(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記構造のオリゴヌクレオチドを複数含むオリゴヌクレオチド組成物であって:
【化１】
0005998326.tif 000164
（式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ'、またはＳであり、ここでＲｄ'は、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、又はカルバメートであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
ここで、少なくとも１つの場合のＸは−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｓ（Ｏ）２Ｒ１０、−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−ＳＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、
【化２】
0005998326.tif 000165
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；
Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルであり；
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；
ｎは１０〜約２００の整数であり；
当該組成物は、各Ｘ−ホスホネート部分が当該組成物内で９８％超のジアステレオマー純度であると立体的に規定され；ならびに
複数のオリゴヌクレオチドがアンチセンスオリゴヌクレオチド、標的配列と三重らせんを形成し、望まれていない遺伝子の転写を阻止し、タンパク質発現および／または活性を調節するアンチジーンオリゴヌクレオチド、デコイオリゴヌクレオチド、ＤＮＡワクチン、アプタマー、リボザイム、デオキシリボザイム、ｓｉＲＮＡ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ、又はｎｃＲＮＡである；
組成物。
【請求項２】
前記式１の化合物の各Ｘ−ホスホネート部分が、３１Ｐ  ＮＭＲ分光法または逆相ＨＰＬＣにより決定して、９８％超のジアステレオマー純度である、請求項１記載の組成物。
【請求項３】
各Ｘ−ホスホネート部分がＲＰ立体配置を有する、請求項１記載の組成物。
【請求項４】
各Ｘ−ホスホネート部分がＳＰ立体配置を有する、請求項１記載の組成物。
【請求項５】
各Ｘ−ホスホネートが独立してＲＰ立体配置またはＳＰ立体配置を有する、請求項１記載の組成物。
【請求項６】
前記オリゴヌクレオチドのＸ部分の少なくとも５０％が、独立して−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｓ（Ｏ）２Ｒ１０、−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−ＳＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、
【化３】
0005998326.tif 000166
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、請求項１記載の組成物。
【請求項７】
前記オリゴヌクレオチドのＸ部分の少なくとも９０％が、独立して−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｓ（Ｏ）２Ｒ１０、−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−ＳＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、
【化４】
0005998326.tif 000167
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、請求項１記載の組成物。
【請求項８】
各場合のＸが、独立して−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｓ（Ｏ）２Ｒ１０、−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−ＳＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、
【化５】
0005998326.tif 000168
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、請求項１記載の組成物。
【請求項９】
前記オリゴヌクレオチドのＸ部分の少なくとも２５％が、独立して−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｓ（Ｏ）２Ｒ１０、−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−ＳＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、
【化６】
0005998326.tif 000169
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、請求項１記載の組成物。
【請求項１０】
Ｒ１０がメチルである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１】
Ｒ１１がメチルである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１２】
Ｒ１２がメチルである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１３】
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の組成物であって、
Ｒ１は−ＯＨ、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、または、−ＯＲａであり；
Ｙ１はＯであり；
Ｒ３は水素、またはブロッキング基である；
組成物。
【請求項１４】
請求項１〜１３のいずれか一項に記載の組成物であって、
前記Ｂａは、独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは５−メチルシトシンである；
組成物。
【請求項１５】
請求項１〜１４のいずれか一項に記載の組成物であって、
前記ｎは１５〜約２００の整数である；
組成物。
【請求項１６】
請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物の製造方法であって、
（１）アキラルＨ−ホスホネート部分を含む第１分子と５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させて、縮合中間体を形成させる工程；及び
（２）縮合中間体を、キラルＸ−ホスホネート部分を含む式Ｉのオリゴヌクレオチドに変換する工程；
を含む方法により調製される、
組成物の製造方法。
【請求項１７】
請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物の製造方法であって、
（１）アキラルＨ−ホスホネート部分を含む第１分子と５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させて、縮合中間体を形成させる工程；
（２）工程（１）の縮合中間体をアキラルＨ−ホスホネート部分を含む第２分子と反応させて、さらなる縮合中間体を形成させる工程；及び
（３）さらなる縮合中間体を、キラルＸ−ホスホネート部分を含む式Ｉのオリゴヌクレオチドに変換する工程；
を含む方法により調製される、
組成物の製造方法。
【請求項１８】
請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物の製造方法であって、
（１）アキラルＨ−ホスホネート部分を含む第１分子と５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させて、縮合中間体を形成させる工程；
（２）工程（１）の縮合中間体をアキラルＨ−ホスホネート部分を含む第２分子と反応させて、さらなる縮合中間体を形成させる工程；
（３）アキラルＨ−ホスホネート部分を含むさらなる分子を用いて工程（２）の反応を少なくとも１回繰り返して、最終縮合中間体を形成させる工程；及び
（４）最終縮合中間体を、キラルＸ−ホスホネート部分を含む式Ｉのオリゴヌクレオチドに変換する工程；
を含む方法により調製される、
組成物の製造方法。
【請求項１９】
アキラルＨ−ホスホネート部分を含む第１及び第２分子が同じである、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の組成物の製造方法。
【請求項２０】
アキラルＨ−ホスホネート部分を含む第１及び第２分子が異なっている、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の組成物の製造方法。
【請求項２１】
アキラルＨ−ホスホネート部分を含むさらなる分子の少なくとも１つがアキラルＨ−ホスホネート部分を含む第１及び／又は第２分子と同じである、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の組成物の製造方法。
【請求項２２】
アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子の１つ以上が修飾核酸塩基を含んでいる、請求項１３〜１５のいずれか一項に記載の組成物の製造方法。
【請求項２３】
５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドがさらに修飾核酸塩基を含んでいる、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の組成物の製造方法。
【請求項２４】
組成物のオリゴヌクレオチドがスキーム１０に記載された方法により調製されている、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の組成物の製造方法であって、
【化７】
0005998326.tif 000170
前記スキーム１０は、
式２で示される化合物をＣＲで示される縮合試薬で処理し、式ＩＩで示される中間体を形成させ、
式ＩＩで示される中間体をキラル試薬で処理し、式ＩＩＩで示される第１分子であるキラル中間体を形成させた後、
式ＩＩＩで示されるキラル中間体と式ＩＸで示される前記５’−ＯＨ部分を含むオリゴヌクレオチドとを反応させ、式Ｘで示されるキラル化合物を形成させた後、式Ｘで示されるキラル化合物を酸で処理し、５’末端のブロッキング基を除去するとともに、キラル補助リガンドを除去し、式ＩＸで示される化合物を形成させる、鎖延長サイクルを所望の鎖長が達成されるまで行った後、
式ＩＸで示される化合物のリン原子がＸで示される基で修飾された、式ＸＩＩで示される前記縮合中間体を形成し、
式ＸＩＩで示される前記縮合中間体内に存在する保護基を脱保護し、化Ｉで示される化合物を形成されるスキームであり、
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、又はアシルであり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
ここで、少なくとも１つの場合のＸは−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｓ（Ｏ）２Ｒ１０、−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−ＳＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、
【化２】
0005998326.tif 000171

から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；
Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルであり；
各Ｌは独立して脱離基であり；
式ＸのＡはアシル、アリール、アルキルアラルキル、又はシリルであり；
各Ｗ１及びＷ２は独立して−ＮＧ５−、−Ｏ−、又は−Ｓ−であり；
Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は独立して水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、またはアリールであり、又は、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５うちの２つはＧ６であり、一緒になり、２０個までの環原子の飽和、部分不飽和または不飽和炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、これは、単環または多環であり、縮合または非縮合であり、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５の４つより多くががＧ６であることはなく；並びにＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のいずれかは場合によりオキソ、チオキソ、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアリール、またはアリール部分により置換される、
組成物の製造方法。
【請求項２５】
スキーム１０に記載された方法が繰り返しサイクルを含む、請求項２４記載の組成物の製造方法。
【請求項２６】
治療的有効量の請求項１記載の組成物及び薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物。
【請求項２７】
スキーム１０に記載の方法により生じるものに対応する構造のオリゴヌクレオチドを複数含む、オリゴヌクレオチド組成物の製造方法であって、
【化８】
0005998326.tif 000172
前記スキーム１０は、
式２で示される化合物をＣＲで示される縮合試薬で処理し、式ＩＩで示される中間体を形成させ、
式ＩＩで示される中間体をキラル試薬で処理し、式ＩＩＩで示されるキラル中間体を形成させた後、
式ＩＩＩで示されるキラル中間体と式ＩＸで示される５’−ＯＨ部分を含むオリゴヌクレオチドとを反応させ、式Ｘで示されるキラル化合物を形成させた後、式Ｘで示されるキラル化合物を酸で処理し、５’末端のブロッキング基を除去するとともに、キラル補助リガンドを除去し、式ＩＸで示されるキラルＨ−ホスホネートＩＸを形成させる、鎖延長サイクルを所望の鎖長が達成されるまで行った後、
式ＩＸで示されるキラルＨ−ホスホネートＩＸのリン原子がＸで示される基で修飾しされた、式ＸＩＩで示される化合物を形成し、
式ＸＩＩで示される化合物内に存在する保護基を脱保護し、化Ｉで示される化合物を形成し、固体支持体が使用されている場合は、式ＸＩＩで示される化合物又は脱保護後の式ＸＩＩで示される化合物が前記固体支持体から開裂されるスキームであり、
式中、
各Ｌは独立して脱離基であり；
式ＸのＡはアシル、アリール、アルキルアラルキル、又はシリルであり；
各Ｗ１及びＷ２は独立して−ＮＧ５−、−Ｏ−、又は−Ｓ−であり；
Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は独立して水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、またはアリールであり、又は、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５うちの２つはＧ６であり、一緒になり、２０個までの環原子の飽和、部分不飽和または不飽和炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、これは、単環または多環であり、縮合または非縮合であり、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５の４つより多くががＧ６であることはなく；並びにＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５のいずれかは場合によりオキソ、チオキソ、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアリール、またはアリール部分により置換され、
当該方法は繰り返しサイクルを含み、それにより式Ｉの構造を各オリゴヌクレオチドが有し、
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、又はアシルであり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン
、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキ
ニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃ
であり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チ
ミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
ここで、少なくとも１つの場合のＸは−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｓ（Ｏ）２Ｒ１０、−ＯＣ
Ｈ２ＣＨ２Ｓ−ＳＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、
【化９】
0005998326.tif 000173
から選択され;
ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、
アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ
１２は水素またはアルキルであり；
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合され
た連結部分であり；
ｎは１０〜２００の整数であり；
当該組成物は、各Ｘ−ホスホネート部分が当該組成物内で９８％超のジアステレオマー
純度であると立体的に規定され；ならびに
複数のオリゴヌクレオチドがアンチセンスオリゴヌクレオチド、標的配列と三重らせん
を形成し、望まれていない遺伝子の転写を阻止し、タンパク質発現および／または活性を
調節するアンチジーンオリゴヌクレオチド、デコイオリゴヌクレオチド、ＤＮＡワクチン
、アプタマー、リボザイム、デオキシリボザイム、ｓｉＲＮＡ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ、又は
ｎｃＲＮＡである；
組成物の製造方法。
【請求項２８】
スキーム１０の方法の繰り返しサイクルにより調製される、請求項２７記載の組成物の製造方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は２００９年７月６日に出願された米国特許仮出願第６１／２２３，３６９号、および２００９年９月１５日に出願された米国特許仮出願第６１／２４２，７２２号の恩典を主張し、これらの各々は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
発明の技術分野
本明細書では、核酸プロドラッグおよび不斉リン部分を含む核酸プロドラッグならびにそれらの製造および使用方法を記載する。
【背景技術】
【０００３】
オリゴヌクレオチドは、治療、診断、研究ならびに新規およびナノマテリアル用途において有用である。ＤＮＡまたはＲＮＡの自然配列の使用は、例えば、ヌクレアーゼに対する安定性により制限される。さらに、インビトロ研究は、アンチセンスヌクレオチドの特性、例えば結合親和性、相補ＲＮＡに対する配列特異的結合、ヌクレアーゼに対する安定性がリン原子の立体配置により影響されることを示している。そのため、多くのインビトロおよびインビボ用途においてオリゴヌクレオチド分子に追加の安定性を付与するために、立体的に規定されたオリゴヌクレオチドのプロドラッグが必要である。リン原子修飾核酸を含む立体的に規定されたオリゴヌクレオチドのプロドラッグおよびそれらの使用方法を本明細書で記載する。
【発明の概要】
【０００４】
１つの実施形態は、キラル核酸プロドラッグを提供する。
【０００５】
１つの実施形態は、下記構造を有する核酸プロドラッグを提供し:
【化１】
0005998326.tif 000002
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
少なくとも１つの場合のＸは−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｓ（Ｏ）２Ｒ１０、−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−ＳＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、
【化２】
0005998326.tif 000003
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；
Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；
Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；
Ｒ１２は水素またはアルキルであり；
ＺはＳまたはＯであり；
ｑは０、１、または３であり；
ｗは１、２、３、４、５、または６であり；
Ｒ１５およびＲ１６は独立して水素またはメチルであり；
Ｒ１７はアルキル、アリールまたはＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２から選択され：
Ｒ１８はＮ（ＣＨ３）２、
【化３】
0005998326.tif 000004
から選択され；ならびに
ｎは１〜約２００の整数である。
【０００６】
別の実施形態は、下記構造を有する核酸プロドラッグを提供し:
【化４】
0005998326.tif 000005
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
少なくとも１つの場合のＸは、
【化５】
0005998326.tif 000006
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；
Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；
Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；
Ｒ１２は水素またはアルキルであり；ならびに
ｎは１〜約２００の整数である。
【０００７】
さらなる実施形態は、式１の化合物の各Ｘ−ホスホネート部分が、３１Ｐ  ＮＭＲ分光法または逆相ＨＰＬＣにより決定して、９８％超のジアステレオマー純度である、核酸プロドラッグを提供する。
【０００８】
さらなる実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分がＲＰ立体配置を有する核酸プロドラッグを提供する。
【０００９】
さらなる実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分がＳＰ立体配置を有する核酸プロドラッグを提供する。さらなる実施形態は、各Ｘ−ホスホネートが独立してＲＰ立体配置またはＳＰ立体配置を有する核酸プロドラッグを提供する。
【００１０】
さらなる実施形態は、Ｒ１０がメチルである核酸プロドラッグを提供する。さらなる実施形態は、Ｒ１１がメチルである核酸プロドラッグを提供する。さらなる実施形態、Ｒ１２がメチルである核酸プロドラッグを提供する。
【００１１】
さらなる実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも２５％が、独立して
【化６】
0005998326.tif 000007
から選択される核酸プロドラッグを提供する。さらなる実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも５０％が、独立して
【化７】
0005998326.tif 000008
から選択される核酸プロドラッグを提供する。さらなる実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも９０％が独立して
【化８】
0005998326.tif 000009
から選択される核酸プロドラッグを提供する。さらなる実施形態は、核酸プロドラッグの各Ｘ部分が独立して
【化９】
0005998326.tif 000010
から選択される核酸プロドラッグを提供する。
【００１２】
さらなる実施形態は、核酸プロドラッグの各Ｘ部分が、独立して−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｓ（Ｏ）２Ｒ１０、−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−ＳＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、
【化１０】
0005998326.tif 000011
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；
Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；
Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；
Ｒ１２は水素またはアルキルであり；
ＺはＳまたはＯであり；
ｑは０、１、または３であり；
ｗは１、２、３、４、５、または６であり；
Ｒ１５およびＲ１６は独立して水素またはメチルであり；
Ｒ１７はアルキル、アリールまたはＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２から選択され：ならびに
Ｒ１８はＮ（ＣＨ３）２、
【化１１】
0005998326.tif 000012
から選択される、核酸プロドラッグを提供する。
【００１３】
１つの実施形態は、下記構造を有する核酸プロドラッグを提供し:
【化１２】
0005998326.tif 000013
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
少なくとも１つのＸは
【化１３】
0005998326.tif 000014
であり;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルであり；
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；ならびに
ｎは１〜約２００の整数である。
【００１４】
さらなる実施形態はＲ１０がメチルである核酸プロドラッグを提供する。さらなる実施形態はＲ１１がメチルである核酸プロドラッグを提供する。さらなる実施形態はＲ１２がメチルである核酸プロドラッグを提供する。
【００１５】
さらなる実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも２５％が独立して
【化１４】
0005998326.tif 000015
から選択され;Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびに、Ｒ１２は水素またはアルキルである、核酸プロドラッグを提供する。さらなる実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも５０％が独立して
【化１５】
0005998326.tif 000016
から選択され;Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびに、Ｒ１２は水素またはアルキルである、核酸プロドラッグを提供する。さらなる実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも９０％が独立して
【化１６】
0005998326.tif 000017
から選択され;Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびに、Ｒ１２は水素またはアルキルである、核酸プロドラッグを提供する。さらなる実施形態は、核酸プロドラッグの各Ｘ部分が独立して
【化１７】
0005998326.tif 000018
から選択され;Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびに、Ｒ１２は水素またはアルキルである、核酸プロドラッグを提供する。
【００１６】
１つの実施形態は、下記構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供し:
【化１８】
0005998326.tif 000019
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
ここで、核酸プロドラッグの少なくとも１つのＸ部分は、独立して
【化１９】
0005998326.tif 000020
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルであり；
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；ならびに
ｎは１〜約２００の整数であり；
ここで、核酸プロドラッグを合成するために使用される方法は、（１）アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子および５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させ、縮合中間体を形成させる工程；および（２）縮合中間体をキラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸プロドラッグに変換する工程を含む。
【００１７】
別の実施形態は、式１の化合物の各Ｘ−ホスホネート部分が、３１Ｐ  ＮＭＲ分光法または逆相ＨＰＬＣにより決定して９８％超ジアステレオマー純度を有する、式１の構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分がＲＰ立体配置を有する、式１の構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分がＳＰ立体配置を有する、式１の構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネートが独立してＲＰ立体配置またはＳＰ立体配置を有する、式１の構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供する。
【００１８】
別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも２５％が独立して
【化２０】
0005998326.tif 000021
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、式１の構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも５０％が独立して
【化２１】
0005998326.tif 000022
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、式１の構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも９０％が独立して
【化２２】
0005998326.tif 000023
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、式１の構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、各場合のＸが独立して
【化２３】
0005998326.tif 000024
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、式１の構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供する。
【００１９】
別の実施形態は、Ｒ１０がメチルである、式１の構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、Ｒ１１がメチルである、式１の構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、Ｒ１２がメチルである、式１の構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供する。
【００２０】
１つの実施形態は、治療量のキラル核酸プロドラッグを投与することにより、上方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌと関連する疾患を治療する方法を提供する。別の実施形態は、疾患が慢性疲労症候群である、上方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌと関連する疾患を治療する方法を提供する。別の実施形態は、治療量のキラル核酸プロドラッグを投与することにより、下方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌと関連する疾患を治療する方法を提供する。別の実施形態は、疾患が癌である、下方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌと関連する疾患を治療する方法を提供する。別の実施形態では、癌は、前立腺、結腸直腸、および膵臓癌から選択される。１つの実施形態では、下方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌを有する癌は膵臓癌である。別の実施形態では、下方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌを有する癌は前立腺癌である。さらに別の実施形態では、下方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌを有する癌は結腸直腸癌である。
【００２１】
１つの実施形態は、治療量の、下記構造を有する核酸プロドラッグを投与することを含む、癌を治療する方法を提供し:
【化２４】
0005998326.tif 000025
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
核酸プロドラッグの少なくとも１つのＸ部分は、独立して
【化２５】
0005998326.tif 000026
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルであり；
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；ならびに
ｎは１〜約２００の整数であり；
ここで、核酸プロドラッグを合成するために使用される方法は、（１）アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子および５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させ、縮合中間体を形成させる工程；および（２）縮合中間体をキラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸プロドラッグに変換する工程を含む。
【００２２】
別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも２５％が独立して
【化２６】
0005998326.tif 000027
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも５０％が独立して
【化２７】
0005998326.tif 000028
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも９０％が独立して
【化２８】
0005998326.tif 000029
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、各場合のＸが独立して
【化２９】
0005998326.tif 000030
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。
【００２３】
別の実施形態は、Ｒ１０がメチルである、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、Ｒ１１がメチルである、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、Ｒ１２がメチルである、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。
【００２４】
別の実施形態は、式１の化合物の各Ｘ−ホスホネート部分が、３１Ｐ  ＮＭＲ分光法または逆相ＨＰＬＣにより決定して９８％超ジアステレオマー純度を有する、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分がＲＰ立体配置を有する、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分がＳＰ立体配置を有する、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネートが独立してＲＰ立体配置またはＳＰ立体配置を有する、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。
【００２５】
別の実施形態は、癌が膵臓癌である、治療量の式１の化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。
【００２６】
１つの実施形態は、下記構造を有する核酸プロドラッグを提供し:
【化３０】
0005998326.tif 000031
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
少なくとも１つの場合のＸは、
【化３１】
0005998326.tif 000032
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；
Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；
Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；
Ｒ１２は水素またはアルキルであり；ならびに
ｎは１〜約２００の整数である。
【００２７】
１つの実施形態は、式２の化合物の各Ｘ−ホスホネート部分が、３１Ｐ  ＮＭＲ分光法または逆相ＨＰＬＣにより決定して９８％超ジアステレオマー純度を有する、式２の核酸プロドラッグを提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分が、ＲＰ立体配置を有する、式２の核酸プロドラッグを提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分がＳＰ立体配置を有する、式２の核酸プロドラッグを提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネートが独立してＲＰ立体配置またはＳＰ立体配置を有する、式２の核酸プロドラッグを提供する
【００２８】
別の実施形態は、Ｒ１０がメチルである、式２の核酸プロドラッグを提供する。別の実施形態は、Ｒ１１がメチルである、式２の核酸プロドラッグを提供する。別の実施形態は、Ｒ１２がメチルである、式２の核酸プロドラッグを提供する。
【００２９】
別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも２５％が独立して
【化３２】
0005998326.tif 000033
から選択される式２の核酸プロドラッグを提供する。別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも５０％が独立して
【化３３】
0005998326.tif 000034
から選択される式２の核酸プロドラッグを提供する。別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも９０％が独立して
【化３４】
0005998326.tif 000035
から選択される式２の核酸プロドラッグを提供する。別の実施形態は、核酸プロドラッグの各Ｘ部分が独立して
【化３５】
0005998326.tif 000036
から選択される式２の核酸プロドラッグを提供する。
【００３０】
１つの実施形態は、下記構造を有する核酸プロドラッグを含む医薬組成物を提供し:
【化３６】
0005998326.tif 000037
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
ここで、核酸プロドラッグの少なくとも１つのＸ部分は、独立して
【化３７】
0005998326.tif 000038
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルであり；
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；ならびに
ｎは１〜約２００の整数であり；
ここで、核酸プロドラッグを合成するために使用される方法は、（１）アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子および５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させ、縮合中間体を形成させる工程；および（２）縮合中間体をキラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸プロドラッグに変換する工程を含む。
【００３１】
別の実施形態は、式２の化合物の各Ｘ−ホスホネート部分が、３１Ｐ  ＮＭＲ分光法または逆相ＨＰＬＣにより決定して９８％超ジアステレオマー純度を有する、式２の化合物を含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分が、ＲＰ立体配置を有する、式２の化合物を含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分がＳＰ立体配置を有する、式２の化合物を含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネートが独立してＲＰ立体配置またはＳＰ立体配置を有する、式２の化合物を含む医薬組成物を提供する。
【００３２】
別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも２５％が独立して
【化３８】
0005998326.tif 000039
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、式２の化合物を含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも５０％が独立して
【化３９】
0005998326.tif 000040
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、式２の化合物を含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも９０％が独立して
【化４０】
0005998326.tif 000041
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、式２の化合物を含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、各場合のＸが独立して
【化４１】
0005998326.tif 000042
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、式２の化合物を含む医薬組成物を提供する。
【００３３】
別の実施形態は、Ｒ１０がメチルである、式２の化合物を含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、Ｒ１１がメチルである、式２の化合物を含む医薬組成物を提供する。別の実施形態は、Ｒ１２がメチルである、式２の化合物を含む医薬組成物を提供する。
【００３４】
１つの実施形態は、治療量の、下記構造を有する核酸プロドラッグを投与することを含む、癌を治療する方法を提供し:
【化４２】
0005998326.tif 000043
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
核酸プロドラッグの少なくとも１つのＸ部分は、独立して
【化４３】
0005998326.tif 000044
から選択され;ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルであり；
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；ならびに
ｎは１〜約２００の整数であり；
ここで、核酸プロドラッグを合成するために使用される方法は、（１）アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子および５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させ、縮合中間体を形成させる工程；および（２）縮合中間体をキラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸プロドラッグに変換する工程を含む。
【００３５】
別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも２５％が独立して
【化４４】
0005998326.tif 000045
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも５０％が独立して
【化４５】
0005998326.tif 000046
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、核酸プロドラッグのＸ部分の少なくとも９０％が独立して
【化４６】
0005998326.tif 000047
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、各場合のＸが独立して
【化４７】
0005998326.tif 000048
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。
【００３６】
別の実施形態は、Ｒ１０がメチルである、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、Ｒ１１がメチルである、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、Ｒ１２がメチルである、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。
【００３７】
別の実施形態は、式２の化合物の各Ｘ−ホスホネート部分が、３１Ｐ  ＮＭＲ分光法または逆相ＨＰＬＣにより決定して９８％超ジアステレオマー純度を有する、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。
【００３８】
別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分がＲＰ立体配置を有する、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネート部分がＳＰ立体配置を有する、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。別の実施形態は、各Ｘ−ホスホネートが独立してＲＰ立体配置またはＳＰ立体配置を有する、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。
【００３９】
１つの実施形態は、癌が膵臓癌である、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供する。
【００４０】
１つの実施形態は、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供し、化合物は下記式を有し：
【化４８】
0005998326.tif 000049
式中、各Ａはアデニンであり、各Ｒ１１は独立してアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、およびシクロアルキルから選択される。さらなる実施形態は、治療量の、式Ａ３−２の化合物を投与することを含む、膵臓癌を治療する方法を提供する。
【００４１】
１つの実施形態は、治療量の、式２の構造を有する化合物を投与することを含む、癌を治療する方法を提供し、化合物は下記式を有する：
【化４９】
0005998326.tif 000050
【００４２】
さらなる実施形態は、治療量の、式Ａ３−３の化合物を投与することを含む、膵臓癌を治療する方法を提供する。
【００４３】
１つの実施形態は、下記式を有する化合物またはその薬学的に許容される塩を提供し：
【化５０】
0005998326.tif 000051
式中、各Ａはアデニンであり；ならびに少なくとも１つのＸ部分は
【化５１】
0005998326.tif 000052
であり；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである。
【００４４】
別の実施形態は、式Ａ３−１の構造を有する化合物またはその薬学的に許容される塩を提供し、式中、核酸プロドラッグの少なくとも２つのＸ部分は、独立して
【化５２】
0005998326.tif 000053
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである。
【００４５】
別の実施形態は、式Ａ３−１の構造を有する化合物またはその薬学的に許容される塩を提供し、式中、核酸プロドラッグの少なくとも３つのＸ部分は、独立して
【化５３】
0005998326.tif 000054
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである。
【００４６】
別の実施形態は、式Ａ３−１の構造を有する化合物またはその薬学的に許容される塩を提供し、式中、核酸プロドラッグの各Ｘ部分は、独立して
【化５４】
0005998326.tif 000055
から選択され；ここで、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；ならびにＲ１２は水素またはアルキルである。
【００４７】
別の実施形態は、式Ａ３−１の構造を有する化合物またはその薬学的に許容される塩を提供し、化合物は下記式を有する：
【化５５】
0005998326.tif 000056
【００４８】
参照による組み込み
本明細書において開示される出版物および特許出願はすべて、個々の出版物または特許出願が特定的にかつ個別に参照により組み込まれることが示されるのと同じ程度まで、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【００４９】
本発明の新規特徴は、添付の特許請求の範囲において特定的に説明される。本発明の特徴および利点は、本発明の原理が利用されている例示的な実施形態について記載する下記詳細な説明、および添付の図面を参照することにより、よりよく理解される。
【図面の簡単な説明】
【００５０】
【図１】化合物６４およびＧＳＨに対する代表的な分析的ＨＰＬＣプロファイルを提供する。
【図２】化合物６４ａ、グルタチオン付加物、および前部分からの放出後の最終生成物の代表的なＨＰＬＣプロファイルを提供する。
【図３】化合物６４ａおよび６４ｂの、時間に対する変換プロットを提供する。
【図４】化合物６４ａのグルタチオン支援プロドラッグ放出に対するＬＣ−ＭＳにより決定された反応の時間経過を提供する。
【発明を実施するための形態】
【００５１】
本明細書で使用されるセクションの表題は、構成上の目的のためにすぎず、記載される主題を制限するものと解釈されるものではない。特許、特許出願、記事、書籍、マニュアルおよび論文を含むがそれらに限定されない、本出願において引用されるすべての文書、または文書の一部は、目的に応じて、本明細書で明確に、参照によりその全体が組み込まれる。
【００５２】
別記されない限り、明細書および特許請求の範囲を含む本出願において使用される下記用語は、下記で提供される定義を有する。明細書および添付の特許請求の範囲では、単数形「１つの（“ａ”、“ａｎ”）」および「その（“ｔｈｅ”）」は、その文脈が別に明確に示さない限り、複数の指示対象を含むことに注意すべきである。別記されない限り、質量分析、ＮＭＲ、ＨＰＬＣ、タンパク質化学、生物化学、組換えＤＮＡ技術および薬理学の従来の方法が使用される。本出願では、「または」あるいは「および」の使用は、別記されない限り、「および／または」を意味する。さらに、用語「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」ならびに他の形態、例えば「含む（“ｉｎｃｌｕｄｅ”、“ｉｎｃｌｕｄｅｓ”）」および「含まれる（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」の使用は制限するものではない。
【００５３】
特定の化学用語
別記されない限り、一般的な化学用語、例えば、制限はされないが「アルキル」、「アミン」、「アリール」は非置換である。
【００５４】
本明細書では、Ｃ１〜ＣｘはＣ１〜Ｃ２、Ｃ１〜Ｃ３．．．Ｃ１〜Ｃｘを含む。ほんの一例として、「Ｃ１〜Ｃ４」として指定された基は、その部分に１〜４個の炭素原子が存在すること、すなわち、１個の炭素原子、２個の炭素原子、３個の炭素原子または４個の炭素原子、ならびにＣ１〜Ｃ２およびＣ１〜Ｃ３の範囲を含む基を示す。このように、ほんの一例として、「Ｃ１〜Ｃ４アルキル」は、アルキル基中に１〜４個の炭素原子が存在することを示し、すなわち、アルキル基は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、およびｔ−ブチルから選択される。本明細書で出現する場合はいつでも、「１〜１０」などの数値範囲は、与えられた範囲内の各整数を示し；例えば、「１〜１０個の炭素原子」は、その基が１個の炭素原子、２個の炭素原子、３個の炭素原子、４個の炭素原子、５個の炭素原子、６個の炭素原子、７個の炭素原子、８個の炭素原子、９個の炭素原子、または１０個の炭素原子を有し得ることを意味する。
【００５５】
本明細書では「ヘテロ原子」または「ヘテロ」という用語は、単独でまたは組み合わされて、炭素または水素以外の原子を示す。ヘテロ原子は独立して酸素、窒素、硫黄、リン、ケイ素、セレンおよびスズから選択されてもよいが、これらの原子に限定されない。２つ以上のヘテロ原子が存在する実施形態では、２つ以上のヘテロ原子は互いに同じとすることができ、あるいは２つ以上のヘテロ原子のいくつかまたはすべてがそれぞれ、他と異なるものとすることができる。
【００５６】
本明細書では「アルキル」という用語は、単独でまたは組み合わされて、１〜約１０個の炭素原子、または１〜６個の炭素原子を有する直鎖または分枝鎖飽和炭化水素モノラジカルを示す。例としては、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、２−メチル−１−プロピル、２−メチル−２−プロピル、２−メチル−１−ブチル、３−メチル−１−ブチル、２−メチル−３−ブチル、２，２−ジメチル−１−プロピル、２−メチル−１−ペンチル、３−メチル−１−ペンチル、４−メチル−１−ペンチル、２−メチル−２−ペンチル、３−メチル−２−ペンチル、４−メチル−２−ペンチル、２，２−ジメチル−１−ブチル、３，３−ジメチル１−ブチル、２−エチル−１−ブチル、ｎ−ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔ−ブチル、ｎ−ペンチル、イソペンチル、ネオペンチル、ｔｅｒｔ−アミルおよびヘキシル、ならびにより長いアルキル基、例えばヘプチル、オクチルなどが挙げられるが、それらに限定されない。本明細書で出現する場合はいつでも、数値範囲、例えば「Ｃ１〜Ｃ６アルキル」または「Ｃ１〜６アルキル」は、アルキル基が１個の炭素原子、２個の炭素原子、３個の炭素原子、４個の炭素原子、５個の炭素原子または６個の炭素原子から構成され得ることを意味する。１つの実施形態では、「アルキル」は置換される。別記されない限り、「アルキル」は非置換である。
