【手続補正書】
【提出日】平成29年4月14日(2017.4.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプルボリュームのサブセットを選択する方法であって、
（ａ）（ｉ）複数の第１の画定されたボリュームを含む第１の基板と、（ｉｉ）複数の第２の画定されたボリュームを含む第２の基板と、を含む装置を提供する段階であって、該第１の基板が該第２の基板に連結されている、段階と、
（ｂ）前記複数の第１の画定されたボリュームの中にサンプルを分散する段階と、
（ｃ）前記複数の第１の画定されたボリュームのそれぞれを、前記複数の第２の画定されたボリュームの１つと流体接触させて、複数の組み合わされたボリュームを形成する段階と、
（ｄ）前記複数の組み合わされたボリュームを、複数の第１の娘ボリュームおよび複数の合致した第２の娘ボリュームを含む、合致した娘ボリュームの複数のペアに分割する段階と、
（ｅ）前記複数の第１の娘ボリュームに基づいて、１または複数の分析を行う段階と、
（ｆ）前記分析に基づいて、前記複数の合致した第２の娘ボリュームのサブセットを選択する段階と、
を含む方法。
【請求項２】
前記１または複数の分析が、前記サンプルの破壊的または消費的分析である、請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記サンプルが細胞を含む、請求項１記載の方法。
【請求項４】
前記サンプルが細菌細胞を含む、請求項１記載の方法。
【請求項５】
前記サンプルが複数の種の細胞を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記複数のボリュームで前記細胞を培養する段階をさらに含む、請求項３記載の方法。
【請求項７】
前記複数の第１の画定されたボリュームの中にサンプルを分散する段階が、細胞を確率的に閉じ込める段階を含む、請求項１記載の方法。
【請求項８】
前記サンプルがゲル化剤を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記複数の第１の画定されたボリュームのそれぞれを、前記複数の第２の画定されたボリュームの１つと流体接触させる前に、前記複数の第２のボリュームにゲル化剤を分散する段階をさらに含む、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
前記複数の組み合わされたボリュームを分割する段階が、第２の基板から第１の基板を切り離す段階を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１１】
前記細胞を確率的に閉じ込める段階が、第１の基板を第２の基板に対して作動させる段階を含む、請求項７記載の方法。
【請求項１２】
前記複数の組み合わされたボリュームを分割する段階が、第１の基板を第２の基板に対して作動させる段階を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１３】
前記分割が、前記ボリュームにポンプ力を適用することなく行われる、請求項１記載の方法。
【請求項１４】
前記１または複数の分析が、遺伝子アッセイを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１５】
前記１または複数の分析が、機能的アッセイを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１６】
前記試料が、ウイルスを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１７】
前記試料が、核酸を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１８】
前記試料が、抗生物質を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１９】
前記試料が、化学療法剤を含む、請求項１記載の方法。
【請求項２０】
前記試料が、成長培地を含む、請求項１記載の方法。
【請求項２１】
前記試料が、成長因子を含む、請求項１記載の方法。
【請求項２２】
前記試料が、阻害剤を含む、請求項１記載の方法。
【請求項２３】
