【事件の表示】
　特願２００４−５５７０９５「高処理量スクリーニングのためのフッ素ＮＭＲの使用」拒絶査定不服審判事件〔平成１６年　６月１７日国際公開、ＷＯ２００４／０５１２１４、平成１７年１２月　２日国内公表、特表２００５−５３６７６３〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯 
　本願は，平成１５年６月５日（パリ条約による優先権主張日　平成１４年６月５日，平成１４年６月１７日，平成１４年７月２６日，平成１５年３月１４日，米国）を国際出願日とする出願であって，平成２１年１０月２６日付けで拒絶査定がされ，これに対し，平成２２年３月１０日に拒絶査定不服審判の請求がなされるとともに，同日付けで手続補正がなされたものである。さらに，同年７月２９日付けで審尋がなされ，回答書が平成２３年１月１９日付けで請求人より提出されたものである。
　
　
第２　平成２２年３月１０日付けの手続補正（以下，「本件補正」という。）についての補正却下の決定 
　
 　［補正却下の決定の結論］ 
 　　本件補正を却下する。 
　
 　［理由］ 
１　補正内容　
　本件補正は，特許請求の範囲を補正するものであって，そのうち請求項１についてする補正は，以下のとおりである。
　
（１）補正前の請求項１（願書に最初に添付された特許請求の範囲の請求項１）
「【請求項１】
　標的分子に対するリガンドを同定する方法であって：
　　前記標的分子と相互作用する１９Ｆ標識された基準化合物を提供することと；
　　前記標的分子の存在下における，前記１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを収集することと；
　　少なくとも１つの被検化合物を含む被検試料を準備することと；
　　前記被検試料および前記標的分子の各々の存在下における，前記１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを収集することと；
　　前記標的分子の存在下における１９Ｆ標識された基準化合物のスペクトルを，前記被検試料および標的分子の各々の存在下における１９Ｆ標識された基準化合物のスペクトルと比較して，１つまたは複数の前記１９Ｆ標識された基準化合物共鳴における変化を決定することと；
　　前記標的分子と相互作用する少なくとも１つの前記被検化合物を同定することと；
を含んでなり，
　前記被検化合物が，前記１９Ｆ標識された基準化合物を置換する方法。」
　
（２）補正後の請求項１（下線は，補正箇所を示す。）
「【請求項１】
　標的分子に対するリガンドを同定する方法であって：
　　前記標的分子と相互作用する１９Ｆ標識された基準化合物を提供することと；
　　前記標的分子の存在下における，前記１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを収集することと；
　　
被検試料中の各被検化合物の濃度が１００μＭ以下である，
　　前記被検試料および前記標的分子の各々の存在下における，前記１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを収集することと；
　　前記標的分子の存在下における１９Ｆ標識された基準化合物のスペクトルを，前記被検試料および標的分子の各々の存在下における１９Ｆ標識された基準化合物のスペクトルと比較して，１つまたは複数の前記１９Ｆ標識された基準化合物共鳴における変化を決定することと；
　　前記標的分子と相互作用する少なくとも１つの前記被検化合物を同定することと；
を含んでなり，
　前記被検化合物が，前記１９Ｆ標識された基準化合物を置換する方法。」
　
２　本件補正の適否
　上記補正は，補正前の請求項１の「少なくとも１つの被検化合物を含む被検試料を準備すること」について，「被検試料中の各被検化合物の濃度が１００μＭ以下である」ことを特定して，特許請求の範囲を減縮するものであるから，平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前（以下，「平成１８年改正前」という。）の特許法第１７条の２第４項第２号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　
　そこで，補正後の請求項１に係る発明（以下，「補正発明」という。）が特許出願の際に独立して特許を受けることができるものであるか（平成１８年改正前の特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に適合するか）について，以下検討する。
　
３　引用刊行物の記載事項
　本願優先日前に頒布され，原査定の拒絶の理由において引用された刊行物であるClaudio Dalvit et al.,NMR-Based Screening with Competition Water-Ligand Observed via Gradient Spectroscopy Experiments: Detection of High-Affinity Ligands, J.Med.Chem., Vol.45, pp.2610-2614, published on Web 05/10/2002（以下，「引用例１」という。）には，図面とともに，次の事項が記載されている。なお，以下において，下線は当審にて付与したものである。
（１−ア）
「Water-ligand observed via gradient spectroscopy (WaterLOGSY) represents a powerful method for primary NMR screening in the identification of compounds interacting with macromolecules, including proteins and DNA or RNA fragments. The method is useful for the detection of compounds binding to a receptor with binding affinity in the micromolar range. The Achille’s heel of the method, as with all the techniques that detect the ligand resonances, is its inability to identify strong ligands with slow dissociation rates. We show here that the use of a reference compound with a known KD in the micromolar range together with properly designed competition binding experiments (c-WaterLOGSY) permits the detection of strong binders. A derived mathematical expression is used for the selection of the appropriate setup NMR experimental conditions and for an approximate determination of the binding constant. The experiment requires low ligand concentration, therefore allowing its application in the identification of potential strong inhibitors that are only marginally soluble. The technique is particularly suitable for rapid screening of chemical mixtures and plant or fungi extracts.」（２６１０頁要約欄１〜１３行），
