【手続補正書】
【提出日】平成29年6月7日(2017.6.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
SEQ ID NO:1〜89のいずれかより選択される少なくとも10個の初期発生遺伝子のセットのmRNAを増幅する、少なくとも10個のオリゴヌクレオチドまたは少なくとも10対のオリゴヌクレオチドを含む、多能性幹細胞の分化能を特徴付けるためのアレイ。
【請求項２】
SEQ ID NO:1、3、4、8、9、12、13、20、21、24、25、27、28、31、35、40、59、60、61、62、66、69、71、76、81、または84のいずれかより選択される少なくとも10個の初期発生遺伝子のセットのmRNAを増幅する、少なくとも10個のオリゴヌクレオチド、または少なくとも10対のオリゴヌクレオチドを含む、請求項1記載のアレイ。
【請求項３】
SEQ ID NO:1〜89のいずれかより選択される少なくとも20個の初期発生遺伝子のセットのmRNAを増幅する、少なくとも20個のオリゴヌクレオチド、または少なくとも20対のオリゴヌクレオチドを含む、請求項1記載のアレイ。
【請求項４】
SEQ ID NO:1〜89のいずれかより選択される少なくとも30個の初期発生遺伝子のセットのmRNAを増幅する、少なくとも30個のオリゴヌクレオチド、または少なくとも30対のオリゴヌクレオチドを含む、請求項1記載のアレイ。
【請求項５】
SEQ ID NO:1〜89のいずれかより選択される少なくとも30〜90個の初期発生遺伝子のセットのmRNAを増幅する、30〜90個のオリゴヌクレオチド、または30〜90対のオリゴヌクレオチドを含む、請求項1記載のアレイ。
【請求項６】
少なくとも1つの多能性幹細胞遺伝子、少なくとも1つの初期中胚葉発生遺伝子、少なくとも1つの外胚葉発生遺伝子、および少なくとも1つの内胚葉発生遺伝子を含む少なくとも10個の初期発生遺伝子のセットに対する、少なくとも10個のオリゴヌクレオチドまたは少なくとも10対のオリゴヌクレオチドを含む、請求項1記載のアレイ。
【請求項７】
少なくとも4つの多能性幹細胞遺伝子、少なくとも4つの初期中胚葉発生遺伝子、少なくとも4つの外胚葉発生遺伝子、および少なくとも4つの内胚葉発生遺伝子を含む少なくとも16個の初期発生遺伝子のセットに対する、少なくとも16個のオリゴヌクレオチドまたは少なくとも16対のオリゴヌクレオチドを含む、請求項1記載のアレイ。
【請求項８】
HAND1、ESM1、HAND2、HOPX、BMP10、FCN3、およびGSCからなる群より選択される少なくとも1つの中胚葉初期発生遺伝子、LEFTY1、EOMES、NODAL、およびFOXA2からなる群より選択される少なくとも1つの内胚葉初期発生遺伝子、TRPM8、POU4F1、OLFM3、WNT1、LMX1A、およびCDH9からなる群より選択される少なくとも1つの外胚葉初期発生遺伝子、ならびにIDO1、LCK、POU5F1、およびHESX1からなる群より選択される少なくとも1つの多能性初期発生遺伝子を含む少なくとも10個の初期発生遺伝子のセットに対する、少なくとも10個のオリゴヌクレオチドまたは少なくとも10対のオリゴヌクレオチドを含む、請求項6または7記載のアレイ。
【請求項９】
HAND1、ESM1、HAND2、HOPX、BMP10、FCN3、およびGSCからなる群より選択される少なくとも4つの中胚葉初期発生遺伝子、LEFTY1、EOMES、NODAL、およびFOXA2からなる群より選択される少なくとも4つの内胚葉初期発生遺伝子、TRPM8、POU4F1、OLFM3、WNT1、LMX1A、およびCDH9からなる群より選択される少なくとも4つの外胚葉初期発生遺伝子、IDO1、LCK、POU5F1、およびHESX1からなる群より選択される少なくとも4つの多能性初期発生遺伝子を含む少なくとも16個の初期発生遺伝子のセットに対する、少なくとも16個のオリゴヌクレオチドまたは少なくとも16対のオリゴヌクレオチドを含む、請求項7記載のアレイ。
【請求項１０】
1〜10個の対照遺伝子のmRNA配列を増幅する少なくとも1つのオリゴヌクレオチドまたは少なくとも1対のオリゴヌクレオチドをさらに含む、請求項1〜9のいずれか一項に記載のアレイ。
【請求項１１】
対照遺伝子が、ACTB、JARID2、CTCF、SMAD1、GAPDH、βアクチン、EIF2B、RPL37A、CDKN1B、ABL1、ELF1、POP4、PSMC4、RPL30、CASC3、PES1、RPS17、RPSL17L、CDKN1A、MRPL19、MT-ATP6、GADD45A、PUM1、YWHAZ、UBC、TFRC、TBP、RPLP0、PPIA、POLR2A、PGK1、IPO8、HMBS、GUSB、B2M、HPRT1、または18Sからなる群より選択される、請求項10記載のアレイ。
【請求項１２】
100個以下の初期発生遺伝子のmRNAを増幅するよう構成されている、請求項1〜11のいずれか一項に記載のアレイ。
【請求項１３】
オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの対が、固体支持体上または内に固定化されている、請求項1〜12のいずれか一項に記載のアレイ。
【請求項１４】
多能性幹細胞の分化能を決定するための方法であって、請求項1〜13のいずれか一項記載のアレイを使用して、該多能性幹細胞に由来する核酸を用いたアレイ増幅を実施する段階を含む、方法。
【請求項１５】
多能性幹細胞株の分化能を決定する方法であって、
少なくとも10個の初期発生遺伝子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの対を含むアレイを使用して、該多能性幹細胞株におけるSEQ ID NO:1〜89のいずれかより選択される少なくとも10個の初期発生遺伝子のセットのmRNAを増幅し、cDNAを産生する段階であって、産生したcDNA量が、増幅した各初期発生遺伝子のmRNA量に対応する、段階、
該多能性幹細胞において増幅した該少なくとも10個の初期発生遺伝子の各々について、cDNAのレベルを測定する段階；
コンピュータを使用して、該測定した少なくとも10個の初期発生遺伝子のセットのcDNA発現レベルを、対照多能性幹細胞サンプルにおける同じ初期発生遺伝子の発現レベルと比較する段階、およびこの比較に基づいて、該多能性幹細胞株の分化能を決定する段階
を含む、方法。
【請求項１６】
多能性幹細胞の分化能を特徴付けることにより、所望の使用のために多能性幹細胞株を選ぶためのアッセイであって、以下を含む、アッセイ：
a．  多能性幹細胞株におけるSEQ ID NO:1〜89のいずれかより選択される少なくとも10個の初期発生遺伝子のセットの発現のレベルを測定する段階；および、該多能性幹細胞における該少なくとも10個の初期発生遺伝子のセットの遺伝子発現のレベルを、同じ初期発生遺伝子のセットについての参照遺伝子発現レベルと比較する段階、ならびに
b．  初期発生遺伝子についての参照遺伝子発現レベルと比較した、測定された初期発生遺伝子の遺伝子発現のレベルにおいて統計的な有意差がないことに基づいて多能性幹細胞株を選ぶ段階；または、初期発生遺伝子の参照発現レベルと比較した、少なくとも1つの所望の初期発生遺伝子における発現レベルにおいて統計的な有意差があることに基づいて多能性幹細胞株を選ぶ段階。
【請求項１７】
以下を含むキット：
ａ．請求項1〜13のいずれか一項に記載のアレイ；および
ｂ．少なくとも10個の初期発生遺伝子のmRNAの増幅を行うための試薬。
【請求項１８】
多能性幹細胞の分化能の系列スコアカードであって、請求項1〜13のいずれか一項記載のアレイを使用して決定された、多能性幹細胞からの少なくとも10個の初期発生遺伝子のセットの発現レベルのデータセットを含む、系列スコアカード。
【請求項１９】
請求項18に記載の系列スコアカードを含む参照データベース。
【請求項２０】
コンピュータ実行可能な指示を含むコンピュータ可読物理的メモリであって、該指示が、請求項1〜13のいずれか一項記載のアレイを使用して測定された少なくとも10個の初期発生遺伝子の各々についてのΔCtを算出するためのものであり、各々の初期発生遺伝子のΔCt値が、複数の参照多能性幹細胞からの各々の初期発生遺伝子についての参照ΔCt値を含むデータプールからの各々の初期発生遺伝子についてのΔCt値と比較されて、ΔΔCt値が提供される、コンピュータ可読物理的メモリ。
【請求項２１】
中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における遺伝子についての平均ΔCtを算出し、中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における遺伝子の平均ΔCtを、複数の参照多能性幹細胞からの中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループにおける同じ遺伝子についての参照平均ΔCt値を含むデータプールからの、中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における同じ遺伝子の平均ΔCt値と比較して、平均ΔΔCt値を提供するための、請求項20記載のコンピュータ可読物理的メモリ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７６】
本発明の別の局面は、複数の初期発生遺伝子、例えば、表1および／または表2に列挙される遺伝子の任意の組み合わせのサブセットの遺伝子発現レベルを測定するために必要な試薬（例えば、オリゴヌクレオチドプローブおよび／またはプライマーならびに他の試薬）を含む、初期発生遺伝子のセットの遺伝子発現を測定するためのキットに関する。一部の態様において、キットは、本明細書において開示する系列スコアカードをさらに含む。一部の態様において、キットは、使用のための指示をさらに含む。一部の態様において、キットは、テスト幹細胞株からの初期発生遺伝子の測定レベルを、同じ遺伝子の参照レベルと比較するためのコンピュータ上での指示を含むコンピュータ可読媒体を含む。一部の態様において、キットは、テスト幹細胞株（例えば、多能性幹細胞株）からの初期発生遺伝子の測定レベルを、参照多能性幹細胞株からの同じ遺伝子の参照レベルと比較するための、オンラインで（例えば、クラウドで）利用可能なソフトウェアプログラムにアクセスするための指示を含む。
