【手続補正書】
【提出日】平成29年10月10日(2017.10.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＭＡＦ遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数を、ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体における該がんの骨転移および／または再発および／または臨床転帰の指標とするインビトロでの方法であって、該方法は、
ｉ）該被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数を決定する工程、および
ｉｉ）工程ｉ）において得られた発現レベル、増幅またはコピー数をＭＡＦ発現、増幅またはコピー数の所定の参照レベルと比較する工程
を含み、ここで、該ＭＡＦ発現、増幅またはコピー数の所定の参照レベルと比較して上昇した該遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数は、骨転移および／または再発および／または不良な臨床転帰を起こす上昇したリスクを示す、インビトロでの方法。
【請求項２】
ＭＡＦ遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数を、ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体のために個別化治療を決定するための指標とするインビトロでの方法であって、該方法は、
ｉ）該被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子発現レベル、増幅またはコピー数を定量する工程、および
ｉｉ）ｉ）において得られた発現レベル、増幅またはコピー数をＭＡＦ発現、増幅またはコピー数の所定の参照レベルと比較する工程
を含み、ここで、該ＭＡＦ発現、増幅またはコピー数の所定の参照レベルと比較しての発現レベル、増幅またはコピー数の上昇は、該被験体に、骨転移の予防および／または処置を目指す該個別化治療が投与され得ることを示し、ここで、該ＭＡＦ発現、増幅またはコピー数の所定の参照レベルと比較して該発現レベル、増幅またはコピー数が上昇しないことは、該被験体が、骨転移の予防および／または処置ならびに／あるいは骨分解の回避および／または予防を目指す該個別化治療を投与されるべきではないことを示す、インビトロでの方法。
【請求項３】
ＭＡＦ遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数を、ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体における骨転移のリスクを決定するための指標とするインビトロでの方法であって、該方法は、該被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数を決定する工程を含み、ここで、平均値＋１標準偏差より高い該遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数は、骨転移の上昇したリスクを示す、インビトロでの方法。
【請求項４】
前記骨転移が、溶骨性転移である、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
ＭＡＦ遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数を、ＨＥＲ２＋乳がんを罹患している被験体のために個別化治療を決定するための指標とするインビトロでの方法であって、該方法は、
ｉ）該被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数を定量する工程、および
ｉｉ）工程（ｉ）において得られた発現レベル、増幅またはコピー数をＭＡＦ遺伝子の発現、増幅またはコピー数の所定の参照レベルと比較する工程
を含み、ここで、該ＭＡＦ遺伝子の発現、増幅またはコピー数の所定の参照レベルと比較しての該ＭＡＦ遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数の上昇は、該被験体に、骨分解の予防を目指す該個別化治療が投与され得ることを示し、そしてここで、該ＭＡＦ遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数が、該ＭＡＦ遺伝子の発現、増幅またはコピー数の所定の参照レベルと比較して上昇していない場合、該被験体には、骨分解の予防を目指す個別化治療が投与されるべきではないことを示す、インビトロでの方法。
