【事件の表示】
　平成１０年特許願第５４２０３５号「レポーターサブユニット相補による分子相互作用の検出」拒絶査定不服審判事件〔平成１０年１０月８日国際公開、ＷＯ９８／４４３５０、平成１３年１１月６日国内公表、特表２００１−５２１６１９〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　本願は、平成１０年４月２日（パリ条約による優先権主張　平成９年４月２日　平成９年８月４日　米国）を国際出願日とする出願であって、平成１８年１０月２７日付けで拒絶理由が通知され、平成１９年２月７日付けで手続補正書が提出され、平成１９年６月８日付けで拒絶査定がなされ、平成１９年９月１４日付けで拒絶査定不服審判の請求がなされるとともに、同日付で手続補正書が提出されたものである。
　上記拒絶理由は、本願出願当初の明細書の請求項１ないし８等に対して特許法第２９条第１項第３号、同請求項９ないし１２等に対して同第２９条第２項の拒絶理由が通知されているが、以下の本願発明は、出願当初の明細書の請求項１に、同請求項４ないし７及び請求項９の特徴を取り入れたものであり、同請求項９に対して同第２９条第２項の拒絶理由が通知されていることから、以下の本願発明に対して、実質的に、特許法第２９条第２項の拒絶理由が通知されたものといえる。
　そして、本願の請求項１ないし５９に係る発明は、平成１９年９月１４日付けの手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１ないし５９に記載された事項により特定されるとおりのものと認められ、そのうち請求項１に係る発明は次のとおりのものである。
　
「レポーター系であって、
　第１の推定結合部分にカップリングした第１の低親和性レポーターサブユニットを含む第１の成分；
　第２の推定結合部分にカップリングした第２の低親和性レポーターサブユニットを含む少なくとも１つの第２の成分；を含み、
　ここで、該第１の低親和性レポーターサブユニットが、該第２の低親和性レポーターサブユニットと会合して酵素的に活性な複合体を生じ得、該酵素的に活性な複合体は、検出可能なシグナルを生じる産物を生成する反応を触媒し得、該会合は、該第２の推定結合部分への、該第１の推定結合部分の結合により媒介され、
　該推定結合部分の互いの結合親和性が、該第１のレポーターサブユニットおよび該第２のレポーターサブユニットの互いの結合親和性よりも大きい、レポーター系。」（以下、「本願発明」という。）
　
２．引用刊行物の記載事項
　原査定の拒絶の理由に引用された、本願優先日前に頒布された刊行物１（原査定の引用例１）、刊行物２（原査定の引用例３）、刊行物３（原査定の引用例２）には、以下の事項がそれぞれ記載されている。以下、下線は当審で付与した。
　
(刊行物１：米国特許第５，５８５，２４５号明細書の記載事項、日本語翻訳)
（1a）「特許請求の範囲
１．試料中のリガンドの決定方法であって、
ａ）
リガンドに結合する親和性試薬に連結したユビキチンのＮ末端サブドメインである第１の融合成分
ユビキチンのＣ末端サブドメインが、そのＮ末端でリガンドに連結し、そのＣ末端は、ユビキチンのＣ末端サブドメインに連結したとき不活性となるレポーターに連結した、ユビキチンのＣ末端サブドメインである第２の融合成分
タンパク質／タンパク質相互作用のために好ましい条件で、Ｎ末端サブドメインとＣ末端サブドメインが会合して、擬似天然のユビキチン部分となる能力を減少されている
ｂ）既知量の第１と第２の融合成分を、リガンドが親和性試薬と結合するのに好ましい条件で反応させ；
ｃ）工程ｂ）の反応混合物をユビキチン特異性プロテアーゼと、プロテアーゼの活性に好ましい条件で接触させ；
ｄ）工程ｂ）の反応混合物中の擬似天然ユビキチン複合体の開裂を、ユビキチン特異性プロテアーゼによる開裂に続いて活性化される、レポーターの活性を測定することにより、検出し；
