(57)【要約】  特定の遺伝子をコードする領域における一塩基多型を分析することによりイリノテカンによる副作用の発生リスクを予測するための簡便かつ効率的な手段を提供することを課題とする。  被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在するＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型、又は該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型を分析し、一塩基多型としてバリアント型をホモとして有しているか、ヘテロとして有しているか、野生型をホモとして有しているかを判定し、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在するＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型、又は該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型を分析し、バリアント型をホモとして有しているか、野生型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判定し、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する方法。
【請求項２】
ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型が以下の（ａ）〜（ｇ）のいずれかであることを特徴とする請求項１記載の方法。
（ａ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｂ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｃ）配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｄ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｅ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｆ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２３８番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｇ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型；
【請求項３】
（ａ）、（ｂ）又は（ｄ）に記載の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合、又は（ｃ）、（ｅ）〜（ｇ）に記載の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが高いとの予測を補助することを特徴とする請求項２記載の方法。
【請求項４】
副作用が、白血球減少又は好中球減少であることを特徴とする請求項１〜３のいずれか記載の方法。
【請求項５】
以下の（ｈ）〜（ｎ）のいずれかであって、請求項１〜４のいずれかに記載の方法における一塩基多型の分析で用いるためのプローブ。
（ｈ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｉ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｊ）配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｋ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｌ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｍ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２３８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｎ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
【請求項６】
以下の（ｏ）〜（ｕ）のいずれかであって、請求項１〜４のいずれかに記載の方法における一塩基多型の分析で用いるためのプライマー。
（ｏ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｐ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｑ）配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｒ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｓ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｔ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の２３８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｕ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
【請求項７】
請求項５記載のプローブ、又は請求項６記載のプライマーを含むことを特徴とするイリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助するためのキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する方法や、かかる方法における一塩基多型の分析で用いるためのプローブ又はプライマーに関する。
【背景技術】
【０００２】
イリノテカン（CPT-11：1,4'-ビピペリジン-1'-カルボン酸 (S)-4,11-ジエチル-3,4,12,14-テトラヒドロ-4-ヒドロキシ-3,14-ジオキソ-1H-ピラノ[3',4':6,7]インドリジノ[1,2-b]キノリン-9-イルエステル（CAS NO:97682-44-5））は、カンレンボク由来の抗腫瘍性アルカロイドであるカンプトテシンから合成された抗癌剤であり、肺癌や転移性大腸癌等の癌を治療するのに有用であることが知られている。イリノテカンは、ＤＮＡ複製を促進する酵素トポイソメラーゼを阻害することにより優れた抗癌作用を示す。しかしながら、白血球減少、好中球減少、下痢等の重篤な副作用が報告されている。【０００３】
近年、患者個人に最適な治療方法を計画するオーダーメイド医療、すなわち個別化医療が一部で実用化されている。イリノテカンに関しても、グルクロン酸抱合酵素(UDP-glucuronosyltransferase:UGT)をコードする遺伝子の一つであるＵＧＴ１Ａ１の遺伝子多型（ＵＧＴ１Ａ１＊２８、ＵＧＴ１Ａ１＊６、ＵＧＴ１Ａ１＊２７、ＵＧＴ１Ａ１＊６０等）を検出することで、イリノテカンの副作用を予測する方法（特許文献１〜４、非特許文献１、２参照）が提案されており、かかる方法を用いてイリノテカンの副作用を予測し、個別化医療の指標として利用されている。【０００４】
また、イリノテカンの副作用の有無を予測することを目的として、ＵＧＴ１Ａ１＊２８、ＵＧＴ１Ａ１＊６を判定するキット（積水メディカル社製）が販売されている。【０００５】
しかしながら、ＵＧＴ１Ａ遺伝子多型に基づいて非ハイリスクとされる患者、例えばＵＧＴ１Ａ＊２８、ＵＧＴ１Ａ＊６において、いずれかがバリアント型又はいずれもヘテロ型として有する患者においても、およそ４３％の患者においてイリノテカンによる副作用がみられるのが現状であり、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する新たな方法が求められていた。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００６】
【特許文献１】国際公開第２００２−０４８４００号パンフレット
【特許文献２】特開２０１１−２５０７２６号公報
【特許文献３】特開２０１０−００００１８号公報
【特許文献４】特開２００８−０７２９１３号公報
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Hazama et al., Cancer Science, 104:1662-9(2013)
【非特許文献２】Tsunedomi et al., International Journal of Oncology, 45(4):1381-1390(2014)
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
抗癌剤イリノテカンによる癌治療において、個々の患者での副作用の発生リスクの予測を可能として、個々の癌患者に適切な抗癌剤による治療、いわゆる個別化医療が求められている。そこで、本発明の課題は、特定の遺伝子をコードする領域における一塩基多型を分析することによりイリノテカンによる副作用の発生リスクを予測するための簡便かつ効率的な手段を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
臨床情報（イリノテカン副作用発生の有無）及びＵＧＴ１Ａ遺伝子多型情報に基づいて群分けした患者ゲノムを網羅的に解析（エクソーム解析）することによって、ＵＧＴ１Ａ遺伝子多型を原因としない新規のイリノテカンの副作用関連因子の探索を行った。その結果、ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型、又は該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型がイリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する因子であること、かかる一塩基多型とＵＧＴ１Ａ遺伝子多型とは連鎖（相関）しないことを見いだし、本発明を完成した。【００１０】
すなわち、本発明は、以下に示すとおりのものである。
（１）被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在するＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型、又は該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型を分析し、バリアント型をホモとして有しているか、野生型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判定し、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する方法。
（２）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型が以下の（ａ）〜（ｇ）のいずれかであることを特徴とする上記（１）記載の方法。
（ａ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｂ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｃ）配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｄ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｅ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｆ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２３８番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｇ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型；
（３）（ａ）、（ｂ）又は（ｄ）に記載の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合、又は（ｃ）、（ｅ）〜（ｇ）に記載の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが高いとの予測を補助することを特徴とする上記（２）記載の方法。
（４）副作用が、白血球減少又は好中球減少であることを特徴とする上記（１）〜（３）のいずれか記載の方法。
（５）以下の（ｈ）〜（ｎ）のいずれかであって、上記（１）〜（４）のいずれかに記載の方法における一塩基多型の分析で用いるためのプローブ。
（ｈ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｉ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｊ）配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｋ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｌ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｍ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２３８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｎ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（６）以下の（ｏ）〜（ｕ）のいずれかであって、上記（１）〜（４）のいずれかに記載の方法における一塩基多型の分析で用いるためのプライマー。
（ｏ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｐ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｑ）配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｒ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｓ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｔ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の２３８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｕ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（７）上記（５）記載のプローブ、又は上記（６）記載のプライマーを含むことを特徴とするイリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助するためのキット。
【発明の効果】
【００１１】
本発明によれば、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助することが可能となる。かかる方法を用いて個々の患者での副作用を予測することで、個々の癌患者に適切な抗癌剤による治療、いわゆる個別化医療を行うことが可能となる。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする領域のエクソーム解析の結果を示す図である。
【図２】Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする領域のエクソーム解析の結果を示す図である。
【図３】ＯＲ５１Ｉ２遺伝子及びＭＫＫＳ遺伝子をコードする領域のエクソーム解析の結果を示す図である。
【図４】ＣＳＭＤ２遺伝子及びＥＤＥＭ３遺伝子をコードする領域のエクソーム解析の結果を示す図である。
【図５】ＧＡＴＡ２遺伝子をコードする領域のエクソーム解析の結果を示す図である。
【図６】ＴＲＩＭ６５遺伝子をコードする領域のエクソーム解析の結果を示す図である。
【図７】ＦＢＦ１遺伝子及びＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域のエクソーム解析の結果を示す図である。
【図８】ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ１９８０５７６、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ２２７２７６１、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ１２５７７１６７、ＭＫＫＳ遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ１５４７について、ＴａｑＭａｎ  ｐｒｏｂｅ法により解析した結果を示す図である。
【図９】ＥＤＥＭ３遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ９４２５３４３、ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ７２６５８５４、ＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ１１３５６４０について、ＴａｑＭａｎ  ｐｒｏｂｅ法により解析した結果を示す図である。
