【手続補正書】
【提出日】平成21年7月31日(2009.7.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５３】
図２（Ａ〜Ｃ）は、１９１８年以来のそれぞれのインフルエンザＡ世界流行および大発生の前およびそれに伴うレプリキン数の増加、ならびに非致命的インフルエンザＢにおける、インフルエンザＡ感染の休止期間中および継続中の低レプリキン数を示す。グラフは、ＰｕｂＭｅｄで公的に入手可能なアミノ酸または核酸配列を有するインフルエンザ株のｐＢ１遺伝子領域内で、コンピュータで（ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ）単離されたすべてのレプリキンピーク遺伝子のための１９１７年〜２００７年の間、毎年の、レプリキン数を提供する。データは、（１）１９４０年から２００７年の非致命的なヒトインフルエンザＢ（濃い太線）のため、および（２）１９１７年から２００７年のヒトインフルエンザＡウイルスの致命的および非致命的な双方の期間について、提供される。ヒトインフルエンザＡ株は、（１）Ｈ１Ｎ１（細線）、（２）Ｈ２Ｎ２（長短の破線の細線）、（３）Ｈ３Ｎ２（短い破線の細線）、および（４）Ｈ５Ｎ１（非常に短い破線の細線）である。ニワトリから単離されたＨ５Ｎ１株は、中間の長さの破線の細線により示される。データに対して分析された配列の総数（Ｎ）は、１４，２２７である。リストされている世界流行、流行、および大発生は、１９１８年のＨ１Ｎ１世界流行、１９３０年代のＨ１Ｎ１流行、１９５７年のＨ２Ｎ２世界流行、１９６８年のＨ３Ｎ［［１］］２世界流行、１９７７年〜７８年のＨ３Ｎ２大発生、および１９９７年、２００１年〜２００４年、および２００７年のＨ５Ｎ１大発生である。９０年間にわたり、世界流行、流行、および大発生は、インフルエンザ株のＲＰＧ内で４またはそれを上回るレプリキン数と関連する。同期間にわたり、一定の４未満の低レプリキン数は、インフルエンザＡ感染の休止（非致命的）期間中、観察され得、４未満の低レプリキン数は、非致命的インフルエンザＢにおいて観察され得る。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５４】
図３は、１９３０年〜２００７年の間の、インフルエンザウイルスの連続「新生」株を示す。インフルエンザの様々な株の単離株の１年あたりの平均レプリキン数をポリメラーゼ領域（円印）、ｐＢ１領域（三角印）、およびｐＢ１−Ｆ２領域（四角印）について提供する。Ｈ１Ｎ１およびＨ３Ｎ２に対するデータは、２００７年まで継続する。ギャップは、ＰｕｂＭｅｄ上でこれらのゲノム領域に対して利用可能なデータがなかった年を示す。レプリキン数の劇的な増加は、１９３０年代に始まったＨ１Ｎ１のリバウンド流行、１９５７年および１９６８年に、それぞれ生じた、Ｈ２Ｎ２およびＨ３Ｎ２の世界流行における大発生の直前、１９９７年〜２００７年のＨ５Ｎ１の大発生に認められ得る。レプリキン数の最大の増加は、ゲノムのｐＢ１−Ｆ２領域内で認められ得、ゲノムのｐＢ１領域内に含まれる。レプリキン数の２番目に大きな増加は、ゲノムのｐＢ１領域内で認められ得、ゲノムのポリメラーゼ領域内に含まれる。レプリキン数の最小増加は、ゲノムのポリメラーゼ領域内で認められ得る。したがって、レプリキン数は、ポリメラーゼ領域と比較してｐＢ１領域内で、およびｐＢ１領域と比較してｐＢ１−Ｆ２領域内で測定される場合、拡大することが認められ得る。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２２８】
９０年間にわたり、図２のグラフは、それぞれのインフルエンザＡの世界流行および大発生、すなわち、１９１８年のＨ１Ｎ１世界流行、１９３０年代のＨ１Ｎ１流行、１９５７年のＨ２Ｎ２世界流行、１９６８年のＨ３Ｎ２世界流行、１９７７年〜７８年のＨ３Ｎ２大発生、および１９９７年、２００１年〜２００４年、および２００７年のＨ５Ｎ１の大発生前およびそれに付随するレプリキン数の増加を示す。図２において、ｐ値＜０．００１は、一方の、世界流行と流行群、および他方の、臨床的な休止期間の間の差異の有意性を裏付ける。
【手続補正４】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍であって、少なくとも１つの前記第１のウイルスと同一種の第２のウイルス、前記第１の生物と同一種の第２の生物、または前記第１の悪性腫瘍と同一種の第２の悪性腫瘍よりも高い致死性を有する、第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍の同定方法であって、前記第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を、少なくとも１つの第２のウイルス、第２の生物、または第２の悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数と比較して、より高いレプリキン数を有する前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍が、より致命的であることを判定するステップを含み、前記レプリキンピーク遺伝子は、ゲノムの他のセグメントまたは指定された遺伝子と比較する場合、発現遺伝子または遺伝子セグメントが高濃度の連続した、中断されず、かつ重複するレプリキン配列（１００アミノ酸あたりのレプリキン配列数）を有する、ゲノムのセグメント、タンパク質、タンパク質のセグメント、またはタンパク質フラグメントである、方法。
【請求項２】
前記第１の悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の悪性腫瘍は、非小細胞肺癌である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記第１の生物は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記第１のウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記第１のウイルスは、インフルエンザＡウイルス株Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ウイルス、生物、または悪性腫瘍の単離または合成レプリキンピーク遺伝子であって、前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスのビリオン、前記生物の細胞、または前記悪性腫瘍の悪性細胞のゲノム、タンパク質、またはタンパク質フラグメントの他の部分と比較して、１００アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成る前記ウイルスの前記ビリオン、前記生物の前記細胞、または前記悪性腫瘍の前記悪性細胞のゲノム、タンパク質、またはタンパク質フラグメントの一部分として同定される、単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項８】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスの前記ビリオン、前記生物の前記細胞、または前記悪性腫瘍の前記悪性細胞の他のすべてのタンパク質またはタンパク質フラグメントと比較して、１００アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成るタンパク質またはタンパク質フラグメントの一部分である、請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項９】
