【手続補正書】
【提出日】平成29年8月22日(2017.8.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離された転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）ドメインであって、ここで、
（ｉ）単離されたＴＡＬＥドメインが、Ｎ末端ＴＡＬＥドメインであり、単離されたＮ末端ドメインの正味電荷が、生理的ｐＨでの標準Ｎ末端ドメイン（配列番号１）の正味電荷より少ないか；
（ｉｉ）単離されたＴＡＬＥドメインが、Ｃ末端ＴＡＬＥドメインであり、Ｃ末端ドメインの正味電荷が、生理的ｐＨでの標準Ｃ末端ドメイン（配列番号２２）の正味電荷より少ないか；
（ｉｉｉ）単離されたＴＡＬＥドメインが、Ｎ末端ＴＡＬＥドメインであり、標的核酸分子に対するＮ末端ドメインの結合エネルギーが、標準Ｎ末端ドメイン（配列番号１）の結合エネルギーより少ないか；または
（ｉｖ）単離されたＴＡＬＥドメインが、Ｃ末端ＴＡＬＥドメインであり、標的核酸分子に対するＣ末端ドメインの結合エネルギーが、標準Ｃ末端ドメイン（配列番号２２）の結合エネルギーより少ない、
前記単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項２】
Ｃ末端ドメインの正味電荷が、＋６以下、＋５以下、＋４以下、＋３以下、＋２以下、＋１以下、＋０以下、−１以下、−２以下、−３以下、−４以下、または−５以下である、請求項１に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項３】
Ｃ末端ドメインが、標準Ｃ末端ドメイン配列の少なくとも１つのカチオン性アミノ酸残基が生理的ｐＨで電荷を示さないかまたは負電荷を示すアミノ酸残基で置き換えられている点で標準Ｃ末端ドメイン配列と異なっているアミノ酸配列を含む、請求項１または２に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項４】
Ｎ末端ドメインが、標準Ｎ末端ドメイン配列の少なくとも１つのカチオン性アミノ酸残基が、生理的ｐＨで電荷を示さないかまたは負電荷を示すアミノ酸残基で置き換えられている点で標準Ｎ末端ドメイン配列と異なっているアミノ酸配列を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項５】
単離されたＴＡＬＥドメインの、少なくとも１個の、少なくとも２個の、少なくとも３個の、少なくとも４個の、少なくとも５個の、少なくとも６個の、少なくとも７個の、少なくとも８個の、少なくとも９個の、少なくとも１０個の、少なくとも１１個の、少なくとも１２個の、少なくとも１３個の、少なくとも１４個の、または少なくとも１５個のカチオン性アミノ酸が、生理的ｐＨで電荷を示さないかまたは負電荷を示すアミノ酸残基で置き換えられている、請求項１〜４のいずれか一項に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項６】
少なくとも１つのカチオン性アミノ酸残基が、アルギニン（Ｒ）またはリジン（Ｋ）であるか、
生理的ｐＨで電荷を示さないかまたは負電荷を示すアミノ酸残基が、グルタミン（Ｑ）またはグリシン（Ｇ）であるか、および／または
少なくとも１つのリジンまたはアルギニン残基が、グルタミン残基で置き換えられている、
請求項３〜５のいずれか一項に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項７】
Ｃ末端ドメインが、配列番号２２のＲ８、Ｒ３０、Ｋ３７、Ｋ３８、Ｋ４８、Ｒ４９、Ｒ５２、Ｒ５３、Ｒ５７およびＲ６１に対応する位置における１または２以上のアミノ酸置換を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項８】
Ｃ末端ドメインが、Ｑ３バリアント配列（配列番号２２のＫ４８Ｑ、Ｒ５２Ｑ、Ｒ６１Ｑ）を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項９】
Ｃ末端ドメインが、Ｑ７バリアント配列（配列番号２２のＫ３７Ｑ、Ｋ３８Ｑ、Ｋ４８Ｑ、Ｒ４９Ｑ、Ｒ５２Ｑ、Ｒ５３Ｑ、Ｒ６１Ｑ）を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項１０】
Ｃ末端ドメインが、配列番号２３または配列番号２４のアミノ酸配列を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項１１】
Ｎ末端ドメインが、配列番号１のＫ５７、Ｋ７８、Ｒ８４、Ｒ９７、Ｋ１１０、Ｋ１１３およびＲ１１４に対応する位置における１または２以上のアミノ酸置換を含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項１２】
Ｎ末端ドメインが、配列番号２、配列番号３または配列番号４のアミノ酸配列を含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の単離されたＴＡＬＡドメイン。
【請求項１３】
Ｎ末端ドメインが、標準Ｎ末端ドメインのトランケート型であるか、および／または、Ｃ末端ドメインが、標準Ｃ末端ドメインのトランケート型であり、任意にここで、
（ｉ）トランケートされたドメインが、標準ドメインの残基の９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、または２５％未満を含むか；
（ｉｉ）トランケートされたＣ末端ドメインが、６０個未満、５０個未満、４０個未満、３０個未満、２９個未満、２８個未満、２７個未満、２６個未満、２５個未満、２４個未満、２３個未満、２２個未満、２１個未満、または２０個未満のアミノ酸残基を含むか；あるいは
（ｉｉｉ）トランケートされたＣ末端ドメインが、６０、５９、５８、５７、５６、５５、５４、５３、５２、５１、５０、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、または１０個の残基を含む、