【請求項６】
前記治療が、ビスホスホネート、ＲＡＮＫＬインヒビター、ＰＴＨインヒビター、ＰＴＨＬＨインヒビター、ＰＲＧアナログ、ラネル酸ストロンチウム、ＤＫＫ−１インヒビター、ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビター、エストロゲンレセプター調節因子、カルシトニン、カテプシンＫインヒビター、ｍＴｏｒインヒビター、Ｓｒｃキナーゼインヒビター、ＣＣＲ５アンタゴニスト、ＣＯＸ−２インヒビター、ラジウム−２２３、ｃ−ＭＡＦ阻害剤、ならびに化学療法、ホルモン処置、免疫療法、放射線治療および手術が挙げられるがこれらに限定されない全身性処置からなる群より選択される因子を使用する治療である、請求項２または５に記載の方法。
【請求項７】
前記ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビターが、Ｃａｂｏｚａｎｔｉｎｉｂであり、前記ｍＴｏｒインヒビターが、Ｅｖｅｒｏｌｉｍｕｓであり、前記Ｓｒｃキナーゼインヒビターが、ダサチニブであり、前記ラジウム−２２３が、アルファラディンであり、前記ビスホスホネートが、ゾレドロン酸であり、そして前記ＲＡＮＫＬインヒビターが、ＲＡＮＫＬ特異的抗体、ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディおよびオステオプロテゲリンからなる群より選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記ＲＡＮＫＬ特異的抗体が、デノスマブであるか、または前記ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディが、ＡＬＸ−０１４１である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記ＭＡＦ遺伝子の発現レベル、増幅またはコピー数の決定が、該遺伝子によってコードされるタンパク質またはそのバリアントの発現レベル、増幅またはコピー数を定量する工程であって、ここで、タンパク質の該発現レベル、増幅またはコピー数が、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、ＦＩＳＨ、免疫組織化学またはタンパク質アレイによって定量される工程、あるいは前記遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）または該ｍＲＮＡのフラグメント、前記遺伝子の相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）または該ｃＤＮＡのフラグメントを定量する工程を含む、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記発現レベル、増幅またはコピー数が、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、またはＤＮＡ、ＲＮＡアレイ、またはヌクレオチドハイブリダイゼーション技法によって定量される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ＭＡＦ遺伝子の転座を、ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体における該がんの骨転移および／または臨床転帰および／または個別化療法の設計のための指標とするインビトロでの方法であって、該方法は、該被験体のサンプル中の該ＭＡＦ遺伝子が、転座しているかを決定する工程を含み、該ＭＡＦ遺伝子の転座は、骨転移および／または不良な臨床転帰を起こす上昇したリスクを、ならびに／あるいは該被験体に骨転移の予防および／または処置を目指す該個別化療法、ならびに／あるいは骨分解を回避または予防するための因子が投与され得ることを示す、方法。
【請求項１２】
遺伝子座１６ｑ２３または１６ｑ２２−ｑ２４が、転座している、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＭＡＦ遺伝子の増幅および／または転座が、遺伝子座１６ｑ２３または１６ｑ２２−ｑ２４の増幅および／または転座を決定することによって、あるいは、ＭＡＦ遺伝子特異的プローブを使用することによって決定される、ならびに／あるいは該増幅がインサイチュハイブリダイゼーションまたはＰＣＲによって決定される、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記被験体サンプルが、前記ＭＡＦ遺伝子の倍数体であるかをさらに決定する工程を含む、請求項１１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
