(57)【要約】【課題】抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供すること。【解決手段】上記方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、上記生体試料中で、１つ以上の遺伝子の発現レベルを測定するステップと、を含み、上記１つ以上の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫障害に罹患するヒト対象から得られた生体試料中の少なくとも５つの遺伝子の発現レベルを、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する前記ヒト対象の応答を予測することの指標とする方法であって、
前記生体試料中で、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）、ＰＧＫ１（配列番号２５）、ＳＦＲＳ２（配列番号３２）およびＹＩＰＦ６（配列番号３６）からなる群より選択される少なくとも５つの遺伝子の発現レベルを測定するステップを含み、
（ｉ）健常人と比較して、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＰＧＫ１（配列番号２５）もしくはＹＩＰＦ６（配列番号３６）の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）もしくはＳＦＲＳ２（配列番号３２）の低発現レベルのうちの少なくとも５つは、前記ヒト対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答することの指標となる、方法。
【請求項２】
免疫障害に罹患するヒト対象から得られた生体試料中の少なくとも５つの遺伝子の発現レベルを、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する前記ヒト対象の応答を予測することの指標とする方法であって、
前記生体試料中で、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）、ＰＧＫ１（配列番号２５）、ＳＦＲＳ２（配列番号３２）およびＹＩＰＦ６（配列番号３６）からなる群より選択される少なくとも５つの遺伝子の発現レベルを測定するステップを含み、
（ｉ）健常人と比較して、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）もしくはＳＦＲＳ２（配列番号３２）のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＰＧＫ１（配列番号２５）もしくはＹＩＰＦ６（配列番号３６）のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも５つは、前記ヒト対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことの指標となる、方法。
【請求項３】
（ｉ）健常人と比較して、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＰＧＫ１（配列番号２５）もしくはＹＩＰＦ６（配列番号３６）の発現レベルが上昇していること、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）もしくはＳＦＲＳ２（配列番号３２）の発現レベルが低下していることの少なくとも５つを判定するステップを含み、
前記判定は、抗ＴＮＦ剤を含む治療が前記ヒト対象に対して適切であることの指標となる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
（ｉ）健常人と比較して、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）もしくはＳＦＲＳ２（配列番号３２）の発現レベルが上昇していること、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＰＧＫ１（配列番号２５）もしくはＹＩＰＦ６（配列番号３６）の発現レベルが低下していることの少なくとも５つを判定するステップを含み、
前記判定は、非抗ＴＮＦ剤を含む治療が前記ヒト対象に対して適切であることの指標となる、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記ヒト対象が、（ｉ）健常人と比較して、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＰＧＫ１（配列番号２５）もしくはＹＩＰＦ６（配列番号３６）の発現レベルが上昇していること、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）もしくはＳＦＲＳ２（配列番号３２）の発現レベルが低下していることのうちの少なくとも５つを満たしている場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が高いことを示す記録を作成するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ヒト対象が、（ｉ）健常人と比較して、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）もしくはＳＦＲＳ２（配列番号３２）の発現レベルが上昇していること、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＰＧＫ１（配列番号２５）もしくはＹＩＰＦ６（配列番号３６）の発現レベルが低下していることのうちの少なくとも５つを満たしている場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
健常人と比較して、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）、ＰＧＫ１（配列番号２５）、ＳＦＲＳ２（配列番号３２）およびＹＩＰＦ６（配列番号３６）からなる群から選択される少なくとも５つの遺伝子の発現レベルが、少なくとも約１．５倍で上昇する、または低下する、請求項１〜６のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記方法は、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）、ＰＧＫ１（配列番号２５）、ＳＦＲＳ２（配列番号３２）およびＹＩＰＦ６（配列番号３６）からなる群から選択される少なくとも８つの遺伝子の発現レベルを測定するステップを含む、請求項１〜７のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項９】
ヒト対象において免疫障害を治療するのに使用するための、抗ＴＮＦ剤を含む組成物であって、前記ヒト対象は、（ｉ）健常人と比較して、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＰＧＫ１（配列番号２５）もしくはＹＩＰＦ６（配列番号３６）の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）もしくはＳＦＲＳ２（配列番号３２）の低発現レベルのうちの少なくとも５つを有することが確認されている、組成物。
【請求項１０】
健常人と比較して、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）、ＰＧＫ１（配列番号２５）、ＳＦＲＳ２（配列番号３２）およびＹＩＰＦ６（配列番号３６）からなる群から選択される少なくとも５つの遺伝子の発現レベルが、少なくとも約１．５倍で上昇する、または低下する、請求項９に記載の使用のための組成物。
【請求項１１】
前記ヒト対象が、（ｉ）健常人と比較して、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＰＧＫ１（配列番号２５）もしくはＹＩＰＦ６（配列番号３６）の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）もしくはＳＦＲＳ２（配列番号３２）の低発現レベルのうちの少なくとも８つを有することが確認されている、請求項９に記載の使用のための組成物。
【請求項１２】
前記ヒト対象が、炎症性障害に罹患する、請求項１〜８のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記ヒト対象が、関節リウマチまたはクローン病に罹患する、請求項１〜８のうちのいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）、ＰＧＫ１（配列番号２５）、ＳＦＲＳ２（配列番号３２）およびＹＩＰＦ６（配列番号３６）からなる群から選択される、少なくとも５つの遺伝子のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、少なくとも５つのポリヌクレオチドを含む組成物。
【請求項１５】
固体支持体に結合する複数のポリヌクレオチドを含むアレイであって、前記複数のポリヌクレオチドは、ＣＬＴＢ（配列番号１０）、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ（配列番号１１）、ＣＸｏｒｆ５２（配列番号１２）、ＦＡＭ４４Ａ（配列番号１６）、ＭＸＲＡ７（配列番号２２）、ＰＧＫ１（配列番号２５）、ＳＦＲＳ２（配列番号３２）およびＹＩＰＦ６（配列番号３６）からなる群から選択される少なくとも５つの遺伝子のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、少なくとも５つのポリヌクレオチドを含む、アレイと、
試料中で、前記ポリヌクレオチドのうちの１つ以上の存在または量を検出するための説明書と、を含むキット。
【請求項１６】
前記ヒト対象が、炎症性障害に罹患する、請求項９〜１１のうちのいずれかに記載の組成物。
【請求項１７】
前記ヒト対象が、関節リウマチまたはクローン病に罹患する、請求項９〜１１のうちのいずれかに記載の組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願に対する相互参照
本願は、２００７年６月８日に出願の米国暫定出願第６０／９４２，９３７号の優先権を主張するものであり、その内容は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【０００２】
連邦政府によって支援された研究または開発に関する声明
本願に記載される研究は、国立衛生研究所の国立関節炎、骨格筋、皮膚疾患研究所からの認可番号１−ＡＲ−１−２２５６により支援された。政府は、本発明における一定の権利を有することができる。
【背景技術】
【０００３】
腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ）は、関節リウマチ等の炎症性疾患の発症に重要な役割を果たすサイトカインである。抗ＴＮＦモノクローナル抗体（例えば、アダリムマブまたはインフリキシマブ）またはＴＮＦ受容体融合タンパク質（例えば、エタネルセプト）の使用を介したＴＮＦシグナル伝達の妨害を使用して、ある種の炎症性疾患の症状を改善することができる。抗ＴＮＦ治療は、非常に成功しているが、それらを受けるすべての患者において有意な臨床反応を引き起こすわけではない。
【０００４】
患者を、抗ＴＮＦ治療に対して応答する可能性が高いまたは可能性が低いものとして特定することは、最適な患者管理をするために重要である。抗ＴＮＦ治療に対して応答する可能性が低いことを示唆するバイオマーカーを呈する患者は、直ちに（すなわち、抗ＴＮＦ治療を投与することなく）、または第１の抗ＴＮＦ治療が失敗した場合に、他の治療へ向けることができる。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明は、少なくとも一部において、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測するバイオマーカーの発見に基づく。例えば、表１に示される遺伝子のうちの１つ以上の発現レベル、または表２〜４または１３に示される単一ヌクレオチド多型のうちの１つ以上の存在が、所与の対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答する、または応答しない可能性を予測することができる。したがって、本明細書に記載されるバイオマーカー、組成物、および方法は、免疫または炎症性疾患（例えば、関節リウマチまたはクローン病）等の疾患を患っている対象に対する適切な治療モダリティ（例えば、抗ＴＮＦ治療または非抗ＴＮＦ治療）を選択するのに有用である。
【０００６】
一態様において、本開示は、免疫障害を治療する方法を提供し、方法は、それを必要とする対象に抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、対象は、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４）を有することが確認されている。
【０００７】
別の態様において、本開示は、免疫障害を治療する方法を提供し、方法は、それを必要とする対象に非抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、対象は、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４）を有することが確認されている。
【０００８】
上記の方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態において、対象は、健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４以上）の遺伝子の高発現レベルまたは低発現レベルを有することが確認されている。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６からなる、または含むことができる。該少なくとも２４の遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる、または含むことができる。
【０００９】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を特徴とする。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上の遺伝子の発現レベルを測定するステップと、を含み、該１つ以上の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４）の遺伝子を含み、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つにより、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答することを予測し、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つにより、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。該１つ以上の遺伝子のＲＮＡまたはタンパク質発現を、測定することができる。該１つ以上の遺伝子のＲＮＡ発現レベルは、例えば、マイクロアレイ解析および／または定量的ポリメラーゼ連鎖反応を用いて、測定することができる。
【００１０】
いくつかの実施形態において、該方法は、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の発現レベルが上昇する、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが低下する、ことを判定するステップと、対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含む。該方法は、対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００１１】
いくつかの実施形態において、該方法は、対象が、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の発現レベルが上昇する、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが低下する場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が高いことを示す記録を作成するステップをさらに含むことができる。該記録は、例えば、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００１２】
いくつかの実施形態において、該方法は、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが上昇する、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の発現レベルが低下する、ことを判定するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００１３】
いくつかの実施形態において、該方法は、対象が、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが上昇する、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の発現レベルが低下する場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップをさらに含むことができる。該記録は、例えば、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００１４】
本明細書に記載される方法のいずれかのうちのいくつかの実施形態において、健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルが、少なくとも約１．５倍（例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３．０倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４．０倍、または少なくとも約５倍以上）で上昇する、または低下する。本明細書に記載される方法は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４）の遺伝子の発現レベルを測定するステップを含むことができる。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６からなる、または含むことができる。該少なくとも２４の遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる、または含むことができる。
【００１５】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供し、方法は、対象からの生体試料中で、１つ以上の遺伝子の発現レベル（例えば、ＲＮＡまたはタンパク質発現レベル）を評価するステップを含み、該１つ以上の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４）の遺伝子を含み、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１の高発現レベル、またはＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２の低発現レベルが、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測し、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２の高発現レベル、またはＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１の低発現レベルが、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測する。
【００１６】
いくつかの実施形態において、該方法は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、２１以上、または２２以上）の発現レベルが上昇する、またはＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、２１以上、または２２以上）の発現レベルが低下する、ことを判定するステップと、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測するステップと、を含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測した後、抗ＴＮＦ治療を対象に投与するステップを含む。
【００１７】
いくつかの実施形態において、該方法は、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、２１以上、または２２以上）の発現レベルが上昇する、またはＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、２１以上、または２２以上）の発現レベルが低下する、ことを判定するステップと、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測するステップと、を含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測した後、非抗ＴＮＦ治療を対象に投与するステップを含む。
【００１８】
さらに別の態様において、本開示は、免疫障害を治療する方法を特徴とする。該方法は、それを必要とする対象に抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）遺伝子型を有することが確認されている。
【００１９】
別の態様において、本開示は、免疫障害を治療する方法を特徴とし、方法は、それを必要とする対象に非抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを有することが確認されている。
【００２０】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認されている。
【００２１】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、およびｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかからなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認されている。
【００２２】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、およびｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認されている。
【００２３】
いくつかの実施形態において、対象は、表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかからなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認されている。
【００２４】
別の態様において、本開示は、免疫障害を治療する方法を特徴とし、方法は、それを必要とする対象に抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認されている。
【００２５】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを含み、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答することを予測し、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００２６】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のいずれかを含み、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のいずれかのうちの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のいずれかの存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００２７】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、およびｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかからなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型を含み、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、もしくはｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００２８】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、およびｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型を含み、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、もしくはｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００２９】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかからなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型を含み、表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００３０】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型を含み、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答することを予測し、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）のうちの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００３１】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上の存在を検出するステップと、対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００３２】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上が存在する場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が高いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。該記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００３３】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）のうちの１つ以上の存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００３４】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００３５】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００３６】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、もしくはｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかの１つ以上の存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップと、を含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、もしくはｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上の存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップと、を含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの１つ以上の存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００３７】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかが存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。該記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００３８】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかのうちの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかが存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。該記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００３９】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、もしくはｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかの１つ以上が存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、もしくはｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上が存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの１つ以上が存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。該記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００４０】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）のうちの１つ以上が存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。該記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００４１】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有する有することが確認される者であり得る。
【００４２】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを有することが確認される者であり得る。
【００４３】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを有することが確認される者であり得る。
【００４４】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、およびｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認される者であり得る。
【００４５】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、およびｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認される者であり得る。
【００４６】
いくつかの実施形態において、対象は、表１３から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認される者であり得る。
【００４７】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認される者であり得る。
【００４８】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含むことができる。
【００４９】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの有無を検出するステップを含むことができる。
【００５０】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含むことができる。
【００５１】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの有無を検出するステップを含むことができる。
【００５２】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含むことができる。
【００５３】
本明細書に記載される方法のうちのいずれかは、対象に対する抗ＴＮＦ剤または非抗ＴＮＦ剤を含む治療（本明細書に記載される予測方法の転帰により異なる選択）を処方するためのステップをさらに含むことができる。
【００５４】
本明細書に記載される方法のうちのいずれかにおける生体試料は、例えば、血液からなる、または血液を包含することができる。
【００５５】
本明細書に記載される方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態において、対象は、免疫（例えば、炎症性）障害等の疾患、感染症、または本明細書に記載される抗ＴＮＦ剤を含む治療により治療可能な任意の疾病を罹患し得る。例えば、対象は、関節リウマチまたはクローン病を罹患し得る。対象は、ヒトであり得る。
【００５６】
本明細書に記載される方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態において、該抗ＴＮＦ剤は、抗ＴＮＦ抗体または可溶性ＴＮＦ受容体からなる、またはそれらを包含することができる。該抗ＴＮＦ抗体は、例えば、アダリムマブまたはインフリキシマブであり得る。該可溶性ＴＮＦ受容体は、例えば、エタネルセプトであり得る。
【００５７】
いくつかの実施形態において、該非抗ＴＮＦ剤は、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、抗ＣＤ２０抗体、ＴＷＥＡＫ阻害剤、ＩＬ−６阻害剤、ＩＬ−６受容体阻害剤、可溶性リンホトキシンβ受容体、または可溶性ＢＡＦＦアンタゴニストからなる、またはそれらを包含し得る。ＮＳＡＩＤは、ＣＯＸ−２阻害剤であり得る。ＤＭＡＲＤは、メトトレキサート、金、ペニシラミン、またはヒドロキシクロロキンであり得る。
【００５８】
別の態様において、本開示は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、またはＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、それぞれ少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２２、または少なくとも２４以上）の遺伝子のそれぞれのすべての部分に選択的にハイブリダイズする少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２２、または少なくとも２４以上）のポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６からなる、またはそれらを含むことができる。該少なくとも２４の遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる、またはそれらを含むことができる。
【００５９】
さらに別の態様において、本開示は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、それぞれ少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかのそれぞれに選択的にハイブリダイズする少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。
【００６０】
さらに別の態様において、本開示は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかからなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、それぞれ少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかのそれぞれに選択的にハイブリダイズする少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。
【００６１】
別の態様において、本開示は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、それぞれ少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のＳＮＰ遺伝子型のそれぞれに選択的にハイブリダイズする少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。
【００６２】
上に記載される組成物のうちのいずれかのいくつかの実施形態において、該少なくとも２つのポリヌクレオチドは、固体支持体に結合され得る。該固体支持体は、マイクロアレイチップ、粒子（例えば、コード化された粒子、磁性粒子、または磁性およびコード化された粒子）、または本明細書に記載される任意の他の固体支持体であり得る。
【００６３】
上に記載される組成物のうちのいずれも、１００，０００未満（例えば、９０，０００未満、８０，０００未満、７０，０００未満、６０，０００未満、５０，０００未満、４０，０００未満、３０，０００未満、２０，０００未満、１５，０００未満、１０，０００未満、５，０００未満、４，０００未満、３，０００未満、２，０００未満、１，５００未満、１，０００未満、７５０未満、５００未満、２００未満、１００未満、または５０未満）の異なるポリヌクレオチドを包含し得る。
【００６４】
さらに別の態様において、本開示は、発現レベルを判定するため、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するためのキットを提供する。該キットは、上に記載される組成物のうちのいずれか、および任意に、発現レベル（例えば、ＲＮＡおよび／またはタンパク質発現レベル）を判定するための説明書、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型を検出するための説明書を含むことができる。該キットはまた、例えば、発現レベルを判定するため、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するための１つ以上の追加試薬を含むことができる。例えば、該キットは、着目遺伝子によりコード化されたタンパク質に対して特異的な酵素のうちの１つ以上、プライマー（例えば、ランダムヘキサマープライマー、またはオリゴ（ｄＴ）プライマー）、逆転写酵素、ＤＮＡポリメラーゼ（例えば、Ｔａｑポリメラーゼ）、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼ、１つ以上の検出可能な標識（本明細書に記載されるいずれか等）、または本明細書に記載される任意の他の試薬を含むことができる。
【００６５】
いくつかの実施形態において、該キットは、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の発現レベルが、上昇していると判定される、またはＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが、低下していると判定される場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するための説明書を含むことができる。
【００６６】
いくつかの実施形態において、該キットは、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上が検出される場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するための説明書を含むことができる。
【００６７】
別の態様において、本開示は、別の態様において、本開示は、対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上の遺伝子の発現レベルを測定するステップであって、該１つ以上の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、ステップと、生体試料中で１つ以上の遺伝子のうちの少なくとも２つの発現レベルを評価するステップと、を含む、方法により得られた対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを提供し、対象に対する抗ＴＮＦ応答プロファイルを得る。
【００６８】
さらに別の態様において、本開示は、対象からの生体試料を提供するステップと、対象からの生体試料中で２つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含む、方法により得られた対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを特徴とし、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰ遺伝子型を含み、対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを得る。
【００６９】
さらに別の態様において、本開示は、対象からの生体試料を提供するステップと、対象からの生体試料中で２つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含む、方法により得られた対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを特徴とし、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のいずれかを含み、対象に対する抗ＴＮＦ応答プロファイルを得る。
【００７０】
さらに別の態様において、本開示は、対象からの生体試料を提供するステップと、対象からの生体試料中で２つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含む、方法により得られた対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを特徴とし、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを含み、対象に対する抗ＴＮＦ応答プロファイルを得る。
【００７１】
上に記載される応答プロファイルのうちのいずれもを、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測するために使用することができる。
【００７２】
本明細書に使用される抗ＴＮＦ剤は、ＴＮＦの活性を阻害するものである。ＴＮＦの活性の阻害は、例えば、ＴＮＦの発現（ｍＲＮＡまたはタンパク質発現）の阻害、生成される細胞からのＴＮＦの放出の阻害、またはその同族受容体に結合するおよび／または活性化するためのＴＮＦの能力の阻害を含む。ＴＮＦの活性を阻害する薬剤としては、小分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、アンチセンスＲＮＡ、ＴＮＦに特異的に結合する抗体、可溶性ＴＮＦ受容体、またはドミナント・ネガティブＴＮＦ分子（ドミナント・ネガティブＴＮＦタンパク質またはドミナント・ネガティブＴＮＦタンパク質をコード化する核酸）が挙げられるが、これらに限定されない。ＴＮＦを阻害する薬剤は、ＴＮＦの受容体を活性化する能力を阻害するが、受容体に対するＴＮＦの結合を阻害しないものであり得ることを理解される。抗ＴＮＦ抗体は、例えば、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標））、Ｄ２Ｅ７（アダルミマブ（ａｄａｌｕｍｉｍａｂ）、Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、セルトリズマブ（ＣＤＰ−８７０）、およびＣＤＰ−５７１（例えば、Ｓａｎｄｂｏｒｎ  ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｇｕｔ  ５３（１０）：１４８５−１４９３、Ｃｈｏｙ  ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ  ４１（１０）：１１３３−１１３７、およびＫａｕｓｈｉｋ  ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｏｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ５（４）：６０１−６０６（６）参照）を含む。可溶性ＴＮＦ受容体は、例えば、エタネルセプト（ｓＴＮＦ−ＲＩＩ：Ｆｃ、Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））を含む。例示的な抗ＴＮＦ治療は、例えば、米国特許６，２７０，７６６号に記載される。
【００７３】
非抗ＴＮＦ剤は、例えば、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド（例えば、グルココルチコイドまたは電解質コルチコイド）、または疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）であり得る。ＮＳＡＩＤＳは、例えば、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコクシブ、エトリコキシブ、またはルミラコキシブ（ｌｕｍｉｒａｃｏｘｉｂ））、サリチル酸塩（例えば、アスピリン、アモキシプリン、ベノリラート、コリンマグネシウムサリチル酸塩、ジフルニサル、フェイスラミン（ｆａｉｓｌａｍｉｎｅ）、メチルサリチル酸、サリチル酸マグネシウム、またはサリチルサリチル酸（サルサラート））、アリールアルカン酸（例えば、ジクロフェナク、アセクロフェナク、アセメタシン、プロンフェナク、エトドラク、インドメタシン、ケトロラク、ナブメトン、スリンダク、またはトルメチン）、またはピラゾリジン誘導体（フェニルブタゾン、アザプロパゾン、メタミゾール、オキシフェンブタゾン、またはスルフィンピラゾン等）を含む。ＤＭＡＲＤＳとしては、アダリムマブ、アザチオプリン、抗マラリア薬（例えば、クロロキンまたはヒドロキシクロロキン）、シクロスポリンＡ、Ｄ−ペニシラミン、金塩（例えば、アウロチオマレイン酸ナトリウムまたはオーラノフィン）、レフルノミド、メトトレキサート（ＭＴＸ）、ミノサイクリン、またはスルファサラジン（ＳＳＺ）が挙げられるが、これらに限定されない。また、非抗ＴＮＦ治療としては、抗ＣＤ２０抗体（例えば、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）））、ＴＷＥＡＫ阻害剤（例えば、抗ＴＷＥＡＫ抗体、例えば、国際公開第ＷＯ  ０６／１２２１８７号、その開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる）、可溶性リンホトキシンβ受容体（例えば、ＬＴＢＲ−Ｆｃ）、ＢＲ３−Ｆｃ等のＢＡＦＦアンタゴニスト、およびＩＬ−６阻害剤（例えば、ＩＬ−６アンタゴニスト抗体、可溶性ＩＬ−６受容体）およびＩＬ−６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブまたはアトリズマブ（Ａｃｔｅｍｒａ（登録商標））等のＩＬ−６受容体アンタゴニスト抗体、例えば、国際公開第ＷＯ／２００４／０９６２７３号、ＥＰ１５３６０１２、国際公開第ＷＯ／２００６／１１９１１５号、米国特許第５，５５９，０１２号および第５，８８８，５１０号、および米国出願第２００１０００１６６３号参照、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる）が挙げられる。いくつかの実施形態において、非抗ＴＮＦ剤は、抗ＴＮＦ剤を含有しない抗炎症性剤であり得る。
【００７４】
抗ＴＮＦ剤を含む治療により治療可能な疾患としては、例えば、免疫（例えば、炎症性）障害、感染症、神経変性疾患、ＴＮＦ分泌性腫瘍を含む悪性病状、またはＴＮＦを含む他の悪性腫瘍、およびアルコール性肝炎が挙げられる。
【００７５】
免疫または炎症性疾患としては、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症；アレルギー性鼻炎、自己免疫性溶血性貧血；黒色表皮腫；アレルギー性接触性皮膚炎；アジソン病；アトピー性皮膚炎；円形脱毛症；全身性脱毛症；アミロイド症；アナフィラキシー性紫斑病；アナフィラキシー様反応；再生不良性貧血；血管性浮腫、遺伝性；血管性浮腫、突発性；強直性脊椎炎；動脈炎、頭蓋疾患；動脈炎、巨細胞；動脈炎、高安病；動脈炎、側頭；ぜんそく；毛細血管拡張性運動失調症；自己免疫性卵巣炎；自己免疫性精巣炎；自己免疫性ポリエンドクリン欠損；ベーチェット病；バーガー病；バージャー病；気管支炎；水疱性類天疱瘡；カンジダ症、慢性皮膚粘膜；カプラン症候群；心筋梗塞後症候群；心膜切開後症候群；心臓炎；セリアック病；シャーガス病；チェディアック・東症候群；チャーグ・ストラウス症候群；コーガン症候群；寒冷凝集素症；クレスト症候群；クローン病；クリオグロブリン血症；特発性間質性肺炎；疱疹状皮膚炎；皮膚筋炎；糖尿病；ダイアモンド・ブラックファン（Ｄｉａｍｏｎｄ−Ｂｌａｃｋｆａｎ）症候群；ディジョージ症候群；円板状エリテマトーデス；好酸球性筋膜炎；上強膜炎；持久性隆起性紅斑（ｄｒｙｔｈｅｍａ  ｅｌｅｖａｔｕｍ  ｄｉｕｔｉｎｕｍ）；有縁性紅斑；多形性紅斑；結節性紅斑；家族性地中海熱；フェルティ（Ｆｅｌｔｙ）症候群；肺線維症；糸球体腎炎、アナフィラキシー様；糸球体腎炎、自己免疫；糸球体腎炎、連鎖球菌感染後；糸球体腎炎、移植後；糸球体症、膜質；グッドパスチャ（Ｇｏｏｄｐａｓｔｕｒｅ）症候群；顆粒球減少症、免疫媒介性；環状肉芽腫；肉芽腫、アレルギー性；肉芽腫様筋炎；グレイブ（Ｇｒａｖｅ）病；橋本甲状腺炎；新生児溶血性疾患；血色素沈着症、特発性；ヘノッホ−シェーンライン（Ｈｅｎｏｃｈ−Ｓｃｈｏｅｎｌｅｉｎ）紫斑病；肝炎、慢性活動性および慢性進行性；ヒスチオサイトーシスＸ（Ｈｉｓｔｉｏｃｙｔｏｓｉｓ  Ｘ）；好酸球増多症候群；特発性血小板減少性紫斑病；ジョブ（Ｊｏｂ）症候群；若年性皮膚筋炎；若年性慢性関節リウマチ（若年性慢性関節炎）；川崎病；角膜炎；角結膜炎シッカ；ランドリー−ギラン−バール−シュトロール（Ｌａｎｄｒｙ−Ｇｕｉｌｌａｉｎ−Ｂａｒｒｅ−Ｓｔｒｏｈｌ）症候群；ハンセン病、癩腫；レフラー（Ｌｏｅｆｆｌｅｒ）症候群；狼瘡；ライエル症候群；ライム病；リンパ腫様肉芽腫症；肥満細胞症、全身性；混合結合組織病；多発単神経炎；マックル−ウェルズ（Ｍｕｃｋｌｅ−Ｗｅｌｌｓ）症候群；粘膜皮膚リンパ節症候群；粘膜皮膚リンパ節症候群；多中心性細網組織球症；多発性硬化症；重症筋無力症；菌状息肉腫；壊死性血管炎、全身性；ネフローゼ症候群；オーバーラップ症候群；脂肪組織炎；発作性寒冷血色素尿症；発作性夜間血色素尿症；類天疱瘡；天疱瘡；紅斑性天疱瘡；落葉状天疱瘡；尋常性天疱瘡；鳩飼病；肺臓炎、過敏性；結節性多発性動脈炎；リウマチ性多発性筋痛；多発性筋炎；多発性神経炎、特発性；ポルトガル家族性多発ネフロパチー；子癇前症／子癇；原発性胆汁性肝硬変；全身性進行性硬化症（強皮症）；乾癬；乾癬性関節炎；肺胞タンパク症；肺線維症、レイノー症／症候群；ライデル（Ｒｅｉｄｅｌ）甲状腺炎；ライター症候群、再発性多発性軟骨炎；リウマチ熱；関節リウマチ；サルコイドーシス；強膜炎；硬化性胆管炎；血清病；セザリー（Ｓｅｚａｒｙ）症候群；シェーグレン（Ｓｊｏｇｒｅｎ）症候群；スティーブンズ−ジョンソン症候群；スティル病；亜急性硬化性汎脳炎；交感性眼炎；全身性エリテマトーデス；移植拒絶；潰瘍性大腸炎；未分化結合組織疾患；じんましん、慢性；じんましん、寒冷；葡萄膜炎；白斑；ウェーバークリスチャン病；ウェゲナー肉芽腫症、またはウィスコット−オールドリッチ症候群が挙げられるが、これらに限定されない。
【００７６】
感染症は、例えば、敗血症候群、悪液質、急性または慢性細菌感染から生じる循環性虚脱およびショック、急性慢性寄生虫性および／または伝染性疾患、細菌感染、ウイルス感染、または真菌感染症を含むことができる。
【００７７】
神経変性疾患としては、例えば、脱髄疾患（多発性硬化症および急性横断性脊髄炎等）；皮質脊髄系の病変等の錐体外路系および小脳疾患；基底核疾患または小脳疾患；ハンチントン舞踏病および老人性舞踏病等の運動過剰疾患；ＣＮＳドーパミン受容体を遮断する薬剤により誘発されるもの等の薬剤性運動疾患；パーキンソン病等の運動低下疾患；進行性核上（ｓｕｐｒａｎｕｃｌｅｏ）麻痺；小脳の無構造性（ａｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ）病変等の小脳疾患および脊髄小脳疾患；脊髄小脳変性症（脊髄性運動失調症、フリードライヒ失調症、小脳皮質変性症、多系統変性症（Ｍｅｎｃｅｌ、Ｄｅｊｅｒｉｎｅ−Ｔｈｏｍａｓ、Ｓｈｉ−ＤｒａｇｅｒおよびＭａｃｈａｄｏ  Ｊｏｓｅｐｈ））；および全身性疾患（レフサム病、無βリポタンパク質血症、毛細血管拡張性運動失調症およびミトコンドリア多系統疾患）；多発性硬化症、急性横断性脊髄炎等の脱髄性コア疾患；神経原性筋萎縮症等の運動単位の疾患（筋萎縮性側索硬化症、乳児脊髄性筋萎縮症および若年性脊髄性筋萎縮症等の前角細胞変性）；アルツハイマー病；中年のダウン症候群；びまん性レビー小体病；レビー小体型の老年性認知症；ウェルニッケ−コルサコフ症候群；慢性アルコール依存症；クロイツフェルト−ヤコブ病；亜急性硬化性全脳炎、ハレロルデン−スパッツ（Ｈａｌｌｅｒｒｏｒｄｅｎ−Ｓｐａｔｚ）病；ならびにボクサー認知症が挙げられる。
