【事件の表示】
　上記当事者間の特許第３２８８３８４号発明「ケモカイン受容体８８−２Ｂ［ＣＫＲ−３］及び８８Ｃならびにそれらの抗体」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。
【結　論】
　特許第３２８８３８４号の請求項１−１４に係る発明についての特許を無効とする。
　審判費用は、被請求人の負担とする。
【理　由】
第１　手続の経緯　 
　本件特許第３２８８３８４号の請求項１−１４に係る発明についての出願（特願平９−５２３０９２号）は、１９９６年１２月２０日（パリ条約による優先権主張、１９９５年１２月２０日、米国（以下、「基礎出願１」という。）、１９９６年６月７日、米国（以下、「基礎出願２」という。））に国際出願されたものであり、平成１４年３月１５日に特許権の設定登録がなされ、この特許に対して平成１９年５月２５日付で小野薬品工業株式会社より本件特許無効審判が請求され、これに対して平成１９年９月１８日付で被請求人から答弁書が提出され、これを受けて平成１９年１０月５日付で合議体から両当事者に対し審尋がなされ、これに対し、平成１９年１１月５日付けで被請求人から回答書が提出され、一方、請求人からは平成１９年１１月８日付けで弁駁書が提出された。口頭審理を開催するにあたり、平成１９年１１月２２日付けで合議体から両当事者に対してＦａｘで質問がなされ、当該質問をふまえて、平成１９年１１月２９日付けで被請求人から口頭審理陳述要領書（１）（以下、「陳述要領書（１）」という。）および、同要領書（２）（以下、「陳述要領書（２）」という。）が提出され、平成１９年１１月２９日に口頭審理を行い、論点整理を行った。平成１９年１１月２８日付けで被請求人から乙第３８号証の外国語部分の翻訳が補正書として提出され、請求人からは平成１９年１２月１３日付けで口頭審理で主張した点を補充する上申書（２）が提出され、両当事者から本件特許に関する特許権侵害訴訟関連書類が（被請求人からは平成１９年１２月１３日付け上申書として）提出され、平成２０年１月３１日付けで被請求人から口頭審理を踏まえた上申書が、請求人から口頭審理を踏まえた上申書（３）が提出され、平成２０年２月１５日付けで被請求人から上申書が提出された。　 
　 
　 
第２　当事者の主張　 
Ｉ　請求人の主張　 
　請求人は、平成１９年５月２５日付審判請求書において、請求項１〜１４に係る各特許発明は、以下の無効理由を有するものであるから、特許法第２９条第１項または第２項の規定により特許を受けることができないものであり、その特許は同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきであると主張し、その証拠方法として下記の甲第１号証−甲第１１号証を提出している。　 
無効理由１−３：本件特許発明は、本件特許の第１優先日（すなわち、基礎出願１の出願日）前に頒布された刊行物である甲第３号証により、新規性・進歩性を欠如している。　 
無効理由４：本件特許発明は、本件特許の第１優先日前に頒布された刊行物である甲第３、４および５号証に対して進歩性を欠如している。　 
無効理由５：本件特許発明は、本件特許の第２優先日（すなわち、基礎出願２の出願日）前に公然知られた発明（甲第１０号証）に対して新規性・進歩性を欠如している。　 
無効理由６：本件特許発明は、本件特許の第２優先日前に頒布された刊行物である甲第１１号証により、新規性・進歩性を欠如している。　 
　 
　　　　　　　　　　　　　　　記　 
甲第１号証：米国特許出願第０８／５７５，９６７号の優先権証明書　 
甲第２号証：GenBankに受入番号Ｕ５４９９４として登録したデーター　 
甲第３号証：The Journal of Biological Chemistry Vol.270, No.27, pp.16491-16494, 1995（発行日：１９９５年７月１４日）　 
甲第４号証：The Journal of Biological Chemistry Vol.270, No.50, p.30235, 1995（発行日：１９９５年１２月１５日）　 
甲第５号証：Science, Vol.270, pp.1811-1815（発行日：１９９５年１２月１５日）　 
甲第６号証：国際公開ＷＯ９４／１１５０４号パンフレット（公開日：１９９４年５月２６日）　 
甲第７号証：国際公開ＷＯ９５／１９４３６号パンフレット（公開日：１９９５年７月２０日）　 
甲第８号証：国際公開ＷＯ９４／１２６３５号パンフレット（公開日：１９９４年６月９日）　 
甲第９号証：本件特許の審査時に提出された平成１２年１２月２９日付け意見書　 
甲第１０号証の１：GenBankに受入番号Ｘ９１４９２として登録したデータ甲第１０号証の２：Ｘ９１４９２の改定履歴　 
甲第１１号証：Biochemistry 1996, 35, 3362-3367（発行日：１９９６年３月１９日）　 
　 
　請求人はまた、平成１９年１１月８日付弁駁書、平成１９年１２月１３日付上申書（２）、平成２０年１月３１日付上申書（３）に添付して、以下の甲第１２号証−甲第８８号証を提出している。　 
甲第１２号証：ケモカインハンドブック、２０００年１１月２０日、株式会社秀潤社発行、１０〜１４頁 
甲第１３号証：米国特許出願第０８／６６１，３９３号の優先権証明書 
甲第１４号証：医学のあゆみ vol.212, No.1, pp35-40, 2005（発行日：２００５年１月１日） 
甲第１５号証：Cytokine and Growth Factor Review Vol.12, pp313-335, 2001（発行日：２００１年１２月） 
甲第１６号証：生化学データブックＩ、１９７９年１１月２６日、社団法人日本生化学会発行、１７１５頁 
甲第１７号証：Blood, Vol.94, No.9, pp2990-2998, 1999（発行日：１９９９年１１月１日） 
甲第１８号証：Proc. Nati. Acad. Sci. USA., Vol.91， pp2752-2756 1994（発行日：１９９４年３月） 
甲第１９号証：Proc. Nati. Acad. Sci. USA., Vol.88, pp5252-5256 1991（発行日：１９９１年６月） 
甲第２０号証：生化学辞典、１９９０年１１月２２日、株式会社東京化学同人発行、９４５〜９４６頁 
甲第２１号証：乙第１号証抄訳文 
甲第２２号証：ＧｅｎＢａｎｋにアクセッション番号Ｕ５７８４０として登録されているところ（乙第１号証の図１脚注）、この登録データの改訂履歴 
甲第２３号証：J. Exp. Med., 176(2), 587-92, 1992（発行日：１９９２年８月１日） 
甲第２４号証：Am. J. Obstet. Gynecol., 169(6), 1545-9, 1993（発行年月：１９９３年１２月） 
甲第２５号証：J. Immunol., 153(10), 4721-32(1994)（発行日：１９９４年１１月１５日） 
甲第２６号証：Lancet, 343(8891), 209-11(1994)（発行日：１９９４年１月２２日） 
甲第２７号証：Clin. Exp. Immunol., 101(3), 398-407(1995)（発行年月：１９９５年９月） 
甲第２８号証：Nature, 344(6265), 442-4(1990)（発行日：１９９０年３月２９日） 
甲第２９号証：J. Exp. Med., 176(3), 781-6(1992)（発行日：１９９２年９月１日） 
甲第３０号証：J. Immunol., 151(5), 2852-63(1993)（発行日：１９９３年９月１日） 
甲第３１号証：J. Clin. Invest., 93(3), 921-8(1994)（発行年月：１９９４年３月） 
甲第３２号証：Leukemia, 8(5), 798-805(1994)（発行年月：１９９４年５月） 
甲第３３号証：Clin. Exp. Immunol., 97(3), 451-7(1994)（発行年月：１９９４年９月） 
甲第３４号証：J. Neurol. Sci., 129(2), 223-7(1995)（発行年月：１９９５年４月） 
甲第３５号証：J. Immunol., 154(9), 4793-802(1995)（発行日：１９９５年５月１日） 
甲第３６号証：J. Leukoc. Biol., 57(5), 782-7(1995)（発行年月：１９９５年５月） 
甲第３７号証：J. Immunol., 155(10), 5003-10(1995)（発行日：１９９５年１１月１５日） 
甲第３８号証：Am. J. Respir. Cell. Mol. Biol., 13(6), 738-47(1995)（発行年月：１９９５年１２月） 
甲第３９号証：Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 85(24), 9704-8(1988)（発行年月：１９８８年１２月） 
甲第４０号証：Clin. Immunol. Immunopathol., 77(3), 307-14(1995)（発行年月：１９９５年１２月） 
甲第４１号証：Mol. Cell. Biol., 11(6), 3125-31(1991)（発行年月：１９９１年６月） 
甲第４２号証：Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 88(12), 5252-6(1991)（発行日：１９９１年６月１５日） 
甲第４３号証：J. Clin. Invest., 88(4), 1121-7(1991)（発行年月：１９９１年１０月） 
甲第４４号証：J. Immunol., 148(7), 2148-53(1992)（発行日：１９９２年４月１日） 
甲第４５号証：J. Immunol., 148(8), 2423-8(1992)（発行日：１９９２年４月１５日） 
甲第４６号証：J. Exp. Med., 175(5), 1271-5(1992)（発行日：１９９２年５月１日） 
甲第４７号証：J. Immunol., 149(2), 722-7(1992)（発行日：１９９２年７月１５日） 
甲第４８号証：Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 89(12), 5371-5(1992)（発行日：１９９２年６月１５日） 
甲第４９号証：J. Clin. Invest., 90(3), 772-9(1992)（発行年月：１９９２年９月） 
甲第５０号証：Biochem. Biophys. Res. Commun., 196(1), 274-9(1993)（発行日：１９９３年１０月１５日） 
甲第５１号証：J. Leukoc. Biol., 55(1), 120-6(1994)（発行年月：１９９４年１月） 
甲第５２号証：Am. J. Respir. Cell. Mol. Biol., 10(2), 142-7(1994)（発行年月：１９９４年２月） 
甲第５３号証：Infect. Immun., 62(2), 377-83(1994)（発行年月：１９９４年２月） 
甲第５４号証：Lab. Invest., 71(2), 226-35(1994)（発行年月：１９９４年１０月） 
甲第５５号証：Cancer. Immunol. Immunother., 39(4), 231-8(1994)（発行年月：１９９４年１０月） 
甲第５６号証：Eur. J. Immunol., 24(12), 3233-6(1994)（発行年月：１９９４年１２月） 
甲第５７号証：Gastroenterology, 108(1), 40-50(1995)（発行年月：１９９５年１月） 
甲第５８号証：J. Neuroimmunol., 56(2), 127-34(1995)（発行年月：１９９５年２月） 
甲第５９号証：Am. J. Physiol., 268(3 Pt 2), H1021-6(1995)（発行年月：１９９５年３月） 
甲第６０号証：Stroke, 26(4), 661-6(1995)（発行年月：１９９５年４月） 
甲第６１号証：Exp. Hematol., 23(9), 1035-9(1995)（発行年月：１９９５年８月） 
甲第６２号証：J. Immunol., 155(10), 4790-7(1995）（発行日：１９９５年１１月１５日） 
甲第６３号証：Curr. Eye. Res., 14(11), 1045-53(1995)（発行年月：１９９５年１１月） 
甲第６４号証：Blood, 86(10), 3841-7(1995)（発行日：１９９５年１１月１５日） 
甲第６５号証：Immunology, 86(3), 434-40(1995)（発行年月：１９９５年１１月） 
甲第６６号証：J. Exp. Med., 176, 59-65 (1992)（発行年月：１９９２年７月） 
甲第６７号証：Biochem. Biophys. Res. Commun., 200(3), 1470-6(1994)（発行日：１９９４年５月１６日） 
甲第６８号証：J. Immunol., 153(7), 3155-9(1994)（発行日：１９９４年１０月１日） 
甲第６９号証：FASEB. J., 8(13), 1055-60(1994)（発行年月：１９９４年１０月） 
甲第７０号証：J. Immunol., 143(9), 2907-16(1989)（発行日：１９８９年１１月１日） 
甲第７１号証：Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 89(7), 2950-4(1992) （発行日：１９９２年４月１日） 
甲第７２号証：口頭審理当日持参書面 
甲第７３号証：甲第１７号証の抄訳文 
甲第７４号証：Cancer Research 50, pp.4315-4321, July 15, 1990 
甲第７５号証：Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.86. pp.9717-9721, December 1989 
甲第７６号証：The Journal of Biological Chemistry, Vol.268, Vol.30, Issue of October 25,1993 pp.22299-22304 
甲第７７号証：The Journal of Biological Chemistry, Vol.270, Vol.50, Issue of December 15,1995 pp.29819-29824 
甲第７８号証：The Journal of Biological Chemistry, Vol.270, Vol.37, Issue of September 15,1995 pp.21966-21974 
甲第７９号証：The Journal of Immunology, Vol.153, pp.3267-3275(1994) 
甲第８０号証：J. Recept Res. Vol.12(1), pp59-70(1992)  
甲第８１号証：医学のあゆみ　Vol.175, No.2, pp.168-170(1995.10.14) 
甲第８２号証：現代医療　Vol.26, No.9, pp.115-119(1994) 
甲第８３号証：医学のあゆみ　Vol.168, No.4, pp.245-248(1994.1.22) 
甲第８４号証：乙第４７号証抄訳文（６７９頁左欄下から２行〜右欄２行） 
甲第８５号証：乙第５５号証抄訳文（４３８頁右欄下から１１〜８行） 
甲第８６号証：免疫学辞典、株式会社東京化学同人、第１版第１刷、３９１頁、１９９３年１１月１５日発行 
甲第８７号証：免疫学辞典、株式会社東京化学同人、第１版第１刷、１４０〜１４２頁、１９９３年１１月１５日発行 
甲第８８号証：特許庁の審査基準抜粋 
　 
ＩＩ　被請求人の主張　 
　これに対して、被請求人は、平成１９年９月１８日付け答弁書において、以下のとおり、請求人の主張にはいずれも理由がないと主張して、「本件審判の請求は成り立たない。審判費用は、請求人の負担とする。」との審決を求め、証拠方法として下記の乙第１号証−乙第２０号証の４を提出している。　 
無効理由１−３：本件特許発明は、本件特許の第１優先日前に頒布された刊行物である甲第３号証により、新規性・進歩性を欠如しているものではない。　 
無効理由４：本件特許発明は、本件特許の第１優先日前に頒布された刊行物である甲第３、４および５号証に対して進歩性を欠如しているものではない。 
無効理由５：本件特許の第２優先日前に公然知られた発明（甲第１０号証）は、引用発明とはならない。 
無効理由６：本件特許の第２優先日前に頒布された刊行物である甲第１１号証は、引用発明とはならない。　 
　 
　　　　　　　　　　　　　　　記　 
乙第１号証：「Cloning and functional expression of CC CKR5, a human monocyte CC chemokine receptor selective for MIP-1α, MIP-1β, and RANTES」　Christophe Combariereら （Journal of Leukocyte Biology Volume 60, July 1996） 
乙第２号証：「Molecular Cloning and Functional Expression of a New Human CC-Chemokine Receptor Gene」　Michel Samsonら（Biochemistry 1996, 35, 3362-3367） 
乙第３号証：「Molecular Cloning and Functional Characterization of a Novel Human CC Chemokine Receptor (CCR5) for RANTES, MIP-1β, and MIP-1α」　キャロル　ジェイ．レイポート、ジェニファ　ゴスリン、ヴィッキー　エル．シュウェイッカート、パトリック　ダブリュ．ギャリー、及び、イスラエル　エフ．チャロ　アイコス　コーポレイション 
乙第４号証：「HUMAN CHEMOKINES: An Update」　Marco Baggioliniら（Annu. Rev. Immunol. 1997. 15: 675-705） 
乙第５号証：「GATA-4/5/6, a Subfamily of Three Transcription Factors Transcribed in Developing Heart and Gut」　Anne C. Laverriere, Colin MacNeill, Christine Mueller, Robert E. Poelmann, John B. E. Burch及びTodd Evans　（The Journal of Biological Chemistry Vol. 269, No. 37, Issue of Sptember 16, pp. 23177-23184, 1994） 
乙第６号証：National Center for Biotechnology InformationによるGenBankと称するデータベースの受入番号X91492のプリントアウト 
乙第７号証の１：「Expression of Human Immunodeficiency Virus Coreceptors CXC Chemokine Receptor 4 and CC Chemokine Receptor 5 on Monocytes Is Down-regulated during Human Endotoxemia」　Juffermansら (The Journal of Infectious Diseases 2002;185:986?9) 
乙第７号証の２：「Bacterial Lipopolysaccharide Rapidly Inhibits Expression of C-C Chemokine Receptors in Human Monocytes」 Sicaら (Journal of Experimental Medicine, Vol. 185, No. 5, March 3, 1997, pp.969-974) 
乙第７号証の３：「Regulation of CC Chemokine Receptor 5 and CD4 Expression and Human Immunodeficiency Virus Type 1 Replication in Human Macrophages and Microglia by T Helper Type 2 Cytokines」　Wang ら(JID 202; 185 (1 April) 885-897) 
乙第８号証：米国特許出願08/661,393 
乙第９号証の１：「Effect of Glucan on Granulopoiesis and Macrophage Genesis in Mice」　Carmen Burgaleta および David W. GoIde (CANCER RESEARCH 37, 1739-1742, June 1977) 
乙第９号証の２：免疫学イラストレイテッド　37〜38頁、210頁 
乙第１０号証：「Ontogeny of rat thymic macrophages. Phenotypic characterization and possible relationships between different cell subsets」　Vicente ら (Immunology 1995 85 99-105) 
乙第１１号証：「Macrophages of the Mammalian Small Intestine: A Review」　M. E. LeFevreら (JOURNAL OF THE RETICULOENDOTHELIAL SOCIETY　Vol.26, No.5, 1979年11月) 
乙第１２号証：生化学辞典　第2版　103頁、1294〜1295頁 
乙第１３号証：「Atherosclerosis and Macrophages」　Watanabe ら(Acta Pathologica Japonica 39(8): 1989 473-486) 
乙第１４号証：「Synovial tissue macrophages and joint erosion in theumatoid arthritis」　Yanniら(Annals of the Rheumatic Diseases 1994; 53: 39-44) 
乙第１５号証：「The role of the macrophage in asthma」　Laneら (Allergy 1994: 49: 201-209) 
乙第１６号証：「Effect of antigen dose on the recruitment of inflammatory cells to the lung by segmental antigen challenge」　Richard Dupuisら (J ALLERGY CLIN IMMUNOL 1992;89:850-7) 
乙第１７号証：「Ccr5 But Not Ccr1 Deficiency Reduces Development of Diet-Induced Atherosclerosis in Mice」　Braunersreutherら (Arterioscler.Thromb.Vasc.Biol.2007;27;373-379) 
乙第１８号証：「Depletion of CCR5-Expressing Cells with Bispecific Antibodies and Chemokine Toxins: A New Strategy in the Treatment of Chronic Inflammatory Diseases and HIV」　Hilke Bruhlら(The Journal of Immunology, 2001, 166: 2420-2426) 
乙第１９号証：「Chemokines, inflammation and the immune system」 
D.D Taub および J.J. Oppenheim (Chemokines, inflammation and the immune system, Therapeutic Immunology 1994,1,229-246) 
乙第２０号証の１：再公表特許公報ＷＯ２００４／０５４６１６ 
乙第２０号証の２：再公表特許公報ＷＯ２００４／０９８６３８ 
乙第２０号証の３：再公表特許公報ＷＯ２００５／０２３７７１ 
乙第２０号証の４：再公表特許公報ＷＯ２００６／０３０９２５ 
　 
　さらに被請求人は、平成１９年１１月５日付け回答書、平成１９年１１月２９日付け口頭審理陳述要領書（１）、同日付口頭審理陳述要領書（２）、同日付補正書、平成１９年１２月１３日付け上申書、平成２０年１月３１日付け上申書において、平成２０年２月１５日付け上申書において、以下の乙第２１号証−乙第８８証を提出している。　 
乙第21号証：「Alveolar macrophages lack CCR2 expression and do not migrate to CCL2」　Opalekら（Journal of Inflammation 2007, 4:19） 
乙第22号証：免疫学イラストレイテッド　19頁 
乙第23号証：「RANTES and related chemokines activate human basophil granulocytes through different G protein-coupled receptors」　Bischoffら（Eur. J. Immunol. 1993 Mar;23(3):761-767） 
乙第24号証：「Interleukin-8 and Related Chemotactic Cytokines - CXC and CC Chemokines」　Baggioliniら（Advances in Immunol.55巻、97〜179頁（1994）） 
乙第25号証：「Active Proliferation of Different Cell Types, Including Lymphocytes, in Human Atherosclerotic Plaques」　Rekhter and Gordon（Am. J. Pathol. 1995, September 147(3)668?677） 
乙第26号証：「Macrophages and angiogenesis」　Sunderkotterら（Journal of Leukocyte Biology Volume 55, March 1994, pp. 410-422） 
乙第27号証：「Inhibition of Interleukin 8 Attenuates Angiogenesis in Bronchogenic Carcinoma」　Smithら（J. Exp. Med., Volume 179, May 1994, 1409-1415） 
乙第28号証：「LEUCOCYTES IN ASTHMA」　Kay（IMMUNOLOGICAL INVESTIGATIONS, 17(89), 679-705 (1988)） 
乙第29号証：「Induction of Chemokine Secretion and Enhancement of Contact-Dependent Macrophage Cytotoxicity by Engineered Expression of Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor in Human Colon Cancer Cells」　Shinoharaら（The Journal of Immunology 2000 164:2728-2737） 
乙第30号証：「A Chemokine Receptor Antagonist Inhibits Experimental Breast Tumor Growth」　Robinsonら（CANCER RESEARCH 63, 8360?8365, December 1, 2003） 
乙第31号証：「The role of CC chemokine receptor 5 (CCR5) and 
RANTES/CCL5 during chronic fungal asthma in mice」　Schuhら（The FASEB Journal, 2002, Feb 16 (2):228-30） 
乙第32号証：生化学辞典　第2版　213頁 
乙第33号証：「Traffic Signals for Lymphocyte Recirculation and Leukocyte Emigration: The Multistep Paradigm」　Springer（Cell, Vol. 76, 301-314, January 28, 1994） 
乙第34号証：「Peritoneal fluid concentrations of the cytokine RANTES correlate with the severity of endometriosis」　Khorramら（Am. J. Obstet. Gynecol., Volume 169, Number 6, 1545-1549, December 1993） 
乙第35号証：「Macrophage Inflammatory Protein-1α」　Kochら（The Journal of Clinical Investigation, Volume 93, March 1994, 921-928） 
乙第36号証：「Macrophage Inflammatory Protein-1β: A C-C Chemokine in Osteoarthritis」　Kochら（CLINICAL IMMUNOLOGY AND IMMUNOPATHOLOGY, Vol. 77, No. 3, December 1995, pp.307-314） 
乙第37号証：「Protection against Lethal Bacterial Infection in Mice by Monocyte-Chmotactic and -Activating Factor」　Nakanoら（Infection and Immunity, Vol. 62, No. 2, Feb. 1994, p. 377-383） 
乙第38号証：村松　繁　京都大学名誉教授　鑑定書 
　 
乙第39号証：Horuk、TiPS May 1994 Vol.15, 159-165, 
乙第40号証：FUMAGALLIら、Cytotechnology 5: S99-102, 1991 
乙第41号証：Hungら、The Journal of Cell Biology, Volume 116, 
Number 3, February 1992 827-832 
乙第42号証：特願平４−１６９９９１号の審判手続（不服２００１−１９０３２号）において、請求人が提出した平成１５年５月１日付け上申書 
乙第43号証：BrogdenおよびPhillips、Electron Microsc Rev.  
