【手続補正書】
【提出日】平成29年11月15日(2017.11.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
流加培養においてクローン産生株細胞のパネルの相対的な産生力価を予測する、迅速でハイスループットな、コンピューターで実行される方法であって、
−各産生株細胞を、少なくとも３個の異なる化学的細胞ストレッサーとともに、静置マイクロプレート培養において４日未満のインキュベーション期間、同時にインキュベートするステップであって、各産生株細胞は、ＩＣ50の０．５から２．０倍の濃度で供給された単一の化学的細胞ストレッサーとともにインキュベートされるステップと、
−前記インキュベーション期間後に、前記少なくとも３個の化学的細胞ストレッサーの存在下および非存在下で、各細胞の産生力価応答を決定して、産生株細胞の前記パネルそれぞれに関する細胞に特異的な産生力価応答プロファイルを生成するステップと、
−産生株細胞の前記パネルそれぞれに関する前記細胞に特異的な産生力価応答プロファイルを、計算モデルに入力するステップであって、前記計算モデルは、既知の流加産生力価を有する産生株細胞の較正セットから得られる産生力価応答プロファイルから生成され、前記計算モデルは、産生株細胞の前記パネルの予測される相対的な流加産生力価を出力するように設定されるステップと
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２】
前記産生力価応答は、正規化された産生力価応答を含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記産生力価は、組換えタンパク質の産生力価であり、前記産生株細胞は、前記組換えタンパク質をコードする導入遺伝子を含むことを特徴とする前記請求項１および２のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
前記組換えタンパク質は、モノクローナル抗体、またはその断片であることを特徴とする請求項３に記載の方法。
【請求項５】
クローン産生株細胞の前記パネルは、ＣＨＯ細胞であることを特徴とする前記請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
各産生株細胞は、静置マイクロプレート培養においてマイクロタイタープレートのウェル中で、前記異なる化学的細胞ストレッサーまたは異なる化学的細胞ストレッサーの各々とともにインキュベートされることを特徴とする前記請求項１から５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
前記化学的細胞ストレッサーまたは各化学的細胞ストレッサーは、インキュベーション中に前記クローン産生株細胞の増殖を阻害するように予め定められたＬＤ30からＬＤ80の範囲内の濃度で用いられることを特徴とする前記請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記請求項１から７のいずれかに記載の流加培養においてクローン産生株細胞のパネルの相対的な産生力価を予測する、迅速でハイスループットな、コンピューターで実行される方法であって、
−各産生株細胞を、静置マイクロプレート培養において少なくとも３個のそれぞれ異なる機能的に多様な化学的細胞ストレッサーとともに、４日未満のインキュベーション期間、同時にインキュベートするステップであって、各産生株細胞は、ＩＣ50の０．５から２．０倍の濃度で供給される単一の化学的細胞ストレッサーとともにインキュベートされるステップと、
−前記インキュベーション期間後に、異なる化学的細胞ストレッサー各々の存在下で、各細胞の前記産生力価応答を決定して、クローン産生株細胞の前記パネルそれぞれに関する細胞に特異的な産生力価応答プロファイルを生成するステップと、
−産生株細胞の前記パネルそれぞれに関する前記細胞に特異的な産生力価応答プロファイルを、計算モデルに入力するステップであって、前記計算モデルは、既知の流加産生力価を有する産生株細胞の較正セットから得られる産生力価応答プロファイルから生成され、前記計算モデルは、産生株細胞の前記パネルの予測される相対的な流加産生力価を出力するように設定されるステップと
を含むことを特徴とする方法。
【請求項９】
