【事件の表示】
　特願２００１−２９３９３０「タンパク質およびタンパク質骨格の立体配置を設計するための方法およびシステム」拒絶査定不服審判事件〔平成１４年１０月３１日出願公開、特開２００２−３１８２３４〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯・特許を受けようとする発明
　本願は、平成１３年９月２６日（パリ条約による優先権主張外国庁受理２０００年１０月１６日、米国、２０００年１２月５日、米国）の出願であって、平成１８年１１月２２日付けで拒絶査定がされ、これに対し、平成１９年１月１９日に拒絶査定不服審判の請求がされるとともに、同年２月１６日付けで手続補正がなされている。その後、当審において、平成２０年１２月９日付けで拒絶理由が通知され、その応答期間中の平成２１年２月９日付けで手続補正がなされている。
　そして、平成２１年２月９日付け手続補正書の特許請求の範囲の請求項１〜４９には、以下の事項が記載されている。
「　　【請求項１】　タンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法であって、
　該骨格の所望の立体配置を同定する対象のタンパク質は、天然のアミノ酸で形成される一本のペプチド鎖により構成され、かつ、該タンパク質の骨格の立体配置は、前記一本のペプチド鎖を構成する各アミノ酸残基の二面角対のみによって、一義的に記載可能である際、
　複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対を使用してタンパク質の骨格の立体配置を生成するステップと、
　自己交差している立体配置を除去するステップと、
　前記除去ステップの後、除去されていない残りの各立体配置の総表面露出面積を正規化するステップと、
　許容配列の空間に均一な重みを有するランダムな一群の疎水性部分の配列を生成するステップと、
　ランダムに生成された各配列について、下記する判定手順に従って、前記残りの立体配置のどちらが基底状態であるかを判定するステップと、
　各配列について基底状態の立体配置を記録するステップとを含み、
　その際、前記所望の立体配置は、前記ランダムに生成された一群の配列中、該立体配置をその基底状態として持つ配列の数が、前記ランダムに生成された各配列の総数中に、最も高い割合で含まれている立体配置であり、
　前記二面角対は、タンパク質の骨格を形成する各アミノ酸における、ペプチド結合の角度とねじれを表記する、該アミノ酸中のα位炭素原子（Ｃα）を中心として、定義されるファイ（φ）およびプサイ（ψ）の角度の組み合わせを意味し、
　前記各立体配置の総表面露出面積を正規化する操作は、
該立体配置中の各アミノ酸の表面露出面積を、その立体配置の総表面露出面積で割ることにより、該立体配置中の各アミノ酸球面の正規化された表面露出面積を算出する操作であり、
　前記判定手順は、
　前記ランダムに生成された各配列が、前記生成されるタンパク質の骨格の立体配置において、フォールディングしている際に有するエネルギーを表記する近似的エネルギー関数として、下記の数式（１）：
【数６】
　　　(1)
（上式中、ｈiは、該配列のｉ番目の要素の疎水性であり、
【数７】
は、前記生成されるタンパク質の骨格の立体配置中のｉ番目のアミノ酸球面の正規化された表面露出面積である。）を用い、
　各配列について、前記生成されるタンパク質の骨格の立体配置について、数式（１）で定義されるＥを算出し、
　算出される前記Ｅの値が最小となる、タンパク質の骨格の立体配置を選択し、該配列における基底状態の立体配置と判定する
ことを特徴とする、タンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項２】　複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対において、
複数種の二面角対のうち１対がαヘリックスに対応し、複数種の二面角対のうち１対がβ鎖に対応する、
請求項１に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項３】　複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対において、
複数種の二面角対のうち２対がαヘリックスに対応し、複数種の二面角対のうち１対がβ鎖に対応する、
請求項１に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項４】　タンパク質の骨格の立体配置を生成する際に使用される、複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対は、
前記αヘリックスに対応する二面角対の２対と、β鎖に対応する二面角対の１対に加えて、さらなる二面角対を追加することで構成され、
　該追加の二面角対は、ラマチャンドラン・プロットにおいて高頻度の領域内に留まる、
請求項３に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項５】　特定の二面角対を選択する確率が、前記骨格に沿って、二面角対の先行する対に依存する、
請求項４に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項６】　自己交差している立体配置を除去するステップにおける自己交差の判定は、鎖中の各アミノ酸のα炭素の位置に基づく判定に加えて、β炭素の位置に基づく判定をさらに含む、
請求項５に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項７】　コンパクトではない立体配置を除去するステップをさらに含む、
