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　特願２０００−１０７６０４「クローン化グルタミン酸デカルボキシラーゼ」拒絶査定不服審判事件〔平成１２年１２月　５日出願公開、特開２０００−３３３６７１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯及び本願発明 
　本願は、１９９１年９月２３日を国際出願日とする特願平３−５１８２５９号の一部を，特許法第４４条第１項の規定により，平成１２年４月１０日に新たな出願としたものであり（パリ条約による優先権主張外国庁受理１９９０年９月２１日、米国），平成１８年１２月２５日付で拒絶査定がなされ，平成１９年３月２６日に拒絶査定不服審判の請求がなされ，同日付で特許請求の範囲についての補正がなされたものである。 
　そして，その請求項１に係る発明は、上記の平成１９年３月２６日付けで補正された明細書の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１に記載された以下のとおりのものと認められる（以下、「本願発明」という。）。 
 
「【請求項１】　以下の（ａ）−（ｃ）から選択される組換えＧＡＤ６５ポリペプチド： 
（ａ）図２−図４に示すアミノ酸配列をもつタンパク質； 
（ｂ）図５−図８に示すアミノ酸配列をもつタンパク質； 
（ｃ）図２−図４又は図５−図８に示すアミノ酸配列において１もしくは数個のアミノ酸が欠失、置換もしくは付加されたアミノ酸配列からなる（ａ）もしくは（ｂ）由来のタンパク質であって、かつグルタミン酸デカルボキシラーゼ活性を有するタンパク質。」 
　 
第２　引用文献の記載  
　原査定の拒絶の理由で引用された，本願の優先日前に頒布された引用文献３及び２には，以下の事項が記載されている。 
　 
１．引用文献３（The Journal of Neuroscience, Vol.8, No.6,1988 p.2123-2130 ）  
（１）「ＧＡＤ−１免疫親和性カラムは、ラット脳ホモジネートの細胞質分画からＧＡＤ活性を濃縮された画分を得るために使用された。最も濃縮された画分は、ニワトリ脳からのものと区別がつかない一連のタンパク質を含んでいた。最も顕著なバンドは明らかに５９ｋＤａの分子量を有するものであった。他のバンドとして、６３ｋＤａと、５５ｋＤａを中心とする一連の約３つのバンドが存在した。ラット脳の膜分画からの精製は、似た図を示す。５９ｋＤａと６３ｋＤａタンパク質は明瞭に存在し、より少ない量で低分子量成分が存在した。ＨＰＬＣにより自然な形のままでこれらのバンドを分離するすべての試みは失敗した。５９ｋＤａタンパク質は、予備的ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって単離され、臭化シアンによる切断により断片化された。配列分析によると、このタンパク質は，酵素的に活性なＧＡＤをコードしていることが示されているネコのＧＡＤｃＤＮＡ（Kaufman et al., 1986; Kobayashi et al.,1987）と強い相同性を有していることを示した。５９ｋＤａラットタンパク質とネコタンパク質間の相同性は、３つの可能な方法によって説明することができる。・・・これらの選択肢の中から一つを選ぶには、免疫精製したタンパク質および対応するｃＤＮＡのさらなる解析が必要である。Kobayashi et al.(1987)によると、ネコＧＡＤｃＤＮＡは、６６ｋＤａのタンパク質をコードする。われわれの抗体を使って免疫沈殿させた５９ｋＤａの相同体と、予想されている分子量の間に矛盾があるのは、種の違いやタンパク質がゲル上で異常な移動を示すこと、又は、生合成の際のタンパク質分解で除去された配列が存在していることによるものであろう。」（第２１２９頁左欄１５行〜５０行） 
　  
