【手続補正書】
【提出日】平成29年11月7日(2017.11.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
がん患者から得られた体液試料からがん細胞由来エキソソームを単離する方法であって、
（ａ）前記体液試料のエキソソーム画分を単離するステップと、
（ｂ）前記エキソソーム画分からグリピカン１を含むエキソソームを単離し、それにより、がん細胞由来エキソソームを単離するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
前記がん細胞由来エキソソームからゲノム二本鎖ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはタンパク質を単離するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記がん細胞由来エキソソームから単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ、またはタンパク質を検出するステップをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ステップ（ａ）または（ｂ）の単離が、免疫磁気捕捉、接着に基づく選別、磁気活性化選別、または蛍光活性化選別（ＦＡＣＳ）を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記患者におけるがん細胞由来エキソソームの数を定量化するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記がん細胞由来エキソソームについて遺伝子型決定するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記体液試料が、リンパ液、唾液、尿、脳脊髄液、骨髄吸引液、眼滲出液／涙、または血清である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記がんが、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、脳がん、肝がん、膀胱がん、胃がん、膵がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がんまたは皮膚がんである、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
被験体から得られた試料からゲノム二本鎖ＤＮＡを単離する方法であって、
（ａ）前記試料のエキソソーム画分を単離するステップと、
（ｂ）前記エキソソーム画分からゲノム二本鎖ＤＮＡを単離するステップと
を含む、方法。
【請求項１０】
ステップ（ａ）が、グリピカン１を含むエキソソームを単離することをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＤＮＡの配列解析を実施するステップをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
遺伝子の変異状態を決定するステップをさらに含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記遺伝子がＫＲＡＳまたはｐ５３である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記遺伝子の前記変異状態が、がんバイオマーカーである、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記がんバイオマーカーを、前記被験体ががんを有することを診断するための指標とする、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記遺伝子の前記変異状態を報告するステップをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
報告するステップが、書面での報告書または電子報告書を作成することを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記報告書を前記被験体、医師、病院または保険会社に提供するステップをさらに含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記試料が、リンパ液、唾液、尿、または血清である、請求項９に記載の方法。
【請求項２０】
前記試料が、細胞を本質的に含まない、請求項９に記載の方法。
【請求項２１】
前記被験体が、がんを有する、請求項９に記載の方法。
【請求項２２】
前記がんが、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、脳がん、肝がん、膀胱がん、胃がん、膵がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がんまたは皮膚がんである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記がんが膵管腺癌である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記被験体が、がんについて以前に治療されている、請求項９に記載の方法。
【請求項２５】
前記被験体が、腫瘍の外科的除去を以前に受けている、請求項９に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４０】
以下の図は本明細書の一部を形成し、本発明のある特定の態様をさらに実証するために含まれる。本発明は、これらの図の１つまたは複数を、本明細書で提示されている特定の実施形態の詳細な説明と組み合わせて参照することによってよく理解することができる。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
がん細胞由来エキソソームを単離する方法であって、
（ａ）がん患者から体液試料を得るステップと、
（ｂ）前記体液試料のエキソソーム画分を単離するステップと、
（ｃ）前記エキソソーム画分からグリピカン１を含むエキソソームを単離し、それにより、がん細胞由来エキソソームを単離するステップと
を含む、方法。
（項目２）
