【手続補正書】
【提出日】平成29年9月14日(2017.9.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
基質との活性について複数の異なる酵素バリアントをスクリーニングするための１つまたは複数のプロセッサーおよびシステムメモリーを含むコンピューターシステムを使用して実施される方法であって、
（ａ）各酵素バリアントごとに、該コンピューターシステムによって、該基質の計算上の表示を、該酵素バリアントの活性部位の計算上の表示にドッキングするステップであって、ドッキングは、（ｉ）該活性部位における該基質の複数のポーズを生成し、ここで、ポーズは該酵素バリアントの該活性部位に対する該基質の位置または配向を含み、（ｉｉ）該活性部位における該基質のエネルギー的に好ましいポーズを識別し、ここで、エネルギー的に好ましいポーズは、該基質と該酵素バリアントとの間の結合に好ましいエネルギーを有するポーズである、ステップと、
（ｂ）各エネルギー的に好ましいポーズごとに、該ポーズが活性であるかどうかを決定するステップであって、活性ポーズは、該活性部位で触媒反応を受けるという該基質に関する１つまたは複数の制約を満たす、ステップと、
（ｃ）該基質が（ｂ）において決定された通りの１つまたは複数の活性ポーズを有する活性部位を有する該酵素バリアントの少なくとも１つを選択するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
前記基質に対して（ｃ）で選択された酵素バリアントの少なくとも１つを、化学反応を生じさせることによってスクリーニングするステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記基質の前記計算上の表示が、酵素活性に関する反応座標に沿って種を表示し、該種は、該基質、該基質の反応中間体、または該基質の遷移状態から選択される、請求項１から２のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
前記複数の酵素バリアントが、複数の基質を転換することができる酵素のパネルを含み、該パネルのメンバーは、参照配列と比べて少なくとも１つの変異を有する、請求項の１から３いずれかに記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも１つの変異が、前記酵素の前記活性部位における単一残基の変異である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
複数のバリアントが、酸化還元、トランスフェレーション、加水分解、異性化、ライゲーション、および加水分解、酸化、または還元以外の反応による化学結合の破断から選択される化学反応を触媒することができる１つまたは複数の酵素を含む、請求項１から５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
前記１つまたは複数の酵素が、オキシドレダクターゼ、トランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、イソメラーゼ、リガーゼ、およびリアーゼからなる群から選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記複数のバリアントが、ケトンの還元、アミノ基転移反応、酸化、ニトリルの加水分解、イミンの還元、エノンの還元、アシル加水分解、およびハロヒドリンの脱ハロゲン化から選択される化学反応を触媒することができる１つまたは複数の酵素を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記１つまたは複数の酵素が、ケトンレダクターゼ、トランスアミナーゼ、シトクロムＰ４５０、バイヤー−ビリガーモノオキシゲナーゼ、モノアミンオキシダーゼ、ニトリラーゼ、イミンレダクターゼ、エノンレダクターゼ、アシラーゼ、およびハロヒドリンデハロゲナーゼからなる群から選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記複数のバリアントが、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよび／またはｉｎ  ｓｉｌｉｃｏの１つまたは複数のラウンドの指向進化によって生成されたライブラリーのメンバーを含む、請求項１から９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記複数のバリアントが、少なくとも約１０種の異なるバリアントを含む、請求項１から１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
前記複数のバリアントが、少なくとも約１０００種の異なるバリアントを含む、請求項１から１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
活性部位の前記計算上の表示が、前記複数のバリアントに関する３次元ホモロジーモデルから提供される、請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記複数のバリアントに関する前記３次元ホモロジーモデルを生成するステップをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記基質の前記計算上の表示が、該基質の３次元モデルである、請求項１から１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
複数の基質をスクリーニングするために適用される、請求項１から１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
