【手続補正書】
【提出日】平成23年5月20日(2011.5.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被検体における狼瘡の存在を検出するか又は、被検体が狼瘡を発達させるリスクにあるか否かを評価する方法であって、被検体から得た生体試料において、狼瘡の発達か又は狼瘡を発達させるリスクを示す遺伝子シグネチャーの存在を検出することを含み、このとき該遺伝子シグネチャーがｒｓ７５７４８６５、ｒｓ１０４８８６３１、ｒｓ４９６３１２８、ｒｓ２２６９３６８、ｒｓ６８８９２３９、ｒｓ５７５４２１７、ｒｓ１８０１２７４、ｒｓ１１４３６７９、ｒｓ６５６８４３１、ｒｓ３１２９８６０、ｒｓ２１８７６６８、ｒｓ１３２７７１１３、ｒｓ２４７６６０１、ｒｓ１０５１６４８７、ｒｓ１０４８９２６５、ｒｓ２３９１５９２、ｒｓ６４４５９７５及びｒｓ２４３１６９７からなる群から選択される一又は複数の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含むものである方法。
【請求項２】
前記遺伝子シグネチャーがｒｓ７５７４８６５、ｒｓ１０４８８６３１、ｒｓ４９６３１２８、ｒｓ２２６９３６８、ｒｓ６８８９２３９、ｒｓ５７５４２１７、ｒｓ１８０１２７４及びｒｓ１１４３６７９からなる群から選択される一又は複数のＳＮＰを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子シグネチャーがｒｓ６５６８４３１、ｒｓ３１２９８６０、ｒｓ２１８７６６８、ｒｓ１３２７７１１３、ｒｓ２４７６６０１、ｒｓ１０５１６４８７及びｒｓ１０４８９２６５からなる群から選択される一又は複数のＳＮＰを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記遺伝子シグネチャーがｒｓ２３９１５９２、ｒｓ６４４５９７５及びｒｓ２４３１６９７からなる群から選択される一又は複数のＳＮＰを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
遺伝子シグネチャーが、２以上のＳＮＰ、３以上のＳＮＰ、４以上のＳＮＰ、５以上のＳＮＰ、６以上のＳＮＰ、７以上のＳＮＰ、８以上のＳＮＰ、９以上のＳＮＰ、１０以上のＳＮＰ、１１以上のＳＮＰ、１２以上のＳＮＰ、１３以上のＳＮＰ、１４以上のＳＮＰ、１５以上のＳＮＰ、１６以上のＳＮＰ、１７以上のＳＮＰを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
被検体における狼瘡の存在を検出するか、又は被検体における狼瘡の診断又は予後予測を補助する方法であって、被検体から得た生体試料由来のＰＲＯ又はＰＲＯ関連のポリヌクレオチド内でのバリエーションの存在を検出することを含み、
このとき(a) 該生体試料がバリエーションを含むＰＲＯ又はＰＲＯ関連のポリヌクレオチドを含むことがわかっているか、又は含むことが予測されるものであり、
(b) 該バリエーションが遺伝子又は遺伝子の制御領域をコードするゲノムＤＮＡ内にあり、このそれぞれの遺伝子又は遺伝子の制御領域が請求項１に記載の一又は複数のＳＮＰを含むものであり、
バリエーションの存在が、被検体での狼瘡又は被検体での狼瘡の状態ないし症状の存在又は予後を示す方法。
【請求項７】
哺乳動物の狼瘡のサブ分類方法であって、哺乳動物から得た生体試料において、請求項１に記載の一又は複数のＳＮＰの位置に対応するヌクレオチド位置でのＰＲＯ関連のポリヌクレオチド内のバリエーションの存在を検出することを含み、このとき該生体試料がバリエーションを含むＰＲＯ又はＰＲＯ関連のポリヌクレオチドを含むことがわかっているか含むことが予測されるものである方法。
【請求項８】
検出には、プライマー伸展アッセイ；対立遺伝子特異的なプライマー伸長アッセイ；対立遺伝子特異的なヌクレオチド取込みアッセイ；対立遺伝子特異的なオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ；５'ヌクレアーゼアッセイ；分子ビーコンを用いたアッセイ；及びオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイから選択される工程を実施することが含まれる、請求項６又は７に記載の方法。
【請求項９】
狼瘡を有する被検体が狼瘡治療薬に応答するか否かを予測するための方法であって、該被検体が請求項１に記載の一又は複数のＳＮＰの位置に対応するヌクレオチド位置でＰＲＯ関連のポリヌクレオチド内にバリエーションを含むか否かを決定することを含み、このときバリエーションがある場合に被検体が該治療薬に応答するであろうことが示される方法。
【請求項１０】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ７５７４８６５、ｒｓ１０４８８６３１、ｒｓ４９６３１２８、ｒｓ２２６９３６８、ｒｓ６８８９２３９、ｒｓ５７５４２１７、ｒｓ１８０１２７４及びｒｓ１１４３６７９からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ６５６８４３１、ｒｓ３１２９８６０、ｒｓ２１８７６６８、ｒｓ１３２７７１１３、ｒｓ２４７６６０１、ｒｓ１０５１６４８７及びｒｓ１０４８９２６５からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ２３９１５９２、ｒｓ６４４５９７５及びｒｓ２４３１６９７からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
患者サブ集団の狼瘡を治療するために有効な治療薬の同定方法であって、薬剤の有効性を、患者サブ集団の単一ヌクレオチド多型(ＳＮＰ)に対応するヌクレオチド位置での遺伝子バリエーションの存在と相関させることを含み、このときＳＮＰが請求項１に記載の一又は複数のＳＮＰであり、それによって該薬剤が該患者サブ集団の狼瘡を治療するために有効であると同定される方法。
