【手続補正書】
【提出日】平成29年2月3日(2017.2.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリメラーゼと標的核酸分子を配列決定条件下で接触させる工程であって、配列決定条件が少なくとも1つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、ポリメラーゼが固体基材に固定されている、工程；
ナノ構造を貫通する（through）、ナノ構造上での（on）またはナノ構造の上方での（over）標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動を検出する工程；
前記接触させる工程および前記検出する工程を複数回繰り返す工程；ならびに
少なくとも1つのヌクレオシド三リン酸の存在下での前記移動の変化の存在または非存在に連続的に基づき標的核酸分子の配列を決定する工程
を含む、標的核酸分子の配列を決定する方法。
【請求項２】
配列決定条件が、単一のヌクレオシド三リン酸の存在を含む、請求項1記載の方法。
【請求項３】
配列決定条件が、4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第1のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、請求項1記載の方法。
【請求項４】
固体基材がガラスである、請求項1記載の方法。
【請求項５】
ポリメラーゼが、RNAポリメラーゼである、請求項1記載の方法。
【請求項６】
RNAポリメラーゼが、バクテリオファージRNAポリメラーゼおよび細菌RNAポリメラーゼからなる群より選択される、請求項5記載の方法。
【請求項７】
バクテリオファージRNAポリメラーゼが、T7 RNAポリメラーゼおよびT3 RNAポリメラーゼからなる群より選択される、請求項6記載の方法。
【請求項８】
細菌RNAポリメラーゼが、大腸菌（E.coli）RNAポリメラーゼである、請求項6記載の方法。
【請求項９】
ポリメラーゼが、DNAポリメラーゼである、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
DNAポリメラーゼが、phi29、T7 DNAポリメラーゼ、枯草菌（Bacillus subtilis）DNAポリメラーゼおよびTaq DNAポリメラーゼからなる群より選択される、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
ポリメラーゼが、Hisタグを介して固体表面に固定される、請求項1記載の方法。
【請求項１２】
ポリメラーゼが、1つまたは複数のビオチン-ストレプトアビジン結合を介して固体表面に固定される、請求項1記載の方法。
【請求項１３】
標的核酸分子が、真核生物性である、請求項1記載の方法。
【請求項１４】
標的核酸分子が、二本鎖である、請求項1記載の方法。
【請求項１５】
標的核酸分子が、一本鎖である、請求項1記載の方法。
【請求項１６】
標的核酸分子が、生物学的試料中に含まれる、請求項1記載の方法。
【請求項１７】
標的核酸分子が、ポリメラーゼプロモーター配列を含む、請求項1記載の方法。
【請求項１８】
標的核酸分子が、磁気タグをさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１９】
ナノ構造が、ナノ細孔、ナノチューブおよびナノワイヤからなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項２０】
ナノ構造が、生物学的ナノ構造、ソリッドステートナノ構造またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項２１】
検出する工程が、ナノ構造の電流の変化の測定を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２２】
検出する工程が、ナノ構造のイオン伝導の変化の測定を含む、請求項1記載の方法。
【請求項２３】
検出する工程が、CMOSベースの人工ナノ構造および電子機器上での移動の捕捉をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項２４】
標的核酸分子に有向性の力を適用する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項２５】
有向性の力が、磁石によって生成される、請求項24記載の方法。
【請求項２６】
有向性の力が、流動または圧によって生成される、請求項24記載の方法。
【請求項２７】
ポリメラーゼがその上に固定された固体基材を提供する工程；
ポリメラーゼと標的核酸分子を第1の配列決定条件下で接触させる工程であって、第1の配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第1のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第1の配列決定条件下での、ナノ構造を貫通する、ナノ構造上でのまたはナノ構造の上方での標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動を検出する工程；ならびに
前記移動の変化に基づき標的核酸分子に沿った第1のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
