する請求項２〜４についても同様である。
　
　したがって、上記取消理由によっては、本件発明１〜７に係る特許を取り消すことはできない。
　
第６　取消理由通知において採用しなかった特許異議申立理由の概要及び提出した証拠 
１　申立理由の概要
　上記取消理由で通知した理由のほかに、申立人は、甲第１〜１２号証を提出し、本件特許は、以下の理由１〜４により、取り消されるべきものである旨主張している。なお、以下では、各甲号証を指して、それぞれ、単に「甲１」〜「甲１２」という。
　
（１）申立理由１（進歩性）
　本件発明１〜７は、甲４〜甲７に記載された発明及び甲６〜１１に記載された事項に基づいて当業者が容易に想到できたものであるから、特許法第２９条第２項の規定に違反するものであり、本件特許は、同法１１３条第２号に該当し、取り消すべきものである。
　
（２）申立理由２（実施可能要件）
　本件明細書の発明の詳細な説明の記載は、本件発明１〜７に記載の発明を当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されたものではないから、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしておらず、本件特許は、同法第１１３条第４号に該当し、取り消すべきものである。
　
（３）申立理由３（サポート要件）
　本件発明１〜７は、本件明細書の発明の詳細な説明に記載されたものではないから、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしておらず、本件特許は、同法第１１３条第４号に該当し、取り消すべきものである。
　
（４）申立理由４（明確性）
　本件発明１〜７は、特許請求の範囲の記載が特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしておらず、本件特許は、同法１１３条第４号に該当し、取り消すべきものである。
　
２．証拠方法
（１）甲第１号証：欧州特許出願００２０３２８３．７号出願明細書
　
（２）甲第２号証：特開２００２−０１０７９０号公報
　
（３）甲第３号証：甲２の基礎出願（特願２０００−１２５４４８号）の英訳
　
（４）甲第４号証：Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９６，Ｖｏｌ．２２６，ｐ．４４５−４４９
　
（５）甲第５号証：特開２０００−３２５０８５号公報
　
（６）甲第６号証：日本先天代謝異常学会雑誌、１９９９年１５巻２号２３２頁
　
（７）甲第７号証：Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，１９９５，Ｖｏｌ．９５，ｐ．５１５−５２０
　
（８）甲第８号証：Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，１９９７，Ｖｏｌ．１００，ｐ．２２０４−２２１０
　
（９）甲第９号証：平成２８年３月２３日付け特許権者手続補正書
　
（１０）甲第１０号証：特開２００２−３２５５８２号公報
　
（１１）甲第１１号証：Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９４，Ｖｏｌ．１４，Ｎｏ．２，ｐ．１３４７−１３５４
（１２）甲第１２号証：Ｎｅｕｒｏｍｕｓｃｕｌａｒ　Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ，２０１０，Ｖｏｌ．２０，ｐ．１０２−１１０
　
第７　甲号証の記載事項
　甲１、４、６、７、８、１１には、それぞれ以下の事項が記載されている（下線は合議体による。）。
　なお、甲１、４、７、８、１１は、英文であるため、日本語訳文を記載する。
１．甲１
（１−１）（２０頁特許請求の範囲）
「１．細胞における異常型タンパク質の産生を少なくとも部分的に減少させるための方法であって、前記細胞は前記異常型タンパク質をコードするｍＲＮＡ前駆体を含み、
前記方法は、
前記細胞を前記エキソンの少なくとも１つのエキソン封入シグナルを特異的に阻害することが可能な試薬に供することを含み、
　さらに、前記ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングによって生じるｍＲＮＡの翻訳を行わせしめることを含む、前記方法。
・・・
６．前記エクソン封入シグナルが、エキソン番号２、８、４３、４４、４５、４６、５０、５１、５２または５３に存在する、請求項４または５に記載の方法。」
　
（１−２）（２頁３３行〜３頁１２行）
「上記及びその他の諸問題を克服するために、本発明は細胞前駆体を有する細胞に対して、該エキソンの少なくとも１つが有するエキソン封入シグナルを特異的に阻害することが可能な試薬を細胞に与え、そして該ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングによって生じるｍＲＮＡの翻訳を行わせしめることを包含する、細胞における異常型タンパク質の産生を少なくとも部分的に減少させるための方法を提供する。エキソン封入シグナルに干渉することの利点は、このような因子がエキソン内に存在するということである。スキップされるエキソン内の配列に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを与えることによって、エキソン封入シグナルと干渉して、エキソンをスプライシング機構から効果的に遮蔽することができる。スプライシング機構がスキップすべきエキソンを認識しないことによって、最終的なｍＲＮＡからエキソンが排除される。」
　
（１−３）（３頁２８行〜３３行）
「本発明の好ましい態様において、エキソン封入シグナルはエキソン認識配列（ＥＲＳ）に特異的なアンチセンス核酸による干渉を受ける。このような配列は比較的プリン塩基に富み、スキップされるエキソンの配列情報を精査することで特定することが可能である。」
　
（１−４）（５頁３行〜６行）
「遺伝子導入法に比べて、本発明の新規なスプライシング制御型遺伝子治療は、より小さな治療薬、これに限定されるわけではないが、典型的な例としては１４〜４０個のヌクレオチドからなる治療薬の投与を必要とする。」
　
（１−５）（６頁１２行〜２１行）
「表１においては、上述のエキソンに対して、ヒトで観察された高頻度で発生するジストロフィン遺伝子変異であって、本発明の方法で治療することができるものも示した。表に示したエキソンのスキッピングは、少なくともベッカー型筋ジストロフィータンパク質の機能を有する変化したジストロフィンタンパク質の産生をもたらす。このように、本発明の１つの態様において、エキソン封入シグナルがヒトジストロフィン遺伝子のエキソン２、８、４３、４４、４５、４６、５０、５１、５２または５３に存在することを特徴とする方法が提供される。」
　
（１−６）（１２頁１行〜１８頁１１行）
「実施例
実施例１
　エキソン４５はＤＭＤにおいて最も高頻度で欠失が起こるエキソンなので、本発明者らははじめにエキソン４６の特異的なスキッピングの誘導を試みた（図１）。この誘導によってエキソン４５及び４６の欠失を保有するＢＭＤ患者に見られる、短いがより機能的なジストロフィンタンパク質を産生する。マウスジストロフィン遺伝子のジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御するための実験系を初めに構成した。その後、エキソン４５の欠失を保有するＤＭＤ患者由来の筋肉細胞において翻訳読み枠とジストロフィン合成を復帰させることを目的として、ヒトジストロフィン遺伝子にねらいを定めた。
　
ｍＡＯＮｓ及びｈＡＯＮｓの設計
　エキソン４６の内部領域に対するマウス特異的ＡＯＮ系列及びヒト特異的ＡＯＮ系列（ｍＡＯＮ及びｈＡＯＮ）を設計した（図２）。使用したエキソン４６の内部領域は、プリン塩基に富んだ配列を有し、エキソン４６のスプライシング制御に係る推定上の機能を有すると考えられる。ゲルシフトアッセイによるＡＯＮの初期スクリーニング（下記参照）のために未修飾のＤＮＡオリゴヌクレオチド（ベルギー国、EuroGentec社に合成を依頼）を使用した。筋肉細胞のトランスフェクション実験を実際に行う際には、２’−Ｏ−メチルホスホロチオエートアンチセンスオリゴリボヌクレオチド（ベルギー国、EuroGentec社に合成を依頼）を使用した。このような修飾されたＲＮＡオリゴヌクレオチドはエンドヌクレアーゼ及びRNase Hに対する抵抗性を有し、高い親和性でＲＮＡに結合することが知られている。最終的に有効であると認められ、in vitro で筋肉細胞に与えたＡＯＮの配列を下記に示す。対応するマウス特異的ＡＯＮとヒト特異的ＡＯＮは高い相同性があるが完全に同一ではない。
　以下に使用したＡＯＮのデオキシ体を示すが、最終的に使用した２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドにおいては、ＴをＵに置き換える。
　
ゲルシフトアッセイ
　ＡＯＮの有効性は、ターゲット配列に対する結合親和性に基づいて決定した。ＲＮＡフォールディングを予測するためのコンピュータシミュレーションプログラムの近年の発展にもかかわらず、設計したＡＯＮのどれが高い親和性でターゲット配列に結合するかを推測することは難しい。従って、ゲルシフトアッセイを（Bruiceら、１９９７に記載のプロトコールに従って）行った。エキソン４６ターゲットＲＮＡ断片を、（マウスまたはヒト筋肉ｍＲＮＡから、Ｔ７プロモーター配列を有するセンスプライマ−を利用して増幅した）ＰＣＲ断片から３２Ｐ−ＣＴＰの存在下の in vitro Ｔ７転写法で生成した。ターゲットである転写断片に対する個々のＡＯＮ（０．５ｐｍｏｌ）の結合親和性は、３７℃で３０分間ハイブリダイゼーションを行い、次いでポリアクリルアミド（８％）ゲル電気泳動を行うことで測定した。これらの分析をマウス特異的ＡＯＮ及びヒト特異的ＡＯＮをスクリーニングするために行った（図３）。少なくとも５個の異なるマウス特異的ＡＯＮ（ｍＡＯＮ＃４、６、８、９及び１１）及びそれらに対応する４個のヒト特異的ＡＯＮ（ｈＡＯＮ＃４、６、８及び９）において移動度の変化が観察され、ターゲットＲＮＡに対して結合親和性を有することを示した。
