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　特願２００４−　２７４０９「調節因子結合部位のゲノムプロファイリング」拒絶査定不服審判事件〔平成１６年１０月２８日出願公開、特開２００４−３０３２０１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯
　この出願（以下、「本願」という。）は、平成１６年２月３日（優先権主張平成１５年３月２８日、米国）に出願したものであって、平成１６年１１月１２日付けで拒絶理由が通知され、これに対して平成１７年２月１６日付けで手続補正がなされたが、同年４月１９日付けで拒絶査定がなされ、これに対して同年７月２０日に拒絶査定不服審判が請求され、同年８月１７日に手続補正がなされた後、当審において平成１９年１２月４日付けで拒絶理由が通知され、これに対して平成２０年６月４日付けで手続補正がなされ、その後当審において同年７月７日付けで最後の拒絶理由が通知され、これに対して平成２１年１月８日付けで手続補正がなされたものである。、
　
　
２．本願発明
　平成２１年１月８日付け手続補正によって、補正前の請求項１における「該調節因子結合部位のためにすべての可能性のある転写デコイを計算的に作製する工程」との記載が、
「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」と補正された。
　この補正は、明りょうでない記載の釈明を目的とするものであって、当審の平成２０年７月７日付け拒絶理由に示す事項についてするものといえる。
 　
　したがって、本願の特許請求の範囲の請求項１に係る発明は、平成２１年１月８日付け手続補正で補正された、以下のとおりのものと認める。
「【請求項１】
　コンピュータシステムにおいて、調節因子結合部位を特徴付けるための方法であって、ここで、該コンピュータシステムは、１以上のマイクロプロセッサ、インターフェース、記憶媒体を備え、
該記憶媒体は、データファイルおよびスクリプトを備え；
該方法は、以下の工程：
　1つ以上の該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトのうちの１つによって１以上の該データファイルから１種の生物種の１以上の全長遺伝子を検索する工程であって、ここで、該データファイルは、転写開始部位（ＴＳＳ）情報および該生物種のゲノム配列を含む遺伝子配列情報を含む、工程；
　該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって該生物のゲノム配列を検索する工程；
　該プロセッサ上で実行されるスクリプトによって該生物のゲノム配列上に、該全長遺伝子の各々について、そのＴＳＳの位置をマッピングする工程；
　該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによってマッピングされたＴＳＳの位置の全てを比較して、該全長遺伝子の各々について最も５’側の位置を同定する工程；
　該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって該全長遺伝子の各々について最も５’側の位置を有するＴＳＳに基づいて該調節因子結合部位を規定する工程；および
　該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程を包含する、方法。」
　
　
３．当審の拒絶理由
　平成２０年７月７日付けの当審の拒絶理由通知書で通知した、最後の拒絶理由（以下、単に「拒絶理由」という。）の理由１は、以下のとおりである。
　
「理由１：
　本件出願は、明細書及び図面の記載が下記の点で不備のため、特許法第３６条第４項及び第６項に規定する要件を満たしていない。
　
（１）平成２０年６月４日付け手続補正によって、請求項１に「該調節因子結合部位のためにすべての可能性のある転写デコイを計算的に作製する工程」が追加された。該工程についての記載は、下記（ア）、（イ）の点で明確でないため、特許を受けようとする発明が明確でない。（３６条６項２号）
（ア）「該調節因子結合部位のために」の「ために」がどのような意味であるのか、記載の内容が明確でない。
　そして、その結果、「調節因子結合部位」と、「転写デコイ」がどのような関係を有するのか、両者の相互関係が明確でない。
（イ）「すべての可能性のある転写デコイを計算的に作製する」とあるが、「計算的」とはどのような意味であるのか、計算によって作製するとしたら、どのような計算によって行われるのか、また、いかなる主体が「作製」するのか、記載の内容が明確でない。
　
（２）出願人は同日付けの意見書で、請求項１の補正の根拠として、「０１２６段落」を挙げている。「０１２６段落」とは、平成１６年３月１５日提出の明細書の翻訳文（以下、単に「明細書」という。）の段落０１２６であると解され、その記載は以下のとおりである。
