(57)【要約】【課題】肺炎球菌抗原を含む組成物の提供。【解決手段】有効なＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅワクチンにはいくつかの抗原性成分が必要であり得ると本発明者らは考えるので、本発明者らは免疫化で用いる肺炎球菌ポリペプチドの種々の組み合わせを同定した。本発明者らは、単抗原として有用であり得るいくつかの肺炎球菌ポリペプチドも同定した。これらのポリペプチドを、任意選択的に、肺炎球菌サッカリドと組み合わせて使用することができる。抗原を肺炎球菌ワクチン中で使用することができるが、複数の病原体に対する免疫化のためのワクチン中の成分として使用することもできる。【選択図】図１
2014034578.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせが、ｓｐｒ００９６抗原とｓｐｒ２０２１抗原とを含む、免疫原性組成物。
【請求項２】
（１）ｓｐｒ１７３９抗原；（２）ｓｐｒ０８６７抗原；（３）ｓｐｒ１４３１抗原；（４）ｓｐｒ１４３３抗原；（５）ｓｐｒ１７０７抗原；（６）ｓｐｒ００５７抗原；（７）ｓｐｒ０５６５抗原；（８）ｓｐｒ１３４５抗原；（９）ｓｐｒ１４１６抗原；（１０）ｓｐｒ１４１８抗原；（１１）ｓｐｒ１０９８抗原；および／またはｓｐｒ０２８６抗原からなる群より選択される１または複数の抗原を含む、請求項１に記載の免疫原性組成物。
【請求項３】
前記ｓｐｒ００９６抗原が、
（ａ）配列番号１２と９０％以上の同一性を有し、そして／または
（ｂ）エピトープを含む、配列番号１２の少なくとも１００個の連続するアミノ酸のフラグメントを含む、
アミノ酸配列を含むポリペプチドであり、
前記ｓｐｒ２０２１抗原が、
（ａ）配列番号１１と９０％以上の同一性を有し、そして／または
（ｂ）エピトープを含む、配列番号１１の少なくとも１００個の連続するアミノ酸のフラグメントを含む、
アミノ酸配列を含むポリペプチドである、
請求項１に記載の免疫原性組成物。
【請求項４】
ｓｐｒ００５７抗原および／またはｓｐｒ０５６５抗原を含み、
前記ｓｐｒ００５７抗原が、
（ａ）配列番号１と９０％以上の同一性を有し、そして／または
（ｂ）エピトープを含む、配列番号１の少なくとも１００個の連続するアミノ酸のフラグメントを含む、
アミノ酸配列を含むポリペプチドであり、
前記ｓｐｒ０５６５抗原が、
（ａ）配列番号３と９０％以上の同一性を有し、そして／または
（ｂ）エピトープを含む、配列番号３の少なくとも１００個の連続するアミノ酸のフラグメントを含む、
アミノ酸配列を含むポリペプチドである、
請求項３に記載の免疫原性組成物。
【請求項５】
（ａ）Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＲｒｇＡおよび／またはＲｒｇＢ線毛抗原；および／または
（ｂ）Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  Ｐｍｐ抗原；および／または
（ｃ）肺炎球菌莢膜サッカリドとキャリアタンパク質との１つまたは複数のコンジュゲート
の１または複数をさらに含み、（ｉ）前記莢膜サッカリドが、以下の肺炎球菌血清型：１、３、４、５、６Ｂ、７Ｆ、９Ｖ、１４、１８Ｃ、１９Ｆ、および２３Ｆの１つまたは複数に由来し、（ｉｉ）前記キャリアタンパク質が、細菌の毒素またはトキソイドであるか、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ由来のタンパク質Ｄである、請求項３または４に記載の免疫原性組成物。
【請求項６】
（ａ）肺炎球菌莢膜サッカリドとキャリアタンパク質との１つまたは複数のコンジュゲート；
（ｂ）ジフテリアトキソイド；破傷風トキソイド；Ｂ型肝炎ウイルス表面抗原；不活化ポリオウイルス抗原；１つまたは複数の無細胞百日咳抗原；Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ  Ｂ型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＣ群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＹ群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＷ１３５群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲートからなる群から選択される１つまたは複数の抗原；または
（ｃ）温度保護剤
を含む、請求項１または２に記載の免疫原性組成物。
【請求項７】
式：
ＮＨ２−Ａ−｛−Ｘ−Ｌ−｝ｎ−Ｂ−ＣＯＯＨ
（式中、
Ｘは、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；（５）ＲｒｇＡ抗原；および（６）ＲｒｇＢ抗原からなる群より選択される、肺炎球菌抗原のアミノ酸配列であり、
Ｌは任意選択的なリンカーアミノ酸配列であり、
Ａは任意選択的なＮ末端アミノ酸配列であり、
Ｂは任意選択的なＣ末端アミノ酸配列であり、
ｎは２以上の整数であり、Ｘの少なくとも１つはｓｐｒ００９６であり、Ｘの少なくとも１つはｓｐｒ２０２１である）のポリペプチド。
【請求項８】
式ＮＨ２−Ａ−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−Ｌ２−Ｂ−ＣＯＯＨを有する、請求項７に記載のポリペプチドであって、
（ａ）Ｘ１はｓｐｒ００９６肺炎球菌抗原のアミノ酸配列であり、Ｘ２はｓｐｒ２０２１肺炎球菌抗原のアミノ酸配列であるか、または
（ｂ）Ｘ１はｓｐｒ２０２１肺炎球菌抗原のアミノ酸配列であり、Ｘ２はｓｐｒ００９６肺炎球菌抗原のアミノ酸配列であり、
Ｌは任意選択的なリンカーアミノ酸配列であり、
Ａは任意選択的なＮ末端アミノ酸配列であり、
Ｂは任意選択的なＣ末端アミノ酸配列である、ポリペプチド。
【請求項９】
少なくとも１つのＬ配列が、Ｇｌｙｘ（式中、ｘ＝２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）を含む、請求項７または８に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
配列番号１９４および２０５からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項７または８に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
配列番号１９４および２０５からなる群より選択されるアミノ酸配列に９０%以上の配列同一性を有し、免疫原性である、ポリペプチド。
【請求項１２】
請求項７〜１１のいずれか１項に記載のポリペプチドを含む免疫原性組成物。
【請求項１３】
請求項７〜１１のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする核酸。
【請求項１４】
ｓｐｒ２０２１およびｓｐｒ００９６ポリペプチドがノックアウトされた肺炎球菌であって、任意選択的に、以下：
（１）ｓｐｒ００５７；（２）ｓｐｒ０２８６；（３）ｓｐｒ０５６５；（４）ｓｐｒ１０９８；（５）ｓｐｒ１３４５；（６）ｓｐｒ１４１６；（７）ｓｐｒ１４１８；（８）ｓｐｒ０８６７；（９）ｓｐｒ１４３１；（１０）ｓｐｒ１７３９；（１１）ｓｐｒ１４３３；および／または（１２）ｓｐｒ１７０７
の１つまたは複数がノックアウトされている肺炎球菌。
【請求項１５】
哺乳動物において免疫応答を惹起するため、好ましくは肺炎球菌感染から防御するための、請求項１〜６または１２のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来の抗原および免疫化におけるその使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
肺炎球菌としても知られるＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、グラム陽性球菌である。これは、成人および５歳を超える小児における急性細菌性髄膜炎の最も一般的な原因である。
【０００３】
現在の肺炎球菌ワクチンは莢膜サッカリドに基づく。唯一の小児用ワクチンはＰＲＥＶＮＡＲ（商標）であり、これは、７種の異なる血清型由来の複合サッカリドの混合物である。２３種の異なる血清型由来の複合サッカリドの混合物に基づく成人用ワクチンも利用可能である。これらのワクチンは共に製造が困難であるが、全部で９０種を超える肺炎球菌血清型が存在する。したがって、肺炎球菌ワクチンで用いるさらに改良された抗原を同定する必要がある。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
参考文献１および２と同様に、有効なＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅワクチンにはいくつかの抗原性成分が必要であり得ると本発明者らは考えるので、本発明者らは免疫化で用いる肺炎球菌ポリペプチドの種々の組み合わせを同定した。本発明者らは、単抗原として有用であり得るいくつかの肺炎球菌ポリペプチドも同定した。これらのポリペプチドを、任意選択的に、肺炎球菌サッカリドまたは他の肺炎球菌ポリペプチドと組み合わせて使用することができる。抗原を肺炎球菌ワクチン中で使用することができるが、複数の病原体に対する免疫化のためのワクチン中の成分として使用することもできる。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ０８６７抗原；（９）ｓｐｒ１４３１抗原；（１０）ｓｐｒ１７３９抗原；（１１）ｓｐｒ１０９８抗原；（１２）ｓｐｒ０２８６抗原；（１３）ｓｐｒ１４３３抗原；および／または（１４）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される２つ以上の抗原を含む、免疫原性組成物。
（項目２）
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；および４）ｓｐｒ２０２１抗原からなる群から選択される２つ、３つ、または４つの抗原を含み、
前記ｓｐｒ００５７抗原が、（ａ）配列番号１と８０％以上の同一性を有し、そして／または（ｂ）エピトープを含む、配列番号１の少なくとも１０個の連続するアミノ酸のフラグメントを含む、アミノ酸配列を含むポリペプチドであり、
前記ｓｐｒ００９６抗原が、（ａ）配列番号１２と８０％以上の同一性を有し、そして／または（ｂ）エピトープを含む、配列番号１２の少なくとも１０個の連続するアミノ酸のフラグメントを含む、アミノ酸配列を含むポリペプチドであり、
前記ｓｐｒ０５６５抗原が、（ａ）配列番号３と８０％以上の同一性を有し、そして／または（ｂ）エピトープを含む、配列番号３の少なくとも１０個の連続するアミノ酸のフラグメントを含む、アミノ酸配列を含むポリペプチドであり、
前記ｓｐｒ２０２１抗原が、（ａ）配列番号１１と８０％以上の同一性を有し、そして／または（ｂ）エピトープを含む、配列番号１１の少なくとも１０個の連続するアミノ酸のフラグメントを含む、アミノ酸配列を含むポリペプチドである、免疫原性組成物。
（項目３）
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＲｒｇＡおよび／またはＲｒｇＢ線毛抗原をさらに含む、項目２に記載の組成物。
（項目４）
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  Ｐｍｐ抗原をさらに含む、項目２または３に記載の組成物。
（項目５）
肺炎球菌莢膜サッカリドとキャリアタンパク質との１つまたは複数のコンジュゲートをさらに含み、（ｉ）前記莢膜サッカリドが、以下の肺炎球菌血清型：１、３、４、５、６Ｂ、７Ｆ、９Ｖ、１４、１８Ｃ、１９Ｆ、および２３Ｆの１つまたは複数に由来し、（ｉｉ）前記キャリアタンパク質が、細菌の毒素またはトキソイドであるか、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ由来のタンパク質Ｄである、項目２または３または４に記載の組成物。
（項目６）
（ａ）（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ０８６７抗原；（９）ｓｐｒ１４３１抗原；（１０）ｓｐｒ１７３９抗原；（１１）ｓｐｒ１０９８抗原；（１２）ｓｐｒ０２８６抗原；（１３）ｓｐｒ１４３３抗原；および／または（１４）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される１つまたは複数の抗原と、（ｂ）肺炎球菌莢膜サッカリドとキャリアタンパク質との１つまたは複数のコンジュゲートとの組み合わせを含む免疫原性組成物。
（項目７）
（ａ）（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ０８６７抗原；（９）ｓｐｒ１４３１抗原；（１０）ｓｐｒ１７３９抗原；（１１）ｓｐｒ１０９８抗原；（１２）ｓｐｒ０２８６抗原；（１３）ｓｐｒ１４３３抗原；および／または（１４）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される１つまたは複数の抗原と、（ｂ）ジフテリアトキソイド；破傷風トキソイド；Ｂ型肝炎ウイルス表面抗原；不活化ポリオウイルス抗原；１つまたは複数の無細胞百日咳抗原；Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ  Ｂ型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＣ群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＹ群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＷ１３５群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；およびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲートからなる群から選択される１つまたは複数の抗原との組み合わせを含む免疫原性組成物。
（項目８）
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ０５６５抗原；（３）ｓｐｒ０２８６抗原；（４）ｓｐｒ１０９８抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；および／または（７）ｓｐｒ１４１８抗原からなる群から選択される２つ以上の抗原を含む、免疫原性組成物。
（項目９）
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせが、（１）ｓｐｒ２０２１抗原；（２）ｓｐｒ１４３１抗原；（３）ｓｐｒ１７３９抗原；および／または（４）ｓｐｒ０８６７抗原からなる群から選択される２つ以上の抗原を含む、免疫原性組成物。
（項目１０）
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ０５６５抗原；（３）ｓｐｒ２０２１抗原；（４）ｓｐｒ１０９８抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ０８６７抗原；（９）ｓｐｒ１４３１抗原；（１０）ｓｐｒ１７３９抗原；および／または（１１）ｓｐｒ０２８６抗原からなる群から選択される２つ以上の抗原を含む、免疫原性組成物。
（項目１１）
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせが、（１）ｓｐｒ００９６抗原；（２）ｓｐｒ１４３３抗原；および／または（３）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される２つ以上の抗原を含む、免疫原性組成物。
（項目１２）
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ１０９８抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ０２８６抗原；（９）ｓｐｒ１４３３抗原；および／または（１０）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される２つ以上の抗原を含む、免疫原性組成物。
（項目１３）
Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせが、（１）ｓｐｒ２０２１抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ１７３９抗原；（４）ｓｐｒ０８６７抗原；（５）ｓｐｒ１４３１抗原；（６）ｓｐｒ１４３３抗原；および／または（７）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される２つ以上の抗原を含む、免疫原性組成物。
（項目１４）
（ａ）（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ０８６７抗原；（９）ｓｐｒ１４３１抗原；（１０）ｓｐｒ１７３９抗原；（１１）ｓｐｒ１０９８抗原；（１２）ｓｐｒ０２８６抗原；（１３）ｓｐｒ１４３３抗原；および／または（１４）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される１つまたは複数の抗原と、（ｂ）温度保護剤との組み合わせを含む、免疫原性組成物。
（項目１５）
２つ以上の異なる肺炎球菌エキソグリコシダーゼを含む免疫原性組成物。
（項目１６）
少なくとも１つの肺炎球菌エキソグリコシダーゼおよび少なくとも１つの肺炎球菌ペプチドグリカンヒドロラーゼを含む免疫原性組成物。
（項目１７）
２つ以上の異なる肺炎球菌ペプチドグリカンヒドロラーゼを含む免疫原性組成物。
（項目１８）
項目１９〜２５のいずれか１項に記載のポリペプチドを含む免疫原性組成物。
（項目１９）
式：
ＮＨ２−Ａ−｛−Ｘ−Ｌ−｝ｎ−Ｂ−ＣＯＯＨ
（式中、
Ｘは、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；（５）ＲｒｇＡ抗原；および（６）ＲｒｇＢ抗原からなる群から選択される肺炎球菌抗原のアミノ酸配列であり、
Ｌは任意選択的なリンカーアミノ酸配列であり、
Ａは任意選択的なＮ末端アミノ酸配列であり、
Ｂは任意選択的なＣ末端アミノ酸配列であり、
ｎは２以上の整数である）のポリペプチド。
（項目２０）
Ｘが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；および（５）ＲｒｇＡ抗原からなる群から選択される肺炎球菌抗原のアミノ酸配列である、項目１８に記載のポリペプチド。
（項目２１）
Ｘが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；および（４）ｓｐｒ２０２１抗原からなる群から選択される肺炎球菌抗原のアミノ酸配列である、項目１８に記載のポリペプチド。
（項目２２）
ｎが２である、項目１８〜２０のいずれか１項に記載のポリペプチド。
（項目２３）
少なくとも１つのＬ配列が、Ｇｌｙｘ（式中、ｘ＝２、３、４、５、６、７、８、９、または１０）を含む、項目１８〜２１のいずれか１項に記載のポリペプチド。
（項目２４）
配列番号１９３〜２２８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、項目１８〜２２のいずれか１項に記載のポリペプチド。
（項目２５）
配列番号１９３〜２２８からなる群から選択されるアミノ酸配列と７５％以上の配列同一性を有するポリペプチド。
（項目２６）
項目１８〜２４のいずれか１項に記載のポリペプチドをコードする核酸。
（項目２７）
以下のポリペプチド：（１）ｓｐｒ００５７；（２）ｓｐｒ０２８６；（３）ｓｐｒ０５６５；（４）ｓｐｒ１０９８；（５）ｓｐｒ１３４５；（６）ｓｐｒ１４１６；（７）ｓｐｒ１４１８；（８）ｓｐｒ０８６７；（９）ｓｐｒ１４３１；（１０）ｓｐｒ１７３９；（１１）ｓｐｒ２０２１；（１２）ｓｐｒ００９６；（１３）ｓｐｒ１４３３；および／または（１４）ｓｐｒ１７０７の１つまたは複数がノックアウトされている肺炎球菌。
（項目２８）
有効量の項目１〜１８のいずれか１項に記載の組成物を哺乳動物に投与する工程を含む、哺乳動物において免疫応答を惹起する方法。
（項目２９）
哺乳動物における免疫応答の惹起において組み合わせて使用するための、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ０８６７抗原；（９）ｓｐｒ１４３１抗原；（１０）ｓｐｒ１７３９抗原；（１１）ｓｐｒ１０９８抗原；（１２）ｓｐｒ０２８６抗原；（１３）ｓｐｒ１４３３抗原；および（１４）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される少なくとも２つの抗原。
（項目３０）
哺乳動物における免疫応答の惹起のための薬物の製造における、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ０８６７抗原；（９）ｓｐｒ１４３１抗原；（１０）ｓｐｒ１７３９抗原；（１１）ｓｐｒ１０９８抗原；（１２）ｓｐｒ０２８６抗原；（１３）ｓｐｒ１４３３抗原；および（１４）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される少なくとも２つの抗原の使用。
（項目３１）
肺炎球菌感染から防御するために哺乳動物における免疫応答の惹起において使用するための、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ０８６７抗原；（９）ｓｐｒ１４３１抗原；（１０）ｓｐｒ１７３９抗原；（１１）ｓｐｒ１０９８抗原；（１２）ｓｐｒ２８６抗原；（１３）ｓｐｒ１４３３抗原；および（１４）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される抗原。
【０００５】
本発明者らは、以下の７種の肺炎球菌ポリペプチドを同定した：ｓｐｒ００５７；ｓｐｒ０２８６；ｓｐｒ０５６５；ｓｐｒ１０９８；ｓｐｒ１３４５；ｓｐｒ１４１６；ｓｐｒ１４１８。この一連の抗原を、本明細書中で「第１の抗原群」という。したがって、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ０２８６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ１０９８抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；および／または（７）ｓｐｒ１４１８抗原からなる群から選択される２種以上（すなわち、２、３、４、５、６、または７種全て）の抗原を含む、免疫原性組成物を提供する。
【０００６】
本発明者らは、以下の４種の肺炎球菌ポリペプチドを同定した：ｓｐｒ０８６７；ｓｐｒ１４３１；ｓｐｒ１７３９；ｓｐｒ２０２１。この一連の抗原を、本明細書中で「第２の抗原群」という。したがって、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、（１）ｓｐｒ０８６７抗原；（２）ｓｐｒ１４３１抗原；（３）ｓｐｒ１７３９抗原；および／または（４）ｓｐｒ２０２１抗原からなる群から選択される２種以上（すなわち、２、３、または４種全て）の抗原を含む、免疫原性組成物を提供する。
【０００７】
本発明者らは、以下の３種の肺炎球菌ポリペプチドを同定した：ｓｐｒ００９６；ｓｐｒ１４３３；ｓｐｒ１７０７。この一連の抗原を、本明細書中で「第３の抗原群」という。したがって、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、（１）ｓｐｒ００９６抗原；（２）ｓｐｒ１４３３抗原；および／または（３）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される２種または３種の抗原を含む、免疫原性組成物を提供する。
【０００８】
第１および第２の抗原群中の１１種の肺炎球菌ポリペプチドの組み合わせを、本明細書中で「第４の抗原群」という。したがって、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ０２８６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ１０９８抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ０８６７抗原；（９）ｓｐｒ１４３１抗原；（１０）ｓｐｒ１７３９抗原；および／または（１１）ｓｐｒ２０２１抗原からなる群から選択される２種以上（すなわち、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１種全て）の抗原を含む、免疫原性組成物を提供する。
【０００９】
第１および第３の抗原群中の１０種の肺炎球菌ポリペプチドの組み合わせを、本明細書中で「第５の抗原群」という。したがって、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ０２８６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ１０９８抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ００９６抗原；（９）ｓｐｒ１４３３抗原；および／または（１０）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される２種以上（すなわち、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種全て）の抗原を含む、免疫原性組成物を提供する。
【００１０】
第２および第３の抗原群中の７種の肺炎球菌ポリペプチドの組み合わせを、本明細書中で「第６の抗原群」という。したがって、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、（１）ｓｐｒ０８６７抗原；（２）ｓｐｒ１４３１抗原；（３）ｓｐｒ１７３９抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；（５）ｓｐｒ００９６抗原；（６）ｓｐｒ１４３３抗原；および／または（７）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される２種以上（すなわち、２、３、４、５、６、または７種全て）の抗原を含む、免疫原性組成物を提供する。
【００１１】
第１、第２、および第３の抗原群中の１４種の肺炎球菌ポリペプチドの組み合わせを、本明細書中で「第７の抗原群」という。したがって、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ０２８６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ１０９８抗原；（５）ｓｐｒ１３４５抗原；（６）ｓｐｒ１４１６抗原；（７）ｓｐｒ１４１８抗原；（８）ｓｐｒ０８６７抗原；（９）ｓｐｒ１４３１抗原；（１０）ｓｐｒ１７３９抗原；（１１）ｓｐｒ２０２１抗原；（１２）ｓｐｒ００９６抗原；（１３）ｓｐｒ１４３３抗原；および／または（１４）ｓｐｒ１７０７抗原からなる群から選択される２種以上（すなわち、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４種全て）の抗原を含む、免疫原性組成物を提供する。
【００１２】
第７の抗原群内で、好ましい４抗原のサブセットは、「第８の抗原群」である。この群は、第１、第２、および第３の各群由来の抗原（すなわち、ｓｐｒ００５７、ｓｐｒ００９６、ｓｐｒ０５６５、およびｓｐｒ２０２１）を含む。したがって、本発明は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；および／または（４）ｓｐｒ２０２１抗原からなる群から選択される２種以上（すなわち、２、３、または４種全て）の抗原を含む、免疫原性組成物を提供する。この第８の群内で、組成物は、（１）、（２）、および（３）；（１）、（２）、および（４）；（１）、（３）、および（４）；（２）、（３）、および（４）；または（１）、（２）、（３）、および（４）を含むことができる。これら４抗原の発現を、種々の血清型を有する３２種の肺炎球菌株のパネルにわたって免疫学的に確認した。
【００１３】
「第９の抗原群」は、第８の抗原群＋ＲｒｇＢ線毛抗原である。したがって、本発明はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、１つまたは複数のＲｒｇＢ線毛抗原および（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；および／または（４）ｓｐｒ２０２１抗原からなる群から選択される２種以上（すなわち、２、３、または４種全て）の抗原を含む、免疫原性組成物を提供する。
【００１４】
「第１０の抗原群」は、第８の抗原群＋Ｐｍｐポリペプチドである。したがって、本発明はまた、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせが、（１）ｓｐｒ００５７抗原；（２）ｓｐｒ００９６抗原；（３）ｓｐｒ０５６５抗原；（４）ｓｐｒ２０２１抗原；および／または（５）Ｐｍｐポリペプチドからなる群から選択される２種以上（すなわち、２、３、４、または５種全て）の抗原を含む、免疫原性組成物を提供する。
【００１５】
目的の特定の組み合わせは、（ｉ）ｓｐｒ００５７抗原およびｓｐｒ００９６抗原；（ｉｉ）ｓｐｒ００５７抗原およびｓｐｒ２０２１抗原；（ｉｉｉ）ｓｐｒ００５７抗原、ｓｐｒ００９６抗原、およびｓｐｒ２０２１抗原；（ｉｖ）ｓｐｒ００５７抗原およびｓｐｒ０５６５抗原；（ｖ）ｓｐｒ０５６５抗原およびｓｐｒ２０２１抗原；（ｖｉ）ｓｐｒ００５７抗原、ｓｐｒ０５６５抗原、およびｓｐｒ２０２１抗原；（ｖｉｉ）ｓｐｒ０５６５抗原、ｓｐｒ２０２１抗原、およびｓｐｒ１７３９抗原（例えば、解毒）；ならびに（ｖｉｉｉ）ｓｐｒ０５６５抗原、ｓｐｒ２０２１抗原、およびＰｍｐポリペプチドを含む。
【００１６】
本発明はまた、２つ以上の異なる肺炎球菌エキソグリコシダーゼを含む免疫原性組成物を提供する。
【００１７】
本発明はまた、少なくとも１つの肺炎球菌エキソグリコシダーゼおよび少なくとも１つの肺炎球菌ペプチドグリカンヒドロラーゼを含む免疫原性組成物を提供する。
【００１８】
本発明はまた、２つ以上の異なるペプチドグリカンヒドロラーゼを含む免疫原性組成物を提供する。
【００１９】
本発明の有利な組み合わせは、２種以上の抗原が相乗的に作用する組み合わせである。したがって、その組合わせ投与によって達成される肺炎球菌疾患からの防御は、その各防御効果の単なる和によって予想される防御を超える。
【００２０】
さらなるポリペプチド抗原
本発明の種々の抗原群由来の抗原に加えて、免疫原性組成物は、組成物によって誘発される抗肺炎球菌免疫応答を増強するための以下のポリペプチドの１つまたは複数を含むことができる。
・肺炎球菌線毛（ＲｒｇＡ、ＲｒｇＢ、および／またはＲｒｇＣなど）の１つまたは複数のサブユニット。
・ＣｌｐＰポリペプチド。
・ＬｙｔＡポリペプチド。
・ＣＰＬ１ポリペプチド。
・ＰｈｔＡポリペプチド。
・ＰｈｔＢポリペプチド。
・ＰｈｔＤポリペプチド。
・ＰｈｔＥポリペプチド。
・ＣｂｐＤポリペプチド
・ＣｂｐＧポリペプチド
・ＰｖａＡポリペプチド。
・Ｈｉｃポリペプチド。
・Ｐｍｐポリペプチド。
・ＺｍｐＢポリペプチド。
・ＰｓｐＡポリペプチド
・ＰｓａＡポリペプチド
・ＰｓｐＣポリペプチド。
・ＰｒｔＡポリペプチド。
・Ｓｐ９１ポリペプチド。
・Ｓｐ１３３ポリペプチド。
・ＰｉｕＡポリペプチドおよび／またはＰｉａＡポリペプチド。
・ｓｐｒ０２２２ポリペプチド。
・ＩＣ１；ＩＣ２；ＩＣ３；ＩＣ４；ＩＣ５；ＩＣ６；ＩＣ７；ＩＣ８；ＩＣ９；ＩＣ１０；ＩＣ１１；ＩＣ１２；ＩＣ１３；ＩＣ１４；ＩＣ１５；ＩＣ１６；ＩＣ１７；ＩＣ１８；ＩＣ１９；ＩＣ２０；ＩＣ２１；ＩＣ２２；ＩＣ２３；ＩＣ２４；ＩＣ２５；ＩＣ２６；ＩＣ２７；ＩＣ２８；ＩＣ２９；ＩＣ３０；ＩＣ３１；ＩＣ３２；ＩＣ３３；ＩＣ３４；ＩＣ３５；ＩＣ３６；ＩＣ３７；ＩＣ３８；ＩＣ３９；ＩＣ４０；ＩＣ４１；ＩＣ４２；ＩＣ４３；ＩＣ４４；ＩＣ４５；ＩＣ４６；ＩＣ４７；ＩＣ４８；ＩＣ４９；ＩＣ５０；ＩＣ５１；ＩＣ５２；ＩＣ５３；ＩＣ５４；ＩＣ５５；ＩＣ５６；ＩＣ５７；ＩＣ５８；ＩＣ５９；ＩＣ６０；ＩＣ６１；ＩＣ６２；ＩＣ６３；ＩＣ６４；ＩＣ６５；ＩＣ６６；ＩＣ６７；ＩＣ６８；ＩＣ６９；ＩＣ７０；ＩＣ７１；ＩＣ７２；ＩＣ７３；ＩＣ７４；ＩＣ７５；ＩＣ７６；ＩＣ７７；ＩＣ７８；ＩＣ７９；ＩＣ８０；ＩＣ８１；ＩＣ８２；ＩＣ８３；ＩＣ８４；ＩＣ８５；ＩＣ８６；ＩＣ８８；ＩＣ８９；ＩＣ９０；ＩＣ９１；ＩＣ９２；ＩＣ９３；ＩＣ９４；ＩＣ９５；ＩＣ９６；ＩＣ９７；ＩＣ９８；ＩＣ９９；ＩＣ１００；ＩＣ１０１；ＩＣ１０２；ＩＣ１０３；ＩＣ１０４；ＩＣ１０５；ＩＣ１０６；ＩＣ１０７；ＩＣ１０８；ＩＣ１０９；ＩＣ１１０；ＩＣ１１１；ＩＣ１１２；ＩＣ１１３；ＩＣ１１４；ＩＣ１１５；ＩＣ１１６；ＩＣ１１７；ＩＣ１１８；ＩＣ１１９；ＩＣ１２０；ＩＣ１２１；ＩＣ１２２；ＩＣ１２３；ＩＣ１２４；ＩＣ１２５；ＩＣ１２６；ＩＣ１２７；ＩＣ１２８；ＩＣ１２９；ＩＣ１３０；およびＩＣ１３１からなる群から選択される抗原。
・参考文献３に開示のＩＤ−２０４、ＩＤ−２１２、ＩＤ−２１３、ＩＤ−２１４、ＩＤ−２１５、ＩＤ−２１６、ＩＤ−２１７、ＩＤ−２１９、ＩＤ−２２０、ＩＤ−２２５、ＩＤ−３０１、ＩＤ−３０２、ＩＤ−３０３、ＩＤ−３０４、ＩＤ−３０５、ＩＤ−３０６からなる群から選択される抗原。
・参考文献４に開示のＳｉｔ１Ａ、Ｓｉｔ１Ｂ、Ｓｉｔ１Ｃ、Ｓｉｔ２Ｂ、Ｓｉｔ２Ｃ、Ｓｉｔ２Ｄ、Ｓｉｔ３Ａ、Ｓｉｔ３Ｂ、Ｓｉｔ３Ｃ、Ｓｉｔ３Ｄ、ＯＲＦ１、ＯＲＦ２、ＯＲＦ３、ＯＲＦ４、ＯＲＦ５、ＯＲＦ６、ＯＲＦ６、ＯＲＦ７、ＯＲＦ８、ＯＲＦ９、ＯＲＦ１０、ＯＲＦ１１、ＯＲＦ１２、ＯＲＦ１３、ＯＲＦ１４、ＭＳ１、ＭＳ２、ＭＳ３、ＭＳ４、ＭＳ５、ＭＳ６、ＭＳ７、ＭＳ８、ＭＳ９、ＭＳ１０、またはＭＳ１１からなる群から選択される抗原。
・参考文献５に開示の抗原。
・参考文献６の表１〜３に開示の抗原（ＣｂｉＯなど）。
・参考文献７に開示の抗原（３０Ｓリボゾームタンパク質Ｓ８など）。
・以下からなる群から選択される抗原：ホスホエノールピリビン酸タンパク質であるホスホトランスフェラーゼ；ホスモマンノムターゼ；トリガー因子；伸長因子Ｇ；テトラサイクリン耐性タンパク質（ｔｅｔＯ）；ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼα鎖；ＮＡＤＨオキシダーゼ；グルタミル−ｔＲＮＡアミドトランスフェラーゼサブユニットＡ；Ｎ利用物質タンパク質Ａホモログ；Ｘａａ−Ｈｉｓジペプチダーゼ；細胞分裂タンパク質ｆｔｓｚ；亜鉛メタロプロテイナーゼ；Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼ；グリセルアルデヒド３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）；フルクトース−二リン酸アルドラーゼ；ＵＤＰ−グルコース４−エピメラーゼ；ＧＴＰ結合タンパク質ｔｙｐＡ／ＢｉｐＡ；ＧＭＰシンターゼ；グルタミル−ｔＲＮＡシンテターゼ；ＮＡＤＰ特異性グルタミン酸デヒドロゲナーゼ；伸長因子ＴＳ；ホスホグリセリン酸キナーゼ；ピリジンヌクレオチド−ジスルフィドオキシド−レダクターゼ；４０Ｓリボゾームタンパク質Ｓ１；６−ホスホグルコン酸デヒドロゲナーゼ；アミノペプチダーゼＣ；カルボミル−リン酸シンターゼ（大サブユニット）；ＰＴＳ系マンノース特異性ＩＩＡＢ成分；リボゾームタンパク質Ｓ２；ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ；アスパラギン酸カルバモイルトランスフェラーゼ；伸長因子Ｔｕ；肺炎球菌表面免疫原性タンパク質Ａ（ＰｓｉｐＡ）；ホスホグリセリン酸キナーゼ；ＡＢＣトランスポーター基質結合タンパク質エンドペプチダーゼＯ；肺炎球菌表面免疫原性タンパク質Ｂ（ＰｓｉｐＢ）；または肺炎球菌表面免疫原性タンパク質Ｃ（ＰｓｉｐＣ）（８）。
【００２１】
線毛
多数のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株は、病原性アイレット（ｒｌｒＡ）内でコードされる線毛を有する。アイレットは３つの表面タンパク質（ＲｒｇＡ、ＲｒｇＢ、およびＲｒｇＣ）および３つのソルターゼ酵素をコードする。本発明のいくつかの実施形態では、組成物は、本発明の１つの群由来の抗原に加えて、１つまたは複数のＲｒｇＡ；ＲｒｇＢ；ＲｒｇＣ；ＳｒｔＢ；ＳｒｔＣ；および／またはＳｒｔＤを含むであろう。これら６つのタンパク質のうち、１つまたは複数のＲｒｇＡ、ＲｒｇＢ、および／またはＲｒｇＣを含むことが好ましい。ＲｒｇＢは、含めるのに最も好ましい線毛タンパク質である。
【００２２】
いくつかの株は異なる線毛型「ＰＩ−２」を有する（９）。ＰＩ−２オペロンは、ＰｉｔＡ、ＳｉｐＡ、ＰｉｔＢ、ＳｒｔＧ１、およびＳｒｔＧ２をコードする。本発明のいくつかの実施形態では、組成物は、本発明の１つの群由来の抗原に加えて、１つまたは複数のＰｉｔＡ、ＳｉｐＡ、ＰｉｔＢ、ＳｒｔＧ１、および／またはＳｒｔＧ２を含むであろう。
【００２３】
ＩＣ１〜ＩＣ１３１
上記のように、本発明のいくつかの実施形態では、組成物は、本発明の１つの群由来の抗原に加えて、ＩＣ１〜ＩＣ１３１からなる群から選択される１つまたは複数の抗原を含むであろう。これらの１３１種のポリペプチドは参考文献１０に開示されており、ＳＰ０１１７、ＳＰ０６４１、ＳＰ０６６４、ＳＰ１００３、ＳＰ１００４、ＳＰ１１７４、ＳＰ１１７５、ＳＰ１５７３、ＳＰ１６８７、ＳＰ１６９３、ＳＰ１９３７、およびＳＰ２１９０として列挙されたポリペプチドを除き、参考文献１０中の表３の１４４のポリペプチドである。１３２のポリペプチドＩＣ１〜ＩＣ１３１のうち、１つまたは複数のポリペプチドを選択することができる好ましいサブセットは、以下である：ＩＣ１；ＩＣ８；ＩＣ１６；ＩＣ２３；ＩＣ３１；ＩＣ３４；ＩＣ４０；ＩＣ４５；ＩＣ４７；ＩＣ５７；ＩＣ５８；ＩＣ６０；およびＩＣ６９。
【００２４】
肺炎球菌コンジュゲートとの組み合わせ
本発明の抗原群で同定された各抗原を、肺炎球菌コンジュゲートと組み合わせて使用することができる。したがって、本発明は、
（１）第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７、第８、第９、および第１０の抗原群（上記定義）から選択される１つまたは複数の抗原と、
（２）肺炎球菌莢膜サッカリドとキャリアタンパク質との１つまたは複数のコンジュゲートの組み合わせを含む免疫原性組成物を提供する。
【００２５】
この組み合わせ中の成分（２）で使用されるコンジュゲートは、サッカリド部分およびキャリア部分を含む。サッカリド部分は、肺炎球菌の莢膜サッカリドに由来する。サッカリドは、細菌からのサッカリドの精製時に生じるサイズを有するポリサッカリドであり得るか、かかるサッカリドの断片化によって得られるオリゴサッカリドであり得る。７価のＰＲＥＶＮＡＲ（商標）製剤では、例えば、６種のサッカリドがインタクトなポリサッカリドとして存在する一方で、１種（血清型１８Ｃ）がオリゴサッカリドとして存在する。
【００２６】
組成物は、１つまたは複数の以下の肺炎球菌血清型由来の莢膜サッカリドを含むことができる：１、２、３、４、５、６Ａ、６Ｂ、７Ｆ、８、９Ｎ、９Ｖ、１０Ａ、１１Ａ、１２Ｆ、１４、１５Ｂ、１７Ｆ、１８Ｃ、１９Ａ、１９Ｆ、２０、２２Ｆ、２３Ｆ、および／または３３Ｆ。組成物は、複数の血清型（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、またはそれを超える血清型）を含むことができる。７価、９価、１０価、１１価、および１３価のコンジュゲートの組み合わせが当該分野で既に公知であり、２３価のコンジュゲートされていない組み合わせも同様である。
【００２７】
例えば、１０価の組み合わせは、血清型１、４、５、６Ｂ、７Ｆ、９Ｖ、１４、１８Ｃ、１９Ｆ、および２３Ｆ由来のサッカリドを含むことができる。１１価の組み合わせは、血清型３由来のサッカリドをさらに含むことができる。１２価の組み合わせは、１０価の混合物に血清型６Ａおよび１９Ａ；６Ａおよび２２Ｆ；１９Ａおよび２２Ｆ；６Ａおよび１５Ｂ；１９Ａおよび１５Ｂ；ｒ  ２２Ｆおよび１５Ｂを添加することができる。１３価の組み合わせは、１１価の混合物に血清型１９Ａおよび２２Ｆ；８および１２Ｆ；８および１５Ｂ；８および１９Ａ；８および２２Ｆ；１２Ｆおよび１５Ｂ；１２Ｆおよび１９Ａ；１２Ｆおよび２２Ｆ；１５Ｂおよび１９Ａ；１５Ｂおよび２２Ｆなどを添加することができる。
【００２８】
キャリア部分は通常はタンパク質であるが、好ましくは（１）の抗原の１つではない。典型的なキャリアタンパク質は、細菌毒素（ジフテリア毒素または破傷風毒素など）またはそのトキソイドまたは変異体である。ＣＲＭ１９７ジフテリア毒素変異体（１１）が有用であり、これはＰＲＥＶＮＡＲ（商標）製剤中のキャリアである。他の適切なキャリアタンパク質には、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜タンパク質複合体（１２）、合成ペプチド（１３、１４）、熱ショックタンパク質（１５、１６）、百日咳タンパク質（１７、１８）、サイトカイン（１９）、リンホカイン（１９）、ホルモン（１９）、成長因子（１９）、種々の病原体由来抗原（２０）（Ｎ１９など）由来の複数のヒトＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープを含む人工タンパク質（２１）、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ由来のタンパク質Ｄ（２２〜２４）、ニューモリシン（２５）またはその非毒性誘導体（２６）、肺炎球菌表面タンパク質ＰｓｐＡ（２７）、鉄取り込みタンパク質（２８）、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ由来の毒素ＡまたはＢ（２９）、組換えＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａエキソプロテインＡ（ｒＥＰＡ）（３０）などが含まれる。
【００２９】
組成物が１つを超えるコンジュゲートを含む場合、各コンジュゲートは、同一のキャリアタンパク質または異なるキャリアタンパク質を使用することができる。参考文献３１は、多価肺炎球菌コンジュゲートワクチンにおいて異なるキャリアタンパク質を使用した場合の潜在的利点を記載している。
【００３０】
いくつかの実施形態では、単一のコンジュゲートは、複数の血清型由来のサッカリドを保有することができる（３２）。しかし、通常、各コンジュゲートは単一の血清型由来のサッカリドを含むであろう。
【００３１】
コンジュゲートは、過剰なキャリア（ｗ／ｗ）または過剰なサッカリド（ｗ／ｗ）を有することができる。いくつかの実施形態では、コンジュゲートはそれぞれを同一の重量で含むことができる。
【００３２】
キャリア分子を、キャリアに共有結合的に直接またはリンカーを介してコンジュゲートすることができる。タンパク質への直接結合を、例えば、参考文献３３および３４に記載のように、例えば、サッカリドとキャリアとの間の還元的アミノ化によって行うことができる。サッカリドは、最初に、例えば酸化によって活性化される必要があり得る。リンカー基を介した結合を、任意の公知の手順（例えば、参考文献３５および３６に記載の手順）を使用して行うことができる。好ましい結合型はアジピン酸リンカーであり、これを、遊離−ＮＨ２基（例えば、アミノ化によってグルカンに導入した）のアジピン酸とのカップリング（例えば、ジイミド活性化を使用）およびその後の得られたサッカリド−アジピン酸中間体へのタンパク質のカップリングによって形成することができる（３７、３８）。別の好ましい結合型はカルボニルリンカーであり、これを、サッカリドＣＤＩ（３９、４０）の遊離ヒドロキシル基の反応およびその後のカルバメート結合を形成するためのタンパク質との反応によって形成することができる。他のリンカーには、β−プロピオンアミド（４１）、ニトロフェニル−エチルアミン（４２）、ハロアシルハライド（４３）、グリコシド結合（４４）、６−アミノカプロン酸（４５）、ＡＤＨ（４６）、Ｃ４〜Ｃ１２部分（４７）などが含まれる。カルボジイミド縮合も使用することができる（４８）。
【００３３】
本発明の抗原群中で同定された各抗原を、共有結合コンジュゲートを形成するための肺炎球菌莢膜サッカリドのキャリアタンパク質として使用することができる。したがって、本発明は、（１）第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７、第８、第９、または第１０の抗原群から選択される抗原と、（２）肺炎球菌莢膜サッカリドとのコンジュゲートを含む免疫原性組成物を提供する。かかるコンジュゲートのさらなる特徴を上に記載する。コンジュゲート中のキャリアとしての肺炎球菌タンパク質の使用は当該分野で公知である（例えば、参考文献：２５、２７、および６７）。これらのコンジュゲートを、本明細書中に開示の任意のさらなる抗原のいずれかと組み合わせることができる。
【００３４】
非肺炎球菌抗原との組み合わせ
本発明の抗原群中で同定された各抗原を、非肺炎球菌抗原と組み合わせて使用することができる。したがって、本発明は、
（１）第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７、第８、第９、または第１０の抗原群（上記定義）から選択される１つまたは複数の抗原と、
（２）ジフテリアトキソイド；破傷風トキソイド；Ｂ型肝炎ウイルス表面抗原；不活化ポリオウイルス抗原；１つまたは複数の無細胞百日咳抗原；Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ  Ｂ型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＣ群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓＹ群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＷ１３５群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲート；およびＮｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ群血清型由来の莢膜サッカリド抗原のコンジュゲートからなる群から選択される１つまたは複数の抗原
との組み合わせを含む免疫原性組成物を提供する。
【００３５】
ジフテリアトキソイドを、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ由来のジフテリア毒素の処理（例えば、ホルムアルデヒドを使用）によって得ることができる。ジフテリアトキソイドは、参考文献４９の第１３章により詳細に開示されている。
【００３６】
破傷風トキソイドを、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ由来の破傷風毒素の処理（例えば、ホルムアルデヒドを使用）によって得ることができる。破傷風トキソイドは、参考文献４９の第２７章により詳細に開示されている。
【００３７】
Ｂ型肝炎ウイルス表面抗原（ＨＢｓＡｇ）は、Ｂ型肝炎ウイルスキャプシドの主成分である。これは、酵母（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅなど）における組換え発現によって都合よく産生される。
【００３８】
不活化ポリオウイルス抗原を、細胞培養で成長させ、不活化した（例えば、ホルムアルデヒドを使用）ウイルスから調製する。参考文献４９の第２４章で説明されるように、灰白髄炎は３つのポリオウイルス型の１つに起因し得るので、組成物は、以下の３つのポリオウイルス抗原を含むことができる：ポリオウイルス１型（例えば、Ｍａｈｏｎｅｙ株）、ポリオウイルス２型（例えば、ＭＥＦ−１株）、およびポリオウイルス３型（例えば、Ｓａｕｋｅｔｔ株）。
【００３９】
非細胞百日咳抗原は、未変性細菌から精製したか、組換え宿主中での発現後に精製した特異的な精製Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ抗原を含む。通常は１つを超える非細胞抗原を使用するので、組成物は、以下の周知且つ十分に特徴づけられたＢ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ抗原の１つ、２つ、または３つを含むことができる：（１）解毒百日咳毒素（百日咳トキソイド、すなわち「ＰＴ」）；（２）繊維状赤血球凝集素（「ＦＨＡ」）；（３）パータクチン（「６９キロダルトン外膜タンパク質」としても公知）。ＦＨＡおよびパータクチンを、本発明での使用前にホルムアルデヒドで処理することができる。この化学的解毒手順の代替方法としてＰＴをホルムアルデヒドおよび／またはグルタルアルデヒドでの処理によって解毒することができるが、このＰＴは変異誘発によって酵素活性が軽減された変異ＰＴであり得る（５０）。使用することができるさらなる無細胞百日咳抗原には、線毛（例えば、凝集原２および３）が含まれる。
【００４０】
組成物が成分（２）中にジフテリアトキソイド、破傷風トキソイド、または無細胞百日咳抗原の１つを含む場合、成分（２）は、通常、これら３つ全てを含むであろう（すなわち、成分（２）はＤ−Ｔ−Ｐａ組み合わせを含むであろう）。
【００４１】
第１の抗原群
（１）ｓｐｒ００５７
元の「ｓｐｒ００５７」配列は、参考文献８４中で、「β−Ｎ−アセチル−ヘキソサミニダーゼ前駆体」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０２１０１を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ００５７のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号１と示す。
【００４２】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ００５７ポリペプチドは、（ａ）配列番号１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ００５７タンパク質には、配列番号１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。１つの適切なフラグメントは配列番号１８０であり、これは天然のリーダーペプチド配列およびソルターゼ認識配列が省かれている。
【００４３】
ｓｐｒ００５７の他の肺炎球菌抗原との組み合わせは、良好な相乗効果を示した。
【００４４】
（２）ｓｐｒ０２８６
元の「ｓｐｒ０２８６」配列は、参考文献８４中で、「ヒアルロン酸リアーゼ前駆体」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０２３３０を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ０２８６のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号２と示す。
【００４５】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ０２８６ポリペプチドは、（ａ）配列番号２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ０２８６タンパク質には、配列番号２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。１つの適切なフラグメントは配列番号１８１であり、これは天然のリーダーペプチド配列およびソルターゼ認識配列が省かれている。他の適切なフラグメントは、配列番号１８２および１８３である。
【００４６】
（３）ｓｐｒ０５６５
元の「ｓｐｒ０５６５」配列は、参考文献８４中で、「β−ガラクトシダーゼ前駆体」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０２６０９を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ０５６５のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号３と示す。
【００４７】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ０５６５ポリペプチドは、（ａ）配列番号３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ０５６５タンパク質には、配列番号３のバリアントが含まれる（例えば、配列番号６６；以下を参照のこと）。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。１つの適切なフラグメントは配列番号１８４であり、これは天然のリーダーペプチド配列およびソルターゼ認識配列が省かれている。他の適切なフラグメントは、配列番号１７７および１７８である。
【００４８】