1988;1(2):261-78 
乙第44号証：LehrerおよびNowotny、Infect Immun. 1972 Dec; 
6(6):928-33 
乙第45号証：J Endotoxin Res. 2006;12(3):171-80 
乙第46号証：特許第3454275号公報 
乙第47号証：Combadiereら、DNA AND CELL BIOLOGY, Vol. 14,  
No. 8, 1995 Aug 
乙第48号証：Mollereauaら、FEBS Letters 341 (1994) 33-38 
乙第49号証：Meunierら、Nature. 1995 Oct 12;377(6549): 
532-535 
乙第50号証：WitmerおよびSteinman、THE AMERICAN JOURNAL OF  
ANATOMY 170:465-481 (1984) 
乙第51号証：生化学辞典、表紙、奥付け、653頁、758頁 
および987頁 
乙第52号証：免疫学辞典、表紙、奥付け、308頁 
　 
乙第54号証：生化学辞典　第2版 
乙第55号証：CHANGES IN THE EXPRESSION OF MCP-1 RECEPTORS ON MONOCYTIC THP-1 CELLS FOLLOWING DIFFERENTIATION TO MACROPHAGES  
WITH PHORBOL MYRISTATE ACETATE, Elizabeth M. Denholm, Gerald P. Stankus, CYTOKINE, Vol. 7, No. 5 (July), 1995: pp 436?440 
乙第56号証：研究社　新英和大辞典 
乙第57号証：乙第47号証の追加抄訳文 
乙第58号証：乙第17号証の追加抄訳文 
乙第59号証：Chemokine receptors and molecular mimicry,  
Ahuja et al., Immunology Today, Vol.15, No.6, 1994, pp. 281-287 
　 
乙第60号証：侵害訴訟における訴状 
乙第61号証の1　平成１８年（ワ）第７７６０号　原告第１準備書面　 
乙第61号証の2　平成１８年（ワ）第７７６０号　原告第２準備書面　 
乙第61号証の3　平成１８年（ワ）第７７６０号　原告第３準備書面　 
乙第62号証の1　証拠説明書（１）　 
乙第62号証の2　証拠説明書（２）　 
乙第63号証　平成１８年（ワ）第７７６０号　訴訟記録閲覧等制限申立書　 
乙第64号証の1−59　侵害訴訟における甲第１号証−甲第５９号証　 
乙第65号証：Abnormal Differentiation of Tissue Macrophage Populations in 'Osteopetrosis' (op) Mice Defective in the Production of Macrophage Colony-stimulating Factor, Naitoら、American Journal of Pathology, Vol. 139, No. 3, September 1991, pp.657-667　 
乙第66号証：Kupffer Cell Proliferation and Glucan-Induced Granuloma Formation in Mice Depleted of Blood Monocytes by Strontium-89, Yamadaら、Journal of Leukocyte Biology 47:195-205 (1990)　 
乙第67号証：Differential Expression of Chemokines and Chemokine Receptors Shapes the Inflammatory Response in Rejecting Human Liver Transplants., Goddardら、Transplantation, Vol. 72, No. 12, 2001, pp. 1957-1967 
乙第68号証：Increase of CCR1 and CCR5 expression and enhanced functional response to MIP-1α during differentiation of human monocytes to macrophages, Kaufmannら、Journal of Leukocyte Biology Volume 69, February 2001, pp.248-252 
乙第69号証：A Textbook of HISTOLOGY, Ninth Edition, Bloom and Fawcett ed., W. B. SAUNDERS COMPANY, 1968, pp.147-148, 403-407 
乙第70号証：村松　繁　京都大学名誉教授　鑑定書（平成２０年１月３１日付け） 
乙第71号証：The Role of Mononuclear Phagocytes in HTLV-III／LAV Infection、Gartnerら、Science. 1986 Jul 11;233(4760):215-9 
乙第72号証：Low copy number and limited variability of proviral DNA in alveolar macrophages from HIV-1-infected patients: evidence for genetic differences in HIV-1 between lung and blood macrophage populations、Nakataら、Mol Med. 1995 Nov;1(7):744-57 
乙第73号証：THE MOLECULAR BIOLOGY OF LEUKOCYTE CHEMO-ATTRACTANT RECEPTORS、Murphy、Annu. Rev. Immunol. 1994. 12:593-633 
乙第74号証：Molecular cloning and functional expression of two monocyte chemoattractant protein 1 receptors reveals alternative splicing of the carboxyl-terminal tails、Charoら、Proc. Nati. Acad. Sci. USA, Vol. 91, pp. 2752-2756, March 1994 
乙第75号証：Local Expression of Inflammatory Cytokines in Human Atherosclerotic Plaques、Wilcoxら、J Atheroscler Thromb. 1994;1 Suppl 1:S10-3 
乙第76号証：Chemokine expression in rheumatoid arthritis (RA): evidence of RANTES and macrophage inflammatory protein (MIP)-1β production by synovial T cells、Robinsonら、Clin. Exp. Immunol 1995; 101:398-407 
乙第77号証：A role for C-C chemokines in fibrotic lung disease、Smithら、The Journal of Leukocyte Biology Vol.57, May 1995, pp.782-787 
乙第78号証：再公表公報（A1）　WO2004/092169 
乙第79号証：乙第70号証に添付された文献の抄訳文 
乙第80号証：FUNDAMENTAL IMMUNOLOGY, SECOND EDITION,  
William E. Paul 編, Raven Press, New York 1989, p.728 
乙第81号証：Cellular Localization of the Chemokine Receptor CCR5, Correlation to Cellular Targets of HIV-1 Infection, Rottmanら、American Journal of Pathology, Vol. 151, No. 5, November 1997, pp.1341-1351 
乙第82号証：Monocyte chemoattractant protein-1 stimulates tumor necrosis and recruitment of macrophages into tumors in tumor-bearing nude mice: increased granulocyte and macrophage progenitors in murine bone marrow, Hoshinoら、Experimental Hematology, Vol. 23, 1995, pp. 1035-1039 
乙第83号証：Molecular cloning and characterization of the rat NMDA receptor., Moriyoshiら、Nature, Vol. 354, 7 November 1991, pp.31-37 
乙第84号証：IL-1 and Tumor Necrosis Factor-α Each Up-Regulate Both the Expression of IFN-γ Receptors and Enhance IFN-γ-Induced HLA-DR Expression on Human Monocytes and a Human Monocytic Cell Line (THP-1), Krakauerら、 The Journal of Immunology, Vol. 150, pp.1205-1211, No. 4, February 15, 1993 
　 
乙第85号証：ENHANCED CHEMOTAXIS OF MONOCYTES IN RHEUMATOID ARTHRITIS, Simmonsら、British Journal of Rheumatology 1987;26:245-250 
乙第86号証：Modulation of monocyte chemotactic function in inflammatory lesions. Role of inflammatory mediators., Katonaら、J. Immunol. 1991 Jan 15; 146 (2) 708-714 
乙第87号証：Broad-Spectrum CC-Chemokine Blockade by Gene Transfer Inhibits Macrophage Recruitment and Atherosclerotic Plaque Formation in Apolipo-protein E-Knockout Mice, Bursillら、 Circulation 2004:110:2460-2466 
乙第88号証：Macrophage inflammatory protein-1α. A novel chemotactic cytokine for macrophages in rheumatoid arthritis., Kochら、J. Clin. Invest. 1994 March; 93(3): 921-928　 
　 
　 
第３　当審の判断　 
Ｉ　本件特許発明　 
　本件請求項１−１４に係る発明は、特許明細書の特許請求の範囲の請求項１−１４に記載された、以下のとおりのものである。　 
「【請求項１】配列番号:2に示されるケモカイン受容体88Cのアミノ酸配列をコードする、精製及び単離されたポリヌクレオチド。 
【請求項２】前記ポリヌクレオチドがDNAである請求項１記載のポリヌクレオチド。 
【請求項３】前記ポリヌクレオチドがゲノミックDNAである請求項２記載のポリヌクレオチド。 
【請求項４】前記ポリヌクレオチドがcDNAである請求項２記載のポリヌクレオチド。 
【請求項５】前記cDNAが配列番号:1に示されるDNAを含む、請求項４記載のポリヌクレオチド。 
【請求項６】前記ポリヌクレオチドが、全体または部分的に化学合成されたDNAである請求項１記載のポリヌクレオチド。 
【請求項７】請求項２記載のDNAのRNA転写物。 
【請求項８】請求項２記載のDNAを含む、生物学的機能を有するDNAベクター。 
【請求項９】前記DNAが、DNA発現制御配列と作動可能に連結されている請求項８記載のベクター。 
【請求項１０】前記DNAの発現を許容するように、請求項２記載のDNAを用いて安定に形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。 
【請求項１１】88Cポリペプチドを製造するための方法であって、以下の工程すなわち、請求項10記載の宿主細胞を好適な普通培地中で生育し、そして該細胞または培地から前記ポリペプチドを単離する工程を含む方法。 
【請求項１２】配列番号:1に示されるポリヌクレオチドの相補体とストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズし、且つ配列番号:2に示される88Cのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。 
【請求項１３】配列番号:2に示されるケモカイン受容体88Cのアミノ酸配列を含み、ケモカイン受容体88Cとして作用する、精製及び単離されたポリペプチド。 
【請求項１４】請求項１または12記載のポリヌクレオチドによってコードされる、精製及び単離されたポリペプチド。」　 
　 
ＩＩ　請求人の主張する無効理由６　 
　請求人の主張する無効理由６に関する主張は以下の通りである。　 
　本件特許発明は、基礎出願１および基礎出願２に基づくパリ条約に基づく優先権主張を伴う、ケモカイン受容体８８Ｃについてのものである。　 
　基礎出願１の明細書では、ケモカイン受容体８８ＣがＭＩＰ−１αおよびＭＩＰ−１βに応答しなかったとしてこれらケモカインの関与が積極的に否定されている（甲第１号証第１８頁５〜８行参照）ことから、ケモカイン受容体８８Ｃのリガンドが何か確認されておらず、同受容体がどのような情報伝達に関わっている受容体なのかを推察する情報は全く示されていない。換言すれば、ケモカイン受容体８８Ｃをコードする遺伝子の機能が全く明らかにされていなかったのである。したがって、基礎出願１の明細書には、ケモカイン受容体８８Ｃやそれをコードするポリヌクレオチドなどに係わる本件特許発明について、基礎出願１の出願時点では、実施可能であったとは認められない。　 
　しかるに、基礎出願１の出願日である１９９５年１２月２０日以降に、ケモカイン受容体８８ＣのリガンドがＲＡＮＴＥＳ、ＭＩＰ−１α、及びＭＩＰ−１βであることを確認した実験結果が追加され（実施例５）、かつ、ＨＩＶに対する共受容体としてのケモカイン受容体８８Ｃの役割を確認した実験結果が追加され（実施例６、７）、さらに抗体を用いるＨＩＶ感染阻害の実験結果が追加され（実施例８）、これらの実験結果の追加によって始めてケモカイン受容体８８Ｃおよびそれをコードするポリヌクレオチドの機能が明らかにされ、本件特許発明が実施可能になったのである。　 
　すると、本件特許発明は、基礎出願１に記載した事項の範囲内ではないことが明らかであり、基礎出願１に基づく優先権主張の効果は認められないから、本件特許の新規性・進歩性の判断基準日は、日本出願日である１９９６年１２月２０日であるか、早くても基礎出願２の出願日である１９９６年６月７日である。　 
　そして、本件特許の請求項１−１４に係る発明は、基礎出願２の出願日（１９９６年６月７日）の前に公知である甲第１１号証に記載された発明であるか、または甲第１１号証により公知となった発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第１項第３号または第２項の規定により特許を受けることができないものであり、その特許は同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきである。　 
　 
ＩＩＩ　パリ条約に基づく優先権主張の効果について　 
　請求人が主張する無効理由６は、基礎出願１に基づく優先権主張が認められないことを前提としていることから、まず本件特許に関するパリ条約に基づく優先権主張の効果について検討する。　 
　優先権の本来の趣旨は、第一国出願の出願書類を翻訳して第二国出願をした場合に、新規性、進歩性などの判断においては、第二国出願についても第一国出願日に出願したのと同様の効果を与えようというものである。そして、上記の趣旨及び先願主義の原則からみれば、優先権の主張が認められるためには、我が国に出願された第二国出願に係る発明が、第一国出願の時点でその明細書を我が国に出願した場合に、我が国における特許のための要件である実施可能要件等を満たす程度に十分な開示がなされている必要がある。　 
　また、日本国特許庁の審査基準（優先権：第１章　パリ条約による優先権、４．１）には、優先権主張を伴う日本出願の請求項に係る発明が、第一国出願の出願書類の全体により明らかにされているといえるためには、日本出願の出願書類の全体の記載を考慮して把握される日本出願の請求項に係る発明が、第一国出願の出願書類の全体に記載した事項の範囲内のものである必要があると記載され、さらに、日本出願の請求項に係る発明が第一国の出願書類の全体に記載した事項の範囲内のものとされない類型として、次の例が示されている。　 
　「第一国出願の出願書類の全体には実施可能な程度に記載されていないが、実施の形態の追加等により、日本出願の請求項に係る発明が実施可能となり、第一国出願の出願書類の全体に記載した事項の範囲内のものでなくなる場合。」　 
　 
　すなわち、本件特許発明について基礎出願１に基づくパリ条約に基づく優先権が認められるためには、基礎出願１の出願書類全体に、本件特許発明が実施可能に開示されている必要があるといえる。 
　 
ＩＶ　基礎出願１の出願書類の記載について　 
　そこで、以下、基礎出願１の出願書類に、本件特許発明が実施可能に開示されていたか否かについて検討する。　 
　本件特許発明は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド等の化学物質に関する発明であるところ、これらの化学物質発明については、平成１７年１０月１９日に言い渡された知財高裁平成１７年（行ケ）第１００１３号判決においても、下記のように判示されている。　 
　「一般に，化学物質の発明は，新規で，産業上利用できる化学物質（すなわち有用性のある化学物質）を提供することにその本質があると解され、その化学物質が遺伝子等の，元来，自然界に存在する物質である場合には，単に存在を明らかにした，確認したというだけでは発見にとどまるものであり，自然界に存在した状態から分離し，一定の加工を加えたとしても，物の発明としては，いまだ産業上利用できる化学物質を提供したとはいえないものというべきであり，その有用性が明らかにされ，従来技術にない新たな技術的視点が加えられることで，初めて産業上利用できる発明として成立したものと認められるものと解すべきである。 　 
　そして，遺伝子関連の化学物質発明においてその有用性が明らかにされる必要があることは，明細書の発明の詳細な説明の記載要領を規定した特許法旧３６条４項の実施可能要件についても同様である。なぜならば，当業者が，当該化学物質の発明を実施するためには，出願当時の技術常識に基づいて，その発明に係る物質を製造することができ，かつ，これを使用することができなければならないところ，発明の詳細な説明中に有用性が明らかにされていなければ，当該発明に係る物質を使用することはできず，したがって，その実施をすることができる程度に明確かつ十分に，発明の詳細な説明に記載する必要があるからである。」　 
　上記判例によれば、本件の場合、基礎出願１に基づく優先権主張が認められるためには、基礎出願１の出願書類中に、本件特許発明のポリヌクレオチドを使用することができる程度に、その有用性が開示されていることが必要であるといえる。　 
　また、ポリヌクレオチド等の化学物質に係る発明に関する日本国特許庁の生物関連発明に関する審査基準においても、その化学物質について技術的に意味のある特定の用途が推認できる機能が発明の詳細な説明に記載されていることが必要であるとされている（審査基準　第VII部　第２章　生物関連発明　1.1.2.1（１）参照）。　 
　 
　すなわち、本件においては基礎出願１の出願書類に、本件特許発明に係るポリヌクレオチド等について、その有用性、あるいは、技術的に意味のある特定の用途が推認できる機能が開示されていない限り、本件特許発明についてパリ条約による基礎出願１に基づく優先権主張を認めることはできない。　 
Ｖ　無効理由６に対する被請求人の反論について　　 
　被請求人は、請求人の主張する無効理由６に対し、　 
（Ａ）本件特許の基礎出願１の明細書（甲第１号証）には、８８Ｃと結合するリガンドが実質的に開示されており、　 
（Ｂ）たとえ、該リガンドの具体的種類が特定されていなかったとしても、本件特許の基礎出願１の明細書に接した本件特許の第１優先日前の当業者は、（１）本件特許に係る８８ＣがＣＣケモカインと結合することにより、マクロファージの走化が誘引されること、（２）８８Ｃが、免疫システムに関する多くの疾患に関連すること、および、（３）８８Ｃに対するアンタゴニストが、マクロファージ機能の異常に起因する疾患に対する有効な治療薬となること　を理解することから、　 
　本件特許の基礎出願１の明細書（甲第１号証）には、「技術的に意味のある特定の用途が推認できる機能」が開示されている、　 
旨主張している。　 
　そこで、基礎出願１の出願書類の各記載に基づき、これらの点について以下検討を加える。　 
　 
Ｖ−１　基礎出願１には、８８Ｃと結合するリガンドが実質的に開示されているという主張（Ａ）について　 
