【手続補正書】
【提出日】平成29年3月13日(2017.3.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
操作されたペプチドシンテターゼと、前記操作されたペプチドシンテターゼのためのアミノ酸基質およびアシル実体基質とを、アシルアミノ酸組成物を作製するために十分な条件下および時間の間、接触させることによって、アシルアミノ酸組成物を作製する方法。
【請求項２】
前記操作されたペプチドシンテターゼが、アデニル化（Ａ）ドメイン、チオール化（Ｔ）ドメイン、および縮合（Ｃ）ドメインを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記操作されたペプチドシンテターゼが、チオエステラーゼドメイン、および／またはレダクターゼドメインを欠く、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記操作されたペプチドシンテターゼが、単一のペプチドシンテターゼドメインのみを含有する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記操作されたペプチドシンテターゼが、リポペプチドを合成するペプチドシンテターゼ中で第１のドメインとして見出されるペプチドシンテターゼドメインであるか、またはそれを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
アシルアミノ酸組成物が、顕著な成分としてアシルアミノ酸を含み、そのアミノ酸部分がグリシンまたはグルタミン酸からなる群から選択されるアミノ酸由来であり、かつそのアシル部分が、ミリスチン酸および／またはラウリン酸からなる群から選択される脂肪酸由来である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記接触させるステップが、少なくとも１つの操作されたペプチドシンテターゼを発現するように操作された細胞を提供するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
アシルアミノ酸を合成する少なくとも１つの操作されたペプチドシンテターゼを発現するように操作された細胞。
【請求項９】
操作されたペプチドシンテターゼによって産生されたアシルアミノ酸組成物。
【請求項１０】
前記組成物中の前記アシルアミノ酸の実質的に全てが、同じアミノ酸成分を含有する、請求項９に記載の組成物。
【請求項１１】
前記組成物中のアシルアミノ酸が異なるアシル部分を含む、請求項９に記載の組成物。
【請求項１２】
生成物を調製する方法であって：
操作された微生物細胞中で調製されるアシルアミノ酸組成物を用意する、または得るステップと；
前記アシルアミノ酸組成物を特定のアシルアミノ酸について富化するステップと；
前記富化されたアシルアミノ酸組成物と少なくとも１つの他の成分とを組み合わせて生成物を産生するステップと；
を含む、方法。
【請求項１３】
単一のペプチドシンテターゼドメインを含み、かつチオエステラーゼドメイン、および／またはレダクターゼドメインを欠く、操作されたペプチドシンテターゼポリペプチドと：
前記ペプチドシンテターゼポリペプチドのアミノ酸基質；および
前記ペプチドシンテターゼポリペプチドのアシル部分基質と
を接触させるステップを含み、
前記接触させるステップが、前記操作されたペプチドシンテターゼポリペプチドが、前記アシル部分基質からのアシル部分を前記アミノ酸へ共有結合し、その結果アシルアミノ酸が生成される条件下でかつ十分な時間行われる、方法。
【請求項１４】
前記操作されたペプチドシンテターゼポリペプチドが細胞によって産生される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記細胞が微生物細胞である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記細胞が細菌細胞である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記接触させるステップが、前記細胞と前記基質とを接触させるステップを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記細胞が操作された細胞である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
前記ペプチドシンテターゼポリペプチドが操作されたペプチドシンテターゼポリペプチドであるという点で、前記細胞が操作されている、請求項１８に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
