【事件の表示】
　平成１０年特許願第５１１２８４号「時間分解蛍光測定を使用する蛍光分子群識別のためのシステム」拒絶査定不服審判事件〔平成１０年　３月　５日国際公開、ＷＯ９８／０９１５４、平成１２年　１月２５日国内公表、特表２０００−５００８７４〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯・本願発明
　本願は、平成９年８月２７日（パリ条約による優先権主張　１９９６年８月２９日、独国（ＤＥ））を国際出願日とする特許出願（平成１０年特許願第５１１２８４号。以下、「本件出願」という。）であって、平成１８年４月２８日付けで拒絶査定（発送日：同年５月１６日）されたところ、拒絶査定不服審判が平成１８年８月８日に請求され、当審において平成２０年９月１７日付けで通知した拒絶の理由に対し、意見書及び手続補正書が同年１２月２４日に提出されたものであって、本件出願の請求項１〜７に係る発明は、平成２０年１２月２４日提出の手続補正書により補正された特許請求の範囲の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１〜７に記載された事項により特定されるとおりのものであって、その請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、次のとおりのものと認める。
　　　　　　　　
【請求項１】「分析物分子と結合する少なくとも２種類の異なる蛍光分子群を時間分解式蛍光測定を使用して区別するためのシステムであって、
−少なくとも２種類の分子群を蛍光へと励起する適当な光にサンプル流体の第１サンプル量を曝す光源と、
−少なくとも一部が第１サンプル量と重複する前記サンプル流体の第２サンプル量から発光される蛍光放射を検出するための検出器と、
−ａ）時間間隔Ｔ1の間に光源を起動し、
ｂ）時間間隔Ｔ2の経過後に時間間隔Ｔ3にわたって検出器を起動するように設計した制御装置と、を含み、
段階ａ）およびｂ）を１ミリ秒当たり少なくとも１，０００回実行し、時間間隔Ｔ3において取得する検出信号を記録装置によって記録し、かつ評価装置によってこれを評価し、
また時間間隔Ｔ3における時間経過に伴う信号を使用して少なくとも２つの分子群のいずれが重複するサンプル量に含まれるかを決定するシステムであって、
サンプル流体は細管（１０）に含まれており、該細管内部の空間の一部が顕微鏡光学機器（１）によって検出器（２）上に投影され、該検出器の前には開口（３）が配置され、該顕微鏡光学機器（１）と検出器（２）の間にはビームスプリッタ（４）が配置され、これにより励起光源（５）からの光が顕微鏡光学機器（１）へ合流するようにされてなる
ことを特徴とするシステム。」
　　　　　　　　　
 第２　当審の拒絶理由 
　一方、当審において平成２０年９月１７日付けで通知した拒絶の理由の概要は、本件出願の請求項１〜７に係る発明は、本件出願の優先権主張の日より前に頒布された特開平６−１４８０７６号公報、特表平７−５０５４６７号公報、特開昭６３−２２９３６５号公報、特開昭６２−２３７３４４号公報、特開平２−３０９２３５号公報、及び特開平１−２２７９４８号公報に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることできたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、というものである。
　　　　　　　　　　　　
第３　引用刊行物記載の発明 
（Ａ）上記特開平６−１４８０７６号公報（以下、「引用刊行物Ａ」という。」には、下記の事項が図面とともに記載されている。（下線は当審の付加による。以下、同じ。）
（Ａ−１）「【０００１】
【産業上の利用分野】本発明は
塩基の光学的識別装置
塩基（ヌクレオチド）
蛍光
検出
識別に
（Ａ−２）「【０００３】
遺伝子の
ＤＮＡの遺伝情報
４種類の塩基（ヌクレオチド）の配列いかんにより決まっている
【０００４】ところで、上記の塩基は、それぞれ個性的な蛍光を生成することが知られており、特に低温（＜１００Ｋ）で蛍光収率が大きくなる。これによって
塩基を分別する
フローセル６１に対して、流れの方向と直交する方向に光源からの励起光（レーザビーム）が照射され、励起光の照射方向と流れ方向の双方に直交する方向で、蛍光をホトマル６３により検出している
【０００５】また、単一フラグメントの各塩基を固定可能な蛍光染料で修飾する方法がある（特開平３−１００９４５，United State patent 4,962,037 ）。この方法では、同様の構成で、各塩基をそれぞれ特徴的な蛍光色素でラベルした後、エキソヌクレアーゼＩＩＩによって各塩基を切断して、蛍光スペクトルのちがいを利用することより、塩基配列を決定している。
・・・
【０００７】
【発明が解決しようとする課題】フローにする利点は、色素の劣化が抑えうることと色素循環系にフィルタを付けることによってごみを取り除くことができる点にある。しかし、励起光が照射されている領域を分子が通過する時間（μｓｅｃ程度）だけしか蛍光の観察ができない。そのため、上記の従来装置では、遺伝子の有する塩基からの蛍光を、正確かつ効率よく検出できない。１個のＤＮＡの有する塩基はＡ、Ｇ、Ｃ、Ｔの４種類のみであって、しかも極めて多数である反面、・・・そのサイズは極めて微小で、生成される蛍光も極めて微弱だからである。励起光のビームを塩基が通過するほんの一瞬の
