【手続補正書】
【提出日】平成29年1月5日(2017.1.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
操作されたポリペプチドであって、その配列が参照配列エレメントに対応するエレメントを含み、該参照配列エレメントは、標準的Ｈ３番号付け系に基づく位置を使用して参照Ｈ５  ＨＡの残基１３０〜２２８を含み、該参照Ｈ５  ＨＡはＡ／Ｅｇｙｐｔ／Ｎ０３４５０／２００９（「Ｅｇｙ０９」）であり、
該ポリペプチドの配列エレメントは、該参照配列エレメントと少なくとも８０％の全体的配列同一性を示すが、
Ｌｙｓ２２４＋Ｘａａ２２６である第２の特徴を含み、
該ポリペプチドの配列エレメントは、以下：
該参照Ｈ５  ＨＡの１３０ループ中のアミノ酸に対応するアミノ酸の欠失である第１の特徴；
以下：
ｉ．Ｇｌｕ１８８＋Ｘａａ１９２＋Ｘａａ１９３、
ｉｉ．Ａｓｐ１８７＋Ｘａａ１９３、および
ｉｉｉ．Ｘａａ１９３
からなる群から選択される第３の特徴；ならびに
以下：
ｉ．Ａｌａ１６０、
ｉｉ．Ａｓｎ１５８＋Ａｌａ１６０、および
ｉｉｉ．Ａｓｎ１５８＋Ｔｈｒ１６０
からなる群から選択される第４の特徴
のうち少なくとも１つをさらに含むという点で、該参照配列エレメントとは同一でなく、
該特徴のアミノ酸の位置は、該参照Ｈ５  ＨＡの参照された位置に対応し、Ｘａａ２２６は、群Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、ＭｅｔおよびＡｌａから選択され、Ｘａａ１９２は、群Ａｒｇ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、ＬｅｕおよびＩｌｅから選択され、Ｘａａ１９３は、群Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｌｙｓ、ＡｒｇおよびＨｉｓから選択される、ポリペプチド。
【請求項２】
９８アミノ酸長と４００アミノ酸長との間（両端を含む）である、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
前記ペプチドの配列エレメントが、９８アミノ酸長と２３０アミノ酸長との間（両端を含む）である、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項４】
請求項１に記載のポリペプチドである少なくとも１種の抗原と、
薬学的に許容されるキャリアと
を含む、ワクチン組成物。
【請求項５】
ワクチンを提供する方法であって、
請求項１に記載のポリペプチドを含む少なくとも１種の抗原を提供するステップ；および
該提供された少なくとも１種の抗原をワクチン組成物へと製剤化するステップ
を含む、方法。
【請求項６】
Ｈ５インフルエンザの株におけるパンデミックのリスクを決定するための診断キットであって、請求項１に記載のポリペプチドに結合する少なくとも１種の抗体を含む、診断キット。
【請求項７】
試料中のインフルエンザをモニタリングする方法であって、以下：
ａ．該試料を、請求項１に記載のＨ５  ＨＡポリペプチドに特異的に結合する１種または複数の作用物質と接触させるステップ；
ｂ．該作用物質と該試料との結合を検出し、その結果該試料中のＨ５  ＨＡの存在および／またはレベルを決定するステップ
を含み、
該試料はインフルエンザを含有することが疑われる供給源から取得された試料である、
方法。
【請求項８】
前記供給源が環境供給源である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記供給源がヒト患者である、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記接触させるステップおよび検出するステップを、第１の接触させるステップおよび検出するステップが完了してから一定の期間が経過した後に、少なくとも１回反復する、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記供給源由来の試料を、ヒトに感染しないＨ５  ＨＡに特異的に結合する１種または複数の作用物質と接触させるステップをさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
操作されたポリペプチドであって、その配列が参照配列エレメントに対応するエレメントを含み、該参照配列エレメントは、標準的Ｈ３番号付け系に基づく位置を使用して参照Ｈ５  ＨＡの残基１３０〜２２８を含み、該参照Ｈ５  ＨＡはＡ／Ｅｇｙｐｔ／Ｎ０３４５０／２００９（「Ｅｇｙ０９」）であり、
