【手続補正書】
【提出日】平成29年2月22日(2017.2.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞において内因性遺伝子の発現を修飾するための、前記内因性遺伝子中の標的部位を認識する単一ガイドＲＮＡを含む第１の核酸分子および機能的ドメインをコードする第２の核酸分子を含む組み合わせ物であって、前記機能的ドメインが、前記標的部位上で前記単一ガイドＲＮＡと会合する、組み合わせ物。
【請求項２】
前記機能的ドメインが、転写活性化ドメイン、転写抑制ドメインおよびヌクレアーゼドメインからなる群から選択される、請求項１に記載の組み合わせ物。
【請求項３】
前記機能的ドメインが、ＩＩＳ型制限酵素ヌクレアーゼドメインまたはＣａｓタンパク質である、請求項２に記載の組み合わせ物。
【請求項４】
前記機能的ドメインが転写活性化ドメインであり、前記内因性遺伝子の発現が増加される、請求項２に記載の組み合わせ物。
【請求項５】
前記機能的ドメインが転写抑制ドメインであり、前記内因性遺伝子の発現が阻害される、請求項２に記載の組み合わせ物。
【請求項６】
前記機能的ドメインがヌクレアーゼであり、前記内因性遺伝子が開裂される、請求項２に記載の組み合わせ物。
【請求項７】
前記ヌクレアーゼドメインが、前記Ｃａｓタンパク質によって含まれる、請求項６に記載の組み合わせ物。
【請求項８】
前記Ｃａｓタンパク質が、もう１つのヌクレアーゼ開裂ドメインを含む、請求項７に記載の組み合わせ物。
【請求項９】
前記細胞が、哺乳動物細胞または植物細胞である、請求項１〜８のいずれかに記載の組み合わせ物。
【請求項１０】
前記哺乳動物細胞が幹細胞である、請求項９に記載の組み合わせ物。
【請求項１１】
前記内因性遺伝子が、哺乳動物βグロビン遺伝子（ＨＢＢ）、ガンマグロビン遺伝子（ＨＢＧ１）、Ｂ細胞リンパ腫／白血病１１Ａ（ＢＣＬ１１Ａ）遺伝子、Ｋｒｕｐｐｅｌ様因子１（ＫＬＦ１）遺伝子、ＣＣＲ５遺伝子、ＣＸＣＲ４遺伝子、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１）遺伝子、ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＰＲＴ）遺伝子、アルブミン遺伝子、第ＶＩＩＩ因子遺伝子、第ＩＸ因子遺伝子、ロイシンリッチリピートキナーゼ２（ＬＲＲＫ２）遺伝子、ハンチンチン（Ｈｕｎｇｔｉｎｇｉｎ）（Ｈｔｔ）遺伝子、ロドプシン（ＲＨＯ）遺伝子、嚢胞性線維症膜コンダクタンス調節因子（ＣＦＴＲ）遺伝子、サーファクタントタンパク質Ｂ遺伝子（ＳＦＴＰＢ）、Ｔ細胞受容体アルファ（ＴＲＡＣ）遺伝子、Ｔ細胞受容体ベータ（ＴＲＢＣ）遺伝子、プログラム細胞死１（ＰＤ１）遺伝子、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ−４）遺伝子、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）Ａ遺伝子、ＨＬＡ  Ｂ遺伝子、ＨＬＡ  Ｃ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＰＡ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＲＡ遺伝子、ＬＭＰ７遺伝子、抗原ペプチド輸送体（ＴＡＰ）１遺伝子、ＴＡＰ２遺伝子、タパシン遺伝子（ＴＡＰＢＰ）、クラスＩＩ主要組織適合複合体トランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）遺伝子、ジストロフィン遺伝子（ＤＭＤ）、グルココルチコイド受容体遺伝子（ＧＲ）、ＩＬ２ＲＧ遺伝子およびＲＦＸ５遺伝子からなる群から選択される、請求項１〜９のいずれかに記載の組み合わせ物。
【請求項１２】
前記内因性遺伝子が、植物ＦＡＤ２遺伝子、植物ＦＡＤ３遺伝子、植物ＺＰ１５遺伝子、植物ＫＡＳＩＩ遺伝子、植物ＭＤＨ遺伝子および植物ＥＰＳＰＳ遺伝子からなる群から選択される、請求項１〜９のいずれかに記載の組み合わせ物。
【請求項１３】
