【手続補正書】
【提出日】平成29年7月18日(2017.7.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
(a)(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列;ならびに
(b)極めて長いCDR3
を含む重鎖可変領域を含む、ヒト化抗体またはその結合断片。
【請求項２】
極めて長いCDR3が、35アミノ酸長もしくはそれ以上、40アミノ酸長もしくはそれ以上、45アミノ酸長もしくはそれ以上、50アミノ酸長もしくはそれ以上、55アミノ酸長もしくはそれ以上、または60アミノ酸長もしくはそれ以上である、請求項1記載のヒト化抗体またはその結合断片。
【請求項３】
極めて長いCDR3が、3個もしくはそれ以上のシステイン残基、4個もしくはそれ以上のシステイン残基、5個もしくはそれ以上のシステイン残基、6個もしくはそれ以上のシステイン残基、7個もしくはそれ以上のシステイン残基、8個もしくはそれ以上のシステイン残基、9個もしくはそれ以上のシステイン残基、10個もしくはそれ以上のシステイン残基、11個もしくはそれ以上のシステイン残基、または12個もしくはそれ以上のシステイン残基を含む、請求項1記載のヒト化抗体またはその結合断片。
【請求項４】
極めて長いCDR3が、非ウシ配列または非抗体配列を含み、該非抗体配列が、任意に、サイトカイン配列、リンフォカイン配列、ケモカイン配列、増殖因子配列、ホルモン配列、または毒素配列である、請求項1記載のヒト化抗体またはその結合断片。
【請求項５】
非抗体配列が、IL-8配列、IL-21配列、SDF-1(α)配列、ソマトスタチン配列、クロロトキシン配列、Pro-TxII配列、ジコノチド配列、ADWX-1配列、HsTx1配列、OSK1配列、Pi2配列、ホンゴトキシン(Hongotoxin)(HgTX)配列、マルガトキシン(Margatoxin)配列、アギトキシン(Agitoxin)-2配列、Pi3配列、カリオトキシン(Kaliotoxin)配列、アニュロクトキシン(Anuroctoxin)配列、カリブドトキシン(Charybdotoxin)配列、チチウストキシン(Tityustoxin)-K-α配列、マウロトキシン配列、セラトトキシン1(CcoTx1)配列、CcoTx2配列、CcoTx3配列、フリクソトキシン3(PaurTx3)配列、ハナトキシン1配列、フリクソトキシン1配列、フエントキシン-IV配列、α-コノトキシンImI配列、α-コノトキシンEpI配列、α-コノトキシンPnIA配列、α-コノトキシンPnIB配列、α-コノトキシンMII配列、α-コノトキシンAuIA配列、α-コノトキシンAuIB配列、α-コノトキシンAuIC配列、コノトキシンκ-PVIIA配列、カリブドトキシン配列、ニューロトキシンB-IV配列、クロタミン配列、ω-GVIA(コノトキシン)配列、κ-ヘフトキシン1配列、Css4配列、Bj-xtrIT配列、BcIV配列、Hm-1配列、Hm-2配列、GsAF-I(β-テラホトキシン(theraphotoxin)-Gr1b)配列、プロトキシンI(ProTx-I配列、β-テラホトキシン-Tp1a)配列、プロトキシンII(ProTx II)配列、フエントキシンI配列、μ-コノトキシンPIIIA配列、ジンザオトキシン-III(β-TRTX-Cj1α)配列、GsAF-II(κ-テラホトキシン-Gr2c)配列、ShK(スチコダクチラ(Stichodactyla)毒素)配列、HsTx1配列、ガンギシトキシン(Guangxitoxin)1E(GxTx-1E)配列、マウロトキシン配列、カリブドトキシン(ChTX)配列、イベリオトキシン(Iberiotoxin)(IbTx)配列、レイウロトキシン(Leiurotoxin)1(シラトキシン)配列、タマピン(Tamapin)配列、カリオトキシン-1(KTX)配列、ピューロトキシン(Purotoxin)1(PT-1)配列、もしくはGpTx-1配列、MOKA毒素配列、OSK1(P12、K16、D20)配列、OSK1(K16、D20)配列、HmK配列、ShK(K16、Y26、K29)配列、ShK(K16)配列、ShK-A(K16)配列、ShK(K16、E30)配列、ShK(Q21)配列、ShK(L21)配列、ShK(F21)配列、ShK(I21)配列、またはShK(A21)配列である、請求項4記載のヒト化抗体またはその結合断片。
【請求項６】
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5モチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)である、
請求項1記載のヒト化抗体またはその結合断片。
【請求項７】
請求項1〜6のいずれか一項記載のヒト化抗体またはその結合断片の重鎖可変領域をコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項８】
請求項7記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
【請求項９】
請求項8記載のベクターを含む、宿主細胞。
【請求項１０】
ヒト化抗体またはその結合断片をコードする配列を構成する複数のポリヌクレオチドを含む核酸ライブラリーであって、該抗体またはその結合断片が、
(a)(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749
からなる群より選択されるアミノ酸配列;ならびに
(b)極めて長いCDR3
を含む重鎖可変領域を含む、核酸ライブラリー。
【請求項１１】
ヒト化抗体またはその結合断片のライブラリーであって、該抗体またはその結合断片が、
(a)(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749
からなる群より選択されるアミノ酸配列;ならびに
(b)極めて長いCDR3
を含む重鎖可変領域を含む、ヒト化抗体またはその結合断片のライブラリー。
【請求項１２】
a)極めて長いCDR3をコードする核酸配列を、
(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749
からなる群より選択される可変領域配列をコードする核酸配列と組み合わせて、
極めて長いCDR3を含むヒト化抗体をコードする核酸を作製する段階;ならびに
b)極めて長いCDR3を含むヒト化抗体をコードする核酸を発現させて、極めて長いCDR3を含むヒト化抗体のライブラリーを生成する段階
を含む、極めて長いCDR3を含むヒト化抗体のライブラリーを生成する方法。
【請求項１３】
式V1-X-V2の配列を含む抗体重鎖可変領域であって、
式中、V1は、
2016527234.tif 000001
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み;
Xは、極めて長いCDR3を含み;かつ
V2は、
2016527234.tif 000002
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
抗体重鎖可変領域。
【請求項１４】
極めて長いCDR3が非抗体配列を含む、請求項13記載の抗体重鎖可変領域。
【請求項１５】
非抗体配列が、IL-8配列、IL-21配列、SDF-1(α)配列、ソマトスタチン配列、クロロトキシン配列、Pro-TxII配列、ジコノチド配列、ADWX-1配列、HsTx1配列、OSK1配列、Pi2配列、ホンゴトキシン(HgTX)配列、マルガトキシン配列、アギトキシン-2配列、Pi3配列、カリオトキシン配列、アニュロクトキシン配列、カリブドトキシン配列、チチウストキシン-K-α配列、マウロトキシン配列、セラトトキシン1(CcoTx1)配列、CcoTx2配列、CcoTx3配列、フリクソトキシン3(PaurTx3)配列、ハナトキシン1配列、フリクソトキシン1配列、フエントキシン-IV配列、α-コノトキシンImI配列、α-コノトキシンEpI配列、α-コノトキシンPnIA配列、α-コノトキシンPnIB配列、α-コノトキシンMII配列、α-コノトキシンAuIA配列、α-コノトキシンAuIB配列、α-コノトキシンAuIC配列、コノトキシンκ-PVIIA配列、カリブドトキシン配列、ニューロトキシンB-IV配列、クロタミン配列、ω-GVIA(コノトキシン)配列、κ-ヘフトキシン1配列、Css4配列、Bj-xtrIT配列、BcIV配列、Hm-1配列、Hm-2配列、GsAF-I(β-テラホトキシン-Gr1b)配列、プロトキシンI(ProTx-I配列、β-テラホトキシン-Tp1a)配列、プロトキシンII(ProTx II)配列、フエントキシンI配列、μ-コノトキシンPIIIA配列、ジンザオトキシン-III(β-TRTX-Cj1α)配列、GsAF-II(κ-テラホトキシン-Gr2c)配列、ShK(スチコダクチラ毒素)配列、HsTx1配列、ガンギシトキシン1E(GxTx-1E)配列、マウロトキシン配列、カリブドトキシン(ChTX)配列、イベリオトキシン(IbTx)配列、レイウロトキシン1(シラトキシン)配列、タマピン配列、カリオトキシン-1(KTX)配列、ピューロトキシン1(PT-1)配列、もしくはGpTx-1配列、MOKA毒素配列、OSK1(P12、K16、D20)配列、OSK1(K16、D20)配列、HmK配列、ShK(K16、Y26、K29)配列、ShK(K16)配列、ShK-A(K16)配列、ShK(K16、E30)配列、ShK(Q21)配列、ShK(L21)配列、ShK(F21)配列、ShK(I21)配列、またはShK(A21)配列である、請求項14記載の抗体重鎖可変領域。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２４０】
前述または後述の態様のそれぞれまたはいずれかのいくつかの態様において、ヒト化抗体またはその結合断片は、SEQ ID NO: 750のアミノ酸配列、SEQ ID NO: 754のアミノ酸配列、およびSEQ ID NO: 755のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む。
[本発明1001]
(a)(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列;ならびに
(b)極めて長いCDR3
を含む重鎖可変領域を含む、ヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1002]
極めて長いCDR3が、35アミノ酸長もしくはそれ以上、40アミノ酸長もしくはそれ以上、45アミノ酸長もしくはそれ以上、50アミノ酸長もしくはそれ以上、55アミノ酸長もしくはそれ以上、または60アミノ酸長もしくはそれ以上である、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1003]