【００７８】
ＴＮＦ分泌性腫瘍を含む悪性病状、またはＴＮＦを含む他の悪性腫瘍としては、白血病（急性、慢性骨髄球性、慢性リンパ球性および／または骨髄異形成（ｍｙｅｌｏｄｙｓｐａｓｔｉｃ）症候群）；またはリンパ腫（悪性リンパ腫（バーキットリンパ腫または菌状息肉腫）等のホジキンおよび非ホジキンリンパ腫）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００７９】
本明細書に記載される方法により治療され得るさらなる疾患は、例えば、国際公開第ＷＯ  ０６／７４３９９号、第ＷＯ  ０６／１２２１８７号、または米国特許第５，６５６，２７２号および第５，９１９，４５２号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【００８０】
本明細書に使用される配列「相補性」とは、それらの水素結合性質（すなわち、逆平行二重鎖が、形成でき、アデニンおよびウラシル（またはＤＮＡまたは修飾ＲＮＡの場合、チミン）が互いに併置し、グアニンおよびシトシンが互いに併置するような塩基配列を有する２つの核酸鎖の性質）の結果としての特定窒素塩基間の化学親和力を指す。したがって、全相補的配列は、ヌクレオチド配列が、逆平行二重鎖を形成する場合、塩基配列の完全な一対一対応（すなわち、ウラシルに対してアデニンおよびシトシンに対してウラシル）を有する２つの配列である。
【００８１】
別途定義されない限り、本明細書で使用するすべての技術的および科学的用語は、本発明が属する当業者によって一般的に理解されるものと同一の意味を有する。本明細書に説明されるものと同様または同等の方法および材料を、本発明の実践または試験に使用することができるが、好適な方法および材料を以下に説明する。本明細書に言及されるすべての刊行物、特許出願、特許および他の参照は、参照することによりその全体が組み込まれる。矛盾が生じる場合、定義を含め、本願が優先される。材料、方法、および実施例は、例証の目的のみであり、限定することを意図しない。
【００８２】
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明、および特許請求の範囲から明らかとなるであろう。
例えば、本発明は以下の項目を提供する：
（項目１）
抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
上記生体試料中で、１つ以上の遺伝子の発現レベルを測定するステップと、を含み、上記１つ以上の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含み、
（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つにより、上記対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答することを予測する、方法。
（項目２）
抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
上記生体試料中で、１つ以上の遺伝子の発現レベルを測定するステップと、を含み、上記１つ以上の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含み、
（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つにより、上記対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する、方法。
（項目３）
免疫障害を治療する方法であって、それを必要とする対象に抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、上記対象は、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つを有することが確認されている、方法。
（項目４）
（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４のうちの１つ以上の発現レベルが上昇している、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが低下している、ことを判定するステップと、
上記対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが上昇している、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４のうちの１つ以上の上記発現レベルが低下している、ことを判定するステップと、
上記対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含む、項目２に記載の方法。
（項目６）
上記１つ以上の遺伝子のＲＮＡレベルが測定される、項目１、２、４、または５のうちのいずれかに記載の方法。
（項目７）
上記１つ以上の遺伝子のタンパク質レベルが測定される、項目１、２、４、または５のうちのいずれかに記載の方法。
（項目８）
上記対象が、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の上記発現レベルが上昇している、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の上記発現レベルが低下している場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が高いことを示す記録を作成するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
上記対象が、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の上記発現レベルが上昇している、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の上記発現レベルが低下している場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップをさらに含む、項目２に記載の方法。
（項目１０）
上記記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成される、項目８または９に記載の方法。
（項目１１）
健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の上記発現レベルが、少なくとも約１．５倍で上昇する、または低下する、項目１〜１０のうちのいずれかに記載の方法。
（項目１２）
上記方法は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも５つの遺伝子の発現レベルを測定するステップを含む、項目１、２、または４〜１１のうちのいずれかに記載の方法。
（項目１３）
上記対象が、健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも５つの遺伝子の高発現レベルまたは低発現レベルを有することが確認されている、項目３に記載の方法。
（項目１４）
上記少なくとも５つの遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる群から選択される、項目１２または１３に記載の方法。
（項目１５）
上記少なくとも５つの遺伝子は、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、もしくはＹＩＰＦ６のうちの５つ以上を含む、項目１２〜１４のうちのいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
上記方法は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも８つの遺伝子の発現レベルを測定するステップを含む、項目１、２、または４〜１１のうちのいずれかに記載の方法。
（項目１７）
上記少なくとも８つの遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６のうちの８つ以上を含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
上記少なくとも８つの遺伝子は、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６を含む、項目１６または１７に記載の方法。
（項目１９）
上記方法は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも２４の遺伝子の発現レベルを測定するステップを含む、項目１、２、または４〜１１のうちのいずれかに記載の方法。
（項目２０）
上記少なくとも２４の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、ＹＩＰＦ６を含む、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
上記生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、上記１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰ遺伝子型を含み、
ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上の存在は、上記対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答することを予測する、方法。
（項目２２）
抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
上記生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、上記１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示される上記ＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを含み、
ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上、または表１３に示される上記ＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの存在は、上記対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する、方法。
（項目２３）
免疫障害を治療する方法であって、それを必要とする対象に抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、上記対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される１つ以上の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）遺伝子型を有することが確認されている、方法。
（項目２４）
上記方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される５つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含む、項目２１に記載の方法。
（項目２５）
上記方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される５つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含む、項目２２に記載の方法。
（項目２６）
上記方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、およびｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかからなる群から選択される５つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含む、項目２２に記載の方法。
（項目２７）
上記対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を処方するステップをさらに含む、項目１〜２６のうちのいずれかに記載の方法。
（項目２８）
上記対象に抗ＴＮＦ剤を投与するステップをさらに含む、項目１〜２７のうちのいずれかに記載の方法。
（項目２９）
上記対象が、炎症性障害に罹患する、項目１〜２８のうちのいずれかに記載の方法。
（項目３０）
上記対象が、関節リウマチまたはクローン病に罹患する、項目１〜２９のうちのいずれかに記載の方法。
（項目３１）
上記対象が、ヒトである、項目１〜３０のうちのいずれかに記載の方法。
（項目３２）
ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される、少なくとも５つの遺伝子のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、少なくとも５つのポリヌクレオチドを含む組成物。
（項目３３）
上記少なくとも５つの遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる群から選択される、項目３２に記載の組成物。
（項目３４）
上記少なくとも５つの遺伝子は、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる群から選択される、項目３２または３３に記載の組成物。
（項目３５）
ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも５つのＳＮＰ遺伝子型のそれぞれ、および表１３に示される上記ＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかに、選択的にハイブリダイズする、少なくとも５つのポリヌクレオチドを含む組成物。
（項目３６）
上記少なくとも５つのポリヌクレオチドは、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される、少なくとも５つのＳＮＰ遺伝子型のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、項目３５に記載の組成物。
（項目３７）
上記少なくとも５つのポリヌクレオチドは、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、およびｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかからなる群から選択される、少なくとも５つのＳＮＰ遺伝子型のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、項目３５に記載の組成物。
（項目３８）
上記少なくとも５つのポリヌクレオチドは、固体支持体に結合する、項目３２〜３７のうちのいずれか１項に記載の組成物。
（項目３９）
固体支持体に結合する複数のポリヌクレオチドを含むアレイであって、上記複数のポリヌクレオチドは、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも５つの遺伝子のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、少なくとも５つのポリヌクレオチドを含む、アレイと、
試料中で、上記ポリヌクレオチドのうちの１つ以上の存在または量を検出するための説明書と、を含むキット。
（項目４０）
固体支持体に結合する複数のポリヌクレオチドを含むアレイであって、上記複数のポリヌクレオチドは、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される、少なくとも５つのＳＮＰ遺伝子型のそれぞれ、および表１３に示される上記ＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかに、選択的にハイブリダイズする、少なくとも５つのポリヌクレオチドを含む、アレイと、
試料中で、上記ＳＮＰ遺伝子型のうちの１つ以上の存在または量を検出するための説明書と、を含むキット。
（項目４１）
試料から核酸を単離するための１つ以上の試薬をさらに含む、項目３９または４０に記載のキット。
（項目４２）
核酸を増幅するための手段をさらに含む、項目３９〜４１のうちのいずれかに記載のキット。
【図面の簡単な説明】
【００８３】
【図１】２２の染色体に対するＡＮＯＶＡモデルからの３１７，０００の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）に対するＰ値の散布図。Ｘ軸は、１〜２２の染色体を表し、Ｙ軸は、−ｌｏｇ１０（ｐ値）を表す。各点は、関連に対するｐ値を表す。１０−５および１０−７レベルの有意性を表すＸ軸に平行な２つの線を、プロット中に示す。１０−５と１０−７の間のｐ値は、プロットされ、アスタリスクで示される。
【図２】ＡＢＣｏＮデータにおける１０２人の対象の中の集団の階層化（ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ｓｔｒａｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ）を示すクラスタ図。１０２人の対象は、３つの異なるクラスタ、すなわちクラスタ１、２、および３に分けられ、プロット中で３つの角に位置する。クラスタ４は、混合集団であると思われる。クラスタ１は、主要なヨーロッパ人系である８９人の患者を含む、最大の集団クラスタであり、彼らの中で８３人は、白人であると自己報告され、６人は、民族性のデータが不明であった。クラスタ２、３、および４はそれぞれ、２人、４人、および６人の患者を含む。
【図３】ＳＮＰとＤＡＳ２８スコア（ＲｅｌＤＡＳ２８）の相対変動との関連を示す全ゲノムにわたる関連ｐ値プロットを示す散布図。Ｘ軸は、１〜２２の染色体を表し、Ｙ軸は、−ｌｏｇ１０（ｐ値）を表す。各点は、関連に対するｐ値を表す。１０−５および１０−７レベルの有意性を表すＸ軸に平行な２つの線を、プロット中に示す。１０−５と１０−７の間のｐ値は、プロットされ、アスタリスクで示される。
【図４】８９人の個人間の表現型の相違を示す１組のグラフ。表現型の相違は、上位の主成分に相関しないと考えられる。図２Ａは、ＰＣ１に対するＤＡＳ変動／対応する状態を表し、右図は、より精密な尺度で表す。図２Ｂは、ＰＣ２に対するＤＡＳ変動／対応する状態対を表し、右図は、精密な尺度で表す。
【図５】関節リウマチ患者における抗ＴＮＦ応答を予測する４０の遺伝子（表１１）のクラスタリングを示す系統樹。クラスタ系統樹は、第１に、２つのクラスタに切断される。それぞれのクラスタから、最高の変数重要度（ｖａｒｉａｂｌｅ  ｉｍｐｏｒｔａｎｃｅ）を有する遺伝子を選択した。８つのサブクラスタ（ｋ＝８）から選択された遺伝子をひし形で示す。系図が所定のクラスタ数（本文参照）に切断されるまで、手順を繰り返す。
【図６】異なるｎｔｒｅｅ値（ｍｔｒｙ＝２２（初期値））に対するＯＯＢ誤差率の中央値（６Ａ）および標準偏差（６Ｂ）を示す１組の折れ線グラフ。誤差率の標準偏差は、ｎｔｒｅｅ＝１５４００で安定した。
【図７】ｍｔｒｙに対する誤差率の中央値（７Ａ）および標準偏差（７Ｂ）の変化を示す１組の折れ線グラフ。最小誤差率および最大安定性を有するＭｔｒｙ値は、さらなる解析のために、最適値（ｍｔｒｙ＝｛４５｝、丸く囲まれている）として選択することができる。
【図８】異なるｎｔｒｅｅ値に対する、ｍｔｒｙ（Ｘ軸）に対するＯＯＢ誤差率の中央値（Ｙ軸）の変化を示すドットプロット。
【図９】４つの群：（１）すべての１６６の遺伝子：ｘラベル  ａ−４５（２）ｍｔｒｙ＝｛４５｝で収束された４０の遺伝子：ラベル  ｆ−４５は、収束された遺伝子の最終セットを示す（３）重要度より選択された最初の４０の遺伝子：１６６の間で最も重要な最初４０の遺伝子を示すラベル  ｉｍｐ−４５に対する、ｍｔｒｙ＝｛４５｝（それぞれ１０回）における、誤差率分布を示すボックスプロット。
【図１０】２つの方法、重要度およびクラスタ順位により選択された遺伝子の数でＯＯＢ誤差率の変化を示す折れ線グラフ。黒線は、初期の１６６の遺伝子セットの重要度順位により選択された遺伝子に対応する。白丸は、重要度の尺度により順位化された４０の収束遺伝子を表す。最小誤差（１１％）は、ｋ＝２４の遺伝子で得られ、赤で丸をつける。黒丸は、ｋクラスタ（ｘ軸）から選択されたｋ値の最良の遺伝子との誤差率に対応する。最小誤差（１１％）は、ｋ＝８の遺伝子（大丸）で得られる。
【発明を実施するための形態】
【００８４】
抗ＴＮＦ治療に対する対象（ヒト患者等）の応答を予測するための方法および組成物（例えば、核酸アレイおよびキット）を本明細書に提供する。また、本開示は、抗ＴＮＦ治療を投与することが、有効である、または有効でない可能性が高い、対象を特定するための予測バイオマーカー（例えば、遺伝子発現レベルまたはＳＮＰ遺伝子型）を提供する。このようなバイオマーカー、組成物、および方法は、関節リウマチ、クローン病、乾癬性関節炎、ベーチェット病、強直性脊椎炎等の疾患、および他の免疫障害を患う対象に対する適切な治療モダリティ（例えば、抗ＴＮＦ治療または非抗ＴＮＦ治療）を選択するのに有用である。
【００８５】
遺伝子発現および抗ＴＮＦ治療に対する応答性
その発現レベル（例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質発現レベル）が、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測する一連の遺伝子が特定されている。遺伝子（およびそれらの対応するＥｎｔｒｅｚ遺伝子ＩＤ番号）を表１に示す。
【００８６】
【表１−１】
2014033676.tif 000002
【００８７】
【表１−２】
2014033676.tif 000003
遺伝子の高発現レベルは、抗ＴＮＦ治療に対する応答性あるいは非応答性を予測することができる。例えば、ＨＤＡＣ４、ＣＸｏｒｆ５２、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＭＸＲＡ７、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＮＴ、ＳＥＬ１Ｌ、ＥＥＡ１、ＦＯＸＪ３、ＤＮＡＨ１、ＰＴＣＨ１、またはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の高発現レベルは、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測するのに対して、ＣＬＴＢ、ＲＢＢＰ４、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＰＣＢＰ２、ＹＩＰＦ６、ＭＹＬＩＰ、ＺＮＦ２９４、ＲＥＲ１、ＣＡＬＭ２、ＡＲＦ５、ＡＲＦ１、ＨＤＡＣ５、ＡＮＫＩＢ１、ＢＲＷＤ２、ＰＧＫ１、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＳＥＲＦ２、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＬＧＡＬＳ９、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＥＧＬＮ２、もしくはＲＰＡ３のうちの１つ以上の高発現レベルは、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測する。
【００８８】
遺伝子の低発現レベルは、抗ＴＮＦ治療に対する応答性あるいは非応答性を予測することができる。例えば、ＣＬＴＢ、ＲＢＢＰ４、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＰＣＢＰ２、ＹＩＰＦ６、ＭＹＬＩＰ、ＺＮＦ２９４、ＲＥＲ１、ＣＡＬＭ２、ＡＲＦ５、ＡＲＦ１、ＨＤＡＣ５、ＡＮＫＩＢ１、ＢＲＷＤ２、ＰＧＫ１、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＳＥＲＦ２、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＬＧＡＬＳ９、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＥＧＬＮ２、もしくはＲＰＡ３のうちの１つ以上の低発現レベルは、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測するのに対して、ＨＤＡＣ４、ＣＸｏｒｆ５２、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＭＸＲＡ７、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＮＴ、ＳＥＬ１Ｌ、ＥＥＡ１、ＦＯＸＪ３、ＤＮＡＨ１、ＰＴＣＨ１、またはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の低発現レベルは、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測する。
【００８９】
抗ＴＮＦ治療に対する応答性または非応答性を予測する際に、表１に示される遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルは、少なくとも約１．５倍（例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３．０倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４．０倍、または少なくとも約５倍以上）で、上昇する、または低下し得る。
【００９０】
遺伝子発現は、例えば、標的遺伝子のタンパク質またはｍＲＮＡ発現として検出することができる。つまり、遺伝子の存在または発現レベル（量）は、遺伝子のｍＲＮＡまたはタンパク質発現のレベルを検出するおよび／または測定することにより判定することができる。いくつかの実施形態において、遺伝子発現は、表１に示される遺伝子等の遺伝子によりコード化されるタンパク質の活性として検出することができる。
【００９１】
様々の適した方法が、遺伝子のｍＲＮＡ発現のレベルを検出するおよび／または測定するために、利用することができる。例えば、ｍＲＮＡ発現は、ノーザンブロット、またはドットブロット解析、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ、例えば、定量ＲＴ−ＰＣＲ）、原位置ハイブリダイゼーション（例えば、定量的原位置ハイブリダイゼーション）、または核酸アレイ（例えば、オリゴヌクレオチドアレイまたは遺伝子チップ）解析を用いて判定することができる。このような方法の詳細は、下記に、および例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  ｖｏｌ．１，２  ａｎｄ  ３．Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ：Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  ＵＳＡ，Ｎｏｖ．１９８９、Ｇｉｂｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．６（１０）：９９５−１００１、およびＺｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｓｃｉ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．３９（８）：２７７７−２７８５、米国出願第２００４０８６９１５号、欧州特許第０５４３９４２号、および米国特許第７，１０１，６６３号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【００９２】
一例において、生体試料中で１つ以上の個別のｍＲＮＡ集団の存在または量は、生体試料から総ｍＲＮＡを単離し（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（上記）および米国特許第６，８１２，３４１号参照）、単離されたｍＲＮＡをアガロースゲル電気泳動に供し、サイズ別にｍＲＮＡを分離することにより、判定、測定することができる。サイズ分離されたｍＲＮＡは、その後、ニトロセルロース膜等の固体支持体に（例えば、拡散により）移送される。その後、生体試料中における１つ以上のｍＲＮＡ集団の存在または量は、着目ｍＲＮＡ配列に相補的な、それらの対応するｍＲＮＡ集団に結合し、ひいては、検出可能な状態にする、１つ以上の検出可能に標識化されたポリヌクレオチドプローブを用いて判定することができる。検出可能な標識としては、例えば、蛍光性標識（例えば、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセン（ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ）、塩化ダンシル、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、またはフィコエリトリン）、発光標識（例えば、ユウロビウム、テルビウム、Ｑｕａｎｔｕｍ  Ｄｏｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡにより供給されるＱｄｏｔ（商標）ナノ粒子）、放射性標識（例えば、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓ、３２Ｐ、３３Ｐ、または３Ｈ）、および酵素標識（わさび大根ペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、ベータガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼ）が挙げられる。
【００９３】
別の例において、生体試料中における個別のｍＲＮＡ集団（例えば、表１に示される１つ以上の遺伝子によりコード化されたｍＲＮＡ）の存在または量は、核酸（またはオリゴヌクレオチド）アレイ（例えば、「アレイおよびキット」の下記項目に記載されるアレイ）を用いて判定、測定することができる。例えば、生体試料から単離されたｍＲＮＡは、ランダムヘキサマーまたはオリゴ（ｄＴ）プライマー媒介の第１鎖合成によるＲＴ−ＰＣＲを用いて増幅することができる。ＲＴ−ＰＣＲのステップを用いて、単位複製配列を検出可能に標識化することができ、または任意に、単位複製配列は、ＲＴ−ＰＣＲステップの後で、検出可能に標識化することができる。例えば、検出可能な標識は、様々の適した技法（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．、上記参照）を用いて、単位複製配列に対して酵素的（例えば、ニックトランスレーションまたはＴ４ポリヌクレオチドキナーゼ等のキナーゼにより）または化学的に接合させることできる。検出可能に標識化された単位複製配列は、その後、複数のポリヌクレオチドプローブセット（それぞれのセットは、対応する単位複製配列に対して特異的な（および結合することができる）１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、オリゴヌクレオチド）プローブを含有する）に接触し、該複数のポリヌクレオチドプローブセットは、異なる単位複製配列にそれぞれ対応する多くのプローブセットを含有する。一般に、プローブセットは、固体支持体に結合し、それぞれのプローブセットの位置は、固体支持体上であらかじめ決定される。検出可能に標識化された単位複製配列のプローブセットの対応するプローブへの結合は、生体試料中での、標的ｍＲＮＡの存在または量を表す。核酸アレイを用いたｍＲＮＡ発現を検出するためのさらなる方法は、米国特許第５，４４５，９３４号、第６，０２７，８８０号、第６，０５７，１００号、第６，１５６，５０１号、第６，２６１，７７６号、および第６，５７６，４２４号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【００９４】
検出可能な標識を検出する方法および／または定量化するための方法は、標識の種類により異なる。適切な酵素（ここで検出可能な標識が酵素である。上記参照）により触媒された反応生成物は、蛍光性、発光性、または放射性であり得る、またはそれらは、可視光線または紫外線を吸収し得るが、それらに制限されない。このような検出可能な標識を検出するために適した検出器の例としては、Ｘ線フィルム、放射能カウンター、シンチレーションカウンター、分光光度計、比色計、蛍光光度計、照度計、および濃度計が挙げられるが、これらに限定されない。
【００９５】
遺伝子の発現はまた、遺伝子によりコード化されたタンパク質の発現を検出するおよび／または測定することにより判定され得る。タンパク質発現を判定するための方法は、一般に、着目標的タンパク質に対して特異的な抗体の使用を含む。例えば、タンパク質発現を判定するための方法としては、ウエスタンブロット法またはドットブロット解析、免疫組織化学（例えば、定量化免疫組織化学）、免疫細胞化学、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）、酵素結合免疫吸着スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ、Ｃｏｌｉｇａｎ，Ｊ．Ｅ．，ｅｔ  ａｌ．，  ｅｄｓ．（１９９５）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．Ｗｉｌｅｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、または抗体アレイ解析（例えば、米国出願第２００３００１３２０８号および第２００４１７１０６８号参照、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる）が挙げられるが、これらに限定されない。上記の方法の多くのさらなる説明およびタンパク質発現を検出するためのさらなる方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（上記参照）で見出すことができる。
【００９６】
一例において、遺伝子（例えば、表１に示される遺伝子）のタンパク質発現の存在または量は、ウエスタンブロット法を用いて判定することができる。例えば、溶解物は、生体試料から調製することができる、または生体試料それ自身を、Ｌａｅｍｍｌｉバッファーと接触させ、ドデシルスルホン酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）に供することができる。サイズ別に分解されたＳＤＳ−ＰＡＧＥ還元されたタンパク質を、その後、フィルター膜（例えば、ニトロセルロース）に移送し、検出可能に標識化された着目タンパク質に対して特異的な抗体を用いて免疫ブロット法に供することができる。結合した検出可能に標識化された抗体の存在または量は、生体試料中でのタンパク質の存在または量を表す。
【００９７】
別の例において、免疫測定法を、遺伝子（例えば、表１に示される遺伝子）のタンパク質発現を検出するおよび／または測定するために使用することができる。上記のように、検出の目的のために、免疫測定法は、検出部分（例えば、蛍光剤または酵素）を担持する抗体を用いて行うことができる。生体試料からのタンパク質は、固相マトリックス（例えば、マルチウェルアッセイプレート、ニトロセルロース、アガロース、セファロース、コード化された粒子、または電磁ビーズ）に直接接合することができる、または特異結合対（例えば、ストレプトアビジンまたはビオチン）の第２の員に結合する際に、固相マトリックスに付着する特異結合対（例えば、ビオチンまたはストレプトアビジン）の第１の員に接合することができる。固相マトリックスに対するこのような付着は、検出抗体と接触する前に、タンパク質が、生体試料の他の干渉または不適切な成分から精製されることを可能し、また、非結合抗体のその後の洗浄を可能にする。ここでも、上記のように、結合した検出可能に標識化された抗体の存在または量は、生体試料中でのタンパク質の存在または量を表す。
【００９８】
１つ以上の遺伝子によりコード化されたタンパク質に対して特異的な抗体または抗体フラグメントを生成するための方法は、例えば、動物を用いた免疫付与により、またはファージ提示法等の体外法により、生成することができる。標的タンパク質のすべてまたは一部を含むポリペプチドを使用して、抗体または抗体フラグメントを生成することができる。抗体は、モノクローナル抗体またはポリクローン抗体の調製物であり得る。
【００９９】
遺伝子発現（例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質発現）を検出するまたは測定するための方法は、任意に、複数の試料の迅速な調製、加工、および分析を可能とする形式で行うことができる。これは、例えば、マルチウェルアッセイプレート（例えば、９６ウェルまたは３８６ウェル）またはアレイ（例えば、核酸チップまたはタンパク質チップ）中であり得る。様々な試薬のための原液は、手作業で、またはロボット制御で与えられ、その後の試料調製（例えば、ＲＴ−ＰＣＲ、標識化、または細胞固定）、ピペット操作、希釈、混合、分配、洗浄、インキュベーション（例えば、ハイブリダイゼーション）、試料読み出し、データ収集（光学データ）および／または解析（コンピュータを使った画像解析）は、商業的に利用可能な解析ソフトウエア、ロボット、およびアッセイから生成されたシグナルを検出することができる検出器具類を用いて行うことができる。このような検出器の例としては、分光光度計、照度計、蛍光光度計、および放射性同位体崩壊を測定する装置が挙げられるが、これらに限定されない。例示的なハイスループット細胞ベースの解析（例えば、細胞内の標的タンパク質の存在またはレベルを検出する）は、ＡｒｒａｙＳｃａｎ（登録商標）ＶＴＩ  ＨＣＳ  ＲｅａｄｅｒまたはＫｉｎｅｔｉｃＳｃａｎ（登録商標）ＨＣＳ  Ｒｅａｄｅｒテクノロジー（Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ  Ｉｎｃ．，Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇ，ＰＡ）を利用することができる。
【０１００】
いくつかの実施形態において、少なくとも２つの遺伝子（例えば、少なくとも３つの遺伝子、少なくとも４つの遺伝子、少なくとも５つの遺伝子、少なくとも６つの遺伝子、少なくとも７つの遺伝子、少なくとも８つの遺伝子、少なくとも９つの遺伝子、少なくとも１０の遺伝子、少なくとも１１の遺伝子、少なくとも１２の遺伝子、少なくとも１３の遺伝子、少なくとも１４の遺伝子、少なくとも１５の遺伝子、少なくとも１６の遺伝子、少なくとも１７の遺伝子、少なくとも１８の遺伝子、少なくとも１９の遺伝子、少なくとも２０の遺伝子、少なくとも２１の遺伝子、少なくとも２２の遺伝子、少なくとも２３の遺伝子、または少なくとも２４の遺伝子またはそれ以上）の発現レベル（または活性）は、評価および／または測定することができる。
【０１０１】
表１に示される遺伝子のうちの１つ以上の発現の存在またはレベルを検出するのに役立てるために、遺伝子の核酸配列は、例えば、（例えば、増幅または逆転写のために）ハイブリダイゼーションポリヌクレオチドプローブまたはプライマーとして使用することができる。プローブおよびプライマーは、生体試料から得られたＲＮＡまたはＤＮＡ標的に対して特異的なハイブリダイゼーションを提供するために、十分な長さのオリゴヌクレオチドであり得る。特定な用途によって異なるが、種々のハイブリダイゼーション条件を利用して、プローブまたはプライマーの標的配列に対する種々の程度の選択性を達成することができる。
【０１０２】
標準的なストリンジェンシー条件は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ  ａｌ．（上記参照）およびＨａｙｍｅｓ，ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．（１９８５）により記載される。核酸分子が、プライマーまたはプローブとしての機能を果たすためには、利用される特定のハイブリダイゼーション条件（例えば、溶媒および塩濃度）下で、安定した二本鎖構造を形成することができる配列において十分に相補的であることのみが必要である。
【０１０３】
例えば、約４５℃で、６．０×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）、次いで、５０℃で、２．０×ＳＳＣの洗浄で、ＤＮＡハイブリダイゼーションを促進する等の、適切なストリンジェンシー条件は、当業者に知られており、また、Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９）で見出すことができ、それらの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。例えば、洗浄ステップにおける塩濃度は、５０°Ｃで約２．０×ＳＳＣの低いストリンジェンシーから、５０°Ｃで約０．２×ＳＳＣの高いストリンジェンシーまで選択することができる。洗浄ステップに用いられた温度は、室温（約２２℃）で低いストリンジェンシー条件から、約６５℃で高いストリンジェンシー条件までに増加することができる。温度および塩濃度は独立して、変化し得る。
【０１０４】
プライマーおよびプローブは、ハイブリダイゼーションアッセイもしくは技法、または様々なＰＣＲ型の方法において、使用することができる。プライマーおよびプローブは、検出を容易にする試薬（例えば、蛍光標識、化学標識（例えば、米国特許４，５８２，７８９号および第４，５６３，４１７号参照）、または修飾塩基）を用いて、検出可能に標識化することができる。
【０１０５】
さらに、核酸配列（例えば、オリゴヌクレオチドプローブ）を、遺伝子発現の検出および／または定量化のために、核酸アレイ（「アレイおよびキット」の下記項目に記載される核酸アレイ等）において使用することができる。
【０１０６】
単一ヌクレオチド多型および抗ＴＮＦ治療に対する応答性
抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性と関連がある一連のＳＮＰ遺伝子型が特定されている。したがって、これらのＳＮＰ遺伝子型のうちの１つ以上の存在を使用して、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測することができる。ＳＮＰ遺伝子型（それらの染色体位置、ＳＮＰ  ＩＤ番号、および遺伝子型により識別される）を表２〜４および１３に示す。
【０１０７】
【表２−１】
2014033676.tif 000004
【０１０８】
【表２−２】
2014033676.tif 000005
【０１０９】
【表３−１】
2014033676.tif 000006
【０１１０】
【表３−２】
2014033676.tif 000007
【０１１１】
【表４−１】
2014033676.tif 000008
【０１１２】
【表４−２】
2014033676.tif 000009
特定のＳＮＰ遺伝子型の存在は、抗ＴＮＦ治療に対する応答性を予測することができる。例えば、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測する。
【０１１３】
特定のＳＮＰ遺伝子型の存在は、抗ＴＮＦ治療に対する非応答性を予測することができる。例えば、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）のうちの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測する。別の例において、表３、４、および１３のうちのいずれか１つからのＳＮＰ遺伝子型のうちの１つ以上の存在は、抗ＴＮＦ治療に対する対象の非応答性を予測することができる。
【０１１４】
ＳＮＰの存在を検出するための方法は、当技術分野において知られており、添付の実施例で説明される。ＳＮＰ遺伝子型を判定するために適した方法としては、例えば、サザンブロット（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（上記参照））、リアルタイムＰＣＲ分析（例えば、Ｏｌｉｖｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  ２（４）：２０２−２０８参照）、核酸アレイ解析、対立遺伝子特異的なＰＣＲ法（例えば、定量的対立遺伝子特異的なＰＣＲ法）、ピロシーケンス法、ＤＮＡ基配列決定法（例えば、サンガー（Ｓａｎｇｅｒ）化学シーケンス）、または分子指標の使用（例えば、Ｔｙａｇｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１６：４９−５３、Ａｂｒａｖａｙａ  ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｌａｂ．Ｍｅｄ．４１：４６８−４７４、およびＭｕｌｌａｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９）Ｎｕｃｌｅｏｓ  Ｎｕｃｌｅｏｔ．１８：１３１１−１３１２参照、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる）が挙げられる。
【０１１５】
サザンブロット解析を用いてＳＮＰ遺伝子型を判定するために、まず、ゲノムＤＮＡを、例えば、ＮＰ４０浄化剤、ＳＤＳ、プロテイナーゼＫ消化を用い、次いで、ＮａＣｌ抽出、およびエタノール洗浄することにより、対象（例えば、ヒト患者）からの生体試料から単離する。着目ＳＮＰを含有するＤＮＡの領域は、ＰＣＲを用いて、増幅することができる。単位複製配列は、ゲル電気泳動を供して、サイズ別に核酸を分離し、その後、ニトロセルロース膜等の固体支持体に移送し得る。生体試料中でＳＮＰの存在を検出するために、単位複製配列を含有する固体支持体を、適切なストリンジェンシー条件下で、ＳＮＰに対して特異的にハイブリダイズする、検出可能に標識化された、相補的なオリゴヌクレオチドプローブと接触させることができる。単位複製配列に対するプローブの結合は、生体試料中における、対応するＳＮＰの存在を表す。
【０１１６】
別の例において、ＳＮＰ遺伝子型はまた、核酸アレイを用いて検出することもできる。例えば、生体試料から単離されたゲノムＤＮＡは、上に記載されるように、ＰＣＲを用いて、増幅することができる。単位複製配列は、ＰＣＲ増幅過程中（例えば、１つ以上の検出可能に標識化されたｄＮＴＰを用いて）、またはニックトランスレーション等の様々な化学または酵素技法を用いて増幅過程後で、検出可能に標識化することができる。増幅および標識化に続いて、検出可能に標識化された単位複製配列は、その後、複数のポリヌクレオチドプローブセット（それぞれのセットは、対応する単位複製配列に対して特異的な（および結合することができる）１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、オリゴヌクレオチド）プローブを含有する）に接触し、該複数のポリヌクレオチドプローブセットは、異なる単位複製配列にそれぞれ対応する多くのプローブセットを含有する。一般に、プローブセットは、固体支持体に結合し、それぞれのプローブセットの位置は、固体支持体上であらかじめ決定される。検出可能に標識化された単位複製配列のプローブセットの対応するプローブに対する結合は、生体試料中で、そのように増幅されたＳＮＰの存在を表す。核酸アレイを用いてＳＮＰを検出するための適した条件および方法は、例えば、Ｌａｍｙ  ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ３４（１４）：ｅ１００、欧州特許公開第１２３４０５８号、米国出願第２００６０００８８２３号および第２００３００５９８１３号、および米国特許第６，４１０，２３１号にさらに記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【０１１７】
いくつかの実施形態において、表２〜４または１３に示される少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５）のＳＮＰ遺伝子型の有無を、検出および／または使用して、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測することができる。
【０１１８】
ＳＮＰを検出するための方法のうちのいずれも、任意に、複数の試料の迅速な調製、加工、および分析を可能とする形式で行うことができる（上記参照）。
【０１１９】
表２〜４または１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちの１つ以上の検出は、ＳＮＰそれ自身の核酸配列、および例えば、ハイブリダイゼーションポリヌクレオチドプローブまたはプライマー（例えば、増幅または逆転写のため）として、周辺配列を使用することができる。ＳＮＰプローブは、適したハイブリダイゼーション条件下で、ＳＮＰ領域で特異的にハイブリダイズするために、十分な長さ、および対応するＳＮＰ領域に対して相補性を有する配列を含有しなければならない。例えば、ＳＮＰプローブは、着目ＳＮＰに対して、少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、または５５以上）のヌクレオチド５’または３’を含むことができる。それぞれのプローブの多形性部位（すなわち、ＳＮＰ領域）は、一般に、異なる対立遺伝子の間で共通である配列により片側または両側に位置する。
【０１２０】
試料および試料収集
本明細書に記載される方法のための適した生体試料は、任意の生体液、細胞、組織、またはその画分を含み、核酸（例えば、ＤＮＡまたはｍＲＮＡ）またはタンパク質等の着目検体生体分子を含む。生体試料は、例えば、対象（例えば、ヒト等の哺乳類）から得られた検体、または対象から生じたものであり得る。例えば、試料は、生検により得られた組織切片、または組織培養に置かれたもしくは適応された細胞であり得る。生体試料はまた、尿、血液、血漿、血清、唾液、精液、痰、脳脊髄液、涙、もしくは粘液等の生体液、または紙もしくは高分子基板に吸収される試料のようなものであり得る。生体試料は、必要に応じて、特定の細胞型を含有する画分に対して、さらに分画することができる。例えば、血液試料は、血清または赤血球細胞もしくは白血球細胞（白血球）等の血液細胞の特定型を含有する画分に分画することができる。必要に応じて、試料は、組織および液体試料の組み合わせ等の対象からの試料の組み合わせであり得る。
【０１２１】
生体試料は、対象、例えば、関節リウマチまたはクローン病等の炎症性疾患に罹患する、罹患する疑いがある、またはそれを発症する危険性がある対象から得ることができる。例示的な方法は、例えば、静脈切開術、スワブ（例えば、口腔スワブ）、細針吸引生検の手順を含むが、生体試料を得るための任意の適した方法を、利用することができる。細針吸引しやすい組織の限定されない例としては、リンパ節、肺、甲状腺、胸、および肝臓が挙げられる。試料はまた、例えば、マイクロダイセクション（例えば、レーザー・キャプチャー・マイクロダイセクション（ＬＣＭ）またはレーザーマイクロダイセクション（ＬＭＤ））、膀胱洗浄、スミア（ＰＡＰスミア）、または管洗浄（ｄｕｃｔａｌ  ｌａｖａｇｅ）により収集することができる。
【０１２２】
試料中で、分子（例えば、核酸またはタンパク質）の活性または完全性を保つ試料を得るおよび／または保存するための方法は、当業者に周知である。例えば、生体試料は、適切なバッファー等の１つ以上の追加剤および／またはヌクレアーゼ、プロテアーゼ、およびホスファターゼ阻害剤を含む阻害剤と接触し、それらは、試料中で、分子（例えば、核酸またはタンパク質）の変化を保つまたは最小化することができる。このような阻害剤としては、例えば、エチレンジアミン４酢酸（ＥＤＴＡ）、エチレン・グリコールビス（Ｐ−アミノエチルエーテル）Ｎ，Ｎ，Ｎ１，Ｎｌ−四酢酸（ＥＧＴＡ）等のキレート剤、フッ化フェニルメチルスルホニル（ＰＭＳＦ）、アプロチニン、ロイペプチン、アンチパイン等のプロテアーゼ阻害剤、およびリン酸塩、フッ化ナトリウム、バナジウム酸塩等のホスファターゼ阻害剤が挙げられる。分子を単離するための適切なバッファーおよび条件は、当業者に周知であり、例えば、特徴付けられた試料中で分子型によって異なり得る（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ  ４７），Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９９）、Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９８８）、Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ（１９９９）、Ｔｉｅｔｚ  Ｔｅｘｔｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３ｒｄ  ｅｄ．Ｂｕｒｔｉｓ  ａｎｄ  Ａｓｈｗｏｏｄ，ｅｄｓ．Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，（１９９９）参照）。また、試料は、干渉物質の存在を排除または最小化するために、加工することができる。例えば、生体試料を、分画または精製して、着目しない１つ以上の物質を除去することができる。生体試料を分画または精製するための方法としては、液体クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、または親和性クロマトグラフィー等のクロマトグラフ法が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１２３】
本明細書に記載される方法で用いるために、試料は、様々な物理的状態であり得る。例えば、試料は、液体または固体であり得、液体中で分解される、または懸濁され得、乳剤またはゲル中であり得、材料上に吸収され得る。
