【手続補正書】
【提出日】平成29年5月17日(2017.5.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
多発性骨髄腫を有すると疑われる対象の予後診断を補助する方法であって、
該対象から単離された生物試料中のエノラーゼ１（ＥＮＯ１）、脂肪酸結合タンパク質５（ＦＡＢＰ５）、甲状腺ホルモン受容体相互作用因子１３（ＴＲＩＰ１３）、トランスゲリン２（ＴＡＧＬＮ２）、および複製因子Ｃ（アクチベータ１）４（ＲＦＣ４）の遺伝子発現レベルを、該生物試料が約５０，０００個以下の骨髄腫細胞を含む場合に該遺伝子の発現レベルを検出することができる方法を用いて試験するステップと、
ＥＮＯ１、ＦＡＢＰ５、ＴＲＩＰ１３、ＴＡＧＬＮ２、およびＲＦＣ４のそれぞれの遺伝子発現レベルを定量するステップと
を含み、好適な対照と比較して異常な遺伝子発現プロファイルが、該対象の予後不良と関連する、方法。
【請求項２】
前記予後不良が、全生存（ＯＳ）の尤度の低下および／または無増悪生存（ＰＦＳ）の尤度の低下である、請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子発現レベルが、タンパク質レベルで試験される、請求項１または２記載の方法。
【請求項４】
前記遺伝子発現レベルが、核酸レベルで試験される、請求項１または２記載の方法。
【請求項５】
前記遺伝子発現レベルが、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴＰＣＲ）、デジタル液滴ＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）、配列決定、ノーザンブロッティング、またはサザンブロッティングにより試験される、請求項４記載の方法。
【請求項６】
前記遺伝子発現レベルがｑＲＴＰＣＲにより試験される、請求項５記載の方法。
【請求項７】
前記遺伝子発現レベルが、前記の遺伝子のそれぞれについて３つのプライマーのセットの使用を含むｑＲＴＰＣＲにより試験され、ここで、３つのプライマーのそれぞれのセットについて、少なくとも１つのプライマーが検出可能に標識され、３つのプライマーの該セットの標的鋳型の存在下でポリメラーゼ依存的加水分解にかけられる、請求項６記載の方法。
【請求項８】
前記検出可能な標識が蛍光標識である、請求項７記載の方法。
【請求項９】
前記遺伝子発現レベルが、Ｈｓ００３６１４１５＿ｍ１、Ｈｓ０２３３９４３９＿ｇ１、Ｈｓ００１８８５００＿ｍ１、Ｈｓ００７６１２３９＿ｓ１、Ｈｓ００４２７４６９＿ｍ１から選択されるプライマー、表Ｂに列挙されるプライマー、または表Ｂに列挙されるものと実質的に類似するプライマーを用いるｑＲＴＰＣＲにより試験される、請求項６から８のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
前記対象が骨髄腫療法を受けている、請求項１から９のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
ＴＴ２を受けている対象においてＯＳの予後診断を補助することができる、請求項１から１０のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
ＴＴ３ａを受けている対象においてＯＳとＰＦＳの両方の予後診断を補助することができる、請求項１から１１のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
ＴＴ３ｂを受けている対象においてＰＦＳの予後診断を補助することができる、請求項１から１２のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
ＴＴ４またはＴＴ５を受けている対象におけるＰＦＳの予後診断を補助することができる、請求項１から１３のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
ＴＴ４またはＴＴ５を受けている対象におけるＯＳとＰＦＳの両方の予後診断を補助することができる、請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
ＴＴ６を受けている対象におけるＯＳの予後診断を補助することができる、請求項１から１５のいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
トータルセラピー３ｂ（ＴＴ３ｂ）を受けている多発性骨髄腫を有する対象における無増悪生存（ＰＦＳ）の予後診断を補助する方法であって、
該対象から単離された生物試料中のエノラーゼ１（ＥＮＯ１）、脂肪酸結合タンパク質５（ＦＡＢＰ５）、甲状腺ホルモン受容体相互作用因子１３（ＴＲＩＰ１３）、トランスゲリン２（ＴＡＧＬＮ２）、および複製因子Ｃ（アクチベータ１）４（ＲＦＣ４）の遺伝子発現レベルを試験するステップと、
ＥＮＯ１、ＦＡＢＰ５、ＴＲＩＰ１３、ＴＡＧＬＮ２、およびＲＦＣ４のそれぞれの該遺伝子発現レベルを定量するステップと
を含み、異常な遺伝子発現プロファイルが該対象のＰＦＳの尤度の低下と関連する、方法。
【請求項１８】
トータルセラピー４（ＴＴ４）またはトータルセラピー５（ＴＴ５）を受けている多発性骨髄腫を有する対象における無増悪生存（ＰＦＳ）または全生存（ＯＳ）の予後診断を補助する方法であって、
該対象から単離された生物試料中のエノラーゼ１（ＥＮＯ１）、脂肪酸結合タンパク質５（ＦＡＢＰ５）、甲状腺ホルモン受容体相互作用因子１３（ＴＲＩＰ１３）、トランスゲリン２（ＴＡＧＬＮ２）、および複製因子Ｃ（アクチベータ１）４（ＲＦＣ４）の遺伝子発現レベルを試験するステップと、
