【手続補正書】
【提出日】平成23年10月28日(2011.10.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１種以上の該当機能を示すポリペプチド変異体についてポリペプチド発現ライブラリーをスクリーニングする方法であって、
複数のポリペプチド変異体を含むポリペプチド発現ライブラリーを提供する段階と；
レアポリペプチド変異体の少なくとも１個に少なくとも１個の非天然アミノ酸を含有するライブラリーの複数の前記少なくとも１個のレアポリペプチド変異体の発現を増加する段階と；
ライブラリーから該当機能を示す１種以上のポリペプチド変異体を選択する段階を含む前記方法。
【請求項２】
複数のポリペプチド変異体が各々少なくとも１個の非天然アミノ酸を含有する請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ライブラリーの少なくとも１個のレアポリペプチド変異体の発現が増加すると、選択の感度が改善される請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ポリペプチド変異体のライブラリーをスクリーニングする段階が、抗体フラグメント変異体、α１アンチトリプシン変異体、アンジオスタチン変異体、抗血友病因子変異体、アポリポ蛋白質変異体、アポ蛋白質変異体、心房性ナトリウム利尿因子変異体、心房性ナトリウム利尿ポリペプチド変異体、心房性ペプチド変異体、Ｃ−Ｘ−Ｃケモカイン変異体、Ｔ３９７６５変異体、ＮＡＰ−２変異体、ＥＮＡ−７８変異体、Ｇｒｏ−ａ変異体、Ｇｒｏ−ｂ変異体、Ｇｒｏ−ｃ変異体、ＩＰ−１０変異体、ＧＣＰ−２変異体、ＮＡＰ−４変異体、ＳＤＦ−１変異体、ＰＦ４変異体、ＭＩＧ変異体、カルシトニン変異体、ｃキットリガンド変異体、サイトカイン変異体、ＣＣケモカイン変異体、単球化学誘引蛋白質−１変異体、単球化学誘引蛋白質−２変異体、単球化学誘引蛋白質−３変異体、単球炎症性蛋白質−１α変異体、単球炎症性蛋白質−１β変異体、ＲＡＮＴＥＳ変異体、Ｉ３０９変異体、Ｒ８３９１５変異体、Ｒ９１７３３変異体、ＨＣＣ１変異体、Ｔ５８８４７変異体、Ｄ３１０６５変異体、Ｔ６４２６２変異体、ＣＤ４０変異体、ＣＤ４０リガンド変異体、Ｃキットリガンド変異体、コラーゲン変異体、コロニー刺激因子（ＣＳＦ）変異体、補体因子５ａ変異体、補体阻害剤変異体、補体受容体１変異体、サイトカイン変異体、上皮好中球活性化ペプチド−７８変異体、ＧＲＯα変異体、ＭＧＳＡ変異体、ＧＲＯβ変異体、ＧＲＯγ変異体、ＭＩＰ１−α変異体、ＭＩＰ１−β変異体、ＭＣＰ−１変異体、表皮増殖因子（ＥＧＦ）変異体、上皮好中球活性化ペプチド変異体、エリスロポエチン（ＥＰＯ）変異体、表皮剥離毒素変異体、ＩＸ因子変異体、ＶＩＩ因子変異体、ＶＩＩＩ因子変異体、Ｘ因子変異体、繊維芽細胞増殖因子（ＦＧＦ）変異体、フィブリノーゲン変異体、フィブロネクチン変異体、Ｇ−ＣＳＦ変異体、ＧＭ−ＣＳＦ変異体、グルコセレブロシダーゼ変異体、ゴナドトロピン変異体、増殖因子変異体、増殖因子受容体変異体、ヘッジホッグ蛋白質変異体、ヘモグロビン変異体、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）変異体、ヒルジン変異体、ヒト血清アルブミン変異体、ＩＣＡＭ−１変異体、ＩＣＡＭ−１受容体変異体、ＬＦＡ−１変異体、ＬＦＡ−１受容体変異体、インスリン変異体、インスリン様増殖因子（ＩＧＦ）変異体、ＩＧＦ−Ｉ変異体、ＩＧＦ−ＩＩ変異体、インターフェロン変異体、ＩＦＮ−α変異体、ＩＦＮ−β変異体、ＩＦＮ−γ変異体、インターロイキン変異体、ＩＬ−１変異体、ＩＬ−２変異体、ＩＬ−３変異体、ＩＬ−４変異体、ＩＬ−５変異体、ＩＬ−６変異体、ＩＬ−７変異体、ＩＬ−８変異体、ＩＬ−９変異体、ＩＬ−１０変異体、ＩＬ−１１変異体、ＩＬ−１２変異体、ケラチノサイト増殖因子（ＫＧＦ）変異体、ラクトフェリン変異体、白血病阻害因子変異体、ルシフェラーゼ変異体、ニュールチュリン変異体、好中球阻害因子（ＮＩＦ）変異体、オンコスタチンＭ変異体、骨形成蛋白質変異体、腫瘍遺伝子産物変異体、副甲状腺ホルモン変異体、ＰＤ−ＥＣＳＦ変異体、ＰＤＧＦ変異体、ペプチドホルモン変異体、ヒト成長ホルモン変異体、プレイオトロピン変異体、プロテインＡ変異体、プロテインＧ変異体、発熱外毒素Ａ、Ｂ又はＣの変異体、リラキシン変異体、レニン変異体、��ＣＦ／ｃキット変異体、可溶性補体受容体Ｉ変異体、可溶性Ｉ−ＣＡＭ１変異体、可溶性インターロイキン受容体変異体、可溶性ＴＮＦ受容体変異体、ソマトメジン変異体、ソマトスタチン変異体、ソマトトロピン変異体、ストレプトキナーゼ変異体、スーパー抗原変異体、ブドウ球菌エンテロトキシン変異体、ＳＥＡ変異体、ＳＥＢ変異体、ＳＥＣ１変異体、ＳＥＣ２変異体、ＳＥＣ３変異体、ＳＥＤ変異体、ＳＥＥ変異体、ステロイドホルモン受容体変異体、スーパーオキシドジスムターゼ変異体、毒素性ショック症候群毒素変異体、チモシンα１変異体、組織プラスミノーゲンアクチベーター変異体、腫瘍増殖因子（ＴＧＦ）変異体、ＴＧＦ−α変異体、ＴＧＦ−β変異体、腫瘍壊死因子変異体、腫瘍壊死因子α変異体、腫瘍壊死因子β変異体、腫瘍壊死因子受容体（ＴＮＦＲ）変異体、ＶＬＡ−４蛋白質変異体、ＶＣＡＭ−１蛋白質変異体、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＥＦ）変異体、ウロキナーゼ変異体、Ｍｏｓ変異体、Ｒａｓ変異体、Ｒａｆ変異体、Ｍｅｔ変異体、ｐ５３変異体、Ｔａｔ変異体、Ｆｏｓ変異体、Ｍｙｃ変異体、Ｊｕｎ変異体、Ｍｙｂ変異体、Ｒｅｌ変異体、エストロゲン受容体変異体、プロゲステロン受容体変異体、テストステロン受容体変異体、アルドステロン受容体変異体、ＬＤＬ受容体変異体、炎症性分子の変異体、シグナル伝達分子の変異体、転写アクチベーターの変異体、転写サプレッサーの変異体、ヒアルリン変異体、ＣＤ４４変異体、及びコルチコステロン変異体のライブラリーをスクリーニングする段階を含む請求項１に記載の方法。
【請求項５】
複数のベクターパッケージングシステムを含む組換えポリペプチド発現ライブラリーであって、各々のベクターパッケージングシステムが
ａ）ポリペプチドが非天然アミノ酸残基を含む、生存能力に必須のポリペプチドと、
ｂ）スクリーニング可能な標的ポリペプチド変異体
を発現し、
複数のベクターパッケージングシステムにより発現したスクリーニング可能な変異体の少なくとも１個が前記非天然アミノ酸残基を含む、前記組換えポリペプチド発現ライブラリー。
【請求項６】
スクリーニング可能な変異体の少なくとも２個が少なくとも１個の非天然アミノ酸残基を含む請求項５に記載の組換えポリペプチド発現ライブラリー。
【請求項７】
スクリーニング可能な変異体の少なくとも３個が少なくとも１個の非天然アミノ酸残基を含む請求項５に記載の組換えポリペプチド発現ライブラリー。
【請求項８】
スクリーニング可能な変異体の４個以上が少なくとも１個の非天然アミノ酸残基を含む請求項５に記載の組換えポリペプチド発現ライブラリー。
【請求項９】
スクリーニング可能な変異体の少なくとも１個が少なくとも２個の異なる非天然アミノ酸残基を含む請求項５に記載の組換えポリペプチド発現ライブラリー。
【請求項１０】
スクリーニング可能な変異体の少なくとも１個が３個以上の異なる非天然アミノ酸残基を含む請求項５に記載の組換えポリペプチド発現ライブラリー。
【請求項１１】