ｅ）第1の融合成分中のリガンド成分と競合する、既知量の未結合リガンドを添加し、工程ｂ）−ｄ）を繰り返し、それにより、擬似天然ユビキチン部分再構成と、引き続くレポーター活性を減少させるように働き、
ｆ）試料の検査のために、工程ｂ）の条件と同一の条件で、リガンドを第１及び第２の融合成分と反応させ、
ｇ）工程ｆ）の反応混合物を、プロテアーゼ活性に最適な条件下で、ユビキチン特異性プロテアーゼと接触させ、
ｈ）工程ｆ）の反応混合物中の擬似天然ユビキチン複合体の開裂を、ユビキチン特異性プロテアーゼによる開裂に引き続く、レポーターの活性を分析することにより、検出し、
ｉ）レポーターの活性レベルを、工程ｄ）とｅ）で決定されたレポーターの活性と比較し、試料中のリガンドを決定する方法。」（第23欄1行目〜第24欄11行目）
　
（1b）「発明の背景
　多タンパク質複合体は生物学的過程の大部分の仲立ちをする。それゆえ、これらの過程について、我々が理解するのに
重要なことは、どのタンパク質が興味あるタンパク質と相互作用するかを知ることである
・・・
　従来の、生体内タンパク質相互作用の分析の種類は、広がりを見せてはいるが、不十分で、技術的限界のために、重要な疑問に答えられなかった。」（第1欄15行目〜53行目）
　
（1c）「図１Ａ−Ｄは、生体内の接近センサとしての分割ユビキチンを示す略図である。・・・・（Ｄ）ユビキチンに基づく、分割タンパク質センサ（ＵＳＰＳ）。Ｎｕｂｍは、Ｃｕｂの存在下にＵｂを再構成できない変異フラグメントであり、２つのＵｂフラグメントが、ポリペプチドＰ１とＰ２（２つの楕円）が生体内で相互作用することでリンクされれば、Ｕｂを再構成する。この相互作用は、効果的な（局所的な）Ｕｂフラグメントの濃度を増加し、そのために、ＮｕｂｍとＣｕｂが会合し擬似天然Ｕｂ部分を形成する可能性を増加させる。この事象は、Ｃｕｂにおける最後の開裂後の、ＵＢＰに媒介された、非可逆的、診断的な、フリーレポーターを生じる開裂により検出される。Ｎｕｂに代わり、Ｎｕｂｍとともに再構成された、Ｕｂの減少された立体構造の安定性は、ユビキチンのサブドメインの”相互作用”表面の間のギャップにより示される。」（第2欄64行目〜第3欄31行目）
　
（1d）「
２つの既知のタンパク質の間の結合を決定する場合、２つのＤＮＡに基づいて発現した構築物のおのおのが、融合タンパク質をコードする発現カセットを含むように設計される
第1の融合タンパク質は、第２タンパク質（Ｐ２）と相互作用する（例えば、結合する）能力を試験するための、第１タンパク質（Ｐ１）と融合した、ユビキチンＮ末端サブドメインから構成される
第２の融合タンパク質は、Ｐ２と融合したユビキチンＣ末端サブドメインで構成される
Ｎ末端ユビキチンサブドメインとＣ末端ユビキチンサブメインのいずれか、あるいは両方は、会合して擬似天然ユビキチン部分を形成する能力が減少するように変異されている
Ｐ１とＰ２の相互作用は、２つのユビキチンサブドメインの局所的濃度を大きく増加させ、それにより、会合と擬似天然ユビキチンの再構築を誘発し
　
（1e）「
２つＤＮＡに基づく発現成分
宿主細胞の中にともに発現できる
（1f）図１Ｄには、「Ｐ１−Ｃｕｂ−Ｒｅ」と「Ｐ２−Ｎｕｂｍ」との反応の模式図が記載されている。
　
(刊行物２：特開平５−９５７９９号公報の記載事項）
（2a）「【請求項１】β−ガラクトシダーゼの相補性の断片を利用した少なくとも二つの結合成分に対する結合部位を有するサンプル中の測定物質の存在を検出する方法であって（ここで断片は一緒に結合したとき活性のβ−ガラクトシダーゼを形成する酵素供与体（ＥＤ）及び酵素受容体（ＥＡ）として定義される）、以下の段階：
（ａ）第一の連結要素を介して第一の結合成分と連結されたＥＤを含んで成るＥＤ複合体及び第二の連結要素を介して第二の結合成分と連結されたＥＡを含んで成るＥＡ複合体（ここで第一及び第二の結合成分は前記の測定物質上の結合部位に対して特異的であり、そして該ＥＤ複合体及び該ＥＡ複合体は該測定物質が存在しないときは活性酵素を形成しにくくなっている）を用意すること。