天然基質が野生型酵素によって触媒される前記触媒反応を受けるときの、該天然基質、該天然基質の反応中間体、または該天然基質の遷移状態の１つまたは複数のポーズを識別することによって、該触媒反応を受けるという該基質に関する制約を識別するステップをさらに含む、請求項１から１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記制約が、位置の制約、距離の制約、角度の制約、およびねじれの制約の１つまたは複数を含む、請求項１から１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記制約が、前記基質上の特定の部分と、前記活性部位における特定の残基または残基部分との間の距離を含む、請求項１から１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
前記制約が、前記基質上の特定の部分と、コファクター上の特定の残基または残基部分との間の距離を含む、請求項１から１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
前記制約が、前記基質上の特定の部分と、前記活性部位における理想的に配置された天然基質との間の距離を含む、請求項１から２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記複数の酵素バリアントに１つまたは複数の酵素の制約のセットを適用するステップをさらに含み、該１つまたは複数の酵素の制約は、天然基質が野生型酵素の存在下で触媒された化学変換を受ける場合の該野生型酵素の制約に類似している、請求項１から２１のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
前記基質の前記複数のポーズが、高温での分子動力学、ランダムなローテーション、グリッドベースのアニーリングのシミュレートによる改良、グリッドベースのまたは十分な力場の最小化、およびそれらのいずれかの組合せからなる群から選択される１つまたは複数のドッキングオペレーションにより得られる、請求項１から２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
リガンドの前記複数のポーズが、前記活性部位における前記基質の少なくとも約１０のポーズを含む、請求項１から２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
（ｃ）における前記選択するステップが、他のバリアントとの比較により、多数の活性ポーズを有すると決定されたバリアントを識別するステップを含む、請求項１から２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
（ｃ）における前記選択するステップが、
前記バリアントが有する活性ポーズの数、該活性ポーズのドッキングスコア、および該活性ポーズの結合エネルギーの１つまたは複数により該バリアントをランク付けするステップと、
該バリアントのランクに基づきバリアントを選択するステップと
を含む、請求項１から２５のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
前記ドッキングスコアが、ファンデルワールス力および静電相互作用に基づいている、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記結合エネルギーが、ファンデルワールス力、静電相互作用、および溶媒和エネルギーの１つまたは複数に基づいている、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
（ｃ）で選択された少なくとも１つのバリアントの少なくとも一部を含有するかまたはコードする複数のオリゴヌクレオチドを調製するステップと、
該複数のオリゴヌクレオチドを使用して１つまたは複数のラウンドの指向進化を実施するステップと
をさらに含む、請求項１から２８のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
複数のオリゴヌクレオチドを調製するステップが、前記オリゴヌクレオチドを核酸シンセサイザーを使用して合成するステップを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
１つまたは複数のラウンドの指向進化を実施するステップが、前記複数のオリゴヌクレオチドを断片化して組み換えるステップを含む、請求項２９から３０のいずれかに記載の方法。
【請求項３２】
１つまたは複数のラウンドの指向進化を実施するステップが、前記複数のオリゴヌクレオチドに対して飽和変異誘発を実施するステップを含む、請求項２９から３１のいずれかに記載の方法。
【請求項３３】
前記酵素バリアントの少なくとも１つが、所望の触媒活性および／または選択性を有する、請求項１から３２のいずれかに記載の方法。
【請求項３４】
（ｃ）で選択された前記酵素バリアントの少なくとも１つを合成するステップをさらに含む、請求項１から３３のいずれかに記載の方法。
【請求項３５】
コンピューターシステムの１つまたは複数のプロセッサーによって実行されるとき、該コンピューターシステムが酵素バリアントの仮想スクリーニングのための方法を実施するコンピューター実行可能命令を記憶した１つまたは複数のコンピューター可読非一時的記憶媒体を含むコンピュータープログラム製品であって、該命令は、
（ａ）各酵素バリアントごとに、基質の計算上の表示を、該酵素バリアントの活性部位の計算上の表示にドッキングするステップであって、ドッキングは、（ｉ）該活性部位における該基質の複数のポーズを生成し、ここで、ポーズは該酵素バリアントの該活性部位に対する該基質の位置または配向を含み、（ｉｉ）該活性部位における該基質のエネルギー的に好ましいポーズを識別し、ここで、エネルギー的に好ましいポーズは、該基質と該酵素バリアントとの間の結合に好ましいエネルギーを有するポーズである、ステップと、
（ｂ）各エネルギー的に好ましいポーズごとに、該ポーズが活性であるかどうかを決定するステップであって、活性ポーズは、該活性部位で触媒反応を受けるという該基質に関する１つまたは複数の制約を満たす、ステップと、