前記サンプルが、腫瘍組織サンプル、循環腫瘍細胞または循環腫瘍ＤＮＡである、請求項１〜１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患しており、かつ腫瘍組織サンプルにおいて、コントロールサンプルと比較して上昇したＭＡＦレベルを有する被験体における骨転移の処置、阻害または予防において使用するための、ｃ−Ｍａｆ阻害剤、または骨分解を回避するかもしくは予防することができる薬剤を含む組成物。
【請求項１７】
前記ｃ−Ｍａｆ阻害剤が、ＭＡＦ特異的ｓｉＲＮＡ、ＭＡＦ特異的アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｃ−Ｍａｆ特異的リボザイム、ｃ−Ｍａｆ阻害性抗体もしくはナノボディ、ドミナントネガティブｃ−Ｍａｆバリアント、表１もしくは表２の化合物、触媒性ＲＮＡ、ＤＮＡ酵素、阻害性ペプチド、ｃ−Ｍａｆ特異的小分子、ｃ−Ｍａｆ特異的抗体、ｃ−Ｍａｆ特異的抗体様分子、ｃ−Ｍａｆ特異的な構造的に制約された（環状の）ペプチド、ｃ−Ｍａｆ特異的ステープルドペプチド、およびｃ−Ｍａｆ特異的アルファボディからなる群より選択される、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
前記薬剤が、ビスホスホネート、ＲＡＮＫＬインヒビター、ＰＴＨインヒビター、ＰＴＨＬＨインヒビター、ＰＲＧアナログ、ラネル酸ストロンチウム、ＤＫＫ−１インヒビター、ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビター、エストロゲンレセプター調節因子、カルシトニン、ラジウム−２２３、カテプシンＫインヒビター、ｃ−Ｍａｆ阻害剤、ならびにｍＴｏｒインヒビター、Ｓｒｃキナーゼインヒビター、ＣＣＲ５アンタゴニスト、およびＣＯＸ−２インヒビターからなる群より選択される転移を処置、予防または阻害をする薬剤からなる群より選択される、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１９】
前記ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビターが、Ｃａｂｏｚａｎｔｉｎｉｂであるか、前記ｍＴｏｒインヒビターが、Ｅｖｅｒｏｌｉｍｕｓであるか、前記Ｓｒｃキナーゼインヒビターが、ダサチニブであるか、前記ラジウム−２２３が、アルファラディンであるか、前記ビスホスホネートが、ゾレドロン酸であるか、または前記ＲＡＮＫＬインヒビターが、ＲＡＮＫＬ特異的抗体、ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディおよびオステオプロテゲリンの群から選択される、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２０】
前記ＲＡＮＫＬ特異的抗体が、デノスマブであるか、または前記ＲＡＮＫＬナノボディが、ＡＬＸ−０１４１である、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体における該がんの骨転移および／または臨床転帰を予測するための、ならびに／あるいは該がんに罹患している被験体に対する治療を決定するための、キットであって、該キットは：ａ）該被験体のサンプル中のＭＡＦの発現レベル、増幅またはコピー数を定量するための手段；ｂ）該サンプル中のＭＡＦの定量された発現レベル、増幅またはコピー数を参照ＭＡＦの発現レベル、増幅またはコピー数と比較するための手段；ならびに必要に応じてｃ）該定量された発現レベル、増幅またはコピー数と該参照ＭＡＦの発現レベル、増幅またはコピー数との比較に基づいて、該被験体において骨転移を予防するためおよび／または減少させるための、ならびに／あるいは骨分解を回避または予防するための治療を決定するための手段を備える、キット。
【請求項２２】
発現レベル、増幅またはコピー数を定量するための前記手段が、ＭＡＦ遺伝子の１６ｑ２３遺伝子座または１６ｑ２２−１６ｑ２４染色体領域に特異的に結合および／または増幅するプローブおよび／またはプライマーのセットを含む、請求項２１に記載のキット。
【請求項２３】
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体のサンプルをタイプ分けするためのインビトロでの方法であって、該方法は：
該被験体のサンプル中のＭＡＦの発現レベル、増幅またはコピー数を定量する工程；
ＭＡＦの定量された発現レベル、増幅またはコピー数をＭＡＦ発現の所定の参照レベルと比較することによって該サンプルをタイプ分けする工程；