【図１０】ｒｓ９４２５３４３、ｒｓ２２７２７６１、ｒｓ１２５７７１６７、ｒｓ１１３５６４０、ｒｓ１５４７、ｒｓ７２６５８５４、ｒｓ１９８０５７６とＵＧＴ１Ａ遺伝子変異における連鎖不平衡解析及びＬＤ解析を行った結果を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
本発明におけるイリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する方法としては、被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在するＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型、又は該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型を分析し、バリアント型（minor allele）をホモとして有しているか、野生型（major allele）をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判定し、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する方法であれば特に制限されず、イリノテカンには、その塩及びそれらの溶媒和物、特に水和物（例えば、CAS NO:136572-09-3）も包含される。イリノテカンの塩としては、薬学的に許容される酸を作用させた酸付加塩が抗癌剤として好ましく用いられる。そのような酸付加塩としては、例えば塩酸、硫酸、リン酸、臭化水素酸等の無機酸との塩；シュウ酸、マレイン酸、フマル酸、リンゴ酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、酢酸、ｐ−トルエンスルホン酸、メタンスルホン酸等の有機酸との塩が挙げられ、特に塩酸塩（塩酸イリノテカン；CAS NO:136572-09-3）を挙げることができる。
【００１４】
被検者から採取された生体試料としては、ゲノムＤＮＡを含むものであれば特に制限されず、血液及びこれに由来する血液関連試料（血液、血清及び血漿等）、リンパ液、汗、涙、唾液、尿、糞便、腹水及び髄液等の体液、ならびに細胞、組織又は臓器の破砕物及び抽出液等を挙げることができ、血液関連試料を好適に挙げることができる。
【００１５】
被検者から採取した生体試料からゲノムＤＮＡを抽出する抽出手段としては、特に限定されず、前記生体試料から直接的にＤＮＡ成分を分離し、精製して回収できる手段であることが好ましい。
【００１６】
ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子（ＮＣＢＩアクセッション番号  ＮＭ＿１５３３６０．１  更新日  ２０１４年１月２６日）をコードする領域における一塩基多型としては、配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目若しくは２３８番目の塩基に存在する一塩基多型であることが好ましく、かかる一塩基多型はＮＣＢＩ  ＳＮＰ  データベース（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/）のリファレンス番号であるｒｓ番号（Reference SNP ID number）により特定でき、それぞれｒｓ１９８０５７６（配列番号７）、ｒｓ７２６５８５４（配列番号８）として登録されている。なお、以下、本発明においては、特定の一塩基多型を、上記ＮＣＢＩ  ＳＮＰ  データベースのｒｓ番号で記載する場合がある。
【００１７】
Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子（ＮＣＢＩアクセッション番号  ＮＭ＿００１１３６１０８．１  更新日  ２０１４年１月２７日）をコードする領域における一塩基多型としては、配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型であることが好ましく、かかる一塩基多型はｒｓ２２７２７６１（配列番号９）として登録されている。
【００１８】
ＯＲ５１Ｉ２遺伝子（ＮＣＢＩアクセッション番号  ＮＭ＿００１００４７５４．２  更新日  ２０１４年５月１６日）をコードする領域における一塩基多型としては、配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型であることが好ましく、かかる一塩基多型はｒｓ１２５７７１６７（配列番号１０）として登録されている。
【００１９】
ＭＫＫＳ遺伝子（ＮＣＢＩアクセッション番号  ＮＭ＿０１８８４８．３  更新日  ２０１４年５月５日）をコードする領域における一塩基多型としては、配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型であることが好ましく、かかる一塩基多型はｒｓ１５４７（配列番号１１）として登録されている。
【００２０】
ＥＤＥＭ３遺伝子（ＮＣＢＩアクセッション番号  ＮＭ＿０２５１９１．３  更新日  ２０１４年２月２６日）をコードする領域における一塩基多型としては、配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型であることが好ましく、かかる一塩基多型はｒｓ９４２５３４３（配列番号１２）として登録されている。
【００２１】
ＡＣＯＸ１遺伝子（ＮＣＢＩアクセッション番号  ＮＭ＿００４０３５．６  更新日  ２０１４年５月５日）をコードする領域における一塩基多型としては、配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型であることが好ましく、かかる一塩基多型はｒｓ１１３５６４０（配列番号１３）として登録されている。
【００２２】
上記配列番号７〜１３の塩基配列を表１に示す。それぞれ、ゲノム上での一塩基多型部位及びその上流及び下流２５塩基の相補配列に相当する。また、配列番号７及び８、９、１１、１３の塩基配列は、それぞれＮＭ＿１５３３６０．１、ＮＭ＿００１１３６１０８．１、ＮＭ＿０１８８４８．３、ＮＭ＿０２５１９１．３における一塩基多型部位及びその上流及び下流２５塩基の相補配列に相当する。なお、配列番号７の配列は、配列番号１に示したｍＲＮＡ配列（ＮＭ＿１５３３６０．１）の３４７番目から３７４番目の相補鎖と重複し、配列番号１との重複が見られない残りの２３塩基（一塩基多型部位の上流２５塩基から上流２３塩基）はイントロン配列に相当し、配列番号１上にはみられない。また、配列表において、シトシン（Ｃ）又はチミン（Ｔ）（［Ｃ／Ｔ］）をＹ、アデニン（Ａ）又はグアニン（［Ａ／Ｇ］）をＲ、Ａ又はＣ（［Ａ／Ｃ］）をＭ、Ｃ又はＧ（［Ｃ／Ｇ］）をＳで表す。
【００２３】
【表１】
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【００２４】
配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基は、野生型ではＡ、バリアント型ではＧであり、配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の相補配列の１８６番目の塩基は、野生型ではＴ、バリアント型ではＣである。
【００２５】
配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の３５８番目の塩基は、野生型ではＧ、バリアント型ではＡであり、配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の相補配列の３５８番目の塩基は、野生型ではＣ、バリアント型ではＴである。
【００２６】
配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列の４００番目の塩基は、は、野生型ではＡ、バリアント型ではＧであり、配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列の相補配列の４００番目の塩基としては、野生型ではＴ、バリアント型ではＣである。
【００２７】
配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列の１５４９番目の塩基は、野生型ではＣ、バリアント型ではＴであり、配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列の相補配列の１５４９番目の塩基は、野生型ではＧ、バリアント型ではＡである。
【００２８】
配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基は、野生型ではＴ、バリアント型ではＧであり、配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の相補配列の２４５９番目の塩基は、野生型ではＡ、バリアント型ではＣである。
