【手続補正書】
【提出日】平成27年7月21日(2015.7.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
2つ以上の病原体のバリアント株を識別する方法であって、前記方法が、
単一のサンプルから2つ以上のバリアント株を増幅する試薬を含む、1つ以上の増幅反応物からデータを提供する工程であって、前記データが、増幅反応における各バリアント株の増幅度を示す連続した振幅シグナル測定値、ならびに増幅反応における時間点の多重度に対する増幅シグナルが測定される増幅反応中の時間点を含む、工程；
前記データの効率関連変換を決定する工程であって、前記反応における増幅の効率に関連する振幅測定を効率関連変換が提供する、工程；
各バリアント株に対して決定される最大強度の効率関連変換である、各バリアント株に対する効率関連値を決定する工程；ならびに
各バリアント株に対する効率関連値を、ディスプレー、プリンター、または記憶媒体に出力する工程であって、各バリアント株に対する効率関連値の相対的振幅が、前記サンプル中の前記バリアント株それぞれの存在の指標である、工程
を含む、方法。
【請求項２】
2つ以上のバリアント株を増幅する前記試薬が、単一の増幅反応物中に存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
バリアント株を増幅する試薬を各増幅反応物が含むように、2つ以上のバリアント株を増幅する前記試薬が分配されている、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
異なるバリアント株を増幅する試薬を各増幅反応物が含むように、2つ以上のバリアント株を増幅する前記試薬が分配されている、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記提供が、PCR反応からデータファイルを読み取ることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記提供が、PCR反応をリアルタイムでモニタリングすることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
増幅反応における時間点を、サイクル数において測定する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
増幅反応における時間点を、反応時間において測定する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記増幅が、少なくとも3つのバリアント株を増幅することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記増幅が、少なくとも5つのバリアント株を増幅することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記病原体が、バクテリア、ウイルス、または寄生虫を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
出力が、サンプルが第一のバリアント株に陽性であるか、第二のバリアント株に陽性であるか、または両方のバリアント株に陽性であるかを示す出力情報を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
効率関連変換が、シグナル測定値の比率変換、シグナル測定値のシフト比率変換、シグナル測定値の一次導関数、連続したシグナル測定値間の差異、およびシグナル測定値の対数の傾きまたは勾配からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
効率関連変換(ERT)が、
(a) ERT = (Signaln+1/Signaln) -1、または
(b) ERT = (Signaln/Signaln-1) -1
として算出される、請求項１に記載の方法。
［前記式中、Signalnはサイクル数nにおいて生成されるシグナルであり、Signaln+1はそれに続くサイクル数において生成されるシグナルであり、Signaln-1はその直前のサイクル数において生成されるシグナルであり、かつ、式(a)に対してnは1から反応において解析される増幅サイクルの数までの範囲にあり、かつ式(b)に対してnは2から反応において解析される増幅サイクルの数-1までの範囲にある］
【請求項１５】
効率関連値が、シグナル測定値の対数の最大勾配である、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
効率関連値が、シグナル測定値の最大比である、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
効率関連値が、シグナル測定値の最大一次導関数である、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