発現されるスクリーニング可能なポリペプチド変異体が抗体フラグメント変異体、α１アンチトリプシン変異体、アンジオスタチン変異体、抗血友病因子変異体、アポリポ蛋白質変異体、アポ蛋白質変異体、心房性ナトリウム利尿因子変異体、心房性ナトリウム利尿ポリペプチド変異体、心房性ペプチド変異体、Ｃ−Ｘ−Ｃケモカイン変異体、Ｔ３９７６５変異体、ＮＡＰ−２変異体、ＥＮＡ−７８変異体、Ｇｒｏ−ａ変異体、Ｇｒｏ−ｂ変異体、Ｇｒｏ−ｃ変異体、ＩＰ−１０変異体、ＧＣＰ−２変異体、ＮＡＰ−４変異体、ＳＤＦ−１変異体、ＰＦ４変異体、ＭＩＧ変異体、カルシトニン変異体、ｃキットリガンド変異体、サイトカイン変異体、ＣＣケモカイン変異体、単球化学誘引蛋白質−１変異体、単球化学誘引蛋白質−２変異体、単球化学誘引蛋白質−３変異体、単球炎症性蛋白質−１α変異体、単球炎症性蛋白質−１β変異体、ＲＡＮＴＥＳ変異体、Ｉ３０９変異体、Ｒ８３９１５変異体、Ｒ９１７３３変異体、ＨＣＣ１変異体、Ｔ５８８４７変異体、Ｄ３１０６５変異体、Ｔ６４２６２変異体、ＣＤ４０変異体、ＣＤ４０リガンド変異体、Ｃキットリガンド変異体、コラーゲン変異体、コロニー刺激因子（ＣＳＦ）変異体、補体因子５ａ変異体、補体阻害剤変異体、補体受容体１変異体、サイトカイン変異体、上皮好中球活性化ペプチド−７８変異体、ＧＲＯα変異体、ＭＧＳＡ変異体、ＧＲＯβ変異体、ＧＲＯγ変異体、ＭＩＰ１−α変異体、ＭＩＰ１−β変異体、ＭＣＰ−１変異体、表皮増殖因子（ＥＧＦ）変異体、上皮好中球活性化ペプチド変異体、エリスロポエチン（ＥＰＯ）変異体、表皮剥離毒素変異体、ＩＸ因子変異体、ＶＩＩ因子変異体、ＶＩＩＩ因子変異体、Ｘ因子変異体、繊維芽細胞増殖因子（ＦＧＦ）変異体、フィブリノーゲン変異体、フィブロネクチン変異体、Ｇ−ＣＳＦ変異体、ＧＭ−ＣＳＦ変異体、グルコセレブロシダーゼ変異体、ゴナドトロピン変異体、増殖因子変異体、増殖因子受容体変異体、ヘッジホッグ蛋白質変異体、ヘモグロビン変異体、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）変異体、ヒルジン変異体、ヒト血清アルブミン変異体、ＩＣＡＭ−１変異体、ＩＣＡＭ−１受容体変異体、ＬＦＡ−１変異体、ＬＦＡ−１受容体変異体、インスリン変異体、インスリン様増殖因子（ＩＧＦ）変異体、ＩＧＦ−Ｉ変異体、ＩＧＦ−ＩＩ変異体、インターフェロン変異体、ＩＦＮ−α変異体、ＩＦＮ−β変異体、ＩＦＮ−γ変異体、インターロイキン変異体、ＩＬ−１変異体、ＩＬ−２変異体、ＩＬ−３変異体、ＩＬ−４変異体、ＩＬ−５変異体、ＩＬ−６変異体、ＩＬ−７変異体、ＩＬ−８変異体、ＩＬ−９変異体、ＩＬ−１０変異体、ＩＬ−１１変異体、ＩＬ−１２変異体、ケラチノサイト増殖因子（ＫＧＦ）変異体、ラクトフェリン変異体、白血病阻害因子変異体、ルシフェラーゼ変異体、ニュールチュリン変異体、好中球阻害因子（ＮＩＦ）変異体、オンコスタチンＭ変異体、骨形成蛋白質変異体、腫瘍遺伝子産物変異体、副甲状腺ホルモン変異体、ＰＤ−ＥＣＳＦ変異体、ＰＤＧＦ変異体、ペプチドホルモン変異体、ヒト成長ホルモン変異体、プレイオトロピン変異体、プロテインＡ変異体、プロテインＧ変異体、発熱外毒素Ａ、Ｂ又はＣの変異体、リラキシン変異体、レニン変異体、ＳＣＦ／ｃ��ット変異体、可溶性補体受容体Ｉ変異体、可溶性Ｉ−ＣＡＭ１変異体、可溶性インターロイキン受容体変異体、可溶性ＴＮＦ受容体変異体、ソマトメジン変異体、ソマトスタチン変異体、ソマトトロピン変異体、ストレプトキナーゼ変異体、スーパー抗原変異体、ブドウ球菌エンテロトキシン変異体、ＳＥＡ変異体、ＳＥＢ変異体、ＳＥＣ１変異体、ＳＥＣ２変異体、ＳＥＣ３変異体、ＳＥＤ変異体、ＳＥＥ変異体、ステロイドホルモン受容体変異体、スーパーオキシドジスムターゼ変異体、毒素性ショック症候群毒素変異体、チモシンα１変異体、組織プラスミノーゲンアクチベーター変異体、腫瘍増殖因子（ＴＧＦ）変異体、ＴＧＦ−α変異体、ＴＧＦ−β変異体、腫瘍壊死因子変異体、腫瘍壊死因子α変異体、腫瘍壊死因子β変異体、腫瘍壊死因子受容体（ＴＮＦＲ）変異体、ＶＬＡ−４蛋白質変異体、ＶＣＡＭ−１蛋白質変異体、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＥＦ）変異体、ウロキナーゼ変異体、Ｍｏｓ変異体、Ｒａｓ変異体、Ｒａｆ変異体、Ｍｅｔ変異体、ｐ５３変異体、Ｔａｔ変異体、Ｆｏｓ変異体、Ｍｙｃ変異体、Ｊｕｎ変異体、Ｍｙｂ変異体、Ｒｅｌ変異体、エストロゲン受容体変異体、プロゲステロン受容体変異体、テストステロン受容体変異体、アルドステロン受容体変異体、ＬＤＬ受容体変異体、炎症性分子の変異体、シグナル伝達分子の変異体、転写アクチベーターの変異体、転写サプレッサーの変異体、ヒアルリン変異体、ＣＤ４４変異体、及びコルチコステロン変異体を含む請求項５に記載の組換えポリペプチド発現ライブラリー。
