(57)【要約】【課題】高精度に細胞指向性を識別する。【解決手段】識別装置は、少なくともＲＮＡウイルスの細胞指向性を決定している遺伝子領域に基づいた配列情報と、ＲＮＡウイルスを分類するサブタイプを示すサブタイプ情報とを取得する取得部と、サブタイプごとに予め生成されている細胞指向性を識別する識別器のうちから、取得部によって取得されたサブタイプ情報に対応する識別器を選択する選択部と、選択部によって選択された識別器を用いて、取得部によって取得された配列情報から細胞指向性を識別する識別処理部とを備える。【選択図】図１
2014103852.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくともＲＮＡウイルスの細胞指向性を決定している遺伝子領域に基づいた配列情報と、前記ＲＮＡウイルスを分類するサブタイプを示すサブタイプ情報とを取得する取得部と、
前記サブタイプごとに予め生成されている前記細胞指向性を識別する識別器のうちから、前記取得部によって取得された前記サブタイプ情報に対応する識別器を選択する選択部と、
前記選択部によって選択された前記識別器を用いて、前記取得部によって取得された前記配列情報から前記細胞指向性を識別する識別処理部と
を備えることを特徴とする識別装置。
【請求項２】
前記ＲＮＡウイルスは、ヒト免疫不全ウイルスである
ことを特徴とする請求項１に記載の識別装置。
【請求項３】
前記遺伝子領域は、前記ヒト免疫不全ウイルスの可変領域である
ことを特徴とする請求項２に記載の識別装置。
【請求項４】
前記識別器は、既知の前記遺伝子領域に基づいた配列情報と前記細胞指向性の識別結果とに基づいて、前記サブタイプごとに予め生成されている
ことを特徴とする請求項１から請求項３のいずれか一項に記載の識別装置。
【請求項５】
前記識別器は、サポートベクターマシンを含む
ことを特徴とする請求項１から請求項４のいずれか一項に記載の識別装置。
【請求項６】
前記識別器は、
前記遺伝子領域に基づいた配列情報が有する複数の単位情報のうちの前記細胞指向性の識別に有効な単位情報の組が、有意差検定に基づいて前記サブタイプごとに選択され、選択された前記有効な単位情報の組に基づいて前記細胞指向性を識別するように予め生成されおり、
前記識別処理部は、
前記選択部によって選択された前記識別器と、前記サブタイプ情報に対応する前記有効な単位情報の組とに基づいて、前記細胞指向性を識別する
ことを特徴とする請求項１から請求項５のいずれか一項に記載の識別装置。
【請求項７】
前記識別器は、
前記遺伝子領域に基づいた配列情報が有する複数の単位情報のうち、互いの相関係数が所定の値以下となる相関の低い単位情報の組が、前記サブタイプごとに選択され、選択された前記相関の低い単位情報の組に基づいて前記細胞指向性を識別するように予め生成されおり、
前記識別処理部は、
前記選択部によって選択された前記識別器と、前記サブタイプ情報に対応する前記相関の低い単位情報の組とに基づいて、前記細胞指向性を識別する
ことを特徴とする請求項１から請求項６のいずれか一項に記載の識別装置。
【請求項８】
前記取得部は、
前記遺伝子領域に基づいた配列情報を含む所定サイズの配列情報を取得し、取得した前記所定サイズの配列情報に基づいて前記サブタイプを推定することにより、前記サブタイプ情報を取得するサブタイプ取得部を備える
ことを特徴とする請求項１から請求項７のいずれか一項に記載の識別装置。
【請求項９】
前記遺伝子領域に基づいた配列情報は、アミノ酸配列情報又は塩基配列情報である
ことを特徴とする請求項１から請求項８のいずれか一項に記載の識別装置。
【請求項１０】
コンピュータに、
取得部が、少なくともＲＮＡウイルスの細胞指向性を決定している遺伝子領域に基づいた配列情報と、前記ＲＮＡウイルスを分類するサブタイプを示すサブタイプ情報とを取得する取得ステップと、
選択部が、前記サブタイプごとに予め生成されている前記細胞指向性を識別する識別器のうちから、前記取得ステップによって取得された前記サブタイプ情報に対応する識別器を選択する選択ステップと、
識別処理部が、前記選択ステップによって選択された前記識別器を用いて、前記取得ステップによって取得された前記配列情報から前記細胞指向性を識別する識別処理ステップと
を実行させるためのプログラム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、識別装置、及びプログラムに関する。
【背景技術】
【０００２】
ＲＮＡウイルスの１つとして、ＡＩＤＳ（後天性免疫不全症候群）を発症させるＨＩＶ（Human Immunodeficiency Virus：ヒト免疫不全ウイルス）が知られている。ＨＩＶは、ＣＤ４とケモカイン受容体（ＣＣＲ５又はＣＸＣＲ４）の２種類の分子と結合した後に標的細胞に侵入するため、近年、この過程をブロックする薬剤（例えば、マラビロク）が開発されている。例えば、マラビロクは、ＨＩＶ−１（Human Immunodeficiency Virus type1）のＣＣＲ５阻害剤であるため、投与前に、効果が期待できるＣＣＲ５指向性ウイルス（Ｒ５ウイルス）に感染しているか否かを識別する指向性検査が必要とされる。
【０００３】
このような指向性検査を行う技術としては、ＨＩＶのＶ３領域の遺伝子情報に基づいて、細胞指向性を識別する識別技術（アルゴリズム）が考案されている（例えば、非特許文献１を参照）。なお、細胞指向性とは、ウイルスが感染し、その中で複製する細胞型を示している。ここで、上述の識別技術では、例えば、Ｒ５ウイルスであるか、ＣＸＣＲ４指向性ウイルス（Ｘ４ウイルス）であるかを識別する。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】”Geno2pheno[coreceptor]2.5”、［online］、GENAFOR、［平成２４年１１月１６日検索］、インターネット<URL:http://coreceptor.bioinf.mpi-inf.mpg.de/index.php#overview>
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
しかしながら、上述の識別技術では、例えば、ＨＩＶ−１を分類するサブタイプによって、細胞指向性を識別する精度にばらつきが生じる場合がある。そのため、高精度に細胞指向性を識別する技術が求められていた。
