【手続補正書】
【提出日】平成29年5月12日(2017.5.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
2以上の質量標識体のセットであって、該セット中の各質量標識体が該セット中の他の全ての標識体と同じ整数質量を有し、該セット中の各質量標識体が該セット中の他の全ての質量標識体の質量と異なる精密質量を有し、その結果、該セット中の全ての質量標識体が質量分析によって互いに区別可能となり、各標識体が、式:
X-L-M
(式中、Xはレポーター部分であり、Lは、質量分析計における衝突によって開裂可能なリンカーであり、Mは質量修飾因子である)を含み、ここで、各質量標識体は、該質量標識体を分析物に付着させるための反応性官能基Reを更に含み；
各質量標識体の該レポーター部分Xが重同位体を含まない、前記2以上の質量標識体のセット。
【請求項２】
前記セット中の各質量標識体が、該セット中の他の全ての質量標識体のアイソトポログである、請求項1記載の2以上の質量標識体のセット。
【請求項３】
前記精密質量の差が、異なる数又はタイプの重同位体置換によってもたらされる、請求項1又は2記載の2以上の質量標識体のセット。
【請求項４】
n個の質量標識体を含み、ここで、m番目の質量標識体が、第1の重同位体の(n-m)個の原子、及び該第1のものとは異なる第2の重同位体の(m-1)個の原子を含み、ここで、mが、1〜nの値を有する、請求項1〜3のいずれか一項記載の2以上の質量標識体のセット。
【請求項５】
前記重同位体が、2H、13C、又は15Nであり、任意に前記第1の重同位体が13Cであり、前記第2の重同位体が15Nである、請求項4記載のセット。
【請求項６】
n個の質量標識体を含み、ここで、m番目の質量標識体が、18O又は34Sから選択される第1の重同位体の(n-m)個の原子、及び2H又は13C又は15Nから選択される該第1のものとは異なる第2の重同位体の(2m-2)個の原子を含み、ここで、mが、1〜nの値を有する、請求項1〜3のいずれか一項記載の2以上の質量標識体のセット。
【請求項７】
前記リンカーLがアミド結合を含む、請求項1〜6のいずれか一項記載の2以上の質量標識体のセット。
【請求項８】
前記レポーター部分が質量マーカー部分であり、前記質量修飾因子が質量正規化部分であり、ここで、該質量正規化部分は、各質量標識体が所望の整数質量又は精密質量を有することを保証する、請求項1〜7のいずれか一項記載の2以上の質量標識体のセット。
【請求項９】
各質量標識体が、一般式:
X-(L)k1-M-(L)k2-Re又はM-(L)k2-X-(L)k1-Re;
(式中、k1及びk2は、独立に、0〜10の整数である)
を含む、請求項1〜8のいずれか一項記載の2以上の質量標識体のセット。
【請求項１０】
以下の質量標識体：
【化１】
2016525677.tif 000001
；
又は以下の質量標識体
【化２】
2016525677.tif 000002
；
又は以下の質量標識体
【化３】
2016525677.tif 000003
；
又は以下の質量標識体
【化４】
2016525677.tif 000004
；
又は以下の質量標識体
【化５】
2016525677.tif 000005
；
又は以下の質量標識体
【化６】
2016525677.tif 000006
；
又は以下の質量標識体
【化７】
2016525677.tif 000007
；
又は以下の質量標識体
【化８】
2016525677.tif 000008
；
を含む、請求項1〜9のいずれか一項記載の2以上の質量標識体のセット。
【請求項１１】
前記セット中の各質量標識体が、以下の一般構造のうちの1つを有する、請求項1〜9のいずれか一項記載の2以上の質量標識体のセット:
【化９】
2016525677.tif 000009
。
【請求項１２】
請求項1〜11のいずれか一項記載の質量標識体の2以上のセットを含む、質量標識体のアレイ。