ｓｐｒ０５６５の変異形態は、本明細書中で配列番号６６である。免疫化のためのこの変異形態の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１７８）。有用なｓｐｒ０５６５ポリペプチドは、（ａ）配列番号６６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含むことができる。これらのポリペプチドには、配列番号６６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００４９】
配列番号６６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【００５０】
ｓｐｒ０５６５が天然に長いポリペプチド（２０００ａａ超）であるので、フラグメントの発現により都合が良いことがある。したがって、本発明での使用に適切なｓｐｒ０５６５形態は、１５００アミノ酸長未満（例えば、１４００未満、１３００未満、１２００未満、１１００未満など）であり得る。かかるｓｐｒ０５６５の短い形態には、「ｓｐｒ０５６５Ａ」（配列番号１７７）および「ｓｐｒ０５６５Ｂ」（配列番号１７８）が含まれる。
【００５１】
ｓｐｒ０５６５の他の肺炎球菌抗原との組み合わせは、良好な相乗効果を示した。
【００５２】
（４）ｓｐｒ１０９８
元の「ｓｐｒ１０９８」配列は、参考文献８４中で、「ソルターゼ」と注釈されていた’（ＧＩ：１５９０３１４１を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ１０９８のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号４と示す。
【００５３】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ１０９８ポリペプチドは、（ａ）配列番号４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１０９８  タンパク質には、配列番号４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。１つの適切なフラグメントは配列番号１８７であり、これは天然のリーダーペプチド配列が省かれている。
【００５４】
（５）ｓｐｒ１３４５
元の「ｓｐｒ１３４５」配列は、参考文献８４中で、「仮説上のタンパク質」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０３３８８を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ１３４５のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号５と示す。
【００５５】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ１３４５ポリペプチドは、（ａ）配列番号５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１３４５タンパク質には、配列番号５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。１つの適切なフラグメントは配列番号１８８であり、これは天然のリーダーペプチド配列およびソルターゼ認識配列が省かれている。
【００５６】
（６）ｓｐｒ１４１６
元の「ｓｐｒ１４１６」配列は、参考文献８４中で、「仮説上のタンパク質」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０３４５９を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ１４１６のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号６と示す。
【００５７】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ１４１６ポリペプチドは、（ａ）配列番号６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１４１６タンパク質には、配列番号６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００５８】
（７）ｓｐｒ１４１８
元の「ｓｐｒ１４１８」配列は、参考文献８４中で、「仮説上のタンパク質」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０３４６１を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ１４１８のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号７と示す。
【００５９】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ１４１８ポリペプチドは、（ａ）配列番号７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１４１８タンパク質には、配列番号７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００６０】
第２の抗原群
（１）ｓｐｒ０８６７
元の「ｓｐｒ０８６７」配列は、参考文献８４中で、「エンド−β−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０２９１１を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ０８６７のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号８と示す。
【００６１】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ０８６７ポリペプチドは、（ａ）配列番号８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ０８６７タンパク質には、配列番号８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。１つの適切なフラグメントは配列番号１８５であり、これは天然のリーダーペプチド配列が省かれている。
【００６２】
（２）ｓｐｒ１４３１
元の「ｓｐｒ１４３１」配列は、参考文献８４中で、「１，４−β−Ｎ−アセチルムラミダーゼ」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０３４７４を参照のこと）。これは「ＬｙｔＣ」としても公知であり、その免疫化のための使用は、参考文献６７に報告されている。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ１４３１のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号９と示す。
【００６３】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ１４３１ポリペプチドは、（ａ）配列番号９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１４３１タンパク質には、配列番号９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。１つの適切なフラグメントは配列番号１８９であり、これは天然のリーダーペプチド配列が省かれている。
【００６４】
（３）ｓｐｒ１７３９
「ｓｐｒ１７３９」ポリペプチドはニューモリシンである（例えば、ＧＩ：１５９０３７８１を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ１７３９のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号１０と示す。
【００６５】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ１７３９ポリペプチドは、（ａ）配列番号１０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１７３９タンパク質には、配列番号１０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００６６】
ワクチン接種用のニューモリシンの変異形態は当該分野で公知であり（２６、５１〜５６）、これらの変異形態を本発明と共に使用することができる。Ｃ末端の短縮（例えば参考文献５７を参照のこと）（例えば、３４アミノ酸、４５アミノ酸、７アミノ酸の欠失（５８）など）によって解毒することができる。配列番号２０にしたがって番号付けしたさらなる変異には、Ｐｒｏ３２５→Ｌｅｕ（例えば、配列番号１６９）および／またはＴｒｐ４３３→Ｐｈｅ（例えば、配列番号１７１）が含まれる。これらの変異をＣ末端短縮と組み合わせて、例えば、Ｐｒｏ３２５→Ｌｅｕ変異を７量体短縮と組み合わせることができる（例えば、配列番号１７０）。
【００６７】
（４）ｓｐｒ２０２１
元の「ｓｐｒ２０２１」配列は、参考文献８４中で、「一般ストレスタンパク質ＧＳＰ−７８１」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０４０６２を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ２０２１のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号１１と示す。
【００６８】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ２０２１ポリペプチドは、（ａ）配列番号１１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ２０２１タンパク質には、配列番号１１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。１つの適切なフラグメントは配列番号１９０であり、これは天然のリーダーペプチド配列が省かれている。
【００６９】
ｓｐｒ２０２１の他の肺炎球菌抗原との組み合わせは、良好な相乗効果を示した。
【００７０】
参考文献１０は、ｓｐｒ２０２１をＧｂｐＢに相同な分泌型４５ｋＤａタンパク質と注釈付け、免疫原としてのその使用を開示している（参考文献１０中の配列番号２４３；ＳＰ２２１６）。ｓｐｒ２０２１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１（７３頁）で同定されている。ｓｐｒ２０２１の別の有用なフラグメントは、参考文献５９の配列番号１として開示されている（本明細書中の配列番号１１のアミノ酸２８〜２７８）。
【００７１】
第３の抗原群
（１）ｓｐｒ００９６
元の「ｓｐｒ００９６」配列は、参考文献８４中で、「仮説上のタンパク質」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０２１４０を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ００９６のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号１２と示す。
【００７２】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ００９６ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ００９６タンパク質には、配列番号１２のバリアントが含まれる（例えば、配列番号４０；以下を参照のこと）。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００７３】
ｓｐｒ００９６の他の肺炎球菌抗原との組み合わせは、良好な相乗効果を示した。
【００７４】
配列番号１２のそのＣ末端付近にインサートを有するｓｐｒ００９６の変異形態は、本明細書中で配列番号４０である。免疫化のためのこのバリアントの使用は、参考文献１０に報告されており（参考文献１０中の配列番号１５０）、ＬｙｓＭドメインタンパク質と注釈されている。したがって、本発明で用いるｓｐｒ００９６は、（ａ）配列番号４０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含むことができる。これらのポリペプチドには、配列番号４０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。配列番号４０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【００７５】
ｓｐｒ００９６ポリペプチドを、二量体（例えば、ホモ二量体）の形態で使用することができる。
【００７６】
（２）ｓｐｒ１４３３
元の「ｓｐｒ１４３３」配列は、参考文献８４中で、「仮説上のタンパク質」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０３４７６を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ１４３３のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号１３と示す。
【００７７】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ１４３３ポリペプチドは、（ａ）配列番号１３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１４３３タンパク質には、配列番号１３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００７８】
（３）ｓｐｒ１７０７
元の「ｓｐｒ１７０７」配列は、参考文献８４中で、「ＡＢＣ輸送体基質結合タンパク質−オリゴペプチド輸送」と注釈されていた（ＧＩ：１５９０３７４９を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ１７０７のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号１４と示す。
【００７９】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ１７０７ポリペプチドは、（ａ）配列番号１４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１７０７タンパク質には、配列番号１４のバリアントが含まれる（例えば、配列番号１００；以下を参照のこと）。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００８０】
配列番号１４と４アミノ酸が異なるｓｐｒ１７０７の変異形態は、本明細書中で配列番号１００である。免疫化のための配列番号１００の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２２０）。したがって、本発明で用いるｓｐｒ１７０７ポリペプチドは、（ａ）配列番号１００に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１００の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含むことができる。これらのポリペプチドには、配列番号１００のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１００由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１００の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１００のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００８１】
配列番号１００の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【００８２】
他の肺炎球菌抗原
ＣｌｐＰ
ＣｌｐＰは、ＡＴＰ依存性Ｃｌｐプロテアーゼタンパク質分解性サブユニットである。参考のために、全長ＣｌｐＰのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１６である。Ｒ６ゲノム中で、ＣｌｐＰはｓｐｒ０６５６である（８４）。
【００８３】
本発明での使用に好ましいＣｌｐＰポリペプチドは、（ａ）配列番号１６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＣｌｐＰタンパク質には、配列番号１６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００８４】
免疫化のためのＣｌｐＰの使用は、参考文献６０および６１に報告されている。これを、ＰｓｐＡおよびＰｓａＡおよび／またはＰｓｐＣと組み合わせて有利に使用することができる（６０）。
【００８５】
ＬｙｔＡ
ＬｙｔＡは、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ（自己溶菌酵素）である。参考のために、全長ＬｙｔＡのアミノ酸配列は本明細書中で配列番号１７である。Ｒ６ゲノム中で、ＬｙｔＡはｓｐｒ１７５４である（８４）
本発明での使用に好ましいＬｙｔＡポリペプチドは、（ａ）配列番号１７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＬｙｔＡタンパク質には、配列番号１７のバリアントが含まれる（例えば、ＧＩ：１８５６８３５４）。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００８６】
免疫化のためのＬｙｔＡの使用は、特に異種プロミスカスＴヘルパーエピトープに融合したＬｙｔＡコリン結合ドメインを含む形態で参考文献６２に報告されている。
【００８７】
ＰｈｔＡ
ＰｈｔＡは肺炎球菌ヒスチジントライアドタンパク質Ａである。参考のために、全長ＰｈｔＡ前駆体のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１８である。Ｒ６ゲノム中で、ＰｈｔＡはｓｐｒ１０６１である（８４）。
【００８８】
本発明での使用に好ましいＰｈｔＡポリペプチドは、（ａ）配列番号１８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＰｈｔＡタンパク質には、配列番号１８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００８９】
免疫化のためのＰｈｔＡの使用は、参考文献６３および６４に報告されている。
【００９０】
ＰｈｔＢ
ＰｈｔＢは、肺炎球菌ヒスチジントライアドタンパク質Ｂである。参考のために、全長ＰｈｔＢ前駆体のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１９である。残基５７８のＸａａはリジンであり得る。
【００９１】
本発明での使用に好ましいＰｈｔＢポリペプチドは、（ａ）配列番号１９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＰｈｔＢタンパク質には、配列番号１９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００９２】
免疫化のためのＰｈｔＢの使用は、参考文献２、６３、および６４に報告されている。
【００９３】
ＰｈｔＤ
ＰｈｔＤは、肺炎球菌ヒスチジントライアドタンパク質Ｄである。参考のために、全長ＰｈｔＤ前駆体のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号２０である。Ｒ６ゲノム中で、ＰｈｔＤはｓｐｒ０９０７である（８４）。
【００９４】
本発明での使用に好ましいＰｈｔＤポリペプチドは、（ａ）配列番号２０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号２０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＰｈｔＤタンパク質には、配列番号２０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号２０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号２０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００９５】
免疫化のためのＰｈｔＤの使用は、参考文献６３、６４、および６５に報告されている。
【００９６】
ＰｈｔＥ
ＰｈｔＥは、肺炎球菌ヒスチジントライアドタンパク質Ｅである。参考のために、全長ＰｈｔＥ前駆体のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号２１である。Ｒ６ゲノム中で、ＰｈｔＥはｓｐｒ０９０８である（８４）。
【００９７】
本発明での使用に好ましいＰｈｔＥポリペプチドは、（ａ）配列番号２１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号２１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＰｈｔＥタンパク質には、配列番号２１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号２１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号２１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【００９８】
免疫化のためのＰｈｔＥの使用は、参考文献６３および６４に報告されている。
【００９９】
ＺｍｐＢ
ＺｍｐＢは亜鉛メタロプロテアーゼである。参考のために、全長ＺｍｐＢのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号２２である。Ｒ６ゲノム中で、ＺｍｐＢはｓｐｒ０５８１である（８４）。
【０１００】
本発明での使用に好ましいＺｍｐＢポリペプチドは、（ａ）配列番号２２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号２２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＺｍｐＢタンパク質には、配列番号２２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号２２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号２２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１０１】
ＣｂｐＤ
ＣｂｐＤはコリン結合タンパク質Ｄである。参考のために、全長ＣｂｐＤのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号２３である。Ｒ６ゲノム中で、ＣｂｐＤはｓｐｒ２００６である（８４）。
【０１０２】
本発明での使用に好ましいＣｂｐＤポリペプチドは、（ａ）配列番号２３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号２３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＣｂｐＤタンパク質には、配列番号２３のバリアントが含まれる（例えば、配列番号１１９；以下を参照のこと）。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号２３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号２３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１０３】
免疫化のためのＣｂｐＤの使用は、参考文献６７に報告されている。
【０１０４】
配列番号２３のバリアントは、本明細書中で配列番号１１９である。免疫化のための配列番号１１９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２４１）。したがって、本発明で用いるＣｂｐＤポリペプチドは、（ａ）配列番号１１９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含むことができる。これらのＣｂｐＤタンパク質には、配列番号１１９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１０５】
配列番号１１９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１０６】
ＣｂｐＧ
ＣｂｐＧはコリン結合タンパク質Ｇである。参考のために、全長ＣｂｐＧのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号２４である。Ｒ６ゲノム中で、ＣｂｐＧはｓｐｒ０３５０である（８４）。
【０１０７】
本発明での使用に好ましいＣｂｐＧポリペプチドは、（ａ）配列番号２４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号２４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＣｂｐＧタンパク質には、配列番号２４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号２４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号２４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１０８】
免疫化のためのＣｂｐＧの使用は、参考文献６７に報告されている。
【０１０９】
ＰｖａＡ
ＰｖａＡ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ肺炎球菌ワクチン抗原Ａ）は、ｓｐ１０１としても公知である。参考のために、全長ＰｖａＡのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号２５である。Ｒ６ゲノム中で、ＰｖａＡはｓｐｒ０９３０である（８４）。
【０１１０】
本発明での使用に好ましいＰｖａＡポリペプチドは、（ａ）配列番号２５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号２５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＰｖａＡタンパク質には、配列番号２５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号２５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号２５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１１１】
免疫化のためのＰｖａＡの使用は、参考文献１および３１８に報告されている。
【０１１２】
ＣＰＬ１
ＣＰＬ１は、肺炎球菌ファージＣＰ１リゾチームである。参考のために、全長ＣＰＬ１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号２６である。
【０１１３】
本発明での使用に好ましいＣＰＬ１ポリペプチドは、（ａ）配列番号２６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号２６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＣＰＬ１タンパク質には、配列番号２６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号２６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号２６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１１４】
免疫化のためのＣＰＬ１の使用は、特に異種プロミスカスＴヘルパーエピトープに融合したＣＰＬ１コリン結合ドメインを含む形態で参考文献６２に報告されている。
【０１１５】
ＰｓｐＣ
ＰｓｐＣは肺炎球菌表面タンパク質Ｃであり（６６）、コリン結合タンパク質Ａ（ＣｂｐＡ）としても公知である。免疫化のためのその使用は、参考文献１および６７に報告されている。Ｒ６株では、これはｓｐｒ１９９５であり、参照のために、全長ｓｐｒ１９９５のアミノ酸配列は本明細書中で配列番号１５である。
【０１１６】
本発明での使用に好ましいＰｓｐＣポリペプチドは、（ａ）配列番号１５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ１９９５タンパク質には、配列番号１５のバリアントが含まれる（例えば、配列番号２７；以下を参照のこと）。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１１７】
ＰｓｐＣのバリアントは「Ｈｉｃ」として公知である。参考文献６８の図１に示すように、これはＰｓｐＣに類似し、Ｈ因子（ｆＨ）に結合することが報告されている。参考のために、全長Ｈｉｃのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号２７である。Ｈｉｃタンパク質を、ＰｓｐＣポリペプチドに加えて、あるいはそれに代えて本発明と共に使用することができる。
【０１１８】
本発明での使用に好ましいＨｉｃポリペプチドは、（ａ）配列番号２７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号２７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＨｉｃタンパク質には、配列番号２７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号２７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号２７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１１９】
ＰｓｐＣおよび／またはＨｉｃを、ＰｓｐＡおよび／またはＰｓａＡと組み合わせて有利に使用することができる。
【０１２０】
Ｐｍｐ
Ｐｍｐは、プロテアーゼ成熟タンパク質としても公知のペプチジルプロピリルイソメラーゼである。参考のために、全長Ｐｍｐのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号２８である。Ｒ６ゲノム中で、Ｐｍｐはｓｐｒ０８８４である（８４）。
【０１２１】
本発明での使用に好ましいＰｍｐポリペプチドは、（ａ）配列番号２８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号２８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＰｍｐタンパク質には、配列番号２８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号２８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号２８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。１つの適切なフラグメントは配列番号１８６であり、これは天然のリーダーペプチド配列が省かれている。
【０１２２】
免疫化のためのＰｍｐの使用は、参考文献６９に報告されている。
【０１２３】
ＰｓｐＡ
ＰｓｐＡは肺炎球菌表面タンパク質Ａである。参考のために、全長ＰｓｐＡのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号２９である。Ｒ６ゲノム中で、ＰｓｐＡはｓｐｒ０１２１である（８４）。
【０１２４】
本発明での使用に好ましいＰｓｐＡポリペプチドは、（ａ）配列番号２９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号２９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＰｓｐＡタンパク質には、配列番号２９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号２９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号２９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号２９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１２５】
免疫化のためのＰｓｐＡの使用は、特に参考文献７０に報告されている。これを、ＰｓｐＣと組み合わせて有利に投与することができる。
【０１２６】
ＰｓａＡ
ＰｓａＡは肺炎球菌表面アドヘシンである。参考のために、全長ＰｓａＡのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号３０である。
【０１２７】
本発明での使用に好ましいＰｓａＡポリペプチドは、（ａ）配列番号３０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号３０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＰｓａＡタンパク質には、配列番号３０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号３０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号３０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＰｓａＡの有用なフラグメントは、参考文献５９中に配列番号３として開示されている（本明細書中の配列番号３０のアミノ酸２１〜３０９に対応）。
【０１２８】
免疫化のためのＰｓａＡの使用は、参考文献７１に報告されている。これを、ＰｓｐＡおよび／またはＰｓｐＣと組み合わせて使用することができる。
【０１２９】
ＰｒｔＡ
ＰｒｔＡは細胞壁結合セリンプロテイナーゼである。これはｓｐ１２８およびｓｐ１３０としても公知であり、サブチリシン様セリンプロテアーゼ中に存在する。参考のために、全長ＰｒｔＡ前駆体のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号３１である。Ｒ６ゲノム中で、ＰｒｔＡはｓｐｒ０５６１である（８４）。
【０１３０】
本発明での使用に好ましいＰｒｔＡポリペプチドは、（ａ）配列番号３１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号３１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＰｒｔＡタンパク質には、配列番号３１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号３１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号３１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１３１】
免疫化のためのＰｒｔＡの使用は、参考文献７２および７３に報告されており、参考文献１にも報告されている。
【０１３２】
Ｓｐ１３３
Ｓｐ１３３は保存肺炎球菌抗原である。参考のために、全長Ｓｐ１３３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号３２である。Ｒ６ゲノム中で、Ｓｐ１３３はｓｐｒ０９３１である（８４）。
【０１３３】
本発明での使用に好ましいＳｐ１３３ポリペプチドは、（ａ）配列番号３２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号３２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＳｐ１３３タンパク質には、配列番号３２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号３２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号３２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１３４】
免疫化のためのＳｐ１３３の使用は、参考文献７４に報告されている。
【０１３５】
ＰｉａＡ
ＰｉａＡは、肺炎球菌による鉄獲得に関与する膜透過酵素である。参考のために、全長ＰｉａＡのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号３３である。Ｒ６ゲノム中で、ＰｉａＡはｓｐｒ０９３５である（８４）。
【０１３６】
本発明での使用に好ましいＰｉａＡポリペプチドは、（ａ）配列番号３３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号３３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＰｉａＡタンパク質には、配列番号３３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号３３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号３３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１３７】
特にＰｉｕＡと組み合わせた免疫化のためのＰｉａＡの使用は、参考文献７５、７６、および７７に報告されている。
【０１３８】
ＰｉｕＡ
ＰｉｕＡは、三価鉄輸送のためのＡＢＣ輸送体基質結合タンパク質である。ＰｉｕＡはＦａｔＢとしても公知である。参考のために、全長ＰｉｕＡのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号３４である。Ｒ６ゲノム中で、ＰｉｕＡはｓｐｒ１６８７である（８４）。
【０１３９】
本発明での使用に好ましいＰｉｕＡポリペプチドは、（ａ）配列番号３４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号３４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＰｉｕＡタンパク質には、配列番号３４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号３４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号３４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１４０】
特にＰｉａＡと組み合わせた免疫化のためのＰｉｕＡの使用は、参考文献７５〜７７に報告されている。
【０１４１】
ＩＣ１
ＩＣ１は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号３５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１はｓｐｒ０００８である（８４）。免疫化のためのＩＣ１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１４５）。
【０１４２】
本発明での使用に好ましいＩＣ１ポリペプチドは、（ａ）配列番号３５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号３５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１タンパク質には、配列番号３５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号３５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号３５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１４３】
ＩＣ２
ＩＣ２はｐｏｌＡ  ＤＮＡポリメラーゼＩである。参考のために、全長ＩＣ２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号３６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ２はｓｐｒ００３２である（８４）。免疫化のためのＩＣ２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１４６）。
【０１４４】
本発明での使用に好ましいＩＣ２ポリペプチドは、（ａ）配列番号３６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号３６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ２タンパク質には、配列番号３６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号３６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号３６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１４５】
ＩＣ３
ＩＣ３はコリン結合タンパク質である。参考のために、全長ＩＣ３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号３７である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ３はｓｐｒ１９４５である（８４）。免疫化のためのＩＣ３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１４７）。
【０１４６】
本発明での使用に好ましいＩＣ３ポリペプチドは、（ａ）配列番号３７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号３７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ３タンパク質には、配列番号３７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号３７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号３７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１４７】
ＩＣ４
ＩＣ４はＩｇＡ１プロテアーゼである。参考のために、全長ＩＣ４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号３８である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ４はｓｐｒ１０４２である（８４）。免疫化のためのＩＣ４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１４８）。
【０１４８】
本発明での使用に好ましいＩＣ４ポリペプチドは、（ａ）配列番号３８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号３８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ４タンパク質には、配列番号３８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号３８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号３８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１４９】
ＩＣ５
ＩＣ５は仮説上のタンパク質と注釈されているが、おそらく細胞壁表面アンカーである。参考のために、全長ＩＣ５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号３９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ５はｓｐｒ００７５である（８４）。免疫化のためのＩＣ５の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１４９）。
【０１５０】
本発明での使用に好ましいＩＣ５ポリペプチドは、（ａ）配列番号３９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号３９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ５タンパク質には、配列番号３９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号３９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号３９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号３９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１５１】
ＩＣ６
ＩＣ６は、上記で報告のように、ｓｐｒ００９６の変異形態である（本明細書中の配列番号４０）。本発明での使用に有用なＩＣ６ポリペプチドは、（ａ）配列番号４０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ６タンパク質には、配列番号４０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０１５２】
ＩＣ７
ＩＣ７は、参考文献１０中で仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号４１である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ７はｓｐｒ０１７４である。免疫化のためのＩＣ７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１５２）。
【０１５３】
本発明での使用に好ましいＩＣ７ポリペプチドは、（ａ）配列番号４１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ７タンパク質には、配列番号４１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１５４】
ＩＣ８
ＩＣ８は、ジヒドロ葉酸：ホリルポリグルタミン酸シンテターゼである。参考のために、全長ＩＣ８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号４２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ８はｓｐｒ０１７８である（８４）。免疫化のためのＩＣ８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１５３）。
【０１５５】
本発明での使用に好ましいＩＣ８ポリペプチドは、（ａ）配列番号４２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ８タンパク質には、配列番号４２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１５６】
ＩＣ９
ＩＣ９は５０Ｓリボゾームタンパク質Ｌ２である。参考のために、全長ＩＣ９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号４３である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ９はｓｐｒ０１９１である（８４）。免疫化のためのＩＣ９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１５４）。
【０１５７】
本発明での使用に好ましいＩＣ９ポリペプチドは、（ａ）配列番号４３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ９タンパク質には、配列番号４３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１５８】
ＩＣ１０
ＩＣ１０は３０Ｓリボゾームタンパク質Ｓ１４である。参考のために、全長ＩＣ１０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号４４である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１０はｓｐｒ０２０２である（８４）。免疫化のためのＩＣ１０の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１５５）。
【０１５９】
本発明での使用に好ましいＩＣ１０ポリペプチドは、（ａ）配列番号４４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１０タンパク質には、配列番号４４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１６０】
ＩＣ１１
ＩＣ１１は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号４５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１１はｓｐｒ０２１８である（８４）。免疫化のためのＩＣ１１の使用は、参考文献１０中に報告されている（参考文献１０中の配列番号１５６）。
【０１６１】
本発明での使用に好ましいＩＣ１１ポリペプチドは、（ａ）配列番号４５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１１タンパク質には、配列番号４５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１６２】
ＩＣ１２
ＩＣ１２はギ酸アセチルトランスフェラーゼ３である。参考のために、全長ＩＣ１２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号４６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１２はｓｐｒ０２３２である（８４）。免疫化のためのＩＣ１２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１５７）。
【０１６３】
本発明での使用に好ましいＩＣ１２ポリペプチドは、（ａ）配列番号４６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１２タンパク質には、配列番号４６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１６４】
ＩＣ１３
ＩＣ１３は３０Ｓリボゾームタンパク質Ｓ９である。参考のために、全長ＩＣ１３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号４７である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１３はｓｐｒ０２７２である（８４）。免疫化のためのＩＣ１３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１５８）。
【０１６５】
本発明での使用に好ましいＩＣ１３ポリペプチドは、（ａ）配列番号４７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１３タンパク質には、配列番号４７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１６６】
ＩＣ１４
ＩＣ１４は転写調節因子である。参考のために、全長ＩＣ１４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号４８である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１４はｓｐｒ０２９８である（８４）。免疫化のためのＩＣ１４の使用は、参考文献に報告されている（参考文献１０中の配列番号１５９）。
【０１６７】
本発明での使用に好ましいＩＣ１４ポリペプチドは、（ａ）配列番号４８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１４タンパク質には、配列番号４８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１６８】
