【手続補正書】
【提出日】平成23年6月14日(2011.6.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプルにおける核酸配列を増幅する方法であって、該方法は
標的核酸配列およびＰＣＲ阻害剤を含むサンプルを提供する工程；
少なくとも１つの高安定性核酸アナログを含む少なくとも１つの高安定性プライマーを該標的核酸配列と合わせる工程であって、ここで該核酸アナログはヌクレオチド塩基アナログを含む、工程；ならびに
増幅反応を該サンプルに対して行うことによって、該標的核酸配列を該高安定性プライマーにより増幅する工程、
を含む、方法。
【請求項２】
前記標的核酸配列がＤＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
増幅がＰＣＲによって達成される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記高安定性核酸アナログが、２’−Ｏ−メチル核酸、２’−Ｏ−アルキル核酸、２’−フルオロ核酸、および、これらの任意の組合せからなる群より選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記高安定性プライマーが少なくとも２つの高安定性核酸アナログを含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも２つの高安定性プライマーを提供する工程を含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記高安定性プライマーは、ａ）第２のプライマーが天然の核酸からなり、かつ、ｂ）前記高安定性核酸アナログの代わりに、同等の天然の核酸を含むことを除いて、該高安定性プライマーと同一である該第２のプライマーよりも高い融点温度を有する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記ＰＣＲ阻害剤が、フミン酸、胆汁酸塩、複合多糖類、コラーゲン、ヘム、メラニン、ユーメラニン、ミオグロビン、多糖類、プロテイナーゼ、カルシウムイオン、尿素、ヘモグロビン、ラクトフェリン、免疫グロブリンＧおよびインジゴ色素からなる群より選択される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記高安定性プライマーを使用する前記増幅により、ＣＳＦ１ＰＯ、ＦＧＡ、ＴＨ０１、ＴＰＯＸ、ｖＷＡ、Ｄ３Ｓ１３５８、Ｄ５Ｓ８１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ８Ｓ１１７９、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ１８Ｓ５１、Ｄ２１Ｓ１１、Ｄ１９Ｓ４３３およびＤ２Ｓ１３３８からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子座に由来する核酸配列が増幅される、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
個体由来の標的核酸配列を特定するための方法であって、該方法は
サンプルを提供する工程であって、該サンプルは、核酸増幅を阻害し得る組成物が混入していると考えられる場所に存在していたものであり、該サンプルは、個体由来の標的核酸配列を含む、工程；
該個体由来の標的核酸配列を、少なくとも１つの高安定性核酸アナログを含み、かつ、ＣＳＦ１ＰＯ、ＦＧＡ、ＴＨ０１、ＴＰＯＸ、ｖＷＡ、Ｄ３Ｓ１３５８、Ｄ５Ｓ８１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ８Ｓ１１７９、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ１８Ｓ５１、Ｄ２１Ｓ１１、Ｄ１９Ｓ４３３、Ｄ２Ｓ１３３８またはこれらのいくつかの組合せからなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子座に由来する配列を増幅することが可能であり、さらには移動度改変物質を含む少なくとも１つの高安定性プライマーを使用することによって増幅する工程であって、ここで該核酸アナログはヌクレオチド塩基アナログを含む、工程；ならびに
増幅された標的核酸配列を特徴づけすることによって、該増幅された標的核酸配列を特定する工程、
を含む、方法。
【請求項１１】
ヒトを特定するためのプライマーであって、該プライマーは、ＣＳＦ１ＰＯ、ＦＧＡ、ＴＨ０１、ＴＰＯＸ、ｖＷＡ、Ｄ３Ｓ１３５８、Ｄ５Ｓ８１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ８Ｓ１１７９、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ１８Ｓ５１、Ｄ２１Ｓ１１、Ｄ１９Ｓ４３３およびＤ２Ｓ１３３８からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子座に由来する配列に対して相補的である配列を有し、該プライマーにおける少なくとも１つの核酸が高安定性核酸アナログであり、ここで該核酸アナログはヌクレオチド塩基アナログを含む、プライマー。
【請求項１２】
移動度改変物質をさらに含む、請求項１１に記載のプライマー。
