【事件の表示】
　平成　９年特許願第５４１１６４号「基底細胞癌腫瘍抑制遺伝子」拒絶査定不服審判事件〔平成　９年１１月２０日国際公開、ＷＯ９７／４３４１４、平成１４年　２月１２日国内公表、特表２００２−５０４８０５〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１．手続の経緯
　本願は、平成９年５月１６日（パリ条約による優先権主張　１９９６年５月１７日　米国、１９９６年５月２１日　オーストラリア、１９９６年６月７日　オーストラリア、１９９６年６月１４日　米国、１９９７年５月１６日　米国）に国際出願されたものであって、平成１４年９月３０日に拒絶理由が通知され、これに対して、平成１５年４月８日付で意見書及び手続補正書が提出され、平成１５年６月３日付で拒絶査定がなされ、平成１５年９月８日にこれを不服とする審判請求がなされたものである。
　これについて、当合議体は、平成１９年１１月１６日付で審尋を行い、審判請求人より、平成２０年５月２０日付で回答書が提出されたものである。
　
第２．本願発明
 　本願の請求項１、４、８、及び、１６に係る発明（以下、それぞれ、「本願発明１」、「本願発明４」、「本願発明８」、及び、「本願発明１６」という。）は、平成１５年４月８日付け手続補正書により補正された請求項１、４、８、及び、１６にそれぞれ記載された事項により特定される、以下のとおりのものである。 
　
「１．SEQ ID NO:60の配列又は１もしくは複数の保存的置換を有するSEQ ID NO:60の配列を有するポリペプチド。」 
　
「４．請求項１記載のポリペプチド及び薬理学的に許容される担体を含んで成る、生体における母班様基底細胞癌腫瘍症候群又は基底細胞癌腫の症状の緩和のための薬理組成物。」
　
「８．エキソン1b（SEQ ID NO:58のヌクレオチド310〜510）、エキソン1（SEQ ID NO:58のヌクレオチド1252〜1440）及びエキソン2a（SEQ ID NO:59のヌクレオチド305〜390）から成る群から選ばれる核酸によりコードされるアミノ酸配列に特異的に結合する抗体。」
　
「１６．SEQ ID NO:1のヌクレオチド442〜4329の核酸配列に対して少なくとも98％の配列同一性を有する、ポリペプチドをコードするコード領域を有する単離された核酸。」
　
第３．引用文献
　これに対して、本願の優先日前である、１９９４年４月１８日に国際公開された、国際公開第９６／１１２６０号には、以下の事項が記載されている。 
（ア）「１．ショウジョウバエのパッチド遺伝子以外のパッチド遺伝子をコードする染色体に存在する以外のDNA 配列、又はショウジョウバエのパッチド遺伝子の配列とは異なる少なくとも約12bpのそのフラグメント。」（特許請求の範囲第１項） 
（イ）「８．発現宿主において機能的な転写開始領域、前記転写開始領域の転写調節下での請求の範囲第１項記載のDNA 配列、及び前記発現宿主において機能的な転写終結領域を含んで成る発現カセット。」（特許請求の範囲第８項） 
（ウ）「11．染色体外要素の一部としての請求の範囲第８項記載の発現カセット又は宿主細胞及び前記宿主細胞の細胞性子孫中への前記発現カセットの導入の結果として前記宿主細胞のゲノム中に組込まれる前記発現カセットを含んで成る細胞。」（特許請求の範囲第11項） 
（エ）「19．請求の範囲第11項記載の細胞を増殖し、それによりパッチドタンパク質を発現し、そして、他のタンパク質を含まない前記パッチドタンパク質を単離することを含んで成る、パッチドタンパク質を生成するための方法。」（特許請求の範囲第19項）
（オ）「このクラスにおいては、約16種の遺伝子が知られている。コードされたタンパク質は、キナーゼ、転写因子、細胞結合タンパク質、ウィングレス(Wingless;WG)及びヘッジホッグ(hedgehog;HH)と呼ばれる２種の分泌されるタンパク質、パッチドと呼ばれる単一のトランスメンブランタンパク質(PTC)、及びいずれの既知のタンパク質にも関連しないいくつかの新規タンパク質を包含する。」（第1頁第19〜23行） 
