【事件の表示】
　特願２００１−１１７５５２「ジンクフィンガータンパク質によって標的にされる部位の選択および予め選択された部位に結合するジンクフィンガータンパク質を設計する方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１４年　７月　９日出願公開、特開２００２−１９１３７１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯
　本願は，２０００年１月６日（パリ条約による優先権主張１９９９年１月１２日，米国）を国際出願日とする出願（特願２０００−５９３７７６号）をし，これを分割して平成１３年４月１６日に新たな特許出願をしたものであって，平成１７年３月１日付けで拒絶査定がなされ，これに対し平成１７年６月１日に審判請求がなされるとともに，同日に手続補正がなされ，その後，平成１７年７月１日にさらに手続補正がなされが，平成２０年３月１４日付けで平成１７年７月１日の手続補正は却下されるとともに，同日付で拒絶理由が通知され，これに対し平成２０年１０月８日に手続補正がなされるとともに，同日に意見書が提出されたものである。
　
２．本願発明について
　本願の請求項１に係る発明（以下，「本願発明」という。）は，平成２０年１０月８日の手続補正書により補正された明細書及び図面の記載からみて，以下のとおりのものである。
　「【請求項１】　ジンクフィンガータンパク質によって標的にされるための標的配列内の標的部位を選択する方法であって，該方法が，以下： 
　ジンクフィンガータンパク質によって標的にされる標的核酸を提供する工程；
　該標的核酸内の複数の潜在的標的部位を選択する工程；
　選択された該潜在的標的部位の各々が５’ＮＮｘ ａＮｙ ｂＮｚｃ３’を含むかどうか評価する工程；および
　５’ＮＮｘ ａＮｙ ｂＮｚｃ３’からなる標的核酸内の標的部位を出力する工程； 
　を包含し，
　ここで，（ｘ，ａ），（ｙ，ｂ）および（ｚ，ｃ）の各々が，（Ｎ，Ｎ）または（Ｇ，Ｋ）であり；（ｘ，ａ），（ｙ，ｂ）および（ｚ，ｃ）の少なくとも２つが，（Ｇ，Ｋ）であり；ＮおよびＫがＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ多義性コードである ，方法。」
　
３．当審の拒絶理由
　一方，当審において平成２０年３月１４日付けで通知した拒絶の理由の概要は，次の理由（１）及び（２）を含むものである。
（１）この出願の発明は，優先日前に日本国内または外国において頒布された刊行物に記載された発明又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明に基づいて，その発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。 
 （２）この出願は，明細書及び図面の記載が不備のため，特許法第３６条第６項第２号及び第４項第１号に規定する要件を満たしていない。 
　
４．特許法第２９条第２項について
（１）引用例
　当審における拒絶の理由で引用され，本願優先日前に頒布された刊行物であるProc. Natl .Acad. Sci. USA, 95 (1998) p.14628-14633（以下，「引用例」という。）には，
　「・・・６４通りのジンクフィンガーアルファベットのうちの５’−ＧＮＮ−３’のサブセットのトリプレット配列を認識するジンクフィンガードメインを生成した・・・ヒトｅｒｂＢ−２遺伝子をモデルとした。・・・」（要約の項）と記載され，
　「５’−ＧＮＮ−３’のサブセットのトリプレット配列を認識するジンクフィンガードメインファミリーを生成し特徴付けた。認識ドメインのこのファミリーの生成に注目した理由の一つは，目的とするほとんどの生命体のプロモーター領域が比較的Ｇ＋Ｃリッチであることである。・・・ｅｒｂＢ−２のプロモーター領域の調査が２つの５’−（ＧＮＮ）６−３’サイトと１つの５’−（ＧＮＮ）９−３’サイトを明らかにした。その１つはｅ２ｃと同定され，ｅｒｂＢ−２遺伝子の５’非翻訳領域にあり，遺伝子特異的な転写スイッチを生成する標的部位として選択した（図１）。」（１４６２９頁右欄下から１４行〜１４６３０左欄２行）と記載され，
　図３にｅ２ｃを標的とした１８ｂｐに特異的な６フィンガータンパク質の配列が記載され，