蛍光検出では、その種類が分別できない
【０００８】もっとも、
塩基の流れ
励起光を照射すれ
蛍光の生成
供給されてくる塩基
検出することに
（Ａ−３）「【００４３】フォトンカウンティングカメラシステムは、基板２０の試料の位置を検出するもので、微弱な光を検出できるものを用いる。ここでは、光学顕微鏡４１，４２を装着した・・・イメージング・画像解析システム・・・で構成し、２次元的に光子を計数して２次元的に微弱な光検出が可能になっている。
光学顕微鏡４１，４２は
レンズ
を有する
（Ａ−４）図２０にはフローセル６１を管状に形成し、そのフローセル６１にレンズで集光したレーザビームが照射されることが描かれている。
　また、図２０には、
レーザビームが照射されたフローセル６１の位置からの蛍光
レンズ６４、アパーチャ６５、波長選択フィルタ６６、集光レンズ６７を介してフォトマル６３に入力し、フォトマル６３の出力を
カウンタ６９
　　　　　　　　　
　上記摘記事項（Ａ−１）〜（Ａ−４）の記載を参照すると、上記引用刊行物Ａには、
「核酸を構成する４種類の塩基（ヌクレオチド）の配列を、塩基からの蛍光を検出して４種類の塩基を分別して識別する光学的識別装置であって、
　管状のフローセル６１を流れる４種類の塩基に流れの方向と直交する方向から励起光となるレーザビームを照射して蛍光を生成させるレーザと、
　励起光となるレーザビームを照射することにより、４種類の塩基から生成された蛍光を、レンズ６４、アパーチャ６５、波長選択フィルタ６６、集光レンズ６７を介して、励起光の照射方向と流れの方向の双方に直交する方向のフォトマルで検出し、検出した出力をカウンタに入力し、
　４種類の塩基を分別して識別する光学的識別装置。」
　　　　　　　　　　　
（Ｂ）上記特表平７−５０５４６７号公報（以下、「引用刊行物Ｂ」という。）には、下記の事項が図面とともに記載されている。
（Ｂ−１）「発明の分野
　本発明は、溶液または表面からの蛍光の検出に関する。さらに詳しくは、本発明は、過渡状態イムノアッセイの測定に適する。」（３頁左上欄３〜５行）
（Ｂ−２）「１の具体例において、光源、好ましくは、レーザダイオードを用いて、
タイムウィンドウの位置を変更することによって、発蛍光団の減衰プロフィールが得られる
　好ましい具体例において、高出力の光源、好ましくは、レーザダイオードを用いて、光量子の受容に対する時間を測定し、そのデータからのヒストグラムを編集することによって、発蛍光団の減衰プロフィールが得られる。ハードウェアのカウンタは、モニタ時間内の合計検出事象数を測定する。蛍光減衰曲線の形状は、光量子の受容の時間のヒストグラムを発生させることによって決定される。好ましい具体例において、事象検出の時点においてランプ電圧をサンプリングし、該電圧を保存してヒストグラムを編集する。一旦、それまでの事象が検出され、かつデータが貯蔵されたならば、次の事象の検出のために、モニタリングを再開する。減衰曲線の形を決定した後、検出された合計事象数の比を乗じ、ヒストグラムからなる合計事象数で除することによって、正しい強度を決定できる。・・・
　本発明のもう１つの態様において、改良された感度は、励起パルス後直ちに受容されたデータを無視することによって達成される。１の具体例において、データ獲得ウィンドウを、最初の過渡事象が終わった後の時点で始まるように設定する。もう１つの具体例において、データは獲得されるが、データ解析の間には使用されない。・・・
　従って、大いに促進された感度を有する改良されたフルオロメーターを提供するのが本発明の主目的である。本発明のさらにもう１つの目的は、しばしば数秒以内の、迅速で正確な測定を実現できるフルオロメーターを提供することにある。
　本発明のさらにもう１つの目的は、
極端に低濃度の蛍光性物質を測定できるシステムを提供することにある。
（Ｂ−３）「第１図は本発明の１の具体例の概略を示す。その開始時間またはその持続のいずれか、あるいは双方に関して、タイムウィンドウを変更することによって、発蛍光団の減衰プロフィールが得られる。構造的には、主要構成要素は励起源、試料ホールダ、関連オプティックス、および検出器からなる。例えば、コンピュータによって、随意のプロセッシングおよびディスプレイの可能性が供される。
　好ましい具体例においては、３つの主要な印刷回路ボード、レーザ駆動機ＰＣＢ１０、検出器ＰＣＢ１２、および主要ＰＣＢ１４がある。レーザ駆動機ＰＣＢ１０は、好ましくは、レーザダイオードおよびある種のオプティックスを含有する。・・・レーザ駆動機ＰＣＢ１０上の
レーザダイオード
物質の励起を引き起こすために該反応セル１６に向けられる
　コンピュータ１８は、多数の機能を制御することができるが、それは、レーザのオン−タイム、レーザ出力、
レーザのオン−オフ制御
検出ウィンドウの開始の遅延、検出ウィンドウの終了の遅延、実験当たりのサイクル数
