【手続補正書】
【提出日】平成29年5月9日(2017.5.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸試料の一部分を2セットのプライマーと接触させる工程であって、
第1のプライマーのセットがcMET遺伝子コピー数多型の変化を検出し、第2のプライマーのセットがcMET遺伝子発現レベルの変化を検出し、
該第1のプライマーのセットが、cMETの少なくとも一つのgDNA特異的配列および少なくとも2つの参照遺伝子のそれぞれの少なくとも一つのgDNA特異的配列を増幅するプライマー対のサブセットを含み、ここで、cMET遺伝子コピー数多型を検出するために、一つの参照遺伝子は7番染色体上に位置し、一つの参照遺伝子は7番染色体上に位置せず、
該第2のプライマーのセットが、cMETのmRNA特異的配列および少なくとも2つの参照遺伝子のmRNA特異的配列を増幅するプライマー対のサブセットを含む、工程;
該試料の該一部分と該2セットのプライマーとを含む反応混合物で、鎖分離、プライマーアニーリング、およびプライマー伸長のサイクルを含むPCR増幅レジメンを行う工程;
各プライマー対についてアンプリコンのレベルを検出する工程;
cMETアンプリコンのレベルを参照遺伝子アンプリコンに対して正規化する工程;および
正規化されたcMETアンプリコンのレベルを参照レベルと比較する工程
を含む、cMET変化を検出するための方法であって、
参照レベルと比較して高いgDNA特異的cMETアンプリコンのレベルが、試料におけるcMETの遺伝子増幅変化の存在を示し、参照レベルと比較して変化したmRNA特異的cMETアンプリコンのレベルが、試料におけるcMETの遺伝子発現レベル変化の存在を示す、方法。
【請求項２】
前記第1のプライマーのセットが、EGFRの少なくとも一つのgDNA特異的配列を増幅するプライマー対のサブセットをさらに含み、かつ
前記方法が、正規化されたEGFRアンプリコンのレベルを参照レベルと比較する工程をさらに含み、
参照レベルと比較して高いgDNA特異的EGFRアンプリコンのレベルが、試料におけるEGFRの遺伝子増幅変化の存在を示す、請求項1記載の方法。
【請求項３】
7番染色体上に位置する第1プライマーセットの参照遺伝子がKDELR-2であり、かつ
前記方法が、正規化されたKDELR-2アンプリコンのレベルを参照レベルと比較する工程をさらに含み、
参照レベルと比較して高いgDNA特異的KDELR-2アンプリコンのレベルが、試料におけるKDELR-2の遺伝子増幅変化の存在を示す、請求項1〜2のいずれか一項記載の方法。
【請求項４】
cMET、EGFRおよびKDELR-2の遺伝子増幅変化の存在が7番染色体増幅の存在を示す、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
7番染色体上に位置しない第1プライマーセットの参照遺伝子がSOD1またはSPG21である、請求項1〜4のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
核酸試料の一部分を、cMET遺伝子コピー数多型の変化を検出する1セットのプライマーと接触させる工程であって、
該プライマーのセットが、cMETの少なくとも一つのgDNA特異的配列および少なくとも2つの参照遺伝子のそれぞれの少なくとも一つのgDNA特異的配列を増幅するプライマー対のサブセットを含み、ここで、cMET遺伝子コピー数多型を検出するために、一つの参照遺伝子は7番染色体上に位置し、一つの参照遺伝子は7番染色体上に位置しない、工程;
該試料の該一部分と該プライマーのセットとを含む反応混合物で、鎖分離、プライマーアニーリング、およびプライマー伸長のサイクルを含むPCR増幅レジメンを行う工程;
各プライマー対についてアンプリコンのレベルを検出する工程;
cMETアンプリコンのレベルを参照遺伝子アンプリコンに対して正規化する工程;および
正規化されたcMETアンプリコンのレベルを参照レベルと比較する工程
を含む、cMET変化を検出する方法であって、
参照レベルと比較して高いgDNA特異的cMETアンプリコンのレベルが、試料におけるcMETの遺伝子増幅変化の存在を示す、方法。
【請求項７】
前記プライマーのセットが、EGFRの少なくとも一つのgDNA特異的配列を増幅するプライマー対のサブセットをさらに含み、かつ
前記方法が、正規化されたEGFRアンプリコンのレベルを参照レベルと比較する工程をさらに含み、
参照レベルと比較して高いgDNA特異的EGFRアンプリコンのレベルが、試料におけるEGFRの遺伝子増幅変化の存在を示す、請求項6記載の方法。
【請求項８】
7番染色体上に位置するプライマーセットの参照遺伝子がKDELR-2であり、かつ
前記方法が、正規化されたKDELR-2アンプリコンのレベルを参照レベルと比較する工程をさらに含み、
参照レベルと比較して高いgDNA特異的KDELR-2アンプリコンのレベルが、試料におけるKDELR-2の遺伝子増幅変化の存在を示す、請求項6〜7のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
cMET、EGFRおよびKDELR-2の遺伝子増幅変化の存在が7番染色体増幅の存在を示す、請求項6〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
7番染色体上に位置しないプライマーセットの参照遺伝子がSOD1またはSPG21である、請求項6〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
プライマーセットが、SOD1とSPG21の少なくとも一つのgDNA特異的配列を増幅するプライマー対のサブセットを含む、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
核酸試料の前記一部分を第2のプライマーセットと接触させる工程であって、該第2のプライマーセットがcMET遺伝子発現レベルの変化を検出する、工程
