【手続補正書】
【提出日】平成29年8月2日(2017.8.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト対象が、間質性肺疾患に罹患しているか、またはそれを発症する危険性があるかどうかを決定するための方法であって、前記対象からの生体試料中の、
ａ）ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ３７７８３３７、ｒｓ４７２７４４３、ｒｓ２０３４６５０、ｒｓ１９９２２７２、ｒｓ１９８１９９７、ｒｓ１７５６３９８６、ｒｓ８０７０７２３、ｒｓ１２６１０４９５、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ１３７９３２６、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１００７１７７、ｒｓ１０５１８６９３、ｒｓ３９３１５２、ｒｓ１２３７３１３９、ｒｓ１７６９０７０３、ｒｓ２５３２２７４、ｒｓ２５３２２６９、ｒｓ２６６８６９２、ｒｓ１６９２０１、ｒｓ１９９５３３、及びｒｓ４１５４３０から成る群から選択される遺伝的変異体の存在、
ｂ）ＤＳＰ、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体から成る群から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から成る群から選択される１つのマーカー遺伝子または複数のマーカー遺伝子の遺伝子発現のレベル、
ｃ）ｂ）の前記マーカー遺伝子によってコードされるポリペプチド、
ｄ）ｃ）のポリペプチドの断片、ならびに
ｅ）ｂ）のマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチド、
のうちの少なくとも１つを検出することを含み、前記少なくとも１つの遺伝的変異体、ポリペプチド、断片、及び／もしくは相補的ポリヌクレオチドの前記存在、ならびに／または前記マーカー遺伝子の増加もしくは低減した遺伝子発現が、前記対象が間質性肺疾患に罹患しているか、またはそれを発症する危険性があることを示す、前記方法。
【請求項２】
前記少なくとも１つの遺伝的変異体、ポリペプチド、断片、及び／もしくは相補的ポリヌクレオチドの前記存在、ならびに／または前記マーカー遺伝子の増加もしくは低減した遺伝子発現が決定され、標準レベルまたは参照集合と比較される、請求項１に記載の前記方法。
【請求項３】
遺伝的変異体の前記存在が、ＰＣＲによって決定される、請求項１に記載の前記方法。
【請求項４】
前記遺伝的変異体の前記存在またはマーカー遺伝子の発現レベルが、前記生体試料からのＲＮＡを得、前記ＲＮＡからｃＤＮＡを生成し、前記ｃＤＮＡを増幅し、前記増幅されたｃＤＮＡから前記生体試料中の前記マーカー遺伝子の前記発現レベルを得ることによって決定される、請求項１に記載の前記方法。
【請求項５】
ヒト対象における間質性肺疾患の進行を監視するための方法であって、
ｉ）前記対象から得られる第１の生体試料中の複数の遺伝子マーカーの発現レベルを測定することであって、前記複数のマーカーが、
ａ）ＤＳＰ、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体から成る群から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子、
ｂ）ａ）の前記マーカー遺伝子によってコードされるポリペプチド、
ｃ）ｂ）のポリペプチドの断片、及び
ｄ）ａ）のマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチド、から成る群から選択される複数のマーカーを含む、測定することと、
ｉｉ）前記対象から得られる第２の生体試料中の前記複数のマーカーの発現レベルを測定することと、
ｉｉｉ）前記第１の試料中で測定される前記マーカーの前記発現レベルを前記第２の試料中で測定される前記マーカーの前記レベルと比較することと、を含む、前記方法。
【請求項６】
前記対象からの胸部のＣＴスキャン及び肺組織の病理検査から成る群から選択される経過観察ステップを実施することをさらに含む、請求項５に記載の前記方法。
【請求項７】
少なくとも１つのさらなる時点で、前記対象から得られる少なくとも１つのさらなる生体試料中の前記複数のマーカーの前記発現レベルを測定することと、前記第１及び第２の試料中で測定される前記マーカーの前記発現レベルを、前記少なくとも１つのさらなる試料中で測定される前記マーカーの前記レベルと比較することと、をさらに含む、請求項５に記載の前記方法。
【請求項８】
ヒト対象における間質性肺疾患のための療法への応答を予測するためのアッセイシステムであって、
ａ）ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ３７７８３３７、ｒｓ４７２７４４３、ｒｓ２０３４６５０、ｒｓ１９９２２７２、ｒｓ１９８１９９７、ｒｓ１７５６３９８６、ｒｓ８０７０７２３、ｒｓ１２６１０４９５、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ１３７９３２６、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１００７１７７、ｒｓ１０５１８６９３、ｒｓ３９３１５２、ｒｓ１２３７３１３９、ｒｓ１７６９０７０３、ｒｓ２５３２２７４、ｒｓ２５３２２６９、ｒｓ２６６８６９２、ｒｓ１６９２０１、ｒｓ１９９５３３、及びｒｓ４１５４３０から成る群から選択される遺伝的変異体の存在、