（カ）「PTC をコードするDNA 配列は、cDNAもしくはゲノムDNA 又はそれらのフラグメント、特にゲノムDNA からの完全なエキソンであり、染色体から野生型配列を実質的に有さない配列として単離され、50kbp のフラグメント又はそれよりも小さなフラグメントであり得、プライマー、プローブ又は同様のものとして使用するための制限部位又は他の同定DNA であり得る、単一のオリゴヌクレオチド、50bpまでのオリゴヌクレオチド、又は核酸がクローニング又は発現ベクターの一部であり得る50bp以上の核酸であり得る異種又は外来性DNA に連結され得、発現カセットの調節領域を含んで成り、又は同様のものであり得る。」（第7頁第12〜20行） 
（キ）「ヒトパッチド遺伝子（配列番号18）は、マウスptc（配列番号９）に対して約96％の同一性（98％の類似性）を有する約1450個のアミノ酸（配列番号19）の読み取り枠を含む。コード及び非コード配列を含むヒトパッチド遺伝子（配列番号18）は、マウスパッチド遺伝子（配列番号９）に対して約89％の同一性を有する。」（第9頁第19〜23行） 
（ク）「パッチド核酸は、注目の種々の哺乳類源、特に霊長類、より特定にはヒト、又は家畜、たとえばウサギ、ゲッ歯類、ブタ、ウシ、ネコ、イヌ、羊、ウマ、等から遺伝子を単離するために使用され得る。プローブ、特にDNA 配列、すなわちパッチド遺伝子のラベルされたプローブを用いることによって、mRNA又はゲノムDNA を単離することができ、次にそれらは、特に遺伝子疾患、たとえば二分脊椎、肢欠損、肺欠損、歯の成長、肺及び腎臓の成長、末梢神経系の成長、及びパッチド遺伝子が調節において関与する他の部位に関する問題に関係する突然変異を同定するために使用され得る。」（第10頁第16〜24行） 
（ケ）「VIII．ヒトptc 遺伝子の単離 ヒトptc(hptc)を単離するために、ヒト肺cDNAライブラリー（HL3022a，Clonetech）からの２×105個のプラークを、１kbp のマウスptc フラグメント、すなわちＭ２−２によりスクリーンした。フィルターを一晩、減じられた緊縮性下でハイブリダイズせしめた(60℃、５×SSC、10％硫酸デキストラン、５×Denhardt's、0.2mg／mlの音波処理されたサケ精子DNA 及び 0.5％のSDS)。２種の陽性のプラーク（Ｈ１及びＨ２）を単離し、その挿入体をpBluescript 中にクローン化し、そして配列決定に基づけば、両者はマウスptc 相同体に対して高い類似性の配列を含んだ。５′末端を単離するために、追加の６×105個のプラークを、Ｍ２−３ EcoRＩ及びＭ２−３XhoＩ（マウスptc の５′未翻訳配列を含む）プローブにより全く同一にスクリーンした。10個のプラークを精製し、そしてそれらのうち、６個の挿入体をpBluescript 中にサブクローン化した。完全なコード配列を得るために、Ｈ２を完全に、そしてＨ14，Ｈ20及びＨ21を部分的に配列決定した。5.1kbpのヒトptc 配列（配列番号18）は、マウスptc に対して96％の同一性及び98％の類似性を有する、1447個のアミノ酸の読み取り枠（配列番号19）を含む。ヒトptc（配列番号18）の５′及び３′未翻訳配列はまた、保存された調節配列を示すマウスptc（配列番号９）に対して高い類似性を有する。」（第20頁第24行〜第21頁第7行） 
（コ）「22．ショウジョウバエのパッチドタンパク質以外のパッチドタンパク質に特異的に結合するモノクローナル抗体。」(特許請求の範囲第22項）
（サ）「ポリペプチドは抗体の生成のために使用され得、ここで短いフラグメントが特定のポリペプチドに対して特異的な抗体を供給し、そして大きなフラグメント又は完全な遺伝子はポリペプチド又はタンパク質の表面上での抗体の生成を可能にし、ここでタンパク質はその天然の形態で存在できる。　抗体は従来の手段に従って、発現されたポリペプチド又はタンパク質は、単独で免疫原として使用され、又は既知の免疫原性キャリヤー、たとえばKLH、pre-S HBsAg、他のウィルス性又は真核性タンパク質又は同様のものに接合され得る。」（第8頁31行〜第9頁2行）