　
培養筋肉細胞のトランスフェクション
　ＡＯＮによる in vitro の筋肉細胞におけるスキッピング誘導効率を分析するために、ゲルシフトアッセイを用いてターゲットエキソンに対して最も高い結合親和性を示したエキソン４６特異的ＡＯＮを選択した。すべてのトランスフェクション実験において、非特異的ＡＯＮをエキソン４６の特異的スキッピングの負の対照として用いた。前述したように、はじめにマウス筋肉細胞の実験系を構築した。マウス筋肉細胞系であるＣ２Ｃ１２細胞由来の（ジストロフィン発現レベルの高い）培養増殖筋芽細胞及び培養分裂後筋管の両方を使用した。後に行ったヒト由来培養筋肉細胞の実験には、罹患していない１人の筋肉生検材料及びエキソン４５の欠失を保有する、血縁ではない２人のＤＭＤ患者の筋肉生検材料のそれぞれから単離した培養一次筋肉細胞を使用した。これらの異種培養物はおよそ２０〜４０％の筋原細胞を含んでいた。異なるＡＯＮ（濃度：１μＭ）に対して３当量比のカチオンポリマーＰＥＩ（MBI Fermentas社製）を用い、細胞にＡＯＮをトランスフェクトした。これらの実験でトランスフェクトしたＡＯＮは５’フルオレセイン基を有し、そのため蛍光性の核を数えることでトランスフェクション効率を測定することができる。概して、６０％以上の細胞が核に特異的にＡＯＮの取り込みを示した。ＲＴ−ＰＣＲ分析を促進するために、トランスフェクトの２４時間後にＲＮＡｚｏｌＢ（オランダ国、CamPro Scientific社製）を使ってＲＮＡを単離した。
　
ＲＴ−ＰＣＲ及び配列の決定
　ＲＮＡの逆転写をC. therm. ポリメラーゼ（Roche社製）及びエキソン４８特異的逆転写プライマーを使って行った。ジストロフィン遺伝子のエキソン４６のスキッピングを検出するために、ＰＣＲを２サイクル行ってｃＤＮＡを増幅した。ＰＣＲは、エキソン４４及び４７に含まれるプライマー（ヒト実験系）またはエキソン４５及び４７に含まれるプライマー（マウス実験系）を使用したプライマーシフト増幅（nested amplification）を包含する。培養マウス筋芽細胞及び培養マウス筋管細胞では、エキソン４５がエキソン４７に直接スプライシングされた産物に相当する大きさの部分産物を検出した（図４）。続いて行った配列の決定によって、マウスジストロフィン転写産物におけるエキソン４６の特異的なスキッピングを確認した。エキソンスキッピングの効率は個々のＡＯＮで異なり、ｍＡＯＮ＃４及び＃１１が最も高い効率を示した。これらの好ましい結果に基づき、培養ヒト筋肉細胞においても、ジストロフィンのスプライシングを同様に制御することに着目した実験を行った。その結果、エキソン４５がエキソン４７にスプライシングされた産物に相当する部分産物を対照となる筋肉細胞で検出した。興味深いことに、患者由来筋肉細胞では、エキソン４４がエキソン４７にスプライシングされてなる短い断片が検出された。エキソン４６の特異的なスキッピングをヒトジストロフィン転写産物の配列データによって確認した。マウスとヒトの両方のジストロフィン転写産物に見られたこのようなスプライシングの制御は、トランスフェクトされていない培養細胞や非特異的ＡＯＮでトランスフェクトされた培養細胞には見られなかった。
　
免疫組織化学分析
　ジストロフィンタンパク質の翻訳および合成を復帰させるために、エキソン４５の欠失を保有する患者由来の筋肉細胞においてエキソン４６のスキッピングの誘導を試みた。ｈＡＯＮ＃８でトランスフェクトした際のジストロフィン産物を検出するために、ジストロフィンタンパク質のターゲット領域に隣接するドメインと遠位のドメインのそれぞれに対して作成した２種のジストロフィンモノクローナル抗体（Ｍａｎｄｙｓ−１及びＤｙｓ−２）を使用して、２種の患者由来培養筋肉細胞を免疫細胞化学分析に付した。蛍光分析によって、いずれの患者由来培養細胞においてもジストロフィン合成が復帰していることが明らかになった（図５）。処理したサンプルにおいては、１０〜３０％の筋繊維がジストロフィンに対して陽性に染色された。
　本発明者らの実験結果は、ＤＭＤ患者の筋肉細胞における内因性ＤＮＡ遺伝子からのジストロフィン合成の復帰を初めて示す。これは、治療目的のためのジストロフィンｍＲＮＡ前駆体スプライシングの標的調節の実現可能性の原理の証明である。
　
エキソン５１のターゲットスキッピング
ジストロフィンエキソンの同時スキッピング
　エキソン５１のターゲットスキッピング。本発明者らは、 in vitro のマウス及びヒト筋肉細胞におけるジストロフィンのエキソン４６のＡＯＮによる制御の可能性について明示した。これらの知見はＡＯＮをＤＭＤの治療用の試薬として評価する更なる研究の根拠を示した。ＤＭＤを誘発する欠失の大部分は遺伝子内の突然変異が起こりやすい２つの部位で集中的に発生し、ある１つの特定エキソンのターゲットスキッピングによって種々の突然変異を有する一連の患者の読み枠を復帰することができる（表１を参照）。エキソン５１は興味深いターゲットエキソンである。このエキソンのスキッピングは、エキソン５０、エキソン４５〜５０、エキソン４８〜５０、エキソン４９〜５０、エキソン５２、又はエキソン５２〜６３にわたる領域の欠失を保有する患者の治療に用いることが可能であり、このような患者の合計は本発明者らのライデンデータベース（Leiden database）に登録されている総患者数の１５％に達する。
　ジストロフィンのエキソン５１内に存在するプリン塩基に富んだ種々の領域に対するヒト特異的ＡＯＮ１０種（ｈＡＯＮ＃２１〜３０、下記参照）を設計した。このようなプリン塩基に富んだ領域は、エキソンのスプライシング反応の制御を担うと推定される因子、すなわちスプライシング反応の際にエキソンの除去を誘導するために遮蔽を試みた領域の存在を示唆した。すべての実験をエキソン４６のスキッピングに用いたプロトコール（上記参照）に従って行った。ターゲットＲＮＡに高い結合親和性を有するｈＡＯＮを確認するために、ゲルシフトアッセイを行った。最も高い親和性を示す５種のｈＡＯＮを選択した。エキソン５１のスキッピングの可能性を in vitro で分析するために、これらのｈＡＯＮを対照となるヒト筋肉細胞にトランスフェクトした。トランスフェクションの２４時間後にＲＮＡを単離し、エキソン５３または６５に特異的な逆転写用プライマーを使ってｃＤＮＡを作製した。ターゲット領域のＰＣＲによる増幅は、エキソン５１に隣接する種々のプライマーを組み合わせて行った。ＲＴ−ＰＣＲ及び配列の決定によって、エキソン５１の特異的なスキッピングが誘導されていたことがヒトジストロフィン転写産物から明らかとなった。続いて、エキソンのスキッピングを誘導することが示されている２種のｈＡＯＮ＃を、上記の突然変異の１つを有するＤＭＤ患者由来の６種の培養筋肉細胞にトランスフェクトした。これらの培養細胞におけるエキソン５１のスキッピングをＲＴ−ＰＣＲ及び配列の決定によって確認した。更に重要なことに、ジストロフィンタンパク質の異なる部分に対して作成した複数の抗体を用いた免疫組織化学分析によると、すべての分析結果がエキソン５１のスキッピングによってジストロフィンタンパク質の合成が復帰したことを示していた。
　
複数のジストロフィンエキソンの同時スキッピング。
　欠失変異に加えて１つのエキソン、例えばエキソン４６またはエキソン５１、のスキッピングを行うことで、多種にわたるＤＭＤ突然変異の読み枠を復帰させることができる。この方法が適用可能な突然変異の範囲は、１つ以上のエキソンを同時にスキッピングすることによって拡大することができる。例えば、エキソン４６からエキソン５０の欠失を有するＤＭＤ患者において、欠失領域に隣接したエキソン４５及び５１の両方のスキッピングを行うだけで翻訳読み枠の再構成を可能にした。」
　
（１−７）（１９頁表１）
「
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
　
（１−８）（１１頁２１行〜３０行）
「図６．ｈＡＯＮ＃８でトランスフェクトした患者ＤＬ２７９．１由来の培養筋肉細胞の免疫組織化学分析。タンパク質の異なる領域に対して作成した２種のジストロフィン抗体と細胞を接触させた。使用した抗体は、ターゲットであるエキソン４６に近接する領域に対する抗体（ＭａｎＤｙｓ−１、ｅｘ．−３１−３２）及びエキソン４６から離れた領域に対する抗体（Ｄｙｓ−２、ｅｘ．−７７−７９）である。下のパネルは筋管中にジストロフィンタンパク質が存在しないことを示すのに対し、いずれの抗体でもジストロフィンタンパク質が検出されることから、エキソン４６のｈＡＯＮ＃８誘導性スキッピングは明らかにジストロフィンタンパク質の合成を復帰させた（上のパネル）。」
　
（１−９）（図６）
「
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
　
２．甲４
（４−１）（４４５頁アブストラクト）
「本論文において我々は
ジストロフィン遺伝子転写物からのエキソンスキッピングが、エキソン認識配列（ＥＲＳ）に相補的なアンチセンスオリゴデオキシヌクレオチド（ＯＤＮ）により生細胞内で誘導できた
ジストロフィンエキソン１９のプリンリッチな領域に対するアンチセンスＯＤＮとともにリンパ芽球細胞をインキュベートするとジストロフィン転写物から前記エキソンがスキッピングされる結果となった
　
（４−２）（４４６頁「ＭＥＴＨＯＤＳ」の項１行〜３行）