（Ｂ−４）「第２図は、主要ＰＣＢ１４の詳細なブロックダイアグラムを示す。マイクロプロセッサー３０はボードの操作を制御する。好ましい具体例において、・・・メモリ３２は・・・ＲＯＭおよび・・・ＲＡＭである。所望により、ＲＳ２３２ポートのごときインターフェース３４により、ディスプレイ３６用のコンピュータへの接続を可能とすることもできる。・・・
　
励起源はレーザ
励起光は試料４２を照射し、蛍光放射は
検出器４６
　操作では、
マイクロプロセッサー３０はタイマ／マスタカウンタ５０をセットして、レーザ４０についてオンタイムを設定し、レーザオフカウンター５２をセットしてレーザ４０をオフとする時間を決定する
マイクロプロセッサー３０は
ウィンドウオープンカウンタ５４をセットしてデータ獲得ウィンドウの開口に対応させ、ウィンドウクローズドカウンタ５６をセットしてデータ獲得ウィンドウの閉鎖に対応させる
ゲート５８は検出器４６の出力を受容し、データ獲得ウィンドウの間にそれを該カウンタ６０へと通過させる。
検出器４６からのパルスの、該カウンタ６０
への通過を可能とし
カウンタ６０におけるカウント値をメモリ３２に移す
　第３図は、第２図の回路の一般的タイミング態様を示す。
システムクロック６２
システムの
制御を供す
システムクロック振動数
は１０ＭＨｚとすることができる。その振動数において、サイクル時間は１００ｎｓであり
最大５０ｎｓの周期を与え
データが検出器４６(第２図)からカウンタ６０に供給される
（Ｂ−５）「第６図は、全操作についてのフローチャートを示す。マイクロプロセッサー３０はレーザのオンタイム１０４およびレーザのオフタイム１０６を設定する。データ獲得ウィンドウの開始への遅延時間は、マイクロプロセッサー３０によって設定され、出発減衰１０８として標識される。一旦データ獲得ウィンドーが開かれたならば、マイクロプロセッサー３０によって設定された閾値レベルを超えるパルスがステップ１１０にてカウントされる。これらの事象はカウント１１２として合計される。データ獲得についての時間が終了していないと、決定ブロック１１４がサイクルの再度の開始を指示し、もう１つのレーザパルスおよびカウンティングの開始を引き起こす。該決定ブロック１１４がデータ獲得時間が完了したことを示すと、結果は、コンピュータまたは他のデータ処理デバイスに提供される。
　
データ獲得ウィンドウの位置を変更することによって、時間の関数としての強度のヒストグラムを編集することができる
（Ｂ−６）「第７図は、光量子の検出の時間を決定するように設計した本発明のフルオロメーターのシステム幅の図である。検出サイクルの多数の反復の後、時間の関数としての事象の数のヒストグラムを得る。」（６頁右上欄１１〜１３行）
（Ｂ−７）また、第３図には、システムクロック６２の１サイクルの最大５０ｎｓの周期において、レーザパルス６４のオフ後の
ウィンドウオープンカウンタ５４の立ち下がりの出力から、ウィンドウクローズドカウンタ５６の出力の立ち下がりまでの所定の時間間隔にわたってデータ獲得ウィンドウを開口することが描かれている。
　　　　　　　　　　　　
　上記摘記事項（Ｂ−１）〜（Ｂ−７）の記載を参照すると、上記引用刊行物Ｂには、
「極端に低濃度の蛍光性物質を測定できるシステムにおいて、
　励起光を試料４２に照射するレーザ４０と、
　蛍光放射を検出する検出器４６と、
　タイマ／マスタカウンタ５０及びレーザオフカウンター５２を制御することでレーザ４０をオン−オフ制御し、
　ウィンドウオープンカウンタ５４及びウィンドウクローズドカウンタ５６を制御することで、レーザパルス６４のオフ後の所定の時間間隔にわたってデータ獲得ウィンドウを開口させるマイクロプロセッサー３０を備え、
　１サイクルの周期において、データ獲得ウィンドウの開口の間に検出器４６からのパルスをカウンタ６０に供給し、カウンタ６０のカウント値をメモリ３２に移し、複数の検出サイクルの反復において、データ獲得ウィンドウの位置を変更することによって、時間の関数としての強度のヒストグラムを編集することができるシステム。」
　の発明（以下、「引用刊行物Ｂに記載された発明」という。）が記載されているものと認められる。
　　
（Ｃ）上記特開昭６３−２２９３６５号公報（以下、「引用刊行物Ｃ」という。）には、下記の事項が図面とともに記載されている。
（Ｃ−１）「（産業上の利用分野）
　本発明は標識色素によりラベルされたＤＮＡなどの核酸断片を電気泳動させ、標識色素を光学的に検出することによって核酸の塩基配列を決定する方法に関するものである。」（１頁右下欄２〜６行）
（Ｃ−２）「時間分解蛍光法では励起光をパルス的に照射し、励起光が消光した後のみの蛍光を検出することによってバックグラウンドを減少させている・・・。」（２頁左上欄１７行〜右上欄２行）
（Ｃ−３）「（問題点を解決するための手段）
　本発明では電気泳動により分離された核酸断片を励起光によって励起して発光させ、その発光による像を光増幅器（イメージ・インテンシファイア）で受光し、塩基配列を決定するが、その際各像からの信号を複数回に渡って繰り返し読み込んで積算メモリに積算することによって、少量の試料であってもＳ／Ｎ比の大きい測定データを得るようにする。