　被請求人は、答弁書において、基礎出願１の明細書には、１）８８Ｃと結合するリガンドはＣＣケモカインと特定されており、２）そのリガンドの候補として、ＣＣケモカインであるＭＣＰ−１、ＭＣＰ−２、ＭＣＰ−３、ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１β及びＲＡＮＴＥＳが挙げられている旨主張している。さらに、答弁書および陳述要領書（１）において、基礎出願１の明細書には、３）８８Ｃのリガンドの同定法が開示されていると主張している。　 
　被請求人は、さらに回答書において、上記２）の主張に加え、８８Ｃがマクロファージに影響を与えるものであるから、そのリガンドはＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１β及びＲＡＮＴＥＳのいずれかであることが明らかであると主張している。　　　 
　 
１．基礎出願１には、８８Ｃと結合するリガンドはＣＣケモカインと特定されているという主張１）について　 
（１）被請求人は下記の基礎出願１の記載を指摘しつつ、本件特許の第１優先日前において既に、二つのタンパク質の間でアミノ酸配列の同一性が高い場合、これら二つのタンパク質は互いに類似した機能を有する蓋然性が高いとの技術常識が存在していたものであり、当業者であれば、当該記載中の５４％〜７２％という高い同一性に鑑みれば、本件発明に係る８８Ｃ（ＣＣＲ５）は、新規のＣＣケモカイン受容体、すなわちＣＣ　ＣＫＲ５（ＣＣＲ５）であり、ＣＣケモカイン受容体としての機能を有することが認識できたものであるから、当業者は、８８Ｃが、そのリガンドであるＣＣケモカインの全てまたはその一部と特異的に結合することが認識できることにも鑑みると、本件特許の基礎出願１の明細書は、本件発明に係る８８Ｃと結合するリガンドを実質的に開示するものというべきであると主張している。　 
　 
（２）被請求人がその主張の根拠として指摘している基礎出願１の記載は、以下のとおりである。　　 
「意義深いことに、88-2Ｂ及び88Ｃの双方の導き出されたアミノ酸配列は、ケモカイン受容体の配列と最も高い同一性を有していた。表１に、これらのアミノ酸配列の比較の結果を表す。　 
表１　 
　ケモカイン受容体　　　　８８−２Ｂ　　８８Ｃ　 
　ＩＬ−８ＲＡ　　　　　　　３０％　　　３０％　 
　ＩＬ−８ＲＢ　　　　　　　３１％　　　３０％　 
　ＣＣ　ＣＫＲ１　　　　　　６２％　　　５４％　 
　ＣＣ　ＣＫＲ２Ａ　　　　　４６％　　　６６％　 
　ＣＣ　ＣＫＲ２Ｂ　　　　　５０％　　　７２％　 
　８８−２Ｂ　　　　　　　１００％　　　５０％　 
　８８−Ｃ　　　　　　　　　５０％　　１００％　 
　表１により、88-2ＢはＣＣＣＫＲ1に最も類似しており（アミノ酸レベルで62％同一）、そして88Ｃは、ＣＣＣＫＲ2に最も類似している（アミノ酸レベルで72％同一）ことが示される。」（甲第１号証第１４頁第３１行−第１５頁第１２行）　 
　 
（３）上記主張について検討する。　 
　被請求人の指摘する箇所は上述のとおりであり、基礎出願１には８８ＣがＣＣケモカイン受容体であると明記した記載はない。　 
　そして、第１優先日前の技術常識を勘案しても、７２％程度のアミノ酸の同一性を有するペプチド同士が同一の機能を有するものであることが明らかであるということはできないため、８８Ｃが、列挙されるケモカイン受容体の中で最も類似しているＣＣ　ＣＫＲ２Ｂと同一の機能を有するものであることが、基礎出願１から明らかであったということはできない。　 
　なるほど、基礎出願１の表１のアミノ酸の同一性に関する記載に基づいて、当業者は８８ＣがＣＣケモカイン受容体と関連するタンパク質であるかもしれないと認識できた可能性があったということは認められる。　 
　しかしながら、１）基礎出願１には、上述のとおり、８８ＣがＣＣケモカイン受容体であるという具体的な記載が一切ないばかりでなく、後に詳述するように、２）基礎出願１の実施例５では、８８Ｃのリガンド同定試験において、ＣＣケモカインのみならず、ＣＸＣケモカインも何ら区別することなくリガンドの候補として用いていること（下記Ｖ−１　２．参照）、３）基礎出願１の実施例５では、ＣＣケモカインであるＲＡＮＴＥＳについては結合試験が行われていないこと（下記Ｖ−１　２．参照）、４）基礎出願１に本件特許発明に関連するものとして記載される疾患には、ＣＣケモカインのみならずＣＸＣケモカインによって誘発されることが第１優先日前の技術常識であるものが列挙されていること（下記Ｖ−２−２参照）、５）基礎出願１の実施例５では、８８ＣはＣＸＣケモカインのみならずＣＣケモカインのいずれとも結合していないこと（下記Ｖ−１　２．参照）を考慮すれば、基礎出願１全体の記載からみて、８８ＣがＣＣケモカイン受容体であることを当業者が認識できたということはできない。　 
　してみれば、基礎出願１の記載に基づいて、８８ＣがＣＣケモカイン受容体としての機能を有するものであることを当業者が認識できたとはいえない。　 
　 
２．基礎出願１には、８８Ｃのリガンドの候補として特定のＣＣケモカインが挙げられているという主張２）について　 
（１）　ア）被請求人は、答弁書において、上記１．（２）で指摘の基礎出願１の表１から、８８Ｃはケモカイン受容体であるとの上記１）の主張を前提として、基礎出願１の下記の記載に基づいて、基礎出願１には、８８Ｃのリガンドの候補として「ＭＣＰ−２、ＭＣＰ−３、ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１β及びＲＡＮＴＥＳ」が挙げられていると主張するものである。　 
　イ）さらに被請求人は、回答書において、８８Ｃがマクロファージの走化を誘引するものであるという下記Ｖ−２−１で検討する（Ｂ−１）の主張を前提として、基礎出願１には８８Ｃのリガンドの候補としてマクロファージの走化に関連していることが公知の「ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１β及びＲＡＮＴＥＳ」が挙げられていたと主張するものである。　 
　 
（２）被請求人が上記主張の根拠として指摘している基礎出願１の記載は以下の通りである。　 
「実施例５　 
従って、トランスフェクトされたＨＥＫ−293細胞での細胞内Ｃａ++濃度をアッセイし、88-2Ｂまたは88Ｃ受容体が既知のケモカインのいずれかのものに応答するか否かを調べた。　 
　88-2Ｂ、88Ｃ、または対照のコード領域（ＩＬ８ＲまたはＣＣＣＫＲ2をコードするもの、下記参照のこと）で前記のごとくに安定に形質転換されたＨＥＫ−293細胞を、ＭＥＭ＋10％血清中でおよそ90％の周密度までＴ75フラスコにて生育した。次いで細胞を洗浄し、バーセン（versene）（0.6 mM ＥＤＴＡ、10 mM Ｎａ2ＨＰＯ4、0.14 M ＮａＣｌ、3 mM ＫＣｌ、及び1 mMグルコース）を用いて回収し、そしてＭＥＭ＋10％血清＋1μM Fura-2 ＡＭ（Molecular Probes,Inc.、Eugene、オレゴン）中で、室温にて３０分間インキュベートした。Fura-2 ＡＭは、Ｃａ++に感受性を有する染料である。細胞は、0.9mM ＣａＣｌ2及び0.5 mM ＭｇＣｌ2を含有するダルベッコのリン酸緩衝性生理食塩水（Ｄ−ＰＢＳ）におよそ107細胞/mlの濃度で再度懸濁し、蛍光分光光度計（Hitachi Model Ｆ-4010）を用いて蛍光の変化をモニターした。およそ106の細胞を、キュベット中で1.8 mlのＤ−ＰＢＳに懸濁し、37℃に維持した。励起波長を４秒間隔で340から380 nmの間で変化させ、検出波長は510 nmとした。供試化合物は、投入口を介してキュベットに加え、イオノマイシン添加に伴うＣａ++流出の最高値を測定した。　 
　ＩＬ−8ＲＡを発現している細胞でＩＬ−8を用いて刺激した際に、及びＭＣＰ−1またはＭＣＰ−3を用いてＣＣＣＫＲ2を刺激した際には、陽性の応答が観察された。しかしながら、88-2Ｂまたは88Ｃのいずれかを発現しているＨＥＫ−293細胞は、以下のケモカイン：ＭＣＰ−1、ＭＣＰ−2、ＭＣＰ−3、ＭＩＰ−1α、ＭＩＰ−1β、ＩＬ８、ＮＡＰ−2、gro/ＭＧＳＡ、ＩＰ−10、ＥＮＡ−78、またはＰＦ−4のいずれに曝された場合においても細胞内Ｃａ++濃度の流出が示されることはなかった。（Peprotech，Inc.、Rocky Hill、ニュージャージー）。　 
　さらに感度の高いアッセイを使用して、ＲＡＮＴＥＳに対するＣａ++流出の応答を、88-2Ｂを発現している、Fura-2 ＡＭを付した細胞で顕微鏡によって観察した。アッセイには、前記の通りに調製した細胞及び試薬が包含されていた。ＲＡＮＴＥＳ（活性化調節、正常Ｔ発現及び分泌（Regulated on Activati-on，Normal T Expressed and Secreted））は、好酸球の化学誘引物質及び活性化物質として同定されているケモカインである。Neoteら、前出を参照されたい。このケモカインは、好塩基球によるヒスタミンの遊離も媒介し、in vitroで記憶Ｔ細胞に対する化学誘引物質として機能することも示されている。88-2Ｂ受容体活性のモジュレーションは、従って、白血球活性化をモジュレートする上で有用であることが含意される。」（第１７頁第１５行−第１８頁第１７行）　　 
　 
（３）上記基礎出願１の記載に基づいて、被請求人の上記主張について検討する。　 
　基礎出願１の実施例５には、上記のとおり、「ＩＬ−8ＲＡを発現している細胞でＩＬ−8を用いて刺激した際に、及びＭＣＰ−1またはＭＣＰ−3を用いてＣＣＣＫＲ2を刺激した際には、陽性の応答が観察された」実験系において、「88-2Ｂまたは88Ｃのいずれかを発現しているＨＥＫ−293細胞は、以下のケモカイン：ＭＣＰ−1、ＭＣＰ−2、ＭＣＰ−3、ＭＩＰ−1α、ＭＩＰ−1β、ＩＬ８、ＮＡＰ−2、gro/ＭＧＳＡ、ＩＰ−10、ＥＮＡ−78、またはＰＦ−4のいずれに曝された場合においても細胞内Ｃａ++濃度の流出が示されることはなかった」こと、また、「ＲＡＮＴＥＳに対するＣａ++流出の応答を、88-2Ｂを発現している、Fura-2 ＡＭを付した細胞で顕微鏡によって観察した」ことは記載されているが、８８Ｃの既知のケモカインに対する応答性を調べる際に、被請求人が指摘する「ＭＣＰ−1、ＭＣＰ−2、ＭＣＰ−3、ＭＩＰ−1α、ＭＩＰ−1β」あるいは「ＭＣＰ−1、ＭＩＰ−1α、ＭＩＰ−1β」のみを用いること、また、「ＲＡＮＴＥＳ」を用いることは記載されていない。　 
　 
（３）−１　上記主張ア）について　 
　基礎出願１の上記１．（２）で指摘の表１の記載から、被請求人が主張するように８８ＣがＣＣケモカイン受容体であることが明らかであるとすれば、リガンドとの結合実験においても、基礎出願１の出願日前にＣＣケモカイン（＝βケモカイン）として知られているＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１α、ＲＡＮＴＥＳ等（乙第１９号証第２３０頁　図２参照）についてまず検討することが考えられるところ、基礎出願１の実施例５では、上述のとおり、ＣＣケモカインであるＭＣＰ−1、ＭＣＰ−2、ＭＣＰ−3、ＭＩＰ−1α、ＭＩＰ−1βとＣＸＣケモカインであるＩＬ８、ＮＡＰ−2、gro/ＭＧＳＡ、ＩＰ−10、ＥＮＡ−78、ＰＦ−4（乙第１９号証第２３０頁　図１参照）とについて何ら区別することなく結合アッセイが行われており、しかもＣＣケモカインであるＲＡＮＴＥＳとの結合実験は行われていない。加えて、その結果、８８ＣはＣＸＣケモカインのみならずＣＣケモカインによってもＣａ++流出を起こさないことが確認されているのである。　 
　被請求人は、これにつき、答弁書において、「ＩＬ８、ＮＡＰ−２、ｇｒｏ／ＭＧＳＡ、ＩＰ−１０、ＥＮＡ−７８及びＰＦ−４はＣＸＣケモカインであることから、ＣＣケモカイン受容体であると推測された８８Ｃにおいては、結合する候補というよりもむしろ、結合しない候補である」と主張するが、もしそうであれば、基礎出願１の明細書において本件特許発明に関連する疾患として、下記Ｖ−２−２で指摘するような、ＣＸＣケモカインにより誘導される疾患が記載されるはずはなく、このような主張には格別の根拠がないうえ、いずれにしても、８８ＣがこれらＣＸＣケモカインのみならずＣＣケモカインに対しても応答しなかったという実施例５の結果から、当業者は、８８ＣがＣＣケモカイン受容体であると理解するはずがない。　 
　してみれば、８８Ｃのリガンドの候補として、実施例５に列挙されるもののなかでも、ＭＣＰ−１、ＭＣＰ−２、ＭＣＰ−３、ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１β及びＲＡＮＴＥＳという特定のＣＣケモカインのみが基礎出願１に開示されていたということはできない。　 
　 
（３）−２　上記主張イ）について　 
　下記Ｖ−２−１で指摘するとおり、基礎出願１の記載に基づいて８８Ｃがマクロファージの走化を誘引するものであることが明らかであるとはいえないうえ、基礎出願の実施例５の応答実験においては、８８Ｃは、マクロファージの走化誘引に関与することが知られているリガンドも含めて、いずれのリガンドにも応答しなかったのであるから、回答書で被請求人が主張するように、８８Ｃのリガンドが、実施例５に記載されているもののうち、特にマクロファージの走化誘引に関与することが知られている特定種類のものであることが基礎出願１の記載から明らかであるということはできない。　 
　 
３．基礎出願１には８８Ｃのリガンドの同定方法が開示されているから、８８Ｃのリガンドが実質的に開示されているという主張３）について　 
（１）ア）被請求人は、答弁書において、「基礎出願１には、ケモカイン受容体のリガンドを同定する方法が記載されており、当該方法を用いることにより、８８Ｃのリガンドを同定することができるから、基礎出願１には、８８Ｃのリガンドが実質的に開示されている」旨、主張する。　 
　被請求人は、また、イ）基礎出願１の実施例５の記載について、「感度が低いアッセイにおいては、その感度の低さのためにケモカインの関与を有意なデータとして確認できなかったことが説明されているに過ぎず、ケモカインの関与を否定するデータが得られた訳でもなく、ケモカインの関与が積極的に否定されているわけでもない。そして、感度の高いアッセイ法を用いた場合には、８８−２Ｂを発現している細胞に関するＲＡＮＴＥＳに対するＣａ++濃度の流出が記載されており、感度の高いアッセイを実施した場合にはケモカインの関与を肯定する結果が生じうることがむしろ示唆されているのである」と主張している。　 
　被請求人は、さらに、ウ）陳述要領書（１）第１１頁において、「この感度の低いアッセイを８８Ｃ（ＣＣＲ５）に用いた場合、リガンド結合によるＣａ++流出は検出できなかったが、蛍光顕微鏡を用いた場合（感度の高いアッセイ）、RANTES、MIP-1αおよびMIP-1βによるＣａ++流出を検出している（甲第１３号証　21頁16行〜20行）」と述べている。　 
　 
（２）被請求人が上記ア）の主張の根拠として指摘する基礎出願１に記載されたリガンドの同定方法は以下の通りである。　 
ａ．Ｃａ++流出の応答をモニターする方法（実施例５） 
ｂ．ホスフォリパーゼＣ活性をモニターする方法（実施例６） 
ｃ．リガンド結合を直接アッセイする方法（実施例６）　 
ｄ．ＧＴＰ分解活性をモニターする方法（実施例６）　 
　ａ．についての基礎出願１の記載は、上記２．（２）で指摘のとおりである。　 
　ｂ．−ｄ．に対応する基礎出願１の実施例６の記載の抜粋は以下の通りである。　 
「本発明のケモカイン受容体のリガンド及びモジュレーターを同定するために、さらなる方法を使用してもよい。 
　１つの実施態様において、本発明はリガンドのための直接アッセイを企図する。 
　（略）　 
　別の実施態様において、本発明は、Ｇタンパク質へのケモカイン受容体のカップリングを利用する受容体リガンドを同定するための間接アッセイを企図する。（略）　 
　Ｇタンパク質エフェクター分子（例えば、アデニル酸シクラーゼ、ホスフォリパーゼＣ、イオンチャンネル、及びホスフォジエステラーゼ）の活性もまた、アッセイに適用できる。（略）　 
　リガンドまたはモジュレーターのための別のアッセイとして、Hungら、J.Biol.Chem.、116巻、827〜832頁(1992)に記載されるように、ホスフォリパーゼＣ活性をモニターすることが挙げられる。（略）」（甲第１号証第１８頁第２４行−第２１頁第２０行）　 
　 
（３）はじめに、上記被請求人の主張ア）について検討する。　 
　基礎出願１には、ａ．−ｄ．の様々なケモカイン受容体リガンドの同定方法が記載されている。しかしながら、ａ．については、２．（３）で上述のとおり、この方法により、８８Ｃについてリガンドの同定はできなかったことが記載されており（実施例５）、ｂ．−ｄ．については、単に方法が説明されているだけであり、これらの方法で８８Ｃについてリガンドが同定できたことは記載されていない（実施例６）。　 
　そして、Ｖ−１の１．および２．で検討したとおり、基礎出願１の記載から、８８Ｃがケモカイン受容体であることが自明であるとはいえないのであるから、基礎出願１にａ．−ｄ．の方法が記載されていることをもって、当該方法を用いることにより、８８Ｃのリガンドを同定することができることが自明であるとはいえず、基礎出願１には、８８Ｃのリガンドが実質的に開示されているとはいえないことは明らかである。　 
　 
（４）次に、上記被請求人の主張イ）について、検討する。　 
　基礎出願１の実施例５は、ＩＬ−８ＲＡやＣＣＣＫＲ２に関しては陽性応答が観察されたという、結合アッセイ系のポジティブコントロールを伴うものであるから、当該アッセイが感度の低い全く信頼性のないものであるということはできず、むしろ結合アッセイとして信頼できるものであることが基礎出願１に開示されていたといえる。そして、そのようなアッセイにおいて、８８Ｃがいずれのリガンドに対しても応答しなかったことは、８８ＣがＣＣケモカイン受容体でもＣＸＣケモカイン受容体でもない可能性を、まず第１に示唆するものであるといえる。　 
　これにつき、実施例５には、８８２Ｂについては、「感度の高いアッセイを使用して、ＲＡＮＴＥＳに対するＣａ++流出の応答を、88-2Ｂを発現している、Fura-2 ＡＭを付した細胞で顕微鏡によって観察した。」と、感度の高いアッセイを使用することにより、ＲＡＮＴＥＳに対する応答が観察できたことが記載されている。被請求人の主張は、要するに、８８２Ｂに関する当該記載に基づき、８８Ｃについても同様にすることにより、ＣＣケモカインに対する応答が観察できることは、基礎出願１の記載から自明であるというものと解される。　 
　しかしながら、基礎出願１の実施例５に、感度の高いアッセイを使用してリガンドに対する応答が観察されたことが記載されているのは、８８２Ｂについてのみであり、当業者は、このことから、８８Ｃについては、同様にしても何も観察できなかったのであろうと理解することも十分あり得ることであって、被請求人の主張するように、このことから、８８Ｃについても感度を高めることによりＣＣケモカインリガンドに対する応答が観察できることが、当業者にとって自明であるとはいえない。　 
　 
（５）次に、上記被請求人の主張ウ）について検討する。　 
　被請求人の指摘する甲第１３号証、すなわち、基礎出願２の当該箇所の記載は以下の通りである（甲第１３号証は乙第８号証と同一の証拠である。）。　 
「ＦＬＡＧでタグを付けた88Ｃ受容体をＨＥＫ−293細胞において発現させ、そしてＣａ++流出アッセイにて、ケモカイン相互作用について試験した。88Ｃの細胞表面での発現は、Ｍ1抗体を使用して、ＥＬＩＳＡによって、及びＦＡＣＳcan分析によって確認した。ケモカインであるＲＡＮＴＥＳ、ＭＩＰ−1α、及びＭＩＰ−1βがすべて100 nMの濃度で添加された場合に、88Ｃがトランスフェクトされた細胞におけるＣａ++流出を誘導した。」（第２１頁第１６−２０行）　 
　 
　このように、本件特許発明の基礎出願２には、蛍光顕微鏡ではなく、ＦＬＡＧ標識された８８Ｃを用いて８８Ｃのリガンドを同定したことが記載されているのみである。そして「ＦＬＡＧ」については、被請求人が陳述要領書（１）第１２頁において、「なお、甲第１３号証において使用される「ＦＬＡＧ」とは、目的の８８Ｃ（ＣＣＲ５）の末端に連結する配列であるが、この「ＦＬＡＧ」の有無は、検出方法の感度に影響しない。」と述べていることから、「甲第１３号証においては、検出感度を上げることにより８８Ｃのリガンドが検出できた」旨の上記被請求人の主張ウ）は全く裏付けを欠くものである。　 
　検出感度において格別差異のない方法により８８Ｃのリガンドが同定できたという、基礎出願１の後の甲第１３号証の知見をもって、それらのリガンドが検出感度を上げることにより８８Ｃのリガンドとして同定できるということが自明であるとはいえないし、基礎出願１においてリガンドとして同定できなかったものが、実はリガンドであったことが後に分かっても、そのことをもって、当該事項が基礎出願１の記載から自明であったとは当然いえない。　 
　 
　したがって、基礎出願１には、８８Ｃについて感度の高いアッセイを実施した場合にはケモカインの関与を肯定する結果が生じうることがむしろ示唆されていたとの、被請求人の主張を認めることはできず、基礎出願１に８８Ｃのリガンド同定方法が開示されていることから、そのリガンドは実質的に開示されていたに等しいという主張は採用できない。　 
　 
４．小括　 
　以上のとおりであるから、基礎出願１には、８８Ｃと結合するリガンドが実質的に開示されているということはできない。　 
　さらに付言すれば、上記検討したとおり、基礎出願１には、８８Ｃが何らかのケモカインと結合する受容体であるということすら開示されていないということができる。　 
　 
Ｖ−２　（Ｂ−１）−（Ｂ−３）の主張について　 
　これらの主張は、いずれも８８ＣがＣＣケモカイン受容体であるという前提で述べられているものである。　 
