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　特願２００２−５５８８７１「標的分子機能の決定と薬物リード化合物の同定に関する方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１４年　８月　１日国際公開、ＷＯ０２／５８５３３、平成１６年１１月１８日国内公表、特表２００４−５３４５１９〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯
　本願は，２００１年１１月１９日（パリ条約による優先権主張２０００年１１月１７日，２００１年１０月１５日，米国）を国際出願日とする特許出願であって，平成１９年９月７日に特許請求の範囲について手続補正され，同年９月２８日付で拒絶査定がなされ，平成２０年１月４日に拒絶査定不服審判の請求がなされたものである。
　
２．本願発明
　本願の請求項１及び１３に係る発明（以下，それぞれ「本願発明１」及び「本願発明１３」という。）は，平成１９年９月７日付手続補正書によって補正された特許請求の範囲に記載された以下のとおりのものである。
「【請求項１】
標的分子に結合するか，またはその活性を調節する候補リガンドを選択する方法であって，
(a)　該標的分子を含むインビトロ試料と候補リガンドのライブラリとを，1つ以上の候補リガンドが該標的分子と結合できるか，またはその活性を調節できる条件下で接触させる段階（ここで該ライブラリは少なくとも2つの異なる種類の化学的骨格または少なくとも11個の異なる種類の化合物を含む），
(b)　該標的分子と結合するか，またはその活性を調節する候補リガンドを選択する段階，
(c)　該選択された候補リガンドの生物学的アッセイにおける作用を測定する段階であって，該生物学的アッセイは該標的分子と候補リガンドの標的ライブラリが接触する前，接触と同時，もしくは接触後のいずれかに実施し得る段階，および
(d)　該生物学的アッセイにおいて特異的な作用を持つ候補リガンドを選択する段階
を含む方法。
【請求項１３】
標的分子に結合する候補リガンドを選択する方法であって，
(a)　該標的分子を含むインビトロ試料と候補リガンドのライブラリとを，該標的分子と1つ以上の該候補リガンドとの間で複合体が形成され得る条件下で接触させる段階（ここで該ライブラリは少なくとも2つの異なる種類の化学的骨格または少なくとも11個の異なる種類の化合物を含む），
(b)　該複合体を単離する段階，
(c)　1つ以上の該候補リガンドを該複合体から回収する段階，および
(d)　1つ以上の回収された候補リガンドを同定する段階
を含む方法。」
　
３．引用例
　原査定の拒絶理由で引用された，本願優先日前に頒布された刊行物である，特表平１０−５１２６７３号公報（以下，「引用例」という。）には，以下の事項が記載されている。
（１）「１．選択された標的を結合し得る化合物を選択する方法であって，該化合物が類似の化合物の混合物中に存在し，該方法が以下の工程を包含する，方法：
 a)  化合物の混合物および標的部分を提供する工程；
 b)  該標的を該化合物の混合物と接触させ，化合物-標的複合体を形成する工程；
 c)  該化合物-標的複合体から該標的に結合しない化合物を分離する工程；および
 d)  該化合物-標的複合体を質量分光光度計に通過させる工程。
・・・
７．請求項１に記載の方法であって，さらに以下の工程を包含する，方法：
  e)  化合物-標的複合体に関与した化合物を同定する工程。
８．前記化合物の混合物が少なくとも10の類似の化合物の混合物を含有する，請求項１に記載の方法。
９．前記化合物の混合物が少なくとも100の類似の化合物の混合物を含有する，請求項８に記載の方法。
１０．前記化合物の混合物が少なくとも1,000の類似の化合物の混合物を含有する，請求項９に記載の方法。」（特許請求の範囲）
　
（２）「 本発明は薬物発見および質量分光学の分野に関する。より詳細には，本発明は類似のリガンドのプールから選択されたレセプターと結合するリガンドを同定するための質量分光学の使用に関する。」（第４頁第４〜６行）
　
（３）「B． 一般的な方法
 親和力選択は，代表的には，組合せライブラリから得られる化合物の混合物を用いて行われる。この化合物は，固相に結合するよりむしろ，好ましくは溶解性であり，そして好ましくは約200と約700ダルトンとの間の分子量を有する。