前記レプリキンピーク遺伝子は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍から単離される、請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１０】
前記レプリキンピーク遺伝子は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫から単離される、請求項９に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１１】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１２】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１３】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１４】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項１３に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１５】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルスのｐＢ１遺伝子領域から単離される、請求項１３に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１６】
前記ウイルスは、口蹄疫ウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１７】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記口蹄疫ウイルスのＶＰ１遺伝子内に同定される、請求項１６に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１８】
前記ウイルスは、ウエストナイルウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１９】
前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質から単離される、請求項１８に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２０】
前記ウイルスは、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２１】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスのタンパク質から単離される、請求項２０に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２２】
前記ウイルスは、ブタサーコウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２３】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ブタサーコウイルスのレプリカーゼタンパク質から単離される、請求項２２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２４】
前記ウイルスは、白点症候群ウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２５】
前記レプリキンピーク遺伝子は、白点症候群ウイルスのリボヌクレオチドレダクターゼタンパク質から単離される、請求項２４に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２６】
前記ウイルスは、タバコモザイクウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２７】
前記ウイルスは、ウイルス性出血性敗血症ウイルスである、請求項１２に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２８】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ウイルス性出血性敗血症ウイルス中の糖タンパク質から単離される、請求項２７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項２９】
前記レプリキンピーク遺伝子は、配列番号１７４１、配列番号３６６４、配列番号３６６０、配列番号３６６５、配列番号１９９６、配列番号１６６５、配列番号１６８４、配列番号１７０１、配列番号５４６、配列番号１２４、配列番号１３０、配列番号３１１、配列番号３４１〜３４４、配列番号２８６、配列番号２８７、配列番号２８８、配列番号２８９、配列番号２９０、配列番号２３３〜２３８、配列番号４１５、配列番号４２１、配列番号４３８、配列番号４５１、配列番号４６２、配列番号４９８、配列番号６６９、配列番号１１６８、配列番号１５３１、配列番号１５４８、配列番号３７８７の８１〜２０４位、または配列番号１９３９の配列を含有する、請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項３０】
請求項７に記載の単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項３１】
前記レプリキン配列は、配列番号２９０２〜２９２５、配列番号２３１２〜２５４４、配列番号２７０１〜２７１１、配列番号２７１３〜２７１８、配列番号３２８２〜３２８５、３２８７〜３２９１、３２９３、３２９５、３２９７、３２９９、３３００、３３０２、３３０４、３３０６、および３３０８、配列番号１６８５〜１６９１、配列番号１７０２〜１７１７、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１２５〜１２９、配列番号１３１〜１５６、配列番号２３３〜２４４、配列番号２８６〜２９０、配列番号３１２〜３２３、配列番号３５４〜３６６、配列番号３６８〜３８０、配列番号３８３〜３９３、配列番号３９５〜４０１、配列番号４０３〜４１４、配列番号２９１〜３０７、配列番号３０８〜３１０、配列番号３２４〜３２７、配列番号３２８〜３４０、配列番号４１６〜４１９、配列番号４２２〜４３７、配列番号４４０〜４４５、配列番号４５２〜４５７、配列番号４６４〜４７６、配列番号４８２〜４８４および配列番号４８７〜４９２、配列番号５４７〜５６２、配列番号６６３〜６６７、配列番号６７０〜１１６６、配列番号１１６９〜１５２９、配列番号１５３２〜１５４２、配列番号１５４８、配列番号３７８７の８１〜２０４位、または配列番号１６３７〜１６６３である、請求項７に記載のレプリキンピーク遺伝子から単離されるレプリキン配列を含有する免疫原性組成物。
【請求項３２】
