【手続補正書】
【提出日】平成29年11月15日(2017.11.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ｉ）ＮＮＮＮＡＣＡであるＰＡＭ配列への標的ＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に相補的なＲＮＡを含むＤＮＡ標的化セグメント、及び
（ｉｉ）タンパク質結合セグメント
を含む単分子ガイドＲＮＡ。
【請求項２】
ＰＡＭ配列への標的ＤＮＡ５’における前記プロトスペーサー様配列が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４４４−１９００、２１６３−２４８２および２６６７−２６８６からなる群から選択される核酸配列を有する、請求項１に記載の単分子ガイドＲＮＡ。
【請求項３】
前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡに対し、少なくとも２０のヌクレオチドにわたり、少なくとも８０％同一であるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、請求項１に記載の単分子ガイドＲＮＡ。
【請求項４】
前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、請求項１に記載の単分子ガイドＲＮＡ。
【請求項５】
前記ＤＮＡ標的化セグメントと前記タンパク質結合セグメントの間にリンカーをさらに含む、請求項１に記載の単分子ガイドＲＮＡ。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の単分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡ。
【請求項７】
請求項６に記載のＤＮＡを含むベクター。
【請求項８】
請求項７に記載のベクターを含む細胞。
【請求項９】
細胞中でＤＮＡを操作するインビトロ方法であって、前記ＤＮＡを、
前記細胞に対して異種のカンピロバクター・ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼまたはカンピロバクター・ジェジュニＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対して少なくとも９０％同一である活性部分を有するエンドヌクレアーゼ、及び
請求項１に記載の単分子ガイドＲＮＡと
接触させることを含む、前記方法。
【請求項１０】
前記ＰＡＭ配列への標的ＤＮＡ５’における前記プロトスペーサー様配列が、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１４４４−１９００、２１６３−２４８２および２６６７−２６８６からなる群から選択される核酸配列を有する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５におけるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、請求項９または１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記エンドヌクレアーゼがポリペプチドである、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
前記エンドヌクレアーゼが核酸によりコードされる、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
前記核酸が組換え発現ベクターである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
（ａ）請求項１に記載の単分子ガイドＲＮＡ、及び（ｂ）カンピロバクター・ジェジュニＣａｓ９エンドヌクレアーゼまたは当該カンピロバクター・ジェジュニＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対し、少なくとも９０％同一の活性部分を有するエンドヌクレアーゼをコードする、組換えベクター。
【請求項１６】
前記エンドヌクレアーゼ及び前記ガイドＲＮＡが、前記エンドヌクレアーゼ及び前記ガイドＲＮＡをコードするものと同じかまたは異なる組換えベクターにより前記細胞に導入されており、必要に応じて、少なくとも１つの組換えベクターが、組換えウイルスベクターである、請求項９に記載の方法。
【請求項１７】
前記細胞に対して異種のカンピロバクター・ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼまたはカンピロバクター・ジェジュニＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対して少なくとも９０％同一である活性部分を有するエンドヌクレアーゼ、及び
請求項１に記載の単分子ガイドＲＮＡ
を含む、細胞中のＤＮＡを操作するための治療方法において使用するための組み合わせ物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３４】
本明細書に与えられるいずれの方法も、生体外または生体内であって良いことを意図している。
本発明は、例えば、以下を提供する。
（項目１）
ＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含む単分子ガイドＲＮＡであって、ここで前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、前記ガイドＲＮＡ。
（項目２）
前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート配列を含み、それが該タンパク質結合セグメントのｔｒａｃｒＲＮＡの同種のＣＲＩＳＰＲリピート配列である、項目１に記載の単分子ガイドＲＮＡ。
（項目３）
前記ＤＮＡ標的化セグメントが、ＰＡＭ配列への標的ＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に相補的なＲＮＡをさらに含む、項目１または２に記載の単分子ガイドＲＮＡ。
（項目４）
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ及びＣＲＩＳＰＲリピート部が、カンピロバクター・ジェジュニのｔｒａｃｒＲＮＡ及び補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート配列に対し、それぞれ少なくとも８０％同一であり、及び前記ＰＡＭ配列がＮＮＮＮＡＣＡである、項目３に記載の前記単分子ガイドＲＮＡ。
（項目５）
プロトスペーサー様配列に相補的な前記ＲＮＡが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８０１−９７３、１０７９−１２２２、１３１３−１３４８、１３７２−１４１５、１４４４−１９００、２１６３−２４８２または２６６７−２６８６の１つに提示される、標的配列に相補的なＲＮＡである、項目４または８に記載の単分子ガイドＲＮＡ。
（項目６）
ＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含む単分子ガイドＲＮＡであって、ここで前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡに対し、少なくとも２０のヌクレオチドにわたり、少なくとも８０％同一であるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、前記単分子ガイドＲＮＡ。
（項目７）
ＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含む単分子ガイドＲＮＡであって、ここで前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡに対し、少なくとも２０のヌクレオチドにわたり、少なくとも８０％同一であるｔｒａｃｒＲＮＡ、補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部に対し、少なくとも８０％同一であるＣＲＩＳＰＲリピート部、またはその両方を含む、前記ガイドＲＮＡ。
（項目８）
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ及びＣＲＩＳＰＲリピート部が、カンピロバクター・ジェジュニｔｒａｃｒＲＮＡ及び補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部に、各々が少なくとも８０％同一であり、及び前記ＰＡＭ配列がＮＮＮＮＡＣＡである、項目７に記載の単分子ガイドＲＮＡ。
（項目９）
前記ＤＮＡ標的化セグメントと前記タンパク質結合セグメントの間にリンカーを含む、項目１または６に記載の単分子ガイドＲＮＡ。
（項目１０）
ＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含む単分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡであって、ここで前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、前記ＤＮＡ。
（項目１１）
ＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含む単分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡであって、ここで前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡに対し、少なくとも２０のヌクレオチドにわたり、少なくとも８０％同一であるｔｒａｃｒＲＮＡ、補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部に対し、少なくとも８０％同一であるＣＲＩＳＰＲリピート部、またはその両方を含む、前記ＤＮＡ。
（項目１２）
ＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含む単分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡを含むベクターであって、ここで前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、前記ベクター。
（項目１３）
ＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含む単分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡを含むベクターであって、ここで前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡに対し、少なくとも２０のヌクレオチドにわたり、少なくとも８０％同一であるｔｒａｃｒＲＮＡ、補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部に対し、少なくとも８０％同一であるＣＲＩＳＰＲリピート部、またはその両方を含む、前記ベクター。
（項目１４）
ＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含む単分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡを含む細胞であって、ここで前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、前記細胞。
（項目１５）
ＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含む単分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡを含む細胞であって、ここで前記タンパク質結合セグメントが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡに対し、少なくとも２０のヌクレオチドにわたり、少なくとも８０％同一であるｔｒａｃｒＲＮＡ、補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部に対し、少なくとも８０％同一であるＣＲＩＳＰＲリピート部、またはその両方を含む、前記細胞。
（項目１６）
標的選択性ＲＮＡ及びそれらに相補的な活性化因子ＲＮＡを含む二重分子ガイドＲＮＡであって、ここで前記活性化因子ＲＮＡが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡを含み、及びここで前記ガイドＲＮＡが、改変バックボーン、人工ヌクレオチド間の連結、核酸の擬態、改変糖モイエティー、塩基修飾、改変または調節された安定性に備える改変または配列、細胞内トラッキングに備える改変または配列、トラッキングに備える改変または配列、またはタンパク質またはタンパク質複合体の結合部位に備える改変または配列を含む、前記二重分子ガイドＲＮＡ。
（項目１７）
前記標的選択性ＲＮＡが補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部を含み、それは前記タンパク質結合セグメントのｔｒａｃｒＲＮＡの同種ＣＲＩＳＰＲリピート部である、項目１６に記載の二重分子ガイドＲＮＡ。
（項目１８）
前記標的選択性ＲＮＡが、ＰＡＭ配列への標的ＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に相補的なＲＮＡをさらに含む、項目１６または１７に記載の二重分子ガイドＲＮＡ。
（項目１９）
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ及びＣＲＩＳＰＲリピート部が、カンピロバクター・ジェジュニのｔｒａｃｒＲＮＡ及び補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部に対し、それぞれ少なくとも８０％同一であり、及び前記ＰＡＭ配列がＮＮＮＮＡＣＡである、項目１８に記載の二重分子ガイドＲＮＡ。
（項目２０）
プロトスペーサー様配列に相補的な前記ＲＮＡが、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：８０１−９７３、１０７９−１２２２、１３１３−１３４８、１３７２−１４１５、１４４４−１９００、２１６３−２４８２または２６６７−２６８６の１つに提示される標的配列に相補的なＲＮＡである、項目１９または項目２３に記載の二重分子ガイドＲＮＡ。
（項目２１）
標的選択性ＲＮＡ及び活性化因子ＲＮＡを含む二重分子ガイドＲＮＡであって、ここで前記活性化因子ＲＮＡが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡに対し、少なくとも２０のヌクレオチドにわたり、少なくとも８０％同一であるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、前記二重分子ガイドＲＮＡ。
（項目２２）
前記標的選択性ＲＮＡが、補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部、補足表Ｓ５に提示される活性化因子ＲＮＡのｔｒａｃｒＲＮＡの同種ＣＲＩＳＰＲリピート部、または補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部に対し少なくとも８０％同一であるＣＲＩＳＰＲリピート部を含む、項目２１に記載の二重分子ガイドＲＮＡ。
（項目２３）
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ及びＣＲＩＳＰＲリピート部が、カンピロバクター・ジェジュニｔｒａｃｒのＲＮＡ及び補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部に対し、それぞれ少なくとも８０％同一であり、及び前記ＰＡＭ配列がＮＮＮＮＡＣＡである、項目２１に記載の二重分子ガイドＲＮＡ。
（項目２４）
