【手続補正書】
【提出日】平成29年3月10日(2017.3.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
コンピュータ可読のコードを備える有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、
ａ）被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、及びＡＲ遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることと、
ｂ）基準レベルと比較した、１又は複数の前記遺伝子の発現の相対的なレベルを判定することであり、基準レベルと比較した、１又は複数の前記遺伝子の変化した発現が、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する危険性があることを示す前記判定することとを含むオペレーションを行わせる前記媒体。
【請求項２】
健常な被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、またはＡＲの発現の基準レベルに対応する情報を受け取ることを更に含む、請求項１記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【請求項３】
前記基準レベルが前記有形のコンピュータ可読の媒体に保存されている、請求項１記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【請求項４】
前記情報を受け取ることが、有形のデータ保存デバイスより、被験者由来の試料中の１又は複数の前記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを含む、請求項１記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【請求項５】
コンピュータ可読のコードを更に備える、請求項１記載の有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、１又は複数の前記遺伝子発現の相対的なレベルに対応する情報を、有形のデータ保存デバイスに送信することを含む、１又は複数の更なるオペレーションを行わせる、前記媒体。
【請求項６】
前記情報を受け取ることが、被験者由来の試料中の、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の前記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを更に含む、請求項１記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【請求項７】
前記コンピュータ可読のコードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、ｃ）前記試料に関する診断スコアであって、前記試料が前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する被験者に由来する公算を示す前記診断スコアを計算することを更に含むオペレーションを行わせる、請求項１記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【請求項８】
前記試料に関する診断スコアを計算することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いることを含む、請求項７記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
以下の図面は本明細書の一部を形成し、本発明のある態様を更に例証するために加えられる。１または複数のこれらの図面を、本明細書に提示される具体的な実施形態の詳細な説明との組み合わせで参照することにより、本発明をよりよく理解することができる。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるか否かのイン・ビトロ検知方法であって、
（ａ）前記被験者より血液試料及び尿試料を得ることと、
（ｂ）前記尿試料由来の遺伝子及び前記血液試料由来の遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目２）
少なくとも３、４、５、６、７、８、９または１０の遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３）
ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍからなる群より選択される遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目４）
前記尿試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＰＣＡ３、ＴＭＰＲＳＳ２またはＨＳＰＤ１のｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５）
前記血液試料中のＵＡＰ１、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１またはＥＲＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６）
前記血液試料中のＰＳＡのタンパク質発現レベルを測定することを含む、項目１〜５のいずれか１項に記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現レベルを前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性と相関付けることを更に含む、項目１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８）
前記相関付けることがコンピュータにより行われる、項目７記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目９）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いた前記遺伝子の発現レベルの解析を更に含む、項目１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１０）
被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるか否かのイン・ビトロ検知方法であって、
（ａ）前記被験者より生物学的試料を得ることと、
（ｂ）前記試料中の少なくとも３種の遺伝子であり、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍからなる群より選択される前記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目１１）
前記被験者に前立腺ガンの危険性があることを識別することを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１２）
前記被験者が前立腺ガンを有することが既に診断されているかまたは診断されつつあり、前記被験者に侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１３）
少なくとも４、５、６、７、８、９または１０の前記遺伝子の発現レベルを測定することを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１４）
前記ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍ遺伝子の発現レベルを測定することを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１５）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現及び前記被験者の年齢に基づく、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１６）
前記試料が尿試料である、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１７）
前記試料が血液試料である、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１８）
前記被験者より血液試料及び尿試料を得ることを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目１９）
前記血液試料または尿試料中の、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍからなる群より選択される少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目１8記載
のイン・ビトロ検知方法。
（項目２０）
前記尿試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＰＣＡ３、ＴＭＰＲＳＳ２またはＨＳＰＤ１の発現レベルを測定することを含む、項目１９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２１）
