【手続補正書】
【提出日】平成29年2月13日(2017.2.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
DNA傷害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼI阻害薬、またはPARP阻害薬を含む癌治療レジメンに対する患者反応を予測するインビトロ方法であって、
（1）癌細胞を含む試料において、癌患者の癌細胞の少なくとも1対のヒト染色体における、インジケーターLOH領域、インジケーターTAI領域、またはインジケーターLST領域から選択される少なくとも2種類を含むインジケーターCA領域の数を決定する段階；および
（2）その試料におけるインジケーターLOH領域、インジケーターTAI領域、またはインジケーターLST領域の数が参照数よりも多い患者を、該癌治療レジメンに反応する見込みが高いと判定する段階
を含む、方法。
【請求項２】
少なくとも1対のヒト染色体がゲノム全体を代表する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
インジケーターCA領域が少なくとも2対、3対、4対、5対、6対、7対、8対、9対、10対、11対、12対、13対、14対、15対、16対、17対、18対、19対、20対または21対のヒト染色体において決定される、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項４】
癌細胞が卵巣癌細胞、乳癌細胞、または食道癌細胞である、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
インジケーターLOH領域の参照数が2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50であるかまたはそれを上回り、インジケーターTAI領域の参照数が2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50であるかまたはそれを上回り、かつインジケーターLST領域の参照数が2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40 45、50であるかまたはそれを上回る、請求項1〜4のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
インジケーターLOH領域が、長さが少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50メガベースであるかまたはそれを上回るが完全な染色体または完全な染色体腕のどちらよりも短いLOH領域と定義され、インジケーターTAI領域が、長さが少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50メガベースであるかまたはそれを上回るがセントロメアを越えては広がらないTAI領域と定義され、かつインジケーターLST領域が、長さが少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50メガベースであるかまたはそれを上回るLST領域と定義される、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
DNA傷害剤がシスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチンもしくはピコプラチンであり、アントラサイクリンがエピルビシンもしくはドキソルビシンであり、トポイソメラーゼI阻害薬がカンプトテシン、トポテカンもしくはイリノテカンであり、またはPARP阻害薬がイニパリブ、オラパリブもしくはベリパリブである、請求項1〜6のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
癌治療レジメンに反応する見込みが高いと判定された患者に癌治療レジメンを推奨するまたは処方する段階をさらに含む、請求項1〜7のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
白金系抗癌剤（platinum agent）を含む癌治療レジメンに対する患者反応を予測するインビトロ方法であって、
（1）癌細胞を含む試料において、癌患者の癌細胞の少なくとも1対のヒト染色体における、インジケーターLOH領域、インジケーターTAI領域、またはインジケーターLST領域から選択される少なくとも2種類を含むインジケーターCA領域の数を決定する段階；
（2）癌細胞を含む試料がBRCA1またはBRCA2が欠損しているか否かを判定する段階；および
（3）その試料において、（a）インジケーターLOH領域、インジケーターTAI領域、もしくはインジケーターLST領域の数が参照数より大きいか、または（b）BRCA1もしくはBRCA2が欠損しているか、または（a）と（b）の両方のいずれかである患者を、該癌治療レジメンに反応する見込みが高いと判定する段階
を含む、方法。
【請求項１０】
少なくとも1対のヒト染色体がゲノム全体を代表する、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
インジケーターCA領域が少なくとも2対、3対、4対、5対、6対、7対、8対、9対、10対、11対、12対、13対、14対、15対、16対、17対、18対、19対、20対または21対のヒト染色体において決定される、請求項9または請求項10記載の方法。
【請求項１２】
癌細胞が卵巣癌細胞、乳癌細胞、または食道癌細胞である、請求項9〜11のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
インジケーターLOH領域の参照数が2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50であるかまたはそれを上回り、インジケーターTAI領域の参照数が2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50であるかまたはそれを上回り、かつインジケーターLST領域の参照数が2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50であるかまたはそれを上回る、請求項9〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
インジケーターLOH領域が、長さが少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50メガベースであるかまたはそれを上回るが完全な染色体または完全な染色体腕のどちらよりも短いLOH領域と定義され、インジケーターTAI領域が、長さが少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50メガベースであるかまたはそれを上回るがセントロメアを越えては広がらないTAI領域と定義され、かつインジケーターLST領域が、長さが少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50メガベースであるかまたはそれを上回るLST領域と定義される、請求項9〜13のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