該ポリペプチドの配列エレメントは、該参照配列エレメントと少なくとも８０％の全体的配列同一性を示すが、
Ｌｙｓ２２４＋Ｘａａ２２６である第２の特徴を含み、
該ポリペプチドの配列エレメントは、以下：
該参照Ｈ５  ＨＡの１３０ループ中のアミノ酸に対応するアミノ酸の欠失である第１の特徴；
Ｇｌｕ１８８＋Ａｒｇ１９２＋Ａｌａ１９３である第３の特徴；および
Ａｓｎ１５８＋Ｔｈｒ１６０である第４の特徴
のうち少なくとも１つをさらに含むという点で、該参照配列エレメントとは同一でなく、
該第２の特徴、第３の特徴および第４の特徴のアミノ酸の位置は、該参照Ｈ５  ＨＡの参照された位置に対応する、
ポリペプチド。
【請求項１３】
操作されたポリペプチドであって、その配列が参照配列エレメントに対応するエレメントを含み、該参照配列エレメントは、標準的Ｈ３番号付け系に基づく位置を使用して参照Ｈ５  ＨＡの残基１３０〜２２８を含み、該参照Ｈ５  ＨＡはＡ／Ｅｇｙｐｔ／Ｎ０３４５０／２００９（「Ｅｇｙ０９」）であり、
該ポリペプチドの配列エレメントは、該参照配列エレメントと少なくとも８０％の全体的配列同一性を示すが、
Ｌｙｓ２２４＋Ｘａａ２２６である第２の特徴を含み、
該ポリペプチドの配列エレメントは、以下：
該参照Ｈ５  ＨＡの１３０ループ中のアミノ酸に対応するアミノ酸の欠失である第１の特徴；
Ａｓｐ１８７＋Ｔｈｒ１９３である第３の特徴；および
Ａｓｎ１５８＋Ａｌａ１６０である第４の特徴
のうち少なくとも１つをさらに含むという点で、該参照配列エレメントとは同一でなく、
該第２の特徴、第３の特徴および第４の特徴のアミノ酸の位置は、該参照Ｈ５  ＨＡの参照された位置に対応する、
ポリペプチド。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
一部の実施形態では、本発明は、インフルエンザ感染を検出、特徴付けおよび／またはモニタリングするための技法および試薬を提供する。一部のこのような実施形態では、提供された技法および試薬は、単一の個体生物（例えば、単一のヒト）中に存在するインフルエンザ株を検出、特徴付けおよび／またはモニタリングするために利用される。一部の実施形態では、提供された技法および試薬は、生物の（例えば、ヒトの）集団中に存在するインフルエンザ株を検出、特徴付けおよび／またはモニタリングするために利用される。一部の実施形態では、提供された技法および試薬は、区域または環境中に存在するインフルエンザ株を検出、特徴付けおよび／またはモニタリングするために利用される。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ポリペプチドであって、その配列が参照配列エレメントに対応するエレメントを含み、前記参照配列エレメントは、重大なヒト感染性を媒介しない参照Ｈ５  ＨＡの残基１３０〜２２８を含み、
該ポリペプチドの配列エレメントは、該参照配列エレメントと少なくとも８０％の全体的配列同一性を示すが、以下：
ｉ．該参照Ｈ５  ＨＡのアミノ酸１３０に対応するアミノ酸の欠失である第１の特徴；
ｉｉ．以下：
ｉ．Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、
ｉｉ．Ｌｙｓ２２４＋Ｘａａ２２６
ｉｉｉ．Ｘａａ１３７＋Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、
ｉｖ．Ｘａａ２２６＋ｇｌｙ２２７＋ｓｅｒ２２８、
ｖ．Ｘａａ１３７＋ｐｒｏ２２１＋Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、および
ｖｉ．Ｘａａ１３７＋ｔｈｒ１５５＋ｐｒｏ２２１＋Ｘａａ２２６＋ｇｌｙ２２７＋ｓｅｒ２２８
からなる群から選択される第２の特徴；
ｉｉｉ．以下：
ｉ．ｇｌｕ１８８＋Ｘａａ１９２＋Ｘａａ１９３、
ｉｉ．ａｓｐ１８７＋Ｘａａ１９３、および
ｉｉｉ．Ｘａａ１９３
からなる群から選択される第３の特徴；ならびに
ｉｖ．以下：
ｉ．ａｌａ１６０、
ｉｉ．ａｓｎ１５８＋ａｌａ１６０、および
ｉｉｉ．ａｓｎ１５８＋ｔｈｒ１６０
からなる群から選択される第４の特徴
のうち少なくとも１つを含むという点で、該参照配列エレメントとは同一でなく、
