【手続補正書】
【提出日】平成27年11月10日(2015.11.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記の構造（Ａ２）：
（Ａ２）  ５’        Ｎ１−（Ｎ）ｘ−Ｚ        ３’（アンチセンス鎖）
３’  Ｚ’−Ｎ２−（Ｎ’）ｙ−ｚ’’  ５’（センス鎖）
ここで、Ｎ２、ＮおよびＮ’の各々は、非修飾リボヌクレオチドまたは修飾リボヌクレオチドまたは非定型部分であり、
（Ｎ）ｘおよび（Ｎ’）ｙの各々は、各々の連続するＮまたはＮ’が隣接するＮまたはＮ’に共有結合によって連結したオリゴヌクレオチドであり、
ｘとｙの各々は、独立して１７〜３９の間の整数であり、
（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に相補性を有し、（Ｎ）ｘは、標的ＲＮＡの連続する配列に相補性を有し、
Ｎ１は（Ｎ）ｘに共有結合的に結合しており、標的ＲＮＡに対してミスマッチであるか、または、標的ＲＮＡに対する相補的ＤＮＡ部分であり、
Ｎ１は、天然または修飾ウリジン、デオキシリボウリジン、リボチミジン、デオキシリボチミジン、アデノシンまたはデオキシアデノシンからなる群から選択される部分であり、
ｚ’’は存在しても、または不在であってもよいが、存在する場合はＮ２−（Ｎ’）ｙの５’末端に共有結合的に付着したキャッピング部分であり、
ＺおよびＺ’の各々は、独立して、存在するか、または不在であるが、存在する場合は、独立して、それが存在する鎖の３’末端に共有結合的に付着した、１〜５個の連続するヌクレオチド、連続する非ヌクレオチド部分またはその組合せであり、
センス鎖は配列番号１０１に記載の配列を含み、アンチセンス鎖は配列番号１６８に記載の配列を含む
を有する、二本鎖核酸化合物。
【請求項２】
ｘ＝ｙ＝１８である、請求項１に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項３】
構造
【化１】
2015109851.tif 000001
を有し、ここで、各々の
【化２】
2015109851.tif 000002
は、リボヌクレオチド間の塩基対合を表し、
Ａ、Ｃ、ＧおよびＵの各々は、独立して、非修飾もしくは修飾リボヌクレオチド、または非定型部分であり、
Ａ、Ｃ、ＧおよびＵの各々は、隣接するＡ、Ｃ、ＧまたはＵに共有結合で連結しており、
ＺおよびＺ’の各々は、独立して、存在するか、または不在であるが、存在する場合は、独立して、それが存在する鎖の３’末端に共有結合的に付着した、１〜５個の連続するヌクレオチド、または非ヌクレオチド部分またはその組合せであり、
ｚ’’は存在しても、または不在であってもよいが、存在する場合はセンス鎖の５’末端に共有結合的に付着したキャッピング部分である、請求項２に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項４】
Ａ、Ｃ、ＧおよびＵの各々は、非修飾リボヌクレオチドであり、ｚ’’、ＺおよびＺ’は不在である、請求項３に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項５】
ＺおよびＺ’の各々が存在する、請求項３に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項６】
ＺおよびＺ’の各々が、独立して、ヌクレオチド部分または非ヌクレオチド部分を含む、請求項５に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項７】
Ｚ’がＣ３ＰｉまたはＣ３ＯＨを含み、ＺがＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨを含む、請求項５または６に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項８】
アンチセンス鎖が、１、８および１５位（５’＞３’）に２’−Ｏ−メチル糖修飾リボヌクレオチドを含む、請求項３、５〜７のいずれか一項に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項９】
アンチセンス鎖が、５、６、７または８位（５’＞３’）に２’５’リボヌクレオチドを含む、請求項３、５〜８のいずれか一項に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項１０】
センス鎖が、９または１０位（５’＞３’）に２’５’リボヌクレオチドを含む、請求項３、５〜９のいずれか一項に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項１１】
センス鎖が、４、１１、１３および１７位（５’＞３’）に２’−Ｏ−メチル糖修飾リボヌクレオチドを含む、請求項３、５〜１０のいずれか一項に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項１２】
