【手続補正書】
【提出日】平成29年6月27日(2017.6.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
異種タンパク質と連結したロタウイルス表面タンパク質を含むキメラ表面タンパク質であって、前記ロタウイルス表面タンパク質が、２つの部分からなるアダプター系によって前記異種タンパク質と非共有結合で連結しており、前記アダプター系の一方の部分が前記ロタウイルス表面タンパク質と連結し、前記アダプターの他方の部分が前記異種タンパク質と連結し、それにより、前記アダプター系の両部分が互いと安定な複合体を形成している、キメラ表面タンパク質。
【請求項２】
前記アダプターの一方の部分が第１のアダプターポリペプチドによって形成され、前記アダプターの他方の部分が第２のアダプターポリペプチドによって形成され、前記第１のアダプターポリペプチドと前記第２のアダプターポリペプチドが互いと相互作用して安定な複合体を形成している、請求項１に記載のキメラ表面タンパク質。
【請求項３】
前記第１のアダプターポリペプチドが、任意選択でリンカー配列を介して前記ロタウイルス表面タンパク質と融合しており、前記第２のアダプターポリペプチドが、任意選択でリンカー配列を介して前記異種タンパク質と融合している、請求項２に記載のキメラ表面タンパク質。
【請求項４】
前記第１のアダプターポリペプチドおよび前記第２のアダプターポリペプチドが７アミノ酸反復配列を含む、請求項２または３に記載のキメラ表面タンパク質。
【請求項５】
請求項１から４までのいずれか一項に記載のキメラ表面タンパク質を含むロタウイルス粒子。
【請求項６】
異種タンパク質と連結したロタウイルス表面タンパク質を含むキメラ表面タンパク質を含む組成物であって、前記ロタウイルス表面タンパク質が、２つの部分からなるアダプター系によって前記異種タンパク質と非共有結合で連結しており、前記アダプター系の一方の部分が前記ロタウイルス表面タンパク質と連結し、前記アダプターの他方の部分が前記異種タンパク質と連結し、それにより、前記アダプター系の両部分が互いと安定な複合体を形成している、組成物。
【請求項７】
（ａ）ロタウイルス表面タンパク質、第１のアダプターポリペプチド、および任意選択でリンカー配列を含む改変ロタウイルス表面タンパク質をコードするオープンリーディングフレーム、ならびに
（ｂ）異種タンパク質、第２のアダプターポリペプチド、および任意選択でリンカー配列を含む融合タンパク質をコードするオープンリーディングフレーム
を含む、核酸組成物であって、
任意選択で、前記オープンリーディングフレームはプロモーター配列と作動的に連結している、核酸組成物。
【請求項８】
前記アダプターポリペプチドが７アミノ酸反復配列を含む、請求項７に記載の核酸組成物。
【請求項９】
（ａ）ロタウイルス表面タンパク質および第１のアダプターポリペプチドを含む改変ロタウイルス表面タンパク質をコードする第１の核酸、ならびに第２のアダプターポリペプチドをコードするヌクレオチド配列および多重クローニング部位を含む第２の核酸であって、異種タンパク質のコード領域を前記多重クローニング部位に挿入することにより、前記異種タンパク質および前記第２のアダプターポリペプチドを含む融合タンパク質をコードするオープンリーディングフレームがもたらされる、第２の核酸、あるいは
（ｂ）ロタウイルス表面タンパク質および第１のアダプターポリペプチドを含む改変ロタウイルス表面タンパク質をコードする第１の核酸、ならびに異種タンパク質および第２のアダプターポリペプチドを含む融合タンパク質をコードする第２の核酸
を含む、キットであって、
前記第１のアダプターポリペプチドと前記第２のアダプターポリペプチドとが安定な複合体を形成することができ、