　しかしながら、上記Ｖ−１で検討したとおり、基礎出願１の記載からでは８８ＣがＣＣケモカイン受容体であることが明らかであるとはいえない以上、そのことを前提とする（Ｂ−１）−（Ｂ−３）の主張から、本件特許発明の有用性は基礎出願１に開示されていたということはできない。　 
　しかし、念のため、以下、被請求人の主張（Ｂ−１）から（Ｂ−３）についても詳細に検討する。　 
　　 
Ｖ−２−１　基礎出願１の記載から、当業者は、８８ＣがＣＣケモカインと結合し、マクロファージの走化を誘引することを理解するという主張（Ｂ−１）について　 
　被請求人は、答弁書において、　 
ａ．本件特許の優先日前において、ＣＣケモカイン受容体がＣＣケモカインと結合することにより、白血球の走化が誘引されることは技術常識であり、ｂ．基礎出願１の明細書の実施例２には、８８Ｃがマクロファージから単離されたことが示されており、　 
ｃ．基礎出願１の明細書の実施例３には、８８Ｃは、脾臓、胸腺組織、末梢血白血球、小腸および肺組織で発現することが示されているところ、これらの組織には、マクロファージが豊富に含まれることが公知であったこと、さらに　 
ｄ．本件特許の第１優先日前において、マクロファージは、体内に生じた死細胞や外部から侵入した細菌などの異物を貧食して排除するなどの異物排除機能を有するほか、免疫システムにおいて重要な役割を果たす細胞であって、白血球の一種であることが公知であった（乙第１２号証）こと　 
　から、本件特許の基礎出願１の明細書に接した当業者は、８８Ｃがケモカインと結合することにより、マクロファージの走化が誘引されることを理解すると主張している。　 
　しかしながら、基礎出願１には、８８Ｃがマクロファージの走化を誘引するとの具体的な記載は何らなされておらず、他のケモカインまたはケモカイン受容体についても、マクロファージの走化についての記載は一切なされていない。　 
　 
　そこで、以下、ａ．−ｄ．の各主張について検討し、これらの主張に鑑みれば、基礎出願１の記載に基づき、当業者は、８８Ｃがケモカインと結合することにより、マクロファージの走化が誘引されることを理解するといえるかどうかについて検討する。　 
　 
１．本件特許の第１優先日前において、マクロファージは白血球の一種であることが公知であったという主張ｄ．について　 
　被請求人が提出する乙第１２号証（生化学辞典の「マクロファージ」の項）の第１２９５頁左欄第７行−９行には、「その起源については諸説あるが、骨髄中の幹細胞に由来する血中の単球が組織に出現したものとする考え方が強い」と記載されていることから、マクロファージが白血球の１種である単球に由来するものであるということはできる。　 
　 
２．本件特許の優先日前において、ＣＣケモカイン受容体がＣＣケモカインと結合することにより、白血球の走化が誘引されることは技術常識であったとの主張ａ．について　　 
（１）ａ．の主張の根拠として指摘される基礎出願１の記載は以下のとおりである。 
　「ケモカインと、それらのシグナルに対応する特定の白血球型との間の相関性が、見出されている。Schallら、前出は、ＣＸＣケモカインは一般に好中球に影響を及ぼし、そしてＣＣケモカインは単球、リンパ球、好塩基球、及び好酸球に影響を及ぼす傾向があることを報告している。たとえば、Baggioliniら、前出は、ＣＣケモカインであるＲＡＮＴＥＳが、単球、リンパ球（すなわち、記憶Ｔ細胞）、好塩基球、及び好酸球に対して化学誘引物質として機能するが、好中球に対しては機能せず、一方、好塩基球からのヒスタミン遊離を誘導することを述べている。」（甲第１号証第２頁第１６−２３行）　 
　 
　また、被請求人は、陳述要領書（１）第１８頁で、乙第３２号証を指摘して、「走化は、刺激を受ける特定の細胞の細胞膜で特異的受容体（ケモカイン受容体）の発現を前提とし、走化の刺激を与える物質（すなわち、ケモカイン）と特異的な受容体との結合によって開始することもまた、基礎出願１の出願日以前の技術常識であった。」とも主張している。 
　ここで、乙第３２号証の被請求人が指摘する記載は以下のとおりである。　「炎症　生体組織の傷害に対する血管系を中心とする局所反応。組織傷害の原因として細菌感染、外傷、熱・寒冷・放射線・電気などの物理的刺激および化学物質がある。臨床的には発赤・腫脹・発熱・疼痛が炎症の主徴である。炎症の経時的変化をみると、組織傷害直後に一過性の細動脈収縮が起こり、ついで細動脈拡張、毛細血管・細静脈の拡張がみられる。血管内から傷害組織中へ血漿成分の滲出が起こる。拡張した毛細血管で血球成分の濃縮、血流速度の低下により白血球は血管内皮に付着し、血管外へ好中球浸潤が起こる。浸潤した好中球やマクロファージにより細菌や傷害組織の貧食が行われると創傷治癒の修復機転が働く。血管透過性を亢進させ、好中球・単球などの遊走を促進する働きをもつ炎症のメディエーターとして、ヒスタミン、セロトニン、ブラジキニン、プロスタグランジン、アナフィラトキシン、ＳＲＳ−Ａなどがある。」（第２１３頁左欄第２６−４３行）　 
　 
（２）上記主張について検討する。　 
　被請求人が指摘する基礎出願１の上記箇所には、ＣＣケモカインが、単球、リンパ球、好塩基球及び好酸球という様々な白血球に対して化学誘引物質として機能することは記載されているものの、ＣＣケモカイン受容体がＣＣケモカインと結合することにより、白血球の走化が誘引されることについては具体的に記載されていない。　 
　 
　また、乙第３２号証の当該記載には、「走化は、刺激を受ける特定の細胞の細胞膜で特異的受容体（ケモカイン受容体）の発現を前提とし、走化の刺激を与える物質（すなわち、ケモカイン）と特異的な受容体との結合によって開始することもまた、基礎出願１出願日以前の技術常識であった。」ことを直接示す記述は見あたらない。　 
　 
　但し、基礎出願１（甲第１号証）の第３頁22〜28行の「ＣＣＣＫＲ1は、ＭＩＰ−1α及びＲＡＮＴＥＳの双方に結合し、そして双方のリガンドに応答して細胞内カルシウムイオンの流出が惹起こされる。Charoら、Proc.Natl.Acad.Sci．（USA） 91巻、2752〜2756頁(1994)は、他のＣＣケモカイン受容体であるＭＣＰ−Ｒ1（ＣＣＣＫＲ2）が、単一の遺伝子によってコードされ、カルボキシ末端が異なる２つのスプライシング変異体を産生することを報告した。この受容体は、ＭＣＰ−1に加えてＭＣＰ−3に結合及び応答する。」との記載を参酌すれば、ＣＣケモカイン受容体は、特定のＣＣケモカインと特異的に結合し、その結合の結果、ＣＣケモカイン受容体を発現する細胞が反応することは基礎出願１に開示されていたということはできる。　 
　 
（３）上記主張ａ．に関連して、被請求人はさらに回答書第２３頁において、「ＣＣケモカインであるＲＡＮＴＥＳ（乙第34号証、要約「研究設計」３〜４行）、ＭＩＰ−１α（乙第35号証、921頁要約下から５〜３行目）、ＭＩＰ−１β（乙第36号証、要約下から３〜最下行）、およびＭＣＰ−１（乙第37号証、377頁要約下から４〜最下行）によってマクロファージの走化が誘引されることは、基礎出願１の出願日以前の技術常識であった。（なお、陳述要領書（２）において乙第３６号証にかえて乙第５９号証が提出されている。）」と主張している。　 
　 
（４）上記さらなる主張について検討する。　 
　当該主張の根拠となる各証拠の記載は以下のとおりである。　 
　乙第３４号証第１５４５頁要約第６−７行には、「マクロファージを動員および活性化することが知られている可溶性のサイトカインであるＲＡＮＴＥＳとインターフェロンγの濃度を、ＥＬＩＳＡによって測定した。」と記載されている。　 
　また、乙第３５号証第921頁要約下から５〜３行には、「これらの結果から、ＭＩＰ−１αは関節リウマチ関連の滑膜炎において、マクロファージの選択的動員の役割を持つ。」と記載されている。　 
　乙第３７号証第３７７頁要約下から４−１行には、「ＭＣＡＦ（注：これはＭＣＰ−１の別称である）はマクロファージで走化性を有し、ｉｎ　ｖｉｔｒｏで貧食作用および殺菌作用を増強するため、マクロファージの活性化およびその後の腹膜腔内への集積は細胞破壊に関与し、そのために生存率向上に関与する。」と記載されている。　 
　乙第５９号証第２８３頁、左欄下から２−１行には、「ＭＩＰ−１αおよびＭＩＰ−１βはお互い完全に交差−競合した。」と記載されている。　 
　 
　これらの証拠についてみると、乙第５９号証は直接的にＭＩＰ−１βによるマクロファージの走化誘引を記述するものではないが、少なくともＭＩＰ−１αやＲＡＮＴＥＳ、ＭＣＰ−１等については第１優先日前にマクロファージの走化を誘引することが乙第３４，３５および３７号証に記載されていたということはできる。　 
　 
（５）　小括　 
　以上から、本件特許の第１優先日前に、ＣＣケモカインの中にはマクロファージの走化を誘引するものがあること、また、ＣＣケモカインがＣＣケモカイン受容体と結合することにより受容体を発現する細胞が反応することは知られていたということはできる。　 
　 
３．基礎出願１の明細書の実施例２には、８８Ｃがマクロファージから単離されたことが示されていたとの主張ｂ．について　 
（１）ｂ．の主張の根拠として指摘される基礎出願１の記載は以下の通りである。　 
「実施例２　 
　以下の方法によって、マクロファージｃＤＮＡライブラリーから全長の88-2Ｂ及び88Ｃ ｃＤＮＡを単離した。」（甲第１号証第１２頁第４−５行）　 
　 
（２）上記主張について検討する。　 
　基礎出願１の実施例２の記載から、８８ＣのｃＤＮＡがマクロファージｃＤＮＡライブラリーから得られたものであることは明らかである。しかしながら、そのことは、８８Ｃがマクロファージにおいてその機能を十分に発揮する程度のｍＲＮＡを発現していることを示すものではない。　 
　基礎出願１には、「当該ｃＤＮＡを、８８−２Ｂまたは８８Ｃに対応する独特なプライマー対を使用したＰＣＲライブラリーはＰＴＫ関連配列によって、８８−２Ｂ及び８８ＣｃＤＮＡクローンの存在についてスクリーニングした。」（甲第１号証第１２頁第７−９行）と記載されるように、８８ＣのクローニングはＰＣＲを用いて行われている。　 
　請求人が提出する甲第７４号証４３１７頁右欄７〜１１行には、「図３に示されるデータにより、ＰＣＲ法の感度とノザンブロッティングの感度との相対的な比較を行うことができる。ノザンブロットハイブリダイゼーションにおいて以前シグナルを示さなかったＲＮＡサンプルにおいてさえ（図１）、Ｐ４５０ＩＡ１のｍＲＮＡが発現していることは、ＰＣＲ解析から明らかである（図３Ａ）。」と記載されている。また、甲第７５号証９７２１頁左欄１９〜２５行には、「しかしながら、無刺激のマクロファージにおけるＩＬ−１α　ｍＲＮＡレベルはＲＮＡドットブロット解析の検出限界以下であったが、定量的ＰＣＲ法では容易に測定できた。図２ＢおよびＣに示されるように、ＰＣＲ定量技術は１０４個の分子を容易に測定でき、ドットブロット法より１０００倍以上感度がよい。」と記載されている。ノザンブロットでｍＲＮＡ発現が確認できない場合には、対応するタンパク質が機能的に発現していないであろうと予測することは、本願第１優先日前の当該分野における技術常識であるから、これらの証拠は、ＰＣＲクローニングできる発現レベルであっても細胞機能を発揮できないｍＲＮＡ発現レベルが存在し得ることを示すものである。　 
　したがって、ｂ．の点をもって、８８Ｃがマクロファージで機能するタンパク質であることが基礎出願１に開示されていたということはできない。　 
　 
　なお、基礎出願１の明細書に記載されている８８−２Ｂ（ＣＣＲ３）も同じマクロファージｃＤＮＡライブラリーからクローニングされたものであるが、現在に至っては、ＣＣＲ３はマクロファージを走化するケモカインの受容体というよりも、好酸球に優位に発現し、好酸球の走化を介して疾患の発症や増悪に関与するケモカイン受容体であると認識されている（甲第１５号証３１５頁表１）ことは、８８ＣがマクロファージｃＤＮＡライブラリーからクローニングされたことが基礎出願１に開示されていることをもって、８８Ｃがマクロファージで十分に機能するタンパク質とはいえないことをさらに支持するものである。　 
　 
４．基礎出願１の明細書の実施例３には、８８Ｃは、脾臓、胸腺組織、末梢血白血球、小腸および肺組織で発現することが示されているところ、これらの組織には、マクロファージが豊富に含まれることが公知であったという主張ｃ．について　 
（１）被請求人は基礎出願１には８８Ｃについてはｂ．のみならずｃ．の記載もあることから、８８Ｃがマクロファージの走化を誘引することが開示されている旨主張している。　 
　 
（２）ｃ．の根拠として指摘される基礎出願１の記載は以下の通りである。 
「実施例３ 
　88-2Ｂ及び88ＣのｍＲＮＡ発現パターンをノザンブロット分析によって調べた。　 
（略）　詳細には、以下の組織すなわち、心臓、脳、胎盤、肺、肝臓、骨格筋、腎臓、膵臓、脾臓、胸腺、前立腺、精巣、卵巣、小腸、結腸及び末梢血白血球を試験に供した。　 
　 
　88-2Ｂをプローブとして用いて行ったノザンブロットには、およそ1.8 kbのｍＲＮＡが末梢血白血球に現れた。88Ｃのノザン分析では、様々なヒト組織におよそ4 kbのｍＲＮＡが示され、それらのうち、脾臓または胸腺組織をプローブで探索したものは強いシグナルが認められ、そして末梢血白血球及び小腸からのｍＲＮＡを分析した場合には、もっと強度の低いシグナルが認められた。肺組織では、88Ｃに対するシグナルは比較的弱かった。」（甲第１号証第１６頁第１−２５行）　 
　 
（３）そこで、ｃ．の根拠とされる基礎出願１の実施例３の記載、特に列挙される組織について検討する。　 
　これらの組織についての被請求人の主張及びそれに対する請求人の反論は、以下の通りである。　 
　ア）末梢血白血球について、被請求人は答弁書第３７−３８頁において、「基礎出願１の明細書の実施例３には以下の記載（注．４．（２）で示した記載のこと）があり、８８Ｃは、脾臓、胸腺組織、末梢血白血球、小腸及び肺組織で発現することが示されている。（略）この点、本件特許の第１優先日前において、８８Ｃの発現を示したこれらの組織には、マクロファージが豊富に含まれることが公知であった。」と主張している。さらに、被請求人は上申書において、乙７０号証には「単球は「血液マクロファージ」とも呼ばれています」と記載されているように、末梢血白血球に存在する単球もマクロファージの一種ということが可能であると主張している。一方、請求人は上申書（３）で甲第８６号証を提示し、「末梢血白血球にはマクロファージが存在していない」と主張している。　 
　イ）被請求人は、脾臓、胸腺組織、小腸および肺組織には、マクロファージが含まれていることが第１優先日前公知であったとして、乙第９号証の１、乙第９号証の２、乙第１０−１２号証を提出し、これに対し、請求人は、甲第１６号及び甲第８７号証を提示し、「脾臓、胸腺組織、末梢血白血球、小腸及び肺組織には、マクロファージだけが含まれているわけではなく、リンパ球（Ｔ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞など）、単球、好中球、好酸球、好塩基球なども含まれている」と主張している。　 
　 
（３）−１　まず、ア）の点について、検討する。　 
（３）−１−１　末梢血白血球に関する記載のある、両当事者から提出された証拠には、以下の記載がある。　 
　乙第７０号証第６頁第２−１０行には、「末梢血に含まれる単球は、特別の刺激をすることなくインビトロで培養するだけで、マクロファージ機能を発現する細胞であり（略）、また、炎症反応の際に、種々の組織に浸潤して組織マクロファージになることから、単球は、血液中で「待機」しているマクロファージといえます。そして、実際には、Nakataら（Mol Med. 1995 Nov;1(7):744-757）の論文において、要約では「末梢血単球」と記載しておきながら、論文のタイトルでは「血液マクロファージ」と記載していることからも明らかなように、単球は、「血液マクロファージ」とも呼ばれています。」と記載されている。　 
　甲第８６号証には、白血球について、「生体防御に関与する血液細胞で、好中球、好酸球、好塩基球、単球、マクロファージ、リンパ球、形質細胞が含まれる。末梢白血球数は正常成人で4,000−9,000／μlであり、その画分は上記おのおのが約５０−６０％、２−４％、０−１％、２−７％、０％、３０−４０％、０％を占める」（第３９１頁左欄第１５−２１行）と記載されている。　 
　また、乙第１２号証には、マクロファージについて、「その起源については諸説があるが、骨髄中の幹細胞に由来する血中の単球が組織に出現したものとする考えが強い。」（第１２９５頁第７−９行）と記載されている。　 
　さらに乙第５５号証には、「１．０μＭのホルボールミリステートアセテートとともに１−１８時間インキュベーションすることにより、ヒト単球細胞ＴＨＰ−１をマクロファージに分化させた。（略）マクロファージ−ＴＨＰ−１によるＭＣＰ−１への特異的結合の減少は、受容体の数、および、親和性の両方の減少に起因した。」（第４３６頁要約第１−１２行）と記載されている。さらに乙第５５号証には「モルモットでの腹膜マクロファージの研究によって、ＭＣＰ−１が常在性マクロファージの走化因子ではなく、誘発されたマクロファージの移動を誘導できることが示された。」（第４３６頁左欄第９−１２行）と記載されている。　 
　乙第２２号証には、「図２・１　免疫応答に関与する細胞の起源」（ページ数付記なし）として、単球→マクロファージとの図式がされている。　 
　　 
（３）−１−２　上記証拠に基づいて検討する。　 
　乙第７０号証に示されるように、単球を「血液マクロファージ」と呼ぶことが第１優先日前にあったとしても、甲第８６号証（免疫学辞典）や乙第１２号証（生化学辞典）等の第１優先日前に当業者に汎用されていた辞典や、教科書として汎用されていた乙第２２号証（免疫学イラストレイテッド）には、マクロファージと単球は別の細胞として記載されており、しかも乙第５５号証の記載をみれば、乙第７０号証に記載の「インビトロで培養するだけでマクロファージ機能を発現」した単球と、いわゆる組織マクロファージとはその機能が異なることも明らかである。　 
　さらに被請求人自身も、回答書第６頁において「マクロファージは、単球から分化した細胞であることから（乙第２２号証第１９頁）、マクロファージは好中球よりもむしろ単球に近い特徴を有する。」とのべ、マクロファージと単球が異なる細胞であることを前提に議論している。 
　すると、第１優先日前において、当業者は一般に、「マクロファージ」とは血中の単球の呼称ではなく、組織に存在する単球から分化したものを示す用語であって、単球とは異なるものとして認識していたと認められる。　 
　すなわち、末梢血白血球に単球が存在することをもって、末梢血白血球にはマクロファージが存在するとの一般的な認識があったということはできない。なお、単球についても、甲第８６号証によれば、末梢血白血球に占める割合は２−７％であり、他の細胞に比して有意に存在するものということもできない。　 
　加えて、甲第８６号証の末梢血白血球の組成に関する記載を考慮すれば、末梢血白血球は単球とは異なる「マクロファージ」が豊富に含まれる細胞であると第１優先日前に当業者間で認識されていたということもできない。　 
　したがって、末梢血白血球はマクロファージが豊富に含まれる組織として当業者に認識されていたということはできず、ノーザンブロットによりｍＲＮＡの発現が確認された組織に末梢血白血球が含まれていることをもって、当業者がそのｍＲＮＡがマクロファージで発現していると認識したということはできない。　 
　　 
（３）−２　次にイ）の点について検討する。　 
（３）−２−１　両当事者から提出された証拠には、これらの組織に関し、以下の記載がある。　 
　 
脾臓について　 
　乙第９号証の１の要約第１１−１２行には、「骨髄および脾臓由来の純粋なマクロファージコロニー数において、相対的かつ絶対的な増加があった。」と記載されている。　 
　乙第９号証の２の第３７頁右欄の図３・８には、「脾臓小葉の構造」との表題の下、「赤脾髄は細網繊維から成る網目構造、マクロファージがおおっている脾索、および小葉静脈に注ぐ静脈洞を含んでいる。」と記載されている。　 
　本出願日後に公開された文献である乙第８１号証の第１３４５頁左欄２３−２６行にも「リンパ球および単球／マクロファージと形態学的に一致する、広範に散在したＣＣＲ５免疫反応性細胞が、脾臓の赤色脾臓内に観察された。」と記載されている。　 
　乙第９号証の２には、脾臓の赤脾髄に貧食性マクロファージと並んでリンパ球が存在することが記載され（第３７頁右欄の図３・８）、　 
　甲第１６号証第１７１５頁の表１４・２８４にはヒト脾臓の細胞成分が記載されており、「単球が１．２−２．４％」および「幼弱（リンパ球）が１．０−１０．５％、成熟（リンパ球）が５７．０−８４．５％」であったことが記載されている。　 
　 
胸腺について　 
　乙第１０号証の要約第１−３行には、「本研究では、我々は、電子顕微鏡、免疫組織学および一次間質細胞を組み合わせて、成体のラット胸腺における記載された様々なマクロファージ細胞サブセット間の関係の解明を試みて、ラット胸腺マクロファージの個体発生を分析した。」と記載されている。　甲第８７号証第１４１頁右欄下から２行−第１４２頁左欄第４行には、「胸腺中に存在する細胞の大多数は分化過程にあるＴ細胞で、これらの細胞は胸腺細胞または胸腺リンパ球とよばれる。胸腺中にはマクロファージ、樹状細胞、Ｂ細胞、上皮細胞なども存在するが、これらは胸腺細胞とは呼ばれない。」と記載されている。　 
　 
小腸について　 
　乙第１１号証の第５５３頁のイントロダクション第９−１３行には、「粘膜バリアを透過する微粒子汚染物質の多くが粘膜固有層中に存在するマクロファージによって貧食されること、そして、腸壁内の微粒子分解の研究が小腸マクロファージについての研究を開始したことは、明白である。」と記載されている。　 
　乙第５０号証第４５６頁要約第７−１５行には、「この論文において、この抗体は、マウスの脾臓、リンパ節およびパイエル板の凍結切片においてアクセサリー細胞を染色するために使用されている。（略）（１）マクロファージに富む領域：抗原送達の部位（脾臓の辺縁帯、節の輸入リンパ管の周囲およびパイエル板の上皮の下）に存在するマクロファージは、Ｍ１／７０で染まったが、Ｆ４／８０では染まらなかった。」と記載されている。　 
