【手続補正書】
【提出日】平成29年10月23日(2017.10.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
SEQ ID NO: 1の配列と少なくとも約90％の配列同一性を呈するアミノ酸配列を含み、SEQ ID NO: 1が、
X14が任意のアミノ酸、好ましくはS、R、またはN、より好ましくはSまたはRであり得、
X23が任意のアミノ酸、好ましくはS、R、またはN、より好ましくはSであり得、
X50が任意のアミノ酸、好ましくはS、R、またはN、より好ましくはSまたはNであり得、
X1が存在していないか、または任意のアミノ酸、とりわけMであり得、
X82が任意のアミノ酸、好ましくはTまたはIであり得、
X122が任意のアミノ酸、好ましくはIまたはMであり得、
X149が任意のアミノ酸、好ましくはMまたはPであり得、
X154が任意のアミノ酸、好ましくはLまたはTであり得、
X160が任意のアミノ酸、好ましくはAまたはTであり得、
X167が任意のアミノ酸、好ましくはIまたはLであり得、
X179が任意のアミノ酸、好ましくはNまたはFであり得、
X180が任意のアミノ酸、好ましくはMまたはEであり得、
X186が任意のアミノ酸、好ましくはVまたはYであり得、
X206が任意のアミノ酸、好ましくはA、N、またはVであり得、
X212が任意のアミノ酸、好ましくはTまたはNであり得、
X224が任意のアミノ酸、好ましくはPまたはQであり得、
X230が任意のアミノ酸、好ましくはNまたはYであり得、
X232が任意のアミノ酸、好ましくはSまたはTであり得る；
ことを特徴とするポリペプチドであって、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4のアミノ酸配列のいずれも含まない、ポリペプチド。
【請求項２】
SEQ ID NO: 1の配列と少なくとも約90％の配列同一性を呈するアミノ酸配列において、
X14がCではない、
X23がCではない、
X50がCではない、
X82がIである、
X122がMである、
X149がPである、
X154がTである、
X160がTである、
X167がLである、
X179がFである、
X180がEである、
X186がYである、
X206がNもしくはVである、
X212がNである、
X224がQである、
X230がYである、および／または
X232がTである、
ことのうちの少なくとも1つを呈する、請求項1に記載のポリペプチド。
【請求項３】
X14がS、R、またはN、より好ましくはSまたはRであり、
X23がS、R、またはN、より好ましくはSであり、
X50がS、R、またはN、より好ましくはSまたはNであり、
X82がTまたはIであり、
X122がIまたはMであり、
X149がMまたはPであり、
X154がLまたはTであり、
X160がAまたはTであり、
X167がIまたはLであり、
X179がNまたはFであり、
X180がMまたはEであり、
X186がVまたはYであり、
X206がA、N、またはVであり、
X212がTまたはNであり、
X224がPまたはQであり、
X230がNまたはYであり、
X232がSまたはTである、
請求項1または2に記載のポリペプチド。
【請求項４】
SEQ ID NO: 1の配列と少なくとも約90％の配列同一性を呈する配列が、X1、X14、X23、X50、X82、X122、X149、X154、X160、X167、X179、X180、X186、X206、X212、X224、X230、および／またはX232から選択される1つまたは複数の残基でのみ、請求項2〜3において定義されるようにSEQ ID NO: 1の配列から逸脱している、請求項2〜3のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項５】
SEQ ID NO: 1の配列と少なくとも約90％の配列同一性を呈するアミノ酸配列において、115位にグルタミン酸残基を呈する、前記請求項のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項６】
SEQ ID NO: 1の配列を含む、前記請求項のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項７】
X14、X23、および／またはX50がCではない、前記請求項のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項８】
SEQ ID NO: 1が、SEQ ID NO: 6〜49からなる群より選択される配列である、前記請求項のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項９】
SEQ ID NO: 6〜49からなる群より選択される配列を含む、前記請求項のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
KRKおよびSEQ ID NO: 50〜120からなる群より選択される少なくとも1つの追加的なアミノ酸配列ストレッチを含む、前記請求項のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
SMAP-29、SEQ ID NO: 76のアミノ酸配列を有する少なくとも1つの追加的なアミノ酸配列ストレッチを含む、前記請求項のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１２】
SEQ ID NO: 121〜134のいずれかから選択されるアミノ酸配列と少なくとも91.5％の配列同一性を呈するアミノ酸を含み、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4のアミノ酸配列のいずれも含まない、前記請求項のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１３】
SEQ ID NO: 121〜134からなる群より選択される配列を含むか、またはSEQ ID NO: 136〜149からなる群より選択される配列を含む、前記請求項のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項１４】
