【誤訳訂正書】
【提出日】平成29年1月16日(2017.1.16)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１０】
ある実施態様では、第一及び第二の光学的に検出可能な標識は以下から成る群から選択されるフルオロフォアである：ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシシウマリン、カスケードブルー、ルシファーイェロー、NBD、フィコエリトリン（PE）、PerCP、アロフィコシアニン、ヘキスト33342、DAPI、SYTOXブルー、ヘキスト33258、クロモマイシンA3、ミトラマイシン、YOYO-I、SYTOX グリーン、SYTOXオレンジ、7-AAD、アクリジンオレンジ、TOTO- 1、To-PRO-I、チアゾールオレンジ、TOTO-3、TO-PRO-3、LDS 751、以下を含むAlexaFluor色素（AlexaFluro-350、-430、-488、-532、-546、-555、-556、-594、-633、-647、-660、-680、-700及び-750）、以下を含むBoDipy色素（BoDipy 630/650及びBoDipy 650/665）、CY色素（特にCy2、Cy3、Cy3.5、Cy5、Cy 5.5及びCy7）、6-FAM（フルオレセイン）、PE-Cy5、PE-Cy7、フルオレセインdT、ヘキサクロロフルオレセイン（Hex）、6-カルボキシ-4’,5’-ジクロロ-2’,Tジメトキシフルオレセイン（JOE）、以下を含むオレゴングリーン色素（488-X及び514）、以下を含むローダミン色素（X-ローダミン、リサミンローダミンB、ローダミングリーン、ローダミンレッド及びROX）、TRITC3テトラメチルローダミン（TMR）、カルボキシテトラメチルローダミン（TAMRA）、テトラクロロフルオレセイン（TET）、レッド6B5 FluorX、BODIPY-FL及びテキサスレッド。
ある実施態様では、第一の光学的に検出可能な標識はAlexaFluor-647である。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３４】
例示的なフルオロフォア（本明細書では蛍光色素とも称される）には以下が含まれる（ただしこれらに限定されない）：ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシシウマリン、カスケードブルー、ルシファーイェロー、NBD、フィコエリトリン（PE）、PerCP、アロフィコシアニン、ヘキスト33342、DAPI、SYTOXブルー、ヘキスト33258、クロモマイシンA3、ミトラマイシン、YOYO-I、SYTOX グリーン、SYTOXオレンジ、7-AAD、アクリジンオレンジ、TOTO-I、To-PRO-I、チアゾールオレンジ、TOTO-3、TO-PRO-3、LDS 751、以下を含むAlexaFluor色素（AlexaFluro-350、-430、-488、-532、-546、-555、-556、-594、-633、-647、-660、-680、-700及び-750）、以下を含むBoDipy色素（BoDipy 630/650及びBoDipy 650/665）、CY色素（特にCy2、Cy3、Cy3.5、Cy5、Cy 5.5及びCy7）、6-FAM（フルオレセイン）、PE-Cy5、PE-Cy7、フルオレセインdT、ヘキサクロロフルオレセイン（Hex）、6-カルボキシ-4’,5’-ジクロロ-2’,Tジメトキシフルオレセイン（JOE）、以下を含むオレゴングリーン色素（488-X及び514）、以下を含むローダミン色素（X-ローダミン、リサミンローダミンB、ローダミングリーン、ローダミンレッド及びROX）、TRITC、テトラメチルローダミン（TMR）、カルボキシテトラメチルローダミン（TAMRA）、テトラクロロフルオレセイン（TET）、レッド6B、FluorX、BODIPY-FL及びテキサスレッド。いくつかの実施態様では、第一の検出可能標識はAlexaFluor-647である。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程を含む、複数の呼吸器病原体についてサンプルをスクリーニングし特定の病原体を検出する方法：
（a）サンプルから1つ以上の呼吸器病原体に由来する核酸を含むと推定される核酸を単離する工程；
（b）前記核酸を２以上の水性プライマー対の組合せおよびビーズセット中のビーズに固定化された対応するオリゴヌクレオチドプローブの存在下で固相増幅に付する工程であって、前記水性プライマー対が配列番号１〜１６、３３および３５からなる群より選ばれるフォワードプライマー、および、配列番号１７〜３２、３４および３６からなる群より選ばれるそれぞれ対応するリバースプライマーを含み、および、前記対応するオリゴヌクレオチドプローブは配列番号３７〜５４からなる群より選ばれ、又は、
