【手続補正書】
【提出日】平成28年11月16日(2016.11.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体における侵攻性の前立腺癌（ＰＣａ）の存在または不存在を判定するための、冗長的に設計されたデータ組み合わせに基づく方法であって、下記ステップを含んでなる方法：
１．前記個体からの少なくとも１つの生物学的サンプルを用意し；
２．前記生物学的サンプルにおいて、
ａ．ＰＣａバイオマーカーのカテゴリーを、少なくとも３つのカリクレイン様ＰＣａバイオマーカーの存在または濃度を測定することにより解析し；
ｂ．ＰＣａに関連するＳＮＰ（ＳＮＰｐｃ）のカテゴリーを、前記ＳＮＰｐｃカテゴリーの少なくとも８０のＳＮＰｐｃのそれぞれの存在または不存在を測定することにより解析し；
３．前記少なくとも３つのカリクレイン様ＰＣａバイオマーカーに関するデータを組み合わせて、ＰＣａバイオマーカー関連のＰＣａ発症リスクを表すバイオマーカー複合値を形成し、ここで、該方法は、前記少なくとも３つのＰＣａバイオマーカーのバイオマーカー複合値の形成の際、前記ＰＣａバイオマーカーの少なくとも１つ、例えば前記ＰＣａバイオマーカーの１つまたは２つのサブセットの無視を許容し；
４．前記ＳＮＰｐｃカテゴリーに関するデータを組み合わせて、ＳＮＰｐｃ関連のＰＣａ発症リスクを表すＳＮＰｐｃ複合値を形成し、ここで、該方法は、ＳＮＰｐｃ複合値の形成の際、ＳＮＰｐｃカテゴリーのＳＮＰｐｃの約１０〜３０％、例えば１５％、２０％または３０％のサブセットの無視を許容し；
５．前記バイオマーカー複合値および前記ＳＮＰｐｃ複合値を組み合わせて、総複合値を形成し；
６．前記総複合値を、侵攻性ＰＣａの存在および不存在がわかっているコントロールサンプルを用いて確立された、予め定められたカットオフ値と比較することにより、前記個体における侵攻性ＰＣａの存在または不存在に関連付ける。
【請求項２】
ステップ２（ａ）が、少なくとも部分的に冗長なカリクレイン様ＰＣａバイオマーカーの存在または濃度を測定することを含んでなり、ここで、ＰＣａバイオマーカーの少なくとも１つ、例えば２つが、（i）ＰＳＡ、（ii）総ＰＳＡ（ｔＰＳＡ）、（iii）インタクトＰＳＡ（ｉＰＳＡ）、（iv）遊離ＰＳＡ（ｆＰＳＡ）、および（v）ｈＫ２からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記バイオマーカー複合値の形成の際、ＰＣａバイオマーカーカテゴリーの前記ＰＣａバイオマーカー（i）〜（v）の少なくとも１つのサブセット、例えば前記ＰＣａバイオマーカー（i）〜（v）の１つ、２つ、３つまたは４つのサブセットの無視を許容する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＰＣａバイオマーカーカテゴリーに関するデータを、予め定められた式にしたがって組み合わせて、前記バイオマーカー複合値を形成する、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
前記ＳＮＰｐｃカテゴリーに関するデータを、予め定められた式にしたがって組み合わせて、前記ＳＮＰｐｃ複合値を形成する、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
前記バイオマーカー複合値および前記ＳＮＰｐｃ複合値を、予め定められた式にしたがって組み合わせて、前記総複合値を形成する、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
前記総複合値がカットオフ値を上回る場合に、個体に生検を勧めるステップをさらに含む、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記総複合値がカットオフ値を上回る場合に、個体に、食習慣の変更、体重の減量、ＢＭＩ値３０未満の達成、定期的な運動、および／または禁煙を勧めるステップをさらに含む、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも８０のＳＮＰが、657del5, rs10086908, rs1016343, rs10187424, rs1041449, rs10486567, rs1054564, rs10875943, rs10896449, rs10934853, rs10993994, rs11067228, rs11135910, rs11228565, rs11568818, rs11649743, rs11650494, rs11672691, rs11704416, rs12130132, rs12409639, rs12418451, rs12500426, rs12543663, rs12621278, rs12653946, rs1270884, rs130067, rs13252298, rs13385191, rs1354774, rs1363120, rs137853007, rs138213197, rs1447295, rs1465618, rs1512268, rs1571801, rs16901979, rs16902094, rs17021918, rs17632542, rs17879961, rs1859962, rs1894292, rs1933488, rs1983891, rs2018334, rs2121875, rs2242652, rs2273669, rs2292884, rs2405942, rs2660753, rs2735839, rs2736098, rs2928679, rs3213764, rs339331, rs3771570, rs3850699, rs3863641, rs401681, rs4245739, rs4430796, rs445114, rs4643253, rs4857841, rs4962416, rs5759167, rs5919432, rs5945619, rs6062509, rs620861, rs6465657, rs6763931, rs684232, rs6869841, rs6983267, rs6983561, rs7127900, rs7210100, rs721048, rs7241993, rs7611694, rs7679673, rs7931342, rs8008270, rs8102476, rs888663, rs902774, rs9364554, rs9600079, およびrs9623117からなる群から選択される、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも８０のＳＮＰが、rs582598, rs439378, rs2207790, rs1046011, rs10458360, rs7525167, rs10489871, rs7529518