【手続補正書】
【提出日】平成23年9月1日(2011.9.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
分子の３次元構造の集団を表すデータを生成するためのコンピュータ実行方法であって、前記分子が少なくとも１つの結合で連結された第一および第二の原子を含み、前記結合が関連角を有し、かつ前記角が変動して前記分子の３次元構造を複数生成し、前記方法が、
前記角の可変性を示すデータを含む、前記分子を表すデータを受け取ることと、
前記角が前記可変性に基づいて選択された関連値を有するように、構造の集団を生成することと、を含む方法。
【請求項２】
分子の３次元構造の可変性をシミュレートするためのコンピュータ実行方法であって、前記分子が少なくとも１つの結合で連結された第一および第二の原子を含み、前記結合が関連角を有し、かつ前記角が変動して前記分子の３次元構造を複数生成し、前記方法が、
前記角の可変性を示すデータを含む、前記分子を表すデータを受け取ることと、
前記角の可変性を示す前記データに基づいて前記分子の３次元構造の可変性をシミュレートすることと、
前記角が前記シミュレートに基づいて選択された関連値を有するように、構造の集団を生成することと、を含む方法。
【請求項３】
前記分子を表すデータが前記結合の平均角を示すデータをさらに含む、および／または、前記角の可変性を示すデータが前記平均角に関連するデータを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記結合の可変性を示すデータが、第一および第二の原子が二重共有結合、三重共有結合を介して連結しているとき、または第一および第二の原子が芳香環構造に組み込まれているときに結合の可変性がゼロであることを示すデータを含むか、
前記結合の可変性を示すデータが、第一および第二の原子のうちの一方が水素原子またはハロゲン原子であるときに結合の可変性がゼロであることを示すデータを含むか、または、
前記結合の可変性を示すデータが、第一および第二の原子が３員または４員の環構造に組み込まれているときに結合の可変性がゼロであることを示すデータを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記結合の可変性を示すデータが、第一および第二の原子が単一の共有結合を介して連結され、かつ、
ａ．第一および第二の原子のうちの一方が、二重または三重共有結合を介して第三の原子に連結するか、または
ｂ．第一および第二の原子が酸素原子であるとき、
結合の可変性がゼロではなく単峰性の結合角可変性を示すことを示すデータを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記結合の可変性を示すデータが、第一および第二の原子が５員または６員の飽和脂環構造に組み込まれているとき、結合の可変性がゼロではなく二峰性の結合角可変性を示すことを示すデータを含むか、
前記結合の可変性を示すデータが、
ａ．第一および第二の原子が単一の共有結合を介して連結され、第一および第二の原子のうちの一方がｓｐ3混成であり、第一および第二の原子のうちの他方がｓｐ2混成であるか；または
ｂ．第一および第二の原子が単一の共有結合を介して連結され、かつ分子内で前記単一の共有結合が少なくとも一つのさらなる二重共有結合と共役するとき、
結合の可変性がゼロではなく二峰性の結合角可変性を示すことを示すデータを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記結合の可変性を示すデータが、第一および第二の原子が単一の共有結合を介して連結され、かつ：
ａ．第一および第二の原子の両方が四価でｓｐ3混成であるか；または
ｂ．第一および第二の原子のうちの一方がｓｐ3混成であり、かつ第一および第二の原
子のうちの他方が酸素原子であるとき、
結合の可変性がゼロではなく三峰性の結合角可変性を示すことを示すデータを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記角が第一と第二の原子の間に規定される二面角である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記方法が、前記分子の３次元構造の前記生成された集団から少なくとも１の実験パラメータを予測することをさらに含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記方法が、前記少なくとも１の予測される実験パラメータの、少なくとも１の物理的実験に由来する少なくとも１のさらなるパラメータに対する比較をさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記方法が、前記比較に基づいて一致関数を決定すること；
前記分子の３次元構造のさらなる集団を表すさらなるデータを生成すること；
前記分子の３次元構造の前記さらなる生成された集団から、少なくとも１のさらなる実験パラメータを予測すること；
前記少なくとも１のさらなる予測される実験パラメータを、少なくとも１の物理的実験に由来する前記少なくとも１のパラメータに対して比較すること；
少なくとも１のさらなる実験パラメータの、少なくとも１の物理的実験に由来する前記少なくとも１のパラメータに対する前記比較に基づいてさらなる一致関数を決定すること；および
最もよい一致関数を有する集団を示すデータを生成すること、をさらに含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記方法が、前記分子の３次元構造の前記生成された集団から少なくとも２の実験パラメータを予測することをさらに含む、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記方法が、前記少なくとも２の予測される実験パラメータの、少なくとも２の物理的実験に由来する少なくとも２のさらなるパラメータに対する比較をさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも２の物理的実験が、異なる期間にわたって、または、前記分子の動きの異なる範囲にわたって抽出された前記分子の３次元構造を示すデータを提供する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記分子が有機分子であるか、
前記分子がペプチド、炭水化物、抗生物質、核酸、脂質、代謝産物、薬物分子およびタンパク質から成る群より選択されるか、または、
前記分子がヒアルロナン、リシノプリルおよびアンギオテンシンＩから成る群より選択される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
分子の３次元構造の複数の集団から選択される分子の３次元構造の最適化された集団を表すデータを生成するための方法であって、各集団が請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法により生成される方法。
【請求項１７】
請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法を用いて生成された分子の３次元構造の集団を用いて、ＮＭＲデータを予測するための方法。
【請求項１８】
請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法を用いたリガンド分子等の分子の３次元構造の集団の生成により、その目的とする標的に結合したときの該分子のコンフォメーションをシミュレートするための方法。
【請求項１９】
その目的とする標的に結合したときのリガンド分子等の分子のコンフォメーションをシミュレートするための、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法により生成された該分子の３次元構造の集団の使用。
【請求項２０】
請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法を用いたペプチド分子、炭水化物分子、および薬物分子からなる群から選択される分子の３次元構造の集団の生成により、該分子の生物活性コンフォメーションをシミュレートするための方法。
【請求項２１】
ペプチド分子、炭水化物分子、および薬物分子からなる群から選択される分子の生物活性コンフォメーションをシミュレートするための、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法により生成された該分子の３次元構造の集団の使用。
【請求項２２】
請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法を用いたペプチド分子の３次元構造の集団の生成により、該分子内の水素結合占有率をシミュレートするための方法。
【請求項２３】
分子の水素結合占有率をシミュレートするための、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法により生成された該分子の３次元構造の集団の使用。
【請求項２４】
分子の３次元構造の集団の生成に使用できるデータを保持するデータキャリアであって、前記分子が少なくとも１つの結合で連結した第一および第二の原子を含み、前記データが前記角の可変性を示すデータを含む前記分子を表すデータを含む、データキャリア。
【請求項２５】
コンピュータに請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法を行わせるように構成されたコンピュータで読み取り可能な命令を保持するキャリア媒体。