【手続補正書】
【提出日】平成23年1月11日(2011.1.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中で、癌に対する素因又はその発生を検出するための方法であって、ＦＯＸＥ１、ＳＹＮＥ１、ＮＤＲＧ４／ＮＤＲＧ２サブファミリー遺伝子、ＧＡＴＡ４、ＯＳＭＲ、ＧＡＴＡ５、ＳＦＲＰ１、ＡＤＡＭ２３、ＪＰＨ３、ＳＦＲＰ２、ＡＰＣ、ＭＧＭＴ、ＴＦＰＩ２、ＢＮＩＰ３、ＳＯＸ１７、ＰＨＡＣＴＲ３、及びＪＡＭ３から選択される少なくとも１つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、エピジェネティックな変化の検出は、癌に対する素因又はその発生を示す方法。
【請求項２】
癌は胃腸癌を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
胃腸癌は、結腸直腸癌、胃癌、胃の癌、又は食道癌を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記遺伝子のうちの少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、又は６つを含む遺伝子のパネル中のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、パネル中の遺伝子の少なくとも１つのエピジェネティックな変化の検出は、癌に対する素因又はその発生を示す、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
試料は、組織試料又は体液試料を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
体液試料は糞便試料を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
組織試料は、結腸試料、直腸試料又は虫垂試料を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
体液試料は、血液試料又はその誘導体を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
エピジェネティックな変化はメチル化である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
下記表２〜１８に記載のヌクレオチド配列を含むプライマーから選択されるプライマーを利用する、又は下記表２〜１８に記載のヌクレオチド配列を含むプローブから選択されるプローブを利用する、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【表１】
2010515448.tif 000001
【表２】
2010515448.tif 000002
【表３】
2010515448.tif 000003
【表４】
2010515448.tif 000004
【表５】
2010515448.tif 000005
【表６】
2010515448.tif 000006
【表７】
2010515448.tif 000007
【表８】
2010515448.tif 000008
【表９】
2010515448.tif 000009
【表１０】
2010515448.tif 000010
【表１１】
2010515448.tif 000011
【表１２】
2010515448.tif 000012
【表１３】
2010515448.tif 000013
【表１４】
2010515448.tif 000014
【表１５】
2010515448.tif 000015
【表１６】
2010515448.tif 000016
【表１７】
2010515448.tif 000017
【表１８】
2010515448.tif 000018
【表１９】
2010515448.tif 000019
【表２０】
2010515448.tif 000020
【表２１】
2010515448.tif 000021
【表２２】
2010515448.tif 000022
【表２３】
2010515448.tif 000023
【表２４】
2010515448.tif 000024
【表２５】
2010515448.tif 000025
【表２６】
2010515448.tif 000026
【表２７】
2010515448.tif 000027
【請求項１１】
試料中で、癌、特に胃腸癌の組織病理学的ステージを決定するための方法であって、ＦＯＸＥ１、ＳＹＮＥ１、ＮＤＲＧ４／ＮＤＲＧ２サブファミリー遺伝子、ＧＡＴＡ４、ＯＳＭＲ、ＧＡＴＡ５、ＳＦＲＰ１、ＡＤＡＭ２３、ＪＰＨ３、ＳＦＲＰ２、ＡＰＣ、ＭＧＭＴ、ＴＦＰＩ２、ＢＮＩＰ３、ＳＯＸ１７、ＰＨＡＣＴＲ３、及びＪＡＭ３から選択される少なくとも１つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、エピジェネティックな変化の検出は、癌の組織病理学的ステージを示す方法。