[本発明1001]
表1に列挙されるものより選択される初期発生遺伝子の任意の組み合わせのmRNAを増幅するオリゴヌクレオチドを含む、多能性幹細胞の分化能を特徴付けるためのアレイ組成物。
[本発明1002]
増幅された発生遺伝子が、表1に列挙されるものより選択される遺伝子をコードする核酸と少なくとも90％同一である、または、それに特異的にハイブリダイズする、本発明1001のアレイ。
[本発明1003]
表1または表2に列挙されるものより選択される10個の初期発生遺伝子の組み合わせのmRNAを増幅する、少なくとも10個のオリゴヌクレオチド、または少なくとも10対のオリゴヌクレオチドを含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1004]
表1または表2に列挙されるものより選択される20個の初期発生遺伝子の組み合わせのmRNAを増幅する、少なくとも20個のオリゴヌクレオチド、または少なくとも20対のオリゴヌクレオチドを含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1005]
表1に列挙されるものより選択される30個の初期発生遺伝子の組み合わせのmRNAを増幅する、少なくとも30個のオリゴヌクレオチド、または少なくとも30対のオリゴヌクレオチドを含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1006]
表1に列挙されるものより選択される30〜60個の初期発生遺伝子の組み合わせのmRNAを増幅する、30〜60個のオリゴヌクレオチド、または30〜60対のオリゴヌクレオチドを含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1007]
表1に列挙されるものより選択される60〜90個の初期発生遺伝子の組み合わせのmRNAを増幅する、60〜90個のオリゴヌクレオチド、または60〜90対のオリゴヌクレオチドを含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1008]
表1に列挙されるものより選択される初期発生遺伝子の組み合わせが、表1または表2より選択される、少なくとも1つの多能性幹細胞遺伝子、少なくとも1つの初期中胚葉発生遺伝子、少なくとも1つの外胚葉発生遺伝子、および少なくとも1つの内胚葉発生遺伝子を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1009]
表1に列挙されるものより選択される初期発生遺伝子の組み合わせが、表1または表2より選択される、少なくとも4つの多能性幹細胞遺伝子、少なくとも4つの初期中胚葉発生遺伝子、少なくとも4つの外胚葉発生遺伝子、および少なくとも4つの内胚葉発生遺伝子を含む、本発明1001のアレイ。
[本発明1010]
初期発生遺伝子の組み合わせが、HAND1、ESM1、HAND2、HOPX、BMP10、FCN3、およびGSCからなる群より選択される少なくとも1つの中胚葉初期発生遺伝子、LEFTY1、EOMES、NODAL、およびFOXA2からなる群より選択される少なくとも1つの内胚葉初期発生遺伝子、TRPM8、POU4F1、OLFM3、WNT1、LMX1A、およびCDH9からなる群より選択される少なくとも1つの外胚葉初期発生遺伝子、ならびにIDO1、LCK、POU5F1、およびHESX1からなる群より選択される少なくとも1つの多能性初期発生遺伝子より選択される、本発明1008または1009のアレイ。
[本発明1011]
初期発生遺伝子の組み合わせが、HAND1、ESM1、HAND2、HOPX、BMP10、FCN3、およびGSCからなる群より選択される少なくとも4つの中胚葉初期発生遺伝子、LEFTY1、EOMES、NODAL、およびFOXA2からなる群より選択される少なくとも4つの内胚葉初期発生遺伝子、TRPM8、POU4F1、OLFM3、WNT1、LMX1A、およびCDH9からなる群より選択される少なくとも4つの外胚葉初期発生遺伝子、IDO1、LCK、POU5F1、およびHESX1からなる群より選択される少なくとも4つの多能性初期発生遺伝子より選択される、本発明1009のアレイ。
[本発明1012]
1〜10個の対照遺伝子に対応する配列を増幅するオリゴヌクレオチドをさらに含む、本発明1001〜1011のいずれかのアレイ。
[本発明1013]
対照遺伝子が、ACTB、JARID2、CTCF、SMAD1、GAPDH、βアクチン、EIF2B、RPL37A、CDKN1B、ABL1、ELF1、POP4、PSMC4、RPL30、CASC3、PES1、RPS17、RPSL17L、CDKN1A、MRPL19、MT-ATP6、GADD45A、PUM1、YWHAZ、UBC、TFRC、TBP、RPLP0、PPIA、POLR2A、PGK1、IPO8、HMBS、GUSB、B2M、HPRT1、または18Sからなる群より選択される、本発明1012のアレイ。