白金系抗癌剤がシスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチンもしくはピコプラチンである、請求項9〜14のいずれか一項記載の方法。
【請求項１６】
試料においてBRCA1またはBRCA2のいずれかに有害な突然変異、ヘテロ接合性消失または高度メチル化が検出される場合に、該試料がBRCA1またはBRCA2が欠損している、請求項9〜15のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
メチル化が、分析したBRCA1またはBRCA2のプロモーターCpGの少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、もしくは50％に、またはそれを上回って検出される場合に、高度メチル化が検出される、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
DNA傷害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼI阻害薬、またはPARP阻害薬を含む癌治療レジメンに対する患者反応を予測するインビトロ方法であって、
（1）癌細胞を含む試料において、癌患者の癌細胞の少なくとも1対のヒト染色体における、インジケーターLOH領域、インジケーターTAI領域、またはインジケーターLST領域から選択される少なくとも2種類を含むインジケーターCA領域の数を決定する段階；
（2）該インジケーターCA領域の数から導き出される試験値を提供する段階；
（3）該試験値を、参照集団における該インジケーターCA領域の数から導き出される1つまたは複数の参照値と比較する段階；および
（4）その試料において該試験値が該1つまたは複数の参照数より大きい患者を、該癌治療レジメンに反応する見込みが高いと判定する段階
を含む、方法。
【請求項１９】
少なくとも1対のヒト染色体がゲノム全体を代表する、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
インジケーターCA領域が少なくとも2対、3対、4対、5対、6対、7対、8対、9対、10対、11対、12対、13対、14対、15対、16対、17対、18対、19対、20対または21対のヒト染色体において決定される、請求項18または請求項19記載の方法。
【請求項２１】
癌細胞が卵巣癌細胞、乳癌細胞、または食道癌細胞である、請求項18〜20のいずれか一項記載の方法。
【請求項２２】
インジケーターLOH領域の参照数が2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50であるかまたはそれを上回り、インジケーターTAI領域の参照数が2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50であるかまたはそれを上回り、かつインジケーターLST領域の参照数が2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50であるかまたはそれを上回る、請求項18〜21のいずれか一項記載の方法。
【請求項２３】
インジケーターLOH領域が、長さが少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50メガベースであるかまたはそれを上回るが完全な染色体または完全な染色体腕のどちらよりも短いLOH領域と定義され、インジケーターTAI領域が、長さが少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50メガベースであるかまたはそれを上回るがセントロメアを越えては広がらないTAI領域と定義され、かつインジケーターLST領域が、長さが少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50メガベースであるかまたはそれを上回るLST領域と定義される、請求項18〜22のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
DNA傷害剤がシスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチンもしくはピコプラチンであり、アントラサイクリンがエピルビシンもしくはドキソルビシンであり、トポイソメラーゼI阻害薬がカンプトテシン、トポテカンもしくはイリノテカンであり、またはPARP阻害薬がイニパリブ、オラパリブもしくはベリパリブである、請求項18〜23のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５】
その試料において前記試験値が前記1つまたは複数の参照数より大きくない患者を、前記癌治療レジメンに反応する見込みが高くないと判定する段階、および（5）（a）該癌治療レジメンに反応する見込みが高いと判定された患者に、DNA傷害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼI阻害薬、またはPARP阻害薬を含む治療レジメンを推奨するまたは処方する段階；または（5）（b）該癌治療レジメンに反応する見込みが高くないと判定された患者に、DNA傷害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼI阻害薬、またはPARP阻害薬を含まない治療レジメンを推奨するまたは処方する段階のいずれか、をさらに含む、請求項18〜24のいずれか一項記載の方法。
【請求項２６】
試験値が、以下のように、試料におけるインジケーターLOH領域、インジケーターTAI領域およびインジケーターLST領域の数の算術平均を算出すること：
2016523511.tif 000001
によって導き出され、かつ、1つまたは複数の参照値が、以下のように、参照集団からの試料におけるインジケーターLOH領域、インジケーターTAI領域およびインジケーターLST領域の数の算術平均を算出すること：
2016523511.tif 000002
によって導き出される、請求項18〜25のいずれか一項記載の方法。
【請求項２７】
その試料において試験値が、1つまたは複数の参照数の少なくとも2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍もしくは10倍大きいか、少なくとも1標準偏差、2標準偏差、3標準偏差、4標準偏差、5標準偏差、6標準偏差、7標準偏差、8標準偏差、9標準偏差もしくは10標準偏差大きいか、または少なくとも5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％大きい患者を、前記癌治療レジメンに反応する見込みが高いと判定する段階を含む、請求項18〜26のいずれか一項記載の方法。