「全ての可能性のある転写デコイが、データベースに基づいて計算的に作製され得る。このデコイは、ハイスループット方法（例えば、結合効率最適化についてのオリゴアレイ、キャピラリー電気泳動など）を用いることによって、さらに実験的にスクリーニングされ得る。全ての最適化されたデコイ情報が、データベースに蓄積される。データベース中におけるその部分的な情報が、データベースのさらなるバージョンにおいて用いられ得る。」
　この記載において、「計算的に作製」することに関する記載としては、「全ての可能性のある転写デコイが、データベースに基づいて計算的に作製され得る。」との記載が該当すると解される。それ以降の記載は、実験によるさらなる最適化に関する記載であるから「計算的に作製」することに関する記載とはいえない。
（ア）明細書には、「転写デコイ」の作製を「該調節因子結合部位のために」行うことについての記載はなく、請求項１との対応関係が明確でない。（３６条６項１号）
（イ）明細書の段落０１２６の記載は、「データベースに基づいて計算的に作製され得る」と記載されているのみであって、「計算的に作製」とはどのようなことであるのか、具体的な計算方法（例えばデータベース内の具体的情報に対する情報の処理加工）等は開示されていない。また、「転写デコイ」を「計算的に作製」することが、この出願の出願前における周知の事項であるともいえない。
　してみれば、「すべての可能性のある転写デコイ」をどのように「計算的に作製」するのか、当業者が請求項１に係る発明を理解し実施できる程度に発明の詳細な説明が記載されていない。（３６条４項）」
　
　
４．当審の判断
　上記拒絶理由の理由１の各々について判断する。
（１）理由１（１）（ア）について
　平成２１年１月８日付け手続補正（以下、単に「補正」という。）によって、「該調節因子結合部位のために」との記載が、「該調節因子結合部位に結合する」と補正された結果、請求項１の記載における「転写デコイ」と「調節因子結合部位」の関係は明確になったといえる。
　
（２）理由１（１）（イ）について
（ａ）「動作の主体」について
　補正によって「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、」との記載が追加された結果、請求項１の該工程の記載は、その主体が「マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプト」であることが明確になったといえる。
　
　なお、この出願の願書に最初に添付された明細書及び図面における「転写デコイ」を計算的に作製することに関する記載は、段落００１２６に「全ての可能性のある転写デコイが、データベースに基づいて計算的に作製され得る。」との記載があるのみで、該記載からは、「転写デコイを作成する工程」が「マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプト」によって行われることが自明であるとはいえないが、先行する他の工程についての記載に、「検索した遺伝子は、公開の利用可能なＵＣＳＣゲノムブラウザデータベース、自己開発したスクリプトなどにより提供されるツールを用いて、最近更新されたヒトゲノムにマッピングされ得る。」（段落０１１６）、「本発明の１つの実施形態において、最も５’側のＴＳＳの位置に基いて、自己開発したコンピュータスクリプトおよびプログラムを用いて、全ての利用可能な遺伝子について最新のヒトゲノム設計図から５’制御配列を検索される。」（段落０１２２）、「．．．ヒト転写因子結合部位の保存の比較は、自社作製のスクリプトおよびプログラムを用いてなされる。」（段落０１２４）とあることを参酌すれば、「全ての可能性のある転写デコイが、データベースに基づいて計算的に作製され得る」との構成も、これら先行する工程についての記載と同様にプログラムもしくはスクリプトで行われ得ると類推できるため、この補正は当初明細書等に記載された事項の範囲であると認定した。
　
（ｂ）「どのような計算によって行われるのか」という点について
　次に、「どのような計算によって行われるのか」という点に関し、補正によって、転写デコイを「計算的に作製する」との記載が、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、」「データベースに基づいて作製する」と補正された。
　しかし、該請求項１の記載における「マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプト」、「データベース」との記載は、いずれも、計算機による情報処理において一般的に用いられる汎用の技術的手段を用いることを特定しているという程度の記載であり、なんら具体的な情報の演算や加工を特定するものではない。