極めて長いCDR3が、35アミノ酸長またはそれ以上である、本発明1002のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1004]
極めて長いCDR3が、3個もしくはそれ以上のシステイン残基、4個もしくはそれ以上のシステイン残基、5個もしくはそれ以上のシステイン残基、6個もしくはそれ以上のシステイン残基、7個もしくはそれ以上のシステイン残基、8個もしくはそれ以上のシステイン残基、9個もしくはそれ以上のシステイン残基、10個もしくはそれ以上のシステイン残基、11個もしくはそれ以上のシステイン残基、または12個もしくはそれ以上のシステイン残基を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1005]
極めて長いCDR3が、3個またはそれ以上のシステイン残基を含む、本発明1004のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1006]
システインモチーフを含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1007]
システインモチーフが、
2016527234.tif 000003
からなる群より選択される、本発明1006のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1008]
システインモチーフが、
2016527234.tif 000004
からなる群より選択される、本発明1006のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1009]
極めて長いCDR3が、2〜6個のジスルフィド結合を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1010]
極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 40またはその派生物を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1011]
極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 1〜4のいずれか1つのアミノ酸残基3〜6を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1012]
極めて長いCDR3が、非ヒトDHまたはその派生物を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1013]
非ヒトDHが、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 11、またはSEQ ID NO: 12である、本発明1012のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1014]
極めて長いCDR3が、JH配列またはその派生物を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1015]
JH配列が、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 16、またはSEQ ID NO: 17の5〜15位のアミノ酸を含む、本発明1014のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1016]
極めて長いCDR3が、
-非ヒトVH配列もしくはその派生物に由来する配列;
-非ヒトDH配列もしくはその派生物に由来する配列;および/または
-JH配列もしくはその派生物に由来する配列
を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1017]
極めて長いCDR3が、VH配列とDH配列の間に位置する2〜6個またはそれ以上のアミノ酸残基を含む付加的なアミノ酸配列を含む、本発明1016のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1018]
付加的なアミノ酸配列が、IR、IF、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 20、またはSEQ ID NO: 21からなる群より選択される、本発明1017のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1019]
極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 27、またはSEQ ID NO: 28に由来するかまたは基づく配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1020]
極めて長いCDR3が、非ウシ配列または非抗体配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1021]
非抗体配列が合成配列である、本発明1020のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1022]
非抗体配列が、サイトカイン配列、リンフォカイン配列、ケモカイン配列、増殖因子配列、ホルモン配列、または毒素配列である、本発明1020のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1023]
非抗体配列が、IL-8配列、IL-21配列、SDF-1(α)配列、ソマトスタチン配列、クロロトキシン配列、Pro-TxII配列、ジコノチド配列、ADWX-1配列、HsTx1配列、OSK1配列、Pi2配列、ホンゴトキシン(Hongotoxin)(HgTX)配列、マルガトキシン(Margatoxin)配列、アギトキシン(Agitoxin)-2配列、Pi3配列、カリオトキシン(Kaliotoxin)配列、アニュロクトキシン(Anuroctoxin)配列、カリブドトキシン(Charybdotoxin)配列、チチウストキシン(Tityustoxin)-K-α配列、マウロトキシン配列、セラトトキシン1(CcoTx1)配列、CcoTx2配列、CcoTx3配列、フリクソトキシン3(PaurTx3)配列、ハナトキシン1配列、フリクソトキシン1配列、フエントキシン-IV配列、α-コノトキシンImI配列、α-コノトキシンEpI配列、α-コノトキシンPnIA配列、α-コノトキシンPnIB配列、α-コノトキシンMII配列、α-コノトキシンAuIA配列、α-コノトキシンAuIB配列、α-コノトキシンAuIC配列、コノトキシンκ-PVIIA配列、カリブドトキシン配列、ニューロトキシンB-IV配列、クロタミン配列、ω-GVIA(コノトキシン)配列、κ-ヘフトキシン1配列、Css4配列、Bj-xtrIT配列、BcIV配列、Hm-1配列、Hm-2配列、GsAF-I(β-テラホトキシン(theraphotoxin)-Gr1b)配列、プロトキシンI(ProTx-I配列、β-テラホトキシン-Tp1a)配列、プロトキシンII(ProTx II)配列、フエントキシンI配列、μ-コノトキシンPIIIA配列、ジンザオトキシン-III(β-TRTX-Cj1α)配列、GsAF-II(κ-テラホトキシン-Gr2c)配列、ShK(スチコダクチラ(Stichodactyla)毒素)配列、HsTx1配列、ガンギシトキシン(Guangxitoxin)1E(GxTx-1E)配列、マウロトキシン配列、カリブドトキシン(ChTX)配列、イベリオトキシン(Iberiotoxin)(IbTx)配列、レイウロトキシン(Leiurotoxin)1(シラトキシン)配列、タマピン(Tamapin)配列、カリオトキシン-1(KTX)配列、ピューロトキシン(Purotoxin)1(PT-1)配列、もしくはGpTx-1配列、MOKA毒素配列、OSK1(P12、K16、D20)配列、OSK1(K16、D20)配列、HmK配列、ShK(K16、Y26、K29)配列、ShK(K16)配列、ShK-A(K16)配列、ShK(K16、E30)配列、ShK(Q21)配列、ShK(L21)配列、ShK(F21)配列、ShK(I21)配列、またはShK(A21)配列である、本発明1020のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1024]
非抗体配列が、SEQ ID NO: 475〜481、599〜655、666〜698、727〜733、808〜810、および831〜835のいずれか1つである、本発明1020のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1025]
抗体重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 770〜779、784〜791、903〜922、および925〜955からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1020のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1026]
SEQ ID NO: 956または959のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、本発明1020のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1027]
抗体重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 770〜779、784〜791、903〜922、および925〜955からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、かつヒト化抗体またはその結合断片が、SEQ ID NO: 959のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、本発明1020のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1028]
抗体重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 941のアミノ酸配列を含み、かつヒト化抗体またはその結合断片が、SEQ ID NO: 959のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、本発明1020のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1029]
