【手続補正書】
【提出日】平成29年3月8日(2017.3.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載の発明。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
別の態様において、本発明は、がん（例えば、乳がん、肺がん、前立腺がん、腎臓がん、または甲状腺がん）に罹患している被験体をコホートに分類する方法に関し、その方法は：ａ）上記被験体のサンプル中の目的の遺伝子（例えば、ＭＡＦ、ＶＡＴ１Ｌ、ＣＬＥＣ３Ａ、ＷＷＯＸまたは５ｓｒＲＮＡ）の発現レベルを決定する工程；ｂ）上記サンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを目的の遺伝子発現の所定の参照レベルと比較する工程；およびｃ）そのサンプル中の目的の遺伝子の上記発現レベルに基づいて、上記被験体をコホートに分類する工程を含む。特定の態様において、そのコホートは、臨床試験を行うために使用される。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
がんの被験体における転移の診断のため、および／またはがんの被験体における転移を起こす傾向の予後診断のためのインビトロでの方法であって、前記方法は：
（ｉ）前記被験体のサンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを定量する工程、および
（ｉｉ）（ｉ）において得られた発現レベルをコントロールサンプルにおける目的の遺伝子の発現レベルと比較する工程
を含み、ここで、前記サンプルにおける目的の遺伝子の発現レベルが前記コントロールサンプルにおける目的の遺伝子の発現レベルと比較して上昇している場合、前記被験体は転移について陽性の診断または転移を起こすより高い傾向を有する、インビトロでの方法。
（項目２）
がんの被験体のために個別化治療（ｃｕｓｔｏｍｉｚｅｄ  ｔｈｅｒａｐｙ）を設計するためのインビトロでの方法であって、前記方法は：
（ｉ）前記被験体のサンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを定量する工程、および
（ｉｉ）（ｉ）において得られた発現レベルをコントロールサンプルにおける目的の遺伝子の発現レベルと比較する工程
を含み、ここで、前記サンプルにおける目的の遺伝子の発現レベルが前記コントロールサンプルにおける目的の遺伝子の発現レベルと比較して上昇している場合、前記被験体は前記がんの転移を予防、阻害および／または処置することが意図される治療を受けることができる、インビトロでの方法。
（項目３）
前記転移が骨転移である、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記骨転移が骨溶解性転移である、項目３に記載の方法。
（項目５）
骨転移を伴うがんを有する被験体のために個別化治療を設計するためのインビトロでの方法であって、前記方法は：
（ｉ）前記被験体の骨転移腫瘍組織サンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを定量する工程、および
（ｉｉ）工程（ｉ）において得られた発現レベルをコントロールサンプルにおける目的の遺伝子の発現レベルと比較する工程
を含み、ここで、前記腫瘍組織サンプルにおける目的の遺伝子の発現レベルが前記コントロールサンプルにおける目的の遺伝子の発現レベルと比較して上昇している場合、前記被験体は骨分解を予防または阻害することが意図される治療を受けることができる、インビトロでの方法。
（項目６）
骨分解を予防または阻害することが意図される前記治療が、ビスホスホネート、ＲＡＮＫＬインヒビター、ＰＴＨ、ＰＴＨＬＨインヒビター（中和抗体およびペプチドを含む）、ＰＲＧアナログ、ラネル酸ストロンチウム、ＤＫＫ−１インヒビター、ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビター、エストロゲンレセプター調節因子、カルシトニン、ラジウム２２３、ＣＣＲ５アンタゴニスト、Ｓｒｃキナーゼインヒビター、ＣＯＸ−２インヒビター、ｍＴｏｒインヒビター、およびカテプシンＫインヒビターからなる群より選択される、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記ＲＡＮＫＬインヒビターが、ＲＡＮＫＬ特異的抗体、ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディ、およびオステオプロテゲリンからなる群より選択される、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記ＲＡＮＫＬ特異的抗体が、デノスマブである、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記ビスホスホネートが、ゾレドロン酸である、項目６に記載の方法。
（項目１０）
目的の遺伝子の発現レベルの前記定量が、前記遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、または前記ｍＲＮＡのフラグメント、前記遺伝子の相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）、または前記ｃＤＮＡのフラグメントを定量する工程を含む、項目１〜９のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
