【手続補正書】
【提出日】平成27年3月19日(2015.3.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）ＤＮＡが固定化された第一のビーズを準備する工程と、
（ｂ）前記ＤＮＡを転写してなるｍＲＮＡとハイブリダイズしうる配列と、タンパク質との連結部を有するアーム部と、を含む核酸リンカーが固定化された第二のビーズを準備する工程と、
（ｃ１）複数の反応槽が配設されたビーズ配置用基板を準備する工程と、
（ｄ１）前記工程（ａ）、（ｂ）、及び（ｃ１）の後、前記第一のビーズと前記第二のビーズとを前記反応槽内に配置する工程と、
（ｅ１）前記工程（ｄ１）の後、前記第一のビーズに固定化された前記ＤＮＡを転写し、ｍＲＮＡを合成し、前記ｍＲＮＡを前記第二のビーズに固定化された核酸リンカーにハイブリダイズさせる工程と、を有し、
前記第一のビーズは、前記第二のビーズより大きいことを特徴とするタンパク質アレイの製造方法。
【請求項２】
前記反応槽の底面の直径又は一辺が前記第一のビーズの直径の１〜２倍である請求項１に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項３】
前記工程（ｄ１）において前記第一のビーズを前記反応槽内に配置した後、前記第二のビーズを前記反応槽に配置する請求項１又は請求項２に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項４】
更に、
（ｆ１）前記工程（ｅ１）の後、前記第一のビーズ及び前記第二のビーズを回収する工程と、
（ｇ１）前記工程（ｆ１）の後、翻訳系を用いて、前記第二のビーズにハイブリダイズされたｍＲＮＡを翻訳し、合成されたタンパク質を、前記核酸リンカーを介して前記第二のビーズに連結させ、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製する工程と、
（ｈ）複数の第二のビーズ用反応槽が配設されたビーズ配置用基板を準備する工程と、（ｉ１）前記工程（ｇ１）及び（ｈ）の後、前記第二のビーズを前記第二のビーズ用反応槽内に配置する工程と、を有し、
前記第一のビーズの直径は、前記第二のビーズ用反応槽底面の直径又は一辺よりも大きい請求項１〜３のいずれか一項に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項５】
前記工程（ｆ１）は、前記第二のビーズを回収後洗浄する工程を有する請求項４に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項６】
前記第二のビーズ用反応槽の底面の直径又は一辺が、前記第二のビーズの直径の１〜２倍である請求項４又は５に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項７】
前記工程（ｇ１）は、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製した後、更に、前記ｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を逆転写反応に供して、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ−核酸リンカー複合体を作製する工程を有する請求項４〜６のいずれか一項に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項８】
更に、
（ｇ２）前記工程（ｅ１）の後、翻訳系を用いて、前記第二のビーズにハイブリダイズされたｍＲＮＡを翻訳し、合成されたタンパク質を、前記核酸リンカーを介して前記第二のビーズに連結させ、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製する工程を有する請求項１〜３のいずれか一項に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項９】
前記工程（ｇ２）は、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製した後、更に、前記ｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を逆転写反応に供して、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ−核酸リンカー複合体を作製する工程を有する請求項８に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項１０】
（ａ）ＤＮＡが固定化された第一のビーズを準備する工程と、
（ｂ）前記ＤＮＡを転写してなるｍＲＮＡとハイブリダイズしうる配列と、タンパク質との連結部を有するアーム部と、を含む核酸リンカーが固定化された第二のビーズを準備する工程と、
（ｃ２）連通孔を有する仕切りで仕切られ、底面の直径又は一辺の異なる２種類の微小反応槽を含む、複数の反応槽が配設されたビーズ配置用基板を準備する工程と、
（ｄ２）前記工程（ａ）、（ｂ）、及び（ｃ２）の後、前記第一のビーズと前記第二のビーズのうち、大きいビーズを大きい微小反応槽内に配置した後、小さいビーズを小さい微小反応槽内に配置する工程と、
（ｅ２）前記工程（ｄ２）の後、転写系を用いて、前記第一のビーズに固定化されたＤＮＡを転写し、合成されたｍＲＮＡを、前記第二のビーズに固定化された核酸リンカーにハイブリダイズさせる工程と、を有し、
前記大きい微小反応槽の底面の直径又は一辺が前記大きいビーズの直径の１〜２倍であり、
前記小さい微小反応槽の底面の直径又は一辺が前記小さいビーズの直径の１〜２倍であることを特徴とするタンパク質アレイの製造方法。
【請求項１１】
前記小さい微小反応槽の底面の直径又は一辺は、前記大きいビーズの直径よりも小さい請求項１０に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項１２】
更に、
（ｆ２）前記工程（ｅ２）の後、前記第二のビーズを回収する工程と、
