【事件の表示】
　特願２００２−　４６８１４「ＵＣＰ遺伝子由来のミトコンドリアへのタンパク質輸送ターゲッティングペプチド及びそれをコードするＤＮＡ」拒絶査定不服審判事件〔平成１５年　９月　２日出願公開、特開２００３−２４５０８０〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、平成１４年２月２２日の出願であって、平成１７年６月１０日付で特許請求の範囲についての手続補正がなされ，同年７月２９日付で拒絶査定がされ、これに対し、同年９月１日に拒絶査定不服審判の請求がされるとともに、同年１０月３日付で特許請求の範囲についての手続補正がなされたものである。
　
第２　平成１７年１０月３日付の手続補正についての補正却下の決定
　
　［補正却下の決定の結論］
　　平成１７年１０月３日付の手続補正を却下する。
　
　［理由］
１．補正後の本願発明
　本件補正により，特許請求の範囲の請求項１は，
「【請求項１】　ミトコンドリアへ2つのタンパク質を輸送することができるターゲッティングペプチドである以下の（ａ）又は（ｂ）を含むポリペプチドをコードするDNA。
（ａ）配列番号２又は４記載の配列の第105残基から第191残基から成るポリペプチド。
（ｂ）配列番号２又は４記載の配列の第105番目から191番目のアミノ酸から成る配列に１〜数個のアミノ酸が欠失、置換、付加したポリペプチドであって、ミトコンドリアへ2つのタンパク質を輸送することができるターゲッティング活性を有するポリペプチド。」から，
「【請求項１】　ミトコンドリアへ2つのタンパク質を輸送することができるターゲッティングペプチドである以下の（ａ）又は（ｂ）からなるポリペプチドをコードするDNA。
（ａ）配列番号２又は４記載の配列の第105残基から第191残基から成るポリペプチド。
（ｂ）配列番号２又は４記載の配列の第105番目から191番目のアミノ酸から成る配列に１〜数個のアミノ酸が欠失、置換、付加したポリペプチドであって、ミトコンドリアへ2つのタンパク質を輸送することができるターゲッティング活性を有するポリペプチド。」
に補正された。
　上記補正は，請求項１に記載した発明を特定するために必要な事項である「以下の（ａ）又は（ｂ）を含むポリペプチド」を，「以下の（ａ）又は（ｂ）からなるポリペプチド」としたものであって，（ａ）又は（ｂ）の配列にさらに付加的な配列を有していてもよいポリペプチドが，そのような付加的な配列は有さないものとなり，補正前と発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題は同一であると認められるから，平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２（以下についても同様）第４項第２号の特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　そこで，本件補正後の前記請求項１に記載された発明（以下，「本願補正発明」という。）が特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか（特許法１７条の２第５項において準用する同法１２６条５項の規定に適合するか）について以下に検討する。
　
２．引用文献
　
（１）原査定の拒絶の理由に引用文献１として引用されたJ. Cell. Sci., 113, p.2267-2272(2000)（以下，「引用文献１」という。）には，以下の事項が記載されている。
（１−１）「中央のマトリックスループが，脱共役タンパク質１のミトコンドリアへの輸送を行う」（タイトル）
（１−２）「脱共役タンパク質(UCP1)は、ミトコンドリア内膜の６回膜貫通型のキャリアータンパクである。それは，典型的なアミノ末端ターゲッティングシグナルを含まず，ターゲッティング及び挿入のメカニズムは知られていない。ここで、我々は、タンパク質の3つの繰返しユニット内に含まれるインポートシグナルの分析により、UCP1の形成に焦点を当てた。該タンパクのアミノ末端の３分の１は、DHFRに融合された時にタンパク質の外膜への挿入に関与することができ、したがって、人工的なターゲッティングシグナルの役割をする。しかしながら、全長UCPにおいては、最初の繰返しユニット中のターゲッティング情報は，外膜へ挿入を引き起こすのには十分ではない。UCP1から，第1および第3のいずれかの繰返しユニットを欠失させても、全長UCP1の特徴である，内膜へのインポートや外膜レセプタータンパクhTom20への結合は，減少しなかった。UCP1の第２の繰返し部位を欠失させると，ミトコンドリアへのインポートは完全になくなった。これを矛盾なく説明するのは，中央の繰返し部位単独で，全長UCP1の特徴である，内膜へのインポートや外膜レセプタータンパクhTom20への結合には十分であるということである。我々は、hTom20への結合部位が中央の繰返し部位にあり、このドメインが，内膜にUCP1を指向させるための完全なターゲッティングシグナルを含んでいる、と結論した。」（要約）
