【事件の表示】
　特願２００３−５７２０６４「物質の混合物を分析する質量分析方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１５年　９月　４日国際公開、ＷＯ０３／７３４６４、平成１７年　９月　８日国内公表、特表２００５−５２６９６２〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯 
　本願は，平成１５年２月１０日（パリ条約による優先権主張日　平成１４年２月２８日，平成１４年２月２８日，ドイツ）を国際出願日とする出願であって，平成２１年５月１２日付けで拒絶査定がされ，これに対し，同年９月２４日に拒絶査定不服審判の請求がなされるとともに，同日付けで手続補正がなされたものである。さらに，平成２２年６月９日付けで審尋がなされ，回答書が同年１２月１５日付けで請求人より提出されたものである。　
　
第２　平成２１年９月２４日付けの手続補正について
　
１　平成２１年９月２４日付けの手続補正書による手続補正（以下「本件補正」という。）の内容
　
　本件補正は，本願の特許請求の範囲の請求項１を以下のとおり補正するものである。
　
（１）本件補正前の特許請求の範囲の請求項１
「【請求項１】 
　3連4重極質量分析器を用いて物質混合物を分析する質量分析方法であって，前記物質混合物が前記分析の前にイオン化され，前記方法が，
　a)前記質量分析器の第1分析用4重極(I)において，イオン化によって形成されたイオンの質量/電荷比(m/z)を選択するステップと，
　b)衝突ガスで満たされ，衝突室として機能する後続の別の4重極(II)において加速電圧を印加することによって，ステップ(a)で選択された前記イオンを断片化する断片化ステップと，
　c)下流の別の4重極(III)において，前記断片化ステップ(b)によって形成されたイオンの質量/電荷比を選択するステップと（前記方法ステップ(a)〜(c)は少なくとも1回実施される），
　d)前記イオン化の結果として前記物質混合物中に存在するすべてのイオンの前記質量/電荷比を分析するステップであって，分析中に，前記4重極(II)は衝突ガスで満たされているが，加速電圧は印加されないステップと，
　を含み，
　前記ステップ(a)〜(d)は，ステップ(a)，(b)，(c)及び(d)の順番か，またはステップ(d)，(a)，(b)及び(c)の順番で実行され，前記方法ステップ(a)〜(c)は少なくとも1回実施される，方法。」
　
（２）本件補正後の特許請求の範囲の請求項１（下線は，補正箇所を示す。）
「【請求項１】 
　3連4重極質量分析器を用いて物質混合物を分析する質量分析方法であって，前記物質混合物が前記分析の前にイオン化され，前記方法が，
　a)前記質量分析器の第1分析用4重極(I)において，イオン化によって形成されたイオンの質量/電荷比(m/z)を選択するステップと，
　b)衝突ガスで満たされ，衝突室として機能する後続の別の4重極(II)において加速電圧を印加することによって，ステップ(a)で選択された前記イオンを断片化する断片化ステップと，
　c)下流の別の4重極(III)において，前記断片化ステップ(b)によって形成されたイオンの質量/電荷比を選択するステップと
，
　d)前記イオン化の結果として前記物質混合物中に存在するすべてのイオンの前記質量/電荷比を分析するステップであって，分析中に，前記4重極(II)は衝突ガスで満たされているが，加速電圧は印加されないステップと，
　を含み，
　前記ステップ(a)〜(d)は，ステップ(a)，(b)，(c)及び(d)の順番か，またはステップ(d)，(a)，(b)及び(c)の順番で実行され，前記方法ステップ(a)〜(c)は少なくとも1回実施される，方法。」
　
２　本件補正の目的の適否について
　本件補正において，「（前記方法ステップ(a)〜(c)は少なくとも1回実施される）」を削除する補正は，平成２１年５月１２日付け拒絶査定の理由２において「請求項１の記載では，ステップ（ｃ）の定義においてステップ（ｃ）を自己参照している。このような特許請求の範囲の記載の不明確性は，括弧書きに変更したことによって免れるものではない。」と指摘されたことに対応して，請求項１の記載を明りょうにするものである。そうすると，本件補正は，特許法第１７条の２第５項第４号の明りょうでない記載の釈明を目的とするものに該当する。
　
　
第３　本願発明について