抗体重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 770〜779、784〜791、903〜922、および925〜955からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、かつヒト化抗体またはその結合断片が、SEQ ID NO: 956のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、本発明1020のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1030]
非抗体配列が、極めて長いCDR3の少なくとも1つの部分を置換する、本発明1020のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1031]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5モチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)である、
本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1032]
X1X2X3X4X5モチーフが、
2016527234.tif 000005
である、本発明1031のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1033]
極めて長いCDR3がCX1X2X3X4X5モチーフを含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1034]
CX1X2X3X4X5モチーフが、
2016527234.tif 000006
である、本発明1033のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1035]
極めて長いCDR3が、(XaXb)zモチーフを含み、
式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、かつzは1〜4である、
本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1036]
(XaXb)zモチーフが、
2016527234.tif 000007
である、本発明1035のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1037]
(XaXb)zモチーフが、YXYXYXである、本発明1035のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1038]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5Xnモチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、X5は、グルタミン(Q)であり、かつnは27〜54である、
本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1039]
極めて長いCDR3が、Xn(XaXb)zモチーフを含み、
式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、nは27〜54であり、かつzは1〜4である、
本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1040]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5Xn(XaXb)zモチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)であり、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、nは27〜54であり、かつzは1〜4である、
本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1041]
X1X2X3X4X5モチーフが、TTVHQ(SEQ ID NO: 153)またはTSVHQ(SEQ ID NO: 154)であり、かつ(XaXb)zモチーフが、YXYXYXである、本発明1040のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1042]
極めて長いCDR3が、
-CX1X2X3X4X5モチーフであって、式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)である、CX1X2X3X4X5モチーフ;
-
2016527234.tif 000008
からなる群より選択されるシステインモチーフ;
-(XaXb)zモチーフであって、式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、かつzは1〜4である、(XaXb)zモチーフ
を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1043]
極めて長いCDR3が、
-CX1X2X3X4X5モチーフであって、式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)である、CX1X2X3X4X5モチーフ;
-
2016527234.tif 000009
からなる群より選択されるシステインモチーフ;ならびに
-(XaXb)zモチーフであって、式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、かつzは1〜4である、(XaXb)zモチーフ
を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1044]
極めて長いCDR3が、リンカーである付加的な配列を含む、本発明1020のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1045]
リンカーが、非抗体配列のC末端、N末端、またはC末端およびN末端の両方に連結されている、本発明1044のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1046]
極めて長いCDR3が、反芻動物のCDR3である、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1047]
反芻動物がウシである、本発明1046のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1048]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 735のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1049]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 737のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1050]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 739のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1051]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 741のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1052]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 743のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1053]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 745のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1054]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 747のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1055]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 749のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1056]
極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000010
のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1057]
極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000011
のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1058]
極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000012
のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1059]
(i)SEQ ID NO: 750、(ii)SEQ ID NO: 751、(iii)SEQ ID NO: 752、および(iv)SEQ ID NO: 753の群より選択される配列を含む軽鎖可変領域を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1060]
軽鎖可変領域が、λ軽鎖可変領域配列を含む、本発明1059のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1061]
軽鎖可変領域が、ヒトλ軽鎖可変領域配列を含む、本発明1059のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1062]
軽鎖可変領域が、VL1-51生殖系列配列を含む、本発明1059のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1063]
軽鎖可変領域が、VL1-51生殖系列配列に由来する、本発明1059のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1064]
VL1-51生殖系列配列が、Kabatの番号付与に基づくIle29Val置換およびAsn32Gly置換を含むCDR1を含む、本発明1063のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1065]
