(57)【要約】  下記化学式（Ｉ）で表されることを特徴とする化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。2014038561.tif 000073  Ｌは、単結合またはリンカー（架橋原子または原子団）であり、  Ｚは、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であるか、または、標識を含む原子もしくは原子団である。
2014038561.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記化学式（Ｉ）で表されることを特徴とする化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉ】
2014038561.tif 000042
前記化学式（Ｉ）中、
Ｒ１およびＲ２は、それぞれ、１族元素もしくはアミノ基の保護基であり、同一でも異なっていても良いか、または、Ｒ１およびＲ２は、一体となってアミノ基の保護基を形成しても良く、
Ｒ３は、１族元素または水酸基の保護基であり、
Ｒ４は、１族元素または−ＰＲ５Ｒ６Ｒ７Ｒ８（Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８は、それぞれ、１族元素、孤立電子対、１６族元素、１７族元素またはリン原子の保護基であり、同一でも異なっていても良い）であり、
Ｊは、水素原子または任意の原子団であり、
Ａは、水素原子、水酸基、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、電子吸引基、もしくはシリレン基、スルフィド基であるか、または、
ＪおよびＡは、一体となってリンカーを形成しても良く、
Ｌは、単結合またはリンカー（架橋原子または原子団）であり、前記リンカーは、主鎖長（主鎖原子数）は任意であり、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、
Ｚは、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であるか、または、標識を含む原子もしくは原子団である。
【請求項２】
前記化学式（Ｉ）中、
Ｚが、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であり、
前記標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団が、エステル基もしくはカルボニル基を含む原子団であるか、またはカルボン酸ハライド基（ハロカルボニル基）である請求項１記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項３】
前記化学式（Ｉ）中、
Ｚが、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であり、
前記標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団が、下記化学式（ＮＨＳＥ）で表されるＮ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル基である請求項１記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化ＮＨＳＥ】
2014038561.tif 000043
前記化学式（ＮＨＳＥ）中、波線は、その位置でＬに結合していることを表す。
【請求項４】
前記化学式（Ｉ）中、Ｌが、（−ＣＨ＝ＣＨ−）、または（−Ｃ≡Ｃ−）である請求項１から３のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項５】
前記化学式（Ｉ）中、
Ｊが、水素原子、アルキル基、アルコキシ基、アミノ基、スルフィル基、もしくはシリル基であり、前記アルキル基およびアルコキシ基の主鎖炭素原子は、それぞれ、炭素原子に代えてＮ、Ｏ、Ｓ、ＰもしくはＳｉであっても良く、Ａが、水素原子、水酸基、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、電子吸引基、もしくはシリレン基、スルフィド基であるか、
または、
ＪおよびＡが一体となってリンカーを形成し、ＪおよびＡが、それぞれ、ＣＨ２、ＮＨ、Ｏ、またはＳであり、同一でも異なっていても良い、請求項１から４のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項６】
前記化学式（Ｉ）中、Ａにおいて、前記アルキル基が、メチル基、エチル基、プロピル基、ブチル基、ペンチル基、またはへキシル基であり、前記アラルキル基が、ベンジル基であり、前記アルコキシ基が、メトキシ基であり、前記電子吸引基が、ハロゲン、トリフルオロメチル基、またはフルオロアルキル基である請求項１から５のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項７】
前記化学式（Ｉ）で表される構造が、下記化学式１ａで表される構造である請求項１から６のいずれか一項に化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１ａ】
2014038561.tif 000044
前記化学式１ａ中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、ＪおよびＡは、前記化学式（Ｉ）と同じである。
【請求項８】
前記化学式（Ｉ）で表される構造が、下記化学式１で表される構造である請求項１から６のいずれか一項に化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１】
2014038561.tif 000045
前記化学式１中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４は、前記化学式（Ｉ）と同じである。
【請求項９】
前記化学式（Ｉ）で表される構造が、下記化学式（Ｉａ）または（Ｉｂ）で表される構造である請求項１から８のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉａ】
2014038561.tif 000046
【化Ｉｂ】
2014038561.tif 000047
前記化学式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、ＪおよびＡは、前記化学式（Ｉ）と同じであり、
前記化学式（Ｉａ）中、
Ｚ１１およびＺ１２は、それぞれ、蛍光性原子団であり、同一でも異なっていてもよく、
Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、それぞれ、リンカー（架橋原子または原子団）であり、主鎖長（主鎖原子数）は任意であり、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、互いに同一でも異なっていても良く、
Ｄは、ＣＲ、Ｎ、Ｐ、Ｐ＝Ｏ、ＢもしくはＳｉＲであり、Ｒは、水素原子、アルキル基または任意の置換基であり、
ｂは、単結合、二重結合もしくは三重結合であるか、
または、Ｌ３、ｂは存在せず、Ｄがシトシン環に直接結合していてもよく、
前記化学式（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＬ１は、前記化学式（Ｉａ）と同じである。
【請求項１０】
前記化学式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｌ１、Ｌ２およびＬ３の主鎖長（主鎖原子数）が、それぞれ２以上の整数である、請求項９記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１１】
前記化学式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、Ｚ１１およびＺ１２が、エキシトン効果を示す蛍光性原子団である請求項９または１０記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１２】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、チアゾールオレンジ、オキサゾールイエロー、シアニン、ヘミシアニン、Ｃｙ５、その他のシアニン色素、メチルレッド、アゾ色素、ビオチン、またはそれらの誘導体から誘導される基である、請求項９から１１のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１３】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、下記式（７）から（９）のいずれかで表される原子団である、請求項９から１２のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化７】
2014038561.tif 000048
【化８】
2014038561.tif 000049
【化９】
2014038561.tif 000050
前記式（７）〜（９）中、
Ｘ１およびＸ２は、Ｓ、ＯまたはＳｅであり、
ｎ’’は、０または正の整数であり、
Ｒ１〜Ｒ１０、Ｒ１３〜Ｒ２１は、それぞれ独立に、水素原子、ハロゲン原子、低級アルキル基、低級アルコキシ基、ニトロ基、またはアミノ基であり、
Ｒ１１およびＲ１２のうち、一方は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基であり、他方は、水素原子または低級アルキル基であり、
Ｒ１５は、前記式（７）、（８）または（９）中に複数存在する場合は、同一でも異なっていても良く、
Ｒ１６は、前記式（７）、（８）または（９）中に複数存在する場合は、同一でも異なっていても良く、
Ｚ１１中のＸ１、Ｘ２およびＲ１〜Ｒ２１と、Ｚ１２中のＸ１、Ｘ２およびＲ１〜Ｒ２１とは、互いに同一でも異なっていてもよい。
【請求項１４】
前記式（７）〜（９）中、
Ｒ１〜Ｒ２１において、前記低級アルキル基が、炭素数１〜６の直鎖または分枝アルキル基であり、前記低級アルコキシ基が、炭素数１〜６の直鎖または分枝アルコキシ基である、請求項１３記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１５】
前記式（７）〜（９）中、
Ｒ１１およびＲ１２において、前記連結基が、炭素数２以上のポリメチレンカルボニル基であり、カルボニル基部分で前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する、請求項１３または１４記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１６】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（７）または（８）で表される原子団であり、
前記式（７）または（８）で表されるＺ１１およびＺ１２が、下記式（１９）または（２０）で示される基である請求項１３から１５のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１９】
2014038561.tif 000051
【化２０】
2014038561.tif 000052
前記式（１９）および（２０）中、
Ｘ１、Ｒ１からＲ１０、Ｒ１３およびＲ１４、Ｒ１１ならびにＲ１２は、式（７）〜（９）と同じである。
【請求項１７】
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（１９）で表される原子団であり、
前記式（１９）中、
Ｘ１は、Ｓであり、
Ｒ１からＲ１０は、水素原子であり、
Ｒ１１およびＲ１２のうち、一方は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基であり、他方は、メチル基である、請求項１６記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１８】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（１９）で表される原子団であり、
前記式（１９）中、
Ｘ１は、Ｓであり、
Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ９およびＲ１０は、水素原子であり、
Ｒ２、Ｒ３およびＲ１２は、メチル基であり、
Ｒ８は、ハロゲン原子であり、
Ｒ１１は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基である、請求項１６記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１９】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（７）で表される原子団であり、
前記式（７）中、
Ｘ１は、Ｓであり、
ｎは、１であり、
Ｒ１からＲ１０、Ｒ１５、Ｒ１６およびＲ１７は、水素原子であり、
Ｒ１１は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基であり、
Ｒ１２は、メチル基である、請求項１３記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項２０】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、下記の各化学式のいずれかで表される原子団である、請求項９から１２のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１Ｚ】
2014038561.tif 000053