【０１２４】
例示的な生体試料、試料を得るための方法、および精製法（例えば、ｍＲＮＡ精製法）は、添付の実施例において詳述される。
【０１２５】
用途
本明細書に記載する方法および組成物を使用して、例えば、（ａ）抗ＴＮＦ治療に対する対象（例えば、ヒト）の応答性または非応答性を予測する、および／または（ｂ）対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを得ることができる。プロファイルは、表１に示す１つ以上の遺伝子等の１つ以上の遺伝子が発現するかどうか（例えば、する、または、しない）を示す情報、および／または１つ以上の遺伝子（例えば、表１に示す１つ以上の遺伝子）の発現レベルを示す情報を含むことができる。プロファイルは、表２〜４または１３に示す１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を示す情報も追加して（または、代替として）含むことができる。抗ＴＮＦ治療応答プロファイルは、１つ以上の付加的遺伝子、および／または１つ以上の付加的ＳＮＰ遺伝子型の発現レベルを含むことができる。
【０１２６】
本明細書に記載する応答プロファイルは、表１に示す少なくとも２つ以上（例えば、少なくとも３つ以上、少なくとも４つ個以上、少なくとも５つ以上、少なくとも６つ以上、少なくとも７つ以上、少なくとも８つ以上、少なくとも９つ以上、少なくとも１０以上、少なくとも１１以上、少なくとも１２以上、少なくとも１３以上、少なくとも１４以上、少なくとも１５以上、少なくとも１６以上、少なくとも１７以上、少なくとも１８以上、少なくとも１９以上、少なくとも２０以上、少なくとも２１以上、少なくとも２２以上、少なくとも２３以上、または少なくとも２４以上）の遺伝子の発現または発現レベルにおける情報を含むことができる。
【０１２７】
複数の遺伝子（例えば、表１に示す２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４またはそれ以上の遺伝子）をセットまたはクラスタへ分類することにより、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答または非応答の分類の感度または選択性を向上することができる。例えば、添付の実施例は、表１に示す遺伝子の８つのクラスタへの分類を説明する。次いで、それぞれのクラスタから選択された個別の遺伝子を含む遺伝子のグループは、予測精度に関して試験することができ、分類条件は、遺伝子グループに基づき再計算することができる。これは、例えば、単一遺伝子ベースの分類条件と比較して、予測精度が向上した分類条件（例えば、８つの遺伝子または２４の遺伝子の分類条件）を得ることができる。それぞれのクラスタからの遺伝子の任意の分類は、より精度な分類条件をもたらすことができる。多くの場合、それぞれのクラスタ内の遺伝子は、精度を有意に落とさずに、互いに置換することができる。さらに、表１に示す任意の遺伝子は、分類（例えば、８つの遺伝子または２４の遺伝子の分類）に戻すことが可能である。
【０１２８】
いくつかの遺伝子（例えば、表１に示すいくつかの遺伝子）は、細胞または組織に特異的な方法で発現することができることが理解される。しかしながら、そのような発現における差異は、様々な方法で生かすことができる。例えば、特定の細胞種（好中球、単球、またはＢ細胞）が分析される実施形態において、その細胞種内で発現する１つ以上の遺伝子（または遺伝子グループ）を選択するのが有用であり得る。そのような戦略は、生体試料が複数の細胞または組織種を含むが、特定の細胞または組織種のみが分析される場合にも有用で得る。したがって、関心対象の標的細胞種内のみで、または主に発現する遺伝子の特定のセットを選択することで、より焦点を当てたな予測を提供することができる。
【０１２９】
本明細書に記載する応答プロファイルは、表２〜４または１３に示す、少なくとも２つ以上（例えば、少なくとも３つ以上、少なくとも４つ以上、少なくとも５つ以上、少なくとも６つ以上、少なくとも７つ以上、少なくとも８つ以上、少なくとも９つ以上、少なくとも１０以上、少なくとも１１以上、少なくとも１２以上、少なくとも１３以上、少なくとも１４以上、少なくとも１５以上、少なくとも１６以上、少なくとも１７以上、少なくとも１８以上、少なくとも１９以上、少なくとも１１以上、少なくとも２１以上、少なくとも２２、または少なくとも２４以上）のＳＮＰ遺伝子型の有無における情報を追加して（または、代替として）含むことができる。
【０１３０】
結果として得られた情報（抗ＴＮＦ治療応答プロファイル）を、本明細書に記載する抗ＴＮＦ治療のいずれか等の抗ＴＮＦ治療に対する対象（例えば、ヒト患者）の応答を予測するのに使用することができる。また、例えば、１つ以上の遺伝子（例えば、１つ以上の表１に示す遺伝子）の分析した発現レベルが、疾患の生理上または行動上の症状が明らかになったかどうか、そのような応答または疾患を示すことができるため、応答プロファイルを、様々な治療、および／または様々な病状に対する対象の応答を予測する上で使用することができる。
【０１３１】
抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答性（および、反対に、非応答性）は、様々な方法で分類することができ、分類は、対象の疾患（例えば、関節リウマチ、クローン病、または抗ＴＮＦ剤を含む治療で治療可能な任意の他の疾患）、疾患の重症度、および対象が投与される特定の薬剤に依存する。例えば、関節リウマチを罹患する対象（例えば、ヒト）の応答性を、圧痛関節数、腫脹関節数、疼痛、対象による改善の包括的自己評価、医師による対象の改善の包括的自己評価、対象の障害の改善、または急性反応物質（例えば、赤血球沈降速度（ＥＳＲ）、もしくは、Ｃ反応性タンパク質の存在またはそのレベルによって判定される）が挙げられるが、これらに制限されない多くの臨床兆候（例えば、米国リウマチ学会（ＡＣＲ）−コアセット測定）の１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、または６つ以上）において、少なくとも約２０％（例えば、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、または、少なくとも約７０％、あるいはそれ以上）の改善を達成しているとして分類することができる。つまり、対象が、例えば、圧痛関節数および腫脹関節数において約２０％の改善、ならびに５つの残りのＡＣＲコアセット測定（上記を参照）のうちの３つにおいて改善を呈する場合、対象を抗ＴＮＦ治療に対して応答すると分類することができる。いくつかの例では、対象は、２０％（ＡＣＲ２０％）、５０％（ＡＣＲ５０％）、または７０％（ＡＣＲ７０％）のＡＣＲ基準を使用して、抗ＴＮＦ治療に対して反応すると分類される。そのような改善を、例えば、同一の対象のプラシーボに対する反応性と比較することができる。
【０１３２】
抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性は、腫脹関節および圧痛関節数、ならびにＥＳＲまたはＣＲＰの測定である疾患活性度スコア（ＤＡＳまたはＤＡＳ２８）を使用して分類することもできる。例えば、ＤＡＳ２８は、患者の腫脹関節数、圧痛関節数、ＥＳＲ（ｍｍ／時）およびＶＡＳ（視覚的アナログ尺度）の一般健康状態を分析して測定することができる。ＤＡＳ基準では、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性は、例えば、少なくとも約１ヶ月（例えば、少なくとも約１．５ヶ月、少なくとも約２．０ヶ月、少なくとも約２．５ヶ月、少なくとも約３．０ヶ月、少なくとも約４．０ヶ月、少なくとも約５ヶ月、または少なくとも約６ヶ月）で、少なくとも約１．２（例えば、少なくとも約１．３、少なくとも約１．４、少なくとも約１．５、少なくとも約１．６、少なくとも約１．７、少なくとも約１．８、少なくとも約１．９、少なくとも約２．０、少なくとも約２．１、少なくとも約２．２、少なくとも約２．３、少なくとも約２．４、少なくとも約２．５、または少なくとも約２．６、あるいはそれ以上）のＤＡＳの改善である。ＤＡＳおよびＤＡＳ２８の結果は、ＤＡＳが１〜９の範囲で変化し、ＤＡＳ２８が２〜１０の範囲で変化するため、直接代替することは不可能であるが、以下の変換公式を使用して、ＤＡＳからＤＡＳ２８を計算することができる。
ＤＡＳ２８＝（１，０７２ｘＤＡＳ）＋０，９３８
ＤＡＳ（例えば、ＤＡＳの計算方法）および抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性のＡＣＲ分類に関するさらなる情報は、例えば、Ｂｒａｕｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ａｎｎ．  Ｒｈｅｕｍ．  Ｄｉｓ．  ６２：  １０２３−１０２４、Ｆｅｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９５）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ａｎｄ  Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ  ３８（６）、Ｖｅｒｈｏｅｖｅｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２０００）５９：９６６−９７４、米国リウマチ学会のウェブサイト、または、オランダのナイメーヘン大学医療センターのリウマチ科のウェブサイトで確認することができる。
【０１３３】
すべての年齢の対象が、抗ＴＮＦ治療で治療可能な疾患に罹患し得る。例えば、クローン病の第１の症状は、思春期から中高年に現れ得る。したがって、本明細書に記載する方法に使用する生体試料を、抗ＴＮＦ治療によって治療可能な疾患（例えば、関節リウマチ）を有する、または有することが疑われる成人等の成人など、子供、若者、成人を含む、任意の年齢の対象（例えば、ヒト）から得ることができる。該方法は、抗ＴＮＦ治療によって治療可能な疾患を発症する危険のある個人に適用することができる。そのような個人には、（ｉ）そのような疾患の（遺伝的素因）の家族歴、または（ｉｉ）そのような疾患を発症させる１つ以上危険因子を有する個人が挙げられる。
【０１３４】
本明細書に記載する方法は、例えば、１つ以上の遺伝子（例えば、表１に示す１つ以上の遺伝子）の発現レベル（例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベル）を評価するステップを含むことができ、そこでは、１つ以上の遺伝子の発現レベルは、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答を予測する。「評価するステップ」は、例えば、試験生体試料内の１つ以上の遺伝子の発現を、関心対象の特定の遺伝子の（例えば、参考生体試料における）周知または対照発現レベルと比較するステップを含むことができる。例えば、試験生体試料内の１つ以上の遺伝子の発現レベルを、同一種の健常な対象の対応する発現レベル、または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、または４０、もしくはそれ以上）の健常な対象の平均発現レベルと比較することができる。対照試料は、抗ＴＮＦ治療に応答した、または抗ＴＮＦ治療に応答しなかった１つ以上の対象の発現レベル（または平均発現レベル）でもあり得る。評価するステップは、１つ以上の遺伝子（例えば、表１に示す１つ以上の遺伝子）の発現レベルが、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測するとして既定した値の範囲内に含まれるかどうかを判定するステップを含むこともできる。いくつかの実施形態において、評価するステップは、１つ以上の遺伝子（例えば、表１に示す１つ以上の遺伝子）の発現が、所定のカットオフ値を上回るまたは下回るかどうかを判定するステップであり得る、またはそれを含むことができる。カットオフ値は、典型的には、それより上回る、あるいは下回る場合、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測する、あるいは再試験の理由となると考えられる、遺伝子の発現レベル、または別の遺伝子の発現レベルに対する遺伝子の発現レベルの割合である。したがって、本明細書に記載する方法（および組成物）に従い、遺伝子（例えば、表１に示す遺伝子）の基準発現レベルを、それより上回る、または下回るレベルが抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測するカットオフ値として特定する。抗ＴＮＦ治療応答プロファイルは、全体として（プロファイルのすべての遺伝子の発現レベル）、一部において（プロファイル内の遺伝子（例えば、８または２４の遺伝子）の特定の集合体またはグループ）、または各遺伝子に基づいて解釈することができることを理解されたい。
【０１３５】
いくつかのカットオフ値は、臨床相関が、カットオフのいずれかの側における値の範囲にわたって依然として有意のままでありうるという点で、絶対的ではないが、特定の試料タイプの遺伝子の発現レベルの最適なカットオフ値（例えば異なるＨスコア）を選択することが可能である。本明細書に記載の方法に使用するために判定されたカットオフ値は、例えば、公開された発現レベルの範囲と比較することができるが、使用する手順および患者集団に対して個別化することができる。最適なカットオフ値における改善は、使用する統計法の高度化、および異なる遺伝子および試料タイプの参考レベル値を判定するために使用する試料の数および源によって判定することができることを理解される。したがって、確立したカットオフ値を、手順または集団分布における定期的な再評価または変化に基づいて上下に調節することができる。
【０１３６】
１つ以上の遺伝子の基準発現レベルは、様々な方法によって決定することができる。基準ベルを、例えば、健康な、抗ＴＮＦ治療に対して応答する、または抗ＴＮＦ治療に対して応答しない対象（例えば、患者）集団における関心対象の遺伝子の発現レベルの比較により決定することができる。これは、例えば、ヒストグラム分析により達成することができ、その分析では、患者全体のコホートがグラフで示され、第１の軸は、遺伝子の発現レベルを示し、第２の軸は、対象の試料が所与量において１つ以上の発現レベルを含む、コホートの対象の数を示す。次いで、遺伝子の基準発現レベルの決定は、これらの個別のグループを最も良く区別する量に基づき行うことができる。基準レベルは、すべての対象に均一に適用可能な単一の数であるか、または基準レベルは、対象の特定の亜母集団に従い異なり得る。例えば、高齢の対象は、同一の代謝異常に対して若い対象と異なる基準レベルを有し得る。また、より進行した（例えば、抗ＴＮＦ治療により治療可能な疾患のより進行した病状）疾患を有する対象は、より軽度な病状を有する対象と異なる基準レベルを有し得る。
【０１３７】
１つ以上の遺伝子の基準発現レベルを決定する方法を、添付の実施例に詳細に記載する。
【０１３８】
対象が抗ＴＮＦ治療に対して応答する、または応答しないことを予測した後、医療実践者（例えば、医師）は、対象に対する適切な治療法（例えば、それぞれ、抗ＴＮＦ治療または非抗ＴＮＦ治療）を選択することができる。対象に対する治療を選択するステップは、例えば、（ｉ）薬剤の処方箋を出す、（ｉｉ）薬剤を対象に与える（しかし、必ずしも投与することではない）（例えば、患者が診療所にいる間に処方薬のサンプルを患者に渡す）、（ｉｉｉ）提案または推奨した治療薬（例えば、抗ＴＮＦ治療または非抗ＴＮＦ治療）に関する患者へのコミュニケーション（口頭、文面（処方箋以外）、または電子（ｅメール、安全サイトへの公表）、または（ｉｖ）対象に対する適切な治療薬の決定および例えば、患者の記録目的で、他の医療従事者へ情報を知らせることであり得る。後述の（ｉｖ）は、例えば、異なる医療実践者によって１つ以上の治療剤が患者に投与される場合に有用であり得る。
【０１３９】
抗ＴＮＦ応答プロファイルは、電子形式（例えば、コンピュータまたはＤＶＤ、ＣＤまたはフロッピー（登録商標）ディスク等の他の電気（コンピューターが読み取り可能な）媒体上に記録される患者記録）または書面形式であってもよいことが理解される。抗ＴＮＦ応答プロファイルは、複数（例えば、２、３、４，５、１０、２０、３０、５０、または１００、あるいはそれ以上）の対象（例えば、ヒト患者）の情報を含むことができる。そのような複数の対象応答プロファイルを、例えば対象コホートの特定の特徴の分析（例えば、統計分析）に使用することができる。
【０１４０】
対象が抗ＴＮＦ治療に応答する、または応答しないことを予測した後、医療実践者（例えば、医師）は、適切な治療薬を対象に投与することができる（例えば、それぞれ、抗ＴＮＦ治療または非抗ＴＮＦ治療）。抗ＴＮＦ抗体または溶解性のＴＮＦ受容体等の抗ＴＮＦ治療を投与する方法は、当該技術において周知であり、例えば、米国特許第５，６５６，２７２号、第６，１９３，９６９号、第５，９１９，４５２号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。同様に、溶解性リンホトキシンベータ受容体または抗ＣＤ２０抗体等の非抗ＴＮＦ治療を投与する方法は、当該技術において周知であり、例えば、米国特許第６，４０３，０８７号、第５，９２５，３５１号、第６，８９６，８８５号、および第７，０６０，６６７号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【０１４１】
本明細書に記載する任意の治療（例えば、抗ＴＮＦ剤を含む治療、または抗ＴＮＦ治療を含まない治療）は、１つ以上の付加的な治療剤を含むことができることが理解される。つまり、本明細書に記載する任意の治療には、本明細書に記載の１つ以上の非抗ＴＮＦ剤が挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の付加的治療剤と共投与する（組み合わせて投与する）ことができる。例えば、抗ＴＮＦ剤を含む治療は、１つ以上の抗ＴＮＦ剤（例えば、溶解性ＴＮＦ受容体および抗ＴＮＦ抗体）を含むことができる。抗ＴＮＦ剤を含む治療は、例えば、メトトレキサート（ＭＴＸ）等の１つ以上の非抗ＴＮＦ剤を含むこともできる。同様に、非抗ＴＮＦ治療は、２つ以上の非抗ＴＮＦ剤、例えば、ＴＷＥＡＫ阻害剤およびＩＬ−６阻害剤、またはＩＬ−６阻害剤およびＭＴＸを含むことができる。さらに、本明細書に記載するいかなる治療も、例えば、疼痛、吐き気、および／または抗ＴＮＦ剤または非抗ＴＮＦ治療を含む治療の１つ以上の副作用を治療するための１つ以上の薬剤を含むことができる。
【０１４２】
併用療法（例えば、抗ＴＮＦ剤または非抗ＴＮＦ治療を含む治療、および１つ以上の付加的な治療剤の共投与）は、例えば、同時または連続的であってもよい。例えば、抗ＴＮＦ剤および１つ以上の付加的治療剤を、同時に投与することができる、または、まず、最初に抗ＴＮＦ剤を投与し、次の時間に１つ以上の付加的治療剤を投与することができる。いくつかの実施形態において、まず最初に１つ以上の付加的治療剤を投与し、次の時間に抗ＴＮＦ剤を投与することができる。
【０１４３】
抗ＴＮＦ治療に対して応答すると予測された対象が、事前に１つ以上の非抗ＴＮＦ治療を投与されている場合において、抗ＴＮＦ剤を含む治療によって、以前または現在投与される治療を置き換えるまたは増強することができる。例えば、抗ＴＮＦ剤を含む治療で治療する時点で、１つの非抗ＴＮＦ治療の投与を中断または減少、例えば低レベルで投与することができる。以前の治療の投与を、抗ＴＮＦ剤を含む治療が投与される間、維持することができる。いくつかの実施形態において、以前の治療を、抗ＴＮＦ剤を含む治療のレベルが治療効果を提供するのに十分なレベルに達するまで維持することができる。
【０１４４】
他の実施形態において、対象を第１の事前選択した結果、例えば、抗ＴＮＦ剤を含む治療によって治療可能な疾患の１つ以上の症状、例えば、本明細書に記載する抗ＴＮＦ剤を含む治療によって治療可能な関節リウマチまたは任意の他の疾患における改善に対して監視することができる。いくつかの実施形態において、第１の事前選択した結果が認められたときに、抗ＴＮＦ剤を含む治療での治療を減少または中止することができる。いくつかの実施形態において、次に、抗ＴＮＦ剤を含む治療での治療を中止した後に、第２の事前選択した結果、例えば、抗ＴＮＦ剤によって治療可能な疾患の悪化（例えば、症状の悪化）に対して対象を監視することができる。第２の事前選択した結果が認められたときに、対象への抗ＴＮＦ剤を含む治療の投与を復帰または増大することができる、もしくは、第１の治療の投与を復帰することができる、もしくは、対象に、抗ＴＮＦ剤を含む治療または増大した量の抗ＴＮＦ剤を含む治療の両方、および第１の治療法を投与することができる。
【０１４５】
アレイおよびキット
核酸アレイ、および核酸アレイを含むキットは、例えば、遺伝子発現レベルを検出（および／または測定）する、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の存在を検出する上で有用である。キットおよび組成物は、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性を予測するのに有用でもある。
【０１４６】
核酸アレイは、表１に示す少なくとも２つ（例えば、それぞれ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２２、または少なくとも２４）の遺伝子のそれぞれ、または表２〜４または１３に示す少なくとも２つのＳＮＰ遺伝子型にハイブリダイズする、少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２２、または少なくとも２４）のポリヌクレオチドを含むことができる。ポリヌクレオチドは、例えば、表１に示す遺伝子のコード配列または非コード配列（例えば、エクソン、イントロン、または調節配列の５′または３′）を含むことができる。ポリヌクレオチドは、表１に示す遺伝子または表２〜４または１３に示す遺伝子のセンス鎖配列またはコード配列のアンチセンス鎖を含むことができる。ポリヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖、および様々な長さであってもよい。いくつかの実施形態において、（例えば、表１に示す）遺伝子または（例えば、表２〜４または１３に示す）ＳＮＰ遺伝子型にハイブリダイズするポリヌクレオチドの一本鎖の長さは、約６つのヌクレオチド（例えば、約７つのヌクレオチド、約８つのヌクレオチド、約９つのヌクレオチド、約１０のヌクレオチド、約１２のヌクレオチド、約１３のヌクレオチド、約１４のヌクレオチド、約１５のヌクレオチド、約２０のヌクレオチド、約２５のヌクレオチド、約３０のヌクレオチド、約３５のヌクレオチド、約４０のヌクレオチド、約５０のヌクレオチド、約７５のヌクレオチド、約１００のヌクレオチド、または約１５０、もしくはそれ以上のヌクレオチド）であり得る。より長いポリヌクレオチドは、しばしば、より高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションおよび洗浄条件を可能にする。ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾ＤＮＡまたはＲＮＡ、もしくはハイブリッドであってもよく、核酸は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドの任意の組み合わせ、およびウラシル、アデニン、チミン、シトシン、およびグアニンの任意の組み合わせ、ならびにイノシン、キサンチン、およびヒポキサンチン等の他の塩基を含む。
【０１４７】
ポリヌクレオチドアレイは、固体支持体、例えば、不溶性である多孔または無孔材料に結合させることができる。基質は、様々な方法、例えば、共有または非共有結合で支持体に付随させることができる。
【０１４８】
支持体は、天然または合成材料、有機または無機材料で構成され得る。ポリヌクレオチド配列が結合（５′または３′端部結合のいずれか）する固体支持体の構成は、一般的に、結合方法（例えば、共有結合）によって異なる。適切な固体支持体には、プラスチック、樹脂、多糖類、シリカまたはシリカベースの材料、機能性ガラス、変性シリコン、炭素、金属、無機ガラス、膜、ナイロン、天然繊維（シルク、ウール、およびコットン等）、または高分子が挙げられるが、これらに限定されない。固体支持体を含む材料は、ポリヌクレオチドの結合に使用する、カルボキシ、アミノ、またはヒドロキシル基等の反応基を有することができる。高分子固体支持体は、例えば、ポリスチレン、ポリエチレングリコールテトラフタル酸、ポリ酢酸ビニル、ポリ塩化ビニル、ポリビニルピロリドン、ポリアクリロニトリル、ポリメチルメタクリレート、ポリテトラフルオロエチレン、ブチルゴム、スチレンブタジエンゴム天然ゴム、ポリエチレン、ポリプロピレン、（ポリ）テトラフルオロエチレン、（ポリ）フッ化ビニリデン、ポリカーボネート、またはポリメチルペンテンを含むことができる（例えば、参照することにより、本明細書にその全体が組み込まれる、米国特許第５，４２７，７７９号を参照）。あるいは、ポリヌクレオチド配列は、そのような官能基を使用せずに固体支持体に結合することができる。
【０１４９】
アレイ上の（複数のポリヌクレオチドの）それぞれのポリヌクレオチドは、それぞれのポリヌクレオチドをその位置で確認することができるように、あらかじめ決定された位置に固定することができる。本明細書に記載する方法およびキットに使用する例示的ポリヌクレオチドアレイは、例えば、米国特許第６，１９７，５９９号、第５，９０２，７２３号、および第５，８７１，９２８号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより、本明細書にその全体が組み込まれる。
【０１５０】
本明細書に記載するアレイのいずれかのいくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドのアレイは、１００，０００未満（例えば、９０，０００未満、８０，０００未満、７０，０００未満、６０，０００未満、５０，０００未満、４０，０００未満、３０，０００未満、２０，０００未満、１５，０００未満、１０，０００未満、５，０００未満、４，０００未満、３，０００未満、２，０００未満、１，５００未満、１，０００未満、７５０未満、５００未満、２００未満、１００未満、または５０未満）の異なるポリヌクレオチドを有することができる。
【０１５１】
ポリヌクレオチドアレイは、固体支持体の粒子に接合することができる。適切な固体支持体の粒子の多くは、当該技術において周知であり、例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ（登録商標）タイプのコード化された粒子、磁気粒子、およびガラス粒子等の粒子を例示的に含む。
【０１５２】
使用可能な例示的粒子は、様々なサイズおよび物理特性を有することができる。粒子を特定の実験フォーマットに有用な様々な特定を有するように選択することができる。例えば、粒子を所望粘度の溶液に懸濁されたままか、または所望粘度の溶液中に容易に沈殿するように選択することができる。粒子を、例えば、適切なタグ結合材料、磁気分離の常磁性等による分離のための精製タグを含むことによって試料成分からの容易な分離のために選択することができる。
【０１５３】
いくつかの実施形態において、コード化された粒子を使用する。それぞれの粒子は固有のコード（バーコード、発光コード、蛍光コード、核酸コード等）を含む。コード化を使用して、単一の生体試料内の異なる核酸を評価するために粒子を提供することができる。コードは、（例えば、粒子内部に）組み込まれる、またはそうでなければ、ハイブリダイゼーションおよび分析を通して安定する方法で粒子に結合される。コードは、粒子およびそこに固定された捕獲プローブを特定するために、蛍光特性、色、形状、サイズ、重量、光放射、量子ドット放出等による、ホログラフィックコード化等の任意の検出可能な方法により提供することができる。コード化は、別の粒子に存在する割合と異なる１つの粒子内の２つ以上の染料の割合であってもよい。例えば、粒子を光学タグ、化学タグ、物理タグ、または電気タグを使用してコード化し得る。そのようなコード技術の例は、光学バーコード蛍光染料または他の方法である。いくつかの実施形態において、粒子コードは、核酸、例えば、一本鎖核酸である。
【０１５４】
コード化を使用して、特定の粒子上の（検体核酸に対応する）ポリヌクレオチドを特定し、したがって、評価される検体核酸（例えば、生体試料からのＳＮＰ遺伝子型またはｍＲＮＡ）の存在または量を決定することができる限り、異なるコード化された粒子を使用して、複数の核酸（例えば、ＳＮＰ遺伝子型またはｍＲＮＡ）を同時に検出または測定することができる。試料は、複数のそのようなコード粒子と接触することができる。粒子を、例えば、蛍光スキャナーを使用して評価するとき、粒子コードは、粒子に関連した無傷の基質の修正を評価するために使用する任意のプローブからの粒子に関連する蛍光であるとして解読される。
【０１５５】
１つの例示的プラットフォームは、特定の捕獲プローブが固定される粒子セットのそれぞれの成員を識別する手段として、高分子粒子に含浸された染料の混合物を使用する。別のプラットフォームは、ホログラフィックバーコードを使用して、円筒状のガラス粒子を識別する。例えば、Ｃｈａｎｄｌｅｒら（米国特許第５，９８１，１８０号）は、異なる粒子タイプが、高分子粒子に含浸された２つ以上の蛍光染料の様々な割合の混合物によってコード化される粒子ベースのシステムを記載する。Ｓｏｉｎｉ（米国特許第５，０２８，５４５号）は、粒子の識別に時間分解蛍光を使用する粒子ベースの多重アッセイシステムを記載する。Ｆｕｌｗｙｌｅｒ（米国特許第４，４９９，０５２号）は、色および／またはサイズによって区別された粒子を使用する例示的方法を記載する。米国特許第２００４−０１７９２６７号、第２００４−０１３２２０５号、第２００４−０１３０７８６号、第２００４−０１３０７６１号、第２００４−０１２６８７５号、第２００４−０１２５４２４号、および第２００４−００７５９０７号は、ホログラフィックバーコードによってコード化された例示的粒子を記載する。
【０１５６】
米国特許第６，９１６，６６１号は、粒子にコードを提供する染料を有するナノ粒子に付随する高分子マイクロ粒子を記載する。高分子マイクロ粒子は、１ミリメートルの直径、例えば、直径が約０．１〜約１，０００マイクロメートルの範囲の大きさ、例えば、３〜２５μｍまたは約６〜１２μｍを有することができる。ナノ粒子は、例えば、約１ナノメートル（ｎｍ）〜約１００，０００ｎｍの直径、例えば、約１０〜１，０００ｎｍまたは２００〜５００ｎｍを有することができる。
【０１５７】
本明細書に記載する核酸アレイのいずれかを含むキットも提供される。キットは、生体試料中の１つ以上の遺伝子レベルを検出および／または測定するための説明書、または１つ以上ＳＮＰ遺伝子型（例えば、表２〜４または１３に示す１つ以上ＳＮＰ遺伝子型）を検出するための説明書を任意に含むことができる。
【０１５８】
キットは、例えば、対照生体試料またはアレイの核酸プローブによって認識される１つ以上のアンプリコンの既知量を含む対照標識アンプリコンセットを任意に含むことができる。いくつかの実施例において、対照は、抗ＴＮＦ治療に対する応答を示す１つ以上の遺伝子の発現レベルの範囲を含む、挿入物（例えば、紙の折り込み、もしくは、ＣＤ、ＤＶＤまたはフロッピー（登録商標）ディスク等の電気媒体）であってもよい。
【０１５９】
いくつかの実施形態において、キットは、生体試料を処理するための１つ以上の試薬を含むことができる。例えば、キットは、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを生体試料から単離するための試薬、および／または単離させたｍＲＮＡ（例えば、逆転写酵素、逆転写酵素またはＰＣＲ増幅のためのプライマー、あるいはｄＮＴＰ）および／またはゲノムＤＮＡを増幅させるための試薬を含むことができる。キットは、ｍＲＮＡ、ｍＲＮＡアンプリコン、ゲノムＤＮＡ、またはＤＮＡアンプリコンを検出可能に標識化するための１つ以上の試薬を任意に含むこともでき、それらの試薬は、例えば、ＤＮＡポリメラーゼのクレノウ断片等の酵素、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼ、１つ以上の検出可能に標識化されたｄＮＴＰ、または検出可能に標識化されたリン酸ＡＴＰ（例えば、３３Ｐ−ＡＴＰ）を含むことができる。
【０１６０】
いくつかの実施形態において、キットは、例えば、マイクロアレイ分析または発現プロファイルの結果を分析するためのソフトウエアパッケージを含むことができる。
【０１６１】
キットは、本明細書に記載する遺伝子のいずれかのタンパク質発現を検出するための１つ以上の抗体を含むこともできる。例えば、キットは、表１に示す遺伝子のいずれかによってコード化される１つ以上のタンパク質に特異的に結合することが可能な複数の抗体、および任意に、１つ以上のタンパク質および／または複数の抗体の少なくとも１つの抗体に結合することが可能な検出可能に標識化された抗体を含む検出抗体を検出するための説明書を含む（または、いくつかの場合では、それらから成る）ことができる。いくつかの実施形態において、キットは、表１に示す遺伝子によってコード化される、少なくとも２つ（例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４）のタンパク質を認識する抗体を含むことができる。
【０１６２】
本明細書に記載するキットは、アレイによって検出可能な１つ以上の遺伝子の発現レベル、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の存在が、対象が抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測する場合の抗ＴＮＦ治療を投与するための説明書を任意に含むこともできる。キットは、アレイによって検出可能な１つ以上遺伝子の発現レベル、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の存在が、対象が抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測する場合の様々な非抗ＴＮＦ治療を投与するための説明書を含むことができる。
【０１６３】
以下は、本発明の実施の実施例である。これらは、決して本発明の範囲を制限するものと解釈しない。
【実施例】
【０１６４】
実施例１  材料および方法
遺伝子分析法：臨床データ：ベースラインの１０９人の患者、および１４週目の１０４人の患者に関してＤＡＳ２８スコアを得た。ベースラインおよび１４週目におけるＤＡＳ２８スコアの差異を、抗ＴＮＦ治療に対する応答を測定するために計算した。表５に、ベースライン（ＤＡＳ＿ｖ１）および１４週目（ＤＡＳ＿ｖ３）におけるＤＡＳ２８スコア、およびこれらのスコアの差異（ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３：ＤＡＳ＿ｖ１−ＤＡＳ＿ｖ３、正数のΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３は、抗ＴＮＦ治療に対する良好な応答を示す）の記述統計を記載する。ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３を従属変数として使用し、ＳＮＰマーカーと抗ＴＮＦ治療に対する応答／非応答との関連を評価した。
【０１６５】
【表５】
2014033676.tif 000010
「歪度」および「尖度」は、分布の正規性を測定する。尖度は、確率分布の「峰性」である。歪度は、中心ピークから離れた確率分布の偏りである。表５の値の歪度および尖度は、低く、ＤＡＳ２８値およびΔＤＡＳ２８値が正規分布されていることを示す。
【０１６６】
遺伝子型判定法：標準的な方法により、ゲノムＤＮＡを全血の白血球から精製した。全ゲノムにわたる関連研究では、約７５０ｎｇのゲノムＤＮＡを使用して、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）ＨｕｍａｎＨａｐ３００  ＢｅａｄＣｈｉｐ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）上のそれぞれの試料を遺伝子型判定した。Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）Ｉｎｆｉｎｕｍ２アッセイマニュアルに従って、試料を処理した。簡潔に述べると、それぞれの試料を適切なハイブリダイゼーションバッファー中で全ゲノム増幅、断片化、沈殿、および再懸濁した。変性試料を、調製したＨｕｍａｎＨａｐ３００  ＢｅａｄＣｈｉｐｓ上で４８℃で１６時間ハイブリダイズした。ハイブリダイゼーション後、ＢｅａｄＣｈｉｐｓを単一塩基伸長反応のために処理し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）Ｂｅａｄ  Ａｒｒａｙ  Ｒｅａｄｅｒ上で染色し画像化した。それぞれの試料に関して得られた正規化ビード強度データを、蛍光強度を単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）遺伝子型に変換するＩｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）Ｂｅａｄｓｔｕｄｉｏ  ２．０ソフトウエアにロードした。
【０１６７】
【表６】
2014033676.tif 000011
ＳＮＰマーカーの品質を保証し、推定関連の可能性を低減するために、関連研究を実行する前に、データクリーニング手順を３１７，０００個すべてのＳＮＰに実施した。それぞれの染色体におけるＳＮＰ数の分布を表６に示す。主なクリーニング方法は、それぞれのマーカーの３つの検査を含む。Ｒソフトウエアパッケージ（バージョン２．２．１）を使用して、すべての計算を実行した。
【０１６８】
１）コール率（つまり、対象の比率を特定のＳＮＰマーカーに関して遺伝子型判定した、またはＳＮＰの比率を特定の対象に関して遺伝子型判定した）を、ＤＮＡ試料およびＳＮＰマーカーが良質であるかどうかを保証するために計算した。不良なＤＮＡ試料およびＳＮＰマーカーは、その後の統計分析に使用しなかった。
【０１６９】
２）研究対象がそれぞれのマーカー遺伝子座における任意交配集団から確実に得られるようにハーディ・ワインベルグ平衡（ＨＷＥ）点検を使用した。フィッシャーの直接確率法を、ＨＷＥｐ−値の試験に適用する。ｐ＝０．００１を閾値として使用し、ＳＮＰマーカーがＨＷＥ試験に失敗したかどうかを測定した。
【０１７０】
３）ＳＮＰマーカーは、２つの対立遺伝子および３つの遺伝子型を含み得る。統計分析のために、集団レベルにおいて、確実にマーカーが十分な変動を有する（つまり、遺伝子型群に十分な対象がある）ように、マイナーアレル頻度（ＭＡＦ）を計算した。
【０１７１】
分散分析（ＡＮＯＶＡ）モデルを、ＳＮＰマーカーと抗ＴＮＦ治療に対する応答との関連（つまり、ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３）を評価するために実行した。ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３の表現型の平均をＳＮＰマーカーの異なる遺伝子型と比較した。本研究には、３１７，０００以上の試験を含んだため、複数の試験の問題を考慮に入れるため置換試験を実行した。調整されたゲノムワイドｐ値を得るために、表現値を無作為にシャッフルして、ゲノム型と遺伝子型との関連を絶った。全体の分析をシャッフルしたデータで繰り返した。したがって、シャッフルしたデータは、帰無仮説を表した。最小ｐ値をＮ＝１，０００置換反復から得た。関連に対する経験的ｐ値（または置換ｐ値）を、以下の方程式で得た。
【０１７２】
【数１】
2014033676.tif 000012
。
【０１７３】
実施例２  遺伝子データ
ＡＮＯＶＡモデルからの３１７，０００個の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のｐ値を２２個の染色体に対してプロットした（図１）。ｘ軸は、染色体１から２２を示し、ｙ軸は−ログ１０（ｐ値）を示す。それぞれの青い点は、関連に対するｐ値を示す。１０−５および１０−７有意レベルを示す２つのｘ軸に平行な線をプロット内に描いた。１０−５と１０−７との間のｐ値を、星印を使用してプロットした。
【０１７４】
それぞれのＳＮＰ（表７Ａおよび７Ｂ）については、遺伝子型判定試験を実行し、患者の抗ＴＮＦ治療に対する応答を予測することができる。負数または低いΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３に対応する遺伝子型は、抗ＴＮＦ治療に対する非応答を予測するものである。正数または高いΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３に対応する遺伝子型は、抗ＴＮＦに対する応答を予測するものである。例えば、ＳＮＰ  ｒｓ７０４６６５３では、ＡＡ遺伝子型は、試料に対する不良な応答に関連するが、ＧＧ遺伝子型は、良好な応答に関連する。ＳＮＰのほぼすべては、遺伝子形質の相加的モデルを呈し、個別の対立遺伝子のそれぞれの複写は、抗ＴＮＦ治療に対する応答を増加または減少させ、ヘテロ接合体は中程度の応答を示す。この相加的遺伝子形質の例外は、染色体８上のＳＮＰである。これらのＳＮＰでは、ヘテロ接合遺伝子型は、ホモ接合体のいずれかよりもさらに極端な表現型に関連する。
【０１７５】
【表７−１】
2014033676.tif 000013
Ｃｈｒ．は、染色体位置を指す。
ＳＮＰは、ＳＮＰ識別子を指す。
平均は、異なる遺伝子型のΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３の遺伝子型平均値を指す。
標準誤差は、遺伝子型平均の標準誤差を指す。
ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３の負数平均は、抗ＴＮＦ治療に対する非応答を示す。
Ｐｅｒｍ．は、置換試験のｐ値を指す。
【０１７６】
【表７−２】
2014033676.tif 000014
Ｃｈｒ．は、染色体位置を指す。
ＳＮＰは、ＳＮＰ識別子を指す。
平均は、異なる遺伝子型のΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３の遺伝子型平均値を指す。
標準誤差は、遺伝子型平均の標準誤差を指す。
ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３の負数平均は、抗ＴＮＦ治療に対する非応答を示す。
Ｐｅｒｍ．は、置換試験のｐ値を指す。
【０１７７】
ここに示す遺伝子型データすべては、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）Ｂｅａｄｓｔａｔｉｏｎ上の対立遺伝子特異的増幅を使用して得た。
【０１７８】
実施例３．遺伝子データ
方法
患者．  ＲＡおよび全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）の両方におけるバイオマーカー開発のための新技術の使用を探求するために、自己免疫バイオマーカー協業ネットワーク（ＡＢＣｏＮ）が設立された。ＡＢＣｏＮ関節リウマチコホートには、あらかじめ３つの使用可能な抗ＴＮＦ剤の有効性の評価を受けた１１６人の活性ＲＡ患者が含まれる。ＲＡにおける抗ＴＮＦ治療に対する応答を調査するために、血液試料、検査および臨床データをベースライン（抗ＴＮＦ治療前）、治療後６週目、３ヶ月目、６ヶ月目、および１年目で収集した。ＤＮＡ、ＲＮＡ、末梢血液細胞、プラズマ、血清、および尿を、それぞれの研究訪問時に得た。すべての患者は、ＲＡのＡＣＲ１９８７改正基準を満たし、書面のインフォームドコンセントを提示した。研究プロトコルは、現地の倫理委員会によって承認された。１１６人の患者のうち、１０２人の対象は、遺伝子型判定用にＤＮＡ試料を提供した。
【０１７９】
有効性測定．  疾患の重症度を、２８関節数およびＣ応答性タンパク質を含む疾患活動性スコアであるＤＡＳ２８スコアを使用して評価した（Ｐｒｅｖｏｏ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９５）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ａｎｄ  ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ  ３８：４４−４８）。ＤＡＳ２８は、ベースライン、６週目、およびの１４週目の３回の時点で測定された。この２つの尺度は、抗ＴＮＦ治療の有効性を評価すると考えられている。まず、疾患活動性における相対的改善を、ベースラインおよび１４週目のＤＡＳ２８スコアを使用して、それぞれの患者で計算した。
【０１８０】
【数２】
2014033676.tif 000015
ｒｅｌＤＡＳ２８は、連続的尺度を有し、ほぼ正規である。次に、他所で発行されたＥＵＬＡＲの説明に従い（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ａｎｄ  ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ  ４１：１８５４−１８５０）、患者を、良好な応答者、中程度の応答者、または非応答者として、１４週目のＤＡＳ２８（ΔＤＡＳ２８）値およびＤＡＳ２８値における個別の変化量を使用して分類する（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，（上記））。簡潔に述べると、良好な応答者は、ΔＤＡＳ２８≧１．２、および１４週目におけるＤＡＳ２８≦３．２の場合に分類され、（ΔＤＡＳ２８≧１．２および、１４週目におけるＤＡＳ２８＞３．２）または（０．６＜ΔＤＡＳ２８≦１．２、および１４週目におけるＤＡＳ２８≦５．１）を有する患者は、中程度の応答者である。患者がこれらのカテゴリーのいずれかにも当てはまらない場合は、患者は、非応答者として分類される（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，（上記））。
【０１８１】
遺伝子型判定および質管理．  患者のゲノムＤＮＡは、基準プロトコルを使用して末梢血液から抽出した。１０２人の抗ＴＮＦ治療を受けた患者の３１７，０００の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  ２アッセイマニュアル（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社）に従い、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＢｅａｄｓｔａｔｉｏｎおよびＩｌｌｕｍｉｎａ  ＨＡＰ３００チップを使用して遺伝子判定した（Ｄｕｅｒｒ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１４：１４６１−１４６３）。ＨＡＰ３００チップは、常染色体のすべてにわたり、平均で、１０キロベース毎のＳＮＰを含み、ヨーロッパ系の集団における約８７％の一般的な遺伝的変異を調べる（Ｐｅ’ｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３８：  ６６３−６６７）。
【０１８２】
ＳＮＡＰマーカーの品質を保証し、誤った関連の可能性を低減するために、関連試験を実行する前に、品質管理手順を３１７，０００ＳＮＰのそれぞれに実施した。ＳＮＰのセットを遺伝子型コール率（≧９５）、微動対立遺伝子頻度（ＭＡＦ≧０．０５）でフィルターした。ハーディ・ワインベルグ平衡（ＨＷＥ）を、直接試験を使用して個別のＳＮＰに対して計算した。本原稿で報告されたＳＮＰのすべては、ＨＷＥｐ値＞０．００１を有する。フィルター後後、２８３，３４８の多型ＳＮＰを染色体１〜染色体２２で分析した。フィルターしたＳＮＰの平均コール率は、９９．５％であった。遺伝子型を有さない患者の割合が５％を上回る、または患者のＤＮＡ試料中に汚染の可能性の兆候があった場合に、その患者は排除された。
【０１８３】
統計分析．  ＳＮＰマーカーと抗ＴＮＦ治療に対する応答との関連を２つの段階で評価した。我々の分析の第１段階では、連続従属変数としてｒｅｌＤＡＳ２８を使用し、関連性を評価した。我々の研究におけるサンプルサイズが比較的小さいため、従属変数の連続尺度は、カテゴリー変数よりも検出力を有する。直線回帰を実行し、相加的遺伝子効果モデルに照らして、個別のＳＮＰマーカーと抗ＴＮＦ治療（つまり、ｒｅｌＤＡＳ２８）に対する応答との関連性を評価した。ｔ統計を回帰から得、抗ＴＮＦ治療（つまり、ｒｅｌＤＡＳ２８）に対する応答との関連性を評価するために使用した。ｔ統計は、ロバストであり、したがって、従属変数の正規性からの一部の逸脱は許容可能である。本研究に２８３，３４８以上の試験が含まれたため、それぞれの染色体の複数の試験を考慮に入れるため置換試験を実行した。置換試験は、従属変数の正規性からのほんのわずかな逸脱も対処することができる。調整されたｐ値を得るために、表現値を無作為にシャッフルして、表現型とゲノム型との関連を絶った。全体の分析をシャッフルしたデータで繰り返し、したがって、シャッフルされたデータは、帰無仮説を表す。１，０００の最小ｐ値を、個別の染色体上のＳＮＰ全体に対するＮ＝１，０００置換反復のそれぞれから得た。
【０１８４】
第２段階の分析では、一つの離散従属変数である抗ＴＮＦ治療に対する応答状況（つまり、非応答者対良好な応答者）を使用して、第１段階から選択されたＳＮＰとの関連性を評価した。非応答者になる確率を、相加的遺伝子効果モデルをによりロジスティック回帰を使用してモデル化した。特に規定がないかぎり、統計分析のすべての計算をＲソフトウエアパッケージ（バージョン２．２．１）を使用して実行した。
【０１８５】
集団混合（つまり、２つ以上の亜母集団からの対象の試料標本）は、遺伝子研究における一貫性のない結果および誤った関連性の主な原因として認識されている（Ｄｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．  （２００１）  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １５９：  １３１９−１３２３およびＳｅｌｄｉｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００８）  ＰＬｏＳ  ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４：ｅ５）。米国の人口は、遺伝的に混合されている。自己申告の民族データは、本研究に記録されたが、それは不完全であり、不正確であり得る。血統に従って個人を正確に分類し、任意の血縁がある可能性の個人を除外するために、１０２人の対象に対するペアワイズ状態同一性（ＩＢＳ）の距離を計算し、ＰｌｉｎｋソフトウエアのゲノムワイドＳＮＰマーカー（バージョン１．００、Ｓｈａｕｍ  Ｐｕｒｃｅｌｌら、ヒト遺伝子研究センター（ＣＨＧＲ）、マサチューセッツ総合病院（ＭＧＨ）、ならびに、ハーバード大学ブロード研究所およびマサチューセッツ工科大学（ＭＩＴ）））を使用して、その後の完全連結凝集クラスタリングおよび多次元尺度構成法を実行した。クラスタリングデータをプロットし、主な集団分割を特定した。データセットから異常値を除外するのに加えて、亜母集団（南欧および北欧人）からの潜在的影響を全ゲノムにわたるＳＮＰデータでＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴプログラムを使用してさらに評価した。（Ｐｒｉｃｅ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３８：９０４−９０９）。上位１０個の主成分（ＰＣ）を得た。上位主成分と表現型との相関分析（ｄｅｌＤＡＳ２８および抗ＴＮＦに対する２つに分かれた応答状況）を実行して、個人における表現型の差異が集団層化によるものであったかどうかを検出した。これらの主成分における試料の広がりが、単に集団層化によるものであった場合、すべての試料をこれらの主成分においてゼロ値を有するようにさせて除去することができる。次いで、修正した主成分を元の遺伝子型空間に循環させて戻すことで、「仮想」遺伝子型を得ることができる。選択したＳＮＰと抗ＴＮＦ治療に対する応答状況（つまり、非応答者対良好な応答者）との関連性に対して、Ｐｅａｒｓｏｎのカイ二乗試験を実施した。
【０１８６】
結果
患者の特徴．  １０２人の完全な遺伝子型および表現型データを有する活性ＲＡ患者の中で、自己申告された血統には、８３人のヨーロッパ人、４人のアジア人、３人のアフリカ系アメリカ人、ならびにラテン系と報告された３人の対象が含まれた。９人の患者は、民族に対する情報が不明である。連結凝集クラスタリングおよび多次元尺度構成法は、主にヨーロッパ人の祖先を有する８９人の患者を特定し（図２）、そのうち８３人は、白人として自己報告し、６人は、民族データが不明であった。これらの８９人の患者をその後の関連分析に使用した。
【０１８７】
８９人の患者のベースラインの特徴を表８に要約する。診断時において、彼らは、４７±１４（平均±標準偏差）歳であり、疾患期間は、８±９年間であり、７５％は女性であり、１５％は、習慣的な喫煙者であり、ベースラインにおける平均血清ＣＲＰレベル（ｍｇ／ｄｌ）は、１．７（標準偏差．＝２．０）であった。平均すると、ベースライン（抗ＴＮＦ治療前）におけるＤＡＳ２８は、５．２２（標準偏差．＝０．８０）であり、ＲＡ疾患活動がほとんどの患者で高いことを示す（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，（上記））。５４人の対象をエタネルセプトで治療し、３７人をインフリキシマブで治療し、２５人をアダリムマブで治療した。
【０１８８】
【表８−１】
2014033676.tif 000016
【０１８９】
【表８−２】
2014033676.tif 000017
全ゲノムにわたる関連研究：第１段階分析．  ＧＷＡ分析を実行し、相加的遺伝子モデルを使用して、２８３，３４８個の多型ＳＮＰとＤＡＳ２８（ｒｅｌＤＡＳ２８）における相対変化との関連性を試験した。回帰モデルにおける主成分は、ｒｅｌＤＡＳ２８と有意に相関しなかった（つまり、個人における主な表現型の差異が集団の階層化によるものでなかった）ため、さらに調整しなかった（表９）。
