【事件の表示】
　上記当事者間の特許第３０７６０１３号発明「画像生成ＡＴＲ分光装置及びスペクトル吸収画像を得る方法」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。
【結　論】
　訂正を認める。
　特許第３０７６０１３号の請求項１乃至１８に係る発明についての特許を無効とする。
　審判費用は、被請求人の負担とする。
【理　由】
１．手続の経緯
　本件特許第３０７６０１３号の請求項１乃至１８に係る発明についての出願は、平成１０年８月１４日（パリ条約による優先権主張１９９７年８月１５日、米国）に出願され、平成１２年６月９日にその発明について特許権の設定登録がされた。その後、請求人から本件特許無効審判の請求があったところ、被請求人は、平成２０年１月２１日に訂正請求書及び答弁書を提出した。これに対し、請求人は、同年２月２６日に弁駁書を提出し、さらに、被請求人は、同年５月２９日に上申書を提出したものである。
　
２．訂正請求について
２−１．訂正請求の内容
　平成２０年１月２１日付け訂正請求書によると、当該訂正の内容は、本件特許の明細書を、訂正請求書に添付した全文訂正明細書のとおりに訂正しようとするものであり、訂正の内容は以下のａ乃至ｇのとおりである。（下線部は、訂正箇所である。）　
　
（訂正事項ａ）請求項１において、「２次元フォーカルプレーンアレイ検出器」とあるのを、「
複数の画素を含む
（ＦＰＡ）
　
（訂正事項ｂ）請求項１において、「前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器と前記光源との間を伝わる光を捕捉し、捕捉された光のスペクトル選択変調を実行するように結合された波長選択素子とを有することを特徴とする画像生成減衰全反射（ＡＴＲ）分光装置」とあるのを、「前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器と前記光源との間を伝わる光を捕捉し、捕捉された光のスペクトル選択変調を実行するように結合された波長選択素子とを有
しており、
　
前記接触領域からの前記反射光は、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光のそれぞれの部分を含んでおり、前記反射光の前記それぞれの部分は集光されて、前記２次元フォーカルプレーンアレイ（ＦＰＡ）検出器のそれぞれの画素上に結像され、前記サンプルの空間的に分解された吸収スペクトルを得ることができるように構成されている、
、
　
（訂正事項ｃ）請求項８において、「反射光を結像させるように、配置された第２光学系」とあるのを、「反射光を結像させるように
配置されていて、前記接触領域のそれぞれの別々の点から反射された光を、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器の別々の画素上に結像させるように構成された
　
（訂正事項ｄ）請求項１５において、「前記接触領域から反射光を集光する段階と、
前記接触領域からの前記反射された前記光を、検出器の２次元アレイ上に結像させる段階と、」とあるのを、「
前記接触領域からの反射光を集光する段階とを含み、前記反射光は、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光のそれぞれの部分を含んでおり、
　前記方法は、さらに、前記接触領域からの前記反射光を、検出器の２次元アレイ上に結像させて、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光の前記それぞれの部分を、前記検出器の２次元アレイのそれぞれの別々の画素上に結像させる段階と、
　
（訂正事項ｅ）請求項１５において、「検出器の前記２次元アレイ」とあるのを、「
前記検出器の
　
（訂正事項ｆ）請求項１８において、「前面」とあるのを、「
凸面状
　
（訂正事項ｇ）請求項１８において、「前記結像光学素子が、前記反射光を前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に結像させるように構成されており」とあるのを、「前記結像光学素子が、前記反射光を前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に結像させ
て、前記接触領域のそれぞれの別々の点から反射されて集光された光を、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器のそれぞれの別々の画素上に結像させ
　
２−２．訂正の可否について
　
（訂正事項ａ）
　この訂正は、請求項１における２次元フォーカルプレーンアレイ検出器について、「
複数の画素を含む
（ＦＰＡ）
　
（訂正事項ｂ）
　この訂正は、請求項１における接触領域からの反射光について、「前記接触領域からの前記反射光は、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光のそれぞれの部分を含んで」いるものに限定し、前記接触領域から反射光を集光し、前記反射光を前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に結像させるための手段について、「前記反射光の前記それぞれの部分は集光されて、前記２次元フォーカルプレーンアレイ（ＦＰＡ）検出器のそれぞれの画素上に結像され」とその機能を限定し、２次元フォーカルプレーンアレイ検出器について、「前記サンプルの空間的に分解された吸収スペクトルを得ることができるように構成されている」ものに限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。そして、特許明細書の段落【０００７】には「しかしながら、ＩＲＥがサンプル１８に接触しているときは、入力ビーム２４からいくらかの赤外線エネルギーがエバネセット結合を介して、サンプル１８に吸収される。接触領域２０の各位置で、吸収されたエネルギーの量は、その位置のサンプル中の分子構造及び／又は分子種に対応する。したがって、反射光は、サンプル１８の空間的に分解された吸収スペクトルを得ることのできる情報を含んでいる。」と記載され、段落【０００８】には「集光及び結像光学素子２８（レンズとして図式的に示される）は、反射光３０を集光し、それを、二次元フォーカルプレーンアレイ検出器３２上に結像させる。フォーカルプレーンアレイ検出器３２は、別々の位置で、入射光の強度を測定するための検出器の２次元アレイを備えている。それゆえ、フォーカルプレーンアレイ検出器３２は、接触領域２０の別々の点から反射光の強度情報を与える。」と記載されていることから、上記訂正は特許明細書に記載した事項の範囲内における訂正であり、また、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものでもない。
　さらに、訂正事項ｂのうち、「前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光のそれぞれの部分を含んでおり」とした点は、上記の通り特許明細書の段落【０００７】に記載した事項の範囲内のものであり、請求人が弁駁書（第３頁）で主張するような、特許法第３６条第６項第１号違反となるものとは認められない。また、訂正事項ｂのうち、「前記反射光の前記それぞれの部分は集光されて、前記２次元フォーカルプレーンアレイ（ＦＰＡ）検出器のそれぞれの画素上に結像され」とした点は、上記の通り、反射光を２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に結像させるための手段についての機能を限定したものであって、上記の通り特許明細書の段落【０００７】に記載した事項の範囲内のものであり、当該事項から、当業者であればその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されていると認められるから、請求人が弁駁書（第３頁）で主張するような、特許法第３６条第４項及び第６項第１号及び第２号違反となるものとは認められない。
　
（訂正事項ｃ）
　この訂正は、請求項８における第２光学系について、「
前記接触領域のそれぞれの別々の点から反射された光を、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器の別々の画素上に結像させるように構成された
　
（訂正事項ｄ）
　この訂正は、請求項１５における「前記接触領域から反射光を集光する段階」について「
前記反射光は、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光のそれぞれの部分を含んでおり
前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光の前記それぞれの部分を、前記検出器の２次元アレイのそれぞれの別々の画素上に結像させる
　
（訂正事項ｅ）
　この訂正は、請求項１５における「検出器の前記２次元アレイ」と記載されていたのを、「
前記検出器の
　
（訂正事項ｆ）
　この訂正は、請求項１８における内部反射素子（ＩＲＥ）に関し、「前面」とあるのを、「
凸面状
　
（訂正事項ｇ）
　この訂正は、請求項１８における結像光学素子について、「
前記接触領域のそれぞれの別々の点から反射されて集光された光を、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器のそれぞれの別々の画素上に結像させ
　
　したがって、平成２０年１月２１日付け訂正は、特許法第３６条第４項あるいは第６項第１号または第２号の規定に違反するものではなく、同法１３４条の２ただし書き並びに同条５項の規定によって準用する同法１２６条３項及び４項の規定に適合するので、当該訂正を認める。
　
３．本件特許発明
　上記のように訂正を認めるので、本件特許発明は、全文訂正明細書および図面の記載からみて、その特許請求の範囲に記載された次のとおりのものと認める。（以下、訂正後の請求項１乃至１８に係る発明を「本件特許発明１」乃至「本件特許発明１８」という。）
　
「【請求項１】  光源と、
　前面と後面とを有し、前記前面が検査中のサンプルと係合する接触領域を含んだ内部反射素子（ＩＲＥ）と、
　複数の画素を含む２次元フォーカルプレーンアレイ（ＦＰＡ）検出器と、
　前記前面での前記入力ビームの入射角が前記ＩＲＥに対する臨界角以上となるように、前記ＩＲＥの前記後面を介して、前記光源からの光を前記接触領域に差し向け、かつ、集光するための手段と、
　前記接触領域から反射光を集光し、前記反射光を前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に結像させるための手段と、
　前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器と前記光源との間を伝わる光を捕捉し、捕捉された光のスペクトル選択変調を実行するように結合された波長選択素子とを有しており、
　前記接触領域からの前記反射光は、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光のそれぞれの部分を含んでおり、前記反射光の前記それぞれの部分は集光されて、前記２次元フォーカルプレーンアレイ（ＦＰＡ）検出器のそれぞれの画素上に結像され、前記サンプルの空間的に分解された吸収スペクトルを得ることができるように構成されている、ことを特徴とする、画像生成減衰全反射（ＡＴＲ）分光装置。
【請求項２】  前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器に結合されており、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器から画像情報を得るための信号処理装置をさらに備えた請求項１に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項３】  光を差し向け、かつ、集光するための前記手段が、一つまたはそれ以上のレンズ素子からなり、
