【事件の表示】
　特願２０１７−５４９３６８「自己集合核酸を用いてナノ構造を形成する方法、及び自己集合核酸のナノ構造」拒絶査定不服審判事件〔平成２８年１０月　６日国際公開、ＷＯ２０１６／１６０３１１、平成３０年　４月１９日国内公表、特表２０１８−５１０６３５〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯 
　本願は、平成２８年３月１１日（パリ条約による優先権主張　２０１５年４月２日　米国）を国際出願日とする特許出願であって、その手続の主な経緯は以下のとおりである。
  
　平成２９年１１月１５日　　：手続補正書の提出
　平成３０年　３月　２日付け：拒絶理由通知書
　平成３０年　９月　４日　　：意見書、手続補正書の提出
　平成３０年１０月３１日付け：拒絶査定
　平成３１年　２月２８日　　：審判請求書、手続補正書の提出
　令和　元年　８月２２日　　：上申書の提出　 
  
第２　平成３１年２月２８日にされた手続補正についての補正の却下の決定
［補正の却下の決定の結論］
　平成３１年２月２８日にされた手続補正（以下「本件補正」という。）を却下する。
  
［理由］ 
１　本件補正について 
（１）本件補正後の特許請求の範囲の記載 
　本件補正により、特許請求の範囲の請求項２２の記載は、次のとおり補正された。（下線部は、補正箇所である。）
  
「　【請求項２２】
　ナノ構造を形成する方法であって、
　領域を含むパターニングされた基板を形成することであって、前記領域は、
核酸構造に対する位相特異性、または、
および
性を
　前記パターニングされた基板を形成することの後に、前記パターニングされた基板の対応する領域に、核酸構造を選択的に吸着させて、前記パターニングされた基板上に核酸構造の誘導自己集合を形成することと、を含む、
方法。」 
（２）本件補正前の特許請求の範囲 
　本件補正がなされた特許請求の範囲の請求項２２に対応する、本件補正前の、平成２９年１１月１５日に手続補正された特許請求の範囲の請求項２６の記載は次のとおりである。
「　【請求項２６】
　ナノ構造を形成する方法であって、
　領域を含むパターニングされた基板を形成することであって、前記領域は、核酸構造に対する化学的特異性と位相特異性のうち少なくとも１つを有する、ことと、
　前記パターニングされた基板を形成することの後に、前記パターニングされた基板の対応する領域に、核酸構造を選択的に吸着させて、前記パターニングされた基板上に核酸構造の誘導自己集合を形成することと、を含む、
方法。」 
２　補正の適否 
　本件補正は、補正前の請求項２６に係る発明を特定するために必要な事項である「核酸構造に対する化学的特異性と位相特異性のうち少なくとも１つを有する」について、上記１（１）のとおり「核酸構造に対する位相特異性、または、核酸構造に対する化学的特異性および位相特異性を有する」と補正し、「核酸構造に対する位相特異性」を必須とする旨の限定を付加するものであって、補正前の請求項２６に記載された発明と補正後の請求項２２に記載される発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題が同一であるから、特許法第１７条の２第５項第２号の特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　そこで、本件補正後の請求項２２に記載される発明（以下「本件補正発明」という。）が同条第６項において準用する同法第１２６条第７項の規定に適合するか（特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか）について、以下、検討する。
（１）本件補正発明 
　本件補正発明は、上記１（１）に記載したとおりのものである。
（２）引用文献の記載事項  
　原査定で引用された、本願の優先日（２０１５年４月２日）より前に頒布された刊行物である、ACS Nano, 2014, vol.8, p.12030-12040（以下、「引用文献１」という。）は、「単分子ＤＮＡ折り紙ナノアレイにおける最適化された集合と共有カップリング」と題する学術論文であって、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから当審による訳文を記載する。また、下線は当審にて付した。　  
  
ア　「要約　ＤＮＡ折り紙のような人工的ＤＮＡナノ構造は、従来型のトップダウン手法では達成することができなかった解像度を有する生物及び非生物ナノデバイスの、ボトムアップ製造のテンプレートとして大きな可能性を備えている。・・・Ｓｉ／ＳｉＯ２基板上に描画的に定義された結合領域における折り紙の静電的な自己集合は達成されているが、最適な集合のための条件はまだ特定されておらず、その方法は大部分のデバイスを集合させるほどの高濃度のＭｇ２＋を必要とするものである。私たちは、