（２）「ＧＡＤの構造が解明できることを期待して、我々はＧＡＤ−１モノクローナル抗体で認識されたタンパク質について研究した。59kDaタンパク質は、精製され、部分的に配列決定された。」（第２１２４頁左欄１行〜３行）  
　  
（３）表２には、ネコＧＡＤｃＤＮＡから推測されるＧＡＤアミノ酸配列とラット５９ｋＤタンパク質の部分アミノ酸配列との比較が記載されており、両者において保存されているアミノ酸は、実線により囲まれている。（第２１２６頁表２） 
 
（４）「比較的長い一致した配列が存在し，１２アミノ酸残基のものが１つ，１０アミノ酸残基のものが１つ，８アミノ酸残基のものが１つ，５アミノ酸残基のものが１つであった。」（２１２６頁右欄２５行〜２７行，」 
　  
（５）「ＧＡＤが重要な機能を有することは以前からわかっていたが、この酵素の構造や細胞内での分布に関する主要な疑問点はまだ解明されていない。ＧＡＤは、最初に出発材料としてマウス脳を使用して、Robertsとその共同研究者によって幅広く精製された（Wu et al.,1973）。ほとんどの精製された分画のSDS-PAGEは、１５から118kDaの範囲の分子量を有する７つのタンパク質バンドを含んでいた（Wu 1976）。これらのデータに基づいて、ＧＡＤは、15kDaタンパク質のホモマルチマーからなることが提案された。その後、ＧＡＤは、ラットの脳からWuとその共同研究者によって精製された。最も広く精製された物質は、４０と８０ｋＤａのポリペプチドで構成されていた（Denner et al.,1987）マウスから精製されたそれらと、これらのタンパク質との関係は、研究されていない。Spink et al.(1985)は、ブタ脳から精製されたＧＡＤは、60kDaの単一のポリペプチドであることを提唱した。最近、Legay et al.(1987a,b)は、59と63kDaのタンパク質を沈殿させる、ラット脳ＧＡＤのモノクローナル抗体について述べている。このように、文献によって提唱されているＧＡＤ構造には、大きな不一致がある。」（第２１２３頁右欄３〜２２行） 
　 
２．引用文献２（Nature, Vol.347,1990.Sep.13, p.151-156 ）  
（１）「相対分子量６４０００（６４Ｋ）の膵島β細胞自己抗原は、インシュリン依存糖尿病（ＩＤＤＭ）の進行に関係する自己抗体の主要な標的であり、抑制神経伝達物質であるＧＡＢＡ（γ−アミノ酪酸）の生合成酵素であるグルタミン酸デカルボキシラーゼとして同定された。」（１５１頁左欄１行〜８行）  
　  
（２）「珍しいが深刻な神経疾患であるスティッフマン症候群（ＳＭＳ）のほとんどの患者は、ＧＡＢＡ分泌ニューロンに対する自己抗体を有している。グルタミン酸からＧＡＢＡを合成する酵素であるグルタミン酸デカルボキシラーゼ（ＧＡＤ）は、主な自己抗原である。驚いたことに、ＧＡＢＡ分泌ニューロンに対する自己抗体に陽性であるほとんどすべての患者は、膵島細胞質抗原にも陽性であることが、膵臓部位の免疫蛍光によって示され、そしてかなりの割合でＩＤＤＭを有している。ＧＡＤは選択的に中枢神経系のＧＡＢＡ分泌ニューロンにおいて発現している。ニューロン以外では、ＧＡＤは膵臓β細胞において高いレベルで見つかっている。  
脳には、少なくとも２つのＧＡＤアイソマーがあり、ＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動によりそれらの移動性に差があることが解析されている。それらの分子量は、５９−６６Ｋであるといわれている。  
　ＩＤＤＭは、ＳＭＳと頻繁に関連する自己免疫疾患であり、ＧＡＤと６４Ｋ自己抗原の性質のいくつかは似ていることから、我々は、それらは同じタンパク質であると仮定した。ここで、我々は、ＩＤＤＭの６４Ｋ自己抗原は膵臓β細胞におけるＧＡＤと同じであることを示す。」（１５１頁右欄１４行〜１５２頁左欄８行） 
 
