【手続補正書】
【提出日】平成29年8月18日(2017.8.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
アレイの１つ以上の領域の画像データを取得する工程であって、前記アレイが複数の確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーを含み、前記フィーチャーがオリゴヌクレオチドプローブを含む、工程と、
前記取得した画像データに基づいて前記複数の標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーのそれぞれのシグナル強度および局所バックグラウンド強度を測定する工程と、
前記測定されたシグナル強度および局所バックグラウンド強度を用いて前記複数の標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーのそれぞれの局所バックグラウンド補正シグナル強度を計算する工程と、
前記アレイの前記１つ以上の領域の標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの数を決定すべく前記複数の標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの前記局所バックグラウンド補正シグナル強度を変換する工程と、
前記アレイの前記１つ以上の領域内で決定された確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの数に基づいて標的分子の絶対数を計算する工程と
を含む、アレイ上の標的分子の絶対数をカウントする方法。
【請求項２】
前記アレイの前記１つ以上の領域の画像データを取得する工程が、前記アレイの前記複数の確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの１つ以上の位置を自動で決定する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記複数の確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの前記局所バックグラウンド補正シグナル強度を解析して前記アレイの標識フィーチャーと非標識フィーチャーとを識別するための動的シグナル強度閾値を決定する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記アレイの確率的標識フィーチャーと非標識フィーチャーとの識別のための前記動的シグナル強度閾値を決定する工程が、ｋメドイドクラスタリング解析、混合モデル統計解析、または前記複数の標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの前記バックグラウンド補正シグナル強度値のソーティングに基づく経験的解析を行う工程を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記アレイの確率的標識フィーチャーと非標識フィーチャーとの識別のための前記動的シグナル強度閾値を決定する工程が、前記動的シグナル強度閾値超のフィーチャー強度と前記動的シグナル強度閾値未満のフィーチャー強度との統計的差に関する品質メトリックを最大化する工程を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記局所バックグラウンド補正シグナル強度を計算する工程が、
（ａ）あらかじめ決められたデータ解析ウィンドウを前記アレイの画像内の前記複数の確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーのそれぞれに対してセンタリングする工程と、
（ｂ）前記アレイフィーチャー内またはその周りのピクセルのあらかじめ決められたパターンに基づいてシグナルピクセルおよびバックグラウンドピクセルの強度値統計量を計算する工程と、
（ｃ）前記シグナル強度値統計量およびバックグラウンド強度値統計量を利用して前記複数の確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーのそれぞれのバックグラウンド補正シグナル強度を計算する工程と
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記複数の確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーのそれぞれの前記バックグラウンド補正シグナル強度を計算するために使用される前記強度値統計量が、平均値、中央値、またはシグナル対バックグラウンド強度比である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記標的分子の前記絶対数を計算する工程が、前記アレイの前記１つ以上の領域内で検出された確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの数ならびにポアソン分布の予測の両方に基づく、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記標的分子の前記計算された絶対数に対して信頼区間を計算する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
