【手続補正書】
【提出日】平成29年7月21日(2017.7.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１５】
[00228]  本開示の好ましい態様を本明細書に提示および記載したが、そのような態様は例示のために示したものにすぎないことは当業者に明らかであろう。当業者は本開示から逸脱することなく多数の改変、変更および置き換えをなしうるであろう。本開示を実施するに際して本明細書に記載する本開示の態様に対する多様な別形態を採用できることを理解すべきである。以下の特許請求の範囲が本開示の範囲を規定し、それによりこれらの特許請求の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物が含まれるものとする。
本願は以下の発明を包含する。
［項目１］  微生物を分類する方法であって：
第１微生物の単一リード長内に含まれる１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットの核酸配列を得；
第１微生物のその核酸配列を基準と比較し；そして、
その比較に基づいて第１微生物を株レベルで同定する、
ことを含む、前記方法。
［項目２］  対象におけるマイクロバイオームをプロファイリングする方法であって：
その対象から得た生体試料中の少なくとも１つの微生物から１６Ｓリボソームサブユニットの核酸配列を得；
得られた核酸配列に基づいてその生体試料内のその少なくとも１つの微生物を分析し；そして、
その分析に基づいてマイクロバイオームのプロファイルを決定する、
ことを含む、前記方法。
［項目３］  対象におけるマイクロバイオームをプロファイリングする方法であって：
その対象から得た生体試料中の少なくとも１つの微生物から１６Ｓおよび２３Ｓリボソームサブユニットの核酸配列を得；
得られた配列に基づいてその生体試料内のその少なくとも１つの微生物を分析し；そして、
その分析に基づいてその対象におけるマイクロバイオームのプロファイルを決定する、
ことを含む、前記方法。
［項目４］  対象におけるマイクロバイオームのプロファイルの決定が、５０以下の微生物、５５以下の微生物、６０以下の微生物、６５以下の微生物、７０以下の微生物、７５以下の微生物、８０以下の微生物、８５以下の微生物、９０以下の微生物、１００以下の微生物、２００以下の微生物、３００以下の微生物、４００以下の微生物、５００以下の微生物、６００以下の微生物、７００以下の微生物、または８００以下の微生物に基づく、項目２または３に記載の方法。
［項目５］  対象におけるマイクロバイオームのプロファイルの決定が、測定に基づく７０％を超える精度を有する、項目２または３に記載の方法。
［項目６］  少なくとも２つの異なる時点で採取した生体試料中の少なくとも１つの微生物から核酸配列を得ることをさらに含む、項目２または３に記載の方法。
［項目７］  対象における健康状態の指標となる代謝経路を決定する方法であって：
対象からの生体試料から、単一リード長内に転写物全体が含まれるようにＲＮＡ配列を得；
それらの転写物をシークエンシング法により解析し；
配列決定した転写物を基準と比較し；そして、
健康状態の指標となる代謝経路を決定する、
ことを含む、前記方法。
［項目８］  解析にロングリードシークエンシングプラットフォームを使用する、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目９］  対象において疾患を処置する方法であって：
（ａ）その対象から得た生体試料において、少なくとも１つの微生物を含むマイクロバイオームプロファイルを測定し；
（ｂ）その測定に基づいて対象における疾患の存在の有無を検出し；そして、
（ｃ）その検出に基づいて対象における疾患を処置する、
ことを含む、前記方法。
［項目１０］  測定が、イムノアッセイ、フローサイトメトリーアッセイ、バイオチップアッセイ、マイクロアレイアッセイ、およびシークエンシングアッセイのうち少なくとも１つの使用を含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目１１］  測定が微生物を検出またはそのレベル測定することを含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
測定が微生物上のマーカーを検出またはそのレベル測定することを含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目１２］  （ａ）対象から得た生体試料において、少なくとも２つの微生物を含むマイクロバイオームパネルの測定値を含むデータを取得し；
（ｂ）その測定データに基づいてそのマイクロバイオームパネルのマイクロバイオームプロファイルを作成し；
（ｃ）そのマイクロバイオームパネルのマイクロバイオームプロファイルを基準プロファイルと比較し；そして、
（ｄ）その比較に基づいてその対象における疾患状態の尤度を決定する、
ことを含む方法。
［項目１３］  （ａ）対象から得た生体試料において、少なくとも２つの微生物を含むマイクロバイオームパネルの測定値を含むデータを取得し；
（ｂ）その測定データに基づいてそのマイクロバイオームパネルのマイクロバイオームプロファイルを作成し；
（ｃ）そのマイクロバイオームパネルのマイクロバイオームプロファイルを基準の閾値と比較し；そして、
（ｄ）そのマイクロバイオームパネルの基準の少なくとも１つの閾値との比較に基づいて、その対象における疾患状態の尤度を決定する、
ことを含む方法。
［項目１４］  対象における疾患について対象を診断する方法であって：
（ａ）その対象から得た生体試料において、少なくとも１つの微生物を含む微生物パネルを測定し；
（ｂ）その測定に基づいて対象における疾患の存在の有無を検出し；そして、
（ｃ）その検出に基づいて、その疾患の処置のための少なくとも１つの微生物ベースの療法剤または化粧品を対象に推奨する、
ことを含む、前記方法。
［項目１５］  微生物試料が、血液、唾液、頬スワブ、皮膚、細胞、尿、便、体液、膣分泌物、または病巣浸出物を含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目１６］  ７０％を超える感度で疾患状態の存在の有無を検出することをさらに含む、項目１４に記載の方法。
