【手続補正書】
【提出日】平成29年2月27日(2017.2.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象が膵臓がんを患っているかどうかを評価するためのデータを提供する方法であって、
前記対象由来の試料中の少なくとも１つの膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップ；および
前記膵臓がんバイオマーカーのレベルとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルを比較するステップであって、前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーのレベルとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの間の差が、対象が膵臓がんを患っているという指標であるステップ
を含む方法。
【請求項２】
膵臓がんバイオマーカーが、配列番号１〜３１または３９〜７９３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質またはこの断片である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
膵臓がんバイオマーカーが、配列番号１〜１９、４７、４９、５５〜５８、２０６、７２６、７２９、７８０または７９３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質またはこの断片である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
膵臓がんバイオマーカーが、前記タンパク質をコードする核酸配列である、請求項２または３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
試料が、糞便試料、胃腸洗浄液およびこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
試料が胃腸洗浄液を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
少なくとも２つの膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップ、および膵臓がんバイオマーカーの各々のレベルとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのそれぞれのレベルを比較するステップを含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
少なくとも３、４、６、７、８、９または１０個の膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップ、および膵臓がんバイオマーカーの各々のレベルとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのそれぞれのレベルを比較するステップを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
対象がヒトである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
洗浄液を投与するステップ、および試料を回収するステップをさらに含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
試料が、胃腸洗浄液である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
洗浄液が経口投与される、請求項１０または１１に記載の方法。
【請求項１３】
洗浄液が、ポリエチレングリコール、硫酸マグネシウム、硫酸ナトリウム、硫酸カリウム、クエン酸マグネシウム、アスコルビン酸、ピコスルファートナトリウムおよびビサコジルからなる群から選択される成分を含む、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
洗浄液が、ＧＯＬＹＴＥＬＹ、ＨＡＬＦＬＹＴＥＬＹ、ＮＵＬＹＴＥＬＹ、ＳＵＰＲＥＰ、ＦＬＥＥＴ’Ｓ  ＰＨＯＳＰＨＯ−ＳＯＤＡ、クエン酸マグネシウムおよびこれらの一般的同等物からなる群から選択される、請求項１０〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
対象の胃腸系を部分的にパージするステップおよび胃腸洗浄液を回収するステップをさらに含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
差が、前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの減少であり、前記減少が、対象が膵臓がんを患っているという指標である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーのレベルが、コントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの少なくとも３分の１未満である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーのレベルが、コントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの少なくとも５、１０または１００分の１未満である、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
膵臓がんバイオマーカーが、配列番号１〜１６、４９、５５〜５８、２０６および７９３からなる群から選択されるアミノ酸配列によってコードされるタンパク質またはこの断片である、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
差が、前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの増加であり、前記増加が、対象が膵臓がんを患っているという指標である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーのレベルが、コントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの少なくとも３倍を超える、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーのレベルが、コントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの少なくとも５、１０または１００倍を超える、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２３】
