【手続補正書】
【提出日】令和3年7月1日(2021.7.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号３６のアミノ酸配列、又は対応する配列のアミノ酸配列を含むタンパク質サブユニットのＴＮＦαトリマーと、該ＴＮＦαトリマーに結合することができる化合物とを含む複合体を含む治療剤であって、
化合物−トリマー複合体がＴＮＦＲ１に結合し、ＴＮＦＲ１を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を減弱させ、ファーマコフォアが以下の残基：サブユニットＡのＬｅｕ５７；サブユニットＢのＴｙｒ１１９；サブユニットＢのＧｌｙ１２１；サブユニットＢのＧｌｙ１２２；サブユニットＣのＴｙｒ５９；サブユニットＣのＬｅｕ１２０；及びサブユニットＣのＴｙｒ１５１の全ての４Å以内にあるように、該化合物がＴＮＦαトリマー内に結合しているファーマコフォアを含み、ここで該トリマー内の該ファーマコフォアの位置はＸ線結晶解析により決定され、
該ファーマコフォアが、２個の縮合した５又は６員環（「Ｒ３」及び「Ｒ２」に中心を有する）からなり、一方の環（Ｒ２に中心を有する）がＨ結合アクセプター（「Ａ１」）を有し、連結非水素原子を介してさらなる５又は６員環（「Ｒ４」に中心を有する）にも置換されており、
該治療剤は、関節リウマチ、クローン病、乾癬、全身性エリテマトーデス、アルツハイマー病、パーキンソン病及びてんかんのうちの１つ又は複数を含む、自己免疫障害及び炎症障害；神経障害及び神経変性障害；疼痛及び侵害受容性障害；並びに心血管障害のうちの１つ又は複数に罹患している対象を治療するためのものである、
上記治療剤。
【請求項２】
（ａ）Ｒ２環が５又は６員であり、
（ｂ）Ｒ３環が５又は６員であり、
（ｃ）Ｒ４環が５又は６員であり、
（ｄ）Ｒ２環が芳香族又はヘテロ芳香族であり、
（ｅ）Ｒ３環が芳香族又はヘテロ芳香族であり、
（ｆ）Ｒ４環が芳香族又はヘテロ芳香族であり、
（ｇ）縮合環が２個の原子を共有し、
（ｈ）連結非水素原子が炭素、窒素、又は酸素であり、
（ｉ）Ａ１特徴部がＲ２環中の窒素又は酸素原子によるものであり、
（ｊ）Ａ１特徴部がＴＮＦαトリマーのサブユニットＣ上のＴｙｒ１５１の側鎖に水素結合し、
（ｋ）Ｒ２、Ｒ３及びＲ４環、並びにＡ１特徴部が、以下の表に記載のＴＮＦαトリマー構造体内に配置されており、
【表１】
2021109880.tif 000001
（ｌ）Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４及びＡ１特徴部の間の距離の１つ又は複数が、以下の表に記載の値の１０％以内にあり、
【表２】
2021109880.tif 000002
（ｍ）Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４及びＡ１特徴部の間の角度の１つ又は複数が、以下の表に記載の値の１０％以内にあり、
【表３】
2021109880.tif 000003
（ｎ）Ｒ３−Ｒ２−Ｒ４の角度が、ＴＮＦαトリマーの非対称化に関与するバナナ形を画定し、
（ｏ）ファーマコフォアを含む化合物が２０〜４１個の非水素原子を有し、及び／又は
（ｐ）化合物が以下の表に記載の化合物（１）〜（６４）のいずれか１つである、
【表４−１】
2021109880.tif 000004
【表４−２】
2021109880.tif 000005
【表４−３】
2021109880.tif 000006
【表４−４】
2021109880.tif 000007
【表４−５】
2021109880.tif 000008
【表４−６】
2021109880.tif 000009
【表４−７】
2021109880.tif 000010
【表４−８】
2021109880.tif 000011
【表４−９】
2021109880.tif 000012
【表４−１０】
2021109880.tif 000013
【表４−１１】
2021109880.tif 000014
【表４−１２】
2021109880.tif 000015
【表４−１３】
2021109880.tif 000016
請求項１に記載の治療剤。
【請求項３】
（ａ）化合物が、ＴＮＦＲ１受容体を介してＴＮＦαトリマーにより誘導されるシグナル伝達に拮抗し：及び／又は