【００５７】
本明細書では「アルケニル」という用語は、単独でまたは組み合わされて、１つ以上の炭素−炭素二重結合を有し、２〜約１０個の炭素原子、または２〜約６個の炭素原子を有する直鎖または分枝鎖炭化水素モノラジカルを示す。基は二重結合（複数可）についてｃｉｓまたはｔｒａｎｓ配座のいずれかであり得、両方の異性体を含むと理解されるべきである。例としては、エテニル（−ＣＨ＝ＣＨ２）、１−プロペニル（−ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２）、イソプロペニル（−Ｃ（ＣＨ３）＝ＣＨ２）、ブテニル、１，３−ブタジエニルなどが挙げられるが、それらに限定されない。本明細書で出現する場合はいつでも、「Ｃ２〜Ｃ６アルケニル」または「Ｃ２〜６アルケニル」などの数値範囲は、アルケニル基が２個の炭素原子、３個の炭素原子、４個の炭素原子、５個の炭素原子または６個の炭素原子から構成され得ることを意味する。１つの実施形態では、「アルケニル」は置換される。別記されない限り、「アルケニル」は非置換である。
【００５８】
本明細書では「アルキニル」という用語は、単独でまたは組み合わされて、１つ以上の炭素−炭素三重結合を有し、２〜約１０個の炭素原子、または２〜約６個の炭素原子を有する直鎖または分枝鎖炭化水素モノラジカルを示す。例としては、エチニル、２−プロピニル、２−ブチニル、１，３−ブタジニルなどが挙げられるが、それらに限定されない。本明細書で出現する場合はいつでも、「Ｃ２〜Ｃ６アルキニル」または「Ｃ２〜６アルキニル」などの数値範囲は、アルキニル基が２個の炭素原子、３個の炭素原子、４個の炭素原子、５個の炭素原子または６個の炭素原子から構成され得ることを意味する。１つの実施形態では、「アルキニル」は置換される。別記されない限り、「アルキニル」は非置換である。
【００５９】
本明細書では「ヘテロアルキル」、「ヘテロアルケニル」および「ヘテロアルキニル」という用語は、単独でまたは組み合わされて、骨格鎖炭素原子（および必要に応じて、任意の結合水素原子）がそれぞれ独立してヘテロ原子（すなわち、炭素以外の原子、例えば、限定はされないが酸素、窒素、硫黄、ケイ素、リン、スズ、またはそれらの組み合わせ）、あるいはヘテロ原子基、例えば限定はされないが、−Ｏ−Ｏ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｏ−Ｓ−、−Ｓ−Ｏ−、＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｎ＝Ｎ−、−Ｎ＝Ｎ−ＮＨ−、−Ｐ（Ｏ）２−、−Ｏ−Ｐ（Ｏ）２−、−Ｐ（Ｏ）２−Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−ＳｎＨ２−などで置換された、それぞれ、上記で記載されるアルキル、アルケニルおよびアルキニル構造を示す。
【００６０】
本明細書では「ハロアルキル」、「ハロアルケニル」および「ハロアルキニル」という用語は、単独でまたは組み合わされて、１つ以上の水素原子が、フッ素、塩素、臭素もしくはヨウ素原子、またはそれらに組み合わせで置換されたそれぞれ、上で定義されるアルキル、アルケニルおよびアルキニル基を示す。いくつかの実施形態では２つ以上の水素原子は、互いに同じハロゲン原子で置換されてもよく（例えば、ジフルオロメチル）；他の実施形態では、２つ以上の水素原子は、互いにすべてが同じではないハロゲンで置換されてもよい（例えば、１−クロロ−１−フルオロ−１−ヨードエチル）。ハロアルキル基の限定されない例は、フルオロメチル、クロロメチルおよびブロモエチルである。ハロアルケニル基の限定されない例は、ブロモエテニルである。ハロアルキニル基の限定されない例はクロロエチニルである。
【００６１】
本明細書では「炭素鎖」という用語は、単独でまたは組み合わされて、直鎖、環状、または任意のそれらの組み合わせである、任意のアルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアルキル、ヘテロアルケニルまたはヘテロアルキニル基を示す。鎖が、リンカーの一部であり、そのリンカーがコア骨格の一部として１つ以上の環を含む場合、鎖長を計算するために、「鎖」は、所定の環の底部または頂部を構成し、その両方ではない炭素原子のみを含み、ここで、環（複数可）の頂部および底部は、長さが同じではなく、鎖長を決定する場合にはより短い距離が使用される。鎖が、ヘテロ原子を骨格の一部として含む場合、それらの原子は、炭素鎖長の一部として計算されない。
【００６２】
本明細書では「シクロアルキル」という用語は、単独でまたは組み合わされて、３〜約１５個の環炭素原子または３〜約１０個の環炭素原子を含む飽和炭化水素モノラジカル 環を示すが、追加の非環炭素原子を置換基として含んでもよい（例えば、メチルシクロプロピル）。本明細書で出現する場合はいつでも、「Ｃ３〜Ｃ６シクロアルキル」または「Ｃ３〜６シクロアルキル」などの数値範囲は、シクロアルキル基が３個の炭素原子、４個の炭素原子、５個の炭素原子または６個の炭素原子から構成され得る、すなわち、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチルまたはシクロヘプチルであることを意味するが、この定義はまた、数値範囲が指定されていない「シクロアルキル」という用語の出現も含む。この用語は、縮合、非縮合、架橋およびスピロラジカルを含む。縮合シクロアルキルは、２〜４個の縮合環を含んでもよく、ここで、結合環は、シクロアルキル環であり、他の個々の環は、脂環式、複素環、芳香族、複素環式芳香族または任意のそれらの組み合わせであってもよい。例としては、シクロプロピル、シクロペンチル、シクロヘキシル、デカリニル、およびビシクロ［２．２．１］ヘプチルおよびアダマンチル環系が挙げられるが、それらに限定されない。例示的な例としては、下記部分などが挙げられるが、それらに限定されない：
【化５６】
0005998326.tif 000057
１つの実施形態では、「シクロアルキル」は置換される。別記されない限り、「シクロアルキル」は非置換である。
【００６３】
本明細書では「非芳香族ヘテロシクリル」および「ヘテロアリシクリル」という用語は、単独でまたは組み合わされて、３〜約２０個の環原子を含む飽和、部分不飽和、または完全不飽和非芳香族環モノラジカルを示し、ここで、１つ以上の環原子は、独立して酸素、窒素、硫黄、リン、ケイ素、セレンおよびスズから選択されるが、これらの原子に限定されない炭素以外の原子である。２つ以上のヘテロ原子が環内に存在する実施形態では、２つ以上のヘテロ原子は互いに同じとすることができ、あるいは２つ以上のヘテロ原子のいくつかまたはすべてはそれぞれ、他のものと異なるものとすることができる。この用語は、縮合、非縮合、架橋およびスピロラジカルを含む。縮合非芳香族複素環ラジカルは、２〜４個の縮合環を含んでもよく、ここで、結合環は、非芳香族複素環であり、他の個々の環は脂環式、複素環、芳香族、複素環式芳香族または任意のそれらの組み合わせであってもよい。縮合環系は、単結合または二重結合にわたって、ならびに炭素−炭素、炭素−ヘテロ原子またはヘテロ原子−ヘテロ原子である結合にわたって縮合されてもよい。この用語はまた、３〜約１２個の骨格環原子を有するラジカル、ならびに３〜約１０個の骨格環原子を有するものを含む。非芳香族複素環サブユニットのその親分子への結合は、ヘテロ原子または炭素原子を介することができる。同様に、追加の置換はヘテロ原子または炭素原子を介することができる。限定されない例として、イミダゾリジン非芳香族複素環は、親分子に、そのＮ原子（イミダゾリジン−１−イルまたはイミダゾリジン−３−イル）またはその炭素原子のいずれか（イミダゾリジン−２−イル、イミダゾリジン−４−イルまたはイミダゾリジン−５−イル）のどちらかを介して結合されてもよい。ある実施形態では、非芳香族複素環は、１つ以上のカルボニルまたはチオカルボニル基、例えば、オキソ−およびチオ−含有基を含む。例としてはピロリジニル、テトラヒドロフラニル、ジヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、テトラヒドロピラニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、ピペリジノ、モルホリノ、チオモルホリノ、チオキサニル、ピペラジニル、アゼチジニル、オキセタニル、チエタニル、ホモピペリジニル、オキセパニル、チエパニル、オキサゼピニル、ジアゼピニル、チアゼピニル、１，２，３，６−テトラヒドロピリジニル、２−ピロリニル、３−ピロリニル、インドリニル、２Ｈ−ピラニル、４Ｈ−ピラニル、ジオキサニル、１，３−ジオキソラニル、ピラゾリニル、ジチアニル、ジチオラニル、ジヒドロピラニル、ジヒドロチエニル、ジヒドロフラニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、３−アザビシクロ［３．１．０］ヘキサニル、３−アザビシクロ［４．１．０］ヘプタニル、３Ｈ−インドリルおよびキノリジニルが挙げられるが、それらに限定されない。非芳香族複素環とも呼ばれるヘテロシクロアルキル基の例示的な例としては
【化５７】
0005998326.tif 000058
などが挙げられる。
【００６４】
これらの用語はまた、糖類のすべての環形態を含み、単糖、二糖およびオリゴ糖が挙げられるが、それらに限定されない。１つの実施形態では、「非芳香族ヘテロシクリル」または「ヘテロアリシクリル」は置換される。別記されない限り、「非芳香族ヘテロシクリル」または「ヘテロアリシクリル」は非置換である。
【００６５】
本明細書では「アリール」という用語は、単独でまたは組み合わされて、６〜約２０個の環炭素原子を有する芳香族炭化水素ラジカルを示し、縮合および非縮合アリール環を含む。縮合アリール環ラジカルは２〜４個の縮合環を含み、ここで、結合環はアリール環であり、他の個々の環は脂環式、複素環、芳香族、複素環式芳香族または任意のそれらの組み合わせであってもよい。さらに、アリールという用語は、６〜約１２個の環炭素原子を含む縮合および非縮合環、ならびに６〜約１０個の環炭素原子を含むものを含む。単環アリール基の限定されない例としては、フェニルが挙げられ；縮合環アリール基としては、ナフチル、フェナントレニル、アントラセニル、アズレニルが挙げられ；非縮合ビアリール基としては、ビフェニルが挙げられる。１つの実施形態では、「アリール」は置換される。別記されない限り、「アリール」は非置換である。
【００６６】
本明細書では「ヘテロアリール」という用語は、単独でまたは組み合わされて、約５〜約２０個の骨格環原子を含む芳香族モノラジカルを示し、ここで、１つ以上の環原子は酸素、窒素、硫黄、リン、ケイ素、セレンおよびスズから独立して選択されるが、これらの原子に限定されないヘテロ原子であり、ただし、前記基の環は２つの隣接するＯまたはＳ原子を含まない。２つ以上ヘテロ原子が環内に存在する実施形態では、２つ以上のヘテロ原子は互いに同じとすることができ、あるいは２つ以上のヘテロ原子のいくつかまたはすべてはそれぞれ、他のものと異なるものとすることができる。ヘテロアリールという用語は、少なくとも１つのヘテロ原子を有する縮合および非縮合ヘテロアリールラジカルを含む。ヘテロアリールという用語はまた、５〜約１２個の骨格環原子を有する縮合および非縮合ヘテロアリール、ならびに５〜約１０個の骨格環原子を有するものを含む。ヘテロアリール基への結合は、炭素原子またはヘテロ原子を介することができる。よって、限定されない例として、イミダゾール基は、親分子に、その炭素原子のいずれか（イミダゾール−２−イル、イミダゾール−４−イルまたはイミダゾール−５−イル）またはその窒素原子の（イミダゾール−１−イルまたはイミダゾール−３−イル）のどちらかを介して結合されてもよい。同様に、ヘテロアリール基はさらに、その炭素原子のいずれかもしくはすべて、および／またはそのヘテロ原子のいずれかもしくはすべてを介して置換されてもよい。縮合ヘテロアリールラジカルは、２〜４個の縮合環を含んでもよく、ここで、結合環は複素環式芳香族環であり、他の個々の環は脂環式、複素環、芳香族、複素環式芳香族または任意のそれらの組み合わせであってもよい。単環ヘテロアリール基の限定されない例としては、ピリジルが挙げられ；縮合環ヘテロアリール基としては、ベンズイミダゾリル、キノリニル、アクリジニルが挙げられ；非縮合ビヘテロアリール基としては、ビピリジニルが挙げられる。ヘテロアリールのさらなる例としては、フラニル、チエニル、オキサゾリル、アクリジニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾフラニル、ベンズオキサゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾチアジアゾリル、ベンゾチオフェニル、ベンゾキサジアゾリル、ベンゾトリアゾリル、イミダゾリル、インドリル、イソキサゾリル、イソキノリニル、インドリジニル、イソチアゾリル、イソインドリルオキサジアゾリル、インダゾリル、ピリジル、ピリダジル、ピリミジル、ピラジニル、ピロリル、ピラジニル、ピラゾリル、プリニル、フタラジニル、プテリジニル、キノリニル、キナゾリニル、キノキサリニル、トリアゾリル、テトラゾリル、チアゾリル、トリアジニル、チアジアゾリルなど、およびそれらの酸化物、例えば、ピリジル−Ｎ−オキシドが挙げられるが、それらに限定されない。ヘテロアリール基の例示的な例としては、下記部分などが挙げられる：
【化５８】
0005998326.tif 000059
１つの実施形態では、「ヘテロアリール」は置換される。別記されない限り、「ヘテロアリール」は非置換である。
【００６７】
本明細書では「ヘテロシクリル」という用語は、単独でまたは組み合わされて、集合的にヘテロアリシクリルおよびヘテロアリール基を示す。本明細書では、複素環中の炭素原子の数が示される場合はいつでも（例えばＣ１〜Ｃ６複素環）、少なくとも１つの非炭素原子（ヘテロ原子）が環内に存在しなければならない。「Ｃ１〜Ｃ６複素環」などの指定は、環内の炭素原子の数のみを示し、環内の原子の総数を示さない。「４〜６員複素環」などの指定は、環内に含まれる原子の総数を示す（すなわち、少なくとも１つの原子が炭素原子であり、少なくとも１つの原子がヘテロ原子であり、残りの２〜４個の原子が炭素原子またはヘテロ原子のいずれかである４、５、または６員環）。２つ以上のヘテロ原子を有する複素環では、それらの２つ以上のヘテロ原子は、互いに同じかまたは異なるものとすることができる。非芳香族複素環基は、環内に３つの原子のみを有する基を含み、一方、芳香族複素環基は、少なくとも５個の原子を環内に有しなければならない。複素環に対する結合（すなわち、親分子への結合またはさらなる置換）はヘテロ原子または炭素原子を介することができる。１つの実施形態では、「ヘテロシクリル」は置換される。別記されない限り、「ヘテロシクリル」は非置換である。
【００６８】
本明細書では「ハロゲン」、「ハロ」または「ハロゲン化物」という用語は、単独でまたは組み合わされて、フルオロ、クロロ、ブロモおよび／またはヨードを示す。
【００６９】
特定の医薬用語法
本明細書では、障害などを患う個体に関する「対象」、「患者」または「個体」という用語は、ほ乳類および非ほ乳類を含む。ほ乳類の例としては、ほ乳類網の任意の成員：ヒト、非ヒト霊長類、例えばチンパンジー、および他の類人猿およびサル種；家畜、例えばウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ブタ；飼育動物、例えばウサギ、イヌおよびネコ；齧歯類を含む実験動物、例えば、ラット、マウスおよびモルモットなどが挙げられるが、それらに限定されない。非ほ乳類の例としては、トリ、サカナなどが挙げられるが、それらに限定されない。本明細書で提供される方法および組成物の１つの実施形態では、ほ乳類はヒトである。
【００７０】
本明細書では、「有効量」、「治療的有効量」または「薬学的有効量」という用語は、特定の疾患または病状を治療または予防するのに十分である、投与される少なくとも１つの薬剤または化合物の量を示す。結果は、疾患の徴候、症状、または原因の減少および／または軽減、あるいは、生物システムの任意の他の望ましい変化とすることができる。例えば、治療用途のための「有効量」は、疾患の臨床的に有意な減少を提供するのに必要とされる、本明細書で開示される化合物を含む組成物の量である。任意の個体の場合における適切な「有効」量は、用量漸増試験などの技術を用いて決定され得る。
【００７１】
本明細書では、「治療」もしくは「治療する」、または「緩和」あるいは「寛解」という用語は、本明細書で同じ意味で使用される。これらの用語は、治療上の効用および／または予防上の効用を含むが、それらに限定されない有益な、または所望の結果を得るためのアプローチを示す。治療上の効用は、治療される基礎疾患の根絶または寛解を意味する。また、治療上の効用は基礎疾患に関連する１つ以上の生理的症状の根絶または寛解により達成され、そのため、基礎疾患に苦しんでいるにもかかわらず、患者において改善が見られる。予防上の効用のために、この疾患の診断がされていなくても、組成物は、特定の疾患を発症する危険のある患者に、または疾患の１つ以上の生理的症状を報告している患者に投与され得る。
【００７２】
本明細書では、「治療効果」という用語は、上で記載されるように治療上の効用および／または予防上の効用を含む。予防効果は、疾患または病状の出現の遅延または排除、疾患または病状の症状発症の遅延または排除、疾患または病状の進行の遅滞、停止、または逆転、あるいは任意のそれらの組み合わせを含む。
【００７３】
本明細書では、「薬学的に許容される」という用語は、本明細書で記載される化合物の生物活性または特性を抑制しない、および比較的無毒性である物質、例えば担体または希釈剤を指し、すなわち、その物質は、望ましくない生物学的効果を引き起こさず、または組成物に含まれるその成分のいずれとも有害な様式で相互作用せずに個体に投与できる。
【００７４】
本明細書では、「医薬組成物」という用語は、任意で、少なくとも１つの薬学的に許容される化学成分、例えば、限定はされないが担体、安定化剤、希釈剤、分散剤、懸濁化剤、増粘剤、および／または賦形剤と混合される生物学的に活性な化合物を指す。
【００７５】
本明細書では、「担体」という用語は、化合物の細胞または組織への組み込みを促進する比較的無毒性の化学化合物または薬剤を指す。
【００７６】
本明細書では、「プロドラッグ」という用語は、生理的条件下で、または加溶媒分解により、本明細書で記載される生物学的に活性な化合物に変換され得る化合物を示すことが意図される。よって、「プロドラッグ」という用語は、薬学的に許容される生物学的に活性な化合物の前駆物質を示す。プロドラッグは対象に投与された時には不活性であり得るが、例えば、加水分解によりインビボで活性化合物に変換される。プロドラッグ化合物はしばしば、溶解性、組織適合性またはほ乳類体内での遅延放出の利点を提供する（たとえば、Bundgard, H., Design of Prodrugs (1985), pp. 7-9, 21-24 (Elsevier, Amsterdamを参照されたい)。プロドラッグの説明は、Higuchi, T., et al., "Pro-drugs as Novel Delivery Systems," A.C.S. Symposium Series, Vol. 14, およびBioreversible Carriers in Drug Design, ed. Edward B. Roche, American Pharmaceutical Association and Pergamon Press, 1987において提供され、それらの両方ともが参照により本明細書に完全に組み込まれる。「プロドラッグ」という用語はまた、そのようなプロドラッグがほ乳類対象に投与された場合に、活性化合物をインビボで放出する任意の共有結合された担体を含むことを意味する。本明細書で記載されるように、活性化合物のプロドラッグは、ルーチン操作、またはインビボのいずれかで修飾が開裂され活性親化合物とされるように、活性化合物中に存在する官能基を修飾することにより、調製され得る。プロドラッグとしては、ヒドロキシ、アミノまたはメルカプト基が任意の基に結合され、活性化合物のプロドラッグがほ乳類対象に投与された時に、開裂してそれぞれ、自由ヒドロキシ、自由アミノまたはメルカプト基を形成する化合物が挙げられる。プロドラッグの例としては、リン原子修飾核酸のアシルオキシ、チオアシルオキシ、２−カルボアルコキシエチル、ジスルフィド、チアミナール、およびエノールエステル誘導体が挙げられるが、それらに限定されない。
【００７７】
本明細書では、「プロオリゴヌクレオチド」または「プロヌクレオチド」または「核酸プロドラッグ」という用語は、オリゴヌクレオチドのプロドラッグになるように修飾されているオリゴヌクレオチドを指す。
【００７８】
特定の核酸に関する用語
天然核酸はリン酸骨格を有し；人工核酸は他の型の骨格を含み得るが、同じ塩基を含む。
【００７９】
本明細書では、「ヌクレオチド」という用語は、複素環塩基、糖、および１つ以上のリン酸基から構成されるポリヌクレオチドのモノマー単位を示す。天然塩基、（グアニン、（Ｇ）、アデニン、（Ａ）、シトシン、（Ｃ）、チミン、（Ｔ）、およびウラシル（Ｕ））は、プリンまたはピリミジンの誘導体であるが、天然および非天然塩基類似体もまた含められることが理解されるべきである。天然糖はペントース（五炭糖）デオキシリボース（ＤＮＡを形成する）またはリボース（ＲＮＡを形成する）であるが、天然および非天然糖類似体もまた含められることが理解されるべきである。核酸はリン酸結合を介して連結され、核酸またはポリヌクレオチドを形成するが、多くの他の結合が当技術分野で知られている（例えば、限定はされないがホスホロチオエート、ボラノホスフェートなど）。人工核酸はＰＮＡ（ペプチド核酸）、ホスホチオネート、ならびに自然の核酸のリン酸骨格の他の変異体を含む。
【００８０】
「ヌクレオシド」という用語は、核酸塩基または修飾核酸塩基が糖または修飾糖に共有結合により結合された部分を示す。
【００８１】
「糖」という用語は、閉および／または開形態の単糖を示す。糖としては、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース、およびヘキソピラノース部分が挙げられるが、それらに限定されない
【００８２】
「修飾糖」という用語は、糖を置換することができる部分を示す。修飾糖は糖の空間配置、電子的特性、またはいくつかの他の物理化学的性質を模倣する。
【００８３】
本明細書では、「核酸」および「ポリヌクレオチド」という用語は、リボヌクレオチド（ＲＮＡ）またはデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）のいずれかの任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を示す。これらの用語は、分子の一次構造を示し、よって、二および一本鎖ＤＮＡならびに二および一本鎖ＲＮＡを含む。これらの用語は、等価物として、ヌクレオチド類似体および修飾ポリヌクレオチド、例えば、限定はされないが、メチル化および／またはキャップドポリヌクレオチドから形成されたＲＮＡまたはＤＮＡのいずれかの類似体を含む。これらの用語は、ポリまたはオリゴリボヌクレオチド（ＲＮＡ）およびポリまたはオリゴデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）；核酸塩基および／または修飾核酸塩基のＮ−グリコシドまたはＣ−グリコシドから誘導されるＲＮＡまたはＤＮＡ；糖および／または修飾糖から誘導される核酸；ならびにリン酸架橋および／または修飾リン原子架橋から誘導される核酸を含む。これらの用語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾糖、リン酸架橋または修飾リン原子架橋の任意の組み合わせを含む核酸を包含する。例としては、リボース部分を含む核酸、デオキシリボース部分を含む核酸、リボースおよびデオキシリボース部分の両方を含む核酸、リボースおよび修飾リボース部分を含む核酸が挙げられるが、それらに限定されない。接頭語であるポリは、約１〜約１０，０００ヌクレオチドモノマー単位を含む核酸を示し、接頭語であるオリゴは、約１〜約２００ヌクレオチドモノマー単位を含む核酸を示す。
【００８４】
「核酸塩基」という用語は、１つの核酸鎖を別の相補鎖に配列特異的様式で結合させる水素結合に関連する核酸の部分を示す。最も一般的な天然核酸塩基はアデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）、およびチミン（Ｔ）である。
【００８５】
「修飾核酸塩基」という用語は、核酸塩基を置換することができる部分を示す。修飾核酸塩基は、核酸塩基の空間配置、電子的特性、またはいくつかの他の物理化学的特性を模倣し、１つの核酸鎖を別の相補鎖に配列特異的様式で結合させる水素結合の特性を保持する。修飾核酸塩基は、５つの天然塩基（ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、またはグアニン）のすべてと対となることができ、融解挙動、細胞内酵素による認識、またはオリゴヌクレオチド二本鎖の活性に実質的に影響しない。
【００８６】
「キラル試薬」という用語は、キラルまたはエナンチオピュアであり、核酸合成において不斉誘導のために使用することができる化合物を示す。
【００８７】
「キラルリガンド」または「キラル補助」という用語は、キラルまたはエナンチオピュアであり、反応の立体化学結果を制御する部分を示す。
【００８８】
縮合反応では、「縮合試薬」という用語は、より反応性の低い部位を活性化し、求核試薬による攻撃をより受けやすくする試薬を示す。
【００８９】
「ブロッキング基」という用語は、一時的に官能基の反応性をマスクする基を示す。官能基はその後、ブロッキング基を除去することにより、アンマスクすることができる。
【００９０】
本明細書では、「ホウ素化剤」、「硫黄求電子剤」、「セレン求電子剤」という用語は、リン原子での修飾のために、それぞれ、ＢＨ３、Ｓ、およびＳｅ基を導入するために使用される修飾工程で有用な化合物を示す。
【００９１】
「部分」という用語は、分子の特定のセグメントまたは官能基を示す。化学的部分はしばしば、分子内に埋め込まれ、または分子に付加される化学的実態と認識される。
【００９２】
「固体支持体」という用語は、核酸の合成大量生産を可能にし、必要時に再利用することができる任意の支持体を示す。本明細書では、この用語は、核酸を合成するために実施される反応工程において使用される媒質に不溶であり、反応基を含むように誘導体化されるポリマーを示す。
【００９３】
「連結部分」という用語は、任意で、末端ヌクレオシドと固体支持体の間または末端ヌクレオシドと別のヌクレオシド、ヌクレオチド、または核酸との間に配置される任意の部分を示す。
【００９４】
「ＤＮＡ分子」という用語は、その一本鎖形態または二本鎖へリックスのいずれかのデオキシリボヌクレオチド（アデニン、グアニン、チミン、またはシトシン）のポリマー形態を示す。この用語は、分子の一次および二次構造のみを示し、それをいずれかの特定の三次形態に制限するものではない。よって、この用語は、とりわけ、直鎖ＤＮＡ分子（例えば、制限断片）、ウイルス、プラスミド、および染色体において見られる二本鎖ＤＮＡを含む。特定の二本鎖ＤＮＡ分子の構造について論じる場合、配列は、本明細書では、５’から３’への方向で、ＤＮＡの非転写鎖（すなわち、ｍＲＮＡと相同の配列を有する鎖）に沿う配列のみを提供する標準の慣例に従い記載することができる。
【００９５】
ＤＮＡ「コード配列」または「コード領域」という用語は、適切な発現制御配列の制御下に配置されると、インビボでポリペプチドに転写、翻訳される二本鎖ＤＮＡ配列である。コード配列（「オープンリーディングフレーム」または「ＯＲＦ」）の境界は、５’（アミノ）末端の開始コドンおよび３’（カルボキシル）末端の翻訳終始コドンにより決定される。コード配列としては、原核生物配列、真核生物ｍＲＮＡ由来のｃＤＮＡ、真核生物（例えば、ほ乳類）ＤＮＡ由来のゲノムＤＮＡ配列、および合成ＤＮＡ配列が挙げられるが、それらに限定されない。ポリアデニル化シグナルおよび転写終結配列は通常、コード配列に対し３’に配置される。「非コード配列」または「非コード領域」という用語は、アミノ酸に翻訳されないポリヌクレオチド配列の領域（例えば、５’および３’非翻訳領域）を示す。
【００９６】
「読み枠」という用語は、二本鎖ＤＮＡ分子の６つの可能な読み枠の１つ、各方向３つを示す。使用される読み枠がどのコドンを使用して、ＤＮＡ分子のコード配列内でアミノ酸をコードするのかを決定する。
【００９７】
本明細書では、「アンチセンス」核酸分子は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的な、例えば二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補的な、ｍＲＮＡ配列に相補的な、または遺伝子のコード鎖に相補的なヌクレオチド配列を含む。したがって、アンチセンス核酸分子はセンス核酸分子に水素結合することができる。
【００９８】
「塩基対」または（「ｂｐ」）という用語は二本鎖ＤＮＡ分子におけるアデニン（Ａ）のチミン（Ｔ）との、またはシトシン（Ｃ）のグアニン（Ｇ）とのパートナーシップである。ＲＮＡでは、ウラシル（Ｕ）がチミンにとって代わる。
【００９９】
本明細書では、「コドン」は、転写、翻訳された場合、単一のアミノ酸残基をコードする；または、ＵＵＡ、ＵＧＡもしくはＵＡＧの場合、終始シグナルをコードする３つのヌクレオチドを示す。アミノ酸をコードするコドンは当技術分野においてよく知られており、便宜上、本明細書では表１に提供する。
【表１】
0005998326.tif 000060
【０１００】
本明細書では、「ゆらぎ位置」という用語は、コドンの３番目の位置を示す。コドンのゆらぎ位置内のＤＮＡ分子における変異は、いくつかの実施形態では、アミノ酸レベルでのサイレントまたは保存的変異となる。例えば、グリシンをコードする４つのコドン、すなわち、ＧＧＵ、ＧＧＣ、ＧＧＡおよびＧＧＧが存在し、よって、いずれのゆらぎ位置ヌクレオチドの、いずれの他のヌクレオチドへの変異も、コードされたタンパク質のアミノ酸レベルでの変化を引き起こさず、そのため、サイレント置換となる。
【０１０１】
したがって、「サイレント置換」または「サイレント変異」は、コドン内のヌクレオチドが修飾されるが、コドンによりコードされるアミノ酸残基の変化を引き起こさないものである。例としては、コドンの３番目の位置、ならびにあるコドンの１番目の位置の変異が挙げられ、例えば、コドン「ＣＧＧ」では、ＡＧＧに変異されても、依然としてＡｒｇをコードする。
【０１０２】
本明細書では、「遺伝子」、「組換え遺伝子」および「遺伝子コンストラクト」という用語は、タンパク質またはその一部をコードするＤＮＡ分子、またはＤＮＡ分子の一部を指す。ＤＮＡ分子はタンパク質をコードするオープンリーディングフレーム（エクソン配列として）を含むことができ、さらにイントロン配列を含むことができる。本明細書では、「イントロン」という用語は、タンパク質に翻訳されず、すべての場合ではないが、いくつかの場合にはエクソン間で見られる、一定の遺伝子中に存在するＤＮＡ配列を示す。遺伝子は、当技術分野でよく知られているように、その遺伝子の活性または発現を調節するために、１つ以上のプロモーター、エンハンサー、リプレッサーおよび／または他の調節配列に動作可能に連結される（またはそれらを含むことができる）ことが望ましい。
【０１０３】
本明細書では、「相補ＤＮＡ」または「ｃＤＮＡ」という用語は、ｍＲＮＡの逆転写により合成され、介在配列（イントロン）が除去された組換えポリヌクレオチドを含む。
【０１０４】
「相同性」または「同一性」または「類似性」は、２つの核酸分子間の配列類似性を指す。相同性および同一性はそれぞれ、比較目的のために整列させることができる各配列において位置を比較することにより決定することができる。比較される配列内の同等の位置が同じ塩基で占められている場合、分子はその位置では同一であり；同等の部位が同じかまたは類似の核酸残基（例えば、立体的および／または電子的性質において類似）で占められている場合、分子はその位置で相同（類似）ということができる。相同性／類似性または同一性のパーセンテージとしての表現は、比較された配列により共有される位置の同一または類似核酸の数の関数を指す。「無関係」または「非相同」である配列は、本明細書で記載される配列と、４０％未満の同一性、未満の同一性、３５％未満の同一性、３０％未満の同一性、または２５％未満の同一性を共有する。２つの配列を比較する場合、残基（アミノ酸または核酸）の非存在または余分な残基の存在もまた、同一性および相同性／類似性を減少させる。
【０１０５】
「相同性」という用語は、類似機能またはモチーフを有する遺伝子を特定するために使用される配列類似性の数学的に基づく比較を説明する。本明細書で記載される核酸配列は、公共データベースに対する検索を実施するための、例えば他のファミリーメンバー、関連配列または相同体を特定するための、「問い合わせ配列」として使用することができる。そのような検索は、Altschul, et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-10のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を用いて実施することができる。本発明の核酸分子に相同なヌクレオチド配列を得るために、ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索を、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、語長＝１２を用いて実施することができる。比較目的のためにギャップを用いた整列を得るために、Altschul et al., (1997) Nucleic Acids Res. 25(17):3389-3402において記載されるように、Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴを使用することができる。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴプログラムを使用する場合、個々のプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータを使用することができる(www.ncbi.nlm.nih.govを参照されたい)。
【０１０６】
本明細書では、「同一性」は、配列一致を最大にする、すなわちギャップおよび挿入を考慮して配列を整列させた場合、２つ以上の配列における対応する位置での同一なヌクレオチド残基のパーセンテージを意味する。同一性は公知の方法、例えば限定はされないが(Computational Molecular Biology, Lesk, A. M., ed., Oxford University Press, New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D. W., ed., Academic Press, New York, 1993; Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A. M., and Griffin, H. G., eds., Humana Press, New Jersey, 1994; Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; and Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M Stockton Press, New York, 1991; and Carillo, H., and Lipman, D., SIAM J. Applied Math., 48: 1073 (1988))において記載されているものにより、容易に計算することができる。同一性を決定する方法は、試験される配列間で最大の一致が得られるように設計される。さらに、同一性を決定する方法は、公的に入手可能なコンピュータプログラムにおいてコード化されている。２つの配列間の同一性を決定するためのコンピュータプログラム法としては、ＧＣＧプログラムパッケージ (Devereux, J., et al., Nucleic Acids Research 12(1): 387 (1984))、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、およびＦＡＳＴＡ(Altschul, S. F. et al., J. Molec. Biol. 215: 403-410 (1990) and Altschul et al. Nuc. Acids Res. 25: 3389-3402 (1997))が挙げられるが、それらに限定されない。ＢＬＡＳＴ  ＸプログラムはＮＣＢＩおよび他の供給源から公的に入手可能である(BLAST Manual, Altschul, S., et al., NCBI NLM NIH Bethesda, Md. 20894; Altschul, S., et al., J. Mol. Biol. 215: 403-410 (1990))。よく知られたＳｍｉｔｈ  Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムもまた、同一性を決定するために使用することができる。
【０１０７】
ＤＮＡ配列の「異種」領域は、自然のより大きな配列と関連して見いだされないより大きなＤＮＡ配列内のＤＮＡの特定可能なセグメントである。よって、異種領域がほ乳類遺伝子をコードする場合、遺伝子は、源生物のゲノム中のほ乳類ゲノムＤＮＡに隣接しないＤＮＡにより通常隣接され得る。異種コード配列の別の例は、コード配列自体が自然に見いだされない場合の配列である（例えば、ゲノムコード配列がイントロン、または修飾されていない遺伝子と異なるコドンまたはモチーフを有する合成配列を含むｃＤＮＡ）。対立遺伝子変異または自然変異事象は、本明細書で規定されるＤＮＡの異種領域を生じさせない。
【０１０８】
「対変異」という用語は、ピリミジン（シチジン（Ｃ）またはチミジン（Ｔ）が別のピリミジンにより置換され、またはプリン（アデノシン（Ａ）またはグアノシン（Ｇ）が別のプリンにより置換される、ＤＮＡ配列における塩基変化を示す。
【０１０９】
「塩基転換変異」という用語は、ピリミジン（シチジン（Ｃ）またはチミジン（Ｔ））が他のピリミジンにより置換される、あるいはプリン（アデノシン（Ａ）またはグアノシン（Ｇ））が他のプリンにより置換される、ＤＮＡ配列における塩基変化を示す。
【０１１０】
キラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸プロドラッグ
プロドラッグ設計の一般原理は、Ｂｕｎｄｇａｒｄにより概説される(Design and Application of Prodrugs. In a Textbook of Drug Design and Development; Krogsgaard-Larsen, P., Bundgard, H., Eds.; Harwood: Reading,  UK, 1991)。
【０１１１】
所望の生物活性を有するが薬学的性質が低い分子の薬学的性質を改善するための１つの戦略は、対象の分子をプロドラッグ誘導体として投与することである。これらのプロドラッグは、親分子と比較した場合、経口バイオアベイラビリティの増加、細胞透過性の増加、水溶性の増加、初回通過効果の減少、安定性の増加、腸トランスポーターによる能動輸送、または流出トランスポーターの回避のうちの１つ以上を示すことができる。
【０１１２】
オリゴヌクレオチドはプロドラッグ戦略の適用により改善させることができるいくつかの薬学的性質を有する。特に、オリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼにより迅速に分解され、細胞質細胞膜による細胞取り込みが低い(Poijarvi-Virta et al., Curr. Med. Chem. (2006), 13(28);3441-65; Wagner et al., Med. Res. Rev. (2000), 20(6):417-51; Peyrottes et al., Mini Rev. Med. Chem. (2004), 4(4):395-408; Gosselin et al., (1996), 43(1):196-208; Bologna et al., (2002), Antisense & Nucleic Acid Drug Development 12:33-41)。一例では、Ｖｉｖｅｓらは(Nucleic Acids Research (1999), 27(20):4071-76)ｔｅｒｔ−ブチルＳＡＴＥプロオリゴヌクレオチドが、親オリゴヌクレオチドに比べ、著しく増加した細胞透過を示すことを見いだした。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、エステラーゼ、ヌクレアーゼまたはチトクロムＰ４５０酵素、例えば限定はされないが、下記で列挙されるものにより、プロドラッグ部分は選択的に除去される。
【表２】
0005998326.tif 000061
【０１１４】
いくつかの実施形態では、プロオリゴヌクレオチドがまだ細胞膜を通して輸送されていない時点で、プロドラッグが除去される。他の実施形態では、細胞膜を通して輸送された後にのみ、プロドラッグはロオリゴヌクレオチドから除去される。また、プロドラッグは、細胞内の小器官内に輸送された後にのみ、除去される。いくつかの実施形態では、プロドラッグ部分は、非酵素的除去、例えば制限はされないが細胞内での自発的還元により除去される。
【０１１５】
キラルＸ−ホスホネートの修飾を含む核酸のプロドラッグが本明細書で記載され、ここで、修飾は、１つ以上の、核酸の物理化学的、薬物動態または薬力学的特性を改善する。プロドラッグ部分は、ヌクレオチドのホスホネートまたはホスホチオレート基のリン原子に結合された酸素または硫黄原子に結合される。プロドラッグ部分としては、Ｓ−アシル−２−チオエチル、アシルオキシ、チオアシルオキシ、２−カルボアルコキシエチル、ジスルフィド、チアミナール、およびエノールエステル誘導体が挙げられが、それらに限定されない。
【０１１６】
１つの実施形態では、プロドラッグ部分は下記構造を有するＳ−アシル−２−チオエチル部分であり：
【化５９】
0005998326.tif 000062
式中、Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１１はメチル、エチルまたはシクロプロピルである。
【０１１７】
他の実施形態では、プロドラッグ部分は下記構造を有するアシルオキシ部分であり：
【化６０】
0005998326.tif 000063
式中、Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり、およびＲ１２は水素またはアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１１はメチルであり、Ｒ１２は水素である。
【０１１８】
また、プロドラッグ部分は下記構造を有するチオアシルオキシ部分であり：
【化６１】
0005998326.tif 000064
式中、Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり、およびＲ１２は水素またはアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１１はメチルであり、Ｒ１２は水素である。
【０１１９】
本発明はまた、下記構造のうちの１つを有するプロドラッグ２−カルボアルコキシエチル部分を提供し：
【化６２】
0005998326.tif 000065
式中、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基である。いくつかの実施形態では、Ｒ１０はメチルまたはエチルである。
【０１２０】
さらに別の実施形態では、プロドラッグ部分は下記構造を有するジスルフィド部分であり：
【化６３】
0005998326.tif 000066
式中、Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１１はメチル、エチルまたはベンジルである。
【０１２１】
さらなる実施形態では、プロドラッグ部分は下記構造を有するチオアセタール部分であり：
【化６４】
0005998326.tif 000067
式中、Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり、ならびにＲ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒ１０はメチルであり、Ｒ１１はメチルまたはフェニルである。
【０１２２】
本発明はまた、下記構造のうちの１つを有するエノールエステルプロドラッグ部分を提供し：
【化６５】
0005998326.tif 000068
式中、Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｃ３−エノールエステルプロドラッグ部分またはＣ４エノールエステルプロドラッグ部分はｃｉｓ形態である。Ｃ３−エノールエステルプロドラッグ部分またはＣ４エノールエステルプロドラッグ部分のいくつかの実施形態では、Ｒ１１はメチル、エチルまたはフェニルである。
【０１２３】
１つの実施形態では、プロドラッグ部分は、下記構造のうちの１つを有するトリアルキルアンモニウムエチル部分である：
【化６６】
0005998326.tif 000069
【０１２４】
１つの実施形態では、プロドラッグ部分は、下記構造のうちの１つを有するアルキルヒドロキサメート部分である：
【化６７】
0005998326.tif 000070
【０１２５】
１つの実施形態では、プロドラッグ部分は、下記構造のうちの１つを有するアシルヒドロキサメート部分である：
【化６８】
0005998326.tif 000071
【０１２６】
１つの実施形態は、下記構造を有する核酸プロドラッグを提供し：
【化６９】
0005998326.tif 000072
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
少なくとも１つの場合のＸは−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｓ（Ｏ）２Ｒ１０、−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−ＳＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、
【化７０】
0005998326.tif 000073
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；
Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；
Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；
Ｒ１２は水素またはアルキルであり；
ＺはＳまたはＯであり；
ｑは０、１、または３であり；
ｗは１、２、３、４、５、または６であり；
Ｒ１５およびＲ１６は独立して水素またはメチルであり；
Ｒ１７はアルキル、アリールまたはＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２から選択され：
Ｒ１８はＮ（ＣＨ３）２、
【化７１】
0005998326.tif 000074
から選択され；ならびに
ｎは１〜約２００の整数である。
【０１２７】
１つの態様では、本発明は下記構造を有する核酸プロドラッグを提供し：
【化７２】
0005998326.tif 000075
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
各場合のＸは、
【化７３】
0005998326.tif 000076
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；
Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；
Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；
Ｒ１２は水素またはアルキルであり；ならびに
ｎは１〜約２００の整数である。
【０１２８】
１つの態様では、本発明は下記構造を有する核酸プロドラッグを提供し：
【化７４】
0005998326.tif 000077
式中、
Ｒ１は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）、−ＯＲａまたは−ＳＲｃであり；
Ｙ１はＯ、ＮＲｄ、Ｓ、またはＳｅであり；
Ｒａはブロッキング基であり；
Ｒｃはブロッキング基であり；
各場合のＲｄは、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、アシル、置換シリル、カルバメート、−Ｐ（Ｏ）（Ｒｅ）２、または−ＨＰ（Ｏ）（Ｒｅ）であり；
各場合のＲｅは、独立して、水素、アルキル、アリール、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ２−、アルケニル−Ｙ２−、アルキニル−Ｙ２−、アリール−Ｙ２−、またはヘテロアリール−Ｙ２−、あるいは、Ｎａ＋１、Ｌｉ＋１、またはＫ＋１である、カチオンであり；
Ｙ２はＯ、ＮＲｄ、またはＳであり；
各場合のＲ２は、独立して、水素、−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＲｄＲｄ、−Ｎ３、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルキル−Ｙ１−、アルケニル−Ｙ１−、アルキニル−Ｙ１−、アリール−Ｙ１−、ヘテロアリール−Ｙ１−、−ＯＲｂ、または−ＳＲｃであり、ここで、Ｒｂはブロッキング基であり；
各場合のＢａは独立してブロックまたは非ブロックアデニン、シトシン、グアニン、チミン、ウラシルまたは修飾核酸塩基であり；
各場合のＸは、
【化７５】
0005998326.tif 000078
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；
Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；
Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；
Ｒ１２は水素またはアルキルであり；ならびに
ｎは１〜約２００の整数である。
【０１２９】
さらなる実施形態は、式１または式２の核酸プロドラッグを提供し、ここで、核酸プロドラッグの各Ｘ部分は独立して−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−Ｓ（Ｏ）２Ｒ１０、−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｓ−ＳＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＯ２Ｈ、
【化７６】
0005998326.tif 000079
Ｒ３は水素、ブロッキング基、固体支持体に結合された連結部分または核酸に結合された連結部分であり；
Ｒ１０は１〜４個の炭素原子を有するアルキル基であり；
Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルであり；
Ｒ１２は水素またはアルキルであり；
ＺはＳまたはＯであり；
ｑは０、１、または３であり；
ｗは１、２、３、４、５、または６であり；
Ｒ１５およびＲ１６は独立して水素またはメチルであり；
Ｒ１７はアルキル、アリールまたはＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２から選択され：ならびに
Ｒ１８はＮ（ＣＨ３）２、
【化７７】
0005998326.tif 000080
から選択される。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、ｎは１〜約５０；１〜約４０；１〜約３０；１〜約２５；１〜約２０；１〜約１５；または１〜約１０の整数である。
【０１３１】
１つの実施形態は非ラセミプロオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、プロオリゴヌクレオチドは、下記式の構造を有する、２−５Ａの類似体であり：
【化７８】
0005998326.tif 000081
式中、Ｘは本明細書で記載されるプロドラッグ部分のいずれかである。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、非ラセミプロオリゴヌクレオチドは下記構造を有する２−５Ａ類似体であり：
【化７９】
0005998326.tif 000082
式中、Ｒ１１はアルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、またはシクロアルキルである。
【０１３３】
１つの実施形態では、非ラセミプロオリゴヌクレオチドは、下記構造を有する２−５Ａ類似体である：
【化８０】
0005998326.tif 000083
【０１３４】
合成方法例
キラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸プロドラッグの合成方法の一般的な考察
本明細書で記載される方法は、リン原子での立体化学立体配置が制御され、よって、立体的に規定されたオリゴヌクレオチドが生成されるリン原子−修飾核酸プロドラッグの効率的な合成を提供する。本明細書で記載される合成方法例は、３’−５’ヌクレオチド結合を提供するが、２’−５’ヌクレオチド結合もまた企図される。
【０１３５】
本発明のプロオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチドまたは核酸のキラルホスホロチオエートまたはキラルＨ−ホスホネートのいずれかを修飾することにより合成され得る。
【０１３６】
Ｓ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチドは、下記スキームで示されるように、キラルＨ−ホスホネートを含む核酸またはヌクレオチドから合成され得る：
【化８１】
0005998326.tif 000084
【０１３７】
いくつかの実施形態では、Ｒ１は−ＯＰ（Ｏ）（Ｒｅ）２であり、ここでＲｅは
【化８２】
0005998326.tif 000085
である。キラルＨ−ホスホネートをＮ−クロロスクシンイミドで処理し、その後、Ｓ−アシル−２−チオエチルアルコールと反応させ、Ｓ−アシル−２−チオエチルプロドラッグを生成させる。Ｒ１、Ｒ２、および／またはＲ３に存在する保護基はその後に除去してもよい。
【０１３８】
アシルオキシ核酸プロドラッグは、下記スキームで示されるように、キラルＨ−ホスホネートを含む核酸またはヌクレオチドから合成され得る：
【化８３】
0005998326.tif 000086
【０１３９】
キラルＨ−ホスホネートをＮ−クロロスクシンイミドで処理し、その後、ヒドロキシメチルアセテート化合物と反応させ、アシルオキシプロドラッグを生成させる。Ｒ１、Ｒ２、および／またはＲ３に存在する保護基はその後に除去してもよい。
【０１４０】
チオアシルオキシ核酸プロドラッグは下記スキームで示されるように、キラルホスホロチオエートを含む核酸またはヌクレオチドから合成され得る：
【化８４】
0005998326.tif 000087
【０１４１】
キラルホスホロチオエートをクロロメチルアシルオキシ化合物で処理し、アシルオキシプロドラッグを生成させる。Ｒ１、Ｒ２、および／またはＲ３に存在する保護基はその後に除去してもよい。
【０１４２】
２−カルボアルコキシエチル核酸プロドラッグは、下記スキームで示されるように、キラルホスホロチオエートを含む核酸またはヌクレオチドから合成され得る：
【化８５】
0005998326.tif 000088
【０１４３】
脱プロトン化キラルホスホロチオエートをアルキルアクリレートと反応させ、２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチドを生成させる。Ｒ１、Ｒ２、および／またはＲ３に存在する保護基はその後に除去してもよい。
【０１４４】
