【手続補正書】
【提出日】平成28年11月16日(2016.11.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
タグ付けされたゲノムライブラリーを作製するための方法であって、
（ａ）断片化されたゲノムＤＮＡを末端修復酵素で処理して、断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡを作製するステップと、
（ｂ）ランダム核酸タグ配列ならびに必要に応じて試料コード配列またはＰＣＲプライマー配列を、前記断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡにライゲーションして、前記タグ付けされたゲノムライブラリーを作製するステップと
を含み、
ｉ．前記ランダム核酸タグ配列が、必要に応じて、約２〜約１００ヌクレオチドであるか、または
ｉｉ．前記ランダム核酸タグ配列が、必要に応じて、約２〜約６ヌクレオチドであるか、または
ｉｉｉ．前記断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡが、必要に応じて、平滑末端を含有するか、または
ｉｖ．前記平滑末端が、必要に応じて、単一塩基対オーバーハングを含有するようさらに修飾されるか、または
ｖ．前記ライゲーションのステップが、必要に応じて、多機能性アダプターモジュールを前記断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡにライゲーションして、前記タグ付けされたゲノムライブラリーを作製することを含み、前記多機能性アダプター分子が、
（ｉ）ランダム核酸タグ配列を含む第１の領域と、
（ｉｉ）試料コード配列を含む第２の領域と、
（ｉｉｉ）ＰＣＲプライマー配列を含む第３の領域と
を含むか、または
ｖｉ．前記方法は必要に応じて、タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズさせて、複合体を形成するステップをさらに含み、前記多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域とハイブリダイズするか、または
ｖｉｉ．前記方法は必要に応じて、前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップをさらに含むか、または
ｖｉｉｉ．前記方法は必要に応じて、前記単離されたタグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングして、一本鎖３’末端を除去するステップをさらに含むか、または
ｉｘ．前記３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングにおいて使用される酵素が、必要に応じて、Ｔ４  ＤＮＡポリメラーゼであるか、または
ｘ．前記方法は必要に応じて、前記３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲを実行するステップをさらに含み、ハイブリッド核酸分子を作製するために、多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分がコピーされ、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ゲノム標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを
含む、方法。
【請求項２】
標的化遺伝学的解析のための方法であって、
前記方法は、
（ａ１）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ１）（ａ１）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ１）３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して、（ｂ１）から得られる前記単離されたタグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体に対して３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングを実行して、一本鎖３’末端を除去するステップと、
（ｄ１）（ｃ１）から得られる前記酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲを実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分がコピーされ、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ゲノム標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップと、
（ｅ１）（ｄ１）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行するステップと
を含み、
ステップ（ａ１）〜（ｄ１）は必要に応じて、少なくとも約２回反復され、（ｅ１）の前記標的化遺伝学的解析は必要に応じて、前記少なくとも２回の（ｄ１）ステップから得られるハイブリッド核酸分子配列の配列アラインメントを含み、
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、少なくとも２回の（ａ１）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回の（ａ１）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用い、
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズするか、あるいは
前記方法は、
（ａ２）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ２）（ａ２）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ２）ハイブリッド核酸分子を作製するため（ｂ２）から得られる前記複合体に対して前記多機能性捕捉プローブの５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長を実行して、前記多機能性捕捉プローブの３’にある前記捕捉されたタグ付けされたゲノム標的領域の一領域を複製するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールと、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記ゲノム標的領域とハイブリダイズする位置から３’方向に位置する前記タグ付けされたゲノム標的領域の一領域の相補体とを含むステップと、
（ｄ２）（ｃ２）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行
するステップと
を含み、
ステップ（ａ２）〜（ｃ２）が、必要に応じて、少なくとも約２回反復され、（ｄ２）の前記標的化遺伝学的解析が、必要に応じて、前記少なくとも２回の（ｄ２）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子配列の配列アラインメントを含み、
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、少なくとも２回の（ａ２）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回の（ａ２）ステップが、必要に応じて、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用い、
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズするか、あるいは
前記方法は、
（ａ３）タグ付けされたＤＮＡライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ＤＮＡライブラリーにおける特異的標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ３）（ａ３）から得られる前記タグ付けされたＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ３）ハイブリッド核酸分子を作製するために、５’ＦＬＡＰエンドヌクレアーゼ活性、５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長およびＤＮＡリガーゼによるニック閉鎖を含む、（ｂ３）から得られる前記タグ付けされたＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体の協奏的酵素プロセシングを実行して、前記多機能性捕捉プローブ結合部位の５’にある前記標的領域に前記多機能性捕捉プローブの相補体を連結するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールの相補体と、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記ゲノム標的領域とハイブリダイズする位置の５’に位置する前記タグ付けされた標的領域の一領域を含むステップと、
（ｄ３）（ｃ３）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行するステップと
を含み、
ステップ（ａ３）〜（ｃ３）が、必要に応じて、少なくとも約２回反復され、（ｄ３）の前記標的化遺伝学的解析が、必要に応じて、前記少なくとも２回の（ｄ３）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子配列の配列アラインメントを含み、
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記少なくとも２回の（ａ３）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回の（ａ３）ステップが、必要に応じて、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用い、
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記標的領域の上流とハイブリダイズする、方法。
【請求項３】
特異的ゲノム標的領域のコピー数を決定するための方法であって、
前記方法は、
（ａ１）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュール複合体が、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ１）（ａ１）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ１）３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して、（ｂ１）から得られる前記単離されたタグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体に対して３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングを実行して、一本鎖３’末端を除去するステップと、
（ｄ１）（ｃ１）から得られる前記酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲ反応を実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、前記多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分が複製され、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ゲノム標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップと、
