【手続補正書】
【提出日】平成21年12月8日(2009.12.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第一リジン連鎖が第二リジン連鎖と異なる場合に、第一リジン連鎖を含む第一ポリユビキチンを特異的に結合し、第二リジン連鎖を含む第二ポリユビキチンを特異的に結合しない単離された抗体。
【請求項２】
リジン６-連鎖性ポリユビキチン、リジン１１-連鎖性ポリユビキチン、リジン２７-連鎖性ポリユビキチン、リジン２９-連鎖性ポリユビキチン、リジン３３-連鎖性ポリユビキチン、リジン４８-連鎖性ポリユビキチン、又はリジン６３-連鎖性ポリユビキチンを特異的に結合する、請求項１に記載の抗体。
【請求項３】
前記第一ポリユビキチンがリジン４８-連鎖性である、請求項１に記載の抗体。
【請求項４】
前記第二ポリユビキチンがリジン６３-連鎖性である、請求項３に記載の抗体。
【請求項５】
前記第一ポリユビキチンがリジン６３-連鎖性である、請求項１に記載の抗体。
【請求項６】
前記第二ポリユビキチンがリジン４８-連鎖性である、請求項５に記載の抗体。
【請求項７】
第一リジン連鎖を含む第一ポリユビキチンと第二リジン連鎖を含む第二ポリユビキチンをともに特異的に結合する単離された抗体であって、該第一リジン連鎖が第二リジン連鎖と異なり、該抗体はモノユビキチンを特異的に結合せず、該抗体は、第一ポリユビキチンに対する抗体の結合親和性と比較して、実質的に減少した結合親和性で第二ポリユビキチンを結合する、抗体。
【請求項８】
リジン４８-連鎖性ポリユビキチンを特異的に結合し、モノユビキチンを特異的に結合しない単離された抗体。
【請求項９】
それぞれ配列番号：１−２５、１５１−１７５、２６５−２７９、３９２−４５９及び６９５−７０４；配列番号：２７−５１、１７７−２０１、２８１−２９５、４６１−５２８および７０６−７１５；配列番号：５３−７７、２０３−２２７、２９７−３１１、５３０−５９７および７１７−７２６；及び配列番号：３１３−３２７および７２８−７３７のいずれかのＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２、ＨＶＲ-Ｈ３及びＨＶＲ-Ｌ３から選択される少なくとも一の高頻度可変(ＨＶＲ)配列を含んでなる、請求項８に記載の抗体。
【請求項１０】
ＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２、ＨＶＲ-Ｈ３から選択される少なくとも一の配列を含んでなり、該ＨＶＲ-Ｈ１がアミノ酸配列 ａ ｂ ｃ ｄ ｅ ｆ ｇ ｈ ｉ ｊ(配列番号：８２５)を含み、このときアミノ酸ａがグリシンであり、アミノ酸ｂがフェニルアラニンであり、アミノ酸ｃがアスパラギンであり、アミノ酸ｄがバリン、フェニルアラニン、ロイシンおよびイソロイシンから選択され、アミノ酸ｅがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｆがチロシンであり、アミノ酸ｇがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｈがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｉがイソロイシンおよびメチオニンから選択され、そして、アミノ酸ｊがヒスチジンであり、該ＨＶＲ-Ｈ２がアミノ酸配列 ｋ ｌ ｍ ｎ ｏ ｐ ｑ ｒ ｓ ｔ ｕ ｖ ｗ ｘ ｙ ｚ ａ'(配列番号：８２６)を含み、このときアミノ酸ｋがセリンであり、アミノ酸ｌがイソロイシンであり、アミノ酸ｍがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｎがプロリンおよびセリンから選択され、アミノ酸ｏがチロシンであり、アミノ酸ｐがチロシンであり、アミノ酸ｑがセリンおよびグリシンから選択され、アミノ酸ｒがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｓはスレオニンであり、アミノ酸ｔはセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｕがチロシンであり、アミノ酸ｖがアラニンであり、アミノ酸ｗがアスパラギン酸であり、アミノ酸ｘがセリンであり、アミノ酸ｙがバリンであり、アミノ酸ｚがリジンであり、そして、アミノ酸ａ'がグリシンであり、該ＨＶＲ-Ｈ３がアミノ酸配列 ｂ' ｃ' ｄ' ｅ' ｆ' ｇ' ｈ' ｉ' ｊ' ｋ' ｌ'を含み、このときアミノ酸ｂ'がグルタミン酸、セリン、グリシンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｃ'がグリシン、チロシン、セリンおよびアスパラギンから選択され、アミノ酸ｄ'がチロシン、セリン、リジン、フェニルアラニンおよびグルタミン酸から選択され、アミノ酸ｅ'がセリン、チロシン、グリシンおよびトリプトファンから選択され、アミノ酸ｆ'がグルタミン、チロシン、セリンおよびグリシンから選択され、アミノ酸ｇ'がグリシン、セリン、チロシン、メチオニンおよびアラニンから選択され、アミノ酸ｈ'がグリシン、アラニン、プロリンおよびイソロイシンから選択され、アミノ酸ｉ'がフェニルアラニン、イソロイシン、メチオニン、アラニンおよびロイシンから選択されるか又は存在せず、アミノ酸ｊ'がフェニルアラニンであるかまたは存在せず、アミノ酸ｋ'がアスパラギン酸であり、そして、アミノ酸ｌ'がチロシンである、請求項８に記載の抗体。