　前記反射光を集光し、反射光を結像させるための前記手段が、一つまたはそれ以上のレンズ素子からなる請求項１に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項４】  光を差し向け、集光するための前記手段が、一つまたはそれ以上の反射素子からなり、
　前記反射光を集光し、反射光を結像させるための前記手段が、一つまたはそれ以上の反射素子からなる請求項１に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項５】  前記ＩＲＥの前記後面は凸面状であり、球の曲率を有し、前記曲率の中心が前記ＩＲＥの前記前面に位置する請求項１に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項６】  前記ＩＲＥの前記前面は凸面状であり、球の曲率を有し、前記曲率の半径が後面半径よりも実質的に長い請求項１に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項７】  前記スペクトル選択素子が、前記光源と前記ＩＲＥの間に配置され、光のスペクトル多重入射ビームを生成して、前記ＩＲＥに供給する干渉計により構成された請求項１に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項８】  光源と、
前面と後面とを有し、前記前面が検査中のサンプルと係合する接触領域を含んだ内部反射素子（ＩＲＥ）と、
　２次元フォーカルプレーンアレイ検出器と、
　前記前面における前記入力ビームの入射角が前記ＩＲＥの臨界角以上になるように、前記ＩＲＥの前記後面を介して、前記接触領域の方に、前記入力ビームを差し向けるように配置された第１光学系と、
　前記接触領域から反射光を集光し、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に、反射光を結像させるように配置されていて、前記接触領域のそれぞれの別々の点から反射された光を、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器の別々の画素上に結像させるように構成された第２光学系と、
　前記光源と前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器の間を伝わる光を捕捉し、捕捉された光のスペクトル選択変調を実行するように結合された干渉計と、を有することを特徴とする画像生成減衰全反射（ＡＴＲ）分光装置。
【請求項９】  前記干渉計が、ビーム・スプリッタと、少なくとも一つの固定ミラーと、少なくとも一つの可動ミラーとを含んでいる請求項８に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項１０】  前記光源が、広帯域赤外線光源からなる請求項８に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項１１】  前記第１光学系が、一つまたはそれ以上のレンズ素子からなり、
　前記第２光学系が、一つまたはそれ以上のレンズ素子からなる請求項８に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項１２】  前記第１光学系が、一つまたはそれ以上の反射素子からなり、
　前記第２光学系が、一つまたはそれ以上の反射素子からなる請求項８に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項１３】  前記ＩＲＥの前記後面が、凸面状で球の曲率を有し、前記曲率の中心が前記ＩＲＥの前記前面に位置する請求項８に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項１４】  前記ＩＲＥの前記前面が、凸面状であり、かつ球の曲率を有し、前記曲率の半径が、後面の半径よりも実質的に長い請求項１３に記載の画像生成ＡＴＲ分光装置。
【請求項１５】  サンプルのスペクトル吸収画像を得る方法であって、
　サンプルの一部分にわたり、かつ前記サンプルに接触して、ＡＴＲ結晶体を配置させて、前記ＡＴＲ結晶体と前記サンプルの間の接触領域を定める段階と、
　光源から発する光のビームを、前記ＡＴＲ結晶体を介して、前記ＡＴＲ結晶体の臨界角以上の入射角度で、前記接触領域に差し向けることにより、前記接触領域を照射する段階と、
　前記接触領域からの反射光を集光する段階とを含み、前記反射光は、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光のそれぞれの部分を含んでおり、
　前記方法は、さらに、前記接触領域からの前記反射光を、検出器の２次元アレイ上に結像させて、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光の前記それぞれの部分を、前記検出器の２次元アレイのそれぞれの別々の画素上に結像させる段階と、
　前記光源と前記検出器の２次元アレイとの間に、波長選択素子を置いて、前記接触領域の異なった位置におけるスペクトル情報を与える段階と、
を含む、サンプルのスペクトル吸収画像を得る方法。
【請求項１６】  検出器の前記二次元アレイにより収集されたデータをスペクトル吸収画像に変換する段階を更に含む、請求項１５に記載のサンプルのスペクトル吸収画像を得る方法。
【請求項１７】  前記変換する段階が、前記２次元アレイ検出器から強度情報を検索し、前記強度情報のフーリエ変換表現を演算することにより、データを変換する、請求項１６に記載のサンプルのスペクトル吸収画像を得る方法。
【請求項１８】  光源と、
　凸面状前面と後面とを有し、前記前面が検査中のサンプルと係合する接触領域を含んだ内部反射素子（ＩＲＥ)と、
　２次元フォーカルプレーンアレイ検出器と、
　前記ＩＲＥが焦点に位置する顕微鏡対物レンズと、
　光の前記入力ビームを、前記顕微鏡対物レンズに差し向けるための手段と、
　結像光学素子とを有し、
　前記顕微鏡対物レンズが、前記ＩＲＥの前記後面を介して、前記接触領域に向けて、前記光の入力ビームの焦点を合わせ、反射光を集光し、反射光を、前記結像光学素子に差し向けるように、位置決めされ、かつ構成されており、
　前記結像光学素子が、前記反射光を前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に結像させて、前記接触領域のそれぞれの別々の点から反射されて集光された光を、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器のそれぞれの別々の画素上に結像させるように構成されており、
　さらに、前記光源と前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器の間を伝わる光を捕捉し、捕捉された光のスペクトル選択変調を実行するように結合された干渉計を備えたことを特徴とする、
画像生成減衰全反射（ＡＴＲ）超小型分光装置。」
　
４．無効審判請求人の主張の概要
　
　これに対して、請求人は、証拠方法として甲第１号証乃至甲第１８号証を提出し、以下の無効理由１乃至５を主張し、本件特許発明１乃至１８を無効とする、審判費用は被請求人の負担とする、との審決を求めている。（無効審判請求書、弁駁書）
　
（無効理由１）
　本件特許発明１及び本件特許発明８は、甲第１号証に記載された発明と実質的に同一の発明であるから、特許法２９条１項３号又は２項の規定により特許を受けることができない。
　本件特許発明２乃至７、９乃至１４は甲第１号証に記載された発明及び甲第１乃至第６、第１３乃至第１７号証に示される周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　
（無効理由２）
　本件特許発明１及び本件特許発明８は、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された発明並びに甲第１４号証の周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　本件特許発明２乃至７、９乃至１４は甲第１号証に記載された発明及び甲第１乃至第６、第１３乃至第１７号証に示される周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　
（無効理由３）
　本件特許発明１及び本件特許発明８は、甲第３号証又は甲第４号証に記載された発明及び甲第２、５又は６号証に示される周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　本件特許発明２乃至７、９乃至１４は甲第１号証に記載された発明及び甲第１乃至第６、第１３乃至第１７号証に示される周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　
（無効理由４）
　本件特許発明１５は、甲第１乃至第６、第１３乃至第１５及び第１８号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　本件特許発明１６及び１７は、甲第１乃至第６、第１３及び第１８号証に示される周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　
（無効理由５）
　本件特許発明１８は、甲第１乃至第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。
　
５．被請求人の主張の概要
　甲第１号証は、ＡＴＲ分光法のための画像形成アレイの使用とはまったく関係が無く、また本件特許を無効にするような組み合わせの根拠になり得ない。証拠として示されている従来文献の種々の教示を組み合わせるような示唆を提供している文献は、存在していない。よって、本件特許に係る発明は、甲第１号証に記載されたものと同一ではなく、また甲第１号証から甲第１８号証に記載された発明に基づいて容易に発明をすることはできなかったものである。そして、「特許第３０７６０１３号を無効にする審判の請求を棄却する。審判費用は請求人の負担とする。」との審決を求めている。（答弁書）
　
６．甲各号証記載の発明（下線は当審にて付加した）
６−１．甲第３号証
　甲第３号証（特開平６−５８８６９号公報）には、次の記載がある。
　
（ア）「【０００８】
【実施例】以下、図面に基づき本発明の好適な実施例を説明する。
図１には本発明の一実施例にかかる全反射測定装置の概略構成が示されており
全反射測定顕微鏡は、カセグレン鏡１２０とＡＴＲプリズム１１２を備えている。
【０００９】一方、
全反射プリズム１１２は、図２に拡大して示されるように略円錐状に形成され、その先端部が平頭面１１２ａを形成している
【００１０】従って、前記外枠１３０と主鏡保持部材１２６の螺合状態を変更することにより主鏡１２２と副鏡１２４の相対距離を変更し、更に光軸調整ネジ１３２を調整することにより主鏡１２２と副鏡１２４の光軸を一致させることが出来る。一方、前記プリズム１１２は、コーン状保持枠１３４の先端部に、該プリズム１１２の平頭面を表出した状態で接着固定されており、該コーン状保持枠１３４はホルダー１３６に調整ネジ１３８によって光軸と直交する平面上で位置変更可能に保持されている。該ホルダー１３６は前記外枠１３０に上下動自在に螺合されており、位置決めネジ１４０を絞めつけることにより、任意の上下位置でプリズム１１２を位置決めすることができる。
本実施例にかかる全反射測定装置は概略以上のように構成され、次にその作用について説明する。
プリズム１１２の平頭面１１２ａを、シャーレ１４２上に採取した被測定液１１０に僅かに浸漬させる。