【請求項１３】
前記移動度改変物質が、ポリエチレンオキシド、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリペプチド、オリゴ糖、ポリウレタン、ポリアミド、ポリスルホンアミド、ポリスルホキシド、ポリホスホナートおよびこれらのブロックコポリマーからなる群より選択される、請求項１１または１２に記載のプライマー。
【請求項１４】
デオキシヌクレオチド三リン酸；
蛍光標識されたプライマー；
少なくとも１つの高安定性核酸アナログを含む高安定性プライマーであって、ここで該核酸アナログはヌクレオチド塩基アナログを含む、高安定性プライマー；および
ＤＮＡポリメラーゼ、
を含む、ＰＣＲ反応のためのキット。
【請求項１５】
短いタンデム反復の分析のための比較に適切であるサイズに対応する対立遺伝子ラダーを含む容器をさらに含む、請求項１４に記載のキット。
【請求項１６】
前記高安定性プライマーが、短いタンデム反復の増幅を可能にする配列を含む、請求項１４または１５に記載のキット。
【請求項１７】
サンプルにおける核酸配列を増幅する方法であって、該方法は
短いタンデム反復を含む標的核酸配列を含むサンプルを提供する工程；
少なくとも１つの高安定性核酸アナログを含み、かつ、該短いタンデム反復の増幅を可能にする様式で該標的核酸配列に特異的にハイブリダイズする少なくとも１つの高安定性プライマーを該標的核酸配列と合わせる工程であって、ここで該核酸アナログはヌクレオチド塩基アナログを含む、工程；ならびに
増幅反応を該サンプルに対して行うことによって、該標的核酸配列を該高安定性プライマーにより増幅する工程、
を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１０】
いくつかの態様において、サンプルにおける核酸配列を増幅するための方法が提供される。この方法は、標的核酸配列およびＰＣＲ阻害剤を含むサンプルを提供する工程、少なくとも１つの高安定性核酸アナログを含む少なくとも１つの高安定性プライマーを標的核酸配列と合わせる工程、および、増幅反応をサンプルに対して行うことによって、標的核酸配列を高安定性プライマーにより増幅する工程を含む。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
サンプルにおける核酸配列を増幅する方法であって、該方法は
標的核酸配列およびＰＣＲ阻害剤を含むサンプルを提供する工程；
少なくとも１つの高安定性核酸アナログを含む少なくとも１つの高安定性プライマーを該標的核酸配列と合わせる工程；ならびに
増幅反応を該サンプルに対して行うことによって、該標的核酸配列を該高安定性プライマーにより増幅する工程、
を含む、方法。
（項目２）
前記標的核酸配列がＤＮＡを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
増幅がＰＣＲによって達成される、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記高安定性核酸アナログが、ＰＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｏ−メチル核酸、２’−Ｏ−アルキル核酸、２’−フルオロ核酸、ホスホロチオエート結合を含む核酸、および、これらの任意の組合せからなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記高安定性核酸アナログがＬＮＡを含む、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記高安定性プライマーが少なくとも２つの高安定性核酸アナログを含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
少なくとも２つの高安定性プライマーを提供する工程を含む、項目１に記載の方法。
（項目８）
少なくとも５つの高安定性プライマーを提供する工程を含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記高安定性プライマーは、ａ）第２のプライマーが天然の核酸からなり、かつ、ｂ）前記高安定性核酸アナログの代わりに、同等の天然の核酸を含むことを除いて、該高安定性プライマーと同一である該第２のプライマーよりも高い融点温度を有する、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記ＰＣＲ阻害剤が、フミン酸、胆汁酸塩、複合多糖類、コラーゲン、ヘム、メラニン、ユーメラニン、ミオグロビン、多糖類、プロテイナーゼ、カルシウムイオン、尿素、ヘモグロビン、ラクトフェリン、免疫グロブリンＧおよびインジゴ色素からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記高安定性プライマーを使用する前記増幅により、ＣＳＦ１ＰＯ、ＦＧＡ、ＴＨ０１、ＴＰＯＸ、ｖＷＡ、Ｄ３Ｓ１３５８、Ｄ５Ｓ８１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ８Ｓ１１７９、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ１８Ｓ５１、Ｄ２１Ｓ１１、Ｄ１９Ｓ４３３およびＤ２Ｓ１３３８からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子座に由来する核酸配列が増幅される、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記高安定性プライマーを使用する前記増幅により、ＣＳＦ１ＰＯ、ＦＧＡ、ＴＨ０１、ＴＰＯＸ、ｖＷＡ、Ｄ３Ｓ１３５８、Ｄ５Ｓ８１８およびＤ７Ｓ８２０からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子座に由来する核酸配列が増幅される、項目１に記載の方法。