当審仮訳，
「グラディエント・スペクトロスコフィー(WaterLOGSY)によって観察される水−リガンドは，タンパク質およびDNAまたはRNAのフラグメントを含む巨大分子と相互作用する化合物の同定を行う，NMRを用いた最初のスクリーニングにおいて，強力な手法である。この方法は，結合親和性がマイクロモル範囲でレセプターに結合する化合物の検出に役立つ。リガンド共鳴を検出するすべての技術と同様に，この方法の唯一の弱点は，遅い解離レートを有する強力なリガンドの同定をする能力が無いことである。我々は，適切に設計された競合結合実験(c-WaterLOGSY)とともに，マイクロモル範囲の既知のKDを備えた基準化合物を使用することによって，強い結合剤の検出ができることを示す。導かれる数学的な表現は，適切なNMR実験条件の設定選択，および，結合定数の概算決定のために使用される。実験は，低濃度のリガンドしか必要としないので，わずかにしか可溶しない潜在的に強力なインヒビターの同定に適用することができる。この技術は，化学混合物，および，植物または菌類からの抽出物の迅速なスクリーニングに対して，特に適している。」
　
（１−イ）
「Introduction
　NMR-based screening has emerged as a potent technique for the identification of small molecules that interact with a protein drug target.1-9 Although this methodology suffers from its intrinsic low sensitivity and therefore it requires significant more protein material than other screening methods, the results obtained with NMR are more reliable.・・・
　NMR-based screening can be performed by monitoring either the protein target signals or the ligand signals. ・・・
　Ligand-observed screening is not limited by the size of the protein and does not require isotope-labeled proteins. Several methods based on the ligand observation have been proposed in the literature.14-22 One of these techniques is the WaterLOGSY (water-ligand observed via gradient spectroscopy) experiment23,24 where the large bulk water magnetization is partially transferred via the protein-ligand complex to the free ligand.25,26 The Achille’s heel of this method, as with all the ligand-observed screening techniques, is its inability to detect strongly binding ligands with slow dissociation rates.・・・
　We show here that with proper design of competition binding WaterLOGSY experiments, it is possible to detect strong binders. The method requires very low ligand concentration (2-10μM), therefore enabling its use in the identification of potential strong inhibitors that are only marginally soluble. It should be pointed out that a similar approach could be applied to many other (ligand-detected) NMR screening methods. The technique could also find useful applications for rapid screening of chemical mixtures and plant or fungi extracts.」（２６１０頁左欄１行〜同頁右欄２４行），
当審仮訳，
「イントロダクション
　NMRに基づいた検査は，タンパク薬物標的と相互作用する小さな分子の同定のための有力な技術として出現した１−９。この方法は，本来的に低い感度であって，したがって，他のスクリーニング法と比較して，より多くのタンパク質を必要とするが，NMR手法で得られた結果は，他の手法と比較して，より信頼できるものである。・・・
　
NMRに基づいた検査は，
リガンドからの信号のいずれかをモニターすることにより行なうことができる
　リガンド観察に基づくスクリーニングは，タンパク質のサイズによって制限されることなく，また，アイソトープで標識されたタンパク質を必要としない。
リガンド観察に基づいたいくつかの方法が，文献の中で提案されている
１４−２２
。これらの技術のうちの１つが，WaterLOGSY(グラディエント・スペクトロスコフィーによって観察された水−リガンド)実験であり
２３，２４
　
我々は，競合結合WaterLOGSY実験の適切な設計を用いて，強い結合剤を検知するのが可能なことを示す。この方法は，とても低いリガンド濃度（２−１０μＭ）しか必要としないので，したがって，わずかにしか可溶しない潜在的な強いインヒビターの同定において使用することができる。同様な手法が，他の多くの(リガンド検知)NMRスクリーニング手法においても適用できるかもしれないことを指摘しておく
　
（１−ウ）
「This approach requires first the identification with NMR or other techniques of a weak affinity ligand of the protein target of interest. The binding constant for this compound should be calculated in order to properly design the experiments according to eq 2 and Figure 1. When possible, a compound with a methyl group should be chosen in order to maximize the sensitivity of the experiment. This will allow reduction in protein consumption.」（２６１２頁左欄１〜９行），
当審仮訳，
「
この手法は，まず最初に，NMRあるいは他の技術によって，興味のある標的タンパク質に対し弱い親和力で結合するリガンドを同定することを要求する
　
（１−エ）