　すなわち、請求項１の該記載箇所には「データベースに基づいて」とあるが、請求項１には、他に「データベース」についての記載は一切なく、請求項１における「データベース」がどのようなものであって、どのような情報をどのように記憶するのかなんら特定されていない。
　さらに、「スクリプト」がどのように「データベース」の情報に対して演算や加工を行い、「該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」を作製するのか、請求項１にはなんら具体的な記載がない。
　してみると、請求項１における「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」との記載は、「マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプト」、及び、「データベース」という計算機による情報処理における汎用手段を特定する記載と、該手段による処理の結果である「転写デコイ」が備えるべき性質を「該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」と抽象的に表現したという以上の内容をもたない。
　
（ｃ）「データベース」の誤記の可能性についての予備的判断
　上記（ｂ）で述べたように、請求項１には「データベース」についての具体的な記載はなんらないが、請求項１の先行する記載には、「データベース」に類似する用語として、「データファイル」との用語が用いられており、補正箇所の「データベース」との記載が、「データファイル」の誤記であるとも解されるから、そのように解釈した場合について一応判断する。
　「データファイル」に含まれる情報について請求項１には、「ここで、該データファイルは、転写開始部位（ＴＳＳ）情報および該生物種のゲノム配列を含む遺伝子配列情報を含む」との記載があるから、「転写開始部位（ＴＳＳ）情報および該生物種のゲノム配列を含む遺伝子配列情報」が情報として記憶されていると解される。
　しかし、該情報から、どのようにして「調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」を作製するのか、「マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプト」についての記載は、単にスクリプトを道具として用いるということを明示するという程度の記載であり、具体的な情報の演算や加工は何ら特定されていない。
　また、「転写開始部位（ＴＳＳ）情報および生物種のゲノム配列を含む遺伝子配列情報」から、「マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベース（データファイル）に基づいて作製する」ことが、この出願の出願前において周知の手段であったともいえない。
　してみると、「データベース」との記載が、「データファイル」の誤記であると仮定しても、依然としてどのような計算によって「転写デコイ」を作製するのか、明確ではない。
　
（ｄ）発明の詳細な説明の記載の参酌
　請求項１における、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」との記載は、上記（ｂ）及び（ｃ）で検討したように「データベース」に関する誤記の有無にかかわらず、その具体的内容が明確でないため、発明の詳細な説明の記載を参酌する。
　拒絶理由の「理由１（２）（イ）」で述べたとおり、「転写デコイ」を計算的に作製することに関する明細書の記載は段落０１２６に、「データベースに基づいて計算的に作製され得る」と記載されているのみであって、「計算的に作製」とはどのようなことであるのか、具体的な計算方法（例えばデータベース内の具体的情報に対する情報の処理加工）等は開示されていない。また、「調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」を「データベースに基づいて計算的に作製」することが、この出願の出願前における周知の事項であるともいえない。
　したがって、発明の詳細な説明の記載を参酌しても、依然として、請求項１における「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」との記載は、どのような計算によって実現されるのか、記載が明確でない。
　
（ｅ）理由１（１）（イ）についての小まとめ
　上記（ｂ）〜（ｄ）のとおり、請求項１における、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」との記載は、所望される処理の結果である「調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」を具体的にどうやって作製するのか、明確でない。
　ところで、請求項に記載された技術的事項から一の発明が明確に把握できるためには、当該発明の技術的課題を解決するために必要な事項が請求項に記載されることが必要である。