前記標的選択性ＲＮＡと前記活性化因子ＲＮＡの間にリンカーを含む、項目１６または２１に記載の二重分子ガイドＲＮＡ。
（項目２５）
標的選択性ＲＮＡ及びそれらと相補的な活性化因子ＲＮＡを含む二重分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡであって、ここで前記活性化因子ＲＮＡが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、前記ＤＮＡ。
（項目２６）
標的選択性ＲＮＡ及びそれらと相補的な活性化因子ＲＮＡを含む二重分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡであって、ここで前記活性化因子ＲＮＡが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡに対し、少なくとも２０のヌクレオチドにわたり、少なくとも８０％同一であるｔｒａｃｒＲＮＡ、補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部に対し、少なくとも８０％同一であるＣＲＩＳＰＲリピート部、またはその両方を含む、前記ＤＮＡ。
（項目２７）
標的選択性ＲＮＡ及びそれらと相補的な活性化因子ＲＮＡを含む二重分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡを含むベクターであって、ここで前記活性化因子ＲＮＡが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、前記ベクター。
（項目２８）
標的選択性ＲＮＡ及びそれらと相補的な活性化因子ＲＮＡを含む二重分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡを含むベクターであって、ここで前記活性化因子ＲＮＡが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡに対し、少なくとも２０のヌクレオチドにわたり、少なくとも８０％同一であるｔｒａｃｒＲＮＡ、補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部に対し、少なくとも８０％同一であるＣＲＩＳＰＲリピート部、またはその両方を含む、前記ベクター。
（項目２９）
標的選択性ＲＮＡ及びそれらと相補的な活性化因子ＲＮＡを含む二重分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡを含む細胞であって、ここで前記活性化因子ＲＮＡが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡを含む、前記細胞。
（項目３０）
標的選択性ＲＮＡ及びそれらと相補的な活性化因子ＲＮＡを含む二重分子ガイドＲＮＡをコードするＤＮＡを含む細胞であって、ここで前記活性化因子ＲＮＡが、補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡに対し、少なくとも２０のヌクレオチドにわたり、少なくとも８０％同一であるｔｒａｃｒＲＮＡ、補足表Ｓ５に提示されるＣＲＩＳＰＲリピート部に対し、少なくとも８０％同一であるＣＲＩＳＰＲリピート部、またはその両方を含む、前記細胞。
（項目３１）
細胞中でＤＮＡを操作する方法であって、前記ＤＮＡをＣａｓ９オーソログ−ガイドＲＮＡ複合体に接触させることを含み、ここで前記複合体が、（ａ）前記細胞に対して異種のカンピロバクター・ジェジュニ（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ）Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼまたはカンピロバクター・ジェジュニＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対して少なくとも９０％同一である活性部分を有するエンドヌクレアーゼ、及び前記ＰＡＭ配列ＮＮＮＮＡＣＡへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に、前記複合体を標的化しているガイドＲＮＡ、（ｂ）前記細胞に対して異種のパスツレラ・ムルトシダ（Ｐ．ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼ、またはパスツレラ・ムルトシダＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対して少なくとも９０％同一である活性部分を有するエンドヌクレアーゼ、及び前記ＰＡＭ配列ＧＮＮＮＣＮＮＡまたはＮＮＮＮＣへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に、前記複合体を標的化しているガイドＲＮＡ、（ｃ）前記細胞に対して異種のフランシセラ・ノビシダ（Ｆ．