【事件の表示】
　特願２００３−３９８８１３「遺伝病を検出するための熱安定リガーゼによるＤＮＡ増幅系」拒絶査定不服審判事件〔平成１６年　３月２５日出願公開、特開２００４−　８９２０４〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯・本願発明
　本願は、平成３年４月２９日に出願した特願平３−５０８８９１号の一部を、平成１５年１１月２８日に特許法第４４条第１項の規定により新たな特許出願（優先権主張１９９０年５月３日　米国）としたものであって、その発明の要旨は、平成１８年１２月２０日付け手続補正書により補正された明細書及び図面の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１及び２に記載されたとおりのものと認められ、そのうちの請求項１に係る発明は、以下の通りのものである。
　
「【請求項１】　次の工程を含むことを特徴とする、第１のヌクレオチド配列をそれとは少なくとも１つの塩基が異なる第２のヌクレオチド配列から区別する方法；ただし、第１のヌクレオチドを第２のヌクレオチドから区別する塩基がライゲーション結合の３’側にある：
（１）第１のヌクレオチド配列と第２のヌクレオチド配列を含む可能性のあるサンプルを用意する；
（２）第１のライゲーション結合において一緒にライゲーションするに適しており、かつ第１のライゲーション結合において第２のヌクレオチド配列に対してではなく、第１のヌクレオチド配列に対してミスマッチなしにハイブリダイゼーションするのに適した、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドから成る第１のオリゴヌクレオチドセットであって、当該少なくとも２つのオリゴヌクレオチドは第１のヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイゼーションし、かつ約５０〜８５℃のハイブリダイゼーション温度を有するものを用意する；
（３）約５０〜１０５℃の範囲の温度において、非可逆的に変性することなく、かつその触媒活性を失うことのない熱安定性リガーゼを用意する；
（４）上記したサンプル、少なくとも２つのオリゴヌクレオチド及び熱安定性リガーゼをブレンドして、増幅混合物を形成させる；
（５）上記増幅混合物を、
（ａ）ハイブリダイズされた第１のオリゴヌクレオチドセットが第１のヌクレオチド配列又は第２のヌクレオチド配列から分離される変性処理、及び
（ｂ）５０〜８５℃の温度における熱ハイブリダイゼーション処理を含む一連のサイクルに付することにより、第１のオリゴヌクレオチドセットのオリゴヌクレオチドが、第１のヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションしたときは、互いにライゲーションして、第１のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を直線的に増幅させるが、第２のヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションしたときは、一緒にライゲーションすることなく、変性処理の間に第２のヌクレオチド配列から個別に分離する；
（６）第１のオリゴヌクレオチドセットのライゲーションされたオリゴヌクレオチドの存在を検出することにより、サンプル中における第１のヌクレオチド配列の存在を検出する。」（以下、「本願発明」という。）
　
第２　引用例
　
　原査定の拒絶の理由に引用された、本願の優先日前に頒布された引用例１〜３には、次の事項が記載されている。
　
１．引用例１（GENOMICS, Vol.4, 1989, p.560-569）
（ａ）「新規なDNA配列の検出法であって、適切なDNAの鋳型上の隣接部位に相補的なオリゴヌクレオチド対のライゲーションを利用する方法が開示される。生産物は、鋳型依存的ライゲーションの連続的繰り返しを利用する線型又は指数関数的増幅により増加する。線型的増幅の場合は、単一のオリゴヌクレオチド対が連結され、反応は、ライゲーション生産物を分離するために加熱され、さらにライゲーションが１回行われる。Ｎ回の繰り返し後、生産物は（１＋ｘ）×ｎ倍増幅され、ここでｘはライゲーション反応の効率である。……アニールされたオリゴヌクレオチドと鋳型間の、単一の塩基対のミスマッチは、ライゲーションを妨げ、DNA鋳型間の単一塩基対の相違の区別を可能とする。鋳型が高濃度であるとライゲーション反応は効率化し、100%に達する。この報告で、我々は、ライゲーション増幅反応（LAR）を用いて、ヒトβ-グロビン遺伝子の鎌形赤血球アレルと正常型とを区別することができることを示す。」（560頁要約）
