【手続補正書】
【提出日】平成23年7月15日(2011.7.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下：
配列番号１中の第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的特異的配列を含む第１の増幅オリゴヌクレオチド；
配列番号１中の第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする標的特異的配列を含む第２の増幅オリゴヌクレオチド；および
配列番号１または配列番号１に完全に相補的な配列に特異的にハイブリダイズする標的特異的配列を含むオリゴヌクレオチドプローブ；
を含む組成物であって、
該第１および第２の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号１における異なる標的配列に特異的にハイブリダイズする、組成物。
【請求項２】
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドが、１９〜４９ヌクレオチド長であり、前記第２の増幅オリゴヌクレオチドが１９〜６６ヌクレオチド長であり、前記オリゴヌクレオチドプローブが、１８〜３１ヌクレオチド長である、請求項１記載の組成物。
【請求項３】
配列番号４７に特異的にハイブリダイズする、２４〜３４ヌクレオチド長の標的特異的配列を含む捕捉オリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項１記載の組成物。
【請求項４】
前記オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号８、９、１０、１１、２３、２５、２７または２９よりなる標的特異的配列を含む、請求項１記載の組成物。
【請求項５】
前記オリゴヌクレオチドプローブが分子トーチである、請求項４記載の組成物。
【請求項６】
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号２または３よりなる標的特異的配列を含み、そして前記第２の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号４または６よりなる標的特異的配列を含む、請求項１記載の組成物。
【請求項７】
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号２よりなる標的特異的配列を含み、そして前記第２の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号４よりなる標的特異的配列を含む、請求項６記載の組成物。
【請求項８】
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドが、前記標的特異的配列に連結したプロモーター配列をさらに含む、請求項７記載の組成物。
【請求項９】
前記プロモーター配列が配列番号４６である、請求項８記載の組成物。
【請求項１０】
前記オリゴヌクレオチドプローブが配列番号８よりなる標的特異的配列を含む、請求項７記載の組成物。
【請求項１１】
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号１２、１３または１４よりなる標的特異的配列を含み、そして前記第２の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号１５、１７、１９または２１よりなる標的特異的配列を含む、請求項１記載の組成物。
【請求項１２】
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号１４よりなる標的特異的配列を含み、そして前記第２の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号１７または１９よりなる標的特異的配列を含む、請求項１１記載の組成物。
【請求項１３】
前記第２の増幅オリゴヌクレオチドが、前記標的特異的配列に連結したプロモーター配列をさらに含む、請求項１２記載の組成物。
【請求項１４】
前記プロモーター配列が配列番号４６である、請求項１３記載の組成物。
【請求項１５】
前記オリゴヌクレオチドプローブが配列番号２９よりなる標的特異的配列を含む、請求項１２記載の組成物。
【請求項１６】
前記第１の増幅オリゴヌクレオチド、前記第２の増幅オリゴヌクレオチド、および前記検出プローブがキット内にある、請求項１５記載の組成物。
【請求項１７】
請求項１に記載の組成物を用いることによって生物学的試料中のＥＲＧ転写物を増幅および検出するための方法であって、以下：
（ａ）ＥＲＧ転写物を含有する該試料を、配列番号１中の前記第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする前記第１の増幅オリゴヌクレオチドおよび配列番号１中の前記第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする前記第２の増幅オリゴヌクレオチドに接触させる工程；