【０００６】
本発明は、上記問題を解決すべくなされたもので、その目的は、高精度に細胞指向性を識別することができる識別装置及びプログラムを提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
上記問題を解決するために、本発明の一態様は、少なくともＲＮＡウイルスの細胞指向性を決定している遺伝子領域に基づいた配列情報と、前記ＲＮＡウイルスを分類するサブタイプを示すサブタイプ情報とを取得する取得部と、前記サブタイプごとに予め生成されている前記細胞指向性を識別する識別器のうちから、前記取得部によって取得された前記サブタイプ情報に対応する識別器を選択する選択部と、前記選択部によって選択された前記識別器を用いて、前記取得部によって取得された前記配列情報から前記細胞指向性を識別する識別処理部とを備えることを特徴とする識別装置である。
【０００８】
また、本発明の一態様は、コンピュータに、取得部が、少なくともＲＮＡウイルスの細胞指向性を決定している遺伝子領域に基づいた配列情報と、前記ＲＮＡウイルスを分類するサブタイプを示すサブタイプ情報とを取得する取得ステップと、選択部が、前記サブタイプごとに予め生成されている前記細胞指向性を識別する識別器のうちから、前記取得ステップによって取得された前記サブタイプ情報に対応する識別器を選択する選択ステップと、識別処理部が、前記選択ステップによって選択された前記識別器を用いて、前記取得ステップによって取得された前記配列情報から前記細胞指向性を識別する識別処理ステップとを実行させるためのプログラムである。
【発明の効果】
【０００９】
本発明によれば、高精度に細胞指向性を識別することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】第１の実施形態による指向性識別装置の一例を示す概略ブロック図である。
【図２】ＨＩＶの遺伝子構造を示す概略図である。
【図３】第１の実施形態におけるＶ３領域の塩基配列に対応するアミノ酸配列情報のデータ構成の一例を示す図である。
【図４】第１の実施形態における識別器を生成する手順を示すフローチャートである。
【図５】第１の実施形態におけるＨＩＶ−１の指向性を識別する手順を示すフローチャートである。
【図６】第２の実施形態による指向性識別装置の一例を示す概略ブロック図である。
【図７】第２の実施形態におけるＨＩＶ−１の指向性を識別する手順を示すフローチャートである。
【図８】第３の実施形態における識別器を生成する手順を示すフローチャートである。
【図９】第４の実施形態における識別器を生成する手順を示すフローチャートである。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
以下、本発明の一実施形態による指向性識別装置について、図面を参照して説明する。
［第１の実施形態］
本実施形態では、指向性識別装置の一例として、ＨＩＶ−１（Human Immunodeficiency Virus type1）がＲ５ウイルスであるか、Ｘ４ウイルスであるかの細胞指向性の識別を行う場合について説明する。また、以下の説明において、ＨＩＶ−１におけるＲ５ウイルスであるか、Ｘ４ウイルスであるかの細胞指向性を単に「指向性」と表記して説明する。
【００１２】
図１は、本実施形態による指向性識別装置１の一例を示す概略ブロック図である。
図１において、指向性識別装置１（識別装置）は、処理部１０と、記憶部２０とを備えている。
本実施形態による指向性識別装置１は、ＨＩＶ−１の感染者の検体から予め取得しているＨＩＶのＶ３領域の塩基配列情報に対応するアミノ酸配列情報及びサブタイプ情報を入力情報として、指向性の識別結果を出力する識別装置である。また、ＨＩＶのＶ３領域は、ＨＩＶの指向性を決定している遺伝子領域であり、その領域内の塩基配列情報が変異する配列可変な領域（第３の変異領域）である。この指向性を高精度に識別することができれば、最適な薬剤を効果的に投与することが可能である。
【００１３】
図１において、処理部１０は、例えば、ＣＰＵ（Central Processing Unit）などのプロセッサなどを含み、指向性識別装置１の各種処理を実行する。また、処理部１０は、入力取得部３０、ＳＶＭ選択部４０、識別処理部５０、識別部７０、及び結果出力部８０を備えている。
記憶部２０は、処理部１０による各種処理を実行するプログラムを記憶するとともに、処理部１０が各種処理を実行するためのデータを一時的に記憶する。
【００１４】
入力取得部３０（取得部）は、少なくともＨＩＶ−１の細胞指向性を決定している遺伝子領域に基づいた配列情報と、ＨＩＶ−１を分類するサブタイプを示すサブタイプ情報とを取得する。本実施形態において、ＨＩＶ−１の細胞指向性を決定している遺伝子領域とは、後述するＨＩＶ−１のＶ３領域であり、遺伝子領域に基づいた配列情報とは、Ｖ３領域の塩基配列情報に対応するアミノ酸配列情報（以下、必要に応じて、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報と記載する）を含む。また、サブタイプ情報とは、ＨＩＶ−１のサブタイプであるサブタイプ「Ａ」、サブタイプ「Ｂ」、サブタイプ「Ｃ」、サブタイプ「Ｄ」、サブタイプ「ＣＲＦ０１＿ＡＥ」（以下、「ＡＥ」という）、・・・、サブタイプ「Ｋ」などを識別する情報である。
【００１５】
入力取得部３０は、外部から入力されたＶ３領域のアミノ酸配列情報と、ＨＩＶ−１のサブタイプ情報とを取得する。入力取得部３０は、取得したＶ３領域のアミノ酸配列情報を識別処理部５０に出力し、取得したＨＩＶ−１のサブタイプ情報をＳＶＭ選択部４０に出力する。
【００１６】
識別部７０は、サブタイプごとに予め生成されている複数の識別器６０を備えている。例えば、識別器６１は、ＨＩＶ−１のサブタイプ「ＡＥ」に対応するサポートベクターマシン（ＳＶＭ：Support vector machine）であり、識別器６２は、ＨＩＶ−１のサブタイプ「Ｂ」に対応するサポートベクターマシン（ＳＶＭ）である。また、識別器６３は、ＨＩＶ−１のサブタイプ「Ｃ」に対応するサポートベクターマシン（ＳＶＭ）である。
