【手続補正書】
【提出日】平成29年7月20日(2017.7.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の配列リードをアラインするための、プロセッサーおよび非一時的メモリを含むシステムであって、前記メモリは、実行された際、前記プロセッサーに、
複数の配列リードを、記号のストリングとして得て；
配列リードに対応する記号の各ストリングを、基準配列構築物内の複数の位置と比較し、ここで前記構築物は、前記構築物内の複数の位置において、記号の少なくとも２つの異なるストリングを含み；
配列リードに対応する記号の各ストリングと、前記基準配列構築物内の前記複数の位置の各々との重複をスコア付けし、ここで高スコアは重複の量が大きいことに対応し；
各配列リードについて、最高のスコアに対応する前記重複を同定し；
各配列リードを、最高のスコアに対応する前記構築物上の場所へと割り当て；
アラインされた各配列リードの前記場所に対応するメモリにファイルを書き込む
ことをさせる命令を含む、システム。
【請求項２】
前記配列リードが、核酸配列リードである、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記配列リードが、アミノ酸配列リードである、請求項１に記載のシステム。
【請求項４】
前記メモリが、実行された際、前記プロセッサーに、
各配列リードの前記割り当てられた場所に基づき、前記複数のアラインされた配列リードをアセンブルして、アセンブルされた配列を得て；
前記アセンブルされた配列に対応するメモリにファイルを書き込む
ことをさせる命令をさらに含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項５】
前記アセンブルされた配列が、生物の遺伝子配列に対応する、請求項４に記載のシステム。
【請求項６】
前記遺伝子配列が、染色体またはゲノムを実質的に包含する、請求項５に記載のシステム。
【請求項７】
１または複数のアラインされた配列リードの前記場所に基づき、生物に遺伝子型を割り当てることをさらに含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項８】
前記割り当てられた遺伝子型を、疾患の危険性と相関させることをさらに含む、請求項７に記載のシステム。
【請求項９】
前記疾患が、がんである、請求項８に記載のシステム。
【請求項１０】
前記基準配列構築物が、非一時的コンピュータ可読メディアに保存された位置および記号についてのデータベースを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記システムが、複数のプロセッサーを含み、各プロセッサーが、前記複数の配列リードの部分を前記基準配列構築物と比較しスコア付けするように構成されている、請求項１に記載のシステム。
【請求項１２】
前記メモリが、第２のプロセッサーが、得て、比較し、スコア付けし、同定し、割り当て、次いで前記割り当てられた場所を第１のプロセッサーへと送信することを前記第１のプロセッサーに命令させる命令をさらに含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１３】
前記基準配列構築物上の各位置が、基準配列内の核酸に対応する、請求項１に記載のシステム。
【請求項１４】
前記構築物上の各位置が、基準配列内のアミノ酸に対応する、請求項１に記載のシステム。
【請求項１５】
前記構築物上の各位置が、基準配列内の遺伝子に対応する、請求項１に記載のシステム。
【請求項１６】
前記基準配列構築物が、方向を有する、請求項１に記載のシステム。
【請求項１７】
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、生物のゲノムを表示する、請求項１６に記載のシステム。
【請求項１８】
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、生物の染色体を表示する、請求項１６に記載のシステム。
【請求項１９】
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、タンパク質を表示する、請求項１６に記載のシステム。
【請求項２０】
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、非巡回経路である、請求項１６に記載のシステム。
【請求項２１】
前記構築物内の記号の前記少なくとも２つの異なるストリングが、前記位置における公知の配列変異を表示する、請求項１に記載のシステム。
【請求項２２】
記号の前記少なくとも２つの異なるストリングが、塩基の挿入または塩基の欠失により互いに異なる核酸配列に対応する、請求項１に記載のシステム。
【請求項２３】
記号の前記少なくとも２つの異なるストリングが、アミノ酸の挿入またはアミノ酸の欠失により互いに異なるポリペプチドに対応する、請求項１に記載のシステム。
【請求項２４】
前記基準配列構築物が、１，０００を超える記号を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項２５】
前記基準配列構築物が、１，０００，０００を超える記号を含む、請求項２４に記載のシステム。
【請求項２６】