（１−３）「しかしながら、内膜の多くの複数回膜貫通型膜タンパク質が，アミノ末端プレ配列を含んでおらず，また、挿入過程は明白ではない。この一般的なクラスは、ADP/ATPキャリアータンパク（AAC）、燐酸キャリアー（PiC），および高等真核生物における脱共役タンパク（UCP）を含むミトコンドリアのキャリヤーファミリーを包含する。」（2268頁左欄11〜16行）
（１−４）「ラットUCP1の変異体は，以下のように製造された：・・・」（2268頁右欄18〜19行）
（１−５）「UCP1及び変異体のインポート
UCP1および変異体のミトコンドリアへのインポートはArganら（1983）の方法によってなされた。インポート後ミトコンドリアは、０．１MNaCO3、pH11.5で30分間４℃で処理され、アルカリ耐性がテストされた。また、８M尿素、pH8.0で30分間４℃で処理され、膜との疎水性会合がテストされた。さらに、ミトコンドリアは、外膜か内膜かいずれに挿入されているか区別するために、０．２μｇトリプシンで30分間４℃で処理し、１０倍量の大豆トリプシンインヒビターで氷上で30分間インキュベートされた。」（2268頁右欄下から14〜5行）
（１−６）「結果と議論
UCP1のインポートおよび結合
UCP1は、哺乳類ミトコンドリアの内膜タンパクであり，そのミトコンドリアへのインポートと，hTom20への結合が特徴である(リウ等、1988年)。図2Aの中で示されるように、UCP1は、アルカリ、尿素およびトリプシン（レーン3対4、5および6）抵抗性の状況にインポートされた。それは，電気化学的ポテンシャルに依存するやり方（レーン4対8; レーン5対9; レーン6対10）で，記載されているように内膜への局在化を示した（リウ等、1988年）。
プレタンパクは、膜を通過する前に，ミトコンドリアの外膜レセプターによって最初に認識される。哺乳類ミトコンドリアのインポート複合体のレセプタータンパクであって，最も調査されたものの1つがhTom20である。図2Bは、hTom20の細胞質基質ドメインによって，UCP1が特異的に認識されたことを示す（レーン2対3）。しかしながら、我々は，UCP1が，マトリックスをターゲットとするシグナル（Schleiff 1997b； SchleiffおよびTurnbull，1988）とは区別される結合パターンを有することを以前示した。hTom20へのUCP1の結合は，塩感受性ではなく（レーン6），マトリックスをターゲットとするペプチドとの競合もせず（レーン8），洗剤感受性であった（レーン7）。hTom20中の結合部位は、アミノ酸90位と145位との間に発見された（SchleiffおよびTurnbull、1998）。したがって、UCP1のhTom20への結合は，Gln108のAlaへの点突然変異を有する場合（レーン5）には減少するが，相互作用は，レセプターの最初の60アミノ酸の欠失によっては減少しない（レーン4）。」（2268頁右欄下から4行〜2269頁左欄末行）
（１−７）UCP1，第１繰返し単位とDHFRとの融合タンパク（UCP(A)-DHFR ，UCP(1A)-DHFR， UCP(1A2)-DHFR）の構造，第１繰返し単位を欠失させたタンパク（UCP（Δ1A2）），第２繰返し単位を欠失させたタンパク（UCP（Δ3B4）），第３繰返し単位を欠失させたタンパク（UCP（Δ5C6））および第１及び第２繰返し単位を欠失させたタンパク（UCP（3B4））の構造。（2269頁　図1）
（１−８）「UCP1及びUCP1の第１マトリックスループの，ミトコンドリアへのイン・ビトロ・トランスポート及びhTOM20へのイン・ビトロ結合
(A) UCP1， UCP(A)-DHFR ，UCP(1A)-DHFR， UCP(1A2)-DHFRはミトコンドリアにインポートされ（レーン3-10），その一部はCCCPの存在下でインポートされた（レーン7-10）。インポート後，ミトコンドリアは，炭酸ナトリウム（レーン4及び8），尿素（レーン5及び9）またはトリプシン（レーン6及び10）のいずれかと共にインキュベートされた。レーン１は10%のインプットコントロール，レーン2はバックグラウンドを示す。・・・」（2269頁　図2の説明1〜7行）
（１−９）「UCP1のループ欠失変異体及び第２繰返し部位の，ミトコンドリアへのイン・ビトロ・トランスポート及びhTOM20へのイン・ビトロ結合