コンピュータが読み取り可能な媒体であって、実行されると、ウイルス、生物、または悪性腫瘍のアミノ酸配列をコードするアミノ酸配列または核酸配列内における、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍のゲノム、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメントの他の部分と比較して、１００アミノ酸当たり最多数の連続レプリキン配列から成る、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍のゲノム、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメントの部分を同定するステップを含む、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子の同定方法を、プロセッサに遂行させる命令をそこに格納した、コンピュータが読み取り可能な媒体。
【請求項３３】
（１）請求項３２に記載の前記レプリキンピーク遺伝子のレプリキン数、または請求項３２に記載の前記レプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域のレプリキン数が、前記ウイルスと同一種の少なくとも１つの他のウイルス、前記生物と同一種の少なくとも１つの他の生物、または前記悪性腫瘍と同一型の少なくとも１つの他の悪性腫瘍のゲノム内またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定される前記他のレプリキンピーク遺伝子を含む、別のレプリキンピーク遺伝子またはタンパク質もしくは遺伝子領域より高いことを判定するステップであって、前記他のウイルス、前記他の生物、または前記他の悪性腫瘍は、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍よりも早い時点で単離されるステップと、
（２）前記ウイルス、生物、もしくは悪性腫瘍の致死性もしくは毒性の増大を予測するステップ、または前記ウイルスもしくは生物の大発生を予測するステップと、
を含む、実行されると、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含む前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍の致死性もしくは毒性の増大、または前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含む前記ウイルスもしくは生物の大発生を予測する方法を、プロセッサに遂行させる命令をさらに含む、請求項３２に記載のコンピュータが読み取り可能な媒体。
【請求項３４】
ウイルスもしくは生物の株、宿主、または流行の地理的地域、または致死性もしくは毒性の増大の予測方法であって、
（１）第１の宿主からの、または第１の地理的地域から単離される、第１の株の第１のウイルスまたは生物のゲノム内、または前記第１のウイルスと同一種の少なくとも１つの第２のウイルス、または前記第１の生物と同一種の少なくとも１つの第２の生物のゲノム内、またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定されるレプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有する前記第１のウイルスもしくは生物のタンパク質またはタンパク質フラグメント内で、レプリキンピーク遺伝子またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域を同定するステップであって、前記第１のウイルスまたは前記第１の生物は、前記第１のウイルスまたは前記第１の生物よりも遅い時点で単離され、同一または別の宿主からの、または第１のウイルスまたは第１の生物と同一または別の地理的地域から単離される、同一株である、ステップと、
（２）前記第１の宿主内、または前記第１のウイルスもしくは生物の前記第１の地理的地域内での、前記第１の株の致死性または毒性の流行または増大を予測するステップと、を含む、方法。
【請求項３５】
第１のウイルスまたは生物のゲノム内の、前記レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質または遺伝子領域は、前記少なくとも１つの第２のウイルスまたは生物のゲノム内またはタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内で同定される、レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質もしくは遺伝子領域よりも高いレプリキン数を有すると同定される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記第１のウイルスまたは前記第１の生物は、前記第２の生物または前記第２のウイルスより、少なくとも６ヶ月から３年遅く単離される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記第１の生物または前記第１のウイルスは、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、および熱帯熱マラリア原虫、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、トマトの木のジェミニ葉巻ウイルス、魚のウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルス株である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記レプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質または遺伝子領域は、前記インフルエンザウイルスのｐＢ１遺伝子領域である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタ呼吸器生殖器症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４３】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記口蹄疫ウイルスのＶＰ１タンパク質である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４４】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ウエストナイルウイルスのエンベロープタンパク質である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４５】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４６】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記熱帯熱マラリア原虫のＡＴＰアーゼである、請求項３７に記載の方法。
【請求項４７】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記ブタサーコウイルスのレプリカーゼタンパク質である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４８】
前記タンパク質または遺伝子領域は、前記白点症候群ウイルスのリボヌクレオチダーゼ（ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅａｓｅ）である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４９】
