(57)【要約】  本発明は、被検者より採取された精子からゲノムＤＮＡを抽出し、該ゲノムＤＮＡにおける、ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＧＲＢ１０、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＲＢ１、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、及びＧＮＡＳ１Ａからなる群より選択される１又は２以上の母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のメチル化の程度を測定することによって、前記被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを評価する方法を提供する。本発明によれば、被検者から採取した精子を用いて、該被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを、安全且つ正確に評価することが可能となる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程（ａ）及び（ｂ）を含むことを特徴とする、被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを評価する方法。
（ａ）前記被検者より採取された精子からゲノムＤＮＡを抽出する工程；
（ｂ）前記工程（ａ）により抽出されたゲノムＤＮＡにおける、ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＧＲＢ１０、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＲＢ１、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、及びＧＮＡＳ１Ａからなる群より選択される１又は２以上の母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化の程度を測定する工程；
【請求項２】
ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２０２５４３．１（更新日：２００１年８月１３日）として登録されているヒト第１染色体の塩基配列中の第１８４９位〜第２１９７位の領域（配列番号１）であることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項３】
ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２０２５４３．１（更新日：２００１年８月１３日）として登録されているヒト第１染色体の塩基配列中の、第１８７３位〜第１８７４位、第１８９３位〜第１８９４位、第１９００位〜第１９０１位、第１９０２位〜第１９０３位、第１９０５位〜第１９０６位、第１９１２位〜第１９１３位、第１９４７位〜第１９４８位、第１９５４位〜第１９５５位、第１９６０位〜第１９６１位、第１９９１位〜第１９９２位、第１９９７位〜第１９９８位、第２００４位〜第２００５位、第２０１４位〜第２０１５位、第２０２１位〜第２０２２位、第２０３４位〜第２０３５位、第２０３６位〜第２０３７位、第２０７２位〜第２０７３位、第２０７４位〜第２０７５位、第２０８６位〜第２０８７位、第２０９３位〜第２０９４位、第２１２０位〜第２１２１位、第２１２８位〜第２１２９位、及び第２１５０位〜第２１５１位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１又は２記載の方法。
【請求項４】
ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５２２５位〜第３５５７２位の領域（配列番号２）であることを特徴とする請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５２５８位〜第３５２５９位、第３５２６０位〜第３５２６１位、第３５２７９位〜第３５２８０位、第３５２８１位〜第３５２８２位、第３５３０３位〜第３５３０４位、第３５３０８位〜第３５３０９位、第３５３１５位〜第３５３１６位、第３５３３３位〜第３５３３４位、第３５３４２位〜第３５３４３位、第３５３４５位〜第３５３４６位、第３５３５４位〜第３５３５５位、第３５３６９位〜第３５３７０位、第３５３８７位〜第３５３８８位、第３５３９２位〜第３５３９３位、第３５４１３位〜第３５４１４位、第３５４３５位〜第３５４３６位、第３５４５２位〜第３５４５３位、第３５４７５位〜第３５４７６位、第３５４８１位〜第３５４８２位、第３５４９１位〜第３５４９２位、第３５４９７位〜第３５４９８位、第３５５０１位〜第３５５０２位、第３５５０５位〜第３５５０６位、第３５５０７位〜第３５５０８位、第３５５１６位〜第３５５１７位、第３５５２３位〜第３５５２４位、第３５５２５位〜第３５５２６位、第３５５３１位〜第３５５３２位、第３５５４４位〜第３５５４５位、及び第３５５４６位〜第３５５４７位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域において、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５３３０位のチミン残基が、シトシン残基に変異している場合、ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５２５８位〜第３５２５９位、第３５２６０位〜第３５２６１位、第３５２７９位〜第３５２８０位、第３５２８１位〜第３５２８２位、第３５３０３位〜第３５３０４位、第３５３０８位〜第３５３０９位、第３５３１５位〜第３５３１６位、第３５３２９位〜第３５３３０位、第３５３３３位〜第３５３３４位、第３５３４２位〜第３５３４３位、第３５３４５位〜第３５３４６位、第３５３５４位〜第３５３５５位、第３５３６９位〜第３５３７０位、第３５３８７位〜第３５３８８位、第３５３９２位〜第３５３９３位、第３５４１３位〜第３５４１４位、第３５４３５位〜第３５４３６位、第３５４５２位〜第３５４５３位、第３５４７５位〜第３５４７６位、第３５４８１位〜第３５４８２位、第３５４９１位〜第３５４９２位、第３５４９７位〜第３５４９８位、第３５５０１位〜第３５５０２位、第３５５０５位〜第３５５０６位、第３５５０７位〜第３５５０８位、第３５５１６位〜第３５５１７位、第３５５２３位〜第３５５２４位、第３５５２５位〜第３５５２６位、第３５５３１位〜第３５５３２位、第３５５４４位〜第３５５４５位、及び第３５５４６位〜第３５５４７位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｙ１８５０４．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第６染色体の塩基配列中の第３５０位〜第６８３位の領域（配列番号３）であることを特徴とする請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｙ１８５０４．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第６染色体の塩基配列中の第３７９位〜第３８０位、第３８４位〜第３８５位、第４０１位〜第４０２位、第４１９位〜第４２０位、第４３４位〜第４３５位、第４３８位〜第４３９位、第４５７位〜第４５８位、第４７１位〜第４７２位、第４８８位〜第４８９位、第４９８位〜第４９９位、第５１８位〜第５１９位、第５３９位〜第５４０位、第５４１位〜第５４２位、第５４９位〜第５５０位、第５６５位〜第５６６位、第５８２位〜第５８３位、第６０１位〜第６０２位、第６０９位〜第６１０位、第６１９位〜第６２０位、第６４３位〜第６４４位、及び第６４９位〜第６５０位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ００４９２０．２（更新日：２００３年１０月１５日）として登録されているヒト第７染色体の塩基配列中の第４２２２６位〜第４２４７０位の領域（配列番号４）であることを特徴とする請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ００４９２０．２（更新日：２００３年１０月１５日）として登録されているヒト第７染色体の塩基配列中の第４２２５１位〜第４２２５２位、第４２２５６位〜第４２２５７位、第４２２６４位〜第４２２６５位、第４２２７３位〜第４２２７４位、第４２２７５位〜第４２２７６位、第４２２７７位〜第４２２７８位、第４２２８４位〜第４２２８５位、第４２２８８位〜第４２２８９位、第４２２９０位〜第４２２９１位、第４２２９８位〜第４２２９９位、第４２３０５位〜第４２３０６位、第４２３１３位〜第４２３１４位、第４２３１６位〜第４２３１７位、第４２３２８位〜第４２３２９位、第４２３３５位〜第４２３３６位、第４２３３９位〜第４２３４０位、第４２３５３位〜第４２３５４位、第４２３５５位〜第４２３５６位、第４２３６１位〜第４２３６２位、第４２３６５位〜第４２３６６位、第４２３６９位〜第４２３７０位、第４２３７５位〜第４２３７６位、第４２３８８位〜第４２３８９位、第４２３９９位〜第４２４００位、第４２４０９位〜第４２４１０位、第４２４２１位〜第４２４２２位、第４２４２３位〜第４２４２４位、第４２４２９位〜第４２４３０位、第４２４３６位〜第４２４３７位、及び第４２４４０位〜第４２４４１位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１３３４６１．１０（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１０染色体の塩基配列中の第２２５３３位〜第２２７３５位の領域（配列番号５）であることを特徴とする請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１３３４６１．１０（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１０染色体の塩基配列中の第２２５５６位〜第２２５５７位、第２２５６４位〜第２２５６５位、第２２５６７位〜第２２５６８位、第２２５７１位〜第２２５７２位、第２２５７９位〜第２２５８０位、第２２５８３位〜第２２５８４位、第２２５９５位〜第２２５９６位、第２２６０１位〜第２２６０２位、第２２６０３位〜第２２６０４位、第２２６１９位〜第２２６２０位、第２２６２６位〜第２２６２７位、第２２６２８位〜第２２６２９位、第２２６３３位〜第２２６３４位、第２２６４７位〜第２２６４８位、第２２６５６位〜第２２６５７位、及び第２２６７４位〜第２２６７５位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ３９２０４８．９（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１３染色体の塩基配列中の第３０３４７位〜第３０５８７位の領域（配列番号６）であることを特徴とする請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ３９２０４８．９（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１３染色体の塩基配列中の第３０３７０位〜第３０３７１位、第３０４０３位〜第３０４０４位、第３０４２６位〜第３０４２７位、第３０４４３位〜第３０４４４位、第３０４５２位〜第３０４５３位、第３０４５５位〜第３０４５６位、第３０４６４位〜第３０４６５位、第３０４７６位〜第３０４７７位、第３０４７９位〜第３０４８０位、第３０４８７位〜第３０４８８位、第３０４９７位〜第３０４９８位、第３０５１４位〜第３０５１５位、及び第３０５５８位〜第３０５５９位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４０９５６位〜第１４１２０９位の領域（配列番号７）であることを特徴とする請求項１〜１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４０９８１位〜第１４０９８２位、第１４０９８４位〜第１４０９８５位、第１４０９８８位〜第１４０９８９位、第１４０９９２位〜第１４０９９３位、第１４０９９７位〜第１４０９９８位、第１４０９９９位〜第１４１０００位、第１４１００２位〜第１４１００３位、第１４１００９位〜第１４１０１０位、第１４１０１４位〜第１４１０１５位、第１４１０３４位〜第１４１０３５位、第１４１０５２位〜第１４１０５３位、第１４１０６３位〜第１４１０６４位、第１４１０７３位〜第１４１０７４位、第１４１０７６位〜第１４１０７７位、第１４１０８２位〜第１４１０８３位、第１４１０８７位〜第１４１０８８位、第１４１１０３位〜第１４１１０４位、第１４１１２６位〜第１４１１２７位、第１４１１３７位〜第１４１１３８位、及び第１４１１８３位〜第１４１１８４位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域において、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４１０６４位のグアニン残基が、アデニン残基に変異している場合、ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４０９８１位〜第１４０９８２位、第１４０９８４位〜第１４０９８５位、第１４０９８８位〜第１４０９８９位、第１４０９９２位〜第１４０９９３位、第１４０９９７位〜第１４０９９８位、第１４０９９９位〜第１４１０００位、第１４１００２位〜第１４１００３位、第１４１００９位〜第１４１０１０位、第１４１０１４位〜第１４１０１５位、第１４１０３４位〜第１４１０３５位、第１４１０５２位〜第１４１０５３位、第１４１０７３位〜第１４１０７４位、第１４１０７６位〜第１４１０７７位、第１４１０８２位〜第１４１０８３位、第１４１０８７位〜第１４１０８８位、第１４１１０３位〜第１４１１０４位、第１４１１２６位〜第１４１１２７位、第１４１１３７位〜第１４１１３８位、及び第１４１１８３位〜第１４１１８４位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６０９０位〜第１０６３６０位の領域（配列番号８）であることを特徴とする請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域がに含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６１１５位〜第１０６１１６位、第１０６１１７位〜第１０６１１８位、第１０６１２３位〜第１０６１２４位、第１０６１２７位〜第１０６１２８位、第１０６１２９位〜第１０６１３０位、第１０６１３８位〜第１０６１３９位、第１０６１４２位〜第１０６１４３位、第１０６１４７位〜第１０６１４８位、第１０６１４９位〜第１０６１５０位、第１０６１６８位〜第１０６１６９位、第１０６１７３位〜第１０６１７４位、第１０６１９７位〜第１０６１９８位、第１０６２０７位〜第１０６２０８位、第１０６２２０位〜第１０６２２１位、第１０６２２５位〜第１０６２２６位、第１０６２３５位〜第１０６２３６位、第１０６２４９位〜第１０６２５０位、第１０６２５９位〜第１０６２６０位、第１０６２７５位〜第１０６２７６位、第１０６２８５位〜第１０６２８６位、第１０６３０３位〜第１０６３０４位、第１０６３０７位〜第１０６３０８位、第１０６３１３位〜第１０６３１４位、第１０６３１７位〜第１０６３１８位、第１０６３２８位〜第１０６３２９位、及び第１０６３３３位〜第１０６３３４位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域において、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６２３５位のシトシン残基が、チミン残基に変異している場合、ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６１１５位〜第１０６１１６位、第１０６１１７位〜第１０６１１８位、第１０６１２３位〜第１０６１２４位、第１０６１２７位〜第１０６１２８位、第１０６１２９位〜第１０６１３０位、第１０６１３８位〜第１０６１３９位、第１０６１４２位〜第１０６１４３位、第１０６１４７位〜第１０６１４８位、第１０６１４９位〜第１０６１５０位、第１０６１６８位〜第１０６１６９位、第１０６１７３位〜第１０６１７４位、第１０６１９７位〜第１０６１９８位、第１０６２０７位〜第１０６２０８位、第１０６２２０位〜第１０６２２１位、第１０６２２５位〜第１０６２２６位、第１０６２４９位〜第１０６２５０位、第１０６２５９位〜第１０６２６０位、第１０６２７５位〜第１０６２７６位、第１０６２８５位〜第１０６２８６位、第１０６３０３位〜第１０６３０４位、第１０６３０７位〜第１０６３０８位、第１０６３１３位〜第１０６３１４位、第１０６３１７位〜第１０６３１８位、第１０６３２８位〜第１０６３２９位、及び第１０６３３３位〜第１０６３３４位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１１０１１５．