【手続補正書】
【提出日】平成29年3月31日(2017.3.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
ポリヌクレオチドのヌクレオチドがナノポアに隣接して位置づけられるＦＲＥＴドナーの傍を順番に通過するように、前記ポリヌクレオチドを、前記ナノポアを通ってトランスロケーションさせるステップであって、前記ヌクレオチドが前記ナノポアを出るときに、複数の前記ヌクレオチドが、前記ＦＲＥＴドナーのＦＲＥＴ距離内にあり、かつ前記ヌクレオチドの少なくとも一部分が、ＦＲＥＴアクセプターで標識されており、ここで、異なる種類のヌクレオチドは区別可能なシグナルを生成するＦＲＥＴアクセプターで標識されている、ステップと、
前記ＦＲＥＴ距離内にある前記ＦＲＥＴドナーと前記ＦＲＥＴアクセプターとの間でＦＲＥＴが発生して、混合ＦＲＥＴシグナルを生成するように、前記ナノポアに隣接する前記ＦＲＥＴドナーを励起するステップと、
前記ポリヌクレオチドが前記ナノポアを通ってトランスロケーションするときに、混合ＦＲＥＴシグナルを測定するステップと、
各混合ＦＲＥＴシグナルから、前記複数のヌクレオチドにおけるそれぞれの異なる種類のヌクレオチドを標識しているＦＲＥＴアクセプター由来のシグナルを分離するステップと、
前記混合ＦＲＥＴシグナルから分離された前記シグナルから前記ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
前記ＦＲＥＴドナーの前記ＦＲＥＴ距離内にある前記複数のヌクレオチドが、ＦＲＥＴゾーン内にある、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ナノポアの内側の前記ヌクレオチド上の前記アクセプター標識が拘束されてＦＲＥＴ反応を抑制するように、該ナノポアが特定の寸法に作られている、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ナノポアが、固相膜に配置され、前記ＦＲＥＴドナーが、前記ナノポアに隣接する前記固相膜に付着している、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記ナノポアが、タンパク質ナノポアであり、前記ＦＲＥＴドナーが、前記タンパク質ナノポアに付着している、請求項１、２または３に記載の方法。
【請求項６】
前記ポリヌクレオチドが、一本鎖ポリヌクレオチドである、請求項１、２、３、４または５に記載の方法。
【請求項７】
前記アクセプターが、有機蛍光色素である、請求項１、２、３、４、５または６に記載の方法。
【請求項８】
前記ドナーが、量子ドットである、請求項１、２、３、４、５、６または７に記載の方法。
【請求項９】
前記ＦＲＥＴドナーを励起するステップが、前記ＦＲＥＴドナーを照光に曝露するステップを含む、請求項１、２、３、４、５、６、７または８に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１０】
様々な方法、システムおよびデバイスが、多数の実践および適用において例示され、そのいくつかは、以下におよび本明細書を通じて要約されている。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
ポリヌクレオチドのヌクレオチドがナノポアに隣接して位置づけられるＦＲＥＴ対の第１のメンバーの傍を順番に通過するように、前記ポリヌクレオチドを、前記ナノポアを通ってトランスロケーションさせるステップであって、前記ヌクレオチドが前記ナノポアを出るときに、複数の前記ヌクレオチドが、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーのＦＲＥＴ距離内にあり、かつ前記ヌクレオチドの少なくとも一部分が、前記ＦＲＥＴ対の第２のメンバーで標識されている、ステップと、
前記ＦＲＥＴ距離内にある前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーと複数の第２のメンバーとの間でＦＲＥＴが発生して、混合ＦＲＥＴシグナルを生成するように、前記ナノポアに隣接する前記ＦＲＥＴ対を光線に曝露するステップと、
前記ポリヌクレオチドが前記ナノポアを通ってトランスロケーションするときに、混合ＦＲＥＴシグナルを測定するステップと、
前記混合ＦＲＥＴシグナルから前記ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定するステップと
を含む、方法。
（項目２）
前記ナノポアが、固相膜に配置され、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、前記ナノポアに隣接する前記固相膜に付着している、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ナノポアが、タンパク質ナノポアであり、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、前記タンパク質ナノポアに付着している、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記ポリヌクレオチドが、一本鎖または二本鎖のポリヌクレオチドである、項目１に記載の方法。
（項目５）
ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
ポリヌクレオチドのヌクレオチドが、ナノポアを出るときに、順番にＦＲＥＴゾーンを通って通過するように、前記ポリヌクレオチドを、出口を有する前記ナノポアを通ってトランスロケーションさせるステップであって、前記ＦＲＥＴゾーンは、そのような通過の間に複数の前記ヌクレオチドを包囲し、かつ前記ヌクレオチドの少なくとも一部分が、ＦＲＥＴ対の少なくとも１つの第２のメンバーで標識され、かつ前記ＦＲＥＴ対の少なくとも１つの第１のメンバーが、前記ＦＲＥＴゾーン内にある、ステップと、
