【手続補正書】
【提出日】平成29年10月12日(2017.10.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数についての評価のための、1つまたは複数のプロセッサーおよびシステムメモリーを含むコンピューターシステムで実践される方法であって、
（a）コンピューターシステムで、検査サンプルから核酸シーケンサーによって獲得された配列読み取りを提供する工程であって、検査サンプルは、1種または複数種のゲノム由来の核酸分子を含む、工程；
（b）コンピューターシステムによって、検査サンプルの配列読み取りを、関心対象の核酸配列を含む参照ゲノムにアラインメントし、それによって検査配列タグを提供する工程；
（c）コンピューターシステムによって、各ビンに位置する検査配列タグの被覆率を決定する工程であって、参照ゲノムが複数のビンに分割されており、かつ該被覆率はビンにおける配列タグの存在度を示す、工程；
（d）コンピューターシステムによって、関心対象の核酸配列に対して全体プロファイルを提供する工程であって、該全体プロファイルは、各ビンにおける予想被覆率を含み、かつ該予想被覆率は、検査サンプルと実質的に同じ様式でシーケンシングされかつアラインメントされた核酸分子を含む、影響なしのトレーニングサンプルのトレーニングセットから獲得され、該予想被覆率はビンごとに変動を呈する、工程；
（e）コンピューターシステムによって、少なくとも関心対象の核酸配列の各ビンにおける予想被覆率を用いて、検査配列タグの被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列に対する全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程；
（f）コンピューターシステムによって、検査サンプルのGC含有量レベルと検査サンプルの全体プロファイル補正被覆率との間の関係に基づき、関心対象の核酸配列に対する全体プロファイル補正被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列に対するサンプルGC補正被覆率を獲得する工程；および
（g）コンピューターシステムによって、サンプルGC補正被覆率に基づき、検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数を評価する工程であって、該サンプルGC補正被覆率は、関心対象の核酸配列のコピー数を決定するためのシグナルレベルを向上させかつ/またはノイズレベルを低下させる、工程
を含む、方法。
【請求項２】
配列読み取りを、妊娠女性の細胞フリーDNAおよび該妊娠女性によって保持された胎児の細胞フリーDNAの配列から獲得する、請求項1記載の方法。
【請求項３】
マスキングされたビンにおける被覆率を検討から除外する配列マスクを適用する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
配列マスクを、
コンピューターシステムで、複数の影響なしのトレーニングサンプルからの配列読み取りを含むトレーニングセットを提供する工程；
コンピューターシステムによって、トレーニングセットの配列読み取りを参照ゲノムにアラインメントし、それによってトレーニングサンプルに対してトレーニング配列タグを提供する工程；
コンピューターシステムによって、参照ゲノムを複数のビンに分割する工程；
コンピューターシステムによって、各トレーニングサンプルに対して各ビンにおけるトレーニング配列タグの被覆率を決定する工程；ならびに
コンピューターシステムによって、マスキングされていないおよびマスキングされたビンを含む配列マスクを創出する工程であって、マスキングされた各ビンは、マスキング閾値を超える分布指標を有し、該分布指標はトレーニングサンプルの被覆率の分布に関係している、工程
を含む方法によって獲得する、請求項3記載の方法。
【請求項５】
配列マスクは、ビン内のトレーニングサンプルにわたるマッピング精度スコアの分布によって規定される、マスキングされたビンおよびマスキングされていないビンを含み、該マッピング精度スコアは、複数の影響なしのトレーニングサンプルの配列読み取りを参照ゲノムにアラインメントすることにより導き出される、請求項3記載の方法。
【請求項６】
検査サンプルは、2種の異なるゲノム由来の核酸の混合物を含む、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
核酸は細胞フリーDNA分子を含む、請求項6記載の方法。
【請求項８】
検査サンプルは、胎児および母体の細胞フリー核酸を含む、請求項1〜7のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
検査サンプルは、同じ対象由来の癌性細胞および影響なしの細胞由来の核酸を含む、請求項1〜8のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
各ビンにおける予想被覆率は、トレーニングサンプルの被覆率の中央値または平均を含み、かつ作業（e）において検査配列タグの被覆率を調整することは、各ビンに対する検査配列タグの被覆率を、ビンからのトレーニングサンプルの被覆率の中央値または平均で割る工程を含む、請求項1〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