【０１９０】
【表９】
2014033676.tif 000018
全ゲノムにわたる関連性に対するｐ値の染色体上の分布を図３に示す。複数の試験の問題に対処するため、全染色体にわたる置換試験を実施した。１６個のＳＮＰが、正確な有意レベルを得るための置換試験後に、有意（置換絶対ｐ≦０．０５）またはぎりぎり有意（０．０５＜置換絶対ｐ≦０．１）に留まる。ｐ値をこれらの１６個のＳＮＰの注釈情報とともに表１０に示す。
【０１９１】
【表１０】
2014033676.tif 000019
これらの１６のＳＮＰのうち、４つは遺伝子内に位置し、１つは、３′ＵＴＲに位置し、１１は遺伝子の隣接領域に位置する。これらのＳＮＰのすべては、一般的な多型である（微動対立遺伝子頻度＞０．１）。表１０に加え、ｒｅｌＤＡＳ２８ｐ値≦０．０１を有する２９８５のＳＮＰのデータを表９に表す。Ｉｌｌｕｍｉｎａ注釈ファイル「ＨｕｍａｎＨａｐ３１７Ｋ＿ｇｅｎｅａｎｎｏｔａｔｉｏｎ．ｔｘｔ」を、ＵＣＳＣゲノムブラウザと共に使用して、ＳＮＰ詳細を注釈した（Ｋｅｎｔ  ｅｔ  ａｌ．  （２００２）  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ  １２：９９６−１００６）。
【０１９２】
これらの主要な関連性のなかで、ｒｓ６０２８９４５マーカー（約５００ｋｂの染色体２０上のＭＡＦＢ遺伝子座の３′）は、ＤＡＳ２８における相対変化が連続変数と考えられるときに、わずかに最強の関連（ｐ＝０．００３訂正）であり、ＭＡＦＢ領域の第２のマーカーである、ｒｓ６０７１９８０も、関連性の兆候（ｐ＝０．００５訂正）を示す。同様に、関連性のマルチマーカーの兆候は、パラオキシナーゼ１遺伝子（ＰＯＮ１）、ならびにインターフェロンカッパ（ＩＦＮＫ）、ＭＯＢＫＬ２Ｂ、およびＣ９ｏｒｆ７２遺伝子座位を含む染色体９の領域内のマーカーで見られる。いくらかの関連性の兆候を示す他の遺伝子座位には、１ｐ２２．２におけるグアニル酸ヌクレオチド結合タンパク質（ＧＢＰ６）、ｃｈｒ２におけるＬＡＧ１（寿命安定ホモログ６、ＬＡＳＳ６）、２０ｐ１１．２１におけるシスタチンＤ（ＣＳＴ５）、４ｐ１４におけるセンタウリンデルタ１（ＣＥＮＴＤ１）、クエーキングホモログ、および６ｑ２６−ｑ２７におけるＫＨドメインＲＮＡ結合（ＱＫ１）が挙げられる（表２）。ｘｘｘｘｘ
ＳＮＰと抗ＴＮＦ治療に対する応答との関連：第２段階分析．
ＥＵＬＡＲの基準に従い（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ，（上記））、研究中の８９人の患者を、ベースラインＤＡＳ２８および１４週目のＤＡＳ２８における変化を使用して、３つのグループ（２３人は非応答者、３１人は、良好な応答者、３５人は中程度の応答者）に分類することができる。対立遺伝子頻度を、フィッシャーの直接確率検定を使用して非応答者と良好な応答者とを比較した（Ｆｉｓｈｅｒ  （１９２２）  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｒｏｙａｌ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  ８５：  ８７−９４）。表１０の最後の２つの列は、抗ＴＮＦ治療に対する非応答状況のフィッシャーの直接ｐ値およびオッズ率（ＯＲ）を９５％の信頼区間（ＣＩ）とともに表示する。これらの９５％のＩＣは非常に幅広く、本研究の小さなサンプルサイズ（つまり、２３人の非応答者対３１人の良好な応答者）を反映することに留意されたい。主な主要成分は、良好な応答者対非応答者の状況を予測しないと思われた（図４Ａおよび４Ｂ）。サンプルサイズがかなり小さいため（２３人非応答者に対し３１人の応答者）、亜母集団による小さい効果が２ｘ２の表の予測に大きな影響を与え得る。したがって、ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴを使用して調整されたカイ二乗ｐ値を与えるように、亜母集団構造をさらに調整した。表１０に示すように、これらの調節されたカイ二乗ｐ値は、一般的にフィッシャーの直接試験のｐ値よりも大きい。
【０１９３】
候補遺伝子におけるＳＮＰ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨａｐＭａｐ３００チップに存在するマーカーのうち、既に４つのＴＮＦ応答とのＳＮＰ関連が候補遺伝子研究において報告されている。ＩＬ１０におけるｒｓ１８００８９６（Ｐａｄｙｕｋｏｖ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ａｎｎ  Ｒｈｅｕｍ  Ｄｉｓ  ６２：５２６−５２９およびＴｕｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｅｕｒ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔ  ２４：１−８）、インターロイキン１受容体拮抗薬（ＩＬ１ＲＮ）におけるｒｓ４１９５９８（Ｍａｒｏｔｔｅ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ａｎｎ  Ｒｈｅｕｍ  Ｄｉｓ  ６５：３４２−３４７）、ＬＴＡにおけるｒｓ１０４１９８１（Ｋａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．  （２００５）  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ  （Ｏｘｆｏｒｄ）  ４４：５４７−５５２、Ｃｒｉｓｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ａｎｄ  ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ  ５０：  ２７５０−２７５６、およびＫｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．  （２０００）  Ｇｅｎｅｓ  Ｉｍｍｕｎ  １：  １８５−１９０）、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａにおけるｒｓ４１４９５７０（Ｃｒｉｓｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  （上記））である。これらのマーカーを増加した事前確率を考慮して個別に評価した。本研究では、ｒｓ１８００８９６のみが、関連の兆候を示し、ｄｅｌＤＡＳ２８に対して０．０１３２のｐ値（未修正）、および抗ＴＮＦ治療に対する応答状況に対して０．０１８３のｐ値（階層化のためのみに修正）であった。
【０１９４】
実施例４  ＲＡ患者からの全血遺伝子発現プロファイルは、抗ＴＮＦ治療に対する非応答を予測する
患者の臨床評価．  米国リウマチ学会（ＡＣＲ）基準を満たす活性疾患を有し、以前に抗ＴＮＦ剤が未投与であったヒト患者が本研究に登録した。抗ＴＮＦ治療を開始する１１６人の患者（５４人はエタネルセプト、２５人はアダリムマブ、３７人はインフリキシマブ）は、本研究に同意した。臨床データおよびベースライン遺伝子発現プロファイルは、これらの患者のうちの７５人に使用可能であった。試験対象患者の基準は、１８歳以上、１９８７ＡＣＲ基準を満たしている、少なくとも６箇所の関節腫脹の疾患活動性、以前に６ヶ月の期間抗ＴＮＦ投薬にさらされたことがないことである。我々の研究の除外基準は、本研究の登録時に１日１０ｍｇ以上の経口ステロイド治療を受けていた患者である。末梢血液試料をＰａｘＧｅｎｅ管を使用してＲＮＡを単離するために収集した。治療に対する応答を評価するために必要とされる臨床情報も、ベースラインおよび治療後１４週目にそれぞれの患者に記録した。４２人の健常な対照者の血液も収集し、同様の手順を使用してプロファイル化した。書面のインフォームドコンセントをすべての患者から得た。
【０１９５】
血液試料の収集およびＲＮＡの処理．  製造者（Ｑｉａｇｅｎ，  Ｖａｌｅｎｃｉａ，  ＣＡ）の仕様書に従い、末梢血液をＰａｘｇｅｎｅ管に直接採取した。治療前、治療後６週目、および１４週目の３回の訪問中にＲＡ患者から血液を採取した。単回時点で８９人の健常な対照患者からの末梢血液もＰａｘｇｅｎｅ管に採取した。製造者（Ｑｉａｇｅｎ，  Ｖａｌｅｎｃｉａ，  ＣＡ）の使用書に従い、ＲＮｅａｓｙキットを使用して総ＲＮＡを抽出した。詳細方法については、例えば、Ｂａｔｌｉｗａｌｌａ  ｅｔ  ａｌ．  ２００５を参照されたい。
【０１９６】
ＲＮＡ標識およびマイクロアレイハイブリダイゼーション．  ９６ウェルプレートのＮｕＧＥＮ社のＯｖａｔｉｏｎ  Ｂｉｏｔｉｎシステム（バージョン５）に説明されるように、試料標識およびハイブリダイゼーションをＮｕＧＥＮ社のＯｖａｔｉｏｎ  Ｂｉｏｔｉｎシステム（ＮｕＧＥＮ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，  Ｉｎｃ，  Ｓａｎ  Ｃａｒｌｏｓ，  ＣＡ）を使用して実行した。Ｇｅｎｅｃｈｉｐ（登録商標）アレイステーション（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，  Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，  ＣＡ）を使用するＧｅｎｅｃｈｉｐ（登録商標）カートリッジアレイのＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）発現分析技術マニュアル（７０２０６４ｒｅｖ２）のＥｕｋａｒｙｏｔｉｃ  Ｔａｒｇｅｔ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎプロトコルに説明されるとおりに、ハイブリダイズされたアレイの洗浄、染色、およびスキャンを完了した。要約すると、２μＬ中の、ＰａｘＧｅｎｅ（ｐｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ  ＧｍｂＨ，  Ｈｏｍｂｒｅｃｈｔｉｋｏｎ，  Ｇｅｒｍａｎｙ）で精製した２０ｎｇの総ＲＮＡを、２μＬの「第１のストランドプライマーミックス」（Ａ１）で６５℃で５分間アニールし、氷の上で冷却した。アニールしたテンプレートを４８℃で６０分間６μＬの第１のストランドプライマーミックス（Ａ２およびＡ３）とともに培養し、次いで、４℃に冷却した。完了した第１のストランド反応物に、１０μＬの第２のストランドマスターミックス（Ｂ１およびＢ２）を添加し、反応物を３７℃で３０分間、７５℃で１５分間培養し、次いで、４℃に冷却した。ｃＤＮＡを増幅するために、１２０μＬのＳＰＩＡ（登録商標）マスターミックス（Ｎｕｇｅｎ，  Ｓａｎ  Ｃａｒｌｏｓ，  ＣＡ）を２０μＬの完了した第２のストランド反応物に添加し、４８℃で６０分間培養した。製造者の推奨法に従い、増幅したｃＤＮＡを９６ウェルダイターミネーター除去キット（ＡＢ遺伝子、Ｓｕｒｒｅｙ，  ＵＫ−ｃａｔ＃  ＡＢ−１０４３／Ａ）を使用して精製した。精製したｃＤＮＡおよび増幅したｃＤＮＡを断片化するために、５μＬの断片化バッファー（Ｆ１）および酵素ミックス（Ｆ２）を２５μＬの反応物に添加して、５０℃で３０分間培養し、次いで４℃に冷却した。５μＬのビオチン標識バッファー（Ｆ３）および２．５μＬの標識酵素ミックス（Ｆ４）を添加し、５０℃で３０分間培養することによって、断片化したｃＤＮＡのビオチン標識化を完了し、次いで４℃に冷却した。次いで、製造者の推奨法に従い、断片化し、標識化したｃＤＮＡを９６ウェルダイターミネーター除去キット（ＡＢ遺伝子、Ｓｕｒｒｅｙ，  ＵＫ−ｃａｔ＃  ＡＢ−０９４３／Ａ）を使用して精製した。製造者のプロトコル（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ）に従い、３μｇの断片化した標識ｃＤＮＡを、１００ｍＭのＭＥＳ（２−（Ｎ−モルホリノ）エタンスルホン酸）、１Ｍ［Ｎａ＋］、２０ｍＭのＥＤＴＡ、０．０１％のＴｗｅｅｎ２０、０．５ｍｇ／ｍＬのアシル化ＢＳＡ、０．１ｍｇ／ｍＬのニシン精子ＤＮＡ、コントロールオリゴＢ２、コントロール転写物ｂｉｏＢ１．５ｐＭ、ｂｉｏＣ５ｐＭ、ｂｉｏＤ２５ｐＭ、およびｃｒｅ１００ｐＭを含む３００μＬの１Ｘハイブリダイゼーションバッファー中で再懸濁し、ヒトゲノムＵ１３３プラス２．９ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プローブアッセイにハイブリダイズした。ハイブリダイズしたＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プローブアッセイを洗浄し、ストレプトアビジン・フィコエリトリン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，  Ｅｕｇｅｎｅ，  ＯＲ）を使用して染色し、抗体増幅プロトコルを使用して、ビオチニル化抗ストレプトアビジン（Ｖｅｃｔｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，  Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ，  ＣＡ）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｆｌｕｉｄｉｃｓ  Ｓｔａｔｉｏｎ４００（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ, Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ）で増幅した。ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プローブアッセイを、ＧｅｎｅＡｒｒａｙ  Ｓｃａｎｎｅｒ３０００（Ｈｅｗｌｅｔｔ  Ｐａｃｋａｒｄ，  Ｃｏｒｖａｌｌｉｓ，  ＯＲ）を使用してスキャンした。
【０１９７】
遺伝子発現データの取得および分析．  ＧｅｎｅＣｈｉｐハイブリダイゼーションおよびスキャニングの後、スキャンからの信号をＣＧＲＭＡアルゴリズムを使用して正規化した（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．  （２００１）  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ  ２，  ＲＥＳＥＡＲＣＨ００３２、Ｉｒｉｚａｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ３１：  ｅ１５、およびＷｕ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ９９：  ９０９−９１７）。すべての計算をＲおよびバイオコンダクター計算ツールを使用して実施した（Ｇｅｎｅｔｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００５）  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ｕｓｉｎｇ  Ｒ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ  （Ｓｐｒｉｎｇｅｒ））。遺伝子発現からの抗ＴＮＦ応答の予測因子の開発には、いくつかのデータ整理ステップが必要であった。時間とともに抗ＴＮＦ応答と相関する遺伝子を特定するために、Ｒに実装する一般的な線形モデリングツール（Ｇｅｎｅｔｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００５）  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ｕｓｉｎｇ  Ｒ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ  （Ｓｐｒｉｎｇｅｒ））を使用した。線形モデルの有意性をｔ統計で評価し、無作為の試料選択および遺伝子のそれぞれに、このｔ値を記録した。特異的に発現した遺伝子をさらに特徴付けるために、遺伝子を、３つの患者グループ（非応答者、中程度の応答者、および健常な対照者）のいずれかの間で有意に異なる発現レベルを有し、非応答者と応答者との間で有意に異なる遺伝子として特定した。線形モデリング方法を、これらの４つの所定のグループに試料を分類する患者データに適用した。標準線形モデルデータ分析法（ＭＡＮＯＶＡ）を、有意に異なる発現を有する遺伝子を特定するために適用した。それぞれの差異の有意性をｔ統計を使用して評価した。複数の仮説検定効果を考慮に入れるため、倍率変化の有意性を、試料、グループ、および遺伝子内において変動のベイジアン分析を使用して評価した（Ｓｍｙｔｈ，  Ｇ．  Ｋ．  （２００４）  Ｓｔａｔ．  Ａｐｐｌ．  Ｇｅｎｅｔ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ３，  Ａｒｔｉｃｌｅ３）。特異的に発現したベイジアン事後確率の有意なｐ値＜０，０５を有する遺伝子を選択した。選択には、遺伝子が少なくとも１．５の倍率変化を有することが必要であった。
【０１９８】
適切な転写物のセットがデータ整理方法から特定されると、これらを公的に入手可能なゲノムデータベースの生物学的注釈を有する遺伝子のみを含むようにさらに選択した。この遺伝子セットを、ランダムフォレストのマシンラーニング方法（Ｂｒｅｉｍａｎ，  Ｌ．  （２００１）  Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ  ４５：５−３２）を使用して抗ＴＮＦ応答の予測因子を発達するために使用した。「応答者」または「非応答者」と確認されたそれぞれの患者に対し、遺伝子発現レベルをＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）ＲＭＡ（ＧＣＲＭＡ；Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標））で判定した。ランダムフォレスト方法は、無作為に選択したｋ遺伝子および約２／３の患者試料からの多くの判定木を構成する。アルゴリズムは、アプリオリユーザーがそれぞれの木にランダムｋ変数を選択するためにいかなるｋを選択できる間、この方法を何度も繰り返す。それぞれの変数（遺伝子発現）に対して、ランダムフォレスト方法は、その予測への重要性を計算する。フォレスト構成の乱数度を考えると、遺伝子の重要性は、判定性値ではない。つまり、遺伝子の重要性は、フォレストの内容によって異なり得る。
【０１９９】
初期データプロセッシングおよび遺伝子のフィルタリング．  Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＨＧＵ１３３Ｐｌｕｓ２チップを使用して１１６人のＲＡ患者から治療前に採取した全血からの遺伝子発現プロファイル。ＲＡ患者に加え、我々は、４２人の健常な対照者から血液を採取し、プロファイル化した。患者を抗ＴＮＦ薬（レミケード、エンブレル、ヒュミラ）で治療した。疾患の重症度を、ＤＡＳ２８スコアおよびＥＵＬＡＲ分類を使用して評価した（Ｆｒａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００５）  Ｃｌｉｎ  Ｅｘｐ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ  ２３：  Ｓ９３−９９）。患者は、ベースライン訪問の８週間および１４週間後に追跡調査し、これらの３回の訪問時に血液を採取した。患者の疾患スコアをこれらの訪問時に評価した。典型的に、中度から重症度のＲＡを有する患者は、抗ＴＮＦで治療され、その結果、我々のコホートでは、良好な応答者はおらず、非応答者および中程度の応答者のみであった。ＥＵＬＡＲ分類によると、良好な応答者は、ベースラインと比較したときに、ＤＡＳ２８が少なくとも４０％向上した軽度（ＤＡＳ２８＜３．２）の疾患を有する患者である。
【０２００】
ベースライン訪問の１４週間後（訪問３）は、治療効果について臨床判定を行う一般的な時点であるため、我々のコホートで我々のグループの良好な応答者を特定するために選択した。ＤＡＳ２８スコアの向上を以下の方程式を使用してそれぞれの患者で計算した。
【０２０１】
【数３】
2014033676.tif 000020
ＥＵＬＡＲ分類（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８），  （上記））に従い、応答者、中程度の応答者、および非応答者を定義した。したがって、予測因子の開発の目的で、患者コホートは、３つのグループ（非応答者（２２人の患者）、中程度の応答者（２９人の患者）、および応答者（２４人の患者））を含み得る。
【０２０２】
すべての患者および健常な対照者からの試料を、第１のＧＣＲＭＡデータ正規化方法を使用して処理した（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ。  （２００１）  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ  ２，  ＲＥＳＥＡＣＨ００３２、Ｉｒｉｚａｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ３１：  ｅ１５、およびＷｕ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ９９：  ９０９−９１７）。データをＲＭＡを使用して個別に処理した（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ。  （２００１）  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ  ２，  ＲＥＳＥＡＣＨ００３２、Ｉｒｉｚａｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ３１：  ｅ１５、およびＷｕ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ９９：  ９０９−９１７）。すべての計算をＲおよびバイオコンダクター計算ツールを使用して行った（例えば、Ｇｅｎｅｔｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００５）  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ｕｓｉｎｇ  Ｒ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ  （Ｓｐｒｉｎｇｅｒ）を参照）。
【０２０３】
データ整理の予備段階として、ＭＡＳ５アルゴリズム（Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒに実装される）を使用して、試料中に存在する転写物を特定した。４つのグループ（対照者、応答者、中程度の応答者、および非応答者）のいずれか１つに属する少なくとも５０％の試料中にｐ値＜０．０１を有する際に、転写物は存在するとされるという要件であった。したがって、その後の分析を存在すると考えられる２３，６８６個の転写物に適用した。
【０２０４】
データ整理の第１のステップは、相対するＤＡＳ２８スコアと有意に相関したすべてのベースライン遺伝子発現を特定した。Ｒに実装される一般線形モデリングツール（Ｇｅｎｔｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （上記））を使用して、すべてのベースライン試料（中程度の応答者、および非応答者）を使用して遺伝子発現値でＤＡＳ２８スコアをモデル化した。線形モデルフィットの有意性をｔ統計で評価した。それぞれの遺伝子、９０％の無作為選択試料に対して、ｔ値を記録した。無作為サンプリングおよびフィッティング手順をそれぞれの遺伝子で１００回繰り返した。これらの１００回のモデリングステップの有意性から、それぞれの遺伝子の平均有意性を、最大および最小ｔ値の上位５％および下位５％を除去して計算した。さらに、患者の応答を１００回無作為に置換し、発現値を置換した応答にフィットさせた。置換されたフィットのｔ値は、チャンスフィットによって予測される分布を生じた。このランダム分布を使用して、真の応答値のフィットを、それが２つの標準偏差より多くランダムフィットから有意に異なっていたかどうかを判定するために評価した。８９４の遺伝子プローブが、フィットに対してｐ値＜０．０２５（２より高いｔ値）でｒｅｌＤＡＳ２８と有意に相関し、置換された応答で生じたフィットと比較すると有意であるとして選択された。これらの計算は、ＣＰＵ負荷が高いため、データを１００ノード（２００ＣＰＵ）ＬＩＮＵＸ（登録商標）クラスタを使用して処理した。
【０２０５】
我々の候補遺伝子評価における第２のステップとして、我々は、３つの患者グループ（非応答者、中程度の応答者、および健常な対照者）のいずれかの間で有意に異なる発現を有する候補遺伝子、および非応答者と応答者との間で有意に異なるこれらの遺伝子を特定した。我々は、線形モデリング方法を４つの所定のグループに分類する患者データに適用した。次いで、有意に異なる発現を有する遺伝子を特定するために、標準線形モデリングデータ分析方法（ＭＡＮＯＶＡ）を適用した。それぞれの差異の有意性をｔ統計を使用して評価した。複数の仮説を考慮に入れるために、我々は、ｌｉｍｍａパッケージによって実施される変動のベイジアン分析を使用して倍率変化の有意性をさらに評価した（Ｓｍｙｔｈ，  Ｇ．  Ｋ．  （２００４）  Ｓｔａｔ  Ａｐｐｌ  Ｇｅｎｅｔ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ３，  Ａｒｔｉｃｌｅ３）。特異的に発現した遺伝子のベイジアン事後確率の有意なｐ値＜０．０５を有する、および少なくとも１．５倍の差異を有する遺伝子を選択した。上記の必要条件で有意に特異的に発現したと判定された遺伝子プローブの総数は、７，９７２であった。
【０２０６】
ｒｅｌＤＡＳ２８スコアと有意に相関した８９４の遺伝子から、２９１の遺伝子が上述の選択によって特異的に発現したことも考えられた。これらの２９１の遺伝子プローブから、少なくとも６つＧＶＲＭＡにより予測されたｌｏｇ２発現値を有した１６６のプローブ、およびＥＮＴＲＥＺ  ＮＣＢＩヒトゲノムデータベースで確認されたこれらの遺伝子のみをさらに選択した。つまり、我々は、名称が割り当てられた遺伝子のみを選択し、注釈付きの遺伝子または未確認のオープンリーディングフレームに関連しないプローブセットを除外した。
【０２０７】
ランダムフォレストの最適パラメータの発見
１６６の遺伝子プローブは、応答者と非応答者との間の抗ＴＮＦ応答の予測構成の開始点を構成した。ランダムフォレスト（Ｂｒｉｅｍａｎ  （２００１）  Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ  ４５：  ５−３２）マシンラーニング方法を、最良の予測因子または一組の予測因子を特定するために、これらのプローブに適用した。
【０２０８】
ランダムフォレストアルゴリズムに重要である２つのパラメータは、フォレストに使用する木の数（ｎｔｒｅｅ）およびそれぞれの分割に使用するランダム変数の数（ｍｔｒｙ）である。安定したランダムフォレスト分類に必要とされる木の数を見出すために、ランダムフォレスト試験を、異なるｎｔｒｅｅ値、つまり、ｎｔｒｅｅ＝｛１，５００、１０００・・・・、１２０，０００｝で行った。それぞれのｎｔｒｅｅ値で１０回実行し、ＯＯＢ誤差率を記録し、誤差率の平均および標準偏差を計算した。誤差の標準偏差が安定化されるのに最適なｎｔｒｅｅを選択した。
【０２０９】
最適なｍｔｒｙを見出すために、ＲＦが０．０５ｘｍｔｒｙ〜ｍｔｒｙ＝試料数まで、０．０５の増分で、デフォルトｍｔｒｙ
【０２１０】
【数４】
2014033676.tif 000021
の倍数から成るｍｔｒｙ値の範囲に対して１０回実行されるように、同様の手順を適用した。ＯＯＢ誤差率をそれぞれの試行で記録した。最適なｍｔｒｙ値を誤差率が安定化され、最小値に到達するように選択した。特に、ＯＯＢ誤差率に従って、まず、ｍｔｒｙ値を順位化し、次いで、以下の方程式を基に順位化した。
ａｂｓ（ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ］−ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ−１］＋ａｂｓ（ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ＋１］−ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ］）＋ｓｔｄ．ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ］  （ｉ＝２、ｎ）、
式中、ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ］は、ｉ番目のｍｔｒｙの平均ＯＯＢ誤差率であり、ｎは、ｍｔｒｙ値の総数であり、ｓｔｄ．ＯＯＢは、誤差率の標準偏差である。最低の誤差率および最高の安定性（方程式からの最も低い値）の両方の基準を満たすｍｔｒｙ値を最適値として選択した。
【０２１１】
予測に一貫して重要な遺伝子の選択．  「収束ランダムフォレスト」アルゴリズムを、予測に一貫して重要な遺伝子を選択するために開発した。アルゴリズムのステップは、以下のとおりである。
【０２１２】
１．ランダムフォレストを１０回行う
２．すべての１０回の試行で重要と考えられる遺伝子を選択する（変数の重要度＞０）
３．選択した遺伝子の数が変化しなくなるまで１〜２を繰り返す。
【０２１３】
４．異なるｍｔｒｙ値のついて１〜３を繰り返し、「収束」遺伝子組をそれぞれのｍｔｒｙ値について選択する。
【０２１４】
５．「収束」遺伝子組間における共通遺伝子を選択する。
【０２１５】
最大の予測精度を有する最小数の遺伝子の選択．  重要度順位およびクラスタリングに基づく選択技術を使用して、最小数の遺伝子および最大精度を有する非冗長セットを見出すために一連のステップを実行した。選択技術および全体のワークフローを以下に要約する。
【０２１６】
重要度順位に基づく選択
１．変数の重要度（ｇ１、ｇ２・・・ｇｎ）に従い、遺伝子を降順に順位づけする。
２．ｘ＝１にセットする。
３．ｘ個の上位遺伝子を選択し、ＲＦを実行し、ＯＯＢ誤差を記録する。
４．ｘ＝ｘ＋１にセットする。ｘ＝ｎになるまでステップ３〜４を繰り返す。
５．最小ＯＯＢ誤差率を有するｘを選択する。
【０２１７】
クラスタリングに基づく選択
１．距離行列として遺伝子発現値の相関を使用して遺伝子をクラスタする。
２．ｋ＝２にセットする。
３．木をｋクラスタに切断する。それぞれのクラスタから、最大変数重要度を有する遺伝子（合計ｋ個の遺伝子）を選択する。
４．ｋ＝ｋ＋１にセットする。ｋ＝ｘになるまでステップ３〜４を繰り返す（重要度順位に基づく選択を参照）。
５．最小ＯＯＢ誤差率を有するｋ遺伝子を選択する。
【０２１８】
最小遺伝子を選択するために手順を完了する。
ｆｏｒ  ｉ＝１：５０｛
・重要度順位に基づき遺伝子を選択する：予測＿遺伝子＿セットｉ１。ｘをｘｉと記録する。
・クラスタリングに基づき遺伝子を選択する：予測＿遺伝子＿セットｉ,２. ｋをｋｉと
記録する
｝
・予測＿遺伝子＿セットｉ１および予測＿遺伝子＿セットｉ２を組み合わせる。
・それぞれの遺伝子ｇに遺伝子予測指標（ＧＰＩ）を計算する。
【０２１９】
【数５】
2014033676.tif 000022
式中、ＮＰＧは、ｉ回目の試行の予測遺伝子の数であり、遺伝子ｇは重要度順位またはクラスタリングのいずれかにより選択される。
【０２２０】
【数６】
2014033676.tif 000023
が最小誤差率および
【０２２１】
【数７】
2014033676.tif 000024
の場合、最良遺伝子の数を重要度によって選択する。同様に、
【０２２２】
【数８】
2014033676.tif 000025
は、最小誤差率および
【０２２３】
【数９】
2014033676.tif 000026
クラスタ切断によって選択される遺伝子の数である。したがって、遺伝子ｇが重要度順位によって選択される場合は、ＮＰＧｉ＝ｘiであり、クラスタリングによって選択される
場合は、ＮＰＧｉ＝ｋiである。したがって、その試行で特定される遺伝子ｇを含む予測
遺伝子の数が小さい場合は、その遺伝子には、より高い指標が与えられる。その上、試行での遺伝子の発現の頻度が増大すると、遺伝子のＧＰＩも（加重を介して）増加する。
・ＧＰＩに従い遺伝子を降順に順位化する。
・重要度順位に基づく選択に記載されるステップ２〜５を実行する。
【０２２４】
異なる分類アルゴリズム  最終セットの遺伝子を、ランダムフォレストに対する性能を比較するために異なる分類アルゴリズムで試行する。ｋ近傍分類（ｋＮＮ）をｋ∈｛１、３、５、・・・２１｝で実行し、最小誤差を有するｋを選択する。Ｇｅｎｔｌｅｍａｎらに提案されたように、動径カーネルを有するＳＶＭを、コストパラメータｃ∈｛１、２、４｝およびパラメータγ∈｛２−１／１８、１／１８、２／１８｝の組み合わせで実行した（Ｂｉｏｉｎｆｏｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ｕｓｉｎｇ  Ｒ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ．  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  Ｓｐｒｉｎｇｅｒ）。ランダムフォレストテストを１００，０００の木およびデフォルトｍｔｒｙで実行した。Ｒ内のＭＬＩｎｔｅｒｆａｃｅｓパッケージ（Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ）を使用して分析を実施した。
【０２２５】
実施例５  最小数の遺伝子および最大の性能を有する安定した予測因子の構成
初期データ処理および遺伝子のフィルタリングにより、抗ＴＮＦ応答と有意に相関し、応答者と非応答者間、ならびに患者と正常な対照者との間で、異なって発現した１６６の遺伝子プローブが得られた。１６６の遺伝子プローブから開始し、最小数の遺伝子および最大性能を有する安定した予測因子を見出すことが目標であった。
【０２２６】
この目標を、（１）安定したランダムフォレスト分類を構成する、（２）「重要」であるが最小数の最終予測因子に使用されるべき遺伝子を選択するという２つのタスクを完了することによって達成した。これらのタスクのそれぞれを、以下に詳細に説明する。
【０２２７】
１．安定ランダムフォレスト分類の構成
安定したＲＦ分類を構成するために、安定した分類を有するために何本の木が必要であるか、分割毎にいくつの確率変数を無作為に選択するべきであるかという、２つの問題を検討した。
【０２２８】
まず、安定した分類が存在するための最適数の木、つまり、フォレストにさらに木が追加されても性能が変化しない場合を判定した。このために、ランダムフォレストを異なるｎｔｒｅｅ値で１０回実行し、それぞれの回でＯＯＢ誤差率を記録した。次いで、これらの１０回の試行にわたる中央値および標準偏差（ｓｔｄ）を計算した。試行の一例を図６に示す。ここでは、ＯＯＢ誤差率（図６Ａ）および標準偏差（図６Ｂ）をそれぞれのｎｔｒｅｅについてプロットしている。誤差率は迅速に安定化し、標準偏差は、フォレストにさらに木が追加されるにつれて減少し続けた。したがって、標準偏差が安定化した後のｎｔｒｅｅ（図６Ｂ、ｎｔｒｅｅ＝１５４００）を決定した。この手順により、データセットに対する最適なｎｔｒｅｅの初期予測が与えられるが、静的値として受け取るべきではない。研究者は、データセット（遺伝子および試料の数）が変化するため、結果のロバスト性を継続的に調査し、必要に応じてさらに木を追加しなければならない。
【０２２９】
次の問題は、ｍｔｒｙが変わるにつれて性能がどのように変化するかであった。そのために、ＲＦを、あるｍｔｒｙ値の範囲で１０回実行し、それぞれの試行でＯＯＢ誤差率を記録した。ｍｔｒｙに対する誤差率の中央値および標準偏差の変化をｎｔｒｅｅ＝４０，０００について示す（図７Ａ）。標準偏差が安定されたｎｔｒｅｅが前のステップで選択されたため、標準偏差は、ｍｔｒｙで全く変化しない（図７Ｂ）。誤差率および安定性に基づいてｍｔｒｙ値を順位化した後、最適なｍｔｒｙまたは満足できる程度に互いに異なるｍｔｒｙ値の範囲（例えば、≧１．５ｘ前のｍｔｒｙ）を選択することができる。結果は、ｍｔｒｙが性能に影響し、したがって、異なる値を試し、結果の一貫性を評価するのに重要であることを証明した。
【０２３０】
図８に示すように、手順を異なるｎｔｒｅｅ値で繰り返した。ｍｔｒｙに対するＯＯＢ誤差率の変化は、ｎｔｒｅｅと無関係である（例えば、Ｄｉａｚ−Ｕｒｉａｒｔｅ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  ＢＭＣ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ７  （３）を参照）。あるいは、結果は、前のステップで判定されたｎｔｒｅｅ範囲が確かに最適であって、さらに木を追加することが同一のｍｔｒｙ値に対する誤差率に効果を及ぼさないことを意味し得る。
【０２３１】
遺伝子の選択．  最適パラメータがランダムフォレスト分類に対して決定された後、次の目標は、最終予測因子に使用される遺伝子を選択することであった。最終目標は、最小数の遺伝子および最大予測精度を有する予測因子を有することであった。したがって、予測において有益かつ非冗長で、一貫して重要であった遺伝子のセットを以下に示すように選択した。
【０２３２】
予測において一貫して重要な遺伝子の選択
変数の重要度および一貫性の両方を考慮に入れる、頻度をベースとした遺伝子選択アルゴリズムを選択した。「収束ランダムフォレスト」アルゴリズム（Ｍａｔｅｒｉａｌｓ  ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ＩＩを参照）を、ｍｔｒｙ＝｛４５｝のｍｔｒｙ値を使用して実行した。アルゴリズムにより、４０の遺伝子の「収束」セットが得られた。この遺伝子セットの性能を１０回の個別のＲＦの試行で計算した。結果を、ｎｔｒｅｅ＝１６，０００について図９に示す。第１のパネルは、初期遺伝子セットとしての１６６すべての遺伝子の性能を示す。第２のパネルは、それぞれのｍｔｒｙ値で得られた収束セットの性能である。図９の第３のパネルは、最終収束遺伝子と同数の上位の重要な遺伝子を選択するときの方法の性能を示す。
【０２３３】
概して、収束により選択された４０の遺伝子を有する分類により、初期の１６６の遺伝子セットよりも精度の向上がもたらされた。４０の遺伝子を表１１に示す。
【０２３４】
【表１１−１】
2014033676.tif 000027
【０２３５】
【表１１−２】
2014033676.tif 000028
応答者と非応答者との間を識別する遺伝子の最も正確で非冗長なセットの選択。まず、誤差率が重要度測定によって選択された遺伝子の数によってどのように変化するかを調査した。そのために、ＲＦを一位とランク付けられた遺伝子で実行し、次いで、２位の遺伝子を加え、１６６個のすべての遺伝子が順番に加えられるまでそれを続けた。結果を図１０に示す。誤差率の段階的増加は、ほぼ確実に遺伝子との間の相関が原因であった。最小数の非冗長遺伝子を選択することが目標であったため、クラスタリング手順を無相関でより有益かつノイズの少ない遺伝子セットを選択するために開発した。
【０２３６】
収束遺伝子セット（４０の遺伝子）で開始し、まず、上述の手順を繰り返した、つまり、誤差率の変化を重要度測定によって選択した遺伝子の数とともに計算した（図１０）。最小誤差率（１１％）を上位２４の遺伝子について得た（図１０で丸く囲まれる）。上位２４個の遺伝子は、以下の通りである。ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６。次いで、４０個の遺伝子を、遺伝子発現間の相関を距離の尺度とした階層的クラスタリングを使用して、クラスタ化した。クラスタリングのデンドログラムを図５に示す。クラスタリング木から開始し、木をｋ＝２、３、４、５等と、最小誤差が重要度順位により得られる遺伝子の数まで再帰的に切断した。遺伝子のｋ−サブクラスタが特定されたら、分類に最も重要であると判定されたサブクラスタから遺伝子を選択した。ｋサブクラスタに対して、それぞれのｋ個の選択についてｋ個の最良遺伝子を選択した。ｋの最良遺伝子から構成されたＲＦ予測因子の性能を表１２に示す。ｋ＝８の選択により、８９％の精度というＲＦ予測因子の最良の性能が得られた。最良の８つの遺伝子は、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６であった。異なるセットのｋ最良遺伝子をそれぞれの試行で選択し、これらすべてを総合したものが、２４の最良遺伝子のセットである。すべての最良遺伝子から作られたＲＦ予測因子は、８７％の精度を有する。
【０２３７】
【表１２】
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【０２３８】
【表１３−１】
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【０２３９】
【表１３−２】
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【０２４０】
【表１３−３】
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【０２４１】
【表１３−４】
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【０２４２】
【表１３−５】
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【０２４３】
【表１３−６】
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【０２４４】
【表１３−７】
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【０２４５】
【表１３−８】
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【０２４６】
【表１３−９】
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【０２４７】
【表１３−１０】
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【０２４８】
【表１３−１１】
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【０２４９】
【表１３−１２】
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【０２５０】
【表１３−１３】
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【０２５１】
【表１３−１４】
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【０２５２】
【表１３−１５】
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【０２５３】
【表１３−１６】
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【０２５４】
【表１３−１７】
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【０２５５】
【表１３−１８】
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【０２５６】
【表１３−１９】
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【０２５７】
【表１３−２０】
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【０２５８】
【表１３−２１】
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【０２５９】
【表１３−２２】
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【０２６０】
【表１３−２３】
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【０２６１】
【表１３−２４】
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【０２６２】
【表１３−２５】
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【０２６３】
【表１３−２６】
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【０２６４】
【表１３−２７】
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【０２６５】
【表１３−２８】
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【０２６６】
【表１３−２９】
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【０２６７】
【表１３−３０】
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【０２６８】
【表１３−３１】
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【０２６９】
【表１３−３２】
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【０２７０】
【表１３−３３】
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【０２７１】
【表１３−３４】
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【０２７２】
【表１３−３５】
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【０２７３】
【表１３−３６】
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【０２７４】
【表１３−３７】
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【０２７５】
【表１３−３８】
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【０２７６】
【表１３−３９】
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【０２７７】
【表１３−４０】
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【０２７８】
【表１３−４１】
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【０２７９】
【表１３−４２】
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【０２８０】
【表１３−４３】
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【０２８１】
【表１３−４４】
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【０２８２】
【表１３−４５】
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【０２８３】
【表１３−４６】
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【０２８４】
【表１３−４７】
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【０２８５】
【表１３−４８】
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【０２８６】
【表１３−４９】
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【０２８７】
【表１３−５０】
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【０２８８】
【表１３−５１】
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【０２８９】
【表１３−５２】
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【０２９０】
【表１３−５３】
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【０２９１】
【表１３−５４】
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【０２９２】
【表１３−５５】
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【０２９３】
【表１３−５６】
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【０２９４】
【表１３−５７】
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【０２９５】
【表１３−５８】
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【０２９６】
【表１３−５９】
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【０２９７】
【表１３−６０】
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【０２９８】
【表１３−６１】
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【０２９９】
【表１３−６２】
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【０３００】
【表１３−６３】
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【０３０１】
【表１３−６４】
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【０３０２】
【表１３−６５】
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【０３０３】
【表１３−６６】
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【０３０４】
【表１３−６７】
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【０３０５】
【表１３−６８】
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【０３０６】
【表１３−６９】
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【０３０７】
【表１３−７０】
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【０３０８】
【表１３−７１】
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【０３０９】
【表１３−７２】
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【０３１０】
【表１３−７３】
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【０３１１】
【表１３−７４】
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【０３１２】
【表１３−７５】
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【０３１３】
【表１３−７６】
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【０３１４】
【表１３−７７】
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【０３１５】
【表１３−７８】
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【０３１６】
【表１３−７９】
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【０３１７】
【表１３−８０】
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【０３１８】
【表１３−８１】
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【０３１９】
【表１３−８２】
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【０３２０】
【表１３−８３】
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【０３２１】
【表１３−８４】
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【０３２２】
【表１３−８５】
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【０３２３】
【表１３−８６】
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【０３２４】
【表１３−８７】
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【０３２５】
