【手続補正書】
【提出日】平成29年9月12日(2017.9.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１つの核酸分子ＮＡ１と少なくとも１つの核酸分子ＮＡ２を含むキットオブパーツであって：
ａ）第一の核酸分子ＮＡ１が、ＮＳ１−ＮＳＫ１−ＮＳ２のヌクレオチド酸配列を含み、ここで
−ＮＳ１及びＮＳ２が、少なくとも１ヌクレオチド長を有するポリヌクレオチドからなり、そしてＮＳ１及びＮＳ２が相補的配列を有し；
−ＮＳＫ１が、少なくとも２個のヌクレオチドのヌクレオチド酸配列を有し、
ｂ）第二の核酸分子ＮＡ２が、ＮＳ３−ＮＳＫ２−ＮＳ４のヌクレオチド配列を含み、ここで：
−ＮＳ３及びＮＳ４が、少なくとも１ヌクレオチド長を有するポリヌクレオチドからなり、そしてＮＳ３及びＮＳ４が相補的配列を有し；
−ＮＳＫ２が、少なくとも２個のヌクレオチドのヌクレオチド酸配列を有し
ｃ）核酸分子ＮＡ１及びＮＡ２が共に、適切な条件で、配列ＮＳＫ１及びＮＳＫ２をぞれぞれ含む少なくとも１つのヘアピンループを形成することができ；そして
ｄ）核酸分子ＮＡ１及びＮＡ２が、配列ＮＳＫ１及びＮＳＫ２をそれぞれ含むヘアピンループ間のキッシング複合体の形成によって二本鎖を形成することができ；そして
ｅ）少なくとも１つの核酸分子ＮＡ１又はＮＡ２がターゲット分子に対して特異性及び親和性を示すアプタマーである、キットオブパーツ。
【請求項２】
−ヘアピン構造中に折り畳まれた第一の核酸分子ＮＡ１を含み、ここで、ＮＳＫ１が、ヘアピン構造中に折り畳まれた第二の酸核酸分子ＮＡ２のループ中に存在する第二の核酸配列ＮＳＫ２と相互作用することができる配列ループによって表される、又は、
−ＮＫＳ１が、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５個のヌクレオチドのヌクレオチド酸配列を有する、又は、
−ＮＫＳ２が、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５個のヌクレオチドのヌクレオチド酸配列を有する、又は、
−第一の核酸分子ＮＡ１（ここで、ＮＳＫ１は、ＹＲＹＲ、ＲＹＲＹ、ＹＹＲＹ、ＲＹＲＲ、ＹＹＹＲ、ＹＲＹＹ、ＲＹＹＲ、ＹＲＲＹ、ＹＲＲＲ、ＲＹＹＹ、ＲＲＹＲ、ＲＲＹＹ、ＲＲＲＲ、ＲＲＲＹ、ＹＹＹＹ、ＹＹＲＲからなる群より選択される配列を有する）、及び第二の核酸分子ＮＡ２（ここで、ＮＫＳ２は、ＮＫＳ１とキッシング複合体を形成することができる）を含む、又は、
−第一の核酸分子ＮＡ１（ここで、ＮＳＫ１は、Ｋｎによって表される）及び第二の核酸分子ＮＡ２（ここで、ＮＫＳ２は、Ｋｎ’によって表される）を含み、ここで、Ｋｎ及びＫｎ’が表Ｂに記述されるように選択され、そしてＫｎ及びＫｎ’が同一であるか又は異なる、又は、
−第一の核酸分子ＮＡ１（ここで、ＮＳＫ１は、Ｋｎによって表される）及び第二の核酸分子ＮＡ２（ここで、ＮＫＳ２は、Ｋｎ’によって表される）を含み、ここで、Ｋｎ及びＫｎ’が表Ｃ１に記述されるように選択され、そしてＫｎ及びＫｎ’が同一であるか又は異なる、又は、
−第一の核酸分子ＮＡ１（ここで、ＮＳＫ１は、ＣＣＮＹからなる核酸配列を含む）及び第二の核酸分子ＮＡ２（ここで、ＮＫＳ２は、ＲＮＧＧからなる核酸配列を含む）を含む、又は、