ｚ’’が存在し、キャッピング部分が、無塩基リボース部分およびその修飾体、逆位無塩基リボース部分およびその修飾体、逆位無塩基デオキシリボース部分およびその修飾体、無塩基デオキシリボース部分およびその修飾体、Ｃ６−イミノ−Ｐｉ、ミラーヌクレオチド、５’ＯＭｅヌクレオチド、４’，５’−メチレンヌクレオチド、１−（β−Ｄ−エリスロフラノシル）ヌクレオチド、４’チオヌクレオチド、炭素環式ヌクレオチド、５’−アミノ−アルキルホスフェート、１，３−ジアミノ−２−プロピルホスフェート、３−アミノプロピルホスフェート、６−アミノヘキシルホスフェート、１２−アミノドデシルホスフェート、ヒドロキシプロピルホスフェート、１，５−アンヒドロヘキシトールヌクレオチド、アルファ−ヌクレオチド、トレオ−ペントフラノシルヌクレオチド、非環式３’，４’−セコヌクレオチド、３，４−ジヒドロキシブチルヌクレオチド、３，５−ジヒドロキシペンチルヌクレオチド、５’−５’−逆位無塩基部分、１，４−ブタンジオールホスフェート、５’−アミノおよび架橋または非架橋メチルホスホネートおよび５’−メルカプト部分から選択される、請求項３、５〜１１のいずれか一項に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項１３】
Ａ、Ｃ、ＧおよびＵの各々を隣接するＡ、Ｃ、ＧまたはＵに連結する共有結合が、ホスホジエステル結合である、請求項３〜１２のいずれか一項に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項１４】
センス鎖が、４、１１、１３および１７位（５’＞３’）における２’−Ｏ−メチル糖修飾リボヌクレオチド、任意に、９または１０位（５’＞３’）における２’５’リボヌクレオチド、３’末端に共有結合的に付着したＣ３ＰｉまたはＣ３ＯＨ非ヌクレオチド部分、および５’末端に共有結合的に付着した逆位無塩基キャッピング部分を含み、アンチセンス鎖が、
ａ）１、８および１５位（５’＞３’）における２’−Ｏ−メチル糖修飾リボヌクレオチド、６または７位（５’＞３’）における２’５’リボヌクレオチド、３’末端に共有結合的に付着したＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ非ヌクレオチド部分、または、
ｂ）１、４、８、１３および１５位（５’＞３’）における２’−Ｏ−メチル糖修飾リボヌクレオチド、６または７位（５’＞３’）における２’５’リボヌクレオチド、３’末端に共有結合的に付着したＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ非ヌクレオチド部分、または、
ｃ）１、４、８、１１および１５位（５’＞３’）における２’−Ｏ−メチル糖修飾リボヌクレオチド、６位（５’＞３’）における２’５’リボヌクレオチド、３’末端に共有結合的に付着したＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ非ヌクレオチド部分、または、
ｄ）１、３、８、１２、１３および１５位（５’＞３’）における２’−Ｏ−メチル糖修飾リボヌクレオチド、６位（５’＞３’）における２’５’リボヌクレオチド、３’末端に共有結合的に付着したＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ非ヌクレオチド部分
を含む、請求項３に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項１５】
センス鎖が、４、１１、１３および１７位（５’＞３’）における２’−Ｏ−メチル糖修飾リボヌクレオチド、９位（５’＞３’）における２’−５’リボヌクレオチド、３’末端に共有結合的に付着したＣ３ＯＨ非ヌクレオチド部分、および５’末端に共有結合的に付着した逆位無塩基キャッピング部分を含み、アンチセンス鎖が、（５’＞３’）１、４、８、１１および１５位（５’＞３’）における２’−Ｏ−メチル糖修飾リボヌクレオチド、６位（５’＞３’）における２’５’リボヌクレオチド、３’末端に共有結合的に付着したＣ３Ｐｉ−Ｃ３ＯＨ非ヌクレオチド部分を含む、請求項１４に記載の二本鎖核酸化合物。
【請求項１６】
請求項１〜１５のいずれか一項に記載の二本鎖核酸化合物を含む組成物。
【請求項１７】
線維症を処置するための、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
線維症が、肝線維症、肝硬変、肺線維症、腎線維症、腹膜線維症、慢性肝損傷、心線維症、網膜線維症、眼窩線維症、涙腺線維化、骨髄線維症、腸管線維症、声帯粘膜線維症、喉頭線維症、腎性全身性線維症、先天性肝線維症および口腔粘膜下線維症からなる群から選択される、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
線維症が、皮膚、腹膜、肝臓、膵臓、腎臓、心臓、肺、骨髄、眼、腸管、声帯および／または脈管の線維症である、請求項１７に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
