【事件の表示】
　特願２０１４−５１７００７「ジュートにおいて耐病性を与える酵素をコードする核酸分子」拒絶査定不服審判事件〔平成２４年１２月２７日国際公開、ＷＯ２０１２／１７７４１８、平成２６年　８月２１日国内公表、特表２０１４−５１９８４６〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、平成２４年６月８日（パリ条約による優先権主張２０１１年６月２３日　米国）を国際出願日とする出願であって、平成２８年９月１日付けで拒絶査定がなされ、これに対して、平成２９年１月６日に拒絶査定不服審判請求がなされるとともに手続補正がなされたものである。その後の当審における手続の経緯は以下のとおりである。
　平成２９年１２月１５日付け　拒絶理由通知書
　平成３０年　５月２１日付け　意見書、手続補正書
　平成３０年　８月　７日付け　手続却下の決定（平成３０年５月２１日付け手続補正書は、特許法第１７条の２に規定された補正できる期間外の差出しであるため、手続却下する。）
　平成３０年　８月２８日付け　拒絶理由通知書
　平成３１年　３月　４日付け　意見書、手続補正書
第２　本願発明
　本願の請求項１に係る発明は、平成３１年３月４日付け手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により特定される、次のとおりのものである。
　「【請求項１】　配列番号１、３、及び５からなる群から選択される核酸配列を有する単離された核酸分子であって、
前記核酸分子が、ジュート植物の耐病性を改善するポリペプチド分子をコードし；及び
前記核酸分子が、シマツナソ（Corchorus olitorius）由来であると共にＮ末端のtoll/インターロイキン受容体（ＴＩＲ）ドメインに相同領域を有する、ヌクレオチド結合部位−ロイシン　リッチ　リピート耐性タンパク質（ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ）の活性をコードする、単離された核酸分子。」（以下、「本願発明」という。）
第３　当審で通知した拒絶の理由
　平成３０年８月２８日付けで当審が通知した拒絶理由のうちの理由１及び２の概要は、次のとおりのものである。
１　理由１（サポート要件違反）の概要
　本願発明に係る核酸分子は、引用文献等１〜１２の記載事項に照らしても、発明の詳細な説明に、発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載されたものとは認められないから、本願は特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない。
２　理由２（実施可能要件違反）の概要
　本願の発明の詳細な説明は、引用文献等１〜１２の記載事項に照らしても、本願発明に係る核酸分子について、当業者が実施できる（使うことができる）程度に明確かつ十分に記載したものとは認められないから、本願は特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。
３　引用文献等
　引用文献等１：'tir-nbs-lrr resistance protein [Populus trichocarpa].', [online]、２００９年１２月４日、［２０１７年１１月２９日検索］、インターネットURL:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/224127726?sat=4satkey=358111271 
 引用文献等２：'TIR [Medicago truncatula].', [online]、２００７年３月２４日、［２０１７年１１月２９日検索］、インターネットURL:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/87162908?sat=4satkey=37547232 
 引用文献等３：'tir-nbs-lrr resistance protein [Populus trichocarpa].', [online]、２００９年１２月４日、［２０１７年１１月２９日検索］、インターネットURL:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/224126507?sat=18satkey=770172 
 引用文献等４：'nematode resistance-like protein, partial [Solanum tuberosum].', [online]、２００４年５月５日、［２０１７年１１月２９日検索］、インターネットURL:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/37781360?sat=4satkey=39415530 
 引用文献等５：Tuskan, G.A.,et al., The Genome of Black Cottonwood, Populus trichocarpa (Torr.  Gray), Science 313 (5793), 1596-1604 (2006) 　  
 引用文献等６：Paal, J., et al., Molecular cloning of the potato Gro1-4 gene conferring resistance to pathotype Ro1 of the root cyst nematode Globodera rostochiensis, based on a candidate gene approach, Plant J. 38 (2), 285-297 (2004) 
 引用文献等７：Meyers, BC. et al., Genome-wide analysis of NBS-LRR-encoding genes in Arabidopsis, Plant Cell, 15, 809-834(2003) 
 引用文献等８：Aarts, N. et al., Different requirements for EDS1 and NDR1 by disease resistance genes define at least two R gene-mediated signaling pathways in Arabidopsis, Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 95, 10306-10311(1998) 
 引用文献等９：Leister, D. et al., A PCR based approach for isolating pathogen resistance genes from potato with potential for wide application in plants, Nature Genetics, 14, 421-429(1996) 
 引用文献等１０：Kanazin, V. et al., Resistance gene analogs are conserved and clustered in soybean, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 11746-11750(1996) 
 引用文献等１１：Yu, YG. et al., Isolation of a superfamily of candidate disease-resistance genes in soybean based on a conserved nucleotide-binding site, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 11751-11756(1996)
 引用文献等１２：Michelmore RW. et al., Isolation of disease resistance genes from crop plants, Curr.Opin. Biotechnol., 6, 145-52(1995)
第４　当審の判断
１　本願の発明の詳細な説明及び図面の記載事項
　本願の発明の詳細な説明及び図面には、本願発明に係る核酸分子に関して、次のとおりの事項が記載されている。
（１）技術分野
　「【０００２】
  本発明の一態様は、ジュートにおいて耐病性を与えるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに関する。本発明はさらに、このような核酸分子を含有するベクターおよび細菌、ならびに核酸分子の少なくとも１つで形質転換した植物細胞および植物に関する。」
（２）背景技術
　「【０００４】
　種々の型の耐病性遺伝子が存在する。異なる進化イベント中に、植物は異なる耐病性遺伝子を獲得および省略してきた。そのため、特定の病原体に対する耐性を示す植物は、その病原体に対する耐性に必要な遺伝子（複数可）を有し得る。結果として、耐病性遺伝子の同定は、植物分子バイオテクノロジーの有望な分野である。
