【誤訳訂正書】
【提出日】平成29年9月6日(2017.9.6)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象の癌または前癌性変化を検出することを補助する方法であって、
前記対象の構成的ゲノムを取得し；
前記対象の生物試料の複数のＤＮＡフラグメントの各々の１つ以上の配列タグをコンピューターシステムに受け入れ、前記生物試料が無細胞性ＤＮＡを含み；
前記配列タグのゲノム位置をコンピューターシステムによって決定し；
第一座位の第一数を決定するために、前記配列タグを、構成的ゲノムとコンピューターシステムによって比較し、ここで、
上記第一座位の各々において、構成的ゲノムと比べた配列異型を有する配列タグ数が、カットオフ値より上で、前記カットオフ値が１より大きい；
前記第一座位における配列異型を有する配列タグのカウントに基づいてパラメーターを決定し；および
前記対象の癌のレベルの分類を決定するために、前記パラメーターを、閾値と比較すること、
を含む、方法。
【請求項２】
前記閾値が、１つ以上の他の対象からの１つ以上の試料から決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記座位の前記カットオフ値が、前記座位におけるゲノム位置を有する配列タグの全数に依存する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
異なるカットオフ値が、少なくとも２つの前記第一座位に使用される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記第一座位の１つについて第一カットオフ値を動的に決定し、前記第一座位の１つが第一領域内に属する、ことをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記第一カットオフ値が、前記第一座位の１つのシークエンス深度に基づいて決定される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記第一カットオフ値が、シーケンスエラー率、前記第一領域のシークエンス深度、および前記第一領域のヌクレオチド位置数に依存する偽陽性率に基づいて決定される、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記第一カットオフ値が、前記第一領域の真陽性数に基づいて決定される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記生物試料の、前記第一領域のシークエンス深度Ｄおよび腫瘍由来ＤＮＡの分画濃度ｆに基づいて、前記第一カットオフ値の真陽性数を算出することをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記真陽性数の算出が、式：
【数１】
2015527057.tif 000001
（式中、Ｐｂは、真陽性を検出する確率であり、ｒは、前記第一カットオフ値であり、Ｍｐ＝Ｄ×ｆ／２である）
に従ったポアソン分布確率を使用する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記第一カットオフ値が、次の基準： 
シークエンス深度が５０より小さいならば、前記第一カットオフ値が５である、
シークエンス深度が５０〜１１０ならば、前記第一カットオフ値が６である、
シークエンス深度が１１１〜２００ならば、前記第一カットオフ値が７であり、
シークエンス深度が２０１〜３１０ならば、前記第一カットオフ値が８であり、
シークエンス深度が３１１〜４５０ならば、前記第一カットオフ値が９であり、
シークエンス深度が４５１〜６２０ならば、前記第一カットオフ値が１０であり、
シークエンス深度が６２１〜８００ならば、前記第一カットオフ値が１１である、
のいずれか１つを使用して決定される、請求項５に記載の方法。
【請求項１２】
前記パラメーターが、第一座位の前記第一数の加重和であり、前記第一座位の各々の分布が、前記第一座位に割り当てられる重要度値に基づいて、重み付けされる、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記パラメーターが、第一座位の前記第一数における配列異型を示す前記配列タグの和を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記和が加重和であり、１つの前記第一座位が、第二前記第一座位の第二重みより異なる第一重みを有する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記第一重みが、前記第二重みより大きく、１つの第一座位が、癌と関連し、前記第二前記第一座位が、癌と関連しない、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記パラメーターが、第一座位の前記第一数である、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
配列タグのゲノム位置の決定が：
前記配列タグの少なくとも１つの部分を、参照ゲノムにアライメントさせ、前記配列タグのアライメントが、前記配列タグと前記構成的ゲノムとの間の１つ以上のミスマッチを許容すること
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記構成的ゲノムに対する前記配列タグの比較が、
