【手続補正書】
【提出日】平成22年12月10日(2010.12.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】エピトープクラスターであって、該クラスターが、標的に関連した抗原に由来し、該クラスターが、ＭＨＣ受容体ペプチドが結合する溝に対して既知のもしくは予測される親和性を有する少なくとも２つの配列を含むか、またはコードし、該クラスターが、前記抗原の断片であるエピトープクラスター。
【請求項２】前記標的が、腫瘍性細胞および病原性作用物質からなる群から選択される、請求項１に記載のエピトープクラスター。
【請求項３】前記標的が、ウイルス、細菌または原生動物のような細胞内寄生生物により感染された細胞である、請求項１に記載のエピトープクラスター。
【請求項４】前記病原性作用物質が、ウイルス、細菌、真菌、原生動物、プリオン、毒素、毒液、およびアレルゲンからなる群から選択される、請求項２に記載のエピトープクラスター。
【請求項５】前記クラスターが、ある長さを有するポリペプチドを含むか、またはコードし、該長さが、少なくとも１０個のアミノ酸および／または約７５個未満のアミノ酸である、請求項１〜４のいずれか１項に記載のエピトープクラスター。
【請求項６】前記抗原が、ある長さを有し、前記クラスターが、ある長さを有するポリペプチドから構成されるか、またはそれをコードし、前記ポリペプチドの前記長さが、前記抗原の長さの約８０％、約５０％、または約２０％未満である、請求項１〜４のいずれか１項に記載のエピトープクラスター。
【請求項７】前記抗原が、Ｍｅｌａｎ−Ａ（配列番号１）である、請求項１に記載のエピトープクラスター。
【請求項８】前記クラスターが、配列番号１のアミノ酸３１〜４８、アミノ酸５６〜６９、アミノ酸３１〜３９、アミノ酸５６〜６４、アミノ酸３５〜４３、アミノ酸３２〜４０、アミノ酸２７〜３５、アミノ酸２９〜３７、アミノ酸３４〜４２、アミノ酸６１〜６９、アミノ酸３３〜４１、アミノ酸２２〜３０、アミノ酸９９〜１０７、アミノ酸３６〜４４、アミノ酸２８〜３６、アミノ酸８７〜９５、アミノ酸４１〜４９、およびアミノ酸４０〜４８からなる群から選択される配列を含む、請求項７に記載のエピトープクラスター。
【請求項９】前記抗原がＮＹ−ＥＳＯ−１（配列番号３）である、請求項１に記載のエピトープクラスター。
【請求項１０】前記クラスターが、配列番号３のアミノ酸１０８〜１１６、アミノ酸１４８〜１５６、アミノ酸１５９〜１６７、アミノ酸１２７〜１３５、アミノ酸８６〜９４、アミノ酸１３２〜１４０、アミノ酸１２２〜１３０、アミノ酸１２０〜１２８、アミノ酸１１５〜１２３、アミノ酸９６〜１０４、アミノ酸１１３〜１２１、アミノ酸９１〜９９、アミノ酸１６６〜１７４、アミノ酸１６１〜１６９、アミノ酸１５７〜１６５、アミノ酸１５１〜１５９、アミノ酸１３７〜１４５、アミノ酸７９〜８７、アミノ酸１３９〜１４７、アミノ酸１３１〜１３９、アミノ酸８７〜９５、アミノ酸１５２〜１６０、アミノ酸１４４〜１５２、アミノ酸１２９〜１３７、アミノ酸１５〜２３、アミノ酸１５５〜１６３、アミノ酸１５４〜１６２、アミノ酸１４５〜１５３、アミノ酸１６３〜１７１、アミノ酸１０８〜１４０、アミノ酸１４８〜１６７、アミノ酸７９〜１０４、アミノ酸１０８〜１７４、アミノ酸８６〜１７１、およびアミノ酸１４４〜１７１からなる群から選択される配列を含む、請求項９に記載のエピトープクラスター。
【請求項１１】前記ＭＨＣ受容体が、クラスＩ ＨＬＡ受容体およびクラスＩＩ ＨＬＡ受容体からなる群から選択される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載のエピトープクラスター。
【請求項１２】免疫原性組成物を取得する方法であって、
標的細胞に関連した第１の抗原に由来するエピトープが、ハウスキーピングプロテアソームが主に活性である細胞中で産生されるハウスキーピングエピトープであることを確認することを含む、前記標的細胞に関連した第１の抗原に由来するエピトープを同定する工程、
前記標的細胞に関連した第２の抗原に由来する、免疫エピトープを含むエピトープクラスターを同定する工程、
前記ハウスキーピングエピトープと前記エピトープクラスターを免疫原性組成物中に混在させる工程、及び
プロフェッショナル抗原提示細胞集団に前記ハウスキーピングエピトープを提示させるための手段を包含する免疫原性組成物を取得する工程、
を含む方法。