「In the c-WaterLOGSY approach, a spectrum is first acquired for the selected reference compound in the absence of the protein. This is necessary for extracting the hydration correction term discussed above. Then, an identical spectrum is acquired for the reference compound in the presence of the protein. These two spectra are acquired only once and are then used for the analysis of all the screened chemical mixtures. A small spectral region containing the methyl group of 6-CH3Trp in the absence and presence of HSA is shown in spectra a and b of Figure 4, respectively. Subsequently, WaterLOGSY spectra are acquired for compound mixtures (sucrose, 7-CH3Trp, and diazepam in our example) in the presence of the protein and the reference compound as shown in Figure 4c. The Water-LOGSY signals of the reference compound in the absence and presence of the mixture are then compared. A change in sign or substantial signal reduction (as shown in Figure 4c) of the reference compound resonance in the spectrum recorded in the presence of the mixture is an indication that at least one compound comprising the mixture is a potent ligand and displaces the reference compound (6-CH3Trp) from the protein. Deconvolution of the chemical mixture performed in the presence of the reference compound is shown in Figure 5. No signal intensity change of 6-CH3Trp was observed in the presence of sucrose (Figure 5b) and 7-CH3Trp (Figure 5c), whereas a drastic signal reduction was observed in the presence of diazepam (Figure 5d). This deconvolution enables the identification of diazepam as the high-affinity ligand present in the mixture.」（２６１２頁左欄３１行〜同頁右欄２５行），
当審仮訳，
「
c-WaterLOGSY手法では，
タンパク質存在下で，基準化合物に対する同様のスペクトルが得られる
図４ｂのスペクトルにおいて，
6-CH
3
Trpのメチル基を含んでいる小さなスペクトル領域が示されており，
図４ｂは，HSA存在下のものである
図４ｃに示されるように，タンパク質と基準化合物の存在下で，化合物混合物（我々の例では，スクロース，7-CH
3
Trp，および，ジアゼパム）に対するWaterLOGSYスペクトルが取得される
混合物非存在下における基準化合物のWaterLOGSY信号と，混合物存在下における基準化合物のWaterLOGSY信号とが比較される。混合物存在下において記録された基準化合物の共鳴スペクトル信号の変化，あるいは，当該信号の実質的な減少（図４ｃに示されるように）は，混合物を構成する化合物の少なくとも１つが，有力なリガンドであり，タンパク質から，基準化合物(6-CH
3
Trp)を置換するものであることを示す
このディコンボリューションは，混合物中にある高親和性のリガンドとしてのジアゼパムの同定を可能にする
　
（１−オ）
「Figure 4. One-dimensional WaterLOGSY spectra recorded for 50μM 6-CH3-D,L-Trp (a) and for 50μM 6-CH3-D,L-Trp with 5μM HSA in the absence (b) and in the presence (c) of the three-compound mixture (10μM sucrose, 10μM 7-CH3-D,L-Trp, and 10μM diazepam). The displayed spectral region contains the 6-CH3 signal of the tryptophan derivative.・・・」（２６１３頁の図４についての説明文），
当審仮訳，
「図４において，(a)は，50μMの6-CH3-D,L-Trpのために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを示し，
(b)は，5μMのHSA存在下，３つの化合物混合物(10μMのスクロース,10μMの7-CH
3
-
D
,
L
-Trp,および，10μMのジアゼパム)の非存在下における50μMの6-CH
3
-
D
,
L
-Trpのために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを示し，(c)は，5μMのHSA存在下，３つの化合物混合物(10μMのスクロース,10μMの7-CH
3
-
D
,
L
-Trp,および，10μMのジアゼパム)の存在下における50μMの6-CH
3
-
D
,
L
-Trpのために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを示す
　
（１−カ）
「Figure 5. One-dimensional WaterLOGSY spectra recorded for a 5μM HSA solution with 50μM 6-CH3-D,L-Trp in the absence (a) and in the presence of 10μM sucrose (b), 10μM 7-CH3-D,L-Trp (c), and 10μM diazepam (d). The displayed spectral region contains the 6-CH3 signal of the tryptophan derivative. The other experimental conditions are the same as in Figure 4.」（２６１３頁の図５についての説明文），
当審仮訳，
「図５において，(a)は，３つの化学物混合物非存在下における50μMの6-CH3-D,L-Trpを含む5μMのHSA溶液のために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを示し，(b)は，10μMのスクロース存在下における50μMのCH3-D,L-Trpを含む5μMのHSA溶液のために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを示し，(c)は，10μM の7-CH3-D,L-Trp存在下における50μMの6-CH3-D,L-Trpを含む5μMのHSA溶液のために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを示し，(d)は，10μMのジアゼパム存在下における50μMの6-CH3-D,L-Trpを含む5μMのHSA溶液のために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを示す。他の実験条件は，図４におけるものと同一である。」　
