【手続補正書】
【提出日】平成29年5月31日(2017.5.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
妊娠中の雌に由来する試験試料中の胎児核酸のフラクションを推定するための方法であって、
（ａ）参照ゲノムの部分へとマッピングした配列の読取りのカウントを得るステップであって、配列の読取りが、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環無細胞核酸の読取りである、ステップと、
（ｂ）マイクロプロセッサを使用して、（ｉ）各部分へとマッピングした該配列の読取りの該カウント、または（ｉｉ）他の部分特異的パラメータを、部分特異的な胎児核酸のフラクションへと、各部分と独立に関連する重み付け係数に従って重み付けし、これにより、部分特異的胎児フラクションの推定値を、該重み付け係数に従って提示するステップであって、
該重み付け係数の各々が、（ｉ）複数の試料の各々についての胎児核酸のフラクションと、（ｉｉ）該複数の試料についての、各部分へとマッピングした配列の読取りのカウント、または他の部分特異的パラメータとの、各部分について適合させた関係から決定されている、ステップと、
（ｃ）胎児核酸のフラクションを、該試験試料について、該部分特異的胎児フラクションの推定値に基づき推定するステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記重み付け係数が、常染色体中またはそのサブセット中の部分を含む、複数の部分中の部分と関連する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記重み付け係数が、第１３、第１８、および第２１染色体中の部分を含まない、複数の部分中の部分と関連する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
（ｂ）（ｉ）または（ｂ）（ｉｉ）における前記カウントが、正規化されたカウントである、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記正規化されたカウントのグアニン−シトシン（ＧＣ）の偏りが、未加工のカウントに関して低減されている、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
胎児核酸の前記フラクションを、前記試験試料について推定するステップが、前記部分特異的胎児フラクションの推定値を平均または合計することを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記部分特異的パラメータが、ゲノムカバレッジ、選択された断片の長さ未満の長さを有する読取りの量、マッピング可能性、ＤＮアーゼＩ感受性、メチル化状況、アセチル化、ヒストン分布、およびクロマチン構造から選択される、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記部分特異的パラメータが、グアニン−シトシン（ＧＣ）含有量である、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記部分特異的パラメータが、グアニン−シトシン（ＧＣ）含有量ではない、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
選択された断片の長さ未満の長さを有する読取りの前記量が、ＸのＹに対する比に従って決定され、Ｘが、第１の選択された断片の長さ未満の長さを有する、循環無細胞（ＣＣＦ）断片に由来する読取りの量であり、Ｙが、第２の選択された断片の長さ未満の長さを有する、ＣＣＦ断片に由来する読取りの量である、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記第１の選択された断片の長さが、約１４０〜約１６０塩基であり、前記第２の選択された断片の長さが、約５００〜約７００塩基である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記第１の選択された断片の長さが、約１５０塩基であり、前記第２の選択された断片の長さが、約６００塩基である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
各部分についての前記重み付け係数が、前記複数の試料についての、前記部分についての平均値比と関係する、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
各部分についての前記重み付け係数が、前記複数の試料についての、前記部分へとマッピングした、ＣＣＦ胎児核酸断片に由来する読取りの平均値量と比例する、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記部分が、離散ゲノムビン、所定の長さの連続配列を有するゲノムビン、可変サイズビン、スムージングされたカバレッジマップの地点ベースの図示、およびこれらの組合せから選択される、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記部分の各々が、前記参照ゲノムに由来する、連続的な約１０キロベース〜連続的な約７５キロベースである、請求項１から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記重み付け係数のうちの約７５％またはそれ超が、ゼロ超である、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記重み付け係数が、前記適合させた関係から推定される係数である、請求項１から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