（シ）「多くの状況においては、哺乳類宿主においてパッチド遺伝子を発現することが所望され、これによりパッチド遺伝子が種々の研究のために細胞膜に輸送されるであろう。タンパク質は、合計６個の細胞外ループと共に合計６個のトランスメンブラン領域を提供する２つの部分を有する。」（第8頁7〜11行） 
　
第４．進歩性についての対比・判断 
１．本願発明１について
　記載（ア）〜（ケ）によると、引用文献１には、配列番号19のアミノ酸配列からなるポリペプチドの発明（以下、「引用発明１」という。）が記載されているといえる。 
　本願発明１と引用発明１とを比較すると、両者は、いずれも、ヒトパッチド（ＰＴＣ）というポリペプチドであり、そのアミノ酸配列の大部分（１２９２個）が一致しているが、一部のアミノ酸配列が、下記相違点１及び相違点２で相違している。
相違点１：本願発明１のSEQ ID NO:60のアミノ酸配列には、引用発明１の配列番号19の１〜１５１位のアミノ酸配列が存在しない点。
相違点２：本願発明１のSEQ ID NO:60のアミノ酸配列の、９５８位、１０２４位、１１３２位、及び１２０２位の、Ｓｅｒ、Ｌｅｕ、Ｌｙｓ、及びＴｈｒが、引用発明１の配列番号19の対応する箇所では、それぞれ、Ｇｌｙ、Ｔｒｐ、Ａｒｇ、及びＡｌａである点。
　
　そこで、上記相違点について検討する。 
相違点１について
　多くの遺伝子に「スプライシングバリアント」が存在することは本願優先日前周知事項である。特に、引用文献１に記載されているパッチドタンパク質は、上記摘記事項（シ）に示されるように、合計６個の細胞外ループを有し、２つの部分からなる膜貫通タンパク質であって、このような構造を有する膜貫通タンパク質をコードする遺伝子においては、しばしばスプライシングバリアントが観察されている（要すれば、「Eur.J.biochem., Vol.206, p.137-149, 1992」の要約及び第137頁右下欄第13〜16行、「Proc.Natl.Acad.Sci.USA, Vol.91, p.4544-4548,1994」の要約等を参照のこと。）。してみれば、引用文献１に記載されている遺伝子に「スプライシングバリアント」が存在することを期待して、引用文献１に記載されている遺伝子に基づいて作成したプローブ又はプライマーを用いて、引用文献１に記載されている遺伝子の「スプライシングバリアント」を得ようとすることは、当業者が容易に想起し得たことである。そして、その結果として、天然から、当該「スプライシングバリアント」に該当し、引用文献１の配列番号１９の１〜１５１位のアミノ酸が存在しない、本願発明１のSEQ ID NO:60のアミノ酸配列をコードするＤＮＡをクローニングすることは、当業者が容易になし得たことである。
　
相違点２について
　本願明細書の第１７頁下第２行〜第１８頁第２０行には、「・・・特定のアミノ酸配列の『保存的に改変された変異』とはタンパク質活性にとって重要でないアミノ酸のアミノ酸置換、又はアミノ酸を類似の特性を有する別のアミノ酸で置換し（例えば、酸性、塩基性、正又は負に帯電、極性又は非極性等）、重要なアミノ酸の置換でさえも活性を実質的に改変しないような置換を意味する。機能的に類似のアミノ酸を供する保存的置換は当業界において公知である。・・・」と記載されており、一方で、ＳｅｒとＧｌｙが、ともに小型アミノ酸であり、ＬｅｕとＴｒｐが、ともに疎水性アミノ酸であり、ＬｙｓとＡｒｇが、ともに塩基性アミノ酸であり、ＴｈｒとＡｌａが、ともに小型アミノ酸であることから、これらは互いに特性が共通するアミノ酸であることは、当業者の技術常識であるからこれらのアミノ酸同士の置換が、保存的置換に該当することは、当業者の技術常識から明らかである。
　したがって、この点は実質的な相違点ではない。
　