グラム陰性細菌、とりわけシュードモナス属（Pseudomonas）細菌および／またはカンピロバクター属（Campylobacter）細菌のペプチドグリカンを分解する、前記請求項のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００６】
課題は、添付の特許請求の範囲に示されている内容によって解決される。
[本発明1001]
SEQ ID NO: 1の配列と少なくとも約90％の配列同一性を呈するアミノ酸配列を含み、SEQ ID NO: 1が、
X1が存在していないか、または任意のアミノ酸、とりわけMであり得、
X14が任意のアミノ酸、好ましくはS、R、またはN、より好ましくはSまたはRであり得、
X23が任意のアミノ酸、好ましくはS、R、またはN、より好ましくはSであり得、
X50が任意のアミノ酸、好ましくはS、R、またはN、より好ましくはSまたはNであり得、
X82が任意のアミノ酸、好ましくはTまたはIであり得、
X122が任意のアミノ酸、好ましくはIまたはMであり得、
X149が任意のアミノ酸、好ましくはMまたはPであり得、
X154が任意のアミノ酸、好ましくはLまたはTであり得、
X160が任意のアミノ酸、好ましくはAまたはTであり得、
X167が任意のアミノ酸、好ましくはIまたはLであり得、
X179が任意のアミノ酸、好ましくはNまたはFであり得、
X180が任意のアミノ酸、好ましくはMまたはEであり得、
X186が任意のアミノ酸、好ましくはVまたはYであり得、
X206が任意のアミノ酸、好ましくはA、N、またはVであり得、
X212が任意のアミノ酸、好ましくはTまたはNであり得、
X224が任意のアミノ酸、好ましくはPまたはQであり得、
X230が任意のアミノ酸、好ましくはNまたはYであり得、
X232が任意のアミノ酸、好ましくはSまたはTであり得る；
ことを特徴とするポリペプチドであって、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4のアミノ酸配列のいずれも含まない、ポリペプチド。
[本発明1002]
SEQ ID NO: 1の配列と少なくとも約90％の配列同一性を呈するアミノ酸配列において、
X14がCではない、
X23がCではない、
X50がCではない、
X82がIである、
X122がMである、
X149がPである、
X154がTである、
X160がTである、
X167がLである、
X179がFである、
X180がEである、
X186がYである、
X206がNもしくはVである、
X212がNである、
X224がQである、
X230がYである、および／または
X232がTである、
ことのうちの少なくとも1つを呈する、本発明1001のポリペプチド。
[本発明1003]
X14がS、R、またはN、より好ましくはSまたはRであり、
X23がS、R、またはN、より好ましくはSであり、
X50がS、R、またはN、より好ましくはSまたはNであり、
X82がTまたはIであり、
X122がIまたはMであり、
X149がMまたはPであり、
X154がLまたはTであり、
X160がAまたはTであり、
X167がIまたはLであり、
X179がNまたはFであり、
X180がMまたはEであり、
X186がVまたはYであり、
X206がA、N、またはVであり、
X212がTまたはNであり、
X224がPまたはQであり、
X230がNまたはYであり、
X232がSまたはTである、
本発明1001または1002のポリペプチド。
[本発明1004]
SEQ ID NO: 1の配列と少なくとも約90％の配列同一性を呈する配列が、X1、X14、X23、X50、X82、X122、X149、X154、X160、X167、X179、X180、X186、X206、X212、X224、X230、および／またはX232から選択される1つまたは複数の残基でのみ、本発明1002〜1003において定義されるようにSEQ ID NO: 1の配列から逸脱している、前記本発明1002〜1003のいずれかのポリペプチド。
[本発明1005]
SEQ ID NO: 1の配列と少なくとも約90％の配列同一性を呈するアミノ酸配列において、115位にグルタミン酸残基を呈する、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1006]
SEQ ID NO: 1の配列と少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、少なくとも約99.5％、またはさらに100％の配列同一性を呈する、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1007]
SEQ ID NO: 1の配列を含む、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1008]
X14がCではない、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1009]
X23がCではない、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1010]
X50がCではない、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1011]
X14およびX23がCではない、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1012]
X14およびX50がCではない、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1013]
X23およびX50がCではない、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1014]
X14もX23もX50もいずれもCではない、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1015]
X14がSである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1016]
X14がRである、前記本発明1001〜1014のいずれかのポリペプチド。
[本発明1017]
