【手続補正書】
【提出日】平成22年6月22日(2010.6.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４８】
本発明は更にまた、コンピュータシステムと組み合わせて使用するコンピュータプログラムプロダクトを提供し、ここでコンピュータプログラムプロダクトはコンピュータ読み取り可能な格納媒体およびそれに組み込まれたコンピュータプログラム機序を含み、コンピュータプログラム機序は標的特異的ヌクレオチド配列（またはその複数）を識別するため、および／または隣接標的特異的配列（またはその複数）の対を識別するための上記方法の何れかを実施するための命令を含む。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブ対における使用のための隣接標的特異的配列の対を識別するための方法であって、下記工程：
（ａ）標的ｍＲＮＡ配列の逆相補体である第１の所定の長さの候補ヌクレオチド配列の第１のプールを生成する工程であって、ここで各候補ヌクレオチド配列は５’候補配列および３’候補配列よりなる等しい長さの隣接ヌクレオチド配列２つに分割できる工程；
（ｂ）前記第１のプールから以下の基準：（ｉ）連続ヌクレオチドの所定の長さより大きい逆方向リピートを含有する；（ｉｉ）連続ヌクレオチドの所定の長さより大きい正方向リピートを含有する；（ｉｉｉ）自身の５’候補配列および／または３’候補配列が所定範囲外のＧＣ含有量を有する：（ｉｖ）自身の５’候補配列および／または３’候補配列が所定の長さより大きいＣ残基の近接するストレッチを含有する；および（ｖ）自身の５’候補配列および／または３’候補配列が第１の所定の融点範囲外にある融点を有すること；の少なくとも２つに合致する候補ヌクレオチド配列１つ以上を欠失させることにより、候補ヌクレオチド配列の第２のプールを生成する工程；
（ｃ）前記第２のプールから自身の５’候補配列および／または３’候補配列が所定の閾値より高値の非特異的配列に対する交差ハイブリダイズ潜在能力を有する候補ヌクレオチド配列の１つ以上を欠失させることにより、候補ヌクレオチド配列の第３のプールを生成する工程；
（ｄ）前記第３のプールから自身の５’候補配列および／または３’候補配列が第２の所定の温度範囲外の融点を有する候補ヌクレオチド配列の１つ以上を欠失させる工程であって、ここで第２の所定の融点範囲は第１の所定の融点範囲内にある工程；
（ｅ）修飾された５’候補配列または修飾された３’候補配列に関する融点を測定する工程であって、ここで修飾された５’候補配列または修飾された３’候補配列は、工程（ｄ）において欠失された候補ヌクレオチド配列のそれぞれ５’候補配列または３’候補配列の修飾された型であり、その理由はその５’候補配列および／または３’候補配列が第２の所定の範囲より高値の融点を有するためであり、ここで該修飾された５’候補配列は、相当する５’候補配列の５’末端からヌクレオチド少なくとも１つをトリミングすることにより修飾されており、そしてここで該修飾された３’候補配列は、相当する３’候補配列の３’末端からヌクレオチド少なくとも１つをトリミングすることにより修飾されている工程；
（ｆ）以下、即ち：
（Ａ）修飾された５’または修飾された３’候補配列、および、
（Ｂ）３’または５’のそれぞれの候補配列またはその修飾された形態；
の各々が第２の所定の融点範囲内の融点を有し、そして両方が同じ候補ヌクレオチド配列に由来する事例において；
第３のプールに（Ａ）および（Ｂ）からなる修飾された候補ヌクレオチド配列を追加することにより候補ヌクレオチド配列の第４のプールを生成する工程；
（ｇ）修飾された５’または修飾された３’候補配列の長さが第２の所定の長さより大きい場合、工程（ｅ）を１回以上反復する工程であって、ここで修飾された５’候補配列または修飾された３’候補配列はそれぞれ、修飾された５’または修飾された３’候補配列の長さが第２の所定の長さと（ｉ）等しくなるか、または（ｉｉ）それより低値となるか、の何れか早期の状態となるまで、各回、工程（ｅ）よりも多い数のヌクレオチドによりトリミングされている工程；
（ｈ）以下、即ち：
（Ｃ）前記修飾された５’または修飾された３’候補配列、および、
（Ｄ）３’または５’のそれぞれの候補配列またはその修飾された形態；
の各々が第２の所定の融点範囲内の融点を有し、そして両方が同じ候補ヌクレオチド配列に由来する、工程（ｇ）の各々の修飾された５’または修飾された３’候補配列につき；第３のプールに（Ｃ）および（Ｄ）からなる修飾された候補ヌクレオチド配列を追加することにより候補ヌクレオチド配列の第５のプールを生成する工程；および、
（ｉ）任意に、工程（ｄ）において欠失された異なる候補ヌクレオチド配列１つ以上につき工程（ｅ）〜（ｈ）を反復することにより、候補ヌクレオチド配列の第６のプールを生成する工程、
を含み、
これにより、第４、第５および第６のプールは、標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブ対における使用のための隣接した標的特異的配列の対からなる候補ヌクレオチド配列よりなるものである方法。
（項目２）