（ｅ１）（ｄ１）における前記ハイブリッド核酸分子のＰＣＲ増幅を実行するステップと、
（ｆ１）（ｅ１）におけるＰＣＲ反応を定量化するステップであって、前記定量化が、前記特異的ゲノム標的領域のコピー数の決定を可能にするステップと
を含み、
前記方法は必要に応じて、ステップ（ｅ１）から得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列を得るステップをさらに含み、
ステップ（ａ１）〜（ｅ１）が、必要に応じて、少なくとも約２回反復され、前記少なくとも２回の（ｅ１）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子配列を使用して、配列アラインメントが必要に応じて実行され、
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記少なくとも２回の（ａ１）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回の（ａ１）ステップが、必要に応じて、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用い、
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズするか、あるいは
前記方法は、
（ａ２）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュール複合体が、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ２）（ａ）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ２）３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して、（ｂ２）から得られる前記単離されたタグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体に対して３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングを実行して、一本鎖３’末端を除去するステップと、
（ｄ２）（ｃ２）から得られる前記酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲ反応を実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、前記多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分が複製され、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ゲノム標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップと、
（ｅ２）（ｄ２）における前記ハイブリッド核酸分子のＰＣＲ増幅を実行するステップと、
を含み、
前記方法は、ステップ（ｅ２）から得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列を得るステップを、必要に応じてさらに含み、
ステップ（ａ２）〜（ｅ２）が、必要に応じて、少なくとも約２回反復され、ここで、前記少なくとも２回の（ｅ２）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子配列を使用して、配列アラインメントが必要に応じて実行され、
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記少なくとも２回の（ａ２）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回の（ａ２）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用い、
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズするか、あるいは
前記方法は、
（ａ３）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュール複合体が、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ３）（ａ３）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ３）３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して、（ｂ３）から得られる前記単離されたタグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体に対して３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングを実行して、一本鎖３’末端を除去するステップと、
（ｄ３）（ｃ３）から得られる前記酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲ反応を実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、前記多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分が複製され、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ゲノム標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップと、
（ｅ３）（ｄ３）における前記ハイブリッド核酸分子のＰＣＲ増幅を実行するステップと、
（ｆ３）（ｅ３）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行するステップと
を含み、
ステップ（ａ３）〜（ｅ３）が、必要に応じて、少なくとも約２回反復され、（ｆ３）の前記標的化遺伝学的解析が、必要に応じて、前記少なくとも２回の（ｅ３）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子配列の配列アラインメントの実行を含み、
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記少なくとも２回の（ａ３）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回の（ａ３）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用い、
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズするか、あるいは
前記方法は、
（ａ４）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ４）（ａ４）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ４）ハイブリッド核酸分子を作製するために、（ｂ４）から得られる前記複合体に対して前記多機能性捕捉プローブの５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長を実行して、前記多機能性捕捉プローブの３’にある前記捕捉されたタグ付けされたゲノム標的領域の一領域を複製するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールと、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記ゲノム標的領域とハイブリダイズする位置から３’方向に位置する前記タグ付けされたゲノム標的領域の一領域の相補体とを含むステップと、
（ｄ４）（ｃ４）における前記ハイブリッド核酸分子のＰＣＲ増幅を実行するステップと、
（ｅ４）（ｄ４）におけるＰＣＲ反応を定量化するステップであって、前記定量化が、前記特異的ゲノム標的領域のコピー数の決定を可能にするステップと
を含み、
ステップ（ｄ４）から得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列を得るステップを、必要に応じてさらに含み、
ステップ（ａ４）〜（ｄ４）が、必要に応じて、少なくとも約２回反復され、前記少なくとも２回の（ｄ４）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列アラインメントが行われ、
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記少なくとも２回の（ａ４）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回の（ａ４）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用い、
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズする、方法。
【請求項４】
ｉ．前記標的化遺伝学的解析が、配列解析である、あるいは
ｉｉ．前記タグ付けされたゲノムライブラリーがＰＣＲにより増幅されて、増幅されたタグ付けされたゲノムライブラリーを作製する、あるいは
ｉｉｉ．前記ゲノムＤＮＡが、血液、皮膚、毛、毛包、唾液、口腔粘膜、膣粘膜、汗、涙、上皮組織、尿、精液、精子液、精漿、前立腺液、尿道球腺液（カウパー氏腺液）、排泄物、生検、腹水、脳脊髄液、リンパ液および組織抽出物試料または生検試料からなる群から選択される生体試料に由来する、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
タグ付けされたゲノム配列を含むタグ付けされたゲノムライブラリーであって、各タグ付けされたゲノム配列が、
（ａ）断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡと、
（ｂ）ランダムヌクレオチドタグ配列と、
（ｃ）試料コード配列と、
（ｄ）ＰＣＲプライマー配列と
を含む、ゲノムライブラリー；あるいは
標的化遺伝学的解析において使用するためのハイブリッドタグ付けされたゲノム配列を含むハイブリッドタグ付けされたゲノムライブラリーであって、各ハイブリッドタグ付けされたゲノム配列が、
（ａ）断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡと、
（ｂ）ランダムヌクレオチドタグ配列と、
（ｃ）試料コード配列と、
（ｄ）ＰＣＲプライマー配列と、
（ｅ）ゲノム標的領域と、
（ｆ）多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列と
を含む、ゲノムライブラリー；あるいは
多機能性アダプターモジュールであって、
（ａ）ランダムヌクレオチドタグ配列を含む第１の領域と、
（ｂ）試料コード配列を含む第２の領域と、
（ｃ）ＰＣＲプライマー配列を含む第３の領域と
を含む多機能性アダプターモジュール。
【請求項６】
（ａ）パートナーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる第１の領域と、
（ｂ）特異的ゲノム標的領域とハイブリダイズすることができる第２の領域と、
（ｃ）テイル配列を含む第３の領域と
を含む多機能性捕捉プローブモジュールであって、
前記第１の領域が、必要に応じて、パートナーオリゴヌクレオチドに結合している、多機能性捕捉プローブモジュール；あるいは