３８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第２０８２０位〜第２１１４７位の領域（配列番号９）であることを特徴とする請求項１〜２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１１０１１５．３８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第２０８４４位〜第２０８４５位、第２０８７２位〜第２０８７３位、第２０８８３位〜第２０８８４位、第２０８９２位〜第２０８９３位、第２０８９８位〜第２０８９９位、第２０９０３位〜第２０９０４位、第２０９０８位〜第２０９０９位、第２０９１９位〜第２０９２０位、第２０９３９位〜第２０９４０位、第２０９４４位〜第２０９４５位、第２０９５１位〜第２０９５２位、第２０９５３位〜第２０９５４位、第２０９７２位〜第２０９７３位、第２０９７９位〜第２０９８０位、第２０９８５位〜第２０９８６位、第２０９９５位〜第２０９９６位、第２１００７位〜第２１００８位、第２１００９位〜第２１０１０位、第２１０１４位〜第２１０１５位、第２１０１８位〜第２１０１９位、第２１０２０位〜第２１０２１位、第２１０２３位〜第２１０２４位、第２１０４７位〜第２１０４８位、第２１０６４位〜第２１０６５位、第２１０８２位〜第２１０８３位、及び第２１０８６位〜第２１０８７位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜２１のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１０９６１４．２８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第６１６３３位〜第６１９０２位の領域（配列番号１０）であることを特徴とする請求項１〜２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１０９６１４．２８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第６１６５９位〜第６１６６０位、第６１６６６位〜第６１６６７位、第６１７０８位〜第６１７０９位、第６１７１９位〜第６１７２０位、第６１７５７位〜第６１７５８位、第６１７５９位〜第６１７６０位、第６１７６５位〜第６１７６６位、第６１７７８位〜第６１７７９位、第６１７８２位〜第６１７８３位、第６１７９５位〜第６１７９６位、第６１７９７位〜第６１７９８位、第６１８０４位〜第６１８０５位、第６１８０６位〜第６１８０７位、第６１８１２位〜第６１８１３位、第６１８２０位〜第６１８２１位、第６１８３０位〜第６１８３１位、第６１８３７位〜第６１８３８位、第６１８４６位〜第６１８４７位、第６１８５３位〜第６１８５４位、及び第６１８７０位〜第６１８７１位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ０３１６８１．１６（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１６１４２８位〜第１６１７５８位の領域（配列番号１１）であることを特徴とする請求項１〜２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ０３１６８１．１６（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の１６１４５４位〜第１６１４５５位、第１６１４８０位〜第１６１４８１位、第１６１４９７位〜第１６１４９８位、第１６１５１７位〜第１６１５１８位、第１６１５２３位〜第１６１５２４位、第１６１５４１位〜第１６１５４２位、第１６１５４５位〜第１６１５４６位、第１６１５５２位〜第１６１５５３位、第１６１５７１位〜第１６１５７２位、第１６１５７３位〜第１６１５７４位、第１６１５８４位〜第１６１５８５位、第１６１５９２位〜第１６１５９３位、第１６１６０３位〜第１６１６０４位、第１６１６１５位〜第１６１６１６位、第１６１６３３位〜第１６１６３４位、第１６１６４０位〜第１６１６４１位、第１６１６４７位〜第１６１６４８位、第１６１６５８位〜第１６１６５９位、第１６１６６４位〜第１６１６６５位、第１６１６７０位〜第１６１６７１位、第１６１６７９位〜第１６１６８０位、第１６１６８７位〜第１６１６８８位、第１６１６９０位〜第１６１６９１位、第１６１７００位〜第１６１７０１位、第１６１７０５位〜第１６１７０６位、第１６１７２０位〜第１６１７２１位、及び第１６１７３３位〜第１６１７３４位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜２５のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２５１７６０．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１２５７７位〜第１２８８８位の領域（配列番号１２）であることを特徴とする請求項１〜２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２５１７６０．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１２６１５位〜第１２６１６位、第１２６２０位〜第１２６２１位、第１２６２４位〜第１２６２５位、第１２６３１位〜第１２６３２位、第１２６３９位〜第１２６４０位、第１２６４６位〜第１２６４７位、第１２６５９位〜第１２６６０位、第１２６６６位〜第１２６６７位、第１２６６８位〜第１２６６９位、第１２６７０位〜第１２６７１位、第１２６９９位〜第１２７００位、第１２７０６位〜第１２７０７位、第１２７１９位〜第１２７２０位、第１２７３５位〜第１２７３６位、第１２７９２位〜第１２７９３位、第１２８０６位〜第１２８０７位、第１２８２８位〜第１２８２９位、第１２８３５位〜第１２８３６位、第１２８５９位〜第１２８６０位、及び第１２８６２位〜第１２８６３位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜２７のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２４６９８３．１（更新日：２０００年１１月２０日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１６９８位〜第１９３３位の領域（配列番号１３）であることを特徴とする請求項１〜２８のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２４６９８３．１（更新日：２０００年１１月２０日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１７２７位〜第１７２８位、第１７３４位〜第１７３５位、第１７３７位〜第１７３８位、第１７４７位〜第１７４８位、第１７４９位〜第１７５０位、第１７５７位〜第１７５８位、第１７６２位〜第１７６３位、第１７６６位〜第１７６７位、第１７６９位〜第１７７０位、第１７８２位〜第１７８３位、第１７８５位〜第１７８６位、第１７９１位〜第１７９２位、第１８０７位〜第１８０８位、第１８１１位〜第１８１２位、第１８１５位〜第１８１６位、第１８１８位〜第１８１９位、第１８３１位〜第１８３２位、第１８３６位〜第１８３７位、第１８４２位〜第１８４３位、第１８８３位〜第１８８４位、及び第１９０８位〜第１９０９位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする請求項１〜２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
インプリント異常症が、ラッセルシルバー症候群、又はベックウィズ・ヴィードマン症候群であることを特徴とする請求項１〜３０のいずれかに記載の方法。
【請求項３２】
被検者が、男性不妊症患者であることを特徴とする請求項１〜３１のいずれかに記載の方法。
【請求項３３】
工程（ｂ）において、メチル化の程度をバイサルファイトシークエンス法により測定することを特徴とする請求項１〜３２のいずれかに記載の方法。
【請求項３４】
バイサルファイトシークエンス法が、以下のｉ）〜xiii）より選択される１又は２以上のプライマーセットを用いることを特徴とする請求項３３記載の方法。
ｉ）配列番号１４及び１５に示される塩基配列からなる、ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ii）配列番号１６及び１７に示される塩基配列からなる、ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
iii）配列番号１８及び１９に示される塩基配列からなる、ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
iv）配列番号２０及び２１に示される塩基配列からなる、ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ｖ）配列番号２２及び２３に示される塩基配列からなる、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
vi）配列番号２４及び２５に示される塩基配列からなる、ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
vii）配列番号２６及び２７に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
viii）配列番号２８及び２９に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ix）配列番号３０及び３１に示される塩基配列からなる、ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
x）配列番号３２及び３３に示される塩基配列からなる、ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xi）配列番号３４及び３５に示される塩基配列からなる、Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xii）配列番号３６及び３７に示される塩基配列からなる、ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xiii）配列番号３８及び３９に示される塩基配列からなる、ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
【請求項３５】
以下のｉ）〜xiii）より選択される１又は２以上のプライマーセットを備えることを特徴とする、被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを評価するための検査キット。
ｉ）配列番号１４及び１５に示される塩基配列からなる、ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ii）配列番号１６及び１７に示される塩基配列からなる、ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
iii）配列番号１８及び１９に示される塩基配列からなる、ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
iv）配列番号２０及び２１に示される塩基配列からなる、ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ｖ）配列番号２２及び２３に示される塩基配列からなる、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
vi）配列番号２４及び２５に示される塩基配列からなる、ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
vii）配列番号２６及び２７に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
viii）配列番号２８及び２９に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ix）配列番号３０及び３１に示される塩基配列からなる、ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
x）配列番号３２及び３３に示される塩基配列からなる、ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xi）配列番号３４及び３５に示される塩基配列からなる、Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xii）配列番号３６及び３７に示される塩基配列からなる、ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xiii）配列番号３８及び３９に示される塩基配列からなる、ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを評価する方法や、被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを評価するための検査キットに関する。
【背景技術】
【０００２】
体外受精や顕微授精等の生殖補助治療（Assisted Reproductive Technology；ＡＲＴ）は、不妊症患者にとって重要な治療法のひとつとなっている。しかし、近年、ＡＲＴにより産まれた子に、先天奇形、低出生体重児等の新生児における周産期合併症が高い頻度で発生するということが報告されており、特に、ベックウィズ・ウィーデマン症候群（ＢＷＳ）やアンジェルマン症候群（ＡＳ）などのインプリント異常症（インプリント病）は、ＡＲＴによりその発生頻度が有意に増加することが明らかにされている（非特許文献１）。【０００３】
ゲノムインプリント（遺伝子刷り込み）とは、特定の遺伝子において、一方の親（父又は母）由来のアレル上の遺伝子のみが選択的に機能し、もう一方のアレル上の遺伝子は機能しないという、アレル特異的発現が見られる現象である。ゲノムインプリントを受ける遺伝子（インプリント遺伝子）は、２本あるアレル（対立遺伝子）のうち特定の片親由来のものだけが発現するが、このようなインプリント遺伝子の片親性発現には、アレル特異的メチル化領域（differentially methylation region；ＤＭＲ）のＣｐＧ配列のシトシンのメチル化が深く関与することが明らかにされている。ＤＭＲは、インプリント遺伝子のプロモーター領域やイントロン等に多く存在しているため、ＤＭＲがメチル化されているアレルではインプリント遺伝子は発現せず、ＤＭＲがメチル化されてないアレルではインプリント遺伝子が発現すると考えられている。【０００４】
インプリント遺伝子のＤＭＲにおけるアレル特異的メチル化状態は、始原生殖細胞において一旦リセットされ（インプリントの消去）、その後、配偶子形成・成熟過程で各インプリント遺伝子について、性特異的にインプリントが再確立される。母性インプリント遺伝子（母親由来アレルのみがメチル化され、不活化される遺伝子）は、卵子においてのみメチル化され、精子ではメチル化されない。一方、父性インプリント遺伝子（父親由来アレルのみがメチル化され、不活化される遺伝子）は、精子においてのみメチル化され、卵子ではメチル化されない。卵子及び精子で確立したそれぞれのインプリント（性特異的なメチル化状態）は、受精後の着床初期に起こるリプログラミング（ゲノム全体の脱メチル化）の影響を受けることなく安定的に維持される。【０００５】
インプリント遺伝子に関しては活発に研究がなされており、英国ＭＲＣ(Mammalian Genetics Unit)のウェブサイト（http://www.mgu.har.mrc.ac.uk/research/imprinting/imprin-viewdatagenes.html）や、オタゴ大学（ニュージーランド）のウェブサイト（http://igc.otago.ac.nz/Search.html）等の様々な学術用ウェブサイトに、多様な生物由来のインプリント遺伝子のリストが掲載されている他、多く論文が報告されている。例えば、非特許文献２には、ヒトＺＤＢＦ２が父性インプリント遺伝子の１つであることが開示されている。また、配偶子形成・胚形成過程でのインプリント遺伝子のメチル化調節に関する報告は限られたものではあるが、正常な精子形成過程では減数分裂過程に入る以前に、母性インプリント遺伝子であるＳＮＲＰＮは脱メチル化されること（非特許文献３）、一方、父性インプリント遺伝子であるＨ１９はメチル化されることが明らかにされている（非特許文献４及び５）。さらに、非特許文献６には、インプリント遺伝子のＤＭＲにおけるメチル化異常が、インプリント異常症をはじめとする様々な疾患、発達異常、悪性腫瘍などと関与することが報告されている。【０００６】