作業（e）において検査配列タグの被覆率を調整することは、（i）1種または複数種のロバストな染色体または領域における複数のビンにおいて、検査配列タグの被覆率対予想被覆率の間の関係を獲得する工程；および（ii）該関係を、関心対象の配列におけるビンに適用して、全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程を含む、請求項1〜10のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
（i）における関係は、線形回帰：
ya＝切片＋傾き*gwpa
式中、yaは、1種または複数種のロバストな染色体または領域における検査サンプルに対するビンaの被覆率であり、かつgwpaは、影響なしのトレーニングサンプルに対するビンaに対しての全体プロファイルである、
によって獲得され；かつ
（ii）において全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程は、
zb＝yb/(切片＋傾き*gwpb)−1
式中、ybは、関心対象の配列における検査サンプルに対するビンbの観察される被覆率であり、かつgwpbは、影響なしのトレーニングサンプルに対するビンbに対しての全体プロファイルである、
として全体プロファイル補正被覆率zbを獲得する工程を含む、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
作業（f）において全体プロファイル補正被覆率を調整することは、
参照ゲノムにおけるビンを複数のGC群にグループ化する工程であって、各GC群は複数のビンを含み、該複数のビンは検査配列タグを含有しかつ検査サンプルにおいて同程度のGC含有量を有する、工程；
複数種のロバストな常染色体に対して、各GC群に対する全体プロファイル補正被覆率の予想値を決定する工程；および
同じGC群の決定された予想値に基づき、各GC群に対して関心対象の核酸配列における各ビンにおける検査配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列における各ビンにおける検査配列タグのサンプルGC補正被覆率を獲得する工程
を含む、請求項1〜12のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
全体プロファイル補正被覆率の予想値は、複数種のロバストな常染色体のGC群に対する被覆率の平均または中央値である、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
検査配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整することは、全体プロファイル補正被覆率から予想値を差し引く工程を含む、請求項13記載の方法。
【請求項１６】
作業（f）において全体プロファイル補正被覆率を調整することは、
線形または非線形の数学的関数を、複数種のロバストな常染色体からのデータ点に適合させる工程であって、各データ点は検査サンプルの全体プロファイル補正被覆率値を検査サンプルのGC含有量値に関連付けする、工程；
検討中のビンのGC含有量値における数学的関数の被覆率値に等しい、各ビンに対する被覆率の予想値に基づき、関心対象の核酸配列における各ビンにおける検査配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整する工程
を含む、請求項1〜15のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
検査配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整する工程は、全体プロファイル補正被覆率から予想値を差し引く工程を含む、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
ロバストな常染色体は、関心対象の染色体を除いたすべての常染色体を含む、請求項13〜17のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
ロバストな常染色体は、X、Y、第13、第18、および第21染色体を除いたすべての常染色体を含む、請求項13〜17のいずれか一項記載の方法。
【請求項２０】
関心対象の核酸配列のコピー数についての評価のための配列マスクを創出するための、1つまたは複数のプロセッサーおよびシステムメモリーを含むコンピューターシステムで実践される方法であって、
（a）コンピューターシステムで、複数の影響なしのトレーニングサンプルからの配列読み取りを含むトレーニングセットを提供する工程；
（b）コンピューターシステムによって、トレーニングセットの配列読み取りを、関心対象の核酸配列を含む参照ゲノムにアラインメントし、それによってトレーニングサンプルに対してトレーニング配列タグを提供する工程；
（c）コンピューターシステムによって、参照ゲノムを複数のビンに分割する工程；
（d）コンピューターシステムによって、影響なしの各トレーニングサンプルに対して、各トレーニングサンプルに対する、各ビンにおけるトレーニング配列タグの被覆率を決定する工程であって、該被覆率はビンにおける配列タグの存在度を示す、工程；
（e）各ビンに対して、すべてのトレーニングサンプルにわたるトレーニング配列タグの予想被覆率を決定する工程；