請求項６に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項８】　立体配置の骨格が有する三次元的な配置を、Ｎ末からＣ末へとたどる三次元軌跡として表現した際、
その骨格がたどる三次元軌跡が充分に類似する立体配置をクラスタ化し、クラスタ中のすべての立体配置を単一の立体配置の変種として処理するステップと、
　クラスタ中のすべての立体配置について、その立体配置を基底状態として有する配列の数を合計し、前記合計を前記クラスタの設計可能性と見なすステップとをさらに含む、
請求項７に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項９】　タンパク質の骨格の立体配置を生成する際に使用する、前記複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対は、
連続する二面角対複数で構成される、二面角対の一続き複数からなる一群である、
請求項１に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項１０】　前記二面角対の一続きは、天然のタンパク質における出現頻度に従って重み付けされ、頻度の低い二面角対の一続きは除去される、
請求項９に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項１１】　所与の立体配置における、各アミノ酸の表面露出面積を、その立体配置の総表面露出面積で割ることによって正規化が行われる、
請求項１に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項１２】　コンパクトではない立体配置を除去するステップをさらに含む、
請求項１１に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項１３】　コンパクトではない立体配置を除去するステップをさらに含む、
請求項１に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項１４】　コンパクトではない立体配置を除去した後に、多数の水素結合を形成するのに好ましくない立体配置をすべて除去するステップをさらに含む、
請求項１に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項１５】　立体配置の骨格が有する三次元的な配置を、Ｎ末からＣ末へとたどる三次元軌跡として表現した際、
その骨格がたどる三次元軌跡が充分に類似する立体配置をクラスタ化し、クラスタ中ですべての立体配置を単一の立体配置の変種として処理するステップと、
　クラスタ中のすべての立体配置について、その立体配置を基底状態として有する配列の数を合計し、前記合計を前記クラスタの設計可能性と見なすステップとをさらに含む、
請求項１に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項１６】　各二つの立体配置の間の２乗平均平方根距離を決定し、そして、それがクラスタの任意の要素間の２乗平均平方根距離λ内に存在する場合、その立体配置をクラスタの要素として定義することによって、クラスタ化が行われる、
請求項１５に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項１７】　λがアミノ酸１個当たり０．４Åである、
請求項１６に記載のタンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法。
　　【請求項１８】　タンパク質の骨格の所望の立体配置を同定し、該骨格の所望の立体配置に対する、アミノ酸配列を設計するための方法であって、
　該骨格の所望の立体配置を同定する対象のタンパク質は、天然のアミノ酸で形成される一本のペプチド鎖により構成され、かつ、該タンパク質の骨格の立体配置は、前記一本のペプチド鎖を構成する各アミノ酸残基の二面角対のみによって、一義的に記載可能である際、
　複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対を使用してタンパク質の骨格の立体配置を生成するステップと、
　自己交差している立体配置を除去するステップと、
　前記除去ステップの後、除去されていない残りの各立体配置の総表面露出面積を正規化するステップと、
　許容配列の空間に均一な重みを有するランダムな１組の疎水性部分の配列を生成するステップと、
　ランダムに生成された各配列について、下記する判定手順に従って、前記残りの立体配置のどれが基底状態であるかを判定するステップと、
　各配列について、基底状態の立体配置を記録するステップと、
　その際、前記所望の立体配置は、前記ランダムに生成された一群の配列中、該立体配置をその基底状態として持つ配列の数が、前記ランダムに生成された各配列の総数中に、最も高い割合で含まれている立体配置であり、
　前記所望の立体配置に対する、アミノ酸配列を設計するステップとを含み、
　前記二面角対は、タンパク質の骨格を形成する各アミノ酸における、ペプチド結合の角度とねじれを表記する、該アミノ酸中のα位炭素原子（Ｃα）を中心として、定義されるファイ（φ）およびプサイ（ψ）の角度の組み合わせを意味し、
　前記各立体配置の総表面露出面積を正規化する操作は、
該立体配置中の各アミノ酸の表面露出面積を、その立体配置の総表面露出面積で割ることにより、該立体配置中の各アミノ酸球面の正規化された表面露出面積を算出する操作であり、
　前記判定手順は、
　前記ランダムに生成された各配列が、前記生成されるタンパク質の骨格の立体配置において、フォールディングしている際に有するエネルギーを表記する近似的エネルギー関数として、下記の数式（１）：