ジスルフィド核酸プロドラッグは、下記スキームで示されるように、キラルホスホロチオエートを含む核酸またはヌクレオチドから合成され得る：
【化８６】
0005998326.tif 000089
脱プロトン化キラルホスホロチオエートをジアルキルスルフィドと反応させ、アルキルジスルフィドプロヌクレオチドを生成させる。Ｒ１、Ｒ２、および／またはＲ３に存在する保護基はその後に除去してもよい。
【０１４５】
チオアセタール核酸プロドラッグは、下記スキームで示されるように、キラルホスホロチオエートを含む核酸またはヌクレオチドから合成され得る：
【化８７】
0005998326.tif 000090
【０１４６】
１，１−ジアルキオキシ３−アシルオキシプロパンをトリメチルシリルトリフラートと反応させ、脱プロトン化キラルホスホロチオエートをその後反応混合物に添加し、チオアセタールプロヌクレオチドを生成させる。Ｒ１、Ｒ２、および／またはＲ３に存在する保護基はその後に除去してもよい。
【０１４７】
Ｃ３エノールエステル核酸プロドラッグは、下記スキームで示されるように、キラルホスホロチオエートを含む核酸またはヌクレオチドから合成され得る：
【化８８】
0005998326.tif 000091
【０１４８】
脱プロトン化キラルホスホロチオエートを（Ｅ）−３−クロロ−１−アシルオキシ−プロプ−１−エン化合物と反応させ、Ｃ３エノールエステル核酸プロドラッグを生成させる。Ｒ１、Ｒ２、および／またはＲ３に存在する保護基はその後に除去してもよい。
【０１４９】
Ｃ４エノールエステル核酸プロドラッグは、下記スキームで示されるように、キラルホスホロチオエートを含む核酸またはヌクレオチドから合成され得る：
【化８９】
0005998326.tif 000092
【０１５０】
脱プロトン化キラルホスホロチオエートを（Ｅ）−３−クロロ−１−アシルオキシ−ブト−１−エン化合物と反応させ、Ｃ３エノールエステル核酸プロドラッグを生成させる。Ｒ１、Ｒ２、および／またはＲ３に存在する保護基はその後に除去してもよい。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、キラルホスホロチオエートまたはキラルＨ−ホスホネートを含む核酸は、本明細書で記載されるように合成される。他の実施形態では、他の合成法を使用して、キラルホスホロチオエートまたはキラルＨ−ホスホネートを含む核酸を提供することができる。
【０１５２】
【化９０】
0005998326.tif 000093
式２のアキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子を式ＩＶの求核部分を含むヌクレオシドと反応させると、縮合中間体（Ｖ）が形成され；これをキラルＸ’−ホスホネート部分を含む核酸に変換させ、これはさらに修飾することができ、キラルＸ−ホスホネート部分を含む式Ｉのプロドラッグオリゴヌクレオチドが生成される。縮合中間体の合成は、（ａ）式２の化合物を縮合剤で活性化させ、中間体ＩＩを形成させる工程、（ｂ）キラル試薬と反応させ中間体ＩＩＩを形成させる工程、続いて（ｃ）式ＩＶの化合物と反応させる工程を含む。
【０１５３】
縮合中間体は、キラル補助を、アシル、アリール、アルキル、アラルキル、またはシリル部分である部分Ａでキャッピングし、リンを修飾して、Ｓ、Ｓｅ、またはＢＨ３であるＪを導入し、よって、式ＶＩＩの化合物を生成させることにより、式１’のキラルＸ’ホスホネート部分を含む核酸に変換され得る。
【０１５４】
式ＶＩＩの化合物は、キラル試薬を開裂させ、ブロッキング基を脱ブロックし、所望であれば固体支持体から開裂させることにより、式１’の化合物に変換され得、ここでＸ’はＳ、Ｓｅ、またはＢＨ３であり、ｎは１である。また、式ＶＩＩの化合物は、５’末端を脱ブロックし、カップリング工程を繰り返すことにより、鎖延長に供せられ、前の縮合中間体が生成される。キャッピング、修飾、脱ブロック、および鎖延長の工程は、所望のｎが達成されるまで繰り返される。その時点で、各ホスホネートでのキラル試薬は開裂され、残ったブロッキング基は開裂され、例えば、所望であれば固体支持体から開裂され、式１’の化合物が生成され、ここでＸ’はＳ、Ｓｅ、またはＢＨ３であり、ｎは２以上かつ約２００未満である。その後、Ｘ’がＳである式１’の化合物は、本明細書で記載される方法により変換され、式１のプロオリゴヌクレオチド化合物が形成される。
【０１５５】
経路Ａにおいて縮合中間体Ｖの不斉リンでＳ、Ｓｅ、またはＢＨ２を導入するために使用される修飾剤
いくつかの実施形態では、修飾剤は硫黄求電子剤、セレン求電子剤、またはホウ素化剤である。いくつかの実施形態では、硫黄電子剤は下記式のうちの１つを有する化合物であり
Ｓ８（式Ｂ）、Ｚ１０−Ｓ−Ｓ−Ｚ１１、またはＺ１０−Ｓ−Ｘ−Ｚ１１
式中、Ｚ１０およびＺ１１は、独立してアルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであり、またはＺ１０およびＺ１１は一緒になり、３〜８員脂環式環または複素環を形成し、これは置換されてもよく、または非置換であってもよく；ＸはＳＯ２、Ｏ、またはＮＲｆであり；ならびにＲｆは水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである。他の実施形態では、硫黄求電子剤は式Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、またはＦの化合物である：
【化９１】
0005998326.tif 000094
【０１５６】
他の実施形態では、硫黄求電子剤は式Ｆ、式Ｅまたは式Ｂである。
【０１５７】
いくつかの実施形態では、セレン求電子剤は下記式のうちの１つを有する化合物であり
Ｓｅ（式Ｇ）、Ｚ１０−Ｓｅ−Ｓｅ−Ｚ１１、またはＺ１０−Ｓｅ−Ｘ−Ｚ１１
式中、Ｚ１０およびＺ１１は、独立してアルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであり、またはＺ１０およびＺ１１は一緒になり、３〜８員脂環式環または複素環を形成し、これは置換されてもよく、または非置換であってもよく；ＸはＳＯ２、Ｏ、またはＮＲｆであり；ならびにＲｆは水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである。
【０１５８】
他の実施形態では、セレン求電子剤は式Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはＬの化合物である。
【化９２】
0005998326.tif 000095
【０１５９】
いくつかの実施形態では、セレン求電子剤は式Ｇまたは式Ｌである。
【０１６０】
いくつかの実施形態では、ホウ素化剤はボラン−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン−ピリジン（ＢＨ３・Ｐｙ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン−アニリン（ＢＨ３・Ａｎ）、ボラン−テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ）、またはボラン−ジメチルスルフィド（ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）、アニリン−シアノボラン、トリフェニルホスフィン−カルボアルコキシボランである。
【０１６１】
他の実施形態では、ホウ素化剤はボラン−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン−テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ）、またはボラン−ジメチルスルフィド（ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）である。
【０１６２】
【化９３】
0005998326.tif 000096
スキーム１０に記載される別の実施形態では、式２のアキラルＨ−ホスホネートが、縮合試薬で処理され、構造ＩＩの中間体を形成する。構造ＩＩの中間体は単離されず、同じポットでキラル試薬で処理され、構造ＩＩＩのキラル中間体を形成する。構造ＩＩＩの中間体は単離されず、同じポットで、構造ＩＸのヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドと反応し、構造Ｘのキラルホスファイト化合物を提供する。いくつかの実施形態では、構造Ｘは、溶媒中に抽出され、副生成物、不純物、および／または試薬から分離される。他の実施形態では、方法が固相合成を介して実施される場合、構造Ｘの化合物を含む固体支持体が副生成物、不純物、および／または試薬から濾過して取り出される。構造Ｘの化合物は酸で処理され、成長する核酸鎖（構造ＸＩ）の５’末端でブロッキング基が除去される。酸性化工程はまた、キラル補助リガンドを除去し、キラルＨ−ホスホネートＩＸを提供する。５’−脱ブロック中間体は、任意で鎖延長サイクルに再び入れられ、ブロック５’末端を含む縮合中間体を形成し、これはその後、酸性化され、５’末端ブロッキング基およびキラル補助リガンドが除去される。
【０１６３】
所望の鎖長が達成された時点で、５’脱保護中間体は修飾工程を受け、リン原子の各々に結合された部分Ｘが導入され、構造ＸＩＩの化合物が提供される。修飾中間体は、残りの保護基を除去することにより脱ブロックされ、例えば、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖または修飾糖保護基が除去され、式１の核酸が提供される。固体支持体が使用される実施形態では、リン原子修飾核酸がその後固体支持体から開裂される。ある実施形態では、核酸は精製目的で固体支持体上に結合されたままであり、その後、精製に続いて固体支持体から開裂される。１つの実施形態では、式Ａのキラル補助リガンドのＧ１およびＧ２位置が水素でない場合、スキーム１０で記載される合成が有用である。
【０１６４】
Ｘ−またはＸ’−ホスホネート部分を導入するための、経路Ｂを介して得られた式ＩＸの化合物の修飾
経路Ｂを介して得られた式ＩＸの化合物を修飾するために使用される別の方法が、反応スキーム１０ａおよび１０ｂで説明される。ホスホネートおよびホスファイトは互変異性化し、平衡状態で存在することが知られている。ホスファイト互変異性体はホスホネート互変異性体よりも安定性が低い。平衡は、中性条件下では、非常に強いＰ＝Ｏ結合のためにホスホネート互変異性体に向かって存在する。酸性条件下ではホスホネートのホスホリル基は、可逆的にプロトン化される。中間体におけるＰ−Ｈ結合の開裂は、徐々に起こり、ホスファイト中間体が生成される。構造ＩＸは、反応スキーム１０ａおよび１０ｂで示される試薬を用いて、その後修飾され、構造ＸＩＩを形成する。
【化９４】
0005998326.tif 000097
【化９５】
0005998326.tif 000098
【０１６５】
いくつかの実施形態では、修飾工程は、構造ＩＸを、ハロゲン化試薬と反応させ、続いて求核試薬と反応させることにより実施される。特定の実施形態では、ハロゲン化試薬はＣＣｌ４、ＣＢｒ４、ＣＩ４、Ｃｌ２、Ｂｒ２、Ｉ２、塩化スルフリル（ＳＯ２Ｃｌ２）、ホスゲン、トリホスゲン、一塩化硫黄、二塩化硫黄、クロラミン、ＣｕＣｌ２、Ｎ−クロロスクシンイミド（ＮＣＳ）、Ｎ−ブロモスクシンイミド（ＮＢＳ）、またはＮ−ヨードスクシンイミド（ＮＩＳ）である。他の特定の実施形態では、ハロゲン化試薬はＣＣｌ４、ＣＢｒ４、Ｃｌ２、塩化スルフリル（ＳＯ２Ｃｌ２）、またはＮ−クロロスクシンイミド（ＮＣＳ）である。いくつかの実施形態では、求核試薬は一級または二級アミン、アルコール、またはチオールである。他の実施形態では、求核試薬はＮＲｆＲｆＨ、ＲｆＯＨ、またはＲｆＳＨであり、式中、Ｒｆは水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールであり、ＮＲｆＲｆＨのＲｆの少なくとも１つは、水素ではない。
【０１６６】
修飾工程はまた、構造ＩＸをシリル化試薬と反応させ、続いて硫黄求電子剤、セレン求電子剤、ホウ素化剤、アルキル化剤、アルデヒド、またはアシル化剤と反応させることにより実施することができる。
【０１６７】
特定の実施形態では、シリル化試薬はクロロトリメチルシラン（ＴＭＳ−Ｃｌ）、トリイソプロピルシリルクロリド（ＴＩＰＳ−Ｃｌ）、ｔ−ブチルジメチルシリルクロリド（ＴＢＤＭＳ−Ｃｌ）、ｔ−ブチルジフェニルシリルクロリド（ＴＢＤＰＳ−Ｃｌ）、１，１，１，３，３，３−ヘキサメチルジシラザン（ＨＭＤＳ）、Ｎ−トリメチルシリルジメチルアミン（ＴＭＳＤＭＡ）、Ｎ−トリメチルシリルジエチルアミン（ＴＭＳＤＥＡ）、Ｎ−トリメチルシリルアセトアミド（ＴＭＳＡ）、Ｎ，Ｏ−ビス（トリメチルシリル）アセトアミド（ＢＳＡ）、またはＮ，Ｏ−ビス（トリメチルシリル）トリフルオロアセトアミド（ＢＳＴＦＡ）である。
【０１６８】
他の特定の実施形態では、硫黄求電子剤は下記式のうちの１つを有する化合物であり
Ｓ８（式Ｂ）、Ｚ１０−Ｓ−Ｓ−Ｚ１１、またはＺ１０−Ｓ−Ｘ−Ｚ１１、
式中、Ｚ１０およびＺ１１は、独立してアルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであり、またはＺ１０およびＺ１１は一緒になり、３〜８員脂環式環または複素環を形成し、これは置換されてもよく、または非置換であってもよく；ＸはＳＯ２、Ｏ、またはＮＲｆであり；ならびにＲｆは水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである。他の実施形態では、硫黄求電子剤は式Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、またはＦの化合物である：
【化９６】
0005998326.tif 000099
【０１６９】
他の実施形態では、硫黄求電子剤は式Ｆ、式Ｅまたは式Ｂである。
【０１７０】
いくつかの実施形態では、セレン求電子剤は下記式のうちの１つを有する化合物であり：
Ｓｅ（式  Ｇ）、Ｚ１０−Ｓｅ−Ｓｅ−Ｚ１１、またはＺ１０−Ｓｅ−Ｘ−Ｚ１１、
式中、Ｚ１０およびＺ１１は、独立してアルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、もしくはチオカルボニルであり、またはＺ１０およびＺ１１は一緒になり、３〜８員脂環式環または複素環を形成し、これは置換されてもよく、または非置換であってもよく；ＸはＳＯ２、Ｏ、またはＮＲｆであり；ならびにＲｆは水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、またはアリールである。
【０１７１】
他の実施形態では、セレン求電子剤は式Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはＬの化合物である。
【化９７】
0005998326.tif 000100
【０１７２】
いくつかの実施形態では、セレン求電子剤は式Ｇまたは式Ｌである。
【０１７３】
いくつかの実施形態では、ホウ素化剤はボラン−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン−ピリジン（ＢＨ３・Ｐｙ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン−アニリン（ＢＨ３・Ａｎ）、ボラン−テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ）、またはボラン−ジメチルスルフィド（ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）、アニリン−シアノボラン、トリフェニルホスフィン−カルボアルコキシボランである。他の実施形態では、ホウ素化剤はボラン−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン−２−クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン−テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ）、またはボラン−ジメチルスルフィド（ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）である。
【０１７４】
他の実施形態では、アルキル化剤はハロゲン化アルキル、ハロゲン化アルケニル、ハロゲン化アルキニル、スルホン酸アルキル、スルホン酸アルケニル、またはスルホン酸アルキニルである。
【０１７５】
他の実施形態では、アルデヒドは（パラ）−ホルムアルデヒド、アルキルアルデヒド、アルケニルアルデヒド、アルキニルアルデヒド、またはアリールアルデヒドである。
【０１７６】
さらに別の実施形態では、アシル化剤は式ＭまたはＮの化合物である：
【化９８】
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式中、Ｇ７はアルキル、シクロアルキル、複素環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、またはヘテロアリールオキシであり；ならびにＭはＦ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール、イミダゾール、アルキルトリアゾール、テトラゾール、ペンタフルオロベンゼン、または１−ヒドロキシベンゾトリアゾールである。
【０１７７】
【化９９】
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立体選択的ジヌクレオシドホスホロチオエート合成の１つの方法は、Oka et al, (J. Am. Chem. Soc.(2003), 125:8307-17)により記載されるように、立体化学的に純粋な３’−ホスホラミダイトの使用を含む。スキーム６ａ（上記）に示されるように、２−クロロオキサザホスホリジン誘導体を、５’−Ｏ−（ＴＢＤＰＳ）ヌクレオシドと反応させることができ、３’−Ｏ−オキサザホスホリジン誘導体が得られる。３’−Ｏ−（ＴＢＤＰＳ）ヌクレオシドの３’−Ｏ−オキサザホスホリジン誘導体との活性化剤、例えばＮ−（シアノメチル）ピロリジンの存在下での反応により、ジヌクレオシドホスファイトが単一ジアステレオマーとして得られる。ジヌクレオシドホスファイトは、無水酢酸によるアセチル化、Ｂｅａｕｃａｇｅ試薬（３Ｈ−１，２−ベンゾジチオール３−オン−１，１−ジオキシド；Iyer et al、J. Am. Chem. Soc. (1990)、112:1253-4)による硫化、および過剰ＤＢＵによるキラル補助の開裂を含む三工程プロセスによりホスホロチオエートに変換させることができる。保護ジヌクレオシドホスホロチオエートはその後、本明細書で開示される方法により、プロドラッグに変換される。
【０１７８】
ジヌクレオシドホスホロチオエートの合成のために有用な他の方法としては、酵素的方法(Hacia et al. Biochemistry (1994), 33:5367-9; Tang et al. Nucleosides Nucleotides (1995), 14:985-990)、非立体選択的方法により調製されたジアステレオマーホスホロチオエート混合物の分離を含む方法(Zon et al Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach; IRL Press: London, 1991, pp 87-108)ならびにホスホロチオエートの立体選択的合成を含む方法(Wilk et al. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2149-2156; Lu et al, Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 4521-4524; Iyer et al Tetrahedron:Asymmetry 1995, 6, 1051-1054.  Iyer et al Tetrahedron Lett. 1998, 39, 2491-2494; Lu et al Tetrahedron 2001, 57, 1677-1687. Stec et al Nucleic Acids Res. 1991, 19, 5883-5888; Stec et al J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12019-12029; Uznan´ski et al  J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10197-10202が挙げられる。
【０１７９】
逆５’−３’核酸合成
キラルＸ−ホスホネート部分を含む式１の核酸は、代替として、５’−３’方向で合成される。固体支持体が使用される実施形態では、核酸は成長する核酸の５’末端を介して固体支持体に結合され、よって、その３’基が酵素反応を含む反応（例えば、ライゲーションおよび重合）に提供される。いくつかの実施形態では、この方向付けは、５’位置にアキラルＨ−ホスホネート部分および３’位置に保護ヒドロキシル基を含むヌクレオシドモノマーを調製することにより操作される。一実施形態では、核酸はスキーム１２に従い合成される。１２では、−Ｒ４は上記で定義されるように−ＯＲｂであり、または、合成の最終サイクルでは、Ｒ４であり、これは、本明細書で定義されるＲ１と等価である。
【０１８０】
【化１００】
0005998326.tif 000103
スキーム１２で記載される実施形態では、構造ＩｒのアキラルＨ−ホスホネートが縮合試薬で処理され、構造ＩＩｒの中間体を形成する。構造ＩＩｒの中間体は単離されず、同じポットでキラル試薬で処理され、構造ＩＩＩｒのキラル中間体を形成する。構造ＩＩＩｒの中間体は単離されず、同じポットで、構造ＸＩＩＩのヌクレオシドまたは修飾ヌクレオシドと反応し、構造ＸＩＶのキラルホスファイト化合物を提供する。いくつかの実施形態では、構造ＸＩＶは、溶媒中に抽出され、副生成物、不純物、および／または試薬から分離される。他の実施形態では、方法が固相合成を介して実施される場合、構造ＸＩＶの化合物を含む固体支持体が副生成物、不純物、および／または試薬から濾過して取り出される。構造ＸＩＶの化合物は酸で処理され、成長する核酸鎖（構造ＸＶ）の３’末端でブロッキング基が除去される。酸性化工程はまた、キラル補助リガンドを除去し、構造ＸＩＩＩの化合物を提供する。３’−脱ブロック中間体は、任意で鎖延長サイクルに再び入れられ、ブロック３’末端を含む縮合中間体を形成し、これはその後、酸性化され、３’末端ブロッキング基およびキラル補助リガンドが除去される。少なくとも１ラウンドの鎖延長サイクルに続いて、３’−脱保護中間体は修飾工程を受け、リン原子の各々に結合された部分Ｘが導入され、構造ＸＶＩの化合物が提供される。修飾中間体は、残りの保護基を除去することにより脱ブロックされ、例えば、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖または修飾糖保護基が除去され、式１の核酸が提供される。他の実施形態では、３’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドは、本明細書で記載される前の鎖延長サイクルからの中間体である。さらに別の実施形態では、３’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドは別の公知の核酸合成法により得られる中間体である。第１のヌクレオシドを用いた合成サイクル後、非保護ＯＨ部分を含むヌクレオシド、ヌクレオチド、または核酸をその後の延長サイクルのために使用することができる。固体支持体が使用される実施形態では、リン原子修飾核酸がその後、５’末端に位置する固体支持体から開裂される。ある実施形態では、核酸は任意で、精製目的で固体支持体上に結合されたままであり、その後、精製に続いて固体支持体から開裂される。１つの態様では、式Ａのキラル補助リガンドのＧ１およびＧ２位置の両方が水素でない場合、スキーム１２で記載される合成が有用である。逆５’−３’合成は、経路Ａにおける工程と類似の機構でスキーム１２において同じ開始材料を用いて達成することができる。
【０１８１】
Ｈ−ホスホネートからの可逆保護基を用いたホスホチオトリエステルの生成
ホスホロチオエートは、立体特異的様式でＨ−ホスホネートからリン原子での立体配置を保持して、合成することができる(J. Org. Chem. 1991, 3861-3869)。生物可逆的保護基もまた有するチオール含有部分を使用するホスホロチオトリエステルを合成するための、この反応の使用も企図される。スキーム１３を参照されたい。さらに、オリゴヌクレオシドＨ−ホスホネートの立体制御された固相合成もまた報告されており(Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 496-499)、この方法を、固体支持体合成中のアルキル化と組み合わせて、サポート上でホスホチオトリエステルを調製することが企図される。
【化１０１】
0005998326.tif 000104
【０１８２】
本発明の方法において使用される反応条件および試薬
条件
アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子と５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させて、縮合中間体を形成させる工程は、いずれの中間体も単離せずに実施することができる。いくつかの実施形態では、アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子と５’−ＯＨ部分を含むヌクレオシドを反応させて、縮合中間体を形成させる工程は、ワンポット反応である。一実施形態では、アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子、縮合試薬、キラル試薬、および自由求核部分を含む化合物は、異なる時間に反応混合物に添加される。別の実施形態では、アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子、縮合試薬、およびキラル試薬は同じ反応容器または同じポット内に存在する。別の実施形態では、アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子、縮合試薬、キラル試薬、および自由求核部分を含む化合物は同じ反応または同じポット中に存在する。これにより、中間体を単離せずに反応を実施させることができ、時間のかかる工程が排除され経済的で効率的な合成が得られる。特定の実施形態では、アキラルＨ−ホスホネート、縮合試薬、キラルアミノアルコール、５’−ＯＨヌクレオシドは、反応中同じ時間に存在する。さらなる実施形態では、縮合のためのキラル中間体の形成は、インサイチューで形成され、縮合反応前に単離されない。別の実施形態では、アキラルＨ−ホスホネート部分を含む分子は、キラル中間体を自由５’−ＯＨ部分を含む化合物と反応させる際に使用されるものとは異なる反応容器中の縮合試薬、キラル試薬との反応により活性化される。
【０１８３】
固体支持体上での合成
いくつかの実施形態では、核酸の合成は溶液中で実施される。他の実施形態では、核酸の合成は固相上で実施される。固体支持体の反応基は、保護されていなくても、保護されてもよい。オリゴヌクレオチド合成中、固体支持体はいくつかの合成サイクルにおいて様々な試薬で処理され、個々のヌクレオチド単位による成長するオリゴヌクレオチド鎖の段階的な延長が達成される。固体支持体に直接結合された鎖の末端のヌクレオシド単位は本明細書では「１番目のヌクレオシド」と呼ばれる。１番目のヌクレオシドはリンカー部分、すなわち、ジラジカルを介して、固体支持体のポリマーおよびヌクレオシドの両方への共有結合により固体支持体に結合される。リンカーは、オリゴヌクレオチド鎖を構築するために実施される合成サイクル中無傷なままであり、鎖構築後開裂され、オリゴヌクレオチドがサポートから遊離される。
【０１８４】
固相核酸合成のための固体支持体としては、例えば、米国特許第４，６５９，７７４号、５，１４１，８１３号、４，４５８，０６６号；Ｃａｒｕｔｈｅｒｓ米国特許第４，４１５，７３２号，４，４５８，０６６号、４，５００，７０７号、４，６６８，７７７号、４，９７３，６７９号、および５，１３２，４１８号；Ａｎｄｒｕｓら米国特許第５，０４７，５２４号、５，２６２，５３０号；およびＫｏｓｔｅｒ米国特許第４，７２５，６７７号（Ｒｅ３４，０６９として再発行）において記載される支持体が挙げられる。いくつかの実施形態では、固相は有機ポリマー支持体である。他の実施形態では、固相は無機ポリマー支持体である。いくつかの実施形態では、有機ポリマー支持体はポリスチレン、アミノメチルポリスチレン、ポリエチレングリコール−ポリスチレングラフト共重合体、ポリアクリルアミド、ポリメタクリレート、ポリビニルアルコール、高度架橋ポリマー（ＨＣＰ）、または他の合成ポリマー、糖類、例えば、セルロースおよびデンプンまたは他のポリマー糖類、あるいは他の有機ポリマーおよび任意のコポリマー、複合材料または上記無機もしくは有機材料の組み合わせである。他の実施形態では、無機ポリマー支持体はシリカ、アルミナ、コントロールドポリグラス（ＣＰＧ）（シリカゲルサポートである）、またはアミノプロピルＣＰＧである。他の有用な固体支持体としてはフルオラス固体支持体（例えば、ＷＯ／２００５／０７０８５９を参照されたい）、長鎖アルキルアミン（ＬＣＡＡ）コントロールドポアグラス（ＣＰＧ）固体支持体(例えば、S. P. Adams, K. S. Kavka, E. J. Wykes, S. B. Holder and G. R. Galluppi, J. Am. Chem. Soc., 1983, 105, 661-663; G. R. Gough, M. J. Bruden and P. T. Gilham, Tetrahedron Lett., 1981, 22, 4177-4180を参照されたい)が挙げられる。膜支持体およびポリマー膜 (例えば、 Innovation and Perspectives in Solid Phase Synthesis, Peptides, Proteins and Nucleic Acids, ch 21 pp 157-162, 1994, Ed. Roger Epton and U.S. Pat. No. 4,923,901を参照されたい)もまた、核酸の合成に対し有用である。いったん形成されると、膜は、核酸合成において使用するために、化学的に官能化させることができる。膜への官能基の結合に加えて、膜に結合されたリンカーまたはスペーサ基の使用が、膜と合成鎖との間の立体障害を最小に抑えるために、用いられ得る。
【０１８５】
他の好適な固体支持体としては、固相方法において使用するのが好適であることが当技術分野において一般に知られているもの、例えば、ＰｒｉｍｅｒＴＭ  ２００サポートとして販売されるガラス、コントロールドポアグラス（ＣＰＧ）、オキサリル−コントロールドポアグラス(例えば、Alul, et al., Nucleic Acids Research, 1991, 19, 1527を参照されたい)、ＴｅｎｔａＧｅｌサポート−アミノポリエチレングリコール誘導支持体(例えば、Wright, et al., Tetrahedron Lett., 1993, 34, 3373を参照されたい）、ならびにＰｏｒｏｓ−ポリスチレン／ジビニルベンゼンのコポリマーが挙げられる。
【０１８６】
表面活性化ポリマーが、いくつかの固体支持体媒質上での天然および修飾核酸およびタンパク質の合成における使用のために証明されている。固体支持体材料は、好適に多孔度が均一な任意のポリマーとすることができ、十分なアミン量を有し、完全性を失わずに任意の付随操作を受けるのに十分柔軟性がある。好適な選択される材料の例としては、ナイロン、ポリプロピレン、ポリエステル、ポリテトラフルオロエチレン、ポリスチレン、ポリカーボネート、およびニトロセルロースが挙げられる。他の材料は、研究者の設計に依存して、固体支持体として機能することができる。いくつかの設計を考慮すると、例えば、被覆金属、特に金または白金を選択することができる（例えば、米国特許公開番号第２００１００５５７６１号を参照されたい）。オリゴヌクレオチド合成の１つの実施形態では、例えば、ヌクレオシドは、ヒドロキシルまたはアミノ残基で官能化された固体支持体に固定される。また、固体支持体は酸に不安定なトリアルコキシトリチル基、例えばトリメトキシトリチル基（ＴＭＴ）を提供するように誘導体化される。理論に縛られないが、トリアルコキシトリチル保護基の存在により、ＤＮＡシンセサイザーで普通に使用される条件下での初期脱トリチルが可能になることが予測される。アンモニア水を有する溶液中でのオリゴヌクレオチド材料のより速い放出のために、ジグリコエートリンカーが任意でサポート上に導入される。
【０１８７】
連結部分
固体支持体を自由求核部分を含む化合物に結合させるために連結部分またはリンカーが任意で使用される。好適なリンカー、例えば、固相合成技術において固体支持体を初期ヌクレオシド分子の官能基（例えば、ヒドロキシル基）に結合させるように機能する短分子が知られている。いくつかの実施形態では、連結部分は、スクシンアミド酸リンカー、またはコハク酸リンカー（−ＣＯ−ＣＨ２−ＣＨ２−ＣＯ−）、またはオキサリルリンカー（−ＣＯ−ＣＯ−）である。他の実施形態では、連結部分およびヌクレオシドはエステル結合を介して一緒に結合される。他の実施形態では、連結部分およびヌクレオシドはアミド結合を介して一緒に結合される。さらなる実施形態では、連結部分はヌクレオシドを別のヌクレオチドまたは核酸に結合させる。好適なリンカーは、例えば、Oligonucleotides And Analogues A Practical Approach, Ekstein, F. Ed., IRL Press, N.Y., 1991の第一章に開示されている。
【０１８８】
リンカー部分は、自由求核部分を含む化合物を別のヌクレオシド、ヌクレオチド、または核酸に結合させるために使用される。いくつかの実施形態では、連結部分は、ホスホジエステル結合である。他の実施形態では、連結部分はＨ−ホスホネート部分である。さらに別の実施形態では、連結部分はＸ−ホスホネート部分である。
【０１８９】
合成のための溶媒
核酸の合成は非プロトン有機溶媒中で実施される。いくつかの実施形態では、溶媒はアセトニトリル、ピリジン、テトラヒドロフラン、またはジクロロメタンである。いくつかの実施形態では、非プロトン有機溶媒が塩基性でない場合、塩基が反応工程中に存在する。いくつかの実施形態では、塩基が存在する場合、塩基はピリジン、キノリン、またはＮ，Ｎ−ジメチルアニリンである。塩基の他の例としては、ピロリジン、ピペリジン、Ｎ−メチルピロリジン、ピリジン、キノリン、Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノピリジン（ＤＭＡＰ）、またはＮ，Ｎ−ジメチルアニリンが挙げられる。いくつかの実施形態では、非プロトン有機溶媒は無水である。他の実施形態では、無水非プロトン有機溶媒は新たに蒸留される。いくつかの実施形態では、新たに蒸留された無水非プロトン有機溶媒はピリジンである。他の実施形態では、新たに蒸留された無水非プロトン有機溶媒はテトラヒドロフランである。他の実施形態では、新たに蒸留された無水非プロトン有機溶媒はアセトニトリルである。
【０１９０】
ブロッキング基を除去するための酸性化条件
ブロッキング基を除去するための酸性化は、Ｂｒｏｅｎｓｔｅｄ酸またはＬｅｗｉｓ酸により達成される。いくつかの実施形態では、Ｒ１ブロッキング基を除去するために酸性化が使用される。有用なＢｒｏｅｎｓｔｅｄ酸は、カルボン酸、アルキルスルホン酸、アリールスルホン酸、リン酸およびその誘導体、ホスホン酸およびその誘導体、アルキルホスホン酸およびその誘導体、アリールホスホン酸およびその誘導体、ホスフィン酸、ジアルキルホスフィン酸、およびジアリールホスフィン酸であり、これらは、有機溶媒または水（８０％酢酸の場合）中で−０．６（トリフルオロ酢酸）〜４．７６（酢酸）のｐＫａ（２５℃、水中）を有する。酸性化工程で使用される酸濃度（１〜８０％）は、酸の酸性度に依存する。強酸条件により、プリニルまたはピリミジニル塩基がリボース環から開裂される脱プリン／脱ピリミジンが起こるので、酸強度も考慮しなければならない。
【化１０２】
0005998326.tif 000105
【０１９１】
いくつかの実施形態では、酸性化は有機溶媒中Ｌｅｗｉｓ酸により達成される。有用なＬｅｗｉｓ酸はＺｎＸ２であり、式中、ＸはＣｌ、Ｂｒ、Ｉ、またはＣＦ３ＳＯ３である。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、酸性化は、縮合中間体からプリン部分を除去せずに、縮合中間体を式４の化合物に変換するのに有効なある量のＢｒｏｅｎｓｔｅｄまたはＬｅｗｉｓ酸を添加することを含む。
【０１９３】
酸性化工程で有用な酸としてはまた、有機溶媒中１０％リン酸、有機溶媒中１０％塩酸、有機溶媒中１％トリフルオロ酢酸、有機溶媒中３％ジクロロ酢酸または水中８０％酢酸が挙げられるが、それらに限定されない。プロセスで使用されるＢｒｏｅｎｓｔｅｄまたはＬｅｗｉｓ酸の濃度も、酸の濃度が核酸塩基の糖部分からの開裂を引き起こす濃度を超えないように選択される。
【０１９４】
いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中１％トリフルオロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中約０．１％〜約８％トリフルオロ酢酸を添加することを含む。他の実施形態では、酸性化は有機溶媒中３％ジクロロ酢酸を添加することを含む。他の実施形態では、酸性化は有機溶媒中約０．１％〜約１０％ジクロロ酢酸を添加することを含む。さらに別の実施形態では、酸性化は有機溶媒中３％トリクロロ酢酸を添加することを含む。さらに別の実施形態では、酸性化は有機溶媒中約０．１％〜約１０％トリクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は水中８０％酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は水中約５０％〜約９０％、または約５０％〜約８０％、約５０％〜約７０％、約５０％〜約６０％、約７０％〜約９０％酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化はさらに酸性溶媒にカチオンスカベンジャーを添加することを含む。特定の実施形態では、カチオンスカベンジャーはトリエチルシランまたはトリイソプロピルシランとすることができる。いくつかの実施形態では、Ｒ１は縮合中間体を酸性化する工程の前に脱ブロックされる。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、有機溶媒中１％トリフルオロ酢酸を添加することを含む酸性化により脱ブロックされる。いくつかの実施形態では、Ｒ１は、有機溶媒中３％ジクロロ酢酸を添加することを含む酸性化により脱ブロックされる。いくつかの実施形態では、Ｒ１は有機溶媒中３％トリクロロ酢酸を添加することを含む酸性化により脱ブロックされる。
【０１９５】
ブロッキング部分または基の除去
核酸塩基または糖部分上に配置された官能基、例えばヒドロキシルまたはアミノ部分は、合成中、ブロッキング（保護）基（部分）でルーチン的にブロックされ、その後脱ブロックされる。一般に、ブロッキング基は、分子の化学官能性を特定の反応条件に対し不活性にし、後に、分子の残りに実質的に損害を与えずに、分子内のそのような官能性から除去することができる(例えば、Green and Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 2nd Ed., John Wiley & Sons, New York, 1991を参照されたい)。例えば、アミノ基は窒素ブロッキング基、例えばフタルイミド、９−フルドレニルメトキシカルボニル（ＦＭＯＣ）、トリフェニルメチルスルフェニル、ｔ−ＢＯＣ、４，４’−ジメトキシトリチル（ＤＭＴｒ）、４−メトキシトリチル（ＭＭＴｒ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（Ｐｉｘｙｌ）、トリチル（Ｔｒ）、または９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）でブロックすることができる。カルボキシル基は、アセチル基として保護することができる。ヒドロキシ基は、テトラヒドロピラニル（ＴＨＰ）、ｔ−ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、１−［（２−クロロ−４−メチル）フェニル］−４−メトキシピペリジン−４−イル（Ｃｔｍｐ）、１−（２−フルオロフェニル）−４−メトキシピペリジン−４−イル（Ｆｐｍｐ）、１−（２−クロロエトキシ）エチル、３−メトキシ−１，５−ジカルボメトキシペンタン−３−イル（ＭＤＰ）、ビス（２−アセトキシエトキシ）メチル（ＡＣＥ）、トリイソプロピルシリルオキシメチル（ＴＯＭ）、１−（２−シアノエトキシ）エチル（ＣＥＥ）、２−シアノエトキシメチル（ＣＥＭ）、［４−（Ｎ−ジクロロアセチル−Ｎ−メチルアミノ）ベンジルオキシ］メチル、２−シアノエチル（ＣＮ）、ピバロイルオキシメチル（ＰｉｖＯＭ）、レブニルオキシメチル（ＡＬＥ）で保護することができる。他の代表的なヒドロキシルブロッキング基は記載されている(例えば、Beaucage et al., Tetrahedron, 1992, 46, 2223を参照されたい)。いくつかの実施形態では、ヒドロキシルブロッキング基は酸に不安定な基、例えばトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチル、９−フェニルキサンチン−９−イル（Ｐｉｘｙｌ）および９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）である。化学官能基はまた、前駆物質の形態で含めることによりブロックすることができる。したがって、アジド基は容易にアミンに変換されるので、アジド基はアミンのブロック形態と考えられる。核酸合成において使用されるさらなる代表的な保護基が知られている(例えば、Agrawal et al., Protocols for Oligonucleotide Conjugates, Eds., Humana Press, New Jersey, 1994, Vol. 26, pp. 1-72を参照されたい)。
【０１９６】
ブロッキング基を核酸から除去するための様々な方法が知られており、使用される。いくつかの実施形態では、すべてのブロッキング基が除去される。他の実施形態では、ブロッキング基は部分的に除去される。さらに別の実施形態では、ある部分上のブロッキング基を除去するように反応条件を調節することができる。Ｒ２がブロッキング基である、ある実施形態では、Ｒ２でのブロッキング基の除去は、Ｒ１でのブロッキング基の除去と関係しない。Ｒ１およびＲ２でのブロッキング基は合成工程中無傷なままであり、鎖構築後に集合的に除去される。いくつかの実施形態では、Ｒ２ブロッキング基は、核酸の固体支持体からの開裂および核酸塩基ブロッキング基の除去と同時に除去される。特定の実施形態では、Ｒ１でのブロッキング基が除去される一方、Ｒ２および核酸塩基でのブロッキング基は無傷なままである。Ｒ１でのブロッキング基は、固体支持体上で、有機塩基、例えば一級アミン、二級アミン、またはそれらの混合物により開裂可能である。Ｒ１位置の脱ブロックは、通常、前端脱保護と呼ばれる。
【０１９７】
一実施形態では、核酸塩基ブロッキング基は、存在する場合、個々の核酸の構築後、酸性試薬により開裂可能である。別の実施形態では、１つ以上の核酸塩基ブロッキング基が酸性でも、塩基性でもない条件下で開裂可能であり、例えば、フッ化物塩またはフッ化水素酸複合体により開裂可能である。さらに別の実施形態では、１つ以上の核酸塩基ブロッキング基は、個々の核酸の構築後、塩基または塩基性溶媒の存在下で開裂可能であり、この場合、核酸塩基ブロッキング基はアミンによる前端脱保護工程の条件に対して安定である。
【０１９８】
いくつかの実施形態では、核酸塩基のためのブロッキング基は必要ない。他の実施形態では、核酸塩基のためのブロッキング基が必要とされる。さらに別の実施形態ではブロッキング基を必要とする核酸塩基もあれば、ブロッキング基を必要としない核酸塩基もある。核酸塩基がブロックされる実施形態では、ブロッキング基は、前端でブロッキング基を除去するのに適切な条件下で完全にまたは部分的に除去される。例えば、Ｒ１はＯＲａを示すことができ、ここで、Ｒａはアシルであり、Ｂａは、限定はされないが、イソブチリル、アセチルまたは４−（ｔｅｒｔ−ブチルフェノキシ）アセチルを含むアシル基でブロックされたグアニンを示す。Ｒ１およびＢａでのアシルは、同じ脱ブロック工程中に除去され、または部分的に除去される。
【０１９９】
試薬
縮合試薬
本発明の方法において有用な縮合試薬（ＣＲ）は下記一般式のうちの１つを有し：
【化１０３】
0005998326.tif 000106
式中、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、およびＺ９は独立して、アルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、またはヘテロアリールオキシから選択され、あるいは、Ｚ２およびＺ３、Ｚ５およびＺ６、Ｚ７およびＺ８、Ｚ８およびＺ９、Ｚ９およびＺ７、またはＺ７およびＺおよびＺ９のいずれかは一緒になり、３〜２０員脂環式環または複素環を形成し；Ｑ−は対アニオンであり；ならびに、Ｌは脱離基である。
【０２００】
いくつかの実施形態では、縮合試薬ＣＲの対イオンはＣｌ−、Ｂｒ−、ＢＦ４−、ＰＦ６−、ＴｆＯ−、Ｔｆ２Ｎ−、ＡｓＦ６−、ＣｌＯ４−、またはＳｂＦ６−であり、式中、ＴｆはＣＦ３ＳＯ２である。いくつかの実施形態では、縮合試薬ＣＲの脱離基はＦ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール、イミダゾール、アルキルトリアゾール、テトラゾール、ペンタフルオロベンゼン、または１−ヒドロキシベンゾトリアゾールである。
【０２０１】
プロセスにおいて使用することができる縮合剤の例としては、ペンタフルオロベンゾイルクロリド、カルボニルジイミダゾール（ＣＤＩ）、１−メシチレンスルホニル−３−ニトロトリアゾール（ＭＳＮＴ）、１−エチル−３−（３’−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣＩ−ＨＣｌ）、ベンゾトリアゾール−１−イルオキシトリス（ジメチルアミノ）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＢＯＰ）、Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）、２−（１Ｈ−７−アザベンゾトリアゾール−１−イル）−１，１，３，３−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＡＴＵ）、およびＯ−ベンゾトリアゾール−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＢＴＵ）、ＤＩＰＣＤＩ；Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸ブロミド（ＢｏｐＢｒ）、１，３−ジメチル２−（３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル）−２−ピロリジン−１−イル−１，３，２−ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＭＮＴＰ）、３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル−トリス（ピロリジン−１−イル）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＮＴＰ）、ブロモトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＢｒＯＰ）；Ｏ−（ベンゾトリアゾール−１−イル）−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチルウロニウムテトラフルオロボラート（ＴＢＴＵ）；およびテトラメチルフルオロホルムアミジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＴＦＦＨ）が挙げられるが、それらに限定されない。ある実施形態では、縮合試薬ＣＲの対イオンはＣｌ−、Ｂｒ−、ＢＦ４−、ＰＦ６−、ＴｆＯ−、Ｔｆ２Ｎ−、ＡｓＦ６−、ＣｌＯ４−、またはＳｂＦ６−であり、式中、ＴｆはＣＦ３ＳＯ２である。
【０２０２】
本発明の他の実施形態では、縮合試薬は１−（２，４，６−トリイソプロピルベンゼンスルホニル）−５−（ピリジン−２−イル）テトラゾリド、塩化ピバロイル、ブロモトリスピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート、Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）、または２−クロロ−５，５−ジメチル２−オキソ−１，３，２−ジオキサホスフィナンである。１つの実施形態では、縮合試薬はＮ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）である。他の公知の縮合試薬が記載されている（例えば、ＷＯ／２００６／０６６２６０号を参照されたい）。
【０２０３】
他の実施形態では、縮合試薬は１，３−ジメチル２−（３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル）−２−ピロリジン−１−イル−１，３，２−ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＭＮＴＰ）、または３−ニトロ−１，２，４−トリアゾール−１−イル−トリス（ピロリジン−１−イル）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＮＴＰ）である。
【化１０４】
0005998326.tif 000107
【０２０４】
キラル試薬
本発明の方法では、Ｘ−ホスホネート結合の生成において立体選択性を与えるためにキラル試薬が使用される。式３−Ｉの化合物である多くの異なるキラル補助がこのプロセスで使用することができ、ここで、Ｗ１およびＷ２は−Ｏ−、−Ｓ−、または−ＮＧ５−のいずれかであり、これらは、Ｈ−ホスホネート開始材料、式２の化合物と反応し、スキーム５および６の構造ＩＩＩで示されるキラル中間体を形成することができる。
【化１０５】
0005998326.tif 000108
【０２０５】
Ｕ１およびＵ３は、炭素原子であり、これらは、単結合、二重結合または三重結合を介して、存在すればＵ２に結合され、あるいは、ｒが０であれば、互いに結合される。Ｕ２は−Ｃ−、−ＣＧ８−、−ＣＧ８Ｇ８−、−ＮＧ８−、−Ｎ−、−Ｏ−、または−Ｓ−であり、ｒは０〜５の整数であり、２より多いヘテロ原子が隣接することはない。Ｕ２のいずれか１つがＣである場合、Ｃである第２の場合のＵ２の間で、または、Ｕ１もしくはＵ３のうちの１つに対し三重結合が形成されなければならない。同様に、Ｕ２のいずれか１つがＣＧ８である場合、二重結合が、−ＣＧ８−または−Ｎ−である第２の場合のＵ２間で、またはＵ１もしくはＵ３のうちの１つに対し形成される。
【０２０６】
例えば、いくつかの実施形態では、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は−ＣＧ３Ｇ４−ＣＧ１Ｇ２−である。いくつかの実施形態では、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は−ＣＧ３＝ＣＧ１−である。いくつかの実施形態では、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は−Ｃ≡Ｃ−である。いくつかの実施形態では、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は−ＣＧ３＝ＣＧ８−ＣＧ１Ｇ２−である。いくつかの実施形態では、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は−ＣＧ３Ｇ４−Ｏ−ＣＧ１Ｇ２−である。いくつかの実施形態では、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は−ＣＧ３Ｇ４−ＮＧ８−ＣＧ１Ｇ２−である。いくつかの実施形態では、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は−ＣＧ３Ｇ４−Ｎ−ＣＧ２−である。いくつかの実施形態では、−Ｕ１−（Ｕ２）ｒ−Ｕ３−は−ＣＧ３Ｇ４−Ｎ＝ＣＧ８−ＣＧ１Ｇ２−である。
【０２０７】
Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、Ｇ５、およびＧ８は独立して水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘタリール、またはアリールであり、あるいはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５うちの２つはＧ６であり、一緒になり、約２０個までの環原子の飽和、部分不飽和または不飽和炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、これは、単環または多環であり、縮合または非縮合である。いくつかの実施形態では、そのように形成された環は、オキソ、チオキソ、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアリール、またはアリール部分により置換される。いくつかの実施形態では、２つのＧ６を一緒にすることにより形成させた環が置換される場合、反応中に立体選択性を与えるのに十分嵩高い部分により置換される。
【０２０８】
例えば、いくつかの実施形態では、Ｇ６の２つを一緒にすることにより形成された環は、シクロペンチル、ピロリル、シクロプロピル、シクロヘキセニル、シクロペンテニル、テトラヒドロピラニル、またはピペラジニルである。
【０２０９】
本発明のいくつかの実施形態では、キラル試薬は式３の化合物である。
【化１０６】
0005998326.tif 000109
【０２１０】
式３のいくつかの実施形態では、Ｗ１およびＷ２は独立して−ＮＧ５−、−Ｏ−、または−Ｓ−であり；Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５は独立して水素、アルキル、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘタリール、またはアリールであり、あるいはＧ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５うちの２つはＧ６であり、一緒になり、約２０個までの環原子の飽和、部分不飽和または不飽和炭素環またはヘテロ原子含有環を形成し、これは、単環または多環であり、縮合または非縮合であり、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、およびＧ５の４つより多くがＧ６であることはない。式３’の化合物と同様に、Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３、Ｇ４、またはＧ５のいずれかはオキソ、チオキソ、アルキル、アルケニル、アルキニル、ヘテロアリール、またはアリール部分により置換される。いくつかの実施形態では、そのような置換はＸ−ホスホネート生成において立体選択性を誘導する。
【０２１１】
本発明のいくつかの実施形態では、キラル試薬は下記式のうちの１つを有する：
【化１０７】
0005998326.tif 000110
【０２１２】
いくつかの実施形態では、キラル試薬はアミノアルコールである。いくつかの実施形態では、キラル試薬はアミノチオールである。さらに別の実施形態では、キラル試薬はアミノフェノールである。いくつかの実施形態では、キラル試薬は、（Ｓ）−および（Ｒ）−２−メチルアミノ−１−フェニルエタノール、（１Ｒ、２Ｓ）−エフェドリン、または（１Ｒ、２Ｓ）−２−メチルアミノ−１，２−ジフェニルエタノールである。
【０２１３】
本発明の他の実施形態では、キラル試薬は下記式のうちの１つの化合物である：
【化１０８】
0005998326.tif 000111
【０２１４】
キラル試薬、例えば、式Ｏで表される異性体またはその立体異性体、式Ｐの選択は、リンでのキラリティの特定の制御を可能にする。よってＲＰまたはＳＰ立体配置のいずれかを各合成サイクルにおいて選択することができ、核酸生成物の全体の三次元構造の制御が可能になる。本発明のいくつかの実施形態では、核酸生成物は、すべてのＲＰ立体中心を有する。本発明のいくつかの実施形態では、核酸生成物はすべてのＳＰ立体中心を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰおよびＳＰ中心の選択は、核酸鎖に特定の三次元超構造を与えるようになされる。