第１のウイルス、生物、または悪性腫瘍であって、前記第１のウイルスと同一種の第２のウイルス、前記第１の生物と同一種の第２の生物、または前記第１の悪性腫瘍と同一型の第２の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製と関連する第１のウイルス、生物、または悪性腫瘍の同定方法であって、前記第２のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第２の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第２の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞内のゲノム内に、または前記第２のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第２の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第２の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内にコードされると同定されるレプリキンピーク遺伝子よりも高いレプリキン数を有する、前記第１のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第１の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第１の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のゲノム内に、または前記第１のウイルスの少なくとも１つのビリオン、もしくは前記第１の生物の少なくとも１つの細胞、もしくは前記第１の悪性腫瘍の少なくとも１つの悪性細胞のタンパク質またはタンパク質フラグメント内にコードされるレプリキンピーク遺伝子を同定するステップを含み、前記第１のウイルス、第１の生物、または第１の悪性腫瘍は、前記第２のウイルス、第２の生物、または第２の悪性腫瘍よりも高い致死性、高い毒性、またはより急速な複製を有し、前記レプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスの同一ビリオン、前記生物の同一細胞、もしくは同一悪性細胞内の残りのタンパク質もしくはタンパク質フラグメント、または前記タンパク質もしくはタンパク質フラグメントをコードするゲノムの前記部分と比較して、１００アミノ酸当たり最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質もしくはタンパク質フラグメントとして同定される、方法。
【請求項５０】
ウイルスもしくは生物の感染の診断、予防、もしくは治療のための、または悪性腫瘍の診断、予防、もしくは治療のための、前記ウイルス、前記生物、または前記悪性腫瘍の単離または合成レプリキンピーク遺伝子の取得方法であって、
（１）同一種のウイルスの複数の単離株、同一種の複数の生物、または同一型の複数の悪性腫瘍を取得するステップと、
（２）レプリキン配列の存在および濃度について、ウイルスの複数の単離株のそれぞれ個別の単離株、前記複数の生物のそれぞれ個別の生物の細胞、または前記複数の悪性腫瘍のそれぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞の、タンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを分析するステップと、
（３）前記それぞれ個別の悪性腫瘍の悪性細胞、前記それぞれ個別の生物の細胞、またはそれぞれ個別のウイルス単離株内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを同定するステップと、
（４）前記ウイルスの複数の単離株、前記複数の生物、または前記複数の悪性腫瘍の中から、最高濃度の連続レプリキン配列を有するタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを選択するステップと、
（５）前記選択されたタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントのアミノ酸配列を、前記複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のレプリキンピーク遺伝子として同定するステップと、
（６）前記複数のウイルス単離株、生物、または悪性腫瘍のうちの少なくとも１つの、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を単離または合成するステップであって、前記単離または合成された同定されたレプリキンピーク遺伝子は、前記ウイルスまたは前記生物または前記悪性腫瘍の前記感染の診断、予防、または治療に有用である、ステップと、を含む、方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の、少なくとも１つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項５２】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスまたは生物の新生株から単離される、請求項５１に記載の免疫原性組成物。
【請求項５３】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項５１に記載の免疫原性組成物。
【請求項５４】
請求項７に記載の、少なくとも１つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子を含有するワクチン。
【請求項５５】
前記少なくとも１つの単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスまたは生物の新生株から単離される、請求項５４に記載のワクチン。
【請求項５６】
配列番号１７４１、配列番号３６６４、配列番号３６６０、配列番号３６６５、配列番号１９９６、配列番号１６６５、配列番号１６８４、配列番号１７０１、配列番号５４６、配列番号１２４、配列番号１３０、配列番号３１１、配列番号３４１〜３４４、配列番号２８６、配列番号２８７、配列番号２８８、配列番号２８９、配列番号２９０、配列番号２３３〜２３８、配列番号４１５、配列番号４２１、配列番号４３８、配列番号４５１、配列番号４６２、配列番号４９８、配列番号６６９、配列番号１１６８、配列番号１５３１、配列番号１５４８、配列番号３７８７の８１〜２０４位、または配列番号１９３９を含有する、請求項５４に記載のワクチン。
【請求項５７】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ウイルスから単離される、請求項５４に記載のワクチン。
【請求項５８】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項５７に記載のワクチン。
【請求項５９】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザＡから単離される、請求項５８に記載のワクチン。
【請求項６０】
前記インフルエンザＡは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項５９に記載のワクチン。
【請求項６１】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、生物から単離される、請求項５４に記載のワクチン。