　
　上記摘記事項からみて，引用例１には，以下の発明が記載されていると認められる。
　
「HSAに対する有力なリガンドを同定する方法であって，
　前記HSAに対し弱い親和力で結合するリガンドとして基準化合物6-CH3-D,L-Trpを選択する工程，
　5μMのHSA存在下で，50μMの基準化合物6-CH3-D,L-Trpのために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを取得する工程，
　5μMのHSA存在下，３つの化合物混合物(10μMのスクロース,10μMの7-CH3-D,L-Trp, および，10μMのジアゼパム)の存在下における50μMの基準化合物6-CH3-D,L-Trpのために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを取得する工程，
　5μM のHSA存在下で，50μMの基準化合物6-CH3-D,L-Trpのために記録された上記一次元WaterLOGSYスペクトルと，5μM のHSA存在下，３つの化合物混合物(10μMのスクロース,10μMの7-CH3-D,L-Trp, および，10μMのジアゼパム)の存在下における50μMの基準化合物6-CH3-D,L-Trpのために記録された上記一次元WaterLOGSYスペクトルとを比較し，共鳴スペクトル信号の変化から，前記３つの化合物混合物を構成する化合物の少なくとも１つが，有力なリガンドであり，HSAから，基準化合物6-CH3Trpを置換するものであることを示す工程，および，
　ディコンボリューションにより，前記３つの化合物混合物中にある高親和性のリガンドとしてのジアゼパムを同定する工程を含む方法。」（以下，「引用発明」という。）
　
　また，同様に，本願優先日前に頒布され，原査定の拒絶の理由において引用された刊行物であるBruce G. JENKINS et al.,Detection of Site-Specific Binding and Co-binding of Ligands to Human Serum Albumin using 19F NMR，MOLECULAR PHARMACOLOGY, Vol.37, No.1, pp111-118, 1990には，次の事項が記載されている。
（２−ア）
「SUMMARY
　Binding and co-binding of various 19F-labeled ligands to human serum albumin(HSA) has been studied using 19F NMR. Specifically shifted resonances in slow exchange with the free resonances are detected for many of the ligands. These specifically shifted resonances can be studied to yield accurate estimates of site-specific binding constants and stoichiometries. In addition, the use of two different 19F-labeled ligands can directly reveal competition for a given site or independent binding at different sites. For instance, it is easilly shown that both 5-F-L-tryptophan and 5-F-salicylic acid are capable of binding independently to two sites on HSA at the same time, without the need for any curve-fitting or assumptions. These results demonstrate that the concept of sites on HSA is not only useful but is necessary. The technique also reveals allosteric interactions between 5-F-L-Trp and warfarin co-bound to HSA. This technique proves to be a powerful methodology for studying ligand and drug binding to HSA that is free from some of the pitfalls associated with more traditional techniques such as equilibrium dialysis.」（１１１頁要約欄），
当審仮訳，
「19F標識された様々なリガンドの人血清アルブミン(HSA)に対する結合および共同結合が19FのNMRを使用して研究された。多くのリガンドのついて，自由共鳴の遅い交換において，特定のシフトした共鳴が検出される。これらの特定のシフトした共鳴は，部位特異的な結合定数および化学量論の正確な評価をするために，研究される。さらに，２つの異なる19F標識されたリガンドの使用により，特定の与えられたサイトに対する競合，あるいは，異なるサイトに対する独立した結合を，直接明らかにすることができる。例えば，任意の曲線へのあてはめ，あるいは，仮定の必要なしに，5-F-L-トリプトファンおよび　5-Fサリチル酸の両方が，独立して同時に，HSAの上の２つのサイトへ結合する能力を有することが，容易に示される。これらの結果は，HSAの上の“サイト”の概念が単に有用であることだけでなく，必要であることを実証する。この技術は，さらに，HSAに共同結合する，5-F-L-トリプトファンおよびワルファリンの間のアロステリックな相互作用を明らかにする。この技術は，HSAへのリガンドおよび薬の結合を研究するための方法論であって，平衡透析法のようなより伝統的な技術に関連した欠点のうちのいくつかがない，強力な方法論であることが分かる。」
　
（２−イ）
「A more general approach is to utilize fluorine-labeled ligands and monitor specific 19F NMR chemical shifts for the protein-bound and free states. This technique was used by Gerig and Klinkenborg(14) to observe the binding of 5-fluoro-L-tryptophan to HSA.」（１１２頁左欄９〜１３行），
当審仮訳，
「
より一般的な手法は，フッ素標識されたリガンドを利用し，タンパク結合状態および遊離状態に対する，特定の
19
F NMR化学シフトをモニターすることである。この手法は，HSAに対する5-フルオロ-
L
-トリプトファンの結合を観察するために，GerigおよびKlinkenborg(14)によって使用された
　
　また，上記摘記事項（２−イ）で引用されたJ.T.Gerig et al., Binding of 5-Fluoro-L-tryptophan to Human Serum Albumin, J.Am.Chem.Soc., Vol.102, pp.4267-4268, 1980には，図面とともに，次の事項が記載されている。
（３−ア）