【請求項１２】
非天然アミノ酸がＯ−メチル−Ｌ−チロシン、Ｌ−３−（２−ナフチル）アラニン、３−メチルフェニルアラニン、Ｏ−４−アリル−Ｌ−チロシン、４−プロピル−Ｌ−チロシン、トリ−Ｏ−アセチル−ＧｌｃＮＡｃβ−セリン、Ｌ−Ｄｏｐａ、フッ素化フェニルアラニン、イソプロピル−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−アジド−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−アシル−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−ベンゾイル−Ｌ−フェニルアラニン、Ｌ−ホスホセリン、ホスホノセリン、ホスホノチロシン、ｐ−ヨードフェニルアラニン、ｐ−ブロモフェニルアラニン、ｐ−アミノ−Ｌ−フェニルアラニン、イソプロピル−Ｌ−フェニルアラニン、チロシンアミノ酸の非天然類似体；グルタミンアミノ酸の非天然類似体；フェニルアラニンアミノ酸の非天然類似体；セリンアミノ酸の非天然類似体；スレオニンアミノ酸の非天然類似体；アルキル、アリール、アシル、アジド、シアノ、ハロ、ヒドラジン、ヒドラジド、ヒドロキシル、アルケニル、アルキニル、エーテル、チオール、スルホニル、セレノ、エステル、チオ酸、硼酸、ボロン酸、ホスホ、ホスホノ、ホスフィン、複素環、エノン、イミン、アルデヒド、ヒドロキシルアミン、ケト、もしくはアミノで置換されたアミノ酸、又はその任意組み合わせ；光架橋基をもつアミノ酸；スピン標識アミノ酸；蛍光アミノ酸；新規官能基をもつアミノ酸；別の分子と共有又は非共有的に相互作用するアミノ酸；金属結合性アミノ酸；金属含有アミノ酸；放射性アミノ酸；フォトケージド及び／又は光異性化可能なアミノ酸；ビオチン又はビオチン類似体含有アミノ酸；グリコシル化又は糖鎖修飾アミノ酸；ケト含有アミノ酸；ポリエチレングリコール又はポリエーテルを含むアミノ酸；重原子置換アミノ酸；化学分解性又は光分解性アミノ酸；延長側鎖をもつアミノ酸；毒性基を含むアミノ酸；糖置換アミノ酸（例えば糖置換セリン等）；炭素結合糖含有アミノ酸；酸化還元活性アミノ酸；α−ヒドロキシ含有酸；アミノチオ酸含有アミノ酸；α，αジ置換アミノ酸；βアミノ酸；スルホチロシン、４−ボロノフェニルアラニン、又はプロリン以外の環状アミノ酸を含む請求項５に記載の組換えポリペプチド発現ライブラリー。
【請求項１３】
複数のベクターパッケージングシステムが複数の組換えＭ１３ファージを含み、各ファージがスクリーニング可能なポリペプチド変異体をその外面に提示する請求項９に記載の組換えポリペプチド発現ライブラリー。
【請求項１４】
スクリーニング可能なポリペプチド変異体が抗体フラグメント変異体を含む請求項１３に記載のファージディスプレイライブラリー。
【請求項１５】
複数のベクターパッケージングシステムが複数の組換えＭ１３ファージを含み、各ファージが２個以上のスクリーニング可能なポリペプチド変異体をその外面に提示し、且つ２個以上のスクリーニング可能なポリペプチド変異体が同一である請求項５に記載の組換えポリペプチド発現ライブラリー。
【請求項１６】
各々のスクリーニング可能なポリペプチド変異体が少なくとも１個の非アミノ酸残基を含む請求項５に記載の組換えポリペプチド発現ライブラリー。
【請求項１７】
パッケージング部位を含むか又はコードし、ベクター核酸のサブ配列によりコードされ、少なくとも１個の第１のセレクターコドンを含む標的ポリペプチドをコードするベクター核酸と；
