(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
ローダミン色素またはその塩であって、該ローダミン色素が、以下の構造：
【化１】
0003719979.tif 000070
を含み：
ここでｎは、１、２または３であり；
Ｙは、キサンテンのＣ９炭素上で、図示されるフェニル基に結合したローダミン型親キサンテン環であり；
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より独立して選択され；
Ｒ24は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24'と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ24'は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｓはイオウであり；
Ｚは、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、１以上の同じＷ1基もしくは異なるＷ1基で置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールおよびヘテロアリール、ならびに１以上の同じＷ2基もしくは異なるＷ2基で置換された（Ｃ5〜Ｃ20）アリールおよびヘテロアリールであり；
Ｗ1が、−Ｘ、−Ｒ、＝Ｏ、−ＯＲ、−ＳＲ、＝Ｓ、−ＮＲＲ、＝ＮＲ、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
Ｗ2が、−Ｒ、−ＯＲ、−ＳＲ、−ＮＲＲ、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
各々のＲは、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリール、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールアリールからなる群より独立して選択されるか、または同じ窒素原子上の２つのＲ基が一緒になる場合は、これらの２つのＲ基は、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、および（Ｃ4〜Ｃ10）アルキレノであり；そして
各々のＸは、独立してハロゲンであり、
ここで、該ローダミン色素が、アジド、一置換第一級アミン、二置換第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシルおよび活性型エステルからなる群より選択される１つ以上の結合部分を必要に応じて含む、ローダミン色素またはその塩。
【請求項２】
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26が水素であり、そしてＲ24およびＲ24'がメチルである、請求項１に記載のローダミン色素。
【請求項３】
Ｚが形式Ｚ1−Ｌ−Ｒxを有する、請求項１に記載のローダミン色素またはその塩であって、ここで
Ｙは、ローダミン型親キサンテン環であって、該キサンテンのＣ９炭素で図示されるフェニル基に結合しており；
Ｚ1は、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、１以上の同じＷ1基もしくは異なるＷ1基で独立して置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、あるいは（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルおよびヘテロジイル、ならびに１以上の同じＷ2基または異なるＷ2基により独立して置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルおよびヘテロジイルであり；
Ｌは、結合または（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイルであり；そして
Ｒxは、アジド、一置換第一級アミン、二置換第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシルまたは活性型エステルである、
ローダミン色素またはその塩。
【請求項４】
請求項３に記載のローダミン色素あって、Ｙが以下：
【化２】
0003719979.tif 000071
ならびにこれらの塩から選択され、ここで：
Ｒ1およびＲ2は、単独の場合は、独立して、水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり、またはＲ2とＲ1が一緒になることから形成されるアリーレノ架橋が、ベンゾまたはナフトであり；
Ｒ3およびＲ3'は、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より独立して選択され、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであるか、またはＲ2もしくはＲ4とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ4は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、あるいはＲ3またはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたはアルキレノであり；
Ｒ5は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、あるいはＲ6またはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたはアルキレノであり；
Ｒ6およびＲ6'は、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より選択され、あるいは一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであるか、あるいはＲ5またはＲ7とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたはアルキレノであり；
Ｒ7は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、あるいはＲ6またはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたはアルキレノであり；
Ｒ8は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され；
Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルボトム環への結合の点を示し；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、Ｒ14、Ｒ15、Ｒ16、Ｒ17、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より、それぞれ独立して選択されるか、あるいはＲ10、Ｒ11、Ｒ12、およびＲ13が一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１つ以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノであるか、あるいはＲ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21が、一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換されたアリーレノである、
ローダミン色素。
【請求項５】
請求項４に記載のローダミン色素であって、ここでＲ2が、Ｒ3またはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたはアルキレノである、ローダミン色素。
【請求項６】
請求項５に記載のローダミン色素であって、ここで：
アルキルがメチル、エチルまたはプロピルであり；
アリールがフェニルまたはナフチルであり；
アリールアリールがビフェニルであり；
Ｒ3もしくはＲ3'とＲ2が一緒になるか、Ｒ6もしくはＲ6'とＲ7が一緒になるか、またはＲ3もしくはＲ3'とＲ4が一緒になることにより形成されるアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋が、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノおよび１，１，３−トリメチルプロパノであり；
Ｒ2とＲ1が一緒になることから形成されるアリーレノ架橋が、ベンゾまたはナフトであり；
Ｒ3'とＲ3が一緒になるかまたはＲ6'とＲ6が一緒になることから形成されるアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋が、ブタノであり；
Ｒ6またはＲ6'とＲ5が一緒になることにより形成されるアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋が、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノおよび１，１，３−トリメチルプロパノであり；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12およびＲ13が一緒になるか、またはＲ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21と一緒になることにより形成されるアリーレノ架橋がベンゾである、
ローダミン色素。
【請求項７】
Ｌが結合である、請求項５に記載のローダミン色素。
【請求項８】
Ｚ1が、フェニルジイル、フェナ−１，４−ジイル、ナフタジイル、ナフタ−２，６−ジイル、ピリジンジイルおよびプリンジイルからなる群より選択される、請求項３に記載のローダミン色素。
【請求項９】
請求項３に記載のローダミン色素であって、ここでＹが、以下：
【化３−１】
0003719979.tif 000072
【化３−２】
0003719979.tif 000073
【化３−３】
0003719979.tif 000074
【化３−４】
0003719979.tif 000075
からなる群より選択され、ここで、Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への結合の点を示す、ローダミン色素。
【請求項１０】
以下の構造：
【化４】
0003719979.tif 000076
を含む、請求項３に記載のローダミン色素またはこの塩。
【請求項１１】
請求項１０に記載のローダミン色素であって、Ｙが、以下の構造：
【化５】
0003719979.tif 000077
ならびにそれらの塩からなる群より選択され、ここで：
Ｒ1およびＲ2が、単独の場合は、独立して水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり；
Ｒ3およびＲ3'が、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より独立して選択されるか、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり、またはＲ2もしくはＲ4とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ4は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ3もしくはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ5は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ6もしくはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ6およびＲ6'は、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より選択され、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり、またはＲ5もしくはＲ7とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ7は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ6もしくはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ8は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され；
Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への結合の点を示し；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、Ｒ14、Ｒ15、Ｒ16、Ｒ17、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より、それぞれ独立して選択されるか、または
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、およびＲ13が、一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノであるか、または
Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21が、一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１つ以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換されたアリーレノである、
ローダミン色素。
【請求項１２】
請求項１０に記載のローダミン色素であって、ここで、Ｙは、以下の構造：
【化６−１】
0003719979.tif 000078
【化６−２】
0003719979.tif 000079
【化６−３】
0003719979.tif 000080
【化６−４】
0003719979.tif 000081
からなる群より選択され、ここで、Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への結合の点を示す、ローダミン色素。
【請求項１３】
請求項１に記載のローダミン色素であって、以下の構造：
【化７】
0003719979.tif 000082
を有するローダミン色素であり、ここで：
Ｙ1は、ローダミン型親キサンテン環であって、該キサンテンのＣ９炭素上で図示されるフェニル基に結合しており；
Ｌは、キサンテンの窒素原子またはキサンテンのＣ４炭素に結合し、ここで、Ｌは、結合、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、１以上の同じＷ1基もしくは異なるＷ1基により独立して置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイル、１以上の同じＷ2基もしくは異なるＷ2基により独立して置換されたアリールジイル、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキルジイル−（ＣＨ2）i−φ−および−（ＣＨ2）i−ψ−からなる群より選択され、ここで各々のｉは、独立して１〜６の整数であり、φは、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイルまたはフェナ−１，４−ジイルであり、そしてψは、ナフチルジイル、ナフト−２，６−ジイルまたはナフト−２，７−ジイルであり；そして
Ｒxは、アジド、一置換第一級アミン、二置換第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシルまたは活性型エステルである、
ローダミン色素。
【請求項１４】
請求項１３に記載のローダミン色素であって、Ｙ1が、以下：
【化８−１】
0003719979.tif 000083
【化８−２】
0003719979.tif 000084
からなる群より選択され、
Ｒ1およびＲ2が、単独の場合は、独立して水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり；
Ｒ3およびＲ3'が、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より独立して選択されるか、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり、またはＲ2もしくはＲ4とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ4は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ3もしくはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ5は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ6もしくはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ6およびＲ6'は、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より選択され、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり、またはＲ5もしくはＲ7とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ7は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ6もしくはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ8は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され；
Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への結合の点を示し；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、Ｒ14、Ｒ15、Ｒ16、Ｒ17、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より、それぞれ独立して選択されるか、または
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、およびＲ13が、一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノであるか、または
Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21が、一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１つ以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換されたアリーレノであり、
ここで、窒素原子またはＣ４原子での点線は、Ｌの結合点を示す、ローダミン色素。
【請求項１５】
請求項３に記載のローダミン色素であって、ここで：
アルキルがメチル、エチルまたはプロピルであり；
アリールがフェニルまたはナフチルであり；
アリールアリールがビフェニルであり；
Ｒ2とＲ3が一緒になるか、Ｒ4とＲ3'が一緒になるか、Ｒ5とＲ6が一緒になるか、またはＲ7とＲ6'が一緒になることにより形成されるアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋が、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノおよび１，１，３−トリメチルプロパノであり；
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12およびＲ13が一緒になるか、またはＲ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21が一緒になって形成されるアリーレノ架橋がベンゾである、
ローダミン色素。
【請求項１６】
請求項１３に記載のローダミン色素であって、Ｌは、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイル、（Ｃ1〜Ｃ6）アルカノ、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイル、フェナ−１，４−ジイル、ナフチルジイル、ナフタ−２，６−ジイル、ナフタ−２，７−ジイル、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキルジイル−（ＣＨ2）i−φ−および−（ＣＨ2）i−ψ−、からなる群より選択され、ここで各々のｉは、独立して１〜６の整数であり、φは、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイルまたはフェナ−１，４−ジイルであり、そしてψは、ナフチルジイル、ナフト−２，６−ジイルまたはナフト−２，７−ジイルである、ローダミン色素。
【請求項１７】
請求項１３に記載のローダミン色素であって、Ｚは、（Ｃ5〜Ｃ10）ヘテロアリール、フェニル、ナフチル、ナフト−１−イル、ナフト−２−イル、ピリジルおよびプリニルからなる群より選択される、ローダミン色素。
【請求項１８】
Ｙ1が以下：
【化９−１】
0003719979.tif 000085
【化９−２】
0003719979.tif 000086
【化９−３】
0003719979.tif 000087
【化９−４】
0003719979.tif 000088
【化９−５】
0003719979.tif 000089
【化９−６】
0003719979.tif 000090
【化９−７】
0003719979.tif 000091
からなる群から選択され、ここで、Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への結合の点を示し、窒素またはＣ４原子での点線がＬの結合の点を示す、請求項１３に記載のローダミン色素。
【請求項１９】
以下の構造：
【化１０】
0003719979.tif 000092
を有する、請求項１３に記載のローダミン色素またはその塩。
【請求項２０】
Ｙ1が、Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、およびＹ−４ｃからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、およびＹ−４ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１４に定義された通りである、請求項１４に記載のローダミン色素。
【請求項２１】
Ｙ1が、Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃからなる群から選択され、ここで、該Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１８に定義された通りである、請求項１９に記載のローダミン色素。
【請求項２２】
アクセプター色素に結合したドナー色素を含む、エネルギー移動色素対であって、ここで該ドナー色素または該アクセプター色素は請求項１に記載の化合物であり、そして該ドナー色素および該アクセプター色素のいずれかまたは両方が任意の結合部分を含む、エネルギー移動色素対。
【請求項２３】
以下の構造：
【化１１】
0003719979.tif 000093
を有する、請求項２２に記載の色素対、またはその塩であって、ここで：
Ｙは、キサンテンのＣ９炭素上で、図示されるフェニル基に結合したローダミン型親キサンテン環であり；
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より独立して選択され；
Ｒ24は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24'と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ24'は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｌは、結合、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルジイルまたは（Ｃ１〜Ｃ３）アルカノであり；
Ｚ１は、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルジイル、（Ｃ５〜Ｃ１４）アリールまたはヘテロアリールであり；
Ｒ41は、求核剤と求電子剤との間の反応で形成される共有結合であり；
Ｌ”は、結合またはリンカーであり；
ｎは、１、２、または３であり；そして
ＤＤ／ＡＤは、結合部分を含む、ドナー色素またはアクセプター色素である、色素対、またはその塩。
【請求項２４】
Ｙが、Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、Ｙ−４、Ｙ−２０ａ、Ｙ−２１ａ、Ｙ−２２ａ、Ｙ−２３ａ、Ｙ−２４ａ、Ｙ−２５ａ、Ｙ−３１ａ、Ｙ−３４ａ、Ｙ−３５ａ、Ｙ−３６ａ、Ｙ−３９ａ、Ｙ−４１ａ、Ｙ−４２ａ、Ｙ−４３ａ、Ｙ−４４ａ、Ｙ−４５ａ、およびＹ−４６ａからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、およびＹ−４の化学構造および置換基の定義は、請求項４に定義された通りであり、該Ｙ−２０ａ、Ｙ−２１ａ、Ｙ−２２ａ、Ｙ−２３ａ、Ｙ−２４ａ、Ｙ−２５ａ、Ｙ−３１ａ、Ｙ−３４ａ、Ｙ−３５ａ、Ｙ−３６ａ、Ｙ−３９ａ、Ｙ−４１ａ、Ｙ−４２ａ、Ｙ−４３ａ、Ｙ−４４ａ、Ｙ−４５ａ、およびＹ−４６ａの化学構造および置換基の定義は、請求項９に定義された通りである、請求項２３に記載の色素対。
【請求項２５】
Ｒ41が式−Ｃ（Ｏ）ＮＲ45−を有し、ここでＲ45は水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルである、請求項２３に記載の色素対。
【請求項２６】
Ｚ1が、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキレノ、（Ｃ1〜Ｃ12）アルカノ、（Ｃ5〜Ｃ10）アリールジイルおよびヘテロアリールジイル、フェニルジイル、フェナ−１，４−ジイル、ナフタジイル、ナフタ−２，６−ジイル、ピリジンジイル、ならびにプリンジイルからなる群から選択される、請求項２３に記載の色素対。
【請求項２７】
Ｌ”が−Ｒ43−Ｚ3−Ｃ（Ｏ）−Ｒ44−Ｒ45−であり、ここでＲ43は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイルであり、そしてＲ42に結合されており（ここでＲ42は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨである）；Ｚ3は、五〜六員環のアルケニルジイルおよびヘテロアルケニルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルおよびヘテロアリールジイルであり；Ｒ44は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨであり；そしてＲ45は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイルである、請求項２３に記載の色素対。
【請求項２８】
ＤＤ／ＡＤがフルオレセイン色素であり、該フルオレセイン色素において結合部分が反応性官能基であり、そしてここでＬ”がキサンテンＣ４炭素でフルオレセイン色素に結合している、請求項２３に記載の色素対。
【請求項２９】
以下の構造：
【化１２】
0003719979.tif 000094
を有し、ここでＲ50は、カルボキシル、塩、エステル、またはその活性エステルである、請求項２２に記載の色素対。
【請求項３０】
Ｙが、Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、Ｙ−４、Ｙ−２０ａ、Ｙ−２１ａ、Ｙ−２２ａ、Ｙ−２３ａ、Ｙ−２４ａ、Ｙ−２５ａ、Ｙ−３１ａ、Ｙ−３４ａ、Ｙ−３５ａ、Ｙ−３６ａ、Ｙ−３９ａ、Ｙ−４１ａ、Ｙ−４２ａ、Ｙ−４３ａ、Ｙ−４４ａ、Ｙ−４５ａ、およびＹ−４６ａからなる群より選択され、
ここで、該Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、およびＹ−４の化学構造および置換基の定義は、請求項５に定義された通りであり、該Ｙ−２０ａ、Ｙ−２１ａ、Ｙ−２２ａ、Ｙ−２３ａ、Ｙ−２４ａ、Ｙ−２５ａ、Ｙ−３１ａ、Ｙ−３４ａ、Ｙ−３５ａ、Ｙ−３６ａ、Ｙ−３９ａ、Ｙ−４１ａ、Ｙ−４２ａ、Ｙ−４３ａ、Ｙ−４４ａ、Ｙ−４５ａ、およびＹ−４６ａの化学構造および置換基の定義は、請求項９に定義された通りである、請求項２９に記載の色素対。
