【手続補正書】
【提出日】平成29年4月20日(2017.4.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（１）板鰓亜綱（Elasmobranchii subclass）の種のメンバーからＲＮＡを単離し；
（２）抗原特異的抗原結合分子をコードする上記（１）で得られたＲＮＡからＤＮＡ配列を増幅して、抗原特異的結合分子をコードするＤＮＡ配列のデータベースを作成し；
（３）上記（２）で作成されたデータベースからＤＮＡ配列を選択し；
（４）上記（３）において選択された配列内のＣＤＲ１またはＣＤＲ３ドメインに相補的な複数の異種オリゴマーの存在下で、ＦＷ１−ＣＤＲ１−ＦＷ２−ＨＶ２−ＦＷ３ａ−ＨＶ４−ＦＷ３ｂ−ＣＤＲ３−ＦＷ４の２以上の隣接するペプチドドメインをコードするＤＮＡ配列を増幅して、式（Ｉ）の抗原特異的抗原結合分子をコードする複数の増幅されたＤＮＡ配列を形成し、この際前記２以上の隣接するペプチドドメインは、ライゲートされた際に、式（Ｉ）の抗原特異的抗原結合分子をコードし、および前記２以上の隣接するペプチドドメインは、上記（３）において選択される少なくとも２つの異種のＤＮＡ配列由来である；
（５）前記２以上の隣接するペプチドドメインをコードする増幅されたＤＮＡ配列をライゲーションして、式（Ｉ）のペプチドドメイン構造を有する抗原特異的結合分子をコードするＤＮＡ配列を形成し；
（６）上記（３）で得られた増幅されたＤＮＡのディスプレイベクターにクローニングし；および
（７）前記ディスプレイベクターで宿主を形質転換して、前記抗原特異的抗原結合分子のライブラリーを作製する、
ことを含む、下記式（Ｉ）で表されるペプチドドメイン構造を有する抗原特異的抗原結合分子のライブラリーの作製方法。
【化１】
2016524463.tif 000001
【請求項２】
（１）請求項１に記載の方法により作製されたライブラリーから所望のクローンを選択し；
（２）前記クローンから抗原特異的抗原結合分子を単離および精製し；
（３）前記抗原特異的抗原結合分子をコードするＤＮＡ配列を発現ベクターにクローニングし；および
（４）宿主を形質転換して、前記発現ベクターを発現させる、
ことを含む、抗原特異的抗原結合分子の製造方法。
【請求項３】
（１）板鰓亜綱(Elasmobranchii subclass)の種のメンバーからＲＮＡを単離し；
（２）抗原特異的抗原結合分子をコードする上記（１）で得られたＲＮＡからＤＮＡ配列を増幅して、抗原特異的結合分子をコードするＤＮＡ配列のデータベースを作成し；
（３）上記（２）で作成されたデータベースからのＤＮＡ配列を選択し；
（４）上記（３）において選択された配列内のＣＤＲ１またはＣＤＲ３ドメインに相補的な複数の異種オリゴマーの存在下で、ＦＷ１−ＣＤＲ１−ＦＷ２−ＨＶ２−ＦＷ３ａ−ＨＶ４−ＦＷ３ｂ−ＣＤＲ３−ＦＷ４の２以上の隣接するペプチドドメインをコードするＤＮＡ配列を増幅して、式（Ｉ）の抗原特異的抗原結合分子をコードする複数の増幅されたＤＮＡ配列を形成し、この際前記２以上の隣接するペプチドドメインは、ライゲートされた際に、式（Ｉ）の抗原特異的抗原結合分子をコードし、および前記２以上の隣接するペプチドドメインは、上記（３）において選択される少なくとも２つの異種のＤＮＡ配列由来である；
（５）前記２以上の隣接するペプチドドメインをコードする増幅されたＤＮＡ配列をライゲーションして、式（Ｉ）のペプチドドメイン構造を有する抗原特異的結合分子をコードするＤＮＡ配列を形成し；
（６）上記（３）で得られた増幅されたＤＮＡのディスプレイベクターにクローニングし；