また、これまでの研究により、インプリント遺伝子は、新生児の成長や発生の調節において重要な役割を果たすことが明らかにされてきている。例えば、ヒト及びマウスにおいて、ＰＥＧ１遺伝子のプロモーターからエクソン１及びイントロン１にかけて存在するＤＭＲは、通常、父性アレルにおいてメチル化されておらず、もし父性アレルがメチル化されて不活性化されている場合には、胎児は発育遅延や、胎児死亡の増加を引き起こすことが報告されている。また、非特許文献５には、乏精子症患者や、正常精子を有する少数の不妊症患者の精子において、Ｈ１９のインプリント異常が認められることが記載されている。しかし、男性不妊症患者の精子におけるインプリント遺伝子のメチル化は正常であったとの報告もあり（非特許文献７）、さらに、ＡＲＴの際の過剰な排卵誘発が特定のインプリント遺伝子のメチル化に影響を及ぼすという報告もあることから（非特許文献８）、インプリント遺伝子と男性不妊症との関連については、未だ十分に明らかにされていない。【０００７】
特許文献１には、不妊症患者精子における、母性インプリント遺伝子（ＰＥＧ１、ＬＩＴ１、ＺＡＣ、ＰＥＧ３及びＳＮＲＰＮ）、及び父性インプリント遺伝子（Ｈ１９及びＧＴＬ２）のＤＭＲのメチル化異常を検出することによって、当該精子におけるインプリント異常症発生リスクを判定する方法が開示されている。また、特許文献２には、不妊症患者精子や、癌組織における、父性インプリント遺伝子ＺＤＢＦ２のメチル化異常を検出することを特徴とする、インプリント異常症の検査方法が開示されている。しかし、インプリント異常症の発症メカニズムには未だ不明な点が数多く残されており、インプリント異常症には他にも多くの遺伝子が関与する可能性が考えられている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００８】
【特許文献１】特開２００９−１６５４０９号公報
【特許文献２】特開２０１１−２３９７５０号公報
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ogata T. and Kagami M. J. Mamm. Ova. Res. Vol.(2006) 23, 158-162
【非特許文献２】Kobayashi H., et al., Genomics (2009) 93:461-472
【非特許文献３】Manning M., et al, Urol. Int. (2001) 67:151-155
【非特許文献４】Kerjean A., et al., Hum. Mol. Genet. (2000) 9:2183-2187
【非特許文献５】Marques C.J., et al., Lancet (2004) 363:1700-1702
【非特許文献６】Paulsen M. and Ferguson-Smith A.C., J. Pathol. (2001) 195:97-110
【非特許文献７】Hartmann S., et al., Mol. Hum. Reprod. (2006) 12:407-411
【非特許文献８】Sato A., et al., Hum. Reprod. (2007) 22:26-35
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
本発明の課題は、インプリント異常症の発症に関与する新たなアレル特異的メチル化領域を同定し、被検者の精子ゲノムＤＮＡにおける、上記アレル特異的メチル化領域のメチル化の程度を指標として、被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを評価する方法を提供することにある。
【発明を解決するための手段】
【００１１】
本発明者は、まず、２０例の正常個体由来の精子及び血液からゲノムＤＮＡを抽出して、ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＧＲＢ１０、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＲＢ１、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、及びＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域におけるメチル化状態を解析し、血液のゲノムＤＮＡにおいては、該アレル特異的メチル化領域はいずれも、ほぼ１００％メチル化されたアレルと、ほぼ１００％脱メチル化されたアレルが１：１の割合で混在していること、一方、精子ゲノムＤＮＡにおいては、高メチル化されたアレルは存在しておらず、ほぼ１００％脱メチル化されたアレルのみが存在していることが明らかにされた。これらの結果から、ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＧＲＢ１０、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＲＢ１、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、及びＧＮＡＳ１Ａは、正常個体においては父方アレルの遺伝子のみが機能し、母方アレルの遺伝子は機能しない、母性インプリント遺伝子であることが示された。
さらに、以上の結果から、精子ゲノムＤＮＡにおいて、上記母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域が高度にメチル化されている場合には、本来機能すべき父方アレルの遺伝子が機能できないので、該精子由来の子供はインプリント異常症を発症する可能性が考えられる。そこで、本願発明者は、上記母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域のメチル化異常と、インプリント異常症との関連を調べるために、シルバーラッセル症候群（ＳＲＳ）患者及びベックウィズ・ヴィーデマン症候群（ＢＷＳ）患者由来の血液からゲノムＤＮＡを抽出して、ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＧＲＢ１０、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＲＢ１、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、及びＧＮＡＳ１Ａののアレル特異的メチル化領域におけるメチル化状態を解析した。その結果、ＳＲＳ患者では、ＧＲＢ１０、ＺＮＦ５９７、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＺＮＦ３３１、及びＦＡＭ５０Ｂのメチル化異常が認められること、また、ＢＷＳ患者では、ＺＮＦ３３１のメチル化異常が認められることが明らかとなった。これらの結果から、上記母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域におけるメチル化異常がインプリント異常症の発症に関与することが強く示唆された。
以上のように、本願発明者は、ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＧＲＢ１０、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＲＢ１、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、及びＧＮＡＳ１Ａが母性インプリント遺伝子であること、さらに、これらの遺伝子のアレル特異的メチル化領域におけるメチル化異常がインプリント異常症の発症に関与することをはじめて見い出し、本発明を完成するに至った。
【００１２】
すなわち本発明は、
［１］以下の工程（ａ）及び（ｂ）を含むことを特徴とする、被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを評価する方法：
（ａ）前記被検者より採取された精子からゲノムＤＮＡを抽出する工程；
（ｂ）前記工程（ａ）により抽出されたゲノムＤＮＡにおける、ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＧＲＢ１０、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＲＢ１、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、及びＧＮＡＳ１Ａからなる群より選択される１又は２以上の母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化の程度を測定する工程；や、
［２］ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２０２５４３．１（更新日：２００１年８月１３日）として登録されているヒト第１染色体の塩基配列中の第１８４９位〜第２１９７位の領域（配列番号１）であることを特徴とする前記［１］記載の方法や、
［３］ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２０２５４３．１（更新日：２００１年８月１３日）として登録されているヒト第１染色体の塩基配列中の、第１８７３位〜第１８７４位、第１８９３位〜第１８９４位、第１９００位〜第１９０１位、第１９０２位〜第１９０３位、第１９０５位〜第１９０６位、第１９１２位〜第１９１３位、第１９４７位〜第１９４８位、第１９５４位〜第１９５５位、第１９６０位〜第１９６１位、第１９９１位〜第１９９２位、第１９９７位〜第１９９８位、第２００４位〜第２００５位、第２０１４位〜第２０１５位、第２０２１位〜第２０２２位、第２０３４位〜第２０３５位、第２０３６位〜第２０３７位、第２０７２位〜第２０７３位、第２０７４位〜第２０７５位、第２０８６位〜第２０８７位、第２０９３位〜第２０９４位、第２１２０位〜第２１２１位、第２１２８位〜第２１２９位、及び第２１５０位〜第２１５１位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］又は［２］記載の方法や、
［４］ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５２２５位〜第３５５７２位の領域（配列番号２）であることを特徴とする前記［１］〜［３］のいずれかに記載の方法や、
［５］ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５２５８位〜第３５２５９位、第３５２６０位〜第３５２６１位、第３５２７９位〜第３５２８０位、第３５２８１位〜第３５２８２位、第３５３０３位〜第３５３０４位、第３５３０８位〜第３５３０９位、第３５３１５位〜第３５３１６位、第３５３３３位〜第３５３３４位、第３５３４２位〜第３５３４３位、第３５３４５位〜第３５３４６位、第３５３５４位〜第３５３５５位、第３５３６９位〜第３５３７０位、第３５３８７位〜第３５３８８位、第３５３９２位〜第３５３９３位、第３５４１３位〜第３５４１４位、第３５４３５位〜第３５４３６位、第３５４５２位〜第３５４５３位、第３５４７５位〜第３５４７６位、第３５４８１位〜第３５４８２位、第３５４９１位〜第３５４９２位、第３５４９７位〜第３５４９８位、第３５５０１位〜第３５５０２位、第３５５０５位〜第３５５０６位、第３５５０７位〜第３５５０８位、第３５５１６位〜第３５５１７位、第３５５２３位〜第３５５２４位、第３５５２５位〜第３５５２６位、第３５５３１位〜第３５５３２位、第３５５４４位〜第３５５４５位、及び第３５５４６位〜第３５５４７位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［４］のいずれかに記載の方法や、
［６］ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域において、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５３３０位のチミン残基が、シトシン残基に変異している場合、ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５２５８位〜第３５２５９位、第３５２６０位〜第３５２６１位、第３５２７９位〜第３５２８０位、第３５２８１位〜第３５２８２位、第３５３０３位〜第３５３０４位、第３５３０８位〜第３５３０９位、第３５３１５位〜第３５３１６位、第３５３２９位〜第３５３３０位、第３５３３３位〜第３５３３４位、第３５３４２位〜第３５３４３位、第３５３４５位〜第３５３４６位、第３５３５４位〜第３５３５５位、第３５３６９位〜第３５３７０位、第３５３８７位〜第３５３８８位、第３５３９２位〜第３５３９３位、第３５４１３位〜第３５４１４位、第３５４３５位〜第３５４３６位、第３５４５２位〜第３５４５３位、第３５４７５位〜第３５４７６位、第３５４８１位〜第３５４８２位、第３５４９１位〜第３５４９２位、第３５４９７位〜第３５４９８位、第３５５０１位〜第３５５０２位、第３５５０５位〜第３５５０６位、第３５５０７位〜第３５５０８位、第３５５１６位〜第３５５１７位、第３５５２３位〜第３５５２４位、第３５５２５位〜第３５５２６位、第３５５３１位〜第３５５３２位、第３５５４４位〜第３５５４５位、及び第３５５４６位〜第３５５４７位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［４］のいずれかに記載の方法や、
［７］ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｙ１８５０４．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第６染色体の塩基配列中の第３５０位〜第６８３位の領域（配列番号３）であることを特徴とする前記［１］〜［６］のいずれかに記載の方法や、
［８］ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｙ１８５０４．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第６染色体の塩基配列中の第３７９位〜第３８０位、第３８４位〜第３８５位、第４０１位〜第４０２位、第４１９位〜第４２０位、第４３４位〜第４３５位、第４３８位〜第４３９位、第４５７位〜第４５８位、第４７１位〜第４７２位、第４８８位〜第４８９位、第４９８位〜第４９９位、第５１８位〜第５１９位、第５３９位〜第５４０位、第５４１位〜第５４２位、第５４９位〜第５５０位、第５６５位〜第５６６位、第５８２位〜第５８３位、第６０１位〜第６０２位、第６０９位〜第６１０位、第６１９位〜第６２０位、第６４３位〜第６４４位、及び第６４９位〜第６５０位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［７］のいずれかに記載の方法や、
［９］ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ００４９２０．２（更新日：２００３年１０月１５日）として登録されているヒト第７染色体の塩基配列中の第４２２２６位〜第４２４７０位の領域（配列番号４）であることを特徴とする前記［１］〜［８］のいずれかに記載の方法や、
［１０］ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ００４９２０．２（更新日：２００３年１０月１５日）として登録されているヒト第７染色体の塩基配列中の第４２２５１位〜第４２２５２位、第４２２５６位〜第４２２５７位、第４２２６４位〜第４２２６５位、第４２２７３位〜第４２２７４位、第４２２７５位〜第４２２７６位、第４２２７７位〜第４２２７８位、第４２２８４位〜第４２２８５位、第４２２８８位〜第４２２８９位、第４２２９０位〜第４２２９１位、第４２２９８位〜第４２２９９位、第４２３０５位〜第４２３０６位、第４２３１３位〜第４２３１４位、第４２３１６位〜第４２３１７位、第４２３２８位〜第４２３２９位、第４２３３５位〜第４２３３６位、第４２３３９位〜第４２３４０位、第４２３５３位〜第４２３５４位、第４２３５５位〜第４２３５６位、第４２３６１位〜第４２３６２位、第４２３６５位〜第４２３６６位、第４２３６９位〜第４２３７０位、第４２３７５位〜第４２３７６位、第４２３８８位〜第４２３８９位、第４２３９９位〜第４２４００位、第４２４０９位〜第４２４１０位、第４２４２１位〜第４２４２２位、第４２４２３位〜第４２４２４位、第４２４２９位〜第４２４３０位、第４２４３６位〜第４２４３７位、及び第４２４４０位〜第４２４４１位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［９］のいずれかに記載の方法や、