（ｂ）該第１および第２の増幅オリゴヌクレオチドに接触させた該試料をＥＲＧ転写物を増幅させる条件に曝露することにより、増幅された産物を作製する工程；および
（ｃ）該増幅された産物の存在を、配列番号１または配列番号１に完全に相補的である配列に特異的にハイブリダイズする検出プローブに該産物を特異的にハイブリダイズさせることにより検出し、これにより該試料中のＥＲＧ転写物の存在を検出する工程；
を含む、方法。
【請求項１８】
患者試料中のＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ転写物変異体を増幅および検出するための方法であって、以下：
（ａ）該患者試料を配列番号１４よりなる標的特異的配列を含む第１の増幅オリゴヌクレオチド、配列番号１７または１９よりなる標的特異的配列を含む第２の増幅オリゴヌクレオチド、および配列番号２９よりなる標的特異的配列を含む検出プローブに接触させる工程；
（ｂ）該患者試料をＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ転写物変異体を増幅するために十分な条件に曝露する工程；および
（ｃ）該ＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ転写物変異体が該患者試料中にあるか否かを決定する工程；
を含む、方法。
【請求項１９】
（ａ）前記接触させる工程が、配列番号２よりなる第１の増幅オリゴヌクレオチド、および配列番号５よりなる第２の増幅オリゴヌクレオチドを使用し、そして前記検出する工程が配列番号８または９よりなるオリゴヌクレオチドプローブを使用するか；または
（ｂ）前記接触させる工程が、配列番号３よりなる第１の増幅オリゴヌクレオチド、および配列番号７よりなる第２の増幅オリゴヌクレオチドを使用し、そして前記検出する工程が配列番号１０または１１よりなるオリゴヌクレオチドプローブを使用する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
（ａ）前記接触させる工程が、配列番号１４よりなる第１の増幅オリゴヌクレオチド、および配列番号１６、１８、２０または２２よりなる第２の増幅オリゴヌクレオチドを使用し、そして前記検出する工程が配列番号３０よりなるオリゴヌクレオチドプローブを使用するか；または
（ｂ）前記接触させる工程が、配列番号１２または１３よりなる第１の増幅オリゴヌクレオチド、および配列番号２０よりなる第２の増幅オリゴヌクレオチドを使用し、そして前記検出する工程が配列番号３０よりなるオリゴヌクレオチドプローブを使用するか；または
（ｃ）前記接触させる工程が、配列番号１４よりなる第１の増幅オリゴヌクレオチド、および配列番号２０よりなる第２の増幅オリゴヌクレオチドを使用し、そして前記検出する工程が配列番号２４、２６、２８または３０よりなるオリゴヌクレオチドプローブを使用するか；または
（ｄ）前記接触させる工程が、配列番号１４よりなる第１の増幅オリゴヌクレオチド、および配列番号１８または２０よりなる第２の増幅オリゴヌクレオチドを使用し、そして前記検出する工程が配列番号３０よりなるオリゴヌクレオチドプローブを使用する、請求項１７に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
患者試料中のＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ転写物変異体を増幅および検出するための別の方法であって、該患者試料を配列番号１４よりなる標的特異的配列を含む第１の増幅オリゴヌクレオチド、配列番号１７または１９よりなる標的特異的配列を含む第２の増幅オリゴヌクレオチド、および配列番号２９よりなる標的特異的配列を含む検出プローブに接触させる工程；該患者試料をＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ転写物変異体を増幅するために十分な条件に曝露する工程；および該ＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ転写物変異体が該患者試料中にあるか否かを決定する工程、を含む方法を提供する。
本発明の好ましい実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
以下：
配列番号１に特異的にハイブリダイズする配列を含む第１の増幅オリゴヌクレオチド；
配列番号１に特異的にハイブリダイズする配列を含む第２の増幅オリゴヌクレオチド；および
配列番号１に特異的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチドプローブ；
を含む組成物であって、
該第１および第２の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号１における異なる標的配列に特異的にハイブリダイズする、組成物。
（項目２）