VL1-51生殖系列配列が、DNNからGDTへの置換を含むCDR2を含む、本発明1063のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1066]
VL1-51生殖系列配列が、DNNKRP(SEQ ID NO: 471)からGDTSRA(SEQ ID NO: 472)への置換を含むCDR2を含む、本発明1063のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1067]
VL1-51生殖系列配列が、Kabatの番号付与に基づくS2A置換、T5N置換、P8S置換、A12G置換、A13S置換、およびP14L置換を含む、本発明1063のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1068]
VL1-51生殖系列配列が、Kabatの番号付与に基づくS2A置換、T5N置換、P8S置換、A12G置換、A13S置換、およびP14L置換と、DNNからGDTへの置換を含むCDR2とを含む、本発明1063のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1069]
(a)SEQ ID NO: 740、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 742、およびSEQ ID NO: 743からなる群より選択される配列を含む重鎖可変領域;ならびに(b)SEQ ID NO: 750を含む軽鎖可変領域を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1070]
本発明1001〜1069のいずれかのヒト化抗体またはその結合断片の重鎖可変領域をコードする、ポリヌクレオチド。
[本発明1071]
本発明1059〜1069のいずれかのヒト化抗体またはその結合断片の軽鎖可変領域をコードする、ポリヌクレオチド。
[本発明1072]
極めて長いCDR3を含む重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドであって、SEQ ID NO: 490、SEQ ID NO: 491、SEQ ID NO: 492、SEQ ID NO: 493、SEQ ID NO: 494、SEQ ID NO: 495、SEQ ID NO: 496、およびSEQ ID NO: 497からなる群より選択される配列を含む、ポリヌクレオチド。
[本発明1073]
本発明1070〜1072のいずれかのポリヌクレオチドを含む、ベクター。
[本発明1074]
本発明1073のベクターを含む、宿主細胞。
[本発明1075]
ヒト化抗体またはその結合断片をコードする配列を構成する複数のポリヌクレオチドを含む核酸ライブラリーであって、該抗体またはその結合断片が、
(a)(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749
からなる群より選択されるアミノ酸配列;ならびに
(b)極めて長いCDR3
を含む重鎖可変領域を含む、核酸ライブラリー。
[本発明1076]
ヒト化抗体またはその結合断片のライブラリーであって、該抗体またはその結合断片が、
(a)(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749
からなる群より選択されるアミノ酸配列;ならびに
(b)極めて長いCDR3
を含む重鎖可変領域を含む、ヒト化抗体またはその結合断片のライブラリー。
[本発明1077]
極めて長いCDR3が、35アミノ酸長もしくはそれ以上、40アミノ酸長もしくはそれ以上、45アミノ酸長もしくはそれ以上、50アミノ酸長もしくはそれ以上、55アミノ酸長もしくはそれ以上、または60アミノ酸長もしくはそれ以上である、本発明1075または1076のライブラリー。
[本発明1078]
極めて長いCDR3が、35アミノ酸長またはそれ以上である、本発明1077のライブラリー。
[本発明1079]
極めて長いCDR3が、3個もしくはそれ以上のシステイン残基、4個もしくはそれ以上のシステイン残基、5個もしくはそれ以上のシステイン残基、6個もしくはそれ以上のシステイン残基、7個もしくはそれ以上のシステイン残基、8個もしくはそれ以上のシステイン残基、9個もしくはそれ以上のシステイン残基、10個もしくはそれ以上のシステイン残基、11個もしくはそれ以上のシステイン残基、または12個もしくはそれ以上のシステイン残基を含む、本発明1075または1076のライブラリー。
[本発明1080]
極めて長いCDR3が、3個またはそれ以上のシステイン残基を含む、本発明1079のライブラリー。
[本発明1081]
抗体またはその結合断片が、システインモチーフを含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1082]
システインモチーフが、
2016527234.tif 000013
からなる群より選択される、本発明1076のライブラリー。
[本発明1083]
システインモチーフが、
2016527234.tif 000014
からなる群より選択される、本発明1081のライブラリー。
[本発明1084]
極めて長いCDR3が、2〜6個のジスルフィド結合を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1085]
極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 40またはその派生物を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1086]
極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 1〜4のいずれか1つのアミノ酸残基3〜6を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1087]
極めて長いCDR3が、非ヒトDHまたはその派生物を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1088]
非ヒトDHが、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 11、またはSEQ ID NO: 12である、本発明1087のライブラリー。
[本発明1089]
極めて長いCDR3が、JH配列またはその派生物を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1090]
JH配列が、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 16、またはSEQ ID NO: 17の5〜15位のアミノ酸を含む、本発明1089のライブラリー。
[本発明1091]
極めて長いCDR3が、
-非ヒトVH配列もしくはその派生物に由来する配列;
-非ヒトDH配列もしくはその派生物に由来する配列;および/または
-JH配列もしくはその派生物に由来する配列
を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1092]
極めて長いCDR3が、VH配列とDH配列の間に位置する2〜6個またはそれ以上のアミノ酸残基を含む付加的なアミノ酸配列を含む、本発明1091のライブラリー。
[本発明1093]
付加的なアミノ酸配列が、IR、IF、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 20、またはSEQ ID NO: 21からなる群より選択される、本発明1092のライブラリー。
[本発明1094]
極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26、SEQ ID NO: 27、またはSEQ ID NO: 28に由来するかまたは基づく配列を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1095]
極めて長いCDR3が、非ウシ配列または非抗体配列を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1096]
非抗体配列が合成配列である、本発明1095のライブラリー。
[本発明1097]
非抗体配列が、サイトカイン配列、リンフォカイン配列、ケモカイン配列、増殖因子配列、ホルモン配列、または毒素配列である、本発明1095のライブラリー。
[本発明1098]
非抗体配列が、IL-8配列、IL-21配列、SDF-1(α)配列、ソマトスタチン配列、クロロトキシン配列、Pro-TxII配列、ジコノチド配列、ADWX-1配列、HsTx1配列、OSK1配列、Pi2配列、ホンゴトキシン(HgTX)配列、マルガトキシン配列、アギトキシン-2配列、Pi3配列、カリオトキシン配列、アニュロクトキシン配列、カリブドトキシン配列、チチウストキシン-K-α配列、マウロトキシン配列、セラトトキシン1(CcoTx1)配列、CcoTx2配列、CcoTx3配列、フリクソトキシン3(PaurTx3)配列、ハナトキシン1配列、フリクソトキシン1配列、フエントキシン-IV配列、α-コノトキシンImI配列、α-コノトキシンEpI配列、α-コノトキシンPnIA配列、α-コノトキシンPnIB配列、α-コノトキシンMII配列、α-コノトキシンAuIA配列、α-コノトキシンAuIB配列、α-コノトキシンAuIC配列、コノトキシンκ-PVIIA配列、カリブドトキシン配列、ニューロトキシンB-IV配列、クロタミン配列、ω-GVIA(コノトキシン)配列、κ-ヘフトキシン1配列、Css4配列、Bj-xtrIT配列、BcIV配列、Hm-1配列、Hm-2配列、GsAF-I(β-テラホトキシン-Gr1b)配列、プロトキシンI(ProTx-I配列、β-テラホトキシン-Tp1a)配列、プロトキシンII(ProTx II)配列、フエントキシンI配列、μ-コノトキシンPIIIA配列、ジンザオトキシン-III(β-TRTX-Cj1α)配列、GsAF-II(κ-テラホトキシン-Gr2c)配列、ShK(スチコダクチラ毒素)配列、HsTx1配列、ガンギシトキシン1E(GxTx-1E)配列、マウロトキシン配列、カリブドトキシン(ChTX)配列、イベリオトキシン(IbTx)配列、レイウロトキシン1(シラトキシン)配列、タマピン配列、カリオトキシン-1(KTX)配列、ピューロトキシン1(PT-1)配列、もしくはGpTx-1配列、MOKA毒素配列、OSK1(P12、K16、D20)配列、OSK1(K16、D20)配列、HmK配列、ShK(K16、Y26、K29)配列、ShK(K16)配列、ShK-A(K16)配列、ShK(K16、E30)配列、ShK(Q21)配列、ShK(L21)配列、ShK(F21)配列、ShK(I21)配列、またはShK(A21)配列である、本発明1095のライブラリー。