一部の好ましい態様において、本明細書に開示される核酸分子（例えばｓｉＮＡ分子）のアンチセンス鎖は、表Ａ−１９に示すアンチセンス配列のいずれかに一致する配列を含む。一部の好ましい態様において、アンチセンス鎖およびセンス鎖は、表Ａ−１９に示す配列のペアから選択される。いくつかの態様において、アンチセンス鎖およびセンス鎖は、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿４、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿１２、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿１８、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿３０、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿５８およびＳＥＲＰＩＮＨ１＿８８に記載の配列のペアから選択される。いくつかの態様において、アンチセンス鎖およびセンス鎖は、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿４（配列番号１９５および２２０）、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿１２（配列番号１９６および２２１）、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿３０（配列番号１９９および２２４）およびＳＥＲＰＩＮＨ１＿５８（配列番号２０８および２３３）に記載の配列のペアから選択される。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３６】
いくつかの態様において、二本鎖核酸分子は、アンチセンス鎖の１位（５’末端）に、ＤＮＡ部分または標的に対するミスマッチを含む。かかる構造は本明細書に記載されている。提供される１つの態様は、下記の構造：
（Ａ２）  ５’        Ｎ１−（Ｎ）ｘ−Ｚ      ３’（アンチセンス鎖）
３’  Ｚ’−Ｎ２−（Ｎ’）ｙ−ｚ’’  ５’（センス鎖）
を有する修飾核酸分子であり、
ここで、Ｎ２、ＮおよびＮ’の各々は、非修飾リボヌクレオチドまたは修飾リボヌクレオチドまたは非定型部分であり、
（Ｎ）ｘおよび（Ｎ’）ｙの各々は、各々の連続するＮまたはＮ’が隣接するＮまたはＮ’に共有結合によって連結したオリゴヌクレオチドであり、
ｘとｙの各々は、独立して１７〜３９の間の整数であり、
（Ｎ’）ｙの配列は（Ｎ）ｘの配列に相補性を有し、（Ｎ）ｘは、標的ＲＮＡの連続する配列に相補性を有し、
Ｎ１は（Ｎ）ｘに共有結合的に結合しており、標的ＲＮＡに対してミスマッチであるか、または、標的ＲＮＡに対する相補的ＤＮＡ部分であり、
Ｎ１は、天然または修飾ウリジン、デオキシリボウリジン、リボチミジン、デオキシリボチミジン、アデノシンまたはデオキシアデノシンからなる群から選択される部分であり、
ｚ’’は存在しても、または不在であってもよいが、存在する場合はＮ２−（Ｎ’）ｙの５’末端に共有結合的に付着したキャッピング部分であり、
ＺおよびＺ’の各々は、独立して、存在するか、または不在であるが、存在する場合は、独立して、それが存在する鎖の３’末端に共有結合的に付着した、１〜５個の連続するヌクレオチド、連続する非ヌクレオチド部分またはその組合せである。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６０】
他の態様において、構造Ａ１または構造Ａ２の化合物は、糖残基が修飾された少なくとも１つのリボヌクレオチドを含む。いくつかの態様において、化合物は糖残基の２’位に修飾を含む。いくつかの態様において、２’位における修飾は、アミノ、フルオロ、アルコキシまたはアルキル部分の存在を含む。一部の態様において、２’修飾はアルコキシ部分を含む。好ましい態様において、アルコキシ部分はメトキシ部分である（別名２’−Ｏ−メチル、２’ＯＭｅ、２’−ＯＣＨ３）。いくつかの態様において、核酸化合物は、アンチセンス鎖およびセンス鎖の一方または両方に、交互する２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドを含む。他の態様において、化合物は２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドをアンチセンス鎖、（Ｎ）ｘまたはＮ１−（Ｎ）ｘのみに含む。一部の態様において、アンチセンス鎖の中央のリボヌクレオチド、例えば、１９ｍｅｒ鎖の１０位のリボヌクレオチドは、非修飾である。種々の態様において、核酸化合物は、少なくとも５個の交互する２’ＯＭｅ糖修飾および非修飾リボヌクレオチドを含む。さらなる態様において、構造Ａ１または構造Ａ２の化合物は、交互する位置に修飾リボヌクレオチドを含み、ここで、（Ｎ）ｘまたはＮ１−（Ｎ）ｘの５’および３’末端の各々のリボヌクレオチドは、その糖残基が修飾されており、（Ｎ’）ｙまたはＮ２−（Ｎ’）ｙの５’および３’末端の各々のリボヌクレオチドは、その糖残基が非修飾である。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６６】
