【手続補正書】
【提出日】平成28年12月15日(2016.12.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質を含む免疫原性組成物であって、前記単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、受容体結合ドメインを含む切断型CDTbタンパク質である、前記免疫原性組成物。
【請求項２】
単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、
(i)配列番号３４若しくは配列番号３６；又は
(ii)配列番号３４若しくは配列番号３６に対して少なくとも80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％、99％、100％の配列同一性を有するCDTbの改変体；又は
(iii)配列番号３４若しくは配列番号３６の少なくとも30、50、80、100、120、150若しくは200個の連続したアミノ酸を有するCDTbの断片、
を含む、請求項１記載の免疫原性組成物。
【請求項３】
CDTaタンパク質及びCDTbタンパク質を含む融合タンパク質を含む免疫原性組成物。
【請求項４】
CDTbタンパク質が切断型である、請求項３記載の免疫原性組成物。
【請求項５】
CDTbタンパク質が受容体結合ドメインを含む、請求項４記載の免疫原性組成物。
【請求項６】
融合タンパク質が、
(i)配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２若しくは配列番号４３；又は
(ii)配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２若しくは配列番号４３に対して少なくとも80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％、99％、100％の配列同一性を有する改変体；又は
(iii)配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２若しくは配列番号４３の少なくとも30、50、80、100、120、150、200、250、300、350若しくは400個の連続したアミノ酸を有する断片、
である、請求項３〜５のいずれか１項記載の免疫原性組成物。
【請求項７】
CDTa若しくはCDTb又はそれらの両方を中和する抗体を誘発する、請求項１〜６のいずれか１項記載の免疫原性組成物。
【請求項８】
二元毒素を中和する抗体を誘発する、請求項１〜７のいずれか１項記載の免疫原性組成物。
【請求項９】
単離されたクロストリジウム・ディフィシル毒素Aタンパク質及び/又は単離されたC.ディフィシル毒素Bタンパク質をさらに含む、請求項１〜８のいずれか１項記載の免疫原性組成物。
【請求項１０】
単離されたクロストリジウム・ディフィシル毒素Aタンパク質及び単離されたC.ディフィシル毒素Bタンパク質を含み、前記単離されたクロストリジウム・ディフィシル毒素Aタンパク質及び前記単離されたC.ディフィシル毒素Bタンパク質が融合タンパク質を形成する、請求項９記載の免疫原性組成物。
【請求項１１】
融合タンパク質が、
(i)配列番号１８、１９、２０、２１、２２、２４、２６、２８若しくは３０；又は
(ii)配列番号１８、１９、２０、２１、２２、２４、２６、２８若しくは３０に対して少なくとも80％、85％、90％、95％、98％、99％若しくは100％の配列同一性を有する改変体；又は
(iii)配列番号１８、１９、２０、２１、２２、２４、２６、２８及び３０から成る群より選択される配列の少なくとも800、850、900若しくは950個の連続したアミノ酸の断片、
である、請求項１０記載の免疫原性組成物。
【請求項１２】
アジュバントをさらに含む、請求項１〜１１のいずれか１項記載の免疫原性組成物。
【請求項１３】
追加の抗原をさらに含む、請求項１〜１２のいずれか１項記載の免疫原性組成物。
【請求項１４】
請求項１〜１３のいずれか１項記載の免疫原性組成物及び医薬として許容される賦形剤を含むワクチン。
【請求項１５】
C.ディフィシル疾患を予防又は治療するための医薬の調製における、請求項１〜１３のいずれか１項記載の免疫原性組成物又は請求項１４記載のワクチンの使用。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１８７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１８７】
この特許明細書において引用された参考文献又は特許出願は全て、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
以下、本発明の実施形態を示す。
（１）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質を含む免疫原性組成物であって、配列番号1、配列番号31又は配列番号32に対して少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%、99%又は100%の類似性を有する単離されたタンパク質をさらに含まない、免疫原性組成物。
（２）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質を含まない、（1）に記載の免疫原性組成物。
（３）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、
(i)配列番号3又は
(ii)配列番号3に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有するCDTbの改変体又は
(iii)配列番号3の少なくとも30、50、80、100、120、150、200、250若しくは300個の連続したアミノ酸を有するCDTbの断片
を含む、（1）又は（2）に記載の免疫原性組成物。
（４）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、シグナル配列が除かれている切断型CDTbタンパク質である、（1）から（3）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（５）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、
(i)配列番号7若しくは配列番号16又は
(ii)配列番号7若しくは配列番号16に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有するCDTbの改変体又は
(iii)配列番号7若しくは配列番号16の少なくとも30、50、80、100、120、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750若しくは800個の連続したアミノ酸を有するCDTbの断片
を含む、（1）から（4）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（６）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、プロドメインが除かれている切断型CDTbタンパク質である、（1）から（5）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（７）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、
(i)配列番号9若しくは配列番号51又は
(ii)配列番号9若しくは配列番号51に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有するCDTbの改変体又は
(iii)配列番号9若しくは配列番号51の少なくとも30、50、80、100、120、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600若しくは650個の連続したアミノ酸を有するCDTbの断片