【表１３−８８】
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【０３２６】
【表１３−８９】
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【０３２７】
【表１３−９０】
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【０３２８】
【表１３−９１】
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【０３２９】
【表１３−９２】
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【０３３０】
【表１３−９３】
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【０３３１】
【表１３−９４】
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【０３３２】
【表１３−９５】
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【０３３３】
【表１３−９６】
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【０３３４】
【表１３−９７】
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【０３３５】
【表１３−９８】
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【０３３６】
【表１３−９９】
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【０３３７】
【表１３−１００】
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【０３３８】
【表１３−１０１】
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【０３３９】
【表１３−１０２】
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【０３４０】
【表１３−１０３】
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【０３４１】
【表１３−１０４】
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【０３４２】
【表１３−１０５】
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【０３４３】
【表１３−１０６】
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【０３４４】
【表１３−１０７】
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【０３４５】
【表１３−１０８】
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【０３４６】
【表１３−１０９】
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【０３４７】
【表１３−１１０】
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【０３４８】
【表１３−１１１】
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【０３４９】
【表１３−１１２】
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【０３５０】
【表１３−１１３】
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表１３には、列３で示したへテロ接合のＳＮＰ遺伝子型だけでなく、列４で示したホモ接合のＳＮＰ遺伝子型も含まれることが理解される。例えば、表１３は、ｒｓ９６１１３２４（Ａ／Ｇ）だけでなく、ｒｓ９６１１３２４（Ｇ／Ｇ）も含まれる。表１３のヘテロ接合およびホモ接合のＳＮＰ遺伝型の両方が、本明細書に記載の方法において予測に用いることができることが理解される。
【０３５１】
他の実施形態
本発明をその詳細な説明と関連して記載したが、前述の説明は、図示することを意図し、本発明の範囲を制限せず、その範囲は、添付の請求項の範囲で定義される。他の態様、利点、および修正は、以下の請求項の範囲内である。
【手続補正書】
【提出日】平成25年10月31日(2013.10.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願に対する相互参照
本願は、２００７年６月８日に出願の米国暫定出願第６０／９４２，９３７号の優先権を主張するものであり、その内容は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【０００２】
連邦政府によって支援された研究または開発に関する声明
本願に記載される研究は、国立衛生研究所の国立関節炎、骨格筋、皮膚疾患研究所からの認可番号１−ＡＲ−１−２２５６により支援された。政府は、本発明における一定の権利を有することができる。
【背景技術】
【０００３】
腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ）は、関節リウマチ等の炎症性疾患の発症に重要な役割を果たすサイトカインである。抗ＴＮＦモノクローナル抗体（例えば、アダリムマブまたはインフリキシマブ）またはＴＮＦ受容体融合タンパク質（例えば、エタネルセプト）の使用を介したＴＮＦシグナル伝達の妨害を使用して、ある種の炎症性疾患の症状を改善することができる。抗ＴＮＦ治療は、非常に成功しているが、それらを受けるすべての患者において有意な臨床反応を引き起こすわけではない。
【０００４】
患者を、抗ＴＮＦ治療に対して応答する可能性が高いまたは可能性が低いものとして特定することは、最適な患者管理をするために重要である。抗ＴＮＦ治療に対して応答する可能性が低いことを示唆するバイオマーカーを呈する患者は、直ちに（すなわち、抗ＴＮＦ治療を投与することなく）、または第１の抗ＴＮＦ治療が失敗した場合に、他の治療へ向けることができる。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明は、少なくとも一部において、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測するバイオマーカーの発見に基づく。例えば、表１に示される遺伝子のうちの１つ以上の発現レベル、または表２〜４または１３に示される単一ヌクレオチド多型のうちの１つ以上の存在が、所与の対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答する、または応答しない可能性を予測することができる。したがって、本明細書に記載されるバイオマーカー、組成物、および方法は、免疫または炎症性疾患（例えば、関節リウマチまたはクローン病）等の疾患を患っている対象に対する適切な治療モダリティ（例えば、抗ＴＮＦ治療または非抗ＴＮＦ治療）を選択するのに有用である。
【０００６】
一態様において、本開示は、免疫障害を治療する方法を提供し、方法は、それを必要とする対象に抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、対象は、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４）を有することが確認されている。
【０００７】
別の態様において、本開示は、免疫障害を治療する方法を提供し、方法は、それを必要とする対象に非抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、対象は、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４）を有することが確認されている。
【０００８】
上記の方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態において、対象は、健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４以上）の遺伝子の高発現レベルまたは低発現レベルを有することが確認されている。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６からなる、または含むことができる。該少なくとも２４の遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる、または含むことができる。
【０００９】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を特徴とする。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上の遺伝子の発現レベルを測定するステップと、を含み、該１つ以上の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４）の遺伝子を含み、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つにより、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答することを予測し、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つにより、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。該１つ以上の遺伝子のＲＮＡまたはタンパク質発現を、測定することができる。該１つ以上の遺伝子のＲＮＡ発現レベルは、例えば、マイクロアレイ解析および／または定量的ポリメラーゼ連鎖反応を用いて、測定することができる。
【００１０】
いくつかの実施形態において、該方法は、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の発現レベルが上昇する、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが低下する、ことを判定するステップと、対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含む。該方法は、対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００１１】
いくつかの実施形態において、該方法は、対象が、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の発現レベルが上昇する、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが低下する場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が高いことを示す記録を作成するステップをさらに含むことができる。該記録は、例えば、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００１２】
いくつかの実施形態において、該方法は、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが上昇する、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の発現レベルが低下する、ことを判定するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００１３】
いくつかの実施形態において、該方法は、対象が、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが上昇する、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の発現レベルが低下する場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップをさらに含むことができる。該記録は、例えば、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００１４】
本明細書に記載される方法のいずれかのうちのいくつかの実施形態において、健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の発現レベルが、少なくとも約１．５倍（例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３．０倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４．０倍、または少なくとも約５倍以上）で上昇する、または低下する。本明細書に記載される方法は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４）の遺伝子の発現レベルを測定するステップを含むことができる。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６からなる、または含むことができる。該少なくとも２４の遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる、または含むことができる。
【００１５】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供し、方法は、対象からの生体試料中で、１つ以上の遺伝子の発現レベル（例えば、ＲＮＡまたはタンパク質発現レベル）を評価するステップを含み、該１つ以上の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、または少なくとも２４）の遺伝子を含み、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１の高発現レベル、またはＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２の低発現レベルが、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測し、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２の高発現レベル、またはＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１の低発現レベルが、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測する。
【００１６】
いくつかの実施形態において、該方法は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、２１以上、または２２以上）の発現レベルが上昇する、またはＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、２１以上、または２２以上）の発現レベルが低下する、ことを判定するステップと、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測するステップと、を含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測した後、抗ＴＮＦ治療を対象に投与するステップを含む。
【００１７】
いくつかの実施形態において、該方法は、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、２１以上、または２２以上）の発現レベルが上昇する、またはＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、２１以上、または２２以上）の発現レベルが低下する、ことを判定するステップと、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測するステップと、を含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測した後、非抗ＴＮＦ治療を対象に投与するステップを含む。
【００１８】
さらに別の態様において、本開示は、免疫障害を治療する方法を特徴とする。該方法は、それを必要とする対象に抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）遺伝子型を有することが確認されている。
【００１９】
別の態様において、本開示は、免疫障害を治療する方法を特徴とし、方法は、それを必要とする対象に非抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを有することが確認されている。
【００２０】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認されている。
【００２１】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、およびｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかからなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認されている。
【００２２】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、およびｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認されている。
【００２３】
いくつかの実施形態において、対象は、表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかからなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認されている。
【００２４】
別の態様において、本開示は、免疫障害を治療する方法を特徴とし、方法は、それを必要とする対象に抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認されている。
【００２５】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを含み、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答することを予測し、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００２６】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のいずれかを含み、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のいずれかのうちの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のいずれかの存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００２７】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、およびｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかからなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型を含み、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、もしくはｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００２８】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、およびｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型を含み、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、もしくはｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００２９】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかからなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型を含み、表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００３０】
別の態様において、本開示は、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法を提供する。該方法は、免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０）のＳＮＰ遺伝子型を含み、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答することを予測し、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）のうちの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する。
【００３１】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上の存在を検出するステップと、対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００３２】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上が存在する場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が高いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。該記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００３３】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）のうちの１つ以上の存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００３４】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００３５】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００３６】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、もしくはｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかの１つ以上の存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップと、を含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、もしくはｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上の存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップと、を含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの１つ以上の存在を検出するステップと、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップと、を含むことができる。該方法は、対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するステップをさらに含むことができる。
【００３７】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかが存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。該記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００３８】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかのうちの１つ以上、または表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかが存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。該記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００３９】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、もしくはｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかの１つ以上が存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、もしくはｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上が存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。いくつかの実施形態において、該方法は、表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの１つ以上が存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。該記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００４０】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）のうちの１つ以上が存在する場合、対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップを含むことができる。該記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成することができる。
【００４１】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有する有することが確認される者であり得る。
【００４２】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを有することが確認される者であり得る。
【００４３】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを有することが確認される者であり得る。
【００４４】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、およびｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認される者であり得る。
【００４５】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、およびｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認される者であり得る。
【００４６】
いくつかの実施形態において、対象は、表１３から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認される者であり得る。
【００４７】
いくつかの実施形態において、対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型を有することが確認される者であり得る。
【００４８】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含むことができる。
【００４９】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの有無を検出するステップを含むことができる。
【００５０】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含むことができる。
【００５１】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの有無を検出するステップを含むことができる。
【００５２】
いくつかの実施形態において、該方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、またはすべて）のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含むことができる。
【００５３】
本明細書に記載される方法のうちのいずれかは、対象に対する抗ＴＮＦ剤または非抗ＴＮＦ剤を含む治療（本明細書に記載される予測方法の転帰により異なる選択）を処方するためのステップをさらに含むことができる。
【００５４】
本明細書に記載される方法のうちのいずれかにおける生体試料は、例えば、血液からなる、または血液を包含することができる。
【００５５】
本明細書に記載される方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態において、対象は、免疫（例えば、炎症性）障害等の疾患、感染症、または本明細書に記載される抗ＴＮＦ剤を含む治療により治療可能な任意の疾病を罹患し得る。例えば、対象は、関節リウマチまたはクローン病を罹患し得る。対象は、ヒトであり得る。
【００５６】
本明細書に記載される方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態において、該抗ＴＮＦ剤は、抗ＴＮＦ抗体または可溶性ＴＮＦ受容体からなる、またはそれらを包含することができる。該抗ＴＮＦ抗体は、例えば、アダリムマブまたはインフリキシマブであり得る。該可溶性ＴＮＦ受容体は、例えば、エタネルセプトであり得る。
【００５７】
いくつかの実施形態において、該非抗ＴＮＦ剤は、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）、抗ＣＤ２０抗体、ＴＷＥＡＫ阻害剤、ＩＬ−６阻害剤、ＩＬ−６受容体阻害剤、可溶性リンホトキシンβ受容体、または可溶性ＢＡＦＦアンタゴニストからなる、またはそれらを包含し得る。ＮＳＡＩＤは、ＣＯＸ−２阻害剤であり得る。ＤＭＡＲＤは、メトトレキサート、金、ペニシラミン、またはヒドロキシクロロキンであり得る。
【００５８】
別の態様において、本開示は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、またはＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、それぞれ少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２２、または少なくとも２４以上）の遺伝子のそれぞれのすべての部分に選択的にハイブリダイズする少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２２、または少なくとも２４以上）のポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも５つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６を含むことができる。該少なくとも８つの遺伝子は、例えば、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、および／またはＹＩＰＦ６からなる、またはそれらを含むことができる。該少なくとも２４の遺伝子は、例えば、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる、またはそれらを含むことができる。
【００５９】
さらに別の態様において、本開示は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、それぞれ少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかのそれぞれに選択的にハイブリダイズする少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。
【００６０】
さらに別の態様において、本開示は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかからなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、それぞれ少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかのそれぞれに選択的にハイブリダイズする少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。
【００６１】
別の態様において、本開示は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される少なくとも２つ（例えば、それぞれ少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のＳＮＰ遺伝子型のそれぞれに選択的にハイブリダイズする少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、または少なくとも２０以上）のポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。
【００６２】
上に記載される組成物のうちのいずれかのいくつかの実施形態において、該少なくとも２つのポリヌクレオチドは、固体支持体に結合され得る。該固体支持体は、マイクロアレイチップ、粒子（例えば、コード化された粒子、磁性粒子、または磁性およびコード化された粒子）、または本明細書に記載される任意の他の固体支持体であり得る。
【００６３】
上に記載される組成物のうちのいずれも、１００，０００未満（例えば、９０，０００未満、８０，０００未満、７０，０００未満、６０，０００未満、５０，０００未満、４０，０００未満、３０，０００未満、２０，０００未満、１５，０００未満、１０，０００未満、５，０００未満、４，０００未満、３，０００未満、２，０００未満、１，５００未満、１，０００未満、７５０未満、５００未満、２００未満、１００未満、または５０未満）の異なるポリヌクレオチドを包含し得る。
【００６４】
さらに別の態様において、本開示は、発現レベルを判定するため、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するためのキットを提供する。該キットは、上に記載される組成物のうちのいずれか、および任意に、発現レベル（例えば、ＲＮＡおよび／またはタンパク質発現レベル）を判定するための説明書、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型を検出するための説明書を含むことができる。該キットはまた、例えば、発現レベルを判定するため、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するための１つ以上の追加試薬を含むことができる。例えば、該キットは、着目遺伝子によりコード化されたタンパク質に対して特異的な酵素のうちの１つ以上、プライマー（例えば、ランダムヘキサマープライマー、またはオリゴ（ｄＴ）プライマー）、逆転写酵素、ＤＮＡポリメラーゼ（例えば、Ｔａｑポリメラーゼ）、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼ、１つ以上の検出可能な標識（本明細書に記載されるいずれか等）、または本明細書に記載される任意の他の試薬を含むことができる。
【００６５】
いくつかの実施形態において、該キットは、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の発現レベルが、上昇していると判定される、またはＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが、低下していると判定される場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するための説明書を含むことができる。
【００６６】
いくつかの実施形態において、該キットは、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上が検出される場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療を投与するための説明書を含むことができる。
【００６７】
別の態様において、本開示は、別の態様において、本開示は、対象から得られた生体試料を提供するステップと、生体試料中で、１つ以上の遺伝子の発現レベルを測定するステップであって、該１つ以上の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、ステップと、生体試料中で１つ以上の遺伝子のうちの少なくとも２つの発現レベルを評価するステップと、を含む、方法により得られた対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを提供し、対象に対する抗ＴＮＦ応答プロファイルを得る。
【００６８】
さらに別の態様において、本開示は、対象からの生体試料を提供するステップと、対象からの生体試料中で２つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含む、方法により得られた対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを特徴とし、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰ遺伝子型を含み、対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを得る。
【００６９】
さらに別の態様において、本開示は、対象からの生体試料を提供するステップと、対象からの生体試料中で２つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含む、方法により得られた対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを特徴とし、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のいずれかを含み、対象に対する抗ＴＮＦ応答プロファイルを得る。
【００７０】
さらに別の態様において、本開示は、対象からの生体試料を提供するステップと、対象からの生体試料中で２つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含む、方法により得られた対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを特徴とし、該１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを含み、対象に対する抗ＴＮＦ応答プロファイルを得る。
【００７１】
上に記載される応答プロファイルのうちのいずれもを、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測するために使用することができる。
【００７２】
本明細書に使用される抗ＴＮＦ剤は、ＴＮＦの活性を阻害するものである。ＴＮＦの活性の阻害は、例えば、ＴＮＦの発現（ｍＲＮＡまたはタンパク質発現）の阻害、生成される細胞からのＴＮＦの放出の阻害、またはその同族受容体に結合するおよび／または活性化するためのＴＮＦの能力の阻害を含む。ＴＮＦの活性を阻害する薬剤としては、小分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、アンチセンスＲＮＡ、ＴＮＦに特異的に結合する抗体、可溶性ＴＮＦ受容体、またはドミナント・ネガティブＴＮＦ分子（ドミナント・ネガティブＴＮＦタンパク質またはドミナント・ネガティブＴＮＦタンパク質をコード化する核酸）が挙げられるが、これらに限定されない。ＴＮＦを阻害する薬剤は、ＴＮＦの受容体を活性化する能力を阻害するが、受容体に対するＴＮＦの結合を阻害しないものであり得ることを理解される。抗ＴＮＦ抗体は、例えば、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標））、Ｄ２Ｅ７（アダルミマブ（ａｄａｌｕｍｉｍａｂ）、Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、セルトリズマブ（ＣＤＰ−８７０）、およびＣＤＰ−５７１（例えば、Ｓａｎｄｂｏｒｎ  ｅｔ  ａｌ．（２００４）Ｇｕｔ  ５３（１０）：１４８５−１４９３、Ｃｈｏｙ  ｅｔ  ａｌ．（２００２）Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ  ４１（１０）：１１３３−１１３７、およびＫａｕｓｈｉｋ  ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｏｎ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ５（４）：６０１−６０６（６）参照）を含む。可溶性ＴＮＦ受容体は、例えば、エタネルセプト（ｓＴＮＦ−ＲＩＩ：Ｆｃ、Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））を含む。例示的な抗ＴＮＦ治療は、例えば、米国特許６，２７０，７６６号に記載される。
【００７３】
非抗ＴＮＦ剤は、例えば、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、コルチコステロイド（例えば、グルココルチコイドまたは電解質コルチコイド）、または疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）であり得る。ＮＳＡＩＤＳは、例えば、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコクシブ、エトリコキシブ、またはルミラコキシブ（ｌｕｍｉｒａｃｏｘｉｂ））、サリチル酸塩（例えば、アスピリン、アモキシプリン、ベノリラート、コリンマグネシウムサリチル酸塩、ジフルニサル、フェイスラミン（ｆａｉｓｌａｍｉｎｅ）、メチルサリチル酸、サリチル酸マグネシウム、またはサリチルサリチル酸（サルサラート））、アリールアルカン酸（例えば、ジクロフェナク、アセクロフェナク、アセメタシン、プロンフェナク、エトドラク、インドメタシン、ケトロラク、ナブメトン、スリンダク、またはトルメチン）、またはピラゾリジン誘導体（フェニルブタゾン、アザプロパゾン、メタミゾール、オキシフェンブタゾン、またはスルフィンピラゾン等）を含む。ＤＭＡＲＤＳとしては、アダリムマブ、アザチオプリン、抗マラリア薬（例えば、クロロキンまたはヒドロキシクロロキン）、シクロスポリンＡ、Ｄ−ペニシラミン、金塩（例えば、アウロチオマレイン酸ナトリウムまたはオーラノフィン）、レフルノミド、メトトレキサート（ＭＴＸ）、ミノサイクリン、またはスルファサラジン（ＳＳＺ）が挙げられるが、これらに限定されない。また、非抗ＴＮＦ治療としては、抗ＣＤ２０抗体（例えば、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）））、ＴＷＥＡＫ阻害剤（例えば、抗ＴＷＥＡＫ抗体、例えば、国際公開第ＷＯ  ０６／１２２１８７号、その開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる）、可溶性リンホトキシンβ受容体（例えば、ＬＴＢＲ−Ｆｃ）、ＢＲ３−Ｆｃ等のＢＡＦＦアンタゴニスト、およびＩＬ−６阻害剤（例えば、ＩＬ−６アンタゴニスト抗体、可溶性ＩＬ−６受容体）およびＩＬ−６受容体阻害剤（例えば、トシリズマブまたはアトリズマブ（Ａｃｔｅｍｒａ（登録商標））等のＩＬ−６受容体アンタゴニスト抗体、例えば、国際公開第ＷＯ／２００４／０９６２７３号、ＥＰ１５３６０１２、国際公開第ＷＯ／２００６／１１９１１５号、米国特許第５，５５９，０１２号および第５，８８８，５１０号、および米国出願第２００１０００１６６３号参照、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる）が挙げられる。いくつかの実施形態において、非抗ＴＮＦ剤は、抗ＴＮＦ剤を含有しない抗炎症性剤であり得る。
【００７４】
抗ＴＮＦ剤を含む治療により治療可能な疾患としては、例えば、免疫（例えば、炎症性）障害、感染症、神経変性疾患、ＴＮＦ分泌性腫瘍を含む悪性病状、またはＴＮＦを含む他の悪性腫瘍、およびアルコール性肝炎が挙げられる。
【００７５】
免疫または炎症性疾患としては、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症；アレルギー性鼻炎、自己免疫性溶血性貧血；黒色表皮腫；アレルギー性接触性皮膚炎；アジソン病；アトピー性皮膚炎；円形脱毛症；全身性脱毛症；アミロイド症；アナフィラキシー性紫斑病；アナフィラキシー様反応；再生不良性貧血；血管性浮腫、遺伝性；血管性浮腫、突発性；強直性脊椎炎；動脈炎、頭蓋疾患；動脈炎、巨細胞；動脈炎、高安病；動脈炎、側頭；ぜんそく；毛細血管拡張性運動失調症；自己免疫性卵巣炎；自己免疫性精巣炎；自己免疫性ポリエンドクリン欠損；ベーチェット病；バーガー病；バージャー病；気管支炎；水疱性類天疱瘡；カンジダ症、慢性皮膚粘膜；カプラン症候群；心筋梗塞後症候群；心膜切開後症候群；心臓炎；セリアック病；シャーガス病；チェディアック・東症候群；チャーグ・ストラウス症候群；コーガン症候群；寒冷凝集素症；クレスト症候群；クローン病；クリオグロブリン血症；特発性間質性肺炎；疱疹状皮膚炎；皮膚筋炎；糖尿病；ダイアモンド・ブラックファン（Ｄｉａｍｏｎｄ−Ｂｌａｃｋｆａｎ）症候群；ディジョージ症候群；円板状エリテマトーデス；好酸球性筋膜炎；上強膜炎；持久性隆起性紅斑（ｄｒｙｔｈｅｍａ  ｅｌｅｖａｔｕｍ  ｄｉｕｔｉｎｕｍ）；有縁性紅斑；多形性紅斑；結節性紅斑；家族性地中海熱；フェルティ（Ｆｅｌｔｙ）症候群；肺線維症；糸球体腎炎、アナフィラキシー様；糸球体腎炎、自己免疫；糸球体腎炎、連鎖球菌感染後；糸球体腎炎、移植後；糸球体症、膜質；グッドパスチャ（Ｇｏｏｄｐａｓｔｕｒｅ）症候群；顆粒球減少症、免疫媒介性；環状肉芽腫；肉芽腫、アレルギー性；肉芽腫様筋炎；グレイブ（Ｇｒａｖｅ）病；橋本甲状腺炎；新生児溶血性疾患；血色素沈着症、特発性；ヘノッホ−シェーンライン（Ｈｅｎｏｃｈ−Ｓｃｈｏｅｎｌｅｉｎ）紫斑病；肝炎、慢性活動性および慢性進行性；ヒスチオサイトーシスＸ（Ｈｉｓｔｉｏｃｙｔｏｓｉｓ  Ｘ）；好酸球増多症候群；特発性血小板減少性紫斑病；ジョブ（Ｊｏｂ）症候群；若年性皮膚筋炎；若年性慢性関節リウマチ（若年性慢性関節炎）；川崎病；角膜炎；角結膜炎シッカ；ランドリー−ギラン−バール−シュトロール（Ｌａｎｄｒｙ−Ｇｕｉｌｌａｉｎ−Ｂａｒｒｅ−Ｓｔｒｏｈｌ）症候群；ハンセン病、癩腫；レフラー（Ｌｏｅｆｆｌｅｒ）症候群；狼瘡；ライエル症候群；ライム病；リンパ腫様肉芽腫症；肥満細胞症、全身性；混合結合組織病；多発単神経炎；マックル−ウェルズ（Ｍｕｃｋｌｅ−Ｗｅｌｌｓ）症候群；粘膜皮膚リンパ節症候群；粘膜皮膚リンパ節症候群；多中心性細網組織球症；多発性硬化症；重症筋無力症；菌状息肉腫；壊死性血管炎、全身性；ネフローゼ症候群；オーバーラップ症候群；脂肪組織炎；発作性寒冷血色素尿症；発作性夜間血色素尿症；類天疱瘡；天疱瘡；紅斑性天疱瘡；落葉状天疱瘡；尋常性天疱瘡；鳩飼病；肺臓炎、過敏性；結節性多発性動脈炎；リウマチ性多発性筋痛；多発性筋炎；多発性神経炎、特発性；ポルトガル家族性多発ネフロパチー；子癇前症／子癇；原発性胆汁性肝硬変；全身性進行性硬化症（強皮症）；乾癬；乾癬性関節炎；肺胞タンパク症；肺線維症、レイノー症／症候群；ライデル（Ｒｅｉｄｅｌ）甲状腺炎；ライター症候群、再発性多発性軟骨炎；リウマチ熱；関節リウマチ；サルコイドーシス；強膜炎；硬化性胆管炎；血清病；セザリー（Ｓｅｚａｒｙ）症候群；シェーグレン（Ｓｊｏｇｒｅｎ）症候群；スティーブンズ−ジョンソン症候群；スティル病；亜急性硬化性汎脳炎；交感性眼炎；全身性エリテマトーデス；移植拒絶；潰瘍性大腸炎；未分化結合組織疾患；じんましん、慢性；じんましん、寒冷；葡萄膜炎；白斑；ウェーバークリスチャン病；ウェゲナー肉芽腫症、またはウィスコット−オールドリッチ症候群が挙げられるが、これらに限定されない。
【００７６】
感染症は、例えば、敗血症候群、悪液質、急性または慢性細菌感染から生じる循環性虚脱およびショック、急性慢性寄生虫性および／または伝染性疾患、細菌感染、ウイルス感染、または真菌感染症を含むことができる。
【００７７】
神経変性疾患としては、例えば、脱髄疾患（多発性硬化症および急性横断性脊髄炎等）；皮質脊髄系の病変等の錐体外路系および小脳疾患；基底核疾患または小脳疾患；ハンチントン舞踏病および老人性舞踏病等の運動過剰疾患；ＣＮＳドーパミン受容体を遮断する薬剤により誘発されるもの等の薬剤性運動疾患；パーキンソン病等の運動低下疾患；進行性核上（ｓｕｐｒａｎｕｃｌｅｏ）麻痺；小脳の無構造性（ａｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ）病変等の小脳疾患および脊髄小脳疾患；脊髄小脳変性症（脊髄性運動失調症、フリードライヒ失調症、小脳皮質変性症、多系統変性症（Ｍｅｎｃｅｌ、Ｄｅｊｅｒｉｎｅ−Ｔｈｏｍａｓ、Ｓｈｉ−ＤｒａｇｅｒおよびＭａｃｈａｄｏ  Ｊｏｓｅｐｈ））；および全身性疾患（レフサム病、無βリポタンパク質血症、毛細血管拡張性運動失調症およびミトコンドリア多系統疾患）；多発性硬化症、急性横断性脊髄炎等の脱髄性コア疾患；神経原性筋萎縮症等の運動単位の疾患（筋萎縮性側索硬化症、乳児脊髄性筋萎縮症および若年性脊髄性筋萎縮症等の前角細胞変性）；アルツハイマー病；中年のダウン症候群；びまん性レビー小体病；レビー小体型の老年性認知症；ウェルニッケ−コルサコフ症候群；慢性アルコール依存症；クロイツフェルト−ヤコブ病；亜急性硬化性全脳炎、ハレロルデン−スパッツ（Ｈａｌｌｅｒｒｏｒｄｅｎ−Ｓｐａｔｚ）病；ならびにボクサー認知症が挙げられる。
【００７８】
ＴＮＦ分泌性腫瘍を含む悪性病状、またはＴＮＦを含む他の悪性腫瘍としては、白血病（急性、慢性骨髄球性、慢性リンパ球性および／または骨髄異形成（ｍｙｅｌｏｄｙｓｐａｓｔｉｃ）症候群）；またはリンパ腫（悪性リンパ腫（バーキットリンパ腫または菌状息肉腫）等のホジキンおよび非ホジキンリンパ腫）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００７９】
本明細書に記載される方法により治療され得るさらなる疾患は、例えば、国際公開第ＷＯ  ０６／７４３９９号、第ＷＯ  ０６／１２２１８７号、または米国特許第５，６５６，２７２号および第５，９１９，４５２号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【００８０】
本明細書に使用される配列「相補性」とは、それらの水素結合性質（すなわち、逆平行二重鎖が、形成でき、アデニンおよびウラシル（またはＤＮＡまたは修飾ＲＮＡの場合、チミン）が互いに併置し、グアニンおよびシトシンが互いに併置するような塩基配列を有する２つの核酸鎖の性質）の結果としての特定窒素塩基間の化学親和力を指す。したがって、全相補的配列は、ヌクレオチド配列が、逆平行二重鎖を形成する場合、塩基配列の完全な一対一対応（すなわち、ウラシルに対してアデニンおよびシトシンに対してウラシル）を有する２つの配列である。
【００８１】
別途定義されない限り、本明細書で使用するすべての技術的および科学的用語は、本発明が属する当業者によって一般的に理解されるものと同一の意味を有する。本明細書に説明されるものと同様または同等の方法および材料を、本発明の実践または試験に使用することができるが、好適な方法および材料を以下に説明する。本明細書に言及されるすべての刊行物、特許出願、特許および他の参照は、参照することによりその全体が組み込まれる。矛盾が生じる場合、定義を含め、本願が優先される。材料、方法、および実施例は、例証の目的のみであり、限定することを意図しない。
【００８２】
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明、および特許請求の範囲から明らかとなるであろう。
例えば、本発明は以下の項目を提供する：
（項目１）
抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
上記生体試料中で、１つ以上の遺伝子の発現レベルを測定するステップと、を含み、上記１つ以上の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含み、
（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つにより、上記対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答することを予測する、方法。
（項目２）
抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
上記生体試料中で、１つ以上の遺伝子の発現レベルを測定するステップと、を含み、上記１つ以上の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含み、
（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つにより、上記対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する、方法。
