【手続補正書】
【提出日】平成23年8月24日(2011.8.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも一の胎児を宿す女性対象の生体試料中における胎児染色体異数性の出生前診断を行うための方法であって、前記生体試料が前記女性対象由来の核酸分子、及び前記少なくとも一の胎児由来の核酸分子を含み、以下のステップ：
前記生体試料中に含まれる複数の核酸分子の少なくとも一部分の配列決定から得られる配列データを取得し；
各々の配列をヒトゲノムに整列させ、ここで、配列決定された前記一部分はヒトゲノム断片であり；
前記配列決定に基づいて：
第一の染色体に整列するものとして同定された配列から、前記第一の染色体の第一の量を、少なくとも一つのプロセッサが決定し；及び、
一つ以上の第二の染色体に整列するものとして同定された配列から、一つ以上の前記第二の染色体の第二の量を、少なくとも一つのプロセッサが決定し；
前記第一の量および前記第二の量からパラメータを決定し；
前記パラメータを一つ以上のカットオフ値と比較し；並びに
前記比較に基づいて、胎児染色体異数性が前記第一の染色体において存在するか否かの分類を決定すること
を含む、前記方法。
【請求項２】
以下のステップ：
前記生体試料中に含まれる複数の核酸分子の少なくとも一部分の配列決定を行うこと
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記配列決定が、前記生体試料中に含まれる前記核酸分子の一部分においてランダムに行われる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記配列決定が、ペアエンド配列決定（ｐａｉｒｅｄ−ｅｎｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）を含み、及び、各々の配列の整列が、ペアエンド配列の整列を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
以下のステップ：
前記生体試料中における胎児ＤＮＡの量を同定し；及び、
所望の精度に基づいて分析されるべき配列のＮ数を計算すること
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも一の胎児を宿す女性対象の生体試料中における胎児染色体異数性の出生前診断を行うための方法であって、前記生体試料が前記女性対象由来の核酸分子、及び前記少なくとも一の胎児由来の核酸分子を含み、以下のステップ：
所望の精度に基づいて分析されるべき配列のＮ数を計算し；
前記生体試料中に含まれる少なくともＮ個の前記核酸分子をランダムに配列決定し；
各々の配列をヒトゲノムに整列させ、ここで配列決定された一部分はヒトゲノム断片であり；
前記ランダム配列決定に基づいて：
第一の染色体に整列するものとして同定された配列から、前記第一の染色体の第一の量を、少なくとも一つのプロセッサが決定し；及び、
一つ以上の第二の染色体に整列するものとして同定された配列から、一つ以上の前記第二の染色体の第二の量を、少なくとも一つのプロセッサが決定し；
前記第一の量および前記第二の量からパラメータを決定し；
前記パラメータを一つ以上のカットオフ値と比較し；並びに、
前記比較に基づいて、胎児染色体異数性が前記第一の染色体において存在するか否かの分類を決定すること
を含む、前記方法。
【請求項７】
前記生体試料が母体の血液、血漿、血清、尿または唾液である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記生体試料が大腿骨頸部洗浄液である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記第一の染色体が、第２１番染色体、第１８番染色体、第１３番染色体、Ｘ染色体、またはＹ染色体である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記パラメータが、前記第一の量を含む比率から計算される、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記比率が、配列中における前記第一の染色体のパーセンテージ表示を提供する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記比率が、任意の一つ以上の、配列決定されたタグ数の部分的な総数、配列決定されたヌクレオチドの部分的な数、および集められた配列の部分的な長さから得られる、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記第一の量が、塩基の特定の数よりも少なくなるように選択される核酸分子から決定される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記塩基の特定の数が、３００塩基、２００塩基、または１００塩基である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記生体試料の核酸分子が、少なくとも一つの特定の染色体由来である配列について増大される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記生体試料の核酸分子が、３００塩基未満である配列について増大される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記生体試料の核酸分子が、２００塩基未満である配列について増大される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記生体試料の核酸分子が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して増幅される、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記配列決定された一部分が、ヒトゲノムの少なくとも一つのあらかじめ決定された断片である、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記断片が、ヒトゲノムの少なくとも０．１％である、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記断片が、ヒトゲノムの少なくとも０．５％である、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記カットオフ値の少なくとも一つが、前記生体試料中における胎児ＤＮＡの部分的濃度に関連する、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記生体試料中における前記胎児ＤＮＡの部分的濃度が、Ｙ染色体配列、胎児エピジェネティックマーカーの任意の一つ以上の比率によって、または一塩基多型分析を使用することによって決定される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
カットオフ値が、正常な生体試料において確立された基準値である、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
以下のステップ：
前記生体試料中における胎児ＤＮＡのパーセンテージを同定し、ここで所望の精度に基づいて分析されるべき配列のＮ数を計算することは、前記パーセンテージに基づくこと
をさらに含む、請求項５又は６に記載の方法。
【請求項２６】
前記第一の染色体に整列するものとして同定された配列が、前記第一の染色体に特異的に整列する、請求項１又は６に記載の方法。
【請求項２７】
一つ以上の前記第二の染色体に整列するものとして同定された配列が、前記第二の染色体の一つのみに特異的に整列する、請求項１又は６に記載の方法。
【請求項２８】
前記パラメータが、前記第一及び第二の量との間の相対的な量を表し、並びに前記カットオフ値が、前記第一及び第二の量との間の相対的な量に関する正常値に由来する、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも一の胎児を宿す女性対象の生体試料中における胎児染色体異数性の出生前診断を行うためのシステムであって、ここで前記生体試料は、前記女性対象由来の核酸分子、及び前記少なくとも一の胎児由来の核酸分子を含み：
妊娠している前記女性対象の生体試料に含まれる核酸分子の一部分の配列決定からデータを取得するための入力、ここで前記生体試料は、前記女性対象由来の核酸分子、及び前記少なくとも一の胎児由来の核酸分子を含む；並びに、
請求項１〜２８のいずれか１項に記載の方法を行うために構成された一つ以上のプロセッサ
を含む、前記システム。
【請求項３０】
少なくとも一の胎児を宿す女性対象の生体試料における胎児染色体異数性の出生前診断を実行するための操作を行うコンピューティングシステムを制御するための、複数の指示でコード化されたコンピュータ読み取り可能媒体を含む、コンピュータプログラム製品であって、前記生体試料が核酸分子を含み、前記操作が請求項１〜２８のいずれか１項に記載のステップを含む、前記コンピュータプログラム製品。