構造Ａ１および構造Ａ２のいくつかの態様において、（Ｎ’）ｙは、ミラーヌクレオチド、２’５’ヌクレオチドおよびＴＮＡから選択される少なくとも１個の非定型部分を含む。いくつかの態様において、非定型部分はミラーヌクレオチドである。種々の態様において、ミラーヌクレオチドは、Ｌ−リボヌクレオチド（Ｌ−ＲＮＡ）およびＬ−デオキシリボヌクレオチド（Ｌ−ＤＮＡ）から選択される。好ましい態様において、ミラーヌクレオチドはＬ−ＤＮＡである。一部の態様において、センス鎖は、非定型部分を９または１０位（５’末端から）に含む。好ましい態様において、センス鎖は、非定型部分を９位（５’末端から）に含む。いくつかの態様において、センス鎖は長さが１９ヌクレオチドであり、４、５または６個の連続する非定型部分を１５位（５’末端から）に含む。いくつかの態様において、センス鎖は４個の連続する２’５’リボヌクレオチドを、１５、１６、１７および１８位に含む。いくつかの態様において、センス鎖は５個の連続する２’５’リボヌクレオチドを、１５、１６、１７、１８および１９位に含む。種々の態様において、センス鎖はＺ’をさらに含む。いくつかの態様において、Ｚ’は、Ｃ３ＯＨ部分またはＣ３Ｐｉ部分を含む。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７７】
いくつかの態様において、アンチセンス鎖およびセンス鎖は、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿２、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿６、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿１１、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿１３、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿４５、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿４５ａ、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿５１、ＳＥＲＰＩＮ１＿５１ａ、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿５２またはＳＥＲＰＩＮＨ１＿８６に記載の配列のペアから選択され、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ１−（Ｎ）ｘは、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９位、または１、３、５、９、１１、１３、１５、１７、１９位、または３、５、９、１１、１３、１５、１７位、または２、４、６、８、１１、１３、１５、１７、１９位に２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドを含む。いくつかの態様において、アンチセンス鎖およびセンス鎖は、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿２、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿６、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿１１、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿１３、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿４５、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿４５ａ、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿５１、ＳＥＲＰＩＮ１＿５１ａ、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿５２またはＳＥＲＰＩＮＨ１＿８６に記載の配列のペアから選択され、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ１−（Ｎ）ｘは、１１、１３、１５、１７および１９位（５’末端から）に２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドを含む。