[本発明1014]
100個以下のオリゴヌクレオチドを含む、本発明1001〜1013のいずれかのアレイ。
[本発明1015]
90個以下のオリゴヌクレオチドを含む、本発明1001〜1014のいずれかのアレイ。
[本発明1016]
50個以下のオリゴヌクレオチドを含む、本発明1001〜1015のいずれかのアレイ。
[本発明1017]
オリゴヌクレオチドがプライマーである、本発明1001〜1016のいずれかのアレイ。
[本発明1018]
オリゴヌクレオチドが、固体支持体上または内で固定化される、本発明1001〜1017のいずれかのアレイ。
[本発明1019]
オリゴヌクレオチドが、該オリゴヌクレオチドの5'末端により、固体表面上に固定化される、本発明1001〜1018のいずれかのアレイ。
[本発明1020]
固体表面が、シリコン、金属、およびガラスを含む材料の群より選択される、本発明1001〜1019のいずれかのアレイ。
[本発明1021]
固体支持体が、xおよびy座標により定義される、割り当てられた位置でオリゴヌクレオチドを含む、本発明1001〜1020のいずれかのアレイ。
[本発明1022]
オリゴヌクレオチドが、以下：
ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）；鎖置換増幅（SDA）；ループ媒介等温増幅（LAMP）；ローリングサークル増幅（RCA）；転写媒介増幅（TMA）；自家持続配列複製（3SR）；核酸配列ベースの増幅（NASBA）；または逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）
を含む方法により初期発生遺伝子のmRNAを増幅する、本発明1001〜1021のいずれかのアレイ。
[本発明1023]
PCRの方法が、リアルタイムPCR増幅法、またはSYBRグリーン方法もしくはMNAzyme検出方法による検出を伴うリアルタイムPCR増幅法である、本発明1022のアレイ。
[本発明1024]
OpenArray（登録商標）である、本発明1001〜1023のいずれかのアレイ。
[本発明1025]
多能性幹細胞の分化能を決定するための方法であって、該多能性幹細胞に由来する核酸および本発明1001のアレイを使用したアレイ増幅を実施する段階を含む、方法。
[本発明1026]
アレイ増幅を実施する段階の後、データが、ウェブベースの解析ツールを使用して解析される、本発明1025の方法。
[本発明1027]
ツールが、中胚葉系列、外胚葉系列、および内胚葉系列より選択される異なる系列に沿って分化する多能性幹細胞の分化能を決定するために使用される指標を出力する、本発明1025の方法。
[本発明1028]
ツールが、多能性幹細胞の多能性を決定するために使用される指標を出力する、本発明1025の方法。
[本発明1029]
表1に列挙するいずれかより選択される初期発生遺伝子のセットの多能性幹細胞株における発現を検出し、対照多能性幹細胞サンプルによる同じ遺伝子の発現と比較する段階、およびこの比較に基づいて、該多能性幹細胞株の分化能を決定する段階を含む、多能性幹細胞株の分化能を決定する方法。
[本発明1030]
遺伝子発現がリアルタイム増幅によりアッセイされる、または、検出が、SYBRグリーンベースのリアルタイムPCRを含む、本発明1029の方法。
[本発明1031]
初期発生遺伝子に加えて少なくとも1つの対照遺伝子の発現値が多能性幹細胞株において測定されてΔCtが各々の遺伝子について算出され、各々の初期発生遺伝子のΔCt値が、複数の参照多能性幹細胞からの参照ΔCt値を含むデータプールにおける各々の初期発生遺伝子のΔCt値と比較されて、ΔΔCt値が提供される、本発明1029の方法。
[本発明1032]
初期発生遺伝子に加えて少なくとも1つの対照遺伝子の発現値が多能性幹細胞株において測定されて、中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における遺伝子についての平均ΔCtが算出され、中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における遺伝子についての平均ΔCt値が、複数の参照多能性幹細胞からの中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループにおける同じ遺伝子についての参照平均ΔCt値を含むデータプールにおける中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における同じ遺伝子の平均ΔCt値と比較されて、ΔΔCt値が提供される、本発明1029の方法。
[本発明1033]
t検定を使用し、データプールにおける複数の参照多能性幹細胞からの中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における遺伝子についての参照ΔCt値と比較した、中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における遺伝子の平均ΔCt値の比較から、統計的に有意なΔΔCt値を同定する、本発明1032の方法。