前記がん細胞由来エキソソームからゲノム二本鎖ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはタンパク質を単離するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記がん細胞由来エキソソームから単離されたＤＮＡ、ＲＮＡ、またはタンパク質を検出するステップをさらに含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記ステップ（ｂ）または（ｃ）の単離が、免疫磁気捕捉、接着に基づく選別、磁気活性化選別、または蛍光活性化選別（ＦＡＣＳ）を含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記患者におけるがん細胞由来エキソソームの数を定量化するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記がん細胞由来エキソソームについて遺伝子型決定するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記体液試料が、リンパ液、唾液、尿、脳脊髄液、骨髄吸引液、眼滲出液／涙、または血清である、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記がんが、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、脳がん、肝がん、膀胱がん、胃がん、膵がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がんまたは皮膚がんである、項目１に記載の方法。
（項目９）
患者におけるがんを診断する方法であって、
（ａ）患者から体液試料を得るステップと、
（ｂ）前記体液試料のエキソソーム画分を単離するステップと、
（ｃ）前記エキソソーム画分中のグリピカン１の存在についてアッセイするステップであって、グリピカン１が存在している場合、前記患者はがんを有すると診断されるステップと
を含む、方法。
（項目１０）
前記患者におけるグリピカン１を含有するエキソソームの数を定量化するステップをさらに含む、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記方法が、がん患者における療法に対する応答をモニタリングする方法としてさらに定義され、ここでグリピカン１を含有するエキソソームの数が時間をわたって減少する場合、前記患者は、療法に対して陽性に応答していたといえる、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記患者が以前にがんと診断されておらず、前記方法が早期がん検出の方法である、項目９に記載の方法。
（項目１３）
前記患者が寛解状態にあり、前記方法が再発を検出する方法である、項目９に記載の方法。
（項目１４）
前記患者に抗がん療法を施すステップをさらに含む、項目９に記載の方法。
（項目１５）
前記体液試料が、リンパ液、唾液、尿、脳脊髄液、骨髄吸引液、眼滲出液／涙、または血清である、項目９に記載の方法。
（項目１６）
前記がんが、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、脳がん、肝がん、膀胱がん、胃がん、膵がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がんまたは皮膚がんである、項目９に記載の方法。
（項目１７）
前記患者に関する前記診断を報告するステップをさらに含む、項目９に記載の方法。
（項目１８）
報告するステップが、書面での報告書または電子報告書を作成することを含む、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記報告書を前記患者、医師、病院または保険会社に提供するステップをさらに含む、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
被験体からゲノム二本鎖ＤＮＡを単離する方法であって、
（ａ）患者から試料を得るステップと、
（ｂ）前記試料のエキソソーム画分を単離するステップと、
（ｃ）前記エキソソーム画分からゲノム二本鎖ＤＮＡを単離するステップと
を含む、方法。
（項目２１）
ステップ（ｂ）が、グリピカン１を含むエキソソームを単離することをさらに含む、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記ＤＮＡの配列解析を実施するステップをさらに含む、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
遺伝子の変異状態を決定するステップをさらに含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記遺伝子がＫＲＡＳまたはｐ５３である、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記遺伝子の前記変異状態が、がんバイオマーカーである、項目２３に記載の方法。
（項目２６）
前記がんバイオマーカーを使用して、前記患者ががんを有すると診断する、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記遺伝子の前記変異状態を報告するステップをさらに含む、項目２３に記載の方法。
（項目２８）
報告するステップが、書面での報告書または電子報告書を作成することを含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記報告書を前記患者、医師、病院または保険会社に提供するステップをさらに含む、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記試料が、リンパ液、唾液、尿、または血清である、項目２０に記載の方法。
（項目３１）
前記試料が、細胞を本質的に含まない、項目２０に記載の方法。
（項目３２）
前記被験体が、がんを有する、項目２０に記載の方法。
（項目３３）
前記がんが、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、脳がん、肝がん、膀胱がん、胃がん、膵がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がんまたは皮膚がんである、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記がんが膵管腺癌である、項目３２に記載の方法。
（項目３５）
前記被験体が、がんについて以前に治療されている、項目２０に記載の方法。
（項目３６）
前記被験体が、腫瘍の外科的除去を以前に受けている、項目２０に記載の方法。
（項目３７）
被験体におけるがんバイオマーカーを同定する方法であって、
（ａ）項目２０に従ってゲノムＤＮＡを単離するステップと、
（ｂ）前記ゲノムＤＮＡの配列解析を実施するステップと、
（ｃ）少なくとも１種の遺伝子の変異状態を決定し、それにより、がんバイオマーカーを同定するステップと
を含む、方法。
（項目３８）
ステップ（ｃ）が、少なくとも２種の遺伝子の前記変異状態を決定することを含む、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記がんバイオマーカーの存在を使用して、前記患者ががんを有すると診断する、項目３７に記載の方法。