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドが、１９〜４９ヌクレオチド長である、項目１記載の組成物。
（項目３）
前記第２の増幅オリゴヌクレオチドが、１９〜６６ヌクレオチド長である、項目１記載の組成物。
（項目４）
前記オリゴヌクレオチドプローブが、１８〜３１ヌクレオチド長である、項目１記載の組成物。
（項目５）
配列番号４７に特異的にハイブリダイズする捕捉オリゴヌクレオチドをさらに含む、項目１記載の組成物。
（項目６）
前記捕捉オリゴヌクレオチドの標的特異的配列が、２４〜３４ヌクレオチド長である、項目５記載の組成物。
（項目７）
前記オリゴヌクレオチドプローブが、配列番号８、９、１０、１１、２３、２５、２７または２９よりなる標的特異的配列を含む、項目１記載の組成物。
（項目８）
前記オリゴヌクレオチドプローブが分子トーチである、項目７記載の組成物。
（項目９）
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号４または６よりなる標的特異的配列を含み、そして前記第２の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号２または３よりなる標的特異的配列を含む、項目１記載の組成物。
（項目１０）
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号４よりなる標的特異的配列を含み、そして前記第２の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号２よりなる標的特異的配列を含む、項目９記載の組成物。
（項目１１）
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドがプロモーター配列をさらに含む、項目１０記載の組成物。
（項目１２）
前記プロモーター配列が配列番号４６である、項目１１記載の組成物。
（項目１３）
前記オリゴヌクレオチドプローブが配列番号８よりなる標的特異的配列を含む、項目１０記載の組成物。
（項目１４）
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号１２、１３または１４よりなる標的特異的配列を含み、そして前記第２の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号１５、１７、１９または２１よりなる標的特異的配列を含む、項目１記載の組成物。
（項目１５）
前記第１の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号１４よりなる標的特異的配列を含み、そして前記第２の増幅オリゴヌクレオチドが、配列番号１７または１９よりなる標的特異的配列を含む、項目１４記載の組成物。
（項目１６）
前記第２の増幅オリゴヌクレオチドがプロモーター配列をさらに含む、項目１５記載の組成物。
（項目１７）
前記プロモーター配列が配列番号４６である、項目１６記載の組成物。
（項目１８）
前記オリゴヌクレオチドプローブが配列番号２９よりなる標的特異的配列を含む、項目１５記載の組成物。
（項目１９）
前記第１の増幅オリゴヌクレオチド、前記第２の増幅オリゴヌクレオチド、および前記検出プローブがキット内にある、項目１８記載の組成物。
（項目２０）
生物学的試料中のＥＲＧ転写物を増幅および検出するための方法であって、以下：
（ａ）ＥＲＧ転写物を含有する該試料を、配列番号１に特異的にハイブリダイズする第１の増幅オリゴヌクレオチドおよび配列番号１に特異的にハイブリダイズする第２の増幅オリゴヌクレオチドに接触させる工程であって、ここで該第１および第２の増幅オリゴヌクレオチドは、配列番号１における異なる標的配列にハイブリダイズする、工程；
（ｂ）該第１および第２の増幅オリゴヌクレオチドに接触させた該試料をＥＲＧ転写物を増幅させる条件に曝露することにより、増幅された産物を作製する工程；および
（ｃ）該増幅された産物の存在を、配列番号１または配列番号１に完全に相補的である配列に特異的にハイブリダイズする検出プローブに該産物を特異的にハイブリダイズさせることにより検出し、これにより該試料中のＥＲＧ転写物の存在を検出する工程；
を含む、方法。
（項目２１）
患者試料中のＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ転写物変異体を増幅および検出するための方法であって、以下：
（ａ）該患者試料を配列番号１４よりなる標的特異的配列を含む第１の増幅オリゴヌクレオチド、配列番号１７または１９よりなる標的特異的配列を含む第２の増幅オリゴヌクレオチド、および配列番号２９よりなる標的特異的配列を含む検出プローブに接触させる工程；
（ｂ）該患者試料をＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ転写物変異体を増幅するために十分な条件に曝露する工程；および
（ｃ）該ＴＭＰＲＳＳ２／ＥＲＧ転写物変異体が該患者試料中にあるか否かを決定する工程；
を含む、方法。