（ａ）パートナーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができ、ＰＣＲプライマーとして機能することができる第１の領域と、
（ｂ）特異的ゲノム標的領域とハイブリダイズすることができる第２の領域と
を含む多機能性アダプタープローブハイブリッドモジュールであって、
前記第１の領域が、必要に応じて、パートナーオリゴヌクレオチドに結合している、多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール。
【請求項７】
前記パートナーオリゴヌクレオチドが、化学修飾されている、請求項６に記載のモジュール。
【請求項８】
タグ付けされたゲノムライブラリーと、多機能性アダプターモジュールと、多機能性捕捉プローブモジュールとを含む組成物；または
請求項５に記載のハイブリッドタグ付けされたゲノムライブラリーを含む組成物。
【請求項９】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法を実行するための反応混合物；あるいは
タグ付けされたゲノムライブラリーを作製することができる反応混合物であって、
（ａ）断片化されたゲノムＤＮＡと、
（ｂ）断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡを作製するためのＤＮＡ末端修復酵素とを含む反応混合物、
前記反応混合物は、必要に応じて、
ｉ．多機能性アダプターモジュール、または
ｉｉ．多機能性捕捉プローブモジュール、または
ｉｉｉ．３’−５’エキソヌクレアーゼ活性およびＰＣＲ増幅活性を有する酵素
をさらに含む、反応混合物。
【請求項１０】
ＤＮＡ配列解析のための方法であって、
前記方法は、
（ａ１）各クローンが第１のＤＮＡ配列および第２のＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のＤＮＡ配列が、標的化ゲノムＤＮＡ配列を含み、前記第２のＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ１）前記１種または複数のクローンに対してペアエンドシークエンシング反応を実行して１種または複数のシークエンシングリードを得るステップと、
（ｃ１）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンの前記シークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含むか；あるいは
前記方法は、
（ａ２）各クローンが第１のＤＮＡ配列および第２のＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のＤＮＡ配列が、標的化ゲノムＤＮＡ配列を含み、前記第２のＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ２）前記１種または複数のクローンに対してシークエンシング反応を実行するステップであって、約１００ヌクレオチドを超える単一の長いシークエンシングリードが得られ、前記リードが、前記第１のＤＮＡ配列および前記第２のＤＮＡ配列の両方の同定に十分であるステップと、
（ｃ２）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンのシークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含み；
前記１種または複数のクローンの配列が、必要に応じて、１種または複数のヒト参照ＤＮＡ配列と比較され、
前記１種または複数のヒト参照ＤＮＡ配列にマッチしない配列が必要に応じて同定され、
非マッチ配列が必要に応じて使用されて、前記非マッチ配列データからデノボアセンブリーが作製され、
前記デノボアセンブリーが必要に応じて使用されて、前記捕捉プローブに関連する新規配列再編成が同定される、方法。
【請求項１１】
ゲノムコピー数決定解析のための方法であって、
前記方法は、
（ａ１）各クローンが第１のＤＮＡ配列および第２のＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のＤＮＡ配列が、ランダムヌクレオチドタグ配列および標的化ゲノムＤＮＡ配列を含み、前記第２のＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ１）前記１種または複数のクローンに対してペアエンドシークエンシング反応を実行して１種または複数のシークエンシングリードを得るステップと、
（ｃ１）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンの前記シークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含むか；あるいは
前記方法は、
（ａ２）各クローンが第１のＤＮＡ配列および第２のＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のＤＮＡ配列が、ランダムヌクレオチドタグ配列および標的化ゲノムＤＮＡ配列を含み、前記第２のＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ２）前記１種または複数のクローンに対してシークエンシング反応を実行するステップであって、約１００ヌクレオチドを超える単一の長いシークエンシングリードが得られ、前記リードが、前記第１のＤＮＡ配列および前記第２のＤＮＡ配列の両方の同定に十分であるステップと、
（ｃ２）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンのシークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含み；
前記ランダムヌクレオチドタグ配列が、必要に応じて、約２〜約５０ヌクレオチドの長さであるか；あるいは、
前記方法は、
（ａ）独特のシークエンシングリードおよび重複したシークエンシングリードの分布を決定し、
（ｂ）独特のリードが遭遇する回数を計数し、
（ｃ）前記独特のリードの度数分布を統計分布に適合させ、
（ｄ）独特のリードの総数を推量し、
（ｅ）推量された独特のリードの前記総数を、大部分のヒト遺伝子座が一般に二倍体であるという仮定に対して正規化すること
により、第２のリード配列に関連するあらゆるシークエンシングリードを解析するステップを必要に応じてさらに含み、
１種または複数の標的化遺伝子座の推量されたコピー数が必要に応じて決定され、ここで
ｉ．予想されるコピー数値から逸脱する前記１種または複数の標的遺伝子座が必要に応じて決定されるか、または
ｉｉ．遺伝子の前記１種または複数の標的化遺伝子座が、必要に応じて、遺伝子座のコレクションにおいて共にグループ化され、標的化遺伝子座のコレクションから得られる前記コピー数測定値が、平均化および正規化されるか、または
ｉｉｉ．遺伝子の前記推量されたコピー数が、必要に応じて、この遺伝子を表す全標的遺伝子座の前記正規化された平均によって表される、方法。
【請求項１２】
タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーを作製するための方法であって、
前記方法は、
（ａ１）ｃＤＮＡライブラリーを断片化するステップと、
（ｂ１）前記断片化されたｃＤＮＡライブラリーを末端修復酵素で処理して、断片化され末端修復されたｃＤＮＡを作製するステップと、
（ｃ１）多機能性アダプター分子を前記断片化され末端修復されたｃＤＮＡにライゲーションして、タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーを作製するステップと
を含むか；あるいは
前記方法は、
（ａ２）１個または複数の細胞の全ＲＮＡからｃＤＮＡライブラリーを調製するステップと、
（ｂ２）前記ｃＤＮＡライブラリーを断片化するステップと、
（ｃ２）前記断片化されたｃＤＮＡを末端修復酵素で処理して、断片化され末端修復されたｃＤＮＡを作製するステップと、
（ｄ２）多機能性アダプター分子を前記断片化され末端修復されたｃＤＮＡにライゲーションして、タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーを作製するステップと
を含み；
ｉ．前記ｃＤＮＡライブラリーが、必要に応じて、オリゴｄＴプライミングｃＤＮＡライブラリーであるか、または
ｉｉ．前記ｃＤＮＡライブラリーが、必要に応じて、約６〜約２０のランダムヌクレオチドを含むランダムオリゴヌクレオチドによってプライミングされるか、または
ｉｉｉ．前記ｃＤＮＡライブラリーが、必要に応じて、ランダムヘキサマーまたはランダムオクタマーによってプライミングされるか、または
ｉｖ．前記ｃＤＮＡライブラリーが、必要に応じて、約２５０ｂｐ〜約７５０ｂｐのサイズに断片化されるか、または
ｖ．前記ｃＤＮＡライブラリーが、必要に応じて、約５００ｂｐのサイズに断片化されるか、または
ｖｉ．前記多機能性アダプターモジュールが、
（ｉ）ランダム核酸タグ配列を含む第１の領域と、必要に応じて、
（ｉｉ）試料コード配列を含む第２の領域と、必要に応じて、
（ｉｉｉ）ＰＣＲプライマー配列を含む第３の領域と
を必要に応じて含むか、または
ｖｉｉ．前記多機能性アダプターモジュールが、ランダム核酸タグ配列を含む第１の領域と、試料コード配列を含む第２の領域と、ＰＣＲプライマー配列を含む第３の領域とを含むか、または
ｖｉｉｉ．タグ付けされたｃＤＮＡライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズさせて、複合体を形成するステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ｃＤＮＡライブラリーにおける特異的標的領域と必要に応じてハイブリダイズするステップを必要に応じてさらに含むか、または
ｉｘ．前記タグ付けされたｃＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップを必要に応じてさらに含むか、または
ｘ．前記単離されたタグ付けされたｃＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングして、一本鎖３’末端を除去するステップを必要に応じてさらに含み、
前記３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングにおいて使用される酵素が、必要に応じて、Ｔ４  ＤＮＡポリメラーゼであるか、あるいは
前記方法は、前記３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲを実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、前記多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分がコピーされ、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ｃＤＮＡ標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップを必要に応じてさらに含む、方法。
【請求項１３】
標的化遺伝子発現解析のための方法であって、前記方法は、
（ａ１）タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュールが、前記タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーにおける特異的標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ１）（ａ１）から得られる前記タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ１）３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して、（ｂ１）から得られる前記単離されたタグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体に対して３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングを実行して、一本鎖３’末端を除去するステップと、
