【誤訳訂正書】
【提出日】平成23年9月30日(2011.9.30)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３２】
いくつかの態様において、同義のコドンは、問い合わせコドンとして第一のコドンを含む合成構築物から発現されるレポータータンパク質のレベルの95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、または0.01％を超えないレベルで、レポータータンパク質が関心対象細胞において発現される合成構築物における問い合わせコドンにそれが対応することに基づいて選択される。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３７】
他の態様において、合成ポリヌクレオチドは、親ポリヌクレオチドによって付与されるより低い質で、選択された表現型を関心対象生物またはその一部に付与する。このタイプの例示的な例において、同義のコドンは、問い合わせコドンとして第一のコドンを含む合成構築物によって付与される表現型の質の95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、または 0.01％を超えない質で、関心対象生物またはその一部において選択された表現型を付与する合成構築物における問い合わせコドンにそれが対応することに基づいて選択される。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００６４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００６４】
「約」は、参照の量、レベル、値、頻度、百分率、寸法、大きさ、または量に対してせいぜい15％変動する、好ましくはせいぜい10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％変動する量、レベル、値、頻度、百分率、寸法、大きさ、または量を意味する。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１３９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１３９】
同義のコドンは、このように関心対象細胞において産生されるポリペプチドのレベルを増加または減少するように選択されうる。たとえば、細胞において産生されるポリペプチドレベルを増加させることが望ましい場合、一般的にその翻訳効率が、交換可能なコドンの翻訳効率より少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、もしくは95％高い、または少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10、50、もしくは100倍高い同義のコドンを用いることが望ましい。または、細胞において産生されるポリペプチドレベルを減少させることが望ましい場合、その翻訳効率が、交換可能なコドンの翻訳効率の95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、または0.01％を超えない同義のコドンを用いることが一般的に望ましい。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１４１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１４１】
したがって、関心対象細胞において産生されるポリペプチドレベルを増加または減少させることが望ましい場合、一般的に、親ポリヌクレオチドの交換可能な全てのコドンを、場合により、関心対象細胞において交換可能なコドンより高いまたはより低い翻訳効率を有する同義のコドンに交換することが望ましいが必ずしもその必要はない。発現の変化は、部分的交換であっても成就されうる。典型的に、交換段階は、親ポリヌクレオチドの交換可能なコドンの少なくとも約5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、またはそれより多くに影響を及ぼす。適切には、交換可能なコドンと同義のコドンのあいだの数または翻訳効率の差は、選ばれたポリペプチドが、細胞において親ポリヌクレオチドからポリペプチドが産生されるレベルより少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、もしくは95％高いレベルで、または少なくとも約 2、3、4、5、6、7、8、9、10、50、もしくは100倍高いレベルで、または95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.5％、0.1％、0.05％もしくは0.01％を超えないレベルで、細胞において合成ポリヌクレオチドから産生されるように選択される。