【手続補正書】
【提出日】平成23年1月5日(2011.1.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の（a）−（j）を含む、単離、合成又は組換え核酸：
（a）配列番号:1、配列番号:3、配列番号:5、配列番号:7、配列番号:9、配列番号:11、配列番号:13、配列番号:15、配列番号:17、配列番号:19、配列番号:21、配列番号:23、配列番号:25、配列番号:27、配列番号:29、配列番号:31、配列番号:33、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:39、配列番号:41、配列番号:43、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:49、配列番号:51、配列番号:53、配列番号:55、配列番号:57、配列番号:59、配列番号:61、配列番号:63、配列番号:65、配列番号:67、配列番号:69、配列番号:71、配列番号:73、配列番号:75、配列番号:77、配列番号:79、配列番号:81、配列番号:83、配列番号:85、配列番号:87、配列番号:89、配列番号:91、配列番号:93、配列番号:95、配列番号:97、配列番号:99、配列番号:101、配列番号:103、配列番号:105、配列番号:107、配列番号:109、配列番号:111、配列番号:113、配列番号:115、配列番号:117、配列番号:119、配列番号:121、配列番号:123、配列番号:125、配列番号:127、配列番号:129、配列番号:131、配列番号:133、配列番号:135、配列番号:137、配列番号:139、配列番号:141、配列番号:143、配列番号:145、配列番号:147、配列番号:149、配列番号:151、配列番号:153、配列番号:155、配列番号:157、配列番号:159、配列番号:161、配列番号:163、配列番号:165、配列番号:167、配列番号:169、配列番号:171、配列番号:173、配列番号:175、配列番号:177、配列番号:179、配列番号:181、配列番号:183、配列番号:185、配列番号:187、配列番号:189、配列番号:191、配列番号:193、配列番号:195、配列番号:197、配列番号:199、配列番号:201、配列番号:203、配列番号:205、配列番号:207、配列番号:209、配列番号:211、配列番号:213、配列番号:215、配列番号:217、配列番号:219、配列番号:221、配列番号:223、配列番号:225、配列番号:227、配列番号:229、配列番号:231、配列番号:233、配列番号:235、配列番号:237、配列番号:239、配列番号:241、配列番号:243、配列番号:245、配列番号:247、配列番号:249、配列番号:251、配列番号:253、配列番号:255、配列番号:257、配列番号:259、配列番号:261、配列番号:263、配列番号:265、配列番号:267、配列番号:269、配列番号:271、配列番号:273、配列番号:275、配列番号:277、配列番号:279、配列番号:281、配列番号:283、配列番号:285、配列番号:287、配列番号:289、配列番号:291、配列番号:293、配列番号:295、配列番号:297、配列番号:299、配列番号:301、配列番号:303、配列番号:305、配列番号:307、配列番号:309、配列番号:311、配列番号:313、配列番号:315、配列番号:317、配列番号:319、配列番号:321、配列番号:323、配列番号:325、配列番号:327、配列番号:329、配列番号:331、配列番号:333、配列番号:335、配列番号:337、配列番号:339、配列番号:341、配列番号:343、配列番号:345、配列番号:347、配列番号:349、配列番号:351、配列番号:353、配列番号:355、配列番号:357、配列番号:359、配列番号:361、配列番号:363、配列番号:365、配列番号:367、配列番号:369、配列番号:370、配列番号:372、配列番号:373、配列番号:375、配列番号:376、配列番号:378、配列番号:379、配列番号:381、配列番号:382、配列番号:384、配列番号:385、配列番号:387、配列番号:388、配列番号:390、配列番号:391、配列番号:393、配列番号:394、配列番号:396、配列番号:397、配列番号:399、配列番号:400、配列番号:402、配列番号:403、配列番号:405、配列番号:406、配列番号:408、配列番号:409、配列番号:411、配列番号:412、配列番号:414、配列番号:415、配列番号:417、配列番号:418、���列番号:420、配列番号:421、配列番号:423、配列番号:425、配列番号:427、配列番号:429、配列番号:431、配列番号:433、配列番号:435、配列番号:437、配列番号:439、配列番号:441、配列番号:443、配列番号:445、配列番号:447、配列番号:449、配列番号:451、配列番号:453、配列番号:455、配列番号:457、配列番号:459、配列番号:461、配列番号:463、配列番号:465、配列番号:467、配列番号:469及び／又は配列番号:471、配列番号:480、配列番号:481、配列番号:482、配列番号:483、配列番号:484、配列番号:485、配列番号:486、配列番号:487、配列番号:488、配列番号:489と配列番号:700の間の全ての奇数番号の配列番号、配列番号:707、配列番号:708、配列番号:709、配列番号:710、配列番号:711、配列番号:712、配列番号:713、配列番号:714、配列番号:715、配列番号:716、配列番号:717、配列番号:718、及び／又は配列番号:720に対して、少なくとも80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくは前記より高いか又は完全な（100%）配列同一性（相同性）を有する核酸配列（ポリヌクレオチド）またはその部分配列（断片）であって、
リグノセルロース系活性を有するポリペプチドをコードするか、又は配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:143、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192、配列番号:194、配列番号:196、配列番号:198、配列番号:200、配列番号:202、配列番号:204、配列番号:206、配列番号:209、配列番号:210、配列番号:212、配列番号:214、配列番号:216、配列番号:218、配列番号:220、配列番号:222、配列番号:224、配列番号:226、配列番号:228、配列番号:230、配列番号:232、配列番号:234、配列番号:236、配列番号:238、配列番号:240、配列番号:242、配列番号:244、配列番号:246、配列番号:248、配列番号:250、配列番号:252、配列番号:254、配列番号:256、配列番号:258、配列番号:260、配列番号:262、配列番号:264、配列番号:266、配列番号:268、配列番号:270、配列番号:272、配列番号:274、配列番号:276、配列番号:278、配列番号:280、配列番号:282、配列番号:284、配列番号:286、配列番号:288、配列番号:290、配列番号:292、配列番号:294、配列番号:296、配列番号:298、配列番号:300、配列番号:302、配列番号:304、配列番号:306、配列番号:308、配列番号:310、配列番号:312、配列番号:314、配列番号:316、配列番号:318、配列番号:320、配列番号:322、配列番号:324、配列番号:326、配列番号:328、配列番号:330、配列番号:332、配列番号:334、配列番号:336、配列番号:338、配列番号:340、配列番号:342