を含む、標的核酸分子の配列を決定する方法。
【請求項２８】
ポリメラーゼがその上に固定された固体基材を提供する工程；
ポリメラーゼと標的核酸分子を第2の配列決定条件下で接触させる工程であって、第2の配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第2のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第2の配列決定条件下での、ナノ構造を貫通する、ナノ構造上でのまたはナノ構造の上方での標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動を検出する工程；ならびに
前記移動の変化に基づき標的核酸分子に沿った第2のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
をさらに含む、請求項27記載の方法。
【請求項２９】
第2の配列決定条件下での接触させる工程および検出する工程が、第1の配列決定条件下での接触させる工程および検出する工程と同時に行われる、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
第2の配列決定条件下での接触させる工程および検出する工程が、第1の配列決定条件下での接触させる工程および検出する工程の前または後に順に実施される、請求項28記載の方法。
【請求項３１】
ポリメラーゼがその上に固定された固体基材を提供する工程；
ポリメラーゼと標的核酸分子を第3の配列決定条件下で接触させる工程であって、第3の配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第3のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第3の配列決定条件下での、ナノ構造を貫通する、ナノ構造上でのまたはナノ構造の上方での標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動を検出する工程；ならびに
前記移動の変化に基づき標的核酸分子に沿った第3のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
をさらに含む、請求項28記載の方法。
【請求項３２】
標的核酸分子内での第1、第2および第3のヌクレオシド三リン酸の位置情報から標的核酸分子の配列を決定する工程
をさらに含む、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
ポリメラーゼがその上に固定された固体基材を提供する工程；
ポリメラーゼと標的核酸分子を第4の配列決定条件下で接触させる工程であって、第4の配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第4のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第4の配列決定条件下での標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動を検出する工程；ならびに
前記移動の変化に基づき標的核酸分子に沿った第4のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
をさらに含む、請求項31記載の方法。
【請求項３４】
1つまたは複数のポリメラーゼがその上に固定された固体基材を提供する工程；
1つまたは複数のポリメラーゼと標的核酸分子を第1の配列決定条件下で接触させる工程であって、第1の配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第1のヌクレオシド三リン酸の存在を含む、工程；
第1の配列決定条件下で、ナノ構造を貫通する、ナノ構造上でのまたはナノ構造の上方での標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動の変化が起こるかどうかを検出する工程であって、
前記移動の変化が起こる場合、方法は、前記接触させる工程およびそれ以降の工程を第1の配列決定条件下で繰り返す工程をさらに含み、
前記移動の変化が起こらない場合、方法は、前記接触させる工程およびそれ以降の工程を第2の配列決定条件下で繰り返す工程をさらに含み、第2の配列決定条件は、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第2のヌクレオシド三リン酸の存在を含み、
ここで、前記移動の変化が起こる場合、方法は、前記接触させる工程およびそれ以降の工程を第1の配列決定条件で繰り返す工程をさらに含み、
前記移動の変化が起こらない場合、方法は、前記接触させる工程およびそれ以降の工程を第3の配列決定条件下で繰り返す工程をさらに含み、第3の配列決定条件は、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第3のヌクレオシド三リン酸の存在を含む、工程；ならびに
第1、第2または第3の配列決定条件下での移動の変化の発生に連続的に基づき標的核酸分子の配列を決定する工程
を含む、標的核酸分子の配列を決定する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１６】
