【手続補正書】
【提出日】平成29年11月16日(2017.11.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象におけるパーキンソン病（ＰＤ）を検出するための方法であって、前記方法は、以下：
ａ）対象から採取された体液性サンプル中の第１の脳に富化されたｍｉＲＮＡのレベルを測定すること、
ここで該第１の脳に富化されたｍｉＲＮＡが、中脳および／または前頭皮質に富化されているニューロンのｍｉＲＮＡである；
ｂ）対象から採取された同じ体液性サンプル中の第２の脳に富化されたｍｉＲＮＡのレベルを測定すること、
ここで該第２の脳に富化されたｍｉＲＮＡが、（ｉ）ＰＤを患っていない脳領域（単数または複数）に富化されているか、あるいは、（ｉｉ）ＰＤを患っていない脳細胞型に富化されているか、あるいは、（ｉｉｉ）第１のｍｉＲＮＡと同じ脳の領域に富化されているが、その発現および／または分泌は、ＰＤの発症の間中、第１のｍｉＲＮＡの発現および／または分泌とは異なって変化する；
ｃ）ステップ（ａ）および（ｂ）で測定されたｍｉＲＮＡのレベルの比を計算すること；
ｄ）ステップ（ｃ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比を、対応するコントロールと比較すること；ならびに、
ｅ）（ｉ）ステップ（ｃ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、ＰＤに罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、（ｉｉ）ステップ（ｃ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比が、対応するコントロールの比よりも高くないとき、ＰＤに罹患していないとして対象を同定すること
を含む、前記方法。
【請求項２】
対象におけるパーキンソン病（ＰＤ）を検出するための方法であって、前記方法は、以下：
ａ）対象から採取された体液性サンプル中の第１のｍｉＲＮＡのレベルを測定すること、
ここで該第１のｍｉＲＮＡが、（ｉ）中脳および／また前頭皮質に富化されている、脳に富化されたニューロンのｍｉＲＮＡであるか、あるいは、（ｉｉ）炎症に関連するｍｉＲＮＡである；
ｂ）対象から採取された同じ体液性サンプル中の第２のｍｉＲＮＡのレベルを測定すること、
ここで該第２のｍｉＲＮＡは、（ｉ）第１のｍｉＲＮＡが、脳に富化されたｍｉＲＮＡである場合、炎症に関連するｍｉＲＮＡであるか、あるいは、（ｉｉ）第１のｍｉＲＮＡが、炎症に関連するｍｉＲＮＡである場合、脳に富化されたｍｉＲＮＡである；
ｃ）ステップ（ａ）および（ｂ）で測定されたｍｉＲＮＡのレベルの比を計算すること；
ｄ）ステップ（ｃ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比を、対応するコントロール比と比較すること；ならびに、
ｅ）（ｉ）ステップ（ｃ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高いとき、ＰＤに罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、（ｉｉ）ステップ（ｃ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比が、対応するコントロール比よりも高くないとき、ＰＤに罹患していないとして対象を同定すること
を含む、前記方法。
【請求項３】
以下のステップ：
ｆ）ステップ（ｃ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比を、ＰＤとは異なる第２の神経変性疾患に特徴的な該ｍｉＲＮＡの比の標準範囲と比較すること；
ｇ）（ｉ）ステップ（ｃ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比が、第２の神経変性疾患に特徴的な該ｍｉＲＮＡの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第２神経変性疾患の診断を除くこと、あるいは、（ｉｉ）ステップ（ｃ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比が、第２の神経変性疾患に特徴的な該ｍｉＲＮＡの比の標準範囲内に収まる場合、第２神経変性疾患の診断を除かないこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップが、互いとおよび／または請求項１または２に記載のステップ（ｄ）〜（ｅ）と、同時にまたは連続的に実施され得る、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
以下のステップ：
ｆ）対象から採取された同じ体液性サンプル中の第３の脳に富化されたｍｉＲＮＡのレベルを測定すること、
ここで該第３の脳に富化されたｍｉＲＮＡが、第２の神経変性疾患を患っている脳領域（単数または複数）に富化されており、かつ、該第２の神経変性疾患のためのバイオマーカーｍｉＲＮＡペアにおける事前に同定された（分数の）分子である；
ｇ）対象から採取された体液性サンプル中の第４の脳に富化されたｍｉＲＮＡのレベルを測定すること、
ここで該第４の脳に富化されたｍｉＲＮＡが、該第２の神経変性疾患用のバイオマーカーｍｉＲＮＡペアにおける事前に同定された（分数の）分子であり、かつ、（ｉ）第２の神経変性疾患を患っていない脳領域（単数または複数）に富化されているか、あるいは、（ｉｉ）第２の神経変性疾患を患っていない脳細胞型に富化されており、第３のｍｉＲＮＡが富化されている細胞型とは異なるか、あるいは、（ｉｉｉ）第３のｍｉＲＮＡと同じ脳領域に富化されているが、その発現および／または分泌は、第２の神経変性疾患の発症の間中、第３のｍｉＲＮＡの発現および／または分泌とは異なって変化する；
ｈ）ステップ（ｆ）および（ｇ）で測定されたｍｉＲＮＡのレベルの比を計算すること；
ｉ）ステップ（ｈ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比を、第２の神経変性疾患に特徴的な該ｍｉＲＮＡの比の標準範囲と比較すること；
ｊ）（ｉ）ステップ（ｈ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比が、第２の神経変性疾患に特徴的な該ｍｉＲＮＡの比の標準範囲内に収まる場合、ＰＤに加えて第２の神経変性疾患にも罹患しているとして対象を同定すること、あるいは、（ｉｉ）ステップ（ｈ）で計算されたｍｉＲＮＡのレベルの比が、第２の神経変性疾患に特徴的な該ｍｉＲＮＡの比の標準範囲内に収まらない場合、対象における第２の神経変性疾患の診断を除くこと
による診断を精緻化させることをさらに含み、前記ステップが、互いとおよび／または請求項１または２に記載のステップ（ａ）〜（ｅ）と、同時にまたは連続的に実施され得る、請求項１または２に記載の方法。
【請求項５】
第２の神経変性疾患が、アルツハイマー病（ＡＤ）、軽度認知機能障害（ＭＣＩ）、ハンチントン病（ＨＤ）、プリオンに起因する疾患、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、レビー小体型認知症、血管性認知症、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、慢性外傷性脳症（ＣＴＥ）、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、多系統萎縮症（ＭＳＡ）、大脳皮質基底核変性症（ＣＢＧＤ）、ピック病およびオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＡ）からなる群から選択される、請求項３または４に記載の方法。
【請求項６】
第１の脳に富化されたｍｉＲＮＡが、ニューロンに富化されており、および、第２の脳に富化されたｍｉＲＮＡが、グリア細胞に富化されている、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
第１のｍｉＲＮＡと第２のｍｉＲＮＡとのペアが、以下：
ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−７４４／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−９９ｂ／ｍｉＲ−３３５、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−９＊、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１３２、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１３４、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−１３４、ｍｉＲ−９９ｂ／ｍｉＲ−１３４、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１３４、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−３２３−３ｐ、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−３２３−３ｐ、ｍｉＲ−９９ｂ／ｍｉＲ−３２３−３ｐ、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−３２３−３ｐ、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−４１１、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−４１１およびｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−４１１
からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
第１のｍｉＲＮＡと第２のｍｉＲＮＡとのペアが、以下：
ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−３３５、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１４６ａ、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−７４４／ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−１６、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−３２３−３ｐ、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−４１１、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−１４６ａおよびｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−１４６ｂ
からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
第１のｍｉＲＮＡと第２のｍｉＲＮＡとのペアが、以下：
ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−３３５、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−１２７／ｍｉＲ−３２３−３ｐ、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−７４４／ｍｉＲ−３３５、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−１３４、ｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−１３２、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−１８１ａ／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１３４、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−８７４、ｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−８７４、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−３２３−３ｐ、ｍｉＲ−１２７／ｍｉＲ−１３４、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−８７４、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−３２３−３ｐ、ｍｉＲ−１２７／ｍｉＲ−４３２、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１３４、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−４１１、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−４１１、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−４１１、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−８７４、ｍｉＲ−１８１ａ／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−９９ｂ／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−１２７／４８７ｂ、ｍｉＲ−１８１ａ／ｍｉＲ−８７４、ｍｉＲ−９／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−４８７ｂ、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−４３２、ｍｉＲ−９／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−１８１ａ／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−２１０およびｍｉＲ−９９ｂ／ｍｉＲ−１３２
からなる群から選択される、あるいは、
第１のｍｉＲＮＡと第２のｍｉＲＮＡとのペアが、以下：
ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−１２７／ｍｉＲ−３２３−３ｐ、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−４１１、ｍｉＲ−９９ｂ／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−１２７／ｍｉＲ−１３４、ｍｉＲ−７４４／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−９／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−４１１、ｍｉＲ−１８１ａ／ｍｉＲ−３３５、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−４１１、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−９／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−９／ｍｉＲ−１３４、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−１３４、ｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−８７４、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１３４、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−１２７／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−９／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１３２、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−３２３−３ｐ、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−３２３−３ｐ、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１３４、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−８７４、ｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−９／ｍｉＲ−８７４、ｍｉＲ−９／ｍｉＲ−４８５−３ｐ、ｍｉＲ−７４４／ｍｉＲ−１３４およびｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−３２３−３ｐ
