【手続補正書】
【提出日】平成29年9月8日(2017.9.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験者の乳癌を評価する方法であって、
前記被験者由来のＥＲ＋乳癌細胞のサンプルにおいてＨｏｘＢ１３、ＩＬ１７ＢＲ、Ｂｕｂ１Ｂ、ＣＥＮＰＡ、ＮＥＫ２、ＲＡＣＧＡＰ１、およびＲＲＭ２のｍＲＮＡ発現レベルを測定すること；
ＨｏｘＢ１３／ＩＬ１７ＢＲの発現レベルの比（Ｈ：Ｉ）を計算すること；
Ｂｕｂ１Ｂ、ＣＥＮＰＡ、ＮＥＫ２、ＲＡＣＧＡＰ１、およびＲＲＭ２の発現レベルを、ＭＧＩ指数を得るための係数を用いて合計すること；
Ｈ：ＩとＭＧＩを連続変数として連結して、乳癌指数（ＢＣＩ）値とすること；および  
前記サンプルをＢＣＩ値に基づき、
（ｉ）  前記被験者において、中リスクカテゴリーを用いずに、癌再発の低リスクまたは高リスクを示すもの、ここで、より高いＢＣＩ値はより高い癌再発リスクと相関し、より低いＢＣＩ値はより低い癌再発リスクと相関する、または
（ｉｉ）  処置の必要が有ることまたは無いことを示すもの、ここで、より低いＢＣＩ値は５年以下のアロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法による初期治療後にアロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法による処置を必要としないことと相関する、
として分類すること
を含んでなる、方法。
【請求項２】
前記係数が主成分分析から決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記癌が非浸潤性乳管癌（ＤＣＩＳ）であり、前記癌再発が局所再発を含んでなる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記再発が初期療法後５年超経過した後の再発である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
（ａ）  前記サンプルを、５年以下の初期期間中、アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置された場合の被験者における高リスク遠隔再発を示すものとして分類し、場合により前記被験者を化学療法で処置することを推奨することをさらに含んでなるか；
（ｂ）  前記サンプルを、５年以下の初期期間中、アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置された場合の被験者における低リスク遠隔再発を示すものとして分類し、場合により前記被験者を前記アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置することを推奨することをさらに含んでなるか；または
（ｃ）  前記サンプルを、最初の５年の期間の後の次の５年の間、アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置されない場合の被験者における高リスク遠隔再発を示すものとして分類し、場合により前記被験者をアロマターゼ阻害剤、標的療法、内分泌療法またはアジュバント療法で処置することを推奨することをさらに含んでなる、
請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記被験者が５年以下の期間、乳癌治療を受けた被験者であり、さらに必要が有るまたは無いことが示される処置が、５年以上の処置である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記被験者がリンパ節転移陰性乳癌を有する、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記被験者がＨＥＲ２陰性乳癌を有する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記サンプルが前記被験者の組織から切り出される、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記サンプルがホルマリン固定パラフィン包埋サンプルである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法がタモキシフェンである、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記再発リスクが遠隔再発リスク、局所再発リスク、または５年後再発リスクである、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記低リスクが、およそ５年のアジュバント療法を受けた後の約５％未満の癌再発リスクである、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
癌再発の低リスクと高リスクとが、選択されたカットオフ値に対して区別され、場合により、カットオフ値は、参照集団におけるＥＲ＋被検者の５０％超、５５％超、または６０％超が低リスクとして分類されるように選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
Ｈ：ＩおよびＭＧＩの連続変数としての連結が、線形結合である、請求項１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５１】
本明細書に引用されている総ての参照文献は、引用することにより本明細書の一部とされる。本明細書の参照文献の記述は、著者らによって行われる主張の単に概略を述べることが意図され、参照文献が従来技術を構成することを何ら承認するものではない。さらに、それらの引例は、関連の開示の検索を示すものではない。出願者は引用されている参照文献の正確性および適切性に疑問を呈する権利を有する。