、配列番号:344、配列番号:346、配列番号:348、配列番号:350、配列番号:352、配列番号:354、配列番号:356、配列番号:358、配列番号:360、配列番号:362、配列番号:364、配列番号:366、配列番号:368、配列番号:371、配列番号:374、配列番号:377、配列番号:380、配列番号:383、配列番号:386、配列番号:389、配列番号:392、配列番号:395、配列番号:398、配列番号:401、配列番号:404、配列番号:407、配列番号:410、配列番号:413、配列番号:416、配列番号:419、配列番号:422、配列番号:424、配列番号:426、配列番号:428、配列番号:430、配列番号:432、配列番号:434、配列番号:436、配列番号:438、配列番号:440、配列番号:442、配列番号:444、配列��号:446、配列番号:448、配列番号:450、配列番号:452、配列番号:454、配列番号:456、配列番号:458、配列番号:460、配列番号:462、配列番号:464、配列番号:466、配列番号:468、配列番号:470、及び／又は配列番号:472、配列番号:473、配列番号:474、配列番号:475、配列番号:476、配列番号:477、配列番号:478、配列番号:479、配列番号:490から配列番号:700の間の全ての偶数番号の配列番号、配列番号:719及び／又は配列番号:721、及び／又はその部分配列（フラグメント）と特異的に結合する抗体を生成することができるポリペプチド又はペプチドをコードし、ここで、場合によって前記リグノセルロース系活性が、グリコシルトランスフェラーゼ、セルラーゼ、セルロース分解活性、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ-グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β-キシロシダーゼ又はアラビノフラノシダーゼ活性を含み、
さらに場合によって、前記配列同一性が、配列比較アルゴリズムによる分析によって、又は目視精査によって決定され、
さらに場合によって、前記配列比較アルゴリズムがBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムを含み、その場合、フィルタリング設定はblastall p blastp d “nr pataa” F Fに設定され、他の全てのオプションは規定値に設定される、前記核酸配列；
（b）ストリンジェントな条件下で（a）の核酸の相補物とハイブリダイズする核酸配列（ポリヌクレオチド）であって、前記核酸がリグノセルロース系活性を有するポリペプチドをコードし、さらに場合によって、前記リグノセルロース系活性が、グリコシルトランスフェラーゼ、セルラーゼ、セルロース分解活性、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ-グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β-キシロシダーゼ又はアラビノフラノシダーゼ活性を含み、
さらに前記ストリンジェントな条件が、0.2ｘSSCにて約65℃の温度で約15分間の洗浄を含む洗浄工程を含む、前記核酸配列；
（c）配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:143、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192、配列番号:194、配列番号:196、配列番号:198、配列番号:200、配列番号:202、配列番号:204、配列番号:206、配列番号:209、配列番号:210、配列番号:212、配列番号:214、配列番号:216、配列番号:218、配列番号:220、配列番号:222、配列番号:224、配列番号:226、配列番号:228、配列番号:230、配列番号:232、配列番号:234、配列番号:236、配列番号:238、配列番号:240、配列番号:242、配列番号:244、配列番号:246、配列番号:248、配列番号:250、配列番号:252、配列番号:254、配列番号:256、配列番号:258、配列番号:260、配列番号:262、配列番号:264、配列番号:266、配列番号:268、配列番号:270、配列番号:272、配列番号:274、配列番号:276、配列番号:278、配列番号:280、配列番号:282、配列番号:284、配列番号:286、配列番号:288、配列番号:290、配列番号:292、配列番号:294、配列番号:296、配列番号:298、配列番号:300、配列番号:302、配列番号:304、配列番号:306、配列番号:308、配列番号:310、配列番号:312、配列番号:314、配列番号:316、配列番号:318、配列番号:320、配列番号:322、配列番号:324、配列番号:326、配列番号:328、配列番号:330、配列番号:332、配列番号:334、配列番号:336、配列番号:338、配列番号:340、配列番号:342、配列番号:344、配列番号:346、配列番号:348、配列番号:350、配列番号:352、配列番号:354、配列番号:356、配列番号:358、配列番号:360、配列番号:362、配列番号:364、配列番号:366、配列番号:368、配列番号:371、配列番号:374、配列番号:377、配列番号:380、配列番号:383、配列番号:386、配列番号:389、配列番号:392、配列番号:395、配列番号:398、配列番号:401、配列番号:404、配列番号:407、配列番号:410、配列番号:413、配列番号:416、配列番号:419、配列番号:422、配列番号:424、配列番号:426、配列番号:428、配列番号:430、配列番号:432、配列番号:434、配列番号:436、配列番号:438、配列番号:440、配列番号:442、配列番号:444、配列番号:446、配列番号:448、配列番号:450、配列番号:452、配列番号:454��配列番号:456、配列番号:458、配列番号:460、配列番号:462、配列番号:464、配列番号:466、配列番号:468、配列番号:470、及び／又は配列番号:472、配列番号:473、配列番号:474、配列番号:475、配列番号:476、配列番号:477、配列番号:478、配列番号:479、配列番号:490から配列番号:700の間の全ての偶数番号の配列番号、配列番号:719及び／又は配列番号:721、又は酵素的に活性なその部分配列（フラグメント）の配列を有するポリペプチドをコードする核酸配列；
（d）少なくとも1つの保存的アミノ酸置換を有し、かつそのリグノセルロース系活性を保持する、（a）、（b）又は（c）の核酸（ポリヌクレオチド）であって、
場合によって前記保存的アミノ酸置換が、同様な特徴を有する別のアミノ酸によるアミノ酸の置換を含み、さらに場合によって保存的置換が、別の脂肪族アミノ酸による脂肪族アミノ酸の置換、スレオニンによるセリンの置換若しくはその逆、別の酸性残基による酸性残基の置換、別のアミド基保有残基によるアミド基保有残基の置換、別の塩基性残基による塩基性残基の交換、又は別の芳香族残基による芳香族残基の置換を含む、前記核酸；
（e）リグノセルロース系活性を有するが、シグナル配列、プレプロドメイン、ドッケリンドメイン、及び／又は炭水化物結合モジュール（CBM）を欠くポリペプチドをコードする（a）、（b）、（c）又は（d）の核酸（ポリヌクレオチド）であって、
場合によって前記炭水化物結合モジュール（CBM）が、セルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、キシロース結合モジュール、マンナナーゼ結合モジュール、キシログルカン特異的モジュール及び／又はアラビノフラノシダーゼ結合モジュールを含むか、又はそれらから成る、前記核酸；
（f）リグノセルロース系活性を有し、さらに異種配列を含むポリペプチドをコードする（a）、（b）、（c）、（d）又は（e）の核酸（ポリヌクレオチド）；
