【手続補正書】
【提出日】平成29年9月8日(2017.9.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌治療剤を用いる処置に対する、食道腺癌（ＯＡＣ）を有する個体の応答性を予測する方法であって、
ａ．表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表２Ａ、表３および／または表４に列挙されるものから選択される１個または複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルを測定すること；
ｂ．発現レベルを捕捉する試験スコアを導出すること；
ｃ．試験スコアと応答性とを相関させる情報を含む閾値スコアを提供すること；ならびに
ｄ．試験スコアと閾値スコアとを比較し、試験スコアが閾値スコアを超える場合、応答性が予測され、および／または試験スコアが閾値スコアを超えない場合、応答性の欠如が予測されること
を含む方法。
【請求項２】
個体においてＤＮＡ損傷修復欠損を有する食道腺癌（ＯＡＣ）を検出する方法であって、
ａ．表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表２Ａ、表３および／または表４に列挙されるものから選択される１個または複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルを測定すること；
ｂ．発現レベルを捕捉する試験スコアを導出すること；
ｃ．試験スコアと応答性とを相関させる情報を含む閾値スコアを提供すること；ならびに
ｄ．試験スコアと閾値スコアとを比較し、試験スコアが閾値スコアを超える場合、ＤＮＡ損傷修復欠損を有するＯＡＣを検出されること
を含む方法。
【請求項３】
個体においてＤＮＡ損傷修復欠損を有する食道腺癌（ＯＡＣ）を処置するために適切な治療を選択する方法であって、
ａ．表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表２Ａ、表３および／または表４に列挙されるものから選択される１個または複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルを測定すること；
ｂ．発現レベルを捕捉する試験スコアを導出すること；
ｃ．試験スコアと応答性とを相関させる情報を含む閾値スコアを提供すること；ならびに
ｄ．試験スコアと閾値スコアとを比較し、試験スコアが閾値スコアを超える場合、個体の処置のために適切な治療剤が選択されること
を含む方法。
【請求項４】
個体においてＤＮＡ損傷修復欠損を有する食道腺癌（ＯＡＣ）を処置するために適切な治療を選択する方法であって、
ａ．表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表２Ａ、表３および／または表４に列挙されるものから選択される１個または複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルを測定すること；
ｂ．発現レベルを捕捉する試験スコアを導出すること；
ｃ．試験スコアと応答性とを相関させる情報を含む閾値スコアを提供すること；ならびに
ｄ．試験スコアと閾値スコアとを比較し、試験スコアが閾値スコアを超える場合、異常なＤＮＡ修復を示す腫瘍を標的とする治療剤が選択されること
を含む方法。
【請求項５】
個体においてＤＮＡ損傷修復欠損を有する食道腺癌（ＯＡＣ）を処置するために適切な治療を選択する方法であって、
ａ．表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表２Ａ、表３および／または表４に列挙されるものから選択される１個または複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルを測定すること；
ｂ．発現レベルを捕捉する試験スコアを導出すること；
ｃ．試験スコアと応答性とを相関させる情報を含む閾値スコアを提供すること；ならびに
ｄ．試験スコアと閾値スコアとを比較し、試験スコアが閾値スコアを超える場合、少なくとも１つのバイオマーカーの発現を阻害する治療剤が選択されること
を含む方法。
【請求項６】
表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表２Ａ、表３および／もしくは表４に列挙されるものから選択される１個もしくは複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルから導出される試験スコアに基づいて、対象が治療剤に対して応答性であると予測されるか、または治療が選択される、ＤＮＡ損傷修復欠損を有する食道腺癌（ＯＡＣ）を処置する方法における使用のための治療剤。
【請求項７】
表２Ｂ、表１Ａ、表１Ｂ、表２Ａ、表３および／もしくは表４に列挙されるものから選択される１個もしくは複数個のバイオマーカーの、個体から得られた試験試料における発現レベルから導出される試験スコアに基づいて、対象がＤＮＡ損傷治療剤に対して非応答性であると予測される、食道腺癌（ＯＡＣ）を処置する方法における使用のための分裂阻害剤。
【請求項８】
１個または複数個のバイオマーカーが、ＣＸＣＬ１０、ＭＸ１、ＩＤＯ１、ＩＦ１４４Ｌ、ＣＤ２、ＧＢＰ５、ＰＲＡＭＥ、ＩＴＧＡＬ、ＬＲＰ４、およびＡＰＯＬ３からなる群ならびに／またはＣＤＲ１、ＦＹＢ、ＴＳＰＡＮ７、ＲＡＣ２、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＧＲＢ１４、ＡＣ１３８１２８．１、ＫＩＦ２６Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ１０９、ＥＴＶ７、ＭＦＡＰ５、ＯＬＦＭ４、ＰＩ１５、ＦＯＳＢ、ＦＡＭ１９Ａ５、ＮＬＲＣ５、ＰＲＩＣＫＬＥ１、ＥＧＲ１、ＣＬＤＮ１０、ＡＤＡＭＴＳ４、ＳＰ１４０Ｌ、ＡＮＸＡ１、ＲＳＡＤ２、ＥＳＲ１、ＩＫＺＦ３、ＯＲ２ｌ１Ｐ、ＥＧＦＲ、ＮＡＴ１、ＬＡＴＳ２、ＣＹＰ２Ｂ６、ＰＴＰＲＣ、ＰＰＰ１Ｒ１Ａ、およびＡＬ１３７２１８．１からなる群から選択される、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
