【手続補正書】
【提出日】平成29年11月10日(2017.11.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複製物配列決定リードをサンプル配列決定リードの集団から検出するための方法であって、前記方法は、以下：
ａ）アダプターを、１以上のサンプルに由来する複数の核酸フラグメントの各核酸フラグメントの５’末端にライゲーションする工程であって、ここで前記アダプターは、以下：
（ｉ）インデックス付加プライマー結合部位；
（ｉｉ）インデックス付加部位；
（ｉｉｉ）１〜８ヌクレオチドからなる識別子部位；および
（ｉｖ）標的配列プライマー結合部位
を含む、工程；
ｂ）前記アダプター−核酸フラグメントのライゲーション生成物を増幅する工程；
ｃ）配列決定リードの集団を、増幅されたアダプター−核酸フラグメントのライゲーション生成物から生成する工程；ならびに
ｄ）前記配列決定リードの集団における他の配列決定リードと同一である識別子部位および核酸フラグメントを含む配列決定リードとして、複製物配列決定リードを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項２】
前記方法は、前記配列リードの集団から、複製物識別子部位および標的配列を有する配列決定リードを除去する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記識別子部位は、前記インデックス付加部位とともに配列決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記識別子部位は、前記インデックス付加部位とは別個に配列決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記識別子部位は、前記標的配列とともに配列決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記識別子部位は、前記標的配列とは別個に配列決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記アダプターは、５’から３’へと：
（ｉ）前記インデックス付加プライマー結合部位；
（ｉｉ）前記インデックス付加部位；
（ｉｉｉ）前記識別子部位；および
（ｉｖ）前記標的配列プライマー結合部位
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記アダプターは、５’から３’へと：
（ｉ）前記インデックス付加プライマー結合部位；
（ｉｉ）前記インデックス付加部位；
（ｉｉｉ）前記標的配列プライマー結合部位；および
（ｉｖ）前記識別子部位
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
複数の前記核酸フラグメントは、１より多くのサンプルから生成される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
各サンプルの前記核酸フラグメントは、同じインデックス付加部位を有し、異なるサンプルの前記核酸フラグメントは異なるインデックス付加部位を有する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記配列決定リードは、前記インデックス付加部位に基づいて分離される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記配列決定リードの分離は、工程ｄ）の前に行われる、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記核酸フラグメントは、ＤＮＡフラグメント、ＲＮＡフラグメント、もしくはＤＮＡ／ＲＮＡフラグメントである、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記核酸フラグメントは、ゲノムＤＮＡフラグメントもしくはｃＤＮＡフラグメントである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記インデックス付加部位は、２ヌクレオチド〜８ヌクレオチドの間の長さである、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記インデックス付加部位は、約６ヌクレオチドの長さである、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記識別子部位は、６ヌクレオチドの長さである、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記識別子部位は、８ヌクレオチドの長さである、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記インデックス付加プライマー結合部位は、ユニバーサルインデックス付加プライマー結合部位である、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記標的配列プライマー結合部位は、ユニバーサル標的配列プライマー結合部位である、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
インデックス付加部位に基づいてフラグメントまたは配列決定リードを分離する工程をさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９９】
本発明は、その具体的実施形態とともに記載されてきたが、それはさらなる改変が可能であり、本願は、一般に、本発明の原理に従って、本発明が属する技術内の公知もしくは習慣的な実施内に入るとして、本開示からのこのような逸脱を含め、そして本明細書で先に示される本質的特徴に適用され得るとおりおよび添付の特許請求の範囲に従うとおり、本発明の任意のバリエーション、使用、もしくは適合を網羅することが意図されることは、理解される。
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
複製物配列決定リードをサンプル配列決定リードの集団から検出するための方法であって、前記方法は、以下：
ａ）アダプターを、１以上のサンプルに由来する複数の核酸フラグメントの各核酸フラグメントの５’末端にライゲーションする工程であって、ここで前記アダプターは、以下：
（ｉ）インデックス付加プライマー結合部位；
（ｉｉ）インデックス付加部位；
（ｉｉｉ）識別子部位；および
（ｉｖ）標的配列プライマー結合部位
を含む、工程；
ｂ）前記アダプター−核酸フラグメントのライゲーション生成物を増幅する工程；
ｃ）配列決定リードの集団を、増幅されたアダプター−核酸フラグメントのライゲーション生成物から生成する工程；ならびに
ｄ）複製物識別子部位および標的配列を有する配列決定リードを含む前記配列決定リードの集団を、検出する工程
を包含する、方法。
（項目２）
前記方法は、前記配列リードの集団から、複製物識別子部位および標的配列を有する配列決定リードを除去する工程をさらに包含する、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記識別子部位は、前記インデックス付加部位とともに配列決定される、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記識別子部位は、前記インデックス付加部位とは別個に配列決定される、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記識別子部位は、前記標的配列とともに配列決定される、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記識別子部位は、前記標的配列とは別個に配列決定される、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記アダプターは、５’から３’へと：
（ｉ）前記インデックス付加プライマー結合部位；
（ｉｉ）前記インデックス付加部位；
（ｉｉｉ）前記識別子部位；および
（ｉｖ）前記標的配列プライマー結合部位
を含む、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記アダプターは、５’から３’へと：
（ｉ）前記インデックス付加プライマー結合部位；
（ｉｉ）前記インデックス付加部位；
（ｉｉｉ）前記標的配列プライマー結合部位；および
（ｉｖ）前記識別子部位
を含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
複数の前記核酸フラグメントは、１より多くのサンプルから生成される、項目１に記載の方法。
（項目１０）
各サンプルの前記核酸フラグメントは、同じインデックス付加部位を有する、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記配列決定リードは、前記インデックス付加部位に基づいて分離される、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記配列決定リードの分離は、工程ｄ）の前に行われる、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記核酸フラグメントは、ＤＮＡフラグメント、ＲＮＡフラグメント、もしくはＤＮＡ／ＲＮＡフラグメントである、項目１に記載の方法。
（項目１４）
前記核酸フラグメントは、ゲノムＤＮＡフラグメントもしくはｃＤＮＡフラグメントである、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記インデックス付加部位は、２ヌクレオチド〜８ヌクレオチドの間の長さである、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記インデックス付加部位は、約６ヌクレオチドの長さである、項目１に記載の方法。
（項目１７）
前記識別子部位は、１ヌクレオチド〜８ヌクレオチドの間の長さである、項目１に記載の方法。
（項目１８）
前記識別子部位は、約８ヌクレオチドの長さである、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記インデックス付加プライマー結合部位は、ユニバーサルインデックス付加プライマー結合部位である、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記標的配列プライマー結合部位は、ユニバーサル標的配列プライマー結合部位である、項目１に記載の方法。
（項目２１）
複数のアダプターを含むキットであって、ここで各アダプターは、以下：
（ｉ）インデックス付加プライマー結合部位；
（ｉｉ）インデックス付加部位；
（ｉｉｉ）識別子部位；および
（ｉｖ）標的配列決定プライマー結合部位、
を含む、キット。