からなる群から選択される、あるいは、
第１のｍｉＲＮＡと第２のｍｉＲＮＡとのペアが、以下：
ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−８７４、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−３３５およびｍｉＲ−７４４／ｍｉＲ−１４６ａ
からなる群から選択される、あるいは、
第１のｍｉＲＮＡと第２のｍｉＲＮＡとのペアが、以下：
ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−１３２、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−３３５、ｍｉＲ−１０７／ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−９／ｍｉＲ−１４６ａ、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−９／ｍｉＲ−１４６ｂ、ｌｅｔ−７ｅ／ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−８７４、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−９＊、ｍｉＲ−７４４／ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−２１０、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−４１１、ｍｉＲ−７４４／ｍｉＲ−１４６ｂ、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−１４６ａ、ｍｉＲ−１５５／ｍｉＲ−１３４、およびｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−１４６
からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項１０】
ｍｉＲＮＡの２以上の異なるペアについて、レベルを測定することおよびレベルの比を計算することを含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
以下：
（ａ）ｍｉＲ−１８１ｂ／ｍｉＲ−３２３−３ｐおよびｍｉＲ−９９ｂ／ｍｉＲ−９＊、
（ｂ）ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−４８７ｂその上ｍｉＲ−９／ｍｉＲ−１４６ａ、ならびに、
（ｃ）ｍｉＲ−４９１−５ｐ／ｍｉＲ−２１０その上ｍｉＲ−１８１ａ／ｍｉＲ−１４６ｂ
からなる群から選択される１以上のペアの組み合わせについて、レベルを測定することおよびレベルの比を計算することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
対象から採取された２以上の体液性サンプル中のｍｉＲＮＡのレベルを測定することを含み、ここでサンプルが、相隔たる時点にて採取されている、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
第２のｍｉＲＮＡが、ＰＤに関与しない脳領域において主に発現されるｍｉＲＮＡ、グリア細胞において主に発現されるｍｉＲＮＡ、および、ＰＤにおいて下方調節されている脳に富化されたｍｉＲＮＡからなる群から選択される脳に富化されたｍｉＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
第１および第２のｍｉＲＮＡのレベルを、ノーマライザーｍｉＲＮＡのレベルに対して、ノーマライズすることをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１５】
ノーマライザーｍｉＲＮＡが、多数の組織に発現されているが、脳においては有意に発現していないｍｉＲＮＡである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
体液が、血漿、血清、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）および唾液からなる群から選択される、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ｍｉＲＮＡのレベルが、ハイブリダイゼーション、ＲＴ−ＰＣＲおよびシークエンシングからなる群から選択される方法を使用して決定される、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７６】
【図３Ａ−Ｂ】図３Ａ〜Ｆは、ＡＤおよびＰＤ患者のプラズマ中のｍｉＲＮＡレベル（バイオマーカーペア）の比を示すグラフである。Ａ、ＣおよびＥは、Ｌｏｇ１０スケールにおける箱髭図を提示する。箱の上限および下限ならびに箱内側の線は夫々、第７５および第２５パーセンタイル値および中央値を示す。上下の水平バーは夫々、第９０および第１０パーセンタイル値を意味する。ポイントは、８０％データの外側に位置するアッセイ値を示す。Ｂ、ＤおよびＦは、ＰＤ患者とＡＤ患者との間を区別する受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線分析を提示する。各バイオマーカー／ノーマライザーペアの感度、特異度および精度は、「カットオフ」ポイント（各プロット上に点として示される）−予測の精度が最も高いペアのｍｉＲＮＡの比の値について計算される。
【図３Ｃ−Ｄ】図３Ａ〜Ｆは、ＡＤおよびＰＤ患者のプラズマ中のｍｉＲＮＡレベル（バイオマーカーペア）の比を示すグラフである。Ａ、ＣおよびＥは、Ｌｏｇ１０スケールにおける箱髭図を提示する。箱の上限および下限ならびに箱内側の線は夫々、第７５および第２５パーセンタイル値および中央値を示す。上下の水平バーは夫々、第９０および第１０パーセンタイル値を意味する。ポイントは、８０％データの外側に位置するアッセイ値を示す。Ｂ、ＤおよびＦは、ＰＤ患者とＡＤ患者との間を区別する受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線分析を提示する。各バイオマーカー／ノーマライザーペアの感度、特異度および精度は、「カットオフ」ポイント（各プロット上に点として示される）−予測の精度が最も高いペアのｍｉＲＮＡの比の値について計算される。
【図３Ｅ−Ｆ】図３Ａ〜Ｆは、ＡＤおよびＰＤ患者のプラズマ中のｍｉＲＮＡレベル（バイオマーカーペア）の比を示すグラフである。Ａ、ＣおよびＥは、Ｌｏｇ１０スケールにおける箱髭図を提示する。箱の上限および下限ならびに箱内側の線は夫々、第７５および第２５パーセンタイル値および中央値を示す。上下の水平バーは夫々、第９０および第１０パーセンタイル値を意味する。ポイントは、８０％データの外側に位置するアッセイ値を示す。Ｂ、ＤおよびＦは、ＰＤ患者とＡＤ患者との間を区別する受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線分析を提示する。各バイオマーカー／ノーマライザーペアの感度、特異度および精度は、「カットオフ」ポイント（各プロット上に点として示される）−予測の精度が最も高いペアのｍｉＲＮＡの比の値について計算される。