（３）「我々はまず、ラット脳ＧＡＤに対する羊の抗血清であるＳ３血清と、ＧＡＤ抗体に陽性なＳＭＳ患者からの血清は、ラット膵島からの６４Ｋ自己抗原を免疫沈降するかどうか評価した。我々は、部分的に６４Ｋ抗原に富んだ、［３５Ｓ］メチオニン標識ラット膵島分画を使用した。ＧＡＤ抗体に陽性の血清（抗ＧＡＤ血清）は、ＩＤＤＭ血清によって免疫沈降される６４Ｋα／β自己抗原と同じＳＤＳ−ＰＡＧＥにおける移動性を有する［３５Ｓ］メチオニン標識タンパク質のダブレットを免疫沈降した。抗６４Ｋ血清と抗ＧＡＤ血清によって認識されるタンパク質が同じものであるかどうか評価するため、抗ＧＡＤ血清によって免疫沈降の結果生じた上清は、抗６４KＩＤＤＭ血清によって再び沈降させた。同様に、抗６４Ｋ　ＩＤＤＭ血清によって免疫沈降の結果生じた上清を、再び抗ＧＡＤ血清で沈降させた。その結果、抗ＧＡＤ血清と抗６４ｋ血清はそれぞれ、定量的に、血清の他のグループによって認識されるタンパク質を除去した。抗ＧＡＤ血清と抗６４Ｋ血清は、完全な交差反応性を示し、６４Ｋタンパク質はラット膵島のＧＡＤと同じタンパク質であることが強く示唆される。」（１５２頁左欄１０行〜１５２頁右欄１行） 
 
（４）「抗ＧＡＤ血清と抗６４Ｋ　ＩＤＤＭ血清は、ラット膵島由来の同じタンパク質を認識する。」（１５２頁図１注釈１行〜２行） 
 
（５）「抗６４Ｋ抗体は、脳と膵島由来のＧＡＤを免疫沈降する。」（１５３頁図２注釈１行） 
　  
第３　当審の判断  
　 
１．本願発明について  
　本願発明は、請求項１に（ａ）〜（ｃ）として規定されたタンパク質から選択される組換えＧＡＤ６５ポリペプチドに関するものであるが、そのタンパク質として、「（ａ）図２−４に示すアミノ酸配列をもつタンパク質」（注：実際に実施例で取得されたラット脳由来のＧＡＤタンパク質）が選択肢として記載されている。そこで，本願発明のうち，この選択肢に係る態様のポリペプチド，すなわち，「図２−４に示すアミノ酸配列をもつタンパク質である組換えＧＡＤ６５ポリペプチド」（以下「本願発明ａ」という。）の発明を，当業者が容易に発明することができたものであるか否かについて以下検討する。  
　 
２．対比 
　本願発明ａの「組換えＧＡＤ６５ポリペプチド」は，「組換え」という語の意味，及び，本願の明細書の【００６３】〜【００６９】の記載からみて，図２−４にアミノ酸配列とともに併記された，該アミノ酸配列をコードする塩基配列を有するｃＤＮＡ等をバクテリア等の宿主で発現させることにより得られるものであると認められる。 
　そこで，本願発明ａと引用文献３に記載された事項とを比較すると，両者は，ラット由来のＧＡＤに関連するタンパク質に関するものである点で一致するが、以下の点で相違する。 
　 
相違点１：本願発明ａは「組換えＧＡＤ６５ポリペプチド」であり，その製造には，該ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ等が必要であるところ，引用文献３には，そのようなＧＡＤ関連タンパク質をコードするｃＤＮＡについては記載されておらず，該ｃＤＮＡを発現させて組換えポリペプチドを得ることも，該ポリペプチドの全長のアミノ酸配列も記載されていない点 
　 
相違点２：本願発明ａは，ＧＡＤ６５ポリペプチド，すなわち，その分子量が６５ｋＤａのものであるのに対し，引用文献３には、ラットＧＡＤ関連タンパク質の分子量については，断片のアミノ酸配列が分析されたネコＧＡＤ６７の相同体の分子量が，５９Ｄａであったことが記載されているものの，６５ｋＤａであることは記載されていない点 
　 
相違点３：本願発明ａは，そのＧＡＤ活性が確認されているのに対し，引用文献３では、記載されたラットＧＡＤ関連タンパク質がＧＡＤ活性を有することについては，示唆されるに留まっている点 
　 
３．各相違点についての判断 
　 
（１）相違点１について 
