【手続補正書】
【提出日】平成29年8月29日(2017.8.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝的に多様な刺激応答遺伝子関連研究において比較される亜集団を作製する方法であって、
ａ．ドナー集団の各ドナーから生物学的試料を得るステップと；
ｂ．コホートの生物学的試料に分子または条件を適用して、コホートのメンバーの中で表現型が異なる応答を誘導するステップと；
ｃ．表現型が異なる応答に基づいて生物学的試料を亜集団に分けるステップ；
とを含み、
亜集団は、遺伝的に多様な刺激応答遺伝子関連研究において比較される、方法。
【請求項２】
遺伝的に多様な刺激応答遺伝子関連研究が、動物、哺乳動物、またはヒトに対して実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
生物学的試料が、幹細胞、複能性(multipotent)幹細胞もしくはその派生物、または多能性(pluripotent)幹細胞もしくはその派生物である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
生物学的試料がインビトロまたはインシリコのいずれかで含有される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
生物学的試料のコホートの複数の同一コピーを作出すること、およびこのコホートが関与する将来の実験で使用するためにこれらのコピーを別々に保存することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
コピーを凍結保存する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
試験分子または試験条件が、低分子医薬品、生物学的作用物質、ワクチン、工業化学物質、病原体、毒素、または環境条件からなる、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
表現型が異なる集団が、指定した応答程度を引き起こすために必要な試験分子の量または環境条件の程度を定量的に測定することによって定義される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
表現型が異なる集団が、試験分子または環境条件への曝露と指定した応答程度が生じる時間との間の時間間隔によって定義される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
表現型が異なる集団が、同じ実験で測定された多数のパラメータについての試験対象応答に基づいて定義される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
表現型が異なる集団が、２つ以上の独立した実験で測定された１つまたは複数のパラメータに基づく試験対象応答に基づく、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
遺伝的に多様な刺激応答遺伝子関連研究を実施する方法であって、
ａ．遺伝子以外の多様性を排除するかまたは最小限に抑える方法を使用して得られるドナー集団の各ドナーから生物学的試料を得るステップと；
ｂ．コホートの生物学的試料に試験分子または試験条件を適用して、コホートのメンバーの中で表現型が異なる応答を誘導するステップと；
ｃ．表現型が異なる応答に基づいて生物学的試料を亜集団に分けるステップと
ｄ．亜集団間の試験分子または試験条件に対する応答を対比するステップ；
とを含む、方法。
【請求項１３】
試料を収集したときドナーが所定の年齢の１年以内である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ドナーが新生仔である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
生物学的試料が周産期幹細胞である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
ドナーが妊娠中に類似の環境条件に曝露されている、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
ドナーが同じ共同体において生まれたか、ドナーの母親が妊娠中に同じ共同体に住んでいたか、ドナーの母親が妊娠中に同じ職業に就いていたか、またはドナーが所定の時間内に出生した、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
遺伝的に多様な刺激応答遺伝子関連研究を実施するために試験対象のコホートを２つ以上の表現型の異なる亜集団に分ける方法であって、
ａ．ドナー集団の各ドナーから生物学的試料を得るステップと；
ｂ．試験対象のコホートの生物学的試料に試験分子または試験条件を適用して、コホートのメンバーの中で表現型が異なる応答を誘導するステップと；
ｃ．表現型が異なる応答に基づいて生物学的試料を２つ以上の亜集団に分けるステップ；
とを含み、
２つ以上の亜集団が、試験分子または試験条件に対する試験対象の応答の定量的測定の所定の範囲によって定義される、方法。
【請求項１９】
試験を実施したコホートのサブセットのみが遺伝的に多様な刺激応答遺伝子関連研究に含まれ、
サブセットには、症例亜集団に含めるために応答が最高である試験対象、および対照亜集団に含めるためにスコアが最低である試験対象が含まれる、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
試験を実施したコホートのサブセットのみが遺伝的に多様な刺激応答遺伝子関連研究に含まれ、
サブセットには、症例亜集団に含めるために応答が最低である試験対象、および対照亜集団に含めるためにスコアが最高である試験対象が含まれる、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
次に高いスコア、および次に低いスコアが付いた試験対象の応答と比較したときの試験対象による応答レベルの変位点に基づいて、試験対象が多数の亜集団に分離され、全ドナーが亜集団に入る、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
分離させる試験対象がコホート内の試験対象のサブセットのみを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２３】
表現型が異なる集団が、所定の程度の応答を引き起こすために必要な刺激の程度を定量的に測定することによって定義される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２４】
表現型が異なる集団が、刺激への曝露と所定の程度の応答が引き起こされる時間との間の時間間隔によって定義される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２５】
表現型が異なる集団が、同じ実験で測定された多数のパラメータについての試験対象の応答に基づいて定義される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２６】
表現型が異なる集団が、２つ以上の独立した実験で測定された１つまたは複数のパラメータに基づく試験対象の応答に基づく、請求項１８に記載の方法。
【請求項２７】
分離した異なる範囲が、刺激が同じ実験または異なる実験で発生するかどうかに関わらず、刺激に対する試験対象の応答を別の刺激に対する試験対象の応答と数学的に比較するアルゴリズムを使用して定義される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２８】
分離した異なる範囲が、刺激が同じ実験または異なる実験で発生するかどうかに関わらず、刺激に対する試験対象の応答を同一の刺激に対する異なる試験対象の応答と数学的に比較するアルゴリズムを使用して定義される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２９】
どの細胞、組織、器官または器官の種類が特定の対立遺伝子によって影響を受けるかを同定する方法であって、
ａ．ドナー集団の各ドナーから生物学的試料を得るステップと；
ｂ．共通コホートの各生物学的試料から２つ以上の異なる細胞、組織、器官または器官の種類を生成するステップと；
ｃ．生物学的試料に分子または条件を適用して、コホートのメンバーの中で表現型が異なる応答を誘導するステップと；
ｄ．刺激応答遺伝子関連研究によって応答を分析するステップと；
ｅ．ドナーの１細胞、組織、器官または器官の種類を遺伝的に多様な刺激応答遺伝子関連研究によって分析したときには、刺激に対する所定の応答に関連するが、同じドナーの異なる細胞、組織、器官または器官の種類を遺伝的に多様な刺激応答遺伝子関連研究によって分析したときには、刺激に対する所定の応答に関連しない、対立遺伝子を同定するステップ；
とを含み、
細胞、組織、器官または器官の種類が同定した対立遺伝子によって影響を受ける、方法。