（f）コンピューターシステムによって、各ビンにおける予想被覆率に従って、各トレーニングサンプルに対して各ビンにおけるトレーニング配列タグの被覆率を調整し、それによって各トレーニングサンプルに対してビンにおけるトレーニング配列タグの全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程；
（g）コンピューターシステムによって、参照ゲノムにわたる、マスキングされていないおよびマスキングされたビンを含む配列マスクを創出する工程であって、マスキングされた各ビンがマスキング閾値を超える分布指標を有し、該分布指標は各ビンにおけるトレーニングサンプルにわたる全体プロファイル補正被覆率の分布に関係している、工程
を含む、方法。
【請求項２１】
各ビンに対して（e）において決定された予想被覆率は、トレーニングサンプルの被覆率の中央値または平均を含む、請求項20記載の方法。
【請求項２２】
作業（f）においてトレーニング配列タグの被覆率を調整することは、各ビンに対するトレーニング配列タグに関する各トレーニングサンプルの被覆率から中央値または平均を差し引く工程を含む、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
作業（f）においてトレーニング配列タグの被覆率を調整することは、各ビンに対するトレーニング配列タグに関する各トレーニングサンプルの被覆率を中央値または平均で割る工程を含む、請求項21記載の方法。
【請求項２４】
検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数についての評価のためのシステムであって、
サンプルからの核酸配列情報を提供する、検査サンプル由来の核酸を受け取るためのシーケンサー；
1つまたは複数のプロセッサー；ならびに
（a）該システムで、検査サンプルの配列読み取りを提供する工程；
（b）該1つまたは複数のプロセッサーによって、検査サンプルの配列読み取りを、関心対象の核酸配列を含む参照ゲノムにアラインメントし、それによって検査配列タグを提供する工程；
（c）該1つまたは複数のプロセッサーによって、各ビンに位置する検査配列タグの被覆率を決定する工程であって、参照ゲノムが複数のビンに分割されている、工程；
（d）該1つまたは複数のプロセッサーによって、関心対象の核酸配列に対して全体プロファイルを提供する工程であって、該全体プロファイルは、各ビンにおける予想被覆率を含み、かつ該予想被覆率は、検査サンプルと実質的に同じ様式でシーケンシングされかつアラインメントされた、影響なしのトレーニングサンプルのトレーニングセットから獲得され、該予想被覆率はビンごとに変動を呈する、工程；
（e）該1つまたは複数のプロセッサーによって、各ビンにおける予想被覆率に従って、検査配列タグの被覆率を調整し、それによって検査配列タグの各ビンにおける全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程；
（f）該1つまたは複数のプロセッサーによって、検査配列タグのビンに関する検査サンプルのGC含有量レベルと検査サンプルの全体プロファイル補正被覆率との間の関係に基づき、全体プロファイル補正被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列上の検査配列タグのサンプルGC補正被覆率を獲得する工程；および
（g）該1つまたは複数のプロセッサーによって、サンプルGC補正被覆率に基づき、検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数を評価する工程
を含む方法を用いて、検査サンプルにおけるコピー数を評価する、該プロセッサーへの実行のための命令をそこに保存している1つまたは複数のコンピューター可読記憶媒体
を含む、システム。
【請求項２５】
コンピューターシステムの1つまたは複数のプロセッサーによって実行される場合、胎児および母体の細胞フリー核酸を含む検査サンプルにおける関心対象の染色体または核酸配列のコピー数についての評価のための方法を該コンピューターシステムに実践させる、コンピューター実行可能な命令をそこに保存している1つまたは複数の非一時的なコンピューター可読記憶媒体を含むコンピュータープログラム製品であって、該方法は、
（a）コンピューターシステムで、検査サンプルから核酸シーケンサーによって獲得された配列読み取りを提供する工程であって、検査サンプルは、1種または複数種のゲノム由来の核酸分子を含む、工程；
（b）コンピューターシステムによって、検査サンプルの配列読み取りを、関心対象の核酸配列を含む参照ゲノムにアラインメントし、それによって検査配列タグを提供する工程；
（c）コンピューターシステムによって、各ビンに位置する検査配列タグの被覆率を決定する工程であって、参照ゲノムが複数のビンに分割されており、かつ該被覆率はビンにおける配列タグの存在度を示す、工程；
（d）コンピューターシステムによって、関心対象の核酸配列に対して全体プロファイルを提供する工程であって、該全体プロファイルは、各ビンにおける予想被覆率を含み、かつ該予想被覆率は、検査サンプルと実質的に同じ様式でシーケンシングされかつアラインメントされた核酸分子を含む、影響なしのトレーニングサンプルのトレーニングセットから獲得され、該予想被覆率はビンごとに変動を呈する、工程；
（e）コンピューターシステムによって、少なくとも関心対象の核酸配列の各ビンにおける予想被覆率を用いて、検査配列タグの被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列に対する全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程；