（ｄ１）（ｃ１）から得られる前記酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲを実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、前記多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分がコピーされ、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップと、
（ｅ１）（ｄ１）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝子発現解析を実行するステップと
を含むか、あるいは
前記方法は、
（ａ２）タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ＲＮＡ発現ライブラリーにおける特異的標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ２）（ａ２）から得られる前記タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ２）ハイブリッド核酸分子を作製するために、（ｂ２）から得られる前記複合体における前記多機能性捕捉プローブの５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長を実行して、前記多機能性捕捉プローブの３’にある前記捕捉されたタグ付けされた標的領域の一領域を複製するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールと、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記標的領域とハイブリダイズする位置の３’方向に位置する前記タグ付けされた標的領域の相補体とを含むステップと、
（ｄ２）（ｃ２）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行するステップと
を含み；あるいは
前記方法は、
（ａ３）タグ付けされたｃＤＮＡライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ｃＤＮＡライブラリーにおける特異的標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ３）（ａ３）から得られる前記タグ付けされたｃＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ３）ハイブリッド核酸分子を作製するために、（ｂ３）から得られる前記複合体における前記多機能性捕捉プローブの５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長を実行して、前記多機能性捕捉プローブの３’にある前記ｃＤＮＡライブラリーにおける前記捕捉されたタグ付けされた標的領域の一領域を複製するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールと、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記標的領域とハイブリダイズする位置の３’方向に位置する前記ｃＤＮＡライブラリーにおける前記タグ付けされた標的領域の相補体とを含むステップと、
（ｄ３）（ｃ３）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行するステップと
を含み；
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記少なくとも２回の（ａ１）または（ａ２）または（ａ３）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回の（ａ１）または（ａ２）または（ａ３）ステップが、必要に応じて、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用い、
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記標的領域の上流とハイブリダイズする、方法。
【請求項１４】
ｃＤＮＡ配列解析のための方法であって、
前記方法は、
（ａ１）各クローンが第１のｃＤＮＡ配列および第２のｃＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のｃＤＮＡ配列が、標的化ゲノムｃＤＮＡ配列を含み、前記第２のｃＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ１）前記１種または複数のクローンに対してペアエンドシークエンシング反応を実行して１種または複数のシークエンシングリードを得るステップと、
（ｃ１）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンの前記シークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含むか、あるいは
前記方法は、
（ａ２）各クローンが第１のｃＤＮＡ配列および第２のｃＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のｃＤＮＡ配列が、標的化ゲノムＤＮＡ配列を含み、前記第２のｃＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ２）前記１種または複数のクローンに対してシークエンシング反応を実行するステップであって、約１００ヌクレオチドを超える単一の長いシークエンシングリードが得られ、前記リードが、前記第１のｃＤＮＡ配列および前記第２のｃＤＮＡ配列の両方の同定に十分であるステップと、
（ｃ２）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンのシークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含み；
前記方法は、必要に応じて、
（ａ）独特のシークエンシングリードおよび重複したシークエンシングリードの分布を決定し、
（ｂ）独特のリードが遭遇する回数を計数し、
（ｃ）前記独特のリードの度数分布を統計分布に適合させ、
（ｄ）独特のリードの総数を推量し、
（ｅ）各ｃＤＮＡライブラリー試料内で収集される前記総リードに対する正規化を使用して、独特のリード計数を転写物存在量に変換すること
により、第２のリード配列に関連するあらゆるシークエンシングリードを解析するステップをさらに含む、方法。
【請求項１５】
特異的標的領域のコピー数を決定するための方法であって、
前記方法は、
（ａ）タグ付けされたＤＮＡライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ゲノムライブラリーにおける特異的標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）（ａ）から得られる前記タグ付けされたＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）ハイブリッド核酸分子を作製するために、５’ＦＬＡＰエンドヌクレアーゼ活性、５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長およびＤＮＡリガーゼによるニック閉鎖を含む、（ｂ）から得られる前記タグ付けされたＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体の協奏的酵素プロセシングを実行して、前記多機能性捕捉プローブ結合部位の５’にある前記標的領域に前記多機能性捕捉プローブの相補体を連結するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールの相補体と、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記標的領域とハイブリダイズする位置の５’に位置する前記タグ付けされた標的領域の一領域を含むステップと、
（ｄ）（ｃ）における前記ハイブリッド核酸分子のＰＣＲ増幅を実行するステップと、
（ｅ）（ｄ）におけるＰＣＲ反応を定量化するステップであって、前記定量化が、前記特異的標的領域のコピー数の決定を可能にするステップと
を含み、
ｉ．前記方法は、必要に応じて、ステップ（ｄ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列を得るステップをさらに含み、
ステップ（ａ）〜（ｄ）が、必要に応じて、少なくとも約２回反復され、少なくとも２回の（ｄ）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列アラインメントが必要に応じて行われ、
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、少なくとも２回の（ａ）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回の（ａ）ステップが、必要に応じて、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用い、
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、必要に応じて、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズするか、あるいは
ｉｉ．前記標的化遺伝学的解析が、必要に応じて、配列解析であるか、あるいは
ｉｉｉ．前記標的領域が、必要に応じて、ゲノム標的領域であり、前記ＤＮＡライブラリーが、必要に応じて、ゲノムＤＮＡライブラリーであるか、あるいは
ｉｖ．前記標的領域が、必要に応じて、ｃＤＮＡ標的領域であり、前記ＤＮＡライブラリーが、必要に応じて、ｃＤＮＡライブラリーである、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４９】
一部の実施形態では、前記標的領域は、ｃＤＮＡ標的領域であり、前記ＤＮＡライブラリーは、ｃＤＮＡライブラリーである。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
タグ付けされたゲノムライブラリーを作製するための方法であって、
（ａ）断片化されたゲノムＤＮＡを末端修復酵素で処理して、断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡを作製するステップと、
（ｂ）ランダム核酸タグ配列ならびに必要に応じて試料コード配列および／またはＰＣＲプライマー配列を、前記断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡにライゲーションして、前記タグ付けされたゲノムライブラリーを作製するステップと
を含む方法。
（項目２）
前記ランダム核酸タグ配列が、約２〜約１００ヌクレオチドである、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目３）
前記ランダム核酸タグ配列が、約２〜約６ヌクレオチドである、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目４）
前記断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡが、平滑末端を含有する、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目５）