類似の翻訳効率を有する2つまたはそれより多い同義のコドンの場合、これらのコドンのいずれも交換可能なコドンを交換するために用いることができると認識される。一般的に、親ポリヌクレオチドが低いおよび中間の翻訳効率コドンの選び方を有する場合、ポリペプチドのより高い産生が必要である場合には、最初にいくつかのまたはより好ましくは全ての低い翻訳効率のコドンを、中間のまたは好ましくは高い翻訳効率を有する同義のコドンに交換することが好ましい。典型的に、低い翻訳効率のコドンを中間または高い翻訳効率のコドンに交換すると、そのように構築された合成ポリヌクレオチドによって産生されるポリペプチドレベルの実質的な増加が起こる。しかし、同様に、コードされるポリペプチドの最適な産生を付与するために、いくつかのまたは好ましくは全ての中間の翻訳効率のコドンを翻訳効率の高いコドンに交換することも同様に好ましい。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１４５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１４５】
選択された表現型のより低い質が関心対象生物またはその一部によって表示される必要があるいくつかの態様において、親ポリヌクレオチドの交換可能なコドンは、たとえば第4章において記述される方法に従って決定されるように、関心対象生物、関連生物、またはその一部における表現型選択性の比較において、交換可能なコドンより低い表現型選択性を示すことに基づいて選択される同義のコドンに交換するために選択される。より低い表現型選択性は典型的に、選択された表現型のより低い質に相関するであろう。したがって、そのような相関の非制限的な例において、同義のコドンは、問い合わせコドンとして同義のコドンを含む合成構築物が提供されている生物またはその一部によって表示される表現型の質が、問い合わせコドンとして交換可能なコドンを含む合成構築物が提供されている生物またはその一部によって表示される表現型の質より少なくとも約10％低い場合に、第一のコドンより少なくとも約10％低い表現型選択性を有すると思われる。この態様に関して同義のコドンを選択する場合、交換可能なコドンの表現型選択性の約95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、または0.01％を超えない表現型選択性を関心対象細胞において有することが好ましい。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１４６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１４６】
親ポリヌクレオチドの全ての交換可能なコドンを、関心対象生物またはその一部において第一のコドンより高いまたは低い表現型選択性を有する同義のコドンに交換することが好ましいが必ずしもその必要はない。たとえば、部分的交換によってもより高いまたはより低い表現型の質を達成することができる。典型的に、交換段階は、親ポリヌクレオチドの交換可能なコドンの5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、99％、またはそれより多くに影響を及ぼす。高い表現型の質を必要とするいくつかの態様において、交換可能なコドンと同義のコドンのあいだの数および表現型選択性の差は、生物またはその一部において親ポリヌクレオチドによって付与される表現型の質より少なくとも約10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％もしくは95％高い、または少なくとも約2、3、4、5、6、7、8、9、10、50、もしくは100倍高い質で、選ばれた生物またはその一部に表現型を付与するために、表現型関連ポリペプチドが合成ポリヌクレオチドから産生されるように選択される。逆に、より低い表現型の質を必要とするいくつかの態様において、交換可能なコドンと同義のコドンのあいだの数および表現型選択性の差は、生物またはその一部において親ポリヌクレオチドによって付与される表現型の質の約95％、90％、85％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％、10％、5％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、または0.01％を超えない質で、選ばれた生物またはその一部に表現型を付与するために、表現型関連ポリペプチドが合成ポリヌクレオチドから産生されるように選択される。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１６３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１６３】
