【手続補正書】
【提出日】平成23年9月1日(2011.9.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
一又は複数用量の化学療法剤を受けた後の癌性腫瘍の患者から得た腫瘍細胞RNAを含む試料の、RNA品質を決定する段階を含む、該試料において該化学療法剤に対する腫瘍の応答性を測定する方法であって、
低いRNA品質は、該腫瘍が該化学療法剤に対して応答性があることを示し、
高いRNA品質は、該腫瘍が該化学療法剤に対して耐性があることを示す、
前記方法。
【請求項２】
28S：18SリボソームRNA（rRNA）比を算出する段階、
スペクトロスコープを用いる段階、
マイクロ流体技術を用いる段階、
電気泳動を用いる段階、
キャピラリー電気泳動を用いる段階、または
一部のRNAについてRNAの品質を評価する段階
によって、RNA品質を測定する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
RNA品質が、RNA完全性の数値（RIN）として表現され、該RINが、様々なRNA品質の算出値を含み、好ましくは、該RINが、RINアルゴリズム、分析電気泳動システム、またはRNAチップの一または複数を用いて算出される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
RNA品質が、請求項１に記載の試料を得る前の患者から収集した腫瘍細胞RNAを含む前試料の品質と比較して、低下している、好ましくは、該前試料が、一または複数用量の化学療法剤を受ける前の該患者から収集した試料を含む、請求項１から３のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
試料RNAの品質が、前試料RNA品質と比較して少なくとも５０％低下している、請求項１から４のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
RINが3.1以下である場合、腫瘍が化学治療剤に応答性があることを示す、請求項３から５のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
RINが3.1より高い場合、腫瘍が化学治療剤に耐性があることを示す、好ましくは、RINが5より高い場合、腫瘍が化学治療剤に耐性があることを示す、請求項３から５のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
試料が、腫瘍細胞または腫瘍生検材料を含み、および／または、癌性腫瘍が乳癌である、請求項１から７のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
化学療法剤が、一又は複数のアントラサイクリン、タキサン、およびこれらの組み合わせから選択され、好ましくは、該化学療法剤が、エピルビシン、ドセタキセル、又はこれらの組み合わせを含む、請求項１から８のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
腫瘍細胞RNAが単離されている、請求項１から９のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
化学療法剤が、化学療法レジメンにおいて投与され、腫瘍細胞RNAを含む試料が、化学療法レジメンの間または後に一又は複数の段階で収集され、例えば、試料が化学療法レジメンの間または化学療法レジメンの終了後に収集される、請求項１から１０のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
２以上の試料を収集する、および、RNA品質が、RNA平均値またはRNA最大値である、請求項１から１１のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
前記患者が、臨床試験に参加している、請求項１から１２のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
化学療法剤の投与前の患者から得た腫瘍細胞のRNA品質を測定する段階と、
化学療法剤の投与後に測定された腫瘍細胞のRNA品質を比較する段階と
を含む、癌性腫瘍を有する患者において、化学療法剤に対する患者の応答性を測定する方法であって、
化学療法剤の投与後のRNA品質の低下が、患者が化学療法剤に対して応答性であることを示す、前記方法。
【請求項１５】
請求項１から１４のいずれか一項記載の化学療法剤に対する腫瘍応答性を決定する段階を含む、癌性腫瘍を有する患者における化学療法の処置を合わせる方法であって、