該第２の特徴、第３の特徴および第４の特徴のアミノ酸の位置は、該参照Ｈ５  ＨＡの参照された位置に対応し、Ｘａａ２２６は、群Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、ＭｅｔおよびＡｌａから選択され、Ｘａａ１３７は、群Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、ＨｉｓおよびＡｓｎから選択され、Ｘａａ１９２は、群Ａｒｇ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、ＬｅｕおよびＩｌｅから選択され、Ｘａａ１９３は、群Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｌｙｓ、ＡｒｇおよびＨｉｓから選択される、ポリペプチド。
（項目２）
少なくとも２つの特徴を含む、項目１に記載のポリペプチド。
（項目３）
少なくとも３つの特徴を含む、項目１に記載のポリペプチド。
（項目４）
４つ全ての特徴を含む、項目１に記載のポリペプチド。
（項目５）
９８アミノ酸長と４００アミノ酸長との間（両端を含む）である、項目１に記載のポリペプチド。
（項目６）
前記ペプチドの配列エレメントが、９８アミノ酸長と２３０アミノ酸長との間（両端を含む）である、項目１に記載のポリペプチド。
（項目７）
ポリペプチドであって、その配列が参照配列エレメントに対応するエレメントを含み、
前記参照配列エレメントは、重大なヒト感染性を媒介しない参照Ｈ５  ＨＡの残基１３０〜２２８を含み、
該ポリペプチドの配列エレメントは、該参照配列エレメントと少なくとも８０％の全体的配列同一性を示すが、以下：
該参照Ｈ５  ＨＡのアミノ酸１３０に対応するアミノ酸の欠失である第１の特徴；
以下：
ｉ．Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、
ｉｉ．Ｌｙｓ２２４＋Ｘａａ２２６
ｉｉｉ．Ｘａａ１３７＋Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、
ｉｖ．Ｘａａ１＋ｇｌｙ２２７＋ｓｅｒ２２８、
ｖ．Ｘａａ１３７＋ｐｒｏ２２１＋Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、および
ｖｉ．Ｘａａ１３７＋ｔｈｒ１５５＋ｐｒｏ２２１＋Ｘａａ２２６＋ｇｌｙ２２７＋ｓｅｒ２２８
からなる群から選択される第２の特徴；
以下：
ｉｖ．ｇｌｕ１８８＋Ｘａａ１９２＋Ｘａａ１９３、
ｖ．ａｓｐ１８７＋Ｘａａ１９３、および
ｖｉ．Ｘａａ１９３
からなる群から選択される第３の特徴；ならびに
以下：
ｉｖ．ａｌａ１６０、
ｖ．ａｓｎ１５８＋ａｌａ１６０、および
ｖｉ．ａｓｎ１５８＋ｔｈｒ１６０
からなる群から選択される第４の特徴
のうち少なくとも１つを含むという点で、該参照配列エレメントとは同一でなく、
該第２の特徴、第３の特徴および第４の特徴のアミノ酸の位置は、該参照Ｈ５  ＨＡの参照された位置に対応し、Ｘａａ２２６は、群Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、ＭｅｔおよびＡｌａから選択され、Ｘａａ１３７は、群Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、ＨｉｓおよびＡｓｎから選択され、Ｘａａ１９２は、群Ａｒｇ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、ＬｅｕおよびＩｌｅから選択され、Ｘａａ１９３は、群Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｌｙｓ、ＡｒｇおよびＨｉｓから選択される、ポリペプチド
を含む少なくとも１種の抗原と、
薬学的に許容されるキャリアと
を含む、ワクチン組成物。
（項目８）
前記ポリペプチドが少なくとも２つの特徴を含む、項目７に記載のワクチン組成物。
（項目９）
前記ポリペプチドが少なくとも３つの特徴を含む、項目７に記載のワクチン組成物。
（項目１０）
前記ポリペプチドが４つ全ての特徴を含む、項目７に記載のワクチン組成物。
（項目１１）
前記ポリペプチドが、９８アミノ酸長と４００アミノ酸長との間（両端を含む）である、項目７に記載のワクチン組成物。
（項目１２）
前記ペプチドの配列エレメントが、９８アミノ酸長と２３０アミノ酸長との間（両端を含む）である、項目７に記載のワクチン組成物。
（項目１３）
ワクチンを提供する方法であって、
ポリペプチドであって、その配列が参照配列エレメントに対応するエレメントを含み、その参照配列エレメントは、重大なヒト感染性を媒介しない参照Ｈ５  ＨＡの残基１３０〜２２８を含み、