ベクター核酸又はそのコピーもしくは転写産物でシステムにパッケージングされ、第１のセレクターコドンと同一の少なくとも１個の第２のセレクターコドンを含むパッケージング又は特異性ポリペプチドをコードする相補核酸と；
非天然アミノ酸を負荷され、セレクターコドンを認識することにより、ベクターパッケージングシステムによるパッケージング又は特異性ポリペプチドと標的ポリペプチドの翻訳を可能にする直交ｔＲＮＡ
を含むベクターパッケージングシステム。
【請求項１８】
ベクター核酸のサブ配列によりコードされる標的ポリペプチドが融合蛋白質である請求項１７に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項１９】
融合蛋白質がリボソーム合成抗体フラグメント又はその誘導体を含む請求項１７に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項２０】
抗体フラグメントが相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む請求項１９に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項２１】
ベクター核酸又は相補核酸によりコードされるセレクターコドンが終止コドン、４塩基コドン、レアコドン又は非コーディングコドンである請求項１７に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項２２】
相補核酸によりコードされるパッケージング又は特異性ポリペプチドがウイルスキャプシド又はエンベロープ蛋白質を含む請求項１７に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項２３】
キャプシド蛋白質がｐＩＩＩである請求項２２に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項２４】
システムがインビトロ翻訳系を含む請求項１７に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項２５】
システムが細胞を含む請求項１７に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項２６】
細胞が哺乳動物細胞、昆虫細胞、細菌細胞又は大腸菌細胞を含む請求項２５
に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項２７】
システムが直交ｔＲＮＡに非天然アミノ酸を負荷することが可能な直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼを含む請求項１７に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項２８】
システムが非天然アミノ酸を含む請求項２７に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項２９】
非天然アミノ酸がビピリジルアラニン残基を含む請求項２８に記載のベクターパッケージングシステム。
【請求項３０】
Ｍ１３パッケージング配列を含み、少なくとも１個の第１のセレクターコドンを含む抗体フラグメントを含む融合蛋白質をコードするファージミドと；
ベクターファージミドのコピーでパッケージングされ、少なくとも１個の第１のセレクターコドンと同一の少なくとも１個の第２のセレクターコドンを含む突然変異体ｐＩＩＩポリペプチドをコードするプラスミドと；
非天然アミノ酸を負荷され、セレクターコドンを認識することにより、ベクターパッケージングシステムによるｐＩＩＩポリペプチドと抗体フラグメント融合蛋白質の翻訳を可能にする直交ｔＲＮＡ
を含む大腸菌細胞。
【請求項３１】
標的ポリペプチドをコードするパッケージングされた核酸と；
パッケージングされた核酸によりコードされる標的ポリペプチドと；
