【事件の表示】
　特願２０００−５４３６４７「オリゴヌクレオチドによる修飾のための遺伝子標的の同定および遺伝子修飾のためのオリゴヌクレオチドの生成」拒絶査定不服審判事件〔平成１１年１０月２１日国際公開、ＷＯ９９／５３１０１、平成１４年　４月１６日国内公表、特表２００２−５１１２７６〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１．手続の経緯
　本願は、平成１１年４月１３日（パリ条約による優先権主張外国庁受理１９９８年４月１３日、米国）を国際出願日とする出願であって、平成１５年８月２６日付で明細書の特許請求の範囲について手続補正がなされ、平成１６年１月９日付で拒絶査定がなされ、これに対し、平成１６年４月１５日付で該拒絶査定に対する審判請求がなされるとともに、平成１６年５月１７日付で明細書の特許請求の範囲についての手続補正がなされたものである。
　
　
　
第２．平成１６年５月１７日付手続補正について
１．補正却下の決定の結論
　平成１６年５月１７日付手続補正（以下、「本件補正」）という。）を却下する。
　
　
２．理由
（１）本件補正後の本願発明
　本件補正により、特許請求の範囲の請求項３の
　
「【請求項３】　化合物と標的核酸との結合を介して前記標的核酸配列の発現を修飾する前記化合物のセットを規定する方法であって、熱力学的特性と、標的接近可能性、標的核酸配列の機能領域を標的とすること、標的核酸配列への均一な分布、又はそれらの組み合わせから選択される少なくとも１つの他の基準とにしたがって仮想化合物のライブラリーをｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで生成し、ここで前記仮想化合物は前記標的核酸配列の発現を修飾し、そして少なくともいくつかの前記仮想化合物に対応する合成化合物を機械的に合成することを含む方法。」
　
との記載が、
　
「【請求項３】　化合物と標的核酸との結合を介して前記標的核酸配列の発現を修飾する前記化合物のセットを規定する方法であって、
この際、前記標的核酸配列は、データベースから検索される方法であって、
前記
への
１つの
前記
の全域での
　
と補正された。
　
　
（２）目的制限の要件について
　請求項３に係る補正には、補正前の請求項３に「この際、前記標的核酸配列は、データベースから検索される方法であって、」なる文言を追加することが含まれている。しかし、補正前の請求項３では「標的核酸配列」が検索されることはおろか、該「標的核酸配列」を何らかの手法により選び出す旨の記載もないので、該文言の追加は、補正前の方法の発明に対して、新たな工程を追加することになり、補正前の請求項３に記載された発明の発明特定事項つまり課題解決手段の何れかを概念的に下位のものに限定したとはいえない。
　また、該文言の追加は、補正前の請求項３における誤記の訂正や、明りょうでない記載の釈明にも該当しない。
　したがって、本件補正は、平成１８年改正前特許法第１７条の２第４項各号のいずれにも該当しないから、同法第１５９条第１項の規定において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　
　
（３）独立特許要件について
　補正却下の理由は（２）で述べたとおりであるが、補正後の請求項３に記載された発明は、補正前の請求項３に記載された発明を限定したものとなっているので、請求項３に係る補正が仮に特許法第１７条の２第４項第２号の特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当するとした場合に、補正後の請求項３に記載された発明（以下、「本願補正発明３」という。）が特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか（特許法１７条の２第５項において準用する同法１２６条第５項の規定に適合するか）についても、念のため、以下で検討することとする。
　
ア．本願補正発明３
　本願補正発明３は、本願明細書及び図面の記載からみて、その請求項３に記載された
　
