【手続補正書】
【提出日】平成29年9月8日(2017.9.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌治療剤を用いる処置に対する、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を有する個体の応答性を予測する方法であって、
ａ．表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２Ａ、表３Ａ、表３Ｂおよび／または表３Ｃから選択される１個または複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルを測定すること；
ｂ．発現レベルを捕捉する試験スコアを導出すること；
ｃ．試験スコアと応答性とを相関させる情報を含む閾値スコアを提供すること；ならびに
ｄ．試験スコアと閾値スコアとを比較し、試験スコアが閾値スコアを超える場合、応答性が予測され、および／または試験スコアが閾値スコアを超えない場合、応答性の欠如が予測されること
を含む方法。
【請求項２】
個体においてＤＮＡ損傷修復欠損および／または増強された免疫応答を有する非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を検出する方法であって、
ａ．表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２Ａ、表３Ａ、表３Ｂおよび／または表３Ｃから選択される１個または複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルを測定すること；
ｂ．発現レベルを捕捉する試験スコアを導出すること；
ｃ．試験スコアと応答性とを相関させる情報を含む閾値スコアを提供すること；ならびに
ｄ．試験スコアと閾値スコアとを比較し、試験スコアが閾値スコアを超える場合、ＤＮＡ損傷修復欠損および／または増強された免疫応答を有するＮＳＣＬＣを検出されること
を含む方法。
【請求項３】
個体においてＤＮＡ損傷修復欠損および／または増強された免疫応答を有する非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を処置するために適切な治療を選択する方法であって、
ａ．表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２Ａ、表３Ａ、表３Ｂおよび／または表３Ｃから選択される１個または複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルを測定すること；
ｂ．発現レベルを捕捉する試験スコアを導出すること；
ｃ．試験スコアと応答性とを相関させる情報を含む閾値スコアを提供すること；ならびに
ｄ．試験スコアと閾値スコアとを比較し、試験スコアが閾値スコアを超える場合、個体の処置のために適切な治療剤が選択されること
を含む方法。
【請求項４】
個体においてＤＮＡ損傷修復欠損および／または増強された免疫応答を有する非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を処置するために適切な治療を選択する方法であって、
ａ．表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２Ａ、表３Ａ、表３Ｂおよび／または表３Ｃから選択される１個または複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルを測定すること；
ｂ．発現レベルを捕捉する試験スコアを導出すること；
ｃ．試験スコアと応答性とを相関させる情報を含む閾値スコアを提供すること；ならびに
ｄ．試験スコアと閾値スコアとを比較し、試験スコアが閾値スコアを超える場合、異常なＤＮＡ修復を示す腫瘍を標的とする治療剤が選択されること
を含む方法。
【請求項５】
個体においてＤＮＡ損傷修復欠損および／または増強された免疫応答を有する非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を処置するために適切な治療を選択する方法であって、
ａ．表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２Ａ、表３Ａ、表３Ｂおよび／または表３Ｃから選択される１個または複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルを測定すること；
ｂ．発現レベルを捕捉する試験スコアを導出すること；
ｃ．試験スコアと応答性とを相関させる情報を含む閾値スコアを提供すること；ならびに
ｄ．試験スコアと閾値スコアとを比較し、試験スコアが閾値スコアを超える場合、少なくとも１つのバイオマーカーの発現を阻害する治療剤が選択されること
を含む方法。
【請求項６】
表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２Ａ、表３Ａ、表３Ｂおよび／または表３Ｃに列挙されるものから選択される１個もしくは複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルから導出される試験スコアに基づいて、対象が治療剤に対して応答性であると予測されるか、または治療が選択される、ＤＮＡ損傷修復欠損および／または増強された免疫応答を有する非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を処置する方法における使用のための治療剤。
【請求項７】
表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２Ａ、表３Ａ、表３Ｂおよび／または表３Ｃに列挙されるものから選択される１個もしくは複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルから導出される試験スコアに基づいて、対象がＤＮＡ損傷治療剤に対して非応答性であると予測されるか、または治療が選択される、ＤＮＡ損傷修復欠損および／または増強された免疫応答を有さない非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を処置する方法における使用のための治療剤。
【請求項８】