[本発明1034]
中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のセットの発現レベルにおいて統計的に有意な量だけ異なる多能性幹細胞株が、さらなる使用のために、初期発生遺伝子発現におけるそのような統計的に有意な差に基づいて選択または廃棄される、本発明1033の方法。
[本発明1035]
表1または表2に列挙されるものより選択される、少なくとも10個の初期発生遺伝子の発現を検出し比較する段階を含む、本発明1029の方法。
[本発明1036]
表1または表2に列挙されるものより選択される、少なくとも20個の初期発生遺伝子の発現を検出し比較する段階を含む、本発明1029の方法。
[本発明1037]
表1に列挙されるものより選択される、少なくとも30個の初期発生遺伝子の発現を検出し比較する段階を含む、本発明1029の方法。
[本発明1038]
表1に列挙されるものより選択される、30〜60個の初期発生遺伝子の発現を検出し比較する段階を含む、本発明1029の方法。
[本発明1039]
表1に列挙されるものより選択される、60〜90個の初期発生遺伝子の発現を検出し比較する段階を含む、本発明1029の方法。
[本発明1040]
表1または表2より選択される、少なくとも1つの多能性幹細胞遺伝子、少なくとも1つの初期中胚葉発生遺伝子、少なくとも1つの外胚葉発生遺伝子、および少なくとも1つの内胚葉発生遺伝子の発現を検出し比較する段階を含む、本発明1029の方法。
[本発明1041]
表1または表2より選択される、少なくとも4つの多能性幹細胞遺伝子、少なくとも4つの初期中胚葉発生遺伝子、少なくとも4つの外胚葉発生遺伝子、および少なくとも4つの内胚葉発生遺伝子の発現を検出し比較する段階を含む、本発明1029の方法。
[本発明1042]
HAND1、ESM1、HAND2、HOPX、BMP10、FCN3、およびGSCからなる群より選択される少なくとも1つの中胚葉初期発生遺伝子、LEFTY1、EOMES、NODAL、およびFOXA2からなる群より選択される少なくとも1つの内胚葉初期発生遺伝子、TRPM8、POU4F1、OLFM3、WNT1、LMX1A、およびCDH9からなる群より選択される少なくとも1つの外胚葉初期発生遺伝子、ならびにIDO1、LCK、POU5F1、およびHESX1からなる群より選択される少なくとも1つの多能性初期発生遺伝子の発現を検出し比較する段階を含む、本発明1040または1041の方法。
[本発明1043]
HAND1、ESM1、HAND2、HOPX、BMP10、FCN3、およびGSCからなる群より選択される少なくとも4つの中胚葉初期発生遺伝子、LEFTY1、EOMES、NODAL、およびFOXA2からなる群より選択される少なくとも4つの内胚葉初期発生遺伝子、TRPM8、POU4F1、OLFM3、WNT1、LMX1A、およびCDH9からなる群より選択される少なくとも4つの外胚葉初期発生遺伝子、ならびにIDO1、LCK、POU5F1、およびHESX1からなる群より選択される少なくとも4つの多能性初期発生遺伝子の発現を検出し比較する段階を含む、本発明1041の方法。
[本発明1044]
中胚葉系列、外胚葉系列、および内胚葉系列より選択される異なる系列に沿って分化する多能性幹細胞の分化能の評価を可能にする、本発明1029の方法。
[本発明1045]
中胚葉系列、外胚葉系列、および内胚葉系列より選択される異なる系列に沿った分化を方向付けるシグナルへの多能性幹細胞の応答の予測を可能にする、本発明1029の方法。
[本発明1046]
多能性幹細胞の多能性の評価を可能にする、本発明1029の方法。
[本発明1047]
多能性幹細胞の分化能を特徴付けることにより、所望の使用のために多能性幹細胞株を選ぶためのアッセイであって、以下を含む、アッセイ：
a．  表1に列挙される遺伝子より選択される多能性幹細胞株において複数の初期発生遺伝子の発現のレベルを測定する段階；および、多能性幹細胞における複数の初期発生遺伝子の遺伝子発現のレベルを、同じ複数の初期発生遺伝子についての参照遺伝子発現レベルと比較する段階、ならびに
b．  初期発生遺伝子についての参照遺伝子発現レベルと比較した、測定された初期発生遺伝子の遺伝子発現のレベルにおいて統計的な有意差がないことに基づいて多能性幹細胞株を選ぶ段階；または、初期発生遺伝子の参照発現レベルと比較した、少なくとも1つの所望の初期発生遺伝子における発現レベルにおいて統計的な有意差があることに基づいて多能性幹細胞株を選ぶ段階。
[本発明1048]
複数の初期発生遺伝子が、表1または表2に列挙される遺伝子より選択される少なくとも10個の初期発生遺伝子を含む、本発明1047のアッセイ。
[本発明1049]
複数の初期発生遺伝子が、表1または表2に列挙される遺伝子より選択される少なくとも20個の初期発生遺伝子を含む、本発明1047のアッセイ。
[本発明1050]