　乙第５１号証第６５３頁右欄第４−６行には、「小腸」について、「胃と大腸の間を占める消化管の一部、十二指腸、空腸、回腸に分けられる。」と記載されている。また、提出された証拠内に頁数の記載はないが、「ハ」の頁右欄第８−１５行には、「パイエル板」について、「哺乳動物のおもに回腸に見られる数十〜数百のリンパ小節のかたまりで、間膜付着部の反対側の粘膜下に存在する。（略）リンパ球（Ｔ細胞・Ｂ細胞を含む）、形質細胞（多くはＩｇＡ産生細胞）を含み、腸内細菌に対する生体防御に関与する。」と記載されている。　 
　 
肺について　 
　乙第１２号証第１２９４頁右欄下から４行−第１２０５頁左欄第１２行は、生化学辞典のマクロファージに関する項であり、「肝のクッパー細胞、肺の肺胞マクロファージ、リンパ節の遊離または固着のマクロファージなどはすべて、血中単球由来と考えられている。」と記載されている。　 
　 
（３）−２−２　上記証拠の記載に基づいて検討する。　 
　証拠乙第９の１号証、乙第９の２号証、および乙第１０−１２号証から、第１優先日前に、脾臓、胸腺、小腸および肺にマクロファージが存在していたことは知られていたということはできる。　 
　一方、乙第５１号証から、小腸に存在するパイエル板にはリンパ球（Ｔ細胞・Ｂ細胞を含む）が含まれていることも明らかである。また、甲第１６号証から、脾臓にはリンパ球が５８．０−９５．０％含まれていることも明らかである。さらに甲第８７号証から胸腺に存在する細胞の大多数は、胸腺リンパ球と呼ばれる分化過程にあるＴ細胞であることも明らかである。　 
　そして、乙第５１号証（生化学辞典）、甲第１６号証（生化学データブックＩ）、および、甲第８７号証（免疫学辞典）は、それぞれ第１優先日前に当業者に汎用されている辞典であることから、これらの文献に記載されていたことは、第１優先日前の技術常識であったということもできる。　 
　さらに末梢血白血球にはリンパ球が豊富に存在することは、上記（３）−１で指摘の甲第８６号証（免疫学辞典）にも記載されるように、本件特許の第１優先日前の技術常識である。そして、末梢血白血球はマクロファージが豊富な組織として認識されていたものではないことも、上記（３）−１で指摘したとおりである。 
　また、肺にはリンパ球が存在することも、第１優先日前の技術常識である（要すれば、田村尚亮ら、「気管支肺胞洗浄液中リンパ球の特徴−末梢血リンパ球サブセットの対比を中心として−」、細胞、第１９巻第５号　ｐ．１７９−１８４（１９８７）、特に、第１７９頁左欄第１−５行、杉本峯晴「臨床医学の進歩ＡＢＣ　肺細胞シリーズ　９．肺組織中のリンパ球とBronchus-associated lymphoid tissue（ＢＡＬＴ）」、臨床化学、第３０巻第７号、第８７５−８８１頁、（１９８７）、特に第８７５頁第９−１２行等参照。）。 
　そしてさらに、基礎出願１には「Schallら、前出は、ＣＸＣケモカインは一般に好中球に影響を及ぼし、そしてＣＣケモカインは単球、リンパ球、好塩基球、および好酸球に影響を及ぼす傾向があることを報告している。」（甲第１号証第２頁第１８−２０行）と記載されている。　 
　 
　すると、基礎出願１の記載および第１優先日前の技術常識に照らせば、実施例３に記載の組織でｍＲＮＡ発現がノーザン解析により検出されたという結果は、マクロファージでの８８ＣのｍＲＮＡの十分な発現を強く示唆するものであるということはできず、当該結果は、たとえばリンパ球における該ｍＲＮＡの発現によるものとも想定でき、マクロファージでの発現によるものというのは想定し得る可能性の一つにすぎない。　 
　 
　さらに、被請求人は、平成１８年７月３１日に提起した特許権侵害訴訟（平成１８年（ワ）第７７６０号）における、平成１９年４月２７日付原告第２準備書面（乙第６１号証の２）においては、本願明細書の実施例３のノーザンブロット分析の結果に基づいて、本件特許の基礎出願１は、本件発明に係る８８Ｃが免疫機構に重要な関与をすることを明らかにしているとのべている。　 
　具体的には、以下のように記載されている。　 
「本件特許の基礎出願１の明細書（当該訴訟における乙１）の実施例３では、本件発明にかかる８８Ｃ遺伝子の発現パターンをノザンブロット分析によって調べている。　 
　その結果、様々なヒト組織におよそ４ｋｂのｍＲＮＡが示され、それらのうち、脾臓または胸腺組織をプローブで探索したものは強いシグナルが認められ、そして末梢血白血球及び小腸からのｍＲＮＡを分析した場合には、もっと強度の低いシグナルが認められた。肺組織及び卵巣組織では、本件発明に係る８８Ｃに対するシグナルは比較的弱かった。　 
　ここに、脾臓はリンパ球の増殖と機能発現にあずかる器官であり、胸腺はＴ細胞が作られる器官であって（当該訴訟における甲３１）、リンパ球やＴ細胞は免疫機構に重要な役割を果たす。　 
　よって、かかる記載は、本件発明にかかる８８Ｃが免疫機構に重要な関与をすることを明らかにするものである。そのため、本件特許の基礎出願１の明細書の記載は、本件発明にかかる８８Ｃ遺伝子が免疫機構の異常に関連する疾患を診断するためのマーカーおよびそのような疾患の治療対象として有用であることを開示するものである。」　 
　 
　被請求人の上記主張では、実施例３のノザンブロット分析の結果について「マクロファージの走化誘引」なることは一切主張されておらず、むしろリンパ球やＴ細胞と免疫機構との関連が指摘されているのみであることからすれば、８８Ｃはマクロファージで発現する遺伝子であって、マクロファージの走化を誘引するものであるとは、被請求人自身も第１優先日から１１年以上経ったこの時点においても考えていなかったということになり、このことは、８８Ｃがマクロファージの走化を誘引することが、基礎出願１の明細書の記載に基づき、第１優先日に当業者にとって明らかであるとはいえないことを裏付けるものである。　 
　 
　したがって、仮に実施例２および３の記載から８８Ｃがマクロファージ上で発現し、機能するという可能性が認識できたとしても、それは認識しえる可能性の一つにすぎず、しかも、Ｖ−１で検討したとおり、基礎出願１の記載から８８Ｃがケモカイン受容体であることが明らかであるとはいえない以上、８８Ｃがマクロファージ上でいかなる機能を果たすものであるかも明らかとはいえないから、実施例２および３の記載から、８８Ｃがマクロファージ上で発現し、マクロファージの走化を誘引するものであることが、当業者にとって明らかであるとはいえない。　 
　 
５．小括　 
　以上のとおりであるから、基礎出願１には、８８ＣはＣＣケモカインと結合し、マクロファージの走化を誘引するものであることが開示されていたということはできない。　 
　 
Ｖ−２−２　基礎出願１の記載から、当業者は、８８Ｃが免疫システムに関する多くの疾患に関連することを理解するという主張（Ｂ−２）について　 
１．被請求人は答弁書において、基礎出願１の明細書には、マクロファージの過剰な走化に起因することが第１優先日前において公知であった、アテローム性動脈硬化症、慢性関節リウマチ、腫瘍生長抑制および喘息という特定の疾患が挙げられ、その処置のための療法の開発に８８Ｃが利用可能であることが開示されている旨主張している。被請求人は、回答書においても、「免疫システムに関する多くの疾患」とは、マクロファージの走化が過剰に誘引されることにより生じるアテローム性動脈硬化症、慢性関節リウマチ、腫瘍生長抑制および喘息という特定の疾患である旨主張している。　 
　 
２．被請求人が上記主張の根拠として指摘する箇所には、以下のように記載されている。　 
　「ケモカイン及びその活性の広範なる多様性のゆえに、ケモカインに対して数多くの受容体が存在する。その特徴が明らかにされている受容体は、ケモカイン受容体の全体的な補集合の一画分のみを表しているにすぎない。かくして、当該技術分野においてさらなるケモカイン受容体の同定が希求され続けている。これら新規受容体の有用性により、ケモカインまたはケモカイン受容体機能の治療用モジュレーターの開発のための手段が提供されよう。アテローム性動脈硬化症、慢性関節リウマチ、腫瘍生長抑制、喘息、及び他の炎症性病態の処置のための療法における、かかるモジュレーターの有用性が本発明によって企図される。」（甲第１号証第４頁第１０−２０行）　 
　 
　また、被請求人は指摘しないが、基礎出願１には疾病についてさらに以下の記載がある。　 
「発明の要約　 
　ケモカインは、乾癬、関節炎、肺線維症及びアテローム性動脈硬化症などの多くの炎症性疾患に関わっている。Baggioliniら、前出を参照されたい。ケモカイン作用の阻害物質は、これらの病態を処置する上でも有用かもしれない。」（甲第１号証第９頁第４−７行　以下、「要約における記載」という。）　 
　 
３．上記基礎出願１の記載について検討する。　 
（１）基礎出願１には、上記のとおり、ケモカインないしその受容体が関わっている様々な疾患や病態が列挙されているが、本件特許に係る８８Ｃについて、これをアテローム性動脈硬化症、慢性関節リウマチ、腫瘍生長抑制および喘息という特定の疾患に直接関連づける記載はない。すなわち、基礎出願１の被請求人指摘の箇所には、これらに加えて、更に、「他の炎症性病態」が「本発明によって企図される」処置の対象として挙げられている。　 
　また、要約における記載には、アテローム性動脈硬化症に加えて、更に、乾癬、関節炎、肺線維症などの炎症性疾患が挙げられている。　 
　さらにまた、これらの記載は、ケモカインないしその受容体が関わっている疾患や病態を列挙するものであって、基礎出願１の発明に係る８８２Ｂと８８Ｃの一方である、特定の８８Ｃというタンパク質が関連する疾患等を列挙するものではない。　 
　 
（２）これにつき、被請求人は、回答書において、上記発明の要約における記載の「乾癬、関節炎、肺線維症及びアテローム性動脈硬化症などの多くの炎症性疾患」という記載は、当該文章の主語が「ＣＣケモカイン」でなく「ケモカイン」であり、また、当該記載において引用している「Baggioliniら、前出」（乙第２４号証）は、ＣＣケモカインのみならずＣＸＣケモカインについて記載されたものであるから、当該箇所には、ＣＣケモカインに限定することなく、むしろケモカインの中でも主にＣＸＣケモカインが関連する、第１優先日前に知られていた疾患が列挙されたにすぎない旨、主張している。　 
　被請求人の上記主張は、上記要約における記載は基礎出願１の発明に係るものではなく、従来技術を述べたものであり、そこで取り上げられた、乾癬、関節炎、肺線維症による炎症はＣＸＣケモカインが関与するものであることからみても、当該記載は基礎出願の発明とは関連しないものであると主張するかのごとき主張である。　 
　しかしながら、そもそも「発明の要約」とは一般的に当該出願に係る発明を要約する部分であると広く認識されていることから、当該部分の記載は単なる背景技術等の記載ではなく、本願発明に関する記載であると解することが自然である。　 
　したがって、仮に上記要約における記載が直接的には従来技術について説明したものであったとしても、このことから直ちに、当該記載が基礎出願１の発明とは関連しないことにはならない。被請求人の上記主張が上述のとおりのことを意図するものであるとするなら、それは、基礎出願１の発明がＣＣケモカイン受容体であることが自明であることを前提とした主張であるといえるところ、基礎出願１において８８ＣがＣＣケモカイン受容体であることが自明とはいえないことは先にＶ−１において検討したとおりであるから、たとえ仮に被請求人が指摘するとおり、乾癬、関節炎、肺線維症による炎症がＣＸＣケモカインが関与するものであることが周知であったとしても、このことをもって、これらの疾患は基礎出願１の発明とは関連しないものであり、８８Ｃとは関連しないと当業者が理解するとはいえない。　 
　 
（３）また、仮に当業者が被請求人指摘の上記箇所における「新規受容体の有用性」という記載に着目し、当該箇所のみが基礎出願１の発明についての説明であると理解したとしても、当該記載は８８２Ｂと８８Ｃの両者に関するものであり、更に「他の炎症性病態」についても記載されているのであるから、当該記載に基づき、８８Ｃが上述の特定の疾患にのみ関連があることを当業者が理解するとはいえない。　 
　 
（４）以上のとおりであるから、当業者は、基礎出願１の記載に基づき、８８Ｃがアテローム性動脈硬化症、慢性関節リウマチ、腫瘍生長抑制および喘息という特定の疾患にのみ関連することを理解するとはいえない。　 
　したがって、仮にこれらの疾患がマクロファージの走化が過剰に誘引されることにより生じうるものであったとしても、このことに基づき、８８Ｃがマクロファージの走化に関連することを当業者が理解することにもならない。　 
　 
（５）−１　ところで、被請求人が（２）−２において「基礎出願１の発明の要約の記載は従来技術について述べたものに過ぎない」旨主張する際に引用した乙第２４号証の第１４７頁表７には、「疾患におけるＣＸＣとＣＣの発現」との記載のもと、関節ではリウマチ関節炎がＩＬ−８またはＭＣＰ−１により生じること、皮膚では乾癬がＩＬ−８により生じること、肺では喘息がＩＬ−８により生じ、肺線維症がＭＣＰ−１またはＩＬ−８により生じること、さらにアテローム性動脈硬化症がＭＣＰ−１により生じることが記載されているところ、ここに記載されるＩＬ−８はＣＸＣケモカインであり、ＭＣＰ−１はＣＣケモカインである。　 
　そうすると、基礎出願１の被請求人が指摘する箇所に列挙され、被請求人が８８Ｃの関与する特定の疾患であると主張する関節リウマチについて、乙第２４号証には、原因となるケモカインとしてＣＣケモカインの他ＣＸＣケモカインであるＩＬ−８が挙げられており、また、同じく被請求人が８８Ｃの関与する特定の疾患であると主張する喘息の原因としては、ＣＸＣケモカインであるＩＬ−８のみが挙げられていることになる。すなわち、被請求人が８８Ｃのアミノ酸配列が関与する疾病として列挙されたものであるとする慢性関節リウマチや喘息については、基礎出願１で引用される乙第２４号証の記載に基づけば、これらの疾病はＩＬ−８というＣＸＣケモカインによっても発症する疾病であること、さらにいえば喘息は主にＣＸＣケモカインであるＩＬ−８により発症する疾病であると、基礎出願１の明細書の記載に触れた当業者が認識したこととなり、これは被請求人の「基礎出願１の明細書には８８Ｃと結合するリガンドはＣＣケモカインと特定されて」いるという主張と相反するものである。　 
　 
（５）−２　この点につき被請求人は、乙第２４号証の関節リウマチおよび喘息に関する記載について、回答書において以下のように主張し、関節リウマチや喘息についてはＩＬ−８の関与が低いことが第１優先日前の技術常識であった旨主張している。　 
「関節リウマチの悪性度と最も高い相関関係および有意性を示す細胞がマクロファージであることが基礎出願１出願日前の技術常識であったことは、すでに被請求人が回答書１４頁で述べたとおりである。そのため、関節リウマチに対して、マクロファージの走化を誘因するＣＣケモカインとは異なるＣＸＣケモカインであるＩＬ−８の関与が低いことが基礎出願１の出願時の技術常識であった。」　 
「喘息の病原において、単球／マクロファージが中心的役割を有することが、基礎出願１出願日前の技術常識であったことは、被請求人が、回答書１５頁において述べたとおりである。そのため、喘息において、マクロファージの走化を誘因するＣＣケモカインとは異なるＣＸＣケモカインであるＩＬ−８の関与が低いことが基礎出願１の出願時の技術常識であった。」　 
　 
（５）−３　回答書において被請求人が指摘する証拠等の記載は以下の通りである。　 
　上記指摘の回答書第１４頁には、「乙第１４号証の表３には、滑膜内にある種々の細胞の数および慢性関節リウマチの悪性度との関係が示されている。　 
　この表３に示されるように、滑膜中の細胞としては、マクロファージ、Ｔ細胞、Ｂ細胞、および、プラズマ細胞が挙げられているが、慢性関節リウマチの悪性度と最も高い相関関係および高い有意性を示す細胞はマクロファージであった。」と記載されている。　 
　乙第１４号証第３９頁要約第１７−２１行には、「滑膜組織のマクロファージの数と１年間にわたる関節びらんの程度との間に有意な相関が存在することが観察された。（ｒ＝０・６６；ｐ＝０・０４）」と記載されている。　 
　また、回答書１５頁でその論拠として引用される乙第１５号証要約第３−１０行には以下の記載がなされている。　 
「喘息の病因における末梢血単球および肺胞マクロファージの関与の証拠は、末梢血単球の機能研究、ならびに、気管支肺胞洗浄サンプルの液体および細胞相の分析によって、そして、より最近では、生体の気管支内生検から得られた組織学的材料によってもたらされた。」　 
　 
（５）−４　上記証拠に基づいて検討する。　 
　確かに乙第１４号証および乙第１５号証には、関節リウマチ及び喘息についてマクロファージの関与が記載されている。　 
　しかしながら、一般に疾患の発症には複数の機序があることは、第１優先日前の技術常識であるから、これらの文献は関節リウマチ及び喘息の一要因としてのマクロファージの関連を示すものであって、ＩＬ−８と関節リウマチ及び喘息の関連性を何ら否定するものではない。　 
　さらに喘息についていえば、乙第２８号証第６８０頁下から１１−７行には、「したがって、気道炎症を引き起こす血管から走化する細胞としては、好中球、好酸球、リンパ球、マクロファージおよび血小板が挙げられ、好塩基球の役割は不確かなままである。」と記載されているように、そもそも、「喘息の病原において、単球／マクロファージが中心的役割を有することが、基礎出願１出願日前の技術常識であった」ということもできない。　 
　 
　すると、基礎出願１において引用される乙第２４号証の記載は技術的に裏付けがないということはできず、被請求人の上記回答書における関節リウマチや喘息についてはＩＬ−８の関与が低いことが第１優先日前の技術常識であったという主張は認められない。　 
　そして、基礎出願１で引用される乙第２４号証の記載に接した当業者であればむしろ、喘息やリウマチについても、ＣＣケモカインのみならずＣＸＣケモカインが関与していると認識するものと認められる。　 
　 
　そうすると、仮に、被請求人が主張するように、基礎出願１の被請求人の上記指摘箇所のみが、８８Ｃに関連する疾患を記載したものであると当業者が理解したとしても、そのことをもって、基礎出願１の記載から、８８ＣがＣＣケモカイン受容体であることが明らかであるとも、また、８８Ｃがマクロファージ関連のものであることが明らかであるとも、いえない。　 
　 
４．以上のように、基礎出願１には、ケモカインないしその受容体が関わっている様々な疾患や病態が列挙されており、当業者は、基礎出願１の記載に基づいて、８８Ｃが、これらのうち、アテローム性動脈硬化症、慢性関節リウマチ、腫瘍生長抑制および喘息という特定の疾患にのみ関連することを理解するとはいえない。また、これら４種を含め、更に多数の、そもそも８８Ｃとの関係が明らかでない、様々なケモカインないしその受容体が関わっている様々な疾患や病態が単に列挙されているというだけでは、８８Ｃの有用性が基礎出願１の記載から明らかであるとはいえない。　 
　 
　しかしながら、被請求人は基礎出願１に列挙されたうち、特に上述の４種の疾患が８８Ｃと関連する旨主張するので、これら４種の疾患については、本件特許の第１優先日当時の技術常識によれば、当業者は、８８Ｃと関連することを理解することができたかどうかを、念のため、以下に検討する。　 
　　 
（１）腫瘍生長について　 
（１）−１　腫瘍生長抑制との関係について、被請求人は乙９号証の２を提示して、マクロファージの走化は腫瘍生長抑制作用を有することから、そのアゴニストの開発が治療につながるという主張をする一方、乙第２６号証を提示して、腫瘍生長にマクロファージが関与していることから、そのアンタゴニストの開発が治療につながるという主張をしている。　 
　 
（１）−２　被請求人の指摘する証拠には以下の記載がある。　 
　乙第９号証の２の第２１０頁左欄下から７−３行には、「活性化マクロファージは、接触阻止能を失った細胞株に対してしばしば非特異的細胞傷害性を示す。マクロファージが腫瘍細胞に結合し、またそれらを接触阻止性をもった正常細胞から見分けるための腫瘍細胞上のレセプターの性質は不明である。」と記載されている。　 
　一方、乙第２６号証第４１０頁左欄第１−２行には、「マクロファージは、炎症および腫瘍の新脈管形成において重要な役割を果たすと考えられる。」と記載されている。　 
　第１優先日後に公開された文献である乙第３０号証左欄第１７−２０行には、「著者らの結果は、マクロファージが腫瘍の発達に寄与するという直接的な証拠を提供し、ケモカインレセプターアンタゴニストが癌の予防および処置における新規のストラテジーを提供し得るという最初の知見である。」と記載されている。　 
　また同じく第１優先日後に公開された文献である乙第２９号証第２７２８頁要約第１行には、「本研究者らは、組織マクロファージの補充および殺腫瘍性の活性化における腫瘍由来ＧＭ−ＣＳＦの役割を調査した。」と記載されている。　 
　 
（１）−３　上記証拠等に基づいて検討する。　 
　はじめに、基礎出願１の「腫瘍生長抑制の処置」とはその記載自体不明瞭である。　 
　第１優先日前に公知である乙第９号証の２および乙第２６号証について、これらの文献はマクロファージと腫瘍について相反する作用を示唆するものであるから、第１優先日前にマクロファージが腫瘍生長とどのように関連しているかが明らかであったとはいえず、まして、具体的にマクロファージとの関係すら確認されていない８８Ｃについては、これが腫瘍生長と関係を有するのかどうか、また仮に関係を有するとしても、どのような関係を有するものか、すなわち腫瘍生長を抑制するものであるか、促進するものであるかも全く不明である。　 
　すると、第１優先日前の技術常識を勘案しても、基礎出願１の腫瘍生長抑制という上記記載をもって、基礎出願１に８８Ｃの技術的に意味のある特定の用途を推認できる機能が開示されていたということはできない。　 
