【手続補正書】
【提出日】平成29年3月10日(2017.3.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象からのサンプルがＥＧＦＲ融合の存在を示すかどうかを測定するための診断キットであって、ＥＧＦＲ融合、またはその一部と特異的にハイブリダイゼーションする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを含み、前記ＥＧＦＲ融合が、
（ｉ）セプチンタンパク質のコイルドコイルドメイン、
（ｉｉ）ホスホセリンホスファターゼ（ＰＳＰＨ）タンパク質、または
（ｉｉｉ）カリン関連ＮＥＤＤ化解離（ＣＡＮＤ）タンパク質
に融合されるＥＧＦＲのチロシンキナーゼドメインを含む、キット。
【請求項２】
前記オリゴヌクレオチドが、１セットの核酸プライマーまたはインサイチュウハイブリダイゼーションプローブを含む、請求項１に記載のキット。
【請求項３】
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号３２、３３、３４、３５、３８、３９、４０、４１、４４、４５、８７、または８８を含む、請求項１または２に記載のキット。
【請求項４】
ＥＧＦＲ融合が存在する場合にのみ、前記プライマーがポリメラーゼ反応を誘発する、請求項２または３に記載のキット。
【請求項５】
前記セプチンタンパク質が、セプチン−１、セプチン−２、セプチン−３、セプチン−４、セプチン−５、セプチン−６、セプチン−７、セプチン−８、セプチン−９、セプチン−１０、セプチン−１１、セプチン−１２、セプチン−１３、またはセプチン−１４である、請求項１から４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項６】
前記セプチンタンパク質が、セプチン−１４（ＳＥＰＴ１４）である、請求項５に記載のキット。
【請求項７】
前記ＣＡＮＤタンパク質が、ＣＡＮＤ１、ＣＡＮＤ２、またはＣＡＮＤ３である、請求項１から６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８】
前記ＣＡＮＤタンパク質が、ＣＡＮＤ１である、請求項７に記載のキット。
【請求項９】
前記融合タンパク質が、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、またはＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合タンパク質である、請求項１から８のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１０】
前記測定が、遺伝子配列決定、選択的ハイブリダイゼーション、選択的増幅、遺伝子発現分析、またはその組み合わせを含む、請求項１から９のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１１】
対象からのサンプルがＥＧＦＲ融合タンパク質の存在を示すかどうかを測定する診断キットであって、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６、または８４９５を含むＥＧＦＲ融合タンパク質に特異的に結合する抗体を含み、ＥＧＦＲ融合タンパク質が存在する場合にのみ、前記抗体が前記タンパク質を認識する、キット。
【請求項１２】
前記融合タンパク質が、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、またはＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合タンパク質である、請求項１１に記載のキット。
【請求項１３】
ヒト対象におけるＥＧＦＲ融合の存在の検出方法であって、
（ａ）前記ヒト対象からの生体サンプルを得ること、および
（ｂ）ＥＧＦＲ融合が前記対象に存在するかどうかを検出することを含み、
前記ＥＧＦＲ融合が、
（ｉ）セプチンタンパク質のコイルドコイルドメイン、
（ｉｉ）ホスホセリンホスファターゼ（ＰＳＰＨ）タンパク質、または
（ｉｉｉ）カリン関連ＮＥＤＤ化解離（ＣＡＮＤ）タンパク質
に融合される前記ＥＧＦＲのチロシンキナーゼドメインを含む、方法。
【請求項１４】
前記検出が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６、もしくは８４９５に対する抗体を用いるＥＬＩＳＡ、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６、もしくは８４９５に対する抗体を用いるウエスタンブロット、質量分析、等電点分離法、またはその組み合わせによりＥＧＦＲ融合タンパク質レベルを測定することを含む、請求項１３に記載方法。
【請求項１５】
ステップ（ｂ）の前記検出が、前記対象におけるＥＧＦＲ融合タンパク質をコードする核酸配列が存在するかどうかを検出することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記核酸配列が、配列番号２、４、８、１０、１４、または１５のいずれか１つを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記検出が、ＥＧＦＲ融合を検出するためのハイブリダイゼーション、増幅、または配列決定法を用いることを含む、請求項１５または１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記増幅が、配列番号３２、３３、３４、３５、３８、３９、４０、４１、４４、４５、８７、または８８を含むプライマーを用いる、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＥＧＦＲ融合が、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、またはＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合タンパク質である、請求項１３または１４に記載の方法。
【請求項２０】
前記ＥＧＦＲ融合が、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、またはＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合タンパク質である、請求項１５から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
（ｉ）セプチンタンパク質のコイルドコイルドメイン、
（ｉｉ）ホスホセリンホスファターゼ（ＰＳＰＨ）タンパク質、または
（ｉｉｉ）カリン関連ＮＥＤＤ化解離（ＣＡＮＤ）タンパク質
を含むポリペプチドに融合されるＥＧＦＲタンパク質のチロシンキナーゼドメインを含む、精製融合タンパク質に特異的に結合する、抗体またはその抗原結合断片。
【請求項２２】
前記融合タンパク質が、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１、またはＥＧＦＲ−ＰＳＰＨである、請求項２１に記載の抗体または抗原結合断片。
【請求項２３】
前記ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合タンパク質が、配列番号１、３、または５のアミノ酸配列を含む、請求項２２に記載の抗体または抗原結合断片。
【請求項２４】
前記ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合タンパク質が、配列番号１３、１６、または８４９５のアミノ酸配列を含む、請求項２２に記載の抗体または抗原結合断片。
【請求項２５】