【化２Ｚ】
2014038561.tif 000054
【化３Ｚ】
2014038561.tif 000055
【化４Ｚ】
2014038561.tif 000056
【化５Ｚ】
2014038561.tif 000057
【化６Ｚ】
2014038561.tif 000058
上記各化学式中、波線は、その位置でＬ１またはＬ２に結合していることを表し、
ｎは、正の整数である。
【請求項２１】
前記リンカー長ｎが２〜６の範囲である、請求項２０記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項２２】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、下記の各化学式のいずれかで表される原子団である、請求項９または１０記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｂｉｏ】
2014038561.tif 000059
【化Ｃｙ５】
2014038561.tif 000060
上記各化学式中、波線は、その位置でＬ１またはＬ２に結合していることを表し、
Ｃｙ５は、シアニン色素Ｃｙ５から誘導される基である。
【請求項２３】
前記式（Ｉａ）で表される構造が、下記式（Ｉａ−１）で表される構造であり、
前記式（Ｉｂ）で表される構造が、下記式（Ｉｂ−１）で表される構造である、
請求項９から２２のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉａ−１】
2014038561.tif 000061
【化Ｉｂ−１】
2014038561.tif 000062
前記式（Ｉａ−１）および（Ｉｂ−１）中、
ｌ、ｍおよびｎ’は任意であり、同一でも異なっていても良く、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｊ、Ａ、Ｚ１１、Ｚ１２およびｂは、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）と同じである。
【請求項２４】
前記式（Ｉａ−１）および（Ｉｂ−１）中、
ｌ、ｍおよびｎ’が、それぞれ、２以上の整数である、請求項２３記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項２５】
下記化学式（Ｉ−２）で表される構造を少なくとも一つ含む核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉ−２】
2014038561.tif 000063
前記化学式（Ｉ−２）中、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｊ、Ａ、ＬおよびＺは、それぞれ、請求項１から２３のいずれか一項に記載の化学式（Ｉ）と同じであり、
★印は、その位置で他の原子または原子団に結合していることを表す。
【請求項２６】
下記化学式１００１で表される請求項２５記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１００１】
2014038561.tif 000064
前記化学式１００１中、★印は、前記化学式（Ｉ−２）と同じである。
【請求項２７】
下記化学式（II）で表される構造を少なくとも一つ含む核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化ＩＩ】
2014038561.tif 000065
前記化学式（II）中、
Ｒ１、Ｒ２、Ｊ、Ａ、ＬおよびＺは、それぞれ、請求項１から２３のいずれか一項に記載の化学式（Ｉ）と同じであり、
★印は、その位置で他の原子または原子団に結合していることを表し、
リン酸架橋中のＯ原子は、一つ以上が、Ｓ原子で置換されていてもよい。
【請求項２８】
前記化学式（II）で表される構造が、下記化学式１ｂで表される構造である請求項２７記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１ｂ】
2014038561.tif 000066
前記化学式１ｂ中、Ｒ１、Ｒ２、ＪおよびＡは、前記化学式（II）と同じであり、
リン酸架橋中のＯ原子は、一つ以上が、Ｓ原子で置換されていてもよい。
【請求項２９】
前記化学式（II）で表される構造が、下記化学式１ｃで表される構造である請求項２７記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１ｃ】
2014038561.tif 000067
前記化学式１ｃ中、Ｒ１およびＲ２は、前記化学式（II）と同じであり、
リン酸架橋中のＯ原子は、一つ以上が、Ｓ原子で置換されていてもよい。
【請求項３０】
前記化学式（II）で表される構造が、下記化学式（IIａ）または（IIｂ）で表される構造である請求項２７記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化ＩＩａ】
2014038561.tif 000068
【化ＩＩｂ】
2014038561.tif 000069
前記化学式（IIａ）および（IIｂ）中、Ｒ１、Ｒ２、ＪおよびＡは、前記化学式（II）と同じであり、
前記化学式（IIａ）中、
Ｚ１１およびＺ１２は、それぞれ、蛍光性原子団であり、同一でも異なっていてもよく、
Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、それぞれ、リンカー（架橋原子または原子団）であり、主鎖長（主鎖原子数）は任意であり、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、互いに同一でも異なっていても良く、
Ｄは、ＣＲ、Ｎ、Ｐ、Ｐ＝Ｏ、ＢもしくはＳｉＲであり、Ｒは、水素原子、アルキル基または任意の置換基であり、
ｂは、単結合、二重結合もしくは三重結合であるか、
または、Ｌ３、ｂは存在せず、Ｄがシトシン環に直接結合していてもよく、
前記化学式（IIｂ）中、
Ｚ１１およびＬ１は、前記化学式（IIａ）と同じであり、
前記化学式（IIａ）および（IIｂ）中、
リン酸架橋中のＯ原子は、一つ以上が、Ｓ原子で置換されていてもよい。
【請求項３１】
前記式（IIａ）で表される構造が、下記式（IIａ−１）で表される構造であり、
前記式（IIｂ）で表される構造が、下記式（IIｂ−１）で表される構造である、
請求項３０記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化ＩＩａ−１】
2014038561.tif 000070
【化ＩＩｂ−１】
2014038561.tif 000071
前記式（IIａ−１）および（IIｂ−１）中、
ｌ、ｍおよびｎ’は任意であり、同一でも異なっていても良く、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、
Ｒ１、Ｒ２、Ｊ、Ａ、Ｚ１１、Ｚ１２およびｂは、前記式（IIａ）および（IIｂ）と同じであり、
前記式（IIａ−１）および（IIｂ−１）において、リン酸架橋中のＯ原子は、１つ以上がＳ原子で置換されていてもよい。
【請求項３２】
前記式（IIａ−１）および（IIｂ−１）中、
ｌ、ｍおよびｎ’は、それぞれ、２以上の整数である、請求項３１記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項３３】
下記化学式１０００で表されるヌクレオチド構造を少なくとも一つ含む、請求項２７から３２のいずれか一項に記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１０００】
2014038561.tif 000072
【請求項３４】
請求項１から２４のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩を用いて製造された標識物質。
【請求項３５】
前記標識物質が、標識モノヌクレオチド、標識オリゴヌクレオチド、標識核酸または標識核酸誘導体である請求項３４記載の標識物質。
【請求項３６】
請求項２７記載の核酸を含み、前記核酸において、前記化学式（II）中のＺが標識であるか、または、
請求項３０から３３のいずれか一項に記載の核酸を含む、
請求項３４または３５記載の標識物質。
【請求項３７】
請求項３４から３６のいずれか一項に記載の標識物質を被検出物質に接触させて前記被検出物質を検出する検出方法。
【請求項３８】
前記標識物質が、蛍光性原子団を含み、
前記蛍光性原子団が、前記被検出物質に接触すると発光または消光する蛍光性原子団であり、
前記蛍光性原子団の発光または消光により前記被検出物質を検出する請求項３７記載の検出方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、化合物、核酸、標識物質および検出方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
細胞レベルでの生命現象の解析や、病気の分子レベルでの診断には特定の核酸配列を検出する必要があり、蛍光色素や生理活性物質など機能性分子を導入した修飾化DNAオリゴマーの利用は、様々な実験に利用されている。【０００３】
DNAオリゴマーへの化学修飾では、修飾のための反応活性部位を核酸末端あるいは核酸塩基に導入している。【０００４】
特に核酸塩基上に反応活性部位を導入することができれば、核酸末端と核酸塩基上にそれぞれ異なる機能性分子の導入が可能となる。【０００５】
しかしながら、核酸末端への反応活性部位の導入は比較的容易であるが、核酸塩基では合成経路が複雑であることなどから、修飾化DNAオリゴマーを合成する際に、核酸塩基上に機能性分子を導入する場合には、活性部位をもつチミン塩基に導入する手法が一般的である。【０００６】
その際、活性部位としてNHS（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド）基を導入し、アミンとの反応で機能性分子を導入する方法が広く用いられている。そのためアミノ基がないチミン塩基は、副反応の恐れが低いために機能性分子の導入に適している(非特許文献１)。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Glen  research  社  Cat.  No.  10-1535-90、10-1535-02
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
多くの研究においてチミン塩基上への修飾が行われているが、他の核酸塩基上での修飾化が困難であったことから修飾化DNAオリゴマーの設計には非常に制限があった。【０００９】
そこで、本発明は、修飾化核酸オリゴマー配列設計の制限を緩和するために、チミン誘導体以外の核酸合成試薬として使用可能な化合物の提供を目的とする。さらに、本発明は、前記化合物を用いて製造可能な核酸、標識物質、および前記標識物質を用いた検出方法を提供する。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
前記目的を達成するために、本発明の化合物は、下記化学式（Ｉ）で表されることを特徴とする化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩である。
【化Ｉ】
2014038561.tif 000003
前記化学式（Ｉ）中、
Ｒ１およびＲ２は、それぞれ、１族元素もしくはアミノ基の保護基であり、同一でも異なっていても良いか、または、Ｒ１およびＲ２は、一体となってアミノ基の保護基を形成しても良く、
Ｒ３は、１族元素または水酸基の保護基であり、
Ｒ４は、１族元素または−ＰＲ５Ｒ６Ｒ７Ｒ８（Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８は、それぞれ、１族元素、孤立電子対、１６族元素、１７族元素またはリン原子の保護基であり、同一でも異なっていても良い）であり、
Ｊは、水素原子または任意の原子団であり、
Ａは、水素原子、水酸基、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、電子吸引基、もしくはシリレン基、スルフィド基であるか、または、
ＪおよびＡは、一体となってリンカーを形成しても良く、
Ｌは、単結合またはリンカー（架橋原子または原子団）であり、前記リンカーは、主鎖長（主鎖原子数）は任意であり、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、
Ｚは、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であるか、または、標識を含む原子もしくは原子団である。【００１１】
本発明の核酸は、下記化学式（II）で表される構造を少なくとも一つ含む核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩である。
【化ＩＩ】
2014038561.tif 000004
前記化学式（II）中、
前記化学式（II）中、
Ｒ１、Ｒ２、Ｊ、Ａ、ＬおよびＺは、前記化学式（Ｉ）と同じであり、
★印は、その位置で他の原子または原子団に結合していることを表し、
リン酸架橋中のＯ原子は、一つ以上が、Ｓ原子で置換されていてもよい。【００１２】
本発明の標識物質は、前記本発明の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩を用いて製造された標識物質である。【００１３】
本発明の検出方法は、前記本発明の標識物質を被検出物質に接触させて前記被検出物質を検出する検出方法である。
【発明の効果】
【００１４】