【請求項１１】
ＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２、ＨＶＲ-Ｈ３から選択される少なくとも一の配列を含んでなり、該ＨＶＲ-Ｈ１がアミノ酸配列 ａ ｂ ｃ ｄ ｅ ｆ ｇ ｈ ｉ ｊ(配列番号：８２７)を含み、このときアミノ酸ａがグリシンであり、アミノ酸ｂがフェニルアラニンであり、アミノ酸ｃがアスパラギンであり、アミノ酸ｄがイソロイシンであり、アミノ酸ｅがセリンおよびフェニルアラニンから選択され、アミノ酸ｆがチロシンであり、アミノ酸ｇがセリンおよびグリシンから選択され、アミノ酸ｈがセリンおよびグリシンから選択され、アミノ酸iがイソロイシンおよびメチオニンから選択され、そして、アミノ酸ｊがヒスチジンであり、該ＨＶＲ-Ｈ２はアミノ酸配列 ｋ ｌ ｍ ｎ ｏ ｐ ｑ ｒ ｓ ｔ ｕ ｖ ｗ ｘ ｙ ｚ ａ'(配列番号：８２８)を含み、このときアミノ酸ｋはセリンであり、アミノ酸ｌがイソロイシンであり、アミノ酸ｍがチロシンであり、アミノ酸ｎがセリンであり、アミノ酸ｏがチロシンであり、アミノ酸ｐがチロシンであり、アミノ酸ｑがセリンであり、アミノ酸ｒがチロシンであり、アミノ酸ｓはスレオニンであり、アミノ酸ｔはセリンであり、アミノ酸ｕがチロシンであり、アミノ酸ｖがアラニンであり、アミノ酸ｗがアスパラギン酸であり、アミノ酸ｘがセリンであり、アミノ酸ｙがバリンであり、アミノ酸ｚがリジンであり、そしてアミノ酸ａ'がグリシンであり、該ＨＶＲ-Ｈ３がアミノ酸配列 ｂ' ｃ' ｄ' ｅ' ｆ' ｇ' ｈ' ｉ' ｊ' ｋ'(配列番号：８２９)を含み、このときアミノ酸ｂ'がセリンおよびグリシンから選択され、アミノ酸ｃ'がチロシンであり、アミノ酸ｄ'がセリンであり、アミノ酸ｅ'がチロシンおよびトリプトファンから選択され、アミノ酸ｆ'がセリン、チロシン、アルギニン、フェニルアラニンおよびヒスチジンから選択され、アミノ酸ｇがグルタミン酸、セリン、ロイシン、フェニルアラニン、メチオニン、アスパラギンおよびバリンから選択され、アミノ酸ｈ'がアラニンおよびグリシンから選択され、アミノ酸ｉ'がロイシン、メチオニン、フェニルアラニンおよびイソロイシンから選択され、アミノ酸ｊ'がアスパラギン酸であり、そして、アミノ酸ｋ'がチロシンである、請求項８に記載の抗体。
【請求項１２】
アミノ酸配列 ｍ' ｎ' ｏ' ｐ' ｑ' ｒ' ｓ' ｔ' ｕ' ｖ' ｗ'(配列番号：８３０)を含むＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなり、このときアミノ酸ｍ'がグルタミンであり、アミノ酸ｎ'がグルタミンであり、アミノ酸ｏ'がセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｐ'がセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｑ'がセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｒ'がセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｓ'がセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｔ'がロイシン、セリン、プロリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｕ'がプロリンであるかまたは存在せず、アミノ酸ｖ'がフェニルアラニン、イソロイシン、バリンおよびロイシンから選択され、そして、アミノ酸ｗ'がスレオニンである、請求項８に記載の抗体。 
【請求項１３】
配列番号：７２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項８に記載の抗体。  
【請求項１４】
図１０Ａおよび１０Ｂのクローンａｐｕ０１、ａｐｕ０２、ａｐｕ０３、ａｐｕ０４、ａｐｕ０５、ａｐｕ０６、ａｐｕ０７、ａｐｕ０８、ａｐｕ０９、ａｐｕ１０、ａｐｕ１１、ａｐｕ１２、ａｐｕ１３、ａｐｕ１４又はａｐｕ１５に記載のものに対応するＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２およびＨＶＲ-Ｈ３配列を含んでなる、請求項１０に記載の抗体。  