前記ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質が、配列番号７、９、または１１のアミノ酸配列を含む、請求項２２に記載の抗体または抗原結合断片。
【請求項２６】
（ｉ）セプチンタンパク質のコイルドコイルドメイン、
（ｉｉ）ホスホセリンホスファターゼ（ＰＳＰＨ）タンパク質、または
（ｉｉｉ）カリン関連ＮＥＤＤ化解離（ＣＡＮＤ）タンパク質
に融合する、ＥＧＦＲのチロシンキナーゼドメインを含む融合タンパク質をコードするｃＤＮＡ。
【請求項２７】
（ｉ）セプチンタンパク質のコイルドコイルドメイン、
（ｉｉ）ホスホセリンホスファターゼ（ＰＳＰＨ）タンパク質、または
（ｉｉｉ）カリン関連ＮＥＤＤ化解離（ＣＡＮＤ）タンパク質
に融合する、ＥＧＦＲのチロシンキナーゼドメインを含む、精製融合タンパク質。
【請求項２８】
（ｉ）セプチンタンパク質のコイルドコイルドメイン、
（ｉｉ）ホスホセリンホスファターゼ（ＰＳＰＨ）タンパク質、または
（ｉｉｉ）カリン関連ＮＥＤＤ化解離（ＣＡＮＤ）タンパク質
を含むポリペプチドに融合される、ＥＧＦＲタンパク質のチロシンキナーゼドメインを含む、対象における融合タンパク質の発現レベルまたは活性を減少させる組成物であって、前記融合タンパク質の阻害剤を含む薬学的に許容可能な担体と混合されている組成物。
【請求項２９】
有効量のＥＧＦＲ融合分子阻害剤を対象に投与することを含み、それを必要とする前記対象における固形腫瘍の増殖の減少方法であって、前記阻害剤が前記固形腫瘍のサイズを減少させ、
前記ＥＧＦＲ融合が
（ｉ）セプチンタンパク質のコイルドコイルドメイン、
（ｉｉ）ホスホセリンホスファターゼ（ＰＳＰＨ）タンパク質、または
（ｉｉｉ）カリン関連ＮＥＤＤ化解離（ＣＡＮＤ）タンパク質
に融合される、前記ＥＧＦＲの前記チロシンキナーゼドメインを含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００４】
政府援助
本発明は、米国国立がん研究所から認可番号ＣＡ１０１６４４助成金番号Ｒ０１ＣＡ１０１６４４のもとに、政府援助によりなされた。政府は、本発明において所定の権利を有する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１９】
本発明の一態様は、配列番号１０を含む遺伝的切断点を有する、精製されたＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質に関する。一実施形態では、前記精製融合タンパク質は、他のヒトタンパク質を実質的に含まない。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
本発明の一態様は、配列番号１３または８４９５を含む、精製されたＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合タンパク質に関する。一実施形態では、前記精製融合タンパク質は、他のヒトタンパク質を実質的に含まない。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２７】
本発明の一態様は、配列番号１５を含む遺伝的切断点を有する、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合タンパク質をコードする合成核酸に関する。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
本発明の一態様は、ＥＧＦＲタンパク質のチロシンキナーゼドメインを構成的に活性化するポリペプチドに融合される前記ＥＧＦＲタンパク質の前記チロシンキナーゼドメインを含む、精製融合タンパク質に特異的に結合する、抗体またはその抗原結合断片に関する。一実施形態では、前記融合タンパク質は、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、またはＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合タンパク質である。別の実施形態では、前記ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合タンパク質は、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４である。一実施形態では、前記ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合タンパク質は、配列番号１、３、または５のアミノ酸配列を含む。一実施形態では、前記ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合タンパク質は、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１である。一実施形態では、前記ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合タンパク質は、配列番号１３、１６、または８４９５のアミノ酸配列を含む。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３１】
本発明の一態様は、カリン関連ＮＥＤＤ化解離（ＣＡＮＤ）タンパク質を含むポリペプチドに融合されるＥＧＦＲタンパク質のチロシンキナーゼドメインを含む、精製融合タンパク質に特異的に結合する、抗体またはその抗原結合断片に関する。一実施形態では、前記ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合タンパク質は、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１である。一実施形態では、前記ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合タンパク質は、配列番号１３、１６、または８４９５のアミノ酸配列を含む。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３６】
本発明の一態様は、対象からのサンプルがＥＧＦＲ融合の存在を示すかどうかを測定するための診断キットであって、ＥＧＦＲ融合、またはその一部と特異的にハイブリダイゼーションする少なくとも１つのオリゴヌクレオチドを含む前記キットに関する。一実施形態では、前記オリゴヌクレオチドが、１セットの核酸プライマーまたはインサイチュウハイブリダイゼーションプローブを含む。別の実施形態では、前記オリゴヌクレオチドが、配列番号３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８７、８８もしくは８９、またはその組み合わせを含む。さらなる実施形態（ｅｍｎｂｏｄｉｍｅｎｔ）では、ＥＧＦＲ融合が存在する場合にのみ、前記プライマーがポリメラーゼ反応を刺激する。いくつかの実施形態（ｅｍｄｏｉｍｅｎｔ）では、前記融合タンパク質は、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、またはＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合タンパク質である。他の実施形態では、前記測定が、遺伝子配列決定、選択的ハイブリダイゼーション、選択的増幅、遺伝子発現分析、またはその組み合わせを含む。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３７】