（ｂ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの安定性と比較して、ＴＮＦαトリマーの安定性を増加させ、及び／又は
（ｃ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーの結合親和性と比較して、ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーの結合親和性を増加させ、及び／又は
（ｄ）前記化合物が５００ｎＭ以下のＩＣ５０値を有する、
請求項１又は２に記載の治療剤。
【請求項４】
（ａ）安定性の増加が、少なくとも１℃、少なくとも１０℃、又は１０℃〜２０℃のＴＮＦαトリマーの温度遷移中点（Ｔｍ）の増加をもたらし、及び／又は
（ｂ）（ｉ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーの結合に関するｋｏｎ−ｒ及びｋｏｆｆ−ｒ値と比較して、結合速度（ｋｏｎ−ｒ）を増加させること、及び／又は解離速度（ｋｏｆｆ−ｒ）を減少させることにより、ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーの結合親和性を増加させ、及び／又は
（ｉｉ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して、ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒを減少させ、
ここで、
化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して、ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒを少なくとも１０分の１に減少させ；
化合物の存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒ値が１０ｎＭ未満であり、又は
化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して、ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒを少なくとも４分の１に減少させ；
化合物の存在下でのＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒ値が６００ｐＭ未満又は２００ｐＭ未満である、
請求項３に記載の治療剤。
【請求項５】
配列番号３６のアミノ酸配列、又は対応する配列のアミノ酸配列を含むタンパク質サブユニットの非対称性ＴＮＦαトリマーと、該ＴＮＦαトリマーに結合できる化合物との複合体を含む治療剤であって、
該ＴＮＦαトリマーが、参照構造化合物３４．ｐｄｂの同じ原子の０．９Å  ＲＭＳＤ以内の全てのサブユニットについて、配列番号３６、又は対応する配列の残基１２〜１８、４７〜５０、５４〜６４、７６〜８２、９１〜９７、１１７〜１２５、１２９〜１３７、及び１５０〜１５６のＣα原子を有するコンフォメーションを採用し、かつ該ＴＮＦαトリマーのコンフォメーションはＸ線結晶解析により決定され、該ＴＮＦαトリマーはＴＮＦＲ１に結合することができるが、前記結合したＴＮＦＲ１からのシグナル伝達が減弱又は拮抗され、
該治療剤は、関節リウマチ、クローン病、乾癬、全身性エリテマトーデス、アルツハイマー病、パーキンソン病及びてんかんのうちの１つ又は複数を含む、自己免疫障害及び炎症障害；神経障害及び神経変性障害；疼痛及び侵害受容性障害；並びに心血管障害のうちの１つ又は複数を治療及び/又は予防するためのものである、
上記治療剤。
【請求項６】
ＲＭＳＤが０．８５、０．８、０．７、０．６５、０．６、０．５又は０．４７Å以内である、請求項５に記載の治療剤。
【請求項７】
前記化合物がベンゾイミダゾール部分又はそのイソスターを含む、請求項５又は６に記載の治療剤。
【請求項８】
コンフォメーションが、請求項２に記載の化合物（１）〜（６４）のいずれか１つとの複合体を形成するＴＮＦαトリマーを介して得ることができる、又は得られる、請求項５又は６に記載の治療剤。
【請求項９】
（ａ）ＴＮＦαトリマーがＴＮＦＲ１受容体のシグナル伝達に拮抗し、及び／又は