【請求項１３】前記免疫原性組成物は、プロフェッショナル抗原提示細胞集団に前記免疫エピトープを提示させるようにさらに適合された、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】前記標的細胞が腫瘍性細胞である、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１５】前記腫瘍性細胞が、白血病、癌腫、リンパ腫、星状細胞腫、肉腫、神経膠腫、網膜芽細胞腫、黒色腫、ウィルムス腫、膀胱癌、乳癌、結腸癌、肝細胞癌、膵臓癌、前立腺癌、肺癌、肝臓癌、胃癌、子宮頚癌、精巣癌、腎細胞癌、および脳癌からなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】前記第１の抗原又は前記第２の抗原が、ＭｅｌａｎＡ（ＭＡＲＴ−１）、ｇｐ１００（Ｐｍｅｌ １７）、チロシナーゼ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＢＡＧＥ、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＣＥＡ、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＳＣＰ−１、Ｈｏｍ／Ｍｅｌ−４０、ＰＲＡＭＥ、ｐ５３、Ｈ−Ｒａｓ、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＢＣＲ−ＡＢＬ、Ｅ２Ａ−ＰＲＬ、Ｈ４−ＲＥＴ、ＩＧＨ−ＩＧＫ、ＭＹＬ−ＲＡＲ、エプスタイン・バーウイルス抗原、ＥＢＮＡ、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原Ｅ６およびＥ７、ＴＳＰ−１８０、ＭＡＧＥ−４、ＭＡＧＥ−５、ＭＡＧＥ−６、ｐ１８５ｅｒｂＢ２、ｐ１８０ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｍｅｔ、ｎｍ−２３Ｈ１、ＰＳＡ、ＴＡＧ−７２−４、ＣＡＭ １７．１、ＮｕＭａ、Ｋ−ｒａｓ、β−カテニン、ＣＤＫ４、Ｍｕｍ−１、ｐ１６、ＴＡＧＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＣＴ７、テロメラーゼ、４３−９Ｆ、５Ｔ４、７９１Ｔｇｐ７２、α−フェトプロテイン、β−ＨＣＧ、ＢＣＡ２２５、ＢＴＡＡ、ＣＡ １２５、ＣＡ １５−３（ＣＡ ２７．２９＼ＢＣＡＡ）、ＣＡ １９５、ＣＡ ２４２、ＣＡ−５０、ＣＡＭ４３、ＣＤ６８＼ＫＰ１、ＣＯ−０２９、ＦＧＦ−５、Ｇ２５０、Ｇａ７３３（ＥｐＣＡＭ）、ＨＴｇｐ−１７５、Ｍ３４４、ＭＡ−５０、ＭＧ７−Ａｇ、ＭＯＶ１８、ＮＢ／７０Ｋ、ＮＹ−ＣＯ−１、ＲＣＡＳ１、ＳＤＣＣＡＧ１６、ＴＡ−９０（Ｍａｃ−２結合性タンパク質／サイクロフィリンＣ関連タンパク質）、ＴＡＡＬ６、ＴＡＧ７２、ＴＬＰ、ＴＰＳ、およびＧＡ７３３−２＼ＫＳＡからなる群から選択される、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１７】前記標的細胞が細胞内寄生生物により感染される、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１８】前記細胞内寄生生物がウイルスである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】前記ウイルスが、アデノウイルス、サイトメガロウイルス、エプスタイン・バーウイルス、単純ヘルペスウイルス１、単純ヘルペスウイルス２、ヒトヘルペスウイルス６、水痘帯状疱疹ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルス、パピローマウイルス、パルボウイルスＢ１９、ポリオーマウイルスＢＫ、ポリオーマウイルスＪＣ、Ｃ型肝炎ウイルス、麻疹ウイルス、風疹ウイルス、ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ）、ヒトＴ細胞白血病ウイルスＩ、およびヒトＴ細胞白血病ウイルスＩＩ、ロタウイルス、レオウイルス、ピコルナウイルス、ヘパドナウイルス、アデノウイルス、およびパポバウイルスからなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】前記第１の抗原又は前記第２の抗原が、ウイルス関連抗原である請求項１８または１９に記載の方法。
【請求項２１】前記細胞内寄生生物が、細菌、原生動物、真菌、またはプリオンである、請求項１７に記載の方法。