　また、仮に上記置換が保存的置換に該当しないとしても、相違点１の項で述べたとおり、配列番号６０のアミノ酸をコードするＤＮＡをクローニングすることは容易になし得たことである。そして、当該配列番号６０のアミノ酸配列において、相違点２に列挙したアミノ酸が、引用発明１の配列番号１９と異なっていたことは、単に同一遺伝子のアミノ酸配列の個体差に基づく相違にすぎず、このことによって配列番号６０のアミノ酸をコードするＤＮＡの取得が困難になるものでもない。
　
　そして、本願発明１の「SEQ ID NO:60の配列又は１もしくは複数の保存的置換を有するSEQ ID NO:60の配列を有するポリペプチド」が、引用発明１のポリペプチドと比べて、格別顕著な効果を奏するとは認められない。 
　したがって、本願発明１は、引用文献１に記載された発明に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
　審判請求人は、審判請求書の請求の理由において、「引用文献１にはそれに記載の遺伝子がスプライシングバリアントを有することを示唆する記述が全く存在せず、そのようなバリアントを探す動機付けとなる記載も存在しない。実際のところ、全ての遺伝子がスプライシングバリアントを有するとは限らないため、原審査官殿の主張は推論にすぎないものと思われる。ＰＴＣ遺伝子に由来する発現産物に異なるものがいくつか存在することを教示するのは本願明細書がはじめてである。」との主張をしている。 
　また、平成２０年５月２０日付の回答書においても、「審判官のご見解が妥当であるならば、引用文献１の著者は、彼らが有するヒトパッチ遺伝子に関する豊富な知識に基づき、当然にその遺伝子の「スプライシングバリアント」をも想到し、引用文献１のどこかに関連の記載を含ませるはずであります。しかしながら、そのような記載がないということは、『当業者であっても（あるいは当業者であるからこそ）、ある遺伝子に「スプライシングバリアント」が存在することを必ずしも期待できるものではない』ことを裏付けております。」との主張をしている。
　しかし、多くの遺伝子に「スプライシングバリアント」が存在することは本願優先日前周知事項であり、また、引用文献１には「スプライシングバリアント」の存在を否定する記載があるわけではなく、かつ、上記「相違点１」で検討したように、引用文献１に記載されている遺伝子に「スプライシングバリアント」が存在することを期待することは、当業者にとって極めて自然なことである。
　そして、本願明細書の記載を検討しても、本願発明１のポリペプチドをコードするＤＮＡを取得することに技術的困難性があったと認めることもできないので、審判請求人の上記主張は採用できない。 
　
２．本願発明８について
　記載（キ）、（コ）〜（サ）によると、引用文献１には、配列番号19のアミノ酸配列からなるポリペプチドに特異的に結合する抗体の発明（以下、「引用発明２」という。）が記載されているといえる。 
　本願発明８と引用発明２を対比すると、両者は、特定のアミノ酸配列からなるポリペプチドに特異的に結合する抗体である点で一致し、該特定のアミノ酸配列が、本願発明８では、エキソン1b（SEQ ID NO:58のヌクレオチド310〜510）、エキソン1（SEQ ID NO:58のヌクレオチド1252〜1440）及びエキソン2a（SEQ ID NO:59のヌクレオチド305〜390）から成る群から選ばれる核酸によりコードされるアミノ酸配列であるのに対し、引用発明２では、配列番号19のアミノ酸配列である点で相違する。 
　そこで、上記相違点について検討する。 
　引用文献１には、特異的な抗体の生成のために短いフラグメントを使用することが記載されており（記載（サ））、また、本願の「エキソン1b（SEQ ID NO:58のヌクレオチド310〜510）の核酸によりコードされるアミノ酸配列」は、引用文献１の配列番号19のアミノ酸配列のアミノ酸残基1〜67に相当するものであるから、エキソン1bの核酸によりコードされるアミノ酸配列は、引用文献１の配列番号19のアミノ酸配列のフラグメントに相当する。 