（ａ）あらかじめ決められたデータ解析ウィンドウをアレイのディジタル画像内のフィーチャーに対してセンタリングする工程と、
（ｂ）前記フィーチャー内またはその周りのピクセルのあらかじめ決められたパターンに基づいてシグナルピクセルおよびバックグラウンドピクセルの強度値統計量を計算する工程と、
（ｃ）シグナルピクセルおよびバックグラウンドピクセルの前記強度値統計量を利用して前記フィーチャーのバックグラウンド補正シグナル強度を計算する工程と
を含む、アレイシグナル強度データの局所バックグラウンド補正を行う方法。
【請求項１１】
前記アレイ上の基準フィーチャーのあらかじめ決められたセットを用いて前記アレイ内の前記フィーチャーの位置を自動で決定する工程を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記フィーチャーの前記バックグラウンド補正シグナル強度の計算に使用される前記強度値統計量が、平均値、中央値、またはシグナル対バックグラウンド強度比である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
シグナルピクセルおよびバックグラウンドピクセルの前記強度値統計量を計算する工程が、平均値または中央値のシグナル強度から平均値または中央値のバックグラウンド強度を引き算して各アレイフィーチャーのバックグラウンド補正シグナル強度値を決定する工程を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
（ａ）前記アレイの複数の確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーのそれぞれの画像強度データを測定する工程と、
（ｂ）前記アレイ上の前記複数の確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーのそれぞれの前記測定された画像強度データの局所バックグラウンド補正を行って局所バックグラウンド補正画像強度データを取得する工程と、
（ｃ）前記複数の確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの前記局所バックグラウンド補正画像強度データの１つ以上の統計解析を行うことにより前記確率的標識フィーチャーと非標識フィーチャーとの識別のための動的画像強度閾値を決定する工程と
を含む、複数の確率的標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーを含むアレイ上の確率的標識フィーチャーと非標識フィーチャーとの識別に使用するための動的画像強度閾値を決定する方法。
【請求項１５】
前記１つ以上の統計解析が、ｋ平均クラスタリング、ｋメドイドクラスタリング、混合モデル統計解析、プローブ参照分布法、または経験的解析を含む、請求項１４に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
また、（ａ）クロージャーと、（ｂ）クロージャーを第１の位置に磁気的に保持するハウジングと、（ｃ）クロージャーを第２の位置に磁気的に保持する並進ステージとを含む機構が開示されている。いくつかの実施形態では、機構は、クロージャーとハウジングとの間に位置決めされたガスケットをさらに含む。いくつかの実施形態では、ガスケットは、クロージャーに装着される。いくつかの実施形態では、ガスケットは、ハウジングに装着される。いくつかの実施形態では、クロージャーおよびハウジングは実質的に不透明であり、かつガスケットは、第１の位置でクロージャーとハウジングとの間に実質的に光密シールを形成する。いくつかの実施形態では、１つ以上のマグネットは、第１の位置でクロージャーをハウジング上に保持するように位置決めされる。いくつかの実施形態では、１つ以上のマグネットは、第２の位置でクロージャーを並進ステージの第１の表面上に保持するように位置決めされる。いくつかの実施形態では、２対以上の嵌合位置決めフィーチャーにより第２の位置でクロージャーを並進ステージに整合させる。いくつかの実施形態では、２対以上の嵌合位置決めフィーチャーにより第１の位置でクロージャーをハウジングに整合させる。いくつかの実施形態では、対をなす嵌合位置決めフィーチャーは、コニカルピンおよびコニカルホールを含む。いくつかの実施形態では、ハウジングは光学機器を含む。いくつかの実施形態では、並進ステージはサンプルホルダーを含む。いくつかの実施形態では、サンプルホルダーは、顕微鏡スライド、マイクロアレイ、またはマイクロウェルプレートを保持するように設計される。いくつかの実施形態では、クロージャーは蝶着されない。いくつかの実施形態では、クロージャーは、ネジまたはクリップなどのファスナーを用いてハウジングまたは並進ステージのいずれにも装着されない。いくつかの実施形態では、クロージャーは、接着剤を用いてハウジングまたは並進ステージのいずれにも装着されない。いくつかの実施形態では、クロージャーはラッチまたは機械的ロックを使用しない。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
サンプル中の標的分子の絶対数を計算するための出力ユニットを含むアレイリーダーシステムであって、複数の標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーを含むアレイを読み取るように構成される、アレイリーダーシステム。