（７）前記ディスプレイベクターで宿主を形質転換して、前記抗原特異的抗原結合分子のライブラリーを作製し；
（８）前記ライブラリーから所望のクローンを選択し；
（９）前記クローンから抗原特異的抗原結合分子を単離および精製し；
（１０）前記抗原特異的抗原結合分子をコードするＤＮＡ配列を発現ベクターにクローニングし；および
（１１）宿主を形質転換して、前記発現ベクターを発現させる
ことを含む、下記式（Ｉ）で表されるペプチドドメイン構造を有する抗原特異的抗原結合分子の製造方法。
【化２】
2016524463.tif 000002
【請求項４】
前記２以上の隣接するペプチドドメインは、ＦＷ１、ＣＤＲ１−ＦＷ２−ＨＶ２−ＦＷ３ａ−ＨＶ４−ＦＷ３、およびＣＤＲ３−ＦＷ４である、請求項１または３に記載の方法。
【請求項５】
複数の抗原特異的抗原結合分子をコードする発現可能なＤＮＡ配列のライブラリーを含む形質転換宿主を用いた抗原特異的抗原結合分子の製造方法であって、前記ライブラリーは少なくとも２つの異種のアイソタイプＮＡＲ配列から作製され、前記抗原特異的抗原結合分子は、板鰓亜綱（Elasmobranchii subclass）の種のメンバーにおいて発見される免疫グロブリンアイソタイプＮＡＲの可変領域の複数のドメインを有する、方法。
【請求項６】
式（ＩＩ）で表されるアミノ酸配列：
【化３】
2016524463.tif 000003
上記式（ＩＩ）中、
Ａは、配列番号１、配列番号４もしくは配列番号７であり、
Ｘは、５、６もしくは７アミノ酸残基を有するＣＤＲ１領域であり、
Ｂは、配列番号２、配列番号５もしくは配列番号８であり、
Ｙは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６もしくは１７アミノ酸残基を有するＣＤＲ３領域であり、
Ｃは、配列番号３もしくは配列番号６であり、
または、これと少なくとも５０％相同である配列であり、
この際、配列番号１は、ＴＲＶＤＱＴＰＲＴＡＴＫＥＴＧＥＳＬＴＩＮＣＶＬＴＤＴまたはＴＲＶＤＱＴＰＲＴＡＴＫＥＴＧＥＳＬＴＩＮＣＷＴＧＡであり、
配列番号２は、ＴＳＷＦＲＫＮＰＧＴＴＤＷＥＲＭＳＩＧＧＲＹＶＥＳＶＮＫＧＡＫＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＹＣＫＡまたはＴＳＷＦＲＫＮＰＧＴＴＤＷＥＲＭＳＩＧＧＲＹＶＥＳＶＮＫＧＡＫＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＩＣＲＡであり、
配列番号３は、ＤＧＡＧＴＶＬＴＶＮであり、
配列番号４は、ＡＳＶＮＱＴＰＲＴＡＴＫＥＴＧＥＳＬＴＩＮＣＶＬＴＤＴまたはＡＳＶＮＱＴＰＲＴＡＴＫＥＴＧＥＳＬＴＩＮＣＶＶＴＧＡであり、
配列番号５は、ＴＹＷＹＲＫＮＰＧＳＳＮＱＥＲＩＳＩＳＧＲＹＶＥＳＶＮＫＲＴＭＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＹＣＫＡまたはＴＹＷＹＲＫＮＰＧＳＳＮＱＥＲＩＳＩＳＧＲＹＶＥＳＶＮＫＲＴＭＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＩＣＲＡであり、
配列番号６は、ＹＧＡＧＴＶＬＴＶＮであり、
配列番号７は、ＡＲＶＤＱＴＰＱＴＩＴＫＥＴＧＥＳＬＴＩＮＣＶＬＲＤであり、および
配列番号８は、ＴＹＷＹＲＫＫＳＧＳＴＮＥＥＳＩＳＫＧＧＲＹＶＥＴＶＮＳＧＳＫＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＩＣＲＡまたはＴＹＷＹＲＫＮＰＧＳＴＮＥＥＳＩＳＫＧＧＲＹＶＥＴＶＮＳＧＳＫＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＩＣＲＡである、