【請求項２２】前記細胞内寄生生物が、クラミジア属、リステリア属、サルモネラ属、レジオネラ属、ブルセラ属、コクシエラ属、リケッチア属、ミコバクテリア属、リーシュマニア属、トリパノソーマ属、トキソプラズマ属、およびプラスモディウム属からなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】前記第１の抗原又は前記第２の抗原が、寄生生物関連抗原である、請求項１７〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】前記エピトープクラスターが、少なくとも１０アミノ酸長のポリペプチドを含むか、またはコードする、請求項１２〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】前記ポリペプチドの長さが約７５アミノ酸未満である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】前記エピトープクラスターが、前記第２の抗原の長さの約８０％未満の長さを有するポリペプチドから構成されるか、またはコードする、請求項１２〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】前記ポリペプチドの長さが、前記第２の抗原の長さの約５０％未満である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】前記ポリペプチドの長さが、前記第２の抗原の長さの約２０％未満である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】請求項１２に記載の方法で取得した免疫原性組成物。
【請求項３０】前記第１の抗原又は前記第２の抗原が、ＭｅｌａｎＡ（ＭＡＲＴ−１）、ｇｐ１００（Ｐｍｅｌ １７）、チロシナーゼ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３、ＢＡＧＥ、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＣＥＡ、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ、ＳＣＰ−１、Ｈｏｍ／Ｍｅｌ−４０、ＰＲＡＭＥ、ｐ５３、Ｈ−Ｒａｓ、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＢＣＲ−ＡＢＬ、Ｅ２Ａ−ＰＲＬ、Ｈ４−ＲＥＴ、ＩＧＨ−ＩＧＫ、ＭＹＬ−ＲＡＲ、エプスタイン・バーウイルス抗原、ＥＢＮＡ、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原Ｅ６およびＥ７、ＴＳＰ−１８０、ＭＡＧＥ−４、ＭＡＧＥ−５、ＭＡＧＥ−６、ｐ１８５ｅｒｂＢ２、ｐ１８０ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｍｅｔ、ｎｍ−２３Ｈ１、ＰＳＡ、ＴＡＧ−７２−４、ＣＡＭ １７．１、ＮｕＭａ、Ｋ−ｒａｓ、β−カテニン、ＣＤＫ４、Ｍｕｍ−１、ｐ１６、ＴＡＧＥ、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＣＴ７、テロメラーゼ、４３−９Ｆ、５Ｔ４、７９１Ｔｇｐ７２、α−フェトプロテイン、β−ＨＣＧ、ＢＣＡ２２５、ＢＴＡＡ、ＣＡ １２５、ＣＡ １５−３（ＣＡ ２７．２９＼ＢＣＡＡ）、ＣＡ １９５、ＣＡ ２４２、ＣＡ−５０、ＣＡＭ４３、ＣＤ６８＼ＫＰ１、ＣＯ−０２９、ＦＧＦ−５、Ｇ２５０、Ｇａ７３３（ＥｐＣＡＭ）、ＨＴｇｐ−１７５、Ｍ３４４、ＭＡ−５０、ＭＧ７−Ａｇ、ＭＯＶ１８、ＮＢ／７０Ｋ、ＮＹ−ＣＯ−１、ＲＣＡＳ１、ＳＤＣＣＡＧ１６、ＴＡ−９０（Ｍａｃ−２結合性タンパク質／サイクロフィリンＣ関連タンパク質）、ＴＡＡＬ６、ＴＡＧ７２、ＴＬＰ、ＴＰＳ、およびＧＡ７３３−２＼ＫＳＡからなる群から選択される、請求項２９に記載の免疫原性組成物。
【請求項３１】前記第１の抗原又は前記第２の抗原が、ウイルス関連抗原である、請求項２９に記載の免疫原性組成物。
【請求項３２】前記第１の抗原又は前記第２の抗原が、寄生生物関連抗原である、請求項２９に記載の免疫原性組成物。
【請求項３３】前記エピトープが約６〜２３アミノ酸長のポリペプチドを含むか、またはコードする、請求項２９〜３２のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項３４】前記ポリペプチドが９または１０アミノ酸長である、請求項３３に記載の免疫原性組成物。
【請求項３５】前記エピトープは核酸を含む、請求項２９〜３４のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項３６】前記エピトープが、合成ポリペプチドを含む、請求項２９〜３４のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項３７】前記免疫原性組成物が、緩衝液、洗浄剤、界面活性剤、抗酸化剤、または還元剤からなる群から選択される少なくとも１つの成分をさらに含む、請求項２９〜３６のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項３８】前記エピトープがＭＨＣの少なくとも１つの対立遺伝子に特異的である、請求項２９〜３７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項３９】前記対立遺伝子が、Ａ２型をコードする、請求項３８に記載の免疫原性組成物。