「【請求項３】　化合物と標的核酸との結合を介して前記標的核酸配列の発現を修飾する前記化合物のセットを規定する方法であって、この際、前記標的核酸配列は、データベースから検索される方法であって、熱力学的特性と、前記標的への接近可能性、標的核酸配列の１つの機能領域を標的とすること、前記標的核酸配列の全域での均一な分布、又はそれらの組み合わせから選択される少なくとも１つの他の基準とにしたがって仮想化合物のライブラリーをｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで生成し、ここで前記仮想化合物は前記標的核酸配列の発現を修飾し、そして少なくともいくつかの前記仮想化合物に対応する合成化合物を機械的に合成することを含む方法。」
　
であると認める。
　
イ．引用文献について
　原査定において引用文献１として引用され、本願優先日前に頒布された刊行物である「医学のあゆみ，１９９８，Ｖｏｌ．１８４，Ｎｏ．３，ｐ．２２５−２３１」には、次の事項が記載されている。
　
「■アンチセンス法の実際と問題点
　アンチセンス核酸の分子設計は・・・高い特異性と親和性をもって高次構造を有するＲＮＡ分子の標的領域へ侵入する点・・・などに注意し、考案しなくてはならない。
　１．標的塩基配列の選択
　・・・塩基配列特異的な遺伝情報の阻害には・・・１５〜３０ヌクレオチドの長さが適当である。
　どの部位をアンチセンスオリゴマーの標的部位とするかは現在までに定まったコンセンサスはなく・・・コントロールオリゴマーを使用した対照実験は不可欠である。ＧＣ含量の高い配列、あるいは分子内二重鎖形成をする可能性の高い配列は避けるのが賢明であろう。物理化学的には標的配列の選択を標的ＲＮＡの高次構造および自由エネルギーを計算して行うことも可能となってきている。熱力学的計算をベースにしたにプローブデザイン用市販プログラムとしては、Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社の“Ｏｌｉｇｏ”・・・が有名であり、Ｇｅｎ　Ｂａｎｋの“Ｍｕｌｔｉｐｌｅ　Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ”と併用して決定することをお勧めする。
　甲南大学の杉本・・・らはＲＮＡの安定化構造を予測して、どの部位をアンチセンスＲＮＡとして選択するのが適当か詳細に検討している。しかし、実際には実験によりそれを確認することがより大切である。最近では試験管内での蛋白合成系・・・や、アフリカツメガエル卵の蛋白合成系を使用して行われるのが一般的である。」（第２２６頁右欄第２４行−第２２７頁右欄最終行）
　
ウ．対比
　上記した摘記事項から、引用文献１には、「アンチセンス法の実際と問題点」と題して、「高次構造を有するＲＮＡ分子の標的領域へ高い特異性と親和性をもって侵入するようアンチセンス核酸を分子設計する」ための「標的塩基配列の選択」が記載されている。具体的には、
（ア）標的ＲＮＡにおいてＧＣ含量の高い配列又は分子内二重鎖形成をする可能性の高い配列は、アンチセンスオリゴマーの標的部位として避けること
（イ）熱力学的計算をベースにしたプローブデザイン用市販プログラムを用いて標的ＲＮＡの高次構造および自由エネルギーを計算し、標的配列の選択を行うこと
が、引用文献１に記載されている。また、その後、
（ウ）アンチセンスＲＮＡを蛋白質合成系を使用した実際の実験により確認すること
が引用文献１に記載されている。
　
　ここで、該摘記事項における「アンチセンス核酸」、「アンチセンスオリゴマー」及び「アンチセンスＲＮＡ」はいわゆる「アンチセンス」を意味し、また、「標的領域」、「標的部位」及び「標的配列」が同義であることは当業者に自明である。さらに、「（ウ）アンチセンスＲＮＡを蛋白質合成系を使用した実際の実験により確認する」際の作業効率を考慮して（イ）の工程で複数の標的配列を選択することは当業者が当然行うことである。
　以上を考慮すると、引用文献１には、
「（ア）標的ＲＮＡにおいてＧＣ含量の高い配列又は分子内二重鎖形成をする可能性の高い配列は、アンチセンスの標的配列として避けること
（イ）熱力学的計算をベースにしたプローブデザイン用市販プログラムを用いて標的ＲＮＡの高次構造及び自由エネルギーを計算し、複数の標的配列の選択を行うこと
（ウ）選択された複数のアンチセンスを蛋白質合成系を使用した実際の実験により確認すること
により、高次構造を有するＲＮＡ分子の標的配列へ高い特異性と親和性をもって侵入する複数のアンチセンスを分子設計する」
ことが記載されているといえる。
　
　そこで、本願補正発明３と引用文献１に記載された発明（以下、「引用発明１」という。）とを対比する。
