【手続補正書】
【提出日】平成29年3月14日(2017.3.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者からの癌試料、例えば前立腺腫瘍試料の評価の方法、例えば、コンピュータ実装方法または自動化方法であって、
ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９（腫瘍マーカーセット）のうちの１、２、３、４、５、６、７もしくは８種類の腫瘍マーカーまたは前記腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡのレベル、例えば量または発現レベルを同定すること、
それにより前記腫瘍試料を評価すること
を含む、方法。
【請求項２】
癌試料；ならびに
ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９（腫瘍マーカーセット）のうちの１、２、３、４、５、６、７もしくは８種類の腫瘍マーカーまたは前記腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡの検出試薬を含む反応混合物。
【請求項３】
前記癌試料が複数の一部分、例えばスライスまたはアリコートを含むものである、請求項２に記載の反応混合物。
【請求項４】
前記癌試料の第１の一部分が、前記マーカーのすべてではない第１のマーカーの検出試薬を含むものであり、前記癌試料の第２の一部分が、前記第１のマーカーの検出試薬を含まない前記マーカーのうちの１つの検出マーカーの検出試薬を含むものである、請求項２または３に記載の反応混合物。
【請求項５】
前記癌試料が、生検試料、コア生検材料、切除組織生検材料、切開組織生検材料、液状試料、または前立腺組織試料である、請求項２〜４のいずれか１項に記載の反応混合物。
【請求項６】
患者からの試料、例えば組織試料、例えば癌試料、例えば前立腺腫瘍試料の評価の方法、例えば、コンピュータ実装方法または自動化方法であって、
（ａ）前記試料から、関心領域（ＲＯＩ）において、第１の領域の表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーのレベルを同定すること、
それにより前記試料を評価すること
を含む、方法。
【請求項７】
患者の腫瘍試料、例えば前立腺腫瘍試料の評価の方法、例えば、コンピュータ実装方法または自動化方法であって、
（ａ）ＲＯＩ、例えば癌性ＲＯＩにおいて、第１の領域−表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーまたは前記第１の腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡのレベル、例えば量を同定することであって、例えば、ここで前記第１の腫瘍マーカーは、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９（腫瘍マーカーセット）から選択される、同定すること、
それにより前記腫瘍試料を評価すること
を含む、方法。
【請求項８】
（ｉ．ａ）全上皮特異的マーカー、例えばＣＫ８のシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉ．ｂ）第２の全上皮特異的マーカー、例えばＣＫ１８のシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉｉ．ａ）基底上皮特異的マーカー、例えばＣＫ５のシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉｉ．ｂ）第２の基底上皮特異的マーカー、例えばＴＲＩＭ２９のシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉｉｉ）核マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉｖ）第１の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｖ）第２の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること；あるいは
（ｖｉ）第３の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記試料の解析される領域の画像を、例えばＤＡＰＩフィルタリング画像として取得することを含む、請求項７または８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
腫瘍マーカーＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２またはＨＳＰＡ９のうちの１、２、３、４、５、６、７または全部の検出試薬を含むキット。
【請求項１１】
さらに、全上皮マーカーおよび基底上皮マーカーの検出試薬を含む、請求項１０に記載のキット。
【請求項１２】
癌試料、例えば前立腺腫瘍試料の上に：
全上皮マーカーの検出試薬；
基底上皮マーカーの検出試薬；
ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２またはＨＳＰＡ９から選択される腫瘍マーカーの検出試薬
が配置された癌試料、例えば前立腺腫瘍試料。
【請求項１３】
前記試料が複数の一部分、例えばスライスを含むものである、請求項１２に記載の前立腺腫瘍試料。
【請求項１４】
癌試料、例えば前立腺腫瘍試料の上にさらに、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２またはＨＳＰＡ９から選択される第２の腫瘍マーカーの検出試薬が配置された、請求項１２または１３に記載の癌試料、例えば前立腺腫瘍試料。
【請求項１５】
前立腺腫瘍試料を含む、請求項１２〜１４のいずれか１項に記載の癌試料。
【請求項１６】
固相基材上に載せられている、請求項１２〜１５のいずれか１項に記載の癌試料。
【請求項１７】
前記検出試薬が抗体を含む、請求項１２〜１６のいずれか１項に記載の癌試料。
【請求項１８】
前記全上皮マーカーが、抗ＣＫ８抗体または抗ＣＫ１８抗体から選択される、請求項１２〜１７のいずれか１項に記載の癌試料。
【請求項１９】
前記基底上皮マーカーが、抗ＣＫ５抗体または抗ＴＲＩＭ２９抗体から選択される、請求項１２〜１８のいずれか１項に記載の癌試料。
【請求項２０】
非癌性領域をさらに含む、請求項１２〜１９のいずれか１項に記載の癌試料。
【請求項２１】
患者の前立腺腫瘍試料の評価のコンピュータ実装方法であって、
（ｉ）腫瘍上皮に対応する前記腫瘍試料のＲＯＩ（癌性ＲＯＩ）を同定すること；
（ｉｉ）癌性ＲＯＩ内の以下の腫瘍マーカー、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９（腫瘍マーカーセット）の各々のレベル、例えば量を同定することであって、ここで、腫瘍マーカーレベルの同定は、前記腫瘍マーカーに対する抗体の結合に関連している、例えば比例しているシグナルを例えば直接または間接的に取得することを含む、同定すること；
（ｉｉｉ）癌性ＲＯＩ内の前記腫瘍マーカーの各々のレベルの値を得ること；ならびに
（ｉｖ）例えばアルゴリズムによって前記レベルを併せることにより前記患者にリスクスコアを割り当てることを含む、前記値に応じて前記腫瘍試料を評価すること
それにより前立腺腫瘍試料を評価すること
を含む、方法。
【請求項２２】
癌試料；ならびに
ＦＵＳ、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、およびＨＳＰＡ９のうちの１、２、３、４、もしくは５種類の各腫瘍マーカー、または前記腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡの検出試薬
を含む反応混合物。
【請求項２３】
癌進行のリスクを低減し得る、または癌進行を遅延もしくは遅滞させ得る化合物を同定する方法であって、前記方法は、
（ａ）ＡＣＴＮ１、ＣＵＬ２、ＤＣＣ、ＤＥＲＬ１、ＦＵＳ、ＰＤＳＳ２、ＰＬＡＧ１、ＲｐＳ６、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＶＤＡＣ１、およびＹＢＸ１からなる群から選択される予後決定因子を発現する細胞を提供すること、
（ｂ）前記細胞と候補化合物とを接触させること、ならびに
（ｃ）前記候補化合物が選択された予後決定因子の発現もしくは活性を改変させるかどうかを決定することであって、それによって前記化合物の存在下で観察される改変は、前記化合物が前記癌進行のリスクを低減し得る、または前記癌進行を遅延もしくは遅滞させ得ることを示す、こと
を含む、方法。
【請求項２４】
ＣＫ８、ＣＫ１８、ＣＫ５、およびＴＲＩＭ２９のうちの２以上の検出試薬を含むキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２４１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２４１】