前記参照ゲノムと比べた異型を有する第二座位の第二数を決定するために、前記構成的ゲノムを、前記参照ゲノムと比較し；
前記アライメントに基づいて、第三座位の第三数を決定し：
前記第三座位の各々において、前記参照ゲノムと関する配列異型を有する前記配列タグの数が、カットオフ値より上であり；および
第一座位の前記第一数を得るために、前記第三数と前記第二数の差を得ること
を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記第三数と前記第二数の前記差を得ることが、前記第一座位を特定する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記パラメーターの決定が、
第一座位の第一数の各座位について、
前記座位にアライメントされ、前記座位に配列異型を有する配列タグをカウントし；および
各カウントに基づいて前記パラメーターを決定すること
を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記構成的ゲノムが、５０％以上の構成的ＤＮＡを含む前記対象からの構成的試料に由来する、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
配列タグのゲノム位置の決定が、
前記配列タグの少なくとも１つの部分を、前記構成的ゲノムにアライメントさせ、配列タグの前記アライメントが、前記配列タグと前記構成的ゲノムとの間の１つ以上のミスマッチを許容すること
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記構成的ゲノムへの前記配列タグの比較が、
前記アライメントに基づいて、前記対象の前記構成的ゲノムと関連する遺伝子位置において、配列異型を有する配列タグを特定し；
各遺伝子位置に、配列異型を示し；
前記遺伝子位置にアライメントされ、前記遺伝子位置において配列異型を有する配列タグの各数をカウントし；および
前記各数に基づいて、パラメーターを決定すること
を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記各数に基づいて、前記パラメーターが、
第一和を得るために、前記各数を加算し；および
前記パラメーターを決定するために、前記第一和を使用すること
を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記パラメーターを決定するために、前記第一和の使用が、配列異型を示す遺伝子位置の数を、前記第一和から引くことを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記パラメーターを決定するために、前記第一和の使用が、アライメントされた配列タグの量に基づいて、前記第一和を正規化することを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記１つ以上の配列タグが、前記生物試料中のＤＮＡフラグメントのランダムシークエンシングから生成される、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
前記パラメーターが、腫瘍由来ＤＮＡの分画濃度である、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
癌のレベルが、癌が存在するか否か、癌のステージ、腫瘍のサイズ、癌の重症度、又は突然変異もしくは多数の突然変異に伴う前癌病態によって分類される、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
対象の１つ以上の腫瘍中の腫瘍細胞の多数のクローンの不均一性を解析する方法であって、
前記対象の構成的ゲノムを取得し；
前記対象の生物試料中の複数のＤＮＡフラグメントの各々の１つ以上の配列タグをコンピューターシステムによって受け、前記生物試料が、無細胞性ＤＮＡを含み；
前記配列タグのゲノム位置をコンピューターシステムによって決定し；
第一座位の数を決定するために、前記配列タグを、前記構成的ゲノムとコンピューターシステムによって比較し：
各第一座位において、前記構成的ゲノムに関する配列異型を有する前記配列タグの第一数が、カットオフ値より上であり、前記カットオフ値が１より大きく；および
前記第一座位の配列タグの前記第一数に基づいて、前記１つ以上の腫瘍中の腫瘍細胞の多数のクローンの不均一性測度を算出すること、
ここで、不均一性測度は、多数のクローンのすべてによって共有されない突然変異の量を示す、
を含む、方法。
【請求項３１】
多数のクローンの内の少なくとも２つが単一対象に存在する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
不均一性測度が腫瘍内不均一性測度を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
１以上の腫瘍が多数の腫瘍であり、不均一性測度が腫瘍内不均一性測度を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
不均一性レベルの分類を決定するために、前記不均一性測度を、１つ以上の閾値と比較することをさらに含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
