【手続補正書】
【提出日】平成23年9月20日(2011.9.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
表皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）の細胞外ドメイン、及び、マツズマブ（ＥＭＤ ７２０００）のＦａｂの受容体−抗体複合体を含む、受容体−抗体複合体の結晶であって、
空間群Ｃ２に属し、以下のセル座標を有する結晶：
a＝141Å(±3Å)、b＝205Å(±3Å)、c＝81Å(±3Å)、及びβ＝117°(±1°)。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５２】
以下の文献引用は、上記記載に挙げられ、そして、参照により組み込まれる：
(1)  Baselga, J. (2002),  Oncologist 7, 2-8.
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(33) Sundberg, E.J.等, (2000), Biochemistry 39, 15375-15387.
(34) Sundberg, E.J.及び Mariuzza, R.A. (2002), Adv. Protein Chem. 61, 119-160.
(35) Vanhoefer, U.等, (2004), J. Clin. Oncol. 22, 175-184.
次に、本発明の態様を示す。
１．  表皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）の細胞外ドメイン、及び、マツズマブ（ＥＭＤ ７２０００）のＦａｂの受容体−抗体複合体を含む、受容体−抗体複合体の結晶であって、
空間群Ｃ２に属し、以下のセル座標を有する結晶：
a＝141Å(±3Å)、b＝205Å(±3Å)、c＝81Å(±3Å)、及びβ＝117°(±1°)。
２．  以下のセル座標を有する、上記１に記載の結晶：
a＝141.1Å(±0.3Å)、b＝205.0Å(±0.3Å)、c =81.6Å(±0.3Å)、及び、β＝117.5°(±0.5°)。
３．  抗体全体のパパイン開裂で生じたマツズマブのＦａｂ断片を、
１ＭのＮａＣｌ、１６％のＰＥＧ３３５０、５０ｍＭのＭＥＳを含み、ｐＨが６．０〜７．０である、ＥＧＦＲの可溶性細胞外ドメイン（ｓＥＧＦＲ）の溶液と混合し、
約２０℃で、同じバッファーを含む貯蔵器で平衡にして得られうる、上記１に記載の結晶。
４．  可溶性細胞外ＥＧＦＲドメインＩＩＩ（ｓＥＧＦＲｄ３）を使用することによって得られうる、上記３に記載の結晶。
５．  ＥＧＦＲの細胞外ドメイン及びマツズマブのＦａｂの複合体の結晶を調製する方法であって、
ＥＧＦＲのドメイン及びマツズマブのＦａｂ断片を含み、ｐＨが６．０〜７．０であるバッファー溶液を調製して、結晶を成長させることによって結晶を調製する方法。
６．  可溶性細胞外ＥＧＦＲドメインＩＩＩ（ｓＥＧＦＲｄ３）を使用する、上記５に記載の方法。
７．  バッファー溶液が、沈降剤を含む、上記５又は６に記載の方法。
８．  バッファー溶液が、沈降剤としてのポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含む、上記５又は６に記載の方法。
９．  類似の、又は同様の生物活性を有するマツズマブの模倣物候補を同定して選択する方法であって、
（ａ）模倣物-ＥＧＦＲ複合体の結晶構造の中のＥＧＦＲに結合した模倣化合物の結合座標、又は、その断片の結合座標を、
（ｂ）上記１又は上記４に規定されたマツズマブ−ＥＧＦＲ複合体の結晶構造の中でＥＧＦＲに結合するマツズマブのＦａｂ断片の結合座標と、
比較することを含み、
前記結合座標が、
（ｉ） マツズマブのＦａｂ断片と結合するか、又は相互作用するＥＧＦＲのアミノ酸残基の位置、
（ｉｉ）これらの位置のＥＧＦＲのアミノ酸の中の特定の原子と、これらの位置のＥＧＦＲの前記アミノ酸残基と結合するか、又は相互作用する模倣化合物の中での特定の原子との間の距離、及び、
（ｉｉｉ）参照として、これらの位置のＥＧＦＲのアミノ酸の中の特定の原子と、マツズマブのＦａｂ断片の中の特定の原子との間の距離、
によって定義される方法。
１０．  前記位置のＥＧＦＲのアミノ酸残基の原子と、
前記結晶複合体中でそれらと結合するか、又は相互作用する模倣化合物の原子との間の距離が、４Å未満である、上記９に記載の方法。
１１．  前記位置のＥＧＦＲのアミノ酸残基の原子と、