本発明は、ある生成物を調製する方法であって、操作された宿主（例えば、微生物）細胞中で調製されたアシルアミノ酸組成物を用意する、または得るステップ；必要に応じて、アシルアミノ酸組成物を特定のアシルアミノ酸について富化するステップ；およびいくつかの実施形態では、この富化されたアシルアミノ酸組成物と、少なくとも１つの他の成分とを組み合わせて、ある生成物を生成するステップを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本発明は、単一のペプチドシンテターゼドメインを含み、かつチオエステラーゼドメイン、および／またはレダクターゼドメインのいずれかを欠く、操作されたペプチドシンテターゼポリペプチドと、（ｉ）ペプチドシンテターゼポリペプチドのアミノ酸基質；および（ｉｉ）ペプチドシンテターゼポリペプチドのアシル部分基質（substate）、とを接触させるステップを含み、この接触は、操作されたペプチドシンテターゼポリペプチドが、アシル部分をアシル部分基質からアミノ酸へ共有結合し、その結果アシルアミノ酸が生成される条件下でかつ十分な時間行われる、方法を提供する。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
操作されたペプチドシンテターゼと、前記操作されたペプチドシンテターゼのためのアミノ酸基質およびアシル実体基質とを、アシルアミノ酸組成物を作製するために十分な条件下および時間の間、接触させることによって、アシルアミノ酸組成物を作製する方法。（項目１Ａ）
前記操作されたペプチドシンテターゼが、アデニル化（Ａ）ドメイン、チオール化（Ｔ）ドメイン、および縮合（Ｃ）ドメインを含む、項目１に記載の方法。
（項目１Ａ１）
前記操作されたペプチドシンテターゼが、チオエステラーゼドメイン、および／またはレダクターゼドメインを欠く、項目１または項目１Ａに記載の方法。
（項目１Ａ１ａ）
前記操作されたペプチドシンテターゼが、単一のペプチドシンテターゼドメインのみを含有する、項目１または項目１Ａ１に記載の方法。
（項目１Ａ２）
前記操作されたペプチドシンテターゼが、リポペプチドを合成するペプチドシンテターゼ中で第１のドメインとして見出されるペプチドシンテターゼドメインであるか、またはそれを含む、項目１または項目１Ａ１ａに記載の方法。
（項目１Ｂ）
アシルアミノ酸組成物が、顕著な成分としてアシルアミノ酸を含み、そのアミノ酸部分がグリシンまたはグルタミン酸からなる群から選択されるアミノ酸由来であり、かつそのアシル部分が、ミリスチン酸および／またはラウリン酸からなる群から選択される脂肪酸由来である、項目１または項目１Ａに記載の方法。
（項目１Ｃ）
前記接触させるステップが、少なくとも１つの操作されたペプチドシンテターゼを発現するように操作された細胞を提供するステップを含む、先行する項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目２）
アシルアミノ酸を合成する少なくとも１つの操作されたペプチドシンテターゼを発現するように操作された細胞。
（項目３）
操作されたペプチドシンテターゼによって産生されたアシルアミノ酸組成物。
（項目３Ｂ）
前記組成物中の前記アシルアミノ酸の実質的に全てが、同じアミノ酸成分を含有する、項目３に記載の組成物。
（項目３Ｃ）
前記組成物中のアシルアミノ酸が異なるアシル部分を含む、項目３〜３Ｂのいずれか１項に記載の組成物。
（項目４）
生成物を調製する方法であって：
操作された微生物細胞中で調製されるアシルアミノ酸組成物を用意する、または得るステップと；
前記アシルアミノ酸組成物を特定のアシルアミノ酸について富化するステップと；
前記富化されたアシルアミノ酸組成物と少なくとも１つの他の成分とを組み合わせて生成物を産生するステップと；
を含む、方法。
（項目５）
単一のペプチドシンテターゼドメインを含み、かつチオエステラーゼドメイン、および／またはレダクターゼドメインを欠く、操作されたペプチドシンテターゼポリペプチドと：
前記ペプチドシンテターゼポリペプチドのアミノ酸基質；および
前記ペプチドシンテターゼポリペプチドのアシル部分基質と
を接触させるステップを含み、
前記接触させるステップが、前記操作されたペプチドシンテターゼポリペプチドが、前記アシル部分基質からのアシル部分を前記アミノ酸へ共有結合し、その結果アシルアミノ酸が生成される条件下でかつ十分な時間行われる、方法。
（項目５Ａ）
前記操作されたペプチドシンテターゼポリペプチドが細胞によって産生される、項目５に記載の方法。
（項目５Ａ１）
前記細胞が微生物細胞である、項目５Ａに記載の方法。
（項目５Ａ１ａ）
前記細胞が細菌細胞である、項目５Ａ１に記載の方法。
（項目５Ａ２）
前記接触させるステップが、前記細胞と前記基質とを接触させるステップを含む、項目１Ａ、１Ａ１、または１Ａ１ａのいずれか１項に記載の方法。
（項目５Ｂ）
前記細胞が操作された細胞である、項目５に記載の方法。
（項目１Ｃ）
前記ペプチドシンテターゼポリペプチドが操作されたペプチドシンテターゼポリペプチドであるという点で、前記細胞が遺伝子操作されている、項目５Ｂに記載の方法。