【手続補正書】
【提出日】平成29年11月2日(2017.11.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
リンパ腫対象に適切な治療選択肢を調査するための方法であって、以下のステップ：
（a）リンパ腫対象由来の生検サンプルから遺伝子発現産物を単離すること；
（b）単離された遺伝子発現産物からデジタル遺伝子発現データを得ることであって、ここで、デジタル遺伝子発現データは、遺伝子発現シグネチャーにおける遺伝子についてのデータを含み、該遺伝子発現シグネチャーは、表2に列挙する遺伝子のうち少なくとも1つを含むものであること；
（c）遺伝子発現シグネチャーからの遺伝子の加重平均発現レベルを作成し、それにより遺伝子発現シグネチャー値を得ること；
（d）該遺伝子発現シグネチャー値に基づき予測スコアを算出すること；及び
（e）（d）の予測スコアを、対象が、予測スコアに基づき、以下のグループの1つに属するとして分類されるスタンダードと比較すること：（i）活性化B細胞様びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（ABC DLBCL）、（ii）胚中心B細胞様びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（GCB DLBCL）、（iii）縦隔原発B細胞リンパ腫（PMBL）、（iv）バーキットリンパ腫（BL）、又は（v）マントル細胞リンパ腫（MCL）
を含む、方法。
【請求項２】
びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）対象に適切な治療選択肢を調査するための方法であって、以下のステップ：
（a）DLBCL対象由来の生検サンプルから遺伝子発現産物を単離すること；
（b）単離された遺伝子発現産物からデジタル遺伝子発現データを得ることであって、ここで、デジタル遺伝子発現データは、遺伝子発現シグネチャーにおける遺伝子についてのデータを含み、該遺伝子発現シグネチャーは、以下の遺伝子のうち少なくとも1つを含むものであること：ASB13（GenBankアクセッション番号NM_024701.3）、CCDC50（GenBankアクセッション番号NM_174908.3）、CREB3L2（GenBankアクセッション番号NM_194071.2）、CYB5R2（GenBankアクセッション番号NM_016229.3）、IRF4（GenBankアクセッション番号NM_002460.1）、ISY1（GenBankアクセッション番号NM_020701.2）、ITPKB（GenBankアクセッション番号NM_002221.3）、LIMD1（GenBankアクセッション番号NM_014240.2）、MAML3（GenBankアクセッション番号NM_018717.4）、MME（GenBankアクセッション番号NM_000902.2）、MYBL1（GenBankアクセッション番号XM_034274.14）、PIM2（GenBankアクセッション番号NM_006875.2）、R3HDM1（GenBankアクセッション番号NM_015361.2）、RAB7L1（GenBankアクセッション番号NM_001135664.1）、S1PR2（GenBankアクセッション番号NM_004230.2）、SERPINA9（GenBankアクセッション番号NM_001042518.1）、TNFRSF13B（GenBankアクセッション番号NM_012452.2）、TRIM56（GenBankアクセッション番号NM_030961.1）、UBXN4（GenBankアクセッション番号NM_014607.3）、及びWDR55（GenBankアクセッション番号NM_017706.4）；
（c）遺伝子発現シグネチャーからの遺伝子の加重平均発現レベルを作成し、それにより遺伝子発現シグネチャー値を得ること；
（d）該遺伝子発現シグネチャー値に基づき予測スコアを算出すること；
（e）（d）の予測スコアを、対象が、予測スコアに基づき、以下のグループの1つに属するとして分類されるスタンダードと比較すること：（i）活性化B細胞様びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（ABC DLBCL）又は（ii）胚中心B細胞様びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（GCB DLBCL）
を含む、方法。
【請求項３】
治療選択肢が、以下：
CHOP療法、R-CHOP療法、CODOX-M/IVAC療法、R-EPOCH療法  CNS予防、放射線療法、免疫療法、骨髄移植、幹細胞移植、及び／又は手術
の1つ以上を含む、請求項1又は2に記載の方法。
【請求項４】
R-CHOP（リツキサン、シクロホスファミド、ヒドロキシダウノルビシン、オンコビン（ビンクリスチン）及びブレドニゾン）療法で治療するために、胚中心B細胞様びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（GCB DLBCL）対象を選択するために、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（DLBCL）対象を調査するための方法であって、以下のステップ：
（a）DLBCL対象由来の生検サンプルから遺伝子発現産物を単離すること；
（b）単離された遺伝子発現産物からデジタル遺伝子発現データを得ることであって、ここで、デジタル遺伝子発現データは、遺伝子発現シグネチャーにおける遺伝子についてのデータを含み、該遺伝子発現シグネチャーは、以下の遺伝子のうち少なくとも1つを含むものであること：ASB13（GenBankアクセッション番号NM_024701.3）、CCDC50（GenBankアクセッション番号NM_174908.3）、CREB3L2（GenBankアクセッション番号NM_194071.2）、CYB5R2（GenBankアクセッション番号NM_016229.3）、IRF4（GenBankアクセッション番号NM_002460.1）、ISY1（GenBankアクセッション番号NM_020701.2）、ITPKB（GenBankアクセッション番号NM_002221.3）、LIMD1（GenBankアクセッション番号NM_014240.2）、MAML3（GenBankアクセッション番号NM_018717.4）、MME（GenBankアクセッション番号NM_000902.2）、MYBL1（GenBankアクセッション番号XM_034274.14）、PIM2（GenBankアクセッション番号NM_006875.2）、R3HDM1（GenBankアクセッション番号NM_015361.2）、RAB7L1（GenBankアクセッション番号NM_001135664.1）、S1PR2（GenBankアクセッション番号NM_004230.2）、SERPINA9（GenBankアクセッション番号NM_001042518.1）、TNFRSF13B（GenBankアクセッション番号NM_012452.2）、TRIM56（GenBankアクセッション番号NM_030961.1）、UBXN4（GenBankアクセッション番号NM_014607.3）、及びWDR55（GenBankアクセッション番号NM_017706.4）；