【数８】
　　　　(1)
（上式中、ｈiは、該配列のｉ番目の要素の疎水性であり、
【数９】
は、前記生成されるタンパク質の骨格の立体配置中のｉ番目のアミノ酸球面の正規化された表面露出面積である。）を用い、
　各配列について、前記生成されるタンパク質の骨格の立体配置について、数式（１）で定義されるＥを算出し、
　算出される前記Ｅの値が最小となる、タンパク質の骨格の立体配置を選択し、該配列における基底状態の立体配置と判定する
ことを特徴とする、タンパク質を設計するための方法。
　　【請求項１９】　複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対において、
複数種の二面角対のうち１対がαヘリックスに対応し、複数種の二面角対のうち１対がβ鎖に対応する、
請求項１８に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項２０】　複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対において、
複数種の二面角対のうち２対がαヘリックスに対応し、複数種の二面角対のうち１対がβ鎖に対応する、
請求項１８に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項２１】　タンパク質の骨格の立体配置を生成する際に使用される、複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対は、
前記αヘリックスに対応する二面角対の２対と、β鎖に対応する二面角対の１対に加えて、さらなる二面角対を追加することで構成され、
　該追加の二面角対は、ラマチャンドラン・プロットにおいて高頻度の領域内に留まる、
請求項２０に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項２２】　特定の二面角対を選択する確率が、前記骨格に沿って、二面角対の先行する対に依存する、
請求項２１に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項２３】　自己交差している立体配置を除去するステップにおける自己交差の判定は、鎖中の各アミノ酸のα炭素の位置に基づく判定に加えて、β炭素の位置に基づく判定をさらに含む、
請求項２２に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項２４】　コンパクトではない立体配置を除去するステップをさらに含む、
請求項２３に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項２５】　立体配置の骨格が有する三次元的な配置を、Ｎ末からＣ末へとたどる三次元軌跡として表現した際、
その骨格がたどる三次元軌跡が充分に類似する立体配置をクラスタ化し、クラスタ中のすべての立体配置を単一の立体配置の変種として処理するステップと、
　クラスタ中のすべての立体配置について、その立体配置を基底状態で有する配列の数を合計し、前記合計を前記クラスタの設計可能性と見なすステップとをさらに含む、
請求項２４に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項２６】　タンパク質の骨格の立体配置を生成する際に使用する、前記複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対は、
連続する二面角対複数で構成される、二面角対の一続き複数からなる一群である、
請求項１８に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項２７】　前記二面角対の一続きは、天然のタンパク質における出現頻度に従って重み付けされ、頻度の低い二面角対の一続きは除去される、
請求項２６に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項２８】　所与の立体配置における、各アミノ酸の表面露出面積を、その立体配置の総表面露出面積で割ることによって正規化が行われる、
請求項１８に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項２９】　自己交差している立体配置を除去した後、コンパクトではない立体配置を除去するステップをさらに含む、
請求項１８に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項３０】　立体配置の骨格が有する三次元的な配置を、Ｎ末からＣ末へとたどる三次元軌跡として表現した際、
その骨格がたどる三次元軌跡が充分に類似する立体配置をクラスタ化し、クラスタ中のすべての立体配置を単一の立体配置の変種として処理するステップと、
　クラスタ中のすべての立体配置について、その立体配置を基底状態として有する配列の数を合計し、前記合計を前記クラスタの設計可能性と見なすステップとをさらに含む、
請求項２９に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項３１】　コンパクトではない立体配置を除去した後、水素結合を形成する上で好ましくない立体配置をすべて除去するステップをさらに含む、
請求項１８に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項３２】　立体配置の骨格が有する三次元的な配置を、Ｎ末からＣ末へとたどる三次元軌跡として表現した際、
その骨格がたどる三次元軌跡が充分に類似する立体配置をクラスタ化し、クラスタ中のすべての立体配置を単一の立体配置の変種として処理するステップと、