(A)UCP1(Δ1A2)，UCP1(Δ3B4)，UCP1(Δ5C6)及びUCP1(3B4)は，図2Aに記載されているようにミトコンドリアにインポートされた。
(B)UCP1のループ欠失変異体及びUCP1(3B4) のhTOM20への結合。レーン１は10%のインプット，レーン2はGSTへのバックグラウンド結合，レーン3はhTOM20への結合，レーン4は300mMのNaCl存在下でのhTOM20への結合，レーン5は0.2%Triton X-100存在下でのhTOM20への結合，レーン6は1.5μMのpO存在下でのhTOM20への結合。」（22070頁　図3の説明）
（１−１０）「第1および第3のマトリックス・ループは，ミトコンドリアへのターゲッティングとインポートに関係しない
初期の発見(リウら、1988)とは対照的に、我々のデータは、最初のマトリックス・ループが外膜を通過するトランスロケーションの原因ではないことを示唆する。これをさらにテストするため，我々は，正しいトランスロケーション及びレセプター認識に必須であるのが，第１繰返し単位、第２繰返し単位、又は第３繰返し単位の領域のどれであるかを決定するために、これらの繰返し単位の欠失したUCP1のバリアントを作った（図1B）。これらのタンパクは、インビトロのインポート実験で試験された（図3A）。第１のマトリックス・ループの欠失（UCP1（Δ1A2））はUCP1のインポートの挙動には影響しなかった。というのも、プレタンパクは，ΔΨ依存的な方法において，トリプシン抵抗性の状態（レーン6）にΔΨ依存性にインポート（レーン3対4）されたからである（レーン4，5，6対8，9，10）。同様な結果は、第３のマトリックス・ループ欠失後のUCP1（Δ5C6）でも得られた（（図3A(3番目のパネル)）。しかしながら、第２のループの欠失（UCP1（Δ3B4））では、本タンパク質がトリプシンに感受性であることから、ミトコンドリア内膜へのインポートが完全に失われている（レーン3対6）。驚いたことに、該タンパクは、さらに、アルカリおよび尿素に感受性だった(レーン3対4，5)。それは、第１の繰返し部位が，UCP1（D3B4）を外膜へ移動させることができなかったことを暗示する。このことは、N末端の繰返し部位は，外膜の中へのUCPの挿入に関与することができず，単に，リポータータンパクとしてのDHFRによって膜挿入が起こることを示唆する（図2）。インポートのデータ（図3A）と整合するように、1A2と5C6の欠失は、hTom20による認識に影響を及ぼさなかった（図3B）が，このことは，ターゲッティングシグナルが第２の繰返し部位中にあることを示唆する。更に、hTom20は、第2のループが欠失したUCP1（UCP1（Δ3B4））とは相互作用しなかった。これらのデータは、第2のループが内膜へのUCP1の転移にとって不可欠であることを示している。」（2271頁左欄11〜42行）
（１−１１）「第2の繰り返しは，ターゲッティングおよび挿入の双方のシグナルを含む
1A2又は5C6の欠失のインポートへの影響をテストするために、我々は，UCP1のインポートの時間経過実験を行い，その率を，欠失変異及び第２の繰返し部位のみの場合のインポート率と比較した。結合されたタンパクと挿入されたタンパクとを区別するために，ミトコンドリアはインポート後にアルカリで抽出された。図４に示されるとおり、我々は，これら４種の構築物間に反応速度論の主要な違いを見出せなかった。したがって、もし、1A2又は5C6がインポートに部分的にでも影響するのであれば、インポートの反応速度論に影響するであろうから、ターゲッティング情報のすべてはアミノ酸１０１及び２０１の間の領域にあるに違いない。この発見はさらに，観察されたUCP1(1A2)- DHFRの中にあるhTom20に対するターゲッティング情報は，UCP1のターゲッティングにおいては役割を果たしておらず，そうではなく，UCP1(D1A2)のインポート動力学の減少がされるのであろうことを示唆する。
これを直接確認するために、第２の繰返し部位のみでのインポート及び結合の挙動がテストされた。第２の繰返し部位（UCP1（3B4））は、アルカリ耐性、尿素耐性、トリプシン耐性の状態（図3A，レーン3対4，5，6）で、ΔΨ依存性に効率的にインポートされた（図3A，レーン4，5，6対8，9，10）。我々は、さらにこのドメインのレセプターhTom20との結合特性について分析した。図2Bおよび3Bの比較は、第2の繰返し部位が全長UCP1と同じ特性で結合することを明らかにした。なぜなら，結合は，塩抵抗性であり，洗剤感受性であり，マトリックスをターゲットとするシグナルペプチドとは競合しなかったからである。」（2271頁左欄下から17行〜右欄11行）
