【手続補正書】
【提出日】平成27年7月10日(2015.7.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＤＮＡ結合ドメインおよびＤＮＡ切断ドメインを含むＴＡＬＥＮポリペプチドであって、
ここで、ＤＮＡ結合ドメインとＤＮＡ切断ドメインは、４０〜５０のアミノ酸からなるポリペプチドにより接続されており、
ＤＮＡ結合ドメインは、３４のアミノ酸からなる１６〜２０のＤＮＡ結合モジュールをＮ末端側から連続的に含み、
Ｎ末端から４ｎ−３番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のｎに関して同一であり、
Ｎ末端から４ｎ−２番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のｎに関して同一であり、
Ｎ末端から４ｎ−１番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のｎに関して同一であり、
Ｎ末端から４ｎ番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のｎに関して同一であり、
Ｎ末端から４ｎ−３番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せ、Ｎ末端から４ｎ−２番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せ、Ｎ末端から４ｎ−１番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せ、およびＮ末端から４ｎ番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、互いに異なり、
ここで、ｎは、１〜１０の自然数であり、ｘは、１〜４０の自然数であり、ｙは、１〜４０の自然数であり、ｘとｙは、異なる自然数である、
ポリペプチド。
【請求項２】
請求項１に記載のＴＡＬＥＮポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むベクターであって、ＤＮＡ結合ドメインのＮ末端側に隣接する領域（ＴＡＬＥＮ−Ｎ’）のアミノ酸数が１５３であり、ＤＮＡ結合ドメインのＣ末端側とＤＮＡ切断ドメインに挟まれた領域（ＴＡＬＥＮ−Ｃ’）のアミノ酸数が４７である、ベクター。
【請求項３】
請求項２に記載のベクターを作製するためのベクターライブラリーであって、
ここで、ベクターライブラリーは、５’末端から順に、第１の制限酵素切断部位、４つのＤＮＡ結合モジュールをコードするポリヌクレオチド、および第２の制限酵素切断部位を有する複数のベクターによって構成され、
ここで、第１の制限酵素切断部位および第２の制限酵素切断部位の組合せは、Ａ型の制限酵素切断部位およびＢ型の制限酵素切断部位の組合せ、Ａ型の制限酵素切断部位およびＣ型の制限酵素切断部位の組合せ、Ａ型の制限酵素切断部位およびＤ型の制限酵素切断部位の組合せ、Ａ型の制限酵素切断部位およびＥ型の制限酵素切断部位の組合せ、Ｂ型の制限酵素切断部位およびＣ型の制限酵素切断部位の組合せ、Ｃ型の制限酵素切断部位およびＤ型の制限酵素切断部位の組合せ、ならびにＤ型の制限酵素切断部位およびＥ型の制限酵素切断部位の組合せのいずれかであり、ここで、Ａ型の制限酵素切断部位〜Ｅ型の制限酵素切断部位は、同一の制限酵素による切断によって、いずれも、互いに異なる切断末端を生じさせるものであり、
４つのＤＮＡ結合モジュールのうち、
５’末端から１番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のベクターに関して同一であり、
５’末端から２番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のベクターに関して同一であり、
５’末端から３番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のベクターに関して同一であり、
５’末端から４番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のベクターに関して同一であり、
５’末端から１番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せ、５’末端から２番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せ、５’末端から３番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せ、および５’末端から４番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、互いに異なり、
ここで、ｘは、１〜４０の自然数であり、ｙは、１〜４０の自然数であり、ｘとｙは、異なる自然数である、
ベクターライブラリー。
【請求項４】
請求項３に記載のベクターライブラリーを作製するためのベクターセットであって、
ここで、ベクターセットは、５’末端から順に、１番目の制限酵素切断部位、ＤＮＡ結合モジュール、および２番目の制限酵素切断部位を含む複数のベクターを含み、
１番目の制限酵素切断部位、および２番目の制限酵素切断部位は、同一の制限酵素による切断によって、互いに異なる切断末端を生じさせるものであり、
ここで、１番目の制限酵素切断部位、および２番目の制限酵素切断部位は、請求項３に記載のベクターライブラリーを構成するベクターに含まれる第１の制限酵素切断部位および第２の制限酵素切断部位を切断する制限酵素によって切断されない部位であり、
ＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、４つの異なる組合せのいずれかであり、
ここで、ｘは、１〜４０の自然数であり、ｙは、１〜４０の自然数であり、ｘとｙは、異なる自然数である、
ベクターセット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２３】
本発明の第１の態様のポリペプチドにおいて、Ｎ末端から４ｎ−３番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のｎに関して同一である。また、Ｎ末端から４ｎ−２番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のｎに関して同一である。また、Ｎ末端から４ｎ−１番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のｎに関して同一である。また、Ｎ末端から４ｎ番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、任意のｎに関して同一である。ここで、ｎは、１〜１０の自然数、好ましくは、１〜７の自然数、より好ましくは、１〜５の自然数である。ｎは、好ましくは、ＤＮＡ結合ドメインに含まれるＤＮＡ結合モジュールの全てを指し示すに足りる自然数である。また、ｘは、１〜４０の自然数、好ましくは、１〜１０の自然数、より好ましくは、２〜６の自然数、さらにより好ましくは、３〜５の自然数、最も好ましくは、自然数４である。また、ｙは、１〜４０の自然数、好ましくは、２５〜４０の自然数、より好ましくは、３０〜３６の自然数、さらにより好ましくは、３１〜３３の自然数、最も好ましくは、自然数３２である。ｘとｙは、異なる自然数である。ｘおよびｙの数値は、用いるＤＮＡ結合モジュールの長さによって異なりうる。ｘは、好ましくは、３４のアミノ酸からなるＤＮＡ結合モジュールにおける４番目のアミノ酸に相当する位置を示す数値である。ｙは、好ましくは、３４のアミノ酸からなるＤＮＡ結合モジュールにおける３２番目のアミノ酸に相当する位置を示す数値である。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３６】
本発明の第４の態様のベクターライブラリーを構成するベクターに含まれる４つのＤＮＡ結合モジュールのうち、５’末端から１番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、ベクターライブラリーを構成する任意のベクターに関して同一である。同様に、５’末端から２番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、ベクターライブラリーを構成する任意のベクターに関して同一である。また、５’末端から３番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、ベクターライブラリーを構成する任意のベクターに関して同一である。また、５’末端から４番目のＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、ベクターライブラリーを構成する任意のベクターに関して同一である。ここで、ｘは、１〜４０の自然数、好ましくは、１〜１０の自然数、より好ましくは、２〜６の自然数、さらにより好ましくは、３〜５の自然数、最も好ましくは、自然数４である。また、ｙは、１〜４０の自然数、好ましくは、２５〜４０の自然数、より好ましくは、３０〜３６の自然数、さらにより好ましくは、３１〜３３の自然数、最も好ましくは、自然数３２である。ｘとｙは、異なる自然数である。ｘおよびｙの数値は、用いるＤＮＡ結合モジュールの長さによって異なりうる。ｘは、好ましくは、３４のアミノ酸からなるＤＮＡ結合モジュールにおける４番目のアミノ酸に相当する位置を示す数値である。ｙは、好ましくは、３４のアミノ酸からなるＤＮＡ結合モジュールにおける３２番目のアミノ酸に相当する位置を示す数値である。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４４】
本発明の第５の態様のベクターセットに含まれるベクターに含まれるＤＮＡ結合モジュールにおけるｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の組合せは、４つの異なる組合せのいずれかである。ｘ番目のアミノ酸とｙ番目のアミノ酸の４つの異なる組合せとしては、例えば、ｘとｙの順に、ＤとＤの組合せ、ＥとＡの組合せ、ＤとＡの組合せ、およびＡとＤの組合せが挙げられる。ここで、ｘは、１〜４０の自然数、好ましくは、１〜１０の自然数、より好ましくは、２〜６の自然数、さらにより好ましくは、３〜５の自然数、最も好ましくは、自然数４である。また、ｙは、１〜４０の自然数、好ましくは、２５〜４０の自然数、より好ましくは、３０〜３６の自然数、さらにより好ましくは、３１〜３３の自然数、最も好ましくは、自然数３２である。ｘとｙは、異なる自然数である。ｘおよびｙの数値は、用いるＤＮＡ結合モジュールの長さによって異なりうる。ｘは、好ましくは、３４のアミノ酸からなるＤＮＡ結合モジュールにおける４番目のアミノ酸に相当する位置を示す数値である。ｙは、好ましくは、３４のアミノ酸からなるＤＮＡ結合モジュールにおける３２番目のアミノ酸に相当する位置を示す数値である。