前記ＦＲＥＴ対の第１のメンバーと第２のメンバーとの間でＦＲＥＴが発生して、混合ＦＲＥＴシグナルを生成するように、前記ＦＲＥＴゾーン内にある前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーおよび前記第２のメンバーを光線に曝露するステップと、
前記ポリヌクレオチドが前記ＦＲＥＴゾーンを通って動くときに、混合ＦＲＥＴシグナルを測定するステップと、
前記混合ＦＲＥＴシグナルから前記ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定するステップと
を含む、方法。
（項目６）
前記ナノポアが、固相膜に配置され、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、前記ナノポアに隣接する前記固相膜に付着している、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記ナノポアが、タンパク質ナノポアであり、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、前記タンパク質ナノポアに付着している、項目５に記載の方法。
（項目８）
前記ポリヌクレオチドが、一本鎖または二本鎖のポリヌクレオチドである、項目５に記載の方法。
（項目９）
ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、
標識されたヌクレオチドを有するポリヌクレオチドを、特定の寸法に作られたナノポアを通ってトランスロケーションさせ、その結果、ＦＲＥＴ対の第２のメンバーである前記ヌクレオチド上の標識が、ＦＲＥＴ反応を抑制するように拘束され、かつ前記ポリヌクレオチドのヌクレオチドが、前記ナノポアを出るときに、順番にＦＲＥＴゾーンを通って通過するステップであって、前記ＦＲＥＴゾーンが、そのような通過の間に複数の前記ヌクレオチドを包囲し、かつ前記ＦＲＥＴ対の少なくとも１つの第１のメンバーが、前記ＦＲＥＴゾーン内にある、ステップと、
前記第１のメンバーと前記第２のメンバーとの間でＦＲＥＴが発生して、混合ＦＲＥＴシグナルを生成するように、前記ＦＲＥＴゾーン内にある前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーおよび前記第２のメンバーを光線に曝露するステップと、
前記ポリヌクレオチドが前記ＦＲＥＴゾーンを通って動くときに、混合ＦＲＥＴシグナルを測定するステップと、
前記混合ＦＲＥＴシグナルから前記ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定するステップと
を含む、方法。
（項目１０）
前記ナノポアが、固相膜に配置され、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、前記ナノポアに隣接する前記固相膜に付着している、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記ナノポアが、タンパク質ナノポアであり、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、前記タンパク質ナノポアに付着している、項目９に記載の方法。
（項目１２）
前記ポリヌクレオチドが、一本鎖または二本鎖のポリヌクレオチドである、項目９に記載の方法。
（項目１３）
前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、ドナーであり、前記ＦＲＥＴ対の前記第２のメンバーが、アクセプターである、項目１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４）
前記アクセプターの少なくとも１つが、有機蛍光色素である、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記ドナーの少なくとも１つが、量子ドットである、項目１３に記載の方法。
（項目１６）
ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定するためのシステムであって、
第１のチャンバーと第２のチャンバーとの間に流体連通を提供し、かつポリヌクレオチドが通ってトランスロケーションすることができるナノポアであって、前記ナノポアは、前記ポリヌクレオチドのヌクレオチドが、順番に前記ナノポアの出口を通って通過するように、特定の寸法に作られており、そして前記ポリヌクレオチドのヌクレオチドが、ＦＲＥＴ対のメンバーで標識されている場合はいつでも、前記ナノポアの内部のそのようなメンバーと、前記ナノポアの外部のメンバーとの間でＦＲＥＴが抑制されている、ナノポアと、
前記ナノポアの前記出口のＦＲＥＴ距離内に配置された前記ＦＲＥＴ対のメンバーであって、ここで前記ナノポアの前記出口のＦＲＥＴ距離内に配置された前記ＦＲＥＴ対のメンバーは、前記ポリヌクレオチドを標識するメンバーとは異なるメンバーであり、複数のヌクレオチドが、前記ナノポアの前記出口から現れるときに、配置された前記メンバーのＦＲＥＴ距離内を通過する、メンバーと
を含む、システム。
（項目１７）
前記ナノポアが、固相膜に配置され、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、前記ナノポアに隣接する前記固相膜に付着している、項目１６に記載のシステム。
（項目１８）
前記ナノポアが、タンパク質ナノポアであり、前記ＦＲＥＴ対の前記第１のメンバーが、前記タンパク質ナノポアに付着している、項目１６に記載のシステム。
（項目１９）
前記ポリヌクレオチドが、一本鎖または二本鎖のポリヌクレオチドである、項目１６に記載のシステム。
（項目２０）
前記ＦＲＥＴ対の配置された前記メンバーが、ドナーであり、前記ポリヌクレオチドを標識している前記メンバーが、アクセプターである、項目１６から１９のいずれか一項に記載のシステム。
（項目２１）
前記アクセプターが、有機蛍光色素である、項目２０に記載のシステム。
（項目２２）
前記ドナーが、量子ドットである、項目２０に記載のシステム。