前記血液試料中のＵＡＰ１、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＳＡ、またはＥＲＧの発現レベルを測定することを含む、項目１９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２２）
（ｉ）前記尿試料中のＨＳＰＤ１、ＩＭＰＤＨ２及びＰＤＬＩＭ５の発現レベル並びに前記血液試料中のＥＲＧの発現レベルを測定することと、
（ｉｉ）前記尿試料中のＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５の発現レベル並びに前記血液試料中のＥＲＧ及びＰＳＡの発現レベルを測定することと、
（ｉｉｉ）前記尿試料中のＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５の発現レベル並びに前記血液試料中のＵＡＰ１、ＥＲＧ及びＰＳＡの発現レベルを測定することと
を含む、項目１９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２３）
前記被験者が以前に前立腺摘除術を受けている、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２４）
前記被験者が、前立腺肥大症すなわち良性前立腺肥大症（ＢＰＨ）を有することが既に診断されているかまたは診断されつつある、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２５）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現レベルを前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性と相関付けることを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２６）
前記相関付けることがコンピュータにより行われる、項目２５記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２７）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いた前記遺伝子の発現レベルの解析を更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２８）
前記解析がコンピュータにより行われる、項目２７記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目２９）
（ｂ）前記試料中の前記遺伝子の発現レベルを測定すること、及び基準試料中の前記遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記被験者由来の前記試料中の前記遺伝子の発現レベルを、前記基準試料中の前記遺伝子の発現レベルと比較することにより、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３０）
前記遺伝子の発現レベルを測定することがＲＴ−ＰＣＲを行うことを含む、項目２９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３１）
前記遺伝子における発現を測定することがタンパク質発現レベルを測定することを含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３２）
タンパク質発現レベルを測定することがＥＬＩＳＡを行うことを含む、項目３１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３３）
前記の前記遺伝子における発現を測定することがＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３４）
ＲＮＡ発現レベルを測定することがＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロットまたはアレイハイブリダイゼーションを行うことを含む、項目３３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３５）
前記被験者が前立腺ガンを有するか、または侵攻性立腺ガンを有するかを報告することを更に含む、項目１０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３６）
報告することが、書面でのまたは電子的な報告書の作成を含む、項目３５記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３７）
前記報告書を、前記患者、医師、病院または保険会社に対して提供することを含む、項目３５記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目３８）
項目１または１０に従って前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があると識別される被験者を選択することと、
前記選択された被験者を抗ガン療法に関して識別することと
を含む、抗ガン療法に対する被験者の識別方法。
（項目３９）
前記抗ガン療法が化学療法、放射線療法、ホルモン療法、標的療法、免疫療法または外科的療法である、項目３８記載の被験者の識別方法。
（項目４０）
前記外科的療法が前立腺摘除術である、項目３９記載の被験者の識別方法。
（項目４１）
項目１または１０に従って前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があると識別される被験者を選択することと、
前記選択された被験者を診断法に関して識別することと
を含む、診断法に対する被験者の識別方法。
（項目４２）
前記診断法が生検である、項目４１記載の被験者の識別方法。
（項目４３）
前立腺ガンを有する被験者に対する予後のイン・ビトロ判定方法であって、
（ａ）前記被験者より生物学的試料を得ることと、
（ｂ）前記試料中の少なくとも３種の遺伝子であり、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、及びＢ２Ｍからなる群より選択される前記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者が侵攻性前立腺ガンを有するかまたは有さないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目４４）
コンピュータ可読のコードを備える有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、
ａ）被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、またはＢ２Ｍ遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることと、
ｂ）基準レベルと比較した、１又は複数の前記遺伝子の発現の相対的なレベルを判定することであり、基準レベルと比較した、１又は複数の前記遺伝子の変化した発現が、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する危険性があることを示す前記判定することと
を含むオペレーションを行わせる前記媒体。
（項目４５）
健常な被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、またはＢ２Ｍの発現の基準レベルに対応する情報を受け取ることを更に含む、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目４６）
前記基準レベルが前記有形のコンピュータ可読の媒体に保存されている、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目４７）
前記情報を受け取ることが、有形のデータ保存デバイスより、被験者由来の試料中の１又は複数の前記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを含む、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目４８）
コンピュータ可読のコードを更に備える、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、１又は複数の前記遺伝子発現の相対的なレベルに対応する情報を、有形のデータ保存デバイスに送信することを含む、１又は複数の更なるオペレーションを行わせる前記媒体。
（項目４９）
前記情報を受け取ることが、被験者由来の試料中の、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９または１０の前記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを更に含む、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目５０）