［項目１７］  ７０％を超える感度および特異性で疾患状態の存在の有無を検出することを含む、項目１４に記載の方法。
［項目１８］  ７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える感度で疾患状態の存在の有無を検出することを含む、項目１４に記載の方法。
［項目１９］  ７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える感度および特異性で疾患状態の存在の有無を検出することを含む、項目１４に記載の方法。
［項目２０］  対象がヒト対象である、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目２１］  対象が疾患について無症候性である、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目２２］  対象がその疾患について少なくとも１つの臨床症状を示している、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目２３］  疾患状態が、臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、または疾患管理のための推奨処置である、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目２４］  対象におけるマイクロバイオームプロファイルを決定するためのコンピューターシステムであって：
（ａ）対象の生体試料からの、少なくとも１つの微生物のマーカーを含む微生物パネルの測定値を含むデータを受信するための記憶ユニット；
（ｂ）項目１〜２３のいずれか１項に記載の方法に従って測定データを解析するためのコンピューター実行可能な指示；および、
（ｃ）その解析に基づいて対象における少なくとも疾患の存在の有無を決定するためのコンピューター実行可能な指示、
を含む、前記コンピューターシステム。
［項目２５］  対象における少なくとも１つの疾患の存在の有無のレポートを作成するためのコンピューター実行可能な指示をさらに含む、項目２１に記載のコンピューターシステム。
［項目２６］  （ａ）対象から得た生体試料からの、少なくとも１つの微生物から選択した少なくとも１つのマーカーを含むマイクロバイオームプロファイルの測定値を含むデータを解析するためのコンピューター実行可能な指示；および、
（ｂ）その解析に基づいて対象における少なくとも疾患の存在の有無を決定するためのコンピューター実行可能な指示、
を含むコンピューター可読媒体。
［項目２７］  そのレポートをユーザーに通信または表示するように構成されたユーザーインターフェースをさらに含む、項目２１に記載のコンピューターシステム。
［項目２８］  （ａ）対象から得た生体試料からの、少なくとも１つの微生物に対する少なくとも１つのマーカーを含むマイクロバイオームプロファイルの測定に使用するための１以上の組成物；および、
（ｂ）前記項目のいずれか１項に記載の方法を実行するための指示書、
を含むキット。
［項目２９］  項目２１に記載のコンピューター可読媒体をさらに含む、項目２８に記載のキット。
［項目３０］  微生物のパネルが、２以下の微生物、３以下の微生物、４以下の微生物、５以下の微生物、６以下の微生物、７以下の微生物、８以下の微生物、９以下の微生物、１０以下の微生物、１１以下の微生物、１２以下の微生物、１３以下の微生物、１４以下の微生物、１５以下の微生物、１６以下の微生物、１８以下の微生物、１９以下の微生物、２０以下の微生物、２５以下の微生物、３０以下の微生物、３５以下の微生物、または４０以下の微生物を含む、項目１４に記載の方法。
［項目３１］  疾患が、ＩＢＤ、早産、肥満症、糖尿病性足潰瘍、菌血症、アクネ、小児仙痛、ＩＩ型糖尿病、ディフィシル菌（C. difficile）、ＩＢＳ、喘息、自閉症、乾癬、アレルギー、心血管疾患、癌、うつ病、嚢胞性線維症、多発性硬化症、尿路感染症、放射線腸障害、薬物代謝、慢性疲労、Ｉ型糖尿病、口臭、および齲食から選択される、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３２］  生体試料が、皮膚マイクロバイオーム、臍帯マイクロバイオーム、膣マイクロバイオーム、結膜マイクロバイオーム、腸マイクロバイオーム、胃マイクロバイオーム、消化管マイクロバイオーム、口腔マイクロバイオーム、鼻腔マイクロバイオーム、胃腸管マイクロバイオーム、尿生殖路マイクロバイオーム、またはそれらの組合わせから選択されるマイクロバイオームを含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３３］  マイクロバイオームパネルが、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットの微生物マーカーを含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３４］  マイクロバイオームパネルが、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニット転写物全体に対する微生物マーカーを含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３５］  マイクロバイオームパネルが、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニット転写物全体、および１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニット転写物間の遺伝子間領域の微生物マーカーを含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３６］  マイクロバイオームパネルが、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットの少なくとも１つの可変領域の微生物マーカーを含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３７］  測定が、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットの断片、抗原、または結合パートナーの検出またはそのレベルの測定を含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３８］  測定が、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニット可変領域の断片、抗原、または結合パートナーの検出またはそのレベルの測定を含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象におけるマイクロバイオームをプロファイリングする方法であって：