第４、５および／または６のプールの候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列、および／またはそれに含有される５’候補配列もしくは修飾された５’候補配列および／または３’候補配列もしくは修飾された３’候補配列の１つまたは複数を、ユーザーインタフェースデバイス、コンピュータ読み取り可能な格納媒体、またはローカルもしくはリモートコンピュータシステムに出力する、または表示する工程を更に含む項目１に記載の方法。
（項目３）
候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列が、それぞれ前記候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列に由来する隣接標的特異的ヌクレオチド配列の対として出力される、項目２に記載の方法。
（項目４）
工程（ｃ）において、５’候補配列または３’候補配列が下記：（ｉ）第１の所定のカットオフ以上である、第１の配列（以降「第１の非標的配列」と称する）またはその相補体との配列パーセント同一性、ここで前記第１の非標的配列は標的ｍＲＮＡの相補体以外、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外であり、そしてここで前記第１の非標的配列は細胞ｍＲＮＡ配列またはそれに由来するｃＤＮＡ配列を含むデータベース中に存在する；および（ｉｉ）第２の所定のカットオフ以上である、第２の配列（以降「第２の非標的配列」と称する）またはその相補体との配列同一性の近接するブロック、ここで前記第２の非標的配列は標的ｍＲＮＡの相補体以外、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外であり、そしてここで前記第２の非標的配列はデータベース中に存在する；を有する場合に、前記５’候補配列または３’候補配列が前記所定の閾値より高値の非特異的配列に対する交差ハイブリダイゼーション潜在能力を有することが予測される、項目１〜３の何れか１項に記載の方法。
（項目５）
第４、５および／または６のプールの候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列、および／またはそれに含有される５’候補配列または修飾された５’候補配列および３’候補配列または修飾された３’候補配列の複数が、前記５’候補配列または修飾された５’候補配列および３’候補配列または修飾された３’候補配列の交差ハイブリダイゼーション潜在能力および融点の加重評点に基づいて、順位付けされた順序において出力または表示される項目１〜４の何れか１項に記載の方法。
（項目６）
加重評点が下記式：
（Ｔｍ評点＊ＷＦａ）＋（ＭＣＢ評点＊ＷＦｂ）＋（ＰＩＤ評点＊ＷＦｃ）
に従って計算され、
式中、Ｔｍ評点は下記式：
（示差的評点＋一般的評点）／３
に従って計算された融点評点であり、
式中、示差的評点は下記式：
【化１４】
2010523159.tif 000001
に従って計算され、
式中、一般的評点は下記式：
【化１５】
2010523159.tif 000002
に従って計算され、
式中ＴｍＡは隣接標的特異的配列の対における５’候補配列または修飾された５’候補配列の融点であり、ＴｍＢは隣接標的特異的配列の前記対における３’候補配列または修飾された３’候補配列の融点であり、ＴｍＨｃｏは第２の所定温度範囲の上限であり；ＴｍＬｃｏは第２の所定温度範囲の下限であり；そしてＴｍＩは所定の理想的融点であり；
ここで：
ＭＣＢ評点は下記式：
１−（ＭＣＢ／ＭＣＢｃｏ）
に従って計算された最大近接ブロック評点であり；
式中、ＭＣＢは下記：
（ｉ）下記：
（Ａ）隣接標的特異的配列の前記対における第１の標的特異的ヌクレオチド配列；および、
（Ｂ）標的ｍＲＮＡの相補体以外の、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外の、データベース中の配列；
の間の同一性の最大近接ブロック；
および、
（ｉｉ）下記：
（Ａ）隣接標的特異的配列の前記対における第２の標的特異的ヌクレオチド配列；および、
（Ｂ）標的ｍＲＮＡの相補体以外の、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外の、データベース中の配列；
の間の同一性の最大近接ブロック；
のうちの大きいものであり；
そして式中、ＭＣＢｃｏは第１の所定のカットオフであり；
ここで：
ＰＩＤ評点は下記式：
１−（ＰＩＤ／ＰＩＤｃｏ））
に従って計算されたパーセント同一性評点であり；
式中ＰＩＤは下記：
（ｉ）下記：
（Ａ）隣接標的特異的配列の前記対における第１の標的特異的ヌクレオチド配列；および、
（Ｂ）標的ｍＲＮＡの相補体以外の、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外の、データベース中の配列；
の間の最大のパーセント配列同一性；および、
（ｉｉ）下記：
（Ａ）隣接標的特異的配列の前記対における第２の標的特異的ヌクレオチド配列；および、
（Ｂ）標的ｍＲＮＡの相補体以外の、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外の、データベース中の配列；
の間の最大のパーセント配列同一性；
のうちの大きいものであり；
そして式中、ＰＩＤｃｏは第２の所定のカットオフであり；