　クラスタ中のすべての立体配置について、その立体配置を基底状態として有する配列の数を合計し、前記合計を前記クラスタの設計可能性と見なすステップとをさらに含む、
請求項１８に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項３３】　各二つの立体配置の間の２乗平均平方根距離を決定し、それがクラスタの任意の要素間の２乗平均平方根距離λ内に存在する場合、その立体配置をクラスタの要素として定義することによってクラスタ化が行われる、
請求項３２に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項３４】　λがアミノ酸１個当たり０．４Åである、
請求項３３に記載のタンパク質を設計するための方法。
　　【請求項３５】　各立体配置が基底状態として有する配列の数がより多いかどうか判定するため、タンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法であって、
　該骨格の立体配置の設計可能性を分析する対象のタンパク質は、天然のアミノ酸で形成される一本のペプチド鎖により構成され、かつ、該タンパク質の骨格の立体配置は、前記一本のペプチド鎖を構成する各アミノ酸残基の二面角対のみによって、一義的に記載可能である際、
　複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対を使用してタンパク質の骨格の立体配置を生成するステップと、
　自己交差している立体配置を除去するステップと、
　前記除去ステップの後、除去されていない残りの各立体配置の総表面露出面積を正規化するステップと、
　許容配列の空間に均一な重みを有するランダムな１組の疎水性部分の配列を生成するステップと、
　ランダムに生成された各配列について、下記する判定手順に従って、前記残りの立体配置のうちどれが基底状態であるかを判定するステップと、
　各配列について、基底状態の立体配置を記録するステップと、
　前記ランダムに生成された一群の配列中、各立体配置を基底状態として有する配列の数を比較し、その数がより多い方の立体配置が高度に設計可能であるとするステップとを含み、
　前記二面角対は、タンパク質の骨格を形成する各アミノ酸における、ペプチド結合の角度とねじれを表記する、該アミノ酸中のα位炭素原子（Ｃα）を中心として、定義されるファイ（φ）およびプサイ（ψ）の角度の組み合わせを意味し、
　前記各立体配置の総表面露出面積を正規化する操作は、
該立体配置中の各アミノ酸の表面露出面積を、その立体配置の総表面露出面積で割ることにより、該立体配置中の各アミノ酸球面の正規化された表面露出面積を算出する操作であり、
　前記判定手順は、
　前記ランダムに生成された各配列が、前記生成されるタンパク質の骨格の立体配置において、フォールディングしている際に有するエネルギーを表記する近似的エネルギー関数として、下記の数式（１）：
【数１０】
　　　　(1)
（上式中、ｈiは、該配列のｉ番目の要素の疎水性であり、
【数１１】
は、前記生成されるタンパク質の骨格の立体配置中のｉ番目のアミノ酸球面の正規化された表面露出面積である。）を用い、
　各配列について、前記生成されるタンパク質の骨格の立体配置について、数式（１）で定義されるＥを算出し、
　算出される前記Ｅの値が最小となる、タンパク質の骨格の立体配置を選択し、該配列における基底状態の立体配置と判定する
ことを特徴とする、タンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項３６】　所与の立体配置における、各アミノ酸の表面露出面積を、その立体配置の総表面露出面積で割ることによって正規化が行われる、
請求項３５に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項３７】　複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対において、
複数種の二面角対のうち１対がαヘリックスに対応し、複数種の二面角対のうち１対がβ鎖に対応する、
請求項３５に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項３８】　複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対において、
複数種の二面角対のうち２対がαヘリックスに対応し、複数種の二面角対のうち１対がβ鎖に対応する、
請求項３５に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項３９】　タンパク質の骨格の立体配置を生成する際に使用される、複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対は、
前記αヘリックスに対応する二面角対の２対と、β鎖に対応する二面角対の１対に加えて、さらなる二面角対を追加することで構成され、
　該追加の二面角対は、ラマチャンドラン・プロットにおいて高頻度の領域内に留まる、
請求項３８に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項４０】　特定の二面角対を選択する確率が、前記骨格に沿って、二面角対の先行する対に依存する、
請求項３９に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項４１】　自己交差している立体配置を除去した後、コンパクトではない立体配置を除去するステップをさらに含む、
請求項４０に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項４２】　立体配置の骨格が有する三次元的な配置を、Ｎ末からＣ末へとたどる三次元軌跡として表現した際、