任意選択で、前記キットは、前記ロタウイルス表面タンパク質と同じ種のロタウイルスに由来するかまたは異なるロタウイルス種に由来するロタウイルス粒子をさらに含む、キット。
【請求項１０】
請求項５に記載のロタウイルス粒子を調製するための方法であって、前記方法は、外層を含むロタウイルス粒子を、培養培地中で成長させた細胞において増殖させるステップ、前記ロタウイルス粒子を前記培養培地から精製するステップ、前記外層を前記ロタウイルス粒子から取り除いてロタウイルス二層粒子（ＤＬＰ）を得るステップ、および前記ロタウイルスＤＬＰを請求項１から４までのいずれか一項に記載のキメラ表面タンパク質を用いて再外被形成して請求項５に記載のロタウイルス粒子をもたらすステップを含む、方法。
【請求項１１】
請求項５に記載のロタウイルス粒子を調製するための方法であって、前記方法は、外層を含むロタウイルス粒子を、培養培地中で成長させた細胞において増殖させるステップ、前記ロタウイルス粒子を前記培養培地から精製するステップ、前記外層を前記ロタウイルス粒子から取り除いてロタウイルスＤＬＰを得るステップ、ならびに、前記ロタウイルスＤＬＰを、三量体形成性ロタウイルス表面タンパク質、７アミノ酸反復配列、および任意選択でリンカー配列を含む第１の融合タンパク質を用いて再外被形成するステップ、ならびに、再外被形成された前記ロタウイルスＤＬＰを、三量体形成性異種タンパク質、７アミノ酸反復配列、および任意選択でリンカー配列を含む第２の融合タンパク質と混合して請求項５に記載のロタウイルス粒子をもたらすステップを含む、方法。
【請求項１２】
請求項５に記載のロタウイルス粒子を調製するための方法であって、前記方法は、三量体形成性ロタウイルス表面タンパク質、７アミノ酸反復配列、および任意選択でリンカー配列を含む第１の融合タンパク質を含むロタウイルス粒子を、三量体形成性異種タンパク質、７アミノ酸反復配列、および任意選択でリンカー配列を含む第２の融合タンパク質と混合するステップを含む、方法。
【請求項１３】
異種タンパク質の構造を決定するための方法であって、前記方法は、（ｉ）ロタウイルスＤＬＰを、異種タンパク質の全部または一部を含むキメラ表面タンパク質を用いて再外被形成して、前記キメラ表面タンパク質を提示しているロタウイルス粒子の懸濁物をもたらすステップ、（ｉｉ）前記懸濁物を凍結させるステップ、（ｉｉｉ）ｃｒｙｏ−ＥＭを使用して前記ロタウイルス粒子を画像化して複数の顕微鏡写真を得るステップ、および（ｉｖ）前記複数の顕微鏡写真を解析して前記キメラ表面タンパク質の３次元モデルを得るステップを含む、方法。
【請求項１４】
分子との複合体中の異種タンパク質の構造を決定するための方法であって、前記方法は、（ｉ）ロタウイルスＤＬＰを、異種タンパク質の全部または一部を含むキメラ表面タンパク質を用いて再外被形成して、前記キメラ表面タンパク質を提示しているロタウイルス粒子の懸濁物をもたらすステップ、（ｉｉ）前記懸濁物に、前記異種タンパク質に特異的に結合する分子を添加するステップであって、前記分子が前記キメラ表面タンパク質と複合体を形成するステップ、（ｉｉｉ）前記懸濁物を凍結させるステップ、（ｉｖ）ｃｒｙｏ−ＥＭを使用して前記ロタウイルス粒子を画像化して複数の顕微鏡写真を得るステップ、および（ｖｉ）前記複数の顕微鏡写真を解析して前記分子と複合体を形成した前記キメラ表面タンパク質の３次元モデルを得るステップを含む、方法。
【請求項１５】
前記分子が、タンパク質性分子、例えば（ａ）前記異種タンパク質に特異的に結合する抗体もしくはその断片、または（ｂ）細胞表面受容体であって、ここで前記異種タンパク質がウイルス細胞侵入タンパク質であり、かつ前記タンパク質性分子に前記ウイルス細胞侵入タンパク質が結合する、細胞表面受容体である、請求項１４に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６８】