【請求項１５】
図１６Ａのクローンａｐｕ２.０１、ａｐｕ２.０２、ａｐｕ２.０３、ａｐｕ２.０４、ａｐｕ２.０５、ａｐｕ２.０６、ａｐｕ２.０７、ａｐｕ２.０８、ａｐｕ２.０９又はａｐｕ２.１０に記載のものに対応するＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２およびＨＶＲ-Ｈ３配列を含んでなる、請求項１１に記載の抗体。
【請求項１６】
配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、および図１０Ｃのクローンａｐｕ０１、ａｐｕ０２、ａｐｕ０３、ａｐｕ０４、ａｐｕ０５、ａｐｕ０６、ａｐｕ０７、ａｐｕ０８、ａｐｕ０９、ａｐｕ１０、ａｐｕ１１、ａｐｕ１２、ａｐｕ１３、ａｐｕ１４又はａｐｕ１５に記載のＨＶＲ-Ｌ３配列に対応するＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項１２に記載の抗体。
【請求項１７】
配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、および図１６Ｂのクローンａｐｕ２.０１、ａｐｕ２.０２、ａｐｕ２.０３、ａｐｕ２.０４、ａｐｕ２.０５、ａｐｕ２.０６、ａｐｕ２.０７、ａｐｕ２.０８、ａｐｕ２.０９又はａｐｕ２.１０に記載のＨＶＲ-Ｌ３配列に対応するＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項１３に記載の抗体。
【請求項１８】
配列番号：２６９のＨＶＲ-Ｈ１配列、配列番号：２８５のＨＶＲ-Ｈ２配列、配列番号：３０１のＨＶＲ-Ｈ３配列、配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、および配列番号：３１７のＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項８に記載の抗体。  
【請求項１９】
配列番号：７０１のＨＶＲ-Ｈ１配列、配列番号：７１２のＨＶＲ-Ｈ２配列、配列番号；７２３のＨＶＲ-Ｈ３配列、配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、および配列番号：７３４のＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項８に記載の抗体。
【請求項２０】
リジン６３-連鎖性ポリユビキチンに特異的に結合し、モノユビキチンに特異的に結合しない単離された抗体。
【請求項２１】
それぞれ配列番号：８１−８９、２２９−２３９、３２９−３３６、５９９−６２９、７３９−７４８および７８９−７９９；配列番号：９１−９９、２４１−２５１；３３８−３４５、６３１−６６１、７５０−７５９および８０１−８１１；配列番号：１０１−１０９、２５３−２６３、３４７−３５４、６６３−６９３、７６１−７７０および８１３−８２３；及び配列番号：３５６−３６３および７７２−７８１のいずれかのＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２、ＨＶＲ-Ｈ３およびＨＶＲ-Ｌ３から選択される少なくとも一の高頻度可変性(ＨＶＲ)配列を含んでなる、請求項２０に記載の抗体。
【請求項２２】
ＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２、ＨＶＲ-Ｈ３から選択される少なくとも一の配列を含んでなり、該ＨＶＲ-Ｈ１がアミノ酸配列ａ ｂ ｃ ｄ ｅ ｆ ｇ ｈ ｉ ｊ(配列番号：８３１)を含み、このときアミノ酸ａがグリシンであり、アミノ酸ｂがフェニルアラニンであり、アミノ酸ｃがアスパラギンであり、アミノ酸ｄがバリン、イソロイシンおよびフェニルアラニンから選択され、アミノ酸ｅがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｆがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｇがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｈがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｉがイソロイシンおよびメチオニンから選択され、そして、アミノ酸ｊがヒスチジンであり、該ＨＶＲ-Ｈ２がアミノ酸配列 ｋ ｌ ｍ ｎ ｏ ｐ ｑ ｒ ｓ ｔ ｕ ｖ ｗ ｘ ｙ ｚ'(配列番号：８３２)を含み、このときアミノ酸ｋはセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｌがイソロイシンであり、アミノ酸ｍがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｎがプロリンおよびセリンから選択され、アミノ酸ｏがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｐがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｑがセリンおよびグリシンから選択され、アミノ酸ｒがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｓはスレオニンであり、アミノ酸ｔはセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｕがチロシンであり、アミノ酸ｖがアラニンであり、アミノ酸ｗがアスパラギン酸であり、アミノ酸ｘがセリンであり、アミノ酸ｙがバリンであり、アミノ酸ｚがリジンであり、そして、アミノ酸ａ'がグリシンであり、該ＨＶＲ-Ｈ３がアミノ酸配列 ｂ' ｃ' ｄ' ｅ' ｆ' ｇ' ｈ' ｉ' ｊ' ｋ' ｌ' ｍ' ｎ' ｏ' ｐ' ｑ' ｒ' ｓ' ｔ' ｕ' ｖ'を含み、このときアミノ酸ｂ'がセリン、グルタミン酸、グリシンおよびトリプトファンから選択され、アミノ酸ｃ'がグリシン、チロシン、イソロイシン、グルタミンおよびセリンから選択され、アミノ酸ｄ'がチロシン、メチオニン、グリシンおよびイソロイシンから選択され、アミノ酸ｅ'がチロシン、アルギニン、フェニルアラニン、トリプトファン、アラニンおよびプロリンから選択され、アミノ酸ｆ'がチロシン、トリプトファン、セリンおよびグリシンから選択され、アミノ酸ｇ'がグルタミン、チロシン、セリン、フェニルアラニンおよびバリンから選択され、アミノ酸ｈ'がグリシン、スレオニン、トリプトファン、リジンおよびプロリンから選択され、アミノ酸ｉ'がチロシン、アラニン、トリプトファン、グルタミン酸、プロリンおよびセリンから選択され、アミノ酸ｊ'がトリプトファン、イソロイシン、チロシンおよびアラニンから選択され、アミノ酸ｋ'がトリプトファン、チロシン、グリシンおよびアスパラギン酸から選択されるかまたは存在せず、アミノ酸ｌ'がチロシン、セリン、フェニルアラニンおよびトリプトファンから選択されるかまたは存在せず、アミノ酸ｍ'がチロシン、アスパラギン酸およびセリンから選択されるかまたは存在せず、アミノ酸ｎ'がチロシンおよびアラニンから選択されるかまたは存在せず、アミノ酸ｏ'がスレオニン、セリン、バリン、グリシンおよびチロシンから選択されるかまたは存在せず、アミノ酸ｐ'がグリシン、アスパラギン酸、セリン、メチオニンおよびチロシンから��択されるかまたは存在せず、アミノ酸ｑ'がチロシン、アラニンおよびグリシンから選択されるかまたは存在せず、アミノ酸ｒ'がチロシン、ロイシンおよびグリシンから選択されるかまたは存在せず、アミノ酸ｓ'がグリシンであるかまたは存在せず、アミノ酸ｔ'がメチオニンおよびロイシンから選択されるかまたは存在せず、アミノ酸ｕ'がアスパラギン酸であり、そしてアミノ酸ｖ'がチロシンである、請求項２０に記載の抗体。
【請求項２３】
ＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２、ＨＶＲ-Ｈ３から選択される少なくとも一の配列を含んでなり、該ＨＶＲ-Ｈ１がアミノ酸配列 ａ ｂ ｃ ｄ ｅ ｆ ｇ ｈ ｉ ｊ(配列番号：８３３)を含み、このときアミノ酸ａがグリシンであり、アミノ酸ｂがフェニルアラニンであり、アミノ酸ｃがアスパラギンであり、アミノ酸ｄがイソロイシン、バリンおよびロイシンから選択され、アミノ酸ｅがセリン、リジンおよびバリンから選択され、アミノ酸ｆがセリン、トリプトファン、グリシンおよびスレオニンから選択され、アミノ酸ｇがセリン、アスパラギンおよびグリシンから選択され、アミノ酸ｈがチロシン、イソロイシン、ロイシンおよびフェニルアラニンから選択され、アミノ酸ｉがイソロイシンおよびメチオニンから選択され、そしてアミノ酸ｊがヒスチジンであり、該ＨＶＲ-Ｈ２がアミノ酸配列 ｋ ｌ ｍ ｎ ｏ ｐ ｑ ｒ ｓ ｔ ｕ ｖ ｗ ｘ ｙ ｚ ａ' ｂ'(配列番号：８３４)を含み、このときアミノ酸ｋがアラニンであり、アミノ酸ｌがチロシン、フェニルアラニン、アスパラギン酸、ヒスチジンおよびアラニンから選択され、アミノ酸ｍがイソロイシンであり、アミノ酸ｎがセリン、アラニンおよびグルタミンから選択され、アミノ酸ｏがプロリンであり、アミノ酸ｐがチロシンであり、アミノ酸ｑがロイシン、チロシンおよびフェニルアラニンから選択され、アミノ酸ｒがセリンおよびグリシンから選択され、アミノ酸ｓがセリン、スレオニンおよびトリプトファンから選択され、アミノ酸ｔはスレオニンであり、アミノ酸ｕはセリン、アスパラギン、リジンおよびイソロイシンから選択され、アミノ酸ｖがチロシンであり、アミノ酸ｗがアラニンであり、アミノ酸ｘがアスパラギン酸であり、アミノ酸ｙがセリンであり、アミノ酸ｚがバリンであり、アミノ酸ａ'がリジンであり、そしてアミノ酸ｂ'がグリシンであり、該ＨＶＲ-Ｈ３がアミノ酸配列 