「Some results are shown in Figure 1. Under conditions of complete proton decoupling the fluorine spectrum of 5-fluoro-L-tryptophan consists of a sharp singlet 5.843 ppm upfield from the reference signal provided by a capillary containing a 10% solution of 4-fluorotoluene in toluene (trace A). When human albumin is present at a concentration ratio of 1:3, the signal at 5.8 ppm is broadened substantially and a new resonance with a line width of 〜60 Hz appears at 2.06 ppm (trace B). Experiments with glycerol solutions of the fluoroamino acid confirmed that the line widths were not due to sample viscosity. When L-tryptophan is added to a mixture of 5-fluoro-L-tryptophan and albumin two effects are noted: (1)the intensity of the low-field signal decreases in proportion to the amount of added L-tryptophan and (2)the upfield signal sharpens, approaching the line width of free 5-fluoro-L-tryptophan (trace C).」（４２６７頁右欄１９行〜４２６８頁左欄４行），
当審仮訳，
「いくつかの結果が，図1に示される。完全なプロトン・デカップリング条件の下で，5-フルオロ-L-トリプトファンのフッ素スペクトルは，4-フルオロトルエン10%を含有するトルエン溶液で満たされた毛細管によって提供される参考信号から5.843ppm上方に，鋭い単一線を有する（トレースA）。
人血清アルブミンが，5-フルオロ-
L
-トリプトファンに対して，1:3の濃度で存在する場合，上記5.8ppmの信号は本質的に広げられ，また，〜60Hzの線幅を備えた新しい共鳴が2.06ppmの位置に現れる(トレースB)
L
-トリプトファンが5-フルオロ-L-トリプトファンとアルブミンの混合物に加えられた際には，次の２つの効果が現れた。(1)低いフィールドの信号の強度は，
L
-トリプトファンを加えた量に比例して減少する。(2)上方フィールドの信号は先鋭化され，5-フルオロ-L-トリプトファンの遊離状態における線幅に接近する（トレースC）
　
（３−イ）
「The competition experiments indicate that both sets of fluorotryptophan binding sites are also binding sites for L-tryptophan,・・・」（４２６８頁左欄４８〜５０行），
当審仮訳，
「
競合実験は，さらに，フルオロトリプトファン結合部位の両方のセットが，
L
-トリプトファンのための結合部位でもあることを示す
　
４　対比・判断
　
（１）対比 
　補正発明と引用発明とを対比する。
　
ア　引用発明の「HSA」，「基準化合物6-CH3-D,L-Trp」，「３つの化合物混合物(10μMのスクロース,10μMの7-CH3-D,L-Trp, および，10μMのジアゼパム)」および「スクロース，7-CH3-D,L-Trp，および，ジアゼパム」は，その機能からみて，それぞれ，補正発明の「標的分子」，「基準化合物」，「被検試料」および「被検化合物」に相当する。
　
イ　引用発明の「HSAに対する有力なリガンドを同定する方法」は，補正発明の「標的分子に対するリガンドを同定する方法」に相当する。
　
ウ　引用発明では，「前記HSAに対し弱い親和力で結合するリガンドとして基準化合物6-CH3-D,L-Trpを選択」しているのであるから，当該基準化合物を実験のために提供していることは明らかである。
　してみると，引用発明の「前記HSAに対し弱い親和力で結合するリガンドとして基準化合物6-CH3-D,L-Trpを選択する工程」を含む点と，補正発明の「前記標的分子と相互作用する１９Ｆ標識された基準化合物を提供すること」を含む点とは，「前記標的分子と相互作用する基準化合物を提供すること」を含む点で共通する。
　
エ　補正発明の「１Ｄ」が一次元を意味することは，例えば，米国特許第５５５４２２０号明細書の第４欄４２〜４３行に「one dimensional(1D) and two dimensional(2D)1H NMR」と記載されているように，技術常識である。また，引用発明の「WaterLOGSYスペクトル」が核磁気共鳴スペクトルであることも技術常識である。
　してみると，引用発明の「5μMのHSA存在下で，50μMの基準化合物6-CH3-D,L-Trpのために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを取得する工程」を含む点と，補正発明の「前記標的分子の存在下における，前記１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを収集すること」を含む点とは，「前記標的分子の存在下における，前記基準化合物の１Ｄ核磁気共鳴スペクトルを収集すること」を含む点で共通する。
　
オ　引用発明では，「5μMのHSA存在下，３つの化合物混合物(10μMのスクロース,10μMの7-CH3-D,L-Trp, および，10μMのジアゼパム)の存在下における50μMの基準化合物6-CH3-D,L-Trpのために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを取得」しているのであるから，３つの化合物混合物(10μMのスクロース,10μMの7-CH3-D,L-Trp, および，10μMのジアゼパム)を準備していることは明らかである。そして，引用発明において，スクロース，7-CH3-D,L-Trp，および，ジアゼパムの濃度は，それぞれ，10μMであるから，100μM以下であるといえる。
　してみると，引用発明の「5μMのHSA存在下，３つの化合物混合物(10μMのスクロース,10μMの7-CH3-D,L-Trp, および，10μMのジアゼパム)の存在下における50μMの基準化合物6-CH3-D,L-Trpのために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを取得する工程」を含む点は，補正発明の「被検試料中の各被検化合物の濃度が１００μＭ以下である，少なくとも１つの被検化合物を含む被検試料を準備すること」を含む点に相当する。
　
カ　上記「エ」で検討したのと同様に，引用発明の「5μMのHSA存在下，３つの化合物混合物(10μMのスクロース,10μMの7-CH3-D,L-Trp, および，10μMのジアゼパム)の存在下における50μMの基準化合物6-CH3-D,L-Trpのために記録された一次元WaterLOGSYスペクトルを取得する工程」を含む点と，補正発明の「前記被検試料および前記標的分子の各々の存在下における，前記１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを収集すること」を含む点とは，「前記被検試料および前記標的分子の各々の存在下における，前記基準化合物の１Ｄ核磁気共鳴スペクトルを収集すること」を含む点で共通する。
　