該ポリペプチドの配列エレメントは、該参照配列エレメントと少なくとも８０％の全体的配列同一性を示すが、以下：
該参照Ｈ５  ＨＡのアミノ酸１３０に対応するアミノ酸の欠失である第１の特徴；
以下：
ｉ．Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、
ｉｉ．Ｌｙｓ２２４＋Ｘａａ２２６
ｉｉｉ．Ｘａａ１３７＋Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、
ｉｖ．Ｘａａ２２６＋ｇｌｙ２２７＋ｓｅｒ２２８、
ｖ．Ｘａａ１３７＋ｐｒｏ２２１＋Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、および
ｖｉ．Ｘａａ１３７＋ｔｈｒ１５５＋ｐｒｏ２２１＋Ｘａａ２２６＋ｇｌｙ２２７＋ｓｅｒ２２８
からなる群から選択される第２の特徴；
以下：
ｉ．ｇｌｕ１８８＋Ｘａａ１９２＋Ｘａａ１９３、
ｉｉ．ａｓｐ１８７＋Ｘａａ１９３、および
ｉｉｉ．Ｘａａ１９３
からなる群から選択される第３の特徴；ならびに
以下：
ｉ．ａｌａ１６０、
ｉｉ．ａｓｎ１５８＋ａｌａ１６０、および
ｉｉｉ．ａｓｎ１５８＋ｔｈｒ１６０
からなる群から選択される第４の特徴
のうち少なくとも１つを含むという点で、該参照配列エレメントとは同一でなく、
該第２の特徴、第３の特徴および第４の特徴のアミノ酸の位置は、該参照Ｈ５  ＨＡの参照された位置に対応し、Ｘａａ２２６は、群Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、ＭｅｔおよびＡｌａから選択され、Ｘａａ１３７は、群Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、ＨｉｓおよびＡｓｎから選択され、Ｘａａ１９２は、群Ａｒｇ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、ＬｅｕおよびＩｌｅから選択され、Ｘａａ１９３は、群Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｌｙｓ、ＡｒｇおよびＨｉｓから選択される、ポリペプチドを含む少なくとも１種の抗原を提供するステップ；ならびに
該提供された少なくとも１種の抗原をワクチン組成物へと製剤化するステップ
を含む、方法。
（項目１４）
前記ポリペプチドが少なくとも２つの特徴を含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記ポリペプチドが少なくとも３つの特徴を含む、項目１３に記載の方法。
（項目１６）
前記ポリペプチドが４つ全ての特徴を含む、項目１３に記載の方法。
（項目１７）
前記ポリペプチドが、９８アミノ酸長と４００アミノ酸長との間（両端を含む）である、項目１３に記載の方法。
（項目１８）
前記ペプチドの配列エレメントが、９８アミノ酸長と２３０アミノ酸長との間（両端を含む）である、項目１３に記載の方法。
（項目１９）
Ｈ５インフルエンザの株におけるパンデミックのリスクを決定するための診断キットであって、
ポリペプチドであって、その配列が参照配列エレメントに対応するエレメントを含み、前記参照配列エレメントは、重大なヒト感染性を媒介しない参照Ｈ５  ＨＡの残基１３０〜２２８を含み、
該ポリペプチドの配列エレメントは、該参照配列エレメントと少なくとも８０％の全体的配列同一性を示すが、以下：
該参照Ｈ５  ＨＡのアミノ酸１３０に対応するアミノ酸の欠失である第１の特徴；
以下：
ｉ．Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、
ｉｉ．Ｌｙｓ２２４＋Ｘａａ２２６
ｉｉｉ．Ｘａａ１３７＋Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、
ｉｖ．Ｘａａ２２６＋ｇｌｙ２２７＋ｓｅｒ２２８、
ｖ．Ｘａａ１３７＋ｐｒｏ２２１＋Ｘａａ２２６＋ｓｅｒ２２８、および
ｖｉ．Ｘａａ１３７＋ｔｈｒ１５５＋ｐｒｏ２２１＋Ｘａａ２２６＋ｇｌｙ２２７＋ｓｅｒ２２８
からなる群から選択される第２の特徴；
以下：
ｉ．ｇｌｕ１８８＋Ｘａａ１９２＋Ｘａａ１９３、
ｉｉ．ａｓｐ１８７＋Ｘａａ１９３、および
ｉｉｉ．Ｘａａ１９３
からなる群から選択される第３の特徴；ならびに
以下：
ｉ．ａｌａ１６０、
ｉｉ．ａｓｎ１５８＋ａｌａ１６０、および
ｉｉｉ．ａｓｎ１５８＋ｔｈｒ１６０
からなる群から選択される第４の特徴
のうち少なくとも１つを含むという点で、該参照配列エレメントとは同一でなく、
