【事件の表示】
　特願２００３−　４５３４５「質量分析装置及び質量分析方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１６年　９月１６日出願公開、特開２００４−２５９４５２〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、平成１５年２月２４日の出願であって、平成１８年１０月３１日付け拒絶理由通知に対して、同年１２月２５日付けで手続補正がされたが、平成１９年１月２２日付けで拒絶査定され、これに対し、同年２月２７日に拒絶査定不服の審判が請求されるとともに、同年２月２７日に手続補正がなされたものである。
　
第２　平成１９年２月２７日付けの手続補正についての補正却下の決定
［補正却下の決定の結論］
　平成１９年２月２７日付けの手続補正（以下、「本件補正」という。）を却下する。
　
１．本件補正及び本願補正発明
　本件補正は、特許請求の範囲及び発明の詳細な説明についてするものであり、願書に最初に添付した明細書又は図面に記載された範囲内でなされたものである。
　
　特許請求の範囲の補正のうち、請求項１の補正（以下「補正１」という）について検討する。
　補正１は、本件補正前（平成１８年１２月２５日付け手続補正書による補正、以下同じ。）の、
「【請求項１】
　イオン源で生成したイオンを一定時間蓄積した後、射出するための３次元四重極イオントラップと、
　前記イオントラップから射出された前記イオンをその進行方向に略直交する方向に電場加速し、加速された前記イオンの飛行時間を測定する飛行時間型質量分析計とを有し、
　かつ、前記イオン源と前記イオントラップとの間に質量フィルターを設けて、前記イオントラップの内部のガス圧を１０−１Ｔｏｒｒ以上１０−２Ｔｏｒｒ以下にし、前記質量フィルターの内部のガス圧を前記イオントラップの内部のガス圧以下に制御するよう構成したことを特徴とする質量分析装置。」
を
「【特許請求の範囲】
　　【請求項１】
　リング電極と一対のエンドキャップ電極とを有し、イオン源で生成したイオンを一定時間蓄積した後、前記リング電極とエンドキャップ電極間へのＲＦ電圧の印加を停止してから直流電圧を印加することにより、イオンを射出するための３次元四重極イオントラップと、
　前記イオントラップから射出された前記イオンをその進行方向に略直交する方向に電場加速し、加速された前記イオンの飛行時間を測定する飛行時間型質量分析計とを有し、
　かつ、前記イオン源と前記イオントラップとの間に質量フィルターを設けて、前記イオントラップの内部のガス圧を１.３Ｐａ(１０−２Ｔｏｒｒ)以上１３Ｐａ(１０−１Ｔｏｒｒ)以下にし、前記質量フィルターの内部のガス圧を前記イオントラップの内部のガス圧以下に制御するよう構成したことを特徴とする質量分析装置。」（以下、この発明を「本願補正発明」という。）
と補正するものである。
　
　前記補正１は、以下の補正からなる。
　
（１）　本件補正前の「３次元四重極イオントラップ」の構成を、「リング電極と一対のエンドキャップ電極」を有するものに限定し、かつ、本件補正前の「３次元四重極イオントラップ」の動作である「イオン源で生成したイオンを一定時間蓄積した後、射出する」という、該イオンの射出方法を、「前記リング電極とエンドキャップ電極間へのＲＦ電圧の印加を停止してから直流電圧を印加することによる」ものに限定する補正。
　
（２）　本件補正前の「前記イオントラップの内部のガス圧を１０−１Ｔｏｒｒ以上１０−２Ｔｏｒｒ以下にし、」との記載を、「前記イオントラップの内部のガス圧を１.３Ｐａ(１０−２Ｔｏｒｒ)以上１３Ｐａ(１０−１Ｔｏｒｒ)以下にし、」と誤記訂正する補正。
　　
　したがって、補正１は、平成１８年改正前特許法第１７条の２第４項第２号及び第３号の、特許請求の範囲の減縮及び誤記の訂正を目的とするものに該当する。
　そこで、本願補正発明が、特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか（平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項で準用する同法１２６条第５項の規定に適合するか）について検討する。
　
２．引用例 
　（なお、以下の下線箇所の下線は、すべて当審が付記したものである。）
　
　原査定の拒絶の理由に引用された、本願出願前に頒布された刊行物である特表２００３−５０１７９０号公報（以下、「引用例１」という。）には、「感度を向上するためのイオントラップを有する四重項質量分析計」の発明に関して、図面とともに以下の技術事項が記載されている。