また、諸態様および諸実施形態は、コンピュータのプロセッサで実行されると、例えば完全な腫瘍試料からのシグナルを解析するため、または患者にリスクスコアを割り当てるために腫瘍試料の評価方法が実施されるコンピュータ実行可能な命令を含むコンピュータ可読媒体に関する。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
患者からの癌試料、例えば前立腺腫瘍試料の評価の方法、例えば、コンピュータ実装方法または自動化方法であって、
ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９（腫瘍マーカーセット）のうちの１、２、３、４、５、６、７もしくは８種類の腫瘍マーカーまたは前記腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡのレベル、例えば量または発現レベルを同定すること、
それにより前記腫瘍試料を評価すること
を含む、方法。
（項目２）
腫瘍マーカーのシグナルを例えば直接または間接的に取得することを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記シグナルを直接取得することを含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記試料を直接または間接的に取得することを含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
癌試料；ならびに
ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９（腫瘍マーカーセット）のうちの１、２、３、４、５、６、７もしくは８種類の腫瘍マーカーまたは前記腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡの検出試薬を含む反応混合物。
（項目６）
前記癌試料が複数の一部分、例えばスライスまたはアリコートを含むものである、項目５に記載の反応混合物。
（項目７）
前記癌試料の第１の一部分が、前記マーカーのすべてではない第１のマーカーの検出試薬を含むものであり、前記癌試料の第２の一部分が、前記第１のマーカーの検出試薬を含まない前記マーカーのうちの１つの検出マーカーの検出試薬を含むものである、項目５に記載の反応混合物。
（項目８）
患者からの試料、例えば組織試料、例えば癌試料、例えば前立腺腫瘍試料の評価の方法、例えば、コンピュータ実装方法または自動化方法であって、
（ａ）前記試料から、関心領域（ＲＯＩ）において、第１の領域の表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーのレベルを同定すること、
それにより前記試料を評価すること
を含む、方法。
（項目９）
前記試料が癌試料である、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記試料が固形腫瘍由来の細胞を含むものである、項目８に記載の方法。
（項目１１）
前記試料が液性腫瘍由来の細胞を含むものである、項目８に記載の方法。
（項目１２）
前記ＲＯＩが形態学的特徴によって画定または選択される、項目８に記載の方法。
（項目１３）
前記ＲＯＩが手作業または自動化手段および他の細胞もしくは物質からのＲＯＩの物理的分離によって、例えば、他の組織、例えば非癌性細胞からのＲＯＩ、例えば癌性領域の切開によって画定または選択される、項目８に記載の方法。。
（項目１４）
前記ＲＯＩが非形態学的特徴、例えばＲＯＩマーカーによって画定または選択される、項目８に記載の方法。
（項目１５）
前記ＲＯＩが、ＲＯＩマーカーを含めることによってセルソーティングにより同定または選択される、項目８に記載の方法。
（項目１６）
前記ＲＯＩが形態学的選択と非形態学的選択の組合せによって同定または選択される、項目８に記載の方法。
（項目１７）
第１の領域の表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーのレベルが第１のＲＯＩ、例えば第１の癌性領域において同定され、第２の領域の表現型マーカー、例えば第２の腫瘍マーカーのレベルが第２のＲＯＩ、例えば第２の癌性領域において同定される、項目８に記載の方法。
（項目１８）
第１の領域の表現型マーカーレベルと第２の領域の表現型マーカーレベル、例えば腫瘍マーカーレベルが同じＲＯＩ、例えば同じ癌性領域において同定される、項目８に記載の方法。
（項目１９）
さらに：
（ｂ）ＲＯＩ、例えば癌性領域に対応するＲＯＩを同定すること；
を含む、項目８に記載の方法。
（項目２０）
（ａ）が（ｂ）の前に行なわれる、項目８に記載の方法。
（項目２１）
（ｂ）が（ａ）の前に行なわれる、項目８に記載の方法。
（項目２２）
第１の領域の表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーのレベルの同定が、前記第１の領域の表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーに対する検出試薬の結合に関連している、例えば比例しているシグナルを例えば直接または間接的に取得することを含む、項目８に記載の方法。
（項目２３）
前記試料を、第１の領域の表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーの検出試薬と接触させることを含む、項目８に記載の方法。
（項目２４）
前記試料を、ＲＯＩマーカー、例えば上皮マーカーの検出試薬と接触させることを含む、項目８に記載の方法。
（項目２５）
さらに、前記試料の画像を取得すること、および前記画像を解析することを含む、項目８に記載の方法。
（項目２６）
前記画像から前記患者のリスクスコアを計算することを含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記試料を、前記第１の領域の表現型マーカー、例えば腫瘍マーカーの検出試薬と接触させること、および前記検出試薬の結合の値を取得することを含む、項目８に記載の方法。
（項目２８）
前記値から前記患者のリスクスコアを計算することを含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
さらに：
（ｂ）試料をＲＯＩマーカーの検出試薬と接触させること
を含む、項目８に記載の方法。
（項目３０）
さらに：
（ｃ）ＲＯＩを画定すること
を含む、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
さらに：
（ｄ）領域−表現型マーカー、例えば腫瘍マーカーのレベルを前記ＲＯＩにおいて同定すること
を含む、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
さらに：
（ｅ）前記レベルを解析してリスクスコアを得ること
を含む、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
さらに、工程（ａ）〜（ｄ）を反復することを含む、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
さらに：
前記試料を物理的調製工程に供すること、例えば、
前記試料を解離させること、例えばトリプシン処理すること、前記試料を切開すること、
もしくは前記試料をＲＯＩマーカーの検出試薬と接触させること；
前記ＲＯＩを検出試薬と接触させること；または
前記ＲＯＩからのシグナルを検出すること
を含む、項目８に記載の方法。
（項目３５）
患者の腫瘍試料、例えば前立腺腫瘍試料の評価の方法、例えば、コンピュータ実装方法または自動化方法であって、
（ａ）ＲＯＩ、例えば癌性ＲＯＩにおいて、第１の領域−表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーまたは前記第１の腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡのレベル、例えば量を同定することであって、例えば、ここで前記第１の腫瘍マーカーは、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９（腫瘍マーカーセット）から選択される、同定すること、
それにより前記腫瘍試料を評価すること
を含む、方法。
（項目３６）
第１の領域−表現型マーカー、例えば前記腫瘍マーカーセットからの第１の腫瘍マーカーのレベルが第１のＲＯＩ、例えば癌性ＲＯＩにおいて同定され、第２の領域−表現型マーカー、例えば前記腫瘍マーカーセットからの第２の腫瘍マーカーのレベルが第２のＲＯＩ、例えば第２の癌性ＲＯＩにおいて同定される、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記第１のＲＯＩ、例えば癌性ＲＯＩと前記ＲＯＩ、例えば第２の癌性ＲＯＩが同じ方法または基準によって同定または選択される、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
第１の領域−表現型マーカーのレベルと第２の領域−表現型マーカーのレベル、例えば、ともに前記腫瘍マーカーセットからの第１および第２の腫瘍マーカーのレベルが同じＲＯＩ内、例えば、同じ癌性ＲＯＩ内で同定される、項目３５に記載の方法。
（項目３９）
さらに：
（ｂ）ＲＯＩ、例えば、腫瘍上皮に対応する前記腫瘍試料のＲＯＩを同定すること
