【手続補正書】
【提出日】平成29年5月17日(2017.5.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
クロマチンを分析するための方法であって、
（ａ）少なくとも１の細胞の核のクロマチンを挿入酵素複合体と接触させてゲノムＤＮＡの複数のタグ付き断片を生成するステップと；
（ｂ）複数のタグ付き断片に核酸アッセイを行って断片情報を得るステップと；
（ｃ）コンピュータ処理装置を用いて、前記断片情報を前記少なくとも１の細胞のゲノム領域にマッピングすることによって、ゲノム領域のエピジェネティックな特徴の表示を生成するステップと
を含む方法。
【請求項２】
クロマチンを細胞の核内で挿入酵素複合体と接触させる、請求項１記載の方法。
【請求項３】
断片情報が、タグ付き断片のサイズ、ゲノム領域におけるタグ付き断片の位置、タグ付き断片の切断部位、タグ付き断片の長さ、及びゲノム領域における規定の長さの範囲のタグ付き断片の位置、の１以上を含む、請求項１記載の方法。
【請求項４】
タグ付き断片に核酸アッセイを行うことが、タグ付き断片を配列決定して断片情報を得ることを含み、断片情報が配列リードを含む、請求項１記載の方法。
【請求項５】
エピジェネティックな特徴が、ゲノム領域に沿ったクロマチン到達性のプロファイル、ゲノム領域中の結合部位のＤＮＡ結合タンパク質占有率、ゲノム領域中の無ヌクレオソームＤＮＡ、ゲノム領域に沿ったヌクレオソームの位置付け、ゲノム領域に沿ったクロマチン状態のプロファイル、の１以上を含む、請求項１記載の方法。
【請求項６】
断片情報が、
（ｉ）挿入酵素複合体の切断部位、
（ｉｉ）配列リードのリード長、
（ｉｉｉ）ゲノム領域における規定の長さの範囲の配列リードの位置、
（ｉｖ）配列リード存在量
の１以上を含む、請求項４記載の方法。
【請求項７】
切断部位がクロマチンの無ヌクレオソーム領域内である、請求項６記載の方法。
【請求項８】
少なくとも１の細胞が複数の細胞である、請求項１記載の方法。
【請求項９】
複数の細胞が５００，０００個未満の細胞を含む、請求項８記載の方法。
【請求項１０】
ＤＮＡ結合タンパク質が転写因子である、請求項５記載の方法。
【請求項１１】
クロマチン状態が、ＣＴＣＦ関連、転写開始部位、弱いエンハンサー、エンハンサー、プロモーター隣接、転写、及び抑圧、の１以上を含む、請求項５記載の方法。
【請求項１２】
ゲノム領域が調節領域を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１３】
挿入酵素複合体がトランスポザーゼ又はＨＩＶインテグラーゼを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１４】
トランスポザーゼが、原核生物のトランスポザーゼ、Ｔｎトランスポザーゼ、ＭｕＡトランスポザーゼ、Ｖｉｂｈａｒトランスポザーゼ、ＨＥＲＭＥＳ、Ａｃ−Ｄｓ、Ａｓｃｏｔ−１、Ｂｓｌ、Ｃｉｎ４、Ｃｏｐｉａ、Ｅｎ／Ｓｐｍ、Ｆ因子、ｈｏｂｏ、Ｈｓｍａｒ１、Ｈｓｍａｒ２、ＩＮ（ＨＩＶ）、ＩＳ１、ＩＳ２、ＩＳ３、ＩＳ４、ＩＳ５、ＩＳ６、ＩＳ１０、ＩＳ２１、ＩＳ３０、ＩＳ５０、ＩＳ５１、ＩＳ１５０、ＩＳ２５６、ＩＳ４０７、ＩＳ４２７、ＩＳ６３０、ＩＳ９０３、ＩＳ９１１、ＩＳ９８２、ＩＳ１０３１、ＩＳＬ２、Ｌ１、Ｍａｒｉｎｅｒ、Ｐ因子、Ｔａｍ３、Ｔｃ１、Ｔｃ３、Ｔｅｌ、ＴＨＥ−１、Ｔｎ／Ｏ、ＴｎＡ、Ｔｎ３、Ｔｎ５、Ｔｎ７、Ｔｎ１０、Ｔｎ５５２、Ｔｎ９０３、Ｔｏｌ１、Ｔｏｌ２、ＴｎｌＯ、Ｔｙｌから選択される、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
挿入酵素複合体が２以上の酵素部分を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１６】
