【手続補正書】
【提出日】平成29年2月9日(2017.2.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
２以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの２以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物であって、それらの量が、正確に知られており、前記２以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの１以上の前記別個の質量のバージョンが、天然の存在度レベルを超える量の１以上の重同位体を有する１以上のアミノ酸を含むことを特徴とするペプチド混合物。
【請求項２】
前記別個の配列のペプチドのそれぞれが、別個の疎水性度のペプチドである、請求項１に記載のペプチド混合物。
【請求項３】
前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのすべてが、別個の濃度で存在し、前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、少なくとも１０ｎＭの低さから少なくとも１μＭの高さの範囲の濃度で存在する、請求項１に記載のペプチド混合物。
【請求項４】
前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる疎水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、請求項１に記載のペプチド混合物。
【請求項５】
前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる電荷、大きさ、又は親水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、請求項１に記載のペプチド混合物。
【請求項６】
３〜２０の別個の配列のペプチドを含む、請求項１に記載のペプチド混合物。
【請求項７】
前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、質量分析によって区別可能である、請求項１に記載のペプチド混合物。
【請求項８】
前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのそれぞれが、異なる数の均一に安定同位体標識されたアミノ酸を含む、請求項１に記載のペプチド混合物。
【請求項９】
前記別個の配列のペプチドのそれぞれの３〜２０の別個の質量のバージョンを含む、請求項１に記載のペプチド混合物。
【請求項１０】
液体クロマトグラフィー（ＬＣ）及び質量分析（ＭＳ）の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
（ａ）ペプチド混合物を前記機器に導入する工程であって、前記ペプチド混合物が、２以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの２以上の別個の質量のバージョンを含む工程と、
（ｂ）ＬＣによって前記ペプチド混合物を分離又は分析する工程と、
（ｃ）ＭＳによって前記ペプチド混合物を分析する工程と、及び
（ｄ）工程（ｂ）及び（ｃ）の結果に基づいて、前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価する工程と、を含む、前記方法。
【請求項１１】
前記ペプチド混合物が、精製されたペプチドからなる、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記ペプチド混合物が、１以上の不純物の存在下でペプチドを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記ペプチド混合物が、２以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの２以上の別個の質量のバージョンを含み、別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在するペプチド混合物である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する１以上のＬＣパラメータを報告することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、ＭＳ／ＭＳスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記１以上のペプチド配列の各々別個の質量のバージョンに対する１以上のＭＳパラメータを報告することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能の前記評価が、ソフトウェアによって行われる、請求項１０及び１３〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
工程（ｂ）がＬＣによって前記ペプチド混合物を分析する場合に、前記別個の配列のペプチドが、別個の疎水性度であり、ＬＣによって分離可能であり、前記別個の質量のバージョンが、重同位体標識されたアミノ酸の異なる組み合わせを含み、ＭＳによって分離可能である、請求項１０に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５０】
ペプチドが１μｇ／μＬ酵母トリプシン消化の複合のバックグラウンドにスパイクされた場合、形式２混合物中のすべてのペプチドの検出が可能であった（図１８を参照されたい）。酵母バックグラウンド中のペプチドセットの定量分析の上限は、検出が２００ａｍｏｌを下回るまでに及ぶことは不可能であろうことを明らかにしたが（図１９を参照されたい）、スパイクした試料の希釈がそのような検出を容易にするであろうことを示した。開始濃度が２００ｆｍｏｌである場合、検出限界は、２．４ｆｍｏｌに至る（図１９を参照されたい）。開始濃度が２０ｆｍｏｌである場合、検出限界は、２５０ａｍｏｌに至る（図２０を参照されたい）。開始濃度が２ｆｍｏｌである場合、検出限界は、２０ａｍｏｌに至る（図２１を参照されたい）。このようにして、絶対的な機器感度（及び場合によっては、ＬＯＤ及びＬＯＱ）を決定するための方法が確立された。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔１〕２以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの２以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物。
〔２〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれが、別個の疎水性度のペプチドである、前記〔１〕に記載のペプチド混合物。
〔３〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのすべてが、別個の濃度で存在する、前記〔１〕に記載のペプチド混合物。
〔４〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、少なくとも１０ｎＭの低さから少なくとも１μＭの高さの範囲の濃度で存在する、前記〔３〕に記載のペプチド混合物。
〔５〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、１ｎＭ（１マイクロリットル当たりのフェムトモル）〜１０μＭの範囲の濃度で存在する、前記〔４〕に記載のペプチド混合物。
〔６〕前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる疎水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、前記〔１〕に記載のペプチド混合物。
〔７〕前記別個の配列のペプチドが、それらの異なる電荷、大きさ、又は親水性度に基づいて液体クロマトグラフィーによって分離可能である、前記〔１〕に記載のペプチド混合物。
〔８〕３〜２０の別個の配列のペプチドを含む、前記〔１〕に記載のペプチド混合物。
〔９〕５〜１０の別個の配列のペプチドを含む、前記〔８〕に記載のペプチド混合物。