（f）コンピューターシステムによって、検査サンプルのGC含有量レベルと検査サンプルの全体プロファイル補正被覆率との間の関係に基づき、全体プロファイル補正被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列に対するサンプルGC補正被覆率を獲得する工程；および
（g）コンピューターシステムによって、サンプルGC補正被覆率に基づき、検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数を評価する工程であって、該サンプルGC補正被覆率は、関心対象の核酸配列のコピー数を決定するためのシグナルレベルを向上させかつ/またはノイズレベルを低下させる、工程
を含む、コンピュータープログラム製品。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４４】
本明細書における例はヒトに関し、かつ言葉は主にヒト関係事項に向けられているが、本明細書において記載される概念は、任意の植物または動物由来のゲノムに適用可能である。本開示のこれらおよび他の目的および特質は、以下の記載および添付の特許請求の範囲からより十分に明らかになるであろう、または以降に明記される本開示の履行によって習得され得る。
[本発明1001]
検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数についての評価のための、1つまたは複数のプロセッサーおよびシステムメモリーを含むコンピューターシステムで実践される方法であって、
（a）コンピューターシステムで、検査サンプルから核酸シーケンサーによって獲得された配列読み取りを提供する工程であって、検査サンプルは、1種または複数種のゲノム由来の核酸分子を含む、工程；
（b）コンピューターシステムによって、検査サンプルの配列読み取りを、関心対象の核酸配列を含む参照ゲノムにアラインメントし、それによって検査配列タグを提供する工程；
（c）コンピューターシステムによって、各ビンに位置する検査配列タグの被覆率を決定する工程であって、参照ゲノムが複数のビンに分割されており、かつ該被覆率はビンにおける配列タグの存在度を示す、工程；
（d）コンピューターシステムによって、関心対象の核酸配列に対して全体プロファイルを提供する工程であって、該全体プロファイルは、各ビンにおける予想被覆率を含み、かつ該予想被覆率は、検査サンプルと実質的に同じ様式でシーケンシングされかつアラインメントされた核酸分子を含む、影響なしのトレーニングサンプルのトレーニングセットから獲得され、該予想被覆率はビンごとに変動を呈する、工程；
（e）コンピューターシステムによって、少なくとも関心対象の核酸配列の各ビンにおける予想被覆率を用いて、検査配列タグの被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列に対する全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程；
（f）コンピューターシステムによって、GC含有量レベルと全体プロファイル補正被覆率との間の関係に基づき、全体プロファイル補正被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列に対するサンプルGC補正被覆率を獲得する工程；および
（g）コンピューターシステムによって、サンプルGC補正被覆率に基づき、検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数を評価する工程であって、該サンプルGC補正被覆率は、関心対象の核酸配列のコピー数を決定するためのシグナルレベルを向上させかつ/またはノイズレベルを低下させる、工程
を含む、方法。
[本発明1002]
配列読み取りを提供する工程の前に、シーケンサーを用いて検査サンプル由来の核酸をシーケンシングし、それによって配列読み取りを生成する工程をさらに含む、前記本発明の方法。
[本発明1003]
核酸をシーケンシングする前に、マーカー核酸と検査サンプルとを組み合わせる工程をさらに含む、本発明1002の方法。
[本発明1004]
マーカー核酸は、天然に存在するデオキシリボ核酸、天然に存在するリボ核酸、ペプチド核酸（PNA）、モルフォリノ核酸、ロックド核酸、グリコール核酸、トレオース核酸、およびそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、本発明1003の方法。
[本発明1005]
配列読み取りを、妊娠女性の細胞フリーDNAおよび該妊娠女性によって保持された胎児の細胞フリーDNAの配列から獲得する、本発明1001の方法。
[本発明1006]
マスキングされたビンにおける被覆率を検討から除外する配列マスクを適用する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1007]
配列マスクを、
コンピューターシステムで、複数の影響なしのトレーニングサンプルからの配列読み取りを含むトレーニングセットを提供する工程；
コンピューターシステムによって、トレーニングセットの配列読み取りを参照ゲノムにアラインメントし、それによってトレーニングサンプルに対してトレーニング配列タグを提供する工程；
コンピューターシステムによって、参照ゲノムを複数のビンに分割する工程；