【００２９】
配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の２３８番目の塩基は、野生型ではＴ、バリアント型ではＣであり、配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の相補配列の２３８番目の塩基は、野生型ではＡ、バリアント型ではＧである。
【００３０】
配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列の９３６番目の塩基は、野生型ではＣ、バリアント型ではＧであり、配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列の相補配列の９３６番目の塩基は、野生型ではＧ、バリアント型ではＣである。
【００３１】
本発明において、「連鎖不平衡」とは、生物の集団において、複数の遺伝子座の対立遺伝子又は遺伝的マーカー（多型）の間にランダムでない相関が見られる、すなわちそれらの特定の組合せ（ハプロタイプ）の頻度が有意に高くなる集団遺伝学的な現象を意味し、「遺伝的連鎖」とは、特定の対立遺伝子の組合せが、メンデルの独立の法則に従わずに親から子へ一緒に遺伝する遺伝学的現象を意味する。
【００３２】
本発明において、副作用としては特に制限されないが、白血球減少、好中球減少、下痢、嘔吐、全身倦怠感、食欲不振、脱毛等を挙げることができ、白血球減少又は好中球減少を好適に挙げることができる。
【００３３】
本発明において、一塩基多型を分析する方法としては、公知の一塩基多型を分析する方法を用いることができ、リアルタイムＰＣＲ法、ダイレクトシーケンシング法、Ｔａｑｍａｎ（登録商標）ＰＣＲ法、インベーダー（登録商標）法、ルミネックス（登録商標）法、クエンチングプライマー／プローブ（QP）法、MALDI-TOF法、分子ビーコン法等を挙げることができる。具体的には、被検者（通常、ヒト被検者をさす）から採取した生体試料のゲノムＤＮＡを鋳型とする増幅反応によって測定対象の一塩基多型部位を含む核酸断片を、プライマーを用いてＰＣＲで増幅し、得られた核酸断片と、野生型及びバリアント型に対応する一対のプローブとのハイブリダイゼーションを検出する方法や、上記ＰＣＲ増幅過程において、該一塩基多型部位に特異的なプローブを用いることで、野生型及びバリアント型を検出する方法を挙げることができる。
【００３４】
上記一塩基多型を分析する方法において用いる本発明のプローブとしては、分析対象の一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブであればよく、配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型部位、配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型部位、配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型部位、配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型部位、配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型部位、配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２３８番目の塩基に存在する一塩基多型部位、又は配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基、好ましくは１０〜４０塩基、より好ましくは１５塩基〜３０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブを挙げることができる。また、プローブとしてLocked Nucleic Acid（ＬＮＡ）等の人工核酸を用いて合成したオリゴプローブを用いることで、短い塩基でも特異的にハイブリダイズするプローブとすることが可能となる。
【００３５】
本発明において、ストリンジェントな条件下としては、いわゆる特異的なハイブリッドが形成され、非特異的なハイブリッドが形成されない条件をいい、具体的には、６×ＳＳＣ（１．５Ｍ  ＮａＣｌ，０．１５Ｍ  クエン酸三ナトリウムを含む溶液を１０×ＳＳＣとする）、５０％フォルムアミドを含む溶液中で４５℃にてハイブリッドを形成させた後、２×ＳＳＣで５０℃にて洗浄するような条件（Molecular Biology, John Wiley & Sons, N. Y. (1989), 6.3.1-6.3.6）や、３×ＳＳＣ／０．３×ＳＤＳを含む溶液中で５４℃にてハイブリッドを形成させた後、洗浄液Ａ（１０×ＳＳＣ／１％ＳＤＳ溶液）、洗浄液Ｂ（２０×ＳＳＣ）及び洗浄液Ｃ（５×ＳＳＣ）で順次洗浄するような条件（上記特許文献２参照）等を挙げることができる。
【００３６】
また、本発明のプローブは、担体上に固定して用いてもよく、担体としては、平面状の基板やビーズ状の球状担体を挙げることができ、具体的には、上記特許文献２に記載された担体を挙げることができる。また、野生型を検出するプローブとバリアント型を検出するプローブとを同一の担体に固定してもよいし、異なる担体に固定してもよい。
【００３７】
上記一塩基多型を分析する方法において用いる本発明のプライマーとしては、ゲノムＤＮＡを鋳型として、分析対象の一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を核酸断片として増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマーであればよく、配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型部位、配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型部位、配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型部位、配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型部位、配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型部位、配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の２３８番目の塩基に存在する一塩基多型部位、又は配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基、好ましくは１０〜５００塩基、より好ましくは２０〜２００塩基、さらに好ましくは５０〜１００塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマーを挙げることができる。
【００３８】
また、分析対象の一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅する際に、あらかじめ標識したプライマーを用いるか、増幅反応に標識ヌクレオチドを基質として用いることで、増幅した配列を識別することが可能となる。標識物質としては特に限定されないが、放射性同位元素、蛍光色素、又はジゴキシゲニン（DIG）やビオチン等の有機化合物等を挙げることができる。
【００３９】
上記プローブ又はプライマーは、例えば、核酸合成装置によって化学的に合成することで取得することができる。核酸合成装置としては、ＤＮＡシンセサイザー、全自動核酸合成装置等を使用することができる。
【００４０】
増幅した核酸断片が標識を有する場合、標識を検出することで各プローブにハイブリダイズした核酸断片を測定することができる。例えば、蛍光色素を標識として使用した場合には、当該蛍光色素に由来する蛍光強度を測定することによって、プローブにハイブリダイズした核酸断片を測定することができる。具体的には、野生型を検出するプローブにハイブリダイズした核酸断片と、バリアント型を検出するプローブにハイブリダイズした核酸断片との比を算出するには、野生型を検出するプローブにおける標識を検出したときの出力値と、バリアント型を検出するプローブにおける標識を検出したときの出力値とから算出することができる。
【００４１】
より具体的に、バリアント型に対応するプローブにハイブリダイズした核酸断片に由来する強度値を、バリアント型に対応するプローブにハイブリダイズした核酸断片に由来する強度値及び野生型に対応するプローブにハイブリダイズした核酸断片に由来する強度値の平均値で除算することで判定値を算出することができる。この判定値は、核酸断片に含まれるバリアント型の存在量を正規化した値に近似する。よって、当該判定値の高さによって、被検者における一塩基多型を分析しバリアント型をホモとして有しているか、野生型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判別することができる。