係数を、（ｉ）複数の試料の各々についての胎児核酸の前記フラクションと、（ｉｉ）前記複数の試料についての、各部分へとマッピングした配列の読取りのカウント、または他の部分特異的パラメータとの、各部分についての前記関係から推定するステップを含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記適合させた関係の各々が、回帰モデルであり、前記重み付け係数が、該適合させた関係に由来する回帰係数であるかまたはこれに基づく、請求項１８または１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記適合させた関係を、最小二乗法、通常の最小二乗法、線形回帰、部分回帰、全回帰、一般化回帰、加重回帰、非線形回帰、繰返し加重回帰、リッジ回帰、最小絶対偏差、ベイズ、ベイズ多変量、縮小ランク、ＬＡＳＳＯ、エラスティックネット推定法、およびこれらの組合せから選択される推定により適合させている、請求項１から２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
（ａ）の前に、試験被験体に由来する循環無細胞核酸を配列決定することにより、前記配列の読取りを決定するステップを含む、請求項１から２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
胎児の染色体異数性の存在または非存在を、前記試験試料について、推定された胎児核酸の前記フラクションに基づき決定するステップを含む、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記胎児の染色体異数性が、トリソミーである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記トリソミーの存在または非存在が、９５％もしくはそれ超の感度または９５％もしくはそれ超の特異性、あるいは９５％またはそれ超の感度および９５％またはそれ超の特異性で決定される、請求項２４に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
本明細書ではまた、実行可能なプログラムをその上に内蔵した非一時的なコンピュータ可読記憶媒体であって、プログラムが、マイクロプロセッサに、以下を行う：（ａ）参照ゲノムの部分へとマッピングしたヌクレオチド配列の読取りにアクセスし、配列の読取りが、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環無細胞核酸の読取りであり、（ｂ）マイクロプロセッサを使用して、（ｉ）各部分へとマッピングした配列の読取りのカウント、または（ｉｉ）他の部分特異的パラメータを、部分特異的な胎児核酸のフラクションへと、各部分と独立に関連する重み付け係数に従って重み付けし、これにより、部分特異的胎児フラクションの推定値を、重み付け係数に従って提示し、ここで、重み付け係数の各々が、（ｉ）複数の試料の各々についての胎児核酸のフラクションと、（ｉｉ）複数の試料についての、各部分へとマッピングした配列の読取りのカウント、または他の部分特異的パラメータとの、各部分について適合させた関係から決定されており、（ｃ）胎児核酸のフラクションを、試験試料について、部分特異的胎児フラクションの推定値に基づき推定するように命令する、非一時的なコンピュータ可読記憶媒体も提供される。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
妊娠中の雌に由来する試験試料中の胎児核酸のフラクションを推定するための方法であって、
（ａ）参照ゲノムの部分へとマッピングした配列の読取りのカウントを得るステップであって、配列の読取りが、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環無細胞核酸の読取りである、ステップと、
（ｂ）マイクロプロセッサを使用して、（ｉ）各部分へとマッピングした該配列の読取りの該カウント、または（ｉｉ）他の部分特異的パラメータを、部分特異的な胎児核酸のフラクションへと、各部分と独立に関連する重み付け係数に従って重み付けし、これにより、部分特異的胎児フラクションの推定値を、該重み付け係数に従って提示するステップであって、
該重み付け係数の各々が、（ｉ）複数の試料の各々についての胎児核酸のフラクションと、（ｉｉ）該複数の試料についての、各部分へとマッピングした配列の読取りのカウント、または他の部分特異的パラメータとの、各部分について適合させた関係から決定されている、ステップと、
（ｃ）胎児核酸のフラクションを、該試験試料について、該部分特異的胎児フラクションの推定値に基づき推定するステップと
を含む方法。
（項目２）
前記重み付け係数が、全ての常染色体中ならびにＸ染色体中およびＹ染色体中の、複数の部分中の部分と関連する、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記重み付け係数が、Ｙ染色体中の部分を含まない、複数の部分中の部分と関連する、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記重み付け係数が、Ｘ染色体中およびＹ染色体中の部分を含まない、複数の部分中の部分と関連する、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記重み付け係数が、常染色体中またはそのサブセット中の部分を含む、複数の部分中の部分と関連する、項目２に記載の方法。
（項目６）
前記重み付け係数が、第１３、第１８、および第２１染色体中の部分を含まない、複数の部分中の部分と関連する、項目４または５に記載の方法。
（項目７）