図１において赤外光源１５０から出射された光束をマイケルソン干渉計１５２に導光して赤外干渉光を生成し、これを固定鏡１５４で反射させて入射光１５６を形成する。そして該入射光１５６はカセグレン副鏡１２４、カセグレン主鏡１２２及びプリズム１１２を介して被測定液１１０上に照射され、該被測定液１１０とプリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８が形成される。該全反射光１５８は、固定鏡１６０で反射されてＭＣＴ検出器１６２でその光強度が検出され、その検出信号が信号処理装置１６４に供給される。
【００１２】従って、従来のように多量の被測定液をセル等に注入する必要なく、該被測定液の全反射測定を行うことが可能となる。尚、前記カセグレン副鏡１２４下部にはマスク１７２が設けられ、該マスク１７２はプリズム１１２の全反射の臨界角より小さい入射角の光線を遮光する。以上説明した全反射測定装置において、被測定液の屈折率を１．４程度と想定し、またプリズム１１２として屈折率が大きいゲルマニウムを用いた場合、全反射の臨界角は２０．５度となる。そして、カセグレン鏡１２０のＮＡをそれぞれ約１０度大きくとると、該カセグレン鏡１２０の開口角は６０度となるため、プリズムの円錐角も６０度に設定した。この結果
曲率半径が３mmのプリズム１１２を円錐角６０度に形成し、その先端部分を直径０．３mm程度の平坦な面とする
　
（イ）「本発明の第１実施例に係る全反射測定装置の概略構成図」である図１を参照すると、全反射プリズム１１２から出射される全反射光１５８は、カセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４及び固定鏡１６０を介してＭＣＴ検出器１６２に集光させられている。
　
（ウ）「図１に示した全反射測定装置に用いられるプリズムの説明図」である図２を参照すると、全反射プリズム１１２は、略円錐状に形成され、その先端部が平頭面１１２ａを形成しており、その円錐状の基部側の面が凸曲面を形成している。
　
　以上の記載から、甲第３号証には、「赤外光源１５０と、
その先端部が平頭面１１２ａを形成しており、その基部が凸曲面を形成しており、該平頭面１１２ａが被測定液１１０に浸漬されるようになっている全反射プリズム１１２と、
ＭＣＴ検出器１６２と、
前記赤外光源からの光を固定鏡１５４で反射させて入射光１５６を形成し、該入射光１５６が被測定液１１０とプリズム１１２の臨界面で全反射されるように、プリズム１１２を介して該入射光１５６を被測定液１１０上に照射するカセグレン副鏡１２４及びカセグレン主鏡１２２と、
該プリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８をＭＣＴ検出器１６２に集光させるカセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４及び固定鏡１６０と、
前記赤外光源１５０から出射された光束から赤外干渉光を生成するマイケルソン干渉計１５２と、
ＭＣＴ検出器１６２からの光強度信号を読取り、公知の信号処理を行って赤外吸収スペクトルを求める信号処理装置とを有する全反射測定装置。」（以下、「甲第３号証に記載された発明１」という。）及び「プリズム１１２の平頭面１１２ａを、シャーレ１４２上に採取した被測定液１１０に僅かに浸漬させ、
光源からの入射光１５６はカセグレン副鏡１２４、カセグレン主鏡１２２及びプリズム１１２を介して被測定液１１０上に照射され、該被測定液１１０とプリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８が形成され、
該プリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８は、カセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４及び固定鏡１６０によってＭＣＴ検出器１６２に集光され、
該ＭＣＴ検出器１６２でその光強度が検出され、その検出信号が信号処理装置１６４に供給され、公知の信号処理を行って赤外吸収スペクトルを求められ、
赤外光源１５０から出射された光束はマイケルソン干渉計１５２に導光して赤外干渉光を生成されている、
全反射測定方法。」（以下、「甲第３号証に記載された発明２」という。）が記載されているものと認められる。
　
６−２．甲第２号証
　甲第２号証（米国特許第５３７７００３号明細書）には、次の記載がある（訳文は、請求人が甲第２号証に添付して提出した部分訳による）。
　
（エ）「
図１を参照してイメージング分光顕微鏡の形での本発明の好ましい実施例
分光顕微鏡は、一般的に１つの光源１０
顕微鏡４、フォーカルプレーンアレイ検出器４６
を含んでいる
　
（オ）「本発明において使用されるフォーカルプレーンアレイ検出器はこの技術分野でよく知られている。本発明の実施例のフォーカルプレーンアレイ検出器４６はシリコン電化結合素子（ＣＣＤｓ）でＳｐｅｘ製のスペクトラムワンを使用することができる。ＣＣＤｓの２次元アレイ（５７６×３８４ピクセル）を使用して、フォーカルプレーンアレイ検出器４６は多数の個別の位置での入射光の強度を測定でき、受信した情報を記憶又は分析のためにコンピュータ又は類似の装置に転送することができる。」（第８欄３８行目から４８行目）
　
（カ）「図１は本発明の有利な実施例を用いて光の進行光路を示す。光は光源１０で発生された広帯域の波長を含んでおりコリメーション光学レンズを通過する。コリメーション光学レンズ１２は光を偏向し相互に平行な光とし、平行光を音響光学同調フィルタ１４に指向させる。音響光学同調フィルタ１４は選択された波長のコリメートされた光をフィルタするために使用される。波長又は波長のレンジはコンピュータ制御によりユーザによって選択される。（制御システムについては後で詳述する。）選択された波長の光が、音響光学同調フィルタ１４によって放射された後、空間フィルタ１６を通過する。空間フィルタ１６は広帯域の光の零次ビームをブロックし、選択された波長の光を通過させる。
　ここで空間的にフィルタされた光の光路は動作の所望のモードによって決定される。操作者は透過又は反射のどちらかを、サンプルの厚さ又は体積に依存してまたはその他を考慮して予め決定する。
　
反射の場合、エピ−照射が使用され
集光レンズ２２を通過した後、光は５０／５０ビームスプリッタによってＸＹステージ２６の方向に反射される。このＸＹステージはサンプル３５を支持するガラス顕微鏡スライドを保持している。それから光はサンプル３５に反射されて、光を拡大する対物レンズ３２を通過する。この点で光の強度はサンプル３５の吸収特性及び体積に依存する。
　反射の場合、光がサンプル３５に当たった後、光はビームスプリッタ２４を通過する。透過の場合、ビームスプリッタ２４は退避され、光は変化しないで方向変換ミラー２５に向かう。反射による場合も透過の場合も、ここで光の光路は所望の動作モードによって再び決定される。オペレータはフォーカルプレーンアレイ検出器４６を使用するスペクトルイメージングか、検出器４４を使用するシングルポイント検出器かのどちらかを予め決定する。
　
スペクトルイメージングの場合
レンズ３６は集光された光の中間像を形成する。集光ビームスプリッタ３８でスプリットされる。ビームスプリッタ３８は光を２つの同一の２．５Ｘプロゼクションアイピース４０と４２とに向かうようにする。アイピース４０と４２は付加的に拡大しフラットなフィールドのスペクトルイメージを
フォーカルプレーンアレイ検出器４６
に供給する
　
（キ）「１．近赤外線吸収顕微鏡に使用するのに適したイメージング高級スペクトルフィルタを使用するスペクトル分析イメージング装置において、
広帯域光の光源と
前記広帯域光を音響光学同調フィルタに指向するためのコリメーション手段とを有し、前記音響光学同調フィルタは、フィルタに対して選択された周波数の入力信号を供給することによって光学的に同調可能なタイプであり、
音響光学同調フィルタに入力信号を供給するため、広帯域光の近赤外線波長を、音響同調フィルタによってフィルタし、音響光学同調フィルタを通過するように選択するため、音響光学フィルタと作動接続された手段を有し、
フィルタされた光を分析すべき対象物に指向させる手段を有し、
前記フィルタされた光を前記対象物に当てることに応答して前記対象物内でそれぞれ複数の空間位置を透過した光又は複数の空間位置から反射した光を、２次元アレイの電荷結合素子からなるフォーカルプレーンアレイ検出器に指向させる手段を有し、前記フォーカルプレーンアレイ検出器の前記電荷結合素子（ＣＣＤ）はそれぞれ複数の空間的位置からの透過光又は反射光の強度を測定する
　
　以上の記載から、甲第２号証には「イメージング分光顕微鏡として、光源からの光をサンプルに照射し、サンプルからの反射光を対物レンズを介して、レンズ３６により集光された光の中間像を形成し、アイピースによってフラットなフィールドのスペクトルイメージをフォーカルプレーンアレイ検出器に供給し、該フォーカルプレーンアレイ検出器は対象物内でそれぞれ複数の空間位置から反射した光の強度を測定するスペクトル分光イメージング分光顕微鏡。」（以下、「甲第２号証に記載された発明１」という。）及び「イメージング分光顕微鏡において、光源からの光をサンプルに照射し、サンプルからの反射光を対物レンズを介して、レンズ３６により集光された光の中間像を形成し、アイピースによってフラットなフィールドのスペクトルイメージをフォーカルプレーンアレイ検出器に供給し、該フォーカルプレーンアレイ検出器は対象物内でそれぞれ複数の空間位置から反射した光の強度を測定するスペクトル分光イメージング分光方法。」（以下、「甲第２号証に記載された発明２」という。）が記載されているものと認められる。
　
６−３．甲第４号証
　甲第４号証（特開平７−１２７１７号公報）には、次の記載がある。
　
（ク）「【００１１】
【実施例】以下、図面に基づき本発明の好適な実施例を説明する。
図１には本発明の一実施例にかかる全反射測定顕微鏡の概略構成が示されており
同図に示す全反射測定顕微鏡は、カセグレン鏡１２０と半球状のプリズム１１２を備えている
【００１２】
前記カセグレン鏡１２０は、中心部に孔１２２ａが形成された凹面鏡よりなるカセグレン主鏡１２２と、前記カセグレン主鏡１２２よりも径の小さい凸面鏡よりなるカセグレン副鏡１２４とを、中心軸Ｃを一致させて対向配置している
【００１３】
そして、被測定物１１０上の測定点を目視観察する場合には
可視光源１２６から出射された光束を、光路内外に回転移動可能な可動鏡１２８及び固定鏡１３０で反射させて入射光１３２を形成する。そして、該入射光１３２はカセグレン副鏡１２４、カセグレン主鏡１２２を介して被測定物１１０上に直接集光し、該被測定物１１０からの反射光はカセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４に反射されて出射光１３４となる。該出射光１３４は固定鏡１３６、光路内外に回転移動可能な可動鏡１３８で反射させて接眼レンズ１４０に導く
　
６−４．甲第１４号証
　甲第１４号証（特開平５−１０８７２号公報）には、次の記載がある。
　
（ケ）「【００１８】
図４は本発明の一実施例にかかる顕微赤外ＡＴＲ測定装置の構成を示す
４ａ，４ｂ，４ｃは凹面鏡、５ａ，５ｂ，５ｃは凸面鏡で、４ａと５ａ、４ｂと５ｂ，４ｃと５ｃとでそれぞれカセグレイン光学系を形成している
．．．
【００２０】
光源７を兼ねる光源１１より出射された光はまた、凹面鏡および平面鏡から構成される図示しない別の光学系によって図４の紙面後方よりハーフミラー８に導かれ、カセグレイン光学系４ｃ，５ｃによって集光されてプリズム１の底面上に焦点を結ぶ。焦点下に位置させられた試料２で反射した光は、カセグレイン光学系４ｃ，５ｃおよびハーフミラー８を経て赤外光用撮像素子９に導かれる。撮像素子９の信号はモニタ１０に送られ、したがって、モニタ１０上で試料を観察することができる
　
６−５．甲第１７号証
　甲第１７号証（特開平５−３２２７４５号公報）には、次の記載がある。
　
（コ）「【０００１】
【技術分野】
本発明は、一般に、内反射体(IRE：internal reflection element)に関連し
【０００２】
【背景技術】
