【事件の表示】
　特願２０００−５２３３６３「フラビウイルスの発現および送達のシステム」拒絶査定不服審判事件〔平成１１年　６月１０日国際公開、ＷＯ９９／２８４８７、平成１４年　１月　８日国内公表、特表２００２−５００００３〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１．手続の経緯
　
　本願は，１９９８年（平成１０年）１１月３０日（パリ条約による優先権主張１９９７年１１月２８日，オーストラリア；１９９８年９月２３日，オーストラリア）を国際出願日とする出願であって，平成１８年６月２０日付拒絶理由通知書に対して，同年１２月１４日付で意見書及び手続補正書が提出されたが，平成１９年９月１９日付で拒絶査定がなされ，これに対して，平成１９年１２月２０日に拒絶査定不服審判が請求されるとともに，同日付で手続補正書が提出されたものである。
　
第２．平成１９年１２月２０日付の手続補正についての補正の却下の決定
　
［補正却下の決定の結論］
　平成１９年１２月２０日付の手続補正を却下する。
　
［理由］
１．平成１９年１２月２０日付の手続補正
（ア）本件補正により，平成１８年１２月１４日付で補正された請求項３３は，
「（ｉ）複製能力を破壊することなく，構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができるフラビウイルス起源のＤＮＡに基づくレプリコンまたはＲＮＡに基づくレプリコンであって，フラビウイルスコアタンパク質コード領域の少なくとも一部が存在するレプリコンを細胞に導入するステップと，
（ｉｉ）細胞増殖およびＲＮＡ複製を可能とする条件下でその細胞系を培養するステップとを含むレプリコンＲＮＡを永続的に生産することができる安定な細胞系の生産方法。」から，請求項の削除等に伴い，請求項２５として，
「（ｉ）構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができるフラビウイルス起源のレプリコンであって，フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の部分と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）のすぐ下流に位置する肝炎デルタウイルスのリボザイム配列とを含むレプリコンを細胞に導入するステップと，　
（ｉｉ）細胞増殖およびＲＮＡ複製を可能とする条件下でその細胞系を培養するステップとを含むレプリコンＲＮＡを永続的に生産することができる安定な細胞系の生産方法。」に補正された。
　
（イ）本件補正により，平成１８年１２月１４日付で補正された請求項１０は，
「【請求項１】（ａ）複製能力を破壊することなく，構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができるフラビウイルス起源のレプリコンであって，フラビウイルスコアタンパク質コード領域の少なくとも一部が存在するレプリコンと，
（ｂ）該レプリコンを感染性フラビウイルス様粒子にパッケージングするのに必要なフラビウイルス構造タンパク質を発現することができる少なくとも第２のベクターとを含み，該レプリコンが存在する場合，そのベクターが該レプリコンとの組換えを防ぐように設計されていることを特徴とする遺伝子発現および送達のシステム。」，
「【請求項２】上記フラビウイルス起源のレプリコンが，フラビウイルスゲノム物質の自己複製に必要な，フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）のヌクレオチド配列と，上記フラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の一部または全てと，フラビウイルス非構造タンパク質をコードするヌクレオチド配列と，フラビウイルス３’ＵＴＲの一部またはすべてとを含む，請求項１記載の遺伝子発現および送達のシステム。」，又は
「【請求項５】（ａ）フラビウイルスゲノム物質の自己複製に必要な，フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）のヌクレオチド配列と，フラビウイルスコアタンパク質のコード領域のヌクレオチド配列の一部または全てと，フラビウイルス非構造タンパク質のコード領域のヌクレオチド配列と，フラビウイルス３’ＵＴＲのヌクレオチド配列とを含むフラビウイルス起源のレプリコンを含む自己複製する発現ベクターであって，ここで，（ｉ）該ベクターに，当該ベクターの複製能力を破壊することなく，発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができ，（ｉｉ）該発現可能な異種ヌクレオチド配列は，フラビウイルス構造タンパク質をコードするであろう少なくとも１の遺伝子の発現を脱活性化するように該ベクターに挿入することができ，（ｉｉｉ）該発現可能な異種ヌクレオチド配列は，それが脱活性化する構造タンパク質配列をコードしないことを特徴とする該ベクターと，                                                                            （ｂ）（ｉ）（ａ）における自己複製発現ベクターによって発現されないフラビウイルス構造タンパク質を発現することができ，（ｉｉ）自己複製発現ベクターが存在する場合，自己複製ベクターとの組換えを妨げるように設計されている少なくとも第２のベクターとを含む遺伝子発現および送達のシステム。」を引用する，　　
「上記レプリコンが，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）の下流に，肝炎デルタウイルスの抗ゲノムリボザイムとＳＶ４０ポリアデニル化信号とを含む配列カセットを含有する請求項１，２，または５のいずれかに記載の遺伝子発現および送達のシステム。」から，請求項の削除に伴い，請求項８として，
「【請求項１】（ａ）構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができるフラビウイルス起源のレプリコンであって，フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域部分と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）のすぐ下流に位置する肝炎デルタウイルスのリボザイム配列とを含むレプリコンと，
（ｂ）該レプリコンを感染性フラビウイルス様粒子にパッケージングするのに必要なフラビウイルス構造タンパク質を含み，発現する少なくとも一つのベクターであって，該少なくとも一つのベクターが，フィラビウイルス起源のレプリコンとは，レプリコンの起源間で異種であるベクターとを含む遺伝子発現および送達のシステム。」を引用する，
「上記レプリコンが，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）の下流に，ＳＶ４０ポリアデニル化信号についての核酸配列を含有する請求項１記載の遺伝子発現および送達のシステム。」に補正された。
 
　また，平成１８年１２月１４日付で補正された請求項４１は，　
「上記レプリコンが，その３’末端に，レプリコンＲＮＡを正確な３’末端とともに効率的に複製するのに必要な肝炎デルタウイルスの抗ゲノムリボザイムまたはサルウイルス４０ポリアデニル化シグナルカセットを含有する請求項４３のいずれかに記載のＤＮＡに基づくレプリコンベクター。」というものであって，その「請求項４３のいずれか」とは，請求項４１よりも前の請求項が引用されておらず，何らかの誤記と認められるが，審判請求書の記載によれば本来，
「【請求項３８】フラビウイルス起源のＤＮＡに基づくレプリコンベクターであって，該ベクターが，（ａ）その複製能力を破壊することなく，構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができるフラビウイルス起源の相補的なＤＮＡ配列であって，フラビウイルスコアタンパク質コード領域の少なくとも一部が存在するレプリコンを含むＤＮＡ配列と，（ｂ）フラビウイルス起源の相補的なＤＮＡ配列に対し５’位にある哺乳動物発現プロモーターと，（ｃ）レプリコンＲＮＡの正確な３’末端とともに転写を終了させることができる少なくとも第二のヌクレオチド配列とを含み，
　上記プロモーターと上記第二のヌクレオチド配列とが，トランスフェクトされた細胞の核の中で，フラビウイルスＲＮＡの転写を促進および終了することが可能であるフラビウイルス起源のＤＮＡに基づくレプリコンベクター。」を引用するものと認められるところ，請求項等の削除により，請求項３２として，
「【請求項２９】フラビウイルス起源のＤＮＡに基づくレプリコンベクターであって，該ベクターが，（ａ）構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができるフラビウイルス起源の相補的なＤＮＡ配列であって，該レプリコンがフラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の部分と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）のすぐ下流に位置する肝炎デルタウイルスのリボザイム配列とを含む，相補的なＤＮＡ配列と，（ｂ）フラビウイルス起源の相補的なＤＮＡ配列に対し５’位にある哺乳動物発現プロモーターと，（ｃ）レプリコンＲＮＡの正確な３’末端とともに転写を終了させることができる少なくとも第二のヌクレオチド配列とを含み，
　上記プロモーターと上記第二のヌクレオチド配列とが，トランスフェクトされた細胞の核の中で，フラビウイルスＲＮＡの転写を促進および終了することが可能であるフラビウイルス起源のＤＮＡに基づくレプリコンベクター。」を引用する，
「上記レプリコンが，その３’末端に，サルウイルス４０ポリアデニル化シグナルについての核酸配列を含有する請求項２９に記載のＤＮＡに基づくレプリコンベクター。」に補正された。
