【手続補正書】
【提出日】平成29年4月6日(2017.4.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
新生物を有すると診断された対象用の個別化された新生物ワクチンを製造する方法であって、
前記新生物における複数の突然変異を同定するステップと、
前記複数の突然変異を分析するステップにより、ネオ抗原ペプチドをコードすると予測される少なくとも５つのネオ抗原突然変異のサブセットを同定するステップであって、前記ネオ抗原突然変異が、ミスセンス突然変異、ネオＯＲＦ突然変異、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、ステップと、
前記同定されたサブセットに基づき、個別化された新生物ワクチンを作製するステップと
を含む方法。
【請求項２】
同定するステップが、
前記新生物のゲノム、トランスクリプトーム、又はプロテオームをシーケンシングするステップ、あるいは
ネオ抗原ペプチドをコードすると予測される少なくとも５つのネオ抗原突然変異の前記サブセットと関連付けられる１つ以上の特徴を決定するステップであって、前記特徴が、分子量、システイン含量、親水性、疎水性、電荷、及び結合親和性からなる群から選択される、ステップと、
前記決定された特徴に基づき、少なくとも５つのネオ抗原突然変異の前記同定されたサブセット内の前記ネオ抗原突然変異の各々をランク付けするステップ
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
上位５〜３０位にランク付けされたネオ抗原突然変異を前記個別化された新生物ワクチンに含める、あるいは
前記ネオ抗原突然変異が、突然変異タイプ、突然変異ペプチドのKd、天然ペプチドのKd及びRNAレベルに従いランク付けされる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記個別化された新生物ワクチンが、
前記ネオ抗原突然変異に対応する少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドを含む、
前記ネオ抗原突然変異に対応する少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドの発現能を有する１つ以上のＤＮＡ分子を含む、あるいは
前記ネオ抗原突然変異に対応する少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドの発現能を有する１つ以上のＲＮＡ分子を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記個別化された新生物ワクチンが、
Ｋｄ≦５００ｎＭのネオＯＲＦポリペプチドをコードすると予測されるネオＯＲＦ突然変異を含む、あるいは
Ｋｄ≦１５０ｎＭのポリペプチドをコードすると予測されるミスセンス突然変異を含み、その天然コグネイトタンパク質がＫｄ≧１０００ｎＭ又は≦１５０ｎＭである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドが
５〜５０アミノ酸長の範囲である、または
１５〜３５アミノ酸長の範囲である、または
１８〜３０アミノ酸長の範囲である、または
６〜１５アミノ酸長の範囲である、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドが、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５アミノ酸長である、請求項４に記載の方法。
【請求項８】
前記個別化された新生物ワクチンがアジュバントをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記アジュバントが、ポリＩＣＬＣ、１０１８  ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳパッチ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、Ｊｕｖｌｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ−５１、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ．ＲＴＭ、ベクター系、ＰＬＧＡマイクロパーティクル、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、βグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ａｑｕｉｌａ社のＱＳ２１  ｓｔｉｍｕｌｏｎ、バジメザン、及びＡｓＡ４０４（ＤＭＸＡＡ）からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記アジュバントがポリＩＣＬＣである、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
新生物を有すると診断された対象を個別化された新生物ワクチンによって治療する方法であって、
前記新生物における複数の突然変異を同定するステップと、
前記複数の突然変異を分析するステップにより、発現ネオ抗原ペプチドをコードすると予測される少なくとも５つのネオ抗原突然変異のサブセットを同定するステップであって、前記ネオ抗原突然変異が、ミスセンス突然変異、ネオＯＲＦ突然変異、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、ステップと、
前記同定されたサブセットに基づき、個別化された新生物ワクチンを作製するステップと、
前記個別化された新生物ワクチンを前記対象に投与するステップであって、それにより前記新生物を治療するステップと
を含む方法。
【請求項１２】
同定するステップが、
前記新生物のゲノム、トランスクリプトーム、又はプロテオームをシーケンシングするステップ、あるいは
発現ネオ抗原ペプチドをコードすると予測される少なくとも５つのネオ抗原突然変異の前記サブセットと関連付けられる１つ以上の特徴を決定するステップであって、前記特徴が、分子量、システイン含量、親水性、疎水性、電荷、及び結合親和性からなる群から選択される、ステップと、
前記決定された特徴に基づき、少なくとも５つのネオ抗原突然変異の前記同定されたサブセット内の前記ネオ抗原突然変異の各々をランク付けするステップ
をさらに含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
上位５〜３０位にランク付けされたネオ抗原突然変異を前記個別化された新生物ワクチンに含める、あるいは
前記ネオ抗原突然変異が、突然変異タイプ、突然変異ペプチドのKd、天然ペプチドのKd及びRNAレベルに従いランク付けされる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記個別化された新生物ワクチンが、
前記ネオ抗原突然変異に対応する少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドを含む、あるいは
前記ネオ抗原突然変異に対応する少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドの発現能を有する１つ以上のＤＮＡ分子を含む、あるいは
前記ネオ抗原突然変異に対応する少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドの発現能を有する１つ以上のＲＮＡ分子を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記個別化された新生物ワクチンが、
Ｋｄ≦５００ｎＭのネオＯＲＦポリペプチドをコードすると予測されるネオＯＲＦ突然変異を含む、あるいは
Ｋｄ≦１５０ｎＭのポリペプチドをコードすると予測されるミスセンス突然変異を含み、その天然コグネイトタンパク質がＫｄ≧１０００ｎＭ又は≦１５０ｎＭである、
請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
前記少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドが
５〜５０アミノ酸長の範囲である、または
１５〜３５アミノ酸長の範囲である、または
１８〜３０アミノ酸長の範囲である、または
６〜１５アミノ酸長の範囲である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドが、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５アミノ酸長である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
投与するステップが、
前記作製されたワクチンを２つ以上のサブプールに分割するステップと、
前記サブプールの各々を前記患者の異なる部位に注入するステップと
をさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１９】
異なる部位に注入される前記サブプールの各々は、任意の単一の患者ＨＬＡを標的化する前記サブプール中の個々のペプチドの数が１個であるか、又は２個以上で可能な限り少ない個数となるようにネオ抗原ペプチドを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
投与するステップが、前記作製されたワクチンを２つ以上のサブプールに分割するステップをさらに含み、各サブプールが、プール内相互作用を最適化するように選択された少なくとも５個のネオ抗原ペプチドを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
最適化が、同じプールの前記ネオ抗原ペプチド間における負の相互作用を低減することを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
投与するステップが、樹状細胞（ＤＣ）ワクチンを送達するステップをさらに含み、前記ＤＣに、発現ネオ抗原ペプチドをコードすると予測される前記少なくとも５つのネオ抗原突然変異の１つ以上が負荷される、請求項１１に記載の方法。
【請求項２３】
請求項１に記載の方法により調製される個別化された新生物ワクチン。