　「少なくともある場合には，ジンクフィンガー領域が各個の3-bpサイトではなくオーバーラップする4-bpサイトを指定するように見えることは注目される。・・・。特に，F2のヘリックス位置2のアスパラギン酸は認識にいくつかの役割を果たし，様々な接触をする。アスパラギン酸側鎖のカルボン酸基が，その標的部位の3'-グアニンと相互作用して安定させる，-1位置のアルギニンと水素結合する。このアスパラギン酸塩は，さらに，グアニンの相補的なシトシンとの水を媒介した接触に参加する。さらに，このカルボキシル基は，フィンガー1結合部位の5'-グアニン塩基の反対のストランドのシトシン塩基のN4への直接の接触することが認められる。・・・。実際に，Zif268 F2ライブラリーが，4つの5'-GCG GNG GCG-3'シーケンスに対して選択された時，位置-1でのアルギニンおよび位置2でのアスパラギン酸塩の両方は野生型のZif268の中の残基の類似物として得られた。GよりむしろAがe2c標的配列(5'-GGG GCC GGA GCC GCA GTG-3')に続くので，潜在的な標的部位オーバーラップ問題が，e2cに特有の6フィンガーのタンパク質のフィンガー1で予想された。しかしながら，両方のZifフレームワークおよびSp1Cフレームワーク6フィンガーのタンパク質では，標的部位e2c-aとe2c-gへのそれらの非常に類似した親和性によって示されるように，位置2でアスパラギン酸を含んでいるGTGに特有のフィンガー1はシーケンス5'-GTGA-3'および5'-GTGG-3'を同じようによく認識するように見える(表1)。」（１４６３２頁左欄１６〜４２行）と記載され，
　表１に３フィンガーと６フィンガータンパク質の親和性の結果がまとめられている。
　
（２）対比
　引用例における，ｅｒｂＢ−２のプロモーター領域における２つの５’−（ＧＮＮ）６−３’サイトと１つの５’−（ＧＮＮ）９−３’サイトを明らかにした調査において，ｅｒｂＢ−２のプロモーター領域は，ジンクフィンガータンパク質によって標的にされる標的核酸に相当するものであり，２つの５’−（ＧＮＮ）６−３’サイトと１つの５’−（ＧＮＮ）９−３’サイトを明らかにしたことは，ジンクフィンガータンパク質によって標的にされるための標的配列内の標的部位を選択したということである。
　そうすると，本願発明と引用例に記載された発明と比較すると，両者は「ジンクフィンガータンパク質によって標的にされる標的核酸を提供する工程； を包含する，ジンクフィンガータンパク質によって標的にされるための標的配列内の標的部位を選択する方法」である点で一致するが，
　本願発明が，「該標的核酸内の複数の潜在的標的部位を選択する工程；選択された該潜在的標的部位の各々が５’ＮＮｘ ａＮｙ ｂＮｚｃ３’を含むかどうか評価する工程；及び５’ＮＮｘ ａＮｙ ｂＮｚｃ３’からなる標的核酸内の標的部位を出力する工程；を包含し，ここで，（ｘ，ａ），（ｙ，ｂ）および（ｚ，ｃ）の各々が，（Ｎ，Ｎ）または（Ｇ，Ｋ）であり；（ｘ，ａ），（ｙ，ｂ）および（ｚ，ｃ）の少なくとも２つが，（Ｇ，Ｋ）であり；ＮおよびＫがＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ多義性コードである」のに対し，引用例においては，調査により２つの５’−（ＧＮＮ）６−３’サイトと１つの５’−（ＧＮＮ）９−３’サイトを明らかにしたというだけであり，調査の詳細について記載されていない点で相違している。
　
（３）判断
　引用例においては，モデルとしてｅｒｂＢ−２／ＨＥＲ−２遺伝子をターゲットとした場合について記載されているので，当業者であれば，容易に他の遺伝子をターゲットとして，その標的部位を調査し，その標的部位を認識するジンクフィンガータンパク質を設計してみようとするものである。そのときに，引用例に記載されるように３フィンガーのタンパク質に対応する９-bpだけでなく，引用例にフィンガー１の位置２のアスパラギン酸が３’の隣の塩基にも影響することが示されているのであるから，１０塩基の配列を調査して，標的部位を選択することも容易に行えることであるし，引用例では，標的部位e2c-aとe2c-gへの親和性について検討していることも，このことを裏付けるものである。
　
　そして，引用例には，フィンガー２の２位がアスパラギン酸であるときに，標的のトリプレットの３’とフィンガー１の標的の５’のグアニンと相互作用し，親和性が高まる可能性が示唆されているから，ＮＮＮ　ＮＮＧ　ＧＮＮ　Ｎを標的部位の候補として調査することは当業者が容易になし得ることであるし，引用例においてフィンガー１の２位のアスパラギン酸の影響についても言及しているように，他のフィンガーの２位のアスパラギン酸も考慮して，ＮＮＧ　ＧＮＧ　ＧＮＧ　Ｇなどを標的部位の候補とすることも当業者が容易になし得ることである。
　また，当審における拒絶理由でも指摘したように，原査定の拒絶の理由に引用された，本願優先日前に頒布された刊行物であるProc. Natl .Acad. Sci. USA, 94 (1997) p.5617-5621には，２位がアスパラギン酸であるときに，標的のトリプレットの３’側に隣接するものがグアニンのみならずチミンであっても，その相補鎖の塩基に相互作用することが第１図などに示されているから，本願発明の５’ＮＮｘ　ａＮｙ　ｂＮｚｃ３’を標的部位の候補として調査することも当業者が容易になし得ることである。
　なお，引用例にZifフレームワークおよびSp1Cフレームワーク6フィンガーのタンパク質で，標的部位e2c-aとe2c-gへのそれらの非常に類似した親和性が示されている旨の記載があるが，引用例の表１を見れば，ZifフレームワークおよびSp1Cフレームワークのいずれの場合においても，e2c-gの方が親和性が僅かであるが良い値が示されており，上記のような部位を標的部位として選択することを阻害するほどのものではない。当業者であれば，少しでも親和性が良いものを得られる可能性があれば，まず，その可能性が高いものの方から試みることは，普通に行うことであって，何の困難もないというべきものである。
　
　請求人は意見書において，本願の方法では，高いアフィニティー結合性を有するジンクフィンガータンパク質に結合するのに特に適した配列を決定し，さらに，決定されたジンクフィンガータンパク質のセットが現存するＤ−ａｂｌｅ部位の数によってさらに限定可能になることを主張しているが，引用例に記載された２位のアスパラギン酸による相互作用をする部位をＤ−ａｂｌｅ部位というにすぎないものであり，この知られた相互作用を，格別の工夫もせずに利用するだけのことに，特許に値する格別な困難は見出すことはできない。
　
　そして，調査方法自体，例えばNucleic Acids Research, 23 (1995) p.4878-4884のイントロダクションにも紹介されているＧＣＧパッケージのＦｉｎｄＰａｔｔｅｒｎｓなどのソフトウェアによる周知の方法を用いることができ，本願発明のごとくすることは当業者が容易になし得たものである。
　
　また，本願明細書の実施例２〜９の記載を見ても，用いたジンクフィンガーのアミノ酸の配列について，例えばＳｐ１フレームワークというだけで，肝心な，結合に関与するアミノ酸としてどのようなものを用いたジンクフィンガーか全く明らかにされていないので，結果が示されているとしても，その結果がトリプレットとの結合能の影響か，トリプレットの３’側に隣接する塩基との結合の影響か，当業者が確認もしようがないものであるから，５’ＮＮｘ　ａＮｙ　ｂＮｚｃ３’を標的部位としたことにる効果が，引用例から予測できないほどの格別なものか確認できない。
　
５．特許法第３６条第６項第２号
　請求項にＮ，ＫというＩＵＰＡＣ−ＩＵＢ多義性コードが用いられ，「５’ＮＮｘ ａＮｙ ｂＮｚｃ３’を含むかどうか評価する」とされているが，Nucleic Acids Research, 23 (1995) p.4878-4884のイントロダクションの最初の段落に説明されているような，周知のソフトウェアを用いた検索により評価するならば，ＮとＫを検索式に用いて検索することと理解でき，検索式に合致する，すべての可能な組み合わせを検索して評価することを普通は意味することになる。ところが，実施例１には「代表的に，プロトコル１をまず実行し，そしてそれが潜在的な標的セグメントの適切な数を得られない場合は，プロトコル２を試行し，そして以下同様とする。」とあり，プロトコル１として，ＧＮＧＧＮＮＧＮＮ（Ｎ）｛０，３｝ＧＮＧＧＮＮＧＮＮＮなどの式が記載され，これによるとＫやＮがＧのことをも意味することになり，普通に理解した請求項の記載と明細書におけるその説明が一致していないので，請求項の記載が不明瞭ということになる。
　
　請求人は意見書において，Ｋがその本来の意味どおりにＧまたはＴを意味する式に適合する標的部位を決定することを意味するもので，そのため，その式に適合する可能性のある潜在的な標的部位のすべてを特定しなければならないわけではなく，実施例で説明されているように，ＫがＧまたはＴのいずれかであるより限定された式でも同様に実行可能であることを主張しているが，「ＧまたはＴを含むかどうか評価すること」が「Ｇのみを含むかどうか評価すること」や「Ｔのみを含むかどうか評価すること」をも意味していることにはならないから採用できるものでない。
　仮に請求人のいうとおりなら，引用例で説明される，Zif268 F2ライブラリーを利用しようとして，5'-GCG GNG GCG -3'に無意味なNを３’に付加した配列を含むかどうか評価するとか，引用例の表１にE2(F2)として記載されるフィンガータンパク質の標的部位5'-GGG GGC GAG g-3'を含むかどうか評価することをも意味することになり，このようなことに進歩性が認められないことは明らかである。
　
６．むすび
　以上のとおりであるから，本願の請求項１に係る発明は，優先日前に日本国内または外国において頒布された下記の刊行物に記載された発明又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明に基づいて，その発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから，特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　また請求項１に関し，特許を受けようとする発明が明確でないので，特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。
　したがって，本出願に係る他の請求項について検討するまでもなく，本出願は拒絶すべきものである。