付加的なシグナル値を、シグナル測定値の間における点を補間することにより生成する、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記付加的なシグナル値を、シグナル測定値の間における点を三次スプラインを使用して補間することにより生成する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記効率関連変換が、前記増幅反応における時間またはサイクル数の測定をさらに提供する、請求項１、１３または１４に記載の方法。
【請求項２１】
最大強度の効率関連変換が生じる部分サイクル数または時間である反応点を算出する工程をさらに含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
調節反応点を算出する工程をさらに含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
調節反応点が、反応点から効率関連値の底が2の対数を引いたものに等しい、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
調節反応点が、反応点から、バックグラウンドより高いシグナル強度の底が2の対数を引いたものに等しい、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
最大強度である各バリアント株に対する効率関連値の前記決定が、時間またはサイクル数の関数として効率関連変換におけるピークを同定することを含む、請求項１、１３または１４に記載の方法。
【請求項２６】
前記ピークの幅を決定する工程；
ピークの幅と、受容可能なピーク幅の選択範囲とを比較する工程；ならびに、
決定されたピーク幅が、受容可能なピーク幅の選択範囲より大きいまたは小さい場合、ディスプレー、プリンターまたは記憶媒体、および測定器に、核酸増幅反応をおそらく異常であると同定するように出力する工程
をさらに含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
ピーク幅を、効率関連値の反応点値において、またはその前に発生する効率関連変換のみを使用して算出する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
増幅するバリアント株の一つの全てまたは一部に相補的であるFRETプローブを含む一連のプローブとともに増幅反応を実行する、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
増幅するバリアント株の一つの全てまたは一部に相補的である分子ビーコンを含む一連のプローブとともに増幅反応を実行する、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
前記データの提供が、前記データを含むデータファイルを読み取る、ネットワーク結合またはフィードよりデータを受信する、ならびにリアルタイムにおける増幅反応より前記データを受信することからなる群より選択される様式を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
方法を機械が実行する命令を提供する、機械で読み取り可能な媒体であって、前記方法が、
単一のサンプルから2つ以上の病原体のバリアント株を増幅する試薬を含む1つ以上の増幅反応物からデータを受信する工程であって、前記データが、増幅反応における各バリアント株の増幅度を示す連続した振幅シグナル測定値、ならびに増幅反応における時間点の多重度に対する振幅シグナルが測定される増幅反応中の時間点を含む、工程；
前記反応における増幅効率に関連する振幅測定を、効率関連変換が提供する、前記データの前記効率関連変換を測定する工程；
各バリアント株に対して決定された最大強度の効率関連変換である、各バリアント株に対する効率関連値を決定する工程；ならびに
各バリアント株に対する効率関連値を、ディスプレー、プリンター、または記憶媒体に出力する工程であって、各バリアント株に対する効率関連値の相対的振幅が、前記サンプル中の前記バリアント株の存在の指標である、工程
を含む、媒体。
【請求項３２】
前記データが、単一増幅反応物に由来する、請求項３１に記載の媒体。
【請求項３３】
前記データが、2つ以上の増幅反応に由来し、各反応がバリアント株を増幅する、請求項３１に記載の媒体。
【請求項３４】
前記データが、2つ以上の増幅反応に由来し、各反応が単一のバリアント株を増幅する、請求項３１に記載の媒体。
【請求項３５】
増幅反応における時間点を、サイクル数において測定する、請求項３１に記載の媒体。
【請求項３６】
増幅反応における時間点を、反応時間において測定する、請求項３１に記載の媒体。
【請求項３７】
前記増幅が、少なくとも3つの異なるバリアント株を増幅することを含む、請求項３１に記載の媒体。
【請求項３８】
前記増幅が、少なくとも5つのバリアント株を増幅することを含む、請求項３１に記載の媒体。
【請求項３９】
前記バリアント株が、遺伝子の第一のバリアント株に由来する第一の核酸、および前記遺伝子の第二のバリアント株に由来する第二の核酸を含む、請求項３１に記載の媒体。
【請求項４０】
出力が、サンプルが前記第一のバリアント株に陽性であるか、前記第二のバリアント株に陽性であるか、あるいは両方のバリアント株に陽性であるかを示す出力情報を含む、請求項３９に記載の媒体。
【請求項４１】