　引用発明１の「標的ＲＮＡ」及び「アンチセンス」は、本願補正発明３の「標的核酸」及び「化合物と標的核酸との結合を介して前記標的核酸配列の発現を修飾する前記化合物」にそれぞれ相当する。そして、引用発明１の「高次構造を有するＲＮＡ分子の標的配列へ高い特異性と親和性をもって侵入する複数のアンチセンスを分子設計する」ことは、本願補正発明３の「化合物と標的核酸との結合を介して前記標的核酸配列の発現を修飾する前記化合物のセットを規定する」ことに相当する。
　また、引用発明１の「（イ）熱力学的計算をベースにしたプローブデザイン用市販プログラムを用いて標的ＲＮＡの高次構造及び自由エネルギーを計算し、複数の標的配列の選択を行うこと」は、「標的配列の選択」つまり「アンチセンスの標的となる配列の選択」が該配列と相補的な構造を採るアンチセンスをも選択していることになること、及び、該アンチセンスを複数選択することが「アンチセンスのライブラリーを生成させること」に相当する点を考慮すれば、本願補正発明３の「熱力学的特性にしたがって仮想化合物のライブラリーをｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで生成」することに相当する。
　さらに、引用発明１の「標的ＲＮＡにおいてＧＣ含量の高い配列及び分子内二重鎖形成をする可能性の高い配列を標的配列として避けること」は、本願明細書の段落【００６１】−【００６３】の記載、特に、
　
「【００６１】５．・・・標的への接近しやすさの評価
　オリゴヌクレオチドの選択において・・・二次構造の寄与を最小限にすることが望ましい。」
　
及び
　
「【００６２】・・・熱力学的特性の計算に続いて、ステップ３２４では、得点をつけられた望ましい配列特性が選択される。・・・ステップ３３８ではＧＣジヌクレオチド反復の・・・数を含む。」
　
という記載並びに図面の図７の工程３３８「ＣＧヌクレオチドの数」との記載を考慮すれば、本願補正発明３の「前記標的への接近可能性」を基準とすることに相当する。
　そして、引用発明１の「（ウ）選択された複数のアンチセンスを蛋白質合成系を使用した実際の実験により確認する」際にアンチセンスを合成する工程を要することは当然のことである。
　
　以上をまとめると、本願補正発明３と引用発明１とは、
　
「化合物と標的核酸との結合を介して前記標的核酸配列の発現を修飾する前記化合物のセットを規定する方法であって、熱力学的特性と前記標的への接近可能性にしたがって化合物のライブラリーを生成し、ここで前記化合物は前記標的核酸配列の発現を修飾し、そして少なくともいくつかの前記化合物に対応する合成化合物を合成することを含む方法。」
　
である点で一致するものの、以下の点で相違する。
　
（相違点１）標的核酸配列が、本願補正発明３は「データベースから検索される」ものであるのに対し、引用発明１はその旨の特定がない点。
　
（相違点２）化合物のライブラリーを生成する際の基準として、熱力学的特性に加えて、本願補正発明３では「前記標的への接近可能性」、「標的核酸配列の１つの機能領域を標的とすること」、「前記標的核酸配列の全域での均一な分布」又は「それらの組み合わせ」の何れか「から選択される少なくとも一つの他の基準」を用いるのに対し、引用発明１は「前記標的への接近可能性」のみを用いる点。
　
（相違点３）化合物のライブラリーを、本願補正発明３は「ｉｎ　ｓｉｌｉｃｏ」で生成させるものであるのに対し、引用発明１はその旨の特定がない点。
　
（相違点４）合成化合物を合成する際に、本願補正発明３は「機械的に合成する」ものであるのに対し、引用発明１はその旨の特定がない点。
　
エ．判断
　以下、順次、各相違点について検討する。
　
相違点１について
　本願優先日である１９９８年より前から、ヒトを含む様々な生物に由来するタンパク質をコードする塩基配列がデータベース化され、当業者は必要に応じてそれらを利用していたことは周知のことである。してみると、引用発明１において標的核酸の配列をデータベースから入手することは、当業者が必要に応じて適宜なし得たことである。
　
相違点２について