９０％の折り紙が標的とする配向から±１０°以内の配向を示す状態で、再現性良く９４±４％の領域における１つの折り紙の結合を達成する、折り紙の配置に影響するパラメーターに関する定量的な研究を提示する。さらに私たちは、静電的なＤＮＡ−表面間の結合を共有結合に変換することで、Ｍｇ２＋を含まない多様な溶液条件で折り紙アレイを用いることにつながる２つの技術を紹介する。」（要約）
イ　「特に、二次元的あるいは三次元的なＤＮＡ折り紙は、
〜６ｎｍの解像度
ウ　「ここでは、私たちはＫｅｒｓｈｎｅｒら２５の方法を基礎とする。トリメチルシリル（ＴＭＳ）不動態化層を通じた
Ｏ２プラズマエッチングにより、ＳｉＯ２基板に、三角形の折り紙と同じ形、同じ大きさの複数の結合領域がパターンされた
これは、適切なｐＨでイオン化し、負に帯電する複数のシラノールを生成する。折り紙溶液は基板に乗せられ、そして、溶媒中のＭｇ２＋により、イオン化した複数のシラノールと負に帯電した折り紙が静電的に架橋される
この配置技術が、多様な実験条件の下で、多種多様に応用できるようにすることを目的として、配置技術の最適化と拡張について研究する。
私たちは、配置の量と質が、いくつかの包括的なパラメーター（折り紙濃度、ｐＨ、Ｍｇ２＋濃度、インキュベーション時間）
において、非常に非線形的であることを発見する。
エ　「
図１．基板の製造と折り紙の配置と固定化。（ａ）
複数の三角形の結合領域を有するアレイが、電子ビーム描画によりＳｉＯ２基板にパターンされる（最上段、工程１−５）
Ｏ２プラズマ（工程４）は、個々の領域に複数のシラノール基を生成するため、トリメチルシリル鋳型層を通じたエッチングに用いられる。
適切なｐＨにより、表面の複数のシラノールが負に帯電し、２価の複数のＭｇ２＋イオンが、負に帯電したＤＮＡ折り紙（黒い丸）を固定化するための架橋に用いられ得る。
オ　「
図２．
折り紙配置の最適化
折り紙濃度
Ｍｇ２＋
ｐＨ
インキュベーション時間
カ　「包括的パラメーターの効果。配置の後、個々の結合領域はいくつかの異なる状態の中の一つを示し得る（図２ａ）。いくつかの領域は、１つの折り紙が「正しい配向」で占有しており、折り紙の結合領域への重なりは最大である。−残りの領域は、１つの折り紙を正しくない配向（結合領域を基準として測定される、図２ｂ）で含むかもしれないし、多数の折り紙を含むかもしれないし、空かもしれない。個々の状態における、いくつかの領域の定量的測定は、配向の分布と同様に、包括的パラメーターの最適化に用いられた。」（第１２０３２頁左欄第１行〜右欄第５行）
キ　「私たちは、私たちが変動させた
最初のパラメーターである折り紙濃度
ク　「
２番目の変動されたパラメーターである［Ｍｇ２＋］
ケ　「同様に、
３番目のパラメーターであるｐＨ
コ　「
最後に、インキュベーション時間
最適化された他の全てのパラメーター（折り紙濃度１１０ｐＭ、Ｍｇ２＋濃度３５ｍＭ、ｐＨ８．３５）
私たちは、６０分を最適なインキュベーション時間として選択した。
サ　「私たちによる最適化は、４つすべてのパラメーターに対する配置の質の感受性を強調するものであるが、４つのすべてのパラメーターの注意深く正確な維持は高い再現性をもった結果を可能とするものである。一連の９０の独立した配置の繰り返し（最適な条件下で４つの異なるウエハーから得られたチップを用いて、１６ヶ月以上にわたり、個々に少なくとも１００結合領域が測定された）により、
私たちは、９０％の折り紙が正しい配向から±１０°以内の配向を示す状態で、９４±４％の領域において１つの折り紙を結合することを達成した。
（３）引用発明
　上記（２）ウのとおり、引用文献１には、「Ｏ２プラズマエッチングにより、ＳｉＯ２基板に、三角形の折り紙と同じ形、同じ大きさの複数の結合領域がパターンされた」と記載されており、続いて「これは、適切なｐＨでイオン化し、負に帯電する複数のシラノールを生成する」と記載されている。これらの記載と上記（２）エの図１ａ工程４から、引用文献１には、Ｏ２プラズマエッチングにより、ＳｉＯ２基板にシラノールが生成されることで、ＳｉＯ２基板に三角形のＤＮＡ折り紙と同じ形、同じ大きさの複数の結合領域がパターンされることが記載されていると認められる。また、上記（２）エの図１ａからみて、当該結合領域は、間隔をおいてパターンされていると認められる。