前記複数の第１の娘ボリュームに基づいて１または複数の分析を行う段階が、１または複数の細胞を分析する段階を含む、請求項３記載の方法。
【請求項２４】
サンプル処理の方法であって、
（ａ）１または複数の細胞を含む第１のサンプルを、第１の基板の１または複数の第１の画定されたボリュームに装填する段階と、
（ｂ）前記１または複数の第１の画定されたボリュームを、前記第１の基板に連結された第２の基板の１または複数の第２の画定されたボリュームと流体接触させる段階と、
（ｃ）前記１または複数の第１の画定されたボリュームの内容物を、前記１または複数の第２の画定されたボリュームの内容物と混合して、それにより１又は複数の細胞を含む混合サンプルを生産する段階と、
（ｄ）前記１または複数の第１の画定されたボリュームを、前記１または複数の第２の画定されたボリュームから分離する段階であって、前記混合サンプルの第１の部分が前記１または複数の第１の画定されたボリュームに含まれ、前記混合サンプルの第２の部分が前記１または複数の第２の画定されたボリュームに含まれ、ここで前記第１の基板は前記第２の基板に連結されたままである、段階と、
（ｅ）前記混合サンプルの第１の部分の中の１または複数の細胞に基づいて、少なくとも１つの分析を行う段階と、
（ｆ）前記少なくとも１つの分析に基づいて、前記混合サンプルの第２の部分の中の１または複数の細胞を保存するか否かを決定する段階と、
を含む方法。
【請求項２５】
前記１または複数の第１の画定されたボリュームが、複数のボリュームを含む、請求項２４記載の方法。
【請求項２６】
前記１または複数の第２の画定されたボリュームが、複数のボリュームを含む、請求項２４記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
いくつかの実施形態では、本方法は、ａ）複数の画定されたボリュームを提供することであって、該複数の画定されたボリュームの各々は、複数のサンプルのうちの１つを含む、ことと、ｂ）該複数のサンプルに一式の条件を受けさせることと、ｃ）該複数のサンプルに対してプロセスを行うことと、ｄ）該複数の画定されたボリュームから共有コンテナに該複数のサンプルを移送し、それによって、プールされたサンプルを作成することと、ｅ）該プールされたサンプルに対して分析を行うことと、ｆ）該分析から、該一式の条件が該プロセスを可能にした程度、または可能にしなかった程度を決定することとを含む。いくつかの実施形態では、該一式の条件は、抗生物質の存在を含む。いくつかの実施形態では、該一式の条件は、化学療法剤の存在を含む。いくつかの実施形態では、該一式の条件は、所与の温度を含む。いくつかの実施形態では、該一式の条件は、所与の大気組成を含む。いくつかの実施形態では、該一式の条件は、所与の有機体の存在を含む。いくつかの実施形態では、該一式の条件は、成長因子の存在を含む。いくつかの実施形態では、該一式の条件は、阻害剤の存在を含む。いくつかの実施形態では、該一式の条件は、栄養素の非存在を含む。いくつかの実施形態では、該プロセスは、細胞成長を含む。いくつかの実施形態では、該プロセスは、核酸増幅を含む。いくつかの実施形態では、該分析は、遺伝的アッセイを含む。いくつかの実施形態では、該分析は、機能的アッセイを含む。いくつかの実施形態では、該分析は、乳腺炎に関連付けられている有機体の検出を含む。いくつかの実施形態では、該分析は、ＩＢＤに関連付けられている有機体の検出を含む。いくつかの実施形態では、該分析は、硫酸還元に関連付けられている有機体の検出を含む。いくつかの実施形態では、該分析は、プロバイオティクスとして有用な有機体の検出を含む。
以下に、本発明の基本的な諸特徴および種々の態様を列挙する。
［１］
（ａ）第１の画定されたボリュームを備えている基板を提供することであって、前記第１の画定されたボリュームは、第１のサンプルを備え、前記第１のボリュームは、第２の基板によって覆われている、ことと、
（ｂ）第２の画定されたボリュームを備えている前記第２の基板を提供することであって、前記第２の画定されたボリュームは、第２のサンプルを備え、前記第２の画定されたボリュームは、前記第１の基板によって覆われている、ことと、
（ｃ）前記第２の基板から前記第１の基板を分離することであって、それによって、前記第２の基板は、前記第１の画定されたボリュームを覆わなくなり、前記第１の基板は、前記第２の画定されたボリュームを覆わなくなる、ことと