【請求項１２】
ＤＮＡ脱メチル化剤及び／又はＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び／又はＨＤＡＣ阻害因子を用いた、癌、特に胃腸癌の治療の成功の見込み、又は治療に対する抵抗性の見込みを予測するための方法であって、ＦＯＸＥ１、ＳＹＮＥ１、ＮＤＲＧ４／ＮＤＲＧ２サブファミリー遺伝子、ＧＡＴＡ４、ＯＳＭＲ、ＧＡＴＡ５、ＳＦＲＰ１、ＡＤＡＭ２３、ＪＰＨ３、ＳＦＲＰ２、ＡＰＣ、ＭＧＭＴ、ＴＦＰＩ２、ＢＮＩＰ３、ＳＯＸ１７、ＰＨＡＣＴＲ３、及びＪＡＭ３から選択される少なくとも１つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、
エピジェネティックな変化の検出は、治療の成功の見込みが、エピジェネティックな修飾が検出されない場合よりも高いことを示し、
エピジェネティックな変化の検出は、治療に対する抵抗性の見込みが、エピジェネティックな修飾が検出されない場合よりも低いことを示す、方法。
【請求項１３】
癌、特に胃腸癌に適した治療レジメンを選択するための方法であって、ＦＯＸＥ１、ＳＹＮＥ１、ＮＤＲＧ４／ＮＤＲＧ２サブファミリー遺伝子、ＧＡＴＡ４、ＯＳＭＲ、ＧＡＴＡ５、ＳＦＲＰ１、ＡＤＡＭ２３、ＪＰＨ３、ＳＦＲＰ２、ＡＰＣ、ＭＧＭＴ、ＴＦＰＩ２、ＢＮＩＰ３、ＳＯＸ１７、ＰＨＡＣＴＲ３、及びＪＡＭ３から選択される少なくとも１つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するステップを含み、
エピジェネティックな変化を検出することにより、治療のためにＤＮＡ脱メチル化剤及び／又はＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び／又はＨＤＡＣ阻害因子が選択され、
エピジェネティックな変化が検出されない場合、ＤＮＡ脱メチル化剤及び／又はＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害因子及び／又はＨＤＡＣ阻害因子は治療のために選択されない方法。
【請求項１４】
請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法の特徴によってさらに特徴づけられる、請求項１１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法に基づいて治療が選択された対象の癌を治療するための薬剤への、ＤＮＡ脱メチル化剤及び／又はＨＤＡＣ阻害因子及び／又はＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害因子の使用。
【請求項１６】
試料中で、胃腸癌、特に結腸直腸癌に対する素因又はその発生を検出するためのキット
であって、
（ａ）ＧＡＴＡ４、ＯＳＭＲ、ＮＤＲＧ４、ＧＡＴＡ５、ＳＦＲＰ１、ＡＤＡＭ２３、ＪＰＨ３、ＳＦＲＰ２、ＡＰＣ、及びＭＧＭＴから選択される少なくとも１つの遺伝子並びに／又はＴＦＰＩ２、ＢＮＩＰ３、ＦＯＸＥ１、ＳＹＮＥ１、ＳＯＸ１７、ＰＨＡＣＴＲ３、及びＪＡＭ３から選択される少なくとも１つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するための手段、
（ｂ）糞便試料を処理するためのホモジナイゼーションバッファー、
を含むキット。
【請求項１７】
試料中で、胃腸癌、特に結腸直腸癌に対する素因又はその発生を検出するためのキットであって、
（ａ）ＯＳＭＲ、ＳＦＲＰ１、ＮＤＲＧ４、ＧＡＴＡ５、ＡＤＡＭ２３、ＪＰＨ３、ＳＦＲＰ２、及びＡＰＣから選択される少なくとも１つの遺伝子並びに／又はＴＦＰＩ２、ＢＮＩＰ３、ＦＯＸＥ１、ＳＹＮＥ１、ＳＯＸ１７、ＰＨＡＣＴＲ３、及びＪＡＭ３から選択される少なくとも１つの遺伝子のエピジェネティックな変化を検出するための手段、
（ｂ）血液試料又はその誘導体からＤＮＡを単離するための適したキット又は血液試料又はその誘導体を安定化する安定剤、
を含むキット。
【請求項１８】
血漿試料又は血清試料中で、少なくとも１つの遺伝子のメチル化状態を決定するための方法であって、
（ａ）血漿試料又は血清試料からＤＮＡを単離するステップと、
（ｂ）単離ＤＮＡを、試料中に含有されるＤＮＡ中の非メチル化シトシン残基を選択的に修飾して、検出可能な修飾残基を生成するが、メチル化シトシン残基を修飾しない試薬を用いる処理にさらすステップと、
（ｃ）少なくとも１つの遺伝子のメチル化状態を決定するために処理された単離ＤＮＡを増幅するステップであって、０．０７〜０．７２ｍｌの血漿試料又は血清試料に相当するＤＮＡが増幅反応当たりに使用されることを特徴とするステップとを含む方法。