　次いで、上記（２）ウとエの図１ｂのとおり、引用文献１には、基板上の結合領域において、適切なｐＨでイオン化し負に帯電した複数のシラノールと、負に帯電したＤＮＡ折り紙が、溶媒中のＭｇ２＋により静電的に架橋されることが記載されている。
　また、引用文献１の表題は上記（２）のとおり「単分子ＤＮＡ折り紙ナノアレイにおける最適化された集合と共有カップリング」であり、上記（２）エのとおり、引用文献１の図１（ａ）には、「複数の三角形の結合領域を有するアレイ」と記載されているから、引用文献１に記載されたＳｉＯ２基板にＤＮＡ折り紙を架橋する方法は、ナノアレイの形成方法であると認められる。
　さらに、上記（２）ア、ウ、オ〜サのとおり、引用文献１においては、当該ナノアレイにおいて、ＤＮＡ折り紙濃度、Ｍｇ２＋濃度、ｐＨ、インキュベーション時間の４つのパラメーターを最適化することで、９０％の折り紙が正しい配向から±１０°以内の配向を示す状態で、９４±４％の領域において１つの折り紙を結合することを達成したことが記載されている。
　よって、引用文献１には以下の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。
　「Ｏ２プラズマエッチングにより、ＳｉＯ２基板にシラノールが生成されることで、ＳｉＯ２基板に三角形のＤＮＡ折り紙と同じ形、同じ大きさの複数の結合領域が間隔をおいてパターンされ、次いで、基板上の結合領域において、適切なｐＨでイオン化し負に帯電した複数のシラノールと、負に帯電したＤＮＡ折り紙が、溶媒中のＭｇ２＋により静電的に架橋される、ナノアレイの形成方法であって、
　当該ナノアレイは、ＤＮＡ折り紙濃度、Ｍｇ２＋濃度、ｐＨ、インキュベーション時間の４つのパラメーターを最適化することで、９０％の折り紙が正しい配向から±１０°以内の配向を示す状態で、９４±４％の領域において１つの折り紙を結合することを達成する、ナノアレイの形成方法。」
（４）対比 ・判断
ア　「ナノ構造を形成する方法」について
　本件補正発明の「ナノ構造」に関して、本願明細書【０００４】には、「したがって、ナノ構造、特に、従来のフォトリソグラフィ技術の解像限界（現在のところ約４０ｎｍ）未満のフィーチャ寸法（例えば、限界寸法）を有する構造を製造する際に、大きな問題に直面する」と記載されている。当該記載によれば、少なくとも４０ｎｍ未満の限界寸法を有する構造は本件補正発明の「ナノ構造」に相当するといえる。
　この点に関して、上記（２）イのとおり、引用文献１には「ＤＮＡ折り紙は、〜６ｎｍの解像度」を有していることが記載されている。ここで、引用文献１に記載の「解像度」は、本願明細書でいうところの「限界寸法」に相当するものであるから、引用発明の「〜６ｎｍの解像度」は、「４０ｎｍ未満の限界寸法」に相当するといえる。すなわち、引用発明の「ＤＮＡ折り紙」は、「４０ｎｍ未満の限界寸法」を有する構造であり、引用発明の「ナノアレイ」は、その「ＤＮＡ折り紙」を基板上に配置するものであるから、同様に「４０ｎｍ未満の限界寸法」を有する構造であるといえる。
　よって、引用発明の「ナノアレイ」は、本件補正発明の「ナノ構造」に相当するから、引用発明の「ナノアレイの形成方法」は、本件補正発明の「ナノ構造を形成する方法」に相当する。
イ　「領域を含むパターニングされた基板を形成することであって、前記領域は、核酸構造に対する位相特異性、または、核酸構造に対する化学的特異性および位相特異性を有することと・・・を含む」について
（ア）まず、本件補正発明の「領域を含むパターニングされた基板を形成すること」に関して検討するに、引用発明は、「Ｏ２プラズマエッチングにより、ＳｉＯ２基板にシラノールが生成されることで、・・・複数の結合領域が間隔をおいてパターンされ」るのであるから、引用発明においても、本件補正発明の「領域を含むパターニングされた基板」が形成されていると認められる。
（イ）次に、本件補正発明の「核酸構造」に関して、本願明細書【００１８】には、「実施形態によっては、核酸構造はＤＮＡ構造であってもよい。そのようなＤＮＡ構造の非限定的な例には、上述のＷｅｉらの文献に記載されたＤＮＡ構造、または米国特許第８，５０１，９２３号に開示されたＤＮＡ折り紙構造が含まれてもよい」と記載されている。
　よって、引用発明の「ＤＮＡ折り紙」は、本件補正発明の「核酸構造」に相当する。
（ウ）さらに、本件補正発明の「位相特異性」、「化学的特異性」に関して、本願明細書【００２２】段落には、「実施形態によっては、そして、以下に詳細に説明するように、基板がパターニングされて、
ＤＮＡ構造に対して化学的特異性を示す領域
静電相互作用によってＤＮＡ構造を吸着するための化学的特異性
ＤＮＡ構造に対して位相特異性を有する領域