本願は、以下の態様を含む。
［項１］
乳癌に罹患している被験者において癌再発リスクを決定する方法であって、
前記被験者由来のＥＲ＋乳癌細胞のサンプルにおいて複数の遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルを決定すること；および
乳癌疾患の診断における前記複数の遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルの分析に基づき、被験者の癌再発リスクが低いか高いかを分類すること
を含んでなり、
前記複数の遺伝子の分析が、およそ５年のアジュバント療法を受けた後の癌再発リスクを、５年を超える転帰を有する後向きＥＲ＋乳癌患者データセット、またはその代表サンプルと比べた場合に、低リスク群において約５％未満とし、かつ、
前記被験者がおよそ５年のアジュバント療法を受けており、その療法後に無病である、方法。
［項２］
中リスクカテゴリーもまた分類される、項１に記載の方法。
［項３］
低リスク群がＥＲ＋患者の５０％超を含んでなる、項１に記載の方法。
［項５］
低リスク群がＥＲ＋患者の５５％超を含んでなる、項１に記載の方法。
［項６］
低リスク群がＥＲ＋患者の６０％超を含んでなる、項１に記載の方法。
［項７］
５年後再発リスクが決定される、項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
［項８］
遠隔再発リスクが決定される、項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
［項９］
局所再発リスクが決定される、項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
［項１０］
複数の遺伝子のうちの１つがＨｏｘＢ１３である、項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
［項１１］
複数の遺伝子のうちの１つがＩＬ１７ＢＲである、項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
［項１２］
ＨｏｘＢ１３／ＩＬ１７ＢＲの発現レベルの比が決定される、項１１に記載の方法。
［項１３］
複数の遺伝子のうちの１つがＢｕｂ１Ｂである、項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
［項１４］
複数の遺伝子のうちの少なくとも１つがＣＥＮＰＡ、ＮＥＫ２、ＲＡＣＧＡＰ１、およびＲＲＭ２から選択される、項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
［項１５］
Ｂｕｂ１Ｂ、ＣＥＮＰＡ、ＮＥＫ２、ＲＡＣＧＡＰ１、およびＲＲＭ２の発現レベルが決定される、項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
［項１６］
ＨｏｘＢ１３／ＩＬ１７ＢＲ（Ｈ：Ｉ）の発現レベルの比が決定される、項１５記載の方法。
［項１７］
Ｂｕｂ１Ｂ、ＣＥＮＰＡ、ＮＥＫ２、ＲＡＣＧＡＰ１、およびＲＲＭ２の発現レベルが合計され、ＭＧＩ指数を得るために適用される係数、およびＨ：ＩおよびＭＧＩを連続変数として連結してＢＣＩ値とされる、項１６に記載の方法。
［項１８］
ＢＣＩが、個々の癌再発リスクを連続ＢＣＩ変数の一部として評価することにより計算され、再発リスクがＢＣＩ変数と直線的関係で増加する、項１７に記載の方法。
［項１９］
乳癌に罹患している被験者において癌再発リスクを決定する方法であって、
前記被験者由来のＥＲ＋乳癌細胞のサンプルにおいてＨｏｘＢ１３、ＩＬ１７ＢＲ、Ｂｕｂ１Ｂ、ＣＥＮＰＡ、ＮＥＫ２、ＲＡＣＧＡＰ１、およびＲＲＭ２のｍＲＮＡ発現レベルを決定すること；
前記発現レベルを合計して乳癌指数（ＢＣＩ）値とし、より高いＢＣＩ値がより高い癌再発リスクと相関し、より低いＢＣＩ値がより低い癌再発リスクと相関すること；ならびに
前記サンプルをＢＣＩ値に基づき、前記被験者において中リスクカテゴリーを用いずに、癌再発の低リスクまたは高リスクを示すとして分類すること
を含んでなる、方法。
［項２０］
前記発現レベルが、
ＨｏｘＢ１３／ＩＬ１７ＢＲの発現レベルの比（「Ｈ：Ｉ」）を計算すること；
Ｂｕｂ１Ｂ、ＣＥＮＰＡ、ＮＥＫ２、ＲＡＣＧＡＰ１、およびＲＲＭ２の発現レベルを、ＭＧＩ指数を得るための係数を用いて合計すること；ならびに
Ｈ：ＩとＭＧＩを連続変数として連結すること
によって合計される、項１９に記載の方法。
［項２１］
前記係数が主成分分析から決定される、項２０に記載の方法。
［項２２］
前記癌が非浸潤性乳管癌（ＤＣＩＳ）であり、前記癌再発が局所再発を含んでなる、項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
［項２３］
前記再発が晩期再発（初期療法後５年を超える）である、項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
［項２４］
前記指示が、５年以下の初期期間中、アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置された場合の被験者における高リスク遠隔再発であり、かつ、前記被験者を化学療法で処置することをさらに含んでなる、項１９〜２３のいずれか一項に記載の方法。
［項２５］