（ｂ）（ｉ）または（ｂ）（ｉｉ）における前記カウントが、正規化されたカウントである、項目１から６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記正規化されたカウントの、グアニン−シトシン（ＧＣ）の偏りが、未加工のカウントに関して低減されている、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記正規化されたカウントが、ビン方式の正規化、ＧＣ含有量による正規化、線形最小二乗回帰、非線形最小二乗回帰、ＬＯＥＳＳ、ＧＣ  ＬＯＥＳＳ、ＬＯＷＥＳＳ、ＰＥＲＵＮ、リピートマスキング（ＲＭ）、ＧＣ正規化リピートマスキング（ＧＣＲＭ）、条件付分位数正規化（ｃＱｎ：ｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌ  ｑｕａｎｔｉｌｅ  ｎｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎ）、またはこれらの組合せの産物である、項目７または８に記載の方法。
（項目１０）
胎児核酸の前記フラクションを、前記試験試料について推定するステップが、前記部分特異的胎児フラクションの推定値を平均または合計することを含む、項目１から９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記部分特異的パラメータが、１つの部分特異的パラメータであるか、または２つもしくはそれ超の部分特異的パラメータのうちの１つである、項目１から１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記部分特異的パラメータが、ゲノムカバレッジ、選択された断片の長さ未満の長さを有する読取りの量、マッピング可能性、ＤＮアーゼＩ感受性、メチル化状況、アセチル化、ヒストン分布、およびクロマチン構造から選択される、項目１から１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記部分特異的パラメータが、グアニン−シトシン（ＧＣ）含有量である、項目１から１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記部分特異的パラメータが、グアニン−シトシン（ＧＣ）含有量ではない、項目１から１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
選択された断片の長さ未満の長さを有する読取りの前記量が、ＸのＹに対する比に従って決定され、Ｘが、第１の選択された断片の長さ未満の長さを有する、循環無細胞（ＣＣＦ）断片に由来する読取りの量であり、Ｙが、第２の選択された断片の長さ未満の長さを有する、ＣＣＦ断片に由来する読取りの量である、項目１２に記載の方法。
（項目１６）
前記第１の選択された断片の長さが、約１４０〜約１６０塩基であり、前記第２の選択された断片の長さが、約５００〜約７００塩基である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記第１の選択された断片の長さが、約１５０塩基であり、前記第２の選択された断片の長さが、約６００塩基である、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
各部分についての前記重み付け係数が、前記複数の試料についての、前記部分についての平均値比と関係する、項目１５から１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
各部分についての前記重み付け係数が、前記複数の試料についての、前記部分へとマッピングした、ＣＣＦ胎児核酸断片に由来する読取りの平均値量と比例する、項目１から１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記部分が、離散ゲノムビン、所定の長さの連続配列を有するゲノムビン、可変サイズビン、スムージングされたカバレッジマップの地点ベースの図示、およびこれらの組合せから選択される、項目１から１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記複数の試料が、正倍数体胎児を有する被験体に由来する、項目１から２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記複数の試料が、トリソミー胎児を有する被験体に由来する、項目１から２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記複数の試料が、正倍数体胎児を有する被験体およびトリソミー胎児を有する被験体に由来する、項目１から２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
前記複数の試料が、雄胎児を有する被験体に由来する、項目１から２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
胎児核酸の前記フラクションが、Ｙ染色体についてのアッセイに従って決定される、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
約１，５００の部分〜約２００，０００の部分中の前記カウントが調整される、項目１から２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７）