　
（ウ）本件補正により，平成１８年１２月１４日付で補正された請求項１９〜２３は，
「上記第２のベクターがセムリキ森林熱ウイルスに由来する請求項１８記載の遺伝子発現および送達のシステム。」；
「上記第２のベクターがシンドビスウイルスに由来する請求項１８記載の遺伝子発現および送達のシステム。」；
「上記第２のベクターがアデノウイルスに由来する請求項１７記載の遺伝子発現および送達のシステム。」；
「上記第２のベクターが鶏痘ウイルスに由来する請求項１７記載の遺伝子発現および送達のシステム。」及び
「上記第２のベクターが牛痘ウイルスに由来する請求項１７記載の遺伝子発現および送達のシステム。」から，請求項の削除に伴い，請求項１５として１つの請求項にまとめられ，
「上記少なくとも一つのベクターがセムリキ森林熱ウイルス，シンドビスウイルス，アデノウイルス，鶏痘ウイルスおよび牛痘ウイルスからなる群より選択されるウイルスに由来する請求項１記載の遺伝子発現および送達のシステム。」に補正された。
　
（エ）本件補正により，平成１８年１２月１４日付で補正された請求項３４は，
「（ｉ）複製能力を破壊することなく，構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができるフラビウイルス起源のＤＮＡに基づくレプリコン，またはＲＮＡに基づくレプリコンであって，フラビウイルスコアタンパク質コード領域の少なくとも一部が存在するレプリコンを含む自己複製ベクターを細胞に導入するステップと，
（ｉｉ）自己複製発現ベクターをフラビウイルスのウイルス性粒子にパッケージングするのに必要なフラビウイルス構造タンパク質を発現することができる第２のベクターをレプリコン含有細胞に導入するステップであって，該第２のベクターは，自己複製ベクターが存在する場合，自己複製ベクターとの組換えを妨げるように設計されているステップと，
（ｉｉｉ）該レプリコンを含有するウイルス様粒子を回収するステップとを含むフラビウイルス様粒子の生産方法。」から，請求項の削除等に伴い，請求項２６として，
「（ｉ）構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができるフラビウイルス起源のレプリコンであって，フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の部分と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）のすぐ下流に位置する肝炎デルタウイルスのリボザイム配列とを含むレプリコンを導入するステップと，
（ｉｉ）該レプリコンをフラビウイルスのウイルス性粒子にパッケージングするのに必要なフラビウイルス構造タンパク質を発現することができる少なくとも一つのベクターをレプリコン含有細胞に導入するステップであって，該少なくとも一つのベクターが，フィラビウイルス起源のレプリコンとは，レプリコンの起源間で異種であるステップと，
（ｉｉｉ）該レプリコンを含有するウイルス様粒子を回収するステップとを含むフラビウイルス様粒子の生産方法。」に補正された。　
　
２．目的要件違反について
　上記補正（ア）は，補正前の請求項３３の発明特定事項である「複製能力を破壊することなく」を削除し，「フラビウイルスコアタンパク質コード領域の少なくとも一部が存在するレプリコン」を，「フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の部分と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）のすぐ下流に位置する肝炎デルタウイルスのリボザイム配列とを含むレプリコン」に補正するものである。
　ここで，レプリコンが「フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の部分と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）」を含むという第一の特定は，平成２０年３月２５日付審判請求の理由の手続補正書の第５頁によれば，「複製能力を破壊することなく」という表現が不明確であるとの平成１９年９月１９日付の拒絶査定における拒絶の理由に対応してなされたものである。
　しかし，出願時の技術常識を考慮すると，複製能力を破壊しないようにするためには，フラビウイルスコアタンパク質の最初の６０塩基が重要であると考えられるから，「少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の部分」という特定では，複製能力を破壊しないようにするために必要な構成が記載されているとはいえず，拒絶の理由は依然として解消されていない。
　また，「釈明」とは，それ本来の意味内容を明らかにすることであるが（審判便覧54-10，4.(1)），「フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の部分と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）」が「複製能力を破壊することなく」の本来の意味内容とはいえない。