（項目２）
光学イメージングシステムをさらに含む、項目１に記載のアレイリーダーシステム。
（項目３）
前記計算が、前記光学イメージングシステムにより生成された光学画像データを標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの数のカウント値に変換することに基づく、項目２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目４）
前記出力ユニットが、デジタルプロセッサーおよび実行可能なソフトウェアを含む、項目１に記載のアレイリーダーシステム。
（項目５）
前記実行可能なソフトウェアが、光学画像データを標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの数のカウント値に変換するコンピューターコードを含む、項目４に記載のアレイリーダー。
（項目６）
前記アレイが、マイクロアレイ、顕微鏡スライド、またはマイクロウェルプレートを含む、項目１に記載のアレイリーダーシステム。
（項目７）
前記光学イメージングシステムが、１未満の倍率、１に等しい倍率、または１超の倍率を有する、項目２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目８）
前記光学イメージングシステムが蛍光イメージングシステムを含む、項目２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目９）
前記光学イメージングシステムが燐光イメージングシステムを含む、項目２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目１０）
前記光学イメージングシステムが、透過光、反射光、もしくは散乱光のイメージングモードまたはそれらの組合せで動作するイメージングシステムを含む、項目２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目１１）
前記光学イメージングシステムが１つ以上のイメージセンサーを含む、項目８〜１０のいずれか一項に記載のアレイリーダーシステム。
（項目１２）
前記１つ以上のイメージセンサーが少なくとも３２０×２４０ピクセルの解像度を有する、項目１１に記載のアレイリーダーシステム。
（項目１３）
前記１つ以上のイメージセンサーがＣＣＤイメージセンサーである、項目１１に記載のアレイリーダーシステム。
（項目１４）
前記１つ以上のイメージセンサーがＣＭＯＳイメージセンサーである、項目１１に記載のアレイリーダーシステム。
（項目１５）
前記１つ以上のイメージセンサーが１つ以上の回路ボードを含む、項目１１に記載のアレイリーダーシステム。
（項目１６）
前記光学イメージングシステムが、限定されるものではないが、顕微鏡対物レンズ、カメラレンズ、有限共役レンズ、無限共役レンズ、平凸レンズ、両凸レンズ、平凹レンズ、両凹レンズ、色消し接合二重レンズ、またはバンドパスフィルターを含む群から選択される１つ以上の要素をさらに含む、項目８〜１０のいずれか一項に記載のアレイリーダーシステム。
（項目１７）
前記蛍光イメージングシステムが、フルオレセイン、Ｃｙ３、Ｃｙ５、またはフィコエリトリンフルオロフォアの使用に合わせて設計される、項目８に記載のアレイリーダーシステム。
（項目１８）
前記光学イメージングシステムが、少なくとも１つの光源を含む照明システムをさらに含む、項目２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目１９）
前記少なくとも１つの光源がＬＥＤまたはＬＥＤアセンブリーである、項目１８に記載のアレイリーダーシステム。
（項目２０）
前記少なくとも１つの光源が前記イメージセンサーと電子的に同期し、前記少なくとも１つの光源は、前記イメージセンサーが画像を取得しているときはオンになり、かつ前記イメージセンサーが画像を取得していないときはオフになる、項目１８に記載のアレイリーダーシステム。
（項目２１）
前記照明システムがオフアクシス照明システムである、項目１８に記載のアレイリーダーシステム。
（項目２２）
前記オフアクシス照明システムがシャインプルーフ条件を満たす、項目２１に記載のアレイリーダーシステム。
（項目２３）
前記オフアクシス照明システムがシャインプルーフ条件を満たさない、項目２１に記載のアレイリーダーシステム。
（項目２４）
前記オフアクシス照明サブシステムがケーラー照明システムである、項目２１に記載のアレイリーダーシステム。
（項目２５）
前記オフアクシス照明システムがアッベ照明システムである、項目２１に記載のアレイリーダーシステム。
（項目２６）
前記照明システムが落射照明システムである、項目１８に記載のアレイリーダーシステム。
（項目２７）
前記落射照明システムがケーラー照明システムである、項目２６に記載のアレイリーダーシステム。
（項目２８）
前記落射照明システムがアッベ照明システムである、項目２６に記載のアレイリーダーシステム。
（項目２９）
前記照明システムが透過照明システムである、項目１８に記載のアレイリーダーシステム。
（項目３０）
前記透過照明システムがケーラー照明システムである、項目２９に記載のアレイリーダーシステム。
（項目３１）
前記透過照明システムがアッベ照明システムである、項目２９に記載のアレイリーダーシステム。
（項目３２）