　引用文献３には、それまで複数の文献において報告されているラット脳由来のＧＡＤタンパク質の分子量には矛盾があったため、ＧＡＤタンパク質の構造を明らかにすることを目的として、ラット脳ホモジェネートの細胞質ゾルをモノクローナル抗体ＧＡＤ−１の免疫親和性カラムにかけ、これをＳＤＳ−ＰＡＧＥで分析した結果、５９ｋＤ、６３ｋＤ及び５５ｋＤ付近の一群のバンドを検出し、さらに５９ｋＤタンパク質の部分アミノ酸配列決定したところ、ネコＧＡＤｃＤＮＡによりコードされるアミノ酸配列と高い相同性を有するものであることが記載されている。また、５９ｋＤタンパク質はＧＡＤ酵素活性を有するものであることが示唆されており、さらに対応するｃＤＮＡの解析を行う必要性が記載されている（前記記載事項（１）〜（３））。  
　  
　このような引用文献３の記載に接した当業者であれば、ネコＧＡＤと強い相同性を示した、ラット脳由来のＧＡＤ関連タンパク質である５９ｋＤタンパク質をコードするｃＤＮＡをクローニングしようとすることは、極めて自然なことである。その際、ＧＡＤが発現しているラット脳由来のｃＤＮＡライブラリーを構築し、ラットの５９ｋＤタンパク質の部分アミノ酸配列とネコＧＡＤのアミノ酸配列間で保存された領域（前記記載事項（３））を基に縮重プライマーを調製し、該ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングすることにより、ラット脳由来のＧＡＤをコードするｃＤＮＡをクローニングすることは、当業者が容易に想到し得ることである。  
　また、これにより得られたｃＤＮＡがＧＡＤの全長をコードするものでなかった場合でも、さらに、本願優先日前における周知技術であった５’末端側又は３’末端側のDNA配列を決定するRACE法等の手法を適用して、全長ｃＤＮＡを得ることは当業者が容易に想到しうることである。 
　そして，ＧＡＤをコードするｃＤＮＡが得られれば，その塩基配列を解析し，それがコードするタンパク質のアミノ酸配列を明らかにすること，及び，それを適当な宿主に導入して組換えＧＡＤポリペプチドを得ることは，周知慣用技術によりきわめて容易に行うことができることである。 
　 
（２）相違点２について 
　引用文献３には，ネコＧＡＤと相同な５９ｋＤａタンパク質について，予想分子量との差について，種の違い，タンパク質のゲル上での異常な移動，生合成時の蛋白質分解の可能性をあげている（前記記載事項（１））。 
　また，本願発明ａのポリペプチドをコードするｃＤＮＡ自体が，この引用文献３に記載されたネコ及びラットの配列に基づいて設計したプライマーを用いてクローニングされたものである（本願明細書【００５３】）。 
　これらのことから，上記「（１）相違点１」で示したように引用文献３に記載された事項から容易に取得できるＧＡＤポリペプチドは，本願発明ａのポリペプチドと，この点において実質的に相違するものとはいえない。 
　 
（３）相違点３について 
　引用文献３には，５９ｋＤａタンパク質がＧＡＤ活性濃縮画分から得られているものであること，抗ＧＡＤ抗体により免疫沈降するものであること，及び，それが酵素的に活性なネコＧＡＤと強い相同性を示すことが記載されており（前記記載事項（１）），該５９ｋＤａタンパク質がＧＡＤ活性を有するものであることが強く示唆されている。 
　したがって，上記「（１）相違点１」で示したように，引用文献３に記載された事項から容易に取得できる組換えＧＡＤポリペプチドについて，引用文献３に示唆されているＧＡＤ活性を確認することは，当業者が容易に行うことができることである。 
　 
４．効果 
　本願の明細書には，本願発明ａの効果について，ＩＤＤＭ予測の診断手段として有用である旨の記載がある（【０１００】）。そこで，この効果について，検討する。 