を含む、項目３５に記載の方法。
（項目４０）
（ａ）が（ｂ）の前に行なわれる、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
（ｂ）が（ａ）の前に行なわれる、項目３９に記載の方法。
（項目４２）
第１の領域−表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーのレベルの同定が、前記第１の領域−表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーに対する検出試薬の結合に関連している、例えば比例しているシグナルを例えば直接または間接的に取得することを含む、項目３５に記載の方法。
（項目４３）
前記腫瘍マーカーが、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２またはＨＳＰＡ９ＨＳＰＡ９をコードしているＤＮＡである、項目３５に記載の方法。
（項目４４）
前記腫瘍マーカーが、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２またはＨＳＰＡ９をコードしているｍＲＮＡである、項目３５に記載の方法。
（項目４５）
前記腫瘍マーカーが、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２またはＨＳＰＡ９から選択されるタンパク質である、項目３５に記載の方法。
（項目４６）
前記試料を、腫瘍マーカーセットの中のマーカーの検出試薬と接触させること、前記試料の画像を直接または間接的に取得すること、および前記画像を解析することを含む、項目３５に記載の方法。
（項目４７）
前記画像から前記患者のリスクスコアを計算することを含む、項目３５に記載の方法。
（項目４８）
前記試料を、腫瘍マーカーセットの前記第１のマーカーの検出試薬と接触させること、前記検出試薬の結合の値を直接または間接的に取得することを含む、項目３５に記載の方法。
（項目４９）
前記値から前記患者のリスクスコアを計算することを含む、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
さらに、
ＲＯＩ（例えば、同じまたは異なるＲＯＩ）、例えば腫瘍上皮に対応するＲＯＩにおいて、前記腫瘍マーカーセットから選択される第２の腫瘍マーカーまたは前記第２の腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡのレベルを同定すること
を含む、項目１〜４９のいずれかに記載の方法。
（項目５１）
前記第２の腫瘍マーカーが前記腫瘍マーカーセットのタンパク質である、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
さらに、
ＲＯＩ（例えば、同じまたは異なるＲＯＩ）、例えば腫瘍上皮に対応するＲＯＩにおいて、前記腫瘍マーカーセットから選択される第３の腫瘍マーカーまたは前記第３の腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡのレベルを同定すること
を含む、項目５０に記載の方法。
（項目５３）
さらに、
ＲＯＩ（例えば、同じまたは異なるＲＯＩ）、例えば腫瘍上皮に対応するＲＯＩにおいて、前記腫瘍マーカーセットから選択される第４の腫瘍マーカーまたは前記第４の腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡのレベルを同定すること
を含む、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
さらに、
ＲＯＩ（例えば、同じまたは異なるＲＯＩ）、例えば腫瘍上皮に対応するＲＯＩにおいて、前記腫瘍マーカーセットから選択される第５の腫瘍マーカーまたは前記第５の腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡのレベルを同定すること
を含む、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
さらに、
ＲＯＩ（例えば、同じまたは異なるＲＯＩ）、例えば腫瘍上皮に対応するＲＯＩにおいて、前記腫瘍マーカーセットから選択される第６の腫瘍マーカーまたは前記第６の腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡのレベルを同定すること
を含む、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
さらに、
ＲＯＩ（例えば、同じまたは異なるＲＯＩ）、例えば腫瘍上皮に対応するＲＯＩにおいて、前記腫瘍マーカーセットから選択される第７の腫瘍マーカーまたは前記第７の腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡのレベルを同定すること
を含む、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
さらに、
ＲＯＩ（例えば、同じまたは異なるＲＯＩ）、例えば腫瘍上皮に対応するＲＯＩにおいて、前記腫瘍マーカーセットから選択される第８の腫瘍マーカーまたは前記第８の腫瘍マーカーのＤＮＡもしくはｍＲＮＡのレベルを同定すること
を含む、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
さらに、前記腫瘍マーカーセットのマーカー以外の本明細書に開示するさらなるマーカーのレベルを同定することを含む、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記さらなるマーカーのレベルが癌性ＲＯＩにおいて同定される、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記さらなるマーカーのレベルが良性ＲＯＩにおいて同定される、項目５８に記載の方法。
（項目６１）
さらに、前記腫瘍試料を準備することを含む、項目１〜６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目６２）
さらに、前記腫瘍試料を別の実体、例えば病院、検査室または診療所から受領することを含む、項目１〜６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目６３）
前記腫瘍試料が前立腺組織の切片またはスライスを含むものである、項目１〜６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目６４）
前記腫瘍試料が複数の一部分、例えば、複数の前立腺組織の切片またはスライスを含むものである、項目１〜６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目６５）
前記腫瘍試料が固定されている、例えばホルマリン固定されている、項目１〜６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目６６）
前記腫瘍試料がマトリックス中に包埋されている、項目１〜６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目６７）
前記腫瘍試料がパラフィン包埋されている、項目１〜６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目６８）
前記腫瘍試料が脱パラフィンされている、項目１〜６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目６９）
前記腫瘍試料がホルマリン固定パラフィン包埋された試料またはその等価物である、項目１〜６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目７０）
腫瘍試料の調製、例えば脱パラフィンが自動化されている、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
検出試薬と前記腫瘍試料との接触が自動化されている、項目１〜７０のいずれか１項に記載の方法。
（項目７２）
前記腫瘍試料が自動化スキャナー内に配置される、項目１〜７１のいずれか１項に記載の方法。
（項目７３）
前記腫瘍試料、例えば前立腺組織の一部分、例えば切片またはスライスを、基材上に、例えば固相または硬質の基材、例えばガラスまたはプラスチックの基材、例えばガラススライド上に載せる、項目１〜７２のいずれか１項に記載の方法。
（項目７４）
前記腫瘍試料の第１の一部分、例えば切片またはスライスを、第１の基材、例えば固相または硬質の基材、例えばガラスまたはプラスチックの基材、例えばガラススライド上に載せる、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
さらに：
前記腫瘍試料の第２の一部分、例えば切片またはスライスを、第２の基材、例えば固相または硬質の基材、例えばガラスまたはプラスチックの基材、例えばガラススライド上に載せること
を含む、項目７４に記載の方法。
（項目７６）
さらに：
前記腫瘍試料の第３の一部分、例えば切片またはスライスを、第３の基材、例えば固相または硬質の基材、例えばガラスまたはプラスチックの基材、例えばガラススライド上に載せること