[本発明1001]
ポリメラーゼと標的核酸分子を配列決定条件下で接触させる工程であって、配列決定条件が少なくとも1つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、ポリメラーゼが固体基材に固定されている、工程；
ナノ構造を貫通する（through）、ナノ構造上での（on）またはナノ構造の上方での（over）標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動を検出する工程；
前記接触させる工程および前記検出する工程を複数回繰り返す工程；ならびに
少なくとも1つのヌクレオシド三リン酸の存在下での前記移動の変化の存在または非存在に連続的に基づき標的核酸分子の配列を決定する工程
を含む、標的核酸分子の配列を決定する方法。
[本発明1002]
配列決定条件が、単一のヌクレオシド三リン酸の存在を含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
配列決定条件が、4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第1のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、本発明1001の方法。
[本発明1004]
固体基材がガラスである、本発明1001の方法。
[本発明1005]
ポリメラーゼが、RNAポリメラーゼである、本発明1001の方法。
[本発明1006]
RNAポリメラーゼが、バクテリオファージRNAポリメラーゼおよび細菌RNAポリメラーゼからなる群より選択される、本発明1005の方法。
[本発明1007]
バクテリオファージRNAポリメラーゼが、T7 RNAポリメラーゼおよびT3 RNAポリメラーゼからなる群より選択される、本発明1006の方法。
[本発明1008]
細菌RNAポリメラーゼが、大腸菌（E.coli）RNAポリメラーゼである、本発明1006の方法。
[本発明1009]
ポリメラーゼが、DNAポリメラーゼである、本発明1001の方法。
[本発明1010]
DNAポリメラーゼが、phi29、T7 DNAポリメラーゼ、枯草菌（Bacillus subtilis）DNAポリメラーゼおよびTaq DNAポリメラーゼからなる群より選択される、本発明1009の方法。
[本発明1011]
ポリメラーゼが、Hisタグを介して固体表面に固定される、本発明1001の方法。
[本発明1012]
ポリメラーゼが、1つまたは複数のビオチン-ストレプトアビジン結合を介して固体表面に固定される、本発明1001の方法。
[本発明1013]
標的核酸分子が、真核生物性である、本発明1001の方法。
[本発明1014]
標的核酸分子が、二本鎖である、本発明1001の方法。
[本発明1015]
標的核酸分子が、一本鎖である、本発明1001の方法。
[本発明1016]
標的核酸分子が、生物学的試料中に含まれる、本発明1001の方法。
[本発明1017]
標的核酸分子が、ポリメラーゼプロモーター配列を含む、本発明1001の方法。
[本発明1018]
標的核酸分子が、磁気タグをさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1019]
ナノ構造が、ナノ細孔、ナノチューブおよびナノワイヤからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1020]
ナノ構造が、生物学的ナノ構造、ソリッドステートナノ構造またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1021]
検出する工程が、ナノ構造の電流の変化の測定を含む、本発明1001の方法。
[本発明1022]
検出する工程が、ナノ構造のイオン伝導の変化の測定を含む、本発明1001の方法。
[本発明1023]
検出する工程が、CMOSベースの人工ナノ構造および電子機器上での移動の捕捉をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1024]
標的核酸分子に有向性の力を適用する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1025]
有向性の力が、磁石によって生成される、本発明1024の方法。
[本発明1026]
有向性の力が、流動または圧によって生成される、本発明1024の方法。
[本発明1027]
ポリメラーゼがその上に固定された固体基材を提供する工程；
ポリメラーゼと標的核酸分子を第1の配列決定条件下で接触させる工程であって、第1の配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第1のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第1の配列決定条件下での、ナノ構造を貫通する、ナノ構造上でのまたはナノ構造の上方での標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動を検出する工程；ならびに
前記移動の変化に基づき標的核酸分子に沿った第1のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
を含む、標的核酸分子の配列を決定する方法。
[本発明1028]