【０００５】
　異なる病原体のＡｖｒ遺伝子と相互作用する、耐病性（Ｒ）遺伝子が多数の植物種から単離されてきた。これらの遺伝子は、細菌、真菌、卵菌、ウイルスおよび線虫を含む広範囲の植物病原体に対する耐性を与える（Ｂａｋｅｒら、１９９７；Ｂｅｎｔ、１９９６；Ｈａｍｍｏｎｄ−Ｋｏｓａｃｋ，ＫＥおよびＪｏｎｅｓ，ＪＤＧ、１９９７、Ｐｌａｎｔ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｇｅｎｅｓ、Ａｎｎｕａｌ  Ｒｅｖｉｅｗ  ｏｆ  Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、４８：５７３〜６０５；Ｅｌｌｉｓ，ＣＮら、１９９８、Ｔｏｐｉｃａｌ  Ｔｒｅｔｉｎｏｉｎ  ｆｏｒ  Ｐｈｏｔｏａｇｅｄ  Ｓｋｉｎ−Ｒｅｐｌｙ、ＪＡＭＡ、２５９（２２）：３２７４〜７８）。非病原性遺伝子の産物は典型的には、互いに相同性をほとんど有さないが、報告されているＲ遺伝子は、プロテインキナーゼ（ＰＫ）ドメイン、ロイシンリッチ領域（ＬＲＲ）およびヌクレオチド結合部位（ＮＢＳ）などの保存された機能ドメインを有する（Ｂｅｎｔ、１９９６；Ｅｌｌｉｓら、１９８８）。
【０００６】
  Ｒ遺伝子産物の構造に基づいて、Ｒ遺伝子を４つの主要なクラスに分類することができる：ヌクレオチド結合部位−ロイシンリッチリピート（ＮＢＳ−ＬＲＲ）；ロイシンリッチリピート−膜貫通ドメイン−プロテインキナーゼ（ＬＲＲ−ＴＭ−ＰＫ）；ロイシンリッチリピート−膜貫通ドメイン（ＬＲＲ−ＴＭ）；およびプロテインキナーゼ（ＰＫ）（Ｂｅｎｔ、１９９６；Ｅｌｌｉｓら、１９８８；Ｈａｍｍｏｎｄ−ＫｏｓａｃｋおよびＪｏｎｅｓ、１９９７）。特徴づけられたＲタンパク質数が最大であるのはＮＢＳ−ＬＲＲ型のものである。これらのＮＢＳ−ＬＲＲタンパク質を、そのＮ末端でｔｏｌｌ／インターロイキン−１受容体（ＴＩＲ）ドメインに相同な領域が存在するか存在しないかに基づいて２つのサブファミリーにさらに細分化することができる（Ｂａｋｅｒら、１９９７；Ｐａｒｋｅｒ，ＭＦら、１９９７、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｉｏｎ  ｏｆ  ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｃｅｒｖｉｘ、Ｇｙｎｅｃｏｌ  Ｏｎｃｏｌ．、６４（２）：２４２〜５１）。２つのサブファミリーをそれぞれＴＩＲおよび非ＴＩＲと示す。非ＴＩＲサブファミリーのほとんどのメンバーは、そのＮ末端で推定コイルドコイル（ＣＣ）ドメインをコードする（Ｐａｎ，Ｐら、２０００、Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｉｎ  ｓｉｔｕ  ｂａｃｔｅｒｉｃｉｄａｌ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  ａｎ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  ｏｉｌ  ｍｏｕｔｈ  ｒｉｎｓｅ  ｕｓｉｎｇ  ａ  ｖｉｔａｌ  ｓｔａｉｎ  ｍｅｔｈｏｄ、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ．、２７：２５６〜２６１）。ＴＩＲおよび非ＴＩＲ  ＮＢＳ−ＬＲＲ  Ｒ遺伝子は、ＮＢＳドメイン自体の中に見られるアミノ酸モチーフにより識別することができる（Ｍｅｙｅｒｓ，ＢＣら、２００３、Ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ＮＢＳ−ＬＲＲ−ｅｎｃｏｄｉｎｇ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ、Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ、１５：８０９〜８３４；Ｐａｎら、２０００）。これらはまた異なるシグナル伝達経路へのその明らかな関与に基づいて、機能レベルで異なる（Ａａｒｔｓ，Ｎら、１９９８、Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ  ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔｓ  ｆｏｒ  ＥＤＳ１  ａｎｄ  ＮＤＲ１  ｂｙ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｇｅｎｅｓ  ｄｅｆｉｎｅ  ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｔｗｏ  Ｒ  ｇｅｎｅ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｐａｔｈｗａｙｓ  ｉｎ  Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９５：１０３０６〜１０３１１）。
【０００７】
  ＮＢＳ配列は植物ゲノム中に豊富である（Ｍｅｙｅｒｓら、１９９９）。実際、シロイヌナズナゲノムは、８５種のＴＩＲ  ＮＢＳ−ＬＲＲ遺伝子、４３種の非ＴＩＲ  ＮＢＳ−ＬＲＲ遺伝子、およびＬＲＲドメインを欠く多数の切断ＴＩＲもしくはＣＣ−ＮＢＳ遺伝子を含む１５０種のＮＢＳコード遺伝子を含有する（Ｔｈｅ  Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ  Ｇｅｎｏｍｅ  ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ、２０００）。これらの耐性遺伝子類似体（ＲＧＡ）の各々についての正確な機能はまだ解明されていない（Ｋａｎａｚｉｎ，Ｖ．ら、１９９６、Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｇｅｎｅ  ａｎａｌｏｇｓ  ａｒｅ  ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  ａｎｄ  ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  ｉｎ  ｓｏｙｂｅａｎ、ＰＮＡＳ、ＵＳＡ、９３（２１）：１１７４６〜１１７５０；Ｌｅｉｓｔｅｒ，Ｄら、１９９６、ＰＣＲ  ｂａｓｅｄ  ａｐｐｒｏａｃｈ  ｆｏｒ  ｉｓｏｌａｔｉｎｇ  ｐａｔｈｏｇｅｎ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｇｅｎｅｓ  ｆｒｏｍ  ｐｏｔａｔｏ  ｗｉｔｈ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｆｏｒ  ｗｉｄｅ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｐｌａｎｔｓ、Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、１４（４）：４２１〜４２９；Ｙｕ，ＹＧら、１９９６、Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｓｕｐｅｒ  ｆａｍｉｌｙ  ｏｆ  ｃａｎｄｉｄａｔｅ  ｄｉｓｅａｓｅ−ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ｓｏｙｂｅａｎ  ｂａｓｅｄ  ｏｎ  ａ  ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｂｉｎｄｉｎｇ  ｓｉｔｅ、ＰＮＡＳ、ＵＳＡ  ９３（２１）：１１７５１〜１１７５６）。したがって、ＲＧＡは活性Ｒ遺伝子の潜在的源として有用である。」
（３）課題を解決するための手段
　「【０００８】
  中でも、本発明は、植物の耐病性経路に関与するジュートの酵素をコードする核酸分子を提供し、そこから種々の病原体に対する耐病性が増強した遺伝子組換え植物を産生することができる。」
　「【００１０】
  一実施形態では、核酸配列は、配列番号１、３および５からなる群から選択される。」
（４）発明を実施するための形態
　「【００２８】
　ＮＢＳ−ＬＲＲ遺伝子の同定
  シマツナソ（Ｃｏｒｃｈｏｒｕｓ  ｏｌｉｔｏｒｉｕｓ）のＮＢＳコード遺伝子の同定を、１ｅ−２５の高ストリンジェンシーｅ−ｖａｌｕｅカットオフでインハウスＮＢＳ耐病性遺伝子データベースを使用して、ＢＬＡＳＴを使用して行った（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ＳＦら、１９９０、Ｂａｓｉｃ  ｌｏｃａｌ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｓｅａｒｃｈ  ｔｏｏｌ．Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ、２１５：４０３〜４１０）。遺伝子予測は、Ａｕｇｕｓｔｕｓを使用して行い、配列のさらなる検証はＩｎｔｅｒＰｒｏＳｃａｎドメイン予測プログラムを使用して完成した。モデルの選択は、他の植物のＮＢＳコード遺伝子の選択されたセットに対する完全性および相同性に基づいた。