いくつかの態様において、アンチセンス鎖およびセンス鎖は、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿２、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿６、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿１１、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿１３、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿４５、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿４５ａ、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿５１、ＳＥＲＰＩＮ１＿５１ａ、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿５２またはＳＥＲＰＩＮＨ１＿８６に記載の配列のペアから選択され、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ１−（Ｎ）ｘは、１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９位、または、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９位に２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドを含む。いくつかの態様において、アンチセンス鎖およびセンス鎖は、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿２、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿６、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿１１、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿１３、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿４５、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿４５ａ、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿５１、ＳＥＲＰＩＮ１＿５１ａ、ＳＥＲＰＩＮＨ１＿５２またはＳＥＲＰＩＮＨ１＿８６に記載の配列のペアから選択され、ｘ＝ｙ＝１８であり、Ｎ１−（Ｎ）ｘは、２、４、６、８、１１、１３、１５、１７、１９位に２’ＯＭｅ糖修飾リボヌクレオチドを含む。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８０】
構造Ａ２のいくつかの態様において、（Ｎ’）ｙは、少なくとも１個のＬ−ＤＮＡ部分を含む。いくつかの態様において、ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙは、１〜１６および１８位の非修飾リボヌクレオチドと、３’の最後から２番目の位置（１７位）の１個のＬ−ＤＮＡとからなる。他の態様において、ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙは、１〜１５および１８位の非修飾リボヌクレオチドと、３’の最後から２番目の位置の２個の連続するＬ−ＤＮＡ（１６および１７位）とからなる。種々の態様において、非定型部分は、隣接するヌクレオチドに２’−５’ヌクレオチド間リン酸結合で連結しているヌクレオチドである。種々の態様によると、（Ｎ’）ｙは、３’末端における２’−５’ヌクレオチド間結合で連結された２、３、４、５または６個の連続するリボヌクレオチドを含む。一態様において、（Ｎ’）ｙの３’末端の４個の連続するヌクレオチドは、３個の２’−５’ホスホジエステル結合で連結しており、ここで、２’−５’ホスホジエステル結合を形成する２’−５’ヌクレオチドの１個または２個以上は、３’−Ｏ−メチル（３’ＯＭｅ）糖修飾をさらに含む。好ましくは、（Ｎ’）ｙの３’末端ヌクレオチドは、２’ＯＭｅ糖修飾を含む。一部の態様において、ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙにおいて、１４、１５、１６、１７および１８位における２個または３個以上の連続するヌクレオチドは、隣接するヌクレオチドに２’−５’ヌクレオチド間結合で連結したヌクレオチドを含む。種々の態様において、２’−５’ヌクレオチド間結合を形成するヌクレオチドは、３’デオキシリボースヌクレオチドまたは３’メトキシヌクレオチドを含む。いくつかの態様において、ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙは、１４〜１５、１５〜１６、１６〜１７および１７〜１８位の間、または、１５〜１６、１６〜１７および１７〜１８位の間、または１６〜１７および１７〜１８位の間、または１７〜１８位の間、または１５〜１６位および１７〜１８位の間の２’−５’ヌクレオチド間結合により隣接するヌクレオチドに連結したヌクレオチドを含む。いくつかの態様において、ｘ＝ｙ＝１８であり、（Ｎ’）ｙは、１５〜１６、１６〜１７および１７〜１８位の間、または、１６〜１７および１７〜１８位の間の２’−５’ヌクレオチド間結合により隣接するヌクレオチドに連結したヌクレオチドを含む。他の態様において、（Ｎ’）ｙ中のピリミジンリボヌクレオチド（ｒＵ、ｒＣ）は、隣接するヌクレオチドに２’−５’ヌクレオチド間結合で連結するヌクレオチドに置換されている。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１８】