本発明の一態様は、対象からのサンプルがＥＧＦＲ融合タンパク質の存在を示すかどうかを測定する診断キットであって、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６、または８４９５を含むＥＧＦＲ融合タンパク質に特異的に結合する抗体を含み、ＥＧＦＲ融合タンパク質が存在する場合にのみ、前記抗体が前記タンパク質を認識する前記キットに関する。一実施形態では、前記融合タンパク質はＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、またはＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合タンパク質である。一実施形態では、前記対象は、遺伝子融合に関連する癌を患う。一実施形態では、前記遺伝子融合に関連する癌が、多形膠芽腫、乳癌、肺癌、前立腺癌、または結腸直腸癌を含む。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３８】
本発明の一態様は、ヒト対象におけるＥＧＦＲ融合の存在を検出する方法に関する。前記方法は、前記ヒト対象からの生体サンプルを得ることと、ＥＧＦＲ融合が前記対象に存在するかどうかを検出することとを含む。一実施形態では、前記検出が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６、または８４９５に対する抗体を用いるＥＬＩＳＡ、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６、または８４９５に対する抗体を用いるウエスタンブロット、質量分析、等電点分離法、またはその組み合わせによりＥＧＦＲ融合タンパク質レベルを測定することを含む。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３９】
本発明の一態様は、ヒト対象におけるＥＧＦＲ融合の存在を検出する方法に関する。前記方法は、ヒト対象からの生体サンプルを得ることと、前記対象におけるＥＧＦＲ融合タンパク質をコードする核酸配列が存在するかどうかを検出することとを含む。一実施形態では、前記核酸配列が、配列番号２、４、８、１０、１４、及び１５のいずれか１つを含む。別の実施形態では、前記検出が、ＥＧＦＲ融合を検出するためのハイブリダイゼーション、増幅、または配列決定法を用いることを含む。さらなる実施形態では、前記増幅が、配列番号３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８７、８８または８９を含むプライマーを用いる。いくつかの実施形態では、前記融合タンパク質は、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、またはＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合タンパク質である。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４１】
【図１Ａ】図１Ａは、ＭｕｔＣｏｍＦｏｃａｌによる３つのカテゴリのそれぞれの最上位にスコア付けされる確認されたＧＢＭ遺伝子のクロモソームビューである。プロットは、有意なコピー数の変更なしに変異した遺伝子を示す（Ｍｕｔ、変異％、変異の頻度）。これまでに知られるＧＢＭ遺伝子は緑（白黒画像ではライトグレー）で示され、新たに単独で確認されたＧＢＭ遺伝子は赤（白黒画像ではダークグレー）で示される。
【図１Ｂ】図１Ｂは、ＭｕｔＣｏｍＦｏｃａｌによる３つのカテゴリのそれぞれの最上位にスコア付けされる確認されたＧＢＭ遺伝子のクロモソームビューである。プロットは、局所性的及び再発的増幅の領域における変異した遺伝子を示す（Ａｍｐ−Ｍｕｔ、増幅／変異スコア）。これまでに知られるＧＢＭ遺伝子は緑（白黒画像ではライトグレー）で示され、新たに単独で確認されたＧＢＭ遺伝子は赤（白黒画像ではダークグレー）で示される。
【図１Ｃ】図１Ｃは、ＭｕｔＣｏｍＦｏｃａｌによる３つのカテゴリのそれぞれの最上位にスコア付けされる確認されたＧＢＭ遺伝子のクロモソームビューである。プロットは、局所性的及び再発的欠失の領域における変異した遺伝子を示す（Ｄｅｌ−Ｍｕｔ、欠失／変異スコア）。これまでに知られるＧＢＭ遺伝子は緑（白黒画像ではライトグレー）で示され、新たに単独で確認されたＧＢＭ遺伝子は赤（白黒画像ではダークグレー）で示される。
【図２Ａ−Ｂ】図２Ａ〜Ｂは、ＬＺＴＲ−１における変更された残余の局所化（Ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ）を示す。図２Ａは、ＬＺＴＲ−１及びＦｌａｇ−Ｃｕｌ３野生型（ＷＴ）を発現するベクターにより遺伝子導入された２９３Ｔ細胞由来のライセートを示し、Ｆｌａｇ−Ｃｕｌ３−ドミナントネガティブ（ＤＮ）または空のベクターは、Ｆｌａｇ抗体で免疫沈降され、示される抗体でウエスタンブロットによりアッセイされた。＊、非特異的バンド；左のブラケットはＣｕｌ３ポリペプチドを示す。分子量は、右に示される。図２Ｂは、推定結合部位に結合されたＣｕｌ３のＮ末端ドメイン（白）を有するＬＺＴＲ−１のＫｅｌｃｈ（緑；リボンダイヤグラムの左側の白黒画像におけるグレー）、ＢＴＢ（シアン；（リボンダイヤグラムの中央及び右側の白黒画像におけるライトグレー）及びＢＡＣＫ（紫；リボンダイヤグラムの中央及び右側の白黒画像におけるダークグレー）ドメインの相同性モデルを示す。ＧＢＭ変異は、赤で示される（白黒画像におけるダークグレー；リボンダイヤグラムの左側）。
【図２Ｃ】Ｋｅｌｃｈのβ−プロペラドメイン由来の６つのブレードの配列アラインメント。各ブレードは、ａ、ｂ、ｃ、ｄで標識された４つのコアβストランドを含む。保存残余はグレーでハイライトされ、ＧＢＭで変異された残余は赤で示される。ブレード５及び６の端部の挿入は、ブラケットで示される。この図面は、配列番号８４７８を開示している。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４４】
【図６】図６は、全てのエキソームデータからの置換の分布を示す。
【図７】図７は、変異部位におけるジヌクレオチド分布を示す。
【図８】選択されたＬＺＴＲ−１オルソログの配列アラインメント。ＧＢＭで検出された変異は、整列された配列の上に赤で示される。ＬＺＴＲ−１遺伝子は、最も古代に生存する後生動物系統１７として遺伝子的に認識される、海綿Ａｍｐｈｉｍｅｄｏｎ  ｑｕｅｅｎｓｌａｎｄｉｃａを含む、最も後生の動物に存在する。ＬＺＴＲ−１は、また、Ｃａｐｓａｓｐｏｒａ  ｏｗｃｚａｒｚａｋｉ（図面に含まれる）を含むいくつかの近後生動物単細胞の原生生物、及び襟鞭毛虫のＳａｌｐｉｎｇｏｅｃａ  ｒｏｓｅｔｔａ及びＭｏｎｏｓｉｇａ  ｂｒｅｖｉｃｏｌｌｉｓに存在する。これらのオピストコンタは、動物における多細胞性、分化、及び細胞間の連絡の研究の発展のために重要な生物であり、癌１８における分子経路の役割の理解を補助する。ＢＴＢ−ＢＡＣＫ−Ｋｅｌｃｈタンパク質８とは異なり、ＬＺＴＲ−１は、特徴的なＫｅｌｃｈ−ＢＴＢ−ＢＡＣＫ−ＢＴＢ−ＢＡＣＫドメイン構造を有し、その外観から、もしあっても、ＬＺＴＲ−１遺伝子の重複がほとんどない。その名前に関わらず、ＬＺＴＲ−１はロイシンジッパー領域を含まない。この図面は、上から順に配列番号８４７９から８４８２をそれぞれ開示している。
【図９】ＢＴＢ−ＢＡＣＫドメインの配列アラインメント。ＬＺＴＲ−１の２つのＢＴＢ−ＢＡＣＫドメインは、ＨＨｐｒｅｄ６からの予測される二次構造とともに含まれる。３−ｂｏｘは、ＢＡＣＫドメイン内のＣｕｌ３結合エレメントである。ＫＬＨＬ３（ＰＤＢ  ＩＤ  ４ＨＸＩ）、ＫＬＨＬ１１（ＰＤＢ  ＩＤ  ４ＡＰ２）及びＧｉｇａｘｏｎｉｎ（ＰＤＢ  ＩＤ  ３ＨＶＥ）の二次構造は、結晶構造に基づく。ＳＰＯＰの二次構造は、ＢＴＢ並びにＢＡＣＫドメインの残りからの３−ｂｏｘ領域（ＰＤＢ  ＩＤ  ３ＨＴＭ）及びＨＨｐｒｅｄ予測についての結晶構造に基づく。ＳＰＯＰ及びＬＺＴＲ−１がＢＡＣＫドメインの切断されたバージョンを含むため、ＫＬＨＬ３、ＫＬＨＬ１１、及びＧｉｇａｘｏｎｉｎからのＢＡＣＫドメインの半分のＮ末端のみが含まれる。この図面は、上から順に配列番号８４８３から８４８８をそれぞれ開示している。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４６】
【図１２Ａ】トランスクリプトームシーケンシング全体により識別されるＮＦＡＳＣ−ＮＴＲＫ１遺伝子融合。分裂の読み取りは限界点での整列で示される。限界点での予測されるリーディングフレームは、青でＮＦＡＳＣ配列（白黒画像におけるグレー；「ＲＶＱ…ＧＥＤ」アミノ酸及び「ＡＧＡ…ＡＴＴ」ヌクレオチドを包含する）及び赤でＮＴＲＫ１（白黒画像におけるライトグレー；「ＹＴＮ…ＶＧＬ」アミノ酸及び「ＡＧＡ…ＡＡＧ」ヌクレオチドを包含する）により上に示される。この図面は、配列番号８４８９および８４９０を開示している。
【図１２Ｂ】トランスクリプトームシーケンシング全体により識別されるＮＦＡＳＣ−ＮＴＲＫ１遺伝子融合。（左のパネル）、ＧＢＭ由来のｃＤＮＡによるＮＦＡＳＣ−ＮＴＲＫ１特異的ＰＣＲ。マーカー、１ｋｂラダー（右のパネル）、限界点でのリーディングフレーム（配列番号８４９１）を示すサンガーシーケンシングクロマトグラム及び陽性サンプルにおける融合タンパク質の推定上の翻訳（配列番号８４９２）。
【図１２Ｃ】トランスクリプトームシーケンシング全体により識別されるＮＦＡＳＣ−ＮＴＲＫ１遺伝子融合。ＮＦＡＳＣ−ＮＴＲＫ１融合タンパク質配列（配列番号８４９３）及び概略図。ＮＦＡＳＣ及びＮＴＲＫ１に対応する領域が青で（白黒画像におけるグレー；「ＭＡＲ…ＧＥＤ」アミノ酸を含む配列）及び赤で（白黒画像におけるライトグレー；「ＹＴＮ…ＶＬＧ」アミノ酸を含む配列）それぞれ示される。融合は、ｎｅｕｒｏｆａｓｃｉｎの５つのフィブロネクチン−タイプＩＩＩドメインのうち２つ及びＮＴＲＫ１のプロテインキナーゼドメインを含む。
【図１２Ｄ】トランスクリプトームシーケンシング全体により識別されるＮＦＡＳＣ−ＮＴＲＫ１遺伝子融合。ＮＦＡＳＣイントロン９とＮＴＲＫ１のイントロン２１とのゲノムの融合。融合ｍＲＮＡにおいて、ＮＦＡＳＣのエクソン２１は、ＮＴＲＫ１のエクソン１０に対して５’をスプライスされる。実線の矢印は、ＧＢＭサンプルＴＣＧＡ−０６−５４１１において融合特異的なＰＣＲ産物を生成する融合ゲノムプライマーの位置を示す。
【図１３】ＲＮＡ配列データから読み取られた深さにより測定される発現を示す。融合事象に関係される遺伝子の領域における非常に高いレベルの発現に留意する。
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４７】
【図１４Ａ】トランスクリプトームシーケンシング全体により識別されるＣＡＮＤ１−ＥＧＦＲ遺伝子融合。分裂の読み取りは限界点での整列で示される。限界点での予測されるリーディングフレームは、青でＣＡＮＤ１配列（白黒画像におけるグレー；配列番号１３の「ＴＳＡ…ＬＳＲ」アミノ酸及び配列番号１４の「ＴＴＡ…ＣＡＧ」ヌクレオチドを含む配列）及び赤でＥＧＦＲ（白黒画像におけるライトグレー；配列番号１３の「ＣＴＧ…ＶＧＸ」アミノ酸及び配列番号１４の「ＡＴＣ…ＧＧＣ」ヌクレオチドを含む配列）により上に示される。アミノ酸配列（上）は配列番号１３；ヌクレオチド配列（下）は配列番号１４である。
【図１４Ｂ】トランスクリプトームシーケンシング全体により識別されるＣＡＮＤ１−ＥＧＦＲ遺伝子融合。（左のパネル）、ＧＢＭ由来のｃＤＮＡによるＣＡＮＤ１−ＥＧＦＲ特異的ＰＣＲ。マーカー、１ｋｂラダー（右のパネル）、限界点でのリーディングフレーム（配列番号１５）を示すサンガーシーケンシングクロマトグラム及び陽性サンプルにおける融合タンパク質（配列番号１６）の推定上の翻訳（ボックス配列）。この図面は、配列番号８４９４も開示している。
【図１４Ｃ】トランスクリプトームシーケンシング全体により識別されるＣＡＮＤ１−ＥＧＦＲ遺伝子融合。ＣＡＮＤ１−ＥＧＦＲ融合タンパク質配列（配列番号８４９５）。ＣＡＮＤ１及びＥＧＦＲに対応する領域は、青（白黒画像におけるグレー；配列番号８４９５の「ＭＡＳ…ＬＳＲ」アミノ酸を含む配列）及び赤（白黒画像におけるグレー；配列番号８４９５の「ＣＴＧ…ＩＧＡ＊」アミノ酸を含む配列）でそれぞれ示される。
【図１４Ｄ】トランスクリプトームシーケンシング全体により識別されるＣＡＮＤ１−ＥＧＦＲ遺伝子融合。ＣＡＮＤ１イントロン４とＥＧＦＲのイントロン１５とのゲノムの融合。融合ｍＲＮＡにおいて、ＣＡＮＤ１のエクソン４は、ＥＧＦＲのエクソン１６に対して５’をスプライスされる。
【図１５】野生型及び変異体ＬＺＴＲ−１のタンパク質安定性とＣｕｌ３との相互作用を示すブロットの写真画像である。Ｍｙｃ−ＬＺＴＲ−１及びＦｌａｇ−Ｃｕｌ３を発現するベクターまたは空のベクターにより遺伝子導入されたＳＦ１８８神経膠腫細胞由来のライセートが、Ｆｌａｇ抗体により免疫沈降され、示される抗体を用いるウエスタンブロットによりアッセイされた。＊、非特異的バンド；矢印の先端はＮＥＤＤ化されたＣｕｌ３を示す。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６２】
タンパク質は核酸（たとえば、ゲノムＤＮＡ、相補性ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）、合成ＤＮＡ、と同様に相当するＲＮＡの任意の形態を含む）によってコードされる。たとえば、それは遺伝子の組換え核酸によってコードされることができる。本発明のタンパク質は種々の供給源から入手することができ、当該技術で既知の種々の技法に従って作出することができる。たとえば、タンパク質をコードする核酸はＤＮＡライブラリーをスクリーニングすることによってまたは天然の供給源からの増幅によって得ることができる。タンパク質はその断片または一部であることができる。タンパク質をコードする核酸は組換えＤＮＡ技術を介して作出することができ、そのような組換え核酸は化学合成、遺伝子操作、酵素法またはそれらの組み合わせを含む従来の技法によって調製することができる。たとえば、本発明の融合タンパク質は、ＥＧＦＲタンパク質のチロシンキナーゼドメインを構成的に活性化するポリペプチドに融合されるＥＧＦＲタンパク質のチロシンキナーゼドメインを含む。たとえば、融合タンパク質はＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、またはＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合タンパク質であることができる。ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合タンパク質の例はＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４である。一実施形態では、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合ポリペプチドは配列番号１、３または５で示されるアミノ酸配列を有することができる。ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質の例は配列番号７、９または１１で示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドである。ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合タンパク質の例はＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１である。一実施形態では、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合ポリペプチドは配列番号１３、１６または８４９５で示されるアミノ酸配列を有することができる。
