【手続補正書】
【提出日】平成29年11月13日(2017.11.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
改変Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株またはその誘導体であって、
（ａ）ｒｐｈ遺伝子内の天然の−１フレームシフト突然変異を補完する突然変異の導入により、またはｒｐｈ遺伝子の欠失により、非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株と比べてオロチン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ活性を増強し、
（ｂ）ｉｌｖＧ遺伝子における天然の−２フレームシフト突然変異を補完する突然変異の導入によって活性アセトヒドロキシ酸シンターゼＩＩを産生し、
（ｃ）ｉｃｌＲ遺伝子およびａｒｐＡ遺伝子のすべてまたは一部の欠失によって非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株と比べてｉｃｌＲおよびａｒｐＡ遺伝子産物の発現を低減する
ように改変されている、改変Ｅ．  ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株またはその誘導体。
【請求項２】
機能的なｒｅｃＡ（ｂ２６９９）遺伝子を欠く、請求項１に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株。
【請求項３】
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株ＭＧ１６５５、Ｗ３１１０、ＤＨ１、ＤＨ１０Ｂ、ＤＨ５α、Ｉｎｖα、Ｔｏｐ１０、Ｔｏｐ１０Ｆ、ＪＭ１０３、ＪＭ１０５、ＪＭ１０９、ＭＣ１０６１、ＭＣ４１００、ＸＬ１−Ｂｌｕｅ、ＥＣ１００、ＢＷ２９５２、およびＥＣ３００からなる群から選択される、請求項１または２に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
【請求項４】
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株ＭＧ１６５５またはＷ３１１０である、請求項３に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
【請求項５】
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、Ｅ．ｃｏｌｉ株ＭＧ１６５５より約２％〜約４０％小さい、好ましくは約５％〜約３０％小さいように遺伝子操作されたゲノムを有する低減ゲノムＥ．ｃｏｌｉ細菌である、請求項１または２に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
【請求項６】
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、少なくとも以下のＤＮＡセグメント：Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株ＭＧ１６５５のｂ０２４５〜ｂ０３０１、ｂ０３０３〜ｂ０３１０、ｂ１３３６〜ｂ１４１１、ｂ４４２６〜ｂ４４２７、ｂ２４４１〜ｂ２４５０、ｂ２６２２〜ｂ２６５４、ｂ２６５７〜ｂ２６６０、ｂ４４６２、ｂ１９９４〜ｂ２００８、ｂ４４３５、ｂ３３２２〜ｂ３３３８、ｂ２３４９〜ｂ２３６３、ｂ１５３９〜ｂ１５７９、ｂ４２６９〜ｂ４３２０、ｂ２９６８〜ｂ２９７２、ｂ２９７５〜ｂ２９７７、ｂ２９７９〜ｂ２９８７、ｂ４４６６−４４６８、ｂ１１３７〜ｂ１１７２、ｂ０５３７〜ｂ０５６５、ｂ００１６〜ｂ００２２、ｂ４４１２〜ｂ４４１３、ｂ０５７７〜ｂ０５８２、ｂ４４１５、ｂ２３８９〜ｂ２３９０、ｂ２３９２〜ｂ２３９５、ｂ０３５８〜ｂ０３６８、ｂ０３７０〜ｂ０３８０、ｂ２８５６〜ｂ２８６３、ｂ３０４２〜ｂ３０４８、ｂ０６５６、ｂ１３２５〜ｂ１３３３、ｂ２０３０〜ｂ２０６２、ｂ２１９０〜ｂ２１９２、ｂ３２１５〜ｂ３２１９、ｂ３５０４〜ｂ３５０５、ｂ１０７０〜ｂ１０８３、ｂ１８７８〜ｂ１８９４、ｂ１９１７〜ｂ１９５０、ｂ４３２４〜ｂ４３４２、ｂ４３４５〜ｂ４３５８、ｂ４４８６、ｂ０４９７〜ｂ０５０２、ｂ０７００〜ｂ０７０６、ｂ１４５６〜ｂ１４６２、ｂ３４８１〜ｂ３４８４、ｂ３５９２〜ｂ３５９６、ｂ０９８１〜ｂ０９８８、ｂ１０２１〜ｂ１０２９、ｂ２０８０〜ｂ２０９６、ｂ４４３８、ｂ３４４０〜ｂ３４４５、ｂ４４５１、ｂ３５５６〜ｂ３５５８、ｂ４４５５、ｂ１７８６、ｂ０１５０〜ｂ０１５３、およびｂ２９４５が自己から欠失している低減ゲノムＥ．ｃｏｌｉ細菌である、請求項５に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
【請求項７】
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、少なくとも以下のＤＮＡセグメント：Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株ＭＧ１６５５のｂ２４８１〜ｂ２４９２、ｂ２２１９〜ｂ２２３０、ｂ４５００、ｂ３７０７〜ｂ３７２３、ｂ０６４４〜ｂ０６５０、ｂ４０７９−４０９０、ｂ４４８７、ｂ４０９２〜ｂ４１０６、ｂ０７３０〜ｂ０７３２、ｂ３５７２〜ｂ３５８７、ｂ１６５３、ｂ２７３５〜ｂ２７４０、ｂ２４０５〜ｂ２４０７、ｂ３８９６〜ｂ３９００、ｂ１２０２、ｂ４２６３〜ｂ４２６８、ｂ０６１１、ｂ２３６４〜ｂ２３６６、ｂ０８３９、ｂ０４８８〜ｂ０５００、ｂ０５０２が自己からさらに欠失している低減ゲノムＥ．ｃｏｌｉ細菌である、請求項６に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