（項目１３）
個体由来の標的核酸配列を特定するための方法であって、該方法は
サンプルを提供する工程であって、該サンプルは、核酸増幅を阻害し得る組成物が混入していると考えられる場所に存在しており、該サンプルは、個体由来の標的核酸配列を含む、工程；
該個体由来の標的核酸配列を、少なくとも１つの高安定性核酸アナログを含み、かつ、ＣＳＦ１ＰＯ、ＦＧＡ、ＴＨ０１、ＴＰＯＸ、ｖＷＡ、Ｄ３Ｓ１３５８、Ｄ５Ｓ８１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ８Ｓ１１７９、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ１８Ｓ５１、Ｄ２１Ｓ１１、Ｄ１９Ｓ４３３、Ｄ２Ｓ１３３８またはこれらのいくつかの組合せからなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子座に由来する配列を増幅することが可能であり、さらには移動度改変物質を含む少なくとも１つの高安定性プライマーを使用することによって増幅する工程；ならびに
増幅された標的核酸配列を特徴づけすることによって、該増幅された標的核酸配列を特定する工程、
を含む、方法。
（項目１４）
前記高安定性核酸アナログがＬＮＡを含む、項目１４に記載の方法。
（項目１５）
ヒトを特定するためのプライマーであって、該プライマーは、ＣＳＦ１ＰＯ、ＦＧＡ、ＴＨ０１、ＴＰＯＸ、ｖＷＡ、Ｄ３Ｓ１３５８、Ｄ５Ｓ８１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ８Ｓ１１７９、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ１８Ｓ５１、Ｄ２１Ｓ１１、Ｄ１９Ｓ４３３およびＤ２Ｓ１３３８からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子座に由来する配列に対して相補的である配列を有し、該プライマーにおける少なくとも１つの核酸が高安定性核酸アナログである、プライマー。
（項目１６）
移動度改変物質をさらに含む、項目１５に記載のプライマー。
（項目１７）
前記移動度改変物質が、ポリエチレンオキシド、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリペプチド、オリゴ糖、ポリウレタン、ポリアミド、ポリスルホンアミド、ポリスルホキシド、ポリホスホナートおよびこれらのブロックコポリマーからなる群より選択される、項目１６に記載のプライマー。
（項目１８）
デオキシヌクレオチド三リン酸；
蛍光標識されたプライマー；
少なくとも１つの高安定性核酸アナログを含む高安定性プライマー；および
ＤＮＡポリメラーゼ、
を含む、ＰＣＲ反応のためのキット。
（項目１９）
短いタンデム反復の分析のための比較に適切であるサイズに対応する対立遺伝子ラダーを含む容器をさらに含む、項目１８に記載のキット。
（項目２０）
蛍光標識されたプライマーをさらに含む、項目１８に記載のキット。
（項目２１）
ＭｇＣｌ２をさらに含む、項目１８に記載のキット。
（項目２２）
ＢＳＡをさらに含む、項目１８に記載のキット。
（項目２３）
アジ化ナトリウムをさらに含む、項目１８に記載のキット。
（項目２４）
コントロールサンプルをさらに含む、項目１８に記載のキット。
（項目２５）
移動度改変物質をさらに含む、項目１８に記載のキット。
（項目２６）
前記移動度改変物質が、ポリエチレンオキシド、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリペプチド、オリゴ糖、ポリウレタン、ポリアミド、ポリスルホンアミド、ポリスルホキシド、ポリホスホナートおよびこれらのブロックコポリマーからなる群より選択される、項目２５に記載のキット。
（項目２７）
デオキシヌクレオチド三リン酸；
蛍光標識されたプライマー；
非標識のプライマーであって、ただし、少なくとも１つのプライマーが、少なくとも１つの高安定性核酸アナログを含む高安定性プライマーである、非標識のプライマー；
短いタンデム反復の分析のための比較に適切であるサイズに対応する対立遺伝子ラダーを含む容器；および
ＤＮＡポリメラーゼ、
を含む、ＰＣＲ反応のためのキット。
（項目２８）
前記高安定性プライマーが、短いタンデム反復の増幅を可能にする配列を含む、項目１８および２７の一項に記載のキット。
（項目２９）
サンプルにおける核酸配列を増幅する方法であって、該方法は
短いタンデム反復を含む標的核酸配列を含むサンプルを提供する工程；
少なくとも１つの高安定性核酸アナログを含み、かつ、該短いタンデム反復の増幅を可能にする様式で該標的核酸配列に特異的にハイブリダイズする少なくとも１つの高安定性プライマーを該標的核酸配列と合わせる工程；ならびに