前記結晶複合体中でそれらと結合するか、又は相互作用する模倣化合物の原子との間の距離が、３Å未満である、上記９に記載の方法。
１２．  模倣物−ＥＧＦＲ複合体の結晶構造が、マツズマブ／ＥＧＦＲの結晶複合体で使用される同様の又は類似の方法に従って調製される、上記９に記載の方法。
１３．  模倣物候補及びマツズマブのＦａｂそれぞれと結合するか、又は相互作用するＥＧＦＲのアミノ酸残基が、Ser433、Asp434、Ala448、Asn449、Asn452、Trp453、Lys454、Lys455、Leu456、Phe457、Gly458、Thr459、Ser460、Gly461、Lys463、Thr464及びIle466からなる群から選択される、上記９に記載の方法。
１４．  模倣物候補及びマツズマブのＦａｂそれぞれと結合するか、又は相互作用するＥＧＦＲのアミノ酸残基が、Lys454、Lys455、Leu456、Phe457、Gly458、Thr459、Ser460、Gly461、Lys463及びThr464からなる群から選択される、上記９に記載の方法。
１５．  模倣物候補及びマツズマブのＦａｂそれぞれと結合するか、又は相互作用するＥＧＦＲのアミノ酸残基が、以下からなる群から選択される、上記９に記載の方法：
(a1)  Lys454
(a2)  Lys454及びLys455
(a3)  Lys454及びLys455及びPhe457
(a4)  Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458
(a5)  Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458及びThr459
(a6)  Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458及びThr459及び
Ser460
(a7)  Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458及びThr459及び
Ser460及びGly461
(a8)  Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458及びThr459及び
Ser460及びGly461及びLys463
(a9)   Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458及びThr459及び
Ser460及びGly461及びLys463及びThr464
(a10)  Phe457
(a11)  Phe457及びLys454
(a12)  Phe457及びLys454及びGly458
(a13)  Phe457及びLys454及びGly458及びThr459
(a14)  Phe457及びLys454及びGly458及びThr459及びSer460
(a15)  Phe457及びLys454及びGly458及びThr459及びSer460及び
Gly461
(a16)  Thr459
(a17)  Thr459及びLys454
(a18)  Thr459及びLys454及びPhe457
(a19)  Thr459及びLys454及びPhe457及びGly458
(a20)  Thr459及びLys454及びPhe457及びGly458及びSer460
(a21)  Thr459及びLys454及びPhe457及びGly458及びSer460及び
Gly461
(a22)  Ser460及びLys454
(a23)  Ser460及びLys454及びPhe457
(a24)  Ser460及びLys454及びPhe457及びThr459
(a25)  Ser460及びLys454及びPhe457及びThr459及びGly461
(a26)  Lys454及びPhe457
(a27)  Lys454及びPhe457及びSer460
(a28)  Lys454及びPhe457及びGly461
(a29)  Lys454及びPhe457及びThr459
(a30)  Lys454及びPhe457及びThr459及びSer460
(a31)  Lys454及びPhe457及びThr459及びSer460及びGly461
(a32)  Phe457及びSer460
(a33)  Phe457及びThr459及びSer460
(a34)  Phe457及びThr459及びSer460及びGly461
(a35)  Ala448
(a36)  Ala448及びAsn449