ＩＣ１５
ＩＣ１５は、参考文献１０中で、細胞壁表面アンカーファミリータンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号４９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１５はｓｐｒ０３２８である（８４）。免疫化のためのＩＣ１５の使用は、参考文献１０に報告されており（参考文献１０中の配列番号１６０）、参考文献７８で防御性を示すことが示されている（抗原ＳＰ０３６８）。
【０１６９】
本発明での使用に好ましいＩＣ１５ポリペプチドは、（ａ）配列番号４９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号４９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１５タンパク質には、配列番号４９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号４９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号４９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号４９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１７０】
ＩＣ１６
ＩＣ１６はペニシリン結合タンパク質１Ａである。参考のために、全長ＩＣ１６のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号５０である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１６はｓｐｒ０３２９である（８４）。免疫化のためのＩＣ１６の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１６１）。
【０１７１】
本発明での使用に好ましいＩＣ１６ポリペプチドは、（ａ）配列番号５０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号５０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１６タンパク質には、配列番号５０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号５０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号５０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１７２】
ＩＣ１７
ＩＣ１７は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号５１である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１７はｓｐｒ０３３４である（８４）。免疫化のためのＩＣ１７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１６２）。
【０１７３】
本発明での使用に好ましいＩＣ１７ポリペプチドは、（ａ）配列番号５１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号５１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１７タンパク質には、配列番号５１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号５１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号５１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１７４】
ＩＣ１８
ＩＣ１８は、参考文献１０中で、コリン結合タンパク質Ｆと注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号５２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１８はｓｐｒ０３３７である（８４）。免疫化のためのＩＣ１８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１６３）。
【０１７５】
本発明での使用に好ましいＩＣ１８ポリペプチドは、（ａ）配列番号５２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号５２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１８タンパク質には、配列番号５２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号５２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号５２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１７６】
ＩＣ１９
ＩＣ１９は、参考文献１０中で、コリン結合タンパク質Ｊ（ｃｂｐＪ）と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号５３である。免疫化のためのＩＣ１９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１６４）。
【０１７７】
本発明での使用に好ましいＩＣ１９ポリペプチドは、（ａ）配列番号５３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号５３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１９タンパク質には、配列番号５３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号５３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号５３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１７８】
ＩＣ２０
ＩＣ２０はコリン結合タンパク質Ｇである。参考のために、全長ＩＣ２０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号５４である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ２０はｓｐｒ０３４９である（８４）。免疫化のためのＩＣ２０の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１６５）。
【０１７９】
本発明での使用に好ましいＩＣ２０ポリペプチドは、（ａ）配列番号５４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号５４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ２０タンパク質には、配列番号５４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号５４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号５４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ２０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１８０】
ＩＣ２１
ＩＣ２１は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ２１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号５５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ２１はｓｐｒ０４１０である（８４）。免疫化のためのＩＣ２１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１６６）。
【０１８１】
本発明での使用に好ましいＩＣ２１ポリペプチドは、（ａ）配列番号５５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号５５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ２１タンパク質には、配列番号５５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号５５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号５５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ２１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１８２】
ＩＣ２２
ＩＣ２２は、参考文献１０中で、細胞壁表面アンカーファミリータンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ２２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号５６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ２２はｓｐｒ００５１である（８４）。免疫化のためのＩＣ２２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１６７）。
【０１８３】
本発明での使用に好ましいＩＣ２２ポリペプチドは、（ａ）配列番号５６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号５６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ２２タンパク質には、配列番号５６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号５６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号５６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ２２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１８４】
ＩＣ２３
ＩＣ２３はソルターゼ（ｓｐｒ１０９８を参照のこと）である。参考のために、全長ＩＣ２３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号５７である。免疫化のためのＩＣ２３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１６８）。
【０１８５】
本発明での使用に好ましいＩＣ２３ポリペプチドは、（ａ）配列番号５７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号５７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ２３タンパク質には、配列番号５７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号５７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号５７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ２３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１８６】
ＩＣ２４
ＩＣ２４はソルターゼ（ｓｐｒ１０９８を参照のこと）である。参考のために、全長ＩＣ２４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号５８である。免疫化のためのＩＣ２４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１６９）。
【０１８７】
本発明での使用に好ましいＩＣ２４ポリペプチドは、（ａ）配列番号５８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号５８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ２４タンパク質には、配列番号５８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号５８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号５８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ２４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１８８】
ＩＣ２５
ＩＣ２５は、参考文献１０中で、推定エンド−β−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼと注釈されている。参考のために、全長ＩＣ２５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号５９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ２５はｓｐｒ０４４０である（８４）。免疫化のためのＩＣ２５の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１７０）。
【０１８９】
本発明での使用に好ましいＩＣ２５ポリペプチドは、（ａ）配列番号５９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号５９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ２５タンパク質には、配列番号５９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号５９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号５９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号５９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ２５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１９０】
ＩＣ２６
ＩＣ２６はＥｃｏＥ  Ｉ型制限修飾酵素である。参考のために、全長ＩＣ２６のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号６０である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ２６はｓｐｒ０４４９である（８４）。免疫化のためのＩＣ２６の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１７１）。
【０１９１】
本発明での使用に好ましいＩＣ２６ポリペプチドは、（ａ）配列番号６０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ２６タンパク質には、配列番号６０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ２６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１９２】
ＩＣ２７
ＩＣ２７は、参考文献１０中で、ｄｎａＪタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ２７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号６１である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ２７はｓｐｒ０４５６である（８４）。免疫化のためのＩＣ２７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１７２）。
【０１９３】
本発明での使用に好ましいＩＣ２７ポリペプチドは、（ａ）配列番号６１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ２７タンパク質には、配列番号６１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ２７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１９４】
ＩＣ２８
ＩＣ２８は、参考文献１０中で、ＢｌｐＣ  ＡＢＣ輸送体（ｂｌｐＢ）と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ２８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号６２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ２８はｓｐｒ０４６６である（８４）。免疫化のためのＩＣ２８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１７３）。
【０１９５】
本発明での使用に好ましいＩＣ２８ポリペプチドは、（ａ）配列番号６２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ２８タンパク質には、配列番号６２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ２８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１９６】
ＩＣ２９
ＩＣ２９は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ２９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号６３である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ２９はｓｐｒ０４８８である（８４）。免疫化のためのＩＣ２９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１７４）。
【０１９７】
本発明での使用に好ましいＩＣ２９ポリペプチドは、（ａ）配列番号６３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ２９タンパク質には、配列番号６３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ２９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０１９８】
ＩＣ３０
ＩＣ３０はＡＢＣ輸送体基質結合タンパク質である。参考のために、全長ＩＣ３０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号６４である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ３０はｓｐｒ０５３４である（８４）。免疫化のためのＩＣ３０の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１７５）。
【０１９９】
本発明での使用に好ましいＩＣ３０ポリペプチドは、（ａ）配列番号６４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ３０タンパク質には、配列番号６４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ３０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２００】
ＩＣ３１
ＩＣ３１は、参考文献１０中で、メタロ−β−ラクタマーゼスーパーファミリータンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ３１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号６５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ３１はｓｐｒ０５３８である（８４）。免疫化のためのＩＣ３１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１７６）。
【０２０１】
本発明での使用に好ましいＩＣ３１ポリペプチドは、（ａ）配列番号６５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ３１タンパク質には、配列番号６５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ３１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２０２】
ＩＣ３２
ＩＣ３２は、上記のように、ｓｐｒ０５６５のバリアントである（本明細書中で配列番号６６）。有用なＩＣ３２ポリペプチドは、（ａ）配列番号６６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含むことができる。これらのＩＣ３２  ポリペプチドには、配列番号６６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。配列番号６６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２０３】
ＩＣ３３
ＩＣ３３は、参考文献１０中で、推定肺炎球菌表面タンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ３３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号６７である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ３３はｓｐｒ０５８３である（８４）。免疫化のためのＩＣ３３の使用は、参考文献１０に報告されおり（参考文献１０中の配列番号１８０）、参考文献７８で防御性を示すことが示されている（抗原ＳＰ０６６７）。
【０２０４】
本発明での使用に好ましいＩＣ３３ポリペプチドは、（ａ）配列番号６７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ３３タンパク質には、配列番号６７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ３３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２０５】
ＩＣ３４
ＩＣ３４はＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニル−Ｄ−グルタミン酸シンテターゼである。参考のために、全長ＩＣ３４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号６８である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ３４はｓｐｒ０６０３である（８４）。免疫化のためのＩＣ３４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１８１）。
【０２０６】
本発明での使用に好ましいＩＣ３４ポリペプチドは、（ａ）配列番号６８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ３４タンパク質には、配列番号６８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ３４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２０７】
ＩＣ３５
ＩＣ３５はＡＢＣ輸送体基質結合タンパク質である。参考のために、全長ＩＣ３５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号６９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ３５はｓｐｒ０６５９である（８４）。免疫化のためのＩＣ３５の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１８２）。
【０２０８】
本発明での使用に好ましいＩＣ３５ポリペプチドは、（ａ）配列番号６９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号６９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ３５タンパク質には、配列番号６９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号６９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号６９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号６９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ３５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２０９】
ＩＣ３６
ＩＣ３６はＡＢＣ輸送体ＡＴＰ結合タンパク質である。参考のために、全長ＩＣ３６のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号７０である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ３６はｓｐｒ０６７８である（８４）。免疫化のためのＩＣ３６の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１８３）。
【０２１０】
本発明での使用に好ましいＩＣ３６ポリペプチドは、（ａ）配列番号７０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号７０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ３６タンパク質には、配列番号７０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号７０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号７０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ３６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２１１】
ＩＣ３７
ＩＣ３７は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ３７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号７１である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ３７はｓｐｒ０６９３である（８４）。免疫化のためのＩＣ３７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１８４）。
【０２１２】
本発明での使用に好ましいＩＣ３７ポリペプチドは、（ａ）配列番号７１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号７１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ３７タンパク質には、配列番号７１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号７１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号７１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ３７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２１３】
ＩＣ３８
ＩＣ３８は、参考文献１０中で、短縮されたノデュリン関連タンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ３８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号７２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ３８はｓｐｒ０８１４である（８４）。免疫化のためのＩＣ３８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１８５）。
【０２１４】
本発明での使用に好ましいＩＣ３８ポリペプチドは、（ａ）配列番号７２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号７２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ３８タンパク質には、配列番号７２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号７２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号７２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ３８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２１５】
ＩＣ３９
ＩＣ３９は、テイコ酸ホスホリルコリンエステラーゼ／コリン結合タンパク質Ｅ（ｃｂｐＥ）である。これは「ＬｙｔＤ」としても公知であり得る。参考のために、全長ＩＣ３９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号７３である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ３９はｓｐｒ０８３１である（８４）。免疫化のためのＩＣ３９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１８６）。
【０２１６】
本発明での使用に好ましいＩＣ３９ポリペプチドは、（ａ）配列番号７３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号７３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ３９タンパク質には、配列番号７３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号７３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号７３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ３９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２１７】
ＩＣ４０
ＩＣ４０はグルコース阻害分裂タンパク質Ａである。参考のために、全長ＩＣ４０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号７４である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ４０はｓｐｒ０８４４である（８４）。免疫化のためのＩＣ４０の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１８７）。
【０２１８】
本発明での使用に好ましいＩＣ４０ポリペプチドは、（ａ）配列番号７４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号７４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ４０タンパク質には、配列番号７４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号７４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号７４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ４０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２１９】
ＩＣ４１
ＩＣ４１はアラニンデヒドロゲナーゼ（短縮）である。参考のために、全長ＩＣ４１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号７５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ４１はｓｐｒ０８５４である（８４）。免疫化のためのＩＣ４１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１８８）。
【０２２０】
本発明での使用に好ましいＩＣ４１ポリペプチドは、（ａ）配列番号７５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号７５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ４１タンパク質には、配列番号７５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号７５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号７５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ４１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２２１】
ＩＣ４２
ＩＣ４２はグリコーゲンシンターゼである。参考のために、全長ＩＣ４２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号７６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ４２はｓｐｒ１０３２である（８４）。免疫化のためのＩＣ４２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１９１）。
【０２２２】
本発明での使用に好ましいＩＣ４２ポリペプチドは、（ａ）配列番号７６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号７６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ４２タンパク質には、配列番号７６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号７６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号７６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ４２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２２３】
ＩＣ４３
ＩＣ４３は免疫グロブリンＡ１プロテアーゼである。参考のために、全長ＩＣ４３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号７７である。免疫化のためのＩＣ４３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１９２）。
【０２２４】
本発明での使用に好ましいＩＣ４３ポリペプチドは、（ａ）配列番号７７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号７７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ４３タンパク質には、配列番号７７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号７７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号７７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ４３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２２５】
ＩＣ４４
ＩＣ４４は特徴づけられていない制限酵素である。参考のために、全長ＩＣ４４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号７８である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ４４はｓｐｒ１１０１である（８４）。免疫化のためのＩＣ４４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１９５）。
【０２２６】
本発明での使用に好ましいＩＣ４４ポリペプチドは、（ａ）配列番号７８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号７８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ４４タンパク質には、配列番号７８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号７８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号７８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ４４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２２７】
ＩＣ４５
ＩＣ４５は応答調節因子である。参考のために、全長ＩＣ４５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号７９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ４５はｓｐｒ１１０７である（８４）。免疫化のためのＩＣ４５の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１９６）。
【０２２８】
本発明での使用に好ましいＩＣ４５ポリペプチドは、（ａ）配列番号７９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号７９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ４５タンパク質には、配列番号７９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号７９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号７９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号７９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ４５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２２９】
ＩＣ４６
ＩＣ４６はＡＢＣ輸送体膜貫通透過酵素である。参考のために、全長ＩＣ４６のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号８０である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ４６はｓｐｒ１１２０である（８４）。免疫化のためのＩＣ４６の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１９７）。
【０２３０】
本発明での使用に好ましいＩＣ４６ポリペプチドは、（ａ）配列番号８０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号８０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ４６タンパク質には、配列番号８０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号８０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号８０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ４６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２３１】
ＩＣ４７
ＩＣ４７はシグナル認識粒子である。参考のために、全長ＩＣ４７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号８１である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ４７はｓｐｒ１１６６である（８４）。免疫化のためのＩＣ４７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１９８）。
【０２３２】
本発明での使用に好ましいＩＣ４７ポリペプチドは、（ａ）配列番号８１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号８１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ４７タンパク質には、配列番号８１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号８１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号８１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ４７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２３３】
ＩＣ４８
ＩＣ４８はＮ−アセチルマンノサミン−６−リン酸２−エピメラーゼである。参考のために、全長ＩＣ４８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号８２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ４８はｓｐｒ１５２９である（８４）。免疫化のためのＩＣ４８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号１９９）。
【０２３４】
本発明での使用に好ましいＩＣ４８ポリペプチドは、（ａ）配列番号８２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号８２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ４８タンパク質には、配列番号８２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号８２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号８２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ４８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２３５】
ＩＣ４９
ＩＣ４９はコリスミ酸シンターゼである。参考のために、全長ＩＣ４９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号８３である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ４９はｓｐｒ１２３２である（８４）。免疫化のためのＩＣ４９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２００）。
【０２３６】
本発明での使用に好ましいＩＣ４９ポリペプチドは、（ａ）配列番号８３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号８３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ４９タンパク質には、配列番号８３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号８３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号８３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ４９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２３７】
ＩＣ５０
ＩＣ５０は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ５０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号８４である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ５０はｓｐｒ１２３６である（８４）。免疫化のためのＩＣ５０の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２０１）。
【０２３８】
本発明での使用に好ましいＩＣ５０ポリペプチドは、（ａ）配列番号８４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号８４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ５０タンパク質には、配列番号８４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号８４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号８４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ５０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２３９】
ＩＣ５１
ＩＣ５１はプロテアーゼである。参考のために、全長ＩＣ５１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号８５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ５１はｓｐｒ１２８４である（８４）。免疫化のためのＩＣ５１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２０２）。
【０２４０】
本発明での使用に好ましいＩＣ５１ポリペプチドは、（ａ）配列番号８５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号８５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ５１タンパク質には、配列番号８５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号８５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号８５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ５１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２４１】
ＩＣ５２
ＩＣ５２は、参考文献１０中で、オキシドレダクターゼまたはアルド／ケトレダクターゼと注釈されている。参考のために、全長ＩＣ５２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号８６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ５２はｓｐｒ１３３２である（８４）。免疫化のためのＩＣ５２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２０３）。
【０２４２】
本発明での使用に好ましいＩＣ５２ポリペプチドは、（ａ）配列番号８６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号８６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ５２タンパク質には、配列番号８６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号８６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号８６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ５２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２４３】
ＩＣ５３
ＩＣ５３は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ５３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号８７である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ５３はｓｐｒ１３７０である（８４）。免疫化のためのＩＣ５３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２０４）。
【０２４４】
本発明での使用に好ましいＩＣ５３ポリペプチドは、（ａ）配列番号８７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号８７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ５３タンパク質には、配列番号８７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号８７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号８７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ５３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２４５】
ＩＣ５４
ＩＣ５４は保存ドメインタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ５４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号８８である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ５４はｓｐｒ１３７４である（８４）。免疫化のためのＩＣ５４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２０５）。
【０２４６】
本発明での使用に好ましいＩＣ５４ポリペプチドは、（ａ）配列番号８８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号８８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ５４タンパク質には、配列番号８８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号８８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号８８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ５４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２４７】
ＩＣ５５