「
エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）形質転換リンパ芽球細胞株は、前述のように正常男性から樹立された（９）
　
（４−３）（４４６頁下から２行〜４４７頁１２行）
「
エキソン１９のＥＲＳに対するアンチセンス３１ｍｅｒ　ＯＤＮ（図１）はカチオン性脂質と予備混合した。 アンチセンスＯＤＮのトランスフェクションのために、ＯＤＮリポソーム複合体を最終的な濃度が200nMとなるようにリンパ芽球細胞の培地に添加した
これは、完全なエキソン１９スキッピングが達成され得ることを示した
　
（４−４）（４４８頁下から１７行〜下から６行）
「したがって、
アンチセンスＯＤＮは、エキソン内ヘアピン構造を破壊することによって、及び、ＥＲＳに対するトランス作用因子の結合を防止することによって、スプライシングの強力な調節を発揮すると考えられた
　
３．甲６
（６−１）（２３２頁左欄【はじめに】の項）
「ゲノムより転写されたｍＲＮＡ前駆体はスプライシングなどの修飾を受け成熟ｍＲＮＡとなるが、スプライシングの部位決定には、従来より知られているエクソン・イントロン境界部に存在するコンセンサス配列のみではなく、エクソン内に存在するスプライシング促進配列（splicing enhancer sequence:SES）が重要な役割を果たしていることが報告されている。我々もジストロフィン遺伝子エクソン１９内にＳＥＳが存在することを明らかにし、さらにそのＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳ−ｏｌｉｇｏ）によりエクソン１９のスキッピングを誘導しうることを明らかにしてきた。
　一方、Ｄｕｃｈｅｎｎｅ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）はジストロフィン遺伝子の異常によって発症する進行性筋疾患であるが、欠失によりアミノ酸読み取り枠にずれが生じているためジストロフィン蛋白の発現がみられない。このような症例に対して、ＡＳ−ｏｌｉｇｏを導入することによりエクソンスキッピングを誘導し、アミノ酸読み取り枠のずれを修復すると、ジストロフィン蛋白が発現すると考えられる。
　この様な治療の可能性を考える上において、遺伝子欠失好発部位周辺のエクソンでＳＥＳを同定する必要がある。今回ｉｎ　ｖｉｔｒｏスプライシング系を用いて新たなＳＥＳを同定したので報告する。」
　
（６−２）（２３２頁左欄〜右欄【方法】の項）
「【方法】ジストロフィン遺伝子の欠失好発部位であるエクソン４５−５５周辺のｏｕｔ−ｏｆ−ｆｒａｍｅのエクソン内より、ＳＥＳの候補として比較的プリン残基に富んだ(1)エクソン４３内の２６塩基(2)エクソン４６内の２８塩基(3)エクソン５３内の２６塩基の３ケ所を選択した。ショウジョウバエのｄｏｕｂｌｅｓｅｘ（ｄｓｘ）遺伝子のエクソン３・イントロン３・エクソン４を組み込んだプラスミドの３’側にこれらのＳＥＳ候補を組み込みミニジーンを作成した。ｄｓｘ遣伝子のエクソン４の下流にＳＥＳが存在しないとイントロン３のスプライシングがみられないが、ＳＥＳが付加されるとスプライシングが進行するようになる系であり、この系を用いてＳＥＳ活性の検討を行なった。これらのプラスミドを鋳型としてＲＮＡポリメラーゼによりラジオアイソトープによって標識されたｍＲＮＡ前駆体を合成した。ｍＲＮＡ前駆体をＨｅＬａ細胞核抽出液と１時間反応させ、スプライシング反応を進行させた後、ゲル電気泳動によってその産物を解析した。」
　
（６−３）（２３２頁右欄【結果】の項）
「【結果】エクソン４３および５３のＳＥＳ候補を組み込んだｍＲＮＡ前駆体からは、イントロン３のスプライシングを受けた成熟ｍＲＮＡが産生された。産生物の量からみると、ＳＥＳ活性はエクソン４３の配列の方がエクソン５３のそれを上回っていた。しかし、エクソン４６のＳＥＳ候補を組み込んだｍＲＮＡ前駆体ではスプライシングをうけたｍＲＮＡは認められるものの活性は非常に弱かった。」
　
（６−４）（２３２頁右欄【考案】の項）
「【考案】今回、ジストロフィン遺伝子の欠失好発部位周辺のエクソンを解析し、エクソン４３及び５３内に新たなＳＥＳを同定した。・・・以前より我々はエクソン１９内にＳＥＳが存在し、さらにそのＳＥＳに対するＡＳ−ｏｌｉｇｏによりエクソン１９のスキッピングを誘導し得ることを報告してきた。同様のことが今回同定したＳＥＳにおいても可能であるとすると、例えばエクソン５２の欠失（１１８塩基）あるいは５０−５２の欠失（４６０塩基）のＤＭＤの症例（ｏｕｔ−ｏｆ−ｆｒａｍｅの欠失）に対し、エクソン５３のＳＥＳに対するＡＳ−ｏｌｉｇｏを導入しエクソン５３のスキッピングを誘導することにより、ｍＲＮＡにおける欠失の長さをそれぞれ３３０塩基、６７２塩基（いずれもｉｎ−ｆｒａｍｅ）とすることが可能である。即ちＤＭＤ症例で欠失によって生じたアミノ酸読み取り枠のずれをＡＳ−ｏｌｉｇｏにより修正し、ジストロフィン蛋白の発現を誘導し得ることになる。
　今回の結果はジストロフィン遺伝子の欠失好発部位においてもＳＥＳが存在することを示しており、ＳＥＳに対するＡＳ−ｏｌｉｇｏによる治療戦略が、より多くの症例において適応となり得る可能性を示唆している。」
　
４．甲７
（７−１）（５１５頁左欄要約）
「ジストロフィン神戸の分子分析は、エキソン１９の５’および３’スプライス部位における既知のコンセンサス配列が維持されたが、スプライシング中に５２ｂｐ欠失を有するジストロフィン遺伝子のエキソン１９がスキップされたことを示した(・・・)。 これらのデータは、エキソン１９の欠失配列が上流および下流イントロンの正確なスプライシングのためのシス作用性要素として機能することを示唆する。 エキソン１９のこの潜在的な役割を調査するために、人工ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を使用するインビトロスプライシングシステムを確立した。エキソン１８、トランケート型イントロン１８、エキソン１９を含むｍＲＮＡ前駆体はインビトロで正確にスプライシングされたが、イントロン１８のスプライシングは野生型エキソン１９がジストロフィン神戸エキソン１９で置換されたときほとんど完全に消失した。 イントロン１８のスプライシングは、ジストロフィン神戸エキソン１９に置き換えられたときほぼ完全に消滅した。イントロン１８のスプライシングはジストロフィン神戸エクソン１９が完全に再活性化されなかった。これらの結果は、ジストロフィン神戸で失われたエキソン１９配列の存在が、エキソン１９配列の長さよりもイントロン１８のスプライシングにとってより重要であることを示唆する。 特徴的に、このイントロンのスプライシングの効率は、下流エキソン１９内のポリプリントラックの存在と相関するようであった。 さらに、ジストロフィン神戸エキソン１９の欠失配列の５’半分に相補的なアンチセンス３１ｍｅｒ２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドは、用量および時間依存的に野生型ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを阻害した。 ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングをアンチセンスオリゴヌクレオチドにより調節され得るというこのインビトロの証拠は、デュシェンヌ型筋ジストロフィーに対する新たな治療アプローチの可能性を提起する。」
　
（７−２）（５１５頁右欄２４行〜３９行）
「ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングに関与すると考えられてきたシス作用因子は、５‘および３’スプライスサイト配列、ブランチポイント配列およびその位置であった（１４）。これらの配列は核内低分子リボ核タンパク質や他の複数の補助的なタンパク質を含むトランス作用因子の相互作用のターゲットである。スプライシングの効率は、その下流のエキソンの長さに依存することが示されている（１５）。より最近になって、いくつかのエキソンにはエキソン認識配列（ＥＲＳ）と呼ばれるプリンリッチな領域が含まれ、この領域が上流イントロンのスプライシングに必要であることが示されている（１６）。ＥＲＳはエキソン配列を同定し成熟ｍＲＮＡにおけるエキソン配列の封入を促進するスプライシング因子の標的であると思われる。ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングには正確なスプライスサイトの選択を伴うが、最近のインビトロでの研究では、エキソン配列を変化させるか（１６−１８）または外来の核内リボ核タンパク質のエキソン配列への結合を変化させること（１９、２０）などによってスプライシングを調節できることが示された。」
　
（７−３）（５１８頁右欄下から６行〜５１９頁左欄２行）
「したがって、ジストロフィン遺伝子のイントロン１８のスプライシングは、エキソン１９におけるポリプリンストレッチによるシス活性化を必要とする可能性が高い。 さらに、イントロン１８のインビトロスプライシングを阻害するアンチセンスＲＮＡは、これら３つのポリプリンストレッチのうちの２つを含むエキソン１９の領域に相補的であり、これは、それがＥＲＳ機能を阻害することによって作用することを示唆する。我々は、アンチセンスＲＮＡによるスプライシング阻害の正確なメカニズムが、さらなる調査を必要とすることを理解する。」
　
５．甲８
（８−１）（２２０４頁右欄２〜６行）
「エキソン配列のプリンリッチ領域、スプライシングエンハンサー配列（ＳＥＳ）またはエキソン認識配列は上流イントロンのスプライシングを促進するシス因子として機能することが複数の証拠によって示されている（２〜４）。」
　