を含む、項目７５に記載の方法。
（項目７７）
さらに：
前記腫瘍試料の第４の一部分、例えば切片またはスライスを、第４の基材、例えば固相または硬質の基材、例えばガラスまたはプラスチックの基材、例えばガラススライド上に載せること
を含む、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
前記第１および第２の一部分が同時に解析される、項目７５に記載の方法。
（項目７９）
前記第１および第２の一部分が逐次解析される、項目７５に記載の方法。
（項目８０）
前記検出試薬が腫瘍マーカー抗体、例えば腫瘍マーカーモノクローナル抗体、例えば、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２またはＨＳＰＡ９に対する腫瘍マーカー抗体を含む、項目１〜７９のいずれか１項に記載の方法。
（項目８１）
前記腫瘍マーカー抗体が標識、例えば蛍光性部分、例えば蛍光色素にコンジュゲートされている、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
前記検出試薬が、前記腫瘍マーカー抗体に対する抗体、例えばモノクローナル抗体である第２の抗体を含む、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
前記検出試薬が、前記第２の抗体に対する抗体、例えばモノクローナル抗体である第３の抗体を含む、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記第２の抗体が標識、例えば蛍光性部分、例えば蛍光色素にコンジュゲートされている、項目８１に記載の方法。
（項目８５）
前記第３の抗体が標識、例えば蛍光性部分、例えば蛍光色素にコンジュゲートされている、項目８２に記載の方法。
（項目８６）
前記腫瘍試料を：
第１の発光プロフィール、例えば第１のピーク発光を有するか、または第１のチャネル内で測定される第１のＲＯＩマーカー検出試薬、例えば全上皮検出試薬、例えば、本明細書に記載のもの；
第２の発光プロフィール、例えば第２のピーク発光を有するか、または第２のチャネル内で測定される第２のＲＯＩマーカー検出試薬、例えば基底上皮検出試薬、例えば、本明細書に記載のもの；
第３の発光プロフィール、例えば第３のピーク発光を有するか、または第３のチャネル内で測定される領域−表現型マーカー、例えば腫瘍マーカー検出試薬、例えば、本明細書に記載のもの
と接触させる、項目１〜８５のいずれか１項に記載の方法。
（項目８７）
前記腫瘍試料をさらに：
第４の発光プロフィール、例えば第４のピーク発光を有するか、または第４のチャネル内で測定される核検出試薬
と接触させる、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記腫瘍試料をさらに：
第５の発光プロフィール、例えば第５のピーク発光を有するか、または第５のチャネル内で測定される第２の領域−表現型マーカー、例えば第２の腫瘍マーカー検出試薬、例えば、本明細書に記載のもの
と接触させる、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
前記腫瘍試料をさらに：
第６の発光プロフィール、例えば第６のピーク発光を有するか、または第６のチャネル内で測定される第３の領域−表現型マーカー、例えば第３の腫瘍マーカー検出試薬、例えば、本明細書に記載のもの
と接触させる、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
ＲＯＩ、例えば癌性ＲＯＩの同定が、基底細胞の外層がない上皮構造を有する領域を同定することを含む、項目１〜８９のいずれか１項に記載の方法。
（項目９１）
上皮構造が、第１のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば第１の全上皮特異的検出試薬、例えば抗体、例えばモノクローナル抗体、例えば抗ＣＫ８または抗ＣＫ１８抗体、例えばモノクローナル抗体で検出される、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
上皮構造が、前記第１のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば前記第１の全上皮特異的検出試薬と第２のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば第２の全上皮特異的検出試薬で検出される、項目９１に記載の方法。
（項目９３）
前記第１のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば前記第１の全上皮特異的検出試薬と前記第２のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば前記第２の全上皮特異的検出試薬の一方がＣＫ８検出試薬、例えば抗ＣＫ８抗体、例えばモノクローナル抗体であり、他方がＣＫ１８結合試薬、例えば抗ＣＫ１８抗体、例えばモノクローナル抗体である、項目９２に記載の方法。
（項目９４）
前記第１のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば前記第１の全上皮検出試薬の結合のシグナルが、第１のチャネルを介して例えば第１の波長で検出される、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記第１のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば前記第１の全上皮検出試薬の結合のシグナルと前記第２のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば前記第２の全上皮検出試薬のシグナルが前記第１のチャネルを介して例えば第１の波長で検出される、項目９３に記載の方法。
（項目９６）
前記第１（および存在する場合は、必要に応じて前記第２）のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば前記全上皮検出試薬が、マーカー抗体、例えばマーカーモノクローナル抗体を含む、項目９１に記載の方法。
（項目９７）
前記第１（および存在する場合は、必要に応じて前記第２）のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば前記全上皮検出試薬が標識、例えば蛍光性部分、例えば蛍光色素にコンジュゲートされている、項目９１に記載の方法。
（項目９８）
前記第１（および存在する場合は、必要に応じて前記第２）のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば前記全上皮結合剤が、前記マーカー抗体に対する抗体、例えばモノクローナル抗体である第２の抗体を含む、項目９１に記載の方法。
（項目９９）
前記第１（および存在する場合は、必要に応じて前記第２）のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば前記全上皮結合剤が、前記第２の抗体に対する抗体、例えばモノクローナル抗体である第３の抗体を含む、項目９８に記載の方法。
（項目１００）
前記第２の抗体が標識、例えば蛍光性部分、例えば蛍光色素にコンジュゲートされている、項目９９に記載の方法。
（項目１０１）
前記第３の抗体が標識、例えば蛍光性部分、例えば蛍光色素にコンジュゲートされている、項目９８に記載の方法。
（項目１０２）
基底細胞の存在または非存在が、ＲＯＩ特異的検出試薬、例えば基底上皮検出試薬、例えば本明細書に記載の基底上皮検出試薬で検出される、項目９０から１０１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０３）
さらに、前記腫瘍試料の良性ＲＯＩに対応するＲＯＩ、例えば第２のＲＯＩ同定することを含む、項目１〜１０２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０４）
良性ＲＯＩの同定が、基底細胞の外層によって囲まれた上皮構造を有する領域を同定することを含む、項目１０３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０５）
基底細胞が、基底上皮のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば抗体、例えばモノクローナル抗体、例えば抗ＣＫ５抗体、例えばモノクローナル抗体または抗ＴＲＩＭ２９抗体、例えばモノクローナル抗体で検出される、項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
基底細胞が、基底上皮の前記ＲＯＩ特異的検出試薬と基底上皮の第２のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば抗体、例えばモノクローナル抗体、例えば抗ＣＫ５抗体、例えばモノクローナル抗体または抗ＴＲＩＭ２９抗体、例えばモノクローナル抗体で検出される、項目１０５に記載の方法。
（項目１０７）