ｃ' ｄ' ｅ' ｆ' ｇ' ｈ' ｉ' ｊ' ｋ' ｌ' ｍ' ｎ' ｏ'(配列番号：８３７)を含み、このときアミノ酸ｃ'がセリンであり、アミノ酸ｄ'がアルギニンであり、アミノ酸ｅ'がグルタミン酸であり、アミノ酸ｆ'がチロシンであり、アミノ酸ｇ'がチロシンであり、アミノ酸ｈ'がアルギニンであり、アミノ酸ｉ'がトリプトファンであり、アミノ酸ｊ'がチロシンであり、アミノ酸ｋ'がスレオニンであり、アミノ酸ｌ'がアラニンであり、アミノ酸ｍ'がイソロイシンであり、アミノ酸ｎ'がアスパラギン酸であり、そしてアミノ酸ｏ'がチロシンである、請求項２０に記載の抗体。
【請求項２４】
アミノ酸配列 ｗ' ｘ' ｙ' ｚ' Ａ Ｂ Ｃ Ｄ Ｅ Ｆ Ｇを含むＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなり、このときアミノ酸ｗ'がグルタミンであり、アミノ酸ｘ'がグルタミンであり、アミノ酸ｙ'がセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｚ'がセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸Ａがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸Ｂがセリンおよびチロシンから選択され、アミノ酸Ｃがプロリン、セリンおよびロイシンから選択され、アミノ酸Ｄがセリン、プロリンおよびチロシンから選択されるかまたは存在せず、アミノ酸Ｅがロイシンおよびフェニルアラニンから選択されるかまたは存在せず、アミノ酸Ｆがフェニルアラニン、バリン、スレオニンおよびイソロイシンから選択され、そして、アミノ酸Ｇがアルギニン、スレオニンおよびフェニルアラニンから選択される、請求項２０に記載の抗体。
【請求項２５】
アミノ酸配列Ｑ-Ｑ-Ｙ-Ｓ-Ｓ-Ｙ-Ｓ-Ｓ-Ｌ-Ｆ-Ｔ(配列番号：７７２)を含むＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項２０に記載の抗体。
【請求項２６】
図１１Ａおよび１１Ｂのクローンａｐｕ１７、ａｐｕ１８、ａｐｕ１９、ａｐｕ２０、ａｐｕ２１、ａｐｕ２２、ａｐｕ２３およびａｐｕ２４に記載のものに対応するＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２およびＨＶＲ-Ｈ３配列を含んでなる、請求項２２に記載の抗体。
【請求項２７】
図１７Ａのクローンａｐｕ２.１１、ａｐｕ２.１２、ａｐｕ２.１３、ａｐｕ２.１４、ａｐｕ２.１５、ａｐｕ２.１６、ａｐｕ２.１７、ａｐｕ２.１８、ａｐｕ２.１９およびａｐｕ２.２０に記載のものに対応するＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２およびＨＶＲ-Ｈ３配列を含んでなる、請求項２３に記載の抗体。
【請求項２８】
配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、及び図１１Ｃのクローンａｐｕ１７、ａｐｕ１８、ａｐｕ１９、ａｐｕ２０、ａｐｕ２１、ａｐｕ２２、ａｐｕ２３およびａｐｕ２４に記載のＨＶＲ-Ｌ３配列に対応するＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項２４に記載の抗体。
【請求項２９】
配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、及び図１７Ｂのクローンａｐｕ２.１１、ａｐｕ２.１２、ａｐｕ２.１３、ａｐｕ２.１４、ａｐｕ２.１５、ａｐｕ２.１６、ａｐｕ２.１７、ａｐｕ２.１８、ａｐｕ２.１９およびａｐｕ２.２０に記載のＨＶＲ-Ｌ３配列に対応するＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項２５に記載の抗体。
【請求項３０】
配列番号：３３０のＨＶＲ-Ｈ１配列、配列番号：３３９のＨＶＲ-Ｈ２配列、配列番号：３４８のＨＶＲ-Ｈ３配列、配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、および配列番号：３５７のＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項２０に記載の抗体。  
【請求項３１】
配列番号：７３９のＨＶＲ-Ｈ１配列、配列番号：７５０のＨＶＲ-Ｈ２配列、配列番号：７６１のＨＶＲ-Ｈ３配列、配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、および配列番号：７７２のＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項２０に記載の抗体。 
