【手続補正書】
【提出日】平成29年7月18日(2017.7.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的核酸および偽標的核酸のプールを、（ａ）プライミングドメインに連結された特異性ドメインおよび（ｂ）競合性ドメインを含む操作されたプライマーであって、前記特異性ドメインは、前記標的核酸上の特異性ドメイン結合部位に結合し、前記プライミングドメインは、前記特異性ドメイン結合部位の下流にある前記標的核酸上のプライミングドメイン結合部位に結合し、かつ前記競合性ドメインは、特異性ドメインに相補的であるか、部分的に相補的であるか、同一であるか、または類似する、前記操作されたプライマーと、接触させることと、
前記操作されたプライマーを、その３’末端で、前記標的核酸から前記操作されたプライマーの前記特異性ドメインを置換するポリメラーゼの存在下で標的に相補的な方式で伸長させることと、
を含む、方法。
【請求項２】
前記ポリメラーゼは、ＤＮＡポリメラーゼまたは逆転写酵素である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記操作されたプライマーは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、および／またはモルフォリノを含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記特異性ドメインおよび前記プライミングドメインは、５’−３’連結を介して相互に連結されている、または、前記特異性ドメインおよび前記プライミングドメインは、５’−５’連結を介して相互に連結されている、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記特異性ドメインの３’末端が、ブロッキング部分を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記プライマーは、前記特異性ドメインと前記プライミングドメインとの間に、天然に存在しないヌクレオチドおよびジデオキシヌクレオチドから選択される伸長不可能なヌクレオチドが位置する、連続した配列である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記特異性ドメインおよび前記プライミングドメインは、化学的リンカーを介して連結されている、相互に化学的にコンジュゲートしている、または、一本鎖オリゴヌクレオチドへのハイブリダイゼーションによりもしくは相互のハイブリダイゼーションにより、相互に連結されている、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記化学的リンカーは、ポリエチレングリコール、アルキルスペーサー、ＰＮＡ、またはＬＮＡである、あるいは、前記特異性ドメインおよび前記プライミングドメインは、アジド−アルキンヒュスゲン環化付加によって相互に化学的にコンジュゲートしている、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記プライミングドメインは、前記特異性ドメインよりも短い、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記特異性ドメインは、ヘアピン構造を形成する、または、部分的に二本鎖である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記標的核酸は、一本鎖である、ＤＮＡもしくはＲＮＡである、単一コピーもしくは低コピーで存在する、その野生型の対応物の核酸に比べて少なくとも１つの変異を含む、および／または、一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記操作されたプライマーに結合した前記核酸をポリメラーゼ連鎖反応によって増幅することをさらに含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
標的核酸および偽標的核酸のプールを、
（ａ）前記標的核酸に結合する無差別プライマー、ならびに
（ｂ）第１および第２の核酸鎖を含む操作された部分的に二本鎖の核酸であって、第１および第２の核酸鎖は、
（ｉ）１つの二本鎖偽標的非特異性ドメイン、
（ｉｉ）１つの二本鎖偽標的特異性ドメイン、および
（ｉｉｉ）前記第１の核酸鎖に付与された１つの一本鎖偽標的特異性ドメイン、で構成されており、前記二本鎖偽標的非特異性ドメインは、前記偽標的核酸に結合している前記一本鎖偽標的特異性ドメインに対する標準自由エネルギーにおよそ等しい標準自由エネルギーを有し、前記第１の核酸鎖の３’末端および前記第２の核酸鎖の３’末端は伸長不可能である、部分的に二本鎖の核酸と、接触させることと、
（ａ）の前記無差別プライマーをその３’末端で、ポリメラーゼの存在下で標的に相補的な方式で伸長させることと
を含む、方法。
【請求項１４】
前記第１の核酸鎖および／または前記第２の核酸鎖は、その３’末端に天然に存在しないヌクレオチドまたはジデオキシヌクレオチドから選択される伸長不可能なヌクレオチドを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
（ａ）の前記無差別プライマーは、長さが約４〜３５ヌクレオチドである、請求項１３または１４に記載の方法。
【請求項１６】
（ｂ）の前記二本鎖偽標的非特異性ドメインは、長さが約４〜２１ヌクレオチドである、および／または、（ｂ）の前記一本鎖偽標的特異性ドメインは、長さが約４〜２０ヌクレオチドである、請求項１３〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記第１および第２の核酸鎖は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、および／またはモルフォリノを含む、請求項１３〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記標的核酸は、単一コピーまたは低コピーで存在する、野生型の対応物に比べて少なくとも１つの変異を含む、および／または、一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、請求項１３〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
（ａ）の前記操作された一本鎖プライマーが結合した前記標的核酸をポリメラーゼ連鎖反応によって増幅することをさらに含む、請求項１３〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記第１および第２の核酸鎖は、相互に結合してミスマッチ、バルジ、および／または内部ループによって中断される不完全な二重鎖を形成している、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記操作された部分的に二本鎖の核酸は、前記第１の核酸鎖を前記第２の核酸鎖に接続するヘアピンドメインを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２２】
（ａ）プライミングドメインに連結された特異性ドメインおよび（ｂ）競合性ドメインを含む操作されたプライマーであって、前記特異性ドメインは、前記標的核酸上の特異性ドメイン結合部位に結合し、前記プライミングドメインは、前記特異性ドメイン結合部位の下流にある前記標的核酸上のプライミングドメイン結合部位に結合し、かつ前記競合性ドメインは、前記特異性ドメインに相補的であるか、部分的に相補的であるか、同一であるか、または類似する、前記操作されたプライマー
を含む、組成物。
【請求項２３】
プライミングドメインと、第１のシグナル調節部分が付着した第１のハイブリダイゼーションドメインとを含む第１の核酸鎖、および
特異性ドメインと、前記第１のハイブリダイゼーションドメインに相補的であり、シグナル産生部分が付着した第２のハイブリダイゼーションドメインと、を含む第２の核酸鎖であって、前記シグナル産生部分と前記特異性ドメインとの間に位置する第２のシグナル調節部分を含む、第２の核酸鎖
を含む、組成物。
【請求項２４】
前記特異性ドメインに相補的であるか、部分的に相補的であるか、同一であるか、または類似する競合性ドメインを含む核酸鎖をさらに含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
前記シグナル産生部分は、フルオロフォアである、ならびに／または、前記第１および／もしくは第２のシグナル調節部分は、クエンチャーである、請求項２３または２４に記載の組成物。
【請求項２６】
標的核酸および偽標的核酸のプールを、請求項２３〜２５のいずれか一項に記載の組成物と接触させることを含む、方法。