そしてここで、ＷＦａ、ＷＦｂ、およびＷＦｃは各々独立して加重ファクターであり、その各々は実数である、項目５記載の方法。
（項目７）
標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブ対における使用のための隣接標的特異的配列の対を識別するための方法であって、下記工程：
（ａ）標的ｍＲＮＡ配列の逆相補体である１００ヌクレオチドの候補ヌクレオチド配列の第１のプールを生成する工程であって、ここで各候補ヌクレオチド配列は、各々５０ヌクレオチドの隣接ヌクレオチド配列２つに分割できるものであり、ここで前記隣接ヌクレオチド配列は５’候補配列および３’候補配列よりなるものである工程；
（ｂ）前記第１のプールから以下の基準：（ｉ）６連続ヌクレオチド長以上の逆方向リピートを含有する；（ｉｉ）９連続ヌクレオチド長以上の正方向リピートを含有する；（ｉｉｉ）自身の５’候補配列および／または３’候補配列が４０〜７０％外のＧＣ含有量を有する：（ｉｖ）自身の５’候補配列および／または３’候補配列が３Ｃ残基以上の近接するストレッチを含有する；および（ｖ）自身の５’候補配列および／または３’候補配列が（Ａ）６０〜９０℃または（Ｂ）６５〜８５℃の範囲外にある融点を有すること；に合致する候補ヌクレオチド配列１つ以上を欠失させることにより、候補ヌクレオチド配列の第２のプールを生成する工程；
（ｃ）前記第２のプールから自身の５’候補配列および／または３’候補配列が（ｉ）第１の配列（以降「第１の非標的配列」と称する）またはその相補体と８５％以上の配列パーセント同一性、ここで前記第１の非標的配列は標的ｍＲＮＡの相補体以外、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外であり、そしてここで前記第１の非標的配列は細胞ｍＲＮＡ配列またはそれに由来するｃＤＮＡ配列を含むデータベース中に存在する；および（ｉｉ）第２の配列（以降「第２の非標的配列」と称する）またはその相補体と１５ヌクレオチド以上の配列同一性の近接するブロック、ここで前記第２の非標的配列は標的ｍＲＮＡの相補体以外、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外であり、そしてここで前記第２の非標的配列はデータベース中に存在する；を有する候補ヌクレオチド配列１つ以上を欠失させることにより、候補ヌクレオチド配列の第３のプールを生成する工程；
（ｄ）前記第３のプールから自身の５’候補配列および／または３’候補配列が７８〜８３℃の範囲外の融点を有する候補ヌクレオチド配列の１つ以上を欠失させる工程；
（ｅ）修飾された５’候補配列または修飾された３’候補配列に関する融点を測定する工程であって、ここで修飾された５’候補配列または修飾された３’候補配列は、工程（ｄ）において欠失された候補ヌクレオチド配列のそれぞれ５’候補配列または３’候補配列の修飾された型であり、その理由はその５’候補配列および／または３’候補配列が８３℃より高値の融点を有するためであり、ここで修飾された５’候補配列は相当する５’候補配列の５’末端からヌクレオチド少なくとも１つをトリミングすることにより修飾されており、そしてここで修飾された３’候補配列は相当する３’候補配列の３’末端からヌクレオチド少なくとも１つをトリミングすることにより修飾されている、工程；
（ｆ）以下、即ち：
（Ａ）修飾された５’または修飾された３’候補配列、および、
（Ｂ）３’または５’のそれぞれの候補配列またはその修飾された形態；
の各々が７８〜８３℃の範囲内の融点を有し、そして両方が同じ候補ヌクレオチド配列に由来する事例において；
第３のプールに（Ａ）および（Ｂ）からなる修飾された候補ヌクレオチド配列を追加することにより候補ヌクレオチド配列の第４のプールを生成する工程；
（ｇ）修飾された５’または修飾された３’候補配列の長さが３５ヌクレオチドより大きい場合、工程（ｅ）を１回以上反復する工程であって、ここで修飾された５’候補配列または修飾された３’候補配列はそれぞれ、修飾された５’または修飾された３’候補配列の長さが３５ヌクレオチドと（ｉ）等しくなるか、または（ｉｉ）それより低値となるか、の何れか早期の状態となるまで、各回、工程（ｅ）よりも多い数のヌクレオチドによりトリミングされている、工程；
（ｈ）以下、即ち：
（Ｃ）修飾された５’または修飾された３’候補配列、および、
（Ｄ）３’または５’のそれぞれの候補配列または修飾された候補配列；
の各々が７８〜８３℃の範囲内の融点を有し、そして両方が同じ候補ヌクレオチド配列に由来する、工程（ｇ）の各々の修飾された５’または修飾された３’候補配列の各々につき；
第３のプールに（Ｃ）および（Ｄ）からなる修飾された候補ヌクレオチド配列を追加することにより候補ヌクレオチド配列の第５のプールを生成する工程；および、
（ｉ）任意に、工程（ｄ）において欠失された異なる候補ヌクレオチド配列１つ以上につき工程（ｅ）〜（ｈ）を反復することにより、候補ヌクレオチド配列の第６のプールを生成する工程、
を含み、
これにより、第４、第５および第６のプールは、標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブ対における使用のための隣接した標的特異的配列の対からなる候補ヌクレオチド配列よりなるものである、方法。
（項目８）