【請求項８】
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、低減ゲノムＥ．ｃｏｌｉ株ＭＤＳ４２である、請求項６に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
【請求項９】
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、低減ゲノムＥ．ｃｏｌｉ株ＭＤＳ６９である、請求項７に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
【請求項１０】
ｒｅｌＡ遺伝子のコード配列の５４７もしくは５４８位における少なくとも１つの点突然変異を有するｒｅｌＡ遺伝子をコードし、前記突然変異が、５４７位におけるＧ→Ａ突然変異、５４７位におけるＧ→Ｔ突然変異、５４８位におけるＣ→Ｇ突然変異、または５４８位におけるＣ→Ｔ突然変異の１つまたは複数から選択される、請求項１から９のいずれかに記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
【請求項１１】
機能的なｐｏｌＢ（ｂ００６０）遺伝子、機能的なｄｉｎＢ（ｂ０２３１）遺伝子、および任意選択で機能的なｕｍｕＤＣ（ｂ１１８３〜ｂ１１８４）遺伝子のうちの１つまたは複数を欠く、請求項１から１０のいずれかに記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
【請求項１２】
異種核酸を含む、請求項１から１１のいずれかに記載の細菌。
【請求項１３】
前記異種核酸が、発現制御配列に作動可能に連結されたポリペプチドをコードする核酸を含む、請求項１２に記載の細菌。
【請求項１４】
ポリペプチドを産生するための方法であって、前記ポリペプチドを発現させるのに適した条件下で請求項１３に記載の細菌をインキュベートすることと、前記ポリペプチドを収集することとを含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
本発明のこれらおよび他の実施形態を、以下で本明細書により詳細に記載する。
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
（ａ）非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株と比べてオロチン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ活性を増強し、
（ｂ）活性アセトヒドロキシ酸シンターゼＩＩを産生し、
（ｃ）非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株と比べてｉｃｌＲおよびａｒｐＡ遺伝子産物の発現を低減する
ように改変されている、改変Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株またはその誘導体。
（項目２）
機能的なｒｅｃＡ（ｂ２６９９）遺伝子を欠く、項目１に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株。
（項目３）
ｒｐｈ遺伝子を欠失させることによってオロチン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ活性を増強するように改変されている、項目１または２に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株。
（項目４）
ｉｌｖＧ遺伝子における天然の−２フレームシフト突然変異を補完する突然変異の導入によって活性アセトヒドロキシ酸シンターゼＩＩを産生するように改変されている、前記項目のいずれかに記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株。
（項目５）
ｉｃｌＲ遺伝子およびａｒｐＡ遺伝子を欠失させることによって前記ｉｃｌＲおよびａｒｐＡ遺伝子産物の発現を低減するように改変されている、前記項目のいずれかに記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株。
（項目６）
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株ＭＧ１６５５、Ｗ３１１０、ＤＨ１、ＤＨ１０Ｂ、ＤＨ５α、Ｉｎｖα、Ｔｏｐ１０、Ｔｏｐ１０Ｆ、ＪＭ１０３、ＪＭ１０５、ＪＭ１０９、ＭＣ１０６１、ＭＣ４１００、ＸＬ１−Ｂｌｕｅ、ＥＣ１００、ＢＷ２９５２、およびＥＣ３００からなる群から選択される、前記項目のいずれかに記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
（項目７）