【００２９】
  同定した遺伝子の分類
  次いで、同定した遺伝子をそのＮ末端領域に基づいて分類した（Ｍｉｎｇら、２００８）。ＴＩＲドメインは、ＴＩＲについてのモデル（ＰＦ０１５８２）を使用してＰｆａｍ  ＨＭＭサーチャーにより検出した（Ｆｉｎｎ，ＲＤら、２００８、Ｔｈｅ  Ｐｆａｍ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｆａｍｉｌｉｅｓ  ｄａｔａｂａｓｅ、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ、３６：２８１〜２８８）。コイルドコイル（ＣＣ）ドメインは、０．９の閾値を使用してＣＯＩＬＳプログラムにより同定した（Ｌｕｐａｓ，Ａら、１９９１、Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  ｃｏｉｌｅｄ  ｃｏｉｌｓ  ｆｒｏｍ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２５２：１１６２〜１１６４）。ＬＲＲモチーフを同定するために、ＬＲＲ−１（ＰＦ００５６０）、ＬＲＲ＿２（ＰＦ０７７２３）およびＬＲＲ＿３（ＰＦ０７７２５）についてのモデルを使用したＰｆａｍ  ＨＭＭサーチャーを使用した（Ｆｉｎｎら、２００８）。ドメイン内の保存されたモチーフは、Ｍｏｔｉｆ  ＥｌｉｃｉｔａｔｉｏｎのためのＭｕｌｔｉｐｌｅ  Ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎ  Ｍａｘｉｍｉｚａｔｉｏｎを使用して同定した（Ｂａｉｌｙ，ＴＬおよびＥｌｋａｎ，Ｃ、１９９５、Ｔｈｅ  ｖａｌｕｅ  ｏｆ  ｐｒｉｏｒ  ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ  ｉｎ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｉｎｇ  ｍｏｔｉｆｓ  ｗｉｔｈ  ＭＥＭＥ、Ｐｒｏｃ．Ｉｎｔ．Ｃｏｎｆ．Ｉｎｔｅｌｌ．Ｓｙｓｔ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、３：２１１９）。
【００３０】
  ｃ−ＤＮＡデータを用いたマッピング
  シマツナソゲノムのｃ−ＤＮＡ配列決定を４５４のピロシーケンスプラットフォームにより行い、同定したＮＢＳ配列を、ＧＭＡＰを使用してｏ−ＤＮＡ配列にマッピングした（Ｍｕ，ＴＤおよびＷａｔａｎａｂｅ，ＣＫ、２００５、ＧＭＡＰ：ａ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｍａｐｐｉｎｇ  ａｎｄ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｐｒｏｇｒａｍ  ｆｏｒ  ｍＲＮＡ  ａｎｄ  ＥＳＴ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ、２：１８５９〜１８７５）。ＥＳＴによるマッピングのために固定された基準は９５％の配列同一性より大きかった。最良のアラインメントスコアのみを、ゲノム中の複数位置にマッピングすることができるＥＳＴに検討した。
【００３１】
  ＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗプログラムを使用した、ＮＣＢＩデータベースで入手可能な他の植物ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲタンパク質配列を用いたＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１およびＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ２によりコードされる推定タンパク質のアミノ酸配列アラインメントを図１ａおよび図１ｂに示す。以下のタンパク質を、推定ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲタンパク質（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号）にアラインメントした：ＰｔｃＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ（コットンウッド（Ｐｏｐｕｌｕｓ  ｔｒｉｃｏｃａｒｐａ）、ｇｉ２２４１２７７２６）およびＭｔｒＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ（タルウマゴヤシ（Ｍｅｄｉｃａｇｏ  ｔｒａｎｓｕｌａｔａ）、ｇｉ８７１６２９０８）。
【００３２】
  ＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗプログラムを使用した、ＮＣＢＩデータベースで入手可能な植物ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲおよび他の耐性様タンパク質配列を用いたＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３遺伝子によりコードされる推定タンパク質のアミノ酸配列アラインメントを図２ａおよび図２ｂに示す。以下のタンパク質を、推定ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３タンパク質（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号）にアラインメントした：ＰｔｃＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ（コットンウッド、ｇｉ２２４１２６５０７）およびＳｔｕ線虫耐性様タンパク質（ジャガイモ（Ｓｏｌｕｓｕｍ  ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ）、ｇｉ３７７８１３６０）。」
　「【００５５】
配列番号１
生物名：シマツナソ
種類：ＤＮＡ
長さ：３６３９
配列名：ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１耐性タンパク質；完全ｃＤＮＡ
ATGCTGTCCATACAATCATCTTCTTCTTGTTCCTATGTTTCTCGAAAGAAGTATGATGTTTTCCTGAGTTTCAGAGGAG・・・
配列番号２
生物名：シマツナソ
種類：ＰＲＴ
長さ：１２１２
配列名：ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１耐性タンパク質ペプチド
M L S I Q S S S S C S Y V S R K K Y D V F L S F R G E D T R N N F T D H L Y A A L V ・・・
配列番号３
生物名：シマツナソ
種類：ＤＮＡ
長さ：３６２１
配列名：ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ２耐性タンパク質；完全ｃＤＮＡ
ATGTTGTCCTTACCACCATCATCCTCTTCCCATGTTTCTCGAAAAAAGTATGATGTTTTCTTGAGTTTCAGAGGAGCAG・・・
配列番号４
生物名：シマツナソ
種類：ＰＲＴ
長さ：１２０６
配列名：ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ２耐性タンパク質ペプチド
M L S L P P S S S S H V S R K K Y D V F L S F R G A D T R Q K F T D H L Y A A L K R ・・・
配列番号５
生物名：シマツナソ
種類：ＤＮＡ
長さ：７１９
配列名：ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３耐性タンパク質；部分ｃＤＮＡ
TTGCGAGTCTCCCAAGCAGCATTCATGAGTTGAAATGTCTAAAAACTCTTGATCTCTCAGGCTGCTCTAAACTTGAAAA・・・
配列番号６
生物名：シマツナソ
種類：ＰＲＴ
長さ：２３８
配列名：ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３耐性タンパク質ペプチド
A S L P S S I H E L K C L K T L D L S G C S K L E N L P E S L Q Q V E S L E E L D L・・・」
（５）図面の簡単な説明
　「【００２７】