【００４２】
当該判定値を使用する場合、被検者における一塩基多型を分析してバリアント型をホモとして有しているか、野生型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判別するため、予め二段階の閾値（閾値Ａ及び閾値Ｂ）を設定することが好ましい。なお、ここで、閾値Ａ及び閾値Ｂは、（閾値Ａ＞閾値Ｂ）の関係を有しているものとする。すなわち、上述のように算出された判定値が閾値Ａを超えるとバリアント型をホモとして有していると判断し、当該判定値が閾値Ａ以下であり閾値Ｂを超えるとヘテロとして有していると判断し、当該判定値が閾値Ｂ以下であると野生型をホモとして有していると判断できる。
【００４３】
これら閾値Ａ及び閾値Ｂは、上述した一塩基多型について設定する。閾値Ａ及び閾値Ｂの設定方法としては、特に限定されないが、予め遺伝子型が判別している試料を用いて上述のように判定値を算出し、上記バリアント型をホモとして有している場合、野生型をホモとして有している場合、又はヘテロとして有している場合についてそれぞれ確率密度を正規分布として算出する方法を挙げることができる。このとき、確率密度が互いに重なる交点（確率密度の大小が入れ替わる位置で、それぞれの極大値の間）を求め、また、上記バリアント型をホモとして有している場合、野生型をホモとして有している場合、又はヘテロとして有している場合それぞれ平均値を求める。そして、バリアント型をホモとして有している場合とヘテロとして有している場合の閾値としては、（バリアント型をホモとして有している場合の平均値とヘテロとして有している場合の平均値）の平均値と交点の平均値として算出することができる。同様にヘテロとして有している場合と野生型をホモとして有している場合の閾値としては、（ヘテロとして有している場合の平均値と野生型をホモとして有している場合の平均値）の平均値と交点の平均値として算出することができる。
【００４４】
上記方法でＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型、又は該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型を分析し、バリアント型をホモとして有しているか、野生型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判定することで、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助することができる。たとえば、予めイリノテカンの副作用の発生が生じた患者と生じなかった患者におけるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型、又は該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型との関係を調べる。次に、対象となる患者の一塩基多型を調べ、予め調べた患者のデータと比較することで、対象となる患者においてイリノテカンの副作用の発生リスクの予測を補助することができる。
【００４５】
具体的には、上記（ａ）、（ｂ）、（ｄ）から選ばれる１種以上、好ましくは２種以上、より好ましくは３種の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合、及び／又は（ｃ）、（ｅ）〜（ｇ）から選ばれる１種以上、好ましくは２種以上、より好ましくは３種以上、最も好ましくは４種の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合には、イリノテカンによる副作用の発生リスクが高いとの予測を補助することができる。逆に、上記（ａ）、（ｂ）、（ｄ）から選ばれる１種以上、好ましくは２種以上、より好ましくは３種の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合、及び／又は（ｃ）、（ｅ）〜（ｇ）から選ばれる１種以上、好ましくは２種以上、より好ましくは３種以上、最も好ましくは４種の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合には、イリノテカンによる副作用の発生リスクが低いとの予測を補助することができる。
【００４６】
さらに、上記（ａ）〜（ｇ）から選ばれる２種以上、好ましくは３種以上、より好ましくは５種以上、さらに好ましくは７種の一塩基多型において、すべてヘテロとして有している場合、イリノテカンによる副作用の発生リスクが高いとの予測を補助することもできる。
【００４７】
本発明のイリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助するためのキットとしては、本発明のプローブ又は本発明のプライマーを含んでいれば特に制限されず、さらに一塩基多型を分析するための緩衝液、酵素等の試薬や、イリノテカンによる副作用の発生リスクが高いとの予測を補助するための説明書を含んでもよい。
【実施例１】
【００４８】
［イリノテカンの副作用関連因子の探索］
イリノテカンの重篤な副作用は、ＵＧＴ１Ａ遺伝子に副作用と関連する多型（ＵＧＴ１Ａ１＊６、＊２７、＊２８、ＵＧＴ１Ａ７（３８７Ｔ＞Ｇ、６２２Ｔ＞Ｃ）、ＵＧＴ１Ａ９＊１ｂ、ＵＧＴ１Ａ１＊６０の７ヶ所）を全く持っていない患者においてさえも散見される。そこで、新たなイリノテカンの副作用関連因子の探索を以下の方法で行った。【００４９】
（解析対象）
コントロール群として上述の７ヶ所の多型が全て副作用リスクの低い遺伝子型であって、副作用がみられなかった症例群（グループ１：ｎ＝５）、ケース群として上述のＵＧＴ１Ａ遺伝子の７ヶ所の多型が全て副作用リスクの低い遺伝子型であったにもかかわらず副作用（Ｇｒａｄｅ３：白血球減少、好中球減少）がみられた症例群（グループ２：ｎ＝５）、上記７ヶ所のいずれかの多型をヘテロに有し、初回投与時から極めて重篤な副作用（Ｇｒａｄｅ４：白血球減少、好中球減少）がみられた症例群（グループ３：ｎ＝５）の末梢血より調製したゲノムＤＮＡを用いて次世代シーケンサーによるエクソーム解析を行った。なお、いずれの症例群も日本人である。【００５０】
（ゲノムＤＮＡの調製）
ゲノムＤＮＡは、ＥＤＴＡ含有チューブに採取した被検者の末梢血を用い、ヨウ化ナトリウム法（Wang et al., Nucleic Acids Res 34:195-201(2014)）に基づいて調製した。調製したＤＮＡは、１ｍＭ  ＥＤＴＡ・２Ｎａを含む１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−塩酸緩衝液（ｐＨ８．０）に溶解し、使用するまで、４℃又は−２０℃で保存した。【００５１】
（次世代シーケンサーによるエクソーム解析）
次世代シーケンサーによるエクソーム解析は、次の方法で行った。まず、調製したゲノムＤＮＡを分光光度計（Nanodrop（登録商標）：スクラム社製）を用いて吸光度から濃度を定量し、アガロースゲル電気泳動により品質検定を行った。その後、ゲノムＤＮＡをアコースティックソルビライザー（コバリス社製）を用いて１５０〜２００ｂｐに断片化し、アダプターをライゲートした。次いで、断片化したゲノムＤＮＡをＰＣＲで増幅し、SureSelect（登録商標） Oligo Captureライブラリー（アジレント・テクノロジー社製）とハイブリダイゼーションさせ、ストレプトアビジン磁気ビーズにより回収して濃縮した。回収したＤＮＡライブラリーを鋳型として、Ｉｎｄｅｘ付きプライマーを使用してＰＣＲによる増幅を行い、Ｉｎｄｅｘを付加し、シーケンスライブラリーとした。作製されたシーケンスライブラリーの品質をAgilent 2100 Bioanalyzer（アジレント・テクノロジー社製）を用いて測定した。シーケンスライブラリーをHiSeq 2000（イルミナ社製）を用いて解析することで、鋳型ＤＮＡ塩基配列を取得した。得られた塩基配列について、クリーンリードを抽出し、Burrows-Wheeler Aligner（BWA）(0.7.12)を用いて参照配列（UCSC hg19：ヒトリファレンスゲノム）にマッピングした。【００５２】
次にエクソーム解析から得られた各検体における各遺伝子多型について、The Genome Analysis Toolkit(GATK)(3.4-46)によって遺伝子多型を抽出し、さらにsnpEff(v4.1k)によってアミノ酸配列への影響等のアノテーションを付与し、アミノ酸配列への影響が推定される遺伝子多型をSnpEff、sorts intolerant from tolerant(SIFT)、polymorphism Phenotyping (PolyPhen)に基づいて抽出した。コントロール群とケース群との違いは次の式（I）による標準化平均値差（d:standardized difference）を用いてランキングを行った。式中、ＰTはケース（テスト）群における該遺伝子多型アレルの割合、ＰCはコントロール群における該遺伝子多型アレルの割合である。【００５３】
