【手続補正書】
【提出日】平成29年10月25日(2017.10.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体において膵臓がんの存在を決定するための方法であって、
ａ）該個体からの試験しようとするサンプルを用意する工程；
ｂ）該試験サンプル中における、ＨＡＤＨ２、ＴＮＦＲＳＦ３、Ｓｏｘ１１Ａ、インテグリンアルファ−１０、ＥＤＦＲ、ＥＰＦＲ、ＬＳＡＤＨＲ、ＳＥＡＨＬＲ、ＡＱＱＨＱＷＤＧＬＬＳＹＱＤＳＬＳ、ＷＴＲＮＳＮＭＮＹＷＬＩＩＲＬ、ＷＤＳＲ、ＤＦＡＥＤＫ、ＦＡＳＮタンパク質、ＧＡＫタンパク質、ＬＮＶＷＧＫ、ＬＴＥＦＡＫ、ＬＹＥＩＡＲ、ＭＡＴＫ、ＯＲＰ−３、ＱＥＡＳＦＫ、ＳＳＡＹＳＲ、ＱＥＡＳＦＫ、ＴＥＥＱＬＫ、ＴＬＹＶＧＫ、ＦＬＬＭＱＹＧＧＭＤＥＨＡＲ、ＧＩＶＫＹＬＹＥＤＥＧ、ＧＩＶＫＹＬＹＥＤＥＧ、及びＫＳＹＫからなる群から選択される１種またはそれ以上のバイオマーカーの発現を測定することによって、試験サンプルのバイオマーカーシグネチャーを決定する工程であって、ここで該１種またはそれ以上のバイオマーカーはＨＡＤＨ２を含む、上記工程；
を含むかまたはからなり、
ここで、工程（ｂ）における１種またはそれ以上のバイオマーカーの試験サンプル中の発現は、膵臓がんの存在の指標である、上記方法。
【請求項２】
ｃ）膵臓がんに罹っていない個体からの対照サンプルを用意する工程；
ｄ）対照サンプル中における工程（ｂ）で測定された１種またはそれ以上のバイオマーカーの発現を測定することによって、該対照サンプルのバイオマーカーシグネチャーを決定する工程；
をさらに含むかまたはからなり、膵臓がんの存在は、試験サンプル中における工程（ｂ）で測定された該１種またはそれ以上のバイオマーカーの発現が、該対照サンプル中における工程（ｄ）で測定された該１種またはそれ以上のバイオマーカーの発現と異なっている場合に同定され；
場合により
ｅ）膵臓がんに罹った個体からの対照サンプルを用意する工程；
ｆ）対照サンプル中における工程（ｂ）で測定された１種またはそれ以上のバイオマーカーの発現を測定することによって、該対照サンプルのバイオマーカーシグネチャーを決定する工程
をさらに含むかまたはからなり、膵臓がんの存在は、試験サンプル中における工程（ｂ）で測定された該１種またはそれ以上のバイオマーカーの発現が、該対照サンプル中における工程（ｆ）で測定された該１種またはそれ以上のバイオマーカーの発現と一致している場合に同定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
工程（ｂ）は、インターロイキン−４、インターロイキン−６、ルイスｘ、リンフォトキシン−アルファ、血管内皮増殖因子、視覚系ホメオボックス２、アポリポタンパク質Ａ１、補体Ｃ３、補体Ｃ４、補体Ｃ５、サイクリン依存性キナーゼ２、細胞間接着分子１、インターフェロンガンマ、インターロイキン−１３、ミオメシン−２、血漿プロテアーゼＣ１阻害剤、プロパージン、及びシアリルルイスｘからなる群から選択される１種またはそれ以上の追加のバイオマーカーの発現を測定することを含むかまたはからなる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
工程（ｂ）は、ＨＡＤＨ２、インターロイキン−４、インターロイキン−６、ルイスｘ、リンフォトキシン−アルファ、血管内皮増殖因子、視覚系ホメオボックス２、アポリポタンパク質Ａ１、補体Ｃ３、補体Ｃ４、補体Ｃ５、サイクリン依存性キナーゼ２、細胞間接着分子１、インターフェロンガンマ、インターロイキン−１３、ミオメシン−２、血漿プロテアーゼＣ１阻害剤、プロパージン、および、シアリルルイスｘの発現を測定することを含むかまたはからなる、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
工程（ｂ）は、試験サンプル中における、以下の、ＨＡＤＨ２、ＴＮＦＲＳＦ３、Ｓｏｘ１１Ａ、インテグリンアルファ−１０、ＥＤＦＲ、ＥＰＦＲ、ＬＳＡＤＨＲ、ＳＥＡＨＬＲ、ＡＱＱＨＱＷＤＧＬＬＳＹＱＤＳＬＳ、ＷＴＲＮＳＮＭＮＹＷＬＩＩＲＬ、ＷＤＳＲ、ＤＦＡＥＤＫ、ＦＡＳＮタンパク質、ＧＡＫタンパク質、ＬＮＶＷＧＫ、ＬＴＥＦＡＫ、ＬＹＥＩＡＲ、ＭＡＴＫ、ＯＲＰ−３、ＱＥＡＳＦＫ、ＳＳＡＹＳＲ、ＱＥＡＳＦＫ、ＴＥＥＱＬＫ、ＴＬＹＶＧＫ、ＦＬＬＭＱＹＧＧＭＤＥＨＡＲ、ＧＩＶＫＹＬＹＥＤＥＧ、ＧＩＶＫＹＬＹＥＤＥＧ、ＫＳＹＫ、アンギオモチン、ＭＣＰ−１、ＲＡＮＴＥＳ、ＣＤ４０Ｌ、ＧＬＰ−１、ＩｇＭ、ＩＬ−１ａ、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ＩＬ−１６、ＩＬ−１８、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−９、ルイスｘ、ＴＮＦ−ｂ、ＴＧＦ−ｂ１、ＶＥＧＦ、ＣＨＸ１０、ＨＬＡ−ＤＲ／ＤＰ、Ａｐｏ−Ａ１、Ａｐｏ−Ａ４、ＬＤＬ、ＡＴＰ−５Ｂ、Ｂ−ガラクトシダーゼ、プロカテプシンＷ、ＭＣＰ−４、ＭＣＰ−３、ＣＤ４０、Ｃ１ｑ、Ｃ１ｓ、