（項目３）
免疫障害を治療する方法であって、それを必要とする対象に抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、上記対象は、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の高発現レベル、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の低発現レベルのうちの少なくとも１つを有することが確認されている、方法。
（項目４）
（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４のうちの１つ以上の発現レベルが上昇している、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが低下している、ことを判定するステップと、
上記対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の発現レベルが上昇している、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４のうちの１つ以上の上記発現レベルが低下している、ことを判定するステップと、
上記対象に対する非抗ＴＮＦ剤を含む治療を選択するステップと、を含む、項目２に記載の方法。
（項目６）
上記１つ以上の遺伝子のＲＮＡレベルが測定される、項目１、２、４、または５のうちのいずれかに記載の方法。
（項目７）
上記１つ以上の遺伝子のタンパク質レベルが測定される、項目１、２、４、または５のうちのいずれかに記載の方法。
（項目８）
上記対象が、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の上記発現レベルが上昇している、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の上記発現レベルが低下している場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が高いことを示す記録を作成するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
上記対象が、（ｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の上記発現レベルが上昇している、または（ｉｉ）健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、もしくはＺＦＰ３６Ｌ１のうちの１つ以上の上記発現レベルが低下している場合、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答する可能性が低いことを示す記録を作成するステップをさらに含む、項目２に記載の方法。
（項目１０）
上記記録は、コンピュータが読み取り可能な媒体上で作成される、項目８または９に記載の方法。
（項目１１）
健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、もしくはＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子の上記発現レベルが、少なくとも約１．５倍で上昇する、または低下する、項目１〜１０のうちのいずれかに記載の方法。
（項目１２）
上記方法は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも５つの遺伝子の発現レベルを測定するステップを含む、項目１、２、または４〜１１のうちのいずれかに記載の方法。
（項目１３）
上記対象が、健常人と比較して、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも５つの遺伝子の高発現レベルまたは低発現レベルを有することが確認されている、項目３に記載の方法。
（項目１４）
上記少なくとも５つの遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる群から選択される、項目１２または１３に記載の方法。
（項目１５）
上記少なくとも５つの遺伝子は、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、もしくはＹＩＰＦ６のうちの５つ以上を含む、項目１２〜１４のうちのいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
上記方法は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも８つの遺伝子の発現レベルを測定するステップを含む、項目１、２、または４〜１１のうちのいずれかに記載の方法。
（項目１７）
上記少なくとも８つの遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６のうちの８つ以上を含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
上記少なくとも８つの遺伝子は、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６を含む、項目１６または１７に記載の方法。
（項目１９）
上記方法は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも２４の遺伝子の発現レベルを測定するステップを含む、項目１、２、または４〜１１のうちのいずれかに記載の方法。
（項目２０）
上記少なくとも２４の遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、ＹＩＰＦ６を含む、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
上記生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、上記１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰ遺伝子型を含み、
ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上の存在は、上記対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答することを予測する、方法。
（項目２２）
抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答を予測する方法であって、
免疫障害に罹患する対象から得られた生体試料を提供するステップと、
上記生体試料中で、１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップと、を含み、上記１つ以上のＳＮＰ遺伝子型は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも１つのＳＮＰ遺伝子型、および表１３に示される上記ＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかを含み、
ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）のうちの１つ以上、または表１３に示される上記ＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかの存在は、上記対象が、抗ＴＮＦ剤を含む治療に対して応答しないことを予測する、方法。
（項目２３）
免疫障害を治療する方法であって、それを必要とする対象に抗ＴＮＦ剤を含む治療の有効量を投与するステップを含み、上記対象は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される１つ以上の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）遺伝子型を有することが確認されている、方法。
（項目２４）
上記方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）からなる群から選択される５つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含む、項目２１に記載の方法。
（項目２５）
上記方法は、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される５つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含む、項目２２に記載の方法。
（項目２６）
上記方法は、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、およびｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかからなる群から選択される５つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を検出するステップを含む、項目２２に記載の方法。
（項目２７）
上記対象に対する抗ＴＮＦ剤を含む治療を処方するステップをさらに含む、項目１〜２６のうちのいずれかに記載の方法。
（項目２８）
上記対象に抗ＴＮＦ剤を投与するステップをさらに含む、項目１〜２７のうちのいずれかに記載の方法。
（項目２９）
上記対象が、炎症性障害に罹患する、項目１〜２８のうちのいずれかに記載の方法。
（項目３０）
上記対象が、関節リウマチまたはクローン病に罹患する、項目１〜２９のうちのいずれかに記載の方法。
（項目３１）
上記対象が、ヒトである、項目１〜３０のうちのいずれかに記載の方法。
（項目３２）
ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される、少なくとも５つの遺伝子のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、少なくとも５つのポリヌクレオチドを含む組成物。
（項目３３）
上記少なくとも５つの遺伝子は、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる群から選択される、項目３２に記載の組成物。
（項目３４）
上記少なくとも５つの遺伝子は、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６からなる群から選択される、項目３２または３３に記載の組成物。
（項目３５）
ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される少なくとも５つのＳＮＰ遺伝子型のそれぞれ、および表１３に示される上記ＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかに、選択的にハイブリダイズする、少なくとも５つのポリヌクレオチドを含む組成物。
（項目３６）
上記少なくとも５つのポリヌクレオチドは、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、およびｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）からなる群から選択される、少なくとも５つのＳＮＰ遺伝子型のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、項目３５に記載の組成物。
（項目３７）
上記少なくとも５つのポリヌクレオチドは、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、およびｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）のうちのいずれかからなる群から選択される、少なくとも５つのＳＮＰ遺伝子型のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、項目３５に記載の組成物。
（項目３８）
上記少なくとも５つのポリヌクレオチドは、固体支持体に結合する、項目３２〜３７のうちのいずれか１項に記載の組成物。
（項目３９）
固体支持体に結合する複数のポリヌクレオチドを含むアレイであって、上記複数のポリヌクレオチドは、ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、ＢＲＷＤ２、ＣＡＬＭ２、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＥＧＬＮ２、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＹＬＩＰ、ＰＣＢＰ２、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＲＰＡ３、ＳＥＲＦ２、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＹＩＰＦ６、ＺＮＦ２９４、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＦＡＭ４４Ａ、ＦＯＸＪ３、ＨＤＡＣ４、ＭＮＴ、ＭＸＲＡ７、ＰＴＣＨ１、ＳＥＬ１Ｌ、およびＳＦＲＳ２からなる群から選択される少なくとも５つの遺伝子のそれぞれに選択的にハイブリダイズする、少なくとも５つのポリヌクレオチドを含む、アレイと、
試料中で、上記ポリヌクレオチドのうちの１つ以上の存在または量を検出するための説明書と、を含むキット。
（項目４０）
固体支持体に結合する複数のポリヌクレオチドを含むアレイであって、上記複数のポリヌクレオチドは、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８５４５４７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ８６８８５６（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｇ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｔ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０９６８５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２５２３６１９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１７５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０２６５５１（Ａ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ９８３３３２（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２８６５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ１３３９３１７３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１０９４５９１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ８５４５５５（Ａ／Ａ）、ｒｓ８５４５４８（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ７７４３５９（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６０２８９４５（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６１３８１５０（Ｔ／Ｔ）、ｒｓ６０７１９８０（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ１８００８９６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０２４４９０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３１７２６（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０９６８５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ６７０８６６０（Ａ／Ａ）、ｒｓ２５２３６１９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３９１５９７１（Ａ／Ａ）、ｒｓ９２６４８６９（Ａ／Ａ）、ｒｓ２２３９８０４（Ａ／Ａ）、ｒｓ２３９５１７５（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２３９５１８５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ２５１６０４９（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６０８９５（Ａ／Ａ）、ｒｓ７０２６５５１（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ４８０３４５５（Ｃ／Ｃ）からなる群から選択される、少なくとも５つのＳＮＰ遺伝子型のそれぞれ、および表１３に示される上記ＳＮＰ遺伝子型のうちのいずれかに、選択的にハイブリダイズする、少なくとも５つのポリヌクレオチドを含む、アレイと、
試料中で、上記ＳＮＰ遺伝子型のうちの１つ以上の存在または量を検出するための説明書と、を含むキット。
（項目４１）
試料から核酸を単離するための１つ以上の試薬をさらに含む、項目３９または４０に記載のキット。
（項目４２）
核酸を増幅するための手段をさらに含む、項目３９〜４１のうちのいずれかに記載のキット。
【発明を実施するための形態】
【００８３】
抗ＴＮＦ治療に対する対象（ヒト患者等）の応答を予測するための方法および組成物（例えば、核酸アレイおよびキット）を本明細書に提供する。また、本開示は、抗ＴＮＦ治療を投与することが、有効である、または有効でない可能性が高い、対象を特定するための予測バイオマーカー（例えば、遺伝子発現レベルまたはＳＮＰ遺伝子型）を提供する。このようなバイオマーカー、組成物、および方法は、関節リウマチ、クローン病、乾癬性関節炎、ベーチェット病、強直性脊椎炎等の疾患、および他の免疫障害を患う対象に対する適切な治療モダリティ（例えば、抗ＴＮＦ治療または非抗ＴＮＦ治療）を選択するのに有用である。
【００８４】
遺伝子発現および抗ＴＮＦ治療に対する応答性
【００８５】
その発現レベル（例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質発現レベル）が、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測する一連の遺伝子が特定されている。遺伝子（およびそれらの対応するＥｎｔｒｅｚ遺伝子ＩＤ番号）を表１に示す。
【００８６】
【表１−１】
2014033676.tif 000143
【００８７】
【表１−２】
2014033676.tif 000144
遺伝子の高発現レベルは、抗ＴＮＦ治療に対する応答性あるいは非応答性を予測することができる。例えば、ＨＤＡＣ４、ＣＸｏｒｆ５２、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＭＸＲＡ７、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＮＴ、ＳＥＬ１Ｌ、ＥＥＡ１、ＦＯＸＪ３、ＤＮＡＨ１、ＰＴＣＨ１、またはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の高発現レベルは、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測するのに対して、ＣＬＴＢ、ＲＢＢＰ４、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＰＣＢＰ２、ＹＩＰＦ６、ＭＹＬＩＰ、ＺＮＦ２９４、ＲＥＲ１、ＣＡＬＭ２、ＡＲＦ５、ＡＲＦ１、ＨＤＡＣ５、ＡＮＫＩＢ１、ＢＲＷＤ２、ＰＧＫ１、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＳＥＲＦ２、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＬＧＡＬＳ９、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＥＧＬＮ２、もしくはＲＰＡ３のうちの１つ以上の高発現レベルは、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測する。
【００８８】
遺伝子の低発現レベルは、抗ＴＮＦ治療に対する応答性あるいは非応答性を予測することができる。例えば、ＣＬＴＢ、ＲＢＢＰ４、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＰＣＢＰ２、ＹＩＰＦ６、ＭＹＬＩＰ、ＺＮＦ２９４、ＲＥＲ１、ＣＡＬＭ２、ＡＲＦ５、ＡＲＦ１、ＨＤＡＣ５、ＡＮＫＩＢ１、ＢＲＷＤ２、ＰＧＫ１、ＺＦＰ３６Ｌ１、ＳＥＲＦ２、ＳＲＧＡＰ２、ＴＵＧ１、ＬＧＡＬＳ９、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＥＧＬＮ２、もしくはＲＰＡ３のうちの１つ以上の低発現レベルは、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測するのに対して、ＨＤＡＣ４、ＣＸｏｒｆ５２、ＡＮＫＲＤ１２、ＣＡＭＫ２Ｇ−、ＣＡＳＰ５、ＭＸＲＡ７、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＮＴ、ＳＥＬ１Ｌ、ＥＥＡ１、ＦＯＸＪ３、ＤＮＡＨ１、ＰＴＣＨ１、またはＳＦＲＳ２のうちの１つ以上の低発現レベルは、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測する。
【００８９】
抗ＴＮＦ治療に対する応答性または非応答性を予測する際に、表１に示される遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルは、少なくとも約１．５倍（例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３．０倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４．０倍、または少なくとも約５倍以上）で、上昇する、または低下し得る。
【００９０】
遺伝子発現は、例えば、標的遺伝子のタンパク質またはｍＲＮＡ発現として検出することができる。つまり、遺伝子の存在または発現レベル（量）は、遺伝子のｍＲＮＡまたはタンパク質発現のレベルを検出するおよび／または測定することにより判定することができる。いくつかの実施形態において、遺伝子発現は、表１に示される遺伝子等の遺伝子によりコード化されるタンパク質の活性として検出することができる。
【００９１】
様々の適した方法が、遺伝子のｍＲＮＡ発現のレベルを検出するおよび／または測定するために、利用することができる。例えば、ｍＲＮＡ発現は、ノーザンブロット、またはドットブロット解析、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ、例えば、定量ＲＴ−ＰＣＲ）、原位置ハイブリダイゼーション（例えば、定量的原位置ハイブリダイゼーション）、または核酸アレイ（例えば、オリゴヌクレオチドアレイまたは遺伝子チップ）解析を用いて判定することができる。このような方法の詳細は、下記に、および例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ  ｖｏｌ．１，２  ａｎｄ  ３．Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ：Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  ＵＳＡ，Ｎｏｖ．１９８９、Ｇｉｂｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．６（１０）：９９５−１００１、およびＺｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．（２００５）Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｓｃｉ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．３９（８）：２７７７−２７８５、米国出願第２００４０８６９１５号、欧州特許第０５４３９４２号、および米国特許第７，１０１，６６３号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【００９２】
一例において、生体試料中で１つ以上の個別のｍＲＮＡ集団の存在または量は、生体試料から総ｍＲＮＡを単離し（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（上記）および米国特許第６，８１２，３４１号参照）、単離されたｍＲＮＡをアガロースゲル電気泳動に供し、サイズ別にｍＲＮＡを分離することにより、判定、測定することができる。サイズ分離されたｍＲＮＡは、その後、ニトロセルロース膜等の固体支持体に（例えば、拡散により）移送される。その後、生体試料中における１つ以上のｍＲＮＡ集団の存在または量は、着目ｍＲＮＡ配列に相補的な、それらの対応するｍＲＮＡ集団に結合し、ひいては、検出可能な状態にする、１つ以上の検出可能に標識化されたポリヌクレオチドプローブを用いて判定することができる。検出可能な標識としては、例えば、蛍光性標識（例えば、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセン（ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ）、塩化ダンシル、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、またはフィコエリトリン）、発光標識（例えば、ユウロビウム、テルビウム、Ｑｕａｎｔｕｍ  Ｄｏｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡにより供給されるＱｄｏｔ（商標）ナノ粒子）、放射性標識（例えば、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓ、３２Ｐ、３３Ｐ、または３Ｈ）、および酵素標識（わさび大根ペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、ベータガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼ）が挙げられる。
【００９３】
別の例において、生体試料中における個別のｍＲＮＡ集団（例えば、表１に示される１つ以上の遺伝子によりコード化されたｍＲＮＡ）の存在または量は、核酸（またはオリゴヌクレオチド）アレイ（例えば、「アレイおよびキット」の下記項目に記載されるアレイ）を用いて判定、測定することができる。例えば、生体試料から単離されたｍＲＮＡは、ランダムヘキサマーまたはオリゴ（ｄＴ）プライマー媒介の第１鎖合成によるＲＴ−ＰＣＲを用いて増幅することができる。ＲＴ−ＰＣＲのステップを用いて、単位複製配列を検出可能に標識化することができ、または任意に、単位複製配列は、ＲＴ−ＰＣＲステップの後で、検出可能に標識化することができる。例えば、検出可能な標識は、様々の適した技法（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．、上記参照）を用いて、単位複製配列に対して酵素的（例えば、ニックトランスレーションまたはＴ４ポリヌクレオチドキナーゼ等のキナーゼにより）または化学的に接合させることできる。検出可能に標識化された単位複製配列は、その後、複数のポリヌクレオチドプローブセット（それぞれのセットは、対応する単位複製配列に対して特異的な（および結合することができる）１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、オリゴヌクレオチド）プローブを含有する）に接触し、該複数のポリヌクレオチドプローブセットは、異なる単位複製配列にそれぞれ対応する多くのプローブセットを含有する。一般に、プローブセットは、固体支持体に結合し、それぞれのプローブセットの位置は、固体支持体上であらかじめ決定される。検出可能に標識化された単位複製配列のプローブセットの対応するプローブへの結合は、生体試料中での、標的ｍＲＮＡの存在または量を表す。核酸アレイを用いたｍＲＮＡ発現を検出するためのさらなる方法は、米国特許第５，４４５，９３４号、第６，０２７，８８０号、第６，０５７，１００号、第６，１５６，５０１号、第６，２６１，７７６号、および第６，５７６，４２４号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【００９４】
検出可能な標識を検出する方法および／または定量化するための方法は、標識の種類により異なる。適切な酵素（ここで検出可能な標識が酵素である。上記参照）により触媒された反応生成物は、蛍光性、発光性、または放射性であり得る、またはそれらは、可視光線または紫外線を吸収し得るが、それらに制限されない。このような検出可能な標識を検出するために適した検出器の例としては、Ｘ線フィルム、放射能カウンター、シンチレーションカウンター、分光光度計、比色計、蛍光光度計、照度計、および濃度計が挙げられるが、これらに限定されない。
【００９５】
遺伝子の発現はまた、遺伝子によりコード化されたタンパク質の発現を検出するおよび／または測定することにより判定され得る。タンパク質発現を判定するための方法は、一般に、着目標的タンパク質に対して特異的な抗体の使用を含む。例えば、タンパク質発現を判定するための方法としては、ウエスタンブロット法またはドットブロット解析、免疫組織化学（例えば、定量化免疫組織化学）、免疫細胞化学、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）、酵素結合免疫吸着スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ、Ｃｏｌｉｇａｎ，Ｊ．Ｅ．，ｅｔ  ａｌ．，  ｅｄｓ．（１９９５）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．Ｗｉｌｅｙ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、または抗体アレイ解析（例えば、米国出願第２００３００１３２０８号および第２００４１７１０６８号参照、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる）が挙げられるが、これらに限定されない。上記の方法の多くのさらなる説明およびタンパク質発現を検出するためのさらなる方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（上記参照）で見出すことができる。
【００９６】
一例において、遺伝子（例えば、表１に示される遺伝子）のタンパク質発現の存在または量は、ウエスタンブロット法を用いて判定することができる。例えば、溶解物は、生体試料から調製することができる、または生体試料それ自身を、Ｌａｅｍｍｌｉバッファーと接触させ、ドデシルスルホン酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）に供することができる。サイズ別に分解されたＳＤＳ−ＰＡＧＥ還元されたタンパク質を、その後、フィルター膜（例えば、ニトロセルロース）に移送し、検出可能に標識化された着目タンパク質に対して特異的な抗体を用いて免疫ブロット法に供することができる。結合した検出可能に標識化された抗体の存在または量は、生体試料中でのタンパク質の存在または量を表す。
【００９７】
別の例において、免疫測定法を、遺伝子（例えば、表１に示される遺伝子）のタンパク質発現を検出するおよび／または測定するために使用することができる。上記のように、検出の目的のために、免疫測定法は、検出部分（例えば、蛍光剤または酵素）を担持する抗体を用いて行うことができる。生体試料からのタンパク質は、固相マトリックス（例えば、マルチウェルアッセイプレート、ニトロセルロース、アガロース、セファロース、コード化された粒子、または電磁ビーズ）に直接接合することができる、または特異結合対（例えば、ストレプトアビジンまたはビオチン）の第２の員に結合する際に、固相マトリックスに付着する特異結合対（例えば、ビオチンまたはストレプトアビジン）の第１の員に接合することができる。固相マトリックスに対するこのような付着は、検出抗体と接触する前に、タンパク質が、生体試料の他の干渉または不適切な成分から精製されることを可能し、また、非結合抗体のその後の洗浄を可能にする。ここでも、上記のように、結合した検出可能に標識化された抗体の存在または量は、生体試料中でのタンパク質の存在または量を表す。
【００９８】
１つ以上の遺伝子によりコード化されたタンパク質に対して特異的な抗体または抗体フラグメントを生成するための方法は、例えば、動物を用いた免疫付与により、またはファージ提示法等の体外法により、生成することができる。標的タンパク質のすべてまたは一部を含むポリペプチドを使用して、抗体または抗体フラグメントを生成することができる。抗体は、モノクローナル抗体またはポリクローン抗体の調製物であり得る。
【００９９】
遺伝子発現（例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質発現）を検出するまたは測定するための方法は、任意に、複数の試料の迅速な調製、加工、および分析を可能とする形式で行うことができる。これは、例えば、マルチウェルアッセイプレート（例えば、９６ウェルまたは３８６ウェル）またはアレイ（例えば、核酸チップまたはタンパク質チップ）中であり得る。様々な試薬のための原液は、手作業で、またはロボット制御で与えられ、その後の試料調製（例えば、ＲＴ−ＰＣＲ、標識化、または細胞固定）、ピペット操作、希釈、混合、分配、洗浄、インキュベーション（例えば、ハイブリダイゼーション）、試料読み出し、データ収集（光学データ）および／または解析（コンピュータを使った画像解析）は、商業的に利用可能な解析ソフトウエア、ロボット、およびアッセイから生成されたシグナルを検出することができる検出器具類を用いて行うことができる。このような検出器の例としては、分光光度計、照度計、蛍光光度計、および放射性同位体崩壊を測定する装置が挙げられるが、これらに限定されない。例示的なハイスループット細胞ベースの解析（例えば、細胞内の標的タンパク質の存在またはレベルを検出する）は、ＡｒｒａｙＳｃａｎ（登録商標）ＶＴＩ  ＨＣＳ  ＲｅａｄｅｒまたはＫｉｎｅｔｉｃＳｃａｎ（登録商標）ＨＣＳ  Ｒｅａｄｅｒテクノロジー（Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ  Ｉｎｃ．，Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇ，ＰＡ）を利用することができる。
【０１００】
いくつかの実施形態において、少なくとも２つの遺伝子（例えば、少なくとも３つの遺伝子、少なくとも４つの遺伝子、少なくとも５つの遺伝子、少なくとも６つの遺伝子、少なくとも７つの遺伝子、少なくとも８つの遺伝子、少なくとも９つの遺伝子、少なくとも１０の遺伝子、少なくとも１１の遺伝子、少なくとも１２の遺伝子、少なくとも１３の遺伝子、少なくとも１４の遺伝子、少なくとも１５の遺伝子、少なくとも１６の遺伝子、少なくとも１７の遺伝子、少なくとも１８の遺伝子、少なくとも１９の遺伝子、少なくとも２０の遺伝子、少なくとも２１の遺伝子、少なくとも２２の遺伝子、少なくとも２３の遺伝子、または少なくとも２４の遺伝子またはそれ以上）の発現レベル（または活性）は、評価および／または測定することができる。
【０１０１】
表１に示される遺伝子のうちの１つ以上の発現の存在またはレベルを検出するのに役立てるために、遺伝子の核酸配列は、例えば、（例えば、増幅または逆転写のために）ハイブリダイゼーションポリヌクレオチドプローブまたはプライマーとして使用することができる。プローブおよびプライマーは、生体試料から得られたＲＮＡまたはＤＮＡ標的に対して特異的なハイブリダイゼーションを提供するために、十分な長さのオリゴヌクレオチドであり得る。特定な用途によって異なるが、種々のハイブリダイゼーション条件を利用して、プローブまたはプライマーの標的配列に対する種々の程度の選択性を達成することができる。
【０１０２】
標準的なストリンジェンシー条件は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ  ａｌ．（上記参照）およびＨａｙｍｅｓ，ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．（１９８５）により記載される。核酸分子が、プライマーまたはプローブとしての機能を果たすためには、利用される特定のハイブリダイゼーション条件（例えば、溶媒および塩濃度）下で、安定した二本鎖構造を形成することができる配列において十分に相補的であることのみが必要である。
【０１０３】
例えば、約４５℃で、６．０×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）、次いで、５０℃で、２．０×ＳＳＣの洗浄で、ＤＮＡハイブリダイゼーションを促進する等の、適切なストリンジェンシー条件は、当業者に知られており、また、Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９）で見出すことができ、それらの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。例えば、洗浄ステップにおける塩濃度は、５０°Ｃで約２．０×ＳＳＣの低いストリンジェンシーから、５０°Ｃで約０．２×ＳＳＣの高いストリンジェンシーまで選択することができる。洗浄ステップに用いられた温度は、室温（約２２℃）で低いストリンジェンシー条件から、約６５℃で高いストリンジェンシー条件までに増加することができる。温度および塩濃度は独立して、変化し得る。
【０１０４】
プライマーおよびプローブは、ハイブリダイゼーションアッセイもしくは技法、または様々なＰＣＲ型の方法において、使用することができる。プライマーおよびプローブは、検出を容易にする試薬（例えば、蛍光標識、化学標識（例えば、米国特許４，５８２，７８９号および第４，５６３，４１７号参照）、または修飾塩基）を用いて、検出可能に標識化することができる。
【０１０５】
さらに、核酸配列（例えば、オリゴヌクレオチドプローブ）を、遺伝子発現の検出および／または定量化のために、核酸アレイ（「アレイおよびキット」の下記項目に記載される核酸アレイ等）において使用することができる。
【０１０６】
単一ヌクレオチド多型および抗ＴＮＦ治療に対する応答性
抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性と関連がある一連のＳＮＰ遺伝子型が特定されている。したがって、これらのＳＮＰ遺伝子型のうちの１つ以上の存在を使用して、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測することができる。ＳＮＰ遺伝子型（それらの染色体位置、ＳＮＰ  ＩＤ番号、および遺伝子型により識別される）を表２〜４および１３に示す。
【０１０７】
【表２−１】
2014033676.tif 000145
【０１０８】
【表２−２】
2014033676.tif 000146
【０１０９】
【表３−１】
2014033676.tif 000147
【０１１０】
【表３−２】
2014033676.tif 000148
【０１１１】
【表４−１】
2014033676.tif 000149
【０１１２】
【表４−２】
2014033676.tif 000150
特定のＳＮＰ遺伝子型の存在は、抗ＴＮＦ治療に対する応答性を予測することができる。例えば、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ａ）、ｒｓ１１７８０５００（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ａ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ａ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ａ）、ｒｓ２０２８４４６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２０２８４４６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２８１４７０７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０８７６１５（Ａ／Ｃ）、ｒｓ３０８７６１５（Ｃ／Ｃ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ａ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ａ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ａ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ａ）、ｒｓ６６６５００６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ａ）、ｒｓ８６８８５６（Ａ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ｇ／Ｇ）のうちの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測する。
【０１１３】
特定のＳＮＰ遺伝子型の存在は、抗ＴＮＦ治療に対する非応答性を予測することができる。例えば、ｒｓ１１７７８７６７（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１１７７８７６７（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１１７８０５００（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４２２４２２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ１４４１２０９（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ１９６８２０１（Ａ／Ｇ）、ｒｓ２１７０３３１（Ａ／Ａ）、ｒｓ２８１４７０７（Ａ／Ａ）、ｒｓ３０１９２９３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ３０１９２９３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ３８４９９４２（Ａ／Ａ）、ｒｓ４３７９４３（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４３７９４３（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４５６２２８６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ａ／Ｇ）、ｒｓ４９７６５９２（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ａ／Ｇ）、ｒｓ６５３１３５８（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ６６６５００６（Ｇ／Ｇ）、ｒｓ７０４６６５３（Ａ／Ａ）、ｒｓ７７４３５９（Ａ／Ｇ）、ｒｓ７７４３５９（Ｇ／Ｇ）、もしくはｒｓ８６８８５６（Ａ／Ａ）のうちの１つ以上の存在は、対象が、抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測する。別の例において、表３、４、および１３のうちのいずれか１つからのＳＮＰ遺伝子型のうちの１つ以上の存在は、抗ＴＮＦ治療に対する対象の非応答性を予測することができる。
【０１１４】
ＳＮＰの存在を検出するための方法は、当技術分野において知られており、添付の実施例で説明される。ＳＮＰ遺伝子型を判定するために適した方法としては、例えば、サザンブロット（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（上記参照））、リアルタイムＰＣＲ分析（例えば、Ｏｌｉｖｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  ２（４）：２０２−２０８参照）、核酸アレイ解析、対立遺伝子特異的なＰＣＲ法（例えば、定量的対立遺伝子特異的なＰＣＲ法）、ピロシーケンス法、ＤＮＡ基配列決定法（例えば、サンガー（Ｓａｎｇｅｒ）化学シーケンス）、または分子指標の使用（例えば、Ｔｙａｇｉ  ｅｔ  ａｌ．（１９９８）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１６：４９−５３、Ａｂｒａｖａｙａ  ｅｔ  ａｌ．（２００３）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｌａｂ．Ｍｅｄ．４１：４６８−４７４、およびＭｕｌｌａｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９）Ｎｕｃｌｅｏｓ  Ｎｕｃｌｅｏｔ．１８：１３１１−１３１２参照、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる）が挙げられる。
【０１１５】
サザンブロット解析を用いてＳＮＰ遺伝子型を判定するために、まず、ゲノムＤＮＡを、例えば、ＮＰ４０浄化剤、ＳＤＳ、プロテイナーゼＫ消化を用い、次いで、ＮａＣｌ抽出、およびエタノール洗浄することにより、対象（例えば、ヒト患者）からの生体試料から単離する。着目ＳＮＰを含有するＤＮＡの領域は、ＰＣＲを用いて、増幅することができる。単位複製配列は、ゲル電気泳動を供して、サイズ別に核酸を分離し、その後、ニトロセルロース膜等の固体支持体に移送し得る。生体試料中でＳＮＰの存在を検出するために、単位複製配列を含有する固体支持体を、適切なストリンジェンシー条件下で、ＳＮＰに対して特異的にハイブリダイズする、検出可能に標識化された、相補的なオリゴヌクレオチドプローブと接触させることができる。単位複製配列に対するプローブの結合は、生体試料中における、対応するＳＮＰの存在を表す。
【０１１６】
別の例において、ＳＮＰ遺伝子型はまた、核酸アレイを用いて検出することもできる。例えば、生体試料から単離されたゲノムＤＮＡは、上に記載されるように、ＰＣＲを用いて、増幅することができる。単位複製配列は、ＰＣＲ増幅過程中（例えば、１つ以上の検出可能に標識化されたｄＮＴＰを用いて）、またはニックトランスレーション等の様々な化学または酵素技法を用いて増幅過程後で、検出可能に標識化することができる。増幅および標識化に続いて、検出可能に標識化された単位複製配列は、その後、複数のポリヌクレオチドプローブセット（それぞれのセットは、対応する単位複製配列に対して特異的な（および結合することができる）１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、オリゴヌクレオチド）プローブを含有する）に接触し、該複数のポリヌクレオチドプローブセットは、異なる単位複製配列にそれぞれ対応する多くのプローブセットを含有する。一般に、プローブセットは、固体支持体に結合し、それぞれのプローブセットの位置は、固体支持体上であらかじめ決定される。検出可能に標識化された単位複製配列のプローブセットの対応するプローブに対する結合は、生体試料中で、そのように増幅されたＳＮＰの存在を表す。核酸アレイを用いてＳＮＰを検出するための適した条件および方法は、例えば、Ｌａｍｙ  ｅｔ  ａｌ．（２００６）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ３４（１４）：ｅ１００、欧州特許公開第１２３４０５８号、米国出願第２００６０００８８２３号および第２００３００５９８１３号、および米国特許第６，４１０，２３１号にさらに記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【０１１７】
いくつかの実施形態において、表２〜４または１３に示される少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５）のＳＮＰ遺伝子型の有無を、検出および／または使用して、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測することができる。
【０１１８】
ＳＮＰを検出するための方法のうちのいずれも、任意に、複数の試料の迅速な調製、加工、および分析を可能とする形式で行うことができる（上記参照）。
【０１１９】
表２〜４または１３に示されるＳＮＰ遺伝子型のうちの１つ以上の検出は、ＳＮＰそれ自身の核酸配列、および例えば、ハイブリダイゼーションポリヌクレオチドプローブまたはプライマー（例えば、増幅または逆転写のため）として、周辺配列を使用することができる。ＳＮＰプローブは、適したハイブリダイゼーション条件下で、ＳＮＰ領域で特異的にハイブリダイズするために、十分な長さ、および対応するＳＮＰ領域に対して相補性を有する配列を含有しなければならない。例えば、ＳＮＰプローブは、着目ＳＮＰに対して、少なくとも１つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つの、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、または５５以上）のヌクレオチド５’または３’を含むことができる。それぞれのプローブの多形性部位（すなわち、ＳＮＰ領域）は、一般に、異なる対立遺伝子の間で共通である配列により片側または両側に位置する。
【０１２０】
試料および試料収集
本明細書に記載される方法のための適した生体試料は、任意の生体液、細胞、組織、またはその画分を含み、核酸（例えば、ＤＮＡまたはｍＲＮＡ）またはタンパク質等の着目検体生体分子を含む。生体試料は、例えば、対象（例えば、ヒト等の哺乳類）から得られた検体、または対象から生じたものであり得る。例えば、試料は、生検により得られた組織切片、または組織培養に置かれたもしくは適応された細胞であり得る。生体試料はまた、尿、血液、血漿、血清、唾液、精液、痰、脳脊髄液、涙、もしくは粘液等の生体液、または紙もしくは高分子基板に吸収される試料のようなものであり得る。生体試料は、必要に応じて、特定の細胞型を含有する画分に対して、さらに分画することができる。例えば、血液試料は、血清または赤血球細胞もしくは白血球細胞（白血球）等の血液細胞の特定型を含有する画分に分画することができる。必要に応じて、試料は、組織および液体試料の組み合わせ等の対象からの試料の組み合わせであり得る。
【０１２１】
生体試料は、対象、例えば、関節リウマチまたはクローン病等の炎症性疾患に罹患する、罹患する疑いがある、またはそれを発症する危険性がある対象から得ることができる。例示的な方法は、例えば、静脈切開術、スワブ（例えば、口腔スワブ）、細針吸引生検の手順を含むが、生体試料を得るための任意の適した方法を、利用することができる。細針吸引しやすい組織の限定されない例としては、リンパ節、肺、甲状腺、胸、および肝臓が挙げられる。試料はまた、例えば、マイクロダイセクション（例えば、レーザー・キャプチャー・マイクロダイセクション（ＬＣＭ）またはレーザーマイクロダイセクション（ＬＭＤ））、膀胱洗浄、スミア（ＰＡＰスミア）、または管洗浄（ｄｕｃｔａｌ  ｌａｖａｇｅ）により収集することができる。
【０１２２】
試料中で、分子（例えば、核酸またはタンパク質）の活性または完全性を保つ試料を得るおよび／または保存するための方法は、当業者に周知である。例えば、生体試料は、適切なバッファー等の１つ以上の追加剤および／またはヌクレアーゼ、プロテアーゼ、およびホスファターゼ阻害剤を含む阻害剤と接触し、それらは、試料中で、分子（例えば、核酸またはタンパク質）の変化を保つまたは最小化することができる。このような阻害剤としては、例えば、エチレンジアミン４酢酸（ＥＤＴＡ）、エチレン・グリコールビス（Ｐ−アミノエチルエーテル）Ｎ，Ｎ，Ｎ１，Ｎｌ−四酢酸（ＥＧＴＡ）等のキレート剤、フッ化フェニルメチルスルホニル（ＰＭＳＦ）、アプロチニン、ロイペプチン、アンチパイン等のプロテアーゼ阻害剤、およびリン酸塩、フッ化ナトリウム、バナジウム酸塩等のホスファターゼ阻害剤が挙げられる。分子を単離するための適切なバッファーおよび条件は、当業者に周知であり、例えば、特徴付けられた試料中で分子型によって異なり得る（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ  ４７），Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９９）、Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９８８）、Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ（１９９９）、Ｔｉｅｔｚ  Ｔｅｘｔｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３ｒｄ  ｅｄ．Ｂｕｒｔｉｓ  ａｎｄ  Ａｓｈｗｏｏｄ，ｅｄｓ．Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，（１９９９）参照）。また、試料は、干渉物質の存在を排除または最小化するために、加工することができる。例えば、生体試料を、分画または精製して、着目しない１つ以上の物質を除去することができる。生体試料を分画または精製するための方法としては、液体クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、または親和性クロマトグラフィー等のクロマトグラフ法が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１２３】