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株ＭＧ１６５５またはＷ３１１０である、項目６に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
（項目８）
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、Ｅ．ｃｏｌｉ株ＭＧ１６５５より約２％〜約４０％小さい、好ましくは約５％〜約３０％小さいように遺伝子操作されたゲノムを有する低減ゲノムＥ．ｃｏｌｉ細菌である、項目１から５のいずれか一項に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
（項目９）
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、少なくとも以下のＤＮＡセグメント：Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株ＭＧ１６５５のｂ０２４５〜ｂ０３０１、ｂ０３０３〜ｂ０３１０、ｂ１３３６〜ｂ１４１１、ｂ４４２６〜ｂ４４２７、ｂ２４４１〜ｂ２４５０、ｂ２６２２〜ｂ２６５４、ｂ２６５７〜ｂ２６６０、ｂ４４６２、ｂ１９９４〜ｂ２００８、ｂ４４３５、ｂ３３２２〜ｂ３３３８、ｂ２３４９〜ｂ２３６３、ｂ１５３９〜ｂ１５７９、ｂ４２６９〜ｂ４３２０、ｂ２９６８〜ｂ２９７２、ｂ２９７５〜ｂ２９７７、ｂ２９７９〜ｂ２９８７、ｂ４４６６−４４６８、ｂ１１３７〜ｂ１１７２、ｂ０５３７〜ｂ０５６５、ｂ００１６〜ｂ００２２、ｂ４４１２〜ｂ４４１３、ｂ０５７７〜ｂ０５８２、ｂ４４１５、ｂ２３８９〜ｂ２３９０、ｂ２３９２〜ｂ２３９５、ｂ０３５８〜ｂ０３６８、ｂ０３７０〜ｂ０３８０、ｂ２８５６〜ｂ２８６３、ｂ３０４２〜ｂ３０４８、ｂ０６５６、ｂ１３２５〜ｂ１３３３、ｂ２０３０〜ｂ２０６２、ｂ２１９０〜ｂ２１９２、ｂ３２１５〜ｂ３２１９、ｂ３５０４〜ｂ３５０５、ｂ１０７０〜ｂ１０８３、ｂ１８７８〜ｂ１８９４、ｂ１９１７〜ｂ１９５０、ｂ４３２４〜ｂ４３４２、ｂ４３４５〜ｂ４３５８、ｂ４４８６、ｂ０４９７〜ｂ０５０２、ｂ０７００〜ｂ０７０６、ｂ１４５６〜ｂ１４６２、ｂ３４８１〜ｂ３４８４、ｂ３５９２〜ｂ３５９６、ｂ０９８１〜ｂ０９８８、ｂ１０２１〜ｂ１０２９、ｂ２０８０〜ｂ２０９６、ｂ４４３８、ｂ３４４０〜ｂ３４４５、ｂ４４５１、ｂ３５５６〜ｂ３５５８、ｂ４４５５、ｂ１７８６、ｂ０１５０〜ｂ０１５３、およびｂ２９４５が自己から欠失している低減ゲノムＥ．ｃｏｌｉ細菌である、項目８に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
（項目１０）
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、少なくとも以下のＤＮＡセグメント：Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ−１２株ＭＧ１６５５のｂ２４８１〜ｂ２４９２、ｂ２２１９〜ｂ２２３０、ｂ４５００、ｂ３７０７〜ｂ３７２３、ｂ０６４４〜ｂ０６５０、ｂ４０７９−４０９０、ｂ４４８７、ｂ４０９２〜ｂ４１０６、ｂ０７３０〜ｂ０７３２、ｂ３５７２〜ｂ３５８７、ｂ１６５３、ｂ２７３５〜ｂ２７４０、ｂ２４０５〜ｂ２４０７、ｂ３８９６〜ｂ３９００、ｂ１２０２、ｂ４２６３〜ｂ４２６８、ｂ０６１１、ｂ２３６４〜ｂ２３６６、ｂ０８３９、ｂ０４８８〜ｂ０５００、ｂ０５０２が自己からさらに欠失している低減ゲノムＥ．ｃｏｌｉ細菌である、項目９に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
（項目１１）
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、低減ゲノムＥ．ｃｏｌｉ株ＭＤＳ４２である、項目９に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
（項目１２）
前記非改変親Ｅ．ｃｏｌｉ株が、低減ゲノムＥ．ｃｏｌｉ株ＭＤＳ６９である、項目１０に記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
（項目１３）
前記ｒｅｌＡ遺伝子のコード配列の５４７もしくは５４８位における少なくとも１つの点突然変異を有するｒｅｌＡ遺伝子をコードし、前記突然変異が、５４７位におけるＧ→Ａ突然変異、５４７位におけるＧ→Ｔ突然変異、５４８位におけるＣ→Ｇ突然変異、または５４８位におけるＣ→Ｔ突然変異の１つまたは複数から選択される、前記項目のいずれかに記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
（項目１４）
機能的なｐｏｌＢ（ｂ００６０）、ｄｉｎＢ（ｂ０２３１）、およびｕｍｕＤＣ（ｂ１１８３〜ｂ１１８４）遺伝子を欠く、前記項目のいずれかに記載の改変Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ株。
（項目１４）
異種核酸を含む、前記項目のいずれかに記載の細菌。
（項目１５）
前記異種核酸が、発現制御配列に作動可能に連結されたポリペプチドをコードする核酸を含む、項目１４に記載の細菌。
（項目１６）
ポリペプチドを産生するための方法であって、前記ポリペプチドを発現させるのに適した条件下で項目１５に記載の細菌をインキュベートすることと、前記ポリペプチドを収集することとを含む、方法。