　そもそも，特許法１７条の２で明りょうでない記載の釈明を目的とする補正を認めているのは，記載不備を解消する軽微な補正については，審査・審理の対象を変更するものではないからであって，上記補正（ア）がこのようなものに該当するとはいえない。
　したがって，上記補正（ア）は，明りょうでない記載の釈明を目的とするものではない。
　
　また，レプリコンが「フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）のすぐ下流に位置する肝炎デルタウイルスのリボザイム配列」を含むという第二の特定は，フラビウイルス起源のＤＮＡ又はＲＮＡとは関係のない「肝炎デルタウイルスのリボザイム配列」という別の技術的事項を新たに付加するものであり，元の請求項３３に記載された発明を特定するための事項の限定とはいえない。
　したがって，上記補正（ア）は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものではない。
　さらに，上記補正（ア）が，誤記の訂正や請求項の削除を目的とするものでないことも明らかである。
　
　上記補正（イ）は，「肝炎デルタウイルスの抗ゲノムリボザイムとＳＶ４０ポリアデニル化信号とを含む配列カセット」又は「レプリコンＲＮＡを正確な３’末端とともに効率的に複製するのに必要な肝炎デルタウイルスの抗ゲノムリボザイムまたはサルウイルス４０ポリアデニル化シグナルカセット」を，それぞれ「ＳＶ４０ポリアデニル化信号についての核酸配列」又は「サルウイルス４０ポリアデニル化シグナルについての核酸配列」に変更するものである。なお，「ＳＶ４０ポリアデニル化信号」と「サルウイルス４０ポリアデニル化シグナル」は表現上の相違があっても同義のものである。
　しかし，補正後の「ＳＶ４０ポリアデニル化信号についての核酸配列」という記載では，ＳＶ４０ポリアデニル化信号自体の核酸配列を意味しているのか，それともＳＶ４０ポリアデニル化信号と関連のある核酸配列までを含めて意味しているのか明確に把握できない。そして，このような明りょうでない記載に変更する補正は，明りょうでない記載の釈明に該当しないばかりでなく，何れの目的要件をも満たさないものである。
　
　上記補正（ウ）は，それぞれ別々の請求項に記載されていた事項を１つの請求項にして，「セムリキ森林熱ウイルス，シンドビスウイルス，アデノウイルス，鶏痘ウイルスおよび牛痘ウイルスからなる群より選択されるウイルス」という択一的な記載に置き換えるものである。
　しかし，それぞれ別々に記載されていた事項を１つにまとめた結果，補正前の請求項１９〜２３のうち，１つの請求項以外は削除したものと解した場合，削除されなかった請求項に対して，補正後の請求項１５では，他のウイルスからも選択できるように変更されているから，特許請求の範囲が形式的に拡張しているといえる。また，複数の請求項を１項にまとめたものと解した場合，当該補正はいずれの目的にも該当しない。
　したがって，上記補正（ウ）は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものではなく，請求項の削除，明りょうでない記載の釈明，又は誤記の訂正を目的とするものでもない。
　
　上記補正（エ）は，補正前の請求項３４に係る「第２のベクター」を，「少なくとも一つのベクター」に変更するものである。この結果，補正前では，「（ｉ）のベクター」と「第２のベクター」という２つのベクターからなる発明であったものが，補正後では，「少なくとも一つの」という表現を採用することにより，「第２のベクター」以外のものを含み得るように変更され，３つ以上のベクターからなる発明が包含されるように特許請求の範囲が拡張されている。
　したがって，上記補正（エ）は，特許請求の範囲の減縮を目的とするものではなく，請求項の削除，明りょうでない記載の釈明，又は誤記の訂正を目的とするものにも該当しない。
　
　そうすると，本件補正は，平成１４年法律第２４号改正附則第２条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第４項の規定に違反するので，同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　
３．独立特許要件違反について
　上記補正（ア）は，上記「第２　２．」に記載した理由により，特許請求の範囲の発明特定事項を減縮するものではないが，補正前の請求項３３において，フラビウイルス起源のレプリコンが有している構造をより具体的に限定するための補正であるととらえ，補正後の請求項２５に係る発明（以下，「本願補正発明」という。）に関し，仮に特許請求の範囲の減縮を目的とする補正であるとした場合の独立特許要件違反についても検討する。
　
（１）引用例