−第一の核酸分子ＮＡ１（ここで、ＮＳＫ１は、ＮＣＣＮＹＮからなる核酸配列を含む）及び第二の核酸分子ＮＡ２（ここで、ＮＫＳ２は、ＮＲＮＧＧＮからなる核酸配列を含む）を含む、又は、
−第一の核酸分子ＮＡ１（ここで、ＮＳＫ１は、ＮＣＣＮＹＮからなる核酸配列を含む）及び第二の核酸分子ＮＡ２（ここで、ＮＫＳ２は、ＮＲＮＧＧＮからなる核酸配列を含む）を含み、ここで配列ＮＣＣＮＹＮ及び配列ＮＲＮＧＧＮが、それぞれ、表Ｃ２に記述されるように選択される、
請求項１に記載のキットオブパーツ。
【請求項３】
−ＮＳ１、ＮＳ２、ＮＳ３又はＮＳ４が、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４又は１５個のヌクレオチドを含む、又は、
−ＮＳ１がＵＧＣＵＣＧによって表され、そしてＮＳ２がＣＧＡＧＣＡによって表される、又は、
−ＮＳ３がＡＣＧＡＧＣによって表され、そしてＮＳ４がＧＣＵＣＧＵによって表される、
請求項１又は２に記載のキットオブパーツ。
【請求項４】
−ＡＣＧＡＧＣＵＧＧＧＧＣＧＣＵＣＧＵ（KG51）によって示される核酸配列を含む第一の核酸分子及びＵＧＣＵＣＧＧＣＣＣＣＧＣＧＡＧＣＡ（KC24-Aptakiss）によって示される核酸配列を含む第二の核酸分子を含む、又は、
−ＴＧＧＧＧＧＡＣＵＧＧＧＧＣＧＧＧＡＧＧＡＡによって示される核酸配列を含む第一の核酸分子及びＵＧＣＵＣＧＧＣＣＣＣＧＣＧＡＧＣＡ（KC24-Aptakiss）によって示される核酸配列を含む第二の核酸分子を含む、又は、
−ＴＴＧＧＧＧＧＡＣＵＧＧＧＧＣＧＧＧＡＧＧＡＡＡによって示される核酸配列からなる第一の核酸分子及びＵＧＣＵＣＧＧＣＣＣＣＧＣＧＡＧＣＡ（KC24-Aptakiss）によって示される核酸配列からなる第二の核酸分子を含む、又は、
−ＧＴＴＧＧＧＧＧＡＣＵＧＧＧＧＣＧＧＧＡＧＧＡＡＡＣによって示される核酸配列からなる第一の核酸分子及びＵＧＣＵＣＧＧＣＣＣＣＧＣＧＡＧＣＡ（KC24-Aptakiss）によって示される核酸配列からなる第二の核酸分子を含む、又は、
−ＵＣＣＧＡＡＧＵＧＧＵＵＧＧＧＣＵＧＧＧＧＣＧＵＧＵＧＡＡＡＡＣＧＧＡによって示される核酸配列からなる第一の核酸分子及びＵＧＣＵＣＧＧＣＣＣＣＧＣＧＡＧＣＡ（KC24-Aptakiss）によって示される核酸配列からなる第二の核酸分子を含む、
請求項１に記載のキットオブパーツ。
【請求項５】
−アプタマーが、有機小分子、特に少なくとも１つの芳香族環基を含有する有機小分子に特異的であり、該アプタマーは、特に、前記ターゲット分子に対して産生された以前から公知のアプタマーに由来し、及び／又は、
−ターゲット分子に特異的なアプタマーである核酸分子が、それがターゲット分子に結合する場合にのみ、キットオブパーツの他の核酸分子との複合体を形成することができ、該アプタマーは、特に、前記ターゲット分子に対して産生された以前から公知のアプタマーに由来する、
請求項１〜４のいずれか一項に記載のキットオブパーツ。
【請求項６】
−少なくとも１つの核酸分子ＮＡ１又はＮＡ２が標識され、ここで、標識が、視覚的、光学的、フォトニック、電子的、音響的、光音響的、質量により、電気化学的、電気光学的、分光法、酵素的、又はそうでなければ化学的、生化学的若しくは物理的に検出可能である標識からなる群より選択される、又は