（ｂ）「線型増幅系　ライゲーション産物の線型増幅においては、オリゴヌクレオチド、プラスミド、又はゲノムDNAの試料が、増幅の繰り返しを通じての鋳型として提供される。線型増幅は、単一の非標識の基質の対であって、適切なオリゴヌクレオチドの鋳型、又は、２本鎖のプラスミド又はゲノムDNA鋳型の一方の鎖に相補的なものの使用を含む（表１）。例えば、ON1/ON2又はON3/ON4の対のいずれか一方が基質として提供されることができるが、その双方ではない。各ラウンドは、酵素（1単位）の反応混合物への添加により開始される。反応は、30℃で30分間、又は鋳型の濃度が低い場合はより長く、インキュベートされ、その後、100℃で5分間加熱され、各ラウンドが終了する。次のラウンドの前に、反応混合物はエッペンドルフ遠心分離機で10秒間遠心分離され、氷上で冷却される。ｎ回の繰り返しの後、生産物は（１＋ｘ）×ｎ倍増幅され、ここでｘはライゲーション反応の効率である。非標識オリゴヌクレオチドによる増幅の最終ラウンドに続いて、ライゲーション産物は標識された基質を用いたライゲーションのラウンドにより検出される。」（561頁右欄24〜45行）
（ｃ）「この研究で用いられたオリゴヌクレオチド対（オクタヌクレオチドとテトラデカヌクレオチド）は、T4 DNAリガーゼによる鋳型依存的ライゲーションのための基質である（表1）。それらは、ヒトβ-グロビン遺伝子の鎌形赤血球変異を含む領域に相補的である（…）。各塩基対のこの２つのヌクレオチドは、β-グロビンの鋳型に、隣接する部位で、すなわち一方のオリゴヌクレオチド（ON1,ONA3又はONS3）の3'端と、他のオリゴヌクレオチド（ONA2,ONS2又はON4）の5'端が連結可能となるようにアニールする（図１）。この案では、鋳型の塩基対の基質ヌクレオチドの3'末端、又は5'末端のどちらか一方におけるDNA配列の変異部位は、どちらの鎖、すなわち（＋）か（−）のいずれであるかによるが、ライゲーションの鋳型として提供される。ON1/ONS2とON1/ONA2の対は、いずれもコード鎖にハイブリダイズする。ONS2とONA2は互いに5'末端の単一塩基において相違しており、ONS2は鎌形赤血球細胞のアレルに相補的であり、ONA2は正常型アレルに相補的である。同様に、ONS3/ON4とONA3/ON4の対は、非コード鎖にハイブリダイズし、ONS3とONA3は、その3'末端の単一塩基で相違している。βA又はβSアレルのどちらか一方を検出するために、線型増幅であればどちらか一対のオリゴヌクレオチド基質が、指数的増幅であれば２対のオリゴヌクレオチド基質が用いられる（以下参照）。ON1/ONA2とONA3/ON4は正常型β-グロビン配列に対する基質の対を構成するのに対し、ON1/ONS2とONS3/ON4は鎌形赤血球細胞配列に対する基質の対である。この反応の特異性は、全面的にT4 DNAリガーゼの特異性に依存している。適当な条件の下、基質と鋳型間の、基質の対の連結における単一の塩基対のミスマッチは、そのライゲーションを抑制する。」（562頁右欄12〜46行）
（ｄ）鋳型配列の特異的検出に用いたオリゴヌクレオチドであるON1、ON4、ONA2、ONS2、ONA3、ONS3、ON4の配列（563頁　表１）
（ｅ）「この、我々がライゲーション増幅反応又はLARと名付けた方法論は、DNA試料間の単一塩基対の相違の検出に用いることができる。」（567頁左欄8〜11行）