なお、識別器６１〜６３のうちの任意の識別器、又は単に識別部７０が備える識別器を示す場合には、識別器６０と称して以下説明する。また、図１には、識別器６１〜６３の３つの識別器６０を代表例として記載しているが、識別部７０は、識別器６１〜６３の他に識別器６０を含んでいてもよい。また、例えば、サポートベクターマシンは、学習理論を用いた認識性能の優れた学習モデルの一つであり、識別器を構成する手法である。
【００１７】
識別器６０は、対応するサブタイプごとに、既知の領域のアミノ酸配列情報と指向性の識別結果とに基づいて予め生成されている。識別器６０の生成については、後述する。
識別部７０は、識別処理部５０の制御に基づいて、ＳＶＭ選択部４０によって選択された識別器６０により、サブタイプごとにＨＩＶ−１の指向性を識別する。
【００１８】
ＳＶＭ選択部４０（選択部）は、サブタイプごとに予め生成されている指向性を識別する識別器６０のうちから、入力取得部３０によって取得されたサブタイプ情報に対応する識別器６０を選択する。例えば、サブタイプ情報がサブタイプ「ＡＥ」である場合に、ＳＶＭ選択部４０は、サブタイプ「ＡＥ」に対応する識別器６１を選択する制御信号を識別部７０に出力する。また、例えば、サブタイプ情報がサブタイプ「Ｂ」である場合に、ＳＶＭ選択部４０は、サブタイプ「Ｂ」に対応する識別器６２を選択する制御信号を識別部７０に出力する。また、同様に、サブタイプ情報がサブタイプ「Ｃ」である場合に、ＳＶＭ選択部４０は、サブタイプ「Ｃ」に対応する識別器６３を選択する制御信号を識別部７０に出力する。
【００１９】
識別処理部５０は、ＳＶＭ選択部４０によって選択された識別器６０と、入力取得部３０によって取得されたＶ３領域のアミノ酸配列情報とに基づいて、指向性を識別する。識別処理部５０は、例えば、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報を識別部７０に出力し、識別部７０に対して、ＳＶＭ選択部４０によって選択された識別器６０を用いて、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報からＨＩＶ−１の指向性を推定させる。そして、識別処理部５０は、識別部７０から指向性の識別結果（例えば、Ｒ５ウイルスであるか、Ｘ４ウイルスであるかの識別結果）を取得し、取得した指向性の識別結果を結果出力部８０に出力する。
【００２０】
結果出力部８０は、識別処理部５０から出力された指向性の識別結果を外部に出力する。結果出力部８０は、例えば、指向性の識別結果を示す情報を電気信号として外部装置に出力してもよいし、ディスプレイなどの表示装置に指向性の識別結果を示す情報を表示してもよい。
【００２１】
次に、図２及び図３を参照して、ＨＩＶのＶ３領域について説明する。
図２は、ＨＩＶの遺伝子構成を示す概略図である。
図２において、ＨＩＶ（Ｄ１）は、ｇａｇ（group specific antigen）領域Ｄ１１と、ｐｏｌ領域Ｄ１２と、ｅｎｖ領域Ｄ１３とを有している。
【００２２】
ｐｏｌ領域Ｄ１２は、ｇａｇ領域Ｄ１１の下流にあるウイルス酵素群をコードしている遺伝子の領域である。このｐｏｌ領域の塩基配列情報に基づいて、上述したサブタイプが識別されてもよい。
【００２３】
ｅｎｖ領域Ｄ１３は、ウイルスを覆う殻となる蛋白質をコードしている領域であり、宿主細胞表面のレセプターに結合し、宿主細胞へウイルスを侵入させる役割を持つ。また、ｅｎｖ領域Ｄ１３は、Ｃ２領域Ｄ１３１及びＣ３領域Ｄ１３２の間に配置されているＶ３領域Ｄ１３０を含んでいる。
Ｖ３領域Ｄ１３０は、第３の高変異領域（可変領域）であり、ＨＩＶ−１の指向性を決定している遺伝子領域である。Ｖ３領域Ｄ１３０の長さは、１０５ｂ（ｂａｓｅ：塩基）であり、３５個のアミノ酸配列により表される。
【００２４】
なお、本実施形態において、指向性識別装置１は、Ｖ３領域の配列情報として、３５個のアミノ酸配列情報を入力情報として用いている。次に、このＶ３領域のアミノ酸配列情報の構成について説明する。
図３は、本実施形態におけるＶ３領域のアミノ酸配列情報のデータ構成の一例を示す図である。
【００２５】
図３に示すように、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報（ＡＤ１）は、３５個の単位情報（ここでは、アミノ酸情報ＡＭ１〜ＡＭ３５）を含んでいる。なお、各アミノ酸情報は、３個の塩基の組み合わせを示しており、３個の塩基の配列により２０種類のアミノ酸を表現する。よって、アミノ酸情報ＡＭ１〜ＡＭ３５は、それぞれ２０ビットの情報である。アミノ酸情報ＡＭ１〜ＡＭ３５は、２０ビットのうちの、対応するアミノ酸の種類の１ビットを“１”とし、その他のビットを“０”とすることにより（例えば、“００１０００００００００００００００００”）、２０種類のアミノ酸をそれぞれ表現している。
このように、本実施形態における指向性識別装置１は、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報として、７００ビット（＝２０ビット×３５個）の情報を用いて、ＨＩＶ−１の指向性を識別する。
【００２６】
次に、識別器６０の生成手順について、図４を参照して説明する。
図４は、本実施形態における識別器６０（例、ＳＶＭ）を生成する手順を示すフローチャートである。なお、識別器６０は、指向性識別装置１の外部の生成装置（不図示）によって予め生成されるものでもよく、指向性識別装置１の内部で予め生成されるものでもよい。ここでは、指向性識別装置１が備える処理部１０が識別器６０を生成する場合の一例について説明する。
【００２７】
図４において、処理部１０は、サブタイプごとのＶ３領域のアミノ酸配列情報（例、上述の７００ビットの情報）及び識別結果情報の組情報を取得する（ステップＳ１０１）。例えば、処理部１０は、サブタイプごとに、既知のＶ３領域のアミノ酸配列情報と識別結果情報との組情報を複数取得し、取得した複数の組情報を記憶部２０に記憶させる。一例として、処理部１０は、取得したＶ３領域のアミノ酸配列情報と識別結果情報とを関連付けて記憶部２０に記憶させる。なお、既知のＶ３領域のアミノ酸配列情報と識別結果情報との組は、例えば、米国のロスアラモス国立研究所のＨＩＶデータベースに登録されているＨＩＶの塩基配列情報に基づいて得られた情報である。
【００２８】
次に、処理部１０は、サブタイプごとのＶ３領域のアミノ酸配列情報及び識別結果情報に基づいてサブタイプごとの識別器６０を生成する（ステップＳ１０２）。一例として、処理部１０は、上述した複数の組情報を記憶部２０から読み出して、ＳＶＭの生成手法を用いて、サブタイプごとの識別器６０を生成する。