本発明の化合物は、チミン誘導体ではなくシトシン誘導体であるため、チミン誘導体以外の核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ等）の合成試薬として使用可能であり、修飾化核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ等）オリゴマー配列設計の制限を緩和することができる。さらに、本発明によれば、前記本発明の化合物を用いて製造可能な核酸、標識物質、および前記標識物質を用いた検出方法を提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１５】
【図１】図１は、実施例における核酸等温増幅法での修飾化DNAオリゴマーの性能を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１６】
以下、本発明について例を挙げてさらに具体的に説明する。ただし、本発明は、以下の説明により限定されない。
【００１７】
本発明は、例えば、下記［１］〜［３８］のようにも記載し得るが、これには限定されない。
［１］
下記化学式（Ｉ）で表されることを特徴とする化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉ】
2014038561.tif 000005
前記化学式（Ｉ）中、
Ｒ１およびＲ２は、それぞれ、１族元素もしくはアミノ基の保護基であり、同一でも異なっていても良いか、または、Ｒ１およびＲ２は、一体となってアミノ基の保護基を形成しても良く、
Ｒ３は、１族元素または水酸基の保護基であり、
Ｒ４は、１族元素または−ＰＲ５Ｒ６Ｒ７Ｒ８（Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８は、それぞれ、１族元素、孤立電子対、１６族元素、１７族元素またはリン原子の保護基であり、同一でも異なっていても良い）であり、
Ｊは、水素原子または任意の原子団であり、
Ａは、水素原子、水酸基、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、電子吸引基、もしくはシリレン基、スルフィド基であるか、または、
ＪおよびＡは、一体となってリンカーを形成しても良く、
Ｌは、単結合またはリンカー（架橋原子または原子団）であり、前記リンカーは、主鎖長（主鎖原子数）は任意であり、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、
Ｚは、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であるか、または、標識を含む原子もしくは原子団である。
［２］
前記化学式（Ｉ）中、
Ｚが、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であり、
前記標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団が、エステル基もしくはカルボニル基を含む原子団であるか、またはカルボン酸ハライド基（ハロカルボニル基）である［１］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［３］
前記化学式（Ｉ）中、
Ｚが、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であり、
前記標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団が、下記化学式（ＮＨＳＥ）で表されるＮ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル基である［１］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化ＮＨＳＥ】
2014038561.tif 000006
前記化学式（ＮＨＳＥ）中、波線は、その位置でＬに結合していることを表す。
［４］
前記化学式（Ｉ）中、Ｌが、（−ＣＨ＝ＣＨ−）、または（−Ｃ≡Ｃ−）である［１］から［３］のいずれかに記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［５］
前記化学式（Ｉ）中、
Ｊが、水素原子、アルキル基、アルコキシ基、アミノ基、スルフィル基、もしくはシリル基であり、前記アルキル基およびアルコキシ基の主鎖炭素原子は、それぞれ、炭素原子に代えてＮ、Ｏ、Ｓ、ＰもしくはＳｉであっても良く、Ａが、水素原子、水酸基、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、電子吸引基、もしくはシリレン基、スルフィド基であるか、
または、
ＪおよびＡが一体となってリンカーを形成し、ＪおよびＡが、それぞれ、ＣＨ２、ＮＨ、Ｏ、またはＳであり、同一でも異なっていても良い、［１］から［４］のいずれかに記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［６］
前記化学式（Ｉ）中、Ａにおいて、前記アルキル基が、メチル基、エチル基、プロピル基、ブチル基、ペンチル基、またはへキシル基であり、前記アラルキル基が、ベンジル基であり、前記アルコキシ基が、メトキシ基であり、前記電子吸引基が、ハロゲン、トリフルオロメチル基、またはフルオロアルキル基である［１］から［５］のいずれかに記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［７］
前記化学式（Ｉ）で表される構造が、下記化学式１ａで表される構造である［１］から［６］のいずれかに化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１ａ】
2014038561.tif 000007
前記化学式１ａ中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、ＪおよびＡは、前記化学式（Ｉ）と同じである。
［８］
前記化学式（Ｉ）で表される構造が、下記化学式１で表される構造である［１］から［６］のいずれかに化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１】
2014038561.tif 000008
前記化学式１中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４は、前記化学式（Ｉ）と同じである。
［９］
前記化学式（Ｉ）で表される構造が、下記化学式（Ｉａ）または（Ｉｂ）で表される構造である［１］から［８］のいずれかに記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉａ】
2014038561.tif 000009
【化Ｉｂ】
2014038561.tif 000010
前記化学式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、ＪおよびＡは、前記化学式（Ｉ）と同じであり、
前記化学式（Ｉａ）中、
Ｚ１１およびＺ１２は、それぞれ、蛍光性原子団であり、同一でも異なっていてもよく、
Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、それぞれ、リンカー（架橋原子または原子団）であり、主鎖長（主鎖原子数）は任意であり、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、互いに同一でも異なっていても良く、
Ｄは、ＣＲ、Ｎ、Ｐ、Ｐ＝Ｏ、ＢもしくはＳｉＲであり、Ｒは、水素原子、アルキル基または任意の置換基であり、
ｂは、単結合、二重結合もしくは三重結合であるか、
または、Ｌ３、ｂは存在せず、Ｄがシトシン環に直接結合していてもよく、
前記化学式（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＬ１は、前記化学式（Ｉａ）と同じである。
［１０］
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｌ１、Ｌ２およびＬ３の主鎖長（主鎖原子数）が、それぞれ２以上の整数である、［９］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［１１］
前記化学式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、Ｚ１１およびＺ１２が、エキシトン効果を示す蛍光性原子団である［９］または［１０］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［１２］
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、チアゾールオレンジ、オキサゾールイエロー、シアニン、ヘミシアニン、Ｃｙ５、その他のシアニン色素、メチルレッド、アゾ色素、ビオチン、またはそれらの誘導体から誘導される基である、［９］から［１１］のいずれかに記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［１３］
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、下記式（７）から（９）のいずれかで表される原子団である、［９］から［１２］のいずれかに記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化７】
2014038561.tif 000011
【化８】
2014038561.tif 000012
【化９】
2014038561.tif 000013
前記式（７）〜（９）中、
Ｘ１およびＸ２は、Ｓ、ＯまたはＳｅであり、
ｎ’’は、０または正の整数であり、
Ｒ１〜Ｒ１０、Ｒ１３〜Ｒ２１は、それぞれ独立に、水素原子、ハロゲン原子、低級アルキル基、低級アルコキシ基、ニトロ基、またはアミノ基であり、
Ｒ１１およびＲ１２のうち、一方は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基であり、他方は、水素原子または低級アルキル基であり、
Ｒ１５は、前記式（７）、（８）または（９）中に複数存在する場合は、同一でも異なっていても良く、
Ｒ１６は、前記式（７）、（８）または（９）中に複数存在する場合は、同一でも異なっていても良く、
Ｚ１１中のＸ１、Ｘ２およびＲ１〜Ｒ２１と、Ｚ１２中のＸ１、Ｘ２およびＲ１〜Ｒ２１とは、互いに同一でも異なっていてもよい。
［１４］
前記式（７）〜（９）中、
Ｒ１〜Ｒ２１において、前記低級アルキル基が、炭素数１〜６の直鎖または分枝アルキル基であり、前記低級アルコキシ基が、炭素数１〜６の直鎖または分枝アルコキシ基である、［１３］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［１５］
前記式（７）〜（９）中、
Ｒ１１およびＲ１２において、前記連結基が、炭素数２以上のポリメチレンカルボニル基であり、カルボニル基部分で前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する、［１３］または［１４］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［１６］
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（７）または（８）で表される原子団であり、
前記式（７）または（８）で表されるＺ１１およびＺ１２が、下記式（１９）または（２０）で示される基である［１３］から［１５］のいずれかに記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１９】
2014038561.tif 000014
【化２０】
2014038561.tif 000015
前記式（１９）および（２０）中、
Ｘ１、Ｒ１からＲ１０、Ｒ１３およびＲ１４、Ｒ１１ならびにＲ１２は、前記式（７）〜（９）と同じである。
［１７］
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（１９）で表される原子団であり、
前記式（１９）中、
Ｘ１は、Ｓであり、
Ｒ１からＲ１０は、水素原子であり、
Ｒ１１およびＲ１２のうち、一方は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基であり、他方は、メチル基である、［１６］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［１８］
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（１９）で表される原子団であり、
前記式（１９）中、
Ｘ１は、Ｓであり、
Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ９およびＲ１０は、水素原子であり、
Ｒ２、Ｒ３およびＲ１２は、メチル基であり、
Ｒ８は、ハロゲン原子であり、
Ｒ１１は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基である、［１６］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［１９］
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（７）で表される原子団であり、
前記式（７）中、
Ｘ１は、Ｓであり、
ｎは、１であり、
Ｒ１からＲ１０、Ｒ１５、Ｒ１６およびＲ１７は、水素原子であり、
Ｒ１１は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基であり、
Ｒ１２は、メチル基である、［１３］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［２０］