前記少なくとも１の細胞が血液試料由来である、請求項１記載の方法。
【請求項１７】
挿入酵素複合体の配列挿入優先度に基づいて配列リード存在量を正規化することをさらに含む、請求項６記載の方法。
【請求項１８】
ステップ（ａ）の前に前記少なくとも１の細胞を透過処理するステップをさらに含む、請求項１記載の方法。
【請求項１９】
ゲノム領域のエピジェネティックな特徴の表示を生成するキットであって、
（ａ）細胞を透過処理又は溶解する少なくとも１の試薬、
（ｂ）挿入酵素複合体、及び
（ｃ）（１）当該キットの構成要素を細胞と組み合わせてゲノムＤＮＡの複数のタグ付き断片を生成するステップと、（２）タグ付き断片を分析して前記表示を生成するステップを含む、エピジェネティックな特徴の表示の生成をするための指示書
を含む、キット。
【請求項２０】
キットの構成要素が、少なくとも１の試薬及び挿入酵素複合体を細胞と組み合わせることが、（１）細胞の透過処理又は溶解、及び、（２）ゲノムＤＮＡの複数のタグ付き断片の生成の両方をもたらすように構成されている、請求項１９記載のキット。
【請求項２１】
１以上の処理装置による実行の際に、前記表示を生成するコードを含むコンピュータ可読記憶媒体をさらに含む、請求項１９記載のキット。
【請求項２２】
タグ付き断片の分析が少なくとも１の複数のタグ付き断片に核酸アッセイを行うことを含む、請求項１９記載のキット。
【請求項２３】
挿入酵素複合体がトランスポザーゼ又はＨＩＶインテグラーゼを含む、請求項１９記載のキット。
【請求項２４】
トランスポザーゼが、原核生物のトランスポザーゼ、Ｔｎトランスポザーゼ、ＭｕＡトランスポザーゼ、Ｖｉｂｈａｒトランスポザーゼ、ＨＥＲＭＥＳ、Ａｃ−Ｄｓ、Ａｓｃｏｔ−１、Ｂｓｌ、Ｃｉｎ４、Ｃｏｐｉａ、Ｅｎ／Ｓｐｍ、Ｆ因子、ｈｏｂｏ、Ｈｓｍａｒ１、Ｈｓｍａｒ２、ＩＮ（ＨＩＶ）、ＩＳ１、ＩＳ２、ＩＳ３、ＩＳ４、ＩＳ５、ＩＳ６、ＩＳ１０、ＩＳ２１、ＩＳ３０、ＩＳ５０、ＩＳ５１、ＩＳ１５０、ＩＳ２５６、ＩＳ４０７、ＩＳ４２７、ＩＳ６３０、ＩＳ９０３、ＩＳ９１１、ＩＳ９８２、ＩＳ１０３１、ＩＳＬ２、Ｌ１、Ｍａｒｉｎｅｒ、Ｐ因子、Ｔａｍ３、Ｔｃ１、Ｔｃ３、Ｔｅｌ、ＴＨＥ−１、Ｔｎ／Ｏ、ＴｎＡ、Ｔｎ３、Ｔｎ５、Ｔｎ７、Ｔｎ１０、Ｔｎ５５２、Ｔｎ９０３、Ｔｏｌ１、Ｔｏｌ２、ＴｎｌＯ、Ｔｙｌから選択される、請求項２３記載のキット。
【請求項２５】
トランスポザーゼ反応バッファーをさらに含む、請求項１９記載のキット。
【請求項２６】
挿入酵素複合体が２以上の酵素部分を含む、請求項１９記載のキット。
【請求項２７】
挿入酵素複合体が親和性タグを含む、請求項１９記載のキット。
【請求項２８】
少なくとも１の試薬がＮＰ４０、ジギトニン、トゥイーン、ストレプトリシンおよびカチオン性脂質から選択される、請求項１９記載のキット。
【請求項２９】
挿入酵素複合体に対するポリヌクレオチドの部位の到達性を判定する方法であって、
（ａ）ポリヌクレオチドを挿入酵素複合体と接触させて、分子タグでタグ付けされた少なくとも１の断片を生成するステップ、
（ｂ）前記少なくとも１の断片に核酸アッセイを行って挿入データを得るステップ、
（ｃ）挿入データを分析して、挿入酵素複合体に対するポリヌクレオチドの部位の到達性を判定するステップ
を含む、方法。
【請求項３０】
挿入データが、
（ｉ）ポリヌクレオチドにおける分子タグ挿入位置、及び
（ｉｉ）分子タグでタグ付けされた断片のサイズ
の１以上を含む、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
分子タグが配列決定アダプターを含む、請求項２９記載の方法。
【請求項３２】
ポリヌクレオチドが複数の会合分子に結合する、請求項２９記載の方法。
【請求項３３】
挿入酵素がトランスポザーゼを含む、請求項２９記載の方法。