  標的は，結合され得るか，または溶解性であり得るかのいずれかであるが，動力学的理由のため，好ましくは溶解性である。標的は，代表的には，分子生物学の通常の技術を用いて提供される。固定化標的は，例えば，適切な宿主細胞（例えば，トランスフェクトされたCHO細胞または組換えバキュロウイルス感染したSf9細胞）の表面でクローン化レセプターを発現させるか，または溶解性形態でレセプターを発現させ（例えば，トランスメンブレンアンカードメインを排除するようにレセプターを短縮することにより），そして適切な表面上にそれを固定することにより（例えば，ナイロンまたはポリスチレンアッセイプレートに対する非特異的親和力によるか，あるいは抗体またはビオチン−アビジンカップリング系を用いる特異的結合により）提供される。
  標的および化合物（またはライブラリ）を，溶液相中かまたは固相に結合した１成分と接触させ，反応させるかまたは結合させ，そして非結合化合物を結合化合物（または化合物-標的複合体）から分離する。化合物または標的が固相と結合する場合，この分離は固相支持体を洗浄することにより容易に達成される。このアッセイが溶液中で行われる場合，この分離はサイズカラムまたは標的の親和力捕獲（affinity capture）により達成され得る。サイズカラムは，所定のライブラリにおける全ての化合物が類似のサイズのようであり，そして標的または化合物-標的複合体よりずっと小さいようであるため一般的に有用である。親和力捕獲は，例えば，抗体または結合パートナー（例えば，アビジン／ビオチン）に結合する「タグ」またはリガンドを標的に提供することにより行われ得る。ここでは，迅速なサイズ排除クロマトグラフィーHPLC（SEC-HPLC）により，非結合化合物を化合物-標的複合体から分離することが好ましい。
  一旦分離されると，この化合物は標的から溶出されるか，または質量分光学（MS）分析のために直接供されるかのいずれかである。溶出は，希釈，pH，特異的リガンドとの競合などにより達成され得る。いくつかのMSイオン化方法（例えば，エレクトロスプレー（electrospray），APCI，レーザー脱離，および電子衝撃）は，標的から化合物を分離するに十分であり，従って，前溶出（prior elution）せずに直接使用され得る。従って，SEC-HPLCカラムは，迅速なスループット器具の形成のためにES MSのインプットに直接連結され得る。存在する可能性のある化合物（すなわち，初期の混合物中に存在する化合物）の認識をもって，約１A.Uの分解能を有するMS検出器を用いて混合物から選択されたほとんどまたは全ての結合化合物を代表的に同定し得る。」（第６頁第１１行〜第７頁第２１行）
　
（４）「実施例１
（sUPAR結合化合物の選択）
  ヒトウロキナーゼプラスミノーゲンアクティベーターレセプター（UPAR）を，本明細書中に参考として援用されるRosenbergら，WO94/28145に記載のように溶解性の，短縮形態で発現させた。ペプトイド化合物を，本明細書中に参考として援用されるBartlettら，WO91/19735に記載されるように調製した。第１（N-末端）位にチラミン，第２位に5-アミノインダン，そして第３（最後）位に以下の側鎖：ジフェニル，フェニルフェニルエーテル，インダン，および1,4-ベンゾジオキサンを有する４つのN置換グリシンペプトイドを調製した。ジフェニルまたはフェニルフェニルエーテルを第３位に有する化合物を，uPAR（＞10μM）に対する親和力を説明するために示し，一方，他の２つの化合物は有為な活性を示さなかった。リガンドuPA1-48を，Rosenberg（前出）に記載されるように調製した。
  上記に明細に述べられた４つの化合物を含む576N-置換グリシンペプトイドの混合物を調製した。この混合物（化合物当たり１μM）を，uPAR1-48（２μM）の存在下および非存在下でsUPAR（１μM）と接触させ，30分間インキュベートし，そしてSEC HPLCカラム（Pharmacia HSIO/IO）に展開した。カラムの排除体積で溶出する化合物-標的複合体を回収し，そしてES MS（PE-Sciex）で分析した。結果は，（ジフェニルまたはフェニルフェニルエーテルを第３位に有する）同じ２つのペプトイドが，uPA1-48の非存在下で接触する場合，選択されたことを示し：特異性をuPA1-48の存在下における競合により確認した。化合物の同一性を，CCID質量分光学（衝突誘導解離（collision induced dissociation））におけるフラグメンテーションにより確認した。