（ｆ）「現時点でのやり方では、LARは、ゲノムDNAにおける単一の塩基の変異の検出のためには、どちらかといえば非実用的な方法のように思われるであろう。それは、長いインキュベーション時間が必要なことと、新しい酵素を各ラウンドの最初に加える必要があるためである。後者の問題は、PCR反応が最初に紹介されたとき（Saiki等1985）の問題でもあった。熱安定性DNAポリメラーゼの使用によりPCRの実用性が劇的に向上した（Saiki等1988）が、これは、LARにおける熱安定性リガーゼの使用が、その実用性を向上させるかもしれないことを示唆する。そのような酵素の使用の利点は、新たな酵素の頻繁な添加の必要なく、反応が行えることであろう。該反応は、したがって、自動化できるであろう。更に、当初の酵素濃度をより高くすることと、より高い反応温度とすることにより、さらに望ましい反応効率が達成されるかもしれない。熱安定性リガーゼのさらなる潜在的利点は、この酵素が、さらには他のDNAリガーゼでもそうだが、T4リガーゼよりも低いKm値を有するかもしれないことである。このことは、LARに必要な反応時間を短縮するであろう。
　熱安定性リガーゼを用いたより高い温度のために、おそらくは、反応ではより長いオリゴヌクレオチドを使用する必要があるであろう。より長いオリゴヌクレオチドが、この研究で見られたような類似した程度のミスマッチ区別を提供するか否かは、不明である。Landegren等（1988）は、20塩基長の隣接するオリゴヌクレオチドの対が、適当な鋳型に対して、高度に特異的なライゲーションをすることを示した。5'側のヌクレオチドの3'端の塩基に、鋳型に対して単一のミスマッチがあるときに、ライゲーションは抑制された。これらの観察に基づけば、特異的なライゲーションによる増幅は、より長いオリゴヌクレオチドに対しても特異的であろう。」（568頁左欄下から15行〜右欄20行）
　
２．引用例２（J. Biol. Chem., Vol.259, No.16, 1984, p.10041-10047）
（ｇ）「好熱性かつ熱安定性DNAリガーゼが、ほぼ均質な状態で、Thermus Thermophilus HB8の抽出物から精製された。該精製酵素は、等電点がpH6.6で、単量体ポリペプチドであり、SDSポリアクリルアミドゲル電気泳動データ及び沈降平衡法において、約79,000の分子量を有する。…該酵素のニック結合活性は、15から85℃という広い範囲で観察され、最適温度は、65−72℃である。…」（10041頁要約）
　
３．引用例３（Agric. Biol. Chem., Vol.50, No.5, 1986, p.1333-1334）
（ｈ）「好熱性かつ熱安定性DNAリガーゼが、ほぼ均質な状態で、Thermus Thermophilus HB8の抽出物から精製され、そのいくつかの特性について研究がなされた。HB8のDNAリガーゼをより大量に得るために、細胞の成長とリガーゼ活性との関係や、精製の手法について再度検討がなされた。…我々は、レッド・セファロース・クロマトグラフィーが、HB8のDNAリガーゼをTth HB8 Iから分離するために効果的であることを、ここに報告する。」（1333頁左欄1〜14行）
　
第３　対比
　引用例１には、単一のオリゴヌクレオチド対を用いた線型的増幅系により、正常型と変異型間の単一塩基の相違を検出することが記載されており、そこに記載された「ヒトβ-グロビン遺伝子の鎌形赤血球変異を含む領域の鎌形赤血球アレルの配列」、「ヒトβ-グロビン遺伝子の鎌形赤血球変異を含む領域の正常型の配列」、「ON1/ ONS2又はONS3/ON4」、「（各ラウンドの終了時に行われる）100℃で5分間の加熱」、「30℃で30分間のインキュベート」は、それぞれ、本願発明の、「第１のヌクレオチド配列」、「第２のヌクレオチド配列」、「第一のライゲーション結合において一緒にライゲーションするに適しており、かつ、第一のライゲーション結合において第２のヌクレオチド配列に対してではなく、第一のヌクレオチド配列に対してミスマッチなしにハイブリダイズするのに適した２つのオリゴヌクレオチドからなる第一のオリゴヌクレオチドセット」、「ハイブリダイズされた第一のオリゴヌクレオチドセットが第１のヌクレオチド配列又は第２のヌクレオチド配列から分離される変性処理」、「ハイブリダイゼーション処理」に相当すると認められる。
　したがって、引用例１には、上記記載事項（ａ）〜（ｆ）からみて、以下の方法が記載されているものと認められる。
「次の工程を含むことを特徴とする、第１のヌクレオチド配列をそれとは少なくとも１つの塩基が異なる第２のヌクレオチド配列から区別する方法；
（１）第１のヌクレオチド配列と第２のヌクレオチド配列を含む可能性のあるサンプルを用意する；