６．甲１１
（１１−１）（１３４７頁要約）
「我々は、マウス免疫グロブリンμ遺伝子のエキソンＭ２内に位置するプリンリッチ配列が遠位の上流イントロンのスプライシングを刺激するその能力によって判断されるように、スプライシングエンハンサーとして機能することを以前に示した。この配列要素はＥＲＳ(エキソン認識配列)と呼ばれる。この研究では、Ｈｅｌａ細胞核抽出物を用いたインビトロスプライシングシステムを使用して、種々のＥＲＳ様配列の刺激効果を調査した。ここでは、スプライシングに必要であることが以前に示されているいくつかの天然エキソンのプリンリッチ配列が、免疫グロブリンμ遺伝子のＥＲＳのようなスプライシングエンハンサーとして機能することをを示す。さらに、合成ポリプリン配列でさえ、上流スプライシングに対して刺激効果を有していた。天然および合成のプリンリッチ配列の両方の分析から得られたデータの評価は、（ｉ）交互のプリン配列がスプライシングを刺激することができ、ポリ（Ａ）又はポリ（Ｇ）配列はできないこと、及び（ｉｉ）ポリプリン配列内のＵ残基の存在は、刺激レベルを大幅に減少させることを示す。競合実験は、様々なプリンに富む配列の刺激効果が、同じトランス作用因子によって媒介されることを強く示唆する。 これらの結果から、本研究において検討したプリンリッチ配列もまた、ＥＲＳの例であると結論付ける。 したがって、ＥＲＳは、種々のエキソンに存在し、スプライス部位選択において重要な役割を果たす一般的なスプライシング要素と考えられる。」
　
（１１−２）（１３４８頁右欄図１）
「
　
上記図１の説明部分の訳
（Ａ）Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ　ｄｏｕｂｌｅｓｅｘ（ｄｓｘ）キメラｍＲＮＡ前駆体の図解。エキソン配列（ボックス）およびイントロン配列（線）が示されている。ｐＳＰ７２ベクターから誘導された３‘エキソン（ボックス４と影のついたボックスの間の小さなボックス）にあるリンカー配列とテスト配列（影のついたボックス）の挿入部位が示されている。エキソンとイントロンの長さ（ヌクレオチド長）はコンストラクトの各領域の下に示されている。３’エキソンは、３０ｎｔのｄｓｘの第４エキソンと１４ｎｔのｐＳＰ７２から得られたリンカー配列を含む。
（Ｂ）スプライシングを促進する効果の試験に用いられた天然エキソン配列。これらの配列の欠失または置換は、上流イントロンのスプライシングに影響を与える（ＩｇＭ［４７、４８］、ＡＳＬＶ［１２、２１］、ｃＴＮＴ［４、４９］およびＢＧＨ［１５］）か、またはエキソンスキッピングを生じること（ｃＴＮＴ［４、５、４９］およびｈｐｒｔ［４１］）が示されている。これらの配列のプリン残基が影付きで示されている。配列上部の数字は、本来のエキソンにおける位置を示す。ｈｐｒｔ−ｍの配列は表示される位置での１塩基置換（ＡからＴへ）を除いては、ｈｐｒｔの配列と完全に同じである。ｅｎｖ、はエンベロープ遺伝子を示す。」
　
第８　申立理由についての合議体の判断
１．特許法第２９条第２項（申立理由１）について
（１）申立人は、甲４〜甲７には、「ジストロフィン遺伝子エクソン１９のエクソン内部配列（特にエクソン認識配列）をターゲットするアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いることにより標的エクソンをスキッピングしてＤＭＤ治療を行うという発明」が記載されている旨主張し、その記載されている発明に、甲６、８〜１１に記載の事項を組み合わせることにより、本件発明１〜７は、進歩性を有していないと主張する。
　そこで、甲４〜７に申立人が主張する発明が記載されているといえるかを検討する。
ア　甲４
　上記記載事項（４−１）からみて、甲４には、リンパ芽球細胞において、ジストロフィン遺伝子エクソン１９のエクソン認識配列（ＥＲＳ）に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いることにより、エクソン１９をスキッピングすることは記載されているが、それに留まるものであり、最終的にデュシエンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）治療を目的とする研究である旨の記載はあるものの（上記記載事項（４−４））、実際にＤＭＤ型筋ジストロフィーの疾患の原因となっている筋肉細胞における実験結果は何ら記載されていないから、当該アンチセンスオリゴヌクレオチドがＤＭＤ治療に十分な薬理作用を有することを当業者が認識できるだけの記載が甲４にあるとはいえない。
　
イ　甲５
　申立人は、下記（ア）の主張に基づき、本件の優先権主張が認められないことを前提として、甲５を公知の引用例としているので、まず、本件の優先権主張の適否について検討する。
（ア）申立人の主張
　本願は、甲１（以下、「基礎出願」という。）に基づく優先権を主張するものであるところ、申立人は、本件発明１〜４に関して、基礎出願の願書に最初に添付された明細書、特許請求の範囲又は図面（以下、「基礎出願明細書等」という。）には、ジストロフィン遺伝子の「エキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有」することを特徴とするアンチセンスオリゴヌクレオチドに関する記載がなく、また、「内部領域」という用語も記載されていないこと、及び、ＥＲＳを標的とするアンチセンス核酸は実施可能な態様で記載されていない旨主張し、本件発明５〜７に関して、基礎出願にはエキソン５３の一部を標的とし、エキソン５３をスキッピングさせるアンチセンス核酸の構造については具体的な記載がない旨主張する。
　
（イ）判断
ａ　本件発明１〜４
（ａ）基礎出願明細書等の特許請求の範囲の請求項１には、エキソンの少なくとも１つのエキソン封入シグナルを特異的に阻害することが可能な試薬が記載されており、請求項６には、エキソン封入シグナルがエキソン番号５３に存在することが記載されている（上記記載事項（１−１））。基礎出願明細書等の本文にも、エキソン封入シグナルがエキソン５３に存在することが記載されている（上記記載事項（１−５））。
　そして、基礎出願明細書等には、エキソン封入シグナルは、エキソン内に存在すること、スキップされるエキソン内の配列に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを与えることによって、エキソン封入シグナルと干渉して、エキソンをスプライシング機構から効果的に遮蔽することができることが記載されている（上記記載事項（１−２））。
　また、遺伝子治療に用いる治療薬のヌクレオチド数について、１４〜４０個のヌクレオチドが典型的な例として記載されている（上記記載事項（１−４））。
　これらの記載からみて、基礎出願明細書等には、本件発明１の「エキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有」することを特徴とするアンチセンスオリゴヌクレオチドが記載されているといえる。
　
（ｂ）次に、当該アンチセンスオリゴヌクレオチドが基礎出願明細書等に実施可能に記載されているかについて検討する。
　基礎出願明細書等には、「本発明の好ましい態様において、エキソン封入シグナルはエキソン認識配列（ＥＲＳ）に特異的なアンチセンス核酸による干渉を受ける。このような配列は比較的プリン塩基に富み、スキップされるエキソンの配列情報を精査することで特定することが可能である。」（上記記載事項（１−３））と記載されている。
　そして、基礎出願明細書等の実施例において、エキソン４６及びエキソン５１について、エキソン内部のプリン塩基に富んだ配列から候補となる、１４〜２３個のヌクレオチドからなるアンチセンスオリゴヌクレオチドを作成し、その中から、ゲルシフトアッセイによって標的となるＲＮＡに対して結合親和性を有するものを選択し、ＲＴ−ＰＣＲにより、当該アンチセンスをトランスフェクトした患者由来の培養筋肉細胞において、目的のエキソンがスプライシング機構から遮蔽されて、目的のエキソンスキッピングが生じることを確認し、免疫組織化学分析により、当該アンチセンスをトランスフェクトした患者由来の培養筋肉細胞内でジストロフィンタンパク質の合成が復帰していることを確認している（上記記載事項（１−６））。
　そして、表１には、スキップすることができるエキソンの一覧が記載されており、その中には、エキソン５３が記載されている（上記記載事項（１−７））。
　
　以上の記載を踏まえると、当業者は、基礎出願明細書等に、エキソン５３のスキッピングを生じさせる具体的なアンチセンスオリゴヌクレオチドの記載がなくとも、エキソン４６及びエキソン５１に関する実施例と同様の手法を用いて、エキソン５３の内部領域のプリン塩基に富んだ配列から候補となるアンチセンスオリゴヌクレオチドを作成し、ゲルシフトアッセイにより、標的となるＲＮＡに対して結合親和性を有するものを選択し、培養筋肉細胞を用いたＲＴ−ＰＣＲによるエキソンスキッピングの確認試験や、免疫組織化学分析によるジストロフィンタンパク質の合成復帰の確認試験を行って、本件発明１〜４に係る医薬に用いるアンチセンスオリゴヌクレオチドを取得することができることを合理的に推認できる。
　よって、当業者は、基礎出願明細書等の記載に基づいて、本件発明１〜４に係る、「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬」に包含される「エキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド」を製造し、使用することができるものであって、基礎出願明細書等は、当業者が本件発明１〜４を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されているものである。