を有する抗原特異的抗原結合分子。
【請求項７】
前記式（ＩＩ）の配列が配列番号１０で示されるアミノ酸配列である、請求項６に記載の抗原特異的抗原結合分子。
【請求項８】
前記式（ＩＩ）の配列が配列番号１２で示されるアミノ酸配列である、請求項６に記載の抗原特異的抗原結合分子。
【請求項９】
前記ＣＤＲ１領域が配列番号１７０〜２９７に示されるアミノ酸配列を有する、請求項６に記載の抗原特異的抗原結合分子。
【請求項１０】
前記ＣＤＲ３領域が配列番号２９８〜４２８に示されるアミノ酸配列を有する、請求項６に記載の抗原特異的抗原結合分子。
【請求項１１】
配列番号３３〜１６９または４１〜４５（ｍＩＣＯＳＬ）、１４３、７７、１５４、１４６、１４８、１５３、１３８（ＤＬＬ４）もしくは１６４〜１６９（ＴＮＦ−α）に示されるアミノ酸配列を有する、請求項６に記載の抗原特異的抗原結合分子。
【請求項１２】
ヒト化された、請求項６〜１１のいずれか１項に記載の抗原特異的結合分子。
【請求項１３】
請求項６〜１２のいずれか１項に記載の抗原特異的抗原結合分子を有する融合タンパク質。
【請求項１４】
前記抗原特異的抗原結合分子が生理活性タンパク質に融合している、請求項１３に記載の融合タンパク質。
【請求項１５】
請求項６〜１２のいずれか１項に記載の抗原特異的抗原結合分子または請求項１３もしくは１４に記載の融合タンパク質をコードする核酸。
【請求項１６】
請求項１５に記載の核酸を含む核酸構築物。
【請求項１７】
請求項１６に記載の核酸構築物を含む宿主細胞。
【請求項１８】
請求項６〜１２のいずれか１項に記載の抗原特異的抗原結合分子または請求項１３もしくは１４に記載の融合タンパク質の製造方法であって、宿主細胞内で前記分子をコードする核酸配列を発現させる段階を含む、方法。
【請求項１９】
請求項６〜１２のいずれか１項に記載の抗原特異的抗原結合分子または請求項１３もしくは１４に記載の融合タンパク質を含む薬剤組成物。
【請求項２０】
薬剤に用いられるための、請求項６〜１２のいずれか１項に記載の抗原特異的抗原結合分子または請求項１３もしくは１４に記載の融合タンパク質。
【請求項２１】
疾患の治療を必要とする患者の疾患を治療するための薬剤の製造における、請求項６〜１２のいずれか１項に記載の抗原特異的抗原結合分子または請求項１３もしくは１４に記載の融合タンパク質の使用。
【請求項２２】
治療を必要とする患者における疾患の治療に使用するための請求項１９に記載の薬剤組成物であって、治療上有効な量の前記薬剤組成物が前記患者に投与される、薬剤組成物。
【請求項２３】
検出可能に標識化された請求項６〜１２のいずれか１項に記載の抗原特異的抗原結合分子または請求項１３もしくは１４に記載の融合タンパク質をサンプルに添加し、および標的分析物に対する分子の結合を検出することを含む、サンプル中の標的分析物の存在の検定方法。
【請求項２４】
患者における疾患部位のイメージングのために前記患者に投与される、検出可能に標識化された請求項６〜１２のいずれか１項に記載の抗原特異的抗原結合分子または請求項１３もしくは１４に記載の融合タンパク質。
【請求項２５】
患者における疾患または症状の診断のために前記患者に投与される、請求項６〜１２のいずれか１項に記載の抗原特異的抗原結合分子または請求項１３もしくは１４に記載の融合タンパク質。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３４２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３４２】
