【手続補正書】
【提出日】平成29年9月1日(2017.9.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料についての異数性の存在または非存在を決定するための方法であって、
（ａ）リード密度分布に従って、参照ゲノムの部分をフィルタリングし、それによりフィルタリングされた部分のリード密度を含む試験試料についてのリード密度プロファイルを提供するステップであって、
前記リード密度は、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環型無細胞核酸の配列のリードを含み、
前記リード密度分布は、複数の試料についての部分のリード密度について決定される、ステップと、
（ｂ）主成分分析により一連の既知の正倍数体試料から得られる１つまたは複数の主成分に従って前記試験試料についての前記リード密度プロファイルを調整し、それにより調整されたリード密度を含む試験試料プロファイルを提供するステップと、
（ｃ）前記試験試料プロファイルを参照プロファイルと比較し、それにより比較を提供するステップと、
（ｄ）前記比較に従って前記試験試料についての染色体異数性の存在または非存在を決定するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
前記リード密度プロファイルが、１〜１０の主成分により（ｂ）において調整される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記リード密度プロファイルが、５つの主成分により（ｂ）において調整される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記１つまたは複数の主成分が、リード密度プロファイル中の１つまたは複数の特徴について調整し、前記特徴が、胎仔の性別、配列の偏り、胎仔フラクション、ＤＮアーゼＩ感度に相関した偏り、エントロピー、反復配列の偏り、クロマチン構造の偏り、ポリメラーゼエラー率の偏り、回文配列の偏り、逆位リピートの偏り、ＰＣＲ増幅の偏り、および隠れたコピー数の変異から選択される、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項５】
配列の偏りが、グアニンおよびシトシン（ＧＣ）の偏りを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記比較が、有意性のレベルを決定することを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記有意性のレベルの決定が、ｐ値を決定することを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記参照プロファイルが、
（ｉ）一連の既知の正倍数体試料から得られるリード密度プロファイル；
（ｉｉ）フィルタリングされた部分のリード密度；および／または
（ｉｉｉ）前記１つまたは複数の主成分に従って調整されたリード密度
を含む、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記有意性のレベルが、前記試験試料プロファイルと前記参照プロファイルとの間の統計的に有意な差異を指し示し、染色体異数性の前記存在が決定される、請求項６、７または８に記載の方法。
【請求項１０】
前記複数の試料が、一連の既知の正倍数体試料を含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
（ｉ）前記複数の試料についての部分の前記リード密度が、リード密度中央値である；
（ｉｉ）前記試験試料についてのフィルタリングされた部分の前記リード密度が、リード密度中央値である；および／または
（ｉｉｉ）前記参照プロファイルについての前記リード密度プロファイルが、リード密度中央値を含む、
請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記試験試料プロファイル、前記複数の試料、および前記参照プロファイルについての前記リード密度が、カーネル密度推定の使用を含む処理に従って決定される、請求項８から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記試験試料プロファイルが、前記試験試料についての前記リード密度中央値に従って決定され、前記参照プロファイルが、前記参照についての前記リード密度中央値分布に従って決定される、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記リード密度分布についての不確定性の尺度に従って参照ゲノムの部分をフィルタリングすることを含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記不確定性の尺度が、ＭＡＤである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記試験試料プロファイルが、前記試験試料についての染色体量の表示である、請求項１から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
試験試料プロファイルについての染色体量を参照プロファイルについての染色体量と比較し、それにより染色体量の比較を生成するステップを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記試験試料についての染色体異数性の前記存在または非存在の決定が、前記染色体量の比較に従う、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記試験試料についての染色体異数性の前記存在または非存在の決定が、染色体の１つのコピー、染色体の２つのコピー、染色体の３つのコピー、染色体の４つのコピー、染色体の５つのコピー、染色体の１つまたは複数のセグメントの欠失、または染色体の１つまたは複数のセグメントの挿入の存在または非存在を同定することを含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
（ａ）に先立って、前記配列のリードを得ることを含む、請求項１から１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
試料についての異数性の存在または非存在を決定するための方法であって、
（ａ）参照ゲノムに対してマッピングされた配列のリードのカウント数を正規化するステップであって、前記配列のリードは、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環型無細胞核酸のリードであり、前記正規化は、