本明細書に記載される方法で用いるために、試料は、様々な物理的状態であり得る。例えば、試料は、液体または固体であり得、液体中で分解される、または懸濁され得、乳剤またはゲル中であり得、材料上に吸収され得る。
【０１２４】
例示的な生体試料、試料を得るための方法、および精製法（例えば、ｍＲＮＡ精製法）は、添付の実施例において詳述される。
【０１２５】
用途
本明細書に記載する方法および組成物を使用して、例えば、（ａ）抗ＴＮＦ治療に対する対象（例えば、ヒト）の応答性または非応答性を予測する、および／または（ｂ）対象に対する抗ＴＮＦ治療応答プロファイルを得ることができる。プロファイルは、表１に示す１つ以上の遺伝子等の１つ以上の遺伝子が発現するかどうか（例えば、する、または、しない）を示す情報、および／または１つ以上の遺伝子（例えば、表１に示す１つ以上の遺伝子）の発現レベルを示す情報を含むことができる。プロファイルは、表２〜４または１３に示す１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の有無を示す情報も追加して（または、代替として）含むことができる。抗ＴＮＦ治療応答プロファイルは、１つ以上の付加的遺伝子、および／または１つ以上の付加的ＳＮＰ遺伝子型の発現レベルを含むことができる。
【０１２６】
本明細書に記載する応答プロファイルは、表１に示す少なくとも２つ以上（例えば、少なくとも３つ以上、少なくとも４つ個以上、少なくとも５つ以上、少なくとも６つ以上、少なくとも７つ以上、少なくとも８つ以上、少なくとも９つ以上、少なくとも１０以上、少なくとも１１以上、少なくとも１２以上、少なくとも１３以上、少なくとも１４以上、少なくとも１５以上、少なくとも１６以上、少なくとも１７以上、少なくとも１８以上、少なくとも１９以上、少なくとも２０以上、少なくとも２１以上、少なくとも２２以上、少なくとも２３以上、または少なくとも２４以上）の遺伝子の発現または発現レベルにおける情報を含むことができる。
【０１２７】
複数の遺伝子（例えば、表１に示す２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４またはそれ以上の遺伝子）をセットまたはクラスタへ分類することにより、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答または非応答の分類の感度または選択性を向上することができる。例えば、添付の実施例は、表１に示す遺伝子の８つのクラスタへの分類を説明する。次いで、それぞれのクラスタから選択された個別の遺伝子を含む遺伝子のグループは、予測精度に関して試験することができ、分類条件は、遺伝子グループに基づき再計算することができる。これは、例えば、単一遺伝子ベースの分類条件と比較して、予測精度が向上した分類条件（例えば、８つの遺伝子または２４の遺伝子の分類条件）を得ることができる。それぞれのクラスタからの遺伝子の任意の分類は、より精度な分類条件をもたらすことができる。多くの場合、それぞれのクラスタ内の遺伝子は、精度を有意に落とさずに、互いに置換することができる。さらに、表１に示す任意の遺伝子は、分類（例えば、８つの遺伝子または２４の遺伝子の分類）に戻すことが可能である。
【０１２８】
いくつかの遺伝子（例えば、表１に示すいくつかの遺伝子）は、細胞または組織に特異的な方法で発現することができることが理解される。しかしながら、そのような発現における差異は、様々な方法で生かすことができる。例えば、特定の細胞種（好中球、単球、またはＢ細胞）が分析される実施形態において、その細胞種内で発現する１つ以上の遺伝子（または遺伝子グループ）を選択するのが有用であり得る。そのような戦略は、生体試料が複数の細胞または組織種を含むが、特定の細胞または組織種のみが分析される場合にも有用で得る。したがって、関心対象の標的細胞種内のみで、または主に発現する遺伝子の特定のセットを選択することで、より焦点を当てたな予測を提供することができる。
【０１２９】
本明細書に記載する応答プロファイルは、表２〜４または１３に示す、少なくとも２つ以上（例えば、少なくとも３つ以上、少なくとも４つ以上、少なくとも５つ以上、少なくとも６つ以上、少なくとも７つ以上、少なくとも８つ以上、少なくとも９つ以上、少なくとも１０以上、少なくとも１１以上、少なくとも１２以上、少なくとも１３以上、少なくとも１４以上、少なくとも１５以上、少なくとも１６以上、少なくとも１７以上、少なくとも１８以上、少なくとも１９以上、少なくとも１１以上、少なくとも２１以上、少なくとも２２、または少なくとも２４以上）のＳＮＰ遺伝子型の有無における情報を追加して（または、代替として）含むことができる。
【０１３０】
結果として得られた情報（抗ＴＮＦ治療応答プロファイル）を、本明細書に記載する抗ＴＮＦ治療のいずれか等の抗ＴＮＦ治療に対する対象（例えば、ヒト患者）の応答を予測するのに使用することができる。また、例えば、１つ以上の遺伝子（例えば、１つ以上の表１に示す遺伝子）の分析した発現レベルが、疾患の生理上または行動上の症状が明らかになったかどうか、そのような応答または疾患を示すことができるため、応答プロファイルを、様々な治療、および／または様々な病状に対する対象の応答を予測する上で使用することができる。
【０１３１】
抗ＴＮＦ剤を含む治療に対する対象の応答性（および、反対に、非応答性）は、様々な方法で分類することができ、分類は、対象の疾患（例えば、関節リウマチ、クローン病、または抗ＴＮＦ剤を含む治療で治療可能な任意の他の疾患）、疾患の重症度、および対象が投与される特定の薬剤に依存する。例えば、関節リウマチを罹患する対象（例えば、ヒト）の応答性を、圧痛関節数、腫脹関節数、疼痛、対象による改善の包括的自己評価、医師による対象の改善の包括的自己評価、対象の障害の改善、または急性反応物質（例えば、赤血球沈降速度（ＥＳＲ）、もしくは、Ｃ反応性タンパク質の存在またはそのレベルによって判定される）が挙げられるが、これらに制限されない多くの臨床兆候（例えば、米国リウマチ学会（ＡＣＲ）−コアセット測定）の１つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、または６つ以上）において、少なくとも約２０％（例えば、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、または、少なくとも約７０％、あるいはそれ以上）の改善を達成しているとして分類することができる。つまり、対象が、例えば、圧痛関節数および腫脹関節数において約２０％の改善、ならびに５つの残りのＡＣＲコアセット測定（上記を参照）のうちの３つにおいて改善を呈する場合、対象を抗ＴＮＦ治療に対して応答すると分類することができる。いくつかの例では、対象は、２０％（ＡＣＲ２０％）、５０％（ＡＣＲ５０％）、または７０％（ＡＣＲ７０％）のＡＣＲ基準を使用して、抗ＴＮＦ治療に対して反応すると分類される。そのような改善を、例えば、同一の対象のプラシーボに対する反応性と比較することができる。
【０１３２】
抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性は、腫脹関節および圧痛関節数、ならびにＥＳＲまたはＣＲＰの測定である疾患活性度スコア（ＤＡＳまたはＤＡＳ２８）を使用して分類することもできる。例えば、ＤＡＳ２８は、患者の腫脹関節数、圧痛関節数、ＥＳＲ（ｍｍ／時）およびＶＡＳ（視覚的アナログ尺度）の一般健康状態を分析して測定することができる。ＤＡＳ基準では、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性は、例えば、少なくとも約１ヶ月（例えば、少なくとも約１．５ヶ月、少なくとも約２．０ヶ月、少なくとも約２．５ヶ月、少なくとも約３．０ヶ月、少なくとも約４．０ヶ月、少なくとも約５ヶ月、または少なくとも約６ヶ月）で、少なくとも約１．２（例えば、少なくとも約１．３、少なくとも約１．４、少なくとも約１．５、少なくとも約１．６、少なくとも約１．７、少なくとも約１．８、少なくとも約１．９、少なくとも約２．０、少なくとも約２．１、少なくとも約２．２、少なくとも約２．３、少なくとも約２．４、少なくとも約２．５、または少なくとも約２．６、あるいはそれ以上）のＤＡＳの改善である。ＤＡＳおよびＤＡＳ２８の結果は、ＤＡＳが１〜９の範囲で変化し、ＤＡＳ２８が２〜１０の範囲で変化するため、直接代替することは不可能であるが、以下の変換公式を使用して、ＤＡＳからＤＡＳ２８を計算することができる。
ＤＡＳ２８＝（１，０７２ｘＤＡＳ）＋０，９３８
ＤＡＳ（例えば、ＤＡＳの計算方法）および抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性のＡＣＲ分類に関するさらなる情報は、例えば、Ｂｒａｕｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ａｎｎ．  Ｒｈｅｕｍ．  Ｄｉｓ．  ６２：  １０２３−１０２４、Ｆｅｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９５）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ａｎｄ  Ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ  ３８（６）、Ｖｅｒｈｏｅｖｅｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２０００）５９：９６６−９７４、米国リウマチ学会のウェブサイト、または、オランダのナイメーヘン大学医療センターのリウマチ科のウェブサイトで確認することができる。
【０１３３】
すべての年齢の対象が、抗ＴＮＦ治療で治療可能な疾患に罹患し得る。例えば、クローン病の第１の症状は、思春期から中高年に現れ得る。したがって、本明細書に記載する方法に使用する生体試料を、抗ＴＮＦ治療によって治療可能な疾患（例えば、関節リウマチ）を有する、または有することが疑われる成人等の成人など、子供、若者、成人を含む、任意の年齢の対象（例えば、ヒト）から得ることができる。該方法は、抗ＴＮＦ治療によって治療可能な疾患を発症する危険のある個人に適用することができる。そのような個人には、（ｉ）そのような疾患の（遺伝的素因）の家族歴、または（ｉｉ）そのような疾患を発症させる１つ以上危険因子を有する個人が挙げられる。
【０１３４】
本明細書に記載する方法は、例えば、１つ以上の遺伝子（例えば、表１に示す１つ以上の遺伝子）の発現レベル（例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベル）を評価するステップを含むことができ、そこでは、１つ以上の遺伝子の発現レベルは、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答を予測する。「評価するステップ」は、例えば、試験生体試料内の１つ以上の遺伝子の発現を、関心対象の特定の遺伝子の（例えば、参考生体試料における）周知または対照発現レベルと比較するステップを含むことができる。例えば、試験生体試料内の１つ以上の遺伝子の発現レベルを、同一種の健常な対象の対応する発現レベル、または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、または４０、もしくはそれ以上）の健常な対象の平均発現レベルと比較することができる。対照試料は、抗ＴＮＦ治療に応答した、または抗ＴＮＦ治療に応答しなかった１つ以上の対象の発現レベル（または平均発現レベル）でもあり得る。評価するステップは、１つ以上の遺伝子（例えば、表１に示す１つ以上の遺伝子）の発現レベルが、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測するとして既定した値の範囲内に含まれるかどうかを判定するステップを含むこともできる。いくつかの実施形態において、評価するステップは、１つ以上の遺伝子（例えば、表１に示す１つ以上の遺伝子）の発現が、所定のカットオフ値を上回るまたは下回るかどうかを判定するステップであり得る、またはそれを含むことができる。カットオフ値は、典型的には、それより上回る、あるいは下回る場合、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測する、あるいは再試験の理由となると考えられる、遺伝子の発現レベル、または別の遺伝子の発現レベルに対する遺伝子の発現レベルの割合である。したがって、本明細書に記載する方法（および組成物）に従い、遺伝子（例えば、表１に示す遺伝子）の基準発現レベルを、それより上回る、または下回るレベルが抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性または非応答性を予測するカットオフ値として特定する。抗ＴＮＦ治療応答プロファイルは、全体として（プロファイルのすべての遺伝子の発現レベル）、一部において（プロファイル内の遺伝子（例えば、８または２４の遺伝子）の特定の集合体またはグループ）、または各遺伝子に基づいて解釈することができることを理解されたい。
【０１３５】
いくつかのカットオフ値は、臨床相関が、カットオフのいずれかの側における値の範囲にわたって依然として有意のままでありうるという点で、絶対的ではないが、特定の試料タイプの遺伝子の発現レベルの最適なカットオフ値（例えば異なるＨスコア）を選択することが可能である。本明細書に記載の方法に使用するために判定されたカットオフ値は、例えば、公開された発現レベルの範囲と比較することができるが、使用する手順および患者集団に対して個別化することができる。最適なカットオフ値における改善は、使用する統計法の高度化、および異なる遺伝子および試料タイプの参考レベル値を判定するために使用する試料の数および源によって判定することができることを理解される。したがって、確立したカットオフ値を、手順または集団分布における定期的な再評価または変化に基づいて上下に調節することができる。
【０１３６】
１つ以上の遺伝子の基準発現レベルは、様々な方法によって決定することができる。基準ベルを、例えば、健康な、抗ＴＮＦ治療に対して応答する、または抗ＴＮＦ治療に対して応答しない対象（例えば、患者）集団における関心対象の遺伝子の発現レベルの比較により決定することができる。これは、例えば、ヒストグラム分析により達成することができ、その分析では、患者全体のコホートがグラフで示され、第１の軸は、遺伝子の発現レベルを示し、第２の軸は、対象の試料が所与量において１つ以上の発現レベルを含む、コホートの対象の数を示す。次いで、遺伝子の基準発現レベルの決定は、これらの個別のグループを最も良く区別する量に基づき行うことができる。基準レベルは、すべての対象に均一に適用可能な単一の数であるか、または基準レベルは、対象の特定の亜母集団に従い異なり得る。例えば、高齢の対象は、同一の代謝異常に対して若い対象と異なる基準レベルを有し得る。また、より進行した（例えば、抗ＴＮＦ治療により治療可能な疾患のより進行した病状）疾患を有する対象は、より軽度な病状を有する対象と異なる基準レベルを有し得る。
【０１３７】
１つ以上の遺伝子の基準発現レベルを決定する方法を、添付の実施例に詳細に記載する。
【０１３８】
対象が抗ＴＮＦ治療に対して応答する、または応答しないことを予測した後、医療実践者（例えば、医師）は、対象に対する適切な治療法（例えば、それぞれ、抗ＴＮＦ治療または非抗ＴＮＦ治療）を選択することができる。対象に対する治療を選択するステップは、例えば、（ｉ）薬剤の処方箋を出す、（ｉｉ）薬剤を対象に与える（しかし、必ずしも投与することではない）（例えば、患者が診療所にいる間に処方薬のサンプルを患者に渡す）、（ｉｉｉ）提案または推奨した治療薬（例えば、抗ＴＮＦ治療または非抗ＴＮＦ治療）に関する患者へのコミュニケーション（口頭、文面（処方箋以外）、または電子（ｅメール、安全サイトへの公表）、または（ｉｖ）対象に対する適切な治療薬の決定および例えば、患者の記録目的で、他の医療従事者へ情報を知らせることであり得る。後述の（ｉｖ）は、例えば、異なる医療実践者によって１つ以上の治療剤が患者に投与される場合に有用であり得る。
【０１３９】
抗ＴＮＦ応答プロファイルは、電子形式（例えば、コンピュータまたはＤＶＤ、ＣＤまたはフロッピー（登録商標）ディスク等の他の電気（コンピューターが読み取り可能な）媒体上に記録される患者記録）または書面形式であってもよいことが理解される。抗ＴＮＦ応答プロファイルは、複数（例えば、２、３、４，５、１０、２０、３０、５０、または１００、あるいはそれ以上）の対象（例えば、ヒト患者）の情報を含むことができる。そのような複数の対象応答プロファイルを、例えば対象コホートの特定の特徴の分析（例えば、統計分析）に使用することができる。
【０１４０】
対象が抗ＴＮＦ治療に応答する、または応答しないことを予測した後、医療実践者（例えば、医師）は、適切な治療薬を対象に投与することができる（例えば、それぞれ、抗ＴＮＦ治療または非抗ＴＮＦ治療）。抗ＴＮＦ抗体または溶解性のＴＮＦ受容体等の抗ＴＮＦ治療を投与する方法は、当該技術において周知であり、例えば、米国特許第５，６５６，２７２号、第６，１９３，９６９号、第５，９１９，４５２号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。同様に、溶解性リンホトキシンベータ受容体または抗ＣＤ２０抗体等の非抗ＴＮＦ治療を投与する方法は、当該技術において周知であり、例えば、米国特許第６，４０３，０８７号、第５，９２５，３５１号、第６，８９６，８８５号、および第７，０６０，６６７号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより全体として本明細書に組み込まれる。
【０１４１】
本明細書に記載する任意の治療（例えば、抗ＴＮＦ剤を含む治療、または抗ＴＮＦ治療を含まない治療）は、１つ以上の付加的な治療剤を含むことができることが理解される。つまり、本明細書に記載する任意の治療には、本明細書に記載の１つ以上の非抗ＴＮＦ剤が挙げられるが、これらに限定されない、１つ以上の付加的治療剤と共投与する（組み合わせて投与する）ことができる。例えば、抗ＴＮＦ剤を含む治療は、１つ以上の抗ＴＮＦ剤（例えば、溶解性ＴＮＦ受容体および抗ＴＮＦ抗体）を含むことができる。抗ＴＮＦ剤を含む治療は、例えば、メトトレキサート（ＭＴＸ）等の１つ以上の非抗ＴＮＦ剤を含むこともできる。同様に、非抗ＴＮＦ治療は、２つ以上の非抗ＴＮＦ剤、例えば、ＴＷＥＡＫ阻害剤およびＩＬ−６阻害剤、またはＩＬ−６阻害剤およびＭＴＸを含むことができる。さらに、本明細書に記載するいかなる治療も、例えば、疼痛、吐き気、および／または抗ＴＮＦ剤または非抗ＴＮＦ治療を含む治療の１つ以上の副作用を治療するための１つ以上の薬剤を含むことができる。
【０１４２】
併用療法（例えば、抗ＴＮＦ剤または非抗ＴＮＦ治療を含む治療、および１つ以上の付加的な治療剤の共投与）は、例えば、同時または連続的であってもよい。例えば、抗ＴＮＦ剤および１つ以上の付加的治療剤を、同時に投与することができる、または、まず、最初に抗ＴＮＦ剤を投与し、次の時間に１つ以上の付加的治療剤を投与することができる。いくつかの実施形態において、まず最初に１つ以上の付加的治療剤を投与し、次の時間に抗ＴＮＦ剤を投与することができる。
【０１４３】
抗ＴＮＦ治療に対して応答すると予測された対象が、事前に１つ以上の非抗ＴＮＦ治療を投与されている場合において、抗ＴＮＦ剤を含む治療によって、以前または現在投与される治療を置き換えるまたは増強することができる。例えば、抗ＴＮＦ剤を含む治療で治療する時点で、１つの非抗ＴＮＦ治療の投与を中断または減少、例えば低レベルで投与することができる。以前の治療の投与を、抗ＴＮＦ剤を含む治療が投与される間、維持することができる。いくつかの実施形態において、以前の治療を、抗ＴＮＦ剤を含む治療のレベルが治療効果を提供するのに十分なレベルに達するまで維持することができる。
【０１４４】
他の実施形態において、対象を第１の事前選択した結果、例えば、抗ＴＮＦ剤を含む治療によって治療可能な疾患の１つ以上の症状、例えば、本明細書に記載する抗ＴＮＦ剤を含む治療によって治療可能な関節リウマチまたは任意の他の疾患における改善に対して監視することができる。いくつかの実施形態において、第１の事前選択した結果が認められたときに、抗ＴＮＦ剤を含む治療での治療を減少または中止することができる。いくつかの実施形態において、次に、抗ＴＮＦ剤を含む治療での治療を中止した後に、第２の事前選択した結果、例えば、抗ＴＮＦ剤によって治療可能な疾患の悪化（例えば、症状の悪化）に対して対象を監視することができる。第２の事前選択した結果が認められたときに、対象への抗ＴＮＦ剤を含む治療の投与を復帰または増大することができる、もしくは、第１の治療の投与を復帰することができる、もしくは、対象に、抗ＴＮＦ剤を含む治療または増大した量の抗ＴＮＦ剤を含む治療の両方、および第１の治療法を投与することができる。
【０１４５】
アレイおよびキット
核酸アレイ、および核酸アレイを含むキットは、例えば、遺伝子発現レベルを検出（および／または測定）する、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の存在を検出する上で有用である。キットおよび組成物は、抗ＴＮＦ治療に対する対象の応答性を予測するのに有用でもある。
【０１４６】
核酸アレイは、表１に示す少なくとも２つ（例えば、それぞれ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２２、または少なくとも２４）の遺伝子のそれぞれ、または表２〜４または１３に示す少なくとも２つのＳＮＰ遺伝子型にハイブリダイズする、少なくとも２つ（例えば、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２２、または少なくとも２４）のポリヌクレオチドを含むことができる。ポリヌクレオチドは、例えば、表１に示す遺伝子のコード配列または非コード配列（例えば、エクソン、イントロン、または調節配列の５′または３′）を含むことができる。ポリヌクレオチドは、表１に示す遺伝子または表２〜４または１３に示す遺伝子のセンス鎖配列またはコード配列のアンチセンス鎖を含むことができる。ポリヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖、および様々な長さであってもよい。いくつかの実施形態において、（例えば、表１に示す）遺伝子または（例えば、表２〜４または１３に示す）ＳＮＰ遺伝子型にハイブリダイズするポリヌクレオチドの一本鎖の長さは、約６つのヌクレオチド（例えば、約７つのヌクレオチド、約８つのヌクレオチド、約９つのヌクレオチド、約１０のヌクレオチド、約１２のヌクレオチド、約１３のヌクレオチド、約１４のヌクレオチド、約１５のヌクレオチド、約２０のヌクレオチド、約２５のヌクレオチド、約３０のヌクレオチド、約３５のヌクレオチド、約４０のヌクレオチド、約５０のヌクレオチド、約７５のヌクレオチド、約１００のヌクレオチド、または約１５０、もしくはそれ以上のヌクレオチド）であり得る。より長いポリヌクレオチドは、しばしば、より高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションおよび洗浄条件を可能にする。ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾ＤＮＡまたはＲＮＡ、もしくはハイブリッドであってもよく、核酸は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドの任意の組み合わせ、およびウラシル、アデニン、チミン、シトシン、およびグアニンの任意の組み合わせ、ならびにイノシン、キサンチン、およびヒポキサンチン等の他の塩基を含む。
【０１４７】
ポリヌクレオチドアレイは、固体支持体、例えば、不溶性である多孔または無孔材料に結合させることができる。基質は、様々な方法、例えば、共有または非共有結合で支持体に付随させることができる。
【０１４８】
支持体は、天然または合成材料、有機または無機材料で構成され得る。ポリヌクレオチド配列が結合（５′または３′端部結合のいずれか）する固体支持体の構成は、一般的に、結合方法（例えば、共有結合）によって異なる。適切な固体支持体には、プラスチック、樹脂、多糖類、シリカまたはシリカベースの材料、機能性ガラス、変性シリコン、炭素、金属、無機ガラス、膜、ナイロン、天然繊維（シルク、ウール、およびコットン等）、または高分子が挙げられるが、これらに限定されない。固体支持体を含む材料は、ポリヌクレオチドの結合に使用する、カルボキシ、アミノ、またはヒドロキシル基等の反応基を有することができる。高分子固体支持体は、例えば、ポリスチレン、ポリエチレングリコールテトラフタル酸、ポリ酢酸ビニル、ポリ塩化ビニル、ポリビニルピロリドン、ポリアクリロニトリル、ポリメチルメタクリレート、ポリテトラフルオロエチレン、ブチルゴム、スチレンブタジエンゴム天然ゴム、ポリエチレン、ポリプロピレン、（ポリ）テトラフルオロエチレン、（ポリ）フッ化ビニリデン、ポリカーボネート、またはポリメチルペンテンを含むことができる（例えば、参照することにより、本明細書にその全体が組み込まれる、米国特許第５，４２７，７７９号を参照）。あるいは、ポリヌクレオチド配列は、そのような官能基を使用せずに固体支持体に結合することができる。
【０１４９】
アレイ上の（複数のポリヌクレオチドの）それぞれのポリヌクレオチドは、それぞれのポリヌクレオチドをその位置で確認することができるように、あらかじめ決定された位置に固定することができる。本明細書に記載する方法およびキットに使用する例示的ポリヌクレオチドアレイは、例えば、米国特許第６，１９７，５９９号、第５，９０２，７２３号、および第５，８７１，９２８号に記載され、それらのそれぞれの開示は、参照することにより、本明細書にその全体が組み込まれる。
【０１５０】
本明細書に記載するアレイのいずれかのいくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドのアレイは、１００，０００未満（例えば、９０，０００未満、８０，０００未満、７０，０００未満、６０，０００未満、５０，０００未満、４０，０００未満、３０，０００未満、２０，０００未満、１５，０００未満、１０，０００未満、５，０００未満、４，０００未満、３，０００未満、２，０００未満、１，５００未満、１，０００未満、７５０未満、５００未満、２００未満、１００未満、または５０未満）の異なるポリヌクレオチドを有することができる。
【０１５１】
ポリヌクレオチドアレイは、固体支持体の粒子に接合することができる。適切な固体支持体の粒子の多くは、当該技術において周知であり、例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ（登録商標）タイプのコード化された粒子、磁気粒子、およびガラス粒子等の粒子を例示的に含む。
【０１５２】
使用可能な例示的粒子は、様々なサイズおよび物理特性を有することができる。粒子を特定の実験フォーマットに有用な様々な特定を有するように選択することができる。例えば、粒子を所望粘度の溶液に懸濁されたままか、または所望粘度の溶液中に容易に沈殿するように選択することができる。粒子を、例えば、適切なタグ結合材料、磁気分離の常磁性等による分離のための精製タグを含むことによって試料成分からの容易な分離のために選択することができる。
【０１５３】
いくつかの実施形態において、コード化された粒子を使用する。それぞれの粒子は固有のコード（バーコード、発光コード、蛍光コード、核酸コード等）を含む。コード化を使用して、単一の生体試料内の異なる核酸を評価するために粒子を提供することができる。コードは、（例えば、粒子内部に）組み込まれる、またはそうでなければ、ハイブリダイゼーションおよび分析を通して安定する方法で粒子に結合される。コードは、粒子およびそこに固定された捕獲プローブを特定するために、蛍光特性、色、形状、サイズ、重量、光放射、量子ドット放出等による、ホログラフィックコード化等の任意の検出可能な方法により提供することができる。コード化は、別の粒子に存在する割合と異なる１つの粒子内の２つ以上の染料の割合であってもよい。例えば、粒子を光学タグ、化学タグ、物理タグ、または電気タグを使用してコード化し得る。そのようなコード技術の例は、光学バーコード蛍光染料または他の方法である。いくつかの実施形態において、粒子コードは、核酸、例えば、一本鎖核酸である。
【０１５４】
コード化を使用して、特定の粒子上の（検体核酸に対応する）ポリヌクレオチドを特定し、したがって、評価される検体核酸（例えば、生体試料からのＳＮＰ遺伝子型またはｍＲＮＡ）の存在または量を決定することができる限り、異なるコード化された粒子を使用して、複数の核酸（例えば、ＳＮＰ遺伝子型またはｍＲＮＡ）を同時に検出または測定することができる。試料は、複数のそのようなコード粒子と接触することができる。粒子を、例えば、蛍光スキャナーを使用して評価するとき、粒子コードは、粒子に関連した無傷の基質の修正を評価するために使用する任意のプローブからの粒子に関連する蛍光であるとして解読される。
【０１５５】
１つの例示的プラットフォームは、特定の捕獲プローブが固定される粒子セットのそれぞれの成員を識別する手段として、高分子粒子に含浸された染料の混合物を使用する。別のプラットフォームは、ホログラフィックバーコードを使用して、円筒状のガラス粒子を識別する。例えば、Ｃｈａｎｄｌｅｒら（米国特許第５，９８１，１８０号）は、異なる粒子タイプが、高分子粒子に含浸された２つ以上の蛍光染料の様々な割合の混合物によってコード化される粒子ベースのシステムを記載する。Ｓｏｉｎｉ（米国特許第５，０２８，５４５号）は、粒子の識別に時間分解蛍光を使用する粒子ベースの多重アッセイシステムを記載する。Ｆｕｌｗｙｌｅｒ（米国特許第４，４９９，０５２号）は、色および／またはサイズによって区別された粒子を使用する例示的方法を記載する。米国特許第２００４−０１７９２６７号、第２００４−０１３２２０５号、第２００４−０１３０７８６号、第２００４−０１３０７６１号、第２００４−０１２６８７５号、第２００４−０１２５４２４号、および第２００４−００７５９０７号は、ホログラフィックバーコードによってコード化された例示的粒子を記載する。
【０１５６】
米国特許第６，９１６，６６１号は、粒子にコードを提供する染料を有するナノ粒子に付随する高分子マイクロ粒子を記載する。高分子マイクロ粒子は、１ミリメートルの直径、例えば、直径が約０．１〜約１，０００マイクロメートルの範囲の大きさ、例えば、３〜２５μｍまたは約６〜１２μｍを有することができる。ナノ粒子は、例えば、約１ナノメートル（ｎｍ）〜約１００，０００ｎｍの直径、例えば、約１０〜１，０００ｎｍまたは２００〜５００ｎｍを有することができる。
【０１５７】
本明細書に記載する核酸アレイのいずれかを含むキットも提供される。キットは、生体試料中の１つ以上の遺伝子レベルを検出および／または測定するための説明書、または１つ以上ＳＮＰ遺伝子型（例えば、表２〜４または１３に示す１つ以上ＳＮＰ遺伝子型）を検出するための説明書を任意に含むことができる。
【０１５８】
キットは、例えば、対照生体試料またはアレイの核酸プローブによって認識される１つ以上のアンプリコンの既知量を含む対照標識アンプリコンセットを任意に含むことができる。いくつかの実施例において、対照は、抗ＴＮＦ治療に対する応答を示す１つ以上の遺伝子の発現レベルの範囲を含む、挿入物（例えば、紙の折り込み、もしくは、ＣＤ、ＤＶＤまたはフロッピー（登録商標）ディスク等の電気媒体）であってもよい。
【０１５９】
いくつかの実施形態において、キットは、生体試料を処理するための１つ以上の試薬を含むことができる。例えば、キットは、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡを生体試料から単離するための試薬、および／または単離させたｍＲＮＡ（例えば、逆転写酵素、逆転写酵素またはＰＣＲ増幅のためのプライマー、あるいはｄＮＴＰ）および／またはゲノムＤＮＡを増幅させるための試薬を含むことができる。キットは、ｍＲＮＡ、ｍＲＮＡアンプリコン、ゲノムＤＮＡ、またはＤＮＡアンプリコンを検出可能に標識化するための１つ以上の試薬を任意に含むこともでき、それらの試薬は、例えば、ＤＮＡポリメラーゼのクレノウ断片等の酵素、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼ、１つ以上の検出可能に標識化されたｄＮＴＰ、または検出可能に標識化されたリン酸ＡＴＰ（例えば、３３Ｐ−ＡＴＰ）を含むことができる。
【０１６０】
いくつかの実施形態において、キットは、例えば、マイクロアレイ分析または発現プロファイルの結果を分析するためのソフトウエアパッケージを含むことができる。
【０１６１】
キットは、本明細書に記載する遺伝子のいずれかのタンパク質発現を検出するための１つ以上の抗体を含むこともできる。例えば、キットは、表１に示す遺伝子のいずれかによってコード化される１つ以上のタンパク質に特異的に結合することが可能な複数の抗体、および任意に、１つ以上のタンパク質および／または複数の抗体の少なくとも１つの抗体に結合することが可能な検出可能に標識化された抗体を含む検出抗体を検出するための説明書を含む（または、いくつかの場合では、それらから成る）ことができる。いくつかの実施形態において、キットは、表１に示す遺伝子によってコード化される、少なくとも２つ（例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３または２４）のタンパク質を認識する抗体を含むことができる。
【０１６２】
本明細書に記載するキットは、アレイによって検出可能な１つ以上の遺伝子の発現レベル、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の存在が、対象が抗ＴＮＦ治療に対して応答することを予測する場合の抗ＴＮＦ治療を投与するための説明書を任意に含むこともできる。キットは、アレイによって検出可能な１つ以上遺伝子の発現レベル、または１つ以上のＳＮＰ遺伝子型の存在が、対象が抗ＴＮＦ治療に対して応答しないことを予測する場合の様々な非抗ＴＮＦ治療を投与するための説明書を含むことができる。
【０１６３】
以下は、本発明の実施の実施例である。これらは、決して本発明の範囲を制限するものと解釈しない。
【実施例】
【０１６４】
実施例１  材料および方法
遺伝子分析法：臨床データ：ベースラインの１０９人の患者、および１４週目の１０４人の患者に関してＤＡＳ２８スコアを得た。ベースラインおよび１４週目におけるＤＡＳ２８スコアの差異を、抗ＴＮＦ治療に対する応答を測定するために計算した。表５に、ベースライン（ＤＡＳ＿ｖ１）および１４週目（ＤＡＳ＿ｖ３）におけるＤＡＳ２８スコア、およびこれらのスコアの差異（ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３：ＤＡＳ＿ｖ１−ＤＡＳ＿ｖ３、正数のΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３は、抗ＴＮＦ治療に対する良好な応答を示す）の記述統計を記載する。ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３を従属変数として使用し、ＳＮＰマーカーと抗ＴＮＦ治療に対する応答／非応答との関連を評価した。
【０１６５】
【表５】
2014033676.tif 000151
「歪度」および「尖度」は、分布の正規性を測定する。尖度は、確率分布の「峰性」である。歪度は、中心ピークから離れた確率分布の偏りである。表５の値の歪度および尖度は、低く、ＤＡＳ２８値およびΔＤＡＳ２８値が正規分布されていることを示す。
【０１６６】
遺伝子型判定法：標準的な方法により、ゲノムＤＮＡを全血の白血球から精製した。全ゲノムにわたる関連研究では、約７５０ｎｇのゲノムＤＮＡを使用して、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）ＨｕｍａｎＨａｐ３００  ＢｅａｄＣｈｉｐ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）上のそれぞれの試料を遺伝子型判定した。Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）Ｉｎｆｉｎｕｍ２アッセイマニュアルに従って、試料を処理した。簡潔に述べると、それぞれの試料を適切なハイブリダイゼーションバッファー中で全ゲノム増幅、断片化、沈殿、および再懸濁した。変性試料を、調製したＨｕｍａｎＨａｐ３００  ＢｅａｄＣｈｉｐｓ上で４８℃で１６時間ハイブリダイズした。ハイブリダイゼーション後、ＢｅａｄＣｈｉｐｓを単一塩基伸長反応のために処理し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）Ｂｅａｄ  Ａｒｒａｙ  Ｒｅａｄｅｒ上で染色し画像化した。それぞれの試料に関して得られた正規化ビード強度データを、蛍光強度を単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）遺伝子型に変換するＩｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）Ｂｅａｄｓｔｕｄｉｏ  ２．０ソフトウエアにロードした。
【０１６７】
【表６】
2014033676.tif 000152
ＳＮＰマーカーの品質を保証し、推定関連の可能性を低減するために、関連研究を実行する前に、データクリーニング手順を３１７，０００個すべてのＳＮＰに実施した。それぞれの染色体におけるＳＮＰ数の分布を表６に示す。主なクリーニング方法は、それぞれのマーカーの３つの検査を含む。Ｒソフトウエアパッケージ（バージョン２．２．１）を使用して、すべての計算を実行した。
【０１６８】
１）コール率（つまり、対象の比率を特定のＳＮＰマーカーに関して遺伝子型判定した、またはＳＮＰの比率を特定の対象に関して遺伝子型判定した）を、ＤＮＡ試料およびＳＮＰマーカーが良質であるかどうかを保証するために計算した。不良なＤＮＡ試料およびＳＮＰマーカーは、その後の統計分析に使用しなかった。
【０１６９】
２）研究対象がそれぞれのマーカー遺伝子座における任意交配集団から確実に得られるようにハーディ・ワインベルグ平衡（ＨＷＥ）点検を使用した。フィッシャーの直接確率法を、ＨＷＥｐ−値の試験に適用する。ｐ＝０．００１を閾値として使用し、ＳＮＰマーカーがＨＷＥ試験に失敗したかどうかを測定した。
【０１７０】
３）ＳＮＰマーカーは、２つの対立遺伝子および３つの遺伝子型を含み得る。統計分析のために、集団レベルにおいて、確実にマーカーが十分な変動を有する（つまり、遺伝子型群に十分な対象がある）ように、マイナーアレル頻度（ＭＡＦ）を計算した。
【０１７１】
分散分析（ＡＮＯＶＡ）モデルを、ＳＮＰマーカーと抗ＴＮＦ治療に対する応答との関連（つまり、ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３）を評価するために実行した。ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３の表現型の平均をＳＮＰマーカーの異なる遺伝子型と比較した。本研究には、３１７，０００以上の試験を含んだため、複数の試験の問題を考慮に入れるため置換試験を実行した。調整されたゲノムワイドｐ値を得るために、表現値を無作為にシャッフルして、ゲノム型と遺伝子型との関連を絶った。全体の分析をシャッフルしたデータで繰り返した。したがって、シャッフルしたデータは、帰無仮説を表した。最小ｐ値をＮ＝１，０００置換反復から得た。関連に対する経験的ｐ値（または置換ｐ値）を、以下の方程式で得た。
【０１７２】
【数１】
2014033676.tif 000153
。
【０１７３】
実施例２  遺伝子データ
ＡＮＯＶＡモデルからの３１７，０００個の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）のｐ値を２２個の染色体に対してプロットした。ｘ軸は、染色体１から２２を示し、ｙ軸は−ログ１０（ｐ値）を示す。それぞれの青い点は、関連に対するｐ値を示す。１０−５および１０−７有意レベルを示す２つのｘ軸に平行な線をプロット内に描いた。１０−５と１０−７との間のｐ値を、星印を使用してプロットした。
【０１７４】
それぞれのＳＮＰ（表７Ａおよび７Ｂ）については、遺伝子型判定試験を実行し、患者の抗ＴＮＦ治療に対する応答を予測することができる。負数または低いΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３に対応する遺伝子型は、抗ＴＮＦ治療に対する非応答を予測するものである。正数または高いΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３に対応する遺伝子型は、抗ＴＮＦに対する応答を予測するものである。例えば、ＳＮＰ  ｒｓ７０４６６５３では、ＡＡ遺伝子型は、試料に対する不良な応答に関連するが、ＧＧ遺伝子型は、良好な応答に関連する。ＳＮＰのほぼすべては、遺伝子形質の相加的モデルを呈し、個別の対立遺伝子のそれぞれの複写は、抗ＴＮＦ治療に対する応答を増加または減少させ、ヘテロ接合体は中程度の応答を示す。この相加的遺伝子形質の例外は、染色体８上のＳＮＰである。これらのＳＮＰでは、ヘテロ接合遺伝子型は、ホモ接合体のいずれかよりもさらに極端な表現型に関連する。
【０１７５】
【表７−１】
2014033676.tif 000154
Ｃｈｒ．は、染色体位置を指す。
ＳＮＰは、ＳＮＰ識別子を指す。
平均は、異なる遺伝子型のΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３の遺伝子型平均値を指す。
標準誤差は、遺伝子型平均の標準誤差を指す。
ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３の負数平均は、抗ＴＮＦ治療に対する非応答を示す。
Ｐｅｒｍ．は、置換試験のｐ値を指す。
【０１７６】
【表７−２】
2014033676.tif 000155
Ｃｈｒ．は、染色体位置を指す。
ＳＮＰは、ＳＮＰ識別子を指す。
平均は、異なる遺伝子型のΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３の遺伝子型平均値を指す。
標準誤差は、遺伝子型平均の標準誤差を指す。
ΔＤＡＳ＿ｖ１＿ｖ３の負数平均は、抗ＴＮＦ治療に対する非応答を示す。
Ｐｅｒｍ．は、置換試験のｐ値を指す。
【０１７７】
ここに示す遺伝子型データすべては、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）Ｂｅａｄｓｔａｔｉｏｎ上の対立遺伝子特異的増幅を使用して得た。
【０１７８】
実施例３．遺伝子データ
方法
患者．  ＲＡおよび全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）の両方におけるバイオマーカー開発のための新技術の使用を探求するために、自己免疫バイオマーカー協業ネットワーク（ＡＢＣｏＮ）が設立された。ＡＢＣｏＮ関節リウマチコホートには、あらかじめ３つの使用可能な抗ＴＮＦ剤の有効性の評価を受けた１１６人の活性ＲＡ患者が含まれる。ＲＡにおける抗ＴＮＦ治療に対する応答を調査するために、血液試料、検査および臨床データをベースライン（抗ＴＮＦ治療前）、治療後６週目、３ヶ月目、６ヶ月目、および１年目で収集した。ＤＮＡ、ＲＮＡ、末梢血液細胞、プラズマ、血清、および尿を、それぞれの研究訪問時に得た。すべての患者は、ＲＡのＡＣＲ１９８７改正基準を満たし、書面のインフォームドコンセントを提示した。研究プロトコルは、現地の倫理委員会によって承認された。１１６人の患者のうち、１０２人の対象は、遺伝子型判定用にＤＮＡ試料を提供した。
【０１７９】
有効性測定．  疾患の重症度を、２８関節数およびＣ応答性タンパク質を含む疾患活動性スコアであるＤＡＳ２８スコアを使用して評価した（Ｐｒｅｖｏｏ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９５）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ａｎｄ  ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ  ３８：４４−４８）。ＤＡＳ２８は、ベースライン、６週目、およびの１４週目の３回の時点で測定された。この２つの尺度は、抗ＴＮＦ治療の有効性を評価すると考えられている。まず、疾患活動性における相対的改善を、ベースラインおよび１４週目のＤＡＳ２８スコアを使用して、それぞれの患者で計算した。
【０１８０】
【数２】
2014033676.tif 000156
ｒｅｌＤＡＳ２８は、連続的尺度を有し、ほぼ正規である。次に、他所で発行されたＥＵＬＡＲの説明に従い（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ａｎｄ  ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ  ４１：１８５４−１８５０）、患者を、良好な応答者、中程度の応答者、または非応答者として、１４週目のＤＡＳ２８（ΔＤＡＳ２８）値およびＤＡＳ２８値における個別の変化量を使用して分類する（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，（上記））。簡潔に述べると、良好な応答者は、ΔＤＡＳ２８≧１．２、および１４週目におけるＤＡＳ２８≦３．２の場合に分類され、（ΔＤＡＳ２８≧１．２および、１４週目におけるＤＡＳ２８＞３．２）または（０．６＜ΔＤＡＳ２８≦１．２、および１４週目におけるＤＡＳ２８≦５．１）を有する患者は、中程度の応答者である。患者がこれらのカテゴリーのいずれかにも当てはまらない場合は、患者は、非応答者として分類される（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，（上記））。
【０１８１】
遺伝子型判定および質管理．  患者のゲノムＤＮＡは、基準プロトコルを使用して末梢血液から抽出した。１０２人の抗ＴＮＦ治療を受けた患者の３１７，０００の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  ２アッセイマニュアル（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社）に従い、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＢｅａｄｓｔａｔｉｏｎおよびＩｌｌｕｍｉｎａ  ＨＡＰ３００チップを使用して遺伝子判定した（Ｄｕｅｒｒ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１４：１４６１−１４６３）。ＨＡＰ３００チップは、常染色体のすべてにわたり、平均で、１０キロベース毎のＳＮＰを含み、ヨーロッパ系の集団における約８７％の一般的な遺伝的変異を調べる（Ｐｅ’ｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３８：  ６６３−６６７）。
【０１８２】
ＳＮＡＰマーカーの品質を保証し、誤った関連の可能性を低減するために、関連試験を実行する前に、品質管理手順を３１７，０００ＳＮＰのそれぞれに実施した。ＳＮＰのセットを遺伝子型コール率（≧９５）、微動対立遺伝子頻度（ＭＡＦ≧０．０５）でフィルターした。ハーディ・ワインベルグ平衡（ＨＷＥ）を、直接試験を使用して個別のＳＮＰに対して計算した。本原稿で報告されたＳＮＰのすべては、ＨＷＥｐ値＞０．００１を有する。フィルター後後、２８３，３４８の多型ＳＮＰを染色体１〜染色体２２で分析した。フィルターしたＳＮＰの平均コール率は、９９．５％であった。遺伝子型を有さない患者の割合が５％を上回る、または患者のＤＮＡ試料中に汚染の可能性の兆候があった場合に、その患者は排除された。
【０１８３】
統計分析．  ＳＮＰマーカーと抗ＴＮＦ治療に対する応答との関連を２つの段階で評価した。我々の分析の第１段階では、連続従属変数としてｒｅｌＤＡＳ２８を使用し、関連性を評価した。我々の研究におけるサンプルサイズが比較的小さいため、従属変数の連続尺度は、カテゴリー変数よりも検出力を有する。直線回帰を実行し、相加的遺伝子効果モデルに照らして、個別のＳＮＰマーカーと抗ＴＮＦ治療（つまり、ｒｅｌＤＡＳ２８）に対する応答との関連性を評価した。ｔ統計を回帰から得、抗ＴＮＦ治療（つまり、ｒｅｌＤＡＳ２８）に対する応答との関連性を評価するために使用した。ｔ統計は、ロバストであり、したがって、従属変数の正規性からの一部の逸脱は許容可能である。本研究に２８３，３４８以上の試験が含まれたため、それぞれの染色体の複数の試験を考慮に入れるため置換試験を実行した。置換試験は、従属変数の正規性からのほんのわずかな逸脱も対処することができる。調整されたｐ値を得るために、表現値を無作為にシャッフルして、表現型とゲノム型との関連を絶った。全体の分析をシャッフルしたデータで繰り返し、したがって、シャッフルされたデータは、帰無仮説を表す。１，０００の最小ｐ値を、個別の染色体上のＳＮＰ全体に対するＮ＝１，０００置換反復のそれぞれから得た。
【０１８４】
第２段階の分析では、一つの離散従属変数である抗ＴＮＦ治療に対する応答状況（つまり、非応答者対良好な応答者）を使用して、第１段階から選択されたＳＮＰとの関連性を評価した。非応答者になる確率を、相加的遺伝子効果モデルをによりロジスティック回帰を使用してモデル化した。特に規定がないかぎり、統計分析のすべての計算をＲソフトウエアパッケージ（バージョン２．２．１）を使用して実行した。
【０１８５】
集団混合（つまり、２つ以上の亜母集団からの対象の試料標本）は、遺伝子研究における一貫性のない結果および誤った関連性の主な原因として認識されている（Ｄｅｎｇ  ｅｔ  ａｌ．  （２００１）  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １５９：  １３１９−１３２３およびＳｅｌｄｉｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００８）  ＰＬｏＳ  ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４：ｅ５）。米国の人口は、遺伝的に混合されている。自己申告の民族データは、本研究に記録されたが、それは不完全であり、不正確であり得る。血統に従って個人を正確に分類し、任意の血縁がある可能性の個人を除外するために、１０２人の対象に対するペアワイズ状態同一性（ＩＢＳ）の距離を計算し、ＰｌｉｎｋソフトウエアのゲノムワイドＳＮＰマーカー（バージョン１．００、Ｓｈａｕｍ  Ｐｕｒｃｅｌｌら、ヒト遺伝子研究センター（ＣＨＧＲ）、マサチューセッツ総合病院（ＭＧＨ）、ならびに、ハーバード大学ブロード研究所およびマサチューセッツ工科大学（ＭＩＴ）））を使用して、その後の完全連結凝集クラスタリングおよび多次元尺度構成法を実行した。クラスタリングデータをプロットし、主な集団分割を特定した。データセットから異常値を除外するのに加えて、亜母集団（南欧および北欧人）からの潜在的影響を全ゲノムにわたるＳＮＰデータでＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴプログラムを使用してさらに評価した。（Ｐｒｉｃｅ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３８：９０４−９０９）。上位１０個の主成分（ＰＣ）を得た。上位主成分と表現型との相関分析（ｄｅｌＤＡＳ２８および抗ＴＮＦに対する２つに分かれた応答状況）を実行して、個人における表現型の差異が集団層化によるものであったかどうかを検出した。これらの主成分における試料の広がりが、単に集団層化によるものであった場合、すべての試料をこれらの主成分においてゼロ値を有するようにさせて除去することができる。次いで、修正した主成分を元の遺伝子型空間に循環させて戻すことで、「仮想」遺伝子型を得ることができる。選択したＳＮＰと抗ＴＮＦ治療に対する応答状況（つまり、非応答者対良好な応答者）との関連性に対して、Ｐｅａｒｓｏｎのカイ二乗試験を実施した。
【０１８６】
結果
患者の特徴．  １０２人の完全な遺伝子型および表現型データを有する活性ＲＡ患者の中で、自己申告された血統には、８３人のヨーロッパ人、４人のアジア人、３人のアフリカ系アメリカ人、ならびにラテン系と報告された３人の対象が含まれた。９人の患者は、民族に対する情報が不明である。連結凝集クラスタリングおよび多次元尺度構成法は、主にヨーロッパ人の祖先を有する８９人の患者を特定し、そのうち８３人は、白人として自己報告し、６人は、民族データが不明であった。これらの８９人の患者をその後の関連分析に使用した。
【０１８７】
８９人の患者のベースラインの特徴を表８に要約する。診断時において、彼らは、４７±１４（平均±標準偏差）歳であり、疾患期間は、８±９年間であり、７５％は女性であり、１５％は、習慣的な喫煙者であり、ベースラインにおける平均血清ＣＲＰレベル（ｍｇ／ｄｌ）は、１．７（標準偏差．＝２．０）であった。平均すると、ベースライン（抗ＴＮＦ治療前）におけるＤＡＳ２８は、５．２２（標準偏差．＝０．８０）であり、ＲＡ疾患活動がほとんどの患者で高いことを示す（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，（上記））。５４人の対象をエタネルセプトで治療し、３７人をインフリキシマブで治療し、２５人をアダリムマブで治療した。
【０１８８】
【表８−１】
2014033676.tif 000157
【０１８９】
【表８−２】
2014033676.tif 000158
全ゲノムにわたる関連研究：第１段階分析．  ＧＷＡ分析を実行し、相加的遺伝子モデルを使用して、２８３，３４８個の多型ＳＮＰとＤＡＳ２８（ｒｅｌＤＡＳ２８）における相対変化との関連性を試験した。回帰モデルにおける主成分は、ｒｅｌＤＡＳ２８と有意に相関しなかった（つまり、個人における主な表現型の差異が集団の階層化によるものでなかった）ため、さらに調整しなかった（表９）。
【０１９０】
【表９】
2014033676.tif 000159
