【事件の表示】
　特願２００４−５０５９０５「ゲノム解析方法、ゲノム解析プログラムおよびゲノム解析装置」拒絶査定不服審判事件〔平成１５年１１月２７日国際公開、ＷＯ０３／９８４７１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
　
第１　手続の経緯
　
　本願は、平成１４年５月２２日の出願であって、平成１７年１０月１８日付け拒絶理由通知に対して、同年１２月２６日付けで手続補正がされたが、平成１８年３月９日付けで拒絶査定され、これに対して、同年４月１３日に拒絶査定不服の審判が請求され、同年５月１２日付けで手続補正がされたものである。
　
　
　
第２　平成１８年５月１２日付けの手続補正についての補正却下の決定
　
［補正却下の決定の結論］
　
　平成１８年５月１２日付けの手続補正（以下、「本件補正」という。）を却下する。
　
［理由］
　
１．　本件補正
　
　本件補正は特許請求の範囲についてするもので、本件補正は、補正前の請求項１に記載されていた発明を特定するために必要な事項である
　
（ア）　「ゲノム配列情報が入力されると、」を
「ゲノム配列情報が前記コンピュータに入力されると、」と補正し、
　
（イ）　「順次削除して、ｎ＋１個」を
「順次削除されたｎ＋１個」と補正し、
　
（ウ）　「順次削除して、ｍ＋１個」を
「順次削除されたｍ＋１個」と補正し、
　
（エ）　「・・・（前略）・・・表示工程と、
　を含み、
　前記一致情報抽出工程は、前記一致情報のうち、重複する一致情報がある場合に、前記重複する一致情報のうちのいずれか一つを残して他の一致情報を抽出しないことを特徴とするゲノム解析方法。」を
「・・・（前略）・・・表示工程と、
　をそれぞれ実行し、
　前記一致情報抽出工程は、前記一致情報抽出手段が、前記検索工程によって検索された第１の部分配列群の部分配列に関する情報、前記第２の部分配列群の部分配列に関する情報および前記前方一致した文字情報の数に関する情報に基づいて、前記一致情報のうち、重複する一致情報があるか否かを判断し、あると判断された場合に、前記重複する一致情報のうちのいずれか一つを残して他の一致情報を削除することを特徴とするゲノム解析方法。」と補正するとともに、
　
補正前の請求項１と、情報がコンピュータに入力される段階のみが異なり、補正前の請求項１とほぼ同様の発明を表していた補正前の請求項６、
方法の発明として記載されていた補正前の請求項１，６とそれぞれ同様の発明を表しており、プログラムの発明として記載されていた補正前の請求項９，１３、
方法の発明として記載されていた補正前の請求項１，６とそれぞれ同様の発明を表しており、装置の発明として記載されていた補正前の請求項１５，１７、
に記載されていた発明についても同様の補正をするものである。
　前述の（ア）、（イ）、（ウ）の補正箇所は、明瞭でない記載の釈明を目的するものであると認められるが、前述の（エ）の補正箇所について見ると、本件補正は特許法第１７条の２第４項第２号の特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　
　そこで、本件補正後の請求項１に係る発明（以下、「補正請求項１発明」という。）が、特許出願の際、独立して特許を受けることができるものであるか（平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に適合するか）について以下で検討する。
　
　
２．　補正請求項１発明
　
補正請求項１発明は、平成１８年５月１２日付け手続補正書により補正された明細書の特許請求の範囲の請求項１に記載された次のとおりのものである。
　
＜補正請求項１発明＞
「　部分配列作成手段と、検索手段と、一致情報抽出手段と、画像作成手段と、表示手段とを備え、塩基配列における位置を意味する位置情報および当該位置情報に関連付けられた塩基配列関連情報を記憶したゲノム関連情報記録媒体にアクセス可能なコンピュータを用いてゲノム解析をおこなうゲノム解析方法であって、
　前記部分配列作成手段が、
　アデニン、チミン、グアニン、シトシンの４つの塩基を示す文字情報が配列された塩基配列を有する、第１のゲノム配列情報および第２のゲノム配列情報が前記コンピュータに入力されると、
　前記入力された第１のゲノム配列情報の塩基配列の先頭から塩基を示す文字情報が０からｎ個（ｎは自然数）まで順次削除されたｎ＋１個の部分配列からなる第１の部分配列群を作成するとともに、
