【手続補正書】
【提出日】平成29年1月6日(2017.1.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルを、癌を有する患者をＮＥＤＤ８活性化酵素（ＮＡＥ）阻害剤を用いて治療できるかどうかの指標とする方法であって、前記方法が、
ａ）前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表１に特定される少なくとも２つのマーカーを含むマーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップであって、前記マーカー遺伝子発現レベルが、前記マーカーセット中の前記マーカー遺伝子の核酸の量を測定することによって決定され、前記核酸は、配列番号１１７〜１８５およびそれらの断片からなる群から選択されるか、または前記核酸は、配列番号１〜６９およびそれらのスプライス変異形からなる群から選択される、ステップと、
ｂ）部分最小二乗回帰（ＰＬＳＲ）に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
ｃ）前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
ｄ）前記予測成果スコアと前記カットオフ値との前記比較を、前記患者を前記ＮＡＥ阻害剤を用いて治療できるかどうかの指標とするステップと
を含む、方法。
【請求項２】
マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルを、癌を有する患者がＮＥＤＤ８活性化酵素（ＮＡＥ）阻害剤を用いる治療のための候補であるかどうかの指標とする方法であって、前記ＮＡＥ阻害剤は１−置換メチルスルファミン酸塩であり、前記方法が、
ａ）前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表１において特定されるマーカー１、２、３、および４からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーを含むマーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
ｂ）部分最小二乗回帰（ＰＬＳＲ）に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
ｃ）前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
を含む、方法であって、ステップｃ）における前記比較が、前記ＮＡＥ阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を示す場合に、前記患者が前記ＮＡＥ阻害剤を用いる治療のための候補である、方法。
【請求項３】
前記マーカー遺伝子セットが、
（ａ）マーカー１および２；または
（ｂ）マーカー１、２、３、および４；ならびに／あるいは
（ｃ）マーカー４６、マーカー４７、もしくはマーカー４６とマーカー４７の両方
を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記マーカー遺伝子セットが、ＴＧＦβ−ＳＭＡＤシグナル伝達経路、接着受容体誘導型シグナル伝達経路、ｃ−ｍｙｃ転写因子経路、およびｃ−ｍｙｂ転写因子経路からなる群から選択される経路におけるマーカーをさらに含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記マーカー遺伝子セットが、表１のマーカー１〜３および５〜４５からなる、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記マーカー遺伝子セットが、表１のマーカー１〜６９からなる、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記癌細胞が、血液学的癌または固形腫瘍癌に由来し、必要に応じて、前記固形腫瘍癌が、皮膚癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、食道癌、膀胱癌、および頭頸部癌からなる群から選択されるか、または前記血液学的癌が、急性骨髄性白血病である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記カットオフ値が、分離カットオフ値である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記予測成果スコアが、前記ＮＡＥ阻害剤のｌｏｇ２（ＩＣ５０）に関して表され、前記カットオフ値が、−３〜１の範囲を有する、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記カットオフ値未満の予測成果スコアは、前記ＮＡＥ阻害剤に対する感受性を予測する、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
癌を有する患者を治療するための方法において使用するためのＮＡＥ阻害剤を含む組成物であって、前記方法が、
ａ）前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表１において特定されるマーカー１、２、３、および４からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーを含むマーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
ｂ）部分最小二乗回帰（ＰＬＳＲ）に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
ｃ）前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
ｄ）ステップｃ）における前記比較が、前記ＮＡＥ阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を示す場合に、前記患者を前記ＮＡＥ阻害剤を用いて治療するステップであって、前記ＮＡＥ阻害剤は１−置換メチルスルファミン酸塩である、ステップと
