【手続補正書】
【提出日】平成29年8月9日(2017.8.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルを対象の治療を選択するための指標とする方法であって、
前記対象から得られた試料において前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすることと、
前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することとを含み、
ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高い発現レベルが前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方することの指標であり、ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高くない発現レベルが、前記対象に対する抗ＴＬ１Ａ療法を処方しないことの指標である、方法。
【請求項２】
前記試料において、ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの前記発現レベルをアッセイする前に、ＩＬ１２、ＩＬ１８、もしくはＴＬ１Ａ、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、請求項１の方法。
【請求項３】
前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーは、本明細書で表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている、請求項１の方法。
【請求項４】
前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーは、ＢＩＲＣ３、Ｃ１７ｏｒｆ４９、ＣＣＬ２０、ＣＳＦ２、ＣＤ２７４、ＣＤ７４、ＥＰＳＴＩ１、ＦＡＳ、ＧＢＰ１、ＧＢＰ４、ＧＢＰ５、ＨＡＰＬＮ３、ＩＦＮＧ、ＩＲＦ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢ２、ＲＥＬＢ、ＲＧＳ１、ＳＧＫ１、ＳＴＡＴ１、ＴＡＰ１、及びＴＲＡＦＤ１からなる群から選択される、請求項１の方法。
【請求項５】
前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーは、ＢＡＴＦ、ＣＣＬ２０、ＣＤ２７４、ＣＤ８３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＨＡＣ１、ＣＳＦ２、ＤＵＳＰ５、ＦＥＺ１、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＨＭＳＤ、ＩＦＮＧ、ＩＬ２２、ＩＬ２６、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ８、ＬＴＡ、ＭＦＳＤ２Ａ、ＭＹＯ１Ｂ、ＮＦＫＢＩＡ、ＲＰＬ２１、ＳＧＫ１、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＲＡＦ４、及びＸＩＳＴからなる群から選択される、請求項１の方法。
【請求項６】
前記対象がヒトである、請求項１の方法。
【請求項７】
前記対象がＴＬ１Ａ関連疾患の兆候を有する、請求項１の方法。
【請求項８】
前記対象がＴＬ１Ａ関連疾患を有する疑いがある、請求項１の方法。
【請求項９】
前記対象がＴＬ１Ａ関連疾患を有すると診断されている、請求項１の方法。
【請求項１０】
前記試料が、Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ５６＋Ｔ細胞、ＣＤ４５Ｒ０＋Ｔ細胞、ＣＤ４５ＲＡ＋Ｔ細胞、ＮＫ細胞、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）、または末梢血リンパ球（ＰＢＬ）、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１の方法。
【請求項１１】
前記ＴＬ１Ａ関連疾患は、線維症、クローン病（ＣＤ）、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、乾癬、１型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、請求項７の方法。
【請求項１２】
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、ｍＲＮＡレベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
【請求項１３】
ｍＲＮＡレベルをアッセイすることは、ＲＮＡシーケンシング、ノーザンブロット、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーションアレイ、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、逆転写ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、リアルタイム逆転写ＰＣＲ、もしくは定量ＰＣＲ、またはそれらの組み合わせを使用することを含む、請求項１２の方法。
【請求項１４】
ｍＲＮＡレベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子のｍＲＮＡと特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドプローブと前記試料を接触し、これによりプローブ標的ハイブリダイゼーション複合体を形成することを含む、請求項１２のプロセス。
【請求項１５】
ｍＲＮＡレベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のｍＲＮＡと特異的にハイブリダイズすることが可能な１以上のポリヌクレオチドプライマーと前記試料を接触し、プライマー鋳型ハイブリダイゼーション複合体を形成し、ＰＣＲ反応を行うことを含む、請求項１２のプロセス。
【請求項１６】
前記１以上のポリヌクレオチドプライマーは、表２に挙げられたプライマーである、請求項１５のプロセス。
【請求項１７】
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、タンパク質レベルをアッセイすることを含む、請求項１の方法。
【請求項１８】
タンパク質レベルをアッセイすることは、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法、もしくは質量分析法またはそれらの組み合わせを使用することを含む、請求項１７の方法。