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６７】
本明細書で使用されるとき、「ＥＧＦＲ融合分子」はＥＧＦＲタンパク質のチロシンキナーゼドメインを構成的に活性化するポリペプチドに融合されるＥＧＦＲタンパク質のチロシンキナーゼドメインを含む融合タンパク質に相当するポリペプチドをコードする核酸であることができる。たとえば、ＥＧＦＲ融合分子には、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合（たとえば、配列番号１、３、または５で示されるアミノ酸配列を含むまたは配列番号２または４で示される核酸配列を含むＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合ポリペプチド）；ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合（たとえば、配列番号７、９、または１１で示されるアミノ酸配列を含むまたは配列番号８または１０で示される核酸配列を含む）、またはＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合（たとえば、配列番号１３、１６または８４９５で示されるアミノ酸配列を含むまたは配列番号１４または１５で示される核酸配列を含むＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合ポリペプチド）を挙げることができる。たとえば、ＥＧＦＲ融合分子にはＧｅｎｅｂａｎｋ受入番号ＮＰ＿００５２１９、ＮＰ＿９５８４３９、ＮＰ＿９５８４４０またはＮＰ＿９５８４４１に相当するアミノ酸配列を含むＥＧＦＲ含有の融合を挙げることができる。ＥＧＦＲ融合分子には、表１０に載せた遺伝子のいずれか１つによってコードされるタンパク質に融合されるＥＧＦＲタンパク質のチロシンキナーゼドメインを挙げることもできる。ＥＧＦＲ融合分子には、その断片のような上述の例の変異体を挙げることができる。
【手続補正１８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７２】
一実施形態では、ＥＧＦＲ融合分子は、たとえば、配列番号２、４、８、１０、１４または１５で示される配列のような、ＥＧＦＲ融合分子をコードする核酸配列によってコードされるタンパク質またはポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ融合分子をコードする核酸配列は配列番号２、４、８、１０、１４または１５に対して約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９３％、約９５％、約９７％、約９８％、または約９９％同一である。別の実施形態では、ポリペプチドは、たとえば、グリコシル化及び／またはアセチル化及び／または化学反応またはカップリングによって修飾することができ、１または数個の非天然のまたは合成のアミノ酸を含有することができる。ＥＧＦＲ融合分子の例は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６または８４９５で示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドである。一部の実施形態では、ポリペプチドであるＥＧＦＲ融合分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６または８４９５に対して約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９３％、約９５％、約９７％、約９８％、または約９９％同一である。別の実施形態では、ＥＧＦＲ融合分子はＥＧＦＲ融合タンパク質の断片であることができる。たとえば、ＥＧＦＲ融合分子は配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６または８４９５の少なくとも約８の連続するアミノ酸の部分を包含することができる。断片は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６または８４９５の少なくとも約１０のアミノ酸、少なくとも約２０のアミノ酸、少なくとも約３０のアミノ酸、少なくとも約４０のアミノ酸、少なくとも約５０のアミノ酸、少なくとも約６０のアミノ酸、または少なくとも約７５のアミノ酸を含むことができる。断片には、約８〜約１００のアミノ酸の間の考えられるアミノ酸の長さすべて、たとえば、約１０〜約１００のアミノ酸の間、約１５〜約１００のアミノ酸の間、約２０〜約１００のアミノ酸の間、約３５〜約１００のアミノ酸の間、約４０〜約１００のアミノ酸の間、約５０〜約１００のアミノ酸の間、約７０〜約１００のアミノ酸の間、約７５〜約１００のアミノ酸の間、または約８０〜約１００のアミノ酸の間の長さが含まれる。断片には、約１００〜８００のアミノ酸の間の考えられるアミノ酸の長さすべて、たとえば、約１２５〜８００のアミノ酸の間、約１５０〜８００のアミノ酸の間、約１７５〜８００のアミノ酸の間、約２００〜８００のアミノ酸の間、約２２５〜８００のアミノ酸の間、約２５０〜８００のアミノ酸の間、約２７５〜８００のアミノ酸の間、約３００〜８００のアミノ酸の間、約３２５〜８００のアミノ酸の間、約３５０〜８００のアミノ酸の間、約３７５〜８００のアミノ酸の間、約４００〜８００のアミノ酸の間、約４２５〜８００のアミノ酸の間、約４５０〜８００のアミノ酸の間、約４７５〜８００のアミノ酸の間、約５００〜８００のアミノ酸の間、約５２５〜８００のアミノ酸の間、約５５０〜８００のアミノ酸の間、約５７５〜８００のアミノ酸の間、約６００〜８００のアミノ酸の間、約６２５〜８００のアミノ酸の間、約６５０〜８００のアミノ酸の間、約６７５〜８００のアミノ酸の間、約７００〜８００のアミノ酸の間、約７２５〜８００のアミノ酸の間、約７５０〜８００のアミノ酸の間、または約７７５〜８００のアミノ酸の間の長さが含まれる。
【手続補正１９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７４】
任意でポリペプチド断片を別々に合成し、化学法を用いて組み合わせて完全長の分子を作出することができる。たとえば、これらの方法を利用して本発明の融合タンパク質を合成することができる。一実施形態では、本発明の融合タンパク質はＥＧＦＲタンパク質のチロシンキナーゼドメインを構成的に活性化するポリペプチドに融合されるＥＧＦＲタンパク質のチロシンキナーゼドメインを含む。たとえば、融合タンパク質はＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、またはＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合タンパク質であることができる。ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合タンパク質の例はＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４である。一実施形態では、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合ポリペプチドは配列番号１、３または５で示されるアミノ酸配列を有することができる。ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質の例は配列番号７、９または１１で示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドである。ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合タンパク質の例はＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１である。一実施形態では、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合ポリペプチドは配列番号１３、１６または８４９５で示されるアミノ酸配列を有することができる。