を含む、組成物。
【請求項１２】
前記マーカー遺伝子セットが、
（ａ）マーカー１および２；または
（ｂ）マーカー１、２、３、および４；ならびに／あるいは
（ｃ）マーカー４６、マーカー４７、もしくはマーカー４６とマーカー４７の両方
を含む、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記マーカー遺伝子セットが、ＴＧＦβ−ＳＭＡＤシグナル伝達経路、接着受容体誘導型シグナル伝達経路、ｃ−ｍｙｃ転写因子経路、およびｃ−ｍｙｂ転写因子経路からなる群から選択される経路におけるマーカーをさらに含む、請求項１１または１２に記載の組成物。
【請求項１４】
前記マーカー遺伝子セットが、表１のマーカー１〜３および５〜４５からなる、請求項１１または１２に記載の組成物。
【請求項１５】
前記マーカー遺伝子セットが、表１の１〜６９からなる、請求項１１または１２に記載の組成物。
【請求項１６】
前記癌細胞が、血液学的癌または固形腫瘍癌に由来し、必要に応じて、前記固形腫瘍癌が、皮膚癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、食道癌、膀胱癌、および頭頸部癌からなる群から選択されるか、または前記血液学的癌が、急性骨髄性白血病である、請求項１１〜１５のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１７】
前記カットオフ値が、分離カットオフ値である、請求項１１〜１６のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１８】
前記予測成果スコアが、前記ＮＡＥ阻害剤のｌｏｇ２（ＩＣ５０）に関して表され、前記カットオフ値が、−３〜１の範囲を有する、請求項１１〜１７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１９】
前記カットオフ値未満の予測成果スコアが、前記ＮＡＥ阻害剤に対する感受性を予測する、請求項１１〜１８のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２０】
マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルを、癌を有する患者がＮＡＥ阻害剤を用いる治療のための候補であるかどうかの指標とする方法であって、前記ＮＡＥ阻害剤が１−置換メチルスルファミン酸塩であり、前記方法が、
ａ）前記患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、表１において特定されるマーカー１〜３および５〜４５を含むマーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
ｂ）前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づいて、予測成果スコアを生成するステップと、
ｃ）前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと
を含む、方法であって、
ｉ）ステップｃ）における前記比較が、前記ＮＡＥ阻害剤に対する感受性を示す場合に、前記患者が前記ＮＡＥ阻害剤を用いる治療のための候補であるか；または
ｉｉ）ステップｃ）における前記比較が、前記ＮＡＥ阻害剤に対する耐性を示す場合に、前記患者が前記ＮＡＥ阻害剤を用いる治療のための候補でない
方法。
【請求項２１】
前記マーカー遺伝子セットが、マーカー４６、マーカー４７、またはマーカー４６およびマーカー４７をさらに含み、必要に応じて、前記マーカー遺伝子セットが表１のマーカー１〜６９からなる、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記予測成果スコアが、分離カットオフ値であり、必要に応じて、前記カットオフ値が、ｌｏｇ２（ＩＣ５０）に関して表される、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記腫瘍が、血液学的腫瘍または固形腫瘍であり、必要に応じて、前記血液学的腫瘍が、多発性骨髄腫、白血病およびリンパ腫からなる群から選択されるか、または前記固形腫瘍が、メラノーマ、食道癌、膀胱癌、肺癌、膵臓癌、結腸直腸癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、または前立腺癌からなる群から選択される、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
前記カットオフ値未満の予測成果スコアが、前記患者が前記ＮＡＥ阻害剤を用いる治療のための候補であることを示す、請求項２０〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２１】
本発明の他の特徴および利点は、以下の発明を実施するための形態、図面、および特許請求の範囲から明らかになる。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
ＮＥＤＤ８活性化酵素（ＮＡＥ）阻害剤を用いて癌を有する患者を治療するかどうかを決定するための方法であって、
ａ）前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表１に特定される少なくとも２つのマーカーを含むマーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
ｂ）部分最小二乗回帰（ＰＬＳＲ）に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
ｃ）前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
ｄ）前記予測成果スコアと前記カットオフ値との前記比較に基づいて、前記患者を前記ＮＡＥ阻害剤で治療するかどうかを決定するステップと、を含む、方法。
（項目２）