ＤＮＡ構造のサイズおよび／または形態に対応するサイズおよび／または形態を有する
　ここで、上記本願明細書【００２２】段落の記載から、「化学的特異性」とは、例えば「静電相互作用によってＤＮＡ構造を吸着するための化学的特異性」である。そして、引用発明は、「シラノールが生成」された「基板上の結合領域において、適切なｐＨでイオン化し負に帯電した複数のシラノールと、負に帯電したＤＮＡ折り紙が、溶媒中のＭｇ２＋により静電的に架橋され」るものであるから、引用発明の「シラノールが生成」された「基板上の結合領域」は、「静電相互作用によってＤＮＡ構造を吸着するための化学的特異性」を備えているものといえる。よって、引用発明の「シラノールが生成」された「基板上の結合領域」は、本件補正発明の「核酸構造に対する化学的特異性」を有するものと認められる。
　また、上記本願明細書【００２２】段落の記載から、「位相特異性」とは、例えば、パターニングされた基板の領域が、「ＤＮＡ構造のサイズおよび／または形態に対応するサイズおよび／または形態を有する」ことであるといえるところ、引用発明における結合領域は、「三角形のＤＮＡ折り紙と同じ形、同じ大きさ」のものであるのであるから、当該結合領域は、「ＤＮＡ構造のサイズおよび／または形態に対応するサイズおよび／または形態を有する」もの、すなわち本件補正発明の「核酸構造に対する位相特異性」を有するものと認められる。
（エ）よって、上記（ア）〜（ウ）から、引用発明の「Ｏ２プラズマエッチングにより、ＳｉＯ２基板にシラノールが生成されることで、ＳｉＯ２基板に三角形のＤＮＡ折り紙と同じ形、同じ大きさの複数の結合領域が間隔をおいてパターンされ」は、本件補正発明の「領域を含むパターニングされた基板を形成することであって、前記領域は、核酸構造に対する位相特異性、または、核酸構造に対する化学的特異性および位相特異性を有することと・・・を含む」に相当する。
ウ　「前記パターニングされた基板を形成することの後に、前記パターニングされた基板の対応する領域に、核酸構造を選択的に吸着させて」について
　引用発明において、「結合領域」は「ＤＮＡ折り紙と同じ形、同じ大きさ」で、「ＳｉＯ２基板にシラノールが生成されることで」「パターンされ」たものであり、「ＤＮＡ折り紙」は「基板上の結合領域において、・・・シラノールと、・・・ＤＮＡ折り紙が、・・・架橋される」のであって、両者は、「・・・４つのパラメーターを最適化することで、９０％の折り紙が正しい配向から±１０°以内の配向を示す状態で、９４±４％の領域において１つの折り紙を結合する」という高い選択性で結合するものである。したがって、引用発明は、本件補正発明の「前記パターニングされた基板の対応する領域に、核酸構造を選択的に吸着させて」を満たすものである。
エ　「前記パターニングされた基板上に核酸構造の誘導自己集合を形成すること、を含む」について
　本件補正発明の「核酸構造の誘導自己集合」に関して、本願明細書【００２０】段落には、「本明細書で用いる場合、用語「複数のＤＮＡ構造の誘導自己集合（ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｓｅｌｆ-ａｓｓｅｍｂｌｙ ｏｆ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ＤＮＡ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ）」または「複数のＤＮＡ構造のＤＳＡ（ＤＳＡ  ｏｆ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ＤＮＡ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ）」は、パターニングされた基板上の複数のＤＮＡ構造の自己集合を指し」と記載されている。また、本願明細書【００１２】の記載を踏まえると、本願図１〜４はＤＮＡ構造の誘導自己集合を示した図であるところ、本願図１は、複数のＤＮＡ構造が間隔を置いた態様でパターニングされた基板上に集合するものであり、本願図２〜４は、複数のＤＮＡ構造が隣接する態様でパターニングされた基板上に集合するものである。
　これらを踏まえると、本件補正発明の「核酸構造の誘導自己集合」は、本願図１のように、複数のＤＮＡ構造が間隔をおいた態様でパターニングされた基板上に集合するものや、本願図２〜４のように、複数のＤＮＡ構造が隣接する態様でパターニングされた基板上に集合するものを含んでいると認められる。