前記複数の配列リードが、１０００を超える配列リードを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項２７】
前記複数の配列リードの大部分が、記号１００個を超える長さである、請求項１に記載のシステム。
【請求項２８】
前記複数の配列リードが、次世代シーケンシング法の出力ファイルである、請求項１に記載のシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０４】
同等物
当業者には、本明細書で示され、記載される実施形態に加えて、本発明の多様な改変およびその多くのさらなる実施形態も、本明細書で引用される研究文献および特許文献への言及を含む、本明細書の全内容から明らかとなろう。本明細書における対象物は、その多様な実施形態における本発明およびその同等物の実施に適応させうる、重要な情報、例示、および指針を含有する。
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
複数の配列リードをアラインするための、プロセッサーおよび非一時的メモリを含むシステムであって、前記メモリは、実行された際、前記プロセッサーに、
複数の配列リードを、記号のストリングとして得て；
配列リードに対応する記号の各ストリングを、基準配列構築物内の複数の位置と比較し、ここで前記構築物は、前記構築物内の複数の位置において、記号の少なくとも２つの異なるストリングを含み；
配列リードに対応する記号の各ストリングと、前記基準配列構築物内の前記複数の位置の各々との重複をスコア付けし、ここで高スコアは重複の量が大きいことに対応し；
各配列リードについて、最高のスコアに対応する前記重複を同定し；
各配列リードを、最高のスコアに対応する前記構築物上の場所へと割り当て；
アラインされた各配列リードの前記場所に対応するメモリにファイルを書き込む
ことをさせる命令を含む、システム。
（項目２）
前記配列リードが、核酸配列リードである、項目１に記載のシステム。
（項目３）
前記配列リードが、アミノ酸配列リードである、項目１に記載のシステム。
（項目４）
前記メモリが、実行された際、前記プロセッサーに、
各配列リードの前記割り当てられた場所に基づき、前記複数のアラインされた配列リードをアセンブルして、アセンブルされた配列を得て；
前記アセンブルされた配列に対応するメモリにファイルを書き込む
ことをさせる命令をさらに含む、項目１に記載のシステム。
（項目５）
前記アセンブルされた配列が、生物の遺伝子配列に対応する、項目４に記載のシステム。
（項目６）
前記遺伝子配列が、染色体またはゲノムを実質的に包含する、項目５に記載のシステム。
（項目７）
１または複数のアラインされた配列リードの前記場所に基づき、生物に遺伝子型を割り当てることをさらに含む、項目１に記載のシステム。
（項目８）
前記割り当てられた遺伝子型を、疾患の危険性と相関させることをさらに含む、項目７に記載のシステム。
（項目９）
前記疾患が、がんである、項目８に記載のシステム。
（項目１０）
前記基準配列構築物が、非一時的コンピュータ可読メディアに保存された位置および記号についてのデータベースを含む、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記システムが、複数のプロセッサーを含み、各プロセッサーが、前記複数の配列リードの部分を前記基準配列構築物と比較しスコア付けするように構成されている、項目１に記載のシステム。
（項目１２）
前記メモリが、第２のプロセッサーが、得て、比較し、スコア付けし、同定し、割り当て、次いで前記割り当てられた場所を第１のプロセッサーへと送信することを前記第１のプロセッサーに命令させる命令をさらに含む、項目１に記載のシステム。
（項目１３）
前記基準配列構築物上の各位置が、基準配列内の核酸に対応する、項目１に記載のシステム。
（項目１４）
前記構築物上の各位置が、基準配列内のアミノ酸に対応する、項目１に記載のシステム。
（項目１５）
前記構築物上の各位置が、基準配列内の遺伝子に対応する、項目１に記載のシステム。
（項目１６）
前記基準配列構築物が、方向を有する、項目１に記載のシステム。
（項目１７）
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、生物のゲノムを表示する、項目１６に記載のシステム。
（項目１８）
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、生物の染色体を表示する、項目１６に記載のシステム。
（項目１９）
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、タンパク質を表示する、項目１６に記載のシステム。
（項目２０）
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、非巡回経路である、項目１６に記載のシステム。
（項目２１）
前記構築物内の記号の前記少なくとも２つの異なるストリングが、前記位置における公知の配列変異を表示する、項目１に記載のシステム。
（項目２２）
記号の前記少なくとも２つの異なるストリングが、塩基の挿入または塩基の欠失により互いに異なる核酸配列に対応する、項目１に記載のシステム。
（項目２３）
記号の前記少なくとも２つの異なるストリングが、アミノ酸の挿入またはアミノ酸の欠失により互いに異なるポリペプチドに対応する、項目１に記載のシステム。