より強いまたは増強された免疫応答を必要とする例示的な例において、第一／第二のコドンと同義のコドンのあいだの免疫応答選択性の序列の数および差は、合成ポリヌクレオチドによって付与される免疫応答が、同じ条件下で親ポリヌクレオチドによって付与される免疫応答の少なくとも約110％、150％、200％、250％、300％、350％、400％、450％、500％、600％、700％、800％、900％、1000％、またはそれより高くなるように選択される。逆に、より低いまたはより弱い免疫応答を必要とするいくつかの態様において、第一／第二のコドンと同義のコドンのあいだの表現型選択性の序列の数および差は、合成ポリヌクレオチドによって付与される免疫応答が、同じ条件下で親ポリヌクレオチドによって付与される免疫応答の約90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％、10％、5％を超えないように選択される。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１７５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１７５】
本発明はまた、標的抗原の1つまたは複数の望ましい部分をコードする合成ポリヌクレオチドを企図する。いくつかの態様において、合成ポリヌクレオチドは、少なくとも約5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、50、60、70、80、90、100、120、150、300、400、500、600、700、800、900個もしくは1000個、または少なくとも約2000、3000、4000個、もしくは5000個の接触アミノ酸残基、または完全長の標的抗原に存在するアミノ酸のほぼ総数までのアミノ酸残基をコードする。いくつかの態様において、合成ポリヌクレオチドは、標的抗原の同じまたは異なる複数の部分をコードする。このタイプの例示的な例において、合成ポリヌクレオチドは、マルチエピトープ融合タンパク質をコードする。多数の要因が部分の大きさの選び方に影響を及ぼしうる。例えば、合成ポリヌクレオチドによってコードされる個々の部分の大きさは、それがT細胞エピトープおよび／またはB細胞エピトープの大きさ、およびそのプロセシング必要条件を含めるように、または対応するように、選ぶことができる。当業者は、クラスI拘束T細胞エピトープが典型的に長さがアミノ酸残基8〜10個であり、非天然の隣接残基の隣に置かれる場合、そのようなエピトープはそれらが確実に効率よくプロセシングされて提示されるために、一般的に天然の隣接アミノ酸残基2〜3個を必要としうることを認識する。天然に隣接する残基が、ある役割を果たし得ると考えられるが、クラスII拘束T細胞エピトープは通常、長さがアミノ酸12〜25個の範囲であり、効率的なタンパク質分解プロセシングのため、天然に隣接する残基を必要としない可能性がある。クラスII拘束エピトープのもう1つの重要な特色は、それらが一般的に、クラスII MHC抗原のいずれかの側面上で保存された構造に配列非依存的に会合することによって、このコア安定化結合のいずれかの側面で隣接配列を有するクラスII MHC分子に特異的に結合するアミノ酸残基9〜10個のコアを中心に含有する点である。このように、クラスII拘束エピトープの機能的領域は典型的に、長さがアミノ酸残基約15個未満である。直線状のB細胞エピトープおよびクラスII拘束エピトープのようにそのプロセシングに影響を及ぼす要因の大きさは、そのようなエピトープがしばしばアミノ酸残基15個より大きさが小さいことからかなり可変的である。前述から、標的抗原の個々の部分の大きさは、アミノ酸残基少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30個であることが有利であるが必須ではない。適切には、個々の部分の大きさは、アミノ酸残基約500、200、100、80、60、50、40個を超えない。一定の有利な態様において、個々の部分の大きさは、ペプチド内に含有されるT細胞および／またはB細胞エピトープの抗原提示細胞による提示にとって十分である。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