【請求項３１】
以下の構造：
【化１３】
0003719979.tif 000095
を有し、ここで：
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より独立して選択され；
Ｒ24は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24'と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ24'は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｙ１は、構造式Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３またはＹ−４に従う化合物であって、ここで、ＬがＲ３’位に連結される、化合物であるか、または構造式Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−４１ｂ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、およびＹ−４６ｂに従う化合物であり；
ここで、該Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、およびＹ−４の化学構造および置換基の定義は、請求項４に定義された通りであり、該Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−４１ｂ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、およびＹ−４６ｂの化学構造および置換基の定義は、請求項１８に定義された通りであり；
Ｚは、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルカニル、（Ｃ５〜Ｃ１４）アリールまたはヘテロアリールであり；
Ｌは、−ＣＨ2−φ−または−ＣＨ2−ψ−であり、ここで、φは、フェニルジイルであり、そしてψは、ナフチルジイルであり、該メチレンは、Ｙに連結され；
Ｒ41は、求核剤と求電子剤との間の反応で形成される共有結合であり；
Ｌ’’は、結合またはリンカーであり；
ｎは、１、２、または３であり；そして
ＤＤ／ＡＤは、結合部分を含む、ドナー色素またはアクセプター色素である、請求項２２に記載の色素対。
【請求項３２】
Ｙ1が、Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、Ｙ−４ｃ、Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、およびＹ−４ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１４に定義された通りであり、該Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１８に定義された通りである、請求項３１に記載の色素対。
【請求項３３】
Ｌが（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイル、または（Ｃ1〜Ｃ3）アルカノである、請求項３１に記載の色素対。
【請求項３４】
Ｒ41が、式Ｃ（Ｏ）ＮＲ45−（ここで、Ｒ45は水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルである）のアミドである、請求項３１に記載の色素対。
【請求項３５】
Ｚが、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、（Ｃ1〜Ｃ12）アルカニル、（Ｃ5〜Ｃ10）アリールおよびヘテロアリール、フェニル、ナフチル、ナフト−１イル、ナフト−２−イル、ピリジル、ならびにプリニルからなる群より選択される、請求項３１に記載の色素対。
【請求項３６】
Ｌ”が−Ｒ43−Ｚ3−Ｃ（Ｏ）−Ｒ44−Ｒ45−であり、ここでＲ43は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイルであり、かつＲ42に結合されており（ここでＲ42は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨである）；Ｚ3は、五〜六員環のアルケニルジイルおよびヘテロアルケニルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルおよびヘテロアリールジイルであり；Ｒ44は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨであり；そしてＲ45は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイルである、請求項３１に記載の色素対。
【請求項３７】
ＤＤ／ＡＤがフルオレセイン色素であり、該フルオレセイン色素において結合部分が反応基Ｒxであり、そしてここでＬ”がキサンテンＣ５炭素でフルオレセイン色素に結合している、請求項３１に記載の色素対。
【請求項３８】
以下の構造：
【化１４】
0003719979.tif 000096
を有し、ここで：
Ｙ1は、Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１８に定義された通りであり；そして
Ｒ50は、カルボキシル、塩、エステル、またはその活性エステルである、
請求項２２に記載の色素対。
【請求項３９】
Ｙ1が、Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、Ｙ−４ｃ、Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、およびＹ−４ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１４に定義された通りであり、該Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１８に定義された通りである、請求項３８に記載の色素対。
【請求項４０】
Ｚが、形式Ｚ1−Ｌ−Ｒ46−Ｌ’−ＮＵＣを有し、ここで：
Ｒ46は、求核剤と求電子剤との間の反応で形成される結合であり；そして−Ｌ’−ＮＵＣは、一緒になって以下の構造を有し：
【化１５】
0003719979.tif 000097
ここで：
Ｂは、核酸塩基であり；
Ｌ’は、（Ｃ1〜Ｃ20）アルキルジイルおよびヘテロアルキルジイル、（Ｃ1〜Ｃ20）アルキレノおよびヘテロアルキレノ、（Ｃ2〜Ｃ20）アルキノおよびヘテロアルキノ、または（Ｃ2〜Ｃ20）アルケノおよびヘテロアルケノであり、あるいは
Ｌ’は、以下：
末端ｓｐ炭素が核酸塩基Ｂに共有結合し、そして末端メチレン（ｓｐ3）炭素がＲ46に共有結合している、プロパルギル；および
Ｒ47が水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり、そしてＲ48が−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ2）r、−Ｃ（Ｏ）−ＣＨＲ49−、−Ｃ（Ｏ）−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ2−、または−Ｃ（Ｏ）−φ−（ＣＨ2）r−（ここで、ｒは、独立して１〜５の整数であり、そしてφは、Ｃ6アリールジイルまたはヘテロアリールジイルである）であり、そして、Ｒ49は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、またはコードアミノ酸もしくは非コードアミノ酸の側鎖であり、そしてここで、末端ｓｐ炭素が核酸塩基Ｂに共有結合し、かつ他の末端基はＲ46に共有結合している、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ2−Ｏ−ＣＨ2−ＣＨ2−ＮＲ47−Ｒ48−、からなる群から選択され；
Ｒ70およびＲ71は、単独の場合は、水素、ヒドロキシル、およびポリメラーゼ媒介のテンプレート指向性重合を妨げる部分からなる群から各々独立して選択され、または、一緒になって、図示された糖が２’，３’−ジデヒドロリボースであるように結合を形成し；そして
Ｒ72は、ヒドロキシル、一リン酸エステル、二リン酸エステル、三リン酸エステル、およびリン酸エステルアナログ、またはその塩からなる群から選択される、
請求項１のローダミン色素を含む、標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項４１】
Ｚが、形式Ｚ1−Ｌ−Ｒ41−Ｌ”−ＤＤ／ＡＤ−Ｌ3−Ｒ46−Ｌ’−ＮＵＣ、またはその塩を有し、ここで：
Ｒ41は、求核剤と求電子剤との間の反応で形成される共有結合であり；
Ｌ”は、結合またはリンカーであり；
ＤＤ／ＡＤは、結合部分を含む、ドナー色素またはアクセプター色素であり；そして
Ｌ3は、結合またはリンカーである、
請求項４０に記載の標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項４２】
Ｙが、形式Ｙ1−Ｒ41−Ｌ”−ＤＤ／ＡＤ−Ｌ3−Ｒ46−Ｌ’−ＮＵＣ、またはその塩を有し、ここで：
Ｙ1は、Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、またはＹ−４であり、
ここで、該Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、およびＹ−４の化学構造および置換基の定義は、請求項５に定義された通りであり；
Ｒ41は、求核剤と求電子剤との間の反応で形成される共有結合であり；
Ｌ”は、結合またはリンカーであり；
ＤＤ／ＡＤは、結合部分を含む、ドナー色素またはアクセプター色素であり；そして
Ｌ3は、結合またはリンカーである、
請求項４０に記載の標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項４３】
Ｙが、形式Ｙ1−Ｒ41−Ｌ”−ＤＤ／ＡＤを有し、そしてＺが、形式Ｚ1−Ｌ−Ｒ46−Ｌ’−ＮＵＣまたはその塩を有し；
ここで：
Ｙ1は、Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、またはＹ−４であり、
ここで、該Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、およびＹ−４の化学構造および置換基の定義は、請求項５に定義された通りであり；
Ｒ41は、求核剤と求電子剤との間の反応で形成される共有結合であり；
Ｌ”は、結合またはリンカーであり；
ＤＤ／ＡＤは、結合部分を含む、ドナー色素またはアクセプター色素であり；そして
Ｚ1は、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、１つ以上の同じかまたは異なるＷ1基で独立して置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイル、および（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイル、ヘテロアリールジイルおよび１つ以上の同じかまたは異なるＷ2基で独立して置換された、（Ｃ5〜Ｃ14）のアリールおよびヘテロアリールジイルである、
請求項４０に記載の標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項４４】
酵素学的に組み込み可能である、請求項４０、４１、４２、または４３に記載の、標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項４５】
ターミネーターである、請求項４０、４１、４２、または４３に記載の、標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項４６】
酵素学的に伸長可能である、請求項４０、４１、４２、または４３に記載の、標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項４７】
Ｌ’が以下：
末端ｓｐ炭素が核酸塩基Ｂに共有結合し、そして末端メチレン（ｓｐ3）炭素がＲ46に共有結合している、プロパルギル；および
Ｒ47が水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり、そしてＲ48が−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ2）r、−Ｃ（Ｏ）−ＣＨＲ49−、−Ｃ（Ｏ）−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ2−、または−Ｃ（Ｏ）−φ−（ＣＨ2）r−（ここで、ｒは、独立して１〜５の整数であり、そしてφは、Ｃ6アリールジイルまたはヘテロアリールジイルである）であり、そして、Ｒ49は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、またはコードアミノ酸もしくは非コードアミノ酸の側鎖であり、そしてここで、末端ｓｐ炭素が核酸塩基Ｂに共有結合し、かつ他の末端基はＲ46に共有結合している、
−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ2−Ｏ−ＣＨ2−ＣＨ2−ＮＲ47−Ｒ48−、
からなる群から選択される、請求項４０に記載の、標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項４８】
Ｌ3が、結合、Ｒ46（式−Ｃ（Ｏ）−ＮＨＲ51、ここでＲ51は水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルである）である、請求項４１、または請求項４２に記載の、標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項４９】
核酸塩基Ｂが、プリン、７−デアザプリン、８−アザ，７−デアザプリン、ピリミジン、正常な核酸塩基、または正常な核酸塩基の一般的なアナログである、請求項４０に記載の、標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項５０】
Ｙが、Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、およびＹ−４からなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、およびＹ−４の化学構造および置換基の定義は、請求項５に定義された通りである、請求項４０または請求項４１に記載の、標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項５１】
Ｙが、Ｙ−２０ａ、Ｙ−２１ａ、Ｙ−２２ａ、Ｙ−２３ａ、Ｙ−２４ａ、Ｙ−２５ａ、Ｙ−３１ａ、Ｙ−３４ａ、Ｙ−３５ａ、Ｙ−３６ａ、Ｙ−３９ａ、Ｙ−４１ａ、Ｙ−４２ａ、Ｙ−４３ａ、Ｙ−４４ａ、Ｙ−４５ａおよびＹ−４６ａからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−２０ａ、Ｙ−２１ａ、Ｙ−２２ａ、Ｙ−２３ａ、Ｙ−２４ａ、Ｙ−２５ａ、Ｙ−３１ａ、Ｙ−３４ａ、Ｙ−３５ａ、Ｙ−３６ａ、Ｙ−３９ａ、Ｙ−４１ａ、Ｙ−４２ａ、Ｙ−４３ａ、Ｙ−４４ａ、Ｙ−４５ａおよびＹ−４６ａの化学構造および置換基の定義は、請求項９に定義された通りである、請求項４０または請求項４１に記載の、標識ヌクレオシド／ヌクレオチド、または標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項５２】
Ｙ1が、Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、およびＹ−４ｃ、からなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、およびＹ−４ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１４に定義された通りである、請求項４２または請求項４３に記載の、標識ヌクレオシド／ヌクレオチドまたは標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項５３】
Ｙ1が、Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１８に定義された通りである、請求項４２または請求項４３に記載の、標識ヌクレオシド／ヌクレオチドまたは標識ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ。
【請求項５４】
標識プライマー伸長産物を産生する方法であって、以下の工程：継続的なプライマー伸長を維持することが可能である酵素学的に伸長可能なヌクレオチドとターミネーターとの混合物の存在下で、プライマー−標的ハイブリッドを酵素学的に伸長する工程であって、ここで、該プライマーまたは該ターミネーターは、請求項１に記載のローダミン色素、または請求項２２に記載のエネルギー移動色素対で標識されている工程、を包含する、方法。
【請求項５５】
前記ターミネーターが以下の構造を有する、請求項５４に記載の方法であって：
【化１６】
0003719979.tif 000098
ここで：
Ｂは、核酸塩基であり；
Ｌ’は、（Ｃ1〜Ｃ20）アルキルジイルおよびヘテロアルキルジイル、（Ｃ1〜Ｃ20）アルキレノおよびヘテロアルキレノ、（Ｃ2〜Ｃ20）アルキノおよびヘテロアルキノ、または（Ｃ2〜Ｃ20）アルケノおよびヘテロアルケノであり、あるいは
Ｌ’は、以下：
末端ｓｐ炭素が核酸塩基Ｂに共有結合し、そして末端メチレン（ｓｐ3）炭素がＲ46に共有結合している、プロパルギル；および
Ｒ47が水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり、そしてＲ48が−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ2）r、−Ｃ（Ｏ）−ＣＨＲ49−、−Ｃ（Ｏ）−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ2−、または−Ｃ（Ｏ）−φ−（ＣＨ2）r−（ここで、ｒは、独立して１〜５の整数であり、そしてφは、Ｃ6アリールジイルまたはヘテロアリールジイルである）であり、そして、Ｒ49は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、またはコードアミノ酸もしくは非コードアミノ酸の側鎖であり、そしてここで、末端ｓｐ炭素が核酸塩基Ｂに共有結合し、かつ他の末端基はＲ46に共有結合している、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ2−Ｏ−ＣＨ2−ＣＨ2−ＮＲ47−Ｒ48−、からなる群から選択され；
Ｒ72は、ヒドロキシル、一リン酸エステル、二リン酸エステル、三リン酸エステル、およびリン酸エステルアナログ、またはその塩からなる群から選択され；
Ｒ70およびＲ71は、単独の場合は、水素、ハライド、およびポリメラーゼ媒介のテンプレート指向性重合を妨げる任意の部分からなる群から各々独立して選択される、方法。
【請求項５６】
前記ターミネーターが、４つの異なるターミネーターであって、該４つのターミネーターのうちの１つは、テンプレートＡで終止し、１つはテンプレートＧで終止し、１つはテンプレートＣで終止し、そして１つはテンプレートＴまたはＵで終止する、請求項５４に記載の方法。
【請求項５７】
前記４つの異なるターミネーターの各々が、異なる、スペクトル的に分離可能な蛍光団で標識される、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
ローダミン色素およびポリペプチドを含む、標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体、またはその塩であって、ここで、該標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体は、以下の構造：
【化１７】
0003719979.tif 000099
を含み、ここで：
ｎは、１、２、または３であり；
Ｙは、キサンテンＣ９炭素で、例示されたフェニル基に結合した、ローダミン型の親キサンテン環であり；
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25、およびＲ26は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から独立して選択され；
Ｒ24は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択され、あるいは、Ｒ24'と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノ、ヘテロアルキルジイル、またはヘテロアルキレノであり；
Ｒ24'は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択され、あるいは、Ｒ24と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノ、（Ｃ4〜Ｃ6）ヘテロアルキルジイル、または（Ｃ4〜Ｃ6）ヘテロアルキレノであり；
Ｓは、イオウであり；
Ｚは、形式Ｚ1−Ｌ−Ｐを有し、ここでＺ1は、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、１つ以上の同じであるかまたは異なるＷ1基で独立して置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、あるいは（Ｃ5〜Ｃ20）のアリールおよびヘテロアリール、ならびに１つ以上の同じであるかまたは異なるＷ2基で置換された（Ｃ5〜Ｃ20）のアリールおよびヘテロアリールであり；
Ｌは、結合または（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイルであり；
Ｐは、ポリペプチドであり；
Ｗ1は、−Ｘ、−Ｒ、＝Ｏ、−ＯＲ、−ＳＲ、＝Ｓ、−ＮＲＲ、＝ＮＲ、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
Ｗ2は、−Ｒ、−ＯＲ、−ＳＲ、−ＮＲＲ、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
各Ｒは、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリール、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールアリールからなる群から独立して選択されるか、または同じ窒素原子上の２つのＲ基が一緒になって、それら２つのＲ基は、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイルおよび（Ｃ4〜Ｃ10）アルキレノであり；そして
各Ｘは、独立してハロゲンである、標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体、またはその塩。
【請求項５９】
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25、およびＲ26が水素であり、Ｒ24およびＲ24'がメチルである、請求項５８に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項６０】
Ｙが以下：
【化１８】
0003719979.tif 000100
ならびにその塩から選択され、ここで
Ｒ1およびＲ2は、単独の場合は、独立して水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであるか、またはＲ1をＲ2と一緒にすることにより形成されたアリーレノの架橋が、ベンゾまたはナフトであり；
Ｒ2が、Ｒ3またはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ3およびＲ3'は、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリール、および（Ｃ5〜Ｃ14）アリールアリールからなる群から独立して選択され、あるいは一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであり、あるいはＲ2またはＲ4とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ4は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択され、あるいはＲ3またはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ5は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択され、あるいはＲ6またはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ6またはＲ6'は、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリール、およびアリールアリールからなる群から選択され、あるいは一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）のアルキルジイルまたはアルキレノであり、あるいはＲ5またはＲ7とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたはアルキレノであり；
Ｒ7は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択され、あるいはＲ6またはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）のアルキルジイルまたはアルキレノであり；
Ｒ8は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択され；
Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニル基底環への結合の点を示し；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、Ｒ14、Ｒ15、Ｒ16、Ｒ17、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20、およびＲ21は、各々、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から独立して選択されるか、あるいは、
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12およびＲ13が一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）のアリーレノ、または１つ以上の同じであるかもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルで置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノであり、または
Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20、およびＲ21が一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）のアリーレノ、または１つ以上の同じであるかもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルで置換されたアリーレノである、
請求項５８に記載の、標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項６１】
Ｒ2が、Ｒ3またはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノである、請求項６０に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項６２】
請求項６０に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体であって、ここで：
アルキルは、メチル、エチル、またはプロピルであり；
アリールは、フェニルまたはナフチルであり；
アリールアリールは、ビフェニルであり；
Ｒ2をＲ3もしくはＲ3'と、Ｒ7をＲ6もしくはＲ6'と、またはＲ4をＲ3もしくはＲ3'と一緒にすることにより形成されたアルキルジイルまたはアルキレノの架橋が、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノ、または１，１，３−トリエチルプロパノであり；