ＩＣ５５はＡＢＣ輸送体基質結合タンパク質である。参考のために、全長ＩＣ５５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号８９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ５５はｓｐｒ１３８２である（８４）。免疫化のためのＩＣ５５の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２０６）。
【０２４８】
本発明での使用に好ましいＩＣ５５ポリペプチドは、（ａ）配列番号８９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号８９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ５５タンパク質には、配列番号８９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号８９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号８９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号８９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ５５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２４９】
ＩＣ５６
ＩＣ５６は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ５６のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号９０である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ５６はｓｐｒ１４５７である（８４）。免疫化のためのＩＣ５６の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２０８）。
【０２５０】
本発明での使用に好ましいＩＣ５６ポリペプチドは、（ａ）配列番号９０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号９０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ５６タンパク質には、配列番号９０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号９０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号９０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ５６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２５１】
ＩＣ５７
ＩＣ５７は細胞分裂開始タンパク質である。参考のために、全長ＩＣ５７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号９１である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ５７はｓｐｒ１５０５である（８４）。免疫化のためのＩＣ５７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２０９）。
【０２５２】
本発明での使用に好ましいＩＣ５７ポリペプチドは、（ａ）配列番号９１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号９１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ５７タンパク質には、配列番号９１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号９１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号９１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ５７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２５３】
ＩＣ５８
ＩＣ５８は、参考文献１０中で、ｙｌｍＦタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ５８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号９２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ５８はｓｐｒ１５０８である（８４）。免疫化のためのＩＣ５８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２１０）。
【０２５４】
本発明での使用に好ましいＩＣ５８ポリペプチドは、（ａ）配列番号９２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号９２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ５８タンパク質には、配列番号９２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号９２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号９２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ５８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２５５】
ＩＣ５９
ＩＣ５９はＮ−アセチルノイラミン酸リアーゼサブユニットである。参考のために、全長ＩＣ５９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号９３である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ５９はｓｐｒ１１８６である（８４）。免疫化のためのＩＣ５９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２１１）。
【０２５６】
本発明での使用に好ましいＩＣ５９ポリペプチドは、（ａ）配列番号９３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号９３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ５９タンパク質には、配列番号９３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号９３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号９３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ５９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２５７】
ＩＣ６０
ＩＣ６０は真核生物型セリン／トレオニンキナーゼ（ＳｔｋＰ）である。参考のために、全長ＩＣ６０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号９４である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ６０はｓｐｒ１５７７である（８４）。免疫化のためのＩＣ６０の使用は、参考文献１０に報告されており（参考文献１０中の配列番号２１４）、ＩＣ６０は参考文献１０中でリードワクチン候補であると報告されている。
【０２５８】
本発明での使用に好ましいＩＣ６０ポリペプチドは、（ａ）配列番号９４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号９４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ６０タンパク質には、配列番号９４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号９４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号９４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ６０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。さらに有用なフラグメントは、参考文献５９中で、配列番号２として開示されている（本明細書中の配列番号９４のアミノ酸３４５〜６５９に対応）。
【０２５９】
ＩＣ６１
ＩＣ６１はメチオニル−ｔＲＮＡホルミルトランスフェラーゼである。参考のために、全長ＩＣ６１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号９５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ６１はｓｐｒ１５８０である（８４）。免疫化のためのＩＣ６１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２１５）。
【０２６０】
本発明での使用に好ましいＩＣ６１ポリペプチドは、（ａ）配列番号９５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号９５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ６１タンパク質には、配列番号９５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号９５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号９５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ６１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２６１】
ＩＣ６２
ＩＣ６２はトランスロカーゼである。参考のために、全長ＩＣ６２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号９６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ６２はｓｐｒ１５４４である（８４）。免疫化のためのＩＣ６２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２１６）。
【０２６２】
本発明での使用に好ましいＩＣ６２ポリペプチドは、（ａ）配列番号９６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号９６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ６２タンパク質には、配列番号９６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号９６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号９６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ６２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２６３】
ＩＣ６３
ＩＣ６３は、参考文献１０中で、細胞壁表面アンカーファミリータンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ６３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号９７である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ６３はｓｐｒ１４０３である（８４）。免疫化のためのＩＣ６３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２１７）。
【０２６４】
本発明での使用に好ましいＩＣ６３ポリペプチドは、（ａ）配列番号９７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号９７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ６３タンパク質には、配列番号９７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号９７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号９７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ６３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２６５】
ＩＣ６４
ＩＣ６４は、参考文献１０中で、推定一般ストレスタンパク質２４と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ６４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号９８である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ６４はｓｐｒ１６２５である（８４）。免疫化のためのＩＣ６４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２１８）。
【０２６６】
本発明での使用に好ましいＩＣ６４ポリペプチドは、（ａ）配列番号９８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号９８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ６４タンパク質には、配列番号９８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号９８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号９８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ６４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２６７】
ＩＣ６５
ＩＣ６５はＡＢＣ輸送体ＡＴＰ結合タンパク質である。参考のために、全長ＩＣ６５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号９９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ６５はｓｐｒ１７０４である（８４）。免疫化のためのＩＣ６５の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２１９）。
【０２６８】
本発明での使用に好ましいＩＣ６５ポリペプチドは、（ａ）配列番号９９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号９９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ６５タンパク質には、配列番号９９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号９９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号９９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号９９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ６５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２６９】
ＩＣ６６
ＩＣ６６は、上記のように、ｓｐｒ１７０７のバリアントである。本発明での使用に有用なＩＣ６６ポリペプチドは、（ａ）配列番号１００に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１００の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ６６タンパク質には、配列番号１００のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１００由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１００の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１００のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０２７０】
ＩＣ６７
ＩＣ６７はサブチリシン様セリンプロテアーゼである。参考のために、全長ＩＣ６７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１０１である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ６７はｓｐｒ１７７１である（８４）。免疫化のためのＩＣ６７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２２２）。
【０２７１】
本発明での使用に好ましいＩＣ６７ポリペプチドは、（ａ）配列番号１０１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１０１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ６７タンパク質には、配列番号１０１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１０１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１０１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１０１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ６７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２７２】
ＩＣ６８
ＩＣ６８はＣｍｐ結合因子１である。参考のために、全長ＩＣ６８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１０２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ６８はｓｐｒ１７９４である（８４）。免疫化のためのＩＣ６８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２２３）。
【０２７３】
本発明での使用に好ましいＩＣ６８ポリペプチドは、（ａ）配列番号１０２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１０２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ６８タンパク質には、配列番号１０２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１０２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１０２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１０２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ６８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２７４】
ＩＣ６９
ＩＣ６９は、参考文献１０中で、細胞壁表面アンカーファミリータンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ６９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１０３である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ６９はｓｐｒ１８０６である（８４）。免疫化のためのＩＣ６９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２２４）。
【０２７５】
本発明での使用に好ましいＩＣ６９ポリペプチドは、（ａ）配列番号１０３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１０３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ６９タンパク質には、配列番号１０３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１０３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１０３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１０３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ６９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２７６】
ＩＣ７０
ＩＣ７０は異化代謝産物調節タンパク質Ａである。参考のために、全長ＩＣ７０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１０４である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ７０はｓｐｒ１８１３である（８４）。免疫化のためのＩＣ７０の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２２５）。
【０２７７】
本発明での使用に好ましいＩＣ７０ポリペプチドは、（ａ）配列番号１０４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１０４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ７０タンパク質には、配列番号１０４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１０４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１０４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１０４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ７０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２７８】
ＩＣ７１
ＩＣ７１はβ−グルコシダーゼである。参考のために、全長ＩＣ７１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１０５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ７１はｓｐｒ１８３３である（８４）。免疫化のためのＩＣ７１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２２６）。
【０２７９】
本発明での使用に好ましいＩＣ７１ポリペプチドは、（ａ）配列番号１０５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１０５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ７１タンパク質には、配列番号１０５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１０５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１０５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１０５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ７１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２８０】
ＩＣ７２
ＩＣ７２は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ７２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１０６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ７２はｓｐｒ１８３８である（８４）。免疫化のためのＩＣ７２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２２７）。
【０２８１】
本発明での使用に好ましいＩＣ７２ポリペプチドは、（ａ）配列番号１０６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１０６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ７２タンパク質には、配列番号１０６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１０６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１０６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１０６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ７２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２８２】
ＩＣ７３
ＩＣ７３は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ７３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１０７である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ７３はｓｐｒ１８５０である（８４）。免疫化のためのＩＣ７３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２２８）。
【０２８３】
本発明での使用に好ましいＩＣ７３ポリペプチドは、（ａ）配列番号１０７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１０７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ７３タンパク質には、配列番号１０７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１０７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１０７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１０７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ７３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２８４】
ＩＣ７４
ＩＣ７４は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ７４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１０８である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ７４はｓｐｒ１８５９である（８４）。免疫化のためのＩＣ７４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２２９）。
【０２８５】
本発明での使用に好ましいＩＣ７４ポリペプチドは、（ａ）配列番号１０８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１０８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ７４タンパク質には、配列番号１０８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１０８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１０８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１０８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ７４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２８６】
ＩＣ７５
ＩＣ７５はコンピテンスタンパク質である。参考のために、全長ＩＣ７５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１０９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ７５はｓｐｒ１８６２である（８４）。免疫化のためのＩＣ７５の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２３０）。
【０２８７】
本発明での使用に好ましいＩＣ７５ポリペプチドは、（ａ）配列番号１０９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１０９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ７５タンパク質には、配列番号１０９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１０９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１０９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１０９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ７５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２８８】
ＩＣ７６
ＩＣ７６はＵＴＰ−グルコース−１−リン酸ウリジリルトランスフェラーゼである。参考のために、全長ＩＣ７６のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１１０である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ７６はｓｐｒ１９０３である（８４）。免疫化のためのＩＣ７６の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２３１）。
【０２８９】
本発明での使用に好ましいＩＣ７６ポリペプチドは、（ａ）配列番号１１０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ７６タンパク質には、配列番号１１０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ７６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２９０】
ＩＣ７７
ＩＣ７７はペニシリン結合タンパク質１ｂである。参考のために、全長ＩＣ７７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１１１である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ７７はｓｐｒ１９０９である（８４）。免疫化のためのＩＣ７７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２３２）。
【０２９１】
本発明での使用に好ましいＩＣ７７ポリペプチドは、（ａ）配列番号１１１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ７７タンパク質には、配列番号１１１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ７７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２９２】
ＩＣ７８
ＩＣ７８はＡＢＣ輸送体基質結合タンパク質−マルトース／マルトデキストリンである。参考のために、全長ＩＣ７８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１１２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ７８はｓｐｒ１９１８である（８４）。免疫化のためのＩＣ７８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２３３）。
【０２９３】
本発明での使用に好ましいＩＣ７８ポリペプチドは、（ａ）配列番号１１２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ７８タンパク質には、配列番号１１２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ７８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２９４】
ＩＣ７９
ＩＣ７９は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ７９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１１３である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ７９はｓｐｒ２１２０である（８４）。免疫化のためのＩＣ７９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２３４）。
【０２９５】
本発明での使用に好ましいＩＣ７９ポリペプチドは、（ａ）配列番号１１３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ７９タンパク質には、配列番号１１３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ７９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２９６】
ＩＣ８０
ＩＣ８０は、推定トランスケトラーゼＮ末端部分である。参考のために、全長ＩＣ８０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１１４である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ８０はｓｐｒ１９３７である（８４）。免疫化のためのＩＣ８０の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２３５）。
【０２９７】
本発明での使用に好ましいＩＣ８０ポリペプチドは、（ａ）配列番号１１４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ８０タンパク質には、配列番号１１４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ８０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０２９８】
ＩＣ８１
ＩＣ８１はコリン結合タンパク質である。参考のために、全長ＩＣ８１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１１５である。そのＣ末端はＩＣ３に関連する。免疫化のためのＩＣ８１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２３６）。
【０２９９】
本発明での使用に好ましいＩＣ８１ポリペプチドは、（ａ）配列番号１１５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ８１タンパク質には、配列番号１１５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ８１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３００】
ＩＣ８２
ＩＣ８２はグリコシルヒドロラーゼ関連タンパク質である。参考のために、全長ＩＣ８２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１１６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ８２はｓｐｒ２１４１である（８４）。免疫化のためのＩＣ８２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２３７）。
【０３０１】
本発明での使用に好ましいＩＣ８２ポリペプチドは、（ａ）配列番号１１６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ８２タンパク質には、配列番号１１６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ８２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３０２】
ＩＣ８３
ＩＣ８３は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ８３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１１７である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ８３はｓｐｒ１９８３である（８４）。免疫化のためのＩＣ８３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２３８）。
【０３０３】
本発明での使用に好ましいＩＣ８３ポリペプチドは、（ａ）配列番号１１７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ８３タンパク質には、配列番号１１７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ８３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３０４】
ＩＣ８４
ＩＣ８４はクラスＩＩＩストレス応答関連ＡＴＰアーゼである。参考のために、全長ＩＣ８４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１１８である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ８４はｓｐｒ２０００である（８４）。免疫化のためのＩＣ８４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２４０）。
【０３０５】
本発明での使用に好ましいＩＣ８４ポリペプチドは、（ａ）配列番号１１８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ８４タンパク質には、配列番号１１８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ８４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３０６】
ＩＣ８５
ＩＣ８５は、上記の配列番号２３のバリアント（配列番号１１９）である。本発明での使用に有用なＩＣ８５ポリペプチドは、（ａ）配列番号１１９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１１９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ８５タンパク質には、配列番号１１９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１１９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１１９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１１９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０３０７】
ＩＣ８６
ＩＣ８６は５０Ｓリボゾームタンパク質Ｌ９である。参考のために、全長ＩＣ８６のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１２０である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ８６はｓｐｒ２００９である（８４）。免疫化のためのＩＣ８６の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２４２）。
【０３０８】
本発明での使用に好ましいＩＣ８６ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１２０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ８６タンパク質には、配列番号１２０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１２０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１２０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ８６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３０９】
ＩＣ８７
ＩＣ８７は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ８７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１６６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ８７はｓｐｒ０９８７である（８４）。免疫化のためのＩＣ８７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２８８）。
【０３１０】
本発明での使用に好ましいＩＣ８７ポリペプチドは、（ａ）配列番号１６６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１６６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ８７タンパク質には、配列番号１６６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１６６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１６６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１６６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ８７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３１１】
ＩＣ８８
ＩＣ８８はコリン結合タンパク質である。参考のために、全長ＩＣ８８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１２２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ８８はｓｐｒ１２７４である（８４）。免疫化のためのＩＣ８８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２４４）。
【０３１２】
本発明での使用に好ましいＩＣ８８ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１２２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ８８タンパク質には、配列番号１２２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１２２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１２２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ８８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３１３】
ＩＣ８９
ＩＣ８９は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ８９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１２３である。免疫化のためのＩＣ８９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２４５）。
【０３１４】
本発明での使用に好ましいＩＣ８９ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１２３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ８９タンパク質には、配列番号１２３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１２３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１２３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ８９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３１５】
ＩＣ９０
ＩＣ９０は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ９０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１２４である。免疫化のためのＩＣ９０の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２４６）。
【０３１６】
本発明での使用に好ましいＩＣ９０ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１２４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ９０タンパク質には、配列番号１２４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１２４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１２４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ９０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３１７】
ＩＣ９１
ＩＣ９１は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ９１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１２５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ９１はｓｐｒ０４１５である（８４）。免疫化のためのＩＣ９１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２４７）。
【０３１８】
本発明での使用に好ましいＩＣ９１ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１２５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ９１タンパク質には、配列番号１２５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１２５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１２５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ９１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３１９】
ＩＣ９２
ＩＣ９２は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ９２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１２６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ９２はｓｐｒ０６９５である（８４）。免疫化のためのＩＣ９２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２４８）。
【０３２０】
本発明での使用に好ましいＩＣ９２ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１２６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ９２タンパク質には、配列番号１２６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１２６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１２６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ９２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３２１】
ＩＣ９３
ＩＣ９３は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ９３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１２７である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ９３はｓｐｒ１３３４である（８４）。免疫化のためのＩＣ９３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２４９）。
【０３２２】
本発明での使用に好ましいＩＣ９３ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１２７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ９３タンパク質には、配列番号１２７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１２７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１２７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ９３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３２３】
ＩＣ９４
ＩＣ９４は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ９４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１２８である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ９４はｓｐｒ０２４２である（８４）。免疫化のためのＩＣ９４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２５０）。