【請求項４０】前記対立遺伝子が、Ａ１、Ａ３、Ａ１１、およびＡ２４からなる群から選択される型をコードする、請求項３８に記載の免疫原性組成物。
【請求項４１】前記対立遺伝子が、Ａ２６、Ａ２９、Ｂ７、Ｂ８、Ｂ１４、Ｂ１８、Ｂ２７、Ｂ３５、Ｂ４４、Ｂ６２、Ｂ６０、およびＢ５１からなる群から選択される型をコードする、請求項３８に記載の免疫原性組成物。
【請求項４２】前記第１の抗原および前記第２の抗原が、同一である、請求項２９に記載の免疫原性組成物。
【請求項４３】前記ハウスキーピングエピトープが、ＭＨＣの第１の対立遺伝子に特異的であり、前記免疫エピトープが、ＭＨＣの第２の対立遺伝子に特異的である、請求項２９〜４２のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項４４】前記第１の対立遺伝子および前記第２の対立遺伝子が、同一である、請求項４３に記載の免疫原性組成物。
【請求項４５】前記第１の対立遺伝子および前記第２の対立遺伝子が、同一でない、請求項４３に記載の免疫原性組成物。
【請求項４６】前記エピトープクラスターが、少なくとも１０アミノ酸の長さを有するポリペプチドを含むか、またはコードする、請求項２９〜４５のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項４７】前記ポリペプチドの長さが、約６０アミノ酸未満である、請求項４６に記載の免疫原性組成物。
【請求項４８】前記エピトープクラスターが、前記第２の抗原の長さの約８０％未満のポリペプチドから構成されるか、またはコードする、請求項２９〜４７のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項４９】前記ポリペプチドの長さが、前記第２の抗原の長さの約５０％未満である、請求項４８に記載の免疫原性組成物。
【請求項５０】前記ポリペプチドの長さが、前記第２の抗原の長さの約２０％未満である、請求項４８に記載の免疫原性組成物。
【請求項５１】第２の標的細胞に関連した第３の抗原に由来する第２のハウスキーピングエピトープをさらに含む、請求項２９〜５０のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項５２】前記第１の抗原、前記第２の抗原、および前記第３の抗原が同一である、請求項５１に記載の免疫原性組成物。
【請求項５３】前記第１の抗原、前記第２の抗原、および前記第３の抗原が同一でない、請求項５１に記載の免疫原性組成物。
【請求項５４】前記第１の標的細胞と前記第２の標的細胞が同一である、請求項５１〜５３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【請求項５５】前記第１の標的細胞と前記第２の標的細胞が同一でない、請求項５１〜５３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７０】
本発明の別の態様では、ＥＣＲはその絶対長に関して限定され得る。したがってこの定義により、９アミノ酸長エピトープに関する最小クラスターは、１０個のアミノ酸残基を含み、そして共通して８個のアミノ酸を伴う２つの重複９アミノ酸長を有する。好ましい実施形態では、クラスターは約１５〜７５アミノ酸長である。さらに好ましい実施形態では、クラスターは約２０〜６０アミノ酸長である。最も好ましい実施形態では、クラスターは約３０〜４０アミノ酸長である。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２３４】
実施例３．アルゴリズム的モデリングを用いた予測ＭＨＣ Ｉペプチドの溝に結合するペプチドの生成 ヒト癌胎児性抗原前駆物質（ＣＥＡ）（GENBANKアクセッションＰ０６７３１）のアミノ酸配列から生成される候補ＭＨＣ Ｉ結合性ペプチド集団をアルゴリズムムを用いて作り出した。特定のアルゴリズムは、上述のように、＜＜http://134.2.96.221/scripts/hlaserver.dll/EpPredict.htm＞＞にて利用可能である。このアルゴリズムがいったんアクセスされると、ＣＥＡに関するアミノ酸配列が提供された。次に、所定のエピトープの長さ(十アミノ酸長）および特定ＭＨＣ対立遺伝子（Ｈ２−Ｄｂ）に関するパラメータが選択された。この後、データは、アルゴリズム的分析のために提出された。得られた結果のデータを第７表に示す。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２８７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２８７】
