【手続補正書】
【提出日】令和3年9月21日(2021.9.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
所定の遺伝子変異に対応する塩基配列を有するターゲット核酸と、上記所定の遺伝子変異に対応する塩基配列に相補的な塩基配列を有し、当該ターゲット核酸に対して特異的にハイブリダイズする変異用検出プローブとのハイブリダイゼーション用バッファー組成物であって、
ターゲット核酸における上記所定の遺伝子変異に対応する塩基配列を含むとともに、当該遺伝子変異と異なる他の遺伝子変異に対応する塩基配列を有する非ターゲット核酸に対して、ターゲット核酸と比して優先的にハイブリダイズするブロッキング用核酸断片を含むハイブリダイゼーション用バッファー組成物。
【請求項２】
所定の遺伝子変異に対応する塩基配列を有するターゲット核酸と、上記所定の遺伝子変異に対応する塩基配列に相補的な塩基配列を有し、当該ターゲット核酸に対して特異的にハイブリダイズする変異用検出プローブとのハイブリダイゼーション用バッファー組成物であって、
ターゲット核酸における上記所定の遺伝子変異以外の他の遺伝子変異に対応する塩基配列を有し、上記所定の遺伝子変異に対応する塩基配列が野生型でない非ターゲット核酸に対して、ターゲット核酸と比して優先的にハイブリダイズするブロッキング用核酸断片を含むハイブリダイゼーション用バッファー組成物。
【請求項３】
上記所定の遺伝子変異における野生型の塩基配列に相補的な塩基配列を有する、野生型に対するブロッキング用核酸断片をさらに含む、請求項２記載のハイブリダイゼーション用バッファー組成物。
【請求項４】
上記ブロッキング用核酸断片は、非ターゲット核酸に対して相補的な塩基配列を有することを特徴とする請求項１〜３のいずれか一項記載のハイブリダイゼーション用バッファー組成物。
【請求項５】
上記ターゲット核酸は、BRAF（v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1）におけるV600E遺伝子変異（1799T>A）に対応する塩基配列を含む核酸断片であり、
上記変異検出用プローブは、V600E遺伝子変異（1799T>A）に対応する塩基配列に相補的な塩基配列を有し、上記核酸断片に特異的にハイブリダイズするBRAF V600E変異型プローブであり、
上記非ターゲット核酸は、V600D遺伝子変異又はV600K遺伝子変異に対応する塩基配列を含む核酸断片であり、
上記ブロッキング用核酸断片は、V600D遺伝子変異に対応する塩基配列を含む核酸断片又はV600K遺伝子変異に対応する塩基配列を含む核酸断片における当該塩基配列に相補的な塩基配列を有し、当該核酸断片に優先的にハイブリダイズすることを特徴とする請求項１〜３のいずれか一項記載のハイブリダイゼーション用バッファー組成物。
【請求項６】
BRAF（v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1）におけるV600E遺伝子変異（1799T>A）に特異的にハイブリダイズするBRAF V600E変異型プローブと、
TERT（telomerase reverse transcriptase）プロモータ領域における228C>T遺伝子変異に特異的にハイブリダイズするTERT 228C>T変異型プローブと、
TERTプロモータ領域における250C>T遺伝子変異に特異的にハイブリダイズするTERT 250C>T変異型プローブと、
BRAF遺伝子におけるV600E遺伝子変異を含む領域を増幅するBRAF用プライマーセットと、
TERT遺伝子における228C>T遺伝子変異及び250C>T遺伝子変異を含む領域を増幅するTERT用プライマーセットと
を含む、甲状腺乳頭癌の予後予測に関連する遺伝子変異評価用キット。
【請求項７】
上記BRAF用プライマーセットは、配列番号１の塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号２の塩基配列からなるリバースプライマーからなることを特徴とする請求項６記載の遺伝子変異評価用キット。
【請求項８】
上記TERT用プライマーセットは、配列番号３の塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号４の塩基配列からなるリバースプライマーからなることを特徴とする請求項６記載の遺伝子変異評価用キット。
【請求項９】
上記BRAF用プライマーセットは、配列番号１の塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号２の塩基配列からなるリバースプライマーからなり、
上記TERT用プライマーセットは、配列番号３の塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号４の塩基配列からなるリバースプライマーからなり、
上記TERT用プライマーセットの濃度を0.2μＭ以上、0.6μＭ以下とすることを特徴とする請求項６記載の遺伝子変異評価用キット。
【請求項１０】
上記BRAF用プライマーセット及び上記TERT用プライマーセットの濃度比を、（BRAF用プライマーセット濃度）：（TERT用プライマーセット濃度）＝４：１〜２：１とすることを特徴とする請求項９記載の遺伝子変異評価用キット。
【請求項１１】
BRAFにおける600番目のバリン（V600）に対するV600E以外の遺伝子変異にハイブリダイズするブロッキング用核酸断片を更に含むことを特徴とする請求項６記載の遺伝子変異評価用キット。
【請求項１２】
上記V600E以外の遺伝子変異は、V600D遺伝子変異、V600K遺伝子変異、V600R遺伝子変異、V600G遺伝子変異及びV600M遺伝子変異からなる群から選ばれる少なくとも１種の遺伝子変異であることを特徴とする請求項１１記載の遺伝子変異評価用キット。
【請求項１３】
上記ブロッキング用核酸断片はV600D遺伝子変異又はV600K遺伝子変異に特異的にハイブリダイズするものであることを特徴とする請求項１１記載の遺伝子変異評価用キット。
【請求項１４】
上記BRAF用プライマーセットにより増幅される野生型BRAF断片及び600番目のバリンに相当する位置に変異を有する変異型BRAF断片の何れにもハイブリダイズするBRAF用共通プローブを更に備えることを特徴とする請求項６記載の遺伝子変異評価用キット。
【請求項１５】
上記TERT用プライマーセットにより増幅される野生型TERT断片及び228番目のシトシン及び/又は250番目のシトシンに相当する位置に変異を有する変異型TERT断片の何れにもハイブリダイズするTERT用共通プローブを更に備えることを特徴とする請求項６記載の遺伝子変異評価用キット。
【請求項１６】
上記BRAF V600E変異型プローブ、上記TERT 228C>T変異型プローブ及び上記TERT 250C>T変異型プローブが担体に固定されたマイクロアレイを備えることを特徴とする請求項６記載の遺伝子変異評価用キット。
【請求項１７】
請求項６〜１６のいずれか一項に記載の遺伝子変異評価用キットを用い、診断対象者について、BRAF（v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1）におけるV600E遺伝子変異、TERT（telomerase reverse transcriptase）プロモータ領域における228C>T遺伝子変異及び250C>T遺伝子変異を同時に同定する、甲状腺乳頭癌の予後予測に関するデータ分析方法。
【請求項１８】
上記遺伝子変異評価用キットは、上記各遺伝子変異に関する変異型プローブと、遺伝子変異を有する変異型及び変異を有しない野生型にハイブリダイズする共通プローブを備えるマイクロアレイであり、当該マイクロアレイを用いて変異型プローブ及び共通プローブに由来するシグナルを測定し、式：[変異型プローブのシグナル強度]/[共通型プローブのシグナル強度]により各遺伝子変異について判定値を算出し、判定値が予め規定したカットオフ値を上回る場合に上記遺伝子変異を有すると判定する、請求項１７記載のデータ分析方法。