ポリペプチド配列間の同一性は、ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）において実行されるＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムにより、ギャップ開始ペナルティ（ｇａｐ  ｏｐｅｎ  ｐｅｎａｌｔｙ）＝１２およびギャップ伸長ペナルティ（ｇａｐ  ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ  ｐｅｎａｌｔｙ）＝１のパラメータを用いたアフィンギャップ検索を使用して決定することが好ましい。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
異種タンパク質と連結したロタウイルス表面タンパク質を含むキメラ表面タンパク質を含む組成物であって、前記ロタウイルス表面タンパク質が、２つの部分からなるアダプター系によって前記異種タンパク質と非共有結合で連結しており、前記アダプター系の一方の部分が前記ロタウイルス表面タンパク質と連結し、前記アダプターの他方の部分が前記異種タンパク質と連結し、それにより、前記アダプター系の両部分が互いと安定な複合体を形成している、組成物。
（項目２）
前記アダプターの一方の部分が第１のアダプターポリペプチドによって形成され、前記アダプターの他方の部分が第２のアダプターポリペプチドによって形成され、前記第１のアダプターポリペプチドと前記第２のアダプターポリペプチドが互いと相互作用して安定な複合体を形成している、項目１に記載のキメラ表面タンパク質。
（項目３）
前記第１のアダプターポリペプチドが、任意選択でリンカー配列を介して前記ロタウイルス表面タンパク質と融合しており、前記第２のアダプターポリペプチドが、任意選択でリンカー配列を介して前記異種タンパク質と融合している、項目２に記載のキメラ表面タンパク質。
（項目４）
前記第１のアダプターポリペプチドおよび前記第２のアダプターポリペプチドが７アミノ酸反復配列を含む、項目２または３に記載のキメラ表面タンパク質。
（項目５）
項目１から４までのいずれか一項に記載のキメラ表面タンパク質を含むロタウイルス粒子。
（項目６）
医薬として使用するための、項目５に記載のロタウイルス粒子。
（項目７）
（ａ）ロタウイルス表面タンパク質、第１のアダプターポリペプチド、および任意選択でリンカー配列を含む改変ロタウイルス表面タンパク質をコードするオープンリーディングフレーム、ならびに
（ｂ）異種タンパク質、第２のアダプターポリペプチド、および任意選択でリンカー配列を含む融合タンパク質をコードするオープンリーディングフレーム
を含む、核酸組成物であって、
任意選択で、前記オープンリーディングフレームはプロモーター配列と作動的に連結している、核酸組成物。
（項目８）
前記アダプターポリペプチドが７アミノ酸反復配列を含む、項目７に記載の核酸組成物。
（項目９）
（ａ）ロタウイルス表面タンパク質および第１のアダプターポリペプチドを含む改変ロタウイルス表面タンパク質をコードする第１の核酸、ならびに第２のアダプターポリペプチドをコードするヌクレオチド配列および多重クローニング部位を含む第２の核酸であって、異種タンパク質のコード領域を前記多重クローニング部位に挿入することにより、前記異種タンパク質および前記第２のアダプターポリペプチドを含む融合タンパク質をコードするオープンリーディングフレームがもたらされる、第２の核酸、あるいは
（ｂ）ロタウイルス表面タンパク質および第１のアダプターポリペプチドを含む改変ロタウイルス表面タンパク質をコードする第１の核酸、ならびに異種タンパク質および第２のアダプターポリペプチドを含む融合タンパク質をコードする第２の核酸
を含む、キットであって、