哺乳動物βグロビン遺伝子（ＨＢＢ）、ガンマグロビン遺伝子（ＨＢＧ１）、Ｂ細胞リンパ腫／白血病１１Ａ（ＢＣＬ１１Ａ）遺伝子、Ｋｒｕｐｐｅｌ様因子１（ＫＬＦ１）遺伝子、ＣＣＲ５遺伝子、ＣＸＣＲ４遺伝子、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１）遺伝子、ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＰＲＴ）遺伝子、アルブミン遺伝子、第ＶＩＩＩ因子遺伝子、第ＩＸ因子遺伝子、ロイシンリッチリピートキナーゼ２（ＬＲＲＫ２）遺伝子、ハンチンチン（Ｈｔｔ）遺伝子、ロドプシン（ＲＨＯ）遺伝子、嚢胞性線維症膜コンダクタンス調節因子（ＣＦＴＲ）遺伝子、サーファクタントタンパク質Ｂ遺伝子（ＳＦＴＰＢ）、Ｔ細胞受容体アルファ（ＴＲＡＣ）遺伝子、Ｔ細胞受容体ベータ（ＴＲＢＣ）遺伝子、プログラム細胞死１（ＰＤ１）遺伝子、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ−４）遺伝子、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）Ａ遺伝子、ＨＬＡ  Ｂ遺伝子、ＨＬＡ  Ｃ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＰＡ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＲＡ遺伝子、ＬＭＰ７遺伝子、抗原ペプチド輸送体（ＴＡＰ）１遺伝子、ＴＡＰ２遺伝子、タパシン遺伝子（ＴＡＰＢＰ）、クラスＩＩ主要組織適合複合体トランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）遺伝子、ジストロフィン遺伝子（ＤＭＤ）、グルココルチコイド受容体遺伝子（ＧＲ）、ＩＬ２ＲＧ遺伝子およびＲＦＸ５遺伝子からなる群から選択される内因性遺伝子に結合する、単一ガイドＲＮＡ。
【請求項１４】
植物ＦＡＤ２遺伝子、植物ＦＡＤ３遺伝子、植物ＺＰ１５遺伝子、植物ＫＡＳＩＩ遺伝子、植物ＭＤＨ遺伝子および植物ＥＰＳＰＳ遺伝子からなる群から選択される内因性遺伝子に結合する、単一ガイドＲＮＡ。
【請求項１５】
配列番号１４９〜２１５からなる群から選択される、請求項１３または１４に記載の単一ガイドＲＮＡ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４０】
これらおよび他の態様は、全体としての開示を踏まえて、当業者に容易に明らかとなる。
本発明は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
細胞において内因性遺伝子の発現を修飾する方法であって、前記方法が、前記内因性遺伝子中の標的部位を認識する単一ガイドＲＮＡを含む第１の核酸分子および機能的ドメインをコードする第２の核酸分子を前記細胞に投与するステップを含み、前記機能的ドメインが、前記標的部位上で前記単一ガイドＲＮＡと会合し、それによって、前記内因性遺伝子の発現を修飾する、方法。
（項目２）
前記機能的ドメインが、転写活性化ドメイン、転写抑制ドメインおよびヌクレアーゼドメインからなる群から選択される、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記機能的ドメインが、ＩＩＳ型制限酵素ヌクレアーゼドメインまたはＣａｓタンパク質である、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記機能的ドメインが転写活性化ドメインであり、前記内因性遺伝子の発現が増加される、項目２に記載の方法。
（項目５）
前記機能的ドメインが転写抑制ドメインであり、前記内因性遺伝子の発現が阻害される、項目２に記載の方法。
（項目６）
前記機能的ドメインがヌクレアーゼであり、前記内因性遺伝子が開裂される、項目２に記載の方法。
（項目７）
前記ヌクレアーゼドメインが、前記Ｃａｓタンパク質によって含まれる、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記Ｃａｓタンパク質が、もう１つのヌクレアーゼ開裂ドメインを含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記細胞が、哺乳動物細胞または植物細胞である、項目１〜８のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