　本発明はオフライン方式とオンライン方式を共に含んだ方法であり、オフライン方式では電気泳動させて展開させたゲルからの像を複数回読み込んで積算し、オンライン方式では電気泳動させつつ展開中の像を複数回に渡って読み込み、その読み込んだ像の位置を時間経過によって補正しながら対応する積算メモリの番地に積算していく。
（作用）
　オフライン方式では展開法のゲルからの核酸断片の像を同一の位置からの像について複数回繰り返し読み込んで積算することによって、１回当りの像の発光強度が弱くても複数回繰り返すことによって大きな測定値を得ることができる。
　オンライン方式の場合には像が時間とともに移動していくので、移動量を補正することによって対応する像の発光が緑り返し測定され、この場合も１回当りの像の発光強度が弱い場合であっても繰り返えされることによって大きな測定値を得ることができる。」（２頁左下欄３行〜右下欄１０行）
（Ｃ−４）「（発明の効果）
　本発明はオフライン方式とオンライン方式の何れに適用した場合でも、
核酸断片試料
からの発光を複数回繰り返して測定し積算するようにしたので、Ｓ／Ｎ比が改善されて
高感度になる
　　　　　　　　　　　
（Ｄ）上記特開昭６２−２３７３４４号公報（以下、「引用刊行物Ｄ」という。）には下記の事項が図面とともに記載されている。
（Ｄ−１）「（産業上の利用分野）
　本発明は、極めて短い発光等の時間的な強度変化等を測定する時間分解測定システムに関する。
（従来の技術）
　パルス光源で試料を励起して、試料の発生した螢光等を観測する場合に、試料の発生した光を検出するストリークカメラ等の時間分解検出器の時間軸とパルス光源の発生したパルスとの間の関係（同期）が重要となる。」（１頁右下欄１６行〜２頁左上欄４行）
（Ｄ−２）「第４図は従来の光トリガおよびトリガディレィ分の光学的遅延系時間分解測定システムの例を示すブロック図である。
パルス光源１から出射され、半透明ミラー２で反射された光はトリガ信号に用いられる。
すなわち、前記
反射された光はホトダイオード３で検出され、時間分解検出器６の時間基準信号として時間分解検出器６に入力される
半透明ミラー２を透過した光は、複数個のミラーまたはプリズム４１．４２．４３で形成される光学遅延通路を通り、測定試料５に入射させられる。
測定試料５の発光した光は前記時間基準信号により、起動される時間分解検出器６により検出され評価される
　　　　　　
（Ｅ）上記特開平２−３０９２３５号公報（以下、「引用刊行物Ｅ」という。）には下記の事項が図面とともに記載されている。
（Ｅ−１）「Ａ、産業上の利用分野
　本発明は、生化学・臨床分析などの分野で利用される電気泳動装置に関する。
Ｂ、従来技術
　電気泳動装置は、液体中の荷電物質が電場におかれたとき、その電荷と符号が逆の電極に向って移動する現象を利用して分析・分離を行う装置である。
移動速度は電場の強さ
などに影響される
ＤＮＡの塩基配列決定、
に利用されている
　　
（Ｆ）また、新たに引用する本件出願の優先権主張より前に頒布された特開平１−１８８８１６号公報（以下、「周知例」という。）には、下記の事項が図面とともに記載されている。
（Ｆ−１）「〔産業上の利用分野〕
　本発明は、走査顕微鏡に係り、特に、試料から発生する光を分光する機能を付加した分光型走査顕微鏡に関する。」（１頁左下欄１７〜２０行）
（Ｆ−２）「実施例　１
　第１図は、本発明の第１の実施例を示す概略構成図である。７００はレーザ光源、７１０はレーザ光、１０１はレンズ（レンズ１０１は色収差には無関係でレーザ光を絞り込めるものであればよい。）、５００は試料、６０１は試料５００を矢印Ａ方向に移動させるステージ（試料台）、２０１は試料５００から発生される蛍光、１００は色収差レンズ、３００はピンホール、６００はピンホール３００を、光軸方向すなわち矢印Ｂ方向に移動させるステージ、４００は光検出器、８００は試料５００の表面におけるレーザ光７１０の照射場所と光検出器４００の出力とを対応付けて画像として表示する表示装置である。
　レーザ光源７００から出射されたレーザ光７１０は、レンズ１０１により試料５００上に収束されて照射される。すなわち、試料５００はレーザ光７１０の焦点位置に設置される。
試料
は
レーザ光
により励起されて蛍光
を発生する
蛍光
は
レンズ
共焦点の位置に配置されたピンホール
上に絞り込まれる
（Ｆ−３）「実施例　２
　第３図は、本発明の第２の実施例を示す概略図である。本実施例は、レーザ光を用いた完全な共焦点型の走査顕微鏡を実現したものである。レーザ光の照射収束光学系は、第１の実施例と同じである。相違点は、
試料
から発生した蛍光
を
レンズ
により共焦点の位置にあるピンホール
上に収束することである
（Ｆ−４）「実施例３
　第４図は、本発明の第３の実施例を示す概略構成図である。本実施例は、
レーザ光を用いた反射型の走査顕微鏡の例である
レーザ光源
からのレーザ光
半透鏡
により反射され
レンズ
により試料５００上に絞り込まれる
レンズ
試料
から発生する蛍光
をピンホール
へ導くのにも使用される
　　　　　　
第４　対比・検討 
（４−１）引用発明と本願発明とを対比する。 