［１１］ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１３３４６１．１０（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１０染色体の塩基配列中の第２２５３３位〜第２２７３５位の領域（配列番号５）であることを特徴とする前記［１］〜［６］のいずれかに記載の方法や、
［１２］ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１３３４６１．１０（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１０染色体の塩基配列中の第２２５５６位〜第２２５５７位、第２２５６４位〜第２２５６５位、第２２５６７位〜第２２５６８位、第２２５７１位〜第２２５７２位、第２２５７９位〜第２２５８０位、第２２５８３位〜第２２５８４位、第２２５９５位〜第２２５９６位、第２２６０１位〜第２２６０２位、第２２６０３位〜第２２６０４位、第２２６１９位〜第２２６２０位、第２２６２６位〜第２２６２７位、第２２６２８位〜第２２６２９位、第２２６３３位〜第２２６３４位、第２２６４７位〜第２２６４８位、第２２６５６位〜第２２６５７位、及び第２２６７４位〜第２２６７５位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［１１］のいずれかに記載の方法や、
［１３］ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ３９２０４８．９（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１３染色体の塩基配列中の第３０３４７位〜第３０５８７位の領域（配列番号６）であることを特徴とする前記［１］〜［１２］のいずれかに記載の方法や、
［１４］ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ３９２０４８．９（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１３染色体の塩基配列中の第３０３７０位〜第３０３７１位、第３０４０３位〜第３０４０４位、第３０４２６位〜第３０４２７位、第３０４４３位〜第３０４４４位、第３０４５２位〜第３０４５３位、第３０４５５位〜第３０４５６位、第３０４６４位〜第３０４６５位、第３０４７６位〜第３０４７７位、第３０４７９位〜第３０４８０位、第３０４８７位〜第３０４８８位、第３０４９７位〜第３０４９８位、第３０５１４位〜第３０５１５位、及び第３０５５８位〜第３０５５９位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［１３］のいずれかに記載の方法や、
［１５］ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４０９５６位〜第１４１２０９位の領域（配列番号７）であることを特徴とする前記［１］〜［１４］のいずれかに記載の方法や、
［１６］ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４０９８１位〜第１４０９８２位、第１４０９８４位〜第１４０９８５位、第１４０９８８位〜第１４０９８９位、第１４０９９２位〜第１４０９９３位、第１４０９９７位〜第１４０９９８位、第１４０９９９位〜第１４１０００位、第１４１００２位〜第１４１００３位、第１４１００９位〜第１４１０１０位、第１４１０１４位〜第１４１０１５位、第１４１０３４位〜第１４１０３５位、第１４１０５２位〜第１４１０５３位、第１４１０６３位〜第１４１０６４位、第１４１０７３位〜第１４１０７４位、第１４１０７６位〜第１４１０７７位、第１４１０８２位〜第１４１０８３位、第１４１０８７位〜第１４１０８８位、第１４１１０３位〜第１４１１０４位、第１４１１２６位〜第１４１１２７位、第１４１１３７位〜第１４１１３８位、及び第１４１１８３位〜第１４１１８４位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［１５］のいずれかに記載の方法や、
［１７］ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域において、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４１０６４位のグアニン残基が、アデニン残基に変異している場合、ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４０９８１位〜第１４０９８２位、第１４０９８４位〜第１４０９８５位、第１４０９８８位〜第１４０９８９位、第１４０９９２位〜第１４０９９３位、第１４０９９７位〜第１４０９９８位、第１４０９９９位〜第１４１０００位、第１４１００２位〜第１４１００３位、第１４１００９位〜第１４１０１０位、第１４１０１４位〜第１４１０１５位、第１４１０３４位〜第１４１０３５位、第１４１０５２位〜第１４１０５３位、第１４１０７３位〜第１４１０７４位、第１４１０７６位〜第１４１０７７位、第１４１０８２位〜第１４１０８３位、第１４１０８７位〜第１４１０８８位、第１４１１０３位〜第１４１１０４位、第１４１１２６位〜第１４１１２７位、第１４１１３７位〜第１４１１３８位、及び第１４１１８３位〜第１４１１８４位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［１５］のいずれかに記載の方法や、
［１８］ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６０９０位〜第１０６３６０位の領域（配列番号８）であることを特徴とする前記［１］〜［１７］のいずれかに記載の方法や、
［１９］ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域がに含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６１１５位〜第１０６１１６位、第１０６１１７位〜第１０６１１８位、第１０６１２３位〜第１０６１２４位、第１０６１２７位〜第１０６１２８位、第１０６１２９位〜第１０６１３０位、第１０６１３８位〜第１０６１３９位、第１０６１４２位〜第１０６１４３位、第１０６１４７位〜第１０６１４８位、第１０６１４９位〜第１０６１５０位、第１０６１６８位〜第１０６１６９位、第１０６１７３位〜第１０６１７４位、第１０６１９７位〜第１０６１９８位、第１０６２０７位〜第１０６２０８位、第１０６２２０位〜第１０６２２１位、第１０６２２５位〜第１０６２２６位、第１０６２３５位〜第１０６２３６位、第１０６２４９位〜第１０６２５０位、第１０６２５９位〜第１０６２６０位、第１０６２７５位〜第１０６２７６位、第１０６２８５位〜第１０６２８６位、第１０６３０３位〜第１０６３０４位、第１０６３０７位〜第１０６３０８位、第１０６３１３位〜第１０６３１４位、第１０６３１７位〜第１０６３１８位、第１０６３２８位〜第１０６３２９位、及び第１０６３３３位〜第１０６３３４位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［１８］のいずれかに記載の方法に関する。
【００１３】
また本発明は、
［２０］ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域において、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６２３５位のシトシン残基が、チミン残基に変異している場合、ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６１１５位〜第１０６１１６位、第１０６１１７位〜第１０６１１８位、第１０６１２３位〜第１０６１２４位、第１０６１２７位〜第１０６１２８位、第１０６１２９位〜第１０６１３０位、第１０６１３８位〜第１０６１３９位、第１０６１４２位〜第１０６１４３位、第１０６１４７位〜第１０６１４８位、第１０６１４９位〜第１０６１５０位、第１０６１６８位〜第１０６１６９位、第１０６１７３位〜第１０６１７４位、第１０６１９７位〜第１０６１９８位、第１０６２０７位〜第１０６２０８位、第１０６２２０位〜第１０６２２１位、第１０６２２５位〜第１０６２２６位、第１０６２４９位〜第１０６２５０位、第１０６２５９位〜第１０６２６０位、第１０６２７５位〜第１０６２７６位、第１０６２８５位〜第１０６２８６位、第１０６３０３位〜第１０６３０４位、第１０６３０７位〜第１０６３０８位、第１０６３１３位〜第１０６３１４位、第１０６３１７位〜第１０６３１８位、第１０６３２８位〜第１０６３２９位、及び第１０６３３３位〜第１０６３３４位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［１８］のいずれかに記載の方法や、
［２１］ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１１０１１５．３８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第２０８２０位〜第２１１４７位の領域（配列番号９）であることを特徴とする前記［１］〜［２０］のいずれかに記載の方法や、
［２２］ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１１０１１５．３８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第２０８４４位〜第２０８４５位、第２０８７２位〜第２０８７３位、第２０８８３位〜第２０８８４位、第２０８９２位〜第２０８９３位、第２０８９８位〜第２０８９９位、第２０９０３位〜第２０９０４位、第２０９０８位〜第２０９０９位、第２０９１９位〜第２０９２０位、第２０９３９位〜第２０９４０位、第２０９４４位〜第２０９４５位、第２０９５１位〜第２０９５２位、第２０９５３位〜第２０９５４位、第２０９７２位〜第２０９７３位、第２０９７９位〜第２０９８０位、第２０９８５位〜第２０９８６位、第２０９９５位〜第２０９９６位、第２１００７位〜第２１００８位、第２１００９位〜第２１０１０位、第２１０１４位〜第２１０１５位、第２１０１８位〜第２１０１９位、第２１０２０位〜第２１０２１位、第２１０２３位〜第２１０２４位、第２１０４７位〜第２１０４８位、第２１０６４位〜第２１０６５位、第２１０８２位〜第２１０８３位、及び第２１０８６位〜第２１０８７位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［２１］のいずれかに記載の方法や、
［２３］ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１０９６１４．２８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第６１６３３位〜第６１９０２位の領域（配列番号１０）であることを特徴とする前記［１］〜［２２］のいずれかに記載の方法や、
［２４］ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１０９６１４．２８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第６１６５９位〜第６１６６０位、第６１６６６位〜第６１６６７位、第６１７０８位〜第６１７０９位、第６１７１９位〜第６１７２０位、第６１７５７位〜第６１７５８位、第６１７５９位〜第６１７６０位、第６１７６５位〜第６１７６６位、第６１７７８位〜第６１７７９位、第６１７８２位〜第６１７８３位、第６１７９５位〜第６１７９６位、第６１７９７位〜第６１７９８位、第６１８０４位〜第６１８０５位、第６１８０６位〜第６１８０７位、第６１８１２位〜第６１８１３位、第６１８２０位〜第６１８２１位、第６１８３０位〜第６１８３１位、第６１８３７位〜第６１８３８位、第６１８４６位〜第６１８４７位、第６１８５３位〜第６１８５４位、及び第６１８７０位〜第６１８７１位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［２３］のいずれかに記載の方法や、
［２５］Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ０３１６８１．１６（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１６１４２８位〜第１６１７５８位の領域（配列番号１１）であることを特徴とする前記［１］〜［２４］のいずれかに記載の方法や、
［２６］Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ０３１６８１．１６（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の１６１４５４位〜第１６１４５５位、第１６１４８０位〜第１６１４８１位、第１６１４９７位〜第１６１４９８位、第１６１５１７位〜第１６１５１８位、第１６１５２３位〜第１６１５２４位、第１６１５４１位〜第１６１５４２位、第１６１５４５位〜第１６１５４６位、第１６１５５２位〜第１６１５５３位、第１６１５７１位〜第１６１５７２位、第１６１５７３位〜第１６１５７４位、第１６１５８４位〜第１６１５８５位、第１６１５９２位〜第１６１５９３位、第１６１６０３位〜第１６１６０４位、第１６１６１５位〜第１６１６１６位、第１６１６３３位〜第１６１６３４位、第１６１６４０位〜第１６１６４１位、第１６１６４７位〜第１６１６４８位、第１６１６５８位〜第１６１６５９位、第１６１６６４位〜第１６１６６５位、第１６１６７０位〜第１６１６７１位、第１６１６７９位〜第１６１６８０位、第１６１６８７位〜第１６１６８８位、第１６１６９０位〜第１６１６９１位、第１６１７００位〜第１６１７０１位、第１６１７０５位〜第１６１７０６位、第１６１７２０位〜第１６１７２１位、及び第１６１７３３位〜第１６１７３４位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［２５］のいずれかに記載の方法や、
［２７］ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２５１７６０．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１２５７７位〜第１２８８８位の領域（配列番号１２）であることを特徴とする前記［１］〜［２６］のいずれかに記載の方法や、
［２８］ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２５１７６０．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１２６１５位〜第１２６１６位、第１２６２０位〜第１２６２１位、第１２６２４位〜第１２６２５位、第１２６３１位〜第１２６３２位、第１２６３９位〜第１２６４０位、第１２６４６位〜第１２６４７位、第１２６５９位〜第１２６６０位、第１２６６６位〜第１２６６７位、第１２６６８位〜第１２６６９位、第１２６７０位〜第１２６７１位、第１２６９９位〜第１２７００位、第１２７０６位〜第１２７０７位、第１２７１９位〜第１２７２０位、第１２７３５位〜第１２７３６位、第１２７９２位〜第１２７９３位、第１２８０６位〜第１２８０７位、第１２８２８位〜第１２８２９位、第１２８３５位〜第１２８３６位、第１２８５９位〜第１２８６０位、及び第１２８６２位〜第１２８６３位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［２７］のいずれかに記載の方法や、
［２９］ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２４６９８３．１（更新日：２０００年１１月２０日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１６９８位〜第１９３３位の領域（配列番号１３）であることを特徴とする前記［１］〜［２８］のいずれかに記載の方法や、