ポリメラーゼがその上に固定された固体基材を提供する工程；
ポリメラーゼと標的核酸分子を第2の配列決定条件下で接触させる工程であって、第2の配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第2のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第2の配列決定条件下での、ナノ構造を貫通する、ナノ構造上でのまたはナノ構造の上方での標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動を検出する工程；ならびに
前記移動の変化に基づき標的核酸分子に沿った第2のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
をさらに含む、本発明1027の方法。
[本発明1029]
第2の配列決定条件下での接触させる工程および検出する工程が、第1の配列決定条件下での接触させる工程および検出する工程と同時に行われる、本発明1028の方法。
[本発明1030]
第2の配列決定条件下での接触させる工程および検出する工程が、第1の配列決定条件下での接触させる工程および検出する工程の前または後に順に実施される、本発明1028の方法。
[本発明1031]
ポリメラーゼがその上に固定された固体基材を提供する工程；
ポリメラーゼと標的核酸分子を第3の配列決定条件下で接触させる工程であって、第3の配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第3のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第3の配列決定条件下での、ナノ構造を貫通する、ナノ構造上でのまたはナノ構造の上方での標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動を検出する工程；ならびに
前記移動の変化に基づき標的核酸分子に沿った第3のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
をさらに含む、本発明1028の方法。
[本発明1032]
標的核酸分子内での第1、第2および第3のヌクレオシド三リン酸の位置情報から標的核酸分子の配列を決定する工程
をさらに含む、本発明1031の方法。
[本発明1033]
ポリメラーゼがその上に固定された固体基材を提供する工程；
ポリメラーゼと標的核酸分子を第4の配列決定条件下で接触させる工程であって、第4の配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸の存在を含み、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第4のヌクレオシド三リン酸が律速量で存在する、工程；
第4の配列決定条件下での標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動を検出する工程；ならびに
前記移動の変化に基づき標的核酸分子に沿った第4のヌクレオシド三リン酸の位置情報を決定する工程
をさらに含む、本発明1031の方法。
[本発明1034]
1つまたは複数のポリメラーゼがその上に固定された固体基材を提供する工程；
1つまたは複数のポリメラーゼと標的核酸分子を第1の配列決定条件下で接触させる工程であって、第1の配列決定条件が4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第1のヌクレオシド三リン酸の存在を含む、工程；
第1の配列決定条件下で、ナノ構造を貫通する、ナノ構造上でのまたはナノ構造の上方での標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動の変化が起こるかどうかを検出する工程であって、
前記移動の変化が起こる場合、方法は、前記接触させる工程およびそれ以降の工程を第1の配列決定条件下で繰り返す工程をさらに含み、
前記移動の変化が起こらない場合、方法は、前記接触させる工程およびそれ以降の工程を第2の配列決定条件下で繰り返す工程をさらに含み、第2の配列決定条件は、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第2のヌクレオシド三リン酸の存在を含み、
ここで、前記移動の変化が起こる場合、方法は、前記接触させる工程およびそれ以降の工程を第1の配列決定条件で繰り返す工程をさらに含み、
前記移動の変化が起こらない場合、方法は、前記接触させる工程およびそれ以降の工程を第3の配列決定条件下で繰り返す工程をさらに含み、第3の配列決定条件は、4つのヌクレオシド三リン酸のうちの第3のヌクレオシド三リン酸の存在を含む、工程；ならびに
第1、第2または第3の配列決定条件下での移動の変化の発生に連続的に基づき標的核酸分子の配列を決定する工程
を含む、標的核酸分子の配列を決定する方法。
[本発明1035]
複数のポリメラーゼがその上に固定されている固体基材であって、複数のナノ構造を含む、固体基材
を含む、製造物品。
[本発明1036]
固体基材が銅およびPEGでコーティングされている、本発明1035の製造物品。
[本発明1037]
固体基材がニッケルおよびPEGでコーティングされている、本発明1035の製造物品。
[本発明1038]
固体基材がNi-NTAでコーティングされている、本発明1035の製造物品。