（ｂ）前記ＥＤ複合体及びＥＡ複合体を前記サンプルに接触させること、
（ｃ）前記サンプル中の前記測定物質の存在を前記活性化酵素の形成に関連づけること、
を含んで成る方法。」
　
（2b）「【０００１】
【産業上の利用分野】本発明は酵素免疫測定、そして特には標識酵素としてβ−ガラクトシダーゼを利用した免疫測定に関する。」
　
（2c）「【０００４】
【課題を解決するための具体的手段】
修飾されたβ−ガラクトシダーゼの酵素供与体及び酵素受容体は化学合成及び組換ＤＮＡ工学により調製される
修飾断片は相補性反応の後にβ−ガラクトシダーゼ活性を保持している
　
（2d）「【０００６】本発明は、このような方法及び試薬を修飾β−ガラクトシダーゼ酵素供与体及び酵素受容体を利用することによって提供する。特に、少なくとも二つの結合成分に対する結合部位を有するサンプル中の測定物質の存在またはその定量は、β−ガラクトシダーゼの相補的な断片を用いることにより検出される。ここで
断片は酵素供与体（ＥＤ）及び酵素受容体（ＥＡ）として定義され、そして結合したとき、即ち一緒となったとき活性化β−ガラクトシダーゼを形成し
ＥＤ及びＥＡは、別々のＥＤ複合体及びＥＡ複合体を形成するため、それぞれは連結要素及び測定物質上の結合部位に対して特異的な結合成分と結合することで修飾される
該ＥＤ複合体及びＥＡ複合体は測定物質が存在しないときにおいては活性酵素を形成することはできない。しかしながら、測定物が存在するとき、サンプル中の共通の測定物質に結合するＥＤ複合体及びＥＡ複合体は一緒となって活性化β−ガラクトシダーゼ酵素を形成する
【０００７】
この結果もたらされた酵素活性は
測定可能な生成物を提供する酵素基質の利用によって検出または測定される
　
（2e）「【００４６】上記の結果より、この提示した方法は検出レベルの測定物、特に複合体混合物のための
正確な、高感度な、そして迅速な技術を提供する
　
(刊行物３：Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，Ｖｏｌ．９３，１９９６，ｐ．１２４２３−１２４２７の記載事項、日本語翻訳)
（3a）「要約　相補的レポーター遺伝子は、細胞内でのタンパク質の同時発現の生物学的指標を提供する。我々は、哺乳動物細胞を用い、大腸菌の
ｌａｃＺ遺伝子の対立遺伝子間相補性に適用した
相補性酵素は、２つのタンパク質が細胞中で同時に同一の場所で発現したときだけ活性が出現するため、細胞融合、細胞系統化、シグナル変換、の研究を容易にする
　
（3b）「β−Ｇａｌの相補的変異体を発現するベクター　　我々は、ｌａｃＺの複数の欠失変異体を発現する複製欠陥レトロウイルスベクターを構築した（図１Ａ）。・・・これらの
欠失変異体は、α−受容体／ω−供与体（Δα）、α−供与体／ω−受容体（Δω）、α−供与体／ω−供与体（Δμ）と表されるポリペプチドを発現する
　
（3c）「図３ｂは、融合の経時変化を示す。これらのデータは、相補した酵素活性が融合に依存して増加することが、細胞融合の動力学的分析のための、迅速で定量的な方法を提供することを示す。」（第12426頁左欄下から8行目〜5行目）
　図３ｂには、ΔωとΔμを発現する細胞を示す「○」が、時間とともに酵素活性による蛍光を強めること、Δω、Δμ単独で発現する細胞を示す「□」、「◇」が、時間が経過しても蛍光を示さないことが図示されている。（第12426頁右欄、図３ｂ）
　
３．対比・判断
　上記刊行物１の記載事項（上記(1a)(1d)及び(1c)(1f)、なお、(1c)(1f)に摘記した、図１Ｄにおける略号Ｐ１及びＰ２の付与の仕方は、(1d)の記載と逆になっている。）から、刊行物１には、