　してみると、請求項１における、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」との記載では、技術的課題を解決するために必要な事項が特定できないから、本願の請求項１の記載は、特許を受けようとする発明を明確に規定したものということができず特許法３６条６項２号に違反する。
　
（３）理由１（２）（ア）について
　明細書の段落０１２６には、「転写デコイ」が何に結合するものであるのか、何ら記載はないが、先行する記載を参酌すると、記載の内容が日本語として明確とはいえないものの、「転写因子結合配列部位情報」がデータベースに保存されるものと解されるから、文脈上、「転写デコイ」が、「調節因子結合部位」に結合する可能性のあるものであると解釈可能である。
　してみると、「該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」との記載は、明細書の記載と対応しているといえる。
　
（４）理由１（２）（イ）について
　「該調節因子結合部位のためにすべての可能性のある転写デコイを計算的に作製する工程」から補正された、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」に関連すると解される明細書の段落０１２６の記載は補正されていない。（意見書における主張については下記の「（６）平成２１年１月８日付け意見書における主張について」を参照。）
　したがって、依然として明細書の段落０１２６の記載は、「データベースに基づいて計算的に作製され得る」と記載されているのみであって、「データベースに基づいて作製」とはどのようなことであるのか、具体的な計算方法（例えばデータベース内の具体的情報に対する情報の処理加工）等は開示されていない。また、「転写デコイ」を「データベースに基づいて計算的に作製」することや、「調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」を「データベースに基づいて計算的に作製」することが、この出願の出願前における周知の事項であるともいえない。
　してみれば、「調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」を「データベースに基づいて作製」する「マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプト」について、当業者が請求項１に係る発明を理解し実施できる程度に発明の詳細な説明が記載されていない。
　
（５）まとめ
　以上のとおり、平成２０年７月７日付けの当審の拒絶理由通知書で通知した、最後の拒絶理由の理由１のうち、「理由１（１）（イ）」、及び、「理由１（２）（イ）」は、依然として解消していない。
　
　
（６）平成２１年１月８日付け意見書における主張について
　審判請求人は平成２１年１月８日付けの意見書で、理由１について以下のように主張している。
「（理由１；記載不備及び実施可能要件違反について）
　本願の新請求項１に係る発明では、「調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」を、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによってデータベースに基づいて作製する工程」に特徴を有するものであり、この本願発明に特有である工程は、特定のデコイの製造工程を規定するものであって、この「特定のデコイ」は、「調節因子結合部位に結合する可能性のある」という点において、当該技術分野に対して、新たな技術常識の提供を行うことで貢献するものであることにご注意ください。
　
　このような本願発明の構成を踏まえまして、本願の出願当初明細書の開示内容に照らして、本願発明を詳述いたします。
　
　本願の出願当初明細書［０００５］段落には、「全ての公知の遺伝子についてのプロファイルされたＴＲＲを、さらなる薬物標的関連統計分析のために、そしてさらなる治療ストラテジー開発のために、データベース内に保存した。」ことが開示されております。
　また、［００１６］〜［００１８］段落には、「本発明の別の実施形態において、同定される結合部位のプロファイリングのための方法は、全ての既知の遺伝子について、プロファイリングされた同定された結合部位を含むデータベースを提供する。確率統計分析が、プロファイリングされた結合部分に適用される。本発明の別の実施形態において、コンピュータで読み取り可能な媒体に有形的に保存されるデータ構造が提供される。このデータ構造は、プロファイリングされる同定された結合部位を有するデータベースを含む。このプロファイリングされる同定された結合部位は、遺伝子調節領域のＤＮＡ配列情報をスクリーニングすることによって作製される。このデータベースは、遺伝子識別子によって検索可能である。本発明の別の実施形態において、プロファイリングされた制御因子結合部位を表示するためのシステムを実行するコンピュータは、プロファイリングされた同定された結合部位を含むデータベースを備える。このプロファイリングされた同定された結合部分は、遺伝子調節領域のＤＮＡ配列情報をスクリーニングすることによって作製される。このデータベースは、遺伝子識別子によって検索可能である。ユーザーインターフェースは、１つ以上の選択可能なユーザーの入力を含んで提供される。入力デバイスは、ユーザーによって操作可能である。ディスプレイが備えられ、これは、プロファイリングされる同定された結合部位に応じて、少なくとも１つの出力を表示する。」と開示されております。