ＥＮＯ１、ＦＡＢＰ５、ＴＲＩＰ１３、ＴＡＧＬＮ２、およびＲＦＣ４のそれぞれの該遺伝子発現レベルを定量するステップと、
を含み、異常な遺伝子発現プロファイルが該対象のＰＦＳまたはＯＳの尤度の低下と関連する、方法。
【請求項１９】
ＯＳの予後診断の補助を目的とする、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
異常な遺伝子発現プロファイルが、段階的回帰により評価されるＰＦＳに関する独立した有害因子である、請求項１８記載の方法。
【請求項２１】
前記対象がヒトである、請求項１から２０のいずれか一項記載の方法。
【請求項２２】
前記対象が異常な遺伝子発現プロファイルを示し、それによって、予後不良であると決定され、より頻繁な監視スケジュールに変更される、請求項１から２１のいずれか一項記載の方法。
【請求項２３】
前記対象が異常な遺伝子発現プロファイルを示さず、それによって、予後良好であると決定される、請求項１から２２のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
前記対象が、プロテアソーム阻害剤、免疫調節薬、シスプラチン、エトポシド、シクロホスファミド、メルファラン、拡張ＮＫ細胞を用いる細胞療法、Ｔ細胞を用いる細胞療法、抗体療法、デキサメタゾン、およびそれらの組合せを用いる治療を受けている、請求項１から２３のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５】
前記遺伝子発現レベルが対数正規化される、請求項１から２４のいずれか一項記載の方法。
【請求項２６】
疾患指標が前記遺伝子の対数正規化された遺伝子発現レベルの平均として算出される、請求項１から２５のいずれか一項記載の方法。
【請求項２７】
少なくとも１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．２、２．４、２．６、２．８、３．０、３．２、３．４、３．６、３．８、４．０、４．２、４．４、４．６、４．８、５．０、５．２、５．４、５．６、５．８、または６．０のハザード比でＯＳまたはＰＦＳに関する予後不良と予後良好とを識別する、請求項１から２６のいずれか一項記載の方法。
【請求項２８】
前記生物試料が、４５，０００；４０，０００；３０，０００；２０，０００；１０，０００；９，０００；８，０００；７，０００；６，０００；５，０００；４，０００；３，０００；２，０００；１，０００；９００；８００；７００；６００；５００；４００；３００；２００；１００；９０；８０；７０；６０；５０；４０；３０；２０；１０；９；８；７；６；５；４；３；または２個より少ない骨髄腫細胞を含む、請求項１から２７のいずれか一項記載の方法。
【請求項２９】
前記骨髄腫細胞が、ＣＤ１３８＋発現、ＣＤ３８＋／ＣＤ４５ｄｉｍ発現、またはＣＤ３８＋／ＣＤ４５ｎｅｇ発現により選択される、請求項２８記載の方法。
【請求項３０】
多発性骨髄腫を有すると疑われる対象の予後診断を補助する方法であって、
該対象から単離された生物試料から単離された核酸試料中のエノラーゼ１（ＥＮＯ１）、脂肪酸結合タンパク質５（ＦＡＢＰ５）、甲状腺ホルモン受容体相互作用因子１３（ＴＲＩＰ１３）、トランスゲリン２（ＴＡＧＬＮ２）、および複製因子Ｃ（アクチベータ１）４（ＲＦＣ４）の核酸遺伝子発現レベルを、ｑＲＴ−ＰＣＲにより試験するステップと、
ＥＮＯ１、ＦＡＢＰ５、ＴＲＩＰ１３、ＴＡＧＬＮ２、およびＲＦＣ４の対数正規化された遺伝子発現レベルの平均を算出するステップと、
を含み、好適な対照と比較した、ＥＮＯ１、ＦＡＢＰ５、ＴＲＩＰ１３、ＴＡＧＬＮ２、およびＲＦＣ４の対数正規化された遺伝子発現レベルの平均の上昇が、該対象の予後不良と関連する、方法。
【請求項３１】
場合により、好適な陽性および／または陰性対照を含む、請求項１から３０のいずれか一項記載の方法を実施するための試薬を含有するキット。
【請求項３２】
プライマーＨｓ００３６１４１５＿ｍ１、Ｈｓ０２３３９４３９＿ｇ１、Ｈｓ００１８８５００＿ｍ１、Ｈｓ００７６１２３９＿ｓ１、Ｈｓ００４２７４６９＿ｍ１のいずれか１つ、表Ｂに列挙されるプライマー、または表Ｂに列挙されるものと実質的に類似するプライマーのうちの１つまたは複数を含む、請求項３１記載のキット。
【請求項３３】
プロセッサにより実行された場合、
対象から得られた単離された生物試料について決定されたエノラーゼ１（ＥＮＯ１）、脂肪酸結合タンパク質５（ＦＡＢＰ５）、甲状腺ホルモン受容体相互作用因子１３（ＴＲＩＰ１３）、トランスゲリン２（ＴＡＧＬＮ２）、および複製因子Ｃ（アクチベータ１）４（ＲＦＣ４）の遺伝子発現レベルを示すデータを読取るステップと、
データを分析して、好適な対照と比較して異常な遺伝子発現プロファイルの存在を決定するステップと、
該データ分析に基づいて該対象の分類を提供するステップと
を含む操作をプロセッサに実施させる命令を提供する、非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、該異常な遺伝子発現プロファイルの存在が該対象の予後不良と関連する、媒体。
【請求項３４】
前記操作が、前記データ分析に基づいて前記対象のための治療推奨を提供するステップをさらに含む、請求項３３記載の媒体。
【請求項３５】
請求項３３または３４記載の記憶媒体と、プロセッサとを含むシステム。
【請求項３６】
前記異常な遺伝子発現プロファイルの存在が、請求項３３もしくは３４記載の記憶媒体または請求項３５記載のシステムを用いて決定される、請求項１から３０のいずれか一項記載の方法。