　
記載事項ア
「特許請求の範囲
【請求項１】  イオン流を質量分析する方法であって、
（１）第１の質量分析器を通して前記イオンを通過させて、前駆体イオンを選択するステップと、
（２）ガスを含む衝突セル内に前記前駆体イオンを引き続き通過させて、引き続く分析のために、前記前駆体イオンの解離とフラグメントイオンの形成とを引き起こすステップと、
（３）ポテンシャル障壁によって前記質量分析器および前記衝突セルの少なくとも１つにイオンをトラップし、また前記イオンを励起することによって前記質量分析器および前記衝突セルの少なくとも１つから前記イオンを軸方向にスキャンアウトし、これによって、前記イオンが前記ポテンシャル障壁を越えることを可能とするステップとを含む方法。・・・
【請求項５】  前記衝突セルから放出されるイオンを飛行時間質量分析計で検出するステップを含むことを特徴とする請求項３記載の方法。
【請求項６】  前記衝突セルから放出されるイオンを、前記衝突セルに対して垂直に配設された飛行時間質量分析計で検出するステップを含むことを特徴とする請求項５記載の方法。」
　
記載事項イ
「【００２６】
発明の詳細な説明
  最初に図１を参照すると、本発明による装置は、全体が参照番号１０によって示される。既知の方法では、装置１０は、エレクトロスプレー、イオンスプレー、コロナ放電装置または他の任意の公知のイオン源であり得るイオン源１２を含む。イオン源１２からのイオンは、アパーチャプレート１６のアパーチャ１４を通して方向付けられる。プレート１６の他の側面に、源（図示せず）からカーテンガスが供給される流動ガスチャンバ１８がある。カーテンガスは、適切なイオンスプレー装置も開示している米国特許第４，８６１，９８８号、Ｃｏｒｎｅｌｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ  Ｉｎｃ．に記述されているようなアルゴン、窒素または他の不活性ガスであり得る。
【００２７】
  次に、イオンは、オリフィスプレート２０のオリフィス１９を通して、差動ポンプされる真空チャンバ２１内に通過する。次に、イオンは、スキマプレート２４のアパーチャ２２を通して第１のチャンバ２６内に通過する。・・・
【００３０】
　四重極間アパーチャＩＱ１はチャンバ２６を第２の主真空チャンバ３０と隔てる。主チャンバ３０には、Ｂｒｕｂａｋｅｒレンズとして機能するＳＴ（短い軸方向延長のロッドを示すために、「切り株（ｓｔｕｂｂｉｅｓ）」の省略）と呼ばれるＲＦのみのロッドがある。四重極ロッドセットＱ１は、真空チャンバ３０に配置され、真空室は、５ｘ１０−５Ｔｏｒｒ、好ましくは約１ｘ１０−５Ｔｏｒｒ未満に真空引きされる。第２の四重極ロッドセットＱ２は、窒素のような３４の衝突ガスが供給される衝突セル３２に配置される。セル３２はチャンバ３０内にあり、両端に四重極間アパーチャＩＱ２、ＩＱ３を含む。以下に詳述するように、衝突セル３２がトラップのために使用されるとき、衝突セルは、約５ｘ１０−４Ｔｏｒｒの圧力に維持される。チャンバ３０は、約２ｘ１０−５Ｔｏｒｒの圧力で、約１０−７Ｔｏｒｒで操作されるＴＯＦ装置４０の主真空チャンバ４２に開口する。主真空チャンバは、従来のＴＯＦ検出器４４を含み、一方の端部に補助検出器４６を含む。」
　
記載事項ウ
「【００３４】
  前駆体イオンスキャン機能は次の形態で実施される。適切な直流電圧パルスをレンズＩＱ１に印加することによって、イオンパルスがＱ０から抽出され、Ｑ１を通過することが許容される。Ｑ１は、上述のような標準的なＲＦ／ＤＣ四重極質量分析器であり、イオントラップとして操作されないが、対象の前駆体イオンを質量選択する。Ｑ１によって質量選択された前駆体イオンは、衝突ガスによって加圧されるＱ２線形イオントラップ内に所定の電圧差によって加速される。前駆体イオンのエネルギーは、前駆体イオンがガスと衝突して、フラグメントイオンに解離するようにする。フラグメントイオンと残留前駆体イオンは、レンズＩＱ３に加えられる適切な反発ＤＣ電圧によってＱ２内にトラップされる。
【００３５】
  次に、以前の出願第０９／０８７，９０９号に詳述されているように、対象のフラグメントイオンは、次にＱ２線形イオントラップによって、同様にＱ２ロッドに印加される固定周波数ＡＣ電圧の存在下でＱ２ロッドに印加されるＲＦ電圧を好ましくはスキャンすることによって、質量分解される。ＲＦ電圧がスキャンされるとき、Ｑ２内にトラップされたイオンは補助ＡＣ電圧と共鳴し、共鳴励起される。出射フリンジ電界領域で共鳴励起されたイオンは、ＩＱ３のＤＣ反発電圧を克服するのに十分なエネルギーを獲得し、ＴＯＦに向かって軸方向に射出される。