（１）前記試験試料の前記配列のリードについての（ｉ）グアニンおよびシトシン（ＧＣ）密度および（ｉｉ）ＧＣ密度頻度との適合させた関係を生成し、それにより試料ＧＣ密度関係を生成することであって、前記配列のリードは、前記参照ゲノムに対してマッピングされる、ことと、
（２）前記試料ＧＣ密度関係と参照ＧＣ密度関係とを比較し、それにより比較を生成することであって、
前記参照ＧＣ密度関係は、参照についての（ｉ）ＧＣ密度と（ｉｉ）前記ＧＣ密度頻度との間のものである、ことと、
（３）（２）で決定された前記比較に従って前記試料に関する前記配列のリードのカウント数を正規化し、それにより前記試料に関する前記配列のリードの偏りが低減されることと、を含むステップと、
（ｂ）リード密度分布に従って、前記参照ゲノムの部分をフィルタリングし、それによりフィルタリングされた部分のリード密度を含む前記試験試料についてのリード密度プロファイルを提供するステップであって、
前記リード密度は、前記試験試料に由来する配列のリードを含み、
前記リード密度分布は、複数の試料についての部分のリード密度について決定される、ステップと、
（ｃ）主成分分析により一連の既知の正倍数体試料から得られる１つまたは複数の主成分に従って前記試験試料についての前記リード密度プロファイルを調整し、それにより調整されたリード密度を含む試験試料プロファイルを提供するステップと、
（ｄ）前記試験試料プロファイルを参照プロファイルと比較し、それにより比較を提供するステップと、
（ｅ）前記比較に従って前記試験試料についての染色体異数性の存在または非存在を決定するステップと
を含む、方法。
【請求項２２】
試料についての異数性の存在または非存在を決定するための方法であって、
（ａ）リード密度分布に従って、参照ゲノム中の染色体の部分をフィルタリングし、それによりフィルタリングされた部分のリード密度を含む試験試料についてのリード密度プロファイルを提供するステップであって、
前記リード密度は、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環型無細胞核酸の配列のリードを含み、
前記リード密度分布は、複数の試料についての部分のリード密度について決定される、ステップと、
（ｂ）主成分分析により一連の既知の正倍数体試料から得られる１つまたは複数の主成分に従って前記試験試料についての染色体の前記リード密度プロファイルを調整し、それにより調整されたリード密度を含む試験試料染色体プロファイルを提供するステップと、
（ｃ）前記試験試料染色体プロファイルを参照プロファイルと比較し、それにより比較を提供するステップと、
（ｄ）前記比較に従って前記試験試料についての染色体異数性の存在または非存在を決定するステップと
を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０９７３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０９７３】
本技術のある特定の実施形態を、後続する特許請求の範囲（複数可）に記載する。
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
試料についての異数性の存在または非存在を決定するための方法であって、
（ａ）リード密度分布に従って、参照ゲノムの部分をフィルタリングし、それによりフィルタリングされた部分のリード密度を含む試験試料についてのリード密度プロファイルを提供するステップであって、
前記リード密度は、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環型無細胞核酸の配列のリードを含み、
前記リード密度分布は、複数の試料についての部分のリード密度について決定される、ステップと、
（ｂ）主成分分析により一連の既知の正倍数体試料から得られる１つまたは複数の主成分に従って前記試験試料についての前記リード密度プロファイルを調整し、それにより調整されたリード密度を含む試験試料プロファイルを提供するステップと、
（ｃ）前記試験試料プロファイルを参照プロファイルと比較し、それにより比較を提供するステップと、
（ｄ）前記比較に従って前記試験試料についての染色体異数性の存在または非存在を決定するステップと
を含む、方法。
（項目２）
（ｂ）における前記調整が、マイクロプロセッサを使用して行われる、項目１に記載の方法。
（項目３）
試料についての異数性の存在または非存在を決定するための方法であって、
胎仔を出産する妊娠中の雌の血液に由来する循環型無細胞核酸を配列決定装置にロードし、または前記核酸の修飾変異体を前記配列決定装置にロードするステップであって、前記配列決定装置は、前記核酸のヌクレオチド塩基に対応するシグナルを生成する、ステップと、
１つまたは複数の演算装置を含むシステムにより、任意選択で前記シグナルをシステムに移送した後、前記核酸の前記シグナルから配列のリードを生成するステップであって、前記システム中の前記１つまたは複数の演算装置は、メモリおよび１つまたは複数のプロセッサを含み、
前記システム中の１つの演算装置または演算装置の組合せは、参照ゲノムに対して前記配列のリードをマッピングし、
（ａ）リード密度分布に従って、参照ゲノムの部分をフィルタリングし、それによりフィルタリングされた部分のリード密度を含む試験試料についてのリード密度プロファイルを提供し
（前記リード密度は、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環型無細胞核酸の配列のリードを含み、
前記リード密度分布は、複数の試料についての部分のリード密度について決定される）、
（ｂ）マイクロプロセッサを使用して、主成分分析により一連の既知の正倍数体試料から得られる１つまたは複数の主成分に従って前記試験試料についての前記リード密度プロファイルを調整し、それにより調整されたリード密度を含む試験試料プロファイルを提供し、
（ｃ）前記試験試料プロファイルを参照プロファイルと比較し、それにより比較を提供し、
（ｄ）前記比較に従って前記試験試料についての染色体異数性の存在または非存在を決定する
ように構成されている、ステップを含む、方法。
（項目４）
前記リード密度プロファイルが、１〜１０の主成分により（ｂ）において調整される、項目１、２、または３に記載の方法。
（項目５）
前記リード密度プロファイルが、５つの主成分により（ｂ）において調整される、項目１、２、または３に記載の方法。
（項目６）
前記１つまたは複数の主成分が、リード密度プロファイル中の１つまたは複数の特徴について調整し、前記特徴が、胎仔の性別、配列の偏り、胎仔フラクション、ＤＮアーゼＩ感度に相関した偏り、エントロピー、反復配列の偏り、クロマチン構造の偏り、ポリメラーゼエラー率の偏り、回分配列の偏り、逆位リピートの偏り、ＰＣＲ増幅の偏り、および隠れたコピー数の変異から選択される、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