−マイクロアレイを形成するために固体支持体中に固定化された少なくとも１つの核酸分子ＮＡ１又はＮＡ２を含む、
請求項１に記載のキットオブパーツ。
【請求項７】
少なくとも１つの可変領域によってフランキングされたキッシング複合体を形成することができる配列ＮＡ１又はＮＡ２を含む内部領域を有する核酸分子からなるコンビナトリアルランダムライブラリーであって、
該コンビナトリアルランダムライブラリーは、特に、
（ｉ）一般式：
−５’−Ｐ１−Ｖ−ＮＳＫｎ−Ｐ２−３’又は５’−Ｐ１−ＮＳＫｎ−Ｖ−Ｐ２−３’（式中、Ｐ１及びＰ２は、プライマー領域を表し、Ｖは、少なくとも２つのヌクレオチドの可変領域を表し、ＮＳＫｎは、核酸配列ＮＳＫ１又はＮＳＫ２を表す）、又は、
−５’−Ｐ１−Ｖ１−ＮＳＫｎ−Ｖ２−Ｐ２−３’（式中、Ｐ１及びＰ２は、プライマー領域を表し、Ｖ１及びＶ２は、少なくとも２つのヌクレオチドの可変領域を表し、ＮＳＫｎは、核酸配列ＮＳＫ１又はＮＳＫ２を表す）、又は、
−５’−Ｐ１−Ｘｎ−Ｖ１−ＮＳＫｎ−Ｖ２−Ｙｎ−Ｐ２（式中、Ｐ１及びＰ２は、プライマー領域を表し、Ｖ１及びＶ２は、少なくとも２つのヌクレオチドの可変領域を表し、Ｘｎ及びＹｎは、１、２、３個またはそれ以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列を表し、かつＸｎ及びＹｎはハイブリダイズすることができ、そしてＮＳＫｎは、核酸配列ＮＳＫ１又はＮＳＫ２を表す）；
を有する複数の核酸分子を含み、
ＮＳＫｎが、少なくとも２個のヌクレオチドのヌクレオチド酸配列を有し、
核酸分子が、適切な条件下で、ＮＳＫｎ配列を含む少なくとも１つのヘアピンループを形成することができ、かつキッシング複合体を形成することができ；そして
ＮＳＫｎ配列が別のヘアピンループとキッシング複合体を形成することができる、及び／又は、
（ｉｉ）可変領域が、２；３；４；５；６；７；８；９；１０；１１；１２；１３；１４；１５；１６；１７；１８；１９；２０；２１；２２；２３；２４；２５；２６；２７；２８；２９；３０個またはそれ以上のヌクレオチドを含む、及び／又は
（ｉｉｉ）可変領域が同じ長さを有するか又は有さない、及び／又は
−ＮＳＫｎが、ＹＲＹＲ、ＲＹＲＹ、ＹＹＲＹ、ＲＹＲＲ、ＹＹＹＲ、ＹＲＹＹ、ＲＹＹＲ、ＹＲＲＹ、ＹＲＲＲ、ＲＹＹＹ、ＲＲＹＲ、ＲＲＹＹ、ＲＲＲＲ、ＲＲＲＹ、ＹＹＹＹ、ＹＹＲＲからなる群より選択される配列を有する、及び／又は、
（ｉｖ）ＮＳＫ１又はＮＳＫ２が、表Ｂ又は表Ｃ１に記述されるように選択されるＫｎ又はＫｎ’によって表される、及び／又は、
（ｖ）ＮＳＫ１がＣＣＮＹからなる核酸配列を含むか、又はＮＫＳ２がＲＮＧＧからなる核酸配列を含む、及び／又は、
（ｖｉ）ＮＳＫ１がＮＣＣＮＹＮからなる核酸配列を含むか、又はＮＫＳ２がＮＲＮＧＧＮからなる核酸配列を含む、及び／又は、
（ｖｉｉ）ＮＳＫ１がＮＣＣＮＹＮからなる核酸配列を含むか、又はＮＫＳ２がＮＲＮＧＧＮからなる核酸配列を含み、ここで、配列ＮＣＣＮＹＮ及び配列ＮＲＮＧＧＮが、それぞれ、表Ｃ２に記述されるように選択される、及び／又は、
（ｖｉｉｉ）可変領域Ｖ１及びＶ２が、５；６；７；８；９；１０；１１；１２；１３；１４；１５；１６；１７；１８；１９；２０；２１；２２；２３；２４；２５；２６；２７；２８；２９；又は３０個のヌクレオチドを含む、及び／又は、