【手続補正２０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８１】
断片は、たとえば、ＥＧＦＲ融合タンパク質のようなタンパク質の断片であることができる。たとえば、ＥＧＦＲ融合の断片は配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６または８４９５の少なくとも８の連続するアミノ酸の部分を包含することができる。断片は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６または８４９５の少なくとも約１０の連続するアミノ酸、少なくとも約２０の連続するアミノ酸、少なくとも約３０の連続するアミノ酸、少なくとも約４０の連続するアミノ酸、少なくとも約５０の連続するアミノ酸、少なくとも約６０の連続するアミノ酸、少なくとも約７０の連続するアミノ酸、少なくとも約７５の連続するアミノ酸、少なくとも約８０の連続するアミノ酸、少なくとも約８５の連続するアミノ酸、少なくとも約９０の連続するアミノ酸、少なくとも約９５の連続するアミノ酸、少なくとも約１００の連続するアミノ酸、少なくとも約２００の連続するアミノ酸、少なくとも約３００の連続するアミノ酸、少なくとも約４００の連続するアミノ酸、少なくとも約５００の連続するアミノ酸、少なくとも約６００の連続するアミノ酸、少なくとも約７００の連続するアミノ酸、または少なくとも約８００の連続するアミノ酸を含むことができる。断片は、約８〜約１００のアミノ酸の間の考えられるアミノ酸の長さすべて、たとえば、約１０〜約１００のアミノ酸の間、約１５〜約１００のアミノ酸の間、約２０〜約１００のアミノ酸の間、約３５〜約１００のアミノ酸の間、約４０〜約１００のアミノ酸の間、約５０〜約１００のアミノ酸の間、約７０〜約１００のアミノ酸の間、約７５〜約１００のアミノ酸の間、または約８０〜約１００のアミノ酸の間の長さを含む。
【手続補正２１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９９】
たとえば、ＥＧＦＲ融合ポリペプチドは配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６または８４９５の少なくとも約８の連続するアミノ酸の部分を包含することができる。断片は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６または８４９５の少なくとも約１０の連続するアミノ酸、少なくとも約２０の連続するアミノ酸、少なくとも約３０の連続するアミノ酸、少なくとも約４０の連続するアミノ酸、少なくとも約５０の連続するアミノ酸、少なくとも約６０の連続するアミノ酸、少なくとも約７０の連続するアミノ酸、少なくとも約７５の連続するアミノ酸、少なくとも約８０の連続するアミノ酸、少なくとも約８５の連続するアミノ酸、少なくとも約９０の連続するアミノ酸、少なくとも約９５の連続するアミノ酸、少なくとも約１００の連続するアミノ酸、少なくとも約２００の連続するアミノ酸、少なくとも約３００の連続するアミノ酸、少なくとも約４００の連続するアミノ酸、少なくとも約５００の連続するアミノ酸、少なくとも約６００の連続するアミノ酸、少なくとも約７００の連続するアミノ酸、または少なくとも約８００の連続するアミノ酸を含むことができる。断片は、約８〜約１００のアミノ酸の間の考えられるアミノ酸の長さすべて、たとえば、約１０〜約１００のアミノ酸の間、約１５〜約１００のアミノ酸の間、約２０〜約１００のアミノ酸の間、約３５〜約１００のアミノ酸の間、約４０〜約１００のアミノ酸の間、約５０〜約１００のアミノ酸の間、約７０〜約１００のアミノ酸の間、約７５〜約１００のアミノ酸の間、または約８０〜約１００のアミノ酸の間の長さを含む。これらのペプチド断片は商業的に得ることができ、または液相合成法若しくは固相合成法を介して合成することができる（Ａｔｈｅｒｔｏｎら，（１９８９）、Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ．ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ）。ＥＧＦＲ融合ペプチド断片は、天然の供給源から単離することができ、遺伝子操作することができ、または化学的に調製することができる。これらの方法は当該技術で周知である。
【手続補正２２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１００
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１００】
ＥＧＦＲ融合分子阻害剤は、ＥＧＦＲ融合分子に対して向けられた抗体（モノクローナル、ポリクローナル、ヒト化、キメラまたは完全にヒトの）またはその結合断片のようなタンパク質であることができる。抗体断片は、完全長形態以外の抗体の形態であることができ、それには、操作されている抗体断片に加えて、完全長の抗体の範囲内に存在する部分及び成分が挙げられる。抗体断片には、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、二重特異性抗体、Ｆｖ、及び（Ｆａｂ’）２、三重特異性抗体、Ｆｃ、Ｆａｂ、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、ＣＤＲの組み合わせ、可変領域、四重特異性抗体、二官能性ハイブリッド抗体、フレームワーク領域、定常領域等を挙げることができるが、これらに限定されない（Ｍａｙｎａｒｄら，（２０００）、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｅｎｇ．２：３３９−７６；Ｈｕｄｓｏｎ（１９９８）、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．９：３９５−４０２を参照のこと）。抗体は、商業的に得ることができ、特別注文で生成することができ、または当該技術で確立された方法に従って当該抗原に対して合成することができる（それぞれその全体が参照によって本明細書に組み入れられる米国特許第６，９１４，１２８号、米国特許第５，７８０，５９７号、及び米国特許第５，８１１，５２３号；Ｒｏｌａｎｄ、Ｅ．Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ及びＳｔｅｆａｎ  Ｄｕｅｂｅｌ（編者），Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，第Ｉ及びＩＩ巻，（２０１０）第２版，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ；Ａｎｔｏｎｙ  Ｓ．