Ｒ1をＲ2と一緒にすることにより形成されたアリーレノの架橋が、ベンゾまたはナフトであり；
Ｒ3をＲ3'と一緒に、またはＲ6をＲ6'と一緒にすることにより形成された、アルキルジイルまたはアルキレノの架橋が、ブタノであり；
Ｒ5をＲ6またはＲ6'と一緒にすることにより形成されたアルキルジイルまたはアルキレノの架橋が、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノ、および１，１，３−トリメチルプロパノであり；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12およびＲ13を一緒に、またはＲ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21を一緒にすることにより形成された、アリーレノの架橋が、ベンゾである、
標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項６３】
Ｌが結合である、請求項５８に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項６４】
Ｚ1が、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキレノ、（Ｃ1〜Ｃ12）アルカノ、（Ｃ5〜Ｃ10）アリールジイル、フェニルジイル、フェナ−１，４−ジイル、ナフタジイル、およびナフタ−２，６−ジイルからなる群より選択される、請求項５８に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項６５】
請求項５８に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体であって、ここで、Ｙが、以下：
【化１９−１】
0003719979.tif 000101
【化１９−２】
0003719979.tif 000102
【化１９−３】
0003719979.tif 000103
【化１９−４】
0003719979.tif 000104
からなる群より選択され、ここで、Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への結合の点を示す、標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項６６】
以下：
【化２０】
0003719979.tif 000105
の構造を含む、請求項５８に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体またはその塩。
【請求項６７】
請求項５８に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体であって、ここで該結合体が、以下：
【化２１】
0003719979.tif 000106
の構造式を有し、
ここで：
ｎが、１、２または３であり；
Ｙ1が、キサンテンのＣ９炭素で図示したフェニル基に結合したローダミン型親キサンテン環であり；
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26が、独立して、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され；
Ｒ24が、単独の場合、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択されるか、またはＲ24'と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノ、ヘテロアルキルジイルもしくはヘテロアルキレノであり；
Ｒ24'が、単独の場合、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択されるか、またはＲ24と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノ、（Ｃ4〜Ｃ6）ヘテロアルキルジイルもしくは（Ｃ4〜Ｃ6）ヘテロアルキレノであり；
Ｓがイオウであり；
Ｚが、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、１つ以上の同じかまたは異なるＷ1基で置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールおよびヘテロアリール、ならびに１つ以上の同じかまたは異なるＷ2基で置換された（Ｃ5〜Ｃ20）アリールおよびヘテロアリールであり；
Ｌが、キサンテンの窒素原子またはキサンテンのＣ４炭素に結合し、ここでＬが、結合、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、１つ以上の同じかまたは異なるＷ1基で独立して置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイル、１つ以上の同じかまたは異なるＷ2基で独立して置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイル、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキルジイル−（ＣＨ2）i−φ−および−（ＣＨ2）i−ψ−からなる群より選択され、ここで、各ｉが独立して１〜６の整数であり、φが（Ｃ5〜Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイルまたはフェナ−１、４−ジイルであり、そしてψがナフチルジイル、ナフタ−２，６−ジイルもしくはナフタ−２，７−ジイルであり；
Ｐが、ポリペプチドであり；
Ｗ1が、−Ｘ、−Ｒ、＝Ｏ、−ＯＲ、−ＳＲ、＝Ｓ、−ＮＲＲ、＝ＮＲ、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
Ｗ2が、−Ｒ、−ＯＲ、−ＳＲ、−ＮＲＲ、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
各Ｒが独立して、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリール、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールアリールからなる群より選択されるか、または同じ窒素原子上の２つのＲ基が一緒になって、これらの２つのＲ基は、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイルまたは（Ｃ4〜Ｃ10）アルキレノであり；そして
各Ｘが、独立してハロゲンである、
標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項６８】
請求項６７に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体であって、ここで、Ｙ1が、以下からなる群より選択され：
【化２２−１】
0003719979.tif 000107
【化２２−２】
0003719979.tif 000108
Ｒ1およびＲ2が、単独の場合は、独立して水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり；
Ｒ3およびＲ3'が、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より独立して選択されるか、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり、またはＲ2もしくはＲ4とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ4は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ3もしくはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ5は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ6もしくはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ6およびＲ6'は、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より選択され、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり、またはＲ5もしくはＲ7とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ7は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ6もしくはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ8は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され；
Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への結合の点を示し；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、Ｒ14、Ｒ15、Ｒ16、Ｒ17、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より、それぞれ独立して選択されるか、または
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、およびＲ13が、一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノであるか、または
Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21が、一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１つ以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換されたアリーレノであり、
ここで、窒素原子またはＣ４原子での点線は、Ｌの結合の点を示す、
標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項６９】
請求項６８に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体であって、ここで：
アルキルが、メチル、エチルまたはプロピルであり；
アリールが、フェニルまたはナフチルであり；
アリールアリールが、ビフェニルであり；
Ｒ2がＲ3と一緒になるか、Ｒ4がＲ3'と一緒になるか、Ｒ5がＲ6と一緒になるか、またはＲ7がＲ6'と一緒になって形成されるアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋が、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノおよび１，１，３−トリメチルプロパノであり；
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12およびＲ13が一緒になるか、またはＲ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21が一緒になって形成されるアリーレノ架橋が、ベンゾである、
標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項７０】
請求項６７に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体であって、ここで、Ｌが、以下：
（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイル、（Ｃ1〜Ｃ6）アルカノ、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイル、フェナ−１，４−ジイル、ナフチルジイル、ナフタ−２、６−ジイル、ナフタ−２，７−ジイル、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキルジイル−（ＣＨ2）i−φ−および−（ＣＨ2）i−ψ−からなる群より選択され、
ここで、各ｉが独立して１〜６の整数であり、φが（Ｃ5〜Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイルまたはフェナ−１、４−ジイルであり、そしてψがナフチルジイル、ナフタ−２，６−ジイルもしくはナフタ−２，７−ジイルである、
標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項７１】
請求項６７に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体であって、ここで、Ｚが、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、（Ｃ1〜Ｃ12）アルカニル、（Ｃ5〜Ｃ10）アリール、フェニル、ベンジル、ナフチル、ナフタ−１−イル、ナフタ−２−イル、ピリジルおよびプリニルからなる群より選択される、標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項７２】
請求項６７に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体であって、ここでＹ1が、以下：
【化２３−１】
0003719979.tif 000109
【化２３−２】
0003719979.tif 000110
【化２３−３】
0003719979.tif 000111
【化２３−４】
0003719979.tif 000112
【化２３−５】
0003719979.tif 000113
【化２３−６】
0003719979.tif 000114
【化２３−７】
0003719979.tif 000115
からなる群より選択され、ここで、Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への結合の点を示し、窒素原子またはＣ４原子での点線は、Ｌの結合の点を示す、
標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項７３】
以下：
【化２４】
0003719979.tif 000116
の構造を有する、請求項６７に記載の標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体。
【請求項７４】
標識されたローダミン色素−ポリペプチド結合体を形成するために、ローダミン色素の結合部分をポリペプチドと反応させる工程を包含する、ポリペプチドを標識する方法であって、
ここで、該結合部分が、アジド、一置換第１級アミン、二置換第２級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシルおよび活性化エステルからなる群より選択され；そして
該ローダミン色素が、以下：
【化２５】
0003719979.tif 000117
の構造を含み、
ここで：
ｎが、１、２または３であり；
Ｙが、キサンテンのＣ９炭素で図示したフェニル基に結合したローダミン型親キサンテン環であり；
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26が、独立して、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され；
Ｒ24が、単独の場合、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択されるか、またはＲ24'と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノ、ヘテロアルキルジイルまたはヘテロアルキレノであり；
Ｒ24'が、単独の場合、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択されるか、またはＲ24と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノ、（Ｃ4〜Ｃ6）ヘテロアルキルジイルまたは（Ｃ4〜Ｃ6）ヘテロアルキレノであり；
Ｓがイオウであり；
Ｚが、形式Ｚ1−Ｌ−Ｒxを有し、ここで、Ｚ1が、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、１つ以上の同じかまたは異なるＷ1基で独立して置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、あるいは（Ｃ5〜Ｃ20）アリールおよびヘテロアリール、ならびに１つ以上の同じかまたは異なるＷ2基で置換された（Ｃ5〜Ｃ20）アリールおよびヘテロアリールであり；
Ｌが、結合または（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイルであり；
Ｒxが、アジド、一置換第１級アミン、二置換第２級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシルまたは活性化エステルであり；
Ｗ1が、−Ｘ、−Ｒ、＝Ｏ、−ＯＲ、−ＳＲ、＝Ｓ、−ＮＲＲ、＝ＮＲ、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
Ｗ2が、−Ｒ、−ＯＲ、−ＳＲ、−ＮＲＲ、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
各Ｒが、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリール、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールアリールからなる群より独立して選択されるか、または同じ窒素原子上の２つのＲ基が一緒になって、これらの２つのＲ基が、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイルおよび（Ｃ4〜Ｃ10）アルキレノであり；そして
各Ｘが、独立してハロゲンである、方法。
【請求項７５】
請求項７４に記載の方法であって、ここで、前記ローダミン色素が、以下：
【化２６】
0003719979.tif 000118
の構造を含み、
ここで：
ｎが、１、２または３であり；
Ｙ1が、キサンテンのＣ９炭素で図示されたフェニル基に結合したローダミン型親キサンテン環であり；
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26が、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より独立して選択され；
Ｒ24が、単独の場合、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択されるか、またはＲ24'と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノ、ヘテロアルキルジイルまたはヘテロアルキレノであり；
Ｒ24'が、単独の場合、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択されるか、またはＲ24と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノ、（Ｃ4〜Ｃ6）ヘテロアルキルジイルまたは（Ｃ4〜Ｃ6）ヘテロアルキレノであり；
Ｓがイオウであり；
Ｚが、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、１つ以上の同じかまたは異なるＷ1基で置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールおよび１つ以上の同じかまたは異なるＷ2基で置換された（Ｃ5〜Ｃ20）アリールであり；
ＲXが、アジド、一置換第１級アミン、二置換第２級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシルまたは活性化エステルであり；
Ｌが、キサンテンの窒素原子またはキサンテンのＣ４炭素に結合し；
ここでＬが、結合、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、１つ以上の同じかまたは異なるＷ1基で独立して置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイル、１つ以上の同じかまたは異なるＷ2基で独立して置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイル、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキルジイル−（ＣＨ2）i−φ−および−（ＣＨ2）i−ψ−からなる群より選択され、ここで、各ｉが独立して１〜６の整数であり、φが（Ｃ5〜Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイルまたはフェナ−１、４−ジイルであり、そしてψがナフチルジイル、ナフタ−２，６−ジイルもしくはナフタ−２，７−ジイルであり；
Ｐが、ポリペプチドであり；
Ｗ1が、−Ｘ、−Ｒ、＝Ｏ、−ＯＲ、−ＳＲ、＝Ｓ、−ＮＲＲ、＝ＮＲ、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
Ｗ2が、−Ｒ、−ＯＲ、−ＳＲ、−ＮＲＲ、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
各Ｒが、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリール、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールアリールからなる群より独立して選択されるか、または同じ窒素原子上の２つのＲ基が一緒になって、これらの２つのＲ基が、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、および（Ｃ4〜Ｃ10）アルキレノであり；そして
各Ｘが、独立してハロゲンである、
方法。
【請求項７６】
前記ポリペプチドが、抗体であって、これによってローダミン色素−抗体結合体が形成される、請求項７４に記載の方法。
【請求項７７】
ローダミン色素−抗体結合体を検出する方法であって、ここで、該方法が、以下：
（ａ）該結合体をペプチドまたはタンパク質に結合させる工程、および
（ｂ）該ペプチドまたは該タンパク質に結合する該ローダミン色素−抗体結合体を検出する工程、
を包含し、ここで、該結合体が請求項７６に記載の方法に従って形成されるローダミン色素−抗体結合体である、方法。
【請求項７８】
請求項７７に記載の方法であって、前記結合体が、結合する前記ペプチドまたは前記タンパク質に特異的な第２次抗体の存在下で、該ペプチドまたは該タンパク質に結合する、方法。
【請求項７９】
前記第２次抗体が、固体ビーズまたは粒子に結合する、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
Ｌ”が−Ｒ43−Ｚ3−Ｃ（Ｏ）−Ｒ44−Ｒ45−であり、ここでＲ43は、（Ｃ1〜Ｃ3）アルカノであり、そしてＲ42に結合されており（ここでＲ42は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨである）；Ｚ3は、五〜六員環のアルケニルジイルおよびヘテロアルケニルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルおよびヘテロアリールジイルであり；Ｒ44は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨであり；そしてＲ45は、（Ｃ1〜Ｃ3）アルカノである、請求項２３に記載の色素対。
【請求項８１】
Ｌ”が−Ｒ43−Ｚ3−Ｃ（Ｏ）−Ｒ44−Ｒ45−であり、ここでＲ43は、（Ｃ1〜Ｃ3）アルカノであり、かつＲ42に結合されており（ここでＲ42は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨである）；Ｚ3は、五〜六員環のアルケニルジイルおよびヘテロアルケニルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルおよびヘテロアリールジイルであり；Ｒ44は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨであり；そしてＲ45は、（Ｃ1〜Ｃ3）アルカノである、請求項３１に記載の色素対。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
（１．発明の分野）
本発明は、該して分子プローブとして有用な蛍光性色素化合物に関する。詳細には、本発明は、光に安定で、かつ高度に水溶性の蛍光性ローダミン色素化合物に関する。
【０００２】
（２．発明の背景）
蛍光性標識を用いる核酸の非放射性検出は、現在の分子生物学において重要な技術である。放射性標識の必要性を排除することにより、安全性が高められ、そして試薬処分に伴う環境への影響および経費が、大いに減少される。このような非放射性蛍光検出を利用する方法の例としては、自動化ＤＮＡ配列決定、オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション法、ポリメラーゼ連鎖反応産物の検出、免疫アッセイなどが挙げられる。
【０００３】
多くの適用において、複数の空間的に重複する分析物の独立した検出（すなわち多重蛍光検出）を達成するために、多重のスペクトルで識別可能な蛍光標識を使用することは、都合が良い。多重蛍光検出を利用する方法の例としては、単一管（ｓｉｎｇｌｅ−ｔｕｂｅ）多重ＤＮＡプローブアッセイ、ＰＣＲ、単一ヌクレオチド多型および多色自動化ＤＮＡ配列決定が挙げられる。反応容器の数は、それにより減少され得、実験プロトコルを単純化し、そして適用特異的試薬キットの製造を容易にする。多色自動化ＤＮＡ配列決定の場合、多重蛍光検出は、単一の電気泳動レーン内の多数のヌクレオチド塩基の分析を可能にし、それにより単色法を超えるスループットを増加させ、そしてレーン間の電気泳動移動度変化に関する不確実性を減少させる。
【０００４】
多重蛍光検出に有用な多重のスペクトルで識別可能な蛍光標識のセットを組み立てることは、問題がある。多重蛍光検出は、特に単一励起光供給源、電気泳動分離、および／または酵素での処理（例えば、自動化ＤＮＡ配列決定）を必要とする適用のための、蛍光標識成分の選択に対して、少なくとも６つの制約を課す。第１に、有機蛍光色素の典型的な発光帯の半値幅は、約４０〜８０ナノメーター（ｎｍ）であるため、発光スペクトルがスペクトル的に分解される構造的に類似した色素のセットを見つけることは、困難である。第２に、発光スペクトルが重複しない色素が同定されても、それぞれの蛍光量子効率が低過ぎる場合、そのセットは不適切であり得る。第３に、いくつかの蛍光色素が同時に使用される場合、色素の吸収帯が通常広く分離しているため、同時励起は困難になる。第４に色素の電荷、分子サイズ、およびコンホメーションは、分析物の電気泳動移動度に不利に影響してはならない。第５に、蛍光性色素は、分析物を作製または操作するために使用される化学品（例えば、ＤＮＡ合成溶媒および試薬、緩衝液、ポリメラーゼ酵素、リガーゼ酵素、など）と適合性でなければならない。第６に、色素は、レーザー励起に耐える十分な光安定性を有していなければならない。
【０００５】
４色自動化ＤＮＡ配列決定適用における使用に適した現在入手可能な多重色素セットは、セットを構成する全ての色素から蛍光発光を適切に励起するための、青色または青緑色のレーザー光（例えば、アルゴン−イオンレーザー）を必要とする。より低いコストの赤色レーザーが入手可能になるにつれて、上記の制約を満足し、そして約５００ｎｍより長い波長を有するレーザー光で励起可能である蛍光色素化合物およびそれらの核酸結合体への必要が発生する。
【０００６】
（３．発明の要旨）
これらおよび他の対象が本発明により供給され、これらは１つの局面において、水溶性で、光安定性なローダミン色素化合物を提供し、この化合物は、種々の生物学的アッセイおよび非生物学的アッセイにおいて標識として使用され得る。通常、本発明のローダミン色素化合物は、キサンテンＣ−９炭素において置換フェニル環で置換されたローダミン型親キサンテン環（ｒｈｏｄａｍｉｎｅ−ｔｙｐｅ  ｐａｒｅｎｔ  ｘａｎｔｈｅｎｅ  ｒｉｎｇ）を含む。この置換フェニル環は、以下：オルト位のカルボキシル基またはスルホネート基；１つ以上のアミノピリジニウム（「Ｐｙｒ+」）基；および１つのアルキルチオ基、アリールチオ基またはヘテロアリールチオ基、を含む３〜５個の置換基を含む。アルキルチオ基、アリールチオ基またはヘテロアリールチオ基は、カルボキシル基またはスルホネート基に対してパラ位に位置付けられ、残りの位置はＰｙｒ+基で置換されるべきであると考えられる。
【０００７】
