【手続補正書】
【提出日】平成28年12月13日(2016.12.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単一細胞内で作動可能な合成論理／メモリシステムであって、システムが、以下：
少なくとも２つの誘導性プロモーターおよび少なくとも２つのリコンビナーゼをコードする複数の核酸配列、ここでリコンビナーゼをコードする複数の核酸配列の各々は、異なる誘導性プロモーターに作動可能に連結されている、
（１）プロモーターおよび／または（２）一方向性ターミネーターに作動可能に連結されているかまたは条件付きで作動可能に連結されている出力核酸配列の単一遺伝子回路構築物である、複数の論理ゲート、ここで出力核酸、プロモーターおよび一方向性ターミネーターの少なくとも１つは、リコンビナーゼの少なくとも１つのフォワード認識部位およびリバース認識部位に隣接している、
を含み、
ここで前記論理ゲートが、ＴＲＵＥ論理ゲートおよびＦＡＬＳＥ論理ゲートを除く全ての２入力ブール論理関数を提供する、前記合成論理／メモリシステム。
【請求項２】
少なくとも２つのリコンビナーゼが、不可逆的リコンビナーゼである、請求項１に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項３】
少なくとも２つの不可逆的リコンビナーゼが、セリンリコンビナーゼである、請求項２に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項４】
セリンリコンビナーゼが、Bxb1およびphiC31である、請求項３に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項５】
論理ゲートが、ＮＯＲ、ＡＮＤ、ＯＲ、ＮＡＮＤ、Ａ、ＮＯＴ Ａ、Ｂ、ＮＯＴ Ｂ、Ａ ＩＭＰＬＹ Ｂ、Ａ ＮＩＭＰＬＹ Ｂ、Ｂ ＩＭＰＬＹ Ａ、Ｂ ＮＩＭＰＬＹ Ａ、ＸＯＲおよびＸＮＯＲである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の合成論理システム。
【請求項６】
ＴＲＵＥおよび／またはＦＡＬＳＥ論理ゲートをさらに含み、
ここでＴＲＵＥ論理ゲートが、プロモーターに作動可能に連結された出力核酸配列の単一遺伝子回路構築物であり、および
ここでＦＡＬＳＥゲートが、反転プロモーターのすぐ下流の出力核酸配列の単一遺伝子回路構築物である、
請求項１に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項７】
出力核酸が出力産物をコードする、請求項１〜６のいずれか一項に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項８】
出力産物が、レポータータンパク質、転写リプレッサー、転写アクチベーター、選択マーカー、酵素、受容体タンパク質、リガンドタンパク質、ＲＮＡ、リボスイッチ、ショートヘアピンＲＮＡまたはリコンビナーゼである、請求項７に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項９】
ＮＯＲ論理ゲートが、（ａ）プロモーターに作動可能に連結された出力核酸、および（ｂ）２つの一方向性ターミネーターの、単一遺伝子回路構築物であり、ここで各ターミネーターは反転されており、異なるフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接しており、かつプロモーターと出力核酸との間に配置されている、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項１０】
ＡＮＤ論理ゲートが、プロモーターに条件付きで作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここで出力核酸およびプロモーターはそれぞれ反転されており、かつ異なるフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接している、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項１１】
ＯＲ論理ゲートが、２つのプロモーターに条件付きで作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここで各プロモーターは反転されており、かつ異なるフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接している、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項１２】
ＮＡＮＤ論理ゲートが、２つのプロモーターに作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここで各プロモーターは異なるフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接している、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項１３】
Ａ論理ゲートが、プロモーターに条件付きで作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここで出力核酸は反転されており、かつフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接している、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項１４】
Ｂ論理ゲートが、プロモーターに条件付きで作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここでプロモーターは反転されており、かつフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接している、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項１５】
ＮＯＴ Ａ論理ゲートが、プロモーターに作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここで出力核酸はフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接している、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項１６】
ＮＯＴ Ｂ論理ゲートが、プロモーターに作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここでプロモーターはフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接している、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項１７】
Ａ ＩＭＰＬＹ Ｂ論理ゲートが、第１プロモーターに作動可能に連結され、および第２プロモーターに条件付きで作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここで第１プロモーターはフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接しており、第２プロモーターは反転されており、異なるフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接しており、かつ第１プロモーターと出力核酸との間に配置されている、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項１８】
Ｂ ＩＭＰＬＹ Ａ論理ゲートが、第１プロモーターに条件付きで作動可能に連結され、および第２プロモーターに作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここで第１プロモーターは反転されており、かつフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接しており、第２プロモーターは異なるフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接しており、かつ第１プロモーターと出力核酸との間に配置されている、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項１９】
Ａ ＮＩＭＰＬＹ Ｂ論理ゲートが、プロモーターに条件付きで作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここでプロモーターはフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接しており、および出力核酸は反転されており、かつ異なるフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接している、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項２０】
Ｂ ＮＩＭＰＬＹ Ａ論理ゲートが、プロモーターおよび一方向性ターミネーターに条件付きで作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここでプロモーターは反転されており、かつフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接しており、およびターミネーターは反転されており、異なるフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接しており、かつプロモーターと出力核酸との間に配置されている、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項２１】
ＸＯＲ論理ゲートが、プロモーターに条件付きで作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここでプロモーターは反転されており、かつ２つのフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接している、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項２２】
ＸＮＯＲ論理ゲートが、プロモーターに作動可能に連結された出力核酸の単一遺伝子回路構築物であり、ここで出力核酸は２つのフォワードおよびリバースリコンビナーゼ認識部位に隣接している、請求項５に記載の合成論理／メモリシステム。
【請求項２３】
請求項１〜２２のいずれか一項に記載の合成論理／メモリシステムを含む、細胞。
【請求項２４】
少なくとも１つの不可逆的リコンビナーゼ、および請求項１〜２２のいずれか一項に記載の少なくとも２つの論理ゲートを含む、細胞。
【請求項２５】
細胞を操作して、少なくとも１つのリコンビナーゼおよび請求項１〜２２のいずれか一項に記載の少なくとも２つの論理ゲートを含むようにすることを含む、遺伝子発現または細胞分化を改変する方法。