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、下記の各化学式のいずれかで表される原子団である、［９］から［１２］のいずれかに記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１Ｚ】
2014038561.tif 000016
【化２Ｚ】
2014038561.tif 000017
【化３Ｚ】
2014038561.tif 000018
【化４Ｚ】
2014038561.tif 000019
【化５Ｚ】
2014038561.tif 000020
【化６Ｚ】
2014038561.tif 000021
上記各化学式中、波線は、その位置でＬ１またはＬ２に結合していることを表し、
ｎは、正の整数である。
［２１］
前記リンカー長ｎが２〜６の範囲である、［２０］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［２２］
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、下記の各化学式のいずれかで表される原子団である、［９］または［１０］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｂｉｏ】
2014038561.tif 000022
【化Ｃｙ５】
2014038561.tif 000023
上記各化学式中、波線は、その位置でＬ１またはＬ２に結合していることを表し、
Ｃｙ５は、シアニン色素Ｃｙ５から誘導される基である。
［２３］
前記式（Ｉａ）で表される構造が、下記式（Ｉａ−１）で表される構造であり、
前記式（Ｉｂ）で表される構造が、下記式（Ｉｂ−１）で表される構造である、
［９］から［２２］のいずれかに記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉａ−１】
2014038561.tif 000024
【化Ｉｂ−１】
2014038561.tif 000025
前記式（Ｉａ−１）および（Ｉｂ−１）中、
ｌ、ｍおよびｎ’は任意であり、同一でも異なっていても良く、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｊ、Ａ、Ｚ１１、Ｚ１２およびｂは、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）と同じである。
［２４］
前記式（Ｉａ−１）および（Ｉｂ−１）中、
ｌ、ｍおよびｎ’が、それぞれ、２以上の整数である、［２３］記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［２５］
下記化学式（Ｉ−２）で表される構造を少なくとも一つ含む核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉ−２】
2014038561.tif 000026
前記化学式（Ｉ−２）中、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｊ、Ａ、ＬおよびＺは、それぞれ、［１］から［２３］のいずれかに記載の前記化学式（Ｉ）と同じであり、
★印は、その位置で他の原子または原子団に結合していることを表す。
［２６］
下記化学式１００１で表される［２５］記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１００１】
2014038561.tif 000027
前記化学式１００１中、★印は、前記化学式（Ｉ−２）と同じである。
［２７］
下記化学式（II）で表される構造を少なくとも一つ含む核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化ＩＩ】
2014038561.tif 000028
前記化学式（II）中、
Ｒ１、Ｒ２、Ｊ、Ａ、ＬおよびＺは、それぞれ、［１］から［２３］のいずれかに記載の化学式（Ｉ）と同じであり、
★印は、その位置で他の原子または原子団に結合していることを表し、
リン酸架橋中のＯ原子は、一つ以上が、Ｓ原子で置換されていてもよい。
［２８］
前記化学式（II）で表される構造が、下記化学式１ｂで表される構造である［２７］記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１ｂ】
2014038561.tif 000029
前記化学式１ｂ中、Ｒ１、Ｒ２、ＪおよびＡは、前記化学式（II）と同じであり、
リン酸架橋中のＯ原子は、１つ以上がＳ原子で置換されていてもよい。
［２９］
前記化学式（II）で表される構造が、下記化学式１ｃで表される構造である［２７］記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１ｃ】
2014038561.tif 000030
前記化学式１ｃ中、Ｒ１およびＲ２は、前記化学式（II）と同じであり、
リン酸架橋中のＯ原子は、１つ以上がＳ原子で置換されていてもよい。
［３０］
前記化学式（II）で表される構造が、下記化学式（IIａ）または（IIｂ）で表される構造である［２７］記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化ＩＩａ】
2014038561.tif 000031
【化ＩＩｂ】
2014038561.tif 000032
前記化学式（IIａ）および（IIｂ）中、Ｒ１、Ｒ２、ＪおよびＡは、前記化学式（II）と同じであり、
前記化学式（IIａ）中、
Ｚ１１およびＺ１２は、それぞれ、蛍光性原子団であり、同一でも異なっていてもよく、
Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、それぞれ、リンカー（架橋原子または原子団）であり、主鎖長（主鎖原子数）は任意であり、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、互いに同一でも異なっていても良く、
Ｄは、ＣＲ、Ｎ、Ｐ、Ｐ＝Ｏ、ＢもしくはＳｉＲであり、Ｒは、水素原子、アルキル基または任意の置換基であり、
ｂは、単結合、二重結合もしくは三重結合であるか、
または、Ｌ３、ｂは存在せず、Ｄがシトシン環に直接結合していてもよく、
前記化学式（IIｂ）中、
Ｚ１１およびＬ１は、前記化学式（IIａ）と同じであり、
前記化学式（IIａ）および（IIｂ）中、
リン酸架橋中のＯ原子は、一つ以上が、Ｓ原子で置換されていてもよい。
［３１］
前記式（IIａ）で表される構造が、下記式（IIａ−１）で表される構造であり、
前記式（IIｂ）で表される構造が、下記式（IIｂ−１）で表される構造である、
［３０］記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化ＩＩａ−１】
2014038561.tif 000033
【化ＩＩｂ−１】
2014038561.tif 000034
前記式（IIａ−１）および（IIｂ−１）中、
ｌ、ｍおよびｎ’は任意であり、同一でも異なっていても良く、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、
Ｒ１、Ｒ２、Ｊ、Ａ、Ｚ１１、Ｚ１２およびｂは、前記式（IIａ）および（IIｂ）と同じであり、
前記式（IIａ−１）および（IIｂ−１）において、リン酸架橋中のＯ原子は、１つ以上がＳ原子で置換されていてもよい。
［３２］
前記式（IIａ−１）および（IIｂ−１）中、
ｌ、ｍおよびｎ’は、それぞれ、２以上の整数である、［３１］記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
［３３］
下記化学式１０００で表されるヌクレオチド構造を少なくとも一つ含む、［２７］から［３２］のいずれかに記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１０００】
2014038561.tif 000035
［３４］
［１］から［２４］のいずれかに記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩を用いて製造された標識物質。
［３５］
前記標識物質が、標識モノヌクレオチド、標識オリゴヌクレオチド、標識核酸または標識核酸誘導体である［３４］記載の標識物質。
［３６］
［２７］記載の核酸を含み、前記核酸において、前記化学式（II）中のＺが標識であるか、または、
［３０］から［３３］のいずれかに記載の核酸を含む、
［３４］または［３５］記載の標識物質。
［３７］
［３４］から［３６］のいずれかに記載の標識物質を被検出物質に接触させて前記被検出物質を検出する検出方法。
［３８］
前記標識物質が、蛍光性原子団を含み、
前記蛍光性原子団が、前記被検出物質に接触すると発光または消光する蛍光性原子団であり、
前記蛍光性原子団の発光または消光により前記被検出物質を検出する［３７］記載の検出方法。
【００１８】
［本発明の化合物］
本発明者らは、修飾化DNAオリゴマーの改良法について種々検討を重ねた結果、市販のチミン誘導体以外の塩基のDNA合成用試薬を開発した。この試薬を用いることによって、ＤＮＡ合成機の中で色素などの機能分子を結合させることが可能となり、精製工程の大幅な短縮化を達成することができた。ただし、本発明の化合物は、ＤＮＡ合成用化合物に限定されず、例えば、ＲＮＡ等の他の核酸の合成用化合物も含む。
【００１９】
前記課題を解決するために、本発明者らは、市販されているチミン誘導体と同一の反応活性部位を有する核酸塩基を設計し合成した。すなわち、本発明の化合物（本発明による核酸塩基誘導体）は、前記化学式（Ｉ）で表されるように、NHS基を活性化部位として有する化合物、互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩であることを特徴とする。
【００２０】
前記化学式（Ｉ）中、Ｌの主鎖長（主鎖原子数）は、それぞれ２以上の整数であることが好ましい。Ｌの主鎖長（主鎖原子数）は、上限は特に制限されないが、例えば１００以下であり、より好ましくは３０以下であり、特に好ましくは１０以下である。なお、リンカーＬと、標識を含む原子団Ｚの構造は、特に限定されないが、例えば、後述する本発明の核酸（前記化学式（II））と同様でも良い。
【００２１】
本発明の化合物（前記化学式（Ｉ））において、前記保護基は、特に限定はされないが、各々の官能基に適した保護基を利用できる（例えば、参考文献：Protective  groups  in  organic  chemistry,  Wiley-inter  scienceを参照のこと）。本発明において、アミノ基の保護基としては、特に制限されないが、例えば、トリフルオロアセチル基、ホルミル基、Ｃ１−６アルキル−カルボニル基（例えばアセチル、エチルカルボニル等）、Ｃ１−６アルキル−スルホニル基、tert−ブチルオキシカルボニル基（以下、Ｂｏｃとも称する）、ベンジルオキシカルボニル基、アリルオキシカルボニル基、フルオレニルメチルオキシカルボニル基、アリールカルボニル基（例えばフェニルカルボニル、ナフチルカルボニル等）、アリールスルホニル基（例えばフェニルスルホニル、ナフチルスルホニル等）、Ｃ１−６アルキルオキシ−カルボニル基（例えば、メトキシカルボニル、エトキシカルボニル等）、Ｃ７−１０アラルキル−カルボニル基（例えばベンジルカルボニル等）、メチル基、アラルキル基（例えばベンジル、ジフェニルメチル、トリチル基等）、等が用いられる。これらの基は１ないし３個のハロゲン原子（例えばフッ素、塩素、臭素等）、ニトロ基等で置換されていてもよく、その具体例としては、ｐ−ニトロベンジルオキシカルボニル基、ｐ−クロロベンジルオキシカルボニル基、ｍ−クロロベンジルオキシカルボニル基、ｐ−メトキシベンジルオキシカルボニル基などが挙げられる。また、本発明において、水酸基の保護基（酸で脱保護することが可能なものを含む）としては、特に制限されないが、例えば、ジメトキシトリチル基、モノメトキシトリチル基、ピクシル基などが挙げられる。
【００２２】
前記化学式（Ｉ）において、Ｒ１およびＲ２は、別々の原子（団）でも同一の原子（団）でもよく、別々の原子（団）の場合は、それぞれ独立に水素原子、リチウム原子、ナトリウム原子、カリウム原子、ルビジウム原子、セシウム原子アルキル基、アラルキル基、アリール基、アシル基などがあげられ、同一の原子（団）の場合は、環状アルキル基、アミジン型保護基などが例示できる。または、Ｒ１およびＲ２は、一体となってアミノ基の保護基を形成しても良い。この場合の前記アミノ基の保護基としては、例えば、＝Ｃ−ＮＲ１００２で表される置換基が挙げられる。前記Ｒ１００は、それぞれ、酸素数１〜２０の直鎖若しくは分枝アルキル基であり、互いに同一でも異なっていても良い。Ｒ１００の具体例としては、例えば、ｎ−ブチル基が挙げられる。Ｒ３は水素原子、リチウム原子、ナトリウム原子、カリウム原子、ルビジウム原子、セシウム原子、アルキル基、アラルキル基、アリール基、アシル基、シリル基などが例として挙げられる。Ｒ４は水素原子、リチウム原子、ナトリウム原子、カリウム原子、ルビジウム原子、セシウム原子、アルキル基、アラルキル基、アリール基、アシル基、シリル基などが例として挙げられる。Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７およびＲ８は孤立電子対でも別々の原子（団）でも同一の原子（団）でもよく、別々の原子団の場合は、それぞれ独立に水素原子、リチウム原子、ナトリウム原子、カリウム原子、ルビジウム原子、セシウム原子、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子、アルキル基、アルコキシ基、アミノ基などが例示できる。同一の原子（団）の場合は、酸素原子、硫黄原子、セレン原子、テルル原子、環状アルキル基、アミジン型保護基、環状エーテル基、環状アミノ基などが例示できる。