【００３６】
  あるいは、イオンは、いくつかの他の技術を用いて線形イオントラップから軸方向に質量選択的に射出し得る。線形イオントラップを備えるロッドに、あるいはＩＱ３の障壁に印加される補助ＡＣ電界の周波数は、固定ＲＦ電圧の存在下でスキャンすることができる。イオンはまた、補助ＡＣなしに線形イオントラップのロッドのＲＦ電圧をスキャンすることによってＴＯＦに向かって質量選択的に射出することができる。この場合、イオンは０．９に近いｑ値で射出される。」
　
　ここで、引用例１に記載された事項ついて、整理すると、
　
（１）引用例１の第１図には、「イオン源１２」、「真空室（真空チャンバ３０）」、「四重極ロッドセットＱ１」、「衝突セル３２」、衝突セルに配置される「四重極ロッドセットＱ２」、及び「ＴＯＦ装置４０」で構成される（質量分析）「装置１０」が記載されている。
　
（２）記載事項イの
「【００２６】発明の詳細な説明
  最初に図１を参照すると、本発明による装置は、全体が参照番号１０によって示される。既知の方法では、装置１０は、エレクトロスプレー、イオンスプレー、コロナ放電装置または他の任意の公知のイオン源であり得るイオン源１２を含む。」との記載、
　及び第１図で開示された質量分析計の構成から、引用例１には、質量分析計の構成として、イオンを生成するイオン源１２を有する点が記載されている。
　
（３） 記載事項アの
「（２）ガスを含む衝突セル内に前記前駆体イオンを引き続き通過させて、引き続く分析のために、前記前駆体イオンの解離とフラグメントイオンの形成とを引き起こすステップと、
（３）
ポテンシャル障壁によって
前記衝突セルの少なくとも１つにイオンをトラップし、
衝突セルの少なくとも１つから前記イオンを軸方向にスキャンアウトし、これによって、前記イオンが前記ポテンシャル障壁を越える
【請求項５】  前記衝突セルから放出されるイオンを飛行時間質量分析計で検出するステップを含むことを特徴とする請求項３記載の方法。」との記載、
　記載事項ウの「
Ｑ１によって質量選択された前駆体イオンは、衝突ガスによって加圧されるＱ２線形イオントラップ内に所定の電圧差によって加速される。
【００３５】　次に、以前の出願第０９／０８７，９０９号に詳述されているように、対象のフラグメントイオンは、次にＱ２線形イオントラップによって、同様にＱ２ロッドに印加される固定周波数ＡＣ電圧の存在下でＱ２ロッドに印加されるＲＦ電圧を好ましくはスキャンすることによって、質量分解される。
ＲＦ電圧がスキャンされるとき、Ｑ２内にトラップされたイオンは補助ＡＣ電圧と共鳴し、共鳴励起される。出射フリンジ電界領域で共鳴励起されたイオンは、ＩＱ３のＤＣ反発電圧を克服するのに十分なエネルギーを獲得し、ＴＯＦに向かって軸方向に射出される。
　及び第１図で開示された質量分析計の構成から、引用例１には、質量分析計の構成として、前駆体イオンをトラップし、トラップされたイオンを射出するためのＱ２線形イオントラップを有する点が記載されている。
　
（４）　記載事項アの
「【請求項６】  前記衝突セルから放出されるイオンを、前記衝突セルに対して垂直に配設された飛行時間質量分析計で検出するステップ」との記載、記載事項ウの「ＲＦ電圧がスキャンされるとき、Ｑ２内にトラップされたイオンは補助ＡＣ電圧と共鳴し、共鳴励起される。出射フリンジ電界領域で共鳴励起されたイオンは、ＩＱ３のＤＣ反発電圧を克服するのに十分なエネルギーを獲得し、ＴＯＦに向かって軸方向に射出される。」との記載、
　及び第１図で開示された質量分析計の構成から、引用例１には、質量分析計の構成として、Ｑ２線形イオントラップから射出されたイオンを検出する飛行時間質量分析計（ＴＯＦ装置４０：記載事項イ）を有する点が記載されている。
　
（５）　記載事項イの
「【００２７】　次に、イオンは、オリフィスプレート２０のオリフィス１９を通して、差動ポンプされる真空チャンバ２１内に通過する。次に、イオンは、スキマプレート２４のアパーチャ２２を通して第１のチャンバ２６内に通過する。・・・
【００３０】
　四重極間アパーチャＩＱ１はチャンバ２６を第２の主真空チャンバ３０と隔てる。主チャンバ３０には、Ｂｒｕｂａｋｅｒレンズとして機能するＳＴ（短い軸方向延長のロッドを示すために、「切り株（ｓｔｕｂｂｉｅｓ）」の省略）と呼ばれるＲＦのみのロッドがある。
四重極ロッドセットＱ１は、真空チャンバ３０に配置され、真空室は、５ｘ１０
−５
Ｔｏｒｒ、
第２の四重極ロッドセットＱ２は、窒素のような３４の衝突ガスが供給される衝突セル３２に配置される。
衝突セルは、約５ｘ１０
−４
Ｔｏｒｒの圧力に維持される。