を含む、方法。
［２］
前記第１のサンプルは、ゲル化剤を含む、［１］に記載の方法。
［３］
前記第２のサンプルは、ゲル化剤を含む、［１］に記載の方法。
［４］
前記切り離しは、装置上で行われ、前記装置は、前記切り離し中、前記第２の基板に対する前記第１の基板の整列を維持する、［１］に記載の方法。
［５］
前記分離することは、重力によって生じる、［１］に記載の方法。
［６］
前記分離することは、毛細管圧によって生じる、［１］に記載の方法。
［７］
前記分離することは、加えられた力によって生じる、［１］に記載の方法。
［８］
前記分離することは、前記第１の基板および前記第２の基板が液体に浸漬されている間に生じる、［１］に記載の方法。
［９］
（ａ）第１の画定されたボリュームを備えている第１の基板を提供することと、
（ｂ）第２の画定されたボリュームを備えている第２の基板を提供することであって、前記第２の基板は、前記第１の基板に連結されている、ことと、
（ｃ）前記第１の画定されたボリュームの中へサンプルを装填することと、
（ｄ）前記第１の画定されたボリュームの内容物が前記第２の画定されたボリュームに進入することを可能にし、それによって、組み合わされたサンプルを生成することと、
（ｅ）前記第２の基板から前記第１の基板を切り離すことであって、前記組み合わされたサンプルの第１の部分は、前記第１の画定されたボリュームによって含まれたままであり、前記組み合わされたサンプルの第２の部分は、前記第２の画定されたボリュームによって含まれたままである、ことと
を含む、方法。
［１０］
前記切り離すことに先立って、前記第２の画定されたボリュームから前記第１の画定されたボリュームを分離することをさらに含み、前記組み合わされたサンプルの前記第１の部分は、前記第１の画定されたボリュームによって含まれ、前記組み合わされたサンプルの前記第２の部分は、前記第２の画定されたボリュームによって含まれ、前記第１の基板は、前記第２の基板に連結されたままである、［９］に記載の方法。
［１１］
前記第１の画定されたボリュームを前記第２の画定されたボリュームと流体接触させることは、装置上で行われる、［９］に記載の方法。
［１２］
前記切り離すことは、装置上で行われ、前記装置は、前記切り離し中、前記第２の基板に対する前記第１の基板の整列を維持する、［９］に記載の方法。
［１３］
前記切り離すことは、装置上で行われ、前記装置は、前記第１の画定されたボリュームおよび前記第２の画定されたボリュームにインデックスを付けるためのプレートを備えている、［９］に記載の方法。
［１４］
前記切り離すことは、重力によって生じる、［９］に記載の方法。
［１５］
前記切り離すことは、毛細管圧によって生じる、［９］に記載の方法。
［１６］
前記切り離すことは、加えられた力によって生じる、［９］に記載の方法。
［１７］
前記切り離すことは、前記第１の基板および前記第２の基板が液体に浸漬されている間に生じる、［９］に記載の方法。
［１８］
（ａ）第１の画定されたボリュームを備えている第１の基板を提供することと、
（ｂ）第２の画定されたボリュームを備えている第２の基板を提供することであって、前記第２の基板は、前記第１の基板に連結されている、ことと、
（ｃ）前記第１の画定されたボリュームの中へ第１のサンプルを装填することと、
（ｄ）前記第１の画定されたボリュームを前記第２の画定されたボリュームと流体接触させることであって、前記第１の基板は、前記第２の基板に連結されたままである、ことと、
（ｅ）前記第１の画定されたボリュームの内容物を前記第２の画定されたボリュームの内容物と混合し、それによって、混合サンプルを生成することと、
（ｆ）前記第２の画定されたボリュームから前記第１の画定されたボリュームを分離することであって、前記混合サンプルの第１の部分は、前記第１の画定されたボリュームによって含まれ、前記混合サンプルの第２の部分は、前記第２の画定されたボリュームによって含まれ、前記第１の基板は、前記第２の基板に連結されたままである、ことと、
（ｇ）前記第２の基板から前記第１の基板を切り離すことであって、前記混合サンプルの前記第１の部分は、前記第１の画定されたボリュームによって含まれたままであり、前記混合サンプルの前記第２の部分は、前記第２の画定されたボリュームによって含まれたままである、ことと