【００２３】
なお、本発明において、「アルキル基」としては、特に限定されないが、例えば、炭素数１〜２０のアルキル基であり、より具体的には、メチル基、エチル基、n-プロピル基、イソプロピル基、n-ブチル基、イソブチル基、sec-ブチル基、tert-ブチル基、ペンチル基、ヘキシル基、ヘプチル基、オクチル基、ノニル基、デシル基、ウンデシル基、ドデシル基、トリデシル基、テトラデシル基、ペンタデシル基、ヘキサデシル基、ヘプタデシル基、オクタデシル基、ノナデシル基、イコシル基等が挙げられ、アルキル基を構造中に含む基（アルコキシ基、アラルキル基等）においても同様である。「アリール基」としては、特に限定されないが、例えば、炭素数５〜２４のアリール基が挙げられ、より具体的には、フェニル基、ナフチル基、トリル基、アニシル基などが挙げられる。アリール基を構造中に含む基（アラルキル基等）においても同様である。本発明において、「アラルキル基」としては、特に限定されないが、例えばベンジル基、ジフェニルメチル基、トリチル基、フェネチル基などが挙げられる。「アシル基」としては、特に限定されないが、例えば、ホルミル基、アセチル基、プロピオニル基、イソブチリル基、バレリル基、イソバレリル基、ピバロイル基、ヘキサノイル基、シクロヘキサノイル基、ベンゾイル基、エトキシカルボニル基、等が挙げられる。「アミジン型保護基」としては、特に限定されないが、例えば、ジメチルホルムアミジン基、ジエチルホルムアミジン基、ジプロピルホルムアミジン基、ジブチルホルムアミジン基などが挙げられる。「環状アルキル基」としては、特に限定されないが、環状ブチル基、環状ペンチル基などが挙げられる。「シリル基」としては、特に限定されないが、トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、Tert-ブチルジメチルシリル基、Tert-ブチルジフェニルシリル基などが挙げられる。「環状エーテル基」としては、特に限定されないが、1,2-ジオキシエチル基、1,3-ジオキシプロピル基などが挙げられる。「環状アミノ基」としては、特に限定されないが、1,2-ジアミノエチル基、1,3-ジアミノプロピル基などが挙げられる。「１７族元素」とは、任意のハロゲン元素を指すが、例えば、フッ素、塩素、臭素およびヨウ素が挙げられる。「１６族元素」とは、任意のカルコゲン元素を指すが、例えば、硫黄、セレン、テルルが挙げられる。
【００２４】
なお、本発明の化合物、ならびに前記本発明の核酸および標識物質に互変異性体または立体異性体（例：幾何異性体、配座異性体および光学異性体）等の異性体が存在する場合は、いずれの異性体も本発明に用いることができる。また、前記化合物または核酸の塩は、酸付加塩でも良いが、塩基付加塩でも良い。さらに、前記酸付加塩を形成する酸は無機酸でも有機酸でも良く、前記塩基付加塩を形成する塩基は無機塩基でも有機塩基でも良い。前記無機酸としては、特に限定されないが、例えば、硫酸、リン酸、フッ化水素酸、塩酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、次亜フッ素酸、次亜塩素酸、次亜臭素酸、次亜ヨウ素酸、亜フッ素酸、亜塩素酸、亜臭素酸、亜ヨウ素酸、フッ素酸、塩素酸、臭素酸、ヨウ素酸、過フッ素酸、過塩素酸、過臭素酸、および過ヨウ素酸等があげられる。前記有機酸も特に限定されないが、例えば、ｐ−トルエンスルホン酸、メタンスルホン酸、シュウ酸、ｐ−ブロモベンゼンスルホン酸、炭酸、コハク酸、クエン酸、安息香酸および酢酸等があげられる。前記無機塩基としては、特に限定されないが、例えば、水酸化アンモニウム、アルカリ金属水酸化物、アルカリ土類金属水酸化物、炭酸塩および炭酸水素塩等があげられ、より具体的には、例えば、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、炭酸カリウム、炭酸ナトリウム、炭酸水素ナトリウム、炭酸水素カリウム、水酸化カルシウムおよび炭酸カルシウム等があげられる。前記有機塩基も特に限定されないが、例えば、エタノールアミン、トリエチルアミンおよびトリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン等があげられる。これらの塩の製造方法も特に限定されず、例えば、前記のような酸や塩基を公知の方法により適宜付加させる等の方法で製造することができる。また、置換基等に異性体が存在する場合はどの異性体でも良く、例えば、「ナフチル基」という場合は、1-ナフチル基でも2-ナフチル基でも良い。
【００２５】
本発明の化合物は、例えば、前記化学式１で表されるNHS-カルボキシ化シトシン誘導体であっても良い。このNHS-カルボキシ化シトシン誘導体は、市販されているNHS-カルボキシ化チミン誘導体と同一の反応活性部位をもつため、反応性、安定性も同程度であり、空気中室温下での保存が可能である。このNHS-カルボキシ化シトシン誘導体の開発により、例えば、これまで合成したい修飾化DNAオリゴマーの配列内にチミンが存在しなかったために、設計できなかった種類のDNAオリゴマーの合成が可能になった。
【００２６】
本発明の化合物の製造方法は、特に限定されないが、例えば、公知の合成方法（製造方法）を適宜用いて、またはそれらを参考にしても良い。具体的には、例えば、後述の実施例に記載する合成方法により、またはそれに準じて、またはそれを参考にして本発明の化合物を製造しても良い。
【００２７】
例えば、標識を導入していない化合物（前記化学式（Ｉ）において、Ｚが、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であって、標識を含んでいない化合物）は、後述の実施例１における化合物４の合成方法に準じて、またはそれを参考にして行うことも可能である。
【００２８】
つぎに、標識を導入するための標識化合物については、例えば、下記化学式５で表される標識化合物は、下記スキーム１の化合物１０９を、トリス（２−アミノエチル）アミンの１つのアミノ基に保護基を導入した化合物と反応させて得ることができる。
【化５】
2014038561.tif 000036
【化Ｓ１】
2014038561.tif 000037
【００２９】
以下、上記スキーム１に従った上記化合物１０９の合成方法の一例を示す。なお、上記スキーム１およびそれに従った合成方法（下記）は、特許第４３７０３８５号公報に記載されている。
【００３０】
（１）N-メチルキノリニウムヨージド（化合物１１１）の合成
まず、N-メチルキノリニウムヨージド（化合物１１１）を、前記文献の記載に従って合成した。具体的には、無水ジオキサン42mL中に、キノリン2.4mLとヨウ化メチル4mLを加え、150℃で1時間撹拌した後、ろ過によって沈殿物を集め、エーテル及び石油エーテルで洗浄、乾燥し、N-メチルキノリニウムヨージド（化合物１１１）を得た。
【００３１】
（２）3-(4-カルボキシブチル)-2-メチルベンゾチアゾリウム  ブロミド（化合物１１２）の合成
8mLの2-メチルベンゾチアゾール(FW149.21,  d=1.173)と9.4gの5-ブロモ吉草酸（5-ブロモペンタン酸）(FW181.03)を110℃で16時間撹拌した。粗生成物を室温に冷却し、生じた固体をメタノール20mLに懸濁させ、さらにエーテル40mLを加えた。生じた沈殿をろ過し、ジオキサンで2-メチルベンゾチアゾールの匂いがなくなるまで洗浄し、エーテルでさらに洗浄し、減圧下で乾燥して9.8gの白色粉末を得た。この白色粉末の1HNMRを測定したところ、２位がアルキル化された目的物3-(4-カルボキシブチル)-2-メチルベンゾチアゾリウム  ブロミド（化合物１１２）と、２位がアルキル化されていない3-(4-カルボキシブチル)-ベンゾチアゾリウム  ブロミドとの混合物であった。プロトンのピーク比は、アルキル化されていないもの：アルキル化されたもの＝10：3であった。この粗生成物を、そのまま次の反応に用いた。
【００３２】
（３）1-メチル-4-[{3-(4-カルボキシブチル)-2(3H)-ベンゾチアゾリリデン}メチル]キノリニウム  ブロミド（化合物１０７）の合成
上記（２）で得られた、3-(4-カルボキシブチル)-2-メチルベンゾチアゾリウム  ブロミド（化合物１１２）を含む粗生成物2.18gと、700mgのN-メチルキノリニウムヨージド（化合物１１１）(FW271.10)を、3.6mLのトリエチルアミン(FW101.19,  d=0.726)存在下、10mLの塩化メチレン中、25℃で2時間撹拌した。その後、エーテル50mLを加え、生じた沈殿を濾取し、エーテルで洗浄し、減圧下で乾燥した。その沈殿を超純水50mLに懸濁させ、濾取し、超純水で洗浄し、減圧下で乾燥した。さらに前記沈殿をアセトニトリル50mLに懸濁させ、濾取し、アセトニトリルで洗浄し、減圧下で乾燥させて307.5mgの赤色粉末を得た(収率25.3%)。この赤色粉末が目的物（化合物１０７）であることは、1HNMRスペクトルを文献値と対比して確認した。
【００３３】
また、3-(4-カルボキシブチル)-2-メチルベンゾチアゾリウム  ブロミド（化合物１１２）および1-メチル-4-[{3-(4-カルボキシブチル)-2(3H)-ベンゾチアゾリリデン}メチル]キノリニウム  ブロミド（化合物１０７）は、以下のようにしても合成することができた。すなわち、まず、11.7mL(92mmol)の2-メチルベンゾチアゾール(FW149.21,  d=1.173)と13.7g(76mmol)の5-ブロモ吉草酸（5-ブロモペンタン酸）(FW181.03)を150℃で1時間撹拌した。粗生成物を室温に冷却し、生じた固体をメタノール50mLに懸濁させ、さらにエーテル200mLを加えた。生じた沈殿をろ過し、エーテルで洗浄し、減圧下で乾燥して19.2gの淡紫色粉末を得た。この粉末は、目的化合物１１２（3-(4-カルボキシブチル)-2-メチルベンゾチアゾリウム  ブロミド）と2-メチルベンゾチアゾリウムブロミドとの混合物であった。この混合物を1H  NMR（in  DMSO-d6）測定し、8.5ppmのピーク（目的化合物１１２由来）と、8.0ppmのピーク（2-メチルベンゾチアゾリウムブロミド由来）とのピーク面積比から、目的化合物１１２の収量を9.82g(14mmol,  32%)と算出した。この混合物（粗生成物）は、精製せずに次の反応に使用した。なお、5-ブロモ吉草酸（5-ブロモペンタン酸）を4-ブロモ酪酸（4-ブロモブタン酸）に変える以外は同様の方法でリンカー（カルボキシル基に連結したポリメチレン鎖）の炭素数ｎ＝３の3-(4-カルボキシプロピル)-2-メチルベンゾチアゾリウム  ブロミドを合成したところ、収率４％で得られた。また、5-ブロモ吉草酸（5-ブロモペンタン酸）を6-ブロモヘキサン酸に変える以外は同様の方法でリンカー（カルボキシル基に連結したポリメチレン鎖）の炭素数ｎ＝５の3-(4-カルボキシペンチル)-2-メチルベンゾチアゾリウム  ブロミドを合成したところ、収率３５％で得られた。さらに、5-ブロモ吉草酸（5-ブロモペンタン酸）を7-ブロモヘプタン酸に変える以外は同様の方法でリンカー（カルボキシル基に連結したポリメチレン鎖）の炭素数ｎ＝６の3-(4-カルボキシプロピル)-2-メチルベンゾチアゾリウム  ブロミドを合成したところ、収率２２％で得られた。
【００３４】
次に、化合物１１２（3-(4-カルボキシブチル)-2-メチルベンゾチアゾリウム  ブロミド）と2-メチルベンゾチアゾリウムブロミドとを含む前記混合物（粗生成物）3.24gに、1.36g(5.0mmol)のN-メチルキノリニウム  ヨージド（化合物１１１）(FW271.10)、7.0mL(50mmol)のトリエチルアミン(FW101.19,  d=0.726)、および100mLの塩化メチレンを加え、透明な溶液を得た。この溶液を、25℃で16時間攪拌した。その後、溶媒を減圧留去した。残渣にアセトン（200mL）を加え、得られた沈殿を濾取し、アセトンで洗浄した。そうして得られた残渣を減圧乾燥し、乾燥後の赤色残渣を蒸留水（50mL）で洗浄した。これをさらに濾取し、蒸留水で洗浄し、減圧下で乾燥させて、目的物（化合物１０７）を赤色粉末として得た(654mg,  1.39mmol,  28%)この赤色粉末が目的物（化合物１０７）であることは、1HNMRスペクトルを文献値と対比して確認した。以下に、1HNMRおよび13CNMR(DMSO-d6)のピーク値と、HRMS(ESI)の測定値を示す。
【００３５】
化合物１０７：1HNMR(DMSO-d6):δ  8.74(d,  J=8.3Hz,  1H),  8.51(d,  J=7.3Hz,  1H),  7.94-7.89(m,  3H),  7.74-7.70(m,  1H),  7.65(d,  J=8.3Hz,  1H),  7.55-7.51(m,  1H),  7.36-7.32(m,  1H),  7.21(d,  J=7.3Hz,  1H),  6.83(s,  1H),  4.47(t,  J=7.1Hz,  2H),  4.07(s,  3H),  2.22(t,  J=6.6Hz,  1H),  1.77-1.63(m,  4H);  13CNMR(DMSO-d6,  60℃)  δ  174.6,  158.8,  148.4,  144.5,  139.5,  137.6,  132.7,  127.9,  126.8,  125.5,  124.1,  123.7,  123.6,  122.4,  117.5,  112.6,  107.6,  87.4,  45.6,  42.0,  35.5,  26.2,  22.3;  HRMS  (ESI)  calcd  for  C23H23N2O2S  ([M.Br]+)  391.1480,  found  391.1475.