【０２１５】
オリゴヌクレオシドホスホロチオエート結合の立体化学
オリゴヌクレオシドホスホロチオエートは治療可能性を示している(Stein et al., Science (1993), 261:1004-12; Agrawal et al., Antisence Res. and Dev. (1992), 2:261-66; Bayever et al., Antisense Res. and Dev. (1993), 3:383-390))。ホスホロチオエートの立体化学を考慮せずに調製したオリゴヌクレオシドホスホロチオエートは、２ｎジアステレオマーの混合物として存在し、ここで、ｎはヌクレオチド間のホスホロチオエート結合の数である。これらのジアステレオマーホスホロチオエートの化学的および生物学的特性ははっきり異なり得る。例えば、Wadaら(Nucleic Acids Symposium Series No. 51 p. 119-120; doi:10.1093/nass/nrm060)は、立体的に規定された（Ｒｐ）−（Ｕｐｓ）９Ｕ／（Ａｐ）９Ａ二本鎖は、天然（Ｕｐ）９Ｕ／（Ａｐ）９Ａよりも高いＴｍ値を示し、立体的に規定された（Ｓｐ）−（Ｕｐｓ）９Ｕは二本鎖を形成しなかったことを見いだした。別の例では、Ｔａｎｇらによる研究では(Nucleosides Nucleotides (1995), 14:985-990)、立体的に純粋なＲｐ−オリゴデオキシリボヌクレオシドホスホロチオエートは、規定されていないリンキラリティを有する親オリゴデオキシリボヌクレオシドホスホロチオエートに比べ、ヒト血清への内因性ヌクレアーゼに対しより低い安定性を有することが見いだされた。
【０２１６】
核酸塩基および修飾核酸塩基
式１における核酸塩基Ｂａは天然核酸塩基または天然核酸塩基から誘導される修飾核酸塩基である。例としては、それらの個々のアミノ基がアシル保護基で置換されたウラシル、チミン、アデニン、シトシン、およびグアニン、２−フルオロウラシル、２−フルオロシトシン、５−ブロモウラシル、５−ヨードウラシル、２，６−ジアミノプリン、アザシトシン、ピリミジン類似体、例えばプソイドイソシトシンおよびプソイドウラシルおよび他の修飾核酸塩基、例えば８−置換プリン、キサンチン、またはヒポキサンチン（後者の２つは天然の分解生成物である）が挙げられるが、それらに限定されない。Chiu and Rana, RNA, 2003, 9, 1034-1048, Limbach et al. Nucleic Acids Research, 1994, 22, 2183-2196 and Revankar and Rao, Comprehensive Natural Products Chemistry, vol. 7, 313において開示された修飾核酸塩基もまた式１のＢａ部分として企図される。
【０２１７】
下記一般式で表される化合物もまた、修飾核酸塩基として企図される：
【化１０９】
0005998326.tif 000112
【０２１８】
上記式において、Ｒ８は１〜１５個の炭素原子を有する、直鎖または分枝アルキル、アリール、アラルキル、またはアリールオキシルアルキル基であり、ほんの一例として、メチル、イソプロピル、フェニル、ベンジル、またはフェノキシメチル基が挙げられ；Ｒ９およびＲ１０の各々は、１〜４個の炭素原子を有する直鎖または分枝アルキル基を表す。
【０２１９】
修飾核酸塩基はまた、伸長サイズ核酸塩基を含み、この場合、１つ以上のベンゼン環が付加されている。Glen Researchカタログ(www.glenresearch.com); Krueger AT et al, Acc. Chem. Res., 2007, 40, 141-150; Kool, ET, Acc. Chem. Res., 2002, 35, 936-943; Benner S.A., et al., Nat. Rev. Genet., 2005, 6, 553-543; Romesberg, F.E., et al., Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7, 723-733; Hirao, I., Curr. Opin. Chem. Biol., 2006, 10, 622-627において記載される核酸塩基置換は、本明細書で記載される核酸の合成のために有用なものとして企図される。これらの伸長サイズ核酸塩基のいくつかの例を下記に示す：
【化１１０】
0005998326.tif 000113
【０２２０】
本明細書では、修飾核酸塩基はまた、核酸塩基と考えられないが、他の部分、例えば限定はされないが、コーリンまたはポルフィリン誘導環である構造を含む。ポルフィリン誘導塩基置換は、Morales-Rojas, H and Kool, ET, Org. Lett., 2002, 4, 4377-4380において記載されている。塩基置換として使用することができるポルフィリン誘導環の一例を下記に示す。
【化１１１】
0005998326.tif 000114
【０２２１】
他の修飾核酸塩基は、下記で示されるものなどの塩基置換を含む：
【化１１２】
0005998326.tif 000115
【０２２２】
蛍光性である修飾核酸塩基もまた、企図される。これらの塩基置換の限定されない例としては、下記で示されるように、フェナントレン、ピレン、スチルベン、イソキサンチン、イソザントプテリン、テルフェニル、ターチオフェン、ベンゾターチオフェン、クマリン、ルマジン、テザースチルベン、ベンゾ−ウラシル、およびナフト−ウラシルが挙げられる。
【化１１３】
0005998326.tif 000116
【０２２３】
修飾核酸塩基は非置換とすることができ、またはさらなる置換、例えば、ヘテロ原子、アルキル基、または蛍光性部分に結合された連結部分、ビオチンもしくはアビジン部分、または他のタンパク質もしくはペプチドを含むことができる。修飾核酸塩基はまた、最も古典的な意味では核酸塩基ではないが、核酸塩基と同様に機能するある「ユニバーサル塩基」を含む。そのようなユニバーサル塩基の１つの代表的な例は、３−ニトロピロールである。
【０２２４】
構造ＩＶまたはＩＸのヌクレオシドに加えて、他のヌクレオシドもまた本明細書で開示したプロセスで使用することができ、修飾核酸塩基、または修飾糖に共有結合により結合された核酸塩基を組み込んだヌクレオシドが挙げられる。修飾核酸塩基を組み込んだヌクレオシドのいくつかの例としては、４−アセチルシチジン；５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウリジン；２’−Ｏ−メチルシチジン；５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン；５−カルボキシメチルアミノメチルウリジン；ジヒドロウリジン；２’−Ｏ−メチルプソイドウリジン；β，Ｄ−ガラクトシルキューオシン；２’−Ｏ−メチルグアノシン；Ｎ６−イソペンテニルアデノシン；１−メチルアデノシン；１−メチルプソイドウリジン；１−メチルグアノシン；ｌ−メチルイノシン；２，２−ジメチルグアノシン；２−メチルアデノシン；２−メチルグアノシン；Ｎ７−メチルグアノシン；３−メチル−シチジン；５−メチルシチジン；Ｎ６−メチルアデノシン；７−メチルグアノシン；５−メチルアミノエチルウリジン；５−メトキシアミノメチル−２−チオウリジン；β，Ｄ−マンノシルキューオシン；５−メトキシカルボニルメチルウリジン；５−メトキシウリジン；２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデノシン；Ｎ−（（９−β，Ｄ−リボフラノシル−２−メチルチオプリン−６−イル）カルバモイル）トレオニン；Ｎ−（（９−β，Ｄ−リボフラノシルプリン−６−イル）−Ｎ−メチルカルバモイル）トレオニン；ウリジン−５−オキシ酢酸メチルエステル；ウリジン−５−オキシ酢酸（ｖ）；プソイドウリジン；キューオシン；２−チオシチジン；５−メチル−２−チオウリジン；２−チオウリジン；４−チオウリジン；５−メチルウリジン；２’−Ｏ−メチル−５−メチルウリジン；および２’−Ｏ−メチルウリジンが挙げられる。
【０２２５】
いくつかの実施形態では、ヌクレオシは６’位置で（Ｒ）または（Ｓ）−キラリティのいずれかを有する６’−修飾二環ヌクレオシド類似体を含み、米国特許第７，３９９，８４５号で記載される類似体を含む。他の実施形態では、ヌクレオシドは、５’位置で（Ｒ）または（Ｓ）−キラリティのいずれかを有する５’−修飾二環ヌクレオシド類似体を含み、ＵＳ特許出願公開番号第２００７０２８７８３１号で記載される類似体を含む。
【０２２６】
いくつかの実施形態では、核酸塩基または修飾核酸塩基は生体分子結合部分、例えば、抗体、抗体断片、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、受容体リガンド、またはキレート部分を含む。他の実施形態では、Ｂａは５−ブロモウラシル、５−ヨードウラシル、または２，６−ジアミノプリンである。さらに別の実施形態では、Ｂａは蛍光性または生体分子結合部分を用いた置換により修飾される。いくつかの実施形態では、Ｂａ上の置換基は蛍光性部分である。他の実施形態では、Ｂａ上の置換基はビオチンまたはアビジンである。
【０２２７】
ヌクレオチド/ヌクレオシドの修飾糖
最も一般的な天然ヌクレオチドは核酸塩基アデノシン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、およびチミン（Ｔ）またはウラシル（Ｕ）に結合されたリボース糖である。ヌクレオチド中のリン酸基または修飾リン原子部分を糖または修飾糖の様々な位置に結合させることができる修飾ヌクレオチドもまた企図される。限定されない例として、リン酸基または修飾リン原子部分は、糖または修飾糖の２’、３’、４’または５’ヒドロキシル部分に結合させることができる。上記で記載される修飾核酸塩基を組み込んだヌクレオチドもまた、本明細書で開示されるプロセスで使用することができる。いくつかの実施形態では、保護されていない−ＯＨ部分を含むヌクレオチドまたは修飾ヌクレオチドが、本明細書で開示されるプロセスで使用される。
【０２２８】
スキーム１−４ｂで記載されるリボース部分に加えて、他の修飾糖もまた、本明細書で開示される核酸に組み込むことができる。いくつかの実施形態では、修飾糖は２′位置に、下記のうちの１つを含む１つ以上の置換基を含む：Ｆ；ＣＦ３、ＣＮ、Ｎ３、ＮＯ、ＮＯ２、Ｏ−、Ｓ−、またはＮ−アルキル；Ｏ−、Ｓ−、またはＮ−アルケニル；Ｏ−、Ｓ−またはＮ−アルキニル；またはＯ−アルキル−Ｏ−アルキル、Ｏ−アルキル−Ｎ−アルキルまたはＮ−アルキル−Ｏ−アルキル（ここでアルキル、アルケニルおよびアルキニルは置換、または非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキルまたはＣ２〜Ｃ１０アルケニルおよびアルキニルであってもよい）。置換基の例としては、Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３、およびＯ（ＣＨ２）ｎＮＨ２（式中、ｎは１〜約１０である）、ＭＯＥ、ＤＭＡＯＥ、ＤＭＡＥＯＥが挙げられるが、それらに限定されない。ＷＯ  ２００１／０８８１９８号；およびMartin et al., Helv. Chim. Acta, 1995, 78, 486-504で記載される修飾糖もまた、本明細書で企図される。いくつかの実施形態では、修飾糖は置換シリル基、ＲＮＡ開裂基、レポーター基、蛍光性標識、介入物、核酸の薬物動態特性を改善するための基、または核酸の薬力学的特性を改善するための基、および同様の特性を有する他の置換基を含む。修飾は糖または修飾糖の２’、３’、４’、５’、または６’位置、例えば、３’−末端ヌクレオチド上の糖の３’位置または５’−末端ヌクレオチドの５’位置で実施されてもよい。
【０２２９】
修飾糖はまた、糖模倣物、例えば、ペントフラノシル糖の代わりのシクロブチルまたはシクロペンチル部分を含む。そのような修飾糖構造の調製を教示する代表的な米国特許としては、米国特許第：４，９８１，９５７号；５，１１８，８００号；５，３１９，０８０号；および５，３５９，０４４号が挙げられるが、それらに限定されない。企図されるいくつかの修飾糖としては下記が挙げられる：
【化１１４】
0005998326.tif 000117
【０２３０】
修飾糖の他の限定されない例としては、グリセロールが挙げられ、これはグリセロール核酸（ＧＮＡ）類似体を形成する。ＧＮＡ類似体の一例は下記に示されており、Zhang, R et al., J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 5846-5847; Zhang L, et al., J. Am. Chem. Soc., 2005, 127, 4174-4175 and Tsai CH et al., PNAS, 2007, 14598-14603において記載されている。
【化１１５】
0005998326.tif 000118
【０２３１】
式中、Ｘは本明細書で規定される通りである。ＧＮＡ誘導類似体の別の例、ホルミルグリセロールの混合アセタールアミナールに基づくフレキシブル核酸（ＦＮＡ）がJoyce GF et al., PNAS, 1987, 84, 4398-4402 and Heuberger BD and Switzer C, J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 412-413において記載され、下に示される：
【化１１６】
0005998326.tif 000119
【０２３２】
修飾糖の他の限定されない例としては、ヘキソピラノシル（６’−４’）、ペントピラノシル（４’−２’）、ペントピラノシル（４’−３’）、またはテトラフラノシル（３’−２’）糖が挙げられる。企図されるヘキソピラノシル（６’−４’）糖としては下記が挙げられる：
【化１１７】
0005998326.tif 000120
【０２３３】
企図されるペントピラノシル（４’−２’）糖としては下記が挙げられる：
【化１１８】
0005998326.tif 000121
【０２３４】
企図されるペントピラノシル（４’−３’）糖としては下記が挙げられる：
【化１１９】
0005998326.tif 000122
【０２３５】
企図されるテトラフラノシル（３’−２’）糖としては下記が挙げられる：
【化１２０】
0005998326.tif 000123
【０２３６】
企図される他の修飾糖としては下記が挙げられる:
【化１２１】
0005998326.tif 000124
【０２３７】
下記で説明される糖模倣物がさらに企図され、式中、ＸはＳ、Ｓｅ、ＣＨ２、Ｎ−Ｍｅ、Ｎ−ＥｔまたはＮ−ｉＰｒから選択される：
【化１２２】
0005998326.tif 000125
【０２３８】
修飾糖および糖模倣物は、当技術分野で知られている方法により調製することができ、そのような方法としては下記が挙げられるが、それらに限定されない：A. Eschenmoser, Science (1999), 284:2118; M. Bohringer et al, Helv. Chim. Acta (1992), 75:1416-1477; M. Egli et al, J. Am. Chem. Soc. (2006), 128(33):10847-56; A. Eschenmoser in Chemical 合成: Gnosis to Prognosis, C. Chatgilialoglu and V. Sniekus, Ed., (Kluwer Academic, Netherlands, 1996), p.293; K.-U. Schoning et al, Science (2000), 290:1347-1351; A. Eschenmoser et al, Helv. Chim. Acta (1992), 75:218; J. Hunziker et al, Helv. Chim. Acta (1993), 76:259; G. Otting et al, Helv. Chim. Acta (1993), 76:2701; K. Groebke et al, Helv. Chim. Acta (1998), 81:375; and A. Eschenmoser, Science (1999), 284:2118。
【０２３９】
ブロッキング基
記載される反応では、ある実施形態では、反応性官能基、例えばヒドロキシ、アミノ、チオールまたはカルボキシ基を、反応への望まれない関与を避けるために保護することが必要であり、これらは、最終生成物中で望まれている。保護基は、いくらかまたはすべての反応部分をブロックし、保護基が除去されるまでそのような基が化学反応に関与しないように防止するために使用される。１つの実施形態では、各保護基は異なる手段により除去可能である。全体として異なる反応条件で開裂される保護基は、異なる除去の要求を満たす。いくつかの実施形態では、保護基は、酸、塩基、および／または水素化分解により除去される。トリチル、ジメトキシトリチル、アセタールおよびｔ−ブチルジメチルシリルなどの基は酸に不安定であり、ある実施形態では、水素化分解により除去可能なＣｂｚ基および／または塩基に不安定なＦｍｏｃ基で保護されたアミノ基の存在下、カルボキシおよびヒドロキシ反応部分を保護するために使用される。他の実施形態では、カルボン酸およびヒドロキシ反応部分は、酸に不安定な基、例えばｔ−ブチルカルバメートで、または酸および塩基の両方に安定であるが、加水分解で除去可能なカルバメートでブロックされたアミンの存在下、塩基に不安定な基、例えば限定はされないが、メチル、エチル、およびアセチルでブロックされる。
【０２４０】
別の実施形態では、ヒドロキシ反応部分は加水分解で除去可能な保護基、例えばベンジル基でブロックされ、一方、酸と水素結合可能なアミン基は、塩基に不安定な基、例えばＦｍｏｃでブロックされる。別の実施形態では、カルボン酸反応部分は、単純エステル化合物への変換により保護され、またはさらに別の実施形態では、それらは酸化的に除去可能な保護基、例えば２，４−ジメトキシベンジルでブロックされ、一方、共存するアミノ基はフッ化物に不安定なシリルまたはカルバメートブロッキング基でブロックされる。
【０２４１】
酸および塩基保護基の存在下ではアリルブロッキング基が有用である。というのも、前者は安定であり、その後に、金属またはπ酸触媒により除去可能であるからである。例えば、アリル−ブロックヒドロキシ基は酸に不安定なｔ−ブチルカルバメートまたは塩基に不安定なアセテートアミン保護基の存在下、Ｐｄ（０）触媒反応で脱保護させることができる。保護基のさらに別の形態は、化合物または中間体が結合される樹脂である。残基が樹脂に結合されている限り、その官能基はブロックされ、反応することができない。いったん樹脂から放出されると、反応可能になる。
【０２４２】
典型的には、本明細書で記載される化合物の合成において有用なブロッキング/保護基は、ほんの一例として下記である：
【化１２３】
0005998326.tif 000126
【０２４３】
合成中にヌクレオチドを保護するのに有用な代表的な保護基としては、塩基に不安定な保護基および酸に不安定な保護基が挙げられる。塩基に不安定な保護基は、複素環核酸塩基の環外アミノ基を保護するために使用される。この型の保護は、一般にアシル化により達成される。この目的のために、３つの一般に使用されるアシル化はベンゾイルクロリド、フェノキシ酢酸無水物、およびイソブチリルクロリドである。これらの保護基は、核酸合成中に使用される反応条件に対し安定であり、合成終了時の塩基処理中にほぼ等しい速度で開裂される。
【０２４４】
いくつかの実施形態では、５’−保護基はトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチル、２−クロロトリチル、ＤＡＴＥ、ＴＢＴｒ、９−フェニルキサンチン−９−イル（Ｐｉｘｙｌ）、または９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）である。
【０２４５】
いくつかの実施形態では、チオール部分が式１、２、４、または５の化合物に組み込まれ、保護される。いくつかの実施形態では、保護基としては、ピクシル、トリチル、ベンジル、ｐ−メトキシベンジル（ＰＭＢ）、またはｔｅｒｔ−ブチル（ｔ−Ｂｕ）が挙げられるが、それらに限定されない。
【０２４６】
他の保護基、さらに保護基の生成およびそれらの除去に適用可能な技術の詳細な説明はGreene and Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 3rd Ed., John Wiley & Sons, New York, NY, 1999, and Kocienski, Protective Groups, Thieme Verlag, New York, NY, 1994において記載され、これらはそのような開示のために参照により本明細書に組み込まれる。
【０２４７】
キラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸プロドラッグの使用方法
本発明の方法により得られるキラルなリンまたはホスホロチオエート部分を含む立体的に規定されたオリゴヌクレオチドプロドラッグは、安定性、明確なキラリティおよび合成の容易さの組み合わせのために多くの適用領域において有用である。概して、この方法により合成される化合物は、治療薬、診断プローブおよび試薬、他のオリゴヌクレオチド生成物を生成するための合成ツール、および様々な新規材料および試算応用のために好適なナノ構造材料として使用である。
【０２４８】
本発明の立体的に規定されたオリゴヌクレオチドプロドラッグ、特に、ホスホロチオエートクラスの立体的に規定されたオリゴヌクレオチドプロドラッグは、天然のＤＮＡ／ＲＮＡ等価物に比べ改善された血清安定性を有する。さらに、ＳＰ異性体はＲＰ異性体よりも安定である。いくつかの実施形態では、血清安定性レベルは、分解に対する抵抗性を与えるために、すべてのＳＰ中心または選択された位置のＳＰ中心のいずれかを導入することにより調節される。他の実施形態では、選択可能なＲＰおよび／またはＳＰ立体中心の導入は、内因性または外因性標的との特異的な塩基対形成結合を提供することができ、よって、標的が代謝から保護され、または特定の生体反応が増強される。
【０２４９】
ＲＮａｓｅ  Ｈ活性化もまた、立体制御されたホスホロチオエート核酸類似体の存在により調節され、天然のＤＮＡ／ＲＮＡは、ＲＰ立体異性体よりも影響を受けやすく、ＲＰ立体異性体は対応するＳＰ異性体よりも影響を受けやすい。
【０２５０】
ＲＮＡに関する改善された二本鎖安定性は、対応するＳＰオリゴヌクレオチドより大きな二本鎖安定性を有するＲＰホスホロチオエートオリゴヌクレオチドで見られ、対応するＳＰオリゴヌクレオチドは、天然ＤＮＡ／ＲＮＡよりも高い安定性を示す。ＤＮＡに関する改善された二本鎖安定性は、ＲＰより大きな二本鎖安定性を有するＳＰで見られ、ＲＰは天然ＤＮＡ／ＲＮＡよりも大きな安定性を示す。(P. Guga, Curr. Top Med. Chem., 2007, 7, 695-713)。
【０２５１】
これらの分子は多くの特定の用途において治療薬として有用であり得る。これらは、標準ＤＮＡ／ＲＮＡヌクレオシドをも含むオリゴヌクレオチド中に組み込むことができ、または、これらは、本発明の立体制御されたオリゴヌクレオチドの完全配列として合成することができる。治療薬のいくつかのカテゴリとしては、アンチセンスオリゴヌクレオチド、標的配列と三重らせんを形成し、望まれていない遺伝子の転写を阻止し、タンパク質発現および／または活性を調節するアンチジーンオリゴヌクレオチド、デコイオリゴヌクレオチド、ＤＮＡワクチン、アプタマー、リボザイム、デオキシリボザイム（ＤＮＡザイムまたはＤＮＡ酵素）、ｓｉＲＮＡ、ｍｉｃｒｏＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ（非コードＲＮＡ）、ならびにＰ−修飾プロドラッグが挙げられるが、それらに限定されない。調節は、間接的または直接的にタンパク質の活性を増加または減少させること、あるいはタンパク質の発現の阻止または促進を含む。これらの核酸化合物は、細胞増殖、ウイルス複製、または任意の他の細胞シグナリングプロセスを制御するために使用することができる。
【０２５２】
一例では、ｓｉＲＮＡ治療薬の分野は、天然ヌクレオシドで構成されるｓｉＲＮＡで見られるものよりも作用時間を改善するために、ＲＮａｓｅ活性に対し増加した安定性を提供することができるオリゴヌクレオチド種を必要とする。さらに、Ａ型へリックス形成は、オリゴヌクレオチド上に特定の天然要素が存在するよりも、ＲＮＡｉへの参入の成功をよりよく示すと考えられる。これらの要求はどちらも、増強された安定性を提供することができる本発明の立体制御されたオリゴヌクレオチドを使用することにより提供することができる(Y-L Chiu, T.M. Rana RNA, 2003, 9,1034-1048)。
【０２５３】
治療方法
本明細書で記載される核酸は様々な疾患状態に対する治療薬として有用であり、抗ウイルス薬としての使用が挙げられる。核酸はＤＮＡおよび／またはＲＮＡ活性の調節を介して疾患を治療するための薬剤として使用することができる。いくつかの実施形態では、核酸は、遺伝子発現を阻止するために使用することができる。例えば、核酸は、特定の標的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）配列に対し相補的とすることができる。これらは、無数のウイルスのウイルス複製を阻止するために使用することができる。例示的なウイルスファミリーとしては、オルソミクソウイルス、ポックスウイルス、ヘルペスウイルス、パピローマウイルス、ピコルナウイルス、フラビウイルス、レトロウイルス、肝炎ウイルス、パラミクソウイルス、レオウイルス、パルボウイルス、フィロウイルス、コロナウイルス、アレナウイルス、ラブドウイルスおよびアデノウイルスが挙げられる。追加のウイルスファミリーが知られており、これらもまた本明細書で企図される。他の例としては、ＨＩＶ  ＲＮＡまたは他のレトロウイルスＲＮＡに対する、またはｔａｔタンパク質をコードするＨＩＶ  ｍＲＮＡまたはＨＩＶ  ｍＲＮＡのＴＡＲ領域へハイブリダイズするためのアンチセンス化合物としての使用が挙げられる。いくつかの実施形態では、核酸はＨＩＶ  ｍＲＮＡのＴＡＲ領域の二次構造を模倣し、そうすることにより、ｔａｔタンパク質に結合する。一実施形態では、核酸は、細胞を式１の化合物と接触させることにより標的タンパク質の発現を阻止するために使用され、この場合、細胞内の他のタンパク質の発現は阻止されず、または最小限にしか阻止されない。いくつかの実施形態では、標的タンパク質阻止は、ほ乳類でインビボで起こる。他の実施形態では、治療的有効量の式１の化合物が、標的タンパク質の発現を阻止するために投与される。
【０２５４】
発現を調節することができるタンパク質の他の例としては、Ｊｕｎ  Ｎ末端キナーゼ（ＪＮＫ）タンパク質、ジアシルグリセロールアシルトランスフェラーゼＩ、アポリポタンパク質Ｂ、グルカゴン受容体、オーロラＢ、アシルＣｏＡコレステロールアシルトランスフェラーゼ−２、Ｃ反応性タンパク質、ＳＴＡＴ（シグナル伝達性転写因子）ファミリーのタンパク質、およびＭＤＲ  Ｐ−糖タンパク質が挙げられる。タンパク質ホスファターゼ１Ｂ（ＰＴＰ１Ｂ）発現、ＲＮＡ依存性ＲＮＡウイルスポリメラーゼを阻止するために、核酸を使用することができる。癌細胞におけるアポトーシスなどの事象を引き起こすため、または細胞を、よりアポトーシスを受けやすくするために核酸を使用することができる。タンパク質の活性を調節するために核酸を使用することができる。例えば、それは多剤耐性（ＭＤＲ）ＲＮＡ分子を標的とするＲＮａｓｅ  Ｈ活性を調節するのを助けることができる。
【０２５５】
別の態様では、本発明は、望ましくない遺伝子発現により媒介される疾患を治療することを、そのような治療が必要な対象（例えば、ほ乳類、例えばヒト）において行う方法を提供する。「疾患」は疾患、または疾患症状を意味する。その方法は、対象に有効量の、本発明の非ラセミプロオリゴヌクレオチドを投与することを含む。
【０２５６】
望ましくない遺伝子発現により媒介される疾患の例としては、癌（例えば、白血病、腫瘍、および転移）、アレルギー、喘息、肥満、炎症（例えば、炎症疾患、例えば炎症性気道疾患）、高コレステロール血症、血液疾患、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）、閉塞性気道疾患、喘息、自己免疫疾患、レトロウイルス疾患、例えばＡＩＤＳまたはＨＩＶ、他のウイルス感染症、子宮内感染症、代謝疾患、感染（例えば、細菌、ウイルス、酵母、真菌）、ＣＮＳ疾患、脳腫瘍、神経変性疾患、心血管疾患、ならびに血管新生、新血管新生、および脈管形成と関連する疾患が挙げられる。
【０２５７】
例示的な実施形態では、化合物は、癌、例えば、膵臓癌、および異常な細胞増殖と関連する他の疾患または障害を治療するために有用である。
【０２５８】
膵臓は、上腹部内（後腹膜内）に位置し、消化および内分泌系の二重機能腺である。ある場合には、膵臓は内分泌腺として機能する（例えば、いくつかの重要なホルモンを生成する）。ある場合には、膵臓は外分泌腺として機能する（例えば、小腸に移動する消化酵素を含む流体を分泌する）。
【０２５９】
膵臓癌は、米国において癌死の４番目に多い原因（肺、結腸および乳房に続く）であり、すべての癌関連死の６％を占める。２００８年では、推定３７，６８０の膵臓癌の新規症例が米国で診断され、３４，２９０が死亡した。疾患の発生率は５０歳以降、直線的に増加し、唯一決定的な危険因子は喫煙である（喫煙者は、非喫煙者の４倍疾患を発症しやすい）。浸潤性膵臓癌はほとんどの場合致命的である。すべての患者の集団メジアン生存時間は４〜６ヶ月である。相対１年生存は２４％であり；全体的な５年生存率は、５％未満である。
【０２６０】
膵臓癌は初期段階では無症候性であり、しばしば、数ヶ月間診断未確定なまままである（症状発症２ヶ月以内に診断される患者は３分の１未満である）。場合によっては、診断の遅れにより、癌細胞の肝臓またはリンパ節への転移（部分的または完全のいずれか）が起こる。
【０２６１】
現在、手術（膵臓の切除）が膵臓癌のための主な、かつ唯一の根治療法である。しかしながら、診断時には腫瘍の１５〜２５％しか切除できず、手術を受ける患者の１０〜２０％しか、２年を超えて生存できない。いったん腫瘍浸潤が起き、他の組織が影響を受けると、もはや手術できない。
【０２６２】
場合によっては、糖尿病または膵炎は、個体に、複数の膵臓細胞の増殖性疾患を発症させる。場合によっては、個体は、遺伝性非ポリポーシス大腸癌（ＨＮＰＣＣ）および家族性大腸腺ポリポーシス（ＦＡＰ）からなる群より選択される遺伝性症候群のために、複数の膵臓細胞の増殖性疾患を発症する危険が増加する。場合によっては、個体は、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＭＬＨ１、およびＡＰＣからなる群より選択される遺伝子の変異のために、複数の膵臓細胞の増殖性疾患を発症する危険が増加する。
【０２６３】
理想的には、膵臓癌の有効治療は、（ｉ）原発性腫瘍量を、最初に、かつその後に制御し、（ｉｉ）転移性腫瘍細胞を治療すべきである。化学予防（薬物、生物製剤、栄養分などの薬剤の投与）は発癌の進行を遅らせ、逆行させ、または阻止し、よって、浸潤性または臨床的に有意な疾患の発症の危険を低下させる。
【０２６４】
本明細書では、ある実施形態で、膵臓癌を治療する方法が開示される。本明細書では、「膵臓癌」は、膵臓の癌の形態を含む。いくつかの実施形態では、膵臓癌は転移性膵臓癌である。いくつかの実施形態では、膵臓癌は癌腫、肉腫、癌、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、治療される膵臓癌は、散発性および遺伝性膵臓癌を含む。いくつかの実施形態では、膵臓癌は導管細胞癌、腺房細胞癌、乳頭粘液性癌、印環細胞癌、腺扁平上皮癌、未分化癌、粘液性癌、巨細胞癌、小細胞癌、嚢胞癌、漿液性嚢胞癌、粘液性嚢胞癌、未分類膵臓癌、膵芽腫、またはそれらの組み合わせである。
【０２６５】
いくつかの実施形態では、膵臓癌のための治療が必要な個体は、膵臓の限局性腫瘍を示す。いくつかの実施形態では、膵臓癌のための治療が必要な個体は、陰性局所リンパ節生検を示す。いくつかの実施形態では、膵臓癌のための治療が必要な個体は陽性局所リンパ節生検を示す。いくつかの実施形態では、膵臓癌のための治療が必要な個体は結節陰性膵臓腫瘍（例えば、リンパ節陰性）を示す。いくつかの実施形態では、膵臓癌のための治療が必要な個体は結節陽性腫瘍（例えば、リンパ節陽性）を示す。
【０２６６】
いくつかの実施形態では、膵臓癌のための治療が必要な個体における膵臓癌は、体内の他の部位に転移している。いくつかの実施形態では、膵臓癌はリンパ節、胃、胆管、肝臓、骨、卵巣、腹膜および脳からなる群より選択される部位に転移している。
【０２６７】
いくつかの実施形態では、癌細胞または前癌細胞は組織試料（例えば、生検試料）の組織学的分類または類別により特定される。いくつかの実施形態では、癌細胞または前癌細胞は、適切な分子マーカーの使用により特定される。
【０２６８】
いくつかの実施形態では、膵臓癌のための治療が必要な個体における膵臓癌は、対癌米国合同委員会（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｉｎｔ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ（ＡＪＣＣ））ＴＮＭ分類体系に従い段階分けされ、ここで、腫瘍（Ｔ）には、Ｔｘ、Ｔ１、Ｔ２、Ｔ３、Ｔ４のステージが割り当てられ；局所リンパ節（Ｎ）にはＮＸ、Ｎ０、Ｎ１のステージが割り当てられ；遠隔転移（Ｍ）にはＭＸ、Ｍ０、またはＭ１のステージが割り当てられる。いくつかの実施形態では、膵臓癌のための治療が必要な個体における膵臓癌はステージ０、Ｉ、ＩＡ、ＩＢ、ＩＩ、ＩＩＡ、ＩＩＢ、ＩＩＩ、およびＩＶ膵臓癌として段階分けされる。いくつかの実施形態では、膵臓癌のための治療が必要な個体における膵臓癌はグレードＧＸ（例えば、グレードを評価することができない）、グレード１、グレード２、グレード３またはグレード４として段階分けされる。
【０２６９】
本発明の化合物で治療される癌のより特定的な例としては、乳癌、肺癌、メラノーマ、結腸直腸癌、膀胱癌、卵巣癌、前立腺癌、腎臓癌、扁平上皮癌、神経膠芽腫、カポジ肉腫、多発性骨髄腫、および白血病が挙げられる。
【０２７０】
癌の評価および治療
「腫瘍細胞抗原」という用語は、本明細書では、腫瘍細胞上または体液中に、無関係腫瘍細胞、正常細胞、または正常体液中よりも、高い量で存在する抗原として定義される。抗原の存在は、当業者に知られている様々なアッセイにより試験することができ、限定はされないが、抗体によるネガティブおよび／またはポジティブ選択、例えばＥＬＩＳＡアッセイ、ラジオイムノアッセイ、またはウエスタンブロットが挙げられる。
【０２７１】
「アポトーシス誘導剤」という用語は、本明細書では、アポトーシス／プログラム細胞死を誘導することとして定義され、例えば、抗癌剤および細胞（例えば、腫瘍細胞）がプログラム細胞死を受けるように誘導される治療薬が挙げられる。例示的なアポトーシス誘導剤は、下でより詳細に記載される。
【０２７２】
「アポトーシス」または「プログラム細胞死」という用語は、不要なまたは無用な細胞が、発生および他の正常な生物学的過程中に排除される生理的プロセスとして定義される。アポトーシスは正常な生理的条件下で起こる細胞死の様式であり、細胞はそれ自体の消滅への積極的な参加者となる（「細胞自殺」）。これは正常細胞代謝回転および組織恒常性、胚形成、免疫寛容の誘導および維持、神経系の発達ならびに内分泌依存性組織萎縮中にしばしば見いだされる。アポトーシスを受ける細胞は、独特の形態的および生物化学的特徴を示す。これらの特徴としては、クロマチン凝集、核および細胞質凝縮、細胞質および核の膜結合小胞（アポトーシス小体）（リボソーム、形態学的に無傷なミトコンドリアおよび核材料を含む）への分配が挙げられる。インビボで、これらのアポトーシス小体は、マクロファージ、樹状細胞または隣接上皮細胞により迅速に認識され、貪食される。インビボでのアポトーシス細胞の除去のためのこの効率的なメカニズムのために、炎症反応が誘発されない。インビトロでは、アポトーシス小体ならびに残りの細胞断片は最終的に膨潤し、最後には溶解する。インビトロ細胞死のこの終末期は、「続発壊死」と呼ばれる。アポトーシスは、ＤＮＡ断片化、アネキシンＶの曝露、カスパーゼの活性化、チトクロムｃの放出、などのような当業者に知られている方法により測定することができる。死に誘導された細胞は、本明細書では「アポトーシス細胞」と呼ばれる。
【０２７３】
アポトーシスはまた、標準アネキシンＶアポトーシスアッセイを用いて試験することができ：ＮＩＨ：ＯＶＣＡＲ−３細胞は、６−ウェルプレート（ＮＵＮＣ）内で増殖され、４〜８時間、照射され、またはアンタゴニストで処置され（または別の抗癌剤と組み合わされて）、洗浄され、アネキシンＶ−ＦＩＴＣ（ＢＤ−Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で１時間染色される。細胞は、フローサイトメトリー（Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ、ＣｅｌｌＱｕｅｓｔ）により分析され、ヨウ化プロピジウムで対比染色され、再びフローサイトメーターで分析される。
【０２７４】
患者は、治療計画前、中および後を含む１つ以上の複数の時間点で、症状に関して評価することができる。治療により、対象の病状が改善でき、治療は１つ以上の下記因子が起きたかどうかを決定することにより評価することができる：腫瘍サイズの減少、細胞増殖の減少、細胞数の減少、新血管新生の減少、アポトーシスの増加、または腫瘍細胞の少なくとも一部の生存の減少。これらの発生の１つ以上により、場合によっては、癌の部分的または全消失および患者の生存の延長が得られる可能性がある。また、末期癌では、治療により、疾患の静止、生活の質の向上および／または生存の延長が得られる可能性がある。
【０２７５】
細胞移動をアッセイする方法
細胞移動のためのアッセイは文献、例えば、Brooks、et al.、J. Clin. Invest 1997、99:1390-1398において記載されており、細胞移動を測定するための方法は、当業者に知られている。本明細書で記載される細胞移動を測定するための１つの方法では、トランスウェル移動チャンバからの膜が、基質でコートされ、トランスウェルは洗浄され、非特異的結合部位はＢＳＡでブロックされる。サブコンフルエント培養物由来の腫瘍細胞を収集し、洗浄し、アッセイ抗体の存在下、または非存在下で、移動緩衝液中に再懸濁させる。腫瘍細胞を、コートさせたトランスウェル膜の下側まで移動させた後、膜の上面に残っている細胞を除去し、下側に移動した細胞をクリスタルバイオレットで染色する。その後、細胞移動を、顕微鏡視野あたりの直接細胞数により定量化する。
【０２７６】
腫瘍増殖をアッセイする方法
腫瘍増殖は、当業者に知られている方法、例えば、ＳＣＩＤマウスモデル、ヌードマウスモデル、および同系腫瘍を有するＢＡＬＢ／ｃマウスによりアッセイすることができる。腫瘍増殖のためのＳＣＩＤマウスモデルは下記のように実施される：サブコンフルエントヒトＭ２１メラノーマ細胞（または任意の望ましい腫瘍細胞型）を収集し、洗浄し、滅菌ＰＢＳ中に再懸濁させる（２０ｘ１０６／ｍＬ）。ＳＣＩＤマウスに１００μＬのＭ２１ヒトメラノーマ細胞（２ｘ１０６）懸濁液を皮下注射する。腫瘍細胞注射の３日後、マウスは処置しないか、または望ましい用量範囲のアンタゴニストを用いて腹腔内で処置する。マウスは毎日２４日間処置される。腫瘍サイズはノギスで測定され、体積は、式Ｖ＝（ＬｘＷ２）／２を用いて推定され、ここで、Ｖは体積に等しく、Ｌは長さに等しく、Ｗは幅に等しい。
【０２７７】
また、ヌードマウスモデル、ＳＣＩＤマウスモデルおよび／またはＢＡＬＢ／ｃ同系マウスモデルはまた、本明細書で記載されるヒト化抗エンドグリン抗体または抗原結合断片により腫瘍増殖およびその阻止を評価するために使用することができる。
【０２７８】
細胞増殖をアッセイする方法
細胞増殖は、当業者に知られている方法によりアッセイすることができる。本明細書で記載されるように、サブコンフルエントヒト内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）は、ＥＣＶまたはＥＣＶＬ細胞由来のＣＭ（２５μＬ）の存在下または非存在下、低（５．０％）血清を含む増殖緩衝液中に再懸濁させることができ、内皮細胞は２４時間増殖される。増殖は、市販のＷＳＴ−１アッセイキット（Ｃｈｅｍｉｃｏｎ）を用いてミトコンドリアデヒドロゲナーゼ活性を測定することにより定量化することができる。また、本明細書で記載されるように、増殖は標準方法を用いて３Ｈ組み込みを測定することにより定量化することができる。(She et al., Int. J. Cancer, 108: 251-257 (2004))。
【０２７９】
細胞増殖を評価する他の方法が当技術分野で知られており、本明細書で企図される。さらなる限定されない例が実施例でより詳細に記載される。 
【０２８０】
本明細書で記載される分類および段階分け体系は、本明細書で記載される癌の治療を評価する１つの手段を表し；さらに、他の段階分けスキームが当技術分野で知られており、本明細書で記載される方法と関連して使用され得ることは理解されるであろう。ほんの一例として、悪性腫瘍のＴＮＭ分類が、患者体内の癌の程度を説明するために、癌段階分け体系として使用され得る。Ｔは腫瘍サイズおよび、付近の組織に浸潤しているかどうかを説明し、Ｎは関係する局所リンパ節を説明し、Ｍは遠隔転移を説明する。ＴＮＭは、国際対癌連合（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｕｎｉｏｎ  Ａｇａｉｎｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ（ＵＩＣＣ））により維持され、対癌米国合同委員会（ＡＪＣＣ）および世界婦人科連合（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｆｅｄｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｏｂｓｔｅｔｒｉｃｓ（ＦＩＧＯ））により使用される。すべての腫瘍がＴＮＭ分類を有するわけではなく、例えば、脳腫瘍はそうではないことは理解されるであろう。一般に、Ｔ（ａは（０）、１−４である）は原発性腫瘍のサイズまたは直接の程度として測定される。Ｎ（０−３）は局所リンパ節への伝播の程度を示し：Ｎ０は腫瘍細胞が局所リンパ節にないことを意味し、Ｎ１は腫瘍細胞が最も近いまたは少数の局所リンパ節に伝播したことを意味し、Ｎ２は腫瘍細胞がＮ１とＮ３の間の程度まで伝播したことを意味し；Ｎ３は腫瘍細胞が最も遠くのまたは多くの局所リンパ節まで伝播したことを意味する。Ｍ（０／１）は転移の存在を示し：Ｍ０は遠隔転移が存在しないことを意味し；Ｍ１は転移が遠くの器官に起きたことを意味する（局所リンパ節を超えて）。他のパラメータもまた評価することができる。Ｇ（１−４）は癌細胞のグレードを示し（すなわち、正常細胞に類似すれば低いグレードであり、分化が乏しければ高いグレードである）。Ｒ（０／１／２）は、手術の完全性を示す（すなわち、癌細胞のないまたはある切除境界）。Ｌ（０／１）はリンパ管への浸潤を示す。Ｖ（０／１）は血管への浸潤を示す。Ｃ（１−４）はＶの確実性（質）の修飾因子を示す。
【０２８１】
癌細胞を分解し、その増殖を阻止し、または死滅させるのに有効なある量の本明細書で記載される化合物と細胞を接触させることを含む、癌細胞を分解し、その増殖を阻止し、または死滅させる方法が本明細書で提供される。
【０２８２】
個体に腫瘍サイズ増加を阻止し、腫瘍サイズを減少させ、腫瘍増殖を減少させ、または腫瘍増殖を防止するための有効量の、本明細書で記載される化合物を投与することを含む、個体において腫瘍サイズ増加を阻止し、腫瘍サイズを減少させ、腫瘍増殖を減少させ、または腫瘍増殖を防止する方法が本明細書で提供される。場合によっては、腫瘍の治療は、症状の静止を含み、すなわち患者を治療することにより、癌が悪化せず、患者の生存が延長される。
【０２８３】
患者は、治療計画前、中および後を含む１つ以上の複数の時間点で、症状に関して評価することができる。治療により、対象の病状が改善でき、治療は１つ以上の下記事象が起きたかどうかを決定することにより評価することができる：腫瘍サイズの減少、腫瘍細胞増殖の減少、細胞数の減少、新血管新生の減少、および／またはアポトーシスの増加。これらの発生の１つ以上により、場合によっては、癌の部分的または全消失および患者の生存の延長が得られる可能性がある。また、末期癌では、治療により、疾患の静止、生活の質の向上および／または生存の延長が得られる可能性がある。治療を評価する他の方法が当技術分野で知られており、本明細書で企図される。
【０２８４】
例示的な実施形態では、本発明のプロオリゴヌクレオチド化合物は、医学的障害、例えば、癌、またはあるクラスの不要な細胞の存在により特徴づけられる非悪性病状を患う対象、例えばほ乳類（例えば、ヒト）に投与される。
【０２８５】
主要評価項目測定値は、本明細書で記載される方法を用いて治療された患者に対して評価することができ、例えば、無進行生存を含む。１つの実施形態では、無進行生存の増加が、治療がない場合に比べ、約２倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍以上の量で観察される。別の実施形態では、無進行生存の増加は、治療がない場合に比べ、約３ヶ月、約６ヶ月、約９ヶ月、約１２ヶ月、約１８ヶ月、約２年、約３年、約４年、約５年以上の生存増加である。
【０２８６】
副次評価項目測定値もまた評価することができ、それには応答期間、腫瘍進行までの時間、全生存、重篤および非重篤有害事象が含まれる。例えば、治療は、疾患の進行を防止することができ（すなわち、静止）または改善することができる。その代わりに、またはさらに、他の１つ以上の下記に関し他の目標を測定することができる：腫瘍量の減少、新血管新生の減少、副作用の減少、有害反応の減少、および／または患者コンプライアンスの増加。
【０２８７】
本発明の化合物または組成物による処置が治療または予防に有用な疾患または障害の他の特定の例としては、移植片拒絶（例えば、腎臓、肝臓、心臓、肺、島細胞、膵臓、骨髄、角膜、小腸、移植皮膚片または異種移植片および他の移植片）、移植片対宿主病、骨関節炎、関節リウマチ、多発性硬化症、糖尿病、糖尿病性網膜症、炎症性腸疾患（例えば、クローン病、潰瘍性大腸炎、および他の腸疾患）、腎臓疾患、悪液質、敗血症性ショック、ループス、重症筋無力症、乾癬、皮膚炎、湿疹、脂漏、アルツハイマー病、パーキンソン病、化学療法中の幹細胞保護、自己または同種骨髄移植のためのエクスビボ選択またはエクスビボパージング、眼疾患、網膜症（例えば、黄斑変性症、糖尿病性網膜症、および他の網膜症）、角膜疾患、緑内障、感染症（例えば、細菌、ウイルス、または真菌）、心疾患、例えば、限定はされないが再狭窄が挙げられるが、それらに限定されない。
【０２８８】
ＲＮＡｓｅ  Ｌの活性化
２’−５’オリゴアデニレート（２−５Ａ）／ＲＮａｓｅ  Ｌ経路は、インターフェロンにより誘導される酵素経路の１つである。Ｒｎａｓｅ  Ｌは、２’−５’アデニル酸の５’−リン酸化断片への結合後に活性化される。２’−５’アデニル酸（２−５Ａ）のこれらの断片は、２’−５’オリゴ（Ａ）シンターゼの制御下で生成される。この経路は自然免疫系の一部であり、ウイルス感染の防止に重要な役割を果たす。一本鎖ＲＮＡの２−５Ａ−誘導開裂によりアポトーシスが得られる。２−５Ａの生体安定性ホスホロチオエート類似体は、Ｒｎａｓｅ  Ｌの強力な活性化剤であることが示されている(Xianh et al., Cancer Research (2003), 63:6795-6801)。この研究では、２−５Ａ類似体は、後期転移性ヒト前立腺癌株細胞ＤＵ１４５、ＰＣ３およびＬＮＣａＰの培養物において、Ｒｎａｓｅ  Ｌ活性を誘導し、アポトーシスを引き起こした。
【０２８９】
ＲＮａｓｅ  Ｌの持続活性化は、ウイルス感染細胞ならびに癌／腫瘍細胞を排除するアポトーシスのミトコンドリア経路を作動させる。ＲＮａｓｅ  Ｌは、線維肉腫増殖、前立腺癌増殖、結腸直腸癌増殖および膵臓癌増殖を阻止することができる。異なる癌におけるＲＮａｓｅ  Ｌの一般的な役割を考えると、本明細書で記載される本発明は任意の型の癌の治療のための使用とすることができることが企図される。Silverman, RH, Cytokine Growth Factor Rev, 18(5-6): 381-388 (2007);  Bisbal, C. and Silverman, RH, Biochimie. 89(6-7): 789-798 (2007)。一例として、ＲＮａｓｅ  Ｌの下方制御は、例示的な健康な集団におけるＲＮａｓｅ  Ｌの予め決定されるレベルと比較した場合の、ＲＮａｓｅ  Ｌをコードする１つまたは複数の遺伝子の発現レベルの任意の減少、ＲＮａｓｅ  Ｌをコードする１つまたは複数の遺伝子のサイレンシング、ＲＮａｓｅ  Ｌを含むタンパク質の発現／翻訳のレベルの減少、細胞内に存在するＲＮａｓｅ  Ｌの量の減少、および／またはＲＮａｓｅ  Ｌの活性の任意の減少を示す。または、本明細書で記載されるようにＲＮａｓｅ  Ｌレベルのいずれの減少もＲＮａｓｅ  Ｌの下方制御を示すことができる。
１つの例示的な実施形態では、本明細書で記載される化合物は、下方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌを有する疾患の治療に有用である。別の実施形態では、下方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌと関連する疾患は癌である。さらなる実施形態では、癌は膵臓癌、前立腺癌、または結腸直腸癌である。また、本明細書で記載される化合物は上方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌを有する疾患の治療に有用である。１つの例示的な実施形態では、上方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌを有する疾患は、慢性疲労症候群である。上方制御されたＲＮａｓｅ  Ｌを有する追加の疾患は当技術分野で知られており、本明細書で企図される。
【０２９０】
治療薬として使用される場合、本明細書で記載される核酸は医薬組成物として投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、治療的有効量の、式１のキラルＸ−ホスホネート部分を含む核酸、またはその薬学的に許容される塩、および、薬学的に許容される希釈剤、薬学的に許容される賦形剤、および薬学的に許容される担体から選択される少なくとも１つの薬学的に許容される不活性成分を含む。別の実施形態では、医薬組成物は静脈内注射、経口投与、頬側投与、吸入、経鼻投与、局所投与、点眼投与または耳投与のために製剤化される。さらなる実施形態、医薬組成物は、錠剤、ピル、カプセル、液体、吸入剤、点鼻溶液、坐剤、懸濁液、ゲル、コロイド、分散物、懸濁液、溶液、エマルジョン、軟膏、ローション、点眼剤または点耳薬である。
【０２９１】
医薬組成物および投与
別の態様では、本発明は、非ラセミプロオリゴヌクレオチドを薬学的に許容される賦形剤との混合物として含む医薬組成物を提供する。当業者は、医薬組成物が上で記載される非ラセミプロオリゴヌクレオチドの薬学的に許容される塩を含むことを認識するであろう。
【０２９２】
送達を増強および標的とするための化合物
本明細書で記載されるプロオリゴヌクレオチドは、様々な送達戦略、例えば、オリゴヌクレオチドの様々なリガンドとのコンジュゲートならびにナノ担体アプローチの使用を用いて送達させることができる。本明細書で記載されるプロオリゴヌクレオチドと共に使用するために、任意の核酸送達戦略が企図される。化学的コンジュゲート、カチオン性脂質／リポソームトランスファ小胞および超分子ナノ担体を含むが、それらに限定されない例示的な送達戦略間の選択は、治療状況に依存し、および最適送達様式を決定するための方法は、当技術分野で知られており、さらに本明細書で企図される。
【０２９３】
細胞透過性化合物（「ＣＰＣ」）
多くの化合物が、カーゴ、例えば核酸のための担体として作用し、インビボ設定で核酸の細胞内への進入を促進することが知られている。例示的な担体がDietz et al.、Molecular & Cellular Neuroscience、27(2): 85-131 (2004)において記載され、これは、参照により本明細書に組み込まれる。Ｔａｔおよびアンテナペディア転写制御因子由来のプロトタイプのＣＰＣが、多くの新規部分により接合されている。例として、ペプチドであるＣＰＣは、アルギンおよびリシンリッチの比較的短い（９〜３０アミノ酸）ポリカチオン性ペプチド、または膜相互作用的疎水性配列とすることができる。ＣＰＣは、組換えＤＮＡ技術により結合することができ、またはペプチド、オリゴヌクレオチドまたはナノ担体に化学的に結合させることができ、それらはその後、ＣＰＣのための「カーゴ」を含む。
【０２９４】
細胞標的リガンド（「ＣＴＬ」）
別の戦略は、効率的な内部移行を受けることができる細胞表面受容体に高い親和性で結合するＣＴＬの使用によりオリゴヌクレオチドを送達するものである。可能なリガンドとしては、抗体、ファージディスプレイライブラリ由来のポリペプチド、および有機小分子が挙げられる。追加の細胞標的リガンドが当技術分野で知られており、または開発されるであろうし、本明細書で記載される本発明と共に使用するために企図される。様々な受容体がしばしば、特定の細胞型上で優先的に発現されるので、このアプローチは、オリゴヌクレオチド試薬に対する選択性の改善の可能性を提供する。例示的な受容体標的としては、リポタンパク質受容体（例えば肝臓内のもの）、インテグリン、受容体チロシンキナーゼ、およびＧ−タンパク質共役型受容体（ＧＰＣＲ）スーパーファミリーが挙げられるが、それらに限定されない。
【０２９５】
ナノ担体
核酸を送達させるのに様々な超分子ナノ担体を使用することができる。例示的なナノ担体としては、リポソーム、カチオン性ポリマー複合体および様々なポリマーが挙げられるが、それらに限定されない。核酸の様々なポリカチオンとの複合体化は細胞内送達のための別のアプローチであり；これは、ペグ化ポリカチオン、ポリエチレンアミン（ＰＥＩ）複合体、カチオン性ブロックコポリマー、およびデンドリマーの使用を含む。いくつかのカチオン性ナノ担体、例えばＰＥＩおよびポリアミドアミンデンドリマーは、エンドソームからの内容物の放出を助ける。他のアプローチとしては、ポリマーナノ粒子、ポリマーミセル、量子ドットおよびリポプレックスの使用が挙げられる。
【０２９６】
本明細書で記載される例示的な送達戦略に加えて追加の核酸送達戦略が、知られている。
【０２９７】
治療および／または診断用途では、本発明の化合物は、様々な投与様式、例えば全身および局所または限局性投与のために製剤化することができる。技術および製剤は一般にRemington, The Science and Practice of Pharmacy, (20th ed. 2000)において見いだされ得る。
【０２９８】
本発明による化合物は広範囲の用量範囲にわたって有効である。例えば、成人のヒトの治療では、０．０１〜１０００ｍｇ、０．５〜１００ｍｇ、１〜５０ｍｇ／日、および５〜１００ｍｇ／日の用量が、使用され得る用量の例である。正確な用量は、投与経路、化合物が投与される形態、治療される対象、治療される対象の体重、ならびに担当医の好みおよび経験に依存するであろう。
【０２９９】
薬学的に許容される塩は、一般に当業者によく知られており、一例として、酢酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ベシル酸塩、安息香酸塩、炭酸水素塩、酒石酸水素塩、臭化物、エデド酸カルシウム、カンシル酸塩、炭酸塩、クエン酸塩、エデト酸塩、エジシル酸塩、エストレート、エシレート、フマル酸塩、グルセプテート、グルコン酸塩、グルタミン酸塩、グリコリルアルサニレート、ヘキシルレゾルシン酸塩、ヒドラバミン、臭化水素酸塩、塩酸塩、ヒドロキシナフトエート、ヨウ化物、イセチオン酸塩、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、ムケート、ナプシレート、硝酸塩、パモ酸塩（エンボネート）、パントテン酸塩、リン酸塩／二リン酸塩、ポリガラクツロン酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、塩基性酢酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、タンニン酸塩、酒石酸塩、またはテオクル酸塩が挙げられるがそれらに限定されない。他の薬学的に許容される塩は、例えば、Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed.  2000)において見いだされ得る。好ましい薬学的に許容される塩としては、例えば、酢酸塩、安息香酸塩、臭化物、炭酸塩、クエン酸塩、グルコン酸塩、臭化水素酸塩、塩酸塩、マレイン酸塩、メシル酸塩、ナプシレート、パモ酸塩（エンボネート）、リン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、または酒石酸塩が挙げられる。