【図１ａ】植物ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲタンパク質配列についてのＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１およびＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ２のタンパク質配列アラインメントを示す図である。
【図１ｂ】植物ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲタンパク質配列についてのＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１およびＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ２のタンパク質配列アラインメントを示す図である。
【図２ａ】植物ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲおよび他の耐性様タンパク質配列についてのＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３のタンパク質配列アラインメントを示す図である。
【図２ｂ】植物ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲおよび他の耐性様タンパク質配列についてのＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３のタンパク質配列アラインメントを示す図である。」
（６）図面
　「
」（図１ａ）
　「
」（図１ｂ）
　「
」（図２ａ）
　「
」（図２ｂ）
＊当審注
　図１ａ及び図１ｂにおいてアミノ酸配列のアラインメントが示されたものは、次のとおりである。
　「Ｐｔｃ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ＧＩ：２２４１２７７２６」コットンウッド（Ｐｏｐｕｌｕｓ　ｔｒｉｃｏｃａｒｐａ。略号Ｐｃｔ）由来タンパク質であって、１２０３アミノ酸からなる。
　「Ｍｔｒ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ＧＩ：８７１６２９０８」タルウマゴヤシ（Ｍｅｄｉｃａｇｏ　ｔｒａｎｓｕｌａｔａ。略号Ｍｔｒ）由来タンパク質であって、１１３４アミノ酸からなる。
　「Ｃｏｌ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１」本願発明の配列番号１の核酸分子がコードするシマツナソ（Ｃｏｒｃｈｏｒｕｓ　ｏｌｉｔｏｒｉｕｓ。略号Ｃｏｌ）由来タンパク質であって、配列番号２のアミノ酸配列（１２１２アミノ酸）からなる。
　「Ｃｏｌ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ２」本願発明の配列番号３の核酸分子がコードするシマツナソ（Ｃｏｒｃｈｏｒｕｓ　ｏｌｉｔｏｒｉｕｓ。略号Ｃｏｌ）由来タンパク質であって、配列番号４のアミノ酸配列（１２０６アミノ酸）からなる。
　また、図２ａ及び図２ｂにおいてアミノ酸配列のアラインメントが示されたものは、次のとおりである。
　「Ｃｏｌ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３」本願発明の配列番号５の核酸分子がコードするシマツナソ（Ｃｏｒｃｈｏｒｕｓ　ｏｌｉｔｏｒｉｕｓ。略号Ｃｏｌ）由来タンパク質であって、配列番号６のアミノ酸配列（２３８アミノ酸）からなる。
　「Ｓｔｕ　ｎｅｍａｔｏｄｅ　ｒｅｓ−ｌｉｋｅ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｇｉ３７７８１３６０」ジャガイモ（Ｓｏｌｕｓｕｍ　ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ。略号Ｓｔｒ）由来タンパク質であって、９８０アミノ酸からなる。
　「Ｐｔｃ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ｇｉ２２４１２６５０７」コットンウッド（Ｐｏｐｕｌｕｓ　ｔｒｉｃｏｃａｒｐａ。略号Ｐｔｃ）由来タンパク質であって、１７４１アミノ酸からなる。
２　引用文献等の記載事項
　平成３０年８月２８日付けで当審が通知した拒絶理由のうちの理由１及び２において引用された、本願出願日前に日本国内又は外国において頒布又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった引用文献等１〜１２には、それぞれ次の事項が記載されている。（なお、いずれも英語で記載されているので、当審による翻訳文で示す。また、下線は当審で付したものである。）
（１）引用文献等１
　引用文献等１は、ＮＣＢＩのタンパク質データベース中の「ｔｉｒ−ｎｂｓ−ｌｒｒ耐性タンパク質［コットンウッド］」と題されたデータであって、１２０３アミノ酸からなるアミノ酸配列とともに、次の事項を含む。
　ア　「タイトル　ブラックコットンウッド、Ｐｏｐｕｌｕｓ　ｔｒｉｃｈｏｃａｒｐａ（Ｔｏｒｒ．＆Ｇｒａｙ）のゲノム」
　イ　「ジャーナル　Ｓｃｉｅｎｃｅ　３１３（５７９３）、１５９６−１６０４（２００６）」
　ウ　「特徴　・・・
　　　ＣＤＳ　・・・注釈＝”耐病性タンパク質（ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲクラス）、
推定上の
示唆
（２）引用文献等２
　引用文献等２は、ＮＣＢＩのタンパク質データベース中の「ＴＩＲ［タルウマゴヤシ］」と題されたデータであって、１１３４アミノ酸からなるアミノ酸配列とともに、次の事項を含む。
　ア　「特徴　・・・
　　　タンパク質　・・・産物＝”ＴＩＲ”」
（３）引用文献等３
　引用文献等３は、ＮＣＢＩのタンパク質データベース中の「ｔｉｒ−ｎｂｓ−ｌｒｒ耐性タンパク質［コットンウッド］」と題されたデータであって、１７４１アミノ酸からなるアミノ酸配列とともに、次の事項を含む。
　ア　「タイトル　ブラックコットンウッド、Ｐｏｐｕｌｕｓ　ｔｒｉｃｈｏｃａｒｐａ（Ｔｏｒｒ．＆Ｇｒａｙ）のゲノム」
　イ　「ジャーナル　Ｓｃｉｅｎｃｅ　３１３（５７９３）、１５９６−１６０４（２００６）」
　ウ　「特徴　・・・
　　　ＣＤＳ　・・・注釈＝”耐病性タンパク質（ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲクラス）、
推定上の
示唆
（４）引用文献等４
　引用文献等４は、ＮＣＢＩのタンパク質データベース中の「線虫耐性様タンパク質［ジャガイモ］」と題されたデータであって、９８０アミノ酸からなるアミノ酸配列とともに、次の事項を含む。
　ア　「特徴　・・・
　　　ＣＤＳ　・・・注釈＝”ジャガイモシストセンチュウのいくつかの病原型に抵抗性を付与する耐病性Ｇｒｏ１−４に
類似する
ＴＩＲドメイン（エクソンＩにコードされる）は同定されなかった
（５）引用文献等５
　引用文献等５は、「ブラックコットンウッド、Ｐｏｐｕｌｕｓ　ｔｒｉｃｈｏｃａｒｐａ（Ｔｏｒｒ．＆Ｇｒａｙ）のゲノム」と題する学術論文であって、次の事項が記載されている。
　ア　「我々は、ブラックコットンウッドＰｏｐｕｌｕｓ　ｔｒｉｃｈｏｃａｒｐａのドラフトゲノムを報告する。ショットガン配列アセンブリと遺伝子マッピングとを結合することにより、ゲノムの染色体規模の再構築が可能となった。４５，０００を超える
推定タンパク質コード遺伝子
（６）引用文献等６
　引用文献等６は、「候補遺伝子アプローチに基づく、根シストセンチュウＧｌｏｂｏｄｅｒａ　ｒｏｓｔｏｃｈｉｅｎｓｉｓの病原型Ｒｏ１に対する耐性を付与するジャガイモＧｒｏ１−４遺伝子の分子クローニング」と題する論文で、次の事項が記載されている。
　ア　「ジャガイモ染色体ＶＩＩ上に位置するＧ．ｒｏｓｔｏｃｈｉｅｎｓｉｓに対するＧｒｏ１耐性遺伝子座は、耐性遺伝子様（ＲＧＬ）ＤＮＡマーカーと共局在する。このマーカーは、ゲノミックライブラリーから密接に関連する候補遺伝子ファミリーの１５メンバーを単離するのに用いられた。
遺伝解析、連鎖マッピング及び配列決定により、候補遺伝子の数を３まで減らした。安定的なジャガイモ形質転換による補完分析は、Ｇｒｏ１−４遺伝子がＧ．ｒｏｓｔｏｃｈｉｅｎｓｉｓの病原型Ｒｏ１への耐性を付与することを示した。Ｇｒｏ１−４は、Ｔｏｌｌ−インターロイキン１受容体（ＴＩＲ）、ヌクレオチド結合（ＮＢ）、ロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）相同ドメイン及び機能が未知のＣ末端ドメインを有する１１３６アミノ酸からなるタンパク質をコードする。推定Ｇｒｏ１−４タンパク質は、Ｇｒｏ１ファミリーの感受性メンバーとは２９アミノ酸が変化している点で異なっていた。Ｇｒｏ１遺伝子ファミリーの１３メンバーの配列の特徴付けにより、プロモーター領域内の推定調節領域及び可変のマイクロサテライト、第１イントロン内へのレトロトランスポゾン様要素の挿入、及びいくつかの遺伝子のＮＢコード領域内の終始コドンが明らかになった