【００３６】
（４）N-ヒドロキシスクシンイミジルエステル１０９の合成
9.4mg（20μmol）の1-メチル-4-[{3-(4-カルボキシブチル)-2(3H)-ベンゾチアゾリリデン}メチル]キノリニウム  ブロミド（化合物１０７）(FW471.41)、4.6mg（40μmol）のN-ヒドロキシコハク酸イミド（化合物１０８）(FW115.09)、および7.6mg（40μmol）のEDC（1-エチル-3-（3-ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩）(FW191.70)を、1mLのDMF中において25℃で16時間撹拌し、色素（化合物１０７）のカルボキシ基が活性化されたN-ヒドロキシスクシンイミジルエステル（化合物１０９）を得た。この反応生成物は、精製せず、反応溶液(色素20mM)をそのまま次の反応に用いた。
【００３７】
なお、前記化学式５で表される化合物は、前述のとおり、化合物１０９とトリス（２−アミノエチル）アミンの１つのアミノ基に保護基を導入した化合物とを反応させて得ることができる。より具体的には、例えば、後述の実施例のように、DMF（ジメチルホルムアミド）中において室温で反応させても良いが、これには限定されない。
【００３８】
また、本発明の化合物に対する標識の導入は、例えば、標識を導入していない化合物（前記化学式（Ｉ）において、Ｚが、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であって、標識を含んでいない化合物）を、標識化合物（例えば、前記化学式５で表される化合物）と反応させて得ることができる。具体的には、例えば、前記標識化合物、Na2CO3/NaHCO3  bufferおよび水を混合し、さらに、前記標識を導入していない化合物のDMF溶液を加えて混合し、室温で静置して反応させて得ることができる。また、例えば、前記標識を導入していない化合物を、標識化合物と、核酸自動合成機内で反応させて標識を導入することもできる。前記核酸自動合成機内での反応条件は、例えば、核酸自動合成機内で行う通常の反応（例えば、ホスホロアミダイト法によるヌクレオチドの重合）と同様の条件でも良い。本発明の化合物は、シトシン誘導体であることにより、例えばこのように、核酸自動合成機内での反応により簡便に標識を導入できるという効果がある。ただし、この効果は例示であり、本発明を何ら限定しない。
【００３９】
［本発明の核酸および標識物質］
本発明の核酸は、前述のとおり、前記化学式（II）で表される構造を少なくとも一つ含む核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩である。
【００４０】
前記化学式（II）中、Ｌの主鎖長（主鎖原子数）は、それぞれ２以上の整数であることが好ましい。Ｌの主鎖長（主鎖原子数）は、上限は特に制限されないが、例えば１００以下であり、より好ましくは３０以下であり、特に好ましくは１０以下である。
【００４１】
本発明の核酸を標識物質等に用いる観点からは、前記化学式（II）で表される構造が、下記化学式（IIａ）または（IIｂ）で表される構造であることた好ましい。
【００４２】
前記化学式（IIａ）および（IIｂ）中、Ｌ１、Ｌ２およびＬ３の主鎖長（主鎖原子数）は、それぞれ２以上の整数であることが好ましい。Ｌ１、Ｌ２およびＬ３の主鎖長（主鎖原子数）は、上限は特に制限されないが、例えば１００以下であり、より好ましくは３０以下であり、特に好ましくは１０以下である。
【００４３】
Ｚ１１およびＺ１２は、エキシトン効果を示す蛍光性原子団であることが好ましい。これにより、ターゲット配列と結合したときの蛍光色素周りの環境変化、例えば、二重らせん構造となったときの蛍光の増大が大きく、ターゲット配列をいっそう効果的に検出することができる。
【００４４】
Ｚ１１およびＺ１２において、前記エキシトン効果を示す蛍光性原子団は、特に制限されない。Ｚ１１およびＺ１２は、例えば、それぞれ独立に、チアゾールオレンジ、オキサゾールイエロー、シアニン、ヘミシアニン、その他のシアニン色素、メチルレッド、アゾ色素またはそれらの誘導体から誘導される基であることがより好ましい。また、その他の公知の色素から誘導される基も、適宜用いることができる。DNA等の核酸に結合することによって蛍光強度を変化させる蛍光色素は、数多く報告されている。典型的な例では、エチジウムブロミドがDNAの二重らせん構造にインターカレーションして強い蛍光を示すことが知られており、DNA検出に多用されている。また、ピレンカルボキシアミドやプロダンのような微視的極性に応じて蛍光強度を制御できる蛍光色素も知られている。また、前記チアゾールオレンジは、ベンゾチアゾール環とキノリン環をメチン基で連結した蛍光色素であり、通常微弱な蛍光を示すが、二重らせん構造をもつDNAにインターカレーションすることによって強い蛍光発光を与えるようになる。その他、例えば、フルオレセインやCy3等の色素も挙げられる。
【００４５】
Ｚ１１およびＺ１２は、それぞれ独立に、前記式（７）から（９）のいずれかで表される原子団であることがより好ましい。
【００４６】
前記式（７）〜（９）中、Ｒ１〜Ｒ２１において、前記低級アルキル基が、炭素数１〜６の直鎖または分枝アルキル基であり、前記低級アルコキシ基が、炭素数１〜６の直鎖または分枝アルコキシ基であることがさらに好ましい。
【００４７】
前記式（７）〜（９）中、Ｒ１１およびＲ１２において、前記連結基が、炭素数２以上のポリメチレンカルボニル基であり、カルボニル基部分で前記式（IIａ）または（IIｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合することがさらに好ましい。前記ポリメチレンカルボニル基の炭素数は、その上限は特に制限されないが、例えば１００以下、好ましくは５０以下、より好ましくは３０以下、特に好ましくは１０以下である。
【００４８】
また、前記式（IIａ）で表される構造が、前記式（IIａ−１）で表される構造であり、前記式（IIｂ）で表される構造が、前記式（IIｂ−１）で表される構造であることがより好ましい。前記式（IIａ−１）および（IIｂ−１）中、ｌ、ｍおよびｎ’が、それぞれ、２以上の整数であることが好ましい。ｌ、ｍおよびｎの上限は特に制限されないが、例えば１００以下であり、より好ましくは３０以下であり、特に好ましくは１０以下である。
【００４９】
本発明の核酸の製造方法は、特に限定されないが、例えば、前記化学式（Ｉ）で表される本発明の化合物を用いて合成（製造）できる。具体的な製造方法は、特に限定されないが、例えば、公知の合成方法（製造方法）を適宜用いて、またはそれらを参考にしても良い。本発明の化合物から核酸を合成するためには、例えば、ＤＮＡ自動合成機等を用い、ホスホロアミダイト法等の公知の方法により合成しても良い。また、核酸を標識するためには、例えば、標識を有する化合物と、前記化学式（Ｉ）で表される本発明の化合物に由来するＮＣＳ基とを反応させても良い。より具体的には、例えば、ＮＣＳ基で活性化されたカルボニル基（前記化学式１、１ａ、１ｂまたは１ｃ）を、標識を有するアミノ化合物と反応させても良い。前記標識としては、例えば、前述のとおり、蛍光性原子団（好ましくは、エキシトン効果を示す蛍光性原子団）が挙げられる。また、前記標識と前記ＮＣＳとを反応させる工程は、重合（核酸合成）の前でもよいし、後でもよい。例えば、合成工程で標識部分がダメージを受けることを防止する観点から、重合（核酸合成）の後に標識を導入しても良い。しかしながら、後述の実施例のように、重合（核酸合成）の前に標識を導入しても良い。前記化学式（Ｉ）で表される本発明の化合物は、シトシン誘導体であるため、例えば、重合（核酸合成）の前に標識を導入しても、合成工程で標識部分がダメージを受けにくいという効果がある。また、例えば、前述のとおり、前記標識を導入していない化合物を、標識化合物と、核酸自動合成機内で反応させて標識を導入した後に、引き続き前記核酸自動合成機内で重合（核酸合成）を行っても良い。このようにすれば、標識の導入および重合（核酸合成）を、核酸自動合成機という１つの容器で（１ポットで）行うことができるため、合成がきわめて簡便であるという効果がある。前記化学式（Ｉ）で表される本発明の化合物は、シトシン誘導体であることにより、例えば、反応性に優れているため、前述の効果が得られる。ただし、これらの効果については、例示であり、本発明を何ら限定しない。
【００５０】
標識としては、前述の通り、特に制限されず、任意の蛍光性原子団（色素）等が使用可能であるが、例えば、シアニン色素が好ましく、チアゾールオレンジが特に好ましい。シアニン色素は、例えば、ヘテロ原子を有する２つの複素環がメチンリンカーで結ばれた化学構造をしている。複素環の種類やメチンリンカーの長さを変えること、または複素環への置換基導入などにより、さまざまな励起・発光波長の蛍光色素を合成することが可能である。また、DNA導入のためのリンカー導入も比較的容易である。なお、チアゾールオレンジは水中でほとんど蛍光を出さないが、DNAまたはRNAと相互作用することにより強い蛍光を発する。核酸との相互作用により、色素分子間の相互作用が抑制されること、そして色素分子の２つの複素環の間のメチンリンカー周りの回転が抑制されることが蛍光強度の増加につながると考えられている。なお、チアゾールオレンジ色素の使用方法については、良く知られているが、例えば、H.  S.  Rye,  M.  A.  Quesada,  K.  Peck,  R.  A.  Mathies  and  A.  N.  Glazer,  High-sensitivity  two-color  detection  of  double-stranded  DNA  with  a  confocal  fluorescence  gel  scanner  using  ethidium  homodimer  and  thiazole  orange,  Nucleic  Acids  Res.,  1991,  19,  327-33；及びL.  G.  Lee,  C.  H.  Chen  and  L.  A.  Chiu,  Thiazole  orange:  a  new  dye  for  reticulocyte  analysis,  Cytometry,  1986,  7,  508-17を参照して用いることができる。
【００５１】
本発明の核酸は、より具体的には、例えば、後述の実施例に記載する合成方法により、またはそれに準じて、またはそれを参考にして製造しても良い。
【００５２】
本発明の核酸誘導体を用いて合成した標識物質は、前記本発明の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩を用いて製造された標識物質であり、具体的には、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ（ペプチド核酸）やＬＮＡ（ロックト核酸）のような人工核酸などであるが、より具体的には、標識モノヌクレオチド、標識オリゴヌクレオチド、標識核酸または標識核酸誘導体が例示できる。
【００５３】
本発明の標識物質が標識核酸である場合、核酸プローブや核酸プライマーの形態で核酸検出や増幅確認に好適に用いることができる。
【実施例】
【００５４】
以下、本発明の実施例について説明する。以下の実施例では、本発明の核酸誘導体およびそれを用いた標識物質の合成例を示し、また、本発明の標識物質のエキシトンオリゴマーとしての利用例を示す。ただし、本発明は、以下の実施例により、なんら制限および限定されない。【００５５】
［実施例１］
下記スキーム２に従い、核酸誘導体２（下記化学式２）から、下記化学式４で表される核酸誘導体４（本発明の化合物）を合成した。
【化Ｓ２】
2014038561.tif 000038
【００５６】
原料となる核酸誘導体２（式２）は既に報告されている（公知である）ため（文献名：Tetrahedron  Letters  2009,  50,  7191）、これらを参照して合成を行った。DNA合成機はH-8  DNA合成機（日本テクノサービス）、HPLCはLC-20シリーズ（島津製作所）、MALDI-TOF-MASSはmicroflex（ブルカーダルトニクス）を用いた。【００５７】
（核酸誘導体３（式３）の合成）
300mlシュレンクフラスコに核酸誘導体２(1.31g,  3.0mmol)を入れ、窒素置換後、脱水ピリジンを100ml、モレキュラーシーブス  3A  3.0gを加え、氷浴下２時間半攪拌した。4,4’-ジメトキシトリチルクロライド(1.52g,  4.50mmol)、4-ジメチルアミノピリジン(0.062g,  0.51mmol)を入れ、室温下14時間撹拌した。溶媒を減圧濃縮後、シリカゲルカラムクロマトグラフィー（溶出液、メタノール:塩化メチレン=1:10）で精製し、溶媒を減圧留去することにより、目的物の核酸誘導体３（式３）を白色の固体として得た（1.30g、収率59%）。以下に、核酸誘導体３（式３）の機器分析値を示す。【００５８】
核酸誘導体３（式３）：
1H  NMR(270MHz,  CD3OD-d4)  δ  8.69(s,  1H),  8.17(s,  1H),  7.46-7.11(m,  10H),  6.80-6.75(m,  4H),  6.52(d,  J=13.5Hz,  1H),  6.13(t,  J=8.1Hz,  1H),  4.32(m,  1H),  4.11(m,  1H),  3.70(s,  6H),  3.58(t,  J=8.1Hz,  2H),  3.44(t,  J=8.1Hz,  2H),  3.27(t,  J=5.4Hz,  2H),  2.56-2.42(m,  1H),  2.32-2.18(m,  1H),  1.72-1.58(m,  4H),  1.42-1.23(m,  4H),  0.97-0.89(m,  6H)【００５９】
（核酸誘導体４（式４）の合成）