を含む、（1）から（6）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（８）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、受容体結合ドメインを含む切断型CDTbタンパク質である、（1）から（7）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（９）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、
(i)配列番号34若しくは配列番号36又は
(i)配列番号34若しくは配列番号36に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有するCDTbの改変体又は
(iii)配列番号34若しくは配列番号36の少なくとも30、50、80、100、120、150若しくは200個の連続したアミノ酸を有するCDTbの断片
を含む、（1）から（8）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（１０）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、CDTaに結合することができない変異型CDTbタンパク質である、（1）から（9）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（１１）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、
(i)配列番号50又は
(i)配列番号50に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有するCDTbの改変体又は
(iii)配列番号50の少なくとも30、50、80、100、120、150、200、250若しくは300個の連続したアミノ酸を有するCDTbの断片
を含む、（10）に記載の免疫原性組成物。
（１２）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質を含む、（1）又は（3）から（11）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（１３）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質が切断型である、（12）に記載の免疫原性組成物。
（１４）切断型クロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質が、C末端ドメインを含まない切断型CDTaタンパク質である、（13）に記載の免疫原性組成物。
（１５）切断型クロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質が、
(i)配列番号14若しくは配列番号15
(i)配列番号14若しくは配列番号15に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有するCDTaの改変体又は
(iii)配列番号14若しくは配列番号15の少なくとも30、50、80、100、120、150若しくは190個の連続したアミノ酸を有するCDTaの断片
である、（14）に記載の免疫原性組成物。
（１６）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質がCDTbのモノマーである、（1）から（15）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（１７）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質がCDTbのマルチマーである、（1）から（16）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（１８）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質がCDTbのヘプタマーである、（17）に記載の免疫原性組成物。
（１９）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、受容体結合ドメインを含む切断型CDTbタンパク質である、単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質を含む免疫原性組成物。
（２０）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、
(i)配列番号34若しくは配列番号36又は
(i)配列番号34若しくは配列番号36に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有するCDTbの改変体又は
(iii)配列番号34若しくは配列番号36の少なくとも30、50、80、100、120、150若しくは200個の連続したアミノ酸を有するCDTbの断片
を含む、（19）に記載の免疫原性組成物。
（２１）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、CDTaに結合することができない変異型CDTbタンパク質である、単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質を含む免疫原性組成物。
（２２）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTbタンパク質が、
(i)配列番号50又は
(i)配列番号50に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有するCDTbの改変体又は
(iii)配列番号50の少なくとも30、50、80、100、120、150、200、250若しくは300個の連続したアミノ酸を有するCDTbの断片
を含む、（21）に記載の免疫原性組成物。
（２３）(i)配列番号1又は
(ii)配列番号1に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有するCDTaの改変体又は
(iii)配列番号1の少なくとも30、50、80、100、120、150、200、250、300、350若しくは400個の連続したアミノ酸を有するCDTaの断片
を含む単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質を含む、（19）から（22）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（２４）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質が、C末端ドメインを含まない切断型CDTaタンパク質である、単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質を含む免疫原性組成物。
（２５）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質が、
(i)配列番号14若しくは配列番号15又は
(ii)配列番号14若しくは配列番号15に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有するCDTaの改変体又は
(iii)配列番号14若しくは配列番号15の少なくとも30、50、80、100、120、150若しくは190個の連続したアミノ酸を有するCDTaの断片
である、（24）に記載の免疫原性組成物。
（２６）そのADP-リボシルトランスフェラーゼ活性を減少させる変異を含有する単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質を含む、（1）及び（3）から（25）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（２７）428位でグルタミン酸から異なるアミノ酸への変異を有する単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質を含む、（1）及び（3）から（26）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（２８）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質が、428位でグルタミン酸からグルタミンへの変異を有する、（27）に記載の免疫原性組成物。