　本件補正は，上記のとおり適法になされたものと認められるので，本願の請求項１〜１４に係る発明は，その特許請求の範囲の請求項１〜１４に記載された事項により特定されるとおりのものと認められ，そのうち請求項１は，前記「第２　１（２）」のとおりである。（以下，請求項１に係る発明を「本願発明」という。）　
　
　
第４　引用刊行物の記載事項
　本願優先日前に頒布され，原査定の拒絶の理由において引用された刊行物である国際公開第０１／１５２０１号（以下，「引用例１」という。）には，図面とともに，次の事項が記載されている。（引用例１の日本語訳を記載する。訳文は，対応日本公報である，特表２００３−５０７８７４号公報によるものであり，段落番号も併せて記載したものである。なお，以下において，下線は当審にて付与したものである。）
（１−ア）（引用例１の１８頁１行〜２１頁１２行）
「【特許請求の範囲】
【請求項１】複数の工程の質量分析による分析を行うための装置であって，
  
イオンパケットを生成するパルス状のイオンソース
  １つ以上のセルを含む複数の相互接続されたイオントラップであって，該トラップのうち第１のトラップは，該イオンパケットを受け取る，イオントラップと，
  該セルの各々に接続された電源であって，該セルの各々においてＲＦ電場が生成され，可変性のＤＣ電位およびＡＣ電位が該セルの各々に印加されるように，ＲＦ信号，ＡＣ信号およびＤＣ信号の生成および印加を各セルに対して行う，電源と，
  該ＲＦ信号，該ＡＣ信号または該ＤＣ信号を調整する手段であって，該トラップのうち該第１のトラップにおける対象となるイオンの選択的サンプリングと，該対象となるイオンの１つ以上の隣接するトラップへの輸送と，該対象となるイオンのフラグメント化とを行い，なおかつ，該選択されなかったイオンの該トラップの少なくとも１つへの格納を可能にする，手段と，
  少なくとも１つのトラップのイオンの中身を分析する検出器と，
を備える，装置。
・・・
【請求項１１】
前記イオントラップは，イオンを格納するように構成されたＲＦのみの四極子を含む
・・・
【請求項２４】複数の工程の
質量分析による分析を行う方法
  （ａ）第１のイオントラップセルからの対象となるイオンを選択的にサンプリングして，隣接するイオントラップセルに輸送し，かつ，該第１のイオントラップセル中の選択されなかったイオンを全て継続的に格納する，工程と，
  （ｂ）該隣接するイオントラップセル内の対象となるイオンをフラグメント化する工程と，
  （ｃ）該隣接するイオントラップセルの中身を検出器中に移動させる工程と，
  （ｄ）工程（ａ）〜（ｃ）を１回以上繰り返す工程と，
を包含する，方法。」
　
（１−イ）（同１頁６行〜３頁２１行）
「【０００２】
（発明の分野）
  本発明は概して，質量分析計に関し，詳細には，タンデム質量分析計に関する。より詳細には，本発明は，質量分析の装置および方法に関する。これらの質量分析の装置および方法は，多段型の質量分析解析と，低分解能の多段型の質量分析デバイスと外部の高分解能質量分析計との結合とについて，効果的な解決方法を提供する。
【０００３】
（発明の背景）
  従来のタンデム質量分析計（ＭＳ−ＭＳ）は，対象サンプルの構造に関する情報を得る際に用いられてきた。ＭＳ−ＭＳ器具において，第１の質量分析計を用いて，対象となる主要イオン（例えば，特定の生体分子化合物（例えばペプチド）の分子イオン）を選択し，その内部エネルギーを増加させること（例えば，そのイオンを中性分子と衝突させること）により，そのイオンをフラグメント化させる。次いで，第２の質量分析計によって，フラグメントイオンのスペクトルを解析し，主要イオンの構造は，フラグメント化のパターンを解釈することにより判定可能な場合が多い。・・・このようなさらなる解析は，質量電荷比（ｍ／ｚ）の単離およびフラグメント化に対するシーケンスの繰り返しからなる。いくつかの場合において，単一の親イオンから誘導された異なるｍ／ｚフラグメントをさらに解析し，他の場合において，単一のｍ／ｚフラグメントに，『ｎ』質量分析による一連の工程を行って，もともとの親イオンに関する関連情報を得る。
このような継続的な質量分析による解析は，当該分野においてＭＳ
n
解析と呼ばれている。以下に述べるように，ＭＳ
n
解析を行う際，様々な種類の質量分析計が用いられてきた
・・・
【０００７】
  
現在，タンデム質量分析計の最も一般的な形態は３重になった４極であり，その場合，双方の質量分析計は４極であり，ＲＦのみを用いた４極が衝突性セルとして機能して，イオン輸送を向上させる
・・・
【０００９】