[本発明1099]
非抗体配列が、SEQ ID NO: 475〜481、599〜655、666〜698、727〜733、808〜810、および831〜835のいずれか1つである、本発明1095のライブラリー。
[本発明1100]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5モチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)である、
本発明1076のライブラリー。
[本発明1101]
X1X2X3X4X5モチーフが、
2016527234.tif 000015
である、本発明1100のライブラリー。
[本発明1102]
極めて長いCDR3が、CX1X2X3X4X5モチーフを含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1103]
CX1X2X3X4X5モチーフが、
2016527234.tif 000016
である、本発明1102のライブラリー。
[本発明1104]
極めて長いCDR3が、(XaXb)zモチーフを含み、
式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、かつzは1〜4である、
本発明1076のライブラリー。
[本発明1105]
(XaXb)zモチーフが、
2016527234.tif 000017
である、本発明1104のライブラリー。
[本発明1106]
(XaXb)zモチーフがYXYXYXである、本発明1104のライブラリー。
[本発明1107]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5Xnモチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)であり、かつnは27〜54である、
本発明1076のライブラリー。
[本発明1108]
極めて長いCDR3が、Xn(XaXb)zモチーフを含み、
式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、nは27〜54であり、かつzは1〜4である、
本発明1076のライブラリー。
[本発明1109]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5Xn(XaXb)zモチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、X5は、グルタミン(Q)であり、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、nは27〜54であり、かつzは1〜4である、
本発明1076のライブラリー。
[本発明1110]
X1X2X3X4X5モチーフが、TTVHQ(SEQ ID NO: 153)またはTSVHQ(SEQ ID NO: 154)であり、かつ(XaXb)zモチーフが、YXYXYXである、本発明1109のライブラリー。
[本発明1111]
極めて長いCDR3が、
-CX1X2X3X4X5モチーフであって、式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)である、CX1X2X3X4X5モチーフ;
-
2016527234.tif 000018
からなる群より選択されるシステインモチーフ;ならびに
-(XaXb)zモチーフであって、式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、かつzは1〜4である、(XaXb)zモチーフ
を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1112]
極めて長いCDR3が、
-CX1X2X3X4X5モチーフであって、式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)である、CX1X2X3X4X5モチーフ;
-
2016527234.tif 000019
からなる群より選択されるシステインモチーフ;ならびに
-(XaXb)zモチーフであって、式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、かつzは1〜4である、(XaXb)zモチーフ
を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1113]
極めて長いCDR3が、リンカーである付加的な配列を含む、本発明1095のライブラリー。
[本発明1114]
リンカーが、非抗体配列のC末端、N末端、またはC末端およびN末端の両方に連結されている、本発明1113のライブラリー。
[本発明1115]
極めて長いCDR3が、反芻動物のCDR3である、本発明1076のライブラリー。
[本発明1116]
反芻動物がウシである、本発明1115のライブラリー。
[本発明1117]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 735のアミノ酸配列を含む、本発明1076のライブラリー。(113)重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 737のアミノ酸配列を含む、本発明1071のライブラリー。
[本発明1118]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 739のアミノ酸配列を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1119]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 741のアミノ酸配列を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1120]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 743のアミノ酸配列を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1121]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 745のアミノ酸配列を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1122]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 747のアミノ酸配列を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1123]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 749のアミノ酸配列を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1124]
極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000020
のアミノ酸配列を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1125]
極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000021
のアミノ酸配列を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1126]
ヒト化抗体またはその結合断片が、(i)SEQ ID NO: 750、(ii)SEQ ID NO: 751、(iii)SEQ ID NO: 752、および(iv)SEQ ID NO: 753の群より選択される配列を含む軽鎖可変領域を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1127]
軽鎖可変領域が、λ軽鎖可変領域配列を含む、本発明1126のライブラリー。
[本発明1128]
軽鎖可変領域配列が、ヒトλ軽鎖可変領域配列を含む、本発明1126のライブラリー。
[本発明1129]
軽鎖可変領域配列が、VL1-51生殖系列配列を含む、本発明1126のライブラリー。
[本発明1130]
軽鎖可変領域が、VL1-51生殖系列配列に由来する、本発明1126のライブラリー。
[本発明1131]
VL1-51生殖系列配列が、Kabatの番号付与に基づくIle29Val置換およびAsn32Gly置換を含むCDR1を含む、本発明1130のライブラリー。
[本発明1132]
VL1-51生殖系列配列が、DNNからGDTへの置換を含むCDR2を含む、本発明1130のライブラリー。
[本発明1133]
VL1-51生殖系列配列が、DNNKRP(SEQ ID NO: 471)からGDTSRA(SEQ ID NO: 472)への置換を含むCDR2を含む、本発明1130のライブラリー。
[本発明1134]
VL1-51生殖系列配列が、Kabatの番号付与に基づくS2A置換、T5N置換、P8S置換、A12G置換、A13S置換、およびP14L置換を含む、本発明1130のライブラリー。
[本発明1135]
VL1-51生殖系列配列が、Kabatの番号付与に基づくS2A置換、T5N置換、P8S置換、A12G置換、A13S置換、およびP14L置換と、DNNからGDTへの置換を含むCDR2とを含む、本発明1130のライブラリー。
[本発明1136]
ヒト化抗体またはその結合断片が、(a)SEQ ID NO: 740、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 742、およびSEQ ID NO: 743からなる群より選択される配列を含む重鎖可変領域;ならびに(b)SEQ ID NO: 750を含む軽鎖可変領域を含む、本発明1076のライブラリー。
[本発明1137]
ヒト化抗体またはその結合断片が、空間的にアドレス指定された（spatially addressed）形式で存在する、本発明1076〜1136のいずれかのライブラリー。
[本発明1138]
極めて長いCDR3をコードする核酸配列を、
(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749
からなる群より選択される可変領域配列をコードする核酸配列と遺伝子的に組み合わせる段階
を含む、抗体可変領域をヒト化する方法。
[本発明1139]
a)極めて長いCDR3をコードする核酸配列を、
(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749
からなる群より選択される可変領域配列をコードする核酸配列と組み合わせて、
極めて長いCDR3を含むヒト化抗体をコードする核酸を作製する段階;ならびに
