【手続補正書】
【提出日】平成29年9月22日(2017.9.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２８、配列番号１〜２７、配列番号２９〜４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９の群から選択されるアミノ酸配列を含んでなるペプチド、および配列番号２８、配列番号１〜２７、配列番号２９〜４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９と少なくとも９０％相同的なそれらの変異配列および薬学的に許容可能なそれらの塩であって、前記変異体がＴ細胞と前記変異体ペプチドとの交差反応を誘発し、前記ペプチドが完全長ポリペプチドでない、ペプチド。
【請求項２】
前記ペプチドまたはそれらの変異体が、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩの分子に結合する能力を維持し、前記ペプチドにＣＤ４および／またはＣＤ８Ｔ細胞を刺激する能力がある、請求項１に記載のペプチドまたはそれらの変異体。
【請求項３】
それらのアミノ酸配列が、配列番号２８、配列番号１〜２７、配列番号２９〜４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９の群に記載の連続する一続きのアミノ酸を含んでなる、請求項１または２に記載のペプチド。
【請求項４】
前記ペプチドまたはそれらの変異体が、８〜１００若しくは８〜３０若しくは８〜１６のアミノ酸全長を有し、又は前記ペプチドが、配列番号２８、配列番号１〜２７、配列番号２９〜４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９に記載のアミノ酸配列からなるグループから選択される一若しくはそれから本質的になる、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項５】
前記ペプチドが、修飾されおよび／または非ペプチド結合を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項６】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸を含んでなる、融合タンパク質の一部である、請求項１〜５のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチドをエンコードする核酸であって、任意選択的に異種プロモーター配列と結合する、核酸。
【請求項８】
請求項７に記載の核酸を発現する能力がある、発現ベクター。
【請求項９】
医療で使用するための、請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチド、請求項７に記載の核酸、または請求項８に記載の発現ベクター。
【請求項１０】
請求項７に記載の核酸または請求項８に記載の発現ベクターを含んでなる宿主細胞、抗原提示細胞若しくは樹状細胞。
【請求項１１】
請求項７に記載の核酸または請求項８に記載の発現ベクターを発現する、請求項１０に記載の宿主細胞を培養するステップと、前記宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる、請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチドを生成する方法。
【請求項１２】
ＣＴＬを、適切な抗原提示細胞の表面または抗原提示細胞を模倣する人工コンストラクトの表面に発現される抗原負荷ヒトクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子に、前記ＣＴＬを抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり、生体外で接触させるステップを含んでなり、前記抗原が、請求項１〜９のいずれか一項に記載のペプチドである、活性化細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）を生成するインビトロ法。
【請求項１３】
請求項１〜５のいずれか一項に記載のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する細胞を選択的に認識する、請求項１２に記載の方法によって生成される活性化細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）。
【請求項１４】
請求項１３で定義される細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、その標的細胞が請求項１〜５のいずれか一項に記載のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する患者において、該標的細胞を死滅させるための細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）。
【請求項１５】
請求項１〜５のいずれか一項に記載のペプチド若しくはＭＨＣ分子と結合する請求項１〜５のいずれか一項に記載のペプチドを特異的に認識する、抗体。
【請求項１６】
がんを治療するための薬剤若しくはワクチンにおける主要成分として含まれる、またはがんに対する薬剤若しくはワクチンの製造原料として使用される、請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチド、請求項７に記載の核酸、請求項８に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の細胞、請求項１３に記載の活性化細胞傷害性Ｔリンパ球、または請求項１５に記載の抗体。
【請求項１７】