　イ　「機能的なＧｒｏ１−４Ｒ遺伝子及びその他の完全に配列決定されたｇｒｏ１遺伝子は全て、病原抵抗性のための植物遺伝子のＴＩＲ／ＮＢ／ＬＲＲクラスのメンバーである。」（第２９３頁第４０〜４２行）
　ウ　「推定されたＧｒｏ１−４耐性タンパク質は、１６個の非保存的アミノ酸変異によってｇｒｏ１−２及びｇｒｏ１−５感受性タンパク質と異なる。１個はＴＩＲドメインとＮＢドメインの間に、６個はＬＲＲドメインに、９個は機能が不明のエクソンＩＶに位置する（図４ｃ）。
これら１６個のアミノ酸のうちの１個以上がＧｒｏ１−４とｇｒｏ１−２及びｇｒｏ１−５との機能の相違の原因である可能性がある。あるいは、推定シグナルペプチド領域及びプロモーター領域内のさらに上流の領域における配列多型が、ｇｒｏ１ポリペプチドの転写、翻訳及び／又は輸送を変化させ、効果のないものに変化させる可能性がある
　エ　「Ｇｒｏ１遺伝子ファミリーのメンバーは、ジャガイモの試験した全ての組織で発現した。遺伝子特異的転写産物の分布は、根以外の組織では分析されていない。したがって、
センチュウ抵抗性以外の生物学的機能がＧｒｏ１遺伝子ファミリーによってコードされている可能性がある
（７）引用文献等７
　発明の詳細な説明の「背景技術」の項（上記１（２）【０００６】）で引用された引用文献等７は、「シロイヌナズナのＮＢＳ−ＬＲＲをコードする遺伝子のゲノムワイドな分析」と題する学術論文であって、次の事項が記載されている。
　ア　「シロイヌナズナゲノムは、ヌクレオチド結合部位及び植物耐性タンパク質に特徴的なその他のドメインと類似性を有するタンパク質をコードする約２００個の遺伝子を有する。
配列解析の反復と再注釈付けを通じて、我々はシロイヌナズナ（エコタイプ　コロンビア）ゲノム中に１４９個のＮＢＳ−ＬＲＲをコードする遺伝子を同定した。これらの遺伝子のうち５６個は初期の注釈付けから修正された。少なくとも１２個は偽遺伝子であると推測される
　イ　「今回、我々は、Ｃｏｌ−０シロイヌナズナゲノムにおいて、植物Ｒ遺伝子関連ＮＢＳコード遺伝子の完全なセットを特徴付ける。
バイオインフォマティックス解析と実験的な評価を組み合わせることで
　ウ　「手作業による再注釈付けにより同定された予測偽遺伝子と注釈付けの誤り
　初期の配列比較は、自動注釈付けプロセス中に多数のＮＢＳ−ＬＲＲ配列が部分的に誤って注釈付けされていたことを示した。ＧｅｎＢａｎｋ、ＭＩＰＳ及びＴＩＧＥで利用可能な自動化された注釈付けは、注釈に対する強力で有用な初期の試みであるが、一般に個々の遺伝子及び遺伝子ファミリーについて検証及び補正されていない（Ｈａａｓら、２００２）。したがって、我々は、
誤った開始コドン予測、スプライシングエラー、見逃された又は余分なエクソン、融合遺伝子、スプリット遺伝子及び誤って予測された偽遺伝子
　各遺伝子について、イントロンの数、ならびにコードされたタンパク質モチーフ及びドメインに対するそれらの位置を決定した。イントロンの位置及び数は一般に系統学的データと一致しており、
異常なエクソン及びイントロン
全体として、我々のＣＮＬ及びＴＮＬ遺伝子（Ｎ末端ＣＣモチーフをコードする遺伝子［ＣＮＬ］又はＴＩＲ相同性Ｎ末端ドメインをコードする遺伝子［ＴＮＬ］）の再注釈は、１４９遺伝子中５６遺伝子の自動注釈と異なっていた。再注釈されたＴＸ（ＴＩＲ−Ｘ）及びＴＮ（ＴＩＲ−ＮＢＳ）遺伝子と組み合わせて（Ｍｅｙｅｒｓら、２００２）、我々は約３６％の自動注釈が誤りを含むと計算した
　
明らかに無傷のＯＲＦを有してはいるものの、特異的モチーフを欠いたり、大きな欠損を有するものとして、追加的な偽遺伝子が予測された
　エ　「ＣＮＬ及びＴＮＬタンパク質の機能的役割
　・・・他の種類のタンパク質が病原体認識において重要な役割を果たすかもしれないが、現在までにクローニングされたＲ遺伝子の大部分はＣＮＬ及びＴＮＬタンパク質をコードする（ＤａｎｇｌおよびＪｏｎｅｓ、２００１）。シロイヌナズナにおいて活発に病害耐性において機能する約１５０個のＮＢＳ−ＬＲＲタンパク質の重要性は未だ実証されていない。・・・したがって、現在のデータは、病害耐性に含まれるすべてのＣＮＬ及びＴＮＬタンパク質と一致する。しかし、
特に既知のＲ遺伝子を現在のところ欠いている、より多様な生物群において、ＣＮＬ及びＴＮＬ遺伝子のうちの一部が病害耐性とは別の機能を付与するために進化しているかもしれない
（８）引用文献等８
　発明の詳細な説明の「背景技術」の項（上記１（２）【０００６】）で引用された引用文献等８は、「シロイヌナズナにおける病害抵抗性遺伝子によるＥＤＳ１とＮＤＲ１の異なる要求は、少なくとも２つのＲ遺伝子媒介シグナル伝達経路を規定する」と題する学術論文であって、次の事項が記載されている。
　ア　「シロイヌナズナの遺伝子ＥＤＳ１及びＮＤＲ１は、以前、突然変異分析によって、種特異的な病害耐性の必須成分をコードすることが示された。今回、
３つのシロイヌナズナ系統（Ｃｏｌｕｍｂｉａ、Ｌａｎｄｓｂｅｒｇ−ｅｒｅｃｔａ及びＷａｓｓｉｌｅｗｓｋｉｊａ）に存在する広範なＲ遺伝子を用いて、ＥＤＳ１及びＮＤＲ１の相対的な要求性を調べた。我々は、Ｒ遺伝子座のサブセット（ＲＰＰ２、ＲＰＰ３、ＲＰＰ５、ＲＰＰ２１及びＲＰＳ４）によりＥＤＳ１が強く要求され
（９）引用文献等９
　発明の詳細な説明の「背景技術」の項（上記１（２）【０００７】）で引用された引用文献等９は、「植物において汎用である可能性を有する、ジャガイモからの耐病性遺伝子を単離するためのＰＣＲに基づく方法」と題する学術論文であって、次の事項が記載されている。
　ア　「植物の耐病性遺伝子は、病害抵抗性作物を作成するのに使用され得る。
タバコ及びシロイヌナズナの耐性遺伝子の間で保存された配列モチーフからオリゴヌクレオチドが設計され、ジャガイモＤＮＡにおいてＰＣＲプライマーとして使用された。既知の耐性遺伝子と相同で、ジャガイモのセンチュウ耐性遺伝子座Ｇｒｏ１及びジャガイモ疫病菌耐性遺伝子座Ｒ７と組み換えなく連鎖する増幅産物が得られた。ＰＣＲで得られたジャガイモの遺伝子断片は、トマト及びタバコゲノムの耐性遺伝子座とも連鎖していた
（１０）引用文献等１０
　発明の詳細な説明の「背景技術」の項（上記１（２）【０００７】）で引用された引用文献等１０は、「耐性遺伝子の類似体は、ダイズにおいて保存され、クラスターを形成している」と題する学術論文であって、次の事項が記載されている。
　ア　「広範囲の植物分類群からクローニングされた耐性遺伝子の配列は、配列相同性及び構造モチーフにおける極めて高い類似性を明らかにする。・・・この研究では、
耐病性遺伝子Ｎ（タバコ）、ＲＰＳ２（シロイヌナズナ）及びＬ６（亜麻）のコード領域からの保存配列のために設計されたオリゴヌクレオチドプライマーを用いて、ダイズから関連する配列を増幅した
耐性遺伝子類似体（ＲＧＡ）
耐性遺伝子座の候補を同定するために、クローニングされた耐性遺伝子に保存されたモチーフからの配列相同性を利用し得る
（１１）引用文献等１１
　発明の詳細な説明の「背景技術」の項（上記１（２）【０００７】）で引用された引用文献等１１は、「保存されたヌクレオチド結合部位に基づく、ダイズにおける耐病性遺伝子候補のスーパーファミリーの単離」と題する学術論文であって、次の事項が記載されている。
　ア　「最近クローニングされた耐病性遺伝子の中でも、タバコのＮ遺伝子とシロイヌナズナのＲＰＳ２遺伝子は、高度に保存された構造であるヌクレオチド結合部位（ＮＢＳ）を共有している。我々は、
Ｎ及びＲＰＳ２のＮＢＳ領域に対する縮重プライマーを用いてダイズ由来のＮＢＳ配列を増幅し、クローニングした
既知のダイズ耐病性遺伝子との位置的関連について評価された
（１２）引用文献等１２
　引用文献等１２は、「作物からの耐病性遺伝子の単離」と題する総説であって、次の事項が記載されている。
　ア　「結論　　様々な機能クラスの多くの耐性遺伝子が、これから数年の間にクローニングされるであろう。それが達成されるスピードや容易さは、標的遺伝子の遺伝的定義、遺伝子のクラスの複雑さ、及び技術発展の速さに依存するであろう。誘導されたあるいは自然発生の変異体は、天然の変種と同様に、耐性遺伝子の複雑なクラスターを詳細に調査するのに極めて重要であろう。
技術の発展は、耐性遺伝子に物理的に近接する分子マーカーを同定する能力と、クローニングでき、補完実験に用いることのできる遺伝子断片のサイズのオーバーラップを増大させ続けることであろう
３　理由１（サポート要件違反）についての判断
（１）本願発明
　本願発明は上記第２のとおり、「配列番号１、３、及び５からなる群から選択される核酸配列を有する単離された核酸分子」であって、「ジュート植物の耐病性を改善するポリペプチド分子をコードし」、「シマツナソ（Corchorus olitorius）由来であると共にＮ末端のtoll/インターロイキン受容体（ＴＩＲ）ドメインに相同領域を有する、ヌクレオチド結合部位−ロイシン　リッチ　リピート耐性タンパク質（ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ）の活性をコードする」と記載されたものである。
（２）本願発明が解決しようとする課題