【請求項３２】
配列番号：７４０のＨＶＲ-Ｈ１配列、配列番号：７５１のＨＶＲ-Ｈ２配列、配列番号：７６２のＨＶＲ-Ｈ３配列、配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、および配列番号：７７３のＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項２０に記載の抗体。  
【請求項３３】
ＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２、ＨＶＲ-Ｈ３から選択される少なくとも一の配列を含んでなり、該ＨＶＲ-Ｈ１がアミノ酸配列 ａ ｂ ｃ ｄ ｅ ｆ ｇ ｈ ｉ ｊ(配列番号：８３５)を含み、このときアミノ酸ａがグリシンであり、アミノ酸ｂがフェニルアラニンであり、アミノ酸ｃがアスパラギンであり、アミノ酸ｄがイソロイシン、バリンおよびロイシンから選択され、アミノ酸ｅがリジンおよびメチオニンから選択され、アミノ酸ｆがスレオニン、メチオニン、アスパラギン、アルギニンおよびイソロイシンから選択され、アミノ酸ｇがグリシン、バリンおよびフェニルアラニンから選択され、アミノ酸ｈがチロシン、イソロイシン、ロイシンおよびフェニルアラニンから選択され、アミノ酸ｉがイソロイシンおよびメチオニンから選択され、そしてアミノ酸ｊがヒスチジンであり、該ＨＶＲ-Ｈ２がアミノ酸配列 ｋ ｌ ｍ ｎ ｏ ｐ ｑ ｒ ｓ ｔ ｕ ｖ ｗ ｘ ｙ ｚ ａ' ｂ'(配列番号：８３６)を含み、このときアミノ酸ｋがアラニンであり、アミノ酸ｌがチロシンであり、アミノ酸ｍがイソロイシンであり、アミノ酸ｎがセリン、イソロイシンおよびスレオニンから選択され、アミノ酸ｏがプロリンであり、アミノ酸ｐがチロシンであり、アミノ酸ｑがロイシン、チロシン、アスパラギン酸、セリンおよびトリプトファンから選択され、アミノ酸ｒがグリシンであり、アミノ酸ｓがトリプトファン、バリン、セリン、アスパラギン、アルギニンおよびチロシンから選択され、アミノ酸ｔはスレオニンである、アミノ酸ｕはアルギニン、アスパラギン、バリン、スレオニン、セリンおよびリジンから選択され、アミノ酸ｖがチロシンであり、アミノ酸ｗがアラニンであり、アミノ酸ｘがアスパラギン酸であり、アミノ酸ｙがセリンであり、アミノ酸ｚがバリンであり、アミノ酸ａ'がリジンであり、そしてアミノ酸ｂ'がグリシンであり、該ＨＶＲ-Ｈ３がアミノ酸配列 ｃ' ｄ' ｅ' ｆ' ｇ' ｈ' ｉ' ｊ' ｋ' ｌ' ｍ' ｎ' ｏ'(配列番号：８３７)を含み、このときアミノ酸ｃ'がセリンであり、アミノ酸ｄ'がアルギニンであり、アミノ酸ｅ'がグルタミン酸であり、アミノ酸ｆ'がチロシンであり、アミノ酸ｇ'がチロシンであり、アミノ酸ｈ'がアルギニンであり、アミノ酸i'がトリプトファンであり、アミノ酸ｊ'がチロシンであり、アミノ酸ｋ'がスレオニンであり、アミノ酸ｌ'がアラニンであり、アミノ酸ｍ'がイソロイシンであり、アミノ酸ｎ'がアスパラギン酸であり、そしてアミノ酸ｏ'がチロシンである、請求項２０に記載の抗体。
【請求項３４】
図２３Ａおよび２３Ｂのクローンａｐｕ３.０１、ａｐｕ３.０２、ａｐｕ３.０３、ａｐｕ３.０４、ａｐｕ３.０５、ａｐｕ３.０６、ａｐｕ３.０７、ａｐｕ３.０８、ａｐｕ３.０９、ａｐｕ３.１０および３．１１に記載のものに対応するＨＶＲ-Ｈ１、ＨＶＲ-Ｈ２およびＨＶＲ-Ｈ３配列を含んでなる、請求項３３に記載の抗体。
【請求項３５】
配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、および配列番号：７７７のＨＶＲ-Ｌ３配列に対応するＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項３３又は請求項３４に記載の抗体。
【請求項３６】
配列番号：７４４のＨＶＲ-Ｈ１配列、配列番号：７５５のＨＶＲ-Ｈ２配列、配列番号：７６６のＨＶＲ-Ｈ３配列、配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、および配列番号：７７７のＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項２０に記載の抗体。
【請求項３７】
配列番号：７９５のＨＶＲ-Ｈ１配列、配列番号：８０７のＨＶＲ-Ｈ２配列、配列番号：８１９のＨＶＲ-Ｈ３配列、配列番号：７９のＨＶＲ-Ｌ１配列、配列番号：８０のＨＶＲ-Ｌ２配列、および配列番号：７７７のＨＶＲ-Ｌ３配列を含んでなる、請求項２０に記載の抗体。
【請求項３８】
請求項１から３７のいずれかの抗体と同じポリユビキチン上の抗原決定基に結合し、モノユビキチンに特異的に結合しない単離された抗体。
【請求項３９】