  より最近では，４極の代わりに，線形イオントラップ（ＬＩＴ）が用いられている。４極に静電「プラグ」を付加すると，イオンのトラップを長時間行うことが可能となる。この４極界の構造によって，３−Ｄイオントラップ技術において開発された様々な分離方法および励起方法を適用し，これらの方法によって，ＬＩＴからのイオンビーム導入および排出を容易に行うことが可能となる。」
　
（１−ウ）（同４頁５〜１１行）
「【００１１】
（発明の要旨）
  本発明は，高感度の多段型の（ＭＳ”）（当審注：「（ＭＳ”）」は，「ＭＳn」の誤記である。）質量分析計および質量分析による方法を提供することにより，従来技術の不利点および限界を解消する。この方法は，単離段階におけるイオン損失を無くすことが可能である。選択されたイオンを解離し，かつ，その後のフラグメントイオンの単離，解離および質量分析による解析の際に残りのイオン集合が利用可能とするような様式で，対象となるイオンを，他のｍ／ｚ値のイオンを拒否することなく（ｍ／ｚ値だけ）物理的に単離する。」
　
（１−エ）（同６頁３１〜７頁５行）
「【００２３】
  
上述の選択的イオン移動の方法の一局面において，移動しないイオンをイオントラップ内に保持して，その後の解析に用いる。これは，他の成分の排出によってイオンを単離させる従来の選択方法と対照的である
【００２４】
  
本発明の一実施形態によるイオンのフラグメント化を行う方法は，セル間のＤＣ電界を用いる
ことによってセル間のイオンを加速することによって，達成される
　
（１−オ）（同７頁２３行〜８頁１９行）
「【００２５】
（本発明の詳細な説明）
  図１を参照して，簡単に説明すると，
本発明のタンデム質量分析計１０は，パルス化イオン源１１と，連結オープンセルの直線状アレイを含むイオントラップのアレイ１２と
図示される直線状アレイは，ガードセル６０，６１，６２，６３の間に挿入された格納セル５１，５２，５３によって構成された３つの質量分解トラップからなる
【００２６】
  動作時に，パルス化イオン源１１は，サンプルをイオン化し，イオンの混合物でアレイの第１のセルを満たす。アレイの第１のセルは，単一のイオンパケットを規定する。イオンは，中程度のガス圧（例えば，１０−４ｔｏｒｒ）のセル１２ａにおいて，トラップされて，衝突して冷却される。無線周波数（ＲＦ），直流（ＤＣ）および交流（ＡＣ）電位の組み合わせが，電源のセット１４によって生成され，アレイを作成するセルの個々の電極に印加される。格納セルとガードセルとの間にＤＣ電位差を印加することにより，格納セルにトラップされたイオンを分離する実効バリアを生成する。軸（ｚ）運動を生じるためにイオンの励起に結合したこのバリアを調整することにより，イオンはトラップのアレイを移動できる（以下に詳細に説明する）。
印加電圧に応じて，セル１２ａ，１２ｂ，１２ｃの各々は，それぞれ，イオンのフラグメント化，イオンの格納，イオンの衝突冷却，イオンを隣接セルに，および，検出器に移動させる機能を有するイオントラップになる
【００２７】
  図２を参照し，
仮想的な３つの分子のイオンの混合物に対する可能なすべてのフラグメントチャネルを示すフローチャートを用いて，図１の質量分析計によって可能となる『分岐ＭＳ
３
』方法を示す
　
（１−カ）（同９頁４行〜１０頁２行）
「【００２８】
・・・
  表１は，
イオン種１，２，３からなるイオンパケットから単一のイオン種を完全にＭＳ
３
解析するために，図１のアレイにおいてイオンを操作し，格納する例を示す
イオン１，２，３の混合物は，始めに第１の格納セル１２ａに注入される。第２のステップにおいて，イオンパケットの一部は，次のセル１２ｂに非選択的に移動される。次いで，第３のステップにおいて，イオン混合物は，最後のセル１２ｃに非選択に移動され，第４のステップにおいて，最後のセルのイオンの中身は排出され，質量分析され，ＭＳ
１
解析に対応する情報を提供する。このような質量分析の詳細を引き続いて説明する。はじめの４つステップのサイクルにより，１次イオンの質量を決定することができる。ステップ５において，予め決定された質量のイオン１は，セル１２ａからセル１２ｂに選択的に移動される。ステップ６において，１２ｂのイオン種１は，例えば，選択的なＡＣ励起を印加することによって，フラグメント化される。あるいは，イオンが，セル１２ａとセル１２ｂとの間を十分なＤＣオフセットによって加速される場合，ステップ５および６は組み合わされ得る。イオンフラグメントの質量はステップ７およびステップ８において特徴付けられる。セル１２ｂのイオンの中身の一部は最後のセル１２ｃに移動し，続いて，質量分析され，したがって，ＭＳ
２
解析に対応する情報を提供する