【請求項６２】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項６１に記載のワクチン。
【請求項６３】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項６２に記載のワクチン。
【請求項６４】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、悪性腫瘍から単離される、請求項５４に記載のワクチン。
【請求項６５】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍から単離される、請求項６４に記載のワクチン。
【請求項６６】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、非小細胞肺癌から単離される、請求項６５に記載のワクチン。
【請求項６７】
前記単離または合成レプリキンピーク遺伝子は、多形性グリア芽腫から単離される、請求項６５に記載のワクチン。
【請求項６８】
請求項２９に記載のレプリキンピーク遺伝子を含有する、免疫原性組成物。
【請求項６９】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項６８に記載の免疫原性組成物。
【請求項７０】
請求項７に記載のレプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントから単離される、または請求項７に記載のレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質から単離される、単離または合成レプリキン配列。
【請求項７１】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項７０に記載のレプリキン配列。
【請求項７２】
前記レプリキンピーク遺伝子は、マイコバクテリウムムコゲニカムから単離される、請求項７１に記載のレプリキン配列。
【請求項７３】
前記レプリキン配列は、配列番号２９０２〜２９２５である、請求項７２に記載のレプリキン配列。
【請求項７４】
前記レプリキンピーク遺伝子は、熱帯熱マラリア原虫から単離される、請求項７１に記載のレプリキン配列。
【請求項７５】
前記レプリキンピーク遺伝子は、配列番号２３１２〜２５４４、配列番号２７０１〜２７１１、配列番号２７１３〜２７１８、配列番号３２８２〜３２８５、３２８７〜３２９１、３２９３、３２９５、３２９７、３２９９、３３００、３３０２、３３０４、３３０６、または配列番号３３０８のうちの１つである、請求項７４に記載のレプリキン配列。
【請求項７６】
前記レプリキンピーク遺伝子は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスから単離される、請求項７０に記載のレプリキン配列。
【請求項７７】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルスである、請求項７６に記載のレプリキン配列。
【請求項７８】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項７７に記載のレプリキン配列。
【請求項７９】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ５Ｎ１であり、レプリキン配列が、配列番号１６８５〜１６９１、配列番号１７０２〜１７１６、または配列番号１７１７のうちの１つである、請求項７８に記載のレプリキン配列。
【請求項８０】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ３Ｎ８であり、レプリキン配列が、配列番号５４７〜５６１または配列番号５６２のうちの１つである、請求項７８に記載のレプリキン配列。
【請求項８１】
前記レプリキンピーク遺伝子は、口蹄疫ウイルスから単離される、請求項７６に記載のレプリキン配列。
【請求項８２】
前記レプリキン配列は、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１２５〜１２９、配列番号１３１〜１５５、または配列番号１５６のうちの１つである、請求項８１に記載のレプリキン配列。
【請求項８３】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ウエストナイルウイルスから単離される、請求項７６に記載のレプリキン配列。
【請求項８４】
前記レプリキン配列は、配列番号２３３〜２４３または配列番号２４４のうちの１つである、請求項８３に記載のレプリキン配列。
【請求項８５】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ＰＲＲＳＶから単離される、請求項７６に記載のレプリキン配列。
【請求項８６】
前記レプリキン配列は、配列番号２８６〜２９０、配列番号３１２〜３２３、配列番号３５４〜３６６、配列番号３６８〜３８０、配列番号３８３〜３９３、配列番号３９５〜４０１、配列番号４０３〜４１３、または配列番号４１４のうちの１つである、請求項８５に記載のレプリキン配列。
【請求項８７】
前記レプリキンピーク遺伝子は、ＰＣＶから単離される、請求項７６に記載のレプリキン配列。
【請求項８８】
前記レプリキン配列は、配列番号２９１〜３０７、配列番号３０８〜３１０、配列番号３２４〜３２７、配列番号３２８〜３４０、配列番号４１６〜４１９、配列番号４２２〜４３７、配列番号４４０〜４４５、配列番号４５２〜４５７、配列番号４６４〜４７６、配列番号４８２〜４８４、配列番号４８７〜４９１、または配列番号４９２のうちの１つである、請求項８７に記載のレプリキン配列。
【請求項８９】
前記レプリキンピーク遺伝子は、白点症候群ウイルスから単離される、請求項７６に記載のレプリキン配列。
【請求項９０】
前記レプリキン配列は、配列番号６６３〜６６７、配列番号６７０〜１１６６、配列番号１１６９〜１５２９、配列番号１５３２〜１５４２、および配列番号１５４８のうちの１つである、請求項８９に記載のレプリキン配列。
【請求項９１】
ウイルスもしくは生物感染または悪性腫瘍の予防および／または治療のためのワクチンであって、前記ウイルス、生物、または悪性腫瘍内で同定される、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメントまたはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質内に、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を含有する、ワクチン。
【請求項９２】
前記少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列は、配列番号２９０２〜２９２５、配列番号２３１２〜２５４４、配列番号２７０１〜２７１１、２７１３〜２７１８、配列番号３２８２〜３２８５、３２８７〜３２９１、３２９３、３２９５、３２９７、３２９９、３３００、３３０２、３３０４、３３０６、３３０８、配列番号１６８５〜１６９１、配列番号１７０２〜１７１７、配列番号５４７〜５６２、配列番号１０６、配列番号１１２、配列番号１１３、配列番号１２５〜１２９、および配列番号１３１〜１５６、配列番号２３３〜２４４、配列番号２８６〜２９０、配列番号３１２〜３２３、配列番号３５４〜３６６、配列番号３６８〜３８０、配列番号３８３〜３９３、配列番号３９５〜４０１、配列番号４０３〜４１４、配列番号２９１〜３０７、配列番号３０８〜３１０、配列番号３２４〜３２７、配列番号３２８〜３４０、配列番号４１６〜４１９、配列番号４２２〜４３７、配列番号４４０〜４４５、配列番号４５２〜４５７、配列番号４６４〜４７６、配列番号４８２〜４８４、配列番号４８７〜４９２、配列番号６６３〜６６７、配列番号６７０〜１１６６、配列番号１１６９〜１５２９、配列番号１５３２〜１５４２、配列番号１５４８、配列番号１６３７〜１６６２、または配列番号１６６３のうちの１つである、請求項９１に記載のワクチン。