を含み、ここで、該タイプ分けは、該被験体における骨転移のリスクに関する予後情報を提供する、インビトロでの方法。
【請求項２４】
ＭＡＦの発現レベル、増幅またはコピー数を、乳がんに罹患している被験体をコホートに分類するのを決定するための指標とするインビトロでの方法であって、該方法は、ａ）該被験体のサンプル中のＭＡＦの発現レベル、増幅またはコピー数を決定する工程；ｂ）該サンプル中のＭＡＦの該発現レベル、増幅またはコピー数をＭＡＦの発現、増幅またはコピー数の所定の参照レベルと比較する工程；およびｃ）該サンプル中のＭＡＦの該発現レベル、増幅またはコピー数に基づいて、該被験体をコホートに分類する工程を含む、方法。
【請求項２５】
前記サンプル中のＭＡＦの前記発現レベル、増幅またはコピー数が、前記所定の参照レベルと比べて上昇しており、前記コホートのメンバーが、骨転移の上昇したリスクを有すると分類される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
ＭＡＦ遺伝子の１６ｑ２３または１６ｑ２２−１６ｑ２４染色体領域が、増幅されているか、または転座している、請求項２３〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記骨転移が、溶骨性転移である、請求項１１に記載のインビトロでの方法。
【請求項２８】
前記ｃ−Ｍａｆ阻害剤が、ＭＡＦ特異的ｓｉＲＮＡ、ＭＡＦ特異的アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｃ−Ｍａｆ特異的リボザイム、ｃ−Ｍａｆ阻害性抗体もしくはナノボディ、ドミナントネガティブｃ−Ｍａｆバリアント、表１もしくは表２の化合物、触媒性ＲＮＡ、ＤＮＡ酵素、阻害性ペプチド、ｃ−Ｍａｆ特異的小分子、ｃ−Ｍａｆ特異的抗体、ｃ−Ｍａｆ特異的抗体様分子、ｃ−Ｍａｆ特異的な構造的に制約された（環状の）ペプチド、ｃ−Ｍａｆ特異的ステープルドペプチド、およびｃ−Ｍａｆ特異的アルファボディからなる群より選択される、請求項１８に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
別の態様において、本発明は、Ｈｅｒ２＋乳がんに罹患している被験体をコホートに分類する方法に関し、その方法は：ａ）上記被験体のサンプル中のＭＡＦの発現レベルを決定する工程；ｂ）上記サンプル中のＭＡＦの発現レベルをＭＡＦ発現の所定の参照レベルと比較する工程；およびｃ）そのサンプル中のＭＡＦの上記発現レベルに基づいて、上記被験体をコホートに分類する工程を含む。特定の態様において、そのコホートは、臨床試験を行うために使用される。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体における該がんの骨転移を予測するためのインビトロでの方法であって、該方法は、
ｉ）該被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子の発現レベルを決定する工程、および
ｉｉ）工程ｉ）において得られた発現レベルを参照値と比較する工程
を含み、ここで、該参照値と比較して上昇した該遺伝子の発現レベルは、骨転移を起こす上昇したリスクを示す、インビトロでの方法。
（項目２）
ＨＥＲ２＋乳がんからの骨転移に罹患している患者の臨床転帰を予測するためのインビトロでの方法であって、該方法は、
ｉ）該被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子の発現レベルを定量する工程、および
ｉｉ）工程ｉ）において得られた発現レベルを参照値と比較する工程
を含み、ここで、該参照値と比較して上昇した該遺伝子の発現レベルは、不良な臨床転帰を示す、インビトロでの方法。
（項目３）
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体のために個別化治療をデザインするためのインビトロでの方法であって、該方法は、
ｉ）該被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量する工程、および
ｉｉ）ｉ）において得られた発現レベルを参照値と比較する工程
を含み、ここで、該発現レベルが、該参照値と比較して上昇した場合、該被験体は、骨転移の予防および／または処置を目指す治療を受けるのに適格である、インビトロでの方法。
（項目４）
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体のために個別化治療をデザインするためのインビトロでの方法であって、該方法は、