　前記入力された第２のゲノム配列情報の塩基配列の先頭から塩基を示す文字情報が０からｍ個（ｍは自然数）まで順次削除されたｍ＋１個の部分配列からなる第２の部分配列群を作成する部分配列作成工程と、
　前記検索手段が、前記部分配列作成工程によって作成された第２の部分配列群の各部分配列の塩基を示す文字情報の全部または一部が前方一致する文字情報が配列されている前記第１の部分配列群の部分配列を検索する検索工程と、
　前記一致情報抽出手段が、前記検索工程によって検索された第１の部分配列群の部分配列に関する情報と、前記第２の部分配列群の部分配列に関する情報と、前記前方一致した文字情報の数に関する情報と、からなる一致情報を抽出する一致情報抽出工程と、
　前記画像作成手段が、前記一致情報抽出工程によって抽出された一致情報に基づいて、マトリクスの表示画像を作成する画像作成工程と、
　前記表示手段が、前記画像作成工程によって作成されたマトリクス表示画像を表示する表示工程と、
　をそれぞれ実行し、
　前記一致情報抽出工程は、前記一致情報抽出手段が、前記検索工程によって検索された第１の部分配列群の部分配列に関する情報、前記第２の部分配列群の部分配列に関する情報および前記前方一致した文字情報の数に関する情報に基づいて、前記一致情報のうち、重複する一致情報があるか否かを判断し、あると判断された場合に、前記重複する一致情報のうちのいずれか一つを残して他の一致情報を削除することを特徴とするゲノム解析方法。」
　
　
３．　引用例
　
　原査定の拒絶の理由に引用された、本願出願前である１９９０年９月６日に頒布された刊行物である、論文「核酸配列分析へのファジィマッチング関数の応用」（第６回ファジィ　システム　シンポジウム　講演論文集。Ｐ．３０７−３１０。著者：三宅輝久、宮本定明、中山和彦。日本ファジィ学会発行。）（以下、「引用例１」という。）には、図面とともに次の記載がある。
　
（ａ）　「　６．ＤＮＡデータバンクの実験システム
　ＤＮＡデータバンクとして良く知られたものに、米国ロスアラモス国立研究所が編集・配布している　ＧｅｎＢａｎｋ　や、西独　Ｅｕｒｏｐｅａｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　が編集・配布している　ＥＭＢＬ　がある。これらはともに１万以上の核酸配列からなっているが、ここでは実験的に　ＥＭＢＬ　から表１に示す２０の配列を抽出し、小規模なデータバンクを構成した。　
　
　　　　表１　実験システムで使用した核酸配列
　
ＡＤ２８９５　　ＡＤＥＮＯ．ＡＤＥＮＯ２．９０．１００；　ＤＮＡ；　３７６６　ＢＰ．
　・・・・・・（中略）・・・・・・
ＡＤ５ＶＡ１　　ＡＤＥＮＯ．ＡＤＥＮＯ５．ＶＡＩ；　ＤＮＡ；　９０　ＢＰ．
　・・・・・・（中略）・・・・・・
８ＭＲＮＡ１　　ＢＯＭＢＹＸ．ＭＯＲＩ．ＴＲＮＡ；　　ＤＮＡ；　１１９　ＢＰ．
　
　これらの配列は、平均９４８、最大３７６６、最小９０の塩基からなっている。検索する核酸配列は、これら２０の配列の全てとマッチングを行い、グレードが最大の配列から順番に出力される。検索時間を短縮するためにデータバンク中の配列には、配列毎にあらかじめソートされた部分列の集合からなるファイル（部分列ファイル）を用意している。部分列ファイルの例を図３に示す。
　検索の際には、核酸配列ｑについてソートされた部分列の集合を作成し、部分列ファイルと照合し、マッチングの値を計算する。得られたマッチングの値によりソートし、値が高い配列から順番に出力する。実験システムの構成を図４に示す。実験システムは　ＦＡＣＯＭ　Ｍ７８０／２０　上で開発されバッチ処理の形で使用される。
　
　　　３７　Ａ
　　　　７　ＡＡ
　　　　２　ＡＡＣ
　　　　１　ＡＡＣＡ
　　　　　　ＡＡＣＡＣ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴＧ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴＧＴ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴＧＴＡ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴＧＴＡＡ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴＧＴＡＡＧ
　　　　　　　　　　：