【請求項９３】
ウイルス感染の予防および／または治療のための、請求項９１に記載のワクチン。
【請求項９４】
前記ウイルス感染は、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスにより生じる、請求項９３に記載のワクチン。
【請求項９５】
前記インフルエンザウイルスは、インフルエンザＡウイルスである、請求項９４に記載のワクチン。
【請求項９６】
前記インフルエンザＡウイルスは、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２、Ｈ５Ｎ１、またはＨ３Ｎ８である、請求項９５に記載のワクチン。
【請求項９７】
前記ウイルスは、ウイルス性出血性敗血症ウイルスである、請求項９４に記載のワクチン。
【請求項９８】
生物感染の予防および／または治療のための、請求項９１に記載のワクチン。
【請求項９９】
前記生物感染は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫により生じる、請求項９８に記載のワクチン。
【請求項１００】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項９９に記載のワクチン。
【請求項１０１】
前記悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、卵巣悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項９１に記載のワクチン。
【請求項１０２】
前記悪性腫瘍は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫である、請求項１０１に記載のワクチン。
【請求項１０３】
レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質内に、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を含有する免疫原性化合物であって、前記レプリキンピーク遺伝子が、ウイルス、生物、または悪性腫瘍内に同定される、免疫原性化合物。
【請求項１０４】
薬剤として許容される担体をさらに含有する、請求項１０３に記載の免疫原性化合物。
【請求項１０５】
免疫系の刺激方法であって、ウイルス、生物、または悪性腫瘍内で同定される、レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域内で同定される、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を動物に投与するステップを含む、方法。
【請求項１０６】
前記動物は、ヒトである、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
レプリキンピーク遺伝子のタンパク質もしくはタンパク質フラグメント内、またはレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質もしくは遺伝子領域内の、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列に対する抗体。
【請求項１０８】
悪性腫瘍、生物、またはウイルスの致死株の同定方法であって、
（１）前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの複数の単離株を取得するステップと、
（２）前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの前記複数の単離株のそれぞれの単離株において、前記レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
（３）レプリキン配列の存在および濃度について、前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を、分析するステップと、
（４）前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおけるレプリキン配列の濃度と、前記複数の単離株のうちの他の単離株のそれぞれの前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおけるレプリキン配列の濃度とを比較するステップと、
（５）前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内で、最高濃度の連続レプリキン配列を有する単離株を、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの毒性株または致死株として、同定するステップと、を含む、方法。
【請求項１０９】
悪性腫瘍、生物、またはウイルス用の予防もしくは治療ワクチンまたは免疫原性化合物に含めるための、悪性腫瘍、生物、またはウイルスからのペプチドの選択方法であって、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの少なくとも２つの単離株の間で、別様に保存されたレプリキン配列またはレプリキンピーク遺伝子のアミノ酸配列における少なくとも１つの差異を同定するステップと、前記少なくとも２つの単離株の間で、前記アミノ酸配列における前記同定された少なくとも１つの差異を、最も高い毒性、罹患率、または宿主の死亡率と関連付けるステップと、前記同定された少なくとも１つのアミノ酸配列の差異を有する、別様に保存されたレプリキン配列、レプリキンピーク遺伝子、またはレプリキンピーク遺伝子内のレプリキン配列を、予防もしくは治療ワクチンまたは免疫原性化合物に含めるためのペプチドとして選択するステップと、を含む、方法。
【請求項１１０】
前記アミノ酸配列における前記少なくとも１つの差異を有する、前記選択された保存されたレプリキン配列またはレプリキンピーク遺伝子を含有する単離株を、前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスの致死単離株であるとさらに予測する、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、悪性腫瘍である、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
前記悪性腫瘍は、肺悪性腫瘍、悪性脳腫瘍、乳房悪性腫瘍、またはリンパ悪性腫瘍である、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記悪性腫瘍は、非小細胞肺癌または多形性グリア芽腫である、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、生物である、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１５】