（１−１２）「結論
我々は、アミノ末端の1Aドメインが，外膜へのターゲッティング情報を含み，典型的なマトリックスシグナルに似たやり方で受容体タンパク質hTom20と相互作用することができるが、1A2が内部ターゲッティングシグナルの特徴の結合を示すことを示した（図2B）。レセプターhTom20への1Aのマトリックス様の結合特性は、荷電したAループの存在によるものと思われるが、第2の膜貫通領域の存在は、どのようにしてか，レセプター結合のための内部シグナルに似ているこのシグナルの提示を変更している。しかしながら、1A2内のターゲッティング情報は，UCP1の形成において役割を果たさない。なぜならば，この部位の欠失は、内膜の中へのインポート動力学の減少を生じないからである（図4）。最初のマトリックス・ループは，特定の状況下で，内膜へ，いくつかのパッセンジャータンパクを移動させることができるかもしれないが、それはUCP1の十分なターゲットシグナルであること(リウ等、1988)を示すものではない。UCP1の，内膜の中への正確なターゲッティングおよび挿入は、第2の繰返しユニット3B4（アミノ酸101〜201）中のターゲッティング情報に拠るものである。このことは，3B4が，典型的なN-末端シグナル配列のものとは異なるUCP1の結合特性（図3）を示すことと一致する。このことは、多数開幕貫通型タンパクに対するレセプター上に，異なる結合部位があることを示唆する（UCP1（D1A2）、UCP1（D5C6）あるいはUCP1（3B4）のいずれか，図3B）。
　現在の課題は、3B4の中の2つの膜貫通領域間の，構造的な協力を理解し、それらが一対のヘリックスとして膜への挿入のターゲットとされるかを決定することである。これらのシグナルおよびそれらのコントロールされた反復の一層の解明は、多数回膜貫通型タンパクの形成に対する重要な洞察を提供するにちがいない。」（2271頁右欄12〜43行）
　
（２）同じく，原査定の拒絶の理由に引用文献２として引用されたMol. Gen. Genet., 264 , p.112-118 (2000)（以下，「引用文献２」という。）には，以下の事項が記載されている。
　
（２−１）「コムギのミトコンドリア脱共役タンパクをコードするcDNAの単離及び特徴付け：コムギUCP遺伝子は低温により調節されない」（タイトル）
（２−２）「ミトコンドリアの内膜にみられる脱共役タンパク（UCP）は，哺乳類の内膜を介したプロトンの電気化学的勾配を分散して，ATPを合成するのではなく熱を発生する。PCRに基づく方法を用いて，我々は，コムギ（Triticum aesitivum L.）のミトコンドリア脱共役タンパクをコードする２つの新規なcDNAクローンWhUCP1a とWhUCP1bを単離した。その各cDNAクローンは， 286アミノ酸残基を有する，推定で30.5kDのタンパクをコードするORFを含むが，その中に３アミノ酸の置換が見られる。各推定アミノ酸配列は，ミトコンドリアトランスポーターファミリーにおいて高度に保存されている，３つの典型的ミトコンドリアキャリアシグナルドメインと，６つの膜貫通ドメインを有する。サザン分析の結果は，WhUCP1遺伝子が，３コピー以上コムギゲノム中に存在するかもしれないこと，およびWhUCP1タンパクが，小さなマルチジーンファミリーによりコードされていることを示す。」（112頁「要約」1〜19行） 
（２−３）「最近，脱共役プロトン移送が，馬鈴薯のミトコンドリアにおいても起こっていることが示され，哺乳類UCPと類似のタンパクが発見され（…），哺乳類UCPとホモローガスなタンパクをコードするcDNAが２種類の双子葉植物，馬鈴薯（…）及びシロイヌナズナで単離された（…）。」（112頁右欄下から14〜7行）
（２−４）「WhUCP1a とWhUCP1bの塩基配列は，DDBJ/EMBL/GenBankの塩基配列データベースにおいて，アクセッション番号AB042428，AB042429として見られるであろう。」（113頁右欄37〜40行，なお，このデータは，その後2000.10.07付でデータベースに登録されている。）
（２−５）WhUCP1a とWhUCP1bの２８６アミノ酸残基からなる推定アミノ酸配列と，その１０８〜１２３残基が第３膜貫通領域（TM3）であり，１７１〜１８６残基が第４膜貫通領域（TM4）であること（図２）
　
３．対比
　引用文献２に記載されたWhUCP1a 及びWhUCP1bがコードする推定アミノ酸配列は，本願明細書に記載された配列番号２又は４の配列（以下「UCP配列」という。）に相当する。また，ミトコンドリア脱共役タンパクは，核ゲノムにコードされており，翻訳後にミトコンドリアに輸送されるものであることは技術常識である。したがって，引用文献２には，