　　　　　　　　　　：
　　　　　　　　　　：
　　　　１　ＡＡＣＡＣＡＴＧＴＡＡＧＣＧＣＣＧＧ
　　　　１　ＡＡＣＧ
　　　　１　ＡＡＣＧＧ
　　　　　　　　　　：
　　　　　　　　　　：
　　　　　　　　　　：
　　　　１　ＴＴＴＴＧＧＡＴＴＧＡＡ．．．ＣＣＧＧ
　
　　　　　　図３　部分列ファイルの例
　
　検索する核酸配列は、あらかじめファイルに入力され前処理ルーチンによって部分列に分解された後に、ソートされ、同じものはまとめられ、作業用部分列ファイルに格納される。作業用部分列ファイルの内容は、マッチングルーチンにより、それぞれの配列に対応した部分列ファイルと比較され、一致した部分列の数が数えられ、マッチング関数の値（グレード）が計算される。全ての配列についてグレードが計算されたならば、出力ルーチンによってグレードの大きい配列から順番に出力される。実験システムの検索例を、図５に示す。」
　
（ｂ）　「　　　　　図４　実験システムの構成　　（略）　」
　
（ｃ）　「　　　　　図５　実験システムの検索例　　（略）　」
　
　引用例１の記載事項及び図面を総合すると、引用例１には、次の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。
　
＜引用発明＞
「　マッチングルーチンと、出力ルーチンとを備え、
核酸配列における位置を意味する位置情報および当該位置情報に関連付けられた核酸配列関連情報を記憶したデータバンクであって、
西独　Ｅｕｒｏｐｅａｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　が編集・配布しているＤＮＡデータバンクである　ＥＭＢＬから、次の表１に示す２０の核酸配列を抽出して構成した小規模なデータバンクにアクセス可能なコンピュータを用いて核酸配列分析をおこなうＤＮＡデータバンクの実験システムであって、
　
　　　　表１　実験システムで使用した核酸配列　
　
　　　ＡＤ２８９５　　ＡＤＥＮＯ．ＡＤＥＮＯ２．９０．１００；　ＤＮＡ；　３７６６　ＢＰ．
　　　　　　・・・・・・（中略）・・・・・・
　　　ＡＤ５ＶＡ１　　ＡＤＥＮＯ．ＡＤＥＮＯ５．ＶＡＩ；　ＤＮＡ；　９０　ＢＰ．
　　　　　　・・・・・・（中略）・・・・・・
　　　８ＭＲＮＡ１　　ＢＯＭＢＹＸ．ＭＯＲＩ．ＴＲＮＡ；　　ＤＮＡ；　１１９　ＢＰ．
　
　Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃの４つの塩基を示す文字情報が配列された核酸配列を有する、データバンク中の核酸配列および検索する核酸配列が前記コンピュータに入力されると、
　
　前記入力されたデータバンク中の核酸配列の核酸配列毎にあらかじめソートされた部分列の集合からなる、
データバンク中の核酸配列の部分列からなる、
次の図３に例示されている部分列ファイルを作成するとともに、
　
　　　３７　Ａ
　　　　７　ＡＡ
　　　　２　ＡＡＣ
　　　　１　ＡＡＣＡ
　　　　　　ＡＡＣＡＣ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴＧ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴＧＴ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴＧＴＡ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴＧＴＡＡ
　　　　　　ＡＡＣＡＣＡＴＧＴＡＡＧ
　　　　　　　　　　：
　　　　　　　　　　：
　　　　　　　　　　：
　　　　１　ＡＡＣＡＣＡＴＧＴＡＡＧＣＧＣＣＧＧ
　　　　１　ＡＡＣＧ
　　　　１　ＡＡＣＧＧ
　　　　　　　　　　：
　　　　　　　　　　：
　　　　　　　　　　：
　　　　１　ＴＴＴＴＧＧＡＴＴＧＡＡ．．．ＣＣＧＧ
　
　　　　　　図３　部分列ファイルの例
　
前記入力された検索する核酸配列を、前処理ルーチンによって部分列に分解した後に、ソートし、同じものをまとめて生成した、
検索する核酸配列の部分列からなる、
図３に例示されていると同様の作業用部分列ファイルを作成する工程と、
　
　前記マッチングルーチンが、
部分列ファイル及び作業用部分列ファイルを作成する前記工程によって作成された作業用部分列ファイルの各部分配列の核酸を示す文字情報の全部または一部が一致する文字情報が配列されている前記部分列ファイルの部分列を検索し、一致した部分列の数に基づいてマッチング関数の値（グレード）を計算する工程と、