［３０］ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列が、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２４６９８３．１（更新日：２０００年１１月２０日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１７２７位〜第１７２８位、第１７３４位〜第１７３５位、第１７３７位〜第１７３８位、第１７４７位〜第１７４８位、第１７４９位〜第１７５０位、第１７５７位〜第１７５８位、第１７６２位〜第１７６３位、第１７６６位〜第１７６７位、第１７６９位〜第１７７０位、第１７８２位〜第１７８３位、第１７８５位〜第１７８６位、第１７９１位〜第１７９２位、第１８０７位〜第１８０８位、第１８１１位〜第１８１２位、第１８１５位〜第１８１６位、第１８１８位〜第１８１９位、第１８３１位〜第１８３２位、第１８３６位〜第１８３７位、第１８４２位〜第１８４３位、第１８８３位〜第１８８４位、及び第１９０８位〜第１９０９位のＣｐＧ配列から選択される１又は２以上のＣｐＧ配列であることを特徴とする前記［１］〜［２９］のいずれかに記載の方法や、
［３１］インプリント異常症が、ラッセルシルバー症候群、又はベックウィズ・ヴィードマン症候群であることを特徴とする前記［１］〜［３０］のいずれかに記載の方法や、
［３２］被検者が、男性不妊症患者であることを特徴とする前記［１］〜［３１］のいずれかに記載の方法や、
［３３］工程（ｂ）において、メチル化の程度をバイサルファイトシークエンス法により測定することを特徴とする前記［１］〜［３２］のいずれかに記載の方法や、
［３４］バイサルファイトシークエンス法が、以下のｉ）〜xiii）より選択される１又は２以上のプライマーセットを用いることを特徴とする前記［３３］記載の方法：
ｉ）配列番号１４及び１５に示される塩基配列からなる、ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ii）配列番号１６及び１７に示される塩基配列からなる、ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
iii）配列番号１８及び１９に示される塩基配列からなる、ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
iv）配列番号２０及び２１に示される塩基配列からなる、ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ｖ）配列番号２２及び２３に示される塩基配列からなる、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
vi）配列番号２４及び２５に示される塩基配列からなる、ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
vii）配列番号２６及び２７に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
viii）配列番号２８及び２９に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ix）配列番号３０及び３１に示される塩基配列からなる、ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
x）配列番号３２及び３３に示される塩基配列からなる、ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xi）配列番号３４及び３５に示される塩基配列からなる、Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xii）配列番号３６及び３７に示される塩基配列からなる、ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xiii）配列番号３８及び３９に示される塩基配列からなる、ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；や、
［３５］以下のｉ）〜xiii）より選択される１又は２以上のプライマーセットを備えることを特徴とする、被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを評価するための検査キット：
ｉ）配列番号１４及び１５に示される塩基配列からなる、ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ii）配列番号１６及び１７に示される塩基配列からなる、ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
iii）配列番号１８及び１９に示される塩基配列からなる、ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
iv）配列番号２０及び２１に示される塩基配列からなる、ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ｖ）配列番号２２及び２３に示される塩基配列からなる、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
vi）配列番号２４及び２５に示される塩基配列からなる、ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
vii）配列番号２６及び２７に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
viii）配列番号２８及び２９に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
ix）配列番号３０及び３１に示される塩基配列からなる、ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
x）配列番号３２及び３３に示される塩基配列からなる、ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xi）配列番号３４及び３５に示される塩基配列からなる、Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xii）配列番号３６及び３７に示される塩基配列からなる、ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；
xiii）配列番号３８及び３９に示される塩基配列からなる、ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット；に関する。
【発明の効果】
【００１４】
本発明によれば、被検者から採取した精子を用いて、該被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを、安全且つ正確に評価することが可能となる。
【図面の簡単な説明】
【００１５】
【図１】ＺＤＢＦ２のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。図中、「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列を示す。
【図２】Ｈ１９のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ｃ／Ａ」は一塩基多型部位を示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図３】ＧＴＬ２のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ａ／Ｇ」は一塩基多型部位を示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図４】ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ｇ／Ａ」は、一塩基多型部位を示す。ここでは、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２０２５４３．１の第１８４９位〜第２１９７位のＤＮＡ配列の相補配列を解析したので、第１９７９位の「Ｃ／Ｔ」の一塩基多型を、「Ｇ／Ａ」と記載している。また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図５】ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ａ／Ｇ」は、一塩基多型部位を示す。ここでは、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３の第３５２２５位〜第３５５７２位のＤＮＡ配列の相補配列を解析したので、第３５３３０位の「Ｔ／Ｃ」の一塩基多型を、「Ａ／Ｇ」と記載している。また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図６】ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ａ／Ｇ」は一塩基多型部位を示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図７】ＺＡＣのアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図８】ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ｇ／Ａ」は一塩基多型部位を示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図９】ＰＥＧ１０のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図１０】ＰＥＧ１のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ａ／Ｇ」は一塩基多型部位を示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図１１】ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図１２】ＬＩＴ１のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図１３】ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ｔ／Ｇ」は一塩基多型部位を示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図１４】ＳＮＲＰＮのアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ａ／Ｇ」及び「Ｃ／Ｔ」は一塩基多型部位をそれぞれ示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図１５】ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ｇ／Ａ」は一塩基多型部位を示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図１６】ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ａ／Ｇ」は一塩基多型部位を示す。ここでは、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５の第１０６３６０位〜第１０６０９０位のＤＮＡ配列の相補配列を解析したので、第１０６２３５位の「Ｃ／Ｔ」の一塩基多型を、「Ｇ／Ａ」と記載している。また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図１７】ＰＥＧ３のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ｇ／Ａ」は一塩基多型部位を示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図１８】ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図１９】ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ａ／Ｇ」は一塩基多型部位を示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図２０】Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図２１】ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ａ／Ｇ」は一塩基多型部位を示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図２２】ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。上図中の「Ｔ／Ｇ」は一塩基多型部位を示し、また、下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図２３】ＬＩＮＥ−１のアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図２４】Ａｌｕのアレル特異的メチル化領域と、正常個体から採取した血液及び精子由来のゲノムＤＮＡにおける、該領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。下図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図２５】ＳＲＳ患者（症例１）から採取した血液由来のゲノムＤＮＡにおける、Ｈ１９、ＰＥＧ１、ＰＥＧ１０、ＧＲＢ１０、及びＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図２６】ＳＲＳ患者（症例２）から採取した血液由来のゲノムＤＮＡにおける、Ｈ１９のアレル特異的メチル化領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図２７】ＳＲＳ患者（症例３）から採取した血液由来のゲノムＤＮＡにおける、Ｈ１９及びＰＥＧ１のアレル特異的メチル化領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図２８】ＳＲＳ患者（症例４）から採取した血液由来のゲノムＤＮＡにおける、Ｈ１９及びＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図２９】ＳＲＳ患者（症例５）から採取した血液由来のゲノムＤＮＡにおける、Ｈ１９及びＩＮＰＰ５ＦＶ２のアレル特異的メチル化領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【図３０】ＢＷＳ患者（症例１）から採取した血液由来のゲノムＤＮＡにおける、ＬＩＴ１、ＺＤＢＦ２、ＰＥＧ１、及びＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域のメチル化状態を解析した結果を示す図である。図中の「○」は非メチル化ＣｐＧ配列を、「●」はメチル化ＣｐＧ配列をそれぞれ示す。
【発明を実施するための形態】
【００１６】
本発明の被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを評価する方法（以下、「本発明の評価方法」と記載する場合がある）としては、（ａ）前記被検者より採取された精子からゲノムＤＮＡを抽出する工程；（ｂ）上記工程（ａ）により抽出されたゲノムＤＮＡにおける、ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＧＲＢ１０、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＲＢ１、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、及びＧＮＡＳ１Ａからなる群（以下、かかる遺伝子群を「本発明の母性インプリント遺伝子群」と記載する場合がある）より選択される１又は２以上の母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化の程度を測定する工程；の工程（ａ）及び（ｂ）を含む方法（但し、医師による診断行為は除く）であれば特に制限されず、本発明の評価方法の一態様には、被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを評価するためのデータを収集する方法が含まれ、ここで「被検者の子孫」とは、被検者の精子に由来する個体、すなわち、被検者の子供を意味するものである。また、上記「インプリント異常症」とは、母性又は父性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域におけるメチル化異常に起因する疾患を意味するものであり、具体的には、シルバーラッセル症候群（ＳＲＳ）、ベックウィズ・ヴィーデマン症候群（ＢＷＳ）、アンジェルマン症候群（ＡＳ）、新生児一過性糖尿病（ＴＮＤＭ）、プラダーウイリー症候群（ＰＷＳ）等を好適に例示することができるが、中でも、シルバーラッセル症候群（ＳＲＳ）、及びベックウィズ・ヴィーデマン症候群（ＢＷＳ）を特に好適に例示することができる。