前記平滑末端が、単一塩基対オーバーハングを含有するようさらに修飾される、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目６）
前記ライゲーションステップが、多機能性アダプターモジュールを前記断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡにライゲーションして、前記タグ付けされたゲノムライブラリーを作製することを含み、前記多機能性アダプター分子が、
（ｉ）ランダム核酸タグ配列を含む第１の領域と、
（ｉｉ）試料コード配列を含む第２の領域と、
（ｉｉｉ）ＰＣＲプライマー配列を含む第３の領域と
を含む、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目７）
タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズさせて、複合体を形成するステップをさらに含み、前記多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域とハイブリダイズする、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目８）
前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップをさらに含む、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目９）
前記単離されたタグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングして、一本鎖３’末端を除去するステップをさらに含む、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
前記３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングにおいて使用される酵素が、Ｔ４
ＤＮＡポリメラーゼである、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
先行する項目から得られる前記３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲを実行するステップをさらに含み、ハイブリッド核酸分子を作製するために、多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分がコピーされ、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ゲノム標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを
含む、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目１２）
（ａ）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）ａ）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して、ｂ）から得られる前記単離されたタグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体に対して３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングを実行して、一本鎖３’末端を除去するステップと、
（ｄ）ｃ）から得られる前記酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲを実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分がコピーされ、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ゲノム標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップと、
（ｅ）ｄ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行するステップと
を含む、標的化遺伝学的解析のための方法。
（項目１３）
ステップａ）〜ｄ）が、少なくとも約２回反復され、ｅ）の前記標的化遺伝学的解析が、前記少なくとも２回のｄ）ステップから得られるハイブリッド核酸分子配列の配列アラインメントを含む、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、少なくとも２回のａ）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回のａ）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用いる、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズする、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
特異的ゲノム標的領域のコピー数を決定するための方法であって、
（ａ）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュール複合体が、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）ａ）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して、ｂ）から得られる前記単離されたタグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体に対して３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングを実行して、一本鎖３’末端を除去するステップと、
（ｄ）ｃ）から得られる前記酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲ反応を実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、前記多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分が複製され、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ゲノム標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップと、
（ｅ）ｄ）における前記ハイブリッド核酸分子のＰＣＲ増幅を実行するステップと、
（ｆ）ｅ）におけるＰＣＲ反応を定量化するステップであって、前記定量化が、前記特異的ゲノム標的領域のコピー数の決定を可能にするステップと
を含む方法。
（項目１７）
ステップｅ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列を得るステップをさらに含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
ステップａ）〜ｅ）が、少なくとも約２回反復され、前記少なくとも２回のｅ）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子配列を使用して、配列アラインメントが実行される、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、前記少なくとも２回のａ）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回のａ）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用いる、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズする、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
特異的ゲノム標的領域のコピー数を決定するための方法であって、
（ａ）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュール複合体が、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）ａ）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して、ｂ）から得られる前記単離されたタグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体に対して３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングを実行して、一本鎖３’末端を除去するステップと、
（ｄ）ｃ）から得られる前記酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲ反応を実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、前記多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分が複製され、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ゲノム標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップと、
（ｅ）ｄ）における前記ハイブリッド核酸分子のＰＣＲ増幅を実行するステップと、
を含む方法。
（項目２２）
ステップｅ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列を得るステップをさらに含む、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
ステップａ）〜ｅ）が、少なくとも約２回反復され、前記少なくとも２回のｅ）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子配列を使用して、配列アラインメントが実行される、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、前記少なくとも２回のａ）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回のａ）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用いる、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の下流とハ
イブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズする、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
特異的ゲノム標的領域のコピー数を決定するための方法であって、
（ａ）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュール複合体が、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）ａ）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して、ｂ）から得られる前記単離されたタグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体に対して３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングを実行して、一本鎖３’末端を除去するステップと、