ｂ）ＤＳＰ、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、Ｃ１７ｏｒｆ６９、またはそれらの相同体もしくは変異体から成る群から選択される配列と少なくとも９５％の配列同一性を有するマーカー遺伝子から成る群から選択される１つのマーカー遺伝子または複数のマーカー遺伝子の遺伝子発現のレベル、
ｃ）ｂ）の前記マーカー遺伝子によってコードされるポリペプチド、
ｄ）ｃ）のポリペプチドの断片、ならびに
ｅ）ｂ）のマーカー遺伝子の少なくとも一部分に完全に相補的であるポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つを検出するための手段を含む、前記アッセイシステム。
【請求項９】
前記検出するための手段が、前記マーカー遺伝子多型もしくは遺伝子（複数可）の少なくとも１０〜５０個の隣接する核酸を含む核酸プローブまたはそれらの相補的核酸配列を含む、請求項８に記載の前記アッセイシステム。
【請求項１０】
前記検出するための手段が、前記マーカー遺伝子でコードされたポリペプチドを特異的に検出する結合リガントを含む、請求項８に記載の前記アッセイシステム。
【請求項１１】
前記検出するための手段が、アッセイ表面上に配置される核酸プローブ及び結合リガントのうちの少なくとも１つを含む、請求項８に記載の前記アッセイシステム。
【請求項１２】
間質性肺疾患を予測する、診断する、またはその予後診断をするためのキットであって、ＤＳＰ、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、及びＣ１７ｏｒｆ６９から成る群から選択される遺伝子の遺伝的変異体を検出するための核酸プローブまたはプライマーを含む、前記キット。
【請求項１３】
ＤＳＰ、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、及びＣ１７ｏｒｆ６９から成る群から選択される少なくとも２個の遺伝子の遺伝的変異体を検出するための核酸プローブまたはプライマーを含む、請求項１２に記載の前記キット。
【請求項１４】
間質性肺疾患を予測する、診断する、またはその予後診断をするためのキットであって、ｒｓ２０７６２９５、ｒｓ３７７８３３７、ｒｓ４７２７４４３、ｒｓ２０３４６５０、ｒｓ１９９２２７２、ｒｓ１９８１９９７、ｒｓ１７５６３９８６、ｒｓ８０７０７２３、ｒｓ１２６１０４９５、ｒｓ２１０９０６９、ｒｓ１３７９３２６、ｒｓ２６０９２５５、ｒｓ１０４８４３２６、ｒｓ１０７４８８５８、ｒｓ２０６７８３２、ｒｓ１１１９１８６５、ｒｓ１２７８７６９、ｒｓ１００７１７７、ｒｓ１０５１８６９３、ｒｓ３９３１５２、ｒｓ１２３７３１３９、ｒｓ１７６９０７０３、ｒｓ２５３２２７４、ｒｓ２５３２２６９、ｒｓ２６６８６９２、ｒｓ１６９２０１、ｒｓ１９９５３３、及びｒｓ４１５４３０から成る群から選択される遺伝的変異体を検出するための少なくとも１つの核酸プローブまたはプライマーを含む、前記キット。
【請求項１５】
前記選択される遺伝的変異体の位置にまたがる核酸を増幅するＰＣＲプライマーを含む、請求項１４に記載の前記キット。
【請求項１６】
フェルスタ（Ｆｏｅｒｓｔｅｒ）共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）アクセプターで標識された１個のプローブまたはプライマーと、ＦＲＥＴドナーで標識された１個のプローブまたはプライマーを含む、請求項１４に記載のキット。
【請求項１７】
ＤＳＰ、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、及びＣ１７ｏｒｆ６９から成る群から選択される遺伝子の遺伝的変異体にハイブリダイズする核酸プライマーまたはプローブを含む、キット。
【請求項１８】
フェルスター共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）アクセプターで標識される少なくとも１つのプローブまたはプライマーと、ＦＲＥＴドナーで標識される少なくとも１つのプローブまたはプライマーと、を含む、請求項１７に記載の前記キット。
【請求項１９】
遺伝的変異核酸にハイブリダイズされる第１の核酸プローブを含むインビトロ複合体であって、前記遺伝的変異核酸が遺伝的変異体ＤＳＰ、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、または及びＣ１７ｏｒｆ６９遺伝子配列を含み、前記遺伝的変異核酸が、間質性肺疾患に罹患しているか、もしくは罹患している疑いのあるヒト対象から抽出されるか、または間質性肺疾患に罹患しているか、もしくは罹患している疑いのあるヒト対象から抽出される核酸の増幅産物である、前記インビトロ複合体。
【請求項２０】
前記複合体が、前記遺伝的変異核酸にハイブリダイズされる第２の標識される核酸プローブをさらに含む、請求項１９に記載の前記インビトロ複合体。
【請求項２１】
前記第１の標識される核酸プローブが第１の標識を含み、前記第２の標識される核酸プローブが第２の標識を含み、前記第１及び第２の標識は、フェルスター共鳴エネルギー移動移動（ＦＲＥＴ）が可能である、請求項２０に記載の前記インビトロ複合体。
【請求項２２】
遺伝的変異核酸に結合される耐熱性ポリメラーゼを含むインビトロ複合体であって、前記遺伝的変異核酸が、遺伝的変異体ＤＳＰ、ＤＩＳＰ２、ＭＡＰＴ、ＤＰＰ９、ＣＳＭＤ１、ＭＹＮＮ、ＬＲＲＣ３４、ＦＡＭ１３Ａ、ＯＢＦＣ１、ＴＯＬＬＩＰ、ＡＴＰ１１Ａ、ＩＶＤ、ＣＲＨＲ１、ＩＭＰ５、ＬＯＣ１００１２８９７７、ＫＩＡＡ１２６７、ＮＳＦ、ＷＮＴ３、またはＣ１７ｏｒｆ６９遺伝子配列を含み、前記遺伝的変異核酸が、間質性肺疾患に罹患しているか、もしくは罹患している疑いのあるヒト対象から抽出されるか、または間質性肺疾患に罹患しているか、もしくは罹患している疑いのあるヒト対象から抽出される核酸の増幅産物である、前記インビトロ複合体。