【手続補正書】
【提出日】平成29年6月12日(2017.6.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における前立腺癌を検出する方法であって、エンドソーム関連マーカー及び／又はリソソーム関連マーカーから選択されたマーカーを前記対象から検出し、それによって前記対象における前立腺癌を検出するステップを含み、
前記方法は、２種以上の選択されたマーカーを検出するステップと、１種の選択されたマーカーと別の選択されたマーカーのレベルの比を求めるステップとを含み、
非悪性組織に比べた初期エンドソームマーカーと後期エンドソームマーカーの比の増加が、前記対象における前立腺癌を示す、方法。
【請求項２】
前記初期エンドソームマーカーがＡＰＰＬ１およびＥＥＡ１から選択され、前記後期エンドソームマーカーがＳＤＣ１およびＲＡＢ７から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記選択されたマーカーが、初期エンドソームマーカー、後期エンドソームマーカー、エンドソーム生合成に関連するマーカー、エンドソーム輸送に関連するマーカー、及びエンドソーム再利用に関連するマーカーの１種以上を含む、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記選択されたマーカーが、カテプシンＢ、カテプシンＤ、αガラクトシダーゼ、ＬＩＭＰ−１、ＬＩＭＰ−２、ＴＦＲ１、ＴＦＲ２、ＳＴＡＭＰ２、ＳＯＲＴ１（ソルチリン）、ＬＡＭＰ−１、ＲＡＢ４、ＡＰＰＬ２、ＲＡＢ５、ＲＡＢ１１、ＭＰＲ、ＰＡＰ、アクチン、Ｍ６ＰＲ、ＩＧＦＲ２、ＭＹＯ１Ｂ、ＰＤＣＤ６ＩＰ、ＳＤＣＢＰ、ＳＴＸ７、ＳＴＸ１２、ＦＧＦ１、ＦＧＦ２、ＦＧＦ３、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＮＯＸ２、ＮＯＸ４、及び／又は前記のうち１種をコードするｍＲＮＡ、前記のうち１種の断片、前記のうち１種の誘導体、及び前記のうち１種の加工体の１種以上を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記選択されたマーカーの存在の変化、レベルの変化、分泌の変化及び分布の変化のうち１つ以上が前記対象における前立腺癌を示す、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
ＲＡＢ５タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＲＡＢ５タンパク質の分泌の増加、ＡＰＰＬ１タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＡＰＰＬ１タンパク質の分泌の増加、ＥＥＡ１タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＥＥＡ１タンパク質の分泌の増加、ＬＩＭＰ−２タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＴＦＲ１タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＴＦＲ２タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＲＡＢ４タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＲＡＢ４タンパク質の分泌の増加、ＡＰＰＬ２タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＬＡＭＰ１タンパク質及び／又はｍＲＮＡのレベルの減少、ＲＡＢ１１タンパク質の分泌の増加、ＲＡＢ７タンパク質の分泌の減少、カテプシンＢタンパク質又はｍＲＮＡのレベルの減少、カテプシンＤタンパク質又はｍＲＮＡのレベルの減少、αガラクトシダーゼタンパク質又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＳＴＸ７タンパク質又はｍＲＮＡのレベルの減少、ＳＴＸ１２タンパク質又はｍＲＮＡのレベルの減少、ＰＤＣＤ６ＩＰタンパク質の分泌の増加、ＳＤＣＢＰタンパク質の分泌の減少、ＳＯＲＴ１タンパク質の分泌の減少、ＦＧＦ１タンパク質又はｍＲＮＡのレベルの減少、ＦＧＦ２タンパク質又はｍＲＮＡのレベルの減少、ＦＧＦ３タンパク質又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＦＧＦＲ１タンパク質又はｍＲＮＡのレベルの減少、ＦＧＦＲ２タンパク質又はｍＲＮＡのレベルの減少、ＦＧＦＲ３タンパク質又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＮＯＸ２タンパク質又はｍＲＮＡのレベルの増加、及びＮＯＸ４タンパク質又はｍＲＮＡのレベルの増加、ＡＰＰＬ１タンパク質の核及び／又は核小体レベルの増加、ＲＡＢ７タンパク質の核膜レベルの増加、並びにＬＩＭＰ２タンパク質陽性小胞の増大のうち１つ以上が、前記対象における前立腺癌を示す、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
存在の変化、レベルの変化、発現の変化、分泌の変化及び分布の変化が、非悪性組織、前立腺上皮内腫よう、原発性前立腺癌及び転移性前立腺癌の１種以上と比較される、請求項５又は６に記載の方法。
【請求項８】
ＬＩＭＰ２タンパク質又はｍＲＮＡが、前立腺上皮内腫ようにおいて非悪性前立腺よりも増加する、ＬＡＭＰ１タンパク質又はｍＲＮＡが、転移性前立腺癌において前立腺上皮内腫ようよりも減少する、ＬＡＭＰ１タンパク質又はｍＲＮＡが、原発性前立腺癌において転移性前立腺癌よりも増加する、カテプシンＢタンパク質又はｍＲＮＡが、原発性前立腺癌において非悪性組織よりも減少する、カテプシンＢタンパク質又はｍＲＮＡが、転移性前立腺癌において非悪性前立腺よりも減少する、酸性セラミダーゼタンパク質又はｍＲＮＡが、前立腺上皮内腫ようにおいて非悪性前立腺よりも増加する、酸性セラミダーゼタンパク質又はｍＲＮＡが、前立腺上皮内腫ようにおいて転移性前立腺癌よりも増加する、酸性セラミダーゼタンパク質又はｍＲＮＡが、原発性前立腺癌において転移性前立腺癌よりも増加する、ＡＰＰＬ１タンパク質又はｍＲＮＡが、原発性前立腺癌において非悪性組織よりも増加する、ＡＰＰＬ２タンパク質又はｍＲＮＡが、前立腺上皮内腫ようにおいて非悪性前立腺よりも増加する、ＡＰＰＬ２タンパク質又はｍＲＮＡが、原発性前立腺癌において非悪性組織よりも増加する、ＡＰＰＬ２タンパク質又はｍＲＮＡが、前立腺上皮内腫ようにおいて転移性前立腺癌よりも増加する、ＡＰＰＬ２タンパク質又はｍＲＮＡが、原発性前立腺癌において転移性前立腺癌よりも増加する、ＲＡＢ５タンパク質又はｍＲＮＡが、転移性前立腺癌において非悪性前立腺よりも減少する、ＥＥＡ１タンパク質又はｍＲＮＡが、転移性前立腺癌において非悪性前立腺よりも減少する、ＥＥＡ１タンパク質又はｍＲＮＡが、前立腺上皮内腫ようにおいて転移性前立腺癌よりも減少する、ＲＡＢ４Ａタンパク質又はｍＲＮＡが、転移性前立腺癌において非悪性前立腺よりも減少する、ＲＡＢ４Ａタンパク質又はｍＲＮＡが、前立腺上皮内腫ようにおいて転移性前立腺癌よりも減少する、ＲＡＢ４Ａタンパク質又はｍＲＮＡが、前立腺上皮内腫ようにおいて原発性前立腺癌よりも減少する、ＲＡＢ４Ａタンパク質又はｍＲＮＡが、原発性前立腺癌において転移性前立腺癌よりも減少する、ＭＹＯ１Ｂタンパク質又はｍＲＮＡが、前立腺上皮内腫ようにおいて転移性前立腺癌よりも増加する、ＭＹＯ１Ｂタンパク質又はｍＲＮＡが、転移性前立腺癌において前立腺上皮内腫ようよりも減少する、ＭＹＯ１Ｂタンパク質又はｍＲＮＡが、転移性前立腺癌において原発性前立腺癌よりも減少する、ＰＤＣＤ６ＩＰタンパク質又はｍＲＮＡが、前立腺上皮内腫ようにおいて転移性前立腺癌よりも減少する、ＰＤＣＤ６ＩＰタンパク質又はｍＲＮＡが、前立腺上皮内腫ようにおいて非悪性前立腺よりも減少する、ＳＤＣＢＰタンパク質又はｍＲＮＡが、転移性前立腺癌において原発性前立腺癌よりも減少する、ＳＴＸ７タンパク質又はｍＲＮＡが、転移性前立腺癌において原発性前立腺癌よりも減少する、ＦＧＦＲ１タンパク質又はｍＲＮＡが、転移性前立腺癌において前立腺上皮内腫