キ　引用発明では，「共鳴スペクトル信号の変化から，前記３つの化合物混合物を構成する化合物の少なくとも１つが，有力なリガンド」「であることを示す」のであるから，共鳴スペクトル信号の変化の有無あるいは変化の多寡を決定していることは明らかである。
　してみると，引用発明の「5μM のHSA存在下で，50μMの基準化合物6-CH3-D,L-Trpのために記録された上記一次元WaterLOGSYスペクトルと，5μM のHSA存在下，３つの化合物混合物(10μMのスクロース,10μMの7-CH3-D,L-Trp, および，10μMのジアゼパム)の存在下における50μMの基準化合物6-CH3-D,L-Trpのために記録された上記一次元WaterLOGSYスペクトルとを比較し，共鳴スペクトル信号の変化から，前記３つの化合物混合物を構成する化合物の少なくとも１つが，有力なリガンドであり，HSAから，基準化合物6-CH3Trpを置換するものであることを示す工程」を含む点と，補正発明の「前記標的分子の存在下における１９Ｆ標識された基準化合物のスペクトルを，前記被検試料および標的分子の各々の存在下における１９Ｆ標識された基準化合物のスペクトルと比較して，１つまたは複数の前記１９Ｆ標識された基準化合物共鳴における変化を決定すること」を含む点とは，「前記標的分子の存在下における基準化合物のスペクトルを，前記被検試料および標的分子の各々の存在下における基準化合物のスペクトルと比較して，１つまたは複数の前記基準化合物共鳴における変化を決定すること」を含む点で共通する。
　
ク　引用発明の「前記３つの化合物混合物を構成する化合物の少なくとも１つが，有力なリガンド」「であることを示す工程」および「ディコンボリューションにより，前記３つの化合物混合物中にある高親和性のリガンドとしてのジアゼパムを同定する工程」を含む点は，補正発明の「前記標的分子と相互作用する少なくとも１つの前記被検化合物を同定すること」を含む点に相当する。
　
ケ　引用発明の「前記３つの化合物混合物を構成する化合物の少なくとも１つが，」「HSAから，基準化合物6-CH3Trpを置換するものである」点と，補正発明の「前記被検化合物が，前記１９Ｆ標識された基準化合物を置換する」点とは，「前記被検化合物が，前記基準化合物を置換する」点で共通する。
　
　してみると，両者は， 
　
（一致点）
「標的分子に対するリガンドを同定する方法であって：
　　前記標的分子と相互作用する基準化合物を提供することと；
　　前記標的分子の存在下における，前記基準化合物の１Ｄ核磁気共鳴スペクトルを収集することと；
　　被検試料中の各被検化合物の濃度が１００μＭ以下である，少なくとも１つの被検化合物を含む被検試料を準備することと；
　　前記被検試料および前記標的分子の各々の存在下における，前記基準化合物の１Ｄ核磁気共鳴スペクトルを収集することと；
　　前記標的分子の存在下における基準化合物のスペクトルを，前記被検試料および標的分子の各々の存在下における基準化合物のスペクトルと比較して，１つまたは複数の前記基準化合物共鳴における変化を決定することと；
　　前記標的分子と相互作用する少なくとも１つの前記被検化合物を同定することと；
を含んでなり，
　前記被検化合物が，前記基準化合物を置換する方法。」
の点で一致し，以下の点で相違する。
　
（相違点）補正発明では，基準化合物が「１９Ｆ標識された」基準化合物であり，基準化合物の１Ｄ核磁気共鳴スペクトルが，「１９Ｆ標識された」基準化合物の１Ｄ「１９Ｆ」核磁気共鳴スペクトルであるのに対して，引用発明では，基準化合物が１９Ｆ標識されておらず，１Ｄ核磁気共鳴スペクトルが，一次元WaterLOGSYスペクトルであり，前記被検試料および前記標的分子の各々の存在下における，基準化合物の核磁気共鳴スペクトルを収集することが，補正発明では，「被検試料中の各被検化合物の濃度が１００μＭ以下である，少なくとも１つの被検化合物を含む被検試料」および前記「１９Ｆ標識された」標的分子の各々の存在下における，前記「１９Ｆ標識された」基準化合物の１Ｄ「１９Ｆ」核磁気共鳴スペクトルを収集することであるのに対し，引用発明では，そのような構成ではない点。
　
（２）相違点についての検討
ア　基準化合物が「１９Ｆ標識された」基準化合物であり，基準化合物の１Ｄ核磁気共鳴スペクトルが，「１９Ｆ標識された」基準化合物の１Ｄ「１９Ｆ」核磁気共鳴スペクトルである点について
　引用例１の摘記事項（１−エ）における「・・・図４ｂは，HSA存在下のものである。続いて，図４ｃに示されるように，タンパク質と基準化合物の存在下で，化合物混合物（我々の例では，スクロース，7-CH3Trp，および，ジアゼパム）に対するWaterLOGSYスペクトルが取得される。その後，混合物非存在下における基準化合物のWaterLOGSY信号と，混合物存在下における基準化合物のWaterLOGSY信号とが比較される。混合物存在下において記録された基準化合物の共鳴スペクトル信号の変化，あるいは，当該信号の実質的な減少（図４ｃに示されるように）は，混合物を構成する化合物の少なくとも１つが，有力なリガンドであり，タンパク質から，基準化合物(6-CH3Trp)を置換するものであることを示す。・・・」の記載からみて，引用発明では，基準化合物6-CH3-D,L-TrpのHSAに対する結合状態の変化を，WaterLOGSYスペクトルの変化によって確認しているといえる。
　ところで，引用例２の摘記事項（２−イ）における「より一般的な手法は，フッ素標識されたリガンドを利用し，タンパク結合状態および遊離状態に対する，特定の19F NMR化学シフトをモニターすることである。この手法は，HSAに対する5-フルオロ-L-トリプトファンの結合を観察するために，GerigおよびKlinkenborg(14)によって使用された。」の記載からみて，引用例２には，リガンドのタンパク質に対する結合状態の変化を，１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルの変化によって確認するという技術的事項が記載されているといえる。
　そして，（ア）引用発明も，引用例２に記載の上記技術的事項もリガンドのタンパク質に対する結合状態の変化を確認する点で共通していること，
（イ）引用例１の摘記事項（１−イ）には「・・・同様な手法が，他の多くの(リガンド検知)NMRスクリーニング手法においても適用できるかもしれないことを指摘しておく。・・・」との記載があり，引用例１には，WaterLOGSY法ではない他のリガンド検知NMRスクリーニング手法を採用することが示唆されているといえること，
（ウ）引用例２が摘記事項（２−イ）において引用するJ.T.Gerigの論文には，引用発明と同様に，競合結合実験が記載されていること（摘記事項（３−ア）および（３−イ）），
（エ）リガンド観察に基づくスクリーニングにおいて，WaterLOGSYスペクトルの他にも，１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを用いることが，例えば，Maria van Dongen et al.,Structure-based screening and design in drug discovery, Drug Discovery Today, Vol.7, No.8, pp471-478, April 2002の４７２頁右欄４〜４３行に「Ligand-based screening・・・Experiments that do not fall into either category are ・・・and fluorine(19F)NMR to detect binding of fluorinated compounds to a target[18].・・・Methods that represent the second class of experiments are・・・water-ligand observed via gradient spectroscopy(WATERLOGSY)[31,32].