ｉｉｉ）該被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量する工程、および
ｉｖ）ｉ）において得られた発現レベルを参照値と比較する工程
を含み、ここで、該発現レベルが、該参照値と比較して上昇していない場合、該被験体は、骨転移の予防および／または処置を目指す治療を受けるのに適格ではない、インビトロでの方法。
（項目５）
平均より高い前記遺伝子の発現レベルが、骨転移の上昇したリスクを示し、このリスクは、ＭＡＦ発現のレベルに比例する、項目１に記載のインビトロでの方法。
（項目６）
乳がんに罹患している被験体における骨転移のリスクを決定するためのインビトロでの方法であって、該方法は、該被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子の発現レベルを決定する工程を含み、ここで、平均値＋１標準偏差より高い該遺伝子の発現レベルは、早期の骨転移の上昇したリスクを示す、インビトロでの方法。
（項目７）
前記乳がんが、ＨＥＲ２＋乳がんである、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記骨転移が、溶骨性転移である、項目１〜７のいずれかに記載の方法。
（項目９）
骨転移を伴うＨＥＲ２＋乳がんを有する被験体のために個別化治療をデザインするためのインビトロでの方法であって、該方法は、
ｉ）該被験体の骨転移サンプル中のＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量する工程、および
ｉｉ）工程（ｉ）において得られた発現レベルを参照値と比較する工程
を含み、ここで、該ＭＡＦ遺伝子発現レベルが、該参照値と比較して上昇している場合、該被験体は、骨分解の予防を目指す治療を受けるのに適格である、インビトロでの方法。
（項目１０）
骨転移を伴うＨＥＲ２＋乳がんを有する被験体のために個別化治療をデザインするためのインビトロでの方法であって、該方法は、
ｉｉｉ）該被験体の骨転移サンプル中のＭＡＦ遺伝子発現レベルを定量する工程、およびｉｖ）工程（ｉ）において得られた発現レベルを参照値と比較する工程
を含み、ここで、該ＭＡＦ遺伝子発現レベルが、該参照値と比較して上昇していない場合、該被験体は、骨分解の予防を目指す治療を受けるのに適格ではない、インビトロでの方法。
（項目１１）
前記治療が、ビスホスホネート、ＲＡＮＫＬインヒビター、ＰＴＨおよびＰＴＨＬＨのインヒビターまたはＰＲＧアナログ、ラネル酸ストロンチウム、ＤＫＫ−１インヒビター、ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビター、エストロゲンレセプター調節因子、カルシトニン、ならびにカテプシンＫインヒビターからなる群より選択される、項目３〜４または９〜１０に記載の方法。
（項目１２）
前記ＲＡＮＫＬインヒビターが、ＲＡＮＫＬ特異的抗体、ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディおよびオステオプロテゲリンからなる群より選択される、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記ＲＡＮＫＬ特異的抗体が、デノスマブである、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディが、ＡＬＸ−０１４１である、項目１２に記載の方法。
（項目１５）
前記ビスホスホネートが、ゾレドロン酸である、項目１１に記載の方法。
（項目１６）
前記ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビターが、Ｃａｂｏｚａｎｔｉｎｉｂである、項目１１に記載の方法。
（項目１７）
ラジウム−２２３が、アルファラディンである、項目１１に記載の方法。
（項目１８）
前記ＭＡＦ遺伝子発現レベルの決定が、前記遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）または該ｍＲＮＡのフラグメント、前記遺伝子の相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）または該ｃＤＮＡのフラグメントを定量する工程を含む、項目１〜１７のいずれかに記載の方法。
（項目１９）
前記発現レベルが、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、またはＤＮＡ、ＲＮＡアレイ、またはヌクレオチドハイブリダイゼーション法によって定量される、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記ＭＡＦ遺伝子発現レベルの決定が、該遺伝子によってコードされるタンパク質またはそのバリアントのレベルを定量する工程を含む、項目１〜１７のいずれかに記載の方法。