　原査定の拒絶の理由において引用文献１として引用された，本願優先日前に頒布された刊行物である，J. Virol., 1997 Feb., Vol.71, No.2, pp.1497-1505（以下，「引用例１」という。）には，次の事項が記載されている。
　
（ア）「ゲノムの構造領域（Ｃ−ｐｒＭ−Ｅ）および３’非構造領域（３’ＵＴＲ）において大きな欠損を含む，クンジンウイルス（ＫＵＮ）のサブゲノムレプリコンがいくつか構築された。１９８７塩基（Ｃ遺伝子中の［１０８番目のコドン］４１７番目の塩基からＥ遺伝子のカルボキシル末端に近い２２４７番目の塩基まで）が除去されたレプリコンＲＮＡであるΔＭＥと，２２４７塩基（Ｃ遺伝子の中の［２０番目のコドン］１５７番目の塩基から２４０３番目の塩基まで）が削除されたレプリコンＲＮＡであるＣ２０ｒｅｐは，エレクトロポレーションされたＢＨＫ２１細胞中で効率よく複製された。コアタンパク質を２コドンまで減少させる，Ｃ２０ｒｅｐからのさらなる５３塩基の除去は，ＲＮＡであるＣ２０ｒｅｐ複製能力を破壊する結果となった。ΔＭＥのＲＮＡの３’ＵＴＲにおいて７６塩基（１０４２３番目から１０４９８番目までの塩基）の欠損を有するレプリコンΔＭＥ／７６は効率的に複製されたが，保存的配列であるＲＣＳ３とＣＳ３を含み，より大きな３５２塩基（１０４２３番目から１０７７４番目まで）の欠損を有するΔＭＲ／３５２は，ＲＮＡの複製が有意に阻害された。ＫＵＮＲＮＡの＋鎖と−鎖の合成を監視し，レポーター遺伝子分析の利用可能性を調査するために，我々は，プラス（ΔＭＥ／７６ＣＡＴ［＋］）とマイナス（ΔＭＥ／７６ＣＡＴ［−］）の両方の向きで，脳心筋炎(encephalomyelocarditis)ウイルスＲＮＡの配列内部リボソーム侵入部位（ＩＲＥＳ）による支配下，クロラムフェニコールアセチル転移酵素（ＣＡＴ）遺伝子を，ΔＭＥ／７６ＲＮＡの３’ＵＴＲ中に挿入した。（中略）ΔＭＥ／７６ＣＡＴ［＋］ＲＮＡにおけるＣＡＴ遺伝子のネオマイシン遺伝子（Ｎｅｏ）への置換は，明らかな細胞変成効果を生じさせることなく，４１日間（９継代）に渡って，細胞の多数が継続的にレプリコンＲＮＡを発現し続けるＢＨＫ細胞の培養物の選択と回復を可能にした。構築されたＫＵＮレプリコンは，長期に継続する非細胞変成性のＲＮＡウイルス発現系のための可能性のあるベクターを提供するだけでなく，フラビウイルスのＲＮＡレプリコンを研究するために価値ある道具を提供する。」（１４９７頁の要旨）
　
（イ）「我々の成果は，アルファウイルスのシンドビスウイルスやセムリキ森林ウイルスのそれと似たフラビウイルスレプリコンに基づく外来遺伝子を発現するためのパッケージングシステムの将来可能性のある発展だけでなく，ＲＮＡ複製における変異／欠損の効果を研究するためのフラビウイルスレプリコンの構築と可能性のある使用に関する重要な情報を提供している。ＫＵＮリプリコンに関して，ここに示された通り，継続する複製と細胞溶解の欠如は，いくつかの利点を提供する。例えば，抗原提示細胞の成熟前の細胞溶解を伴わずに抗原を継続して提示することは，すぐに細胞溶解を誘起してしまうレプリコンでは得られない，免疫応答を誘導するのに適当な時間を提供する。さらに，フラビウイルスレプリコンの３’ＵＴＲへのＩＲＥＳ−Ｎｅｏカセットの導入は，Ｇ４１８による選択の使用によって低トランスフェクション効率の問題を克服させる。ＫＵＮリプリコンＲＮＡの効率的な複製に必要な最小Ｃコーディング配列は，最初のわずか６０塩基内にあることがここで明らかにされた。選択の目的で３’ＵＴＲ中にＮｅｏ遺伝子を保持しているとはいえ，切り詰められたＣタンパク質との融合物として外来タンパク質を発現させることは可能なはずである。まとめると，複製の継続，細胞変成効果の欠如，そして簡便で効果的なレプリコン発現細胞の選択を可能にする抗生物質耐性遺伝子の導入は，既存のＲＮＡウイルスレプリコン発現系に加えて，フラビウイルスレプリコンを独特で大変有用なものにしている。」（１５０４頁の右欄第２段落）
　
（ウ）図１には，引用例１において作製された各種クンジンウイルス起源のレプリコンが開示されており，例えばΔＭＥやＣ２０ｒｅｐはいずれも，５’非翻訳領域（５’ＵＴＲ）を含むものである（１４９９頁）。
　
（エ）図６Ａには，１６日，２５日及び４１日間，ジェネティシン（Ｇ４１８）存在下で培養した細胞を，抗ＮＳ３抗体で蛍光染色した図が開示されている（１５０３頁）。なお，ネオマイシン遺伝子を持つレプリコンにより組み換えられた細胞は，ジェネティシンに対して耐性を有し，ジェネティシンを含む培地中で選択的に培養される。
　
　また，本願優先日前に頒布された刊行物である，国際公開第９５／２７０４４号（以下，「引用例２」という。）には，次の事項が記載されている。
　
（オ）「アルファーウイルスゲノムの効率的複製は適切な５’および３’末端を必要とすることが知られている。従って本発明の適切な態様に従うと，自己開裂性リボザイム配列がｃＤＮＡ挿入断片の末端領域内に挿入される。このリボザイム分子は，開裂を受けた際にはその配列が適切なアルファーウイルス３’末端を産生するであろう様式でアルファーウイルスのゲノム配列の３’末端に配置される。」（８頁１０〜１７行）
