【手続補正書】
【提出日】平成28年11月29日(2016.11.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象の抗血管新生治療剤に対する応答性を予測する方法であって、
対象から得た検査サンプルからのバイオマーカーパネルの発現レベルを測定し、ここで、該バイオマーカーパネルは表２Ｃから選択される１個以上のバイオマーカーを含み；
該バイオマーカーパネルのサンプル発現スコアを決定し；
サンプル発現スコアと閾値スコアを比較し；そして
該サンプル発現スコアが閾値発現スコアより高いか低いかに基づき、該対象を抗血管新生治療剤に対して応答性または非応答性として分類することを含む、方法。
【請求項２】
対象において癌を処置する方法において使用するための抗血管新生治療剤であって、
該対象は
該対象から得た検査サンプルからのバイオマーカーパネルの発現レベルを測定し、ここで、該バイオマーカーパネルは表２Ｃから選択される１個以上のバイオマーカーを含み；
該バイオマーカーパネルのサンプル発現スコアを決定し；
サンプル発現スコアと閾値スコアを比較し；そして
（ｉ）該サンプル発現スコアが閾値スコアより高いとき、該対象は処置するために選択されず；または（ｉｉ）該サンプル発現スコアが閾値スコアより低いとき、該対象は処置するために選択される
によって処置するために選択される、抗血管新生治療剤。
【請求項３】
対象において癌を処置する方法において使用するための抗血管新生治療剤であって、
該対象は、表２Ｃから選択される１個以上のバイオマーカーを含むバイオマーカーパネルの発現レベルに基づき、閾値スコアより低いサンプル発現スコアを示す、抗血管新生治療剤。
【請求項４】
対象に抗血管新生治療剤を投与するか否かを選択するための方法であって、
対象から得た検査サンプルからのバイオマーカーパネルの発現レベルを測定し、ここで、該バイオマーカーパネルは表２Ｃから選択される１個以上のバイオマーカーを含み；
該バイオマーカーパネルのサンプル発現スコアを決定し；
サンプル発現スコアと閾値スコアを比較し；そして
（ｉ）該サンプル発現スコアが閾値スコアより高いとき、該対象は抗血管新生治療剤を投与するために選択されず；または（ｉｉ）該サンプル発現スコアが閾値スコアより低いとき、該対象は抗血管新生治療剤を投与するために選択されるを含む、方法。
【請求項５】
バイオマーカーパネルがＩＧＦ２、ＳＯＸ１１、ＩＮＳ、ＣＸＣＬ１７、ＳＬＣ５Ａ１、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＣＸＣＲ２Ｐ１、ＭＦＡＰ２、ＭＡＴＮ３またはＲＴＰ４の１個以上を含む、請求項１〜４のいずれかに記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項６】
バイオマーカーパネルが表２Ｃに挙げるバイオマーカーを含む、請求項１〜４のいずれかに記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項７】
サンプル発現スコアを各バイオマーカーの発現レベルを測定し、対応する重みを乗算することにより決定し、ここで、発現サインが各バイオマーカーの重みを規定する、請求項１〜６のいずれかに記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項８】
バイオマーカーパネルにおける各バイオマーカーの発現レベルをマイクロアレイ、定量的ＰＣＲまたは免疫アッセイを使用して測定する、請求項１〜７のいずれかに記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項９】
発現サインを
罹患組織のサンプルセットから全ＲＮＡを単離し；
単離した全ＲＮＡをマイクロアレイとハイブリダイズさせてサンプル発現データセットを得て；
規定の有意性閾値を超える可変性を有するマイクロアレイ上のプローブを選択して予備的バイオマーカーセットを形成し；
クラスタリングアルゴリズムを使用して類似の発現プロファイルを有する予備的バイオマーカーセット内のバイオマーカーのクラスターを生成し；
各バイオマーカーのクラスターについて生物学的過程または生物学的経路を同定し；
目的の生物学的過程または生物学的経路に対応するクラスターを選択し；そして