を含む、方法。
［１９］
前記混合サンプルは、ゲル化剤をさらに含む、［１８］に記載の方法。
［２０］
前記混合することは、拡散を含む、［１８］に記載の方法。
［２１］
前記混合することは、超音波処理を含む、［１８］に記載の方法。
［２２］
前記第１の画定されたボリュームを前記第２の画定されたボリュームと流体接触させることは、装置上で行われる、［１８］に記載の方法。
［２３］
前記切り離すことは、装置上で行われ、前記装置は、前記切り離し中、前記第２の基板に対する前記第１の基板の整列を維持する、［１８］に記載の方法。
［２４］
前記切り離すことは、装置上で行われ、前記装置は、前記切り離し中、前記第２の基板に対する前記第１の基板の整列を維持する、［１８］に記載の方法。
［２５］
前記切り離すことは、重力によって生じる、［１８］に記載の方法。
［２６］
前記切り離すことは、毛細管圧によって生じる、［１８］に記載の方法。
［２７］
前記切り離すことは、加えられた力によって生じる、［１８］に記載の方法。
［２８］
前記切り離すことは、前記第１の基板および前記第２の基板が液体に浸漬されている間に生じる、［１８］に記載の方法。
［２９］
（ａ）第１の画定されたボリュームおよびチャネルを備えている第１の基板と、
（ｂ）第２の画定されたボリュームを備えている第２の基板であって、前記第２の基板は、前記第１の基板に連結されている、第２の基板と、
（ｃ）前記第１の基板と前記第２の基板との間に配置されている非混和性流体層と
を備えている、デバイス。
［３０］
前記チャネルに含まれているガスは、前記非混和性流体層を通した拡散によって、前記第１の画定されたボリュームおよび前記第２の画定されたボリュームに進入する、［２９］に記載のデバイス。
［３１］
前記チャネルに含まれているガスは、前記第１の基板および前記第２の基板を通した拡散によって、前記第１の画定されたボリュームおよび前記第２の画定されたボリュームに進入する、［２９］に記載のデバイス。
［３２］
前記第２の基板は、チャネルをさらに備えている、［２９］に記載のデバイス。
［３３］
前記第１の基板上に配置され、前記第１の基板と前記第２の基板との間に位置付けられている支柱をさらに備えている、［２９］に記載のデバイス。
［３４］
前記第２の基板上に配置され、前記第１の基板と前記第２の基板との間に位置付けられている支柱をさらに備えている、［２９］に記載のデバイス。
［３５］
前記第１の基板および前記第２の基板の温度制御のための手段をさらに備えている、［２９］に記載のデバイス。
［３６］
（ａ）複数の画定されたボリュームの間でサンプルを分散させることと、
（ｂ）本質的に同時に、前記複数の画定されたボリュームを複数の合致したペアの娘ボリュームに分割することであって、前記複数の合致したペアの娘ボリュームは、複数の第１の娘ボリュームと複数の合致した第２の娘ボリュームとを備え、前記分割することは、ポンプ力を前記画定されたボリュームに加えることなく行われる、ことと、
（ｃ）前記複数の前記第１の娘ボリュームに対して少なくとも１つの分析を行うことと、
（ｄ）前記分析に基づいて、前記複数の合致した第２の娘ボリュームのサブセットを選択することと
を含む、方法。
［３７］
前記分析は、遺伝的アッセイを含む、［３６］に記載の方法。
［３８］
前記分析は、機能的アッセイを含む、［３６］に記載の方法。
［３９］
前記サンプルは、細胞を含む、［３６］に記載の方法。
［４０］
前記サンプルは、細菌細胞を含む、［３６］に記載の方法。
［４１］
前記サンプルは、哺乳類細胞を含む、［３６］に記載の方法。
［４２］
前記サンプルは、ウイルスを含む、［３６］に記載の方法。
［４３］
前記サンプルは、核酸を含む、［３６］に記載の方法。
［４４］
前記サンプルは、複数の種の細胞を含む、［３６］に記載の方法。
［４５］
前記サンプルは、抗生物質を含む、［３６］に記載の方法。
［４６］
前記サンプルは、化学療法剤を含む、［３６］に記載の方法。
［４７］
前記サンプルは、成長培地を含む、［３６］に記載の方法。
［４８］
前記サンプルは、成長因子を含む、［３６］に記載の方法。
［４９］
前記サンプルは、阻害剤を含む、［３６］に記載の方法。
［５０］
（ａ）コンテナの中へ流体を装填することと、
