【手続補正書】
【提出日】平成22年11月19日(2010.11.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象から採取された生体試料におけるLY6Kの発現レベルを検出する段階を含む、食道癌細胞を検出するための方法であって、該遺伝子の正常対照発現レベルと比較して該試料の発現レベルの増大が、食道癌細胞であることを示す、食道癌細胞を検出する方法。
【請求項２】
試料の発現レベルが正常対照レベルを少なくとも10%上回る、請求項１記載の方法。
【請求項３】
食道癌が食道扁平上皮癌である、請求項１〜２のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
生体試料が上皮細胞を含む、請求項１記載の方法。
【請求項５】
生体試料が食道組織から得られた細胞を含む、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
生体試料が食道組織から得られた上皮細胞を含む、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
遺伝子発現レベルが、以下からなる群より選択される方法により決定される、請求項１〜６のいずれかに記載の方法：
(a) LY6KのmRNAの検出、
(b) LY6K遺伝子によってコードされるタンパク質の検出、及び
(c) LY6Kによってコードされるタンパク質の生物学的活性の検出。
【請求項８】
LY6K核酸又はポリペプチドと結合する試薬を含む食道癌細胞を検出するためのキット。
【請求項９】
対象から採取された血液試料中の癌のマーカーを検出する方法であって、以下の段階を含む方法：
(a) 対象から血液試料を採集する段階；
(b) 血液試料中のLY6Kレベルを決定する段階；
(c) 段階(b)で決定されたLY6Kレベルを正常対照のLY6Kレベルと比較する段階；及び
(d) 正常対照と比較して血液試料中のLY6Kレベルが高い場合、前記マーカーが、該対象が癌に罹患している疑いがあることを示す段階。
【請求項１０】
癌が食道癌及び/又は肺癌である、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
血液試料が全血、血清及び血漿からなる群より選択される、請求項９〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
LY6Kレベルが血清中のLY6Kタンパク質の検出によって決定される、請求項９〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
LY6Kタンパク質が免疫測定法によって検出される、請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
免疫測定法が、LY6Kタンパク質と、LY6Kタンパク質のSEQ ID NO: 18又はSEQ ID NO:19のアミノ酸配列において該タンパク質に結合する抗体とを結合させる段階を含む、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
免疫測定法がELISAである、請求項１３記載の方法。
【請求項１６】
ELISAがサンドイッチ法である、請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
(e) 癌のマーカーとして、血液試料における1つ又は複数のその他の癌関連タンパク質のレベルを決定する段階；
(f) 段階(e)において決定されたタンパク質レベルを正常対照レベルと比較する段階；並びに
(g) 正常対照と比較して血液試料におけるその他の癌関連タンパク質レベルが高い場合、該マーカーが、対象が癌に罹患している疑いがあることを示す段階、
をさらに含む、請求項９〜１６のいずれかに記載の方法。 
【請求項１８】
癌関連タンパク質がCEA及びCYFRA21-1の一方又は両方である、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
(a) 血液試料におけるLY6Kレベルを決定するための免疫測定試薬；及び
(b) LY6Kに対する陽性対照試料
を含む、癌を検出するためのキット。
【請求項２０】
癌が食道癌及び/又は肺癌である、請求項１９記載のキット。
【請求項２１】
陽性対照試料が液体形態である、請求項１９〜２０のいずれかに記載のキット。