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５、因子Ｂ、ＣＤＫ−２、シスタチン−Ｃ、エオタキシン、ＥＧＦＲ、ＧＬＰ−１Ｒ、ＧＭ−ＣＳＦ、インテグリンａ−１１、ＩＣＡＭ−１、ＩＦＮ−ｇ、ＩＬ−１ｂ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−５、ＩＬ−８、ケラチン１９、レプチン、ルミカン、ＭＡＰＫ１、ＭＡＰＫ８、ＭＵＣ−１、ミオメシン−２、オステオポンチン、Ｐ８５Ａ、Ｃ１阻害剤、プロパージン、ＰＳＡ、Ｈｅｒ２／ＥｒｂＢ−２、ＵＰＦ３Ｂ、ＲＰＳ６ＫＡ２、シアリルルイスｘ、ＳＴＡＰ２、ＵＢＣ９、ＴＢＣ１Ｄ９、Ｔｍペプチド、ＴＮＦ-a、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＢＴＫ、ＪＡＫ３、ＰＴＰ−１Ｂ、ＵＣＨＬ５、ＵＢＥ２Ｃ、及びＦＩＱＴＤＫの、全てのバイオマーカーの発現を測定することを含むかまたはからなる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
膵臓がんは、腺癌、腺扁平上皮癌、印環細胞癌、類肝細胞癌、膠様癌、未分化癌、および破骨細胞様巨細胞未分化癌からなる群から選択される、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
工程（ｂ）、（ｄ）および／または工程（ｆ）は、１種またはそれ以上のバイオマーカーに結合することができる第１の結合剤を使用して行われ、ここで、第１の結合剤はそれぞれ、抗体またはその抗原結合フラグメントを含むかまたはからなる、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
第１の結合剤は、表面上に固定化されている、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
試験サンプル中における１種またはそれ以上のバイオマーカーおよび／または対照サンプルは、検出可能な部分で標識されている、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
工程（ｂ）、（ｄ）および／または工程（ｆ）は、１種またはそれ以上のバイオマーカーに結合することができる第２の結合剤を含むアッセイを使用して行われ、第２の結合剤はそれぞれ検出可能な部分を含み、ここで、第２の結合剤はそれぞれ、抗体またはその抗原結合フラグメントを含むかまたはからなる、請求項７〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
（ｉ）サンプル中に存在するバイオマーカーをビオチンで標識する工程；
（ｉｉ）該ビオチンで標識されたタンパク質を、アレイの表面上に別々の位置で固定化された複数のｓｃＦｖを含むアレイと接触させる工程であって、ｓｃＦｖは表Ａ中のタンパク質の１種またはそれ以上に対する特異性を有する、工程；
（ｉｉｉ）該固定化されたｓｃＦｖを、蛍光色素を含むストレプトアビジンコンジュゲートと接触させる工程；および
（ｉｖ）該アレイ表面上の別々の位置における該色素の存在を検出する工程
を含み、該アレイ表面上での該色素の発現は、サンプル中における表Ａからのバイオマーカーの発現の指標である、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
工程（ｂ）、（ｄ）および／または（ｆ）は、１種またはそれ以上のバイオマーカーをコードする核酸分子の発現を測定することを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
工程（ｂ）、（ｄ）および／または（ｆ）における１種またはそれ以上のバイオマーカーの発現を測定することは、表Ａで同定されたバイオマーカーの１種をコードする核酸分子にそれぞれ個々に選択的に結合することができる１つまたはそれ以上の結合部分を使用して行われ、ここで１つまたはそれ以上の結合部分はそれぞれ核酸分子を含むかまたはからなる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
工程（ｂ）、（ｄ）および／または（ｆ）で用意されるサンプルは、未分画の血液、血漿、血清、組織液、膵臓組織、膵液、胆汁および尿からなる群から選択される、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
個体において膵臓がんの存在を決定するための、請求項７〜１０のいずれか１項で定義された１種またはそれ以上の結合剤を含む、アレイの使用。
【請求項１６】
個体において膵臓がんの存在を決定するための診断マーカーとしての、ＨＡＤＨ２の使用。
【請求項１７】
膵臓がんの存在を決定するためのキットであって：
Ａ）請求項７〜９のいずれか１項で定義された１種もしくはそれ以上の第１の結合剤または請求項１５に記載のアレイ；
Ｂ）請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法または請求項１６に記載の使用を行うための説明書
を含む前記キット。