ようよりも増加する、ＦＧＦＲ２タンパク質又はｍＲＮＡが、原発性前立腺癌において非悪性組織よりも減少する、ＮＯＸ２タンパク質又はｍＲＮＡが、原発性前立腺癌において非悪性組織よりも増加する、及びＮＯＸ４タンパク質又はｍＲＮＡが、転移性前立腺癌において前立腺上皮内腫ようよりも増加する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記方法が、前記選択されたマーカーの存在及び／又はレベルを、前記対象における前立腺癌のリスクの変化に関連する１種以上の別のマーカー（好ましくは前立腺特異的抗原）及び／又は前立腺癌の有無を示すことが知られている１種以上の別のマーカーの存在及び／又はレベルと比較するステップを含む、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記方法が、さらに、前記対象の１つ以上の臨床特徴に関する情報を得るステップと、前記情報を前記選択されたマーカーの存在、レベル、分泌及び分布の１つ以上と組み合わせて使用して、前記対象における前立腺癌を検出するステップとを含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記前立腺癌が、前立腺上皮内腫よう、原発性前立腺癌及び転移性前立腺癌から選択される、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記方法を使用して、前記対象における前立腺癌を診断する、前記対象における前立腺癌をスクリーニングする、予後を評価する、前立腺癌の転移能を求める、前立腺癌に罹患した対象を特定する、前立腺癌を発症しやすい対象を特定する、前記対象における前立腺癌の再発率を求める、前記対象における前立腺癌による死亡リスクを求める、前記前立腺癌を層別化する、前記対象における前立腺癌と前立腺癌ではないことを識別する、前記前立腺癌が臓器限局性癌であるかどうかを判定する、前立腺癌と良性前立腺肥大症、前立腺炎及び前立腺炎症性症状の１つ以上を識別する、病原の悪化を判定する、前記前立腺癌が、増殖を遅らせているかどうか、無痛性であるかどうか、又は侵襲性であるかどうか評価する、前記対象における前立腺癌の存在を排除する、前立腺癌の治療及び／又は手術が適切な対象を特定する、並びに対象が前立腺癌を有する尤度又はリスクを求める、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
対象における前立腺癌の進行を判定する方法であって、エンドソーム関連マーカー及び／又はリソソーム関連マーカーから選択されたマーカーを前記対象から検出するステップを含む方法。
【請求項１４】
前記方法が、前記癌の生化学的再発、再発率、及び／又は生存率を求めるステップを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
（ｉ）前記マーカーが、ＬＩＭＰ２、カテプシンＢ、カテプシンＤ、αガラクトシダーゼ、ＲＡＢ５Ａ、ＥＥＡ１、ＲＡＢ７Ａ、Ｍ６ＰＲ、ＩＧＦＲ２、ＳＯＲＴ１、ＭＹＯ１Ｂ、ＰＤＣＤ６ＩＰ、ＳＤＣ１、ＳＴＸ１２、ＦＧＦ２、ＦＧＦ３、及び／又は前記のうち１種をコードするｍＲＮＡ、前記のうち１種の断片、前記のうち１種の誘導体、及び前記のうち１種の加工体の１種以上を含むか、または
（ｉｉ）前記マーカーが、減少した若しくはより低いＬＩＭＰ２、増加した若しくはより高いカテプシンＢ、増加した若しくはより高いカテプシンＤ、増加した若しくはより高いαガラクトシダーゼ、減少した若しくはより低いＲＡＢ５Ａ、減少した若しくはより低いＥＥＡ１、増加した若しくはより高いＲＡＢ７Ａ、増加した若しくはより高いＭ６ＰＲ、減少した若しくはより低いＩＧＦＲ２、減少した若しくはより低いＳＯＲＴ１、減少した若しくはより低いＭＹＯ１Ｂ、増加した若しくはより高いＰＤＣＤ６ＩＰ、増加した若しくはより高いＳＴＸ１２、増加した若しくはより高いＦＧＦ２、増加した若しくはより高いＦＧＦ３、及び／又は前記のうち１種をコードするｍＲＮＡ、前記のうち１種の断片、前記のうち１種の誘導体、及び前記のうち１種の加工体の１つ以上を含む、
請求項１４に記載の方法。