配列の偏りが、グアニンおよびシトシン（ＧＣ）の偏りを含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記比較が、有意性のレベルを決定することを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記有意性のレベルの決定が、ｐ値を決定することを含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記参照プロファイルが、一連の既知の正倍数体試料から得られるリード密度プロファイルを含む、項目１から９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記参照プロファイルが、フィルタリングされた部分のリード密度を含む、項目１から１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記参照プロファイルが、前記１つまたは複数の主成分に従って調整されたリード密度を含む、項目１から１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記有意性のレベルが、前記試験試料プロファイルと前記参照プロファイルとの間の統計的に有意な差異を指し示し、染色体異数性の前記存在が決定される、項目８から１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記複数の試料が、一連の既知の正倍数体試料を含む、項目１から１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記複数の試料についての部分の前記リード密度が、リード密度中央値である、項目１から１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記試験試料についてのフィルタリングされた部分の前記リード密度が、リード密度中央値である、項目１から１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記参照プロファイルについての前記リード密度プロファイルが、リード密度中央値を含む、項目１０から１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記試験試料プロファイル、前記複数の試料、および前記参照プロファイルについての前記リード密度が、カーネル密度推定の使用を含む処理に従って決定される、項目１０から１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記試験試料プロファイルが、前記試験試料についての前記リード密度中央値に従って決定される、項目１６から１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記参照プロファイルが、前記参照についての前記リード密度中央値分布に従って決定される、項目１７から１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記リード密度分布についての不確定性の尺度に従って参照ゲノムの部分をフィルタリングすることを含む、項目１から２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記不確定性の尺度が、ＭＡＤである、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記試験試料プロファイルが、前記試験試料についての染色体量の表示である、項目１から２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
試験試料プロファイルについての染色体量を参照プロファイルについての染色体量と比較し、それにより染色体量の比較を生成するステップを含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記試験試料についての染色体異数性の前記存在または非存在の決定が、前記染色体量の比較に従う、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記試験試料についての染色体異数性の前記存在または非存在の決定が、染色体の１つのコピー、染色体の２つのコピー、染色体の３つのコピー、染色体の４つのコピー、染色体の５つのコピー、染色体の１つまたは複数のセグメントの欠失、または染色体の１つまたは複数のセグメントの挿入の存在または非存在を同定することを含む、項目１から２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７）
前記試験試料についてのフィルタリングされた部分に対してマッピングされた前記配列のリードのカウント数が、
（Ｉ）試験試料の配列のリードについての（ｉ）局所的なゲノムの偏りの推定値と（ｉｉ）偏り頻度との関係を生成し、それにより試料偏り関係を生成することであって、
前記配列のリードが、前記試験試料に由来する循環型無細胞核酸のものであり、
前記配列のリードが、参照ゲノムに対してマッピングされる、ことと、
（ＩＩ）前記試料偏り関係と参照偏り関係とを比較し、それにより比較を生成することであって、
前記参照偏り関係が、参照についての（ｉ）局所的なゲノムの偏りの推定値と（ｉｉ）前記偏り頻度との間のものである、ことと、
（ＩＩＩ）（ＩＩ）で決定された前記比較に従って前記試料に関する前記配列のリードのカウント数を正規化し、それにより、前記試料に関する前記配列のリードの偏りが低減される、ことと
を含む（ａ）に先立って行われる処理により正規化される、項目１から２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
（ＩＩＩ）における前記正規化が、正規化されたカウント数を提供することを含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記局所的なゲノムの偏りの推定値のそれぞれが、カーネル密度推定の使用を含む処理によって決定される、項目２７または２８に記載の方法。
（項目３０）
前記参照偏り関係および前記試料偏り関係についての前記局所的なゲノムの偏りの推定値のそれぞれが、局所的な偏りの含有量の表示である、項目２７から２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１）
前記局所的な偏りの含有量が、５０００ｂｐまたはそれ未満のポリヌクレオチドセグメントについてのものである、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