　及び第１図で開示された質量分析計の構造から、引用例１には、質量分析計の構成として、イオン源１２とＱ２線形イオントラップとの間に、四重極ロッドセットＱ１を設ける点、及び、四重極ロッドセットＱ１を配置した真空室のガス圧を、Ｑ２線形イオントラップを含む衝突セル３２のガス圧以下に制御する点、がそれぞれ記載されている。
　
　以上、前記記載事項ア〜ウ、及び図面と、上記（１）〜（５）の整理を勘案すると、引用例１には、次の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。
　
「イオン源１２で生成したイオンをトラップし、前記イオンを射出するための、Ｑ２線形イオントラップと、
　前記イオントラップから射出された前記イオンの飛行時間を測定する飛行時間型質量分析計（ＴＯＦ装置４０）とを有し、
　かつ、前記イオン源１２と前記Ｑ２線形イオントラップとの間に、四重極ロッドセットＱ１を設けて、前記四重極ロッドセットＱ１を含む真空室の内部のガス圧を前記Ｑ２線形イオントラップを含む衝突セル３２の内部のガス圧以下に制御する（質量分析）装置１０。」
　
　次に、原査定の拒絶の理由に引用された、本願出願前に頒布された刊行物である特開２００１−２９７７３０号公報（以下、「引用例２」という。）には、次の事項が記載されている。
　
記載事項エ
「【特許請求の範囲】
【請求項１】
四重極イオントラップと四重極イオントラップからイオンを射出するイオン射出手段と射出されたイオンをその進行方向に直交する方向に加速する加速部と加速されたイオンの飛行時間を測定する飛行時間測定部とを備えることを特徴とする質量分析装置。
【請求項３】
前記イオン射出手段が、四重極イオントラップへの交流電圧の印加を停止した後に直流電圧を印加するもの
　
記載事項オ
「【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、飛行時間型質量分析装置に関する。
【０００２】【従来の技術】
公知例１（U.S.Patent 5689111）には、イオンガイドを通して連続イオン流を生成し、その一部分をイオン流に対して直角方向に電場加速して飛行時間測定する飛行時間型質量分析装置が開示されている。この装置では、飛行時間測定中にはイオンガイドにイオンをトラップしておくことによりイオンの利用効率を向上して感度が向上されている。公知例２（B.M.Chien,S.M.Michael and D.M.Lubman,Rapid Commun.Mass Spectrom.7(1993)837.）には、四重極イオントラップと飛行時間型質量分析計とを結合した質量分析装置が開示されている。断続的または連続的に生成されたイオンをイオントラップに捕捉・蓄積した後に飛行時間型質量分析を行なう。イオントラップにイオンを蓄積することができるため高感度な分析が可能である。」
記載事項カ
「【０００４】
【課題を解決するための手段】四重極イオントラップにイオンを蓄積した後にイオンを射出し、高真空部に達してから射出方向に直交する加速電場を形成して飛行時間測定する。
【０００５】
【発明の実施の形態】
図１に、本発明の一実施例である質量分析装置の構成図を示す。
四重極イオントラップ５に入射する
加速電極９
ゲート電極４、リング電極１５、エンドキャップ電極１６および１７、加速電極９への印加電圧を制御する。
図２に、本発明の一実施例である質量分析装置における電圧制御シーケンスを示す。
ゲート電極４にはイオンが通過し得る電圧Ｖinとイオンが通過し得ない電圧Ｖoutとをそれぞれ時間Ｔ１およびＴ２だけ交互に繰り返して印加する。ゲート電極４に電圧Ｖinが印加されている間、リング電極１５には高周波電圧が印加される。ゲート電極の電圧がＶoutに切り替わった後、リング電極１５には適当な直流電圧Ｖringが一定時間Ｔ３（＜Ｔ２）だけ印加される。リング電極１５に電圧Ｖringが印加されるのと同時にエンドキャップ電極１６および１７に適当な直流電圧Ｖend16およびＶend17が一定時間Ｔ３だけ印加される。一定時間Ｔ３が過ぎてからゲート電極４の電圧がＶinに切り替わる。電圧Ｖring、Ｖend16およびＶend17は、正イオン測定の場合にはＶend16＞Ｖring＞Ｖend17、負イオン測定の場合にはＶend16＜Ｖring＜Ｖend17となるような値とする。リング電極１５に高周波電場を印加したままで電圧Ｖring、Ｖend16、Ｖend17を印加してもイオンの射出は可能であるが、射出されたイオンの空間拡がりが大きくなり感度が低下する。
                      