ＥＬＳＳ２ライブラリーの質および機能性をバリデーションするために、図６に記載されるものと同じ方法を用いて、ＩＣＯＳＬに対して用いられるプレコートビーズに基づくバイオパニング法を用いた。２回目のパニング（pan 2）後にポジティブなファージヒットを得た（図１９）。テンプレート１のフレームワーク構築物由来の７つの発生源およびテンプレート２のフレームワーク構造物由来の残りの４つとともに１１個のポジティブクローンを配列決定した。全てのＣＤＲ３配列はユニークであった（図２０）。これらのポジティブクローンの中でも、５つ（テンプレート１から３つおよびテンプレート２から２つ）全てが、ＩＩ型構造に関連するＣＤＲ１およびＣＤＲ３の双方でＣｙｓ残基を有した。
１．（１）板鰓亜綱（Elasmobranchii subclass）の種のメンバーからＲＮＡを単離し；
（２）抗原特異的抗原結合分子をコードする上記（１）で得られたＲＮＡからＤＮＡ配列を増幅して、抗原特異的結合分子をコードするＤＮＡ配列のデータベースを作成し；
（３）上記（２）で作成されたデータベースからＤＮＡ配列を選択し；
（４）上記（３）において選択された配列内のＣＤＲ１またはＣＤＲ３ドメインに相補的な複数の異種オリゴマーの存在下で、ＦＷ１−ＣＤＲ１−ＦＷ２−ＨＶ２−ＦＷ３ａ−ＨＶ４−ＦＷ３ｂ−ＣＤＲ３−ＦＷ４の２以上の隣接するペプチドドメインをコードするＤＮＡ配列を増幅して、式（Ｉ）の抗原特異的抗原結合分子をコードする複数の増幅されたＤＮＡ配列を形成し、この際前記２以上の隣接するペプチドドメインは、ライゲートされた際に、式（Ｉ）の抗原特異的抗原結合分子をコードし、および前記２以上の隣接するペプチドドメインは、上記（３）において選択される少なくとも２つの異種のＤＮＡ配列由来である；
（５）前記２以上の隣接するペプチドドメインをコードする増幅されたＤＮＡ配列をライゲーションして、式（Ｉ）のペプチドドメイン構造を有する抗原特異的結合分子をコードするＤＮＡ配列を形成し；
（６）上記（３）で得られた増幅されたＤＮＡのディスプレイベクターにクローニングし；および
（７）前記ディスプレイベクターで宿主を形質転換して、前記抗原特異的抗原結合分子のライブラリーを作製する、
ことを含む、下記式（Ｉ）で表されるペプチドドメイン構造を有する抗原特異的抗原結合分子のライブラリーの作製方法。
【化９】
2016524463.tif 000004
２．（１）上記１に記載の方法により作製されたライブラリーから所望のクローンを選択し；
（２）前記クローンから抗原特異的抗原結合分子を単離および精製し；
（３）前記抗原特異的抗原結合分子をコードするＤＮＡ配列を発現ベクターにクローニングし；および
（４）宿主を形質転換して、前記発現ベクターを発現させる、
ことを含む、抗原特異的抗原結合分子の製造方法。
３．（１）板鰓亜綱(Elasmobranchii subclass)の種のメンバーからＲＮＡを単離し；
（２）抗原特異的抗原結合分子をコードする上記（１）で得られたＲＮＡからＤＮＡ配列を増幅して、抗原特異的結合分子をコードするＤＮＡ配列のデータベースを作成し；
（３）上記（２）で作成されたデータベースからのＤＮＡ配列を選択し；