（２）第１のライゲーション結合において一緒にライゲーションするに適しており、かつ第１のライゲーション結合において第２のヌクレオチド配列に対してではなく、第１のヌクレオチド配列に対してミスマッチなしにハイブリダイゼーションするのに適した、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドから成る第１のオリゴヌクレオチドセットであって、当該少なくとも２つのオリゴヌクレオチドは第１のヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイゼーションするものを用意する；
（３）T4リガーゼを用意する；
（４）上記したサンプル、少なくとも２つのオリゴヌクレオチド及びリガーゼをブレンドして、増幅混合物を形成させる；
（５）上記増幅混合物を、
（ａ）ハイブリダイズされた第１のオリゴヌクレオチドセットが第１のヌクレオチド配列又は第２のヌクレオチド配列から分離される変性処理、及び
（ｂ）３０℃の温度におけるハイブリダイゼーション処理を含む一連のサイクルに付することにより、第１のオリゴヌクレオチドセットのオリゴヌクレオチドが、第１のヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションしたときは、互いにライゲーションして、第１のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を直線的に増幅させるが、第２のヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションしたときは、一緒にライゲーションすることなく、変性処理の間に第２のヌクレオチド配列から個別に分離する；
（６）第１のオリゴヌクレオチドセットのライゲーションされたオリゴヌクレオチドの存在を検出することにより、サンプル中における第１のヌクレオチド配列の存在を検出する。」
　
　そこで、本願発明と引用例１に記載された事項とを比較すると、両者は、
「次の工程を含むことを特徴とする、第１のヌクレオチド配列をそれとは少なくとも１つの塩基が異なる第２のヌクレオチド配列から区別する方法；
（１）第１のヌクレオチド配列と第２のヌクレオチド配列を含む可能性のあるサンプルを用意する；
（２）第１のライゲーション結合において一緒にライゲーションするに適しており、かつ第１のライゲーション結合において第２のヌクレオチド配列に対してではなく、第１のヌクレオチド配列に対してミスマッチなしにハイブリダイゼーションするのに適した、少なくとも２つのオリゴヌクレオチドから成る第１のオリゴヌクレオチドセットであって、当該少なくとも２つのオリゴヌクレオチドは第１のヌクレオチド配列上で互いに隣接してハイブリダイゼーションするものを用意する；
（３）リガーゼを用意する；
（４）上記したサンプル、少なくとも２つのオリゴヌクレオチド及びリガーゼをブレンドして、増幅混合物を形成させる；
（５）上記増幅混合物を、
（ａ）ハイブリダイズされた第１のオリゴヌクレオチドセットが第１のヌクレオチド配列又は第２のヌクレオチド配列から分離される変性処理、及び
（ｂ）所定の温度におけるハイブリダイゼーション処理を含む一連のサイクルに付することにより、第１のオリゴヌクレオチドセットのオリゴヌクレオチドが、第１のヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションしたときは、互いにライゲーションして、第１のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を直線的に増幅させるが、第２のヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションしたときは、一緒にライゲーションすることなく、変性処理の間に第２のヌクレオチド配列から個別に分離する；
（６）第１のオリゴヌクレオチドセットのライゲーションされたオリゴヌクレオチドの存在を検出することにより、サンプル中における第１のヌクレオチド配列の存在を検出する。」
である点で一致しており、以下の点で相違している。
　
（相違点１）用いるリガーゼが、本願発明では、「約５０〜１０５℃の範囲の温度において、非可逆的に変性することなく、かつその触媒活性を失うことのない熱安定性リガーゼ」であるのに対し、引用例１の記載では、T4リガーゼである点
（相違点２）第１のヌクレオチドを第２のヌクレオチドから区別する塩基が、本願発明では、ライゲーション結合の３’側にあるのに対し、引用例１の記載では、その点については明確な特定がない点