　以上、引用例２に記載された事項について、整理すると、
　
　引用例２には、
　
（５）質量分析装置に使用される四重極イオントラップ５の形態として、リング電極１５と一対のエンドギャップ電極１６および１７とを有するものが記載されている（記載事項エの「ゲート電極４、リング電極１５、エンドキャップ電極１６および１７」と、図１で記載された四重極イオントラップ５の構成から明らかである）。
　
（６）四重極イオントラップ５のトラップしたイオンの射出方法として、リング電極１５とエンドギャップ電極間へのＲＦ電圧の印加を停止してから直流電圧を印加する方法が記載されている（記載事項オの「ゲート電極４にはイオンが通過し得る電圧Ｖinとイオンが通過し得ない電圧Ｖoutとをそれぞれ時間Ｔ１およびＴ２だけ交互に繰り返して印加する。ゲート電極４に
電圧Ｖinが印加されている間、リング電極１５には高周波電圧が印加
ゲート電極の電圧がＶoutに切り替わった後、リング電極１５には適当な直流電圧Ｖringが一定時間Ｔ３（＜Ｔ２）だけ印加
　また、図１で記載されたリング電極及びエンドギャップ電極の配置関係から、リング電極１５に印加されるＲＦ電圧が、リング電極１５とエンドギャップ電極間にかかり、電場を形成することも、当業者にとって自明である。
　なお、「ＲＦ」とは、Radio Frequencyの略で、 一般に高周波を意味することは電子技術の分野において技術常識であるから、上記引用例２の「高周波電圧」とは、「ＲＦ電圧」と同義である。）。
　
３．対比
　
　引用発明と本願補正発明とを比較する。
　
（１）　引用発明の「イオン源１２で生成したイオンをトラップし、前記イオンを射出するための、Ｑ２線形イオントラップ」と本願補正発明の「リング電極と一対のエンドキャップ電極とを有し、イオン源で生成したイオンを一定時間蓄積した後、前記リング電極とエンドキャップ電極間へのＲＦ電圧の印加を停止してから直流電圧を印加することにより、イオンを射出するための３次元四重極イオントラップ」とを比較すると、
　
ア．　引用発明の「イオン源１２で生成したイオン」は、本願補正発明の「イオン源で生成したイオン」に相当する。
　
イ．　引用発明のイオンの「トラップ」は、本願補正発明のイオンの「トラップ」及び「蓄積」に相当する。
　
ウ．　引用発明の「前記イオンを射出するための、Ｑ２線形イオントラップ」は、記載事項ウの「【００３４】・・・フラグメントイオンと残留前駆体イオンは、
レンズＩＱ３に加えられる適切な反発ＤＣ電圧によってＱ２内にトラップされる。
【００３５】
  次に、以前の出願第０９／０８７，９０９号に詳述されているように、対象のフラグメントイオンは、次にＱ２線形イオントラップによって、同様にＱ２ロッドに印加される固定周波数ＡＣ電圧の存在下でＱ２ロッドに印加されるＲＦ電圧を好ましくはスキャンすることによって、質量分解される。
ＲＦ電圧がスキャンされるとき、Ｑ２内にトラップされたイオンは補助ＡＣ電圧と共鳴し、共鳴励起される。出射フリンジ電界領域で共鳴励起されたイオンは、ＩＱ３のＤＣ反発電圧を克服するのに十分なエネルギーを獲得し、ＴＯＦに向かって軸方向に射出される。
「イオン源で生成したイオンを一定時間蓄積した後、イオンを射出するためのイオントラップ」である点一致する。
　
（２）　引用発明の「前記イオントラップから射出された前記イオンの飛行時間を測定する飛行時間型質量分析計（ＴＯＦ装置４０）とを有し、」と、本願補正発明の「前記イオントラップから射出された前記イオンをその進行方向に略直交する方向に電場加速し、加速された前記イオンの飛行時間を測定する飛行時間型質量分析計とを有し、」とを比較すると、
　両者は、「前記イオントラップから射出された前記イオンの飛行時間を測定する飛行時間型質量分析計とを有し、」の点で一致する。
　
（３）　引用発明の「前記イオン源１２と前記Ｑ２線形イオントラップとの間に、四重極ロッドセットＱ１を設けて、前記四重極ロッドセットＱ１を含む真空室の内部のガス圧を前記Ｑ２線形イオントラップを含む衝突セル３２の内部のガス圧以下に制御する（質量分析）装置１０。」と本願補正発明の「前記イオン源と前記イオントラップとの間に質量フィルターを設けて、前記イオントラップの内部のガス圧を１.３Ｐａ(１０−２Ｔｏｒｒ)以上１３Ｐａ(１０−１Ｔｏｒｒ)以下にし、前記質量フィルターの内部のガス圧を前記イオントラップの内部のガス圧以下に制御するよう構成したことを特徴とする質量分析装置。」とを比較すると、
　
ア．　引用発明の「四重極ロッドセットＱ１」は、記載事項ウの「Ｑ１は、上述のような標準的なＲＦ／ＤＣ四重極質量分析器であり、イオントラップとして操作されないが、対象の前駆体イオンを質量選択する。」との記載から、質量フィルターの一種であると言える。