前記生物は、ヒト型結核菌、マイコバクテリウムムコゲニカム、黄色ブドウ球菌、または熱帯熱マラリア原虫である、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１６】
前記黄色ブドウ球菌は、メチシリン耐性を有する、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
前記悪性腫瘍、生物、またはウイルスは、ウイルスである、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１８】
前記ウイルスは、インフルエンザウイルス、口蹄疫ウイルス、ウエストナイルウイルス、ブタ生殖器呼吸障害症候群ウイルス、ブタサーコウイルス、白点症候群ウイルス、タウラ症候群ウイルス、コロナウイルス、エボラウイルス、ジェミニ葉巻ウイルス、ウイルス性出血性敗血症ウイルス、またはタバコモザイクウイルスである、請求項１１7に記載の方法。
【請求項１１９】
肺悪性腫瘍症例の原因の判定方法であって、タバコモザイクウイルスの単離株のレプリキンピーク遺伝子内にもまた存在する、肺癌細胞のレプリキンピーク遺伝子内で、少なくとも１つのペプチドを同定するステップを含み、前記ペプチドは、前記肺悪性腫瘍の前記原因に関与する、方法。
【請求項１２０】
複数のペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、前記複数のペプチドのそれぞれが、タバコモザイクウイルスの単離株のレプリキンピーク遺伝子内でもまた同定される、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２１】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株のレプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチドは、少なくとも２つのリシンおよび少なくとも１つのヒスチジンを含有する、約１０未満のアミノ酸のペプチドである、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２２】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株のレプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチドは、少なくとも３つのリシンおよび少なくとも１つのヒスチジンを含有する、約１０未満のアミノ酸のペプチドである、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチドは、少なくとも３つのリシンおよび少なくとも１つのヒスチジンを含有する、約７つ未満のアミノ酸である、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチド、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の前記少なくとも１つのペプチドは、３つのリシンおよび１つのヒスチジンを含有する、約４つのアミノ酸である、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内の、前記少なくとも１つのペプチドは、ＫＨＫＫ（配列番号１５８４）である、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
１つを超えるＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内、およびタバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項１２５に記載の方法。
【請求項１２７】
少なくとも１０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも１０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項１２６に記載の方法。
【請求項１２８】
少なくとも２０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも２０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１２９】
少なくとも３０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも３０のＫＨＫＫペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項１２８に記載の方法。
【請求項１３０】
少なくとも５０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、前記肺癌細胞の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定され、少なくとも５０のＫＨＫＫ（配列番号１５８４）ペプチドが、タバコモザイクウイルスの前記単離株の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
第２の症例の肺の悪性腫瘍と比較して、より早い複製速度、攻撃的な成長パターン、または致死性を有する第１の症例の肺の悪性腫瘍の同定方法であって、第２の症例の肺の悪性腫瘍からの悪性細胞において同定されるレプリキンピーク遺伝子より、レプリキンピーク遺伝子内により高いレプリキン数を有する第１の症例の肺の悪性腫瘍からの悪性細胞におけるレプリキンピーク遺伝子を同定するステップを含む、方法。
【請求項１３２】
前記第１および第２の症例の肺の悪性腫瘍は、非小細胞肺悪性腫瘍である、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３３】
（１）肺悪性腫瘍から少なくとも１つの悪性細胞を取得するステップと、
（２）レプリキン配列の存在および濃度について、前記少なくとも１つの悪性細胞のタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを分析するステップと、
（３）前記少なくとも１つの悪性細胞内で、最高濃度の連続レプリキン配列を有する前記タンパク質配列または前記タンパク質配列フラグメントを同定するステップと、
（４）最高濃度の連続レプリキン配列を有する前記タンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントを選択するステップと、
（５）前記選択されたタンパク質配列またはタンパク質配列フラグメントのアミノ酸配列を、前記レプリキンピーク遺伝子として同定するステップと、
（６）前記少なくとも１つの悪性細胞の、前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を単離または合成するステップであって、前記単離または合成された同定されたレプリキンピーク遺伝子は、肺癌の診断、予防、または治療に有用である、ステップと、
を含む方法による、肺癌の診断、予防、または治療のための、肺悪性腫瘍内の単離または合成レプリキンピーク遺伝子。
【請求項１３４】
前記肺悪性腫瘍は、非小細胞肺悪性腫瘍である、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３５】
前記同定されたレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内の少なくとも１つのレプリキン配列は、肺癌の診断、予防、または治療のために単離または合成される、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３６】