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項１４】
単離されたＴＡＬＥドメインが、次の構造：
［Ｎ末端ドメイン］−［ＴＡＬＥ反復アレイ］−［Ｃ末端ドメイン］−［エフェクタードメイン］
または
［エフェクタードメイン］−［Ｎ末端ドメイン］−［ＴＡＬＥ反復アレイ］−［Ｃ末端ドメイン］
を含むＴＡＬＥ分子中に含まれる、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項１５】
エフェクタードメインが、ヌクレアーゼドメイン、転写活性化因子もしくはリプレッサードメイン、リコンビナーゼドメイン、またはエピゲノム修飾酵素ドメインを含む、請求項１４に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項１６】
ＴＡＬＥ分子が、疾患または障害に関連することが知られている遺伝子内の標的配列に結合する、請求項１４または１５に記載の単離されたＴＡＬＥドメイン。
【請求項１７】
以下を含む、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）であって、
（ａ）ヌクレアーゼ切断ドメイン；
（ｂ）ヌクレアーゼ切断ドメインにコンジュゲートした、請求項１〜１３のいずれか一項に定義されるＣ末端ドメイン；
（ｃ）Ｃ末端ドメインにコンジュゲートしたＴＡＬＥ反復アレイ；および
（ｄ）ＴＡＬＥ反復アレイにコンジュゲートした、請求項１〜１３のいずれか一項に定義されるＮ末端ドメイン、
前記ＴＡＬＥＮ。
【請求項１８】
ヌクレアーゼ切断ドメインが、ＦｏｋＩヌクレアーゼドメインであり、任意にＦｏｋＩヌクレアーゼドメインが、配列番号２６〜３０で提供される配列を含む、請求項１７に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項１９】
ＴＡＬＥＮが単量体であり、任意にＴＡＬＥＮ単量体が、別のＴＡＬＥＮ単量体と二量体化してＴＡＬＥＮ二量体を形成することができ、任意に二量体が、ヘテロ二量体である、請求項１６または１８に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項２０】
ＴＡＬＥＮが、疾患または障害に関連することが知られている遺伝子内の標的配列に結合し、任意にＴＡＬＥＮが、二量体化の際に標的配列を切断する、請求項１７〜１９のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項２１】
疾患が、ＨＩＶ／ＡＩＤＳまたは増殖性疾患である、請求項１６〜２０のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項２２】
ＴＡＬＥＮが、ＣＣＲ５標的配列、ＡＴＭ標的配列またはＶＥＧＦＡ標的配列に結合する、請求項１６〜２１のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ。
【請求項２３】
請求項１６〜２１のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮと、該ＴＡＬＥＮと共にヘテロ二量体を形成することができる異なるＴＡＬＥＮとを含む組成物であって、ここで該二量体がヌクレアーゼ活性を示す、前記組成物。
【請求項２４】
請求項１６〜２２のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮまたは請求項２３に記載の組成物、および薬学的に許容し得る賦形剤を含む、医薬組成物。
【請求項２５】
（ａ）医薬組成物が、対象への投与のために処方されるか、
（ｂ）医薬組成物が、対象の細胞内の標的配列を切断するための有効量のＴＡＬＥＮを含むか、および／または
（ｃ）ＴＡＬＥＮが疾患または障害と関連することが知られている遺伝子内の標的配列に結合し、およびここで前記組成物が疾患または障害に関連する症状を軽減するための有効量のＴＡＬＥＮを含む、
請求項２４に記載の医薬組成物。
【請求項２６】
核酸分子中の標的配列を切断する方法であって、標的配列を含む核酸分子を、ＴＡＬＥＮが標的配列に結合して標的配列を切断するのに好適な条件下で、標的配列に結合するＴＡＬＥＮと接触させることを含み、ここでＴＡＬＥＮが請求項１６〜２２のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮであるか、またはここでＴＡＬＥＮが請求項２３に記載の組成物中もしくは請求項２４または２５に記載の医薬組成物中に含まれている、前記方法。
【請求項２７】
標的配列が細胞に含まれている、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
請求項１〜１３のいずれか一項に定義される単離された転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＡ）ドメインを含む操作されたＴＡＬＥＮを製造する方法であって、方法が、
標準Ｎ末端ＴＡＬＥＮドメインおよび／または標準Ｃ末端ＴＡＬＥＮドメインの少なくとも１つのアミノ酸を、生理的ｐＨで電荷を有さないかまたは負電荷を有するアミノ酸で置き換えること；および／または
Ｎ末端ＴＡＬＥＮドメインおよび／またはＣ末端ＴＡＬＥＮドメインをトランケートして、正に荷電した断片を除去すること；
したがって、減少した正味電荷のＮ末端ドメインおよび／またはＣ末端ドメインを有する、操作されたＴＡＬＥＮを生成すること、
を含む、前記方法。
【請求項２９】
請求項１６〜２２のいずれか一項に記載のＴＡＬＥＮ、請求項２３に記載の組成物、または請求項２４または２５に記載の医薬組成物を含み、任意にＴＡＬＥＮを賦形剤と接触させて、核酸をＴＡＬＥＮと接触させるのに好適な組成物を生成するための、賦形剤および指示書を含む、キット。