（相違点３）本願発明では、２つのオリゴヌクレオチドから成る第１のオリゴヌクレオチドセットのハイブリダイゼーション温度が約５０〜８５℃であり、ハイブリダイゼーション処理の温度も５０〜８５℃であるのに対し、引用例１の記載では、オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーション温度については記載されておらず、また、ハイブリダイゼーション処理の温度は３０℃である点
　
第４　検討
　
１．相違点１について
　引用例１には、記載された方法において使用するリガーゼとして、熱安定性リガーゼを用いた場合に予想される利点について、具体的に記載されており（前記記載事項（ｆ））、実際に熱安定性リガーゼを用いた具体例についての記載はないものの、この記載をみた当業者は、引用例１に記載された方法において実際に使用されているT4リガーゼの代わりに、熱安定性リガーゼを用いようと強く動機づけられるというべきである。
　そして、熱安定性リガーゼ自体は、引用例２又は３に記載されているように本願の優先日前から知られており、引用例１に記載されたT4リガーゼの代わりに、引用例２又は３に記載された熱安定性リガーゼを用いることは当業者が容易に想到しうることに過ぎない。
　また、引用例２又は３に記載された熱安定性リガーゼは、Thermus Thermophilus HB8由来のものであり、本願明細書の実施例で用いている熱安定性リガーゼは、「サーマス・アクアチカス」（Thermus Aquaticus）HB8由来のものであるが、本願明細書の段落【００５５】にも記載されているとおり、「サーマス・アクアチカス」（Thermus Aquaticus）は、「Thermus Thermophilus」を再分類した名称であり、両者は同一の種であることは明らかである。したがって、引用例２又は３のいずれにも、本願明細書に記載された実施例において用いられているサーマス・アクアチカスHB8由来の熱安定性リガーゼが記載されていると認められる。そして、本願発明の実施例で用いている熱安定性リガーゼは、「約５０〜１０５℃の範囲の温度において、非可逆的に変性することなく、かつその触媒活性を失うことのない熱安定性リガーゼ」なのであるから、引用例２又は３に記載された熱安定性リガーゼも同様の性質を有するものと認められる。したがって、本願発明における熱安定性リガーゼの性質についての特定は、当業者が引用例２又は３に記載された熱安定性リガーゼを用いることの結果として生じるものにすぎずない。
　
　請求人は、平成２０年３月３１日付回答書において、この点について、以下のように主張している。
「（２）上記したところから明らかなように、引用例１と本願発明における相違点の１つは、ヌクレオチドの増幅に際し、引用例１ではＴ４リガーゼを用いているのに対し、本願発明では熱安定性リガーゼを用いている点である。
　引用例１には、Ｔ４リガーゼの代わりに熱安定性リガーゼを用いれば、ＬＡＲ法の利便性が改善されるかもしれない(might be)ことが記載されている（５６８頁左欄末８〜５行）。しかしながら、この記載から明らかなように、それはあくまでも熱安定性リガーゼ使用の可能性に触れているにとどまり、熱安定性リガーゼを使用することにより利便性が向上する根拠も、実際に熱安定性リガーゼを用いてライゲーション増幅反応を行う方法についても、何ら開示するところがない。しかも、熱安定性リガーゼ使用のためにどのような反応条件を具体的に採用すればよいか不明であることは、当該引用例の次の記載からも明らかである：「熱安定性リガーゼを用いたより高い温度のために、おそらくは、反応でのより長いオリゴヌクレオチドを使用する必要があるであろう。より長いオリゴヌクレオチドが、この研究で見られたような類似した程度のミスマッチ区別を提供するか否かは、不明である。」（５６８頁右欄８〜１３行） 
　従って、引用例１の記載および出願当時の技術常識からは、到底、熱安定性リガーゼを用いたライゲーション増幅反応を行うことができたとは言えず、本願発明が引用例１の記載から容易に想到できなかったことは明らかである。」
  