（g）（f）の核酸（ポリヌクレオチド）であって、前記異種配列が、（i）異種シグナル配列、異種炭水化物結合モジュール、異種ドッケリンドメイン、異種触媒ドメイン、又はその組合せ；（ii）前記異種シグナル配列、炭水化物結合モジュール、又は触媒ドメイン（CD）が異種リグノセルロース系酵素に由来する（ii）の配列；又は（iii）タグ、エピトープ、誘導ペプチド、切断可能配列、検出可能部分又は酵素；をコードする配列を含むか、又はそれらから成る、前記核酸；
（h）（g）の核酸（ポリヌクレオチド）であって、前記異種炭水化物結合モジュール（CBM）が、セルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、キシロース結合モジュール、マンナナーゼ結合モジュール、キシログルカン特異的モジュール及び／又はアラビノフラノシダーゼ結合モジュールを含むか、又はそれらから成る、前記核酸；
（i）（a）、（b）、（c）、（d）、（e）、（f）、（g）又は（h）と十分に（完全に）相補性である核酸（ポリヌクレオチド）。
【請求項２】
以下の（a）−（i）のいずれかのポリペプチド：
（a）配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:143、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192、配列番号:194、配列番号:196、配列番号:198、配列番号:200、配列番号:202、配列番号:204、配列番号:206、配列番号:209、配列番号:210、配列番号:212、配列番号:214、配列番号:216、配列番号:218、配列番号:220、配列番号:222、配列番号:224、配列番号:226、配列番号:228、配列番号:230、配列番号:232、配列番号:234、配列番号:236、配列番号:238、配列番号:240、配列番号:242、配列番号:244、配列番号:246、配列番号:248、配列番号:250、配列番号:252、配列番号:254、配列番号:256、配列番号:258、配列番号:260、配列番号:262、配列番号:264、配列番号:266、配列番号:268、配列番号:270、配列番号:272、配列番号:274、配列番号:276、配列番号:278、配列番号:280、配列番号:282、配列番号:284、配列番号:286、配列番号:288、配列番号:290、配列番号:292、配列番号:294、配列番号:296、配列番号:298、配列番号:300、配列番号:302、配列番号:304、配列番号:306、配列番号:308、配列番号:310、配列番号:312、配列番号:314、配列番号:316、配列番号:318、配列番号:320、配列番号:322、配列番号:324、配列番号:326、配列番号:328、配列番号:330、配列番号:332、配列番号:334、配列番号:336、配列番号:338、配列番号:340、配列番号:342、配列番号:344、配列番号:346、配列番号:348、配列番号:350、配列番号:352、配列番号:354、配列番号:356、配列番号:358、配列番号:360、配列番号:362、配列番号:364、配列番号:366、配列番号:368、配列番号:371、配列番号:374、配列番号:377、配列番号:380、配列番号:383、配列番号:386、配列番号:389、配列番号:392、配列番号:395、配列番号:398、配列番号:401、配列番号:404、配列番号:407、配列番号:410、配列番号:413、配列番号:416、配列番号:419、配列番号:422、配列番号:424、配列番号:426、配列番号:428、配列番号:430、配列番号:432、配列番号:434、配列番号:436、配列番号:438、配列番号:440、配列番号:442、配列番号:444、配列番号:446、配列番号:448、配列番号:450、配列番号:452、配列番号:454��配列番号:456、配列番号:458、配列番号:460、配列番号:462、配列番号:464、配列番号:466、配列番号:468、配列番号:470、及び／又は配列番号:472、配列番号:473、配列番号:474、配列番号:475、配列番号:476、配列番号:477、配列番号:478、配列番号:479、配列番号:490から配列番号:700の間の全ての偶数番号の配列番号、配列番号:719及び／又は配列番号:721、及び／又は酵素的に活性なその部分配列（フラグメント）に対して、少なくとも80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%若しくは前記より高いか又は完全な（100%）配列同一性（相同性）を有するアミノ酸配列であって、
ここで、前記ポリペプチドはリグノセルロース系活性を有し、さらに場合によって、前記リグノセルロース系活性が、グリコシルトランスフェラーゼ、セルラーゼ、セルロース分解活性、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ-グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β-キシロシダーゼ又はアラビノフラノシダーゼ活性を含み、
場合によって、前記配列同一性が、配列比較アルゴリズムによる分析によって、又は目視精査によって決定され、さらに場合によって、前記配列比較アルゴリズムがBLASTバージョン2.2.2アルゴリズムを含み、その場合、フィルタリング設定はblastall p blastp d “nr pataa” F Fに設定され、他の全てのオプションは規定値に設定される、前記アミノ酸配列、を含む単離、合成又は組換えポリペプチド；
（b）請求項1に記載の核酸によってコードされるアミノ酸配列を含む単離、合成又は組換えポリペプチドであって、（i）リグノセルロース系活性を有し、さらに場合によって、前記リグノセルロース系活性が、グリコシルトランスフェラーゼ、セルラーゼ、セルロース分解活性、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ-グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β-キシロシダーゼ又はアラビノフラノシダーゼ活性を含むか、又は（ii）配列番号:2、配列番号:4、配列番号:6、配列番号:8、配列番号:10、配列番号:12、配列番号:14、配列番号:16、配列番号:18、配列番号:20、配列番号:22、配列番号:24、配列番号:26、配列番号:28、配列番号:30、配列番号:32、配列番号:34、配列番号:36、配列番号:38、配列番号:40、配列番号:42、配列番号:44、配列番号:46、配列番号:48、配列番号:50、配列番号:52、配列番号:54、配列番号:56、配列番号:58、配列番号:60、配列番号:62、配列番号:64、配列番号:66、配列番号:68、配列番号:70、配列番号:72、配列番号:74、配列番号:76、配列番号:78、配列番号:80、配列番号:82、配列番号:84、配列番号:86、配列番号:88、配列番号:90、配列番号:92、配列番号:94、配列番号:96、配列番号:98、配列番号:100、配列番号:102、配列番号:104、配列番号:106、配列番号:108、配列番号:110、配列番号:112、配列番号:114、配列番号:116、配列番号:118、配列番号:120、配列番号:122、配列番号:124、配列番号:126、配列番号:128、配列番号:130、配列番号:132、配列番号:134、配列番号:136、配列番号:138、配列番号:140、配列番号:142、配列番号:143、配列番号:146、配列番号:148、配列番号:150、配列番号:152、配列番号:154、配列番号:156、配列番号:158、配列番号:160、配列番号:162、配列番号:164、配列番号:166、配列番号:168、配列番号:170、配列番号:172、配列番号:174、配列番号:176、配列番号:178、配列番号:180、配列番号:182、配列番号:184、配列番号:186、配列番号:188、配列番号:190、配列番号:192、配列番号:194、配列番号:196、配列番号:198、配列番号:200、配列番号:202、配列番号:204、配列番号:206、配列番号:209、配列番号:210、配列番号:212、配列番号:214、配列番号:216、配列番号:218、配列番号:220、配列番号:222、配列番号:224、配列番号:226、配列番号:228、配列番号:230、配列番号:232、配列番号:234、配列番号:236、配列番号:238、配列番号:240、配列番号:242、配列番号:244、配列番号:246、配列番号:248、配列番号:250、配列番号:252、配列番号:254、配列番号:256、配列番号:258、配列番号:260、配列番号:262、配列番号:264、配列番号:266、配列番号:268、配列番号:270、配列番号:272、配列番号:274、配列番号:276、配列番号:278、配列番号:280、配列番号:282、配列番号:284、配列番号:286、配列番号:288、配列番号:290、配列番号:292、配列番号:294、配列番号:296、配列番号:298、配列番号:300、配列番号:302、配列番号:304、配列番号:306、配列番号:308、配列番号:310、配列番号:312、配列番号:314、配列番号:316、配列番号:318、配列番号:320、配列番号:322、配列番号:324、配列番号:326、配列番号:328、配列番号:330、配列番号:332、配列番号:334、配列番号:336、配列番号:338、配列番号:340、配列番号:342、配列番号:344、配列番号:346、配列番号:348、配列番号:350、配列番号:352、配列番号:354、配列番号:356、配列番号:358、配列番号:360、配列番号:362、配列番号:364、配列番号:366、配列番号:368、配列番号:371、配列番号:374、��列番号:377、配列番号:380、配列番号:383、配列番号:386、配列番号:389、配列番号:392、配列番号:395、配列番号:398、配列番号:401、配列番号:404、配列番号:407、配列番号:410、配列番号:413、配列番号:416、配列番号:419、配列番号:422、配列番号:424、配列番号:426、配列番号:428、配列番号:430、配列番号:432、配列番号:434、配列番号:436、配列番号:438、配列番号:440、配列番号:442、配列番号:444、配列番号:446、配列番号:448、配列番号:450、配列番号:452、配列番号:454、配列番号:456、配列番号:458、配列番号:460、配列番号:462、配列番号:464、配列番号:466、配列番号:468、配列番号:470、及び／又は配列番号:472、配列番号:473、配列番号:474、配列番号:475、配列番号:476、配列番号:477、配列番号:478、配列番号:479、配列番号:490から配列番号:700の間の全ての偶数番号の配列番号、配列番号:719及び／又は配列番号:721、及び／又は酵素的に活性なその部分配列（フラグメント）の配列を有するポリペプチドと特異的に結合する抗体を生成することができるという点で免疫原性活性を有する、前記ポリペプチド；
（c）少なくとも1つのアミノ酸残基の保存的置換を含む、（a）又は（b）のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
（d）（c）のアミノ酸配列を含み、前記保存的置換が、別の脂肪族アミノ酸による脂肪族アミノ酸の置換、スレオニンによるセリンの置換若しくはその逆、別の酸性残基による酸性残基の置換、別のアミド基保有残基によるアミド基保有残基の置換、別の塩基性残基による塩基性残基の交換、若しくは別の芳香族残基による芳香族残基の置換、又はその組合せを含み、
さらに場合によって前記脂肪族残基が、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン又はその合成等価物を含み、前記酸性残基がアスパラギン酸、グルタミン酸又はその合成等価物を含み、アミド基を含む残基がアスパラギン酸、グルタミン酸、又はその合成等価物を含み、塩基性残基がリジン、アルギニン、又はその合成等価物を含むか、又は前記芳香族残基がフェニルアラニン、チロシン、又はその合成等価物を含む、（c）のポリペプチド；
（e）リグノセルロース系活性を有するが、シグナル配列、プレプロドメイン、ドッケリンドメイン、及び／又は炭水化物結合モジュール（CBM）を欠く（a）、（b）、（c）又は（d）のポリペプチドであって、
場合によって前記炭水化物結合モジュール（CBM）が、セルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、キシロース結合モジュール、マンナナーゼ結合モジュール、キシログルカン特異的モジュール及び／又はアラビノフラノシダーゼ結合モジュールを含むか、又はそれらから成る、前記ポリペプチド；
（f）リグノセルロース系活性を有し、さらに異種配列を含む（a）、（b）、（c）、（d）又は（e）のポリペプチド；
（g）（f）のポリペプチドであって、前記異種配列が、（i）異種シグナル配列、異種炭水化物結合モジュール、異種ドッケリンドメイン、異種触媒ドメイン、又はその組合せ；（ii）前記異種シグナル配列、炭水化物結合モジュール、又は触媒ドメイン（CD）が異種リグノセルロース系酵素に由来する（ii）の配列；又は（iii）タグ、エピトープ、誘導ペプチド、切断可能配列、検出可能部分又は酵素；を含むか、又はそれらから成る、前記（f）のポリペプチド；
（h）（g）のポリペプチドであって、前記異種炭水化物結合モジュール（CBM）が、セルロース結合モジュール、リグニン結合モジュール、キシロース結合モジュール、マンナナーゼ結合モジュール、キシログルカン特異的モジュール及び／又はアラビノフラノシダーゼ結合モジュールを含むか、又はそれらから成る、前記（g）のポリペプチド；
（i）少なくとも一つのグリコシル化部位を有し、場合により前記グリコシル化部位がN-結合グルコシル化部位であり、場合によりP.パストリスまたはS.ポンベで発現されるとグリコシル化される、(a)〜（g）のいずれかのポリペプチド。
【請求項３】
リグノセルロース系活性を有するポリペプチドをコードする核酸を同定するための核酸プローブであって、以下の（a）−（d）のいずれかの前記核酸プローブ：
（a）請求項1に記載の核酸配列（ポリヌクレオチド）の少なくとも20、30、40、50、60、75、100、125、150若しくは200又はそれより大きい連続する塩基であって、前記プローブが結合又はハイブリダイゼーションによって前記核酸を同定する、前記連続する塩基を含むプローブ；
（b）（a）のプローブであって、前記プローブが、少なくとも約10から50、約20から60、約30から70、約40から80、約60から100、又は約50から150の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、前記（a）のプローブ；
（c）さらに検出可能物質を含む（a）又は（b）のプローブ；
（d）前記検出可能物質が、放射性同位元素、蛍光色素、又は検出可能な生成物の形成を触媒することができる酵素を含む、（c）のプローブ。
【請求項４】
請求項１に記載の核酸配列を含む核酸を含む発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクルであって、場合によって、前記クローニングビヒクルが、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージ又は人工染色体を含む、さらに場合によって前記ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター又はアデノ関連ウイルスベクターを含む、さらに場合によって前記クローニングビヒクルが、細菌人工染色体（BAC）、プラスミド、バクテリオファージP1由来ベクター（PAC）、酵母人工染色体（YAC）又は哺乳動物人工染色体（MAC）を含む、前記発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル。