基底上皮の前記第１のＲＯＩ特異的検出試薬と基底上皮の前記ＲＯＩ特異的検出試薬の一方がＣＫ５検出試薬、例えば抗ＣＫ５抗体、例えばモノクローナル抗体であり、他方がＴＲＩＭ２９検出試薬、例えば抗ＴＲＩＭ２９抗体、例えばモノクローナル抗体である、項目１０６に記載の方法。
（項目１０８）
基底上皮の前記第１のＲＯＩ特異的検出試薬の結合のシグナルが第１のチャネルを介して例えば第１の波長で検出される、項目１０７に記載の方法。
（項目１０９）
基底上皮の前記第１のＲＯＩ特異的検出試薬の結合のシグナルと基底上皮の前記第２のＲＯＩ特異的検出試薬のシグナルが前記第１のチャネルを介して例えば第１の波長で検出される、項目１０８に記載の方法。
（項目１１０）
基底上皮の前記第１（および存在する場合は、必要に応じて前記第２）のＲＯＩ特異的検出試薬が、マーカー抗体、例えばマーカーモノクローナル抗体を含む、項目１０５に記載の方法。
（項目１１１）
基底上皮の前記第１（および存在する場合は、必要に応じて前記第２）のＲＯＩ特異的検出試薬が標識、例えば蛍光性部分、例えば蛍光色素にコンジュゲートされている、項目１０５に記載の方法。
（項目１１２）
基底上皮の前記第１（および存在する場合は、必要に応じて前記第２）のＲＯＩ特異的検出試薬が、前記マーカー抗体に対する第２の抗体、例えばモノクローナル抗体を含む、項目１０５に記載の方法。
（項目１１３）
基底上皮の前記第１（および存在する場合は、必要に応じて前記第２）のＲＯＩ特異的検出試薬が前記第２の抗体に対する抗体、例えばモノクローナル抗体である第３の抗体を含む、項目１０５に記載の方法。
（項目１１４）
前記第２の抗体が標識、例えば蛍光性部分、例えば蛍光色素にコンジュゲートされている、項目１１３に記載の方法。
（項目１１５）
前記第３の抗体が標識、例えば蛍光性部分、例えば蛍光色素にコンジュゲートされている、項目１１４に記載の方法。
（項目１１６）
さらに、前記腫瘍試料のＲＯＩを間質として同定することを含む、項目１〜１１５のいずれか１項に記載の方法。
（項目１１７）
（ｉ．ａ）全上皮特異的マーカー、例えばＣＫ８のシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉｉ．ａ）基底上皮特異的マーカー、例えばＣＫ５のシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１〜１１６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１１８）
さらに：
（ｉ．ｂ）第２の全上皮特異的マーカー、例えばＣＫ１８のシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉｉ．ｂ）第２の基底上皮特異的マーカー、例えばＴＲＩＭ２９のシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１１７に記載の方法。
（項目１１９）
さらに：
（ｉｉｉ）核マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
さらに；
（ｉｖ）前記腫瘍マーカーセットの第２の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１１９に記載の方法。
（項目１２１）
さらに；
（ｖ）前記腫瘍マーカーセットの第３の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む  、項目１２０に記載の方法。
（項目１２２）
さらに；
（ｖｉ）前記腫瘍マーカーセットの第４の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１２０に記載の方法。
（項目１２３）
さらに；
（ｖｉｉ）前記腫瘍マーカーセットの第５の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１２２に記載の方法。
（項目１２４）
さらに；
（ｖｉｉｉ）前記腫瘍マーカーセットの第６の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１２３に記載の方法。
（項目１２５）
さらに；
（ｉｘ）前記腫瘍マーカーセットの第７の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１２４に記載の方法。
（項目１２６）
さらに；
（ｘ）前記腫瘍マーカーセットの第８の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１２５に記載の方法。
（項目１２７）
（ｉ．ａ）および（ｉ．ｂ）の前記シグナルが同じピーク発光を有するか、または同じチャネル内で収集される、項目１１８に記載の方法。
（項目１２８）
（ｉｉ．ａ）および（ｉｉ．ｂ）の前記シグナルが同じピーク発光を有するか、または同じチャネル内で収集される、項目１１８に記載の方法。
（項目１２９）
（ｉ．ａ）全上皮特異的マーカー、例えばＣＫ８のシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉ．ｂ）第２の全上皮特異的マーカー、例えばＣＫ１８のシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉｉ．ａ）基底上皮特異的マーカー、例えばＣＫ５のシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉｉ．ｂ）第２の基底上皮特異的マーカー、例えばＴＲＩＭ２９のシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉｉｉ）核マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｉｖ）第１の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること；
（ｖ）第２の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること；あるいは
（ｖｉ）第３の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１〜１１６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３０）
（ｉ．ａ）、（ｉｉ．ａ）、（ｉｉｉ）および（ｉｖ）を含む、項目１２９に記載の方法。
（項目１３１）
（ｉ．ａ）、（ｉ．ｂ）、（ｉｉ．ａ）、（ｉｉ．ｂ）、（ｉｉｉ）および（ｉｖ）を含む、項目１２９に記載の方法。
（項目１３２）
（ｉ．ａ）〜（ｖ）の全部を含む、項目１２９に記載の方法。
（項目１３３）
（ｉ．ａ）〜（ｖｉ）の全部を含む、項目１２９に記載の方法。
（項目１３４）
さらに、例えば第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の品質管理マーカーレベルを同定することを含む、項目１〜１３３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３５）
さらに、前記品質管理マーカーが腫瘍マーカーセットから選択される、例えばＤＥＲＬ１である、項目１３４に記載の方法。
（項目１３６）
さらに、前記試料を前記品質管理マーカーの検出試薬と接触させることを含む、項目１３４または１３５に記載の方法。
（項目１３７）
さらに、例えば第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の前記第１の品質管理マーカーに対する前記検出試薬の結合に関連している、例えば比例しているシグナルを、例えば直接または間接的に取得すること含む、項目１３３〜１３６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３８）
さらに、例えば第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の第２の品質管理マーカーレベルを同定することを含む、項目１３７に記載の方法。
（項目１３９）
前記第２の品質管理マーカーが前記腫瘍マーカーセットのマーカー以外のものである、項目１３８に記載の方法。
（項目１４０）
前記第２の品質管理マーカーが腫瘍の致死性または侵攻性と関連している、項目１３９に記載の方法。
（項目１４１）
前記第２の品質管理マーカーが、前記腫瘍マーカーセットのマーカー以外の本明細書に記載のマーカー、例えば腫瘍マーカーである、項目１３８に記載の方法。
（項目１４２）
前記第２の品質管理マーカーが、ＡＣＴＮおよびＶＤＡＣ１から選択される、項目１４１に記載の方法。
（項目１４３）
さらに、例えば第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の第３の品質管理マーカーのレベルを同定することを含む、項目１３７から１４１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４４）
前記第３の品質管理マーカーが前記腫瘍マーカーセットのマーカー以外のものである、項目１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記第３の品質管理マーカーが、前記腫瘍マーカーセットのマーカー以外の本明細書に記載のマーカー、例えば腫瘍マーカーである、項目１４４に記載の方法。