【００１７】
上記工程（ａ）としては、被検者より採取された精子からゲノムＤＮＡを抽出する工程であれば特に制限されるものではなく、上記「被検者」としては、精子を採取することが可能な男性であれば特に制限されないが、男性不妊症患者であることが好ましく、中でも、ＡＲＴによる不妊治療を予定している男性不妊症患者であることが特に好ましい。また、上記「被検者」が無精子症の男性不妊症患者である場合には、精巣精子採取法（ＴＥＳＥ）や、顕微鏡下精巣精子採取法（ＭＤ−ＴＥＳＥ）により精巣から直接精子を採取して、上記工程（ａ）に用いることができる。
【００１８】
上記工程（ｂ）としては、上記工程（ａ）により抽出されたゲノムＤＮＡにおける、本発明の母性インプリント遺伝子群より選択される１又は２以上の母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化の程度を測定する工程であれば特に制限されるものではなく、ここで、「母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域」とは、具体的には、ヒトゲノム上で、ＤＩＲＡＳ３の近傍に存在し、且つＤＩＲＡＳ３の発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、ＮＡＰ１Ｌ５の近傍に存在し、且つＮＡＰ１Ｌ５の発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、ＦＡＭ５０Ｂの近傍に存在し、且つＦＡＭ５０Ｂの発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、ＧＲＢ１０の近傍に存在し、且つＧＲＢ１０の発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２の近傍に存在し、且つＩＮＰＰ５Ｆｖ２の発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、ＲＢ１の近傍に存在し、且つＲＢ１の発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、ＺＮＦ５９７の近傍に存在し、且つＺＮＦ５９７の発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、ＺＮＦ３３１の近傍に存在し、且つＺＮＦ３３１の発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、ＰＳＩＭＣＴ−１の近傍に存在し、且つＰＳＩＭＣＴ−１の発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、ＮＮＡＴの近傍に存在し、且つＮＮＡＴの発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、Ｌ３ＭＢＴＬの近傍に存在し、且つＬ３ＭＢＴＬの発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、ＮＥＳＰＡＳの近傍に存在し、且つＮＥＳＰＡＳの発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）、又は、ＧＮＡＳ１Ａの近傍に存在し、且つＧＮＡＳ１Ａの発現調節に関与するアレル特異的メチル化領域（以下、「ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域」と記載する場合がある）を意味する。
【００１９】
より具体的には、上記「ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２０２５４３．１（更新日：２００１年８月１３日）として登録されているヒト第１染色体の塩基配列中の第１８４９位〜第２１９７位の領域（配列番号１）を好適に例示することができ、また、上記「ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２０２５４３．１（更新日：２００１年８月１３日）として登録されているヒト第１染色体の塩基配列中の、第１８７３位〜第１８７４位、第１８９３位〜第１８９４位、第１９００位〜第１９０１位、第１９０２位〜第１９０３位、第１９０５位〜第１９０６位、第１９１２位〜第１９１３位、第１９４７位〜第１９４８位、第１９５４位〜第１９５５位、第１９６０位〜第１９６１位、第１９９１位〜第１９９２位、第１９９７位〜第１９９８位、第２００４位〜第２００５位、第２０１４位〜第２０１５位、第２０２１位〜第２０２２位、第２０３４位〜第２０３５位、第２０３６位〜第２０３７位、第２０７２位〜第２０７３位、第２０７４位〜第２０７５位、第２０８６位〜第２０８７位、第２０９３位〜第２０９４位、第２１２０位〜第２１２１位、第２１２８位〜第２１２９位、及び第２１５０位〜第２１５１位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００２０】
上記「ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５２２５位〜第３５５７２位の領域（配列番号２）を好適に例示することができ、また、上記「ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５２５８位〜第３５２５９位、第３５２６０位〜第３５２６１位、第３５２７９位〜第３５２８０位、第３５２８１位〜第３５２８２位、第３５３０３位〜第３５３０４位、第３５３０８位〜第３５３０９位、第３５３１５位〜第３５３１６位、第３５３３３位〜第３５３３４位、第３５３４２位〜第３５３４３位、第３５３４５位〜第３５３４６位、第３５３５４位〜第３５３５５位、第３５３６９位〜第３５３７０位、第３５３８７位〜第３５３８８位、第３５３９２位〜第３５３９３位、第３５４１３位〜第３５４１４位、第３５４３５位〜第３５４３６位、第３５４５２位〜第３５４５３位、第３５４７５位〜第３５４７６位、第３５４８１位〜第３５４８２位、第３５４９１位〜第３５４９２位、第３５４９７位〜第３５４９８位、第３５５０１位〜第３５５０２位、第３５５０５位〜第３５５０６位、第３５５０７位〜第３５５０８位、第３５５１６位〜第３５５１７位、第３５５２３位〜第３５５２４位、第３５５２５位〜第３５５２６位、第３５５３１位〜第３５５３２位、第３５５４４位〜第３５５４５位、又は第３５５４６位〜第３５５４７位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
さらに、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５３３０位のチミン残基が、シトシン残基に変異している場合、上記「ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ１０８０６５．３（更新日：２００２年５月２４日）として登録されているヒト第４染色体の塩基配列中の第３５２５８位〜第３５２５９位、第３５２６０位〜第３５２６１位、第３５２７９位〜第３５２８０位、第３５２８１位〜第３５２８２位、第３５３０３位〜第３５３０４位、第３５３０８位〜第３５３０９位、第３５３１５位〜第３５３１６位、第３５３２９位〜第３５３３０位、第３５３３３位〜第３５３３４位、第３５３４２位〜第３５３４３位、第３５３４５位〜第３５３４６位、第３５３５４位〜第３５３５５位、第３５３６９位〜第３５３７０位、第３５３８７位〜第３５３８８位、第３５３９２位〜第３５３９３位、第３５４１３位〜第３５４１４位、第３５４３５位〜第３５４３６位、第３５４５２位〜第３５４５３位、第３５４７５位〜第３５４７６位、第３５４８１位〜第３５４８２位、第３５４９１位〜第３５４９２位、第３５４９７位〜第３５４９８位、第３５５０１位〜第３５５０２位、第３５５０５位〜第３５５０６位、第３５５０７位〜第３５５０８位、第３５５１６位〜第３５５１７位、第３５５２３位〜第３５５２４位、第３５５２５位〜第３５５２６位、第３５５３１位〜第３５５３２位、第３５５４４位〜第３５５４５位、又は第３５５４６位〜第３５５４７位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００２１】
上記「ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｙ１８５０４．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第６染色体の塩基配列中の第３５０位〜第６８３位の領域（配列番号３）を好適に例示することができ、また、上記「ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｙ１８５０４．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第６染色体の塩基配列中の第３７９位〜第３８０位、第３８４位〜第３８５位、第４０１位〜第４０２位、第４１９位〜第４２０位、第４３４位〜第４３５位、第４３８位〜第４３９位、第４５７位〜第４５８位、第４７１位〜第４７２位、第４８８位〜第４８９位、第４９８位〜第４９９位、第５１８位〜第５１９位、第５３９位〜第５４０位、第５４１位〜第５４２位、第５４９位〜第５５０位、第５６５位〜第５６６位、第５８２位〜第５８３位、第６０１位〜第６０２位、第６０９位〜第６１０位、第６１９位〜第６２０位、第６４３位〜第６４４位、又は第６４９位〜第６５０位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。さらに、
【００２２】
上記「ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ００４９２０．２（更新日：２００３年１０月１５日）として登録されているヒト第７染色体の塩基配列中の第４２２２６位〜第４２４７０位の領域（配列番号４）を好適に例示することができ、また、上記「ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ００４９２０．２（更新日：２００３年１０月１５日）として登録されているヒト第７染色体の塩基配列中の第４２２５１位〜第４２２５２位、第４２２５６位〜第４２２５７位、第４２２６４位〜第４２２６５位、第４２２７３位〜第４２２７４位、第４２２７５位〜第４２２７６位、第４２２７７位〜第４２２７８位、第４２２８４位〜第４２２８５位、第４２２８８位〜第４２２８９位、第４２２９０位〜第４２２９１位、第４２２９８位〜第４２２９９位、第４２３０５位〜第４２３０６位、第４２３１３位〜第４２３１４位、第４２３１６位〜第４２３１７位、第４２３２８位〜第４２３２９位、第４２３３５位〜第４２３３６位、第４２３３９位〜第４２３４０位、第４２３５３位〜第４２３５４位、第４２３５５位〜第４２３５６位、第４２３６１位〜第４２３６２位、第４２３６５位〜第４２３６６位、第４２３６９位〜第４２３７０位、第４２３７５位〜第４２３７６位、第４２３８８位〜第４２３８９位、第４２３９９位〜第４２４００位、第４２４０９位〜第４２４１０位、第４２４２１位〜第４２４２２位、第４２４２３位〜第４２４２４位、第４２４２９位〜第４２４３０位、第４２４３６位〜第４２４３７位、又は第４２４４０位〜第４２４４１位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００２３】
上記「ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１３３４６１．１０（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１０染色体の塩基配列中の第２２５３３位〜第２２７３５位の領域（配列番号５）を好適に例示することができ、また、上記「ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１３３４６１．１０（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１０染色体の塩基配列中の第２２５５６位〜第２２５５７位、第２２５６４位〜第２２５６５位、第２２５６７位〜第２２５６８位、第２２５７１位〜第２２５７２位、第２２５７９位〜第２２５８０位、第２２５８３位〜第２２５８４位、第２２５９５位〜第２２５９６位、第２２６０１位〜第２２６０２位、第２２６０３位〜第２２６０４位、第２２６１９位〜第２２６２０位、第２２６２６位〜第２２６２７位、第２２６２８位〜第２２６２９位、第２２６３３位〜第２２６３４位、第２２６４７位〜第２２６４８位、第２２６５６位〜第２２６５７位、又は第２２６７４位〜第２２６７５位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００２４】
上記「ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ３９２０４８．９（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１３染色体の塩基配列中の第３０３４７位〜第３０５８７位の領域（配列番号６）を好適に例示することができ、また、上記「ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ３９２０４８．９（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第１３染色体の塩基配列中の第３０３７０位〜第３０３７１位、第３０４０３位〜第３０４０４位、第３０４２６位〜第３０４２７位、第３０４４３位〜第３０４４４位、第３０４５２位〜第３０４５３位、第３０４５５位〜第３０４５６位、第３０４６４位〜第３０４６５位、第３０４７６位〜第３０４７７位、第３０４７９位〜第３０４８０位、第３０４８７位〜第３０４８８位、第３０４９７位〜第３０４９８位、第３０５１４位〜第３０５１５位、又は第３０５５８位〜第３０５５９位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００２５】
上記「ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４０９５６位〜第１４１２０９位の領域（配列番号７）を好適に例示することができ、また、上記「ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４０９８１位〜第１４０９８２位、第１４０９８４位〜第１４０９８５位、第１４０９８８位〜第１４０９８９位、第１４０９９２位〜第１４０９９３位、第１４０９９７位〜第１４０９９８位、第１４０９９９位〜第１４１０００位、第１４１００２位〜第１４１００３位、第１４１００９位〜第１４１０１０位、第１４１０１４位〜第１４１０１５位、第１４１０３４位〜第１４１０３５位、第１４１０５２位〜第１４１０５３位、第１４１０６３位〜第１４１０６４位、第１４１０７３位〜第１４１０７４位、第１４１０７６位〜第１４１０７７位、第１４１０８２位〜第１４１０８３位、第１４１０８７位〜第１４１０８８位、第１４１１０３位〜第１４１１０４位、第１４１１２６位〜第１４１１２７位、第１４１１３７位〜第１４１１３８位、又は第１４１１８３位〜第１４１１８４位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
さらに、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４１０６４位のグアニン残基が、アデニン残基に変異している場合、上記「ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０２５２８３．６（更新日：２００２年９月５日）として登録されているヒト第１６染色体の塩基配列中の第１４０９８１位〜第１４０９８２位、第１４０９８４位〜第１４０９８５位、第１４０９８８位〜第１４０９８９位、第１４０９９２位〜第１４０９９３位、第１４０９９７位〜第１４０９９８位、第１４０９９９位〜第１４１０００位、第１４１００２位〜第１４１００３位、第１４１００９位〜第１４１０１０位、第１４１０１４位〜第１４１０１５位、第１４１０３４位〜第１４１０３５位、第１４１０５２位〜第１４１０５３位、第１４１０７３位〜第１４１０７４位、第１４１０７６位〜第１４１０７７位、第１４１０８２位〜第１４１０８３位、第１４１０８７位〜第１４１０８８位、第１４１１０３位〜第１４１１０４位、第１４１１２６位〜第１４１１２７位、第１４１１３７位〜第１４１１３８位、又は第１４１１８３位〜第１４１１８４位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００２６】