　
ｂ　本件発明５〜７
　本件発明１では、「エキソン５３の内部領域」と記載されていたものが、本件発明５〜７では、「エキソン５３の一部」と記載されている。
　エキソン５３の「一部」はエキソン５３の「内部領域」に含まれるものであるから、上記ａで説示したのと同様の理由により、当業者は、基礎出願明細書等に、エキソン５３の一部を標的とし、エキソン５３をスキッピングさせるアンチセンス核酸の構造について記載がなくとも、エキソン４６及びエキソン５１に関する実施例と同様の手法を用いて、本件発明５〜７の「該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド」を製造し、使用することができるものであって、基礎出願明細書等は、当業者が本件発明５〜７を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されているものである。
　
（ウ）まとめ　
　以上のとおりであるから、本件発明１〜７については、優先権主張の効果が認められ、その進歩性の判断において出願日とみなされる日（判断基準日）は、優先日であり、甲５の公開日（平成１２年１１月２８日）より前である平成１２年９月２１日となるから、本件発明１〜７の進歩性が甲５により否定されないことは明らかである。
　
ウ　甲６
　上記記載事項（６−１）及び（６−４）からみて、甲６には、以前の研究により、エクソン１９内のスプライシング促進配列（ＳＥＳ）に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドにより、エクソン１９のスキッピングを誘導し得ることが報告されていたところ、この研究では、新たにエクソン５３内のＳＥＳを同定したことが記載されており、ＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドにより治療戦略がより多くの症例において適応となり得る可能性を示唆しているものの（上記記載事項（６−４））、実際にＤＭＤ型筋ジストロフィー疾患の原因となっている筋肉細胞における実験結果は何ら記載されていないから、当該アンチセンスオリゴヌクレオチドがＤＭＤ治療に十分な薬理作用を有することを当業者が認識できるだけの記載が甲６にあるとはいえない。
　
エ　甲７
　甲７には、エキソン認識配列（ＥＲＳ）がスプライシングにおいて重要な配列であることが記載され（上記記載事項（７−２）及び（７−３））、エキソン１９のＥＲＳに相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドが、エキソン１９のスプライシングを阻害したことが記載されているが（上記記載事項（７−１））、それに留まるものであり、ＤＭＤに対する新たな治療アプローチの可能性を提起する旨の記載はあるものの（上記記載事項（７−１））、実際にＤＭＤ型筋ジストロフィー疾患の原因となっている筋肉細胞における実験結果は何ら記載されていないから、当該アンチセンスオリゴヌクレオチドがＤＭＤ治療に十分な薬理作用を有することを当業者が認識できるだけの記載が甲７にあるとはいえない。
　
オ　小括
　以上のとおりであるから、甲５は、本件特許の優先日前に頒布された刊行物ではなく、また、甲４、６、７には、申立人が主張する発明が記載されているといえない。
　申立人の主張する申立理由１は、甲４〜甲７に記載された発明に、甲６、８〜１１に記載された事項を組み合わせることにより、当業者が容易に想到できたとするものであって、甲４〜７に申立人が主張する発明が記載されているといえることを前提とするものであるところ、上記のとおり、当該前提が誤っていると認められるから、本件発明１〜７の特許は、申立理由１によって取り消されるべきものとはいえない。
　
（２）念のため、上記（１）の記載からみて、本件発明に最も近い先行技術文献は甲４であると認められるので、甲４に記載された発明に基づく進歩性欠如について検討する。
　
ア　本件発明１について
（ア）甲４に記載された発明
　上記記載事項（４−１）、（４−２）及び（４−３）には、３１個のヌクレオチドからなるアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＧＣＣＴＧＡＧＣＴＧＡＴＣＴＧＣＴＧＧＣＡＴＣＴＴＧＣＡＧＴＴ）を、ＥＢＶにより形質転換された、正常男性から樹立されたヒトリンパ芽球細胞にトランスフェクトすると、エキソン１９がスキッピングされたことが記載されている。また、上記記載事項（４−２）において参照されている参照文献９（Ｊ．Ｎｅｕｒｏｌ，１９９３，Ｖｏｌ．２４１，ｐ．８１−８６）の８１頁右欄９行〜１１行には、リンパ芽球細胞には、ジストロフィン転写物が存在することが記載されていることからみて、ヒトリンパ芽球細胞は、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するものである。そして、上記記載事項（４−４）には、当該アンチセンスオリゴヌクレオチドがスプライシングを調節、すなわち、制御することが記載されている。
　そうすると、甲４には、以下の発明が記載されているものと認められる。
「ＥＢＶにより形質転換された、正常男性から樹立された、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒトリンパ芽球細胞において、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御するための組成物であって、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体に含まれるエキソン１９の内部領域に相補的な３１個のヌクレオチドを含有し、塩基配列はＧＣＣＴＧＡＧＣＴＧＡＴＣＴＧＣＴＧＧＣＡＴＣＴＴＧＣＡＧＴＴであるアンチセンスオリゴヌクレオチオドを包含する組成物」（以下、「引用発明Ａ」という。）
　
（イ）対比
　本件発明１と引用発明Ａを対比する。
　引用発明Ａの「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、エキソン１９のＥＲＳにハイブリダイズして、エキソン内ヘアピン構造を破壊することによって、スプライシング機構を構成するトランス作用因子がＥＲＳへ結合することを防止して、スプライシングを強力に調節するものであることから（上記記載事項（４−４））、引用発明Ａの「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、「該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」作用を有するものであるといえる。
　また、引用発明Ａの「アンチセンスオリゴヌクレオチド」の塩基配列は、「ＧＣＣＴＧＡＧＣＴＧＡＴＣＴＧＣＴＧＧＣＡＴＣＴＴＧＣＡＧＴＴ」であるが、これは、本件発明１のアンチセンスオリゴヌクレオチドから除かれている塩基配列である「特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣ」に該当するものではない。
　そうすると、本件発明１と引用発明Ａは、「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御するための組成物であって、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソンの内部領域に相補的な３１個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）を包含する組成物」である点で一致し、以下の点で相違する。
　
［相違点１］
　本件発明１は「ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬」に係る発明であるのに対し、引用発明Ａは単なる組成物である点。
［相違点２］
　アンチセンスオリゴヌクレオチドに相補的な内部領域が、本件発明１では、エキソン５３にあるのに対し、引用発明Ａでは、エキソン１９にある点。
　
（ウ）判断
　先に上記相違点２について検討する。
　甲６には、ジストロフィン遺伝子の中でエキソン４５〜５５は欠失好発部位であることが記載されている（上記記載事項（６−２））。そして、ショウジョウバエのｄｓｘ遺伝子にスプライシング促進配列（ＳＥＳ）候補を組み込んだミニジーンを用いたＳＥＳの同定方法により、エキソン５３内に新たなＳＥＳを同定したことが記載され（上記記載事項（６−２）〜（６−４））、このＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、エキソン５３のスキッピングを誘導できる可能性があることが記載されている（上記記載事項（６−４））。ここで、上記記載事項（８−１）によれば、スプライシング促進配列（ＳＥＳ）とは、エキソン認識配列（ＥＲＳ）と同義である。
　このような甲６の記載に接した当業者であれば、引用発明Ａにおいて、アンチセンスオリゴヌクレオチドに相補的な内部領域が存在するエキソンとして、エキソン１９に代えて、エキソン５３を対象とすることは容易に想起することであり、その際、甲６に記載されたＥＲＳの同定方法や甲１１に記載されたＥＲＳの同定方法により、エキソン５３のＥＲＳを同定し、当該ＥＲＳに基づいて、アンチセンスオリゴヌクレオチドを作製することは、容易に想到し得ることである。
（なお、申立人は、本件の出願経緯における手続補正書である甲９及び本件出願日後に公知となった刊行物である甲１０を提示して、上記相違点２は容易に想到し得るものである旨主張するが、上記で説示したとおり、本件優先日前に公知となった証拠に基づいて、上記相違点２は当業者が容易に想到することができたものである。）
　
