【手続補正書】
【提出日】平成23年5月19日(2011.5.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト個体における乳癌に対する感受性を判定する方法であって、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が、前記個体から入手した核酸試料または前記個体由来の遺伝子型のデータセットに存在するかどうかを判定する工程を含み、前記少なくとも１つの多型マーカーは、ｒｓ１０９４１６７９（配列番号２３６）、およびｒｓ４４１５０８４（配列番号２３５）、ならびにそれらと連鎖不平衡のマーカーから選択され、かつ、前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在は前記個体についての乳癌に対する感受性を示す方法。
【請求項２】
ｒｓ４４１５０８４（配列番号２３５）における対立遺伝子Ｔ、またはｒｓ１０９４１６７９（配列番号２３６）における対立遺伝子Ｇの存在は、前記個体における乳癌に対する増加した感受性を示す請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記個体から入手した核酸試料または前記個体由来の遺伝子型のデータセット中の、乳癌の少なくとも１つの高い浸透性の遺伝要因の存在または不存在を判定する工程をさらに含み、
前記高い浸透性の遺伝要因は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＴＰ５３および／またはＰＴＥＮ遺伝子の変異である請求項１または２記載の方法。
【請求項４】
ヒト個体における乳癌に対する感受性を評価するためのキットであって、前記キットは、前記個体のゲノム中の少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子を選択的に検出するための試薬を含み、前記多型マーカーは、ｒｓ１０９４１６７９（配列番号２３６）、およびｒｓ４４１５０８４（配列番号２３５）、ならびにそれらと連鎖不平衡のマーカーから選択され、前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在は乳癌に対する感受性を示すキット。
【請求項５】
前記試薬は、前記少なくとも１つの多型マーカーを含む前記個体のゲノム断片にハイブリダイズする少なくとも１つの近接するオリゴヌクレオチド、バッファーおよび検出可能な標識を含み、
前記試薬は、前記被験者から入手したゲノムの核酸分節の逆ストランドにハイブリダイズする少なくとも１つのオリゴヌクレオチド対を任意にさらに含み、各オリゴヌクレオチドプライマー対は、１つの多型マーカーを含む前記個体のゲノム断片を選択的に増幅するように設計され、かつ、前記断片は大きさが少なくとも３０塩基対である請求項４記載のキット。
【請求項６】
ヒト個体の乳癌の遺伝的指標を判定する装置であって、
コンピューター可読メモリ、および
前記コンピューター可読メモリ上に保存されたルーチンを含み、
前記ルーチンは、ｒｓ１０９４１６７９（配列番号２３６）、およびｒｓ４４１５０８４（配列番号２３５）、ならびにそれらと連鎖不平衡のマーカーから選択される少なくとも１つの多型マーカーについて少なくとも１人のヒト個体についてマーカーおよび／またはハプロタイプ情報を分析し、かつ、前記マーカーまたはハプロタイプの情報に基づいて結果を生じるために、プロセッサ上で実行されるように適合され、前記結果は、前記少なくとも１つのマーカーまたはハプロタイプの個体のリスク判定を、前記ヒト個体についての乳癌の遺伝的指標として含む装置。
【請求項７】
前記ルーチンは、前記少なくとも１つのマーカーの対立遺伝子および／またはハプロタイプに関連する乳癌のリスク判定をさらに含み、前記リスク判定は、乳癌と診断された複数の個体における少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子および／またはハプロタイプの頻度と、複数の参照個体における少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子および／またはハプロタイプの頻度の指標との比較に基づき、かつ、前記ヒト個体の個体のリスクは、前記少なくとも１つのマーカーの対立遺伝子および／またはハプロタイプについての前記個体の保有状態と、前記少なくとも１つのマーカーの対立遺伝子および／またはハプロタイプについてのリスク判定との比較に基づく、請求項６記載の装置。
【請求項８】
乳癌に対する感受性の評価での使用のためのマーカーの同定方法であって、前記方法は、
（ａ）ｒｓ１０９４１６７９（配列番号２３６）、およびｒｓ４４１５０８４（配列番号２３５）の少なくとも１つと連鎖不平衡の少なくとも１つの多型マーカーを同定する工程と、
（ｂ）乳癌と診断された個体の試料、または乳癌に対する感受性を有する個体の試料の遺伝子型の状態を判定する工程と、
（ｃ）対照個体の試料の遺伝子型の状態を判定する工程と
を含み、前記対照試料における前記少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した場合の、乳癌と診断された個体または乳癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性の少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の有意差は、前記少なくとも１つの多型性が乳癌に対する感受性の評価に有用であることを示す方法。
【請求項９】
前記対照試料における前記少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した場合の、乳癌と診断された個体または乳癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性における前記少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の増加は、前記少なくとも１つの多型性が乳癌に対する増加した感受性の評価に有用であることを示し、
前記対照試料における前記少なくとも１つの対立遺伝子の頻度と比較した場合の、乳癌と診断された個体または乳癌に対する感受性を有する個体における少なくとも１つの多型性における少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の減少は、前記少なくとも１つの多型性が、乳癌に対する減少した感受性、または乳癌に対する保護の評価に有用であることを示す請求項８記載の方法。
【請求項１０】
ヒト個体から入手した核酸試料の遺伝子型を同定する方法であって、少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子が前記個体試料から得た核酸試料に存在しているかどうかを判定する工程を含み、前記少なくとも１つのマーカーは、ｒｓ１０９４１６７９（配列番号２３６）、およびｒｓ４４１５０８４（配列番号２３５）、ならびにそれらと連鎖不平衡のマーカーから選択され、かつ、前記試料における前記少なくとも１つの対立遺伝子の存在の判定は、前記個体における乳癌に対する感受性を示す方法。
【請求項１１】
ヒト個体における乳癌に対する感受性の診断および／または評価のための試薬の製造におけるオリゴヌクレオチドプローブの使用であって、前記プローブは、配列番号１〜２１９、配列番号２３５、および配列番号２３６のいずれか１つに記載されるヌクレオチド配列を有する核酸分節にハイブリダイズし、前記プローブは、長さが１５〜５００ヌクレオチドである使用。
【請求項１２】
（ａ）少なくとも１つの多型マーカーについての識別子、
（ｂ）乳癌と診断された複数の個体における前記少なくとも１つの多型マーカーの少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の指標、および
（ｃ）複数の参照個体における前記少なくとも１つの多型マーカーの前記少なくとも１つの対立遺伝子の頻度の指標、が保存されたコンピューター可読媒体であって、
前記少なくとも１つの多型マーカーは、ｒｓ１０９４１６７９（配列番号２３６）、ｒｓ４４１５０８４（配列番号２３５）、およびｒｓ１２１９６４８（配列番号２３７）、ならびにそれらと連鎖不平衡の多型マーカーから選択されるコンピューター可読媒体。
【請求項１３】
前記乳癌が、エストロゲン受容体陽性の乳癌またはプロゲステロン受容体陽性の乳癌である請求項１〜１２いずれか１項に記載の方法、キット、使用、媒体または装置。
【請求項１４】
マーカー間の連鎖不平衡は、少なくとも０．２のｒ２値によって特徴付けられる請求項１〜１３いずれか１項に記載の方法、キット、使用、媒体または装置。
【請求項１５】
前記多型マーカーは、表１２および表１３に記載されるマーカーから選択される請求項１４記載の方法、キット、使用、媒体または装置。