　原査定において，引用文献２として引用されたNature, Vol.347, (1990.09.13), p.151-156には，前記記載事項（１）〜（５）から明らかなように，ＩＤＤＭの６４ｋＤａ自己抗原がＧＡＤと同じものであることが強く示唆されている。また，Lancet, Vol.335, 1990 Jun., p.1357-1360には，「インシュリン依存性糖尿病の進行に関連して、６４，０００Ｍｒ（６４ＫＡ）の膵島細胞タンパク質の自己抗体の存在を検査をした。・・・ＩＤＤの臨床的発症前の７５ヶ月の２８患者を詳細に調べたところ２３人において６４ＫＡは同定された。これらの２３人の６４ＫＡ陽性プレ糖尿病被験者のうち、５人はＩＣＡに陰性であり、１０人はＩＡＡを欠乏している。６４ＫＡは、３４才以前に糖尿病になる人々において、最もその前兆となるものである。数人において、６４ＫＡは他の自己抗体が出現する前に同定された。これらの発見は、６４ＫＡは、早期にそして有益なＩＤＤの予測マーカーであるかもしれないことを示唆している。」（１３５７頁左欄１行〜２０行）と記載されており，これらのことから，本願の優先日時点において，６４ｋＤａのＧＡＤ（本願発明ａのＧＡＤ６５）のＩＤＤＭ診断への利用可能性は，周知であったということができる。 
　したがって，本願発明ａの効果は，引用文献３及び周知の事項から予測しうる程度のものにすぎない。 
　 
５．審判請求人の主張について 
　 
（１）請求人の主張 
　ところで、審判請求人は、平成１９年５月７日付け手続補正書により補正された「請求の理由」において、別件の本願の原出願である特願平３−５１８２５９号に係る審決取り消し訴訟における原告準備書面の記載を引用して，本願発明の進歩性について主張している。その主張は，原出願に係る審決に対応するものであって，本願の拒絶査定に必ずしも対応するものとはいえないが，概略，下記のような主張であると認められる。 
　 
ア　引用文献３に開示された部分的なラットＧＡＤアミノ酸配列と、本願明細書の図に示すタンパク質（ラットＧＡＤ６５）のアミノ酸配列とを対比すると、明らかな違いが有り，これは引用文献３におけるラットＧＡＤ部分アミノ酸配列の誤りに基づくものであって，この誤りは本願発明のラットＧＡＤ６５を得ることを妨げる大きな要因となるものであり、引用文献３の引用発明としての適格性を欠くものである。 
　 
イ　本願出願当時の周知技術又は当業者の技術水準では、引用文献３の場合のような部分的なアミノ酸配列であって、しかもその中に幾つかの未知のギャップを含むものを手がかりに全長のアミノ酸配列を得ることは決してできない。 
　 
ウ　引用文献３の発表前後から本願発明当時までの、当業界における情報は混乱しており，単に引用文献３が本願出願の前に存在したという事実のみによって本願発明を評価することは不適切である。 
　 
エ　引用文献３の情報が有れば、本願発明に容易に想到できるような手法が、本願出願当時に実際に存在したとはいえず，本願出願当時の周知技術及び当業者の技術水準を誤認し、後知恵によって本願発明が引用文献３の記載に基づいて容易に為し得たとしている。 
　 
（２）請求人の主張に対する判断 
　上記の主張は，前述のとおり，原出願に対する拒絶査定不服審判の請求不成立審決に対する審決取消訴訟の場で，原告（請求人）から主張されたものであり，その主張に対しては，同訴訟の判決において，採用できないものと判示されたところであるが，以下に，該主張ア〜エに対する判断を示す。 
　 
ア　請求人が，誤りと主張する部分は，引用文献３において決定された９７個のアミノ酸残基のうち，本願発明ａのラットＧＡＤ６５と明らかに異なっているアミノ酸は，「断片１」の一番最初のアミノ酸が引用文献３では，「Ｖ」であるが，本願発明ａでは「Ｇ」である，この１個のみである。 
　引用文献３の表２（Table２）をみると，唯一の相違であった１番目のアミノ酸を含む最初の領域は，ネコとラットにおいて連続して保存性が高い領域ではないから，１番目のアミノ酸を含む領域の配列から縮退プライマーを作製することは，通常，当業者は行わないことである。したがって，この部分のアミノ酸の相違は，引用文献３に基づく本願発明１の容易性に影響を与えないものである。 
　 
イ　引用文献３には，表２に示したラットとネコＧＡＤの比較において，「比較的長い一致した配列が存在し，１２アミノ酸残基のものが１つ，１０アミノ酸残基のものが１つ，８アミノ酸残基のものが１つ，５アミノ酸残基のものが１つであった」ことが記載されている（前記記載事項（４））。 