　しかしながら、当合議体は、以下に述べるように、上記相違点１は当業者が容易に想到し得るものではないと判断する。
　甲４は、アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いたジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソンスキッピングに関する学術論文であり、医薬の開発を前提としたものであることが記載されているものの（上記記載事項（４−４））、正常男性由来のヒトリンパ芽球細胞において、アンチセンスオリゴヌクレオチドによるエキソン１９のスキッピングが生じた旨の研究結果を開示するに留まり（上記記載事項（４−１）及び（４−２））、実際にＤＭＤ型筋ジストロフィー疾患の原因となっている筋肉細胞における実験結果は何ら記載されていない。
　リンパ芽球細胞におけるエキソンスキッピングではＤＭＤ型筋ジストロフィーを治療することができるものではないから、甲４の記載からは、当該アンチセンスオリゴヌクレオチドが患者を治療するための医薬として、実際に投与できるのかが不明である。また、甲６、７を参照しても、この点を示すものではない。
　一方、本件明細書では、ＤＭＤ型筋ジストロフィー患者由来の筋肉細胞において、エキソンスキッピングが生じることを実証したものである。
　そうすると、筋肉細胞とは異なるリンパ芽球細胞における、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御するための組成物に係る引用発明Ａを、患者を処置するための医薬とすることは、当業者が容易になし得たことではない。
　
　そして、本件明細書には、エキソン５３のスキッピングを生じさせる具体的なアンチセンスオリゴヌクレオチドの記載はないものの、エキソン４６及びエキソン５１に関する実施例と同様の手法を用いて、エキソン５３についても、本件発明１の医薬に用いるアンチセンスオリゴヌクレオチドを取得することができることを合理的に推認できるものであり、ＤＭＤ型筋ジストロフィー患者由来の筋肉細胞において、エキソンスキッピングによりジストロフィンタンパク質の発現の復帰を確認したのは本件発明１が初めてなのであるから、ＤＭＤを治療するための医薬を提供できるという効果は、甲４の記載から当業者が予測し得る範囲を超えたものであるというべきである。
　
（エ）小括
　以上のとおりであるから、本件発明１は、甲７〜１１を参酌しても、甲４に記載された発明及び甲６に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
イ　本件発明２〜４
　本件発明２〜４は、本件発明１をさらに限定する発明であるから、本件発明２〜４も、上記アで説示した本件発明１についての判断と同様の理由により、甲７〜１１を参酌しても、甲４に記載された発明及び甲６に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
ウ　本件発明５
（ア）甲４に記載された発明
　上記記載事項（４−１）〜（４−４）からみて、甲４には、以下の発明が記載されているものと認められる。
「ＥＢＶにより形質転換された、正常男性から樹立された、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒトリンパ芽球細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、アンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能なＯＤＮリポソーム複合体であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン１９の一部に対して相補的であり、３１個のヌクレオチドを含有し、塩基配列はＧＣＣＴＧＡＧＣＴＧＡＴＣＴＧＣＴＧＧＣＡＴＣＴＴＧＣＡＧＴＴである、ＯＤＮリポソーム複合体。」（以下、「引用発明Ｂ」という。）
　
（イ）対比
　本件発明５と引用発明Ｂを対比する。
　引用発明Ｂの「ＯＤＮリポソーム複合体」は、ＯＤＮを細胞へ運搬するためのものであるから、本件発明５の「核酸運搬体」に相当する。
　引用発明Ｂの「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、エキソン１９のＥＲＳにハイブリダイズして、エキソン内ヘアピン構造を破壊することによって、スプライシング機構を構成するトランス作用因子がＥＲＳへ結合することを防止して、スプライシングを強力に調節するものであることから（上記記載事項（４−４））、引用発明Ｂの「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、「該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」作用を有するものであるといえる。
　また、引用発明Ｂの「アンチセンスオリゴヌクレオチド」の塩基配列は、「ＧＣＣＴＧＡＧＣＴＧＡＴＣＴＧＣＴＧＧＣＡＴＣＴＴＧＣＡＧＴＴ」であるが、これは、本件発明５のアンチセンスオリゴヌクレオチドから除かれている塩基配列である「特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣ」に該当するものではない。
　そうすると、本件発明５と引用発明Ｂは、「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御する、アンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソンの一部に対して相補的であり、３１個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する核酸運搬体（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）」である点で一致し、以下の点で相違する。
　
［相違点３］
　アンチセンスオリゴヌクレオチドが相補的なエキソンは、本件発明５では、エキソン５３であるのに対し、引用発明Ｂでは、エキソン１９である点。
　
［相違点４］
　アンチセンスオリゴヌクレオチドが、本件発明５では、「ジストロフィンタンパク質を細胞内で産生するための」ものであるのに対し、引用発明Ｂではそのような特定がない点。
　
（ウ）判断
　上記相違点３について検討する。
　甲６には、ジストロフィン遺伝子の中でエキソン４５〜５５は欠失好発部位であることが記載されている（上記記載事項（６−２））。そして、ショウジョウバエのｄｓｘ遺伝子にスプライシング促進配列（ＳＥＳ）候補を組み込んだミニジーンを用いたＳＥＳの同定方法により、エキソン５３内に新たなＳＥＳを同定したことが記載され（上記記載事項（６−２）〜（６−４））、このＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドは、エキソン５３のスキッピングを誘導できる可能性があることが記載されている（上記記載事項（６−４））。
　このような甲６の記載に接した当業者であれば、引用発明Ｂにおいて、アンチセンスオリゴヌクレオチドに相補的なエキソンとして、エキソン１９に代えて、エキソン５３を対象とすることは容易に想起することであり、その際、甲６に記載されたＳＥＳの同定方法により、エキソン５３のＳＥＳを同定し、当該ＳＥＳに基づいて、それに相補的な配列を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドを作製することは、容易に想到し得ることである。
　
　しかしながら、当合議体は、上記相違点４は、以下に述べるように、当業者が容易に想到し得るものではないと判断する。
　甲４は、アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いたジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソンスキッピングに関する学術論文であり、翻訳リーディングフレームを回復して機能性のジストロフィンタンパク質を細胞内で産生することを前提としたものであることが記載されているものの（上記記載事項（４−４））、ヒトリンパ芽球細胞において、アンチセンスオリゴヌクレオチドによるエキソン１９のスキッピングが生じたことがｍＲＮＡレベルで確認された旨の研究結果を開示するに留まり（上記記載事項（４−１）〜（４−３））、ジストロフィンタンパク質が細胞内で産生されることは確認されていない。
　よって、甲４の記載からは、当該アンチセンスオリゴヌクレオチドがジストロフィンタンパク質を細胞内で産生するものであるかどうか不明である。
　一方、本件明細書では、ＤＭＤ型筋ジストロフィー患者由来の筋肉細胞において、エキソンスキッピングが生じて、ジストロフィンタンパク質の合成が復帰したことを実証したものである。
　そうすると、引用発明Ｂに含まれるアンチセンスオリゴヌクレオチドを、「ジストロフィンタンパク質を細胞内で産生するための」ものとすることは、当業者が容易になし得たことではない。
　
　そして、本件明細書では、エキソン５３の一部に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いて、ジストロフィンタンパク質を細胞内で産生させることは確認されていないものの、エキソン４６及びエキソン５１に関する実施例と同様の手法を用いて、エキソン５３についても、ジストロフィンタンパク質を細胞内で産生するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドを取得することができることを合理的に推認できるものであり、ＤＭＤ型筋ジストロフィー患者由来の筋肉細胞において、エキソンスキッピングによりジストロフィンタンパク質の発現の復帰を確認したのは本件発明５が初めてなのであるから、ジストロフィンタンパク質を細胞内で産生することができるという効果は、甲４の記載から当業者が予測し得る範囲を超えたものであるというべきである。