　
（カ）「実施例２　ＳＦＶ  ＲＮＡという状況下での肝炎デルターリボザイムのインビトロ自己開裂活性
  リボザイム配列がＳＦＶ  ＲＮＡ分子という状況下で機能することができるかどうかを検査するために，ｐＳＡ１からの肝炎デルターリボザイム配列に相当するＤＮＡ断片を合成し，そしてＨｅｌｐｅｒ  １（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ  ９，ページ１３５６−１３６１，１９９１）のＨｉｎｄＩＩＩ制限エンドヌクレアーゼ開裂部位５２８４内にクローン化させてプラスミドｐＳＦＶ−Ｈ１−Ｄｅｌｔａを作製した（図５Ａ）。このクローニングは標準技術（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎ  ＆  Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ社）を用いて実施した。その後にこのプラスミドをＳｐｅＩで直線化させ，そしてインビトロ転写を実施例１に記載される要領で実施した。この試料の内の半分を対照用に凍結させた一方で，もう一方の半分を５６℃下で追加的に６０分間インキュベートした。その後にこれらの試料を実施例１に記載される要領でゲル電気泳動およびオートラジオグラフィーにより分析した。結果が図５Ｂに示される。レーン１は転写中の自己開裂中に生じた小開裂産物（１６７ヌクレオチド）を表す。転写物を５６℃で追加的に６０分間インキュベートした際には（レーン２），１６７ヌクレオチド種の顕著な増加が観察され，このことにより自己開裂が効率よく進行していることが示される。」（１４頁１３〜３７行）
　
（２）対比
　上記記載事項（ア）にあるように，引用例１におけるクンジンウイルス由来のレプリコンはＲＮＡからなるものであり，構造領域，すなわち構造タンパク質コード領域において，ヌクレオチド配列の一部に大きな欠損を有し，かつ３’非翻訳領域（３’ＵＴＲ）を有するものである。また，コアタンパク質遺伝子の４１７番目の塩基から２２４７番目の塩基までが除去されたレプリコン「ΔＭＥ」や，同遺伝子の１５７番目の塩基から２４０３番目の塩基までが削除されたレプリコン「Ｃ２０ｒｅｐ」を，エレクトロポレーションによってＢＨＫ２１細胞中へ導入すると，これらが効率よく複製されたことも記載されている。さらに，ΔＭＥの３’ＵＴＲの７６塩基が除去された部分にＣＡＴ遺伝子が導入されたレプリコン「ΔＭＥ／７６ＣＡＴ［＋］」において，ＣＡＴ遺伝子に代えて，ネオマイシン遺伝子を導入したものは，有意な細胞変性効果を生じることなく，４１日間（９継代）に渡って，当該レプリコンを生産する培養細胞が得られたことも記載されている。
　そこで，本願補正発明と引用例１に記載された事項とを対比すると，引用例１に記載の「クンジンウイルス（ＫＵＮ）」は，フラビウイルス属に属するから，本願補正発明の「フラビウイルス」に相当する。また，上記記載事項（ア）（ウ）にあるように，引用例１に記載のレプリコンは，５’ＵＴＲを含んでおり，かつ，少なくともコアタンパク質遺伝子の２０番目のコドンまでをコードするヌクレオチド配列を含んでいるから，本願補正発明の「フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の部分を含むレプリコン」に相当する。さらに，引用例1に記載のレプリコンは，ＣＡＴ遺伝子やＮｅｏ遺伝子のような異種ヌクレオチド配列を発現可能なように挿入できるものであるから，本願補正発明の「発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができるフラビウイルス起源のレプリコン」にも相当する。
　してみると，両者は，「（ｉ）発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができるフラビウイルス起源のレプリコンであって，フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の部分と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）とを含むレプリコンを細胞に導入するステップと，
（ｉｉ）細胞増殖およびＲＮＡ複製を可能とする条件下でその細胞系を培養するステップとを含むレプリコンＲＮＡを生産することができる細胞系の生産方法。」である点で一致し，以下の点で相違している。
　
［相違点１］発現可能な異種ヌクレオチドを挿入する場所が，本願補正発明では，構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部と置換するものであるのに対し，引用例１では，３’非翻訳領域（ＵＴＲ）の欠損部分である点。
　
［相違点２］上記フラビウイルス起源のレプリコンが，本願補正発明では，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）のすぐ下流に位置する肝炎デルタウイルスのリボザイム配列をさらに含んでいるのに対し，引用例１では，このようなリボザイム配列を含んでいない点。