　
　更に図面を参照しますと、図５は、本発明のデータベースの構造の１つの実施形態の記載であり、図６は、図５のデータベースを説明するフローチャートであり、図１２は、図５のデータベースから得られたデータベース照会の１つ実施形態の一画面を示しております。
　
　本願出願当初明細書に記載の通り、結果として得られた転写因子結合部位配列情報は、そのゲノム位置（開始点、終止点）、長さ、各遺伝子のＴＳＳに対する距離、及び隣接領域（５末端と３末端の両者から１０塩基を含むがこれに制限されない）を含み、これらがデータベースに蓄積されます。遺伝子名、機能、注釈等の関連情報も追加されます。
　更に、新請求項１に規定された「調節因子結合部位」と「転写デコイ」との関係を説明するために、調節因子結合部位についての内因性配列に基づいて、転写因子デコイをデザインして製造するために使用する方法を開示した４種の技術文献を用意いたしました（本書と同日に提出した手続補足書における参考資料１〜４をご参照ください）。
　参考資料１（米国特許第６，２６２，０３３号）は、ＮＦ−ΚＢヘテロダイマーを標的化する二本鎖オリゴヌクレオチドのデザインと使用のための方法と材料を教示しております。
　
　参考資料２（Roshak等, J. Biol. Chem. 1996, 271: 31496-31501）は、二本鎖ＮＦ−ΚＢデコイが、真正なＤＮＡモチーフとのデコイの上手くいった競合を通じて、ＮＦ−ΚＢ作動性レポーター遺伝子の発現を特異的に調節する有効なアプローチであり、ダイマートランスロケーション及び/またはＤＮＡ結合を妨害することを教示しております。
　参考資料３（米国特許第６，７７４，１１８号）は、遺伝子発現を調節するための内因性トランス活性化因子の能力をブロックし、それによって炎症、内膜肥厚、新血管形成、新形成、免疫応答、及びウイルス感染を含む病理過程を調節するための方法及び組成物を教示しております。前記方法は、デコイが患者の標的細胞に侵入し、内因性転写因子と特異的に結合し、それによって転写因子の内因性遺伝子への結合を競合的に阻害することができるよう名形態の二本鎖核酸「デコイ」を患者に投与する工程を含みます。
　参考資料４（Morishita等, PNAS, 1995, 92: 5855-5859）は、合成二本鎖デコイＯＤＮが、標的遺伝子のプロモーター領域に対する核因子の結合をブロックし、in vitroアッセイ系において遺伝子トランス活性化の阻害を引き起こすことができることを教示し、内膜肥厚、最狭窄の可能性のある病理過程、アテローム性動脈硬化、及び血管グラフト閉塞の治療におけるデコイストラテジーの可能性を示しております。
　
　このように、本願の新請求項１に係る発明は、もはやその記載に不明確な点は無く、出願当初明細書に十分にサポートされているものであり、当業者が十分に実施可能であるように明細書に記載されているものであることは明らかです。
　
　従いまして審判官殿ご指摘の理由１の拒絶理由はもはや解消されたものと思料いたします。」
　
　そこで、拒絶理由の「理由１（１）（イ）」、及び、「理由１（２）（イ）」に関し、請求項１における「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」との記載の内容が明確であるのか、また、当業者が明細書の記載に基づいて請求項に発明を実施できたものであるのか、上記主張の各々を検討したが、下記（ａ）〜（ｅ）のように、これらの主張はいずれも採用することができない。
                  　
（ａ）本願発明の特徴に関する主張について
　まず、審判請求人の「本願の新請求項１に係る発明では、「調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」を、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによってデータベースに基づいて作製する工程」に特徴を有するものであり、この本願発明に特有である工程は、特定のデコイの製造工程を規定するものであって、この「特定のデコイ」は、「調節因子結合部位に結合する可能性のある」という点において、当該技術分野に対して、新たな技術常識の提供を行うことで貢献するものであることにご注意ください。」との主張は、