　本願補正発明３において「標的核酸配列の１つの機能領域を標的とすること」、「前記標的核酸配列の全域での均一な分布」及び「それらの組み合わせ」という発明特定事項は、「前記標的への接近可能性」と択一形式で規定されており必須の構成ではなく、本件補正発明３は「前記標的への接近可能性」のみを「他の基準」として用いる態様を明らかに包含しているから、引用発明１に「前記標的への接近可能性」以外の特定がない点は相違点に該当しない。したがって、相違点２は実際には相違点とはいえないものである。
　なお、仮にそれらが必須の構成であったとしても、「標的核酸配列の１つの機能領域」つまり開始コドン等をアンチセンスの標的とすることは本願優先日前から当業者の技術常識である。また、実験で活性を確認しなければアンチセンスとして実際に機能するかが不明である以上、「標的核酸配列の全域」にわたって候補となるアンチセンスを用意することも当業者が容易に想到し得ることである。
　
相違点３について
　引用発明１においても、「ウ．対比」で述べたように、（イ）の工程は「プローブデザイン用市販プログラム」を用いてｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで行われるものであり、また、（ウ）の工程で「実際の実験」を行う以上、（ウ）の工程の前段階、つまり、引用発明１における「（ア）標的ＲＮＡにおいてＧＣ含量の高い配列又は分子内二重鎖形成をする可能性の高い配列は、アンチセンスの標的配列として避けること
（イ）熱力学的計算をベースにしたプローブデザイン用市販プログラムを用いて標的ＲＮＡの高次構造及び自由エネルギーを計算し、複数の標的配列の選択を行うこと」の全体をｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで行わない発想の方が当業者にとってむしろ不自然であり、さらに、ＧＣ含量の高い部分の同定や、分子内二重鎖形成をする可能性の高い配列の予測をｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで行うことは本願優先日前から当業者が必要に応じて適宜行ってきたことである。
　したがって、化合物のライブラリーをｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで生成させることは引用発明１においても記載されていたに等しい事項であるといえ、相違点３は実際は相違点ではないといえる。また、仮に相違点であったとしても、ｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで化合物のライブラリーを生成させることは当業者が容易に想到し得ることである。
　
相違点４について
　上記摘記事項に「塩基配列特異的な遺伝情報の阻害には１５〜３０ヌクレオチドの長さが適当である」旨の記載があるように、アンチセンスを構成するヌクレオチドは１５〜３０個程度である。そして、この程度の長さであれば合成における特段の工夫は一般に不要であるといえるから、該合成を機械的に行うことは当業者が容易に想到し得ることである。
　
　そして、本願補正発明３の構成を採ることにより、格別顕著な効果を奏するものとも認められない。
　
オ．小括
　以上から、本願補正発明３は、引用文献１の記載及び本願優先日前の技術常識に基づいて当業者が容易になし得たものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
カ．むすび
　したがって、本件補正は、平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するものであるから、同法第１５９条第１項の規定において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。　
　
　
（４）まとめ
　以上から、本件補正は、特許法第１７条の２第４項各号のいずれにも該当しないか、又は、同法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するものであるから、同法第１５９条第１項の規定において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　
　
　
第３．本願発明について
　平成１６年５月１７日付の手続補正は上記のとおり却下されたので、本願に係る発明は、平成１５年８月２６日付手続補正書の特許請求の範囲の請求項１−４７に記載のとおりのものと認められるところ、そのうちの請求項３に係る発明は、以下のとおりのものである。
　