【数１】
2016132736.tif 000003
【００５４】
その結果、ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ３９４６００３、ｒｓ１９８０５７６、ｒｓ７２６５８５４、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ２２７２７６１、ｒｓ２２７２７６２、ｒｓ１３５３０、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ１２５７７１６７、ＭＫＫＳ遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ１５４５、ｒｓ１５４７、ＣＳＭＤ２遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ４７４４７４、ＥＤＥＭ３遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ９４２５３４３、ＧＡＴＡ２遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ２３３５０５２、ＴＲＩＭ６５遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ３７６０１２８、ｒｓ７２２２７５５、ｒｓ７２２２７５７、ＦＢＦ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ２３０５９１３、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型ｒｓ１１３５６４０の一塩基多型をイリノテカンの副作用因子の候補として得た。それぞれの遺伝子のエクソーム解析の結果をIntegrative Genomics Viewer (IGV, Broad Institute社製)ソフトウェアにより可視化したものを図１〜７に示す。図中、一塩基多型の位置を四角で囲んでおり、太線が野生型をホモとして有している場合、点線がヘテロとして有している場合、細線がバリアント型をホモとして有している場合である。また、本実施例において、ｒｓ１９８０５７６とｒｓ３９４６００３（図１）、ｒｓ２２７２７６１とｒｓ２２７２７６２及びｒｓ１３５３０（図２）、ｒｓ１５４５とｒｓ１５４７（図３）、ｒｓ１１３５６４０とｒｓ３７６０１２８、ｒｓ７２２２７５５、ｒｓ７２２２７５７、及びｒｓ２３０５９１３ （図６、７）は完全連鎖を示した。
【実施例２】
【００５５】
［エクソーム解析結果の検証］
（エクソーム解析結果の検証の手法）
実施例１の結果によって得られたイリノテカンの副作用因子の候補のうち、ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ１９８０５７６、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ２２７２７６１、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ１２５７７１６７、ＭＫＫＳ遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ１５４７、ＥＤＥＭ３遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ９４２５３４３、ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ７２６５８５４、ＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ１１３５６４０について、さらにTaqMan（登録商標）probe法により、日本人のイリノテカン投与大腸癌患者７５症例の臨床サンプルにて検証を行った。ゲノムＤＮＡ１０ｎｇにTaqMan SNP Assays_ Human (Applied Biosystems社製) 及びLightCycler（登録商標）480 Probe Master（Roche Diagnostics社製）、Universal ProbeLibrary（Roche Diagnostics社製）、LightCycler480 System II（RocheDiagnostics社製）を用いてジェノタイピングを行った。９５℃１０分間のインキュベーションの後、ＰＣＲをｒｓ１９８０５７６、ｒｓ２２７２７６１、ｒｓ９４２５３４３については５５サイクル、ｒｓ１２５７７１６７、ｒｓ７２６５８５４、ｒｓ１１３５６４０については４５サイクル、ｒｓ１５４７については４０サイクル（１サイクルあたり９２℃１５秒、６０℃６０秒）行い、ＰＣＲ産物の蛍光を測定した。【００５６】
（結果）
図８、９に、上記ＴａｑＭａｎ  ｐｒｏｂｅ法により解析した結果を示す。ｒｓ１１３５６４０のみ７４症例での解析となったことから、図８、９にはすべてのジェノタイピングについて７４症例での解析結果を示す。横軸及び縦軸はそれぞれのアレルに対する蛍光標識（ＦＡＭ及びＶＩＣ）プローブからの蛍光値であり、黒丸、濃灰色丸、薄灰色（ドット柄）丸はそれぞれエクソーム解析においてバリアント型をホモとして有していた症例、野生型をホモとして有していた症例、ヘテロとして有していた症例を表し、白丸はエクソーム解析未実施の症例である。図８、９より、ＴａｑＭａｎ  ｐｒｏｂｅ法により明瞭にジェノタイプを区別できることが確認され、また、エクソーム解析の結果がＴａｑＭａｎ  ｐｒｏｂｅ法によっても再現された。
【実施例３】
【００５７】
［ＵＧＴ１Ａ遺伝子変異との連鎖］
実施例２における７４症例について、ｒｓ９４２５３４３、ｒｓ２２７２７６１、ｒｓ１２５７７１６７、ｒｓ１１３５６４０、ｒｓ１５４７、ｒｓ７２６５８５４、ｒｓ１９８０５７６や、ＵＧＴ１Ａ遺伝子変異であるＵＧＴ１Ａ９＊１ｂ、ＵＧＴ１Ａ７［３８７］、ＵＧＴ１Ａ７［６２２］、ＵＧＴ１Ａ１＊６０、ＵＧＴ１Ａ１＊２８、ＵＧＴ１Ａ１＊６又はＵＧＴ１Ａ１＊２７におけるＴａｑＭａｎ  ｐｒｏｂｅ法及びダイレクトシーケンス法により各ＵＧＴ遺伝子のジェノタイプを決定し、さらに連鎖不平衡解析及びＬＤ解析をＨａｐｌｏｖｉｅｗ４．２ソフトウェアで実施した。結果を図１０に示す。図１０において、数値は相関系数（r2）である。図１０に示すように、ｒｓ９４２５３４３、ｒｓ２２７２７６１、ｒｓ１２５７７１６７、ｒｓ１１３５６４０、ｒｓ１５４７、ｒｓ７２６５８５４、ｒｓ１９８０５７６はＵＧＴ１Ａ遺伝子変異との連鎖（相関）はみられなかった。また、ｒｓ９４２５３４３、ｒｓ２２７２７６１、ｒｓ１２５７７１６７、ｒｓ１１３５６４０、ｒｓ１５４７、ｒｓ７２６５８５４、ｒｓ１９８０５７６間においても連鎖は見られなかったことから、これらの一塩基多型（マーカー部位）は相補的にイリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する方法に用いることができることが明らかとなった。
【実施例４】
【００５８】
実施例２における７５症例のうち、ＵＧＴ１Ａ１＊６（ホモ）（２症例）、ＵＧＴ１Ａ１＊２８（ホモ）（２症例）、ＵＧＴ１Ａ１＊６（ヘテロ）及び＊２８（ヘテロ）（３症例）を除いた６８症例について、それぞれの変異と副作用（血液毒性：Ｔｏｘｉｃｉｔｙ）の発生頻度との関係を表２に示す。表２におけるＰ値（Ｐ  ｖａｌｕｅ／Ｃ．−Ａ．）はコクラン・アーミテージ傾向検定の結果である。さらに、上記６８症例のうち１症例を除いた６７症例について、フィッシャーの正確確率検定（Fisher’s Exact Test）を行った結果を表３に示す。表３中、Ｏｄｄｓ  ｒａｔｉｏはフィッシャーの正確確率検定により野生型ホモ若しくはバリアント型ホモにおける副作用発生のオッズ比を算出したものである。【００５９】
【表２】
2016132736.tif 000004
【００６０】
【表３】
2016132736.tif 000005
【００６１】
表２に示すように、従来のイリノテカン副作用リスクの判定に用いられるＵＧＴ１Ａ遺伝子多型から低副作用リスクと判断される６８症例において、４２．６％の症例（２９症例）ではイリノテカン副作用が観察された。一方、ｒｓ１９８０５７６、ｒｓ２２７２７６１、ｒｓ１５４７、ｒｓ９４２５３４３、ｒｓ１１３５６４０は、ＵＧＴ１Ａ遺伝子多型から低副作用リスクと判断される症例においてイリノテカンの副作用発生頻度との有意な線形傾向がみられた。また、表３より、ｒｓ２２７２７６１において野生型をホモとして有している（G/G）症例は１例も血液毒性を示さないことが明らかとなった。【００６２】