（２９）430位でグルタミン酸から異なるアミノ酸への変異を有する単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質を含む、（1）及び（3）から（28）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（３０）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質が、430位でグルタミン酸からグルタミンへの変異を有する、（29）に記載の免疫原性組成物。
（３１）単離されたクロストリジウム・ディフィシルCDTaタンパク質が、
(i)配列番号46、配列番号48、配列番号52、若しくは配列番号54又は
(ii)配列番号46、配列番号48、配列番号52若しくは配列番号54に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有するCDTaの改変体又は
(iii)配列番号46、配列番号48、配列番号52若しくは配列番号54の少なくとも30、50、80、100、120、150、200、250、300、350若しくは400個の連続したアミノ酸を有するCDTaの断片
である、（26）から（30）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（３２）CDTaタンパク質及びCDTbタンパク質を含む融合タンパク質を含む免疫原性組成物。
（３３）CDTaタンパク質が切断型である、（32）に記載の免疫原性組成物。
（３４）CDTaタンパク質がC末端ドメインを含まない、（33）に記載の免疫原性組成物。
（３５）CDTbタンパク質が切断型である、（32）から（34）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（３６）CDTbタンパク質が受容体結合ドメインを含む、（35）に記載の免疫原性組成物。
（３７）融合タンパク質が、
(i)配列番号40、配列番号41、配列番号42若しくは配列番号43又は
(ii)配列番号40、配列番号41、配列番号42若しくは配列番号43に対して少なくとも80%、85%、88%、90%、92%、95%、98%、99%、100%の配列同一性を有する改変体又は
(iii)配列番号40、配列番号41、配列番号42若しくは配列番号43の少なくとも30、50、80、100、120、150、200、250、300、350若しくは400個の連続したアミノ酸を有する断片
である、（33）から（37）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（３８）CDTa若しくはCDTb又はそれらの両方を中和する抗体を誘発する、（1）から（37）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（３９）二元毒素を中和する抗体を誘発する、（1）から（38）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（４０）単離されたクロストリジウム・ディフィシル毒素Aタンパク質及び/又は単離されたC.ディフィシル毒素Bタンパク質をさらに含む、（1）から（39）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（４１）免疫原性組成物が、単離されたクロストリジウム・ディフィシル毒素Aタンパク質及び単離されたC.ディフィシル毒素Bタンパク質を含み、単離されたクロストリジウム・ディフィシル毒素Aタンパク質及び単離されたC.ディフィシル毒素Bタンパク質が融合タンパク質を形成する、（40）に記載の免疫原性組成物。
（４２）融合タンパク質が、
(i)配列番号18、19、20、21、22、24、26、28若しくは30又は
(ii)配列番号18、19、20、21、22、24、26、28若しくは30に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、98%、99%若しくは100%の配列同一性を有する改変体又は
(iii)配列番号18、19、20、21、22、24、26、28及び30からなる群から選択される配列の少なくとも800、850、900若しくは950個の連続したアミノ酸の断片
である、（41）に記載の免疫原性組成物。
（４３）CDTbタンパク質に融合した、単離されたクロストリジウム・ディフィシル毒素Aタンパク質及び/又は単離されたクロストリジウム・ディフィシル毒素Bタンパク質の間に融合タンパク質を含む免疫原性組成物。
（４４）融合タンパク質が、CDTbタンパク質に融合した、単離されたクロストリジウム・ディフィシル毒素Aタンパク質及び単離されたクロストリジウム・ディフィシル毒素Bタンパク質を含む、（43）に記載の免疫原性組成物。
（４５）融合タンパク質が、
(i)配列番号44若しくは配列番号45又は
(ii)配列番号44若しくは配列番号45に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、98%、99%若しくは100%の配列同一性を有する改変体又は
(iii)配列番号44若しくは配列番号45からなる群から選択される配列の少なくとも800、850、900若しくは950個の連続したアミノ酸の断片
である、（44）に記載の免疫原性組成物。
（４６）アジュバントをさらに含む、（1）から（45）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（４７）追加の抗原をさらに含む、（1）から（46）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（４８）C.ディフィシル由来の糖をさらに含む、（1）から（47）のいずれか一に記載の免疫原性組成物。
（４９）（1）から（48）のいずれか一に記載の免疫原性組成物及び医薬として許容される賦形剤を含むワクチン。
（５０）C.ディフィシル疾患の治療又は予防に使用するための、（1）から（48）のいずれか一に記載の免疫原性組成物又は（49）に記載のワクチン。
（５１）078、019、023、027、033、034、036、045、058、059、063、066、075、078、080、111、112、203、250及び571からなる群から選択されるC.ディフィシルの菌株によって引き起こされる疾患の治療又は予防に使用するための、（1）から（48）のいずれか一に記載の免疫原性組成物又は（49）に記載のワクチン。
（５２）C.ディフィシル菌株078によって引き起こされる疾患の治療又は予防に使用するための、（1）から（48）のいずれか一に記載の免疫原性組成物又は（49）に記載のワクチン。
（５３）C.ディフィシル疾患を予防又は治療するための医薬の調製における、（1）から（48）のいずれか一に記載の免疫原性組成物又は（49）に記載のワクチンの使用。
（５４）疾患が、078、019、023、027、033、034、036、045、058、059、063、066、075、078、080、111、112、203、250及び571からなる群から選択される、C.ディフィシルの菌株によって引き起こされる疾患である、（53）に記載の使用。
（５５）疾患が、C.ディフィシル菌株078によって引き起こされる疾患である、（53）に記載の使用。
（５６）哺乳動物対象に、（1）から（48）のいずれか一に記載の免疫原性組成物又は（49）に記載のワクチンを投与することを含む、C.ディフィシル疾患を予防又は治療する方法。
（５７）疾患が、078、019、023、027、033、034、036、045、058、059、063、066、075、078、080、111、112、203、250及び571からなる群から選択される、C.ディフィシルの菌株によって引き起こされる疾患である、（56）に記載の方法。
（５８）疾患が、C.ディフィシル菌株078によって引き起こされる疾患である、（56）に記載の方法。