【００２９】
処理部１０は、このようなステップＳ１０１及びステップＳ１０２の処理を、サブタイプごとに繰り返し実行し、各サブタイプに対応する識別器６０を生成する。例えば、サブタイプ「ＡＥ」に対しては、サブタイプ「ＡＥ」の既知のＶ３領域のアミノ酸配列情報及び識別結果情報の組情報から、サブタイプ「ＡＥ」に対応する識別器６１を生成する。
本実施形態における指向性識別装置１は、このようにサブタイプごとに予め生成された識別器６０を識別部７０に複数備えている。
【００３０】
次に、本実施形態における指向性識別装置１の動作について図５を参照して説明する。
図５は、本実施形態におけるＨＩＶ−１の指向性を識別する手順（指向性の識別方法）を示すフローチャートである。
なお、指向性識別装置１による指向性を識別する際には、ＨＩＶ−１の感染者から得られた検体に基づいて、ＨＩＶのＶ３領域のアミノ酸配列情報、及びサブタイプ情報を予め取得してあるものとする。
【００３１】
図５において、まず、指向性識別装置１の処理部１０は、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報、及びサブタイプ情報を取得する（ステップＳ２０１）。一例として、処理部１０の入力取得部３０は、外部から入力されたＶ３領域のアミノ酸配列情報（例、上述した図３に示される７００ビットの情報）、及びサブタイプ情報（例えば、サブタイプ「ＡＥ」、サブタイプ「Ｂ」などを示す情報）を取得する。入力取得部３０は、取得したサブタイプ情報をＳＶＭ選択部４０に出力するとともに、取得したＶ３領域のアミノ酸配列情報を識別処理部５０に出力する。
【００３２】
次に、ＳＶＭ選択部４０は、サブタイプ情報に対応する識別器６０（例、ＳＶＭ）を選択すする（ステップＳ２０２）。ＳＶＭ選択部４０は、例えば、サブタイプ情報がサブタイプ「ＡＥ」を示す情報（例えば、サブタイプ＝ＡＥ）である場合に、サブタイプ「ＡＥ」用の識別器６１（例、ＳＶＭ）を選択し、処理をステップＳ２０３に進める。また、ＳＶＭ選択部４０は、例えば、サブタイプ情報がサブタイプ「Ｂ」を示す情報（例えば、サブタイプ＝Ｂ）である場合に、サブタイプ「Ｂ」用の識別器６２（例、ＳＶＭ）を選択し、処理をステップＳ２０４に進める。ＳＶＭ選択部４０は、例えば、サブタイプ情報がサブタイプ「Ｃ」を示す情報（例えば、サブタイプ＝Ｃ）である場合に、サブタイプ「Ｃ」用の識別器６３（例、ＳＶＭ）を選択し、処理をステップＳ２０５に進める。
【００３３】
ステップＳ２０３において、識別処理部５０は、サブタイプ「ＡＥ」用の識別器６１（例、ＳＶＭ）を用いて指向性を識別する。一例として、識別処理部５０は、入力取得部３０が取得したＶ３領域のアミノ酸配列情報を識別部７０の識別器６１に出力し、ＨＩＶ−１の指向性（Ｒ５ウイルスであるか、Ｘ４ウイルスであるか）を識別する。なお、識別器６１は、上述したように、サブタイプ「ＡＥ」用に生成されたＳＶＭであり、入力されたＶ３領域のアミノ酸配列情報に基づいて、Ｒ５ウイルスであるか、Ｘ４ウイルスであるかを識別し、当該識別結果を識別処理部５０に出力する。識別処理部５０は、識別器６１から出力された識別結果を結果出力部８０に出力し、処理をステップＳ２０６に進める。
【００３４】
同様に、ステップＳ２０４において、識別処理部５０は、サブタイプ「Ｂ」用の識別器６２（例、ＳＶＭ）を用いて指向性を識別する。一例として、識別処理部５０は、入力取得部３０が取得したＶ３領域のアミノ酸配列情報を識別部７０の識別器６２に出力し、ＨＩＶ−１の指向性（Ｒ５ウイルスであるか、Ｘ４ウイルスであるか）を識別する。なお、識別器６２は、上述したように、サブタイプ「Ｂ」用に生成されたＳＶＭであり、入力されたＶ３領域のアミノ酸配列情報に基づいて、Ｒ５ウイルスであるか、Ｘ４ウイルスであるかを識別し、当該識別結果を識別処理部５０に出力する。識別処理部５０は、識別器６２から出力された識別結果を結果出力部８０に出力し、処理をステップＳ２０６に進める。
【００３５】
同様に、ステップＳ２０５において、識別処理部５０は、サブタイプ「Ｃ」用の識別器６３（例、ＳＶＭ）を用いて指向性を識別する。一例として、識別処理部５０は、入力取得部３０が取得したＶ３領域のアミノ酸配列情報を識別部７０の識別器６３に出力し、ＨＩＶ−１の指向性（Ｒ５ウイルスであるか、Ｘ４ウイルスであるか）を識別する。なお、識別器６３は、上述したように、サブタイプ「Ｃ」用に生成されたＳＶＭであり、入力されたＶ３領域のアミノ酸配列情報に基づいて、Ｒ５ウイルスであるか、Ｘ４ウイルスであるかを識別し、当該識別結果を識別処理部５０に出力する。識別処理部５０は、識別器６３から出力された識別結果を結果出力部８０に出力し、処理をステップＳ２０６に進める。
【００３６】
次に、ステップＳ２０６において、結果出力部８０は、識別処理部５０から出力された識別結果を示す識別結果情報を指向性識別装置１の外部に出力し、処理を終了する。
なお、上述した図５に示すフローチャートの説明では、サブタイプ「ＡＥ」、サブタイプ「Ｂ」、及びサブタイプ「Ｃ」の３つのサブタイプに対応する処理に分岐する一例を説明したが、他のサブタイプについても、同様に分岐し、識別処理部５０は、サブタイプごとに指向性の識別処理を実行する。
【００３７】
以上説明したように、本実施形態における指向性識別装置１は、入力取得部３０と、ＳＶＭ選択部４０と、識別処理部５０とを備えている。入力取得部３０は、少なくともＲＮＡウイルス（例、ＨＩＶ）の細胞指向性を決定している遺伝子領域（例、ＨＩＶ−１のＶ３領域）に基づいた配列情報（例、アミノ酸配列情報）と、ＨＩＶを分類するサブタイプ（例、Ａ、Ｂ、・・・、ＡＥ、・・・Ｋ）を示すサブタイプ情報とを取得する。ＳＶＭ選択部４０は、サブタイプごとに予め生成されている細胞指向性を識別する識別器６０のうちから、入力取得部３０によって取得されたサブタイプ情報に対応する識別器６０（例えば、識別器６１〜６３のいづれか）を選択する。そして、識別処理部５０は、ＳＶＭ選択部４０によって選択された識別器６０を用いて、入力取得部３０によって取得された遺伝子領域に基づいた配列情報から細胞指向性を識別する。