　
　前記出力ルーチンが、
前記マッチングルーチンによって検索され、一致した部分列の数に基づいて計算したマッチング関数の値（グレード）を抽出する工程と、
　
　をそれぞれ実行する
　
　ＤＮＡデータバンクの実験システム。」
　
　
４．　対比
　
　補正請求項１発明と引用発明とを比較すると、次のことがいえる。
　
（１）　引用発明における「マッチングルーチン」は、補正請求項１発明における「検索手段」及び「検索工程」に対応する。
（２）　引用発明における「出力ルーチン」は、補正請求項１発明における「一致情報抽出手段」及び「一致情報抽出工程」に対応する。
（３）　引用発明における「核酸」は、補正請求項１発明における「塩基」に対応する。
（４）　引用発明における「核酸配列」は、補正請求項１発明における「塩基配列」に対応する。
（５）　引用発明における「西独　Ｅｕｒｏｐｅａｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　が編集・配布しているＤＮＡデータバンクである　ＥＭＢＬ　から、表１に示す２０の核酸配列を抽出して構成した小規模なデータバンク」は、補正請求項１発明における「ゲノム関連情報記録媒体」に対応する。
（６）　引用発明における「核酸配列分析」は、補正請求項１発明における「ゲノム解析」に対応する。
（７）　引用発明における「ＤＮＡデータバンクの実験システム」は、補正請求項１発明における「ゲノム解析方法」に対応する。
（８）　引用発明における「Ａ」、「Ｔ」、「Ｇ」、「Ｃ」は、補正請求項１発明における「アデニン」、「チミン」、「グアニン」、「シトシン」にそれぞれ相当する。
（９）　引用発明における「データバンク中の核酸配列」は、補正請求項１発明における「第１のゲノム配列情報」に対応する。
（１０）　引用発明における「検索する核酸配列」は、補正請求項１発明における「第２のゲノム配列情報」に対応する。
（１１）　引用発明における「部分列ファイル」は、補正請求項１発明における「第１の部分配列群」に対応する。
（１２）　引用発明における「作業用部分列ファイル」は、補正請求項１発明における「第２の部分配列群」に対応する。
（１３）　引用発明における「部分列」は、補正請求項１発明における「部分配列」に対応する。
（１４）　引用発明における「一致した部分列の数」は、補正請求項１発明における「一致した文字情報の数に関する情報」に対応する。
（１５）　引用発明における「マッチング関数の値（グレード）」は、補正請求項１発明における「一致情報」に対応する。
　
　すると、補正請求項１発明と引用発明とは次の点で一致する。
　
＜一致点＞
「　検索手段と、一致情報抽出手段とを備え、
塩基配列における位置を意味する位置情報および当該位置情報に関連付けられた塩基配列関連情報を記憶したゲノム関連情報記録媒体にアクセス可能なコンピュータを用いてゲノム解析をおこなうゲノム解析方法であって、
　
　アデニン、チミン、グアニン、シトシンの４つの塩基を示す文字情報が配列された塩基配列を有する、第１のゲノム配列情報および第２のゲノム配列情報が前記コンピュータに入力されると、
　
　前記入力された第１のゲノム配列情報の塩基配列から第１の部分配列群を作成するとともに、
　
　前記入力された第２のゲノム配列情報の塩基配列から第２の部分配列群を作成する部分配列作成工程と、
　
　前記検索手段が、前記部分配列作成工程によって作成された第２の部分配列群の各部分配列の塩基を示す文字情報の全部または一部が一致する文字情報が配列されている前記第１の部分配列群の部分配列を検索する検索工程と、
　
　前記一致情報抽出手段が、
前記検索工程によって検索された、前記一致した文字情報の数に関する情報からなる一致情報を抽出する一致情報抽出工程と、
　
　をそれぞれ実行する
　
　ゲノム解析方法。」
　
　一方で、補正請求項１発明と引用発明とは次の点で相違する。
　
＜相違点１＞
　補正請求項１発明が「部分配列作成手段」を備えたものであるのに対し、引用例１にはこれらに対応する手段が明示されていない点。
　
＜相違点２＞
　補正請求項１発明が、「画像作成手段」及び「表示手段」の各手段を備えたものであるのに対し、引用例１にはこれらに対応する各手段が記載されていない点。
　
＜相違点３＞
