【手続補正書】
【提出日】平成22年12月2日(2010.12.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
タンパク質キナーゼポリペプチドの変異体をコードする、単離、濃縮または精製された核酸分子であって、
前記タンパク質キナーゼポリペプチドは、ＦＧＦＲ４、ＦＧＦＲ１、ＴＹＲＯ３、ＴＥＣ、ＣＳＫおよびＡｃｋ１からなる群から選択され、
前記核酸分子によってコードされる前記タンパク質キナーゼポリペプチドの前記変異体は、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ（配列番号１３３）、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ（配列番号１２９）、Ｔｙｒｏ３  Ｓ５３１Ｌ（配列番号２５７）、Ｔｙｒｏ３  Ｐ８２２Ｌ（配列番号２５９）、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ（配列番号２４０）、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ（配列番号２４１）、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ（配列番号２４２）、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ（配列番号５２）  および  ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ（配列番号１４）からなる群から選択される少なくとも１つの変異を含む、核酸分子。
【請求項２】
アポトーシス誘導試薬に耐性の（化学療法耐性）細胞を同定する方法であって、
細胞内の前記タンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の発現を測定し、かつ得られた測定値の結果を対照の測定値と比較するステップであって、ここで前記タンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の発現の増加は細胞のアポトーシス誘導試薬耐性を意味するステップと、
発現したタンパク質キナーゼＴｙｒｏ３の、前記アミノ酸番号５３１および／または８２２を同定するステップであって、ここで前記アミノ酸番号５３１の位置でのセリンに代わるロイシンの存在、および／または前記アミノ酸番号８２２の位置でのプロリンに代わるロイシンの存在が、前記細胞のアポトーシス誘導試薬耐性の増加を意味するステップと、および／または、
発現したタンパク質キナーゼＴｅｃの、アミノ酸番号８９、５３１および／または５８７を同定するステップであって、ここで前記アミノ酸番号８９の位置でのロイシンに代わるアルギニンの存在、前記アミノ酸番号５３１の位置でのトリプトファンに代わるアルギニンの存在、および／または前記アミノ酸番号５８７の位置でのプロリンに代わるロイシンの存在が、前記細胞のアポトーシス誘導試薬耐性の増加を意味するステップと、
を含み、
前記発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの前記アミノ酸番号５３１が同定され、かつ前記細胞がＴ細胞であり、
前記発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの前記アミノ酸番号８９が同定され、かつ前記細胞が胃細胞であり、または
前記発現したタンパク質キナーゼＴＥＣの前記アミノ酸番号５８７が同定され、かつ前記細胞が肺細胞である、方法。
【請求項３】
癌細胞へ形質転換する性質を有する細胞を同定する方法であって、
発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４のアミノ酸番号３６７、および／または発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ１のアミノ酸番号２５２を同定するステップであって、ここで前記発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４のアミノ酸番号３６７の位置でのチロシンに代わるシステインの存在、および／または前記発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ１のアミノ酸番号２５２の位置でのプロリンに代わるセリンの存在が、癌細胞へ形質転換する性質が増加したことを意味するステップと、
細胞が肝臓細胞であって、発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４の前記アミノ酸番号３８８を、前記細胞内で同定するステップであって、ここで前記アミノ酸番号３８８の位置でのグリシンに代わるアルギニンの存在が、肝細胞癌細胞へ形質転換する性質の増加を意味するステップと、
前記発現したタンパク質キナーゼＣ末端Ｓｒｃキナーゼ(ＣＳＫ)の前記アミノ酸番号２６を同定するステップであって、ここで前記発現したタンパク質キナーゼＣＳＫのアミノ酸番号２６の位置でのグルタミンではないアミノ酸の存在が、癌細胞へ形質転換する性質の増加を意味するステップと、および／または
前記発現したタンパク質キナーゼＡｃｋ１の前記アミノ酸番号９８５を同定するステップであって、前記発現したタンパク質キナーゼＡｃｋ１のアミノ酸番号９８５の位置でのセリンに代わるアスパラギンの存在が、癌細胞へ形質転換する性質の増加を意味するステップ
とを含み、
前記発現したタンパク質キナーゼＣＳＫの前記アミノ酸番号２６が同定され、かつ前記細胞が腸細胞であり、
前記タンパク質キナーゼＡｃｋ１のアミノ酸番号９８５の位置のアスパラギンの存在が、ユビキチン化に低感受性の前記タンパク質キナーゼを提供することにより、前記アミノ酸番号９８５の位置でのセリンの存在を含むタンパク質キナーゼＡｃｋ１より安定な前記タンパク質キナーゼを提供し、かつ前記細胞が腎臓細胞であり、または
前記発現したタンパク質キナーゼＦＧＦＲ４の前記アミノ酸番号３８８が同定され、さらに前記肝臓細胞における前記ＦＧＦＲ４受容体をコードする遺伝子の遺伝子型が測定され、前記ホモ接合型遺伝子型ＦＧＦＲ４３８８Ａｒｇは、肝細胞癌細胞へ形質転換する性質の増加を意味する、細胞を同定する方法。
