【手続補正書】
【提出日】平成29年3月8日(2017.3.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載の発明。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１６】
本発明の最後の態様は、がん、特に乳がん、結腸がん、肺がん、腎臓がん、または甲状腺がんであるが具体的には乳がんに罹患している被験体においてマーカー遺伝子をｉｎ  ｖｉｔｒｏで同定する方法であって、
（ｉ）原発性がん腫瘍サンプル中、特に乳がんサンプル中の候補遺伝子およびｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現レベルを定義する工程、および
（ｉｉ）ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現の調整に応答したがん細胞集団、特に乳房細胞集団中の前記候補遺伝子の発現レベルの変化を決定する工程
を含み、
ここで、前記遺伝子の発現レベルが原発性がん腫瘍サンプル中、特に乳がんサンプル中のｃ−ＭＡＦ発現に関して統計的に有意であり、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現の調整に応答した発現の変化が前記遺伝子のレベルの変化に関して統計的に有意である場合、前記遺伝子が、転移を生ずる被験体の性向についてのマーカーであることを示す、方法に関する。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
被験体における乳がんの転移をｉｎ  ｖｉｔｒｏで予測する方法であって、該被験体から採取した腫瘍性組織のサンプルにおける、１つ以上の遺伝子であって、その発現が該腫瘍中のｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して調整される１つ以上の遺伝子の発現レベルを決定する工程を含み、基準値と比較した該１つ以上の遺伝子の発現レベルの変化が転移発生リスクの高さを示す、方法。
（項目２）
前記１つ以上の遺伝子であって、その発現がｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して調整される１つ以上の遺伝子が、表１に取り上げた遺伝子および表２中に示す遺伝子から形成される群から選択され、該１つ以上の遺伝子の発現レベルの調整が表１に取り上げた１つ以上の遺伝子の発現の増加および／または表２中に示す１つ以上の遺伝子の発現の減少である、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記１つ以上の遺伝子であって、その発現がｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して調整される遺伝子が、ＰＴＨＬＨ、ＰＯＤＸＬ、およびＲＥＲＧの群から選択される、項目２に記載の方法。
（項目４）
乳がんに罹患した被験体のための個別化治療をｉｎ  ｖｉｔｒｏでデザインする方法であって、該被験体から採取した腫瘍性組織サンプルの、１つ以上の遺伝子であって、その発現がｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して調整される１つ以上の遺伝子の発現レベルの決定を含み、基準値と比較した該１つ以上の遺伝子の発現レベルの変化が、該被験体が転移予防のための処置を受けるのに適切であること示す、方法。
（項目５）
前記１つ以上の遺伝子であって、その発現がｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して調整される１つ以上の遺伝子が、１つ以上の表１中に含まれる遺伝子および／または１つ以上の表２中に示された遺伝子によって形成される群から選択され、１つ以上の表１由来の遺伝子の発現レベルの調整が発現の増加を示し、そして／または１つ以上の表２由来の遺伝子の発現レベルの調整が発現の減少を示す、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記遺伝子であって、その発現がｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して調整される遺伝子が、ＰＴＨＬＨ、ＰＯＤＸＬ、およびＲＥＲＧの群から選択される、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記乳がんが、ＥＲ＋がんおよびトリプルネガティブがんからなる群から選択される、項目１〜６に記載の方法。
（項目８）
前記転移が骨転移である、項目１〜７のいずれかに記載の方法。
（項目９）
前記骨転移が骨溶解性転移である、項目９に記載の方法。
（項目１０）
前記１つ以上の遺伝子であって、その発現がｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して調整される１つ以上の遺伝子の発現レベルの決定を、該遺伝子のＲＮＡｍの発現レベルの決定中に実施する／行う、項目１〜９のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
ｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して調整される前記１つ以上の遺伝子の発現レベルの決定を、該遺伝子によってコードされるポリペプチドの発現レベルの決定中に実施する、項目１〜９のいずれかに記載の方法。
（項目１２）
乳がんの転移の処置および／または予防のための医薬の調製のための、遺伝子の発現または該遺伝子の発現産物の活性を阻害するための薬剤の使用であって、乳がん腫瘍細胞中での該遺伝子の発現が、該細胞中のｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して増加するか、前記細胞中のｃ−ＭＡＦの発現レベルの減少に応答して減少することによって該遺伝子が特徴づけられる、使用。