該第２の特徴、第３の特徴および第４の特徴のアミノ酸の位置は、該参照Ｈ５  ＨＡの参照された位置に対応し、Ｘａａ２２６は、群Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、ＭｅｔおよびＡｌａから選択され、Ｘａａ１３７は、群Ａｒｇ、Ｌｙｓ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、ＨｉｓおよびＡｓｎから選択され、Ｘａａ１９２は、群Ａｒｇ、Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｖａｌ、ＬｅｕおよびＩｌｅから選択され、Ｘａａ１９３は、群Ｔｈｒ、Ａｌａ、Ｌｙｓ、ＡｒｇおよびＨｉｓから選択される、ポリペプチドに結合する少なくとも１種の抗体
を含む、診断キット。
（項目２０）
前記ポリペプチドが少なくとも２つの特徴を含む、項目１９に記載の診断キット。
（項目２１）
前記ポリペプチドが少なくとも３つの特徴を含む、項目１９に記載の診断キット。
（項目２２）
前記ポリペプチドが４つ全ての特徴を含む、項目１９に記載の診断キット。
（項目２３）
前記ポリペプチドが、９８アミノ酸長と４００アミノ酸長との間（両端を含む）である、項目１９に記載の診断キット。
（項目２４）
前記ペプチドの配列エレメントが、９８アミノ酸長と２３０アミノ酸長との間（両端を含む）である、項目１９に記載の診断キット。
（項目２５）
前記参照配列エレメントが、１５８位においてグリコシル化されていない、項目１９に記載の診断キット。
（項目２６）
ヒトに感染しない参照Ｈ５  ＨＡに結合する抗体をさらに含む、項目１９に記載の診断キット。
（項目２７）
試料中のインフルエンザをモニタリングする方法であって、以下：
ａ．インフルエンザを含有することが疑われる供給源から試料を取得するステップ；
ｂ．該料を、項目１に記載のＨ５  ＨＡポリペプチドに特異的に結合する１種または複数の作用物質と接触させるステップ；
ｃ．該作用物質と該試料との結合を検出し、その結果該試料中のＨ５  ＨＡの存在および／またはレベルを決定するステップ
を含む、方法。
（項目２８）
前記供給源が環境供給源である、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記供給源がヒト患者である、項目２７に記載の方法。
（項目３０）
前記取得するステップ、接触させるステップおよび検出するステップを、第１の取得するステップ、接触させるステップおよび検出するステップが完了してから一定の期間が経過した後に、少なくとも１回反復する、項目２７に記載の方法。
（項目３１）
前記供給源由来の試料を、ヒトに感染しないＨ５  ＨＡに特異的に結合する１種または複数の作用物質と接触させるステップをさらに含む、項目２７に記載の方法。
（項目３２）
ポリペプチドであって、その配列が参照配列エレメントに対応するエレメントを含み、その参照配列エレメントは、重大なヒト感染性を媒介しない参照Ｈ５  ＨＡの残基１３０〜２２８を含み、
該ポリペプチドの配列エレメントは、該参照配列エレメントと少なくとも８０％の全体的配列同一性を示すが、以下：
該参照Ｈ５  ＨＡのアミノ酸１３０に対応するアミノ酸の欠失である第１の特徴；
ａｒｇ１３７＋ｔｈｒ１５５＋ｐｒｏ２２１＋ｌｅｕ２２６＋ｇｌｙ２２７＋ｓｅｒ２２８である第２の特徴；
ｇｌｕ１８８＋ａｒｇ１９２＋ａｌａ１９３である第３の特徴；および
ａｓｎ１５８＋ｔｈｒ１６０である第４の特徴
のうち少なくとも１つを含むという点で、該参照配列エレメントとは同一でなく、
該第２の特徴、第３の特徴および第４の特徴のアミノ酸の位置は、該参照Ｈ５  ＨＡの参照された位置に対応する、
ポリペプチド。
（項目３３）
ポリペプチドであって、その配列が参照配列エレメントに対応するエレメントを含み、その参照配列エレメントは、重大なヒト感染性を媒介しない参照Ｈ５  ＨＡの残基１３０〜２２８を含み、
該ポリペプチドの配列エレメントは、該参照配列エレメントと少なくとも８０％の全体的配列同一性を示すが、以下：
該参照Ｈ５  ＨＡのアミノ酸１３０に対応するアミノ酸の欠失である第１の特徴；
ａｒｇ１３７＋ｌｙｓ２２６＋ｓｅｒ２２８である第２の特徴、
ａｓｐ１８７＋ｔｈｒ１９３である第３の特徴；および
ａｓｎ１５８＋ａｌａ１６０である第４の特徴
のうち少なくとも１つを含むという点で、該参照配列エレメントとは同一でなく、
該第２の特徴、第３の特徴および第４の特徴のアミノ酸の位置は、該参照Ｈ５  ＨＡの参照された位置に対応する、
ポリペプチド。