コンピューターシステムによって、各トレーニングサンプルに対して各ビンにおけるトレーニング配列タグの被覆率を決定する工程；ならびに
コンピューターシステムによって、マスキングされていないおよびマスキングされたビンを含む配列マスクを創出する工程であって、マスキングされた各ビンは、マスキング閾値を超える分布指標を有し、該分布指標はトレーニングサンプルの被覆率の分布に関係している、工程
を含む方法によって獲得する、本発明1006の方法。
[本発明1008]
配列マスクを創出する前に、各ビンにおける予想被覆率に従ってトレーニング配列タグの被覆率を調整し、それによってビンにおけるトレーニング配列タグの全体プロファイル補正被覆率を獲得し、次いでそれを用いて配列マスクを創出する工程をさらに含む、本発明1007の方法。
[本発明1009]
分布指標はトレーニングサンプルの被覆率の分散に数学的に関係している、本発明1007の方法。
[本発明1010]
分布指標は変動係数である、本発明1009の方法。
[本発明1011]
関心対象の核酸配列上のマスキングされたビンは第1のマスキング閾値を有し、かつ正規化配列上のマスキングされたビンは第2のマスキング閾値を有する、本発明1006の方法。
[本発明1012]
第1のマスキング閾値と第2のマスキング閾値との組み合わせは、他の閾値を用いて獲得される配列マスクよりも、影響なしのサンプルにおける関心対象の配列を含む領域にわたる被覆率のより低い変動をもたらす配列マスクを提供する、本発明1011の方法。
[本発明1013]
配列マスクは、ビン内のトレーニングサンプルにわたるマッピング精度スコアの分布によって規定される、マスキングされたビンおよびマスキングされていないビンを含み、該マッピング精度スコアは、複数の影響なしのトレーニングサンプルの配列読み取りを参照ゲノムにアラインメントすることにより導き出される、本発明1006の方法。
[本発明1014]
作業（g）において検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数を評価する工程は、正規化配列の被覆率情報を用いて、検査サンプルに対して関心対象の核酸配列の配列用量を算出する工程を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1015]
配列用量を算出する工程は、関心対象の核酸配列における検査配列タグのサンプルGC補正被覆率を、正規化配列における検査配列タグのサンプルGC補正被覆率で割る工程を含む、本発明1014の方法。
[本発明1016]
正規化配列は、1つまたは複数のロバストな常染色体配列またはそのセグメントを含む、本発明1015の方法。
[本発明1017]
作業（g）において検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数を評価する工程は、正規化配列の被覆率情報を用いて、検査サンプルに対して、関心対象の核酸配列の正規化された染色体値または正規化されたセグメント値を算出する工程を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1018]
検査サンプルは、2種の異なるゲノム由来の核酸の混合物を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1019]
核酸は細胞フリーDNA分子を含む、本発明1018の方法。
[本発明1020]
検査サンプルは、胎児および母体の細胞フリー核酸を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1021]
検査サンプルは、2人またはそれを上回る数の胎児由来の胎児細胞フリー核酸を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1022]
検査サンプルは、同じ対象由来の癌性細胞および影響なしの細胞由来の核酸を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1023]
検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数を評価する工程は、完全なまたは部分的な胎児異数性の有無を決定する工程を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1024]
作業（f）の後に、コピー数変動についての評価における検討から、サンプルGC補正被覆率の外れ値のビンを除去する工程をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1025]
外れ値のビンは、そのサンプルGC補正被覆率中央値が、すべてのビンの中央値から約1を上回る中央値絶対偏差であるビンを含む、本発明1024の方法。
[本発明1026]
各ビンにおける予想被覆率は、トレーニングサンプルの被覆率の中央値または平均を含み、かつ作業（e）において検査配列タグの被覆率を調整することは、各ビンに対する検査配列タグの被覆率を、対応するビンからのトレーニングサンプルの被覆率の中央値または平均で割る工程を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1027]
作業（e）において検査配列タグの被覆率を調整することは、（i）1種または複数種のロバストな染色体または領域における複数のビンにおいて、検査配列タグの被覆率対予想被覆率の間の関係を獲得する工程；および（ii）数学的関係を、関心対象の配列におけるビンに適用して、全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1028]