　 
　なお、第１優先日後に公開された乙第３０号証と乙第２９号証もマクロファージと腫瘍生長の相反する関係を示すものであるから、第１優先日以降であってもマクロファージと腫瘍生長との関連は一義的に理解されないことも明らかである。　 
　乙第３０号証と乙第２９号証の記載について、被請求人は、回答書第１７頁において、以下のように主張している。　 
　 
　上記より理解される抗腫瘍剤は、一方がアゴニストであり、もう一方がアンタゴニストというものである。アゴニストとアンタゴニストとの作用は、正反対のものではあるが、その双方が抗腫瘍効果を奏するということは、相互に矛盾しない。その理由は、以下のとおりである。　 
　アゴニストは、マクロファージを腫瘍と接触した位置（腫瘍内部ではない）に動員し、腫瘍を殺傷することにより抗腫瘍効果を発揮する物質である。その一方で、アンタゴニストは、マクロファージの腫瘍内部への浸潤を阻害する物質であるが、その浸潤の阻害によって、腫瘍内部でのマクロファージによる血管新生が阻害され、その結果、腫瘍生長が阻害されるからである。　 
　しかしながら、請求人の主張によれば、逆に、アゴニストは腫瘍内部での血管新生を促進し、アンタゴニストはマクロファージの腫瘍部位への動員を阻害し、いずれも腫瘍を悪化させるということも考えられることになる。腫瘍生長について相反する作用を有することが第１優先日前に知られていたマクロファージについては、各作用のいずれか優先するのかが不明であり、ましてや被請求人が主張するようにマクロファージに対して個別の異なる作用を奏するアゴニストやアンタゴニストを取得することが、第１優先日前の技術常識であるということはできず、そのように個別の作用を有するアゴニストやアンタゴニストなるものを基礎出願１の明細書の記載に基づいて当業者が８８Ｃを用いて容易に取得できたということはできない。　 
　したがって、基礎出願１の腫瘍生長に関する上記記載をもって、基礎出願１に８８Ｃの技術的に意味のある特定の用途を推認できる機能が開示されていたということはできない。　 
　 
（２）アテローム性動脈硬化症について　 
（２）−１　被請求人は、ア）乙第１３証から、アテローム性動脈硬化症がマクロファージの過剰な走化と関連する疾患であることは、第１優先日前の技術常識であったと主張するとともに、イ）８８Ｃがこれら疾患と関連することは、本件特許の出願日以後に確認されているとして、乙第１７号証および乙第８７号証を提出している。　 
　 
（２）−２　上記主張に関して被請求人が提出した証拠には、以下の記載がなされている。　 
　乙第１３号証は「アテローム性動脈硬化症とマクロファージ」という表題の文献であるが、その第４８０頁右欄第１９−２５行には、 
「したがって、どのような因子が血管壁への単球の移動を開始するにせよ、一旦、マクロファージが存在すると、さらなる方向付けられた単球の移動およびマクロファージの局所的蓄積についての増幅ループを開始できると考えられる。」と記載されている。 
　 
　本件特許の出願日以降である２００７年に公開された刊行物である乙第１７号証第３７３頁要約第１−３行には、「ケモカインおよびそれらのレセプターは、単球およびＴ細胞の補充を指示することによりアテローム性動脈硬化症の病変の発達に決定的に関与する。これらの細胞上に発現されるＣＣケモカインレセプター−１（ＣＣＲ１）およびＣＣケモカインレセプター５（ＣＣＲ５）は、アテローム性動脈硬化症に関与するケモカイン、すなわちＣＣＬ５／ＲＡＮＴＥＳに結合する。」と記載されている。　 
　 
　また、同じく本件特許の出願日以降である２００４年に公開された刊行物である乙第８７号証第２４６０頁右欄第６−１２行には、「たとえば、ＭＣＰ−１／ＣＣＲ２シグナル伝達経路を遮断するＭＣＰ−１のＮ末端欠損突然変異体、およびＲＡＮＴＥＳ／ＣＣＲ５シグナル伝達経路を遮断する修飾されたＲＡＮＴＥＳペプチド（Ｍｅｔ−ＲＡＮＴＥＳ）は、アポ酵素ノックアウトマウスにおいて病変部位のサイズを減少させた。この研究は、アテローム性動脈硬化症において個々のＣＣケモカインが重要であるという原則の説得的な証拠を実証するものである。」と記載されている。　 
　 
（２）−３　はじめにア）の主張について検討する。　 
　乙第１３号証の記載から、基礎出願１の優先日前に、アテローム性動脈硬化症が生じる一つの機構としてマクロファージの走化が想定し得たとしても、上記Ｖ−２−１で指摘したとおり、基礎出願１の記載から８８Ｃがマクロファージの走化を誘引することが明らかであるといえない以上、当該疾患とマクロファージの関連が第１優先日前に知られていたことをもって、８８Ｃが当該疾患と関連するものであるということはできない。　 
　 
　次に、イ）の主張について検討する。　 
　乙第１７号証および乙第８７号証には、ＣＣＲ５とアテローム性動脈硬化症の関連が記載されているということはできるが、当該発症の原因が８８ＣすなわちＣＣＲ５によるマクロファージの関与であることは具体的に記載されていない。　 
　したがって、第１優先日後の文献をもっても、８８ＣすなわちＣＣＲ５によるマクロファージの過剰走化によりアテローム性動脈硬化症が発症することが、被請求人の提出した証拠により明らかであるということはできない。　 
（３）慢性関節リウマチについて　 
（３）−１　被請求人は、ア）乙第１４証から、慢性関節リウマチがマクロファージの過剰な走化と関連する疾患であることは、第１優先日前の技術常識であったと主張するともに、イ）８８Ｃが当該疾患と関連することは、本件特許の出願日以後に確認されているとして、乙第１８号証を提出している。そして回答書第１６頁には、８８Ｃを発現するＴ細胞およびマクロファージが慢性関節リウマチなどの疾患の炎症部位に蓄積することが見出されていた」と記載されている。　 
　 
（３）−２　上記主張に関して被請求人が提出した証拠には、以下の記載がなされている。　 
　乙第１４号証には、「滑膜組織のマクロファージの数と１年間にわたる関節びらんの程度との間に有意な相関が存在することが観察された（ｒ＝０・６６、ｐ＝０・０４）。」（第３９頁左欄要約第１７−２１行）と記載されている。　 
　第１優先日後に公開された文献である乙第１８号証には、「ケモカインレセプターＣＣＲ５は、慢性関節リウマチ、腎疾患、および多発性硬化症のような疾患の炎症性浸潤における、大多数のＴ細胞および単球において発現される。」（第２４２０頁要約第１−２行）と記載されている。　 
　 
（３）−３　上記主張について検討する。　 
　 
　まずア）の主張について検討する。　 
　乙第１４号証の記載から、基礎出願１の優先日前に、慢性関節リウマチが生じる一つの機構としてマクロファージの走化が考えられ得たとしても、上記Ｖ−２−１で指摘したとおり、基礎出願１の記載から８８Ｃがマクロファージの走化を誘引することが明らかであるといえない以上、当該疾患とマクロファージの関連が第１優先日前に知られていたことをもって、８８Ｃが当該疾患と関連するものであるということはできない。　 
　 
　さらにイ）の主張について検討する。乙第１８号証には８８ＣすなわちＣＣＲ５と慢性関節リウマチとの関連は記載されており、さらに８８ＣすなわちＣＣＲ５の単球での発現については記載されているものの、マクロファージの関与については具体的に記載されていない。　 
（なお、マクロファージと単球との関係については、上記Ｖ−２−１で検討した通りである。）　 
　したがって、第１優先日後の文献をもっても、８８ＣすなわちＣＣＲ５によるマクロファージの過剰走化により慢性関節リウマチが発症することが、被請求人の提出した証拠により明らかであるということはできない。　 
　 
（４）喘息について　 
（４）−１　被請求人は、ア）乙第１５証から、喘息がマクロファージの過剰な走化と関連する疾患であることは、第１優先日前の技術常識であったと主張するともに、イ）８８Ｃが喘息と関連することは、本件特許の出願日以後に確認されているとして、乙第３１号証を提出している。　 
　 
（４）−２　上記主張に関して両当事者が提出した証拠には、以下の記載がなされている。　 
　乙第１５号証には、　 
「喘息の病因における末梢血単球および肺胞マクロファージの関与の証拠は、末梢血単球の機能研究、ならびに、気管支肺胞洗浄サンプルの液体および細胞相の分析によって、そして、より最近では、生体の気管支内生検から得られた組織学的材料によってもたらされた。」（第２０１頁左欄第３−１０行）と記載されている。　 
　また、第１優先日後に公開された文献である乙第３１号証にも、「総合すると、これらのデータは、ＣＣＲ５およびＲＡＮＴＥＳ／ＣＣＬ５は、マウスモデルでの慢性の真菌による喘息の発症および維持に重要な寄与をする」（第２３０頁右欄下から４−１行）と記載されている。また、乙第３１号証第２２８頁右欄下から１４−１３行には「肺Ｔ細胞は豊富にＣＣＲ５を発現する」と記載されている。　 
　 
（４）−３　上記主張について検討する。　 
　まずア）の主張について検討する。　 
　乙第１５号証の記載から、基礎出願１の優先日前に、喘息が生じる一つの機構としてマクロファージの走化が考えられ得たとしても、上記Ｖ−２−１で指摘したとおり、基礎出願１の記載から８８Ｃがマクロファージの走化を誘引することが明らかであるといえない以上、当該疾患とマクロファージの関連が第１優先日前に知られていたことをもって、８８Ｃが当該疾患と関連するものであるということはできない。　 
　 
　さらにイ）の主張について検討する。　 
　上記指摘のとおり、第１優先日後に公開された文献である乙第３１号証には、マクロファージなる記載はなく、むしろＣＣＲ５の発現部位としてＴ細胞が記載されていることから、第１優先日後の文献をもっても、ＣＣＲ５によるマクロファージの過剰走化により喘息が発症することが、被請求人の提出した証拠により明らかであるということはできない。　 
　 
５．小括　 
　以上のとおりであるから、基礎出願１には、８８Ｃがアテローム性動脈硬化症、慢性関節リウマチ、腫瘍生長抑制および喘息という特定の疾患の処置のための療法の開発に利用可能であることが開示されていたということはできない。　 
　なお、被請求人の提出した本件出願日以後の文献によっても、８８Ｃによるマクロファージ過剰走化誘引によって、アテローム性動脈硬化症、慢性関節リウマチ、または、喘息が発症することが裏付けられているということもできない。　 
　 
Ｖ−２−３　基礎出願１の記載から、当業者は、８８Ｃのアンタゴニストがマクロファージ機能の異常に起因する疾患に対する有効な治療薬となることを理解するという主張（Ｂ−３）について　 
１．被請求人は答弁書第４２頁において、たとえＣＣケモカインのうちどの種類のものがリガンドとなるかが具体的に特定されていなかったとしても、本件特許の基礎出願１の明細書に接した本件第１優先日前の当業者は、本件発明に係る８８Ｃ（ＣＣＲ５）のみを用いて、８８Ｃ（ＣＣＲ５）に対するアンタゴニストを調製することができ、これが上記のマクロファージ機能の異常に起因して生じる多くの疾患に対する有効な治療薬となることを理解することができた旨主張している。　 
　具体的には、被請求人は陳述要領書（１）第１５−１７頁において、以下のように主張している。　 
　ア）そもそも本件特許発明の８８Ｃ（ＣＣＲ５）はオーファンレセプターではなく、そのリガンドがＣＣケモカイン、特に「ＲＡＮＴＥＳ、ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１β、およびＭＣＰ−１の全て、または、これらのいくつか」であることを、第１優先日前の技術常識を参酌して基礎出願１の明細書を読むことによって理解できるため、当業者は、これらをリガンド候補として実験することが可能であり、８８Ｃのアゴニストおよびアンタゴニストをスクリーニングするためには、請求人が最近開発されたというオーファンレセプターのアゴニストおよびアンタゴニストをスクリーニングする方法を適用する必要がない。　 
　また、請求人は、リガンドの同定をすることなくアゴニスト・アンタゴニストを同定する方法が最近開発されたと主張しているが、ＯＲＬ１受容体のアゴニストおよびアンタゴニストは、リガンドが発表される以前に同定されているから（乙第４９号証）、請求人の主張は誤りである。　 
　 
　イ）第１優先日前の技術常識を斟酌して基礎出願１の明細書を読むことによって本件特許発明の８８Ｃ（ＣＣＲ５）が走化（特にマクロファージの走化）に関与することが理解できたうえに、マクロファージの走化を測定する実験系が第１優先日当時に確立していたのであるから、そのような第１位優先日に技術常識として確立していた実験系を用いて、アゴニストやアンタゴニストをスクリーニングすることが可能である。　 
　 
　ウ）基礎出願１の明細書には、「これらの新規受容体の利用可能性により、ケモカインまたはケモカイン受容体機能の治療用モジュレーターの開発のための手段が提供されよう。アテローム性動脈硬化症、慢性関節リウマチ、腫瘍生長抑制、喘息、及び他の炎症性病態の処置のための療法における、かかるモジュレーターの有用性が本発明によって企図される。あるいは、ケモカイン受容体の断片もしくは変異体、またはそれら受容体を認識する抗体が、前記療法に関わるものとして企図される。」（甲第１号証第４頁第１６−２０行）と記載され、また、「本発明において企図される特異的受容体へのケモカインの結合のモジュレーターは、ケモカインもしくは受容体に対して作製された抗体、生物学的もしくは化学的小分子、またはケモカインもしくは受容体の断片に対応する合成ペプチドが包含されうる。」（甲第１号証第９頁第１０−１３行）と記載されるように、ケモカインの受容体への結合に影響を与える物質である「モジュレーター」の代表例として受容体に対する抗体が記載されている。そして、基礎出願１の明細書では、８８Ｃのクローニングおよび発現に成功している以上、その抗体を取得することも容易である。　 
　　 
２．上記Ｖ−２−１およびＶ−２−２で検討した通り、基礎出願１の記載に基づき、当業者は、８８Ｃがマクロファージの走化を誘導するものであるとも、８８Ｃがマクロファージの異常に起因する疾患に関与するものであるとも理解するとはいえないため、主張（Ｂ−３）による８８Ｃの有用性を認めることはそもそもできないが、以下、仮に８８Ｃはマクロファージを過剰に走化するものであることが明らかであったという前提で、上記主張について検討する。　 
　 
（１）上記主張ア）について　 
　受容体にリガンドが結合して、Ｃａ++流出が起こりマクロファージの走化が誘引されるという被請求人の説示する機構において、受容体に対するアンタゴニストを同定するためには、受容体にリガンドが結合してもたらされるＣａ++流出等に対するアンタゴニスト候補物質の影響の検討が必要である。　 
　被請求人の上記主張ア）は、まず８８Ｃのリガンドを候補から同定し、その上でさらにアンタゴニストのスクリーニングを行うという二段階の作業を強いるものである。そもそも上記Ｖ−１で検討したように、８８Ｃのリガンドが「ＲＡＮＴＥＳ、ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１β、およびＭＣＰ−１の全て、または、これらのいくつか」であることが基礎出願１に開示されていたと認めることもできず、基礎出願１には、当業者が８８Ｃを使用して、容易にアンタゴニストを調製することができる程度に開示されていたということはできない。　 
　 
　また、ＯＲＬ１受容体のリガンドは、１９９５年１０月に最初に発表されているが、そのアゴニストおよびアンタゴニストは、それ以前の１９９４年に同定されているとの主張については、乙第４９号証には、「ＯＲＬは、κ−オピオイド受容体においてダイノルフィンの高親和性結合のために必要とされる特に酸性細胞外ループ２において、オピオイド受容体と構造的に相同であり、これは、そのリガンドがダイノルフィンと類似しているペプチドであろうことを示唆している。」（第５３２頁右欄第１８−２２行）と記載されるように、そもそも乙第４９号証はリガンドの構造が全く不明な場合にアンタゴニストやアゴニストをスクリーニングすることが可能であることを示す文献ではない。上記Ｖ−１で述べたとおり、そもそも基礎出願１にはいずれのリガンドによっても８８ＣによるＣａ++流出が確認されておらず、８８Ｃのリガンドが明らかであったということはできないから、いかなる化合物をアゴニストやアンタゴニストの候補とすべきか不明であり、当該文献の記載をもって、本件特許発明においてリガンドが不明である８８Ｃのアゴニストおよびアンタゴニストを第１優先日前の技術常識に基づいて当業者が容易に取得できたということはできない。　 
　 
（２）上記主張イ）について　 
　被請求人が８８Ｃについて主張するマクロファージ上のケモカイン受容体に対するリガンド結合によるマクロファージの走化という機構については、例えば甲第１８号証には、「ＭＣＰ−１受容体（注．これは８８Ｃとは異なるものである）が、単球／マクロファージ浸潤が重要な役割を果たす疾患の治療における重要な標的となる可能性がある」（第２７５６頁左欄下から１１−８行）と記載されているように、８８Ｃが唯一のマクロファージ走化に関与するＣＣケモカイン受容体であるということもできないため、マクロファージの走化に対する８８Ｃのアゴニストやアンタゴニストをスクリーニングするためには、実験に用いるマクロファージ上に存在し得る８８Ｃ以外のケモカイン受容体によるＣａ++流出を抑える等の処置を施すという、詳細な実験系が必要なことは明らかである。　 
　したがって、たとえマクロファージの走化を測定する実験系が第１優先日前に確立していたとしても、基礎出願１の記載及び第１優先日前の技術常識に基づいて、当業者が８８Ｃのアンタゴニスト及びアゴニストを容易に取得できたということはできない。　 
　また仮に基礎出願１の記載に基づき８８Ｃが唯一のマクロファージ走化に関与する受容体であるような実験系を構築することができたとしても、上記Ｖ−１で述べたとおり、そもそも基礎出願１にはいずれのリガンドによっても８８ＣによるＣａ++流出が確認されておらず、８８Ｃのリガンドが明らかであったということはできないから、いかなる化合物をアゴニストやアンタゴニストの候補とすべきか不明であり、基礎出願１の記載に基づき、当業者は、当該実験系を用いることにより、容易に８８Ｃのアゴニストやアンタゴニストをスクリーニングすることができるとはいえない。　 
　 
（３）上記主張ウ）について検討する。　 
　被請求人は、ケモカイン受容体に対する抗体は基礎出願１明細書の実施例４に記載の細胞系を用いて調製可能であり、得られた抗体の中から、８８Ｃに対する抗体の中で、馴化培地によるマクロファージの走化性を阻害する抗体や、候補リガンド（例えば、ＲＡＮＴＥＳ，ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１β、およびＭＣＰ−１の全て）による作用（Ｃａ++流出やホスファチジルイノシトール加水分解）を阻害する抗体を選択することは容易であると主張している。 
　なるほど、基礎出願１の記載に基づいて当業者が８８Ｃに対する抗体を取得すること自体は容易になしえたであろうということはできる。 
　しかしながら、アンタゴニスト抗体については、乙第３８号第６頁に「マクロファージの走化性は、ＣＣＲ５とＣＣケモカインとの結合によって開始する事象ですが、マクロファージに対してＣＣＲのアンタゴニスト（例えば、中和抗体）を適用することによって、その走化性は抑制されます。」と記載されるように、その抗体がアンタゴニスト活性を有するか否かを決定するためには、まず８８Ｃに対するリガンドを決定した上で、当該リガンドが結合することにより生じるＣａ++流出やマクロファージの走化に対して抗体が与える影響を調べる必要があることは明らかである。　 
　また、アゴニスト抗体なるものについては、仮に８８Ｃがマクロファージの走化誘引という機能を有することが知られていることを前提とすれば、理論的にはスクリーニングが可能であるということもできようが、一般的にアゴニスト抗体なるものは単にリガンドの結合を阻害するものではなく、リガンドが結合した場合と同様のシグナル伝達を生じさせるものであるから、通常様々な受容体に対して過度な実験を要することなく取得できるようなものではないため、アゴニスト抗体なるものを基礎出願１の記載に基づいて当業者が容易に取得できたということはできない。　 
　 
３．小括　 
　以上のとおりであるから、基礎出願１の記載から、８８Ｃのアンタゴニストがマクロファージ機能の異常に起因する疾患に対する有効な治療薬となることは明らかであり、基礎出願１には、８８Ｃのリガンドが具体的に特定されていなくともそのような治療薬のスクリーニングに８８Ｃを使用できるような開示がされていたということはできない。　 
　 
Ｖ−３　被請求人が主張する以外の８８Ｃの有用性について　 
　さらに、被請求人が主張する以外の８８Ｃの有用性、すなわち技術的に意味のある特定の用途が推認できる機能が、基礎出願１に開示されていたということができるかという点について検討する。　 
　 
１．８８ＣがＣＣケモカイン受容体である可能性があるという点について　 
　仮に被請求人が主張するように、基礎出願１に基づき８８ＣがＣＣケモカイン受容体である可能性が示唆されていたという場合、「ＣＣケモカイン受容体である可能性がある」というのみで、８８Ｃについて技術的に意味のある特定の用途が開示されていたかという点について検討する。　 
　 
　基礎出願１には、既知のケモカインはアミノ酸配列の比較によって、ＣＸＣとＣＣに分けられており、ＣＣケモカインは単球、リンパ球、好塩基球、及び好酸球に影響を及ぼす傾向があることが報告されていること（甲第１号証第２頁第１２−１７行）、および、「ケモカイン及びその活性の広範なる多様性のゆえに、ケモカインに対して多くの受容体が存在する」（甲第１号証第４頁第１０−１１行）ことが記載されている。　 
　 
　乙第１９号証第５頁表４には、「ヒトβケモカインファミリーメンバーのｉｎ　ｖｉｔｒｏ効果」が記載されており、例えば、βケモカイン（すなわちＣＣケモカイン）であるＭＣＰ−１およびＭＩＰ−１αについては以下のように記載されている。　 
　 
ＭＣＰ−１　 
