【手続補正書】
【提出日】平成29年3月29日(2017.3.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料におけるＲＮＡを検出する方法であって、
（ａ）該試料およびプローブアレイを接触させるステップであって、該プローブアレイが、１種または複数のキメラプローブを含み、該キメラプローブが、ＤＮＡ領域およびＲＮＡ領域を含み、該ＤＮＡ領域および該ＲＮＡ領域が近接しており、該ＤＮＡ領域が、該ＲＮＡ領域の５’にあり、該試料が、該キメラプローブのうち少なくとも１種のヌクレオチド配列と相補的なＲＮＡ分子を含有する場合、該ＲＮＡ分子が、該相補的キメラプローブとハイブリダイズするステップと、
（ｂ）該プローブアレイとＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドに特異的なリボヌクレアーゼとを接触させるステップであって、該キメラプローブの該ＤＮＡ領域にハイブリダイズした該ＲＮＡ分子の部分が分解されるステップと、
（ｃ）該プローブアレイと、標識されたヌクレオチドと、ＤＮＡテンプレートを使用してＲＮＡ鎖を伸長させることができ、該ＲＮＡ鎖からの伸長中に該標識されたヌクレオチドを取り込むことができる核酸ポリメラーゼとを接触させるステップであって、該ハイブリダイズしたＲＮＡ分子が伸長して、伸長した核酸鎖を形成し、少なくとも１個の標識されたヌクレオチドが、該伸長した核酸鎖に取り込まれ、該標識されたヌクレオチドのそれぞれが、第１の標識を含むステップと、
（ｄ）該プローブアレイおよび標識コンジュゲートを接触させることにより、該伸長した核酸鎖中の該標識されたヌクレオチドを検出するステップであって、該標識コンジュゲートが、特異的結合分子および第２の標識を含み、該特異的結合分子が、該第１の標識に結合し、該伸長した核酸鎖中の該標識されたヌクレオチドが、該第２の標識を検出することにより検出され、該第２の標識が、該プローブアレイおよび検出コンジュゲートを接触させることにより検出され、該検出コンジュゲートが、凝集化因子を含み、該凝集化因子が、該標識コンジュゲート上の検出コンジュゲートの凝集を媒介するステップと
を含み、該伸長した核酸鎖中の該標識されたヌクレオチドの検出が、該試料中の該ＲＮＡ分子の存在を示す方法。
【請求項２】
検出コンジュゲートが、前記第２の標識と会合または結合する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第２の標識が、前記標識コンジュゲート上のまたは該標識コンジュゲートにおける前記検出コンジュゲートの凝集を媒介または可能にする、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記検出コンジュゲートが、シグナルを含むまたはシグナルを生じる、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記検出コンジュゲートが、複数コピーの標識を含む、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
複数の検出コンジュゲートが、前記第２の標識と会合または結合する、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記検出コンジュゲートが自己凝集する、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記第１の標識がビオチンを含み、前記特異的結合分子がストレプトアビジンを含み、前記第２の標識が金を含み、前記凝集化因子が銀を含む、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
ステップ（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が、同時に行われる、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記標識コンジュゲートが、ストレプトアビジンにコンジュゲートされた金ナノ粒子を含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記検出コンジュゲートが、銀ナノ粒子を含む、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記リボヌクレアーゼが、ＲＮａｓｅ  