前記光学イメージングシステムが並進ステージをさらに含む、項目２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目３３）
前記並進ステージが一軸並進ステージである、項目３２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目３４）
前記並進ステージが二軸並進ステージである、項目３２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目３５）
前記並進ステージが多軸並進ステージである、項目３２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目３６）
前記実行可能なソフトウェアが取得画像内のアレイのフィーチャーの位置を自動で決定する、項目４に記載のアレイリーダーシステム。
（項目３７）
（ｉ）あらかじめ決められた解析ウィンドウを画像内の各アレイフィーチャーに対してセンタリングし、（ｉｉ）前記フィーチャー内のピクセルのあらかじめ決められたパターンに従ってシグナルピクセルおよびバックグラウンドピクセルの強度値統計量を計算し、かつ（ｉｉｉ）前記シグナル強度値統計量およびバックグラウンド強度値統計量を利用して各フィーチャーのバックグラウンド補正シグナル強度値を計算することにより、前記実行可能なソフトウェアが局所バックグラウンド補正も行う、項目３６に記載のアレイリーダーシステム。
（項目３８）
前記実行可能なソフトウェアが、アレイフィーチャーの完全セットのバックグラウンド補正シグナル強度値のｋ平均クラスタリング解析を行うことにより前記アレイの標識フィーチャーと非標識フィーチャーとの識別のための動的シグナル強度閾値も決定する、項目３７に記載のアレイリーダーシステム。
（項目３９）
前記実行可能なソフトウェアが、アレイフィーチャーの完全セットのバックグラウンド補正シグナル強度値のｋメドイドクラスタリング解析を行うことにより前記アレイの標識フィーチャーと非標識フィーチャーとの識別のための動的シグナル強度閾値も決定する、項目３７に記載のアレイリーダーシステム。
（項目４０）
前記実行可能なソフトウェアが、アレイフィーチャーの完全セットのバックグラウンド補正シグナル強度値の混合モデル統計解析を行うことにより前記アレイの標識フィーチャーと非標識フィーチャーとの識別のための動的シグナル強度閾値も決定する、項目３７に記載のアレイリーダーシステム。
（項目４１）
前記実行可能なソフトウェアが、アレイフィーチャーの完全セットのバックグラウンド補正シグナル強度値のソーティングに基づく経験的解析を行うことにより前記アレイの標識フィーチャーと非標識フィーチャーとの識別のための動的シグナル強度閾値も決定する、項目３７に記載のアレイリーダーシステム。
（項目４２）
前記実行可能なソフトウェアが、アレイフィーチャーの完全セットのバックグラウンド補正シグナル強度値のペアワイズ差のソーティングに基づく経験的解析を行うことにより前記アレイの標識フィーチャーと非標識フィーチャーとの識別のための動的シグナル強度閾値も決定する、項目３７に記載のアレイリーダーシステム。
（項目４３）
前記実行可能なソフトウェアが、アレイフィーチャーの完全セットのバックグラウンド補正シグナル強度値の１つ以上の統計解析を行うことにより前記アレイの標識フィーチャーと非標識フィーチャーとの識別のための動的シグナル強度閾値も決定し、前記１つ以上の統計解析が、限定されるものではないが、ｋ平均クラスタリング、ｋメドイドクラスタリング、混合モデル統計解析、または経験的解析を含むリストから選択される、項目３７に記載のアレイリーダーシステム。
（項目４４）
前記実行可能なソフトウェアが、検出された標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの数ならびにポアソン分布の予測に基づいてサンプル中の標的分子の絶対数も計算する、項目５または３８〜４３のいずれか一項に記載のアレイリーダーシステム。
（項目４５）
前記実行可能なソフトウェアが標的分子の数の信頼区間も計算する、項目４４に記載のアレイリーダーシステム。
（項目４６）
前記光学イメージングシステムおよび出力ユニットが単一のスタンドアロン機器内で組み合わされる、項目２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目４７）
前記光学イメージングシステムおよび出力ユニットが個別の機器モジュールとして構成される、項目２に記載のアレイリーダーシステム。
（項目４８）
サンプル中の標的分子の絶対数が、検出された標識フィーチャーおよび非標識フィーチャーの数ならびにポアソン分布の予測から計算される、項目３または５に記載のアレイリーダーシステム。
（項目４９）
前記実行可能なソフトウェアが、アレイフィーチャーの完全セットの局所バックグラウンド補正シグナル強度の解析を行って動的シグナル強度閾値も決定し、前記解析が、さまざまなモデルパラメーターによりモデル関数を強度データに当てはめることを含む、項目３７に記載のアレイリーダーシステム。
（項目５０）
前記実行可能なソフトウェアが、アレイフィーチャーの完全セットの局所バックグラウンド補正シグナル強度の解析を行って動的シグナル強度閾値も決定し、前記解析が、前記閾値超のフィーチャー強度と前記閾値未満のフィーチャー強度との統計的差に関する品質メトリックを最大化することを含む、項目３７に記載のアレイリーダーシステム。