, rs4245739, rs4512641, rs10178804, rs11900952, rs1873555, rs10191478, rs6755901, rs6545962, rs721048, rs2710647, rs12612891, rs2028900, rs1009, rs12233245, rs6760417, rs10496470, rs10199796, rs12475433, rs16860513, rs12151618, rs3765065, rs13017302, rs12988652, rs871688, rs749264, rs3771570, rs4346531, rs6770955, rs12637074, rs2660753, rs13319878, rs6437715, rs2162185, rs1515542, rs2270785, rs9830294, rs1439024, rs6762443, rs888507, rs6794467, rs12490248, rs1477886, rs4833103, rs3796547, rs17779822, rs2366711, rs16849146, rs1894292, rs12640320, rs3805284, rs12500426, rs4699312, rs17021918, rs7679673, rs2047408, rs2647262, rs12506850, rs7658048, rs2078277, rs12505546, rs13113975, rs4246742,  rs2736098, rs401681, rs11134144, rs10060513, rs40485, rs2087724, rs1482679, rs16901841, rs1295683, rs2070874, rs7752029, rs2018334, rs9358913, rs1140809, rs409558, rs3096702, rs9267911, rs2025645, rs9359428, rs6569371, rs2813532, rs1933488, rs712242, rs6934898, rs9456490, rs651164, rs3120137, rs9364554, rs9457937, rs10486562, rs10807843, rs7801918, rs6962297, rs2465796, rs6957416, rs7777631, rs2272316, rs6961773, rs2132276, rs13265330, rs16887736, rs2911756, rs2272668, rs2339654, rs1380862, rs9297746, rs12543663, rs10086908, rs16901922, rs1016343, rs17832285, rs16901979, rs4871779, rs10107982, rs16902094, rs620861, rs17467139, rs6983267, rs9297756, rs10094059, rs7818556, rs1992833, rs986472, rs12552397, rs4273907, rs4237185, rs753032, rs11253002, rs2386841, rs10795841, rs10508422, rs7075945, rs10508678, rs539357, rs10826398, rs3818714, rs7090755, rs10993994, rs4382847, rs1891158, rs10887926, rs10788160, rs6579002, rs10832514, rs7358335, rs1944047, rs3019779, rs10896437, rs12793759, rs7106762, rs7102758, rs2449600, rs585197, rs2509867, rs11568818, rs7125415, rs11601037, rs11222496, rs4570588, rs6489721, rs3213764, rs17395631, rs4423250, rs11168936, rs10875943, rs3759129, rs902774, rs1827611, rs4760442, rs11610799, rs6539333, rs11067228, rs7485441, rs6489794, rs4119478, rs17070292, rs2293710, rs17256058, rs1950198, rs2331780, rs7141529, rs12880777, rs17123359, rs785437, rs524908, rs12903579, rs7178085, rs7164364, rs896615, rs11634741, rs9972541, rs12594014, rs11631109, rs1558902, rs8044335, rs2738571, rs885479, rs385894, rs684232, rs4925094, rs17138478, rs11649743, rs2107131, rs7213769, rs12946864, rs306801, rs138213197, rs1863610, rs17224342, rs9911515, rs12947919, rs966304, rs17744022, rs7234917, rs1943821, rs2227270, rs1363120, rs888663, rs1227732, rs1054564, rs4806120, rs11672691, rs758643, rs3745233, rs6509345, rs2659051, rs2735839, rs1354774, rs2691274, rs6090461, rs2297434, rs6062509, rs2315654, rs2823118, rs2838053, rs398146, rs16988279, rs2269640, rs4822763, rs132774, rs747745, rs5978944, rs6530238, rs5934705, rs5935063, rs4830488, rs17318620, rs5945619, rs5945637, rs11091768, rs2473057, rs5918762, rs4844228,  rs6625760 および６rs17324573からなる群から選択される、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
ＰＣａに関する家族歴、治療歴、および身体データを前記個体から収集することさらに含み、ここで、前記家族歴、治療歴、および／または身体データは、前記総複合値を形成する組み合わせデータに含められる、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