　したがって、引用発明の「四重極ロッドセットＱ１」は、本願補正発明の「質量フィルター」に相当する。
　
イ．　引用発明の「四重極ロッドセットＱ１を含む真空室の内部のガス圧」及び「Ｑ２線形イオントラップを含む衝突セル３２の内部のガス圧」は、引用例１の図１に記載された、四重極ロッドセットＱ１、四重極ロッドセットＱ２、真空室、衝突セル３２の配置関係からみて、それぞれ、「四重極ロッドセットＱ１」内部のガス圧、及び「Ｑ２線形イオントラップ」内部のガス圧と同じとみなし得るものであることは明らかである。
　
　以上ア．、イ．の考察から、両者は、「イオン源とイオントラップとの間に質量フィルターを設けて、前記質量フィルターの内部のガス圧を前記イオントラップの内部のガス圧以下に制御する質量分析装置」である点一致する。
　
　よって、本願補正発明と引用発明とは、
　
　「イオン源で生成したイオンを一定時間蓄積した後、イオンを射出するためのイオントラップと、
　前記イオントラップから射出された前記イオンの飛行時間を測定する飛行時間型質量分析計とを有し、
　前記イオン源と前記イオントラップとの間に質量フィルターを設けて、前記質量フィルターの内部のガス圧を前記イオントラップの内部のガス圧以下に制御する質量分析装置」である点一致し、以下の点で相違する。
　
相違点１
　イオン源で生成したイオンを一定時間蓄積した後、イオンを射出するためのイオントラップが、本願補正発明では、「リング電極と一対のエンドギャップ電極とを有する３次元四重極イオントラップ」であり、また、該イオンの射出方法が、本願補正発明では「前記リング電極とエンドギャップ電極間へのＲＦ電圧の印加を停止してから直流電圧を印加する」手法によるものであるのに対して、引用発明のイオントラップの構成は、「線形イオントラップ」であり、また、そのイオン射出方法も、同「線形イオントラップ」の構成に基づいたイオン射出方法を備えたものである点。
　
相違点２
　イオンの飛行時間を測定する飛行時間型質量分析計の測定方法が、本願補正発明では、「前記イオントラップから射出された前記イオンをその進行方向に略直交する方向に電場加速し、加速された前記イオンの飛行時間を測定する」ものであるのに対して、引用発明には、そのような限定が明記されていない点。
　
相違点３
　イオントラップ内部のガス圧について、本願発明は、「１.３Ｐａ(１０−２Ｔｏｒｒ)以上１３Ｐａ(１０−１Ｔｏｒｒ)以下」と限定しているのに対し、引用発明には、そのような限定が明記されていない点。
　
４．当審の判断
　
前記相違点について検討する。
　
（１）　相違点１について
　質量分析装置の分野において、イオン源で生成したイオンを一定時間蓄積した後、イオンを射出するためのイオントラップとして、引用例２に記載されたような、リング電極と一対のエンドギャップ電極とを有する３次元四重極イオントラップ（引用例２の図面から３次元構造であることは明らかである）を用いることは周知である（記載事項カ、及び、本願出願前に頒布された刊行物である特開２００１−３０７６７５号公報（特に、【００１１】の「部屋５には、イオン輸送部と四重極イオントラップなどが設置される。イオン輸送部は基本的に四重極または八重極のリニアトラップ６からなり、リニアトラップ６を構成する棒状の電極には高周波電圧が印加される。発生する高周波電界により、特定の質量範囲にある質量のイオンはリニアトラップ６の中心部を通過する。さらに、リニアトラップ６の入口側と出口側には、それぞれ入口側電極７と出口側電極８が設置され、四重極イオントラップに印加される高周波電圧の位相に同期したパルス電圧が印加される。このことにより、リニアトラップ６に導入されるイオンが、四重極イオントラップに印加される高周波電圧の位相に同期して、効率よく四重極イオントラップでトラッピングされる。・・・四重極イオントラップでトラッピングされ、空間的エネルギー的に収束されたイオンはリング状電極１１とエンドキャップ電極１２に印加されるパルス電圧により高真空部１６に細いビーム状に導入される。高真空部１６に設置される飛行時間型質量分析計は、電極１７とメッシュ電極１８、リフレクター１９、検出器１４より構成される。電極１７とメッシュ電極１８との間には数ｋＶ程度の高電圧パルス電圧が印加され、イオンは加速される。」の記載及び図４等）などを参照のこと。特に、後者は、質量フィルター（リニアトラップ６）の次に、イオントラップ、イオンの飛行時間型質量分析計と並置される質量分析計のイオントラップが３次元四重極イオントラップである周知例。）。
