【手続補正書】
【提出日】平成23年7月11日(2011.7.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
病原菌を検出する方法であって、病原菌を含有する試料または含有する疑いがある試料を複数のオリゴヌクレオチド種を含むオリゴヌクレオチド混合物にさらす工程を含み、それぞれのオリゴヌクレオチド種が、以下：
(A) アシネトバクターバウマニ、アシネトバクタールヴォフィイ、エロモナスキャビエ、エロモナスヒドロフィラ、セレウス菌、枯草菌、シトロバクターブラキ、シトロバクターフロインディ、シトロバクターコゼリ、エンテロバクターエロゲネス、エンテロバクタークロアカエ、エンテロバクターサカザキ、エンテロコッカスフェシウム、ゲメラヘモリサンス、ゲメラモルビロラム、インフルエンザ菌、キンゲラキンゲ、クレブシエラオキシトカ、肺炎桿菌、モルガネラモルガニイ、淋菌、髄膜炎菌、パスツレラムルトシダ、プロピオニバクテリウムアクネス、プロテウスミラビリス、プロピデンシアレットゲリ、緑膿菌、豚コレラ菌、セラチアリクファシエンス、セラチアマルセッセンス、ストレプトコッカスアガラクティエ、ストレプトコッカスアンギノサス、ストレプトコッカスボビス、ミュータンス連鎖球菌、唾液連鎖球菌、ストレプトコッカスサングイニス、ストレプトコッカススイス、ビブリオバルニフィカス、腸炎エルシニア、ペスト菌/偽結核性エルシニア菌、大便連鎖球菌、クロストリジウムパーフリンジェンス、コリネバクテリウムジェイケイウム、およびカプノサイトファーガカニモルサス；
(B) シトロバクターフロインディ、シトロバクターコゼリ、エンテロバクターエロゲネス、エンテロバクタークロアカエ、エンテロバクターサカザキ、クレブシエラオキシトカ、肺炎桿菌、豚コレラ菌、リステリアモノサイトゲネス、パスツレラニューモトロピカ、黄色ブドウ球菌、表皮ブドウ球菌、スタフィロコッカスヘモリチカス、スタフィロコッカスホミニス、スタフィロコッカスサッカロリティカス、スタフィロコッカスサプロフィティカス、スタフィロコッカスワーネリー、ストレプトコッカスディスガラクティエ、肺炎連鎖球菌、および化膿連鎖球菌；
(C) カンジダアルビカンス、カンジダグラブラタ、カンジダパラプシロシス、カンジダトロピカリス、カンジダクルセイ、アスペルギルスフミガーツス、アスペルギルスニガー、アスペルギルスニダランス、アスペルギルスフラバス、およびアスペルギルステレウス；
(D) バクテロイデスフラジリス、マルタ熱菌、バークホルデリアセパシア、ステノトロホモナスマルトフィリア、大腸菌および赤痢菌種；
からなる群から選択される病原菌の遺伝物質と特異的に結合することができる、方法であって、
(A)の病原菌に関して、以下：
a)配列番号1の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
b)配列番号2の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
c)配列番号3の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
d)配列番号4の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
e)配列番号5の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
f)配列番号6の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
g)配列番号7の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
h)配列番号8の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
i)配列番号375の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、および
j)配列番号376の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸
からなる群から選択されるプライマーの組み合わせを用いて増幅を同じバイアルまたは容器中で実施し、
(B)の病原菌に関して、以下：
k)配列番号9の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
l)配列番号10の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
m)配列番号11の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
n)配列番号12の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
o)配列番号13の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、および
p)配列番号14の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸
からなる群から選択されるプライマーの組み合わせを用いて増幅を同じバイアルまたは容器中で実施し、
(C)の病原菌に関して、以下：
q)配列番号15の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
r)配列番号16の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
s)配列番号17の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
t)配列番号18の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
u)配列番号19の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
v)配列番号20の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、および
w)配列番号21の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸
からなる群から選択されるプライマーの組み合わせを用いて増幅を同じバイアルまたは容器中で実施し、
(D)の病原菌に関して、以下：
x)配列番号22の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
y)配列番号23の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
z)配列番号24の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
aa)配列番号25の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
bb)配列番号26の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
cc)配列番号377の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、および
dd)配列番号378の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸
からなる群から選択されるプライマーの組み合わせを用いて増幅を同じバイアルまたは容器中で実施する、方法。
【請求項２】
複数のオリゴヌクレオチド種が遺伝物質の特異的増幅を可能にするプライマー対の複数のセットを含み、核酸増幅に適した条件下で試料をプライマー対の複数のセットにさらす、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
複数のオリゴヌクレオチド種がプローブを含み、それぞれのプローブが1つまたは複数の病原菌種の遺伝物質とハイブリダイズすることができ、ハイブリダイゼーションに適した条件下で試料をプローブにさらす、請求項1または2に記載の方法。
【請求項４】
配列番号27〜配列番号125、配列番号131〜配列番号237、配列番号241〜配列番号333、配列番号339〜配列番号352、配列番号356、配列番号357、配列番号364、配列番号366〜配列番号373、または配列番号374のいずれか1つの、その5'末端および/または3'末端における0〜5個のヌクレオチド付加、欠失または付加と欠失の組合せを含む核酸、それらの相補体および組合せからなる群からプローブが選択される、請求項3に記載の方法。
【請求項５】