各々がレポーターポリヌクレオチドに機能的に接続された調節配列を含む複数の合成構築物を含む、異なる同義のコドンの翻訳効率または表現型選択性を決定するための構築物系であって、第一の構築物のレポーターポリヌクレオチドが、第一のアミノ酸をコードする第一のコドン（「第一の問い合わせコドン」）の翻訳効率または表現型選択性を問い合わせるための第一のコード配列を含み、第二の構築物のレポーターポリヌクレオチドが、第一のアミノ酸をコードする第二のコドン（「第二の問い合わせコドン」）の翻訳効率または表現型選択性を問い合わせるための第二のコード配列を含み、第一および第二のコード配列が同じアミノ酸配列をコードして、第一のコード配列が、アミノ酸配列の1つまたは複数の位置で第一のアミノ酸をコードするための第一の問い合わせコドンを含み、第二のコード配列が、アミノ酸配列の1つまたは複数の位置で第一のアミノ酸をコードするための第二の問い合わせコドンを含み、ならびに第一および第二のコード配列は、アミノ酸配列の対応する位置で第一のアミノ酸をコードするための第一の問い合わせコドンまたは第二の問い合わせコドンの選び方が互いに異なり、および
第一のコード配列が、第二のコード配列における第二の問い合わせコドンの数と同数の第一の問い合わせコドンを含む、構築物系。
【請求項２】
第二のコード配列が、アミノ酸配列の1つまたは複数の位置で第一のアミノ酸をコードするために、第一の問い合わせコドンを第二の問い合わせコドンに置換することによって最初の第二のコード配列とは異なる、請求項1記載の系。
【請求項３】
第一のアミノ酸をコードする1つまたは複数の追加の問い合わせコドンの翻訳効率または表現型選択性を問い合わせるために、1つまたは複数の追加の合成構築物を含む、請求項1記載の系。
【請求項４】
第一のアミノ酸を通常コードする同義のコドンの数に対応する数の合成構築物を含む、請求項3記載の系。
【請求項５】
個々の合成構築物のコード配列が、対応するタイプの少なくとも2つの問い合わせコドンを含む、請求項1記載の系。
【請求項６】
個々の合成構築物のコード配列において第一のアミノ酸をコードするコドンの少なくとも10％が同じ問い合わせコドンである、請求項1記載の系。
【請求項７】
第三および第四の構築物をさらに含み、第三の構築物のレポーターポリヌクレオチドが第一のアミノ酸配列とは異なる第二のアミノ酸をコードする第三のコドン（「第三の問い合わせコドン」）の翻訳効率または表現型選択性を問い合わせるために第三のコード配列を含み、第四の構築物のレポーターポリヌクレオチドが第二のアミノ酸をコードする第四のコドン（「第四の問い合わせコドン」）の翻訳効率または表現型選択性を問い合わせるために第四のコード配列を含み、第三および第四のコード配列が第一および第二のコード配列と同じアミノ酸配列をコードして、第三のコード配列が、アミノ酸配列の1つまたは複数の位置で第二のアミノ酸をコードするために第三の問い合わせコドンを含み、第四のコード配列が、アミノ酸配列の1つまたは複数の位置で第二のアミノ酸をコードするための第四の問い合わせコドンを含み、ならびに第三および第四のコード配列が、アミノ酸配列における対応する位置で第二のアミノ酸をコードするための第三の問い合わせコドンまたは第四の問い合わせコドンの選び方が互いに異なる、請求項1記載の系。
【請求項８】
他のアミノ酸をコードするコドンの翻訳効率または表現型選択性を問い合わせるための合成構築物をさらに含む、請求項1記載の系。
【請求項９】
個々のレポーターポリヌクレオチドのコード配列が、コード配列が発現される細胞または組織に対して表現型を付与するポリペプチドをコードする、請求項1記載の系。
【請求項１０】
ポリペプチドが、細胞または組織に存在する場合に、その存在または活性のいずれかによって検出可能であるレポータータンパク質から選択される、請求項9記載の系。
【請求項１１】
レポータータンパク質が、ルシフェラーゼなどの化学発光レポータータンパク質、緑色蛍光タンパク質などの蛍光タンパク質、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、β-ガラクトシダーゼ、分泌型胎盤アルカリホスファターゼ、β-ラクタマーゼなどの酵素レポータータンパク質、またはヒト成長ホルモンなどの増殖因子から選択される、請求項10記載の系。
【請求項１２】
個々のレポーターポリヌクレオチドのコード配列が、コード配列が発現されない細胞または組織に表現型を付与するポリペプチドをコードする、請求項1記載の系。
【請求項１３】
ポリペプチドが、選択される表現型、または選択される表現型と同じクラスの表現型を産生する主体である表現型関連ポリペプチドである、請求項12記載の系。
【請求項１４】
個々の合成構築物のレポーターポリヌクレオチドが、検出可能なタグをコードする補助コード配列をさらに含む、請求項1記載の系。
【請求項１５】
タグが特異的結合対のメンバーである、請求項14記載の系。
