【手続補正書】
【提出日】平成29年2月22日(2017.2.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプル中の核酸を検出する方法であって、
１）核酸を含むサンプルを消光状態のプライマーと接触させることと、
２）ａ）前記プライマーが前記核酸とハイブリッド形成するか、または
ｂ）前記プライマーが前記核酸とハイブリッド形成し、かつ前記プライマーがアンプリコン中に組み込まれる場合、
検出可能状態の前記プライマーからのシグナルを検出することと
を含み、
前記核酸がＢＲＡＦ遺伝子またはＢＲＡＦ遺伝子の一部を含み、前記シグナルが検出されるとき、前記核酸が前記サンプル中で検出される、方法。
【請求項２】
消光状態のプライマーが二重鎖重複領域を含む請求項１に記載の方法。
【請求項３】
プライマーがフルオロフォアを含み、前記プライマーが消光状態のとき、前記フルオロフォアがクエンチャーによって消光される請求項１から２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４】
消光状態のプライマーがポリメラーゼによって核酸鎖に組み込まれる請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
消光状態のプライマーが、
ａ）フルオロフォアおよびクエンチャーを含む１つのオリゴヌクレオチドからなるか、または
ｂ）フルオロフォアを含む第１のオリゴヌクレオチドと、クエンチャーを含む第２のオリゴヌクレオチドとからなり、前記第１のオリゴヌクレオチドが前記第２のオリゴヌクレオチドとハイブリッド形成する、
請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
プライマーがステムループプライマーまたは二重鎖直鎖状プライマーである請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
プライマーが、アミノ酸置換Ｖ６００Ｅ、Ｖ６００Ｋおよび／またはＶ６００Ｄを含むＢ−Ｒａｆタンパク質をコードするＢＲＡＦにおける変異を検出するための対立遺伝子特異的プライマーである請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
３）核酸を含むサンプルを消光状態の第２のプライマーと接触させることと、
４）ａ）前記第２のプライマーが前記核酸とハイブリッド形成するか、または
ｂ）前記第２のプライマーが前記核酸とハイブリッド形成し、かつ前記第２のプライマーがアンプリコンに組み込まれる場合、
検出可能状態の前記第２のプライマーからの第２のシグナルを検出することと
をさらに含み、
前記第２のシグナルが検出されるとき、前記核酸が前記サンプル中で検出される、
請求項１に記載の方法。
【請求項９】
ａ）検出可能プライマーとハイブリッド形成した核酸であって、前記検出可能プライマーがフルオロフォアおよびクエンチャーを含む核酸、
ｂ）検出可能プライマーを含む核酸であって、前記検出可能プライマーがフルオロフォアおよびクエンチャーを含む核酸、
ｃ）検出可能プライマーとハイブリッド形成した核酸であって、前記検出可能プライマーがフルオロフォアと、クエンチャーを含むクエンチャーオリゴヌクレオチドとを含む核酸、
ｄ）検出可能プライマーを含む核酸であって、前記検出可能プライマーがフルオロフォアと、クエンチャーを含むクエンチャーオリゴヌクレオチドを含む核酸、
ｅ）プライマーを含み、かつプローブとハイブリッド形成した核酸であって、前記プローブが第１のフルオロフォアおよびクエンチャーを含み、前記プライマーが第２のフルオロフォアを含み、前記第１のフルオロフォアおよび前記第２のフルオロフォアがＦＲＥＴ対である核酸、
または
ｆ）プライマーを含み、かつプローブとハイブリッド形成した核酸であって、前記プローブが第１のフルオロフォアを含み、前記プライマーが第２のフルオロフォアを含み、前記第１のフルオロフォアおよび前記第２のフルオロフォアがＦＲＥＴ対であり、クエンチャーを含むクエンチャーオリゴヌクレオチドを含む核酸、