その骨格がたどる三次元軌跡が充分に類似する立体配置をクラスタ化し、クラスタ中のすべての立体配置を単一の立体配置の変種として処理するステップと、
　クラスタ中のすべての立体配置について、その立体配置を基底状態として有する配列の数を合計し、前記合計を前記クラスタの設計可能性と見なすステップとをさらに含む、
請求項４１に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項４３】　タンパク質の骨格の立体配置を生成する際に使用する、前記二面角対の組は、連続する二面角対複数で構成される、二面角対の一続き複数からなる１組である、
請求項３５に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項４４】　前記二面角対の一続きは、天然のタンパク質における出現頻度に従って重み付けされ、頻度の低い二面角対の一続きは除去される、
請求項４３に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項４５】　特定の二面角対を選択する確率が、前記骨格に沿って、二面角の先行する対に依存する、
請求項３５に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項４６】　コンパクトではない立体配置を除去した後、多数の水素結合を形成する上で好ましくない立体配置をすべて除去するステップをさらに含む、
請求項３５に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項４７】　立体配置の骨格が有する三次元的な配置を、Ｎ末からＣ末へとたどる三次元軌跡として表現した際、
その骨格がたどる三次元軌跡が充分に類似する立体配置をクラスタ化し、クラスタ中のすべての立体配置を単一の立体配置の変種として処理するステップと、
　クラスタ中のすべての立体配置について、その立体配置を基底状態として有する配列の数を合計し、前記合計を前記クラスタの設計可能性と見なすステップとをさらに含む、
請求項３５に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項４８】　各二つの立体配置の間の２乗平均平方根距離を決定し、それがクラスタの任意の要素間の２乗平均平方根距離λ内に存在する場合、立体配置をクラスタの要素として定義することによってクラスタ化が行われることをさらに含む、
請求項４７に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。
　　【請求項４９】　λがアミノ酸１個当たり０．４Åであることをさらに含む、
請求項４８に記載のタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法。」
　
　
第２　当審の拒絶理由
　一方、当審において平成２０年１２月９日付けで通知した拒絶の理由の概要は、以下のとおりである。
　
拒絶理由１
　本願は、発明の詳細な説明の記載が下記の点で、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていない。
　
拒絶理由２
　本願は、特許請求の範囲の記載が下記の点で、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない。
　
拒絶理由３
　本願は、特許請求の範囲の記載が下記の点で、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。
　
拒絶理由４
　本願の下記の請求項に記載されたものは、下記の点で特許法第２９条第１項柱書に規定する要件を満たしていないから、特許を受けることができない。
　
　
第３　当審の判断
拒絶理由４（特許法第２９条第１項柱書）について
　本願の明細書には、以下の記載がある。
（ア）請求項１には、
「タンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法」と記載されている。
（イ）請求項１８には、
「タンパク質の骨格の所望の立体配置を同定し、該骨格の所望の立体配置に対するアミノ酸配列を設計するための方法」と記載されている。
（ウ）請求項３５には、
「各立体配置が基底状態として有する配列の数がより多いかどうか判定するため、タンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するための方法」と記載されている。
　
　また、本願の発明の詳細な説明には、以下の記載がある。
「【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は生物情報学の分野に関し、より具体的には、タンパク質およびタンパク質の構造を同定、設計および合成するための方法ならびにシステムに関する。」
「【０００３】
【従来の技術】タンパク質は、すべての生物の必須成分であり、各細胞のあらゆる酵素ならびに機能的要素の大部分を構成している。各タンパク質は、アミノ酸と呼ばれる個々の構成単位からなる枝分かれのないポリマーである。一般に、２０種類の異なる天然アミノ酸が存在し、各タンパク質は、５０〜１，０００個のアミノ酸の鎖である。したがって、膨大な数のタンパク質分子の存在が見込まれる。簡単な細菌は、高々数百種類の異なるタンパク質を使用するのみであろうが、一方では、５０，０００種の異なるヒトのタンパク質があると推定されている。何れの場合でも、これらのタンパク質全てに関する情報は、その生物の各細胞のＤＮＡ中にエンコードされている。慣例により、１つのタンパク質をコードしているＤＮＡの領域を、「遺伝子」と呼している。細胞の機構は、ＤＮＡ遺伝子中の情報を翻訳し、アミノ酸全てを正しい配列に紡いで、特定のタンパク質を形成する。天然のタンパク質に対しては、そのアミノ酸配列は、既知のコードにより、そのタンパク質に対する遺伝子中のＤＮＡ塩基（Ａ，Ｃ，Ｔ，Ｇ）の配列から、直接得ることができる。