前記比較が、前記ＮＡＥ阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を予測する場合に、前記患者を治療することを決定することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記比較が、前記ＮＡＥ阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの耐性を予測する場合に、前記患者を治療しないことを決定することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記マーカー遺伝子発現レベルは、前記マーカーセット中の前記マーカー遺伝子の核酸の量を測定することによって決定される、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記マーカー遺伝子発現レベルは、前記マーカーセット中の前記マーカー遺伝子のポリペプチドの量を測定することによって決定される、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記核酸は、配列番号１〜６９およびそれらのスプライス変異形からなる群から選択される、項目４に記載の方法。
（項目７）
前記核酸は、配列番号１１７〜１８５およびそれらの断片からなる群から選択される、項目４に記載の方法。
（項目８）
前記ポリペプチドは、配列番号１〜６９およびそれらのスプライス変異形からなる群から選択される核酸によってコードされる、ポリペプチドまたはそのアイソフォームである、項目５に記載の方法。
（項目９）
前記マーカー遺伝子セットは、表１において特定されるマーカー１、２、３、および４からなる群から選択されるマーカーを含む、項目１に記載の方法。
（項目１０）
癌を有する患者を、ＮＥＤＤ８活性化酵素（ＮＡＥ）阻害剤での治療のための候補として特定する方法であって、
ａ）前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表１に特定されるマーカー１、２、３、および４からなる群から選択されるマーカーを含む、マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
ｂ）部分最小二乗回帰（ＰＬＳＲ）に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
ｃ）前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
ｄ）ステップｃ）における前記比較が、前記ＮＡＥ阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を示す場合、前記患者を前記ＮＡＥ阻害剤での治療のための候補として特定するステップと、を含む、方法。
（項目１１）
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー１および２を含む、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー１、２、３、および４を含む、項目１０に記載の方法。
（項目１３）
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー４６、マーカー４７、またはマーカー４６とマーカー４７の両方をさらに含む、項目１０〜１２のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
前記マーカー遺伝子セットは、ＴＧＦβ−ＳＭＡＤシグナル伝達経路、接着受容体誘導型シグナル伝達経路、ｃ−ｍｙｃ転写因子経路、およびｃ−ｍｙｂ転写因子経路からなる群から選択される経路におけるマーカーをさらに含む、項目１０〜１３のいずれかに記載の方法。
（項目１５）
前記マーカー遺伝子セットは、表１のマーカー１〜３および５〜４５からなる、項目１０に記載の方法。
（項目１６）
前記マーカー遺伝子セットは、表１の１〜６９からなる、項目１０に記載の方法。
（項目１７）
前記癌細胞は、血液学的癌または固形腫瘍癌に由来する、項目１０〜１６のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記固形腫瘍癌は、皮膚癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、食道癌、膀胱癌、および頭頸部癌からなる群から選択される、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記血液学的癌は、急性骨髄性白血病である、項目１７に記載の方法。
（項目２０）
前記カットオフ値は、分離カットオフ値である、項目１０に記載の方法。
（項目２１）
前記予測成果スコアは、前記ＮＡＥ阻害剤のｌｏｇ２（ＩＣ５０）に関して表され、前記カットオフ値は、−３〜１の範囲を有する、項目１０に記載の方法。
（項目２２）
前記カットオフ値未満の予測成果スコアは、前記ＮＡＥ阻害剤に対する感受性を予測する、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記カットオフ値は、−１．４５である、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記ＮＡＥ阻害剤は、１−置換メチルスルファミン酸塩である、項目１０〜２３のいずれかに記載の方法。
（項目２５）
前記１−置換メチルスルファミン酸塩は、（（（１Ｓ，２Ｓ，４Ｒ）−４−｛４−［（１Ｓ）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−イルアミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル｝−２−ヒドロキシシクロペンチル）メチルスルファミン酸塩）である、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記皮膚癌は、メラノーマである、項目１８に記載の方法。
（項目２７）
前記マーカー遺伝子セットは、表１に特定される、マーカー１〜４４、４６〜４８、５０、５１、５３〜６６、６８、および６９を含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