前記指示が、５年以下の初期期間中、アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置された場合の被験者における低リスク遠隔再発であり、かつ、前記被験者を前記アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置することをさらに含んでなる、項１９〜２３のいずれか一項に記載の方法。
［項２６］
前記指示が、さらに５年の間、アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置されない場合の被験者における高リスク遠隔再発であり、かつ、前記被験者をアロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法または別のアジュバント療法で処置することをさらに含んでなる、項１９〜２３のいずれか一項に記載の方法。
［項２７］
前記被験者を、癌再発無く最大５年の期間、アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法による処置を受けたと同定すること；
前記被験者をＢＣＩ値に基づき、前記処置の終了後に癌の高い遠隔再発リスクを有するまたは有さないと分類すること；ならびに
前記被験者が高い再発リスクを有する場合には、前記被験者をさらなる期間、アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置すること
をさらに含んでなる、項１９〜２３のいずれか一項に記載の方法。
［項２８］
乳癌に罹患している被験者の長期処置の必要性を決定する方法であって、
前記被験者由来のＥＲ＋乳癌細胞のサンプルにおいてＨｏｘＢ１３、ＩＬ１７ＢＲ、Ｂｕｂ１Ｂ、ＣＥＮＰＡ、ＮＥＫ２、ＲＡＣＧＡＰ１、およびＲＲＭ２のｍＲＮＡ発現レベルを決定すること；
前記発現レベルを合計して乳癌指数（ＢＣＩ）値とし、より低いＢＣＩ値が、５年以下のアロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法による初期治療後にアロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法による追加処理を必要としないことと相関すること；ならびに
前記サンプルをＢＣＩに基づき、追加処置の必要が有ることまたは無いことを示すとして分類すること
を含んでなる、方法。
［項２９］
前記追加処置が５年以下の初期治療後、５年以上の期間である、項２８に記載の方法。
［項３０］
乳癌に罹患している被験者を処置する方法であって、
前記被験者由来のＥＲ＋乳癌細胞のサンプルにおいてＨｏｘＢ１３、ＩＬ１７ＢＲ、Ｂｕｂ１Ｂ、ＣＥＮＰＡ、ＮＥＫ２、ＲＡＣＧＡＰ１、およびＲＲＭ２のｍＲＮＡ発現レベルを決定すること；
前記発現レベルを合計して乳癌指数（ＢＣＩ）値とし、より低いＢＣＩ値がより低い遠隔再発リスクと相関すること；ならびに
前記被験者に前記被験者のＢＣＩ値決定と一致した処置を施すこと
を含んでなる、方法。
［項３１］
被験者における高い遠隔再発リスクが、５年以下の初期期間中にアロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置された場合に示され、前記被験者が化学療法で処置される、項３０に記載の方法。
［項３２］
被験者における低い遠隔再発リスクが、５年以下のアロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置された場合に示され、前記被験者がアロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置される、項３０に記載の方法。
［項３３］
被験者における高い遠隔再発リスクが、さらに５年の期間、アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法で処置されない場合に示され、前記被験者がアロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法または別のアジュバント療法で処置される、項３０に記載の方法。
［項３４］
前記被験者がリンパ節転移陰性（Ｎ０）乳癌を有する、項１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
［項３５］
前記被験者がＨＥＲ２陰性乳癌を有する、項１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
［項３６］
前記ｍＲＮＡ発現レベルが、ｍＲＮＡからｃＤＮＡを作製することにより決定される、項１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
［項３７］
前記ｃＤＮＡがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いてさらに増幅される、項３６に記載の方法。
［項３８］
前記決定がアレイの使用を含んでなる、項１〜３７のいずれか一項に記載の方法。
［項３９］
前記サンプルが前記被験者から摘出された組織から切り出される、項１〜３８のいずれか一項に記載の方法。
［項４０］
前記サンプルがホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプルである、項１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
［項４１］
ＢＣＩが、個々の癌再発リスクを連続ＢＣＩ変数の一部として評価することにより計算され、再発リスクがＢＣＩ変数と直線的関係で増加する、項１９〜４０のいずれか一項に記載の方法。
［項４２］
前記アロマターゼ阻害剤、標的療法または内分泌療法がタモキシフェンである、項２４〜４１のいずれか一項に記載の方法。
［項４３］
前記再発リスクが遠隔再発リスクである、項１９〜４２のいずれか一項に記載の方法。