【手続補正書】
【提出日】平成29年7月31日(2017.7.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーについてオロト酸カルボキシアミドトリアゾール（CTO）への応答を定量する方法であって、以下の工程、
a）対象から得られる細胞サンプルを入手し、該細胞サンプルを様々な用量の単独CTO、別の薬剤と組み合わせたCTO又は他の複数の薬剤に種々の時間暴露する工程、
b）該処置細胞サンプルからmRNAを単離し、前記mRNAから代表的なcDNAを調製し、CTO暴露から生じた該細胞サンプルの発現における転写変化を測定する工程、
c）複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々についてシグナチャースコアを計算し、様々な用量のCTO暴露に対する応答を定量し、表1に記載される2つの時間に過剰発現する表１に記載されるオーバーラップ遺伝子のリストを選択する工程、及び
d）表1に記載される少なくとも3つ以上の遺伝子によって複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々を同定し、参照データセットを用いて複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々を確認する工程、
を含む、方法。
【請求項２】
該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための表2に記載される薬力学バイオマーカーが、シグナリングスコアで表されるCTOへの応答で阻害され、前記シグナチャー経路が、RAS、GFS、MEKi、HDAC、NOTCH、WNTβ-カテニン、HSP90又はEGFRを含む、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーP53が、シグナリングスコアで表されるCTO暴露への応答において誘発される、請求項1に記載の方法。
【請求項４】
該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための表3に記載される薬力学バイオマーカーが、IPAから同定されるカルボキシアミドトリアゾール（CAI）によって誘発される全遺伝子カルシウムシグナリング経路であり、前記全遺伝子カルシウムシグナリング経路が、CTO暴露への応答で阻害される、請求項1に記載の方法。
【請求項５】
該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための表4に記載される薬力学バイオマーカーが、ex vivoでCAIによって誘発され、前記シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが、CTO暴露への応答で阻害される、請求項1に記載の方法。
【請求項６】
該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための表5に記載される薬力学バイオマーカーが、カルシウムシグナリング経路であり、前記カルシウムシグナリング経路が、CTOへの応答で阻害される、請求項1に記載の方法。
【請求項７】
該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための表6に記載される薬力学バイオマーカーが、全遺伝子カルシウムシグナリング経路であり、前記遺伝子カルシウムシグナリング経路が、CTO暴露への応答で阻害される、請求項1に記載の方法。
【請求項８】
該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための表7に記載される薬力学バイオマーカーが、非電位依存カルシウムシグナリング経路であり、前記カルシウムシグナリング経路が、CTO暴露への応答で阻害される、請求項1に記載の方法。
【請求項９】
該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための表8に記載される薬力学バイオマーカーが、正規カルシウムシグナリング経路であり、前記正規カルシウムシグナリング経路に関するシグナリング経路が、CTO暴露への応答で阻害される、請求項1に記載の方法。
【請求項１０】
該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための参照データセットに記載される薬力学バイオマーカーが、EGR1、CEACAMI、TGFβ及びジストニンを含み、前記EGR1、CEACAMI、TGFβ及びジストニンのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがCTO暴露への応答で刺激される、請求項1に記載の方法。
【請求項１１】
非電位依存カルシウムシグナリング経路の薬力学バイオマーカーについてオロト酸カルボキシアミドトリアゾール（CTO）への応答を定量する方法であって、以下の工程、
a）様々な用量の単独CTO、別の薬剤又は他の複数の薬剤と組み合わせたCTOで種々の時間処置された対象から得られる細胞サンプルを入手する工程、
b）該処置細胞サンプルからmRNAを単離し、前記mRNAから代表的なcDNAを調製し、CTO暴露から生じた該細胞サンプルの発現における転写の変化を測定する工程、
c）非電位依存カルシウムシグナリング経路の薬力学バイオマーカーの各々についてシグナチャースコアを計算し、種々の用量のCTOのin vivo暴露への応答を、様々な用量の単独CTO、別の薬剤と組み合わせたCTO又は他の複数の薬剤に対して定量し、種々の時間に過剰発現するオーバーラップ遺伝子のリストを選択する工程、及び
d）表1におけるオーバーラップ遺伝子のリストを選択することによって、非電位依存カルシウムシグナリングの複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々を同定し、ここで前記遺伝子が２つの時間で過剰発現し、複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々における種々の用量のCTOのin vivo暴露への応答を、様々な用量の単独CTO、別の薬剤と組み合わせたCTO又は他の複数の薬剤に対して定量する工程、
を含む、方法。
【請求項１２】
EGFR、MEK、HDAC、HSP90、WNTβ-カテニン、P53、EGR1、PTEN、TGFβ、RAS、GFS、CEACAMI及びジストニンから成る群から選択される転写シグナチャーの薬力学バイオマーカーについてオロト酸カルボキシアミドトリアゾール（CTO）への応答を定量する方法であって、以下の工程、
a）様々な用量の単独CTO、別の薬剤又は他の複数の薬剤と組み合わせたCTOで種々の時間処置された対象から得られる細胞サンプルを入手する工程、
b）該処置細胞サンプルからmRNAを単離し、前記mRNAから代表的なcDNAを調製し、CTO暴露から生じた該細胞サンプルの発現における転写の変化を測定する工程、
c）複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々についてシグナチャースコアを計算し、種々の用量のCTOのin vivo暴露への応答を、様々な用量の単独CTO、別の薬剤と組み合わせたCTO又は他の複数の薬剤に対して定量し、種々の時間に過剰発現するオーバーラップ遺伝子のリストを選択する工程、及び
d）表1又は参照データセットに記載される少なくとも3つ以上の遺伝子によって複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々を同定し、転写シグナチャーの薬力学バイオマーカーの各々における種々の用量のCTOのin vivo暴露への応答を、様々な用量の単独CTO、別の薬剤と組み合わせたCTO又は他の複数の薬剤に対して定量する工程、