　
（エ）小括
　以上のとおりであるから、本件発明５は、甲７〜１１を参酌しても、甲４に記載された発明及び甲６に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
エ　本件発明６及び７
　本件発明６は、「ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドの使用」の発明であり、本件発明７は、「ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体の使用」の発明であって、これらの発明は、上記ア（ウ）で検討した上記相違点１に係る本件発明１の発明特定事項である「ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬」を発明特定事項として含むものであるから、上記ア（ウ）で説示した本件発明１についての判断と同様の理由により、甲７〜１１を参酌しても、甲４に記載された発明及び甲６に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
（３）小括
　よって、申立理由１について、本件発明１〜７が特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるとはいえない。
　
２．特許法第３６条第４項第１号（申立理由２）について
（１）本件発明１〜４
　申立人は、本件明細書には、エキソン５３のＥＲＳが特定されていないこと、エキソン５３の薬理試験結果が開示されていないこと、及び、本件特許権者が審査段階に提出した意見書（甲９）において、「ＥＲＳとなる可能性のある配列を含むジストロフィンエキソンは僅かしかないと考えられていた」と主張していたことからみて、本件出願時において、エキソン５３のＥＲＳを同定すること、及び、エキソン５３のスプライシング機構からの遮蔽及び該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する機能を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドを作製することは、当業者にとって過度の負担を強いるものである旨主張する。
　
　しかしながら、上記１．（１）イ（イ）ａ（ｂ）で説示したように、基礎出願明細書等には、エキソン５３のＥＲＳは記載されておらず、また、エキソン５３のスキッピングの薬理試験結果の記載はないものの、エキソン４６及びエキソン５１に関する実施例と同様の手法を用いて、エキソン５３についても本件発明１〜４の医薬に用いるアンチセンスオリゴヌクレオチドを取得することができることを合理的に推認できるものであるから、基礎出願明細書等は、当業者が本件発明１〜４を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されているものである。
　そして、上記第７　１．で摘記した、基礎出願明細書等の記載事項は、本件明細書の発明の詳細な説明にも記載されているから（段落【０００６】、【００１０】、【００１４】、【００１６】、【００２２】〜【００３５】及び表１）、上記１．（１）イ（イ）ａ（ｂ）と同様の理由により、当業者は、本件明細書の記載に基づいて、本件発明１〜４に係る医薬を製造し、使用することができるものであって、本件明細書は、当業者が本件発明１〜４を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されているものである。
　
（２）本件発明５〜７
　申立人は、本件発明５〜７に係るアンチセンスオリゴヌクレオチドは、「エキソン５３の一部」と相補的であるところ、当該「一部」が具体的にどの配列又はどの程度を意味するのか明細書に定義がなく、また、本件発明５〜７に係るアンチセンスオリゴヌクレオチドのどの位置に「エキソン５３の一部」と相補的な配列が存在すればよいのかも定義がないため、本件発明５〜７を実施するに当たり、「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド」の作製に試行錯誤が必要である旨主張する。
　
　しかしながら、上記（１）で説示したとおり、当業者は、本件明細書に、「エキソン５３の一部」が具体的にどのような配列であるか、どのような位置に存在すればよいのか具体的に記載がされていなくとも、エキソン４６及びエキソン５１に関する実施例と同様の手法を用いて、エキソン５３についても、「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド」を製造し、使用することができるものであって、本件明細書は、当業者が本件発明５〜７を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されているものである。
　
（３）小括
　以上のとおりであるから、本件明細書の発明の詳細な説明の記載が特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていないものであるとする申立理由２には理由がない。
　
３．特許法第３６条第６項第１号（申立理由３）について
（１）本件発明１〜４
　申立人は、本件発明の課題は、「ＲＮＡスプライシング反応系のｍＲＮＡ前駆体を、該ｍＲＮＡ前駆体に含まれる少なくとも１つのエキソンが有するエキソン封入シグナル（ｅｘｏｎ　ｉｎｃｌｕｓｉｏｎ　ｓｉｇｎａｌ）（ＥＩＳ）を特異的に阻害することが可能な試薬と接触させ、そして該ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを行わせしめることを包含する、ＲＮＡスプライシング反応系においてｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御するための方法を提供する」ことであるところ、エキソン内部配列をターゲットした際に、高いスキッピング活性を有する標的配列とほとんどスキッピング活性を示さない標的配列があることが実験的に証明されていることに鑑みれば、本件発明１〜４が発明の詳細な説明に前記課題が解決できることを当業者が認識できるように記載されていない旨主張する。
　
　しかしながら、本件発明１〜４の解決しようとする課題は、請求項１の記載からみて、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の提供であると認められる。
　そして、本件発明１〜４に係る医薬を提供できることは、上記２．（１）で説示したとおりであるから、本件発明１〜４は、発明の詳細な説明において上記課題を解決するものとして記載されたものである。
　申立人は、エキソン内部配列をターゲットした際に、高いスキッピング活性を有する標的配列とほとんどスキッピング活性を示さない標的配列があることが実験的に証明されている旨主張するが、上記判断は、そのような事実によって左右されるものではない。
　
　念のため、申立人が主張する「ＲＮＡスプライシング反応系のｍＲＮＡ前駆体を、該ｍＲＮＡ前駆体に含まれる少なくとも１つのエキソンが有するエキソン封入シグナル（ｅｘｏｎ　ｉｎｃｌｕｓｉｏｎ　ｓｉｇｎａｌ）（ＥＩＳ）を特異的に阻害することが可能な試薬と接触させ、そして該ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを行わせしめることを包含する、ＲＮＡスプライシング反応系においてｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御するための方法を提供する」を課題とした場合について検討しておく。
　本件明細書には、「本発明の好ましい態様において、エキソン封入シグナルはエキソン認識配列（ＥＲＳ）に特異的なアンチセンス核酸による干渉を受ける。このようは配列は比較的プリン塩基に富み、スキップされるエキソンの配列情報を精査することで特定することが可能である。」とが記載されていることから（段落【００１０】）、スキップされるエキソンに存在するＥＲＳは、エキソンの配列のうち、比較的プリン塩基に富む配列であることが理解できる。そして、本件明細書の実施例では、エキソン４６及びエキソン５１について、エキソン内部のプリン塩基に富んだ配列であるＥＲＳの候補となる配列からアンチセンスオリゴヌクレオチドを作成し、その中からゲルシフトアッセイにより、標的となるＲＮＡに対して結合親和性を有するものを選択し、培養筋肉細胞を用いたＲＴ−ＰＣＲによるエキソンスキッピングの確認試験や免疫組織化学分析によるジストロフィンタンパク質の合成復帰の確認試験している（段落【００２３】〜【００３４】）。
　また、表１には、スキップすることができるエキソンの一覧が記載されており、その中には、エキソン５３が記載されている。
　以上の記載を踏まえると、当業者は、本件明細書の発明の詳細な説明に、エキソン５３のスキッピングを生じさせる具体的なアンチセンスオリゴヌクレオチドの記載がなくとも、エキソン４６及びエキソン５１に関する実施例と同様の手法を用いて、エキソン５３の内部領域のプリン塩基に富んだ、ＥＲＳの候補となる配列からアンチセンスオリゴヌクレオチドを作成し、ゲルシフトアッセイにより、標的となるＲＮＡに対して結合親和性を有するものを選択し、培養筋肉細胞を用いたＲＴ−ＰＣＲによるエキソンスキッピングの確認試験や免疫組織化学分析によるジストロフィンタンパク質の合成復帰の確認試験を行って、本件発明１〜４に係る、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御するための医薬に用いるアンチセンスオリゴヌクレオチドを取得することができることを合理的に推認できる。