上記「ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６０９０位〜第１０６３６０位の領域（配列番号８）を好適に例示することができ、また、上記「ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６１１５位〜第１０６１１６位、第１０６１１７位〜第１０６１１８位、第１０６１２３位〜第１０６１２４位、第１０６１２７位〜第１０６１２８位、第１０６１２９位〜第１０６１３０位、第１０６１３８位〜第１０６１３９位、第１０６１４２位〜第１０６１４３位、第１０６１４７位〜第１０６１４８位、第１０６１４９位〜第１０６１５０位、第１０６１６８位〜第１０６１６９位、第１０６１７３位〜第１０６１７４位、第１０６１９７位〜第１０６１９８位、第１０６２０７位〜第１０６２０８位、第１０６２２０位〜第１０６２２１位、第１０６２２５位〜第１０６２２６位、第１０６２３５位〜第１０６２３６位、第１０６２４９位〜第１０６２５０位、第１０６２５９位〜第１０６２６０位、第１０６２７５位〜第１０６２７６位、第１０６２８５位〜第１０６２８６位、第１０６３０３位〜第１０６３０４位、第１０６３０７位〜第１０６３０８位、第１０６３１３位〜第１０６３１４位、第１０６３１７位〜第１０６３１８位、第１０６３２８位〜第１０６３２９位、又は第１０６３３３位〜第１０６３３４位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
さらに、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６２３５位のシトシン残基が、チミン残基に変異している場合、上記「ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣ０１１４８７．５（更新日：２００１年２月２８日）として登録されているヒト第１９染色体の塩基配列中の第１０６１１５位〜第１０６１１６位、第１０６１１７位〜第１０６１１８位、第１０６１２３位〜第１０６１２４位、第１０６１２７位〜第１０６１２８位、第１０６１２９位〜第１０６１３０位、第１０６１３８位〜第１０６１３９位、第１０６１４２位〜第１０６１４３位、第１０６１４７位〜第１０６１４８位、第１０６１４９位〜第１０６１５０位、第１０６１６８位〜第１０６１６９位、第１０６１７３位〜第１０６１７４位、第１０６１９７位〜第１０６１９８位、第１０６２０７位〜第１０６２０８位、第１０６２２０位〜第１０６２２１位、第１０６２２５位〜第１０６２２６位、第１０６２４９位〜第１０６２５０位、第１０６２５９位〜第１０６２６０位、第１０６２７５位〜第１０６２７６位、第１０６２８５位〜第１０６２８６位、第１０６３０３位〜第１０６３０４位、第１０６３０７位〜第１０６３０８位、第１０６３１３位〜第１０６３１４位、第１０６３１７位〜第１０６３１８位、第１０６３２８位〜第１０６３２９位、又は第１０６３３３位〜第１０６３３４位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００２７】
上記「ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１１０１１５．３８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第２０８２０位〜第２１１４７位の領域（配列番号９）を好適に例示することができ、また、上記「ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１１０１１５．３８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第２０８４４位〜第２０８４５位、第２０８７２位〜第２０８７３位、第２０８８３位〜第２０８８４位、第２０８９２位〜第２０８９３位、第２０８９８位〜第２０８９９位、第２０９０３位〜第２０９０４位、第２０９０８位〜第２０９０９位、第２０９１９位〜第２０９２０位、第２０９３９位〜第２０９４０位、第２０９４４位〜第２０９４５位、第２０９５１位〜第２０９５２位、第２０９５３位〜第２０９５４位、第２０９７２位〜第２０９７３位、第２０９７９位〜第２０９８０位、第２０９８５位〜第２０９８６位、第２０９９５位〜第２０９９６位、第２１００７位〜第２１００８位、第２１００９位〜第２１０１０位、第２１０１４位〜第２１０１５位、第２１０１８位〜第２１０１９位、第２１０２０位〜第２１０２１位、第２１０２３位〜第２１０２４位、第２１０４７位〜第２１０４８位、第２１０６４位〜第２１０６５位、第２１０８２位〜第２１０８３位、又は第２１０８６位〜第２１０８７位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００２８】
上記「ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１０９６１４．２８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第６１６３３位〜第６１９０２位の領域（配列番号１０）を好適に例示することができ、また、上記「ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ１０９６１４．２８（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第６１６５９位〜第６１６６０位、第６１６６６位〜第６１６６７位、第６１７０８位〜第６１７０９位、第６１７１９位〜第６１７２０位、第６１７５７位〜第６１７５８位、第６１７５９位〜第６１７６０位、第６１７６５位〜第６１７６６位、第６１７７８位〜第６１７７９位、第６１７８２位〜第６１７８３位、第６１７９５位〜第６１７９６位、第６１７９７位〜第６１７９８位、第６１８０４位〜第６１８０５位、第６１８０６位〜第６１８０７位、第６１８１２位〜第６１８１３位、第６１８２０位〜第６１８２１位、第６１８３０位〜第６１８３１位、第６１８３７位〜第６１８３８位、第６１８４６位〜第６１８４７位、第６１８５３位〜第６１８５４位、又は第６１８７０位〜第６１８７１位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００２９】
上記「Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ０３１６８１．１６（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１６１４２８位〜第１６１７５８位の領域（配列番号１１）を好適に例示することができ、また、上記「Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＬ０３１６８１．１６（更新日：２００９年１月１３日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の１６１４５４位〜第１６１４５５位、第１６１４８０位〜第１６１４８１位、第１６１４９７位〜第１６１４９８位、第１６１５１７位〜第１６１５１８位、第１６１５２３位〜第１６１５２４位、第１６１５４１位〜第１６１５４２位、第１６１５４５位〜第１６１５４６位、第１６１５５２位〜第１６１５５３位、第１６１５７１位〜第１６１５７２位、第１６１５７３位〜第１６１５７４位、第１６１５８４位〜第１６１５８５位、第１６１５９２位〜第１６１５９３位、第１６１６０３位〜第１６１６０４位、第１６１６１５位〜第１６１６１６位、第１６１６３３位〜第１６１６３４位、第１６１６４０位〜第１６１６４１位、第１６１６４７位〜第１６１６４８位、第１６１６５８位〜第１６１６５９位、第１６１６６４位〜第１６１６６５位、第１６１６７０位〜第１６１６７１位、第１６１６７９位〜第１６１６８０位、第１６１６８７位〜第１６１６８８位、第１６１６９０位〜第１６１６９１位、第１６１７００位〜第１６１７０１位、第１６１７０５位〜第１６１７０６位、第１６１７２０位〜第１６１７２１位、又は第１６１７３３位〜第１６１７３４位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００３０】
上記「ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２５１７６０．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１２５７７位〜第１２８８８位の領域（配列番号１２）を好適に例示することができ、また、上記「ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２５１７６０．１（更新日：２００６年１１月１４日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１２６１５位〜第１２６１６位、第１２６２０位〜第１２６２１位、第１２６２４位〜第１２６２５位、第１２６３１位〜第１２６３２位、第１２６３９位〜第１２６４０位、第１２６４６位〜第１２６４７位、第１２６５９位〜第１２６６０位、第１２６６６位〜第１２６６７位、第１２６６８位〜第１２６６９位、第１２６７０位〜第１２６７１位、第１２６９９位〜第１２７００位、第１２７０６位〜第１２７０７位、第１２７１９位〜第１２７２０位、第１２７３５位〜第１２７３６位、第１２７９２位〜第１２７９３位、第１２８０６位〜第１２８０７位、第１２８２８位〜第１２８２９位、第１２８３５位〜第１２８３６位、第１２８５９位〜第１２８６０位、又は第１２８６２位〜第１２８６３位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００３１】
上記「ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域」としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２４６９８３．１（更新日：２０００年１１月２０日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１６９８位〜第１９３３位の領域（配列番号１３を好適に例示することができ、また、上記「ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域」に含まれるＣｐＧ配列としては、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＦ２４６９８３．１（更新日：２０００年１１月２０日）として登録されているヒト第２０染色体の塩基配列中の第１７２７位〜第１７２８位、第１７３４位〜第１７３５位、第１７３７位〜第１７３８位、第１７４７位〜第１７４８位、第１７４９位〜第１７５０位、第１７５７位〜第１７５８位、第１７６２位〜第１７６３位、第１７６６位〜第１７６７位、第１７６９位〜第１７７０位、第１７８２位〜第１７８３位、第１７８５位〜第１７８６位、第１７９１位〜第１７９２位、第１８０７位〜第１８０８位、第１８１１位〜第１８１２位、第１８１５位〜第１８１６位、第１８１８位〜第１８１９位、第１８３１位〜第１８３２位、第１８３６位〜第１８３７位、第１８４２位〜第１８４３位、第１８８３位〜第１８８４位、又は第１９０８位〜第１９０９位のＣｐＧ配列を好適に例示することができる。
【００３２】
上述のように、上記工程（ｂ）は、上記工程（ａ）により抽出されたゲノムＤＮＡにおける、本発明の母性インプリント遺伝子群より選択される１又は２以上の母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化の程度を測定する工程であれば特に制限されるものではないが、本発明の母性インプリント遺伝子群より２以上の母性インプリント遺伝子を選択して、それぞれのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化の程度を測定する工程であることが好ましく、本発明の母性インプリント遺伝子群より全ての（１３の）母性インプリント遺伝子を選択して、それぞれのアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化の程度を測定する工程であることがさらに好ましい。また、上記工程（ｂ）においは、選択された母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のうち、少なくとも１つのＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化を測定すればよいが、複数のＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化を測定することがより好ましく、選択された母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域に含まれる全てのＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化を測定することがさらに好ましい。さらに、上記本発明の工程（ｂ）は、本発明の母性インプリント遺伝子群のアレル特異的メチル化領域に加えて、他の公知の父性又は母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化の程度を測定する工程を含むものであってもよく、具体的には、例えば、Ｈ１９、ＺＤＢＦ２等の父性インプリント遺伝子や、ＬＩＴ１等の母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化の程度を測定する工程を含むことができる。
【００３３】
下記の実施例に記載されているように、上記「本発明の母性インプリント遺伝子群」のアレル特異的メチル化領域は、正常個体から採取した血液由来のゲノムＤＮＡにおいては、ほぼ１００％メチル化されたアレルと、ほぼ１００％脱メチル化されたアレルが１：１の割合で混在しているが、正常個体から採取した精子由来のゲノムＤＮＡにおいては、高メチル化されたアレルは存在しておらず、ほぼ１００％脱メチル化されたアレルのみが存在していることが明らかにされている。これらの結果から、上記「本発明の母性インプリント遺伝子群」は、正常個体においては父方アレルの遺伝子のみが機能し、母方アレルの遺伝子は機能しないと考えられる。そのため、もし、精子ゲノムＤＮＡにおいて、上記「本発明の母性インプリント遺伝子群」のアレル特異的メチル化領域が高度にメチル化されている場合には、本来機能すべき父方アレルの遺伝子が機能できないので、該精子由来の子供はインプリント異常症を発症する恐れがあると考えられる。
したがって、本発明の評価方法においては、上記工程（ｂ）によって、被検者の精子ＤＮＡゲノムにおける、本発明の母性インプリント遺伝子群から選択される１又は２以上のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化の程度が高いという測定結果が得られた場合には、該被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクが存在する、或いは、リスクが高いと評価することができる。一方、上記工程（ｂ）によって、被検者の精子ＤＮＡゲノムにおける、本発明の母性インプリント遺伝子群から選択される１又は２以上のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列のシトシン残基のメチル化の程度が低いという測定結果が得られた場合には、該被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクが低いと評価することができる。ここで、「メチル化の程度」とは、上記工程（ｂ）において、測定の対象とされたアレル特異的メチル化領域に含まれる、全ＣｐＧ配列数に対するメチル化ＣｐＧ配列数の割合（メチル化率）を意味し、「メチル化の程度が高い」とは、例えば、メチル化率が５０％以上、より好ましくは７０％以上、さらに好ましくは９０％以上であることを意味し、また、「メチル化の程度が低い」とは、例えば、メチル化率が２０％以下、より好ましくは１０％以上、さらに好ましくは５％以下であることを意味する。
【００３４】