Ｈであり、前記核酸ポリメラーゼが、ＤＮＡポリメラーゼのクレノウ断片である、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記プローブアレイが、固体基材をさらに含み、前記キメラプローブが、該固体基材上に固定化されている、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記プローブアレイが、２種以上のキメラプローブを含み、各キメラプローブが、前記固体基材の異なる位置に固定化されており、各キメラプローブが、異なるヌクレオチド配列を有し、各キメラプローブが、異なるＲＮＡ分子に相補的であり、前記伸長した核酸鎖中の前記標識されたヌクレオチドが検出される該固体基材上の位置が、検出されたＲＮＡ分子の同一性を示す、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記キメラプローブが、安定化された核酸である、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＲＮＡ領域が、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドで構成される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記キメラプローブのうち１種または複数が、ウイルス、細菌または微生物に特徴的なヌクレオチド配列に相補的である、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記キメラプローブのうち１種または複数が、第２のＤＮＡ領域をさらに含み、前記第２のＤＮＡ領域が、前記ＲＮＡ領域の３’にある、請求項１から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＤＮＡ領域および前記ＲＮＡ領域が近接している、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記キメラプローブが、３’−連結基をさらに含み、該３’−連結基が、該キメラプローブの固定化を媒介する、請求項１から１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記３’−連結基が、アミノ基である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
プローブアレイ、標識されたヌクレオチド、標識コンジュゲートおよび検出コンジュゲートを含むキットであって、
該プローブアレイが、１種または複数のキメラプローブを含み、該キメラプローブが、ＤＮＡ領域およびＲＮＡ領域を含み、該ＤＮＡ領域および該ＲＮＡ領域が近接しており、該ＤＮＡ領域が、該ＲＮＡ領域の５’にあり、該キメラプローブのヌクレオチド配列が、目的のＲＮＡ分子のヌクレオチド配列に相補的であり、
該標識されたヌクレオチドのそれぞれが、第１の標識を含み、該標識コンジュゲートが、特異的結合分子および第２の標識を含み、該特異的結合分子が、該第１の標識に結合し、
該検出コンジュゲートが、凝集化因子を含み、該凝集化因子が、該標識コンジュゲート上の検出コンジュゲートの凝集を媒介するキット。
【請求項２３】
検出コンジュゲートが、前記第２の標識と会合または結合することができる、請求項２２に記載のキット。
【請求項２４】
前記第２の標識が、前記標識コンジュゲート上のおよび該標識コンジュゲートにおける前記検出コンジュゲートの凝集を媒介または可能にすることができる、請求項２２または２３に記載のキット。
【請求項２５】
前記検出コンジュゲートが、シグナルを含むまたはシグナルを生じることができる、請求項２２から２４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２６】
前記検出コンジュゲートが、複数コピーの標識を含む、請求項２２から２５のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２７】
複数の検出コンジュゲートが、前記第２の標識と会合または結合することができる、請求項２２から２６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２８】
前記検出コンジュゲートが、自己凝集することができる、請求項２２から２７のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２９】
前記プローブアレイが、固体基材をさらに含み、前記キメラプローブが、該固体基材上に固定化されている、請求項２２から２８のいずれか一項に記載のキット。
【請求項３０】
前記プローブアレイが、２種以上のキメラプローブを含み、各キメラプローブが、前記固体基材の異なる位置に固定化されており、各キメラプローブが、異なるヌクレオチド配列を有し、各キメラプローブが、異なるＲＮＡ分子に相補的である、請求項２９に記載のキット。
【請求項３１】
前記キメラプローブが、安定化された核酸である、請求項２２から３０のいずれか一項に記載のキット。
【請求項３２】
前記ＲＮＡ領域が、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドで構成される、請求項３１に記載のキット。
【請求項３３】
前記キメラプローブのうち１種または複数が、ウイルス、細菌または微生物に特徴的なヌクレオチド配列に相補的である、請求項２２から３２のいずれか一項に記載のキット。
【請求項３４】
前記キメラプローブのうち１種または複数が、第２のＤＮＡ領域をさらに含み、該第２のＤＮＡ領域が、前記ＲＮＡ領域の３’にある、請求項３３に記載のキット。
【請求項３５】