前記第１のアダプターポリペプチドと前記第２のアダプターポリペプチドとが安定な複合体を形成することができ、
任意選択で、前記キットは、前記ロタウイルス表面タンパク質と同じ種のロタウイルスに由来するかまたは異なるロタウイルス種に由来するロタウイルス粒子をさらに含む、キット。
（項目１０）
項目５に記載のロタウイルス粒子を調製するための方法であって、前記方法は、外層を含むロタウイルス粒子を、培養培地中で成長させた細胞において増殖させるステップ、前記ロタウイルス粒子を前記培養培地から精製するステップ、前記外層を前記ロタウイルス粒子から取り除いてロタウイルス二層粒子（ＤＬＰ）を得るステップ、および前記ロタウイルスＤＬＰを項目１から４までのいずれか一項に記載のキメラ表面タンパク質を用いて再外被形成して項目５に記載のロタウイルス粒子をもたらすステップを含む、方法。
（項目１１）
項目５に記載のロタウイルス粒子を調製するための方法であって、前記方法は、外層を含むロタウイルス粒子を、培養培地中で成長させた細胞において増殖させるステップ、前記ロタウイルス粒子を前記培養培地から精製するステップ、前記外層を前記ロタウイルス粒子から取り除いてロタウイルスＤＬＰを得るステップ、ならびに、前記ロタウイルスＤＬＰを、三量体形成性ロタウイルス表面タンパク質、７アミノ酸反復配列、および任意選択でリンカー配列を含む第１の融合タンパク質を用いて再外被形成するステップ、ならびに、再外被形成された前記ロタウイルスＤＬＰを、三量体形成性異種タンパク質、７アミノ酸反復配列、および任意選択でリンカー配列を含む第２の融合タンパク質と混合して項目５に記載のロタウイルス粒子をもたらすステップを含む、方法。
（項目１２）
項目５に記載のロタウイルス粒子を調製するための方法であって、前記方法は、三量体形成性ロタウイルス表面タンパク質、７アミノ酸反復配列、および任意選択でリンカー配列を含む第１の融合タンパク質を含むロタウイルス粒子を、三量体形成性異種タンパク質、７アミノ酸反復配列、および任意選択でリンカー配列を含む第２の融合タンパク質と混合するステップを含む、方法。
（項目１３）
異種タンパク質の構造を決定するための方法であって、前記方法は、（ｉ）ロタウイルスＤＬＰを、異種タンパク質の全部または一部を含むキメラ表面タンパク質を用いて再外被形成して、前記キメラ表面タンパク質を提示しているロタウイルス粒子の懸濁物をもたらすステップ、（ｉｉ）前記懸濁物を凍結させるステップ、（ｉｉｉ）ｃｒｙｏ−ＥＭを使用して前記ロタウイルス粒子を画像化して複数の顕微鏡写真を得るステップ、および（ｉｖ）前記複数の顕微鏡写真を解析して前記キメラ表面タンパク質の３次元モデルを得るステップを含む、方法。
（項目１４）
分子との複合体中の異種タンパク質の構造を決定するための方法であって、前記方法は、（ｉ）ロタウイルスＤＬＰを、異種タンパク質の全部または一部を含むキメラ表面タンパク質を用いて再外被形成して、前記キメラ表面タンパク質を提示しているロタウイルス粒子の懸濁物をもたらすステップ、（ｉｉ）前記懸濁物に、前記異種タンパク質に特異的に結合する分子を添加するステップであって、前記分子が前記キメラ表面タンパク質と複合体を形成するステップ、（ｉｉｉ）前記懸濁物を凍結させるステップ、（ｉｖ）ｃｒｙｏ−ＥＭを使用して前記ロタウイルス粒子を画像化して複数の顕微鏡写真を得るステップ、および（ｖｉ）前記複数の顕微鏡写真を解析して前記分子と複合体を形成した前記キメラ表面タンパク質の３次元モデルを得るステップを含む、方法。
（項目１５）
前記分子が、タンパク質性分子、例えば（ａ）前記異種タンパク質に特異的に結合する抗体もしくはその断片、または（ｂ）細胞表面受容体であって、ここで前記異種タンパク質がウイルス細胞侵入タンパク質であり、かつ前記タンパク質性分子に前記ウイルス細胞侵入タンパク質が結合する、細胞表面受容体である、項目１４に記載の方法。