【手続補正書】
【提出日】平成23年5月12日(2011.5.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ペプチドまたはポリペプチドのレパートリーからプロテアーゼ耐性ペプチドまたはポリペプチドを選択する方法であって、ペプチドまたはポリペプチドのレパートリーを提供するステップ、そのレパートリーとプロテアーゼをプロテアーゼ活性に好適な条件下で組合わせるステップ、および所望の生物学的活性を有するペプチドまたはポリペプチドを回収しこれによりプロテアーゼ耐性ペプチドまたはポリペプチドを選択するステップを含んでなり、ここでプロテアーゼは痰、胃粘液、鼻粘液、気管支粘液、気管支肺胞洗浄液、肺ホモジネート、肺抽出液、膵臓抽出液、胃液、唾液または涙中に見出されるプロテアーゼから選択される前記方法。
【請求項２】
ペプチドまたはポリペプチドのレパートリーからプロテアーゼ耐性ペプチドまたはポリペプチドを選択する方法であって、ペプチドまたはポリペプチドのレパートリーを提供するステップ、そのレパートリーとプロテアーゼをプロテアーゼ活性に好適な条件下で組合わせるステップ、および所望の生物学的活性を有するペプチドまたはポリペプチドを回収しこれによりプロテアーゼ耐性ペプチドまたはポリペプチドを選択するステップを含んでなり、ここで前記条件は(i)1Oμg/ml〜3mg/mlプロテアーゼ、(ii)2O℃〜4O℃、および(iii)少なくとも30分間である前記方法。
【請求項３】
前記条件(i)が10〜100μg/mlプロテアーゼであり、および/または(ii)が30〜37℃であり、および/または(iii)が少なくとも約1時間である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
プロテアーゼが痰、胃粘液、鼻粘液、気管支粘液、気管支肺胞洗浄液、肺ホモジネート、肺抽出液、膵臓抽出液、胃液、唾液または涙中に見出されるプロテアーゼから選択される、請求項２または３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記プロテアーゼが、セリンプロテアーゼ、システインプロテアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼ、チオールプロテアーゼ、マトリックスメタロプロテアーゼ、カルボキシペプチダーゼA、カルボキシペプチダーゼB、トリプシン、キモトリプシン、ペプシン、パパイン、エラスターゼ、ロイコザイム、パンクレアチン、トロンビン、プラスミン、カテプシンG、プロテイナーゼ1、プロテイナーゼ2、プロテイナーゼ3、サーモリシン、キモシン、エンテロペプチダーゼ、カスパーゼ1、カスパーゼ2、カスパーゼ4、カスパーゼ5、カスパーゼ9、カスパーゼ12、カスパーゼ13、カルパイン、フィカイン、クロストリパイン、アクチニダイン、ブロメライン、およびセパラーゼの1以上を含む、いずれかの先行する請求項に記載の方法。
【請求項６】
前記プロテアーゼが、痰、胃粘液、鼻粘液、気管支粘液、気管支肺胞洗浄液、肺ホモジネート、肺抽出液、膵臓抽出液、胃液、唾液または涙からなる群より選択される生体抽出液、生体ホモジネートまたは生体調製物により提供される、いずれかの先行する請求項に記載の方法。
【請求項７】
前記所望の生物学的活性が結合活性である、いずれかの先行する請求項に記載の方法。
【請求項８】
前記結合活性が、プロテインA、プロテインGまたはプロテインLからなる群より選択されるジェネリックリガンドとの結合である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記結合活性が、ApoE、Apo-SAA、BDNF、カルジオトロフィン-1、CEA、CD40、CD40リガンド、CD56、CD38、CD138、EGF、EGF受容体、ENA-78、エオタキシン、エオタキシン-2、Exodus-2、FAPα、酸性FGF、塩基性FGF、繊維芽細胞成長因子-10、FLT3リガンド、フラクタルカイン（CX3C）、GDNF、G-CSF、GM-CSF、GF-β1、ヒト血清アルブミン、インスリン、IFN-γ、IGF-I、IGF-II、IL-1α、IL-1β、IL-1受容体、IL-1受容体1型、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8（72a.a.）、IL-8（77a.a.）、IL-9、IL-10、IL-11、IL-12、IL-13、IL-15、IL-16、IL-17、IL-18（IGIF）、インヒビンα、インヒビンβ、IP-10、ケラチノサイト成長因子-2（KGF-2）、KGF、レプチン、LIF、リンフォタクチン、ミューラー阻害物質、単球コロニー阻害因子、単球誘引タンパク質、M-CSF、MDC（67a.a.）、MDC（69a.a.）