（i）における関係は、線形回帰：
ya＝切片＋傾き*gwpa
式中、yaは、1種または複数種のロバストな染色体または領域における検査サンプルに対するビンaの被覆率であり、かつgwpaは、影響なしのトレーニングサンプルに対するビンaに対しての全体プロファイルである、
によって獲得され；かつ
（ii）において全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程は、
zb＝yb/(切片＋傾き*gwpb)−1
式中、ybは、関心対象の配列における検査サンプルに対するビンbの観察される被覆率であり、かつgwpbは、影響なしのトレーニングサンプルに対するビンbに対しての全体プロファイルである、
として全体プロファイル補正被覆率zbを獲得する工程を含む、本発明1027の方法。
[本発明1029]
（e）からの検査配列タグの全体プロファイル補正被覆率は、関心対象の核酸配列におけるビンの全体プロファイル補正被覆率、および正規化配列におけるビンの全体プロファイル補正被覆率を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1030]
作業（f）において全体プロファイル補正被覆率を調整することは、
参照ゲノムにおけるビンを複数のGC群にグループ化する工程であって、各GC群は複数のビンを含み、該複数のビンは検査配列タグを含有しかつ同程度のGC含有量を有する、工程；
複数種のロバストな常染色体に対して、各GC群に対する全体プロファイル補正被覆率の予想値を決定する工程；および
同じGC群の決定された予想値に基づき、各GC群に対して検査配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列上の検査配列タグのサンプルGC補正被覆率を獲得する工程
を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1031]
全体プロファイル補正被覆率の予想値は、複数種のロバストな常染色体のGC群に対する被覆率の平均または中央値である、本発明1030の方法。
[本発明1032]
検査配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整することは、全体プロファイル補正被覆率から予想値を差し引く工程を含む、本発明1030の方法。
[本発明1033]
作業（f）において全体プロファイル補正被覆率を調整することは、
線形または非線形の数学的関数を、複数種のロバストな常染色体からのデータ点に適合させる工程であって、各データ点は被覆率値をGC含有量値に関連付けする、工程；
検討中のビンのGC含有量値における数学的関数の被覆率値に等しい、各ビンに対する被覆率の予想値に基づき、各ビンにおける検査配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整する工程
を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1034]
検査配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整する工程は、全体プロファイル補正被覆率から予想値を差し引く工程を含む、本発明1033の方法。
[本発明1035]
ロバストな常染色体は、関心対象の染色体を除いたすべての常染色体を含む、本発明1030〜1034のいずれかの方法。
[本発明1036]
ロバストな常染色体は、X、Y、第13、第18、および第21染色体を除いたすべての常染色体を含む、本発明1030〜1034のいずれかの方法。
[本発明1037]
ロバストな常染色体は、検査サンプルから正常な二倍体状態から逸脱していると決定されたものを除いたすべての常染色体を含む、本発明1030〜1034のいずれかの方法。
[本発明1038]
複数の影響なしの個体および/または検査サンプルから細胞フリーDNAを抽出する工程をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1039]
配列読み取りは、個体の全ゲノムにおけるいずれかの箇所由来の約20〜50bpの配列を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1040]
（a）の配列読み取りは、バーコード化された25merを含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1041]
検査配列タグおよびトレーニング配列タグの被覆率は、非除外部位計数（NES計数）に基づき、NES計数は、非除外部位にマッピングされた非冗長の配列タグの数である、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1042]
NES計数は、非除外部位にマッピングされた、一意的にアラインメントされた非冗長の配列タグの数である、本発明1041の方法。
[本発明1043]
ビンサイズは約1000bp〜1,000,000bpである、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1044]
ビンサイズは約100,000bpである、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1045]