　通常，縮退プライマーの設計の基となるアミノ酸配列は，５〜７残基である（鈴木信太郎「混合プライマーを用いたＰＣＲ法の応用」実験医学Vol.8, No.9（増刊）１０３２〜１０３６頁の１０３３頁左欄２行の記載を参照）から，引用文献３に記載された保存アミノ酸配列は，プライマーを作製するために十分な長さの領域を少なくとも四つ開示しているものである。ＰＣＲ法は，部分配列に基づいてプライマー対を設計すれば，各プライマー間のＤＮＡ配列がどのようなものであるかにかかわらず，プライマー対間のＤＮＡ配列を増幅できるのであるから，未知のギャップがあるか否かは，目的の配列が得られるか否かと無関係である。 
　 
ウ　引用文献３は，以上のとおり，ラット５９ｋＤａＧＡＤの部分的なアミノ酸配列を特定して，それを既知のネコＧＡＤｃＤＮＡから導かれるアミノ酸配列と比較し，それらは，異なる遺伝子の産物である可能性があると述べており，対応するｃＤＮＡのさらなる解析が必要であることも記載されている（前記記載事項（１））。この記載は，当業者に対し，ラット５９ｋＤａＧＡＤ全体のアミノ酸配列及び対応するｃＤＮＡを解析する強い動機付けとなるということができる。 
　 
エ　本願優先日（１９９０年９月２１日）当時において， 
（ア）既知のタンパク質のアミノ酸配列をもとに，５〜７アミノ酸残基の二つの配列を選び，コドン表をもとにそのアミノ酸配列に対応するすべての可能なプライマーのヌクレオチドを決定し，このすべての可能なプライマーの混合物を用いて，ｍＲＮＡから調製したｃＤＮＡを鋳型ＤＮＡとして，目的のｃＤＮＡを増幅させ，このようにして増幅したＤＮＡを適宜分離してベクターにサブクローニングし，これを増幅させたＤＮＡをプローブとしてスクリーニングして，目的のｃＤＮＡを得る方法は，「ＰＣＲ法」の応用ないし変性として，一般的に用いられていた周知の方法であること， 
（イ）ＰＣＲ法により十分な量のＤＮＡが得られれば，これの塩基配列を決定することも，通常のことであったこと， 
（ウ）ＰＣＲ法によって増幅したＤＮＡをベクターにサブクローニングした後，すべてのクローンの塩基配列決定をすることも行われていたこと， 
（エ）増幅したい領域のプライマーとして用いるべき一方の端の塩基配列が不明の時には，アンカーＰＣＲ法が用いられること， 
（オ）クローニングの方法としてコロニーハイブリダイゼーションが周知の方法であったこと， 
以上の事実が認められる（鈴木信太郎「混合プライマーを用いたＰＣＲ法の応用」実験医学Vol.8, No.9（増刊）１０３２〜１０３６頁［１９９０年６月発行］），結城惇「新しいクローニング法：ＰＣＲとＩＰＣＲ」Cell Science, Vol.6, No.5，３７０〜３７６頁［１９９０年８月発行］，猪子英俊「ＰＣＲ法の発展とその医学応用」Biotherapy, Vol.4, No.6［１９９０年６月発行］１１０３〜１１１３頁），松橋通生，大坪栄一監訳「ワトソン・組換えＤＮＡ」７４〜７６頁［昭和６３年３月２５日第３刷発行］丸善株式会社を参照）。 
　本願発明ａにおいて，ＧＡＤ（引用文献３記載のラット５９ｋＤａＧＡＤ）のｃＤＮＡをクローニングする手法は，上記（ア）〜（オ）で認定した一般的に用いられていた方法によったものであり，当業者が容易に想到することができる程度のものであると認められる。 
　 
６．小括 
　以上のとおりであるから，本願発明ａは，引用文献３に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。したがって，本願発明ａをその態様として含む本願発明は，同様の理由により，当業者が容易に発明をすることができたものである。 
　 
第４　むすび  
　以上のとおり、本願発明は、引用文献３に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるから、その余の本願請求項に係る発明について検討するまでもなく、本特許出願は拒絶すべきものである。  
　  
　よって、結論のとおり審決する。