　ここで、引用発明において、「ＳｉＯ２基板に・・・結合領域が間隔をおいてパターンされ、次いで、基板上の結合領域において、適切なｐＨでイオン化し負に帯電した複数のシラノールと、負に帯電したＤＮＡ折り紙が、溶媒中のＭｇ２＋により静電的に架橋される」際には、「結合領域が間隔をおいてパターンされ」ていることから、結果として、本願図１のように、複数のＤＮＡ折り紙が間隔をおいた態様でパターニングされた基板上に集合することになる。
　よって、引用発明の「ＳｉＯ２基板に・・・結合領域が間隔をおいてパターンされ、次いで、基板上の結合領域において、適切なｐＨでイオン化し負に帯電した複数のシラノールと、負に帯電したＤＮＡ折り紙が、溶媒中のＭｇ２＋により静電的に架橋される」は、本件補正発明の「前記パターニングされた基板上に核酸構造の誘導自己集合を形成すること、を含む」に相当する。
オ　上記ア〜エのとおり、本件補正発明と引用発明に相違点はない。
（５）審判請求人の主張について  
　審判請求人が平成３１年２月２８日に提出した審判請求書と令和元年８月２２日に提出した上申書においてする主張と、それに対する合議体の判断は次のとおりである。  
ア　審判請求書における審判請求人の主張とそれに対する合議体の判断  
（ア）審判請求書における主張
（ア−１）引用文献１には、核酸構造に対する位相特異性を有する領域は示唆も開示もされていない。むしろ、引用文献１の図２などでは、１つのサイトに複数のＤＮＡ折り紙が吸着していることから、引用文献１に記載されているサイトにはＤＮＡ折り紙に対する位相特異性がないと解釈することができる。
（ア−２）補正後の請求項１では、基板がパターニングされるので、基板自体がパターニング処理の対象である。一方、引用文献１においてＤＮＡ折り紙に結合するシラノール基を基板表面に形成する際には、図１ａ４などに示されているように、基板の上に形成されたレジストがパターニングされている。したがって、「基板」をパターニングすることは、引用文献１に示唆も開示もされていない。
（イ）合議体の判断
（イ−１）審判請求人の主張（ア−１）について  
　上記（４）イ（ウ）のとおり、本願明細書【００２２】段落の記載から、位相特異性とは、例えば、パターニングされた基板の領域が、「ＤＮＡ構造のサイズおよび／または形態に対応するサイズおよび／または形態を有する」ことであるといえるところ、引用発明における結合領域は、「三角形のＤＮＡ折り紙と同じ形、同じ大きさ」のものであるのであるから、当該結合領域は、「ＤＮＡ構造のサイズおよび／または形態に対応するサイズおよび／または形態を有する」もの、すなわち本件補正発明の「核酸構造に対する位相特異性」を有するものと認められる。
　また、審判請求人は、「引用文献１の図２などでは、１つのサイトに複数のＤＮＡ折り紙が吸着していること」を指摘しているが、上記（２）オの図２から、複数のＤＮＡ折り紙が吸着している結合領域が多数あることが確認できるのは、例えばｐＨを９．１にした場合やＤＮＡ折り紙の濃度を４４０ｐＭとした場合など条件に限られ、むしろ、上記（３）のとおり、引用文献１においては、当該ナノアレイにおいて、ＤＮＡ折り紙濃度、Ｍｇ２＋濃度、ｐＨ、インキュベーション時間の４つのパラメーターを最適化することで、９０％の折り紙が正しい配向から±１０°以内の配向を示す状態で、９４±４％の領域において１つの折り紙を結合することを達成したことが記載されており、引用発明は、この記載に基づいて認定されたものであるから、審判請求人の当該指摘を踏まえても、引用発明の結合領域が「核酸構造に対する位相特異性」を有さないと解釈することはできない。
（イ−２）審判請求人の主張（ア−２）について  
　本願明細書【００１６】には「本明細書で用いる場合、用語「基板（ｓｕｂｓｔｒａｔｅ）」は、ベース材料またはベース構造体を意味し、かつ、含み、その上には追加の材料が形成される」と記載されていることから、本件補正発明の「基板」には、ベース材料の上に形成された追加の材料、すわなち「レジスト」も含まれるものと理解できるため、「基板の上に形成されたレジストがパターニングされ」たものも、本件補正発明の「パターニングされた基板」に相当するものである。したがって、請求人の主張のうち、「引用文献１において・・・、基板の上に形成されたレジストがパターニングされている。したがって、「基板」をパターニングすることは、引用文献１に示唆も開示もされていない」との主張は、本願明細書【００１６】の記載と整合しない。
　また、仮に、本件補正発明における「基板」が「ベース材料またはベース構造体」のみを意味するものであったとしても、本件補正発明は、「領域を含むパターニングされた基板を形成すること」を含む方法であるところ、本願明細書からは、基板が結果としてパターニングされているものであることは理解できるものの、そのパターニング処理の方法について具体的な説明はないので、請求人の主張のうち、「基板自体がパターニング処理の対象である」ことの具体的な根拠は本願明細書には見当たらない。
