【手続補正書】
【提出日】平成23年1月27日(2011.1.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＦｌｇＩ、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼＡ（ｄｓｂＡ）、ＮｉｋＡ、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼＣ（ｄｓｂＣ）、ＣｕｐＡ２、ＣｕｐＢ２、突然変異型リン酸結合タンパク質（ｐｂｐ＊）、ＴｏｌＢ、ＣｕｐＣ２、テトラトリコペプチドリピートファミリータンパク質（ＯＲＦ５５５０）、トルエン耐性タンパク質（Ｔｔｇ２Ｃ）、メチル基受容走化性タンパク質（ＯＲＦ８１２４）、及びＢｃｅ分泌ポリペプチドから成る群より選択される分泌ポリペプチドについての分泌シグナルコード配列を含む、単離核酸分子であって、前記核酸分子が、
ａ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、１９、２１、２３又は７のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
ｂ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、２１、２３又は７のヌクレオチド配列に少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が分泌ポリペプチドをコードする、核酸分子；
ｃ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２０、２２、２４又は８のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；
ｄ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２２、２４又は８のアミノ酸配列に少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ポリペプチドが分泌ポリペプチドである、核酸分子；
ｅ）配列番号：２０のアミノ酸配列に少なくとも９６％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ポリペプチドが分泌ポリペプチドである、核酸分子；
ｆ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、２１、２３又は７のヌクレオチド配列の実質的に全長にわたってストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；及び
ｇ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２２、２４又は８から成る群より選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列に、実質的に全長にわたってストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列
から成る群より選択される、請求項１に記載の核酸分子。
【請求項２】
ＦｌｇＩ、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼＡ（ｄｓｂＡ）、ＮｉｋＡ、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼＣ（ｄｓｂＣ）、ＣｕｐＡ２、ＣｕｐＢ２、突然変異型リン酸結合タンパク質（ｐｂｐ＊）、ＴｏｌＢ、ＣｕｐＣ２、テトラトリコペプチドリピートファミリータンパク質（ＯＲＦ５５５０）、トルエン耐性タンパク質（Ｔｔｇ２Ｃ）、メチル基受容走化性タンパク質（ＯＲＦ８１２４）、及びＢｃｅ分泌ポリペプチドから成る群より選択される分泌ポリペプチドについての分泌シグナルコード配列であって、その分泌シグナルコード配列が、
ａ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、１９、２１、２３又は７のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
ｂ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、２１、２３又は７のヌクレオチド配列に少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が分泌ポリペプチドをコードする、核酸分子；
ｃ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２０、２２、２４又は８のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；
ｄ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２２、２４又は８のアミノ酸配列に少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ポリペプチドが分泌ポリペプチドである、核酸分子；
ｅ）配列番号：２０のアミノ酸配列に少なくとも９６％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ポリペプチドが分泌ポリペプチドである、核酸分子；
ｆ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、２１、２３又は７のヌクレオチド配列の実質的に全長にわたってストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；及び
ｇ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２２、２４又は８から成る群より選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列に、実質的に全長にわたってストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列
から成る群より選択される、分泌シグナルコード配列を含む、ベクター。
【請求項３】
ＦｌｇＩ、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼＡ（ｄｓｂＡ）、ＮｉｋＡ、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼＣ（ｄｓｂＣ）、ＣｕｐＡ２、ＣｕｐＢ２、突然変異型リン酸結合タンパク質（ｐｂｐ＊）、ＴｏｌＢ、ＣｕｐＣ２、テトラトリコペプチドリピートファミリータンパク質（ＯＲＦ５５５０）、トルエン耐性タンパク質（Ｔｔｇ２Ｃ）、メチル基受容走化性タンパク質（ＯＲＦ８１２４）、及びＢｃｅ分泌ポリペプチドから成る群より選択される分泌ポリペプチドについての分泌シグナルコード配列であって、その分泌シグナルコード配列が、
ａ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、１９、２１、２３又は７のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
ｂ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、２１、２３又は７のヌクレオチド配列に少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が分泌ポリペプチドをコードする、核酸分子；
ｃ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２０、２２、２４又は８のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；
ｄ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２２、２４又は８のアミノ酸配列に少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ポリペプチドが分泌ポリペプチドである、核酸分子；
ｅ）配列番号：２０のアミノ酸配列に少なくとも９６％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ポリペプチドが分泌ポリペプチドである、核酸分子；
ｆ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、２１、２３又は７のヌクレオチド配列の実質的に全長にわたってストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；及び
ｇ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２２、２４又は８から成る群より選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列に、実質的に全長にわたってストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列