前記１つ以上の閾値が、その腫瘍が生検を行われ、不均一性レベル測定のための生検された腫瘍中の突然変異を決定するために解析された１つ以上の他の対象から決定され、および１つ以上の他の対象の無細胞性ＤＮＡを含む生物試料からの不均一性測度が、閾値を決定するために使用される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
１つ以上の閾値に対する前記不均一性測度の比較が、前記不均一性測度に基づいて、不均一性レベルをアウトプットする校正機能に、前記不均一性測度をインプットすることを含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記不均一性測度は、ＤＮＡフラグメントのカットオフ値が、構成的ゲノムにアライメントされた第一座位の全数を含み、同時に、その座位における配列異型を有する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３８】
複数の不均一性測度が算出され、不均一性測度の算出が、
各第一座位で、配列変異を有する配列タグの比率を算出し；
前記比率の値の、第一座位の数のヒストグラムを作成し；および
前記ヒストグラム中の複数のピークを特定すること
を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３９】
複数の不均一性測度の内の１つが、特定したピークの前記数に対応する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
複数の不均一性測度の内の１つが、複数のピークの内の２つのピーク高さの比を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
前記比率各々が、特定の第一座位で測定した腫瘍ＤＮＡの分画濃度を表す、請求項３８に記載の方法。
【請求項４２】
前記不均一性測度が、配列変異を有する配列タグの第一特定量を有する第一座位の第一比率および配列変異を有する配列タグの第二特定量を有する第一座位の第二比率の比に対応する、請求項３０に記載の方法。
【請求項４３】
前記第一特定量が、前記第二特定量より小さい、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記第一特定量が、第一範囲および前記第二特定量が、第二範囲であり、前記第一範囲が、前記第二範囲より下である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記第一特定量および前記第二特定量が、分画濃度または配列変異を有する配列タグの絶対数に対応する、請求項４２に記載の方法。
【請求項４６】
前記不均一性測度が、前記第一数の各々に対応する第一座位の数のヒストグラムから決定される、請求項３０に記載の方法。
【請求項４７】
複数の不均一性測度が算出され、第一座位が、第一サブセットおよび第二サブセットを含み、前記複数の不均一性測度が、前記第一サブセットに対応する前記第一数の第一ヒストグラムおよび前記第二サブセットに対応する前記第一数の第二ヒストグラムを含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記不均一性測度が、特定値以上の対応する第一数を有する第一座位の比率を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項４９】
対象がヒトである、請求項１〜４８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５０】
生物試料が、尿、胸膜液、腹水、腹腔液、唾液、涙、脳脊髄液、又は大便試料である、請求項１〜４９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５１】
９０％超の構成的ＤＮＡを含む対象の構成的試料を得；
構成的試料中のＤＮＡ断片のランダムシークエンシングを行って、構成的試料中の複数のＤＮＡフラグメントの各々について１以上の配列タグを得；
参照ゲノムに二配列タグの少なくとも一部をアライメントさせ、
ここで、第二配列タグのアライメントは、Ｍ以下のゲノム位置で第二配列タグと構成的ゲノムとの間のミスマッチを可能にし（ここで、Ｍは、１以上の整数を示す）；及び
第二配列タグ及び当該アライメントに基づいて構成的ゲノムを構築すること、
を更に含む、請求項１〜５０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５２】
構成的試料が生物試料であり、構成的ゲノムを構築することが、
２つのアレルを有するホモ接合性座位又はヘテロ接合性座位の決定を含むコンセンサス配列を決定し、
構成的ゲノムでコンセンサス配列を使用すること、
を含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
対象の生物試料を準備し、
生物試料中のＤＮＡフラグメントのランダムシークエンシングを行って、生物試料中の多数のＤＮＡフラグメントの各々について１以上の配列タグを作製すること、
を更に含む、請求項１〜５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
請求項１〜５０のいずれか１項の方法を実行するために、コンピューターシステム制御が実行されたときの複数の指示を保存しているコンピューター読み取り可能媒体。
【請求項５５】
少なくとも１つのプロセッサ及びメモリを更に含む、請求項１〜５０のいずれか１項で定義されたステップを実行するための手段を含むコンピューター装置。