（c）遺伝子発現シグネチャーからの遺伝子の加重平均発現レベルを作成し、それにより遺伝子発現シグネチャー値を得ること；
（d）該遺伝子発現シグネチャー値に基づき予測スコアを算出すること；
（e）（d）の予測スコアを、対象が、予測スコアに基づき、以下のグループの1つに属するとして分類されるスタンダードと比較すること：（i）R-CHOP療法以外の療法が提供される活性化B細胞様びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（ABC DLBCL）又は（ii）R-CHOP療法が提供される胚中心B細胞様びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（GCB DLBCL）
を含む、方法。
【請求項５】
ABC DLBCL対象に提供される療法が、CODOX-M/IVAC療法、R-EPOCH療法  CNS予防、放射線療法、免疫療法、骨髄移植、幹細胞移植、及び手術から選択される、請求項4に記載の方法。
【請求項６】
予測スコアを算出するステップが、方程式：
【数１】
2017502686.tif 000001
を用いることを含む、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
リンパ腫対象に適切な治療選択肢を調査するための方法であって：
（a）リンパ腫のヒト対象由来の生検サンプルからRNAの遺伝子発現産物を単離すること；
（b）単離された遺伝子発現産物からデジタル遺伝子発現データを得ることであって、ここで、デジタル遺伝子発現データは、遺伝子発現シグネチャーにおける遺伝子についてのデータを含み、該遺伝子発現シグネチャーは、表2に列挙される遺伝子を含むものであること；
（c）必要に応じて、第一及び第二の、プローブのリファレンスセットからデジタル遺伝子発現データを得ることであって、第二の、プローブのリファレンスセットは、ABC DLBCL、GCB DLBCL、PMBL、BL、又はMCLの分類用に知られているものであること；
（d）遺伝子発現シグネチャーからの遺伝子の加重平均発現レベルを作成し、それにより遺伝子発現シグネチャー値を得ること及び方程式：
【数２】
2017502686.tif 000002
（式中、yiは予測スコアであり、xiはプローブセットiについての遺伝子iについてのカウントであり、プローブセットiは試験されているサンプルのものであり、xjはプローブセットjについての遺伝子jについてのカウントであり、プローブセットjは試験されているサンプルの正規化遺伝子のセットであり、hjは、表4中に列挙された、プローブセットjについての正規化重みであり、riは、第一の、プローブのリファレンスセットにおけるプローブセットiについての遺伝子iについてのカウントであり、giは、第二の、プローブのリファレンスセットにおけるプローブセットiについての遺伝子iについてのカウントであり、デジタル遺伝子発現データが第1および第2の、プローブのリファレンスセットから得られない場合、riおよびgiを有する数学的項はゼロに等しい）を用いて、遺伝子発現シグネチャー値に基づいて予測スコアを算出すること；
（e）式：
【数３】
2017502686.tif 000003
式中、yiは予測スコアであり、wiは、表4中に列挙されたプローブセットと関連する重みであり、高及び低カットポイントは表5中に列挙された通りである
を用い、
及びロジック：
（1）MCLサブモデルが1の値を有する場合、サンプルはMCLとコールされる、
MCLサブモデルが0の値を有する場合、サンプルは、分類不能だがボーダーラインのMCLとコールされる、
MCLサブモデルが-1の値を有する場合、ステップ2に進む、
（2）BL non-mycサブモデルが1の値を有する場合、ステップ3に進む、
BL non-mycサブモデルが0の値を有する場合、サンプルは、分類不能だがボーダーラインのBLとコールされる、
BL non-mycサブモデルが-1の値を有する場合、ステップ4に進む、
（3）BL mycサブモデルが0又は1の値を有する場合、サンプルはBLとコールされる、
BL mycサブモデルが-1の値を有する場合、サンプルは、分類不能だがボーダーラインのBLとコールされる、
（4）PMBLサブモデルが1の値を有する場合、サンプルはPMBLとコールされる、
PMBLサブモデルが0の値を有する場合、サンプルは、分類不能だがボーダーラインのPMBLとコールされる、
PMBLサブモデルが-1の値を有する場合、ステップ5に進む、
（5）ABC/GCBサブモデルが1の値を有する場合、サンプルはABCとコールされる、
ABC/GCBサブモデルが0の値を有する場合、サンプルは未分類DLBCLとコールされる、
ABC/GCBサブモデルが-1の値を有する場合、サンプルはGCBとコールされる、
を用いて、
（d）の予測スコアを、対象が、予測スコアに基づき、以下のグループの1つに属するとして分類されるスタンダードと比較すること：（i）活性化B細胞様びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（ABC DLBCL）、（ii）胚中心B細胞様びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（GCB DLBCL）、（iii）縦隔原発B細胞リンパ腫（PMBL）、（iv）バーキットリンパ腫（BL）、又は（v）マントル細胞リンパ腫（MCL）
を含む方法。
【請求項８】
治療選択肢が、以下：
CHOP療法、R-CHOP療法、CODOX-M/IVAC療法、R-EPOCH療法  CNS予防、放射線療法、免疫療法、骨髄移植、幹細胞移植、及び／又は手術
の1つ以上を含む、請求項7に記載の方法。
【請求項９】
遺伝子発現産物が、対象由来のホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）生検サンプルから単離される、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
デジタル遺伝子発現データが、NANOSTRINGTMアッセイを用いて得られる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。