から成る群より選択される、分泌シグナルコード配列を含む、組換え細胞。
【請求項４】
ａ）宿主細胞；及び
ｂ）ＦｌｇＩ、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼＡ（ｄｓｂＡ）、ＮｉｋＡ、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼＣ（ｄｓｂＣ）、ＣｕｐＡ２、ＣｕｐＢ２、突然変異型リン酸結合タンパク質（ｐｂｐ＊）、ＴｏｌＢ、ＣｕｐＣ２、テトラトリコペプチドリピートファミリータンパク質（ＯＲＦ５５５０）、トルエン耐性タンパク質（Ｔｔｇ２Ｃ）、メチル基受容走化性タンパク質（ＯＲＦ８１２４）、及びＢｃｅ分泌ポリペプチドから成る群より選択される分泌ポリペプチドについての分泌シグナルコード配列であって、その分泌シグナルコード配列が、
ａ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、１９、２１、２３又は７のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
ｂ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、２１、２３又は７のヌクレオチド配列に少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が分泌ポリペプチドをコードする、核酸分子；
ｃ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２０、２２、２４又は８のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；
ｄ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２２、２４又は８のアミノ酸配列に少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ポリペプチドが分泌ポリペプチドである、核酸分子；
ｅ）配列番号：２０のアミノ酸配列に少なくとも９６％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ポリペプチドが分泌ポリペプチドである、核酸分子；
ｆ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、２１、２３又は７のヌクレオチド配列の実質的に全長にわたってストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；及び
ｇ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２２、２４又は８から成る群より選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列に、実質的に全長にわたってストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列
から成る群より選択される、分泌シグナルコード配列に作動可能に連結された対象タンパク質又はポリペプチドをコードする核酸分子を含むベクター
を含む、対象タンパク質又はポリペプチドの発現のための発現系。
【請求項５】
ＦｌｇＩ、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼＡ（ｄｓｂＡ）、ＮｉｋＡ、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼＣ（ｄｓｂＣ）、ＣｕｐＡ２、ＣｕｐＢ２、突然変異型リン酸結合タンパク質（ｐｂｐ＊）、ＴｏｌＢ、ＣｕｐＣ２、テトラトリコペプチドリピートファミリータンパク質（ＯＲＦ５５５０）、トルエン耐性タンパク質（Ｔｔｇ２Ｃ）、メチル基受容走化性タンパク質（ＯＲＦ８１２４）、及びＢｃｅ分泌ポリペプチドから成る群より選択される分泌ポリペプチドについての分泌シグナルコード配列であって、その分泌シグナルコード配列が、
ａ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、１９、２１、２３又は７のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
ｂ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、２１、２３又は７のヌクレオチド配列に少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が分泌ポリペプチドをコードする、核酸分子；
ｃ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２０、２２、２４又は８のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；
ｄ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２２、２４又は８のアミノ酸配列に少なくとも９０％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ポリペプチドが分泌ポリペプチドである、核酸分子；
ｅ）配列番号：２０のアミノ酸配列に少なくとも９６％のアミノ酸配列同一性を有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ポリペプチドが分泌ポリペプチドである、核酸分子；
ｆ）配列番号：１７、３、１５、５、９、１１、１、４９、１３、２１、２３又は７のヌクレオチド配列の実質的に全長にわたってストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；及び
ｇ）配列番号：１８、４、１６、６、１０、１２、２、５０、１４、２２、２４又は８から成る群より選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列に、実質的に全長にわたってストリンジェント条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列
から成る群より選択される、分泌シグナルコード配列に作動可能に連結された対象タンパク質又はポリペプチドをコードするベクターを含有する宿主細胞を提供することを含む、宿主細胞における組換えタンパク質の発現のための方法。
【請求項６】
前記核酸分子が、その核酸分子を発現するために選択された宿主生物のコドン選択を反映するように調整されている、請求項１〜５のいずれかに記載の核酸分子、ベクター、細胞、発現系又は方法。
【請求項７】
前記対象タンパク質又はポリペプチドが、前記対象タンパク質又はポリペプチドが発現される宿主生物に対してネイティブである、請求項４又は５に記載の発現系又は方法。
【請求項８】
前記対象タンパク質又はポリペプチドがシュードモナスの種に対してネイティブである、請求項４又は５に記載の発現系又は方法。
【請求項９】
前記対象タンパク質又はポリペプチドがＰ．フルオレッセンスに対してネイティブである、請求項４又は５に記載の発現系又は方法。
【請求項１０】
前記対象タンパク質又はポリペプチドが、前記対象タンパク質又はポリペプチドが発現される宿主生物に対してネイティブではないタンパク質又はポリペプチドに由来する、請求項４又は５に記載の発現系又は方法。
【請求項１１】
前記ベクターがプロモーターをさらに含む、請求項１〜５のいずれかに記載の核酸分子、ベクター、細胞、発現系又は方法。
【請求項１２】
分泌シグナルコード配列が発現ベクター内にある、請求項１〜５のいずれかに記載の核酸分子、ベクター、細胞、発現系又は方法。
【請求項１３】
前記分泌シグナルコード配列が、対象タンパク質又はポリペプチドをコードする配列に作動可能に連結されている、請求項１〜５のいずれかに記載の核酸分子、ベクター、細胞、発現系又は方法。
【請求項１４】
細胞が、分泌シグナルポリペプチドに作動可能に連結された前記対象タンパク質又はポリペプチドを発現する、請求項４、５又は１３に記載の細胞、発現系又は方法。
【請求項１５】
前記タンパク質又はポリペプチドが細胞のペリプラズム画分（periplasmic compartment）において発現される、請求項４、５又は１３に記載の細胞、発現系又は方法。
【請求項１６】
前記細胞内の酵素が、前記対象タンパク質又はポリペプチドから前記分泌シグナルポリペプチドを切断する、請求項４、５又は１３に記載の細胞、発現系又は方法。
【請求項１７】
前記対象タンパク質又はポリペプチドが細胞のペリプラズム画分において発現される、請求項４、５又は１３に記載の細胞、発現系又は方法。
【請求項１８】
前記細胞を高細胞密度で増殖させる、請求項３、４又は５に記載の核酸分子、細胞、発現系又は方法。