前記発現レベルが、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、またはＤＮＡもしくはＲＮＡアレイ、またはヌクレオチドハイブリダイゼーション技術によって定量される、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
目的の遺伝子の発現レベルの前記定量が、前記遺伝子によってコードされるタンパク質またはそのバリアントのレベルを定量する工程を含む、項目１〜１０のいずれかに記載の方法。
（項目１３）
前記タンパク質のレベルが、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学またはタンパク質アレイによって定量される、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
がんの被験体における転移を診断するため、および／またはがんの被験体における転移を起こす傾向の予後診断のためのインビトロでの方法であって、前記方法は、前記被験体の腫瘍サンプル中の目的の遺伝子が、参照遺伝子コピー数と比べて増幅されているかを決定する工程を含み、ここで、前記参照遺伝子コピー数についての前記目的の遺伝子の増幅は、転移の存在または転移を起こす上昇したリスクの指標となる、インビトロでの方法。
（項目１５）
前記目的の遺伝子の増幅が、遺伝子座１６ｑ２２−ｑ２４の増幅を決定することによって決定される、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記目的の遺伝子の増幅が、ｃ−ＭＡＦ遺伝子特異的プローブを使用することによって決定される、項目１４または１５に記載の方法。
（項目１７）
前記参照遺伝子コピー数が、転移に罹患していない被験体由来のがんの腫瘍組織サンプルの遺伝子コピー数である、項目１４〜１６のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記増幅が、インサイチュハイブリダイゼーションまたはＰＣＲによって決定される、項目１４〜１７のいずれかに記載の方法。
（項目１９）
前記転移が骨転移である、項目１４〜１８のいずれかに記載の方法。
（項目２０）
前記骨転移が骨溶解性転移である、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
がんからの骨転移を処置および／または予防するための医薬品の調製における、目的の遺伝子のための阻害剤の使用。
（項目２２）
前記目的の遺伝子のための阻害剤が、ｃ−ＭＡＦ特異的ｓｉＲＮＡ、ｃ−ＭＡＦ特異的アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｃ−ＭＡＦ特異的リボザイム、ｃ−ＭＡＦ阻害性抗体もしくはナノボディ、ドミナントネガティブｃ−ＭＡＦバリアント、表１もしくは表２の化合物、ｃ−ＭＡＦ特異的小分子、ｃ−ＭＡＦ特異的抗体、ｃ−ＭＡＦ特異的抗体様分子、ｃ−ＭＡＦ特異的な構造的に制約された（環状の）ペプチド、ｃ−ＭＡＦ特異的ステープルドペプチド、またはｃ−ＭＡＦ特異的アルファボディからなる群より選択される、項目２１に記載の使用。
（項目２３）
がんに罹患しており、かつコントロールサンプルと比較して転移性腫瘍サンプルにおける目的の遺伝子の発現レベルが上昇している被験体において、骨転移の処置のための医薬品の調製における、骨分解を予防または阻害することが可能である薬剤の使用。
（項目２４）
骨分解を回避または予防することが可能である前記薬剤が、ビスホスホネート、ＲＡＮＫＬインヒビター、ＰＴＨ、ＰＴＨＬＨインヒビター（中和抗体およびペプチドを含む）、ＰＲＧアナログ、ラネル酸ストロンチウム、ＤＫＫ−１インヒビター、ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビター、エストロゲンレセプター調節因子、ＥＧＦＲインヒビター、カルシトニン、ラジウム２２３、ＣＣＲ５アンタゴニスト、Ｓｒｃキナーゼインヒビター、ＣＯＸ−２インヒビター、ｍＴｏｒインヒビター、およびカテプシンＫインヒビターからなる群より選択される、項目２３に記載の使用。
（項目２５）
前記ＲＡＮＫＬインヒビターが、ＲＡＮＫＬ特異的抗体、ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディ、およびオステオプロテゲリンからなる群より選択される、項目２４に記載の使用。
（項目２６）
前記ＲＡＮＫＬ特異的抗体が、デノスマブである、項目２５に記載の使用。
（項目２７）
前記ビスホスホネートが、ゾレドロン酸である、項目２４に記載の使用。
（項目２８）
前記骨転移が骨溶解性転移である、項目２４〜２７のいずれかに記載の使用。
（項目２９）
がんに罹患している被験体における前記がんの骨転移を予測するためのキットであって、前記キットは：ａ）前記被験体の腫瘍サンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを定量するための手段；およびｂ）前記サンプル中の定量されたレベルの目的の遺伝子の発現レベルを参照のｃ−ＭＡＦの発現レベルと比較するための手段を備える、キット。
