【手続補正書】
【提出日】平成28年12月12日(2016.12.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
相補的な標識イメージャー鎖に一時的に結合することができるドッキング鎖に連結されたタンパク質を含むタンパク質−核酸コンジュゲート。
【請求項２】
前記ドッキング鎖が、前記相補的な標識イメージャー鎖に一時的に結合する、請求項１に記載のタンパク質−核酸コンジュゲート。
【請求項３】
前記タンパク質が、抗体、抗原結合抗体断片、又はペプチドアプタマーである、請求項１に記載のタンパク質−核酸コンジュゲート。
【請求項４】
前記タンパク質が、介在リンカーを介して前記ドッキング鎖に連結される、請求項１に記載のタンパク質−核酸コンジュゲート。
【請求項５】
前記介在リンカーが、ビオチン及びストレプトアビジンを含む、請求項４に記載のタンパク質−核酸コンジュゲート。
【請求項６】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項３に記載のタンパク質−核酸コンジュゲート。
【請求項７】
前記相補的な標識イメージャー鎖が、相補的な蛍光標識イメージャー鎖である、請求項１に記載のタンパク質−核酸コンジュゲート。
【請求項８】
前記相補的な蛍光標識イメージャー鎖が、少なくとも１つのフルオロフォアを含む、請求項７に記載のタンパク質−核酸コンジュゲート。
【請求項９】
前記相補的な標識イメージャー鎖が、約４〜約３０ヌクレオチドの長さである、請求項１に記載のタンパク質−核酸コンジュゲート。
【請求項１０】
前記相補的な標識イメージャー鎖が、約８〜約１０ヌクレオチドの長さである、請求項９に記載のタンパク質−核酸コンジュゲート。
【請求項１１】
請求項１に記載の少なくとも１つのタンパク質−核酸コンジュゲートに結合された標的。
【請求項１２】
前記標的がタンパク質である、請求項１１に記載の標的。
【請求項１３】
請求項１に記載の複数のタンパク質−核酸コンジュゲート。
【請求項１４】
前記複数が前記タンパク質−核酸コンジュゲートの少なくとも２つのサブセットを含み、及び各サブセットの前記タンパク質−核酸コンジュゲートが異なる標的に結合する、請求項１３に記載の複数。
【請求項１５】
少なくとも１つの前記タンパク質−核酸コンジュゲートが、少なくとも１つの標的に結合する、請求項１３に記載の複数のタンパク質−核酸コンジュゲートを含む組成物。
【請求項１６】
組成物であって：
ドッキング鎖に連結されたタンパク質を含む少なくとも１つのタンパク質−核酸コンジュゲートであって、標的に結合する少なくとも１つのタンパク質−核酸コンジュゲート；及び
前記少なくとも１つのタンパク質−核酸コンジュゲートに一時的に結合する少なくとも１つの相補的な標識イメージャー鎖
を含む、組成物。
【請求項１７】
サンプル中の標的を検出する方法であって：
サンプルを（ａ）ドッキング鎖に連結されたタンパク質を含む少なくとも１つのタンパク質−核酸コンジュゲート及び（ｂ）前記少なくとも１つのタンパク質−核酸コンジュゲートの前記ドッキング鎖に相補的であり、かつ前記ドッキング鎖に一時的に結合する少なくとも１つの蛍光標識イメージャー鎖に接触させるステップ；及び
前記少なくとも１つのタンパク質−核酸コンジュゲートが、前記サンプル中の前記標的に結合するか否かを決定するステップ
を含む、方法。
【請求項１８】
サンプルを（ａ）ドッキング鎖に連結されたタンパク質をそれぞれ含む少なくとも２つのタンパク質−核酸コンジュゲート及び（ｂ）前記少なくとも２つの異なるタンパク質−核酸コンジュゲートのそれぞれのドッキング鎖に相補的であり、かつ前記ドッキング鎖に一時的に結合する少なくとも２つの標識イメージャー鎖に接触させるステップ；及び
前記少なくとも２つのタンパク質−核酸コンジュゲートが、前記サンプル中の少なくとも１つの標的に結合するか否かを決定するステップ
を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
サンプルが連続して（ｂ）の少なくとも２つの標識イメージャー鎖と接触される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
分子を検出する方法であって、
少なくとも１つの標的を含むサンプルを（ａ）ドッキング鎖に連結された結合パートナーをそれぞれ含む少なくとも１つのＢＰ−ＮＡコンジュゲート及び（ｂ）前記少なくとも１つのＢＰ−ＮＡコンジュゲートの前記ドッキング鎖に相補的であり、かつ前記ドッキング鎖に一時的に結合する少なくとも１つの標識イメージャー鎖に接触させるステップ；及び
前記少なくとも１つのＢＰ−ＮＡコンジュゲートが、前記サンプル中の少なくとも１つの標的に結合するか否かを決定するステップ