（４）上記（３）において選択された配列内のＣＤＲ１またはＣＤＲ３ドメインに相補的な複数の異種オリゴマーの存在下で、ＦＷ１−ＣＤＲ１−ＦＷ２−ＨＶ２−ＦＷ３ａ−ＨＶ４−ＦＷ３ｂ−ＣＤＲ３−ＦＷ４の２以上の隣接するペプチドドメインをコードするＤＮＡ配列を増幅して、式（Ｉ）の抗原特異的抗原結合分子をコードする複数の増幅されたＤＮＡ配列を形成し、この際前記２以上の隣接するペプチドドメインは、ライゲートされた際に、式（Ｉ）の抗原特異的抗原結合分子をコードし、および前記２以上の隣接するペプチドドメインは、上記（３）において選択される少なくとも２つの異種のＤＮＡ配列由来である；
（５）前記２以上の隣接するペプチドドメインをコードする増幅されたＤＮＡ配列をライゲーションして、式（Ｉ）のペプチドドメイン構造を有する抗原特異的結合分子をコードするＤＮＡ配列を形成し；
（６）上記（３）で得られた増幅されたＤＮＡのディスプレイベクターにクローニングし；および
（７）前記ディスプレイベクターで宿主を形質転換して、前記抗原特異的抗原結合分子のライブラリーを作製し、
（８）前記ライブラリーから所望のクローンを選択し；
（９）前記クローンから抗原特異的抗原結合分子を単離および精製し；
（１０）前記抗原特異的抗原結合分子をコードするＤＮＡ配列を発現ベクターにクローニングし；および
（１１）宿主を形質転換して、前記発現ベクターを発現させる
ことを含む、下記式（Ｉ）で表されるペプチドドメイン構造を有する抗原特異的抗原結合分子の製造方法。
【化１０】
2016524463.tif 000005
４．前記２以上の隣接するペプチドドメインは、ＦＷ１、ＣＤＲ１−ＦＷ２−ＨＶ２−ＦＷ３ａ−ＨＶ４−ＦＷ３、およびＣＤＲ３−ＦＷ４である、上記１または３に記載の方法。
５．複数の抗原特異的抗原結合分子をコードする発現可能なＤＮＡ配列のライブラリーを含む形質転換宿主を用いた抗原特異的抗原結合分子の製造方法であって、前記ライブラリーは少なくとも２つの異種のアイソタイプＮＡＲ配列から作製され、前記抗原特異的抗原結合分子は、板鰓亜綱（Elasmobranchii subclass）の種のメンバーにおいて発見される免疫グロブリンアイソタイプＮＡＲの可変領域の複数のドメインを有する、方法。
６．式（ＩＩ）で表されるアミノ酸配列：
【化１１】
2016524463.tif 000006
上記式（ＩＩ）中、
Ａは、配列番号１、配列番号４または配列番号７であり、
Ｘは、５、６または７アミノ酸残基を有するＣＤＲ１領域であり、
Ｂは、配列番号２、配列番号５または配列番号８であり、
Ｙは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６または１７アミノ酸残基を有するＣＤＲ３領域であり、
Ｃは、配列番号３または配列番号６であり、
または、これと少なくとも５０％相同である配列、
この際、配列番号１は、ＴＲＶＤＱＴＰＲＴＡＴＫＥＴＧＥＳＬＴＩＮＣＶＬＴＤＴまたはＴＲＶＤＱＴＰＲＴＡＴＫＥＴＧＥＳＬＴＩＮＣＷＴＧＡであり、
配列番号２は、ＴＳＷＦＲＫＮＰＧＴＴＤＷＥＲＭＳＩＧＧＲＹＶＥＳＶＮＫＧＡＫＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＹＣＫＡまたはＴＳＷＦＲＫＮＰＧＴＴＤＷＥＲＭＳＩＧＧＲＹＶＥＳＶＮＫＧＡＫＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＩＣＲＡであり、
配列番号３は、ＤＧＡＧＴＶＬＴＶＮであり、
配列番号４は、ＡＳＶＮＱＴＰＲＴＡＴＫＥＴＧＥＳＬＴＩＮＣＶＬＴＤＴまたはＡＳＶＮＱＴＰＲＴＡＴＫＥＴＧＥＳＬＴＩＮＣＶＶＴＧＡであり、