（項目４０）
前記がんが、乳がん、肺がん、頭頸部がん、前立腺がん、食道がん、気管がん、脳がん、肝がん、膀胱がん、胃がん、膵がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸がん、精巣がん、結腸がん、直腸がんまたは皮膚がんである、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記がんが膵管腺癌である、項目３９に記載の方法。
（項目４２）
前記被験体が、がんについて以前に治療されている、項目３７に記載の方法。
（項目４３）
前記被験体が、腫瘍の外科的除去を以前に受けている、項目３７に記載の方法。
（項目４４）
前記遺伝子の前記変異状態を報告するステップをさらに含む、項目３７に記載の方法。
（項目４５）
報告するステップが、書面での報告書または電子報告書を作成することを含む、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記報告書を前記患者、医師、病院または保険会社に提供するステップをさらに含む、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
被験体におけるがんを治療する方法であって、項目３７に従って被験体ががんバイオマーカーを有することを同定するステップと、前記被験体に抗がん療法を施すステップとを含む、方法。
（項目４８）
前記抗がん療法が、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、標的化療法、免疫療法または外科療法である、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記被験体がヒトである、項目４７に記載の方法。
（項目５０）
疾患の治療を必要とする患者における疾患を治療する方法であって、
（ａ）試料からエキソソームを得るステップと、
（ｂ）前記エキソソームに治療用タンパク質をコードする核酸をトランスフェクトするステップと、
（ｃ）トランスフェクトされた前記エキソソームを患者に提供し、それにより、前記患者における前記疾患を治療するステップと
を含む、方法。
（項目５１）
前記疾患が、がんである、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
治療用タンパク質の投与を必要とする患者に治療用タンパク質を投与する方法であって、
（ａ）試料からエキソソームを得るステップと、
（ｂ）前記エキソソームに治療用タンパク質をコードする核酸をトランスフェクトするステップと、
（ｃ）前記エキソソームを、前記治療用タンパク質を前記エキソソーム内で発現させることを可能にする条件下でインキュベートするステップと、
（ｄ）インキュベートした前記エキソソームを患者に提供し、それにより、治療用タンパク質を前記患者に投与するステップと
を含む、方法。
（項目５３）
前記試料が、前記患者から得られる、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
被験体における疾患を治療する方法であって、項目３７に従って被験体ががんバイオマーカーを有することを同定するステップと、項目５２に従って前記被験体に治療用タンパク質を投与するステップとを含む、方法。
（項目５５）
前記がんバイオマーカーがｐ５３変異であり、前記治療用タンパク質が野生型ｐ５３である、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
組換えタンパク質を作製する方法であって、
（ａ）試料からエキソソームを得るステップと、
（ｂ）前記エキソソームに組換えタンパク質をコードする核酸をトランスフェクトするステップと、
（ｃ）前記エキソソームを、前記組換えタンパク質を発現させることを可能にする条件下でインキュベートし、それにより、前記組換えタンパク質を作製するステップと
を含む、方法。
（項目５７）
前記組換えタンパク質を精製するステップをさらに含む、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
それを必要とする患者に前記タンパク質を投与するステップをさらに含む、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
それを必要とする患者にインキュベートした前記エキソソームを投与するステップをさらに含む、項目５６に記載の方法。
（項目６０）
インキュベートした前記エキソソームが、前記患者にとって自己由来である、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
前記患者が、がんと診断されている、項目５８または５９に記載の方法。
（項目６２）
前記試料が、組織培養培地試料である、項目５０、５２または５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６３）
前記試料が、体液試料である、項目５０、５２または５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
前記体液試料が、リンパ液、唾液、尿、脳脊髄液、骨髄吸引液、眼滲出液／涙、または血清である、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
前記体液試料が、前記患者から得られる、項目６３に記載の方法。
（項目６６）
前記核酸がｍＲＮＡである、項目５０、５２または５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６７）
前記核酸がプラスミドである、項目５０、５２または５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
項目５６に記載の方法に従って作製された、精製された組換えタンパク質。
（項目６９）
患者における疾患の治療に使用するための、治療用タンパク質をコードする核酸をトランスフェクトしたエキソソームを含む組成物。
（項目７０）
前記疾患が、がんである、項目６９に記載の組成物。
（項目７１）
前記エキソソームが、前記患者にとって自己由来である、項目６９に記載の組成物。
（項目７２）
前記エキソソームが、前記治療用タンパク質を前記エキソソーム内で発現させることを可能にする条件下でインキュベートされたものである、項目６９に記載の組成物。
（項目７３）
項目３７に従って、前記患者が、がんバイオマーカーを有すると同定されている、項目６９に記載の組成物。
（項目７４）
前記がんバイオマーカーがｐ５３変異であり、前記治療用タンパク質が野生型ｐ５３である、項目７３に記載の組成物。
（項目７５）
疾患を治療するための医薬品の製造における、治療用タンパク質をコードする核酸をトランスフェクトしたエキソソームの使用。
（項目７６）
前記疾患が、がんである、項目７５に記載の使用。