【０００４】タンパク質がその機能を果たすためには、その鎖は特定の構造にフォールドされねばならない。細胞内には、このフォールディングの手助けをする何らかの装置があるが、一般に、天然のフォールディング構造自体、そのタンパク質鎖の自由エネルギーが最小の状態であると解されている。つまり、各タンパク質の構造と機能双方に関する情報は、そのアミノ酸配列の中に含まれる。しかしながら、アミノ酸配列の知見から、そのフォールディング構造を理論的に予測することは容易でないと判明した。」
「【００１３】質的に新しいタンパク質構造を設計するための実験的な取り組みには厳しい制限がある。ランダムなアミノ酸配列のフォールディングの研究によって、フォールディングをしていると見えるいくつかの配列が特定された。しかしながら、その配座は、Ｘ線結晶学および／または核磁気共鳴の手法のいずれかによる構造決定が可能なほどには、充分に堅固ではなかった。フォールディングした構造のおおよその理解さえなしには、堅固さを増すための、系統的な向上は望むべくも無い。
【００１４】
【発明が解決しようとする課題】本発明の目的は、タンパク質およびタンパク質骨格を同定、設計および合成するための方法およびシステムを提供することにある。
【００１５】
【課題を解決するための手段】本発明は、設計可能なタンパク質の立体配置の定性的な同定およびタンパク質のフォールディングの合成を可能にする。」
「【００７９】立体配置空間における低密度領域の立体配置は、平均数よりもはるかに多くの配列の基底状態となっている立体配置として同定される。立体配置の「設計可能性」とは、基底状態としてその立体配置をとる配列の数として定義される。設計可能性が最も高い立体配置が同定される。高い設計可能性は、立体配置の低い周辺密度の非常に強力な指標である。
【００８０】このやり方で同定された高度に設計可能な立体配置は、新規な構造設計における、優れた目標である。第１に、高度に設計可能な立体配置の改変に対する安定性のために（本質的に、これは、高い設計可能性の定義である）、これら立体配置にフォールディングされるであろう多くの可能性のある配列が存在するはずである。第２に、関連している配列は、殆どトラップを持っていないはずであり、このことは、基底状態の熱力学的な安定性、ならびに速いフォールディングの動力学の両方を暗示している。「トラップ」とは、真の基底状態以外の低エネルギーの立体配置である。よく設計された配列に対する、可能なトラップは、類似の表面露出部のパターンを有する立体配置のみなので、当然、トラップは稀なものとなる。解釈すると、設計可能な立体配置は、立体配置空間の低密度領域において発見され、このことは同様の表面露出部を有する立体配置はほとんどないことを意味している。したがって、通常、実際のタンパク質に起因している、フォールディング特性の全て、−突然変異に対する安定性、熱力学的な安定性、および速いフォールディング性−は、高度に設計可能な基底状態の立体配置を有する配列と関連している可能性がある。」
　
（１）本願発明の目的について
　まず、「タンパク質」という用語が、本願においてどのような意味で用いられているかについて検討すると、上記段落【０００１】、【０００３】、【０００４】、【００１３】〜【００１５】の記載によれば、本願における「タンパク質」とは、すべての生物の必須成分であって、その機能を果たすために特定の構造にフォールドされるものと説明されているものであるから、生物中に実際に存在するタンパク質をいうものといえ、天然タンパク質または非天然タンパク質にかかわらず生物中の環境において特定の構造にフォールドされるタンパク質を対象とすることが前提となっている。
　この点について、請求人は、平成２１年２月９日付けの意見書の(iv)において、以下のように主張している。
「　『天然のタンパク質』の立体構造は、一般に、そのアミノ酸配列によって『一義的に決定』されており、『天然のタンパク質』の立体配置自体は、人為的に『設計可能』なものでないことは、当業者には、良く理解されていることと存じます。人為的に『設計可能』なものは、そのアミノ酸配列を人為的に決定することが可能な『非天然のタンパク質』の立体配置に限定されていることは、当業者には、良く理解されていることと存じます。」
「　その観点では、本発明の方法が対象としております、『設計可能なタンパク質の立体配置』は、生物中に実際に存在する『天然のタンパク質』が有する立体配置は、本質的に含まれないことは、当然のことであります。」
　しかし、まず請求項１に係る発明は、「タンパク質の骨格の所望の立体配置を同定するための方法」であって、タンパク質の立体配置を設計する方法に関するものではない。またＸ線結晶学や核磁気共鳴による構造決定は不十分であるため、天然のタンパク質においても、決定されたアミノ酸配列の情報に基づいて立体配置を同定することも一般に行われていることである。このため、「設計可能」という文言を根拠として、生物中に実際に存在する天然のタンパク質が本質的に含まれないとする請求人の主張は合理的なものとはいえない。
　
　以上のとおり、本願において用いられる「タンパク質」という用語は、生物中に実際に存在するタンパク質を意味するものであるから、タンパク質の「立体配置」とは、生物中に実際に存在するタンパク質の骨格の天然のフォールディングを意味するものといえる。