これにより、サブタイプごとに生成した識別器６０を用いて細胞指向性を識別するので、本実施形態における指向性識別装置１は、サブタイプを分けずに生成した識別器を用いて細胞指向性を識別する場合に比べて、細胞指向性を識別する精度を向上させることができる。よって、本実施形態における指向性識別装置１は、高精度に細胞指向性を識別することができる。
【００３８】
また、本実施形態では、ＲＮＡウイルスは、ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス）であり、遺伝子領域は、ＨＩＶのＶ３領域（可変領域）である。
これにより、本実施形態における指向性識別装置１は、ＨＩＶ−１の指向性（Ｒ５ウイルスであるか、Ｘ４ウイルスであるか）を高精度に識別することができる。本実施形態における識別器６０を用いた指向性の識別評価実験において、本実施形態における指向性識別装置１は、以下のように従来よりも高い精度で指向性を識別することができ、識別精度の向上が得られた。
（１）サブタイプ「ＡＥ」用の識別器６１において、評価データがサブタイプ「ＡＥ」データの場合に、特異度が９８．２％であり、ＡＵＣが０．９９０であった。
（２）サブタイプ「Ｂ」用の識別器６２において、評価データがサブタイプ「Ｂ」データの場合に、特異度が９９．２％であり、ＡＵＣが０．９５６であった。
なお、ここでの特異度は、Ｒ５ウイルスを正しく識別することができる割合（％）を示しており、閾値を０．５にした場合の値である。また、ＡＵＣ（Area under the curve）とは、ＲＯＣ（Receiver Operating Characteristic）曲線下の面積のことであり、識別器の性能を示す指標である。また、上述の識別評価実験の結果は、米国のロスアラモス国立研究所のＨＩＶデータベースであるＨＩＶシークエンスデータベース（Los Alamos National Laboratory HIV Sequence Database）のデータを用いて得られた結果である。
したがって、本実施形態における指向性識別装置１は、ＣＣＲ５阻害剤であるマラビロクをＨＩＶの感染者に投与できるか否かの指向性検査を高精度に行うことができる。
【００３９】
また、本実施形態では、識別器６０は、既知のＶ３領域のアミノ酸配列情報と指向性の識別結果とに基づいて、サブタイプごとに予め生成されている。また、識別器６０は、サポートベクターマシンを含んでいる。
これにより、本実施形態における指向性識別装置１は、既知のＶ３領域のアミノ酸配列情報と指向性の識別結果との組に基づいて、統計的学習手法を用いてサブタイプごとに適切な識別器６０を生成することができる。
【００４０】
また、本実施形態では、ＨＩＶ−１のＶ３領域に基づいた配列情報は、アミノ酸配列情報である。
これにより、アミノ酸配列情報は、塩基３個に対して１つのアミノ酸を示し、且つ、２０種類のアミノ酸に限定されるので、本実施形態における指向性識別装置１は、１０５ｂの塩基配列情報を用いて識別器６０を生成する場合に比べて、入力情報の情報量を少なくすることができる。そのため、本実施形態における指向性識別装置１は、各識別器６０を縮小することができる。また、本実施形態における指向性識別装置１は、入力情報の情報量が多いことによるノイズ成分を低減することができるので、高精度に指向性を識別することができる。
【００４１】
［第２の実施形態］
次に、本発明に係る第２の実施形態について、図面を参照して説明する。
図６は、本実施形態による指向性識別装置１ａの一例を示す概略ブロック図である。
図６において、指向性識別装置１ａ（識別装置）は、処理部１０ａと、記憶部２０とを備えている。この図において、図１と同一の構成については同一の符号を付し、その説明を省略する。
【００４２】
なお、上述した第１の実施形態では、ＨＩＶ−１のＶ３領域のアミノ酸配列情報及びサブタイプ情報を入力情報として用いる一例を説明したが、本実施形態による指向性識別装置１ａは、Ｖ３領域及びＶ３領域の前後１００ｂを含むＶ３周辺領域の塩基配列情報に対応するアミノ酸配列情報（以下、必要に応じて、Ｖ３周辺領域のアミノ酸配列情報と記載する）を入力情報として用いる点が異なる。一例として、本実施形態による指向性識別装置１ａは、Ｖ３周辺領域のアミノ酸配列情報に基づいて、サブタイプ情報を推定する点が、第１の実施形態とは異なる。
【００４３】
処理部１０ａは、例えば、ＣＰＵなどのプロセッサなどを含み、指向性識別装置１ａの各種処理を実行する。また、処理部１０ａは、入力取得部３０ａ、ＳＶＭ選択部４０、識別処理部５０、識別部７０、及び結果出力部８０を備えている。
【００４４】
入力取得部３０ａは、外部から入力されたＶ３周辺領域のアミノ酸配列情報に基づいて、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報と、ＨＩＶ−１のサブタイプ情報とを取得する。ここで、Ｖ３周辺領域とは、ＨＩＶ−１の塩基配列情報において、Ｖ３領域（１０５ｂ）とＶ３領域前後のＣ２領域（約１００ｂ）及びＣ３領域（約１００ｂ）とをあわせた領域（約３００ｂ）である（図２のＣ２領域Ｄ１３１、Ｖ３領域Ｄ１３０、及びＣ３領域Ｄ１３２を参照）。入力取得部３０ａは、取得したＶ３領域のアミノ酸配列情報を識別処理部５０に出力し、取得したＨＩＶ−１のサブタイプ情報をＳＶＭ選択部４０に出力する。
また、入力取得部３０ａは、サブタイプ取得部３１を備えている。
【００４５】
サブタイプ取得部３１は、外部から入力されたＶ３周辺領域のアミノ酸配列情報に基づいて、ＨＩＶ−１のサブタイプを推定する。一例として、サブタイプ取得部３１は、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報を含む所定サイズ（例えば、上述したＶ３周辺領域の約３００ｂ）のアミノ酸配列情報を取得し、取得した所定サイズの配列情報に基づいてサブタイプを推定することにより、サブタイプ情報を取得する。
例えば、サブタイプ取得部３１は、系統解析手法（例えば、系統樹解析手法など）を用いて、Ｖ３周辺領域のアミノ酸配列情報からＨＩＶ−１のサブタイプを推定する。
【００４６】
なお、本実施形態におけるＳＶＭ（識別器６０）を生成する手順は、図４に示した第１の実施形態における生成手順と同様であるので、ここでは説明を省略する。
【００４７】
次に、本実施形態における指向性識別装置１ａの動作について図７を参照して説明する。
図７は、本実施形態におけるＨＩＶ−１の指向性を識別する手順（指向性の識別方法）を示すフローチャートである。