ベクターに宿主細胞特異性を付与し、少なくとも１個の非天然アミノ酸残基を含む特異性ポリペプチド
を含むベクター。
【請求項３２】
パッケージされた核酸がパッケージング部位を含むか又はコードする請求項３１に記載のベクター。
【請求項３３】
パッケージされた核酸によりコードされる標的ポリペプチドが融合蛋白質である請求項３１に記載のベクター。
【請求項３４】
コードされる標的ポリペプチドが抗体フラグメントを含む融合蛋白質である請求項３１に記載のパッケージングされた核酸。
【請求項３５】
抗体ドメインが相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む請求項３４に記載のパッケージングされた核酸。
【請求項３６】
特異性ポリペプチドがキャプシド蛋白質を含む請求項３１に記載の特異性ポリペプチド。
【請求項３７】
キャプシド蛋白質がｐＩＩＩ蛋白質を含む請求項４１に記載の特異性ポリペプチド。
【請求項３８】
特異性ポリペプチドがエンベロープ蛋白質を含む請求項３１に記載の特異性ポリペプチド。
【請求項３９】
ベクターがウイルスキャプシドを含む請求項３１に記載のベクター。
【請求項４０】
ベクターが哺乳動物ウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス、昆虫ウイルス、バキュロウイルス又はバクテリオファージに由来する請求項３９に記載のベクター。
【請求項４１】
バクテリオファージがＭ１３に由来する請求項４０に記載のベクター。
【請求項４２】
標的ポリペプチドがベクターの外面に提示される請求項３１に記載のベクター。
【請求項４３】
少なくとも１個の第１の非天然アミノ酸と少なくとも１個の第２の非天然アミノ酸が同一である請求項３１に記載のベクター。
【請求項４４】
少なくとも１個のセレクターコドンを含む抗体フラグメントを含む融合蛋白質をコードするファージミドと；
少なくとも１個の第１の非天然アミノ酸を含む抗体フラグメントを含み、組換えＭ１３ファージの外面に提示される融合蛋白質と；
少なくとも１個の第１の非天然アミノ酸と同一の少なくとも１個の第２の非天然アミノ酸を含むｐＩＩＩポリペプチド
を含む組換えＭ１３ファージ。
【請求項４５】
非天然アミノ酸がＯ−メチル−Ｌ−チロシン、Ｌ−３−（２−ナフチル）アラニン、３−メチルフェニルアラニン、Ｏ−４−アリル−Ｌ−チロシン、４−プロピル−Ｌ−チロシン、トリ−Ｏ−アセチル−ＧｌｃＮＡｃβ−セリン、Ｌ−Ｄｏｐａ、フッ素化フェニルアラニン、イソプロピル−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−アジド−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−アシル−Ｌ−フェニルアラニン、ｐ−ベンゾイル−Ｌ−フェニルアラニン、Ｌ−ホスホセリン、ホスホノセリン、ホスホノチロシン、ｐ−ヨードフェニルアラニン、ｐ−ブロモフェニルアラニン、ｐ−アミノ−Ｌ−フェニルアラニン、イソプロピル−Ｌ−フェニルアラニン、チロシンアミノ酸の非天然類似体；グルタミンアミノ酸の非天然類似体；フェニルアラニンアミノ酸の非天然類似体；セリンアミノ酸の非天然類似体；スレオニンアミノ酸の非天然類似体；アルキル、アリール、アシル、アジド、シアノ、ハロ、ヒドラジン、ヒドラジド、ヒドロキシル、アルケニル、アルキニル、エーテル、チオール、スルホニル、セレノ、エステル、チオ酸、硼酸、ボロン酸、ホスホ、ホスホノ、ホスフィン、複素環、エノン、イミン、アルデヒド、ヒドロキシルアミン、ケト、もしくはアミノで置換されたアミノ酸、又はその任意組み合わせ；光架橋基をもつアミノ酸；スピン標識アミノ酸；蛍光アミノ酸；新規官能基をもつアミノ酸；別の分子と共有又は非共有的に相互作用するアミノ酸；金属結合性アミノ酸；金属含有アミノ酸；放射性アミノ酸；フォトケージド及び／又は光異性化可能なアミノ酸；ビオチン又はビオチン類似体含有アミノ酸；グリコシル化又は糖鎖修飾アミノ酸；ケト含有アミノ酸；ポリエチレングリコール又はポリエーテルを含むアミノ酸；重原子置換アミノ酸；化学分解性又は光分解性アミノ酸；延長側鎖をもつアミノ酸；毒性基を含むアミノ酸；糖置換アミノ酸（例えば糖置換セリン等）；炭素結合糖含有アミノ酸；酸化還元活性アミノ酸；α−ヒドロキシ含有酸；アミノチオ酸含有アミノ酸；α，αジ置換アミノ酸；βアミノ酸；スルホチロシン、４−ボロノフェニルアラニン、又はプロリン以外の環状アミノ酸を含む請求項４４に記載のファージ。