（項目１４６）
前記第３の品質管理マーカーが、ＡＣＴＮおよびＶＤＡＣ１から選択される、項目１４４に記載の方法。
（項目１４７）
さらに：
第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の第１の品質管理マーカー、例えばＤＥＲＬ１のレベル、例えば量を同定すること；および
第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の第２の品質管理マーカー、例えばＡＣＴＮとＶＤＡＣのうちの一方のレベルを同定すること
を含む、項目１から１４６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４８）
さらに：
第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の第３の品質管理マーカー、例えばＡＣＴＮとＶＤＡＣのうちの一方のレベルを同定すること
を含む、項目１４７に記載の方法。
（項目１４９）
前記第１の、第２のおよび第３の品質管理マーカーのレベルが、同じ第２のＲＯＩ、例えば良性ＲＯＩにおいて同定される、項目１４３に記載の方法。
（項目１５０）
前記第１の、第２のおよび第３の品質管理マーカーのレベルが、異なる第２のＲＯＩ、例えば異なる良性ＲＯＩにおいて同定される、項目１４３に記載の方法。
（項目１５１）
さらに：
第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の第１の品質管理マーカー、例えばＤＥＲＬ１のレベルを同定すること；
第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の第２の品質管理マーカー、例えばＡＣＴＮとＶＤＡＣのうちの一方のレベルを同定すること；および
第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の第３の品質管理マーカー、例えばＡＣＴＮとＶＤＡＣのうちの一方のレベルを同定すること
ここで、前記レベルに応じて、前記試料を例えば合格または合格でないと分類すること
を含む、項目１４３に記載の方法。
（項目１５２）
前記品質管理マーカーのうちの１つのレベルのシグナルを検出することを含む、項目１５１に記載の方法。
（項目１５３）
検出された前記シグナルの第１の値が第１の品質レベル、例えば合格品質を示し、検出されたシグナルの第２の値が第２の品質レベル、例えば不合格品質を示す、項目１５２に記載の方法。
（項目１５４）
前記値に応じて、前記試料が加工される、もしくは加工されない、例えば廃棄される、または解析のパラメータが変更される、項目１５３に記載の方法。
（項目１５５）
前記試料からマルチスペクトル画像を取得すること、および前記マルチスペクトル画像を以下のチャネル：
第１のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば上皮特異的マーカーのチャネル；
第２のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば基底上皮特異的マーカーのチャネル；
核特異的シグナル、例えばＤＡＰＩシグナルのチャネル；および
第１の集団表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーのチャネル
内にアンミキシングすること
を含む、項目１〜１５４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１５６）
第１のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば全上皮マーカーのシグナルを収集するための第１のチャネルの使用；
第２のＲＯＩ特異的検出試薬、例えば基底上皮マーカーのシグナルを収集するための第２のチャネルの使用；
核領域のシグナルを収集するための第３のチャネルの使用；
第１の集団表現型マーカー、例えばＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９から選択される第１の腫瘍マーカーのシグナルを収集するための第４のチャネルの使用
を含む、項目１５５に記載の方法。
（項目１５７）
さらに：
第２の集団表現型マーカー、例えばＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９から選択される第２の腫瘍マーカーのシグナルを収集するための第５のチャネルの使用
を含む、項目１５６に記載の方法。
（項目１５８）
さらに：
第３の集団表現型マーカー、例えばＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９から選択される第３の腫瘍マーカーのシグナルを収集するための第６のチャネルの使用
を含む、項目１５７に記載の方法。
（項目１５９）
前記試料の解析される領域の画像を、例えばＤＡＰＩフィルタリング画像として取得することを含む、項目１〜１５８のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６０）
例えば前記試料から収集された画像に組織検索アルゴリズムを適用することにより、組織の位置特定を行なうこと
を含む、項目１〜１５９のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６１）
ＤＡＰＩおよびＦＩＴＣモノクロームフィルターを用いて画像を再度取得することを含む、項目１〜１６０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６２）
さらに、例えば充分な組織を含む予め選択した視野数の画像が取得されることが確実になるように、組織検索アルゴリズムを適用すること
を含む、項目１〜１６１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６３）
さらに、ＤＡＰＩ、ＦＩＴＣ、ＴＲＩＴＣおよびＣｙ５フィルターの連続露光量を直接または間接的に取得することを含む、項目１〜１６２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６４）
試料の解析される領域のマルチスペクトル画像を取得することを含む、項目１〜１６３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６５）
前記試料領域を上皮細胞、基底細胞および間質にセグメント化することを含む、項目１〜１６４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６６）
さらに、前記試料領域の細胞質領域と核領域を同定することを含む、項目１〜１６５のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６７）
癌性ＲＯＩの細胞質、核および／または全細胞における集団表現型マーカー、例えば腫瘍マーカーの値を例えば直接または間接的に取得することを含む、項目１〜１６６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６８）
良性ＲＯＩの細胞質、核および／または全細胞における集団表現型マーカー、例えば腫瘍マーカーの値を例えば直接または間接的に取得することを含む、項目１〜１６７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６９）
前記腫瘍試料が複数の一部分、例えば複数の切片またはスライスを含むものである、項目１〜１６８のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７０）
本明細書に記載の工程を行なうこと、例えば、第１の一部分、例えば切片またはスライスから、第１の集団表現型マーカー、例えば第１の腫瘍マーカーのシグナルを収集もしくは取得すること、または画像を形成すること、例えばレベルを同定すること；および
本明細書に記載の工程を行なうこと、例えば、第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスから、第２の集団表現型マーカー、例えば第２の腫瘍マーカーのシグナルを収集もしくは取得すること、または画像を形成すること、例えばレベルを同定すること
を含む、項目１６９に記載の方法。
（項目１７１）
前記第２の腫瘍マーカーが、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９から選択される、項目１７０に記載の方法。
（項目１７２）
さらに：
前記腫瘍試料の第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスにおいて、腫瘍上皮に対応するＲＯＩを同定すること；
腫瘍上皮に対応する前記ＲＯＩから、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９から選択される第２の腫瘍マーカーのシグナルを例えば直接または間接的に取得すること
を含む、項目１７０に記載の方法。
（項目１７３）