　しかし、上記のように、引用例１には、熱安定性リガーゼを使用することにより利便性が向上する根拠を含めて、熱安定性リガーゼを用いることを強く動機付ける記載がある。そして、請求人が主張する、より長いオリゴヌクレオチドを用いた場合のミスマッチ区別の程度の不確実性に関する記載については、その記載に続いて、２０塩基長の隣接するオリゴヌクレオチド対であって、5’側のオリゴヌクレオチドの3’端の塩基に単一ミスマッチがあるときに、高度に特異的なライゲーションをすることが他の研究者によって示されていることが記載され、「特異的なライゲーションによる増幅は、より長いオリゴヌクレオチドに対しても特異的であろう。」と結論づけている（前記記載事項（ｆ））ことからも、引用例１の記載は、熱安定性リガーゼを用いることの阻害事由にはならないというべきである。
　また、熱安定性リガーゼを用いた場合の反応条件については、酵素の至適温度等の特性に応じて、当業者が適宜設定できるものと認められる。
　したがって、請求人のこの点の主張は採用することができない。
　
２．相違点２について
　引用例１には、本願発明と同様のリガーゼを用いた線型増幅系について、ON1/ON2又はON3/ON4の対のいずれか一方のみを用いることが記載されており（記載事項（ｂ））、ON3/ON4を用いた場合、すなわち実際のオリゴヌクレチド配列として、ONS3/ON4又はONA3/ON4を用いた場合には、ハイブリダイズする対象の配列に対して、5’側のオリゴヌクレオチドであるONS3 又はONA3は、その3’端の塩基にミスマッチが存在し、そのミスマッチによりライゲーションが抑制されることになる（前記記載事項（ｃ））。そして、このことは、本願発明における「第１のヌクレオチドを第２のヌクレオチドから区別する塩基が、ライゲーション結合の３’側にある」ということに相当するから、この点は、実質的相違点であるとは認められない。
　また、仮にこの点が実質的な相違点であったとしても、熱安定性リガーゼを用いる場合にはより長い塩基を用いる必要があるが、そのような長い塩基の場合に、5'側のオリゴヌクレオチドの3末端にミスマッチがある場合、ライゲーションが抑制されたことも記載されており（前記記載事項（ｆ））、引用例１により、二種のヌクレオチド配列を「区別するヌクレオチドがライゲーション結合の3'側にある」ように構成することは、その記載からも強く動機づけられる。
　さらに、ミスマッチ部分を挟み隣接する２つのオリゴヌクレオチドのセットによるライゲーションによりミスマッチを検出するためには、ミスマッチが5'側のオリゴヌクレオチドの3’末端にあるか、3'側のオリゴヌクレオチドの5'末端にあるかという、２つの選択肢のうちのいずれかを選択するしかないのであるから、本願発明のように「第１のヌクレオチドを第２のヌクレオチドから区別する塩基が、ライゲーション結合の３’側にある」ようにすることはきわめて容易な選択であって、この点からも、この相違点は当業者が容易に想到しうることである。
　
　請求人は、平成２０年３月３１日付回答書において、この点について、以下のように主張している。
「（３）本願発明は、「第１のヌクレオチドを第２のヌクレオチドから識別する塩基がライゲーション結合の３’側にある」とすることにより、予測し得なかった格別顕著な効果を奏するものである。すなわち、Barany博士の宣誓書（写）に記載されているとおり、ニックの３’側と５’側ではミスマッチの発生率を大きく異にしており、忠実度（fidelity）において、３’側の方がはるかに効率的であるということができる。従って、本願発明は、引用例１やさらにこれを引用例２、３と結びつけて考慮しても、予測することのできない顕著な効果を奏するものである。 
 （４）審査官殿は、引用例１に記載の方法においても、substrateとしてＴＡＢＬＥ１記載のＯＮＡ３又はＯＮＳ３とＯＮ４との組合せを採用した場合には、「第１のヌクレオチドを第２のヌクレオチドから識別する塩基がライゲーション結合の３’側にある」こととなるといえる旨指摘されているが、そもそも引用例１では、ハイブリダイズする位置に関して全く注目しておらず、テンプレートにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドは、単にライゲーションのためのテンプレートとして機能しているに過ぎないことが記載されている（５６２頁右欄２０〜２９行）。 