【請求項１９】
タンパク質レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のタンパク質と特異的に結合することができる抗体と前記試料を接触し、これにより抗原抗体複合体を形成することを含む、請求項１７の方法。
【請求項２０】
発現レベルの前記基準値は、ＴＬ１Ａ関連疾患を有しない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、請求項１の方法。
【請求項２１】
発現レベルの前記基準値は、抗ＴＬ１Ａ療法に対する反応性の見込みがない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、請求項１の方法。
【請求項２２】
発現レベルの前記基準値は、抗ＴＬ１Ａ療法に対する反応性がない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、請求項１の方法。
【請求項２３】
前記抗ＴＬ１Ａ療法は、抗ＴＬ１Ａ抗体またはそのフラグメントを含む、請求項１の方法。
【請求項２４】
前記抗ＴＬ１Ａ療法は、抗ＤＲ３抗体またはそのフラグメントを含む、請求項１の方法。    
【請求項２５】
前記抗ＴＬ１Ａ療法は、可溶性デコイＤＲ３ポリペプチド、ＤＲ３細胞外ドメインを含むポリペプチド、もしくはＤＲ３プレリガンドアセンブリドメインを含むポリペプチド、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１の方法。
【請求項２６】
前記抗ＴＬ１Ａ療法は、ＴＬ１Ａの核酸アンタゴニスト、もしくはＤＲ３の核酸アンタゴニスト、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１の方法。
【請求項２７】
前記抗ＴＬ１Ａ療法は、ＧＥＰペプチド、アトストリン（Ａｔｓｔｔｒｉｎ）、もしくはその変異体、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１の方法。
【請求項２８】
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも２つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
【請求項２９】
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも３つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
【請求項３０】
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも４つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
【請求項３１】
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも５つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
【請求項３２】
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子の全ての前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項２の方法。
【請求項３３】
１以上の遺伝子の発現レベルを対象を治療するための指標とする方法であって、
前記対象から得られた試料において表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている前記１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
前記表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することとを含み、
表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記基準値に対して高い発現レベルが、前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を投与するための指標であり、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられているいずれの遺伝子の前記基準値に対しても高くない発現レベルが、前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を投与しないための指標である、方法。
【請求項３４】
前記１以上の遺伝子は、ＢＩＲＣ３、Ｃ１７ｏｒｆ４９、ＣＣＬ２０、ＣＳＦ２、ＣＤ２７４、ＣＤ７４、ＥＰＳＴＩ１、ＦＡＳ、ＧＢＰ１、ＧＢＰ４、ＧＢＰ５、ＨＡＰＬＮ３、ＩＦＮＧ、ＩＲＦ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢ２、ＲＥＬＢ、ＲＧＳ１、ＳＧＫ１、ＳＴＡＴ１、ＴＡＰ１、及びＴＲＡＦＤ１からなる群から選択される、請求項３３の方法。
【請求項３５】
前記１以上の遺伝子は、ＢＡＴＦ、ＣＣＬ２０、ＣＤ２７４、ＣＤ８３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＨＡＣ１、ＣＳＦ２、ＤＵＳＰ５、ＦＥＺ１、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＨＭＳＤ、ＩＦＮＧ、ＩＬ２２、ＩＬ２６、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ８、ＬＴＡ、ＭＦＳＤ２Ａ、ＭＹＯ１Ｂ、ＮＦＫＢＩＡ、ＲＰＬ２１、ＳＧＫ１、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＲＡＦ４、及びＸＩＳＴからなる群から選択される、請求項３３の方法。
【請求項３６】
１以上の遺伝子の発現レベルを対象における疾患のための指標とする方法であって、
前記対象から得られた試料において本明細書で表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている前記１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
前記１以上の遺伝子の発現レベルの基準値と前記発現レベルを比較することとを含み、
前記発現レベルと前記基準値との間の相対的な相違が、前記対象が前記疾患を有するかどうかの指標である、方法。
【請求項３７】