【請求項５】
以下を含む、形質転換細胞、感染細胞、又は宿主細胞：
（a）請求項１記載の核酸配列を含む核酸；
（b）（a）の細胞であって、前記細胞が、細菌細胞、哺乳動物細胞、菌類細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は植物細胞である、前記（a）の細胞；
（c）（b）の植物細胞であって、前記植物細胞が、以下の属、アナカルジウム（Anacardium）、アラキス（Arachis）、アスパラガス（Asparagus）、アトロパ（Atropa）、アヴェナ（Avena）、ブラシカ（Brassica）、シトルス（Citrus）、シトルルス（Citrullus）、カプシクム（Capsicum）、カルタムス（Carthamus）、ココス（Cocos）、コッフェア（Coffea）、クルシフェラエ（Cruciferae）、ククミス（Cucumis）、ククルビタ（Cucurbita）、ダウクス（Daucus）、エラエイス（Elaeis）、フラガリア（Fragaria）、グリシン（Glycine）、ゴッシピウム（Gossypium）、ヘリアントゥス（Helianthus）、ヘテロカリス（Heterocallis）、ホルデウム（Hordeum）、ヒオシアムス（Hyoscyamus）、ラクツカ（Lactuca）、リヌム（Linum）、ロリウム（Lolium）、ルピヌス（Lupinus）、リコペルシコン（Lycopersicon）、マルス（Malus）、マニホット（Manihot）、マジョラナ（Majorana）、メディカゴ（Medicago）、ニコチアナ（Nicotiana）、オレア（Olea）、オリザ（Oryza）、パニエウム（Panieum）、パンニセツム（Pannisetum）、ペルセア（Persea）、ファゼオルス（Phaseolus）、ピスタキア（Pistachia）、ピスム（Pisum）、ピルス（Pyrus）、プルヌス（Prunus）、ラファヌス（Raphanus）、リシヌス（Ricinus）、セカレ（Secale）、セネシオ（Senecio）、シナピス（Sinapis）、ソラナム（Solanum）、ソルガム（Sorghum）、テオブロムス（Theobromus）、トリゴネラ（Trigonella）、トリチクム（Triticum）、ヴィシア（Vicia）、ヴィチス（Vitis）、ヴィグナ（Vigna）又はゼア（Zea）の植物に由来する、前記植物細胞；
（d）（b）の植物細胞であって、トウモロコシ、ジャガイモ、トマト、コムギ、オイルシード、アブラナ、ダイズ、イネ、オオムギ、草、タバコに由来する、前記植物細胞。
【請求項６】
請求項１記載の核酸配列を含む核酸を含む、トランスジェニック非ヒト動物、トランスジェニック植物、トランスジェニック植物部分、またはトランスジェニック種子であって、場合により前記トランスジェニック非ヒト動物がマウス、ラット、ブタ、ウシ又はヤギであり、場合により前記植物、植物部分、または種子がトウモロコシ、ソルガム、ジャガイモ、トマト、コムギ、オイルシード、アブラナ、ダイズ、イネ、オオムギ、ヒマワリ、ゴマ、ラッカセイ、草、タバコまたはその部分若しくは種子であり、場合により、前記植物、植物部分、または種子がアナカルジウム（Anacardium）、アラキス（Arachis）、アスパラガス（Asparagus）、アトロパ（Atropa）、アヴェナ（Avena）、ブラシカ（Brassica）、シトルス（Citrus）、シトルルス（Citrullus）、カプシクム（Capsicum）、カルタムス（Carthamus）、ココス（Cocos）、コッフェア（Coffea）、クルシフェラエ（Cruciferae）、ククミス（Cucumis）、ククルビタ（Cucurbita）、ダウクス（Daucus）、エラエイス（Elaeis）、フラガリア（Fragaria）、グリシン（Glycine）、ゴッシピウム（Gossypium）、ヘリアントゥス（Helianthus）、ヘテロカリス（Heterocallis）、ホルデウム（Hordeum）、ヒオシアムス（Hyoscyamus）、ラクツカ（Lactuca）、リヌム（Linum）、ロリウム（Lolium）、ルピヌス（Lupinus）、リコペルシコン（Lycopersicon）、マルス（Malus）、マニホット（Manihot）、マジョラナ（Majorana）、メディカゴ（Medicago）、ニコチアナ（Nicotiana）、オレア（Olea）、オリザ（Oryza）、パニエウム（Panieum）、パンニセツム（Pannisetum）、ペルセア（Persea）、ファゼオルス（Phaseolus）、ピスタキア（Pistachia）、ピスム（Pisum）、ピルス（Pyrus）、プルヌス（Prunus）、ラファヌス（Raphanus）、リシヌス（Ricinus）、セカレ（Secale）、セネシオ（Senecio）、シナピス（Sinapis）、ソラナム（Solanum）、ソルガム（Sorghum）、テオブロムス（Theobromus）、トリゴネラ（Trigonella）、トリチクム（Triticum）ヴィシア（Vicia）、ヴィチス（Vitis）、ヴィグナ（Vigna）又はゼア（Zea）またはその部分若しくは種子である、前記トランスジェニック非ヒト動物、トランスジェニック植物、トランスジェニック植物部分、またはトランスジェニック種子。
【請求項７】
（A）（a）請求項１記載の核酸配列を含む核酸を提供する工程；及び
（b）工程（a）の核酸をポリペプチドの発現を可能にする条件下で発現させ、それによって組換えポリペプチドを製造する工程を含む、組換えポリペプチドを製造する方法；
（B）（A）の方法であって、前記方法が、さらに工程（a）の核酸で宿主細胞を形質転換し、続いて工程（a）の核酸を発現させ、それによって形質転換細胞で組換えポリペプチドを製造する工程を含む、前記（A）の方法；又は
（C）（A）又は（B）の方法であって、前記プロモーターが、ウイルス系、細菌系、哺乳動物系若しくは植物プロモーター；又は植物プロモーター；又はジャガイモ、コメ、トウモロコシ、コムギ、タバコ、若しくはオオムギプロモーター；又は構成的プロモーター若しくはCaMV35Sプロモーター；又は誘導性プロモーター；又は組織特異的プロモーター若しくは環境調節性若しくは発生制御性プロモーター；又は種子特異的、葉特異的、根特異的、茎特異的、若しくは器官脱離誘導プロモーター；又は種子優先プロモーター、トウモロコシガンマゼインプロモーター又はトウモロコシADP-gppプロモーターを含むか又はそれらから成る、前記（A）又は（B）の方法。
【請求項８】
（I）（a）請求項１記載の核酸配列を含む鋳型核酸を提供する工程；及び
鋳型内で1つ以上のヌクレオチドを改変し、欠失させ、若しくは付加し、又は前記を組合せて、鋳型核酸の変種を生成する工程を含み、
場合によって、前記方法がさらに、変種核酸を発現させてリグノセルロース系活性を有する変種ポリペプチドを生成する工程を含み、
さらに場合によって、前記改変、付加又は欠失が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異導入、アッセンブリPCR、セクシュアルPCR変異導入、in vivo変異導入、カセット変異導入、再帰的アンサンブル変異導入、エクスポネンシャルアンサンブル変異導入、部位特異的変異導入、遺伝子再アッセンブリ、遺伝子部位飽和変異導入（GSSM）、合成連結再アッセンブリ（SLR）、組換え、組換え、再帰的配列組換え、ホスホチオエート-修飾DNAによる変異導入、ウラシル含有鋳型による変異導入、ギャップ含有二重鎖による変異導入、ポイントミスマッチ修復による変異導入、修復欠損宿主株による変異導入、化学的変異導入、放射源による変異導入、欠失による変異導入、制限-選別変異導入、制限-精製変異導入、人工遺伝子合成、アンサンブル変異導入、キメラ核酸マルチマーの生成及び前記の組合せを含む方法によって導入され、