　また、第１のヌクレオチドを第２のヌクレオチドから識別する塩基は、ライゲーション結合の３’側にあるか５’側にあるかのいずれか（選択肢は２つだけ）であることを考慮すると、「第１のヌクレオチドを第２のヌクレオチドから識別する塩基がライゲーション結合の３’側にある」ような構成を採用することが特段想到困難であったとまではいえないと述べておられるが、ハイブリダイズする位置について全く注目していない以上、３’側または５’側のいずれかがより効率的であるかという発想に至るとは到底考えることができない。」
　
　しかし、上記のようにこの相違点の容易想到性が十分に論理づけられる場合には、本願発明の効果を、本願発明の進歩性を推認するのに役立つ事実として参酌する余地はない。また、例え、進歩性の判断において、効果の顕著性を参酌するとしても、進歩性を認める場合の効果の顕著性はきわめて高いレベルのものが要求されることになるが、本願発明の効果がそのようなものとは認められない。
　しかも、本願発明の実施例で用いている「Thermus thermophilus DNAリガーゼ」が宣誓書記載のような性質を奏するとしたところで、本願発明においては単に「熱安定性リガーゼ」とのみ特定されており、上記のような特定の性質を有するリガーゼに限定されていないから、その効果は、本願発明の奏する効果とはいえない。
　また、引用例１が、ハイブリダイズする位置について全く注目しておらず、その点からは、３’側または５’側のいずれかがより効率的であるかという発想に至ることがないとの主張については、そのような発想に至らなくとも、上記した通り、この相違点については、実質的な相違点ではない、又は、当業者が容易に想到し得たことであるということが、十分に立証、あるいは論理付けができるのであるから、当業者の主張によって、本願発明が進歩性を有するということはできない。
　
３．相違点３について
　用いるリガーゼが熱安定性のものであれば、当然、ハイブリダイゼーション処理も、通常のリガーゼの場合よりもより高温となることが予想でき、また、引用例１にも、熱安定性リガーゼを用いた場合には、より高い反応温度とすることによりさらに望ましい反応効率が達成されるかもしれないとの記載もあり（前記記載事項（ｆ））、しかも、引用例２には、記載された熱安定性リガーゼの最適温度は、65−72℃であるとの記載もあるから、ハイブリダイゼーション処理を「５０〜８５℃の温度における熱ハイブリダイゼーション処理」とすることは、当業者が容易に想到しうることである。
　また、オリゴヌクレオチドが有する５０〜８５℃というハイブリダイズ温度は、５０〜８５℃の温度における熱ハイブリダイゼーション処理において、標的配列と特異的にハイブリダイズさせるために当然採用する程度のものであり、例えば、同様の温度でプライマーとアニールさせるものであるＰＣＲ等において一般的に用いられる２０塩基長程度のオリゴヌクレオチドプライマーのハイブリダイズ温度（Tm値）と比較しても、特に相違するものとはいえない。この程度のハイブリダイズ温度を設定することは当業者が容易に行うことができることである。
　さらに、引用例１に記載された方法においては１４塩基と８塩基という短い配列のオリゴヌクレオチドを用いているが、引用例１には、熱安定性リガーゼを用いる場合には、より長いオリゴヌクレオチドを使用する必要があるとの予測や、隣接する２０塩基長のオリゴヌクレオチドのペアを用いて特異的なライゲーションが行われることに関しても記載されており（前記記載事項（ｆ））、その場合には、ハイブリダイズ温度（Tm値）がより高くなることは明らかである。（なお、該当箇所に記載された参考文献（Science, 241, 1988, p.1077-1080）において記載されているオリゴヌクレオチドは２０塩基長のものであり、ハイブリダイズ温度は５０〜８５℃の範囲のものと認められる。）
　
４．本願発明の効果
　本願発明を全体としてみても、本願発明が、進歩性の存在を推認できるほどの顕著な効果を奏するものであるとはいえない。
　
５．小括
　したがって、本願発明は、引用例１〜３に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
第５　むすび
　以上の通り、本願の請求項１に係る発明は、特許法第２９条第２項の規定により、特許を受けることができない。
　したがって、他の請求項に係る発明については判断するまでもなく、本願は特許を受けることができないものである。
　よって、結論のとおり審決する。