それぞれの病原菌の遺伝物質の増幅を同時に実施する、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
遺伝物質がRNAまたはDNAである、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
a)配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7および配列番号8からなる群から選択される配列を含むかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
b)配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13および配列番号14からなる群から選択される配列を含むかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
c)配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20および配列番号21からなる群から選択される配列を含むかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
d)配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25および配列番号26からなる群から選択される配列を含むかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
e)その5'末端に0〜5個の追加のヌクレオチドを含むa)〜d)のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、
f)その5'末端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)〜d)のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、ならびに
g)前記のいずれか1つの相補体
からなる群から選択されるオリゴヌクレオチド。
【請求項８】
前記オリゴヌクレオチドが標識を含む、請求項7に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項９】
請求項7または8に記載のオリゴヌクレオチドを含む病原菌を検出するためのキット。
【請求項１０】
少なくとも(A)、(B)、(C)、(D)または(E)の一つを含む、病原菌を検出するためのオリゴヌクレオチドの混合物、組合せまたは組成物：
(A) 配列番号375、配列番号376またはそれらの組合せ、ならびに以下：
a)配列番号1の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
b)配列番号2の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
c)配列番号3の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
d)配列番号4の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
e)配列番号5の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
f)配列番号6の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
g)配列番号7の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
h)配列番号8の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
i) a)からh)のいずれか1つの相補体、ならびに
j) a)からh)のいずれか1つの組合せ
からなる群から選択されるオリゴヌクレオチド；
(B) k)配列番号9の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
l)配列番号10の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
m)配列番号11の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
n)配列番号12の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
o)配列番号13の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
p)配列番号14の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
q) k)からp)のいずれか1つの相補体、および
r) k)からp)のいずれか1つの組合せ；
(C) s)配列番号15の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
t)配列番号16の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
u)配列番号17の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
v)配列番号18の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
w)配列番号19の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
x)配列番号20の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
y)配列番号21の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
z) s)からy)のいずれか1つの相補体、および
aa) s)からy)のいずれか1つの組合せ；
(D) 配列番号377、配列番号378およびそれらの組合せ、ならびに以下：
bb)配列番号22の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
cc)配列番号23の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
dd)配列番号24の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
ee)配列番号25の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
ff) bb)からee)のいずれか1つの相補体、ならびに
gg) bb)からee)のいずれか1つの組合せ
からなる群から選択されるオリゴヌクレオチド；
(E) hh)配列番号22の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
ii)配列番号23の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
jj)配列番号26の5'末端に0〜5個のヌクレオチド付加または欠失を含む核酸、
kk) hh)からjj)のいずれか1つの相補体、および
ll) hh)からjj)のいずれか1つの組合せ。
【請求項１１】
a)配列番号27〜配列番号125、配列番号131〜配列番号237、配列番号241〜配列番号333、配列番号339〜配列番号352、配列番号356、配列番号357、配列番号364、配列番号366〜配列番号373、または配列番号374のいずれか1つからなる群から選択される配列を有するかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
b)その5'末端および/または3'末端に0〜5個の追加のヌクレオチドを含むa)の核酸、
c)その5'末端および/または3'末端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)の核酸、
d)その5'末端または3'末端の一端に0〜5個の追加のヌクレオチドおよびその5'末端または3'末端の他端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)の核酸、ならびに
e)前記のいずれか1つの相補体
からなる群から選択される、病原菌を検出するための、オリゴヌクレオチド。
【請求項１２】
a)配列番号27〜配列番号125、配列番号131〜配列番号202または配列番号203からなる群から選択される配列を有するかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