【０３２４】
本発明での使用に好ましいＩＣ９４ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１２８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ９４タンパク質には、配列番号１２８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１２８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１２８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ９４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３２５】
ＩＣ９５
ＩＣ９５は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ９５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１２９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ９５はｓｐｒ１３６７である（８４）。免疫化のためのＩＣ９５の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２５１）。
【０３２６】
本発明での使用に好ましいＩＣ９５ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１２９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ９５タンパク質には、配列番号１２９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１２９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１２９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ９５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３２７】
ＩＣ９６
ＩＣ９６は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ９６のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１３０である。免疫化のためのＩＣ９６の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２５２）。
【０３２８】
本発明での使用に好ましいＩＣ９６ポリペプチドは、（ａ）配列番号１３０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１３０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ９６タンパク質には、配列番号１３０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１３０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１３０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ９６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３２９】
ＩＣ９７
ＩＣ９７は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ９７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１３１である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ９７はｓｐｒ１５０２である（８４）。免疫化のためのＩＣ９７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２５３）。
【０３３０】
本発明での使用に好ましいＩＣ９７ポリペプチドは、（ａ）配列番号１３１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１３１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ９７タンパク質には、配列番号１３１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１３１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１３１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ９７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３３１】
ＩＣ９８
ＩＣ９８は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ９８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１３２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ９８はｓｐｒ０７３０である（８４）。免疫化のためのＩＣ９８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２５４）。
【０３３２】
本発明での使用に好ましいＩＣ９８ポリペプチドは、（ａ）配列番号１３２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１３２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ９８タンパク質には、配列番号１３２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１３２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１３２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ９８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３３３】
ＩＣ９９
ＩＣ９９は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ９９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１３３である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ９９はｓｐｒ１９６１である（８４）。免疫化のためのＩＣ９９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２５５）。
【０３３４】
本発明での使用に好ましいＩＣ９９ポリペプチドは、（ａ）配列番号１３３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１３３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ９９タンパク質には、配列番号１３３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１３３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１３３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ９９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３３５】
ＩＣ１００
ＩＣ１００は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１００のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１３４である。免疫化のためのＩＣ１００の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２５６）。
【０３３６】
本発明での使用に好ましいＩＣ１００ポリペプチドは、（ａ）配列番号１３４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１３４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１００タンパク質には、配列番号１３４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１３４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１３４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１００の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３３７】
ＩＣ１０１
ＩＣ１０１は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１０１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１３５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１０１はｓｐｒ０５１６である（８４）。免疫化のためのＩＣ１０１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２５７）。
【０３３８】
本発明での使用に好ましいＩＣ１０１ポリペプチドは、（ａ）配列番号１３５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１３５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１０１タンパク質には、配列番号１３５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１３５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１３５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１０１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３３９】
ＩＣ１０２
ＩＣ１０２は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１０２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１３６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１０２はｓｐｒ１７８５である（８４）。免疫化のためのＩＣ１０２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２５８）。
【０３４０】
本発明での使用に好ましいＩＣ１０２ポリペプチドは、（ａ）配列番号１３６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１３６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１０２タンパク質には、配列番号１３６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１３６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１３６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１０２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３４１】
ＩＣ１０３
ＩＣ１０３は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１０３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１３７である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１０３はｓｐｒ０２１５である（８４）。免疫化のためのＩＣ１０３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２５９）。
【０３４２】
本発明での使用に好ましいＩＣ１０３ポリペプチドは、（ａ）配列番号１３７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１３７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１０３タンパク質には、配列番号１３７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１３７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１３７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１０３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３４３】
ＩＣ１０４
ＩＣ１０４は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１０４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１３８である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１０４はｓｐｒ１８１５である（８４）。免疫化のためのＩＣ１０４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２６０）。
【０３４４】
本発明での使用に好ましいＩＣ１０４ポリペプチドは、（ａ）配列番号１３８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１３８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１０４タンパク質には、配列番号１３８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１３８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１３８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１０４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３４５】
ＩＣ１０５
ＩＣ１０５は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１０５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１３９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１０５はｓｐｒ０１０２である（８４）。免疫化のためのＩＣ１０５の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２６１）。
【０３４６】
本発明での使用に好ましいＩＣ１０５ポリペプチドは、（ａ）配列番号１３９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１３９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１０５タンパク質には、配列番号１３９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１３９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１３９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１３９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１０５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３４７】
ＩＣ１０６
ＩＣ１０６は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１０６のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１４０である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１０６はｓｐｒ１９９４である（８４）。免疫化のためのＩＣ１０６の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２６２）。
【０３４８】
本発明での使用に好ましいＩＣ１０６ポリペプチドは、（ａ）配列番号１４０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１４０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１０６タンパク質には、配列番号１４０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１４０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１４０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１０６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３４９】
ＩＣ１０７
ＩＣ１０７は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１０７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１４１である。免疫化のためのＩＣ１０７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２６３）。
【０３５０】
本発明での使用に好ましいＩＣ１０７ポリペプチドは、（ａ）配列番号１４１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１４１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１０７タンパク質には、配列番号１４１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１４１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１４１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１０７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３５１】
ＩＣ１０８
ＩＣ１０８は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１０８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１４２である。免疫化のためのＩＣ１０８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２６４）。
【０３５２】
本発明での使用に好ましいＩＣ１０８ポリペプチドは、（ａ）配列番号１４２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１４２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１０８タンパク質には、配列番号１４２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１４２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１４２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１０８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３５３】
ＩＣ１０９
ＩＣ１０９は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１０９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１４３である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１０９はｓｐｒ０３０９である（８４）。免疫化のためのＩＣ１０９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２６５）。
【０３５４】
本発明での使用に好ましいＩＣ１０９ポリペプチドは、（ａ）配列番号１４３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１４３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１０９タンパク質には、配列番号１４３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１４３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１４３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１０９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３５５】
ＩＣ１１０
ＩＣ１１０は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１１０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１４４である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１１０はｓｐｒ１０７０である（８４）。免疫化のためのＩＣ１１０の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２６６）。
【０３５６】
本発明での使用に好ましいＩＣ１１０ポリペプチドは、（ａ）配列番号１４４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１４４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１１０タンパク質には、配列番号１４４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１４４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１４４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１１０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３５７】
ＩＣ１１１
ＩＣ１１１は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１１１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１４５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１１１はｓｐｒ０２５８である（８４）。免疫化のためのＩＣ１１１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２６７）。
【０３５８】
本発明での使用に好ましいＩＣ１１１ポリペプチドは、（ａ）配列番号１４５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１４５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１１１タンパク質には、配列番号１４５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１４５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１４５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１１１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３５９】
ＩＣ１１２
ＩＣ１１２は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１１２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１４６である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１１２はｓｐｒ０２５４である（８４）。免疫化のためのＩＣ１１２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２６８）。
【０３６０】
本発明での使用に好ましいＩＣ１１２ポリペプチドは、（ａ）配列番号１４６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１４６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１１２タンパク質には、配列番号１４６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１４６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１４６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１１２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３６１】
ＩＣ１１３
ＩＣ１１３は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１１３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１４７である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１１３はｓｐｒ０１７１である（８４）。免疫化のためのＩＣ１１３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２６９）。
【０３６２】
本発明での使用に好ましいＩＣ１１３ポリペプチドは、（ａ）配列番号１４７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１４７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１１３タンパク質には、配列番号１４７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１４７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１４７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１１３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３６３】
ＩＣ１１４
ＩＣ１１４は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１１４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１４８である。免疫化のためのＩＣ１１４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２７０）。
【０３６４】
本発明での使用に好ましいＩＣ１１４ポリペプチドは、（ａ）配列番号１４８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１４８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１１４タンパク質には、配列番号１４８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１４８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１４８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１１４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３６５】
ＩＣ１１５
ＩＣ１１５は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１１５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１４９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１１５はｓｐｒ０４６４である（８４）。免疫化のためのＩＣ１１５の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２７１）。
【０３６６】
本発明での使用に好ましいＩＣ１１５ポリペプチドは、（ａ）配列番号１４９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１４９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１１５タンパク質には、配列番号１４９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１４９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１４９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１４９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１１５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３６７】
ＩＣ１１６
ＩＣ１１６は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１１６のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１５０である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１１６はｓｐｒ００２６である（８４）。免疫化のためのＩＣ１１６の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２７２）。
【０３６８】
本発明での使用に好ましいＩＣ１１６ポリペプチドは、（ａ）配列番号１５０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１５０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１１６タンパク質には、配列番号１５０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１５０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１５０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１１６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３６９】
ＩＣ１１７
ＩＣ１１７は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１１７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１５１である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１１７はｓｐｒ１６５２である（８４）。免疫化のためのＩＣ１１７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２７３）。
【０３７０】
本発明での使用に好ましいＩＣ１１７ポリペプチドは、（ａ）配列番号１５１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１５１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１１７タンパク質には、配列番号１５１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１５１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１５１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１１７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３７１】
ＩＣ１１８
ＩＣ１１８は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１１８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１５２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１１８はｓｐｒ１７８３である（８４）。免疫化のためのＩＣ１１８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２７４）。
【０３７２】
本発明での使用に好ましいＩＣ１１８ポリペプチドは、（ａ）配列番号１５２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１５２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１１８タンパク質には、配列番号１５２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１５２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１５２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１１８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３７３】
ＩＣ１１９
ＩＣ１１９は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１１９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１５３である。免疫化のためのＩＣ１１９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２７５）。
【０３７４】
本発明での使用に好ましいＩＣ１１９ポリペプチドは、（ａ）配列番号１５３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１５３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１１９タンパク質には、配列番号１５３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１５３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１５３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１１９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３７５】
ＩＣ１２０
ＩＣ１２０は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１２０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１５４である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１２０はｓｐｒ１１５３である（８４）。免疫化のためのＩＣ１２０の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２７６）。
【０３７６】
本発明での使用に好ましいＩＣ１２０ポリペプチドは、（ａ）配列番号１５４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１５４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１２０タンパク質には、配列番号１５４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１５４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１５４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１２０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３７７】
ＩＣ１２１
ＩＣ１２１は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１２１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１５５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１２１はｓｐｒ１９７７である（８４）。免疫化のためのＩＣ１２１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２７７）。
【０３７８】
本発明での使用に好ましいＩＣ１２１ポリペプチドは、（ａ）配列番号１５５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１５５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１２１タンパク質には、配列番号１５５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１５５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１５５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１２１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３７９】
ＩＣ１２２
ＩＣ１２２は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１２２のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１５６である。免疫化のためのＩＣ１２２の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２７８）。
【０３８０】
本発明での使用に好ましいＩＣ１２２ポリペプチドは、（ａ）配列番号１５６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１５６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１２２タンパク質には、配列番号１５６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１５６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１５６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１２２の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３８１】
ＩＣ１２３
ＩＣ１２３は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１２３のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１５７である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１２３はｓｐｒ１０４９である（８４）。免疫化のためのＩＣ１２３の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２７９）。
【０３８２】
本発明での使用に好ましいＩＣ１２３ポリペプチドは、（ａ）配列番号１５７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１５７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１２３タンパク質には、配列番号１５７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１５７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１５７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１２３の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３８３】
ＩＣ１２４
ＩＣ１２４は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１２４のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１５８である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１２４はｓｐｒ１８１１である（８４）。免疫化のためのＩＣ１２４の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２８０）。
【０３８４】
本発明での使用に好ましいＩＣ１２４ポリペプチドは、（ａ）配列番号１５８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１５８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１２４タンパク質には、配列番号１５８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１５８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１５８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１２４の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３８５】
ＩＣ１２５
ＩＣ１２５は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１２５のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１５９である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１２５はｓｐｒ０３８１である（８４）。免疫化のためのＩＣ１２５の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２８１）。
【０３８６】
本発明での使用に好ましいＩＣ１２５ポリペプチドは、（ａ）配列番号１５９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１５９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１２５タンパク質には、配列番号１５９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１５９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１５９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１５９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１２５の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３８７】
ＩＣ１２６
ＩＣ１２６は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１２６のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１６０である。免疫化のためのＩＣ１２６の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２８２）。
【０３８８】
本発明での使用に好ましいＩＣ１２６ポリペプチドは、（ａ）配列番号１６０に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１６０の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１２６タンパク質には、配列番号１６０のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１６０由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１６０の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１６０のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１２６の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３８９】
ＩＣ１２７
ＩＣ１２７は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１２７のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１６１である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１２７はｓｐｒ００６１である（８４）。免疫化のためのＩＣ１２７の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２８３）。
【０３９０】
本発明での使用に好ましいＩＣ１２７ポリペプチドは、（ａ）配列番号１６１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１６１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１２７タンパク質には、配列番号１６１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１６１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１６１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１６１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１２７の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３９１】
ＩＣ１２８
ＩＣ１２８は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１２８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１６２である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１２８はｓｐｒ０６４１である（８４）。免疫化のためのＩＣ１２８の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２８４）。
【０３９２】
本発明での使用に好ましいＩＣ１２８ポリペプチドは、（ａ）配列番号１６２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１６２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１２８タンパク質には、配列番号１６２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１６２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１６２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１６２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１２８の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３９３】
ＩＣ１２９
ＩＣ１２９は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１２９のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１６３である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１２９はｓｐｒ１２０５である（８４）。免疫化のためのＩＣ１２９の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２８５）。
【０３９４】
本発明での使用に好ましいＩＣ１２９ポリペプチドは、（ａ）配列番号１６３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１６３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１２９タンパク質には、配列番号１６３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１６３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１６３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１６３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１２９の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３９５】
ＩＣ１３０
ＩＣ１３０は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１３０のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１６４である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１３０はｓｐｒ１８４１である（８４）。免疫化のためのＩＣ１３０の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２８６）。
【０３９６】