罹患組織のサンプルセットにおける選択したクラスターにおけるバイオマーカーの発現レベルを監督または無監督トレーニングアルゴリズムを使用して解析することにより発現サインを規定する
ことを含む方法により導く、請求項７に記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項１０】
発現サインをＰＬＳ分類器、ＳＶＭ分類器、ＳＤＡ分類器またはＤＳＤＡ分類器を使用して規定する、請求項９に記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項１１】
罹患組織が癌組織である、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項１２】
癌が卵巣癌、前立腺、乳癌、結腸癌または結腸直腸癌である、請求項１１に記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項１３】
抗血管新生治療剤がＶＥＧＦ経路標的治療剤、アンギオポエチン−ＴＩＥ２経路阻害剤、内在性血管新生阻害剤または免疫調節剤である、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項１４】
ＶＥＧＦ経路標的治療剤がベバシズマブ(アバスチン)、アフリバーセプト(VEGF Trap)、IMC−1121B(ラムシルマブ)、イマチニブ(グリベック)、ソラフェニブ(ネクサバール)、ゲフィチニブ(イレッサ)、スニチニブ(スーテント)、エルロチニブ、チボザニブ、セディラニブ(Recentin)、パゾパニブ(ヴォトリエント)、BIBF 1120(バルガテフ)、ドビチニブ、セマクサニブ(Sugen)、アクシチニブ(AG013736)、バンデタニブ(ザクティマ)、ニロチニブ(タシグナ)、ダサチニブ(スプリセル)、バタラニブ、モテサニブ、ABT−869、TKI−258またはこれらの組み合わせを含む、請求項１３に記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項１５】
アンギオポエチン−ＴＩＥ２経路阻害剤がAMG−386、PF−4856884 CVX−060、CEP−11981、CE−245677、MEDI−3617、CVX−241、トラスツマブ(ハーセプチン)またはこれらの組み合わせを含む、請求項１３に記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項１６】
内在性血管新生阻害剤がトロンボスポンジン、エンドスタチン、タムスタチン、カンスタチン、アレスチン、アンジオスタチン、バソスタチン、インターフェロンアルファまたはこれらの組み合わせを含む、請求項１３に記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項１７】
免疫調節剤がサリドマイドおよびレナリドマイドを含む、請求項１３に記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項１８】
対象の予後を決定することをさらに含み、ここで、抗血管新生治療剤に対する応答性の分類が予後良好を示し、予後良好は抗血管新生治療剤に非応答性との分類と比較して少なくとも予測余命が長いことを示す、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法または抗血管新生治療剤。
【請求項１９】
癌を有する対象の予後を決定する方法であって、
対象から得た検査サンプルからのバイオマーカーパネルの発現レベルを測定し、ここで、該バイオマーカーパネルは表２Ｃから選択される１個以上のバイオマーカーを含み；
該バイオマーカーパネルのサンプル発現スコアを決定し；
サンプル発現スコアと閾値スコアを比較し；そして
該サンプル発現スコアが閾値スコアより高いか低いかに基づき、該対象を予後良好または予後不良と分類することを含む、方法。
【請求項２０】
抗血管新生治療剤に対する対象の応答性を予測し、処置予後を提供する方法であって、
疾患または障害を有する対象から得た罹患組織の検査サンプルから第一バイオマーカーパネルの発現レベルを測定し、ここで、該バイオマーカーパネルは表２Ｃから選択される１個以上のバイオマーカーを含み；
該第一バイオマーカーパネルについて第一サンプル発現スコアを決定し；
該第一サンプル発現スコアと第一閾値スコアを比較し、