をさらに含み、
該第2のプライマーセットが、cMETのmRNA特異的配列および少なくとも2つの参照遺伝子の少なくともmRNA特異的配列を増幅するプライマー対のサブセットを含み、かつ
参照レベルと比較して変化したmRNA特異的cMETアンプリコンのレベルが、試料におけるcMETの遺伝子発現レベル変化の存在を示す、請求項6〜11のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
第1プライマーセットが、SOD1とSPG21のそれぞれの少なくとも一つのgDNA特異的配列を増幅するプライマー対のサブセットを含む、請求項5〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
プライマーセットが、各遺伝子の少なくとも一つのアンプリコンを増幅するプライマー対サブセットを含む、請求項1〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
プライマーセットが、各遺伝子の少なくとも2つのアンプリコンを増幅するプライマー対サブセットを含む、請求項1〜14のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
プライマーセットが、各遺伝子の少なくとも3つのアンプリコンを増幅するプライマー対サブセットを含む、請求項1〜15のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
プライマーセットが、cMET、EGFR、およびKDELR-2のそれぞれの少なくとも2つのgDNA特異的アンプリコンならびにcMET、SOD1およびSGP21のそれぞれの少なくとも2つのmRNA特異的アンプリコンを増幅するプライマー対サブセットを含む、請求項1〜16のいずれか一項記載の方法。
【請求項１８】
プライマーセットが、cMET、EGFR、およびKDELR-2のそれぞれの少なくとも3つのgDNA特異的アンプリコンならびにcMET、SOD1およびSGP21のそれぞれの少なくとも3つのmRNA特異的アンプリコンを増幅するプライマー対サブセットを含む、請求項1〜17のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
前記試料の第2部分を第3のプライマーのセットと接触させる工程であって、該第3のプライマーのセットが、配列変異を含むcMET配列を増幅するプライマー対のサブセットを含む、工程;
該試料の該第2部分と該第3のプライマーのセットとを含む反応混合物で、鎖分離、プライマーアニーリング、およびプライマー伸長のサイクルを含むPCR増幅レジメンを行う工程;
各プライマー対についてアンプリコンのレベルを検出する工程
をさらに含み、アンプリコンの存在が、当該プライマー対が特異的である配列変異の存在を示す、請求項1〜18のいずれか一項記載の方法。
【請求項２０】
cMETの一つまたは複数の配列変異がSNPである、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
cMET SNPが、S1058P、V1101I、H1112Y、H1124D、G1137V、M1149T、V1206L、L1213V、K1262R、M1268T、V1238I、Y1248C、およびD1246N（SEQ ID NO:131）からなる群より選択される、請求項19〜20のいずれか一項記載の方法。
【請求項２２】
S1058P、V1101I、H1112Y、H1124D、G1137V、M1149T、V1206L、L1213V、K1262R、M1268T、V1238I、Y1248C、およびD1246N（SEQ ID NO:131）が検出される、請求項19〜21のいずれか一項記載の方法。
【請求項２３】
両反応に同じPCR熱サイクリングレジメンが使用される、請求項19〜22のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
核酸試料がFFPE腫瘍試料から調製される、請求項1〜23のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５】
試料が、胃がん、腎がん、胆管がん、肺がん、脳がん、子宮頸がん、大腸がん、頭頸部がん、ヘパトーマ、非小細胞肺がん、黒色腫、中皮腫、多発性骨髄腫、卵巣がん、肉腫、および甲状腺がんからなる群より選択される状態と診断された対象からの腫瘍細胞を含む、請求項1〜24のいずれか一項記載の方法。
【請求項２６】
一つまたは複数のプライマーが二重ドメインプライマーである、請求項1〜25のいずれか一項記載の方法。
【請求項２７】
あるプライマーサブセットの2つ以上のプライマー対からの増幅産物を識別することができる、請求項1〜26のいずれか一項記載の方法。
【請求項２８】
あるプライマーサブセットの2つ以上のプライマー対からの増幅産物が、別個のサイズであることによって識別される、請求項1〜27のいずれか一項記載の方法。
【請求項２９】
あるプライマーサブセットの2つ以上のプライマー対からの増幅産物が、異なる検出可能ラベルで標識されることによって識別される、請求項1〜28のいずれか一項記載の方法。
【請求項３０】
第1のプライマーのセットおよび第2のプライマーのセットからの増幅産物が、異なる検出可能ラベルで標識されることによって識別される、請求項1〜29のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１】
一つまたは複数のプライマーがSEQ ID NO:1〜83からなる群より選択される、請求項1〜30のいずれか一項記載の方法。
【請求項３２】
一つまたは複数のプライマーがSEQ ID NO:89〜124のいずれかの配列を含む、請求項1〜31のいずれか一項記載の方法。
【請求項３３】
プライマーがおよそ表2の濃度で反応混合物中に存在する、請求項1〜32のいずれか一項記載の方法。