本発明での使用に好ましいＩＣ１３０ポリペプチドは、（ａ）配列番号１６４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１６４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１３０タンパク質には、配列番号１６４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１６４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１６４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１６４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１３０の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３９７】
ＩＣ１３１
ＩＣ１３１は、参考文献１０中で、仮説上のタンパク質と注釈されている。参考のために、全長ＩＣ１３１のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１６５である。Ｒ６ゲノム中で、ＩＣ１３１はｓｐｒ１７７７である（８４）。免疫化のためのＩＣ１３１の使用は、参考文献１０に報告されている（参考文献１０中の配列番号２８７）。
【０３９８】
本発明での使用に好ましいＩＣ１３１ポリペプチドは、（ａ）配列番号１６５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１６５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＩＣ１３１タンパク質には、配列番号１６５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１６５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１６５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１６５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。ＩＣ１３１の免疫原性フラグメントは、参考文献１０の表１で同定されている。
【０３９９】
ｓｐｒ０２２２
元の「ｓｐｒ０２２２」配列は、参考文献２２８中で、「ＡＢＣ輸送体ＡＴＰ結合タンパク質−鉄輸送」と注釈されていた（ＧＩ：１５４５７７６８を参照のこと）。参考のために、Ｒ６株中で見出される全長ｓｐｒ０２２２のアミノ酸配列を、本明細書中で配列番号１２１と示す。免疫化でのその使用は、参考文献５で示唆されている。
【０４００】
本発明での使用に好ましいｓｐｒ０２２２ポリペプチドは、（ａ）配列番号１２１に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１２１の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのｓｐｒ０２２２タンパク質には、配列番号１２１のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１２１由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１２１の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１２１のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０４０１】
ＣｂｉＯ
ＣｂｉＯは、コバルト輸送体ＡＴＰ結合サブユニットと注釈されている。参考のために、全長ＣｂｉＯのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１６７である。Ｒ６ゲノム中で、ＣｂｉＯはｓｐｒ２０２５である（８４）。免疫化のためのＣｂｉＯの使用は、参考文献６に報告されている（参考文献６中の「ＩＤ２」）。
【０４０２】
本発明での使用に好ましいＣｂｉＯポリペプチドは、（ａ）配列番号１６７に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１６７の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＣｂｉＯタンパク質には、配列番号１６７のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１６７由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１６７の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１６７のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０４０３】
３０Ｓリボゾームタンパク質Ｓ８
参考のために、３０Ｓリボゾームタンパク質Ｓ８のアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１６８である。Ｒ６ゲノム中で、Ｓ８サブユニットはｓｐｒ０２０３である（８４）。
【０４０４】
本発明での使用に好ましいＳ８ポリペプチドは、（ａ）配列番号１６８に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１６８の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＳ８タンパク質には、配列番号１６８のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１６８由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１６８の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１６８のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０４０５】
ＲｒｇＡ
ＲｒｇＡは肺炎球菌線毛の表面サブユニットの１つであり（７９、８０）、重要なアドヘシンである（８１）。少なくとも２つのＲｒｇＡの対立遺伝子形態が存在し、参考のために、そのアミノ酸配列は本明細書中の配列番号１７２および１７９である。２つの対立遺伝子は、そのＮ末端およびＣ末端で十分に保存されているが、中間は逸脱している。
【０４０６】
本発明での使用に好ましいＲｒｇＡポリペプチドは、（ａ）配列番号１７２に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１７２の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＲｒｇＡタンパク質には、配列番号１７２のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１７２由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１７２の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１７２のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。１つの適切なフラグメントは配列番号１９２であり、これは天然のリーダーペプチド配列およびソルターゼ認識配列が省かれている。
【０４０７】
本発明での使用に好ましいＲｒｇＡ他のポリペプチドは、（ａ）配列番号１７９に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１７９の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＲｒｇＡタンパク質には、配列番号１７９のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１７９由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１７９の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１７９のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。１つの適切なフラグメントは配列番号１９１であり、これは天然のリーダーペプチド配列およびソルターゼ認識配列が省かれている。
【０４０８】
ＲｒｇＢ
ＲｒｇＢは、肺炎球菌線毛の表面サブユニットの１つである（７９、８０）。少なくとも３つのＲｒｇＢの対立遺伝子形態が存在し、参考のために、そのアミノ酸配列は本明細書中の配列番号１７３、１７４、および１７５である。３つの対立遺伝子は、そのＮ末端およびＣ末端で十分に保存されているが、中間は逸脱している。
【０４０９】
本発明での使用に好ましいＲｒｇＢポリペプチドは、（ａ）配列番号１７３に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１７３の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＲｒｇＢタンパク質には、配列番号１７３のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１７３由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１７３の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１７３のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０４１０】
本発明での使用に好ましい他のＲｒｇＢポリペプチドは、（ａ）配列番号１７４に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１７４の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＲｒｇＢタンパク質には、配列番号１７４のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１７４由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１７４の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１７４のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０４１１】
本発明での使用に好ましい他のＲｒｇＢポリペプチドは、（ａ）配列番号１７５に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１７５の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＲｒｇＢタンパク質には、配列番号１７５のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１７５由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１７５の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１７５のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０４１２】
ＲｒｇＣ
ＲｒｇＣは、肺炎球菌線毛の表面サブユニットの１つである（７９、８０）。参考のために、ＲｒｇＣのアミノ酸配列は、本明細書中で配列番号１７６である。
【０４１３】
本発明での使用に好ましいＲｒｇＣポリペプチドは、（ａ）配列番号１７６に対して５０％以上の同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、そして／または（ｂ）「ｎ」が７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれを超える）である、配列番号１７６の少なくとも「ｎ」個の連続するアミノ酸のフラグメントを含むアミノ酸配列を含む。これらのＲｒｇＣタンパク質には、配列番号１７６のバリアントが含まれる。好ましい（ｂ）のフラグメントは、配列番号１７６由来のエピトープを含む。他の好ましいフラグメントは、配列番号１７６の少なくとも１つのエピトープを保持しながら配列番号１７６のＣ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）および／またはＮ末端由来の１つまたは複数のアミノ酸（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、またはそれを超える）を欠く。他のフラグメントは、１つまたは複数のタンパク質ドメインが省かれている。
【０４１４】
ハイブリッドポリペプチド
本発明で使用される肺炎球菌抗原は、個別のポリペプチドとして組成物中に存在し得る。しかし、１つを超える抗原を使用する場合、これらは個別のポリペプチドとして存在する必要はない。その代わりに、少なくとも２つの（例えば、２、３、４、５、またはそれを超える）抗原を単一ポリペプチド鎖（「ハイブリッド」ポリペプチド）として発現することができる。ハイブリッドポリペプチドにより、以下の２つの主な利点が得られる：第１に、単独で不安定であり得るか不十分に発現し得るポリペプチドを、この問題を克服する適切なハイブリッドパートナーの富化によって評価することができること。第２に、共に抗原的に有用である２つのポリペプチドを産生するために使用する必要がある唯一の発現および精製として商業的製造が簡潔にされること。
【０４１５】
ハイブリッドポリペプチドは、第１の抗原群由来の２つ以上のポリペプチド配列を含むことができる。ハイブリッドポリペプチドは、第１の抗原群由来の１つまたは複数のポリペプチド配列および第２の抗原群由来の１つまたは複数のポリペプチド配列を含むことができる。ハイブリッドポリペプチドは、第１の抗原群由来の１つまたは複数のポリペプチド配列および第３の抗原群由来の１つまたは複数のポリペプチド配列を含むことができる。ハイブリッドポリペプチドは、第２の抗原群由来の１つまたは複数のポリペプチド配列および第３の抗原群由来の１つまたは複数のポリペプチド配列を含むことができる。ハイブリッドポリペプチドは、第７の抗原群由来の２つ以上のポリペプチド配列を含むことができる。ハイブリッドポリペプチドは、第８の抗原群由来の２つ以上のポリペプチド配列を含むことができる。ハイブリッドポリペプチドは、第９の抗原群由来の２つ以上のポリペプチド配列を含むことができる。ハイブリッドポリペプチドは、第１０の抗原群由来の２つ以上のポリペプチド配列を含むことができる。さらに、ハイブリッドポリペプチドは、上記列挙の各抗原由来の２つ以上のポリペプチド配列、または配列が株によって部分的に変動する場合の同一抗原の２つ以上のバリアントを含むことができる。
【０４１６】
２、３、４、５、６、７、８、９、または１０種の肺炎球菌抗原由来のアミノ酸配列からなるハイブリッドが有用である。特に、２、３、４、または５種の肺炎球菌抗原由来のアミノ酸配列からなるハイブリッドが好ましい（２種または３種の肺炎球菌抗原など）。
【０４１７】
異なるハイブリッドポリペプチドを、単一処方物中で共に混合することができる。ハイブリッドを、第１、第２、または第３の抗原群から選択される非ハイブリッド抗原と組み合わせることができる。かかる組み合わせのうち、肺炎球菌抗原は、１つを超えるハイブリッドポリペプチド中に存在することができ、そして／または非ハイブリッドポリペプチドとして存在することができる。しかし、抗原はハイブリッドまたは非ハイブリッドのいずれかとして存在し、両方として存在しないことが好ましい。
【０４１８】
ハイブリッドポリペプチドを、上記のコンジュゲートまたは非肺炎球菌抗原と組み合わせることもできる。
【０４１９】
ハイブリッドポリペプチドを、式：ＮＨ２−Ａ−｛−Ｘ−Ｌ−｝ｎ−Ｂ−ＣＯＯＨ（式中、Ｘは上記の肺炎球菌抗原のアミノ酸配列であり、Ｌは任意選択的なリンカーアミノ酸配列であり、Ａは任意選択的なＮ末端アミノ酸配列であり、Ｂは任意選択的なＣ末端アミノ酸配列であり、ｎは２以上の整数である（例えば、２、３、４、５、６など）によって示すことができる。通常、ｎは２または３である。
【０４２０】
−Ｘ−部分がその野生型形態のリーダーペプチド配列を有する場合、これはハイブリッドタンパク質中に含まれても省かれてもよい。いくつかの実施形態では、ハイブリッドタンパク質のＮ末端に存在する−Ｘ−部分のリーダーペプチド以外のリーダーペプチドが欠失するであろう（すなわち、Ｘ１のリーダーペプチドは保持されるが、Ｘ２〜Ｘｎのリーダーペプチドは省略されるであろう）。これは、全リーダーペプチドの欠失および−Ａ−部分としてのＸ１のリーダーペプチドの使用に等しい。
【０４２１】
｛−Ｘ−Ｌ−｝の各ｎの例について、リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は存在しても存在しなくても良い。例えば、ｎ＝２の場合、ハイブリッドはＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨなどであり得る。リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は、典型的には短いであろう（例えば、２０個以下のアミノ酸（すなわち、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１個））。例には、クローニングを容易にする短いペプチド配列（ポリグリシンリンカー（すなわち、Ｇｌｙｎ（式中、ｎ＝２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超える）を含む）およびヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ（式中、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超える））が含まれる。他の適切なリンカーアミノ酸配列は、当業者に明らかであろう。有用なリンカーは、ＧＳＧＧＧＧ（配列番号２３２）またはＧＳＧＳＧＧＧＧ（配列番号２３３）であり、これらは、Ｇｌｙ−ＳｅｒジペプチドがＢａｍＨＩ制限部位から形成されているため、クローニングおよび操作を補助し、（Ｇｌｙ）４テトラペプチドが典型的なポリグリシンリンカーである。特に最終的なＬｎとして使用するための他の適切なリンカーは、Ｌｅｕ−Ｇｌｕジペプチドまたは配列番号２３５である。
【０４２２】
−Ａ−は任意選択的なＮ末端アミノ酸配列である。これは、典型的には、短いであろう（例えば、４０個以下のアミノ酸（すなわち、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１個））。例には、タンパク質輸送を指示するためのリーダー配列またはクローニングもしくは精製を容易にする短いペプチド配列（例えば、ヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ（式中、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超える）））が含まれる。他の適切なＮ末端アミノ酸配列は、当業者に明らかであろう。Ｘ１がそれ自体のＮ末端メチオニンを欠く場合、−Ａ−は、好ましくは、Ｎ末端メチオニン（例えば、Ｍｅｔ−Ａｌａ−Ｓｅｒ）または単一のＭｅｔ残基を提供するオリゴペプチド（例えば、１、２、３、４、５、６、７、または８アミノ酸を有する）である。
【０４２３】
−Ｂ−は任意選択的なＣ末端アミノ酸配列である。これは、典型的には、短いであろう（例えば、４０個以下のアミノ酸（すなわち、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１個））。例には、タンパク質輸送を指示するための配列、クローニングもしくは精製を容易にする短いペプチド配列（例えば、ヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ（式中、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超える）を含む）（配列番号２３４など））、またはタンパク質安定性を増強する配列が含まれる。他の適切なＣ末端アミノ酸配列は、当業者に明らかであろう。
【０４２４】
ハイブリッドの例には、ｓｐｒ２０２１〜ｓｐｒ００５７（例えば、配列番号１９３）；ｓｐｒ２０２１〜ｓｐｒ００９６（例えば、配列番号１９４）；ｓｐｒ２０２１〜ｓｐｒ０５６５（例えば、配列番号１９５または配列番号１９６または配列番号１９７）；ｓｐｒ２０２１〜ＲｒｇＡ（例えば、配列番号１９８）；ｓｐｒ００５７〜ｓｐｒ２０２１（例えば、配列番号１９９）；ｓｐｒ００５７〜ｓｐｒ００９６（例えば、配列番号２００）；ｓｐｒ００５７〜ＲｒｇＡ（例えば、配列番号２０１）；ｓｐｒ００５７〜ｓｐｒ０５６５（例えば、配列番号２０２または配列番号２０３または配列番号２０４）；ｓｐｒ００９６〜ｓｐｒ２０２１（例えば、配列番号２０５）；ｓｐｒ００９６〜ｓｐｒ００５７（例えば、配列番号２０６）；ｓｐｒ００９６〜ＲｒｇＡ（例えば、配列番号２０７）；ｓｐｒ００９６〜ｓｐｒ０５６５（例えば、配列番号２０８または配列番号２０９または配列番号２１０）；ＲｒｇＡ〜ｓｐｒ２０２１（例えば、配列番号２１１）；ＲｒｇＡ〜ｓｐｒ０５６５（例えば、配列番号２１２または配列番号２１３または配列番号２１４）；ＲｒｇＡ〜ｓｐｒ００５７（例えば、配列番号２１５）；ＲｒｇＡ〜ｓｐｒ００９６（例えば、配列番号２１６）；ｓｐｒ０５６５〜ｓｐｒ００５７（例えば、配列番号２１７または配列番号２１８または配列番号２１９）；ｓｐｒ０５６５〜ｓｐｒ００９６（例えば、配列番号２２０または配列番号２２１または配列番号２２２）；ｓｐｒ０５６５〜ｓｐｒ２０２１（例えば、配列番号２２３または配列番号２２４または配列番号２２５）；またはｓｐｒ０５６５〜ＲｒｇＡ（例えば、配列番号２２６または配列番号２２７または配列番号２２８）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドが含まれる。
【０４２５】
本発明で使用されるポリペプチド
本発明で使用されるポリペプチドは、種々の形態（例えば、未変性形態、融合形態、グリコシル化形態、非グリコシル化形態、脂質付加形態、非脂質付加形態、リン酸化形態、非リン酸化形態、ミリストイル化形態、非ミリストイル化形態、単量体形態、多量体形態、粒子形態、変性形態など）を取ることができる。
【０４２６】
本発明で使用されるポリペプチドを、種々の手段（例えば、組換え発現、細胞培養物からの精製、化学合成など）によって調製することができる。特にハイブリッドポリペプチドに関しては、組換え発現タンパク質が好ましい。
【０４２７】
本発明で使用されるポリペプチドは、好ましくは精製形態または実質的に精製された形態（すなわち、他のポリペプチド（特に、他の連鎖球菌または宿主細胞のポリペプチド）を実質的に含まない（例えば、天然に存在するポリペプチドを含まない））で提供され、一般に、少なくとも純度約５０％（重量）、通常は少なくとも純度約９０％である（すなわち、組成物の約５０％未満、より好ましくは約１０％未満（例えば、５％））が他の発現されたポリペプチドで構成されている）。したがって、組成物中の抗原を、この分子が発現される全生物から分離する。
【０４２８】
本発明で使用されるポリペプチドは、好ましくは、肺炎球菌ポリペプチドである。
【０４２９】
用語「ポリペプチド」は、任意の長さのアミノ酸ポリマーをいう。ポリマーは直鎖または分岐であってよく、修飾アミノ酸を含むことができ、非アミノ酸によって中断されていてよい。この用語はまた、天然または介入（例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化）または任意の他の操作もしくは修飾（標識成分とのコンジュゲートなど）によって修飾されたアミノ酸ポリマーを含む。例えば、アミノ酸（例えば、  非天然アミノ酸などが含まれる）の１つまたは複数のアナログを含むポリペプチドおよび当該分野で公知の他の修飾物も含まれる。ポリペプチドは、単一の鎖または会合した鎖として存在することができる。
【０４３０】
本発明は、配列−Ｐ−Ｑ−または−Ｑ−Ｐ−（式中、−Ｐ−は上記定義のアミノ酸配列であり、−Ｑ−は上記定義の配列ではない）を含むポリペプチドを提供する（すなわち、本発明は、融合タンパク質を提供する）。−Ｐ−のＮ末端コドンがＡＴＧでないが、このコドンがポリペプチドのＮ末端に存在しない場合、Ｍｅｔよりもむしろこのコドンの標準的アミノ酸と翻訳されるであろう。しかし、このコドンがポリペプチドのＮ末端である場合、Ｍｅｔと翻訳されるであろう。−Ｑ−部分の例には、ヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ（式中、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれを超える））、マルトース結合タンパク質、またはグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）が含まれるが、これらに限定されない。
【０４３１】
本発明はまた、ポリペプチド発現を誘導する条件下にて本発明の核酸で形質転換した宿主細胞を培養する工程を含む、本発明のポリペプチドの産生プロセスを提供する。
【０４３２】
本発明のポリペプチドの発現は連鎖球菌中で起こり得るにもかかわらず、本発明は、通常、発現（組換え発現）のための異種宿主を使用するであろう。異種宿主は、原核生物（例えば、細菌）または真核生物であり得る。異種宿主はＥ．ｃｏｌｉであり得るが、他の適切な宿主には、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ（例えば、Ｍ．結核）、酵母などが含まれる。本発明のポリペプチドをコードする野生型肺炎球菌遺伝子と比較して、コードされたアミノ酸に影響を及ぼすことなくかかる宿主中での発現効率を至適化するようにコドンを変化させるのに役立つ。
【０４３３】
本発明は、化学的手順によってポリペプチドの少なくとも一部を合成する工程を含む、本発明のポリペプチドの産生プロセスを提供する。
【０４３４】
核酸
本発明はまた、本発明のポリペプチドおよびハイブリッドポリペプチドをコードする核酸を提供する。本発明はまた、１つまたは複数の本発明のポリペプチドまたはハイブリッドポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。
【０４３５】
本発明はまた、かかるヌクレオチド配列に対して配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。配列間の同一性を、好ましくは、上記のＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定する。かかる核酸には、同一のアミノ酸をコードする別のコドンを使用した核酸が含まれる。
【０４３６】
本発明はまた、これらの核酸とハイブリッド形成することができる核酸を提供する。ハイブリッド形成反応を、異なる「ストリンジェンシー」の条件下で行うことができる。ハイブリッド形成反応のストリンジェンシーを増加させる条件は、当該分野で広く知られており且つ公開されている（例えば、参考文献２８８の７．５２頁）。関連条件の例には（ストリンジェンシーの増加のための）、以下が含まれる：２５℃、３７℃、５０℃、５５℃、および６８℃のインキュベーション温度；１０×ＳＳＣ、６×ＳＳＣ、１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ（ここで、ＳＳＣは０．１５Ｍ  ＮａＣｌおよび１５ｍＭクエン酸緩衝液）の緩衝液濃度および他の緩衝液系を使用したその等価物；０％、２５％、５０％、および７５％のホルムアミド濃度；５分間〜２４時間のインキュベーション時間；１回、２回、またはそれを超える洗浄工程；１、２、または１５分間の洗浄物のインキュベーション時間；６×ＳＳＣ、１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣ、または脱イオン水の洗浄液。ハイブリッド形成技術およびその至適化は、当該分野で周知である（例えば、参考文献８２、８３、２８８、２９０などを参照のこと）。
【０４３７】
いくつかの実施形態では、本発明の核酸は低ストリンジェンシー条件下で標的とハイブリッド形成し、他の実施形態では、中ストリンジェンシー条件下でハイブリッド形成し、好ましい実施形態では、高ストリンジェンシー条件下でハイブリッド形成する。一連の低ストリンジェンシーハイブリッド形成条件の例は、５０℃および１０×ＳＳＣである。一連の中ストリンジェンシーハイブリッド形成条件の例は、５５℃および１×ＳＳＣである。一連の高ストリンジェンシーハイブリッド形成条件の例は、６８℃および０．１×ＳＳＣである。
【０４３８】
本発明は、これらの配列に相補的な配列を含む核酸を含む（例えば、アンチセンスもしくはプローブ用、またはプライマーとしての使用向け）。
【０４３９】
本発明の核酸を、ハイブリッド形成反応（例えば、ノーザンブロットまたはサザンブロットまたは核酸マイクロアレイもしくは「遺伝子クリップ」）、増幅反応（例えば、ＰＣＲ、ＳＤＡ、ＳＳＳＲ、ＬＣＲ、ＴＭＡ、ＮＡＳＢＡなど）、および他の核酸技術で使用することができる。
【０４４０】
本発明の核酸は、種々の形態（例えば、一本鎖、二本鎖、ベクター、プライマー、プローブ、標識形態など）を取ることができる。本発明の核酸は環状または分岐し得るが、一般に線状であろう。他で特定されていないか必要でない限り、核酸を使用する本発明の任意の実施形態は、二本鎖形態および二本鎖形態が作製される２つの各相補的一本鎖形態の両方を使用することができる。プライマーおよびプローブは、一般に一本鎖であり、アンチセンス核酸も同様である。
【０４４１】
本発明の核酸は、好ましくは、精製形態または実質的に精製された形態（すなわち、他の核酸（特に、他の肺炎球菌または宿主細胞の核酸）を実質的に含まない（例えば、天然に存在する核酸を含まない））で提供され、一般に、少なくとも純度約５０％（重量）、通常は少なくとも純度約９０％である。本発明の核酸は、好ましくは、肺炎球菌核酸である。
【０４４２】
本発明の核酸を、多数の方法（例えば、全部または部分的な化学合成（例えば、ＤＮＡのホスホルアミダイト合成）、ヌクレアーゼ（例えば、制限酵素）を使用した、より長い核酸の消化、ゲノムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリー由来のより短い核酸またはヌクレオチドの連結（例えば、リガーゼまたはポリメラーゼを使用）などによる）で調製することができる。
【０４４３】
本発明の核酸を、固体支持体（例えば、ビーズ、プレート、フィルター、フィルム、スライド、マイクロアレイ支持体、樹脂など）に付着させることができる。本発明の核酸を、例えば、放射性標識もしくは蛍光標識またはビオチン標識で標識することができる。これは、核酸を検出技術で使用する場合（例えば、核酸がプライマーまたはプローブである場合）に特に有用である。
【０４４４】
用語「核酸」には、一般的手段における任意の長さのヌクレオチド（デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、および／またはそのアナログを含む）の重合形態が含まれる。核酸には、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドが含まれる。核酸には、ＤＮＡまたはＲＮＡのアナログ（修飾された骨格（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡｓ）またはホスホロチオエート）または修飾された塩基を含むものなど）も含まれる。したがって、本発明は、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、リボザイム、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、組換え核酸、分岐核酸、プラスミド、ベクター、プローブ、プライマーなどを含む。本発明の核酸がＲＮＡ形態をとる場合、核酸は５’キャップを持っても持たなくても良い。
【０４４５】
本発明の核酸は、ベクターの一部（すなわち、１つまたは複数の細胞型の形質導入／トランスフェクションのためにデザインされた核酸構築物の一部）であり得る。ベクターは、例えば、挿入されたヌクレオチドの単離、増殖、および複製のためにデザインされた「クローニングベクター」、宿主細胞中でのヌクレオチド配列の発現のためにデザインされた「発現ベクター」、組換えウイルス粒子または組換えウイルス様粒子が産生されるようにデザインされた「ウイルスベクター」、または１つを超えるベクター型の特性を含む「シャトルベクター」であり得る。好ましいベクターはプラスミドである。「宿主細胞」には、外因性核酸のレシピエントであり得るか、外因性核酸のレシピエントであった各細胞または細胞培養物が含まれる。宿主細胞には単一宿主細胞の子孫が含まれ、子孫は、天然、偶然、または意図的な変異および／または変化によって（形態または全ＤＮＡ相補性において）元の親細胞と必ずしも完全に同一でなくてもよい。宿主細胞には、生体内または試験管内で本発明の核酸でトランスフェクトされたか感染された細胞が含まれる。
【０４４６】
核酸がＤＮＡである場合、ＲＮＡ配列中の「Ｕ」はＤＮＡ中で「Ｔ」に置き換えられると認識されるであろう。同様に核酸がＲＮＡである場合、ＤＮＡ配列中の「Ｔ」はＲＮＡ中の「Ｕ」に置き換えられると認識されるであろう。
【０４４７】
用語「相補物」または「相補性」は、核酸に関して使用する場合、ワトソン−クリック塩基対合をいう。したがって、Ｃの相補物はＧであり、Ｇの相補物はＣであり、Ａの相補物はＴ（またはＵ）であり、Ｔ（またはＵ）の相補物はＡである。例えば、相補ピリミジン（ＣまたはＴ）に対してＩ（プリンイノシン）などの塩基を使用することも可能である。
【０４４８】
本発明の核酸を使用して、例えば、生体サンプル中の核酸の検出のためのハイブリッド形成プローブとしてポリペプチドを産生し、核酸のさらなるコピーを生成し、一本鎖のＤＮＡプライマーもしくはプローブまたはオリゴヌクレオチドを形成する三本鎖としてリボザイムまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドを生成することができる。
【０４４９】
本発明は、核酸の一部または全部を、化学的手段を使用して合成する、本発明の核酸の産生プロセスを提供する。
【０４５０】
本発明は、本発明のヌクレオチド配列を含むベクター（例えば、クローニングベクターまたは発現ベクター）およびかかるベクターで形質転換された宿主細胞を提供する。
【０４５１】
本発明の核酸増幅は、定量的および／またはリアルタイムであり得る。
【０４５２】
本発明の一定の実施形態のために、核酸は、好ましくは少なくとも７ヌクレオチド長（例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２２５、２５０、２７５、３００ヌクレオチド、またはそれを超える）である。
【０４５３】
本発明の一定の実施形態のために、核酸は、好ましくは多くても５００ヌクレオチド長（例えば、４５０、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、１４０、１３０、１２０、１１０、１００、９０、８０、７５、７０、６５、６０、５５、５０、４５、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５ヌクレオチド、またはそれ未満）である。
【０４５４】
ハイブリッド形成のために使用される本発明のプライマーおよびプローブならびに他の核酸は、好ましくは、１０ヌクレオチド長と３０ヌクレオチド長との間（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０ヌクレオチド）である。
【０４５５】
株およびバリアント
「ｓｐｒ」命名法を参照することによって上記で抗原を定義する。この命名法は、Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのＲ６株における読み取り枠を固有に識別するために参考文献８４で使用したナンバリングをいう。任意の「ｓｐｒ」ナンバーについての基本参照配列を、公的な遺伝子データベースで容易に見出すことができる。例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＮＣ＿００３０９８（ＧＩ：１５９０２０４４）は完全なＲ６ゲノム配列（２，０３８，６１５ｂｐ）であり、各ｓｐｒ配列をゲノム配列の「フィーチャー」項目中の「ｌｏｃｕｓ＿ｔａｇ」エントリーとして示す。したがって、Ｒ６株についての任意の所与のｓｐｒナンバーについてのアミノ酸配列およびその天然のコード配列を明確に確立することができる。機能についての注釈も本データベースに示されている。
【０４５６】
本発明は、Ｒ６株由来の配列に制限されない。Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのいくつかの他の株のゲノム配列（２３Ｆ（８５）、６７０（８６）、およびＴＩＧＲ４（８７、８８、８９）が含まれる）が利用可能である。標準的な検索およびアラインメント技術を使用して、任意のこれらの（または他の）さらなるゲノム配列中のＲ６由来の任意の特定のｓｐｒ配列のホモログを同定することができる。さらに利用可能なＲ６（および他の）配列を使用して、他の株由来の相同配列の増幅のためのプライマーをデザインすることができる。したがって、本発明はＲ６配列に制限されず、むしろ、他のＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ株由来のかかるバリアントおよびホモログならびに非天然バリアントを含む。一般に、特定の配列番号の適切なバリアントには、その対立遺伝子バリアント、その多形、そのホモログ、そのオルソログ、そのパラログ、その変異体などが含まれる。
【０４５７】
したがって、例えば、本発明で使用されるポリペプチドを、Ｒ６参照配列と比較することができ、このポリペプチドは、１つまたは複数の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９個など）アミノ酸置換（保存的置換（すなわち、あるアミノ酸の関連する側鎖を有する別のアミン酸との置換）など）を含む。遺伝子コードされたアミノ酸は、一般に、以下の４つのファミリーに分類される：（１）酸性（すなわち、アスパラギン酸、グルタミン酸）；（２）塩基性（すなわち、リジン、アルギニン、ヒスチジン）；（３）無極性（すなわち、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）；および（４）非荷電性極性（すなわち、グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、トレオニン、チロシン）。フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンは、時折、集合的に芳香族アミノ酸と分類される。一般に、これらのファミリー内の単一アミノ酸の置換は、生物活性に大きな影響を及ぼさない。ポリペプチドはまた、Ｒ６配列と比較して１つまたは複数の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９個などの）単一アミノ酸欠失を含むことができる。ポリペプチドはまた、Ｒ６配列と比較して１つまたは複数の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９個などの）挿入（例えば、１、２、３、４、または５個の各アミノ酸）を含むことができる。
【０４５８】
同様に、本発明で使用されるポリペプチドは、以下：
（ａ）配列表中に開示の配列と同一（すなわち、１００％同一）であり、
（ｂ）配列表中に開示の配列と配列同一性（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれを超える）を有し、
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列と比較して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の（またはそれを超える）単一アミノ酸の変化（欠失、挿入、置換）（個別の位置であり得るか連続した位置であり得る）を有し、
（ｄ）ペアワイズアラインメントアルゴリズムを使用して配列表由来の特定の配列とアラインメントした場合、（ｐ個のアミノ酸に伸長するアラインメントについて、ｐ＞ｘの場合、ｐ−ｘ＋１個のかかるウィンドウが存在するように）Ｎ末端からＣ末端までのｘ個のアミノ酸の各ムービングウィンドウは、少なくともｘ・ｙ個の同一のアラインメントしたアミノ酸（ｘが２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００から選択される場合、ｙは０．５０、０．６０、０．７０、０．７５、０．８０、０．８５、０．９０、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９から選択され、ｘ・ｙが整数でない場合、最も近い整数に切り上げる）を有する、アミノ酸配列を含むことができる。好ましいペアワイズアラインメントアルゴリズムは、デフォルトパラメータ（例えば、ＥＢＬＯＳＵＭ６２スコア行列を使用したギャップオープンペナルティ＝１０．０およびギャップ伸長ペナルティ＝０．５を使用）を使用したＮｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈ大域アラインメントアルゴリズム（９０）である。このアルゴリズムは、ＥＭＢＯＳＳパッケージ中のｎｅｅｄｌｅツール中で都合よく実行される（９１）。
【０４５９】
ハイブリッドポリペプチドを使用する場合、ハイブリッド内の各抗原（すなわち、各−Ｘ−部分）は、１つまたは複数の株に由来し得る。ｎ＝２である場合、例えば、Ｘ２はＸ１と同一の株または異なる株に由来し得る。ｎ＝３である場合、株は、（ｉ）Ｘ１＝Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｉ）Ｘ１＝Ｘ２≠Ｘ３、（ｉｉｉ）Ｘ１≠Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｖ）Ｘ１≠Ｘ２≠Ｘ３、または（ｖ）Ｘ１＝Ｘ３≠Ｘ２などであり得る。
【０４６０】
群（ｃ）内で、欠失または置換は、Ｎ末端および／またはＣ末端に存在し得るか、２つの末端の間に存在し得る。したがって、短縮は、欠失の一例である。短縮は、Ｎ末端および／またはＣ末端での４０個まで（またはそれを超える）アミノ酸の欠失を含むことができる。
【０４６１】
一般に、本発明のポリペプチドが配列表由来の完全な肺炎球菌配列と同一でない配列を含む場合（例えば、配列表の配列と配列同一性が１００％未満の配列を含む場合か、そのフラグメントを含む場合）、各例で完全な肺炎球菌配列を認識する抗体をポリペプチドが誘発することができることが好ましい。
【０４６２】
変異細菌
本発明はまた、本発明の種々の抗原群由来の１つまたは複数の抗原がノックアウトされた肺炎球菌を提供する。ノックアウト細菌の産生技術は周知であり、ノックアウト肺炎球菌は報告されている。ノックアウト変異は、遺伝子のコード領域中に存在し得るか、その転写調節領域内（例えば、そのプロモーター内）に存在し得る。ノックアウト変異は、抗原をコードするｍＲＮＡレベルを野生型細菌によって産生されるレベルの１％未満、好ましくは０．５％未満、より好ましくは０．１％未満、最も好ましくは０％に減少させるであろう。
【０４６３】
本発明はまた、本発明の種々の抗原群由来の１つまたは複数の抗原がその活性を阻害する変異を有する肺炎球菌を提供する。抗原をコードする遺伝子は、コードされたアミノ酸配列を変化させる変異を有するであろう。変異は、欠失、置換、および／または挿入を含むことができ、そのいずれかはおそらく１つまたは複数のアミノ酸を含む。
【０４６４】
免疫原性組成物および薬物
本発明の免疫原性組成物は、ワクチンとして有用であり得る。本発明のワクチンは、予防用（すなわち、感染を防止する）または治療用（すなわち、感染を治療する）のいずれかであり得るが、典型的には予防用であろう。
【０４６５】
したがって、組成物は薬学的に許容可能であり得る。組成物は、通常、抗原に加えて成分を含むであろう（例えば、成分は、典型的には、１つまたは複数の薬学的キャリアおよび／または賦形剤を含む）。かかる成分の徹底的な考察は、参考文献２８５にある。
【０４６６】
組成物を、一般に、水性形態で哺乳動物に投与するであろう。しかし、投与前に、組成物は非水性形態であってよい。例えば、ワクチンによっては水性形態で製造され、その後に水性形態でも充填、配布、および投与されるにもかかわらず、他のワクチンは製造時に凍結乾燥され、使用時に水性形態に再構成される。したがって、本発明の組成物を乾燥させることができる（凍結乾燥処方物など）。
【０４６７】
組成物は、防腐剤（チオメルサールまたは２−フェノキシエタノールなど）を含むことができる。しかし、ワクチンは、好ましくは、水銀剤を実質的に含まないことが好ましい（すなわち、５μｇ／ｍｌ未満）（例えば、チオメルサールを含まない）。水銀を含まないワクチンがより好ましい。無防腐剤ワクチンが特に好ましい。
【０４６８】
熱安定性を改善するために、組成物は温度保護剤（ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ  ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  ａｇｅｎｔ）を含むことができる。かかる薬剤のさらなる詳細を以下に示す。
【０４６９】
浸透圧を調節するために、生理学的塩（ナトリウム塩など）を含めることが好ましい。塩化ナトリウム（ＮａＣｌ）が好ましく、これは、１ｍｇ／ｍｌと２０ｍｇ／ｍｌとの間（例えば、約１０±２ｍｇ／ｍｌ  ＮａＣｌ）で存在し得る。存在し得る他の塩には、塩化カリウム、リン酸二水素カリウム、リン酸ジナトリウムデヒドラート、塩化マグネシウム、塩化カルシウムなどが含まれる。
【０４７０】
組成物の重量オスモル濃度は、一般に、２００ｍＯｓｍ／ｋｇと４００ｍＯｓｍ／ｋｇとの間、好ましくは２４０〜３６０ｍＯｓｍ／ｋｇであり、より好ましくは、２９０〜３１０ｍＯｓｍ／ｋｇの範囲内であろう。
【０４７１】
組成物は、１つまたは複数の緩衝液を含むことができる。典型的な緩衝液には、リン酸緩衝液；Ｔｒｉｓ緩衝液；ホウ酸緩衝液；コハク酸緩衝液；ヒスチジン緩衝液（特に、水酸化アルミニウムアジュバントを含む）；またはクエン酸緩衝液が含まれる。緩衝液を、典型的には、５〜２０ｍＭの範囲で含めるであろう。
【０４７２】
組成物のｐＨは、一般に、ｐＨ５．０とｐＨ８．１との間、より典型的にはｐＨ６．０とｐＨ８．０との間（例えば、ｐＨ６．５と７．５との間またはｐＨ７．０とｐＨ７．８との間）であろう。
【０４７３】
組成物は、好ましくは無菌である。組成物は、好ましくは、発熱物質を含まない（例えば、用量あたりＥＵ１未満（内毒素単位、一般的基準）、好ましくは用量あたりＥＵ０．１未満を含む）。組成物は、好ましくはグルテンを含まない。
【０４７４】
組成物は、単回免疫化のための材料を含むことができるか、複数回免疫化のための材料を含むことができる（すなわち、「複数回投与」キット）。複数回投与の構成物に防腐剤を含めることが好ましい。複数回投与用組成物中の防腐剤の含有の代替方法として（またはそれに加えて）、材料を取り出すための無菌アダプターを有する容器中に組成物を含めることができる。
【０４７５】
ヒトワクチンを、典型的には、約０．５ｍｌの投薬体積で投与するが、半分の用量（すなわち、約０．２５ｍｌ）を小児に投与することができる。
【０４７６】
本発明の免疫原性組成物はまた、１つまたは複数の免疫調節薬を含むことができる。好ましくは、１つまたは複数の免疫調節薬は、１つまたは複数のアジュバントを含む。アジュバントには、ＴＨ１アジュバントおよび／またはＴＨ２アジュバントが含まれ得、以下でさらに考察されている。
【０４７７】
本発明の組成物中で使用することができるアジュバントには、以下が含まれるが、これらに限定されない。
【０４７８】
Ａ．ミネラル含有組成物
本発明でアジュバントとしての使用に適切なミネラル含有組成物には、無機塩（アルミニウム塩およびカルシウム塩（またはその混合物）など）が含まれる。カルシウム塩には、リン酸カルシウム（例えば、参考文献９２に開示の「ＣＡＰ」粒子）が含まれる。アルミニウム塩には、任意の適切な形態（例えば、ゲル、結晶、無定形など）を取る塩との水酸化物、リン酸塩、硫酸塩などが含まれる。これらの塩に吸着することが好ましい。ミネラル含有組成物を、金属塩粒子として処方することもできる（９３）。
【０４７９】
水酸化アルミニウムおよびリン酸アルミニウムとして公知のアジュバントを使用することができる。これらの名称は従来の名称であるが、いずれも存在する実際の化合物を正確に説明していないので、便宜のためだけに使用する（例えば、参考文献９４の第９章を参照のこと）。本発明は、アジュバントとして一般的に使用される任意の「水酸化物」または「リン酸塩」のアジュバントを使用することができる。「水酸化アルミニウム」として公知のアジュバントは、典型的にはオキシ水酸化アルミニウム塩であり、通常、少なくとも部分的に結晶である。「リン酸アルミニウム」として公知のアジュバントは、典型的には、ヒドロキシリン酸アルミニウムであり、しばしば少量の硫酸塩も含む（すなわち、ヒドロキシリン酸硫酸アルミニウム）。これらを沈殿によって得ることができ、沈殿中の反応条件および濃度は、塩中のヒドロキシルのリン酸塩への置換度に影響を及ぼす。
【０４８０】
繊維状の形態（例えば、透過電子顕微鏡写真で認められる）は、水酸化アルミニウムアジュバントの典型である。水酸化アルミニウムアジュバントは、典型的には約ｐＩ１１である（すなわち、アジュバント自体は、生理学的ｐＨで正の表面電荷を有する）。水酸化アルミニウムアジュバントについてｐＨ７．４で１．８〜２．６ｍｇタンパク質／ｍｇ  Ａｌ＋＋＋の吸着能が報告されている。
【０４８１】
リン酸アルミニウムアジュバントのＰＯ４／Ａｌモル比は、一般に、０．３と１．２との間、好ましくは０．８と１．２との間、より好ましくは０．９５±０．１である。特にヒドロキシリン酸塩について、リン酸アルミニウムは一般に無定形であろう。典型的なアジュバントは、ＰＯ４／Ａｌモル比が０．８４と０．９２との間であり、０．６ｍｇ  Ａｌ３＋／ｍｌを含む無定形ヒドロキシリン酸アルミニウムである。リン酸アルミニウムは、一般に、粒子（例えば、透過電子顕微鏡写真で認められるプレート様形態）であろう。任意の抗原吸着後の粒子の典型的な直径は、０．５〜２０μｍの範囲（例えば、約５〜１０μｍ）である。リン酸アルミニウムアジュバントについてｐＨ７．４で０．７〜１．５ｍｇタンパク質／ｍｇ  Ａｌ＋＋＋の吸着能が報告されている。
【０４８２】
リン酸アルミニウムの荷電ゼロ点（ＰＺＣ）は、ヒドロキシルのリン酸塩への置換度に反比例し、この置換度は、沈殿による塩の調製のために使用される反応条件および反応物の濃度に応じて変化し得る。ＰＺＣはまた、溶液中の遊離リン酸イオン濃度（より多くのリン酸塩＝より酸性のＰＺＣ）の変化またはヒスチジン緩衝液（ＰＺＣをより塩基性にする）などの緩衝液の添加によって変化する。本発明で使用されるリン酸アルミニウムのＰＺＣは、一般に、４．０と７．０との間、より好ましくは５．０と６．５との間（例えば、約５．７）である。
【０４８３】
本発明の組成物を調製するために使用されるアルミニウム塩の懸濁液は、緩衝液（例えば、リン酸緩衝液、ヒスチジン緩衝液、またはＴｒｉｓ緩衝液）を含むことができるが、これは常に必要というわけではない。懸濁液は、好ましくは、無菌または発熱物質を含まない。懸濁液は、例えば、１．０ｍＭと２０ｍＭとの間、好ましくは５ｍＭと１５ｍＭとの間、より好ましくは約１０ｍＭの濃度で存在する遊離水性リン酸イオンを含むことができる。懸濁液はまた、塩化ナトリウムを含むことができる。
【０４８４】
本発明は、水酸化アルミニウムとリン酸アルミニウムとの混合物を使用することができる。この場合、リン酸アルミニウムが水酸化物より大量に存在し得る（例えば、少なくとも２：１の重量比（例えば、５：１以上、６：１以上、７：１以上、８：１以上、９：１以上など）。
【０４８５】
患者への投与のための組成物中のＡｌ＋＋＋濃度は、好ましくは１０ｍｇ／ｍｌ未満（例えば、５ｍｇ／ｍｌ以下、４ｍｇ／ｍｌ以下、３ｍｇ／ｍｌ以下、２ｍｇ／ｍｌ以下、１ｍｇ／ｍｌ以下など）である。好ましい範囲は、０．３ｍｇ／ｍｌと１ｍｇ／ｍｌとの間である。上限で０．８５ｍｇ／用量が好ましい。
【０４８６】
特にＨ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅサッカリド抗原を含む組成物中でリン酸アルミニウムが特に好ましく、典型的なアジュバントは、ＰＯ４／Ａｌモル比が０．８４と０．９２との間であって０．６ｍｇ  Ａｌ３＋／ｍｌを含む、無定形のヒドロキシリン酸アルミニウムである。低用量のリン酸アルミニウムを使用した吸着を使用することができる（例えば、５０μｇ  Ａｌ３＋／コンジュゲート／用量と１００μｇ  Ａｌ３＋／コンジュゲート／用量の間）。組成物中に１つを超えるコンジュゲートが存在する場合、全てのコンジュゲートが吸着される必要はない。
【０４８７】
Ｂ．オイルエマルジョン