（項目２４）
前記基準配列構築物が、１，０００を超える記号を含む、項目１に記載のシステム。
（項目２５）
前記基準配列構築物が、１，０００，０００を超える記号を含む、項目２４に記載のシステム。
（項目２６）
前記複数の配列リードが、１０００を超える配列リードを含む、項目１に記載のシステム。
（項目２７）
前記複数の配列リードの大部分が、記号１００個を超える長さである、項目１に記載のシステム。
（項目２８）
前記複数の配列リードが、次世代シーケンシング法の出力ファイルである、項目１に記載のシステム。
（項目２９）
複数の配列リードをアラインする方法であって、
複数の配列リードを得るステップと；
基準配列構築物に対する各配列リードごとの配列の重複をスコア付けするステップであり、前記構築物は、前記構築物内の複数の位置において、位置１箇所当たり少なくとも２つの代替配列を含み、ここで重複が大きくなればより高いスコアがもたらされる、ステップと；
各配列リードごとの前記スコアが最大化されるように、各配列リードを前記構築物内の場所にアラインするステップと
を含む方法。
（項目３０）
前記構築物に対する前記配列のアライメントに基づき、前記配列リードを互いにアセンブルするステップをさらに含む、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記配列リードが、核酸配列リードである、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
前記配列リードが、アミノ酸配列リードである、項目２９に記載の方法。
（項目３３）
前記構築物内の各位置が、基準配列内の塩基またはアミノ酸に対応する、項目２９に記載の方法。
（項目３４）
前記構築物内の各位置が、基準配列内の遺伝子に対応する、項目２９に記載の方法。
（項目３５）
前記基準配列構築物が、方向を有する、項目２９に記載の方法。
（項目３６）
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、生物のゲノムを表示する、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、生物の染色体を表示する、項目３５に記載の方法。
（項目３８）
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、タンパク質を表示する、項目３５に記載の方法。
（項目３９）
前記基準配列を通る経路が、非巡回経路である、項目３５に記載の方法。
（項目４０）
前記構築物内の前記少なくとも２つの代替配列が、前記位置における公知の遺伝子変異を表示する、項目２９に記載の方法。
（項目４１）
前記核酸リードの前記割り当てられた場所に基づき、生物に遺伝子型を割り当てるステップをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記構築物内の前記少なくとも２つの代替配列が、前記位置における公知の構造変異を表示する、項目２９に記載の方法。
（項目４３）
前記少なくとも２つの代替配列が、塩基の挿入または塩基の欠失により互いに異なる、項目２９に記載の方法。
（項目４４）
前記少なくとも２つの代替配列が、アミノ酸の挿入またはアミノ酸の欠失により互いに異なる、項目２９に記載の方法。
（項目４５）
各リードが、核酸塩基の測定された配列を表示する記号のストリングを含む、項目２９に記載の方法。
（項目４６）
核酸塩基の前記測定された配列が、サンガーシーケンシング、ピロシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、合成を介するシーケンシング、ライゲーションを介するシーケンシング、および単一分子リアルタイムシーケンシングから選択されるシーケンシング法により決定される、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
各リードが、アミノ酸の測定された配列を表示する記号のストリングを含む、項目２９に記載の方法。
（項目４８）
アミノ酸の前記測定された配列が、質量分析により決定される、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記基準配列構築物が、１，０００を超える塩基を含む、項目２９に記載の方法。
（項目５０）
前記基準配列構築物が、１，０００，０００を超える塩基を含む、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記複数のリードが、１０００を超えるリードを含む、項目２９に記載の方法。
（項目５２）
前記複数のリードの大部分が、１００塩基対を超える長さである、項目２９に記載の方法。
（項目５３）
前記複数のリードの大部分が、１０アミノ酸を超える長さである、項目２９に記載の方法。
（項目５４）
前記基準配列構築物が、コンピュータ可読メディアに保存された位置および配列のデータベースを含む、項目２９に記載の方法。
（項目５５）
前記リードが、コンピュータ可読メディアに保存された記号のストリングを含む、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
試料に由来する複数の核酸をシーケンシングするステップをさらに含む、項目２９に記載の方法。
（項目５７）
