【手続補正書】
【提出日】平成28年12月14日(2016.12.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
−  医療対象の組織及び／又は細胞における細胞信号伝達経路の活性を、少なくとも前記医療対象の組織及び／又は細胞の抽出されたサンプルにおいて測定された前記細胞信号伝達経路の１以上の目的遺伝子の発現レベルに基づいて推定するステップであって、当該推定するステップは、
前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおける転写因子（ＴＦ）要素のレベルを決定するステップであって、前記ＴＦ要素は前記細胞信号伝達経路の前記１以上の目的遺伝子の転写を制御し、前記決定は前記細胞信号伝達経路の前記１以上の目的遺伝子の数学的モデルに関係する発現レベルを前記ＴＦ要素のレベルに対して評価することに少なくとも部分的に基づくものであり、前記モデルが前記１以上の目的遺伝子の発現レベルの１以上の線形結合に少なくとも部分的に基づくものであるステップと、
前記医療対象の組織及び／又は細胞における前記細胞信号伝達経路の活性を、前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおける前記ＴＦ要素の前記決定されたレベルに基づいて推定するステップと、
を有するステップと、
−  前記細胞信号伝達経路が前記医療対象の組織及び／又は細胞において異常に働いているかを、前記医療対象の組織及び／又は細胞における前記細胞信号伝達経路の前記推定された活性に基づいて決定するステップと、
を有する方法であって、
前記推定するステップが、デジタル処理装置により前記細胞信号伝達経路のモデルを使用して実行される、
方法。
【請求項２】
前記1以上の目的遺伝子の各々に関して前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおいて測定された１以上の発現レベルが供給され、前記１以上の線形結合が前記1以上の目的遺伝子の各々に関して供給された前記１以上の発現レベルのうちの全ての発現レベルの線形結合を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記1以上の目的遺伝子の各々に関して前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおいて測定された１以上の発現レベルが供給され、前記１以上の線形結合が、前記１以上の目的遺伝子の各々に関して、加重された項を含む線形結合を有し、各加重された項が、対応する目的遺伝子に関して供給された前記１以上の発現レベルのうちの１つのみの発現レベルに基づくものである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記1以上の目的遺伝子の各々に関して前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおいて測定された１以上の発現レベルが供給され、前記１以上の線形結合が、前記１以上の目的遺伝子の各々に関して、対応する目的遺伝子に関して供給された前記１以上の発現レベルの全ての発現レベルの第１線形結合を有し、前記モデルは前記１以上の目的遺伝子の各々に関して加重された項を含む他の線形結合に更に少なくとも部分的に基づくものであり、各加重された項が、対応する目的遺伝子に関する前記第１線形結合に基づくものである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記細胞信号伝達経路が、Wnt経路、ＥＲ経路、ＡＲ経路又はＨＨ経路を有する、請求項１ないし４の何れか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記推定するステップが、前記医療対象の組織及び／又は細胞におけるｍ活性を、前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおいて測定されたWnt経路の、KIAA1199、AXIN2、RNF43、TBX3、TDGF1、SOX9、ASCL2、IL8、SP5、ZNRF3、KLF6、CCND1、DEFA6及びFZD7を有する群から選択される１以上の、好ましくは少なくとも３つの目的遺伝子の発現レベルに少なくとも基づいて推定するステップを有する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記推定するステップが、前記医療対象の組織及び／又は細胞におけるＥＲ経路の活性を、前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおいて測定されたＥＲ経路の、CDH26、SGK3、PGR、GREB1、CAl2、XBP1、CELSR2、WISP2、DSCAM、ERBB2、CTSD、TFF1及びNRIP1を有する群から選択される１以上の、好ましくは少なくとも３つの目的遺伝子の発現レベルに少なくとも基づいて推定するステップを有する、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記推定するステップが、前記医療対象の組織及び／又は細胞におけるＨＨ経路の活性を、前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおいて測定されたＨＨ経路の、GLI1、PTCH1、PTCH2、IGFBP6、SPP1、CCND2、FST、FOXL1、CFLAR、TSC22D1、RAB34、S100A9、S100A7、MYCN、FOXM1、GLI3、TCEA2、FYN及びCTSL1を有する群から選択される１以上の、好ましくは少なくとも３つの目的遺伝子の発現レベルに少なくとも基づいて推定するステップを有する、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