（ｇ３）前記工程（ｆ２）の後、翻訳系を用いて、前記第二のビーズにハイブリダイズされたｍＲＮＡを翻訳し、合成されたタンパク質を、前記核酸リンカーを介して前記第二のビーズに連結させ、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製する工程と、
（ｈ）複数の第二のビーズ用反応槽が配設されたビーズ配置用基板を準備する工程と、
（ｉ２）前記工程（ｇ３）及び（ｈ）の後、前記第二のビーズを前記第二のビーズ用反応槽内に配置する工程と、を有する請求項１０又は１１に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項１３】
前記工程（ｆ２）は、前記第二のビーズを回収後洗浄する工程を有する請求項１２に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項１４】
前記第二のビーズ用反応槽の底面の直径又は一辺が、前記第二のビーズの直径の１〜２倍である請求項１２又は１３に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項１５】
前記工程（ｇ３）は、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製した後、更に、前記ｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を逆転写反応に供して、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ−核酸リンカー複合体を作製する工程を有する請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項１６】
更に、
（ｇ４）前記工程（ｅ２）の後、翻訳系を用いて、前記第二のビーズにハイブリダイズされたｍＲＮＡを翻訳し、合成されたタンパク質を、前記核酸リンカーを介して前記第二のビーズに連結させ、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製する工程を有する請求項１０又は１１に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項１７】
前記工程（ｇ４）は、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製した後、更に、前記ｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を逆転写反応に供して、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ−核酸リンカー複合体を作製する工程を有する請求項１６に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項１８】
前記工程（ａ）において、エマルジョン１個あたり平均１分子以下のＤＮＡと平均１個以下の第一のビーズが含まれるように油中水型エマルジョンを調製する工程と、
前記エマルジョン内で核酸増幅反応を行い、固相結合部位が付加されたＤＮＡを前記ビーズに固定化する工程と、を有する請求項１〜１７のいずれか一項に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項１９】
前記第一のビーズに固定されるＤＮＡは一種類である請求項１〜１８のいずれか一項に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項２０】
前記第一のビーズに多分子のＤＮＡを固定する請求項１〜１９のいずれか一項に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項２１】
前記第二のビーズに多分子の核酸リンカーを固定する請求項１〜２０のいずれか一項に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項２２】
前記第一のビーズ及び前記第二のビーズは、磁気ビーズであり、前記ビーズ配置用基板は、磁気ビーズ配置用基板であり、前記工程（ｄ１）、（ｄ２）、（ｉ１）及び（ｉ２）は、前記磁気ビーズ配置用基板の下部に磁石を配置し、前記磁気ビーズを前記反応槽に誘導する工程を有する請求項１〜２１のいずれか一項に記載のタンパク質アレイの製造方法。
【請求項２３】
請求項１〜２２のいずれか一項に記載のタンパク質アレイの製造方法を用いて製造されたことを特徴とするタンパク質アレイ。
【請求項２４】
タンパク質が配置された複数の反応槽を備えたタンパク質アレイであって、前記反応槽にはそれぞれ、
ＤＮＡが固定化された第一のビーズと、
前記ＤＮＡを転写したｍＲＮＡとハイブリダイズし、前記ｍＲＮＡに基づき翻訳されたタンパク質とアーム部において連結した核酸リンカーが固定化され、前記第一のビーズより小さい第二のビーズと、が配設されたことを特徴とするタンパク質アレイ。
【請求項２５】
タンパク質が配置された複数の反応槽を備えたタンパク質アレイであって、
前記反応槽には、ＤＮＡが固定化された第一のビーズと、
前記第一のビーズとはサイズが異なり、前記ＤＮＡを転写したｍＲＮＡとハイブリダイズし、前記ｍＲＮＡに基づき翻訳されたタンパク質とアーム部において連結した核酸リンカーが固定化された第二のビーズと、が配設され、
前記反応槽は連通孔を有する仕切りで仕切られた第一の微小反応槽と、
第一の微小反応槽よりも底面の直径又は一辺の大きい第二の微小反応槽と、から成り、
前記第一の微小反応槽には、
前記第一のビーズと、
前記第二のビーズのうち小さいビーズと、が配設され、
前記第二の微小反応槽には、
前記第一のビーズと、
前記第二のビーズのうち大きいビーズと、が配設されたことを特徴とするタンパク質アレイ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