（項目２１）
前記タンパク質のレベルが、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学またはタンパク質アレイによって定量される、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記参照値が、転移に罹患していない被験体由来のＨＥＲ２＋乳がんのサンプル中のＭＡＦ遺伝子発現レベルである、項目１〜２１のいずれかに記載の方法。
（項目２３）
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体における該がんの骨転移を予測するためのインビトロでの方法であって、該方法は、該被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子が、参照遺伝子コピー数と比べて増幅されているかを決定する工程を含み、ここで、該参照遺伝子コピー数と比較したときの該ＭＡＦ遺伝子の増幅は、骨転移を起こす上昇したリスクを示す、方法。
（項目２４）
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体における該がんの骨転移を予測するためのインビトロでの方法であって、該方法は、該被験体のサンプル中の該ＭＡＦ遺伝子が、転座しているかを決定する工程を含む、方法。
（項目２５）
前記骨転移が、溶骨性転移である、項目２３〜２４のいずれか１項に記載の方法。
（項目２６）
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している患者の臨床転帰を予測するためのインビトロでの方法であって、該方法は、該被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子が、参照遺伝子コピー数と比べて増幅されているかを決定する工程を含み、ここで、該参照遺伝子コピー数と比較したときの該ＭＡＦ遺伝子の増幅は、不良な臨床転帰を示す、方法。
（項目２７）
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している患者の臨床転帰を予測するためのインビトロでの方法であって、該方法は、該被験体のサンプル中の該ＭＡＦ遺伝子が、転座しているかを決定する工程を含み、ここで、該ＭＡＦ遺伝子の転座は、不良な臨床転帰を示す、方法。
（項目２８）
遺伝子座１６ｑ２３または１６ｑ２２−ｑ２４が、転座している、項目２４および２７のいずれかに記載の方法。
（項目２９）
遺伝子座１６ｑ２３または１６ｑ２２−ｑ２４が、１４番染色体の遺伝子座１４ｑ３２に転座している、項目２４、２７または２８のいずれかに記載の方法。
（項目３０）
前記がんに罹患している被験体のサンプル中のＭＡＦ遺伝子が、参照遺伝子コピー数と比べて増幅されているかを決定する工程をさらに含み、ここで、該参照遺伝子コピー数と比較したときの該ＭＡＦ遺伝子の増幅は、骨転移を起こす上昇したリスクを示す、項目２３〜２９のいずれかに記載の方法。
（項目３１）
前記ＭＡＦ遺伝子の増幅および転座が、遺伝子座１６ｑ２３または１６ｑ２２−ｑ２４の増幅または転座を決定することによって決定される、項目２３〜３０のいずれかに記載の方法。
（項目３２）
前記ＭＡＦ遺伝子の増幅または転座が、ＭＡＦ遺伝子特異的プローブを使用することによって決定される、項目２３〜３１のいずれかに記載の方法。
（項目３３）
前記ＭＡＦ遺伝子特異的プローブが、Ｖｙｓｉｓ  ＬＳＩ／ＩＧＨ  ＭＡＦ  Ｄｕａｌ  Ｃｏｌｏｒ  Ｄｕａｌ  Ｆｕｓｉｏｎ  Ｐｒｏｂｅである、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記参照遺伝子コピー数が、転移に罹患していない被験体由来のＨＥＲ２＋乳がんの腫瘍組織サンプル中の遺伝子コピー数である、項目２３〜３３のいずれかに記載の方法。
（項目３５）
前記増幅が、インサイチュハイブリダイゼーションまたはＰＣＲによって決定される、項目２３〜３４のいずれかに記載の方法。
（項目３６）
前記被験体サンプルが、前記ＭＡＦ遺伝子の倍数体であるかをさらに決定する工程を含む、項目２３〜３５のいずれかに記載の方法。
（項目３７）
前記サンプルが、腫瘍組織サンプル、循環腫瘍細胞または循環腫瘍ＤＮＡである、項目１〜３６のいずれかに記載の方法。
（項目３８）
ＨＥＲ２＋乳がんからの骨転移の予防において使用するためのｃ−Ｍａｆ阻害剤。
（項目３９）