「【請求項３】　化合物と標的核酸との結合を介して前記標的核酸配列の発現を修飾する前記化合物のセットを規定する方法であって、熱力学的特性と、標的接近可能性、標的核酸配列の機能領域を標的とすること、標的核酸配列への均一な分布、又はそれらの組み合わせから選択される少なくとも１つの他の基準とにしたがって仮想化合物のライブラリーをｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで生成し、ここで前記仮想化合物は前記標的核酸配列の発現を修飾し、そして少なくともいくつかの前記仮想化合物に対応する合成化合物を機械的に合成することを含む方法。」
　
　
　
第４．特許法第２９条第２項について
　本願の請求項３に係る発明（以下、「本願発明３」という。）は、上記「第２．２．（３）ア」で検討した本願補正発明３において、「前記標的核酸配列」が「データベースから検索される」という特定事項、「標的核酸配列の
１つの
前記
の全域での
　そして、本願発明３の構成要件をすべて含み、さらに他の構成要件を付加したものに相当する本願補正発明３が、「第２．２．（３）独立特許要件について」で述べたように、引用文献１の記載及び本願優先日前の技術常識に基づいて当業者が容易になし得たものであるから、本願発明３も同様の理由により、引用文献１の記載及び本願優先日前の技術常識に基づいて当業者が容易になし得たものである。
　
　
　
第５．むすび
　以上より、本願発明３は、引用文献１の記載及び本願優先日前の技術常識に基づいて当業者が容易になし得たものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　したがって、他の請求項について検討するまでもなく、また、原査定のその他の拒絶の理由を検討するまでもなく本願は拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。
　
　
　
第６．付言
　請求人は、審判請求書を対象とする平成１６年６月２５日付手続補正書において、平成１６年５月１７日付手続補正書に示された請求項１−４７に替わる請求項１−４７を「（５）補正案」として提示している（以下、該補正案に係る補正を「補正案補正」という）。
　そこで、補正案補正が、審判請求時の補正、つまり、平成１６年５月１７日付手続補正書で行われたものと仮定した場合に、該補正案補正が許容されるべきものであったか否かを一応検討する。
　上記仮定の下では、補正案補正により、特許請求の範囲の請求項３の
　
「【請求項３】　化合物と標的核酸との結合を介して前記標的核酸配列の発現を修飾する前記化合物のセットを規定する方法であって、熱力学的特性と、標的接近可能性、標的核酸配列の機能領域を標的とすること、標的核酸配列への均一な分布、又はそれらの組み合わせから選択される少なくとも１つの他の基準とにしたがって仮想化合物のライブラリーをｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで生成し、ここで前記仮想化合物は前記標的核酸配列の発現を修飾し、そして少なくともいくつかの前記仮想化合物に対応する合成化合物を機械的に合成することを含む方法。」
　
との記載が、
　
「【請求項３】　化合物と標的核酸との結合を介して前記標的核酸配列の発現を修飾する前記化合物のセットを規定する方法であって：
　
前記標的核酸配列の
核酸配列
接近可能性とのデータに基づいて前記
核酸配列へ接近し易い配列を選択し、前記選択された配列をコンピュータベース又はマニュアルで前記
に均一に分布させることにより、又は、
前記標的核酸配列の熱力学的特性と前記標的核酸配列への接近可能性とのデータに基づいて前記標的核酸配列へ接近し易い配列を選択し、前記
１又は複数の
としてそれらにハイブリダイズする配列のみのサブセットを選択し、前記選択された配列をコンピュータベース又はマニュアルで前記
仮想化合物のライブラリーをｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで生成
させ
この際、前記標的核酸配列は、データベースから検索されるものとし、前記熱力学的特性は、前記標的核酸配列の標的結合部位にある全ての二次構造を破壊することに必要とされる自由エネルギーの計算から決定されるものであり、前記接近可能性は、連続アデノシン、連続シチジン、連続ウリジン及び／若しくは連続チミジンの各々の長さ、連続プリン及び／若しくは連続ピリミジンの各々の長さ、アデノシン、シチジン、ウリジン及び／若しくはチミジンの各々のパーセント、及び／又は、３若しくは４のグアノシンの連続の数、の少なさによって決定されるものであり、