少なくとも10個の初期発生遺伝子が、少なくとも1つの多能性幹細胞遺伝子、少なくとも1つの初期中胚葉発生遺伝子、少なくとも1つの外胚葉発生遺伝子、および少なくとも1つの内胚葉発生遺伝子を含む、本発明1048のアッセイ。
[本発明1051]
少なくとも10個の初期発生遺伝子が、少なくとも4つの多能性幹細胞遺伝子、少なくとも4つの初期中胚葉発生遺伝子、少なくとも4つの外胚葉発生遺伝子、および少なくとも4つの内胚葉発生遺伝子を含む、本発明1048のアッセイ。
[本発明1052]
少なくとも10個の初期発生遺伝子が、HAND1、ESM1、HAND2、HOPX、BMP10、FCN3、およびGSCからなる群より選択される少なくとも1つの中胚葉初期発生遺伝子、LEFTY1、EOMES、NODAL、およびFOXA2からなる群より選択される少なくとも1つの内胚葉初期発生遺伝子、TRPM8、POU4F1、OLFM3、WNT1、LMX1A、およびCDH9からなる群より選択される少なくとも1つの外胚葉初期発生遺伝子、ならびにIDO1、LCK、POU5F1、およびHESX1からなる群より選択される少なくとも1つの多能性初期発生遺伝子、本発明1050または1051のアッセイ。
[本発明1053]
少なくとも10個の初期発生遺伝子が、HAND1、ESM1、HAND2、HOPX、BMP10、FCN3、およびGSCからなる群より選択される少なくとも4つの中胚葉初期発生遺伝子、LEFTY1、EOMES、NODAL、およびFOXA2からなる群より選択される少なくとも4つの内胚葉初期発生遺伝子、TRPM8、POU4F1、OLFM3、WNT1、LMX1A、およびCDH9からなる群より選択される少なくとも4つの外胚葉初期発生遺伝子、ならびにIDO1、LCK、POU5F1、およびHESX1からなる群より選択される少なくとも4つの多能性初期発生遺伝子、本発明1051のアッセイ。
[本発明1054]
複数の初期発生遺伝子が、表1に列挙される遺伝子より選択される少なくとも30個の初期発生遺伝子を含む、本発明1047〜1053のいずれかのアッセイ。
[本発明1055]
複数の初期発生遺伝子が、表1に列挙される遺伝子より選択される少なくとも30〜60個の初期発生遺伝子、本発明1047〜1054のいずれかのアッセイ。
[本発明1056]
複数の初期発生遺伝子が、表1に列挙される遺伝子より選択され少なくとも30〜90個の初期発生遺伝子を含む、本発明1047〜1055のいずれかのアッセイ。
[本発明1057]
アレイによって、100個以下の初期発生遺伝子が測定される、本発明1047〜1056のいずれかのアッセイ。
[本発明1058]
アレイによって、90個以下の初期発生遺伝子が測定される、本発明1047〜1057のいずれかのアッセイ。
[本発明1059]
アレイによって、50個以下の初期発生遺伝子が測定される、本発明1047〜1058のいずれかのアッセイ。
[本発明1060]
多能性幹細胞が、胚様体（EB）形成条件下で、EB状態で少なくとも約2日間にわたり培養されている、本発明1047〜1059のいずれかのアッセイ。
[本発明1061]
多能性幹細胞が、EB状態で少なくとも約3日間にわたり培養されている、本発明1047〜1060のいずれかのアッセイ。
[本発明1062]
多能性幹細胞が、EB状態で少なくとも約4日間にわたり培養されている、本発明1047〜1061のいずれかのアッセイ。
[本発明1063]
多能性幹細胞が、EB状態で少なくとも約5日間にわたり培養されている、本発明1047〜1062のいずれかのアッセイ。
[本発明1064]
多能性幹細胞が、EB状態で約2日間以下にわたり培養されている、本発明1047〜1063のいずれかのアッセイ。
[本発明1065]
多能性幹細胞が、EB状態で約3日間以下にわたり培養されている、本発明1047〜1064のいずれかのアッセイ。
[本発明1066]
多能性幹細胞が、EB状態で約4日間以下にわたり培養されている、本発明1047〜1065のいずれかのアッセイ。
[本発明1067]
複数の初期発生遺伝子の発現のレベルが、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）；鎖置換増幅（SDA）；ループ媒介等温増幅（LAMP）；ローリングサークル増幅（RCA）；転写媒介増幅（TMA）；自家持続配列複製（3SR）；核酸配列ベースの増幅（NASBA）；または逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）からなる群より選択される方法により測定される、本発明1047のアッセイ。
[本発明1068]
ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）方法が、リアルタイムPCR増幅方法、または、SYBRグリーンによる検出を伴うかもしくはMNAzyme検出方法を使用するリアルタイムPCR増幅方法である、本発明1067のアッセイ。
[本発明1069]
多能性幹細胞における少なくとも1つの対照遺伝子の発現のレベルを測定する段階をさらに含む、本発明1047〜1068のいずれかのアッセイ。
[本発明1070]