b)極めて長いCDR3を含むヒト化抗体をコードする核酸を発現させて、極めて長いCDR3を含むヒト化抗体のライブラリーを生成する段階
を含む、極めて長いCDR3を含むヒト化抗体のライブラリーを生成する方法。
[本発明1140]
a)極めて長いCDR3をコードする核酸配列と、
(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749
からなる群より選択される可変領域配列をコードする核酸と、
非抗体配列をコードする核酸配列とを組み合わせて、極めて長いCDR3および非抗体配列を含むヒト化抗体またはその結合断片をコードする核酸を作製する段階;ならびに
b)極めて長いCDR3および非抗体配列を含むヒト化抗体またはその結合断片をコードする核酸を発現させて、極めて長いCDR3および非抗体配列を含むヒト化抗体またはその結合断片のライブラリーを生成する段階
を含む、非抗体配列を含む極めて長いCDR3を含むヒト化抗体またはその結合断片のライブラリーを生成する方法。
[本発明1141]
非抗体配列を含む極めて長いCDR3を含むヒト化抗体またはその結合断片のライブラリー。
[本発明1142]
a)ヒト可変領域フレームワーク(FR)配列と極めて長いCDR3およびシステインモチーフをコードする核酸配列とを組み合わせる段階;
b)システインモチーフ中の1つまたは複数のシステイン残基の間に位置する1つまたは複数のアミノ酸残基をコードする核酸配列に1つまたは複数のヌクレオチド変化を導入して、異なるアミノ酸残基をコードするヌクレオチドから、極めて長いCDR3と1つまたは複数のヌクレオチド変化がシステインドメイン中の1つまたは複数のシステイン残基の間に導入されたシステインモチーフとを含むヒト化抗体またはその結合断片をコードする核酸を作製する段階;ならびに
c)極めて長いCDR3と1つまたは複数のヌクレオチド変化がシステインドメイン中の1つまたは複数のシステイン残基の間に導入されたシステインモチーフとを含むヒト化抗体またはその結合断片をコードする核酸を発現させて、極めて長いCDR3と1つまたは複数のアミノ酸変化がシステインドメイン中の1つまたは複数のシステイン残基の間に導入されたシステインモチーフとを含むヒト化抗体またはその結合断片のライブラリーを生成する段階
を含む、システインモチーフを含む極めて長いCDR3を含むヒト化抗体またはその結合断片のライブラリーを生成する方法。
[本発明1143]
システインモチーフを含む極めて長いCDR3を含むヒト化抗体またはその結合断片のライブラリーであって、抗体または結合断片が、システインモチーフ中のシステイン残基の間に位置するアミノ酸残基の1つまたは複数の置換を含む、ヒト化抗体またはその結合断片のライブラリー。
[本発明1144]
a)ヒト可変領域フレームワーク(FR)配列をコードする核酸配列とウシ由来の極めて長いCDR3をコードする核酸とを組み合わせる段階、ならびに
b)ヒト可変領域フレームワーク(FR)配列をコードする核酸およびウシ由来の極めて長いCDR3をコードする核酸を発現させて、ウシ由来の極めて長いCDR3を含むヒト化抗体またはその結合断片のライブラリーを生成する段階
を含む、ウシ由来の極めて長いCDR3を含むヒト化抗体またはその結合断片のライブラリーを生成する方法。
[本発明1145]
(a)(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749
からなる群より選択されるアミノ酸配列;ならびに
(b)ウシ由来の極めて長いCDR3
を含む重鎖可変領域を含むヒト化抗体またはその結合断片のライブラリー。
[本発明1146]
式V1-X-V2の配列を含む抗体重鎖可変領域であって、
式中、V1は、
2016527234.tif 000022
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み;
Xは、極めて長いCDR3を含み;かつ
V2は、
2016527234.tif 000023
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
抗体重鎖可変領域。
[本発明1147]
極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000024
のアミノ酸配列を含む、本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1148]
極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000025
のアミノ酸配列を含む、本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1149]
極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000026
2016527234.tif 000027
のアミノ酸配列を含む、本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1150]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000028
のいずれか1つのアミノ酸配列、および
2016527234.tif 000029
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000030
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1151]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000031
のいずれか1つのアミノ酸配列、および
2016527234.tif 000032
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000033
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1152]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000034
のいずれか1つのアミノ酸配列、および
2016527234.tif 000035
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000036
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1153]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000037
のいずれか1つのアミノ酸配列、および
2016527234.tif 000038
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000039
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1154]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000040
のいずれか1つ、および
2016527234.tif 000041
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000042
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1155]
極めて長いCDR3が、35アミノ酸長もしくはそれ以上、40アミノ酸長もしくはそれ以上、45アミノ酸長もしくはそれ以上、50アミノ酸長もしくはそれ以上、55アミノ酸長もしくはそれ以上、または60アミノ酸長もしくはそれ以上である、本発明1146〜1154のいずれかの抗体重鎖可変領域。
[本発明1156]
極めて長いCDR3が、35アミノ酸長またはそれ以上である、本発明1155の抗体重鎖可変領域。
[本発明1157]
極めて長いCDR3が、システインモチーフを含む、本発明1146〜1156のいずれかの抗体重鎖可変領域。
[本発明1158]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000043
のいずれか1つのアミノ酸配列、システインモチーフ、および
2016527234.tif 000044
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、かつ
-V2が、
2016527234.tif 000045
のアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1159]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000046
のいずれか1つのアミノ酸配列、システインモチーフ、および
2016527234.tif 000047
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000048
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1160]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000049
のいずれか1つのアミノ酸配列、システインモチーフ、および
2016527234.tif 000050
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000051
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1161]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000052
のいずれか1つのアミノ酸配列、システインモチーフ、および
2016527234.tif 000053
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000054
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1162]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000055
のいずれか1つのアミノ酸配列、システインモチーフ、および
2016527234.tif 000056
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000057
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1163]
-VIが、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 498であるアミノ酸配列およびSEQ ID NO: 499であるアミノ酸配列を含み、