　
（１−キ）（同１２頁１９〜３３行）
「【００３５】
  ・・・
イオンの内部エネルギーがＤＣバリアの高さのフラグメント化の閾値および運動エネルギーを超えない限り，希薄気体における衝突冷却が原因で，イオンはその運動エネルギーを失い，かつ格納セルの中心に閉じ込められる
セル間のイオン非選択移送は，ドナーセルの電位より下にある標的（アクセプタ）セルのＤＣ電位を低減することによって，および中間にあるガードセルの電位を下げることによって達成される
　
（１−ク）（同１４頁４〜８行）
「【００４０】
  好適な１実施形態において，
フラグメント化はドナーセルとアクセプタセルとの間のＤＣ電位差を，イオン質量１ｋＤ毎に４０Ｖの閾値レベルより上に上昇させることによって達成される。サンプルイオンはセルの間で加速され，アクセプタセルにおけるガス分子とのエネルギー衝突を受ける。運動エネルギーは，内部エネルギーに変換されて，イオンはトラップされ，一様な低運動エネルギーを有するフラグメントイオンを生成し，同様にトラップされる
　
（１−ケ）（同１４頁２１行〜１５頁２４行）
「【００４２】
  選択的サンプリングのより高い分解能が所望される場合，トラップのアレイは，例えば，ＲＦオンリー四極子トラップ（図４Ａ）およびポールトラップ（図４Ｂ）等，トラップの代替的タイプを用いて構成され得る。
【００４３】
  図４Ａを参照して，
イオントラップアレイは，ＲＦオンリー四極子トラップからなる。それぞれのトラップは，２つのプレート電極に取り囲まれた４つの円筒ロッド（四極子）から作製される格納セルを含む。プレートは隣接トラップ間で共用される。ガードプレートにおける高ＤＣ電圧は，静的バリアを供給し，これは通常，イオンを格納四極子セル内に保持する
【００４４】
  
動作において，イオン非選択的移送，フラグメント化および減衰の工程は，厳密に上記のＨＬＴトラップについての説明のように実施される。選択イオン移送の工程は，ＲＦオンリー四極子トラップにとって一意の態様で実行される
対象イオンは，ＲＦ電場によってか，または追加的ＡＣ信号によって選択的に励起され，運動エネルギーを獲得し，ＤＣバリアを貫き，そして隣接トラップに移送される
特定のｍ／ｚイオンは，選択的に放射的に励起され，より高い運動エネルギーを獲得する。上述の，放射運動と軸運動との間の結合のために，イオンの軸運動エネルギーは上昇し，イオンはＤＣバリアを貫いて移送される
【００４５】
  イオン選択の分解能は，オープンキュービックセルと比較して改善されるので，ＭＳn結果および情報内容の特殊性は，外部質量分析計が無い場合でも高くなり得る。
最後のセル自体は質量分析のために使用される。分離したＲＦ電圧は，ＲＦオンリー四極子またはポールイオントラップ技術と同様に，イオンの時間分解検出器上への迅速な共振排出のための最終セルに付与され得る。分離したＲＦ電圧は，選択的サンプリングの分析能をも改善する
　
（１−コ）
　表１には，工程６において，
イオン１をフラグメント化することによりフラグメント１１，１２，１３が得られる
　
　上記摘記事項（１−オ）および（１−カ）に記載の実施例において，「格納セルＳ１，Ｓ２，Ｓ３」および「ガードセルＧ０，Ｇ１，Ｇ２，Ｇ３」の具体的構成は特定されていない。しかし，同摘記事項（１−ア）における「・・・【請求項１１】前記イオントラップは，イオンを格納するように構成されたＲＦのみの四極子を含む，・・・」の記載，および，同摘記事項（１−ケ）における「【００４２】選択的サンプリングのより高い分解能が所望される場合，トラップのアレイは，例えば，ＲＦオンリー四極子トラップ（図４Ａ）・・・等，トラップの代替的タイプを用いて構成され得る。【００４３】図４Ａを参照して，イオントラップアレイは，ＲＦオンリー四極子トラップからなる。それぞれのトラップは，２つのプレート電極に取り囲まれた４つの円筒ロッド（四極子）から作製される格納セルを含む。プレートは隣接トラップ間で共用される。ガードプレートにおける高ＤＣ電圧は，静的バリアを供給し，これは通常，イオンを格納四極子セル内に保持する。・・・」の記載からみて，引用例１には，上記「格納セルＳ１，Ｓ２，Ｓ３」および「ガードセルＧ０，Ｇ１，Ｇ２，Ｇ３」を，それぞれ，「ＲＦのみの四極子を含む格納セルＳ１，Ｓ２，Ｓ３」および「ガードプレートＧ０，Ｇ１，Ｇ２，Ｇ３」とすることも記載されているといえる。
　
　そうすると，上記摘記事項からみて，引用例１には，以下の発明が記載されていると認められる。
　