【請求項２２】
陽性対照試料が正常レベルより高いLY6Kを含む血液試料である、請求項１９〜２１のいずれかに記載のキット。
【請求項２３】
免疫測定試薬が、SEQ ID NO: 18又は19を含むアミノ酸配列を認識する抗体である、請求項１９〜２２のいずれかに記載のキット。
【請求項２４】
(c) 血液試料における1つ又は複数のその他の癌関連タンパク質のレベルを決定するための免疫測定試薬；並びに
(d) その他の癌関連タンパク質に対する陽性対照
をさらに含む、請求項１９〜２３のいずれかに記載のキット。
【請求項２５】
癌関連タンパク質がCEA及びCYFRA21-1の一方又は両方である、請求項２４記載のキット。
【請求項２６】
以下の段階を含む、がん患者の予後の評価の指標を検出する方法：
(a) 患者から採取された生体試料におけるLY6K遺伝子の発現レベルを検出する段階；
(b) 検出した発現レベルを対照レベルと比較する段階；及び
(c) 段階(b)の比較を、患者の予後の評価と関連付ける段階。
【請求項２７】
対照レベルが予後良好の対照レベルであり、対照レベルと比較して増大した発現レベルが予後不良と判定される、請求項２６記載の方法。
【請求項２８】
増大が対照レベルを少なくとも１０％上回る、請求項２７記載の方法。
【請求項２９】
発現レベルが、以下からなる群より選択されるいずれか一つの方法によって決定される、請求項２６〜２８のいずれかに記載の方法：
(a) LY6K遺伝子のmRNAの検出；
(b) LY6Kタンパク質の検出；及び
(c) LY6Kタンパク質の生物学的活性の検出。
【請求項３０】
プローブとLY6K遺伝子の遺伝子転写物とのハイブリダイゼーションの検出によって発現レベルが決定される、請求項２６〜２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
ハイブリダイゼーション段階がDNAアレイ上で行われる、請求項３０記載の方法。
【請求項３２】
LY6K遺伝子の発現レベルとLY6Kタンパク質に対する抗体の結合とを関連づけることによって発現レベルが決定される、請求項２６〜２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３３】
抗体がSEQ ID NO: 18又は19を含むアミノ酸配列を認識する、請求項３２記載の方法。
【請求項３４】
生体試料が痰又は血液を含む、請求項２６〜３３のいずれかに記載の方法。
【請求項３５】
癌が食道癌及び/又は肺癌である、請求項２６〜３４のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
以下からなる群より選択される試薬を含む、癌患者の予後を評価するためのキット：
(a) LY6K遺伝子のmRNAを検出するための試薬；
(b) LY6Kタンパク質を検出するための試薬；及び
(c) LY6Kタンパク質の生物学的活性を検出するための試薬。
【請求項３７】
試薬がLY6Kタンパク質に対する抗体である、請求項３６記載のキット。
【請求項３８】
抗体がSEQ ID NO: 18又は19を含むアミノ酸配列を認識する、請求項３７記載のキット。
【請求項３９】
癌が食道癌及び/又は肺癌である、請求項３６〜３８のいずれかに記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２１】
上述した具体的な目標と目的に関して、本発明の1つ以上の局面がある目的を満たすことができる一方、1つ以上の他の局面が他のある目的を満たすことができると当業者によって理解されるだろう。各目的は、全ての点で、本発明の全ての側面に等しく適用されなくてもよい。そういうものとして、本明細書の対象物は、本発明の任意の1局面に関する代替手段と見ることができる。本発明のその他の対象物及び特徴は、以下の詳細な説明が添付の図及び実施例と併せて読まれることで、より十分に明らかになるだろう。しかしながら、本発明の前記の概要及び以下の詳細な説明は両方とも好ましい態様のものであり、本発明又は本発明の他の代わりの態様を制限するものではないことが理解されるべきである。具体的には、本発明は幾つかの特定の態様を参照して本明細書に記載されるが、その記載は本発明の実例であり、本発明を制限するものとしてはみなされない。添付の特許請求の範囲によって記載されるように、本発明の精神及び範囲から逸脱しない範囲で、当業者は様々な改良及び適用を行ってもよい。同様に、本発明の他の対象物、特徴、利益及び利点は、以下に記載される本概要及び特定の態様から明らかであり、当業者には容易に明らかであるだろう。そのような対象物、特徴、利益及び利点は、本明細書に援用される参考文献を考慮して、あるいは単独で、添付の実施例、データ、図面及びそれらからの適切な推論全てと併せて、上述のことより明らかとなるであろう。