(a37)  Ala448及びLys454
(a38)  Ala448及びLys454及びPhe457
(a39)  Ala448及びLys454及びPhe457及びThr459
(a40)  Ala448及びLys454及びPhe457及びSer460
(a41)  Ala448及びLys454及びPhe457及びGly461
(a42)  Ala448及びLys454及びPhe457及びThr459及びSer460
(a43)  Ala448及びLys454及びPhe457及びThr459及びSer460及び
Gly461
(a44)  Asn449
(a45)  Asn449及びLys454
(a46)  Asn449及びLys454及びPhe457
(a47)  Asn449及びLys454及びPhe457及びThr459
(a48)  Asn449及びLys454及びPhe457及びThr459及びSer460
(a49)  Asn449及びLys454及びPhe457及びThr459及びSer460及び
Gly461
(a50)  Asn449及びLys454及びPhe457及びSer460
(a51)  Ser433及び／又はAsp433を含む選択肢(a1)−(a50)のいずれか。
１６．  模倣化合物が、ペプチド、ポリペプチド、又は、タンパク質である、上記９に記載の方法。
１７．  模倣化合物が、抗体、又は、それらのＣＤＲ含有断片である、上記９に記載の方法。
１８．  模倣化合物が、マツズマブのＦａｂ断片と類似の、又は改良された親和性でＥＧＦＲに結合する、上記１０に記載の方法。
１９．  模倣化合物が、以下の性質の少なくとも１つを有する上記９に記載の方法：
（ｉ）  ＥＧＦ受容体のチロシンキナーゼ活性を阻害すること、
（ｉｉ）  ＥＧＦ受容体の二量化を阻害すること、
（ｉｉｉ）  ＥＧＦ受容体へのＥＧＦの結合をブロックすること。
２０．  模倣化合物が、抗体、又は、そのＣＤＲ含有断片である、上記１９に記載の方法。
２１．  ＥＧＦＲとの結晶複合体を形成する前に模倣物候補を修飾し、結合座標を決定し、そして、結晶構造における前記位置の１つ以上のＥＧＦＲのアミノ酸残基との改良された結合特性を有する模倣物候補を選択する、上記９に記載の方法。
２２．  模倣物候補が、上記２０に規定されるようなＥＧＦＲのアンタゴニストの生物学的活性を維持しているか、又は獲得している、上記２１に記載の方法。
２３．  模倣物候補が、抗体又はその断片であり、
修飾が、抗体又はその断片の少なくとも１つのＣＤＲ領域の中で少なくとも１つのアミノ酸の置換によって行われる、上記２２に記載の方法。
２４．  マツズマブ（ＥＭＤ ７２０００）の模倣物であり、
（ｉ）  ＥＧＦ受容体のチロシンキナーゼ活性を阻害し、
（ｉｉ）  ＥＧＦ受容体の二量化を阻害し、
（ｉｉｉ）  ＥＧＦ受容体へのＥＧＦの結合をブロックし、そして、
（ｉｖ）  ＥＧＦＲの位置４４８と４６４との間のシークエンストラックの少なくとも３個のアミノ酸残基と結合するか、又は相互作用する、化合物。
２５．  ＥＧＦＲの位置４５４及び４５９の間のシークエンストラックの少なくとも３個のアミノ酸残基と結合するか、又は相互作用する、上記２４に記載の化合物。
２６．  少なくともＥＧＦＲの以下の残基と結合するか、又は相互作用する、上記２４に記載の化合物：
Lys454、Lys455、Leu456、Phe457、Gly458、Thr459、Ser460、Gly461、Lys463及びThr464。
２７．  少なくともＥＧＦＲの以下の残基と結合するか、又は相互作用する、上記２４に記載の化合物：
Lys454、Lys455、Leu456、Phe457、Gly458及びThr459。
２８．  少なくとも上記２７の化合物、及び、
（ｉ）  ＥＧＦ受容体のチロシンキナーゼ活性を阻害し、
（ｉｉ）  ＥＧＦ受容体の二量化を阻害し、
（ｉｉｉ）  ＥＧＦ受容体へのＥＧＦの結合をブロックし、そして、
（ｉｖ）  ＥＧＦＲの以下のアミノ酸残基、又は、少なくとも４個のアミノ酸のサブセットと結合するか、又は相互作用する、第２の化合物を含む、化合物の組成物：
Gln 384、Gln 408、Ser 418、Ser 440、Lys 465、Ser 468、及び、Asn 469。
２９．  第２の化合物が、少なくとも同じＥＧＦＲのアミノ酸残基と結合するか、又は相互作用する、セツキシマブ又はセツキシマブ模倣化合物である、上記２８に記載の組成物。
３０．  ・ＥＧＦ受容体のチロシンキナーゼ活性を阻害し、