　そして、あるタンパク質に特異的に結合する抗体を製造する際に、該タンパク質のアミノ酸配列のフラグメントを使用することは、本出願前周知技術であるから、引用文献１の配列番号19のアミノ酸配列のアミノ酸残基1〜67からなるフラグメントあるいはその一部を免疫原として使用し、本願のエキソン1bの核酸によりコードされるアミノ酸配列に特異的に結合する抗体を製造することは、当業者が容易になし得ることである。 
　したがって、本願発明８は、引用文献１に記載された発明に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
第５．本願発明１６の新規性について
　本願の発明の詳細な説明には、「同一性」について「２本の核酸又はポリペプチド配列との関連での語『同一性』とは、最大の対応性で整列させたときに同一であるその２本の配列における残基を意味する。比較のための配列の最適な整列は例えばSmith and Waterman（1981）Adv.Appl.Math．2:482の局所相同性アルゴリズムにより、Needleman and Wunsch（1970）J.Mol.Biol．48:443の相同性整列アルゴリズムにより、Pearson and Lipman（1988）Proc.Natl.Acad.Sci．USA 85:2444の類似の方法についての研究により、これらのアルゴリズムのコンピューター処理により（Wisconsin Genetics Software Package，Genetics Computer Group，575 Science Dr.，Madison，WIのGAP，BESTFIT，FASTA及びTFASTA）又は目視により実施できうる。」（本願明細書第14頁右欄第5行〜第15行）と記載されている。 
　そして、本願のSEQ ID NO:1のヌクレオチド442〜4329の核酸配列をクエリーにして、本願明細書に記載されているアルゴリズム（Smith and Waterman）のコンピューター処理による配列検索にかけた場合に、本願のSEQ ID NO:1のヌクレオチド442〜4329の核酸配列と引用文献１に記載された核酸配列（配列番号18）とは、９９％の配列同一性を有する結果が得られる。 
　そこで、本願発明１６の核酸と引用文献１に記載された核酸配列（配列番号18）の核酸を対比すると、両者は、SEQ ID NO:1のヌクレオチド442〜4329の核酸配列に対して少なくとも98％の配列同一性を有する、ポリペプチドをコードするコード領域を有する単離された核酸である点で一致し、相違点はない。 
　したがって、本願発明１６は、引用文献１に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない。
　 
第６．明細書の記載要件について
　請求項４には、「請求項１記載のポリペプチド及び薬理学的に許容される担体を含んで成る、生体における母斑様基底細胞癌腫症候群又は基底細胞癌腫の症状の緩和のための薬理組成物」と記載されており、本願発明４は、請求項１に記載のポリペプチドを、母斑様基底細胞癌腫症候群又は基底細胞癌腫の症状の緩和という医薬用途に適用した医薬発明である。 
　一般に、医薬発明は、その物を医薬としてどのように使用できるのかを理解することが比較的困難な技術分野に属する発明であることから、当業者がその発明を容易に実施することができるように発明の詳細な説明を記載するためには、通常、一つ以上の代表的な実施例が必要であり、そして、医薬用途を裏付ける実施例として、通常、薬理試験結果に相当する記載が必要である。 
　しかしながら、発明の詳細な説明の記載には、上記ポリペプチドを生体における母斑様基底細胞癌腫症候群又は基底細胞癌腫の症状の緩和のための薬理組成物として使用することについてはその可能性が示唆されているにとどまり、上記ポリペプチドを生体における母斑様基底細胞癌腫症候群又は基底細胞癌腫の症状の緩和のための薬理組成物として使用可能なことを裏付ける薬理試験に相当する実施例等の記載はなく、発明の詳細な説明の記載からでは、上記ポリペプチドを生体における母斑様基底細胞癌腫症候群又は基底細胞癌腫の症状の緩和のための薬理組成物として使用できることを確認することができない。 