ポリユビキチンへの結合について請求項１から３７のいずれかの抗体と競合し、モノユビキチンに特異的に結合しない単離された抗体。
【請求項４０】
前記抗体がポリユビキチン化されたタンパク質に特異的に結合する、請求項１から３７のいずれか一に記載の抗体。
【請求項４１】
前記抗体がポリユビキチン化されたタンパク質の分解を阻害する、請求項４０に記載の抗体。
【請求項４２】
前記抗体が少なくとも一のポリユビキチンが媒介するシグナル伝達経路を調節する、請求項４０に記載の抗体。
【請求項４３】
前記抗体が少なくとも一のポリユビキチンが媒介するシグナル伝達経路を阻害する、請求項４０に記載の抗体。
【請求項４４】
前記抗体が少なくとも一のポリユビキチンが媒介するシグナル伝達経路を刺激する、請求項４０に記載の抗体。
【請求項４５】
請求項１から３７のいずれかに記載の抗体をコードする核酸分子。
【請求項４６】
請求項４５に記載の核酸を含んでなるベクター。
【請求項４７】
請求項４６に記載のベクターを含んでなる宿主細胞。
【請求項４８】
請求項１から３７のいずれかに記載の抗体を産生することができる細胞株。
【請求項４９】
抗体が産生される条件下で抗体をコードする核酸分子を含んでなる宿主細胞を培養することを含んでなる、請求項１から３７のいずれかに記載の抗体の産生方法。
【請求項５０】
請求項１から３７のいずれかに記載の抗体の有効量と薬学的に受容可能な担体とを含有してなる組成物。
【請求項５１】
試料を請求項１から３７のいずれか一に記載の少なくとも一の抗体と接触させることを含んでなる、試料中のポリユビキチン又はポリユビキチン化されたタンパク質の存在を同定する方法。
【請求項５２】
請求項１から３７のいずれか一に記載の少なくとも一の抗体の有効量を患者に投与することを含んでなる、患者のポリユビキチンの調節不全が関連する疾患又は症状の治療のための方法。
【請求項５３】
前記患者が哺乳類の患者である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記患者がヒトである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記疾患が、癌、筋疾患、ユビキチン経路関連の遺伝的疾患、免疫性／炎症性の疾患および神経学的疾患から選択される、請求項５２に記載の方法。
【請求項５６】
前記疾患が、上皮癌、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、白血病、筋ジストロフィー、多発性硬化症、筋萎縮性側索硬化症、嚢胞性線維症、アンジェルマン症候群、リデル症候群、アルツハイマー病、パーキンソン病、ピック病およびパジェット病から選択される、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
ポリユビキチン又はポリユビキチン化タンパク質を含有すると思われる試料中のポリユビキチン又はポリユビキチン化タンパク質の存在を決定する方法であって、該試料を請求項１から３７のいずれか一に記載の少なくとも一の抗体に曝し、そして、試料中のポリユビキチン又はポリユビキチン化タンパク質への少なくとも一の抗体の結合を決定することを含んでなる方法。
【請求項５８】
試料を請求項１から３７のいずれか一に記載の少なくとも一の抗体と接触させることを含んでなる、試料中の非ポリユビキチン化タンパク質からポリユビキチン化タンパク質を分離する方法。
【請求項５９】
細胞を請求項１から３７のいずれか一に記載の少なくとも一の抗体と接触させ、そして、細胞に対する該接触工程の効果を評価することを含んでなる、細胞でのポリユビキチンの機能及び／又は活性を決定する方法。
【請求項６０】
試料を請求項１から３７のいずれか一に記載の少なくとも一の抗体と接触させ、そして、細胞に対する該接触工程の効果を評価することを含んでなる、試料でのポリユビキチンの機能及び／又は活性を決定する方法。
【請求項６１】
ユビキチン分子の第一アミノ酸位の第一リジン残基に結合した少なくとも一のイソペプチドを含む第一ポリユビキチンに特異的に結合する単離された抗体であって、該抗体はユビキチン分子の第二アミノ酸位の第二リジン残基に結合した少なくとも一のイソペプチド結合を含む第二ポリユビキチンに特異的に結合せず、このとき該第一および該第二のアミノ酸位が異なる、抗体。
【請求項６２】
前記抗体がリジン-６３連鎖性ポリユビキチンのエピトープに結合する、請求項２０に記載の単離された抗体。
【請求項６３】
前記エピトープは、リジン-６３連鎖性ポリユビキチンの第二ユビキチンサブユニットと第一ユビキチンサブユニットの両方に残基を含む、請求項６２に記載の単離された抗体。
【請求項６４】
前記エピトープが、Ｇｌｕ-１８、Ｐｒｏ-１９、Ｓｅｒ-２０、Ａｓｐ-２１、Ｔｈｒ-５５、Ｌｅｕ-５６、Ｓｅｒ-５７、Ａｓｐ-５８、Ａｓｎ-６０、Ｉｌｅ-６１、及びＧｌｎ-６２から選択される第一ユビキチンサブユニットに少なくとも一の残基を含む、請求項６３に記載の単離された抗体。