内反射分光学(IRS：internal reflection spectroscopy）は固体および液体を分析する分析技術として受け入れられている。
　
（サ）「【００１６】
【実施例】図面をさらに詳しく参照し、最初に図１を参照すると、
単一内反射体（SIRE）は一般に１で示された基体（body）からなっている
例示されているように、この基体は一般に半球上部２を含んでいる。反対側に対面する切頭半球部３はそれと共に一体に形成されている。切頭半球部３は湾曲凸サンプル接触面４を規定する
出願人のサンプル接触面は通常直径として250 ミクロン以下に保持され、好ましくは直径として100 ミクロン以下に保持される
【００１７】半球部２の半径Ｒ1 はソースの光学的特性とIRS 分光分析用にそれと共に使用された検出器光学系とに整合するように選択されている。
通常、Ｒ
1
 の中心は必然的ではないがサンプル面の中心にある
．．．
【００１９】米国特許出願番号第07/622,852号に例示されたIRS 対物系で使用される場合、
Ｒ
1
 は約３mmであり、Ｒ
2
 は約 12.85mmである
　
　以上の記載から、甲第１７号証には「内反射分光学に用いられる内反射体(IRE)として、基体からなり、この基体は半球上部２を含み、反対側に対面する切頭半球部３はそれと共に一体に形成されており、切頭半球部３は湾曲凸サンプル接触面４を規定し、半球部２の半径Ｒ1 の中心はサンプル面の中心にある内反射体。」（以下、「甲第１７号証に記載された発明」という。）が記載されているものと認められる。
　
７．本件特許発明１について
７−１．対比
　本件特許発明１と甲第３号証に記載された発明１とを対比する。
　甲第３号証に記載された発明１の「赤外光源１５０」は、本件特許発明１の「光源」に相当する。
　また、甲第３号証に記載された発明１の「全反射プリズム１１２」に関し、その「平頭面１１２ａ」及び「凸曲面」は、本件特許発明１の「内部反射素子（ＩＲＥ）」における「前面」及び「後面」に相当するものであり、甲第３号証に記載された発明１の「全反射プリズム１１２」は「平頭面１１２ａが被測定液１１０に浸漬され」ることから、その浸漬され、被測定液と接触している平頭面１１２ａの領域は、本件特許発明１の「内部反射素子（ＩＲＥ）」における「前記前面が検査中のサンプルと係合する接触領域」に相当するものであるから、甲第３号証に記載された発明１の「その先端部が平頭面１１２ａを形成しており、その基部が凸曲面を形成しており、該平頭面１１２ａが被測定液１１０に浸漬されるようになっている全反射プリズム１１２」は、本件特許発明１の「前面と後面とを有し、前記前面が検査中のサンプルと係合する接触領域を含んだ内部反射素子（ＩＲＥ）」に相当する。
　そして、甲第３号証に記載された発明１の、入射光１５６を被測定液１１０上に照射する「カセグレン副鏡１２４及びカセグレン主鏡１２２」は、赤外光源からの光が、被測定液１１０とプリズム１１２の臨界面で全反射されるようにプリズム１１２を介して被測定液１１０上に照射させるものであるから、本件特許発明１の「前記前面での前記入力ビームの入射角が前記ＩＲＥに対する臨界角以上となるように、前記ＩＲＥの前記後面を介して、前記光源からの光を前記接触領域に差し向け、かつ、集光するための手段」に相当する。
　さらに、甲第３号証に記載された発明１の「前記赤外光源１５０から出射された光束から赤外干渉光を生成するマイケルソン干渉計１５２」は、後の信号処理装置による信号処理によって赤外吸収スペクトルを求めるために、光源を変調するためのものであるから、本件特許発明１の、検出器と「前記光源との間を伝わる光を捕捉し、捕捉された光のスペクトル選択変調を実行するように結合された波長選択素子」に相当する。
　また、甲第３号証に記載された発明１の「ＭＣＴ検出器１６２」と、本件特許発明１の「複数の画素を含む２次元フォーカルプレーンアレイ（ＦＰＡ）検出器」とは、吸収スペクトルを得るための「検出器」である点で共通している。
　そして、甲第３号証に記載された発明１の「プリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８をＭＣＴ検出器１６２に集光させるカセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４」は、該全反射光が被測定液と接触している平頭面１１２ａの領域から発せられることは明らかであるから、本件特許発明１の「前記接触領域から反射光を集光し、前記反射光を前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に結像させるための手段」と、「前記接触領域から反射光を集光し、前記反射光を検出器上に集光させるための手段」である点で共通している。
　また、甲第３号証に記載された発明１の「全反射測定装置」と、本件特許発明１の「画像生成減衰全反射（ＡＴＲ）分光装置」とは、「全反射（ＡＴＲ）測定装置」である点で共通している。
　そうすると、本件特許発明１と甲第３号証に記載された発明１とは、
「光源と、前面と後面とを有し、前記前面が検査中のサンプルと係合する接触領域を含んだ内部反射素子（ＩＲＥ）と、検出器と、前記前面での前記入力ビームの入射角が前記ＩＲＥに対する臨界角以上となるように、前記ＩＲＥの前記後面を介して、前記光源からの光を前記接触領域に差し向け、かつ、集光するための手段と、前記接触領域から反射光を集光し、前記反射光を前記検出器上に集光させるための手段と、前記検出器と前記光源との間を伝わる光を捕捉し、捕捉された光のスペクトル選択変調を実行するように結合された波長選択素子とを有する、減衰全反射（ＡＴＲ）分光装置。」
である点で一致し、次の点で相違している。
　
（相違点１）本件特許発明１では、検出器として「複数の画素を含む２次元フォーカルプレーンアレイ（ＦＰＡ）検出器」を用いているのに対し、甲第３号証に記載された発明１では「ＭＣＴ検出器」を用いている点。
　
（相違点２）接触領域から反射光を集光し、前記反射光を検出器上に集光させるための手段が、本件特許発明１では「２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に結像させ」ているのに対し、甲第３号証に記載された発明１では「ＭＣＴ検出器に集光させ」ている点。
　
（相違点３）本件特許発明１では、「前記接触領域からの前記反射光は、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光のそれぞれの部分を含んでおり、前記反射光の前記それぞれの部分は集光されて、前記２次元フォーカルプレーンアレイ（ＦＰＡ）検出器のそれぞれの画素上に結像され、前記サンプルの空間的に分解された吸収スペクトルを得ることができるように構成されている」のに対し、甲第３号証に記載された発明１ではそのような構成は備えていない点。
　
（相違点４）本件特許発明１は「画像生成減衰全反射（ＡＴＲ）分光装置」であるのに対し、甲第３号証に記載された発明１は「全反射測定装置」であって、画像生成をするものではない点。
　
７−２．判断
　上記相違点について判断する。
　
　相違点１について。
　甲第２号証には、イメージング分光顕微鏡として、対象物内でそれぞれ複数の空間位置から反射した光の強度をフォーカルプレーンアレイ検出器によって測定することが記載されている。
　ここで、甲第３号証に記載された発明１は赤外吸収スペクトルを求める全反射測定装置であり、甲第２号証に記載された発明１はスペクトル分光イメージング分光顕微鏡であって、いずれも測定対象試料からの反射光に基づくスペクトル分光を行う装置として、同一の技術分野に属するものである。
　そして、試料の測定を高速、広範囲に行うことが測定装置において一般的な課題であること、また単一の検出器によって測定するより、複数の検出器で同時に測定を行う方が、高速、広範囲に測定できることは、当業者であれば当然に有していた知識である。
　してみると、甲第３号証に記載された発明１の全反射測定装置においても、上記の一般的な課題を有することは明らかであり、その課題の解決のために、単一の検出器に代えて複数の検出器を用いようとすることは、当業者であれば容易に想到し得たものであるから、甲第３号証に記載された発明１のＭＣＴ検出器に代えて、同一の技術分野に属する甲第２号証に記載された発明１のフォーカルプレーンアレイ検出器を用いて測定を行おうとすることは、当業者であれば容易に想到し得たものである。
　
　相違点２について。
　上記相違点１について示した点に鑑みれば、相違点２は、接触領域から反射光を集光し、前記反射光を検出器上に集光させるための手段が、本件特許発明１では「結像させ」ているのに対し、甲第３号証に記載された発明１では「集光させ」ている点となる。
　ここで、甲第３号証に記載された発明１で「集光させ」ているのは、「カセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４」からなるカセグレン光学系である。この点に関して、甲第４号証について摘記事項（ク）にカセグレン鏡を介して目視観察を行うことが記載され、また、甲第１４号証について摘記事項（ケ）にカセグレン光学系を介して試料を観察することが記載されるように、カセグレン光学系が結像して集光を行うことは、周知の技術である。
　そうすると、甲第３号証に記載された発明１の「カセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４」が「プリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８を」「集光させる」ことは、全反射光を結像して集光させていることに相当するのは明らかである。
　してみると、相違点２は実質的に相違するものではない。
　
　相違点３について。
　上記相違点２について示したように、甲第３号証に記載された発明１は、全反射光を結像して検出器に集光しているものである。
　ここで、甲第２号証には、摘記事項（キ）に「複数の空間位置から反射した光を、２次元アレイの電荷結合素子からなるフォーカルプレーンアレイ検出器に指向させる手段を有し、前記フォーカルプレーンアレイ検出器の前記電荷結合素子（ＣＣＤ）はそれぞれ複数の空間的位置からの．．．反射光の強度を測定する」と記載されるように、サンプルの複数の空間的位置からの反射光を、フォーカルプレーンアレイ検出器で測定することが示されている。
　そうすると、相違点１について示したように、甲第３号証に記載された発明１のＭＣＴ検出器に代えて、甲第２号証に記載された発明１のフォーカルプレーンアレイ検出器を用いて測定を行った場合、接触領域からの全反射光が結像して検出器に集光されるのであるから、「前記接触領域からの前記反射光は、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光のそれぞれの部分を含んでおり、前記反射光の前記それぞれの部分は集光されて、前記２次元フォーカルプレーンアレイ（ＦＰＡ）検出器のそれぞれの画素上に結像され」ることは明らかである。
　そして、甲第３号証に記載された発明１及び甲第２号証に記載された発明１のいずれも測定対象試料からの反射光に基づくスペクトル分光を行う装置であるから、上記のような構成によって測定を行うことで、「前記サンプルの空間的に分解された吸収スペクトルを得ることができる」ことは明らかである。
　
　相違点４について。
　以上、相違点１乃至３について示した点に鑑みれば、接触領域の別々の点から反射された反射光のそれぞれの部分を２次元フォーカルプレーンアレイ検出器のそれぞれの画素上に結像されるように構成することは容易であるから、甲第３号証に記載された発明１及び甲第２号証に記載された発明１から、画像生成をする全反射測定装置を構成することは、当業者であれば容易に想到し得たものである。
　
　そして、本件特許発明１の作用効果も、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１及び周知技術から当業者であれば予測できる範囲のものである。
　
７−３．まとめ 