ｎｏｖｉｃｉｄａ）Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼ、またはフランシセラ・ノビシダＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対して少なくとも９０％同一である活性部分を有するエンドヌクレアーゼ、及び前記ＰＡＭ配列ＮＧへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に、前記複合体を標的化しているガイドＲＮＡ、（ｄ）前記細胞に対して異種のストレプトコッカス・サーモフィルス＊＊（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ＊＊）Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼ、またはストレプトコッカス・サーモフィルス＊＊Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対して少なくとも９０％同一である活性部分を有するエンドヌクレアーゼ、及びそのＰＡＭ配列ＮＮＡＡＡＡＷへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に、前記複合体を標的化しているガイドＲＮＡ、（ｅ）前記細胞に対して異種のリステリア・イノキュア（Ｌ．ｉｎｎｏｃｕａ）Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼ、またはリステリア・イノキュアＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対して少なくとも９０％同一である活性部分を有するエンドヌクレアーゼ、及びそのＰＡＭ配列ＮＧＧへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に、前記複合体を標的化しているガイドＲＮＡ、または（ｆ）前記細胞に対して異種のストレプトコッカス・ディスガラクティエ（Ｓ．ｄｙｓｇａｌａｃｔｉａｅ）Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼ、またはストレプトコッカス・ディスガラクティエＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対して少なくとも９０％同一である活性部分を有するエンドヌクレアーゼ、及びそのＰＡＭ配列ＮＧＧへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に、前記複合体を標的化しているガイドＲＮＡを含む、前記方法。
（項目３２）
前記細胞が、細菌細胞、真菌細胞、古細菌細胞、植物細胞または動物細胞である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記ガイドＲＮＡが、単分子ガイドＲＮＡである、項目３１に記載の方法。
（項目３４）
前記ガイドＲＮＡが、二重分子ガイドＲＮＡである、項目３１に記載の方法。
（項目３５）
前記エンドヌクレアーゼが、ニッカーゼである、項目３１に記載の方法。
（項目３６）
前記エンドヌクレアーゼが、化膿レンサ球菌Ｅ７６２Ａ、ＨＨ９８３ＡＡまたはＤ９８６Ａに相当する突然変異を含む、項目３１に記載の方法。
（項目３７）
前記エンドヌクレアーゼが、タンパク質を結合する死滅した突然変異体／ＤＮＡである、項目３１に記載の方法。
（項目３８）
標的化された前記プロトスペーサー様配列が、ＣＣＲ５、ＣＸＣＲ４、ＫＲＴ５、ＫＲＴ１４、ＰＬＥＣまたはＣＯＬ７Ａ１遺伝子にある、項目３１に記載の方法。
（項目３９）
前記プロトスペーサー様配列が、慢性肉芽腫症（ＣＧＤ）関連の遺伝子ＣＹＢＡ、ＣＹＢＢ、ＮＣＦ１、ＮＣＦ２またはＮＣＦ４にある、項目３１に記載の方法。
（項目４０）
標的化された前記プロトスペーサー様配列が、Ｂ細胞リンパ腫／白血病ＩＩＡ（ＢＣＬ１１Ａ）タンパク質、ＢＣＬ１１ＡまたはＢＣＬ１１Ａ結合部位の赤芽球系エンハンサーをコードする遺伝子にある、またはその遺伝子の１０００ヌクレオチドまでの上流にある、項目３１に記載の方法。
（項目４１）
前記エンドヌクレアーゼ及び前記ガイドＲＮＡが、前記エンドヌクレアーゼ及び前記ガイドＲＮＡをコードするものと同じかまたは異なる組換えベクターにより、前記細胞に導入される、項目３１に記載の方法。
（項目４２）
少なくとも１つの組換えベクターが、組換えウイルスベクターである、項目３１に記載の方法。
（項目４３）
（ａ）前記ＰＡＭ配列ＮＮＮＮＡＣＡへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に相補的なＤＮＡ標的化セグメントを含む、ガイドＲＮＡ、及び（ｂ）カンピロバクター・ジェジュニＣａｓ９エンドヌクレアーゼまたは当該カンピロバクター・ジェジュニＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対し、少なくとも９０％同一の活性部分を有するエンドヌクレアーゼをコードする、組換えベクター。
（項目４４）
（ａ）前記ＰＡＭ配列ＧＮＮＮＣＮＮＡまたはＮＮＮＮＣへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に相補的なＤＮＡ標的化セグメントを含む、ガイドＲＮＡ、及び（ｂ）パスツレラ・ムルトシダＣａｓ９エンドヌクレアーゼまたは当該パスツレラ・ムルトシダＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対し、少なくとも９０％同一の活性部分を有するエンドヌクレアーゼをコードする、組換えベクター。
（項目４５）