「ミトコンドリアへ輸送される以下の（ａ）からなるポリペプチドをコードするDNA。
（ａ）配列番号２又は４記載の配列の第1残基から第286残基から成るポリペプチド。」
が記載されているものと認められる。
　そこで，本願補正発明と引用文献２に記載された発明（以下，「引用発明」という。）を比較すると，両者は，「UCP配列の第105残基から第191残基の配列を有するポリペプチドをコードするDNA」である点で一致するが，以下の点で相違する。
　
［相違点１］コードするポリペプチドの配列が，本願補正発明では，UCP配列の第105残基から第191残基から成るものであるのに対し，引用発明は，該部分配列を含んだUCP配列の全長，すなわち第1残基から第286残基から成るものである点
［相違点２］コードするポリペプチドの機能について，本願補正発明では，ミトコンドリアへ2つのタンパク質を輸送することができるターゲッティングペプチドであるとの特定がされているのに対し，引用発明は，それ自体がミトコンドリアへ輸送されるものである点，
　
４．判断
［相違点１］について
　引用文献２に記載のUCPは，翻訳後にミトコンドリアに輸送されるものであるから，ミトコンドリアに輸送されるために必要な配列が存在することは明らかである。
　また，引用文献１には，ラットUCP1について，その全長，第１繰り返し単位，第２繰り返し単位，並びに第３繰り返し単位（以下，各々を「D1」，「D2」及び「D3」という。）のそれぞれを欠失させた変異体，及びD2単独という各種ペプチドを作成して試験した結果として，そのD2単独で全長ＵＣＰ１の特徴である内膜へのインポートに十分であることが記載されている。そして，引用文献１に記載されているラットUCP1と同様に，コムギＵＣＰについても，３つのドメインのうちのどの部分がミトコンドリア内膜へのインポートに関与しているのかを，各ドメインを欠失させたり，単独のドメインとしたりして，確認することは，当業者にとり当然の技術的課題ということができる。
　とすれば，引用文献２に記載されたコムギUCPについて，引用文献１に記載されたと同様の実験を行うために，各種の変異体を製造すること，特に，引用文献１に単独で内膜へのインポートに十分であると記載されている，D2に対応する配列のペプチドを周知の遺伝子工学的手法により製造するために，全長UCP配列に基づき，D2部分のペプチドをコードするDNAを製造することは，当業者が容易に想到し得ることである。また，そのようなD2部分の配列として，引用文献２に記載されているUCP配列の，TM3のＮ末側に３残基目の105残基から，TM4のＣ末側に５残基目の191残基に至る部分を選択することは，当業者が適宜行うことができることである。
　
［相違点２］について
　本願補正発明における，ミトコンドリアへ2つのタンパク質を輸送することができるターゲッティングペプチドであるという特定は，UCPのD2が有する活性を特定したものである。そして，このような活性を特定しても，本願補正発明のDNAがコードするポリペプチドは，UCPのD2に対応する配列から成るものであることに変わりはなく，特定がない場合と比較して，物自体としての相違が生じるわけではない。したがって，この点は，実質的な相違点であるとはいえない。
　また，この点を実質的な相違点とした場合であっても，上記のように，引用文献１には，UCPのD2が単独でミトコンドリア内膜へのインポートに十分であることが記載されており，D2に２つのペプチドD1及びD3が融合している全長UCPは，ミトコンドリアへ輸送されるのであるから，D2には，D1及びD3という２つのタンパク質（ペプチド）をミトコンドリアに輸送する能力があることは明らかである。
　したがって，引用文献２に記載されたコムギUCPについても，そのD2が単独でミトコンドリア内膜へのインポートに十分であること，D2は，UCPのD1及びD3という２つのタンパク質（ペプチド）をミトコンドリアへ輸送することができるものであることは，当業者が容易に想到しうることである。
　
　そして，本願発明の奏する効果が，引用文献１及び２の記載から予想される範囲を超える顕著なものであるということもできない。
　
　したがって，本願補正発明は，引用文献１及び２に記載された発明に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法２９条２項の規定により特許出願の際独立して特許を受けることができないものである。
　
５．請求人の主張について
　
（１）請求人の主張
　請求人は，平成１９年１０月１９日付の回答書において，以下のように主張している。
　
ア　引用文献１の実験がin vitroのものである点について