【請求項１４】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ７５７４８６５、ｒｓ１０４８８６３１、ｒｓ４９６３１２８、ｒｓ２２６９３６８、ｒｓ６８８９２３９、ｒｓ５７５４２１７、ｒｓ１８０１２７４及びｒｓ１１４３６７９からなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ６５６８４３１、ｒｓ３１２９８６０、ｒｓ２１８７６６８、ｒｓ１３２７７１１３、ｒｓ２４７６６０１、ｒｓ１０５１６４８７及びｒｓ１０４８９２６５からなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ２３９１５９２、ｒｓ６４４５９７５及びｒｓ２４３１６９７からなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
狼瘡の治療のための薬剤であって、このとき該治療が、請求項１に記載の一又は複数のＳＮＰの位置に対応するヌクレオチド位置でのＰＲＯ関連のポリヌクレオチド内にバリエーションを有することが決定された患者の治療である薬剤。
【請求項１８】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ７５７４８６５、ｒｓ１０４８８６３１、ｒｓ４９６３１２８、ｒｓ２２６９３６８、ｒｓ６８８９２３９、ｒｓ５７５４２１７、ｒｓ１８０１２７４及びｒｓ１１４３６７９からなる群から選択される、請求項１７に記載の薬剤。
【請求項１９】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ６５６８４３１、ｒｓ３１２９８６０、ｒｓ２１８７６６８、ｒｓ１３２７７１１３、ｒｓ２４７６６０１、ｒｓ１０５１６４８７及びｒｓ１０４８９２６５からなる群から選択される、請求項１７に記載の薬剤。
【請求項２０】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ２３９１５９２、ｒｓ６４４５９７５及びｒｓ２４３１６９７からなる群から選択される、請求項１７に記載の薬剤。
【請求項２１】
それぞれＰＲＯ関連のポリヌクレオチドの領域に対立遺伝子特異的にハイブリダイゼーションすることができる複数の核酸分子を含む組成物であって、該領域が請求項１に記載の一又は複数のＳＮＰの位置に対応するヌクレオチド位置に遺伝子バリエーションを含むものである、組成物。
【請求項２２】
前記核酸分子が、ｒｓ７５７４８６５、ｒｓ１０４８８６３１、ｒｓ４９６３１２８、ｒｓ２２６９３６８、ｒｓ６８８９２３９、ｒｓ５７５４２１７、ｒｓ１８０１２７４、ｒｓ１１４３６７９、ｒｓ６５６８４３１、ｒｓ３１２９８６０、ｒｓ２１８７６６８、ｒｓ１３２７７１１３、ｒｓ２４７６６０１、ｒｓ１０５１６４８７、ｒｓ１０４８９２６５、ｒｓ２３９１５９２、ｒｓ６４４５９７５及びｒｓ２４３１６９７からなる群から選択される一又は複数のＳＮＰに対応する遺伝子バリエーションを含む一組の標的領域にハイブリダイゼーションすることができる、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ７５７４８６５、ｒｓ１０４８８６３１、ｒｓ４９６３１２８、ｒｓ２２６９３６８、ｒｓ６８８９２３９、ｒｓ５７５４２１７、ｒｓ１８０１２７４及びｒｓ１１４３６７９からなる群から選択される、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２４】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ６５６８４３１、ｒｓ３１２９８６０、ｒｓ２１８７６６８、ｒｓ１３２７７１１３、ｒｓ２４７６６０１、ｒｓ１０５１６４８７及びｒｓ１０４８９２６５からなる群から選択される、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２５】
一又は複数のＳＮＰがｒｓ２３９１５９２、ｒｓ６４４５９７５及びｒｓ２４３１６９７からなる群から選択される、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２６】
被検体における狼瘡の存在を検出するか又は、被検体が狼瘡を発達させるリスクにあるか否かを評価する方法であって、被検体から得た生体試料において、狼瘡の発達か又は狼瘡を発達させるリスクを示す遺伝子シグネチャーの存在を検出することを含み、このとき該遺伝子シグネチャーがＩＲＦ５、ＰＨＲＦ１／ＩＲＦ７、ＩＲＡＫ１／ＭＥＣＰ２、ＴＮＩＰ１、ＵＢＥ２Ｌ３、ＦＣＧＲ２Ａ、ＳＴＡＴ４及びＩＴＧＡＭを含む一組の遺伝子と関連する一組のＳＮＰを含むものである方法。
【請求項２７】
被検体における狼瘡の存在を検出するか又は、被検体が狼瘡を発達させるリスクにあるか否かを評価する方法であって、被検体から得た生体試料において、狼瘡の発達か又は狼瘡を発達させるリスクを示す遺伝子シグネチャーの存在を検出することを含み、このとき該遺伝子シグネチャーがＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＢＬＫ、ＰＴＰＮ２２、ＢＡＮＫ１及びＴＮＦＳＦ４を含む一組の遺伝子と関連する一組のＳＮＰを含むものである方法。
【請求項２８】
被検体における狼瘡の存在を検出するか又は、被検体が狼瘡を発達させるリスクにあるか否かを評価する方法であって、被検体から得た生体試料において、狼瘡の発達か又は狼瘡を発達させるリスクを示す遺伝子シグネチャーの存在を検出することを含み、このとき該遺伝子シグネチャーがＪＡＺＦ１、ＰＸＫ及びＰＴＴＧ１を含む一組の遺伝子と関連する一組のＳＮＰを含むものである方法。