【手続補正書】
【提出日】平成27年10月30日(2015.10.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５７】
図１２は、エンコードしたＳＶ情報の構成図である。
ＳＮＶ情報は塩基１つが変化していることを示したが、ＳＶ情報は連続する複数の塩基配列が変化していることを示す。ＳＶ情報は、患者ＩＤ、染色体番号、開始位置情報、終了位置情報、変異種別、ＣＮＶゲイン、組換染色体番号、組換染色体開始位置情報、組換染色体終了位置情報、分類ＩＤ（挿入配列）、バージョン（挿入配列）、染色体番号（挿入配列）、開始位置情報（挿入配列）、終了位置情報（挿入配列）で構成される。
患者ＩＤ、染色体番号は、図９に示したＳＮＶと同一であるので、説明は省略する。
開始位置情報は、変化が開始している位置を示す情報である。ＳＮＶ情報の位置情報と同様の手順で位置情報がブロック化されて、ブロックを示す値が設定される。
終了位置情報は、変化が終了している位置を示す情報である。ＳＮＶ情報の位置情報と同様の手順で位置情報がブロック化されて、ブロックを示す値が設定される。
変異種別は、ＳＶの種別を示す情報である。例えば、遺伝子配列の繰り返し回数の追加／削減を示す「ＣＮＶゲイン」や「ＣＮＶロス」、塩基配列の反転を示す「Ｉｎｖｅｒｓｉｏｎ」、塩基配列の大規模挿入を示す「Ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ」、塩基配列の大規模欠損を示す「Ｄｅｌｅｔｉｏｎ」、他染色体との組換を示す「組換え」などの値が設定される。
ＣＮＶゲインは、変位種別として、「ＣＮＶゲイン」と「ＣＮＶロス」とが設定された場合に利用される。ＣＮＶゲインは、変異種別として「ＣＮＶゲイン」が設定された場合は、繰り返し回数が何回増えているか、「ＣＮＶロス」が設定された場合は、繰り返し回数が何回減ったかを示す情報が設定される。この値も整数値が含まれるため、ブロック化して値を設定する。例えば、図１３に示すようにブロック化するというルールが定められ、ＣＮＶゲインが１５であった場合、対応するブロックの番号「３」が設定される。
組換染色体番号は、変異種別として「組換え」が指定された場合に利用される。組換染色体番号は、組み換えられた他染色体の番号が設定される。設定可能な値は、染色体番号と同一である。
組換染色体開始位置情報と組換染色体終了位置情報とは、変異種別として「組換え」が指定された場合に利用される。組換染色体開始位置情報と組換染色体終了位置情報とは、他染色体のどの塩基配列と組み換えが発生したかを示すため、他染色体における組み換えの開始位置と終了位置とを示す情報である。設定可能な値は、開始位置情報と終了位置情報と同一である。
分類ＩＤ（挿入配列）は、変異種別として「Ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ」が指定された場合に利用される。分類ＩＤ（挿入配列）は、挿入された塩基配列が、他のどの生物のものかを示す番号が設定される。
バージョン（挿入配列）は、上記の分類ＩＤを決定するのに用いたゲノム・データベースのバージョンを示すための数値である。
染色体番号（挿入配列）、開始位置情報（挿入配列）、終了位置情報（挿入配列）は、他生物のどの部分の塩基配列が挿入されたかを示す情報で、設定される値は染色体番号や開始位置情報や終了位置情報と同一の手法でエンコードされる。但し、ゲノム配列の長さは生物種によって異なるため、分類ＩＤ毎に異なるブロックの区切り方を用意することが好ましい。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５９】
また、各要素がどの様な条件で一致するかも決定する。
患者ＩＤ、染色体番号は、ＳＮＶ情報の場合と同一である。開始位置情報、終了位置情報、組換染色体開始位置情報、組換染色体終了位置情報、開始位置情報（挿入配列）、終了位置情報（挿入配列）は、ＳＮＶ情報の位置情報と同一に扱えばよい。変異種別は、どの種類の変異種別を検索したいかを検索クエリに指定し、同一の値が設定されたＳＶ情報を一致とみなす。ＣＮＶゲインは、例えば１０から３０までの間にあるものを検索したい場合、その対応するブロックの番号「３」を指定する。そして、ＳＶ情報に含まれるＣＮＶゲインと同一であった場合、一致とみなす。組換染色体番号、染色体番号（挿入配列）は、染色体番号と同一で扱えばよい。分類ＩＤ、バージョンは、検索クエリに検索したい分類ＩＤとバージョンを入れ、ＳＶ情報と同一の場合に一致とみなす。
以上のように、ＳＶ情報のエンコード方法と、どの様に検索を実施できるかという方式を決定する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７９】
（Ｓ３０７：暗号化データ保管処理）
保管要求処理部４１０は、処理装置により、暗号化装置２００から受信したタグ付き暗号化データを分解し、暗号化データと複数の暗号化タグと患者ＩＤとを取り出す。そして、保管要求処理部４１０は、暗号化データ記憶部４２０に暗号化データを患者ＩＤとともに保管させる。