　上記のとおり、本件特許発明１は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
７−４．被請求人の主張の検討
　被請求人は答弁書（第３０乃至３６頁）において、「請求項１〜１８の発明は、他の先行技術（甲第２号証〜甲第１８号証）に対して有効であること」を主張している。この点について検討する。
　
７−４−１．「(2-3-1-5)画像形成フーリエ変換赤外線分光法（ＦＴ−ＩＲ）とＡＴＲ顕微鏡の組み合わせは自明でなかったこと」
　上記「７−２．判断」で相違点１について示したように、甲第３号証に記載された発明１と甲第２号証に記載された発明１とは同一の技術分野に属するものであり、また甲第１号証に依拠せずとも、当業者であれば組み合わせの動機付けは有していたものである。
　また、ねじ回しの例示による主張（答弁書３１頁（い））は、本件とどのような関わりがあるのか不明であり、組み合わせの動機付けがないとの根拠として参酌するに足りるものではない。
　さらに、ＡＴＲ分光装置の収差に関する主張（答弁書３１頁（う））に関して、本件特許明細書には、【００１４】段落にＩＲＥの形状と光学収差量とについての記載はあるものの、ＡＴＲ分光装置の収差に関して何ら記載しておらず、またフォーカルプレーンアレイ検出器を用いることでＡＴＲ分光装置の収差の悪影響を受けないことについては一切記載されておらず、被請求人の主張を参酌することはできない。
　そして、検出器上の光の空間分布とサンプルの空間分布との相関性（答弁書３２頁（え））について、上記「７−２．判断」で相違点３について示したように、甲第３号証に記載された発明１と甲第２号証に記載された発明１との組み合わせにより、接触領域の別々の点から反射された反射光のそれぞれの部分は、２次元フォーカルプレーンアレイ（ＦＰＡ）検出器のそれぞれの画素上に結像されるものであるから、被請求人が主張するような作用効果は当業者であれば予測できる範囲のものである。
　
７−４−２．「(2-3-1-6)甲第７号証から甲第１０号証について」
　被請求人は、甲第７号証から甲第１０号証には二次元アレイ検出器を用いた減衰全反射（ＡＴＲ）分光法に関する技術を開示していない旨主張している。
　しかし、上記「７−２．判断」で示したように、甲第７乃至第１０号証を参照せずとも、当業者であれば甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１及び周知技術に基づいて本件特許発明１を想到し得たものであり、また、甲第７乃至第１０号証がこの様な組み合わせを阻害する理由を示しているものとも認められない。
　
７−４−３．被請求人の平成２０年５月２９日付け上申書における主張
　被請求人は、平成２０年５月２９日付け上申書（第１０頁（３−３）（い））において、ＡＴＲ分光法は、収差が大きいので、イメージングＦＴ−ＩＲをＡＴＲ測定法に組み込む動機付けを否定するものである旨、主張している。しかし、上記「７−２．判断」で相違点２について示したように、甲第３号証に記載された発明１のカセグレン光学系は結像して集光するものであるから、収差の大小にかかわらず、そのような結像光学系を１点での光の検出ではなく、像としての光の検出に適用しようとすることが、当業者にとって特段困難であったとは認められず、そして、上記相違点１について示したように、甲第３号証に記載された発明１のＭＣＴ検出器に代えて、甲第２号証に記載された発明１のフォーカルプレーンアレイ検出器を用いて測定を行おうとすることが、当業者において想到困難であったとは認められない。
　
８．本件特許発明２について
　本件特許発明２は本件特許発明１を引用し、「前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器に結合されており、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器から画像情報を得るための信号処理装置をさらに備えた」との限定を付したものである。
　この点について、甲第２号証の摘記事項（オ）に、「フォーカルプレーンアレイ検出器４６は多数の個別の位置での入射光の強度を測定でき、受信した情報を記憶又は分析のためにコンピュータ又は類似の装置に転送することができる」と記載されている。このような「コンピュータ又は類似の装置」は、本件特許発明２の「信号処理装置」に相当するものであり、上記本件特許発明１について示したように、甲第３号証に記載された発明１と甲第２号証に記載された発明１との組み合わせを考える際、このような「コンピュータ又は類似の装置」もあわせて甲第３号証に記載された発明１に組み合わせることは、当業者であれば容易に想到し得たものである。
　そうすると、本件特許発明２は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
９．本件特許発明３について
　本件特許発明３は本件特許発明１を引用し、「光を差し向け、かつ、集光するための前記手段が、一つまたはそれ以上のレンズ素子からなり、前記反射光を集光し、反射光を結像させるための前記手段が、一つまたはそれ以上のレンズ素子からなる」との限定を付したものである。
　この点について、甲第２号証の摘記事項（エ）に「この顕微鏡は１０Ｘ（Ｎ．Ａ．０．３０）プランアクロマチックレンズ３２と２．５Ｘプロゼクションアイピース４０、４２とを有している」と、また摘記事項（カ）に「それから固定ミラー２０によって反射された光は集光レンズ２２を通過する。集光レンズ２２はサンプル３５内の各点でサンプルに達する光の強度が均一になるように光の強度を保証する。集光レンズ２２を通過した後、光は５０／５０ビームスプリッタによってＸＹステージ２６の方向に反射される。．．．それから光はサンプル３５に反射されて、光を拡大する対物レンズ３２を通過する。
．．．
スペクトルイメージングの場合、光は方向変換ミラー２５によってシングルポイント検出器４４からレンズ３６に向かうように反射される。レンズ３６は集光された光の中間像を形成する。」と、それぞれ記載されるように、サンプルに光を照射するために集光レンズ２２と対物レンズ３２を、サンプルからの反射光を集光して像を形成するために対物レンズ３２とレンズ３６とを用いることが示されている。
　甲第３号証に記載された発明１においては、入射光及び反射光に対してカセグレン光学系を適用しているが、光学系をどのように設計するかは当業者において適宜のものを採用すべきであって、甲第３号証に記載された発明１におけるカセグレン光学系に代えて、甲第２号証に示されるようなレンズを用いた光学系を採用して、本件特許発明３とすることは、当業者であれば容易に為し得たものである。
　
１０．本件特許発明４について
　本件特許発明４は本件特許発明１を引用し、「光を差し向け、集光するための前記手段が、一つまたはそれ以上の反射素子からなり、前記反射光を集光し、反射光を結像させるための前記手段が、一つまたはそれ以上の反射素子からなる」との限定を付したものである。
　この点について、甲第３号証に記載された発明１における「カセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４」は、反射素子からなるものである。
　そうすると、本件特許発明４は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
１１．本件特許発明５について
１１−１．当審の判断
　本件特許発明５は本件特許発明１を引用し、「前記ＩＲＥの前記後面は凸面状であり、球の曲率を有し、前記曲率の中心が前記ＩＲＥの前記前面に位置する」との限定を付したものである。
　この点について、甲第１７号証に記載された発明は「内反射分光学に用いられる内反射体(IRE)として、基体からなり、この基体は半球上部２を含み、反対側に対面する切頭半球部３はそれと共に一体に形成されており、切頭半球部３は湾曲凸サンプル接触面４を規定し、半球部２の半径Ｒ1 の中心はサンプル面の中心にある内反射体」であって、このようなＩＲＥは、半球上部が凸面状であり球の曲率を有し、その曲率の中心が半球上部と反対側に対面する切頭半球部の接触面にあるものであるから、本願特許発明５による限定を有するＩＲＥに相当する。
　そして、このようなＩＲＥは内反射分光学に用いられるものであるから、全反射測定を行う際に用いられるものである。
　そうすると、甲第３号証に記載された発明１における全反射プリズムとして、甲第１７号証に記載された発明のＩＲＥを採用することは、当業者において適宜に為し得たものである。
　してみると、本件特許発明５は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１、甲第１７号証に記載された発明及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
１１−２．被請求人の主張の検討
　被請求人は答弁書（第３６乃至３７頁）において、甲第１７号証の発明を甲第１号証の発明と組み合わせることについては無理がある旨、主張している。この点について、甲第１７号証に記載された発明と甲第３号証に記載された発明１との組み合わせに対する主張として検討する。
　まず、被請求人は甲第１７号証に記載されたＩＲＥの前面形状に関して主張しているが、本件特許発明５はＩＲＥの前面形状について何ら規定するものではなく、当該主張は本件特許発明５の構成に基づくものではない。
　また、被請求人は、甲第１７号証に記載されたＩＲＥの前面形状が凸面状であるので、サンプルを走査するものである甲第１号証の発明とは組み合わせられない旨及び甲第１７号証に記載されたＩＲＥを甲第１号証に記載されている顕微鏡に使用しても、検出器の前に位置決めされたピンホール又はスリットにより、接触領域の別々の部分から反射された光を検出できない旨、主張しているが、上記「７．本件特許発明１について」で示したように、甲第３号証に記載された発明１と甲第２号証に記載された発明１とを組み合わせることで、接触領域からの全反射光を結像して検出できるのであるから、サンプルを走査する必然性はなくまた接触領域の別々の部分から反射された光を検出できるものとなるから、被請求人の主張は失当である。
　以上のとおり、被請求人の主張について、参酌すべき理由はない。
　
１２．本件特許発明６について
１２−１．当審の判断
　本件特許発明６は本件特許発明１を引用し、「前記ＩＲＥの前記前面は凸面状であり、球の曲率を有し、前記曲率の半径が後面半径よりも実質的に長い」との限定を付したものである。
　この点について、甲第１７号証には、上記「１１．本件特許発明５について」で示した点に加えて、摘記事項（サ）に「Ｒ1 は約３mmであり、Ｒ2 は約 12.85mmである」例が示されている。このような形状のＩＲＥは、本願特許発明６による限定を有するＩＲＥに相当する。
　してみると、上記「１１．本件特許発明５について」で示したのと同様、本件特許発明６は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１、甲第１７号証に記載された発明及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
１２−２．被請求人の主張の検討
　被請求人は答弁書（第３７乃至３８頁）において、甲第１７号証の発明を甲第１号証の発明と組み合わせることについては無理がある旨、主張している。この点について、甲第１７号証に記載された発明と甲第３号証に記載された発明１との組み合わせに対する主張として検討すると、上記「１１−２．被請求人の主張の検討」にて示したとおりであり、被請求人の主張は失当である。
　また、甲第１７号証に記載された発明を、甲第３号証に記載された発明１と組み合わせることを阻害する理由があるとも認められない。
　以上のとおり、被請求人の主張について、参酌すべき理由はない。
　
１３．本件特許発明７について
　本件特許発明７は本件特許発明１を引用し、「前記スペクトル選択素子が、前記光源と前記ＩＲＥの間に配置され、光のスペクトル多重入射ビームを生成して、前記ＩＲＥに供給する干渉計により構成された」との限定を付したものである。