対照遺伝子が、ACTB、JARID2、CTCF、SMAD1、GAPDH、βアクチン、EIF2B、RPL37A、CDKN1B、ABL1、ELF1、POP4、PSMC4、RPL30、CASC3、PES1、RPS17、RPSL17L、CDKN1A、MRPL19、MT-ATP6、GADD45A、PUM1、YWHAZ、UBC、TFRC、TBP、RPLP0、PPIA、POLR2A、PGK1、IPO8、HMBS、GUSB、B2M、HPRT1、EP300、または18Sからなる群より選択される、本発明1069のアッセイ。
[本発明1071]
多能性幹細胞における対照遺伝子の発現のレベルが初期発生遺伝子の発現のレベルと比較され、多能性幹細胞において測定された初期発生遺伝子の遺伝子発現のレベルのΔCtが提供される、本発明1047〜1070のいずれかのアッセイ。
[本発明1072]
同じ複数の初期発生遺伝子の遺伝子発現のレベルを同じ初期発生遺伝子の参照遺伝子発現レベルと比較する段階が、多能性幹細胞において測定された初期発生遺伝子の遺伝子発現のレベルのΔCtを、複数の参照多能性幹細胞から測定された同じ初期発生遺伝子の遺伝子発現のレベルの平均ΔCtと比較することを含む、本発明1047〜1072のいずれかのアッセイ。
[本発明1073]
少なくとも1つの所望の初期発生遺伝子の発現レベルにおいて統計的に有意な量だけ異なる多能性幹細胞株を選ぶ段階が、中胚葉発生遺伝子、外胚葉発生遺伝子、または内胚葉発生遺伝子である初期発生遺伝子の発現レベルにおいて統計的に有意な量だけ異なる多能性幹細胞株を選択することを含む、本発明1047〜1073のいずれかのアッセイ。
[本発明1074]
初期発生遺伝子についての参照遺伝子発現レベルが、複数の多能性幹細胞におけるその初期発生遺伝子の発現についての正常な変動の範囲である、本発明1047のアッセイ。
[本発明1075]
初期発生遺伝子についての参照遺伝子発現レベルが、その初期発生遺伝子についての発現レベルの平均値であって、平均値が、複数の多能性幹細胞株におけるその初期発生遺伝子の発現レベルから算出される、本発明1047のアッセイ。
[本発明1076]
複数の多能性幹細胞株が、少なくとも5株またはそれ以上の多能性幹細胞株である、本発明1074または1075のアッセイ。
[本発明1077]
統計的な差が、t検定により決定される差である、本発明1047〜1076のいずれかのアッセイ。
[本発明1078]
統計的な差が、参照レベルからの、標準偏差の少なくとも1倍分の差、標準偏差の少なくとも2倍分の差、または標準偏差の少なくとも3倍分の差である、本発明1047〜1077のいずれかのアッセイ。
[本発明1079]
多能性幹細胞が、哺乳動物の多能性幹細胞である、本発明1047〜1078のいずれかのアッセイ。
[本発明1080]
多能性幹細胞が、ヒトの多能性幹細胞である、本発明1047〜1079のいずれかのアッセイ。
[本発明1081]
以下を含むキット：
ａ．本発明1001〜1028のいずれかのアレイ；および
ｂ．初期発生遺伝子のmRNAの増幅を行うための試薬。
[本発明1082]
本発明1047〜1080のいずれかのアッセイに従った多能性幹細胞の分化能を特徴付けるための、本発明1001〜1028のいずれかのアレイの使用。
[本発明1083]
表1に列挙される群より選択される少なくとも1つの初期発生遺伝子の発現レベルに対する効果について化合物をスクリーニングための、本発明1001〜1028のいずれかのアレイの使用。
[本発明1084]
スクリーニングが以下の段階を含む、本発明1083の使用：
（i）多能性幹細胞をテスト化合物と所定の時間にわたり接触させる段階；
（ii）本発明1047〜1080のいずれかのアッセイを実施する段階；および
（iii）化合物の非存在と比較した、化合物の存在における少なくとも1つの初期発生遺伝子の発現レベルに関する増加または減少を決定する段階。
[本発明1085]
テスト化合物が、有機小分子、無機小分子、多糖類、ペプチド、タンパク質、核酸、生物学的材料（例えば細菌、植物、菌類、動物細胞、動物組織、またはそれらの任意の組み合わせなど）から作製された抽出物からなる群より選択される、本発明1083〜1084のいずれかの使用。
[本発明1086]
テスト化合物が、約0.01nM〜約1000mMの範囲における濃度でテストされる、本発明1083〜1085のいずれかの使用。
[本発明1087]
方法が、ハイスループットスクリーニング方法である、本発明1083〜1085のいずれかの使用。
[本発明1088]
多能性幹細胞の分化能の系列スコアカードであって、複数の多能性幹細胞からの複数の初期発生遺伝子の発現レベルのデータセットを含む、系列スコアカード。
[本発明1089]
複数の初期発生遺伝子が、表1または表2に列挙される遺伝子より選択される少なくとも10個の初期発生遺伝子を含む、本発明1088の系列スコアカード。
[本発明1090]
複数の初期発生遺伝子が、表1または表2に列挙される遺伝子より選択される少なくとも20個の初期発生遺伝子を含む、本発明1088の系列スコアカード。
[本発明1091]
