【手続補正書】
【提出日】平成29年9月12日(2017.9.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
４−ヒドロキシ−２−オキソ−アジピン酸アルドラーゼ、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸アルドラーゼ、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸４−デヒドラターゼ、６−ヒドロキシ−３，４−デヒドロ−２−オキソヘキサン酸３−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−２−オキソヘキサン酸２−レダクターゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサン酸−ＣｏＡリガーゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサノイル−ＣｏＡ２−デヒドラターゼ、６−ヒドロキシ−２，３−デヒドロ−ヘキサノイル−ＣｏＡ２，３−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡヒドロラーゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡリガーゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸６−デヒドロゲナーゼ、６−オキソヘキサン酸６−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸ＣｏＡ−リガーゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸１−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサナール１−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ６−デヒドロゲナーゼ、６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ６−レダクターゼ、または、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ１−レダクターゼから選択される１，６−ヘキサンジオール経路酵素をコードする少なくとも１つの外来性核酸を含む天然に存在しない微生物生物。
【請求項２】
４−ヒドロキシ−２−オキソ−アジピン酸アルドラーゼ、または、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸アルドラーゼから選択される酵素を少なくとも含む、請求項1に記載の微生物生物。
【請求項３】
４−ヒドロキシ−２−オキソ−アジピン酸アルドラーゼ、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸アルドラーゼ、４−ヒドロキシ−２−オキソ−アジピン酸デヒドラターゼ、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸４−デヒドラターゼ、４−ヒドロキシ−２−オキソ−アジピン酸２−レダクターゼ、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸２−レダクターゼ、４−ヒドロキシ−２−オキソ−アジピン酸４−デヒドロゲナーゼ、または、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸４−デヒドロゲナーゼから選択される１，６−ヘキサンジオール経路酵素をコードする少なくとも１つの外来性核酸を含む天然に存在しない微生物生物。
【請求項４】
３，４−デヒドロ−２−オキソ−アジピン酸３−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−３，４−デヒドロ−２−オキソヘキサン酸３−レダクターゼ、２，４−ジヒドロキシアジピン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、２，４−ジヒドロキシアジピン酸−ＣｏＡリガーゼ、２，４，６−トリヒドロキシヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、２，４，６−トリヒドロキシヘキサン酸−ＣｏＡリガーゼ、２，４−ジヒドロキシアジピン酸４−デヒドロゲナーゼ、２，４，６−トリヒドロキシヘキサン酸４−デヒドロゲナーゼ、２，４−ジオキソアジピン酸２−レダクターゼ、または、６−ヒドロキシ−２，４−ジオキソヘキサン酸２−レダクターゼから選択される１，６−ヘキサンジオール経路酵素をさらに含む、請求項３に記載の生物。
【請求項５】
４，５−デヒドロ−２−ヒドロキシ−アジピル−ＣｏＡ４，５−レダクターゼ、２，３−デヒドロ−アジピル−ＣｏＡ２，３−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−２，３−デヒドロ−ヘキサノイル−ＣｏＡ２，３−レダクターゼ、２，３−デヒドロ−４−オキソアジピル−ＣｏＡ２，３−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−２，３−デヒドロ−４−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ２，３−レダクターゼ、２，３−デヒドロ−４−オキソアジピン酸２，３−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−２，３−デヒドロ−４−オキソヘキサン酸２，３−レダクターゼ、４，５−デヒドロアジピル−ＣｏＡ４，５−レダクターゼ、４，５−デヒドロ−６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ４，５−レダクターゼ、２，３−デヒドロ−４−ヒドロキシアジピン酸２，３−レダクターゼ、４，６−ジヒドロキシ−２，３−デヒドロヘキサン酸２，３−レダクターゼ、２，３−デヒドロ−４−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡ２，３−レダクターゼ、４，６−ジヒドロキシ−２，３−デヒドロヘキサノイル−ＣｏＡ２，３−レダクターゼ、４，５−デヒドロ−６−オキソヘキサン酸４，５−レダクターゼ、２−オキソアジピル−ＣｏＡ２−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−２−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ２−レダクターゼ、２−オキソアジピン酸２−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−２オキソヘキサン酸２−レダクターゼ、２，３−デヒドロ−４−オキソアジピン酸４−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−２，３−デヒドロ−４−オキソヘキサン酸４−レダクターゼ、２，３−デヒドロ−４−オキソアジピル−ＣｏＡ４−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−２，３−デヒドロ−４−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ４−レダクターゼ、４−オキソアジピン酸４−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−４−オキソヘキサン酸４−レダクターゼ、４−オキソアジピル−ＣｏＡ３−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−４−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ４−レダクターゼ、４，６−ジヒドロキシ−２，３−デヒドロヘキサノイル−ＣｏＡ６−デヒドロゲナーゼ、４，６−ジヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ６−デヒドロゲナーゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸６−デヒドロゲナーゼ、４，６−ジヒドロキシヘキサン酸６−デヒドロゲナーゼ、２，４−ジヒドロキシアジピル−ＣｏＡ４−デヒドロゲナーゼ、２，４，６−トリヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ４−デヒドロゲナーゼ、４−ヒドロキシ−２，３−デヒドロ−６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ６−デヒドロゲナーゼ、４−ヒドロキシ−６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ６−デヒドロゲナーゼ、４，５−デヒドロ−６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ６−デヒドロゲナーゼ、６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ６−デヒドロゲナーゼ、６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡトランスフェラーゼ、６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡヒドロラーゼ、６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡリガーゼ、２−ヒドロキシ−アジピン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、２−ヒドロキシアジピン酸−ＣｏＡリガーゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサン酸−ＣｏＡリガーゼ、２−ヒドロキシ−４オキソアジピン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、２−ヒドロキシ−４オキソアジピン酸−ＣｏＡリガーゼ、２，６−ジヒドロキシ−４オキソヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、２，６−ジヒドロキシ−４オキソヘキサン酸−ＣｏＡリガーゼ、４−ヒドロキシアジピン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、４−ヒドロキシアジピン酸−ＣｏＡリガーゼ、４，６−ジヒドロキシヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、４，６−ジヒドロキシヘキサン酸−ＣｏＡリガーゼ、２，４−ジヒドロキシアジピル−ＣｏＡ４−デヒドラターゼ（４，５−デヒドロ形成）、２，４−ジヒドロキシアジピル−ＣｏＡ４−デヒドラターゼ（２，３−デヒドロ形成）、２，４，６−トリヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ４−デヒドラターゼ（２，３−デヒドロ形成）、４−ヒドロキシアジピル−ＣｏＡ４−デヒドラターゼ（２，３−デヒドロ形成）、４，６−ジヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ４−デヒドラターゼ（２，３−デヒドロ形成）、２−ヒドロキシ−アジピル−ＣｏＡ２−デヒドラターゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサノイル−ＣｏＡ２−デヒドラターゼ、２，４−ジヒドロキシアジピル−ＣｏＡ２−デヒドラターゼ、２，４，６−トリヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ２−デヒドラターゼ、２−ヒドロキシ−４オキソアジピン酸２−デヒドラターゼ、２，６−ジヒドロキシ−４オキソヘキサン酸２−デヒドラターゼ、２−ヒドロキシ−４オキソアジピル−ＣｏＡ２−デヒドラターゼ、２，６−ジヒドロキシ−４オキソヘキサノイル−ＣｏＡ２−デヒドラターゼ、４−ヒドロキシ−アジピル−ＣｏＡ４−デヒドラターゼ（４，５−デヒドロ形成）、４−ヒドロキシ−６オキソヘキサノイル−ＣｏＡ４−デヒドラターゼ（４，５−デヒドロ形成）、４−ヒドロキシ−６オキソヘキサン酸４−デヒドラターゼ（４，５−デヒドロ形成）、６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ６−レダクターゼ、６−オキソヘキサン酸６−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸−ＣｏＡリガーゼ、６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ６−レダクターゼ、６−オキソヘキサン酸６−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸−ＣｏＡリガーゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ１−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸１−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサナール１−レダクターゼのうちの１つ以上をさらに含む、請求項４に記載の生物。
【請求項６】
４−ヒドロキシ−２−オキソ−アジピン酸アルドラーゼ、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸アルドラーゼ、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸４−デヒドラターゼ、６−ヒドロキシ−３，４−デヒドロ−２−オキソヘキサン酸３−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−２−オキソヘキサン酸２−レダクターゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサン酸−ＣｏＡリガーゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサノイル−ＣｏＡ２−デヒドラターゼ、６−ヒドロキシ−２，３−デヒドロ−ヘキサノイル−ＣｏＡ２，３−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡヒドロラーゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡリガーゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸６−デヒドロゲナーゼ、６−オキソヘキサン酸６−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸１−レダクターゼ、または、６−ヒドロキシヘキサナール１−レダクターゼから選択される１，６−ヘキサンジオール経路内の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５個の酵素をコードする１つ以上の外来性核酸を含む、天然に存在しない微生物生物。
【請求項７】
４−ヒドロキシ−２−オキソ−アジピン酸アルドラーゼ、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸アルドラーゼ、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸４−デヒドラターゼ、６−ヒドロキシ−３，４−デヒドロ−２−オキソヘキサン酸３−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−２−オキソヘキサン酸２−レダクターゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサン酸−ＣｏＡリガーゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサノイル−ＣｏＡ２−デヒドラターゼ、６−ヒドロキシ−２，３−デヒドロ−ヘキサノイル−ＣｏＡ２，３−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ６−デヒドロゲナーゼ、６−オキソヘキサノイル−ＣｏＡ６−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ１−レダクターゼ、または、６−ヒドロキシヘキサナール１−レダクターゼから選択される１，６−ヘキサンジオール経路内の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５個の酵素をコードする１つ以上の外来性核酸を含む、天然に存在しない微生物生物。
【請求項８】
４−ヒドロキシ−２−オキソ−アジピン酸アルドラーゼ、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸アルドラーゼ、４，６−ジヒドロキシ−２−オキソ−ヘキサン酸４−デヒドラターゼ、６−ヒドロキシ−３，４−デヒドロ−２−オキソヘキサン酸３−レダクターゼ、６−ヒドロキシ−２−オキソヘキサン酸２−レダクターゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサン酸−ＣｏＡリガーゼ、２，６−ジヒドロキシ−ヘキサノイル−ＣｏＡ２−デヒドラターゼ、６−ヒドロキシ−２，３−デヒドロ−ヘキサノイル−ＣｏＡ２，３−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡヒドロラーゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−ＣｏＡリガーゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸６−デヒドロゲナーゼ、６−オキソヘキサン酸６−レダクターゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、６−ヒドロキシヘキサン酸ＣｏＡ−リガーゼ、６−ヒドロキシヘキサノイル−１−レダクターゼ、または、６−ヒドロキシヘキサナール１−レダクターゼから選択される１，６−ヘキサンジオール経路内の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５個の酵素をコードする１つ以上の外来性核酸を含む、天然に存在しない微生物生物。
【請求項９】
３−オキソ−プロピオン酸経路酵素をコードする少なくとも１つの外来性核酸をさらに含み、ここで、該３−オキソ−プロピオン酸経路は、
ｆ）マロニル−ＣｏＡレダクターゼ
ｇ）グリセリン酸デヒドラターゼおよび２／３−ホスホグリセリン酸ホスファターゼ
ｈ）オキサロ酢酸デカルボキシラーゼ
ｉ）３−アミノプロピオン酸オキシドレダクターゼまたはトランスアミナーゼ（脱アミノ化）
ｊ）３−ホスホグリセルアルデヒドホスファターゼ、グリセルアルデヒドデヒドロゲナーゼおよびグリセロールデヒドラターゼ
から選択される、請求項１〜８のいずれか１項に記載の生物。
【請求項１０】
３−ヒドロキシプロパナール経路酵素をコードする少なくとも１つの外来性核酸をさらに含み、ここで、該３−ヒドロキシプロパナール経路は、
ａ．グリセロールデヒドラターゼ
ｂ．３−ホスホグリセルアルデヒドホスファターゼ、グリセルアルデヒド１−レダクターゼおよびグリセロールデヒドラターゼ
から選択される、請求項１〜８のいずれか１項に記載の生物。
【請求項１１】
請求項３〜６のいずれかに記載の天然に存在しない微生物生物を、グリセロール、Ｃ５糖、Ｃ６糖、またはそれらの組み合わせを含む培地中で培養する工程を含む、１，６−ヘキサンジオールの製造方法。
【請求項１２】
さらに該生物または該生物を含む培地により生成された１，６−ヘキサンジオールを分離する工程を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
式Ｉの化合物：
【化１】
2016533162.tif 000001
であって、ここで、以下は、独立して、同じであるかまたは異なり：
Ｒ１は、ＣＨ２ＯＨ、ＣＨ２ＮＨ２またはＣＯ２Ｈであり、
Ｒ２は、ＣＨ３、ＣＨ２ＯＨ、ＣＨ２ＮＨ２またはＣＯ２Ｈであり、
ｓは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２または２３である、
化合物もしくはその塩または該化合物もしくは該塩の溶媒和物を調製するための方法であって、
該方法は、（ａ）アルドール付加を介して、ＣＮアルデヒドおよびピルベートをＣＮ＋３β−ヒドロキシケトン中間体に変換する工程；および次いで（ｂ）酵素的工程または酵素的工程と化学的工程との組み合わせを介して、該ＣＮ＋３β−ヒドロキシケトン中間体を式Ｉの化合物またはその塩あるいは該化合物または該塩の溶媒和物に変換する工程を含み、ここで、Ｎ＝ｓ−１であり、天然に存在しない微生物生物が（ａ）または（ｂ）の工程のための宿主として使用される、方法。
【請求項１４】
変換が、エノイルまたはエノエートの還元、ケトンの還元、第一級アルコールの酸化、第二級アルコールの酸化、アルデヒドの酸化、アルデヒドの還元、脱水、脱炭酸、チオエステルの形成、チオエステルの加水分解、チオエステル交換反応、チオエステルの還元、リン酸エステルの加水分解、ラクトン化、ラクタムの形成、ラクタムの加水分解、ラクトンの加水分解、カルボン酸の還元、アミノ化、第一級アミンのアシル化、第一級アミンの脱アシル化またはそれらの組み合わせを含む、１３に記載の方法。
【請求項１５】
式Ｉの化合物が、１，６−ヘキサンジオールである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
ＣＮアルデヒドまたはＣ３アルデヒドが、３−オキソ−プロピオン酸、３−ヒドロキシプロパナール、３−アミノ−プロパナール、プロパナールまたは３−オキソ−プロパナールを含む群から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
グリセロール、Ｃ５糖、Ｃ６糖、ホスホ−グリセレート、他の炭素源、解糖経路の中間体、プロパン酸代謝の中間体またはそれらの組み合わせから選択される供給源からＣＮアルデヒドまたはＣ３アルデヒドおよびピルベートを調製する工程をさらに含み、
Ｃ５糖が、キシロース、キシルロース、リブロース、アラビノース、リキソースまたはリボースのうちの１つ以上から選択される糖を含み、
Ｃ６糖が、アロース、アルトロース、グルコース、マンノース、グロース、イドース、タロース、ガラクトース、フルクトース、プシコース、ソルボースまたはタガトースのうちの１つ以上から選択される糖を含み、
他の炭素源が、微生物に対する炭素源として適した供給原料を構成し、ここで、該供給原料は、アミノ酸、脂質、トウモロコシ茎葉、ススキ、都市廃棄物、砂糖黍、サトウキビ、バガス、デンプン流、デキストロース流、メタノール、ホルメートまたはそれらの組み合わせのうちの１つ以上を含み、
ＣＮアルデヒドまたはＣ３アルデヒドが、一連の酵素的工程を介して得られ、ここで、該酵素的工程は、リン酸エステルの加水分解、アルコールの酸化、ジオールの脱水、アルデヒドの酸化、アルデヒドの還元、チオエステルの還元、チオエステル交換反応、脱炭酸、カルボン酸の還元、アミノ化、第一級アミンのアシル化またはそれらの組み合わせを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
ＣＮアルデヒドまたはＣ３アルデヒドが、一連の酵素的工程を介して得られ、ここで、該酵素的工程は、リン酸エステルの加水分解、アルコールの酸化、ジオールの脱水、アルデヒドの酸化、アルデヒドの還元、チオエステルの還元、チオエステル交換反応、脱炭酸、カルボン酸の還元、アミノ化、第一級アミンのアシル化またはそれらの組み合わせを含む、請求項１７に記載の方法。