前記ＤＮＡ領域および前記ＲＮＡ領域が近接している、請求項３４に記載のキット。
【請求項３６】
前記キメラプローブが、３’−連結基をさらに含み、該３’−連結基が、該キメラプローブの固定化を媒介する、請求項２２から３５のいずれか一項に記載のキット。
【請求項３７】
前記３’−連結基が、アミノ基である、請求項３６に記載のキット。
【請求項３８】
１種または複数のキメラプローブを含むプローブアレイであって、該キメラプローブが、ＤＮＡ領域およびＲＮＡ領域を含み、該ＤＮＡ領域および該ＲＮＡ領域が近接しており、該ＤＮＡ領域が、該ＲＮＡ領域の５’にあり、該キメラプローブのヌクレオチド配列が、目的のＲＮＡ分子のヌクレオチド配列に相補的であるプローブアレイ。
【請求項３９】
前記プローブアレイが、固体基材をさらに含み、前記キメラプローブが、該固体基材上に固定化されている、請求項３８に記載のプローブアレイ。
【請求項４０】
前記プローブアレイが、２種以上のキメラプローブを含み、各キメラプローブが、前記固体基材の異なる位置に固定化されており、各キメラプローブが、異なるヌクレオチド配列を有し、各キメラプローブが、異なるＲＮＡ分子に相補的である、請求項３８または３９に記載のプローブアレイ。
【請求項４１】
前記キメラプローブが、安定化された核酸である、請求項３８から４０のいずれか一項に記載のプローブアレイ。
【請求項４２】
前記ＲＮＡ領域が、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドで構成される、請求項４１に記載のプローブアレイ。
【請求項４３】
前記キメラプローブのうち１種または複数が、ウイルス、細菌または微生物に特徴的なヌクレオチド配列に相補的である、請求項３８から４２のいずれか一項に記載のプローブアレイ。
【請求項４４】
前記キメラプローブのうち１種または複数が、第２のＤＮＡ領域をさらに含み、該第２のＤＮＡ領域が、前記ＲＮＡ領域の３’にある、請求項４３に記載のプローブアレイ。
【請求項４５】
前記ＤＮＡ領域および前記ＲＮＡ領域が近接している、請求項４４に記載のプローブアレイ。
【請求項４６】
前記キメラプローブが、３’−連結基をさらに含み、該３’−連結基が、該キメラプローブの固定化を媒介する、請求項３８から４５のいずれか一項に記載のプローブアレイ。
【請求項４７】
前記３’−連結基が、アミノ基である、請求項４６に記載のプローブアレイ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１９】
開示される方法および組成物の追加的な利点は、一部には、以下の記載において説明され、一部には、この記載から理解され、あるいは開示される方法および組成物の実施により知ることができる。開示される方法および組成物の利点は、添付の特許請求の範囲において特に指摘される要素および組合せによって実現および達成される。前述の概要および後述の詳細な説明の両方が、単に例示的かつ説明的なものであり、請求されている発明を制約するものではないことを理解されたい。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
試料におけるＲＮＡを検出する方法であって、
（ａ）該試料およびプローブアレイを接触させるステップであって、該プローブアレイが、１種または複数のキメラプローブを含み、該キメラプローブが、ＤＮＡ領域およびＲＮＡ領域を含み、該ＤＮＡ領域および該ＲＮＡ領域が近接しており、該ＤＮＡ領域が、該ＲＮＡ領域の５’にあり、該試料が、該キメラプローブのうち少なくとも１種のヌクレオチド配列と相補的なＲＮＡ分子を含有する場合、該ＲＮＡ分子が、該相補的キメラプローブとハイブリダイズするステップと、
（ｂ）該プローブアレイとＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドに特異的なリボヌクレアーゼとを接触させるステップであって、該キメラプローブの該ＤＮＡ領域にハイブリダイズした該ＲＮＡ分子の部分が分解されるステップと、
（ｃ）該プローブアレイと、標識されたヌクレオチドと、ＤＮＡテンプレートを使用してＲＮＡ鎖を伸長させることができ、該ＲＮＡ鎖からの伸長中に該標識されたヌクレオチドを取り込むことができる核酸ポリメラーゼとを接触させるステップであって、該ハイブリダイズしたＲＮＡ分子が伸長して、伸長した核酸鎖を形成し、少なくとも１個の標識されたヌクレオチドが、該伸長した核酸鎖に取り込まれ、該標識されたヌクレオチドのそれぞれが、第１の標識を含むステップと、
（ｄ）該プローブアレイおよび標識コンジュゲートを接触させることにより、該伸長した核酸鎖中の該標識されたヌクレオチドを検出するステップであって、該標識コンジュゲートが、特異的結合分子および第２の標識を含み、該特異的結合分子が、該第１の標識に結合し、該伸長した核酸鎖中の該標識されたヌクレオチドが、該第２の標識を検出することにより検出され、該第２の標識が、該プローブアレイおよび検出コンジュゲートを接触させることにより検出され、該検出コンジュゲートが、凝集化因子を含み、該凝集化因子が、該標識コンジュゲート上の検出コンジュゲートの凝集を媒介するステップと