（ｃ）該基質が（ｂ）において決定された通りの１つまたは複数の活性ポーズを有する活性部位を有する該酵素バリアントの少なくとも１つを選択するステップと
を含む、コンピュータープログラム製品。
【請求項３６】
コンピューターシステムの１つまたは複数のプロセッサーによって実行されるとき、該コンピューターシステムが請求項２から２８のいずれかに記載の方法を実施するコンピューター実行可能命令をさらに含む、請求項３５に記載のコンピュータープログラム製品。
【請求項３７】
１つまたは複数のプロセッサーと、
システムメモリーと
を含むシステムであって、
該１つまたは複数のプロセッサーおよびメモリーは、基質との活性について酵素バリアントを仮想スクリーニングするための方法を実施するように設計されており、該方法は、    （ａ）各酵素バリアントごとに、該基質の計算上の表示を、該酵素バリアントの活性部位の計算上の表示にドッキングするステップであって、ドッキングは、（ｉ）該活性部位における該基質の複数のポーズを生成し、ここで、ポーズは該酵素バリアントの該活性部位に対する該基質の位置または配向を含み、（ｉｉ）該活性部位における該基質のエネルギー的に好ましいポーズを識別し、ここで、エネルギー的に好ましいポーズは、該基質と該酵素バリアントとの間の結合に好ましいエネルギーを有するポーズである、ステップと、
（ｂ）各エネルギー的に好ましいポーズごとに、該ポーズが活性であるかどうかを決定するステップであって、活性ポーズは、該活性部位で触媒反応を受けるという該基質に関する１つまたは複数の制約を満たす、ステップと、
（ｃ）該基質が（ｂ）において決定された通りの１つまたは複数の活性ポーズを有する活性部位を有する該酵素バリアントの少なくとも１つを選択するステップと
を含む、システム。
【請求項３８】
前記１つまたは複数のプロセッサーおよびメモリーが、請求項２から２８のいずれかに記載の方法を実施するように設計される、請求項３７に記載のシステム。
【請求項３９】
リガンドとの相互作用について複数のタンパク質バリアントをスクリーニングするための１つまたは複数のプロセッサーおよびシステムメモリーを含むコンピューターシステムを使用して実施される方法であって、
（ａ）各タンパク質バリアントごとに、該コンピューターシステムによって、該リガンドの計算上の表示を、該タンパク質バリアントの活性部位の計算上の表示にドッキングするステップであって、ドッキングは、（ｉ）該活性部位における該リガンドの複数のポーズを生成し、ここで、ポーズは該酵素バリアントの該活性部位に対する該リガンドの位置または配向を含み、（ｉｉ）該活性部位における該リガンドのエネルギー的に好ましいポーズを識別し、ここで、エネルギー的に好ましいポーズは、該リガンドと該酵素バリアントとの間の結合に好ましいエネルギーを有するポーズである、ステップと、
（ｂ）各エネルギー的に好ましいポーズごとに、該ポーズが活性であるかどうかを決定するステップであって、活性ポーズは、該活性部位において該タンパク質バリアントとの特定の相互作用を受けるという該リガンドに関する１つまたは複数の制約を満たす、ステップと、
（ｃ）該リガンドが（ｂ）において決定された通りの１つまたは複数の活性ポーズを有すると決定された活性部位を有する該タンパク質バリアントの少なくとも１つを選択するステップと
を含む、方法。
【請求項４０】
前記リガンドが、基質、基質の中間体、基質の遷移状態、基質の生成物、タンパク質バリアントの阻害剤、タンパク質バリアントのアゴニスト、およびタンパク質バリアントのアンタゴニストから選択される、請求項３９に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
一部の実施形態では、酵素およびタンパク質をスクリーニングするための方法を実施するコンピュータープログラム製品およびコンピューターシステムも提供される。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
基質との活性について複数の異なる酵素バリアントをスクリーニングするための１つまたは複数のプロセッサーおよびシステムメモリーを含むコンピューターシステムを使用して実施される方法であって、
（ａ）各酵素バリアントごとに、該コンピューターシステムによって、該基質の計算上の表示を、該酵素バリアントの活性部位の計算上の表示にドッキングするステップであって、ドッキングは、（ｉ）該活性部位における該基質の複数のポーズを生成し、（ｉｉ）該活性部位における該基質のエネルギー的に好ましいポーズを識別する、ステップと、
（ｂ）各エネルギー的に好ましいポーズごとに、該ポーズが活性であるかどうかを決定するステップであって、活性ポーズは、該活性部位で触媒作用を受けるという該基質に関する１つまたは複数の制約を満たす、ステップと、
（ｃ）１つまたは複数の活性ポーズを有すると決定された該酵素バリアントの少なくとも１つを選択するステップと
を含む、方法。
（項目２）
前記基質に対して（ｃ）で選択された酵素バリアントの少なくとも１つを、化学反応を生じさせることによってスクリーニングするステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記基質の前記計算上の表示が、前記酵素活性に関する反応座標に沿って種を表示し、該種は、該基質、該基質の反応中間体、または該基質の遷移状態から選択される、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目４）
前記複数の酵素バリアントが、複数の基質を転換することができる酵素のパネルを含み、該パネルのメンバーは、参照配列と比べて少なくとも１つの変異を有する、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目５）
前記少なくとも１つの変異が、前記酵素の前記活性部位における単一残基の変異である、項目４に記載の方法。