いくつかの態様において、アンチセンス鎖およびセンス鎖は、表Ａ−１９に記載され、本明細書においてＳＥＲＰＩＮＨ１＿４（配列番号１９５および２２０）およびＳＥＲＰＩＮＨ１＿１２（配列番号１９６および２２１）として同定されるオリゴヌクレオチドペアから選択される。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２４９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２４９】
本明細書において提供される核酸分子（例えばｓｉＮＡ分子）の一部の態様において、分子の少なくとも一端は、少なくとも１ヌクレオチドのオーバーハング（例えば、１〜８個のオーバーハングヌクレオチド）を有する。例えば、本明細書に開示される二本鎖核酸分子の一方または両方の鎖は、５’末端または３’末端または両方にオーバーハングを有してもよい。オーバーハングは、核酸分子のセンス鎖およびアンチセンス鎖の一方または両方に存在してもよい。オーバーハングの長さは、わずか１ヌクレオチドであっても、１〜８ヌクレオチド程度またはそれを超えてもよく（例えば、１、２、３、４、５、６、７または８ヌクレオチド）、いくつかの好ましい態様において、オーバーハングは２、３、４、５、６、７または８ヌクレオチドであり、例えば、オーバーハングは２ヌクレオチドであってもよい。オーバーハングを形成する１個または２個以上のヌクレオチドは、１個または２個以上のデオキシリボヌクレオチド、１個または２個以上のリボヌクレオチド、天然もしくは非天然核酸塩基、または糖、塩基もしくはリン酸基が修飾された任意のヌクレオチド、例えば本明細書に開示されるものなどを含んでもよい。二本鎖核酸分子は、５’オーバーハングおよび３’オーバーハングの両方を有してもよい。５’末端および３’末端のオーバーハングは、異なる長さであってもよい。オーバーハングは少なくとも１個の核酸修飾を含んでもよく、それはデオキシリボヌクレオチドであってもよい。１個または２個以上のデオキシリボヌクレオチドが５’末端にあってもよい。核酸分子のそれぞれの反対鎖（counter-strand）の３’末端は、オーバーハングを有しなくてもよく、より好ましくはデオキシリボヌクレオチドオーバーハングを有しなくてもよい。１個または２個以上のデオキシリボヌクレオチドは、３’末端にあってもよい。ｄｓＲＮＡのそれぞれの反対鎖の５’末端は、オーバーハングを有しなくてもよく、より好ましくはデオキシリボヌクレオチドオーバーハングを有しなくてもよい。好ましくは、鎖の５’末端または３’末端のいずれかにおけるオーバーハングは、１〜８個（例えば、約１、２、３、４、５、６、７または８個）の不対ヌクレオチドであってもよく、オーバーハングは２〜３個の不対ヌクレオチドであり、より好ましくは２個の不対ヌクレオチドである。核酸分子は、約１〜約２０（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０）、好ましくは１〜８（例えば、約１、２、３、４、５、６、７または８）ヌクレオチドのオーバーハング末端を有する二重鎖核酸分子、例えば約１９個の塩基対と３’末端モノヌクレオチド、ジヌクレオチドまたはトリヌクレオチドオーバーハングとを有する約２１ヌクレオチドの二重鎖を含んでもよい。本明細書に記載の核酸分子は、平滑末端を有する二重鎖核酸分子を含んでもよく、ここで、両端は平滑であるか、あるいは、末端の１つは平滑である。本明細書に開示される核酸分子は、１個または２個以上の平滑末端を含むことができ、すなわち、ここで、平滑末端はオーバーハングヌクレオチドを全く有しない。一態様において、平滑末端核酸分子は、核酸分子の各々���鎖に存在するヌクレオチドの数に等しい数の塩基対を有する。核酸分子は１個の平滑末端を含むことができ、例えば、ここで、アンチセンス鎖の５’末端とセンス鎖の３’末端はオーバーハングヌクレオチドを全く有しない。核酸分子は１個の平滑末端を含んでもよく、例えば、ここで、アンチセンス鎖の３’末端とセンス鎖の５’末端はオーバーハングヌクレオチドを全く有しない。核酸分子は２個の平滑末端を含んでもよく、例えば、ここで、アンチセンス鎖の５’末端とセンス鎖の３’末端、ならびに、アンチセンス鎖の３’末端とセンス鎖の５’末端はオーバーハングヌクレオチドを全く有しない。一部の好ましい態様において、核酸化合物は平滑末端を有する。平滑末端ｓｉＮＡ分子に存在する他のヌクレオチドは、例えば、ＲＮＡ干渉を誘導するための核酸分子の活性を調節するための、ミスマッチ、バルジ、ループまたはゆらぎ塩基対を含んでもよい。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２６８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２６８】