　補正請求項１発明が、第１のゲノム配列情報から第１の部分配列群を作成している過程の詳細、すなわち補正請求項１発明における
「第１のゲノム配列情報の塩基配列の先頭から塩基を示す文字情報が０からｎ個（ｎは自然数）まで順次削除されたｎ＋１個の部分配列からなる第１の部分配列群を作成する」ことに対応する要件について、引用例１には、
「データバンク中の核酸配列の核酸配列毎にあらかじめソートされた部分列の集合からなる、
データバンク中の核酸配列の部分列からなる、
引用例１の図３に例示されている部分列ファイルを作成する」ことが示されているのみであって、この引用例１の図３に例示されている部分列ファイルを具体的にどのようにして作成しているのかが引用例１に明確には示されていない点。
　
＜相違点４＞
　補正請求項１発明が、第２のゲノム配列情報から第２の部分配列群を作成している過程の詳細、すなわち補正請求項１発明における
「第２のゲノム配列情報の塩基配列の先頭から塩基を示す文字情報が０からｍ個（ｍは自然数）まで順次削除されたｍ＋１個の部分配列からなる第２の部分配列群を作成する」ことに対応する要件について、引用例１には、
「検索する核酸配列を、前処理ルーチンによって部分列に分解した後に、ソートし、同じものをまとめて生成した、
検索する核酸配列の部分列からなる、
引用例１の図３に例示されていると同様の作業用部分列ファイルを作成する」ことが示されているのみであって、この引用例１の図３に例示されていると同様の作業用部分列ファイルを具体的にどのようにして作成しているのかが引用例１に明確には示されていない点。
　
＜相違点５＞
　補正請求項１発明が、「前方一致」する文字情報を検索しているのに対し、引用例１には「一致」する文字情報を検索することしか示されていない点。
　
＜相違点６＞
　補正請求項１発明の一致情報抽出手段が、「第１の部分配列群の部分配列に関する情報と、第２の部分配列群の部分配列に関する情報」を抽出していることに対応する要件が引用例１には示されていない点。
　
＜相違点７＞
　補正請求項１発明における
　「前記画像作成手段が、前記一致情報抽出工程によって抽出された一致情報に基づいて、マトリクスの表示画像を作成する画像作成工程と、
　前記表示手段が、前記画像作成工程によって作成されたマトリクス表示画像を表示する表示工程と、」が引用例１には示されていない点。
　
＜相違点８＞
　補正請求項１発明における
　「前記一致情報抽出工程は、前記一致情報抽出手段が、前記検索工程によって検索された第１の部分配列群の部分配列に関する情報、前記第２の部分配列群の部分配列に関する情報および前記前方一致した文字情報の数に関する情報に基づいて、前記一致情報のうち、重複する一致情報があるか否かを判断し、あると判断された場合に、前記重複する一致情報のうちのいずれか一つを残して他の一致情報を削除すること」が引用例１には示されていない点。
　
　
５．　判断
　
　上記相違点について検討する。
　
＜相違点１について＞
　引用発明は、データバンク中の核酸配列から引用例１の図３に例示されている部分列ファイルを作成しているものであり、また引用発明は、検索する核酸配列から引用例１の図３に例示されていると同様の作業用部分列ファイルを作成しているものであるから、これらの部分列ファイル及び作業用部分列ファイルを作成するための具体的な手段を備えること、すなわち補正請求項１発明に係る「部分配列作成手段」を備えることは、引用発明を実施しようとする当業者が当然行うことである。
　
＜相違点２について＞
　補正請求項１発明に係る「画像作成手段」は、例えば、原査定の拒絶の理由に引用された、本願出願前である１９９５年１０月３１日に頒布された刊行物である特開平７−２８７７１７号公報（以下、「引用例３」という。）の【０２０８】〜【０２０９】、【図４５】に、共通構造についての表示データを出力する共通構造出力部（５６）、アライメント出力部（５７）、モデル構造出力部（５８）、類似構造出力部（５９）として示されているように、情報処理の分野において本願出願前に周知の構成である。
　また、補正請求項１発明に係る「表示手段」も、例えば引用例３の【０２１１】〜【０２１２】、【図４５】にグラフィック表示のためのディスプレイ（６２ａ）及び配列表示のためのディスプレイ（６２ｂ）として示されているように、情報処理の分野において本願出願前に周知の構成である。
　
＜相違点３について＞