X23がSである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1018]
X50がSである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1019]
X50がNである、前記本発明1001〜1017のいずれかのポリペプチド。
[本発明1020]
X14およびX23がSである、前記本発明1001〜1015および1017〜1019のいずれかのポリペプチド。
[本発明1021]
X14およびX50がSである、前記本発明1001〜1015、1017、および1018のいずれかのポリペプチド。
[本発明1022]
X23およびX50がSである、前記本発明1001〜1018のいずれかのポリペプチド。
[本発明1023]
X14、X23、およびX50がSである、前記本発明1001〜1015、1017、および1018のいずれかのポリペプチド。
[本発明1024]
X14がRであり、かつX50がSである、本発明1016のポリペプチド。
[本発明1025]
X14がSであり、かつX50がNである、本発明1015のポリペプチド。
[本発明1026]
X14がRであり、かつX50がNである、本発明1016のポリペプチド。
[本発明1027]
X149がPである、本発明1016のポリペプチド。
[本発明1028]
X160がTである、本発明1027のポリペプチド。
[本発明1029]
X82がIである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1030]
X122がMである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1031]
X149がPである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1032]
X154がTである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1033]
X160がTである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1034]
X167がLである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1035]
X179がFである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1036]
X180がEである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1037]
X186がYである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1038]
X206がVである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1039]
X206がNである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1040]
X212がNである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1041]
X224がQである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1042]
X230がYである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1043]
X232がTである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1044]
X122がMであり、かつX160がTである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1045]
X82がIであり、X206がVであり、かつX232がTである、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1046]
X160がAである、本発明1027のポリペプチド。
[本発明1047]
X122がMであり、かつX160がTである、本発明1045のポリペプチド。
[本発明1048]
X122がMである、本発明1045のポリペプチド。
[本発明1049]
X122がMであり、かつX160がTである、本発明1021のポリペプチド。
[本発明1050]
X14がSであり、かつX50がSである、本発明1047のポリペプチド。
[本発明1051]
X82がIであり、X206がNであり、かつX232がTである、本発明1049のポリペプチド。
[本発明1052]
X149がPである、本発明1051のポリペプチド。
[本発明1053]
M180がEである、本発明1051のポリペプチド。
[本発明1054]
X186がYである、本発明1051のポリペプチド。
[本発明1055]
X230がYである、本発明1051のポリペプチド。
[本発明1056]
X82がIであり、X122がMであり、X206がVであり、かつX232がTである、本発明1024のポリペプチド。
[本発明1057]
X160がTである、本発明1056のポリペプチド。
[本発明1058]
X149がPである、本発明1056または1057のポリペプチド。
[本発明1059]
X82がIであり、X122がMであり、X160がTであり、X206がVであり、かつX232がTである、本発明1024のポリペプチド。
[本発明1060]
X82がIであり、X122がMであり、X160がTであり、X206がVであり、かつX232がTである、本発明1025のポリペプチド。
[本発明1061]
X82がIであり、X122がMであり、X149がPであり、X206がVであり、かつX232がTである、本発明1026のポリペプチド。
[本発明1062]
X167がLである、本発明1061のポリペプチド。
[本発明1063]
X179がFである、本発明1061のポリペプチド。
[本発明1064]
X212がNである、本発明1061のポリペプチド。
[本発明1065]
X224がQである、本発明1061のポリペプチド。
[本発明1066]
X154がTである、本発明1061のポリペプチド。