なお、指向性識別装置１ａによる指向性を識別する際には、ＨＩＶ−１の感染者から得られた検体に基づいて、ＨＩＶのＶ３周辺領域のアミノ酸配列情報を予め取得してあるものとする。
【００４８】
図７において、まず、指向性識別装置１ａの処理部１０ａは、Ｖ３周辺領域のアミノ酸配列情報を取得する（ステップＳ３０１）。一例として、処理部１０ａの入力取得部３０ａは、外部から入力されたＶ３周辺領域のアミノ酸配列情報を取得する。
【００４９】
次に、入力取得部３０ａは、Ｖ３周辺領域のアミノ酸配列情報からＶ３領域のアミノ酸配列情報を取得する（ステップＳ３０２）。入力取得部３０ａは、例えば、Ｖ３周辺領域のアミノ酸配列情報に含まれるＶ３領域のアミノ酸配列情報（例、上述した図３に示される７００ビットの情報）を抜き出すことにより、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報を取得し、取得したＶ３領域のアミノ酸配列情報を識別処理部５０に出力する。
【００５０】
次に、入力取得部３０ａのサブタイプ取得部３１は、Ｖ３周辺領域のアミノ酸配列情報からサブタイプ情報を取得する（ステップＳ３０３）。サブタイプ取得部３１は、例えば、系統樹解析手法などを用いて、Ｖ３周辺領域のアミノ酸配列情報からＨＩＶ−１のサブタイプを推定し、推定したサブタイプを示すサブタイプ情報をＳＶＭ選択部４０に出力する。
【００５１】
続くステップＳ３０４〜ステップＳ３０８の処理は、図５に示されるステップＳ２０２〜ステップＳ２０６の処理と同様であるので、ここでは説明を省略する。
なお、本実施形態において、指向性識別装置１ａは、第１の実施形態と同様に、サブタイプごとに生成された識別器６０を用いて、ＨＩＶ−１の指向性を識別する。
【００５２】
以上説明したように、本実施形態における指向性識別装置１ａは、サブタイプごとに生成された識別器６０を用いて、ＨＩＶ−１の指向性を識別するので、第１の実施形態と同様に、高精度に細胞指向性を識別することができる。
【００５３】
また、本実施形態では、入力取得部３０ａは、サブタイプ取得部３１を備えている。サブタイプ取得部３１は、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報を含む所定サイズの配列情報（例えば、Ｖ３周辺領域のアミノ酸配列情報）を取得し、取得した所定サイズの配列情報に基づいてＨｉＶ−１のサブタイプを推定することによりサブタイプ情報を取得する。
これにより、本実施形態における指向性識別装置１ａは、サブタイプ情報の入力を必要とせずに、高精度に細胞指向性を識別することができる。
また、本実施形態における指向性識別装置１ａは、ＨＩＶ−１の指向性を決定しているＶ３領域を含む領域（例えば、Ｃ２領域、Ｖ３領域、及びＣ３領域）のアミノ酸配列情報に基づいてサブタイプを推定する。そのため、本実施形態における指向性識別装置１ａは、例えば、ｐｏｌ領域とｅｎｖ領域とでサブタイプが一致しない組換えウイルスに対しても、指向性に関連したサブタイプを正確に推定することができる。よって、本実施形態における指向性識別装置１ａは、ｐｏｌ領域からサブタイプ情報を取得した場合に比べて、高精度に細胞指向性を識別することができる。
【００５４】
［第３の実施形態］
次に、本発明に係る第３の実施形態について、図面を参照して説明する。
本実施形態では、Ｖ３領域における３５個のアミノ酸情報（図３のアミノ酸情報ＡＭ１〜ＡＭ３５を参照）のうちの細胞指向性の識別に有効なアミノ酸情報に絞って入力情報として適用する点が、第１及び第２の実施形態とは異なる。なお、本実施形態における指向性識別装置の構成は、第１の実施形態における指向性識別装置１（又は、第２の実施形態における指向性識別装置１ａ）と同様であるので、ここでは説明を省略する。
【００５５】
図８は、第３の実施形態における識別器６０（ＳＶＭ）を生成する手順を示すフローチャートである。なお、識別器６０は、指向性識別装置１（又は１ａ）の外部の生成装置（不図示）によって予め生成されるものでもよく、指向性識別装置１（又は指向性識別装置１ａ）の内部で予め生成されるものでもよい。ここでは、指向性識別装置１が備える処理部１０が識別器６０を生成する場合の一例について説明する。
【００５６】
図８において、処理部１０は、サブタイプごとのＶ３領域のアミノ酸配列情報（例、上述の７００ビットの情報）及び識別結果情報の組情報を取得する（ステップＳ４０１）。例えば、処理部１０は、サブタイプごとに、既知のＶ３領域のアミノ酸配列情報と識別結果情報との組情報を複数取得し、取得した複数の組情報を記憶部２０に記憶させる。一例として、処理部１０は、取得したＶ３領域のアミノ酸配列情報と識別結果情報とを関連付けて記憶部２０に記憶させる。
【００５７】
次に、処理部１０は、有意差検定を実行し、有効なアミノ酸情報の組を抽出する（ステップＳ４０２）。処理部１０は、まず、記憶部２０から上述した複数の組情報を読み出す。処理部１０は、複数の組情報に基づいて、例えば、３５個のアミノ酸情報（単位情報）のうちの指向性の識別に有効なアミノ酸情報を有意差検定（例えば、カイ２乗検定など）に基づいて抽出し、抽出したアミノ酸情報の組を識別器６０（ＳＶＭ）の入力情報として設定する。一例として、処理部１０は、３５個のアミノ酸情報のうち、指向性の識別に影響しないアミノ酸情報を省略したアミノ酸情報の組を、識別器６０（ＳＶＭ）の入力情報として設定する。処理部１０は、このアミノ酸情報の組を示す情報とサブタイプ情報とを関連付けて記憶部２０に記憶させる。ここで、アミノ酸情報の組を示す情報とは、例えば、３５個のアミノ酸情報を順番に“０１”〜“３５”の番号を付与し、何番目のアミノ酸情報が有効なアミノ酸情報であるかを示す情報である。なお、処理部１０による有意差検定、及び指向性の識別に有効なアミノ酸情報の抽出（選択）は、サブタイプごとに実行される。
【００５８】
次に、処理部１０は、サブタイプごとの有効なアミノ酸配列情報の組情報、及び識別結果情報に基づいてサブタイプごとの識別器６０を生成する（ステップＳ４０３）。例えば、処理部１０は、上述した複数の組情報と、アミノ酸情報の組を示す情報とを読み出して、入力情報（有効なアミノ酸情報の組）と識別結果情報とを取得する。そして、処理部１０は、入力情報（有効なアミノ酸情報の組）と識別結果情報とから、ＳＶＭの生成手法を用いて、サブタイプごとの識別器６０を生成する。
【００５９】