　特許請求の範囲及び発明の詳細な説明の記載（上記１（１）の【０００２】及び（２）の【０００８】）によれば、本願発明が解決しようとする課題は、ジュート植物に耐病性を与えるポリペプチドをコードする核酸分子を提供することであると認められる。
（３）判断
　ア　発明の詳細な説明（上記１（４）の【００３１】、【００３２】及び【００５５】）及び図面（図１ａ、図１ｂ、図２ａ及び図２ｂ）の記載によれば、本願発明の配列番号１、３及び５の核酸配列は、それぞれシマツナソに由来し、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１タンパク質、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ２タンパク質及びＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３タンパク質と名付けられたポリペプチドをコードするＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１遺伝子、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ２遺伝子及びＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３遺伝子である（以下において、タンパク質と遺伝子を区別せずに、単に「ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１」等ということもある。）。遺伝子はタンパク質として作用すること、ないし上記（１）及び（２）を踏まえれば、本願がサポート要件を満たすためには、本願の発明の詳細な説明が、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３のそれぞれがジュート植物の耐病性を改善することを当業者が認識できるように記載されていることが必要である。以下において、この観点で検討をする。
　イ　発明の詳細な説明及び図面に記載された事項
　　この点につき、本願の発明の詳細な説明及び図面は次のとおりである。
　（ア）ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３遺伝子（ｃＤＮＡ）の塩基配列と、それらがコードするＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３タンパク質のアミノ酸配列が記載されている（上記１（４）の【００５５】）。
　（イ）他の植物（コットンウッド、タルウマゴヤシ、及びジャガイモ）のＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲタンパク質とのアミノ酸配列のアラインメント（アミノ酸配列の対比）が記載されている（上記１（４）の【００３１】、【００３２】、（５）及び（６））。
　（ウ）本願の発明の詳細な説明及び図面のいずれにも、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３がジュート植物の耐病性を実際に改善することを具体的に示す実験データ等は示されていない。（本願の発明の詳細な説明及び図面は、何らの実験データも含んでいない。）
　ウ　上記（ア）について［ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３が推定されたに過ぎないものであることについて］
　　上記（ア）のとおり、本願の詳細な説明及び図面には配列番号１、３及び５に対応するＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３遺伝子が記載されているが、当該ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３遺伝子は、インハウスのＮＢＳ耐病性遺伝子データベースを使用して同定されたものにすぎず、また、その遺伝子予測や分類も、Ａｕｇｕｓｔｕｓ、ＩｎｔｅｒＰｒｏｔＳｃａｎドメイン予測プログラム、Ｐｆａｍ　ＨＭＭサーチャー、及びＭｕｌｔｉｐｌｅ　Ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎ　Ｍａｘｉｍｉｚａｔｉｏｎといったプログラムを使用して行ったものとの説明がなされている（上記１（４）の【００２８】〜【００２９】）。このように、インハウスの塩基配列情報に基づいて遺伝子であると同定したものについて、種々のプログラムによる予測に予測を組み合わせて推定されただけのＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３が、実際の実験を経ることなくジュート植物の耐病性を改善するタンパク質として機能するなどとは認めることができない。
　　また、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３遺伝子のシマツナソゲノムへのマッピングについても一般論に終始しており（上記１（４）の【００３０】）、具体的なマッピング結果は示されておらず、耐病性遺伝子座との関連性は不明であるから、そのような一般論の記載から、実際の実験を経ることなくＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３がジュート植物の耐病性を改善するタンパク質として機能するなどとは認めることができない。
　エ　上記（イ）について［他の植物由来の対照とのアラインメントによっても、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３が機能を有するとは認められないことについて］
　　また、図１ａ及び図１ｂには、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１及び２と、対照であるコットンウッド由来Ｐｔｃ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ＧＩ：２２４１２７７２６及びタルウマゴヤシ由来Ｍｔｒ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ＧＩ：８７１６２９０８とのアミノ酸配列のアラインメント（アミノ酸配列の対比）が示されているが、当審がそれぞれの間の配列同一性を算出したところ、これらの間では４０％を下回るアミノ酸配列同一性しか有していない。具体的には、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１は、コットンウッド由来Ｐｔｃ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ＧＩ：２２４１２７７２６と３９．７％、タルウマゴヤシ由来Ｍｔｒ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ＧＩ：８７１６２９０８と３６．４％、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ２とコットンウッド由来Ｐｔｃ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ＧＩ：２２４１２７７２６と３５．８％、タルウマゴヤシ由来Ｍｔｒ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ＧＩ：８７１６２９０８と３６．６％といった、いずれも極めて低い値であった。しかも、耐病性を改善する作用のために重要な領域がそれらの間で高度に保存されている（同一性が高い）などといった事情もない。そうすると、タンパク質同士のアミノ酸配列の同一性が低いと、立体構造の類似性も低くなり、同等の機能を有する蓋然性は低いという本願出願日当時の技術常識に照らしても、図１ａ及び図１ｂに示されたアラインメントを根拠に、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１及び２がコットンウッドやタルウマゴヤシ由来のＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲと同等の機能を有すると推認することはできない。