【請求項４６】
ベクター核酸を発現させ、非天然アミノ酸残基を標的ポリペプチドに組込むように標的ポリペプチドを産生させる段階と；
相補核酸を発現させ、非天然アミノ酸残基をパッケージング又は特異性ポリペプチドに組込むようにパッケージング又は特異性ポリペプチドを産生させる段階と；
ベクター核酸又はそのコピーもしくは転写産物をパッケージング又は特異性ポリペプチドと標的ポリペプチドに結合させ、ベクター核酸をパッケージングする段階
を含むベクター核酸のパッケージング方法。
【請求項４７】
発現させるベクター核酸がパッケージング部位を含むか又はコードし、前記ベクター核酸が更に標的ポリペプチドをコードし、標的ポリペプチドが少なくとも１個のセレクターコドンを含む請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
発現させる相補核酸がパッケージング又は特異性ポリペプチドをコードする相補核酸を含み、パッケージング又は特異性ポリペプチドが少なくとも１個のセレクターコドンを含む請求項４６に記載の方法。
【請求項４９】
ベクター核酸又は相補核酸を細胞に形質転換、形質導入、共役、安定的トランスフェクション又は一過性にランスフェクションする段階を含む方法により、発現させるベクター核酸又は相補核酸を提供する請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
ベクター核酸を発現させて標的ポリペプチドを産生させる段階又は相補核酸を発現させてパッケージング又は特異性ポリペプチドを産生させる段階が、標的ポリペプチド又はパッケージングもしくは特異性ポリペプチドをコードするＲＮＡの合成を誘導する段階を含む請求項６４に記載の方法。
【請求項５１】
ベクター核酸又はそのコピーもしくは転写産物をパッケージング又は特異性ポリペプチドと標的ポリペプチドに結合させる段階が、ベクター核酸を導入した大腸菌株を培養する段階と、ベクター核酸を発現させて標的ポリペプチドを産生させる段階と、相補核酸を提供する段階と、相補核酸を発現させてパッケージング又は特異性ポリペプチドを産生させる段階を含む請求項４６に記載の方法。
【請求項５２】
ベクター核酸をパッケージングする段階が、ベクター核酸を別のポリペプチドと結合させる段階を含み、前記別のポリペプチドがポリメラーゼ、ウイルスマトリックス蛋白質又はウイルスコア蛋白質の１種以上を含む請求項４６に記載の方法。
【請求項５３】
方法の各段階を細胞内で実施する請求項４６に記載の方法。
【請求項５４】
細胞が哺乳動物細胞、昆虫細胞、細菌細胞又は大腸菌細胞を含む請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
ベクタープラスミドを発現させ、少なくとも１個の非天然アミノ酸を含有する抗体フラグメントを含む融合蛋白質を産生させる段階と；
相補プラスミドを発現させ、少なくとも１個の第１の非天然アミノ酸と同一の少なくとも１個の第２の非天然アミノ酸を含有する突然変異体ｐＩＩＩ蛋白質を産生させる段階と；
ベクタープラスミドのコピーを突然変異体ｐＩＩＩと融合蛋白質に結合させ、ベクタープラスミドをパッケージングする段階
を含むベクタープラスミドのパッケージング方法。
【請求項５６】
複数のベクターパッケージングシステムが複数の哺乳動物細胞、複数の昆虫細胞、複数の酵母菌細胞又は複数の細菌細胞を含む請求項５に記載の組換えポリペプチド発現ライブラリー。