上記工程（ｂ）において、メチル化の程度を測定する方法としては、特に制限されないが、具体的には、例えば、バイサルファイトシークエンス法、ＣＧＨ（Comparative Genomic Hybridization）法、マスアレイ法、Methylation-specific PCR法、MethylLight法、サザンブロット法、ＣＯＢＲＡ（Combined Bisulfite Restriction Analysis）法、ＢＡＭＣＡ（Bacterial artificial chromosome array-based methylated CpG island amplification）法、メチレーションチップ法等を好適に挙げることができ、中でも、バイサルファイトシークエンス法を特に好適に挙げることができる。上記バイサルファイトシークエンス法に用いるプライマーセットとしては、本発明の母性インプリント遺伝子のアレル特異的メチル化領域に含まれるＣｐＧ配列の、少なくとも１以上を含む領域を特異的に増幅できるように設計されたプライマーセットであればどのようなものであってもよいが、具体的には、例えば、ｉ）配列番号１４及び１５に示される塩基配列からなる、ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、ii）配列番号１６及び１７に示される塩基配列からなる、ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、iii）配列番号１８及び１９に示される塩基配列からなる、ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、iv）配列番号２０及び２１に示される塩基配列からなる、ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、ｖ）配列番号２２及び２３に示される塩基配列からなる、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、vi）配列番号２４及び２５に示される塩基配列からなる、ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、vii）配列番号２６及び２７に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、viii）配列番号２８及び２９に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、ix）配列番号３０及び３１に示される塩基配列からなる、ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、x）配列番号３２及び３３に示される塩基配列からなる、ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、xi）配列番号３４及び３５に示される塩基配列からなる、Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、xii）配列番号３６及び３７に示される塩基配列からなる、ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、xiii）配列番号３８及び３９に示される塩基配列からなる、ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット等を好適に挙げることができる。
【００３５】
また、本発明の被検者の子孫がインプリント異常症を発症するリスクを評価するための検査キット（以下、「本発明の検査キット」と記載する場合がある）としては、ｉ）配列番号１４及び１５に示される塩基配列からなる、ＤＩＲＡＳ３のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、ii）配列番号１６及び１７に示される塩基配列からなる、ＮＡＰ１Ｌ５のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、iii）配列番号１８及び１９に示される塩基配列からなる、ＦＡＭ５０Ｂのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、iv）配列番号２０及び２１に示される塩基配列からなる、ＧＲＢ１０のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、ｖ）配列番号２２及び２３に示される塩基配列からなる、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、vi）配列番号２４及び２５に示される塩基配列からなる、ＲＢ１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、vii）配列番号２６及び２７に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ５９７のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、viii）配列番号２８及び２９に示される塩基配列からなる、ＺＮＦ３３１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、ix）配列番号３０及び３１に示される塩基配列からなる、ＰＳＩＭＣＴ−１のアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、x）配列番号３２及び３３に示される塩基配列からなる、ＮＮＡＴのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、xi）配列番号３４及び３５に示される塩基配列からなる、Ｌ３ＭＢＴＬのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、xii）配列番号３６及び３７に示される塩基配列からなる、ＮＥＳＰＡＳのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、xiii）配列番号３８及び３９に示される塩基配列からなる、ＧＮＡＳ１Ａのアレル特異的メチル化領域を増幅させるためのプライマーセット、のｉ）〜xiii）より選択される１又は２以上のプライマーセットを備えるものであれば特に制限されず、また、本発明の検査キットは、さらにバイサルファイトシークエンス法を行うための試薬等を備えるたものであってもよい。
【００３６】
以下、実施例を用いて本発明をさらに具体的に説明するが、本発明の技術的範囲はこれらの実施例に限定されるものではない。
【実施例１】
【００３７】
正常個体及びインプリント異常症患者から、血液及び精子を採取し、Kobayashi et al.,（Hum Mol Genet. 2007; 16: 2542-51）等に記載された標準的な方法に従って、ゲノムＤＮＡを抽出した。なお、本研究は、患者の同意のもと倫理委員会の承認を受けて行った。
【実施例２】
【００３８】
［正常個体由来の精子及び血液を用いた解析］
２０の正常個体由来の精子及び血液サンプルを用いて、これまでに報告されている２２のｇＤＭＲ（ヒト生殖細胞におけるＤＮＡメチル化差異領域；germline Differentially Methylated Region）、すなわち、ＺＤＢＦ２、Ｈ１９、ＧＴＬ２、ＺＡＣ、ＰＥＧ１、ＬＩＴ１、ＳＮＲＰＮ、ＬＩＮＥ−１、Ａｌｕ、ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＧＲＢ１０、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＲＢ１、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、及びＧＮＡＳ１Ａにおける一塩基多型（ＳＮＰ）を解析した。また、繰り返し配列（ＬＩＮＥＩ及びＡｌｕ）についても併せて解析した。さらに、精子及び血液サンプル由来のゲノムＤＮＤにおける、上記２２のｇＤＭＲのメチル化状態をバイサルファイトシークエンス法によって確認した。表１に、解析した遺伝子又は領域名と、ＳＮＰ解析及びバイサルファイトシークエンス法に用いたプライマー配列をそれぞれ示す。【００３９】
【表１】
2013171791.tif 000002
【００４０】
バイサルファイトシークエンス法による解析は、Kobayashi et al.,（Hum Mol Genet. 2007; 16: 2542-51）等に記載された方法に従って行った。すなわち、表１に示すプライマーセットを用いてＰＣＲを行い、得られたＰＣＲ産物を精製してｐＧＥＭ−Ｔベクター（プロメガ社製）にクローニングした。それぞれのクローンの配列を、Ｍ１３リバースプライマーと、Ｐｒｉｓｍ  ３１３０ｘｌジェネティックアナライザ（アプライドバイオシステム社製）とを用いて解析した。ひとつのサンプルにつき、平均２０クローンの配列を解析した。【００４１】
解析の結果を図１〜２４に示す。図１〜３に示すように、正常精子由来のゲノムＤＮＡにおいて、父性ＤＭＲ（ＺＤＢＦ２、Ｈ１９、ＧＴＬ２）はほぼ完全にメチル化状態にあること、一方、図４〜２２に示すように、正常精子由来のゲノムＤＮＡにおいて、母性ＤＭＡ（ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＺＡＣ，ＧＲＢ１０、ＰＥＧ１０、ＰＥＧ１、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＬＩＴ１、ＲＢ１、ＳＮＲＰＮ、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＥＧ３、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、ＧＮＡＳ１Ａ）はほぼ完全に非メチル化状態にあることが明らかとなった。また、血液由来のゲノムＤＮＡにおいては、父性ＤＭＲ及び母性ＤＮＲはともに約５０％のメチル化状態にあることが明らかとなった。以上の結果は、ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＧＲＢ１０、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＲＢ１、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、及びＧＮＡＳ１Ａが母性インプリント遺伝子であることを明確に示すものである。【００４２】
また、上記のＤＭＲについてＳＮＰ解析を行った結果、正常個体から採取した精子及び血液由来のゲノムＤＮＡにおいて、ＳＮＰが存在することがはじめて明らかとなった（図１〜２２）。これらのＳＮＰｓの情報は、上記ＤＭＲのメチル化状態をバイサルファイトシークエンス法によって解析する際に非常に有用なものである。
【実施例３】
【００４３】
［ＳＲＳ患者由来の血液を用いた解析］
ラッセルシルバー症候群（ＳＲＳ）患者においては、Ｈ１９の低メチル化が認められることが知られており、さらに、他の様々な領域におけるメチル化がＳＲＳに関与する可能性が示唆されている。本実施例においては、Ｈ１９のメチル化異常が既に確認されている、１５例のＳＲＳ患者（５例のＡＲＴにより出生したＳＲＳ患者、及び１０例の自然生殖によって出生したＳＲＳ患者）から血液を採取してゲノムＤＮＡを抽出し、３種類の父性ＤＭＲ（ＺＤＢＦ２、Ｈ１９、ＧＴＬ２）、及び１９種類の母性ＤＭＡ（ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＺＡＣ，ＧＲＢ１０、ＰＥＧ１０、ＰＥＧ１、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＬＩＴ１、ＲＢ１、ＳＮＲＰＮ、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＥＧ３、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、ＧＮＡＳ１Ａ）のメチル化状態を解析した。【００４４】
解析の結果を、図２５〜２９、表２、及び表４〜６に示す。５例のＡＲＴ出生ＳＲＳ患者のうちの４例では、Ｈ１９以外の母性及び父性ｇＤＭＲにおいてメチル化異常が確認された。これらの４例のＳＲＳ患者では、高メチル化（hypermethylation）及び低メチル（hypomethylation）が混ざったモザイクパターンを示すことが明らかとなった。一方、自然生殖によって出生したＳＲＳ患者では、１０例のうち３例のみでＨ１９以外の母性及び父性ｇＤＭＲにおいてメチル化異常が確認された。【００４５】
また、これらの患者におけるＤＮＡメチル化異常がより広い範囲で認められるかどうかを確認するために、非インプリント領域であるＬＩＮＥ１及びＡｌｕのメチル化プロファイルを解析した。具体的には、ＬＩＮＥ１の４１３ｂｐのフラグメントに含まれる２８のＣｐＧ配列、及びＡｌｕの１５２ｂｐのフラグメントに含まれる１２のＣｐＧ配列のメチル化状態を解析した。その結果、表７に示すように、ＡＲＴにより出生したＳＲＳ患者と、自然生殖によって出生したＳＲＳ患者とでは、ＬＩＮＥ１及びＡｌｕのメチル化率に有意な差は認められなかった。
【実施例４】
【００４６】
［ＢＷＳ患者由来の血液を用いた解析］
ベックウィズ・ヴィードマン症候群（ＢＷＳ）患者においては、Ｈ１９の高メチル化、又はＬＩＴ１の低メチル化が認められることが報告されている。本実施例においては、ＬＩＴ１のメチル化異常が既に確認されている、７例のＢＷＳ患者（１例のＡＲＴにより出生したＢＷＳ患者、及び６例の自然生殖によって出生したＢＥＳ患者）から血液を採取して、ゲノムＤＮＡを抽出し、３種類の父性ＤＭＲ（ＺＤＢＦ２、Ｈ１９、ＧＴＬ２）、及び１９種類の母性ＤＭＡ（ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＺＡＣ，ＧＲＢ１０、ＰＥＧ１０、ＰＥＧ１、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＬＩＴ１、ＲＢ１、ＳＮＲＰＮ、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＥＧ３、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、ＧＮＡＳ１Ａ）のメチル化状態を解析した。【００４７】
解析の結果を、図３０、表３〜６に示す。１例のＡＲＴ出生ＢＷＳ患者では、４つのＤＭＲにおいて異常な高メチル化（hypermethylation）及び低メチル化（hypomethylation）が認められた。また、自然生殖によって出生した６例のＢＷＳ患者のうちの１例では、上記ＡＲＴ出生ＢＷＳ患者と類似したメチル化異常が認められた。【００４８】
以上の結果から、ＳＲＳやＢＷＳ等のインプリント異常症の発症には、従来知られていたＨ１９、ＺＤＢＦ２、及びＬＩＴ１等のｇＤＭＲにおけるメチル化異常だけでなく、新規母性インプリント遺伝子（ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＧＲＢ１０、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＲＢ１、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、及びＧＮＡＳ１Ａ）のｇＤＭＲ、特に、ＧＲＢ１０、ＺＮＦ５９７、ＩＮＰＰ５ＦＶ２、ＺＮＦ３３１、及びＦＡＭ５０ＢのｇＤＭＲにおけるメチル化異常が関与することが示唆された。【００４９】
表２：ＳＲＳ患者においてメチル化異常が確認されたＤＭＲ。
【表２】
2013171791.tif 000003
【００５０】
表３：ＢＷＳ患者においてメチル化異常が確認されたＤＭＲ。
【表３】
2013171791.tif 000004
【００５１】
表４：ＳＲＳ患者、ＢＷＳ患者、及び正常個体における父性ＤＭＲ（ＦＤＢＦ２、Ｈ１９、ＩＧ−ＤＭＲ）のメチル化率。
【表４】
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【００５２】
表５：ＳＲＳ患者、ＢＷＳ患者、及び正常個体における母性ＤＭＲ（ＤＩＲＡＳ３、ＮＡＰ１Ｌ５、ＦＡＭ５０Ｂ、ＺＡＣ、ＧＲＢ１０、ＰＥＢ１０、ＰＥＧ１、ＩＮＰＰ５Ｆｖ２、ＬＩＴ１、ＲＢ１）のメチル化率。
【表５】
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【００５３】
表６：ＳＲＳ患者、ＢＷＳ患者、及び正常個体における母性ＤＭＲ（ＳＮＲＰＮ、ＺＮＦ５９７、ＺＮＦ３３１、ＰＥＧ３、ＰＳＩＭＣＴ−１、ＮＮＡＴ、Ｌ３ＭＢＴＬ、ＮＥＳＰＡＳ、ＧＮＡＳ）のメチル化率。
【表６】
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【００５４】
表７：ＳＲＳ患者、ＢＷＳ患者、及び正常個体における非インプリント領域（Ａｌｕ、ＬＩＮＥ１）のメチル化率。
【表７】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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