　さらに仮に、本件補正発明の「領域を含むパターニングされた基板」が、「基板自体がパターニング処理の対象である」旨を意味するものであったとしても、上記（３）のとおり、上記（２）ウとエの図１ａ工程４から、引用文献１には、Ｏ２プラズマエッチングにより、ＳｉＯ２基板にシラノールが生成されることで、ＳｉＯ２基板に三角形のＤＮＡ折り紙と同じ形、同じ大きさの複数の結合領域がパターンされることが記載されていると認められる。すなわち、引用発明においては、ＳｉＯ２基板にシラノールが生成されることで、結合領域がパターンされているのであるから、基板自体がパターニング処理の対象である。
　加えて、本願明細書【００１１】段落には、「Ｋｅｒｓｈｎｅｒらによって、リソグラフィによりパターニングされた基板上の個別の自己集合ＤＮＡ構造の配置および向きについての開示がなされている（ Ｋｅｒｓｈｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｐｌａｃｅｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｏｒｉｅｎｔａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ  ＤＮＡ  ｓｈａｐｅｓ  ｏｎ  ｌｉｔｈｏｇｒａｐｈｉｃａｌｌｙ  ｐａｔｔｅｒｎｅｄ  ｓｕｒｆａｃｅｓ，”Ｎａｔｕｒｅ  Ｎａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ４（２００９），５５７−５６１）」と記載されており、当該記載によれば当該「Ｋｅｒｓｈｎｅｒら」の文献には、「リソグラフィによりパターニングされた基板」が開示されているものと理解できる。そして、当該「Ｋｅｒｓｈｎｅｒら」の文献は、引用文献１において、参考文献２５として挙げられており、上記（２）ウのとおり、引用発明の「ナノアレイ」を形成する際の「基礎」とされたものである。してみれば、「「基板」をパターニングすることは、引用文献１に示唆も開示もされていない」との審判請求人の主張は、本願明細書の上記記載と整合しない。
（イ−３）上記（イ−１）、（イ−２）のとおりであるから、審判請求人の審判請求書における主張は採用することができない。
イ　上申書における審判請求人の主張（請求項５、２０について）とそれに対する合議体の判断
（ア）上申書における主張
（ア−１）本件補正後の請求項５は「前記パターニングされた基板上に官能化スペーサを形成することを含み、前記官能化スペーサは、前記複数の核酸構造の官能基と化学的に相互作用するように構成された官能基を備える」という限定を含んでおり、本件補正後の請求項２０は、「前記パターニングされた基板は複数のスペーサを含み、前記スペーサの各々は、前記核酸構造の誘導自己集合における前記核酸構造のうちの１つと化学的に相互作用するように構成された官能基を備える」という限定を有している。しかしながら、引用文献１においては、官能化されたスペーサを形成することや、スペーサの官能基と核酸構造の官能基を用いて核酸構造を吸着することは示唆も開示もされていない。
（ア−２）引用文献１を参照した当業者は、官能化スペーサを形成することに想到することを阻害されると思料する。例えば、引用文献１の１２０３７頁には、ＤＮＡ折り紙の配置の際にマグネシウムイオンを使用する代わりに、基板のアミノ化した表面にＤＮＡを吸着させてミクロ接触プリンティングを行うことが記載されている。ここで、ミクロ接触プリンティングでは、自己組織化単分子膜を作る分子の溶液がパターニング後の基板に塗布され、基板上に自己組織化単分子膜が形成される。従って、ミクロ接触プリンティングを行う場合、基板の全体に単分子膜が形成されてしまうので、スペーサだけを官能化することはない。このため、引用文献１にミクロ接触プリンティングでＤＮＡ折り紙を配置することが書かれていることを読んだ当業者がスペーサのみを官能化することを想到することはない。
（ア−３）請求項１について以下の補正をする用意がある。
　【請求項１】
　ナノ構造を形成する方法であって、
　複数の領域を含むパターニングされた基板を形成することであって、前記パターニングされた基板の前記領域の各々は、
複数の核酸構造のうちの
、
　
前記パターニングされた基板に官能化スペーサを形成することであって、前記官能化スペーサは、前記複数の核酸構造の官能基と化学的に相互作用するように構成された官能基を備えることと、