  結果は，標的に対して相対的に低い親和力を有する化合物でさえも，デコンボリューションを必要とせずに迅速かつ正確に選択され得ることを示す。」（第８頁第１９行〜第９頁第１５行）
　
４．特許法第２９条第１項第３号について
　引用例に記載された標的は，宿主細胞で発現させる等して提供されるものであるから，インビトロ試料に含まれるものであることは明らかである。
　よって，本願発明１３と引用例に記載された発明とを対比すると，引用例に記載された「選択された標的を結合し得る化合物」，「類似の化合物の混合物」，「b)標的を化合物の混合物と接触させ，化合物−標的複合体を形成する工程」及び「c)化合物−標的複合体から該標的に結合しない化合物を分離する工程」は，本願発明１３における「標的分子に結合する候補リガンド」，「候補リガンドのライブラリ」，「（a)標的分子を含むインビトロ試料と候補リガンドのライブラリとを，該標的分子と1つ以上の該候補リガンドとの間で複合体が形成され得る条件下で接触させる段階」及び「(b)該複合体を単離する段階」にそれぞれ相当する。
　また，引用例には，類似の化合物の混合物を，１０〜１０００以上の類似の化合物の混合物とすること(記載事項（１）），化合物−標的複合体を分離した後に，化合物を標的から溶出させるか，又は，溶出させずに直接ＭＳ分析に供する場合は，ＭＳイオン化方法により標的から化合物を分離して，ＭＳ検出器を用いて結合化合物を同定すること（記載事項（３）），すなわち，「(c)　1つ以上の該候補リガンドを該複合体から回収する段階」及び「(d)　1つ以上の回収された候補リガンドを同定する段階」も記載されている。
　よって，本願発明１３と引用例に記載された発明とに相違点はなく，本願発明１３は引用例に記載された発明である。
　
５．特許法第２９条第２項について
　４．に記載したとおり，引用例には，「標的分子に結合する候補リガンドを選択する方法」であって，「標的分子を含むインビトロ試料と候補リガンドのライブラリとを，該標的分子と1つ以上の候補リガンドとの間で複合体が形成され得る条件下で接触させる段階（該ライブラリは少なくとも１０〜１０００以上の異なる種類の化合物を含む）」，及び「該複合体を単離する段階」を含む方法が記載されている。
　よって，本願発明１と引用例に記載された発明とは，本願発明１は「(c)　該選択された候補リガンドの生物学的アッセイにおける作用を測定する段階であって，該生物学的アッセイは該標的分子と候補リガンドの標的ライブラリが接触する前，接触と同時，もしくは接触後のいずれかに実施し得る段階，および(d)　該生物学的アッセイにおいて特異的な作用を持つ候補リガンドを選択する段階」を含むのに対し，引用例に記載された発明は，これらの段階を含まない点で，両発明は相違する。
　
　上記相違点について検討する。
　医薬の研究開発において，化合物ライブラリーから選択されたリード化合物について，細胞や動物を用いた活性・毒性試験によりさらに取捨選択することにより最適化して，初めて臨床試験に供されることは技術常識である（必要であれば，化学工学，２０００年６月５日，Vol.64，No.6，p.273-275，月刊ファインケミカル，１９９９年，Vol.28，No.18，p.22-31を参照。）。
  そして，引用例に記載された発明は薬物発見に関する発明であり（記載事項（２）），新規医薬の開発を目的とするものであるから，標的と結合し得るものとして同定された候補リガンドについて，細胞や動物を用いた活性・毒性試験，すなわち生物学的アッセイによりさらに最適な候補リガンドの選択を行うことは，当業者が当然に行うべきものであり，また本願発明１は，引用例及び上記技術常識から予測し得ない顕著な効果を奏するものでもない。
　請求人は，審判請求書において，「本発明より前には，生物学的アッセイによって候補リガンドを検定することは行われておらず，候補リガンドを選択するために生物学的アッセイを組み合わせることが当業者にとっても当然ではなかった」旨主張しているが，生物学的アッセイによる候補リガンドの検定は上述のとおり技術常識であるから，請求人の主張を採用することはできない。
　よって，本願発明１は，引用例に基づき当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
６．むすび
　したがって，本願発明１３は特許法第２９条第１項第３号に該当し，本願発明１は特許法第２９条第２項の規定により，特許を受けることができない。
　よって，結論のとおり審決する。