前記局所的なゲノムの偏りの推定値のそれぞれが、スライディングウィンドウ分析の使用を含む処理により決定される、項目２７から３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
前記ウィンドウが、約５の連続したヌクレオチド〜約５０００の連続したヌクレオチドであり、前記スライディングウィンドウ分析において約１塩基〜約１０塩基を同時にスライドされる、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記ウィンドウが、約２００の連続したヌクレオチドであり、前記スライディングウィンドウ分析において約１塩基を同時にスライドされる、項目３２に記載の方法。
（項目３５）
（ＩＩ）が、（ｉ）それぞれが前記局所的なゲノムの偏りの推定値のそれぞれについての試料偏り関係頻度および参照偏り関係頻度を含む比と、（ｉｉ）局所的なゲノムの偏りの推定値との適合させた関係を生成することを含む、項目２７から３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
（Ｉ）における前記適合させた関係が、重み付き適合から得られる、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記試料に関する前記配列のリードのそれぞれが、バイナリフォーマットで表示される、項目２７から３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記配列のリードのそれぞれについての前記バイナリフォーマットが、前記リードがマッピングされている染色体および前記リードがマッピングされている染色体位置を含む、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記バイナリフォーマットが、１バイトの染色体の順序数および４バイトの染色体の位置を含む５バイトのフォーマットにおけるものである、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記バイナリフォーマットが、配列アラインメント／マップ（ＳＡＭ）フォーマットより５０分の１小さく、かつ／またはＧＺｉｐフォーマットより約１３％小さい、項目３７から３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
（ＩＩＩ）における前記正規化が、偏り以外の１つまたは複数の特徴を因子分解することと、前記配列のリードのカウント数を正規化することとを含む、項目２７から４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
１つまたは複数の特徴の前記因子分解が、多変量モデルの使用を含む処理によるものである、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
前記多変量モデルの使用を含む前記処理が、多変量モジュールによって行われる、４２に記載の方法。
（項目４４）
前記配列のリードのカウント数が、（ＩＩＩ）における前記正規化、および前記１つまたは複数の特徴の前記因子分解に従って正規化される、項目４１から４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４５）
（ＩＩＩ）の後に、（ＩＩＩ）で正規化された配列のリードのカウント数の１つまたは複数を含む１つまたは複数の部分のそれぞれについて確率密度推定を生成することを含む処理に従って、ゲノムの１つもしくは複数の部分またはそのセグメントについてのリード密度を生成することを含む、項目２７から４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
前記確率密度推定が、カーネル密度推定である、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記ゲノムまたはその前記セグメントについてのリード密度プロファイルを生成するステップを含む、項目４５または４６に記載の方法。
（項目４８）
前記リード密度プロファイルが、前記ゲノムの前記１つもしくは複数の部分またはその前記セグメントについての前記リード密度を含む、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記１つまたは複数の部分についての前記リード密度のそれぞれを調整するステップを含む、項目４５から４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目５０）
前記１つまたは複数の部分がフィルタリングされ、それによりフィルタリングされた部分が提供される、項目４５から４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
前記１つまたは複数の部分が重み付けされ、それにより重み付き部分が提供される、項目４５から５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目５２）
前記１つまたは複数の部分が、固有関数により重み付けられる、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記局所的なゲノムの偏りの推定値が局所的なＧＣ密度であり、前記偏り頻度がＧＣ偏り頻度である、項目２７から５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
前記試験試料についてのフィルタリングされた部分に対してマッピングされた前記配列のリードのカウント数が、
（１）前記試験試料の前記配列のリードについての（ｉ）グアニンおよびシトシン（ＧＣ）密度と（ｉｉ）ＧＣ密度頻度との適合させた関係を生成し、それにより試料ＧＣ密度関係を生成することであって、前記配列のリードは、前記参照ゲノムに対してマッピングされる、ことと、
（２）前記試料ＧＣ密度関係と参照ＧＣ密度関係とを比較し、それにより比較を生成することであって、
前記参照ＧＣ密度関係は、参照についての（ｉ）ＧＣ密度と（ｉｉ）前記ＧＣ密度頻度との間のものである、ことと、
（３）（２）で決定された前記比較に従って前記試料に関する前記配列のリードのカウント数を正規化し、それにより前記試料に関する前記配列のリードの偏りが低減されることと
を含む、（ａ）に先立って行われる処理によって正規化される、項目１から２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目５５）
（３）における前記正規化が、正規化されたカウント数を提供することを含む、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
前記ＧＣ密度のそれぞれが、カーネル密度推定の使用を含む処理によって決定される、項目５４または５５に記載の方法。
（項目５７）