[本発明1067]
X1がMではない、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1068]
SEQ ID NO: 1が、SEQ ID NO: 6〜49からなる群より選択される配列である、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1069]
SEQ ID NO: 6〜49からなる群より選択される配列を含む、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1070]
両親媒性ペプチド、カチオン性ペプチド、ポリカチオン性ペプチド、疎水性ペプチド、天然に存在する抗微生物ペプチド、スシ（sushi）ペプチド、およびデフェンシンからなる群より選択される、少なくとも1つのアミノ酸配列ストレッチを追加的に含む、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1071]
両親媒性ペプチド、カチオン性ペプチド、ポリカチオン性ペプチド、疎水性ペプチド、天然に存在する抗微生物ペプチド、スシペプチド、およびデフェンシンの群より選択される、少なくとも2つの別個のアミノ酸配列ストレッチを含む、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1072]
少なくとも1つのアミノ酸配列ストレッチが、ポリペプチドのN末端またはC末端に存在している、本発明1070〜1071のいずれかのポリペプチド。
[本発明1073]
KRKおよびSEQ ID NO: 50〜120からなる群より選択される少なくとも1つの追加的なアミノ酸配列ストレッチを含む、前記本発明1070〜1072のいずれかのポリペプチド。
[本発明1074]
SMAP-29、SEQ ID NO: 76のアミノ酸配列を有する少なくとも1つの追加的なアミノ酸配列ストレッチを含む、前記本発明1070〜1073のいずれかのポリペプチド。
[本発明1075]
SMAP-29、SEQ ID NO: 76の配列が、ポリペプチドにおいて、配列SEQ ID NO: 1と少なくとも約90％の配列同一性を呈する配列のN末端に位置している、本発明1074のポリペプチド。
[本発明1076]
SEQ ID NO: 121〜134のいずれかから選択されるアミノ酸配列と少なくとも91.5％の配列同一性を呈するアミノ酸を含み、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4のアミノ酸配列のいずれも含まない、本発明1070〜1075のいずれかのポリペプチド。
[本発明1077]
SEQ ID NO: 121〜134のいずれかから選択されるアミノ酸配列と少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、少なくとも約98.5％、少なくとも約98.75％、少なくとも約99％、または少なくとも約99.5％の配列同一性を呈するアミノ酸配列を含む、本発明1076のポリペプチド。
[本発明1078]
SEQ ID NO: 121〜134からなる群より選択される配列を含む、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1079]
タグ配列を追加的に含む、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1080]
タグが、SEQ ID NO: 1の配列と少なくとも90％の配列同一性を呈するアミノ酸配列のC末端に位置している、本発明1079のポリペプチド。
[本発明1081]
タグが、SEQ ID NO: 1の配列と少なくとも90％の配列同一性を呈するアミノ酸配列に、直接、または、1〜10アミノ酸残基、好ましくは1〜5アミノ酸残基、さらにより好ましくは1〜2アミノ酸の短いリンカーを介して連結されている、本発明1079〜1080のいずれかのポリペプチド。
[本発明1082]
His-タグ、好ましくはSEQ ID NO: 135のHisタグを含む、本発明1079〜1081のいずれかのポリペプチド。
[本発明1083]
SEQ ID NO: 136〜149のいずれかから選択されるアミノ酸配列と少なくとも91.5％の配列同一性を呈するアミノ酸配列を含み、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3のアミノ酸配列のいずれも含まない、本発明1079〜1082のいずれかのポリペプチド。
[本発明1084]
SEQ ID NO: 136〜149のいずれかから選択されるアミノ酸配列と少なくとも約95％、少なくとも約96％、少なくとも約97％、少なくとも約98％、少なくとも約98.5％、少なくとも約98.75％、少なくとも約99％、または少なくとも約99.5％の配列同一性を呈するアミノ酸配列を含む、本発明1083のポリペプチド。
[本発明1085]
約320アミノ酸を超えない、好ましくは約310アミノ酸を超えない全体の長さを有する、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1086]
SEQ ID NO: 136〜149からなる群より選択される配列を含む、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1087]
グラム陰性細菌、とりわけシュードモナス属（Pseudomonas）細菌および／またはカンピロバクター属（Campylobacter）細菌のペプチドグリカンを分解する、前記本発明のいずれかのポリペプチド。
[本発明1088]
本発明1001〜1087のいずれかのポリペプチドをコードする、核酸。
[本発明1089]
本発明1088の核酸を含む、ベクター。
[本発明1090]
本発明1001〜1087のいずれかのポリペプチド、本発明1088の核酸、および／または本発明1089のベクターを含む、宿主細胞。
[本発明1091]
本発明1001〜1087のいずれかのポリペプチド、本発明1088の核酸、本発明1089のベクター、および／または本発明1090の宿主細胞を含む、組成物。
[本発明1092]
薬学的に許容される希釈剤、賦形剤、または担体を含む薬学的組成物である、本発明1091の組成物。