膵臓がんバイオマーカーが、ＣＡ１９−９または配列番号１７〜１９、４７、７２６、７２９もしくは７８０からなる群から選択されるアミノ酸配列によってコードされるタンパク質もしくはこの断片である、請求項２０〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
膵臓がんバイオマーカーが膵臓に由来する、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
膵臓がんが、外分泌膵臓がん、膵臓嚢胞性新生物および膵臓内分泌がんからなる群から選択される、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
膵臓がんが、膵管腺癌（ＰＤＡＣ）、腺扁平上皮癌、扁平上皮癌、巨大細胞癌、腺房細胞癌および小細胞癌からなる群から選択される外分泌膵臓がんである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
膵臓がんが膵管腺癌である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
膵臓がんが、インスリノーマ、グルカゴノーマ、ソマトスタチノーマ、ガストリノーマ、ＶＩＰオーマおよび膵臓の非分泌性膵島腫瘍からなる群から選択される膵臓内分泌腫瘍である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
前記少なくとも膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップが、イムノアッセイまたは比色アッセイを行うステップを含む、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
イムノアッセイが、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）およびラジオイムノアッセイからなる群から選択される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
イムノアッセイがＥＬＩＳＡである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記少なくとも膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップが、質量分析を行うステップを含む、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記少なくとも膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップが、
前記試料を、前記膵臓がんバイオマーカーに選択的に結合する薬剤を含む固相試験ストリップまたはフロースルーストリップに適用するステップ；および
前記固相試験ストリップまたは前記フロースルーストリップ上の前記薬剤に結合した前記膵臓がんバイオマーカーを検出するステップ
を含む、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
対象由来の膵臓がんバイオマーカーのレベルと、試料由来の少なくとも１つのコントロールポリペプチドもしくはこの断片または前記少なくともコントロールポリペプチドをコードする核酸のレベルを比較するステップをさらに含む、請求項１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
コントロールポリペプチドが、胃腸管に起源がある非膵臓ポリペプチドである、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
コントロールポリペプチドが、配列番号２７、３２〜４０、４５、５４、５９および５９からなる群から選択されるアミノ酸配列またはこの断片を含む、請求項３４または３５に記載の方法。
【請求項３７】
膵臓がんを患っている対象における膵臓がんの進行を評価するためのデータを提供する方法であって、
前記対象由来の試料中の少なくとも１つの膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップ；および
前記膵臓がんバイオマーカーのレベルとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルを比較するステップであって、前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの減少が、膵臓がんが急速に進行するという指標であり；前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの増加が、膵臓がんがゆっくり進行するまたは退行するという指標である、ステップ
を含み、
任意選択的に、膵臓がんバイオマーカーが、ＣＡ１９−９、配列番号１〜３１もしくは３９〜７９３からなる群から選択されるアミノ酸配列によってコードされるタンパク質、この断片、または前記タンパク質をコードするヌクレオチド配列もしくはこの断片である
方法。
【請求項３８】
膵臓がんバイオマーカーが、配列番号１〜１６、４９、５５〜５８、２０６および７９３からなる群から選択されるアミノ酸配列によってコードされるタンパク質またはこの断片である、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
膵臓がんバイオマーカーが、前記タンパク質をコードするヌクレオチド配列またはこの断片である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
膵臓がんを患っている対象における膵臓がんの進行を評価するためのデータを提供する方法であって、
前記対象由来の試料中の少なくとも１つの膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップ；および
前記膵臓がんバイオマーカーのレベルとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルを比較するステップであって、前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの増加が、膵臓がんが急速に進行するという指標であり；前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの減少が、膵臓がんがゆっくり進行するまたは退行するという指標であるステップ
を含み、
任意選択的に、前記膵臓がんバイオマーカーが、ＣＡ１９−９、配列番号１〜３１もしくは３９〜７９３からなる群から選択されるアミノ酸配列によってコードされるタンパク質、この断片、または前記タンパク質をコードするヌクレオチド配列もしくはこの断片である