いくつかの二本鎖核酸分子において、２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオチドおよび非修飾ヌクレオチド、好ましくは２’−Ｏ−メチル修飾を有しないヌクレオチドが、両方の鎖に交互する様式で組み込まれ、その結果、２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオチドと、非修飾か、または、少なくとも２’−Ｏ−メチル修飾を含まないヌクレオチドが交互するパターンがもたらされる。一部の態様において、同じ２’−Ｏ−メチル修飾および非修飾の配列は第２の鎖に存在し、他の態様において、交互する２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオチドはセンス鎖のみに存在し、アンチセンス鎖には存在せず、さらに他の態様において、交互する２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオチドは、アンチセンス鎖のみに存在し、センス鎖には存在しない。一部の態様において、２本の鎖の間に位相シフトが存在し、例えば、第１の鎖における２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオチドは第２の鎖の１個または２個以上の非修飾ヌクレオチドと塩基対を形成し、この逆もまた同様である。この特定の配置、すなわち、両方の鎖における１個または２個以上の２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオチドおよび非修飾ヌクレオチドの塩基対形成は、一部の態様において特に好ましい。一部の態様において、交互する２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオチドのパターンは、核酸分子全体、または二重鎖領域全体にわたって存在する。他の態様において、交互する２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオチドのパターンは、核酸の部分、または二重鎖領域の部分にのみに存在する。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３０１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３０１】
ダイサー基質は、ダイサーによるそのプロセシングを強化するある種の特性を有してもよい。ダイサー基質は、それがダイサーによってプロセシングされ、活性な核酸分子を生成するのに十分な長さであり、以下の特性の１または２以上をさらに含んでもよい：（ｉ）ｄｓＲＮＡは非対称であり、例えば、第１の鎖（アンチセンス鎖）に３’オーバーハングを有する、および、（ｉｉ）ｄｓＲＮＡは、ダイサーの結合の方向およびｄｓＲＮＡの活性なｓｉＲＮＡへのプロセシングを誘導するための、第２の鎖（センス鎖）における修飾３’末端を有する。一部の態様において、ダイサー基質における最長の鎖は、２４〜３０ヌクレオチドであってもよい。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３０８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３０８】
ダイサー基質リン酸骨格修飾の例は、メチルホスホネートを含むホスホネート、ホスホロチオエートおよびホスホトリエステル修飾、例えばアルキルホスホトリエステルなどを含む。ダイサー基質糖部分修飾の例は、２’−アルキルピリミジン、例えば２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、アミノおよびデオキシ修飾などを含む（例えば、Amarzguioui et al., 2003参照）を含む。ダイサー基質塩基基修飾の例は、無塩基糖、２’−Ｏ−アルキル修飾ピリミジン、４−チオウラシル、５−ブロモウラシル、５−ヨードウラシルおよび５−（３−アミノアリル）−ウラシルなどを含む。ロックド核酸またはＬＮＡもまた組み込むことができる。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３２６】