　したがって、引用発明のイオントラップを、上記周知の３次元四重極イオントラップに置き換えることは、当業者が容易に想到する事項である。
　また、この３次元四重極イオントラップを、引用発明のイオントラップとして採用する場合、イオン射出方法として、記載事項カ（引用例２）に記載された射出方法（四重極イオントラップ５のトラップしたイオンの射出方法として、リング電極１５とエンドギャップ電極間へのＲＦ電圧の印加を停止してから直流電圧を印加する方法）も採用することも、当業者であれば当然想起する程度の事項にすぎない。
　
（２）　相違点２について
　質量分析の最終段としてのイオンの飛行時間型質量分析計として、イオントラップから射出された前記イオンをその進行方向に略直交する方向に電場加速し、加速された前記イオンの飛行時間を測定するタイプは、従来周知のものである（例えば、引用例２の記載された飛行時間型質量分析計（記載事項カの「【０００４】【課題を解決するための手段】四重極イオントラップにイオンを蓄積した後にイオンを射出し、高真空部に達してから射出方向に直交する加速電場を形成して飛行時間測定する。」の記載や、本願出願前に頒布された刊行物である特開２００１−３０７６７５号公報の飛行時間型質量分析計に関する記載（段落【００１１】「高真空部１６に設置される飛行時間型質量分析計は、電極１７とメッシュ電極１８、リフレクター１９、検出器１４より構成される。電極１７とメッシュ電極１８との間には数ｋＶ程度の高電圧パルス電圧が印加され、イオンは加速される。」及び図４）等を参照のこと。）。
　したがって、引用発明の飛行時間型質量分析計として、上記周知の飛行時間型質量分析計に置き換えることは、当業者にとって格別の困難性はない。
　
（３）　相違点３について
　質量フィルターの次に、イオントラップ、イオンの飛行時間型質量分析計と並置される質量分析計において、イオントラップ内部にガスを導入することで、前駆帯イオンを衝突解離し、フラグメントイオンを生成させる場合に、質量フィルター内部のガス圧よりも、イオントラップ内部のガス圧の方が高くなるように制御がなされることは、従来周知の手法であり、またその際のイオントラップ内部のガス圧についても、本願発明が限定するガス圧の範囲（１.３Ｐａ(１０−２Ｔｏｒｒ)以上１３Ｐａ(１０−１Ｔｏｒｒ)以下）は、従来周知に行われる範囲内のものである。（例えば、特開２００２−１１００８１号公報の記載（【００４１】脱気されて、例えば１０−５ｍｂａｒ未満の比較的低圧力に維持されたチャンバ内に、四重極質量フィルタ３が配置されている。質量フィルタ３を含むロッド電極は、質量フィルタ３によって通過する質量／電荷比の範囲を決定するＲＦおよびＤＣ電圧両方を発生させる電源に接続されている。
【００４２】衝突セル４は、四重極と六重極ロッドセットのいずれかを備えてもよく、ロッドセットは気密性の十分なケーシング（小さなイオン入口および出口を除く）で囲み、ケーシング内にヘリウム、アルゴン、窒素、空気、メタンなどの衝突ガスを、１０−４から１０−１ｍｂａｒ、更に好ましくは１０−３から１０−２ｍｂａｒで導入することができる。衝突セル４を含む電極に適当な高周波電圧は、電源（図示せず）によって供給される。
【００４３】イオン源１によって生成されたイオンは、イオンガイド２を通過し、チャンバ間の開口部７と真空チャンバ８を通り抜ける。イオンガイド２は、イオン源と真空チャンバ８の中間の圧力に保たれる。示されている実施形態では、衝突セル４に入る前に質量フィルタ３によってイオンが質量フィルタリングされる。しかしながら、質量フィルタリングは本発明に不可欠なものではない。衝突セル４から出たイオンは、飛行時間型質量分析器５に進入する。）には、四重極質量フィルタ３（質量フィルタ）、四重極ロッドセットを備えた衝突セル４（イオントラップ）、及び、飛行時間型質量分析器５を有する質量分析装置において、四重極質量フィルタ３を含むチャンバ内の気圧が、四重極ロッドセットを備えた衝突セル４（イオンとラップ）の気圧よりも小さく、かつ、同衝突セル４のガス圧が、１０−４から１０−１ｍｂａｒの範囲内に設定されたもの（換算すると、本願発明のイオントラップのガス圧範囲を含む）を開示している。同内容の記載として、本願出願前に頒布された刊行物である国際特許公開公報第００／０７７８２３号の第１２頁第１１行目乃至第１４行目の記載「Both 
mass spectrometers are pumped below10
-6
 torr
the CID cell 26 is filled with gas to about 10 to 100 mtorr