　
　引用文献1は、ミトコンドリアを取り出して行なった実験であり、そのようなin vitroでのミトコンドリア実験が生体内での諸現象を反映しているかについては、そもそも疑問視されていた。（拒絶査定引用のJ.Biol.Chem., Vol.271, No.50, p.31763-31766 (1996)には、レセプターメカニズム（Tom20-Tom22及びTom70-Tom37）について，in vivoで機能しているかどうかはまだ示されていない旨記載されている。）
　
イ　引用文献１において，UCP1のD2ドメイン単独でミトコンドリア内膜へ効果的に輸送され、hTom20に結合したことから、D2ドメインにUCP1をミトコンドリア内膜へ移行させるターゲッティングシグナルが存在すると結論している点について
　
（ア）審判請求書において提出した参考文献2（Liu et al. 1988 Journal of Cell Biology 107,503-509）の，UCPのD1がUCPの輸送及び膜挿入に必須である旨の記載などから，本願出願当時は、これらのタンパク質のミトコンドリアへの輸送には、D1が必要である、あるいは、D1〜D3の協調が必要であるとも、又はD２が必要であるなど、諸説がある状況であった。審査官は、参考文献２を含め出願時点の技術水準を誤解したうえで、引用文献1を解釈し、本件発明の進歩性について判断したのであるから，その判断には誤りがある。
（イ）また、キャリアタンパク質のひとつであるAACについて比較的多くの研究がなされており、EMBO J 20, 951-960, 2001(参考文献４)では、AACの3つのユニットが協調して働くことが必要)とされており、その結合相手はTOM70とされている。さらに、出願以降のレビュー論文（JMB 326, 639-657, 2003(参考文献５）)においても、キャリアタンパク質についてはTOM70がまず重要であることが示されており，また、キャリアタンパク質については、タンパク質中の様々なサイトがレセプター結合に働くことが示されている。つまり、キャリアタンパク質のミトコンドリアへの輸送については、学問上のコンセンサスは得られていなかった。 
　これに対して、そもそも、UCPのようなキャリアプロテインの主要な結合相手ではないTom20を用いたin vitro実験により、引用文献１では、上記摘示したような結論を導いている。上記の技術常識からみて、当業者は、引用文献１の記載について重大な疑問を挙げるであろうし、上記引用文献1記載の実験からは、D2にUCP1をミトコンドリア内膜へ移行させるターゲッティングシグナルが存在するとは結論付けない。
　
ウ　UCP1のD2に別の蛋白を融合した融合蛋白がミトコンドリア内膜へ移行することが容易に想到できるかという点について
　
　特許出願時点において、前述のようにキャリアタンパク質のひとつであるAAC（ADP/ATP carrier）について研究の多くは、TOM70とまず結合したのち、ミトコンドリアへ輸送されるとしている（JBC 269, 11893-11901, 1994(参考文献６)、Cell 62, 107, 1990、EMBO J 9, 3191-3200, 1990(参考文献７)）。特に、EMBO J 9, 3191, 1990では、TOM70がないとAACの結合が起こらないとしており，本願出願前の時点では、キャリアタンパク質のミトコンドリアへの輸送にはTOM70との結合が重要であると考えられていた。 
　したがって、引用文献１記載のものが、Tom20とのin vitroでの結合性を調べているからといって、UCPのD2がTom20を介する輸送経路により輸送されるとはいえない。
　
エ　その他
（ア）引用文献１では、D1+外来タンパク質の実験は行われているが、D2+外来タンパク質の実験は行われておらず、係る内部配列を用いてミトコンドリアへのタンパク質輸送を行なう動機付けも存在しなければ、ミトコンドリアへ外来タンパク質を輸送できるかどうかについても、当業者にも全く不明であった。 
（イ）本願発明者らは、独自の努力により、実際に実験をすることにより、内部配列（D2ドメイン）に２種類のタンパク質を融合した融合タンパク質を用いてin vivoで実験し、２種類のタンパク質を実際にミトコンドリアに輸送できることを示し、実際に世の中に使用できるように提供したという格段の貢献をしたものである。
　
（２）判断
　これらの主張について判断を示すと以下のとおりである。
　
アについて