　標的が単球：走化性、スーパーオキシドアニオン放出の増加、細胞質Ｃａ++の増加、内皮細胞および細胞外マトリクスタンパク質への付着の増加、Ｎ−アセチル−β−グルクロナミニダーゼの増加、細胞増殖抑制増強活性の増加、細胞内カルシウムの増加、アラキドン酸放出の誘発　 
　標的がＴ細胞：走化性　 
　標的が肥満細胞：走化性、ヒスタミン放出　 
　標的が好塩基球：走化性、ヒスタミン放出の増加、細胞内カルシウムの増加、ロイコトリエン放出の増加　 
　標的が幹細胞：未熟骨髄系前駆細胞のコロニー形成の抑制　 
　 
ＭＩＰ−１α　 
　標的が単球：走化性、呼吸性バーストの増加、細胞内カルシウムの増加 
　標的がＴ細胞：走化性、細胞外マトリクスタンパク質およびサイトカインで活性化された内皮細胞単層への付着の増加、コラゲナーゼ放出の増加、腫瘍細胞標的のＣＴＬ殺傷の増加、抗−ＣＤ３媒介性増殖の阻害　 
　標的がＢ細胞：走化性　 
　標的がＮＫ細胞：走化性、腫瘍標的の殺傷の増加、細胞外マトリクスタンパク質への付着の増加　 
　標的が肥満細胞：走化性、ヒスタミン放出　 
　標的が好酸球：走化性、カチオン性タンパク質の放出の増加、細胞内カルシウムの増加　 
　標的が好塩基球：走化性、ヒスタミン放出　 
　標的が幹細胞：未熟骨髄系前駆細胞のコロニー形成の抑制　 
　標的が好中球：細胞内カルシウムの少量の増加、形態変化の促進　 
　 
　このように、ＣＣケモカインは一般的に白血球の走化性を有するものであるということができたとしても、白血球の走化により奏される効果は多岐にわたるものであることもまた、第１優先日前の技術常識である。また、上記乙第１９号証によれば、ＣＣケモカインの種類によって走化性を与える細胞の種類は異なり、同じ細胞であってもケモカインの種類によって効果は様々なものであろうことが、第１優先日前の技術常識であったといえる。　 
　 
　すると、８８Ｃが単にＣＣケモカイン受容体である可能性があるというのみでは、当該受容体にどのようなＣＣケモカインが結合して、どのような細胞にどのような効果が奏されるかが不明なため、８８Ｃについて技術的に意味のある特定の用途が開示されていたということはできない。　 
　 
２．８８Ｃは炎症性疾患に関連するタンパク質であるという点について　 
　基礎出願１の疾病に関する記載から、８８Ｃは炎症性疾患に関連するタンパク質である可能性があると認識できたとして、「炎症性疾患に関連する」というのみで、８８Ｃについて技術的に意味のある特定の用途が開示されていたかという点について検討する。　 
　 
　請求人が弁駁書において主張するように、一般的にケモカインが白血球の遊走にかかわるものである以上、「ケモカイン受容体が、その全般的作用として、免疫システム、炎症反応に関与している」と概括的に言えるのは、当然のことである。　 
　 
　しかしながら、免疫システムや炎症反応は基本的かつ広範な概念であるので、ある免疫システムや炎症反応が、体内のどこかの段階で何らかの関与をしている可能性があるとしても、８８Ｃが広範な免疫・炎症反応のうち、どのような段階のどのような作用を有するのかが全く不明である。してみれば、このような免疫・炎症反応への関与をもってして、何らかの疾患あるいは治療法、治療薬への結びつきが認識されるものではなく、技術的に意味のある特定の用途が示されているとはいえない。　 
　 
　すると、８８Ｃが炎症性疾患に関連するタンパク質である可能性が認識できたとしても、そのことのみで、技術的に意味のある特定の用途に使用可能であるとはいえない。 
　 
３．小括　 
　したがって、基礎出願１には８８Ｃについて被請求人が主張する以外の技術的に意味のある特定の用途が推認できる機能が開示されていたということもできない。　 
　 
Ｖ−４　総括　 
　以上のとおりであるから、基礎出願１には８８Ｃについて技術的に意味のある特定の用途が推認できる機能が開示されていたとはいえないため、８８Ｃに関する本件特許の請求項１−１４に係る発明について基礎出願１に基づくパリ条約による優先権主張の効果を認めることはできない。　 
　したがって、本件特許の請求項１−１４に係る発明について、新規性・進歩性の判断の基準日は、早くとも基礎出願２の出願日である１９９６年６月７日である。　 
　 
　 
ＶＩ　引用例に記載された発明との対比・判断　 
１．引用例　 
　第２基礎米国出願の出願日（１９９６年６月７日）の前に頒布された刊行物であるBiochemistry 1996, 35, 3362-3367（発行日：１９９６年３月１９日）（甲第１１号証）には、以下の記載がなされている。　 
　 
（ア）３３６２頁の要約の２〜１８行　 
　本稿ではChemR13と命名された新規CC-ケモカイン受容体をコードするヒト遺伝子のクローニングについて説明する。この遺伝子は352個のアミノ酸からなるタンパク質をコードしているが、その分子量の計算値は40600Daであり、N結合型糖鎖付加を受ける可能性のある部位を1箇所有している。（略）　 
　CHO-K1細胞株に安定的にトランスフェクトし、ヒトChemR13を機能的に発現させた。ケモカインに対する生理学的反応はマイクロフィジオメーターを用いてモニターした。マクロファージ炎症性タンパク質-1α（MIP-1α）が最も強力なアゴニストであった。MIP-1βとRANTESもまた生理学的条件下でアゴニスト活性があった。（略）　 
従ってChemR13は増加しつつあるケモカイン受容体ファミリーの新しい一員であり、免疫ならびに炎症のプロセスに関わる細胞の動員を媒介するものである。この分類中で５番目に機能が判明した受容体であることから、この新規CC-ケモカイン受容体（CC-CKR）を暫定的にCC-CKR5と命名した。　 
　 
（イ）３３６３頁　左欄下から２７行〜右欄６行　 
　クローニングおよび配列決定。（略）ラムダＤＡＳＨベクター内に構築されたヒトゲノムＤＮＡライブラリ（Stratagene, La Jolla, CA）についてはＭＯＰ０２０（５１１ｂｐ）プローブを用いて厳しくない条件でスクリーニングした（Sambrook et al., 1989）。陽性クローンを均一になるまで精製し、サザンブロッティングで分析した。遺伝子座の制限酵素地図を決定し、関連する４４００ｂｐのＸｂａＩ断片をpBluescript SK+(Stratagene)中にサブクローニングした。（略） 
　細胞株における発現。それぞれＢａｍＨＩならびにＸｂａＩ認識配列を含むプライマーを用いて、コード領域全体を１０５６塩基断片としてＰＣＲにより増幅し、真核細胞発現ベクターｐｃＤＮＡ３（Invitrogen, San Diego, CA）の対応する部位にクローニングした。・・・（中略）・・・ＣＨＯ−Ｋ１細胞はＨａｍ‘ｓＦ１２培地を用いて培養したが、これは既報に従った（略）。・・・（中略）・・・ＣｈｅｍＲ１３受容体発現レベルの評価は、細胞から調製した総ＲＮＡに対するノーザーンブロッティングによって対応する転写産物を検出することにより行った。　 
　 
（ウ）３３６４頁左欄第９−２１行　 
　第二のハイブリダイゼーション領域を含む代表的クローンの４．４ｋｂのＸｂａＩ断片を、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ　ＳＫ＋中にサブクローニングした。配列を決定することにより新しい遺伝子であることが判明し、ＣｈｅｍＲ１３と命名されたが、これはＭＯＰ０２０プローブと８４％同一性を共有することから、ＭＯＰ０２０はＣｈｅｍＲ１３のマウス相同分子種であると考えられる。（略）　ＣｈｅｍＲ１３の配列から、３５２コドンから成り４０６００Ｄａのタンパク質をコードする単一のオープンリーディングフレーム（図１）が判明した。　 
　 
（エ）３３６４頁右欄第５−８行　 
　関係するＣＣ−ＣＫＲ１やＩＬ−８受容体と同じく（Holmes et al., 1991; Murphy  Tiffany 1991; Neote et al., 1993; Gao et al., 1993）、ChemR13のコード領域はイントロンを保有しないようである。　 
　 
（オ）３３６４頁上段　 
図１．新しいヒトケモカイン受容体ＣｈｅｍＲ１３の一次構造。・・・・・・・・・　 
・・・・・・新規受容体をコードするヌクレオチド配列は、Genbank/EMBLデータライブラリーに受入番号Ｘ９１４９２で登録されている。　 
　 
　なお、参照として甲第１１号証に包含される、第２優先権主張日前に登録され、アクセス可能となった、１９９６年７月１５日のリバイス以前のＸ９１４９２（甲第１０号証の１と同一である）の情報は以下のとおりである。　　 
LOCUS HSCCCKR4G 1376 bp DNA linear PRI 12-APR-1996 
DEFINITION H.sapiens CC-CKR4 gene. 
ACCESSION X91492 
VERSION X91492 GI:1262810 
KEYWORDS cc-chemokine receptor type 4; Ccckr-4 gene. 
SOURCE Homo sapiens (human) 
ORGANISM Homo sapiens 
Eukaryotae; mitochondrial eukaryotes; Metazoa; Chordata; 
Vertebrata; Eutheria; Primates; Catarrhini; Hominidae; Homo. 
REFERENCE 1 (bases 1 to 1376) 
AUTHORS Samson,M., Labbe,O., Mollereau,C., Vassart,G. and Parmentier,M. 
TITLE Molecular cloning and functional expression of a new CC-chemokine 
receptor gene, CC-CKR5 
JOURNAL Biochemistry 11, 3362-3367 (1996) 
REFERENCE 2 (bases 1 to 1376) 
AUTHORS Parmentier,M. 
TITLE Direct Submission 
JOURNAL Submitted (14-SEP-1995) M. Parmentier, Universite Libre de 
Bruxelles, I R I B H N ULB Campus Erasme, 808 Route de Lennik, 1070 
Bruxelles, BELGIUM 
FEATURES Location/Qualifiers 
source 1..1376 
/organism=Homo sapiens 
/mol_type=unassigned DNA 
/db_xref=taxon:9606 
/clone=CC-CKR4 
/clone_lib=lambda DASHII 
gene 240..1298 
/gene=CC-CKR4 
CDS 240..1298 
/gene=CC-CKR4 
/codon_start=1 
/product=CC-chemokine receptor 4 
/protein_id=1262811 
/db_xref=GI:1262811 
/translation=MDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFG 
FVGNMLVILILINCKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQ 
LLTGLYFIGFFSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFAS 
LPGIIFTRSQKEGLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGIL 
KTLLRCRNEKKRHRAVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLD 
QAMQVTETLGMTHCCINPIIYAFVGEKFRNYLLVFFQKHIAKRFCKCCSIFQQEAPER 
ASSVYTRSTGEQEISVGL 
ORIGIN  
1 gaattccccc aacagagcca agctctccat ctagtggaca gggaagctag cagcaaacct 
61 tcccttcact acaaaacttc attgcttggc caaaaagaga gttaattcaa tgtagacatc 
121 tatgtaggca attaaaaacc tattgatgta taaaacagtt tgcattcatg gagggcaact 
181 aaatacattc taggacttta taaaagatca ctttttattt atgcacaggg tggaacaaga 
241 tggattatca agtgtcaagt ccaatctatg acatcaatta ttatacatcg gagccctgcc 
301 aaaaaatcaa tgtgaagcaa atcgcagccc gcctcctgcc tccgctctac tcactggtgt 
361 tcatctttgg ttttgtgggc aacatgctgg tcatcctcat cctgataaac tgcaaaaggc 
421 tgaagagcat gactgacatc tacctgctca acctggccat ctctgacctg tttttccttc 
481 ttactgtccc cttctgggct cactatgctg ccgcccagtg ggactttgga aatacaatgt 
541 gtcaactctt gacagggctc tattttatag gcttcttctc tggaatcttc ttcatcatcc 
601 tcctgacaat cgataggtac ctggctgtcg tccatgctgt gtttgcttta aaagccagga 
661 cggtcacctt tggggtggtg acaagtgtga tcacttgggt ggtggctgtg tttgcgtctc 
721 tcccaggaat catctttacc agatctcaaa aagaaggtct tcattacacc tgcagctctc 
781 attttccata cagtcagtat caattctgga agaatttcca gacattaaag atagtcatct 
841 tggggctggt cctgccgctg cttgtcatgg tcatctgcta ctcgggaatc ctaaaaactc 
901 tgcttcggtg tcgaaatgag aagaagaggc acagggctgt gaggcttatc ttcaccatca 
961 tgattgttta ttttctcttc tgggctccct acaacattgt ccttctcctg aacaccttcc 
1021 aggaattctt tggcctgaat aattgcagta gctctaacag gttggaccaa gctatgcagg 
1081 tgacagagac tcttgggatg acgcactgct gcatcaaccc catcatctat gcctttgtcg 
1141 gggagaagtt cagaaactac ctcttagtct tcttccaaaa gcacattgcc aaacgcttct 
1201 gcaaatgctg ttctattttc cagcaagagg ctcccgagcg agcaagctca gtttacaccc 
1261 gatccactgg ggagcaggaa atatctgtgg gcttgtgaca cggactcaag tgggctggtg 
1321 acccagtcag agttgtgcac atggcttagt tttcatacac agcctgggct gggggt 
　　 
　ＣＤＳ：２４０．．１２９８との記載から、Ｘ９１４９２には、cc-chemokine receptor type 4; Ccckr-4 geneと表記される、上記塩基配列の240位−1298位の塩基配列で表される遺伝子を含むポリヌクレオチドが開示されているといえる。　 
　 
（カ）第３３６６頁右欄下から１１行−第３３６７頁左欄第７行　 
　ノーザンブロット分析。（略）ＣｈｅｍＲ１３トランスクリプト（４．４ｋｂ）が検出されたのはＫＧ−１Ａ前骨髄芽球細胞株だけであり、前骨髄性細胞株のＨＬ−６０、ＰＢＭＣ、その他試験を行った細胞株においては検出されなかった。　 
　 
２．本件特許発明と先行技術発明との対比　 
（１）本件請求項１−１４に係る発明は、特許明細書の特許請求の範囲の請求項１−１４に記載された、以下のとおりのものである。　 
「【請求項１】配列番号:2に示されるケモカイン受容体88Cのアミノ酸配列をコードする、精製及び単離されたポリヌクレオチド。　 
【請求項２】前記ポリヌクレオチドがDNAである請求項１記載のポリヌクレオチド。 
【請求項３】前記ポリヌクレオチドがゲノミックDNAである請求項２記載のポリヌクレオチド。 
【請求項４】前記ポリヌクレオチドがcDNAである請求項２記載のポリヌクレオチド。 
【請求項５】前記cDNAが配列番号:1に示されるDNAを含む、請求項４記載のポリヌクレオチド。 
【請求項６】前記ポリヌクレオチドが、全体または部分的に化学合成されたDNAである請求項１記載のポリヌクレオチド。 
【請求項７】請求項２記載のDNAのRNA転写物。 
【請求項８】請求項２記載のDNAを含む、生物学的機能を有するDNAベクター。 
【請求項９】前記DNAが、DNA発現制御配列と作動可能に連結されている請求項８記載のベクター。 
【請求項１０】前記DNAの発現を許容するように、請求項２記載のDNAを用いて安定に形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。 
【請求項１１】88Cポリペプチドを製造するための方法であって、以下の工程すなわち、請求項10記載の宿主細胞を好適な普通培地中で生育し、そして該細胞または培地から前記ポリペプチドを単離する工程を含む方法。 
【請求項１２】配列番号:1に示されるポリヌクレオチドの相補体とストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズし、且つ配列番号:2に示される88Cのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。 
【請求項１３】配列番号:2に示されるケモカイン受容体88Cのアミノ酸配列を含み、ケモカイン受容体88Cとして作用する、精製及び単離されたポリペプチド。 
【請求項１４】請求項１または12記載のポリヌクレオチドによってコードされる、精製及び単離されたポリペプチド。」　 
　 
（２）請求項１、２、３に係る発明について　 
　上記（イ）、（ウ）、（オ）で指摘のとおり、甲第１１号証には、ヒトゲノムＤＮＡ由来のＣｈｅｍＲ１３のコード領域を含む４４００ｂｐのＸｂａＩ断片、および、当該断片によりコードされるＣｈｅｍＲ１３のアミノ酸配列（図１）が記載されており、甲第１１号証の４４００ｂｐのＸｂａＩ断片は、図１に記載されるアミノ酸配列を有するＣｈｅｍＲ１３をコードするポリヌクレオチドであるといえる。　　 
　また、上記（ア）で指摘のとおり、甲１１号証には、ＭＩＰ−１α、ＭＩＰ−１βおよびＲＡＮＴＥＳが、ＣｈｅｍＲ１３に対してアゴニスト活性を有するもの、すなわちリガンドであることも記載されている。　 
　そして、甲第１１号証の図１に記載されるアミノ酸配列は、本件特許の配列番号：２に示されるケモカイン受容体８８Ｃのアミノ酸配列と同一である。　 
　本件特許の請求項１に記載される発明と、甲第１１号証に記載された発明を対比すると、リガンドへの結合能およびアミノ酸配列からみて、甲第１１号証の「ケモカイン受容体ＣｈｅｍＲ１３」は、本件特許の請求項１３に記載の「ケモカイン受容体８８Ｃ」に相当し、　 
両者は、「配列番号：２に示されるケモカイン受容体８８Ｃのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド」である点で一致するものである。　 
　ここで、本件特許の請求項１に係る発明は、「精製及び単離された」ポリヌクレオチドに関するものであるが、甲第１号証に記載されているように４４００ｂｐのＸｂａI断片をクローニングしたことは、当該ポリヌクレオチドが精製および単離されたことに他ならない。なお、仮に上記クローニングがポリヌクレオチドの精製および単離にあたらないとしても、ポリヌクレオチドを単離・精製することは、当業者に期待しうる程度を越える試行錯誤や複雑高度な実験等を行うことを要するものではなく、常法により適宜なしえたことと認められる。　 
　したがって、本件特許の請求項１に係る発明は、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、甲第１１号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に想到し得たものである。　 
　 
　また、上述のとおり、４４００ｂｐのＸｂａＩ断片はゲノムＤＮＡ由来のポリヌクレオチドであるから、本件特許の請求項２に係る発明と甲第１１号証に記載された発明とは、さらにポリヌクレオチドがＤＮＡである点で一致するものである。また、本件特許の請求項３に係る発明と甲第１１号証に記載された発明とは、さらにポリヌクレオチドがゲノミックＤＮＡである点で一致するものである。　 
　したがって、本件特許の請求項２および３に係る発明も同様の理由により、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、甲第１１号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に想到し得たものである。　 
　　 
（３）請求項４に係る発明について　 
　本件特許の請求項４に係る発明は、ポリヌクレオチドがｃＤＮＡである請求項２記載のポリヌクレオチドに関するものである。　 