本発明者らは上記の課題を解決するため、鋭意研究を行った結果、核酸を固定化するための大きさの異なる２種類のビーズを用いることにより課題を解決できることを見出した。本発明の一実施態様は、下記（１）〜（２５）を提供するものである。
（１）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、
（ａ）ＤＮＡが固定化された第一のビーズを準備する工程と、
（ｂ）前記ＤＮＡを転写してなるｍＲＮＡとハイブリダイズしうる配列と、タンパク質との連結部を有するアーム部と、を含む核酸リンカーが固定化された第二のビーズを準備する工程と、
（ｃ１）複数の反応槽が配設されたビーズ配置用基板を準備する工程と、
（ｄ１）前記工程（ａ）、（ｂ）、及び（ｃ１）の後、前記第一のビーズと前記第二のビーズとを前記反応槽内に配置する工程と、
（ｅ１）前記工程（ｄ１）の後、前記第一のビーズに固定化された前記ＤＮＡを転写し、ｍＲＮＡを合成し、前記ｍＲＮＡを前記第二のビーズに固定化された核酸リンカーにハイブリダイズさせる工程と、を有し、
前記第一のビーズは、前記第二のビーズより大きいことを特徴とする。
（２）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記反応槽の底面の直径又は一辺が前記第一のビーズの直径の１〜２倍であることが好ましい。
（３）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記工程（ｄ１）において前記第一のビーズを前記反応槽内に配置した後、前記第二のビーズを前記反応槽に配置することが好ましい。
（４）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、更に、
（ｆ１）前記工程（ｅ１）の後、前記第一のビーズ及び前記第二のビーズを回収する工程と、
（ｇ１）前記工程（ｆ１）の後、翻訳系を用いて、前記第二のビーズにハイブリダイズされたｍＲＮＡを翻訳し、合成されたタンパク質を、前記核酸リンカーを介して前記第二のビーズに連結させ、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製する工程と、
（ｈ）複数の第二のビーズ用反応槽が配設されたビーズ配置用基板を準備する工程と、（ｉ１）前記工程（ｇ１）及び（ｈ）の後、前記第二のビーズを前記第二のビーズ用反応槽内に配置する工程と、を有し、
前記第一のビーズの直径は、前記第二のビーズ用反応槽底面の直径又は一辺よりも大きいことが好ましい。
（５）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記工程（ｆ１）は、前記第二のビーズを回収後洗浄する工程を有することが好ましい。
（６）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記第二のビーズ用反応槽の底面の直径又は一辺が、前記第二のビーズの直径の１〜２倍であることが好ましい。
（７）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記工程（ｇ１）は、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製した後、更に、前記ｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を逆転写反応に供して、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ−核酸リンカー複合体を作製する工程を有することが好ましい。
（８）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、更に、
（ｇ２）前記工程（ｅ１）の後、翻訳系を用いて、前記第二のビーズにハイブリダイズされたｍＲＮＡを翻訳し、合成されたタンパク質を、前記核酸リンカーを介して前記第二のビーズに連結させ、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製する工程を有することが好ましい。
（９）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記工程（ｇ２）は、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製した後、更に、前記ｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を逆転写反応に供して、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ−核酸リンカー複合体を作製することが好ましい。
（１０）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、
（ａ）ＤＮＡが固定化された第一のビーズを準備する工程と、
（ｂ）前記ＤＮＡを転写してなるｍＲＮＡとハイブリダイズしうる配列と、タンパク質との連結部を有するアーム部と、を含む核酸リンカーが固定化された第二のビーズを準備する工程と、
（ｃ２）連通孔を有する仕切りで仕切られ、底面の直径又は一辺の異なる２種類の微小反応槽を含む、複数の反応槽が配設されたビーズ配置用基板を準備する工程と、
（ｄ２）前記工程（ａ）、（ｂ）、及び（ｃ２）の後、前記第一のビーズと前記第二のビーズのうち、大きいビーズを大きい微小反応槽内に配置した後、小さいビーズを小さい微小反応槽内に配置する工程と、
（ｅ２）前記工程（ｄ２）の後、転写系を用いて、前記第一のビーズに固定化されたＤＮＡを転写し、合成されたｍＲＮＡを、前記第二のビーズに固定化された核酸リンカーにハイブリダイズさせる工程と、を有し、
前記大きい微小反応槽の底面の直径又は一辺が前記大きいビーズの直径の１〜２倍であり、
前記小さい微小反応槽の底面の直径又は一辺が前記小さいビーズの直径の１〜２倍であることを特徴とする。
（１１）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記小さい微小反応槽の底面の直径又は一辺は、前記大きいビーズの直径よりも小さいことが好ましい。
