【手続補正書】
【提出日】令和2年12月28日(2020.12.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸高分子を組成物と接触させることを含む、前記核酸高分子を切断するための方法であって、前記組成物は：
ａ）
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することにより定義される複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、
ここで：
骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含む；または
ｂ）
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することに定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含み：
この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、ここで：
骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含む、
方法。
【請求項２】
タンパク質をコードする核酸高分子を組成物と接触させることを含む、前記タンパク質の発現を抑制するもしくは活性を低下するための方法であって、前記組成物は：
ａ）
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することにより定義される複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、
ここで：
骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含む；または  
ｂ）
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することに定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含み：
この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、ここで：
骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含み；
ここで、（ａ）または（ｂ）のいずれかの前記共通塩基配列が、前記タンパク質をコードする核酸の塩基配列と相補的である
方法。
【請求項３】
複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、そのそれぞれが、他の対立遺伝子に対して標的対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素を含み、前記方法は、
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と前記標的対立遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
前記標的対立遺伝子の転写物が、別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制される方法であって、
前記組成物は、
ａ）
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することにより定義される複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物。
ここで：
骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含む；または
ｂ）
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することに定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含み：
この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、ここで：
骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含む、
方法。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することによって定義される複数のオリゴヌクレオチドを含み、
前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、複数のオリゴヌクレオチドであって、
骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含み、
前記複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが５つ以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含み、
前記複数のオリゴヌクレオチドのキラルな修飾されたリン酸結合の少なくとも５０％がＳｐ配置である、
方法。
【請求項５】
請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含み、
前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの前記複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが５つ以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含み、
前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの各オリゴヌクレオチドのキラルな修飾されたリン酸結合の少なくとも５０％がＳｐ配置である、
方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法であって、骨格キラル中心の前記パターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｔは、１、２、３、４、５、６、７または８であり、ｎは１であり、およびｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、
方法。
【請求項７】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドであって；
前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心の前記パターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｎは１であり、ｔは独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含み；
前記共通塩基配列が、少なくとも１０塩基を有する、
方法。
【請求項８】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドであって；
前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心の前記パターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｎは１であり、ｔは独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含み；
前記共通塩基配列が、少なくとも１８塩基を有し；および
前記オリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％および約５０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである、
方法。
【請求項９】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドであって；
前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心の前記パターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｎは１であり、ｔは独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含み；
前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの前記オリゴヌクレオチドの前記共通塩基配列が、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはそれを含む、
方法。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法であって、前記特徴的な配列要素がＳＮＰである、方法。
【請求項１１】
請求項９に記載の方法であって、前記特徴的な配列要素が突然変異である、方法。
【請求項１２】
請求項９〜１１のいずれか一項に記載の方法であって、前記特定の対立遺伝子が疾患を引き起こす、又は、引き起こす恐れのある、方法。
