【手続補正書】
【提出日】令和3年6月14日(2021.6.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーを使用して、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程、
少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、ヒトの参照群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々が複数の療法における少なくとも1つの療法と関連し、前記複数の療法が、抗PD1療法、抗CTLA4療法、IL-2療法、IFNアルファ療法、抗がんワクチン療法、抗血管新生療法、及び抗CD20療法からなる群から選択される少なくとも第1の療法及び第2療法を含み、療法に関連するバイオマーカーは、療法に対する肯定的な治療応答、又は、非肯定的な治療応答と関連する工程、
前記配列決定データ及び各バイオマーカーの値の分布を使用して、複数のバイオマーカーの、少なくとも第1及び第2のサブセットにおける各バイオマーカーの正規化スコアを決定して、前記対象の第1及び第2のサブセットの正規化バイオマーカースコアを得る工程であって、前記複数のバイオマーカーの第1及び第2のサブセットは、複数のバイオマーカーの参照サブセットのサブセットであり、前記バイオマーカーの第1のサブセットのバイオマーカーは、第1の療法と関連し、前記バイオマーカー第2のサブセットのバイオマーカーは第2の療法と関連し、前記第1のサブセットは、前記第2のサブセットとは異なり、前記複数のバイオマーカーは第1のバイオマーカーを含み、複数のバイオマーカーの少なくとも前記対象サブセットにおける各バイオマーカーの正規化スコアを決定する工程が、前記第1のバイオマーカーの値の分布を使用して、第1のバイオマーカーの第1の正規化スコアを決定することを含む、工程、並びに、
前記対象の正規化バイオマーカースコアの組を使用して、前記対象の前記正規化バイオマーカースコアの組の第1のサブセットを使用する第1の療法の少なくとも１つの第1の療法スコア、及び、前記対象の前記正規化バイオマーカーの組の第2のサブセットを使用する第2の療法の第2の療法スコアを決定する工程であって、前記療法スコアの各々は、複数の正規化バイオマーカースコア及び線形モデル、一般線形モデル、及び／もしくは統計モデルを使用して決定され、前記療法スコアの各々は、前記複数の療法の対応する療法投与に対する前記対象の予測される応答を示す、工程
を実施する工程を含む方法。
【請求項２】
前記第1の正規化スコアの決定は、
前記配列決定データを使用して、前記第1のバイオマーカーの第1の未正規化スコアを決定する工程、
前記第1のバイオマーカーの値の第1の分布に基づいて、第1のZ-スコアを決定する工程、並びに、
前記第1の未正規化スコア及び前記第1のZ-スコアに基づいて、前記第1のバイオマーカーの前記第1の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
前記複数の療法の療法スコアの決定は、前記複数の療法の第1の療法の第1の療法スコアを、前記対象の前記第1のサブセットの正規化バイオマーカースコアの2つ又はそれよりも多くのスコアの合計として決定する工程を含み、
任意選択で、前記統計モデルが、ニューラルネットワークモデル、ベイズ回帰モデル、適応非線形回帰モデル(adaptive non-linear regression model)、ガウス混合モデル、ランダムフォレスト回帰モデルである、請求項1に記載の方法。
【請求項４】
前記複数の療法の療法スコアの決定は、前記複数の療法の第1の療法の第1の療法スコアを、少なくとも部分的には、
前記対象の前記第1のサブセットの正規化バイオマーカースコアの2つ又はそれよりも多くのスコアの加重を決定する工程、及び、
前記第1の療法スコアを、2つ又はそれよりも多くのスコアの加重和として決定し、前記和の被加数は、前記決定された加重により加重されている、決定する工程、
によって決定することを含む、
請求項1に記載の方法。
【請求項５】
前記加重の決定は、統計モデルを使用して前記加重を決定する工程を含む、請求項4に記載の方法。
【請求項６】
前記加重の決定は、一般線形モデル又はロジスティック回帰モデルを使用して前記加重を決定する工程を含む、請求項5に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも1つのプロセッサーを使用して、
前記決定された療法スコアを使用者に提供する工程、及び／又は、
前記決定された療法スコアに基づいて前記複数の療法を順位付けする工程、及び／又は、
前記決定された療法スコアに基づいて、前記対象のために前記複数の療法の少なくとも1つを推奨する工程、
実施させる工程を更に含み、
任意選択で、前記複数の療法の前記少なくとも1つの推奨は、
前記決定された療法スコアに基づいて前記複数の療法を順位付けする工程、及び、
前記対象のために、少なくとも閾値数の上位療法を推奨する工程を含む、
請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
(i)抗PD1療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗PD1療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含み、及び／又は、前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗PD1療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含み、
(ii)前記抗CTLA4療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗CTLA4療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含み、及び／又は、前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗CTLA4療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含み、
(iii)前記IL-2療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)のIL-2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含み、及び／又は、前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)のIL-2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含み、
(iv) 前記IFNアルファ療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)のIFNアルファ療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含み、及び／又は、前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)のIFNアルファ療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含み、
(v)前記抗がんワクチン療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗がんワクチン療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含み、及び／又は、前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗がんワクチン療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含み、