第４、５および／または６のプールの候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列、および／またはそれに含有される５’候補配列または修飾された５’候補配列および／または３’候補配列または修飾された３’候補配列の１つまたは複数を、ユーザーインタフェースデバイス、コンピュータ読み取り可能な格納媒体、またはローカルもしくはリモートコンピュータシステムに出力する、または表示する工程を更に含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列が、それぞれ前記候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列に由来する隣接標的特異的ヌクレオチド配列の対として出力される、項目８に記載の方法。
（項目１０）
第４、５および／または６のプールの候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列、および／またはそれに含有される５’候補配列または修飾された５’候補配列および３’候補配列または修飾された３’候補配列の複数が、前記５’候補配列または修飾された５’候補配列および３’候補配列または修飾された３’候補配列の交差ハイブリダイゼーション潜在能力および融点の加重評点に基づいて、順位付けされた順序において出力または表示される、項目７〜９の何れか１項に記載の方法。
（項目１１）
加重評点が下記式：
（Ｔｍ評点＊ＷＦａ）＋（ＭＣＢ評点＊ＷＦｂ）＋（ＰＩＤ評点＊ＷＦｃ）
に従って計算され、
式中、Ｔｍ評点は下記式：
（示差的評点＋一般的評点）／３
に従って計算された融点評点であり、
式中、示差的評点は下記式：
【化１６】
2010523159.tif 000003
に従って計算され、
式中、一般的評点は下記式：
【化１７】
2010523159.tif 000004
に従って計算され、
式中ＴｍＡは隣接標的特異的配列の対における５’候補配列または修飾された５’候補配列の融点であり、そしてＴｍＢは隣接標的特異的配列の前記対における３’候補配列または修飾された３’候補配列の融点であり；
ここで：
ＭＣＢ評点は下記式：
１−（ＭＣＢ／１５）
に従って計算された最大近接ブロック評点であり；
式中、ＭＣＢは下記：
（ｉ）下記：
（Ａ）隣接標的特異的配列の前記対における第１の標的特異的ヌクレオチド配列；および、
（Ｂ）標的ｍＲＮＡの相補体以外の、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外の、データベース中の配列；
の間の同一性の最大近接ブロック；
および、
（ｉｉ）下記：
（Ａ）隣接標的特異的配列の前記対における第２の標的特異的ヌクレオチド配列；および、
（Ｂ）標的ｍＲＮＡの相補体以外の、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外の、データベース中の配列；
の間の同一性の最大近接ブロック；
のうちの大きいものであり；
ここで：
ＰＩＤ評点は下記式：
１−（ＰＩＤ／８５％）
に従って計算されたパーセント同一性評点であり；
式中ＰＩＤは下記：
（ｉ）下記：
（Ａ）隣接標的特異的配列の前記対における第１の標的特異的ヌクレオチド配列；および、
（Ｂ）標的ｍＲＮＡの相補体以外の、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外の、データベース中の配列；
の間の最大のパーセント配列同一性；および、
（ｉｉ）下記：
（Ａ）隣接標的特異的配列の前記対における第２の標的特異的ヌクレオチド配列；および、
（Ｂ）標的ｍＲＮＡの相補体以外の、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外の、データベース中の配列；
の間の最大のパーセント配列同一性；
のうちの大きいものであり；
そして式中、ＰＩＤｃｏは第２の所定のカットオフであり；
そしてここで、ＷＦａ、ＷＦｂ、およびＷＦｃは各々独立して加重ファクターであり、その各々は実数である、項目１０記載の方法。
（項目１２）
複数のプローブ対のそれぞれにおける使用のために隣接標的特異的配列の複数の対を識別するための方法であって、ここで各プローブ対は異なる標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能であり、各標的ｍＲＮＡに対して、項目１〜１１の何れか１項に記載の方法に従って隣接標的特異的配列の対を識別することを含む、方法。
（項目１３）
標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブにおける使用のための標的特異的ヌクレオチド配列を識別するための方法であって、下記工程：
（ａ）標的ｍＲＮＡ配列の逆相補体である第１の所定の長さの候補ヌクレオチド配列の第１のプールを生成する工程；
（ｂ）前記第１のプールから以下の基準：（ｉ）連続ヌクレオチドの所定の長さより大きい逆方向リピートを含有する；（ｉｉ）連続ヌクレオチドの所定の長さより大きい正方向リピートを含有する；（ｉｉｉ）所定範囲外のＧＣ含有量を有する：（ｉｖ）所定の長さより大きいＣ残基の近接するストレッチを含有する；および（ｖ）第１の所定の融点範囲外にある融点を有する；の少なくとも２つに合致する候補ヌクレオチド配列１つ以上を欠失させることにより、候補ヌクレオチド配列の第２のプールを生成する工程；