さらに場合によって、前記方法が、鋳型核酸によってコードされるポリペプチドのものとは変化した若しくは異なる活性又は変化した若しくは異なる安定性を有するリグノセルロース系酵素が得られるまで反復繰り返される、リグノセルロース系活性を有するポリペプチドをコードする変種核酸を生成する方法；または、
（II）変種核酸によってコードされるポリペプチドが（a）耐熱性であり、上昇温度に暴露した後でいくらかの活性を保持するか；（b）鋳型核酸によってコードされたリグノセルロース系酵素と比較してグリコシル化が増加しているか；又は（c）鋳型核酸によってコードされるリグノセルロース系酵素は高温下で活性を示さないが、前記リグノセルロース系酵素変種は前記高温下でリグノセルロース系酵素活性を有する、(I)の方法。
【請求項９】
以下の工程を含む、リグノセルロース系酵素をコードする核酸においてコドンを改変する方法：
（a）請求項１に記載の核酸配列を含む、リグノセルロース系活性を有するポリペプチドをコードする核酸を提供する工程；及び
（b）工程（a）の核酸においてコドンを同定し、前記コドンをそれと同じアミノ酸をコードする異なるコドンで置き換え、それによってリグノセルロース系酵素をコードする核酸のコドンを改変する工程。
【請求項１０】
（a）請求項２記載のポリペプチドのアミノ末端残基1から12、1から13、1から14、1から15、1から16、1から17、1から18、1から19、1から20、1から21、1から22、1から23、1から24、1から25、1から26、1から27、1から28、1から28、1から30、1から31、1から32、1から33、1から34、1から35、1から36、1から37、1から38、1から40、1から41、1から42、1から43、又は1から44のシグナル配列（シグナルペプチド(SP)）またはリーダー配列を含む少なくとも第1のドメイン、及び異種ポリペプチド又はペプチドを含む少なくとも1つの第二のドメインを含むキメラポリペプチドであって、前記異種ポリペプチド又はペプチドが、前記シグナルペプチド（SP）又はリーダー配列に天然では随伴せず、場合により前記異種ポリペプチドまたはペプチドがリグノセルロース系酵素ではなく、さらに場合によって、前記異種ポリペプチド又はペプチドが、シグナルペプチド（SP）又はリーダー配列に対してアミノ末端、カルボキシ末端、又は前記の両端に存在する、前記キメラポリペプチド；
（ｂ）第1のドメインおよび少なくとも第２のドメインを含み、前記第1のドメインが請求項２記載のポリぺプチドを含み、前記第２のドメインが少なくとも一つの異種若しくは改変炭水化物結合ドメイン(CBM)、少なくとも一つの内部再編CBM、異種若しくは改変ドッケリンドメイン、異種若しくは改変プレプロドメイン、又は異種若しくは改変活性部位を含む、キメラポリペプチド；
（c）異種若しくは改変又は内部再編成CBMが、CBM_1、CBM_2、CBM_2a、CBM_2b、CBM_3、CBM_3a、CBM_3b、CBM_3c、CBM_4、CBM_5、CBM_5_12、CBM_6、CBM_7、CBM_8、CBM_9、CBM_10、CBM_11、CBM_12、CBM_13、CBM_14、CBM_15、CBM_16、又はCBM_1からCBM_48のCBMファミリー由来のCBMのいずれか；グリコシルヒドロラーゼ結合ドメイン；表5又は表6に示されるCBM；又はその任意の組合せを含むか、又は前記から成る、(b)のキメラポリペプチド；
（d）炭水化物結合ドメイン（CBM）が、セルロース結合モジュール又はリグニン結合ドメインである、（b）または(c)のキメラポリペプチド；
（e）少なくとも1つのCBMがポリペプチドの触媒ドメイン近くに配置される、（a）、（b）又は（c）のキメラポリペプチド；
（f）少なくとも1つのCBMが、前記ポリペプチドの触媒ドメインのC-末端近く又は前記ポリペプチドの触媒ドメインのN-末端近く、又はその両方に配置される、（e）のキメラポリペプチド；
（g）組換えキメラタンパク質である、（a）、（b）、（c）、（d）、（e）または（f）のいずれかのキメラポリペプチド。
【請求項１１】
（a）（i）エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼI（CBH I）、セロビオヒドロラーゼII（CBH II）及びβ-グルコシダーゼの各々から少なくとも1つ；（ii）キシラナーゼ、β-キシロシダーゼ及びアラビノフラノシダーゼの各々から少なくとも1つ；又は（iii）（i）又は（ii）の少なくとも1つの組合せ；を含むリグノセルロース系酵素の混合物（又は“カクテル”）であって、請求項２に記載の少なくとも1つの酵素を含む、前記混合物（“カクテル”）を含む組成物又は製品；
（b）（i）エンドグルカナーゼ、リグノセルロース系酵素、セロビオヒドロラーゼI（CBH I）、セロビオヒドロラーゼII（CBH II）、アラビノフラノシダーゼ及びキシラナーゼの各々から少なくとも1つ；（ii）（i）の混合物であって、前記グルコースオキシダーゼがグルコースオキシダーゼ-1又はβ-グルコシダーゼである、前記（i）の混合物；又は（iii）（i）又は（ii）の混合物であって、前記グルコースオキシダーゼがグルコースオキシダーゼ-2又はβ-キシロシダーゼである、前記（i）又は（ii）の混合物；を含むヘミセルロース-及びセルロース-加水分解性酵素の混合物（又は“カクテル”）であって、請求項２に記載の少なくとも1つの酵素を含む、前記混合物（又は“カクテル”）を含む組成物又は製品；
（c）エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼI（CBH I）、セロビオヒドロラーゼII（CBH II）、アラビノフラノシダーゼ、キシラナーゼ、グルコースオキシダーゼ-1（β-グルコシダーゼ）及びグルコースオキシダーゼ-2（β-キシロシダーゼ）の各々から少なくとも1つを含む、ヘミセルロース-及びセルロース-加水分解性酵素の混合物（又は“カクテル”）であって、請求項２に記載の少なくとも1つの酵素を含む、前記混合物（又は“カクテル”）を含む組成物又は製品；
（d）（1）内部β-1,4-結合を切断してより短いグルコオリゴ糖を生じるエンドグルカナーゼ；（2）“エキソ”態様で連続的に作用してセロビオースユニット（β-1,4グルコース-グルコース二糖類）を遊離させるセロビオヒドロラーゼ；及び（3）短いセロオリゴ糖（例えばセロビオース）からグルコースモノマーを遊離させるβ-グルコシダーゼ；を含む酵素の混合物（又は“カクテル”）であって、請求項２に記載の少なくとも1つの酵素を含む、前記混合物（又は“カクテル”）を含む組成物又は製品；
（e）配列番号:34、配列番号:360、配列番号:358及び配列番号:371；又は配列番号:358、配列番号:360、配列番号:168；又は配列番号:34、配列番号:360、配列番号:214；又は配列番号:360、配列番号:90、配列番号:358を含む酵素の混合物（又は“カクテル”）；又は
（f）表4に示す酵素の組合せを含む、酵素の混合物（又は“カクテル”）を含む組成物又は製品：
（g）エンドグルカナーゼが配列番号:4を含み、前記セロビオヒドロラーゼIが配列番号:16、配列番号:30又は配列番号:356を含み、前記セロビオヒドロラーゼIIが配列番号:282を含み、β-グルコシダーゼが配列番号:124を含み、キシラナーゼが配列番号:262、又は前記の任意の組合せを含む、（a）〜（f）のいずれかの組成物または製品；
（h）少なくとも1つの酵素が、追加された炭水化物結合ドメイン（CBM）を含む、（a）〜（g）のいずれかの組成物または製品。
【請求項１２】
（a）請求項２に記載の少なくとも1つのリグノセルロース系酵素を含む酵素の混合物又はカクテル；
（b）表4に示す酵素の組合せを含む酵素の混合物又はカクテル；