処理部１０は、このようなステップＳ４０１〜ステップＳ４０３の処理を、サブタイプごとに繰り返し実行し、各サブタイプに対応する識別器６０を生成する。ここで、サブタイプごとに、指向性の識別に有効なアミノ酸情報の組が異なる場合も考えられ、各サブタイプに対応する識別器６０の入力情報（有効なアミノ酸情報の組）は、サブタイプごとに異なってもよい。また、識別処理部５０は、指向性を識別する際に、記憶部２０からサブタイプ情報と関連付けられたアミノ酸情報の組を示す情報を読み出し、アミノ酸情報の組を示す情報に基づいて、サブタイプに対応する入力情報（有効なアミノ酸情報の組）を生成してもよい。
なお、上述の図８に示す識別器６０の生成処理手順は、第２の実施形態における指向性識別装置１ａに適用してもよく、指向性識別装置１ａが備える処理部１０ａが識別器６０を生成してもよい。
【００６０】
このように、本実施形態では、識別器６０は、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報が有する複数の単位情報（例えば、３５個のアミノ酸情報）のうちの細胞指向性の識別に有効な単位情報の組が、有意差検定に基づいてサブタイプごとに選択され、選択された有効な単位情報の組に基づいて細胞指向性を識別するように予め生成される。そして、識別処理部５０は、ＳＶＭ選択部４０によって選択された識別器６０と、サブタイプ情報に対応する有効な単位情報の組（例えば、有効なアミノ酸情報の組）とに基づいて、細胞指向性を識別する。
これにより、本実施形態における指向性識別装置１（１ａ）は、識別器６０の入力情報の情報量を低減することができる。そのため、本実施形態における指向性識別装置１（１ａ）は、各識別器６０を縮小することができるとともに、入力情報が多いことによるノイズ成分を低減することができるので、高精度に指向性を識別することができる。
【００６１】
［第４の実施形態］
次に、本発明に係る第４の実施形態について、図面を参照して説明する。
本実施形態では、Ｖ３領域における３５個のアミノ酸情報（図３のアミノ酸情報ＡＭ１〜ＡＭ３５を参照）のうち、互いに相関のあるアミノ酸情報を代表的な１つに絞って、入力情報として適用する点が、第１〜第３の実施形態とは異なる。なお、本実施形態における指向性識別装置の構成は、第１の実施形態における指向性識別装置１（又は、第２の実施形態における指向性識別装置１ａ）と同様であるので、ここでは説明を省略する。
【００６２】
図９は、第４の実施形態における識別器６０（ＳＶＭ）を生成する手順を示すフローチャートである。なお、識別器６０は、指向性識別装置１（又は指向性識別装置１ａ）の外部の生成装置（不図示）によって予め生成されるものでもよく、指向性識別装置１（又は指向性識別装置１ａ）の内部で予め生成されるものでもよい。ここでは、指向性識別装置１が備える処理部１０が識別器６０を生成する場合の一例について説明する。
【００６３】
図９において、処理部１０は、サブタイプごとのＶ３領域のアミノ酸配列情報（例、上述の７００ビットの情報）及び識別結果情報の組情報を取得する（ステップＳ５０１）。例えば、処理部１０は、サブタイプごとに、既知のＶ３領域のアミノ酸配列情報と識別結果情報との組情報を複数取得し、取得した複数の組情報を記憶部２０に記憶させる。
【００６４】
次に、処理部１０は、各アミノ酸情報の相関係数を算出し、互いに相関の低いアミノ酸情報の組を抽出する（ステップＳ５０２）。処理部１０は、まず、記憶部２０から上述した複数の組情報を読み出す。処理部１０は、複数の組情報のうちのＶ３領域のアミノ酸配列情報に基づいて、例えば、３５個のアミノ酸情報（単位情報）のうち、同じような傾向で変化するアミノ酸情報（互いに相関のあるアミノ酸情報）を抽出し、代表的な１つのアミノ酸情報にまとめることにより互いに相関の低いアミノ酸情報の組を選択する。ここで、互いに相関の低いとは、例えば、算出した相関係数が所定の値以下であることを示している。処理部１０は、選択したアミノ酸情報の組を識別器６０（ＳＶＭ）の入力情報として設定する。処理部１０は、このアミノ酸情報の組を示す情報とサブタイプ情報とを関連付けて記憶部２０に記憶させる。ここで、アミノ酸情報の組を示す情報とは、例えば、３５個のアミノ酸情報を順番に“０１”〜“３５”の番号を付与し、何番目のアミノ酸情報が互いに相関の低いアミノ酸情報であるかを示す情報である。なお、処理部１０による各アミノ酸情報の相関係数の算出、及び互いに相関の低いアミノ酸情報の組の抽出（選択）は、サブタイプごとに実行される。
【００６５】
次に、処理部１０は、サブタイプごとの互いに相関の低いアミノ酸情報の組情報、及び識別結果情報に基づいてサブタイプごとの識別器６０を生成する（ステップＳ５０３）。一例として、処理部１０は、上述した複数の組情報と、アミノ酸情報の組を示す情報とを読み出して、入力情報（互いに相関の低いアミノ酸情報の組）と識別結果情報とを取得する。そして、処理部１０は、入力情報（互いに相関の低いアミノ酸情報の組）と識別結果情報とから、ＳＶＭの生成手法を用いて、サブタイプごとの識別器６０を生成する。
【００６６】
処理部１０は、このようなステップＳ５０１〜ステップＳ５０３の処理を、サブタイプごとに繰り返し実行し、各サブタイプに対応する識別器６０を生成する。ここで、サブタイプごとに、アミノ酸情報の相関が異なる場合も考えられ、各サブタイプに対応する識別器６０の入力情報（互いに相関の低いアミノ酸情報の組）は、サブタイプごとに異なってもよい。また、識別処理部５０は、指向性を識別する際に、記憶部２０からサブタイプ情報と関連付けられたアミノ酸情報の組を示す情報を読み出し、アミノ酸情報の組を示す情報に基づいて、サブタイプに対応する入力情報（互いに相関の低いアミノ酸情報の組）を生成してもよい。
なお、上述の図９に示す識別器６０の生成処理手順は、第２の実施形態における指向性識別装置１ａに適用してもよく、指向性識別装置１ａが備える処理部１０ａが識別器６０を生成してもよい。
【００６７】
このように、本実施形態では、識別器６０は、Ｖ３領域のアミノ酸配列情報が有する複数の単位情報（例えば、３５個のアミノ酸情報）のうち、互いの相関係数が所定の値以下となる相関の低い単位情報の組が、サブタイプごとに選択され、相関の低い単位情報の組に基づいて細胞指向性を識別するように予め生成される。そして、識別処理部５０は、ＳＶＭ選択部４０によって選択された識別器６０と、サブタイプ情報に対応する有効な単位情報の組とに基づいて、細胞指向性を識別する。