（ｂ）前記コンテナ内の開口部をサンプル流体ボリュームと接触させることと、
（ｃ）前記サンプル流体ボリュームが、表面張力によって、前記コンテナ内の前記流体と合併することを可能にし、合併した液体ボリュームを生成することと、
（ｄ）前記コンテナから前記合併した液体ボリュームを放出することと
を含む、方法。
［５１］
デバイスであって、前記デバイスは、
（ａ）アセンブリであって、前記アセンブリは、以下のプロトコル、すなわち、
（ｉ）コンテナの中へ流体を装填することと、
（ｉｉ）前記コンテナ内の開口部をサンプル流体ボリュームと接触させることと、
（ｉｉｉ）前記サンプル流体ボリュームが、表面張力によって、前記コンテナ内の前記流体と合併することを可能にし、合併した液体ボリュームを生成することと、
（ｉｖ）前記コンテナから前記合併した液体ボリュームを放出することと
を自動的に行うことが可能である、アセンブリを備えている、デバイス。
［５２］
前記プロトコルは、並行して複数のサンプル流体ボリュームに対して行われる、［５１］に記載のデバイス。
［５３］
前記プロトコルは、連続して複数のサンプル流体ボリュームに対して行われる、［５１］に記載のデバイス。
［５４］
前記サンプル流体ボリュームの体積は、５マイクロリットル以下である、［５１］に記載のデバイス。
［５５］
前記サンプル流体ボリュームの体積は、１００ナノリットル未満である、［５１］に記載のデバイス。
［５６］
（ａ）複数の画定されたボリュームを提供することであって、前記複数の画定されたボ
リュームの各々は、複数のサンプルのうちの１つを含む、ことと、
（ｂ）前記複数の画定されたボリュームから共有コンテナに前記複数のサンプルを移送し、それによって、プールされたサンプルを作成することと、
（ｃ）前記プールされたサンプルに対して分析を行うことと
を含む、方法。
［５７］
前記複数の画定されたボリュームは、１つの基板によって画定される、［５６］に記載の方法。
［５８］
前記複数の画定されたボリュームは、複数の基板によって画定される、［５６］に記載の方法。
［５９］
前記分析は、遺伝的アッセイを含む、［５６］に記載の方法。
［６０］
前記分析は、機能的アッセイを含む、［５６］に記載の方法。
［６１］
（ａ）複数の画定されたボリュームを提供することであって、前記複数の画定されたボリュームの各々は、複数のサンプルのうちの１つを含む、ことと、
（ｂ）前記複数のサンプルに一式の条件を受けさせることと、
（ｃ）前記複数のサンプルに対してプロセスを行うことと、
（ｄ）前記複数の画定されたボリュームから共有コンテナに前記複数のサンプルを移送し、それによって、プールされたサンプルを作成することと、
（ｅ）前記プールされたサンプルに対して分析を行うことと、
（ｆ）前記分析から、前記一式の条件が前記プロセスを可能にした程度、または可能にしなかった程度を決定することと
を含む、方法。
［６２］
前記一式の条件は、抗生物質の存在を含む、［６１］に記載の方法。
［６３］
前記一式の条件は、化学療法剤の存在を含む、［６１］に記載の方法。
［６４］
前記一式の条件は、所与の温度を含む、［６１］に記載の方法。
［６５］
前記一式の条件は、所与の大気組成を含む、［６１］に記載の方法。
［６６］
前記一式の条件は、所与の有機体の存在を含む、［６１］に記載の方法。
［６７］
前記一式の条件は、成長因子の存在を含む、［６１］に記載の方法。
［６８］
前記一式の条件は、阻害剤の存在を含む、［６１］に記載の方法。
［６９］
前記一式の条件は、栄養素の非存在を含む、［６１］に記載の方法。
［７０］
前記プロセスは、細胞成長を含む、［６１］に記載の方法。
［７１］
前記プロセスは、核酸増幅を含む、［６１］に記載の方法。
［７２］
前記分析は、遺伝的アッセイを含む、［６１］に記載の方法。
［７３］
前記分析は、機能的アッセイを含む、［６１］に記載の方法。
［７４］
前記分析は、乳腺炎に関連付けられている有機体の検出を含む、［６１］に記載の方法。
［７５］
前記分析は、ＩＢＤに関連付けられている有機体の検出を含む、［６１］に記載の方法。
［７６］
前記分析は、硫酸還元に関連付けられている有機体の検出を含む、［６１］に記載の方法。
［７７］
前記分析は、プロバイオティクスとして有用な有機体の検出を含む、［６１］に記載の方法。