効率関連変換が、シグナル測定値の比率変換、シグナル測定値のシフト比率変換、シグナル測定値の一次導関数、連続したシグナル測定値間の差異、およびシグナル測定値の対数の傾きまたは勾配からなる群より選択される、請求項３１に記載の媒体。
【請求項４２】
効率関連変換(ERT)が、
(a) ERT = (Signaln+1/Signaln) -1、または
(b) ERT = (Signaln/Signaln-1) -1
として算出される、請求項３１に記載の媒体。
［前記式中、Signalnはサイクル数nにおいて生成されるシグナルであり、Signaln+1はそれに続くサイクル数において生成されるシグナルであり、Signaln-1はその直前のサイクル数において生成されるシグナルであり、かつ、式(a)に対してnは1から反応において解析される増幅サイクルの数までの範囲にあり、かつ式(b)に対してnは2から反応において解析される増幅サイクルの数-1までの範囲にある］
【請求項４３】
効率関連値が、シグナル測定値の対数の最大勾配である、請求項３１に記載の媒体。
【請求項４４】
効率関連値が、シグナル測定値の最大比である、請求項３１に記載の媒体。
【請求項４５】
効率関連値が、シグナル測定値の一次導関数の最大値である、請求項３１に記載の媒体。
【請求項４６】
付加的なシグナル値を、シグナル測定値の間における点を補間することにより生成する、請求項３１に記載の媒体。
【請求項４７】
前記付加的なシグナル値を、シグナル測定値の間における点を三次スプラインを使用して補間することにより生成する、請求項４６に記載の媒体。
【請求項４８】
前記効率関連変換が、増幅反応における時間またはサイクル数の測定をさらに提供する、請求項３１、４１または４２に記載の媒体。
【請求項４９】
前記方法が、最大強度の効率関連変換が生じる部分サイクル数または時間である反応点を算出する工程をさらに含む、請求項３１に記載の媒体。
【請求項５０】
前記方法が、調節反応点を算出する工程をさらに含む、請求項３１に記載の媒体。
【請求項５１】
調節反応点が、反応点から効率関連値の底が2の対数を引いたものに等しい、請求項５０に記載の媒体。
【請求項５２】
調節反応点が、反応点から、バックグラウンドより高いシグナル強度の底が2の対数を引いたものに等しい、請求項５０に記載の媒体。
【請求項５３】
最大強度である各バリアント株に対する効率関連値の前記決定が、時間またはサイクル数の関数としての効率関連変換におけるピークを同定することを含む、請求項３１、４１または４２に記載の媒体。
【請求項５４】
前記ピークの幅を決定する工程；
ピークの幅と、受容可能なピーク幅の選択範囲とを比較する工程；ならびに、
決定されたピーク幅が、受容可能なピーク幅の選択範囲より大きいまたは小さい場合、ディスプレー、プリンターまたは記憶媒体、および測定器に、核酸増幅反応をおそらく異常であると同定するように出力する工程
をさらに含む、請求項５３に記載の媒体。
【請求項５５】
ピーク幅を、効率関連値の反応点値において、またはその前に発生する効率関連変換のみを使用して算出する、請求項５４に記載の媒体。
【請求項５６】
増幅するバリアント株の一つの全てまたは一部に相補的であるFRETプローブを含む一連のプローブとともに増幅反応を実行する、請求項３１に記載の媒体。
【請求項５７】
増幅するバリアント株の一つの全てまたは一部に相補的である分子ビーコンを含む一連のプローブとともに増幅反応を実行する、請求項３１に記載の媒体。
【請求項５８】
前記受信が、オペレーター、またはコンピューターで読み取り可能な媒体から増幅データの受信をすること含む、請求項３１に記載の媒体。
【請求項５９】
前記受信が、PCR反応からデータファイルを読み取ることを含む、請求項３１に記載の媒体。
【請求項６０】
前記受信が、ネットワークから増幅データを受信することを含む、請求項３１に記載の媒体。
【請求項６１】
前記受信が、以前に収集した増幅データを受信することを含む、請求項３１に記載の媒体。
【請求項６２】
前記受信が、生成したときの増幅データを受信することを含む、請求項３１に記載の媒体。
【請求項６３】
核酸増幅システムの一部分である、請求項３１に記載の媒体。
【請求項６４】
磁気媒体、フラッシュメモリー、光学メモリー、DRAM、およびSRAMからなる群より選択される、請求項３１に記載の媒体。
【請求項６５】
核酸増幅を実行し、反応の時間点および２つ以上のバリアント株の増幅強度の測定値を含む出力シグナルを提供するための装置、
前記装置に連動して作働するプロセッサー、
請求項３１から６４のいずれか一項に記載の、機械で読み取り可能な媒体
を含むシステム。
【請求項６６】
前記プロセッサーがまた、前記装置により実行される増幅反応も制御する、請求項６５に記載のシステム。
【請求項６７】
前記プロセッサーが、前記装置により実行される増幅反応を制御しない、請求項６５に記載のシステム。
【請求項６８】
前記バリアント株が単一ヌクレオチド多型を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６９】
前記バリアント株が単一ヌクレオチド多型を含む、請求項３１に記載の媒体。
【請求項７０】
前記バリアント株が単一ヌクレオチド多型を含む、請求項６５に記載のシステム。