を含み、該伸長した核酸鎖中の該標識されたヌクレオチドの検出が、該試料中の該ＲＮＡ分子の存在を示す方法。
（項目２）
検出コンジュゲートが、前記第２の標識と会合または結合する、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記第２の標識が、前記標識コンジュゲート上のまたは該標識コンジュゲートおける前記検出コンジュゲートの凝集を媒介または可能にする、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記検出コンジュゲートが、シグナルを含むまたはシグナルを生じる、項目１から３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５）
前記検出コンジュゲートが、複数コピーの標識を含む、項目１から４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
複数の検出コンジュゲートが、前記第２の標識と会合または結合する、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記検出コンジュゲートが自己凝集する、項目１から６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記第１の標識がビオチンを含み、前記特異的結合分子がストレプトアビジンを含み、前記第２の標識が金を含み、前記凝集化因子が銀を含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
ステップ（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が、同時に行われる、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記標識コンジュゲートが、ストレプトアビジンにコンジュゲートされた金ナノ粒子を含む、項目１から９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記検出コンジュゲートが、銀ナノ粒子を含む、項目１から１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記リボヌクレアーゼが、ＲＮａｓｅ  Ｈであり、前記核酸ポリメラーゼが、ＤＮＡポリメラーゼのクレノウ断片である、項目１から１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記プローブアレイが、固体基材をさらに含み、前記キメラプローブが、該固体基材上に固定化されている、項目１から１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記プローブアレイが、２種以上のキメラプローブを含み、各キメラプローブが、前記固体基材の異なる位置に固定化されており、各キメラプローブが、異なるヌクレオチド配列を有し、各キメラプローブが、異なるＲＮＡ分子に相補的であり、前記伸長した核酸鎖中の前記標識されたヌクレオチドが検出される該固体基材上の位置が、検出されたＲＮＡ分子の同一性を示す、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記キメラプローブが、安定化された核酸である、項目１から１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記ＲＮＡ領域が、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドで構成される、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記キメラプローブのうち１種または複数が、ウイルス、細菌または微生物に特徴的なヌクレオチド配列に相補的である、項目１から１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記キメラプローブのうち１種または複数が、第２のＤＮＡ領域をさらに含み、前記第２のＤＮＡ領域が、前記ＲＮＡ領域の３’にある、項目１から１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記ＤＮＡ領域および前記ＲＮＡ領域が近接している、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記キメラプローブが、３’−連結基をさらに含み、該連結基が、該キメラプローブの固定化を媒介する、項目１から１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記３’−連結基が、アミノ基である、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
プローブアレイ、標識されたヌクレオチド、標識コンジュゲートおよび検出コンジュゲートを含むキットであって、