【０３００】
治療される特定の病状によって、そのような薬剤は、液体または固体剤形に製剤化され、全身または局所投与され得る。薬剤は、例えば、当業者に知られているような時限または持続低放出形態で送達され得る。製剤および投与のための技術は、Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed.  2000)において見いだされ得る。好適な経路としては、経口、頬側、吸入噴霧、舌下、直腸、経皮、膣内、経粘膜、経鼻または腸投与；非経口送達、例えば、筋内、皮下、髄内注射、ならびにくも膜下腔内、直接脳室内、静脈内、関節内、胸骨内、滑膜内、肝臓内、病巣内、頭蓋内、腹腔内、鼻内、または眼内注射または他の送達様式が挙げられる。
【０３０１】
注射のために、本発明の薬剤は、水溶液、例えば生理的に適合可能な緩衝液、例えばＨａｎｋ溶液、Ｒｉｎｇｅｒ溶液、または生理食塩水で製剤化され、希釈され得る。そのような経粘膜投与のために、透過されるバリアに適切な浸透剤が、製剤において使用される。そのような浸透剤は、当技術分野において一般に知られている。
【０３０２】
全身投与に好適な用量に、本発明の実施のために本明細書で開示された化合物を製剤化するための薬学的に許容される不活性担体の使用は本発明の範囲内である。担体の適正な選択および好適な製造実践により、本発明の組成物、特に、溶液として製剤化されたものは、非経口により、例えば静脈内注射により投与され得る。化合物は、当技術分野でよく知られている薬学的に許容される担体を用いて経口投与に好適な用量に容易に製剤化され得る。そのような担体は、治療される対象（例えば、患者）により経口摂取させるために、本発明の化合物を錠剤、ピル、カプセル、液体、ゲル、シロップ、スラリー、懸濁液などとして製剤化させることができる。
【０３０３】
経鼻または吸入送達のために、本発明の薬剤はまた、当業者に知られている方法により製剤化することができ、例えば、物質、例えば、生理食塩水、保存剤、例えばベンジルアルコール、吸収促進剤、およびフルオロカーボンを可溶化、希釈、または分散させる例が挙げられるが、それらに限定されない。
【０３０４】
本発明において使用するのに好適な医薬組成物としては、活性成分がその所期の目的を達成するために有効量で含まれている組成物が挙げられる。有効量の決定は、とりわけ本明細書で提供される詳細な開示を考慮すると、十分当業者の能力の範囲内である。
【０３０５】
活性成分に加えて、これらの医薬組成物は、薬学的に使用することができる調製物への活性化合物の処理を促進する賦形剤および助剤を含む好適な薬学的に許容される担体を含有することができる。経口投与のために製剤化された調製物は、錠剤、糖衣錠、カプセル、または溶液の形態とすることができる。
【０３０６】
経口用の医薬調製物は、活性化合物を固体賦形剤と組み合わせ、任意で得られた混合物を粉砕し、必要に応じて好適な助剤を添加した後、顆粒混合物を処理し、錠剤または糖衣錠コアを得ることにより得ることができる。好適な賦形剤は、特に、増量剤、例えば糖であり、ラクトース、スクロース、マンニトール、またはソルビトール；セルロース調製物、例えば、トウモロコシデンプン、コムギデンプン、コメデンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチル−セルロース、ナトリウムカルボキシメチル−セルロース（ＣＭＣ）、および／またはポリビニルピロリドン（ＰＶＰ：ポビドン）が挙げられる。必要に応じて、崩壊剤、例えば、架橋ポリビニルピロリドン、寒天、またはアルギン酸またはその塩、例えばアルギン酸ナトリウムを添加してもよい。
【０３０７】
糖衣錠コアには好適なコーティングが提供される。この目的のために、濃糖溶液を使用してもよく、これは、任意でアラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カーボポールゲル、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、および／または二酸化チタン、ラッカー溶液、および好適な有機溶媒または溶媒混合物を含むことができる。識別のために、または活性化合物用量の異なる組み合わせを特徴づけるために色素または顔料を錠剤または糖衣錠コーティングに添加してもよい。
【０３０８】
経口で使用することができる医薬調製物としては、ゼラチン製の押し込み型カプセル、ならびにゼラチン、および可塑剤、例えばグリセロールまたはソルビトールから製造された密閉ソフトカプセルが挙げられる。押し込み型カプセルは、活性成分を増量剤、例えばラクトース、結合剤、例えばデンプン、および／または滑択剤、例えばタルクまたはステアリン酸マグネシウムおよび任意で、安定化剤との混合物中で含むことができる。ソフトカプセルでは、活性化合物は好適な液体、例えば脂肪油、流動パラフィン、または液体ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）中に溶解または懸濁され得る。さらに、安定化剤を添加してもよい。
【０３０９】
治療または防止される特定の病状、または疾患状態によって、通常その病状を治療または防止するために投与される追加の治療薬を、この発明の阻害剤と共に投与してもよい。例えば、化学療法薬または他の抗増殖剤を、増殖性疾患および癌を治療するために本発明の阻害剤と組み合わせてもよい。公知の化学療法薬の例としては、アドリアマイシン、デキサメタゾン、ビンクリスチン、シクロホスファミド、フルオロウラシル、トポテカン、タキソール、インターフェロン、および白金誘導体が挙げられるが、それらに限定されない。
【０３１０】
また、本発明の非ラセミプロオリゴヌクレオチドと組み合わせてもよい薬剤の他の例としては、抗炎症薬、例えばコルチコステロイド、ＴＮＦブロッカー、ＩＬ−１ＲＡ、アザチオプリン、シクロホスファミド、およびスルファサラジン；免疫調節および免疫抑制薬、例えばシクロスポリン、タクロリムス、ラパマイシン、ミコフェノール酸モフェチル、インターフェロン、コルチコステロイド、シクロホスファミド、アザチオプリン、およびスルファサラジン；神経栄養因子、例えばアセチルコリンエステラーゼ阻害剤、ＭＡＯ阻害剤、インターフェロン、抗痙攣薬、イオンチャネルブロッカー、リルゾール、および抗パーキンソン病薬；心血管疾患を治療するための薬剤、例えばβ−ブロッカー、ＡＣＥ阻害剤、利尿薬、ナイトレート、カルシウムチャネルブロッカー、およびスタチン；肝臓疾患を治療するための薬剤、例えばコルチコステロイド、コレスチラミン、インターフェロン、および抗ウイルス薬；血液障害を治療するための薬剤、例えばコルチコステロイド、抗白血病薬、および増殖因子；糖尿病を治療するための薬剤、例えばインスリン、インスリン類似体、αグルコシダーゼ阻害剤、ビグアナイド、およびインスリン感受性改善薬；ならびに免疫不全疾患を治療するための薬剤、例えばγグロブリンが挙げられるが、それらに限定されない。
【０３１１】
これらの追加の薬剤は、非ラセミプロオリゴヌクレオチド含有組成物と別個に、複数薬剤レジメンの一部として投与することができる。また、これらの薬剤は、単一組成物中で非ラセミプロオリゴヌクレオチドと一緒に混合された単一剤形の一部とすることができる。
【０３１２】
下記で提供される実施例および調製物はさらに、本発明の化合物およびそのような化合物を調製する方法を説明し例示する。本発明の範囲はいかなる意味においても下記実施例および調製物の範囲により制限されるものではないことが理解されるべきである。
【０３１３】
実施例
実施例１：（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｔｔ］の合成をスキームＡに示す。
【化１２４】
0005998326.tif 000127
【０３１４】
８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イルホスホネート（１ｔ）（１００μｍｏｌ）を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ；５００μｍｏｌ）を添加し、混合物を５分間撹拌させる。アミノアルコール（Ｌ−２）（１００μｍｏｌ）の溶液を、無水ピリジンを用いて繰り返し共蒸発させ、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。アミノアルコール溶液を反応混合物に一滴ずつシリンジにより添加し、混合物を５分間アルゴン下で撹拌させる。３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン３ｔを、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発を使用して乾燥させ１００μｍｏｌピリジンに溶解させる。上記混合物をカニューレを介して、無水（１００μｍｏｌ）ピリジン中の３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン３ｔ溶液に添加する。５分後、Ｎ−トリフルオロアセチルイミダゾール（ＣＦ３ＣＯＩｍ；２００μｍｏｌ）を添加する。さらに３０秒後、Ｎ，Ｎ’−ジメチルチウラムジスルフィド（ＤＴＤ；１２０μｍｏｌ）を添加する。さらに３分後、混合物を真空で乾燥させる。濃ＮＨ３（１０ｍＬ）を残渣に添加し、混合物を１２時間、５５℃で加熱する。その後、混合物を室温まで冷却させ、その後減圧下で濃縮して乾燥させる。混合物をＣＨＣｌ３（５ｍＬ）で希釈し、０．２Ｍリン酸緩衝液（ｐＨ７．０、５ｍＬ）で洗浄する。水層をＣＨＣｌ３（２×５ｍＬ）で逆抽出させる。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して乾燥させる。残渣を分取ＴＬＣにより精製する。生成物をＣＨＣｌ３（５ｍＬ）に溶解し、０．２Ｍ  １，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウムビカーボネート緩衝液（５ｍＬ）で洗浄し、ＣＨＣｌ３（２×５ｍＬ）で逆抽出する。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、濃縮して乾燥させ、（ＳＰ）−４ｔｔを得る。
【０３１５】
実施例２．（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−デオキシアデノシン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ａｔ］の合成
（ＳＰ）−４ａｔを１ｔの代わりに１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−デオキシアデノシン−３’−イルホスホネート（１ａ）から、（ＳＰ）−４ｔｔのための実施例１およびスキームＡで記載される反応工程を使用して得る。
【０３１６】
実施例３．（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−デオキシシチジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｃｔ］の合成
（ＳＰ）−４ｃｔを、１ｔの代わりに１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−デオキシシチジン−３’−イルホスホネート（１ｃ）から、（ＳＰ）−４ｔｔのための実施例１およびスキームＡで記載される反応工程を使用して得る。
【０３１７】
実施例４．（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）デオキシグアノシン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｇｔ］の合成
（ＳＰ）−４ｇｔを１ｔの代わりに１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）デオキシグアノシン−３’−イルホスホネート（１ｇ）から、（ＳＰ）−４ｔｔのための実施例１およびスキームＡで記載される反応工程を使用して得る。
【０３１８】
実施例５．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（Ｒｐ）−４ｔｔ］の合成
（ＲＰ）−４ｔｔを、（ＳＰ）−４ｔｔの合成のための実施例１およびスキームＡで記載される変換を介して、Ｌ−２の代わりに、キラル試薬として、アミノアルコールＤ−２を使用して生成させる。
【化１２５】
0005998326.tif 000128
【０３１９】
実施例６．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）デオキシアデノシン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−４ａｔ］の合成
（ＲＰ）−４ａｔを、実施例２で記載される変換を介して、化合物１ａならびにＬ−２の代わりに、キラル試薬として、アミノアルコールＤ−２を使用して生成させる。
【０３２０】
実施例７．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）デオキシシチジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−４ｃｔ］の合成
（ＲＰ）−４ｃｔを、実施例３で上記で記載される変換を介して、化合物１ｃならびにＬ−２の代わりに、キラル試薬として、アミノアルコールＤ−２を使用して生成させる。
【０３２１】
実施例８．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）デオキシグアノシン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−４ｇｔ］の合成
（ＲＰ）−４ｇｔを、実施例４で上記で記載される変換を介して、化合物１ｇならびにＬ−２の代わりに、キラル試薬として、アミノアルコールＤ−２を使用して生成させる。
【化１２６】
0005998326.tif 000129
【０３２２】
実施例９．スキームＢに記載される、（ＲＰ）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−７ｔｔ］の合成
１ｔ（１００μｍｏｌ）を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ；５００μｍｏｌ）を添加し、混合物を５分間撹拌させる。混合物に、無水ピリジンを用いた共蒸発により乾燥させ、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させたアミノアルコール（（αＲ，２Ｓ）−６）（１００μｍｏｌ）の溶液を、一滴ずつシリンジにより添加し、混合物を５分間アルゴン下で撹拌させる。３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジンを、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発を使用して乾燥させ１００μｍｏｌピリジンに溶解させる。上記混合物をカニューレを介して、乾燥（１００μｍｏｌ）ピリジン中の３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン３ｔの溶液に添加する。１５分後、混合物を減圧下で濃縮する。残渣をＣＨ２Ｃｌ２（５ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３（３×５ｍＬ）で洗浄する。水層を合わせ、ＣＨ２Ｃｌ２（２×５ｍＬ）で逆抽出する。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して約１ｍＬとする。残渣を一滴ずつシリンジにより、０℃で、無水ＣＨ２Ｃｌ２（２０ｍＬ）中の撹拌１％トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）溶液に添加する。さらに５分後、混合物を無水ＣＨ２Ｃｌ２（１００ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（２×１００ｍＬ）で洗浄する。水層を合わせ、ＣＨ２Ｃｌ２（２×１００ｍＬ）で逆抽出する。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して乾燥させ粗（ＲＰ）−７ｔｔを得る。
【０３２３】
実施例１０．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）デオキシアデノシン−３’−イル３′−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−７ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−７ａｔを実施例９で記載されるように、１ｔの代わりに１ａを使用して生成させる。
【０３２４】
実施例１１．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）デオキシシチジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−７ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−７ｃｔを実施例９で記載されるように、１ｔの代わりに１ｃを使用して生成させる。
【０３２５】
実施例１２．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）デオキシグアノシン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−７ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−７ｇｔを実施例９で記載されるように、１ｔの代わりに１ｇを使用して生成させる。
【０３２６】
実施例１３．（ＳＰ）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−７ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−７ｔｔを実施例９で記載されるように、キラル試薬として（αＲ，２Ｓ）−６の代わりに（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【０３２７】
実施例１４．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）デオキシアデノシン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−７ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−７ａｔを実施例９で記載されるように、化合物１ａならびにキラル試薬として（αＲ，２Ｓ）−６の代わりに（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【０３２８】
実施例１５．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）デオキシシチジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−７ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−７ｃｔを実施例９で記載されるように、化合物１ｃならびにキラル試薬として（αＲ，２Ｓ）−６の代わりに（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【０３２９】
実施例１６．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）デオキシグアノシン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−７ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−７ｇｔを実施例９で記載されるように、化合物１ｇならびにキラル試薬として（αＲ，２Ｓ）−６の代わりに（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【化１２７】
0005998326.tif 000130
【０３３０】
実施例１７．（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−１０ｕｕ］の合成
１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−３’−イルホスホネート（８ｕ）（１００μｍｏｌ）を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ；５００μｍｏｌ）を添加し、混合物を５分間撹拌させる。混合物に、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させたアミノアルコール（Ｌ−２）（１００μｍｏｌ）の溶液を、一滴ずつシリンジにより添加し、混合物を５分間アルゴン下で撹拌させる。２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン９ｕを、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発を使用して乾燥させ１００μｍｏｌピリジンに溶解させる。その後、上記混合物をカニューレを介して、２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン９ｕ（１００μｍｏｌ）の溶液に添加する。１０分後、Ｎ−トリフルオロアセチルイミダゾール（ＣＦ３ＣＯＩｍ；２００μｍｏｌ）を添加する。さらに３０秒後、Ｎ，Ｎ’−ジメチルチウラムジスルフィド（ＤＴＤ；１２０μｏｌ）を添加する。さらに３分後、混合物を真空で乾燥させる。残渣に、濃ＮＨ３−ＥｔＯＨ（３：１、ｖ／ｖ、１０ｍＬ）を添加し、混合物を１２時間撹拌させ、その後減圧下濃縮して乾燥させる。その後、混合物をＣＨＣｌ３（５ｍＬ）で希釈し、０．２Ｍリン酸緩衝液（ｐＨ７．０、５ｍＬ）で洗浄する。水層をＣＨＣｌ３（２×５ｍＬ）で逆抽出する。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して乾燥させる。残渣を分取ＴＬＣにより精製する。生成物をＣＨＣｌ３（５ｍＬ）に溶解し、０．２Ｍ  １，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウムビカーボネート緩衝液（５ｍＬ）で洗浄し、ＣＨＣｌ３（２×５ｍＬ）で逆抽出する。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、濃縮して乾燥させ（ＳＰ）−１０ｕｕを得る。
【０３３１】
実施例１８．（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）アデノシン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−１０ａｕ］の合成
（ＳＰ）−１０ａｕを、実施例１７で記載されるように、８ｕの代わりに１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）アデノシン−３’−イルホスホネート（８ａ）を使用して生成させる。
【０３３２】
実施例１９．（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２′−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）シチジン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５′−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−１０ｃｕ］の合成
（ＳＰ）−１０ｃｕを、実施例１７で記載されるように、８ｕの代わりに１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）シチジン−３’−イルホスホネート（８ｃ）を使用して生成させる。
【０３３３】
実施例２０．（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）グアノシン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−１０ｇｕ］の合成
（ＳＰ）−１０ｇｕを、実施例１７で記載されるように、８ｕの代わりに１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）グアノシン−３’−イルホスホネート（８ｇ）を使用して生成させる。
【０３３４】
実施例２１．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−１０ｕｕ］の合成
（Ｒｐ）−１０ｕｕを、実施例１７で記載されるように、キラル試薬Ｌ−２の代わりにキラル試薬Ｄ−２を使用して生成させる。
【０３３５】
実施例２２．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）アデノシン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−１０ａｕ］の合成
（ＲＰ）−１０ａｕを、実施例１７で記載されるように、８ｕの代わりに８ａを、キラル試薬Ｌ−２の代わりにキラル試薬Ｄ−２を使用して生成させる。
【０３３６】
実施例２３．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）シチジン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−１０ｃｕ］の合成
（ＲＰ）−１０ｃｕを、実施例１７で記載されるように、８ｕの代わりに８ｃを、キラル試薬Ｌ−２の代わりにキラル試薬Ｄ−２を使用して生成させる。
【０３３７】
実施例２４．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）グアノシン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−１０ｇｕ］の合成
（ＲＰ）−１０ｇｕを実施例１７で記載されるように、８ｕの代わりに８ｇを、キラル試薬Ｌ−２の代わりにキラル試薬Ｄ−２を使用して生成させる。
【化１２８】
0005998326.tif 000131
【０３３８】
実施例２５．（ＲＰ）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−１２ｕｕ］の合成
８ｕ（１００μｍｏｌ）を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ；５００μｍｏｌ）を添加し、混合物を５分間撹拌させる。混合物に、無水ピリジンを用いた共蒸発により乾燥させ、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させたアミノアルコール（（αＲ，２Ｓ）−６）（１００μｍｏｌ）の溶液を、一滴ずつシリンジにより添加し、混合物を５分間アルゴン下で撹拌させる。その後、混合物を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発およびピリジン中での溶解により調製した９ｕ（１００μｍｏｌ）の溶液にカニューレを介して添加する。１５分後、混合物を減圧下で濃縮する。残渣をＣＨ２Ｃｌ２（５ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３（３×５ｍＬ）で洗浄する。水層を合わせ、ＣＨ２Ｃｌ２（２×５ｍＬ）で逆抽出する。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して約１ｍＬとする。残渣を一滴ずつシリンジにより、０℃で、乾燥ＣＨ２Ｃｌ２（２０ｍＬ）中の撹拌１％トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）溶液に添加する。さらに５分後、混合物を無水ＣＨ２Ｃｌ２（１００ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（２×１００ｍＬ）で洗浄する。水層を合わせ、ＣＨ２Ｃｌ２（２×１００ｍＬ）で逆抽出する。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して乾燥させ粗（Ｒｐ）−１２ｕｕを得、これを３１Ｐ  ＮＭＲにより分析する。
【０３３９】
実施例２６．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）アデノシン−３’−イル２’，３′−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−１２ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１２ａｕを実施例２５で記載されるように、８ｕの代わりに８ａを使用して生成させる。
【０３４０】
実施例２７．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）シチジン−３′−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−１２ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１２ｃｕを、実施例２５で記載されるように、８ｕの代わりに８ｃを使用して生成させる。
【０３４１】
実施例２８．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）グアノシン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−１２ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１２ｇｕを実施例２５で記載されるように、８ｕの代わりに８ｇを使用して生成させる。
【０３４２】
実施例２９．（ＳＰ）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−１２ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１２ｕｕを、実施例２５で記載されるように、キラル試薬（αＲ，２Ｓ）−６の代わりにキラル試薬（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【０３４３】
実施例３０．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）アデノシン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−１２ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１２ａｕを、実施例２５で記載されるように、８ｕの代わりに８ａを、キラル試薬（αＲ，２Ｓ）−６の代わりにキラル試薬（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【０３４４】
実施例３１．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）シチジン−３′−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−１２ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１２ｃｕを、実施例２５で記載されるように、８ｕの代わりに８ｃを、キラル試薬（αＲ，２Ｓ）−６の代わりにキラル試薬（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【０３４５】
実施例３２．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−２’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）グアノシン−３’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−１２ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１２ｇｕを、実施例２５で記載されるように、８ｕの代わりに８ｇを、キラル試薬（αＲ，２Ｓ）−６の代わりにキラル試薬（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【化１２９】
0005998326.tif 000132
【０３４６】
実施例３３．（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５′−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−１４ｕｕ］の合成
１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−３’−イルホスホネート（１３ｕ）（１００μｍｏｌ）を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ；５００μｍｏｌ）を添加し、混合物を５分間撹拌させる。混合物に、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させたアミノアルコール（Ｌ−２）（１００μｍｏｌ）の溶液を、一滴ずつシリンジにより添加し、混合物を５分間アルゴン下で撹拌させる。２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン９ｕを、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発を使用して乾燥させ１００μｍｏｌピリジンに溶解させる。その後、上記混合物をカニューレを介して、２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン９ｕ（１００μｍｏｌ）の溶液に添加する。１０分後、Ｎ−トリフルオロアセチルイミダゾール（ＣＦ３ＣＯＩｍ；２００μｍｏｌ）を添加する。さらに３０秒後、Ｎ，Ｎ’−ジメチルチウラムジスルフィド（ＤＴＤ；１２０μｏｌ）を添加する。さらに３分後、混合物を真空で乾燥させる。残渣に、濃ＮＨ３−ＥｔＯＨ（３：１、ｖ／ｖ、１０ｍＬ）を添加し、混合物を１２時間撹拌させ、その後減圧下で濃縮して乾燥させる。その後、混合物をＣＨＣｌ３（５ｍＬ）で希釈し、０．２Ｍリン酸緩衝液（ｐＨ７．０、５ｍＬ）で洗浄する。水層をＣＨＣｌ３（２×５ｍＬ）で逆抽出する。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して乾燥させる。残渣を分取ＴＬＣにより精製する。生成物をＣＨＣｌ３（５ｍＬ）に溶解し、０．２Ｍ  １，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウムビカーボネート緩衝液（５ｍＬ）で洗浄し、ＣＨＣｌ３（２×５ｍＬ）で逆抽出する。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、濃縮して乾燥させ（ＳＰ）−１４ｕｕを得る。
【０３４７】
実施例３４．（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）アデノシン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−１４ａｕ］の合成
（ＳＰ）−１４ａｕを実施例３３で記載されるように、１３ｕの代わりに１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）アデノシン−２’−イルホスホネート（１３ａ）を使用して生成させる。
【０３４８】
実施例３５．（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）シチジン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−１４ｃｕ］の合成
（ＳＰ）−１４ｃｕを実施例３３で記載されるように、１３ｕの代わりに１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）シチジン−２’−イルホスホネート（１３ｃ）を使用して生成させる。
【０３４９】
実施例３６．（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）グアノシン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−１４ｇｕ］の合成
（ＳＰ）−１４ｇｕを実施例３３で記載されるように、１３ｕの代わりに１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）グアノシン−２’−イルホスホネート（１３ｇ）を使用して生成させる。
【０３５０】
実施例３７．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−１４ｕｕ］の合成
（Ｒｐ）−１４ｕｕを、実施例３３で記載されるように、キラル試薬Ｌ−２の代わりにキラル試薬Ｄ−２を使用して生成させる。
【０３５１】
実施例３８．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）アデノシン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−１４ａｕ］の合成
（ＲＰ）−１４ａｕを、実施例３３で記載されるように、１３ｕの代わりに１３ａを、キラル試薬Ｌ−２の代わりにキラル試薬Ｄ−２を使用して生成させる。
【０３５２】
実施例３９．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）シチジン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−１４ｃｕ］の合成
（ＲＰ）−１４ｃｕを、実施例３３で記載されるように、１３ｕの代わりに１３ｃを、キラル試薬Ｌ−２の代わりにキラル試薬Ｄ−２を使用して生成させる。
【０３５３】
実施例４０．（ＲＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）グアノシン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−１４ｇｕ］の合成
（ＲＰ）−１４ｇｕを、実施例３３で記載されるように、１３ｕの代わりに１３ｇを、キラル試薬Ｌ−２の代わりにキラル試薬Ｄ−２を使用して生成させる。
【化１３０】
0005998326.tif 000133
【０３５４】
実施例４１．（ＲＰ）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−１５ｕｕ］の合成
１３ｕ（１００μｍｏｌ）を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ，Ｎ’−ビス（２−オキソ−３−オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ；５００μｍｏｌ）を添加し、混合物を５分間撹拌させる。混合物に、無水ピリジンを用いた共蒸発により乾燥させ、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させたアミノアルコール（（αＲ，２Ｓ）−６）（１００μｍｏｌ）の溶液を、一滴ずつシリンジにより添加し、混合物を５分間アルゴン下で撹拌させる。その後、混合物を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発およびピリジン中での溶解により調製した９ｕ（１００μｍｏｌ）の溶液にカニューレを介して添加する。１５分後、混合物を減圧下で濃縮する。残渣をＣＨ２Ｃｌ２（５ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３（３×５ｍＬ）で洗浄する。水層を合わせ、ＣＨ２Ｃｌ２（２×５ｍＬ）で逆抽出する。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して約１ｍＬとする。残渣を一滴ずつシリンジにより、０℃で、乾燥ＣＨ２Ｃｌ２（２０ｍＬ）中の撹拌１％トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）溶液に添加する。さらに５分後、混合物を乾燥ＣＨ２Ｃｌ２（１００ｍＬ）で希釈し、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（２×１００ｍＬ）で洗浄する。水層を合わせ、ＣＨ２Ｃｌ２（２×１００ｍＬ）で逆抽出する。有機層を合わせ、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して乾燥させ粗（Ｒｐ）−１５ｕｕを得、これを３１Ｐ  ＮＭＲにより分析する。
【０３５５】
実施例４２．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）アデノシン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−１５ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１５ａｕを実施例４１で記載されるように、１３ｕの代わりに１３ａを使用して生成させる。
【０３５６】
実施例４３．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）シチジン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−１５ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１５ｃｕを実施例４１で記載されるように、１３ｕの代わりに１３ｃを使用して生成させる。
【０３５７】
実施例４４．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）グアノシン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−１５ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１５ｇｕを実施例４１で記載されるように、１３ｕの代わりに１３ｇを使用して生成させる。
【０３５８】
実施例４５．（ＳＰ）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−２’−イル  ２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−１５ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１５ｕｕを実施例４１で記載されるように、キラル試薬（αＲ，２Ｓ）−６の代わりにキラル試薬（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【０３５９】
実施例４６．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）アデノシン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−１５ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１５ａｕを実施例４１で記載されるように、１３ｕの代わりに１３ａを、キラル試薬（αＲ，２Ｓ）−６の代わりにキラル試薬（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【０３６０】
実施例４７．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）シチジン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−１５ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１５ｃｕを実施例４１で記載されるように、１３ｕの代わりに１３ｃを、キラル試薬（αＲ，２Ｓ）−６の代わりにキラル試薬（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【０３６１】
実施例４８．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）−３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）グアノシン−２’−イル２’，３’−Ｏ−ビス（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）ウリジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＳＰ）−１５ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１５ｇｕを実施例４１で記載されるように、１３ｕの代わりに１３ｇを、キラル試薬（αＲ，２Ｓ）−６の代わりにキラル試薬（αＳ，２Ｒ）−６を使用して生成させる。
【化１３１】
0005998326.tif 000134
【０３６２】
実施例４９．スキームＧで記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチル核酸プロドラッグ［（ＲＰ）−１６ｔｔ］の合成
（ＲＰ）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−７ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ−クロロスクシンイミド（０．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物を２時間０℃で撹拌させる。混合物を濃縮し、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。上記混合物を、無水ピリジン（１００μｍｏｌ）中のＳ−アセチル−２−チオエタノール（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−１６ｔｔを得る。
【０３６３】
実施例５０．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチドの［（ＲＰ）−１６ａｔ］合成
粗（ＲＰ）−１６ａｔを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ａｔを使用して生成させる。
【０３６４】
実施例５１．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチドの［（ＲＰ）−１６ｃｔ］合成
粗（ＲＰ）−１６ｃｔを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ｃｔを使用して生成させる。
【０３６５】
実施例５２．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１６ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−１６ｇｔを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ｇを使用して生成させる。
【０３６６】
実施例５３．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１６ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−１６ｔｔを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｔｔを使用して生成させる。
【０３６７】
実施例５４．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１６ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−１６ａｔを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ａｔを使用して生成させる。
【０３６８】
実施例５５．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１６ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−１６ｃｔを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｃｔを使用して生成させる。
【０３６９】
実施例５６．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネーのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチドト［（ＳＰ）−１６ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−１６ｇｔを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｇｔを使用して生成させる。
【０３７０】
実施例５７．（ＲＰ）ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１６ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１６ｕｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｕｕを使用して生成させる。
【０３７１】
実施例５８．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１６ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１６ａｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０３７２】
実施例５９．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１６ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１６ｃｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｃｕを使用して生成させる。
【０３７３】
実施例６０．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１６ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１６ｇｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｇｕを使用して生成させる。
【０３７４】
実施例６１．（ＳＰ）ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１６ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１６ｕｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ｕｕを使用して生成させる。
【０３７５】
実施例６２．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネート［（ＳＰ）−１６ａｕ］のＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチドの合成
粗（ＳＰ）−１６ａｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０３７６】
実施例６３．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１６ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１６ｃｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０３７７】
実施例６４．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１６ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１６ｇｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ｇｕを使用して生成させる。
【０３７８】
実施例６５．（ＲＰ）ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１７ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１７ｕｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｕｕを使用して生成させる。
【０３７９】
実施例６６．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１７ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１７ａｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ａｕを使用して生成させる。
【０３８０】
実施例６７．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１７ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１７ｃｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｃｕを使用して生成させる。
【０３８１】
実施例６８．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルＨ−ホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１７ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１７ｇｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｇｕを使用して生成させる。
【０３８２】
実施例６９．（ＳＰ）ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１７ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１７ｕｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｕｕを使用して生成させる。
【０３８３】
実施例７０．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１７ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１７ａｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ａｕを使用して生成させる。
【０３８４】
実施例７１．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１７ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１７ｃｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｃｕを使用して生成させる。
【０３８５】
