【手続補正書】
【提出日】平成29年3月21日(2017.3.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
腎臓がん患者の再発スコア（ＲＳ）を得るための方法であって、
前記患者から得られた腫瘍試料における、ＡＰＯＬＤ１、ＥＤＮＲＢ、ＮＯＳ３、ＰＰＡ２Ｂ、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＬＭＮＢ１、ＴＵＢＢ２Ａ、ＣＣＬ５、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＸ３ＣＬ１およびＩＬ−６から選択される少なくとも１種のＲＮＡ転写物またはその発現産物のレベルを測定するステップと、
前記腫瘍試料における少なくとも１種の参照ＲＮＡ転写物またはその発現産物のレベルに対し前記レベルを正規化して、前記ＲＮＡ転写物またはその発現産物の正規化されたレベルをもたらすステップと、
前記正規化されたレベルを遺伝子サブセットに割り当てるステップと、
がん再発に対するその寄与に従って前記遺伝子サブセットに重みを付けるステップと、
前記重みを付けた遺伝子サブセットおよび前記正規化されたレベルを使用して、前記患者の再発スコア（ＲＳ）を計算するステップと、
前記ＲＳを含む報告を作成するステップと
を含む方法。
【請求項２】
定量スコアを腎臓がん患者の臨床転帰の可能性の指標とする方法であって、
前記患者から得られた腫瘍試料における１種または複数のＲＮＡ転写物またはその発現産物のレベルを決定するステップであって、前記１種または複数のＲＮＡ転写物またはその発現産物が、ＡＰＯＬＤ１、ＥＤＮＲＢ、ＮＯＳ３、ＰＰＡ２Ｂ、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＬＭＮＢ１、ＴＵＢＢ２Ａ、ＣＣＬ５、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＸ３ＣＬ１およびＩＬ−６から選択されるステップと、
前記１種または複数のＲＮＡ転写物またはその発現産物を、１種または複数の遺伝子サブセットに割り当てるステップと、
臨床転帰に対するその寄与により１種または複数のＲＮＡ転写物またはその発現産物の前記レベルに重みを付けることにより、前記患者の前記定量的スコアを計算するステップとを含み、
前記患者の臨床転帰の可能性が前記定量的スコアに基づいて予測されることを特徴とする、
方法。
【請求項３】
前記定量的スコアの増加が、負の臨床転帰の可能性の増加と相関する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記臨床転帰が、腎臓がんの再発である、請求項２または３に記載の方法。
【請求項５】
少なくとも１種のＲＮＡ転写物の前記レベルが、定量的ＲＴ−ＰＣＲにより決定される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記遺伝子サブセットが、血管正常化群、細胞増殖／分裂群および免疫応答群から選択される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
ＡＰＯＬＤ１、ＥＤＮＲＢ、ＮＯＳ３およびＰＰＡＰ２Ｂから選択される血管正常化群由来の少なくとも１種のＲＮＡ転写物の前記レベルが測定される、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＬＭＮＢ１およびＴＵＢＢ２Ａから選択される細胞増殖／分裂群由来の少なくとも１種のＲＮＡ転写物の前記レベルが測定される、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
ＣＣＬ５、ＣＥＡＣＡＭ１およびＣＸ３ＣＬ１から選択される免疫応答群由来の少なくとも１種のＲＮＡ転写物の前記レベルが測定される、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ＩＬ−６のＲＮＡ転写物の前記レベルが測定される、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
腎臓がん患者の再発スコア（ＲＳ）を得るための方法であって、
前記患者から得られた腫瘍試料からＲＮＡを抽出するステップと、
ＡＰＯＬＤ１、ＥＤＮＲＢ、ＮＯＳ３、ＰＰＡ２Ｂ、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＬＭＮＢ１、ＴＵＢＢ２Ａ、ＣＣＬ５、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＸ３ＣＬ１およびＩＬ−６から選択される少なくとも１種の予後遺伝子のＲＮＡ転写物を逆転写して、前記予後遺伝子のｃＤＮＡを産生するステップと、
前記予後遺伝子の前記ｃＤＮＡを増幅するステップと、
前記予後遺伝子の前記ＲＮＡ転写物のアンプリコンを産生するステップと、
前記予後遺伝子の前記アンプリコンのレベルをアッセイするステップと、