アミノピリジニウム基は、ピリジニウム環の窒素でフェニル環に結合され、そしてピリジニウム環炭素において、１つ以上の多様で同じかまたは異なる置換基で、置換されても置換されなくてもよい。置換基は実質的に任意の基であり得る。しかし、電子吸引基（例えば、−ＮＯ2、−Ｆ、−Ｃｌ、−ＣＮ、−ＣＦ3など）は、これらの置換基がローダミン色素の合成に不利に作用し得るので、ピリジニウム環炭素に直接連結されるべきではない。電子吸引基は、色素の合成に不利に作用しないようにピリジニウム環から間隔を空けられる限り、置換基に含まれ得る。従って、代表的なピリジニウム環炭素の置換基としては、−Ｒ、−ＯＲ、−ＳＲ、−ＮＲＲ、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲ（ここで各Ｒは、独立して水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、またはヘテロアルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールもしくはヘテロアリールである）が挙げられるがこれらに限定されない。Ｒ基は、１つ以上の同じかまたは異なる置換基でさらに置換され得、これらの置換基は、代表的に、−Ｘ、−Ｒ’、＝Ｏ、−ＯＲ’、−ＳＲ’、＝Ｓ、−ＮＲ’Ｒ’、＝ＮＲ’、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ’、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ’、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ’、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ’、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ’、−Ｃ（Ｓ）ＮＲ’Ｒ’および−Ｃ（ＮＲ）ＮＲ’Ｒ’（ここで各Ｘは、独立してハロゲン（好ましくは−Ｆまたは−Ｃｌ）であり、そして各Ｒ’は、独立して水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルまたはヘテロアルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールまたはヘテロアリールである）からなる群から選択される。好ましくは、ピリジニウム環炭素は、無置換である。置換される場合、最も好ましい置換基は、同じかまたは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルである。
【０００８】
アミノピリジニウム基のアミノ基は、ピリジニウム環の４位に位置される。このアミノ基は、一級、二級または三級のアミノ基であり得るが、代表的には三級アミノである。窒素置換基は、代表的には（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル基またはヘテロアルキル基であり、そして同じかまたは異なる基であり得る。あるいは、この窒素は、２〜５個の骨格原子を有するアルキルジイル架橋またはヘテロアルキルジイル架橋で置換され、その結果、置換基および窒素原子は合わせて環構造を形成し、この環構造は、飽和または不飽和であり得るが、好ましくは飽和である。この架橋置換基は、分枝鎖または直鎖であり得るが、好ましくは直鎖（例えば、エタノ、プロパノ、ブタノなど）である。この環構造は、アミノピリジニウムの窒素原子に加えて、１つ以上のヘテロ原子を含み得、このヘテロ原子は、代表的にはＯ、ＳおよびＮからなる群から選択される。窒素原子が環構造に含まれない場合、アミノ基は好ましくはジメチルアミノである。窒素原子が環構造に含まれる場合、この環は好ましくはモルホリノ環またはピペラジン環である。特に好ましいＰｙｒ+基は、４−（ジメチルアミノ）ピリジニウム、４−（モルホリノ）ピリジニウム、および１−メチル−４−ピペラジニルピリジニウムである。
【０００９】
アルキルチオ基、アリールチオ基またはヘテロアリールチオ基は、イオウ原子を介してフェニル環に結合され、そしてまた１つ以上の同じかまたは異なる置換基で置換され得る。置換基の性質は、その基がアルキルチオか、アリールチオかまたはヘテロアリールチオのいずれであるかに依存する。アルキルチオ基のアルキル鎖は、実質的に任意の置換基で置換され得、この置換基としては、−Ｘ、−Ｒ、＝Ｏ、−ＯＲ、−ＳＲ、＝Ｓ、−ＮＲＲ、＝ＮＲ、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲ（ここで各Ｘは、独立してハロゲン（好ましくは−Ｆまたは−Ｃｌ）であり、そして各Ｒは、独立して水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルまたはヘテロアルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールまたはヘテロアリールである）が挙げられるが、これらに限定されない。Ｒ基は、１つ以上の同じかまたは異なる置換基でさらに置換され得、これらの置換基は、代表的に、−Ｘ、−Ｒ’、＝Ｏ、−ＯＲ’、−ＳＲ’、＝Ｓ、−ＮＲ’Ｒ’、＝ＮＲ’、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ’、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ’、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ’、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ’、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ’、−Ｃ（Ｓ）ＮＲ’Ｒ’および−Ｃ（ＮＲ）ＮＲ’Ｒ’（ここで各Ｘは、独立してハロゲン（好ましくは−Ｆまたは−Ｃｌ）であり、そして各Ｒ’は、独立して水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルまたはヘテロアルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールまたはヘテロアリールである）からなる群から選択される。
【００１０】
合成上の制約に起因して、基がアリールチオまたはヘテロアリールチオである場合、ハロゲンはこれらの置換基に含まれ得るが（例えば、ハロアルキル）、アリール環またはヘテロアリール環は、ハロゲンで直接置換されるべきではない。従って、基がアリールチオまたはヘテロアリールチオである場合、代表的な置換基は、ハロゲンを除いて、上記の列挙された任意のアルキルチオ置換基を含む。
【００１１】
本発明のローダミン色素は、色素を他の化合物または基質（例えば、ペプチド、タンパク質、抗体、ヌクレオシド／ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、ポリマー粒子など）に、（好ましくは、共有結合の連結で）結合するために使用され得るリンカーＬを含み得る。リンカーＬの個性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）は、所望の結合の性質に依存する。例えば、この結合は、（ｉ）イオン性相互作用により媒介され、この場合リンカーＬは荷電した基であり；（ｉｉ）疎水性相互作用により媒介され、この場合Ｌは、疎水性部分であり；（ｉｉｉ）共有結合連結で媒介され、この場合Ｌは、別の相補的な官能基（Ｆx）と共有結合連結を形成し得る官能基、または相補的な官能基Ｆxと共有結合連結を形成するように活性化され得る官能基のいずれかである反応性官能基（Ｒx）であり；あるいは（ｉｖ）ビオチンおよびアビジン／ストレプトアビジンのような特異的結合分子の対の使用を通じて媒介され、この場合リンカーＬは、その対の１つのメンバー（例えば、ビオチン）である。
【００１２】
リンカーＬは、本発明のローダミン色素に、ローダミン型親キサンテン環で連結され、そして／またリンカーＬは、完全に置換されたフェニル環を置換しているアルキルチオ基、アリールチオ基またはヘテロアリールチオ基上の置換基として含まれる。リンカーＬがローダミン型親キサンテン環に連結される場合、典型的にキサンテンの窒素またはキサンテンのＣ４炭素で連結される。ローダミン色素は、複数の連結部分を有し得るが、好ましくは単一の連結部分のみを有する。
【００１３】
特定の適用に従って、リンカーＬは、ローダミン色素に直接連結され得るか、またはスペーサーとして働く１つ以上の介在原子を通して間接的に連結され得る。リンカーＬは、特定の適用に依存して、疎水性かまたは親水性であり、長いかまたは短く、剛直、半剛直または可撓性であり得る。Ｌがアルキルチオ基、アリールチオ基またはヘテロアリールチオ基に位置する場合、分子に直接連結されるのが望ましい。この後者の実施形態では、Ｌは結合である。
【００１４】
本明細書中に記載される新しい、完全に置換されたフェニル環は、当該分野で公知かまたは後に明らかにされる実質的に任意のローダミン色素の、「ボトム環（ｂｏｔｔｏｍ  ｒｉｎｇ）」または「ボトム置換基（ｂｏｔｔｏｍ  ｓｕｂｓｔｉｔｕｅｎｔ）」（すなわちキサンテンＣ９炭素に連結される置換基）を置換するために使用され得る。従って、本明細書中に記載されるこの新しい、完全に置換されたフェニル環は、実質的に任意のローダミン型親キサンテン環のＣ−９位に共有結合で連結され得、このキサンテン環については、現在公知か、またはより長波長の吸収極大および発光極大を有さず、そしてより高度の水溶性を有するローダミン色素を与えることが後に明らかにされる。新しいボトム環は、ローダミン色素に特徴的な光に安定な特性に有害な影響を与えないため、新しい色素もまた高度に光安定性である。本発明のローダミン色素を含み得る例示的なローダミン型親キサンテン環としては、米国特許第５，９３６，０８７号；同第５，７５０，４０９号；同第５，３６６，８６０号；同第５，２３１，１９１号；同第５，８４０，９９９号；同第５，８４７，１６２号；米国特許出願第０９／０３８，１９１号（１９９８年３月１０日出願）；同第０９／２７７，７９３号（１９９９年３月２７日出願）；同第０９／３２５，２４３号（１９９９年６月３日出願）；ＰＣＴ国際公開ＷＯ９７／３６９６０；同ＷＯ９９／２７０２０；Ｓａｕｅｒら、１９９５，Ｊ．Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ５（３）：２４７−２６１；Ａｒｄｅｎ−Ｊａｃｏｂ，１９９３，Ｎｅｕｅ  Ｌａｎｗｅｌｌｉｇｅ  Ｘａｎｔｈｅｎ−Ｆａｒｂｓｔｏｆｆｅ  ｆｕｅｒ  Ｆｌｕｏｒｅｓｚｅｎｚｓｏｎｄｅｎ  ｕｎｄ  Ｆａｒｂｓｔｏｆｆ  Ｌａｓｅｒ，Ｖｅｒｌａｇ  Ｓｈａｋｅｒ，Ｇｅｒｍａｎｙ；およびＬｅｅら、１９９２，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０（１０）：２４７１−２４８３、に記載されるローダミン色素のキサンテン環（「頂部（ｔｏｐ）環」）が例として挙げられるが、これらに限定されない。好ましいローダミン型親キサンテン環は、蛍光性である。
【００１５】
別の局面では、本発明は、本発明に従ったローダミン色素および別の分子または基質を含む標識化結合体を提供する。ローダミン色素は、前述のように、代表的には共有結合連結を介して、リンカーＬにより他の分子または基質に結合される。一旦結合されれば、ローダミン色素は、その後の検出に都合の良い蛍光性標識を提供する。本発明のローダミン色素は、多様な分子および基質を蛍光で標識するために使用され得、このような分子および基質としては、アミノ酸、ペプチド、タンパク質、抗体、酵素、レセプター、ヌクレオシド／ヌクレオチド、ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログ、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドアナログ、核酸、炭水化物、脂質、ステロイド、ホルモン、ビタミン、薬物、代謝物、トキシン、有機ポリマーなどが挙げられるが、これらに限定されない。色素はまた、粒子（例えば、固相合成基質、ナノ粒子、ミクロスフェアまたはリポソーム）を標識するために使用され得る。ナノ粒子、ミクロスフェアおよび／またはリポソームを含む実施形態では、連結部分は必ずしも必要ではない。標識は、それらの形成の間に、種々の粒子に組み込まれ得る。分子または基質は、１つ以上の本発明のローダミン色素で標識され得、それらは、同じかまたは異なるものであり得る。
【００１６】
１つの実施形態において、本発明のローダミン色素は、別の色素化合物と共有的に結合体化されて、エネルギー移動色素対を形成する。エネルギー移動色素対は、上記に記載されるように、他の分子または物質とさらに結合体化されて、エネルギー移動標識を提供し得る。エネルギー移動色素対は、一般的に、ドナー色素（ＤＤ）、アクセプター色素（ＡＤ）、ならびにドナー色素およびアクセプター色素を連結する結合を含む。ドナー色素は第１波長で光を吸収し得、そして応答して励起エネルギーを発光し得る。アクセプター色素は、ドナー色素により発光された励起エネルギーを吸収し得、そしてそれに応答して第２波長で蛍光を発し得る。多くの例において、ドナー色素の発光波長およびアクセプター色素の励起波長は重複するが、そのような重複は必要とされない。アクセプター色素は、作用の機構にかかわらず、光を吸収するドナー色素に応答する蛍光のみを必要とする。結合はドナー色素とアクセプター色素との間の効率的なエネルギー移動を促進するために役立つ。本発明のこの局面に従って、ドナー色素およびアクセプター色素の少なくとも１つは、本発明に従うローダミン色素である。好ましくは、アクセプター色素は、本発明に従うローダミン色素であり、そしてドナー色素は、最も代表的な蛍光色素である、キサンテン色素である。ドナー色素の正確な性質または同一性はローダミンアクセプター色素の励起特性および発光特性に依存し、そしてこれは同業者に明白である。ジデオキシヌクレオチド５’−トリホスフェート（すなわち「ターミネ−ター」）のような酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドと共有的に結合体化される場合、このようなエネルギー移動色素は、核酸の配列決定における使用に理想的に適切である。
【００１７】
本発明のローダミン色素は、実質的に任意のローダミン型親キサンテン環を含み得るので、この色素は、広範囲の可視スペクトル（緑から赤の範囲）をカバーする。従って、エネルギー移動色素対の両方の色素は、本発明のローダミン色素であり得る。この実施形態において、それらのスペクトル特性に依存して、本発明の１つの色素はドナーとして作用し、そしてもう１つの色素はアクセプターとして作用する。
【００１８】
別の実施形態において、本発明のローダミン色素、または本発明のローダミン色素を含むエネルギー移動色素対は、ヌクレオシド／ヌクレオチド、ヌクレオシド／ヌクレオチドアナログ、ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドアナログと共有的に結合体化されて、それらとともに、標識された結合体を形成する。色素または色素対は、代表的に、それぞれのヌクレオシド／ヌクレオチド、ポリヌクレオチドまたはアナログの核酸塩基部分と結合体化されるが、しかし、５’−末端、３’−末端および／またはリン酸エステルヌクレオシド間結合のように、分子の他の部分と結合体化され得る。
【００１９】
１つの好ましい実施形態において、標識された結合体は、鋳型指向型（ｔｅｍｐｌａｔｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ）酵素合成反応を介して、標識されたプライマー伸長産物を生成するためのプライマーとして使用され得る、標識されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドアナログである。別の好ましい実施形態において、標識された結合体は、標識されたターミネ−ターである。酵素学的に伸長可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドもしくはアナログが、適切な重合化酵素およびプライムされた鋳型核酸とともに用いられる場合、このような標識されたターミネーターは、核酸配列決定のような適用のための鋳型指向型酵素合成を介して、一連の標識されたプライマー伸長産物を生成するために用いられ得る。
【００２０】
最終の局面において、本発明は、本発明のローダミン色素またはエネルギー移動色素対を用いて、標的核酸を配列決定する方法を提供する。この方法は、一般に、本発明のローダミン色素またはエネルギー移動色素対で標識された、一連の異なるサイズのプライマー伸長産物を形成する工程、一連の異なるサイズの標識された伸長産物を（代表的にはサイズに基づいて）分離する工程、および標識の蛍光に基づいて、分離された標識された伸長産物を検出する工程を包含する。次いで、標的核酸の配列は、公知の技術に従って組み立てられる。
【００２１】
一連の異なるサイズの標識された伸長産物は、周知の方法に従うプライマー標的ハイブリッドを酵素的に伸長することによって簡便に生成され得る。例えば、一連の標識された伸長産物は、本発明のローダミン色素または色素対で標識されたプライマーを用い、そしてポリメラーゼ、連続するプライマー伸長を支持し得る、酵素学的に伸長可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの混合物（例えば、ｄＡＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰおよびｄＵＴＰまたはｄＴＴＰ）、および組み込みの際にプライマー伸長を終結する、代表的には標識していない少なくとも１つのターミネーター（例えば、ｄｄＮＴＰ）の存在下で、標識されたプライマー−標的ハイブリッドを酵素的に伸長することにより、得られ得る。あるいは、一連の標識された伸長産物は、標識されていないプライマーを用いること、ならびにポリメラーゼ、連続するプライマー伸長を支持し得る、酵素学的に伸長可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの混合物、および本発明のローダミン色素またはエネルギー移動色素対で標識された少なくとも１つのターミネーターの存在下で、標識されていないプライマー−標的ハイブリッドを酵素的に伸長して、得られ得る。どちらの実施形態においても、ポリメラ−ゼは、ターミネーター（これは、伸長反応を終結する）が組み込まれるまで、酵素学的に伸長可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを用いて、プライマーを伸長するために役立つ。一旦終結すると、一連の標識された伸長産物は、（代表的にはサイズに基づいて）、分離され、そして分離された標識された伸長産物は、標識の蛍光に基づいて検出される。
【００２２】
この方法の特定の有利な実施形態において、４つの異なるターミネーターの混合物が、１つの伸長反応に使用される。各々異なるターミネーター（例えば、７−デアザ−ｄｄＡＴＰ、ｄｄＣＴＰ、７−デアザ−ｄｄＧＴＰおよびｄｄＴＴＰまたはｄｄＵＴＰの混合物）は、異なる鋳型ヌクレオチドでプライマー伸長を終結することが可能であり、そしてスペクトル的に分解可能な異なる発蛍光団（これらのうちの少なくとも１つは、本発明に従うローダミン色素またはエネルギー移動色素対である）で標識される。この実施形態に従って、標識されていないプライマー−標的核酸ハイブリッドは、ポリメラーゼ、連続するプライマー伸長を支持し得る、酵素学的に伸長可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの混合物、および標識された４つの異なるターミネーターの混合物の存在下で、酵素的に伸長される。サイズに基づく分離に続いて、一連の分離された標識された伸長産物が得られ、これらの産物において、各々分離された伸長産物の発光特性（すなわち、色）が、その３’−末端ヌクレオチドの同一性を明らかにする。特に好ましい実施形態において、すべての標識されたターミネーターは、単一光源を使用して励起可能である。
【００２３】
あるいは、ターミネーターは、酵素学的に伸長可能なヌクレオチドの非存在下で使用され得る。この例において、プライマーは、単一塩基のみによって伸長される。また、プライマーが標識され得るか、または、あるいは、１つ以上のターミネーターが標識され得る。好ましくは、上記に記載されるように、４つの異なる標識されたターミネーターの混合物が、使用される。これら「ミニ配列決定（ｍｉｎｉ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）」の実施形態は、染色体ＤＮＡまたはｃＤＮＡにおける多型を同定するために特に有用である。
【００２４】
（５．発明の詳細な説明）
（５．１  略語）
特定の核酸塩基、ヌクレオシドおよび／またはヌクレオチドに言及する、本明細書の全体に用いられる略語は、当該分野で通常に使用されるものであり、そして以下に示される通りである：
【００２５】
【表１】
0003719979.tif 000002
0003719979.tif 000003
（５．２  定義）
一般的に、本発明を記載するために本明細書中に用いられる用語は、当業者に理解されかつ用いられる定義による。特に、化学構造および下部構造は、ＩＵＰＡＣの推奨に従って記載される（「Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  ｏｆ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ：Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  ＩＵＰＡＣ  Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ  １９９３，Ｒ．Ｐａｎｉｃｏ，Ｗ．Ｈ．ＰｏｗｅｌｌおよびＪｅａｎ−Ｃｌａｕｄｅ  Ｒｉｃｈｅｒ編、Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｌｔｄ．Ｏｘｆｏｒｄ，Ｕ．Ｋ．）。本明細書中で用いられる場合、以下の用語は、以下の意味を有すると解釈される：
「スペクトル的に分解可能な」は、蛍光色素および／またはエネルギー移動色素対（本明細書では集団的に「色素」または「標識」といわれる）のセットに関して、それぞれの色素の蛍光発光帯が、十分に区分されている（すなわち、十分に非重複である）こと、この色素（単独かまたは他の分子もしくは物質と結合体化されるかのいずれか）が、米国特許第４，２３０，５５８号および同第４，８１１，２１８号またはＷｈｅｅｌｅｓｓら，１９８５，Ｆｌｏｗ  Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ：Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ，２１−７６頁、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋに記載されるシステムにより例示されるような、一連のバンド透過フィルターおよび光電子増倍管、電荷結合素子（ＣＣＤ）、分光写真器などを使用する光検出器のような、標準光検出システムを用いる蛍光シグナルに基づいて、互いに区別可能であることを、意味する。好ましくは、スペクトル的に分解可能な色素のセットを含む色素の全てが、単一光源によって励起される。
【００２６】
「核酸塩基」は核酸中に通常に見出される型の、置換されているかまたは置換されていない窒素含有親ヘテロ芳香環をいう。代表的に、核酸塩基は、適切な相補核酸塩基とともに、Ｗａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋおよび／またはＨｏｏｇｓｔｅｅｎ水素結合を形成し得るが、必ず形成するとは限らない。例示的な核酸塩基としては、プリン（例えば、２−アミノプリン、２，６−ジアミノプリン、アデニン（Ａ）、エテノアデニン、Ｎ6−Δ2−イソペンテニルアデニン（６ｉＡ）、Ｎ6−Δ2−イソペンテニル−２−メチルチオアデニン（２ｍｓ６ｉＡ）、Ｎ6−メチルアデニン、グアニン（Ｇ）、イソグアニン、Ｎ2−ジメチルグアニン（ｄｍＧ）、７−メチルグアニン（７ｍＧ）、２−チオピリミジン、６−チオグアニン（６ｓＧ）、ヒポキサンチンおよびＯ6−メチルグアニン）；７−デアザ−プリン（例えば、７−デアザアデニン（７−デアザ−Ａ）および７−デアザグアニン（７−デアザ−Ｇ））；ピリミジン（例えば、シトシン（Ｃ）、５−プロピニルシトシン、イソシトシン、チミン（Ｔ）、４−チオチミン（４ｓＴ）、５，６−ジヒドロチミン、Ｏ4−メチルチミン、ウラシル（Ｕ）、４−チオウラシル（４ｓＵ）および５，６−ジヒドロウラシル（ジヒドロウラシル；Ｄ））；インドール（例えば、ニトロインドールおよび４−メチルインドール）；ピロール（例えば、ニトロピロール）；ネブラリン；塩基（Ｙ）；などが挙げられるが、これらに限定されない。さらなる例示的な核酸塩基は、Ｆａｓｍａｎ，１９８９，Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，３８５−３９４頁，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，ＦＬ、およびそこに引用される参考文献に見出され得る。好ましい核酸塩基は、プリン、７−デアザプリンおよびピリミジンである。特に好ましい核酸塩基は、下記に定義される正常な核酸塩基、およびそれらの共通のアナログ（例えば、２ｍｓ６ｉＡ、６ｉＡ、７−デアザ−Ａ、Ｄ、２ｄｍＧ、７−デアザ−Ｇ、７ｍＧ、ヒポキサンチン、４ｓＴ、４ｓＵおよびＹ）である。
【００２７】
［正常な核酸塩基」は、天然に存在し、かつコードする核酸塩基（すなわち、アデニン、シトシン、グアニン、チミンまたはウラシル）をいう。
【００２８】
「ヌクレオシド」とは、代表的には、ヘテロ芳香族環の窒素を介して、ペントース糖のＣ１’炭素に共有結合的に連結した核酸塩基からなる化合物をいう。代表的なペントース糖としては、１以上の炭素原子が、各々独立して１以上の同一または異なる−Ｒ基、−ＯＲ基、−ＮＲＲ基またはハロゲン基（ここで、各々のＲは独立して、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルまたは（Ｃ5〜Ｃ14）アリールである）で置換されているペントースが挙げられるが、これに限定されない。このペントース糖は、飽和であっても、または不飽和であってもよい。例示的なペントース糖としては、リボース、２’−デオキシリボース、２’−（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルリボース、２’−（Ｃ1〜Ｃ6）アルコキシリボース、２’−（Ｃ5〜Ｃ14）アリールオキシリボース、２’，３’−ジデオキシリボース、２’，３’−ジデヒドロリボース、２’−デオキシ−３’−ハロリボース、２’−デオキシ−３’−フルオロリボース、２’−デオキシ−３’−クロロリボース、２’−デオキシ−３’−アミノリボース、２’−デオキシ−３’−  （Ｃ1〜Ｃ6）アルキルリボース、２’−デオキシ−３’−  （Ｃ1〜Ｃ6）アルコキシリボースおよび２’−デオキシ−３’−  （Ｃ5〜Ｃ14）アリールオキシリボースが挙げられるが、これらに限定されない。
【００２９】
核酸塩基がプリンまたは７−デアザプリンである場合、ペントース糖は、この核酸塩基のＮ９位に結合される。ペントース糖が、ウラシル核酸塩基のＣ５位に結合されるプソイドウリジンを除き、核酸塩基がピリミジンである場合、ペントース糖は、この核酸塩基のＮ１位に結合される（例えば、ＫｏｒｎｂｅｒｇおよびＢａｋｅｒ、１９９２、ＤＮＡ  Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ、第２版、Ｆｒｅｅｍａｎ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏを参照のこと）。好ましいヌクレオシドは、その核酸塩基が、プリン、７−デアザプリン、ピリミジン、正常な核酸塩基またはそれらの通常のアナログであり、そしてそのペントース糖が上記に列挙される例示的なペントース糖のうちの１つである、ヌクレオシドである。
【００３０】
「正常なヌクレオシド」とは、核酸塩基のＮ１位（Ｃ、ＴまたはＵ）またはＮ９位（ＡまたはＧ）を介して、リボースまたは２’−デオキシリボースのＣ１’炭素に共有結合的に連結した、正常な核酸塩基からなる化合物をいう。
【００３１】
「ヌクレオシドアナログ」とは、ペントース糖がペントース糖アナログで置き換えられたヌクレオシドをいう。例示的なペントース糖アナログとしては、５個より多いかまたは少ない環原子を有する置換または非置換のフラノース（例えば、エリトロースおよびヘキソース）、および置換または非置換の３〜６炭素非環式糖が挙げられるが、これらに限定されない。１以上の炭素原子は、独立して１以上の同一または異なる−Ｒ基、−ＯＲ基、−ＮＲＲ基またはハロゲン基（ここで各々のＲは独立して、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルまたは（Ｃ5〜Ｃ14）アリールである）で置換されていてもよい。
【００３２】