、MCP-1（MCAF）、MCP-2、MCP-3、MCP-4、MDC（67a.a.）、MDC（69a.a.）、MIG、MIP-1α、MIP-1β、MIP-3α、MIP-3β、MIP-4、骨髄前駆体インヒビター因子-1（MPIF-1）、NAP-2、ニュールツリン、神経成長因子、β-NGF、NT-3、NT-4、オンコスタチンM、PDGF-AA、PDGF-AB、PDGF-BB、PF-4、RANTES、SDF1α、SDF1β、SCF、SCGF、幹細胞因子（SCF）、TARC、TGF-α、TGF-β、TGF-β2、TGF-β3、腫瘍壊死因子（TNF）、TNF-α、TNF-β、TNF受容体I、TNF受容体II、TNIL-1、TPO、VEGF、VEGF A、VEGF B、VEGF C、VEGF D、VEGF受容体1、VEGF受容体2、VEGF受容体3、GCP-2、GRO/MGSA、GRO-β、GRO-γ、HCC1、1-309、HER 1、HER 2、HER 3、HER 4、血清アルブミン、vWF、アミロイドα、MMP12、PDK1、IgE、IL-13Rα1、IL-13Rα2、IL-15、IL-15R、IL-16、IL-17R、IL-17、IL-18、IL-18R、IL-23、IL-23R、IL-25、CD2、CD4、CD11a、CD23、CD25、CD27、CD28、CD30、CD40、CD40L、CD56、CD138、ALK5、EGFR、FcER1、TGFb、CCL2、CCL18、CEA、CR8、CTGF、CXCL12（SDF-1）、キマーゼ、FGF、フューリン、エンドテリン-1、エオタキシン、エオタキシン-2、エオタキシン-3、GM-CSF、ICAM-1、ICOS、IgE、IFNa、I-309、インテグリン、L-セレクチン、MIF、MIP4、MDC、MCP-1、MMP、好中球エラスターゼ、オステオポンチン、OX-40、PARC、PD-1、RANTES、SCF、SDF-1、siglec-8、TARC、TGFb、トロンビン、Tim-1、TNF、TRANCE、トリプターゼ、VEGF、VLA-4、VCAM、α4β7、CCR2、CCR3、CCR4、CCR5、CCR7、CCR8、αvβ6、αvβ8、cMET、CD8、vWF、アミロイドα、MMP12、PDK1、およびIgEからなる群より選択される標的リガンドとの特異的結合である、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
所望の生物学的活性を有するペプチドまたはポリペプチドをパニングにより回収する、いずれかの先行する請求項に記載の方法。
【請求項１１】
前記レパートリーが、バクテリオファージディスプレイ、リボソームディスプレイ、乳濁液コンパートメント化ディスプレイ、酵母ディスプレイ、ピューロマイシンディスプレイ、細菌ディスプレイ、プラスミド上のディスプレイ、または共有結合ディスプレイからなる群より選択されるディスプレイシステムを含む、先行する請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ディスプレイシステムが核酸のコーディング機能と核酸がコードするペプチドまたはポリペプチドの機能的特徴を連結する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記ディスプレイシステムが複製可能な遺伝子パッケージを含む、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ディスプレイシステムがバクテリオファージディスプレイを含む、請求項１１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
バクテリオファージディスプレイシステムが多価である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記バクテリオファージがfd、M13、λ、MS2またはT7からなる群より選択される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
pIIIのドメイン1のアミノ末端にあるペプチドまたはポリペプチドがpIII融合タンパク質として提示される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
さらに、所望の生物学的活性を有するペプチドまたはポリペプチドをコードする核酸をファージ増幅、細胞増殖またはポリメラーゼ連鎖反応により増幅するステップを含んでなる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１９】
前記レパートリーが免疫グロブリン単一可変ドメインのレパートリーである、いずれかの先行する請求項に記載の方法。
【請求項２０】