（ｂ）ＴＮＦαトリマーが、対称性のＴＮＦαトリマーの安定性と比較して、増加した安定性を有し、及び／又は
（ｃ）ＴＮＦαトリマーが、ＴＮＦＲ１受容体に対する対称性のＴＮＦαトリマーの結合親和性と比較して、増加したＴＮＦＲ１受容体に対する結合親和性を有する、
請求項５、６、７又は８に記載の治療剤。
【請求項１０】
（ａ）安定性の増加が、少なくとも１℃、少なくとも１０℃、又は１０℃〜２０℃のＴＮＦαトリマーの温度遷移中点（Ｔｍ）の増加をもたらし、及び／又は
（ｂ）（ｉ）ＴＮＦαトリマーが、ＴＮＦＲ１受容体に対する対称性のＴＮＦαトリマーの結合に関するｋｏｎ−ｒ及びｋｏｆｆ−ｒ値と比較して、結合速度（ｋｏｎ−ｒ）を増加させること、及び／又は解離速度（ｋｏｆｆ−ｒ）を減少させることにより、増加したＴＮＦＲ１受容体に対する結合親和性を有し、及び／又は
（ｉｉ）ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒが、ＴＮＦＲ１受容体に対する対称性のＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して減少し、
ここで、
ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒが、ＴＮＦＲ１受容体に対する対称性のＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して、少なくとも１０分の１に減少し；
ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒ値が１０ｎＭ未満であり、又は
ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒが、ＴＮＦＲ１受容体に対する対称性のＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒと比較して、少なくとも４分の１に減少し；
ＴＮＦＲ１受容体に対するＴＮＦαトリマーのＫＤ−ｒ値が６００ｐＭ未満又は２００ｐＭ未満である、
請求項９に記載の治療剤。
【請求項１１】
請求項１から１０までのいずれか一項に記載の治療剤であって、
（ａ）前記ＴＮＦαトリマーが、１ｎＭ以下のＫＤ−ａｂで以下の抗体：配列番号２６の配列の軽鎖及び配列番号２７の配列の重鎖を有するＣＡ１８５＿１９７９；又は配列番号１１の配列の軽鎖及び配列番号１２の配列の重鎖を有するＣＡ１８５＿１９７４のいずれかに結合し、並びに／或いは
（ｂ）前記ＴＮＦαトリマーが可溶性ＴＮＦα、膜結合型ＴＮＦα、又は可溶性ＴＮＦαと膜結合型ＴＮＦαの両方であり、並びに／或いは
（ｃ）前記ＴＮＦαトリマーが配列番号３６のタンパク質配列を含む、又はそれからなる、
上記治療剤。
【請求項１２】
前記対象が哺乳動物である、請求項１〜１１までのいずれか一項に記載の治療剤。
【請求項１３】
前記対象がヒトである、請求項１２に記載の治療剤。
【請求項１４】
複合体中のＴＮＦαトリマーが、請求項５又は６に記載のＴＮＦαトリマーである、請求項１から４までのいずれか一項に記載の治療剤。
【請求項１５】
ＴＮＦＲ２の下流のシグナル伝達が中断されない、請求項１〜１４までのいずれか一項に記載の治療剤。
【請求項１６】
感染症及び／又は悪性腫瘍を誘導しない、又は悪化させない、請求項１から１５までのいずれか一項に記載の治療剤。
【請求項１７】
感染症が結核（ＴＢ）及び／又は細菌性敗血症及び／又は真菌感染症であり、或いは悪性腫瘍がリンパ腫である、請求項１６に記載の治療剤。
【請求項１８】
空間群Ｐ２１  ２１  ２１、Ｐ２１  ２１  ２、又はＰ１  ２１  １を有するＴＮＦαトリマー結晶であって、
（ａ）該ＴＮＦαトリマー結晶が配列番号３５又は３６に記載のアミノ酸残基を含むポリペプチドを含み、
（ｂ）該ＴＮＦαトリマー結晶が、単位格子寸法ａ＝５４Å±１〜２Å、ｂ＝８１Å±１〜２Å、ｃ＝９３Å±１〜２Å、アルファ＝９０度、ベータ＝９０度、及びガンマ＝９０度又はａ＝４７．７Å±１〜２Å、ｂ＝９５．８Å±１〜２Å、ｃ＝１００．７Å±１〜２Å、アルファ＝９０度、ベータ＝９９．１度、及びガンマ＝９０度を有し、並びに／又は、
（Ｃ）該ＴＮＦαトリマー結晶が、請求項２に記載の化合物（１）〜（６４）のいずれかをさらに含む、上記ＴＮＦαトリマー結晶。