癌を有する患者を治療するための方法であって、
ａ）前記患者から得られた癌細胞サンプルにおいて、表１に特定されるマーカー１、２、３、および４からなる群から選択されるマーカーを含む、マーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
ｂ）部分最小二乗回帰（ＰＬＳＲ）に基づくアルゴリズムを使用して、前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づく予測成果スコアを生成するステップと、
ｃ）前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
ｄ）前記対象をＮＡＥ阻害剤で治療するステップであって、ｃ）における前記比較が、前記ＮＡＥ阻害剤に対する前記癌細胞サンプルの感受性を示す場合、治療するステップと、を含む、方法。
（項目２９）
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー１および２を含む、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー１、２、３、および４を含む、項目２８に記載の方法。
（項目３１）
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー４６、マーカー４７、またはマーカー４６とマーカー４７の両方をさらに含む、項目２８〜３０のいずれかに記載の方法。
（項目３２）
前記マーカー遺伝子セットは、ＴＧＦβ−ＳＭＡＤシグナル伝達経路、接着受容体誘導型シグナル伝達経路、ｃ−ｍｙｃ転写因子経路、およびｃ−ｍｙｂ転写因子経路からなる群から選択される経路におけるマーカーをさらに含む、項目２８〜３１のいずれかに記載の方法。
（項目３３）
前記マーカー遺伝子セットは、表１のマーカー１〜３および５〜４５からなる、項目２８に記載の方法。
（項目３４）
前記マーカー遺伝子セットは、表１のマーカー１〜６９からなる、項目２８に記載の方法。
（項目３５）
前記癌細胞は、血液学的癌または固形腫瘍癌に由来する、項目２８〜３４のいずれかに記載の方法。
（項目３６）
前記固形腫瘍癌は、皮膚癌、乳癌、結腸癌、肺癌、膵臓癌、食道癌、膀胱癌、および頭頸部癌からなる群から選択される、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記血液学的癌は、急性骨髄性白血病である、項目３５に記載の方法。
（項目３８）
前記カットオフ値は、分離カットオフ値である、項目２８に記載の方法。
（項目３９）
前記予測成果スコアは、ＮＡＥ阻害剤のｌｏｇ２（ＩＣ５０）に関して表される、項目２８に記載の方法。
（項目４０）
前記ｌｏｇ２（ＩＣ５０）は、−３〜１．０のカットオフ値範囲を有する、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記カットオフ値未満の予測成果スコアは、前記ＮＡＥ阻害剤に対する感受性を示す、項目３９に記載の方法。
（項目４２）
前記カットオフ値は、−１．４５である、項目４０に記載の方法。
（項目４３）
前記ＮＡＥ阻害剤は、１−置換メチルスルファミン酸塩である、項目２８〜４２のいずれかに記載の方法。
（項目４４）
前記１−置換メチルスルファミン酸塩は、（（（１Ｓ，２Ｓ，４Ｒ）−４−｛４−［（１Ｓ）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−イルアミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル｝−２−ヒドロキシシクロペンチル）メチルスルファミン酸塩）である、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
前記皮膚癌は、メラノーマである、項目３６に記載の方法。
（項目４６）
前記マーカー遺伝子セットは、表１に特定される、マーカー１〜４４、４６〜４８、５０、５１、５３〜６６、６８、および６９を含む、項目４６に記載の方法。
（項目４７）
癌を有する患者を、ＮＡＥ阻害剤での治療のための候補として特定する方法であって、
ａ）前記患者から得られた腫瘍サンプルにおいて、表１に特定されるマーカー１〜３および５〜４５を含むマーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
ｂ）前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づいて、予測成果スコアを生成するステップと、
ｅ）前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
ｃ）ＮＡＥ阻害剤に対する前記患者の感受性または耐性を予測するステップと、を含む、方法。
（項目４８）
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー４６、マーカー４７、またはマーカー４６およびマーカー４７をさらに含む、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記ＮＡＥ阻害剤に対する感受性を示す予測成果スコアが、前記患者を前記ＮＡＥ阻害剤での治療のための候補として特定する、項目４７または４８に記載の方法。
（項目５０）
前記ＮＡＥ阻害剤に対する耐性を示す予測成果スコアが、前記患者を前記ＮＡＥ阻害剤での治療のための候補でないとして特定する、項目４７または４８に記載の方法。
（項目５１）
前記予測成果スコアは、分離カットオフ値である、項目４７または４８に記載の方法。
（項目５２）
前記カットオフ値は、ｌｏｇ２（ＩＣ５０）に関して表される、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記ＮＡＥ阻害剤は、１−置換メチルスルファミン酸塩である、項目４７〜５２のいずれかに記載の方法。
（項目５４）