の１つを含む組成物であって、
前記核酸がＢＲＡＦ遺伝子またはＢＲＡＦ遺伝子の一部を含む、
組成物。
【請求項１０】
組成物が反応混合物である請求項９に記載の組成物。
【請求項１１】
ポリメラーゼおよび／またはヌクレオチドをさらに含む請求項９に記載の組成物。
【請求項１２】
ｇ）第２の検出可能プライマーとハイブリッド形成した第２の核酸であって、前記第２の検出可能プライマーが、第２のフルオロフォアと、クエンチャーもしくは第２のクエンチャーとを含む第２の核酸、
ｈ）第２の検出可能プライマーを含む第２の核酸であって、前記第２の検出可能プライマーが、第２のフルオロフォアと、前記クエンチャーもしくは第２のクエンチャーとを含む第２の核酸、
ｉ）第２の検出可能プライマーとハイブリッド形成した第２の核酸であって、前記第２の検出可能プライマーが第２のフルオロフォアを含む第２の核酸、
ｊ）第２の検出可能プライマーを含む第２の核酸であって、前記第２の検出可能プライマーが第２のフルオロフォアを含む第２の核酸、
ｋ）第２のプライマーを含み、かつプローブとハイブリッド形成した第２の核酸であって、前記プローブが第１のフルオロフォアおよびクエンチャーを含み、前記第２のプライマーが第３のフルオロフォアを含み、前記第１のフルオロフォアおよび前記第３フルオロフォアがＦＲＥＴ対である第２の核酸、
または、
ｌ）第２のプライマーを含み、かつ前記プローブとハイブリッド形成した第２の核酸であって、前記プローブが前記第１のフルオロフォアを含み、前記第２のプライマーが第３のフルオロフォアを含み、前記第１のフルオロフォアおよび前記第３のフルオロフォアがＦＲＥＴ対である第２の核酸
をさらに含み、
前記第２の核酸がＢＲＡＦ遺伝子またはＢＲＡＦ遺伝子の一部を含む、
請求項９から１１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１３】
１つ以上のＢＲＡＦ対立遺伝子、１つ以上のＢＲＡＦ一塩基多型を検出するための、または同一サンプル中の１つ以上のＢＲＡＦ対立遺伝子を多重アッセイで検出するための、請求項９から１２のいずれか一項に記載の組成物の使用。
【請求項１４】
ＢＲＡＦ対立遺伝子を検出するためのキットであって、
１）１つ以上のＢＲＡＦ対立遺伝子を検出するための検出試薬であって、
ａ）フルオロフォアおよびクエンチャーを含むステムループプライマー、
ｂ）フルオロフォアおよび相補的クエンチングオリゴヌクレオチドを含む対立遺伝子特異的一本鎖プライマーを含む二重鎖直鎖状プライマー、
ｃ）フルオロフォアおよび相補的オリゴヌクレオチドを含む対立遺伝子特異的一本鎖プライマーを含む二重鎖直鎖状プライマー、
ｄ）フルオロフォアと、第２のフルオロフォアおよびクエンチャーオリゴヌクレオチドを含むプローブ鎖を含む二重鎖プローブとを含む対立遺伝子特異的プライマー、
ｅ）フルオロフォアと、第２のフルオロフォアを含むプローブ鎖を含む二重鎖プローブとを含む対立遺伝子特異的プライマー、
ｆ）フルオロフォアと、第２のフルオロフォアを含む一本鎖プローブとを含む対立遺伝子特異的プライマー、
または
ｇ）フルオロフォアと、第２のフルオロフォアおよびクエンチャーを含むステムループプローブとを含む対立遺伝子特異的プライマー、
の１つを含む前記検出試薬と、
２）ＢＲＡＦ遺伝子またはＢＲＡＦ遺伝子の一部を含むコントロール核酸と
を含むキット。
【請求項１５】
３）第２のＢＲＡＦ対立遺伝子を検出するための第２の検出試薬であって、
ａ）第２のフルオロフォアと、クエンチャーもしくは第２のクエンチャーとを含む第２のステムループプライマー、
ｂ）第２のフルオロフォアと、相補的クエンチングオリゴヌクレオチドもしくは第２の相補的クエンチングオリゴヌクレオチドとを含む第２の対立遺伝子特異的一本鎖プライマーを含む第２の二重鎖直鎖状プライマー、
または
ｃ）第３のフルオロフォアを含む第２の対立遺伝子特異的プライマー
を含む前記検出試薬をさらに含む、請求項１４に記載のキット。