１個または複数個のバイオマーカーが、ＣＸＣＬ１０、ＭＸ１、ＩＤＯ１、ＩＦＩ４４Ｌ、ＣＤ２、ＧＢＰ５、ＰＲＡＭＥ、ＩＴＧＡＬ、ＬＲＰ４、およびＡＰＯＬ３からなる群ならびに／またはＣＤＲ１、ＦＹＢ、ＴＳＰＡＮ７、ＲＡＣ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＧＲＢ１４、ＡＣ１３８１２８．１、ＫＩＦ２６Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ１０９、ＥＴＶ７、ＭＦＡＰ５、ＯＬＦＭ４、ＰＩ１５、ＦＯＳＢ、ＦＡＭ１９Ａ５、ＮＬＲＣ５、ＰＲＩＣＫＬＥ１、ＥＧＲ１、ＣＬＤＮ１０、ＡＤＡＭＴＳ４、ＳＰ１４０Ｌ、ＡＮＸＡ１、ＲＳＡＤ２、ＥＳＲ１、ＩＫＺＦ３、ＯＲ２ｌ１Ｐ、ＥＧＦＲ、ＮＡＴ１、ＬＡＴＳ２、ＣＹＰ２Ｂ６、ＰＴＰＲＣ、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、およびＡＬ１３７２１８．１からなる群から選択される、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
全てのバイオマーカーの発現レベルを測定することを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ａ．試験試料における、表１Ａに由来する少なくとも１０個のバイオマーカー；および／または
ｂ．ＣＤ２、ＦＹＢ、ＩＴＧＡＬおよびＲＡＣ２の少なくとも１個もしくは複数個から全部
の発現レベルを測定することを含む、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
表１Ａに列挙される異なる５８個全部のバイオマーカーの発現レベルを測定することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
発現レベルが、配列番号１〜８０（表１Ａ）、配列番号８１〜２６０（表３Ａ）、配列番号２６１〜３１３（表３Ｂ）、配列番号３１４〜３３７（表１Ｂ）、配列番号３３８〜３６３（表１Ｃ）に記載の標的配列の少なくとも１個に結合するか、または配列番号３６４〜４５５（表３Ｃ）のいずれか１個の、連続する少なくとも１５ヌクレオチドを含むプライマーまたはプローブを用いて測定される、請求項１から１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
ＮＳＣＬＣが早期、後期または転移性疾患である、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
ＮＳＣＬＣが腺癌、大細胞肺癌および扁平上皮癌のうちの１個または複数個から選択される、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
治療が、所望によりさらなる療法と一緒に、ＤＮＡ損傷治療剤を含む、請求項１および３から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
ＤＮＡ損傷治療剤が、ＤＮＡ損傷剤、ＤＮＡ修復を標的とする療法、ＤＮＡ損傷シグナリングの阻害剤、ＤＮＡ損傷により誘導される細胞周期停止の阻害剤、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、熱ショックタンパク質阻害剤およびＤＮＡ合成の阻害剤からなる群から選択される１つまたは複数の物質を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
ＤＮＡ損傷治療剤が、１つまたは複数の白金含有薬剤、ヌクレオシドアナログ、例えば、ゲムシタビンもしくは５−フルオロウラシルまたはそのプロドラッグ、例えば、カペシタビン、アントラサイクリン、例えば、エピルビシンもしくはドキソルビシン、アルキル化剤、例えば、シクロホスファミド、イオン化放射線、または放射線と化学療法との組合せ（化学放射線）を含む、請求項１５または１６に記載の方法。
【請求項１８】
ＤＮＡ損傷治療剤が白金含有薬剤を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
白金系薬剤がシスプラチン、カルボプラチンおよびオキサリプラチンから選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
さらなる療法が分裂阻害剤（を用いる処置）である、請求項１５から１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
分裂阻害剤がビンカアルカロイドである、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
ビンカアルカロイドがビノレルビンである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
療法がＤＮＡ損傷治療剤を含む組合せ療法であり、組合せ療法が、
ａ．シスプラチン／カルボプラチンおよび５−フルオロウラシル
ｂ．シスプラチン／カルボプラチンおよびカペシタビン
ｃ．エピルビシン／ドキソルビシン、シスプラチン／カルボプラチンおよびフルオロウラシル
ｄ．エピルビシン／ドキソルビシン、オキサリプラチンおよびカペシタビン
ｅ．シスプラチン／カルボプラチンおよびエトポシド
ｆ．ゲムシタビンおよびシスプラチン／カルボプラチン
ｇ．シクロホスファミド、エピルビシン／ドキソルビシンおよびビンクリスチン
ｈ．シクロホスファミド、エピルビシン／ドキソルビシン、ビンクリスチンおよびエトポシド
ｉ．エピルビシン／ドキソルビシン、シクロホスファミドおよびエトポシド
から選択される、請求項１および３から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
療法がアジュバント処置および／またはネオアジュバント処置である、請求項１および３から２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
配列番号１〜８０（表１Ａ）、配列番号８１〜２６０（表３Ａ）、配列番号２６１〜３１３（表３Ｂ）、配列番号３１４〜３３７（表１Ｂ）、配列番号３３８〜３６３（表１Ｃ）に記載の標的配列の少なくとも１個にハイブリダイズするか、または配列番号３６４〜４５５（表３Ｃ）のいずれか１個の、連続する少なくとも１５ヌクレオチドを含むプライマーまたはプローブを含む、ＤＮＡ損傷治療剤を用いる処置に対する、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）を有する個体の応答性を予測するためのキット。
【請求項２６】
プライマーまたはプローブが、標的配列の少なくとも１０個にハイブリダイズする、請求項２５に記載のキット。
【請求項２７】
ＤＮＡ損傷治療剤をさらに含む、請求項２５または２６に記載のキット。
【請求項２８】
ＤＮＡ損傷治療剤が、特にＮＳＣＬＣの処置のための剤形で提供される、請求項２７に記載のキット。
【請求項２９】
処置がネオアジュバントまたはアジュバント処置である、請求項２８に記載のキット。
【請求項３０】
ＤＮＡ損傷治療剤が白金系薬剤を含む、請求項２４から２８のいずれか一項に記載のキット。