（ａ）  その対象から得た生体試料中の少なくとも１つの微生物からリボソームＲＮＡオペロンの核酸配列を得；
（ｂ）  その核酸配列を基準と比較し；
（ｃ）  その比較に基づいて微生物を株レベルで同定し；そして
（ｄ）  その同定に基づいてマイクロバイオームのプロファイルを決定する、
ことを含む、前記方法。
【請求項２】
核酸配列が、１６Ｓリボソームサブユニットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
核酸配列が、１６Ｓリボソームサブユニットの９つの超可変領域を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
核酸配列が、９つの超可変領域の外側に追加の可変ヌクレオチドをさらに含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
核酸配列が、２３Ｓリボソームサブユニットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
核酸配列が、２３Ｓリボソームサブユニットの可変領域を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
核酸配列が、２３Ｓリボソームサブユニットの可変領域の外側に変異をさらに含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
核酸配列が、内部転写配列領域（ＩＴＳ）を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
株レベルが種レベル以下である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
株レベルが亜型レベルである、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
核酸配列が、単一リード長内で得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
対象におけるマイクロバイオームのプロファイルの決定が、５０以下の微生物、５５以下の微生物、６０以下の微生物、６５以下の微生物、７０以下の微生物、７５以下の微生物、８０以下の微生物、８５以下の微生物、９０以下の微生物、１００以下の微生物、２００以下の微生物、３００以下の微生物、４００以下の微生物、５００以下の微生物、６００以下の微生物、７００以下の微生物、または８００以下の微生物に基づく、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも２つの異なる時点で採取した生体試料中の少なくとも１つの微生物から核酸配列を得ることをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
マイクロバイオームのプロファイルに基づいて対象における疾患の存在の有無を検出することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
検出が、対象における疾患の処置の指針として使用される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
検出が、イムノアッセイ、フローサイトメトリーアッセイ、バイオチップアッセイ、マイクロアレイアッセイ、およびシークエンシングアッセイのうち少なくとも１つの使用を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
マイクロバイオームのプロファイルが、微生物を検出またはそのレベルを測定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
微生物を検出またはそのレベルを測定することが、微生物上のマーカーのレベル決定することを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
対象におけるマイクロバイオームプロファイルを決定するためのコンピューターシステムであって：
（ａ）対象の生体試料からの、少なくとも１つの微生物マーカーを含む微生物パネルの測定値を含むデータを受信するための記憶ユニット；
（ｂ）測定データを解析するためのコンピューター実行可能な指示；および、
（ｃ）その解析に基づいて対象における少なくとも１つの疾患の存在の有無を決定するためのコンピューター実行可能な指示、
を含む、前記コンピューターシステム。
【請求項２０】
対象における少なくとも１つの疾患の存在の有無のレポートを作成するためのコンピューター実行可能な指示をさらに含む、請求項１９に記載のコンピューターシステム。
【請求項２１】
そのレポートをユーザーに通信または表示するように構成されたユーザーインターフェースをさらに含む、請求項１９に記載のコンピューターシステム。
【請求項２２】
（ａ）対象から得た生体試料からの、少なくとも１つの微生物から選択された少なくとも１つのマーカーを含むマイクロバイオームプロファイルの測定値を含むデータを解析するためのコンピューター実行可能な指示；および、
（ｂ）その解析に基づいて対象における少なくとも１つの疾患の存在の有無を決定するためのコンピューター実行可能な指示、
を含むコンピューター可読媒体。
【請求項２３】
（ａ）対象から得た生体試料において、少なくとも１つの微生物に対する少なくとも１つのマーカーを含むマイクロバイオームプロファイルの測定に使用するための１以上の組成物；および、
（ｂ）使用説明書、
を含むキット。
【請求項２４】
請求項２２に記載のコンピューター可読媒体をさらに含む、請求項２３に記載のキット。