複数の試験の問題に対処するため、全染色体にわたる置換試験を実施した。１６個のＳＮＰが、正確な有意レベルを得るための置換試験後に、有意（置換絶対ｐ≦０．０５）またはぎりぎり有意（０．０５＜置換絶対ｐ≦０．１）に留まる。ｐ値をこれらの１６個のＳＮＰの注釈情報とともに表１０に示す。
【０１９１】
【表１０】
2014033676.tif 000160
これらの１６のＳＮＰのうち、４つは遺伝子内に位置し、１つは、３′ＵＴＲに位置し、１１は遺伝子の隣接領域に位置する。これらのＳＮＰのすべては、一般的な多型である（微動対立遺伝子頻度＞０．１）。表１０に加え、ｒｅｌＤＡＳ２８ｐ値≦０．０１を有する２９８５のＳＮＰのデータを表９に表す。Ｉｌｌｕｍｉｎａ注釈ファイル「ＨｕｍａｎＨａｐ３１７Ｋ＿ｇｅｎｅａｎｎｏｔａｔｉｏｎ．ｔｘｔ」を、ＵＣＳＣゲノムブラウザと共に使用して、ＳＮＰ詳細を注釈した（Ｋｅｎｔ  ｅｔ  ａｌ．  （２００２）  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ  １２：９９６−１００６）。
【０１９２】
これらの主要な関連性のなかで、ｒｓ６０２８９４５マーカー（約５００ｋｂの染色体２０上のＭＡＦＢ遺伝子座の３′）は、ＤＡＳ２８における相対変化が連続変数と考えられるときに、わずかに最強の関連（ｐ＝０．００３訂正）であり、ＭＡＦＢ領域の第２のマーカーである、ｒｓ６０７１９８０も、関連性の兆候（ｐ＝０．００５訂正）を示す。同様に、関連性のマルチマーカーの兆候は、パラオキシナーゼ１遺伝子（ＰＯＮ１）、ならびにインターフェロンカッパ（ＩＦＮＫ）、ＭＯＢＫＬ２Ｂ、およびＣ９ｏｒｆ７２遺伝子座位を含む染色体９の領域内のマーカーで見られる。いくらかの関連性の兆候を示す他の遺伝子座位には、１ｐ２２．２におけるグアニル酸ヌクレオチド結合タンパク質（ＧＢＰ６）、ｃｈｒ２におけるＬＡＧ１（寿命安定ホモログ６、ＬＡＳＳ６）、２０ｐ１１．２１におけるシスタチンＤ（ＣＳＴ５）、４ｐ１４におけるセンタウリンデルタ１（ＣＥＮＴＤ１）、クエーキングホモログ、および６ｑ２６−ｑ２７におけるＫＨドメインＲＮＡ結合（ＱＫ１）が挙げられる（表２）。ｘｘｘｘｘ
ＳＮＰと抗ＴＮＦ治療に対する応答との関連：第２段階分析．
ＥＵＬＡＲの基準に従い（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ，（上記））、研究中の８９人の患者を、ベースラインＤＡＳ２８および１４週目のＤＡＳ２８における変化を使用して、３つのグループ（２３人は非応答者、３１人は、良好な応答者、３５人は中程度の応答者）に分類することができる。対立遺伝子頻度を、フィッシャーの直接確率検定を使用して非応答者と良好な応答者とを比較した（Ｆｉｓｈｅｒ  （１９２２）  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｒｏｙａｌ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  ８５：  ８７−９４）。表１０の最後の２つの列は、抗ＴＮＦ治療に対する非応答状況のフィッシャーの直接ｐ値およびオッズ率（ＯＲ）を９５％の信頼区間（ＣＩ）とともに表示する。これらの９５％のＩＣは非常に幅広く、本研究の小さなサンプルサイズ（つまり、２３人の非応答者対３１人の良好な応答者）を反映することに留意されたい。主な主要成分は、良好な応答者対非応答者の状況を予測しないと思われた。サンプルサイズがかなり小さいため（２３人非応答者に対し３１人の応答者）、亜母集団による小さい効果が２ｘ２の表の予測に大きな影響を与え得る。したがって、ＥＩＧＥＮＳＴＲＡＴを使用して調整されたカイ二乗ｐ値を与えるように、亜母集団構造をさらに調整した。表１０に示すように、これらの調節されたカイ二乗ｐ値は、一般的にフィッシャーの直接試験のｐ値よりも大きい。
【０１９３】
候補遺伝子におけるＳＮＰ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨａｐＭａｐ３００チップに存在するマーカーのうち、既に４つのＴＮＦ応答とのＳＮＰ関連が候補遺伝子研究において報告されている。ＩＬ１０におけるｒｓ１８００８９６（Ｐａｄｙｕｋｏｖ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ａｎｎ  Ｒｈｅｕｍ  Ｄｉｓ  ６２：５２６−５２９およびＴｕｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９７）  Ｅｕｒ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔ  ２４：１−８）、インターロイキン１受容体拮抗薬（ＩＬ１ＲＮ）におけるｒｓ４１９５９８（Ｍａｒｏｔｔｅ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  Ａｎｎ  Ｒｈｅｕｍ  Ｄｉｓ  ６５：３４２−３４７）、ＬＴＡにおけるｒｓ１０４１９８１（Ｋａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．  （２００５）  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ  （Ｏｘｆｏｒｄ）  ４４：５４７−５５２、Ｃｒｉｓｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ａｎｄ  ｒｈｅｕｍａｔｉｓｍ  ５０：  ２７５０−２７５６、およびＫｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．  （２０００）  Ｇｅｎｅｓ  Ｉｍｍｕｎ  １：  １８５−１９０）、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａにおけるｒｓ４１４９５７０（Ｃｒｉｓｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，  （上記））である。これらのマーカーを増加した事前確率を考慮して個別に評価した。本研究では、ｒｓ１８００８９６のみが、関連の兆候を示し、ｄｅｌＤＡＳ２８に対して０．０１３２のｐ値（未修正）、および抗ＴＮＦ治療に対する応答状況に対して０．０１８３のｐ値（階層化のためのみに修正）であった。
【０１９４】
実施例４  ＲＡ患者からの全血遺伝子発現プロファイルは、抗ＴＮＦ治療に対する非応答を予測する
患者の臨床評価．  米国リウマチ学会（ＡＣＲ）基準を満たす活性疾患を有し、以前に抗ＴＮＦ剤が未投与であったヒト患者が本研究に登録した。抗ＴＮＦ治療を開始する１１６人の患者（５４人はエタネルセプト、２５人はアダリムマブ、３７人はインフリキシマブ）は、本研究に同意した。臨床データおよびベースライン遺伝子発現プロファイルは、これらの患者のうちの７５人に使用可能であった。試験対象患者の基準は、１８歳以上、１９８７ＡＣＲ基準を満たしている、少なくとも６箇所の関節腫脹の疾患活動性、以前に６ヶ月の期間抗ＴＮＦ投薬にさらされたことがないことである。我々の研究の除外基準は、本研究の登録時に１日１０ｍｇ以上の経口ステロイド治療を受けていた患者である。末梢血液試料をＰａｘＧｅｎｅ管を使用してＲＮＡを単離するために収集した。治療に対する応答を評価するために必要とされる臨床情報も、ベースラインおよび治療後１４週目にそれぞれの患者に記録した。４２人の健常な対照者の血液も収集し、同様の手順を使用してプロファイル化した。書面のインフォームドコンセントをすべての患者から得た。
【０１９５】
血液試料の収集およびＲＮＡの処理．  製造者（Ｑｉａｇｅｎ，  Ｖａｌｅｎｃｉａ，  ＣＡ）の仕様書に従い、末梢血液をＰａｘｇｅｎｅ管に直接採取した。治療前、治療後６週目、および１４週目の３回の訪問中にＲＡ患者から血液を採取した。単回時点で８９人の健常な対照患者からの末梢血液もＰａｘｇｅｎｅ管に採取した。製造者（Ｑｉａｇｅｎ，  Ｖａｌｅｎｃｉａ，  ＣＡ）の使用書に従い、ＲＮｅａｓｙキットを使用して総ＲＮＡを抽出した。詳細方法については、例えば、Ｂａｔｌｉｗａｌｌａ  ｅｔ  ａｌ．  ２００５を参照されたい。
【０１９６】
ＲＮＡ標識およびマイクロアレイハイブリダイゼーション．  ９６ウェルプレートのＮｕＧＥＮ社のＯｖａｔｉｏｎ  Ｂｉｏｔｉｎシステム（バージョン５）に説明されるように、試料標識およびハイブリダイゼーションをＮｕＧＥＮ社のＯｖａｔｉｏｎ  Ｂｉｏｔｉｎシステム（ＮｕＧＥＮ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，  Ｉｎｃ，  Ｓａｎ  Ｃａｒｌｏｓ，  ＣＡ）を使用して実行した。Ｇｅｎｅｃｈｉｐ（登録商標）アレイステーション（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，  Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，  ＣＡ）を使用するＧｅｎｅｃｈｉｐ（登録商標）カートリッジアレイのＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）発現分析技術マニュアル（７０２０６４ｒｅｖ２）のＥｕｋａｒｙｏｔｉｃ  Ｔａｒｇｅｔ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎプロトコルに説明されるとおりに、ハイブリダイズされたアレイの洗浄、染色、およびスキャンを完了した。要約すると、２μＬ中の、ＰａｘＧｅｎｅ（ｐｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ  ＧｍｂＨ，  Ｈｏｍｂｒｅｃｈｔｉｋｏｎ，  Ｇｅｒｍａｎｙ）で精製した２０ｎｇの総ＲＮＡを、２μＬの「第１のストランドプライマーミックス」（Ａ１）で６５℃で５分間アニールし、氷の上で冷却した。アニールしたテンプレートを４８℃で６０分間６μＬの第１のストランドプライマーミックス（Ａ２およびＡ３）とともに培養し、次いで、４℃に冷却した。完了した第１のストランド反応物に、１０μＬの第２のストランドマスターミックス（Ｂ１およびＢ２）を添加し、反応物を３７℃で３０分間、７５℃で１５分間培養し、次いで、４℃に冷却した。ｃＤＮＡを増幅するために、１２０μＬのＳＰＩＡ（登録商標）マスターミックス（Ｎｕｇｅｎ，  Ｓａｎ  Ｃａｒｌｏｓ，  ＣＡ）を２０μＬの完了した第２のストランド反応物に添加し、４８℃で６０分間培養した。製造者の推奨法に従い、増幅したｃＤＮＡを９６ウェルダイターミネーター除去キット（ＡＢ遺伝子、Ｓｕｒｒｅｙ，  ＵＫ−ｃａｔ＃  ＡＢ−１０４３／Ａ）を使用して精製した。精製したｃＤＮＡおよび増幅したｃＤＮＡを断片化するために、５μＬの断片化バッファー（Ｆ１）および酵素ミックス（Ｆ２）を２５μＬの反応物に添加して、５０℃で３０分間培養し、次いで４℃に冷却した。５μＬのビオチン標識バッファー（Ｆ３）および２．５μＬの標識酵素ミックス（Ｆ４）を添加し、５０℃で３０分間培養することによって、断片化したｃＤＮＡのビオチン標識化を完了し、次いで４℃に冷却した。次いで、製造者の推奨法に従い、断片化し、標識化したｃＤＮＡを９６ウェルダイターミネーター除去キット（ＡＢ遺伝子、Ｓｕｒｒｅｙ，  ＵＫ−ｃａｔ＃  ＡＢ−０９４３／Ａ）を使用して精製した。製造者のプロトコル（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ）に従い、３μｇの断片化した標識ｃＤＮＡを、１００ｍＭのＭＥＳ（２−（Ｎ−モルホリノ）エタンスルホン酸）、１Ｍ［Ｎａ＋］、２０ｍＭのＥＤＴＡ、０．０１％のＴｗｅｅｎ２０、０．５ｍｇ／ｍＬのアシル化ＢＳＡ、０．１ｍｇ／ｍＬのニシン精子ＤＮＡ、コントロールオリゴＢ２、コントロール転写物ｂｉｏＢ１．５ｐＭ、ｂｉｏＣ５ｐＭ、ｂｉｏＤ２５ｐＭ、およびｃｒｅ１００ｐＭを含む３００μＬの１Ｘハイブリダイゼーションバッファー中で再懸濁し、ヒトゲノムＵ１３３プラス２．９ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プローブアッセイにハイブリダイズした。ハイブリダイズしたＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プローブアッセイを洗浄し、ストレプトアビジン・フィコエリトリン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，  Ｅｕｇｅｎｅ，  ＯＲ）を使用して染色し、抗体増幅プロトコルを使用して、ビオチニル化抗ストレプトアビジン（Ｖｅｃｔｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，  Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ，  ＣＡ）ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）Ｆｌｕｉｄｉｃｓ  Ｓｔａｔｉｏｎ４００（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ,Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ，ＣＡ）で増幅した。ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プローブアッセイを、ＧｅｎｅＡｒｒａｙ  Ｓｃａｎｎｅｒ３０００（Ｈｅｗｌｅｔｔ  Ｐａｃｋａｒｄ，  Ｃｏｒｖａｌｌｉｓ，  ＯＲ）を使用してスキャンした。
【０１９７】
遺伝子発現データの取得および分析．  ＧｅｎｅＣｈｉｐハイブリダイゼーションおよびスキャニングの後、スキャンからの信号をＣＧＲＭＡアルゴリズムを使用して正規化した（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．  （２００１）  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ  ２，  ＲＥＳＥＡＲＣＨ００３２、Ｉｒｉｚａｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ３１：  ｅ１５、およびＷｕ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ９９：  ９０９−９１７）。すべての計算をＲおよびバイオコンダクター計算ツールを使用して実施した（Ｇｅｎｅｔｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００５）  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ｕｓｉｎｇ  Ｒ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ  （Ｓｐｒｉｎｇｅｒ））。遺伝子発現からの抗ＴＮＦ応答の予測因子の開発には、いくつかのデータ整理ステップが必要であった。時間とともに抗ＴＮＦ応答と相関する遺伝子を特定するために、Ｒに実装する一般的な線形モデリングツール（Ｇｅｎｅｔｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００５）  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ｕｓｉｎｇ  Ｒ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ  （Ｓｐｒｉｎｇｅｒ））を使用した。線形モデルの有意性をｔ統計で評価し、無作為の試料選択および遺伝子のそれぞれに、このｔ値を記録した。特異的に発現した遺伝子をさらに特徴付けるために、遺伝子を、３つの患者グループ（非応答者、中程度の応答者、および健常な対照者）のいずれかの間で有意に異なる発現レベルを有し、非応答者と応答者との間で有意に異なる遺伝子として特定した。線形モデリング方法を、これらの４つの所定のグループに試料を分類する患者データに適用した。標準線形モデルデータ分析法（ＭＡＮＯＶＡ）を、有意に異なる発現を有する遺伝子を特定するために適用した。それぞれの差異の有意性をｔ統計を使用して評価した。複数の仮説検定効果を考慮に入れるため、倍率変化の有意性を、試料、グループ、および遺伝子内において変動のベイジアン分析を使用して評価した（Ｓｍｙｔｈ，  Ｇ．  Ｋ．  （２００４）  Ｓｔａｔ．  Ａｐｐｌ．  Ｇｅｎｅｔ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．  ３，  Ａｒｔｉｃｌｅ３）。特異的に発現したベイジアン事後確率の有意なｐ値＜０，０５を有する遺伝子を選択した。選択には、遺伝子が少なくとも１．５の倍率変化を有することが必要であった。
【０１９８】
適切な転写物のセットがデータ整理方法から特定されると、これらを公的に入手可能なゲノムデータベースの生物学的注釈を有する遺伝子のみを含むようにさらに選択した。この遺伝子セットを、ランダムフォレストのマシンラーニング方法（Ｂｒｅｉｍａｎ，  Ｌ．  （２００１）  Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ  ４５：５−３２）を使用して抗ＴＮＦ応答の予測因子を発達するために使用した。「応答者」または「非応答者」と確認されたそれぞれの患者に対し、遺伝子発現レベルをＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）ＲＭＡ（ＧＣＲＭＡ；Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標））で判定した。ランダムフォレスト方法は、無作為に選択したｋ遺伝子および約２／３の患者試料からの多くの判定木を構成する。アルゴリズムは、アプリオリユーザーがそれぞれの木にランダムｋ変数を選択するためにいかなるｋを選択できる間、この方法を何度も繰り返す。それぞれの変数（遺伝子発現）に対して、ランダムフォレスト方法は、その予測への重要性を計算する。フォレスト構成の乱数度を考えると、遺伝子の重要性は、判定性値ではない。つまり、遺伝子の重要性は、フォレストの内容によって異なり得る。
【０１９９】
初期データプロセッシングおよび遺伝子のフィルタリング．  Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＨＧＵ１３３Ｐｌｕｓ２チップを使用して１１６人のＲＡ患者から治療前に採取した全血からの遺伝子発現プロファイル。ＲＡ患者に加え、我々は、４２人の健常な対照者から血液を採取し、プロファイル化した。患者を抗ＴＮＦ薬（レミケード、エンブレル、ヒュミラ）で治療した。疾患の重症度を、ＤＡＳ２８スコアおよびＥＵＬＡＲ分類を使用して評価した（Ｆｒａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００５）  Ｃｌｉｎ  Ｅｘｐ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ  ２３：  Ｓ９３−９９）。患者は、ベースライン訪問の８週間および１４週間後に追跡調査し、これらの３回の訪問時に血液を採取した。患者の疾患スコアをこれらの訪問時に評価した。典型的に、中度から重症度のＲＡを有する患者は、抗ＴＮＦで治療され、その結果、我々のコホートでは、良好な応答者はおらず、非応答者および中程度の応答者のみであった。ＥＵＬＡＲ分類によると、良好な応答者は、ベースラインと比較したときに、ＤＡＳ２８が少なくとも４０％向上した軽度（ＤＡＳ２８＜３．２）の疾患を有する患者である。
【０２００】
ベースライン訪問の１４週間後（訪問３）は、治療効果について臨床判定を行う一般的な時点であるため、我々のコホートで我々のグループの良好な応答者を特定するために選択した。ＤＡＳ２８スコアの向上を以下の方程式を使用してそれぞれの患者で計算した。
【０２０１】
【数３】
2014033676.tif 000161
ＥＵＬＡＲ分類（ｖａｎ  Ｇｅｓｔｅｌ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８），  （上記））に従い、応答者、中程度の応答者、および非応答者を定義した。したがって、予測因子の開発の目的で、患者コホートは、３つのグループ（非応答者（２２人の患者）、中程度の応答者（２９人の患者）、および応答者（２４人の患者））を含み得る。
【０２０２】
すべての患者および健常な対照者からの試料を、第１のＧＣＲＭＡデータ正規化方法を使用して処理した（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ。  （２００１）  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ  ２，  ＲＥＳＥＡＣＨ００３２、Ｉｒｉｚａｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ３１：  ｅ１５、およびＷｕ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ９９：  ９０９−９１７）。データをＲＭＡを使用して個別に処理した（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ。  （２００１）  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ  ２，  ＲＥＳＥＡＣＨ００３２、Ｉｒｉｚａｒｒｙ  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ３１：  ｅ１５、およびＷｕ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ９９：  ９０９−９１７）。すべての計算をＲおよびバイオコンダクター計算ツールを使用して行った（例えば、Ｇｅｎｅｔｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （２００５）  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ｕｓｉｎｇ  Ｒ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ  （Ｓｐｒｉｎｇｅｒ）を参照）。
【０２０３】
データ整理の予備段階として、ＭＡＳ５アルゴリズム（Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒに実装される）を使用して、試料中に存在する転写物を特定した。４つのグループ（対照者、応答者、中程度の応答者、および非応答者）のいずれか１つに属する少なくとも５０％の試料中にｐ値＜０．０１を有する際に、転写物は存在するとされるという要件であった。したがって、その後の分析を存在すると考えられる２３，６８６個の転写物に適用した。
【０２０４】
データ整理の第１のステップは、相対するＤＡＳ２８スコアと有意に相関したすべてのベースライン遺伝子発現を特定した。Ｒに実装される一般線形モデリングツール（Ｇｅｎｔｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （上記））を使用して、すべてのベースライン試料（中程度の応答者、および非応答者）を使用して遺伝子発現値でＤＡＳ２８スコアをモデル化した。線形モデルフィットの有意性をｔ統計で評価した。それぞれの遺伝子、９０％の無作為選択試料に対して、ｔ値を記録した。無作為サンプリングおよびフィッティング手順をそれぞれの遺伝子で１００回繰り返した。これらの１００回のモデリングステップの有意性から、それぞれの遺伝子の平均有意性を、最大および最小ｔ値の上位５％および下位５％を除去して計算した。さらに、患者の応答を１００回無作為に置換し、発現値を置換した応答にフィットさせた。置換されたフィットのｔ値は、チャンスフィットによって予測される分布を生じた。このランダム分布を使用して、真の応答値のフィットを、それが２つの標準偏差より多くランダムフィットから有意に異なっていたかどうかを判定するために評価した。８９４の遺伝子プローブが、フィットに対してｐ値＜０．０２５（２より高いｔ値）でｒｅｌＤＡＳ２８と有意に相関し、置換された応答で生じたフィットと比較すると有意であるとして選択された。これらの計算は、ＣＰＵ負荷が高いため、データを１００ノード（２００ＣＰＵ）ＬＩＮＵＸ（登録商標）クラスタを使用して処理した。
【０２０５】
我々の候補遺伝子評価における第２のステップとして、我々は、３つの患者グループ（非応答者、中程度の応答者、および健常な対照者）のいずれかの間で有意に異なる発現を有する候補遺伝子、および非応答者と応答者との間で有意に異なるこれらの遺伝子を特定した。我々は、線形モデリング方法を４つの所定のグループに分類する患者データに適用した。次いで、有意に異なる発現を有する遺伝子を特定するために、標準線形モデリングデータ分析方法（ＭＡＮＯＶＡ）を適用した。それぞれの差異の有意性をｔ統計を使用して評価した。複数の仮説を考慮に入れるために、我々は、ｌｉｍｍａパッケージによって実施される変動のベイジアン分析を使用して倍率変化の有意性をさらに評価した（Ｓｍｙｔｈ，  Ｇ．  Ｋ．  （２００４）  Ｓｔａｔ  Ａｐｐｌ  Ｇｅｎｅｔ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ３，  Ａｒｔｉｃｌｅ３）。特異的に発現した遺伝子のベイジアン事後確率の有意なｐ値＜０．０５を有する、および少なくとも１．５倍の差異を有する遺伝子を選択した。上記の必要条件で有意に特異的に発現したと判定された遺伝子プローブの総数は、７，９７２であった。
【０２０６】
ｒｅｌＤＡＳ２８スコアと有意に相関した８９４の遺伝子から、２９１の遺伝子が上述の選択によって特異的に発現したことも考えられた。これらの２９１の遺伝子プローブから、少なくとも６つＧＶＲＭＡにより予測されたｌｏｇ２発現値を有した１６６のプローブ、およびＥＮＴＲＥＺ  ＮＣＢＩヒトゲノムデータベースで確認されたこれらの遺伝子のみをさらに選択した。つまり、我々は、名称が割り当てられた遺伝子のみを選択し、注釈付きの遺伝子または未確認のオープンリーディングフレームに関連しないプローブセットを除外した。
【０２０７】
ランダムフォレストの最適パラメータの発見
１６６の遺伝子プローブは、応答者と非応答者との間の抗ＴＮＦ応答の予測構成の開始点を構成した。ランダムフォレスト（Ｂｒｉｅｍａｎ  （２００１）  Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ  ４５：  ５−３２）マシンラーニング方法を、最良の予測因子または一組の予測因子を特定するために、これらのプローブに適用した。
【０２０８】
ランダムフォレストアルゴリズムに重要である２つのパラメータは、フォレストに使用する木の数（ｎｔｒｅｅ）およびそれぞれの分割に使用するランダム変数の数（ｍｔｒｙ）である。安定したランダムフォレスト分類に必要とされる木の数を見出すために、ランダムフォレスト試験を、異なるｎｔｒｅｅ値、つまり、ｎｔｒｅｅ＝｛１，５００、１０００・・・・、１２０，０００｝で行った。それぞれのｎｔｒｅｅ値で１０回実行し、ＯＯＢ誤差率を記録し、誤差率の平均および標準偏差を計算した。誤差の標準偏差が安定化されるのに最適なｎｔｒｅｅを選択した。
【０２０９】
最適なｍｔｒｙを見出すために、ＲＦが０．０５ｘｍｔｒｙ〜ｍｔｒｙ＝試料数まで、０．０５の増分で、デフォルトｍｔｒｙ
【０２１０】
【数４】
2014033676.tif 000162
の倍数から成るｍｔｒｙ値の範囲に対して１０回実行されるように、同様の手順を適用した。ＯＯＢ誤差率をそれぞれの試行で記録した。最適なｍｔｒｙ値を誤差率が安定化され、最小値に到達するように選択した。特に、ＯＯＢ誤差率に従って、まず、ｍｔｒｙ値を順位化し、次いで、以下の方程式を基に順位化した。
ａｂｓ（ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ］−ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ−１］＋ａｂｓ（ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ＋１］−ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ］）＋ｓｔｄ．ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ］  （ｉ＝２、ｎ）、
式中、ｍ．ＯＯＢ［ｍｔｒｙｉ］は、ｉ番目のｍｔｒｙの平均ＯＯＢ誤差率であり、ｎは、ｍｔｒｙ値の総数であり、ｓｔｄ．ＯＯＢは、誤差率の標準偏差である。最低の誤差率および最高の安定性（方程式からの最も低い値）の両方の基準を満たすｍｔｒｙ値を最適値として選択した。
【０２１１】
予測に一貫して重要な遺伝子の選択．  「収束ランダムフォレスト」アルゴリズムを、予測に一貫して重要な遺伝子を選択するために開発した。アルゴリズムのステップは、以下のとおりである。
【０２１２】
１．ランダムフォレストを１０回行う
２．すべての１０回の試行で重要と考えられる遺伝子を選択する（変数の重要度＞０）
３．選択した遺伝子の数が変化しなくなるまで１〜２を繰り返す。
【０２１３】
４．異なるｍｔｒｙ値のついて１〜３を繰り返し、「収束」遺伝子組をそれぞれのｍｔｒｙ値について選択する。
【０２１４】
５．「収束」遺伝子組間における共通遺伝子を選択する。
【０２１５】
最大の予測精度を有する最小数の遺伝子の選択．  重要度順位およびクラスタリングに基づく選択技術を使用して、最小数の遺伝子および最大精度を有する非冗長セットを見出すために一連のステップを実行した。選択技術および全体のワークフローを以下に要約する。
【０２１６】
重要度順位に基づく選択
１．変数の重要度（ｇ１、ｇ２・・・ｇｎ）に従い、遺伝子を降順に順位づけする。
２．ｘ＝１にセットする。
３．ｘ個の上位遺伝子を選択し、ＲＦを実行し、ＯＯＢ誤差を記録する。
４．ｘ＝ｘ＋１にセットする。ｘ＝ｎになるまでステップ３〜４を繰り返す。
５．最小ＯＯＢ誤差率を有するｘを選択する。
【０２１７】
クラスタリングに基づく選択
１．距離行列として遺伝子発現値の相関を使用して遺伝子をクラスタする。
２．ｋ＝２にセットする。
３．木をｋクラスタに切断する。それぞれのクラスタから、最大変数重要度を有する遺伝子（合計ｋ個の遺伝子）を選択する。
４．ｋ＝ｋ＋１にセットする。ｋ＝ｘになるまでステップ３〜４を繰り返す（重要度順位に基づく選択を参照）。
５．最小ＯＯＢ誤差率を有するｋ遺伝子を選択する。
【０２１８】
最小遺伝子を選択するために手順を完了する。
ｆｏｒ  ｉ＝１：５０｛
・重要度順位に基づき遺伝子を選択する：予測＿遺伝子＿セットｉ１。ｘをｘｉと記録する。
・クラスタリングに基づき遺伝子を選択する：予測＿遺伝子＿セットｉ,２. ｋをｋｉと
記録する
｝
・予測＿遺伝子＿セットｉ１および予測＿遺伝子＿セットｉ２を組み合わせる。
・それぞれの遺伝子ｇに遺伝子予測指標（ＧＰＩ）を計算する。
【０２１９】
【数５】
2014033676.tif 000163
式中、ＮＰＧは、ｉ回目の試行の予測遺伝子の数であり、遺伝子ｇは重要度順位またはクラスタリングのいずれかにより選択される。
【０２２０】
【数６】
2014033676.tif 000164
が最小誤差率および
【０２２１】
【数７】
2014033676.tif 000165
の場合、最良遺伝子の数を重要度によって選択する。同様に、
【０２２２】
【数８】
2014033676.tif 000166
は、最小誤差率および
【０２２３】
【数９】
2014033676.tif 000167
クラスタ切断によって選択される遺伝子の数である。したがって、遺伝子ｇが重要度順位によって選択される場合は、ＮＰＧｉ＝ｘiであり、クラスタリングによって選択される場合は、ＮＰＧｉ＝ｋiである。したがって、その試行で特定される遺伝子ｇを含む予測遺伝子の数が小さい場合は、その遺伝子には、より高い指標が与えられる。その上、試行での遺伝子の発現の頻度が増大すると、遺伝子のＧＰＩも（加重を介して）増加する。
・ＧＰＩに従い遺伝子を降順に順位化する。
・重要度順位に基づく選択に記載されるステップ２〜５を実行する。
【０２２４】
異なる分類アルゴリズム  最終セットの遺伝子を、ランダムフォレストに対する性能を比較するために異なる分類アルゴリズムで試行する。ｋ近傍分類（ｋＮＮ）をｋ∈｛１、３、５、・・・２１｝で実行し、最小誤差を有するｋを選択する。Ｇｅｎｔｌｅｍａｎらに提案されたように、動径カーネルを有するＳＶＭを、コストパラメータｃ∈｛１、２、４｝およびパラメータγ∈｛２−１／１８、１／１８、２／１８｝の組み合わせで実行した（Ｂｉｏｉｎｆｏｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ｕｓｉｎｇ  Ｒ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ．  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  Ｓｐｒｉｎｇｅｒ）。ランダムフォレストテストを１００，０００の木およびデフォルトｍｔｒｙで実行した。Ｒ内のＭＬＩｎｔｅｒｆａｃｅｓパッケージ（Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ）を使用して分析を実施した。
【０２２５】
実施例５  最小数の遺伝子および最大の性能を有する安定した予測因子の構成
初期データ処理および遺伝子のフィルタリングにより、抗ＴＮＦ応答と有意に相関し、応答者と非応答者間、ならびに患者と正常な対照者との間で、異なって発現した１６６の遺伝子プローブが得られた。１６６の遺伝子プローブから開始し、最小数の遺伝子および最大性能を有する安定した予測因子を見出すことが目標であった。
【０２２６】
この目標を、（１）安定したランダムフォレスト分類を構成する、（２）「重要」であるが最小数の最終予測因子に使用されるべき遺伝子を選択するという２つのタスクを完了することによって達成した。これらのタスクのそれぞれを、以下に詳細に説明する。
【０２２７】
１．安定ランダムフォレスト分類の構成
安定したＲＦ分類を構成するために、安定した分類を有するために何本の木が必要であるか、分割毎にいくつの確率変数を無作為に選択するべきであるかという、２つの問題を検討した。
【０２２８】
まず、安定した分類が存在するための最適数の木、つまり、フォレストにさらに木が追加されても性能が変化しない場合を判定した。このために、ランダムフォレストを異なるｎｔｒｅｅ値で１０回実行し、それぞれの回でＯＯＢ誤差率を記録した。次いで、これらの１０回の試行にわたる中央値および標準偏差（ｓｔｄ）を計算した。誤差率は迅速に安定化し、標準偏差は、フォレストにさらに木が追加されるにつれて減少し続けた。したがって、標準偏差が安定化した後のｎｔｒｅｅを決定した。この手順により、データセットに対する最適なｎｔｒｅｅの初期予測が与えられるが、静的値として受け取るべきではない。研究者は、データセット（遺伝子および試料の数）が変化するため、結果のロバスト性を継続的に調査し、必要に応じてさらに木を追加しなければならない。
【０２２９】
次の問題は、ｍｔｒｙが変わるにつれて性能がどのように変化するかであった。そのために、ＲＦを、あるｍｔｒｙ値の範囲で１０回実行し、それぞれの試行でＯＯＢ誤差率を記録した。ｍｔｒｙに対する誤差率の中央値および標準偏差の変化をｎｔｒｅｅ＝４０，０００について示す。標準偏差が安定されたｎｔｒｅｅが前のステップで選択されたため、標準偏差は、ｍｔｒｙで全く変化しない。誤差率および安定性に基づいてｍｔｒｙ値を順位化した後、最適なｍｔｒｙまたは満足できる程度に互いに異なるｍｔｒｙ値の範囲（例えば、≧１．５ｘ前のｍｔｒｙ）を選択することができる。結果は、ｍｔｒｙが性能に影響し、したがって、異なる値を試し、結果の一貫性を評価するのに重要であることを証明した。
【０２３０】
手順を異なるｎｔｒｅｅ値で繰り返した。ｍｔｒｙに対するＯＯＢ誤差率の変化は、ｎｔｒｅｅと無関係である（例えば、Ｄｉａｚ−Ｕｒｉａｒｔｅ  ｅｔ  ａｌ．  （２００６）  ＢＭＣ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ７  （３）を参照）。あるいは、結果は、前のステップで判定されたｎｔｒｅｅ範囲が確かに最適であって、さらに木を追加することが同一のｍｔｒｙ値に対する誤差率に効果を及ぼさないことを意味し得る。
【０２３１】
遺伝子の選択．  最適パラメータがランダムフォレスト分類に対して決定された後、次の目標は、最終予測因子に使用される遺伝子を選択することであった。最終目標は、最小数の遺伝子および最大予測精度を有する予測因子を有することであった。したがって、予測において有益かつ非冗長で、一貫して重要であった遺伝子のセットを以下に示すように選択した。
【０２３２】
予測において一貫して重要な遺伝子の選択
変数の重要度および一貫性の両方を考慮に入れる、頻度をベースとした遺伝子選択アルゴリズムを選択した。「収束ランダムフォレスト」アルゴリズム（Ｍａｔｅｒｉａｌｓ  ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ＩＩを参照）を、ｍｔｒｙ＝｛４５｝のｍｔｒｙ値を使用して実行した。アルゴリズムにより、４０の遺伝子の「収束」セットが得られた。この遺伝子セットの性能を１０回の個別のＲＦの試行で計算した。
【０２３３】
概して、収束により選択された４０の遺伝子を有する分類により、初期の１６６の遺伝子セットよりも精度の向上がもたらされた。４０の遺伝子を表１１に示す。
【０２３４】
【表１１−１】
2014033676.tif 000168
【０２３５】
【表１１−２】
2014033676.tif 000169
応答者と非応答者との間を識別する遺伝子の最も正確で非冗長なセットの選択。まず、誤差率が重要度測定によって選択された遺伝子の数によってどのように変化するかを調査した。そのために、ＲＦを一位とランク付けられた遺伝子で実行し、次いで、２位の遺伝子を加え、１６６個のすべての遺伝子が順番に加えられるまでそれを続けた。誤差率の段階的増加は、ほぼ確実に遺伝子との間の相関が原因であった。最小数の非冗長遺伝子を選択することが目標であったため、クラスタリング手順を無相関でより有益かつノイズの少ない遺伝子セットを選択するために開発した。
【０２３６】
収束遺伝子セット（４０の遺伝子）で開始し、まず、上述の手順を繰り返した、つまり、誤差率の変化を重要度測定によって選択した遺伝子の数とともに計算した。最小誤差率（１１％）を上位２４の遺伝子について得た。上位２４個の遺伝子は、以下の通りである。ＡＮＫＩＢ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ５、Ｃ９ｏｒｆ８０、ＣＡＬＭ２、ＣＡＳＰ５、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＤＮＡＨ１、ＥＥＡ１、ＥＧＬＮ２、ＦＡＭ４４Ａ、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＬＧＡＬＳ９、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＲＢＢＰ４、ＲＥＲ１、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＦ２、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６。次いで、４０個の遺伝子を、遺伝子発現間の相関を距離の尺度とした階層的クラスタリングを使用して、クラスタ化した。クラスタリング木から開始し、木をｋ＝２、３、４、５等と、最小誤差が重要度順位により得られる遺伝子の数まで再帰的に切断した。遺伝子のｋ−サブクラスタが特定されたら、分類に最も重要であると判定されたサブクラスタから遺伝子を選択した。ｋサブクラスタに対して、それぞれのｋ個の選択についてｋ個の最良遺伝子を選択した。ｋの最良遺伝子から構成されたＲＦ予測因子の性能を表１２に示す。ｋ＝８の選択により、８９％の精度というＲＦ予測因子の最良の性能が得られた。最良の８つの遺伝子は、ＣＬＴＢ、ＣＯＬ４Ａ３ＢＰ、ＣＸｏｒｆ５２、ＦＡＭ４４Ａ、ＭＸＲＡ７、ＰＧＫ１、ＳＦＲＳ２、およびＹＩＰＦ６であった。異なるセットのｋ最良遺伝子をそれぞれの試行で選択し、これらすべてを総合したものが、２４の最良遺伝子のセットである。すべての最良遺伝子から作られたＲＦ予測因子は、８７％の精度を有する。
【０２３７】
【表１２】
2014033676.tif 000170
【０２３８】
【表１３−１】
2014033676.tif 000171
【０２３９】
【表１３−２】
2014033676.tif 000172
【０２４０】
【表１３−３】
2014033676.tif 000173
【０２４１】
【表１３−４】
2014033676.tif 000174
【０２４２】
【表１３−５】
2014033676.tif 000175
【０２４３】
【表１３−６】
2014033676.tif 000176
【０２４４】
【表１３−７】
2014033676.tif 000177
【０２４５】
【表１３−８】
2014033676.tif 000178
【０２４６】
【表１３−９】
2014033676.tif 000179
【０２４７】
【表１３−１０】
2014033676.tif 000180
【０２４８】
【表１３−１１】
2014033676.tif 000181
【０２４９】
【表１３−１２】
2014033676.tif 000182
【０２５０】
【表１３−１３】
2014033676.tif 000183
【０２５１】
【表１３−１４】
2014033676.tif 000184
【０２５２】
【表１３−１５】
2014033676.tif 000185
【０２５３】
【表１３−１６】
2014033676.tif 000186
【０２５４】
【表１３−１７】
2014033676.tif 000187
【０２５５】
【表１３−１８】
2014033676.tif 000188
【０２５６】
【表１３−１９】
2014033676.tif 000189
【０２５７】
【表１３−２０】
2014033676.tif 000190
【０２５８】
【表１３−２１】
2014033676.tif 000191
【０２５９】
【表１３−２２】
2014033676.tif 000192
【０２６０】
【表１３−２３】
2014033676.tif 000193
【０２６１】
【表１３−２４】
2014033676.tif 000194
【０２６２】
【表１３−２５】
2014033676.tif 000195
【０２６３】
【表１３−２６】
2014033676.tif 000196
【０２６４】
【表１３−２７】
2014033676.tif 000197
【０２６５】
【表１３−２８】
2014033676.tif 000198
【０２６６】
【表１３−２９】
2014033676.tif 000199
【０２６７】
【表１３−３０】
2014033676.tif 000200
【０２６８】
【表１３−３１】
2014033676.tif 000201
【０２６９】
【表１３−３２】
2014033676.tif 000202
【０２７０】
【表１３−３３】
2014033676.tif 000203
【０２７１】
【表１３−３４】
2014033676.tif 000204
【０２７２】
【表１３−３５】
2014033676.tif 000205
【０２７３】
【表１３−３６】
2014033676.tif 000206
【０２７４】
【表１３−３７】
2014033676.tif 000207
【０２７５】
【表１３−３８】
2014033676.tif 000208
【０２７６】
【表１３−３９】
2014033676.tif 000209
【０２７７】
【表１３−４０】
2014033676.tif 000210
【０２７８】
【表１３−４１】
2014033676.tif 000211
【０２７９】
【表１３−４２】
2014033676.tif 000212
【０２８０】
【表１３−４３】
2014033676.tif 000213
【０２８１】
【表１３−４４】
2014033676.tif 000214
【０２８２】
【表１３−４５】
2014033676.tif 000215
【０２８３】
【表１３−４６】
2014033676.tif 000216
【０２８４】
【表１３−４７】
2014033676.tif 000217
【０２８５】
【表１３−４８】
2014033676.tif 000218
【０２８６】
【表１３−４９】
2014033676.tif 000219
【０２８７】
【表１３−５０】
2014033676.tif 000220
【０２８８】
【表１３−５１】
2014033676.tif 000221
【０２８９】
【表１３−５２】
2014033676.tif 000222
【０２９０】
【表１３−５３】
2014033676.tif 000223
【０２９１】
【表１３−５４】
2014033676.tif 000224
【０２９２】
【表１３−５５】
2014033676.tif 000225
【０２９３】
【表１３−５６】
2014033676.tif 000226
【０２９４】
【表１３−５７】
2014033676.tif 000227
【０２９５】
【表１３−５８】
2014033676.tif 000228
【０２９６】
【表１３−５９】
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【０２９７】
【表１３−６０】
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【０２９８】
【表１３−６１】
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【０２９９】
【表１３−６２】
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【０３００】
【表１３−６３】
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【０３０１】
【表１３−６４】
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【０３０２】
【表１３−６５】
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【０３０３】
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【０３０４】
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【０３０５】
【表１３−６８】
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【０３０６】
【表１３−６９】
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【０３０７】
【表１３−７０】
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【０３０８】
【表１３−７１】
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【０３０９】
【表１３−７２】
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【０３１０】
【表１３−７３】
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【０３１１】
【表１３−７４】
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【０３１２】
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【０３１３】
【表１３−７６】
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【０３１４】
【表１３−７７】
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【０３１５】
【表１３−７８】
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【０３１６】
【表１３−７９】
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【０３１７】
【表１３−８０】
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【０３１８】
【表１３−８１】
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【０３１９】
【表１３−８２】
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【０３２０】
【表１３−８３】
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【０３２１】
【表１３−８４】
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【０３２２】
【表１３−８５】
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【０３２３】
【表１３−８６】
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【０３２４】
【表１３−８７】
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【０３２５】
【表１３−８８】
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【０３２６】
【表１３−８９】
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【０３２７】
【表１３−９０】
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【０３２８】
【表１３−９１】
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【０３２９】
【表１３−９２】
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【０３３０】
【表１３−９３】
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【０３３１】
【表１３−９４】
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【０３３２】
【表１３−９５】
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【０３３３】
【表１３−９６】
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【０３３４】
【表１３−９７】
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【０３３５】
【表１３−９８】
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【０３３６】
【表１３−９９】
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【０３３７】
【表１３−１００】
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【０３３８】
【表１３−１０１】
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【０３３９】
【表１３−１０２】
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【０３４０】
【表１３−１０３】
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【０３４１】
【表１３−１０４】
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【０３４２】
【表１３−１０５】
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【０３４３】
【表１３−１０６】
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【０３４４】
【表１３−１０７】
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【０３４５】
【表１３−１０８】
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【０３４６】
【表１３−１０９】
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【０３４７】
【表１３−１１０】
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【０３４８】
【表１３−１１１】
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【０３４９】
【表１３−１１２】
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【０３５０】
【表１３−１１３】
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表１３には、列３で示したへテロ接合のＳＮＰ遺伝子型だけでなく、列４で示したホモ接合のＳＮＰ遺伝子型も含まれることが理解される。例えば、表１３は、ｒｓ９６１１３２４（Ａ／Ｇ）だけでなく、ｒｓ９６１１３２４（Ｇ／Ｇ）も含まれる。表１３のヘテロ接合およびホモ接合のＳＮＰ遺伝型の両方が、本明細書に記載の方法において予測に用いることができることが理解される。
【０３５１】
他の実施形態
本発明をその詳細な説明と関連して記載したが、前述の説明は、図示することを意図し、本発明の範囲を制限せず、その範囲は、添付の請求項の範囲で定義される。他の態様、利点、および修正は、以下の請求項の範囲内である。
【外国語明細書】
2014033676000001.pdf