【手続補正書】
【提出日】平成28年11月25日(2016.11.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物の試料ゲノムの標的領域におけるバリアントを検出する方法であって、
複数のシーケンスリードを受け取る、ここで、該シーケンスリードは該生物から得られた試料におけるゲノムセグメントをシーケンシングすることにより得られ、該シーケンシングは該標的領域由来のゲノムセグメントを増幅および／または濃縮することを含む；
参照ゲノムの標的領域由来のバリエーションの第１数をそれぞれ有する参照ゲノムの１つまたは複数の代替領域を同定する、ここで、各第１数は、１よりも大きく、第１閾値数よりも小さい；
コンピュータシステムにより、該複数のシーケンスリードについて該参照ゲノムの標的領域に対するアラインメントを実行し、バリエーションの第２閾値数よりも小さい数で参照ゲノムの標的領域にアラインするシーケンスリードのセットを同定する；
第３閾値数よりも小さいバリエーションの第２数を有する１つまたは複数の代替領域とアラインする少なくとも１つのシーケンスリードを該セットから除外する；そして
該セットの残りのシーケンスリードを解析して、試料ゲノムの標的領域におけるバリアントを決定する；
ことを含む方法。
【請求項２】
前記標的領域由来のゲノムセグメントは、該標的領域を増幅するように設計された１対のプライマーを用いて増幅される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記標的領域由来のゲノムセグメントは、該標的領域由来のゲノムセグメントを選択するための表面に結合したプローブを用いて濃縮される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記第３閾値数は、代替領域について対応するバリエーションの第１数の半分である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記第３閾値数は１である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記代替領域を同定することは、
複数の同じ位置において前記参照ゲノムの標的領域とそれぞれ異なるシーケンスリードの数をカウントする、ここで該標的領域に対し同じバリエーションを有するシーケンスリードが代替グループを形成する；
その数がカットオフ値を超える場合、該代替グループ由来の第１シーケンスリードについて該参照ゲノムに対するアライメントを実行する；そして
第１シーケンスリードについて参照ゲノムの第１領域に対するアライメントが標的領域に対するアライメントよりバリエーション数が少ない場合、該第１領域を代替領域として同定する；
ことを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記代替グループのシーケンスリード同士は、連続する領域内で互いに同一である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記第１領域を代替領域として同定するために用いるシーケンスリードは、異なる試料のシーケンシングから得たものである、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記第１シーケンスリードを、前記標的領域についての既知の変異に関するデータベースと比較する；そして
該第１シーケンスリードが、該標的領域についての既知の変異に対応する場合、該代替グループを代替領域に対応するものとして除外する；
ことを更に含む、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
代替領域は、前記参照ゲノム以外の配列を含む配列のデータベースから得たものである、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記セットの残りのシーケンスリードを解析して、試料ゲノムの標的領域におけるバリアントを決定することは、
標的領域内の各位置において、参照ゲノムと異なるシーケンスリードにおけるバリエーションの数をカウントすることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記方法を、１つまたは複数の他の標的領域について繰り返すことを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記シーケンシングは、２つ以上の試料をシーケンシングするランで実行し、ここで前記ゲノムセグメントは、複数の試料のうちの１つの試料と対応するＩＤを含み、少なくとも２つの試料は異なる標的領域を有する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記代替領域の１つまたは複数は異なるゲノム由来である、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記１つまたは複数の代替領域と前記少なくとも１つのシーケンスリードとのアラインは、
代替領域と標的領域との間の第１バリエーションを同定する；
シーケンスリードを標的領域に対しアラインさせて、シーケンスリードと標的領域との間の第２バリエーションを同定する；そして
第１バリエーションを第２バリエーションに対し比較する；
ことによりなされる、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
生物の試料ゲノムの標的領域におけるバリアントを検出するためにコンピュータシステム制御を実行するときに複数の命令を保存する非一時的コンピュータ可読媒体を含むコンピュータ製品であって、
該命令は、
複数のシーケンスリードを受け取る、ここで、該シーケンスリードは該生物から得られた試料におけるゲノムセグメントをシーケンシングすることにより得られ、該シーケンシングは該標的領域由来のゲノムセグメントを増幅および／または濃縮することを含む；
参照ゲノムの標的領域由来のバリエーションの第１数をそれぞれ有する１つまたは複数の代替領域を同定する、ここで、各第１数は、１よりも大きく、第１閾値数よりも小さい；
該複数のシーケンスリードについて該参照ゲノムの標的領域に対するアラインメントを実行し、バリエーションの第２閾値数よりも小さい数で、参照ゲノムの標的領域にアラインするシーケンスリードのセットを同定する；
第３閾値数よりも小さいバリエーションの第２数を有する１つまたは複数の代替領域とアラインする少なくとも１つのシーケンスリードを該セットから除外する；そして
該セットの残りのシーケンスリードを解析して、試料ゲノムの標的領域におけるバリアントを決定する；
ことを含む、コンピュータ製品。
【請求項１７】
前記代替領域を同定することは、
複数の同じ位置において前記参照ゲノムの標的領域とそれぞれ異なるシーケンスリードの数をカウントする、ここで該標的領域に対し同じバリエーションを有するこれらのシーケンスリードが代替グループを形成する；
その数がカットオフ値を超える場合、該代替グループの第１シーケンスリードについて該参照ゲノムに対するアライメントを実行する；そして
第１シーケンスリードについて参照ゲノムの第１領域に対するアライメントが標的領域に対するアライメントよりバリエーション数が少ない場合、該第１領域を代替領域として同定する；
ことを含む、請求項１６に記載のコンピュータ製品。
【請求項１８】
生物の試料ゲノムの標的領域におけるバリアントを検出するためのシステムであって、
複数のシーケンスリードを受け取る、ここで、該シーケンスリードは該生物から得られた試料におけるゲノムセグメントをシーケンシングすることにより得られ、該シーケンシングは該標的領域由来のゲノムセグメントを増幅および／または濃縮することを含む；
参照ゲノムの標的領域由来のバリエーションの第１数をそれぞれ有する１つまたは複数の代替領域を同定する、ここで、各第１数は、１よりも大きく、第１閾値数よりも小さい；
該複数のシーケンスリードについて該参照ゲノムの標的領域に対するアラインメントを実行し、バリエーションの第２閾値数よりも小さい数で、参照ゲノムの標的領域にアラインするシーケンスリードのセットを同定する；
第３閾値数よりも小さいバリエーションの第２数を有する１つまたは複数の代替領域とアラインする少なくとも１つのシーケンスリードを該セットから除外する；そして
該セットの残りのシーケンスリードを解析して、試料ゲノムの標的領域におけるバリアントを決定する；
ように構成された１つまたは複数のプロセッサを含む、システム。
【請求項１９】
標的領域に関連する１つまたは複数の代替領域を保存するデータベースを更に含む、請求項１８に記載のシステムであって、
ここで、該１つまたは複数の代替領域を同定することは、該データベースから１つまたは複数の代替領域を取得することを含む、システム。