-V2が、SEQ ID NO: 500であるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1164]
システインモチーフが、
2016527234.tif 000058
からなる群より選択される、本発明1157〜1163のいずれかの抗体重鎖可変領域。
[本発明1165]
システインモチーフが、
2016527234.tif 000059
からなる群より選択される、本発明1157〜1163のいずれかの抗体重鎖可変領域。
[本発明1166]
極めて長いCDR3が、2〜6個のジスルフィド結合を含む、本発明1146〜1165のいずれかの抗体重鎖可変領域。
[本発明1167]
極めて長いCDR3が非抗体配列を含む、本発明1146〜1165のいずれかの抗体重鎖可変領域。
[本発明1168]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000060
のいずれか1つのアミノ酸配列、非抗体配列、および
2016527234.tif 000061
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、かつ
-V2が、
2016527234.tif 000062
のアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1169]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000063
のいずれか1つのアミノ酸配列、非抗体配列、および
2016527234.tif 000064
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000065
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1170]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000066
のいずれか1つのアミノ酸配列、非抗体配列、および
2016527234.tif 000067
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000068
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1171]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000069
のいずれか1つのアミノ酸配列、非抗体配列、および
2016527234.tif 000070
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000071
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1172]
-V1が、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、
2016527234.tif 000072
のいずれか1つのアミノ酸配列、非抗体配列、および
2016527234.tif 000073
のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、
-V2が、
2016527234.tif 000074
より選択されるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1173]
-VIが、SEQ ID NO: 735、SEQ ID NO: 737、SEQ ID NO: 739、SEQ ID NO: 741、SEQ ID NO: 743、SEQ ID NO: 745、SEQ ID NO: 747、およびSEQ ID NO: 749からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、
-極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 498であるアミノ酸配列およびSEQ ID NO: 499であるアミノ酸配列を含み、
-V2が、SEQ ID NO: 500であるアミノ酸配列を含む、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1174]
非抗体配列が合成配列である、本発明1167の抗体重鎖可変領域。
[本発明1175]
非抗体配列が、サイトカイン配列、リンフォカイン配列、ケモカイン配列、増殖因子配列、ホルモン配列、または毒素配列である、本発明1167の抗体重鎖可変領域。
[本発明1176]
非抗体配列が、IL-8配列、IL-21配列、SDF-1(α)配列、ソマトスタチン配列、クロロトキシン配列、Pro-TxII配列、ジコノチド配列、ADWX-1配列、HsTx1配列、OSK1配列、Pi2配列、ホンゴトキシン(HgTX)配列、マルガトキシン配列、アギトキシン-2配列、Pi3配列、カリオトキシン配列、アニュロクトキシン配列、カリブドトキシン配列、チチウストキシン-K-α配列、マウロトキシン配列、セラトトキシン1(CcoTx1)配列、CcoTx2配列、CcoTx3配列、フリクソトキシン3(PaurTx3)配列、ハナトキシン1配列、フリクソトキシン1配列、フエントキシン-IV配列、α-コノトキシンImI配列、α-コノトキシンEpI配列、α-コノトキシンPnIA配列、α-コノトキシンPnIB配列、α-コノトキシンMII配列、α-コノトキシンAuIA配列、α-コノトキシンAuIB配列、α-コノトキシンAuIC配列、コノトキシンκ-PVIIA配列、カリブドトキシン配列、ニューロトキシンB-IV配列、クロタミン配列、ω-GVIA(コノトキシン)配列、κ-ヘフトキシン1配列、Css4配列、Bj-xtrIT配列、BcIV配列、Hm-1配列、Hm-2配列、GsAF-I(β-テラホトキシン-Gr1b)配列、プロトキシンI(ProTx-I配列、β-テラホトキシン-Tp1a)配列、プロトキシンII(ProTx II)配列、フエントキシンI配列、μ-コノトキシンPIIIA配列、ジンザオトキシン-III(β-TRTX-Cj1α)配列、GsAF-II(κ-テラホトキシン-Gr2c)配列、ShK(スチコダクチラ毒素)配列、HsTx1配列、ガンギシトキシン1E(GxTx-1E)配列、マウロトキシン配列、カリブドトキシン(ChTX)配列、イベリオトキシン(IbTx)配列、レイウロトキシン1(シラトキシン)配列、タマピン配列、カリオトキシン-1(KTX)配列、ピューロトキシン1(PT-1)配列、もしくはGpTx-1配列、MOKA毒素配列、OSK1(P12、K16、D20)配列、OSK1(K16、D20)配列、HmK配列、ShK(K16、Y26、K29)配列、ShK(K16)配列、ShK-A(K16)配列、ShK(K16、E30)配列、ShK(Q21)配列、ShK(L21)配列、ShK(F21)配列、ShK(I21)配列、またはShK(A21)配列である、本発明1167の抗体重鎖可変領域。
[本発明1177]
非抗体配列が、SEQ ID NO: 475〜481、599〜655、666〜698、727〜733、808〜810、および831〜835のいずれか1つである、本発明1172の抗体重鎖可変領域。
[本発明1178]
SEQ ID NO: 770〜779、784〜791、903〜922、および925〜955からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、本発明1177の抗体重鎖可変領域。
[本発明1179]
SEQ ID NO: 941のアミノ酸配列を含む、本発明1167の抗体重鎖可変領域。
[本発明1180]
極めて長いCDR3がリンカー配列を含む、本発明1142〜1172のいずれかの抗体重鎖可変領域。
[本発明1181]
リンカーが、非抗体配列のN末端、C末端、またはN末端およびC末端の両方に連結されている、本発明1180の抗体重鎖可変領域。
[本発明1182]
リンカーが、SEQ ID NO: 575〜598、699〜726、および813〜830からなる群より選択される1つもしくは複数のアミノ酸配列またはそれらの任意の組み合わせを含む、本発明1180または1181の抗体重鎖可変領域。
[本発明1183]
N末端およびC末端の両方に連結されたリンカーが、同じまたは異なるアミノ酸配列を有する、本発明1181の抗体重鎖可変領域。
[本発明1184]
本発明1146〜1183のいずれかの抗体重鎖可変領域を含む、抗体またはその結合断片。
[本発明1185]
重鎖可変領域が、重鎖定常領域1(CH1)をさらに含む、本発明1184の抗体またはその結合断片。
[本発明1186]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 390のアミノ酸配列をさらに含む、本発明1184の抗体またはその結合断片。
[本発明1187]
軽鎖可変領域をさらに含む、本発明1184の抗体またはその結合断片。
[本発明1188]
軽鎖可変領域が、軽鎖定常領域(CL)をさらに含む、本発明1187の抗体またはその結合断片。
[本発明1189]
本発明1146〜1183のいずれかの抗体重鎖可変領域をコードする、単離ポリヌクレオチド。
[本発明1190]
本発明1189のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
[本発明1191]
本発明1190のベクターを含む、宿主細胞。
[本発明1192]
式V1-X-V2の配列を含む抗体重鎖可変領域をコードする核酸配列を構成する複数のポリヌクレオチドを含む、核酸ライブラリーであって、
式中、V1は、
2016527234.tif 000075
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み;
Xは、極めて長いCDR3を含み;かつ
V2は、
2016527234.tif 000076
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
核酸ライブラリー。
[本発明1193]
式V1-X-V2の配列を含む抗体重鎖可変領域を含む、抗体のライブラリーであって、
式中、V1は、
2016527234.tif 000077
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み;
Xは、極めて長いCDR3を含み;かつ
V2は、
2016527234.tif 000078
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、
抗体のライブラリー。