を含む、方法。
【請求項２１】
少なくとも１つの標的を含むサンプルを（ａ）ドッキング鎖に連結された結合パートナーをそれぞれ含む少なくとも２つの異なるＢＰ−ＮＡコンジュゲート及び（ｂ）前記少なくとも２つのＢＰ−ＮＡコンジュゲートのそれぞれのドッキング鎖に相補的であり、かつ前記ドッキング鎖に一時的に結合する少なくとも２つの標識イメージャー鎖に接触させるステップ；及び
前記少なくとも２つのＢＰ−ＮＡコンジュゲートが、前記サンプル中の少なくとも１つの標的に結合するか否かを決定するステップ
を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
試験サンプル中の標的の数を決定する方法であって：
標識イメージャー鎖に直接又は間接的に一時的に結合する標的を含むサンプルを得るステップ；
前記サンプルのタイムラプス画像を得るステップ；
前記画像に対してスポット検出及び局在化を行って前記サンプルの高解像度画像を得るステップ；
ｋｏｎ・ｃｉｍａｇｅｒを較正するステップであって、ｋｏｎが二次会合定数であり、かつｃｉｍａｇｅｒが前記試験サンプル中の標識イメージャー鎖の濃度である、ステップ；
変数τｄを決定するステップ；及び
式、試験標的の数＝（ｋｏｎ・ｃｉｍａｇｅｒ・τｄ）−１に基づいて、前記サンプル中の試験標的の数を決定するステップ
を含む、方法。
【請求項２３】
試験サンプル中の標的の相対量を決定する方法であって：
標識イメージャー鎖に直接又は間接的に一時的に結合する標的を含むサンプルを得るステップ；
前記サンプルのタイムラプス画像を得るステップ；
前記画像に対してスポット検出及び局在化を行って前記サンプルの高解像度画像を得るステップ；
変数τｄを決定するステップ；及び
τｄに基づいて、前記サンプル中の２つ以上の試験標的の相対量を決定するステップ
を含む、方法。
【請求項２４】
約４〜３０ヌクレオチドの長さの少なくとも１つの標識イメージャー鎖に相補的な少なくとも１つのサブドメインを含むドッキングドメインに連結された約２０ヌクレオチドの長さの標的結合ドメインを含む一本鎖ＤＮＡプローブであって、前記標的結合ドメインが、一本鎖ｍＲＮＡ標的鎖の相補的なドメインに結合する、一本鎖ＤＮＡプローブ。
【請求項２５】
複数の画像のドリフト補正を行う方法であって、前記複数の画像のそれぞれが、時系列の画像のフレームを含み、前記時系列の画像が、複数の一時的な事象を捉え、前記方法が：
前記複数の画像で特定された複数のドリフトマーカーのそれぞれの時間トレースを決定するステップであって、各ドリフトマーカーの時間トレースが、前記時系列の画像に対する前記画像における物体の動きに一致する、ステップ；
少なくとも１つのコンピュータプロセッサを用いて、前記複数のドリフトマーカーの少なくとも１つの時間トレースに少なくとも部分的に基づいて、前記複数のドリフトマーカーの前記少なくとも１つの第１のドリフト補正を決定するステップ；
前記複数の画像から特定された複数のドリフト鋳型の複数の幾何学的にアドレス可能なマーカー部位のそれぞれの時間トレースを決定するステップであって、前記複数のドリフト鋳型における各ドリフト鋳型が、前記ドリフト鋳型における一時的な事象の前記複数の幾何学的にアドレス可能なマーカー部位間の幾何学的な関係を示す、ステップ；
前記複数のドリフト鋳型の前記複数の幾何学的にアドレス可能なマーカー部位の時間トレースに少なくとも部分的に基づいて第２のドリフト補正を決定するステップ；
前記第１のドリフト補正及び前記第２のドリフト補正に少なくとも部分的に基づいて前記複数の画像を補正するステップ；及び
前記補正された複数の画像に基づいて最終画像を出力するステップ
を含む、方法。
【請求項２６】
前記ドリフトマーカーの少なくとも１つが、ＤＮＡベースのナノ構造である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＤＮＡベースのナノ構造が、ドッキング鎖を備えるＤＮＡ折り紙ナノ構造である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記ドリフト鋳型の少なくとも１つが、ＤＮＡベースのナノ構造である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
前記ＤＮＡベースのナノ構造が、ドッキング鎖を備えるＤＮＡ折り紙ナノ構造である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記ドリフト鋳型の少なくとも１つが、３次元ドリフト鋳型である、請求項２５に記載の方法。
【請求項３１】
前記３次元ドリフト鋳型が４面体である、請求項３０に記載の方法。