【請求項１６】
1つのレポーターポリヌクレオチドの補助コード配列が、もう1つのレポーターポリヌクレオチドの補助コード配列とは異なるタグをコードする、請求項14記載の系。
【請求項１７】
以下の段階を含む、第一のコドンと第二のコドンが同じアミノ酸をコードする、関心対象細胞における第二のコドンと比較した第一のコドンの翻訳効率を決定するための方法：
−  各々がレポーターポリヌクレオチドに機能的に接続された調節配列を含む、複数の合成構築物を提供する段階であって、第一の構築物のレポーターポリヌクレオチドが、第一のコドンの翻訳効率を問い合わせるために第一のコード配列を含み、第二の構築物のレポーターポリヌクレオチドが第二のコドンの翻訳効率を問い合わせるために第二のコード配列を含み、第一および第二のコード配列が、レポータータンパク質を全体または部分的に定義する同じアミノ酸配列をコードして、第一のコード配列が、アミノ酸配列の1つまたは複数の位置で第一のアミノ酸をコードするために第一のコドンを含み、第二のコード配列が、アミノ酸配列の1つまたは複数の位置で第一のアミノ酸をコードするために第二のコドンを含み、第一および第二のコード配列は、アミノ酸配列の対応する位置で第一のアミノ酸をコードするための第一のコドンまたは第二のコドンの選び方が互いに異なり、ならびに第一のコード配列が、第二のコード配列における第二の問い合わせコドンの数と同数の第一の問い合わせコドンを含む、段階；
−  関心対象細胞と同じタイプの細胞に第一の構築物を導入する段階；
−  関心対象細胞と同じタイプの細胞に第二の構築物を導入する段階；
−  細胞における第一の構築物および第二の構築物からのレポータータンパク質の発現を測定する段階；ならびに
−  細胞におけるレポータータンパク質の測定された発現に基づいて、第一のコドンの翻訳効率および第二のコドンの翻訳効率を決定して、それによって関心対象細胞における第二のコドンと比較した第一のコドンの翻訳効率を決定する段階。
【請求項１８】
関心対象細胞における個々の同義のコドンの翻訳効率の比較を決定する段階をさらに含む、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
以下の段階を含む、請求項17記載の方法：
−  関心対象細胞の前駆細胞に個々の合成構築物を導入する段階；および
−  合成構築物を含有する関心対象細胞を前駆細胞から分化させる段階。
【請求項２０】
第一および第二の構築物が異なる細胞に個別に導入される、請求項17記載の方法。
【請求項２１】
第一および第二の構築物が同じ細胞に導入される、請求項17記載の方法。
【請求項２２】
以下の段階を含む、第二の細胞タイプと比較した第一の細胞タイプにおける第一のコドンおよび第二のコドンの翻訳効率を決定するための方法：
−  各々がレポーターポリヌクレオチドに機能的に接続された調節配列を含む、複数の合成構築物を提供する段階であって、第一の構築物のレポーターポリヌクレオチドが、第一のコドンの翻訳効率を問い合わせるために第一のコード配列を含み、第二の構築物のレポーターポリヌクレオチドが第二のコドンの翻訳効率を問い合わせるための第二のコード配列を含み、第一および第二のコード配列が、レポータータンパク質の全体または一部を定義する同じアミノ酸配列をコードして、第一のコード配列が、アミノ酸配列の1つまたは複数の位置で第一のアミノ酸をコードするために第一のコドンを含み、第二のコード配列が、アミノ酸配列の1つまたは複数の位置で第一のアミノ酸をコードするために第二のコドンを含み、ならびに第一および第二のコード配列は、アミノ酸配列における対応する位置で第一のアミノ酸をコードするための第一のコドンまたは第二のコドンの選び方が互いに異なり、ならびに、第一のコード配列が、第二のコード配列における第二の問い合わせコドンの数と同数の第一の問い合わせコドンを含む、段階；
−  第一の構築物を第一の細胞タイプおよび第二の細胞タイプに個別に導入する段階；
−  第二の構築物を第一の細胞タイプおよび第二の細胞タイプに個別に導入する段階；
−  第一の構築物が提供された第一の細胞タイプおよび第二の細胞タイプにおけるレポータータンパク質の発現を測定する段階；
−  第二の構築物が提供された第一の細胞タイプおよび第二の細胞タイプにおけるレポータータンパク質の発現を測定する段階；
−  それに対して第一の構築物が提供された第一の細胞タイプおよび第二の細胞タイプにおけるレポータータンパク質の測定された発現にそれぞれ基づいて、第一の細胞タイプおよび第二の細胞タイプにおける第一のコドンの翻訳効率を決定して、それによって、第二の細胞タイプと比較した第一の細胞タイプにおける第一のコドンの翻訳効率を決定する段階；ならびに