（i）引用刊行物Ａの摘記事項（Ａ−２）には「【０００３】遺伝子の主体であるＤＮＡの遺伝情報は、核酸を構成するアデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）、チミン（Ｔ）の４種類の塩基（ヌクレオチド）の配列いかんにより決まっている。・・・【０００４】ところで、上記の塩基は、それぞれ個性的な蛍光を生成することが知られており・・・」と記載されていることから、引用発明の「塩基」と本願発明の「分析物分子と結合する少なくとも２種類の異なる蛍光分子群」とは、「少なくとも２種類の異なる蛍光分子群」で共通する。
（ii）引用発明の「光学的識別装置」は、本願発明の「システム」に相当する。
　そして、引用発明の「光学的識別装置」は、「核酸を構成する４種類の塩基の配列を、塩基からの蛍光を検出をして４種類の塩基を分別して識別する」ものであり、上記（i）記載したように、引用発明の「塩基」と本願発明の「分析物分子と結合する少なくとも２種類の異なる蛍光分子群」とは、「少なくとも２種類の異なる蛍光分子群」で共通するから、引用発明の「光学的識別装置」と本願発明の「システム」とは「少なくとも２種類の異なる蛍光分子群を蛍光測定を使用して区別する」ものである点で共通するものである。
（iii）引用発明の「レーザ」が本願発明の「光源」に相当する。
　そして、引用発明の「レーザ」は「フローセル６１を流れる４種類の塩基に流れの方向と直交する方向から励起光となるレーザビームを照射して蛍光を生成させる」ものであるから、引用発明の「レーザ」からはフローセル６１の所定の領域に励起光が照射されることが明らかである。そうすると、引用発明の「レーザ」も本願発明の「光源」と同様に「少なくとも２種類の分子群を蛍光へと励起する適当な光にサンプル流体の第１サンプル量を曝す」ことになる。
（iv）引用発明の「光学的識別装置」では、レーザがフローセル６１の微粒子に照射された後に微粒子から蛍光が発生することは物理的にみて自明な事項である。
　そして、引用刊行物Ａの摘記事項（Ａ−３）には「レーザビームが照射されたフローセル６１の位置からの蛍光を、レンズ６４、アパーチャ６５、波長選択フィルタ６６、集光レンズ６７を介してフォトマル６３に入力」することが記載されていることから、引用発明の「フォトマル」は、レーザビームが照射されたフローセル６１の位置からの蛍光を検出することは明らかである。
　他方、引用刊行物Ａの摘記事項（Ａ−２）には、「【０００４】・・・図２０に示すように微粒子を供給するフローセル６１に対して、流れの方向と直交する方向に光源からの励起光（レーザビーム）が照射され、励起光の照射方向と流れ方向の双方に直交する方向で、蛍光をホトマル６３により検出している。・・・【０００７】・・・しかし、励起光が照射されている領域を分子が通過する時間（μｓｅｃ程度）だけしか蛍光の観察ができない。」ことが記載されていることから、引用発明の「光学的識別装置」では、レーザがフローセル６１の微粒子に照射されてから蛍光を発生するまでに存在するわずかな時間の間にフローセル６１の微粒子は移動していることになり、レーザビームが照射されたフローセル６１の位置から移動した微粒子からの蛍光は、引用発明の「フォトマル」で検出できないから、引用発明の「フォトマル」で検出される蛍光は、レーザが照射したフローセル６１の微粒子が発生する蛍光の一部であることになる。
　そうすると、引用発明の「フォトマル」は本願発明の「少なくとも一部が第１サンプル量と重複するサンプル流体の第２サンプル量から発光される蛍光放射を検出するための検出器」に相当する。
（v）引用発明の「４種類の塩基を分別して識別する光学的識別装置」が本願発明の「少なくとも２つの分子群のいずれが重複するサンプル量に含まれるかを決定するシステム」に相当する。
　そして、引用発明の「光学的識別装置」は、「励起光となるレーザビームを照射することにより、４種類の塩基から生成された蛍光を励起光の照射方向と流れの方向の双方に直交する方向のフォトマルで検出し、検出した出力をカウンタに入力」して、「４種類の塩基を分別して識別」しており、引用発明の「４種類の塩基を分別して識別」するためには、フォトマルで検出した出力を入力するカウンタの値を評価して内容から「４種類の塩基を分別して識別」する必要があることは明らかであるから、引用発明の「光学的識別装置」が、検出器から収得した検出信号を評価装置よって評価していることになる。
　他方、本願発明の「システム」は、「ａ）時間間隔Ｔ1の間に光源を起動し、ｂ）時間間隔Ｔ2の経過後に時間間隔Ｔ3にわたって検出器を起動するように設計した制御装置と、を含み、段階ａ）およびｂ）を１ミリ秒当たり少なくとも１，０００回実行し、時間間隔Ｔ3において取得する検出信号を記録装置によって記録し、かつ評価装置によってこれを評価し、また時間間隔Ｔ3における時間経過に伴う信号を使用して少なくとも２つの分子群のいずれが重複するサンプル量に含まれるかを決定する」していることから、検出器から収得した検出信号を評価装置よって評価していることになる。
　そうすると、引用発明の「光学的識別装置」と本願発明の「システム」とは「検出器から取得した検出信号を評価装置によって評価して少なくとも２つの分子群のいずれが重複するサンプル量に含まれるかを決定する」点で共通するものである。
（vi）引用発明のフローセル６１は管状であるから、引用発明の「管状のフローセル６１を流れる４種類の塩基」と本願発明の「サンプル流体」とは「サンプル流体は管に含まれ」る点で共通する。