前記がんが、ＰＴＰＲＺ１、ＢＣＡＮ、および／またはＦＡＢＰ７のおよび／または配列番号１〜配列番号４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９のペプチドがそれに由来する別のタンパク質の過剰発現を示す、星細胞腫、毛様細胞性星細胞腫、胚芽異形成性神経上皮腫瘍、乏突起膠腫、上衣細胞腫、多形性神経膠芽細胞腫、混合神経膠腫、乏突起星細胞腫、髄芽細胞腫、網膜芽細胞腫、神経芽細胞腫、胚細胞腫、奇形腫、神経節膠腫、神経節細胞腫、中枢神経節細胞腫、原始神経外胚葉性腫瘍（ＰＮＥＴ、例えば、髄芽細胞腫、髄上皮腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、脳室上衣芽細胞腫）、松果体実質腫瘍（例えば、松果体細胞腫、松果体芽細胞腫）、上衣細胞腫、脈絡叢腫瘍、起源不明神経上皮腫瘍（例えば、大脳神経膠腫症、星状芽細胞腫）、神経膠芽腫（、）前立腺腫瘍、乳がん、食道がん、結腸直腸がん、明細胞腎細胞がん、肺がん、ＣＮＳ、卵巣、メラノーマ膵臓がん、扁平上皮がん、白血病髄芽細胞腫、結腸、直腸、胃、腎臓、肺、膵臓、前立腺、皮膚、およびその他の腫瘍から選択される、請求項１６に記載のペプチド、核酸、発現ベクター、細胞、活性化細胞傷害性Ｔリンパ球、または抗体。
【請求項１８】
（ａ）請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチド、請求項７に記載の核酸、請求項８に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の細胞、活性化細胞傷害性Ｔリンパ球、請求項１３に記載のまたは請求項１５に記載の抗体を含有する医薬組成物を溶液または凍結乾燥形態で含んでなる容器；
（ｂ）任意選択的に、前記凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；
（ｃ）任意選択的に、配列番号１〜配列番号１３１からなる群から選択される少なくとももう１つのペプチド、および
（ｄ）任意選択的に、（ｉ）前記溶液の使用、または（ｉｉ）前記凍結乾燥製剤の再構成および／または使用のための取扱説明書を含んでなるキット。
【請求項１９】
（ｉｉｉ）緩衝液、（ｉｖ）希釈剤、（Ｖ）フィルター、（ｖｉ）針、または（Ｖ）シリンジの１つまたは複数をさらに含んでなる、請求項１８に記載のキット。
【請求項２０】
前記ペプチドが、配列番号１〜配列番号１９、配列番号４２〜４４、配列番号５０〜配列番号６５、および配列番号７１〜配列番号８８からなる群から選択される、請求項１８または１９に記載のキット。
【請求項２１】
ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；
ｂ）対応する正常組織との比較で、ａ）で同定されたペプチドを、免疫原性および腫瘍中の過剰提示について予備検査されたペプチドの貯蔵庫と比較するステップと；
（ｃ）前記患者において同定された腫瘍関連ペプチドと関連がある、前記貯蔵庫からの少なくとも１つのペプチドを選択するステップと
ｄ）ステップｃ）に基づいて個別化ワクチンを製造するステップと
を含んでなる、個々の患者のための個別化抗がんワクチンを製造する方法。
【請求項２２】
前記ＴＵＭＡＰが、
ａ１）前記腫瘍サンプルからの発現データを、前記腫瘍サンプルの組織型に相当する正常組織サンプルからの発現データと比較して、前記腫瘍サンプル中で過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；および
（ａ２）前記発現データを前記腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩ／またはクラスＩＩ分子と結合するＭＨＣリガンドの配列と相関させて、前記腫瘍によって過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップと
によって同定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記腫瘍サンプルから単離されたＭＨＣ分子から結合ペプチドを溶出させて、前記溶出したリガンドを配列決定することで、ＭＨＣリガンドの配列が同定される、請求項２１または２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記腫瘍サンプルの組織型に対応する前記正常組織が、前記患者から得られる、請求項２１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記貯蔵庫に包含されるペプチドが、
ａ．前記悪性材料からのＨＬＡリガンドが、質量分析法によって同定され；
ｂ．マイクロアレイによるゲノム規模メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を使用して、一連の正常器官および組織と比較して、前記悪性組織（ＧＢＭ）中の遺伝子過剰発現が同定され；
ｃ．前記同定されたＨＬＡリガンドが、遺伝子発現データと比較され；
ｄ．ステップｂで検出された選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされるペプチドが選択され；
ｅ．ｍＲＮＡレベルでの過剰発現の関連性が、腫瘍組織上における、ステップｃからの選択されたＴＵＭＡＰの再検出と、健常組織における検出の欠如またはまれな検出によって確認され；
ｆ．前記選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導が可能かどうかを評価するために、健常ドナーまたは前記患者からのヒトＴ細胞を使用して、生体外免疫原性アッセイが実施される
ことによって同定される、請求項２１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記貯蔵庫に包含される前記ペプチドの免疫原性が、生体外免疫原性アッセイ、個々のＨＬＡ結合についての患者免疫モニタリング、ＭＨＣ多量体染色、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイおよび／または細胞内サイトカイン染色を含んでなる方法によって判定される、請求項２１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記貯蔵庫が、配列番号１〜配列番号１３１からなる群から選択される複数のペプチドを含んでなる、請求項２１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
ｄ）前記個々の患者からの正常な対応する組織と比較して、前記腫瘍サンプルに特有の少なくとも１つの変異を同定し、前記変異と関連があるワクチンへの包含のためにペプチドを選択するステップをさらに含んでなる、請求項２１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記少なくとも１つの変異が、全ゲノム配列決定によって同定される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