（ｄ）ｃ）から得られる前記酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲ反応を実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、前記多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分が複製され、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ゲノム標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップと、
（ｅ）ｄ）における前記ハイブリッド核酸分子のＰＣＲ増幅を実行するステップと、
（ｆ）ｅ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行するステップと
を含む方法。
（項目２７）
ステップａ）〜ｅ）が、少なくとも約２回反復され、ｆ）の前記標的化遺伝学的解析が、前記少なくとも２回のｅ）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子配列の配列アラインメントの実行を含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、前記少なくとも２回のａ）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回のａ）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用いる、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズする、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
（ａ）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）ａ）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）ハイブリッド核酸分子を作製するために、ｂ）から得られる前記複合体に対して前記多機能性捕捉プローブの５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長を実行して、前記多機能性捕捉プローブの３’にある前記捕捉されたタグ付けされたゲノム標的領域の一領域を複製するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールと、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記ゲノム標的領域とハイブリダイズする位置から３’方向に位置する前記タグ付けされたゲノム標的領域の一領域の相補体とを含むステップと、
（ｄ）ｃ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行
するステップと
を含む、標的化遺伝学的解析のための方法。
（項目３１）
ステップａ）〜ｃ）が、少なくとも約２回反復され、ｄ）の前記標的化遺伝学的解析が、前記少なくとも２回のｄ）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子配列の配列アラインメントを含む、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、前記少なくとも２回のａ）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回のａ）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用いる、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズする、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
特異的ゲノム標的領域のコピー数を決定するための方法であって、
（ａ）タグ付けされたゲノムライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ゲノムライブラリーにおける特異的ゲノム標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）ａ）から得られる前記タグ付けされたゲノムライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）ハイブリッド核酸分子を作製するために、ｂ）から得られる前記複合体に対して前記多機能性捕捉プローブの５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長を実行して、前記多機能性捕捉プローブの３’にある前記捕捉されたタグ付けされたゲノム標的領域の一領域を複製するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールと、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記ゲノム標的領域とハイブリダイズする位置から３’方向に位置する前記タグ付けされたゲノム標的領域の一領域の相補体とを含むステップと、
（ｄ）ｃ）における前記ハイブリッド核酸分子のＰＣＲ増幅を実行するステップと、
（ｅ）ｄ）におけるＰＣＲ反応を定量化するステップであって、前記定量化が、前記特異的ゲノム標的領域のコピー数の決定を可能にするステップと
を含む方法。
（項目３５）
ステップｄ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列を得るステップをさらに含む、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
ステップａ）〜ｄ）が、少なくとも約２回反復され、前記少なくとも２回のｄ）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列アラインメントが行われる、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、前記少なくとも２回のａ）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回のａ）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用いる、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズする、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記標的化遺伝学的解析が、配列解析である、先行する項目のいずれかに記載の方法
。
（項目４０）
前記タグ付けされたゲノムライブラリーがＰＣＲにより増幅されて、増幅されたタグ付けされたゲノムライブラリーを作製する、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目４１）
前記ゲノムＤＮＡが、血液、皮膚、毛、毛包、唾液、口腔粘膜、膣粘膜、汗、涙、上皮組織、尿、精液、精子液、精漿、前立腺液、尿道球腺液（カウパー氏腺液）、排泄物、生検、腹水、脳脊髄液、リンパ液および組織抽出物試料または生検試料からなる群から選択される生体試料に由来する、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目４２）
タグ付けされたゲノム配列を含むタグ付けされたゲノムライブラリーであって、各タグ付けされたゲノム配列が、
（ａ）断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡと、
（ｂ）ランダムヌクレオチドタグ配列と、
（ｃ）試料コード配列と、
（ｄ）ＰＣＲプライマー配列と
を含む、ゲノムライブラリー。
（項目４３）
標的化遺伝学的解析において使用するためのハイブリッドタグ付けされたゲノム配列を含むハイブリッドタグ付けされたゲノムライブラリーであって、各ハイブリッドタグ付けされたゲノム配列が、
（ａ）断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡと、
（ｂ）ランダムヌクレオチドタグ配列と、
（ｃ）試料コード配列と、
（ｄ）ＰＣＲプライマー配列と、
（ｅ）ゲノム標的領域と、
（ｆ）多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列と
を含む、ゲノムライブラリー。
（項目４４）
（ａ）ランダムヌクレオチドタグ配列を含む第１の領域と、
（ｂ）試料コード配列を含む第２の領域と、
（ｃ）ＰＣＲプライマー配列を含む第３の領域と
を含む多機能性アダプターモジュール。
（項目４５）
（ａ）パートナーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる第１の領域と、
（ｂ）特異的ゲノム標的領域とハイブリダイズすることができる第２の領域と、
（ｃ）テイル配列を含む第３の領域と
を含む多機能性捕捉プローブモジュール。
（項目４６）
前記第１の領域が、パートナーオリゴヌクレオチドに結合している、先行する項目のいずれかに記載の多機能性捕捉プローブモジュール。
（項目４７）
（ａ）パートナーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができ、ＰＣＲプライマーとして機能することができる第１の領域と、
（ｂ）特異的ゲノム標的領域とハイブリダイズすることができる第２の領域と
を含む多機能性アダプタープローブハイブリッドモジュール。
（項目４８）
前記第１の領域が、パートナーオリゴヌクレオチドに結合している、先行する項目のいずれかに記載の多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール。
（項目４９）
前記パートナーオリゴヌクレオチドが、化学修飾されている、先行する項目のいずれかに記載の方法。
（項目５０）
タグ付けされたゲノムライブラリーと、多機能性アダプターモジュールと、多機能性捕捉プローブモジュールとを含む組成物。
（項目５１）
先行する項目のいずれかに記載のハイブリッドタグ付けされたゲノムライブラリーを含む組成物。
（項目５２）
先行する項目のいずれか一項に記載の方法を実行するための反応混合物。
（項目５３）
タグ付けされたゲノムライブラリーを作製することができる反応混合物であって、
（ａ）断片化されたゲノムＤＮＡと、
（ｂ）断片化され末端修復されたゲノムＤＮＡを作製するためのＤＮＡ末端修復酵素とを含む反応混合物。
（項目５４）
多機能性アダプターモジュールをさらに含む、先行する項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目５５）
多機能性捕捉プローブモジュールをさらに含む、先行する項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目５６）
３’−５’エキソヌクレアーゼ活性およびＰＣＲ増幅活性を有する酵素をさらに含む、先行する項目のいずれかに記載の反応混合物。
（項目５７）
（ａ）各クローンが第１のＤＮＡ配列および第２のＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のＤＮＡ配列が、標的化ゲノムＤＮＡ配列を含み、前記第２のＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ）前記１種または複数のクローンに対してペアエンドシークエンシング反応を実行して１種または複数のシークエンシングリードを得るステップと、
（ｃ）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンの前記シークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含む、ＤＮＡ配列解析のための方法。