　この点について、甲第３号証に記載された発明１は「前記赤外光源１５０から出射された光束から赤外干渉光を生成するマイケルソン干渉計１５２」を有しており、このマイケルソン干渉計は、本件特許発明７における干渉計に相当するものである。
　そうすると、本件特許発明７は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
１４．本件特許発明８について
１４−１．対比
　本件特許発明８と甲第３号証に記載された発明１とを対比する。
　上記「７−１．対比」にて、本件特許発明１と甲第３号証に記載された発明１とを対比した際に考慮した点に鑑みると、甲第３号証に記載された発明１の「赤外光源１５０」、「その先端部が平頭面１１２ａを形成しており、その基部が凸曲面を形成しており、該平頭面１１２ａが被測定液１１０に浸漬されるようになっている全反射プリズム１１２」、「カセグレン副鏡１２４及びカセグレン主鏡１２２」及び「前記赤外光源１５０から出射された光束から赤外干渉光を生成するマイケルソン干渉計１５２」は、それぞれ本件特許発明８の「光源」、「前面と後面とを有し、前記前面が検査中のサンプルと係合する接触領域を含んだ内部反射素子（ＩＲＥ）」、「前記前面における前記入力ビームの入射角が前記ＩＲＥの臨界角以上になるように、前記ＩＲＥの前記後面を介して、前記接触領域の方に、前記入力ビームを差し向けるように配置された第１光学系」及び「前記光源と」検出器「の間を伝わる光を捕捉し、捕捉された光のスペクトル選択変調を実行するように結合された干渉計」に相当する。
　また、甲第３号証に記載された発明１の「ＭＣＴ検出器１６２」と、本件特許発明８の「２次元フォーカルプレーンアレイ検出器」とは、吸収スペクトルを得るための「検出器」である点で共通している。
　そして、甲第３号証に記載された発明１の「プリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８をＭＣＴ検出器１６２に集光させるカセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４」は、該全反射光が被測定液と接触している平頭面１１２ａの領域から発せられることは明らかであるから、本件特許発明８の「前記接触領域から反射光を集光し、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に、反射光を結像させるように配置されていて、前記接触領域のそれぞれの別々の点から反射された光を、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器の別々の画素上に結像させるように構成された第２光学系」と、「前記接触領域から反射光を集光し、前記反射光を検出器上に集光させるための手段」である点で共通している。
　また、甲第３号証に記載された発明１の「全反射測定装置」と、本件特許発明８の「画像生成減衰全反射（ＡＴＲ）分光装置」とは、「全反射（ＡＴＲ）測定装置」である点で共通している。
　そうすると、本件特許発明８と甲第３号証に記載された発明１とは、
「光源と、前面と後面とを有し、前記前面が検査中のサンプルと係合する接触領域を含んだ内部反射素子（ＩＲＥ）と、検出器と、前記前面における前記入力ビームの入射角が前記ＩＲＥの臨界角以上になるように、前記ＩＲＥの前記後面を介して、前記接触領域の方に、前記入力ビームを差し向けるように配置された第１光学系と、前記接触領域から反射光を集光し、前記反射光を検出器上に集光させるための手段と、前記光源と前記検出器の間を伝わる光を捕捉し、捕捉された光のスペクトル選択変調を実行するように結合された干渉計と、を有する、減衰全反射（ＡＴＲ）分光装置。」
である点で一致し、次の点で相違している。
　
（相違点１）本件特許発明８では、検出器として「２次元フォーカルプレーンアレイ検出器」を用いているのに対し、甲第３号証に記載された発明１では「ＭＣＴ検出器」を用いている点。
　
（相違点２）接触領域から反射光を集光し、前記反射光を検出器上に集光させるための手段が、本件特許発明８では「２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に、反射光を結像させるように配置されていて、前記接触領域のそれぞれの別々の点から反射された光を、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器の別々の画素上に結像させるように構成された第２光学系」であるのに対し、甲第３号証に記載された発明１では「ＭＣＴ検出器に集光させ」るものである点。
　
（相違点３）本件特許発明８は「画像生成減衰全反射（ＡＴＲ）分光装置」であるのに対し、甲第３号証に記載された発明１は「全反射測定装置」であって、画像生成をするものではない点。
　
１４−２．判断
　上記相違点について判断する。
　
　相違点１について。
　上記「７−２．判断」にて、本件特許発明１に関して相違点１について示したのと同様に、甲第３号証に記載された発明１のＭＣＴ検出器に代えて、同一の技術分野に属する甲第２号証に記載された発明１のフォーカルプレーンアレイ検出器を用いて測定を行おうとすることは、当業者であれば容易に想到し得たものである。
　
　相違点２について。
　上記「７−２．判断」にて、本件特許発明１に関して相違点２及び３について示した点を考慮すると、まず甲第３号証に記載された発明１で「集光させ」ていることは、実質的に全反射光を結像して集光させているものである。
　また、相違点１について示したように、甲第３号証に記載された発明１のＭＣＴ検出器に代えて、甲第２号証に記載された発明１のフォーカルプレーンアレイ検出器を用いて測定を行った場合、接触領域からの全反射光が結像して検出器に集光されるのであるから、甲第３号証に記載された発明１の「プリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８をＭＣＴ検出器１６２に集光させるカセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４」が「２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に、反射光を結像させるように配置されていて、前記接触領域のそれぞれの別々の点から反射された光を、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器の別々の画素上に結像させるように構成され」ることは明らかである。
　
　相違点３について。
　以上、相違点１及び２について示した点に鑑みれば、甲第３号証に記載された発明１及び甲第２号証に記載された発明１から、画像生成をする全反射測定装置を構成することは、当業者であれば容易に想到し得たものである。
　
１４−３．まとめ 
　上記のとおり、本件特許発明８は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
１４−４．被請求人の主張の検討
　被請求人は答弁書（第３９頁）において、本件特許発明８は、上記相違点２として示した点が甲第１号証から甲第６号証に示されていない旨主張している。
　この点については、上記「１４−２．判断」にて、相違点２について示したとおりであり、被請求人の主張について、参酌すべき理由はない。
　
１５．本件特許発明９について
　本件特許発明９は本件特許発明８を引用し、「前記干渉計が、ビーム・スプリッタと、少なくとも一つの固定ミラーと、少なくとも一つの可動ミラーとを含んでいる」との限定を付したものである。
　この点について、甲第３号証に記載された発明１は「マイケルソン干渉計１５２」を備えている。マイケルソン干渉計が、ビームスプリッタと、固定ミラーと、可動ミラーとから構成されることは、当業者には明らかである。
　そうすると、本件特許発明９は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
１６．本件特許発明１０について
　本件特許発明１０は本件特許発明８を引用し、「前記光源が、広帯域赤外線光源からなる」との限定を付したものである。
　この点について、甲第３号証に記載された発明１は「赤外光源１５０」を用いている。また、甲第３号証に記載された発明１は「前記赤外光源１５０から出射された光束から赤外干渉光を生成するマイケルソン干渉計１５２」を用いて赤外干渉光を生成し、「ＭＣＴ検出器１６２からの光強度信号を読取り、公知の信号処理を行って赤外吸収スペクトルを求める信号処理装置」によって赤外吸収スペクトルを求めており、このような手法はＦＴ−ＩＲとして当業者に周知の技術であって、その際に用いられる赤外光源は一般に広帯域のものである。すると、甲第３号証に記載された発明１の赤外光源は、広帯域赤外線光源であることは、当業者には明らかである。
　そうすると、本件特許発明１０は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
１７．本件特許発明１１について
　本件特許発明１１は本件特許発明８を引用し、「前記第１光学系が、一つまたはそれ以上のレンズ素子からなり、前記第２光学系が、一つまたはそれ以上のレンズ素子からなる」との限定を付したものである。
　この点については、上記「９．本件特許発明３について」にて示したのと同様に、甲第３号証に記載された発明１におけるカセグレン光学系に代えて、甲第２号証に示されるようなレンズを用いた光学系を採用して、本件特許発明１１とすることは、当業者であれば容易に為し得たものである。
　
１８．本件特許発明１２について
　本件特許発明１２は本件特許発明８を引用し、「前記第１光学系が、一つまたはそれ以上の反射素子からなり、前記第２光学系が、一つまたはそれ以上の反射素子からなる」との限定を付したものである。
　この点については、上記「１０．本件特許発明４について」にて示したのと同様に、甲第３号証に記載された発明１における「カセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４」は、反射素子からなるものであって、本件特許発明１２は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
１９．本件特許発明１３について
　本件特許発明１３は本件特許発明８を引用し、「前記ＩＲＥの前記後面が、凸面状で球の曲率を有し、前記曲率の中心が前記ＩＲＥの前記前面に位置する」との限定を付したものである。
　この点については、上記「１１．本件特許発明５について　１１−１．当審の判断」にて示したのと同様に、甲第３号証に記載された発明１における全反射プリズムとして、甲第１７号証に記載された発明のＩＲＥを採用することは、当業者において適宜に為し得たものであって、本件特許発明１３は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１、甲第１７号証に記載された発明及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
２０．本件特許発明１４について
２０−１．当審の判断
　本件特許発明１４は本件特許発明１３を引用し、「前記ＩＲＥの前記前面が、凸面状であり、かつ球の曲率を有し、前記曲率の半径が、後面の半径よりも実質的に長い」との限定を付したものである。
　この点については、上記「１２．本件特許発明６について　１２−１．当審の判断」にて示したのと同様に、本件特許発明１４は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１、甲第１７号証に記載された発明及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
２０−２．被請求人の主張の検討
　被請求人は答弁書（第４０頁）において、本願特許発明１４はＩＲＥの前面が凸面状である点を主張している。
　しかし、この点については、上記「２０−１．当審の判断」で示したとおりであり、被請求人の主張について、参酌すべき理由はない。