配列番号２８、配列番号１〜２７、配列番号２９〜４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９からなる群から選択されるアミノ酸配列と、少なくとも８０％の同一性を有するＨＬＡリガンドに反応性である、Ｔ細胞受容体。
【請求項３１】
前記アミノ酸配列が、配列番号２８、配列番号１〜２７、配列番号２９〜４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９と少なくとも９０％、または少なくとも９５％同一である、請求項３０に記載のＴ細胞受容体。
【請求項３２】
前記アミノ酸配列が、配列番号２８、配列番号１〜２７、配列番号２９〜４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９のいずれかを含んでなる、請求項３０または３１に記載のＴ細胞受容体。
【請求項３３】
前記アミノ酸配列が、配列番号２８、配列番号１〜２７、配列番号２９〜４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９のいずれかからなる、請求項３０〜３２のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体。
【請求項３４】
（ａ）配列番号２８、配列番号１〜２７、配列番号２９〜４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９と少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列；および
（ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸１〜８０
を含んでなる、融合タンパク質。
【請求項３５】
前記（ａ）のアミノ酸配列が、配列番号２８、配列番号１〜２７、配列番号２９〜４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９と少なくとも９０％若しくは少なくとも９５％同一である、請求項３４に記載の融合タンパク質。
【請求項３６】
前記（ａ）のアミノ酸配列が、配列番号２８、配列番号１〜２７、配列番号２９〜４９、配列番号７１、および配列番号７４〜１２９を含んでなる、請求項３５に記載の融合タンパク質。
【請求項３７】
（ａ）請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチド；
（ｂ）請求項３０〜３３のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体；または
（ｃ）請求項３４〜３６のいずれか一項に記載の融合タンパク質
をエンコードする核酸。
【請求項３８】
ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせである、請求項に３７記載の核酸。
【請求項３９】
請求項３７または３８に記載の核酸を含んでなる、発現ベクター。
【請求項４０】
請求項３７または３８に記載の核酸、または請求項３９に記載の発現ベクターを含んでなる、宿主細胞。
【請求項４１】
樹状細胞若しくは抗原提示細胞である、請求項４０に記載の宿主細胞。
【請求項４２】
（ａ）請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチド；または（ｂ）請求項３０〜３３のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体；または（ｃ）請求項３４〜３６のいずれか一項に記載の融合タンパク質を生成する方法であって、請求項４１に記載の宿主細胞を培養するステップと、前記宿主細胞および／またはその培養液から前記ペプチド、前記Ｔ細胞受容体、または前記融合タンパク質を単離するステップとを含んでなる、方法。
【請求項４３】
ＣＴＬを、適切な抗原提示細胞の表面に発現される抗原負荷ヒトクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子に、前記ＣＴＬが抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり、生体外で接触させるステップを含んでなり、前記抗原が、請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチドである、活性化細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）を生成するインビトロ法。
【請求項４４】
前記抗原が、十分な量の前記抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子上に負荷される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記抗原提示細胞が、請求項１〜６のいずれか一項に記載の前記ペプチドを発現する能力がある発現ベクターを含んでなる、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
請求項４４〜４６のいずれか一項に記載の方法によって生成される、活性化細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）。
【請求項４７】
前記患者に請求項４６に記載の細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）の有効数を投与するステップを含んでなる、患者において標的がん細胞を死滅させるための、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）を含む薬剤。
【請求項４８】
薬剤としての、または薬剤の製造における、請求項１〜６のいずれか一項に記載のペプチド、請求項３０〜３３のいずれか一項に記載のＴ細胞受容体、請求項３４〜３６のいずれか一項に記載の融合タンパク質、請求項３７または３８に記載の核酸、請求項３９に記載の発現ベクター、請求項４０または４１に記載の宿主細胞、または請求項４６に記載の活性化細胞傷害性Ｔリンパ球の使用。