するものであり
　
と補正されたことになる。
　
　
１．目的制限の要件について
　請求項３に係る補正には、補正前の請求項３に「この際、前記標的核酸配列は、データベースから検索されるものとし」なる文言を追加することが含まれている。しかし、「第２．２．（２）目的制限の要件について」で述べたように、該文言の追加は、補正前の請求項３に記載された発明の発明特定事項つまり課題解決手段の何れかを概念的に下位のものに限定したとはいえない。
　また、該文言の追加は、補正前の請求項３における誤記の訂正や、明りょうでない記載の釈明にも該当しない。
　したがって、補正案補正は、平成１８年改正前特許法第１７条の２第４項各号のいずれにも該当しないから、同法第１５９条第１項の規定において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　
　
２．独立特許要件について
　補正却下の理由は「１」で述べたとおりであるが、補正後の請求項３に記載された発明は、補正前の請求項３に記載された発明を限定したものとなっているので、請求項３に係る補正が仮に特許法第１７条の２第４項第２号の特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当するとした場合に、補正後の請求項３に記載された発明（以下、「補正案発明３」という。）が特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか（特許法１７条の２第５項において準用する同法１２６条第５項の規定に適合するか）についても念のため以下で検討することとする。
　
（１）補正案発明３
　補正案発明３は、本願明細書及び図面の記載からみて、その請求項３に記載された
　
「【請求項３】　化合物と標的核酸との結合を介して前記標的核酸配列の発現を修飾する前記化合物のセットを規定する方法であって：
　前記標的核酸配列の熱力学的特性と前記標的核酸配列への接近可能性とのデータに基づいて前記標的核酸配列へ接近し易い配列を選択し、前記選択された配列をコンピュータベース又はマニュアルで前記標的核酸配列の全域に均一に分布させることにより、又は、
　前記標的核酸配列の熱力学的特性と前記標的核酸配列への接近可能性とのデータに基づいて前記標的核酸配列へ接近し易い配列を選択し、前記標的核酸配列の１又は複数の機能領域を標的としてそれらにハイブリダイズする配列のみのサブセットを選択し、前記選択された配列をコンピュータベース又はマニュアルで前記標的核酸配列の全域に均一に分布させることにより、
仮想化合物のライブラリーをｉｎ　ｓｉｌｉｃｏで生成させ、この際、前記標的核酸配列は、データベースから検索されるものとし、前記熱力学的特性は、前記標的核酸配列の標的結合部位にある全ての二次構造を破壊することに必要とされる自由エネルギーの計算から決定されるものであり、前記接近可能性は、連続アデノシン、連続シチジン、連続ウリジン及び／若しくは連続チミジンの各々の長さ、連続プリン及び／若しくは連続ピリミジンの各々の長さ、アデノシン、シチジン、ウリジン及び／若しくはチミジンの各々のパーセント、及び／又は、３若しくは４のグアノシンの連続の数、の少なさによって決定されるものであり、ここで前記仮想化合物は前記標的核酸配列の発現を修飾するものであり、そして少なくともいくつかの前記仮想化合物に対応する合成化合物を機械的に合成することを含む方法。」
　
であると認める。
　
（２）引用文献について
　原査定において引用文献１として引用され、本願優先日前に頒布された刊行物である「医学のあゆみ，１９９８，Ｖｏｌ．１８４，Ｎｏ．３，ｐ．２２５−２３１」には、「第２．２．（３）イ．引用文献について」で摘記した事項（以下、該摘記事項を「摘記事項（１−１）」という。）に加え、以下の事項が記載されている。
　
（１−２）「Ｓｔｅｉｎ教授は、アンチセンスオリゴヌクレオチド治療薬が標的配列以外にも作用する、いわゆる“ｎｏｎ−ａｎｔｉｓｅｎｓｅ：非アンチセンス効果”で作用することを明らかにし、ヒトを対象とした臨床実験は早すぎることを指摘した。」（第２２５頁右欄第５−１０行）