配列番号５は、ＴＹＷＹＲＫＮＰＧＳＳＮＱＥＲＩＳＩＳＧＲＹＶＥＳＶＮＫＲＴＭＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＹＣＫＡまたはＴＹＷＹＲＫＮＰＧＳＳＮＱＥＲＩＳＩＳＧＲＹＶＥＳＶＮＫＲＴＭＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＩＣＲＡであり、
配列番号６は、ＹＧＡＧＴＶＬＴＶＮであり、
配列番号７は、ＡＲＶＤＱＴＰＱＴＩＴＫＥＴＧＥＳＬＴＩＮＣＶＬＲＤであり、および
配列番号８は、ＴＹＷＹＲＫＫＳＧＳＴＮＥＥＳＩＳＫＧＧＲＹＶＥＴＶＮＳＧＳＫＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＩＣＲＡまたはＴＹＷＹＲＫＮＰＧＳＴＮＥＥＳＩＳＫＧＧＲＹＶＥＴＶＮＳＧＳＫＳＦＳＬＲＩＫＤＬＴＶＡＤＳＡＴＹＩＣＲＡである、
を有する抗原特異的抗原結合分子。
７．前記式（Ｉ）の配列が配列番号１０である、上記６に記載の抗原特異的抗原結合分子。
８．前記式（Ｉ）の配列が配列番号１２である、上記６に記載の抗原特異的抗原結合分子。
９．前記ＣＤＲ１領域が図１７で示されるＣＤＲ１領域である、上記６に記載の抗原特異的抗原結合分子。
１０．前記ＣＤＲ３領域が図１７で示されるＣＤＲ３領域である、上記６に記載の抗原特異的抗原結合分子。
１１．図１１、１２、１３、１４、１５または１６のいずれかに示される配列を有する、上記６に記載の抗原特異的抗原結合分子。
１２．ヒト化された、上記６〜１１のいずれか１つに記載の抗原特異的結合分子。
１３．上記６〜１２のいずれか１つに記載の抗原特異的抗原結合分子を有する融合タンパク質。
１４．前記抗原特異的抗原結合分子が生理活性タンパク質に融合している、上記１３に記載の融合タンパク質。
１５．上記６〜１２のいずれか１つに記載の抗原特異的抗原結合分子または上記１３もしくは１４に記載の融合タンパク質をコードする核酸。
１６．上記１５に記載の核酸を含む核酸構築物。
１７．上記１６に記載のベクターを含む宿主細胞。
１８．上記６〜１２のいずれか１つに記載の抗原特異的抗原結合分子または上記１３もしくは１４に記載の融合タンパク質の製造方法であって、宿主細胞内で前記分子をコードする核酸配列を発現させる段階を含む、方法。
１９．上記６〜１２のいずれか１つに記載の抗原特異的抗原結合分子または上記１３もしくは１４に記載の融合タンパク質を含む薬剤組成物。
２０．薬剤に用いられるための、上記６〜１２のいずれか１つに記載の抗原特異的抗原結合分子または上記１３もしくは１４に記載の融合タンパク質。
２１．疾患の治療を必要とする患者の疾患を治療するための薬剤の製造における、上記６〜１２のいずれか１つに記載の抗原特異的抗原結合分子または上記１３もしくは１４に記載の融合タンパク質の使用。
２２．治療上有効な量の上記１９に記載の薬剤組成物を治療を必要とする患者に投与することを含む、治療を必要とする患者における疾患の治療方法。
２３．検出可能に標識化された上記６〜１２のいずれか１つに記載の抗原特異的抗原結合分子または上記１３もしくは１４に記載の融合タンパク質をサンプルに添加し、および標的分析物に対する分子の結合を検出することを含む、サンプル中の標的分析物の存在の検定方法。
２４．検出可能に標識化された上記６〜１２のいずれか１つに記載の抗原特異的抗原結合分子または上記１３もしくは１４に記載の融合タンパク質を患者に投与することを含む、患者における疾患部位のイメージング方法。
２５．上記６〜１２のいずれか１つに記載の抗原特異的抗原結合分子または上記１３もしくは１４に記載の融合タンパク質を患者に投与することを含む、患者における疾患または症状の診断方法。