「ＲＦのみの四極子を含む格納セルＳ１，Ｓ２，Ｓ３，および，ガードプレートＧ０，Ｇ１，Ｇ２，Ｇ３を含むタンデム質量分析計１０によって，仮想的な３つの分子のイオン１，２，３の混合物について，質量分析による分析を行う方法であって，パルス化イオン源１１によってイオンパケットを生成する工程を有し，前記方法が，
　イオン１，２，３の混合物を，第１の格納セルＳ１に注入し，イオンパケットの一部を，次のセルＳ２に非選択的に移動し，イオン混合物を，最後のセルＳ３に非選択に移動し，最後のセルＳ３のイオンの中身を排出して質量分析し，ＭＳ１解析に対応する情報を提供する工程と，
　予め決定された質量のイオン１を，セルＳ１からセルＳ２に選択的に移動し，セルＳ２のイオン１を，セルＳ１とセルＳ２との間を十分なＤＣオフセットによって加速させることにより，フラグメント化する工程と，
　フラグメント１１，１２，１３の中身の一部を，最後のセルＳ３に移動し，続いて，質量分析し，ＭＳ２解析に対応する情報を提供する工程と，
　を含む方法。」（以下，「引用発明」という。）
　
　
第５　対比・判断
　
１　対比 
　本願発明と引用発明とを対比する。
　
ア　引用発明の「ＲＦのみの四極子を含む格納セルＳ１，Ｓ２，Ｓ３，および，ガードプレートＧ０，Ｇ１，Ｇ２，Ｇ３を含むタンデム質量分析計１０」は，「四極子」が，引用例１の「quadrupole」を訳したものであり，「quadrupole」は，「４重極」を意味するものであること，「タンデム」は，「同種のものを串形に配列した機械（広辞苑第５版）」を意味するものであって，３つの格納セルＳ１，Ｓ２，Ｓ３が連なっていることが明らかであること，および，引用例１の摘記事項（１−エ）における「【００２３】上述の選択的イオン移動の方法の一局面において，移動しないイオンをイオントラップ内に保持して，その後の解析に用いる。これは，他の成分の排出によってイオンを単離させる従来の選択方法と対照的である。」の記載からみて，イオントラップ型の３連４重極型質量分析器であるといえる。
　また，引用発明では，イオン化された物質を分析しているのであるから，「パルス化イオン源１１によってイオンパケットを生成する工程」が，分析の前に行われていることは自明である。
　してみると，引用発明の「ＲＦのみの四極子を含む格納セルＳ１，Ｓ２，Ｓ３，および，ガードプレートＧ０，Ｇ１，Ｇ２，Ｇ３を含むタンデム質量分析計１０によって，仮想的な３つの分子のイオン１，２，３の混合物について，質量分析による分析を行う方法であって，パルス化イオン源１１によってイオンパケットを生成する工程を有」する点と，本願発明の「3連4重極質量分析器を用いて物質混合物を分析する質量分析方法であって，前記物質混合物が前記分析の前にイオン化され」る点とは，「3連4重極型質量分析器を用いて物質混合物を分析する質量分析方法であって，前記物質混合物が前記分析の前にイオン化され」る点で共通する。
　
イ　本願発明の「第1分析用4重極(I)」は，イオンの質量を選択するものである。
　他方，引用例１の摘記事項（１−オ）における「【００２５】・・・格納セル５１，５２，５３によって構成された３つの質量分解トラップからなる。・・・」の記載，および，同摘記事項（１−ケ）における「【００４４】・・・対象イオンは，ＲＦ電場によってか，または追加的ＡＣ信号によって選択的に励起され，運動エネルギーを獲得し，ＤＣバリアを貫き，そして隣接トラップに移送される。・・・特定のｍ／ｚイオンは，選択的に放射的に励起され，より高い運動エネルギーを獲得する。上述の，放射運動と軸運動との間の結合のために，イオンの軸運動エネルギーは上昇し，イオンはＤＣバリアを貫いて移送される。・・・」の記載からみて，引用発明の「格納セルＳ１」は，イオンの質量／電荷比を選択するものであるといえるから，本願発明の「第1分析用4重極(I)」に相当する。
　また，引用発明の「予め決定された質量のイオン１を，セルＳ１からセルＳ２に選択的に移動」することが，「格納セルＳ１」において，イオンの質量／電荷比を選択することによる行われるものであることは明らかである。
　してみると，引用発明の「予め決定された質量のイオン１を，セルＳ１からセルＳ２に選択的に移動」する点は，本願発明の「a)前記質量分析器の第1分析用4重極(I)において，イオン化によって形成されたイオンの質量/電荷比(m/z)を選択するステップ」に相当する。
　