（項目３０）
がんに罹患している被験体のサンプルをタイプ分けするためのインビトロでの方法であって、前記方法は：
ａ）前記被験体からサンプルを提供する工程；
ｂ）前記サンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを定量する工程；
ｃ）定量された目的の遺伝子の発現レベルを目的の遺伝子の発現の所定の参照レベルと比較することによって前記サンプルをタイプ分けする工程；
を含み、ここで、前記タイプ分けする工程は、前記被験体における骨転移のリスクに関する予後情報を提供する、インビトロでの方法。
（項目３１）
がんに罹患している被験体における骨転移のリスクを予防するか、阻害するか、または減少させるための方法であって、前記方法は、骨転移を予防するかまたは減少させる薬剤を前記被験体に投与する工程を含み、ここで、前記薬剤は、前記被験体における目的の遺伝子の発現レベルの定量から決定された処置レジメンに従って投与される、方法。
（項目３２）
がんに罹患している被験体をコホートに分類する方法であって、前記方法は、ａ）前記被験体のサンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを決定する工程；ｂ）前記サンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを前記目的の遺伝子の発現の所定の参照レベルと比較する工程；およびｃ）前記サンプル中の前記目的の遺伝子の前記発現レベルに基づいて、前記被験体をコホートに分類する工程を含む、方法。
（項目３３）
前記ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディが、ＡＬＸ−０１４１である、項目６に記載の方法。
（項目３４）
前記ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビターが、カボザンチニブである、項目６に記載の方法。
（項目３５）
前記ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディが、ＡＬＸ−９１４１である、項目２４に記載の使用。
（項目３６）
前記ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲ２の二重インヒビターが、カボザンチニブである、項目２４に記載の使用。
（項目３７）
前記遺伝子特異的プローブが、Ｖｙｓｉｓ  ＬＳＩ／ＩＧＨ  ＭＡＦ  Ｄｕａｌ  Ｃｏｌｏｒ  Ｄｕａｌ  Ｆｕｓｉｏｎ  Ｐｒｏｂｅである、項目１６に記載の方法。
（項目３８）
がんに罹患している被験体に対する治療を決定するためのキットであって、前記キットは：ａ）前記被験体のサンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを定量するための手段；ｂ）前記サンプル中の定量されたｃ−ＭＡＦの発現レベルを前記目的の遺伝子の参照発現レベルと比較するための手段；ならびにｃ）定量された前記発現レベルと前記参照発現レベルとの比較に基づいて、前記被験体において骨転移を予防するため、阻害するため、および／または減少させるための治療を決定するための手段を備える、キット。
（項目３９）
ｉ）がんに罹患している被験体のサンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを定量するための試薬、およびｉｉ）骨転移のリスクと相関するように予め決定されている１つまたは複数のｃ−ＭＡＦ遺伝子の発現レベル指標を備える、キット。
（項目４０）
発現を定量するための前記手段が、前記目的の遺伝子、１６ｑ２３遺伝子座または１６ｑ２２−１６ｑ２４染色体領域に特異的に結合および／またはこれを増幅するプローブおよび／またはプライマーのセットを含む、項目３８または３９に記載のキット。
（項目４１）
がんに罹患している被験体のサンプルをタイプ分けするためのインビトロでの方法であって、前記方法は：
（ｉ）前記被験体から腫瘍サンプルを提供する工程；
（ｉｉ）前記サンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを定量する工程；
（ｉｉｉ）定量された目的の遺伝子の発現レベルを目的の遺伝子の発現の所定の参照レベルと比較することによって前記サンプルをタイプ分けする工程；
を含み、ここで、前記タイプ分けする工程は、前記被験体における骨転移のリスクに関する予後情報を提供する、インビトロでの方法。
（項目４２）
がんに罹患している被験体における骨転移のリスクを予防するため、阻害するため、または減少させるための方法であって、前記方法は、骨転移を予防するかまたは減少させる薬剤を前記被験体に投与するかまたは投与しない工程を含み、ここで、前記薬剤は、前記被験体における目的の遺伝子の発現レベルの定量から少なくとも部分的に決定された処置レジメンに従って投与される、方法。
（項目４３）
がんに罹患している被験体をコホートに分類する方法であって、前記方法は、ａ）前記被験体のサンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを決定する工程；ｂ）前記サンプル中の目的の遺伝子の発現レベルを目的の遺伝子の発現の所定の参照レベルと比較する工程；およびｃ）前記サンプル中の前記目的の遺伝子の前記発現レベルに基づいて、前記被験体をコホートに分類する工程を含む、方法。