増幅反応を該サンプルに対して行うことによって、該標的核酸配列を該高安定性プライマーにより増幅する工程、
を含む、方法。
（項目３０）
前記高安定性核酸アナログが前記高安定性プライマーの３’末端に位置しない、項目１、１３または２９の一項に記載の方法。
（項目３１）
前記高安定性核酸アナログが前記高安定性プライマーにおける最後の核酸でない、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
ヒト法医学サンプルにおける標的核酸配列を増幅する方法であって、該方法は
標的核酸配列を含むヒト法医学サンプルを提供する工程；
少なくとも１つの高安定性核酸アナログを含む少なくとも１つの高安定性プライマーを該標的核酸配列と合わせる工程；ならびに
増幅反応を該サンプルに対して行うことによって、該標的核酸配列を該高安定性プライマーにより増幅する工程、
を含む、方法。
（項目３３）
前記ヒト法医学サンプルが、唾液、血液、膣液、精液、血漿、血清、脊髄液、リンパ液、滑液、尿、涙および便からなる群より選択される少なくとも１つの物質を含む、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記ヒト法医学サンプルが、皮膚、口、肺、鼻、眼、耳、臍、腸管、尿生殖路およびこれらの任意の組合せからなる群より選択される器官からの外分泌物を含む、項目３２に記載の方法。
（項目３５）
前記標的核酸配列がＤＮＡを含む、項目３２に記載の方法。
（項目３６）
増幅がＰＣＲによって達成される、項目３２に記載の方法。
（項目３７）
前記高安定性核酸アナログが、ＰＮＡ、ＬＮＡ、２’−Ｏ−メチル核酸、２’−Ｏ−アルキル核酸、２’−フルオロ核酸、ホスホロチオエート結合を含む核酸、および、これらの任意の組合せからなる群より選択される、項目３２に記載の方法。
（項目３８）
前記高安定性核酸アナログがＬＮＡを含む、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記高安定性プライマーが少なくとも２つの高安定性核酸アナログを含む、項目３２に記載の方法。
（項目４０）
少なくとも２つの高安定性プライマーを提供することを含む、項目３２に記載の方法。
（項目４１）
少なくとも５つの高安定性プライマーを提供することを含む、項目３２に記載の方法。
（項目４２）
前記高安定性プライマーは、ａ）第２のプライマーが天然の核酸からなり、かつ、ｂ）前記高安定性核酸アナログの代わりに、同等の天然の核酸を含むことを除いて、該高安定性プライマーと同一である該第２のプライマーよりも高い融点温度を有する、項目３２に記載の方法。
（項目４３）
前記高安定性プライマーを使用する前記増幅により、ＣＳＦ１ＰＯ、ＦＧＡ、ＴＨ０１、ＴＰＯＸ、ｖＷＡ、Ｄ３Ｓ１３５８、Ｄ５Ｓ８１８、Ｄ７Ｓ８２０、Ｄ８Ｓ１１７９、Ｄ１３Ｓ３１７、Ｄ１６Ｓ５３９、Ｄ１８Ｓ５１、Ｄ２１Ｓ１１、Ｄ１９Ｓ４３３およびＤ２Ｓ１３３８からなる群より選択される少なくとも１つの遺伝子座に由来する核酸配列が増幅される、項目３２に記載の方法。
（項目４４）
前記法医学サンプルが、前記提供する工程の前に無菌ではない環境にある、項目３２に記載の方法。
（項目４５）
前記法医学サンプルが、室内環境、住宅、家屋、アパート、コンドミニアム、ホテル、モーテル、庁舎、食料雑貨店、コンビニエンスストア、事務所、事務所用ビル、病院、診療所、教会、レストラン、ショッピングモール、学校、専門学校、大学、寄宿舎、刑務所、拘置所、車庫、図書館、乗り物、自動車、飛行機、列車、バス、トラック、救急車、パトカー、消防車、タクシー、屋外環境、公園、庭、山林、森、街路、公道、校庭、大学構内、事務所複合用地、キャンプ場、ジョギング路、ハイキングコース、広場、駐車場、水域、湖、池、海洋、河川、小川、沼地、プールおよび温水浴槽からなる群より選択される場所の少なくとも１つにあり、ただし、該法医学サンプルは、前記提供する工程の前に該場所にある、項目３２に記載の方法。
（項目４６）
前記法医学サンプルが、前記提供する工程の前に衣類の少なくとも一部分を含む、項目３２に記載の方法。
（項目４７）
前記衣類が、ジーンズ、ズボン、セーター、シャツ、下着、スカート、ドレス、スカーフ、スニーカー、靴、ブーツ、制服、手袋、ミトン、靴下、ストッキング、ジャケットおよびコートの少なくとも１つからなる群より選択される、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記法医学サンプルが、家具、テーブル、イス、幼児用シート、ベッド、幼児用寝台、頭板、腰掛け、カウンター、台所用器具、照明器具、布地、デニム地、帆布、絹、綿、レーヨン、ウール、毛皮、皮革、スエード革、プラスチック、合成繊維、紙、木、竹、プラスチック、金属、ガラス、セラミック、プラスター、塗料、装身具、メガネ、宝石、ハンドバック、カツラ、財布、室内装飾品、シャワーカーテン、窓カーテン、日よけ、ブラインド、敷物、カーペット、敷布、枕カバー、ベッドカバーおよび毛布からなる群より選択される少なくとも１つの環境と直接に接触している、項目３２に記載の方法。
（項目４９）
前記高安定性プライマーが、短いタンデム反復の前記増幅を可能にする配列を含む、項目１、１３、２９および３２の一項に記載に方法。