　　　　　
　そうすると、本願発明と引用発明とは、
「少なくとも２種類の異なる蛍光分子群を蛍光測定を使用して区別するためのシステムであって、
−少なくとも２種類の分子群を蛍光へと励起する適当な光にサンプル流体の第１サンプル量を曝す光源と、
−少なくとも一部が第１サンプル量と重複するサンプル流体の第２サンプル量から発光される蛍光放射を検出するための検出器と、
　検出器から取得した検出信号を評価装置によって評価して少なくとも２つの分子群のいずれが重複するサンプル量に含まれるかを決定するシステムあって、
　サンプル流体は管に含まれるシステム。」
　である点で一致し、次の相違点（あ）〜相違点（お）で相違している。
　　　　　　
・相違点（あ）
　少なくとも２種類の異なる蛍光分子群が、本願発明では「分析物分子と結合する少なくとも２種類の異なる蛍光分子群」であるのに対して、引用発明ではそのような構成を備えていない点。
　　
・相違点（い）
　蛍光測定が、本願発明では「時間分解式蛍光測定」であるのに対して、そのような構成を備えていない点。
　　
・相違点（う）
　検出器から取得した検出信号を評価装置によって評価して少なくとも２つの分子群のいずれが重複するサンプル量に含まれるかを決定する際に、
　本願発明では、
「ａ）時間間隔Ｔ１の間に光源を起動し、
ｂ）時間間隔Ｔ２の経過後に時間間隔Ｔ３にわたって検出器を起動するように設計した制御装置と、を含み、
段階ａ）およびｂ）を１ミリ秒当たり少なくとも１，０００回実行し、時間間隔Ｔ３において取得する検出信号を記録装置によって記録し、かつ評価装置によってこれを評価し、また時間間隔Ｔ３における時間経過に伴う信号を使用して少なくとも２つの分子群のいずれが重複するサンプル量に含まれるかを決定する」のに対して、
　引用発明では、
「励起光となるレーザビームを照射することにより、４種類の塩基から生成された蛍光をフォトマルで検出し、検出した出力をカウンタに入力し、
４種類の塩基を分別して識別する」点。
　
・相違点（え）
　サンプル流体が含まれる管が、本願発明では「細管」であるのに対して、引用発明では「管状のフローセル６１」である点。
　
・相違点（お）
　本願発明のシステムでは「細管内部の空間の一部が顕微鏡光学機器（１）によって検出器（２）上に投影され、該検出器の前には開口（３）が配置され、該顕微鏡光学機器（１）と検出器（２）の間にはビームスプリッタ（４）が配置され、これにより励起光源（５）からの光が顕微鏡光学機器（１）へ合流するようにされてなる」のに対して、引用発明の光学的識別装置では、管状のフローセル６１を流れる４種類の塩基から生成された蛍光を、レンズ６４、アパーチャ６５、波長選択フィルタ６６、集光レンズ６７を介して、励起光の照射方向と流れの方向の双方に直交する方向のフォトマルで検出する点。
　　　　　　　　　　
（４−２）当審の判断 
　そこで、上記相違点（あ）〜相違点（お）について判断する。
・相違点（あ）について
　上記引用刊行物Ａ摘記事項（Ａ−２）には「【０００５】・・・単一フラグメントの各塩基を固定可能な蛍光染料で修飾する方法がある・・・。この方法では、同様の構成で、各塩基をそれぞれ特徴的な蛍光色素でラベルした後、エキソヌクレアーゼＩＩＩによって各塩基を切断して、蛍光スペクトルのちがいを利用することより、塩基配列を決定している。」ことが記載されていることから、引用発明においても、塩基からの蛍光を検出する際の塩基として、各塩基を固定可能な蛍光染料で修飾した塩基を用いること、すなわち本願発明のごとく「分析物分子と結合する少なくとも２種類の異なる蛍光分子群」を用いることは当業者が必要に応じて選択しうる事項である。
　　
・相違点（い）及び相違点（う）について
　上記（Ｂ）で上述したように、引用刊行物Ｂに記載された発明は下記のとおりのものである。
「極端に低濃度の蛍光性物質を測定できるシステムにおいて、
　励起光を試料４２に照射するレーザ４０と、
　蛍光放射を検出する検出器４６と、
　タイマ／マスタカウンタ５０及びレーザオフカウンター５２を制御することでレーザ４０をオン−オフ制御し、
　ウィンドウオープンカウンタ５４及びウィンドウクローズドカウンタ５６を制御することで、レーザパルス６４のオフ後の所定の時間間隔にわたってデータ獲得ウィンドウを開口させるマイクロプロセッサー３０を備え、
　１サイクルの周期において、データ獲得ウィンドウの開口の間に検出器４６からのパルスをカウンタ６０に供給し、カウンタ６０のカウント値をメモリ３２に移し、複数の検出サイクルの反復において、データ獲得ウィンドウの位置を変更することによって、時間の関数としての強度のヒストグラムを編集することができるシステム。」