前記試料を患者から得るステップをさらに含む、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記試料が、血液、尿、唾液、痰、糞便、乳首吸引物、汗、毛包、口腔内スワブ、または組織から選択される、項目５６に記載の方法。
（項目５９）
複数の核酸を、前記試料から単離するステップをさらに含む、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記単離された複数の核酸の少なくとも一部を増幅するステップをさらに含む、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
複数の核酸リードをアラインする方法であって、
複数の核酸リードを得るステップと；
前記リード内の塩基と前記構築物内の塩基との重複をスコア付けするアルゴリズムを使用して、前記核酸リードを、基準配列構築物にアラインするステップであり、前記構築物は、前記構築物内の複数の位置において、位置１箇所当たり少なくとも２つの代替配列を含む、ステップと
を含む方法。
（項目６２）
前記アルゴリズムが、前記少なくとも２つの配列間の選択に応じた最大の重複スコアを計算する、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
前記基準配列構築物が、有向非巡回グラフである、項目６１に記載の方法。
（項目６４）
前記構築物が、少なくとも１，０００塩基を含む、項目６１に記載の方法。
（項目６５）
前記構築物が、少なくとも１，０００，０００塩基を含む、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
複数のアミノ酸リードをアラインする方法であって、
複数のアミノ酸リードを得るステップと；
前記リード内のアミノ酸と前記構築物内のアミノ酸との重複をスコア付けするアルゴリズムを使用して、前記アミノ酸リードを、基準配列構築物にアラインするステップであり、前記構築物は、前記構築物内の複数の位置において、位置１箇所当たり少なくとも２つの代替配列を含む、ステップと
を含む方法。
（項目６７）
前記アルゴリズムが、前記少なくとも２つの配列間の選択に応じた最大の重複スコアを計算する、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
前記基準配列構築物が、有向非巡回グラフである、項目６６に記載の方法。
（項目６９）
前記構築物が、少なくとも１００アミノ酸を含む、項目６６に記載の方法。
（項目７０）
前記構築物が、少なくとも１０，０００アミノ酸を含む、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
コンピュータで実行される複数のリードをアラインする方法であって、
複数のリードを、記号のストリングとして得るステップと；
コンピュータプロセッサーを使用して、リードに対応する記号の各ストリングを、基準配列構築物内の複数の位置と比較するステップであり、前記構築物は、前記構築物内の複数の位置において、記号の少なくとも２つの異なるストリングを含む、ステップと；
記号の前記ストリングと、前記基準配列構築物内の前記複数の位置の各々との重複を、プロセッサーによりスコア付けするステップであり、高スコアは重複の量が大きいことに対応する、ステップと；
各リードについて、最高のスコアに対応する前記重複を同定するステップと；
前記リードを、最高のスコアに対応する前記構築物上の場所にアラインするステップとを含む方法。
（項目７２）
前記構築物上の、前記アラインされた場所に基づき、前記リードを互いにアセンブルするステップをさらに含む、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
前記リードが、核酸リードである、項目７１に記載の方法。
（項目７４）
前記リードが、アミノ酸リードである、項目７１に記載の方法。
（項目７５）
前記構築物上の各位置が、基準配列内の塩基に対応する、項目７１に記載の方法。
（項目７６）
前記構築物上の各位置が、基準配列内のアミノ酸に対応する、項目７１に記載の方法。
（項目７７）
前記構築物上の各位置が、基準配列内の遺伝子に対応する、項目７１に記載の方法。
（項目７８）
前記基準配列構築物が、方向を有する、項目７１に記載の方法。
（項目７９）
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、生物のゲノムを表示する、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、生物の染色体を表示する、項目７８に記載の方法。
（項目８１）
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、タンパク質を表示する、項目７８に記載の方法。
（項目８２）
前記基準配列構築物を前記方向で通る経路が、非巡回経路である、項目７８に記載の方法。
（項目８３）
前記構築物内の前記少なくとも２つの代替配列が、前記位置における公知の遺伝子変異を表示する、項目７１に記載の方法。
（項目８４）
前記核酸リードの前記割り当てられた場所に基づき、生物に遺伝子型を割り当てるステップをさらに含む、項目８３に記載の方法。
（項目８５）
前記少なくとも２つの代替配列が、塩基の挿入または塩基の欠失により互いに異なる、項目７１に記載の方法。