【請求項１３】
前記アレイ中のいずれか1つのセットの質量標識体の各々の整数質量が、該アレイ中の他の全てのセットの質量標識体の各々の整数質量と異なる、請求項12記載の質量標識体のアレイ。
【請求項１４】
前記アレイ中のいずれか1つのセットの質量標識体の各々の整数質量が、該アレイ中の他の全てのセットの質量標識体の各々の整数質量と異なり、任意に整数質量の差が、異なる数又はタイプの重同位体置換によってもたらされる、請求項12又は13記載の質量標識体のアレイ。
【請求項１５】
セット中の各質量標識体が、該セットの他の全てのメンバーとアイソケミックであるが、前記アレイの他の全てのセット中の各質量標識体とアイソケミックではない、請求項12〜14のいずれか一項記載の質量標識体のアレイ。
【請求項１６】
前記整数質量の差が、質量系列修飾基の存在によってもたらされる、請求項12〜15のいずれか一項記載の質量標識体のアレイ。
【請求項１７】
前記アレイ中の質量標識体の各セットが、異なるk1+k2値を有する、請求項12〜16のいずれか一項記載の質量標識体のアレイ。
【請求項１８】
質量標識体の第1のセットであって、該第1のセット中の各質量標識体が、分析物中の第1の反応基と反応することができる第1の反応性官能基を含む、前記質量標識体の第1のセット、及び質量標識体の第2のセットであって、該第2のセット中の各質量標識体が、該分析物中の第2の反応基と反応することができる第2の反応性官能基を含む、前記質量標識体の第2のセットを含む、請求項12〜17のいずれか一項記載の質量標識体のアレイ。
【請求項１９】
前記整数質量の差が、異なる数又はタイプの重同位体置換によってもたらされる、請求項12〜18のいずれか一項記載の質量標識体のアレイ。
【請求項２０】
質量標識体の第1のセット及び質量標識体の第2のセットを含み、質量標識体の該第1のセットのm番目の質量標識体と(m+1)番目の質量標識体との精密質量の差がd1であり、質量標識体の該第2のセットのm番目の質量標識体と(m+1)番目の質量標識体との精密質量の差がd2であり、d1がd2と等しくない、請求項17記載の質量標識体のアレイ。
【請求項２１】
前記質量標識体が、イオントラップ型質量分析計、好ましくは、分解能60,000超、質量電荷比400のイオントラップ型質量分析計、最も好ましくは、分解能100,000超、質量電荷比400の質量分析計で区別可能である、請求項1〜20のいずれか一項記載の質量標識体のセット又はアレイ。
【請求項２２】
質量分析の方法であって、分析物と関連付けることができる質量標識体又は質量標識体の組合せを質量分析によって同定することにより、該分析物を検出することを含み、ここで、該質量標識体が、請求項1〜21のいずれか一項記載の質量標識体のセット又はアレイ由来の質量標識体である、前記方法。
【請求項２３】
a.各試料が質量標識体又は質量標識体の組合せで示差標識される複数の試料を提供すること(ここで、該質量標識体は、請求項1〜22のいずれか一項記載の質量標識体のセット又はアレイに由来するものである);
b.該複数の標識試料を混合して、標識分析物を含む分析混合物を形成させること;
c.任意に、該標識分析物を質量分析計で検出すること;
d.該標識分析物を該質量分析計で解離させて、質量標識体及び/又はインタクトな質量標識体を含む分析物フラグメントを形成させること;
e.該質量標識体及び/又はインタクトな質量標識体を含む分析物フラグメントを検出すること;
f.任意に、工程fで形成された該レポーター部分を解離させて、フラグメントを形成させ、該フラグメントを検出すること;
g.該標識分析物の質量スペクトル;並びに/又は該質量標識体及び/もしくはインタクトな質量標識体を含む分析物フラグメントの質量スペクトル;並びに/又は該レポーター部分もしくはレポーター部分のフラグメントの質量スペクトルに基づいて該分析物を同定すること
を含む、請求項22記載の質量分析の方法。
【請求項２４】