（c）エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼI（CBH I）、セロビオヒドロラーゼII（CBH II）及びβ-グルコシダーゼの各々から少なくとも1つ；（ii）キシラナーゼ、β-キシロシダーゼ及びアラビノフラノシダーゼの各々から少なくとも1つ；又は（iii）（i）又は（ii）から少なくとも1つの組合せを含み、請求項２に記載の少なくとも1つの酵素を含む、酵素の混合物又はカクテル；
（d）ミセルロース-及びセルロース-加水分解酵素の混合物又はカクテルであって、前記セルロース分解酵素がグルコースオキシダーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼI（CBH I）、セロビオヒドロラーゼII（CBH II）、およびβ-グルコシダーゼ少なくとも一つを含み、前記ヘミセルロース加水分解酵素がキシラナーゼ、β-キシロシダーゼおよびアラビノフラノシダーゼの少なくとも一つを含む、前記酵素の混合物又はカクテル；
（e）（d）（i）エンドグルカナーゼ、グルコースオキシダーゼ、セロビオヒドロラーゼI（CBH I）、セロビオヒドロラーゼII（CBH II）、アラビノフラノシダーゼ及びキシラナーゼの各々から少なくとも1つを含む少なくとも1つのヘミセルロース-及びセルロース-加水分解性酵素であって、請求項２に記載の少なくとも1つの酵素を含む、酵素の混合物又はカクテル；（ii）前記グルコースオキシダーゼがグルコースオキシダーゼ-1又はβ-グルコシダーゼである、前記（i）の混合物；及び／又は（iii）前記グルコースオキシダーゼがグルコースオキシダーゼ-2又はβ-キシロシダーゼである、前記（i）又は（ii）の混合物。
（f）エンドグルカナーゼ；セロビオヒドロラーゼI（CBH I）；セロビオヒドロラーゼII（CBH II）；アラビノフラノシダーゼ；キシラナーゼ；グルコースオキシダーゼ-1（β-グルコシダーゼ）；及び／又はグルコースオキシダーゼ-2又はβ-キシロシダーゼの各々から少なくとも1つを含む、少なくとも1つのヘミセルロース-及び／又はセルロース-加水分解性酵素を含む酵素の混合物又はカクテルであって、（c）の混合物が、請求項２に記載の少なくとも1つの酵素を含む、前記酵素の混合物又はカクテル； 
（g）（f）少なくとも1つの（1）内部β-1,4-結合を切断してより短いグルコオリゴ糖を生じるエンドグルカナーゼ；（2）“エキソ”態様で連続的に作用してセロビオースユニット（β-1,4グルコース-グルコース二糖類）を遊離させるセロビオヒドロラーゼ；及び／又は（3）短いセロオリゴ糖（例えばセロビオース）からグルコースモノマーを遊離させるβ-グルコシダーゼ、を含む酵素の混合物又はカクテル；であって、請求項２に記載の少なくとも1つの酵素を含む、前記（d）の混合物；または、
（h）配列番号:34、配列番号:360、配列番号:358及び配列番号:371；又は配列番号:358、配列番号:360、配列番号:168；又は配列番号:34、配列番号:360、配列番号:214；又は配列番号:360、配列番号:90、配列番号:358の酵素の組合せを含む酵素の混合物又はカクテル。
【請求項１３】
請求項２記載のポリペプチド、請求項１０記載のキメラポリペプチド、請求項１１記載の組成物若しくは製品または請求項１２記載の酵素の混合物またはカクテルを含む組成物であって、場合により、医薬組成物、洗剤組成物、コンタクトレンズ洗浄溶液、廃棄物処理用組成物、消毒剤、生物兵器防御剤または生物系解毒剤であり、場合により燃料であり、場合によりアルコールである前記組成物であって、場合により前記アルコールがエタノールであり、場合により前記組成物はバイオマス若しくはバイオマス材料、紙、紙廃棄物、再生紙廃棄物、紙パルプ、紙製品、木材、木材製品、木材パルプ、木材廃棄物、布地、織物、糸、または繊維であり、場合により前記組成物はセルロース組成物またはセルロース誘導体組成物であり、場合により前記組成物は飲料、食品、飼料、食品又は飼料サプリメント、酪農製品または栄養性サプリメント、食餌用サプリメント、食用酵素デリバリーマトリックスまたはペレットであり、場合により前記食品が生地、パンまたは焼成製品であり、場合により前記バイオマス材料が農業作物に由来するか、食品又は飼料製造の副産物であるか、廃棄物であるか、又は、植物残留物又は紙廃棄物若しくは紙製品廃棄物であり、または、前記バイオマス材料は植物残留物であり、場合により前記植物残留物がトウモロコシの穂軸、実を除いたトウモロコシの茎葉、わら、木材、木材チップ、木材パルプ、及び／又はおが屑を含み、場合により前記紙廃棄物が、廃棄若しくは使用済みコピー用紙、コンピューター印刷用紙、ノート類用紙、便箋用紙、タイプライター用紙、新聞、雑誌、厚紙及び紙製包装材を含む、前記組成物。
【請求項１４】
（A）（a）請求項２に記載のポリペプチド、請求項１０に記載のキメラポリペプチド、請求項１１に記載の組成物若しくは製品、または請求項１２に記載の酵素の混合物またはカクテル提供する工程；
（b）リグノセルロース、リグニン、キシラン、セルロース及び／又はグルカンを含む組成物を提供する工程；及び、
（c）リグノセルロース系酵素が、リグニン-、キシラン-、セロオリゴ糖、アラビノキシランオリゴマー、又はグルカン-若しくはセルロース-含有組成物を加水分解、分解又は破壊する条件下で、工程（a）のポリペプチドを工程（b）の組成物と接触させる工程、
を含む、
セロオリゴ糖、アラビノキシランオリゴマー、又はリグノセルロース-、リグニン-、キシラン-、グルカン-、若しくはセルロース-含有組成物を加水分解、分解又は破壊する方法；
（B）（A）の方法であって、前記組成物が、植物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞又は動物細胞を含む、前記（A）の方法；
（C）（A）又は（B）の方法であって、前記ポリペプチドが、グリコシルヒドロラーゼ、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ-グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β-キシロシダーゼ及び／又はアラビノフラノシダーゼ活性を有する、前記（A）又は（B）の方法；
（D）（A）（a）のポリペプチドが組換えポリペプチドである、前記（A）、（B）又は（C）の方法；
（E）組換えポリペプチドが、加水分解されるべきリグノセルロース-、キシラン-、リグニン-、グルカン-、又はセルロース-含有組成物内の異種組換えポリペプチドとして生成される、前記（D）の方法；
（F）前記組換えポリペプチドが、細菌、酵母、植物、昆虫、菌類及び動物において前記組換えポリペプチドをコードする異種ポリヌクレオチドの発現によって生成され、さらに場合によって、前記生物が、S.ポンベ（pombe）、S.セレビシアエ（cerevisiae）、ピキア・パストリス（Pichia pastoris）、大腸菌（E. coli）、ストレプトミセス（Streptomyces）sp.、バチルス（Bacillus）sp.、又はラクトバチルス（Lactobacillus）sp.から選択される、前記（D）の方法；又は
（G）リグノセルロース-、リグニン-、キシラン-、グルカン-又はセルロース-含有組成物が、単子葉植物若しくは双子葉植物又は植物生成物；又は単子葉系のトウモロコシ、サトウキビ、イネ、コムギ、オオムギ；スイッチグラス若しくはミスカンタス（Miscanthus）；又は双子葉系のオイルシード作物、ダイズ、キャノーラ、アブラナ、亜麻、綿、ヤシ油、サトウダイコン、落花生、樹木、ポプラ若しくはルピナスを含む、前記（A）から（F）の方法。
【請求項１５】
（A）セロオリゴ糖、アラビノキシランオリゴマー、リグニン、リグノセルロース、キシラン、グルカン、セルロース又は発酵性糖を含む組成物を、請求項２に記載のポリペプチド、請求項１０記載のキメラポリペプチド、請求項１１キシの組成物または製品、又は請求項１２記載の混合物若しくはカクテルと接触させる工程を含む、燃料の製造方法；