　このため、請求項１および請求項１を引用する請求項２〜１７および、請求項１８および請求項１８を引用する請求項１９〜３４に記載された方法は、生物中に実際に存在するタンパク質の骨格の天然のフォールディングである望ましい立体配置を同定することを目的とするものであるといえる。また、上記段落【００７９】、【００８０】に記載によれば、実際のタンパク質に起因しているフォールディング特性は高度に設計可能な立体配置を有する配列と関連している可能性があるとしているのであるから、請求項３５および請求項３５を引用する請求項３６〜４９に記載された方法の目的は、生物中に実際に存在するタンパク質のフォールディング特性と関連するタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析するものであるといえる。
　
（２）タンパク質の立体配置を自然法則を利用して同定しているかについて
ア　ステップ１
　請求項１、請求項１８、および請求項３５に記載された発明は、以下の２つのステップを含んでいる。
（ステップ１ａ）「複数種の二面角対で構成される、一群の二面角対を使用してタンパク質の骨格の立体配置を生成するステップ」
（ステップ１ｂ）「自己交差している立体配置を除去するステップ」
　
　上記ステップにより、天然のアミノ酸で形成される一本のペプチド鎖により構成されるタンパク質の立体配置を生成し、その立体配置の群から、エネルギー的に好ましくない立体配置（段落【００８７】）である自己交差している立体配置を除去しているが、自由エネルギーなどの基底状態について検討するものではなく、上記ステップの結果残される立体配置の群が、タンパク質鎖の自由エネルギーが最小の状態のものを同定したものであるとも、該立体配置をその基底状態として持つ配列の数が前記ランダムに生成された各配列の総数中に高い割合で含まれている立体配置を同定したものであるとも、いえない。
　したがって、上記ステップは、生物中に実際に存在するタンパク質の立体配置を同定するものではない。
　
イ　ステップ２
　さらに、請求項１、請求項１８、および請求項３５に記載された発明は、以下の４つのステップを含んでいる。
（ステップ２ａ）「除去されていない残りの各立体配置の総表面露出面積を正規化するステップ」
（ステップ２ｂ）「許容配列の空間に均一な重みを有するランダムな一群の疎水性部分の配列を生成するステップ」
（ステップ２ｃ−１）「ランダムに生成された各配列について、下記する判定手順に従って、前記残りの立体配置のどちらが基底状態であるかを判定するステップ」
（ステップ２ｃ−２）「各配列について基底状態の立体配置を記録するステップ」
そして、判定手順として、近似的エネルギー関数として数式（１）
　
で定義されるＥを算出し、Ｅの値が最小となるタンパク質の骨格の立体配置を選択し、該配列における基底状態の立体配置と判定することが記載されている。
　これらのステップにより近似的エネルギー関数Ｅを算出し、残された立体配置のうちの近似的エネルギー関数Ｅが最小となるものを判定している。そして、近似的エネルギー関数Ｅが最小となる立体配置を、基底状態の立体配置と称している。
　しかし、「式（１）から算出されるＥの値が最小となる立体配置」と「生物中に実際に存在するタンパク質鎖の自由エネルギーが最小の状態の立体配置」との関係について、本願明細書には何も記載されておらず、式（１）から算出されるＥの値が近似的エネルギー関数といえることや、「ランダムに生成された一群の配列中、該立体配置をその基底状態として持つ配列の数が、前記ランダムに生成された各配列の総数中に、最も高い割合で含まれている」ことと生物中に実際に存在するタンパク質の立体配置との関係についても何ら説明がない。また、「式（１）から算出されるＥの値」と「生物中に実際に存在するタンパク質の骨格の天然のフォールディング」との関係についての検証も何ら行われていない。そして、式（１）で定義される近似的エネルギー関数Ｅと生物中に実際に存在するタンパク質鎖の自由エネルギーとの関連または、近似的エネルギー関数Ｅの計算値が低く算出される立体配置と天然のフォールディング構造との関連から、生物中に実際に存在するタンパク質の立体配置を同定することが、当業者にとって自明であったともいえない。また、本願明細書の段落【０１００】には、結合角を使用して生成した１つの構造１５０が、天然のジンクフィンガーに似ていることが記載されているものの、この構造１５０は式（１）から算出されるＥの値が最小となる立体配置として判定されたものではない。
　
（３）まとめ
　以上より、請求項１〜３４に記載された方法は、生物中に実際に存在するタンパク質の骨格の天然のフォールディングである望ましい立体配置を同定することを目的として掲げており、請求項３５〜４９に記載された方法は、生物中に実際に存在するタンパク質のフォールディング特性と関連するタンパク質の骨格の立体配置の設計可能性を分析することを目的として掲げているものの、生物中に実際に存在するタンパク質に基づくことなく立体配置を生成し、生物中に実際に存在するタンパク質鎖の自由エネルギーとは関連なく定義された「近似的エネルギー関数」を用いて判定を行う方法であり、その結果得られる「望ましい立体配置」または「設計可能性の高い立体配置」とされるものは、生物中に実際に存在するタンパク質の立体配置ではないものである。
　したがって、請求項１〜４９に係る発明は、発明の目的を達成できる具体的なものであるとはいえず、自然法則を利用した技術的思想に該当しない。　
　
　なお、「審査基準　第VIII部　第２章　７．タンパク質立体構造関連発明事例集　７．１　発明について」の事例３（「発明」に該当しない場合）には、「『自然法則を利用した技術的思想の創作』であるためには、請求項に係る発明が一定の目的を達成できる具体的なものでなければならない。」と記載されており、請求項に係る発明が「化合物を対象として何らかの処理を具体的に行うもの」ではなく、「ソフトフェアによる情報処理とハードウェア資源とがどのように協働しているか具体的に記載」されていない場合、当該発明は「自然法則を利用した技術的思想の創作」に該当しないと判断されるとしている。