Ｄｉｍｉｔｒｏｖ（編者），Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ），（２００９），Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ；Ｂｅｎｎｙ  Ｌｏ（編者）、Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ），（２００４）、Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓを参照のこと）。たとえば、ＥＧＦＲ融合分子に向けた抗体は、Ａｂｃａｍ、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ａｂｇｅｎｔ、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｎｏｖｕｓ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ等から商業的に入手することができる。ＥＧＦＲ融合分子に向けたヒト抗体（たとえば、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、完全にヒト抗体またはキメラ抗体）はヒトにおいて使用するための有用な抗体療法であることができる。一実施形態では、抗体またはその結合断片は配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６または８４９５に対して向けられる。
【手続補正２３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０６】
一実施形態では、ＥＧＦＲ融合分子を含むヒト核酸配列に向けられるｓｉＲＮＡは配列番号２、４、８、１０、１４または１５のいずれか１つに対して生成することができる。別の実施形態では、ＥＧＦＲ融合分子の切断点を含むヒト核酸配列に向けられるｓｉＲＮＡは配列番号４、１０または１５のいずれか１つに対して生成することができる。
【手続補正２４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１６】
請求される方法のそれぞれにおける投与工程は、たとえば、ＥＧＦＲ融合分子阻害剤（たとえば、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合タンパク質またはそれらの断片に特異的に結合する抗体を含む医薬組成物；ＥＧＦＲタンパク質に特異的に結合する小分子；ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合タンパク質、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合タンパク質の発現を低下させるアンチセンスＲＮＡまたはアンチセンスＤＮＡ；ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合遺伝子、ＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合遺伝子、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合遺伝子を特異的に標的とするｓｉＲＮＡ）のような薬剤の投与を含むことができる。一実施形態では、投与される治療分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６または８４９５のアミノ酸配列の少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９３％、少なくとも約９５％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％を含み、そのようなタンパク質の発現を低下させる機能を呈するので、遺伝子融合に関連する癌を治療するＥＧＦＲ融合分子のポリペプチドを含む。別の実施形態では、治療分子の投与は、多形膠芽腫、乳癌、肺癌、前立腺癌、または結腸直腸癌に関連する固形腫瘍のサイズを低下させる。さらなる実施形態では、治療分子の投与は、遺伝子融合に関連する癌を患う対象にて細胞増殖を低下させる。
【手続補正２５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１７】
別の実施形態では、投与される治療分子はＥＧＦＲ融合分子を含むヒトの核酸配列に向けられたｓｉＲＮＡを含む。一実施形態では、ｓｉＲＮＡは配列番号２、４、８、１０、１４または１５のいずれか１つに向けられる。さらなる実施形態では、投与される治療分子は配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１６または８４９５に対して向けられる抗体またはその結合断片を含む。一部の実施形態では、投与される治療分子は、たとえば、ＡＺＤ４５４７、ＮＶＰ−ＢＧＪ３９８、ＰＤ１７３０７４、ＮＦ４４９、ＴＫ１２５８、ＢＩＢＦ−１１２０、ＢＭＳ−５８２６６４、ＡＺＤ−２１７１、ＴＳＵ６８、ＡＢ１０１０、ＡＰ２４５３４、Ｅ−７０８０、またはＬＹ２８７４４５５のようなＥＧＦＲタンパク質に特異的に結合する小分子を含む。
【手続補正２６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２２】
さらなる実施形態では、方法は、たとえば、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合（たとえば、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合）、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合（たとえば、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合）、またはＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合のようなＥＧＦＲ融合分子の存在または発現を検出することを含むことができる。変化したポリペプチドの発現には、変化したポリペプチド配列の存在、変化した量のポリペプチドの存在、または変化した組織分布の存在が挙げられる。これらは、配列決定及び／または特定のリガンド（たとえば、抗体）への結合を含む当該技術で既知の種々の技法によって検出することができる。一実施形態では、検出することは、ノーザンブロット；リアルタイムＰＣＲ及び配列番号２、４、８、１０、１４若しくは１５に向けられたプライマー；リボヌクレアーゼ保護アッセイ；ハイブリダイゼーション、増幅、または配列番号２、４、８、１０、１４若しくは１５を含むもののようなＥＧＦＲ融合分子を検出するための配列決定法；またはそれらの組み合わせを使用することを含む。別の実施形態では、ＰＣＲプライマーは配列番号３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８７、８８または８９を含む。さらなる実施形態では、ＥＧＦＲ融合分子のスクリーニングに使用されるプライマーは配列番号３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８７、８８または８９を含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ融合のゲノム検出に使用されるプライマーは配列番号４０、４１、４２、４３、４４、４５または８９を含む。
【手続補正２７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２５】
ハイブリダイゼーション：