ウ　引用例１の摘記事項（１−ク）における「【００４０】好適な１実施形態において，フラグメント化はドナーセルとアクセプタセルとの間のＤＣ電位差を，イオン質量１ｋＤ毎に４０Ｖの閾値レベルより上に上昇させることによって達成される。サンプルイオンはセルの間で加速され，アクセプタセルにおけるガス分子とのエネルギー衝突を受ける。運動エネルギーは，内部エネルギーに変換されて，イオンはトラップされ，一様な低運動エネルギーを有するフラグメントイオンを生成し，同様にトラップされる。」の記載からみて，引用発明の「格納セルＳ２」は，アクセプタセルであって，衝突ガスで満たされているといえるから，本願発明の「衝突室として機能する後続の別の4重極(II)」に相当する。
　してみると，引用発明の「セルＳ２のイオン１を，セルＳ１とセルＳ２との間を十分なＤＣオフセットによって加速させることにより，フラグメント化する工程」は，本願発明の「b)衝突ガスで満たされ，衝突室として機能する後続の別の4重極(II)において加速電圧を印加することによって，ステップ(a)で選択された前記イオンを断片化する断片化ステップ」に相当する。
　
エ　引用発明の「格納セルＳ３」は，本願発明の「下流の別の4重極(III)」に相当する。
　また，４重極型質量分析器による質量分析が，質量／電荷比の分析を意味することは技術常識であること，および，引用例１の摘記事項（１−ケ）における「【００４５】・・・最後のセル自体は質量分析のために使用される。分離したＲＦ電圧は，ＲＦオンリー四極子またはポールイオントラップ技術と同様に，イオンの時間分解検出器上への迅速な共振排出のための最終セルに付与され得る。分離したＲＦ電圧は，選択的サンプリングの分析能をも改善する。・・・」の記載からみて，引用発明の「格納セルＳ３」は，質量／電荷比を選択するものであるといえる。　
　してみると，引用発明の「フラグメント１１，１２，１３の中身の一部を，最後のセルＳ３に移動し，続いて，質量分析し，ＭＳ２解析に対応する情報を提供する工程」は，本願発明の「c)下流の別の4重極(III)において，前記断片化ステップ(b)によって形成されたイオンの質量/電荷比を選択するステップ」に相当する。
　
オ　上記「エ」で検討のとおり，４重極型質量分析器による質量分析が，質量／電荷比の分析を意味することは技術常識である。
　してみると，引用発明の「イオン１，２，３の混合物を，第１の格納セルＳ１に注入し，イオンパケットの一部を，次のセルＳ２に非選択的に移動し，イオン混合物を，最後のセルＳ３に非選択に移動し，最後のセルＳ３のイオンの中身を排出して質量分析し，ＭＳ１解析に対応する情報を提供する工程」と，本願発明の「d)前記イオン化の結果として前記物質混合物中に存在するすべてのイオンの前記質量/電荷比を分析するステップであって，分析中に，前記4重極(II)は衝突ガスで満たされているが，加速電圧は印加されないステップ」とは，「d)前記イオン化の結果として前記物質混合物中に存在するイオンの前記質量/電荷比を分析するステップ」である点で共通する。
　
カ　引用発明の「イオン１，２，３の混合物を，第１の格納セルＳ１に注入し，イオンパケットの一部を，次のセルＳ２に非選択的に移動し，イオン混合物を，最後のセルＳ３に非選択に移動し，最後のセルＳ３のイオンの中身を排出して質量分析し，ＭＳ１解析に対応する情報を提供する工程と，予め決定された質量のイオン１を，セルＳ１からセルＳ２に選択的に移動し，セルＳ２のイオン１を，セルＳ１とセルＳ２との間を十分なＤＣオフセットによって加速させることにより，フラグメント化する工程と，フラグメント１１，１２，１３の中身の一部を，最後のセルＳ３に移動し，続いて，質量分析し，ＭＳ２解析に対応する情報を提供する工程と，を含む点」と，本願発明の「前記ステップ(a)〜(d)は，ステップ(a)，(b)，(c)及び(d)の順番か，またはステップ(d)，(a)，(b)及び(c)の順番で実行され，前記方法ステップ(a)〜(c)は少なくとも1回実施される」点とは，「前記ステップ(a)〜(d)は，ステップ(d)，(a)，(b)及び(c)の順番で実行され，前記方法ステップ(a)〜(c)は1回実施される」点で一致する。
　
　してみると，両者は， 
　
（一致点）
「3連4重極型質量分析器を用いて物質混合物を分析する質量分析方法であって，前記物質混合物が前記分析の前にイオン化され，前記方法が，
　a)前記質量分析器の第1分析用4重極(I)において，イオン化によって形成されたイオンの質量/電荷比(m/z)を選択するステップと，
　b)衝突ガスで満たされ，衝突室として機能する後続の別の4重極(II)において加速電圧を印加することによって，ステップ(a)で選択された前記イオンを断片化する断片化ステップと，
　c)下流の別の4重極(III)において，前記断片化ステップ(b)によって形成されたイオンの質量/電荷比を選択するステップと，