前記腫瘍試料の前記第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスの
（ｉ．ａ）上皮特異的マーカー、例えばＣＫ８のシグナルを取得すること；
（ｉｉ．ａ）基底上皮特異的マーカー、例えばＣＫ５のシグナルを取得すること
を含む、項目１７０に記載の方法。
（項目１７４）
さらに、前記腫瘍試料の前記第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスの：
（ｉ．ｂ）第２の上皮特異的マーカー、例えばＣＫ１８のシグナルを取得すること；
（ｉｉ．ｂ）第２の基底上皮特異的マーカー、例えばＴＲＩＭ２９のシグナルを取得す
ること
を含む、項目１７３に記載の方法。
（項目１７５）
さらに、前記腫瘍試料の前記第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスの：
（ｉｉｉ）核マーカーのシグナルを取得すること
を含む、項目１７４に記載の方法。
（項目１７６）
さらに、前記腫瘍試料の前記第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスの；
（ｉｖ）項目１に記載の第２の腫瘍マーカーのシグナルを取得すること
を含む、項目１７５に記載の方法。
（項目１７７）
さらに、前記腫瘍試料の前記第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスの；
（ｖ）前記腫瘍マーカーセットの第２の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１７６に記載の方法。
（項目１７８）
さらに、前記腫瘍試料の前記第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスの
（ｖｉ）前記腫瘍マーカーセットの第３の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１７７に記載の方法。
（項目１７９）
さらに、前記腫瘍試料の前記第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスの；
（ｖｉｉ）前記腫瘍マーカーセットの第４の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１７８に記載の方法。
（項目１８０）
さらに、前記腫瘍試料の前記第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスの；
（ｖｉｉｉ）前記腫瘍マーカーセットの第５の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１７９に記載の方法。
（項目１８１）
さらに、前記腫瘍試料の前記第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスの；
（ｉｘ）前記腫瘍マーカーセットの第６の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１８０に記載の方法。
（項目１８２）
さらに、前記腫瘍試料の前記第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスの；
（ｘ）前記腫瘍マーカーセットの第７の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１８１に記載の方法。
（項目１８３）
さらに、前記腫瘍試料の前記第２の一部分、例えば第２の切片またはスライスの；
（ｘｉ）前記腫瘍マーカーセットの第８の腫瘍マーカーのシグナルを直接または間接的に取得すること
を含む、項目１８２に記載の方法。
（項目１８４）
（ｉ．ａ）および（ｉ．ｂ）の前記シグナルが同じピーク発光を有するか、または同じチャネル内で収集される、項目１７４に記載の方法。
（項目１８５）
（ｉｉ．ａ）および（ｉｉ．ｂ）の前記シグナルが同じピーク発光を有するか、または同じチャネル内で収集される、項目１７４に記載の方法。
（項目１８６）
さらに：
前記腫瘍試料の第３の一部分、例えば第３の切片またはスライスにおいて、腫瘍上皮に対応するＲＯＩを同定すること；
腫瘍上皮に対応する前記ＲＯＩから、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９から選択される第３の腫瘍マーカーのシグナルを例えば直接または間接的に取得すること
を含む、項目１７２に記載の方法。
（項目１８７）
前記腫瘍試料の第３の一部分、例えば第３の切片またはスライスの：
（ｉ．ａ）上皮特異的マーカー、例えばＣＫ８のシグナルを取得すること；
（ｉｉ．ａ）基底上皮特異的マーカー、例えばＣＫ５のシグナルを取得すること
を含む、項目１７２に記載の方法。
（項目１８８）
さらに、前記腫瘍試料の前記第３の一部分、例えば第３の切片またはスライスの：
（ｉ．ｂ）第２の上皮特異的マーカー、例えばＣＫ１８のシグナルを取得すること；
（ｉｉ．ｂ）第２の基底上皮特異的マーカー、例えばＴＲＩＭ２９のシグナルを取得すること
を含む、項目１８７に記載の方法。
（項目１８９）
さらに、前記腫瘍試料の前記第３の一部分、例えば第３の切片またはスライスの：
（ｉｉｉ）核マーカーのシグナルを取得すること
を含む、項目１８８に記載の方法。
（項目１９０）
さらに、前記腫瘍試料の前記第３の一部分、例えば第３の切片またはスライスの：
（ｉｖ）項目１に記載の第２の腫瘍マーカーのシグナルを取得すること
を含む、項目１８９に記載の方法。
（項目１９１）
（ｉ．ａ）および（ｉ．ｂ）の前記シグナルが同じピーク発光を有するか、または同じチャネル内で収集される、項目１８８に記載の方法。
（項目１９２）
（ｉｉ．ａ）および（ｉｉ．ｂ）の前記シグナルが同じピーク発光を有するか、または同じチャネル内で収集される、項目１８８に記載の方法。
（項目１９３）
第１の腫瘍試料の一部分、例えば第１の切片またはスライスを第１の基材上に載せる、項目１〜１９２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９４）
第２の腫瘍試料の一部分、例えば第２の切片またはスライスを第２の基材上に載せる、項目１９３に記載の方法。
（項目１９５）
第３の腫瘍試料の一部分、例えば第３の切片またはスライスを第３の基材上に載せる、項目１９４に記載の方法。
（項目１９６）
第４の腫瘍試料の一部分、例えば第４の切片またはスライスを第４の基材上に載せる、項目１９５に記載の方法。
（項目１９７）
第１の腫瘍試料の一部分、例えば第１の切片またはスライスと第２の腫瘍試料の一部分、例えば第２の切片またはスライスを同じ基材上に載せる、項目１７４に記載の方法。
（項目１９８）
さらに、本明細書に記載の方法のいずれかの工程で前記試料から取得したシグナル、値または画像に対応する値を、デジタルまたは電子媒体に、例えばコンピュータのデータベースに保存または格納することを含む、項目１〜１９７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９９）
前記腫瘍試料からのシグナルの捕捉により得られた値または画像をソフトウェアに、例えばパターン認識または物体認識ソフトウェアにエクスポートし、核領域を同定することを含む、項目１〜１９８のいずれか１項に記載の方法。
（項目２００）
前記腫瘍試料からのシグナルの捕捉により得られた値または画像をソフトウェアに、例えばパターン認識または物体認識ソフトウェアにエクスポートし、細胞質領域を同定することを含む、項目１〜１９９のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０１）
前記腫瘍試料からのシグナルの捕捉により得られた値または画像をソフトウェアに、例えばパターン認識または物体認識ソフトウェアにエクスポートし、癌性ＲＯＩを同定することを含む、項目１〜２００のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０２）
前記腫瘍試料からのシグナルの捕捉により得られた値または画像をソフトウェアに、例えばパターン認識または物体認識ソフトウェアにエクスポートし、良性ＲＯＩを同定することを含む、項目１〜２０１のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０３）
前記腫瘍試料からのシグナルの捕捉により得られた値または画像をソフトウェアに、例えばパターン認識または物体認識ソフトウェアにエクスポートし、癌性ＲＯＩ内の前記腫瘍マーカーのレベルの値を得ることを含む、項目１〜２０２のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０４）
前記腫瘍試料からのシグナルの捕捉により得られた値または画像をソフトウェアに、例えばパターン認識または物体認識ソフトウェアにエクスポートし、良性ＲＯＩ内の前記腫瘍マーカーのレベルの値を得ることを含む、項目１〜２０３のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０５）
領域の表現型マーカー、例えば腫瘍マーカーのシグナル、第１のＲＯＩマーカー、例えば全上皮特異的マーカーのシグナルおよび第２のＲＯＩマーカー、例えば基底上皮特異的マーカーのシグナルに応じて、癌性ＲＯＩ内の領域の表現型マーカー、例えば腫瘍マーカーのレベルの値を得ること