付加的なＰＣａバイオマーカーカテゴリーを、前記付加的バイオマーカーカテゴリーの複数のＰＣａバイオマーカーの１つまたはそれぞれの存在または濃度を測定することにより解析し；前記付加的ＰＣａバイオマーカーカテゴリーに関するデータを組み合わせて前記付加的ＰＣａバイオマーカーカテゴリーの付加的バイオマーカー複合値を形成し；前記付加的バイオマーカー複合値を前記総複合値に組み込むことをさらに含み；ここで、前記付加的バイオマーカー複合値を形成するデータの組み合わせは冗長的に設計され、前記付加的ＰＣａバイオマーカーカテゴリーは１つを超えるＰＣａバイオマーカーを含み、好ましくは前記付加的ＰＣａバイオマーカーカテゴリーは、バイオマーカーＭＩＣ−１および場合により他のＭＩＣ−１関連バイオマーカー、またはバイオマーカーＭＳＭＢおよび場合により他のＭＳＭＢ関連バイオマーカーを含む、請求項２〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記個体が２５を超えるＢＭＩ値を有する、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記ＰＣａバイオマーカーの存在または濃度の測定を、マイクロアレイ技術を用いて行う、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
アッセイ装置であって、少なくとも２つの異なるカテゴリーのリガンドが固定された固相を含んでなり、ここで、
- 前記リガンドの第１のカテゴリーは、少なくとも３つのカリクレイン様ＰＣａバイオマーカーに特異的に結合し、ＰＳＡ、ｉＰＳＡ、ｔＰＳＡ、ｆＰＳＡおよびｈＫ２の少なくとも１つを含む複数の異なるカリクレイン様ＰＣａバイオマーカーならびに場合によりＭＳＭＢおよび／またはＭＩＣ−１、のそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含み；
- 前記リガンドの第２のカテゴリーは、少なくとも８０のＳＮＰに特異的に結合し、前記ＳＮＰのそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含み、ここで、前記ＳＮＰは、請求項９または１０に記載されるＳＮＰのリストから選択される、
アッセイ装置。
【請求項１６】
試験キットであって、請求項１５に記載のアッセイ装置、および少なくとも２つのカテゴリーの検出分子を含んでなり、ここで、
- 前記検出分子の第１のカテゴリーは、ＰＳＡ、ｉＰＳＡ、ｔＰＳＡ、ｆＰＳＡおよびｈＫ２の少なくとも１つを含む少なくとも３つのカリクレイン様ＰＣａバイオマーカー、および場合によりＭＳＭＢおよび／またはＭＩＣ−１を検出することができ；
- 前記検出分子の第２のカテゴリーは、少なくとも８０のＳＮＰを検出することができ、ここで、前記ＳＮＰは、請求項９または１０に記載されるＳＮＰのリストから選択される、
試験キット。
【請求項１７】
少なくとも請求項１に記載されるステップ３、４および５、例えば請求項１に記載されるステップ１〜６を行うためのソフトウェアコード手段を含んでなる、デジタルコンピューターの内部メモリに直接ロード可能なコンピュータープログラムプロダクト。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５９】
用語「カリクレイン様バイオマーカー」は、カリクレインファミリーのタンパク質に属するかまたはそれに関連するタンパク質バイオマーカーを意味し、それには、遊離形態または複合体化形態の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、プロＰＳＡ（一群のＰＳＡアイソフォーム）、特に欠失型（−２）プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、およびヒトカリクレイン２（本願において、ｈＫ２またはＨＫ２またはｈｋ２と略される）が包含されるが、それに限定されない。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７７】
ａＰＣａ診断に適当なバイオマーカーは、遊離形態または複合体化形態の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、プロＰＳＡ（一群のＰＳＡアイソフォーム）、特に欠失型（−２）プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、ヒトカリクレイン２（ｈＫ２）、早期前立腺癌抗原（early prostate cancer antigen（ＥＰＣＡ））、前立腺分泌タンパク質（ＰＳＰ９４；beta-microseminoproteinおよびＭＳＭＢとしても知られる）、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼπ（ＧＳＴＰ１）、およびα−メチルアシルＣｏＡラセマーゼ（ＡＭＡＣＲ）を包含するが、それに限定されない。本発明の方法の診断精度を向上するのに有用でありうる関連バイオマーカーには、マクロファージ抑制サイトカイン１（Macrophage Inhibitory Cytokine 1）（ＭＩＣ−１；ＧＤＦ−１５としても知られる）がある。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８４】
ＰＣａ関連のバイオマーカー、例えば遊離形態または複合体化形態の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、プロＰＳＡ（一群のＰＳＡアイソフォーム）、特に欠失型（−２）プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、ヒトカリクレイン２（ｈＫ２）、早期前立腺癌抗原（early prostate cancer antigen（ＥＰＣＡ））、前立腺分泌タンパク質（ＰＳＰ９４；beta-microseminoproteinおよびＭＳＭＢとしても知られる）、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼπ（ＧＳＴＰ１）、α−メチルアシルＣｏＡラセマーゼ（ＡＭＡＣＲ）、およびマクロファージ抑制サイトカイン１（Macrophage Inhibitory Cytokine 1）（ＭＩＣ−１；ＧＤＦ−１５としても知られる）の濃度または発現レベルに関連するＳＮＰを含むパラメータカテゴリーを、「ＰＣａバイオマーカー濃度に関連するＳＮＰ」または「ＰＣａバイオマーカー発現レベルに関連するＳＮＰ」と定義することが可能である。このカテゴリーのメンバーのサブセットは、予測モデルにおいて、該カテゴリーを代表するのに十分でありうる。