本発明におけるアジュバントとしての使用に適切なオイルエマルジョン組成物には、スクアレン−水エマルジョン（ＭＦ５９（参考文献９４の第１０章を参照のこと；参考文献９５も参照のこと）（５％スクアレン、０．５％Ｔｗｅｅｎ８０、および０．５％Ｓｐａｎ８５（マイクロフルイダイザーを使用してサブミクロン粒子に処方））など）が含まれる。フロイント完全アジュバント（ＣＦＡ）およびフロイント不完全アジュバント（ＩＦＡ）も使用することができる。
【０４８８】
種々の水中油滴型エマルジョンアジュバントが公知であり、これらは、典型的には、少なくとも１つの油および少なくとも１つの界面活性剤を含み、油および界面活性剤は生分解性（代謝性）および生体適合性を示す。エマルジョン中の油滴は、一般に直径５μｍ未満であり、理想的にはサブミクロンの直径を有し、マイクロフルイダイザーを使用してこれらの小さなサイズにして、安定なエマルジョンを得る。濾過滅菌に供することができるので、２２０ｎｍ未満のサイズの液滴が好ましい。
【０４８９】
エマルジョンは、動物供給源（魚類など）または植物供給源由来の油などの油を含むことができる。植物油の供給源には、堅果類、種子類、および穀類が含まれる。ラッカセイ油、ダイズ油、ココナッツ油、およびオリーブ油（最も一般的に利用可能）は、堅果油の良い例である。例えば、ホホバビーンから得たホホバ油を使用することができる。種子油には、ベニバナ油、綿実油、ヒマワリ種子油、およびゴマ種子油などが含まれる。穀類では、トウモロコシ油が最も容易に利用可能であるが、他の穀類の油（小麦、燕麦、ライ麦、イネ、テフ、およびライ小麦など）も使用することができる。グリセロールおよび１，２−プロパンジオールのＣ６〜１０脂肪酸エステル（種子油中に天然に存在しない）を、堅果油および種子油から出発する適切な材料の加水分解、分離、およびエステル化によって調製することができる。哺乳動物のミルク由来の油脂は代謝するので、本発明の実施に際して使用することができる。動物供給源から純粋な油を得るために必要な分離、精製、鹸化、および他の手段のための手順は、当該分野で周知である。ほとんどの魚は、容易に回収することができる代謝性油を含む。例えば、肝油、サメ肝油、および鯨蝋油などの鯨油は、本明細書中で使用することができる魚油のうちのいくつかの例である。多数の分岐鎖油はＣ５イソプレン単位において生化学的合成され、これを一般にテルペノイドという。サメ肝油は、スクアレン（２，６，１０，１５，１９，２３−ヘキサメチル−２，６，１０，１４，１８，２２−テトラコサヘキサエン）として公知である分岐不飽和テルペノイドを含み、これは本明細書中で特に好ましい。スクアラン（スクアレンの飽和アナログ）も好ましい油である。魚油（スクアレンおよびスクアランが含まれる）は商業的供給源から容易に利用可能であるか、当該分野で公知の方法によって得ることができる。他の好ましい油はトコフェロールである（以下を参照のこと）。油の混合物を使用することができる。
【０４９０】
界面活性剤をその「ＨＬＢ」（親水性／親油性バランス）によって分類することができる。本発明の好ましい界面活性剤のＨＬＢは少なくとも１０、好ましくは少なくとも１５、より好ましくは少なくとも１６である。本発明を、界面活性剤（ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤（一般にＴｗｅｅｎと呼ばれる）（詳細には、ポリソルベート２０およびポリソルベート８０）；エチレンオキシド（ＥＯ）、プロピレンオキシド（ＰＯ）、および／またはブチレンオキシド（ＢＯ）のコポリマー（ＤＯＷＦＡＸ（商標）（直鎖ＥＯ／ＰＯブロックコポリマーなど）で販売）；オクトキシノール（エトキシ（オキシ−１，２−エタンジイル）基の反復数で変化し得る）（オクトキシノール−９（Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００（すなわち、ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール））が特に興味深い）；（オクチルフェノキシ）ポリエトキシエタノール（ＩＧＥＰＡＬ  ＣＡ−６３０／ＮＰ−４０）；リン脂質（ホスファチジルコリン（レシチン）など）；ノニルフェノールエトキシラート（Ｔｅｒｇｉｔｏｌ（商標）ＮＰシリーズなど）；ラウリルアルコール、セチルアルコール、ステアリル、およびオレイルアルコール（Ｂｒｉｊ界面活性剤として公知）由来のポリオキシエチレン脂肪エーテル（トリエチレングリコールモノラウリルエーテル（Ｂｒｉｊ  ３０）など）；およびソルビタンエステル（一般にＳＰＡＮとして公知）（ソルビタントリオレアート（Ｓｐａｎ８５）およびソルビタンモノラウラートなど）が含まれるが、これらに限定されない）と共に使用することができる。非イオン性界面活性剤が好ましい。エマルジョン中に含めるのに好ましい界面活性剤は、Ｔｗｅｅｎ８０（ポリオキシエチレンソルビタンモノオレアート）、Ｓｐａｎ８５（ソルビタントリオレアート）、レシチン、およびＴｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００である。
【０４９１】
界面活性剤の混合物を使用することができる（例えば、Ｔｗｅｅｎ８０／Ｓｐａｎ８５混合物）。ポリオキシエチレンソルビタンエステル（ポリオキシエチレンソルビタンモノオレアート（Ｔｗｅｅｎ８０）など）とオクトキシノール（ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）など）との組み合わせも適切である。別の有用な組み合わせは、ｌａｕｒｅｔｈ９＋ポリオキシエチレンソルビタンエステルおよび／またはオクトキシノールを含む。
【０４９２】
好ましい界面活性剤量（重量％）は以下である：ポリオキシエチレンソルビタンエステル（Ｔｗｅｅｎ８０など）０．０１〜１％（特に約０．１％）；オクチルフェノキシポリオキシエタノールまたはノニルフェノキシポリオキシエタノール（ＴｒｉｔｏｎＸ−１００など）またはＴｒｉｔｏｎシリーズの他の界面活性剤）０．００１〜０．１％（特に、０．００５〜０．０２％）；ポリオキシエチレンエーテル（ｌａｕｒｅｔｈ  ９など）０．１〜２０％（好ましくは０．１〜１０％、特に０．１〜１％または約０．５％）。
【０４９３】
好ましいエマルジョンアジュバントの平均液滴サイズは、１μｍ未満（例えば、７５０ｎｍ以下、５００ｎｍ以下、４００ｎｍ以下、３００ｎｍ以下、２５０ｎｍ以下、２２０ｎｍ以下、２００ｎｍまたはそれ未満である。これらの液滴サイズを、マイクロフルイド化などの技術によって都合よく達成することができる。
【０４９４】
本発明で有用な特定の水中油滴型エマルジョンアジュバントには、以下が含まれるが、これらに限定されない。
・スクアレン、Ｔｗｅｅｎ８０、およびＳｐａｎ８５のサブミクロンエマルジョン。体積によるエマルジョンの組成は、約５％スクアレン、約０．５％ポリソルベート８０、および約０．５％Ｓｐａｎ８５であり得る。重量に関して、これらの比は、４．３％スクアレン、０．５％ポリソルベート８０、および０．４８％Ｓｐａｎ８５となる。このアジュバントは「ＭＦ５９」（９６〜９８）として公知であり、参考文献９９の第１０章および参考文献１００の第１２章により詳細に記載されている。ＭＦ５９エマルジョンは、クエン酸イオンを含むことが有利である（例えば、１０ｍＭクエン酸ナトリウム緩衝液）。
・スクアレン、トコフェロール、およびポリソルベート８０（Ｔｗｅｅｎ８０）のエマルジョン。エマルジョンは、リン酸緩衝化生理食塩水を含むことができる。エマルジョンは、Ｓｐａｎ８５（例えば、１％）および／またはレシチンも含むことができる。これらのエマルジョンは、２〜１０％スクアレン、２〜１０％トコフェロール、および０．３〜３％Ｔｗｅｅｎ８０を有することができ、スクアレン：トコフェロールの重量比は、好ましくは１以下である（これにより、より安定なエマルジョンが得られる）。スクアレンおよびＴｗｅｅｎ８０は、約５：２の体積比または約１１：５の重量比で存在し得る。１つのかかるエマルジョンを、ＰＢＳ中にＴｗｅｅｎ８０を溶解して２％溶液を得、次いで、９０ｍｌのこの溶液を（５ｇのＤＬ−α−トコフェロールおよび５ｍｌスクアレン）の混合物と混合し、次いで、混合物をマイクロフルイド化することによって作製することができる。得られたエマルジョンは、サブミクロン油滴（例えば、１００ｎｍと２５０ｎｍとの間、好ましくは約１８０ｎｍの直径を有する）を有することができる。エマルジョンはまた、３−Ｏ−脱アシル化モノホスホリル脂質Ａ（３ｄ−ＭＰＬ）を含むことができる。この型の別の有用なエマルジョンは、ヒト用量あたり、０．５〜１０ｍｇスクアレン、０．５〜１１ｍｇトコフェロール、および０．１〜４ｍｇポリソルベート８０を含むことができる（１０１）。
・スクアレン、トコフェロール、およびＴｒｉｔｏｎ界面活性剤（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）のエマルジョン。エマルジョンはまた、３ｄ−ＭＰＬを含むことができる（以下を参照のこと）。エマルジョンは、リン酸緩衝液を含むことができる。
・ポリソルベート（例えば、ポリソルベート８０）、Ｔｒｉｔｏｎ界面活性剤（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）、およびトコフェロール（例えば、α−コハク酸トコフェロール）を含むエマルジョン。エマルジョンは、これら３つの成分を約７５：１１：１０の（例えば、７５０μｇ／ｍｌ  ポリソルベート８０、１１０μｇ／ｍｌ  Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００、および１００μｇ／ｍｌ  α−コハク酸トコフェロール）の質量比で含むことができ、これらの濃度は、抗原由来のこれらの成分に任意に寄与すべきである。エマルジョンはまた、スクアレンを含むことができる。エマルジョンはまた、３ｄ−ＭＰＬを含むことができる（以下を参照のこと）。水相は、リン酸緩衝液を含むことができる。
・スクアラン、ポリソルベート８０、およびポロクサマー４０１のエマルジョン（「Ｐｌｕｒｏｎｉｃ（商標）Ｌ１２１」）。エマルジョンを、リン酸緩衝化生理食塩水（ｐＨ７．４）中に処方することができる。このエマルジョンはムラミルジペプチドの有用な送達ビヒクルであり、「ＳＡＦ−１」アジュバント（１０２）（０．０５〜１％  Ｔｈｒ−ＭＤＰ、５％スクアラン、２．５％プルロニックＬ１２１、および０．２％ポリソルベート８０）中でトレオニル−ＭＤＰと共に使用されている。これを、「ＡＦ」アジュバント（１０３）（５％スクアラン、１．２５％プルロニックＬ１２１、および０．２％ポリソルベート８０）のようにＴｈｒ−ＭＤＰを使用せずに使用することもできる。マイクロフルイド化が好ましい。
・スクアレン、水性溶媒、ポリオキシエチレンアルキルエーテル親水性非イオン性界面活性剤（例えば、ポリオキシエチレン（１２）セトステアリルエーテル）、および疎水性非イオン性界面活性剤（例えば、ソルビタンエステルまたはマンニドエステル（ソルビタンモノオレアートまたは「Ｓｐａｎ  ８０」など））を含むエマルジョン。エマルジョンは、好ましくは熱可逆性を示し、そして／またはサイズが２００ｎｍ未満のサイズの油滴を少なくとも９０％（体積）有する（１０４）。エマルジョンはまた、１つまたは複数の以下を含むことができる：アルジトール；凍結保護剤（例えば、糖（ドデシルマルトシドおよび／またはスクロース））；および／またはアルキルポリグリコシド。エマルジョンは、ＴＬＲ４アゴニストを含むことができる（１０５）。かかるエマルジョンを凍結乾燥することができる。
・スクアレン、ポロクサマー１０５、およびＡｂｉｌ−Ｃａｒｅを含むエマルジョン（１０６）。アジュバント添加ワクチン中のこれらの成分の最終濃度（重量）は、５％スクアレン、４％ポロクサマー１０５（プルロニックポリオール）、および２％Ａｂｉｌ−Ｃａｒｅ  ８５（Ｂｉｓ−ＰＥＧ／ＰＰＧ−１６／１６  ＰＥＧ／ＰＰＧ−１６／１６ジメチコン；カプリル酸／カプリン酸トリグリセリド）である。
・０．５〜５０％の油、０．１〜１０％のリン脂質、および０．０５〜５％の非イオン性界面活性剤を有するエマルジョン。参考文献１０７に記載のように、好ましいリン脂質成分は、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジン酸、スフィンゴミエリン、およびカルジオリピンである。サブミクロン液滴サイズが有利である。・非代謝性油（軽油）およぶ少なくとも１つの界面活性剤（レシチン、Ｔｗｅｅｎ８０、またはＳｐａｎ８０など）のサブミクロン水中油滴型エマルジョン。添加物を含むことができる（ＱｕｉｌＡサポニン、コレステロール、サポニン−親油性コンジュゲート（グルクロン酸のカルボキシル基を介したデスアシルサポニンへの脂肪族アミンの付加によって生成された参考文献１０８に記載のＧＰＩ−０１００など）、ジメチルジオクタデシルアンモニウムブロミド、および／またはＮ，Ｎ−ジオクタデシル−Ｎ，Ｎ−ビス（２−ヒドロキシエチル）プロパンジアミンなど）。
・らせん状ミセルとしてサポニン（例えば、ＱｕｉｌＡまたはＱＳ２１）およびステロール（例えば、コレステロール）を会合させたエマルジョン（１０９）。
・鉱物油、非イオン性親油性エトキシ化脂肪アルコール、および非イオン性親水性界面活性剤（例えば、エトキシ化脂肪アルコールおよび／またはポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンブロックコポリマー）を含むエマルジョン（１１０）。
・鉱物油、非イオン性親水性エトキシ化脂肪アルコール、および非イオン性親油性界面活性剤（例えば、エトキシ化脂肪アルコールおよび／またはポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンブロックコポリマー）を含むエマルジョン（１１０）。
【０４９５】
いくつかの実施形態では、エマルジョンを、送達時に抗原と即座に混合することができ、したがって、使用時に最終処方物にできる状態でアジュバントおよび抗原をパッケージングされたワクチンまたは分配されたワクチン中で個別に保持することができる。他の実施形態では、エマルジョンを製造中に抗原と混合する。したがって、組成物を液体アジュバント添加形態でパッケージングする。２つの液体の混合によってワクチンが最終的に調製されるように、抗原は一般に水性形態であろう。混合のための２液体の体積比は変化し得るが（例えば、５：１と１：５との間）、一般に１：１である。上記の特定のエマルジョンの説明で成分の濃度を示す場合、これらの濃度は典型的には非希釈組成物についてである。したがって、抗原溶液との混合後の濃度は減少するであろう。
【０４９６】
組成物がトコフェロールを含む場合、α、β、γ、δ、ε、またはζトコフェロールを使用することができるが、α−トコフェロールが好ましい。トコフェロールは、いくつかの形態を取ることができる（例えば、異なる塩および／または異性体）。塩には、有機塩（コハク酸塩、酢酸塩、ニコチン酸塩）が含まれる。Ｄ−α−トコフェロールおよびＤＬ−α−トコフェロールの両方を使用することができる。高齢患者（例えば、６０歳以上）用のワクチン中にトコフェロールを含めることが有利である。何故なら、ビタミンＥはこの患者群における免疫応答に正の効果を有すると報告されているからである（１１１）。トコフェロールは抗酸化特性も有し、これは、エマルジョンの安定化に役立ち得る（１１２）。好ましいα−トコフェロールはＤＬ−α−トコフェロールであり、このトコフェロールの好ましい塩はコハク酸塩である。コハク酸塩は、生体内でＴＮＦ関連リガンドと連携することが見出されている。
【０４９７】
Ｃ．サポニン処方物（参考文献９４の第２２章）
サポニン処方物を本発明におけるアジュバントとして使用することもできる。サポニンは、ステロールグリコシドおよびトリテルペノイドグリコシドの異種群であり、広範な植物種の樹皮、葉、幹、根で見出され、花にさえも見出される。Ｑｕｉｌｌａｉａ  ｓａｐｏｎａｒｉａ  Ｍｏｌｉｎａ  ｔｒｅｅ（バラ科植物キラヤ樹）の樹皮由来のサポニンは、アジュバントとして広く研究されている。Ｓｍｉｌａｘ  ｏｒｎａｔａ（サルトリイバラ科）（ｓａｒｓａｐｒｉｌｌａ）、Ｇｙｐｓｏｐｈｉｌｌａ  ｐａｎｉｃｕｌａｔａ（シュッコンカスミソウ）（ｂｒｉｄｅｓ  ｖｅｉｌ）、およびＳａｐｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉａｎａｌｉｓ（サポンソウ科）（ｓｏａｐ  ｒｏｏｔ）由来のサポニンを購入することもできる。サポニンアジュバント処方物には、精製処方物（ＱＳ２１など）および脂質処方物（ＩＳＣＯＭなど）が含まれる。ＱＳ２１は、Ｓｔｉｍｕｌｏｎ（商標）として市販されている。
【０４９８】
サポニン組成物は、ＨＰＬＣおよびＲＰ−ＨＰＬＣを使用して精製されている。これらの技術を使用した特定の精製画分が同定されている（ＱＳ７、ＱＳ１７、ＱＳ１８、ＱＳ２１、ＱＨ−Ａ、ＱＨ−Ｂ、およびＱＨ−Ｃが含まれる）。好ましくは、サポニンはＱＳ２１である。ＱＳ２１の産生方法は、参考文献１１３に開示されている。サポニン処方物はまた、ステロール（コレステロールなど）を含むことができる（１１４）。
【０４９９】
サポニンとコレステロールとの組み合わせを使用して、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）と呼ばれる固有の粒子を形成することができる（参考文献９４の第２３章）。ＩＳＣＯＭは、典型的には、リン脂質（ホスファチジルエタノールアミンまたはホスファチジルコリンなど）も含む。任意の公知のサポニンをＩＳＣＯＭで使用することができる。好ましくは、ＩＳＣＯＭには、１つまたは複数のＱｕｉｌＡ、ＱＨＡ、およびＱＨＣが含まれる。ＩＳＣＯＭは、参考文献１１４〜１１６にさらに記載されている。任意選択的に、ＩＳＣＯＭＳは、さらなる界面活性剤を欠き得る（１１７）。
【０５００】
サポニンベースアジュバント開発の概説を、参考文献１１８および１１９で見出すことができる。
【０５０１】
Ｄ．ビロソームおよびウイルス様粒子
ビロソームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ）を、本発明でアジュバントとして使用することもできる。これらの構造は、一般に、任意選択的にリン脂質と組み合わせたか処方したウイルス由来の１つまたは複数のタンパク質を含む。これらは一般に発熱物質を含まず、非増幅性を示し、一般にいかなる未変性のウイルスゲノムも含まない。ウイルスタンパク質を組換え的に産生するか、全ウイルスから単離することができる。ビロソームまたはＶＬＰでの使用に適切なこれらのウイルスタンパク質には、インフルエンザウイルス（ＨＡまたはＮＡなど）、Ｂ型肝炎ウイルス（コアタンパク質またはキャプシドタンパク質など）、Ｅ型肝炎ウイルス、麻疹ウイルス、シンドビス・ウイルス、ロタウイルス、口蹄疫ウイルス、レトロウイルス、ノーウォークウイルス、ヒト乳頭腫ウイルス、ＨＩＶ、ＲＮＡ−ファージ、Ｑβ−ファージ（コートタンパク質など）、ＧＡ−ファージ、ｆｒ−ファージ、ＡＰ２０５ファージ、およびＴｙ（レトロトランスポゾンＴｙタンパク質ｐ１など）由来のタンパク質が含まれる。ＶＬＰは、参考文献１２０〜１２５でさらに考察されている。ビロソームは、例えば、参考文献１２６でさらに考察されている。
【０５０２】
Ｅ．細菌または微生物の誘導体
本発明での使用に適切なアジュバントには、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の非毒性誘導体、脂質Ａ誘導体、免疫刺激性オリゴヌクレオチド、およびＡＤＰ−リボシル化毒素、およびその解毒誘導体などの細菌または微生物の誘導体が含まれる。
【０５０３】
ＬＰＳの非毒性誘導体には、モノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）および３−Ｏ−脱アシル化ＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）が含まれる。３ｄＭＰＬは、３−Ｏ−脱アシル化モノホスホリル脂質Ａと４、５、または６つのアシル化鎖との混合物である。３−Ｏ−脱アシル化モノホスホリル脂質Ａの好ましい「小粒子」形態は、参考文献１２７に開示されている。かかる３ｄＭＰＬの「小粒子」は、０．２２μｍ膜を介して濾過滅菌するのに十分に小さい（１２７）。他の非毒性ＬＰＳ誘導体には、モノホスホリル脂質Ａ模倣物（アミノアルキルグルコサミニドリン酸誘導体（例えば、ＲＣ−５２９）など）が含まれる（１２８、１２９）。
【０５０４】
脂質Ａ誘導体には、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ由来の脂質Ａの誘導体（ＯＭ−１７４など）が含まれる。ＯＭ−１７４は、例えば、参考文献１３０および１３１に記載されている。
【０５０５】
本発明でのアジュバントとしての使用に適切な免疫刺激性オリゴヌクレオチドには、ＣｐＧモチーフを含むヌクレオチド配列（グアノシンへのリン酸結合によって連結された非メチル化シトシンを含むジヌクレオチド配列）が含まれる。回文配列またはポリ（ｄＧ）配列を含む二本鎖ＲＮＡおよびオリゴヌクレオチドは、免疫刺激性であることも示されている。
【０５０６】
ＣｐＧはヌクレオチド修飾／アナログ（ホスホロチオエート修飾など）を含むことができ、二本鎖または一本鎖であり得る。参考文献１３２、１３３、および１３４は、可能なアナログ置換を開示している（例えば、グアノシンの２’−デオキシ−７−デアザグアノシンとの置換）。ＣｐＧオリゴヌクレオチドのアジュバント効果は、参考文献１３５〜１４０でさらに考察されている。
【０５０７】
ＣｐＧ配列をＴＬＲ９に指向することができる（モチーフＧＴＣＧＴＴまたはＴＴＣＧＴＴなど）（１４１）。ＣｐＧ配列はＴｈ１免疫応答の誘導に特異的であり得るか（ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮなど）、Ｂ細胞応答の誘導により特異的であり得る（ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮなど）。ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮおよびＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮは、参考文献１４２〜１４４で考察されている。好ましくは、ＣｐＧはＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮである。
【０５０８】
好ましくは、受容体認識のために５’末端に接近可能であるようにＣｐＧ  オリゴヌクレオチドを構築する。任意選択的に、２つのＣｐＧオリゴヌクレオチド配列を３’末端で結合させて、「イムノマー」を形成することができる。例えば、参考文献１４１および１４５〜１４７を参照のこと。
【０５０９】
有用なＣｐＧアジュバントはＣｐＧ７９０９（ＰｒｏＭｕｎｅ（商標）（Ｃｏｌｅｙ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｇｒｏｕｐ、Ｉｎｃ．）としても公知）である。別のものはＣｐＧ１８２６である。ＣｐＧ配列使用の代わりまたはそれに加えて、ＴｐＧ配列を使用することができ（１４８）、これらのオリゴヌクレオチドは非メチル化ＣｐＧモチーフを含まなくてよい。免疫刺激性オリゴヌクレオチドはピリミジンリッチであり得る。例えば、免疫刺激性オリゴヌクレオチドは、１つを超える連続するチミジンヌクレオチド（例えば、参考文献１４８に開示のＴＴＴＴ）を含むことができ、そして／または２５％超のチミジン（例えば、３５％超、４０％超、５０％超、６０％超、８０％超など）を有するヌクレオチド組成物を有することができる。例えば、免疫刺激性オリゴヌクレオチドは、１つを超える連続するシトシンヌクレオチド（例えば、参考文献１４８に開示のＣＣＣＣ）を含むことができ、そして／または２５％超のシトシン（例えば、３５％超、４０％超、５０％超、６０％超、８０％超など）を有するヌクレオチド組成物を有することができる。これらのオリゴヌクレオチドは、非メチル化ＣｐＧモチーフを含まなくて良い。免疫刺激性オリゴヌクレオチドは、典型的には、少なくとも２０個のヌクレオチドを含むであろう。免疫刺激性オリゴヌクレオチドは、１００個未満のヌクレオチドを含むことができる。
【０５１０】
免疫刺激性オリゴヌクレオチドに基づいた特に有用なアジュバントは、ＩＣ−３商標として公知である（１４９）。したがって、本発明で使用されるアジュバントは、（ｉ）少なくとも１つの（好ましくは複数の）ＣｐＩモチーフ（すなわち、ジヌクレオチドを形成するためにイノシンに連結したシトシン）を含むオリゴヌクレオチド（例えば、１５〜４０ヌクレオチド）と、（ｉｉ）ポリカチオン性ポリマー（少なくとも１つの（好ましくは複数の）Ｌｙｓ−Ａｒｇ−Ｌｙｓトリペプチド配列を含むオリゴペプチド（例えば、５〜２０アミノ酸）など）との混合物を含むことができる。オリゴヌクレオチドは、２６量体配列５’−（ＩＣ）１３−３’（配列番号２３０）を含むデオキシヌクレオチドであり得る。ポリカチオン性ポリマーは、１１量体アミノ酸配列  ＫＬＫＬＬＬＬＬＫＬＫ（配列番号２３１）を含むペプチドであり得る。オリゴヌクレオチドおよびポリマーは、例えば、参考文献１５０および１５１に開示の複合体を形成することができる。
【０５１１】
細菌ＡＤＰ−リボシル化毒素およびその解毒誘導体を、本発明でアジュバントとして使用することができる。好ましくは、タンパク質は、Ｅ．ｃｏｌｉ（Ｅ．ｃｏｌｉ熱不安定性エンテロトキシン「ＬＴ」）、コレラ（「ＣＴ」）、または百日咳（「ＰＴ」）に由来する。粘膜アジュバントとしての解毒ＡＤＰ−リボシル化毒素の使用は、参考文献１５２に記載されており、非経口アジュバントとしての使用は参考文献１５３に記載されている。毒素またはトキソイドは、好ましくは、ＡサブユニットおよびＢサブユニットの両方を含むホロ毒素の形態である。好ましくは、Ａサブユニットは解毒変異を含み、好ましくは、Ｂサブユニットは変異していない。好ましくは、アジュバントは解毒ＬＴ変異体（ＬＴ−Ｋ６３、ＬＴ−Ｒ７２、およびＬＴ−Ｇ１９２など）である。ＡＤＰ−リボシル化毒素およびその解毒誘導体（特に、ＬＴ−Ｋ６３およびＬＴ−Ｒ７２）のアジュバントとしての使用を、参考文献１５４〜１６１に見出すことができる。有用なＣＴ変異体はＣＴ−Ｅ２９Ｈである（１６２）。アミノ酸置換についての参照番号は、好ましくは、参考文献１６３（特にその全体が本明細書中で参照として援用される）に記載のＡＤＰ−リボシル化毒素のＡサブユニットおよびＢサブユニットのアラインメントに基づく。
【０５１２】
Ｆ．ヒト免疫調節薬
本発明でのアジュバントとしての使用に適切なヒト免疫調節薬には、サイトカイン（インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２（１６４）など）（１６５）、インターフェロン（例えば、インターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、および腫瘍壊死因子など）が含まれる。好ましい免疫調節薬はＩＬ−１２である。
【０５１３】
Ｇ．生体接着剤および粘膜接着剤
生体接着剤および粘膜接着剤を、本明細書中でアジュバントとして使用することもできる。適切な生体接着剤には、エステル化ヒアルロン酸ミクロスフィア（１６６）または粘膜接着剤（ポリ（アクリル酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリサッカリド、およびカルボキシメチルセルロースの架橋誘導体など）が含まれる。キトサンおよびその誘導体を、本発明中でアジュバントとして使用することもできる（１６７）。
【０５１４】
Ｈ．微粒子
微粒子を、本明細書中でアジュバントとして使用することもできる。ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）を使用して生分解性且つ非毒性の材料（例えば、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルソエステル、ポリ酸無水物、ポリカプロラクトンなど）から形成した微粒子（すなわち、直径約１００ｎｍ〜約１５０μｍ、より好ましくは直径約２００ｎｍ〜約３０μｍ、最も好ましくは直径約５００ｎｍ〜約１０μｍの粒子）が好ましく、任意選択的に、負電荷の表面（例えば、ＳＤＳを使用）または正電荷の表面（例えば、ＣＴＡＢなどのカチオン性界面活性剤を使用）を有するように処理する。
【０５１５】
Ｉ．リポソーム（参考文献９４の第１３章および第１４章）
アジュバントとしての使用に適切なリポソーム処方物の例は、参考文献１６８〜１７０に記載されている。
【０５１６】
Ｊ．ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステル処方物
本発明での使用に適切なアジュバントには、ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステルが含まれる（１７１）。かかる処方物には、さらに、オクトキシノールと組み合わせたポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤（１７２）および少なくとも１つのさらなる非イオン性界面活性剤（オクトキシノールなど）と組み合わせたポリオキシエチレンアルキルエーテルまたはエステル界面活性剤（１７３）が含まれる。好ましいポリオキシエチレンエーテルは、以下の群から選択される：ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル（ｌａｕｒｅｔｈ９）、ポリオキシエチレン−９−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−８−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテル、およびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエーテル。
【０５１７】
Ｋ．ホスファゼン
ホスファゼン（例えば、参考文献１７４および１７５に記載のポリ（ジ（カルボキシラトフェノキシ）ホスファゼン）（「ＰＣＰＰ」）など）を使用することができる。
【０５１８】
Ｌ．ムラミルペプチド
本発明でのアジュバントとしての使用に適切なムラミルペプチドの例には、Ｎ−アセチル−ムラミル−Ｌ−トレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ｎｏｒ−ＭＤＰ）、およびＮ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミン  ＭＴＰ−ＰＥ）が含まれる。
【０５１９】
Ｍ．イミダゾキノロン化合物。
【０５２０】
本発明でのアジュバントとしての使用に適切なイミダゾキノロン化合物の例には、イミキモド（「Ｒ−８３７」）（１７６、１７７）、レシキモド（「Ｒ−８４８」）（１７８）、そのアナログ、およびその塩（例えば、塩酸塩）が含まれる。免疫刺激性イミダゾキノリンについてのさらなる詳細を、参考文献１７９〜１８３で見出すことができる。
【０５２１】
Ｎ．置換尿素
アジュバントとして有用な置換尿素には、参考文献１８４に定義の以下の式Ｉ、ＩＩ、もしくはＩＩＩ：
【０５２２】
【化１】
2014034578.tif 000003
の化合物またはその塩（「ＥＲ８０３０５８」、「ＥＲ８０３７３２」、「ＥＲ８０４０５３」、「ＥＲ８０４０５８」、「ＥＲ８０４０５９」、「ＥＲ８０４４４２」、「ＥＲ８０４６８０」、「ＥＲ８０４７６４」、ＥＲ８０３０２２、または「ＥＲ８０４０５７」など）（例えば、
【０５２３】
【化２】
2014034578.tif 000004
）およびその塩が含まれる。
【０５２４】
Ｏ．さらなるアジュバント
本発明で使用することができるさらなるアジュバントには以下が含まれる。
・アミノアルキルグルコサミニドリン酸誘導体（ＲＣ−５２９など）（１８５、１８６）。
・チオセミカルバゾン化合物（参考文献１８７に開示のものなど）。活性化合物を処方、製造、およびスクリーニングする方法も参考文献１８７に記載されている。チオセミカルバゾンは、ＴＮＦ−αなどのサイトカインの産生のためのヒト末梢血単核球の刺激で特に有効である。
・トリプタントリン化合物（参考文献１８８に開示のものなど）。活性化合物を処方、製造、およびスクリーニングする方法も参考文献１８８に記載されている。チオセミカルバゾンは、ＴＮＦ−αなどのサイトカインの産生のためのヒト末梢血単核球の刺激で特に有効である。
・ヌクレオシドアナログ（（ａ）イサトラビン（ＡＮＡ−２４５；７−チア−８−オキソグアノシン）：
【０５２５】
【化３】
2014034578.tif 000005
およびそのプロドラッグ；（ｂ）ＡＮＡ９７５；（ｃ）ＡＮＡ−０２５−１；（ｄ）ＡＮＡ３８０；（ｅ）参考文献１８９〜１９１に開示の化合物など）。ロキソリビン（７−アリル−８−オキソグアノシン）（１９２）。
・参考文献１９３に開示の化合物（アシルピペラジン化合物、インドールジオン化合物、テトラヒドライソキノリン（ＴＨＩＱ）化合物、ベンゾシクロジオン化合物、アミノアザビニル化合物、アミノベンズイミダゾールキノリノン（ＡＢＩＱ）化合物（１９４、１９５）、ヒドラフタルアミド化合物、ベンゾフェノン化合物、イソキサゾール化合物、ステロール化合物、キナジリノン化合物、ピロール化合物（１９６）、アントラキノン化合物、キノキサリン化合物、トリアジン化合物、ピラゾロピリミジン化合物、およびベンザゾール化合物（１９７）が含まれる）。
・リン酸含有アシル骨格に連結された脂質を含む化合物（ＴＬＲ４アンタゴニストＥ５５６４など（１９８、１９９））。
・ポリオキシドニウムポリマー（２００、２０１）または他のＮ酸化ポリエチレン−ピペラジン誘導体。
・メチルイノシン５’一リン酸（「ＭＩＭＰ」）（２０２）。
・ポリヒドロキシル化ピロリジジン化合物（２０３）（以下の式：
【０５２６】
【化４】
2014034578.tif 000006
（式中、
Ｒは、水素、直鎖または分岐鎖である非置換または置換された不飽和または飽和のアシル基、アルキル基（例えば、シクロアルキル基）、アルケニル基、アルキニル基、およびアリール基を含む基から選択される）を有するものまたはその薬学的に許容可能な塩もしくは誘導体など）。例には、カスアリン、カスアリン−６−α−Ｄ−グルコピラノース、３−エピ−カスアリン、７−エピ−カスアリン、３，７−ジエピ−カスアリンなどが含まれるが、これらに限定されない。
・ＣＤ１ｄリガンド（α−グリコシルセラミド（２０４〜２１１）（例えば、α−ガラクトシルセラミド）、フィトスフィンゴシン含有α−グリコシルセラミド、ＯＣＨ、ＫＲＮ７０００（（２Ｓ，３Ｓ，４Ｒ）−１−Ｏ−（α−Ｄ−ガラクトピラノシル）−２−（Ｎ−ヘキサコサノイルアミノ）−１，３，４−オクタデカントリオール）、ＣＲＯＮＹ−１０１、３’’−Ｏ−スルホ−ガラクトシルセラミドなど）。
・γインスリン（２１２）またはその誘導体（アルガムリンなど）。
【０５２７】
【化５】
2014034578.tif 000007
アジュバント組み合わせ
本発明はまた、上記で同定された１つまたは複数のアジュバントの態様の組み合わせを含むことができる。例えば、以下のアジュバント組成物を本発明で使用することができる：（１）サポニンおよび水中油滴型エマルジョン（２１３）；（２）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）（２１４）；（３）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）＋コレステロール；（４）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋３ｄＭＰＬ＋ＩＬ−１２（任意選択的に、＋ステロール）（２１５）；（５）３ｄＭＰＬと、例えば、ＱＳ２１および／または水中油滴型エマルジョンとの組み合わせ（２１６）；（６）１０％スクアラン、０．４％Ｔｗｅｅｎ８０（商標）、５％プルロニック−ブロック重合体Ｌ１２１、およびｔｈｒ−ＭＤＰを含み、サブミクロンエマルジョンにマイクロフルイド化されたか強く撹拌してより巨大な粒子サイズのエマルジョンにしたＳＡＦ、（７）２％スクアレン、０．２％Ｔｗｅｅｎ８０、およびモノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコラート（ＴＤＭ）、および細胞壁骨格（ＣＷＳ）（好ましくは、ＭＰＬ＋ＣＷＳ（Ｄｅｔｏｘ（商標））からなる群由来の１つまたは複数の細菌細胞壁成分を含むＲｉｂｉ（商標）アジュバント系（ＲＡＳ）、（Ｒｉｂｉ  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）；および（８）１つまたは複数の無機塩（アルミニウム塩など）＋ＬＰＳの非毒性誘導体（３ｄＭＰＬなど）。
【０５２８】
免疫刺激剤として作用する他の物質は、参考文献９４の第７章に開示されている。
【０５２９】
水酸化アルミニウムおよび／またはリン酸アルミニウムアジュバントの使用が特に好ましく、抗原を一般にこれらの塩に吸着させる。リン酸カルシウムは他の好ましいアジュバントである。他の好ましいアジュバントの組み合わせには、Ｔｈ１アジュバントとＴｈ２アジュバントとの組み合わせ（ＣｐＧおよびミョウバンまたはレシキモドおよびミョウバンなど）が含まれる。肺炎球菌免疫化で有効であることが報告されているので、リン酸アルミニウムと３ｄＭＰＬとの組み合わせを使用することができる（３２５）。
【０５３０】
本発明の組成物は、細胞媒介免疫応答および体液性免疫応答の両方を誘発することができる。この免疫応答は、好ましくは、肺炎球菌への曝露の際に迅速に応答することができる持続性（例えば、中和）抗体および細胞媒介免疫を誘導するであろう。
【０５３１】
２つのＴ細胞型（ＣＤ４細胞およびＣＤ８細胞）は、一般に、細胞媒介免疫および体液性免疫を開始および／または増強する必要があると考えられる。ＣＤ８  Ｔ細胞はＣＤ８共受容体を発現することができ、これを一般に細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）という。ＣＤ８  Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子上に提示された抗原を認識するかこれと相互作用することができる。
【０５３２】
ＣＤ４  Ｔ細胞はＣＤ４共受容体を発現することができ、一般にＴヘルパー細胞という。ＣＤ４  Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合した抗原ペプチドを認識することができる。ＭＨＣクラスＩＩ分子との相互作用の際、ＣＤ４細胞は、サイトカインなどの因子を分泌することができる。これらの分泌されたサイトカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、マクロファージ、および免疫応答に関与する他の細胞を活性化することができる。ヘルパーＴ細胞またはＣＤ４＋細胞を、以下の２つの機能的に異なるサブセットにさらに分類することができる：そのサイトカインおよびエフェクターの機能が異なるＴＨ１表現型およびＴＨ２表現型。
【０５３３】
活性化されたＴＨ１細胞は、細胞性免疫（抗原特異的ＣＴＬ産生の増加が含まれる）を増強し、したがって、細胞内感染に対する応答で特に有益である。活性化されたＴＨ１細胞は、１つまたは複数のＩＬ−２、ＩＦＮ−γ、およびＴＮＦ−βを分泌することができる。ＴＨ１免疫応答により、マクロファージ、ＮＫ（ナチュラルキラー）細胞、およびＣＤ８細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の活性化による局所炎症反応が起こり得る。ＴＨ１免疫応答はまた、ＩＬ−１２を使用したＢ細胞およびＴ細胞の成長刺激によって免疫応答を拡大するように作用することができる。ＴＨ１刺激されたＢ細胞はＩｇＧ２ａを分泌することができる。
【０５３４】
活性化されたＴＨ２細胞は抗体産生を増強し、したがって、細胞外感染に対する応答で有益である。活性化されたＴＨ２細胞は、１つまたは複数のＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、およびＩＬ−１０を分泌することができる。ＴＨ２免疫応答により、さらなる防御のためのＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡ、および記憶Ｂ細胞を産生することができる。
【０５３５】
増強された免疫応答には、１つまたは複数の増強されたＴＨ１免疫応答およびＴＨ２免疫応答が含まれ得る。
【０５３６】
ＴＨ１免疫応答には、１つまたは複数のＣＴＬの増加、１つまたは複数のＴＨ１免疫応答に関連するサイトカイン（ＩＬ−２、ＩＦＮ−γ、およびＴＮＦ−βなど）の増加、活性化されたマクロファージの増加、ＮＫ活性の増加、またはＩｇＧ２ａ産生の増加が含まれ得る。好ましくは、増強されたＴＨ１免疫応答には、ＩｇＧ２ａ産生の増加が含まれるであろう。
【０５３７】
ＴＨ１免疫応答を、ＴＨ１アジュバントを使用して誘発することができる。ＴＨ１アジュバントは、一般に、アジュバントを使用しない抗原の免疫化と比較したＩｇＧ２ａ産生レベルの増加を誘発するであろう。本発明での使用に適切なＴＨ１アジュバントには、例えば、サポニン処方物、ビロソームおよびウイルス様粒子、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の非毒性誘導体、免疫刺激性オリゴヌクレオチドが含まれ得る。免疫刺激性オリゴヌクレオチド（ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドなど）は、本発明での使用に好ましいＴＨ１アジュバントである。
【０５３８】
ＴＨ２免疫応答には、１つまたは複数のＴＨ２免疫応答に関連するサイトカイン（ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、およびＩＬ−１０）の増加またはＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡ、および記憶Ｂ細胞の産生の増加が含まれ得る。好ましくは、増強されたＴＨ２免疫応答には、ＩｇＧ１産生の増加が含まれるであろう。
【０５３９】
ＴＨ２免疫応答を、ＴＨ２アジュバントを使用して誘発することができる。ＴＨ２アジュバントは、一般に、アジュバントを使用しない抗原の免疫化と比較したＩｇＧ１産生レベルの増加を誘発するであろう。本発明での使用に適切なＴＨ２アジュバントには、例えば、ミネラル含有組成物、オイルエマルジョン、およびＡＤＰ−リボシル化毒素およびその解毒誘導体が含まれる。ミネラル含有組成物（アルミニウム塩など）は、本発明での使用に好ましいＴＨ２アジュバントである。
【０５４０】
好ましくは、本発明は、ＴＨ１アジュバントとＴＨ２アジュバントとの組み合わせを含む組成物を含む。好ましくは、かかる組成物は、増強されたＴＨ１応答および増強されたＴＨ２応答（すなわち、アジュバントを使用しない免疫化と比較したＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａの両方の産生の増加）を誘発する。さらにより好ましくは、ＴＨ１アジュバントとＴＨ２アジュバントとの組み合わせを含む組成物は、単一アジュバントを使用した免疫化と比較して（すなわち、ＴＨ１アジュバントのみを使用した免疫化またはＴＨ２アジュバントのみを使用した免疫化と比較して）、増加したＴＨ１免疫応答および／または増加したＴＨ２免疫応答を誘発する。
【０５４１】
免疫応答は、ＴＨ１免疫応答およびＴＨ２応答の一方または両方であり得る。好ましくは、免疫応答により、増強されたＴＨ１応答および増強されたＴＨ２応答の一方または両方が得られる。
【０５４２】
増強された免疫応答は、全身免疫応答および粘膜免疫応答の一方または両方であり得る。好ましくは、免疫応答により、増強された全身免疫応答および増強された粘膜免疫応答の一方または両方が得られる。好ましくは、粘膜免疫応答はＴＨ２免疫応答である。好ましくは、粘膜免疫応答には、ＩｇＡ産生の増加が含まれる。
【０５４３】
肺炎球菌感染は身体の種々の領域に影響を及ぼし得るので、本発明の組成物を、種々の形態で調製することができる。例えば、組成物を、溶液または懸濁液のいずれかとしての注射液として調製することができる。注射前の液体ビヒクル中の溶液または懸濁液に適切な固体形態も調製することができる（例えば、凍結乾燥組成物または噴霧乾燥組成物）。例えば、軟膏、クリーム、または粉末として局所投与用の組成物を調製することができる。経口投与用の組成物を、例えば、錠剤もしくはカプセル、スプレー、またはシロップ（任意選択的に、風味づけする）として調製することができる。肺投与用の組成物を、例えば、微粉末またはスプレーを使用した吸入器として調製することができる。組成物を、座剤またはペッサリーとして調製することができる。鼻腔、耳、または眼への投与のための組成物を、例えば、点滴薬として調製することができる。組成物は、合わせた組成物が患者への投与直前に再構成されるようにデザインされたキット形態であり得る。かかるキットは、液体形態の１つまたは複数の抗原および１つまたは複数の凍結乾燥抗体を含むことができる。
【０５４４】
組成物が使用前に即座に調製され（例えば、成分が凍結乾燥形態で存在し）、且つキットとして存在する場合、キットは２つのバイアルを含むことができるか、１つの予め充填されたシリンジおよび１つのバイアルを含むことができ、シリンジの内容物を使用して、注射前にバイアルの内容物を再活性化する。
【０５４５】
ワクチンとして使用される免疫原性組成物は、免疫学的有効量の抗原および必要に応じた任意の他の成分を含む。「免疫学的有効量」は、単回用量または一連の用量の一部のいずれかでの個体への投与量が治療または防止に有効であることを意味する。この量は、治療される個体の健康状態および身体の状態、年齢、治療される個体の分類群（例えば、非ヒト霊長類、霊長類など）、個体の免疫系の抗体合成能力、所望の防御度、ワクチンの処方、担当医の医学的状況の評価、および他の関連する要因に応じて変化する。この量は、比較的広い範囲に含まれ、これを日常的試験によって決定することができると予想される。１つを超える抗原が組成物中に含まれる場合、２つの抗原は相互に同一の用量または異なる用量で存在することができる。
【０５４６】
上記のように、組成物は温度保護剤を含むことができ、この成分は特にアジュバント添加組成物（特に、アルミニウム塩などの無機アジュバントを含むもの）で有用であり得る。参考文献２１７に記載のように、その凝固点を低下させるために（例えば、凝固点を０℃未満に低下させるために）、液体温度保護剤を水性ワクチン組成物に添加することができる。したがって、組成物を０℃未満であるがその凝固点以上で保存して、熱的破壊を抑制することができる。温度保護剤はまた、無機塩アジュバントを凍結融解後の凝集または沈殿から保護しながら組成物を凍結させ、高温（例えば、４０℃超）から組成物を保護することもできる。液体温度保護剤が１〜８０体積％の最終混合物を形成するように、出発水性ワクチンおよび液体温度保護剤を混合することができる。適切な温度保護剤は、ヒト投与に安全であり、且つ水に容易に混和／溶解されるべきであり、組成物中の他の成分（例えば、抗原およびアジュバント）を破壊すべきではない。例には、グリセリン、プロピレングリコール、および／またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が含まれる。適切なＰＥＧの平均分子量は、２００〜２０，０００Ｄａの範囲であり得る。好ましい実施形態では、ポリエチレングリコールの平均分子量は、約３００Ｄａ（「ＰＥＧ−３００」）であり得る。
【０５４７】
本発明は、（ｉ）第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７、第８、第９、または第１０の抗原群から選択される１つまたは複数の抗原；および（ｉｉ）温度保護剤を含む免疫原性組成物を提供する。この組成物を、第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７、第８、第９、または第１０の抗原群から選択される１つまたは複数の抗原を含む水性組成物と、（ｉｉ）温度保護剤との混合によって形成することができる。次いで、混合物を、例えば、０℃未満、０〜２０℃、２０〜３５℃、３５〜５５℃、またはそれを超える温度で保存することができる。これを、液体形態または凍結形態で保存することができる。混合物を凍結乾燥することができる。あるいは、組成物を、第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７、第８、第９、または第１０の抗原群から選択される１つまたは複数の抗原を含む乾燥組成物と、（ｉｉ）温度保護剤を含む液体組成物との混合によって形成することができる。したがって、成分（ｉｉ）を使用して、成分（ｉ）を再構成することができる。
【０５４８】
治療方法およびワクチンの投与
本発明はまた、有効量の本発明の組成物を投与する工程を含む、哺乳動物における免疫応答を惹起する方法を提供する。免疫応答は、防御免疫応答が好ましく、抗体媒介免疫および／または細胞媒介免疫を含むことが好ましい。本方法は、追加免疫応答を惹起することができる。
【０５４９】
本発明はまた、例えば、哺乳動物での免疫応答の惹起で用いる薬物として組み合わせて使用するための少なくとも２つの本発明の抗原を提供する。
【０５５０】
本発明はまた、哺乳動物での免疫応答の惹起用薬物の製造における少なくとも２つの本発明の抗原の使用を提供する。
【０５５１】
これらの使用および方法による哺乳動物における免疫応答の惹起により、哺乳動物を肺炎球菌感染から防御することができる。より詳細には、哺乳動物を肺炎球菌髄膜炎から防御することができる。本発明は、種々の異なる血清型の肺炎球菌に有効であるが、血清型１、５、６、および１９Ａの株による肺炎球菌感染に起因する疾患からの防御で特に有用であり得る。
【０５５２】
本発明はまた、第１の成分および第２の成分はいずれも上記の本発明の組成物でないが、第１の成分および第２の成分を組み合わせて上記の本発明の組成物を得ることができる、第１の成分および第２の成分を含むキットを提供する。キットは、１つまたは複数の以下を含む第３の構成要素をさらに含むことができる：説明書、シリンジまたは他の供給デバイス、アジュバント、または薬学的に許容可能な処方溶液。
【０５５３】
本発明はまた、本発明の免疫原性組成物を予め充填した送達デバイスを提供する。
【０５５４】
哺乳動物は、好ましくは、ヒトである。ワクチンが予防用である場合、ヒトは、好ましくは、小児（例えば、よちよち歩きの小児または乳児）または１０代の若者であり、ワクチンが治療用である場合、ヒトは、好ましくは、１０代の若者または成人である。例えば、安全性、投薬量、免疫原性などを評価するために、子供用ワクチンを成人に投与することもできる。
【０５５５】
治療上の処置の有効性をチェックするための１つの方法は、本発明の組成物の投与後の肺炎球菌感染のモニタリングを含む。予防上の処置の有効性をチェックするための１つの方法は、本発明の組成物の投与後の本発明の組成物中の抗原に対する全身（ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａの産生レベルのモニタリングなど）および／または粘膜（ＩｇＡ産生レベルのモニタリングなど）の免疫応答のモニタリングを含む。典型的には、抗原特異的血清抗体応答を攻撃誘発前ではなく免疫化後に決定するのに対して、抗原特異的粘膜抗体応答を免疫化後および攻撃誘発後に決定する。
【０５５６】
本発明の組成物の免疫原性の別の評価方法は、免疫ブロットおよび／またはマイクロアレイによる患者の血清または粘膜の分泌のスクリーニングのためにタンパク質を組換え的に発現することである。タンパク質と患者サンプルとの間の陽性反応は、問題のタンパク質に対する患者の免疫応答が増加したことを示す。この方法を使用して、抗原内の免疫優性の抗原および／またはエピトープを同定することもできる。
【０５５７】
ワクチン組成物の有効性を、ワクチン組成物での肺炎球菌感染の動物モデル（例えば、モルモットまたはマウス）の攻撃誘発によって生体内で決定することもできる。１つのかかるモデルは、参考文献２１８に記載されている。
【０５５８】
本発明の組成物を、一般に、患者に直接投与する。非経口注射（例えば、皮下、腹腔内、静脈内、筋肉内、または組織の間質腔）によるか、粘膜（直腸、経口（例えば、錠剤、スプレー）、膣、局所、経皮または経皮、鼻腔内、眼球、耳、肺、または他の粘膜投与など）に直接送達させることができる。
【０５５９】
本発明を使用して、全身免疫および／または粘膜免疫を誘発し、好ましくは、増強された全身免疫および／または粘膜免疫を誘発することができる。
【０５６０】
好ましくは、全身免疫および／または粘膜免疫の増強は、ＴＨ１および／またはＴＨ２免疫応答の増強を反映する。好ましくは、免疫応答の増強には、ＩｇＧ１および／またはＩｇＧ２ａおよび／またはＩｇＡの産生の増加が含まれる。
【０５６１】
単回投与計画または複数回投与計画によって投与することができる。複数回投与を、一次免疫計画および／または追加免疫計画で使用することができる。複数回投与計画では、同一または異なる経路（例えば、非経口での一次免疫および粘膜の追加免疫、粘膜の一次免疫および非経口の追加免疫など）によって種々の用量を投与することができる。複数回投与を、典型的には、少なくとも１週間間隔（例えば、約２週間、約３週間、約４週間、約６週間、約８週間、約１０週間、約１２週間、約１６週間など）で行う。
【０５６２】
本発明にしたがって調製したワクチンを使用して、小児および成人の両方を治療することができる。したがって、ヒト患者は、１歳未満、１〜５歳、５〜１５歳、１５〜５５歳、または少なくとも５５歳であり得る。ワクチン接種に好ましい患者は、高齢者（例えば、５０歳以上、６０歳以上、好ましくは６５歳以上）、若年者（例えば、５歳以下）、入院患者、医療従事者、軍務従事者および軍関係者、妊婦、慢性疾患患者、または免疫不全患者である。しかし、ワクチンはこれらの群のみに適切なのではなく、ある集団でより一般的に使用することができる。