300mlシュレンクフラスコに核酸誘導体３(1.10g,  3.0mmol)を入れ、窒素置換後、脱水アセトニトリルを200ml、モレキュラーシーブス  3A  4.0gを加え、氷浴下２時間攪拌した。N-ヒドロキシこはく酸イミド(0.240g,  2.09mmol)、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド  ハイドロクロライド(0.432g,  2.20mmol)を加え、22時間撹拌した。反応溶液をろ過後、減圧濃縮し、残渣に塩化メチレン100mlと飽和食塩水50mlを加え、溶液を300ml分液漏斗に移し、有機層を洗浄した。飽和食塩水50mlによる洗浄を５回繰り返した後、有機層を分離し、硫酸マグネシウムを加え、静置した。硫酸マグネシウムをろ過した後、溶媒を減圧留去することにより、目的物である核酸誘導体４（式４）を白色の固体として得た（1.05g、収率84%）。以下に、核酸誘導体４（式４）の機器分析値を示す。【００６０】
核酸誘導体４（式４）：
1H  NMR(270MHz,  CD3OD-d4)  δ  8.66(s,  1H),  8.19(s,  1H),  7.38(d,  J=13.5Hz,  1H),  7.28-7.04(m,  9H),  6.89(d,  J=13.5Hz,  1H),  6.71-6.67(m,  4H),  6.05(t,  J=8.1Hz,  1H),  4.32(m,  1H),  4.11(m,  1H),  3.70(s,  6H),  3.52(t,  J=8.1Hz,  2H),  3.28(t,  J=8.1Hz,  2H),  3.18(t,  J=5.4Hz,  2H),  2.70(s,  4H),  2.56-2.45(m,  1H),  2.28-2.18(m,  1H),  1.65-1.55(m,  4H),  1.29-1.16(m,  4H),  0.88-0.79(m,  6H)【００６１】
［実施例２：修飾化DNAオリゴマーの合成］
本実施例において、DNA合成機はH-8  DNA合成機（日本テクノサービスの商品名）、HPLCはLC-20シリーズ（島津製作所の商品名）、MALDI-TOF-MASSはmicroflex（ブルカーダルトニクスの商品名）を用いた。【００６２】
まず、修飾化DNAオリゴマーの原料となるTO2-Diamide（前記化学式５で表される化合物）は、下記スキーム３に従って合成した。
【化Ｓ３】
2014038561.tif 000039
【００６３】
前記スキーム３において、原料となるMono-N-Boc-DiamineとTOは、公知化合物であるため、既に報告されている方法を参照して合成を行った。なお、TOは、前記スキーム１で合成した化合物１０７と同一の化合物である。また、前記スキーム３中、置換基「Boc」は、ｔｅｒｔ−ブトキシカルボニル基を表す。【００６４】
（Mono-N-Boc-TO2-diamideの合成）
50mlナスフラスコにTO(0.763g,  1.62mmol)、DMFを7.0ml、HOBt(0.243g,  1.80mmol)、HBTU(0.521g,  1.62mmol)を入れ窒素置換をしたのち２５分間室温で撹拌した。この溶液にMono-N-Boc-Diamine(0.186g,  0.755mmol)の3mlのDMF溶液を加え９５分間室温で撹拌した。この溶液を100mlのエーテルに滴下し、生じた沈殿を遠心分離により回収した。この沈殿を逆相（RP-18）のフラッシュクロマトグラフィー（溶出液、MeOH:0.1%  TFA=50:50-60:40、グラジエント）で精製し、溶媒を減圧留去することにより、目的物のMono-N-Boc-TO2-diamideを、赤橙色の固体として得た（0.584g、収率67%）。以下に、Mono-N-Boc-TO2-diamideの機器分析値を示す。【００６５】
Mono-N-Boc-TO2-diamide：
1H  NMR  (270  MHz,  DMSO-d6)  δ  8.67(d,  J=8.1Hz,  2H),  8.56(d,  J=8.1Hz,  2H),  8.2-7.91(m,  10H),  7.74-7.65(m,  4H),  7.55(t,  J=8.1Hz,  2H),  7.37(t,  J=8.1Hz,  2H),  7.31(d,  J=8.1Hz,  2H),  6.84(s,  2H),  4.61-4.51(m,  4H),  4.14(s,  6H),  3.23-3.13(m,  4H),  2.35-2.24(m,  4H),  1.85-1.64(m,  8H),  1.33(s,  9H);
MS(ESI)  m/z  496(M2+),  446(M2+  -Boc)【００６６】
（TO2-diamide（化合物５）の合成）
30mlナスフラスコにMono-N-Boc-TO2-diamide(0.220g,  191μmol)、アセトニトリルを3.0ml、トリフルオロ酢酸を3.0mlを入れ３０分間室温で撹拌した。溶媒を減圧留去した後、トリエチルアミン2mlを加え、さらにこれを減圧留去した。残渣を逆相（RP-18）のフラッシュクロマトグラフィー（溶出液、  MeOH:0.1%  TFA=40:60-60:40、グラジエント）で精製し、溶媒を減圧留去することにより、目的物のTO2-diamide（化合物５）を、赤橙色の固体として得た（0.139g、収率69%）。以下に、TO2-diamide（化合物５）の機器分析値を示す。【００６７】
TO2-diamide（化合物５）：
1H  NMR(270MHz,  DMSO-d6)  δ  8.67(d,  J=8.1Hz,  2H),  8.53(d,  J=8.1Hz,  2H),  8.0-7.80(m,  10H),  7.72-7.63(m,  4H),  7.53(t,  J=8.1Hz,  2H),  7.36(t,  J=8.1Hz,  2H),  7.27(d,  J=8.1Hz,  2H),  6.81(s,  2H),  4.55-4.48(m,  4H),  4.12(s,  6H),  3.10-2.95(m,  4H),  2.35-2.24(m,  4H),  2.23-2.15(br,  2H)  1.83-1.66(m,  8H);  MS(ESI)  m/z  446(M2+)【００６８】
つぎに、修飾化DNAオリゴマー（本発明の核酸）の合成は、従来通りのアミダイト法により行った。すなわち、まず、前記実施例１で述べたとおり目的の位置にNHS-Carboxy-dCを導入した直後（前記化学式４）に、TO2-Diamide（前記化学式５）を、ＤＮＡ自動合成機内で反応させた。前記ＤＮＡ自動合成機内における前記化合物４および５の反応は、ＤＮＡ自動合成機で行う通常の反応（すなわち、ヌクレオチドの、アミダイト法による重合）と同様の反応条件で行った。さらにＤＮＡ自動合成機による反応を継続し、ヌクレオチドを重合させてオリゴヌクレオチドを合成した。CPGからの切り出しおよび脱保護は28%アンモニア水中で55℃で4時間かけて行った。精製は逆相（R-18）カラムを装備したHPLCで行った。目的配列（下記配列番号１）の確認は、MALDI-TOF-MASSで行った。測定結果は以下の通りである。【００６９】
5’-GAGTGCcTTGACGATAC-3’（配列番号１）,  Calcd.  6156.61,  Obs.6158.3  
上記配列番号１の配列中、「c（アルファベット小文字のｃ）」は、標識されたシトシン誘導体を示し、下記化学式１０００で表される。
【化１０００】
2014038561.tif 000040
【００７０】
［実施例３：核酸等温増幅法での修飾化DNAオリゴマーの性能］
既知の核酸等温増幅法であるSmartAmp法（NATURE  METHODS  (2007)  VOL.4  NO.3  p257、特許第3897805号）において、チミン塩基上に蛍光色素を修飾したDNAオリゴマー（下記配列番号２）と、シチジン塩基上に修飾したDNAオリゴマー（前記配列番号１）の性能比較を行った（図１参照）。なお、下記配列番号２は、シチジン塩基に代えてチミン塩基が蛍光色素で修飾されている以外は、前記配列番号１と同じである。下記配列番号２中、小文字のｔが、蛍光色素で修飾されたチミン塩基である。また、前記蛍光色素で修飾されたチミン塩基は、下記化学式１１０で表される。
5’-GAGTGCCTtGACGATAC-3’（配列番号２）
【化１１０】
2014038561.tif 000041
【００７１】
図１に、前記SmartAmp法による核酸増幅の結果を示す。図示のとおり、チミン塩基上に蛍光色素を修飾したDNAオリゴマー（前記配列番号２）と、シチジン塩基上に修飾したDNAオリゴマー（前記配列番号１）のどちらのDNAオリゴマーも、16分前後から増幅のシグナルが確認でき、同程度の性能を持つことが示された。
【産業上の利用可能性】
【００７２】
以上のとおり、本発明の化合物は、チミン誘導体ではなくシトシン誘導体であるため、チミン誘導体以外の核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ等）の合成試薬として使用可能であり、修飾化核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ等）オリゴマー配列設計の制限を緩和することができる。さらに、本発明によれば、前記本発明の化合物を用いて製造可能な核酸、標識物質、および前記標識物質を用いた検出方法を提供することができる。さらに、本発明の化合物の用途は、前記用途に限定されず、広範な用途に適用可能である。
【図１】
2014038561.tif 000074
【配列表】
2014038561000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成28年4月27日(2016.4.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記化学式（Ｉ）で表されることを特徴とする化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉ】
2014038561.tif 000075
前記化学式（Ｉ）中、
Ｒ１およびＲ２は、それぞれ、１族元素もしくはアミノ基の保護基であり、同一でも異なっていても良いか、または、Ｒ１およびＲ２は、一体となってアミノ基の保護基を形成しても良く、
Ｒ３は、水酸基の保護基であり、
Ｒ４は、−ＰＲ５Ｒ６Ｒ７Ｒ８（Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８は、それぞれ、１族元素、孤立電子対、１６族元素、１７族元素またはリン原子の保護基であり、同一でも異なっていても良い）であり、
Ｊは、水素原子または任意の原子団であり、
Ａは、水素原子、水酸基、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、電子吸引基、もしくはシリレン基、スルフィド基であるか、または、
ＪおよびＡは、一体となってリンカーを形成しても良く、
Ｌは、単結合またはリンカー（架橋原子または原子団）であり、前記リンカーは、主鎖長（主鎖原子数）は任意であり、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、
Ｚは、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であるか、または、標識を含む原子もしくは原子団であり、
前記標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団は、エステル基もしくはカルボニル基を含む原子団であるか、またはカルボン酸ハライド基（ハロカルボニル基）である。
【請求項２】
前記化学式（Ｉ）中、
Ｚが、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であり、
前記標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団が、下記化学式（ＮＨＳＥ）で表されるＮ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル基である請求項１記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化ＮＨＳＥ】
2014038561.tif 000076
前記化学式（ＮＨＳＥ）中、波線は、その位置でＬに結合していることを表す。
【請求項３】
前記化学式（Ｉ）中、Ｌが、（−ＣＨ＝ＣＨ−）、または（−Ｃ≡Ｃ−）である請求項１または２記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項４】
前記化学式（Ｉ）中、
Ｊが、水素原子、アルキル基、アルコキシ基、アミノ基、スルフィル基、もしくはシリル基であり、前記アルキル基およびアルコキシ基の主鎖炭素原子は、それぞれ、炭素原子に代えてＮ、Ｏ、Ｓ、ＰもしくはＳｉであっても良く、Ａが、水素原子、水酸基、アルキル基、アラルキル基、アルコキシ基、電子吸引基、もしくはシリレン基、スルフィド基であるか、
または、
ＪおよびＡが一体となってリンカーを形成し、ＪおよびＡが、それぞれ、ＣＨ２、ＮＨ、Ｏ、またはＳであり、同一でも異なっていても良い、請求項１から３のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項５】
前記化学式（Ｉ）中、Ａにおいて、前記アルキル基が、メチル基、エチル基、プロピル基、ブチル基、ペンチル基、またはへキシル基であり、前記アラルキル基が、ベンジル基であり、前記アルコキシ基が、メトキシ基であり、前記電子吸引基が、ハロゲン、トリフルオロメチル基、またはフルオロアルキル基である請求項１から４のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項６】
前記化学式（Ｉ）で表される構造が、下記化学式１ａで表される構造である請求項１から５のいずれか一項に化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１ａ】
2014038561.tif 000077