　ここで、引用刊行物Ｃの摘記事項（Ｃ−４）に「時間分解蛍光法では励起光をパルス的に照射し、励起光が消光した後のみの蛍光を検出することによってバックグラウンドを減少させている。」と記載されていることから、上記引用刊行物Ｂに記載された発明の「タイマ／マスタカウンタ５０及びレーザオフカウンター５２を制御することでレーザ４０をオン−オフ制御し、ウィンドウオープンカウンタ５４及びウィンドウクローズドカウンタ５６を制御することで、レーザパルス６４のオフ後の所定の時間間隔にわたってデータ獲得ウィンドウを開口させるマイクロプロセッサー３０を備え、１サイクルの周期において、データ獲得ウィンドウの開口の間に検出器４６からのパルスをカウンタ６０に供給し、カウンタ６０のカウント値をメモリ３２に移」す構成が、時間分解蛍光法による測定であることは明らかである。そして、引用刊行物Ｂに記載された発明の、タイマ／マスタカウンタ５０及びレーザオフカウンター５２を制御することでレーザ４０をオン−オフ制御すること、及び、レーザ４０をオン−オフ制御する際のオフ制御のレーザパルス６４のオフからウィンドウオープンカウンタ５４が制御されてデータ獲得ウィンドウが開口するまでの時間間隔が、それぞれ本願発明の、「時間間隔Ｔ1の間に光源を起動」すること、及び「時間間隔Ｔ2」に相当し、さらに、引用刊行物Ｂに記載された発明の、レーザパルス６４のオフ後の所定の時間間隔にわたってデータ獲得ウィンドウを開口している所定の時間間隔が、本願発明の「時間間隔Ｔ3」に相当し、引用刊行物Ｂに記載された発明の「データ獲得ウィンドウの開口の間に検出器４６からのパルスをカウンタ６０に供給」することと、本願発明の「時間間隔Ｔ3にわたって検出器を起動する」こととは「時間間隔Ｔ3にわたって検出器の出力を検出させる」点で共通する。さらに、引用刊行物Ｂに記載された発明の「データ獲得ウィンドウの開口の間に検出器４６からのパルスをカウンタ６０に供給し、カウンタ６０のカウント値をメモリ３２に移」すことが本願発明１の「時間間隔Ｔ3において取得する検出信号を記録装置によって記録」することに相当する。また、引用刊行物Ｂに記載された発明では「複数の検出サイクルの反復において、データ獲得ウィンドウの位置を変更することによって、時間の関数としての強度のヒストグラムを編集」していることから、「１サイクルの周期において、データ獲得ウィンドウの開口の間に検出器４６からのパルスをカウンタ６０に供給し、カウンタ６０のカウント値をメモリ３２に移」すことを複数回繰り返して行っていることは明らかであり、この「複数回繰り返す」ことが本願発明の「１ミリ秒当たり少なくとも１，０００回実行」することとは「複数回実行」する点で共通するものである。
　そうすると、引用発明のＤＮＡの４種類の塩基を分別して識別する光学的識別装置も上記引用刊行物Ｂに記載された発明の極端に低濃度の蛍光性物質を測定できるシステムもともにレーザにより励起光を試料に照射し発生した蛍光を測定する点で共通するものであり、さらに、ＤＮＡの４種類の塩基を分別して識別する光学的識別装置において、時間分解蛍光測定を行うこと、及び、移動する試料に複数回光源からの光を照射して測定感度を上げることは、上記引用刊行物Ｃに記載されている（前者について摘記事項（Ｃ−２）、後者について（Ｃ−３）及び（Ｃ−４）を参照）ように技術常識であることを考慮すると、引用発明の「４種類の塩基を分別して識別する光学的識別装置」において、「励起光となるレーザビームを照射することにより、４種類の塩基から生成された蛍光をフォトマルで検出し、検出した出力をカウンタに入力し、４種類の塩基を分別して識別する」際に、レーザをオン−オフ制御し、レーザパルスのオフ後の所定の時間間隔にわたってデータ獲得ウィンドウを開口させ、データ獲得ウィンドウの開口の間に検出器からのパルスをカウンタに供給し、カウンタのカウント値をメモリに移す１サイクルの周期を、複数反復させる上記引用刊行物Ｂに記載された発明の構成を採用し、本願発明のごとく「ａ）時間間隔Ｔ1の間に光源を起動し、
ｂ）時間間隔Ｔ2の経過後に時間間隔Ｔ3にわたって検出器の出力を検出させるように設計した制御装置と、を含み、
段階ａ）およびｂ）を、複数回実行し、実効性、時間間隔Ｔ3において取得する検出信号を記録装置によって記録し、かつ評価装置によってこれを評価し、また時間間隔Ｔ3における時間経過に伴う信号を使用して少なくとも２つの分子群のいずれが重複するサンプル量に含まれるかを決定する」ことは当業者が容易になし得るものである。
　そして、時間分解蛍光測定において、蛍光を検出するときに検出器を起動させることは、上記引用刊行物Ｄの摘記事項（Ｄ−２）のごとく周知であることから、レーザパルスのオフ後の所定の時間間隔にわたってデータ獲得ウィンドウを開口させ、データ獲得ウィンドウの開口の間に検出器からのパルス時間間隔Ｔ３にわたって検出器の出力を検出させる代わりに、レーザパルスのオフ後の所定の時間間隔にわたって検出器を起動して、蛍光を検出することは当業者が必要に応じて採用し得る選択事項にすぎないものである。