前記免疫グロブリン単一可変ドメインが重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記重鎖可変ドメインまたは前記軽鎖可変ドメインがヒトまたはヒト化重鎖または軽鎖可変ドメインである、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
標的リガンドと高アフィニティで結合するペプチドまたはポリペプチドを、前記ペプチドまたはポリペプチドのレパートリーから選択する、いずれかの先行する請求項に記載の方法。
【請求項２３】
プロテアーゼを100μg/mlで使用し、組合わせたレパートリーおよびプロテアーゼを37℃で少なくとも1時間インキュベートする、いずれかの先行する請求項に記載の方法。
【請求項２４】
それぞれの前記ポリペプチドが標的と結合する免疫グロブリン単一可変ドメイン（dAb）であるいずれかの先行する請求項に記載の方法であって；そのレパートリーを、免疫グロブリン単一可変ドメインのレパートリーを提示するファージディスプレイシステムにより提供し；組合わせるステップにおいてファージディスプレイシステムをエラスターゼ、ロイコザイムおよびトリプシンからなる群より選択されるプロテアーゼとプロテアーゼ活性に好適な条件下で組み合わせ；そして回収ステップにおいて前記標的リガンドと結合する免疫グロブリン単一可変ドメインを含むポリペプチドを提示するファージを回収する前記方法。
【請求項２５】
いずれかの先行する請求項に記載の方法を行うことを含む、プロテアーゼ耐性ペプチドまたはポリペプチドのレパートリーを作製する方法であって、前記回収ステップにおいて、所望の生物学的活性を有する複数のペプチドまたはポリペプチドを回収し、これによりプロテアーゼ耐性ペプチドまたはポリペプチドのナイーブなレパートリーを作製する、前記方法。
【請求項２６】
さらに第2のプロテアーゼをプロテアーゼ耐性ペプチドまたはポリペプチドのレパートリーと第2のプロテアーゼの活性に好適な条件下で組合わせるステップ；および所望の生物学的活性を有する少なくとも1つのペプチドまたはポリペプチドを回収し、これにより請求項４〜６のいずれか1項に定義される第2のプロテアーゼに耐性である少なくとも1つのペプチドまたはポリペプチドを選択するステップを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
プロテアーゼの前記レパートリー中のペプチドまたはポリペプチドとの比（モル／モル基準で）が8,000〜80,000のプロテアーゼ:ペプチドもしくはポリペプチド、または16,00〜160,000のプロテアーゼ:ペプチドもしくはポリペプチドである、いずれかの先行する請求項に記載の方法。
【請求項２８】
先行する請求項のいずれか１項の方法により選択可能なまたは選択した、単離されたプロテアーゼ耐性ペプチドまたはポリペプチド。
【請求項２９】
請求項１〜２７のいずれか１項の方法により選択可能なまたは選択した、単離されたプロテアーゼ耐性免疫グロブリン単一可変ドメイン。
【請求項３０】
トリプシン、エラスターゼおよびロイコザイムから選択される1以上のプロテアーゼに対して、そのプロテアーゼと(i)lOμg/ml〜3mg/mlプロテアーゼ、(ii)2O℃〜4O℃および(iii)少なくとも30分間の条件下でインキュベートしたときに耐性がある免疫グロブリン単一可変ドメインを含む単離された肺標的アンタゴニストであって、肺疾患もしくは症状を治療および／または予防するために患者に投与する前記アンタゴニスト。
【請求項３１】
吸入または鼻腔内により患者に投与する、請求項３０に記載のアンタゴニスト。
【請求項３２】
トリプシン、エラスターゼおよびロイコザイムから選択される1以上のプロテアーゼに対して、そのプロテアーゼと(i)lOμg/ml〜3mg/mlプロテアーゼ、(ii)2O℃〜4O℃および(iii)少なくとも30分間の条件下でインキュベートしたときに耐性がある免疫グロブリン単一可変ドメインを含む単離された胃腸管標的アンタゴニストであって、胃腸管疾患もしくは症状を治療および／または予防するために患者に投与する前記アンタゴニスト。
【請求項３３】
経口、舌下または経直腸で患者に投与する、請求項３２に記載のアンタゴニスト。
【請求項３４】
眼および/または涙中に見出される1以上のプロテアーゼに対して、そのプロテアーゼと(i)lOμg/ml〜3mg/mlプロテアーゼ、(ii)2O℃〜4O℃および(iii)少なくとも30分間の条件下でインキュベートしたときに耐性がある単離されたプロテアーゼ耐性免疫グロブリン単一可変ドメインであって、眼の疾患もしくは症状を治療および／または予防するために患者に投与する、前記単離された免疫グロブリン単一可変ドメイン。
【請求項３５】
眼に局所投与するための、請求項３４に記載の単離された免疫グロブリン単一可変ドメイン。
【請求項３６】