　
（１−３）「Ｇ−ｑｕａｒｔｅｔ（ＧＧＧＧ）を含むＤ−，Ｓ−オリゴのＩＦＮ−γへの阻止活性・・・・・・Ｒａｍａｎａｔｈａｎらは最近、Ｇ−ｒｉｃｈ領域（Ｇ−ｑｕａｒｔｅｔ）を含むＤ−オリゴがＩＦＮ−γのレセプターへの結合を阻止し、コントロールオリゴは阻止しないと報告した。・・・ＩＦＮ−γの結合の阻害に加えてＧ−ｒｉｃｈ　Ｓ−オリゴはｉｎ　ｖｉｔｒｏでマイトゲン活性化リンパ球からのＩＦＮ−γの産生を阻止するとの報告もある。」（第２３０頁右欄第９−１８行）
　
（１−４）「■アンチセンスオリゴヌクレオチドの分子設計と将来の展望
　・・・現在問題提起されている“非アンチセンス効果”を分子レベルで理解し、より効率よく、より効果的に分子設計することが大切と考える。」（第２３０頁右欄第３３行−第２３１頁左欄第８行）
　
（３）対比
　摘記事項（１−２）−（１−４）から、引用文献１には、「アンチセンスオリゴヌクレオチドの分子設計」において、「非アンチセンス効果」を奏する「Ｇ−ｑｕａｒｔｅｔ（ＧＧＧＧ）」を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドは避けるべきである旨が記載されている。
　ここで、摘記事項（１−１）の記載、及び、「第２．２．（３）ウ．対比」で述べたことをも考慮すると、引用文献１には、
「（ア）標的ＲＮＡにおいてＧＣ含量の高い配列又は分子内二重鎖形成をする可能性の高い配列は、アンチセンスの標的配列として避けること
（ア）’Ｇ−ｑｕａｒｔｅｔ（ＧＧＧＧ）を有するアンチセンスとなることを避けること
（イ）熱力学的計算をベースにしたプローブデザイン用市販プログラムを用いて標的ＲＮＡの高次構造及び自由エネルギーを計算し、複数の標的配列の選択を行うこと
（ウ）選択された複数のアンチセンスを蛋白質合成系を使用した実際の実験により確認すること
により、高次構造を有するＲＮＡ分子の標的配列へ高い特異性と親和性をもって侵入する複数のアンチセンスを分子設計する」
ことが記載されているといえる。
　
　そこで、補正案発明３と引用文献１に記載された上記発明（以下、「引用発明１’」という。）とを対比する。
　補正案発明３において「前記標的核酸配列の熱力学的特性と前記標的核酸配列への接近可能性とのデータに基づいて前記標的核酸配列へ接近し易い配列を選択し、前記標的核酸配列の１又は複数の機能領域を標的としてそれらにハイブリダイズする配列のみのサブセットを選択し、前記選択された配列をコンピュータベース又はマニュアルで前記標的核酸配列の全域に均一に分布させることにより」という発明特定事項は、「前記標的核酸配列の熱力学的特性と前記標的核酸配列への接近可能性とのデータに基づいて前記標的核酸配列へ接近し易い配列を選択し、前記選択された配列をコンピュータベース又はマニュアルで前記標的核酸配列の全域に均一に分布させることにより」と択一形式で規定されており、補正案発明３において必須の構成ではない点、並びに、補正案発明３において「前記接近可能性は、連続アデノシン、連続シチジン、連続ウリジン及び／若しくは連続チミジンの各々の長さ、連続プリン及び／若しくは連続ピリミジンの各々の長さ、アデノシン、シチジン、ウリジン及び／若しくはチミジンの各々のパーセント、及び／又は、３若しくは４のグアノシンの連続の数、の少なさによって決定されるものであり」という発明特定事項は、「連続アデノシン」、「連続シチジン」、「連続ウリジン」、「連続チミジン」それぞれの長さ、「連続プリン」、「連続ピリミジン」それぞれの長さ、「アデノシン」、「シチジン」、「ウリジン」、「チミジン」それぞれのパーセント、「３のグアノシンの連続の数」、「４のグアノシンの連続の数」という要素が択一形式で規定されており、補正案発明３において何れか１つの要素が構成として含まれていれば足りることを考慮し、かつ、「第２．２．（３）ウ．対比」で述べたことをも参酌すると、補正案発明３と引用発明１’とは、
　
「化合物と標的核酸との結合を介して前記標的核酸配列の発現を修飾する前記化合物のセットを規定する方法であって：
　前記標的核酸配列の熱力学的特性と前記標的核酸配列への接近可能性とのデータに基づいて前記標的核酸配列へ接近し易い配列を選択し、
　化合物のライブラリーを生成させ、前記熱力学的特性は自由エネルギーの計算から決定されるものであり、前記接近可能性は４のグアノシンの連続の数の少なさによって決定されるものであり、ここで前記化合物は前記標的核酸配列の発現を修飾するものであり、そして少なくともいくつかの前記化合物に対応する合成化合物を合成することを含む方法。」