実施例２１〜２４はすべて、ＨＬＡ−Ａ２．１により提示される９アミノ酸長エピトープの予測に関連するが、手法は、任意のＨＬＡ型、またはエピトープ長に同様に適用可能であり、予測アルゴリズムまたはＭＨＣ結合アッセイが利用可能である。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２８８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２８８】
実施例２１．Ｍｅｌａｎ−Ａ／ＭＡＲＴ−１（配列番号１）
この黒色腫腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）は、１１８アミノ酸長である。１１０の考え得る９アミノ酸長のうち、１６個が、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ／Rammenseeアルゴリズムによりスコア１６が与えられる（第８表を参照）。これらは、考え得るペプチドの１４．５％、およびアミノ酸１個当たり０．１３６のタンパク質上の平均エピトープ密度を表す。配列番号１のアミノ酸２２〜４９を網羅する１２個のこれらの重複は、０．４２８のクラスターに関するエピトープ密度をもたらし、３．１５の上述の比を与える。別の２つの予測エピトープは、配列番号１のアミノ酸５６〜６９と重複し、０．１４３のクラスターに関するエピトープ密度を与え、ちょうど１．０５の比を有し、平均と明らかに異なる。図１５を参照。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２９０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２９０】
ＢＩＭＡＳ−ＮＩＨ／Parkerアルゴリズムによる５分の解離半減期を有すると予測される９アミノ酸長に分析を制限することにより、たったの５つになる（第９表を参照）。タンパク質中のエピトープの平均密度はここでは、アミノ酸１個当たりわずか０．０４２である。タンパク質の重複ペプチドは、配列番号１のアミノ酸３１〜４８を網羅し、他の２つは先述の配列番号１の５６〜６９を網羅し、それぞれ３．９３、および３．４０の比を与える（第１０表を参照）。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２９３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２９３】
実施例２２．ＳＳＸ−２／ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０（配列番号２）
この黒色腫腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）は、１８８アミノ酸長である。１８０の考え得る９アミノ酸長のうち、１１個が、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ／Rammenseeアルゴリズムによりスコア１６が与えられる（第１１表を参照）。これらは、考え得るペプチドの６．１％、およびアミノ酸１個当たり０．０５９のタンパク質上の平均エピトープ密度を表す。配列番号２のアミノ酸９９〜１１４を網羅する３個のこれらの重複は、０．１８８のクラスターに関するエピトープ密度をもたらし、３．１８の上述の比を与える。また、配列番号２のアミノ酸１６〜２８、５７〜６７、および１６７〜１８３にて予測エピトープの重複対が存在し、それぞれ２．６３、３．１１、および２．０１の比を与える。配列番号２のアミノ酸５〜２８を網羅するさらなる予測エピトープクラスターが存在する。３つのエピトープを含有する配列番号２の領域５〜２８を評価することにより、エピトープ密度０．１２５および比２．１４が提供される（第１２表を参照）。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２９４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２９４】
ＢＩＭＡＳ−ＮＩＨ／Parkerアルゴリズムによる５分の解離半減期を有すると予測される９アミノ酸長に分析を制限することにより、たったの６つになる（第１３表を参照）。タンパク質中のエピトープの平均密度はここでは、アミノ酸１個当たりわずか０．０３２である。単一対のみが配列番号２の１６７〜１８０で重複し、４．４８の比を与える。しかしながら、上位のペプチドは、その領域が配列番号２のアミノ酸４１〜６５が比が２．５１であると評価される場合、別の単一予測エピトープに近く、平均値とは実質的な差異を表す（図１６および第１４表を参照）。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２９９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２９９】