方法。
【請求項４１】
膵臓がんバイオマーカーが、ＣＡ１９−９または配列番号１７〜１９、４７、７２６、７２９もしくは７８０からなる群から選択されるアミノ酸配列によってコードされるタンパク質もしくはこの断片である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
膵臓がんバイオマーカーが、前記タンパク質をコードするヌクレオチド配列またはこの断片である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
試料が、糞便試料、胃腸洗浄液およびこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項３７〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
試料が胃腸洗浄液を含む、請求項３７〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
少なくとも２つの膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップ、および膵臓がんバイオマーカーの各々のレベルとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのそれぞれのレベルを比較するステップを含む、請求項３７〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
少なくとも３、４、６、７、８、９または１０個の膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップ、および膵臓がんバイオマーカーの各々のレベルとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのそれぞれのレベルを比較するステップを含む、請求項３７〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
対象がヒトである、請求項３７〜４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
洗浄液を投与するステップおよび試料を回収するステップをさらに含む、請求項３７〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
試料が、胃腸洗浄液である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
洗浄液が経口投与される、請求項４８または４９に記載の方法。
【請求項５１】
洗浄液が、ポリエチレングリコール、硫酸マグネシウム、硫酸ナトリウム、硫酸カリウム、クエン酸マグネシウム、アスコルビン酸ピコスルファートナトリウム、およびビサコジルからなる群から選択される成分を含む、請求項４８〜５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
洗浄液が、ＧＯＬＹＴＥＬＹ、ＨＡＬＦＬＹＴＥＬＹ、ＮＵＬＹＴＥＬＹ、ＳＵＰＲＥＰ、ＦＬＥＥＴ’Ｓ  ＰＨＯＳＰＨＯ−ＳＯＤＡ、クエン酸マグネシウムおよびこれらの一般的同等物からなる群から選択される、請求項４８〜５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
対象の胃腸系を部分的にパージするステップおよび胃腸の洗浄液を回収するステップをさらに含む、請求項３７〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
膵臓がんバイオマーカーが膵臓に由来する、請求項３７〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
膵臓がんが、外分泌膵臓がん、膵臓嚢胞性新生物および膵臓内分泌がんからなる群から選択される、請求項３７〜５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５６】
膵臓がんが、膵管腺癌（ＰＤＡＣ）、腺扁平上皮癌、扁平上皮癌、巨大細胞癌、腺房細胞癌および小細胞癌からなる群から選択される外分泌膵臓がんである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
膵臓がんが膵管腺癌である、請求項５５に記載の方法。
【請求項５８】
膵臓がんが、インスリノーマ、グルカゴノーマ、ソマトスタチノーマ、ガストリノーマ、ＶＩＰオーマおよび膵臓の非分泌性膵島腫瘍からなる群から選択される膵臓内分泌腫瘍である、請求項５５に記載の方法。
【請求項５９】
前記少なくとも膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップが、イムノアッセイまたは比色アッセイを行うステップを含む、請求項３７〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
イムノアッセイが、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）およびラジオイムノアッセイからなる群から選択される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
イムノアッセイがＥＬＩＳＡである、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記少なくとも膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップが、質量分析を行うステップを含む、請求項３７〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
前記少なくとも膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップが、
前記試料を、前記膵臓がんバイオマーカーに選択的に結合する薬剤を含む固相試験ストリップまたはフロースルーストリップに適用するステップ；および
前記固相試験ストリップまたは前記フロースルーストリップ上の前記薬剤に結合した前記膵臓がんバイオマーカーを検出するステップ
を含む、請求項３７〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
対象由来の膵臓がんバイオマーカーのレベルと試料由来の少なくとも１つのコントロールポリペプチドもしくはこの断片または前記少なくともコントロールポリペプチドをコードする核酸のレベルを比較するステップをさらに含む、請求項３７〜６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