前記試料において、１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイする前に、ＩＬ１２、ＩＬ１８、もしくはＴＬ１Ａ、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、請求項３６の方法。
【請求項３８】
前記基準値よりも高い発現レベルが、前記対象が前記疾患を有することの指標であり、前記基準値よりも高くない発現レベルが、前記対象が前記疾患を有さないことの指標である、請求項３６の方法。
【請求項３９】
前記基準値よりも低い発現レベルが、前記対象が前記疾患を有することの指標であり、前記基準値よりも低くない発現レベルが、前記対象が前記疾患のサブタイプを有さないことの指標である、請求項３６の方法。
【請求項４０】
前記疾患はＴＬ１Ａ関連疾患である、請求項３６の方法。
【請求項４１】
前記疾患は、線維症、クローン病（ＣＤ）、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、乾癬、１型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、請求項３６の方法。
【請求項４２】
前記疾患は、抗ＴＬ１Ａ療法に反応性のＩＢＤサブタイプである、請求項３６の方法。
【請求項４３】
前記対象はヒトである、請求項３６の方法。
【請求項４４】
前記対象は、ＩＢＤサブタイプの兆候を有する、請求項３６の方法。
【請求項４５】
前記対象は、ＩＢＤサブタイプを有する疑いがある、請求項３６の方法。
【請求項４６】
前記１以上の遺伝子は、ＢＩＲＣ３、Ｃ１７ｏｒｆ４９、ＣＣＬ２０、ＣＳＦ２、ＣＤ２７４、ＣＤ７４、ＥＰＳＴＩ１、ＦＡＳ、ＧＢＰ１、ＧＢＰ４、ＧＢＰ５、ＨＡＰＬＮ３、ＩＦＮＧ、ＩＲＦ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢ２、ＲＥＬＢ、ＲＧＳ１、ＳＧＫ１、ＳＴＡＴ１、ＴＡＰ１、及びＴＲＡＦＤ１からなる群から選択される、請求項３６の方法。    
【請求項４７】
前記１以上の遺伝子は、ＢＡＴＦ、ＣＣＬ２０、ＣＤ２７４、ＣＤ８３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＨＡＣ１、ＣＳＦ２、ＤＵＳＰ５、ＦＥＺ１、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＨＭＳＤ、ＩＦＮＧ、ＩＬ２２、ＩＬ２６、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ８、ＬＴＡ、ＭＦＳＤ２Ａ、ＭＹＯ１Ｂ、ＮＦＫＢＩＡ、ＲＰＬ２１、ＳＧＫ１、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＲＡＦ４、及びＸＩＳＴからなる群から選択される、請求項３６の方法。
【請求項４８】
前記試料は、Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ５６＋Ｔ細胞、ＣＤ４５Ｒ０＋Ｔ細胞、ＣＤ４５ＲＡ＋Ｔ細胞、ＮＫ細胞、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）、もしくは末梢血リンパ球（ＰＢＬ）、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３６の方法。
【請求項４９】
前記対象が前記疾患を有することが前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方するための指標である、請求項３６の方法。
【請求項５０】
前記対象が前記疾患を有することが前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を投与するための指標である、請求項３６の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
代表的な実施形態は参照される図面に示される。本明細書に開示される実施形態及び図面は、限定的というよりもむしろ例示的に考慮されるべきであることが意図される。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
対象の治療を選択する方法であって、
前記対象から試料を得ることと、
前記試料においてＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすることと、
前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、
前記対象がＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方し、前記対象がＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高い発現レベルを有しない場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方しないこととを含む、方法。
（項目２）
前記試料において、ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーの前記発現レベルをアッセイする前に、ＩＬ１２、ＩＬ１８、もしくはＴＬ１Ａ、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、項目１の方法。
（項目３）
前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーは、本明細書で表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている、項目１の方法。
（項目４）
前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーは、ＢＩＲＣ３、Ｃ１７ｏｒｆ４９、ＣＣＬ２０、ＣＳＦ２、ＣＤ２７４、ＣＤ７４、ＥＰＳＴＩ１、ＦＡＳ、ＧＢＰ１、ＧＢＰ４、ＧＢＰ５、ＨＡＰＬＮ３、ＩＦＮＧ、ＩＲＦ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢ２、ＲＥＬＢ、ＲＧＳ１、ＳＧＫ１、ＳＴＡＴ１、ＴＡＰ１、及びＴＲＡＦＤ１からなる群から選択される、項目１の方法。
（項目５）
