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　特願２００２−５３４５２２「ラモプラニン生合成用遺伝子クラスター」拒絶査定不服審判事件〔平成１４年　４月１８日国際公開、ＷＯ０２／３１１５５、平成１６年　４月　８日国内公表、特表２００４−５１０４４９〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．出願の経緯及び本願発明
　本願は、平成１３年１０月１５日を国際出願日（パリ条約による優先権主張外国庁受理２０００年１０月１３日　米国、２００１年４月１２日　米国、２００１年７月２４日　米国）とする国際出願であって、その請求項１に係る発明は、平成１７年６月３０日付手続補正書により補正された明細書及び図面の記載からみて、以下のとおりのものと認める。
「【請求項１】
（ａ）ラモプラニンＯＲＦ１〜３３（配列番号２〜３４）のいずれかをコードする核酸、（ｂ）ラモプラニンＯＲＦ１〜３３（配列番号２〜３４）のいずれかにコードされるポリペプチドをコードする核酸、（ｃ）ラモプラニンＯＲＦ１〜３３（配列番号２〜３４）のいずれかを増幅するプライマー対を用いたポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により増幅される核酸からなる群より選択される核酸配列を含む単離した核酸。」（以下、「本願発明」という。）
２．原査定の拒絶の理由
　これに対して、原査定の拒絶の理由の１つは、本願発明の詳細な説明には、本願発明を当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されておらず、この出願は、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていないというものである。
　
３．当審の判断
　本願発明は、核酸という化学物質に係る発明であり、化学物質に係る発明を当業者が実施することができるとは、当該発明に係る物質を作ることができ、かつ、使用することができることである。
　すわなち、化学物質としての核酸にどのような有用性（機能）があるかが明細書に記載され、あるいは明細書の記載から類推できなければ、その化学物質をどのような産業上の利用ができるかについて記載されていないことになり、該発明について当業者がその実施ができる程度に明確かつ十分に、発明の詳細な説明に記載されていないことになる。
　さらに、本願発明は、ラモプラニンＯＲＦ１〜３３（以下、省略して単に「ＯＲＦ１〜３３」ともいう。）のいずれかをコードする核酸に係るものであり、ラモプラニン生合成遺伝子クラスター中の個々の遺伝子を択一的に包含するものであるから、本願発明に選択肢として包含される３３種類の核酸のそれぞれの機能が明らかにされていなければ、その発明の実施をすることができる程度に記載されていないことになる。
（１）本願明細書の記載  
　本願発明の詳細な説明には、本願発明の個々の核酸の機能に関して、以下のように記載されている。
「実施例２：ラモプラニンの生合成に関与する遺伝子及びタンパク質
ＢＬＡＳＴＰアルゴリズム（…括弧内の記載は省略…）を用いて、各タンパク質をタンパク質配列のＧｅｎＢａｎｋデータベース（…括弧内の記載は省略…）に存在するタンパク質とコンピュータで比較して、３２個のラモプラニン生合成タンパク質の生物学的機能を評価した。各タンパク質について、ラモプラニン遺伝子座におけるアミノ酸配列の相同性が有意であると判明したものを表２に示す。」（段落【００９２】）と記載され、段落【００９３】の表２には、ラモプラニンＯＲＦ１〜３２のそれぞれのアミノ酸配列についてデータベース検索の結果得られた、相同性の高いアミノ酸配列のタンパク質の有する予想される機能と、各ラモプラニンＯＲＦタンパク質の予想される機能が並べて一覧表示されているが、そのうち、ＯＲＦ１と３のタンパク質の機能は「未知、膜タンパク質」と、ＯＲＦ１０、１８、２７及び３２の機能は「未知」と表示され、ＯＲＦ３３については、表２には記載されていない。
　そして、段落【００９４】〜段落【０１５１】には、表２に示したランモプラニンＯＲＦタンパク質の機能を予想した理由、根拠が記載されているが、そのうち、上記した表２で機能が示されていないＯＲＦ１、３、１０、１８、２７、３２及び３３のタンパク質に関しては、それぞれ以下のように記載されている。
「ＯＲＦ２７（配列番号２８）は、ペプチド合成酵素遺伝子と頻繁に会合することがわかっているためペプチド生合成においてある役割を果たしていると思われている遺伝子によってコードされる、いくつかの小型保存タンパク質に対して強い類似性を示している。」（段落【０１０２】）、
「Ｅ．耐性及び／又は局在タンパク質