前記部分の各々が、前記参照ゲノムに由来する、連続的な約１０キロベース〜連続的な約７５キロベースである、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記重み付け係数のうちの約７５％またはそれ超が、ゼロ超である、項目１から２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記重み付け係数のうちの約８５％またはそれ超が、ゼロ超である、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記重み付け係数のうちの約９５％またはそれ超が、ゼロ超である、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記重み付け係数の分布の幅が、ＣＣＦ胎児核酸断片に由来する読取りの前記量に依存する、項目１から３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記重み付け係数の分布が、実質的に対称分布である、項目１から３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
前記重み付け係数の分布が、実質的に正規分布である、項目１から３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記重み付け係数が、前記適合させた関係から推定される係数である、項目１から３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
係数を、（ｉ）複数の試料の各々についての胎児核酸の前記フラクションと、（ｉｉ）前記複数の試料についての、各部分へとマッピングした配列の読取りのカウント、または他の部分特異的パラメータとの、各部分についての前記関係から推定するステップを含む、項目１から３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記適合させた関係の各々が、回帰モデルであり、前記重み付け係数が、該適合させた関係に由来する回帰係数であるかまたはこれに基づく、項目３４または３５に記載の方法。
（項目３７）
前記回帰モデルが、線形回帰モデル、単純回帰モデル、通常の最小二乗回帰モデル、重回帰モデル、一般的な重回帰モデル、多項式回帰モデル、一般線形モデル、一般化線形モデル、離散選択回帰モデル、ロジスティック回帰モデル、多項ロジットモデル、混合ロジットモデル、プロビットモデル、多項プロビットモデル、順序ロジットモデル、順序プロビットモデル、ポアソンモデル、多変量応答回帰モデル、マルチレベルモデル、固定効果モデル、ランダム効果モデル、混合モデル、非線形回帰モデル、ノンパラメトリックモデル、セミパラメトリックモデル、ロバストモデル、クォンタイルモデル、アイソトニックモデル、主成分モデル、最小角モデル、ローカルモデル、セグメント化モデル、および変数誤差モデルから選択される、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記適合させた関係の前記各々が、回帰モデルではない、項目３４または３５に記載の方法。
（項目３９）
前記適合させた関係の各々が、決定木モデル、サポート−ベクターマシンモデル、およびニューラルネットワークモデルから選択される、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記適合させた関係を、最小二乗法、通常の最小二乗法、線形回帰、部分回帰、全回帰、一般化回帰、加重回帰、非線形回帰、繰返し加重回帰、リッジ回帰、最小絶対偏差、ベイズ、ベイズ多変量、縮小ランク、ＬＡＳＳＯ、エラスティックネット推定法、およびこれらの組合せから選択される推定により適合させている、項目１から３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
（ａ）の前に、試験被験体に由来する循環無細胞核酸を配列決定することにより、前記配列の読取りを決定するステップを含む、項目１から４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
（ａ）の前に、前記配列の読取りを、前記参照ゲノムの前記部分へとマッピングするステップを含む、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
（ａ）の前に、前記循環無細胞核酸を、前記試験試料から単離するステップを含む、項目４１または４２に記載の方法。
（項目４４）
（ａ）の前に、前記試験試料を、前記試験被験体から単離するステップを含む、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
胎児の染色体異数性の存在または非存在を、前記試験試料について、推定された胎児核酸の前記フラクションに基づき決定するステップを含む、項目１から４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
前記胎児の染色体異数性が、トリソミーである、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記トリソミーが、第２１染色体のトリソミー、第１８染色体のトリソミー、第１３染色体のトリソミー、またはこれらの組合せから選択される、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記トリソミーの存在または非存在が、９５％もしくはそれ超の感度または９５％もしくはそれ超の特異性、あるいは９５％またはそれ超の感度および９５％またはそれ超の特異性で決定される、項目４６または４７に記載の方法。
（項目４９）
１つまたは複数のマイクロプロセッサおよびメモリを含むシステムであって、
メモリが、該１つまたは複数のマイクロプロセッサにより実行可能な命令を含み、メモリが、参照ゲノムの部分へとマッピングしたヌクレオチド配列の読取りを含み、配列の読取りが、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環無細胞核酸の読取りであり、該１つまたは複数のマイクロプロセッサにより実行可能な前記命令が、