前記ＴＬ１Ａシグナル伝達に関連する１以上のバイオマーカーは、ＢＡＴＦ、ＣＣＬ２０、ＣＤ２７４、ＣＤ８３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＨＡＣ１、ＣＳＦ２、ＤＵＳＰ５、ＦＥＺ１、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＨＭＳＤ、ＩＦＮＧ、ＩＬ２２、ＩＬ２６、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ８、ＬＴＡ、ＭＦＳＤ２Ａ、ＭＹＯ１Ｂ、ＮＦＫＢＩＡ、ＲＰＬ２１、ＳＧＫ１、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＲＡＦ４、及びＸＩＳＴからなる群から選択される、項目１の方法。
（項目６）
前記対象がヒトである、項目１の方法。
（項目７）
前記対象がＴＬ１Ａ関連疾患の兆候を有する、項目１の方法。
（項目８）
前記対象がＴＬ１Ａ関連疾患を有する疑いがある、項目１の方法。
（項目９）
前記対象がＴＬ１Ａ関連疾患を有すると診断されている、項目１の方法。
（項目１０）
前記試料が、Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ５６＋Ｔ細胞、ＣＤ４５Ｒ０＋Ｔ細胞、ＣＤ４５ＲＡ＋Ｔ細胞、ＮＫ細胞、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）、または末梢血リンパ球（ＰＢＬ）、またはそれらの組み合わせを含む、項目１の方法。
（項目１１）
前記ＴＬ１Ａ関連疾患は、線維症、クローン病（ＣＤ）、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、乾癬、１型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、項目７の方法。
（項目１２）
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、ｍＲＮＡレベルをアッセイすることを含む、項目２の方法。
（項目１３）
ｍＲＮＡレベルをアッセイすることは、ＲＮＡシーケンシング、ノーザンブロット、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーションアレイ、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、逆転写ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、リアルタイム逆転写ＰＣＲ、もしくは定量ＰＣＲ、またはそれらの組み合わせを使用することを含む、項目１２の方法。
（項目１４）
ｍＲＮＡレベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子のｍＲＮＡと特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドプローブと前記試料を接触し、これによりプローブ標的ハイブリダイゼーション複合体を形成することを含む、項目１２のプロセス。
（項目１５）
ｍＲＮＡレベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のｍＲＮＡと特異的にハイブリダイズすることが可能な１以上のポリヌクレオチドプライマーと前記試料を接触し、プライマー鋳型ハイブリダイゼーション複合体を形成し、ＰＣＲ反応を行うことを含む、項目１２のプロセス。
（項目１６）
前記１以上のポリヌクレオチドプライマーは、表２に挙げられたプライマーである、項目１５のプロセス。
（項目１７）
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、タンパク質レベルをアッセイすることを含む、項目１の方法。
（項目１８）
タンパク質レベルをアッセイすることは、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫測定法、もしくは質量分析法またはそれらの組み合わせを使用することを含む、項目１７の方法。
（項目１９）
タンパク質レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のタンパク質と特異的に結合することができる抗体と前記試料を接触し、これにより抗原抗体複合体を形成することを含む、項目１７の方法。
（項目２０）
発現レベルの前記基準値は、ＴＬ１Ａ関連疾患を有しない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、項目１の方法。
（項目２１）
発現レベルの前記基準値は、抗ＴＬ１Ａ療法に対する反応性の見込みがない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、項目１の方法。
（項目２２）
発現レベルの前記基準値は、抗ＴＬ１Ａ療法に対する反応性がない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、項目１の方法。
（項目２３）
前記抗ＴＬ１Ａ療法は、抗ＴＬ１Ａ抗体またはそのフラグメントを含む、項目１の方法。
（項目２４）
前記抗ＴＬ１Ａ療法は、抗ＤＲ３抗体またはそのフラグメントを含む、項目１の方法。（項目２５）
前記抗ＴＬ１Ａ療法は、可溶性デコイＤＲ３ポリペプチド、ＤＲ３細胞外ドメインを含むポリペプチド、もしくはＤＲ３プレリガンドアセンブリドメインを含むポリペプチド、またはそれらの組み合わせを含む、項目１の方法。
（項目２６）
前記抗ＴＬ１Ａ療法は、ＴＬ１Ａの核酸アンタゴニスト、もしくはＤＲ３の核酸アンタゴニスト、またはそれらの組み合わせを含む、項目１の方法。
（項目２７）
前記抗ＴＬ１Ａ療法は、ＧＥＰペプチド、アトストリン（Ａｔｓｔｔｒｉｎ）、もしくはその変異体、またはそれらの組み合わせを含む、項目１の方法。
（項目２８）
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも２つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目２の方法。
（項目２９）
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも３つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目２の方法。
（項目３０）
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも４つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目２の方法。
（項目３１）
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子のうち少なくとも５つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目２の方法。