（ａ）前記ＰＡＭ配列ＮＧへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に相補的なＤＮＡ標的化セグメントを含む、ガイドＲＮＡ、及び（ｂ）フランシセラ・ノビシダＣａｓ９エンドヌクレアーゼまたは当該フランシセラ・ノビシダＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対し、少なくとも９０％同一の活性部分を有するエンドヌクレアーゼをコードする、組換えベクター。
（項目４６）
（ａ）前記ＰＡＭ配列ＮＮＡＡＡＡＷへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に相補的なＤＮＡ標的化セグメントを含む、ガイドＲＮＡ、及び（ｂ）ストレプトコッカス・サーモフィルス＊＊Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼまたは当該ストレプトコッカス・サーモフィルス＊＊Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対し、少なくとも９０％同一の活性部分を有するエンドヌクレアーゼをコードする、組換えベクター。
（項目４７）
（ａ）前記ＰＡＭ配列ＮＧＧへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に相補的なＤＮＡ標的化セグメントを含む、ガイドＲＮＡ、及び（ｂ）リステリア・イノキュアＣａｓ９エンドヌクレアーゼまたは当該リステリア・イノキュアＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対し、少なくとも９０％同一の活性部分を有するエンドヌクレアーゼをコードする、組換えベクター。
（項目４８）
（ａ）前記ＰＡＭ配列ＮＧＧへのＤＮＡ５’におけるプロトスペーサー様配列に相補的なＤＮＡ標的化セグメントを含む、ガイドＲＮＡ、及び（ｂ）ストレプトコッカス・ディスガラクティエＣａｓ９エンドヌクレアーゼまたは当該ストレプトコッカス・ディスガラクティエＣａｓ９エンドヌクレアーゼの活性部分に対し、少なくとも９０％同一の活性部分を有するエンドヌクレアーゼをコードする、組換えベクター。
（項目４９）
前記組換えベクターが、組換えウイルスベクターである、項目４３、４４、４５、４６、４７または４８に記載の組換えベクター。
（項目５０）
化膿レンサ球菌Ｅ７６２Ａ、ＨＨ９８３ＡＡまたはＤ９８６Ａに相当する１つ以上の突然変異を含む、改変Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼ。
（項目５１）
化膿レンサ球菌変異体Ｄ１０Ａ、Ｈ８４０Ａ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１７Ａ、Ｎ８５４Ａ、Ｎ８６３Ａ、Ｎ９８２ＡまたはＡ９８４Ａに相当する１つ以上の突然変異をさらに含む、項目５０に記載の改変Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼ。
（項目５２）
細胞中でＤＮＡを操作する方法であって、前記ＤＮＡをＣａｓ９オーソログ−ガイドＲＮＡ複合体に接触させることを含み、ここで前記複合体が、（ａ）前記細胞に対して異種であるＣａｓ９エンドヌクレアーゼ、及び（ｂ）補足表Ｓ５に提示されるｔｒａｃｒＲＮＡを含む前記Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼと同種のガイドＲＮＡ、または少なくとも２０のヌクレオチドにわたり、補足表Ｓ５に提示される同種のｔｒａｃｒＲＮＡに対し、少なくとも８０％同一であるｔｒａｃｒＲＮＡを含むガイドＲＮＡを含む、前記方法。
（項目５３）
前記細胞が、細菌細胞、真菌細胞、古細菌細胞、植物細胞または動物細胞である、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記ガイドＲＮＡが、単分子ガイドＲＮＡである、項目５２に記載の方法。
（項目５５）
前記ガイドＲＮＡが、二重分子ガイドＲＮＡである、項目５２に記載の方法。
（項目５６）
前記エンドヌクレアーゼが、ニッカーゼである、項目５２に記載の方法。
（項目５７）
前記エンドヌクレアーゼが、化膿レンサ球菌突然変異Ｅ７６２、ＨＨ９８３ＡＡまたはＤ９８６Ａに相当する突然変異を含む、項目５２に記載の方法。
（項目５８）
前記エンドヌクレアーゼが、タンパク質を結合する死滅した突然変異体／ＤＮＡである、項目５２に記載の方法。
（項目５９）
前記標的化されたプロトスペーサー様配列が、ＣＣＲ５、ＣＸＣＲ４、ＫＲＴ５、ＫＲＴ１４、ＰＬＥＣまたはＣＯＬ７Ａ１遺伝子にあるか、またはその遺伝子の上流１０００ヌクレオチドまでの配列にある、項目５２に記載の方法。
（項目６０）
前記プロトスペーサー様配列が、慢性肉芽腫症（ＣＧＤ）関連の遺伝子ＣＹＢＡ、ＣＹＢＢ、ＮＣＦ１、ＮＣＦ２またはＮＣＦ４にあるか、またはその遺伝子の上流１０００ヌクレオチドまでの配列にある、項目５２に記載の方法。
（項目６１）
前記標的化されたプロトスペーサー様配列が、Ｂ細胞リンパ腫／白血病ＩＩＡ（ＢＣＬ１１Ａ）タンパク質、ＢＣＬ１１ＡまたはＢＣＬ１１Ａ結合部位の赤芽球系エンハンサーをコードする遺伝子にあるか、またはその遺伝子の１０００ヌクレオチドまでの上流にある、請求５２に記載の方法。
（項目６２）
前記エンドヌクレアーゼ及び前記ガイドＲＮＡが、前記エンドヌクレアーゼ及び前記ガイドＲＮＡをコードするものと同じかまたは異なる組換えベクターにより前記細胞に導入される、項目５２に記載の方法。
（項目６３）
少なくとも１つの組換えベクターが、組換えウイルスベクターである、項目５２に記載の方法。