（ａ）マイクロプロセッサを使用して、（ｉ）各部分へとマッピングした該配列の読取りのカウント、または（ｉｉ）他の部分特異的パラメータを、部分特異的な胎児核酸のフラクションへと、各部分と独立に関連する重み付け係数に従って重み付けし、これにより、部分特異的胎児フラクションの推定値を、該重み付け係数に従って提示し、
該重み付け係数の各々が、（ｉ）複数の試料の各々についての胎児核酸のフラクションと、（ｉｉ）該複数の試料についての、各部分へとマッピングした配列の読取りのカウント、または他の部分特異的パラメータとの、各部分について適合させた関係から決定されており、
（ｂ）胎児核酸のフラクションを、該試験試料について、該部分特異的胎児フラクションの推定値に基づき推定する
ように構成されている、システム。
（項目５０）
１つまたは複数のマイクロプロセッサおよびメモリを含むマシンであって、
メモリが、該１つまたは複数のマイクロプロセッサにより実行可能な命令を含み、メモリが、参照ゲノムの部分へとマッピングしたヌクレオチド配列の読取りを含み、配列の読取りが、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環無細胞核酸の読取りであり、該１つまたは複数のマイクロプロセッサにより実行可能な命令が、
（ａ）マイクロプロセッサを使用して、（ｉ）各部分へとマッピングした該配列の読取りのカウント、または（ｉｉ）他の部分特異的パラメータを、部分特異的な胎児核酸のフラクションへと、各部分と独立に関連する重み付け係数に従って重み付けし、これにより、部分特異的胎児フラクションの推定値を、該重み付け係数に従って提示し、
該重み付け係数の各々が、（ｉ）複数の試料の各々についての胎児核酸のフラクションと、（ｉｉ）該複数の試料についての、各部分へとマッピングした配列の読取りのカウント、または他の部分特異的パラメータとの、各部分について適合させた関係から決定されており、
（ｂ）胎児核酸のフラクションを、該試験試料について、該部分特異的胎児フラクションの推定値に基づき推定する
ように構成されている、マシン。
（項目５１）
実行可能なプログラムをその上に内蔵した非一時的なコンピュータ可読記憶媒体であって、該プログラムが、マイクロプロセッサに、以下を行う：
（ａ）参照ゲノムの部分へとマッピングしたヌクレオチド配列の読取りにアクセスし、該配列の読取りが、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環無細胞核酸の読取りであり、
（ｂ）マイクロプロセッサを使用して、（ｉ）各部分へとマッピングした該配列の読取りのカウント、または（ｉｉ）他の部分特異的パラメータを、部分特異的な胎児核酸のフラクションへと、各部分と独立に関連する重み付け係数に従って重み付けし、これにより、部分特異的胎児フラクションの推定値を、該重み付け係数に従って提示し、
該重み付け係数の各々が、（ｉ）複数の試料の各々についての胎児核酸のフラクションと、（ｉｉ）該複数の試料についての、各部分へとマッピングした配列の読取りのカウント、または他の部分特異的パラメータとの、各部分について適合させた関係から決定されており、
（ｃ）胎児核酸のフラクションを、該試験試料について、該部分特異的胎児フラクションの推定値に基づき推定する
ように命令する、非一時的なコンピュータ可読記憶媒体。
（項目５２）
妊娠中の雌に由来する試験試料中の胎児核酸のフラクションを推定するための方法であって、
（ａ）参照ゲノムの部分へとマッピングした配列の読取りのカウントを得るステップであって、配列の読取りが、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環無細胞核酸の読取りである、ステップと、
（ｂ）（ｉ）マイクロプロセッサを使用して、各部分へとマッピングした該配列の読取りの該カウントを、各部分へと独立に割り当てられた重み付け係数に従って調整し、これにより、調整されたカウントを、該部分について提示するか、または
（ｂ）（ｉｉ）マイクロプロセッサを使用して、部分のサブセットを選択し、これにより、カウントのサブセットを提示するステップであって、
（ｂ）（ｉ）における該調整するステップ、または（ｂ）（ｉｉ）における該選択するステップが、マッピングした、胎児核酸に由来する読取りの量が多い部分に従う、ステップと、
（ｃ）胎児核酸のフラクションを、該試験試料について、該調整されたカウントまたはカウントの該サブセットに基づき推定するステップと
を含む方法。
（項目５３）
マッピングした、胎児核酸に由来する読取りの量が多い前記部分が、ＸのＹに対する比に従って決定され、Ｘが、第１の選択された断片の長さ未満の長さを有する、循環無細胞（ＣＣＦ）断片に由来する読取りの量であり、Ｙが、第２の選択された断片の長さ未満の長さを有する、ＣＣＦ断片に由来する読取りの量である、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記比が、複数の試料についての平均値比である、項目５２に記載の方法。
（項目５５）
前記重み付け係数が、複数の部分について平均された平均値比超の該平均値比を有する部分に従って決定されるか、または該複数の部分が、これに従って選択される、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
前記第１の選択された断片の長さが、約１４０〜約１６０塩基であり、前記第２の選択された断片の長さが、約５００〜約７００塩基である、項目５３から５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
前記第１の選択された断片の長さが、約１５０塩基であり、前記第２の選択された断片の長さが、約６００塩基である、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
１つまたは複数のマイクロプロセッサおよびメモリを含むシステムであって、