　　また、図２ａ及び図２ｂには、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３と、対照であるジャガイモ由来Ｓｔｕ　ｎｅｍａｔｏｄｅ　ｒｅｓ−ｌｉｋｅ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｇｉ３７７８１３６０及びタルウマゴヤシ由来Ｐｔｃ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ｇｉ２２４１２６５０７とのアミノ酸配列のアラインメント（アミノ酸配列の対比）が示されているが、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３はわずかに２３８アミノ酸長しかなく、対照である上記ジャガイモ由来のもの（１７４１アミノ酸）及びタルウマゴヤシ由来のもの（９８０アミノ酸）とも、図１ａ及び図１ｂに示されたもの（１１３４〜１２１２アミノ酸）とも、大きく長さが異なり、ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲというドメイン構造を保持していると認めることはできず、通常のＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲが有する機能を保持すると認めることはできない。加えて、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３の２３８アミノ酸長の範囲で対照と対応させることのできた部分について当審が配列同一性を計算したところ、対照であるジャガイモ由来Ｓｔｕ　ｎｅｍａｔｏｄｅ　ｒｅｓ−ｌｉｋｅ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｇｉ３７７８１３６０とは３３．２％、タルウマゴヤシ由来Ｐｔｃ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ｇｉ２２４１２６５０７とは３７．８％の同一性しかなく、また、耐病性を改善する作用のために重要な領域が高度に保存されている（同一性が高い）などといった事情もない。したがって、図２ａ及び図２ｂに示されたアラインメントを根拠に、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３がジャガイモＳｔｕ　ｎｅｍａｔｏｄｅ　ｒｅｓ−ｌｉｋｅ　ｐｒｏｔｅｉｎやタルウマゴヤシ由来Ｐｔｃ　ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲと同等の機能を有すると推認することはできない。
　　さらに加えて、図１ａ、図１ｂ、図２ａ及び図２ｂに対照として記載されたシマツナソ以外の植物に由来するＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ等に関して本願出願日までに知られていた情報を得るためにタンパク質データベースを検索したところ、引用文献等１、２、３及び４がそれぞれコットンウッド由来ＰｔｃＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ＧＩ：２２４１２７７２６、タルウマゴヤシ由来ＭｔｒＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ＧＩ：８７１６２９０８、コットンウッド由来ＰｔｃＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ　ｇｉ２２４１２６５０７及びジャガイモ由来Ｓｔｕ　ｎｅｍａｔｏｄｅ　ｒｅｓ−ｌｉｋｅ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｇｉ３７７８１３６０に対応するものであった。そして、上記２（１）〜（６）のとおり、引用文献等１〜４、引用文献等５（引用文献等１で引用されたジャーナル）及び引用文献等６（引用文献等４で引用されたジャーナル）によれば、これら４つの対照のタンパク質はいずれも、本願出願日当時、何らの機能も具体的には実験的に確認されておらず、せいぜい耐病性が推定ないし示唆されるにすぎないものであった。したがって、仮に本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３がシマツナソ以外の植物に由来するこれら４つの対照タンパク質のいずれかと極めて高いアミノ酸配列同一性を有していたとしても、その機能を推し量ることはできないのである。それに加えて、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３とアラインメントされたジャガイモ由来Ｓｔｕ　ｎｅｍａｔｏｄｅ　ｒｅｓ−ｌｉｋｅ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｇｉ３７７８１３６０は、上記２（４）のとおり、Ｎ末端に位置するはずのＴＩＲドメインが同定されなかったものであるところ、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３は、それよりもさらに５９０アミノ酸長もＮ末端領域が欠けているのだから（図２ａ及び図２ｂ）、ＴＩＲドメインを有していないだけでなく、ＮＢＳ領域も有していないか、少なくとも完全には保持していないものと認められる。
　　以上のことから、当業者といえども、図１ａ〜図２ｂに記載された他の植物由来のタンパク質とのアミノ酸配列アラインメントに基づいて、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３が植物の耐病性を改善する機能を有するものであると合理的に推認することはできないというべきである。特に、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３については、その配列の短さに照らすとなおさらそのような機能を有するなどとは認めることができない。
　オ　上記（ウ）について［ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３が、推定されたものにすぎず、他の植物由来の対照とのアラインメントによっても機能を有するとは認められないにもかかわらず、実験データが何ら示されていないため、当業者といえどもジュート植物の耐病性を改善することを認識できないことについて］
　　上記ウ及びエのとおり、本願の発明の詳細な説明及び図面に記載された事項（ア）及び（イ）からは、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３がジュート植物の耐病性を改善する機能を有すると合理的に推認することはできず、（ウ）本願の発明の詳細な説明及び図面のいずれにもそれらがジュート植物の耐病性を実際に改善することを具体的に示す実験データ等は示されていないのだから、本願の発明の詳細な説明は、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３がジュート植物の耐病性を改善することを当業者が認識できるように記載されたものとは到底認めることができない。
　カ　小括
　　以上のとおりであるから、本願発明に係る核酸分子は、本願出願日当時の技術常識に照らしても、発明の詳細な説明に、ジュート植物の耐病性を改善することができること、すなわち発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載されたものとは認められないから、本願は特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない。
４　理由２（実施可能要件違反）についての判断
　上記３のとおり、本願出願日当時の技術常識に照らしても、発明の詳細な説明に、本願発明に係る核酸分子がジュート植物の耐病性を改善することができることを当業者が認識できるように記載されたものとは認められない。したがって、発明の詳細な説明は、当業者が本願発明に係る核酸分子を使うことができる程度に明確かつ十分に記載したものとは認められないから、本願は特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。
５　請求人の主張に対して
　平成２９年１月６日付け審判請求書、平成３０年５月２１日付け意見書及び平成３１年３月４日付け意見書において請求人がする主張及びそれらに対する当審の判断は次のとおりである。
（１）請求人の主張
　ア　平成３０年５月２１日付け意見書を補足する同日付け手続補足書の甲第１及び２号証（Nature Plants, vol.3, pp.1-7 (2017)及びそのSupplementary Table23）には、ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲなどのジュート遺伝子の発現が繊維細胞と実生とで有意に異なったことが示されているから、ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ遺伝子にはジュート繊維形成における重要な役割が期待される。
　イ　本願出願日当時、コットンウッド由来の少なくとも９種のＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ核酸ホモログ（NCBI受託番号DQ513227.1、DQ513223.1、DQ513224.1、DQ513214.1、DQ513195.1、DQ513217.1、DQ513202.1、DQ513220.1、及びDQ513205.1）が耐病性タンパク質をコードすることが知られている又は期待されており、コットンウッド由来の少なくとも９種のＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲポリペプチドホモログ（NCBI受託番号ABE99702.1、ABF81441.1、ABF81471.1、ABF81437.1、ABF81414.1、ABF81430.1、ABF81439.1、ABF81427.1、及びABF81468.1）が耐病性活性を有することが知られている又は期待されていた。これらはＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲという保存モチーフ及びドメインを共有しており、それらのモチーフ及びドメインは、本願明細書の段落【００２９】に記載されたようなツールで同定できるものである。