ラモプラニン遺伝子座がコードする８つのタンパク質（ＯＲＦ１、ＯＲＦ２、ＯＲＦ３、ＯＲＦ８、ＯＲＦ１９、ＯＲＦ２３、ＯＲＦ２９及びＯＲＦ３１）は、ラモプラニン生合成機構の耐性及び／又は細胞内局在に関与する膜関連タンパク質であると思われる。…途中省略…。ＯＲＦ１、３、１９及び２９（配列番号２、４及び２０）は、未知の機能を有する各種膜貫通タンパク質に対して類似性を示しており、脂質及び脂肪酸前駆体への進入路を提供するためにラモプラニン生合成機構を細胞膜に局在させることに関与している場合がある。」（段落【０１０８】）、
「Ｈ．β−ヒドロキシアスパラギン残基の形成
米国特許出願番号第６０／２８３，２９６号に開示されているように、ＯＲＦ１０（配列番号１１）は、金属補助因子ヒドロキシラーゼ酵素の新しいファミリーの一員である。β−ヒドロキシアスパラギンの作製に必要なβ−ヒドロキシル化反応にはシトクロムＰ４５０酵素が関わっていると予想されていたため、これは驚くべき発見であった。
アミノ酸残基をβ−ヒドロキシル化する新しい機構がラモプラニンの生合成で作動しているという可能性は、ＢＬＡＳＴＰ分析の結果、ラモプラニン生合成遺伝子座にコードされるＯＲＦで、既知のシトクロムＰ４５０モノオキシゲナーゼに対して有意なアミノ酸配列の相同性を示すものが皆無であったという事実によって最初に示唆された。当初は、ＯＲＦ１０、ＯＲＦ１８及びＯＲＦ３２（配列番号１１、１９及び３３）に対してラモプラニン生合成における推定的な役割を割り当てることができず、それらはアルパラギンβ−ヒドロキシラーゼの候補と考えられていた。ＯＲＦ１０（配列番号１１）は、Streptomyces verticillusのプレオマイシン生合成遺伝子座における未知の機能を有するタンパク質及びStreptomyces venezuelaeの推定クロラムフェニコール生合成遺伝子座で見られる未知の機能を有する部分タンパク質に対して相同性を示している。プレオマイシンとクロラムフェニコールもβ−ヒドロキシ化アミノ酸残基を含んでいることに注目すべきである。ＯＲＦ１８（配列番号１９）がＧｅｎＢａｎｋデータベース中のタンパク質に対して全く類似性を示していないのに対し、ＯＲＦ３２（配列番号３３）は、Streptomyces coelicolor中の未知の機能を有する仮想細菌性タンパク質に類似性を示している。ヒドロキシル化反応の触媒となる酵素は、金属補助酵素を利用する場合が多いため、ＯＲＦ１０、１８及び３２（配列番号１１、１９及び３３）をさらに分析して金属補助酵素の結合に関連するアミノ酸モチーフの有無を調べた。」（段落【０１１１】〜【０１１２】）、
　さらに、段落【０１１４】〜【０１１５】には、ＯＲＦ１０のタンパク質が金属結合酵素であり、β−ヒドロキシルアスパラギンの形成に関与する可能性が記載され、段落【０１１６】以降の実施例３には、組換えＯＲＦ１０、１１、１２及び２６タンパク質を大腸菌で発現させ、さらに、組換えＯＲＦ１０タンパク質をStreptomyces lividansで発現させたことが記載されているものの、その発現させたタンパク質の機能を確認したことは記載されていない。 
（２）当審における判断
　以上のように、本願明細書には、ラモプラニン生合成に関与している遺伝子の全ＯＲＦについて、基質が何で、それに対してどのような触媒作用により、どのような物質を生成するかという、各ＯＲＦの具体的用途については記載されておらず、また具体的用途が推認できる程度の記載はない。
　特に、ＯＲＦ１〜３３のうちＯＲＦ１、３、１８、２７、及び３２をコードする核酸については、それらがコードするタンパク質の予想される機能は具体的なものではなく、具体的用途が推認できるように記載されておらず、また、ＯＲＦ３３については、不完全であるとされ（段落【００２８】）機能の予想すらされてないので、特にこれらのＯＲＦのタンパク質の機能については、本願明細書に記載されておらず、本願明細書の記載から明らかであるということはできない。
　
　これに対して、審判請求人は、平成１７年６月３０日付で提出した意見書に、ラモプラニンの研究者の宣誓書及び参考文献１〜１５を添付して、
（ア）本願明細書の実施例２〜３の【００９６】〜【０１０５】には、ＯＲＦ９、１１、１２、１３、１４、１５、１７、２６及び２７の９個のタンパク質は、ラモプラニンのリポデプシペプチドコア構造の形成に関与し、ＯＲＦ１３及び１４はＤ−アミノ酸へのエピマー化にも関与することが、その理由と共に示されており、【０１０６】には、ＯＲＦ１６、２４及び２５は、ラモプラニンのデプシペプチドコア構造に付着させるための脂肪酸側鎖の作製に関与することが、【０１０７】には、ＯＲＦ４、６、７、２８及び３０は、４−ヒドロキシフェニルグリシン（ＨＰＧ）の合成に関与することが、【０１０８】には、ＯＲＦ１、２、３、８、１９、２３、２９及び３１は、ラモプラニン生合成機構の耐性及び／又は細胞内局在に関与することが、【０１０９】には、ＯＲＦ５、２１、２２は、ラモプラニン生合成の制御に関与することが、【０１１０】には、ＯＲＦ２０は、ラモプラニンペプチドコアに組み込まれた末端ＨＰＧ残基の塩素化に関与することが、【０１１１】〜【０１１５】には、ＯＲＦ１０、ＯＲＦ１８及びＯＲＦ３２は、β−ヒドロキシアスパラギン残基の形成に関与することが、その理由と共に示されている。そして、【０１１６】〜【０１１８】には、組換えＯＲＦ１１、１２及び２６タンパク質を発現させ、これらが実際にアシル又はアミノアシル運搬体タンパク質であることを確認したことが、また【０１１９】〜【０１２２】には、組換えＯＲＦ１０タンパク質を発現させ、これがβ−ヒドロキシラーゼの特徴を有していることを確認したことが記載され、このように本願明細書には、ラモプラニン各ＯＲＦの機能が明らかにされている旨、及び
