【手続補正書】
【提出日】平成28年11月16日(2016.11.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
前立腺癌と診断された個体が積極的治療を必要としうるかを推定するための、冗長的に設計されたデータ組み合わせに基づく方法であって、下記ステップを含んでなる方法：
１．前記個体からの少なくとも１つの生物学的サンプルを用意し；
２．前記生物学的サンプルにおいて、ＰＣａに関連するＳＮＰ（ＳＮＰｐｃ）のカテゴリーを、少なくとも８０のＳＮＰｐｃのそれぞれの存在または不存在を測定することにより解析し；
３．前記ＳＮＰｐｃカテゴリーに関するデータを組み合わせて、ＳＮＰｐｃ複合値を形成し、ここで、該方法は、ＳＮＰｐｃ複合値の形成の際、ＳＮＰｐｃカテゴリーのＳＮＰｐｃの約１０％のサブセットの無視を許容し；
４．前記ＳＮＰｐｃ複合値を、コントロールサンプルを用いて確立された、予め定められたカットオフ値と比較することにより、前記個体が積極的治療を必要とする可能性に関連付け、ここで、前記コントロールサンプルを提供した個体は、積極的治療を要したか要しなかったかがわかっている。
【請求項２】
ＳＮＰｐｃが、657del5, rs10086908, rs1016343, rs10187424, rs1041449, rs10486567, rs1054564, rs10875943, rs10896449, rs10934853, rs10993994, rs11067228, rs11135910, rs11228565, rs11568818, rs11649743, rs11650494, rs11672691, rs11704416, rs12130132, rs12409639, rs12418451, rs12500426, rs12543663, rs12621278, rs12653946, rs1270884, rs130067, rs13252298, rs13385191, rs1354774, rs1363120, rs137853007, rs138213197, rs1447295, rs1465618, rs1512268, rs1571801, rs16901979, rs16902094, rs17021918, rs17632542, rs17879961, rs1859962, rs1894292, rs1933488, rs1983891, rs2018334, rs2121875, rs2242652, rs2273669, rs2292884, rs2405942, rs2660753, rs2735839, rs2736098, rs2928679, rs3213764, rs339331, rs3771570, rs3850699, rs3863641, rs401681, rs4245739, rs4430796, rs445114, rs4643253, rs4857841, rs4962416, rs5759167, rs5919432, rs5945619, rs6062509, rs620861, rs6465657, rs6763931, rs684232, rs6869841, rs6983267, rs6983561, rs7127900, rs7210100, rs721048, rs7241993, rs7611694, rs7679673, rs7931342, rs8008270, rs8102476, rs888663, rs902774, rs9364554, rs9600079, およびrs9623117からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生物学的サンプルにおいて、ＰＣａバイオマーカーのカテゴリーの複数のＰＣａバイオマーカーのそれぞれの存在または濃度を測定することにより、ＰＣａバイオマーカーカテゴリーを解析し；前記ＰＣａバイオマーカーカテゴリーに関するデータを組み合わせてバイオマーカー複合値を形成し；前記バイオマーカー複合値および前記ＳＮＰｐｃ複合値を組み合わせて総複合値を形成し；前記総複合値を、コントロールサンプルを用いて確立された、予め定められた値と比較することにより、前記個体が積極的治療を必要とする可能性に関連付けることをさらに含み、ここで、前記コントロールサンプルを提供した個体は、積極的治療を要したか要しなかったかがわかっている、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも部分的に冗長なＰＣａバイオマーカーの存在または濃度を測定することを含み、ここで、ＰＣａバイオマーカーの少なくとも１つ、例えば２つが、（i）ＰＳＡ、（ii）総ＰＳＡ（ｔＰＳＡ）、（iii）インタクトＰＳＡ（ｉＰＳＡ）、（iv）遊離ＰＳＡ（ｆＰＳＡ）、および（v）ｈＫ２からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記バイオマーカー複合値の形成の際、ＰＣａバイオマーカーカテゴリーの前記ＰＣａバイオマーカー（i）〜（v）の少なくとも１つのサブセット、例えば前記ＰＣａバイオマーカー（i）〜（v）の１つ、２つ、３つまたは４つのサブセットの無視を許容する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記ＳＮＰｐｃカテゴリーに関するデータを、予め定められた式にしたがって組み合わせて、前記ＳＮＰｐｃ複合値を形成する、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
前記ＰＣａバイオマーカーカテゴリーに関するデータを、予め定められた式にしたがって組み合わせて、前記バイオマーカー複合値を形成する、請求項３〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記バイオマーカー複合値および前記ＳＮＰｐｃ複合値を、予め定められた式にしたがって組み合わせて、前記総複合値を形成する、請求項３〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