前記プライマー対および対応するプローブは、配列番号７４〜１２６又は配列番号５３又は５４から選ばれる２以上の配列から選ばれ、水性プライマー対が呼吸器病原体由来核酸のある領域の増幅を指令し、プライマー対の数はスクリーニングを所望される病原体数を基準に選択され、該水性プライマー対の少なくとも一方のメンバーは、増幅後の生成アンプリコンに取り込まれる第一の光学的に検出可能な標識を含み、該アンプリコンは、アンプリコンのある領域と相補性でありビーズセット中のビーズに固定されたオリゴヌクレオチドプローブとハイブリダイズすることによって捕捉され、該ビーズセットはビーズのサブセットを含み、各サブセットはビーズサイズ、又は第二の光学的に検出可能な標識の強度に関して均質であり、それによってサイズ及び／又は第二の検出可能な標識の強度を基準として不均質なビーズセットを生じ、さらに該サブセットの数はスクリーニングされるべき呼吸器病原体数と一致する、前記工程；
（c）第一の検出可能な標識の強度を基準にしてどのビーズとアンプリコンが結合したかを決定する工程、及び、アンプリコンが複数のビーズサブセットと結合する場合には、ビーズサイズを基準として、又は、第二の光学的に検出可能な標識の強度を基準として、複数のビーズサブセットを区別する工程；
ここでアンプリコンと特定のビーズサブセットとの結合は、該サンプル中に呼吸器病原体が存在することの指標である。
【請求項２】
第一の光学的に検出可能な標識を含むプライマーの伸長によって開始されるアンプリコンが、第二の検出可能な標識を含むオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーション及び伸長のための鋳型として機能し、該オリゴヌクレオチドがビーズセット中のビーズに固定されている、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
以下の工程を含む、複数の呼吸器病原体についてサンプルをスクリーニングし特定の病原体を検出する方法：
（a）サンプルから1つ以上の呼吸器病原体由来核酸を含むと推定される核酸を単離する工程；
（b）前記核酸を２以上の水性プライマー対の組合せおよびビーズセット中のビーズに固定化された対応するオリゴヌクレオチドプローブの存在下で固相増幅に付する工程であって、前記プライマー対は配列番号１〜１６、３３および３５からなる群より選ばれるフォワードプライマーおよび配列番号１７〜３２、３４および３６からなる群より選ばれるそれぞれ対応するリバースプライマーを含み、前記対応するオリゴヌクレオチドプローブは、配列番号３７〜５２からなる群より選ばれ、又は、前記プライマー対および対応するプローブは、配列番号７４〜１２６又は配列番号５３又は５４の配列から選ばれる２以上の配列から選ばれ、ここで水性プライマー対が呼吸器病原体由来核酸のある領域の増幅を指令し、プライマー対の数はスクリーニングを所望される病原体数を基準に選択され、該プライマー対の少なくとも一方のメンバーは、増幅後の生成アンプリコンに取り込まれる第一の光学的に検出可能な標識を含み、第一の光学的に検出可能な標識を含むプライマーの伸長によって開始される該生成アンプリコンは、第二の光学的に検出可能な標識を含むオリゴヌクレオチドプライマーのハイブリダイゼーション及び伸長のための鋳型として機能し、該オリゴヌクレオチドプライマーはビーズセット中のビーズに固定され、該ビーズセットはビーズのサブセットを含み、各サブセットはビーズサイズ、又は第二の光学的に検出可能な標識の強度に関して均質であり、それによってサイズ及び/又は第二の検出可能な標識の強度を基準として不均質なビーズセットを生じ、さらに該サブセットの数はスクリーニングされるべき呼吸器病原体数と一致し；
（c）第一の検出可能な標識の強度を基準にしてどのビーズとアンプリコンが結合したかを決定する工程、及び、アンプリコンが複数のビーズサブセットと結合する場合には、ビーズサイズを基準として、又は第二の光学的に検出可能な標識の強度を基準として複数のビーズサブセットを区別する工程；
ここでアンプリコンとビーズサブセットとの結合は、該サンプル中に呼吸器病原体が存在することの指標である。
【請求項４】
第二の光学的に検出可能な標識の強度を基準にして複数のビーズサブセットを区別する工程を含む、請求項１又は３に記載の方法。
【請求項５】