該第一サンプル発現スコアが該第一閾値スコアより高いか低いかに基づき、対象を予後良好または予後不良と分類し、ここで、予後良好は予後不良と比較して少なくとも予測余命が長いことを示し、予後不良の場合には、該対象から得た罹患組織の検査サンプルから第二バイオマーカーパネルの発現レベルを測定し、ここで、該第二バイオマーカーパネルは表２Ａまたは表２Ｂから選択される１個以上のバイオマーカーを含み；
該第二バイオマーカーパネルについて第二サンプル発現スコアを決定し；
該第二サンプル発現スコアと第二閾値スコアを比較し；そして
第二サンプル発現スコアが第二閾値発現スコアより高いか低いかに基づき、対象を抗血管新生治療剤に対して応答性または非応答性として分類することを含む、方法。
【請求項２１】
第一バイオマーカーパネルがＩＧＦ２、ＳＯＸ１１、ＩＮＳ、ＣＸＣＬ１７、ＳＬＣ５Ａ１、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＣＸＣＲ２Ｐ１、ＭＦＡＰ２、ＭＡＴＮ３またはＲＴＰ４の１個以上を含み、第二バイオマーカーパネルがＣＣＤＣ８０、ＩＮＨＢＡ、ＴＨＢＳ２、ＳＦＲＰ２、ＭＭＰ２、ＰＬＡＵ、ＦＡＰ、ＦＮ１、ＣＯＬ８Ａ１またはＲＡＢ３１の１個以上を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
第一バイオマーカーパネルがＩＧＦ２、ＳＯＸ１１、ＩＮＳ、ＣＸＣＬ１７、ＳＬＣ５Ａ１、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＣＸＣＲ２Ｐ１、ＭＦＡＰ２、ＭＡＴＮ３またはＲＴＰ４の１個以上を含み、第二バイオマーカーパネルがＴＭＥＭ２００Ａ、ＧＪＢ２、ＭＭＰ１３、ＧＦＰＴ２、ＰＯＳＴＮ、ＢＩＣＣ１、ＣＤＨ１１、ＭＲＶＩ１、ＰＭＰ２２またはＣＯＬ１１Ａ１の１個以上を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
第一バイオマーカーパネルが表２Ｃにおけるバイオマーカーからなり、第二バイオマーカーパネルが表２Ａまたは２Ｂにおけるバイオマーカーからなる、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】
バイオマーカーパネルにおける各バイオマーカーの発現レベルをマイクロアレイ、定量的ＰＣＲまたは免疫アッセイを使用して測定する、請求項１９〜２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
対象を、抗血管新生治療剤に応答性である癌を有するとしてまたは癌の発症の素因があるとして診断する方法であって、
癌を有するまたは癌を有する疑いがある対象から得た検査サンプルからのバイオマーカーパネルの発現レベルを測定し、ここで、該バイオマーカーパネルは表２Ｃから選択される１個以上のバイオマーカーを含み；
該バイオマーカーパネルのサンプル発現スコアを決定し；
サンプル発現スコアと閾値スコアを比較し；そして
サンプル発現スコアが閾値発現スコアより高いか低いかに基づき、対象を、抗血管新生治療に対して応答性である癌を有するまたは癌の発症の素因があるとして診断することを含む、方法。
【請求項２６】
バイオマーカーパネルがＩＧＦ２、ＳＯＸ１１、ＩＮＳ、ＣＸＣＬ１７、ＳＬＣ５Ａ１、ＴＭＥＭ４５Ａ、ＣＸＣＲ２Ｐ１、ＭＦＡＰ２、ＭＡＴＮ３またはＲＴＰ４の１個以上を含む、請求項１９または２５に記載の方法。
【請求項２７】
バイオマーカーパネルが表２Ｃに挙げるバイオマーカーを含む、請求項１９または２５に記載の方法。
【請求項２８】
サンプル発現スコアを各バイオマーカーの発現レベルを測定し、対応する重みを乗算することにより決定し、ここで、発現サインが各バイオマーカーの重みを規定する、請求項１９〜２７のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
発現サインをＰＬＳ分類器、ＳＶＭ分類器、ＳＤＡ分類器またはＤＳＤＡ分類器を使用して規定する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
癌が卵巣癌、神経膠芽腫、乳癌、前立腺癌、結腸直腸癌または結腸癌である、請求項１９〜２９のいずれかに記載の方法。
【請求項３１】
バイオマーカーパネルにおける各バイオマーカーの発現レベルをマイクロアレイ、定量的ＰＣＲまたは免疫アッセイを使用して測定する、請求項２５〜３０のいずれかに記載の方法。