（ｉｘ）Ｘｎが、１；２；３；４；５；６；７；８；９；１０；１１；１２；１３；１４；１５；１６；１７；１８；１９；２０；２１；２２；２３；２４；２５；２６；２７；２８；２９；又は３０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列を表す、及び／又は、
（ｘ）Ｙｎが、１；２；３；４；５；６；７；８；９；１０；１１；１２；１３；１４；１５；１６；１７；１８；１９；２０；２１；２２；２３；２４；２５；２６；２７；２８；２９；又は３０個のヌクレオチドのヌクレオチド配列を表す、
コンビナトリアルランダムライブラリー。
【請求項８】
以下の工程：
ｉ）ターゲット分子を請求項７に記載のコンビナトリアルランダムライブラリーと接触させる工程；
ｉｉ）工程ｉ）の混合物を、対応する配列ＮＳＫ１又はＮＳＫ２配列を含む核酸と接触させる工程；
ｉｉｉ）ターゲット分子に親和性を有する核酸をライブラリーの残りから分割する工程であって、配列ＮＳＫ１及びＮＳＫ２をそれぞれ含む２つの核酸間で形成された二本鎖の形成の検出がターゲット分子に親和性を有する核酸の存在を示す工程
を含む、ターゲット分子に指向するアプタマーを同定するための方法。
【請求項９】
−ターゲット分子が固体支持体上に固定化されず、流体サンプル中に可溶化される、及び／又は、
ターゲット分子に親和性を有する核酸の候補濃縮混合物を生成するための親和性を有する核酸を増幅する工程、場合により、ターゲット分子に最も強い親和性を有するアプタマーを選択するための工程ｉ）〜ｉｉｉ）を何回も繰り返す工程並びに最も強い親和性を有するアプタマーを配列決定及び生成する工程をさらに含む、又は、
−対応する核酸分子が固体支持体上に固定化される、
請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
−ターゲット分子ではなく固定化されたヘアピンとキッシング複合体を形成し得る非特異的候補を取り除くための、ターゲット分子の非存在下での、固定化されたヘアピン及び支持体に対するライブラリーの対抗選択からなる工程をさらに含む、及び／又は、
−陽性候補を溶離する工程をさらに含む、及び／又は、
−ライブラリー及びターゲット分子を、一緒に、ターゲット分子とライブラリーのメンバーとの相互作用を可能にするのに十分な時間、とりわけライブラリーのメンバーのターゲット分子との立体構造再配列を可能にするであろう十分な時間インキュベートする、及び／又は、
−ターゲット分子が有機小分子、特に、少なくとも１つの芳香族環基を含有する有機小分子である、
請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
サンプル中の少なくとも１つのターゲット分子を検出するための方法であって、ｉ）ターゲット分子に特異的であるアプタマーである核酸分子ＮＡ１又はＮＡ２を含む請求項１〜６のいずれか一項に記載のキットオブパーツを提供する工程（ここで、前記アプタマーは、それがターゲット分子に結合する場合にのみ、キットオブパーツの他の核酸分子との複合体を形成することができる）；ｉｉ）サンプルをキットオブパーツの核酸分子と接触させる工程、及びｉｉｉ）２つの核酸ＮＡ１とＮＡ２との間に形成される二本鎖の形成を検出する工程からなる工程を含む方法。