【請求項４】
前記核酸分子が天然物より単離されたものであり、前記天然物が好ましくは哺乳動物であり、かつ前記哺乳動物が好ましくはヒトである、請求項１に記載の核酸分子。
【請求項５】
前記核酸分子が組換え起源であり、前記核酸分子がＲＮＡまたはＤＮＡである、請求項１または４に記載の核酸分子。
【請求項６】
サンプルにおいて変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子を検出するための、核酸プローブであって、
前記変異キナーゼポリペプチドが、ＡＣＫ１、ＣＳＫ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ４、ＴＥＣ、およびＴＹＲＯ３からなる群から選択され、
前記核酸分子にコードされる前記変異キナーゼポリペプチドが、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ（配列番号２７４）、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ、（配列番号２７５）ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ（配列番号２７６）、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ（配列番号２７７）、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ（配列番号２７８）、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ（配列番号２７９）、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ（配列番号２８０）、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ（配列番号２８１）、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ（配列番号２８２）、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ（配列番号２８３）、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ（配列番号３２１）、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ（配列番号３９７）、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ（配列番号３９８）、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ（配列番号３９９）、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ（配列番号４００）、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ（配列番号４０２）、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ（配列番号５０９）、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ（配列番号５１０）、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ（配列番号５１１）、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ（配列番号５２４）、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ（配列番号５２５）、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ（配列番号５２６）、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ（配列番号５２７）、およびＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ（配列番号５２８）のうちの少なくとも１つの変異を含み、
前記核酸プローブが、前記核酸配列の前記変異領域とハイブリダイズする核酸塩基配列を含む、核酸プローブ。
【請求項７】
サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子の存在または量を検出する方法であって、
ａ）ハイブリダイゼーションが起こる条件下で、サンプルと、請求項６の核酸プローブを接触させるステップと、
ｂ）変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子と結合した、前記プローブの存在または量を検出するステップ
とを含み、
前記方法は、サンプル中の変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼ変異体をコードする少なくとも２つの核酸分子の存在または量を同時に検出するための、少なくとも２つの請求項６の核酸プローブの使用を含み、
少なくとも５、１０、１５、２０、３０、４０、５０またはそれ以上の前記核酸プローブのサブセットが、少なくとも５、１０、１５、２０、３０、４０、５０またはそれ以上の、サンプル中の前記変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼポリペプチド変異体をコードする核酸分子の存在または量を同時に検出するのに用いられる、方法。
【請求項８】
請求項６の１つ以上の核酸プローブをその中に配置する容器を含む、請求項７の前記方法を行うためのキット。
【請求項９】
請求項１および４、５のいずれか一つの、核酸分子を含み、前記核酸分子が、非相同的プロモーターを含む、ゲノム調節エレメントまたは非相同的な調節エレメントの制御下にある、組換え細胞または組織。
【請求項１０】