[請求項101]
対象由来の生体試料におけるLY6Kの発現レベルを検出する段階を含む、対象において食道癌又は食道癌を発症する素因を診断するための方法であって、該遺伝子の正常対照発現レベルと比較して該試料の発現レベルが増大していることにより、該対象が食道癌に罹患しているか又は食道癌の発症リスクを有することが示される方法。
[請求項102]
試料の発現レベルが正常対照レベルを少なくとも10%上回る、請求項101記載の方法。
[請求項103]
食道癌が食道扁平上皮癌である、請求項101記載の方法。
[請求項104]
生体試料が上皮細胞を含む、請求項101記載の方法。
[請求項105]
生体試料が食道癌細胞を含む、請求項101記載の方法。
[請求項106]
生体試料が食道癌由来の上皮細胞を含む、請求項101記載の方法。
[請求項107]
遺伝子発現レベルが、以下からなる群より選択される方法により決定される、請求項101記載の方法:
(a) LY6KのmRNAの検出、
(b) LY6K遺伝子によってコードされるタンパク質の検出、及び
(c) LY6Kによってコードされるタンパク質の生物学的活性の検出。
[請求項108]
肺癌又は食道癌を治療又は予防するための化合物をスクリーニングする方法であって、以下の段階を含む方法:
(a) 試験化合物とLY6Kによってコードされるポリペプチドを接触させる段階;
(b) 該ポリペプチドと試験化合物との間の結合活性を検出する段階;及び
(c) 該ポリペプチドに結合する試験化合物を選択する段階。
[請求項109]
肺癌又は食道癌を治療又は予防するための化合物をスクリーニングする方法であって、以下の段階を含む方法:
(a) 候補化合物をLY6Kを発現する細胞と接触させる段階;並びに
(b) 候補化合物の非存在下で検出される発現レベルと比較して、LY6Kの発現レベルを低下させる候補化合物を選択する段階。
[請求項110]
細胞が肺癌細胞又は食道癌細胞を含む、請求項109記載の方法。
[請求項111]
肺癌又は食道癌を治療又は予防するための化合物をスクリーニングする方法であって、以下の段階を含む方法:
(a) 試験化合物をLY6Kによってコードされるポリペプチドと接触させる段階;
(b) 段階(a)のポリペプチドの生物学的活性を検出する段階;並びに
(c) 試験化合物の非存在下で検出される該ポリペプチドの生物学的活性と比較して、LY6Kによってコードされるポリペプチドの生物学的活性を抑制する試験化合物を選択する段階。
[請求項112]
ポリペプチドの生物学的活性が細胞増殖活性である、請求項111記載の方法。
[請求項113]
肺癌又は食道癌を治療又は予防するための化合物をスクリーニングする方法であって、以下の段階を含む方法:
(a) 候補化合物を、LY6Kの転写調節領域及び該転写調節領域の制御下で発現される
レポーター遺伝子を含むベクターが導入された細胞と接触させる段階;
(b) 該レポーター遺伝子の発現レベル又は活性を測定する段階;並びに
(c) 候補化合物の非存在下で検出される発現レベル又は活性と比較して、該レポーター遺伝子の発現レベル又は活性を低下させる候補化合物を選択する段階。
[請求項114]
対象における食道癌を治療又は予防する方法であって、LY6Kのコード配列に相補的なヌクレオチド配列を含むアンチセンス組成物を対象に投与する段階を含む方法。
[請求項115]
対象における食道癌を治療又は予防するための方法であって、LY6Kによってコードされるタンパク質に結合する抗体、又はその免疫学的活性断片の薬学的有効量を、該対象に投与する段階を含む方法。
[請求項116]
LY6Kに対するアンチセンスポリヌクレオチドの薬学的有効量を含む、食道癌を治療又は予防するための組成物。
[請求項117]
LY6Kによってコードされるタンパク質に結合する抗体又はその免疫学的活性断片の薬学的有効量を含む、食道癌を治療又は予防するための組成物。
[請求項118]
対象における癌を診断するための方法であって、以下の段階を含む方法:
(a) 診断される対象から血液試料を採集する段階;
(b) 血液試料中のLY6Kレベルを決定する段階;