前記化学式１ａ中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、ＪおよびＡは、前記化学式（Ｉ）と同じである。
【請求項７】
前記化学式（Ｉ）で表される構造が、下記化学式１で表される構造である請求項１から５のいずれか一項に化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１】
2014038561.tif 000078
前記化学式１中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４は、前記化学式（Ｉ）と同じである。
【請求項８】
前記化学式（Ｉ）で表される構造が、下記化学式（Ｉａ）または（Ｉｂ）で表される構造である請求項１から７のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉａ】
2014038561.tif 000079
【化Ｉｂ】
2014038561.tif 000080
前記化学式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、ＪおよびＡは、前記化学式（Ｉ）と同じであり、
前記化学式（Ｉａ）中、
Ｚ１１およびＺ１２は、それぞれ、蛍光性原子団であり、同一でも異なっていてもよく、
Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、それぞれ、リンカー（架橋原子または原子団）であり、主鎖長（主鎖原子数）は任意であり、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、Ｌ１、Ｌ２およびＬ３は、互いに同一でも異なっていても良く、
Ｄは、ＣＲ、Ｎ、Ｐ、Ｐ＝Ｏ、ＢもしくはＳｉＲであり、Ｒは、水素原子、アルキル基または任意の置換基であり、
ｂは、単結合、二重結合もしくは三重結合であるか、
または、Ｌ３、ｂは存在せず、Ｄがシトシン環に直接結合していてもよく、
前記化学式（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＬ１は、前記化学式（Ｉａ）と同じである。
【請求項９】
前記化学式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｌ１、Ｌ２およびＬ３の主鎖長（主鎖原子数）が、それぞれ２以上の整数である、請求項８記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１０】
前記化学式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、Ｚ１１およびＺ１２が、エキシトン効果を示す蛍光性原子団である請求項８または９記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１１】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、チアゾールオレンジ、オキサゾールイエロー、シアニン、ヘミシアニン、Ｃｙ５、その他のシアニン色素、メチルレッド、アゾ色素、ビオチン、またはそれらの誘導体から誘導される基である、請求項８から１０のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１２】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、下記式（７）から（９）のいずれかで表される原子団である、請求項８から１１のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化７】
2014038561.tif 000081
【化８】
2014038561.tif 000082
【化９】
2014038561.tif 000083
前記式（７）〜（９）中、
Ｘ１およびＸ２は、Ｓ、ＯまたはＳｅであり、
ｎ’’は、０または正の整数であり、
Ｒ１〜Ｒ１０、Ｒ１３〜Ｒ２１は、それぞれ独立に、水素原子、ハロゲン原子、低級アルキル基、低級アルコキシ基、ニトロ基、またはアミノ基であり、
Ｒ１１およびＲ１２のうち、一方は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基であり、他方は、水素原子または低級アルキル基であり、
Ｒ１５は、前記式（７）、（８）または（９）中に複数存在する場合は、同一でも異なっていても良く、
Ｒ１６は、前記式（７）、（８）または（９）中に複数存在する場合は、同一でも異なっていても良く、
Ｚ１１中のＸ１、Ｘ２およびＲ１〜Ｒ２１と、Ｚ１２中のＸ１、Ｘ２およびＲ１〜Ｒ２１とは、互いに同一でも異なっていてもよい。
【請求項１３】
前記式（７）〜（９）中、
Ｒ１〜Ｒ２１において、前記低級アルキル基が、炭素数１〜６の直鎖または分枝アルキル基であり、前記低級アルコキシ基が、炭素数１〜６の直鎖または分枝アルコキシ基である、請求項１２記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１４】
前記式（７）〜（９）中、
Ｒ１１およびＲ１２において、前記連結基が、炭素数２以上のポリメチレンカルボニル基であり、カルボニル基部分で前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する、請求項１２または１３記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１５】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（７）または（８）で表される原子団であり、
前記式（７）または（８）で表されるＺ１１およびＺ１２が、下記式（１９）または（２０）で示される基である請求項１２から１４のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１９】
2014038561.tif 000084
【化２０】
2014038561.tif 000085
前記式（１９）および（２０）中、
Ｘ１、Ｒ１からＲ１０、Ｒ１３およびＲ１４、Ｒ１１ならびにＲ１２は、式（７）〜（９）と同じである。
【請求項１６】
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（１９）で表される原子団であり、
前記式（１９）中、
Ｘ１は、Ｓであり、
Ｒ１からＲ１０は、水素原子であり、
Ｒ１１およびＲ１２のうち、一方は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基であり、他方は、メチル基である、請求項１５記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１７】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（１９）で表される原子団であり、
前記式（１９）中、
Ｘ１は、Ｓであり、
Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ９およびＲ１０は、水素原子であり、
Ｒ２、Ｒ３およびＲ１２は、メチル基であり、
Ｒ８は、ハロゲン原子であり、
Ｒ１１は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基である、請求項１５記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１８】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、前記式（７）で表される原子団であり、
前記式（７）中、
Ｘ１は、Ｓであり、
ｎは、１であり、
Ｒ１からＲ１０、Ｒ１５、Ｒ１６およびＲ１７は、水素原子であり、
Ｒ１１は、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中のＬ１もしくはＬ２に結合する連結基であり、
Ｒ１２は、メチル基である、請求項１２記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項１９】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、下記の各化学式のいずれかで表される原子団である、請求項８から１１のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１Ｚ】
2014038561.tif 000086
【化２Ｚ】
2014038561.tif 000087
【化３Ｚ】
2014038561.tif 000088
【化４Ｚ】
2014038561.tif 000089
【化５Ｚ】
2014038561.tif 000090
【化６Ｚ】
2014038561.tif 000091
上記各化学式中、波線は、その位置でＬ１またはＬ２に結合していることを表し、
ｎは、正の整数である。
【請求項２０】
前記リンカー長ｎが２〜６の範囲である、請求項１９記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項２１】
前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）中、
Ｚ１１およびＺ１２が、それぞれ独立に、下記の各化学式のいずれかで表される原子団である、請求項８または９記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｂｉｏ】
2014038561.tif 000092
【化Ｃｙ５】
2014038561.tif 000093
上記各化学式中、波線は、その位置でＬ１またはＬ２に結合していることを表し、
Ｃｙ５は、シアニン色素Ｃｙ５から誘導される基である。
【請求項２２】
前記式（Ｉａ）で表される構造が、下記式（Ｉａ−１）で表される構造であり、
前記式（Ｉｂ）で表される構造が、下記式（Ｉｂ−１）で表される構造である、
請求項８から２１のいずれか一項に記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉａ−１】
2014038561.tif 000094
【化Ｉｂ−１】
2014038561.tif 000095
前記式（Ｉａ−１）および（Ｉｂ−１）中、
ｌ、ｍおよびｎ’は任意であり、同一でも異なっていても良く、主鎖中に、Ｃ、Ｎ、Ｏ、Ｓ、ＰおよびＳｉを、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、主鎖中に、単結合、二重結合、三重結合、アミド結合、エステル結合、ジスルフィド結合、イミノ基、エーテル結合、チオエーテル結合およびチオエステル結合を、それぞれ含んでいても含んでいなくても良く、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｊ、Ａ、Ｚ１１、Ｚ１２およびｂは、前記式（Ｉａ）および（Ｉｂ）と同じである。
【請求項２３】
前記式（Ｉａ−１）および（Ｉｂ−１）中、
ｌ、ｍおよびｎ’が、それぞれ、２以上の整数である、請求項２２記載の化合物、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【請求項２４】
下記化学式（Ｉ−２）で表される構造を少なくとも一つ含む核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化Ｉ−２】
2014038561.tif 000096
前記化学式（Ｉ−２）中、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｊ、Ａ、ＬおよびＺは、それぞれ、請求項１から２２のいずれか一項に記載の化学式（Ｉ）と同じであり、
★印は、その位置で他の原子または原子団に結合していることを表す。
【請求項２５】
下記化学式１００１で表される請求項２４記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１００１】
2014038561.tif 000097
前記化学式１００１中、★印は、前記化学式（Ｉ−２）と同じである。
【請求項２６】
下記化学式（II）で表される構造を少なくとも一つ含む核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化ＩＩ】
2014038561.tif 000098
前記化学式（II）中、
Ｒ１、Ｒ２、Ｊ、Ａ、ＬおよびＺは、それぞれ、請求項１から２２のいずれか一項に記載の化学式（Ｉ）と同じであり、ただし、Ｚは、標識化合物とペプチド結合を形成することのできる原子団であり、
★印は、その位置で他の原子または原子団に結合していることを表し、
リン酸架橋中のＯ原子は、一つ以上が、Ｓ原子で置換されていてもよい。
【請求項２７】
前記化学式（II）で表される構造が、下記化学式１ｂで表される構造である請求項２６記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１ｂ】
2014038561.tif 000099
前記化学式１ｂ中、Ｒ１、Ｒ２、ＪおよびＡは、前記化学式（II）と同じであり、
リン酸架橋中のＯ原子は、一つ以上が、Ｓ原子で置換されていてもよい。
【請求項２８】
前記化学式（II）で表される構造が、下記化学式１ｃで表される構造である請求項２６記載の核酸、その互変異性体もしくは立体異性体、またはそれらの塩。
【化１ｃ】
2014038561.tif 000100
前記化学式１ｃ中、Ｒ１およびＲ２は、前記化学式（II）と同じであり、
リン酸架橋中のＯ原子は、一つ以上が、Ｓ原子で置換されていてもよい。
【国際調査報告】
2014038561.tif 000101
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2014038561.tif 000103
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2014038561.tif 000106