試料のRNA品質の低下が、該化学療法を続けるべきであるという示唆を提供し、
試料のRNA品質の低下がない場合は、例えば用量レベルを変更する、および／または、化学治療剤を変えることにより、該癌処置を変更するべきであることを示唆する、前記方法。
【請求項１６】
a)化学治療剤を使ってインビトロで癌細胞を処置する段階と、
b)未処置の試料を比較して、該試料のRNA品質を測定する段階と
を含む、該化学治療剤を用いて処置した腫瘍細胞の生存率を決定する方法であって
未処置の試料と比較したRNA品質の低下が、処置した癌細胞が生存率が低下したことを示し、例えば、低い生存率が、該化学療法剤が細胞障害性が高いことを示す、前記方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
本発明の他のおよびさらなる利点および特徴は、添付の図面と組み合わせて考慮して、その態様の以下の詳細な説明から当業者に明らかとなるであろう。
[請求項1001]
（a）患者に1種または複数種の化学療法剤を一定期間投与する段階；
（b）化学療法剤を投与する期間の前、間、および後に該患者の腫瘍からRNAを抽出する段階；
（c）各時点に由来する抽出されたRNAのRNA品質を測定する段階
を含む、1つまたは複数の癌性腫瘍を有する患者における1種または複数の化学療法剤に対する腫瘍の応答性を測定する方法であって、該期間にわたってRNA品質が低下すれば腫瘍が該化学療法剤に対して応答性であることが示される、方法。
[請求項1002]
RNA品質の低下の大きさが腫瘍の応答性に比例する、請求項1001記載の方法。
[請求項1003]
RNA品質が28S rRNAおよび18S rRNAの強度値の比として測定され、該比が、抽出されたRNAのゲル電気泳動、該ゲルのエチジウムブロミド染色、および紫外光下で可視化された28S rRNAおよび18S rRNAの強度の比の算出によって得られる、請求項1001または1002記載の方法。
[請求項1004]
RNA品質が、抽出されたRNAのキャピラリー電気泳動によって測定される、請求項1001または1002記載の方法。
[請求項1005]
RNA品質がRNA完全性の値（RIN）として定量される、請求項1004記載の方法。
[請求項1006]
3以下の処置後RINを有する患者が化学療法剤に対して応答性であると同定される、請求項1005記載の方法。
[請求項1007]
3以上の処置後RINを有する患者が化学療法剤に対して非応答性であると同定される、請求項1005記載の方法。
[請求項1008]
RNAが腫瘍の1つまたは複数のコア生検材料から抽出される、請求項1001〜1007のいずれか一項記載の方法。
[請求項1009]
腫瘍の3つ以上のコア生検材料を得る、請求項1008記載の方法。
[請求項1010]
1つまたは複数の生検材料が画像誘導手段によって得られる、請求項1008または1009記載の方法。
[請求項1011]
画像誘導手段が、コンピューター断層撮影法（CT）、x線、超音波、および磁気共鳴画像法（MRI）からなる群より選択される、請求項1010記載の方法。
[請求項1012]
化学療法剤がアントラサイクリンおよびタキサンからなる群より選択される、請求項1001〜1011のいずれか一項記載の方法。
[請求項1013]
複数の化学療法剤が投与される、請求項1001〜1012のいずれか一項記載の方法。
[請求項1014]
化学療法剤がアントラサイクリンおよびタキサンを含む、請求項1013記載の方法。
[請求項1015]
化学療法剤がエピルビシンおよびドセタキセルである、請求項1014記載の方法。
[請求項1016]
化学療法剤の投与前に患者から得られた腫瘍細胞のRNA品質を測定する段階、および
1種または複数種の化学療法剤の投与後に測定された腫瘍細胞のRNA品質と比較する段階
を含む、1つまたは複数の癌性腫瘍を有する患者における1つまたは複数の化学療法剤に対する患者の応答性を測定するための腫瘍細胞のRNA品質の使用であって、
1種または複数種の化学療法剤の投与後のRNA品質が低下すれば患者が該化学療法剤に対して応答性であることが示される、使用。
[請求項1017]
RNA品質が抽出されたRNAのキャピラリー電気泳動によって測定される、請求項1016記載の使用。
[請求項1018]
RNA品質が、RNA完全性の数値（RIN）として定量される、請求項1017記載の使用。
[請求項1019]
RNA品質が、28S rRNAおよび18S rRNAの強度値の比として定量され、該比が、抽出されたRNAのゲル電気泳動、該ゲルのエチジウムブロミド染色、および紫外光下で可視化された28S rRNAおよび18S rRNAの強度の比の算出によって得られる、請求項1016記載の使用。