前記同定されたレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内の前記少なくとも１つのレプリキン配列は、配列番号１５８５〜１６３５または配列番号１６３６のうちの１つである、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１３７】
肺癌の予防および治療のための免疫原性組成物であって、同定されるレプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を含有する、免疫原性組成物。
【請求項１３８】
免疫系の刺激方法であって、動物における肺癌の予防、治療、または診断のために、前記肺悪性腫瘍の前記レプリキンピーク遺伝子内で同定される前記少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列を、動物に投与するステップを含む、方法。
【請求項１３９】
前記動物は、ヒトである、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４０】
肺悪性腫瘍の前記レプリキンピーク遺伝子配列内の、少なくとも１つの単離または合成レプリキン配列に対する抗体。
【請求項１４１】
致死型の肺癌の同定方法であって、
（１）複数の肺腫瘍から少なくとも１つの悪性細胞を取得するステップと、
（２）前記複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップであって、
（３）レプリキン配列の存在および濃度について、前記複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を分析するステップと、
（４）複数の肺腫瘍のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおける、レプリキン配列の濃度を比較するステップと、
（５） 前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有する肺腫瘍を、致死型の肺癌として同定するステップと、を含む、方法。
【請求項１４２】
少なくとも２つの肺癌のうちの致死型の肺癌の同定方法であって、
（１）少なくとも２つの肺癌のそれぞれから、少なくとも１つの悪性細胞を取得するステップと、
（２）前記少なくとも２つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
（３）レプリキン配列の存在および濃度について、前記少なくとも２つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子のタンパク質またはタンパク質フラグメントのアミノ酸配列を同定するステップと、
（４）前記少なくとも２つの肺癌のそれぞれの前記少なくとも１つの悪性細胞内の、前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメントのそれぞれにおいて、レプリキン配列の濃度を比較するステップと、
（５）前記レプリキンピーク遺伝子の前記タンパク質またはタンパク質フラグメント内に、最高濃度の連続レプリキン配列を有する肺癌を、より致死型の肺癌として同定するステップと、を含む、方法。
【請求項１４３】
ウイルスまたは生物の致死性または毒性の予期される増大の判定方法であって、
（１）前記ウイルスまたは生物の複数の単離株を取得するステップであって、それぞれの単離株は、既知の期間内に単離され、前記単離株のうちの少なくとも２つは、前記単離株の他の少なくとも２つより約６ヶ月から約５年後に単離される、ステップと、
（２）前記複数の単離株のそれぞれの単離株内で、レプリキンピーク遺伝子を同定するステップと、
（３）前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を分析して、前記複数の単離株のそれぞれの単離株のそれぞれのレプリキンピーク遺伝子のレプリキン数を決定するか、または前記複数の単離株のそれぞれの単離株の前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含有するタンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域を分析して、前記複数の単離株のタンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域のレプリキン数を決定するステップと、
（４）それぞれ既知の期間、前記レプリキンピーク遺伝子内、または前記同定されたレプリキンピーク遺伝子を含有する前記タンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域内の、平均レプリキン数を決定するステップと、
（５）それぞれ既知の期間、前記レプリキンピーク遺伝子内、または前記タンパク質、タンパク質フラグメント、または遺伝子領域内の前記平均レプリキン数を、１つずつ比較するステップと、
（６）少なくとも２つの既知の期間の間で、前記平均レプリキン数の増大を確認するステップと、
（７）前記平均レプリキン数の増大の前記確認後、約６ヶ月から約３年以内の、前記ウイルスまたは生物の致死性または毒性の予期される増大を確認するステップと、を含む、方法。
【請求項１４４】
前記既知の期間は、１年である、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４５】
平均レプリキン数の前記増大は、１年かかって生じる、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４６】
平均レプリキン数の前記増大は、３年かかって生じる、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４７】
平均レプリキン数の前記増大は、少なくとも２つの既知の期間の間で有意である、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４８】
平均レプリキン数の前記増大は、ｐ＝＜０．００１の有意性を有する、請求項１４６に記載の方法。
【手続補正５】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】全図
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１】
2011516027.tif 000001
【図２Ａ】
2011516027.tif 000002
【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
2011516027.tif 000008
【図７】
2011516027.tif 000009
【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
2011516027.tif 000015
【図１４−１】
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【図１４−２】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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