１−置換メチルスルファミン酸塩は、（（（１Ｓ，２Ｓ，４Ｒ）−４−｛４−［（１Ｓ）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−イルアミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル｝−２−ヒドロキシシクロペンチル）メチルスルファミン酸塩）である、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記腫瘍は、血液学的癌または固形腫瘍である、項目４７〜５４のいずれかに記載の方法。
（項目５６）
前記血液腫瘍は、多発性骨髄腫、白血病、およびリンパ腫からなる群から選択される、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
前記固形腫瘍は、メラノーマ、食道癌、膀胱癌、肺癌、膵臓癌  結腸直腸癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、または前立腺癌からなる群から選択される、項目５５に記載の方法。
（項目５８）
前記マーカー遺伝子セットは、表１に特定されるマーカー４および４６〜６９をさらに含む、項目４７に記載の方法。
（項目５９）
ＮＡＥ阻害剤での癌の治療を、それを必要とする対象において行うための方法であって、
ａ）表１に特定されるマーカー１〜３および５〜４５を含むマーカー遺伝子セットの遺伝子発現レベルの定量的尺度を決定するステップと、
ｂ）前記マーカー遺伝子セットの前記遺伝子発現レベルに基づいて、予測成果スコアを生成するステップと、
ｃ）前記予測成果スコアをカットオフ値と比較するステップと、
ｄ）前記対象をＮＡＥ阻害剤で治療するステップであって、ステップｃ）における前記比較が、前記ＮＡＥ阻害剤に対する感受性を示す場合、治療するステップと、を含む、方法。
（項目６０）
前記マーカー遺伝子セットは、マーカー４６、マーカー４７、またはマーカー４６とマーカー４７の両方をさらに含む、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
前記予測成果スコアは、分離カットオフ値である、項目５９または６０に記載の方法。
（項目６２）
前記カットオフ値は、ｌｏｇ２（ＩＣ５０）に関して表される、項目５９または６０に記載の方法。
（項目６３）
前記ＮＡＥ阻害剤は、１−置換メチルスルファミン酸塩である、項目５９〜６２のいずれかに記載の方法。
（項目６４）
前記１−置換メチルスルファミン酸塩は、（（（１Ｓ，２Ｓ，４Ｒ）−４−｛４−［（１Ｓ）−２，３−ジヒドロ−１Ｈ−インデン−１−イルアミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−７−イル｝−２−ヒドロキシシクロペンチル）メチルスルファミン酸塩）である、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
前記腫瘍は、血液学的癌または固形腫瘍である、項目５９〜６４のいずれかに記載の方法。
（項目６６）
前記血液腫瘍は、多発性骨髄腫、白血病、およびリンパ腫からなる群から選択される、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記固形腫瘍は、メラノーマ、食道癌、膀胱癌、肺癌、膵臓癌  結腸直腸癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、または前立腺癌からなる群から選択される、項目６５に記載の方法。
（項目６８）
前記マーカー遺伝子セットは、表１に特定されるマーカー４および４６〜６９をさらに含む、項目５９に記載の方法。
（項目６９）
表１に特定されるマーカー１および２を含むマーカー遺伝子セットの発現レベルを判定するための試薬と、使用のための説明書と、を含む、キット。
（項目７０）
マーカー３の発現レベルを判定するための試薬をさらに含む、項目６９に記載のキット。
（項目７１）
マーカー４の発現レベルを判定するための試薬をさらに含む、項目６９または７０に記載のキット。
（項目７２）
マーカー４６もしくはマーカー４７のレベルを判定するための試薬、またはマーカー４６および４７のレベルを判定するための試薬をさらに含む、項目６９〜７１のいずれかに記載のキット。
（項目７３）
表１に特定されるマーカー５〜４４、４６−４８、５０、５１、５３〜６６、６８、および６９の発現レベルを判定するための試薬をさらに含む、項目６９に記載のキット。
（項目７４）
表１に特定されるマーカー１〜３および５〜４５を含むマーカー遺伝子セットの発現レベルを判定するための試薬と、使用のための説明書と、を含む、キット。
（項目７５）
表１に特定されるマーカー４および４６〜６９を判定するための試薬をさらに含む、項目７４に記載のキット。
（項目７６）
ＮＡＥ阻害剤の有効量で癌を治療するための、項目６９〜７５のいずれかに記載のキットの使用。
（項目７７）
治療剤に対する対象の感受性を予測する遺伝子発現プロファイルに使用するためのＰＬＳＲに基づくモデルを特定するための方法であって、
ａ）遺伝子発現データセットを、訓練データセットと試験データセットとの間の釣り合い型スプリットに分割するステップと、
ｂ）ＰＬＳＲアルゴリズムを繰り返し使用して、前記訓練データセットを無作為スプリットによりサブ訓練セットとサブ試験セットにさらに分割し、そうして、ＰＬＳＲモデルを前記サブ訓練データセットで訓練するステップと、
ｃ）前記データセット間で共通の特性を表す上位ＰＬＳＲモデルを選択するステップと、
ｄ）コンセンサス重み付け法を適用して、前記コンセンサスに最も類似するコア遺伝子発現モデルを特定するステップと、
ｅ）前記コアモデルにおいて表示される前記遺伝子間の生物学的経路の関連性を分析して、過剰表示される生物学的経路を特定するステップと、
ｆ）前記過剰表示される経路に見出される１つ以上のマーカーを選択して、予測マーカー遺伝子セットを生成するステップと、を含み、
それによって、ＰＬＳＲに基づくモデルを生成する、方法。
（項目７８）
前記コンセンサス重み付け法は、特異値分解に基づく方法である、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
少なくとも１つのデータ縮小ステップをさらに含む、項目７７に記載の方法。
（項目８０）
特性選択ステップをさらに含む、項目７７に記載の方法。