【手続補正書】
【提出日】平成23年9月28日(2011.9.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
物質の組成の一般的な化学構造記述を列挙可能にする方法であって、
マーカッシュ構造コアトポロジー記述子を生成及び格納するステップと、
マーカッシュ構造置換基断片トポロジー記述子を生成及び格納するステップと、
マーカッシュ構造コアトポロジー記述子と、マーカッシュ構造置換基断片トポロジー記述子と、前記マーカッシュ構造置換基断片トポロジー記述子に対するマーカッシュ構造コアトポロジー記述子の結合点との間の関連付けを行なうことにより列挙規則を生成及び格納するステップと、
前記列挙規則に従って個々の種を列挙するステップと、
前記列挙された種を特徴付ける情報を表示するステップとから成ることを特徴とする方法。
【請求項２】
前記マーカッシュ構造トポロジー記述子を生成及び格納するステップは、
ユーザクエリからのマーカッシュ構造関連探索結果を前記探索結果に対するマーカッシュ構造トポロジー情報を含むマーカッシュ構造データベースに提供することと、
前記マーカッシュ構造データベースのマーカッシュ構造トポロジー情報を列挙可能なマーカッシュ構造トポロジー記述子に変換することと、
前記列挙可能なマーカッシュ構造トポロジー記述子を断続的なデータベースに格納することとを含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記マーカッシュ構造データベースは、ＭＭＳ又はＭａｒｐａｔマーカッシュ構造データベースの少なくとも一方を含むことを特徴とする請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記置換基断片トポロジー記述子を生成及び格納するステップは、
置換基定義の専門用語を取得することと、
前記置換基定義を列挙可能な構造断片を含む置換基断片トポロジー記述子と置換することにより、前記専門用語を列挙可能な置換基断片トポロジー記述子に変換することと、
前記列挙可能な置換基断片トポロジー記述子をデータベースに格納することとを含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記置換基定義の専門用語は、
マーカッシュ構造データベースと、
特許関連文献の請求項と、
包括的な化学構造記述の、ユーザにより作成された変換とのうちの１つから取得されることを特徴とする請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記列挙規則を生成及び格納するステップは、
一般的な化学構造トポロジー記述を列挙の準備が整った形式に変換することと、
前記列挙可能なマーカッシュ構造トポロジー記述子とマーカッシュ構造テキスト情報との間の関連付けを行なうことにより列挙規則を生成することと、
前記列挙可能なマーカッシュ構造トポロジー記述子及び前記列挙規則をデータベースに格納することとを含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記一般的な化学構造トポロジー記述を変換するステップは、一般的な化学構造表現を描画することを可能にする市販のソフトウェアを使用して実行されることを特徴とする請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記一般的な化学構造トポロジー記述を変換するステップは、マーカッシュ構造データベースからマーカッシュ構造トポロジー情報をインポートし且つ前記インポートされたマーカッシュ構造トポロジー情報を列挙の準備が整ったマーカッシュ構造トポロジー記述子に変換することにより実行されることを特徴とする請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記インポートされたマーカッシュ構造トポロジー情報は、一般的な化学構造表現の変換を可能にする機械支援変換処理又はユーザ誘導ソフトウェア、あるいは機械可読形式への一般的な化学構造表現の画像の変換を可能にする機械支援処理のうちの１つを使用して、列挙の準備が整ったマーカッシュ構造トポロジー記述子に変換されることを特徴とする請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記列挙の準備が整ったトポロジー記述子とマーカッシュ構造テキスト情報との間の関連付けを行なうステップは、特定のマーカッシュ構造コアトポロジー記述子の間にユーザに誘導された関連付けを行なうことにより且つ前記マーカッシュ構造コアトポロジー記述子及び置換基のトポロジー記述子の結合点の間にユーザに誘導された関連付けを行なうことにより実行されることを特徴とする請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
物質の組成の一般的な化学構造記述を列挙する方法であって、
列挙規則に従って、選択された置換基断片トポロジー記述子を選択されたマーカッシュ構造コア記述子に結合することにより個々の種を列挙するステップと、
前記個々の種の各々に識別子を割り当てるステップと、
前記識別子をデータベースに格納するステップと、
識別子が前記データベースから検索される種を特徴付ける情報を表示するステップとから成ることを特徴とする方法。
【請求項１２】
前記個々の種を列挙するステップは、
列挙の準備が整ったマーカッシュ構造コアトポロジー記述子をマーカッシュ構造エニュメレータにインポートすることと、
列挙の準備が整った置換基構造断片トポロジー記述子を前記マーカッシュ構造エニュメレータにインポートすることと、