実施例７２．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのＳ−アシル−２−チオエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１７ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１７ｇｕを実施例４９で記載されるように、（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｇｕを使用して生成させる。
【化１３２】
0005998326.tif 000135
【０３８６】
実施例７３．スキームＨで記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１８ｔｔ］の合成
（ＲＰ）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−７ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ−クロロスクシンイミド（０．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物を２時間０℃で撹拌させる。混合物を濃縮し、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。上記混合物を、無水塩化メチレン（１００μｍｏｌ）中のヒドロキシメチルアセテート（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−１８ｔｔを得る。
【０３８７】
実施例７４．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１８ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−１８ａｔを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ａｔを使用して生成させる。
【０３８８】
実施例７５．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１８ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−１８ｃｔを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ｃｔを使用して生成させる。
【０３８９】
実施例７６．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１８ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−１８ｇｔを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ｇを使用して生成させる。
【０３９０】
実施例７７．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１８ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−１８ｔｔを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｔｔを使用して生成させる。
【０３９１】
実施例７８．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１８ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−１８ａｔを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ａｔを使用して生成させる。
【０３９２】
実施例７９．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１８ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−１８ｃｔを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｃｔを使用して生成させる。
【０３９３】
実施例８０．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１８ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−１８ｇｔを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｇｔを使用して生成させる。
【０３９４】
実施例８１．（ＲＰ）ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１８ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１８ｕｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｕｕを使用して生成させる。
【０３９５】
実施例８２．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１８ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１８ａｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０３９６】
実施例８３．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１８ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１８ｃｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｃｕを使用して生成させる。
【０３９７】
実施例８４．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１８ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１８ｇｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｇｕを使用して生成させる。
【０３９８】
実施例８５．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１８ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１８ｕｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ｕｕを使用して生成させる。
【０３９９】
実施例８６．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１８ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１８ａｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０４００】
実施例８７．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１８ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１８ｃｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０４０１】
実施例８８．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１８ｇｕ］合成
粗（ＳＰ）−１８ｇｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ｇｕを使用して生成させる。
【０４０２】
実施例８９．（ＲＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１９ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１９ｕｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｕｕを使用して生成させる。
【０４０３】
実施例９０．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１９ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１９ａｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ａｕを使用して生成させる。
【０４０４】
実施例９１．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１９ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１９ｃｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｃｕを使用して生成させる。
【０４０５】
実施例９２．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−１９ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１９ｇｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｇｕを使用して生成させる。
【０４０６】
実施例９３．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１９ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１９ｕｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｕｕを使用して生成させる。
【０４０７】
実施例９４．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１９ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１９ａｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ａｕを使用して生成させる。
【０４０８】
実施例９５．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１９ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１９ｃｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｃｕを使用して生成させる。
【０４０９】
実施例９６．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−１９ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−１９ｇｕを実施例７３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｇｕを使用して生成させる。
【０４１０】
【化１３３】
0005998326.tif 000136
【０４１１】
実施例９７．スキームＩに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２０ｔｔ］の合成
（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水塩化メチレン（１ｍＬ）に溶解させる。混合物を、無水塩化メチレン（１００μｍｏｌ）中の、Bodor et al. J. Org. Chem. (1983), 48:5280の方法により調製された酢酸クロロメチル（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−２０ｔｔを得る。
【０４１２】
実施例９８．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２０ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２０ａｔを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０４１３】
実施例９９．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２０ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２０ｃｔを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０４１４】
実施例１００．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２０ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２０ｇｔを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｇを使用して生成させる。
【０４１５】
実施例１０１．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２０ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２０ｔｔを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｔｔを使用して生成させる。
【０４１６】
実施例１０２．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２０ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２０ａｔを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０４１７】
実施例１０３．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２０ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２０ｃｔを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０４１８】
実施例１０４．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２０ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２０ｇｔを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｇｔを使用して生成させる。
【０４１９】
実施例１０５．（ＲＰ）ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２０ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２０ｕｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０４２０】
実施例１０６．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２０ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２０ａｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４２１】
実施例１０７．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２０ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２０ｃｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｃｕを使用して生成させる。
【０４２２】
実施例１０８．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２０ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２０ｇｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０４２３】
実施例１０９．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２０ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２０ｕｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０４２４】
実施例１１０．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２０ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２０ａｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４２５】
実施例１１１．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２０ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２０ｃｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４２６】
実施例１１２．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２０ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２０ｇｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０４２７】
実施例１１３．（ＲＰ）ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２１ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２１ｕｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０４２８】
実施例１１４．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２１ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２１ａｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０４２９】
実施例１１５．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２１ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２１ｃｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０４３０】
実施例１１６．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２１ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２１ｇｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【０４３１】
実施例１１７．（ＳＰ）ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２１ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２１ｕｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０４３２】
実施例１１８．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２１ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２１ａｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０４３３】
実施例１１９．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２１ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２１ｃｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０４３４】
実施例１２０．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアシルオキシプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２１ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２１ｇｕを実施例９７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【化１３４】
0005998326.tif 000137
【０４３５】
実施例１２１．スキームＪに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２２ｔｔ］の合成
（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水塩化メチレン（１ｍＬ）に溶解させる。混合物を、無水塩化メチレン（１００μｍｏｌ）中のメチルアクリレート（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（（ＲＰ）−２２ｔｔを得る。
【０４３６】
実施例１２２（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２２ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２２ａｔを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０４３７】
実施例１２３．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２２ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２２ｃｔを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｃｔ（ＲＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０４３８】
実施例１２４（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチドの［（ＲＰ）−２２ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２２ｇｔを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｇを使用して生成させる。
【０４３９】
実施例１２５．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２２ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２２ｔｔを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｔｔを使用して生成させる。
【０４４０】
実施例１２６．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２２ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２２ａｔを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０４４１】
実施例１２７．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２２ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２２ｃｔを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０４４２】
実施例１２８．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２２ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２２ｇｔを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｇｔを使用して生成させる。
【０４４３】
実施例１２９．（ＲＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２２ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２２ｕｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０４４４】
実施例１３０．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２２ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２２ａｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４４５】
実施例１３１．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２２ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２２ｃｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｃｕを使用して生成させる。
【０４４６】
実施例１３２．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２２ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２２ｇｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０４４７】
実施例１３３．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２２ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２２ｕｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０４４８】
実施例１３４．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２２ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２２ａｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４４９】
実施例１３５．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２２ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２２ｃｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４５０】
実施例１３６．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２２ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２２ｇｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０４５１】
実施例１３７．（ＲＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２３ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２３ｕｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０４５２】
実施例１３８．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２３ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２３ａｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０４５３】
実施例１３９．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２３ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２３ｃｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０４５４】
実施例１４０．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２３ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２３ｇｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【０４５５】
実施例１４１．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２３ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２３ｕｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０４５６】
実施例１４２．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２３ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２３ａｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０４５７】
実施例１４３．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２３ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２３ｃｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０４５８】
実施例１４４．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートの２−カルボアルコキシエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２３ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２３ｇｕを実施例１２１で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【化１３５】
0005998326.tif 000138
【０４５９】
実施例１４５．スキームＫに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２４ｔｔ］の合成
（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を、無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水エタノール（１ｍＬ）に溶解させる。混合物を、無水エタノール（１００μｍｏｌ）中のジエチルジスルフィド（２００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−２４ｔｔを得る。
【０４６０】
実施例１４６．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２４ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２４ａｔを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０４６１】
実施例１４７．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２４ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２４ｃｔを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０４６２】
実施例１４８．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２４ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２４ｇｔを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｇを使用して生成させる。
【０４６３】
実施例１４９．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２４ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２４ｔｔを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｔｔを使用して生成させる。
【０４６４】
実施例１５０．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２４ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２４ａｔを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０４６５】
実施例１５１．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２４ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２４ｃｔを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０４６６】
実施例１５２．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２４ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２４ｇｔを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｇｔを使用して生成させる。
【０４６７】
実施例１５３．（ＲＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２４ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２４ｕｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０４６８】
実施例１５４．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２４ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２４ａｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４６９】
実施例１５５．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２４ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２４ｃｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｃｕを使用して生成させる。
【０４７０】
実施例１５６．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２４ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２４ｇｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０４７１】
実施例１５７．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２４ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２４ｕｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０４７２】
実施例１５８．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２４ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２４ａｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４７３】
実施例１５９．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２４ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２４ｃｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４７４】
実施例１６０．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２４ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２４ｇｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０４７５】
実施例１６１．（ＲＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２５ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２５ｕｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０４７６】
実施例１６２．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２５ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２５ａｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０４７７】
実施例１６３．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２５ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２５ｃｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０４７８】
実施例１６４．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２５ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２５ｇｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【０４７９】
実施例１６５．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２５ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２５ｕｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０４８０】
実施例１６６．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２５ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２５ａｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０４８１】
実施例１６７．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２５ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２５ｃｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０４８２】
実施例１６８．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２５ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２５ｇｕを実施例１４５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【化１３６】
0005998326.tif 000139
【０４８３】
実施例１６９．スキームＬに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２６ｔｔ］の合成
−７８℃の塩化メチレン（１ｍＬ）中のトリメチルシリルトリフラート（１００μｍｏｌ）の溶液に３，３−ジメトキシプロピルアセテート（１００μｍｏｌ）を添加する。−７８℃で３０分間撹拌した後、（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を無水塩化メチレン（１ｍＬ）中で添加する。混合物を室温まで温める。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−２６ｔｔを得る。
【０４８４】
実施例１７０．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２６ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２６ａｔを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０４８５】
実施例１７１．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２６ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２６ｃｔを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０４８６】
実施例１７２．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２６ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２６ｇｔを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｇを使用して生成させる。
【０４８７】
実施例１７３．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２６ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２６ｔｔを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｔｔを使用して生成させる。
【０４８８】
実施例１７４．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２６ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２６ａｔを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０４８９】
実施例１７５．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２６ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２６ｃｔを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０４９０】
実施例１７６．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２６ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２６ｇｔを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｇｔを使用して生成させる。
【０４９１】
実施例１７７．（ＲＰ）ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２６ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２６ｕｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０４９２】
実施例１７８．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２６ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２６ａｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４９３】
実施例１７９．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２６ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２６ｃｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｃｕを使用して生成させる。
【０４９４】
実施例１８０．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２６ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２６ｇｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０４９５】
実施例１８１．（ＳＰ）ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２６ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２６ｕｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０４９６】
実施例１８２．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２６ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２６ａｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４９７】
実施例１８３．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２６ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２６ｃｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０４９８】
実施例１８４．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２６ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２６ｇｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０４９９】
実施例１８５．（ＲＰ）ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２７ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２７ｕｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０５００】
実施例１８６．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２７ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２７ａｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０５０１】
実施例１８７．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２７ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２７ｃｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０５０２】
実施例１８８．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２７ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２７ｇｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【０５０３】
実施例１８９．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２７ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２７ｕｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０５０４】
実施例１９０．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２７ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２７ａｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０５０５】
実施例１９１．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２７ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２７ｃｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０５０６】
実施例１９２．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオアセタールプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２７ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２７ｇｕを実施例１６９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【化１３７】
0005998326.tif 000140
【０５０７】
実施例１９３．スキームＭに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２８ｔｔ］の合成
ＤＭＦ（１ｍＬ）中の（Ｅ）−３−クロロプロプ−１−エニルアセテート（１００μｍｏｌ）の溶液に（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を添加する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−２８ｔｔを得る。
【０５０８】
実施例１９４．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２８ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２８ａｔを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０５０９】
実施例１９５．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２８ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２８ｃｔを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０５１０】
実施例１９６．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２８ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−２８ｇｔを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｇを使用して生成させる。
【０５１１】
実施例１９７．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２８ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２８ｔｔを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｔｔを使用して生成させる。
【０５１２】
実施例１９８（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２８ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２８ａｔを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０５１３】
実施例１９９．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２８ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２８ｃｔを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０５１４】
実施例２００．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２８ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−２８ｇｔを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｇｔを使用して生成させる。
【０５１５】
実施例２０１．（ＲＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２８ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２８ｕｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０５１６】
実施例２０２．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２８ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２８ａｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０５１７】
実施例２０３．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２８ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２８ｃｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｃｕを使用して生成させる。