　
　
　仮に、「タンパク質の骨格の所望の立体配置」が生物中に実際に存在するタンパク質の立体配置ではないとすると、タンパク質の立体配置は、周辺環境との関係によって保持されるものであることは一般に知られていることである。例えば、水性環境中に存在するタンパク質は外表面に親水性基が露出される立体配置が安定に保持されており、これを非極性溶媒で抽出するとその立体配置は変化してしまう。また、脂質二分子膜を貫通して存在する膜タンパク質は、膜中央に接する部分では外表面に疎水性基が露出され、膜外の水性環境に接する部分では親水性基が露出される立体配置が安定となる。しかし、「タンパク質の骨格の所望の立体配置」が生物中に実際に存在するタンパク質の立体配置でないとすると、周辺環境が全く特定されないこととなるため、アミノ酸の疎水性を指標としても、タンパク質の立体配置は安定に保持されないこととなる。請求項１、請求項１８、および請求項３５に記載された発明では、配列の表面に露出された疎水性の要素が少ないものほど近似的エネルギー関数Ｅが小さく算出されるように、数式（１）が設定されているが、周辺環境が特定されていない以上、数式（１）により算出される近似的エネルギー関数Ｅとタンパク質の立体配置との間に、幾ばくかの関連も認められない。
　したがって、数式（１）で定義される近似的エネルギー関数Ｅの値が最小となるタンパク質の骨格の立体配置を基底状態の立体配置とすることは、自然法則とは無関係に、請求人が定めた人為的取り決めに過ぎないということになる。
　また、立体配置を生成したり、近似的エネルギー関数を判定するためのハードウェア資源についても特定されていない。
　したがって、請求項１〜４９に係る発明は、自然法則を利用した技術的思想には該当しない。　
　
　なお、請求人は、平成２１年２月９日付けの意見書の(iv)において、
「　『ランダムコイル』状の構造の『骨格の立体配置』から、『非天然のタンパク質』が『最小の自由エネルギー』を示す立体構造の『骨格の立体配置』へと変化する過渡的過程は、ペプチド鎖の『骨格の立体配置』の変化に伴う、そのペプチド鎖の分子内『疎水的相互作用』の総和が増加する過程に相当することは、『自然法則』に基づいております。
　ペプチド鎖の『骨格の立体配置』の変化に伴う、積の総和；Σ｛（ａi）・（ｈi）｝の減少の程度は、ペプチド鎖の『骨格の立体配置』の変化に伴う、そのペプチド鎖の分子内『疎水的相互作用』の総和が増加の程度を近似的に記述する、『定量化可能な指標』でありますので、本発明の方法で利用されております『評価手法』は、『自然法則』を利用したものと見做されるべきものと考えます。」と述べている。
　しかし、すでに述べたように、Σ｛（ａi）・（ｈi）｝（近似的エネルギー関数Ｅ）と生物中に実際に存在するタンパク質の骨格の天然のフォールディングとの関係についての検証がなされておらず、天然のフォールディングと関連することが自明であったともいえない。そして、請求人も意見書において次のように述べている。
「　また、疎水アミノ酸の大きな役割として、三次元構造、四次元構造を示すタンパク質においては、その内部に存在することが多く、その疎水性残基間の「疎水結合」により、これらタンパク質の三次元構造、四次元構造を保持していることも、広く認識されております。その他、酵素タンパク質の基質結合部位や、膜結合性タンパク質において、そのタンク質表面の膜との結合部位の形成に関与することも、広く認識されております。」
「　これらの自然現象では、疎水アミノ酸に由来する疎水性残基間の「疎水結合」、基質結合部位の表面に露呈している疎水アミノ酸に由来する疎水性残基と基質を構成する原子団との間の「疎水結合」、膜との結合部位の表面に露呈している疎水アミノ酸に由来する疎水性残基と膜を構成する各分子の原子団との間の「疎水結合」が関与していると理解されます」
「　更には、「疎水結合」は、例えば、水中で疎水性の部分をもった物質が相互に集合して、安定化する現象であります。この現象は、見掛け上、水に分散している物質相互の疎水性部分同士による結合と目に映りますが、実際は、該物質を取り巻く水分子同士の結合力のため、物質相互の疎水性部分が液相から排除されることにより、結果的に、物質相互の疎水性部分同士が近接し、その間には、水分子が存在しない状態となる現象であります。」
このように、タンパク質の立体構造における疎水アミノ酸の分布は、存在する周辺環境に応じて異なることは従来より良く知られており、一概に疎水性基が内部に配置された立体構造が基底状態となるとはいえないものであることは、当業者にとって技術常識である。
　また、請求人は、
「　その観点では、本発明の方法が対象としております、『設計可能なタンパク質の立体配置』は、生物中に実際に存在する『天然のタンパク質』が有する立体配置は、本質的に含まれないことは、当然のことであります。」
と述べており、一方で本願発明は「水性溶媒中」における立体配置に特定されてもいない。このように周辺環境の条件が限定されていないものとすると、ますますタンパク質の骨格の立体配置と近似的エネルギー関数Ｅとの関連がないこととなり、自然法則に基づいているとはいえない。
　したがって、請求人の意見は採用できない。
　
　
第４　むすび
　以上のとおり、本願請求項１〜４９に係る発明は、特許法第２９条第１条柱書に規定する要件を満たしていない。
　したがって、本願は、当審で通知した上記拒絶の理由によって拒絶をすべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。