　
である点で一致するものの、以下の点で相違する。
　
（相違点１’）標的核酸配列が、補正案発明３は「データベースから検索される」ものであるのに対し、引用発明１’はその旨の特定がない点。
　
（相違点２’）化合物のライブラリーを生成する際に、補正案発明３では「前記選択された配列をコンピュータベース又はマニュアルで前記標的核酸配列の全域に均一に分布させる」ものであるのに対し、引用発明１’はその旨の特定がない点。
　
（相違点３’）化合物のライブラリーを、補正案発明３は「ｉｎ　ｓｉｌｉｃｏ」で生成させるものであるのに対し、引用発明１’はその旨の特定ない点。
　
（相違点４’）合成化合物を合成する際に、補正案発明３は「機械的に合成する」ものであるのに対し、引用発明１’はその旨の特定がない点。
　
（相違点５’）「熱力学的特性」が、補正案発明３は「前記標的核酸配列の標的結合部位にある全ての二次構造を破壊することに必要とされる自由エネルギーの計算から決定されるものであ」るのに対し、引用発明１’は標的核酸配列の「高次構造及び自由エネルギーを計算」する旨のみ記載されている点。
　
（４）判断
　以下、順次、各相違点について検討するが、相違点１’、相違点３’及び相違点４’については、「第２．２．（３）エ．判断」の「相違点１について」「相違点３について」及び「相違点４について」でそれぞれ述べたとおりであるから、以下での検討は省略する。
　
相違点２’について
　実験で活性を確認しなければアンチセンスとして実際に機能するかが不明であるというのが本願優先日前の当業者の技術常識ある（それ故に、引用発明１’においても最終的にアンチセンス活性を実験的に確認する工程（ウ）がおかれている。）以上、「標的核酸配列」の全域にわたって候補となるアンチセンスを用意することは当業者が容易に想到し得ることである。その際に、標的核酸配列の標的結合部位、つまり、アンチセンスの結合部位が重複せずに均一に分布させることは、その後の実験による活性確認の効率等を考慮して当業者が適宜行うことである。また、該操作をコンピュータベースで行うか、マニュアルで行うかも、当業者が必要に応じて適宜なし得たことである。
　
相違点５’について
　標的核酸配列の標的結合部位の二次構造が破壊されて線状化していれば、アンチセンスが該標的結合部位により結合しやすいことは本願優先日前から当業者に自明のことであるから、「標的結合部位にある全ての二次構造を破壊することに必要とされる自由エネルギー」を熱力学的特性の決定に採用することは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
　そして、補正案発明３の構成を採ることにより、格別顕著な効果を奏するものとも認められない。
　
（５）小括
　以上から、補正案発明３は、引用文献１の記載及び本願優先日前の技術常識に基づいて当業者が容易になし得たものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
　
（６）むすび
　したがって、補正案補正は、平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に違反するものであるから、同法第１５９条第１項の規定において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。　
　
　
３．まとめ
　以上から、補正案補正は却下すべきものであるといわざるをえない。
　請求人は、審判請求書を対象とする平成１６年６月２５日付手続補正書において、「審理の結果、本願を補正案に示した特許請求の範囲について特許すべきとのご判断を頂けます場合には、その補正案の通りに特許請求の範囲を補正する機会を与えて頂けますようお願い申し上げます」と述べているが、上述したように、該補正案は却下されるべきものである。また、請求人は、該手続補正書において「補正案に示した特許請求の範囲の補正でも原査定の拒絶理由を克服するには不十分とお考えの場合には、更に特許請求の範囲を補正する機会を与えて頂けますようお願い申し上げます」と述べているが、そもそも、該補正案自体が時機に後れたものといえ、これ以上補正の機会を設けることは公平性の点から容認することはできない。