（あ）本願の新請求項１に係る発明（以下「本願発明」という。）の特徴が、「調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」を、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによってデータベースに基づいて作製する工程」という工程であり、本願発明に特有であること、
（い）本願発明が特定のデコイの製造工程を規定するものであること、
（う）本願発明における特定のデコイが「調節因子結合部位に結合する可能性のある」デコイであること、
（え）「調節因子結合部位に結合する可能性のある」「特定のデコイ」の製造工程を提供することで、当該技術分野に対して、新たな技術常識の提供を行うものであること、
を主張していると解される。
　しかし、この主張自体は、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」の具体的内容を何ら特定していないから、この主張をもって拒絶理由の理由１（１）（イ）及び理由１（２）（イ）が解消したとはいえない。
　
　なお、上記主張について、「調節因子結合部位に結合するデコイ」は、平成２０年７月７日付けの当審の拒絶理由の理由２で引用文献２として引用した特開平１０−１２７２８６号公報に示唆する記載があるように、それ自体は、「新たな技術常識」とはいえない。
　また、「調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイ」を、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによってデータベースに基づいて作製する工程」という工程が「新たな技術常識」であるとしても、本願の明細書が開示する内容は、「データベースに基づいて計算的に作製可能である」というものであり、要するに「データベースから作製する」という課題ないしは目的は提示していると解されるが、それを具現化するための具体的な手段（計算手順、アルゴリズム等）は一切開示しておらず、特許法第３６条第４項の規定する要件を満たしてない。（なお、他の工程における「自己開発（自社作製）したプログラム及びスクリプト」についても本願明細書ではその具体的な内容は一切開示されていない。）
　
（ｂ）発明の詳細な説明の記載に基づく主張について
　次に、審判請求人は『発明の詳細な説明の記載に関する、「本願の出願当初明細書［０００５］段落には、「全ての公知の遺伝子についてのプロファイルされたＴＲＲを、さらなる薬物標的関連統計分析のために、そしてさらなる治療ストラテジー開発のために、データベース内に保存した。」ことが開示されております。
　また、［００１６］〜［００１８］段落には、「本発明の別の実施形態において、同定される結合部位のプロファイリングのための方法は、全ての既知の遺伝子について、プロファイリングされた同定された結合部位を含むデータベースを提供する。確率統計分析が、プロファイリングされた結合部分に適用される。本発明の別の実施形態において、コンピュータで読み取り可能な媒体に有形的に保存されるデータ構造が提供される。このデータ構造は、プロファイリングされる同定された結合部位を有するデータベースを含む。このプロファイリングされる同定された結合部位は、遺伝子調節領域のＤＮＡ配列情報をスクリーニングすることによって作製される。このデータベースは、遺伝子識別子によって検索可能である。本発明の別の実施形態において、プロファイリングされた制御因子結合部位を表示するためのシステムを実行するコンピュータは、プロファイリングされた同定された結合部位を含むデータベースを備える。このプロファイリングされた同定された結合部分は、遺伝子調節領域のＤＮＡ配列情報をスクリーニングすることによって作製される。このデータベースは、遺伝子識別子によって検索可能である。ユーザーインターフェースは、１つ以上の選択可能なユーザーの入力を含んで提供される。入力デバイスは、ユーザーによって操作可能である。ディスプレイが備えられ、これは、プロファイリングされる同定された結合部位に応じて、少なくとも１つの出力を表示する。」と開示されております。』
と主張している。
　この主張は、要するに、「本願発明は結合部位のデータベースを提供した」ということを主張していると解されるものの、「結合部位のデータベース」自体は、請求項１における「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」において用いられるものであっても、「転写デコイを作製する工程」ではないから、これらの記載をもって、請求項１における「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」の具体的な内容が明確であるとも、該構成を当業者が容易に実施できる程度に記載されているともいえない。
　