前記ＧＣ密度のそれぞれが、スライディングウィンドウ分析の使用を含む処理によって決定される、項目５４から５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目５８）
前記ウィンドウが、約５の連続したヌクレオチド〜約５０００の連続したヌクレオチドであり、前記スライディングウィンドウ分析において約１塩基〜約１０塩基を同時にスライドされる、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記ウィンドウが、約２００の連続したヌクレオチドであり、前記スライディングウィンドウ分析において約１塩基を同時にスライドされる、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
（２）が、（ｉ）それぞれが前記ＧＣ密度のそれぞれについての試料ＧＣ密度関係頻度および参照ＧＣ密度関係頻度を含む比と、（ｉｉ）ＧＣ密度との適合させた関係を生成することを含む、項目５４から５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目６１）
（１）における前記適合させた関係が、重み付き適合から得られる、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記試料に関する前記配列のリードのそれぞれが、バイナリフォーマットで表示される、項目５４から６１のいずれか一項に記載の方法。
（項目６３）
前記配列のリードのそれぞれについての前記バイナリフォーマットが、前記リードがマッピングされている染色体および前記リードがマッピングされている染色体位置を含む、項目６２に記載の方法。
（項目６４）
前記バイナリフォーマットが、１バイトの染色体の順序数および４バイトの染色体の位置を含む５バイトのフォーマットにおけるものである、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
前記バイナリフォーマットが、配列アラインメント／マップ（ＳＡＭ）フォーマットより５０分の１小さく、かつ／またはＧＺｉｐフォーマットより約１３％小さい、項目６２から６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
（ｃ）における前記正規化が、ＧＣ密度以外の１つまたは複数の特徴を因子分解することと、前記配列のリードを正規化することとを含む、項目５４から６５のいずれか一項に記載の方法。
（項目６７）
１つまたは複数の特徴の前記因子分解が、多変量モデルの使用を含む処理によるものである、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
前記多変量モデルの使用を含む前記処理が、多変量モジュールによって行われる、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
前記試験試料についての前記フィルタリングされた部分が重み付けられる、項目５４から６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
前記試験試料についての前記フィルタリングされた部分が、固有関数を含む処理によって重み付けられる、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
（ａ）に先立って、前記配列のリードを得ることを含む、項目１から７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記配列のリードが、超並列シークエンシング（ＭＰＳ）によって生成される、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
参照ゲノムの全部またはゲノムのセグメントに対してマッピングされた配列のリードを得るステップを含む、項目１から７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目７４）
前記ゲノムの前記セグメントが、染色体またはそのセグメントを含む、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記参照ゲノムに対してマッピングされた前記配列のリードの前記カウント数が、（１）に先立って正規化される、項目７３または７４に記載の方法。
（項目７６）
前記参照ゲノムに対してマッピングされた前記配列のリードの前記カウント数が、ＧＣ含有量、ビンワイズ正規化、ＧＣ  ＬＯＥＳＳ、ＰＥＲＵＮ、ＧＣＲＭ、またはこれらの組合せにより正規化される、項目７５に記載の方法。
（項目７７）
前記参照ゲノムに対してマッピングされた前記配列のリードの前記カウント数が、未処理のカウント数である、項目７３または７４に記載の方法。
（項目７８）
前記参照ゲノムの各部分が、およそ等しい長さの連続したヌクレオチドを含む、項目１から７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７９）
前記参照ゲノムの各部分が、約５０ｋｂを構成する、項目１から７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８０）
前記参照ゲノムの各部分が、約１００ｋｂを構成する、項目１から７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
前記参照ゲノムの各部分が、前記参照ゲノムの隣接する部分と共通した連続したヌクレオチドのセグメントを含む、項目１から８０のいずれか一項に記載の方法。
（項目８２）
前記試験試料が、妊娠中の雌に由来する血液を含む、項目１から８１のいずれか一項に記載の方法。
（項目８３）
前記試験試料が、妊娠中の雌に由来する血漿を含む、項目１から８１のいずれか一項に記載の方法。
（項目８４）
前記試験試料が、妊娠中の雌に由来する血清を含む、項目１から８１のいずれか一項に記載の方法。
（項目８５）
前記試験試料から核酸が単離される、項目１から８４のいずれか一項に記載の方法。
（項目８６）
（１）における前記参照ゲノムに対してマッピングされた前記配列のリードを、配列アラインメントフォーマットからバイナリフォーマットに圧縮するステップを含む、項目６２から８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８７）
前記圧縮が、圧縮モジュールにより行われる、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記試験試料の前記配列のリードについて、および前記参照についての前記ＧＣ密度および前記ＧＣ密度頻度が、偏り密度モジュールにより提供される、項目５４から８７のいずれか一項に記載の方法。
（項目８９）
（２）における前記比較が、関係モジュールにより生成される、項目５４から８７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９０）