【請求項１３】
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法であって、前記オリゴヌクレオチドは、それぞれ翼−コア−翼構造を含み、それぞれの翼領域は、独立して、２塩基以上の長さを有し、コア領域は１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５塩基以上の長さを有する、方法。
【請求項１４】
請求項１〜５および請求項１３のいずれか一項に記載の方法であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、  
この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
前記オリゴヌクレオチドは翼−コア−翼構造を含み、前記コア領域の骨格キラル中心の前記パターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｔは、１、２、３、４、５、６、７または８であり、ｎは１であり、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含み、各翼領域が独立して、２塩基以上の長さを有し；
前記コア領域が、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５塩基以上の長さを有し;
前記コア領域は、少なくとも２つのＲｐヌクレオチド間結合を含み、；および
骨格キラル中心の前記共通パターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも約５０％を含む方法。
【請求項１５】
請求１３〜１４のいずれか一項に記載の方法であって、第１の翼領域は、独立して２、３、４、５またはそれ以上の塩基長を有する、方法。
【請求項１６】
請求項１３〜１５のいずれか一項に記載の方法であって、前記第１の翼領域は、独立して５つまたはそれ以上の塩基長を有する、方法。
【請求項１７】
請求項１３〜１６のいずれか一項に記載の方法であって、前記第１の翼領域は、独立して８未満の塩基長を有する、方法。
【請求項１８】
請求項１３〜１７のいずれか一項に記載の方法であって、第２の翼領域は、独立して２、３、４、５またはそれ以上の塩基長を有する、方法。
【請求項１９】
請求項１３〜１８のいずれか一項に記載の方法であって、前記第２の翼領域は、独立して５つまたはそれ以上の塩基長を有する、方法。
【請求項２０】
請求項１３〜１９のいずれか一項に記載の方法であって、前記第２の翼領域は、独立して８未満の塩基長を有する、方法。
【請求項２１】
請求項１３〜２０のいずれか一項に記載の方法であって、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの前記オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む、方法。
【請求項２２】
請求項２１に記載の方法であって、前記修飾糖が２’修飾を含む、方法。
【請求項２３】
請求項２２に記載の方法であって、前記２’修飾が、２’−ＯＲ１（式中、Ｒ１は置換されてもよいＣ１−６アルキル基である。）方法。
【請求項２４】
請求項２３に記載の方法であって、前記２’修飾が２’−ＭＯＥである、方法。
【請求項２５】
請求項２３に記載の方法であって、前記２’修飾が２’−ＯＭｅである、方法。
【請求項２６】
請求項２１に記載の方法であって、前記修飾糖は二価の置換基−Ｌ−を有し、ここで−Ｌ−は糖のＣ２とＣ４の間にある、方法。
【請求項２７】
請求項２６に記載の方法であって、−Ｌ−は−Ｏ−ＣＨ２−であり、−ＣＨ２−は置換されてもよい、方法。
【請求項２８】
請求項１３〜２７のいずれか一項に記載の方法であって、前記翼領域が修飾糖を含む、方法。
【請求項２９】
請求項１３〜２３、及び２５〜２８のいずれか一項に記載の方法であって、特定のタイプの前記オリゴヌクレオチドが、前記２’修飾が２’−ＯＭｅを含む、方法。
【請求項３０】
請求項１３〜２９のいずれか一項に記載の方法であって、特定のタイプの前記オリゴヌクレオチドの前記コア領域は、糖分子に２’−ＯＲ１を有さない、方法。
【請求項３１】
請求項１〜３０のいずれか一項に記載の方法であって、それぞれのキラルな修飾されたリン酸結合は独立したキラルなホスホロチオエートジエステル結合である、方法。
【請求項３２】
請求項３１に記載の方法であって、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの前記オリゴヌクレオチドがそれぞれ１以上の修飾されたリン酸ジエステル結合を含む、方法。
【請求項３３】
請求項３１に記載の方法であって、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの前記オリゴヌクレオチドがそれぞれ前記修飾糖を含む、方法。
【請求項３４】
請求項３２に記載の方法であって、前記修飾糖が２’修飾を含む、方法。
【請求項３５】
請求項６〜３１のいずれか一項に記載の方法であって、ｍが５、６、７又は８である、方法。
【請求項３６】
請求項６〜３２のいずれか一項に記載の方法であって、ｔが、２、３、４、５、６、７又は８である方法。
【請求項３７】
請求項１〜３６のいずれか一項に記載の方法であって、骨格キラル中心の前記パターンが、繰り返しのＲｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７又は８である。）を含む、方法。
【請求項３８】
請求項１〜３７のいずれか一項に記載の方法であって、キラルなヌクレオチド間結合の６６％又はそれ以上はＳｐ構造である、方法。
【請求項３９】
請求項５〜３８のいずれか一項に記載の方法であって、前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである、方法。
【請求項４０】
請求項５〜３８のいずれか一項に記載の組成物であって、前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである、組成物。
【請求項４１】
請求項１〜３９のいずれか一項に記載の方法であって、前記組成物は前記標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と前記組成物とを接触させるとき、前記標的対立遺伝子の転写物が、前記同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする、方法。
【請求項４２】
前記接触が、前記標的対立遺伝子の転写物を前記組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記組成物は前記標的対立遺伝子および別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と前記組成物とを接触させるとき、前記組成物が存在するとき、前記組成物がないときと比べて２分の１の量で前記対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍のレベルでの、前記対立遺伝子の転写物の抑制を示すことを特徴とする、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
前記組成物は前記標的対立遺伝子および標的遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を発現させる系と前記組成物とを接触させるとき、
ａ）前記組成物が存在するとき、前記組成物がないときと比べて２分の１の量で前記標的対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍である
ｂ）前記同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）前記組成物が存在するとき、前記組成物がないときと比べて２分の１の量で前記標的対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、前記同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの前記標的対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とする、
請求項４１に記載の方法。
【請求項４５】
前記特徴的な配列要素が、前記標的核酸配列または遺伝子のイントロン内に存在する、請求項４１に記載の方法。
【請求項４６】
前記特徴的な配列要素が、前記標的核酸配列または遺伝子のエキソン内に存在する、請求項４１に記載の方法。
【請求項４７】
前記特徴的な配列要素が、前記標的核酸配列または遺伝子のエキソンおよびイントロンにまたがる、請求項４１に記載の方法。
【請求項４８】
前記特徴的な配列要素が突然変異を含み、前記試料が前記標的対立遺伝子からの転写物および前記突然変異において互いに異なる別の対立遺伝子を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４９】
前記特徴的な配列要素がＳＮＰを含み、前記試料が前記標的対立遺伝子からの転写物およびＳＮＰにおいて互いに異なる別の対立遺伝子を含む、請求項４１に記載の方法。