　文字列を検索するために生成される、引用例１の図３に例示されている部分列ファイルを作成する具体的な手法は、例えば、原査定の拒絶の理由に引用された、本願出願前である１９９８年７月１０日に頒布された刊行物である、論文「Ｗｅｂ文書とゲノム文字列に対する巨大な　Ｓｕｆｆｉｘ　ａｒｒａｙ　の構成」（情報処理学会研究報告　データベースシステム　Ｖｏｌ．９８　Ｎｏ．５８　９８−ＤＢＳ−１１６−６５　Ｐ．２９５−３０１　著者：定兼邦彦、今井浩。社団法人情報処理学会発行。）（以下、「引用例２」という。）の第２９６頁の「２　Ｓｕｆｆｉｘ　ａｒｒａｙ」の項目に示されているように、文字列の処理手法として慣用の手法である。
　引用例２の第２９６頁には次の記載がある。
　
「２　Ｓｕｆｆｉｘ　ａｒｒａｙ
　文字列の接尾辞（ｓｕｆｆｉｘ）とは，文字列　Ｔ［１．．ｎ］　から先頭の何文字かを除いた残りの文字列　Ｔ［ｉ．．ｎ］　のことである。文字列の全てのｓｕｆｆｉｘを表すデータ構造があれば，文字列の任意の部分文字列の検索を行なうことができる。」　（引用例２　第２９６頁）
　
「文字列Ｔの　Ｓｕｆｆｉｘ　ａｒｒａｙ　とは，Ｔの全ての　ｓｕｆｆｉｘ　Ｔｉ＝Ｔ［ｉ．．ｎ］　を辞書順にソートしたときの　ｓｕｆｆｉｘ　の添字ｉを並べた配列である。」　（引用例２　第２９６頁）
　
　これらの記載を参照すると、引用例２における、全ての　ｓｕｆｆｉｘ　Ｔｉ＝Ｔ［ｉ．．ｎ］　とは、次に示す構造のデータであると認められる。
　
＜引用例２における、全ての　ｓｕｆｆｉｘ　Ｔｉ＝Ｔ［ｉ．．ｎ］　のデータ構造＞
文字列　Ｔ［１．．ｎ］　から先頭の０文字を除いた残りの文字列　Ｔ［１，２，３，４，５，６，．．．，ｎ］
文字列　Ｔ［１．．ｎ］　から先頭の１文字を除いた残りの文字列　Ｔ［２，３，４，５，６，．．．，ｎ］
文字列　Ｔ［１．．ｎ］　から先頭の２文字を除いた残りの文字列　Ｔ［３，４，５，６，．．．，ｎ］
文字列　Ｔ［１．．ｎ］　から先頭の３文字を除いた残りの文字列　Ｔ［４，５，６，．．．，ｎ］
文字列　Ｔ［１．．ｎ］　から先頭の４文字を除いた残りの文字列　Ｔ［５，６，．．．，ｎ］
　　　　　　　　　　　　　　　　　：
　　　　　　　　　　　　　　　　　：
　　　　　　　　　　　　　　　　　：
文字列　Ｔ［１．．ｎ］　から先頭のｎ−３文字を除いた残りの文字列　Ｔ［ｎ−２，ｎ−１，ｎ］
文字列　Ｔ［１．．ｎ］　から先頭のｎ−２文字を除いた残りの文字列　Ｔ［ｎ−１，ｎ］
文字列　Ｔ［１．．ｎ］　から先頭のｎ−１文字を除いた残りの文字列　Ｔ［ｎ］
　
　そうしてみると、引用例１の図３に例示されている、データバンク中の核酸配列についての部分列ファイルを作成する際、元の核酸配列から核酸配列の部分列をまず作成するために、元の核酸配列の先頭から１文字ずつ除いていった残りの核酸配列の部分列を順次作成していくこと、すなわち補正請求項１発明における「第１のゲノム配列情報の塩基配列の先頭から塩基を示す文字情報が０からｎ個（ｎは自然数）まで順次削除されたｎ＋１個の部分配列からなる第１の部分配列群を作成する」ことは、引用発明を実施しようとした当業者が、引用例２を参照することによって容易に成し得たことである。
　
＜相違点４について＞
　相違点３について指摘したと同様であって、引用例１の図３に例示されていると同様の、検索する核酸配列についての作業用部分列ファイルを作成する際、元の核酸配列から核酸配列の部分列をまず作成するために、元の核酸配列の先頭から１文字ずつ除いていった残りの核酸配列の部分列を順次作成していくこと、すなわち補正請求項１発明における「第２のゲノム配列情報の塩基配列の先頭から塩基を示す文字情報が０からｍ個（ｍは自然数）まで順次削除されたｍ＋１個の部分配列からなる第２の部分配列群を作成する」ことは、引用発明を実施しようとした当業者が、引用例２を参照することによって容易に成し得たことである。
　
＜相違点５について＞
　文字列を検索する際に、前方一致する文字列を検索することも、後方一致する文字列を検索することも、本願出願前の周知技術である。
　補正請求項１発明が、第２の部分配列群の各部分配列と一致する第１の部分配列群の部分配列を検索する際に、前方一致するものを検索しているのは、その前段階で第１のゲノム配列情報の塩基配列から第１の部分配列群を作成する処理、及び、第２のゲノム配列情報の塩基配列から第２の部分配列群を作成する処理を塩基配列の先頭から順に処理しているからである。そして文字列の検索を文字列の先頭から順に処理していくことは、例えば引用例２に示されているように本願出願前に公知であるし、そもそも世に計算機が登場する前から人間が２つの文字列を比較するために行っていた手順でもあるから、配列を先頭から順に処理していくことに対応するように、前方一致する文字情報を検索することは、当業者が適宜設定し得たことである。配列を検索する際に配列の先頭から順に処理することが本願出願前に公知であったことは、引用例２における次の記載を参照することによって確認することができる。