[本発明1039]
固体基材がCMOSまたはCCDである、本発明1035の製造物品。
[本発明1040]
複数のポリメラーゼが、RNAポリメラーゼ、DNAポリメラーゼまたはそれらの組み合わせを含む、本発明1035の製造物品。
[本発明1041]
ポリメラーゼプロモーター配列をさらに含む、本発明1035の製造物品。
[本発明1042]
ビオチニル化核酸係留配列をさらに含む、本発明1035の製造物品。
[本発明1043]
1つまたは複数のヌクレオシド三リン酸をさらに含む、本発明1035の製造物品。
[本発明1044]
ナノ構造が、ナノ細孔、ナノチューブおよびナノワイヤからなる群より選択される、本発明1035の製造物品。
[本発明1045]
ナノ構造を貫通する、ナノ構造上でのまたはナノ構造の上方での標的核酸分子および／または1つもしくは複数の新生鎖の移動を同定する；
前記移動およびヌクレオシド三リン酸の存在に基づき標的核酸分子の配列をコンパイルする；または
有向性の力を適用する
ための説明書をさらに含む、本発明1035の製造物品。
[本発明1046]
説明書が電子形態で提供される、本発明1045の製造物品。
[本発明1047]
その上に固定された複数のポリメラーゼおよび複数のナノ構造を含む固体基材を受け入れるための収容構造と、
固体表面に固定された複数のポリメラーゼによって重合される標的核酸分子に張力を適用するのに十分でありかつそのような方向に向けられている有向性の力を提供するための供給源と、
ナノ構造の電流／イオン伝導の変化を決定するための手段と
を含む配列決定モジュール
を含む、標的核酸分子の単一塩基配列決定のための装置。
[本発明1048]
コンピュータープロセッサをさらに含む、本発明1047の装置。
[本発明1049]
核酸の配列決定に関係する試薬および緩衝液を収容および輸送するための流体工学手段（fluidics）
をさらに含む、本発明1047の装置。
[本発明1050]
試薬が、ヌクレオシド三リン酸からなる群より選択される、本発明1049の装置。
[本発明1051]
緩衝液が、洗浄緩衝液、酵素結合緩衝液および配列決定緩衝液からなる群より選択される、本発明1049の装置。
[本発明1052]
有向性の力を提供するための供給源が磁石を含む、本発明1047の装置。
[本発明1053]
有向性の力を提供するための供給源が液体の流動を含む、本発明1047の装置。
[本発明1054]
生物学的試料を受け入れるための収容構造と、
配列決定する核酸の単離および調製に関係する試薬および緩衝液を収容および輸送するための流体工学手段と
を含む試料調製モジュール
をさらに含む、本発明1047の装置。
[本発明1055]
試薬が、細胞溶解試薬および切断酵素からなる群より選択される、本発明1054の装置。
[本発明1056]
緩衝液が、溶解緩衝液および洗浄緩衝液からなる群より選択される、本発明1054の装置。
[本発明1057]
ポリメラーゼプロモーター配列を核酸分子に結び付けるのに関係する試薬および緩衝液を収容および輸送するための流体工学手段を含む、鋳型仕上げモジュール
をさらに含む、本発明1054の装置。
[本発明1058]
試薬が、リガーゼ酵素、分子モーター結合配列および係留手段（tether）からなる群より選択される、本発明1057の装置。
[本発明1059]
緩衝液が、リガーゼ緩衝液、磁気タグ結合緩衝液および酵素結合緩衝液からなる群より選択される、本発明1057の装置。
[本発明1060]
標的核酸分子の第1位置に関して第1データを受け取る工程であって、第1データが、ナノ構造を貫通する、ナノ構造上でのもしくはナノ構造の上方での標的核酸分子および／もしくは1つもしくは複数の新生鎖の移動の存在もしくは不存在ならびに／またはナノ構造を貫通する、ナノ構造上でのもしくはナノ構造の上方での前記鎖の移動速度を示す、工程；
標的核酸分子の第1位置に関して第2データを受け取る工程であって、第2データが、重合時に利用可能な1つまたは複数のヌクレオシド三リン酸の存在および／または量を示す、工程；
標的核酸分子の第2位置に関して別の第1データおよび別の第2データを受け取る工程；
標的核酸分子の第3位置に関してさらに別の第1データおよびさらに別の第2データを受け取る工程；
第1データを受け取る工程および第2データを受け取る工程を、標的核酸分子の第4位置およびそれ以降の位置に関して繰り返す工程；ならびに
各位置に関して受け取った第1データおよび第2データに基づき標的核酸分子の配列を決定する工程
を含む、標的核酸分子の重合時に得られるデータに基づき標的核酸分子の配列を決定する方法。
[本発明1061]
第1データおよび第2データが、示された位置のヌクレオチドとして記録される、本発明1060の方法。
別途定義がなされていない限り、本明細書で使用されるすべての技術・科学用語は、本件システム、方法および組成物の属する技術の分野における通常の知識を有する者に一般に理解されているのと同じ意味を有する。本件システム、方法および組成物の実施または試験には本明細書に記載されているのと類似または等価なシステム、方法および材料を使用することができるが、以下には適当なシステム、方法および材料が記載されている。加えて、本件システム、材料、方法および実施例は、例示にすぎず、限定を意図したものではない。以下で言及されているいずれの刊行物、特許出願、特許およびその他の参考文献も、それらの全体が参照により組み入れられる。