前記分析物が、前記標識分析物の質量スペクトルに基づいて同定される、請求項23記載の質量分析の方法。
【請求項２５】
前記分析物が、前記質量標識体及び/又はインタクトな質量標識体を含む分析物フラグメントの質量スペクトル、及びインタクトな質量標識体を含む前記分析物フラグメントの質量スペクトルに基づいて同定され、好ましくはインタクトな質量標識体を含む該分析物フラグメントが、インタクトな質量標識体を含むb系列イオン、好ましくは、b1イオンである、請求項23記載の質量分析の方法。
【請求項２６】
a.各試料が質量標識体又は質量標識体の組合せで示差標識される複数の試料を提供すること(ここで、該質量標識体は、請求項1〜25のいずれか一項記載の質量標識体のセット又はアレイに由来するものである);
b.該複数の標識試料を混合して、標識分析物を含む分析混合物を形成させること;
c.該標識分析物を質量分析計で検出すること;
d.該標識分析物を該質量分析計で解離させて、レポーター部分を放出させ、該分析物又は該分析物のフラグメントに付着した該質量標識体の残りの部分を含む相補イオンを検出すること（ここで、任意に工程dにおいて、該相補イオンが、前記リンカーLからの一酸化炭素のニュートラルロスによって形成される）；
e.任意に、工程dで形成された該相補イオンを解離させて、フラグメントを形成させ、該フラグメントを検出する1以上の更なる工程;
f.該標識分析物の質量スペクトル並びに/又は該相補イオン及び/もしくはそのフラグメントの質量スペクトルに基づいて該分析物を同定すること
を含む、請求項22記載の質量分析の方法。
【請求項２７】
工程a)において、各試料が、質量標識体の第1のセットに由来する質量標識体で示差標識され、該第1のセット中の各質量標識体が、分析物中の第1の反応基と反応することができる第1の反応性官能基を含み、工程a)における該第1のセット由来のm番目の質量標識体で標識された分析物と(m+1)番目の質量標識体で標識された分析物の精密質量の差が、該分析物中の第1の反応基の数を示し、該質量の差が、単一の第1の反応基を有する分析物についてはd1、n1個の第1の反応基を有する分析物についてはn1d1であり、ここで、n1が、第1の反応基の数である、請求項22〜26のいずれか一項記載の方法。
【請求項２８】
各試料を質量標識体の第2のセット由来の質量標識体と反応させることを更に含み、該第2のセット中の各質量標識体が、前記分析物中の第2の反応基と反応することができる第2の反応性官能基を含み;ここで、質量標識体の該第2のセットのm番目の標識体は、該第1のセットのm番目の標識体と同じ試料と反応させられ、該第1のセット由来のm番目の質量標識体と該第2のセット由来のm番目の質量標識体で標識された分析物と該第1のセット由来の(m+1)番目の質量標識体と該第2のセット由来の(m+1)番目の質量標識体で標識された分析物との精密質量の差はn1d1+n2d2であり、ここで、n1は第1の反応基の数であり、n2は、第2の反応基の数であり、d1は、該第1のセットのみに由来するm番目の質量標識体で標識された分析物と(m+1)番目の質量標識体で標識された分析物との精密質量の差であり、d2は、該第2のセットのみに由来するm番目の質量標識体で標識された分析物と(m+1)番目の質量標識体で標識された分析物との精密質量の差であり、d1はd2と等しくない、請求項27記載の方法。
【請求項２９】
前記第1の反応基が遊離チオール基であり、前記第2の反応基が遊離アミノ基である、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
前記分析物が、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、多糖、ポリヌクレオチド、アミノ酸、及び核酸から選択され；任意に該分析物が、タンパク質又はタンパク質の混合物の酵素的消化によって産生されたペプチドである、請求項21〜29のいずれか一項記載の方法。