(vi)前記抗血管新生療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗血管新生療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含み、及び／または、前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗血管新生療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含み、
並びに、
(vi) 前記抗CD20療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)のリツキシマブと関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含み、及び／又は、前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)のリツキシマブと関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含み、
Table 2(表2)は、以下のように、対応する療法に関連するバイオマーカーを特定する：
【表２Ａ】
2021036868.tif 000001
【表２Ｂ】
2021036868.tif 000002
【表２Ｃ】
2021036868.tif 000003
【表２Ｄ】
2021036868.tif 000004
【表２Ｅ】
2021036868.tif 000005
請求項1から7のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)中の対応する療法に関連するバイオマーカーの群から選択される、少なくとも3個、少なくとも5個、少なくとも10個のバイオマーカーを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
抗CD20療法はリツキシマブである、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも1つのプロセッサーを使用して、
グラフィカルユーザインターフェース(GUI)を生成する工程であって、前記グラフィカルユーザインターフェース(GUI)は、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の部分であって、前記第1の部分は、第1の複数のGUI要素を含み、前記第1の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、第1の組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第1の部分、及び、
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の部分であって、前記第2の部分は、前記第1の複数のGUI要素とは異なる第2の複数のGUI要素を含み、前記第2の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、第2の組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第2の部分を含む、工程;並びに
前記生成されたGUIを表示する工程
を実施する工程をさらに含み、任意選択で、前記少なくとも1つの視覚的特徴は、GUI要素の色及び/又は前記GUI要素のサイズを含む、
請求項1から10のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも1つのプロセッサーを使用して、
前記GUIを介した前記第1の療法の使用者選択の受領に応答して、前記第1の複数のGUI要素の少なくとも1つが関連する少なくとも1つのバイオマーカーに関する情報を、前記GUIを介して提示する工程を実施する工程をさらに含む、請求項10に記載の方法。
【請求項１３】
前記第1の療法は、第1の療法スコアと関連し、前記第2の療法は、第2の療法スコアと関連し、前記第1の部分及び前記第2の部分は、前記第1の療法スコア及び前記第2の療法スコアの相対的な大きさに基づき、互いに対して前記GUIに配置される、請求項11又は12に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数のバイオマーカーの各々は、遺伝子バイオマーカー、細胞バイオマーカー、サッカライドバイオマーカー、脂質バイオマーカー、ヘテロ環バイオマーカー、元素化合物バイオマーカー、画像バイオマーカー、人類学的バイオマーカー、個人的習慣バイオマーカー、疾患状態バイオマーカー、及び発現バイオマーカーからなる群から選択され、
任意選択で、前記1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーは、インターフェロン、細胞傷害性タンパク質、酵素、細胞接着タンパク質、細胞外マトリックスタンパク質及びポリサッカライド、細胞成長因子、細胞分化因子、転写因子、細胞内シグナル伝達タンパク質、ケモカイン、ケモカイン受容体、及びインターロイキンからなる群から選択され、並びに／又は、
1つ又は複数の細胞バイオマーカーの値は、前記生物学的試料内の1つ若しくは複数のタイプの細胞の数又は1つ若しくは複数のタイプの細胞のパーセンテージの分析により決定され、任意選択で、前記1つ又は複数のタイプの細胞は、悪性がん性細胞、白血球、リンパ球、間質細胞、血管内皮細胞、血管周皮細胞、及び骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)からなる群から選択される、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記配列決定データが、DNA配列決定データ、RNA配列決定データ、又はプロテオーム配列決定データの1つ又は複数である、並びに／又は、前記配列決定データは、以下の技法:全ゲノム配列決定(WGS)、全エクソーム配列決定(WES)、全トランスクリプトーム配列決定、mRNA配列決定、DNA/RNAハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、DNA/RNAチップ、PCR、及び一塩基多型(SNP)遺伝子型決定の1つ又は複数を使用して得られる、請求項1から14のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記バイオマーカー情報は、以下のタイプの分析:血液分析、血球算出分析、組織学的分析、免疫組織学的分析、及び患者履歴分析の1つ又は複数の結果も含む、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体であって、プロセッサー実行可能な命令は、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、請求項1から16のいずれか一項に記載の方法を実施させる、プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体。
【請求項１８】
少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーと、
バイオマーカー情報を格納する少なくとも1つのデータベースと、
プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体、
とを含むシステムであって、プロセッサー実行可能な命令は、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、請求項1から16のいずれか一項に記載の方法を実施させる、システム。