メモリが、該１つまたは複数のマイクロプロセッサにより実行可能な命令を含み、メモリが、参照ゲノムの部分へとマッピングしたヌクレオチド配列の読取りを含み、配列の読取りが、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環無細胞核酸の読取りであり、該１つまたは複数のマイクロプロセッサにより実行可能な命令が、
（ａ）（ｉ）マイクロプロセッサを使用して、各部分へとマッピングした該配列の読取りのカウントを、各部分へと独立に割り当てられた重み付け係数に従って調整し、これにより、調整されたカウントを、該部分について提示するか、または
（ａ）（ｉｉ）マイクロプロセッサを使用して、部分のサブセットを選択し、これにより、カウントのサブセットを提示し、
（ｂ）（ｉ）における該調整すること、または（ｂ）（ｉｉ）における該選択することが、マッピングした、胎児核酸に由来する読取りの量が多い部分に従い、
（ｂ）胎児核酸のフラクションを、該試験試料について、該調整されたカウントまたはカウントの該サブセットに基づき推定する
ように構成されている、システム。
（項目５９）
１つまたは複数のマイクロプロセッサおよびメモリを含むマシンであって、
メモリが、該１つまたは複数のマイクロプロセッサにより実行可能な命令を含み、メモリが、参照ゲノムの部分へとマッピングしたヌクレオチド配列の読取りを含み、配列の読取りが、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環無細胞核酸の読取りであり、該１つまたは複数のマイクロプロセッサにより実行可能な命令が、
（ａ）（ｉ）マイクロプロセッサを使用して、各部分へとマッピングした該配列の読取りのカウントを、各部分へと独立に割り当てられた重み付け係数に従って調整し、これにより、調整されたカウントを、該部分について提示するか、または
（ａ）（ｉｉ）マイクロプロセッサを使用して、部分のサブセットを選択し、これにより、カウントのサブセットを提示し、
（ｂ）（ｉ）における該調整すること、または（ｂ）（ｉｉ）における該選択することが、マッピングした、胎児核酸に由来する読取りの量が多い部分に従い、
（ｂ）胎児核酸のフラクションを、該試験試料について、該調整されたカウントまたはカウントの該サブセットに基づき推定する
ように構成されている、マシン。
（項目６０）
実行可能なプログラムをその上に内蔵した非一時的なコンピュータ可読記憶媒体であって、該プログラムが、マイクロプロセッサに、以下を行う：
（ａ）参照ゲノムの部分へとマッピングしたヌクレオチド配列の読取りにアクセスし、配列の読取りが、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環無細胞核酸の読取りであり、
（ｂ）（ｉ）マイクロプロセッサを使用して、各部分へとマッピングした該配列の読取りのカウントを、各部分へと独立に割り当てられた重み付け係数に従って調整し、これにより、調整されたカウントを、該部分について提示するか、または
（ｂ）（ｉｉ）マイクロプロセッサを使用して、部分のサブセットを選択し、これにより、カウントのサブセットを提示し、
（ｂ）（ｉ）における該調整すること、または（ｂ）（ｉｉ）における該選択することが、マッピングした、胎児核酸に由来する読取りの量が多い部分に従い、
（ｃ）胎児核酸のフラクションを、該試験試料について、該調整されたカウントまたはカウントの該サブセットに基づき推定する
ように命令する、非一時的なコンピュータ可読記憶媒体。
（項目６１）
妊娠中の雌に由来する試験試料中の胎児核酸のフラクションの推定の精度を増加させるための方法であって、参照ゲノムの部分へとマッピングした配列の読取りのカウントを得るステップを含み、配列の読取りが、妊娠中の雌に由来する試験試料に由来する循環無細胞核酸の読取りであり、得られた該カウントの少なくともサブセットが、該ゲノムの領域であって、該ゲノムの別の領域の、全カウントと比べた胎児核酸のカウントより、該領域に由来する、全カウントと比べた胎児核酸に由来するカウント数が大きいことに寄与する領域に由来する方法。
（項目６２）
マイクロプロセッサを使用して、各部分へとマッピングした前記配列の読取りの前記カウントを、各部分へと独立に割り当てられた重み付け係数に従って調整し、これにより、調整されたカウントを、該部分について提示するか、またはマイクロプロセッサを使用して、部分のサブセットを選択し、これにより、カウントのサブセットを提示するステップと、
胎児核酸のフラクションを、前記試験試料について、該調整されたカウントまたはカウントの該サブセットに基づき推定するステップと
を含む、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
胎児核酸に由来するカウント数が大きいことに寄与する前記ゲノムの前記領域が、ＸのＹに対する比に従って決定され、Ｘが、第１の選択された断片の長さ未満の長さを有する、循環無細胞（ＣＣＦ）断片に由来する読取りの量であり、Ｙが、第２の選択された断片の長さ未満の長さを有する、ＣＣＦ断片に由来する読取りの量である、項目６１または６２に記載の方法。
（項目６４）
前記比が、複数の試料についての平均値比である、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
前記重み付け係数が、複数の部分について平均された平均値比超の該平均値比を有する部分に従って決定されるか、または該複数の部分が、これに従って選択される、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
前記第１の選択された断片の長さが、約１４０〜約１６０塩基であり、前記第２の選択された断片の長さが、約５００〜約７００塩基である、項目６３から６５のいずれか一項に記載の方法。
（項目６７）
前記第１の選択された断片の長さが、約１５０塩基であり、前記第２の選択された断片の長さが、約６００塩基である、項目６６に記載の方法。