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患しており、かつ転移性腫瘍組織サンプルにおいて、コントロールサンプルと比較して上昇したＭＡＦレベルを有する被験体における骨転移の処置において使用するための、ｃ−Ｍａｆ阻害剤、または骨分解を回避するかもしくは予防することができる薬剤。
（項目４０）
前記ｃ−Ｍａｆ阻害剤が、ＭＡＦ特異的ｓｉＲＮＡ、ＭＡＦ特異的アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｃ−Ｍａｆ特異的リボザイム、ｃ−Ｍａｆ阻害性抗体もしくはナノボディ、ドミナントネガティブｃ−Ｍａｆバリアント、表１もしくは表２の化合物、ｃ−Ｍａｆ特異的小分子、ｃ−Ｍａｆ特異的抗体、ｃ−Ｍａｆ特異的抗体様分子、ｃ−Ｍａｆ特異的な構造的に制約された（環状の）ペプチド、ｃ−Ｍａｆ特異的ステープルドペプチド、またはｃ−Ｍａｆ特異的アルファボディからなる群より選択される、項目３８または３９のいずれかに記載の、骨転移または骨分解の処置、阻害または予防における使用のためのｃ−Ｍａｆ阻害剤。
（項目４１）
前記薬剤が、ビスホスホネート、ＲＡＮＫＬインヒビター、ＰＴＨもしくはＰＴＨＬＨインヒビターまたはＰＲＧアナログ、ラネル酸ストロンチウム、ＤＫＫ−１インヒビター、ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビター、エストロゲンレセプター調節因子、カルシトニン、ラジウム−２２３およびカテプシンＫインヒビターからなる群より選択される、項目３９に記載の、骨転移または骨分解の処置、阻害または予防において使用するための、骨分解を回避するかまたは予防することができる薬剤。
（項目４２）
前記ＲＡＮＫＬインヒビターが、ＲＡＮＫＬ特異的抗体、ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディおよびオステオプロテゲリンの群から選択される、項目４１に記載の、骨転移または骨分解の処置、阻害または予防において使用するための、骨分解を回避するかまたは予防することができる薬剤。
（項目４３）
前記ＲＡＮＫＬ特異的抗体が、デノスマブである、項目４２に記載の、骨転移または骨分解の処置、阻害または予防において使用するための、骨分解を回避するかまたは予防することができる薬剤。
（項目４４）
前記ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディが、ＡＬＸ−０１４１である、項目４２に記載の、骨転移または骨分解の処置、阻害または予防において使用するための、骨分解を回避するかまたは予防することができる薬剤。
（項目４５）
前記ビスホスホネートが、ゾレドロン酸である、項目４１に記載の、骨転移または骨分解の処置、阻害または予防において使用するための、骨分解を回避するかまたは予防することができる薬剤。
（項目４６）
前記ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビターが、Ｃａｂｏｚａｎｔｉｎｉｂである、項目４１に記載の、骨転移または骨分解の処置、阻害または予防において使用するための、骨分解を回避するかまたは予防することができる薬剤。
（項目４７）
前記ラジウム−２２３が、アルファラディンである、項目４１に記載の、骨転移または骨分解の処置、阻害または予防において使用するための、骨分解を回避するかまたは予防することができる薬剤。
（項目４８）
前記骨転移が、溶骨性転移である、項目３８〜４７のいずれかに記載の、骨転移または骨分解の処置、阻害または予防において使用するための、ｃ−Ｍａｆ阻害剤、または骨分解を回避するかもしくは予防することができる薬剤。
（項目４９）
乳がんに罹患している被験体における該がんの骨転移を予測するためのキットであって、該キットは：ａ）該被験体のサンプル中のＭＡＦの発現レベルを定量するための手段；およびｂ）該サンプル中の定量されたＭＡＦの発現レベルを参照ＭＡＦ発現レベルと比較するための手段を備える、キット。
（項目５０）
乳がんからの骨転移に罹患している被験体の臨床転帰を予測するためのキットであって、該キットは：ａ）該被験体のサンプル中のＭＡＦの発現レベルを定量するための手段；およびｂ）該サンプル中の定量されたＭＡＦの発現レベルを参照ＭＡＦ発現レベルと比較するための手段を備える、キット。
（項目５１）
乳がんに罹患している被験体に対する治療を決定するためのキットであって、該キットは：ａ）該被験体のサンプル中のＭＡＦの発現レベルを定量するための手段；ｂ）該サンプル中の定量されたＭＡＦの発現レベルを参照ＭＡＦ発現レベルと比較するための手段；ならびにｃ）定量された発現レベルと参照発現レベルとの比較に基づいて、該被験体において骨転移を予防するためおよび／または減少させるための治療を決定するための手段を備える、キット。