を含む、項目１〜２０４のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０６）
領域の表現型マーカー、例えば腫瘍マーカーのシグナル、第１のＲＯＩマーカー、例えば全上皮特異的マーカーのシグナルおよび第２のＲＯＩマーカー、例えば基底上皮特異的マーカーのシグナルに応じて、良性ＲＯＩ内の腫瘍マーカーのレベルの値を得ることを含む、項目１〜２０５のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０７）
領域の表現型マーカー、例えば腫瘍マーカーのシグナル、第１のＲＯＩマーカー、例えば全上皮特異的マーカーのシグナルおよび第２のＲＯＩマーカー、例えば基底上皮特異的マーカーのシグナルおよび第３のＲＯＩマーカー、例えば核特異的マーカーのシグナルに応じて、癌性ＲＯＩ内の腫瘍マーカーの細胞質内レベルの値を得ることを含む、項目１〜２０６のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０８）
領域の表現型マーカー、例えば腫瘍マーカーのシグナル、第１のＲＯＩマーカー、例えば全上皮特異的マーカーのシグナルおよび第２のＲＯＩマーカー、例えば基底上皮特異的マーカーのシグナルおよび第３のＲＯＩマーカー、例えば核特異的マーカーのシグナルに応じて、良性ＲＯＩ内の腫瘍マーカーの核内レベルの値を得ることを含む、項目１〜２０７のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０９）
前記患者のリスクスコアを計算することを含む、項目２０５に記載の方法。
（項目２１０）
前記値に応じて前記患者のリスクスコアを計算することを含む、項目２０５に記載の方法。
（項目２１１）
項目１９８〜２０８に記載の前記値のうちの１つまたはそれより多くに応じて、前記患者のリスクスコアを計算することを含む、項目２１０に記載の方法。
（項目２１２）
前記患者のリスクスコアを計算することを含み、前記リスクスコアが前立腺外拡張または転移の可能性と相関している、項目２１０に記載の方法。
（項目２１３）
前記リスクスコアに応じて、前記患者の予後診断を行なうこと、前記患者を分類すること、前記患者に対して処置過程を選択すること、または選択された処置過程を前記患者に施すことを含む、項目２１２に記載の方法。
（項目２１４）
前記リスクスコアが「予後良好」症例（例えば、外科的グリーソン３＋３または３に最低４、器官限局性（≦Ｔ２）腫瘍を伴う）に対応する、項目２１１に記載の方法。
（項目２１５）
前記リスクスコアが「予後不良」症例（例えば、被膜浸透（Ｔ３ａ）、精嚢浸潤（Ｔ３ｂ）、リンパ節転移または４もしくはそれより高い優位なグリーソンパターン）に対応する、項目２１１に記載の方法。
（項目２１６）
前記リスクスコアにより「予後良好」症例（例えば、外科的グリーソン３＋３または３に最低４、器官限局性（≦Ｔ２）腫瘍を伴う）と「予後不良」症例（例えば、被膜浸透（Ｔ３ａ）、精嚢浸潤（Ｔ３ｂ）、リンパ節転移または４もしくはそれより高い優位なグリーソンパターン）間の識別が可能である、項目２１１に記載の方法。
（項目２１７）
前記リスクスコアが：
外科的グリーソン３＋３もしくは局在性疾患（≦Ｔ３ａ）（「低リスク」と規定する）；
外科的グリーソン≧３＋４もしくは非局在性疾患（Ｔ３ｂ、ＮあるいはＭ）（「中〜高リスク」と規定する）；
外科的グリーソン≦３＋４および器官限局疾患（≦Ｔ２）（「予後良好」と規定する）；または
外科的グリーソン≧４＋３もしくは器官非限局疾患（Ｔ３ａ、Ｔ３ｂ、ＮあるいはＭ）（「予後不良」）
に対応する、または予測するものである、項目２１１に記載の方法。
（項目２１８）
さらに、前記リスクスコアに応じて、前記患者を、侵攻性癌を有する、またはリスクの増大もしくは癌関連致死性転帰を有すると同定することを含む、項目２１１に記載の方法。
（項目２１９）
補助療法について前記患者を選択すること、または前記患者に補助療法を施すことを含む、項目２１１に記載の方法。
（項目２２０）
腫瘍マーカーＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２またはＨＳＰＡ９のうちの１、２、３、４、５、６、７または全部の検出試薬を含むキット。
（項目２２１）
さらに、全上皮マーカーおよび基底上皮マーカーの検出試薬を含む、項目２２０に記載のキット。
（項目２２２）
癌試料、例えば前立腺腫瘍試料の上にに：
全上皮マーカーの検出試薬；
基底上皮マーカーの検出試薬；
ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２またはＨＳＰＡ９から選択される腫瘍マーカーの検出試薬
が配置された癌試料、例えば前立腺腫瘍試料。
（項目２２３）
前記試料が複数の一部分、例えばスライスを含むものである、項目２２２に記載の前立腺腫瘍試料。
（項目２２４）
癌試料、例えば前立腺腫瘍試料の上にさらに、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２またはＨＳＰＡ９から選択される第２の腫瘍マーカーの検出試薬が配置された癌試料、例えば前立腺腫瘍試料。
（項目２２５）
患者の前立腺腫瘍試料の評価のコンピュータ実装方法であって、
（ｉ）腫瘍上皮に対応する前記腫瘍試料のＲＯＩ（癌性ＲＯＩ）を同定すること；
（ｉｉ）癌性ＲＯＩ内の以下の腫瘍マーカー、ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９（腫瘍マーカーセット）の各々のレベル、例えば量を同定することであって、ここで、腫瘍マーカーレベルの同定は、前記腫瘍マーカーに対する抗体の結合に関連している、例えば比例しているシグナルを例えば直接または間接的に取得することを含む、同定すること；
（ｉｉｉ）癌性ＲＯＩ内の前記腫瘍マーカーの各々のレベルの値を得ること；ならびに
（ｉｖ）例えばアルゴリズムによって前記レベルを併せることにより前記患者にリスクスコアを割り当てることを含む、前記値に応じて前記腫瘍試料を評価すること
それにより前立腺腫瘍試料を評価すること
を含む、方法。
（項目２２６）
全上皮マーカーのシグナルを収集するための第１のチャネルの使用；
基底上皮マーカーのシグナルを収集するための第２のチャネルの使用；
核領域のシグナルを収集するための第３のチャネルの使用；
ＦＵＳ、ＳＭＡＤ４、ＤＥＲＬ１、ＹＢＸ１、ｐＳ６、ＰＤＳＳ２、ＣＵＬ２およびＨＳＰＡ９から選択される腫瘍マーカーのシグナルを収集するための第４のチャネルの使用を含む、項目２２５に記載の方法。
（項目２２７）
前記腫瘍マーカーセットの第１の腫瘍マーカーのレベルが第１の癌性ＲＯＩにおいて同定され、前記腫瘍マーカーセットの第２の腫瘍マーカーのレベルが第２の癌性ＲＯＩにおいて同定される、項目２２５〜２２６のいずれかに記載の方法。
（項目２２８）
ともに前記腫瘍マーカーセットからの第１の腫瘍マーカーのレベルおよび第２の腫瘍マーカーのレベルが同じ癌性ＲＯＩにおいて同定される、項目２２５〜２２７のいずれかに記載の方法。
（項目２２９）
さらに：
第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の第１の品質管理マーカー、例えばＤＥＲＬ１のレベルを同定すること；
第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の第２の品質管理マーカー、例えばＡＣＴＮとＶＤＡＣのうちの一方のレベルを同定すること；および
第２のＲＯＩ内、例えば良性ＲＯＩ内の第３の品質管理マーカー、例えばＡＣＴＮとＶＤＡＣのうちの一方のレベルを同定すること
ここで、前記レベルに応じて、前記試料を例えば合格または合格でないと分類することを含む、項目２２５〜２２８のいずれかに記載の方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０５６２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０５６２】
抗体の特異性アッセイ
抗ＡＣＴＮ１、抗ＣＵＬ２、抗デルリン１、抗ＦＵＳ、抗ＰＤＳＳ２、抗ＳＭＡＤ２、抗ＶＤＡＣ１、抗ＹＢＸ１および抗ＨＳＰＡ９を含むいくつかのＭＡｂを、標的特異的ノックダウン細胞および対照細胞のウエスタンブロッティング（ＷＢ）および免疫組織化学（ＩＨＣ）アッセイによって検証した（図３７）。低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）配列および宿主細胞株の詳細を表１９に示す。細胞を１２ウェルプレート内に播種し、２５ｎＭのｓｉＲＮＡおよびＤｈａｒｍａＦｅｃｔトランスフェクション試薬（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｄｈａｒｍａｃｏｎ）でトランスフェクトした；モックトランスフェクションにはトランスフェクション試薬のみを含めた。また、２種類の非標的化配列でトランスフェクトした細胞も対照として含めた。
【表１９−１】
2016521966.tif 000001
【表１９−２】
2016521966.tif 000002