を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５０】
［実施例８］
癌胎児性抗原関連細胞接着分子（CEACAM1）（CD66aとしても知られている）は、CTO及びタルセバ(商標)処理の両応答でダウンレギュレートされた。
ジストニンはCTO処理への応答で60倍ダウンレギュレートされた。
TGF-βシグナリングはCTO処理への応答で阻害された。
本発明は本実施例に開示された実施態様によって範囲が限定されるべきではない。当該実施例は本発明の1つの特徴の例示として意図され、機能的に等価のいずれの方法も本発明の範囲内にある。実際、本明細書に提示及び記載した方法に加えて、本発明の多様な改変が前述の記載から当業者には明らかとなろう。そのような改変は添付の特許請求の範囲内に包含されることが意図される。
当業者は、本明細書に記載した具体的な実施態様と等価のいずれの実施態様も日常的実験を超えない実験を用いて理解又は確認することができよう。
本発明の好ましい態様は、下記の通りである。
〔１〕複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーについてオロト酸カルボキシアミドトリアゾール（CTO）への応答を定量する方法であって、以下の工程、
a）対象から得られる細胞サンプルを入手し、該細胞サンプルを様々な用量の単独CTO、別の薬剤と組み合わせたCTO又は他の複数の薬剤に種々の時間暴露する工程、
b）該処置細胞サンプルからmRNAを単離し、前記mRNAから代表的なcDNAを調製し、CTO暴露から生じた該細胞サンプルの発現における転写変化を測定する工程、
c）複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々についてシグナチャースコアを計算し、様々な用量のCTO暴露に対する応答を定量し、表1に記載される2つの時間に過剰発現するオーバーラップ遺伝子のリストを選択する工程、及び
d）表1に記載される少なくとも3つ以上の遺伝子によって複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々を同定し、参照データセットを用いて複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々を確認する工程、
を含む、方法。
〔２〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが表2に記載される、前記〔1〕に記載の方法。
〔３〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがRASである、前記〔2〕に記載の方法。
〔４〕RASについてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔3〕に記載の方法。
〔５〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがGFSである、前記〔2〕に記載の方法。
〔６〕GFSについてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔5〕に記載の方法。
〔７〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがMEKiである、前記〔1〕に記載の方法。
〔８〕MEKiについてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔5〕に記載の方法。
〔９〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがHDACである、前記〔1〕に記載の方法。
〔１０〕HDACについてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔9〕に記載の方法。
〔１１〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがNOTCHである、前記〔1〕に記載の方法。
〔１２〕NOTCHについてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔11〕に記載の方法。
〔１３〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがWNTβ-カテニンである、前記〔1〕に記載の方法。
〔１４〕WNTβ-カテニンについてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔13〕に記載の方法。
〔１５〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがHSP90である、前記〔1〕に記載の方法。
〔１６〕HSP90についてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔15〕に記載の方法。
〔１７〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがEGFRである、前記〔1〕に記載の方法。
〔１８〕EGFRについてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔17〕に記載の方法。
〔１９〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがP53である、前記〔1〕に記載の方法。
〔２０〕P53についてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で誘発される、前記〔19〕に記載の方法。
〔２１〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが表3に記載される、前記〔1〕に記載の方法。
〔２２〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが、IPAから同定されるカルボキシアミドトリアゾール（CAI）誘発シグナチャーである、前記〔21〕に記載の方法。
〔２３〕CAIによって誘発されるシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔22〕に記載の方法。
〔２４〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが表4に記載される、前記〔1〕に記載の方法。
〔２５〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがex vivo でCAIによって誘発される、前記〔24〕に記載の方法。
〔２６〕CAIについてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔25〕に記載の方法。
〔２７〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが表5に記載される、前記〔1〕に記載の方法。
〔２８〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがカルシウムシグナリング経路である、前記〔27〕に記載の方法。
〔２９〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがカルシウムシグナリング経路であり、CTO暴露への応答で阻害される、前記〔28〕に記載の方法。