（３）における前記正規化が、偏り補正モジュールにより行われる、項目５４から８９のいずれか一項に記載の方法。
（項目９１）
前記リード密度が、分布モジュールにより提供される、項目１から９０のいずれか一項に記載の方法。
（項目９２）
フィルタリングされた部分が、フィルタリングモジュールにより提供される、項目１から９１のいずれか一項に記載の方法。
（項目９３）
前記試験試料についての前記フィルタリングされた部分が、部分重み付けモジュールにより重み付けられる、項目６９から９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
前記リード密度が、リード密度調整モジュールにより調整される、項目６９から９３のいずれか一項に記載の方法。
（項目９５）
圧縮モジュール、偏り密度モジュール、関係モジュール、偏り補正モジュール、分布モジュール、フィルタリングモジュール、リード密度調整モジュール、および部分重み付けモジュールのうちの１つまたは複数を含む装置を使用して行われる、項目１から９４のいずれか一項に記載の方法。
（項目９６）
前記試験試料プロファイルが、染色体またはそのセグメントのプロファイルを含む、項目１から９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目９７）
前記参照プロファイルが、染色体またはそのセグメントのプロファイルを含む、項目１から９６のいずれか一項に記載の方法。
（項目９８）
（ｄ）における前記決定が、９０％に等しいかまたはそれ超の特異性および９０％に等しいかまたはそれ超の感度で提供される、項目１から９７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９９）
前記異数性がトリソミーである、項目１から９８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１００）
前記トリソミーが、２１トリソミー、１８トリソミー、または１３トリソミーである、項目９９に記載の方法。
（項目１０１）
試料についての異数性の存在または非存在を決定するための方法であって、
（ａ）参照ゲノムに対してマッピングされた配列のリードのカウント数を正規化するステップであって、前記配列のリードは、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環型無細胞核酸のリードであり、前記正規化は、
（１）前記試験試料の前記配列のリードについての（ｉ）グアニンおよびシトシン（ＧＣ）密度および（ｉｉ）ＧＣ密度頻度との適合させた関係を生成し、それにより試料ＧＣ密度関係を生成することであって、前記配列のリードは、前記参照ゲノムに対してマッピングされる、ことと、
（２）前記試料ＧＣ密度関係と参照ＧＣ密度関係とを比較し、それにより比較を生成することであって、
前記参照ＧＣ密度関係は、参照についての（ｉ）ＧＣ密度と（ｉｉ）前記ＧＣ密度頻度との間のものである、ことと、
（３）（２）で決定された前記比較に従って前記試料に関する前記配列のリードのカウント数を正規化し、それにより前記試料に関する前記配列のリードの偏りが低減されることと、を含むステップと、
（ｂ）リード密度分布に従って、前記参照ゲノムの部分をフィルタリングし、それによりフィルタリングされた部分のリード密度を含む前記試験試料についてのリード密度プロファイルを提供するステップであって、
前記リード密度は、前記試験試料に由来する配列のリードを含み、
前記リード密度分布は、複数の試料についての部分のリード密度について決定される、ステップと、
（ｃ）主成分分析により一連の既知の正倍数体試料から得られる１つまたは複数の主成分に従って前記試験試料についての前記リード密度プロファイルを調整し、それにより調整されたリード密度を含む試験試料プロファイルを提供するステップと、
（ｄ）前記試験試料プロファイルを参照プロファイルと比較し、それにより比較を提供するステップと、
（ｅ）前記比較に従って前記試験試料についての染色体異数性の存在または非存在を決定するステップと
を含む、方法。
（項目１０２）
試料に関する配列のリードの偏りを低減するための方法であって、
（ａ）試験試料の配列のリードについての（ｉ）局所的なゲノムの偏りの推定値と（ｉｉ）偏り頻度との関係を生成し、それにより試料偏り関係を生成するステップであって、
前記配列のリードは、前記試験試料に由来する循環型無細胞核酸のものであり、
前記配列のリードは、参照ゲノムに対してマッピングされる、ステップと、
（ｂ）前記試料偏り関係と参照偏り関係とを比較し、それにより比較を生成するステップであって、
前記参照偏り関係は、参照についての（ｉ）局所的なゲノムの偏りの推定値と（ｉｉ）前記偏り頻度との間のものである、ステップと、
（ｃ）（ｂ）で決定された前記比較に従って前記試料に関する前記配列のリードのカウント数を正規化し、それにより、前記試料に関する前記配列のリードの偏りが低減される、ステップと
を含む、方法。
（項目１０３）
前記試料偏り関係が、マイクロプロセッサを使用して生成される、項目１０２に記載の方法。
（項目１０４）
試料に関する配列のリードの偏りを低減するための方法であって、
胎仔を出産する妊娠中の雌の血液に由来する循環型無細胞核酸を配列決定装置にロードし、または前記核酸の修飾変異体を前記配列決定装置にロードするステップであって、前記配列決定装置は、前記核酸のヌクレオチド塩基に対応するシグナルを生成する、ステップと、
１つまたは複数の演算装置を含むシステムにより、任意選択で前記シグナルをシステムに移送した後、前記核酸の前記シグナルから配列のリードを生成するステップであって、前記システム中の前記１つまたは複数の演算装置は、メモリおよび１つまたは複数のプロセッサを含み、
前記システム中の１つの演算装置または演算装置の組合せは、参照ゲノムに対して前記配列のリードをマッピングし、
（ａ）マイクロプロセッサを使用して、試験試料の配列のリードについての（ｉ）局所的なゲノムの偏りの推定値と（ｉｉ）偏り頻度との関係を生成し、それにより試料偏り関係を生成し
（前記配列のリードは、前記試験試料に由来する循環型無細胞核酸のものであり、
前記配列のリードは、参照ゲノムに対してマッピングされる）、
（ｂ）前記試料偏り関係と参照偏り関係とを比較し、それにより比較を生成し
（前記参照偏り関係は、参照についての（ｉ）局所的なゲノムの偏りの推定値と（ｉｉ）前記偏り頻度の間のものである）、
（ｃ）（ｂ）で決定された前記比較に従って前記試料に関する前記配列のリードのカウント数を正規化し、それにより、前記試料に関する前記配列のリードの偏りが低減される
ように構成されている、ステップと
を含む、方法。
（項目１０５）
（ｃ）における前記正規化が、正規化されたカウント数を提供することを含む、項目１０２、１０３または１０４に記載の方法。