「２つのタンパク質間の結合の決定に用いる系であって、第１のタンパク質にユビキチンのＮ末端サブドメインを連結した、第１の融合成分と、ユビキチンのＣ末端サブドメインが、そのＮ末端で第２のタンパク質に連結し、そのＣ末端は、そこに連結したとき不活性となるレポーターに連結した、第２の融合成分とを含み、第２の融合成分は、ユビキチンのＣ末端サブドメインが、ユビキチンのＮ末端サブドメインと会合し、擬似天然ユビキチン複合体になったときに、ユビキチン特異性プロテアーゼによりレポーターを開裂可能であり、ユビキチンのＮ末端サブドメインは会合して擬似天然ユビキチン複合体となる能力が減少するように変性されており、第１及び第２のタンパク質が結合することにより、ユビキチンのＮ末端サブドメインとＣ末端サブドメインが会合して擬似天然ユビキチン複合体となるものである、２つのタンパク質間の結合の決定に用いる系」の発明（以下、「刊行物１発明」という。）が記載されていると認められる。
　
　そこで、本願発明と刊行物１発明とを比較する。
（ア）刊行物１発明の「第１のタンパク質」及び「第２のタンパク質」は、これら両者が結合するか決定するためのものであるから、本願発明の「第１の推定結合部分」及び「第２の推定結合部分」にそれぞれ相当する。
（イ）刊行物１発明の「ユビキチンのＮ末端サブドメイン」及び「ユビキチンのＣ末端サブドメイン」は、「ユビキチンのＮ末端サブドメインは会合して擬似天然ユビキチン複合体となる能力が減少するように変性されており、第１及び第２のタンパク質が結合することにより、ユビキチンのＮ末端サブドメインとＣ末端サブドメインが会合して擬似天然ユビキチン複合体となるもの」であるから、第１のタンパク質と第２のタンパク質との結合親和性は、ユビキチンのＮ末端サブドメインとユビキチンのＣ末端サブドメインとの間の結合親和性よりも大きいといえる。そうすると、刊行物１発明の「ユビキチンのＮ末端サブドメイン」及び「ユビキチンのＣ末端サブドメイン」と、本願発明の「第１の低親和性レポーターサブユニット」及び「第２の低親和性レポーターサブユニット」とは、２つの推定結合部分の互いの結合親和性が、第１のレポーターサブユニットおよび第２のレポーターサブユニットの互いの結合親和性よりも大きく、両者の結合が、第２の推定結合部分への第１の推定結合部分の結合により媒介される、第１の低親和性レポーターサブユニット及び第２の低親和性レポーターサブユニットである点で共通している。
（ウ）本願発明の「第１の成分」及び「第２の成分」は、推定結合部分と低親和性レポーターサブユニットとがカップリングしたものであり、本願の請求項１１の記載（【請求項１１】前記第１の成分が、前記低親和性レポーターサブユニットおよび前記第１の推定結合部分を含む融合タンパク質を含む、請求項１に記載のレポーター系。）からみて、カップリングとは、融合も含む概念であるから、刊行物１発明の「第１の融合成分」及び「第２の融合成分」は、本願発明の「第１の成分」及び「第２の成分」に包含されるといえる。
（エ）刊行物１発明の「２つのタンパク質間の結合の決定に用いる系」は、２つのタンパク質の結合により会合した擬似天然ユビキチン複合体が、ユビキチン特異性プロテアーゼの酵素基質となり、開裂されたレポーターを検出することで、２つのタンパク質が結合するかどうか決定する系であるから、「レポーター系」ということができる。
　したがって、本願発明と刊行物１発明との間には、以下のような一致点及び相違点がある。
　
（一致点）
　レポーター系であって、
　第１の推定結合部分にカップリングした第１の低親和性レポーターサブユニットを含む第１の成分；
　第２の推定結合部分にカップリングした第２の低親和性レポーターサブユニットを含む少なくとも１つの第２の成分；を含み、
　ここで、該第１の低親和性レポーターサブユニットが、該第２の低親和性レポーターサブユニットと会合し、該会合は、該第２の推定結合部分への、該第１の推定結合部分の結合により媒介され、
　該推定結合部分の互いの結合親和性が、該第１のレポーターサブユニットおよび該第２のレポーターサブユニットの互いの結合親和性よりも大きい、レポーター系である点。
　
（相違点）