　さらに、上記引用刊行物Ａの摘記事項（Ａ−２）には「【０００７】【発明が解決しようとする課題】フローにする利点は、色素の劣化が抑えうることと色素循環系にフィルタを付けることによってごみを取り除くことができる点にある。しかし、励起光が照射されている領域を分子が通過する時間（μｓｅｃ程度）だけしか蛍光の観察ができない。」と記載されていることから、引用発明の「４種類の塩基を分別して識別する光学的識別装置」では、フローセル６１を流れる４種類の塩基を検出できる時間は、μｓｅｃ、例えば数μｓｅｃ程度である。他方、上記引用刊行物Ｂの摘記事項（Ｂ−４）には「システムクロック振動数の例は１０ＭＨｚとすることができる。その振動数において、サイクル時間は１００ｎｓであり、最大５０ｎｓの周期を与える。」ことが記載されており、１サイクルの時間は１００ｎｓｅｃであるから、引用発明の数μｓｅｃには数十回程度となる。さらに、引用発明のＤＮＡの４種類の塩基を分別して識別する光学的識別装置において、フローセルとして電気泳動を用いた場合には、その移動速度は電場等により決定される（例えば、上記引用刊行物Ｅの摘記事項（Ｅ−１）の記載参照）ものであり、その移動速度は適宜設定できることは明らかである。そして、本願の図１に記載されているように本願発明の「少なくとも２種類の異なる蛍光分子群を時間分解式蛍光測定を使用して区別するためのシステム」も、蛍光分子群は電気泳動的に移動するものを含むものであり、本願発明のごとく、電気泳動的に移動する蛍光分子群の適宜設定可能な移動速度を１ミリ秒あたりにした場合には、引用刊行物Ｂに記載された発明では１００ｎｓのサイクル時間が採用されていることから、１ミリ秒あたり１００００回の検出サイクル数となり、本願発明のごとく「１ミリ秒当たり少なくとも１，０００回実行」することも蛍光分子群を移動させる速度を適宜設定することにより当業者がなし得る設計的事項に過ぎないものである。
　　　
・相違点（え）について
　上記引用刊行物Ａの摘記事項（Ａ−４）に「フローセル６１にレンズで集光したレーザビームが照射される」ことが記載されていることから、引用発明のフローセル６１は、レンズで集光されたレーザビームを照射するほどの細くても良いことは明らかであり、さらにフローセルを毛管、すなわち細管で構成することも、例えば、特表平４−５００２７４号公報の３頁左下欄１行に記載されているように、周知であることから、引用発明の管状のフローセル６１を細管とすることは当業者が容易になし得たものである。
　　　
・相違点（お）について
　引用発明のフローセル６１を細管とすることは、上記相違点（え）で述べたとおりであるところ、引用発明の光学的識別装置では、管状のフローセル６１を流れる４種類の塩基から生成された蛍光を、レンズ６４、アパーチャ６５、波長選択フィルタ６６、集光レンズ６７を介して、励起光の照射方向と流れの方向の双方に直交する方向のフォトマルで検出していることから、フォトマルで検出される蛍光は、細管で構成される際のフローセル６１の内部の空間の一部から生成される蛍光であることは明らかである。
　ところで、蛍光試料の一部にレーザを照射し、蛍光試料の一部からの蛍光を検出する際、蛍光試料の一部からの蛍光を、レンズ、レーザからの光が照射される半透鏡、ピンホールを介して検出器で検出する蛍光の走査顕微鏡は、例えば、上記周知例の摘記事項（Ｆ−４）に記載されているように、周知（他に、特開平２−２４７６０５号公報の第９図参照）であり、さらに、この周知例のレンズは、検出した蛍光を共焦点位置に配置されたピンホールに絞り込むものであり、ピンホールを通過した蛍光が検出器で検出されることから、周知例の蛍光の走査顕微鏡は、試料の一部がレンズによって検出器に投影されることは明らかである。そして、引用発明の光学的識別装置も上記周知の走査顕微鏡もともに蛍光試料の一部からの蛍光を検出する点で共通するものであることから、引用発明の光学的識別装置において、管状のフローセル６１を流れる４種類の塩基から生成された蛍光を検出する際に、レンズ６４、アパーチャ６５、波長選択フィルタ６６、集光レンズ６７を介して蛍光を検出する代わりに、レンズ、レーザからの光が照射される半透鏡、ピンホールを介して検出器で検出する蛍光の顕微鏡を用いて、本願発明のごとく、細管内部の空間の一部がレンズによって検出器上に投影され、該検出器の前には開口が配置され、該レンズと検出器の間にはビームスプリッタが配置され、これにより励起光源からの光がレンズへ合流するようにされてなるよう構成することは当業者が容易になし得るものである。
　さらに、蛍光試料の一部からの蛍光を検出する際、蛍光を検出するレンズを蛍光の顕微鏡とすることも周知（例えば、上記引用刊行物Ａの摘記事項（Ａ−４）あるいは特表平４−５００２７４号公報の２頁左上欄１６〜１８行の記載参照）であることから、レンズ、レーザからの光が照射される半透鏡、ピンホール、検出器を蛍光の顕微鏡とする代わりに、レンズのみを蛍光の顕微鏡とすることは当業者が必要に応じて適宜採用しうる設計的事項にすぎないものである。
　　　　　　　
　そして、本願発明によってもたらされる効果は、引用発明、引用刊行物Ｂに記載された発明及び周知の技術事項から予測される範囲内のものであり、格別のものではない。 
　したがって、本願発明は、引用発明、引用刊行物Ｂに記載された発明及び周知の技術事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。 
 　　　　
第５　むすび
　以上のとおり、本願発明は特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるので、本件出願は、その余の請求項に係る発明を審理するまでもなく、当審で通知した上記拒絶の理由によって拒絶をすべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。