　前記パターニングされた基板を形成することの後に、前記特定の核酸構造を含む前記複数の核酸構造に前記パターニングされた基板を接触させることと、
　前記複数の核酸構造に前記パターニングされた基板を接触させることの後に、前記複数の核酸構造のうちの前記特定の核酸構造を前記パターニングされた基板の各領域に吸着させて、前記パターニングされた基板上に核酸構造の誘導自己集合を形成することと、を含む、
方法。
　請求項１４、１７、２２についても、請求項１と同様に、官能化スペーサが形成され、スペーサの官能基が核酸構造と相互作用することを明確化する補正の用意がある。
（イ）合議体の判断
　上申書における審判請求人の主張は、本件補正発明の発明特定事項ではない「官能化スペーサ」に関するものであるが、審判請求人が補正の意思がある旨述べていることから、念のため合議体の判断を示す。
（イ−１）審判請求人の主張（ア−１）について
　「官能化スペーサ」に関して、本願明細書の【００３６】段落には「図７に示すように、パターニングされた基板７００は、基板３６０、及び基板３６０から突き出している官能化スペーサ６７０を含む。
各官能化スペーサ６７０は、スペーサ６２０、及びスペーサ６２０における複数の官能基「Ｂ」を含む
官能化ＤＮＡ構造１５０の官能基「Ａ」と
官能化スペーサ６７０における官能基「Ｂ」との間の化学的特異性によって、
選択的な吸着が引き起こされ
　これらを踏まえると、本願明細書に記載された「官能化スペーサ」とは、「スペーサ」と「官能基「Ｂ」」から構成されるもので、官能基「Ｂ」が、官能化ＤＮＡ構造の官能基「Ａ」と化学的特異性により吸着するものと認められる。ただし、当該「スペーサ」は特定の化学構造に限定されておらず、「官能基「Ｂ」」も官能基「Ａ」と化学的特異性によって吸着するものであれば、その化学構造が限定されるものでない。
　他方、上記２（２）エのとおり、引用文献１の図１ｂの方法４には、炭素鎖を介してカルボキシル基が結合領域に結合していることが示されており、これに関して、引用文献１には、「通常のＭｇ２＋介在性配置の後、０．０１％（ｖ／ｖ）のＣＴＥＳ（カルボキシエチルシラントリオール）溶液の中で基板をインキュベートすることで、
表面の複数のシラノールはカルボキシル基に変換された
カルボキシル基はアミノ基が活性化された折り紙とクロスリンクされた
結果として生じたアミド結合はＰＢＳバッファーの中で（少なくとも２４時間）安定であり
　すなわち、引用文献１には、シラノールから変換されたカルボキシル基が、炭素鎖を介して結合領域に結合し、さらにＤＮＡ折り紙のアミノ基とアミド結合を形成したことが記載されている。
　ここで、上述のとおり、本願明細書に記載された「官能化スペーサ」において、「スペーサ」は特定の化学構造に限定されておらず、「官能基「Ｂ」」も官能基「Ａ」と化学的特異性により吸着するものであれば、その化学構造が限定されるものでない。そして、引用文献１に記載されたカルボキシル基は、ＤＮＡ折り紙のアミノ基と化学的特異性によって吸着したといえること（アミド結合は化学吸着の一種である。）を踏まえると、引用文献１に記載された「炭素鎖」、「カルボキシル基」は、それぞれ本願明細書に記載された「スペーサ」、「官能基「Ｂ」」に相当する。
　よって、引用文献１に記載された、シラノールから変換されたカルボキシル基が、炭素鎖を介して結合領域に結合する構造は、本願明細書に記載された「官能化スペーサ」に相当するから、引用文献１には、「官能化スペーサ」が記載され、さらに官能化スペーサの官能基がＤＮＡ折り紙の官能基と吸着することが記載されていると認められる。
（イ−２）審判請求人の主張（ア−２）について
　審判請求人の主張は、引用文献１の１２０３７頁の図４ｆや左欄下から第４行〜右欄第５行の記載に基づくものと認められるが、これは、上記（２）エのとおり、引用文献１の図１ｂの方法３に対応するものである。仮に審判請求人の主張のとおり方法３から「官能化スペーサ」を当業者が容易に想到できなかったとしても、上記（イ−１）で示したとおり、引用文献１の図１ｂの方法４には、「官能化スペーサ」が記載されていると認められるところ、審判請求人の主張は何らこの認定を妨げるものではないから、引用文献１には、「官能化スペーサ」が記載され、さらに官能化スペーサの官能基がＤＮＡ折り紙の官能基と吸着することが記載されていると認められるとの上記（イ−１）の判断に変わるところはない。
（イ−３）審判請求人の主張（ア−３）について