　
［相違点３］本願補正発明では，レプリコンＲＮＡが永続的にかつ安定的に生産されているのに対し，引用例では，４１日間（９継代）に限って，レプリコンＲＮＡを生産できたことに留まっている点。
　
（３）当審の判断
（ａ）上記［相違点１］について
　本願補正発明の「構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができる」とは，構造タンパク質をコードする領域に発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することで，当該領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換することができることを意味するのみであり，実際にそのような置換が行われたことを意味するものではない。
　本願優先日当時の技術水準を考慮すれば，相同組換え等の遺伝子を置換する手段は周知であり，引用例1に記載のレプリコンは，構造タンパク質コード領域に大きな欠損を有しているから，引用例１記載のレプリコンも，潜在的には当該領域に「発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができる」ものであり，実際，当該欠損部分に異種ヌクレオチド配列が挿入されれば，元の状態からみて，「構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部」が異種ヌクレオチド配列によって置換されたものとなる。
　したがって，本願補正発明の「構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができる」とは，単にレプリコンの性質を特定したものにすぎず，使用するレプリコン自体に差異はないから，上記［相違点１］は実質的な相違点ではない。
　仮に相違点であるとしても，上記記載事項（イ）には，「選択の目的で３’ＵＴＲ中にＮｅｏ遺伝子を保持しているとはいえ，切り詰められたＣタンパク質との融合物として外来タンパク質を発現させることは可能なはずである。」と記載されており，本願優先日当時，この示唆に基づいて，コアタンパク質遺伝子の一部が欠損している領域に，異種ヌクレオチド配列を挿入し（これは結局，「構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入」したものに相当する。），コアタンパク質との融合物として，当該配列がコードする外来タンパク質が発現可能であるか否かを確認しようとすることは，当業者であれば容易に想到し得ることである。
　したがって，引用例１に記載の発明において，３’ＵＴＲではなく，構造タンパク質をコードする領域に，異種ヌクレオチド配列を挿入したレプリコンを作製することは，当業者が容易になし得ることである。
　また，上記記載事項（ア）（イ）を考慮すれば，複製能力を維持するために重要な配列が，コアタンパク質遺伝子をコードする配列の最初の６０塩基内にあると当業者は理解するはずであり，本願優先日当時の技術水準を考慮すれば，５’ＵＴＲ等，レプリコンの複製に必要な他の周知の領域も当業者であれば理解できるはずであるから，例えば，それ自体複製能力を有することが知られている，引用例１記載のレプリコン「ΔＭＥ」や「Ｃ２０ｒｅｐ」において，前記６０塩基以外の複製能力に関係のない構造タンパク質をコードする領域に，異種ヌクレオチド配列を挿入しても，レプリコンの複製能力が破壊されないことは，当業者であれば容易に予測できる効果である。
　
（ｂ）上記［相違点２］について
　引用例２の上記記載事項（オ）にあるように，レプリコンの効率的な複製を行うために，適切な３’末端が必要とされることは周知であり，そして，引用例２の上記記載事項（カ）にあるように，肝炎デルタウイルスのリボザイム配列が，異種のＳＦＶ（セミリキ森林ウイルス）ＲＮＡという状況下において，自己解裂活性を保有していることは公知であるから，引用例１記載の発明において，レプリコンの効率的な複製を行うという周知の課題を解決するために，３’ＵＴＲのすぐ下流に前記リボザイム配列を挿入し，適切な３’末端を生成しようとすることは当業者が容易に想到し得ることである。
　また，異種のＳＦＶにおいて，肝炎デルタウイルスのリボザイム配列が機能している以上，本願のフラビウイルスにおいても，同リボザイム配列が機能し得ることは当業者が予測できる効果にすぎない。
　
（ｃ）上記［相違点３］について
　本願明細書を参酌しても，永続的で安定なレプリコンＲＮＡの生産とは，具体的に何日間（何継代）に渡って生産できることを意味するのか明らかでないが，例えば，本願明細書の段落０１１３には，「重要には，発現レベルは，さらなる継代中にも安定であり続けた（図１５Ｂの継代６および１７でのｒｅｐＣＡＴ−ＢＨＫ細胞のＣＡＴ発現を比較）。」と記載されており，継代６〜１７に渡って生産されていれば，一応，安定な細胞系に該当するものと認められる。