（１２）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、更に、
（ｆ２）前記工程（ｅ２）の後、前記第二のビーズを回収する工程と、
（ｇ３）前記工程（ｆ２）の後、翻訳系を用いて、前記第二のビーズにハイブリダイズされたｍＲＮＡを翻訳し、合成されたタンパク質を、前記核酸リンカーを介して前記第二のビーズに連結させ、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製する工程と、
（ｈ）複数の第二のビーズ用反応槽が配設されたビーズ配置用基板を準備する工程と、
（ｉ２）前記工程（ｇ３）及び（ｈ）の後、前記第二のビーズを前記第二のビーズ用反応槽内に配置する工程と、を有することが好ましい。
（１３）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記工程（ｆ２）は、前記第二のビーズを回収後洗浄する工程を有することが好ましい。
（１４）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記第二のビーズ用反応槽の底面の直径又は一辺が、前記第二のビーズの直径の１〜２倍であることが好ましい。
（１５）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記工程（ｇ３）は、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製した後、更に、前記ｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を逆転写反応に供して、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ−核酸リンカー複合体を作製する工程を有することが好ましい。
（１６）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、更に、
（ｇ４）前記工程（ｅ２）の後、翻訳系を用いて、前記第二のビーズにハイブリダイズされたｍＲＮＡを翻訳し、合成されたタンパク質を、前記核酸リンカーを介して前記第二のビーズに連結させ、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製する工程を有することが好ましい。
（１７）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記工程（ｇ４）は、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を作製した後、更に、前記ｍＲＮＡ−核酸リンカー−タンパク質複合体を逆転写反応に供して、前記第二のビーズ上にｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ−核酸リンカー複合体を作製する工程を有することが好ましい。
（１８）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記工程（ａ）において、エマルジョン１個あたり平均１分子以下のＤＮＡと平均１個以下の第一のビーズが含まれるように油中水型エマルジョンを調製する工程と、
前記エマルジョン内で核酸増幅反応を行い、固相結合部位が付加されたＤＮＡを前記ビーズに固定化する工程と、を有することが好ましい。
（１９）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記第一のビーズに固定されるＤＮＡは一種類であることが好ましい。
（２０）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記第一のビーズに多分子のＤＮＡを固定することが好ましい。
（２１）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記第二のビーズに多分子の核酸リンカーを固定することが好ましい。
（２２）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイの製造方法は、前記第一のビーズ及び前記第二のビーズは、磁気ビーズであり、前記ビーズ配置用基板は、磁気ビーズ配置用基板であり、前記工程（ｄ１）、（ｄ２）、（ｉ１）及び（ｉ２）は、前記磁気ビーズ配置用基板の下部に磁石を配置し、前記磁気ビーズを前記反応槽に誘導する工程を有することが好ましい。
（２３）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイは、前記タンパク質アレイの製造方法を用いて製造されたことを特徴とする。
（２４）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイは、タンパク質が配置された複数の反応槽を備えたタンパク質アレイであって、前記反応槽にはそれぞれ、
ＤＮＡが固定化された第一のビーズと、
前記ＤＮＡを転写したｍＲＮＡとハイブリダイズし、前記ｍＲＮＡに基づき翻訳されたタンパク質とアーム部において連結した核酸リンカーが固定化され、前記第一のビーズより小さい第二のビーズと、が配設されたことを特徴とする。
（２５）本発明の一実施態様におけるタンパク質アレイは、タンパク質が配置された複数の反応槽を備えたタンパク質アレイであって、
前記反応槽には、ＤＮＡが固定化された第一のビーズと、
前記第一のビーズとはサイズが異なり、前記ＤＮＡを転写したｍＲＮＡとハイブリダイズし、前記ｍＲＮＡに基づき翻訳されたタンパク質とアーム部において連結した核酸リンカーが固定化された第二のビーズと、が配設され、
前記反応槽は連通孔を有する仕切りで仕切られた第一の微小反応槽と、
第一の微小反応槽よりも底面の直径又は一辺の大きい第二の微小反応槽と、から成り、
前記第一の微小反応槽には、
前記第一のビーズと、
前記第二のビーズのうち小さいビーズと、が配設され、
前記第二の微小反応槽には、
前記第一のビーズと、
前記第二のビーズのうち大きいビーズと、が配設されたことを特徴とする。