これにより、本実施形態における指向性識別装置１（１ａ）は、識別器６０の入力情報の情報量を低減することができる。そのため、本実施形態における指向性識別装置１（１ａ）は、各識別器６０を縮小することができるとともに、入力情報が多いことによるノイズ成分を低減することができるので、高精度に指向性を識別することができる。
【００６８】
なお、本発明は、上記の各実施形態に限定されるものではなく、本発明の趣旨を逸脱しない範囲で変更可能である。
例えば、上記の各実施形態において、識別器６０の入力情報であるＨＩＶ−１のＶ３領域に基づいた配列情報は、アミノ酸配列情報である場合について説明したが、これに限定されるものではない。例えば、配列情報は、ＤＮＡ情報（ＤＮＡ塩基配列情報）やＲＮＡ情報（ＲＮＡ塩基配列情報）などのウイルスゲノムの塩基配列情報であってもよい。
また、Ｖ３領域に基づいた配列情報は、Ｖ３領域の配列情報を含む情報であれば、Ｖ３領域以外の領域の配列情報を含む情報であってもよい。
【００６９】
また、上記の各実施形態において、一例として、識別器６０は、処理部１０が生成する形態を説明したが、指向性識別装置１（１ａ）の外部（例えば、生成装置など）で予め生成されてもよい。
また、上記の各実施形態において、識別処理部５０は、識別器６０（識別部７０）を含まない形態を説明したが、識別器６０又は識別部７０を含んでいてもよい。
また、上記の各実施形態において、識別器６０は、ＳＶＭに基づいて、ＨＩＶ−１の指向性を識別する場合について説明したが、他の統計的手法によって識別器を生成してもよい。例えば、識別器６０は、ニューラルネットワーク、判別関数、多変量解析などを用いて識別器を生成してもよい。
【００７０】
また、上記の各実施形態において、識別器６０は、ＨＩＶ−１のサブタイプごとに生成され、指向性識別装置１（１ａ）は、サブタイプごとに指向性を識別する例を説明したが、これに限定されるものではない。例えば、サブタイプの感染者が少なく、精度の良い識別器６０を生成するために十分な既知のサンプルが得られない場合には、感染者が少ない複数のサブタイプを１つのグループ（例えば、その他グループ）にまとめて、このグループに対応する識別器６０を生成してもよい。この場合、指向性識別装置１（１ａ）は、感染者が多いサブタイプに対してはサブタイプごとに指向性を識別し、感染者が少ないサブタイプに対しては、その他グループに対応する識別器６０を用いて指向性を識別する。こうすることで、既知のサンプルが十分に得られないサブタイプに対して、指向性を識別する精度を向上させることができる。
【００７１】
また、上記の各実施形態において、指向性識別装置１（１ａ）は、識別器６０（識別部７０）を備える形態を説明したが、指向性識別装置１（１ａ）の外部に、識別器６０（識別部７０）を備える形態でもよい。例えば、指向性識別装置１（１ａ）とネットワークを介して接続されたサーバ装置（識別部７０に対応する）が、サブタイプごとに生成された識別器６０を備え、識別処理部５０は、ネットワークを介してサーバ装置が備える識別器６０に、指向性を識別させる形態であってもよい。
【００７２】
また、上記の第３及び第４の実施形態は、それぞれ単独で実施する場合について説明したが、第３及び第４の実施形態を組み合わせて実施してもよい。
また、上記の各実施形態において、ＲＮＡウイルスの一例として、ＨＩＶに適用する場合について説明したが、サブタイプによる分類が可能で、且つ、細胞指向性を有するＲＮＡウイルスであれば、他のＲＮＡウイルスであってもよい。指向性識別装置１（１ａ）は、例えば、ＨＣＶ（Ｃ型肝炎ウイルス）やインフルエンザウイルスなどに、適用してもよい。
【００７３】
なお、指向性識別装置１（１ａ）が備える各構成は、専用のハードウェアにより実現されるものであってもよい。また、この指向性識別装置１（１ａ）が備える各構成は、メモリ及びＣＰＵにより構成され、指向性識別装置１（１ａ）が備える各構成を実現するためのプログラムをメモリにロードして実行することによりその機能を実現させるものであってもよい。
【００７４】
また、指向性識別装置１（１ａ）が備える各構成の機能を実現するためのプログラムをコンピュータ読み取り可能な記録媒体に記録して、この記録媒体に記録されたプログラムをコンピュータシステムに読み込ませ、実行することにより指向性識別装置１（１ａ）が備える各構成による処理を行ってもよい。なお、ここでいう「コンピュータシステム」とは、ＯＳや周辺機器等のハードウェアを含むものとする。
【００７５】
また、「コンピュータシステム」は、ＷＷＷシステムを利用している場合であれば、ホームページ提供環境（あるいは表示環境）も含むものとする。
また、「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、ＣＤ−ＲＯＭ等の可搬媒体、コンピュータシステムに内蔵されるハードディスク等の記憶装置のことをいう。さらに「コンピュータ読み取り可能な記録媒体」とは、インターネット等のネットワークや電話回線等の通信回線を介してプログラムを送信する場合の通信線のように、短時間の間、動的にプログラムを保持するもの、その場合のサーバやクライアントとなるコンピュータシステム内部の揮発性メモリのように、一定時間プログラムを保持しているものも含むものとする。また上記プログラムは、前述した機能の一部を実現するためのものであっても良く、さらに前述した機能をコンピュータシステムにすでに記録されているプログラムとの組み合わせで実現できるものであってもよい。
【符号の説明】
【００７６】
１，１ａ…指向性識別装置、３０，３０ａ…入力取得部、３１…サブタイプ取得部、４０…ＳＶＭ選択部、５０…識別処理部、６０，６１，６２，６３…識別器（ＳＶＭ）、７０…識別部、Ｄ１３０…Ｖ３領域
【図１】
2014103852.tif 000003
【図２】
2014103852.tif 000004
【図３】
2014103852.tif 000005
【図４】
2014103852.tif 000006
【図５】
2014103852.tif 000007
【図６】
2014103852.tif 000008
【図７】
2014103852.tif 000009
【図８】
2014103852.tif 000010
【図９】
2014103852.tif 000011