全てのバイオマーカーの発現レベルを測定することを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
発現レベルが、表１Ａ（配列番号１〜２４）、表１Ｂ（配列番号２５〜５０）および／または表３（配列番号５１〜２３０）に記載の標的配列の少なくとも１個に結合するプライマーおよび／またはプローブを用いて測定される、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ＯＡＣが初期、後期または転移性疾患である、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
治療または治療剤が、所望によりさらなる療法と一緒に、ＤＮＡ損傷治療剤を含む、請求項１、３から６および８から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
ＤＮＡ損傷治療剤が、ＤＮＡ損傷剤、ＤＮＡ修復を標的とする療法、ＤＮＡ損傷シグナリングの阻害剤、ＤＮＡ損傷により誘導される細胞周期停止の阻害剤、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、熱ショックタンパク質阻害剤およびＤＮＡ合成の阻害剤からなる群から選択される１つまたは複数の物質を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ＤＮＡ損傷治療剤が、１つまたは複数の白金含有薬剤、ヌクレオシドアナログ、例えば、ゲムシタビンもしくは５−フルオロウラシルまたはそのプロドラッグ、例えば、カペシタビン、アントラサイクリン、例えば、エピルビシンもしくはドキソルビシン、アルキル化剤、例えば、シクロホスファミド、イオン化放射線または放射線と化学療法との組合せ（化学放射線）を含む、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１５】
ＤＮＡ損傷治療剤が白金含有薬剤を含む、請求項１および３から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
白金系薬剤がシスプラチン、カルボプラチンおよびオキサリプラチンから選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
さらなる療法と一緒にＤＮＡ損傷治療剤を用いる処置に対する応答性を予測する、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
さらなる療法が分裂阻害剤である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
分裂阻害剤がビンカアルカロイドまたはタキサンである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
ビンカアルカロイドがビノレルビンである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
タキサンがパクリタキセルまたはドセタキセルである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
組合せ療法が、
ａ．シスプラチン／カルボプラチンおよび５−フルオロウラシル
ｂ．シスプラチン／カルボプラチンおよびカペシタビン
ｃ．エピルビシン／ドキソルビシン、シスプラチン／カルボプラチンおよびフルオロウラシル
ｄ．エピルビシン／ドキソルビシン、オキサリプラチンおよびカペシタビン
ｅ．シスプラチン／カルボプラチンおよびパクリタキセル
ｆ．シスプラチン／カルボプラチンおよびイリノテカン
ｇ．シスプラチン／カルボプラチンおよびビノレルビン
から選択される、ＤＮＡ損傷治療剤を含む組合せ療法に対する応答性を予測する、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
組合せ療法が、パクリタキセルなどのタキサン、イリノテカンなどのトポイソメラーゼ阻害剤、ビノレルビンなどのビンカアルカロイドまたは化学放射線のうちの１つまたは複数をさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
処置がネオアジュバント処置および／またはアジュバント処置である、請求項１から２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
応答性が、全生存、無進行生存および／または無疾患生存の増加を含むか、または全生存、無進行生存および／または無疾患生存の増加である、請求項１から２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
表３に記載の標的配列（配列番号５１〜２３０）の少なくとも１個にハイブリダイズするプライマーまたはプローブを含む、ＤＮＡ損傷治療剤を用いる処置に対する、食道腺癌（ＯＡＣ）を有する個体の応答性を予測するためのキット。
【請求項２７】
プライマーまたはプローブが、表３に記載の標的配列の少なくとも１０個にハイブリダイズする、請求項２６に記載のキット。
【請求項２８】
ＤＮＡ損傷治療剤をさらに含む、請求項２６または２７に記載のキット。
【請求項２９】
ＤＮＡ損傷治療剤が、特にＯＡＣの処置のための剤形で提供される、請求項２８に記載のキット。
【請求項３０】
処置がネオアジュバントまたはアジュバント処置である、請求項２９に記載のキット。
【請求項３１】
ＤＮＡ損傷治療剤が白金系薬剤を含む、請求項２６から３０のいずれか一項に記載のキット。