　引用文献１においては，詳細な実験がなされ，その実験結果からD2がミトコンドリア内膜にUPC1を指向させるための完全なターゲッティングシグナルを含んでいるという結論が導き出されている。引用文献１に記載されている実験が， in vitroでのミトコンドリア実験であっても，それでインポートが確認されれば，in vivoでも同様の現象が生じる蓋然性はより高くなることは明らかである。また，その実験結果は，D2以外のD1，D3については，D2が存在しなければin vitroですらインポートされないというものであり，D2単独であればインポートが見られたというものである。
　これらの結果などから見て，引用文献１の上記結論に特に疑うべき点はない。少なくとも，UCPの３つのドメインのうち，D2が完全なターゲッティングシグナルを有する可能性がきわめて高いことは明らかである。
　また，必要に応じて，このようなin vitro実験の結果を，さらにin vivo実験で確認することも当業者であれば容易に行うことができることである。
なお，請求人が指摘する拒絶査定で引用した文献は，関連のレセプターメカニズムについてin vivoで機能するか否かについて，単に「示されていない」というのみで，疑問視するものではない。
　
イ（ア）について
　参考文献２については，引用文献１よりも１０年以上前に頒布されていた文献であり，引用文献１の方が本願の出願日当時の技術水準をより適切に反映しているものと認められる。
　しかも，参考文献２については，引用文献１中において「(リウら、1988)」として参照され，「初期の発見(リウら、1988)とは対照的に、我々のデータは、最初のマトリックス・ループが外膜を通過するトランスロケーションの原因ではないことを示唆する。これをさらにテストするため，我々は，正しいトランスロケーション及びレセプター認識に必須であるのが，第１繰返し単位、第２繰返し単位、又は第３繰返し単位の領域のどれであるかを決定するために、これらの繰返し単位の欠失したUCP1のバリアントを作った（図1B）。」（前記記載事項（１−１０））及び「最初のマトリックス・ループは，特定の状況下で，内膜へ，いくつかのパッセンジャータンパクを移動させることができるかもしれないが、それはUCP1の十分なターゲットシグナルであること(リウら、1988)を示すものではない。」（前記記載事項（１−１２））と記載されていることからも明らかなように，引用文献１の著者は，参考文献２を踏まえて，さらに実験をして，ターゲッティングシグナルが第２のループにあるという結論を得たのである。
　以上のことから，参考文献２の存在が，本願発明に至ることを阻害するものであるということはできない。
　なお，本当に，本願の出願時において，ターゲッティングシグナルが第２のループにあるのか，Ｎ末側にあるのかが不明であり，両説があるという技術水準にあるのであれば，そのいずれかが正しいのかを決定する強い動機付けが存在するということもいえる。
　
イ（イ）について
　請求人の指摘する参考文献４の記載は，AACに関するものであり，UCPとはファミリーは同じであるが，異なる蛋白質である。引用文献１にも，UCP1がhTom20と結合すること，及びAACについて，外膜レセプターへの結合部位は明確でないが，結合は第３の繰返し部位により起こることが，文献を参照して記載されている（2268頁左欄43〜51行）。すなわち，引用文献１の記載からも，UCP1とAACとでは外膜レセプターへの結合に関して異なる点があることが知られていたことは明らかである。
　また，参考文献５は本願の出願後に頒布されたものであり，AACに関する記載はあるものの，UCP1がhTom20と結合することを否定する記載はない。
さらに，引用文献１は，hTom20と結合実験の結果のみから，D2にミトコンドリア内膜へのターゲッティングシグナルが存在するという結論に至ったわけではない。
　以上のことから，参考文献４や５の記載から，当業者は，引用文献の記載を信用しないなどとはいえない。
　
ウについて
　上記イ（イ）と同様に，AACはUCPとは異なる蛋白質であるから，参考文献６や７のAACに関する記載を以て，当業者が，引用文献１の記載からは，UCPの第２ドメインがミトコンドリアに輸送されるとは考えないなどとはいえない。
　なお，本願の発明の詳細な説明においても，ミトコンドリアと同じ位置にD2の融合蛋白が見られたことを確認しているに過ぎず，それは，融合蛋白がミトコンドリア内に輸送されなくとも，外膜表面に結合（これは引用文献１に，D2がミトコンドリア表面のhTom20に結合することが示されていることから予測しうる程度のことである。）すれば生じる結果であり，ミトコンドリア内に輸送されていることを確認しているものとはいえない。
　
エ（ア）について