前記哺乳動物細胞が幹細胞である、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記内因性遺伝子が、哺乳動物βグロビン遺伝子（ＨＢＢ）、ガンマグロビン遺伝子（ＨＢＧ１）、Ｂ細胞リンパ腫／白血病１１Ａ（ＢＣＬ１１Ａ）遺伝子、Ｋｒｕｐｐｅｌ様因子１（ＫＬＦ１）遺伝子、ＣＣＲ５遺伝子、ＣＸＣＲ４遺伝子、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１）遺伝子、ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＰＲＴ）遺伝子、アルブミン遺伝子、第ＶＩＩＩ因子遺伝子、第ＩＸ因子遺伝子、ロイシンリッチリピートキナーゼ２（ＬＲＲＫ２）遺伝子、ハンチンチン（Ｈｕｎｇｔｉｎｇｉｎ）（Ｈｔｔ）遺伝子、ロドプシン（ＲＨＯ）遺伝子、嚢胞性線維症膜コンダクタンス調節因子（ＣＦＴＲ）遺伝子、サーファクタントタンパク質Ｂ遺伝子（ＳＦＴＰＢ）、Ｔ細胞受容体アルファ（ＴＲＡＣ）遺伝子、Ｔ細胞受容体ベータ（ＴＲＢＣ）遺伝子、プログラム細胞死１（ＰＤ１）遺伝子、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ−４）遺伝子、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）Ａ遺伝子、ＨＬＡ  Ｂ遺伝子、ＨＬＡ  Ｃ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＰＡ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＲＡ遺伝子、ＬＭＰ７遺伝子、抗原ペプチド輸送体（ＴＡＰ）１遺伝子、ＴＡＰ２遺伝子、タパシン遺伝子（ＴＡＰＢＰ）、クラスＩＩ主要組織適合複合体トランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）遺伝子、ジストロフィン遺伝子（ＤＭＤ）、グルココルチコイド受容体遺伝子（ＧＲ）、ＩＬ２ＲＧ遺伝子およびＲＦＸ５遺伝子からなる群から選択される、項目１〜９のいずれかに記載の方法。
（項目１２）
前記内因性遺伝子が、植物ＦＡＤ２遺伝子、植物ＦＡＤ３遺伝子、植物ＺＰ１５遺伝子、植物ＫＡＳＩＩ遺伝子、植物ＭＤＨ遺伝子および植物ＥＰＳＰＳ遺伝子からなる群から選択される、項目１〜９のいずれかに記載の方法。
（項目１３）
哺乳動物βグロビン遺伝子（ＨＢＢ）、ガンマグロビン遺伝子（ＨＢＧ１）、Ｂ細胞リンパ腫／白血病１１Ａ（ＢＣＬ１１Ａ）遺伝子、Ｋｒｕｐｐｅｌ様因子１（ＫＬＦ１）遺伝子、ＣＣＲ５遺伝子、ＣＸＣＲ４遺伝子、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１）遺伝子、ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＰＲＴ）遺伝子、アルブミン遺伝子、第ＶＩＩＩ因子遺伝子、第ＩＸ因子遺伝子、ロイシンリッチリピートキナーゼ２（ＬＲＲＫ２）遺伝子、ハンチンチン（Ｈｔｔ）遺伝子、ロドプシン（ＲＨＯ）遺伝子、嚢胞性線維症膜コンダクタンス調節因子（ＣＦＴＲ）遺伝子、サーファクタントタンパク質Ｂ遺伝子（ＳＦＴＰＢ）、Ｔ細胞受容体アルファ（ＴＲＡＣ）遺伝子、Ｔ細胞受容体ベータ（ＴＲＢＣ）遺伝子、プログラム細胞死１（ＰＤ１）遺伝子、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ−４）遺伝子、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）Ａ遺伝子、ＨＬＡ  Ｂ遺伝子、ＨＬＡ  Ｃ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＰＡ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＱ遺伝子、ＨＬＡ−ＤＲＡ遺伝子、ＬＭＰ７遺伝子、抗原ペプチド輸送体（ＴＡＰ）１遺伝子、ＴＡＰ２遺伝子、タパシン遺伝子（ＴＡＰＢＰ）、クラスＩＩ主要組織適合複合体トランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）遺伝子、ジストロフィン遺伝子（ＤＭＤ）、グルココルチコイド受容体遺伝子（ＧＲ）、ＩＬ２ＲＧ遺伝子およびＲＦＸ５遺伝子からなる群から選択される内因性遺伝子に結合する、単一ガイドＲＮＡ。
（項目１４）
植物ＦＡＤ２遺伝子、植物ＦＡＤ３遺伝子、植物ＺＰ１５遺伝子、植物ＫＡＳＩＩ遺伝子、植物ＭＤＨ遺伝子および植物ＥＰＳＰＳ遺伝子からなる群から選択される内因性遺伝子に結合する、単一ガイドＲＮＡ。
（項目１５）
配列番号１４９〜２１５からなる群から選択される、項目１３または１４に記載の単一ガイドＲＮＡ。