　したがって、引用発明のイオントラップとして、引用例２に記載された３次元四重極イオントラップを採用した場合においても、イオントラップ内部のガス圧を上記従来周知の設定範囲内に制御することは、当業者であれば適宜行う程度のものにすぎない。
　
　上記相違点（１）及び（３）における考察から、本願補正発明は、引用発明及び周知の事項に基づいて、当業者が容易に想到しうるものであり、また、本願補正発明によってもたらされる効果は引用例１，２の記載及び周知の事項によって、既に得られていた効果にすぎない。　
　
まとめ
　よって、本願補正発明は、引用例１及び２に記載された発明並びに周知の事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。　
　
５．本件補正についての結び
　
　以上のとおり、本願補正発明は、特許法第２９条２項の規定により、特許出願の際独立して特許を受けることができないものであるから、本件補正は、平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項で準用する同法第１２６条第５項に規定する要件を満たさないものであり、特許法第１５９条第１項で読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　
第３　本願発明について
　
１．本願発明
　平成１９年２月２７日付けの手続補正は上記の通り却下されたので、本願の請求項１ないし２０に係る発明は、平成１８年１２月２５日付け手続補正書により補正された明細書及び図面の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１ないし２０に記載された事項により特定されるものであるところ、請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、以下のとおりである。　
「【請求項１】
　イオン源で生成したイオンを一定時間蓄積した後、射出するための３次元四重極イオントラップと、
　前記イオントラップから射出された前記イオンをその進行方向に略直交する方向に電場加速し、加速された前記イオンの飛行時間を測定する飛行時間型質量分析計とを有し、
　かつ、前記イオン源と前記イオントラップとの間に質量フィルターを設けて、前記イオントラップの内部のガス圧を１０−１Ｔｏｒｒ以上１０−２Ｔｏｒｒ以下にし、前記質量フィルターの内部のガス圧を前記イオントラップの内部のガス圧以下に制御するよう構成したことを特徴とする質量分析装置。」
　
２．引用例
　
　原査定の拒絶の理由に引用された引用例１，２及びその記載事項は、前記「第２　２．引用例」において、「引用例１」、「引用例２」に関し、記載したとおりである。
　
３．対比・判断
　本願発明は、上記「第２　３．対比及び４．当審の判断」で検討した本願補正発明から、
　
（１）　本件補正前の「３次元四重極イオントラップ」の構成を、「リング電極と一対のエンドキャップ電極」を有するものに限定し、かつ、本件補正前の「３次元四重極イオントラップ」の動作である「イオン源で生成したイオンを一定時間蓄積した後、射出する」という、該イオンの射出方法を、「前記リング電極とエンドキャップ電極間へのＲＦ電圧の印加を停止してから直流電圧を印加することによる」ものにするという限定を省き、さらに、
　
（２）　本件補正前の「前記イオントラップの内部のガス圧を１０−１Ｔｏｒｒ以上１０−２Ｔｏｒｒ以下にし、」との記載を、「前記イオントラップの内部のガス圧を１.３Ｐａ(１０−２Ｔｏｒｒ)以上１３Ｐａ(１０−１Ｔｏｒｒ)以下にし、」と誤記が訂正される前のものに戻したものに相当する。
　
　そうすると、本願発明の発明特定事項を全て含み、更に他の限定的な発明特定事項を付加し、また、誤記を訂正したものに相当する本願補正発明が、前記「第２　４．当審の判断」で記載したとおり、引用例１及び２に記載された発明ならびに周知の事項に基づいて当業者が容易に発明することができたものである以上、本願発明も同様の理由により、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
４．むすび
　以上のとおり、本願発明は、原査定の拒絶の理由に引用された引用例１及び２に記載された発明、及び周知の事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるので、特許法第２９条２項の規定により特許を受けることができないものである。
　したがって、その余の請求項について論及するまでもなく、本願は、拒絶すべきものである。
　よって結論のとおり審決する。