前記計算モデルは、多重線形計算モデルであることを特徴とする請求項１から８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記多重線形計算モデルは、最小二乗解を用いて、細胞に特異的な産生力価応答のレベルを観察される流加産生力価に適合させることを特徴とする請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
流加培養においてクローン産生株細胞のパネルの相対的な産生力価を予測する方法を実施するための、コンピューターで実行されるシステムであって、
−ＩＣ50の０．５から２．０倍の濃度で供給された少なくとも３個の異なる化学的細胞ストレッサーの存在下および非存在下で、各クローンの産生力価をアッセイして、複数のストレスが加えられた微小環境における各クローンに関する正規化された産生力価応答値を提供するための決定システムと、
−前記ストレスが加えられた微小環境それぞれにおける各クローンに関する前記正規化された産生力価応答値を含むクローンに特異的な産生力価応答プロファイルを処理するように適応された計算モデルであって、既知の流加産生力価応答プロファイルを有するクローンの較正セットから得られる産生力価応答プロファイルから生成され、各クローンに関する予測される流加産生力価値および／またはクローン細胞の前記パネルの予測される相対的な流加産生力価を出力するように設定される計算モデルと、
−（ｉ）前記パネルにおける１つまたは複数のクローンに関する前記予測される流加産生力価、または（ｉｉ）クローン細胞の前記パネルの予測される相対的な流加性能、または（ｉｉｉ）（ｉ）および（ｉｉ）の両方を出力するための手段と
を含むことを特徴とするシステム。
【請求項１２】
前記決定システムは、ＨＰＬＣを含むことを特徴とする請求項１１に記載のシステム。
【請求項１３】
前記計算モデルは、多重線形計算モデルであることを特徴とする請求項１１または１２に記載のシステム。
【請求項１４】
前記多重線形計算モデルは、最小二乗解を用いて、細胞に特異的な産生力価応答のレベルを観察される流加産生力価に適合させることを特徴とする請求項１３に記載のシステム。
【請求項１５】
単一の細胞株に由来する産生株細胞クローンのパネルをスクリーニングして、流加産生力価に従って前記クローンを層別化する方法であって、各クローンの試料を、ＩＣ50の０．５から２．０倍の濃度で供給された少なくとも3個の異なる化学的細胞ストレッサーとともに、および複数の異なる化学的細胞ストレッサーを伴わずに、少なくとも２４時間かつ最大４または５日の期間、インキュベートして、前記クローンに関する複数の正規化された産生力価応答値を得るステップであって、前記産生力価応答値は、クローンに特異的な産生力価応答プロファイルを形成するクローンに特異的な産生力価応答の特定のパターンを提供するステップと、多重線形計算モデルを用いて、前記クローンに特異的な産生力価応答プロファイルを、既知の流加産生力価を有するクローンの較正セットからの複数の産生力価応答プロファイルと相関させ、クローンの前記パネルの１つまたは複数に関する流加産生力価を予測するステップとを含むことを特徴とする方法。
【請求項１６】
前記パネルからの前記クローンは、予測される流加産生力価に従ってランク付けされることを特徴とする請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
コンピューター上で実行されると、請求項１から１０、請求項１５および請求項１６のいずれかに記載の方法に従って、単一の細胞株に由来するクローン細胞のパネルの相対的な流加産生力価を予測する方法を前記コンピューターに実施させるコンピュータープログラム。
【請求項１８】
請求項１７に記載のコンピュータープログラムを保存しているコンピュータープログラム記録媒体。
【請求項１９】
流加培養においてクエリー産生株細胞の産生力価を予測する、コンピューターで実行される方法であって、
−クエリー産生株細胞を、各化学的細胞ストレッサーがＩＣ50の０．５から２．０倍の濃度で供給された、少なくとも3個の化学的細胞ストレッサーとともに個別に静置マイクロプレート培養においてインキュベートするステップと、
−各化学的細胞ストレッサーの存在下におけるクエリー産生株細胞の産生力価応答を決定して、クエリー細胞に特異的な産生力価応答プロファイルを生成するステップと、
−クエリー細胞に特異的な産生力価応答プロファイルを、計算モデルに入力するステップであって、計算モデルは、既知の流加産生力価を有する細胞の較正セットから得られる産生力価応答プロファイルから生成され、計算モデルは、細胞に関する予測される流加産生力価を出力するように設定されるステップと
を含むことを特徴とする方法。