　上述のとおり、引用文献１には、「官能化スペーサ」が記載され、さらに官能化スペーサの官能基がＤＮＡ折り紙の官能基と吸着することが記載されていると認められるから、審判請求人の主張どおり、本件補正発明において、官能化スペーサが形成され、スペーサの官能基が核酸構造と相互作用することを特定する補正を行ったとしても、それは、依然として引用文献１に記載された発明であるか、引用文献１の記載事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。
　なお、審判請求人が示す補正案では、「基板の前記領域の各々は、
複数の核酸構造のうちの
　本願の優先日（２０１５年４月２日）より前に頒布された刊行物である、Penzo E. et al., J. Vac. Sci. Technol. B, 2011, vol.29,06F205-1〜5には、引用発明と同様にＳｉＯ２基板上の結合領域にシラノールを介してＤＮＡ折り紙を結合する方法が開示され、さらに図１には、異なる形状の複数の結合領域が設けられたアレイが記載されている。ここで、当該刊行物に記載された「異なる形状の複数の結合領域が設けられたアレイ」は、複数の核酸構造のうち、結合領域の各々が、その形状に合致した特定の核酸構造を吸着することに適したものであると認められる。
　してみれば、引用発明において、「異なる形状の複数の結合領域」を設けること、すなわち、結合領域の各々が、複数の核酸構造のうち、その形状に合致した特定の核酸構造を吸着することに適したものとすることは、当該刊行物の記載に基づいて当業者が容易になし得たことであるから、引用発明において、補正案における「基板の前記領域の各々は、
複数の核酸構造のうちの
  
（６）まとめ
　以上のとおり、審判請求人の主張はいずれも採用できず、本件補正発明は、引用発明と同一であるから、特許法第２９条第１項第３号の規定により、特許出願の際独立して特許を受けることができないものであり、また、本件補正発明は、引用文献１の記載に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により、特許出願の際独立して特許を受けることができないものである
３　小括 
　以上のとおり、本件補正は、特許法第１７条の２第６項において準用する同法第１２６条第７項の規定に違反するので、同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　よって、上記補正却下の決定の結論のとおり決定する。
第３　本願発明 
　平成３１年２月２８日にされた手続補正は、上記第２のとおり却下されたので、本願の請求項１−３２に係る発明は、平成３０年９月４日に提出された手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１−３２に記載された事項により特定されるものであるところ、その請求項２６に係る発明（以下「本願発明」という。）は、その請求項２６に記載された事項により特定される、前記第２［理由］１（２）に記載のとおりのものである。
第４　原査定の拒絶の理由 
　原査定の拒絶の理由１、２は、この出願の請求項１−１０、１４−２１、２４−３２に係る発明は、下記の引用文献１に記載された発明であり、また引用文献１の記載にもとづいて当業者が容易になし得るものである、というものである。
  
１．ACS Nano, 2014, vol.8, p.12030-12040 
第５　理由１（特許法第２９条第１項第３号）、理由２（特許法第２９条第２項）について 
１　引用文献の記載 
　原査定の拒絶の理由で引用された引用文献１の記載事項は、前記第２［理由］２（２）に記載したとおりである。 
  
２　対比・判断 
　そうすると、本願発明の発明特定事項を全て含み、「核酸構造に対する位相特異性」を必須とする旨の限定を付加したものに相当する本件補正発明が、前記第２の［理由］２に記載したとおり、引用文献１に記載された発明と同一であり、また、引用文献１に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、本願発明も、引用文献１に記載された発明と同一であり、また、引用文献１に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。
第６　むすび
　以上のとおり、本願発明は、特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができず、また、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本願は拒絶されるべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。