　第１及び第２の低親和性レポーターサブユニットが、本願発明では、両者は会合して酵素的に活性な複合体を生じ得、該酵素的に活性な複合体は、検出可能なシグナルを生じる産物を生成する反応を触媒し得るものであるのに対して、刊行物１発明では、ユビキチンのＮ末端サブドメイン及びユビキチンのＣ末端サブドメインであり、両者は会合して擬似天然ユビキチン複合体となり、ユビキチン特異性プロテアーゼによりユビキチンのＣ末端サブドメインに結合されたレポーターが開裂されるものである、つまり、両者は会合して、ユビキチン特異性プロテアーゼの酵素基質となるものであるが、酵素的に活性な複合体となるものでない点。
　
　そこで、上記相違点について検討する。
　生化学分野において、一般に、酵素は、利便性や感度等の点で優れている標識物質であるため、生体物質を検出する際、生体物質と特異的に結合する成分を酵素で標識して用いることが本願優先日前に広く行われている。さらに、刊行物２に、測定物質の検出のために、酵素であるβ−ガラクトシダーゼの相補性を有する２つの断片が一緒になった（相補した）ときに活性酵素を形成することを利用したもの（上記(2d)）、また、刊行物３に、β−ガラクトシダーゼの欠失変異体であるΔα、Δω、Δμを組み合わせて用いることにより発現する酵素活性を、遺伝子発現や細胞融合の分析に利用したもの（上記(3a)(3b)）が記載されているように、酵素を生化学反応のレポーターとして各種形態で使用することは、本願優先日前の周知技術である。
　そして、本願発明の会合して酵素的に活性な複合体を生じる第１及び第２の低親和性レポーターサブユニットとして、本願明細書に具体的に記載されているものは、β−ガラクトシダーゼの２つのサブユニットである（本願明細書第34頁から記載された実施例参照）ところ、刊行物２には、同様に、レポーターサブユニットとして、β−ガラクトシダーゼの相補性のある２つの断片を用いた検出手段が記載されており、それぞれの断片に連結された、第１の結合成分及び第２の結合成分が、測定物質に結合したときに、当該β−ガラクトシダーゼの２つの断片が相補し活性酵素を形成できるのに対し、測定物質が存在しない場合は、活性酵素を形成できないこと（上記(2d)）から、測定物質に対する当該第１及び第２の結合成分の結合親和性は、当該β−ガラクトシダーゼの２つの断片間の結合親和性より大きいといえる。また、両者の結合親和性をこのような関係とする技術的意義については、活性酵素形成に関する上記の作用からみて、当該第１及び第２の結合成分が測定物質に結合した場合に、当該β−ガラクトシダーゼの２つの断片の会合で活性酵素が形成され、その酵素活性を測定することにより、測定物質を検出またはその量を測定できることにあるのは明らかである。
　刊行物１発明は、本願発明と同様の目的といえる、タンパク質−タンパク質間の相互作用を検出することを目的とし（上記(1b)）、レポーターとして、「会合して酵素基質となるもの」、すなわち、「ユビキチンの２つのサブドメイン」を採用したものであるが、上記のとおり、酵素はレポーターとして優れたものであり、検出手段とすることは周知である。そして、刊行物２には、レポーターとして用いた酵素の断片の会合により形成された酵素活性を測定する検出手段が記載されており、刊行物２記載の「β−ガラクトシダーゼの相補性のある２つの断片」は、測定物質と結合する２つの結合成分との関係において、低親和性レポーターサブユニットに相当し、刊行物２に記載された当該２つの断片間の結合親和性及び当該２つの結合成分の測定物質に対する結合親和性は、刊行物１発明の２つのユビキチンサブドメイン間の結合親和性及び２つのタンパク質間の結合親和性と同様の大小関係を有するものである。そして、刊行物２記載の当該結合成分は、測定物質を介して結合するものではあるが、２つの低親和性レポーターサブユニット部分の会合に優先して、それぞれに連結されたより親和性の高い部分が結合するようにした点で、刊行物２記載のβ−ガラクトシダーゼの２つの断片及び２つの結合成分は、刊行物１発明のレポーターサブユニットのユビキチンサブドメイン及び測定物質のタンパク質と共通するものである。