列挙規則を前記マーカッシュ構造エニュメレータにインポートすることと、
前記種を列挙するために、前記列挙規則により規定されるような置換基の無作為の選択を使用して前記列挙の準備が整った置換基構造断片トポロジー記述子を前記列挙の準備が整ったマーカッシュ構造コアトポロジー記述子に結合することとを含むことを特徴とする請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記識別子を、前記種を与える前記列挙規則情報と、前記化学構造を規定する前記トポロジー記述子と、前記列挙された種を与える前記マーカッシュ構造記述子の起点を規定する情報と、に関連付けるステップと、
前記関連付けられた情報を列挙化合物データベースにエクスポートするステップとを更に含むことを特徴とする請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記列挙化合物データベースにおいて列挙された種の化学構造トポロジーの指紋を作成するステップと、
種の前記構造トポロジーの指紋と、前記種の識別子と、前記種を与える前記列挙規則と、前記種に関連する前記マーカッシュ構造の起点を規定する前記情報とを関連付けるステップと、
前記関連付けられた情報をデータベースに格納するステップとを更に含むことを特徴とする請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記識別子は、名前及び登録コードを含むことを特徴とする請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
物質の組成の一般的な化学構造記述の内容を判定及び比較する方法であって、
個々の列挙された種と関連付けられる化学構造の指紋をデータベースから検索するステップと、
前記種の間の相対的な化学構造指紋類似性を測定するステップと、
前記種の識別子を前記指紋類似性測定値と関連付けるステップと、
前記指紋類似性測定値を表示するステップとから成ることを特徴とする方法。
【請求項１７】
前記識別子は、名前及び登録コードを含むことを特徴とする請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
一般的な化学構造記述の置換基定義を列挙可能な構造断片を含む置換基断片トポロジー記述子と置換することにより、前記置換基定義の専門用語を列挙可能な置換基断片トポロジー記述子に変換するために超原子断片ライブラリを作成するステップを更に含むことを特徴とする請求項４に記載の方法。
【請求項１９】
アミノ酸、タンパク質、ＤＮＡ、ＲＮＡ、炭水化物又はその誘導体の列挙可能な構造断片を含む断片トポロジー記述子により前記置換基定義を置換するステップを更に含むことを特徴とする請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
種々の文献のマーカッシュ構造トポロジー記述の変換を比較するために前記変換を作成するステップを更に含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記種の１つ又は複数の分子特性を計算し、前記関連付けられた分子特性情報をデータベースに格納するステップを更に含むことを特徴とする請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
前記化学構造トポロジーの指紋を検索するステップと、
前記種の分子特性を検索するステップと、
前記検索した化学構造トポロジーの指紋の間の類似性を判定するステップと、
前記分子特性の間の類似性を判定するステップと、
を含む、前記種の間の分子特性類似性を解析するステップを更に含むことを特徴とする請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記相対的な化学構造指紋類似性は、化学構造の指紋の断面を比較する方法又は前記種の前記指紋をクラスタリングする方法を使用して測定されることを特徴とする請求項１６に記載の方法。
【請求項２４】
物質の組成の一般的な化学構造記述の内容を変換、判定及び比較する方法であって、
マーカッシュ構造コアトポロジー記述子を生成及び格納するステップと、
マーカッシュ構造置換基断片トポロジー記述子を生成及び格納するステップと、
マーカッシュ構造コアトポロジー記述子と、マーカッシュ構造置換基断片トポロジー記述子と、前記マーカッシュ構造置換基断片トポロジー記述子に対するマーカッシュ構造コアトポロジー記述子の結合点との間の関連付けを行なうことにより列挙規則を生成及び格納するステップと、
前記列挙規則に従って、前記置換基断片トポロジー記述子のうち選択された記述子を前記マーカッシュ構造コア記述子のうち選択された１つに結合することにより個々の種を列挙するステップと、
そのような種の各々に識別子を割り当て、そのような識別子を格納するステップと、
そのような種の各々に化学構造の指紋を割り当て、前記種の化学構造の指紋を格納するステップと、
前記種の間の相対的な化学構造の指紋の類似性を測定するステップと、
前記種の前記識別子を前記指紋類似性測定値と関連付けるステップと、
前記指紋類似性測定値を表示するステップとから成ることを特徴とする方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図９Ｄ
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図９Ｄ】
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