（項目５２）
ｉ）乳がんに罹患している被験体のサンプル中のＭＡＦの発現レベルを定量するための試薬、およびｉｉ）骨転移のリスクと相関するように予め決定されている１つまたは複数のＭＡＦ遺伝子発現レベル指標を備える、キット。
（項目５３）
発現を定量するための前記手段が、ＭＡＦ遺伝子、１６ｑ２３遺伝子座または１６ｑ２２−１６ｑ２４染色体領域に特異的に結合および／または増幅するプローブおよび／またはプライマーのセットを含む、項目４９〜５２のいずれか１項に記載のキット。
（項目５４）
前記がんが、ＨＥＲ２＋乳がんである、項目４９〜５３のいずれか１項に記載のキット。
（項目５５）
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体のサンプルをタイプ分けするためのインビトロでの方法であって、該方法は：
（ａ）該被験体からサンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプル中のＭＡＦの発現レベルを定量する工程；
（ｃ）定量されたＭＡＦの発現レベルをＭＡＦ発現の所定の参照レベルと比較することによって該サンプルをタイプ分けする工程；
を含み、ここで、該タイプ分けは、該被験体における骨転移のリスクに関する予後情報を提供する、インビトロでの方法。
（項目５６）
ＨＥＲ２＋乳がんに罹患している被験体における骨転移のリスクを予防するためまたは減少させるための方法であって、該方法は、骨転移を予防するかまたは減少させる薬剤を該被験体に投与する工程を含み、ここで、該薬剤は、該被験体におけるＭＡＦの発現レベルの定量から決定された処置レジメンに従って投与される、方法。
（項目５７）
乳がんに罹患している被験体をコホートに分類する方法であって、該方法は、ａ）該被験体のサンプル中のＭＡＦの発現レベルを決定する工程；ｂ）該サンプル中のＭＡＦの発現レベルをＭＡＦ発現の所定の参照レベルと比較する工程；およびｃ）該サンプル中のＭＡＦの該発現レベルに基づいて、該被験体をコホートに分類する工程を含む、方法。
（項目５８）
前記コホートが、前記参照発現レベルと比較して、匹敵するＭＡＦ発現レベルを有すると決定された少なくとも１つの他の個体を含む、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記サンプル中のＭＡＦの前記発現レベルが、前記所定の参照レベルと比べて上昇しており、前記コホートのメンバーが、骨転移の上昇したリスクを有すると分類される、項目５７または５８に記載の方法。
（項目６０）
前記コホートが、臨床試験を行うためのコホートである、項目５７〜５８のいずれかに記載の方法。
（項目６１）
前記乳がんが、ＨＥＲ２＋乳がんである、項目５７〜６０のいずれかに記載の方法。
（項目６２）
前記サンプルが、腫瘍組織サンプルである、項目５５〜６０のいずれかに記載の方法。
（項目６３）
ＭＡＦ遺伝子、１６ｑ２３または１６ｑ２２−１６ｑ２４染色体領域が、増幅されているか、または転座している、項目５５〜６０のいずれかに記載の方法。
（項目６４）
骨転移を処置するためまたは予防するために使用される前記治療が、ｍＴｏｒインヒビターである、項目３に記載の方法。
（項目６５）
前記ｍＴｏｒインヒビターが、Ｅｖｅｒｏｌｉｍｕｓである、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
骨転移を処置するためまたは予防するために使用される前記治療が、Ｓｒｃキナーゼインヒビターである、項目３に記載の方法。
前記Ｓｒｃキナーゼインヒビターが、ダサチニブである、項目６６に記載の方法。
（項目６７）
骨転移を処置するためまたは予防するために使用される前記治療が、ＣＯＸ−２インヒビターである、項目３に記載の方法。
（項目６８）
第２の処置が、前記ＣＯＸ−２インヒビターと組み合わせて使用される、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
骨転移を処置するためまたは予防するために使用される前記治療が、Ａｌｐｈａｒａｄｉｎである、項目３に記載の方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２８５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２８５】
好ましい実施形態において、前記コホートは、前記参照発現レベルと比較して、匹敵するＭＡＦ発現レベルを有すると決定された少なくとも１つの他の個体を含む。