　
２１．本件特許発明１５について
２１−１．対比
　本件特許発明１５と甲第３号証に記載された発明２とを対比する。
　甲第３号証に記載された発明２の「プリズム１１２」及び「被測定液１１０」は、本件特許発明１５の「ＡＴＲ結晶体」及び「サンプル」に相当するものであり、甲第３号証に記載された発明２において、プリズム１１２の平頭面１１２ａを被測定液１１０に僅かに浸漬させることで、プリズムと被測定液との間の接触領域が定められることは明らかであるから、甲第３号証に記載された発明２の「プリズム１１２の平頭面１１２ａを、シャーレ１４２上に採取した被測定液１１０に僅かに浸漬させ」ることは、本件特許発明１５の「サンプルの一部分にわたり、かつ前記サンプルに接触して、ＡＴＲ結晶体を配置させて、前記ＡＴＲ結晶体と前記サンプルの間の接触領域を定める段階」に相当する。
　また、甲第３号証に記載された発明２の「該被測定液１１０とプリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８が形成され」るように「光源からの入射光１５６」を「被測定液１１０上に照射」することは、プリズムの臨界角以上の入射角度で入射角度を臨界面に照射していることは明らかであるから、甲第３号証に記載された発明２の「光源からの入射光１５６はカセグレン副鏡１２４、カセグレン主鏡１２２及びプリズム１１２を介して被測定液１１０上に照射され、該被測定液１１０とプリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８が形成され」ることは、本件特許発明１５の「光源から発する光のビームを、前記ＡＴＲ結晶体を介して、前記ＡＴＲ結晶体の臨界角以上の入射角度で、前記接触領域に差し向けることにより、前記接触領域を照射する段階」に相当する。
　そして、甲第３号証に記載された発明２において「該プリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８は、カセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４及び固定鏡１６０によってＭＣＴ検出器１６２に集光され」ることは、「該プリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８」を集光する段階と、該集光した光を「ＭＣＴ検出器１６２に集光」する段階を含むものであり、甲第３号証に記載された発明２の「ＭＣＴ検出器１６２」と、本件特許発明２の「検出器の２次元アレイ」とは、「検出器」である点で共通しているから、この前者の段階は、本件特許発明１５の「前記接触領域からの反射光を集光する段階」に相当し、後者の段階は、本件特許発明１５の「前記接触領域からの前記反射光を、検出器の２次元アレイ上に結像させて、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光の前記それぞれの部分を、前記検出器の２次元アレイのそれぞれの別々の画素上に結像させる段階」と、「前記接触領域からの反射光を、検出器に集光させる段階」である点で共通している。
　さらに、甲第３号証に記載された発明２において「赤外光源１５０から出射された光束はマイケルソン干渉計１５２に導光して赤外干渉光を生成されている」ことは、「該ＭＣＴ検出器１６２でその光強度が検出され、その検出信号が信号処理装置１６４に供給され、公知の信号処理を行って赤外吸収スペクトルを求められ」ることと共に、被測定液の赤外吸収スペクトルを求めるためのものであり、該「マイケルソン干渉計１５２」は、本件特許発明１５の「波長選択素子」に相当するものであるから、甲第３号証に記載された発明２の「赤外光源１５０から出射された光束はマイケルソン干渉計１５２に導光して赤外干渉光を生成されている」ことは、本件特許発明１５の「前記光源と前記検出器の２次元アレイとの間に、波長選択素子を置いて、前記接触領域の異なった位置におけるスペクトル情報を与える段階」と、「前記光源と前記検出器との間に、波長選択素子を置いて、前記接触領域のスペクトル情報を与える段階」である点で共通している。
　また、甲第３号証に記載された発明２の「全反射測定方法」は、被測定液の赤外吸収スペクトルを求めるためのものであるから、本件特許発明１５の「サンプルのスペクトル吸収画像を得る方法」と、「サンプルのスペクトル吸収を得る方法」である点で共通している。
　そうすると、本件特許発明１５と甲第３号証に記載された発明２とは、
「サンプルのスペクトル吸収を得る方法であって、
　サンプルの一部分にわたり、かつ前記サンプルに接触して、ＡＴＲ結晶体を配置させて、前記ＡＴＲ結晶体と前記サンプルの間の接触領域を定める段階と、
　光源から発する光のビームを、前記ＡＴＲ結晶体を介して、前記ＡＴＲ結晶体の臨界角以上の入射角度で、前記接触領域に差し向けることにより、前記接触領域を照射する段階と、
　前記接触領域からの反射光を集光する段階と、
　前記接触領域からの反射光を、検出器に集光させる段階と、
　前記光源と前記検出器との間に、波長選択素子を置いて、前記接触領域のスペクトル情報を与える段階と、
を含む、サンプルのスペクトル吸収を得る方法。」
である点で一致し、次の点で相違している。
　
（相違点１）本件特許発明１５では、検出を行うために「検出器の２次元アレイ」を用いているのに対し、甲第３号証に記載された発明２では「ＭＣＴ検出器」を用いている点。
　
（相違点２）「接触領域からの反射光を集光する段階」が、本件特許発明１５では「前記反射光は、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光のそれぞれの部分を含んで」いるのに対し、甲第３号証に記載された発明２ではそのような特定はされていない点。
　
（相違点３）「前記接触領域からの反射光を、検出器に集光させる段階」が、本件特許発明１５では「前記接触領域からの前記反射光を、検出器の２次元アレイ上に結像させて、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光の前記それぞれの部分を、前記検出器の２次元アレイのそれぞれの別々の画素上に結像させる段階」であるのに対し、甲第３号証に記載された発明２ではそのような特定はされていない点。
　
（相違点４）「前記光源と前記検出器との間に、波長選択素子を置いて、前記接触領域のスペクトル情報を与える段階」について、本件特許発明１５では検出器が「検出器の２次元アレイ」であって、前記接触領域の「異なった位置における」スペクトル情報を与えるものであるのに対し、甲第３号証に記載された発明２では検出器はＭＣＴ検出器であり、スペクトル情報についての特定はされていない点。
　
（相違点５）本件特許発明１５は「サンプルのスペクトル吸収画像を得る方法」であるのに対し、甲第３号証に記載された発明２にはスペクトル吸収画像を得ることについては記載されていない点。
　
２１−２．判断
　上記相違点について判断する。
　
　相違点１について。
　甲第２号証に記載された発明２は、イメージング分光方法として、対象物内でそれぞれ複数の空間位置から反射した光の強度をフォーカルプレーンアレイ検出器によって測定するものである。このフォーカルプレーンアレイ検出器が、検出器の２次元アレイであることは、当業者には明らかである。
　そして、「７−２．判断」で相違点１について示したのと同様の趣旨により、甲第３号証に記載された発明２のＭＣＴ検出器を用いて検出することに代えて、同一の技術分野に属する甲第２号証に記載された発明２の検出器の２次元アレイを用いて検出を行おうとすることは、当業者であれば容易に想到し得たものである。
　
　相違点２及び３について。
　「７−２．判断」で相違点２及び３について示した点に鑑みれば、上記相違点１について示したように、甲第３号証に記載された発明２のＭＣＴ検出器を用いて検出することに代えて、甲第２号証に記載された発明２の２次元アレイを用いて検出を行った場合、接触領域からの全反射光が結像して２次元アレイに集光されることとなるから、「前記反射光は、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光のそれぞれの部分を含んで」いるものとなり、「前記接触領域からの前記反射光を、検出器の２次元アレイ上に結像させて、前記接触領域の別々の点から反射された前記反射光の前記それぞれの部分を、前記検出器の２次元アレイのそれぞれの別々の画素上に結像させる」ものとなることは明らかである。
　
　相違点４について。
　上記相違点２及び３について示したのと同様に、甲第３号証に記載された発明２のＭＣＴ検出器を用いて検出することに代えて、甲第２号証に記載された発明２の２次元アレイを用いて検出を行った場合、前記接触領域の異なった位置におけるスペクトル情報を与えるものとなることは明らかである。
　
　相違点５について。
　以上、相違点１乃至４について示した点に鑑みれば、接触領域の別々の点から反射された反射光のそれぞれの部分を、検出器の２次元アレイのそれぞれの別々の画素上に結像させるように構成することは容易であるから、甲第３号証に記載された発明２及び甲第２号証に記載された発明２から、サンプルのスペクトル吸収画像を得る方法を構成することは、当業者であれば容易に想到し得たものである。
　
　そして、本件特許発明１５の作用効果も、甲第３号証に記載された発明２、甲第２号証に記載された発明２及び周知技術から当業者であれば予測できる範囲のものである。
　
２１−３．まとめ 
　上記のとおり、本件特許発明１５は、甲第３号証に記載された発明２、甲第２号証に記載された発明２及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
２１−４．被請求人の主張の検討
　被請求人は答弁書（第４０乃至４４頁）において、本件特許発明１５は甲第１乃至第６、第１３乃至第１６及び第１８号証などに記載された発明を参酌しても、容易に発明をすることができない旨、主張している。この点について検討する。
　しかし、当該主張は甲第１号証及び甲第１８号証に基づくものであって、上記の判断を左右するものではなく、また、甲第１号証及び甲第１８号証が上記の判断における組み合わせを阻害する理由を示しているものとも認められないことから、被請求人の主張を参酌すべき理由はない。
　
２２．本件特許発明１６について
　本件特許発明１６は本件特許発明１５を引用し、「検出器の前記二次元アレイにより収集されたデータをスペクトル吸収画像に変換する段階を更に含む」との限定を付したものである。
　この点について、甲第３号証に記載された発明２は「ＭＣＴ検出器１６２でその光強度が検出され、その検出信号が信号処理装置１６４に供給され、公知の信号処理を行って赤外吸収スペクトルを求められ」るものであり、検出器により収集されたデータをスペクトル吸収に変換することは行われている。そして、上記「２１−２．判断」で相違点１について示したように、甲第３号証に記載された発明２のＭＣＴ検出器を用いて検出することに代えて、甲第２号証に記載された発明２の検出器の２次元アレイを用いて検出を行おうとした際、検出器からの信号処理も検出器に応じたものとすることは当業者であれば当然に配慮すべき事項であり、検出器の２次元アレイで検出した信号を処理する際、その処理結果を画像に変換することは、当業者であれば適宜に為し得たものである。
　そうすると、本件特許発明１６は、甲第３号証に記載された発明２、甲第２号証に記載された発明２及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
２３．本件特許発明１７について
　本件特許発明１７は本件特許発明１６を引用し、「前記変換する段階が、前記２次元アレイ検出器から強度情報を検索し、前記強度情報のフーリエ変換表現を演算することにより、データを変換する」との限定を付したものである。