（項目１０６）
前記局所的なゲノムの偏りの推定値のそれぞれが、カーネル密度推定の使用を含む処理によって決定される、項目１０２から１０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０７）
前記参照偏り関係および前記試料偏り関係についての前記局所的なゲノムの偏りの推定値のそれぞれが、局所的な偏りの含有量の表示である、項目１０２から１０６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０８）
前記局所的な偏りの含有量が、５０００ｂｐまたはそれ未満のポリヌクレオチドセグメントについてのものである、項目１０７に記載の方法。
（項目１０９）
前記局所的なゲノムの偏りの推定値のそれぞれが、スライディングウィンドウ分析の使用を含む処理により決定される、項目１０２から１０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１０）
前記ウィンドウが、約５の連続したヌクレオチド〜約５０００の連続したヌクレオチドであり、前記スライディングウィンドウ分析において約１塩基〜約１０塩基を同時にスライドされる、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記ウィンドウが、約２００の連続したヌクレオチドであり、前記スライディングウィンドウ分析において約１塩基を同時にスライドされる、項目１０９に記載の方法。
（項目１１２）
（ｂ）が、（ｉ）それぞれが前記局所的なゲノムの偏りの推定値のそれぞれについての試料偏り関係頻度および参照偏り関係頻度を含む比と、（ｉｉ）局所的なゲノムの偏りの推定値との適合させた関係を生成することを含む、項目１０２から１１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１３）
（ａ）における前記適合させた関係が、重み付き適合から得られる、項目１１２に記載の方法。
（項目１１４）
前記試料に関する前記配列のリードのそれぞれが、バイナリフォーマットで表示される、項目１０２から１１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１５）
前記配列のリードのそれぞれについての前記バイナリフォーマットが、前記リードがマッピングされている染色体および前記リードがマッピングされている染色体位置を含む、項目１１４に記載の方法。
（項目１１６）
前記バイナリフォーマットが、１バイトの染色体の順序数および４バイトの染色体の位置を含む５バイトのフォーマットにおけるものである、項目１１５に記載の方法。
（項目１１７）
前記バイナリフォーマットが、配列アラインメント／マップ（ＳＡＭ）フォーマットより５０分の１小さく、かつ／またはＧＺｉｐフォーマットより約１３％小さい、項目１１４から１１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１８）
（ｃ）における前記正規化が、偏り以外の１つまたは複数の特徴を因子分解することと、前記配列のリードのカウント数を正規化することとを含む、項目１０２から１１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１９）
１つまたは複数の特徴の前記因子分解が、多変量モデルの使用を含む処理によるものである、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
前記多変量モデルの使用を含む前記処理が、多変量モジュールによって行われる、項目１１９に記載の方法。
（項目１２１）
前記配列のリードのカウント数が、（ｃ）における前記正規化、および前記１つまたは複数の特徴の前記因子分解に従って正規化される、項目１１８から１２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２２）
（ｃ）の後に、（ｃ）において正規化された前記配列のリードの前記カウント数を含む前記１つまたは複数の部分のそれぞれについて確率密度推定を生成することを含む処理に従って、ゲノムの１つもしくは複数の部分またはそのセグメントについてのリード密度を生成することを含む、項目１０２から１２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２３）
前記確率密度推定が、カーネル密度推定である、項目１２２に記載の方法。
（項目１２４）
前記ゲノムまたはその前記セグメントについてのリード密度プロファイルを生成するステップを含む、項目１２２または１２３に記載の方法。
（項目１２５）
前記リード密度プロファイルが、前記ゲノムの前記１つもしくは複数の部分またはその前記セグメントについての前記リード密度を含む、項目１２４に記載の方法。
（項目１２６）
前記１つまたは複数の部分についての前記リード密度のそれぞれを調整するステップを含む、項目１２２から１２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２７）
前記１つまたは複数の部分がフィルタリングされ、それによりフィルタリングされた部分が提供される、項目１２２から１２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２８）
前記１つまたは複数の部分が重み付けされ、それにより重み付き部分が提供される、項目１２２から１２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２９）
前記１つまたは複数の部分が、固有関数により重み付けられる、項目１２８に記載の方法。
（項目１３０）
前記局所的なゲノムの偏りの推定値が、局所的なＧＣ密度を含み、前記偏り頻度が、ＧＣ偏り頻度を含む、項目１０２から１２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３１）
（ｄ）リード密度分布に従って、参照ゲノムの部分をフィルタリングし、それによりフィルタリングされた部分のリード密度を含む試験試料についてのリード密度プロファイルを提供するステップであって、
前記リード密度が、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環型無細胞核酸の配列のリードを含み、
前記リード密度分布が、複数の試料についての部分のリード密度について決定される、ステップと、
（ｅ）主成分分析により一連の既知の正倍数体試料から得られる１つまたは複数の主成分に従って前記試験試料についての前記リード密度プロファイルを調整し、それにより調整されたリード密度を含む試験試料プロファイルを提供するステップと、
（ｆ）前記試験試料プロファイルを参照プロファイルと比較し、それにより比較を提供するステップと、