【０５１８】
実施例２０４．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２８ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２８ｇｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０５１９】
実施例２０５．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２８ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２８ｕｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０５２０】
実施例２０６．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２８ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２８ａｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０５２１】
実施例２０７．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２８ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２８ｃｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０５２２】
実施例２０８．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２８ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２８ｇｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０５２３】
実施例２０９．（ＲＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２９ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２９ｕｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０５２４】
実施例２１０．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２９ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２９ａｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０５２５】
実施例２１１．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２９ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２９ｃｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０５２６】
実施例２１２．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−２９ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−２９ｇｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【０５２７】
実施例２１３．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２９ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２９ｕｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０５２８】
実施例２１４．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２９ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２９ａｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０５２９】
実施例２１５．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２９ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２９ｃｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０５３０】
実施例２１６．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ３エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−２９ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−２９ｇｕを実施例１９３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【化１３８】
0005998326.tif 000141
【０５３１】
実施例２１７．スキームＮに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３０ｔｔ］の合成
ＤＭＦ（１ｍＬ）中の（Ｅ）−４−クロロブト−１−エニルアセテート（１００μｍｏｌ）の溶液に（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を添加する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−３０ｔｔを得る。
【０５３２】
実施例２１８．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３０ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−３０ａｔを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０５３３】
実施例２１９．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３０ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−３０ｃｔを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０５３４】
実施例２２０．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３０ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−３０ｇｔを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｇを使用して生成させる。
【０５３５】
実施例２２１．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３０ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−３０ｔｔを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｔｔを使用して生成させる。
【０５３６】
実施例２２２．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３０ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−３０ａｔを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０５３７】
実施例２２３．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３０ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−３０ｃｔを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０５３８】
実施例２２４．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３０ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−３０ｇｔを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｇｔを使用して生成させる。
【０５３９】
実施例２２５．（ＲＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３０ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−３０ｕｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０５４０】
実施例２２６．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３０ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−３０ａｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０５４１】
実施例２２７．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３０ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−３０ｃｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｃｕを使用して生成させる。
【０５４２】
実施例２２８．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３０ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−３０ｇｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０５４３】
実施例２２９．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３０ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−３０ｕｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０５４４】
実施例２３０．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３０ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−３０ａｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０５４５】
実施例２３１．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３０ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−３０ｃｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０５４６】
実施例２３２．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３０ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−３０ｇｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０５４７】
実施例２３３．（ＲＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３１ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−３１ｕｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０５４８】
実施例２３４．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３１ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−３１ａｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０５４９】
実施例２３５．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３１ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−３１ｃｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０５５０】
実施例２３６．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−３１ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−３１ｇｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【０５５１】
実施例２３７．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３１ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−３１ｕｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０５５２】
実施例２３８．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３１ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−３１ａｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０５５３】
実施例２３９．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３１ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−３１ｃｕを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０５５４】
実施例２４０．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのＣ４エノールエステルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−３１ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−３１ｇｕをを実施例２１７で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【化１３９】
0005998326.tif 000142
【０５５５】
実施例２４１．５’−Ｏ−（メトキシトリチル）保護２’−５’−Ａ３Ｈ−ホスホネートの合成がスキームＯ−ａに記載される。
５’−Ｏ−（メトキシトリチル）保護化合物３２を、スキーム６、実施例４１で記載されるように９ａと結合させる。得られたＨ−ホスホネート３３を、ＣＨ２Ｃｌ２中１％ＴＦＡによる処理により、５’−Ｏ−（メトキシトリチル）脱保護に供し、５’−ＯＨ化合物３４を得る。スキーム６、実施例４１で記載されるように３４の３２との結合はＨ−ホスホネートトリヌクレオチド３５を与える。ＣＨ２Ｃｌ２中１％ＴＦＡによる５’−ＯＨ基の脱保護はＨ−ホスホネートトリヌクレオチド３６を与える。
【化１４０】
0005998326.tif 000143
【０５５６】
実施例２４２．２’−５’−Ａ３Ｓ−アセチル−２−チオエチルプロヌクレオチドの合成がスキームＯ−ｂで記載される。
５’−ＯＨ  Ｈ−ホスホネートトリヌクレオチド化合物３６を、ＵＳ７，２０２，２２４号に記載されるＥｌｄｒｕｐの方法により、Ｓ−アセチル−２−チオエチルプロドラッグに変換させる。３６（１ｍｍｏｌ）に、１Ｈ−テトラゾール（１．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物をＰ２Ｏ５上で一晩中乾燥させる。この混合物に乾燥アセトニトリル（１０ｍＬ）、続いてビス（Ｓ−アセチル−２−チオエチル）Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルホスホラミダイト（１．１ｍｍｏｌ）を添加し、得られた混合物を室温で２時間撹拌させる。溶媒を除去し、残渣を−４０℃まで冷却し、ジクロロメタン（１０ｍＬ）中ｍ−ＣＰＢＡ（１．０ｍｍｏｌ）の溶液を添加する。室温で１時間撹拌した後、ＮａＨＳＯ３水溶液を添加し、有機層を分離し、生成物３７をクロマトグラフィーにより単離する。
【０５５７】
化合物３７を、スキーム７、実施例４９の手順に続いて最終生成物に変換させる。化合物３７（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ−クロロスクシンイミド（０．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物を２時間０℃で撹拌させる。混合物を濃縮し、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解する。上記混合物を、無水ピリジン（１００μｍｏｌ）中Ｓ−アセチル−２−チオエタノール（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、３９を得る。
【化１４１】
0005998326.tif 000144
【０５５８】
実施例２４３．スキームＰに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネート［（ＲＰ）−１６ｔｔ］のトリメチルアンモニウムエチル核酸プロドラッグの合成
（ＲＰ）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−７ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ−クロロスクシンイミド（０．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物を２時間０℃で撹拌させる。混合物を濃縮し、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解する。上記混合物を、無水ピリジン（１００μｍｏｌ）中１−（２−ヒドロキシ）−エチル−トリメチルアンモニウムクロリド（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−４０ｔｔを得る。
【０５５９】
実施例２４４．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４０ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４０ａｔを実施例２４３で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ａｔを使用して生成させる。
【０５６０】
実施例２４５．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４０ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４０ｃｔを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ｃｔを使用して生成させる。
【０５６１】
実施例２４６．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４０ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４０ｇｔを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ｇを使用して生成させる。
【０５６２】
実施例２４７．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４０ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４０ｔｔを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｔｔを使用して生成させる。
【０５６３】
実施例２４８．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４０ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４０ａｔを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ａｔを使用して生成させる。
【０５６４】
実施例２４９．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４０ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４０ｃｔを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｃｔを使用して生成させる。
【０５６５】
実施例２５０．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４０ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４０ｇｔを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｇｔを使用して生成させる。
【０５６６】
実施例２５１．（ＲＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４０ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４０ｕｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｕｕを使用して生成させる。
【０５６７】
実施例２５２．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４０ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４０ａｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０５６８】
実施例２５３．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４０ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−１６ｃｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｃｕを使用して生成させる。
【０５６９】
実施例２５４．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４０ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４０ｇｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｇｕを使用して生成させる。
【０５７０】
実施例２５５．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４０ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４０ｕｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ｕｕを使用して生成させる。
【０５７１】
実施例２５６．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４０ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４０ａｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０５７２】
実施例２５７．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４０ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４０ｃｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０５７３】
実施例２５８．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４０ｇｕ］．
粗（ＳＰ）−４０ｇｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ｇｕを使用して生成させる。
【０５７４】
実施例２５９．（ＲＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４１ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４１ｕｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１５ｕｕを使用して生成させる。
【０５７５】
実施例２６０．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４１ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４１ａｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ａｕを使用して生成させる。
【０５７６】
実施例２６１．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４１ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４１ｃｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｃｕを使用して生成させる。
【０５７７】
実施例２６２．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルＨ−ホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４１ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４１ｇｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｇｕを使用して生成させる。
【０５７８】
実施例２６３．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４１ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４１ｕｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｕｕを使用して生成させる。
【０５７９】
実施例２６４．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４１ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４１ａｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ａｕを使用して生成させる。
【０５８０】
実施例２６５．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４１ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４１ｃｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｃｕを使用して生成させる。
【０５８１】
実施例２６６．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのトリメチルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４１ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４１ｇｕを実施例４９で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｇｕを使用して生成させる。
【化１４２】
0005998326.tif 000145
【０５８２】
実施例２６７．スキームＱに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメート核酸プロドラッグ［（ＲＰ）−４２ｔｔ］の合成
（ＲＰ）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−７ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ−クロロスクシンイミド（０．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物を２時間０℃で撹拌させる。混合物を濃縮し、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解する。上記混合物を、無水ピリジン（１００μｍｏｌ）中Ｎ−メトキシ−Ｎ−メチル−３−ヒドロキシプロピオンアミド（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−４２ｔｔを得る。
【０５８３】
実施例２６８．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４２ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４２ａｔを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ａｔを使用して生成させる。
【０５８４】
実施例２６９．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４２ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４２ｃｔを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ｃｔを使用して生成させる。
【０５８５】
実施例２７０．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４２ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４２ｇｔを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ｇを使用して生成させる。
【０５８６】
実施例２７１．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４２ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４２ｔｔを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｔｔを使用して生成させる。
【０５８７】
実施例２７２．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４２ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４２ａｔを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ａｔを使用して生成させる。
【０５８８】
実施例２７３．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４２ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４２ｃｔを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｃｔを使用して生成させる。
【０５８９】
実施例２７４．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４２ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４２ｇｔを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｇｔを使用して生成させる。
【０５９０】
実施例２７５．（ＲＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４２ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４２ｕｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｕｕを使用して生成させる。
【０５９１】
実施例２７６．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４２ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４２ａｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０５９２】
実施例２７７．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４２ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４２ｃｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｃｕを使用して生成させる。
【０５９３】
実施例２７８．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４２ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４２ｇｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｇｕを使用して生成させる。
【０５９４】
実施例２７９．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４２ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４２ｕｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ｕｕを使用して生成させる。
【０５９５】
実施例２８０．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４２ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４２ａｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０５９６】
実施例２８１．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４２ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４２ｃｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０５９７】
実施例２８２．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４２ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４２ｇｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ｇｕを使用して生成させる。
【０５９８】
実施例２８３．（ＲＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４３ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４３ｕｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１５ｕｕを使用して生成させる。
【０５９９】
実施例２８４．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４３ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４３ａｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ａｕを使用して生成させる。
【０６００】
実施例２８５．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４３ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４３ｃｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｃｕを使用して生成させる。
【０６０１】
実施例２８６．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルＨ−ホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４３ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４３ｇｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｇｕを使用して生成させる。
【０６０２】
実施例２８７．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４３ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４３ｕｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｕｕを使用して生成させる。
【０６０３】
実施例２８８．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４３ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４３ａｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ａｕを使用して生成させる。
【０６０４】
実施例２８９．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４３ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４３ｃｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｃｕを使用して生成させる。
【０６０５】
実施例２９０．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４３ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４３ｇｕを実施例２６７で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｇｕを使用して生成させる。
【化１４３】
0005998326.tif 000146
【０６０６】
実施例２９１．スキームＲに記載される（ＲＰ）−チミジン−３′−イルチミジン−５′−イルホスホネートのアシルヒドロキサメート核酸プロドラッグ［（ＲＰ）−４４ｔｔ］の合成
（ＲＰ）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−７ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ−クロロスクシンイミド（０．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物を２時間０℃で撹拌させる。混合物を濃縮し、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解する。上記混合物を、無水ピリジン（１００μｍｏｌ）中Ｎ−アシルオキシ−Ｎ−メチル−３−ヒドロキシプロピオンアミド（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−４４ｔｔを得る。
【０６０７】
実施例２９２．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４４ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４０ａｔを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ａｔを使用して生成させる。
【０６０８】
実施例２９３．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４４ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４４ｃｔを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ｃｔを使用して生成させる。
【０６０９】
実施例２９４．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４４ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４４ｇｔを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−７ｇを使用して生成させる。
【０６１０】
実施例２９５．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４４ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４４ｔｔを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｔｔを使用して生成させる。
【０６１１】
実施例２９６．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４４ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４４ａｔを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ａｔを使用して生成させる。
【０６１２】
実施例２９７．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４４ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４４ｃｔを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｃｔを使用して生成させる。
【０６１３】
実施例２９８．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４４ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４４ｇｔを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−７ｇｔを使用して生成させる。
【０６１４】
実施例２９９．（ＲＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４４ｕｕ］．
粗（ＲＰ）−４４ｕｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｕｕを使用して生成させる。
【０６１５】
実施例３００．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４４ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４４ａｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０６１６】
実施例３０１．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４４ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４４ｃｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｃｕを使用して生成させる。
【０６１７】
実施例３０２．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４４ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４０ｇｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１２ｇｕを使用して生成させる。
【０６１８】
実施例３０３．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４４ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４４ｕｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ｕｕを使用して生成させる。
【０６１９】
実施例３０４．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４４ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４４ａｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０６２０】
実施例３０５．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４４ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４４ｃｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ａｕを使用して生成させる。
【０６２１】
実施例３０６．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４４ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４４ｇｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１２ｇｕを使用して生成させる。
【０６２２】
実施例３０７．（ＲＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４５ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４５ｕｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１５ｕｕを使用して生成させる。
【０６２３】
実施例３０８．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４５ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４５ａｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ａｕを使用して生成させる。
【０６２４】
実施例３０９．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４５ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４５ｃｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｃｕを使用して生成させる。
【０６２５】
実施例３１０．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルＨ−ホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４５ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４５ｇｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｇｕを使用して生成させる。
【０６２６】
実施例３１１．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４５ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４５ｕｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｕｕを使用して生成させる。
【０６２７】
実施例３１２．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４５ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４５ａｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ａｕを使用して生成させる。
【０６２８】
実施例３１３．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４５ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４５ｃｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｃｕを使用して生成させる。
【０６２９】
実施例３１４．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホネートのアシルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４５ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４５ｇｕを実施例２９１で記載されるように（ＲＰ）−７ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１５ｇｕを使用して生成させる。
【化１４４】
0005998326.tif 000147
【０６３０】
実施例３１５．スキームＳに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４６ｔｔ］の合成
（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水塩化メチレン（１ｍＬ）に溶解させる。混合物を無水塩化メチレン（１００μｍｏｌ）中ビニルトリメチルアンモニウムクロリド（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−４６ｔｔを得る。
【０６３１】
実施例３１６．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４６ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４６ａｔを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０６３２】
実施例３１７．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４６ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４６ｃｔを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０６３３】
実施例３１８．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４６ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４６ｇｔを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｇを使用して生成させる。
【０６３４】
実施例３１９．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４６ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４６ｔｔを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｔｔを使用して生成させる。
【０６３５】
実施例３２０．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４６ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４６ａｔを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０６３６】
実施例３２１．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４６ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４６ｃｔを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０６３７】
実施例３２２．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４６ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４６ｇｔを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｇｔを使用して生成させる。
【０６３８】
実施例３２３．（ＲＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４６ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４６ｕｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０６３９】
実施例３２４．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４６ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４６ａｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０６４０】
実施例３２５．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４６ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４６ｃｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｃｕを使用して生成させる。
【０６４１】
実施例３２６．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４６ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４６ｇｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０６４２】