【０５６３】
本発明によって産生されたワクチンを、他のワクチンと実質的に同時に（例えば、麻疹ワクチン、ムンプスワクチン、風疹ワクチン、ＭＭＲワクチン、水痘ワクチン、ＭＭＲＶワクチン、ジフテリアワクチン、破傷風ワクチン、百日咳ワクチン、ＤＴＰワクチン、結合Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ  ｂ型ワクチン、不活化ポリオウイルスワクチン、Ｂ型肝炎ウイルスワクチン、髄膜炎菌結合型ワクチン（４価Ａ−Ｃ−Ｗ１３５−Ｙワクチンなど）、呼吸器合胞体ウイルスワクチンなどと実質的に同時に）（例えば、医療専門家またはワクチン接種センターに対する同時期の医学的相談または訪問中）患者に投与することができる。
【０５６４】
粘膜免疫化
本発明は、（ｉ）本発明のポリペプチド抗原および（ｉｉ）細菌ＡＤＰ−リボシル化毒素および／またはその解毒誘導体を含む免疫原性組成物を提供する。本発明はまた、有効量のかかる免疫原性組成物を哺乳動物に投与する工程を含む、哺乳動物における免疫応答の惹起方法を提供する。組成物を、好ましくは、粘膜（粘膜表面）に投与する（例えば、鼻腔内に投与することができる）。
【０５６５】
ポリペプチド抗原は、例えば、第７の抗原群の一部であり得る。ポリペプチド抗原は、線毛抗原（ＲｒｇＡまたはＲｒｇＢポリペプチドなど）であり得る。
【０５６６】
成分（ｉ）の毒素は、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ熱不安定性エンテロトキシン（「ＬＴ」）に由来し得る。誘導体は、そのＡサブユニットの解毒変異を有し得る（例えば、ＬＴ−Ｋ６３またはＬＴ−Ｒ７２であり得る）。
【０５６７】
ＲｒｇＢポリペプチドおよびＬＴ−Ｋ６３アジュバントの鼻腔内投与が好ましい。マウスでは、これは、上咽頭、肺、および血液中の侵襲性肺炎球菌株の細菌負荷を減少させて、生存率を５倍にすることが示されている。
【０５６８】
核酸免疫化
上記の免疫原性組成物には、肺炎球菌由来のポリペプチド抗原が含まれる。しかし、全ての場合、ポリペプチド抗原を、このポリペプチドをコードする核酸（典型的にはＤＮＡ）と置換して、核酸免疫化に基づいた組成物、方法、および使用を得ることができる。核酸免疫化は、現在、発展した分野であり（例えば、参考文献２１９〜２２６などを参照のこと）、肺炎球菌ワクチンに適用されている（例えば、参考文献２２７）。
【０５６９】
免疫原をコードする核酸は、患者への送達後に生体内で発現し、次いで、発現した免疫原は、免疫系を刺激する。有効成分は、典型的には、（ｉ）プロモーター；（ｉｉ）プロモーターに作動可能に連結された免疫原をコードする配列；および、任意選択的に、（ｉｉｉ）選択マーカーを含む核酸ベクターの形態を取るであろう。好ましいベクターは、（ｉｖ）複製起点および（ｖ）（ｉｉ）の下流に存在し、（ｉｉ）に作動可能に連結された転写終結因子をさらに含むことができる。一般に、（ｉ）および（ｖ）は真核生物に由来し、（ｉｉｉ）および（ｉｖ）は原核生物に由来するであろう。
【０５７０】
好ましいプロモーターは、例えば、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）由来のウイルスプロモーターである。ベクターは、プロモーターに加えて、プロモーターと機能的に相互作用する転写調節配列（例えば、エンハンサー）も含むことができる。好ましいベクターは最初期ＣＭＶエンハンサー／プロモーターを含み、より好ましいベクターはＣＭＶイントロンＡも含む。免疫原コード配列の発現がプロモーターの調節下にあるように、免疫原をコードする下流配列にプロモーターを作動可能に連結する。
【０５７１】
マーカーを使用する場合、マーカーは、好ましくは、微生物宿主（例えば、原核生物、細菌、酵母）中で機能する。マーカーは、好ましくは、原核生物選択マーカー（例えば、原核生物プロモーターの調節下で転写される）である。便宜上、典型的なマーカーは抗生物質耐性遺伝子である。
【０５７２】
本発明のベクターは、好ましくは、自己複製性のエピソームまたは染色体外ベクター（プラスミドなど）である。
【０５７３】
本発明のベクターは、好ましくは、複製起点を含む。複製起点は原核生物で活性であるが、真核生物で活性ではないことが好ましい。
【０５７４】
したがって、好ましいベクターは、ベクター選択のための原核生物マーカー（原核生物の複製起点）を含むが、免疫原コード配列の転写を駆動するための真核生物プロモーターを含む。したがって、ベクターは、（ａ）ポリペプチド発現せずに原核生物宿主中で増幅および選択されるが、（ｂ）増幅されることなく真核生物宿主中で発現される。この配置は、核酸免疫化ベクターに理想的である。
【０５７５】
本発明のベクターは、コード配列の下流に真核生物転写終結配列を含むことができる。これにより、転写レベルを増強することができる。コード配列がこの転写終結配列自体を持たない場合、本発明のベクターは、好ましくは、ポリアデニル化配列を含む。好ましいポリアデニル化配列は、ウシ成長ホルモンに由来する。
【０５７６】
本発明のベクターは複数のクローニング部位を含むことができる。
【０５７７】
免疫原をコードする配列およびマーカーに加えて、ベクターは第２の真核生物コード配列を含むことができる。ベクターは、前記第２の配列の上流に、免疫原と同一の転写物から第２の真核生物ポリペプチドを翻訳するためのＩＲＥＳを含むこともできる。あるいは、免疫原コード配列は、ＩＲＥＳの下流に存在することができる。
【０５７８】
本発明のベクターは、非メチル化ＣｐＧモチーフ（例えば、一般にグアノシンの前にシトシンを有し、２つの５’プリンおよび２つの３’ピリミジンに隣接した非メチル化ＤＮＡ配列）を含むことができる。その非メチル化形態では、これらのＤＮＡモチーフは、いくつかの免疫細胞型の強力な刺激因子であることが証明されている。
【０５７９】
ベクターを、標的化された方法で送達することができる。受容体媒介ＤＮＡ送達技術は、例えば、参考文献２２８〜２３３に記載されている。遺伝子療法プロトコールにおける局所投与のために、核酸を含む治療組成物を約１００ｎｇ〜約２００ｍｇのＤＮＡ範囲で投与する。約５００ｎｇ〜約５０ｍｇ、約１μｇ〜約２ｍｇ、約５μｇ〜約５００μｇ、および約２０μｇ〜約１００μｇのＤＮＡの濃度範囲を、遺伝子療法プロトコール中で使用することもできる。作用方法（例えば、コードされた遺伝子産物レベルの増強または抑制のため）ならびに形質転換および発現の効率などの要因は、最終的な有効性に必要な投薬量に影響を及ぼす検討材料である。組織のより広い領域にわたりより高い発現を所望する場合、より大量のベクターまたは連続した投与プロトコールにおける同量の再投与、または異なる隣接または接近した組織部分へのいくつかの投与が、正の治療結果を得るのに必要であり得る。全ての場合、臨床試験における日常の実験により、最適な治療結果を得るための特定の範囲が決定されるであろう。
【０５８０】
遺伝子送達ビヒクルを使用してベクターを送達させることができる。遺伝子送達ビヒクルは、ウイルス起源または非ウイルス起源であり得る（一般に、参考文献２３４〜２３７を参照のこと）。
【０５８１】
所望の核酸の送達および所望の細胞中での発現のためのウイルスベースのベクターは、当該分野で周知である。例示的なウイルスベースのビヒクルには、組換えレトロウイルス（例えば、参考文献２３８〜２４８）、アルファウイルスベースのベクター（例えば、シンドビス・ウイルスベクター、セムリキ森林ウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−６７；ＡＴＣＣ
ＶＲ−１２４７）、ロスリバーウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−３７３；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４６）、およびベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−９２３；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣ  ＶＲ  １２４９；ＡＴＣＣ  ＶＲ−５３２）（これらのウイルスのハイブリッドまたはキメラも使用することができる）、ポックスウイルス  ベクター（例えば、ワクシニア、鶏痘、カナリアポックス、修飾ワクシニアアンカラなど）、アデノウイルスベクター、およびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター（例えば、参考文献２４９〜２５４を参照のこと）が含まれるが、これらに限定されない。死滅アデノウイルスに連結されたＤＮＡ（２５５）の投与も使用することができる。
【０５８２】
非ウイルス送達ビヒクルおよび方法も使用することができ、これらには、以下が含まれるが、これらに限定されない：アデノウイルスのみに連結されたか連結されていないポリカチオン性縮合ＤＮＡ（例えば、２５５）、リガンド連結ＤＮＡ（２５６）、真核細胞送達ビヒクル細胞（例えば、参考文献２５７〜２６１）、および核電荷中和または細胞膜との融合。裸のＤＮＡを使用することもできる。例示的な裸のＤＮＡの導入方法は、参考文献２６２および２６３に記載されている。遺伝子送達ビヒクルとして作用することができるリポソーム（例えば、免疫リポソーム）は、参考文献２６４〜２６８に記載されている。さらなるアプローチは、参考文献２６９および２７０に記載されている。
【０５８３】
使用に適切なさらなる非ウイルス送達には、機械的送達系（参考文献２７０に記載のアプローチなど）が含まれる。さらに、コード配列またはその発現産物を、光重合したヒドロゲル材料の沈着または電離放射線の使用によって送達させることができる（例えば、参考文献２７１および２７２）。コード配列の送達のために使用することができる他の従来の遺伝子送達方法には、例えば、ハンドヘルド遺伝子銃の使用（２７３）または導入された遺伝子の活性化のための電離放射線の使用（２７１および２７２）が含まれる。
【０５８４】
ＰＬＧ（ポリ（ラクチド−コ−グリコリド））微粒子を使用したＤＮＡの送達は、例えば、負電荷表面（例えば、ＳＤＳで処理）または正電荷表面（例えば、ＣＴＡＢなどのカチオン性界面活性剤で処理）を有するように任意選択的に処理された微粒子への吸着による、特に好ましい方法である。
【０５８５】
抗体
肺炎球菌抗原に対する抗体を、受動免疫のために使用することができる（２７４）。したがって、本発明は、第１、第２、または第３の抗原群中の抗原に特異的な抗体を提供する。本発明はまた、第４、第５、第６、第７、第８、第９、または第１０の抗原群中の抗原に特異的な抗体を提供する。本発明はまた、かかる抗体の治療における使用を提供する。本発明はまた、薬物製造におけるかかる抗体の使用を提供する。本発明はまた、有効量の本発明の抗体を投与する工程を含む、哺乳動物の治療方法を提供する。免疫原性組成物について上記のように、これらの方法および使用により、哺乳動物を肺炎球菌感染から防御することが可能である。
【０５８６】
用語「抗体」には、インタクトな免疫グロブリン分子および抗原に結合することができるそのフラグメントが含まれる。これらには、ハイブリッド（キメラ）抗体分子（２７５、２７６）；Ｆ（ａｂ’）２フラグメントおよびＦ（ａｂ）フラグメントならびにＦｖ分子；非共有結合性ヘテロ二量体（２７７、２７８）；単鎖Ｆｖ分子（ｓＦｖ）（２７９）；二量体および三量体の抗体フラグメント構築物；ミニボディ（２８０、２８１）；ヒト化抗体分子（２８２〜２８４）；ならびにかかる分子から得た任意の機能的フラグメントおよびファージディスプレイなどの非従来的プロセスによって得られた抗体が含まれる。好ましくは、抗体はモノクローナル抗体である。モノクローナル抗体の産生方法は当該分野で周知である。ヒト化抗体または完全なヒト抗体が好ましい。
【０５８７】
概要
本発明の実施において、他で示さない限り、当業者の技術の範囲内である化学、生化学、分子生物学、免疫学、および薬学の従来の方法を使用するであろう。かかる技術は、文献中に十分に説明されている。例えば、参考文献２８５〜２９２などを参照のこと。
【０５８８】
上記の「ＧＩ」ナンバリングを使用する。ＧＩ番号、すなわち、「ＧｅｎＩｎｆｏ識別子」は、配列をそのデータベースに付加する場合にＮＣＢＩによって処理された各配列レコードに連続して割り当てられた一連の数字である。ＧＩ番号は、配列レコードの受入番号に類似していない。配列をアップデートする場合（例えば、訂正またはさらなる注釈または情報の付加のため）、配列は新規のＧＩ番号が付与される。したがって、付与されたＧＩ番号に関連する配列は決して変化しない。
【０５８９】
本発明が「エピトープ」を考慮する場合、このエピトープは、Ｂ細胞エピトープおよび／またはＴ細胞エピトープであり得る。かかるエピトープを、（例えば、ＰＥＰＳＣＡＮ（２９３、２９４）または類似の方法を使用して）経験的に同定することができるか、（例えば、Ｊａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆ抗原性指数（２９５）、行列ベースのアプローチ（２９６）、ＭＡＰＩＴＯＰＥ（２９７）、ＴＥＰＩＴＯＰＥ（２９８、２９９）、神経回路網（３００）、ＯｐｔｉＭｅｒ  ＆  ＥｐｉＭｅｒ（３０１、３０２）、ＡＤＥＰＴ（３０３）、Ｔｓｉｔｅｓ（３０４）、親水性（３０５）、抗原性指数（３０６）、または参考文献３０７〜３１１に開示の方法を使用して）予想することができる。エピトープは、抗体またはＴ細胞受容体の抗原結合部位によって認識されて結合する抗原の一部であり、「抗原決定基」ということもできる。
【０５９０】
抗原「ドメイン」が省略される場合、これは、シグナルペプチド、細胞質ドメイン、膜貫通ドメイン、細胞外ドメインなどの省略を含み得る。
【０５９１】
用語「含む」は、「〜含む」および「〜からなる」を含む。例えば、Ｘを「含む」組成物は、排他的にＸからなることができるか、いくらかの付加物を含むことができる（例えば、Ｘ＋Ｙ）。
【０５９２】
数値ｘに関する用語「約」は、例えば、ｘ±１０％を意味する。
【０５９３】
２つのアミノ酸配列間の配列同一率の言及は、アラインメントした場合に２配列を比較してアミノ酸の比率が同一であることを意味する。このアラインメントおよび相同率または配列同一性を、当該分野で公知のソフトウェアプログラム（例えば、参考文献３１２の７．７．１８項に記載のプログラム）を使用して決定することができる。好ましいアラインメントを、ギャップオープンペナルティ１２およびギャップ伸長ペナルティ２、ＢＬＯＳＵＭ行列６２を使用した、アフィンギャップ検索を使用したＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定する。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、参考文献３１３に開示されている。
【図面の簡単な説明】
【０５９４】
【図１】図１は、コントロール群の死亡数の経時変化と比較した、ｓｐｒ０５６５またはｓｐｒ１４３１での免疫化後の１０日目まで追跡した細菌攻撃誘発後のマウスの死亡数の経時変化を示す。
【図２】図２は、組み合わせ抗体についての類似のデータを示す。
【図３】図３は、試験群をコントロール（ｃｔｒｌ）群と比較した、マウスの血中細菌数（ＣＦＵ／ｍｌ）を示す。円は各動物であり、バーは幾何平均である。データは、以下の動物群に由来する：（３Ａ）０；（３Ｂ）１；（３Ｃ）４；（３Ｄ）６。
【図４】図４は、同一群についての生存データ（日数）を示す。菱形は各動物を示し、バーは平均を示す。
【図５】図５は、図２と同様の死亡数の経時変化を示すが、異なる抗原の組み合わせを使用している。
【図６】図６は、菌血症実験の結果を示す。ｙ軸はＣＦＵ／ｍｌを示し、ｘ軸の真下の数字はＵ検定によって計算されたＰ値を示す。
【図７】図７は、死亡率実験の結果を示す。ｙ軸は生存期間（日）を示し、ｘ軸の真下の数字はＵ検定によって計算されたＰ値を示す。
【図８】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図９】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図１０】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図１１】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図１２】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図１３】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図１４】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図１５】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図１６】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図１７】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図１８】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図１９】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図２０】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図２１】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図２２】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図２３】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図２４】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図２５】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図２６】図２６は、２つの血清希釈物（１／１２または１／３６）でのＯＰＫＡアッセイの結果を示す。各トリプレットは、ＰＢＳコントロール（左）、ｃｏｍｂｏ−１（中央）、またはｃｏｍｂｏ−２（右）を使用したデータを示す。Ｙ軸は死亡率を示す。
【図２７】図２７は、希釈血清を使用したＯＰＫＡ実験の結果を示す。
【図２８】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図２９】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図３０】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図３１】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図３２】図３２は、ｓｐｒ２０２１およびｓｐｒ００９６のハイブリッドの精製ゲルを示す。左側のバンドはハイブリッドタンパク質であり、右側のバンドはＢＳＡ標準（６４ｋＤａ）である。図３２Ａはｓｐｒ２０２１−ｓｐｒ００９６を示し、図３２Ｂはｓｐｒ００９６−ｓｐｒ２０２１を示す。
【図３３】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図３４】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図３５】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【図３６】図８〜２５および２８〜３１および  ３３〜３６は、図６および７と同一のパターンをたどる。
【発明を実施するための形態】
【０５９５】
発明実施の形態
抗原の同定
免疫学調査のために１２種の肺炎球菌ポリペプチドを選択した。Ｒ６ゲノム（８４）にしたがってナンバリングしたこれらの１２種は以下である：ｓｐｒ００５７；ｓｐｒ０２８６；ｓｐｒ０５６５；ｓｐｒ０８６７；ｓｐｒ１０９８；ｓｐｒ１３４５；ｓｐｒ１４１６；ｓｐｒ１４１８；ｓｐｒ１４３１；ｓｐｒ１７３９；およびｓｐｒ２０２１。
【０５９６】
ｓｐｒ００５７抗原は、ヒト糖タンパク質上のＮ−アセチルグルコサミンを切断するβ−Ｎ−アセチルヘキソサミニダーゼ（ｓｔｒＨ）と注釈されている（３１４）。したがって、この酵素はヒトの病原発生／定着を促進することができ、その遮断はワクチン接種に有用であり得る。さらに、タンパク質は表面に局在し、ＬＰｘＴＧ係留され、回復期の肺炎患者および髄膜炎患者で免疫反応性血清が認められている（３１５）。ｓｐｒ００５７配列は、２２種の異なる肺炎球菌株の間で９８．６％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。この配列は、Ｓ．ｍｉｔｉｓおよびＳ．ｍｕｔａｎｓに不在である。免疫原としてのｓｐｒ００５７の防御有効性に関する研究は公開されていない。野生型ｓｐｒ００５７遺伝子は３９３９ヌクレオチド長であるが、免疫化のために３７４１量体のフラグメント（配列番号１８０をコード）を使用した。Ｈｉｓタグ化組換えタンパク質として発現した場合、酵素活性は４−ニトロフェニル−Ｎ−アセチル−β−Ｄ−グルコサミニド基質を使用した場合に試験管内で認められるが、２−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトピラノシド基質を使用した場合には認められない。鼻腔および肺の洗浄液中の肺炎球菌によるｓｐｒ００５７の生体内発現をモニタリングし、この発現は強く上方制御された。
【０５９７】
ｓｐｒ００９６抗原は、ＬｙｓＭモチーフを含む仮説上のタンパク質と注釈されている。ｓｐｒ００９６配列は、２２種の異なる肺炎球菌株の間で９９％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。野生型ｓｐｒ００９６遺伝子は５０４ヌクレオチド長であるが、免疫化のために４２３量体のフラグメント（配列番号２２９をコード）を使用した。
【０５９８】
ｓｐｒ０２８６抗原は、ヒアルロン酸（細胞外基質の成分）を分解するヒアルロニダーゼ（Ｈｙｌ）と注釈されている。タンパク質は表面に局在し、ＬＰｘＴＧ係留されている。ｓｐｒ０２８６配列は、２２種の異なる肺炎球菌株の間で９８．８％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。ヒアルロニダーゼは病原性因子であるにもかかわらず、参考文献３１６は、ヒアルロニダーゼが疾患の臨床経過に影響を及ぼさず、著者の疾患モデルにおける全身性の細菌伝播にいかなる影響も及ぼさないと報告していた。野生型ｓｐｒ０２８６遺伝子は３２０１ヌクレオチド長であるが、免疫化のために１８８４量体のフラグメント（配列番号１８２をコード）または１３５６量体のフラグメント（配列番号１８３をコード）を使用した。
【０５９９】
ｓｐｒ０５６５抗原は、ヒト糖タンパク質上のガラクトースを切断するβ−ガラクトシダーゼ（ＢｇａＡ）と注釈されている（３１４）。したがって、この酵素はヒトの病原発生／定着を促進することができ、その遮断はワクチン接種に有用であり得る。さらに、タンパク質は表面に局在し、ＬＰｘＴＧ係留され、回復期の肺炎患者および髄膜炎患者で免疫反応性血清が認められている。ｓｐｒ０５６５配列は、２２種の異なる肺炎球菌株の間で９７．９％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。免疫原としてのｓｐｒ０５６５の防御有効性に関する研究は公開されていない。野生型ｓｐｒ０５６５遺伝子は６６８７ヌクレオチド長であるが、免疫化のために６４４４量体のフラグメント（配列番号１８４をコード）を使用した。Ｈｉｓタグ化組換えタンパク質として発現した場合、酵素活性は２−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトピラノシド基質を使用した場合に試験管内で認められるが、４−ニトロフェニル−Ｎ−アセチル−β−Ｄ−グルコサミニド基質を使用した場合には認められない。鼻腔および肺の洗浄液中の肺炎球菌によるｓｐｒ０５６５の生体内発現をモニタリングし、この発現は強く上方制御された。
【０６００】
ｓｐｒ０８６７抗原は、細菌複製中の細胞分離を媒介するエンド−β−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ（ＬｙｔＢ）と注釈されている。タンパク質は表面に局在し、コリン結合タンパク質であり（３１７）、回復期の患者で免疫反応性血清が認められている。ｓｐｒ０８６７配列は、２２種の異なる肺炎球菌株の間で９８．８％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。これは、単独で使用した場合の防御免疫原と報告されている（３１８）。参考文献３１９で対立遺伝子変異が考察されている。野生型ｓｐｒ０８６７遺伝子は２１０９ヌクレオチド長であるが、免疫化のために２０４０量体のフラグメント（配列番号１８５をコード）を使用した。
【０６０１】
ｓｐｒ１０９８抗原は、ＬＰＸＴＧモチーフタンパク質を肺炎球菌表面に係留するソルターゼ  Ａ（ｓｒｔＡ）と注釈されている。タンパク質は、膜に局在している。ｓｐｒ１０９８配列は、２２種の異なる肺炎球菌株の間で１００％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。ポリペプチドに関するさらなる詳細は、参考文献３２０および３２１に示されている。免疫原としてのｓｐｒ１０９８の防御有効性に関する研究は公開されていない。野生型ｓｐｒ１０９８遺伝子は７４４ヌクレオチド長であるが、免疫化のために６５４量体のフラグメント（配列番号１８７をコード）を使用した。
【０６０２】
ｓｐｒ１３４５抗原は、細胞壁表面アンカーファミリータンパク質（ムチンに結合するアドヘシン）と注釈されている。タンパク質は表面に局在し、ＬＰｘＴＧ係留されている。ｓｐｒ１３４５配列は、株によって反復配列数が異なるにもかかわらず、２２種の異なる肺炎球菌株の間で１００％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。ポリペプチドに関するさらなる詳細は、参考文献３２２に示されている。免疫原としてのｓｐｒ１３４５の防御有効性に関する研究は公開されていない。野生型ｓｐｒ１３４５遺伝子は６０９ヌクレオチド長であるが、免疫化のために４９５量体のフラグメント（配列番号１８８をコード）を使用した。
【０６０３】
ｓｐｒ１４１６抗原は仮説上のタンパク質と注釈されており、細胞質のようである。これは未知の機能を有するが、ｓｐｒ１４１６配列は、２２種の異なる肺炎球菌株の間で１００％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。ｓｐｒ１４１６に関する研究は公開されていない。野生型ｓｐｒ１４１６遺伝子は３８７ヌクレオチド長であるが、免疫化のために３８１量体のフラグメントを使用した。
【０６０４】
ｓｐｒ１４１８抗原は、保存された仮説上のタンパク質と注釈されている。タンパク質は、リーダーペプチドの存在に基づいて表面に局在している。これは未知の機能を有するが、回復期の肺炎患者および髄膜炎患者で免疫反応性血清が認められている。ｓｐｒ１４１８配列は、２２種の異なる肺炎球菌株の間で９９．８％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。ｓｐｒ１４１８に関する研究は公開されていない。野生型ｓｐｒ０４８１遺伝子は７８０ヌクレオチド長であるが、免疫化のために７０５量体のフラグメントを使用した。
【０６０５】
ｓｐｒ１４３１抗原は、自己消化を媒介するリゾチーム（ＬｙｔＣ）と注釈されている。タンパク質は表面に局在し、ＬＰｘＴＧ係留され、回復期の肺炎患者および髄膜炎患者で免疫反応性血清が認められている。ｓｐｒ１４３１配列は、２２種の異なる肺炎球菌株の間で９８％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。ポリペプチドに関するさらなる詳細は、参考文献３２３および３２４に示されている。ＬｙｔＣを有するいくつかの防御データは、参考文献３１８で報告されている。野生型ｓｐｒ１４３１遺伝子は１５０６ヌクレオチド長であるが、免疫化のために１４０７量体のフラグメント（配列番号１８９をコード）を使用した。
【０６０６】
ｓｐｒ１７３９抗原は、ニューモリシン（分泌性細胞質腔形成毒素）である。回復期の肺炎患者および髄膜炎患者で免疫反応性血清が認められている。ｓｐｒ１７３９配列は、２２種の異なる肺炎球菌株の間で１００％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。ニューモリシンは、以前に、免疫化のためにＣｂｐＡ（ＰｓｐＣ）（３２５）または他の抗原（２）と組み合わせて使用されている。
【０６０７】
ｓｐｒ２０２１抗原は、分泌性４５ｋＤａタンパク質（ＰｃｓＢ）と注釈されている。これは、分裂細胞の分離に関与する必須のヒドロラーゼであり、回復期の肺炎患者および髄膜炎患者で免疫反応性が認められたので、最初に同定された。ｓｐｒ２０２１配列は、２２種の異なる肺炎球菌株の間で１００％保存されており、したがって、広範な防御を付与することができる。これは、参考文献７８で主なワクチン候補として確認されている。ＰｃｓＢポリペプチドに関するさらなる詳細は、参考文献３２６および３２７に示されている。野生型ｓｐｒ２０２１遺伝子は１１７９ヌクレオチド長であるが、免疫化のために１０９８量体のフラグメント（配列番号１９０をコード）を使用した。
【０６０８】
これらの遺伝子の１つの選択基準は、異なる病原性血清型由来の代表的な株が含まれる２２種の肺炎球菌株のパネル間の保存レベルの高さである。現在公開されている全ゲノム配列中に高レベルの配列同一性で存在するが、パネル中の少なくとも１つの株に存在しないいくつかの肺炎球菌遺伝子が存在する。したがって現在のゲノムは、特定の遺伝子が保存されていると間違った印象を与え得る。例えば、ジカルボキシラート／アミノ酸：カチオン（Ｎａ＋またはＨ＋）共輸送体（ＤＡＡＣＳ）ファミリータンパク質は、以下の株：ＳＰ３−ＢＳ７１、ＳＰ６−ＢＳ７３、ＳＰ９−ＢＳ６８、ＳＰ１１−ＢＳ７０、ＳＰ１４−ＢＳ６９、ＳＰ１８−ＢＳ７４、ＳＰ１９−ＢＳ７５、ＳＰ２３−ＢＳ７２、ＣＧＳＰ１４、Ｄ３９、Ｒ６、およびＴＩＧＲ４のゲノム中に存在するが、ＪＪＡ株およびＰ１０３１株中で認められない。
【０６０９】
ｓｐｒ００５７およびｓｐｒ０５６５の両方は、宿主タンパク質を脱グリコシル化する表面曝露エキソグリコシダーゼである。４−ニトロフェニル−Ｎ−アセチル−β−Ｄ−グルコサミニドなどの基質を使用して示されるように、両抗原は、Ｈｉｓタグ化形態で発現した場合に試験管内で酵素的に活性である。
【０６１０】
ｓｐｒ００９６、ｓｐｒ０８６７、ｓｐｒ１４３１、およびｓｐｒ２０２１抗原は全てペプチドグリカンヒドロラーゼであり得る。
【０６１１】
有効性試験
肺炎球菌疾患の種々のモデル系を、免疫原の有効性試験のために使用した。
【０６１２】
腹腔内感染のマウスモデルでは、抗原を腹腔内投与し、腹腔内に攻撃誘発を行った。６週齢の特定の病原体を含まない雌のＢＡＬＢ／ｃマウスを、０、１４、および２８日目に腹腔内に免疫化した。水酸化アルミニウムまたはフロイントアジュバントと共に単一の組換えタンパク質（２０μｇ／マウス）またはその組み合わせ（各１０μｇ／マウス）を使用して免疫化を行った。コントロールに、同一の一連の生理食塩水＋アジュバントを投与した。次いで、マウスを、致死量の同種または異種の株（Ｄ３９、ＴＩＧＲ４、ＳＰ−ＰＤ、ＰＴ１３１、Ｓｔｒｅｐ−５、３５Ｂｓｍｅ１５）にて腹腔内で攻撃誘発した。使用した細菌投薬量は一般に以下であった：５×１０５  ＣＦＵ／マウスのＤ３９、約１０２
ＣＦＵ／マウスのＴＩＧＲ４、または約５．４×１０４ＣＦＵ／マウスのＳＰ−ＰＤ。いくつかの場合、ＣＤ１マウスにおいて感染および死亡させるための攻撃誘発用量を調整した類似の実験を行った。免疫化効率を、菌血症（感染５および／または２４時間後）および死亡率（感染株に応じて細菌攻撃誘発から１０日間またはそれを超えてモニタリングする）に及ぼすワクチン接種の影響の評価によって試験する。
【０６１３】
受動伝達モデルでは、組換えタンパク質に対する血清を、腹腔内投与し、腹腔内で攻撃誘発を行った。上記のように腹腔内で免疫化したマウスにおいて抗血清を生成した。攻撃誘発の１５分前に、１０週齢のＢＡＬＢ／ｃマウスに５０μｌの免疫血清を腹腔内に投与した。コントロールに、同一の一連の生理食塩水＋アジュバントを投与した。次いで、マウスを腹腔内で攻撃誘発した。
【０６１４】
静脈内感染モデルでは、抗原を腹腔内投与し、静脈内で攻撃誘発を行った。５週齢のＣＤ−１マウスを、０、１４、および２８日目に腹腔内に免疫化した。フロイントアジュバントと共に組換えタンパク質を個別に（２０μｇ／マウス）またはこれを組み合わせて（各１０μｇ／マウス）使用して免疫化を行った。コントロールに、同一の一連の生理食塩水＋アジュバントを投与した。次いで、マウスを、致死量の同種または異種の株（Ｄ３９またはＴＩＧＲ−４）にて静脈内で攻撃誘発した。使用した細菌投薬量は以下であった：約１０５ＣＦＵ／マウスのＤ３９、２×１０６ＣＦＵ／マウスのＴＩＧＲ−４、約１０７ＣＦＵ／マウスのＰＴ１３１、約１０４ＣＦＵ／マウスのＳｔｒｅｐ−５、約２×１０７ＣＦＵ／マウスの３５Ｂｓｍｅ１５。ワクチン候補の有効性を、菌血症（感染４８時間後）および死亡率（感染株に応じて細菌攻撃誘発から１０日間またはそれを超えてモニタリングする））に及ぼすワクチン接種の影響の評価によって試験する。
【０６１５】
鼻腔内感染モデルでは、抗原を鼻腔内投与し、鼻腔内に攻撃誘発を行った。６週齢のＣ５７ＢＬ／６マウスを、０、１６、および３２日目に鼻腔内に免疫化した。ＬＴＫ６３アジュバントと共に組換えタンパク質（２０μｇ／マウス）を使用して免疫化を行った。コントロールに、同一の一連のＬＴＫ６３またはＰＢＳを投与した。マウスを、１０６  ＣＦＵ  ＴＩＧＲ４で攻撃誘発した。ワクチン候補の有効性を、死亡率（細菌攻撃誘発から２〜３週間モニタリングする）および鼻咽頭定着および肺感染に及ぼすワクチン接種の影響の評価によって試験する。異なるマウスおよび細菌株および抗原の粘膜投与または全身投与を使用して他の実験を行った。
【０６１６】
各抗原を使用した免疫原性および防御研究
以下の抗原を、マウスモデルで個別に試験した：ｓｐｒ００５７；ｓｐｒ０２８６；ｓｐｒ０５６５；ｓｐｒ０８６７；ｓｐｒ１０９８；ｓｐｒ１３４５；ｓｐｒ１４１６；ｓｐｒ１４１８；ｓｐｒ１４３１；およびｓｐｒ２０２１。ｓｐｒ２０８６抗原を２つのドメインに分割し、ｓｐｒ２０８６Ａおよびｓｐｒ２０８６Ｂとして試験した。抗原にフロイントアジュバントを添加し、ＣＤ１および／またはＢＡＬＢ／ｃマウスで試験した。肺炎球菌のＤ３９株またはＴＩＧＲ４株のいずれかを使用して、静脈内（ｉ．ｖ．）経路または腹腔内（ｉ．ｐ．）経路のいずれかによって攻撃誘発を行った。各群は、少なくとも８匹のマウスを含んでいた。コントロール群に、アジュバントを含むリン酸緩衝化生理食塩水を投与した。ＴＩＧＲ４株は非常に強毒であるので、この株による攻撃誘発からの防御は高レベルの有効性を示す。
【０６１７】
菌血症に関して、攻撃誘発から２４時間後の免疫化動物またはコントロール動物の血中のＣＦＵ／ｍｌの測定によって結果を決定した。さらに、両群における感染動物数を、片側マン・ホイットニーＵ検定を使用して比較した。結果を以下に示した。
【０６１８】
【表１】
2014034578.tif 000008
生存に関して、群あたりの生存期間の中央値（日）の測定によって結果を決定した。さらに、両群における生存動物数を、片側マン・ホイットニーＵ検定を使用して比較した。結果を以下の表に示す。さらに、生存マウス数を経時的に追跡し、かかるデータの例を図１に示す。
【０６１９】
【表２】
2014034578.tif 000009
したがって、全試験抗原について、菌血症の実質的減少および／または生存日数の増加が認められた。
【０６２０】
まとめると、以下の４つの好ましい抗原が血清型２、３、４、および３５Ｂ株に対して有効である。
【０６２１】
【表３】
2014034578.tif 000010
血清型４は現在の結合型ワクチンによって対象とされているが、血清型２、３、および３５Ｂはそうではない。
【０６２２】
組み合わせ抗原を使用した免疫原性および防御の研究
以下の抗原の組み合わせを、各抗原と同一のマウスモデルで試験した：（１）ｓｐｒ００５７＋ｓｐｒ００９６＋ｓｐｒ２０２１；（２）ｓｐｒ００５７＋ｓｐｒ００９６＋ｓｐｒ２０２１；（３）ｓｐｒ００５７＋ｓｐｒ００９６＋ｓｐｒ２０２１；（４）ｓｐｒ００５７＋ｓｐｒ２０２１；（５）ｓｐｒ００５７＋ｓｐｒ０５６５＋ｓｐｒ２０２１。さらに、コントロール群（０）を、ＰｓｐＣと解毒ニューモリシン（「Ｐｌｙ−ｄｅｔｏｘ」）（３２５）との組み合わせで免疫化し、群（６）に、ｓｐｒ０５６５＋ｓｐｒ２０２１＋Ｐｌｙ−ｄｅｔｏｘの組み合わせを投与した。結果を以下に示した。
【０６２３】
【表４】
2014034578.tif 000011
群０、１、４、および６の菌血症データを図３に示す。これらの群の生存データを図４に示す。群１および５の生存データを図２に示す。
【０６２４】
さらなる実験では、マウスに、（７）ｓｐｒ０５６５＋ｓｐｒ２０２１または（８）ｓｐｒ２０２１＋Ｐｌｙ−ｄｅｔｏｘを投与する。群６、７、および８の生存データを図５に示す。
【０６２５】
さらなる実験では、マウスに、ｓｐｒ０５６５、ＰｍＰ、およびｓｐｒ２０２１の組み合わせを投与した。血清を、オプソニン食作用死滅アッセイ（ＯＰＫＡ）で試験した。結果を図２７に示す。免疫血清の活性をコントロールレベルに減少させる前に１０，０００倍希釈が必要である。
【０６２６】
Ｃｏｍｂｏ−１〜Ｃｏｍｂｏ−４
以下の４つの異なる抗原の組み合わせを調製した。
Ｃｏｍｂｏ−１：ｓｐｒ００５７＋ｓｐｒ００９６＋ｓｐｒ２０２１。
Ｃｏｍｂｏ−２：ｓｐｒ００５７＋ｓｐｒ０５６５＋ｓｐｒ２０２１。
Ｃｏｍｂｏ−３：ｓｐｒ００５７＋ｓｐｒ００９６＋ｓｐｒ０５６５。
Ｃｏｍｂｏ−４：ｓｐｒ００５７＋ｓｐｒ００９６＋ｓｐｒ０５６５＋ｓｐｒ２０２１。
【０６２７】
ウサギを免疫化し、その免疫血清をＢＡＬＢ／ｃマウスに導入して、ＴＩＧＲ４株に対する受動防御を試験した。
【０６２８】
マウスも免疫化し、次いで、ＴＩＧＲ４（ｉ．ｐ．攻撃誘発）およびＤ３９、ＰＴ１３１およびＴＲＥＰ６Ａ（ｉ．ｖ．攻撃誘発）が含まれる株を使用して攻撃誘発モデルで試験した。ＴＩＧＲ４株は、Ｐｒｅｖｎａｒ（商標）が対象とする血清型４であるが（「ＶＴ」株）、他の３株はＰｒｅｖｎａｒ（商標）が対象としない血清型２、３、および６Ａである（「ＮＶＴ」株）。血清型３、４、および６Ａは、提案された１３価サッカリドワクチンによって対象とされるがが（３２８）、血清型２株は対象とされない。
【０６２９】
図６および７は、受動伝達試験で得た結果を示す。Ｃｏｍｂｏ−１およびｃｏｍｂｏ−２は、菌血症を少なくとも１対数減少させ（図６）、それにより、生存期間が少なくとも１０日間となった（図７）。各抗原の５０μｇへの増加によって有効性は改善されなかった。
【０６３０】
図８および９は、ＰＴ１３１株を使用した攻撃誘発モデルで得た結果を示す。Ｃｏｍｂｏ−１およびｃｏｍｂｏ−２も有効であり、ｃｏｍｂｏ−２が優れている。
【０６３１】
図１０および１１は、ｃｏｍｂｏ−１での免疫後の１．１×１０４  ＣＦＵのＳＴＲＥＰ−５株を使用した攻撃誘発モデルで得た結果を示す。
【０６３２】
図１２は、ＯＲＥＰ−３での攻撃誘発から２４時間後のＣＦＵ／ｍｌの減少を示す。Ｃｏｍｂｏ−１およびｃｏｍｂｏ−２は共に有効である。
【０６３３】
図１３および１４は、ＴＲＥＰ−６Ａでのｃｏｍｂｏ−２免疫化マウスの攻撃誘発後に得た結果を示す。
【０６３４】
図１７に示すように、ｃｏｍｂｏ−１は、高用量（１．１×１０７ｃｆｕ）のＴＩＧＲ４での鼻腔内攻撃誘発後に菌血症を減少させたが、鼻腔定着および肺感染には影響を及ぼさなかった。感染後期の亜致死量の鼻腔内攻撃誘発（図１８〜２２）は、ｃｏｍｂｏ−１が有効であることを示している。
【０６３５】
１４−Ｓｐａｉｎ−１５株を使用した鼻腔内攻撃誘発に対する有効性を、図２３（鼻腔洗浄液、４８時間）および２４（肺洗浄液、４８時間）に示す。
【０６３６】
図２５は、ｃｏｍｂｏ−２での免疫化後のＴＩＧＲ−４（ｉ．ｐ．攻撃誘発；図２５Ａ）またはＤ３９、ＰＴ１３１、もしくはＴＲＥＰ６Ａ（ｉ．ｖ．攻撃誘発；図２５Ｂ）での攻撃誘発後の死亡率をまとめている。
【０６３７】
したがって、ｃｏｍｂｏ−１またはｃｏｍｂｏ−２での免疫化は、広範な種々の肺炎球菌株による感染に対して有効である。
【０６３８】
図２６は、コントロール動物またはｃｏｍｂｏ−１もしくはｃｏｍｂｏ−２で免疫化した動物由来の血清を使用して得たＯＰＫＡの結果を示す。１２倍希釈および３６倍希釈したｃｏｍｂｏ−２を使用して、ＯＰＫＡ活性の大きな増加が認められる。
【０６３９】
ｓｐｒ１４１６、ｓｐｒ１４１８、またはｓｐｒ１４３１の添加によってＣｏｍｂｏ−１を修飾した。図１５および１６に示すように、ｃｏｍｂｏ−１は、これら３つの抗原を添加する場合でさえ、ＴＩＧＲ４攻撃誘発に対するその有効性を保持する。
【０６４０】
鼻腔内免疫化および鼻腔内攻撃誘発を使用して、３つの抗原を含むＣｏｍｂｏ−１もこれら３つの抗原のうちの２つの組み合わせ（ｓｐｒ００５７＋ｓｐｒ２０２１）と比較した。攻撃誘発株としてＴＩＧＲ４を使用した死亡率または菌血症（２４時間後および１０日後の両方）に関して２つの組み合わせがほとんど相違は認められなかったのにもかかわらず、１０日後の鼻腔内洗浄液および肺洗浄液は有意な減少が認められた（図３３および３４）。攻撃誘発株として１４−Ｓｐａｉｎ１５を使用した場合、良好な結果も認められた（図３５および３６）。
【０６４１】
Ｃｏｍｂｏ−１を、ｓｐｒ０５６５のみとも比較した。２４時間後にｓｐｒ０５６５は菌血症を減少させたが、４８時間後に効果は認められなかった。対照的に、ｃｏｍｂｏ−１の有効性は４８時間後のみで明らかとなった。鼻腔内定着や肺感染に対する有効性を認められなかった。
【０６４２】
まとめると、ｃｏｍｂｏ−１を使用した最良の代表的結果は以下であった。
【０６４３】
【表５】
2014034578.tif 000012
まとめると、ｃｏｍｂｏ−２を使用した最良の代表的結果は以下であった。
【０６４４】
【表６】
2014034578.tif 000013
まとめると、ｃｏｍｂｏ−４を使用した最良の代表的結果は以下であった。
【０６４５】
【表７】
2014034578.tif 000014
したがって、組み合わせにより、菌血症から良好に防御され、生存率が増加する。
【０６４６】
線毛抗原でのマウスの鼻腔内免疫化
マウスモデルを使用して、ＲｒｇＡ、ＲｒｇＢ、およびＲｒｇＣタンパク質肺炎球菌線毛の防御可能性を特徴付けた。アジュバントとしての非毒性Ｅ．ｃｏｌｉ熱不安定性エンテロトキシン変異体ＬＴＫ６３と組み合わせた組換え線毛タンパク質の鼻腔内免疫化により、血清におけるＩｇＡおよびＩｇＧ応答が誘発された。さらに、主要線毛成分（ＲｒｇＢ）での免疫化により、上咽頭、肺、および血中での侵襲性ＴＩＧＲ４株の細菌負荷が減少し、生存率が５倍になった。非侵襲性株の無症候性鼻咽頭保菌に影響を及ぼさず、これは劇症感染に対する防御効果の制限を示す。
【０６４７】
６週齢の雌Ｃ５７ＢＬ／６マウスを、２０μｇの組換えＲｒｇＡ、ＲｒｇＢ、もしくはＲｒｇＣまたは１０μｇのそれぞれの混合物のいずれかを含む１０μｌ  ＰＢＳで３回（２週間間隔）鼻腔内免疫化した。タンパク質は、アフィニティタグを有し、ＴＩＧＲ４株由来の配列を使用した。全タンパク質溶液を、２μｇのＬＴＫ６３と共に投与した。コントロールに、２μｇのＬＴＫ６３を含むＰＢＳまたはＰＢＳのみを投与した。最終免疫化の１週間後、血清サンプルを取り出して、ＥＬＩＳＡによって抗体力価を決定した。マウスを、０．５〜１×１０７ｃｆｕ／マウスの侵襲性ＴＩＧＲ４肺炎球菌または定着血清型１９Ｆ株で鼻腔内に攻撃誘発した。動物実験地方委員会によって承認された規定の臨床スコアを超えた後にマウスを屠殺した。感染の７〜９日後、生存マウスを屠殺した。血液サンプル、肺および鼻咽頭−気管洗浄サンプルを回収した。生菌を、血液サンプルの連続プレーティングによって定量した。肺を秤量し、プロテアーゼインヒビターカクテルを含むＰＢＳ中で均質化し、生菌の定量のために使用した。上気道中の細菌数を決定するために、２０ゲージカテーテルの近位気管への挿入および前鼻腔由来の洗浄液の回収によって３０μ０ｌのＰＢＳを使用して死後に鼻咽頭−気管を洗浄し、連続プレーティングを行った。カメラを使用して、麻酔したマウスの上咽頭、肺、耳、および血流中の発光強度の決定によって非侵襲性様式で定着を決定した。首尾の良い定着を示すのに十分であるので、鼻腔領域中の閾値３００ｐ／ｓｅｃ／ｃｍ２／ｓｒを考慮した。
【０６４８】
線毛タンパク質での鼻腔内免疫化により、全身ＩｇＡおよびＩｇＧ応答が誘発された。ＩｇＡの血清力価は、各線毛タンパク質で免疫化したマウスが各抗原に対するＩｇＡ応答を増加させることを示した。他の２つのタンパク質に対する応答は認められず、これは、各線毛タンパク質が交差反応性抗体を誘発しないことを示した。３つ全部のタンパク質で免疫化したマウスは、単一免疫化に類似の血清ＩｇＡレベルを有したが、ＲｒｇＡに対する抗体レベルはより低かった。ＩｇＧ血清レベルについて類似の結果が得られた。簡潔に述べれば、免疫応答（ＩｇＡおよびＩｇＧの両方を含む）は、３つの線毛タンパク質のいずれかでの鼻腔内免疫化後に増加するが、コントロールでは増加しない。
【０６４９】
免疫化後、マウスに高用量の侵襲性ＴＩＧＲ４株を鼻腔内に感染させた。生存率の分析により、異なる群間に有意な相違が認められた。わずか１０％のＰＢＳ免疫化マウスおよび２０％ＬＴＫ６３免疫化マウスは、攻撃誘発を生き抜いた。マウス中の細菌数は１×１０５〜１０９細菌／ｍｌ血液であり、これらのマウスのほとんどが、感染後９６時間以内に肺炎球菌疾患を罹患した。ＲｒｇＢ＋ＬＴＫ６３での免疫化により、１０％（ＰＢＳ免疫化マウスのコントロール群）から５５％まで生存数が増加した（ｐ＝０．０００１）。アジュバントのみを投与した群と比較した生存数も有意に増加した（ｐ＝０．０１６）。ＲｒｇＡ、ＲｒｇＢ、およびＲｒｇＣのワクチン混合物は、ＲｒｇＢのみでのワクチン接種と同一の防御を示した（ｐ＝０．００２、ＰＢＳ免疫化マウスと比較して生存数が１０％〜４５％増加した）。さらに、ＲｒｇＢ免疫化マウスにおける血流、肺、および上咽頭中の細菌数は、コントロール群と比較して有意に減少した。ＰＢＳ免疫化マウスと比較して、細菌数の中央値は、血流中で１．５×１０６ｃｆｕ／ｍｌから１．０×１００ｃｆｕ／ｍｌまで減少し（ｐ＝０．０６７）、肺内で５×１０４ｃｆｕ／ｍｇ組織から１．５×１０１ｃｆｕ／ｍｇ組織まで減少し（ｐ＝０．００１）、上咽頭中で７×１０３から４．５×１０２まで減少した（ｐ＝０．０００２）。したがって、粘膜アジュバントＬＴＫ６３と共にＴＩＧＲ４ベースのＲｒｇＢタンパク質で免疫化したマウスは、非ワクチン接種コントロールマウスと比較して、ＴＩＧＲ４での鼻腔内攻撃誘発後に生存数が有意に増加した。
【０６５０】
免疫化により、上咽頭からの定着肺炎球菌のクリアランスは増強されなかった。ＴＩＧＲ４と異なり、配列型１６２の血清型１９Ｆ株は、以前に、高用量の鼻腔内攻撃誘発後でさえも非侵襲性であることが示されていた。この高定着株は、ＴＩＧＲ４と同一クレードに属する線毛を発現する。たった１つのアミノ酸（Ａ６４５Ｖ）により、２株間でＲｒｇＢタンパク質が異なる。ＲｒｇＢ免疫化マウスをこの１９Ｆ株で攻撃誘発し、ルシフェラーゼを発現するようにも操作した。コントロール群にＬＴＫ６３またはＰＢＳのみを投与した。ＲｒｇＢに対する血清ＩｇＧおよびＩｇＡをＥＬＩＳＡによって決定し、値は、前の実験で認められた値と類似していた。ほとんど無症状の中耳炎または肺炎の断続的発症を伴ってマウスに定着するようになった。感染２４〜２１６時間後に定着を決定した。ＰＢＳ処置コントロール群について、定着マウスの比率は、２５％（４８時間ｐ．ｉ）と７０％（９６時間ｐ．ｉ．）との間で変化した。初期の低定着率は経時的に増加し、９６時間後に最終クリアランス事象の効果が出た。ＬＴＫ６３免疫化マウスおよびＲｒｇＢ免疫化マウスについて同一の所見が得られたが、クリアランスが約２４時間早くシフトした。コントロールマウスとＲｒｇＢ免疫化マウスとの間で定着事象および／またはクリアランス事象に有意な相違は認められなかった。中耳炎および肺炎の発症は一般に低く、各群の最大発症率は１０％であった。群間に有意差は認められなかった。最後に、上咽頭中の細菌数を、感染９日後に動物の屠殺の際に決定した。３つ全ての群のマウスは、上咽頭中に類似の細菌数を示した（２．８〜４．４×１０３／洗浄液）。定着化のピークは、感染から約９６時間後に認められた。
【０６５１】
ハイブリッドポリペプチド
ｓｐｒ００５７、ｓｐｒ００９６、ｓｐｒ０５６５（任意選択的にｓｐｒ０５６５Ａ形態またはｓｐｒ０５６５Ｂ形態）、ｓｐｒ２０２１、およびＲｒｇＡの対を使用してハイブリッドを作製した。種々の対合物を構築し、発現させ、精製した。例えば、図３２は、精製された（１ｍｇ／ｍｌ超、純度８０％超）ｓｐｒ２０２１−ｓｐｒ００９６およびｓｐｒ００９６−ｓｐｒ２０２１（共に分子量は約６１ｋＤａ）を示す２つのゲルを含む。両ハイブリッドを可溶形態で発現および精製することができるにもかかわらず、ｓｐｒ２０２１−ｓｐｒ００９６ハイブリッドは、ｓｐｒ００９６−ｓｐｒ２０２１ハイブリッドよりさらにより溶解度が高かった。
【０６５２】
以下のハイブリッド配列（式ＮＨ２−Ａ−｛−Ｘ−Ｌ−｝２−Ｂ−ＣＯＯＨを有する）を調製した。
【０６５３】
【表８−１】
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【０６５４】
【表８−２】
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これらのハイブリッドのＸ１部分およびＸ２部分を、さらなるハイブリッドで使用することができる。
【０６５５】
上記のように、ｓｐｒ００５７ポリペプチドは、４−ニトロフェニル−Ｎ−アセチル−β−Ｄ−グルコサミニド基質を使用して酵素活性を示す。この酵素活性は、種々のハイブリッドポリペプチド（ｓｐｒ００９６−ｓｐｒ００５７；ｓｐｒ２０２１−ｓｐｒ００５７；ｓｐｒ００５７−ｓｐｒ２０２１；およびｓｐｒ００５７−ｓｐｒ００９６）で保持されていた。
【０６５６】
ｓｐｒ００５７とｓｐｒ００９６との組み合わせを、免疫学的試験にてハイブリッドポリペプチドｓｐｒ００５７−ｓｐｒ００９６と比較した。図２８〜３１に示すように、ハイブリッドは、組み合わせと同等またはより高い有効性を示した。５．８×１０６ｃｆｕを使用したＴＩＧＲ４でのｉ．ｐ．免疫化およびその後のｉ．ｖ．攻撃誘発後の死亡率で最も大きな相違が認められた（図３１）。
【０６５７】
本発明を例示のみを目的として記載しており、本発明の範囲および精神を保持しながら修正することができると理解されるであろう。
【０６５８】
【数１】
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【０６５９】
【数２】
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【０６６０】
【数３】
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【０６６１】
【数４】
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【０６６２】
【数５】
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【０６６３】
【数６】
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【０６６４】
【数７】
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【０６６５】
【数８】
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【数１１】
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【数１２】
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【数３４】
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【数４６】
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【数５０】
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【数５１】
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【数５２】
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【図１】
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【図５】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【配列表】
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【外国語明細書】
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