（項目６）  複数のバリアントが、酸化還元、トランスフェレーション、加水分解、異性化、ライゲーション、および加水分解、酸化、または還元以外の反応による化学結合の破断から選択される化学反応を触媒することができる１つまたは複数の酵素を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目７）
前記酵素が、オキシドレダクターゼ、トランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、イソメラーゼ、リガーゼ、およびリアーゼから選択される、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記複数のバリアントが、ケトンの還元、アミノ基転移反応、酸化、ニトリルの加水分解、イミンの還元、エノンの還元、アシル加水分解、およびハロヒドリンの脱ハロゲン化から選択される化学反応を触媒することができる１つまたは複数の酵素を含む、項目６に記載の方法。
（項目９）
前記酵素が、ケトンレダクターゼ、トランスアミナーゼ、シトクロムＰ４５０、バイヤー−ビリガーモノオキシゲナーゼ、モノアミンオキシダーゼ、ニトリラーゼ、イミンレダクターゼ、エノンレダクターゼ、アシラーゼ、およびハロヒドリンデハロゲナーゼから選択される、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記複数のバリアントが、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよび／またはｉｎ  ｓｉｌｉｃｏの１つまたは複数のラウンドの指向進化によって生成されたライブラリーのメンバーを含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
前記複数のバリアントが、少なくとも約１０種の異なるバリアントを含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１２）
前記複数のバリアントが、少なくとも約１０００種の異なるバリアントを含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１３）
活性部位の前記計算上の表示が、前記複数のバリアントに関する３次元ホモロジーモデルから提供される、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
前記複数のバリアントに関する前記３次元ホモロジーモデルを生成するステップをさらに含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記基質の前記計算上の表示が、該基質の３次元モデルである、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１６）
複数の基質をスクリーニングするために適用される、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１７）
天然基質が野生型酵素によって触媒された化学変換を受けるときの、該天然基質、該天然基質の反応中間体、または該天然基質の遷移状態の１つまたは複数のポーズを識別することによって、触媒された化学変換を受けるという該基質に関する制約を識別するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記制約が、位置の制約、距離の制約、角度の制約、およびねじれの制約の１つまたは複数を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１９）
前記制約が、前記基質上の特定の部分と、前記活性部位における特定の残基または残基部分との間の距離を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２０）
前記制約が、前記基質上の特定の部分と、コファクター上の特定の残基または残基部分との間の距離を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２１）
前記制約が、前記基質上の特定の部分と、前記活性部位における理想的に配置された天然基質との間の距離を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２２）
前記複数の酵素バリアントに１つまたは複数の酵素の制約のセットを適用するステップをさらに含み、該１つまたは複数の酵素の制約は、天然基質が野生型酵素の存在下で触媒された化学変換を受ける場合の該野生型酵素の制約に類似している、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２３）
前記基質の前記複数のポーズが、高温での分子動力学、ランダムなローテーション、グリッドベースのアニーリングのシミュレートによる改良、グリッドベースのまたは十分な力場の最小化、およびそれらのいずれかの組合せからなる群から選択される１つまたは複数のドッキングオペレーションにより得られる、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２４）
リガンドの前記複数のポーズが、前記活性部位における前記基質の少なくとも約１０のポーズを含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２５）
（ｃ）における前記選択するステップが、他のバリアントとの比較により、多数の活性ポーズを有すると決定されたバリアントを識別するステップを含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２６）
（ｃ）における前記選択するステップが、
前記バリアントが有する活性ポーズの数、該活性ポーズのドッキングスコア、および該活性ポーズの結合エネルギーの１つまたは複数により該バリアントをランク付けするステップと、