（イ）この分野の研究の第一人者であるDewey G. McCafferty博士は、その宣誓書で、数多くの微生物由来の低分子ペプチドが、非リボソームペプチド合成酵素（ＮＲＰＳ）と呼ばれる多機能の酵素複合体で合成されることは、当該分野で既知であり、ラモプラニンもＮＲＰＳシステムにより合成されることは、当該分野では既知であったこと、そして、各モジュールのアデニル化（Ａ）ドメインが特定のアミノ酸を認識し、ペプチド内に導入される特有のアミノ酸を決定することは、当該技術で既知であり、本願出願人が行ったＯＲＦ１２、１３、１４及び１７のをそれぞれのＮＲＰＳアデニル化（Ａ）ドメインのアミノ酸基質は、本出願の図３Ｂに示され、このアミノ酸からなるペプチド骨格とラモプラニンのアミノ酸配列が一致していることは、本願明細書には、ラモプラニンを生合成することの科学的な証明がなされているに等しいと宣誓している旨、主張している。
　また、同様の主張が、平成１８年３月１３日付で提出した審判請求書の補正書においてもなされている。
　まず、上記（ア）の主張については、本願明細書には、ＯＲＦ３３以外のＯＲＦ１〜３２のタンパク質の機能について予想、推定されており、その理由も記載されているものの、上記（２）で述べたように、いくつかのＯＲＦのタンパク質については、その予想された機能が具体的でなく、具体的用途が明らかであるとはいえない。また、ＯＲＦ３３のタンパク質については機能が全く記載されていないので、本願明細書にはラモプラニン各ＯＲＦの機能が明らかにされており、当業者が実施できるように記載されているという請求人の主張は、採用できない。
　なお、ＯＲＦ１、３、１８、２７、３２及び３３以外のＯＲＦのタンパク質についても、実際に発現させてその機能を確認しておらず、そのような確認がされていなくても、アミノ酸配列の相同性を根拠としてその機能を推定できるかどうかは、それぞれのタンパク質についての本願出願当時の技術常識を考慮する必要があるものであり、これらＯＲＦのタンパク質についても、機能が明らかにされているとは直ちにはいえない。また、本願明細書には、組換えＯＲＦ１０、１１、１２及び２６タンパク質を発現させ、ＯＲＦ１０タンパク質がβ−ヒドロキシラーゼの特徴を有していることを、ＯＲＦ１１、１２及び２６タンパク質が実際にアシル又はアミノアシル運搬体タンパク質であることを確認したことが記載されているという請求人の主張は、上記（１）に記載したように、本願明細書には組換えＯＲＦ１０、１１、１２及び２６タンパク質を発現させたことが記載されているが、これらの機能を確認したことは記載されていないので、採用できない。
　次に上記（イ）の主張については、請求人が提出した宣誓書の内容及び参考文献１〜１５のうち、本願出願前に頒布された参考文献の記載からみて、ＯＲＦ１２、１３、１４及び１７のそれぞれのＮＲＰＳアデニル化（Ａ）ドメインのアミノ酸基質の順序がラモプラニンのアミノ酸順序と一致しているという本願明細書の記載、これら核酸がラモプラニンを産生するActinoplanes.sp由来であること、及び本願出願時の技術常識を考慮すると、クローニングされた約８８kbからなる核酸は、ラモプラニン生合成に関与している遺伝子クラスターである可能性は高いかもしれない。
　しかしながら、本願発明は各ＯＲＦをコードする核酸に係るものであり、上述したように、本願発明の各ＯＲＦの機能が、当業者が理解できる程度に本願明細書に記載されているといえないことは明白である。
　
　以上のように、本願発明に係る核酸がコードするラモプラニンＯＲＦ１〜３３のタンパク質の全てについて、どのような有用性（機能）があるかが本願明細書に記載されておらず、かつ本願明細書の記載から明らかであるともいえないので、このような具体的用途の記載を欠く本願明細書には、ＯＲＦ１〜３３のタンパク質をコードする全ての核酸を使用できるように記載されているとはいえず、本願の発明の詳細な説明には、本願発明全体を当業者が実施できる程度に明確かつ十分に記載されているとは認められない。
４．むすび
　以上のとおりであるから、本願の発明の詳細な説明には、本願請求項１に記載の発明を当業者が実施できる程度に明確かつ十分に記載されていない。
　したがって、本願は、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしておらず特許を受けることができないものであるから、他の請求項に係る発明については言及するまでもなく、本願は拒絶をすべきものである。
　よって結論のとおり審決する。