・ＥＧＦ受容体の二量化を阻害し、
・ＥＧＦ受容体へのＥＧＦの結合をブロックし、そして、
・マツズマブ（ＥＭＤ ７２０００）に由来する、
抗ＥＧＦＲ抗体を設計する方法であって、
（ｉ）  少なくともマツズマブの重鎖及び／又は軽鎖のＣＤＲ領域中の、又は、ＣＤＲに隣接したフレームワーク領域（ＦＲ）中の、１個のアミノ酸を、他のアミノ酸で置換し、
（ｉｉ）  修飾されたマツズマブのＦａｂ断片及びＥＧＦＲの可溶細胞外ドメインＩＩＩ（ｓＥＧＦＲｄ３）によって形成される結晶複合体を調製し、
（ｉｉｉ）  ＥＧＦＲドメイン中の特定のアミノ酸残基の位置に対する上記のように形成される結晶複合体の原子座標を、ｓＥＧＦＲｄ３と一緒に非修飾のマツズマブによって形成される参照用の結晶複合体の対応する座標と比較し、
（ｉｖ）  ＥＧＦＲドメインにおける前記特定のアミノ酸残基の位置に対してより密接な相互作用をとらせる原子座標を有する修飾されたマツズマブを選択し、
（ｖ）  標準方法によってその結合親和性及び生物学的活性をアッセイし、そして、
（ｖｉ）  工程（ｉ）〜（ｖ）を繰り返しても良い、方法。
３１．  前記それぞれの結晶複合体を得るための方法であって、
前記それぞれの抗体全体のパパイン開裂によって生じた、修飾された又は非修飾のマツズマブのＦａｂ断片を、
１ＭのＮａＣｌ、１６％のＰＥＧ３３５０、５０ｍＭのＭＥＳを含み、ｐＨが６．０〜７．０である、ＥＧＦＲ可溶細胞外ドメイン（ｓＥＧＦＲ）のバッファー溶液と混合し、
約２０℃で、同じバッファーを含む貯蔵器で平衡にして、
バッファー溶液が、沈降剤としてポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含む、
上記３０に記載の方法。
３２．  ＥＧＦＲドメインに中の特異的アミノ酸残基の位置の少なくとも４個が、
Ser433、Asp434、Ala448、Asn449、Asn452、Trp453、Lys454、Lys455、Leu456、Phe457、Gly458、Thr459、Ser460、Gly461、Lys463、Thr464及びIle466からなる群から選択される、上記３０に記載の方法。
３３．  ＥＧＦＲドメインの中の特異的アミノ酸残基の位置の少なくとも４個が、
Lys454、Lys455、Leu456、Phe457、Gly458、Thr459、Ser460、Gly461、Lys463及びThr464からなる群から選択される、上記３０に記載の方法。
３４．  ＥＧＦＲドメインの中の特異的アミノ酸残基の位置が、少なくとも以下からなる群から選択される上記３０に記載の方法：
(a1)  Lys454
(a2)  Lys454 及びLys455
(a3)  Lys454及びLys455及びPhe457
(a4)  Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458
(a5)  Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458及びThr459
(a6)  Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458及びThr459及び
Ser460
(a7)  Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458及びThr459及び
Ser460及びGly461
(a8)  Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458及びThr459及び
Ser460及びGly461及びLys463
(a9)   Lys454及びLys455及びPhe457及びGly458及びThr459及び
Ser460及びGly461及びLys463及びThr464
(a10)  Phe457
(a11)  Phe457及びLys454
(a12)  Phe457及びLys454及びGly458
(a13)  Phe457及びLys454及びGly458及びThr459
(a14)  Phe457及びLys454及びGly458及びThr459及びSer460
(a15)  Phe457及びLys454及びGly458及びThr459及びSer460及び
Gly461
(a16)  Thr459
(a17)  Thr459及びLys454
(a18)  Thr459及びLys454及びPhe457
(a19)  Thr459及びLys454及びPhe457及びGly458