（項目４４）
前記コホートが、前記参照発現レベルと比較して、匹敵する目的の遺伝子の発現レベルを有すると決定された少なくとも１つの他の個体を含む、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
前記サンプル中の目的の遺伝子の前記発現レベルが、前記所定の参照レベルと比べて上昇しており、前記コホートのメンバーが、骨転移の上昇したリスクを有すると分類される、項目４３または４４に記載の方法。
（項目４６）
前記コホートが、臨床試験を行うためのコホートである、項目４３〜４５のいずれかに記載の方法。
（項目４７）
がんに罹患している被験体における前記がんの骨転移を予測するためのインビトロでの方法であって、前記方法は、前記被験体のサンプル中の目的の遺伝子が、転座しているかを決定する工程を含み、ここで前記目的の遺伝子の転座が骨転移の上昇したリスクの指標となる、インビトロでの方法。
（項目４８）
骨転移を伴うがんを有する被験体のために個別化治療を設計するためのインビトロでの方法であって、前記方法は、前記被験体のサンプル中の目的の遺伝子が、参照遺伝子コピー数と比べて増幅されているかを決定する工程を含み、ここで、前記参照遺伝子コピー数についての前記目的の遺伝子の増幅は、前記被験体が骨分解を予防または阻害するために意図される治療を受けるための候補であることを示す、インビトロでの方法。
（項目４９）
骨分解を予防または阻害するために意図される前記治療が、ビスホスホネート、ＲＡＮＫＬインヒビター、ＰＴＨ、ＰＴＨＬＨインヒビター（中和抗体およびペプチドを含む）、ＰＲＧアナログ、ラネル酸ストロンチウム、ＤＫＫ−１インヒビター、ＭＥＴおよびＶＥＧＦＲの二重インヒビター、エストロゲンレセプター調節因子、カルシトニン、ラジウム２２３、ＣＣＲ５アンタゴニスト、Ｓｒｃキナーゼインヒビター、ＣＯＸ−２インヒビター、ｍＴｏｒインヒビター、およびカテプシンＫインヒビターからなる群より選択される、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記ＲＡＮＫＬインヒビターが、ＲＡＮＫＬ特異的抗体、ＲＡＮＫＬ特異的ナノボディ、およびオステオプロテゲリンからなる群より選択される、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記ＲＡＮＫＬ特異的抗体が、デノスマブである、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記ビスホスホネートが、ゾレドロン酸である、項目４９に記載の方法。
（項目５３）
発現を定量するための前記手段が、前記目的の遺伝子、１６ｑ２３遺伝子座または１６ｑ２２−１６ｑ２４染色体領域に特異的に結合および／またはこれを増幅するプローブおよび／またはプライマーのセットを含む、項目２３〜２８のいずれかに記載の方法。
（項目５４）
発現を定量するための前記手段が、前記目的の遺伝子、１６ｑ２３遺伝子座または１６ｑ２２−１６ｑ２４染色体領域に特異的に結合および／またはこれを増幅するプローブおよび／またはプライマーのセットを含む、項目２９〜３２のいずれかに記載の方法。
（項目５５）
発現を定量するための前記手段が、ｃ−ＭＡＦ遺伝子、１６ｑ２３遺伝子座または１６ｑ２２−１６ｑ２４染色体領域に特異的に結合および／またはこれを増幅するプローブおよび／またはプライマーのセットを含む、項目４１〜４７のいずれかに記載の方法。
（項目５６）
前記目的の遺伝子がＭＡＦ、ＶＡＴ１Ｌ、ＣＬＥＣ３Ａ、ＷＷＯＸ、または５ｓＲＮＡである、項目１〜２０、３０〜３４、３７、および４１〜５５のいずれか１項に記載の方法、または項目２１〜２８もしくは３５〜３６のいずれか１項に記載の使用。
（項目５７）
前記目的の遺伝子がＭＡＦである、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記目的の遺伝子がＶＡＴ１Ｌである、項目５６に記載の方法。
（項目５９）
前記目的の遺伝子がＣＬＥＣ３Ａである、項目５６に記載の方法。
（項目６０）
前記目的の遺伝子がＷＷＯＸである、項目５６に記載の方法。
（項目６１）
前記目的の遺伝子が５ｓＲＮＡである、項目５６に記載の方法。
（項目６２）
前記目的の遺伝子がＭＡＦ、ＶＡＴ１Ｌ、ＣＬＥＣ３Ａ、ＷＷＯＸ、または５ｓＲＮＡである、項目２９または３８〜４０のいずれか１項に記載のキット。
（項目６３）
前記目的の遺伝子がＭＡＦである、項目６２に記載のキット。
（項目６４）
前記目的の遺伝子がＶＡＴ１Ｌである、項目６２に記載のキット。
（項目６５）
前記目的の遺伝子がＣＬＥＣ３Ａである、項目６２に記載のキット。
（項目６６）
前記目的の遺伝子がＷＷＯＸである、項目６２に記載のキット。
（項目６７）
前記目的の遺伝子が５ｓＲＮＡである、項目６２に記載のキット。
（項目６８）
前記がんが、乳がん、前立腺がん、肺がん、甲状腺がん、または腎細胞癌腫である、項目１〜２０、３０〜３４、３７および４１〜５５のいずれか１項に記載の方法、または項目２１〜２８および３５〜３６に記載の使用。
（項目６９）
前記がんが、乳がん、前立腺がん、肺がん、甲状腺がん、または腎細胞癌腫である、項目２９または３８〜４０のいずれかに記載のキット。