次に、実施例２における７５症例のうち、ＵＧＴ１Ａ１＊６（ホモ）（２症例）を除いた７３症例について、それぞれの変異と副作用（血液毒性：Ｔｏｘｉｃｉｔｙ）の発生頻度との関係を表４に示す。表４における（Ｐ  ｖａｌｕｅ／Ｃ．−Ａ．）は表２と同様である。さらに、上記７３症例のうち１症例を除いた７２症例について、フィッシャーの正確確率検定を行った結果を表５に示す。表５中、Ｏｄｄｓ  ｒａｔｉｏは表３と同様である。【００６３】
【表４】
2016132736.tif 000006
【００６４】
【表５】
2016132736.tif 000007
【００６５】
表４に示すように、ｒｓ１９８０５７６、ｒｓ２２７２７６１、ｒｓ１１３５６４０に加えてｒｓ１２５７７１６７及びｒｓ７２６５８５４は、ＵＧＴ１Ａ遺伝子多型から高副作用リスクと判断される症例も含めた７３症例において、イリノテカンの副作用発生頻度との有意な線形傾向がみられた。さらに、表５より、ｒｓ７２６５８５４においてバリアント型をホモとして有している（C/C）症例は血液毒性発生オッズ比が０．１であることが明らかとなった。【００６６】
したがって、ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ１９８０５７６、ｒｓ７２６５８５４、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ２２７２７６１、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ１２５７７１６７、ＭＫＫＳ遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ１５４７、ＥＤＥＭ３遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ９４２５３４３、ＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ１１３５６４０を分析し、バリアント型をホモとして有しているか、野生型をホモとして有しているか、ヘテロとして有しているかを判定することで、従来のＵＧＴ１Ａ遺伝子多型からは予測出来なかったイリノテカンの副作用の発生リスクの予測を精度よく補助できることが明らかとなった。
【実施例５】
【００６７】
実施例２における７５症例のうち３症例を除いたイリノテカン投与大腸癌患者（FOLFIRI;７２症例）、及び、イリノテカン非投与大腸癌患者（FOLFOX;４４症例）について、ｒｓ２２７２７６１を解析した。結果を表６に示す。【００６８】
【表６】
2016132736.tif 000008
【００６９】
表６の結果から、イリノテカンの有無によらず、ｒｓ２２７２７６１において野生型をホモとして有している（G/G）症例は、１例も血液毒性を示さないことが明らかとなった。
【産業上の利用可能性】
【００７０】
本発明によると、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助することが可能となることから、医療分野で利用可能である。
【図１】
2016132736.tif 000009
【図２】
2016132736.tif 000010
【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【配列表】
2016132736000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成28年8月9日(2016.8.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在するＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型、又は該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型を分析し、バリアント型をホモとして有しているか、野生型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判定し、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する方法。
【請求項２】
ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型が以下の（ａ）〜（ｇ）のいずれかであることを特徴とする請求項１記載の方法。
（ａ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｂ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｃ）配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｄ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｅ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｆ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２３８番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｇ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型；
【請求項３】
（ａ）に記載の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合、又は（ｇ）に記載の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが高いとの予測を補助し、（ｂ）若しくは（ｄ）に記載の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合、又は（ｃ）、（ｅ）若しくは（ｆ）に記載の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが低いとの予測を補助することを特徴とする請求項２記載の方法。
【請求項４】
ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型が以下の（ａ）又は（ｂ）であることを特徴とする請求項２記載の方法。
（ａ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｂ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型；
【請求項５】
（ａ）に記載の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが高いとの予測を補助し、（ｂ）に記載の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが低いとの予測を補助することを特徴とする請求項４記載の方法。
【請求項６】
ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＯＲ５１Ｉ２遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子を  コードする領域における一塩基多型が以下の（ｂ）であることを特徴とする請求項２記載の方法。
（ｂ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型；
【請求項７】
（ｂ）に記載の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが低いとの予測を補助することを特徴とする請求項６記載の方法。
【請求項８】
副作用が、白血球減少又は好中球減少であることを特徴とする請求項１〜７のいずれか記載の方法。
【請求項９】
以下の（ｈ）〜（ｎ）のいずれかであって、請求項１〜３のいずれかに記載の方法における一塩基多型の分析で用いるためのプローブ。
（ｈ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続  する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｉ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｊ）配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｋ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｌ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｍ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２３８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｎ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