前記腫瘍試料における少なくとも１種の参照ＲＮＡ転写物のアンプリコンのレベルに対し前記レベルを正規化して、前記予後遺伝子の正規化されたアンプリコンレベルをもたらすステップと、
前記正規化されたアンプリコンレベルを遺伝子サブセットに割り当てるステップと、
がん再発に対するその寄与に従って前記遺伝子サブセットに重みを付けるステップと、
前記重みを付けた遺伝子サブセットおよび前記正規化されたアンプリコンレベルを使用して、前記患者の再発スコア（ＲＳ）を計算するステップと、
前記ＲＳを含む報告を作成するステップと
を含む方法。
【請求項１２】
前記遺伝子サブセットが、血管正常化群、細胞成長／分裂群および免疫応答群から選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ＡＰＯＬＤ１、ＥＤＮＲＢ、ＮＯＳ３およびＰＰＡＰ２Ｂから選択される血管正常化群由来の前記アンプリコンの前記レベルが測定される、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＬＭＮＢ１およびＴＵＢＢ２Ａから選択される細胞成長／分裂群由来の前記アンプリコンの前記レベルが測定される、請求項１１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
ＣＣＬ５、ＣＥＡＣＡＭ１およびＣＸ３ＣＬ１から選択される免疫応答群由来の前記アンプリコンの前記レベルが測定される、請求項１１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
ＩＬ−６の前記アンプリコンの前記レベルが測定される、請求項１１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記腎臓がんが、腎細胞癌（ＲＣＣ）である、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＲＣＣが、腎明細胞癌（ｃｃＲＣＣ）である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記腫瘍試料が、生検から得られた試料である、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記腫瘍試料が、新鮮な試料、凍結された試料、またはパラフィン包埋および固定された試料である、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
本開示の一部の実施形態において、腎臓がんは、腎細胞癌である。他の実施形態におい
て、腎臓がんは、腎明細胞癌である。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
腎臓がん患者の再発スコア（ＲＳ）を得るための方法であって、
前記患者から得られた腫瘍試料における、ＡＰＯＬＤ１、ＥＤＮＲＢ、ＮＯＳ３、ＰＰＡ２Ｂ、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＬＭＮＢ１、ＴＵＢＢ２Ａ、ＣＣＬ５、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＸ３ＣＬ１およびＩＬ−６から選択される少なくとも１種のＲＮＡ転写物またはその発現産物のレベルを測定するステップと、
前記腫瘍試料における少なくとも１種の参照ＲＮＡ転写物またはその発現産物のレベルに対し前記レベルを正規化して、前記ＲＮＡ転写物またはその発現産物の正規化されたレベルをもたらすステップと、
前記正規化されたレベルを遺伝子サブセットに割り当てるステップと、
がん再発に対するその寄与に従って前記遺伝子サブセットに重みを付けるステップと、
前記重みを付けた遺伝子サブセットおよび前記正規化されたレベルを使用して、前記患者の再発スコア（ＲＳ）を計算するステップと、
前記ＲＳを含む報告を作成するステップと
を含む方法。
（項目２）
腎臓がん患者の臨床転帰の可能性を予測する方法であって、
前記患者から得られた腫瘍試料における１種または複数のＲＮＡ転写物またはその発現産物のレベルを決定するステップであって、前記１種または複数のＲＮＡ転写物またはその発現産物が、ＡＰＯＬＤ１、ＥＤＮＲＢ、ＮＯＳ３、ＰＰＡ２Ｂ、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＬＭＮＢ１、ＴＵＢＢ２Ａ、ＣＣＬ５、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＸ３ＣＬ１およびＩＬ−６から選択されるステップと、
前記１種または複数のＲＮＡ転写物またはその発現産物を、１種または複数の遺伝子サブセットに割り当てるステップと、
臨床転帰に対するその寄与により１種または複数のＲＮＡ転写物またはその発現産物の前記レベルに重みを付けることにより、前記患者の定量的スコアを計算するステップと、
前記定量的スコアに基づき前記患者の臨床転帰の可能性を予測するステップと