　したがって、刊行物１発明において、「会合して酵素基質となるもの」に代えて、刊行物２記載の「会合して酵素活性を生じるもの」を採用すること、すなわち、刊行物１発明の「会合して酵素基質となるもの」である「ユビキチンの２つのサブドメイン」に代えて、刊行物２に記載された、「会合して酵素活性を生じるもの」である「β−ガラクトシダーゼの相補性のある２つの断片」を採用し、第１及び第２の低親和性レポーターサブユニットを、「会合して酵素的に活性な複合体を生じ得、該酵素的に活性な複合体は、検出可能なシグナルを生じる産物を生成する反応を触媒し得るもの」とすることは、当業者が容易になし得たものといえる。
　また、審判請求人は、請求の理由において「経時的な結合活性レベルの天然に存在する変化の研究を可能にし、そして結合相互作用に対する内因性または外因性の物質の効果を明らかにし得る」という本願発明の作用効果について主張するが、刊行物３（上記(3c)）に記載されるように、酵素活性を経時的に測定できる点は、レポーターとして酵素を用いる場合、当然に利用される機能である。よって、刊行物１発明に刊行物２記載の検出手段を適用することにより、上記作用効果が奏されることは、刊行物１、２の記載事項及び周知技術から予測し得るものであり、格別顕著なものとはいえない。
　
　なお、前置報告書の内容についての審尋に対する回答書で提示された補正案についても検討すると、補正案の請求項１は、(1)レポーター系が「細胞を含む」こと、(2)第１及び第２の「成分」が、第１及び第２の「融合タンパク質をコードする核酸」であること、(3)第１及び第２のレポーターサブユニットが「βガラクトシダーゼの低親和性結合変異サブユニット」であることに限定するものである。このうち、上記(3)については、刊行物２に、β−ガラクトシダーゼの相補性のある２つの断片を用たもの（上記(2a)）が記載されており、当該断片は上記の「βガラクトシダーゼの低親和性結合変異サブユニット」に相当する。また、上記(1)、(2)については、刊行物１に、第１及び第２の融合タンパク質を発現する２つの核酸配列を含むようにすること（上記(1d)）、発現成分は宿主細胞の中に発現できること（上記(1e)）が記載されており、刊行物１発明において「ユビキチンサブドメイン」を「β−ガラクトシダーゼサブユニット」に代えた場合であっても、推定結合部位にカップリングしたβ−ガラクトシダーゼサブユニットを含む融合タンパク質を、細胞内で発現する核酸を用いて作成することは、本願優先日前に周知の遺伝子工学技術からみて格別の困難性があるとはいえない。
　そして、同じく回答書で主張されている、「当業者は、融合タンパク質が融合していない場合と異なる挙動を示すことを理解します。それは、コンフォメーションが異なったり、安定性が異なるからであり、どのように影響するかわからないからです。このような効果は、非常に重要であり、本願発明において初めて確認された顕著な効果であるというべきであり、このような効果は予想外であるというべきです。」という、補正案の発明の効果についても検討すると、刊行物１発明の遺伝子工学技術を用いて作成した、第１及び第２の融合タンパク質のユビキチンのサブユニットは、酵素基質とし機能し得る立体構造を保持しているといえ、同様に遺伝子工学技術を用いて作成した酵素と結合成分との融合タンパク質においても酵素の活性を発現できることは、刊行物２（【０００４】）の中で従来技術として引用された米国特許第４，７０８，９２９号明細書の対応日本公報である、特開昭６２−５００６３３号公報（第19ページ左下欄２行目〜第23ページ右下欄下から２行目）にも記載されるとおりであるから、本願優先日前に周知の遺伝子工学技術により作成された融合タンパク質の２つのβ−ガラクトシダーゼサブユニットが会合することで、酵素活性を発現できることは予測しうることである。