該プローブアレイが、１種または複数のキメラプローブを含み、該キメラプローブが、ＤＮＡ領域およびＲＮＡ領域を含み、該ＤＮＡ領域および該ＲＮＡ領域が近接しており、該ＤＮＡ領域が、該ＲＮＡ領域の５’にあり、該キメラプローブのヌクレオチド配列が、目的のＲＮＡ分子のヌクレオチド配列に相補的であり、
該標識されたヌクレオチドのそれぞれが、第１の標識を含み、該標識コンジュゲートが、特異的結合分子および第２の標識を含み、該特異的結合分子が、該第１の標識に結合し、
該検出コンジュゲートが、凝集化因子を含み、該凝集化因子が、前記標識コンジュゲート上の検出コンジュゲートの凝集を媒介するキット。
（項目２３）
検出コンジュゲートが、前記第２の標識と会合または結合することができる、項目２２に記載のキット。
（項目２４）
前記第２の標識が、前記標識コンジュゲート上のおよび該標識コンジュゲートにおける前記検出コンジュゲートの凝集を媒介または可能にすることができる、項目２２または２３に記載のキット。
（項目２５）
前記検出コンジュゲートが、シグナルを含むまたはシグナルを生じることができる、項目２２から２４のいずれか一項に記載のキット。
（項目２６）
前記検出コンジュゲートが、複数コピーの標識を含む、項目２２から２５のいずれか一項に記載のキット。
（項目２７）
複数の検出コンジュゲートが、前記第２の標識と会合または結合することができる、項目２２から２６のいずれか一項に記載のキット。
（項目２８）
前記検出コンジュゲートが、自己凝集することができる、項目２２から２７のいずれか一項に記載のキット。
（項目２９）
前記プローブアレイが、固体基材をさらに含み、前記キメラプローブが、該固体基材上に固定化されている、項目２２から２８のいずれか一項に記載のキット。
（項目３０）
前記プローブアレイが、２種以上のキメラプローブを含み、各キメラプローブが、前記固体基材の異なる位置に固定化されており、各キメラプローブが、異なるヌクレオチド配列を有し、各キメラプローブが、異なるＲＮＡ分子に相補的である、項目２２から２９のいずれか一項に記載のキット。
（項目３１）
前記キメラプローブが、安定化された核酸である、項目２２から３０のいずれか一項に記載のキット。
（項目３２）
前記ＲＮＡ領域が、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドで構成される、項目３１に記載のキット。
（項目３３）
前記キメラプローブのうち１種または複数が、ウイルス、細菌または微生物に特徴的なヌクレオチド配列に相補的である、項目２２から３２のいずれか一項に記載のキット。
（項目３４）
前記キメラプローブのうち１種または複数が、第２のＤＮＡ領域をさらに含み、該第２のＤＮＡ領域が、前記ＲＮＡ領域の３’にある、項目３３のいずれか一項に記載のキット。
（項目３５）
前記ＤＮＡ領域および前記ＲＮＡ領域が近接している、項目３４に記載のキット。
（項目３６）
前記キメラプローブが、３’−連結基をさらに含み、該連結基が、該キメラプローブの固定化を媒介する、項目２２から３５のいずれか一項に記載のキット。
（項目３７）
前記３’−連結基が、アミノ基である、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
１種または複数のキメラプローブを含むプローブアレイであって、該キメラプローブが、ＤＮＡ領域およびＲＮＡ領域を含み、該ＤＮＡ領域および該ＲＮＡ領域が近接しており、該ＤＮＡ領域が、該ＲＮＡ領域の５’にあり、該キメラプローブのヌクレオチド配列が、目的のＲＮＡ分子のヌクレオチド配列に相補的であるプローブアレイ。
（項目３９）
前記プローブアレイが、固体基材をさらに含み、前記キメラプローブが、該固体基材上に固定化されている、項目３８に記載のプローブアレイ。
（項目４０）
前記プローブアレイが、２種以上のキメラプローブを含み、各キメラプローブが、前記固体基材の異なる位置に固定化されており、各キメラプローブが、異なるヌクレオチド配列を有し、各キメラプローブが、異なるＲＮＡ分子に相補的である、項目３８または３９に記載のプローブアレイ。
（項目４１）
前記キメラプローブが、安定化された核酸である、項目３８から４０のいずれか一項に記載のプローブアレイ。
（項目４２）
前記ＲＮＡ領域が、２’−Ｏ−メチルヌクレオチドで構成される、項目４１に記載のプローブアレイ。
（項目４３）
前記キメラプローブのうち１種または複数が、ウイルス、細菌または微生物に特徴的なヌクレオチド配列に相補的である、項目３８から４２のいずれか一項に記載のプローブアレイ。
（項目４４）
前記キメラプローブのうち１種または複数が、第２のＤＮＡ領域をさらに含み、該第２のＤＮＡ領域が、前記ＲＮＡ領域の３’にある、項目４３のいずれか一項に記載のプローブアレイ。
（項目４５）
前記ＤＮＡ領域および前記ＲＮＡ領域が近接している、項目４４に記載のプローブアレイ。
（項目４６）
前記キメラプローブが、３’−連結基をさらに含み、該連結基が、該キメラプローブの固定化を媒介する、項目３８から４５のいずれか一項に記載のプローブアレイ。
（項目４７）
前記３’−連結基が、アミノ基である、項目４６に記載のプローブアレイ。