　ウ　植物の遺伝子組換え法や育種法は少なくとも１９８０年代から公知であったから、本願発明のＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３を用いた植物の遺伝子操作は当業者が容易に実施できる。
　エ　平成２９年１月６日付け意見書を補足する同日付け手続補足書の甲第１号証（Appendix A）、甲第２号証（Abu Ashfaqur Sajib et al., Plant Cell Tiss.Organ Cult., Jan.2008）、甲第３号証（Anal.Biochem., vol.162, pp.156-159 (1987)）及び甲第４号証（PLOS ONE, vol.9, e107348 (Sep.2014））に記載された実験データは、本願の配列番号１７の配列を有するｃＤＮＡが顕著な耐病性を有することを示す。本願発明のＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３遺伝子についても甲第１〜４号証に記載のプロトコルを用いて容易に試験をすることができ、配列番号１７の配列を有するｃＤＮＡと同様の挙動を有すると思量する。　
（２）判断
　ア　上記主張アに対して
　　甲第１号証は２種のジュート植物のゲノム比較に関する論文であるが、ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲは記載されていないし、甲第１号証の補充データである甲第２号証にもＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲは記載されていないから、甲第１及び２号証が本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２又は３の機能を裏付けるものであるとは認められないうえ、繊維形成における役割が本願発明が課題とする耐病性の改善と関連するとも認められない。また、これらは、本願出願日よりも約５年後に頒布された刊行物であって本願出願日当時の技術常識を示すものでもない。
　イ　上記主張イに対して
　　請求人が提示したコットンウッド由来核酸ホモログ及びポリペプチドホモログは、データベース上で「ＪＯＵＲＮＡＬ　Ｕｎｐｕｂｌｉｓｈｅｄ」及び「ＴＩＴＬＥ　Ｄｉｒｅｃｔ　Ｓｕｂｍｉｓｓｉｏｎ」と表示されているとおり、耐病性等の機能を確認する実験データ等は発表されておらず、配列情報がデータベースに登録されたにすぎないものであるうえ、当該核酸ホモログがコードするポリペプチド及び当該ポリペプチドホモログはいずれも、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３とアミノ酸配列の同一性が１６．０〜３７．８％しかないものであるから、上記３（３）エで述べたのと同様の理由により、当業者といえども、これらホモログの存在を根拠に、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３が植物の耐病性を改善することができると認識できるとは認められない。
　　さらに、本願出願日当時の植物の耐病性遺伝子に関する技術水準について検討すると、発明の詳細な説明の背景技術の項（特に上記１（２）の【０００７】）にも記載されているとおり、ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ等、耐病性遺伝子に類似するドメイン構造を有する耐性遺伝子類似体が植物ゲノムから見出されているものの、それらの正確な機能は解明されていない状態であった。そして、発明の詳細な説明の背景技術の項で引用された先行技術文献やその他の文献の開示内容を参酌すると、たとえＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲのドメイン構造を有すると予測されたとしても、植物の耐病性を改善する機能を有するか否かは明らかではないというのが、本願出願日当時の技術常識であったといえる。すなわち、配列情報に基づいてＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲというドメイン構造を有すると予測されるタンパク質をコードすると推定される遺伝子であっても、開始コドンやエクソン／イントロン構造を詳細に検討したり、スプライシングエラー、遺伝子の融合や分断の有無を確認することで、約３６％もの誤りが発見されたことが報告されており（引用文献等７）、ＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲというドメイン構造を有すると予測されるタンパク質をコードすることが明らかとなった遺伝子のうち、耐病性形質について遺伝的な解析をする、ゲノムマッピングにより耐病性遺伝子座との連鎖を確認する、遺伝子を実際に用いた補完実験等によって機能を確認するといった実験的裏付けがなされたものが耐病性遺伝子とされていた（引用文献等６、８、９、１１及び１２）。反対に、配列情報に基づいてＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲというドメイン構造を有すると推定されたにすぎないものは、「推定」、「示唆」、「類似」、「候補」、又は「耐性様」などと記載されるにとどまっていた（引用文献等１のウ、引用文献等３のウ、引用文献等４のア、引用文献等５のア、引用文献等６のア、ウ、引用文献等１０のア、本願明細書の【００２７】）。
　　上述のとおりの本願出願日当時の技術常識に鑑みると、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３は、せいぜい配列情報に基づきＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲというドメイン構造を有すると予測されたにとどまるため、これらがジュート植物の耐病性を改善する機能を有するものであると合理的に推認することはできないというべきである。特に、ＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ３については、上記３（３）で指摘したとおりＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲというドメイン構造を保持していることさえ認められないので、なおさら植物の耐病性を改善する機能を有すると認めることはできない。
　ウ　上記主張ウに対して
　　当審が通知した拒絶理由１及び２は、植物の遺伝子組換え法や育種法が実施できないことを指摘するものではなく、発明の詳細な説明に、本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３がジュート植物の耐病性を改善するものであることを当業者が認識できる程度に開示されていないという記載不備を、サポート要件及び実施可能要件の観点から指摘したものである。したがって、本願出願日当時、植物の遺伝子組換え法や育種法が公知であったことが示されたからといって、当審が通知した拒絶理由１及び２が解消するわけではない。
　エ　上記主張エに対して
　　植物の耐病性遺伝子は、ＮＢＳ−ＬＲＲクラス、ＬＲＲ−ＴＭ−ＰＫクラス、ＬＲＲ−ＴＭクラス、及びＰＫクラスという４つの主要なクラスに分類されるところ（上記第４の１（２）【０００７】）、本願発明のＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲはＮＢＳ−ＬＲＲクラスに属するのに対して、請求人が提出した実験データは、それとは異なるＬＲＲ−ＴＭ−ＰＫクラスに属するタンパク質をコードする、本願の配列番号１７に関するものである。せいぜい配列情報に基づきＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲというドメイン構造を有すると予測されたにとどまる本願発明のＣｏｌＴＩＲ−ＮＢＳ−ＬＲＲ１、２及び３の機能を、それらとはドメイン構造自体が異なる別のクラスのタンパク質の実験データから推し量ることはできない。
　オ　小括
　　以上のとおりであるから、審判請求人の上記主張ア〜エはいずれも失当である。
第５　むすび
　以上のとおり、本願は、特許法第３６条第６項第１号及び同条第４項第１号に規定する要件を満たしていないから、拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。