（項目５８）
（ａ）各クローンが第１のＤＮＡ配列および第２のＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のＤＮＡ配列が、標的化ゲノムＤＮＡ配列を含み、前記第２のＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ）前記１種または複数のクローンに対してシークエンシング反応を実行するステップであって、約１００ヌクレオチドを超える単一の長いシークエンシングリードが得られ、前記リードが、前記第１のＤＮＡ配列および前記第２のＤＮＡ配列の両方の同定に十分であるステップと、
（ｃ）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンのシークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含む、ＤＮＡ配列解析のための方法。
（項目５９）
前記１種または複数のクローンの配列が、１種または複数のヒト参照ＤＮＡ配列と比較される、項目５７または項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記１種または複数のヒト参照ＤＮＡ配列にマッチしない配列が同定される、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
非マッチ配列が使用されて、前記非マッチ配列データからデノボアセンブリーを作成する、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記デノボアセンブリーが使用されて、前記捕捉プローブに関連する新規配列再編成を同定する、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
（ａ）各クローンが第１のＤＮＡ配列および第２のＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のＤＮＡ配列が、ランダムヌクレオチドタグ配列および標的化ゲノムＤＮＡ配列を含み、前記第２のＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ）前記１種または複数のクローンに対してペアエンドシークエンシング反応を実行して１種または複数のシークエンシングリードを得るステップと、
（ｃ）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンの前記シークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含む、ゲノムコピー数決定解析のための方法。
（項目６４）
（ａ）各クローンが第１のＤＮＡ配列および第２のＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のＤＮＡ配列が、ランダムヌクレオチドタグ配列および標的化ゲノムＤＮＡ配列を含み、前記第２のＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ）前記１種または複数のクローンに対してシークエンシング反応を実行するステップであって、約１００ヌクレオチドを超える単一の長いシークエンシングリードが得られ、前記リードが、前記第１のＤＮＡ配列および前記第２のＤＮＡ配列の両方の同定に十分であるステップと、
（ｃ）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンのシークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含む、ゲノムコピー数決定解析のための方法。
（項目６５）
前記ランダムヌクレオチドタグ配列が、約２〜約５０ヌクレオチドの長さである、項目６３または項目６４に記載の方法。
（項目６６）
（ａ）独特のシークエンシングリードおよび重複したシークエンシングリードの分布を決定し、
（ｂ）独特のリードが遭遇する回数を計数し、
（ｃ）前記独特のリードの度数分布を統計分布に適合させ、
（ｄ）独特のリードの総数を推量し、
（ｅ）推量された独特のリードの前記総数を、大部分のヒト遺伝子座が一般に二倍体であるという仮定に対して正規化すること
により、第２のリード配列に関連するあらゆるシークエンシングリードを解析するステップをさらに含む、項目６３または項目６４に記載の方法。
（項目６７）
１種または複数の標的化遺伝子座の推量されたコピー数が決定される、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
予想されるコピー数値から逸脱する前記１種または複数の標的遺伝子座が決定される、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
遺伝子の前記１種または複数の標的化遺伝子座が、遺伝子座のコレクションにおいて共にグループ化され、標的化遺伝子座のコレクションから得られる前記コピー数測定値が、平均化および正規化される、項目６７に記載の方法。
（項目７０）
遺伝子の前記推量されたコピー数が、この遺伝子を表す全標的遺伝子座の前記正規化された平均によって表される、項目６７に記載の方法。
（項目７１）
タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーを作製するための方法であって、
（ａ）ｃＤＮＡライブラリーを断片化するステップと、
（ｂ）前記断片化されたｃＤＮＡライブラリーを末端修復酵素で処理して、断片化され末端修復されたｃＤＮＡを作製するステップと、
（ｃ）多機能性アダプター分子を前記断片化され末端修復されたｃＤＮＡにライゲーションして、タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーを作製するステップと
を含む方法。
（項目７２）
タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーを作製するための方法であって、
（ａ）１個または複数の細胞の全ＲＮＡからｃＤＮＡライブラリーを調製するステップと、
（ｂ）前記ｃＤＮＡライブラリーを断片化するステップと、
（ｃ）前記断片化されたｃＤＮＡを末端修復酵素で処理して、断片化され末端修復されたｃＤＮＡを作製するステップと、
（ｄ）多機能性アダプター分子を前記断片化され末端修復されたｃＤＮＡにライゲーションして、タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーを作製するステップと
を含む方法。
（項目７３）
前記ｃＤＮＡライブラリーが、オリゴｄＴプライミングｃＤＮＡライブラリーである、項目７１または項目７２に記載の方法。
（項目７４）
前記ｃＤＮＡライブラリーが、約６〜約２０ランダムヌクレオチドを含むランダムオリゴヌクレオチドによってプライミングされる、項目７１または項目７２に記載の方法。
（項目７５）
前記ｃＤＮＡライブラリーが、ランダムヘキサマーまたはランダムオクタマーによってプライミングされる、項目７１または項目７２に記載の方法。
（項目７６）
前記ｃＤＮＡライブラリーが、約２５０ｂｐ〜約７５０ｂｐのサイズに断片化される、項目７１または項目７２に記載の方法。
（項目７７）
前記ｃＤＮＡライブラリーが、約５００ｂｐのサイズに断片化される、項目７１または項目７２に記載の方法。
（項目７８）
前記多機能性アダプターモジュールが、
（ｉ）ランダム核酸タグ配列を含む第１の領域と、必要に応じて、
（ｉｉ）試料コード配列を含む第２の領域と、必要に応じて、
（ｉｉｉ）ＰＣＲプライマー配列を含む第３の領域と
を含む、項目７１〜７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７９）
前記多機能性アダプターモジュールが、ランダム核酸タグ配列を含む第１の領域と、試料コード配列を含む第２の領域と、ＰＣＲプライマー配列を含む第３の領域とを含む、請
求項７１〜７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８０）
タグ付けされたｃＤＮＡライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズさせて、複合体を形成するステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ｃＤＮＡライブラリーにおける特異的標的領域とハイブリダイズするステップをさらに含む、項目７１〜７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
前記タグ付けされたｃＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップをさらに含む、項目７１〜７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８２）
前記単離されたタグ付けされたｃＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングして、一本鎖３’末端を除去するステップをさらに含む、項目７１〜７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８３）
前記３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングにおいて使用される酵素が、Ｔ４
ＤＮＡポリメラーゼである、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲを実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、前記多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分がコピーされ、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記ｃＤＮＡ標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップをさらに含む、項目８２または項目８３に記載の方法。
（項目８５）
（ａ）タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーを多機能性捕捉プローブモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブモジュールが、前記タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーにおける特異的標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）ａ）から得られる前記タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）３’−５’エキソヌクレアーゼ活性を有する酵素を使用して、ｂ）から得られる前記単離されたタグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリー−多機能性捕捉プローブモジュール複合体に対して３’−５’エキソヌクレアーゼ酵素プロセシングを実行して、一本鎖３’末端を除去するステップと、
（ｄ）ｃ）から得られる前記酵素によりプロセシングされた複合体に対してＰＣＲを実行するステップであって、ハイブリッド核酸分子を作製するために、前記多機能性捕捉プローブ分子のテイル部分がコピーされ、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブモジュールとハイブリダイズすることができる前記標的領域と、前記多機能性捕捉プローブモジュールテイル配列の相補体とを含むステップと、
（ｅ）ｄ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝子発現解析を実行するステップと