「ヌクレオチド」とは、１個以上（典型的には、１個）のペントース炭素が、式：
【００３３】
【化１】
0003719979.tif 000004
を有するリン酸エステルで置換されているヌクレオシドをいい、ここでａは、０〜４の整数である。好ましくは、ａは２であり、かつこのリン酸エステルは、ペントースの３’−炭素または５’−炭素に結合している。特に好ましいヌクレオチドは、酵素学的に伸長可能であるかまたは酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドである（以下に定義される）。
【００３４】
「正常なヌクレオチド」とは、リボース糖または２’−デオキシリボース糖の３’−炭素または５’−炭素が、式：
【００３５】
【化２】
0003719979.tif 000005
を有するリン酸エステルで置換されている正常なヌクレオシドをいい、ここでａは、０〜２の整数である。好ましい正常なヌクレオチドは、ａが２であり、かつこのリン酸エステルがリボース（ＮＴＰ）または２’−デオキシリボース（ｄＮＴＰ）の５’−炭素に結合しているヌクレオチドである。
【００３６】
「ヌクレオチドアナログ」とは、ペントース糖および／または１以上のリン酸エステルが、それぞれのアナログに置き換えられているヌクレオチドをいう。例示的なペントース糖アナログは、ヌクレオシドアナログに関して上記に記載されるペントース糖アナログである。例示的なリン酸エステルアナログとしては、アルキルホスホネート、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、ホスホトリエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオネート、ホスホロアニリデート、ホスホロアミデート、ボロノホスフェートなど（存在する場合、任意の会合する対イオンを含む）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３７】
重合されてＤＮＡ／ＲＮＡのリン酸エステル骨格および／または糖のリン酸エステル骨格が、異なるタイプのリンケージで置き換えられているポリヌクレオチドアナログになり得る核酸塩基含有分子もまた、「ヌクレオチドアナログ」の定義に含まれる。このようなポリヌクレオチドアナログは、以下により詳細に記載される。
【００３８】
「酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログ」とは、テンプレート指向性の核酸合成反応における重合酵素のための基質として作用し得、それによって、この酵素により新生ポリヌクレオチド鎖または新生ポリヌクレオチドアナログ鎖に組み込まれるヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログをいう。代表的な酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログは、その糖がペントースであるものである。好ましい酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドは、その核酸塩基がプリン、７−デアザプリン、ピリミジン、正常な核酸塩基またはこれらの通常のアナログであり、かつそのペントース糖がペントース−５’−トリホスフェート（例えば、ＮＴＰ、ｄＮＴＰおよびｄｄＮＴＰ）であるヌクレオチドである。
【００３９】
「酵素学的に伸長可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログ」とは、一旦、新生ポリヌクレオチド鎖または新生ポリヌクレオチドアナログ鎖に組み込まれたら、さらなるヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの組み込みを補助する酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログをいう。従って、酵素学的に伸長可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログは、別の、次のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログと共有結合を形成し得るヒドロキシル基を有する。代表的な酵素学的に伸長可能なヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログは、その糖がペントースであるものである。好ましい酵素学的に伸長可能なヌクレオチドは、その核酸塩基がプリン、７−デアザプリン、ピリミジン、正常な核酸塩基またはこれらの通常のアナログであり、かつそのペントース糖が、３’−ヒドロキシペントース−５’−トリホスフェート  （例えば、ＮＴＰおよびｄＮＴＰ）であるヌクレオチドである。
【００４０】
酵素学的に伸長可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの混合物は、この混合物が、テンプレートポリヌクレオチドの各塩基と相補的な酵素学的に伸長可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを含む場合（例えば、ｄＡＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰおよびｄＵＴＰまたはｄＴＴＰの混合物）、連続的なプライマー伸長を補助するといわれる。
【００４１】
「ターミネーター」とは、一旦、新生ポリヌクレオチド鎖に組み込まれたら、さらなる鎖の伸長を終結する、酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログをいう。代表的なターミネーターは、その核酸塩基がプリン、７−デアザ−プリン、ピリミジン、正常な核酸塩基またはこれらの通常のアナログであり、かつその糖部分が、さらなる合成をブロックする３’−置換基を含むペントース（例えば、ｄｄＮＴＰ）であるターミネーターである。さらなる合成をブロックする置換基としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：アミノ基、デオキシ基、ハロゲン基、アルコキシ基およびアリールオキシ基。例示的なターミネータとしては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：その糖−リン酸エステル部分が、３’−（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルリボース−５’−トリホスフェート、２’−デオキシ−３’−（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルリボース−５’−トリホスフェート、２’−デオキシ−３’−（Ｃ1〜Ｃ6）アルコキシリボース−５’−トリホスフェート、２’−デオキシ−３’−（Ｃ5〜Ｃ14）アリールオキシリボース−５’−トリホスフェート、２’−デオキシ−３’−ハロリボース−５’−トリホスフェート、２’−デオキシ−３’−アミノリボース−５’−トリホスフェート、２’，３’−ジデオキシリボース−５’−トリホスフェートまたは２’，３’−ジデヒドロリボース−５’−トリホスフェートであるターミネータ。
【００４２】
「ヌクレオシド／ヌクレオチド」とは、ヌクレオシドおよび／もしくはヌクレオチドならびに／またはこれらの混合物をいう。
【００４３】
「ポリヌクレオチド」とは、ヌクレオシド間リン酸エステルリンケージにより互いに共有結合したヌクレオシドモノマーユニットの直鎖状ポリマー鎖をいう。特に明記しない限り、本明細書中で使用される場合、「ポリヌクレオチド」は、これらの用語が当該分野において一般的に使用されるように、任意の長さのポリマー（オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチドおよび核酸を含む）を含む。特定の大きさの範囲のポリヌクレオチドが意図される場合、モノマーユニットの数は、具体的に示される。従って、本発明に従うポリヌクレオチドは、少ないモノマーユニット（例えば、４〜４０）から数百個のモノマーユニット、数千個のモノマーユニット、またはさらにより多いモノマーユニットの大きさの範囲であり得る。ポリヌクレオチドが文字の配列（例えば、「ＡＴＧＣＣＴＧ」）により表される場合は常に、この配列は５’→３’の方向で表されることが理解される。２’−デオキシリボポリヌクレオチドは、文字「ｄ」を前に付ける（例えば、「ｄ（ＡＴＧＣＣＴＧ）」）。
【００４４】
ポリヌクレオチドは、ＲＮＡおよびＤＮＡの場合におけるように、単一の型の糖部分からなるか、またはＲＮＡ／ＤＮＡキメラの場合におけるように、異なる糖部分の混合物であり得る。好ましいポリヌクレオチドは、以下の構造式に従うリボポリヌクレオチドおよび２’−デオキシリボポリヌクレオチドである：
【００４５】
【化３】
0003719979.tif 000006
ここで：
各Ｂは、独立して核酸塩基、好ましくはプリン、７−デアザプリン、ピリミジン、正常な核酸塩基またはこれらの通常のアナログ；
各ｍは、各々のポリヌクレオチドの長さを規定し、そして０〜数千、数万、またはさらに多い範囲で変動し得；
各Ｒは、独立して、水素、ハロゲン、−Ｒ’’、−ＯＲ’’、および−ＮＲ’’Ｒ’’からなる群から選択され、ここで各Ｒ’’は、独立して（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは（Ｃ5〜Ｃ14）アリールであるか、または２つの隣接するＲは、一緒になってリボース糖が２’，３’−ジデヒドロリボースであるように結合を形成し；そして
各Ｒ’は、独立してヒドロキシルまたは
【００４６】
【化４】
0003719979.tif 000007
であり、ここでａは０、１または２である。
【００４７】
好ましいリボポリヌクレオチドおよび２’−デオキシリボポリヌクレオチドは、上記で示され、核酸塩基Ｂは、先に記載したように、糖部分のＣ１’炭素に共有結合する。
【００４８】
「ポリヌクレオチドアナログ」とは、先に定義したように、少なくとも１つのヌクレオシドモノマーユニットがヌクレオシドアナログであり、そして／または少なくとも１つのヌクレオシド間リン酸エステルリンケージが、リン酸エステルアナログであるポリヌクレオチドをいう。リン酸エステルおよび／またはヌクレオチド間糖リン酸エステルリンケージが他の型のリンケージ（例えば、Ｎ−（２−アミノエチル）−グリシンアミドおよび他のアミド（例えば、Ｎｉｅｌｓｅｎら、１９９１，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５４：１４９７〜１５００；ＷＯ９２／２０７０２；米国特許第５，７１９，２６２号；米国特許第５，６９８，６８５号を参照のこと）；モルホリノ（米国特許第５，６９８，６８５号；米国特許第５，３７８，８４１号；米国特許５，１８５，１４４号を参照のこと）；カルバメート（ＳｔｉｒｃｈａｋおよびＳｕｍｍｅｒｔｏｎ，１９８７，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．５２：４２０２を参照のこと）；メチレン（メチルイミノ）（Ｖａｓｓｅｕｒら、１９９２，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１４：４００６を参照のこと）；３’−チオホルムアセタール（Ｊｏｎｅｓら、１９９３，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．５８：２９８３を参照のこと）；スルファメート（米国特許第５，４７０，９６７号を参照のこと）ならびにその他（例えば、米国特許第５，８１７，７８１号；ＦｒｉｅｒおよびＡｌｔｍａｎ，１９９７，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：４４２９およびそれに引用される参考文献を参照のこと）で置き換えられたポリマーもまた、ポリヌクレオチドアナログの定義に含まれる。
【００４９】
「アルキル」とは、もとのアルカン、アルケンまたはアルキンの単一の炭素原子から１つの水素原子を除去することにより誘導される、飽和もしくは不飽和、分枝鎖、直鎖または環状の一価の炭化水素ラジカルをいう。代表的なアルキル基としては以下が挙げられるが、これらに限定されない：メチル；エチル（例えば、エタニル、エテニル、エチニル）；プロピル（例えば、プロパン−１−イル、プロパン−２−イル、シクロプロパン−１−イル、プロプ−１−エン−１−イル、プロプ−１−エン−２−イル、プロプ−２−エン−１−イル、シクロプロプ−１−エン−１−イル；シクロプロプ−２−エン−１−イル、プロプ−１−イン−１−イル、プロプ−２−イン−１−イルなど）；ブチル（例えば、ブタン−１−イル、ブタン−２−イル、２−メチル−プロパン−１−イル、２−メチル−プロパン−２−イル、シクロブタン−１−イル、ブト−１−エン−１−イル、ブト−１−エン−２−イル、２−メチル−プロプ−１−エン−１−イル、ブト−２−エン−１−イル、ブト−２−エン−２−イル、ブタ−１，３−ジエン−１−イル、ブタ−１，３−ジエン−２−イル、シクロブト−１−エン−１−イル、シクロブト−１−エン−３−イル、シクロブタ−１，３−ジエン−１−イル、ブト−１−イン−１−イル、ブト−１−イン−３−イル、ブト−３−イン−１−イルなど）；など。特定のレベルの飽和度が意味される場合、以下に定義するような命名法「アルカニル」、「アルケニル」および／または「アルキニル」が使用される。好ましい実施形態においては、アルキル基は（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルである。
【００５０】
「アルカニル」は、もとのアルカンの単一の炭素原子からの１つの水素原子の除去により誘導される、飽和分枝鎖、飽和直鎖、または飽和環状アルキルラジカルをいう。代表的なアルカニル基としては以下が挙げられるが、これらに限定されない：メタニル；エタニル；プロパニル（例えば、プロパン−１−イル、プロパン−２−イル（イソプロピル）、シクロプロパン−１−イルなど）；ブタニル（例えば、ブタン−１−イル、ブタン−２−イル（ｓｅｃ−ブチル）、２−メチル−プロパン−１−イル（イソブチル）、２−メチル−プロパン−２−イル（ｔ−ブチル）、シクロブタン−１−イルなど）；など。好ましい実施形態においては、アルカニル基は（Ｃ1〜Ｃ6）アルカニルである。
【００５１】
「アルケニル」とは、もとのアルケンの単一の炭素原子からの１つの水素原子の除去により誘導される、少なくとも１つの炭素−炭素二重結合を有する、不飽和分枝鎖、不飽和直鎖または不飽和環状アルキルラジカルをいう。このラジカルは、二重結合に関してシス配座であってもトランス配座であってもよい。代表的なアルケニル基としては以下が挙げられるが、これらに限定されない：エテニル；プロペニル（例えば、プロプ−１−エン−１−イル、プロプ−１−エン−２−イル、プロプ−２−エン−１−イル、プロプ−２−エン−２−イル、シクロプロプ−１−エン−１−イル、シクロプロプ−２−エン−１−イル）；ブテニル（例えば、ブト−１−エン−１−イル、ブト−１−エン−２−イル、２−メチル−プロプ−１−エン−１−イル、ブト−２−エン−１−イル、ブト−２−エン−１−イル、ブト−２−エン−２−イル、ブタ−１，３−ジエン−１−イル、ブタ−１，３−ジエン−２−イル、シクロブト−１−エン−１−イル、シクロブト−１−エン−３−イル、シクロブタ−１，３−ジエン−１−イルなど）；など。好ましい実施形態においては、アルケニル基は（Ｃ2〜Ｃ6）アルケニルである。
【００５２】
「アルキニル」とは、もとのアルキンの単一の炭素原子からの１つの水素原子の除去により誘導される、少なくとも１つの炭素−炭素三重結合を有する、不飽和分枝鎖、不飽和直鎖、または不飽和環状アルキルラジカルをいう。代表的なアルキニル基としては以下が挙げられるが、これらに限定されない：エチニル；プロピニル（例えば、プロプ−１−イン−１−イル、プロプ−２−イン−１−イルなど）；ブチニル（例えば、ブト−１−イン−１−イル、ブト−１−イン−３−イル、ブト−３−イン−１−イルなど）；など。好ましい実施形態においては、アルキニル基は（Ｃ２〜Ｃ６）アルキニルである。
【００５３】
「アルキルジイル：」とは、親アルカン、アルケンまたはアルキンの各々の２つの異なる炭素原子から１つの水素原子の除去によってあるいは親アルカン、アルケンまたはアルキンの単一の炭素原子から２つの水素原子の除去によって誘導される飽和または不飽和の、分枝鎖２価炭化水素ラジカル、直鎖２価炭化水素ラジカル、または環状２価炭化水素ラジカルをいう。２つの１価ラジカル中心、または２価ラジカル中心の各々の結合価は、同じ原子または異なる原子との結合を形成し得る。代表的なアルキルジイルとして以下が挙げられるが、限定はされない：メタンジイル；例えば、エタン−１，１−ジイル、エタン−１，２−ジイル、エテン−１，２−ジイル、エテン−１，２−ジイルのようなエチルジイル；例えば、プロパン−１，１−ジイル、プロパン−１，２−ジイル、プロパン−２，２−ジイル、プロパン−１，３−ジイル、シクロプロパン−１，１−ジイル、シクロプロパン−１，２−ジイル、プロップ−１−エン−１，１−ジイル、プロップ−１−エン−１，２−ジイル、プロップ−２−エン−１，２−ジイル、プロップ−１−エン−１，３−ジイル、シクロプロップ−１−エン−１，２−ジイル、シクロプロップ−２−エン−１，２−ジイル、シクロプロップ−２−エン−１，１−ジイル、プロップ−１−イン−１，３−ジイル、などのようなプロピルジイル；ブタン−１，１−ジイル、ブタン−１，２−ジイル、ブタン−１，３−ジイル、ブタン−１，４−ジイル、ブタン−２，２−ジイル、２−メチル−プロパン−１，１−ジイル、２−メチル−プロパン−１，２−ジイル、シクロブタン−１，１−ジイルのようなブチルジイル；シクロブタン−１，２−ジイル、シクロブタン−１，３−ジイル、ブト−１−エン−１，１−ジイル、ブト−１−エン−１，２−ジイル、ブト−１−エン−１，３−ジイル、ブト−１−エン−１，４−ジイル、２−メチル−プロップ−１−エン−１，１−ジイル、２−メタニリデン−プロパン−１，１−ジイル、ブタ−１，３−ジエン−１，１−ジイル、ブタ−１，３−ジエン−１，２−ジイル、ブタ−１，３−ジエン−１，３−ジイル、ブタ−１，３−ジエン−１，４−ジイル、シクロブト−１−エン−１，２−ジイル、シクロブト−１−エン−１，３−ジイル、シクロブト−２−エン−１，２−ジイル、シクロブタ−１，３−ジエン−１，２−ジイル、シクロブタ−１，３−ジエン−１，３−ジイル、ブト−１−イン−１，３−ジイル、ブト−１−イン−１，４−ジイル、ブタ−１，３−ジイン−１，４−ジイルなど；など。ここで特定のレベルの飽和が意図され、アルカニルジイル、アルケニルジイルおよび／またはアルキニルジイルの命名が使用される。好ましい実施形態において、アルキルジイル基は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイルである。また好ましいのは、例えば、メタンジイル（メタノ）；エタン−１，２−ジイル（エタノ）；プロパン−１，３−ジイル（プロパノ）；ブタン−１，４−ジイル（ブタノ）；などのようなラジカル中心が末端炭素である飽和非環状アルカニルジイルラジカルである（以下に定義される、アルキレノともいわれる）。
【００５４】
「アルキレノ（ａｌｋｙｌｅｎｏ）：」とは、直鎖の親アルカン、アルケンまたはアルキンの各々の２つの末端炭素原子から１つの水素原子の除去によって誘導される２つの末端の１価ラジカル中心を有する直鎖アルキルジイルラジカルをいう。代表的なアルキレノ基として以下が挙げられるが、限定はされない：メタノ；例えば、エタノ、エテノ、エチノのようなエチレノ；例えば、プロパノ、プロップ［１］エノ、プロパ［１，２］ジエノ、プロップ［１］イノなどのようなプロピレノ；例えば、ブタノ、ブト［１］エノ、ブト［２］エノ、ブタ［１，３］ジエノ、ブト［１］イノ、ブト［２］イノ、ブト［１，３］ジイノなどのようなブチレノ；など。ここで特定のレベルの飽和が意図され、アルカノ、アルケノおよび／またはアルキノの命名が使用される。好ましい実施形態において、アルキレノ基は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキレノである。
【００５５】
「ヘテロアルキル、ヘテロアルカニル、ヘテロアルケニル、ヘテロアルカニル、ヘテロアルキルジイルおよびヘテロアルキレノ：」とは、それぞれ、１つ以上の炭素原子の各々が、独立して同じヘテロ原子基、または異なるヘテロ原子基によって置換されたアルキルラジカル、アルカニルラジカル、アルケニルラジカル、アルキニルラジカル、アルキルジイルラジカルおよびアルキレノラジカルをいう。これらのラジカルに含まれ得る代表的なヘテロ原子基としては、以下が挙げられるが、限定はされない；−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｏ−Ｏ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｏ−Ｓ−、−ＮＲ’−、＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｎ＝Ｎ−、−Ｎ（Ｏ）Ｎ−、−Ｎ＝Ｎ−ＮＲ’−、−ＰＨ−、−Ｐ（Ｏ）2−、−Ｏ−Ｐ（Ｏ）2−、−ＳＨ2−、−Ｓ（Ｏ）2−、−ＳｎＨ2−、など；ここで各々のＲ’は、本明細書中で定義されるように、独立して、水素、アルキル、アルカニル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアリール、アリールアルキル、ヘテロアリ−ル、ヘテロアリールアルキルまたはヘテロアリール−ヘテロアリールである。
【００５６】
「非環状ヘテロ原子架橋：」とは、骨格原子が排他的にヘテロ原子である２価架橋をいう。典型的な非環状ヘテロ原子架橋としては、上に列挙された任意の種々のヘテロ原子基の単独か、または組み合わせのいずれかが挙げられるが、限定はされない。
【００５７】
「親芳香族環系：」とは、共役π電子系を有する不飽和環状環系または不飽和多環状環系をいう。具体的には、「親芳香族環系」の定義としては、例えば、インダン、インデン、フェナレンなどのような１つ以上の環が芳香族であり、そして１つ以上の環が飽和、または不飽和である縮合環系が挙げられる。典型的な親芳香族環系としては、以下が挙げられるが、限定はされない：アセアントリレン、アセナフチレン、アセフェナントリレン、アントラセン、アズレン、ベンゼン、クリセン、コロネン、フルオランテン、フルオレン、ヘキサセン、ヘキサフェン、ヘキサレン、ａｓ−インダセン、ｓ−インダセン、インダン、インデン、ナフタレン、オクタセン、オクタフェン、オクタレン、オバレン、ペンタ−２，４−ジエン、ペンタセン、ペンタレン、ペンタフェン、ペリレン、フェナレン、フェナントレン、ピセン、プレイアデン、ピレン、ピランスレン、ルビセン、トリフェニレン、トリナフタレンなど。
【００５８】
「アリール：」とは、親芳香族環系の単一の炭素原子から１つの水素原子の除去によって誘導される１価の芳香族炭化水素ラジカルをいう。代表的なアリール基として、以下から誘導されるラジカルが挙げられるが、限定はされない：アセアントリレン、アセナフチレン、アセフェナントリレン、アントラセン、アズレン、ベンゼン、クリセン、コロネン、フルオランテン、フルオレン、ヘキサセン、ヘキサフェン、ヘキサレン、ａｓ−インダセン、ｓ−インダセン、インダン、インデン、ナフタレン、オクタセン、オクタフェン、オクタレン、オバレン、ペンタ−２，４−ジエン、ペンタセン、ペンタレン、ペンタフェン、ペリレン、フェナレン、フェナントレン、ピセン、プレイアデン、ピレン、ピランスレン、ルビセン、トリフェニレン、トリナフタレンなど。好ましい実施形態において、アリール基は、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールであり、さらに（Ｃ5〜Ｃ10）を有するものが、より好ましい。特に好ましいアリールは、フェニルおよびナフチルである。
【００５９】
「アリールジイル：」とは、親芳香族環系の２つの異なる炭素原子の各々から１つの水素原子の除去によってか、または親芳香族環系の単一の炭素原子から２つの水素分子の除去によって誘導された２価の芳香族炭化水素ラジカルをいう。２つの１価ラジカル中心または２価中心の各々の結合価は、同じ原子または異なる原子との結合を形成し得る。代表的なアリールジイル基としては、以下より誘導される２価のラジカルが挙げられるが、限定はされない：アセアントリレン、アセナフチレン、アセフェナントリレン、アントラセン、アズレン、ベンゼン、クリセン、コロネン、フルオランテン、フルオレン、ヘキサセン、ヘキサフェン、ヘキサレン、ａｓ−インダセン、ｓ−インダセン、インダン、インデン、ナフタレン、オクタセン、オクタフェン、オクタレン、オバレン、ペンタ−２，４−ジエン、ペンタセン、ペンタレン、ペンタフェン、ペリレン、フェナレン、フェナントレン、ピセン、プレイアデン、ピレン、ピランスレン、ルビセン、トリフェニレン、トリナフタレンなど。好ましい実施形態において、アリールジイル基は、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルであり、さらに（Ｃ5〜Ｃ10）を有するものが、より好ましい。最も好ましいアリールジイル基は、ベンゼンおよびナフタレン、特にフェナ−１，４−ジイル、ナフタ−２，６−ジイルおよびナフタ−２，７−ジイルから誘導される２価ラジカルである。
【００６０】
「アリーレノ（ａｒｙｌｅｎｏ）：」とは、親芳香族環系の２つの隣接する炭素原子の各々から１つの水素原子の除去によって誘導される２つの隣接する１価ラジカル中心を有する２価架橋ラジカルをいう。親芳香族環系（例えば、ベンゼン）へのアリーレノ架橋ラジカル（例えば、ベンゼノ）の付着は、縮合芳香族環系（例えば、ナフタレン）を生じる。この架橋は、結果として起こる縮合環系への付着と一致する最大数の非累積２重結合を有すると考えられる。アリーレノ基置換が、代替の置換基を含む構造上で２つの隣接する置換基を一緒にすることによって形成される場合に炭素原子の２重計算を避けるために、アリーレノ架橋の炭素原子は、その構造の架橋炭素原子を置換する。例として、以下の構造が考えられ：
【００６１】
【化５】
0003719979.tif 000008
ここで、Ｒ1は、単独の場合は水素であり、またはＲ2と一緒になる場合は（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノであり；および
Ｒ2は、単独の場合は水素であり、またはＲ1と一緒になる場合は（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノである。
【００６２】
Ｒ1およびＲ2は、各々水素である場合、結果として生じる化合物はベンゼンである。Ｒ1が、Ｒ2と一緒になる場合、Ｃ6は、アリーレノ（ベンゼノ）であり、結果として生じる化合物はナフタレンである。Ｒ1が、Ｒ2と一緒になる場合、Ｃ10は、アリーレノ（ナフタレノ）であり、結果として生じる化合物はアントラセンまたはフェナントレンである。代表的なアリーレノ基としては、以下が挙げらるが、限定はされない；アセアントリレノ、アセナフチレノ、アセフェナントリレノ、アントラセノ、アズレノ、ベンゼノ（ベンゾ）、クリセノ、コロネノ、フルオランテノ、フルオレノ、ヘキサセノ、ヘキサフェノ、ヘキサレノ、ａｓ−インダセノ、ｓ−インダセノ、インデノ、ナフタレノ（ナフト）、オクタセノ、オクタフェノ、オクタレノ、オバレノ、ペンタ−２，４−ジエノ、ペンタセノ、ペンタレノ、ペンタフェノ、ペリレノ、フェナレノ、フェナントレノ、ピセノ、プレイアデノ、ピレノ、ピランスレノ、ルビセノ、トリフェニレノ、トリナフタレノなど。特定の結合性が意図される場合、関与する（アリーレノ架橋の）架橋炭素原子は、例えば、［１，２］ベンゼノ（［１，２］ベンゾ）、［１，２］ナフタレノ、［２，３］ナフタレノなどの大括弧でに示される。従って、上記の例において、Ｒ1がＲ2と一緒になる場合、［２，３］ナフタレノであり、結果として得られる化合物はアントラセンである。Ｒ1がＲ2と一緒になる場合、［１，２］ナフタレノであり、結果として得られる化合物はフェナントレンである。好ましい実施形態において、アリールレノ基は、（Ｃ5〜Ｃ14）であり、さらに（Ｃ5〜Ｃ10）を有するものが、より好ましい。
【００６３】
「アリールアリール：」とは、単結合によって、２つ以上の同一の親芳香族環系または非同一の親芳香族環系が、直接ともに結合される環系の単一の炭素原子からの１つの水素原子の除去によって誘導される１価の炭化水素ラジカルをいう。ここで、このような直接の環結合点の数は、関与する親芳香族環系の数のより１小さい。代表的なアリールアリール基として、ビフェニル、トリフェニル、フェニル−ナフチル、ビナフチル、ビフェニル−ナフチルなどが挙げられるが、限定はされない。アリールアリール基を含む炭素原子の数が特定される場合、その数とは、各々の親芳香環を含む炭素原子をいう。例えば、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールアリールは、例えば、ビフェニル、トリフェニル、ビナフチル、フェニルナフチルなどの５〜１４の炭素を含む各々の芳香環におけるアリールアリール基である。好ましくは、アリールアリール基の各々の親芳香族環系は、独立して（Ｃ5〜Ｃ14）芳香族であり、より好ましくは、（Ｃ5〜Ｃ10）芳香族である。また好ましいのは、全ての親芳香族環系が同一（例えば、ビフェニル、トリフェニル、ビナフチル、トリナフチルなど）であるアリールアリール基である。