実施例２３．ＮＹ−ＥＳＯ（配列番号３）
この黒色腫腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）は、１８０アミノ酸長である。１７２の考え得る９アミノ酸長のうち、２５個が、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ／Rammenseeアルゴリズムによりスコア１６が与えられる（第１５表を参照）。上記のＭｅｌａｎ−Ａと同様に、これらは、考え得るペプチドの１４．５％、およびアミノ酸１個当たり０．１３６のタンパク質上の平均エピトープ密度を表す。しかしながら、分布は、全く異なっている。ほぼ半分のタンパク質は、最初の７８個のアミノ酸中にまさに１つの予測エピトープを有して空である。高度な重複ペプチドの非常に密接なクラスターが存在していたＭｅｌａｎ−Ａとは異なり、ＮＹ−ＥＳＯでは、重複は、より小さく、タンパク質の残部のほとんどにわたって伸長している。１９個の重複ペプチドの１群は、配列番号３のアミノ酸１０８〜１７４を網羅し、２．０４の比をもたらす。別の５個の予測エピトープは、配列番号３の７９〜１０４を網羅し、ちょうど１．３８の比を提供する（第１６表を参照）。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３０１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３０１】
ＢＩＭＡＳ−ＮＩＨ／Parkerアルゴリズムによる５分の解離半減期を有すると予測される９アミノ酸長に分析を制限することにより、１４個のペプチドを考慮する（第１７表を参照）。タンパク質中のエピトープの平均密度はここでは、アミノ酸１個当たり０．０７８である。１０重複ペプチドの単一群は、４．５９の比で、配列番号３のアミノ酸１４４〜１７１を網羅することが観察される。１４個のペプチドすべてが配列番号３の領域８６〜１７１に収まり、さらに２．０９倍のタンパク質中のエピトープの平均密度である。このような大きなクラスターが、本発明者が理想とみなすよりも大きいと、全タンパク質を用いて作動させることによる有意な利点をさらに提供する（図１７および第１８表を参照）
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３０６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３０６】
実施例２４．チロシナーゼ（配列番号４）
この黒色腫腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）は、５２９アミノ酸長である。５２１の考え得る９アミノ酸長のうち、５２個が、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ／Rammenseeアルゴリズムによりスコア１６が与えられる（第１９表を参照）。上記のＭｅｌａｎ−Ａと同様に、これらは、考え得るペプチドの１０％、およびアミノ酸１個当たり０．０９８のタンパク質上の平均エピトープ密度を表す。それぞれ２．０３〜４．４１の範囲の比を有する、２〜１３個の予測エピトープをそれぞれ含有する重複ペプチドの５群が存在する。それぞれ１．２０〜１．８５の範囲の比を有する、２〜４個の予測エピトープをそれぞれ含有する重複ペプチドのさらなる７群が存在する。上記１３個の重複ペプチドを含む、配列番号４の領域４４４〜５０６における１７個のペプチドは、２．２０の比を有するクラスターを構成する（第２０表を参照）。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３０７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３０７】
ＢＩＭＡＳ−ＮＩＨ／Parkerアルゴリズムによる５分の解離半減期を有すると予測される９アミノ酸長に分析を制限することにより、２８個のペプチドを考慮する（第２１表を参照）。この条件下におけるタンパク質中のエピトープの平均密度は、アミノ酸１個当たり０．０５３である。この密度では、どの重複も２倍を超えるエピトープの平均密度を表す。それぞれ２．２２〜４．９の範囲の比を有する、２〜７個の予測エピトープをそれぞれ含有する重複ペプチドの５群が存在する（第２２表を参照）。これらのクラスターのうちたった３つが、２つのアルゴリズムに共通している。これらのクラスターの幾つか（但し、すべてではない）は、それらおよび隣接予測エピトープを含有する領域を評価することによって拡張され得る（図１８を参照）。