【請求項１２】
−工程ｉ）が、ターゲット分子に特異的なアプタマーを各々含む複数のキットオブパーツを提供し、それによってサンプル中の複数のターゲット分子の存在又は非存在を検出する工程を含む、及び／又は、
−ターゲット分子が有機小分子である、及び／又は、
−サンプルが、個体から単離された生物学的物質、例えば、生物学的組織及び流体（血液、皮膚、血漿、血清、リンパ液、尿、脳脊髄液、涙液、スミア、水のサンプル、特に飲料水、地下水、表流水又は廃水サンプル、環境由来物質から調製されたサンプル、臨床検体又は食品サンプルを含む）からなる群より選択される、及び／又は、
−サンプルがかなりの量のマグネシウムを含む、及び／又は、
−検出が、液相中、多数の標準的な技術（限定されないが、クロマトグラフィー、電気泳動又は濾過を含む）のいずれかによって実行される、及び／又は、
−ターゲット分子に特異的なアプタマーではない核酸分子が上述した固体支持体上に固定化され、そして、アプタマーではない核酸分子がターゲット分子に特異的なアプタマーである核酸分子に結合することができるバイオセンサー素子として使用される、
請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
以下の工程：
ｉ）ターゲット分子を、請求項７に記載のコンビナトリアルランダムライブラリーと接触させる工程；
ｉｉ）工程ｉ）の混合物を、対応する配列ＮＳＫ１又はＮＳＫ２配列を含む核酸と接触させる工程
ｉｉｉ）ターゲット分子に親和性を有する核酸をライブラリーの残りから分割する工程であって、配列ＮＳＫ１及びＮＫＳ２をぞれぞれ含む２つの核酸間で形成された二本鎖の形成の検出がターゲット分子に親和性を有する核酸の存在を示す工程
を含む、ターゲット分子に指向するアプタマーを同定するための方法であって；
該方法は、場合により、ターゲット分子に親和性を有する核酸の候補濃縮混合物を生成するための親和性を有する核酸を増幅する工程、場合により、ターゲット分子に最も強い親和性を有するアプタマーを選択するための工程ｉ）〜ｉｉｉ）を何回も繰り返す工程並びに最も強い親和性を有するアプタマーを配列決定及び生成する工程をさらに含む、
方法。
【請求項１４】
−対応する核酸分子が上述した固体支持体上に固定化される、及び／又は、
−非特異的候補及びターゲット分子ではなく固定化されたヘアピンとキッシング複合体を形成し得る候補を取り除くための、ターゲット分子の非存在下での、固定化されたヘアピン及び支持体に対するライブラリーの対抗選択からなる工程をさらに含む、及び／又は、
−陽性候補を溶離する工程をさらに含む、
請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
ＡＣＧＡＧＣＵＧＧＧＧＣＧＣＵＣＧＵ、ＵＧＣＵＣＧＧＣＣＣＣＧＣＧＡＧＣＡ、ＴＧＧＧＧＧＡＣＵＧＧＧＧＣＧＧＧＡＧＧＡＡ、ＴＴＧＧＧＧＧＡＣＵＧＧＧＧＣＧＧＧＡＧＧＡＡＡ、ＧＴＴＧＧＧＧＧＡＣＵＧＧＧＧＣＧＧＧＡＧＧＡＡＡＣ、ＵＣＣＧＡＡＧＵＧＧＵＵＧＧＧＣＵＧＧＧＧＣＧＵＧＵＧＡＡＡＡＣＧＧＡ、ＵＧＣＵＣＧＧＣＣＧＣＧＣＧＡＧＣＡ及びＴＧＧＧＧＧＡＣＵＧＣＧＧＣＧＧＧＡＧＧＡＡからなる群より選択される配列を含むか又は前記配列からなる、核酸分子。