検査サンプルの配列読み取りの数を用いた算出によってビンサイズを決定する工程をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1046]
各ビンにおける配列タグの数は少なくとも約1000bpである、本発明1045の方法。
[本発明1047]
関心対象の核酸配列のコピー数についての評価のための配列マスクを創出するための、1つまたは複数のプロセッサーおよびシステムメモリーを含むコンピューターシステムで実践される方法であって、
（a）コンピューターシステムで、複数の影響なしのトレーニングサンプルからの配列読み取りを含むトレーニングセットを提供する工程；
（b）コンピューターシステムによって、トレーニングセットの配列読み取りを、関心対象の核酸配列を含む参照ゲノムにアラインメントし、それによってトレーニングサンプルに対してトレーニング配列タグを提供する工程；
（c）コンピューターシステムによって、参照ゲノムを複数のビンに分割する工程；
（d）コンピューターシステムによって、影響なしの各トレーニングサンプルに対して、各トレーニングサンプルに対する、各ビンにおけるトレーニング配列タグの被覆率を決定する工程であって、該被覆率はビンにおける配列タグの存在度を示す、工程；
（e）各ビンに対して、すべてのトレーニングサンプルにわたるトレーニング配列タグの予想被覆率を決定する工程；
（f）コンピューターシステムによって、各ビンにおける予想被覆率に従って、各トレーニングサンプルに対して各ビンにおけるトレーニング配列タグの被覆率を調整し、それによって各トレーニングサンプルに対してビンにおけるトレーニング配列タグの全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程；
（g）コンピューターシステムによって、各ビンにおけるトレーニングサンプルにわたる全体プロファイル補正被覆率の変動に基づき、参照ゲノムにわたる、マスキングされていないおよびマスキングされたビンを含む配列マスクを創出する工程
を含む、方法。
[本発明1048]
各ビンに対して（e）において決定された予想被覆率は、トレーニングサンプルの被覆率の中央値または平均を含む、本発明1047の方法。
[本発明1049]
作業（f）においてトレーニング配列タグの被覆率を調整することは、各ビンに対するトレーニング配列タグに関する各トレーニングサンプルの被覆率から中央値または平均を差し引く工程を含む、本発明1048の方法。
[本発明1050]
作業（f）においてトレーニング配列タグの被覆率を調整することは、各ビンに対するトレーニング配列タグに関する各トレーニングサンプルの被覆率を中央値または平均で割る工程を含む、本発明1048の方法。
[本発明1051]
関心対象の核酸配列上のマスキングされたビンは第1のマスキング閾値を有し、かつ正規化配列上のマスキングされたビンは第2のマスキング閾値を有する、本発明1047の方法。
[本発明1052]
第1のマスキング閾値と第2のマスキング閾値との組み合わせは、他の閾値を用いて獲得される配列マスクよりも、影響なしのサンプルにおける関心対象の配列を含む領域にわたる被覆率のより低い変動をもたらす配列マスクを提供する、本発明1051の方法。
[本発明1053]
（f）の後かつ（g）の前に、コンピューターシステムによって、各トレーニングサンプルに存在する、GC含有量レベルと全体プロファイル補正被覆率との間の関係に基づき、各トレーニングサンプルのビンに対する全体プロファイル補正被覆率を調整し、それによって各トレーニングサンプルに対してトレーニング配列タグのサンプルGC補正被覆率を獲得する工程をさらに含む、本発明1047の方法。
[本発明1054]
各トレーニングサンプルに対する全体プロファイル補正被覆率を調整することは、
参照ゲノムにおけるすべてのビンを複数のGC群にグループ化する工程であって、各GC群は、同程度のGC含有量を有する複数のビンを含む、工程；
複数種のロバストな常染色体に対して、各GC群に対する全体プロファイル補正被覆率の予想値を決定する工程；および
同じGC群の決定された予想値に基づき、各GC群に対してトレーニング配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列上のトレーニング配列タグのサンプルGC補正被覆率を獲得する工程
を含む、本発明1053の方法。
[本発明1055]
全体プロファイル補正被覆率の予想値は、複数種のロバストな常染色体のGC群に対する被覆率の平均または中央値である、本発明1054の方法。
[本発明1056]
トレーニング配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整することは、全体プロファイル補正被覆率から予想値を差し引く工程を含む、本発明1054の方法。
[本発明1057]
各トレーニングサンプルに対する全体プロファイル補正被覆率を調整することは、
線形または非線形の数学的関数を、複数種のロバストな常染色体からのデータ点に適合させる工程であって、各データ点は被覆率値をGC含有量値に関連付けする、工程；
ビンのGC含有量値における数学的関数の被覆率値に等しい、各ビンに対する被覆率の予想値に基づき、各ビンにおけるトレーニング配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整する工程
を含む、本発明1053の方法。
[本発明1058]