該バリアントのランクに基づきバリアントを選択するステップと
を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２７）
前記ドッキングスコアが、ファンデルワールス力および静電相互作用に基づいている、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記結合エネルギーが、ファンデルワールス力、静電相互作用、および溶媒和エネルギーの１つまたは複数に基づいている、項目２６に記載の方法。
（項目２９）
（ｃ）で選択された少なくとも１つのバリアントの少なくとも一部を含有するかまたはコードする複数のオリゴヌクレオチドを調製するステップと、
該複数のオリゴヌクレオチドを使用して１つまたは複数のラウンドの指向進化を実施するステップと
をさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目３０）
複数のオリゴヌクレオチドを調製するステップが、前記オリゴヌクレオチドを核酸シンセサイザーを使用して合成するステップを含む、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
１つまたは複数のラウンドの指向進化を実施するステップが、前記複数のオリゴヌクレオチドを断片化して組み換えるステップを含む、項目２９から３０のいずれかに記載の方法。
（項目３２）
１つまたは複数のラウンドの指向進化を実施するステップが、前記複数のオリゴヌクレオチドに対して飽和変異誘発を実施するステップを含む、項目２９から３１のいずれかに記載の方法。
（項目３３）
前記酵素バリアントの少なくとも１つが、所望の触媒活性および／または選択性を有する、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目３４）
（ｃ）で選択された前記酵素バリアントの少なくとも１つを合成するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目３５）
コンピューターシステムの１つまたは複数のプロセッサーによって実行されるとき、該コンピューターシステムが酵素バリアントの仮想スクリーニングのための方法を実施するコンピューター実行可能命令を記憶した１つまたは複数のコンピューター可読非一時的記憶媒体を含むコンピュータープログラム製品であって、該命令は、
（ａ）各酵素バリアントごとに、基質の計算上の表示を、該酵素バリアントの活性部位の計算上の表示にドッキングするステップであって、ドッキングは、（ｉ）該活性部位における該基質の複数のポーズを生成し、（ｉｉ）該活性部位における該基質のエネルギー的に好ましいポーズを識別する、ステップと、
（ｂ）各エネルギー的に好ましいポーズごとに、該ポーズが活性であるかどうかを決定するステップであって、活性ポーズは、該活性部位で触媒作用を受けるという該基質に関する１つまたは複数の制約を満たす、ステップと、
（ｃ）１つまたは複数の活性ポーズを有すると決定された該酵素バリアントの少なくとも１つを選択するステップと
を含む、コンピュータープログラム製品。
（項目３６）
コンピューターシステムの１つまたは複数のプロセッサーによって実行されるとき、該コンピューターシステムが項目２から２８のいずれかに記載の方法を実施するコンピューター実行可能命令をさらに含む、項目３５に記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３７）
１つまたは複数のプロセッサーと、
システムメモリーと
を含むシステムであって、
該１つまたは複数のプロセッサーおよびメモリーは、基質との活性について酵素バリアントを仮想スクリーニングするための方法を実施するように設計されており、該方法は、    （ａ）各酵素バリアントごとに、該基質の計算上の表示を、該酵素バリアントの活性部位の計算上の表示にドッキングするステップであって、ドッキングは、（ｉ）該活性部位における該基質の複数のポーズを生成し、（ｉｉ）該活性部位における該基質のエネルギー的に好ましいポーズを識別する、ステップと、
（ｂ）各エネルギー的に好ましいポーズごとに、該ポーズが活性であるかどうかを決定するステップであって、活性ポーズは、該活性部位で触媒作用を受けるという該基質に関する１つまたは複数の制約を満たす、ステップと、
（ｃ）１つまたは複数の活性ポーズを有すると決定された該酵素バリアントの少なくとも１つを選択するステップと
を含む、システム。
（項目３８）
前記１つまたは複数のプロセッサーおよびメモリーが、項目２から２８のいずれかに記載の方法を実施するように設計される、項目３７に記載のシステム。
（項目３９）
リガンドとの相互作用について複数のタンパク質バリアントをスクリーニングするための１つまたは複数のプロセッサーおよびシステムメモリーを含むコンピューターシステムを使用して実施される方法であって、
（ａ）各タンパク質バリアントごとに、該コンピューターシステムによって、該リガンドの計算上の表示を、該タンパク質バリアントの活性部位の計算上の表示にドッキングするステップであって、ドッキングは、（ｉ）該活性部位における該リガンドの複数のポーズを生成し、（ｉｉ）該活性部位における該リガンドのエネルギー的に好ましいポーズを識別する、ステップと、
（ｂ）各エネルギー的に好ましいポーズごとに、該ポーズが活性であるかどうかを決定するステップであって、活性ポーズは、タンパク質バリアントとの特定の相互作用を受けるという該リガンドに関する１つまたは複数の制約を満たす、ステップと、
（ｃ）１つまたは複数の活性ポーズを有すると決定された該タンパク質バリアントの少なくとも１つを選択するステップと
を含む、方法。
（項目４０）
前記リガンドが、基質、基質の中間体、基質の遷移状態、基質の生成物、タンパク質バリアントの阻害剤、タンパク質バリアントのアゴニスト、およびタンパク質バリアントのアンタゴニストから選択される、項目３９に記載の方法。