（ｃ）前記第２のプールから所定の閾値より高値の非特異的配列に対する交差ハイブリダイズ潜在能力を有する候補ヌクレオチド配列の１つ以上を欠失させることにより、候補ｎ配列の第３のプールを生成する工程；
（ｄ）前記第３のプールから第２の所定の温度範囲外の融点を有する候補ヌクレオチド配列の１つ以上を欠失させる工程であって、ここで第２の所定の融点範囲は第１の所定の融点範囲内にある工程；
（ｅ）修飾された候補ヌクレオチド配列に関する融点を測定する工程であって、ここで修飾された候補ヌクレオチド配列は、工程（ｄ）において欠失された候補ヌクレオチド配列の修飾された型であり、その理由はそれが第２の所定の範囲より高値の融点を有するためであり、ここで修飾された候補ヌクレオチド配列は前記候補ヌクレオチド配列の５’末端または３’末端からヌクレオチド少なくとも１つをトリミングすることにより修飾されている工程；
（ｆ）修飾された候補ヌクレオチド配列が第２の所定の融点範囲内の融点を有する事例において、第３のプールに修飾された候補ヌクレオチド配列を追加することにより候補ヌクレオチド配列の第４のプールを生成する工程；
（ｇ）修飾された候補ヌクレオチド配列の長さが第２の所定の長さより大きい場合、工程（ｅ）を１回以上反復する工程であって、ここで修飾された候補ヌクレオチド配列は修飾された候補ヌクレオチド配列の長さが第２の所定の長さと（ｉ）等しくなるか、または（ｉｉ）それより低値となるか、の何れか早期の状態となるまで、各回、工程（ｅ）よりも多い数のヌクレオチドによりトリミングされている工程；
（ｈ）第３のプールに第２の所定の融点範囲内の融点を有する工程（ｇ）の各々の修飾された候補ヌクレオチド配列を追加することにより候補ヌクレオチド配列の第５のプールを生成する工程；および、
（ｉ）任意に、工程（ｄ）において欠失された異なる候補ヌクレオチド配列１つ以上につき工程（ｅ）〜（ｈ）を反復することにより、候補ヌクレオチド配列の第６のプールを生成する工程、
を含み、
これにより、第４、第５および第６のプールは、標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブにおける使用のための標的特異的ヌクレオチド配列よりなるものである、方法。
（項目１４）
第４、５および／または６のプールの候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列の１つまたは複数を、ユーザーインタフェースデバイス、コンピュータ読み取り可能な格納媒体、またはローカルもしくはリモートコンピュータシステムに出力する、または表示する工程を更に含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
工程（ｃ）において、前記候補標的特異的配列が（ｉ）第１の所定のカットオフ以上である、第１の配列（以降「第１の非標的配列」と称する）またはその相補体との配列パーセント同一性、ここで前記第１の非標的配列は標的ｍＲＮＡの相補体以外、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外であり、そしてここで前記第１の非標的配列は細胞ｍＲＮＡ配列またはそれに由来するｃＤＮＡ配列を含むデータベース中に存在するもの；および（ｉｉ）第２の所定のカットオフ以上である、第２の配列（以降「第２の非標的配列」と称する）またはその相補体との配列同一性の近接するブロック、ここで前記第２の非標的配列は標的ｍＲＮＡの相補体以外であり、そして任意に、標的ｍＲＮＡと同じ遺伝子に相当するオルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡ１つ以上の相補体以外であり、そしてここで前記第２の非標的配列はデータベース中に存在する；を有する場合に、候補標的特異的配列が前記所定の閾値より高値の非特異的配列に対する交差ハイブリダイゼーション潜在能力を有することが予測される、項目１３および１４の何れか１項に記載の方法。
（項目１６）
第４、５および／または６のプールの候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列の複数が、前記候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列の交差ハイブリダイゼーション潜在能力および融点の加重評点に基づいて、順位付けされた順序において出力または表示される項目１３および１４の何れか１項に記載の方法。
（項目１７）
第４、５および／または６のプールの候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列の複数が、前記候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列の交差ハイブリダイゼーション潜在能力および融点の加重評点に基づいて、順位付けされた順序において出力または表示される項目１５記載の方法。
（項目１８）
