【手続補正書】
【提出日】平成23年1月4日(2011.1.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
共通のエンティティに関連付けられた、異なる第一および第二の蛍光体のそれぞれについての第一および第二のラベル付け度信号のそれぞれを決定する方法であって、
前記第一および第二の蛍光体から第一の蛍光信号を、第一の条件下で決定することと、
前記第一および第二の蛍光体から第二の蛍光信号を、前記第一の条件とは異なる第二の条件下で決定することと、
前記第一および第二の蛍光信号から前記第一および第二の蛍光体についての前記第一および第二のラベル付け度信号を決定することからなり、
前記第一および第二のラベル付け度信号の前記決定は、前記蛍光体の間のエネルギーの結合を表す少なくとも１つの結合値（ｃ１２；ｃ２１）に応じたものである方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つの結合値は、前記蛍光体の１つによって放射され前記蛍光体の他のものによって吸収された光の間の結合を表す、請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記第一の蛍光体は、前記第二の蛍光体よりも長い波長に放射ピークを有し、前記少なくとも１つの結合値は、前記第二の蛍光体によって放射され前記第一の蛍光体によって吸収された光の間の結合を表す、請求項２記載の方法。
【請求項４】
前記第一および第二の条件は、前記第一および第二の蛍光信号の決定のための異なる照射波長と異なる検出波長の一方または両方を規定する、請求項１、２または３記載の方法。
【請求項５】
前記第一および第二の蛍光体の異なる割合の組み合わせの範囲に渡ってカリブレーションを行って、前記少なくとも１つの結合値についての推定を決定することから更になる、請求項１から４のいずれか１つに記載の方法。
【請求項６】
前記第一および第二のラベル付け度信号の前記決定は、前記第一および第二の蛍光体についての自己消光度のそれぞれに依存する第一および第二のパラメータ（ｂ１；ｂ２）に更に応したものである、請求項１から５のいずれか１つに記載の方法。
【請求項７】
前記第一および第二の蛍光信号の前記決定は、超伝導トンネルジャンクション装置を使って前記蛍光信号を検出することからなる、請求項１から６のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８】
前記共通のエンティティは、プローブエンティティからなる、請求項１から７のいずれか１つに記載の方法。
【請求項９】
前記共通のエンティティは、ターゲットエンティティからなる、請求項１から８のいずれか１つに記載の方法。
【請求項１０】
前記蛍光体の１つの他の１つによる蛍光消光についてのマイクロアレイデータを修正することから更になる、先行する請求項のいずれかの方法に従ってマイクロアレイからの蛍光データを処理する方法。
【請求項１１】
前記第一および第二の蛍光信号の前記決定は、前記第一および第二の蛍光信号の入力からなる、実行された時に先行する請求項のいずれかの方法を実装する、プロセッサ制御コードを搬送する搬送体。
【請求項１２】
共通のエンティティに関連付けられた、異なる第一および第二の蛍光体のそれぞれについての第一および第二のラベル付け度信号のそれぞれを決定する装置であって、
前記第一および第二の蛍光体から第一の蛍光信号を、第一の条件下で決定する手段と、
前記第一および第二の蛍光体から第二の蛍光信号を、前記第一の条件とは異なる第二の条件下で決定する手段と、
前記第一および第二の蛍光信号から前記第一および第二の蛍光体についての前記第一および第二のラベル付け度信号を決定する手段からなり、
前記第一および第二のラベル付け度信号を決定する前記手段は、前記蛍光体の間のエネルギーの結合を表す少なくとも１つの結合値（ｃ１２；ｃ２１）に応じたものである装置。
【請求項１３】
請求項１２の装置を組み込んだマイクロアレイスキャニング装置。
【請求項１４】
エンティティを蛍光体でラベル付けする方法であって、
前記蛍光体の光生成効率に依存した第一のパラメータを入力することと、