（項目３２）
前記試料において、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている遺伝子の全ての前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目２の方法。
（項目３３）
対象を治療する方法であって、
前記対象から試料を得ることと、
前記試料において表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
前記表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、
前記対象が表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方し、前記対象が表１、表４、表５及び／または表６に挙げられているいずれの遺伝子の前記基準値に対しても高い発現レベルを有しない場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方しないこととを含む、方法。
（項目３４）
前記１以上の遺伝子は、ＢＩＲＣ３、Ｃ１７ｏｒｆ４９、ＣＣＬ２０、ＣＳＦ２、ＣＤ２７４、ＣＤ７４、ＥＰＳＴＩ１、ＦＡＳ、ＧＢＰ１、ＧＢＰ４、ＧＢＰ５、ＨＡＰＬＮ３、ＩＦＮＧ、ＩＲＦ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢ２、ＲＥＬＢ、ＲＧＳ１、ＳＧＫ１、ＳＴＡＴ１、ＴＡＰ１、及びＴＲＡＦＤ１からなる群から選択される、項目３３の方法。
（項目３５）
前記１以上の遺伝子は、ＢＡＴＦ、ＣＣＬ２０、ＣＤ２７４、ＣＤ８３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＨＡＣ１、ＣＳＦ２、ＤＵＳＰ５、ＦＥＺ１、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＨＭＳＤ、ＩＦＮＧ、ＩＬ２２、ＩＬ２６、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ８、ＬＴＡ、ＭＦＳＤ２Ａ、ＭＹＯ１Ｂ、ＮＦＫＢＩＡ、ＲＰＬ２１、ＳＧＫ１、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＲＡＦ４、及びＸＩＳＴからなる群から選択される、項目３３の方法。
（項目３６）
対象から試料を得ることと、
前記試料において本明細書で表１、表４、表５及び／または表６に挙げられている１以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
前記１以上の遺伝子の発現レベルの基準値と前記発現レベルを比較することと、
前記発現レベルと前記基準値との間の相対的な相違に従って、前記対象における疾患を診断することとを含む、方法。
（項目３７）
前記試料において、１以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイする前に、ＩＬ１２、ＩＬ１８、もしくはＴＬ１Ａ、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、項目３６の方法。
（項目３８）
前記対象が前記基準値よりも高い発現レベルを有する場合には前記対象において前記疾患があると診断すること、または前記対象が前記基準値よりも高い発現レベルを有しない場合には前記対象において前記疾患があると診断しないことをさらに含む、項目３６の方法。
（項目３９）
前記対象が前記基準値よりも低い発現レベルを有する場合には前記対象において前記疾患があると診断すること、または前記対象が前記基準値よりも低い発現レベルを有しない場合には前記対象において前記疾患のサブタイプがあると診断しないことをさらに含む、項目３６の方法。
（項目４０）
前記疾患はＴＬ１Ａ関連疾患である、項目３６の方法。
（項目４１）
前記疾患は、線維症、クローン病（ＣＤ）、炎症性大腸疾患（ＩＢＤ）、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、乾癬、１型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、項目３６の方法。
（項目４２）
前記疾患は、抗ＴＬ１Ａ療法に反応性のＩＢＤサブタイプである、項目３６の方法。
（項目４３）
前記対象はヒトである、項目３６の方法。
（項目４４）
前記対象は、ＩＢＤサブタイプの兆候を有する、項目３６の方法。
（項目４５）
前記対象は、ＩＢＤサブタイプを有する疑いがある、項目３６の方法。
（項目４６）
前記１以上の遺伝子は、ＢＩＲＣ３、Ｃ１７ｏｒｆ４９、ＣＣＬ２０、ＣＳＦ２、ＣＤ２７４、ＣＤ７４、ＥＰＳＴＩ１、ＦＡＳ、ＧＢＰ１、ＧＢＰ４、ＧＢＰ５、ＨＡＰＬＮ３、ＩＦＮＧ、ＩＲＦ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢ２、ＲＥＬＢ、ＲＧＳ１、ＳＧＫ１、ＳＴＡＴ１、ＴＡＰ１、及びＴＲＡＦＤ１からなる群から選択される、項目３６の方法。（項目４７）
前記１以上の遺伝子は、ＢＡＴＦ、ＣＣＬ２０、ＣＤ２７４、ＣＤ８３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＨＡＣ１、ＣＳＦ２、ＤＵＳＰ５、ＦＥＺ１、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＨＭＳＤ、ＩＦＮＧ、ＩＬ２２、ＩＬ２６、ＩＬ４Ｉ１、ＩＲＦ８、ＬＴＡ、ＭＦＳＤ２Ａ、ＭＹＯ１Ｂ、ＮＦＫＢＩＡ、ＲＰＬ２１、ＳＧＫ１、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＲＡＦ４、及びＸＩＳＴからなる群から選択される、項目３６の方法。
（項目４８）
前記試料は、Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ５６＋Ｔ細胞、ＣＤ４５Ｒ０＋Ｔ細胞、ＣＤ４５ＲＡ＋Ｔ細胞、ＮＫ細胞、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）、もしくは末梢血リンパ球（ＰＢＬ）、またはそれらの組み合わせを含む、項目３６の方法。
（項目４９）
前記対象が前記疾患を有すると診断される場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を処方することをさらに含む、項目３６の方法。
（項目５０）
前記対象が前記疾患を有すると診断される場合には前記対象に抗ＴＬ１Ａ療法を投与することをさらに含む、項目３６の方法。