前記推定するステップが、前記医療対象の組織及び／又は細胞におけるＡＲ経路の活性を、前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおいて測定されたＡＲ経路の、KLK2、PMEPA1、TMPRSS2、NKX3_1、ABCC4、KLK3、FKBP5、ELL2、UGT2B15、DHCR24、PPAP2A、NDRG1、LRIG1、CREB3L4、LCP1、GUCY1A3、AR及びEAF2を有する群から選択される１以上の、好ましくは少なくとも３つの目的遺伝子の発現レベルに少なくとも基づいて推定するステップを有する、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
前記推定するステップが、前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおいて測定されたWnt経路の、NKD1、OAT、FAT1、LEF1、GLUL、REG1B、TCF7L2、COL18A1、BMP7、SLC1A2、ADRA2C、PPARG、DKK1、HNF1A及びLECT2を有する群から選択される少なくとも１つの目的遺伝子の発現レベルに更に基づくものである、請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
前記推定するステップが、前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおいて測定されたＥＲ経路の、AP1B1、ATP5J、COL18A1、COX7A2L、EBAG9、ESR1、HSPB1、IGFBP4、KRT19、MYC、NDUFV3、PISD、PRDM15、PTMA、RARA、SOD1及びTRIM25を有する群から選択される少なくとも１つの目的遺伝子の発現レベルに更に基づくものである、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
前記推定するステップが、前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおいて測定されたＨＨ経路の、BCL2、FOXA2、FOXF1、H19、HHIP、IL1R2、JAG2、JUP、MIF、MYLK、NKX2.2、NKX2.8、PITRM1及びTOM1を有する群から選択される少なくとも１つの目的遺伝子の発現レベルに更に基づくものである、請求項８に記載の方法。
【請求項１３】
前記推定するステップが、前記医療対象の組織及び／又は細胞の前記抽出されたサンプルにおいて測定されたＡＲ経路の、APP、NTS、PLAU、CDKN1A、DRG1、FGF8、IGF1、PRKACB、PTPN1、SGK1及びTACC2を有する群から選択される少なくとも１つの目的遺伝子の発現レベルに更に基づくものである、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
前記医療対象に対する前記細胞信号伝達経路の異常な働きを補正する薬剤の処方を推奨するステップ、
を更に有し、
前記推奨が、前記細胞信号伝達経路が該細胞信号伝達経路の前記推定された活性に基づいて前記医療対象の組織及び／又は細胞において異常に働いていると判定された場合にのみ実行される、
請求項１ないし１３の何れか一項に記載の方法。
【請求項１５】
当該方法が、
前記医療対象の組織及び／又は細胞における細胞信号伝達経路の前記推定された活性に基づく診断、
前記医療対象の組織及び／又は細胞における細胞信号伝達経路の前記推定された活性に基づく予後診断、
前記医療対象の組織及び／又は細胞における細胞信号伝達経路の前記推定された活性に基づく薬剤処方、
前記医療対象の組織及び／又は細胞における細胞信号伝達経路の前記推定された活性に基づく薬効の予測、
前記医療対象の組織及び／又は細胞における細胞信号伝達経路の前記推定された活性に基づく有害効果の予測、
薬効の監視、
薬剤の開発、
アッセイの開発、
経路の研究、
癌進行度分類、
前記医療対象の組織及び／又は細胞における細胞信号伝達経路の前記推定された活性に基づく該医療対象の臨床試験への加入、
実行されるべき後の試験の選択、及び
コンパニオン診断テストの選択、
のうちの少なくとも１つに使用される、請求項１ないし１３の何れか一項に記載の方法。
【請求項１６】