（項目８６）
各核酸リードが、核酸塩基の測定された配列を表示する記号のストリングを含む、項目７１に記載の方法。
（項目８７）
核酸塩基の前記測定された配列が、サンガーシーケンシング、ピロシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、合成を介するシーケンシング、ライゲーションを介するシーケンシング、および単一分子リアルタイムシーケンシングから選択されるシーケンシング法により決定される、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記基準配列構築物が、１，０００を超える塩基を含む、項目７１に記載の方法。
（項目８９）
前記基準配列構築物が、１，０００，０００を超える塩基を含む、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
前記複数の核酸リードが、１０００を超えるリードを含む、項目７１に記載の方法。
（項目９１）
前記複数の核酸リードの大部分が、１００塩基対を超える長さである、項目７１に記載の方法。
（項目９２）
コンピュータで実行される複数のリードをアラインする方法であって、
複数のリードを、記号のストリングとして得るステップと；
前記リードと前記構築物との重複をスコア付けするアルゴリズムを実行するプロセッサーを使用して、前記リードを、基準配列構築物にアラインするステップであり、前記構築物は、前記構築物内の複数の位置において、位置１箇所当たり少なくとも２つの代替配列を含む、ステップとを含む方法。
（項目９３）
前記アルゴリズムが、前記少なくとも２つの代替配列の選択に応じて最大の重複スコアを計算する、項目９２に記載の方法。
（項目９４）
前記基準配列構築物が、有向非巡回グラフである、項目９２に記載の方法。
（項目９５）
前記複数の核酸リードが、コンピュータ可読メディアに保存される、項目９２に記載の方法。
（項目９６）
前記基準配列構築物が、コンピュータ可読メディアに保存されたデータベースを含む、項目９２に記載の方法。
（項目９７）
複数のリードをアラインするための、プロセッサーおよびメモリを含むシステムであって、前記メモリは、実行された際、前記プロセッサーに、
複数のリードを、記号のストリングとして得て；
前記リードと前記構築物との重複をスコア付けするアルゴリズムを使用して、前記リードを基準配列構築物にアラインし、ここで前記構築物は、前記構築物内の複数の位置において、位置１箇所当たり少なくとも２つの代替配列を含み；
前記アラインされた配列に対応するメモリにファイルを書き込む
ことをさせる命令を含む、システム。
（項目９８）
前記メモリが、実行された際、前記少なくとも２つの代替配列の選択に応じて最大の重複スコアを計算することを前記プロセッサーにさせる命令をさらに含む、項目９７に記載のシステム。
（項目９９）
前記基準配列構築物が、有向非巡回グラフである、項目９７に記載のシステム。
（項目１００）
前記複数のリードが、コンピュータ可読メディアに保存される、項目９７に記載のシステム。
（項目１０１）
前記基準配列構築物が、コンピュータ可読メディアに保存されたデータベースを含む、項目９７に記載のシステム。
（項目１０２）
複数の配列リードをアラインする方法であって、
複数の配列リードを得るステップと；
基準配列構築物に対する各配列リードごとの配列の重複をスコア付けするステップであり、前記構築物は、前記構築物内の複数の位置において、位置１箇所当たり少なくとも２つの代替配列を含み、ここで重複が大きくなればより低いスコアがもたらされる、ステップと；
各配列リードごとの前記スコアが最小化されるように、各配列リードを、前記構築物内の場所にアラインするステップと
を含む方法。
（項目１０３）
コンピュータで実行される複数のリードをアラインする方法であって、
複数のリードを、記号のストリングとして得るステップと；
コンピュータプロセッサーを使用して、リードに対応する記号の各ストリングを、基準配列構築物内の複数の位置と比較するステップであり、前記構築物は、前記構築物内の複数の位置において、記号の少なくとも２つの異なるストリングを含む、ステップと；
記号の前記ストリングと、前記基準配列構築物内の前記複数の位置の各々との重複を、プロセッサーによりスコア付けするステップであり、低スコアは重複の量が大きいことに対応する、ステップと；
各リードについて、最低のスコアに対応する前記重複を同定するステップと；
前記リードを、最低のスコアに対応する前記構築物上の場所にアラインするステップとを含む方法。
（項目１０４）
複数のリードをアラインするための、プロセッサーおよびメモリを含むシステムであって、前記メモリは、実行された際、前記プロセッサーに、
複数のリードを、記号のストリングとして得て；
リードに対応する記号の各ストリングを、基準配列構築物内の複数の位置と比較し、ここで前記構築物は、前記構築物内の複数の位置において、記号の少なくとも２つの異なるストリングを含み；
記号の前記ストリングと、前記基準配列構築物内の前記複数の位置の各々との重複をスコア付けし、ここで低スコアは重複の量が大きいことに対応し；
各核酸リードについて、最低のスコアに対応する前記重複を同定し；
前記核酸リードを、最低のスコアに対応する前記構築物上の場所へと割り当て；
前記アラインされた配列に対応するメモリにファイルを書き込む
ことをさせる命令を含む、システム。