なお、暗号化データ記憶部４２０は、タグ付き暗号化データに含まれるグループ名とユーザ名毎に暗号化データを分けて保管し、さらに保管した暗号化データに管理番号を付与して、後で管理番号から暗号化データを一意に特定できる様にする。暗号化データが複数のグループ名やユーザ名と関連付けられている場合、各グループ名とユーザ名に対して暗号化データを関連付けて保管する。複数のグループ名とユーザ名に関連付けられている場合、暗号化データは１個だけ格納し、他は参照情報のみを保管する様にすることでディスク容量の節約が可能である。
図２１は、暗号化データの保管例を示す図である。図２１に示す様に、保管要求処理部４１０は、グループ名が“Ａ製薬会社”でユーザ名が“＊”（ワイルドカード）である暗号化データと患者ＩＤと管理番号とをまとめて管理し、さらにグループ名が“Ｂ病院”でユーザ名が“＊”である暗号化データと患者ＩＤと管理番号とをまとめて管理する。また、Ａ製薬会社とＢ病院の両方に開示されるデータがあった場合、例えば管理番号０００００１に患者ＩＤと暗号化データ本体を関連付けて保管し、管理番号１００００２には患者ＩＤに加え、暗号化データとして管理番号０００００１を参照する様なポインタを保管する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１７】
プログラム群９２３には、上記の説明において「マスター鍵生成部１１０」、「ユーザ秘密鍵生成部１３０」、「データ送受信部１４０」、「基準遺伝子取得部２１０」、「対象遺伝子入力部２２０」、「差分情報生成部２４０」、「差分情報エンコード部２５０」、「データ暗号化部２６０」、「暗号化タグ生成部２７０」、「タグ付き暗号化データ生成部２８０」、「差分情報入力部３１０」、「差分情報エンコード部３３０」、「検索クエリ生成部３４０」、「遺伝子情報取得部３５０」、「データ復号部３６０」、「保管要求処理部４１０」、「検索要求処理部４４０」等として説明した機能を実行するソフトウェアやプログラムやその他のプログラムが記憶されている。プログラムは、ＣＰＵ９１１により読み出され実行される。
ファイル群９２４には、上記の説明において「鍵記憶部１２０」、「ユーザＩＤ記憶部１５０」、「公開パラメータ記憶部２３０」、「ユーザ秘密鍵記憶部３２０」、「暗号化データ記憶部４２０」、「暗号化タグ記憶部４３０」、「公開パラメータ記憶部４５０」、「アクセス権限記憶部４６０」等に記憶される情報やデータや信号値や変数値やパラメータが、「ファイル」や「データベース」の各項目として記憶される。「ファイル」や「データベース」は、ディスクやメモリなどの記憶媒体に記憶される。ディスクやメモリなどの記憶媒体に記憶された情報やデータや信号値や変数値やパラメータは、読み書き回路を介してＣＰＵ９１１によりメインメモリやキャッシュメモリに読み出され、抽出・検索・参照・比較・演算・計算・処理・出力・印刷・表示などのＣＰＵ９１１の動作に用いられる。抽出・検索・参照・比較・演算・計算・処理・出力・印刷・表示のＣＰＵ９１１の動作の間、情報やデータや信号値や変数値やパラメータは、メインメモリやキャッシュメモリやバッファメモリに一時的に記憶される。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１８】
また、上記の説明におけるフローチャートの矢印の部分は主としてデータや信号の入出力を示し、データや信号値は、ＲＡＭ９１４のメモリ、その他光ディスク等の記憶媒体やＩＣチップに記録される。また、データや信号は、バス９１２や信号線やケーブルその他の伝送媒体や電波によりオンライン伝送される。
また、上記の説明において「〜部」として説明するものは、「〜回路」、「〜装置」、「〜機器」、「〜手段」、「〜機能」であってもよく、また、「〜ステップ」、「〜手順」、「〜処理」であってもよい。また、「〜装置」として説明するものは、「〜回路」、「〜機器」、「〜手段」、「〜機能」であってもよく、また、「〜ステップ」、「〜手順」、「〜処理」であってもよい。さらに、「〜処理」として説明するものは「〜ステップ」であっても構わない。すなわち、「〜部」として説明するものは、ＲＯＭ９１３に記憶されたファームウェアで実現されていても構わない。或いは、ソフトウェアのみ、或いは、素子・デバイス・基板・配線などのハードウェアのみ、或いは、ソフトウェアとハードウェアとの組み合わせ、さらには、ファームウェアとの組み合わせで実施されても構わない。ファームウェアとソフトウェアは、プログラムとして、ＲＯＭ９１３等の記録媒体に記憶される。プログラムはＣＰＵ９１１により読み出され、ＣＰＵ９１１により実行される。すなわち、プログラムは、上記で述べた「〜部」としてコンピュータ等を機能させるものである。あるいは、上記で述べた「〜部」の手順や方法をコンピュータ等に実行させるものである。
【手続補正６】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図２】
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【手続補正７】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１７】
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【手続補正８】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図２４】
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