（項目１３）
遺伝子発現を阻害する前記薬剤が、該遺伝子に特異的なsiＲＮＡ、該遺伝子に特異的なアンチセンスオリゴヌクレオチド、該遺伝子に特異的なリボザイムから選択されるか、該遺伝子の発現産物の活性を阻害する薬剤が、該発現産物に特異的なインヒビター抗体、該発現産物のドミナントネガティブバリアント、および該発現産物由来の阻害性ペプチドによって形成される群から選択される、項目１２に記載の使用。
（項目１４）
前記遺伝子であって、その発現が乳房腫瘍内のｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して増加するか、その発現が乳房腫瘍内のｃ−ＭＡＦの発現レベルの低下に応答して減少する遺伝子が、表１中に記載の遺伝子から選択される、項目１２または１３に記載の使用。
（項目１５）
前記遺伝子であって、その発現が乳房腫瘍内のｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して増加する遺伝子が、ＰＨＴＬＨ遺伝子またはＰＯＤＸＬ遺伝子である、項目１４に記載の使用。
（項目１６）
乳がんの転移の処置および／または予防のための医薬の調製のための、遺伝子の発現または該遺伝子の発現産物の活性を刺激するための薬剤の使用であって、乳がん腫瘍細胞中での該遺伝子の発現が、該細胞中のｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して減少するか、該遺伝子の発現が、該細胞中のｃ−ＭＡＦの発現レベルの減少に応答して増加することによって該遺伝子が特徴づけられる、使用。
（項目１７）
前記遺伝子の発現を刺激する前記薬剤が、該遺伝子のコード配列を含むポリヌクレオチドであるか、前記遺伝子産物の活性を刺激する前記薬剤が該遺伝子によってコードされるポリペプチドである、項目１６に記載の使用。
（項目１８）
前記遺伝子であって、その発現が乳房腫瘍中のｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して減少するか、その発現が乳房腫瘍中のｃ−ＭＡＦの発現レベルの減少に応答して増加する遺伝子が、表２中に記載の遺伝子から選択される、項目１７に記載の使用。
（項目１９）
前記遺伝子であって、その発現が乳房腫瘍中のｃ−ＭＡＦの発現レベルの増加に応答して減少する遺伝子がＲＥＲＧ遺伝子である、項目１８に記載の使用。
（項目２０）
前記乳がんが、ＥＲ＋がんおよびトリプルネガティブがんによって形成される群から選択される、項目１２〜１９のいずれかに記載の使用。
（項目２１）
転移が骨転移である、項目１２〜２０に記載の使用。
（項目２２）
前記骨転移が骨溶解性転移である、項目２１に記載の使用。
（項目２３）
乳がんに罹患している被験体における転移性向についての遺伝子マーカーをｉｎ  ｖｉｔｒｏで同定する方法であって、
（ｉ）乳がんの原発性腫瘍サンプル中の候補遺伝子およびｃ−ＭＡＦの発現レベルを決定する工程、および
（ｉｉ）該ｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現の調整に応答した乳がん細胞集団中の該遺伝子の発現レベルの変化を決定する工程を含み、
ここで、該遺伝子の発現レベルが該乳がんの原発性腫瘍サンプル中のｃ−ＭＡＦの発現に統計的に有意に相関し、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現の調整に応答した発現レベルの変化が該遺伝子のレベルの変化に統計的に有意に相関する場合、これは、該遺伝子が被験体における転移の性向についてのマーカーであることを示す、方法。
（項目２４）
工程（ｉ）で決定された所与の遺伝子の発現が前記原発性腫瘍サンプル中のｃ−ＭＡＦレベルと直接相関し、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現の調整に応答した発現レベルの変化が該調整に直接相関する場合、これは、該遺伝子のレベルの高さが転移性向を示す、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
工程（ｉ）で決定された所与の遺伝子の発現が前記原発性腫瘍サンプル中のｃ−ＭＡＦレベルと逆相関し、ｃ−ＭＡＦ遺伝子発現の調整に応答した発現レベルの変化が該調整に逆相関する場合、これは、該遺伝子レベルの低下が転移性向を示す、項目２３に記載の方法。
（項目２６）
ｃ−ＭＡＦ発現の前記調整が前記発現の増加である、項目２３〜２５のいずれかに記載の方法。
（項目２７）
発現の前記増加が前記ｃ−ＭＡＦの短いアイソフォームおよび／または長いアイソフォームの前記細胞集団の発現により達成される、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
ｃ−ＭＡＦ発現レベルの前記調整が前記発現の減少である、項目２３〜２５のいずれかに記載の方法。
（項目２９）
ｃ−ＭＡＦの短いアイソフォームおよび／または該ｃ−ＭＡＦの長いアイソフォームの発現が減少する、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記乳がん細胞および／または前記原発性腫瘍がＥＲ＋またはトリプルネガティブである、項目２３〜２９のいずれかに記載の方法。
（項目３１）
前記転移が骨転移である、項目２３〜３０のいずれかに記載の方法。
（項目３２）
前記乳がん細胞が樹立細胞株に由来する、項目２３〜３１のいずれかに記載の方法。
（項目３３）
前記樹立細胞株がＭＣＦ７株である、項目３２に記載の方法。