本明細書に開示される核酸分子は、ｈｓｐ４７ＲＮＡに対してＲＮＡｉ活性を有してもよく、ここで、核酸分子は、ｈｓｐ４７をコードする配列、例えばGenBankアクセッション番号NM_001235を有する配列、を有する任意のＲＮＡに相補的な配列を含む。核酸分子は、ｈｓｐ４７ＲＮＡに対するＲＮＡｉ活性を有してもよく、ここで、核酸分子は、変異体ｈｓｐ４７をコードする配列、例えば、線維症の維持および／または発症に関連することが当該技術分野において知られている他の変異ｈｓｐ４７遺伝子、を有するＲＮＡに相補的な配列を含む。本明細書に開示される核酸分子は、ｈｓｐ４７遺伝子のヌクレオチド配列と相互作用することができ、それによって、ｈｓｐ４７遺伝子発現のサイレンシングを誘導するヌクレオチド配列を含み、例えば、ここで、核酸分子は、染色体構造またはｈｓｐ４７遺伝子のメチル化パターンを調節し、ｈｓｐ４７遺伝子の転写を防止する細胞プロセスによって、ｈｓｐ４７遺伝子発現の調整を誘導する。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３７７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３７７】
液体粒子のエアゾールは、本明細書に開示される核酸分子を含んでもよく、任意の好適な手段、例えば噴霧器（例えば米国特許第4,501,729号参照）などにより製造することができる。噴霧器は、圧縮ガス、典型的には空気または酸素の、狭いベンチュリ開口を介した加速か、または超音波撹拌により、活性成分の溶液または懸濁液を治療的なエアゾールに変換する市販の装置である。噴霧器に用いられる好適な製剤は、活性成分を、製剤の４０％ｗ/ｗまでの量、好ましくは２０％ｗ/ｗ未満の量で液体担体に含む。担体は、典型的には、水または希釈アルコール水溶液であり、好ましくは、例えば塩化ナトリウムまたは他の好適な塩の添加によって体液と等張にされる。任意の添加剤は、製剤が無菌で調製されない場合は防腐剤、例えば、ヒドロキシ安息香酸メチル、抗酸化剤、香味料、揮発油、緩衝剤および乳化剤および他の製剤界面活性剤を含む。活性組成物と界面活性剤とを含む固体粒子のエアゾールは、任意の固体粒子エアゾール発生器で同様に製造することができる。対象に固体粒子治療剤を投与するためのエアゾール発生器は、上記で説明したとおり、吸入可能な粒子を産生し、ヒトへの投与に好適な速度で、治療組成物の予め定められた計量された用量を含むエアゾールの量を生成する。固体粒子エアゾール発生器の１つの例示的な種類は、吸入器（insufflator）である。吸入法による投与のための好適な製剤は、吸入器で送達することができる、微細に粉砕された粉末を含む。吸入器内で、粉末、例えば本明細書に記載の処置を実行するのに有効なその計量された用量は、カプセルまたはカートリッジ（典型的にはゼラチンまたはプラスチック製）に含まれ、それはin situで穿刺されるか開放され、粉末は、吸入により装置を介して吸い込まれる空気によって、または手動ポンプによって送達される。吸入器で使用される粉末は、単に活性成分のみか、または、活性成分、好適な粉末希釈剤、例えばラクトースおよび任意に界面活性剤を含む粉末混合物からなる。活性成分は、典型的には、製剤の０．１〜１００％ｗ／ｗを含む。エアゾール発生器の第２の例示的な種類は、定量式インヘラー（inhaler）を含む。定量式インヘラーは、加圧式エアゾールディスペンサーであり、典型的には、液化噴射剤中の活性成分の懸濁液または溶液製剤を含む。使用の間、これらのデバイスは、計量された容量を送達し、活性成分を含む微粒子スプレーを生成するよう構成されたバルブを介して製剤を放出する。好適な噴射剤は、一部のクロロフルオロカーボン化合物、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタンおよびこれらの混合物を含む。製剤は、１種または２種以上の共溶媒、例えば、エチルアルコール、乳化剤および他の製剤界面活性剤、例えば、オレイン酸またはトリオレイン酸ソルビタン、抗酸化剤および好適な香料をさらに含むことができる。肺送達のための他の方法は、例えば、米国特許出願第20040037780号および米国特許第6,592,904号、第6,582,728号、第6,565,885号に記載されている。ＰＣＴ特許公開WO2008/132723は、概してオリゴヌクレオチドの、そして特にｓｉＲＮＡの呼吸器系へのエアゾール送達に関する。
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４０３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４０３】
式（Ａ）のＮは、電子対または水素原子への結合を有してもよい。Ｎが電子対を有する場合、繰返し単位は低ｐＨでカチオン性たり得る。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４０５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４０５】
スキームＡにおいて、Ｒは上記と同じ意味を有する。ＰＥＩは、式（Ｂ）の繰返し単位を含んでもよく、式中ｘは約１〜約１００の範囲の整数であり、ｙは約１〜約１００の範囲の整数である。
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５８５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５８５】
本明細書に記載の化合物をこの動物モデルで試験し、結果は、これらのｓｉＲＮＡ化合物が肺線維症の処置および／または予防に有用であることを示す。