（当審仮訳：リガンドに基づくスクリーニング・・・どちらのカテゴリーにも当てはまらない実験として，・・・および，フッ素化化合物の標的に対する結合を検知するための１９Ｆ核磁気共鳴がある[18]。・・・２番目の分類を代表する方法としては，・・・グラディエント・スペクトロスコフィーによって観察される水−リガンド法（WATERLOGSY）がある[31,32]。）」と記載されているように，本願優先日前に周知であったといえること（他にも，Jeffrey W.PENG et al.,[8]Nuclear Magnetic Resonance-Based Approaches for Lead Generation in Drug Discovery, METHODS IN EMZYMOLOGY, Vol.338, pp.202-238, 2001 by Academic Pressの２０６頁２０〜２３行，２１８頁１５〜３０行，および，Are Kristiansen et al.,Quantitative studies of the binding of wheat germ agglutinin(WGA)to chitin-oligosaccharides and partially N-acetylated chitosans suggest inequivalence of binding sites, Carbohydrate Polymers, Vol.38, pp.23-32, 1999の２３頁要約欄８〜９行を参照。），
（オ）１９Ｆ核磁気共鳴が，タンパク質−リガンド結合の観察において使用可能な，感度の高い手法であることが，例えば，Jeffry W.PENG, Cross-Correlated 19F Relaxation Measurements for the Study of Fluorinated Ligand-Receptor Interactions, Journal of Magnetic Resonance, Vol.153, pp32-47, 2001の３２頁左欄１２行〜同頁右欄１１行に「However, fluorine NMR(19F)methods offer some unique advantages that merit consideration. First, the absence of endogenous fluorine in proteins and nucleic acids means that 19F NMR yields automatically ligand-selective observation. Secondly, the chemical shift range of fluorine is much larger than the proton shift range, 〜（当審注：「〜」は，２重の波線を示す。）900 ppm(2), thus increasing the likelihood of wall-resolved lines. This also means that the fluorine chemical shift is much more sensitive to local environment effects, which translates into both larger binding-induced chemical shift perturbations and exchange-induced line broadening. Thirdly, the favorable pharmacokinetic properties of fluorinated ligands have already established 19F as a standard component in medical chemistry's toolkit; this contrasts with 13C or 15N, for which difficulties with synthesis or high cost often precludes their incorporation into nonpeptide ligand. Finally, 19F occurs at 100% natural abundance and has a gyromagnetic ratio that is competitive with 1H. Given these assets, a scrutiny of 19F NMR parameters for their binding information content is of considerable interest for receptor-ligand studies.（当審仮訳：しかしながら，フッ素NMR(19F)手法には，考慮に値するいくつかのユニークな利点がある。第１に，タンパク質および核酸内には，内生的なフッ素が存在せず，このことは，19F NMRが自動的に，リガンド−セレクティブな観察を提供することを意味する。第２に，フッ素の化学シフトレンジは，プロトンのものと比較して，900ppm程度(2)と非常に大きく，このことにより，高分解能ラインの可能性を増加させる。このことは，また，フッ素の化学シフトが，ローカルの環境の効果に対してより敏感であって，結合によって誘起される化学シフトの変動がより大きく，交換によって誘起される線の広がりがより広いことを意味する。第３に，フッ素で処理されたリガンドの好ましい薬物動態学の特性は，既に，19Fを，医化学の“ツールキット”中の標準コンポーネントとして確立している；このことは，合成が難しく，高コストであることが非ペプチドリガンドのなかに組み入れられることをしばしば排除する13C あるいは15Nとは，対照をなすものである。最後に，19Fは100%の自然存在比を有し，1Hと競争し得るほどの高い磁気回転比を持っている。これらの特性により，レセプター−リガンド研究において，それらの結合情報内容についての19FのNMRパラメーターの調査は，相当に興味深いものである。）」と記載されているように，本願優先日前における技術常識であったといえること，
を考慮すれば，引用発明に，引用例２に記載の上記技術的事項を適用し，リガンドのタンパク質に対する結合状態の変化を確認する手法として，基準化合物の１ＤWaterLOGSYスペクトルの変化を用いるのに代えて，基準化合物を１９Ｆ標識するとともに，１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルの変化を用いるようにすることは，当業者であれば，何ら困難性はなく，容易に想到し得る事項であるといえる。
　
イ　前記被検試料および前記標的分子の各々の存在下における，基準化合物の核磁気共鳴スペクトルを収集することが，「被検試料中の各被検化合物の濃度が１００μＭ以下である，少なくとも１つの被検化合物を含む被検試料」および前記「１９Ｆ標識された」標的分子の各々の存在下における，前記「１９Ｆ標識された」基準化合物の１Ｄ「１９Ｆ」核磁気共鳴スペクトルを収集することである点について，
　引用発明において，基準化合物の１ＤWaterLOGSYスペクトルを収集するのに代えて，１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを収集するようにすることが，当業者にとって容易であることは，上記「ア」にて検討のとおりである。
　また，（ア）引用発明は，WaterLOGSYスペクトルを利用するものであるが，「被検試料中の各被検化合物の濃度が１００μＭ以下である」構成を備えており，１９Ｆ核磁気共鳴も検出感度が高い手法である（上記「ア」の（オ））点において，WaterLOGSY法と共通するから，引用発明において，基準化合物の１ＤWaterLOGSYスペクトルを収集するのに代えて，１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを収集するようにするに際して，WaterLOGSY法において行っていた程度の被検化合物の濃度で実験を行うことは，当業者であれば当然に試みる事項であるといえること，