【請求項１９】
少なくとも１つの遺伝子のメチル化状態は疾患の発生と相関しており、疾患に対する素因又はその発生を検出するために使用される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
疾患は細胞増殖性の障害を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
糞便試料中で、結腸直腸癌に対する素因又はその発生を検出するのに使用するために、糞便試料を処理してＤＮＡを単離し、調製するための方法であって、
（ａ）糞便試料からＤＮＡを単離するステップと、
（ｂ）１回の増幅反応当たり必要とされる、少なくとも２．５μｇの単離ＤＮＡを、試料中に含有されるＤＮＡ中の非メチル化シトシン残基を選択的に修飾して、検出可能な修飾残基を生成するが、メチル化シトシン残基を修飾しない試薬を用いる処理にさらすステップと、
（ｃ）処理された単離ＤＮＡを増幅するステップとを含む方法。
【請求項２２】
下記表２〜１８に記載のヌクレオチド配列を含むプライマー対から選択されるプライマー対。
【表２８】
2010515448.tif 000028
【表２９】
2010515448.tif 000029
【表３０】
2010515448.tif 000030
【表３１】
2010515448.tif 000031
【表３２】
2010515448.tif 000032
【表３３】
2010515448.tif 000033
【表３４】
2010515448.tif 000034
【表３５】
2010515448.tif 000035
【表３６】
2010515448.tif 000036
【表３７】
2010515448.tif 000037
【表３８】
2010515448.tif 000038
【表３９】
2010515448.tif 000039
【表４０】
2010515448.tif 000040
【表４１】
2010515448.tif 000041
【表４２】
2010515448.tif 000042
【表４３】
2010515448.tif 000043
【表４４】
2010515448.tif 000044
【表４５】
2010515448.tif 000045
【表４６】
2010515448.tif 000046
【表４７】
2010515448.tif 000047
【表４８】
2010515448.tif 000048
【表４９】
2010515448.tif 000049
【表５０】
2010515448.tif 000050
【表５１】
2010515448.tif 000051
【表５２】
2010515448.tif 000052
【表５３】
2010515448.tif 000053
【表５４】
2010515448.tif 000054
【請求項２３】
下記表２〜１８に記載のヌクレオチド配列を含むプローブから選択されるプローブ。
【表５５】
2010515448.tif 000055
【表５６】
2010515448.tif 000056
【表５７】
2010515448.tif 000057
【表５８】
2010515448.tif 000058
【表５９】
2010515448.tif 000059
【表６０】
2010515448.tif 000060
【表６１】
2010515448.tif 000061
【表６２】
2010515448.tif 000062
【表６３】
2010515448.tif 000063
【表６４】
2010515448.tif 000064
【表６５】
2010515448.tif 000065
【表６６】
2010515448.tif 000066
【表６７】
2010515448.tif 000067
【表６８】
2010515448.tif 000068
【表６９】
2010515448.tif 000069
【表７０】
2010515448.tif 000070
【表７１】
2010515448.tif 000071
【表７２】
2010515448.tif 000072
【表７３】
2010515448.tif 000073
【表７４】
2010515448.tif 000074
【表７５】
2010515448.tif 000075
【表７６】
2010515448.tif 000076
【表７７】
2010515448.tif 000077
【表７８】
2010515448.tif 000078
【表７９】
2010515448.tif 000079
【表８０】
2010515448.tif 000080
【表８１】
2010515448.tif 000081
【請求項２４】
請求項２２に記載のプライマー対及び請求項２３に記載の対応するプローブを含むキット。