医療対象の組織及び／又は細胞におけるWnt経路の活性を、該医療対象の組織及び／又は細胞の抽出されたサンプルにおいて測定されたWnt経路の一群の目的遺伝子のうちの２つ、３つ又はそれ以上の目的遺伝子の発現レベルに少なくとも基づいて推定するステップ、
医療対象の組織及び／又は細胞におけるＥＲ経路の活性を、該医療対象の組織及び／又は細胞の抽出されたサンプルにおいて測定されたＥＲ経路の一群の目的遺伝子のうちの２つ、３つ又はそれ以上の目的遺伝子の発現レベルに少なくとも基づいて推定するステップ、
医療対象の組織及び／又は細胞におけるＨＨ経路の活性を、該医療対象の組織及び／又は細胞の抽出されたサンプルにおいて測定されたＨＨ経路の一群の目的遺伝子のうちの２つ、３つ又はそれ以上の目的遺伝子の発現レベルに少なくとも基づいて推定するステップ、及び／又は
医療対象の組織及び／又は細胞におけるＡＲ経路の活性を、該医療対象の組織及び／又は細胞の抽出されたサンプルにおいて測定されたＡＲ経路の一群の目的遺伝子のうちの２つ、３つ又はそれ以上の目的遺伝子の発現レベルに少なくとも基づいて推定するステップ、
を有する、請求項１ないし１５の何れか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記Wnt経路の前記一群の目的遺伝子が、KIAA1199、AXIN2、RNF43、TBX3、TDGF1、SOX9、ASCL2、IL8、SP5、ZNRF3、KLF6、CCND1、DEFA6及びFZD7を有する群から選択される少なくとも９つの、好ましくは全ての目的遺伝子を含み、
前記ＥＲ経路の前記一群の目的遺伝子が、CDH26、SGK3、PGR、GREB1、CAl2、XBP1、CELSR2、WISP2、DSCAM、ERBB2、CTSD、TFF1及びNRIP1を有する群から選択される少なくとも９つの、好ましくは全ての目的遺伝子を含み、
前記ＨＨ経路の前記一群の目的遺伝子が、GLI1、PTCH1、PTCH2、IGFBP6、SPP1、CCND2、FST、FOXL1、CFLAR、TSC22D1、RAB34、S100A9、S100A7、MYCN、FOXM1、GLI3、TCEA2、FYN及びCTSL1を有する群から選択される少なくとも９つの、好ましくは全ての目的遺伝子を含み、及び／又は
前記ＡＲ経路の前記一群の目的遺伝子が、KLK2、PMEPA1、TMPRSS2、NKX3_1、ABCC4、KLK3、FKBP5、ELL2、UGT2B15、DHCR24、PPAP2A、NDRG1、LRIG1、CREB3L4、LCP1、GUCY1A3、AR及びEAF2を有する群から選択される少なくとも９つの、好ましくは全ての目的遺伝子を含む、
請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記Wnt経路の前記一群の目的遺伝子が、NKD1、OAT、FAT1、LEF1、GLUL、REG1B、TCF7L2、COL18A1、BMP7、SLC1A2、ADRA2C、PPARG、DKK1、HNF1A及びLECT2を有する群から選択される少なくとも１つの目的遺伝子を更に含み、
前記ＥＲ経路の前記一群の目的遺伝子が、AP1B1、ATP5J、COL18A1、COX7A2L、EBAG9、ESR1、HSPB1、IGFBP4、KRT19、MYC、NDUFV3、PISD、PRDM15、PTMA、RARA、SOD1及びTRIM25を有する群から選択される少なくとも１つの目的遺伝子を更に含み、
前記ＨＨ経路の前記一群の目的遺伝子が、BCL2、FOXA2、FOXF1、H19、HHIP、IL1R2、JAG2、JUP、MIF、MYLK、NKX2.2、NKX2.8、PITRM1及びTOM1を有する群から選択される少なくとも１つの目的遺伝子を更に含み、及び／又は
前記ＡＲ経路の前記一群の目的遺伝子が、APP、NTS、PLAU、CDKN1A、DRG1、FGF8、IGF1、PRKACB、PTPN1、SGK1及びTACC2を有する群から選択される少なくとも１つの目的遺伝子を更に含む、
請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
請求項１ないし１８の何れか一項に記載の方法を実行するデジタルプロセッサを有する、装置。
【請求項２０】
請求項１ないし１８の何れか一項に記載の方法を実行するためにデジタル処理装置により実行することが可能な命令を記憶した、非一時的記憶媒体。
【請求項２１】
デジタル処理装置に請求項１ないし１８の何れか一項に記載の方法を実行させるプログラムコード手段を有する、コンピュータプログラム。
【請求項２２】
請求項５ないし１３及び１６ないし１８の何れか一項に記載の１以上のターゲット遺伝子の表現レベルを決定する物品。
【請求項２３】
前記１以上の目的遺伝子の発現レベルを決定するプライマ及び／又はプローブを含む、請求項２２に記載の物品。
【請求項２４】
前記物品がキット又はマイクロアレイである、請求項２２又は２３に記載の物品。
【請求項２５】
前記キットがＰＣＲキット、好ましくは、ｑＰＣＲキット、ＲＮＡ−シーケンスキット又はマイクロアレイキットである、請求項２４に記載の物品。
【請求項２６】
前記物品が、細胞信号伝達経路の活動を推定するのに使用される、請求項２２乃至２５の何れか一項に記載の物品。