【請求項６５】
前記エピトープが、Ｌｅｕ-８、Ｔｈｒ-９、Ｇｌｕ-３４、Ｇｌｙ-３５、Ｉｌｅ-３６、Ｐｒｏ-３７、Ａｓｐ-３９、Ｇｌｎ-４０、Ｌｅｕ-７１、Ａｒｇ-７２、Ｌｅｕ-７３、Ａｒｇ-７４、Ｇｌｙ-７５から選択される第二ユビキチンサブユニットに少なくとも一の残基を含む、請求項６３に記載の単離された抗体。
【請求項６６】
前記エピトープが、Ｇｌｕ-１８、Ｐｒｏ-１９、Ｓｅｒ-２０、Ａｓｐ-２１、Ｔｈｒ-５５、Ｌｅｕ-５６、Ｓｅｒ-５７、Ａｓｐ-５８、Ａｓｎ-６０、Ｉｌｅ-６１、及びＧｌｎ-６２から選択される第一ユビキチンサブユニットに少なくとも一の残基と、Ｌｅｕ-８、Ｔｈｒ-９、Ｇｌｕ-３４、Ｇｌｙ-３５、Ｉｌｅ-３６、Ｐｒｏ-３７、Ａｓｐ-３９、Ｇｌｎ-４０、Ｌｅｕ-７１、Ａｒｇ-７２、Ｌｅｕ-７３、Ａｒｇ-７４、及びＧｌｙ-７５から選択される第二ユビキチンサブユニットに少なくとも一の残基を含む、請求項６３に記載の単離された抗体。
【請求項６７】
請求項１から３７及び６２から６６のいずれか一に記載の抗体の抗原結合断片。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７２】
抗体-メイタンシノイドコンジュゲートは、抗体又はメイタンシノイド分子のいずれの生物学的活性もほとんど低減することなく、メイタンシノイド分子に抗体を化学的に結合させることにより調製される。例えば、米国特許第５２０８０２０号(この開示内容は出典明記により特別に組み込まれる)を参照。１分子の毒素／抗体は、裸抗体の使用において細胞障害性を高めることが予期されているが、抗体分子当たり、平均３−４のメイタンシノイド分子が結合したものは、抗体の機能又は溶解性に悪影響を与えることなく、標的細胞に対する細胞障害性を向上させるといった効力を示す。メイタンシノイドは当該技術分野でよく知られており、公知の技術で合成することも、天然源から単離することもできる。適切なメイタンシノイドは、例えば米国特許第５２０８０２０号、及び他の特許、及び上述の非特許文献に開示されている。メイタンシノイドは、限定するものではないが、メイタンシノール、及び種々のメイタンシノールエステル等の、メイタンシノール分子の芳香環又は他の位置が修飾されたメイタンシノール類似体を含む。
例えば、米国特許第５２０８０２０号又は欧州特許第０４２５２３５号Ｂ１、Chari等, Cancer Research, 52：127-131(1992)、及び２００４年１０月８日に出願の米国特許出願番号１０／９６０６０２(２００５年８月４日に発行の米国公開２００５／０１６９９３３)(これらの開示内容は出典明記により特別に組み込まれる)に開示されているもの等を含め、抗体-メイタンシノイドコンジュゲートを作製するために、当該技術で公知の多くの結合基がある。リンカー成分ＳＭＣＣを含んでなる抗体-メイタンシノイドコンジュゲートは、２００４年１０月８日に出願の米国公開特許第１０／９６０６０２号に開示されるように調製されうる。結合基には、上述した特許に開示されているようなジスルフィド基、チオエーテル基、酸不安定性基、光不安定性基、ペプチターゼ不安定性基、又はエステラーゼ不安定性基が含まれる。更なる結合基を本願明細書中に記載し、例示する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７４】
アウリスタチン類及びドラスタチン類
いくつかの実施態様では、イムノコンジュゲートは、ドラスタチン又はドロスタチンペプチジル類似体及び誘導体、アウリスタチン(auristatin) (米国特許第５６３５４８３号；同第５７８０５８８号)にコンジュゲートした本発明の抗体を含んでなる。ドラスタチン及びアウリスタチンは、微小管動態、ＧＴＰ加水分解及び核と細胞の分割を妨げ(Woyke 等 (2001) Antimicrob. Agents and Chemother. 45(12): 3580-3584)、抗癌活性(米国特許第５６６３１４９号)及び抗真菌性活性(Pettit 等 (1998) Antimicrob. Agents Chemother. 42:2961-2965)を有することが示されている。ドラスタチン又はアウリスタチン薬剤成分は、ペプチジル薬剤分子のＮ(アミノ)末端又はＣ(カルボキシル)末端により抗体に接着しうる(国際公開第０２／０８８１７２号)。
例示的なアウリスタチンの実施態様は、Ｎ末端連結モノメチルアウリスタチン薬剤成分ＤＥ及びＤＦを含み、"Monomethylvaline Compounds Capable of Conjugation to Ligands"、２００４年１１月５日に出願の米国特許第１０／９８３３４０号(２００５年１０月２７日に発行の米国公開２００５／０２３８６４９)に開示される。この開示内容は出典明記によってその全体が特別に組み込まれる。