複数のプローブのそれぞれにおける使用のための標的特異的配列複数を識別するための方法であって、ここで各プローブは異なる標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能であり、各標的ｍＲＮＡに対して、項目１〜１７の何れか１項に記載の方法に従って標的特異的配列を識別することを含む、方法。
（項目１９）
第４、５および／または６のプールが候補ヌクレオチド配列を含有しない場合に、更に工程（ｂ）〜（ｉ）を反復する工程を含み、ここで工程（ｂ）はより緩やかな基準の下に実施される項目１〜１８の何れか１項に記載の方法。
（項目２０）
反復の各工程（ｇ）において、修飾された５’候補配列または修飾された３’候補配列が１ヌクレオチドだけトリミングされる、項目１〜１２の何れか１項に記載の方法。
（項目２１）
反復の各工程（ｇ）において、修飾された候補ヌクレオチド配列が１ヌクレオチドだけトリミングされる、項目１３〜１８の何れか１項に記載の方法。
（項目２２）
工程（ｂ）が、前記以下の基準の少なくとも３つに合致する候補ヌクレオチド配列１つ以上を前記第１のプールから欠失させる工程を含む、項目１〜６および１３〜１８の何れか１項に記載の方法。
（項目２３）
工程（ｂ）が、前記以下の基準の４つに合致する候補ヌクレオチド配列１つ以上を前記第１のプールから欠失させる工程を含む、項目２２記載の方法。
（項目２４）
工程（ｂ）が、前記以下の基準の５つ全てに合致する候補ヌクレオチド配列１つ以上を前記第１のプールから欠失させる工程を含む、項目２２記載の方法。
（項目２５）
第１の所定の長さが、７０〜１２０ヌクレオチドの範囲から選択される、項目１〜６の何れか１項に記載の方法。
（項目２６）
第２の所定の長さが、３０〜４５ヌクレオチドの範囲から選択される、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
第１の所定の長さが、３５〜６０ヌクレオチドの範囲から選択される、項目１３〜１８の何れか１項に記載の方法。
（項目２８）
第２の所定の長さが、３０〜４５ヌクレオチドの範囲から選択される、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
工程（ｂ）（ｉ）の逆方向リピートの所定の長さが、５〜７連続ヌクレオチドの範囲から選択される、項目１〜６および１３〜１８の何れか１項に記載の方法。
（項目３０）
工程（ｂ）（ｉｉ）の正方向リピートの所定の長さが、７〜９連続ヌクレオチドの範囲から選択される、項目１〜６および１３〜１８の何れか１項に記載の方法。
（項目３１）
工程（ｂ）（ｉｉｉ）のＧＣ含有量の所定の範囲が、下限で３５〜４５％から上限で６５〜８０％である、項目１〜６および１３〜１８の何れか１項に記載の方法。
（項目３２）
工程（ｂ）（ｉｉｉ）のＧＣ含有量の所定の範囲が、４０〜７０％である、項目３１記載の方法。
（項目３３）
工程（ｂ）（ｉｖ）の所定の長さが３である、項目１〜６および１３〜１８の何れか１項に記載の方法。
（項目３４）
第１の所定の融点範囲の最高および最低温度が２０℃〜２５℃異なる、項目１〜６および１３〜１８の何れか１項に記載の方法。
（項目３５）
第１の所定の融点範囲が、６０℃〜９０℃である、項目３４記載の方法。
（項目３６）
第１の所定の融点範囲が、６５℃〜８５℃である、項目３４記載の方法。
（項目３７）
第１の所定のカットオフが、７０％〜９５％配列同一性の範囲から選択される、項目４、６、１５、および１７の何れか１項に記載の方法。
（項目３８）
第１の所定のカットオフが、８０％〜９０％配列同一性の範囲から選択される、項目３７記載の方法。
（項目３９）
第２の所定のカットオフが、１０〜１８近接ヌクレオチドの範囲から選択される、項目４、６、１５、１７、３７および３８の何れか１項に記載の方法。
（項目４０）
第２の所定のカットオフが、１４〜１６近接ヌクレオチドの範囲から選択される、項目３９記載の方法。
（項目４１）
第２の所定の融点範囲の最高および最低温度が、４℃〜８℃異なる、項目１〜６および１３〜１８の何れか１項に記載の方法。
（項目４２）
第２の所定の融点範囲が、７８℃〜８３℃である、項目４１記載の方法。
（項目４３）
第１の非標的配列および第２の非標的配列が同じである、項目４、７および１５の何れか１項に記載の方法。
（項目４４）
第４、５および／または６のプールから、プローブの他の成分中、またはプローブのための調製工程中に存在する配列に対する交差ハイブリダイゼーション潜在能力を有する候補ヌクレオチド配列を除去する工程を更に含む、項目１〜４３の何れか１項に記載の方法。
（項目４５）
標的ｍＲＮＡが、オルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡである、項目１〜４３の何れか１項に記載の方法。
（項目４６）
候補ヌクレオチド配列１つ以上が、１つのスプライス型にユニークであるか、または標的ｍＲＮＡの１つより多いスプライス型に共通であるかどうかを測定する工程を更に含む、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
候補ヌクレオチド配列の第１のプールが、１つのスプライス型にユニークな候補ヌクレオチド配列のみを含有する、項目４５に記載の方法。
（項目４８）
候補標的特異的配列の第１のプールが、多数のスプライス型に共通の候補ヌクレオチド配列のみを含有する、項目４５に記載の方法。
（項目４９）