【００６４】
「ビアリール：」とは、単結合によって、直接ともに結合される２つの同一の親芳香族系を有するアリールアリールラジカルをいう。代表的なビアリール基として、ビフェニル、ビナフチル、ビアントラシルなどが挙げられるが、限定はされない。好ましくは、芳香族環系は、（Ｃ5〜Ｃ14）芳香環であり、より好ましくは（Ｃ5〜Ｃ10）芳香環である。特に好ましいビアリール基は、ビフェニルである。
【００６５】
「アリールアルキル：」とは、１つの水素原子が炭素原子に結合した非環式のアルキルラジカルをいい、典型的に末端または炭素原子のｓｐ3は、アリールラジカルで置換される。代表的なアリールアルキル基として、以下が挙げられるが、限定はされない：ベンジル、２−フェニルエタン−１−イル、２−フェニルエテン−１−イル、ナフチルメチル、２−ナフチルエタン−１−イル、２−ナフチルエテン−１−イル、ナフトベンジル、２−ナフトフェニルエタン−１−イルなど。特定のアルキル部分が意図される場合、アリールアルカニル、アリールアルケニルおよび／またはアリールアルキニルの命名が使用される。好ましい実施形態において、アリールアルキル基は、（Ｃ6〜Ｃ20）アリールアルキルである（例えば、アリールアルキル基のアルカニル部分、アルケニル部分またはアルキニル部分は、（Ｃ1〜Ｃ6）であり、そしてアリール部分は（Ｃ5〜Ｃ14）である）。特に好ましい実施形態において、アリールアルキル基は、（Ｃ6〜Ｃ13）である（例えば、アリールアルキル基のアルカニル部分、アルケニル部分またはアルキニル部分は、（Ｃ1〜Ｃ3）であり、そしてアリール部分は、（Ｃ5〜Ｃ10）である）。
【００６６】
「親ヘテロ芳香族環系（ｐａｒｅｎｔ  ｈｅｔｅｒｏａｒｏｍａｔｉｃ  ｒｉｎｇ  ｓｙｓｔｅｍ）：」とは、１つ以上の炭素原子（および必然的に付随する水素原子）の各々が、独立して同じヘテロ原子または異なるヘテロ原子で置換される親芳香族環系をいう。炭素原子を置換する、代表的なヘテロ原子として、Ｎ、Ｐ、Ｏ、Ｓ、Ｓｉなどが挙げられるが、限定はされない。詳細には、「親ヘテロ芳香族環系」の定義に含まれるのは、１つ以上の環が芳香環であり、そして１つ以上の環が飽和、または不飽和である縮合環系（例えば、アルシンドール、クロマン、クロメン、インドール、インドリン、キサンテンなど）をいう。代表的な親ヘテロ芳香族環系として、以下が挙げられるが、限定はされない：アルシンドール、カルバゾール、β−カルボリン、クロマン、クロメン、シンノリン、フラン、イミダゾール、インダゾール、インドール、インドリン、インドリジン、イソベンゾフラン、イソクロメン、イソインドール、イソインドリン、イソキノリン、イソチアゾール、イソキサゾール、ナフチリジン、オキサジアゾール、オキサゾール、ペリミジン、フェナントリジン、フェナントロリン、フェナジン、フタラジン、プテリジン、プリン、ピラン、ピラジン、ピラゾール、ピリダジン、ピリジン、ピリミジン、ピロール、ピロリジン、キナゾリン、キノリン、キノリジン、キノキサリン、テトラゾール、チアジアゾール、チアゾール、チオフェン、トリアゾール、キサンテンなど。
【００６７】
「ヘテロアリール：」とは、親へテロ芳香族環系の単一の原子から１つの水素原子の除去によって誘導される１価のヘテロ芳香環系ラジカルをいう。代表的なヘテロアリール基として、以下から誘導されるラジカルが挙げられるが、限定はされない：アクリジン、アルシンドール、カルバゾール、β−カルボリン、クロマン、クロメン、シンノリン、フラン、イミダゾール、インダゾール、インドール、インドリン、インドリジン、イソベンゾフラン、イソクロメン、イソインドール、イソインドリン、イソキノリン、イソチアゾール、イソキサゾール、ナフチリジン、オキサジアゾール、オキサゾール、ペリミジン、フェナントリジン、フェナントロリン、フェナジン、フタラジン、プテリジン、プリン、ピラン、ピラジン、ピラゾール、ピリダジン、ピリジン、ピリミジン、ピロール、ピロリジン、キナゾリン、キノリン、キノリジン、キノキサリン、テトラゾール、チアジアゾール、チアゾール、チオフェン、トリアゾール、キサンテンなど。好ましい実施形態において、ヘテロアリール基は、５〜１４員ヘテロアリールであり、５〜１０員ヘテロアリールが、特に好ましい。最も好ましいヘテロアリールラジカルは、任意の環へテロ原子が窒素である親へテロ芳香族環系より誘導されるラジカルである（例えば、イミダゾール、インドール、インダゾール、イソインドール、ナフチリジン、プテリジン、イソキノリン、フタラジン、プリン、ピラゾール、ピラジン、ピリダジン、ピリジン、ピロール、キナゾリン、キノリンなど）。
【００６８】
「ヘテロアリールジイル：」とは、親のヘテロ芳香族環系の２つの異なる原子のそれぞれから１つの水素原子を除去することによって、または親のヘテロ芳香族環系の単一の原子から２つの水素原子を除去することによって、誘導される２価のヘテロ芳香族ラジカルをいう。２つの１価ラジカル中心または、１つの２価中心のそれぞれの原子価は、同じ原子（単数または複数）または異なる原子（単数または複数）と結合を形成し得る。典型的なヘテロアリールジイル基には、アクリジン、アルシンドール（ａｒｓｉｎｄｏｌｅ）、カルバゾール、β−カルボリン、クロマン、クロメン、シンノリン（ｃｉｎｎｏｌｉｎｅ）、フラン、イミダゾール、インダゾール、インドール、インドリン、インドリジン、イソベンゾフラン、イソクロメン、イソインドール、イソインドリン、イソキノリン、イソチアゾール、イソキサゾール、ナフチリジン、オキサジアゾ−ル、オキサゾール、ペリミジン（ｐｅｒｉｍｉｄｉｎｅ）、フェナントリジン、フェナントロリン、フェナジン、フタラジン、プテリジン、プリン、ピラン、ピラジン、ピラゾール、ピリダジン、ピリジン、ピリミジン、ピロール、ピロリジン、キナゾリン、キノリン、キノリジン、キノキサリン、テトラゾール、チアジアゾール、チアゾール、チオフェン、トリアゾール、キサンテンなどから誘導される２価ラジカルが挙げられるが、これらに限定されない。好ましい実施形態において、このヘテロアリールジイル基は、５〜１４員のヘテロアリールジイルであり、特に５〜１０員が好ましい。最も好ましいヘテロアリールジイル基は、その任意の環へテロ原子が窒素である親のヘテロ芳香族環系（例えば、イミダゾール、インドール、インダゾール、イソインドール、ナフタリジン、プテリジン、イソキノリン、フタラジン、プリン、ピラゾール、ピラジン、ピリダジン、ピリジン、ピロール、キナゾリン、キノリンなど）から誘導される２価ラジカルである。
【００６９】
「ヘテロアリーレノ：」とは、親のヘテロ芳香族環系の２つの隣接原子それぞれから１つの水素原子を除去することによって誘導される、２つの隣接１価ラジカル中心を有する２価の架橋ラジカルをいう。ヘテロアリーレノ架橋ラジカル（例えば、ピリジノ）の、もとの芳香族環系（例えば、ベンゼン）への連結は、縮合ヘテロ芳香族環系（例えば、キノリン）を生じる。この架橋は、その生じた縮合環系への連結と一致する最大数の非累積的二重結合を有するように仮定される。二重計算環原子を避けるために、ヘテロアリーレノ置換基が、代替置換基を含む構造上の２つの隣接置換基を一緒に用いることによって形成される場合、このヘテロアリーレノ架橋の環原子は、この構造の架橋している環原子と置換される。例として、以下の構造を考える：
【００７０】
【化６】
0003719979.tif 000009
ここで、
Ｒ1は、単独でとられた場合は水素であり、またはＲ2と一緒に用いられる場合は５〜１４員のヘテロアリーレノであり；そして
Ｒ2は、単独でとられた場合は水素であり、またはＲ1と一緒に用いられる場合は５〜１４員のヘテロアリーレノであり；
Ｒ1およびＲ2がそれぞれ水素である場合、生じる化合物はベンゼンである。Ｒ1が、Ｒ2と一緒に用いられて６員のヘテロアリーレノ（例えば、ピリジノ）である場合、生じる化合物はイソキノリン、キノリンまたはキノリジンである。Ｒ1が、Ｒ2と一緒に用いられて１０員のヘテロアリーレノ（例えば、イソキノリン）である場合、生じる化合物は、例えば、アクリジンまたはフェナントリジンである。典型的なヘテロアリーレノ基には、アクリジノ、カルバゾロ、β−カルボリノ、クロメノ、シンノリノ、フラノ、イミダゾロ、インダゾレノ、インドレノ、インドリジノ、イソベンゾフラノ、イソクロメノ、イソインドレノ、イソキソリノ、イソチアゾレノ、イソキサゾレノ、ナフチリジノ、オキサジアゾレノ、オキサゾレノ、ペリミジノ、フェナントリジノ、フェナントロリノ、フェナジノ、フタラジノ、プテリジノ、プリノ、ピラノ、ピラジノ、ピラゾレノ、ピリダジノ、ピリジノ、ピリミジノ、ピロレノ、ピロリジノ、キナゾリノ、キノリノ、キノリジノ、キノキサリノ、テトラゾレノ、チアジアゾレノ、チアゾレノ、チオフェノ、トリアゾレノ、キサンテノなどが挙げられるが、これらに限定されない。特定の結合性が意図される場合は、含まれる（ヘテロアリーレノ架橋の）架橋原子は、カギ括弧内に示される（例えば、［１，２］ピリジノ、［２，３］ピリジノ、［３，４］ピリジノなど）。従って、上記の例において、Ｒ1が、Ｒ2と一緒に用いられて［１，２］ピリジノである場合、生じる化合物はキノリジンである。Ｒ1が、Ｒ2と一緒に用いられて［２，３］ピリジノである場合、生じる化合物はキノリンである。Ｒ1が、Ｒ2と一緒に用いられて［３，４］ピリジノである場合、生じる化合物はイソキノリンである。好ましい実施形態において、このヘテロアリーレノ基は５〜１４員のヘテロアリーレノであり、５〜１０員がさらにより好ましい。最も好ましいヘテロアリーレノラジカルは、その任意の環のヘテロ原子が窒素である親のヘテロ芳香族環系（例えば、イミダゾロ、インドロ、インダゾロ、イソインドロ、ナフチリジノ、プテリジノ、イソキノリノ、フタラジノ、プリノ、ピラゾロ、ピラジノ、ピリダジノ、ピリジノ、ピロロ、キナゾリノ、キノリノなど）から誘導されるものである。
【００７１】
「ヘテロアリール−ヘテロアリール：」とは、２つ以上の同一または非同一の親のヘテロ芳香族環系が、単結合によって直接一緒に結合されている環系の単一の原子から、１つの水素原子を除去することによって誘導される１価のヘテロ芳香族ラジカルをいい、このような直接の環結合点の数は、関連する親のヘテロ芳香族環系のその数より少ない。典型的なヘテロアリール−ヘテロアリール基には、ビピリジル、トリピリジル、ピリジルプリニル、ビプリニルなどが挙げられるが、これらに限定されない。環原子の数が特定される場合、この数は、それぞれの親のヘテロ芳香族環系を含む原子の数をいう。例えば、５〜１４員のヘテロアリール−ヘテロアリールは、それぞれの親のヘテロ芳香族環系が５〜１４原子を含む（例えば、ビピリジル、トリピリジルなど）ヘテロアリール−ヘテロアリール基である。好ましくは、それぞれの親のヘテロ芳香族環系は、独立して５〜１４員のヘテロ芳香族であり、より好ましくは、５〜１０員のヘテロ芳香族である。全ての親のヘテロ芳香族環系が同一であるヘテロアリール−ヘテロアリール基もまた好ましい。最も好ましいヘテロアリール−ヘテロアリールラジカルは、そのそれぞれのヘテロアリール基が、任意の環へテロ原子が窒素である親のヘテロ芳香族環系（例えば、イミダゾール、インドール、インダゾール、イソインドール、ナフチリジン、プテリジン、イソキノリン、フタラジン、プリン、ピラゾール、ピラジン、ピリダジン、ピリジン、ピロール、キナゾリン、キノリンなど）から誘導されるものである。
【００７２】
「ビヘテロアリール：」とは、単結合によって直接一緒に結合した２つの同一の親のヘテロ芳香族環系を有するヘテロアリール−ヘテロアリールラジカルをいう。典型的なビヘテロアリール基には、ビピリジル、ビプリニル、ビキノリニルなどが挙げられるが、これらに限定されない。好ましくは、このヘテロ芳香族環系は５〜１４員のヘテロ芳香族環であり、より好ましくは、５〜１０員のヘテロ芳香族環である。最も好ましいビヘテロアリールラジカルは、そのヘテロアリール基が、任意の環へテロ原子が窒素である親のヘテロ芳香族環系（例えば、ビイミダゾリル、ビインドリル、ビインダゾリル、ビイソインドリル、ビナフチリジニル、ビプテリジニル、ビイソキノリニル、ビフタラジニル、ビプリニル、ビピラゾリル、ビピラジニル、ビピリダジニル、ビピリジニル、ビピロリル、ビキノラゾリニル、ビキノリニルなど）から誘導されるものである。
【００７３】
「ヘテロアリールアルキル：」とは、炭素原子（典型的には、末端炭素原子またはｓｐ3炭素原子）に結合する水素原子の１つが、ヘテロアリールラジカルで置換される非環式アルキルラジカルをいう。特定のアルキル部分が意図される場合、学名ヘテロアリールアルカニル、ヘテロアリールアルケニル（ｈｅｔｅｒｏａｒｙｌａｋｅｎｙｌ）および／またはヘテロアリールアルキニルが使用される。好ましい実施形態において、ヘテロアリールアルキル基は、６〜２０員のヘテロアリールアルキルであり、例えば、ヘテロアリールアルキルのアルカニル、アルケニルまたはアルキニル部分は１〜６員であり、そしてヘテロアリール部位は５〜１４員のヘテロアリールである。特に好ましい実施形態において、ヘテロアリールアルキルは６〜１３員のヘテロアリールアルキルであり、例えば、アルカニル、アルケニルまたはアルキニル部分は１〜３員であり、そしてヘテロアリール部位は５〜１０員のヘテロアリールである。
【００７４】
「置換された：」とは、１つ以上の水素原子が、それぞれ独立して同じかまたは異なる置換基（単数または複数）で置換されたラジカルをいう。典型的な置換基には、以下が挙げられるが、これらに限定されない：−Ｘ、−Ｒ、−Ｏ-、＝Ｏ、−ＯＲ、−Ｏ−ＯＲ、−ＳＲ、−Ｓ-、＝Ｓ、−ＮＲＲ、＝ＮＲ、ペルハロ、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、−ＣＸ3、−ＣＦ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲ、ここで、それぞれのＸは独立してハロゲン（好ましくは−Ｆまたは−Ｃｌ）であり、そしてそれぞれのＲは独立して、本明細書中で定義された通りの、水素、アルキル、アルカニル、アルケニル、アルキニル、アリール、アリールアルキル、アリールアリール、ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキルまたはヘテロアリール−ヘテロアリールである。任意の特定の基を置換する実際の置換基は、置換される基の同一性に依存する。
【００７５】
「親キサンテン環：」とは、蛍光色素（これは、以下で定義されるローダミンおよびフルオレセイン色素を含む）のキサンテン類において典型的に見出される型のヘテロ芳香族環系をいい、すなわち、以下の一般構造を有するヘテロ芳香族環系である：
【００７６】
【化７】
0003719979.tif 000010
上記に示される親キサンテン環において、Ａ1は−ＯＨまたは−ＮＨ2であり、そしてＡ2は＝Ｏまたは＝ＮＨ2+である。Ａ1が−ＯＨかつＡ2が＝Ｏである場合、親キサンテン環は、フルオレセイン型の親キサンテン環であり、これは以下でより詳細に定義される。Ａ1が−ＮＨ2かつＡ2が＝ＮＨ2+である場合、親キサンテン環は、ローダミン型の親キサンテン環であり、これは以下でより詳細に定義される。Ａ1が−ＮＨ2かつＡ2が＝Ｏである場合、親キサンテン環はロードル（ｒｈｏｄｏｌ）型の親キサンテン環である。上記に示される親キサンテン環において、Ａ1およびＡ2（存在する場合）の１つまたは両方、ならびに／あるいはＣ１、Ｃ２、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ７およびＣ８位の１つ以上の炭素原子は、当該分野で周知のような広範な種々の同じかまたは異なる置換基で、独立して置換され得る。典型的な置換基には、以下が挙げれらるが、これらに限定されない：−Ｘ、−Ｒ、−ＯＲ、−ＳＲ、−ＮＲＲ、ペルハロ、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、−ＣＸ3、−ＣＦ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲ、ここで、各々のＸは独立してハロゲン（好ましくは−Ｆまたは−Ｃｌ）であり、各々のＲは、独立して水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ1〜Ｃ6）アルカニル、（Ｃ1〜Ｃ6）アルケニル、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキニル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリール、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールアリール。ヘテロアリール、６〜２６員のヘテロアリールアルキルまたは５〜２０員のヘテロアリール−ヘテロアリールである。さらに、Ｃ１およびＣ２置換基ならびに／またはＣ７およびＣ８置換基は、一緒に用いられて、置換または非置換の（Ｃ5〜Ｃ20）アリーレノ架橋を形成し得る。一般的に、親キサンテン環の蛍光をクエンチする傾向でない置換基が好ましいが、いくつかの実施形態において、クエンチする置換基が所望され得る。親キサンテン環の蛍光をクエンチする傾向のある置換基は、−ＮＯ2、−Ｆ、−Ｂｒ、−ＣＮおよび−ＣＦ3のような電子吸引性基である。
【００７７】
Ａ1が−ＮＨ2および／またはＡ2が＝ＮＨ2+である場合、キサンテン窒素は、同じ窒素原子または隣接炭素原子に関与する架橋（例えば、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキレノ、２〜１２員のヘテロアルキルジイルおよび／または２〜１２員のヘテロアルキレノ架橋）に含まれ得る。
【００７８】
炭素Ｃ１、Ｃ２、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ７もしくはＣ８および／またはキサンテン窒素原子（存在する場合）を置換する任意の置換基は、１つ以上の同じかまたは異なる置換基でさらに置換され得、この置換基は、典型的には以下からなる運より選択される：−Ｘ、−Ｒ’、＝Ｏ、−ＯＲ’、−ＳＲ’、＝Ｓ、−ＮＲ’Ｒ’、＝ＮＲ’、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−ＮＨＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ’、−Ｐ（Ｏ）（Ｏ-）2、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）2、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ’、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ’、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ’、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ’、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ’、−Ｃ（Ｓ）ＮＲ’Ｒ’および−Ｃ（ＮＲ）ＮＲ’Ｒ’、ここで、各々のＸは独立してハロゲン（好ましくは−Ｆまたは−Ｃｌ）であり、そして各々のＲ’は、独立して水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、２〜６員のヘテロアルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールまたはヘテロアリールである。
【００７９】
例示的な親キサンテン環は、ローダミン型の親キサンテン環およびフルオレセイン型の親キサンテン環（これらのそれぞれは，以下でより詳細に定義される）を含むが、これらに限定されない。
【００８０】
「ローダミン型の親キサンテン環：」とは、Ａ1が−ＮＨ2であり、かつＡ2が＝ＮＨ2+である親キサンテン環をいい、すなわち、以下の一般構造を有する親キサンテン環をいう：
【００８１】
【化８】
0003719979.tif 000011
上記に示されるローダミン型の親キサンテン環において、１つかまたは両方の窒素、および／またはＣ１、Ｃ２、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ７またはＣ８位の１つ以上の炭素は、親キサンテン環についての上記の記載の通りの、広範な種々の同じかまたは異なる置換基で独立して置換され得る。例示的なローダミン型の親キサンテン環には、米国特許第５，９３６，０８７号；米国特許第５，７５０，４０９号；米国特許第５，３６６，８６０号；米国特許第５，２３１，１９１号；米国特許第５，８４０，９９９号；米国特許第５，８４７，１６２号；１９９９年３月２７日に出願された米国出願番号０９／２７７，７９３；ＰＣＴ公開  ＷＯ９７／３６９６０；ＰＣＴ公開  ＷＯ９９／２７０２０；Ｓａｕｅｒら、１９９５，Ｊ．Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ５（３）：２４７−２６１；Ａｒｄｅｎ−Ｊａｃｏｂ，１９９３，Ｎｅｕｅ  Ｌａｎｗｅｌｌｉｎｇｅ  Ｘａｎｔｈｅｎ−Ｆａｒｂｓｔｏｆｆｅ  ｆｕｒ  Ｆｌｕｏｒｅｓｚｅｎｚｓｏｎｄｅｎ  ｕｎｄ  Ｆａｒｂｓｔｏｆｆ  Ｌａｓｅｒ，Ｖｅｒｌａｇ  Ｓｈａｋｅｒ，Ｇｅｒｍａｎｙ；およびＬｅｅら、１９９２，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０（１０）：２４７１−２４８３に記載されるローダミン色素のキサンテン環が挙げられるが、これらに限定されない。また、１９９９年６月３日に提出された米国出願番号０９／３２５，２４３に記載の拡張されたローダミン色素の、拡張共役キサンテン環も、「ローダミン型の親キサンテン環」の定義内に含まれるも。
【００８２】
「フルオレセイン型の親キサンテン環：」とは、Ａ1が−ＯＨであり、かつＡ2が＝Ｏである親キサンテン環をいい、すなわち、以下の構造を有する親キサンテン環をいう：
【００８３】
【化９】
0003719979.tif 000012
上記に示されるフルオレセイン型の親キサンテン環において、Ｃ１、Ｃ２、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ７またはＣ８位の１つ以上の炭素は、親キサンテン環についての上記の記載の通りの、広範な種々の同じかまたは異なる置換基で独立して置換され得る。例示的なフルオレセイン型親キサンテン環には、米国特許第４，４３９，３５６号；米国特許第４，４８１，１３６号；米国特許第５、１８８，９３４号；米国特許第５，６５４，４４２号；米国特許第５，８４０，９９９号；ＷＯ９９／１６８３２；およびＥＰ  ０  ０５０  ６８４に記載されるフルオレセイン色素のキサンテン環が挙げられるが、これらに限定されない。また、米国特許第５，７５０，４０９号および米国特許第５，０６６，５８０号に記載のフルオレセイン色素の拡張されたキサンテン環も、「フルオレセイン型の親キサンテン環」の定義内に含まれる。
【００８４】
「キサンテン色素：」とは、キサンテンのＣ９炭素を、置換されたフェニル環または他の（典型的には非環式の）置換基で置換された親キサンテン環からなる蛍光色素のクラスをいう。キサンテン色素において見出される通常の置換フェニル環には、例えば、２−カルボキシフェニル、ジハロ−２−カルボキシフェニル、テトラハロ−２−カルボキシフェニル、２−エトキシカルボニルフェニル、ジハロ−２−エトキシカルボニルフェニルおよびテトラハロ−２−エトキシカルボニルフェニルが挙げられる。キサンテン色素において見出される通常の非環式置換基には、例えば、カルボキシエチルおよびペルフルオロアルキル（たとえば、トリフルオロメチル、ペンタフルオロエチルおよびヘプタフルオロプロピル）が挙げられる。典型的なキサンテン色素には、フルオレセイン色素およびローダミン色素が挙げられ、これらは以下でより詳細に記載される。
【００８５】
「ローダミン色素：」は、キサンテン環がローダミン型親キサンテン環であるキサンテン色素のサブクラスをいう。代表的なローダミン色素としては、ローダミンＢ、５−カルボキシローダミン、ローダミンＸ（ＲＯＸ）、４，７−ジクロロローダミンＸ（ｄＲＯＸ）、ローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ）、ローダミン１１０（Ｒ１１０）、４，７−ジクロロローダミン１１０（ｄＲ１１０）、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）および４，７−ジクロロ−テトラメチルローダミン（ｄＴＡＭＲＡ）が挙げられるがこれらに限定されない。さらなる代表的なローダミン色素が、例えば以下において見出され得る：米国特許第５，９３６，０８７号；米国特許第５，７５０，４０９号；米国特許第５，３６６，８６０号；米国特許第５，２３１，１９１号；米国特許第５，８４０，９９９号；米国特許第５，８４７，１６２号；１９９８年３月１０日に出願された米国特許出願番号０９／０３８，１９１号；１９９９年３月２７日に出願された米国特許出願番号０９／２７７，７９３号；１９９９年６月３日に出願された米国特許出願番号０９／３２５，２４３号；ＰＣＴ公開番号ＷＯ  ９７／３６９６０；ＰＣＴ公開番号ＷＯ  ９９／２７０２０；Ｓａｕｅｒら、１９９５、Ｊ．Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ５（３）：２４７−２６１；Ａｒｄｅｎ−Ｊａｃｏｂ、１９９３、Ｎｅｕｅ  Ｌａｎｗｅｌｌｉｇｅ  Ｘａｎｔｈｅｎ−Ｆａｒｂｓｔｏｆｆｅ  ｆｕｒ  Ｆｌｕｏｒｅｓｚｅｎｚｓｏｎｄｅｎ  ｕｎｄ  Ｆａｒｂｓｔｏｆｆ  Ｌａｓｅｒ、Ｖｅｒｌａｇ  Ｓｈａｋｅｒ、Ｇｅｒｍａｎｙ；およびＬｅｅら、１９９２、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０（１０）：２４７１−２４８３。
【００８６】
「フルオレセイン色素：」は、親キサンテン環がフルオレセイン型親キサンテン環であるキサンテン色素のサブクラスをいう。代表的なフルオレセイン色素としては、５−カルボキシフルオレセイン（５−ＦＡＭ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）が挙げられるがこれらに限定されない。さらなる代表的なフルオレセイン色素が、例えば以下において見出され得る：米国特許第５，７５０，４０９号；同第５，０６６，５８０号；同第４，４３９，３５６号；同第４，４８１，１３６号；同第５，１８８，９３４号；同第５，６５４，４４２号；同第５，８４０，９９９号；ＰＣＴ公開番号ＷＯ  ９９／１６８３２；ＥＰ  ０  ０５０  ６８４；および１９９７年１０月１日に出願された米国特許出願番号０８／９４２，０６７号。
【００８７】
（５．３  ローダミン色素化合物）
（５．３．１  化合物自体）
本発明のローダミン色素は、一般的に、新しいボトム環を有するキサンテンＣ９位で、置換されたローダミン型親キサンテン環である。この新しいボトム環は、５つの置換基（オルトカルボキシル基もしくはスルホネート基（またはその塩）；１〜３個のアミノピリジニウム（Ｐｙｒ+）基；および１個のアルキルチオ基、アリールチオ基またはヘテロアリールチオ基）を保有するフェニル基である。同じまたは異なり得るＰｙｒ+基は、代表的には同じであり、そしてピリジニウム環窒素を介して新しいボトム環に結合される。アルキルチオ基、アリールチオ基またはヘテロアリールチオ基は、イオウ原子を介して新しいボトム環に結合される。要旨の節に先に記載されるように、アミノピリジニウム基および／またはアルキルチオ基、アリールチオ基あるいはヘテロアリールチオ基が、置換されても、置換されなくてもよい。ローダミン色素はまた、以下により詳細に記載される任意の連結部分を含み得る。
【００８８】
現在利用可能な赤色発光（ｒｅｄ−ｅｍｉｔｔｉｎｇ）蛍光色素（例えば、ローダミンおよびシアニン）は、所望しない水溶性の特徴および／または光安定性の特徴に悩む。例えば、それらの疎水性の性質のために、もっとも市販されているローダミン色素は、幾分水に不溶性である。Ｃｙ５のような赤色発光シアニン色素は、水溶性であるが、光不安定性である。従って、利用可能な赤色発光ローダミンおよびシアニン色素は、多くの水性ベースの生物学的適用（例えば、細胞染色または核酸の配列決定）に十分には適していない。
【００８９】
新しいボトム環によって、本発明のローダミン色素は、これらの制限を克服する。任意の特定の理論によって束縛されることは意図されないが、新しいボトム環を置換しているＰｙｒ+基は、その色素を高く水溶性にすると考えられる。かなり重要なことに、これらの新しいボトム環で置換されたローダミン色素は、それらの特徴的な光安定性を保持する。さらに、この新しいボトム環は、従来のボトム環を含む、対応するローダミン色素と比較して、約５〜３０ｎｍだけ、色素の発光スペクトルの特性を、赤色にシフトさせる傾向がある。従って、本発明のローダミン色素は、水溶性レーザー色素としての使用および水性ベースの生物学的適用（例えば、細胞染色および核酸配列決定）においての使用のために、理想的に適している。かなり重要なことに、核酸配列決定の適用において、ターミネーターを標識するために使用される場合、本発明の新しいローダミン色素は、ＤＮＡ配列決定フラグメントの範囲において電気泳動で移動する不明瞭な（ｏｂｓｃｕｒｉｎｇ）不純物をもたらさない。不明瞭な不純物は、通例、従来の標識されたターミネーターと共に観察され、そして一般的に、組み入れられていない標識されたターミネーターにより引き起こされると考えられる。結果として、本発明の新しいローダミン色素を用いて標識されるターミネーターにより得られる配列決定データは、代表的に、従来のターミネーターにより得られるデータより、質においてずっと高い。本発明の新しいローダミン色素を用いて標識されるターミネータにより得られる配列決定反応は、従来のターミネーターを用いる配列決定反応より、より少ないサンプル精製または「清浄化（ｃｌｅａｎ  ｕｐ）」ことを必要とする。