ハイブリダイゼーションの検出方法は、核酸配列の変化を検出するのに役立つ相補性の核酸配列間の特異的なハイブリッドの形成に基づく。検出法には、野生型または変化した遺伝子若しくはＲＮＡに特異的な核酸プローブの使用、その後のハイブリッドの存在の検出が関与する。プローブは懸濁液中にあることができ、または基材若しくは支持体（たとえば、核酸のアレイまたはチップの技法）の上に不動化することができる。プローブを標識してハイブリッドの検出を円滑にすることができる。一実施形態では、本発明に係るプローブは配列番号２、４、８、１０、１４または１５に向けられた核酸を含むことができる。たとえば、対象に由来する試料を、ＥＧＦＲ融合分子をコードする遺伝子に特異的な核酸プローブに接触させ、その後、ハイブリッドの形成を評価することができる。一実施形態では、方法は試料をＥＧＦＲ融合分子に特異的であるプローブのセットに同時に接触させることを含む。また、種々の対象に由来する種々の試料を並行して調べることもできる。
【手続補正２８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３０】
増幅：
増幅は、核酸の複製を開始するのに役立つ相補性の核酸配列間で特定のハイブリッドを形成することに基づく。たとえば、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）及び核酸配列に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）のような当該技術で既知の種々の技法に従って増幅を行うことができる。市販の試薬及びプロトコールを用いてこれらの技法を実施することができる。当該技術で有用な技法は、リアルタイムＰＣＲ、対立遺伝子特異的なＰＣＲ、またはＰＣＲに基づく一本鎖立体構造多形（ＳＳＣＰ）を包含する。増幅は普通、反応を開始するのに特定の核酸プライマーの使用を必要とする。たとえば、ＥＧＦＲ融合分子に相当する配列を増幅するのに有用な核酸プライマーは遺伝子座の標的領域に隣接する遺伝子の遺伝子座の部分と特異的にハイブリダイゼーションすることができる。一実施形態では、増幅は配列番号２、４、８、１０、１４若しくは１５に向けられた順行及び逆行のＰＣＲプライマーを使用することを含む。ＥＧＦＲ融合分子に由来する配列を増幅するのに有用な核酸プライマー；プライマーはＥＧＦＲ融合分子の一部と特異的にハイブリダイゼーションする。特定の対象では、ＥＧＦＲ融合分子の存在は遺伝子融合に関連する癌の対象に対応する。一実施形態では、増幅は配列番号３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８７、８８または８９のヌクレオチド配列を含む順行及び逆行のＰＣＲプライマーを使用することを含むことができる。
【手続補正２９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３２】
本発明は核酸プライマーを提供し、その際、プライマーは遺伝子融合に関連する癌を有する特定の対象にて、たとえば、核酸（たとえば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）のようなＥＧＦＲ融合分子の一部に対して相補性であり、それと特異的にハイブリダイゼーションすることができる。一実施形態では、遺伝子融合に関連する癌は、多形膠芽腫、乳癌、肺癌、前立腺癌、または結腸直腸癌を含む。本発明のプライマーは、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合（たとえば、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合）、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合（たとえば、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合）、またはＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合をコードする核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）における融合配列に特異的であることができる。そのようなプライマーを使用することによって、増幅産物の検出はＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合（たとえば、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合）、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合（たとえば、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合）、またはＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合をコードする核酸の融合の存在を示す。本発明のプライマーの例は長さ約５〜６０ヌクレオチド、または長さ約８〜約２５ヌクレオチドの一本鎖核酸分子であることができる。配列は、ＥＧＦＲ融合分子、たとえば、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ融合（たとえば、ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合）、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ融合（たとえば、ＥＧＦＲ−ＣＡＮＤ１融合）、またはＥＧＦＲ−ＰＳＰＨ融合をコードする核酸の配列に直接由来することができる。完全な相補性は高い特異性を確保するのに有用ではあるが、特定のミスマッチは認容することができる。たとえば、上記で記載されるような核酸プライマーまたは核酸プライマーの対は、対象にて遺伝子融合に関連する癌の存在を検出する方法で使用することができる。一実施形態では、たとえば、配列番号３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８７、８８もしくは８９またはそれらの組み合わせを含むプライマーのようなプライマーを用いてＥＧＦＲ融合分子を検出することができる。
【手続補正３０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３５】
本発明はまた、対象に由来する試料にてＥＧＦＲ融合分子の存在を検出するための製品及び試薬を含む診断用キットも提供する。キットは、対象に由来する試料がＥＧＦＲ融合分子の低下した発現を呈するかどうかを測定するのに有用であることができる。たとえば、本発明に係る診断用キットは、プライマー、プライマーの対、核酸プローブ及び／またはリガンド、またはＥＧＦＲ融合分子に特異的に向けられた抗体を含む。本発明にを係る診断用キットはさらに、ハイブリダイゼーション、増幅、または抗原／抗体免疫反応を行うための試薬及び／またはプロトコールを含むことができる。一実施形態では、キットは、配列番号３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８７、８８もしくは８９またはそれらの組み合わせを含むＥＧＦＲ融合分子と特異的にハイブリダイゼーションし、それに由来するポリメラーゼ反応を刺激することができる核酸プライマーを含むことができる。一実施形態では、たとえば、配列番号３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８７、８８もしくは８９またはそれらの組み合わせを含むプライマーのようなプライマーを用いてＥＧＦＲ融合分子を検出することができる。さらなる実施形態では、ＥＧＦＲ融合分子をスクリーニングするのに使用されるプライマー。