（ｇ）前記比較に従って前記試験試料についての染色体異数性の存在または非存在を決定するステップと
をさらに含む、項目１０２から１３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３２）
前記リード密度プロファイルが、１〜１０の主成分により（ｂ）において調整される、項目１３１に記載の方法。
（項目１３３）
前記リード密度プロファイルが、５つの主成分により（ｂ）において調整される、項目１３１に記載の方法。
（項目１３４）
前記１つまたは複数の主成分が、リード密度プロファイル中の１つまたは複数の特徴について調整し、前記特徴が、胎仔の性別、配列の偏り、胎仔フラクション、ＤＮアーゼＩ感度に相関した偏り、エントロピー、反復配列の偏り、クロマチン構造の偏り、ポリメラーゼエラー率の偏り、回分配列の偏り、逆位リピートの偏り、ＰＣＲ増幅の偏り、および隠れたコピー数の変異から選択される、項目１３１から１３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３５）
配列の偏りが、グアニンおよびシトシン（ＧＣ）の偏りを含む、項目１３４に記載の方法。
（項目１３６）
前記比較が、有意性のレベルを決定することを含む、項目１３１から１３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３７）
前記有意性のレベルの決定が、ｐ値を決定することを含む、項目１３６に記載の方法。
（項目１３８）
前記参照プロファイルが、一連の既知の正倍数体試料から得られるリード密度プロファイルを含む、項目１３１から１３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３９）
前記参照プロファイルが、フィルタリングされた部分のリード密度を含む、項目１３１から１３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４０）
前記参照プロファイルが、前記１つまたは複数の主成分に従って調整されたリード密度を含む、項目１３１から１３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４１）
前記有意性のレベルが、前記試験試料プロファイルと前記参照プロファイルとの間の統計的に有意な差異を指し示し、染色体異数性の前記存在が決定される、項目１３６から１４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４２）
前記複数の試料が、一連の既知の正倍数体試料を含む、項目１３１から１４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４３）
前記複数の試料についての部分の前記リード密度が、リード密度中央値である、項目１３１から１４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４４）
前記試験試料についてのフィルタリングされた部分の前記リード密度が、リード密度中央値である、項目１３１から１４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４５）
前記参照プロファイルについての前記リード密度プロファイルが、リード密度中央値を含む、項目１３８から１４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４６）
前記試験試料プロファイル、前記複数の試料、および前記参照プロファイルについての前記リード密度が、カーネル密度推定の使用を含む処理に従って決定される、項目１３８から１４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４７）
前記試験試料プロファイルが、前記試験試料についての前記リード密度中央値に従って決定される、項目１４４から１４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４８）
前記参照プロファイルが、前記参照についての前記リード密度中央値分布に従って決定される、項目１４５から１４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４９）
前記リード密度分布についての不確定性の尺度に従って参照ゲノムの部分をフィルタリングすることを含む、項目１３１から１４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５０）
前記不確定性の尺度が、ＭＡＤである、項目１４９に記載の方法。
（項目１５１）
前記試験試料プロファイルが、前記試験試料についての染色体量の表示である、項目１３１から１５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５２）
試験試料プロファイルについての染色体量を参照プロファイルについての染色体量と比較し、それにより染色体量の比較を生成するステップを含む、項目１５１に記載の方法。
（項目１５３）
前記試験試料についての染色体異数性の前記存在または非存在の決定が、前記染色体量の比較に従う、項目１５２に記載の方法。
（項目１５４）
前記試験試料についての染色体異数性の前記存在または非存在の決定が、染色体の１つのコピー、染色体の２つのコピー、染色体の３つのコピー、染色体の４つのコピー、染色体の５つのコピー、染色体の１つまたは複数のセグメントの欠失、または染色体の１つまたは複数のセグメントの挿入の存在または非存在を同定することを含む、項目１３１から１５３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５５）
試料についての異数性の存在または非存在を決定するための方法であって、
（ａ）リード密度分布に従って、参照ゲノム中の染色体の部分をフィルタリングし、それによりフィルタリングされた部分のリード密度を含む試験試料についてのリード密度プロファイルを提供するステップであって、
前記リード密度は、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環型無細胞核酸の配列のリードを含み、
前記リード密度分布は、複数の試料についての部分のリード密度について決定される、ステップと、
（ｂ）主成分分析により一連の既知の正倍数体試料から得られる１つまたは複数の主成分に従って前記試験試料についての染色体の前記リード密度プロファイルを調整し、それにより調整されたリード密度を含む試験試料染色体プロファイルを提供するステップと、
（ｃ）前記試験試料染色体プロファイルを参照プロファイルと比較し、それにより比較を提供するステップと、
（ｄ）前記比較に従って前記試験試料についての染色体異数性の存在または非存在を決定するステップと
を含む、方法。