コントロールポリペプチドが、胃腸管に起源がある非膵臓ポリペプチドである、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
コントロールポリペプチドが、配列番号２７、３２〜４０、４５、５４、５９および５９からなる群から選択されるアミノ酸配列またはこの断片を含む、請求項６４または６５に記載の方法。
【請求項６７】
膵臓がんに罹患している対象における膵臓がんの治療の効力をモニタリングする方法であって、
前記対象由来の試料中の少なくとも１つの膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップであって、前記対象が、膵臓がんのための治療に既に晒されたステップ；および
前記膵臓がんバイオマーカーのレベルとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルを比較するステップであって、前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの減少が、治療が効果的でないという指標であり；前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの増加が、膵臓がんが効果的であるという指標であるステップ
を含み、
任意選択により、膵臓がんバイオマーカーが、ＣＡ１９−９、配列番号１〜３１もしくは３９〜７９３からなる群から選択されるアミノ酸配列によってコードされるタンパク質、この断片、または前記タンパク質をコードするヌクレオチド配列もしくはこの断片である
方法。
【請求項６８】
膵臓がんバイオマーカーが、配列番号１〜１６、４９、５５〜５８、２０６および７９３からなる群から選択されるアミノ酸配列によってコードされるタンパク質またはこの断片である、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
膵臓がんバイオマーカーが、前記タンパク質をコードするヌクレオチド配列またはこの断片である、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
膵臓がんに罹患している対象における膵臓がんの治療の効力をモニタリングする方法であって、
前記対象由来の試料中の少なくとも１つの膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップであって、前記対象が、膵臓がんのための治療に既に晒されたステップ；および
前記膵臓がんバイオマーカーのレベルとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルを比較するステップであって、前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの増加が、治療が効果的でないという指標であり；前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの減少が、膵臓がんが効果的であるという指標であるステップ
を含み、
任意選択により、膵臓がんバイオマーカーが、ＣＡ１９−９、配列番号１〜３１もしくは３９〜７９３からなる群から選択されるアミノ酸配列によってコードされるタンパク質、この断片、または前記タンパク質をコードするヌクレオチド配列もしくはこの断片である
方法。
【請求項７１】
膵臓がんバイオマーカーが、ＣＡ１９−９または配列番号１７〜１９、４７、７２６、７２９もしくは７８０からなる群から選択されるアミノ酸配列によってコードされるタンパク質もしくはこの断片である、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
膵臓がんバイオマーカーが、前記タンパク質をコードするヌクレオチド配列またはこの断片である、請求項４１に記載の方法。
【請求項７３】
膵臓がんを有する対象を治療するためのデータを提供する方法であって、
前記対象由来の試料中の少なくとも１つの膵臓がんバイオマーカーのレベルを決定するステップ；および
前記膵臓がんバイオマーカーのレベルとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルを比較するステップであって、前記対象由来の膵臓がんバイオマーカーとコントロール試料中の膵臓がんバイオマーカーのレベルの間の差が、対象が膵臓がんを患っているという指標であるステップ；
前記対象を治療的に効果的な治療に晒し、それによって膵臓がんを有する対象を治療するステップ
を含む方法。
【請求項７４】
少なくとも１つの膵臓がんバイオマーカーに選択的に結合する薬剤を含む、対象における膵臓がんの存在、不存在または進行を決定するキット。
【請求項７５】
膵臓がんバイオマーカーが、配列番号１〜３１または３９〜７９３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質またはこの断片である、請求項７４に記載のキット。
【請求項７６】
膵臓がんバイオマーカーが、配列番号１〜３１または３９〜７９３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質またはこの断片である、請求項７４または７５に記載のキット。
【請求項７７】
膵臓がんバイオマーカーが、前記タンパク質をコードするヌクレオチド配列またはこの断片である、請求項７５または７６に記載のキット。
【請求項７８】
少なくとも１つの膵臓がんバイオマーカーに選択的に結合する少なくとも２つの薬剤を含む、請求項７４〜７７のいずれか一項に記載のキット。
【請求項７９】
少なくとも１つの膵臓がんバイオマーカーに選択的に結合する少なくとも３つ、４つまたは５つの薬剤を含む、請求項７４〜７８のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８０】
薬剤が、抗体またはこの抗原結合断片を含む、請求項７４〜７９のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８１】
対象に経口投与するための洗浄液をさらに含む、請求項７４〜８０のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８２】
対象由来の胃腸洗浄液を回収するための容器をさらに含む、請求項８１に記載のキット。
【請求項８３】
薬剤が固体支持体に結合している、請求項７４〜８２のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８４】
固体支持体が固相試験ストリップまたはフロースルー試験ストリップを含む、請求項８３に記載のキット。
【請求項８５】
前記膵臓がんバイオマーカーに選択的に結合する検出可能な薬剤をさらに含む、請求項７４〜８４のいずれか一項に記載のキット。