　そして、本件明細書の段落【００１０】における「エキソン封入シグナルはエキソン認識配列（ＥＲＳ）に特異的なアンチセンス核酸による干渉を受ける」という記載を考慮すれば、当業者は、ＥＲＳの候補配列から選択された上記アンチセンスオリゴヌクレオチドが「エキソン封入シグナルを特異的に阻害することが可能な試薬」であることを理解し得ると認められる。
　したがって、本件発明１〜４は、詳細な説明の記載により、当業者が、申立人の主張する課題を解決できると認識できる範囲のものであるといえる。
　
（２）本件発明５〜７
　申立人は、本件発明５〜７に係るアンチセンスオリゴヌクレオチドは「エクソン５３の一部」と相補的であるところ、当該「一部」が具体的にどの配列又はどの程度を意味するのか明細書に定義がないことに鑑みれば、本件発明５〜７に係るアンチセンスオリゴヌクレオチドには１塩基だけエクソン５３と相補的な配列を含むものも含まれることになり、そのようなアンチセンスオリゴヌクレオチドが「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エクソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」ことはできないから、本件発明５〜７が発明の詳細な説明に前記課題が解決できることを当業者が認識できるように記載されていない旨主張する。
　
　しかしながら、本件発明５には、「該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチオドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする」と記載されており、本件発明５に含まれるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、「１４〜４０個のヌクレオチドを含有」するものであって、「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的」であるもののうち、「該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」機能を有するものであることが特定されている。そして、そのようなアンチセンスオリゴヌクレオチドを取得することができるように発明の詳細な説明が記載されていることは、上記２．（２）で説示したとおりであるから、本件発明５は、発明の詳細な説明において上記課題を解決するものとして記載されたものである。
　本件発明６及び７における「該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチオドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする」旨の記載についても、同様である。
　
（３）小括
　よって、本件発明１〜７が特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていないものであるとする申立理由３には理由がない。
　
４．特許法第３６条第６項第２号（申立理由４）について
（１）本件発明１の「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞」について
　申立人は、「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞」という記載は、具体的にどのような細胞を意味するのか明確でない旨主張する。
　
　しかしながら、「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞」とは、その記載のとおり、細胞内にジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するものを意味することは明らかであり、本件発明１の医薬は、そのようなジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、ジストロフィンタンパク質を産生するための医薬に係る発明である。
　したがって、本件発明１は、特許を受けようとする発明が、当業者にとって明確であると認められる。
　
（２）本件発明１の「エキソン５３の内部領域」の記載について
　申立人は、「エキソン５３の内部領域」は具体的にどのような領域を意味するのか明確ではない旨主張する。
　
　しかしながら、本件発明１は、「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）を包含することを特徴とする医薬。」であるから、本件発明１に係る医薬に包含されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、エキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有するアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、且つ、該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽およびエキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するという機能を有するものであって、「該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるもの」を除くものを意味することは、その請求項の記載から明らかであり、不明確なところはない。
　
（３）本件発明５の「エキソン５３の一部」の記載について
　申立人は、「エキソン５３の一部」は具体的にどの配列を意味するのか本件明細書には具体的な定義がなく不明確である旨主張する。
　
　しかしながら、本件発明５は、「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする核酸運搬体（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）。」であるから、本件発明５に係るアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１４〜４０個の長さを含有するものであり、エキソン５３の一部に対して相補的であり、且つ細胞内でエキソンのスプライシング機構からの遮蔽およびエキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するという機能を有するものであって、「該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるもの」を除くものを意味することは、その請求項の記載から明らかであり、不明確なところはない。
　
（４）小括
　よって、本件特許発明１〜７が特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていないものであるとする申立理由４には理由がない。
　
第９　むすび
　以上のとおりであるから、本件訂正を認め、また、上記取消理由によっては、本件特許の請求項１〜７に係る特許を取り消すことはできないし、申立人が主張する申立理由及び証拠によっては、本件特許の請求項１〜７に係る特許を取り消すことはできない。
　
　また、他に請求項１〜７に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。
　
　よって、結論のとおり決定する。
【異議決定日】
平成３０年９月１０日（２０１８．９．１０）
【訂正の要旨】
審決（決定）の【理由】欄参照。
（５７）【特許請求の範囲】
　【請求項１】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド
（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）
　【請求項２】
　スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていることを特徴とする、請求項１に記載の医薬。
　【請求項３】
　該機能性ジストロフィンタンパク質が、変異ジストロフィンタンパク質または正常ジストロフィンタンパク質であることを特徴とする、請求項２に記載の医薬。
　【請求項４】
　該変異ジストロフィンタンパク質が、ベッカー型筋ジストロフィー患者のジストロフィンタンパク質と同等であることを特徴とする、請求項３に記載の医薬。
　【請求項５】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする核酸運搬体
（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）
　【請求項６】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドの使用であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用
（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）
　【請求項７】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体の使用であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用
（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）