　d)前記イオン化の結果として前記物質混合物中に存在するイオンの前記質量/電荷比を分析するステップと，
　を含み，
　前記ステップ(a)〜(d)は，ステップ(d)，(a)，(b)及び(c)の順番で実行され，前記方法ステップ(a)〜(c)は1回実施される，方法。」
の点で一致し，以下の点で相違する。
　
（相違点１）「3連4重極型質量分析器」が，本願発明では，限定されていない「3連4重極質量分析器」であるのに対し，引用発明では，イオントラップ型の3連4重極型質量分析器である点。
　
（相違点２）「d)前記イオン化の結果として前記物質混合物中に存在するイオンの前記質量/電荷比を分析するステップ」が，本願発明では，前記物質混合物中に存在する「すべての」イオンの前記質量/電荷比を分析するステップであって，「分析中に，前記4重極(II)は衝突ガスで満たされているが，加速電圧は印加されないステップ」であるのに対し，引用発明では，そのようなステップであるかが不明な点。
　
２　相違点１について
　本願明細書の段落【００２８】における「本発明による方法では，個々の4重極は，イオンを収集するイオン・トラップとしても動作し得る。次いで，このイオン・トラップから，イオンが再度放出されて，ある時間の後で分析を行うことができる。」の記載，および，同段落【００２９】における「 3連4重極質量分析器で用いられる4重極は，生成されたイオンを保持する・・・ことができる3次元電界を生成する。」の記載からみて，本願発明では，「3連4重極質量分析器」，すなわち，個々の４重極である「第1分析用4重極(I)」，「衝突室として機能する後続の別の4重極(II)」および「下流の別の4重極(III)」が，イオントラップ型の４重極であることも包含しているといえる。
　さらに言えば，例えば，本願優先日前に頒布された刊行物である国際公開第００／７３７５０号では，「3連4重極質量分析器」の用語が，イオントラップ型の４重極に対しても用いられている。（上記国際公開第００／７３７５０号の対応日本公報である特表２００３−５０１７９０号公報の「【００６０】・・・次に，標準的なＱｑＱ三連四重極質量分析計に基づく本発明の第４の実施形態を示す図６を参照する。・・・【００６２】・・・Ｑ３は，・・・低圧ロッド型イオントラップとして操作される。・・・」の記載を参照。）
　してみると，引用発明におけるイオントラップ型の3連4重極型質量分析器は，本願発明の「3連4重極質量分析器」に相当するといえるから，上記相違点１は実質的な相違点であるとはいえない。
　仮に，上記相違点１が実質的な相違点であるとしても，以下の理由１〜３により，引用発明において，「イオントラップ型の3連4重極型質量分析器」を，非イオントラップ型の3連4重極型質量分析器である「3連4重極質量分析器」とすることは，当業者が適宜選択し得る設計的事項であるといえる。
　
理由１
　引用例１の摘記事項（１−イ）に「【０００３】・・・このような継続的な質量分析による解析は，当該分野においてＭＳn解析と呼ばれている。以下に述べるように，ＭＳn解析を行う際，様々な種類の質量分析計が用いられてきた。・・・」と記載されているように，そもそも，質量分析器としてどのような質量分析器を採用するかは，当業者が適宜選択し得る設計的事項である。
　
理由２
　解析に用いるサンプルが多量に存在する場合には，単離段階におけるイオン損失を無くすこと（引用例１の摘記事項（１−ウ））は重要でないといえるから，そのような場合には，イオン損失の無いイオントラップ型の質量分析器に代えて，イオン損失のある非イオントラップ型の質量分析器を採用することは，当業者が適宜選択し得る設計的事項である。
　
理由３
　親イオン，および，フラグメントイオンを分析するために，非イオントラップ型の質量分析器を採用することが，例えば，米国特許出願公開第２００１／００５２５６９号明細書（段落［００８９］および［００９０］），および，米国特許第６３３１７０２号明細書（１１欄４９行〜１２欄２行および１２欄９〜２７行）に記載されているように，本願優先日前に周知である。
　してみると，引用発明において，イオントラップ型の質量分析器に代えて，上記周知の非イオントラップ型の質量分析器を採用することは，当業者が適宜選択し得る設計的事項である。
　
理由４
　イオン損失の無いイオントラップ型の質量分析器に代えて，イオン損失のある非イオントラップ型の質量分析器を採用することにより，当業者が予測困難な格別顕著な効果を奏するものとは認められない。
　
３　相違点２について