−  それに対して第二の構築物が提供された第一の細胞タイプおよび第二の細胞タイプにおけるレポータータンパク質の測定された発現にそれぞれ基づいて、第一の細胞タイプおよび第二の細胞タイプにおける第二のコドンの翻訳効率を決定して、それによって第二の細胞タイプと比較した第一の細胞タイプにおける第二のコドンの翻訳効率を決定する段階。
【請求項２３】
第二の細胞タイプと比較して第一の細胞タイプにおける個々の同義のコドンの翻訳効率の比較を決定する段階をさらに含む、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
以下の段階をさらに含む、請求項22記載の方法：
−  第一の細胞タイプまたは第二の細胞タイプから選択される細胞の前駆細胞に個々の合成構築物を導入する段階；および
−  合成構築物を含有する細胞を前駆細胞から分化させる段階。
【請求項２５】
以下の段階を含む、第一のコドンおよび第二のコドンが同じアミノ酸をコードする、関心対象生物またはその一部において選択された表現型（「表現型選択性」）を産生するために第二のコドンの選択性と比較した第一のコドンの選択性を決定するための方法：
−  各々がレポーターポリヌクレオチドに機能的に接続された調節配列を含む、複数の合成構築物を提供する段階であって、第一の構築物のレポーターポリヌクレオチドが、第一のコドンの表現型選択性を問い合わせるために第一のコード配列を含み、第二の構築物のレポーターポリヌクレオチドが、第二のコドンの表現型選択性を問い合わせるための第二のコード配列を含み、第一および第二のコード配列が、レポータータンパク質を全体または部分的に定義する、選択された表現型または選択された表現型と同じクラスの表現型を産生する、または産生すると予想される、同じアミノ酸配列をコードして、第一のコード配列が、アミノ酸配列の1つまたは複数の位置で第一のアミノ酸をコードするために第一のコドンを含み、第二のコード配列が、アミノ酸配列の1つまたは複数の位置で第一のアミノ酸をコードするために第二のコドンを含み、ならびに第一および第二のコード配列は、アミノ酸配列における対応する位置で第一のアミノ酸をコードするための第一または第二のコドンの選び方が互いに異なり、ならびに、第一のコード配列が、第二のコード配列における第二の問い合わせコドンの数と同数の第一の問い合わせコドンを含む、段階；
−  試験生物が、関心対象生物と同じ種の生物、および関心対象生物に関連する生物からなる群より選択される、第一の試験生物またはその一部に第一の構築物を導入する段階；
−  第二の試験生物が第一の生物と同じタイプの生物である、第二の試験生物またはその一部に第二の構築物を導入する段階；
−  第一の試験生物またはその一部および第二の試験生物またはその一部によって表示される対応する表現型の質を決定する段階；ならびに
−  第一の試験生物またはその一部によっておよび第二の試験生物またはその一部によって表示される対応する表現型の質にそれぞれ基づいて、第一のコドンの表現型選択性および第二のコドンの表現型選択性を決定して、それによって関心対象生物またはその一部における第二のコドンの表現型選択性と比較した第一のコドンの表現型選択性を決定する段階。
【請求項２６】
関心対象生物またはその一部において個々の同義のコドンの表現型選択性の比較を決定する段階をさらに含む、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
以下の段階をさらに含む、請求項25記載の方法：
−  試験生物またはその一部の前駆体に個々の合成構築物を導入する段階；および
−  合成構築物を含有する非ヒト生物またはその一部を前駆体から生育させる段階。
【請求項２８】
さらに以下の段階を含む、請求項25記載の方法：
−  試験生物またはその一部の前駆体に個々の合成構築物を導入する段階；および
−  合成構築物を含有する細胞を含む非ヒト生物またはその一部を前駆体から生育させる段階。
【請求項２９】
以下の段階を含む、コードされるポリペプチドが、同じポリペプチドをコードする親ポリヌクレオチドより高いレベルで関心対象細胞において産生される、合成ポリヌクレオチドを構築する方法：
−  請求項17において定義される関心対象細胞と同じタイプの細胞における異なる同義のコドンの翻訳効率を決定して、それによって関心対象細胞における個々の同義のコドンの翻訳効率の比較を決定する段階；
−  翻訳効率の比較に従って関心対象細胞において第一のコドンより高い翻訳効率を示すことに基づいて選択される同義のコドンに交換するために親ポリヌクレオチドの第一のコドンを選択する段階；ならびに
−  第一のコドンを同義のコドンに交換して、合成ポリヌクレオチドを構築する段階。
【請求項３０】