〔３０〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが表6に記載される、前記〔1〕に記載の方法。
〔３１〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが全遺伝子カルシウムシグナリング経路である、前記〔30〕に記載の方法。
〔３２〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアが全遺伝子カルシウムシグナリング経路であり、CTO暴露への応答で阻害される、前記〔31〕に記載の方法。
〔３３〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが表7に記載される、前記〔1〕に記載の方法。
〔３４〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが非電位依存カルシウムシグナリング経路である、前記〔33〕に記載の方法。
〔３５〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアが非電位依存カルシウムシグナリング経路であり、CTO暴露への応答で阻害される、前記〔34〕に記載の方法。
〔３６〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが表8に記載される、前記〔1〕に記載の方法。
〔３７〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが正規カルシウムシグナリング経路である、前記〔36〕に記載の方法。
〔３８〕正規カルシウムシグナリング経路についてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔37〕に記載の方法。
〔３９〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが表8に記載される、前記〔1〕に記載の方法。
〔４０〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが正規カルシウムシグナリング経路である、前記〔39〕に記載の方法。
〔４１〕正規カルシウムシグナリング経路についてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で阻害される、前記〔40〕に記載の方法。
〔４２〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが参照データセットに記載され、該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがEGR1である、前記〔1〕に記載の方法。
〔４３〕EGR1についてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で刺激される、前記〔43〕に記載の方法。
〔４４〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが参照データセットに記載され、該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがCEACAM1である、前記〔1〕に記載の方法。
〔４５〕CEACAM1についてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で刺激される、前記〔45〕に記載の方法。
〔４６〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが参照データセットに記載され、該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがTGFβである、前記〔1〕に記載の方法。
〔４７〕TGFβについてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で刺激される、前記〔47〕に記載の方法。
〔４８〕該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーが少なくとも3つ以上の遺伝子を含み、当該遺伝子のための薬力学バイオマーカーが参照データセットに記載され、該シグナチャー経路の薬力学バイオマーカーがジストニンである、前記〔1〕に記載の方法。
〔４９〕ジストニンについてのシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーのシグナリングスコアがCTO暴露への応答で刺激される、前記〔49〕に記載の方法。
〔５０〕非電位依存カルシウムシグナリング経路の薬力学バイオマーカーについてオロト酸カルボキシアミドトリアゾール（CTO）への応答を定量する方法であって、以下の工程、
a）様々な用量の単独CTO、別の薬剤又は他の複数の薬剤と組み合わせたCTOで種々の時間処置された対象から得られる細胞サンプルを入手する工程、
b）該処置細胞サンプルからmRNAを単離し、前記mRNAから代表的なcDNAを調製し、CTO暴露から生じた該細胞サンプルの発現における転写の変化を測定する工程、
c）複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々についてシグナチャースコアを計算し、種々の用量のCTOのin vivo暴露への応答を、様々な用量の単独CTO、別の薬剤と組み合わせたCTO又は他の複数の薬剤に対して定量し、種々の時間に過剰発現するオーバーラップ遺伝子のリストを選択する工程、及び
d）表10に記載される少なくとも3つ以上の遺伝子によって複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々を同定し、複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々における種々の用量のCTOのin vivo暴露への応答を、様々な用量の単独CTO、別の薬剤又は他の複数の薬剤と組み合わせたCTOに対して定量する工程、
を含む、方法。
〔５１〕EGFR、MEK、HDAC、HSP90、WNTβ-カテニン、P53、EGR1、PTEN、TGFβ、RAS、GFS、CEACAM1及びジストニンから成る群から選択される転写シグナチャーの薬力学バイオマーカーについてオロト酸カルボキシアミドトリアゾール（CTO）への応答を定量する方法であって、以下の工程、
a）様々な用量の単独CTO、別の薬剤又は他の複数の薬剤と組み合わせたCTOで種々の時間処置された対象から得られる細胞サンプルを入手する工程、
b）該処置細胞サンプルからmRNAを単離し、前記mRNAから代表的なcDNAを調製し、CTO暴露から生じた該細胞サンプルの発現における転写の変化を測定する工程、
c）複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々についてシグナチャースコアを計算し、種々の用量のCTOのin vivo暴露への応答を、様々な用量の単独CTO、別の薬剤と組み合わせたCTO又は他の複数の薬剤に対して定量し、種々の時間に過剰発現するオーバーラップ遺伝子のリストを選択する工程、及び
d）表1又は参照データセットに記載される少なくとも3つ以上の遺伝子によって複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々を同定し、複数のシグナチャー経路の薬力学バイオマーカーの各々における種々の用量のCTOのin vivo暴露への応答を、様々な用量の単独CTO、別の薬剤又は他の複数の薬剤と組み合わせたCTOに対して定量する工程、
を含む、方法。