（イ）１９Ｆ核磁気共鳴において，100μM以下の濃度のものが検知し得ることが，例えば，米国特許第５６３９９０６号明細書の２欄２８〜４３行，および，３５欄５２〜５５行に，それぞれ，「・・・(2)high detection sensitivity;・・・,the use of fluorinated indicators is particularly attractive since criteria(2)and(4)can be completely satisfied,・・・（当審仮訳：・・・(2)高検出感度；・・・フッ素で処理された標識の使用は，基準(2)および(4)を完全に満たすために，特に魅力的である・・・）」，および，「The fluorinated NMR indicators are used at a final intracellular concentration of about 0.1-1.0 mM, while the fluorescent indicators can be used at somewhat lower concentrations, typically about 10-100μM.（当審仮訳：フッ素で処理されたNMR指標は約0.1-1.0mMの最終の細胞内濃縮で使用されるが，当該指標は，幾分より低い濃度，典型的には，約10-100μMの濃度で使用され得る。）」と記載されているように，本願優先日前に周知であったといえること，
（ウ）本願明細書には「１００μＭ以下」という数値限定に関し，１００μＭの前後でどのような変化が生じるのかについて，その臨界的意義が何ら記載されておらず，また，「１００μＭ以下」という数値限定を実現するために，引用例１および引用例２には記載されていないような格別な技術的手段を採用しているとも認められないこと，
を考慮すれば，「被検試料中の各被検化合物の濃度が１００μＭ以下である」との限定は，引用発明において，基準化合物の１ＤWaterLOGSYスペクトルを収集するのに代えて，１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを収集するようにするに際して，当業者が適宜なし得る設計的事項であるといえる。
　
　そして，本願明細書に記載された補正発明によってもたらされる効果は，引用例１および引用例２の記載事項から，当業者であれば予測することができる程度のものであり，格別顕著なものとはいえない。
　
　したがって，補正発明は，引用発明および引用例２に記載の技術的事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により，特許出願の際独立して特許を受けることができないものである。
　
（３）付記（請求人の主張について）
　請求人は，平成２３年１月１９日付けで提出された審尋に対する回答書の１頁下から９行〜３頁１８行において，「 ＜原審査官の判断の誤りについて＞原審査官は，・・・『（出願人の主張する１９Ｆ　ＮＭＲ法における１００μＭ以下の被検化合物濃度は）
１９Ｆ　ＮＭＲ測定においても，引用文献１に記載されたWaterLOGSY法を適用すれば，
　まとめると，原審査官の進歩性否定の論理は，その前提条件である『１９Ｆ　ＮＭＲ測定においても，引用文献１に記載されたWaterLOGSY法を適用すれば』が引用文献１，２に示唆されているものでもなく，科学的根拠もなく，後知恵以外に依るところのない（引用文献１の著者が本願発明者でもあることから，引用文献１が本願発明に何らかの寄与をしているはずだという予断を持ったか，それとも，本願発明の構成を知った上で，単にその発明特定事項の各々が記載された文献を集めてきたにすぎないか）ものですから，この原審査官の判断は破棄し，改めて，本願発明が存在しない状態で（本願発明の構成を見ずに）当業者が引用文献に基づき本願発明に容易に想到し得たかどうかを検証していただくようお願いします。」と主張している。
　「１９Ｆ　ＮＭＲ測定においても，引用文献１に記載されたWaterLOGSY法を適用」するという点において，すなわち，審判請求書における請求人の主張に対する前置報告書における反論に関する限りにおいて，審査官の論理には誤りがあるといえる。
　しかし，引用発明に，引用例２に記載の技術的事項を適用する動機付けがあり，引用発明に，引用例２に記載の上記技術的事項を適用し，リガンドのタンパク質に対する結合状態の変化を確認する手法として，基準化合物の１ＤWaterLOGSYスペクトルの変化を用いるのに代えて，基準化合物を１９Ｆ標識するとともに，１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルの変化を用いるようにすることが，当業者にとって容易であることは，上記「（２）相違点１についての検討」の「ア」において検討のとおりである。
　よって，請求人の上記主張は，採用することができない。
　
５　まとめ
　以上のとおりであるから，本件補正は，平成１８年改正前の特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するので，同法第１５９条第１項の規定において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により，却下すべきものである。 
　
　
第３　本願発明について
　
１　本願発明
　以上のとおり，本件補正は，却下されることとなったから，本件特許出願人が特許を受けようとする発明として特定する事項は，願書に最初に添付された特許請求の範囲の請求項１〜２０に記載されたとおりのものと認められ，そのうち請求項１は，次のとおりである。（以下，「本願発明」という。）　
「【請求項１】
　標的分子に対するリガンドを同定する方法であって：
　　前記標的分子と相互作用する１９Ｆ標識された基準化合物を提供することと；
　　前記標的分子の存在下における，前記１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを収集することと；
　　少なくとも１つの被検化合物を含む被検試料を準備することと；
　　前記被検試料および前記標的分子の各々の存在下における，前記１９Ｆ標識された基準化合物の１Ｄ１９Ｆ核磁気共鳴スペクトルを収集することと；
　　前記標的分子の存在下における１９Ｆ標識された基準化合物のスペクトルを，前記被検試料および標的分子の各々の存在下における１９Ｆ標識された基準化合物のスペクトルと比較して，１つまたは複数の前記１９Ｆ標識された基準化合物共鳴における変化を決定することと；
　　前記標的分子と相互作用する少なくとも１つの前記被検化合物を同定することと；
を含んでなり，
　前記被検化合物が，前記１９Ｆ標識された基準化合物を置換する方法。」
　
２　引用刊行物の記載事項　
　原査定の拒絶の理由に引用された引用例およびその記載事項は，上記「第２　３　引用刊行物の記載事項」に記載したとおりである。
　
３　判断　
　本願発明は，補正発明から，「被検試料中の各被検化合物の濃度が１００μＭ以下である，」との限定を省いたものである。
　そうすると，本願発明の構成要件をすべて含み，さらに他の構成要件を付加したものに相当する補正発明が，上記「第２　４　対比・判断」において検討のとおり，引用発明および引用例２に記載の技術的事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，本願発明も同様の理由により，引用発明および引用例２に記載の技術的事項に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるというべきである。
　
４　むすび　
　以上のとおり，本願発明は，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから，その余の請求項に係る発明について検討するまでもなく，本願は拒絶されるべきものである。　
　
　よって，結論のとおり審決する。