b)その5'末端および/または3'末端に0〜5個の追加のヌクレオチドを含むa)のオリゴヌクレオチド、
c)その5'末端および/または3'末端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)のオリゴヌクレオチド、
d)その5'末端または3'末端の一端に0〜5個の追加のヌクレオチドおよびその5'末端または3'末端の他端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)のオリゴヌクレオチド、ならびに
e)前記のいずれか1つの相補体
からなる群から選択される、請求項11に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１３】
a)配列番号204〜配列番号237、配列番号241〜配列番号293または配列番号364からなる群から選択される配列を有するかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
b)その5'末端および/または3'末端に0〜5個の追加のヌクレオチドを含むa)のオリゴヌクレオチド、
c)その5'末端および/または3'末端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)のオリゴヌクレオチド、
d)その5'末端または3'末端の一端に0〜5個の追加のヌクレオチドおよびその5'末端または3'末端の他端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)のオリゴヌクレオチド、ならびに
e)前記のいずれか1つの相補体
からなる群から選択される、請求項11に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１４】
a)配列番号294〜配列番号332または配列番号333からなる群から選択される配列を有するかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
b)その5'末端および/または3'末端に0〜5個の追加のヌクレオチドを含むa)のオリゴヌクレオチド、
c)その5'末端および/または3'末端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)のオリゴヌクレオチド、
d)その5'末端または3'末端の一端に0〜5個の追加のヌクレオチドおよびその5'末端または3'末端の他端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)のオリゴヌクレオチド、ならびに
e)前記のいずれか1つの相補体
からなる群から選択される、請求項11に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１５】
a)配列番号339〜配列番号352、配列番号356、配列番号357、配列番号366〜配列番号373または配列番号374からなる群から選択される配列を有するかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
b)その5'末端および/または3'末端に0〜5個の追加のヌクレオチドを含むa)のオリゴヌクレオチド、
c)その5'末端および/または3'末端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)のオリゴヌクレオチド、
d)その5'末端または3'末端の一端に0〜5個の追加のヌクレオチドおよびその5'末端または3'末端の他端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)のオリゴヌクレオチド、ならびに
e)前記のいずれか1つの相補体
からなる群から選択される、請求項11に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項１６】
固形支持体に結合した複数の識別可能なオリゴヌクレオチドを含む前記固形支持体であって、前記複数のオリゴヌクレオチドの複数の核酸配列が、以下：
【表１】
2010532665.tif 000001
；10〜50個のヌクレオチドを独立に含む前記オリゴヌクレオチドのそれぞれ
からなる群から選択される病原菌に特異的に結合することができる、固形支持体。
【請求項１７】
前記複数のオリゴヌクレオチドが、以下：
a)配列番号27〜配列番号44、配列番号46〜配列番号63、配列番号65〜配列番号71、配列番号73〜配列番号77、配列番号79〜配列番号97、配列番号99〜配列番号125、配列番号131〜配列番号202および配列番号203からなる群から選択される配列を有するかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
b)配列番号204、配列番号208、配列番号211、配列番号212、配列番号214、配列番号215、配列番号219、配列番号223、配列番号226、配列番号227、配列番号229、配列番号231、配列番号233、配列番号236、配列番号241、配列番号242、配列番号244、配列番号246、配列番号248、配列番号249、配列番号253〜配列番号256、配列番号261、配列番号264〜配列番号267、配列番号270、配列番号272、配列番号279〜配列番号281、配列番号284〜配列番号288、配列番号291、配列番号292および配列番号364からなる群から選択される配列を有するかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
c)配列番号294、配列番号296〜配列番号309、配列番号312、配列番号314、配列番号316、配列番号317、配列番号318、配列番号320〜配列番号323、配列番号326〜配列番号330および配列番号332からなる群から選択される配列を有するかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
d)配列番号339〜配列番号344、配列番号348、配列番号366〜配列番号373および配列番号374からなる群から選択される配列を有するかまたはそれらからなるオリゴヌクレオチド、
e)それらの5'末端および/または3'末端に0〜5個の追加のヌクレオチドを含むa)からd)のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、
f)それらの5'末端および/または3'末端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)からd)のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、
g)それらの5'末端もしくは3'末端の一端に0〜5個の追加のヌクレオチド及びその5'末端もしくは3'末端の他端に0〜5個のヌクレオチド欠失を含むa)からd)のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、ならびに
h) a)からg)のいずれか1つの相補体
からなる群から選択される、請求項16に記載の固形支持体。
【請求項１８】
必要のある個体における血流感染の診断法であって、
【表２】
2010532665.tif 000002
からなる群から選択される病原菌の遺伝物質と特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドで、個体から得た試料の病原菌の存在の有無を検出する工程を含み、
ここで、遺伝物質を配列番号1〜配列番号125、配列番号131〜配列番号237、配列番号241〜配列番号333、配列番号339〜配列番号352、配列番号356、配列番号357、配列番号364、配列番号366〜配列番号373および配列番号374のいずれか1つからなる群から選択されるオリゴヌクレオチドを用いて検出し、病原菌の存在が、検出する病原菌に関連する血流感染の指標である、方法。
【請求項１９】
遺伝物質を配列番号375、配列番号376、配列番号377または配列番号378のいずれか1つまたは全て、ならびに配列番号1〜配列番号125、配列番号131〜配列番号237、配列番号241〜配列番号333、配列番号339〜配列番号352、配列番号356、配列番号357、配列番号364、配列番号366〜配列番号373および配列番号374のいずれか1つからなる群から選択されるオリゴヌクレオチドを用いて検出する、請求項18に記載の方法。
【請求項２０】
遺伝物質を配列番号26及び／または配列番号378を用いて検出する、請求項18に記載の方法。