を含む方法。
（項目３）
前記定量的スコアの増加が、負の臨床転帰の可能性の増加と相関する、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記臨床転帰が、腎臓がんの再発である、項目２または３に記載の方法。
（項目５）
少なくとも１種のＲＮＡ転写物の前記レベルが、定量的ＲＴ−ＰＣＲにより決定される、項目１〜４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
前記遺伝子サブセットが、血管正常化群、細胞増殖／分裂群および免疫応答群から選択される、項目１〜５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
ＡＰＯＬＤ１、ＥＤＮＲＢ、ＮＯＳ３およびＰＰＡＰ２Ｂから選択される血管正常化群由来の少なくとも１種のＲＮＡ転写物の前記レベルが測定される、項目１〜６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＬＭＮＢ１およびＴＵＢＢ２Ａから選択される細胞増殖／分裂群由来の少なくとも１種のＲＮＡ転写物の前記レベルが測定される、項目１〜７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
ＣＣＬ５、ＣＥＡＣＡＭ１およびＣＸ３ＣＬ１から選択される免疫応答群由来の少なくとも１種のＲＮＡ転写物の前記レベルが測定される、項目１〜８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
ＩＬ−６のＲＮＡ転写物の前記レベルが測定される、項目１〜９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
腎臓がん患者の再発スコア（ＲＳ）を得るための方法であって、
前記患者から得られた腫瘍試料からＲＮＡを抽出するステップと、
ＡＰＯＬＤ１、ＥＤＮＲＢ、ＮＯＳ３、ＰＰＡ２Ｂ、ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＬＭＮＢ１、ＴＵＢＢ２Ａ、ＣＣＬ５、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＸ３ＣＬ１およびＩＬ−６から選択される少なくとも１種の予後遺伝子のＲＮＡ転写物を逆転写して、前記予後遺伝子のｃＤＮＡを産生するステップと、
前記予後遺伝子の前記ｃＤＮＡを増幅するステップと、
前記予後遺伝子の前記ＲＮＡ転写物のアンプリコンを産生するステップと、
前記予後遺伝子の前記アンプリコンのレベルをアッセイするステップと、
前記腫瘍試料における少なくとも１種の参照ＲＮＡ転写物のアンプリコンのレベルに対し前記レベルを正規化して、前記予後遺伝子の正規化されたアンプリコンレベルをもたらすステップと、
前記正規化されたアンプリコンレベルを遺伝子サブセットに割り当てるステップと、
がん再発に対するその寄与に従って前記遺伝子サブセットに重みを付けるステップと、
前記重みを付けた遺伝子サブセットおよび前記正規化されたアンプリコンレベルを使用して、前記患者の再発スコア（ＲＳ）を計算するステップと、
前記ＲＳを含む報告を作成するステップと
を含む方法。
（項目１２）
前記遺伝子サブセットが、血管正常化群、細胞成長／分裂群および免疫応答群から選択される、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
ＡＰＯＬＤ１、ＥＤＮＲＢ、ＮＯＳ３およびＰＰＡＰ２Ｂから選択される血管正常化群由来の前記アンプリコンの前記レベルが測定される、項目１１または１２に記載の方法。
（項目１４）
ＥＩＦ４ＥＢＰ１、ＬＭＮＢ１およびＴＵＢＢ２Ａから選択される細胞成長／分裂群由来の前記アンプリコンの前記レベルが測定される、項目１１〜１３のいずれかに記載の方法。
（項目１５）
ＣＣＬ５、ＣＥＡＣＡＭ１およびＣＸ３ＣＬ１から選択される免疫応答群由来の前記アンプリコンの前記レベルが測定される、項目１１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
ＩＬ−６の前記アンプリコンの前記レベルが測定される、項目１１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記腎臓がんが、腎細胞癌（ＲＣＣ）である、項目１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記ＲＣＣが、腎明細胞癌（ｃｃＲＣＣ）である、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記腫瘍試料が、生検から得られた試料である、項目１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記腫瘍試料が、新鮮な試料、凍結された試料、またはパラフィン包埋および固定された試料である、項目１〜１９のいずれか一項に記載の方法。