（ｃ）図面の記載に基づく主張について
　次に、審判請求人は「更に図面を参照しますと、図５は、本発明のデータベースの構造の１つの実施形態の記載であり、図６は、図５のデータベースを説明するフローチャートであり、図１２は、図５のデータベースから得られたデータベース照会の１つ実施形態の一画面を示しております。」と主張しているから、図５，６，１２を参照する。
　審判請求人が「本発明のデータベースの構造の１つの実施形態の記載」であると主張する図５には、「Corgentech DecoyBank Database」との見出しがついた画面のコピーと解されるものが記載されている。そして、その記載の内容は、「Corgentech DecoyBank Database」が提供する情報とその検索キーについて「Corgentech DecoyBank Query Form」あるいは、「Corgentech Cluster DecoyBank Query Form」を使えという指示等が記載されていると解される。
　しかしながら、図５の記載から「データベースの構造」がいかなるものかは、把握できないし、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」についての記載がされているとも認められない。
　
　次に、審判請求人が「図５のデータベースを説明するフローチャート」であると主張する図６には「デコイバンクデータベース」との記載があり、「全長の遺伝子」、「遺伝子のＴＳＳ」等から矢印が伸び、「結合部位」と「遺伝子識別子」等とが線もしくは矢印で結ばれたものを囲む箱に向いたものが記載されているが、このような記載は、情報処理における処理の流れを表した「フローチャート」として一般的なものではない。
　少なくとも、「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」についてなんらかの具体的な情報の演算や加工を開示しているとは認められない。
　
　最後に、審判請求人が「図５のデータベースから得られたデータベース照会の１つ実施形態の一画面」であると主張する、図１２は、データベース照会の結果を示す画面と解されるが、「転写デコイ」もしくは「デコイ」に関連する情報は何ら提示されていない。したがって、図１２に「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」についてのなんらかの具体的な記載があるとは認められない。
　
　以上のとおりであるから、審判請求人の主張するこれらの図面の記載をもって、請求項１における「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」の具体的内容が明確であるとも、該構成を当業者が容易に実施できる程度に記載されているともいえない。
　
（ｄ）「結果として得られた転写因子結合部位配列情報」に関する主張について
　次に、「本願出願当初明細書に記載の通り、結果として得られた転写因子結合部位配列情報は、そのゲノム位置（開始点、終止点）、長さ、各遺伝子のＴＳＳに対する距離、及び隣接領域（５末端と３末端の両者から１０塩基を含むがこれに制限されない）を含み、これらがデータベースに蓄積されます。遺伝子名、機能、注釈等の関連情報も追加されます。」
との主張は、その根拠となる発明の詳細な説明の記載箇所が明示されておらず、また、請求項１における「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」に関する記載とはいえない。
　
（ｅ）参考資料１〜４について
　最後に、審判請求人が提示した参考資料１〜４には、「デコイ」に関する記載はあるものの、いずれの文献にも、コンピュータを用いて転写デコイを計算的に作製（デザイン）することに関する記載も示唆もない。つまり、「マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプト」を用いること、及び、「マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、データベースに基づいて作製する」ことが記載もしくは示唆されているとはいえない。
　したがって、これらの参考資料によって請求項１における「該マイクロプロセッサ上で実行されるスクリプトによって、該調節因子結合部位に結合する可能性のある全ての転写デコイを、データベースに基づいて作製する工程」の具体的内容が明確であるとも、該構成を当業者にとって容易に実施できたものであるともいえない。
　
　
５．むすび
　以上のとおり、本願の請求項１に係る発明は特許法第３６条第４項及び第６項の規定により特許を受けることができないものである。
　したがって、その余の請求項について検討するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。
　
　よって、結論のとおり審決する。