〔１０〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、質量分析によって区別可能である、前記〔１〕に記載のペプチド混合物。
〔１１〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンが、安定重同位体標識されたアミノ酸の異なる組み合わせの結果である、前記〔１〕に記載のペプチド混合物。
〔１２〕前記別個の配列のペプチドのうちのいずれかの前記別個の質量のバージョンのそれぞれが、異なる数の均一に安定同位体標識されたアミノ酸を含む、前記〔１１〕に記載のペプチド混合物。
〔１３〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれの３〜２０の別個の質量のバージョンを含む、前記〔１〕に記載のペプチド混合物。
〔１４〕前記別個の配列のペプチドのそれぞれの５〜１０の別個の質量のバージョンを含む、前記〔１３〕に記載のペプチド混合物。
〔１５〕液体クロマトグラフィー（ＬＣ）及び質量分析（ＭＳ）の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
（ａ）ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、２以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの２以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
（ｂ）ＬＣによって前記ペプチド混合物を分離又は分析することと、
（ｃ）ＭＳによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
（ｄ）ステップ（ｂ）及び（ｃ）の結果に基づいて、前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔１６〕前記ペプチド混合物が、精製されたペプチドである、前記〔１５〕に記載の方法。
〔１７〕前記ペプチド混合物が、１以上の不純物の存在下でペプチドを含む、前記〔１５〕に記載の方法。
〔１８〕前記ペプチド混合物は、２以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの２以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔１５〕に記載の方法。
〔１９〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔１８〕に記載の方法。
〔２０〕前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する１以上のＬＣパラメータを報告することを含む、前記〔１５〕に記載の方法。
〔２１〕前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、ＭＳ／ＭＳスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの１以上の各々別個の質量のバージョンに対する１以上のＭＳパラメータを報告することを含む、前記〔１５〕に記載の方法。
〔２２〕前記〔１５〕に記載の方法、ＬＣ及びＭＳの機能性の前記感度。
〔２３〕前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能の前記評価が、ソフトウェアによって行われる、前記〔１５〕に記載の方法。
〔２４〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔２３〕に記載の方法。
〔２５〕液体クロマトグラフィー（ＬＣ）及び質量分析（ＭＳ）の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
（ａ）ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、２以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの２以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
（ｂ）ＬＣによって前記ペプチド混合物を分析することと、
（ｃ）ＭＳによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
（ｄ）ステップ（ｂ）及び（ｃ）の結果に基づいて、前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔２６〕前記別個の配列のペプチドが、別個の疎水性度であり、ＬＣによって分離可能である、前記〔２５〕に記載の方法。
〔２７〕前記別個の質量のバージョンが、重同位体標識されたアミノ酸の異なる組み合わせを含み、ＭＳによって分離可能である、前記〔２６〕に記載の方法。
〔２８〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔２５〕に記載の方法。
〔２９〕前記ペプチド混合物は、２以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの２以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔２５〕に記載の方法。
〔３０〕前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する１以上のＬＣパラメータを報告することを含む、前記〔２５〕に記載の方法。
〔３１〕前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、ＭＳ／ＭＳスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの１以上の各々別個の質量のバージョンに対する１以上のＭＳパラメータを報告することを含む、前記〔２５〕に記載の方法。
〔３２〕前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能の前記評価が、ソフトウェアによって行われる、前記〔２５〕に記載の方法。
〔３３〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔３２〕に記載の方法。
〔３４〕液体クロマトグラフィー（ＬＣ）及び質量分析（ＭＳ）の両方の機能性を有する機器の性能を評価するための方法であって、
（ａ）ペプチド混合物を前記機器に導入することであって、前記ペプチド混合物が、２以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの２以上の別個の質量のバージョンを含むことと、
（ｂ）ＬＣによって前記ペプチド混合物を分離又は分析することと、
（ｃ）ＭＳによって前記ペプチド混合物を分析することと、及び
（ｄ）ソフトウェアを使用して、ステップ（ｂ）及び（ｃ）の結果に基づいて、前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価することと、を含む、前記方法。
〔３５〕前記ペプチド混合物は、２以上の別個の配列のペプチドのそれぞれの２以上の別個の質量のバージョンを含む、ペプチド混合物である、前記〔３４〕に記載の方法。
〔３６〕別個の配列のペプチドの各々別個の質量のバージョンが、異なる濃度で存在する、前記〔３５〕に記載の方法。
〔３７〕前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価することが、保持時間、ピーク高さ、ピーク幅、ピーク分解能、及びピーク対称性から選択される、各ペプチド配列に対する１以上のＬＣパラメータを報告することを含む、前記〔３４〕に記載の方法。
〔３８〕前記機器の前記ＬＣ及びＭＳの機能性の前記性能を評価することが、単一の分析実験における、分解能、質量精度、「ニート」試料の感度、複合試料の感度、ダイナミックレンジ、質量分解能、単離効率、ＭＳ／ＭＳスペクトル品質、及び線形応答から選択される、前記ペプチド配列のうちの１以上の各々別個の質量のバージョンに対する１以上のＭＳパラメータを報告することを含む、前記〔３４〕に記載の方法。
〔３９〕前記ソフトウェアが、性能スコアを生成する、前記〔３４〕に記載の方法。