　この点について、甲第３号証に記載された発明２は、「赤外光源１５０から出射された光束はマイケルソン干渉計１５２に導光して赤外干渉光を生成されて」おり、「ＭＣＴ検出器１６２でその光強度が検出され、その検出信号が信号処理装置１６４に供給され、公知の信号処理を行って赤外吸収スペクトルを求められ」るものであって、この様な手法はＦＴ−ＩＲとして当業者に周知の技術であって、検出器からの信号を、フーリエ変換によってスペクトルに変換するものである。
　そして、上記「２１−２．判断」で相違点１について示したように、甲第３号証に記載された発明２のＭＣＴ検出器を用いて検出することに代えて、甲第２号証に記載された発明２の検出器の２次元アレイを用いて検出を行おうとした際、検出器からの信号処理も検出器に応じたものとすることは当業者であれば当然に配慮すべき事項であり、検出器の２次元アレイで検出した信号を、フーリエ変換によってスペクトルに変換することは、当業者であれば適宜に為し得たものである。
　そうすると、本件特許発明１７は、甲第３号証に記載された発明２、甲第２号証に記載された発明２及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
２４．本件特許発明１８について
２４−１．対比
　本件特許発明１８と甲第３号証に記載された発明１とを対比する。
　上記「７−１．対比」にて、本件特許発明１と甲第３号証に記載された発明１とを対比した際に考慮した点に鑑みると、甲第３号証に記載された発明１の「赤外光源１５０」及び「前記赤外光源１５０から出射された光束から赤外干渉光を生成するマイケルソン干渉計１５２」は、それぞれ本件特許発明１８の「光源」及び「前記光源と」検出器「の間を伝わる光を捕捉し、捕捉された光のスペクトル選択変調を実行するように結合された干渉計」に相当する。
　また、甲第３号証に記載された発明１の「その先端部が平頭面１１２ａを形成しており、その基部が凸曲面を形成しており、該平頭面１１２ａが被測定液１１０に浸漬されるようになっている全反射プリズム１１２」は、本件特許発明１８の「凸面状前面と後面とを有し、前記前面が検査中のサンプルと係合する接触領域を含んだ内部反射素子（ＩＲＥ)」と、「前面と後面とを有し、前記前面が検査中のサンプルと係合する接触領域を含んだ内部反射素子（ＩＲＥ)」である点で共通し、甲第３号証に記載された発明１の「ＭＣＴ検出器１６２」と、本件特許発明１８の「２次元フォーカルプレーンアレイ検出器」とは、吸収スペクトルを得るための「検出器」である点で共通している。
　そして、甲第３号証に記載された発明１の「カセグレン副鏡１２４及びカセグレン主鏡１２２」は、プリズム１１２を介して該入射光１５６を被測定液１１０上に照射し、かつプリズム１１２の臨界面からの全反射光１５８をＭＣＴ検出器１６２に集光させるためのものであるから、本件特許発明１８の「前記ＩＲＥが焦点に位置する顕微鏡対物レンズ」であって、「前記顕微鏡対物レンズが、前記ＩＲＥの前記後面を介して、前記接触領域に向けて、前記光の入力ビームの焦点を合わせ、反射光を集光」するように「位置決めされ、かつ構成されて」いるものに相当し、また、甲第３号証に記載された発明１の「固定鏡１５４」は、本件特許発明１８の「光の前記入力ビームを、前記顕微鏡対物レンズに差し向けるための手段」に相当する。
　さらに、甲第３号証に記載された発明１の「全反射測定装置」と、本件特許発明１８の「画像生成減衰全反射（ＡＴＲ）超小型分光装置」とは、「全反射（ＡＴＲ）測定装置」である点で共通している。
　そうすると、本件特許発明１８と甲第３号証に記載された発明１とは、
「光源と、前面と後面とを有し、前記前面が検査中のサンプルと係合する接触領域を含んだ内部反射素子（ＩＲＥ)と、検出器と、前記ＩＲＥが焦点に位置する顕微鏡対物レンズと、光の前記入力ビームを、前記顕微鏡対物レンズに差し向けるための手段とを有し、前記顕微鏡対物レンズが、前記ＩＲＥの前記後面を介して、前記接触領域に向けて、前記光の入力ビームの焦点を合わせ、反射光を集光するように、位置決めされ、かつ構成されており、さらに、前記光源と前記検出器の間を伝わる光を捕捉し、捕捉された光のスペクトル選択変調を実行するように結合された干渉計を備えた、減衰全反射（ＡＴＲ）分光装置。」である点で一致し、次の点で相違している。
　
（相違点１）内部反射素子（ＩＲＥ)が、本件特許発明１８では「凸面状前面」を有するのに対し、甲第３号証に記載された発明１ではその先端部が平頭面１１２ａを形成している点。
　
（相違点２）本件特許発明１８では、検出器として「２次元フォーカルプレーンアレイ検出器」を用いているのに対し、甲第３号証に記載された発明１では「ＭＣＴ検出器」を用いている点。
　
（相違点３）本件特許発明１８では、「結像光学素子」を有し、顕微鏡対物レンズが、「反射光を、前記結像光学素子に差し向けるように」位置決めされ、かつ構成されると共に、「前記結像光学素子が、前記反射光を前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に結像させて、前記接触領域のそれぞれの別々の点から反射されて集光された光を、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器のそれぞれの別々の画素上に結像させるように構成されて」いるのに対し、甲第３号証に記載された発明１では結像光学素子について明記されていない点。
　
（相違点４）本件特許発明１は「画像生成減衰全反射（ＡＴＲ）超小型分光装置」であるのに対し、甲第３号証に記載された発明１は「全反射測定装置」であって、画像生成をするものではなく、超小型についても記載がない点。
　
２４−２．判断
　上記相違点について判断する。
　
　相違点１について。
　上記「１２．本件特許発明６について　１２−１．当審の判断」にて示したように、ＩＲＥの前面が凸面状であるようなものは、甲第１７号証に記載されている。そして、甲第３号証に記載された発明１における全反射プリズムとして、このようなＩＲＥを採用することは、当業者において適宜に為し得たものである。
　
　相違点２について。
　上記「７−２．判断」にて、本件特許発明１に関して相違点１について示したのと同様に、甲第３号証に記載された発明１のＭＣＴ検出器に代えて、同一の技術分野に属する甲第２号証に記載された発明１のフォーカルプレーンアレイ検出器を用いて測定を行おうとすることは、当業者であれば容易に想到し得たものである。
　
　相違点３について。
　上記「７−２．判断」にて、本件特許発明１に関して相違点２について示したように、甲第３号証に記載された発明１の「カセグレン主鏡１２２、カセグレン副鏡１２４」は、全反射光を結像して検出器上に集光させているものである。このように、甲第３号証に記載された発明１では結像する手段を既に有していることから、結像光学素子について特に記載はしていないが、甲第２号証の摘記事項（カ）に「それから固定ミラー２０によって反射された光は集光レンズ２２を通過する。集光レンズ２２はサンプル３５内の各点でサンプルに達する光の強度が均一になるように光の強度を保証する。集光レンズ２２を通過した後、光は５０／５０ビームスプリッタによってＸＹステージ２６の方向に反射される。．．．それから光はサンプル３５に反射されて、光を拡大する対物レンズ３２を通過する。
．．．
スペクトルイメージングの場合、光は方向変換ミラー２５によってシングルポイント検出器４４からレンズ３６に向かうように反射される。レンズ３６は集光された光の中間像を形成する。」と記載されるように、サンプルからの反射光を集光して像を形成するために、対物レンズ３２とレンズ３６とを用いることは、当業者であれば必要に応じて為し得た程度のものであり、甲第３号証に記載された発明１において、像を形成するような光学素子を備えるような光学系を採用することは、当業者において適宜に為し得たものである。
　そして、そのような光学系を構成した際に、上記「７−２．判断」にて、本件特許発明１に関して相違点３について示した点に鑑みれば、上記相違点２について示したように、甲第３号証に記載された発明１のＭＣＴ検出器に代えて、甲第２号証に記載された発明１のフォーカルプレーンアレイ検出器を用いて測定を行った場合、接触領域からの全反射光が結像して検出器に集光されるのであるから、「前記結像光学素子が、前記反射光を前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器上に結像させて、前記接触領域のそれぞれの別々の点から反射されて集光された光を、前記２次元フォーカルプレーンアレイ検出器のそれぞれの別々の画素上に結像させるように構成され」るものとなることは明らかである。
　
　相違点４について。
　以上、相違点１乃至３について示した点に鑑みれば、接触領域のそれぞれの別々の点から反射されて集光された光を、２次元フォーカルプレーンアレイ検出器のそれぞれの別々の画素上に結像させるように構成することは容易であるから、甲第３号証に記載された発明１及び甲第２号証に記載された発明１から、画像生成をする全反射測定装置を構成することは、当業者であれば容易に想到し得たものである。
　また、「超小型」の点について、本件特許明細書を参照しても、「画像生成ＡＴＲの超小型分光計」などの表現において登場するのみであって、具体的にどのような技術的限定を行うかなどについては記載がない。
　一方、甲第３号証の摘記事項（ア）には「曲率半径が３mmのプリズム１１２を円錐角６０度に形成し、その先端部分を直径０．３mm程度の平坦な面とする」ことが記載されており、甲第１７号証の摘記事項（サ）には、単一内反射体（SIRE）として、「出願人のサンプル接触面は通常直径として250 ミクロン以下に保持され、好ましくは直径として100 ミクロン以下に保持される」ことが記載されるように、これらの全反射測定装置は、直径０．数ミリ程度の領域を測定対象とするものであり、通常「超小型」と称することができる程度の大きさである。
　してみると、甲第３号証に記載された発明１及び甲第２号証に記載された発明１から構成した画像生成全反射測定装置を、超小型と称することは、当業者において適宜に為し得たものである。
　
２４−３．まとめ 
　上記のとおり、本件特許発明１８は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１、甲第１７号証に記載された発明及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
２４−４．被請求人の主張の検討
　被請求人は答弁書（第４４乃至４６頁）において、本件特許発明１８は、甲第１乃至第６号証に記載された発明に基づいて、容易に発明をすることができない旨、主張している。以下、被請求人の主張する各点について検討する。
　「（あ）凸面状前面について」は、上記相違点１について示したとおりである。
　「（い）反射光を集光した光に関する情報の保存について」は、上記相違点３について示したとおりである。
　「（う）甲第１号証について」は、上記の判断を左右するものではなく、また、甲第１号証が上記の判断における組み合わせを阻害する理由を示しているものとも認められない。
　そうすると、被請求人の主張を参酌すべき理由はない。
　
２５．むすび
　以上のとおりであるから、本件特許発明１乃至４、７乃至１２は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであり、本件特許発明５、６、１３、１４及び１８は、甲第３号証に記載された発明１、甲第２号証に記載された発明１、甲第１７号証に記載された発明及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであり、本件特許発明１５乃至１７は、甲第３号証に記載された発明２、甲第２号証に記載された発明２及び周知技術に基づいて、当業者が容易に想到し得たものであるから、本件特許は、特許法２９条２項の規定に違反してなされたものであり、同法１２３条１項２号に該当し、無効とすべきものである。
　
　審判に関する費用については、特許法１６９条２項の規定で準用する民事訴訟法６１条の規定により、被請求人が負担すべきものとする。
　
  よって、結論のとおり審決する。