　 
　上記（イ）および（エ）で指摘のとおり、甲第１１号証には、ＢａｍＨＩおよびＸｂａＩ認識配列を含むプライマーを用いてＰＣＲによりゲノムから増幅された１０５６ｂｐの断片が、ＣｈｅｍＲ１３のすなわち８８Ｃのイントロンを含まないコード領域全体に対応するものであることが記載されている。　 
　また、上記（オ）で指摘の甲第１１号証に参照として含まれるＧｅｎＢａｎｋ／ＥＭＢＬデータライブラリー受入番号Ｘ９１４９２には、甲第１１号証の図１に記載されるアミノ酸配列を翻訳配列とするポリヌクレオチド、すなわち、８８Ｃをコードするポリヌクレオチドの具体的な塩基配列が開示されている。当該塩基配列においてＣＤＳとして表記される領域内の１２９６−１２９８位は、アミノ酸配列との対応およびその塩基配列（ＴＧＡ）からストップコドンであって、ポリペプチドとして翻訳されないものであることも明らかであるから、Ｘ９１４９２に開示される塩基配列のＣＤＳと表記される２４０−１２９８の領域中の２４０−１２９５位の塩基配列が、ＣｈｅｍＲ１３すなわち８８Ｃのコード領域の配列であるということができる。　 
　すると、甲第１１号証には、Ｇｅｎｂａｎｋ／ＥＭＢＬデータライブラリーのアクセション番号Ｘ９１４９２に開示される２４０−１２９５位の塩基配列を有する、図１のアミノ酸配列を翻訳配列とする、８８Ｃをコードする１０５６ｂｐのポリヌクレオチド断片が記載されているといえる。　 
　 
　本件特許の請求項４に係る発明と、甲第１１号証の８８Ｃをコードする１０５６ｂｐのＤＮＡに関する発明を対比すると、　 
　両者は、「配列番号：２に示されるケモカイン受容体８８Ｃのアミノ酸配列をコードする、ポリヌクレオチド」である点で一致するものであり、　 
　本件特許の請求項４に係る発明はポリヌクレオチドがｃＤＮＡであるのに対して、甲第１１号証に記載された発明ではポリヌクレオチドがＤＮＡである点で、また、本件特許の請求項４に係る発明は、ポリヌクレオチドが精製及び単離されたものであるのに対し、甲第１１号証に記載された発明ではポリヌクレオチドが精製及び単離されたものであることは明記されていない点で、一応相違するものである。　 
　 
　しかしながら、ｃＤＮＡはＤＮＡと化学物質として何ら異なるものではない。　 
　また、上記（イ）で指摘のとおり、甲第１１号証に記載の１０５６塩基のＤＮＡ断片は、発現ベクターにクローニングされたものであり、これは、当該ＤＮＡは精製および単離されたものであることに他ならない。なお、仮に上記クローニングがＤＮＡの精製及び単離にあたらないとしても、ＤＮＡを単離・精製することは、当業者に期待しうる程度を越える試行錯誤や複雑高度な実験等を行うことを要するものではなく、常法により適宜なしえたことと認められる。　 
　したがって、本件特許の請求項４に係る発明は、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、甲第１１号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に想到し得たものである。　 
　 
（４）請求項５に係る発明について　 
　本件特許の請求項５に係る発明は、ｃＤＮＡが配列番号：１に示されるＤＮＡを含む、請求項４に記載のポリヌクレオチドに係る発明である。　 
　上記２．（３）での検討、および、甲第１１号証に開示の１０５６塩基断片に対応する塩基配列と、本件特許の配列番号：１の５５−１１１０位の塩基配列が同じであることをふまえると、両者は、「配列番号：１の５５−１１１０位の塩基配列を有する」ものである点でさらに一致するものであり、　本件特許の請求項５に係る発明は、ポリヌクレオチドが３３８３塩基からなる配列番号：１の全長ＤＮＡを含むものであるのに対して、甲第１１号証に記載された発明は、全長が１０５６塩基からなるＤＮＡである点で相違するものである。　　 
　 
　上記（カ）で指摘のとおり、甲第１１号証には、ノーザンブロット分析の結果、前骨髄芽細胞（ＫＧ−１Ａ）において、ＣｈｅｍＲ１３すなわち８８Ｃのトランスクリプトが検出されたことが記載されている。　 
　タンパク質をコードするポリヌクレオチドを取得しようとする際に、イントロンを含まないｃＤＮＡを取得しようとすることは、当該分野において広く行われていることである。また、タンパク質をコードするポリヌクレオチドの部分配列等に基づいて、プローブを作製し、ｃＤＮＡライブラリーから取得することも、第１優先日前の当該分野における技術常識である。　 
　 
　これを本件についてみると、甲第１１号証に記載のゲノミックＤＮＡには、上記（エ）で指摘のとおり、イントロンを保有しない８８Ｃのコード領域が含まれていることから、８８Ｃについてあえてコード領域に対応するｃＤＮＡを取得しなければならない必然性が高いとはいえないとしても、コード領域を含むｃＤＮＡを取得しようとすることは当業者が適宜なしえる範囲内の事項であるから、甲第１１号証に記載のＤＮＡの塩基配列に基づくプローブを作成して、甲第１１号証に記載される前骨髄芽細胞（ＫＧ−１Ａ）由来等のｃＤＮＡライブラリーに対するハイブリダイゼーションを行うことにより、８８ＣをコードするｃＤＮＡ、すなわち配列番号：１に示される塩基配列を含むｃＤＮＡを精製・単離することは、当業者が適宜なしえる範囲内の事項である。　 
　そして、本件特許の配列番号：１に示されるＤＮＡを含むｃＤＮＡが、当該具体的な配列を含むことにより、８８Ｃのコード領域を包含しているということ以上の予測しえない有利な効果を奏するものであるということもできない。　 
　したがって、本件特許の請求項５に係る発明は、甲第１１号証に記載された発明に基づいて、当業者が適宜なし得たものである。　 
　 
（５）請求項６に係る発明について　 
　本件特許の請求項６に係る発明はポリヌクレオチドが、全体または部分的に化学合成されたＤＮＡである請求項１に記載のポリヌクレオチドに係る発明であるから、本件特許の請求項６に係る発明は甲第１１号証に記載された発明と、上記２．（２）で検討した点に加え、本件特許の請求項６に係る発明は、ポリヌクレオチドが全体または部分的に化学合成されたＤＮＡであるのに対して、甲第１１号証に記載された発明ではポリヌクレオチドがゲノミックＤＮＡである点で相違するものである。　 
　しかしながら、化学合成されたＤＮＡとゲノミックＤＮＡとは化学物質として何ら異なるものではない。　 
　したがって、上記２．（２）と同様の理由により、本件特許の請求項６に係る発明は、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、甲第１１号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に想到し得たものである。　 
　 
　また、ＤＮＡを化学合成することも当業者が適宜なしえる範囲内の事項であるから、甲第１１号証に開示されるＣｈｅｍＲ１３すなわち８８Ｃのアミノ酸配列、または、それをコードするポリヌクレオチドの塩基配列に対応するＤＮＡを化学合成することも、当業者が適宜なしえる範囲内の事項である。　 
　したがって、本件特許の請求項６に係る発明は、甲第１１号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に想到し得たものである。　 
　 
（６）請求項７に係る発明について　 
　甲第１１号証には、上記（ア）および（イ）で指摘のとおり、ヒトゲノムＤＮＡ由来のＣｈｅｍＲ１３のコード領域を含む１０５６塩基断片をPCRにより増幅し、真核細胞発現ベクターｐｃＤＮＡ３（Invitrogen,　San Diego, CA）の対応する部位にクローニングして、ＣＨＯ―Ｋ１細胞株を安定にトランスフェクトし、ヒトＣｈｅｍＲ１３を機能的に発現したことが記載されている。　 
　本件特許の請求項７に係る発明は、請求項２に記載のＤＮＡのＲＮＡ転写物に係る発明である。ＲＮＡ転写物は、ＤＮＡでトランスフェクトされた細胞内に存在するものであり、また、ＲＮＡ転写物を取得しようとすることも、当業者に期待しうる程度を越える試行錯誤や複雑高度な実験等を行うことを要するものではなく、適宜なしえたことであると認められるから、上記２．（２）と同様の理由により、本件特許の請求項７に係る発明は、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、甲第１１号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に想到し得たものである。　 
　 
　なお、本件特許の明細書中には実施例として、８８Ｃ　ｃＤＮＡを組み換え法によって哺乳動物細胞にて発現させたことは記載されているものの、ＲＮＡ転写物を単離したことについては実施例等の具体的な記載がなされておらず、この点で甲第１１号証と異なるものではない。仮に甲第１１号証の記載から、ＲＮＡ転写物を取得できないというのであれば、本件特許の請求項７に係る発明は、実施可能要件を満たしていないものとなる。　 
　 
（７）請求項８、９、１０、１１に係る発明について　 
（７−１）本件特許の請求項８に係る発明は、請求項２記載のＤＮＡを含む、生物学的機能を有するＤＮＡベクターに関するものである。　　 
　甲第１１号証には、上記（ア）および（イ）で指摘のとおり、ヒトゲノムＤＮＡ由来のＣｈｅｍＲ１３のコード領域を含む１０５６塩基断片をＰＣＲにより増幅し、真核細胞発現ベクターｐｃＤＮＡ３（Invitrogen,　San Diego, CA）の対応する部位にクローニングして、ＣＨＯ―Ｋ１細胞株を安定にトランスフェクトし、ヒトＣｈｅｍＲ１３を機能的に発現したことが記載されている。　 
　なお、発現ベクターｐｃDNA３（Invitrogen）は、挿入されたＤＮＡを発現させるベクターとして用いられるものであり、ＣＭＶプロモーター、Ｔ７プロモーター、Ｓｐ６プロモーター等のプロモーターを含むベクターである。　 
　 
　本件特許の請求項８に係る発明と、甲第１１号証に記載された発明を対比すると、甲第１１号証の「発現ベクター」は、請求項８に記載の「生物学的機能を有するＤＮＡベクター」に相当し、　 
　両者は、「配列番号：２に示されるケモカイン受容体８８Ｃのアミノ酸配列のアミノ酸配列をコードするＤＮＡを含む、生物学的機能を有するＤＮＡベクター」である点で一致するものである。　 
　ここで、本件特許の請求項８に記載のＤＮＡは「精製及び単離された」ものであるが、上記２．（２）及び２．（３）で指摘のとおり、クローニングされたＤＮＡなるものは、単離・精製されたものに他ならず、なお、仮に該クローニングがＤＮＡの精製および単離にあたらないとしても、ＤＮＡを単離・精製することは、当業者に期待しうる程度を越える試行錯誤や複雑高度な実験等を行うことを要するものではなく、適宜なしえたことと認められる。　 
　したがって、本件特許の請求項８に係る発明は、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、甲第１１号証に基づいて当業者が容易に想到し得たものである。　 
　 
（７−２）本件特許の請求項９に係る発明は、前記ＤＮＡがＤＮＡ発現制御配列と作動可能に連結されている請求項８に記載のベクターに係る発明である。　 
　甲第１１号証の記載からでは、ｐｃＤＮＡ３（Invitrogen）発現ベクターの構造が不明であるとしても、当該ベクターが発現ベクターである以上、ベクター内に挿入DNAを作動可能に連結し得る発現制御配列が存在することは明らかであるから、本件特許の請求項９に係る発明と、甲第１１号証に記載された発明を対比すると、　 
　両者は、「配列番号：２に示されるケモカイン受容体８８Ｃのアミノ酸配列のアミノ酸配列をコードするＤＮＡが、ＤＮＡ発現制御配列と作動可能に連結されている、生物学的機能を有するＤＮＡベクター」である点で一致するものである。　 
　ここで、本件特許の請求項９に記載のＤＮＡは「精製及び単離された」ものであるが、上記（７−１）と同様の理由により、本件特許の請求項９に係る発明は、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、甲第１１号証に基づいて当業者が容易に想到し得たものである。　 
　 
（７−３）本件特許の請求項１０に係る発明は、請求項２記載のＤＮＡを用いて安定に形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞に関するものである。　 
　本件特許の請求項１０に係る発明と甲第１１号証に記載された発明を対比すると、甲第１１号証の「安定にトランスフェクトされ、機能的に発現したＣＨＯ細胞株」は、「安定に形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞」に相当し、　 
　両者は、「配列番号：２に示されるケモカイン受容体８８Ｃのアミノ酸配列のアミノ酸配列をコードするＤＮＡの発現を許容するように、該ＤＮＡを用いて安定に形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞」である点で一致するものである。　 
　ここで、本件特許の請求項１０に記載のＤＮＡは「精製及び単離された」ものであるが、上記（７−１）と同様の理由により、本件特許の請求項１０に係る発明は、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、甲第１１号証に基づいて当業者が容易に想到し得たものである。　 
　 
（７−４）本件特許の請求項１１に係る発明は、請求項１０記載の宿主細胞を用いて８８Ｃポリペプチドを製造するための方法に関するものである。　 
　甲第１１号証には、上記（ア）および（イ）で指摘のとおり、ヒトゲノムＤＮＡ由来のＣｈｅｍＲ１３のコード領域を含む１０５６塩基断片をPCRにより増幅し、真核細胞発現ベクターｐｃＤＮＡ３（Invitrogen,　San Diego, CA）の対応する部位にクローニングして、ＣＨＯ―Ｋ１細胞株を安定にトランスフェクトし、ヒトＣｈｅｍＲ１３を機能的に発現したこと、および、ＣＨＯ−Ｋ１細胞はＨａｍ‘ｓＦ１２培地を用いて培養したことが記載されている。　 
　 
　本件特許の請求項１１に係る発明と甲第１１号証に記載された発明を対比すると、甲第１１号証の「Ｈａｍ‘ｓＦ１２培地を用いて培養」は、本件特許の請求項１１に係る発明の「好適な普通培地中で生育」に相当し、　 
　両者は、「ＤＮＡの発現を許容するように、配列番号２に示されるケモカイン受容体８８Ｃのアミノ酸配列をコードするＤＮＡの発現を許容するように、該ＤＮＡを用いて安定に形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞を好適な普通培地中で生育し、ポリペプチドを製造する方法」である点で一致するものであり、　 
　本件特許の請求項１１に係る発明は、細胞又は培地からポリペプチドを単離する工程を含む方法であるのに対して、甲第１１号証には発現したポリペプチドを細胞又は培地から単離することは記載されていない点で一応相違する。　 
　しかし、ポリペプチドをコードするＤＮＡの発現産物を単離することは、当業者に期待しうる程度を越える試行錯誤や複雑高度な実験等を行うことを要するものではなく、常法により適宜なしえたことであると認められる。　 
　したがって、本件特許の請求項１１に係る発明は、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、甲第１１号証に記載された発明から当業者が容易に想到し得たものである。　 
　 
　なお、本件特許の明細書中には実施例として、８８Ｃ　ｃＤＮＡを組み換え法によって哺乳動物細胞にて発現させたこと、および、形質転換細胞を用いてケモカイン受容体活性について機能性アッセイを行ったことは記載されているものの、８８Ｃ自体を精製および単離したことについては実施例等の具体的な記載がなされておらず、この点で甲第１１号証と異なるものではない。仮に甲第１１号証の記載から、８８Ｃを容易に単離できないというのであれば、本件特許の請求項１１に係る発明は、実施可能要件を満たしていないものとなる。　 
　 
（８）請求項１２に係る発明について　 
　本件特許の請求項１２に係る発明は、「配列番号：１に示されるポリヌクレオチドの相補体とストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズし、且つ配列番号：２に示される８８Ｃのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」に係る発明である。　 
　ここで、配列番号：１に示されるＤＮＡを含むｃＤＮＡは、当然「配列番号：１に示されるポリヌクレオチドの相補体とストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズし、且つ配列番号：２に示される８８Ｃのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」であり、本件特許の請求項１２に係る発明に含まれるから、本件特許の請求項１２に係る発明は、上記２．（４）と同様の理由により、甲第１１号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に想到し得たものである。　 
　 
　また、あるタンパク質に対応するアミノ酸配列が既知の場合、当該アミノ酸配列を変異させることなくコドンの変更を行うことも、当該分野において広く行われていることであるから、甲第１１号証に記載される発明において、配列番号：２に示されるケモカイン受容体８８Ｃのアミノ酸配列をコードするものであって、配列番号：１に示されるポリヌクレオチドの相補体とストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするものを取得することは、当業者が甲第１１号証に記載された発明に基づいて容易に想到し得たものである。　 
　 
（９）請求項１３および１４に係る発明について　 
（９−１）請求項１３に係る発明は、配列番号：２に示される８８Ｃのアミノ酸配列を含み、８８Ｃとして作用するポリペプチドに関する発明であり、本件特許の請求項１３に係る発明は、甲第１１号証に記載された発明と、 
　「配列番号２に示されるケモカイン受容体８８Ｃのアミノ酸配列を含み、ケモカイン受容体８８Ｃとして作用するポリペプチド」である点で一致するものである。　 
　 
　ここで、本件特許の請求項１３に係る発明は「精製および単離された」ポリペプチドに関するものであるのに対し、甲第１１号証にはＣｈｅｍＲ１３遺伝子の発現産物を単離・精製したことは記載されていないが、発現産物を単離・精製することは、当業者に期待しうる程度を越える試行錯誤や複雑高度な実験等を行うことを要するものではなく、常法により適宜なしえたことであると認められる。　 
　したがって、本件特許の請求項１３に係る発明は、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、甲第１１号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に想到し得たものである。　 
　　 
　なお、本件特許の明細書中には実施例として、８８Ｃ　ｃＤＮＡを組み換え法によって哺乳動物細胞にて発現させたこと、および、形質転換細胞を用いてケモカイン受容体活性について機能性アッセイを行ったことは記載されているものの、８８Ｃ自体を精製および単離したことについては実施例等の具体的な記載がなされておらず、この点で甲第１１号証と異なるものではない。仮に甲第１１号証の記載から、精製及び単離した８８Ｃを容易に得ることができないというのであれば、本件特許の請求項１３に係る発明は、実施可能要件を満たしていないものとなる。　 
　 
（９−２）本件特許の請求項１４に係る発明は、配列番号２に示されるケモカイン受容体８８Ｃのアミノ酸配列をコードする精製及び単離されたポリヌクレオチド、または、配列番号１に示されるポリヌクレオチドの相補体とストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズし、且つ配列番号２に示される８８Ｃのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドによってコードされる、精製及び単離されたポリペプチドに係る発明である。　 
　ここで、配列番号２に示されるケモカイン受容体８８Ｃのアミノ酸配列をコードする精製及び単離されたポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２に示されるアミノ酸配列に他ならない。　 
　したがって、本件特許の請求項１４に係る発明も、（９−１）と同様の理由により、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、甲第１１号証に記載された発明から当業者が容易に想到し得たものである。　 
　　 
３．総括　 
　よって、本件特許の請求項１−１４に係る発明は、無効理由６に示された理由のとおり、甲第１１号証に実質的に記載された発明であり、または、当該発明に基づいて当業者が容易に想到し得たものであるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、または、同法第２９条第２項の規定により、特許を受けることができないものであり、その特許は同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきものである。　 
　 
　 
第４　むすび　 
　以上のとおりであるから、請求人の主張する他の無効理由について検討するまでもなく、本件特許の請求項１−１４についての特許は、特許法第２９条に違反してされたものであり、特許法第１２３条第１項第２号の規定により、無効とすべきものである。　 
　審判に関する費用については、特許法第１６９条第２項の規定で準用する民事訴訟法第６１条の規定により、被請求人が負担すべきものとする。　 
　よって、結論のとおり審決する。