前記蛍光体の自己消光度に依存した第二のパラメータを入力することと、
前記第一および第二のパラメータを使って前記蛍光体による前記エンティティの最適ラベル付け度の推定を決定することと、
前記推定された最適ラベル付け度に従って前記蛍光体で前記エンティティをラベル付けすることからなる方法。
【請求項１５】
蛍光体でラベル付けされたプローブのキットを製造する方法であって、
前記キットのための蛍光体の組み合わせを決定することと、
前記決定された蛍光体の組み合わせを使って前記キットを製造することからなり、
前記蛍光体の組み合わせの前記決定は、
蛍光体でラベル付けされたプローブの前記キットのための蛍光体のセットと、セットの前記蛍光体の候補についての蛍光輝度良度指数関数を使った前記蛍光体による前記プローブのラベル付け度の一方または両方を選択することからなり、前記蛍光輝度良度指数関数は、前記蛍光体の前記候補の放射および吸収スペクトルの間の重複度に依存する方法。
【請求項１６】
蛍光体のキットからなる蛍光体でラベル付けされたプローブのキットであって、蛍光体でラベル付けされたプローブの前記キットと、前記蛍光体による前記プローブのラベル付け度の一方または両方は、セットの前記蛍光体の候補についての蛍光輝度良度指数関数（Ｒ）を使って選択され、前記蛍光輝度良度指数関数は、前記蛍光体の前記候補の放射および吸収スペクトルの間の重複度に依存するもの。
【請求項１７】
２つ以上の異なる蛍光体でラベル付けされたマイクロアレイからの蛍光データを処理する方法であって、
２つ以上の波長における前記マイクロアレイからの蛍光信号を表す前記蛍光データを入力することと、
前記蛍光信号についてのパリティラインを表すデータを決定することであって、前記パリティラインは、それに沿って前記２つ以上の波長における蛍光からの信号強度が実質的に同等であることが期待されるラインであるものと、
前記決定されたパリティラインを使って前記波長の１つにおける前記マイクロアレイからの前記蛍光信号を修正することからなる方法。
【請求項１８】
前記パリティラインは、を決定するために使われた前記蛍光信号の１つは、制御蛍光強度を表す、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
前記パリティラインを表すデータの前記決定は、
ＳＧ／ＳＲ＝（ａＧ−ｂＧ）／（ａＲ−ｂＲ）
を使って前記パリティライン上の第一のポイントを決定することからなり、ここでＳＧとＳＲは前記２つ以上の波長の第一および第二の波長のそれぞれにおける蛍光強度信号を表し、ａＧ、ｂＧとａＲ、ｂＲは前記蛍光体の異なるそれぞれの特性を表す、請求項１７または１８記載の方法。
【請求項２０】
前記パリティラインを表すデータの前記決定は、
ＳＧ／ＳＲ＝（ｂＧ＋ｃＲＧ）／ｂＲ
を使って前記パリティライン上の第二のポイントを決定することからなり、ここでＳＧとＳＲは前記２つ以上の波長の第一および第二の波長のそれぞれにおける蛍光強度信号を表し、ｂＲとｂＧは前記蛍光体の特性を表し、ｃＲＧは前記蛍光体の１つからの放射が前記蛍光体の第二のものによって吸収されることを考慮に入れるものである、請求項１７、１８または１９記載の方法。
【請求項２１】
前記蛍光データからｃＲＧのための値を決定することから更になる、請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
前記修正は、前記波長の前記１つにおける前記マイクロアレイからの前記蛍光信号と、前記パリティラインから予測された前記波長の前記１つにおける前記蛍光信号の値の間の差を補償することからなる、請求項１７から２１のいずれか１つに記載の方法。
【請求項２３】
マイクロアレイからの蛍光データを処理する方法であって、
複数の異なるスポット位置における前記マイクロアレイからの蛍光信号を表す前記蛍光データを入力することと、
前記蛍光データを処理して、前記スポットからの蛍光に関連付けられた生物学的パラメータを決定することからなり、
前記処理は、
前記マイクロアレイからの固定パターンノイズと、１つのデジタル数の他の１つによる分割から引き起こされるノイズの一方または両方からなる、システマティックなノイズについての前記蛍光データを補償することを含む方法。