該呼吸器病原体が以下から成る群から選択される、請求項１又は３に記載の方法：インフルエンザA、インフルエンザB、インフルエンザA H1N1、インフルエンザA H5N1、呼吸器合胞体形成ウイルスA亜型、呼吸器合胞体形成ウイルスB亜型、ヒトパラインフルエンザウイルス1、ヒトパラインフルエンザウイルス2、ヒトパラインフルエンザウイルス3、ヒトパラインフルエンザウイルス4、ヒトメタニューモウイルス、ヒトアデノウイルスB亜型、ヒトアデノウイルスC亜型、ヒトアデノウイルスE亜型、ヒトエンテロウイルス/ヒトライノウイルス、ボルデテラ・ペルツシス（Bordetella pertussis）、ヘモフィルスインフルエンザ、ヒトコロナウイルス、ヒトボカウイルス1、2及び3型、並びにストレプトコッカス（Streptococcus）、ヘモフィルス（Haemophilus）、モラキセラ（Moraxella）、シュードモナス（Pseudomonas）、クレブシエラ（Klebsiella）、ステノトロフォモナス（Stenotrophomonas）、アシネトバクター（Acinetobacter）、スタフィロコッカス（Staphylococcus）、マイコプラズマ（Mycoplasma）、レジオネラ（Legionella）、クラミドフィラ（Chlamydophila）、マイコバクテリウム（Mycobacterium）、コクシエラ（Coxiella）、ノカルジア（Nocardia）、ニューモシスチス（Pneumocystis）、ノカルジア（Nocardia）及びアスペルギルス（Aspergillus）属由来の微生物。
【請求項６】
1つ以上の呼吸器病原体由来核酸が以下から成る群から選択される、請求項１又は３記載の方法：インフルエンザAマトリックスタンパク質のセグメント7をコードする遺伝子、インフルエンザBヘマグルチニンのセグメント4をコードする遺伝子、インフルエンザAの2009 H1N1流行株のセグメント4をコードする遺伝子、インフルエンザAのH5N1流行株のセグメント4をコードする遺伝子、呼吸器合胞体形成ウイルス（A及びB型）のポリメラーゼ遺伝子、ヒトパラインフルエンザウイルス1、2及び3のヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ糖タンパク質をコードする遺伝子、ヒトパラインフルエンザウイルス4のリンタンパク質遺伝子、ヒトメタニューモウイルスのマトリックスタンパク質のM2領域をコードする遺伝子、アデノウイルスB、C及びE型のヘキソン領域をコードする遺伝子、ヒトライノウイルス/エンテロウイルスの5’UTR領域、ボルデテラ・ペルツシスの挿入配列（IS）481、クラミドフィラ・ニューモニアエの主要外膜タンパク質をコードする遺伝子、及びマイコプラズマ・ニューモニアエのP1シトアドヘシンをコードする遺伝子。
【請求項７】
第一及び第二の光学的に検出可能な標識が以下から成る群から選択される蛍光色素である、請求項1又は３記載の方法：ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシシウマリン、カスケードブルー、ルシファーイェロー、NBD、フィコエリトリン（PE）、PerCP、アロフィコシアニン、ヘキスト33342、DAPI、SYTOXブルー、ヘキスト33258、クロモマイシンA3、ミトラマイシン、YOYO-I、SYTOX グリーン、SYTOXオレンジ、7-AAD、アクリジンオレンジ、TOTO-1、To-PRO-I、チアゾールオレンジ、TOTO-3、TO-PRO-3、LDS 751、AlexaFluro-350、-430、-488、-532、-546、-555、-556、-594、-633、-647、-660、-680、-700及び-750；BoDipy 630/650及びBoDipy 650/665；Cy2、Cy3、Cy3.5、Cy5、Cy 5.5及びCy7；6-FAM（フルオレセイン）、PE-Cy5、PE-Cy7、フルオレセインdT、ヘキサクロロフルオレセイン（Hex）、6-カルボキシ-4’,5’-ジクロロ-2’,T-ジメトキシフルオレセイン（JOE）；488-X及び514；X-ローダミン、リサミンローダミンB、ローダミングリーン、ローダミンレッド及びROX；TRITC3テトラメチルローダミン（TMR）；カルボキシテトラメチルローダミン（TAMRA）；テトラクロロフルオレセイン（TET）；レッド6B5 FluorX、BODIPY-FL及びテキサスレッド。
【請求項８】
第一の光学的に検出可能な標識がAlexaFluor-647である、請求項７項に記載の方法。
【請求項９】
第二の光学的に検出可能な標識がホウ素-ジピロメテン(BoDipy)-TMRである、請求項７又は８記載の方法。
【請求項１０】
第二の光学的に検出可能な標識がオリゴヌクレオチドプローブに結合される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
第二の光学的に検出可能な標識が、オリゴヌクレオチドプローブの内部チミジン残基のアミノC6改変を介して前記オリゴヌクレオチドプローブに結合される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
オリゴヌクレオチドプローブが半ネストオリゴヌクレオチドである、請求項１又は３記載の方法。
【請求項１３】
オリゴヌクレオチドプローブが、チオール又はメタクリル結合を介してビーズと共有結合される、請求項１又は３記載の方法。
【請求項１４】
各サブセット内のビーズのサイズが、直径3.0μm、3.5μm、3.8μm、4.1μm、5.0μm、5.2μm及び5.7μmから成る群から選択される、請求項１又は３記載の方法。