　
「２　Ｓｕｆｆｉｘ　ａｒｒａｙ
　文字列の接尾辞（ｓｕｆｆｉｘ）とは，文字列　Ｔ［１．．ｎ］　から先頭の何文字かを除いた残りの文字列　Ｔ［ｉ．．ｎ］　のことである。文字列の全てのｓｕｆｆｉｘを表すデータ構造があれば，文字列の任意の部分文字列の検索を行なうことができる。」　（引用例２　第２９６頁）
　
＜相違点６について＞
　２つの配列に関する一致情報として、補正請求項１発明における「第１の部分配列群の部分配列に関する情報」及び「第２の部分配列群の部分配列に関する情報」を抽出することは、例えば引用例３にその【０１７９】〜【０１８１】、【図４１】に示されている類似構造マップを作成することとして示されているように、慣用の手法である。引用例３のこの類似構造マップは、２つのタンパク質ＰＡ，ＰＢについて、タンパク質ＰＡを構成しているアミノ酸番号の何番目と、タンパク質ＰＢを構成しているアミノ酸番号の何番目とが類似しているのかを全ての組み合わせについて表している情報であるから、これは補正請求項１発明にいう「第１の部分配列群の部分配列に関する情報」及び「第２の部分配列群の部分配列に関する情報」を表しているものである。
　
＜相違点７について＞
　補正請求項１発明におけるように、抽出された一致情報に基づいてマトリクスの表示画像を作成して表示することは、例えば引用例３にその【０１７９】〜【０１８１】、【図４１】に示されている類似構造マップを作成して表示することとして示されているように、慣用の表示手法である。引用例３のこの類似構造マップは、２つのタンパク質ＰＡ，ＰＢについて、タンパク質ＰＡを構成しているアミノ酸配列を縦軸にとり、タンパク質ＰＢを構成しているアミノ酸配列を横軸にとって両者の類似性を表示しているものであるから、これは補正請求項１発明にいう「マトリクス表示画像」である。
　
＜相違点８について＞
　２つの文字列を比較していくときに、必ず一致していることが分かっている部分の文字の比較を行わないようにすることは、例えば引用例２の第２９６頁の「２　Ｓｕｆｆｉｘ　ａｒｒａｙ」の項目に示されているように、２つの文字列を比較する際の慣用の手法であったから、補正請求項１発明におけるように「前記一致情報のうち、重複する一致情報があるか否かを判断し、あると判断された場合に、前記重複する一致情報のうちのいずれか一つを残して他の一致情報を削除すること」は、当業者が適宜成し得たことである。一致情報とは、２つの配列が一致しているか否かを示している情報であって、一致することが分かっている部分の文字の比較を行わないようにするためには、まずこれら２つの配列を比較することが必要であることは当業者に自明であるから、一致情報の有無を判断するために、これら２つの配列すなわち補正請求項１発明における第１の部分配列群の部分配列に関する情報と第２の部分配列群の部分配列に関する情報とを参照することは当然のことである。引用例２には文字の比較を減らすために検索したい文字列との一致長を覚えておくことも記載されているから、一致情報の有無を判断するために、補正請求項１発明における前方一致した文字情報の数に関する情報を参照することも容易である。
　
　したがって、補正請求項１発明は、引用例１，２に示された発明及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。　
　
６．　本件補正についてのむすび
　
　以上のとおり、補正請求項１発明は、特許法第２９条第２項の規定により、特許出願の際、独立して特許を受けることができないものであるから、本件補正は、平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法第１７条の２第５項で準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するので、同法第１５９条第１項で読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　
　
　
第３　本願発明について
　
１．　本願発明