実施例３２７．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４６ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４６ｕｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０６４３】
実施例３２８．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４６ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４６ａｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０６４４】
実施例３２９．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４６ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４６ｃｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０６４５】
実施例３３０．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４６ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４６ｇｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０６４６】
実施例３３１．（ＲＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−４７ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４７ｕｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０６４７】
実施例３３２．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４７ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４７ａｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０６４８】
実施例３３３．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４７ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４７ｃｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０６４９】
実施例３３４．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４７ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４７ｇｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【０６５０】
実施例３３５．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４７ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４７ｕｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０６５１】
実施例３３６．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４７ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４７ａｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０６５２】
実施例３３７．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４７ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４７ｃｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０６５３】
実施例３３８．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４７ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４７ｇｕを実施例３１５で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【化１４５】
0005998326.tif 000148
【０６５４】
実施例３３９．スキームＴに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４８ｔｔ］の合成
（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水塩化メチレン（１ｍＬ）に溶解させる。混合物を無水塩化メチレン（１００μｍｏｌ）中Ｎ，Ｏ−ジメチルアクリルアミド（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−４８ｔｔを得る。
【０６５５】
実施例３４０．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４８ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４８ａｔを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０６５６】
実施例３４１．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４８ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４８ｃｔを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０６５７】
実施例３４２．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４８ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−４８ｇｔを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｇを使用して生成させる。
【０６５８】
実施例３４３．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４８ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４８ｔｔを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｔｔを使用して生成させる。
【０６５９】
実施例３４４．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４８ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４８ａｔを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０６６０】
実施例３４５．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４８ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４８ｃｔを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０６６１】
実施例３４６．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４８ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−４８ｇｔを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｇｔを使用して生成させる。
【０６６２】
実施例３４７．（ＲＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４８ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４８ｕｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０６６３】
実施例３４８．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４８ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４８ａｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０６６４】
実施例３４９．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４８ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４８ｃｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｃｕを使用して生成させる。
【０６６５】
実施例３５０．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４８ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４８ｇｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０６６６】
実施例３５１．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４８ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４８ｕｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０６６７】
実施例３５２．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４８ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４８ａｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０６６８】
実施例３５３（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４８ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４８ｃｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０６６９】
実施例３５４．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４８ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４８ｇｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０６７０】
実施例３５５．（ＲＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４９ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４９ｕｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０６７１】
実施例３５６．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４９ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４９ａｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０６７２】
実施例３５７．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−４９ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４９ｃｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０６７３】
実施例３５８．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＲＰ）−４９ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−４９ｇｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【０６７４】
実施例３５９．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４９ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４９ｕｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０６７５】
実施例３６０．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４９ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４９ａｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０６７６】
実施例３６１．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４９ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４９ｃｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０６７７】
実施例３６２．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アルキルヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−４９ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−４９ｇｕを実施例３３９で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【化１４６】
0005998326.tif 000149
【０６７８】
実施例３６３．スキームＵに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５０ｔｔ］の合成
（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−４ｔｔ］（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水塩化メチレン（１ｍＬ）に溶解させる。混合物を無水塩化メチレン（１００μｍｏｌ）中Ｎ−メチル−Ｎ−アセトキシ−アクリルアミド（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−５０ｔｔを得る。
【０６７９】
実施例３６４．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５０ａｔ］の合成
粗（ＲＰ）−５０ａｔを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０６８０】
実施例３６５．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５０ｃｔ］の合成
粗（ＲＰ）−５０ｃｔを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０６８１】
実施例３６６．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５０ｇｔ］の合成
粗（ＲＰ）−５０ｇｔを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−４ｇを使用して生成させる。
【０６８２】
実施例３６７．（ＳＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−５０ｔｔ］の合成
粗（ＳＰ）−５０ｔｔを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｔｔを使用して生成させる。
【０６８３】
実施例３６８．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−デオキシアデノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−５０ａｔ］の合成
粗（ＳＰ）−５０ａｔを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ａｔを使用して生成させる。
【０６８４】
実施例３６９．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−デオキシシチジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−５０ｃｔ］の合成
粗（ＳＰ）−５０ｃｔを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｃｔを使用して生成させる。
【０６８５】
実施例３７０．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−デオキシグアノシン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−５０ｇｔ］の合成
粗（ＳＰ）−５０ｇｔを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−４ｇｔを使用して生成させる。
【０６８６】
実施例３７１．（ＲＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５０ｕｕ］の合成
粗（ＲＰ）−５０ｕｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０６８７】
実施例３７２．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５０ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−５０ａｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０６８８】
実施例３７３．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５０ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−５０ｃｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｃｕを使用して生成させる。
【０６８９】
実施例３７４．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５０ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−５０ｇｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＲＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０６９０】
実施例３７５．（ＳＰ）−ウリジン−３’−イルウリジン５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−５０ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−５０ｕｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｕｕを使用して生成させる。
【０６９１】
実施例３７６．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−５０ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−５０ａｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０６９２】
実施例３７７．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−５０ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−５０ｃｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ａｕを使用して生成させる。
【０６９３】
実施例３７８．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−３’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−５０ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−５０ｇｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１０ｇｕを使用して生成させる。
【０６９４】
実施例３７９．（ＲＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５１ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−５１ｕｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０６９５】
実施例３８０．（ＲＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５１ａｕ］の合成
粗（ＲＰ）−５１ａｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０６９６】
実施例３８１．（ＲＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５１ｃｕ］の合成
粗（ＲＰ）−５１ｃｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０６９７】
実施例３８２．（ＲＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５１ｇｕ］の合成
粗（ＲＰ）−５１ｇｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【０６９８】
実施例３８３．（ＳＰ）−ウリジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−５１ｕｕ］の合成
粗（ＳＰ）−５１ｕｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｕｕを使用して生成させる。
【０６９９】
実施例３８４．（ＳＰ）−６−Ｎ−ベンゾイル−アデノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−５１ａｕ］の合成
粗（ＳＰ）−５１ａｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ａｕを使用して生成させる。
【０７００】
実施例３８５．（ＳＰ）−４−Ｎ−ベンゾイル−シチジン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−５１ｃｕ］の合成
粗（ＳＰ）−５１ｃｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｃｕを使用して生成させる。
【０７０１】
実施例３８６．（ＳＰ）−２−Ｎ−フェノキシアセチル−グアノシン−２’−イルウリジン−５’−イルホスホロチオエートのチオＮ−アセトキシヒドロキサメートプロヌクレオチド［（ＳＰ）−５１ｇｕ］の合成
粗（ＳＰ）−５１ｇｕを実施例３６３で記載されるように（ＲＰ）−４ｔｔの代わりに（ＳＰ）−１４ｇｕを使用して生成させる。
【化１４７】
0005998326.tif 000150
【０７０２】
実施例３８７．スキームＶに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオトリアルキルアンモニウムエチルプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５３ｔｔ］の合成
（ＳＰ）−１，８−ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデク−７−エニウム５’−Ｏ−（ジメトキシトリチ）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ジメトキシトリチ）チミジン−５’−イルホスホロチオエート［（ＳＰ）−５２ｔｔ］を、実施例１（スキームＡ）における化合物４ｔｔの調製のために使用される同じ方法により調製する。化合物（ＳＰ）−５２ｔｔ（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、乾燥ジメチルホルムアミド（１ｍＬ）に溶解させる。混合物を無水ＤＭＦ（０．５ｍＬ）中２−ヨードエチルトリメチルアンモニウムヨージド（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後、ＣＨ２Ｃｌ２（１０００μＬ）に溶解し、トリクロロ酢酸（５０μｍｏｌ）を添加する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−５３ｔｔを得る。
【化１４８】
0005998326.tif 000151
【０７０３】
実施例３８８．スキームＷに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのジスルフィドプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５４ｔｔ］の合成
化合物（ＳＰ）−５２ｔｔ（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水エタノール（１ｍＬ）に溶解させる。混合物を無水エタノール（０．５ｍＬ）中ｐ−ニトロベンゼンスルフェニルクロリド（２００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後、ＣＨ２Ｃｌ２（１０００μＬ）に溶解し、トリクロロ酢酸（５０μｍｏｌ）を添加する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−５４ｔｔを得る。
【化１４９】
0005998326.tif 000152
【０７０４】
実施例３８９．スキームＸに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートの２−チオピバリルエチル核酸プロドラッグ［（ＲＰ）−５６ｔｔ］の合成
（ＲＰ）−５’−Ｏ−（ジメトキシトリチル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（ジメトキシトリチル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート［（ＲＰ）−５５ｔｔ］を、実施例８（スキームＢ）における化合物７ｔｔの調製のために使用される同じ方法により調製する。化合物（ＲＰ）−５５ｔｔ（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ−クロロスクシンイミド（０．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物を２時間０℃で撹拌させる。混合物を濃縮し、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。上記混合物を乾燥（１００μｍｏｌ）ピリジン中２−ヒドロキシエチルチオピバレート（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後、ＣＨ２Ｃｌ２（１０００μＬ）に溶解し、トリクロロ酢酸（５０μｍｏｌ）を添加する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−５６ｔｔを得る。
【化１５０】
0005998326.tif 000153
【０７０５】
実施例３９０．スキームＹに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートの２−カルボエトキシエチル核酸プロドラッグ［（ＲＰ）−５７ｔｔ］の合成
化合物（ＲＰ）−５５ｔｔ（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ−クロロスクシンイミド（０．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物を２時間０℃で撹拌させる。混合物を濃縮し、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。上記混合物を無水ピリジン（１００μｍｏｌ）中エチル２−ヒドロキシエチルプロピオネート（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後、ＣＨ２Ｃｌ２（１０００μＬ）に溶解し、トリクロロ酢酸（５０μｍｏｌ）を添加する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−５７ｔｔを得る。
【化１５１】
0005998326.tif 000154
【０７０６】
実施例３９１．スキームＺに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホロチオエートのチオ（シクロヘキシル）アシルオキシプロヌクレオチド［（ＲＰ）−５８ｔｔ］の合成
化合物（ＳＰ）−５２ｔｔ（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水塩化メチレン（１ｍＬ）に溶解させる。混合物を無水塩化メチレン（１００μｍｏｌ）中クロロメチルシクロヘキシルアセチックアセテート（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後、ＣＨ２Ｃｌ２（１０００μＬ）に溶解し、トリクロロ酢酸（５０μｍｏｌ）を添加する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−５８ｔｔを得る。
【化１５２】
0005998326.tif 000155
【０７０７】
実施例３９２．スキームＡＡに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートの２−カルボキシエチル核酸プロドラッグ［（ＲＰ）−５９ｔｔ］の合成
化合物（ＲＰ）−５５ｔｔ（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ−クロロスクシンイミド（０．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物を２時間０℃で撹拌させる。混合物を濃縮し、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。上記混合物を無水ピリジン（１００μｍｏｌ）中ｔｅｒｔ−ブチル２−ヒドロキシエチルプロピオネート（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後、ＣＨ２Ｃｌ２（１０００μＬ）に溶解し、トリクロロ酢酸（５０μｍｏｌ）を添加する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−５９ｔｔを得る。
【化１５３】
0005998326.tif 000156
【０７０８】
実施例３９３．スキームＢＢに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートの２−（（２−ヒドロキシエチル）ジスルフィド）エチル核酸プロドラッグ［（ＲＰ）−６０ｔｔ］の合成
化合物（ＲＰ）−７ｔｔ（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ−クロロスクシンイミド（０．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物を２時間０℃で撹拌させる。混合物を濃縮し、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。上記混合物を無水ピリジン（１００μｍｏｌ）中２−（（２−（ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリルオキシ）エチル）ジスルファニル）エタノール（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後、トリエチルアミン三フッ化水素酸塩（５００μＬ）に溶解させる。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−６０ｔｔを得る。
【化１５４】
0005998326.tif 000157
【０７０９】
実施例３９４．スキームＣＣに記載される（ＲＰ）−チミジン−３’−イルチミジン−５’−イルホスホネートの２−（メタンスルホノチオエート）エチル核酸プロドラッグ［（ＲＰ）−６１ｔｔ］の合成
化合物（ＲＰ）−５５ｔｔ（１００μｍｏｌ）を無水ピリジンを用いた繰り返し共蒸発により乾燥させ、その後、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。Ｎ−クロロスクシンイミド（０．１ｍｍｏｌ）を添加し、混合物を２時間０℃で撹拌させる。混合物を濃縮し、無水ピリジン（１ｍＬ）に溶解させる。上記混合物を無水ピリジン（１００μｍｏｌ）中Ｓ−２−ヒドロキシエチルメタンスルホノチオエート（１００μｍｏｌ）で処理する。１時間後、混合物を濃縮し、その後、ＣＨ２Ｃｌ２（１０００μＬ）に溶解し、トリクロロ酢酸（５０μｍｏｌ）を添加する。混合物を１５時間室温で撹拌させる。その後、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（２．５ｍＬ）を混合物に添加し、混合物をＥｔ２Ｏ（３×３ｍＬ）で洗浄する。有機層を合わせ、０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（３ｍＬ）で逆抽出する。水層を合わせ、その後、減圧下で濃縮して乾燥させ、残渣を逆相カラムクロマトグラフィー［０．１Ｍ酢酸アンモニウム緩衝液（ｐＨ７．０）中アセトニトリル０−１０％の直線勾配］により精製し、（ＲＰ）−６１ｔｔを得る。
【０７１０】
スキームＤＤ：Ｈ−ホスホネートチミジン二量体からのプロドラッグ分子の合成
ホスホトリエステルを調製するためのジヌクレオシドＨ−ホスホネートの別個のジアステレオマーおよびＯ−求核試薬を使用するヨウ素媒介酸化カップリングの化学選択性および立体選択性は、当技術分野で知られている(Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids 2003 Vol. 22, Nos. 5-8, 1467-1469)。生成物を、シリカゲルクロマトグラフィーにより精製し、３１Ｐおよび１Ｈ  ＮＭＲ分光法により特徴づけた。生成物を、動力学的研究のために逆相ＨＰＬＣによりさらに精製させた。
【化１５５】
0005998326.tif 000158
【０７１１】
実施例３９５．６３ａ、６３ｂおよび６３ｃの合成のための一般手順（スキームＤＤ）
（ＲＰ，ＳＰ）−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）チミジン−５’−イルＨ−ホスホネート（６２）（１１３．５ｍｇ、１００μｍｏｌ）を高真空下、一晩中乾燥させ、ＡＣＮ（２ｍｌ）およびピリジン（２ｍｌ）に溶解した。ｔｅｒｔ−ブチルジフェニルシリルクロリド（５２μＬ、２００μｍｏｌ）およびＩ２（７６ｍｇ、３００μｍｏｌｅ）を添加した。反応混合物を氷中で冷却し、ＡＣＮ（２ｍＬ）に溶解させたそれぞれのアルキル化試薬（１ｍｍｏｌ）を反応混合物に一滴ずつ添加した。混合物を１０分間アルゴン下で撹拌した。粗反応混合物のＴＬＣは、生成物への定量的変換を示した。溶媒を蒸発させ、残渣を酢酸エチルに溶解し、５％Ｎａ２Ｓ２Ｏ３、ブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させた。酢酸エチル層を、減圧下で濃縮させた。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィーにより精製し、（ＲＰ，ＳＰ）−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）チミジン−３’−イル３’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）チミジン−５’−イルホスホトリエステル６３ａ、６３ｂおよび６３ｃを８０−９０％の収率で得た。
【０７１２】
６４ａ、６４ｂおよび６４ｃの合成のための一般手順
３％ＤＣＡ／ＤＣＭをＤＭＴｒ保護トリエステルに徐々に添加し、室温で３０分間撹拌しながら反応させた。反応をメタノールで停止させ、溶媒を蒸発させ、残渣をシリカカラムにより精製した。化合物６３ａの場合、ＴＢＤＭＳ脱保護が同時に起きた。化合物６４ａ、６４ｂおよび６４ｃが定量的収率で得られた。
【０７１３】
化合物６３ａ：1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.58-7.18 (m, 20H), 6.87-6.78 (m, 8H), 6.49-6.27 (m, 2H), 5.11-5.07 (m, 1H), 4.2-4.05 (m, 3H), 3.99-3.87 (m, 1H), 3.85-3.73 (m, 13H), 3.73-3.56 (m, 1H), 3.54-3.26 (m, 2H), 2.94-2.66 (m, 8H), 1.97-1.78(m, 4H), 1.76-1.54 (m, 1H), 1.43-1.3 (m, 3H), 0.94-0.78 (m, 9H), 0.11-0.03 (m, 6H)。31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ-1.19, -1.26 (２つのジアステレオマー)。
【０７１４】
化合物６３ｂ：1H NMR (400 MHz, CDCl3 + 微量の Py-D5) δ 9.72-9.45 (m, 2H), 7.62-7.18 (m, 20H), 6.90-6.81 (m, 8H), 6.48-6.31 (m, 2H), 5.18-5.10 (m, 1H), 4.31-4.09 (m, 3H), 4.03-3.91 (m, 1H), 3.88-3.74 (m, 15H), 3.74-3.62 (m, 1H), 3.54-3.31 (m, 2H), 2.89-2.76 (m, 4H), 2.67-2.31 (m, 2H), 1.98-1.89 (m, 1H), 1.88, 1.85 (2s, 3H, ジアステレオマー), 1.76-1.64 (m, 1H), 1.39 (s, 3H)。31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ-1.24, 1.27 (２つのジアステレオマー)。
【０７１５】
化合物６３ｃ：1H NMR (400 MHz, CDCl3 + 微量の Py-D5) δ 7.6-7.16 (m, 20H), 6.9-6.77 (m, 8H), 6.49-6.27 (m, 2H), 5.18-5.06 (m, 1H), 4.32-4.04 (m, 2H), 4.0-3.85 (m 3H), 3.82-3.71 (m, 12H), 3.71-3.57 (m, 1H), 3.55-3.27 (m, 2H), 3.07-2.88 (m, 2H), 2.62-2.24 (m, 2H), 1.97-1.89 (m, 1H), 1.89-1.81 (m, 3H), 1.78-1.59 (m, 3H), 1.45-1.32 (m, 3H), 1.22-1.14 (m, 9H)。31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ-1.23, -1.27 (２つのジアステレオマー)。
【０７１６】
化合物６４ａ：1H NMR (400 MHz, D2O) δ 7.52 (s, 1H), 7.42 (s, 1H), 6.28-6.07 (m, 2H), 5.07-4.87 (m, 1H), 4.54-4.38 (m, 1H), 4.37-4.19 (m, 3H), 4.19-3.95 (m, 2H), 3.80-3.50 (m, 4H), 2.99-2.62 (2m, 4H), 2.60-2.17 (m, 4H), 1.85-1.60 (m, 6H)。31P NMR (162 MHz, CD3OD) δ-1.37, -1.41 (２つのジアステレオマー)。 計算質量 = 682.66, ESI-veモードで観察された質量 = 681.22
【０７１７】
化合物６４ｂ：1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ 7.74, 7.49 (2s, 2H), 6.28-6.19 (m, 2H), 5.10-5.04 (m, 1H), 4.41-4.23 (m, 4H), 4.19-4.15 (m, 1H), 4.04-3.98 (m, 1H), 3.78-3.69 (m, 4H), 3.00-2.77 (m, 4H), 2.55-2.21 (m, 4H), 1.86, 1.83 (2s, 6H)。31P NMR (162 MHz, CD3OD) δ-1.37, -1.41 (２つのジアステレオマー)。計算質量 = 684.63, ESI+veモードで観察された質量 = 683.14
【０７１８】
化合物６４ｃ： 1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ 7.799 (s, 1H), 7.54 (s, 1H), 6.32-6.24 (m, 2H), 5.17-5.07 (m, 1H), 4.48-4.26 (m, 3H), 4.26-4.12 (m, 3H), 4.08-3.99 (m, 1H), 3.21-3.15 (m, 2H), 2.61-2.48 (m, 1H), 2.46-2.16 (m, 3H), 1.9 (s, 3H), 1.87 (s, 3H), 1.27-1.19 (d, 9H)。31P NMR (162 MHz, CD3OD) δ-1.53, -1.60 (２つのジアステレオマー)。計算質量 = 690.66, ESI-veモードで観察された質量 = 689.53
【０７１９】
６４ａ、６４ｂおよび６４ｃのＨＰＬＣ精製
逆相精製を２４８７ＵＶ検出器、Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ  Ｌｕｎａ  ５ｕ  Ｃ１８  （２）１００Å、２５０ｘ１０ｍｍカラムおよびＭａｓｓＬｙｎｘ  ｖ４．１と組み合わせたＷａｔｅｒｓ  ２５２５  ＢＧＭを使用して実施した。水およびアセトニトリルの勾配を５ｍｌ／分の流速で使用した。
【０７２０】
化合物６４ａおよび６４ｂのために使用した勾配：３０分で１０〜５０％Ｂ
【０７２１】
化合物６４ｃのために使用した勾配：３０分で２０〜６０％Ｂ
【０７２２】
生成物ピークを２５４および２８０ｎｍでモニタした。
【０７２３】
分析的ＨＰＬＣ条件
定量分析を、Ｅｍｐｏｗｅｒソフトウエアと組み合わせた自動Ａｌｌｉａｎｃｅ  Ｗａｔｅｒｓ  ｅ２６９５  ＨＰＬＣ機器を用いて、逆相ＨＰＬＣにより実施した。ＸＢｒｉｄｇｅ  Ｃ１８  ３．５ｕｍ，４．６ｘ１５０ｍｍ，Ｗａｔｅｒｓ部品番号１８６００３０３４Ａを取り付け、検出はＵＶ（２５４ｎｍおよび２８０ｎｍ）により実施した。同じクロマトグラム内でプロドラッグ、中間体および放出された薬物の分割を可能にする勾配溶離系を開発し（表１）；移動相Ａは水中２０ｍＭ酢酸アンモニウムから構成され；移動相Ｂはアセトニトリルとした。
【表３】
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【０７２４】
実施例３９６．グルタチオン支援プロドラッグ放出
２０μＬの水中６４（２Ｏ．Ｄ．）、１００μＬの１０Ｘ  ＰＢＳ、および６３０μＬのＨ２Ｏを混合した。混合物を３７℃のホットプレートセット内で維持した。２５０μＬの新たに調製した２０ｍＭの還元Ｌ−グルタチオンを上記混合物に添加し、反応混合物中、サイトゾル濃度に等しい５ｍＭ  ＧＳＨ濃度を得た。１００μｌのアリコートを１０分、２０分、３０分、４０分、５０分、６０分、１．５時間、２時間および２．５時間の間隔で得た。各アリコートを４００μｌの１００ｍＭクエン酸緩衝液（ｐＨ４）で直ちに反応停止させ、逆相ＨＰＬＣおよびＬＣ／ＭＳにより分析した。
【化１５６】
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【０７２５】
２０分時間点での化合物６４ｂ＋ＧＳＨの反応混合物のＬＣＭＳ
Ｗａｔｅｒｓ  Ａｃｑｕｉｔｙ  ＵＰＬＣおよびＳＤＳを使用して、プロドラッグ放出中に形成された生成物を特徴づけた。ＸＢｒｉｄｇｅ  ｃ１８  ３．５ｕｍ，４．６ｘ１５０ｍｍ，Ｗａｔｅｒｓ部品番号１８６００３０３４を、溶媒系Ａ：５ｍＭギ酸アンモニウム／水およびＢ：アセトニトリルと共に表２に示されるように直線勾配で使用した。
【表４】
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【０７２６】
図１では、化合物６４ａ＋ＧＳＨの代表的なＨＰＬＣプロファイルが提供される。
【０７２７】
図２では、化合物６４ａ、グルタチオン付加物、およびプロモエティからの放出後の最終生成物の代表的なＨＰＬＣプロファイルが提供される。
【０７２８】
図３では、化合物６４ａおよび６４ｂは、擬一次速度式を示し、というのも、グルタチオン濃度が、基質に比べ非常に過剰であり、よって、反応過程中事実上一定なままであるからである。開始材料を消耗させ、生成物を形成させるための曲線は、ジヌクレオシドトリエステルのグルタチオン付加物として特徴づけられる中間体の蓄積のために、鏡像ではない。（図２および図４を参照されたい）。
【０７２９】
実施例３９７．化合物６４ｃのカルボキシエステラーゼ支援開裂
【化１５７】
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ブタ肝臓エステラーゼ（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ、製品番号：Ｅ２８８４）は、３．２Ｍ硫酸アンモニウムｐＨ＝８．０中、濃度３６ｍｇタンパク質／ｍＬおよび１５４単位／ｍｇタンパク質の懸濁液であった。製品規格によれば、１単位はｐＨ＝８．０、２５℃で１分あたり１μＭの酪酸エチルを酪酸およびエタノールに加水分解する。１０μＬ  １ＸＰＢＳ中の化合物６４ｃ（０．１Ｏ．Ｄ、５．５ｎｍｏｌｅ）を３７℃で１０分間インキュベートした。ＰＬＥの段階希釈を、１０個のバイアルで、それぞれ１０μＬ  １ＸＰＢＳ中１、１０−１、１０−２、１０−３、１０−４、１０−５、１０−６、１０−７、１０−８、１０−９の単位中濃度で、実施した。タンパク質溶液を３７℃で１０分間インキュベートし、その後、それぞれ、化合物６４ｃを含む１０個のバイアルに添加した。混合物を３７℃で３０分間貯蔵し、分析的ＨＰＬＣおよびＬＣＭＳにより分析した。６４ｃは１、１０−１および１０−２のタンパク質濃度を有するバイアル中で完全にホスホジエステルに変換された。副反応は観察されなかった。タンパク質濃度１０−６〜１０−９を有するバイアル中では反応はなかった。タンパク質濃度１０−３および１０−４を含むバイアルではいくらかの生成物が見られた。これにより、これらの濃度が、ＰＬＥを用いてプロドラッグ放出の動力学を研究するには適切であることが示唆される。時間依存性動力学は、１０−３〜１０−４／〜６ｎｍｏｌｅの化合物６４ｃの範囲内の濃度を使用して研究されるであろう。
【０７３０】
９００μＬの１ＸＰＢＳに溶解した化合物６４ｃ（５Ｏ．Ｄ．、２．９μｍｏｌｅ）を、３７℃で１０分間インキュベートした。１００μＬ  １ｘＰＢＳ中のブタ肝臓エステラーゼ（１Ｕ）を上記混合物に添加し、３７℃で貯蔵した。１００μＬのアリコートを０分、１５分および４５分に取り出し、１００μＬのアセトニトリルで反応停止させ、試料を氷浴で冷却させた。試料をＸＢｒｉｄｇｅ  Ｃ−１８  ３．５μｍ、４．６ｘ１５０ｍｍ上ＵＰＬＣ  ＳＱＤにより、表３に示される直線勾配を有する溶媒系Ａ：５ｍＭギ酸アンモニウム／水およびＢ：アセトニトリルを用いて分析した。０分では、化合物６４ｃのみが観察され、１５分では、ほぼ５０％の生成物が形成され、４５分には反応が完了した。このように、ＴｐＴジエステル６４ｃが、いずれの中間体の検出可能な蓄積なしで、カルボキシエステラーゼ処理により放出された。
【表５】
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【０７３１】
実施例３９８．膵臓癌の治療
対象に治療的有効量の、実施例２４２の２’−５’−Ａ３Ｓ−アセチル−２−チオエチルプロヌクレオチドを含む組成物を投与することを含む、膵臓癌を有する対象を治療するための方法が企図される。治療は、単剤として投与されるゲムシタビンまたは併用されるゲムシタビンおよびエルロチニブと比べて腫瘍阻止の増加を達成すると予測される。
【０７３２】
実施例３９９．細胞透過アッセイ
Ｐ３２−標識核酸薬
本明細書で記載されるように、不斉リン部分を含む核酸分子および対応する親薬物を合成するために、［３２Ｐ］ｄＮＴＰ放射性ヌクレオチド(Fisher Scientific, Pittsburgh, PA)を使用して、標識核酸プロドラッグおよび親薬物を調製すること。
【０７３３】
細胞培養および透過試験
ＤＭＥＭ−１０％  ＦＢＳ中で増殖させたＨｅＬａ（接着ヒト子宮頸癌）細胞または９０％ＲＰＭＩ１６４０−１０％ＦＢＳ中で増殖させたＢｘＰＣ−３（接着ヒト膵臓腺癌）細胞のいずれかの培養を選択すること。細胞培養物を蒔くために、細胞を０．０５％トリプシン−ＥＤＴＡでトリプシン処理すること。リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）染色における標準ＴｒｙｐａｎＢｌｕｅを介して生存率および細胞計数のためにアッセイすること。細胞を希釈し、１ｘ１０５細胞／ウェルで、６−ウェルフォーマットで播種すること。３７℃、５％ＣＯ２雰囲気中、１６時間、または細胞が接着、増殖して少なくとも８０％集密度になるまでインキュベートすること。
【０７３４】
標識プロドラッグ混合物を、プロドラッグ実験ウェルに、最終的な予め決められた濃度範囲（例えば、１μＭ、５μＭ、および１０μＭ）を達成するように添加すること。標識親薬物混合物を、親薬物実験ウェルに、最終的な予め決められた濃度範囲（例えば、１μＭ、５μＭ、および１０μＭ）を達成するように添加すること。未処理ウェルを陰性対照のために確保すること。細胞を、実験的処理を用いて予め決められた時間範囲（例えば、１５分、１時間、４時間、および８時間）の間インキュベートすること。
【０７３５】
Ｐ３２検出およびプロドラッグ透過の決定
収集するために、ウェルを３度、無血清培地で洗浄し、１％  Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ１００を有する非変性トリス−ＨＣｌ溶解緩衝液を適用し(Cell Signaling Technology, Inc., Boston, MA)、短時間音波処理すること。サイトゾルおよび核画分を標準収集技術により収集すること。
【０７３６】
薬物透過の測定は、標準放射線検出技術を用いて実施される。シンチレーションカウンターによる検出のために、５０μＬの試料を５ｍＬのシンチレーションカクテルに添加し、液体シンチレーション測定によりβ線放出を測定すること。各試料のアリコートをＢｒａｄｆｏｒｄ比色アッセイによりアッセイし、放射線カウントを総タンパク質濃度により基準化させる。
【０７３７】
実施例４００．レポーター遺伝子を使用した機能的細胞透過アッセイ
融合遺伝子ベクターの構築および株細胞のトランスフェクション
特定の遺伝子発現、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはアンチジーンオリゴヌクレオチドを阻止するために核酸プロドラッグを使用する場合、機能的透過アッセイが望ましい場合がある。ＤＭＥＭ−１０％ＦＢＳ中でＨｅＬａ（接着ヒト子宮頸癌）細胞を培養すること。市販のベクター、例えばＬｉｖｉｎｇ  Ｃｏｌｏｒｓ（登録商標）Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｖｅｃｔｏｒ，Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，ＣＡに対象遺伝子をクローン化させること。ＤＮＡコンストラクトによる細胞のトランスフェクションおよび安定トランスフェクタントのための選択は、標準技術を用いて実施される。結果は、対象遺伝子および蛍光性レポーターの構成的発現（例えば、タンパク質ＡｃＧＦＰ１）である。
【０７３８】
特定の遺伝子発現を阻止する核酸薬
ベクターの遺伝子プロモーター配列を破壊するために、本明細書で記載されるように、不斉リン部分を含む核酸分子および対応する親薬物を調製すること。
【０７３９】
細胞培養および透過試験
最初に、０．０５％トリプシン−ＥＤＴＡを用いて、蒔くための細胞をトリプシン処理することにより、トランスフェクト培養物を調製すること。リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）染色における標準ＴｒｙｐａｎＢｌｕｅを介して生存率および細胞計数のためにアッセイすること。細胞を希釈し、１ｘ１０５細胞／ウェルで、６−ウェルフォーマットで播種すること。３７℃、５％ＣＯ２雰囲気中、１６時間、または細胞が接着、増殖して少なくとも８０％集密度になるまでインキュベートすること。
【０７４０】
蛍光シグナルは、トランスフェクション後８〜１２時間で最初に検出される。プロドラッグ混合物を、プロドラッグ実験ウェルに最終的な予め決められた濃度範囲（例えば、１μＭ、５μＭ、および１０μＭ）を達成するように添加すること。親薬物混合物を、親薬物実験ウェルに、最終的な予め決められた濃度範囲（例えば、１μＭ、５μＭ、および１０μＭ）を達成するように添加すること。未処理ウェルを陰性対照のために確保すること。細胞を、実験的処理を用いて予め決められた時間範囲（例えば、１５分、１時間、４時間、および８時間）の間インキュベートすること。
【０７４１】
プロドラッグ透過のレポーター遺伝子発現決定
収集するために、各ウェルを３度、無血清培地で洗浄し、再びトリプシン処理すること。薬物透過の測定は、標準蛍光検出技術を用いて実施される。顕微鏡法を用いた定性的蛍光測定およびフローサイトメトリーを用いた定量的測定のために、蛍光性レポーターに対し励起性である波長（例えば、ＡｃＧＦＰ１のためには４８８ｎｍ）を使用すること。
【０７４２】
本発明の好ましい実施形態を本明細書で示し、記載してきたが、そのような実施形態は単なる例として提供されるにすぎないことは当業者には明らかであろう。当業者であれば、本発明から逸脱せずに多くの改変、変更および置換を思いつくであろう。本明細書で記載される本発明の実施形態に対する様々な代案が、本発明の実施において使用され得ることが理解されるべきである。下記特許請求の範囲が、本発明の範囲を定義すること、これらの特許請求の範囲内にある方法および構造ならびにそれらの等価物は本発明により含まれることが意図される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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