前記コンピュータ可読のコードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、ｃ）前記試料に関する診断スコアであって、前記試料が前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する被験者に由来する公算を示す前記診断スコアを計算することを更に含むオペレーションを行わせる、項目４４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目５１）
前記試料に関する診断スコアを計算することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いることを含む、項目５０記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目５２）
被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるか否かのイン・ビトロ検知方法であって、
（ａ）前記被験者より血液試料及び尿試料を得ることと、
（ｂ）前記尿試料由来の遺伝子及び前記血液試料由来の遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目５３）
少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目５２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５４）
ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ及びＡＲからなる群より選択される遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目５２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５５）
前記尿試料中の、ＰＣＡ３、ＰＴＥＮ及びＢ２ＭのｍＲＮＡ発現レベル、あるいはＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５のｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目５４記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５６）
前記血液試料中のＥＲＧ、ＡＲ、ＢＭ２及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ発現レベル、あるいはＥＲＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目５４記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５７）
前記尿試料中のＰＣＡ３、ＰＴＥＮ及びＢ２Ｍ、並びに前記血液試料中のＥＲＧ、ＡＲ、Ｂ２Ｍ及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目５４記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５８）
前記尿試料中のＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５のｍＲＮＡ発現レベル、並びに前記血液試料中のＥＲＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目５４記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目５９）
前記血液試料中のＰＳＡのタンパク質発現レベルを測定することを含む、項目５２〜５８のいずれか１項に記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６０）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現レベルを前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性と相関付けることを更に含む、項目５２〜５９のいずれか１項に記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６１）
前記相関付けることがコンピュータにより行われる、項目６０記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６２）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いた前記遺伝子の発現レベルの解析を更に含む、項目５２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６３）
被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるか否かのイン・ビトロ検知方法であって、
（ａ）前記被験者より生物学的試料を得ることと、
（ｂ）前記試料中の少なくとも３種の遺伝子であり、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ及びＡＲからなる群より選択される前記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目６４）
前記被験者に前立腺ガンの危険性があることを識別することを更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６５）
前記被験者が前立腺ガンを有することが既に診断されているかまたは診断されつつあり、前記被験者に侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することを含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６６）
少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の前記遺伝子の発現レベルを測定することを更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６７）
前記ＰＤＬＩＭ５、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＥＴＮ及びＡＲ遺伝子の発現レベルを測定すること更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６８）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現レベル及び前記被験者の年齢に基づく、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目６９）
前記試料が尿試料である、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７０）
前記試料が血液試料である、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７１）
前記被験者より血液試料及び尿試料を得ることを更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７２）
前記血液試料または尿試料中の、ＰＤＬＩＭ５、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ及びＡＲからなる群より選択される少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することを含む、項目７１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７３）
前記尿試料中のＰＣＡ３、ＰＴＥＮ及びＢ２ＭのｍＲＮＡ発現レベル、あるいはＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５のｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目７２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７４）
前記血液試料中のＥＲＧ、ＡＲ、Ｂ２Ｍ及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ発現レベル、あるいはＥＲＧ、ＰＣＡ３、Ｂ２Ｍ及びＨＳＰＤ１のｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目７２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７５）
前記尿試料中のＰＣＡ３、ＰＴＥＮ及びＢ２Ｍ、並びに前記血液試料中のＥＲＧ、ＡＲ、Ｂ２Ｍ及びＧＡＰＤＨのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目７２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７６）