（１）d)前記イオン化の結果として前記物質混合物中に存在するイオンの前記質量/電荷比を分析するステップが，前記物質混合物中に存在する「すべての」イオンの前記質量/電荷比を分析するステップである点について
　質量分析器の分野において，混合物を質量分析する際に，当該混合物中に存在するすべての物質の質量/電荷比を分析するようにすることは，常套の技術手段であるから，引用発明において，混合物中に存在するすべてのイオンであるイオン１，２，３の質量／電荷比を分析するようにすることは，当業者であれば，何ら困難性はなく，容易に想到し得る事項であるといえる。
　
（２）d)前記イオン化の結果として前記物質混合物中に存在するイオンの前記質量/電荷比を分析するステップが，「分析中に，前記4重極(II)は衝突ガスで満たされているが，加速電圧は印加されないステップ」である点について
　引用例１の摘記事項（１−オ）における「【００２６】・・・印加電圧に応じて，セル１２ａ，１２ｂ，１２ｃの各々は，それぞれ，イオンのフラグメント化，イオンの格納，イオンの衝突冷却，イオンを隣接セルに，および，検出器に移動させる機能を有するイオントラップになる。・・・」の記載，および，同摘記事項（１−ク）における「【００４０】・・・フラグメント化はドナーセルとアクセプタセルとの間のＤＣ電位差を，イオン質量１ｋＤ毎に４０Ｖの閾値レベルより上に上昇させることによって達成される。サンプルイオンはセルの間で加速され，アクセプタセルにおけるガス分子とのエネルギー衝突を受ける。運動エネルギーは，内部エネルギーに変換されて，イオンはトラップされ，一様な低運動エネルギーを有するフラグメントイオンを生成し，同様にトラップされる。」の記載からみて，フラグメント化を行う際にのみ，ドナーセルとアクセプタセルとの間のＤＣ電位差を，イオン質量１ｋＤ毎に４０Ｖの閾値レベルより上に上昇させる，すなわち，加速電圧を印加する必要があるといえるから，フラグメント化が不必要な工程においては，フラグメント化を伴うような加速電圧を印加しないことは，当業者であれば，当然になし得る事項であるといえる。
　また，引用例１の摘記事項（１−キ）における「【００３５】・・・イオンの内部エネルギーがＤＣバリアの高さのフラグメント化の閾値および運動エネルギーを超えない限り，希薄気体における衝突冷却が原因で，イオンはその運動エネルギーを失い，かつ格納セルの中心に閉じ込められる。・・・セル間のイオン非選択移送は，ドナーセルの電位より下にある標的（アクセプタ）セルのＤＣ電位を低減することによって，および中間にあるガードセルの電位を下げることによって達成される。・・・」の記載からみて，引用発明では，フラグメント化が不必要な工程である「前記イオン化の結果として前記物質混合物中に存在するイオンの前記質量/電荷比を分析するステップ」においても，格納セルＳ２は，衝突ガスで満たされているといえる。仮に，「前記イオン化の結果として前記物質混合物中に存在するイオンの前記質量/電荷比を分析するステップ」において，格納セルＳ２は，衝突ガスで満たされているといえないとしても，フラグメント化を伴うような加速電圧を印加しなければ，衝突ガスの有無にかかわらずフラグメント化が生じないことは，例えば，引用例１（摘記事項（１−キ）），特表２００１−５００３０５号公報（３７頁１５〜１６行），上記米国特許出願公開第２００１／００５２５６９号明細書（段落［００９０］），および，上記米国特許第６３３１７０２号明細書（１１欄４９〜５７行）に記載されているように技術常識であるから，引用発明において，「前記イオン化の結果として前記物質混合物中に存在するイオンの前記質量/電荷比を分析するステップ」においても，フラグメント化が必要な工程と同様に，「格納セルＳ２」内を，衝突ガスで満たされた状態に放置しておくことは，当業者であれば，何ら困難性はなく，容易に想到し得る事項であるといえる。
　
　そして，本願明細書に記載された本願発明によってもたらされる効果は，引用例１から，当業者であれば予測することができる程度のものであり，格別顕著なものとはいえない。
  
４　まとめ  
　上記のとおり，本願発明は，引用発明に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものである。 
　
　
第６　むすび　 
　以上のとおり，本願発明は，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから，他の請求項について言及するまでもなく，本願は，拒絶すべきものである。
　
　よって，結論のとおり審決する。