（B）セロオリゴ糖、アラビノキシランオリゴマー、リグニン、リグノセルロース、キシラン、グルカン、セルロース又は発酵性糖を含む組成物が植物、植物生成物又は植物誘導体を含む、前記（A）記載の燃料の製造方法；
（C）前記植物又は植物生成物が、サトウキビの植物若しくはサトウキビ生成物、ビート若しくはサトウダイコン、コムギ、トウモロコシ、ダイズ、ジャガイモ、コメ又はオオムギを含む、前記（A）又は（B）記載の燃料の製造方法；
（D）前記植物が単子葉植物又は双子葉植物であるか、又は前記植物が、単子葉系のトウモロコシ、サトウキビ、イネ、コムギ、オオムギ、スイッチグラス又はミスカンタス（Miscanthus）であるか、又は前記植物が、双子葉系のオイルシード作物、ダイズ、キャノーラ、アブラナ、亜麻、綿、ヤシ油、サトウダイコン、落花生、樹木、ポプラ又はルピナスである、前記（C）の燃料の製造方法；
（E）前記ポリペプチドが、セルラーゼ、エンドグルカナーゼ、セロビオヒドロラーゼ、ベータ-グルコシダーゼ、キシラナーゼ、マンナナーゼ、β-キシロシダーゼ及び／又はアラビノフラノシダーゼ活性を有し、場合によって前記組成物がさらに、グルコースオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ-1（β-グルコシダーゼ）又はグルコースオキシダーゼ-2（β-キシロシダーゼ）を含む、前記（A）、（B）、（C）又は（D）記載の燃料の製造方法；または、
（F）さらに燃料を液体及び／又は気体として加工および／処方することを含み、前記燃料がバイオ燃料及び／又は合成燃料を含むか、又は前記燃料がバイオエタノール、バイオメタノール、バイオプロパノール及び／又はバイオブタノール、及び／又はガソリン-エタノール、-メタノール、-ブタノール及び／又は-プロパノール混合物を含む（A）、（B）、（C）、（D）又は（E）記載の方法。
【請求項１６】
バイオマス材料を加工する方法であって、バイオマス材料を、請求項２に記載のポリペプチド、又は請求項１０記載のキメラポリペプチド、請求項１１記載の酵素の混合物またはカクテル、または請求項１２記載の組成物若しくは製品と接触させる工程を含み、
場合によって、前記バイオマス材料が業作物に由来するか、食品又は飼料製造の副産物であるか、リグノセルロース系廃棄物であるか、又は、植物残留物又は紙廃棄物若しくは紙製品廃棄物であり、
場合によって、前記植物残留物が、茎、葉、外皮、殻、トウモロコシ若しくはトウモロコシの穂軸、実を除いたトウモロコシの茎葉、干し草、わら、木材、木材チップ、木材パルプ、木材廃棄物及びおが屑であり、
さらに場合によって、前記紙廃棄物が、廃棄若しくは使用済みコピー用紙、コンピューター印刷用紙、ノート類用紙、便箋用紙、タイプライター用紙、新聞、雑誌、厚紙及び紙製包装材を含み、
さらに場合によって、前記バイオマス材料の加工が、バイオアルコール、バイオエタノール、バイオメタノール、バイオブタノール又はバイオプロパノールを生じる、前記バイオマスの加工方法。
【請求項１７】
（a）請求項２に記載のポリペプチドを含むか、又は前記から成る炭水化物結合ドメイン-モジュール（CBM）モチーフを含むか、又は前記CBMモチーフから成る、単離、合成及び／又は組換え炭水化物結合ドメイン-モジュール（CBM）であって、前記炭水化物結合ドメイン-モジュール（CBM）が、CBM_1、CBM_2、CBM_2a、CBM_2b、CBM_3、CBM_3a、CBM_3b、CBM_3c、CBM_4、CBM_5、CBM_5_12、CBM_6、CBM_7、CBM_8、CBM_9、CBM_10、CBM_11、CBM_12、CBM_13、CBM_14、CBM_15、CBM_16、又はCBM_1からCBM_48のCBMファミリー由来のCBMのいずれかを含むか、又は前記から成る、前記単離、合成及び／又は組換え炭水化物結合ドメイン-モジュール（CBM）；
（b）表5及び配列表に示される少なくとも1つの炭水化物結合ドメイン-モジュール（CBM）を含むか、又は前記から成る、前記単離、合成及び／又は組換え炭水化物結合ドメイン-モジュール（CBM）；
(c)表6及び配列表に示される少なくとも1つの炭水化物結合ドメイン-モジュール（CBM）を含むか、又は前記から成る、前記単離、合成及び／又は組換え炭水化物結合ドメイン-モジュール（CBM）；
（d）前記の組合せを含むか、又は前記から成る、前記単離、合成及び／又は組換え炭水化物結合ドメイン-モジュール（CBM）。
【請求項１８】
組成物を処理または改変する方法であって、組成物を請求項２記載のポリペプチド、、又は請求項１０記載のキメラポリペプチド、請求項１１記載の酵素の混合物またはカクテル、または請求項１２記載の組成物若しくは製品と接触させる工程を含み、場合により、前記組成物が医薬組成物、洗剤組成物、コンタクトレンズ洗浄溶液、廃棄物処理組成物、生物兵器防御剤または生物系解毒剤であり、場合により前記組成物が燃料であり、場合により前記組成物がアルコールであり、場合により前記アルコールがエタノールであり、場合により前記組成物がバイオマスまたはバイオマス材料、紙、紙廃棄物、再生紙廃棄物、紙パルプ、紙製品、木材、木材製品、木材パルプ、木材廃棄物、布地、織物、糸、または繊維であり、場合により前記組成物はセルロース組成物またはセルロース誘導体組成物であり、場合により前記組成物は飲料、食品、飼料、食品又は飼料サプリメント、酪農製品または栄養性サプリメント、食餌用サプリメント、食用酵素デリバリーマトリックスまたはペレットであり、場合により前記食品が生地、パンまたは焼成製品であり、場合により前記バイオマス材料が農業作物に由来するか、食品又は飼料製造の副産物であるか、廃棄物であるか、又は、植物残留物又は紙廃棄物若しくは紙製品廃棄物であり、または、前記バイオマス材料は植物残留物であり、場合により前記植物残留物がトウモロコシの穂軸、実を除いたトウモロコシの茎葉、わら、木材、木材チップ、木材パルプ、及び／又はおが屑を含み、場合により前記紙廃棄物が、廃棄若しくは使用済みコピー用紙、コンピューター印刷用紙、ノート類用紙、便箋用紙、タイプライター用紙、新聞、雑誌、厚紙及び紙製包装材を含む、前記方法。
【請求項１９】
固定化ポリペプチド若しくは酵素又は固定化核酸であって、前記ポリペプチドが請求項２に記載の配列を含む、または、前記核酸が、請求項1記載の核酸配列を含み、場合によって前記ポリペプチド又は核酸が、細胞、金属、樹脂、ポリマー、セラミック、ガラス、微小電極、石墨粒子、ビーズ、ゲル、プレート、アレイ、又はキャピラリー管上に固定される、前記固定化ポリペプチド若しくは酵素又は核酸。
【請求項２０】
請求項２に記載のポリペプチドと特異的に結合する単離、合成又は組換え抗体であって、場合によって前記抗体がモノクローナル又はポリクローナル抗体である、前記抗体。
【請求項２１】
リグノセルロース系活性を有するポリペプチドをコードする核酸をサンプルから単離又は回収する方法であって、前記方法が、
（a）請求項1に記載の核酸配列又は請求項3に記載のプローブを含むか若しくは前記から成るポリヌクレオチドプローブを提供する工程；
（b）サンプルから核酸を単離するか、又はサンプル中の核酸がハイブリダイゼーションのために工程（a）のポリヌクレオチドプローブに接近することができるように前記サンプルを処理する工程；
（c）工程（b）の単離核酸又は処理サンプルを工程（a）のポリヌクレオチドプローブと一緒にする工程；及び
（d）工程（a）のポリヌクレオチドプローブと特異的にハイブリダイズする核酸を単離し、それによってリグノセルロース系活性を有するポリペプチドをコードする核酸をサンプルから単離又は回収する工程を含み、
場合によって、前記サンプルが環境サンプルであり、又は場合によって前記サンプルが、水サンプル、液体サンプル、土壌サンプル、大気サンプル又は生物学的サンプルを含み、
さらに場合によって、前記生物学的サンプルが、細菌細胞、原生動物細胞、昆虫細胞、酵母細胞、植物細胞、菌類細胞又は哺乳動物細胞に由来する、前記核酸の単離又は回収方法。