同義のコドンが、問い合わせコドンとして第一のコドンを含む合成構築物から発現されたレポータータンパク質レベルより少なくとも約10％高いレベルでレポータータンパク質が関心対象細胞において発現される合成構築物における問い合わせコドンに対応することに基づいて選択される、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
以下の段階を含む、コードされるポリペプチドが、同じポリペプチドをコードする親ポリヌクレオチドより低いレベルで関心対象細胞において産生される、合成ポリヌクレオチドを構築する方法：
−  請求項17において定義されるように、関心対象細胞と同じタイプの細胞における異なる同義のコドンの翻訳効率を決定して、それによって関心対象細胞における個々の同義のコドンの翻訳効率の比較を決定する段階；
−  翻訳効率の比較に従って関心対象細胞において第一のコドンより低い翻訳効率を示すことに基づいて選択される同義のコドンに交換するために、親ポリヌクレオチドの第一のコドンを選択する段階；および
−  第一のコドンを同義のコドンに交換して、合成ポリヌクレオチドを構築する段階。
【請求項３２】
同義のコドンが、問い合わせコドンとして第一のコドンを含む合成構築物から発現されたレポータータンパク質レベルの90％を超えないレベルで関心対象細胞においてレポータータンパク質が発現される合成構築物における問い合わせコドンに対応することに基づいて選択される、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
以下の段階を含む、コードされるポリペプチドが、第二の細胞より第一の細胞においてより高いレベルで産生される、合成ポリヌクレオチドを構築する方法：
−  請求項22において定義されるように、第一の細胞と同じタイプの細胞において、および第二の細胞と同じ細胞タイプの細胞において異なる同義のコドンの翻訳効率を決定して、それによって第一の細胞および第二の細胞のあいだの個々の同義のコドンの翻訳効率の比較を決定する段階；
−  翻訳効率の比較に従って、第二の細胞より第一の細胞において高い翻訳効率を示すことに基づいて選択される同義のコドンに交換するために親ポリヌクレオチドの第一のコドンを選択する段階；ならびに
−  第一のコドンを同義のコドンに交換して、合成ポリヌクレオチドを構築する段階。
【請求項３４】
同義のコドンが、第二の細胞における同じ合成構築物から発現されたレポータータンパク質のレベルより少なくとも約10％高いレベルで、レポータータンパク質が第一の細胞において発現される合成構築物における問い合わせコドンと同じである、請求項28記載の方法。
【請求項３５】
以下の段階を含む、同じポリペプチドをコードする親ポリヌクレオチドによって付与される質とは異なる質で関心対象生物またはその一部に選択された表現型を付与するためにポリペプチドを産生することができる合成ポリヌクレオチドを構築する方法：
−  請求項25において定義されるように、関心対象生物と同じ種の生物および関心対象生物に関連する生物からなる群より選択される試験生物またはその一部において選択された表現型（「表現型選択性」）を産生するために異なる同義のコドンの選択性を決定して、それによって関心対象生物における個々の同義のコドンの表現型選択性の比較を決定する段階；
−  生物またはその一部における表現型選択性の比較において第一のコドンとは異なる表現型選択性を示すことに基づいて選択される同義のコドンに交換するために、親ポリヌクレオチドの第一のコドンを選択する段階；ならびに
−  第一のコドンを同義のコドンに交換して、合成ポリヌクレオチドを構築する段階。
【請求項３６】
合成ポリヌクレオチドが、親ポリヌクレオチドによって付与される質より高い質で選択された表現型を関心対象生物またはその一部に付与する、請求項35記載の方法。
【請求項３７】
同義のコドンが、問い合わせコドンとして第一のコドンを含む合成構築物によって付与される表現型の質より少なくとも約10％高い質で選択された表現型を関心対象生物またはその一部に付与する合成構築物における問い合わせコドンに対応することに基づいて選択される、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
合成ポリヌクレオチドが、親ポリヌクレオチドによって付与される質より低い質で選択された表現型を関心対象生物またはその一部に付与する、請求項35記載の方法。
【請求項３９】
同義のコドンが、問い合わせコドンとして第一のコドンを含む合成構築物によって付与される表現型の質の90％を超えない質で選択された表現型を関心対象生物またはその一部において付与する合成構築物における問い合わせコドンに対応することに基づいて選択される、請求項38記載の方法。