肺疾患もしくは症状を治療および／または予防するために患者に投与する医薬品の製造における、トリプシン、エラスターゼおよびロイコザイムから選択される1以上のプロテアーゼに対して、そのプロテアーゼと(i)lOμg/ml〜3mg/mlプロテアーゼ、(ii)2O℃〜4O℃および(iii)少なくとも30分間の条件下でインキュベートしたときに耐性がある免疫グロブリン単一可変ドメインを含む単離された肺標的アンタゴニストの使用。
【請求項３７】
投与が患者への吸入または鼻腔内投与である、請求項３６に記載の使用。
【請求項３８】
胃腸管疾患もしくは症状を治療および／または予防するために患者に投与する医薬の製造における、トリプシン、エラスターゼおよびロイコザイムから選択される1以上のプロテアーゼに対して、そのプロテアーゼと(i)lOμg/ml〜3mg/mlプロテアーゼ、(ii)2O℃〜4O℃および(iii)少なくとも30分間の条件下でインキュベートしたときに耐性がある免疫グロブリン単一可変ドメインを含む単離された胃腸管標的アンタゴニストの使用。
【請求項３９】
投与が患者への経口、舌下または経直腸投与である、請求項３８に記載の使用。
【請求項４０】
眼の疾患もしくは症状を治療および／または予防するために患者に投与する医薬の製造における、眼および/または涙中に見出される1以上のプロテアーゼに対して、そのプロテアーゼと(i)lOμg/ml〜3mg/mlプロテアーゼ、(ii)2O℃〜4O℃および(iii)少なくとも30分間の条件下でインキュベートしたときに耐性がある単離されたプロテアーゼ耐性免疫グロブリン単一可変ドメインの使用。
【請求項４１】
投与が眼への局所投与である、請求項３３に記載の使用。
【請求項４２】
アンタゴニストがTNFαにアンタゴニスト作用を示す、請求項３０〜３３のいずれか１項に記載のアンタゴニストまたは請求項３４もしくは３５に記載の免疫グロブリン単一可変ドメインまたは請求項３６〜４１のいずれか１項に記載の使用。
【請求項４３】
可変ドメインがTNFR1との結合部位を含む、請求項４２に記載のアンタゴニスト、免疫グロブリン単一可変ドメインまたは使用。
【請求項４４】
アンタゴニストもしくは免疫グロブリン単一可変ドメインがTNFR1、VEGFまたはIL-1R1にアンタゴニスト作用を示す、請求項３０〜３３のいずれか１項に記載のアンタゴニストまたは請求項３４もしくは３５に記載の免疫グロブリン単一可変ドメインまたは請求項３６〜４１のいずれか１項に記載の使用。
【請求項４５】
可変ドメインがTNFR1、VEGFまたはIL-1R1との結合部位をそれぞれ含む、請求項４４に記載のアンタゴニストまたは免疫グロブリン単一可変ドメイン。
【請求項４６】
請求項２８もしくは２９のプロテアーゼ耐性ペプチド、ポリペプチドもしくは可変ドメインまたは請求項３０〜３５のいずれか１項に記載のアンタゴニストもしくは免疫グロブリン単一可変ドメインをコードする単離された核酸。
【請求項４７】
請求項２８もしくは２９のプロテアーゼ耐性ペプチド、ポリペプチドもしくは可変ドメインまたは請求項３０〜３５のいずれか１項に記載のアンタゴニストをコードする組換え核酸。
【請求項４８】
請求項４５または４６に記載の核酸を含むベクター。
【請求項４９】
請求項４７に記載の核酸を含む宿主細胞。
【請求項５０】
請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法により選択可能なもしくは選択したプロテアーゼ耐性ペプチドもしくはポリペプチドまたは請求項３０〜３５のいずれか１項に記載のアンタゴニストもしくは免疫グロブリン単一可変ドメインを作製する方法であって、プロテアーゼ耐性ペプチドもしくはポリペプチドまたはアンタゴニストをコードする組換え核酸を含有する宿主細胞を発現に好適な条件下で維持し、これによりプロテアーゼ耐性ペプチドもしくはポリペプチドまたはアンタゴニストを作製するステップを含んでなる前記方法。
【請求項５１】
医薬に使用するための、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法により選択可能なもしくは選択したプロテアーゼ耐性ペプチドもしくはポリペプチドまたは請求項２８に記載の可変ドメイン。
【請求項５２】
疾患を治療および/または予防する医薬品を製造するための、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法により選択可能なもしくは選択したプロテアーゼ耐性ペプチドもしくはポリペプチドまたは請求項２８に記載の可変ドメイン。
【請求項５３】
請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法により選択可能なもしくは選択したプロテアーゼ耐性ペプチドもしくはポリペプチドまたは可変ドメインの有効量を含む、疾患を治療するための組成物。