前記尿試料中のＰＳＡ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、ＰＣＡ３、及びＰＤＬＩＭ５、並びに前記血液試料中のＥＲＧ、ＰＣＡ３、Ｂ２Ｍ及びＨＳＰＤ１のｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目７２記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７７）
前記被験者が以前に前立腺摘除術を受けている、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７８）
前記被験者が、前立腺肥大症すなわち良性前立腺肥大症（ＢＰＨ）を有することが既に診断されているかまたは診断されつつある、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目７９）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、前記遺伝子の発現レベルを前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性と相関付けることを更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８０）
前記相関付けることがコンピュータにより行われる、項目７９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８１）
前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いた前記遺伝子の発現レベルの解析を更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８２）
前記解析がコンピュータにより行われる、項目８１記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８３）
（ｂ）前記試料中の前記遺伝子の発現レベルを測定すること、及び基準試料中の前記遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記被験者由来の前記試料中の前記遺伝子の発現レベルを、前記基準試料中の前記遺伝子の発現レベルと比較することにより、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があるかまたはその危険性がないかを識別することと
を更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８４）
前記遺伝子の発現レベルを測定することがＲＴ−ＰＣＲを行うことを含む、項目８３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８５）
前記遺伝子における発現を測定することがタンパク質発現レベルを測定することを含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８６）
タンパク質発現レベルを測定することがＥＬＩＳＡを行うことを含む、項目８５記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８７）
前記の前記遺伝子における発現を測定することがＲＮＡ発現レベルを測定することを含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８８）
ＲＮＡ発現レベルを測定することがＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロットまたはアレイハイブリダイゼーションを行うことを含む、項目８７記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目８９）
前記被験者が前立腺ガンを有するか、または侵攻性立腺ガンを有するかを報告することを更に含む、項目６３記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目９０）
報告することが、書面でのまたは電子的な報告書の作成を含む、項目８９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目９１）
前記報告書を、前記患者、医師、病院または保険会社に対して提供することを含む、項目８９記載のイン・ビトロ検知方法。
（項目９２）
項目５２または６３に従って、前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があると識別される被験者を選択することと、
前記選択された被験者を抗ガン療法に関して識別することと
を含む、抗ガン療法に対する被験者の識別方法。
（項目９３）
前記抗ガン療法が化学療法、放射線療法、ホルモン療法、標的療法、免疫療法または外科的療法である、項目９２記載の被験者の識別方法。
（項目９４）
前記外科的療法が前立腺摘除術である、項目９３記載の被験者の識別方法。
（項目９５）
項目５２または６３に従って、前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンの危険性があると識別される被験者を選択することと、
前記選択された被験者を診断法に関して識別することと
を含む、診断法に対する被験者の識別方法。
（項目９６）
前記診断法が生検である、項目９５記載の被験者の識別方法。
（項目９７）
前立腺ガンを有する被験者に対する予後のイン・ビトロ判定方法であって、
（ａ）前記被験者より生物学的試料を得ることと、
（ｂ）前記試料中の少なくとも３種の遺伝子であり、ＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、及びＡＲからなる群より選択される前記少なくとも３種の遺伝子の発現レベルを測定することと、
（ｃ）前記遺伝子の発現レベルに基づいて、前記被験者が侵攻性前立腺ガンを有するかまたは有さないかを識別することと
を含む、前記方法。
（項目９８）
コンピュータ可読のコードを備える有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、
ａ）被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、及びＡＲ遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることと、
ｂ）基準レベルと比較した、１又は複数の前記遺伝子の発現の相対的なレベルを判定することであり、基準レベルと比較した、１又は複数の前記遺伝子の変化した発現が、前記被験者に前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する危険性があることを示す前記判定することとを含むオペレーションを行わせる前記媒体。
（項目９９）
健常な被験者由来の試料中のＵＡＰ１、ＰＤＬＩＭ５、ＩＭＰＤＨ２、ＨＳＰＤ１、ＰＣＡ３、ＰＳＡ、ＴＭＰＲＳＳ２、ＥＲＧ、ＧＡＰＤＨ、Ｂ２Ｍ、ＰＴＥＮ、またはＡＲの発現の基準レベルに対応する情報を受け取ることを更に含む、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目１００）
前記基準レベルが前記有形のコンピュータ可読の媒体に保存されている、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目１０１）
前記情報を受け取ることが、有形のデータ保存デバイスより、被験者由来の試料中の１又は複数の前記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを含む、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目１０２）
コンピュータ可読のコードを更に備える、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体であって、前記コードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、１又は複数の前記遺伝子発現の相対的なレベルに対応する情報を、有形のデータ保存デバイスに送信することを含む、１又は複数の更なるオペレーションを行わせる、前記媒体。
（項目１０３）
前記情報を受け取ることが、被験者由来の試料中の、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の前記遺伝子の発現のレベルに対応する情報を受け取ることを更に含む、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目１０４）
前記コンピュータ可読のコードが、コンピュータによって実行された場合に、コンピュータに、ｃ）前記試料に関する診断スコアであって、前記試料が前立腺ガンまたは侵攻性前立腺ガンを有する被験者に由来する公算を示す前記診断スコアを計算することを更に含むオペレーションを行わせる、項目９８記載の有形のコンピュータ可読の媒体。
（項目１０５）
前記試料に関する診断スコアを計算することが、ＳＶＭ、ロジスティック回帰、ｌａｓｓｏ、ブースティング、バギング、ランダムフォレスト、ＣＡＲＴ、またはＭＡＴＴアルゴリズムを用いることを含む、項目１０４記載の有形のコンピュータ可読の媒体。