コンピュータによって実施される、項目１〜４８の何れか１項に記載の方法。
（項目５０）
プロセッサおよびプロセッサに連結されたメモリであって、項目１〜１０の何れか１項に記載の方法をプロセッサに実施させる複数の機械命令を格納しているメモリを含む、標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブ対における使用のための隣接標的特異的配列の対を識別するためのコンピュータシステム。
（項目５１）
複数のプローブ対のそれぞれにおける使用のための隣接標的特異的配列の複数の対を識別するためのコンピュータシステムであって、ここで各プローブ対は異なる標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能であり、プロセッサおよびプロセッサに連結されたメモリであって、項目１２に記載の方法をプロセッサに実施させる複数の機械命令を格納しているメモリを含む、コンピュータシステム。
（項目５２）
標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブにおける使用のための標的特異的配列を識別するためのコンピュータシステムであって、プロセッサおよびプロセッサに連結されたメモリであって、項目１３〜１７の何れか１項に記載の方法をプロセッサに実施させる機械命令複数を格納しているメモリを含む上記コンピュータシステム。
（項目５３）
プローブのそれぞれ複数における使用のための標的特異的配列を識別するためのコンピュータシステムであって、ここで各プローブは異なる標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能であり、プロセッサおよびプロセッサに連結されたメモリであって、項目１８に記載の方法をプロセッサに実施させる複数の機械命令を格納しているメモリを含む、コンピュータシステム。
（項目５４）
プロセッサおよびプロセッサに連結されたメモリであって、項目１〜４９の何れか１項に記載の方法をプロセッサに実施させる複数の機械命令を格納しているメモリを含む、コンピュータシステム。
（項目５５）
コンピュータシステムと組み合わせて使用するコンピュータプログラムプロダクトであって、該コンピュータプログラムプロダクトはコンピュータ読み取り可能な格納媒体およびそれに組み込まれたコンピュータプログラム機序を含み、該コンピュータプログラム機序は項目１〜４９の何れか１項に記載の方法を実施するための命令を含む、コンピュータプログラムプロダクト。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブ対における使用のための隣接標的特異的配列の対を識別するための方法であって、下記工程：
（ａ）標的ｍＲＮＡ配列の逆相補体である第１の所定の長さの候補ヌクレオチド配列の第１のプールを生成する工程であって、ここで各候補ヌクレオチド配列は５’候補配列および３’候補配列よりなる等しい長さの隣接ヌクレオチド配列２つに分割できる工程；
（ｂ）前記第１のプールから以下の基準：（ｉ）連続ヌクレオチドの所定の長さより大きい逆方向リピートを含有する；（ｉｉ）連続ヌクレオチドの所定の長さより大きい正方向リピートを含有する；（ｉｉｉ）自身の５’候補配列および／または３’候補配列が所定範囲外のＧＣ含有量を有する：（ｉｖ）自身の５’候補配列および／または３’候補配列が所定の長さより大きいＣ残基の近接するストレッチを含有する；および（ｖ）自身の５’候補配列および／または３’候補配列が第１の所定の融点範囲外にある融点を有すること；の少なくとも２つに合致する候補ヌクレオチド配列１つ以上を欠失させることにより、候補ヌクレオチド配列の第２のプールを生成する工程；
（ｃ）前記第２のプールから自身の５’候補配列および／または３’候補配列が所定の閾値より高値の非特異的配列に対する交差ハイブリダイズ潜在能力を有する候補ヌクレオチド配列の１つ以上を欠失させることにより、候補ヌクレオチド配列の第３のプールを生成する工程、
を含み、
これにより、該第３のプールが、標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブ対における使用のための隣接した標的特異的配列の対からなる候補ヌクレオチド配列を含む、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記第３のプールから自身の５’候補配列および／または３’候補配列が第２の所定の温度範囲外の融点を有する候補ヌクレオチド配列の１つ以上を欠失させる工程であって、ここで第２の所定の融点範囲は第１の所定の融点範囲内にある工程；それにより、候補ヌクレオチド配列の第４のプールを生成する工程をさらに含み、これにより、該第４のプールが、標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブ対における使用のための隣接した標的特異的配列の対からなる候補ヌクレオチド配列を含む、方法。
【請求項３】
請求項２に記載の方法であって、
修飾された５’候補配列または修飾された３’候補配列に関する融点を測定する工程であって、ここで該修飾された５’候補配列または修飾された３’候補配列は、前記第４のプールから欠失された候補ヌクレオチド配列のそれぞれ５’候補配列または３’候補配列の修飾された型であり、その理由はその５’候補配列および／または３’候補配列が第２の所定の範囲より高値の融点を有するためである工程；そして、