を含む、標的化遺伝子発現解析のための方法。
（項目８６）
（ａ）タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ＲＮＡ発現ライブラリーにおける特異的標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）ａ）から得られる前記タグ付けされたＲＮＡ発現ライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）ハイブリッド核酸分子を作製するために、ｂ）から得られる前記複合体における
前記多機能性捕捉プローブの５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長を実行して、前記多機能性捕捉プローブの３’にある前記捕捉されたタグ付けされた標的領域の一領域を複製するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールと、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記標的領域とハイブリダイズする位置の３’方向に位置する前記タグ付けされた標的領域の相補体とを含むステップと、
（ｄ）ｃ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行するステップと
を含む、標的化遺伝子発現解析のための方法。
（項目８７）
（ａ）タグ付けされたｃＤＮＡライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ｃＤＮＡライブラリーにおける特異的標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）ａ）から得られる前記タグ付けされたｃＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）ハイブリッド核酸分子を作製するために、ｂ）から得られる前記複合体における前記多機能性捕捉プローブの５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長を実行して、前記多機能性捕捉プローブの３’にある前記ｃＤＮＡライブラリーにおける前記捕捉されたタグ付けされた標的領域の一領域を複製するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールと、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記標的領域とハイブリダイズする位置の３’方向に位置する前記ｃＤＮＡライブラリーにおける前記タグ付けされた標的領域の相補体とを含むステップと、
（ｄ）ｃ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行するステップと
を含む、標的化遺伝子発現解析のための方法。
（項目８８）
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、前記少なくとも２回のａ）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回のａ）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用いる、項目８５〜８７のいずれか一項に記載の方法。
（項目８９）
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記標的領域の上流とハイブリダイズする、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
（ａ）各クローンが第１のｃＤＮＡ配列および第２のｃＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のｃＤＮＡ配列が、標的化ゲノムｃＤＮＡ配列を含み、前記第２のｃＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ）前記１種または複数のクローンに対してペアエンドシークエンシング反応を実行して１種または複数のシークエンシングリードを得るステップと、
（ｃ）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンの前記シークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含む、ｃＤＮＡ配列解析のための方法。
（項目９１）
（ａ）各クローンが第１のｃＤＮＡ配列および第２のｃＤＮＡ配列を含む１種または複数のクローンを得るステップであって、前記第１のｃＤＮＡ配列が、標的化ゲノムＤＮＡ配列を含み、前記第２のｃＤＮＡ配列が、捕捉プローブ配列を含むステップと、
（ｂ）前記１種または複数のクローンに対してシークエンシング反応を実行するステップであって、約１００ヌクレオチドを超える単一の長いシークエンシングリードが得られ、前記リードが、前記第１のｃＤＮＡ配列および前記第２のｃＤＮＡ配列の両方の同定に十分であるステップと、
（ｃ）前記シークエンシングリードの前記プローブ配列に従って、前記１種または複数のクローンのシークエンシングリードを順序付けまたはクラスター形成するステップと
を含む、ｃＤＮＡ配列解析のための方法。
（項目９２）
（ａ）独特のシークエンシングリードおよび重複したシークエンシングリードの分布を決定し、
（ｂ）独特のリードが遭遇する回数を計数し、
（ｃ）前記独特のリードの度数分布を統計分布に適合させ、
（ｄ）独特のリードの総数を推量し、
（ｅ）各ｃＤＮＡライブラリー試料内で収集される前記総リードに対する正規化を使用して、独特のリード計数を転写物存在量に変換すること
により、第２のリード配列に関連するあらゆるシークエンシングリードを解析するステップをさらに含む、項目９０または項目９１に記載の方法。
（項目９３）
（ａ）タグ付けされたＤＮＡライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ＤＮＡライブラリーにおける特異的標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）ａ）から得られる前記タグ付けされたＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）ハイブリッド核酸分子を作製するために、５’ＦＬＡＰエンドヌクレアーゼ活性、５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長およびＤＮＡリガーゼによるニック閉鎖を含む、ｂ）から得られる前記タグ付けされたＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体の協奏的酵素プロセシングを実行して、前記多機能性捕捉プローブ結合部位の５’にある前記標的領域に前記多機能性捕捉プローブの相補体を連結するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールの相補体と、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記ゲノム標的領域とハイブリダイズする位置の５’に位置する前記タグ付けされた標的領域の一領域を含むステップと、
（ｄ）ｃ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子に対して標的化遺伝学的解析を実行するステップと
を含む、標的化遺伝学的解析のための方法。
（項目９４）
ステップａ）〜ｃ）が、少なくとも約２回反復され、ｄ）の前記標的化遺伝学的解析が、前記少なくとも２回のｄ）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子配列の配列アラインメントを含む、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、前記少なくとも２回のａ）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回のａ）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用いる、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記標的領域の上流とハイブリダイズする、項目９５に記載の方法。
（項目９７）
特異的標的領域のコピー数を決定するための方法であって、
（ａ）タグ付けされたＤＮＡライブラリーを多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体とハイブリダイズさせるステップであって、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが、前記ゲノムライブラリーにおける特異的標的領域と選択的にハイブリダイズするステップと、
（ｂ）ａ）から得られる前記タグ付けされたＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体を単離するステップと、
（ｃ）ハイブリッド核酸分子を作製するために、５’ＦＬＡＰエンドヌクレアーゼ活性、５’から３’へのＤＮＡポリメラーゼ伸長およびＤＮＡリガーゼによるニック閉鎖を含む、ｂ）から得られる前記タグ付けされたＤＮＡライブラリー−多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュール複合体の協奏的酵素プロセシングを実行して、前記多機能性捕捉プローブ結合部位の５’にある前記標的領域に前記多機能性捕捉プローブの相補体を連結するステップであって、前記ハイブリッド核酸分子が、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールの相補体と、前記多機能性捕捉プローブハイブリッドモジュールが前記標的領域とハイブリダイズする位置の５’に位置する前記タグ付けされた標的領域の一領域を含むステップと、
（ｄ）ｃ）における前記ハイブリッド核酸分子のＰＣＲ増幅を実行するステップと、
（ｅ）ｄ）におけるＰＣＲ反応を定量化するステップであって、前記定量化が、前記特異的標的領域のコピー数の決定を可能にするステップと
を含む方法。
（項目９８）
ステップｄ）から得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列を得るステップをさらに含む、項目９７に記載の方法。
（項目９９）
ステップａ）〜ｄ）が、少なくとも約２回反復され、少なくとも２回のｄ）ステップから得られる前記ハイブリッド核酸分子の配列アラインメントが行われる、項目９８に記載の方法。
（項目１００）
少なくとも２種の異なる多機能性捕捉プローブモジュールが、少なくとも２回のａ）ステップにおいて使用され、前記少なくとも２回のａ）ステップが、それぞれ１種の多機能性捕捉プローブモジュールを用いる、項目９９に記載の方法。
（項目１０１）
少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の下流とハイブリダイズし、少なくとも１種の多機能性捕捉プローブモジュールが、前記ゲノム標的領域の上流とハイブリダイズする、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記標的化遺伝学的解析が、配列解析である、項目９３〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０３）
前記標的領域が、ゲノム標的領域であり、前記ＤＮＡライブラリーが、ゲノムＤＮＡライブラリーである、項目９３〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０４）
前記標的領域が、ｃＤＮＡ標的領域であり、前記ＤＮＡライブラリーが、ｃＤＮＡライブラリーである、項目９３〜１０３のいずれか一項に記載の方法。