【００９０】
本発明のローダミン色素は、一般的に、構造式（Ｉ）に従った化合物であり：
【００９１】
【化１０】
0003719979.tif 000013
任意の関連する対イオンを含み、ここで；
Ｅは、カルボン酸、スルホン酸、またはそれらの塩であり；
Ｙは、例証される、Ｃ−９炭素において十分に置換されたフェニル環と連結されるローダミン型親キサンテン環であり；
各々のＰｙｒ+は、独立して、ピリジニウム環窒素を介して、例証されるフェニル環と連結される、置換または非置換のアミノピリジニウム基であり；
Ｓは、イオウであり；
ｎは、１、２、または３であり；そして
Ｚは、置換または非置換の（Ｃ1−Ｃ12）アルキル、（Ｃ5−Ｃ14）アリールまたは（Ｃ5−Ｃ14）ヘテロアリールである。
【００９２】
本発明は、部分的に、本明細書中に記載される新しいボトム環を用いて従来のローダミン色素のキサンテンＣ−９炭素に結合される環または置換基を置換することにより、より優れた水溶性、光安定性ならびに／または励起スペクトル特性および発光スペクトル特性を有するローダミン色素を生じるという発見に基づく。結果として当業者は、構造式（Ｉ）のローダミン色素において、ローダミン型親キサンテン環Ｙが、現在公知であるかまたは後で開発される、実質的に任意の蛍光ローダミン色素から誘導され得ることを認識する。Ｙを含み得る模範的なローダミン型親キサンテン環としては、米国特許第５，９３６，０８７号；同第５，７５０，４０９号；同第５，３６６，８６０号；同第５，２３１，１９１号；同第５，８４０，９９９号；同第５，８４７，１６２号；米国特許出願番号０９／０３８，１９１（１９９８年３月１０日出願）；米国特許出願番号０９／２７７、７９３（１９９９年３月２７日出願）；米国特許出願番号０９／３２５，２４３（１９９９年６月３日出願）；ＰＣＴ公開番号ＷＯ  ９７／３６９６０；ＰＣＴ公開番号ＷＯ  ９９／２７０２０；Ｓａｕｅｒら、１９９５、Ｊ．Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ５（３）：２４７−２６１；Ａｒｄｅｎ−Ｊａｃｏｂ、１９９３、Ｎｅｕｅ  Ｌａｎｗｅｌｌｉｇｅ  Ｗａｎｔｈｅｎ−Ｆａｒｂｓｔｏｆｆｅ  ｆｕｒ  Ｆｌｕｏｒｅｓｚｅｎｚｓｏｎｄｅｎ  ｕｎｄ  Ｆａｒｂｓｔｏｆｆ  Ｌａｓｅｒ、Ｖｅｒｌａｇ  Ｓｈａｋｅｒ、Ｇｅｒｍａｎｙ；およびＬｅｅら、１９９２、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０（１０）：２４７１−２４８３（これらの開示が本明細書中に参考として援用される）に記載されるローダミン色素の置換または非置換のキサンテン環のいずれかが挙げられるがこれらに限定されない。
【００９３】
構造式（Ｉ）の色素は、赤色発光蛍光色素（例えば、水溶性レーザー色素としてのような）を利用した実質的に任意の水性ベースの適用において有用であるが、１つ以上の任意の連結部分を組み込む、構造式（Ｉ）に従ったローダミンは特に有用である。なぜなら、それらは特異的におよび／もしくは永久的に他の化合物ならびに／または物質に結合体化され、その結果引き続く検出に対しその化合物または物質を標識し得る。この連結部分は、キサンテン窒素、キサンテンＣ４炭素、および／またはＺ置換基のいずれかにおいて、ローダミン型親キサンテン環に結合される。従って、本発明の好ましいローダミン色素は、ＹのＣ４炭素原子、Ｙの窒素原子および／または置換基Ｚの１つまたは両方が、式−Ｌ−の連結部分に置換される構造式（Ｉ）に従う化合物であり、ここでＬは、結合またはリンカーである。この色素が多様なリンカーを含む場合、各々は、同じであってもまた異なっていてもよい。
【００９４】
リンカーＬの性質は、特定の適用、結合点および所望される結合体化の型に依存する。リンカーＬは、直接色素に結合され得るか、またはリンカーとして働く１つ以上の介在している（ｉｎｔｅｒｖｅｎｉｎｇ）原子を介して、色素から間隔を空けられ得る。前者の実施形態において、Ｌは結合を示す。後者の実施形態では、Ｌは、１つより多い原子のリンカーを示す。このリンカーは、特定の適用に依存して、親水性または疎水性、長いまたは短い、剛性、半剛性もしくは可撓性であり得る。このリンカーは必要に応じて、同じまたは異なり得る１つ以上の置換基または１つ以上のさらなる連結基に置換され得、これによって複数の分子または物質と結合体化可能な「多価」の連結部分を提供する。好ましくは、しかし、リンカーＬは、このようなさらなる置換基または連結基を含まない。
【００９５】
安定な結合が構成される広範な種々のリンカーＬは、当該分野で公知であり、そしてアルキルジイル、置換アルキルジイル、アルキレノ、置換アルキレノ、ヘテロアルキルジイル、置換ヘテロアルキルジイル、ヘテロアルキレノ、置換ヘテロアルキレノ、非環式ヘテロ原子架橋（ｈｅｔｅｒｏａｔｏｍｉｃ  ｂｒｉｄｇｅ）、アリールジイル、置換アリールジイル、アリールアリールジイル、置換アリールアリールジイル、アリールアルキルジイル、置換アリールアルキルジイル、ヘテロアリールジイル、置換ヘテロアリールジイル、ヘテロアリール−ヘテロアリールジイル、置換ヘテロアリール−ヘテロアリールジイル、ヘテロアリールアルキルジイル、置換ヘテロアリールアルキルジイル、ヘテロアリール−ヘテロアルキルジイル、置換ヘテロアリール−ヘテロアルキルジイルなどが、例示の目的で、そして限定ではなく挙げられる。従って、リンカーＬには、単結合、二重結合、三重結合または芳香族炭素−炭素結合、窒素−窒素結合、炭素−窒素結合、炭素−酸素結合および／または炭素−イオウ結合が含まれ得、従って、カルボニル、エーテル、チオエーテル、カルボキサミド、スルホンアミド、尿素、ウレタン、ヒドラジンなどのような官能基が挙げられ得る。１つの実施形態では、リンカーＬは、Ｃ、Ｎ、Ｏ、およびＳからなる群から選択される１〜２０の非水素原子を有し、そしてエーテル、チオエーテル、アミン、エステル、カルボキサミド、スルホンアミド、ヒドラジン、芳香族結合およびヘテロ芳香族結合の任意の組合せからなる。
【００９６】
特定の適用のために適切な特性を有するリンカーを選択することは、当業者の手腕内である。例えば、剛性のリンカーが所望される場合、Ｌは、剛性のポリペプチド（例えば、ポリプロリン、剛性のポリ不飽和アルキルジイルまたはアリールジイル、ビアリールジイル、アリールアリールジイル（ａｒｙｌａｒｙｄｉｙｌ）、アリールアルキルジイル、ヘテロアリールジイル、ビヘテロアリールジイル、ヘテロアリールアルキルジイル、ヘテロアリールヘテロアリールジイルなど）であり得る。可撓性のリンカーが所望される場合、Ｌは、可撓性のポリペプチド（例えば、ポリグリシンまたは可撓性の飽和アルカニルジイルまたはヘテロアルカニルジイル）であり得る。親水性リンカーは、例えば、多価アルコールまたはポリエーテル（例えば、ポリアルキレングリコール）であり得る。疎水性リンカーは、例えば、アルキルジイルまたはアリールジイルであり得る。
【００９７】
ほとんどの生物学的な適用においての使用のために適切なリンカーとしては、（Ｃ1−Ｃ12）アルキルジイル、特定のアルカニレノ（ａｌｋａｎｙｌｅｎｏ）（例えば、メタノ（−ＣＨ2−）、エタノ（−ＣＨ2−ＣＨ2−）、プロパノ（−ＣＨ2−ＣＨ2−ＣＨ2−）、ブタノ（−ＣＨ2−ＣＨ2−ＣＨ2−ＣＨ2−）、ペンタノ（−ＣＨ2−ＣＨ2−ＣＨ2−ＣＨ2−ＣＨ2−）およびヘキサノ（−ＣＨ2−ＣＨ2−ＣＨ2−ＣＨ2−ＣＨ2−ＣＨ2−）；（Ｃ5−Ｃ20）アリールジイル、
【００９８】
【化１１】
0003719979.tif 000014
；および（Ｃ6−Ｃ26）アリールアルキルジイル、特に構造式−（ＣＨ2）i−φ−または−（ＣＨ2）i−ψ−を有するもの（ここで個々のｉは、独立に、１〜６の整数であり、φはフェニルジイル（特に、フェナ−１，３ジイルまたはフェナ−１，４−ジイル）であり、そしてψは、ナフチルジイル（特に、ナフタ−２，６−ジイルまたはナフタ−２，７−ジイル）である）が挙げられる。エネルギー輸送色素対（以下により詳細に記載される）を作製するために、本発明の色素を互いに、または他の色素に結合させるのに適した剛性のリンカーとしては、−（ＣＨ2）i−ＮＲ”−Ｃ（Ｏ）−φおよび−（ＣＨ2）i−ＮＲ”−Ｃ（Ｏ）−ψが挙げられ、ここでｉ、Ｒ”、φおよびψは、先に定義された通りである。特に、ｉが１であるリンカーが好ましい。１つ以上のヘテロ原子基を含む全てのこれらのリンカーＬのアナログ、特に、Ｏ、Ｓ、ＮおよびＮＲ"からなる群から選択されるもの（ここでＲ”は、水素または（Ｃ1−Ｃ6）アルキルである）はまた、本発明のローダミン色素からリンカーを一定の間隔に置くために好都合に使用され得る。特定の適用に対して調製されるリンカーＬは、より詳細に以下で考察される。
【００９９】
連結部分を含むローダミン色素は、多数の異なる結合体化の手段を使用して、種々の異なる分子および物質に結合体化され得る。例えば、結合体化は、対の特異的な結合分子（例えば、ビオチンおよびアビジン／ストレプトアビジン）の使用により、または共有結合により、疎水性相互作用、イオン性引力を介して、媒介され得る。疎水性相互作用を介した結合体化が所望される場合、リンカーＬは、結合体化される分子または物質上の疎水性部分と疎水性相互作用を形成可能な疎水性部分である。代表的な疎水性部分としては、非置換および置換アリール基、アリールアルキル基、アリールアリール基、ヘテロアリール基、ヘテロアリールアルキル（ｈｅｔｅｒｏａｒｙｌａｋｌｙｌ）基およびヘテロアリール−ヘテロアリール基が挙げられるがこれらに限定されない。疎水性基が置換される場合、置換基は好ましくは、非極性、より好ましくは疎水性である。非共有結合性の結合体を形成するための適切な疎水性部分は、当業者に明らかである。
【０１００】
イオン性引力を介した結合体化が所望される場合、Ｌは、結合体化される分子または物質上の正味の電荷と反対の極性の正味の電荷を有する帯電した部分である。代表的な帯電した部分としては、４級アンモニウム、カルボキシレートおよびスルホネート（それらの塩を含む）が、例示の目的でおよび限定ではなく挙げられる。リンカーにおける使用に適切な、種々の環状の４級のアンモニウムが、米国特許第５，８６３，７５３号（例えば、第８欄〜第９欄を参照のこと）に記載され、この開示は、参考として本明細書中に援用される。
【０１０１】
特異的な結合分子（例えば、ビオチンおよびアビジン／ストレプトアビジン）の対を介した結合体化が所望される場合、Ｌは、結合対の１メンバーを構成する。結合体化される分子または物質は、結合対の他のメンバーを保有する。特異的な結合対のメンバーの１つが小分子（例えば、ビオチンまたはホルモン）である場合、メンバーは好ましくはＬを含む。反応性官能基（例えば、アミン）に共有結合し得る種々のビオチンは、市販されている（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ、Ｅｕｇｅｎｅ、ＯＲ）。これらのビオチンは、本発明の色素に組み込まれ、種々のアビジン／ストレプトアビジン標識分子または物質に対する非共有結合性の結合体化に適するビオチン標識色素を生じ得る。
【０１０２】
好ましくは、Ｌは、共有結合を介した結合体化を媒介可能である。この好ましい実施形態において、Ｌは、反応性官能基（Ｒx）を保有する。共有結合性の結合体は、反応性基Ｒxを含む本発明のローダミン色素を、反応性基Ｒxと相補的である１つ以上の官能基Ｆxを含むか、または含むよう改変される分子または物質と反応させることによって得られる。
【０１０３】
ＲxおよびＦxの正確な同定は、所望される共有結合の性質および共有結合を形成するのに使用される化学物質の性質に依存する。一般的に、反応性基Ｒxは、共有結合を形成するための特定された反応条件下で、相補的な官能基Ｆxと反応可能である官能基である。しかし、当業者は、特定の反応条件下で代表的に不活性である種々の官能基が、反応性になるよう活性化され得ることを認識する。反応性になるよう活性化され得る基としては、例えば、カルボン酸およびカルボン酸エステル（それらの塩を含む）が挙げられる。このような基は、本明細書中で「活性可能前駆体」と言われ、そして具体的に、表現「反応性基」内に含まれるように、意図される。
【０１０４】
種々の異なる反応条件下で互いに共有結合を形成することのために適切である反応基Ｒxおよび相補基Ｆxの対は、周知である。基のこれらの相補対のいずれかを用いて、他の化合物および物質に本発明のローダミン色素を共有結合し得る。１つの好都合な実施形態において、反応基Ｒxおよび相補的な官能基Ｆxは、相補的な求電子剤および求核剤（またはそれらのそれぞれの活性化可能な前駆体）を含む。別の好都合な実施形態において、反応基Ｒxは、適切な波長の光を用いる照射後初めて、化学的に反応性になる光活性化可能基であり、そして相補的な官能基Ｆxは、化学的に反応性種と共有結合を形成し得る基である。このような光活性化可能基を、都合よく用いて、本発明のローダミン色素を他の分子および／または物質に光架橋し得る。
【０１０５】
当該分野で理解される場合、「活性化エステル」は、一般的に式−Ｃ（Ｏ）Ωを有し、ここでΩは、良好な脱離基である。例示的な良好な脱離基を、例として以下に挙げるが、これらに限定されない：オキシスクシンイミジル；Ｎ−スクシンイミジル；オキシスルホスクシンイミジル；１−オキシベンゾトリアゾーリル；および−ＯＲa、ここでＲaは、（Ｃ4〜Ｃ20）シクロアルキル（例えば、シクロヘキシル）、ヘテロシクロアルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリール、１つ以上の同じまたは異なる電子求引性基（例えば、−ＮＯ2、−Ｆ、−Ｃｌ、−ＣＮ、−ＣＦ3など）を用いて置換された（Ｃ5〜Ｃ20）アリール、ヘテロアリール、および１つ以上の同じまたは異なる電子求引性基で置換されたヘテロアリール、ｎ−ジアルキルアミノアルキル（例えば、３−ジメチルアミノプロピル）ならびにＮ−モルホリノメチルからなる群から選択されるか、またはＲaを用いて、式−ＯＣＯＲbまたは−ＯＣＮＲbＮＨＲCの無水物を形成する。ここで、ＲbおよびＲcは、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ1〜Ｃ6）ペルハロアルキル、（Ｃ1〜Ｃ6）ペルフルオロアルキルおよび（Ｃ1〜Ｃ6）アルコキシからなる群からそれぞれ独立して選択される。好ましい活性化エステルは、ＮＨＳエステルである。
【０１０６】
光活性化架橋を介した結合に適切である例示的な光活性化可能基としては、アジド（−Ｎ3）、４−アジド−フェニルおよび２−ニトロ−４−アジド−フェニルが挙げられるが、これらに限定されない。光活性化可能基を用いる結合は代表的に、光活性化可能色素を含む混合物および結合された分子または物質を照射して、続いて、未反応色素および副生成物の分離を含む。
【０１０７】
当業者により認識される場合、反応基Ｒxは、任意の求電子性基、求核基または光活性化可能基を含み得る。本発明のローダミン色素を他の分子または物質に共有結合するために用いられる反応基Ｒxの選択は、代表的に結合された分子または物質における相補的な官能基Ｆxの同一性に依存する。結合された分子または物質上に存在する相補的な官能基の型は、代表的にアミン、チオール、アルコール、フェノール、アルデヒド、ケトン、ホスフェート、イミダゾール、ヒドラジン、ヒドロキシルアミン、モノ置換アミンおよびジ置換アミン、ハライド、エポキシド、スルホネートエステル、カルボン酸またはカルボキシレート、またはこれらの基の組み合わせを含むが、これらに限定されない。相補的な官能基の単一の型は、分子または物質（これは、多糖に特有である）上で利用可能であり得るか、または種々の異なる相補的な官能基（例えば、アミン、チオール、アルコール、フェノール）は利用可能であり得、これはタンパク質に特有である。分子または物質は、同じまたは異なり得る１つよりも多いローダミン色素と結合し得る。いくつかの選択性は、反応条件を注意深く制御することにより達成され得るが、結合体の選択性は、利用可能な相補的な官能基Ｆxの観点から反応基Ｒxの適切な選択により最も達成される。結合された分子または物質が、利用可能な相補的な官能基Ｆxを含まない場合、それは、種々の標準的な技術のいずれかを用いて修飾され、このような基を含み得る。
【０１０８】
好ましい実施形態において、反応基Ｒxは、アミン、チオールまたはアルコールと反応するか、または反応するために容易に活性化し得る基である。特定の好ましい実施形態において、１つの反応基Ｒxまたは相補的な官能基Ｆxは、カルボン酸（またはその塩）または活性化エステルであり、最も好ましくは、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジル（ＮＨＳ）エステルであり、そして他はアミンであり、好ましくは、第一アミンである。ＮＨＳエステルは、公知の方法に従って、活性化試薬（例えば、ジシクロヘキシルカルボジイミド）の存在下でＮ−ヒドロキシスクシンイミドを有するカルボン酸反応基Ｒxを含む本発明のローダミン色素を反応することにより都合よく得られ得る。
【０１０９】
本発明のローダミン色素を種々の生物学的分子および他の分子または物質に共有結合するために都合よく用いられ得る種々の反応基Ｒxおよびそれぞれの相補的な官能基Ｆx、ならびに結合反応を実行し得る反応条件の議論のために、Ｈａｕｇｌａｎｄ，１９９６，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  Ｐｒｏｂｅｓ  ａｎｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．；Ｂｒｉｎｋｌｅｙ，１９９２，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．３：２およびＧａｒｍａｎ，１９９７，Ｎｏｎ−Ｒａｄｉｏａｃｔｉｖｅ  Ｌａｂｅｌｌｉｎｇ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ、ならびに上記の全てに列挙した参考文献を参照すること。
【０１１０】
１つの例示的な実施形態において、他の化合物および／または物質に共有結合され得る本発明のローダミン色素は、任意の関連対イオンを含む構造式（Ｉａ）に従う化合物である：
【０１１１】
【化１２】
0003719979.tif 000015
ここで：
Ｅ、Ｙ、Ｐｙｒ+およびＳは、構造式（Ｉ）について先に定義された通りである；
Ｚ1は、置換（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイルもしくは非置換（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）またはヘテロアリールジイルである；
Ｌは、先に記載された結合またはリンカーである；
Ｒxは、先に記載された反応基である；そして
ｎは、１、２または３である。
【０１１２】
別の例示的な実施形態において、他の化合物および／または物質に共有結合され得る本発明のローダミン色素は、任意の関連対イオンを含む構造式（Ｉｂ）に従う化合物である：
【０１１３】
【化１３】
0003719979.tif 000016
ここで：
Ｅ、Ｙ、Ｐｙｒ+、ＳおよびＺは、構造式（Ｉ）について先に定義された通りである；
ＬおよびＲxは構造式（Ｉａ）について先に定義された通りであり、ここでＬは、ＹのＣ４炭素原子または窒素原子に結合される；そして
ｎは、１、２、または３である。
【０１１４】
任意の特定の理論により結合されることを意図しないが、構造式（Ｉ）、（Ｉａ）および（Ｉｂ）の化合物中の新しい基礎の環（ｂｏｔｔｏｍ  ｒｉｎｇ）上のＰｙｒ+基が、本発明のローダミン色素の水溶性の原因であると考えられる。
【０１１５】
より徹底的に以下で例示されたように、Ｐｙｒ+基は、Ｗｅｉｓｓ，Ｒら、１９９５，Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３４：１３１９−２１；Ｇｅｅ，Ｋ．ら、１９９６，Ｔｅｔ．Ｌｅｔｔｅｒｓ  ３７：７９０５−０８；およびＫｏｃｈ，Ａ．ら、１９９３，Ｊｏｕｒ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．５８：１４０９−１４に記載された同様の反応を用いて、所望のアミノピリジン反応物を有する対応するテトラフルオロローダミン前駆体のフッ素原子を置換することにより本発明のローダミン色素に導入される（例えば、スキーム（Ｉ））。結果として、異なるアミノピリジン反応物の混合物を置換反応に用いる場合を除いて、新しい基礎のフェニル環上の全てのＰｙｒ+基は、同一である。反応に従って、Ｐｙｒ+基は、ピリジニウム環窒素を介して新しい基礎のフェニル環に結合する。
【０１１６】
ピリジニウム環炭素は、多種多様の同じかまたは異なる置換基で独立して置換され得る。所望の置換基は、アミノピリジン反応物上の置換基として導入される。これらの炭素は、１つの注意（有害に影響する置換反応を避けるために、ピリジン環炭素は、電子求引性基（例えば、−Ｆ、−Ｃｌ、−ＣＦ3、−ＮＯ2、−ＣＮ、−Ｎ3など）を用いて直接的に置換するべきではない）と共に実際に任意の基を用いて置換され得る。しかし、このような電子求引性基は、それが、ピリジン環炭素に直接的に結合しない限り、置換基上に含まれ得る。例えば、ピリジン環炭素が、−Ｆ、−Ｃｌまたは−ＣＦ3を用いて直接的に置換するべきではない一方、それは、電気陰性ではない他の基かまたは電子求引性基（ハロアルキル（例えば、−ＣＨ2−ＣＨ2Ｆ））を用いて、置換され得る。適切に非電子求引性基である置換基を同定することは、当業者の能力内である。ピリジニウム環炭素を置換するために有用である代表的な基としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：−Ｒ、−ＯＲ、−ＳＲ、−ＮＲＲ、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲ、ここで各Ｒは、独立して水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルまたはヘテロアルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールまたはヘテロアリールである。Ｒ基はさらに、１つ以上の同じかまたは異なる置換基を用いて置換され得る。置換基は代表的に、−Ｘ、−Ｒ’、＝Ｏ、−ＯＲ’、−ＳＲ’、＝Ｓ、−ＮＲ’Ｒ’、＝ＮＲ’、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ’、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ’、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ’、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ’、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ’、−Ｃ（Ｓ）ＮＲ’Ｒ’および−Ｃ（ＮＲ）ＮＲ’Ｒ’であり、ここで各Ｘは、独立してハロゲン（好ましくは、−Ｆまたは−Ｃｌ）であり、そして各Ｒ’は、独立して水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、２〜６員のヘテロアルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールまたはヘテロアリールである。好ましくは、ピリジニウム環炭素は、置換されない。置換された場合、最も好ましい置換基は同じかまたは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルである。好ましくは、ピリジニウム炭素は、置換されない。置換された場合、置換基は、好ましくは同じかまたは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルである。
【０１１７】
Ｐｙｒ+置換基のアミノ基は、第一アミノ基、第二アミノ基、または第三アミノ基であり得るが、代表的に第三アミノである。窒素置換基であるＲは、代表的に同じかまたは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルまたはヘテロアルキルである。アルキルまたはヘテロアルキルはさらに、上記Ｒ基のために先に記載された通りの１つ以上の同じかまたは異なる基を用いて置換され得る。
【０１１８】
あるいは、窒素原子は、２〜５の環原子を有する環状構造に含まれ得る。環は、さらにアミノ窒素原子、代表的にＯ、Ｓ、およびＮからなる群から選択される１つ以上の同じかまたは異なるヘテロ原子を含み得る。環原子は、先に記載された置換基のいずれかを用いて、さらに置換され得る。好ましくは、アミノ基は、ジメチルアミノまたはモルホリノである。
【０１１９】
構造式（Ｉ）、（Ｉａ）および（Ｉｂ）の化合物において、ＺまたはＺ’の置換基はまた、置換さてもよいし、置換されなくてもよいが、好ましくは置換されない。Ｚがアルキルか、またはＺ1がアルキルジイルである場合、実際に任意の基を使用し、ＺまたはＺ1を置換し得る。代表的な置換基としては、−Ｘ、−Ｒ、＝Ｏ、−ＯＲ、−ＳＲ、＝Ｓ、−ＮＲＲ、＝ＮＲ、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲが挙げられる。ここで各Ｘは、独立してハロゲン（好ましくは、−Ｆまたは−Ｃｌ）であり、そして各Ｒは、独立して水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、２〜６員のヘテロアルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールまたはヘテロアリールである。Ｒ基は、さらに代表的に以下の群から選択される１つ以上の同じかまたは異なる置換基を用いて置換され得る：−Ｘ、−Ｒ’、＝Ｏ、−ＯＲ’、−ＳＲ’、＝Ｓ、−ＮＲ’Ｒ’、＝ＮＲ’、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｒ’、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ’、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ’、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ’、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ’、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ’、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ’Ｒ’、−Ｃ（Ｓ）ＮＲ’Ｒ’および−Ｃ（ＮＲ）ＮＲ’Ｒ’であり、ここで各Ｘは、独立してハロゲン（好ましくは、−Ｆまたは−Ｃｌ）であり、そして各Ｒ’は、独立して水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、２〜６員のヘテロアルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールまたはヘテロアリールである。
【０１２０】
しかし、スキーム（Ｉ）を参照して、置換反応は、芳香環原子においてハロゲン基で置換したアリールチオおよびヘテロアリールチオの化合物１０８を用いて効率的に行われないことが観察されている。従って、Ｚがアリールまたはヘテロアリールおよび／またはＺ’がアリールジイルまたはヘテロアリールジイルである場合、芳香環原子は、ハロゲンで直接的に置換されるべきではない。しかし、ピリジニウム環炭素置換基について上記したように、ハロゲンは、置換基が置換反応を中断するために十分に電気陰性でない限り、置換基（例えば、ハロアルキル）に含まれ得る。従って、ハロゲン、アリール、ヘテロアリール、アリールジイルおよびヘテロアリールジイルを置換するための基を除いては、Ｚ基およびＺ1基は、代表的にＺがアルキルまたはＺ1がアルキルジイルである場合について上記した基のいずれかである。
【０１２１】
本発明のローダミン色素は、ここで種々の好ましい実施形態について参考としてより十分に記載される。１つの好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、各Ｐｙｒ+が同じおよび任意の関連対イオンを含む構造：
【０１２２】
【化１４】
0003719979.tif 000017
を有する構造式（Ｉ）、（Ｉａ）および（Ｉｂ）に従う化合物であり、ここで：