　引用文献１には，D1+D2，D2+D3，D2のいずれもがミトコンドリアにインポートされたことが示されている。そしてD1及びD3はD2に融合された蛋白であるから，D2は，そのＮ末側とＣ末側に融合された蛋白をミトコンドリアにインポートする能力を有することは明らかである。
　また，上記のように，本願発明の詳細な説明の記載によれば，前後に蛍光蛋白が融合されたD2が，ミトコンドリアの位置に見られることが確認されているのみであり，外膜を通過したかは不明である。ミトコンドリアへ外来タンパク質を輸送できる，というのがそのような意味であるなら，引用文献１には，D2がミトコンドリア表面のhTom20に結合することが示されていることから予測しうる程度のことに過ぎない。
　なお，本願発明１は，ポリペプチドをコードする核酸という物の発明であり，その進歩性の判断に当たっては，核酸を得ようとする動機付けは問題となるものの，ミトコンドリアへのタンパク質輸送を行なう動機付けは無関係である。
  　
エ（イ）について
　前述のように，本願の発明の詳細な説明では，２種類のタンパク質を実際にミトコンドリアに輸送できることを確認していない。融合蛋白が，外膜を通過して膜間部に到達し，内膜上に挿入されるか否かは不明である。
　なお，例え，ミトコンドリア内膜に輸送されても，UCPのD2ドメインは，通常切断されない内部配列であり，ミトコンドリア内膜上に挿入されるものであるから，導入した２種類の蛋白質が，本願明細書に記載されている，雄性不稔やATP合成酵素等の呼吸系に関する遺伝子を導入（【００１０】）したり，ヘテロダイマー酵素を導入（【００１１】）したりするために用いることができるか否かも疑問である。
　また，そもそも，本願発明（請求項１に係る発明）は，あくまでも，ＵＣＰのＤ２ドメインに対応する特定の配列のポリペプチドという物の発明であり，両側に融合された蛋白をミトコンドリアへ輸送できるという点は，その物の性質に過ぎない。そして，ネイティブのＵＣＰの場合には，Ｄ２ドメインの両側のＤ１，Ｄ３ドメインという２つの蛋白質がミトコンドリアへ輸送されるのであるから，「ミトコンドリアへ２つのタンパク質を輸送することができる」というＤ２ドメインの性質は知られていることである。
　これらのことからみて，本願発明が格別の技術的貢献をしたものであるということはできない。
　
（３）小括
　以上のとおりであるから，請求人の主張は採用できない。
　
６．むすび
　以上のとおり，本件補正発明は，特許出願の際独立して特許を受けることができないものであるから，本件補正は，特許法１７条の２第５項で準用する同法１２６条５項の規定に違反するものであり，同法１５９条１項で準用する同法５３条１項の規定により却下されるべきものである。　
　
第３　本願発明について
　平成１７年１０月３日付の手続補正は上記のとおり却下されたので，本願の請求項１に係る発明（以下，「本願発明」という。）は，平成１７年６月１０日付手続補正書の特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により特定される，以下のとおりのものである。
　「【請求項１】　ミトコンドリアへ2つのタンパク質を輸送することができるターゲッティングペプチドである以下の（ａ）又は（ｂ）を含むポリペプチドをコードするDNA。
（ａ）配列番号２又は４記載の配列の第105残基から第191残基から成るポリペプチド。
（ｂ）配列番号２又は４記載の配列の第105番目から191番目のアミノ酸から成る配列に１〜数個のアミノ酸が欠失、置換、付加したポリペプチドであって、ミトコンドリアへ2つのタンパク質を輸送することができるターゲッティング活性を有するポリペプチド。
　
１．引用文献
　原査定の拒絶の理由に引用された引用文献，及びその記載事項は，前記「第２」の２．に記載したとおりである。　
　
２．対比・判断
　本願発明は，本願補正発明の「以下の（ａ）又は（ｂ）からなる」を，「以下の（ａ）又は（ｂ）を含む」としたものであり，本願補正発明を包含するものである。そして，そのような本願補正発明が，前記「第２」の４．〜６．に記載したとおり，引用文献１及び２に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであるから，本願発明も同様の理由により，引用文献１及び２に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものである。　
　
第４　むすび
　以上のとおりであるから，請求項１以外の請求項については検討するまでもなく，本願発明は，引用文献１及び２に記載された発明に基づいて，当業者が容易に発明をすることができたものであり，特許法第２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　よって，結論のとおり審決する。