(a20)  Thr459及びLys454及びPhe457及びGly458及びSer460
(a21)  Thr459及びLys454及びPhe457及びGly458及びSer460及び
Gly461
(a22)  Ser460及びLys454
(a23)  Ser460及びLys454及びPhe457
(a24)  Ser460及びLys454及びPhe457及びThr459
(a25)  Ser460及びLys454及びPhe457及びThr459及びGly461
(a26)  Lys454及びPhe457
(a27)  Lys454及びPhe457及びSer460
(a28)  Lys454及びPhe457及びGly461
(a29)  Lys454及びPhe457及びThr459
(a30)  Lys454及びPhe457及びThr459及びSer460
(a31)  Lys454及びPhe457及びThr459及びSer460及びGly461
(a32)  Phe457及びSer460
(a33)  Phe457及びThr459及びSer460
(a34)  Phe457及びThr459及びSer460及びGly461
(a35)  Ala448
(a36)  Ala448及びAsn449
(a37)  Ala448及びLys454
(a38)  Ala448及びLys454及びPhe457
(a39)  Ala448及びLys454及びPhe457及びThr459
(a40)  Ala448及びLys454及びPhe457及びSer460
(a41)  Ala448及びLys454及びPhe457及びGly461
(a42)  Ala448及びLys454及びPhe457及びThr459及びSer460
(a43)  Ala448及びLys454及びPhe457及びThr459及びSer460及び
Gly461
(a44)  Asn449
(a45)  Asn449及びLys454
(a46)  Asn449及びLys454及びPhe457
(a47)  Asn449及びLys454及びPhe457及びThr459
(a48)  Asn449及びLys454及びPhe457及びThr459及びSer460
(a49)  Asn449及びLys454及びPhe457及びThr459及びSer460及び
Gly461
(a50)  Asn449及びLys454及びPhe457及びSer460
(a51)  Ser433及びAsp433を含む選択肢(a1)−(a50)のいずれか。
３５．  修飾されたマツズマブのＦａｂ及びｓＥＧＦＲｄ３によって形成される結晶複合体の原子座標において、
相互作用又は結合に関与するアミノ酸残基の間の原子距離が、
非修飾の、又は、修飾が少ないマツズマブによって形成される参照用の結晶複合体の原子座標によって与えられるそれぞれの距離より小さくなるようにした、上記３０に記載の方法。
３６．  原子座標によって与えられるそれぞれの距離が、４Å未満である、上記３５に記載の方法。
３７．  原子座標によって与えられるそれぞれの距離が、３Å未満である、上記３５に記載の方法。
３８．  原子座標によって与えられるそれぞれの距離が、２Å未満である、上記３５に記載の方法。
３９．  置換が、マツズマブの重鎖のＣＤＲ又はＦＲで行われる、上記３０に記載の方法。
４０．  置換が、マツズマブの重鎖又は軽鎖のＣＤＲ３で行われる、上記３０に記載の方法。
４１．  上記３０又は３４の方法によって得られる抗ＥＧＦＲ抗体。
４２．  患者に、上記２４の化合物、又は、上記２８の組成物、又は、上記４１の抗体を投与することを含むＥＧＦＲの阻害によって、ＥＧＦＲ関連疾病又は疾患を治療する方法。
４３．  ＥＧＦＲ関連疾病又は疾患が癌である、上記４２に記載の方法。
４４．  マツズマブ（ＥＭＤ ７２０００）に由来する抗ＥＧＦＲ抗体を設計及び製造するためのＥＧＦＲ抗体結晶複合体中のSer433、Asp434、Ala448、Asn449、Asn452、Trp453、Lys454、Lys455、Leu456、Phe457、Gly458、Thr459、Ser460、Gly461、Lys463、Thr464及びIle466から選択される少なくとも３個のアミノ酸残基の使用。
４５．  マツズマブ（ＥＭＤ ７２０００）に由来する抗ＥＧＦＲ抗体を設計及び製造するためのＥＧＦＲ抗体結晶複合体中のアミノ酸残基Lys454、Lys455、Leu456、Phe457、Gly458、Thr459、Ser460及びGly461の使用。