　ところで、審判請求人は、審判請求書の請求の理由において、「ＮＢＣＣＳが任意の特定の突然変異により生ずるのではなく、その遺伝子の機能の破壊につながる突然変異により生ずるものであることは、例えば本願明細書第１１６頁以降に記載の実施例４、５において示すように、本発明者により同定された遺伝子の様々な突然変異がＮＢＣＣＳをもたらすという事実により裏付けされるものと審判請求人は確信する。かかる情報に基づき、当業者であれば本願発明に係るポリペプチドが病気で冒された細胞の正常な表現形への復帰に役立つものであることが容易に推認できる」旨主張し、さらに、参考資料としてKoikeらの文献Oncogene,21(17):2670-2678(2002)を提示して「本発明に係るＰＴＣポリペプチドが基底細胞癌腫の如き癌腫の抑制に有効であることは本願明細書の記載により当業者が容易に推認でき、そしてその効果はKoikeらの報告により十分に裏付けされている」旨主張している。 
　しかし、実施例４、５において示された「同定された遺伝子の様々な突然変異がＮＢＣＣＳをもたらす」実験結果は、ＮＢＣＣＳの患者において、ＰＴＣ遺伝子が変異していることを示すにとどまり、本願請求項１記載のポリペプチドを投与することによって、母斑様基底細胞癌腫症候群又は基底細胞癌腫の症状の緩和し得ることを示すものではなく、したがって、当該医薬用途に適用するための薬理組成物として使用できることを裏付ける薬理試験に相当するものではない。また、参考資料として提示されたKoikeらの文献は、本願出願後の２００２年に発行された文献であり、その実験内容について、本願明細書に何ら開示されていないので、本願請求項４記載の薬理組成物に係る発明を裏付ける証拠としてKoikeらの文献は採用できない。それに、Koikeらの文献において細胞に導入された野生型ＰＴＣ遺伝子は、ニワトリＰＴＣ遺伝子であるから、その点で本願発明のヒトＰＴＣ遺伝子と相違し、しかも、本願発明の１２９６アミノ酸からなるヒトＰＴＣタンパク質に対応するものではなく、１４４７アミノ酸からなるヒトＰＴＣタンパク質（引用文献１に記載のもの）に対応するものであり、さらにいえば、対象としたガン細胞も、「母斑様基底細胞癌腫症候群」、「基底細胞癌腫」とは異なる「扁平上皮癌（squamous cell carcinoma）」であるから、本願請求項１記載のポリペプチドである１２９６アミノ酸からなるヒトＰＴＣタンパク質が、母斑様基底細胞癌腫症候群又は基底細胞癌腫の症状の緩和のための薬理組成物として使用できることを裏付ける証拠としてKoikeらの文献は採用できない。　よって、請求項４に係る発明について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているとは認められない。
　したがって、この出願は、発明の詳細な説明の記載が特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていない。 
　
第７．むすび
　以上のとおりであるから、本願発明１６は、特許法第２９条第１項第３号に該当し、また、本願発明１及び本願発明８は、特許法第２９条第２項の規定により、いずれも特許を受けることができないものである。
　また、本特許出願は、本願発明４について、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていない。
　したがって、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本特許出願は拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。