[本発明1194]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5モチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)である、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1195]
X1X2X3X4X5モチーフが、
2016527234.tif 000079
である、本発明1194の抗体重鎖可変領域。
[本発明1196]
極めて長いCDR3が、(XaXb)zモチーフを含み、
式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、かつzは1〜4である、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1197]
(XaXb)zモチーフが、
2016527234.tif 000080
である、本発明1196の抗体重鎖可変領域。
[本発明1198]
(XaXb)zモチーフがYXYXYXである、本発明1197の抗体重鎖可変領域。
[本発明1199]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5Xnモチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、X5は、グルタミン(Q)であり、かつnは27〜54である、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1200]
極めて長いCDR3が、Xn(XaXb)zモチーフを含み、
式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、nは27〜54であり、かつzは1〜4である、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1201]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5Xn(XaXb)zモチーフを含み、式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)であり、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、nは27〜54であり、かつzは1〜4である、
本発明1146の抗体重鎖可変領域。
[本発明1202]
式V1-Xの配列を含む抗体重鎖可変領域であって、
式中、V1は、
(i)SEQ ID NO: 734またはSEQ ID NO: 735、
(ii)SEQ ID NO: 736またはSEQ ID NO: 737、
(iii)SEQ ID NO: 738またはSEQ ID NO: 739、
(iv)SEQ ID NO: 740またはSEQ ID NO: 741、
(v)SEQ ID NO: 742またはSEQ ID NO: 743、
(vi)SEQ ID NO: 744またはSEQ ID NO: 745、
(vii)SEQ ID NO: 746またはSEQ ID NO: 747、および
(viii)SEQ ID NO: 748またはSEQ ID NO: 749
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み;かつ
Xは、極めて長いCDR3を含む、
抗体重鎖可変領域。
[本発明1203]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5モチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)である、
本発明1202の抗体重鎖可変領域。
[本発明1204]
X1X2X3X4X5モチーフが、
2016527234.tif 000081
である、本発明1203の抗体重鎖可変領域。
[本発明1205]
極めて長いCDR3が、CX1X2X3X4X5モチーフを含む、本発明1202の抗体重鎖可変領域。
[本発明1206]
CX1X2X3X4X5モチーフが、
2016527234.tif 000082
である、本発明1205の抗体重鎖可変領域。
[本発明1207]
極めて長いCDR3が、(XaXb)zモチーフを含み、
式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、かつzは1〜4である、
本発明1202の抗体重鎖可変領域。
[本発明1208]
(XaXb)zモチーフが、
2016527234.tif 000083
である、本発明1207の抗体重鎖可変領域。
[本発明1209]
(XaXb)zモチーフがYXYXYXである、本発明1207の抗体重鎖可変領域。
[本発明1210]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5Xnモチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、X5は、グルタミン(Q)であり、かつnは27〜54である、
本発明1202の抗体重鎖可変領域。
[本発明1211]
極めて長いCDR3が、Xn(XaXb)zモチーフを含み、
式中、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、nは27〜54であり、かつzは1〜4である、
本発明1202の抗体重鎖可変領域。
[本発明1212]
極めて長いCDR3が、X1X2X3X4X5Xn(XaXb)zモチーフを含み、
式中、X1は、トレオニン(T)、グリシン(G)、アラニン(A)、セリン(S)、またはバリン(V)であり、X2は、セリン(S)、トレオニン(T)、プロリン(P)、イソロイシン(I)、アラニン(A)、バリン(V)、またはアスパラギン(N)であり、X3は、バリン(V)、アラニン(A)、トレオニン(T)、またはアスパラギン酸(D)であり、X4は、ヒスチジン(H)、トレオニン(T)、アルギニン(R)、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、またはロイシン(L)であり、かつX5は、グルタミン(Q)であり、Xaは、任意のアミノ酸残基であり、Xbは、チロシン(Y)、フェニルアラニン(F)、トリプトファン(W)、およびヒスチジン(H)からなる群より選択される芳香族アミノ酸であり、nは27〜54であり、かつzは1〜4である、本発明1211の抗体重鎖可変領域。(206)V1が、SEQ ID NO: 737のアミノ酸配列を含み、極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 498およびSEQ ID NO: 499のアミノ酸配列を含み、かつV2が、SEQ ID NO: 500のアミノ酸配列を含む、本発明1142〜1145のいずれかの抗体重鎖可変領域。
[本発明1213]
V1が、SEQ ID NO: 739のアミノ酸配列を含み、極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 498およびSEQ ID NO: 499のアミノ酸配列を含み、かつV2が、SEQ ID NO: 500のアミノ酸配列を含む、本発明1146〜1149のいずれかの抗体重鎖可変領域。
[本発明1214]
軽鎖可変領域が、SEQ ID NO: 750のアミノ酸配列、SEQ ID NO: 754のアミノ酸配列、およびSEQ ID NO: 755のアミノ酸配列を含む、本発明1059のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1215]
SEQ ID NO: 756のアミノ酸配列をさらに含む、本発明1214のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1216]
軽鎖可変領域が、SEQ ID NO: 751のアミノ酸配列、SEQ ID NO: 754のアミノ酸配列、およびSEQ ID NO: 755のアミノ酸配列を含む、本発明1059のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1217]
SEQ ID NO: 756のアミノ酸配列をさらに含む、本発明1216のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1218]
軽鎖可変領域が、SEQ ID NO: 752のアミノ酸配列、SEQ ID NO: 754のアミノ酸配列、およびSEQ ID NO: 755のアミノ酸配列を含む、本発明1059のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1219]
SEQ ID NO: 756のアミノ酸配列をさらに含む、本発明1218のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1220]
軽鎖可変領域が、SEQ ID NO: 753のアミノ酸配列、SEQ ID NO: 754のアミノ酸配列、およびSEQ ID NO: 755のアミノ酸配列を含む、本発明1059のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1221]
SEQ ID NO: 756のアミノ酸配列をさらに含む、本発明1220のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1222]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 737およびSEQ ID NO: 500のアミノ酸配列を含み、極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 498およびSEQ ID NO: 499のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1223]
SEQ ID NO: 750のアミノ酸配列、SEQ ID NO: 754のアミノ酸配列、およびSEQ ID NO: 755のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む、本発明1222のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1224]
重鎖可変領域が、SEQ ID NO: 739およびSEQ ID NO: 500のアミノ酸配列を含み、極めて長いCDR3が、SEQ ID NO: 498およびSEQ ID NO: 499のアミノ酸配列を含む、本発明1001のヒト化抗体またはその結合断片。
[本発明1225]
SEQ ID NO: 750のアミノ酸配列、SEQ ID NO: 754のアミノ酸配列、およびSEQ ID NO: 755のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をさらに含む、本発明1224のヒト化抗体またはその結合断片。