　一方，引用例１には，４１日間（９継代）まで，レプリコンが安定に生産されたことが記載されており，少なくとも継代６を超えて継続的に生産されていることは明らかであるから，相違点３は実質的な相違点ではないといえる。
　また，上記記載事項（エ）にあるように，図６Ａの４１日目における培養細胞は，１６日目や２５日目のものと変化しておらず，レプリコンＲＮＡが安定的に生産され続けている様子が窺えるから，引用例に記載の発明において，４１日間を超えて培養しても，ほぼ永続的といえる程度にレプリコンは生産されるものと予想され，この点からも，上記相違点３は実質的な相違点ではない。　
　
　以上のとおり，補正後の請求項２５に係る発明は，引用例１〜２の記載に基づいて，当業者が容易に発明をすることはできたものであるから，特許法２９条２項の規定により，当該発明は独立して特許を受けることはできないものである。
　
　そうすると，たとえ特許請求の範囲の減縮であると仮定した場合でも，上記補正（ア）は，平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するので，同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。 
　
第３．本願発明
　
　平成１９年１２月２０日付の手続補正は上記のとおり却下されたので，本願に係る発明は，平成１８年１２月１４日付手続補正により補正された明細書及び図面の記載からみて，その請求項１〜５７に記載された事項により特定されるものである。
　そのうち，請求項３３に係る発明（以下，「本願発明」という。）は，以下のとおりのものである。
　
「（ｉ）複製能力を破壊することなく，構造タンパク質コード領域をコードするヌクレオチド配列の一部を置換する発現可能な異種ヌクレオチド配列を挿入することができるフラビウイルス起源のＤＮＡに基づくレプリコンまたはＲＮＡに基づくレプリコンであって，フラビウイルスコアタンパク質コード領域の少なくとも一部が存在するレプリコンを細胞に導入するステップと，
（ｉｉ）細胞増殖およびＲＮＡ複製を可能とする条件下でその細胞系を培養するステップとを含むレプリコンＲＮＡを永続的に生産することができる安定な細胞系の生産方法。」
　
第４．特許法２９条２項について
　
１．引用例
　原査定の拒絶の理由において引用例，及びその記載事項は，前記「第２　３．（１）」に記載したとおりである。
　
２．対比・判断
　本願発明は，本願補正発明から，「フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の部分と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）のすぐ下流に位置する肝炎デルタウイルスのリボザイム配列とを含むレプリコン」という特定を削除し，それに代えて「複製能力を破壊することなく」という特定と「ＤＮＡに基づくレプリコンまたはＲＮＡに基づくレプリコン」という特定と共に，「フラビウイルスコアタンパク質コード領域の少なくとも一部が存在するレプリコン」という特定を追加したものである。
　ここで，本願補正発明においても，ＲＮＡ複製を可能とする条件下で細胞を培養し，レプリコンＲＮＡが永続的に生産されるのであるから，レプリコンが「ＲＮＡに基づく」ことは明らかであり，「複製能力を破壊することなく」行われていることも明らかである。そして，「フラビウイルス５’非翻訳領域（ＵＴＲ）と，少なくともフラビウイルスコアタンパク質についての５’コード領域の部分と，フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）とを含むレプリコン」という特定が，両ＵＴＲやコアタンパク質のコード領域の位置を特定しない「フラビウイルスコアタンパク質コード領域の少なくとも一部が存在するレプリコン」を概念上含んでいることも明らかである。
　してみると，本願発明は，前記「第２　３．」で検討した上記相違点２に係る「フラビウイルス３’非翻訳領域（ＵＴＲ）のすぐ下流に位置する肝炎デルタウイルスのリボザイム配列とを含む」との特定を省いたものに相当する。
　そうすると，本願発明の構成要件を全て含み，さらに他の構成要件を付加したものに相当する本願補正発明が，上記「第２　３．」で示したとおり，引用例１〜２に記載された事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，本願発明も同様の理由により，引用例１〜２に記載された事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
第５．むすび
　
　以上のとおり，本願の請求項３３に係る発明は，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるから，他の請求項に係る発明については検討するまでもなく，本願は拒絶をすべきものである。
　
　よって，結論のとおり審決する。