ＡＣＫ１、ＣＳＫ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ４、ＴＥＣ、およびＴＹＲＯ３からなる群から選択される、単離、濃縮または精製された変異キナーゼポリペプチドであって、
前記変異キナーゼポリペプチドは、ＡＣＫ１  Ｈ３７Ｙ（配列番号５）、ＡＣＫ１  Ｅ１１１Ｋ（配列番号６）、ＡＣＫ１  Ｒ１２７Ｈ（配列番号７）、ＡＣＫ１  Ｍ３９３Ｔ（配列番号８）、ＡＣＫ１  Ａ６３４Ｔ（配列番号９）、ＡＣＫ１  Ｓ６９９Ｎ（配列番号１０）、ＡＣＫ１  Ｐ７３１Ｌ（配列番号１１）、ＡＣＫ１  Ｒ７４８Ｗ（配列番号１２）、ＡＣＫ１  Ｇ９４７Ｄ（配列番号１３）、ＡＣＫ１  Ｓ９８５Ｎ（配列番号１４）、ＣＳＫ  Ｑ２６Ｘ（配列番号５２）、ＦＧＦＲ１  Ｒ７８Ｈ（配列番号１２８）、ＦＧＦＲ１  Ｐ２５２Ｓ（配列番号１２９）、ＦＧＦＲ１  Ａ２６８Ｓ（配列番号１３０）、ＦＧＦＲ１  Ｇ５３９＿Ｋ５４０ｄｅｌ（配列番号１３１）、ＦＧＦＲ４  Ｙ３６７Ｃ（配列番号１３３）、ＴＥＣ  Ｌ８９Ｒ（配列番号２４０）、ＴＥＣ  Ｗ５３１Ｒ（配列番号２４１）、ＴＥＣ  Ｐ５８７Ｌ（配列番号２４２）、ＴＹＲＯ３  Ｓ３２４Ｃ（配列番号２５５）、ＴＹＲＯ３  Ｅ４８９Ｋ（配列番号２５６）、ＴＹＲＯ３  Ｓ５３１Ｌ（配列番号２５７）、ＴＹＲＯ３  Ｎ７８８Ｔ（配列番号２５８）、およびＴＹＲＯ３  Ｐ８２２Ｌ（配列番号２５９）、またはこれらの断片のうちの少なくとも１つの変異を含む、キナーゼポリペプチド。
【請求項１１】
前記ポリペプチドが天然物または組換え起源ものより単離されたものであって、前記天然物が好ましくは哺乳動物であり、かつ前記哺乳動物がヒトである、請求項１０に記載のキナーゼポリペプチド。
【請求項１２】
サンプル中の少なくとも１つの変異キナーゼポリペプチドまたはキナーゼポリペプチド変異体の存在および／または量を検出する方法であって、
ａ）キナーゼ抗体の免疫複合体形成に適切な条件下で、サンプルを、請求項１０に記載の変異キナーゼポリペプチド、または変異キナーゼポリペプチドドメインもしくはその断片にのみ特異的な結合親和性を有する、モノクローナルもしくはポリクローナル抗体または抗体断片とプローブするステップと、
ｂ）前記キナーゼポリペプチドに結合した前記抗体の存在および／または量を検出するステップ
とを含む、方法。
【請求項１３】
前記抗体および前記抗体断片を含む、請求項１２の方法を実施するためのキット。
【請求項１４】
試験管内でキナーゼ活性を調節する化合物を同定する方法であって、
（ａ）請求項１０のキナーゼポリペプチド、またはＡＣＫ１、ＦＧＦＲ４、およびＴＹＲＯ３からなる群より選択されるキナーゼポリペプチドを、試験物質と接触させるステップであって、
前記キナーゼポリペプチドは、少なくとも一つの生殖変異ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ（配列番号５４６）、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ（配列番号５８０）、およびＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ（配列番号６５５）、もしくは前記断片が変化した領域を含むという条件で、これらの任意の機能性断片、または配列番号５７７のアミノ酸配列からなる変異キナーゼポリペプチドＦＧＦＲ１  Ｖ４２７＿Ｔ４２８ｄｅｌ、または配列番号５８２のアミノ酸配列からなる変異キナーゼポリペプチドＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒを含むステップと、
（ｂ）前記ポリペプチドの前記活性を測定するステップと、
（ｃ）前記物質が、前記ポリペプチドの前記活性を調節するかどうかを特定するステップ
とを含む、方法。
【請求項１５】
増殖性の病気または疾患の治療または予防に使用するための、請求項１０のキナーゼ、またはＡＣＫ１、ＦＧＦＲ４、およびＴＹＲＯ３からなる群から選択されるキナーゼの活性を調節する物質であって、
前記キナーゼは、少なくとも１つの生殖変異ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ（配列番号５４５）、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ（配列番号５４６）、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ（配列番号５８０）、およびＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ（配列番号６５５）、または配列番号５７７のアミノ酸配列からなる変異キナーゼポリペプチドＦＧＦＲ１  Ｖ４２７＿Ｔ４２８ｄｅｌ、または配列番号５８２のアミノ酸配列からなる変異キナーゼポリペプチドＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒを含む、物質。
【請求項１６】
患者における、増殖性の病気または疾患、もしくは増殖性の病気または疾患の発症のリスク予測を診断するための方法であって、
前記病気または疾患は、異常なタンパク質キナーゼ機能に起因するシグナル伝達経路の異常によって特徴付けられ、
前記方法は、
（ａ）生物学的サンプルを前記患者から取得するステップと、
（ｂ）前記サンプルと、請求項１０に記載の変異キナーゼポリペプチド、またはＡＣＫ１、ＦＧＦＲ４、およびＴＹＲＯ３からなる群から選択される変異キナーゼポリペプチドをコードする核酸分子の標的領域と、ハイブリダイゼーションアッセイ条件下でハイブリダイズする核酸プローブとを接触させるステップであって、
前記核酸分子でコードされる前記変異キナーゼポリペプチドは、少なくとも１つの生殖変異ＡＣＫ１  Ｐ７２５Ｌ（配列番号５４５）、ＡＣＫ１  Ｒ１０３８Ｈ（配列番号５４６）、ＦＧＦＲ４  Ｖ１０Ｉ（配列番号５８０）、ＦＧＦＲ４  Ｇ３８８Ｒ（配列番号５８２）、およびＴＹＲＯ３  Ｉ３４６Ｎ（配列番号６５５）を含むステップと、
（ｃ）標的領域へのハイブリッドが前記病気または疾患の指標または性質である、前記プローブの存在または量を検出するステップ
とを含む、方法。