少なくとも10個の初期発生遺伝子が、少なくとも1つの多能性幹細胞遺伝子、少なくとも1つの初期中胚葉発生遺伝子、少なくとも1つの外胚葉発生遺伝子、および少なくとも1つの内胚葉発生遺伝子を含む、本発明1088または1089の系列スコアカード。
[本発明1092]
少なくとも10個の初期発生遺伝子が、少なくとも4つの多能性幹細胞遺伝子、少なくとも4つの初期中胚葉発生遺伝子、少なくとも4つの外胚葉発生遺伝子、および少なくとも4つの内胚葉発生遺伝子を含む、本発明1088〜1091のいずれかの系列スコアカード。
[本発明1093]
少なくとも10個の初期発生遺伝子が、HAND1、ESM1、HAND2、HOPX、BMP10、FCN3、およびGSCからなる群より選択される少なくとも1つの中胚葉初期発生遺伝子、LEFTY1、EOMES、NODAL、およびFOXA2からなる群より選択される少なくとも1つの内胚葉初期発生遺伝子、TRPM8、POU4F1、OLFM3、WNT1、LMX1A、およびCDH9からなる群より選択される少なくとも1つの外胚葉初期発生遺伝子、ならびにIDO1、LCK、POU5F1、およびHESX1からなる群より選択される少なくとも1つの多能性初期発生遺伝子、本発明1091または1092の系列スコアカード。
[本発明1094]
少なくとも10個の初期発生遺伝子が、HAND1、ESM1、HAND2、HOPX、BMP10、FCN3、およびGSCからなる群より選択される少なくとも4つの中胚葉初期発生遺伝子、LEFTY1、EOMES、NODAL、およびFOXA2からなる群より選択される少なくとも4つの内胚葉初期発生遺伝子、TRPM8、POU4F1、OLFM3、WNT1、LMX1A、およびCDH9からなる群より選択される少なくとも4つの外胚葉初期発生遺伝子、ならびにIDO1、LCK、POU5F1、およびHESX1からなる群より選択される少なくとも4つの多能性初期発生遺伝子、本発明1092の系列スコアカード。
[本発明1095]
複数の初期発生遺伝子が、表1に列挙される遺伝子より選択される少なくとも30個の初期発生遺伝子を含む、本発明1088〜1094のいずれかの系列スコアカード。
[本発明1096]
複数の初期発生遺伝子が、表1に列挙される遺伝子より選択される30〜60個の初期発生遺伝子である、本発明1088〜1095のいずれかの系列スコアカード。
[本発明1097]
複数の初期発生遺伝子が、表1に列挙される遺伝子より選択される60〜90個の初期発生遺伝子を含む、本発明1088〜1096のいずれかの系列スコアカード。
[本発明1098]
複数の初期発生遺伝子の発現レベルのデータセットが記憶デバイスに接続されており、該記憶デバイスがコンピュータ上に位置付けられたデータベースである、本発明1088〜1097のいずれかの系列スコアカード。
[本発明1099]
本発明1088〜1098のいずれかの系列スコアカードを含む参照データベース。
[本発明1100]
本発明1099の参照データベースを含むコンピュータ可読記憶媒体。
[本発明1101]
有形の、非一時的記憶媒体である、本発明1100のコンピュータ可読記憶媒体。
[本発明1102]
コンピュータによりアクセスすることができる、任意の利用可能な、有形の、または物理的な媒体である、本発明1100のコンピュータ可読記憶媒体。
[本発明1103]
コンピュータ実行可能な指示を含むコンピュータ可読物理的メモリであって、該指示が、測定された各々の初期発生遺伝子についてのΔCtを算出するためであり、各々の初期発生遺伝子のΔCt値が、複数の参照多能性幹細胞からの各々の初期発生遺伝子についての参照ΔCt値を含むデータプールからの各々の初期発生遺伝子についてのΔCt値と比較されて、ΔΔCt値が提供される、コンピュータ可読物理的メモリ。
[本発明1104]
中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における遺伝子についての平均ΔCtを算出し、中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における遺伝子の平均ΔCtを、複数の参照多能性幹細胞からの中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループにおける同じ遺伝子についての参照平均ΔCt値を含むデータプールからの、中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における同じ遺伝子の平均ΔCt値と比較して、平均ΔΔCt値を提供するための、本発明1103のコンピュータ可読物理的メモリ。
[本発明1105]
データプールにおける複数の参照多能性幹細胞からの中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における遺伝子についての平均参照ΔCt値と比較した、中胚葉、外胚葉、および内胚葉の初期発生遺伝子のサブグループの各々における遺伝子の平均ΔCt値の比較から、統計的に有意なΔΔCt値を同定するためのt検定を実施するための指示をさらに含む、本発明1103のコンピュータ可読物理的メモリ。