　
　平成１８年５月１２日付けの手続補正は上記のとおり却下されたので、本願発明は、平成１７年１２月２６日付け手続補正書により補正された明細書の特許請求の範囲の請求項１乃至１８に記載されたとおりのものであり、本願の請求項１に係る発明（以下、「請求項１発明」という。）は、この平成１７年１２月２６日付け手続補正書により補正された明細書の特許請求の範囲の請求項１に記載された次のとおりのものである。
　
＜請求項１発明＞
「　【請求項１】　部分配列作成手段と、検索手段と、一致情報抽出手段と、画像作成手段と、表示手段とを備え、塩基配列における位置を意味する位置情報および当該位置情報に関連付けられた塩基配列関連情報を記憶したゲノム関連情報記録媒体にアクセス可能なコンピュータを用いてゲノム解析をおこなうゲノム解析方法であって、
　前記部分配列作成手段が、
　アデニン、チミン、グアニン、シトシンの４つの塩基を示す文字情報が配列された塩基配列を有する、第１のゲノム配列情報および第２のゲノム配列情報が入力されると、
　前記入力された第１のゲノム配列情報の塩基配列の先頭から塩基を示す文字情報を０からｎ個（ｎは自然数）まで順次削除して、ｎ＋１個の部分配列からなる第１の部分配列群を作成するとともに、
　前記入力された第２のゲノム配列情報の塩基配列の先頭から塩基を示す文字情報を０からｍ個（ｍは自然数）まで順次削除して、ｍ＋１個の部分配列からなる第２の部分配列群を作成する部分配列作成工程と、
　前記検索手段が、前記部分配列作成工程によって作成された第２の部分配列群の各部分配列の塩基を示す文字情報の全部または一部が前方一致する文字情報が配列されている前記第１の部分配列群の部分配列を検索する検索工程と、
　前記一致情報抽出手段が、前記検索工程によって検索された第１の部分配列群の部分配列に関する情報と、前記第２の部分配列群の部分配列に関する情報と、前記前方一致した文字情報の数に関する情報と、からなる一致情報を抽出する一致情報抽出工程と、
　前記画像作成手段が、前記一致情報抽出工程によって抽出された一致情報に基づいて、マトリクスの表示画像を作成する画像作成工程と、
　前記表示手段が、前記画像作成工程によって作成されたマトリクス表示画像を表示する表示工程と、
　を含み、
　前記一致情報抽出工程は、前記一致情報のうち、重複する一致情報がある場合に、前記重複する一致情報のうちのいずれか一つを残して他の一致情報を抽出しないことを特徴とするゲノム解析方法。」
　
２．　引用例
　
　前記　「第２　［理由］　３．　引用例」　の項目に記載したとおりである。
　
　
３．　対比・判断
　
　請求項１発明は、上記　「第２　［理由］」　の項目で検討した補正請求項１発明から、
「・・・（前略）・・・表示工程と、
　をそれぞれ実行し、
　前記一致情報抽出工程は、前記一致情報抽出手段が、前記検索工程によって検索された第１の部分配列群の部分配列に関する情報、前記第２の部分配列群の部分配列に関する情報および前記前方一致した文字情報の数に関する情報に基づいて、前記一致情報のうち、重複する一致情報があるか否かを判断し、あると判断された場合に、前記重複する一致情報のうちのいずれか一つを残して他の一致情報を削除することを特徴とするゲノム解析方法。」
とあったところを、
　「・・・（前略）・・・表示工程と、
　を含み、
　前記一致情報抽出工程は、前記一致情報のうち、重複する一致情報がある場合に、前記重複する一致情報のうちのいずれか一つを残して他の一致情報を抽出しないことを特徴とするゲノム解析方法。」
と、限定を解除したものに相当する。
　
　そうしてみると、請求項１発明の構成要件を全て含み、さらに他の要件を付加したものに相当する補正請求項１発明が、前記　「第２　［理由］」　の項目に記載したとおり、引用例１，２に示された発明及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、請求項１発明も、同様の理由により、引用例１，２に示された発明及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
　
４．　むすび
　
　以上のとおり、請求項１発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。
　したがって、その余の請求項について検討するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。