(c) 段階(b)で決定されたLY6Kレベルを正常対照のLY6Kレベルと比較する段階;及び
(d) 正常対照と比較して血液試料中のLY6Kレベルが高いことが、該対象が癌に罹患していることを示すと判定する段階。
[請求項119]
癌が食道癌及び/又は肺癌である、請求項118記載の方法。
[請求項120]
血液試料が全血、血清及び血漿からなる群より選択される、請求項118記載の方法。
[請求項121]
LY6Kレベルが血清中のLY6Kタンパク質の検出によって決定される、請求項118記載の方法。
[請求項122]
LY6Kタンパク質が免疫測定法によって検出される、請求項121記載の方法。
[請求項123]
免疫測定法が、LY6Kタンパク質と、LY6Kタンパク質のSEQ ID NO: 18又はSEQ ID NO:19のアミノ酸配列において該タンパク質に結合する抗体とを結合させる段階を含む、請求項122記載の方法。
[請求項124]
免疫測定法がELISAである、請求項122記載の方法。
[請求項125]
ELISAがサンドイッチ法である、請求項124記載の方法。
[請求項126]
(e) 血液試料における1つ又は複数のその他の癌関連タンパク質のレベルを決定する
段階;
(f) 段階(e)において決定されたタンパク質レベルを正常対照レベルと比較する段階;
並びに
(g) 正常対照と比較して血液試料におけるその他の癌関連タンパク質レベルが高いことにより対象が癌に罹患していることが示されると判断する段階、
をさらに含む、請求項118記載の方法。 
[請求項127]
癌関連タンパク質がCEA及びCYFRA21-1の一方又は両方である、請求項126記載の方法。
[請求項128]
(a) 血液試料におけるLY6Kレベルを決定するための免疫測定試薬;及び
(b) LY6Kに対する陽性対照試料
を含む、癌を検出するためのキット。
[請求項129]
癌が食道癌及び/又は肺癌である、請求項128記載のキット。
[請求項130]
陽性対照試料がLY6Kに対して陽性である、請求項129記載のキット。
[請求項131]
陽性対照試料が液体形態である、請求項130記載のキット。
[請求項132]
陽性対照試料が正常レベルより高いLY6Kを含む血液試料である、請求項131記載のキット。
[請求項133]
免疫測定試薬が、SEQ ID NO: 18又は19を含むアミノ酸配列を認識する抗体である、請求項128記載のキット。
[請求項134]
(c) 血液試料における1つ又は複数のその他の癌関連タンパク質のレベルを決定するための免疫測定試薬;並びに
(d) その他の癌関連タンパク質に対する陽性対照
をさらに含む、請求項128記載のキット。
[請求項135]
癌関連タンパク質がCEA及びCYFRA21-1の一方又は両方である、請求項134記載のキット。
[請求項136]
以下の段階を含む、がん患者の予後を評価するための方法:
(a) 患者由来の生体試料におけるLY6K遺伝子の発現レベルを検出する段階;
(b) 検出した発現レベルを対照レベルと比較する段階;及び
(c) 段階(b)の比較に基づいて患者の予後を判定する段階。
[請求項137]
対照レベルが予後良好の対照レベルであり、対照レベルと比較して増大した発現レベルが予後不良と判定される、請求項136記載の方法。
[請求項138]
増大が対照レベルを少なくとも10%上回る、請求項137記載の方法。
[請求項139]
発現レベルが、以下からなる群より選択されるいずれか一つの方法によって決定される、請求項136記載の方法:
(a) LY6K遺伝子のmRNAの検出;
(b) LY6Kタンパク質の検出;及び
(c) LY6Kタンパク質の生物学的活性の検出。
[請求項140]
プローブとLY6K遺伝子の遺伝子転写物とのハイブリダイゼーションの検出によって発現レベルが決定される、請求項136記載の方法。
[請求項141]
ハイブリダイゼーション段階がDNAアレイ上で行われる、請求項140記載の方法。
[請求項142]
LY6K遺伝子の発現レベルとLY6Kタンパク質に対する抗体の結合とを関連づけることによって発現レベルが決定される、請求項136記載の方法。
[請求項143]
抗体がSEQ ID NO: 18又は19を含むアミノ酸配列を認識する、請求項142記載の方法。
[請求項144]
生体試料が痰又は血液を含む、請求項136記載の方法。
[請求項145]
癌が食道癌及び/又は肺癌である、請求項136記載の方法。
[請求項146]
以下からなる群より選択される試薬を含む、癌患者の予後を評価するためのキット:
(a) LY6K遺伝子のmRNAを検出するための試薬;
(b) LY6Kタンパク質を検出するための試薬;及び
(c) LY6Kタンパク質の生物学的活性を検出するための試薬。
[請求項147]
試薬がLY6Kタンパク質に対する抗体である、請求項146記載のキット。
[請求項148]
抗体がSEQ ID NO: 18又は19を含むアミノ酸配列を認識する、請求項147記載のキット。
[請求項149]
癌が食道癌及び/又は肺癌である、請求項146記載のキット。
[請求項150]
LY6K低分子干渉RNA(siRNA)組成物を対象に投与する段階を含む、対象における食道癌及び/又は非小細胞肺癌を治療又は予防するための方法。
[請求項151]
LY6K siRNAがSEQ ID NO: 11のヌクレオチド配列を標的配列として含む、請求項150記載の方法。
[請求項152]
siRNAが一般式5'-[A]-[B]-[A']-3を有し、式中、[A]がSEQ ID NO: 11のヌクレオチド配列に対応するリボヌクレオチド配列であり;[B]が3〜23ヌクレオチドからなるリボヌクレオチド配列であり;かつ[A']が[A]に相補的なリボヌクレオチド配列である、請求項151記載の方法。
[請求項153]
センス鎖及びアンチセンス鎖を含む二本鎖分子であって、センス鎖がSEQ ID NO: 11の全配列又は部分的配列を含むLY6K標的配列に対応するリボヌクレオチド配列を含み、アンチセンス鎖が該センス鎖に相補的なリボヌクレオチド配列を含み、該センス鎖及び該アンチセンス鎖が互いにハイブリダイズして該二本鎖分子を形成し、LY6K遺伝子を発現する細胞に導入された場合に該遺伝子の発現を阻害する、二本鎖分子。
[請求項154]
LY6K標的配列がSEQ ID NO: 11のヌクレオチド配列の少なくとも10個の連続したヌクレオチドを含む、請求項153記載の二本鎖分子。
[請求項155]
LY6K標的配列がSEQ ID NO: 1のヌクレオチド配列の約19〜25個の連続したヌクレオチドを含む、請求項153記載の二本鎖分子。
[請求項156]
二本鎖分子が、一本鎖リボヌクレオチド配列を介して連結したセンス鎖及びアンチセンス鎖を含む単一のリボヌクレオチド転写物である、請求項153記載の二本鎖分子。
[請求項157]
二本鎖分子が約19〜25ヌクレオチドの長さのオリゴヌクレオチドである、請求項153記載の二本鎖ポリヌクレオチド。
[請求項158]
請求項153記載の二本鎖分子をコードするベクター。
[請求項159]
ベクターがセンス鎖及びアンチセンス鎖を連結する一本鎖リボヌクレオチドをさらに含む転写物をコードする、請求項158記載のベクター。
[請求項160]
センス鎖核酸とアンチセンス鎖核酸の組み合わせを含むポリヌクレオチドを含むベクターであって、該センス鎖核酸がSEQ ID NO: 11を含み、かつ該アンチセンス鎖核酸がセンス鎖に相補的な配列からなる、請求項158記載のベクター。
[請求項161]
ポリヌクレオチドが一般式5'-[A]-[B]-[A']-3'を有し、式中、[A]がSEQ ID NO: 11のヌクレオチド配列であり;[B]が3〜23ヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり;かつ[A']が[A]に相補的なヌクレオチド配列である、請求項160記載のベクター。
[請求項162]
活性成分としてのLY6K低分子干渉RNA(siRNA)の薬学的有効量、及び薬学的に許容される担体を含む、非小細胞肺癌及び食道癌のいずれか一方あるいは両方を治療又は予防するための薬学的組成物。
[請求項163]
LY6K siRNAがSEQ ID NO: 11のヌクレオチド配列を標的配列として含む、請求項162記載の薬学的組成物。
[請求項164]
siRNAが一般式5'-[A]-[B]-[A']-3'を有し、式中、[A]がSEQ ID NO: 11のヌクレオチド配列に対応するリボヌクレオチド配列であり;[B]が3〜23ヌクレオチドからなるリボヌクレオチド配列であり;かつ[A']が[A]に相補的なリボヌクレオチド配列である、請求項163記載の組成物。
[請求項165]
非小細胞肺癌及び食道癌のいずれか一方又は両方を治療又は予防するためのLY6Kタンパク質、又は該タンパク質をコードするLY6K遺伝子。
[請求項166]
非小細胞肺癌及び食道癌のいずれか一方又は両方を治療又は予防するためのsiRNA、又は該siRNAを発現するベクター。