前記ＳＮＰｐｃ複合値または前記総複合値がカットオフ値を上回る場合に、個体に積極的治療を勧めるステップをさらに含む、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
ＰＣａに関する家族歴、治療歴、および身体データを前記個体から収集することをさらに含み、ここで、前記家族歴、治療歴、および／または身体データは、前記総複合値に組み込まれる、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
付加的なＰＣａバイオマーカーカテゴリーを、該付加的バイオマーカーカテゴリーの複数のＰＣａバイオマーカーの１つまたはそれぞれの存在または濃度を測定することにより解析し；前記付加的ＰＣａバイオマーカーカテゴリーに関するデータを組み合わせて前記付加的ＰＣａバイオマーカーカテゴリーの付加的バイオマーカー複合値を形成し；前記付加的バイオマーカー複合値を前記総複合値に組み込むことをさらに含み；ここで、前記付加的バイオマーカー複合値を形成するデータの組み合わせは冗長的に設計され、前記付加的ＰＣａバイオマーカーカテゴリーは１つを超えるＰＣａバイオマーカーを含み、前記付加的ＰＣａバイオマーカーカテゴリーは、バイオマーカーＭＩＣ−１および場合により他のＭＩＣ−１関連バイオマーカー、またはバイオマーカーＭＳＭＢおよび場合により他のＭＳＭＢ関連バイオマーカーを含む、請求項３〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
前記ＰＣａバイオマーカーの存在または濃度の測定を、マイクロアレイ技術を用いて行う、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
アッセイ装置であって、請求項２に記載されるＳＮＰから選択される少なくとも８０のＳＮＰｐｃのそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含むリガンドのカテゴリーが固定された固相を含んでなるアッセイ装置。
【請求項１４】
試験キットであって、請求項１３に記載のアッセイ装置、および請求項２に記載されるＳＮＰのリストから選択される少なくとも８０のＳＮＰｐｃを検出することができる検出分子のカテゴリーを含む試験キット。
【請求項１５】
少なくとも請求項１に記載されるステップ３および４、例えば請求項１に記載されるステップ１〜４を行うためのソフトウェアコード手段を含んでなる、デジタルコンピューターの内部メモリに直接ロード可能なコンピュータープログラムプロダクト。
【請求項１６】
請求項３に記載の方法を行うためのソフトウェアコード手段をさらに含む、請求項１５に記載のコンピュータープログラムプロダクト。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６４】
用語「カリクレイン様バイオマーカー」は、カリクレインファミリーのタンパク質に属するかまたはそれに関連するタンパク質バイオマーカーを意味し、それには、遊離形態または複合体化形態の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、プロＰＳＡ（一群のＰＳＡアイソフォーム）、特に欠失型（−２）プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、およびヒトカリクレイン２（本願において、ｈＫ２またはＨＫ２またはｈｋ２と略される）が包含されるが、それに限定されない。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８１】
ＰＣａ予後診断に適当なバイオマーカーは、遊離形態または複合体化形態の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、プロＰＳＡ（一群のＰＳＡアイソフォーム）、特に欠失型（−２）プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、ヒトカリクレイン２（ｈＫ２）、早期前立腺癌抗原（early prostate cancer antigen（ＥＰＣＡ））、前立腺分泌タンパク質（ＰＳＰ９４；beta-microseminoproteinおよびＭＳＭＢとしても知られる）、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼπ（ＧＳＴＰ１）、およびα−メチルアシルＣｏＡラセマーゼ（ＡＭＡＣＲ）を包含するが、それに限定されない。本発明の方法の診断精度を向上するのに有用でありうる関連バイオマーカーには、マクロファージ抑制サイトカイン１（Macrophage Inhibitory Cytokine 1）（ＭＩＣ−１；ＧＤＦ−１５としても知られる）がある。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８８】
ＰＣａ関連のバイオマーカー、例えば遊離形態または複合体化形態の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、プロＰＳＡ（一群のＰＳＡアイソフォーム）、特に欠失型（−２）プロＰＳＡ、インタクトＰＳＡ、ヒト前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）、ヒトカリクレイン２（ｈＫ２）、早期前立腺癌抗原（early prostate cancer antigen（ＥＰＣＡ））、前立腺分泌タンパク質（ＰＳＰ９４；beta-microseminoproteinおよびＭＳＭＢとしても知られる）、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼπ（ＧＳＴＰ１）、α−メチルアシルＣｏＡラセマーゼ（ＡＭＡＣＲ）、およびマクロファージ抑制サイトカイン１（Macrophage Inhibitory Cytokine 1）（ＭＩＣ−１；ＧＤＦ−１５としても知られる）の濃度または発現レベルに関連するＳＮＰを含むパラメータカテゴリーを、「ＰＣａバイオマーカー濃度に関連するＳＮＰ」または「ＰＣａバイオマーカー発現レベルに関連するＳＮＰ」と定義することが可能である。このカテゴリーのメンバーのサブセットは、予測モデルにおいて、該カテゴリーを代表するのに十分でありうる。