修飾された５’または修飾された３’候補配列、および、３’または５’のそれぞれの候補配列またはその修飾された形態の各々が第２の所定の融点範囲内の融点を有し、そして両方が同じ候補ヌクレオチド配列に由来する場合、該第４のプールに５’候補配列または修飾された３’候補配列、および、３’または５’のそれぞれの候補配列またはその修飾された形態からなる修飾された候補配列を追加することにより候補ヌクレオチド配列の第５のプールを生成する工程、
をさらに含み、これにより、該第５のプールは、標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブ対における使用のための隣接した標的特異的配列の対からなる候補ヌクレオチド配列を含む、方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法であって、ここで：
前記修飾された５’候補配列は、相当する５’候補配列の５’末端からヌクレオチド少なくとも１つをトリミングすることにより修飾されているか；または
該修飾された３’候補配列は、相当する３’候補配列の３’末端からヌクレオチド少なくとも１つをトリミングすることにより修飾されている、
方法。
【請求項５】
請求項３に記載の方法であって、ここで
前記５’および／または３’候補配列の修飾が、該５’および／または３’候補配列からヌクレオチド少なくとも１つをトリミングすることを含む場合、修飾された５’候補配列または修飾された３’候補配列に関する融点を測定し、
該修飾された５’および／または３’候補配列の融点が、なお前記第２の所定の融点範囲外にとどまる場合、該修飾された５’および／または３’候補配列から別のヌクレオチド少なくとも１つをトリミングし、
該修飾された５’または修飾された３’候補配列、および、３’または５’のそれぞれの候補配列またはその修飾された形態の各々が第２の所定の融点範囲内の融点を有するまで、トリミングおよび測定する工程を繰り返し、そして、
その後、該第４のプールに、該修飾された５’ 候補配列または修飾された３’候補配列、および、３’または５’のそれぞれの候補配列またはその修飾された形態からなる候補配列を追加することにより候補ヌクレオチド配列の第５のプールを生成する、
方法。
【請求項６】
第３、４および／または５のプールの候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列、および／またはそれに含有される５’候補配列または修飾された５’候補配列および／または３’候補配列または修飾された３’候補配列の１つまたは複数を、ユーザーインタフェースデバイス、コンピュータ読み取り可能な格納媒体、またはローカルもしくはリモートコンピュータシステムに出力する、または表示する工程を更に含む、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列が、それぞれ前記候補ヌクレオチド配列および／または修飾された候補ヌクレオチド配列に由来する隣接標的特異的ヌクレオチド配列の対として出力される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
複数のプローブ対のそれぞれにおける使用のために隣接標的特異的配列の複数の対を識別するための方法であって、ここで各プローブ対は異なる標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能であり、各標的ｍＲＮＡに対して、請求項１〜７の何れか１項に記載の方法に従って隣接標的特異的配列の対を識別することを含む、方法。
【請求項９】
第１の所定の長さが、７０〜１２０ヌクレオチドの範囲から選択される、請求項１〜８の何れか１項に記載の方法。
【請求項１０】
工程（ｂ）（ｉｉ）の正方向リピートの所定の長さが、７〜９連続ヌクレオチドの範囲から選択される、請求項１〜９の何れか１項に記載の方法。
【請求項１１】
工程（ｂ）（ｉｉｉ）のＧＣ含有量の所定の範囲が、下限で３５〜４５％から上限で６５〜８０％である、請求項１〜１０の何れか１項に記載の方法。
【請求項１２】
工程（ｂ）（ｉｉｉ）のＧＣ含有量の所定の範囲が、４０〜７０％である、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
第３、４および／または５のプールから、プローブの他の成分中、またはプローブのための調製工程中に存在する配列に対する交差ハイブリダイゼーション潜在能力を有する候補ヌクレオチド配列を除去する工程を更に含む、請求項１〜１２の何れか１項に記載の方法。
【請求項１４】
標的ｍＲＮＡが、オルタナティブスプライシングされたｍＲＮＡである、請求項１〜１３の何れか１項に記載の方法。
【請求項１５】
プロセッサおよびプロセッサに連結されたメモリであって、請求項１〜１４の何れか１項に記載の方法をプロセッサに実施させる複数の機械命令を格納しているメモリを含む、標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能なプローブ対における使用のための隣接標的特異的配列の対を識別するためのコンピュータシステム。