トレーニング配列タグの全体プロファイル補正被覆率を調整することは、全体プロファイル補正被覆率から予想値を差し引く工程を含む、本発明1057の方法。
[本発明1059]
サンプルは、血液サンプル、尿サンプル、または唾液サンプルである、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1060]
サンプルは血漿サンプルである、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1061]
関心対象の核酸配列のそれぞれに対して同定される配列タグの数は少なくとも約10,000個である、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1062]
検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数についての評価のためのシステムであって、
サンプルからの核酸配列情報を提供する、検査サンプル由来の核酸を受け取るためのシーケンサー；
プロセッサー；ならびに
（a）コンピューターシステムで、検査サンプルの配列読み取りを提供する工程；
（b）コンピューターシステムによって、検査サンプルの配列読み取りを、関心対象の核酸配列を含む参照ゲノムにアラインメントし、それによって検査配列タグを提供する工程；
（c）コンピューターシステムによって、各ビンに位置する検査配列タグの被覆率を決定する工程であって、参照ゲノムが複数のビンに分割されている、工程；
（d）コンピューターシステムによって、関心対象の核酸配列に対して全体プロファイルを提供する工程であって、該全体プロファイルは、各ビンにおける予想被覆率を含み、かつ該予想被覆率は、検査サンプルと実質的に同じ様式でシーケンシングされかつアラインメントされた、影響なしのトレーニングサンプルのトレーニングセットから獲得され、該予想被覆率はビンごとに変動を呈する、工程；
（e）コンピューターシステムによって、各ビンにおける予想被覆率に従って、検査配列タグの被覆率を調整し、それによって検査配列タグの各ビンにおける全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程；
（f）コンピューターシステムによって、検査配列タグのビンに関するGC含有量レベルと全体プロファイル補正被覆率との間の関係に基づき、全体プロファイル補正被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列上の検査配列タグのサンプルGC補正被覆率を獲得する工程；および
（g）コンピューターシステムによって、サンプルGC補正被覆率に基づき、検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数を評価する工程
を含む方法を用いて、検査サンプルにおけるコピー数を評価する、該プロセッサーへの実行のための命令をそこに保存している1つまたは複数のコンピューター可読記憶媒体
を含む、システム。
[本発明1063]
コンピューターシステムの1つまたは複数のプロセッサーによって実行される場合、胎児および母体の細胞フリー核酸を含む検査サンプルにおける関心対象の染色体または核酸配列のコピー数についての評価のための方法を該コンピューターシステムに実践させる、コンピューター実行可能な命令をそこに保存している1つまたは複数の非一時的なコンピューター可読記憶媒体を含むコンピュータープログラム製品であって、該方法は、
（a）コンピューターシステムで、検査サンプルから核酸シーケンサーによって獲得された配列読み取りを提供する工程であって、検査サンプルは、1種または複数種のゲノム由来の核酸分子を含む、工程；
（b）コンピューターシステムによって、検査サンプルの配列読み取りを、関心対象の核酸配列を含む参照ゲノムにアラインメントし、それによって検査配列タグを提供する工程；
（c）コンピューターシステムによって、各ビンに位置する検査配列タグの被覆率を決定する工程であって、参照ゲノムが複数のビンに分割されており、かつ該被覆率はビンにおける配列タグの存在度を示す、工程；
（d）コンピューターシステムによって、関心対象の核酸配列に対して全体プロファイルを提供する工程であって、該全体プロファイルは、各ビンにおける予想被覆率を含み、かつ該予想被覆率は、検査サンプルと実質的に同じ様式でシーケンシングされかつアラインメントされた核酸分子を含む、影響なしのトレーニングサンプルのトレーニングセットから獲得され、該予想被覆率はビンごとに変動を呈する、工程；
（e）コンピューターシステムによって、少なくとも関心対象の核酸配列の各ビンにおける予想被覆率を用いて、検査配列タグの被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列に対する全体プロファイル補正被覆率を獲得する工程；
（f）コンピューターシステムによって、GC含有量レベルと全体プロファイル補正被覆率との間の関係に基づき、全体プロファイル補正被覆率を調整し、それによって関心対象の核酸配列に対するサンプルGC補正被覆率を獲得する工程；および
（g）コンピューターシステムによって、サンプルGC補正被覆率に基づき、検査サンプルにおける関心対象の核酸配列のコピー数を評価する工程であって、該サンプルGC補正被覆率は、関心対象の核酸配列のコピー数を決定するためのシグナルレベルを向上させかつ/またはノイズレベルを低下させる、工程
を含む、コンピュータープログラム製品。