【請求項１０】
以下の（ｏ）〜（ｕ）のいずれかであって、請求項１いずれかに記載の方法における一塩基多型の分析で用いるためのプライマー。
（ｏ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｐ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｑ）配列番号３に示されるＯＲ５１Ｉ２遺伝子をコードする塩基配列の４００番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５  塩基を増  幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｒ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｓ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｔ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の２３８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｕ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基  を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
【請求項１１】
請求項９記載のプローブ、又は請求項１０記載のプライマーを含むことを特徴とするイリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助するためのキット。
【手続補正書】
【提出日】平成28年12月9日(2016.12.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在するＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型であって、以下の（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｇ）のいずれかの一塩基多型を分析し、バリアント型をホモとして有しているか、野生型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判定し、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する方法。
（ａ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｂ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｄ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｅ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｇ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型；
【請求項２】
（ａ）に記載の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合、又は（ｇ）に記載の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが高いとの予測を補助し、（ｂ）若しくは（ｄ）に記載の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合、又は（ｅ）に記載の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが低いとの予測を補助することを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項３】
ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、又はＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型であって、以下の（ａ）又は（ｂ）の一塩基多型を分析することを特徴とする請求項１記載の方法。
（ａ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型；
（ｂ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型；
【請求項４】
（ａ）に記載の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが高いとの予測を補助し、（ｂ）に記載の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが低いとの予測を補助することを特徴とする請求項３記載の方法。
【請求項５】
Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする領域における一塩基多型であって、以下の（ｂ）の一塩基多型を分析することを特徴とする請求項１記載の方法。
（ｂ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型；
【請求項６】
（ｂ）に記載の一塩基多型において野生型をホモとして有している場合にはイリノテカンによる副作用の発生リスクが低いとの予測を補助することを特徴とする請求項５記載の方法。
【請求項７】
副作用が、白血球減少又は好中球減少であることを特徴とする請求項１〜６のいずれか記載の方法。
【請求項８】
以下の（ｈ）、（ｉ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｎ）のいずれかであって、請求項１又は２に記載の方法における一塩基多型の分析で用いるためのプローブ。
（ｈ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｉ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｋ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｌ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
（ｎ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列、又はその相補配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する５〜５０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブ；
【請求項９】
以下の（ｏ）、（ｐ）、（ｒ）、（ｓ）、（ｕ）のいずれかであって、請求項１又は２に記載の方法における一塩基多型の分析で用いるためのプライマー。
（ｏ）配列番号１に示されるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｐ）配列番号２に示されるＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の３５８番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｒ）配列番号４に示されるＭＫＫＳ遺伝子をコードする塩基配列の１５４９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｓ）配列番号５に示されるＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
（ｕ）配列番号６に示されるＡＣＯＸ１遺伝子をコードする塩基配列の９３６番目の塩基に存在する一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマー；
【請求項１０】
請求項８記載のプローブ、又は請求項９記載のプライマーを含むことを特徴とするイリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助するためのキット。
【国際調査報告】
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