Ｒ22は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択される；
Ｒ23は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択される；
Ｒ24は、単独の場合、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択されるか、またはＲ24'と一緒になる場合、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキジイル、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノ、ヘテロアルキルジイルまたはヘテロアルキレノであり；
Ｒ24'は、単独の場合、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択されるか、またはＲ24と一緒になる場合、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノ、ヘテロアルキルジイルまたはヘテロアルキレノであり；
Ｒ25は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択され；そして
Ｒ26は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択される。
【０１２３】
構造式（Ｐ．１）のＰｙｒ+置換基において、ピリジニウム環窒素での点線は、構造式（Ｉ）、（Ｉａ）および／または（Ｉｂ）の化合物におけるフェニル環への連結点を示す。構造式（Ｐ．１）に従う好ましいＰｙｒ+置換基は、Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26が、各々水素である置換基であり、ならびに／またはＲ24およびＲ24'が単独で採用されて、各々同じ（Ｃ1〜Ｃ6）のアルキルであるか、一緒になって、単一の酸素ヘテロ原子を有する４〜６員のへテロアルキレノ（ｈｅｔｅｒｏａｌｋｙｌｅｎｏ）である置換基である。構造式（Ｐ．１）に従う特に好ましいＰｙｒ+置換基は、４−（ジメチルアミノ）ピリジニウムおよび４−（モルフォリノ）ピリジニウムである。
【０１２４】
別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉ）および（Ｉｂ）に従う化合物であり、ここで、Ｚは、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、１以上の同一かまたは異なるＷ1基で置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル；（Ｃ5〜Ｃ14）アリール、１以上の同一または異なるＷ2基で置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリール、５〜１４員のへテロアリールあるいは１以上の同一または異なるＷ2基で独立して置換されたへテロアリールからなる群から選択され、ここで：
各々のＷ1は、
【０１２５】
【化１５】
0003719979.tif 000018
からなる群から独立して選択され、ここで、各々のＸは、独立して、ハロゲン（好ましくは、−Ｆまたは−Ｃｌ）であり、そして各々のＲは、独立して、水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり；そして
各々のＷ2は、
【０１２６】
【化１６】
0003719979.tif 000019
からなる群から独立して選択され、Ｒは、Ｗ1について以前と同様に定義される。
【０１２７】
好ましくは、Ｚは、非置換性である。しかし、Ｚが、置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリールであるかまたは置換されたへテロアリールである場合、最も好ましい置換基は、電子求引性でない置換基である。最も好ましいへテロアリール基は、置換であろうと非置換であろうと、いずれのへテロ原子も窒素である置換基である。これらの好ましいへテロアリールのなかで特に好ましい置換基は、ピリジニルおよびプリニルである。最も好ましいアリール基は、置換であろうと非置換であろうと、フェニルおよびナフチルである。
【０１２８】
別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉａ）に従う化合物であり、Ｚ1は、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、１以上の同一または異なるＷ1基で置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、；（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイル、１以上の同一または異なるＷ2基で置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイル、５〜１４員のへテロアリールジイルあるいは１以上の同一または異なるＷ2基で独立して置換されたへテロアリールジイルからなる群から選択され、ここで、Ｗ1およびＷ2は上記の定義の通りである。
【０１２９】
好ましくは、Ｚ1は、非置換性である。しかし、Ｚ1が、置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルまたは置換されたへテロアリールジイルである場合、最も好ましい置換基は、電子求引性でない置換基である。最も好ましいへテロアリールジイル基は、置換であろうと非置換であろうと、いずれのへテロ原子も、窒素である置換基である。これらの好ましいへテロアリールジイルのなかで特に好ましい置換基は、ピリジンジイルおよびプリンジイルである。最も好ましいアリールジイル基は、置換であろうと非置換であろうと、フェンジイルおよびナフタジイルであり、特に、フェナ−１，３−ジイル、フェナ−１，４−ジイル、ナフタ−２，６−ジイルおよびナフタ−２，７−ジイルである。
【０１３０】
なお別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉａ）に従う化合物であり、そこにおいて、ローダミン型親キサンテン環は、任意の付随した対イオンを含む、構造式（Ｙ−１）：
【０１３１】
【化１７】
0003719979.tif 000020
に従う化合物であり、ここで：
Ｒ1およびＲ2は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から独立して選択され；
Ｒ3は、単独で採用されて、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよび（Ｃ5〜Ｃ14）アリールアリールからなる群から選択されるか、あるいはＲ3'と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであるか、あるいはＲ2またはＲ4と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ3'は、単独で採用されて、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよび（Ｃ5〜Ｃ14）アリールアリールからなる群から選択されるか、あるいはＲ3と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであるか、あるいはＲ2またはＲ4と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ4は、単独で採用されて、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択されるか、あるいはＲ3またはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ5は、単独で採用されて、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択されるか、あるいはＲ6またはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ6は、単独で採用されて、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよび（Ｃ5〜Ｃ14）アリールアリールからなる群から選択されるか、あるいはＲ6'と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであるか、あるいはＲ5またはＲ7と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ6'は、単独で採用されて、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよび（Ｃ5〜Ｃ14）アリールアリールからなる群から選択されるか、あるいはＲ6と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであるか、あるいはＲ5またはＲ7と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ7は、単独で採用されて、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択されるか、あるいはＲ6またはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ8は、単独で採用されて、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から選択され；そして
Ｒ9は、底のフェニル環への連結点を示す。
【０１３２】
別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉａ）に従う化合物であり、ローダミン型親キサンテン環は、任意の付随した対イオンを含む、構造式（Ｙ−２）、（Ｙ−３）または（Ｙ−４）：
【０１３３】
【化１８】
0003719979.tif 000021
に従う化合物であり、ここで：
Ｒ1、Ｒ3、Ｒ4、Ｒ5、Ｒ6'、Ｒ8およびＲ9は、構造式（Ｙ−１）について以前と同様に定義され；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、Ｒ14、Ｒ15、Ｒ16、Ｒ17、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21は、各々水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群から独立して選択されるか、あるいは、Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12およびＲ13は一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１以上の同一または異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルで置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノであるか、あるいは、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21は一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１以上の同一または異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルで置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノである。
【０１３４】
構造式（Ｙ−２）および（Ｙ−４）における点線のついた結合は、各々、互いに独立して単結合であり得るか、二重結合であり得る結合を示す。これらの結合が、二重結合である場合、Ｒ10またはＲ11のうちの１つおよびＲ12またはＲ13のうちの１つは、一緒になって、結合を形成し、そしてＲ18またはＲ19のうちの１つおよびＲ20またはＲ21のうちの１つは、一緒になって、結合を形成する。これらの結合が、単結合である場合、Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21置換基は、上記のように定義される。
【０１３５】
なお別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉｂ）に従う化合物であり、ローダミン型親キサンテン環Ｙは、（Ｙ−１）、（Ｙ−２）、（Ｙ−３）および（Ｙ−４）からなる群から選択され、ここで、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ3、Ｒ5、Ｒ6、Ｒ6'、Ｒ7、Ｒ8、Ｒ9、Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、Ｒ14、Ｒ15、Ｒ16、Ｒ17、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21は、前記のように定義され、そしてＲ3'またはＲ4のいずれかは、置換基Ｌの連結点を示す。置換基ＬがＲ3'に連結される場合、Ｒ4は前記のように定義される。置換基ＬがＲ4に連結される場合、Ｒ3'は、前記のように定義される。
【０１３６】
なお別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉａ）および（Ｉｂ）に従う化合物であり、Ｙは、（Ｙ−１）、（Ｙ−２）、（Ｙ−３）および（Ｙ−４）からなる群から選択され、そしてさらに、ここで：
任意のアルキル基は、メタニル、エタニルおよびプロパニルからなる群から選択されるアルカニルであり、；
任意のアリール基は、フェニルまたはナフチルであり；
任意のアリールアリール基は、ビフェニルであり；
Ｒ3またはＲ3'とＲ2が一緒になって形成される任意のアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋は、アルカニルジイルまたはアルカノ（ａｌｋａｎｏｓ）であり、特にエタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノおよび１，１，３−トリメチルプロパノからなる群から選択されるそれらであり；
Ｒ3'とＲ3が一緒になって形成される任意のアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋は、アルカニルジイルまたはアルカノ、特にブタノであり；
Ｒ3またはＲ3'とＲ4が一緒になって形成される任意のアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋は、アルカニルジイルまたはアルカノであり、特に、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノおよび１，１，３−トリメチルプロパノからなる群から選択されるそれらであり；
Ｒ6またはＲ6'とＲ5が一緒になって形成される任意のアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋は、アルカニルジイルまたはアルカノであり、特に、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノおよび１，１，３−トリメチルプロパノからなる群から選択されるそれらであり；
Ｒ6'とＲ6が一緒になって形成される任意のアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋は、アルカニルジイルまたはアルカノ、特にブタノであり；
Ｒ6またはＲ6'とＲ7が一緒になって形成される任意のアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋は、アルカニルジイルまたはアルカノであり、特に、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノおよび１，１，３−トリメチルプロパノからなる群から選択されるそれらであり；
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12またはＲ13が一緒になって形成される任意のアリーレノ架橋は、ベンゾであり；そして
Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20またはＲ21が一緒になって形成される任意のアリーレノ架橋は、ベンゾである。
【０１３７】
なお別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉａ）に従う化合物であり、ローダミン型親キサンテン環Ｙは、以下の化合物基から選択され、ここで、Ｒ9は、構造式（Ｙ−１）について前記と同様に定義される：
【０１３８】
【化１９】
0003719979.tif 000022
0003719979.tif 000023
0003719979.tif 000024
0003719979.tif 000025
なお別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉａ）に従う化合物であり、この化合物において：
Ｙは、（Ｙ−１）、（Ｙ−２）、（Ｙ−３）、（Ｙ−４）、（Ｙ−２０ａ）、（Ｙ−２１ａ）、（Ｙ−２２ａ）、（Ｙ−２３ａ）、（Ｙ−２４ａ）、（Ｙ−２５ａ）、（Ｙ−３１ａ）、（Ｙ−３４ａ）、（Ｙ−３５ａ）、（Ｙ−３６ａ）、（Ｙ−３９ａ）、（Ｙ−４１ａ）、（Ｙ−４２ａ）、（Ｙ−４３ａ）、（Ｙ−４４ａ）、（Ｙ−４５ａ）および（Ｙ−４６ａ）からなる群から選択され；
Ｚ1は、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキレノ、（Ｃ1〜Ｃ12）アルカノ、（Ｃ5〜Ｃ10）アリールジイル、フェニルジイル、フェナ−１，４−ジイル、ナフタジイル、ナフタ−２，６−ジイルならびにへテロアリールジイル、ピリジンジイルおよびプリンジイルからなる群から選択される。
【０１３９】
なお別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉａ）に従う化合物であり、この化合物において：
Ｌは、結合であり；そして
Ｙは、（Ｙ−１）、（Ｙ−２）、（Ｙ−３）、（Ｙ−４）、（Ｙ−２０ａ）、（Ｙ−２１ａ）、（Ｙ−２２ａ）、（Ｙ−２３ａ）、（Ｙ−２４ａ）、（Ｙ−２５ａ）、（Ｙ−３１ａ）、（Ｙ−３４ａ）、（Ｙ−３５ａ）、（Ｙ−３６ａ）、（Ｙ−３９ａ）、（Ｙ−４１ａ）、（Ｙ−４２ａ）、（Ｙ−４３ａ）、（Ｙ−４４ａ）、（Ｙ−４５ａ）および（Ｙ−４６ａ）からなる群から選択される；
なお別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉａ）に従う化合物であり、この化合物において：
Ｒxは、任意の求電子基または求核基であり；そして
Ｙは、（Ｙ−１）、（Ｙ−２）、（Ｙ−３）、（Ｙ−４）、（Ｙ−２０ａ）、（Ｙ−２１ａ）、（Ｙ−２２ａ）、（Ｙ−２３ａ）、（Ｙ−２４ａ）、（Ｙ−２５ａ）、（Ｙ−３１ａ）、（Ｙ−３４ａ）、（Ｙ−３５ａ）、（Ｙ−３６ａ）、（Ｙ−３９ａ）、（Ｙ−４１ａ）、（Ｙ−４２ａ）、（Ｙ−４３ａ）、（Ｙ−４４ａ）、（Ｙ−４５ａ）および（Ｙ−４６ａ）からなる群から選択される；
なお別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉｂ）に従う化合物であり、この化合物において、Ｙは、（Ｙ−１）、（Ｙ−２）、（Ｙ−３）、（Ｙ−４）、（Ｙ−２０ａ）、（Ｙ−２１ａ）、（Ｙ−２２ａ）、（Ｙ−２３ａ）、（Ｙ−２４ａ）、（Ｙ−２５ａ）、（Ｙ−３１ａ）、（Ｙ−３４ａ）、（Ｙ−３５ａ）、（Ｙ−３６ａ）、（Ｙ−３９ａ）、（Ｙ−４１ａ）、（Ｙ−４３ａ）および（Ｙ−４６ａ）からなる群から選択され、ここで置換基Ｌは、キサンテンＣ４炭素に連結されている。構造（Ｙ−２３ａ）、（Ｙ−２４ａ）および（Ｙ−２５ａ）において、例示の互変異性体におけるＣ４炭素は、キサンテンの窒素に架橋される。当業者は、互変異性のために、炭素標識されたＣ４およびＣ５（ローダミン型親キサンテン環の定義において）は、本質的に等価であることを認める。従って、化合物（Ｙ−２３ａ）、（Ｙ−２４ａ）および（Ｙ−２５ａ）の例示の構造において、置換基Ｌは、Ｃ５炭素に結合されている。本発明のこの局面に従う特に好ましい化合物は、それらの化合物であり、この化合物において：
Ｚは、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、（Ｃ1〜Ｃ12）アルカニル、（Ｃ5〜Ｃ10）アリール、フェニル、ナフチル、ナフト（ｎａｐｈｔｈ）−１−イル、ナフト−２−イル、ピリジルおよびプリニルからなる群から選択され；および／または
Ｌは、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイル、（Ｃ1〜Ｃ6）アルカノ、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイル、フェナ−１，４−ジイル、ナフチルジイル、ナフタ−２，６−ジイル、ナフタ−２，７−ジイル、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキルジイル−（ＣＨ2）i−φ−、−（ＣＨ2）i−ψ−、−（ＣＨ2）i−ＮＨＲ’’−Ｃ（Ｏ）−φ−および−（ＣＨ2）i−ＮＨＲ’’−Ｃ（Ｏ）−ψ−からなる群から選択され、ここで、各々のｉは、１〜６の独立した整数であり、Ｒ’’は、水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり、φは、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイルまたはフェナ−１，４−ジイルであり、そしてψは、ナフチルジイル、ナフタ−２，６−ジイルまたはナフタ−２，７−ジイルであり；そして／あるいは
Ｒxは、任意の求電子基または求核基である。
【０１４０】
さらに別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉｂ）に従う化合物であり、この構造式において、Ｙは（Ｙ−１）、（Ｙ−２）、（Ｙ−３）、（Ｙ−４）からなる群より選択され、ここで置換基Ｌは、Ｒ3'または以下の群の化合物のうちの１つに結合し、ここでＲ9は、構造式（Ｙ−１）について以前に定義された通りであり、そして窒素原子における点線は、置換基Ｌの結合点を示す：
【０１４１】
【化２０】
0003719979.tif 000026
0003719979.tif 000027
0003719979.tif 000028
0003719979.tif 000029
なお別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉｂ）に従う化合物であり、この構造式において：
Ｙは、（Ｙ−１）、（Ｙ−２）、（Ｙ−３）、（Ｙ−４）、（Ｙ−２０ｂ）、（Ｙ−２１ｂ）、（Ｙ−２２ｂ）、（Ｙ−２３ｂ）、（Ｙ−２４ｂ）、（Ｙ−２５ｂ）、（Ｙ−３１ｂ）、（Ｙ−３４ｂ）、（Ｙ−３５ｂ）、（Ｙ−３６ｂ）、（Ｙ−３９ｂ）、（Ｙ−４２ｂ）、（Ｙ−４３ｂ）および（Ｙ−４６ｂ）からなる群より選択され；ならびに
Ｚは、（Ｃ1−Ｃ12）アルキル、（Ｃ1−Ｃ12）アルカニル、（Ｃ5−Ｃ10）アリール、フェニル、ナフチル、ナフト−１−イル、ナフト−２−イル、ピリジルおよびプリニルからなる群より選択され、ここで、構造（Ｙ−１）〜（Ｙ−４）において、ＬはＲ3'に結合する。
【０１４２】
Ｌは、（Ｃ1−Ｃ6）アルキルジイル、（Ｃ1−Ｃ6）アルカノ、（Ｃ5−Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイル、フェナ−１，４−ジイル、ナフチルジイル、ナフタ−２，６−ジイル、ナフタ−２，７−ジイル、（Ｃ6−Ｃ26）アリールアルキルジイル−（ＣＨ2）i−φ−、−（ＣＨ2）i−ψ−、−（ＣＨ2）i−ＮＲ’’−Ｃ（Ｏ）−φ−および−（ＣＨ2）i−ＮＲ’’−Ｃ（Ｏ）−ψ−からなる群より選択され、ここで、各々のｉは、独立して、１〜６の整数であり、Ｒ’’は、水素または（Ｃ1−Ｃ6）アルキルであり、φは（Ｃ5−Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイルまたはフェナ−１，４−ジイルであり、そしてψは、ナフチルジイル、ナフタ−２，６−ジイルまたはナフタ−２，７−ジイルであり、そしてここで、構造（Ｙ−１）〜（Ｙ−４）において、ＬはＲ3'に結合する。
【０１４３】
Ｒxは、任意の求電子基または求核基である。
【０１４４】
なお別の好ましい実施形態において、本発明のローダミン色素は、構造式（Ｉ）、（Ｉａ）および（Ｉｂ）に従う化合物（それらのそれぞれの以前に記載された好ましい実施形態のいずれかを含む）であり、この構造において、Ｅは、カルボキシルまたはその塩である。
【０１４５】
本発明のローダミン色素において、置換基Ｅを除いて、本発明の色素中の、新規のボトム環（すなわち、構造式（Ｉａ）において例示されるＰｙｒ+および−Ｓ−Ｚ1−Ｌ−Ｒx置換基、および構造式（Ｉｂ）において例示されるＰｙｒ+および−Ｓ−Ｚ置換基）を置換する種々の置換基の正確な位置は、未知であり得る。しかし、核磁気共鳴（ＮＭＲ）によって、ボトム環が、１、２または３のＰｙｒ+置換基を含むことが確認されている。本発明のローダミン色素を合成するために用いられる出発物質、および合成反応の性質に基づいて（以下の、５．３．２節により詳細に議論される）、構造式（Ｉ）に従う種々のローダミン色素が、構造式（Ｉｃ）に示されるレジオケミストリー（ｒｅｇｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）（Ｐｙｒ+＝４−（ジメチルアミノ）ピリジニウムおよびＥ＝−ＣＯ2Ｈで示される）を有すると考えられる：
【０１４６】
【化２１】
0003719979.tif 000030
しかし、特定のレジオケミストリーにかかわらず、出願人らは、任意の特定の構造表示によって束縛されることを意図せず、そして本発明は、本明細書中で記載される合成方法によって得られるローダミン色素を包含することを意図することが理解される。
【０１４７】
新規のボトム環についての上記の構造異性に加えて、当業者は、本明細書中で記載されるような式（Ｉ）、（Ｉａ）および／または（Ｉｂ）によって包含される化合物の多く、ならびに以下に記載のエネルギー移動の色素対および他の結合体の多くが、互変異性、構造異性、幾何異性および／または立体異性の事象を示し得ることを理解する。本明細書中の式の図が、可能な互変体形態、構造異性体形態、鏡像異性体形態または幾何異性体形態のうちの１つのみを示し得るように、本発明が、本明細書中で記載される１つ以上の有用性を有する化合物の、任意の互変体形態、構造異性体形態、鏡像異性体形態および／または幾何異性体形態を包含することが理解されるべきである。
【０１４８】
さらに、本発明の化合物が、１つ以上の正電荷または負電荷を帯び得るので、これらの物理的状態に依存して、本発明の化合物は、塩の形態であり得るか、またはそれとともに会合した対イオンを有し得る。任意の会合した対イオンの同一性は、代表的には、化合物が得られる合成方法および／または単離方法によって、命じられる。代表的な対イオンとしては、ハライド、アセテート、トリフルオロアセテートなどおよびそれらの混合物が挙げられるが、これらに限定されない。任意の会合した対イオンの同一性は、本発明の重大な特徴ではないこと、および本発明は、任意の型の会合した対イオンを包含することが理解される。さらに、化合物が、種々の異なる形態で存在し得るので、本発明は、対イオンと会合した形態（例えば、乾燥塩）のみならず、対イオンと会合しない形態（例えば、水溶液）も包含することが意図される。
【０１４９】
（５．３．２  合成方法）
本発明のローダミン色素、および特に、各々のＰｙｒ+が、４−（ジメチルアミノ）ピリジウムである構造式（Ｉ）に従うローダミン色素が、以下のスキームＩに従う、対応するテトラフルオロ−ローダミン出発物質から容易に合成され得る。特定のレジオケミストリーがスキームＩに示されるが、構造表示が例示のみであることが理解される。スキームＩにおいて、Ｙ、Ｓ、Ｌ、Ｚ1およびＲxは、構造式（Ｉａ）について以前に定義された通りである。Ｅは、例証的にカルボキシルであるが、スルホナートであり得る。
【０１５０】
【化２２】
0003719979.tif 000031
スキームＩに関して、４−（ジメチル）アミノピリジンが、テトラフルオロ−ローダミン１００の溶液に添加される。この反応の後、薄層クロマトグラフィ（ＴＬＣ）を行う。この化合物は、ローダミン型親キサンテン環Ｙの同一性に依存する。一旦反応が完了すると、チオール１０８が、混合物に添加され、そしてこの反応をＴＬＣでモニターする。色素１１０は、逆相クロマトグラフィまたは他の標準的方法によって精製される。Ｐｙｒ+が、４−（ジメチルアミノ）ピリジウムではない化合物は、適切なアミノピリジン出発物質から、類似の様式で調製される。同一ではないＰｙｒ+基を有する化合物は、適切なアミノピリジンの混合物を用いて調製され得る。
【０１５１】
構造式（Ｉｂ）に従う化合物は、チオールＺ−ＳＨ（１０６）を用いて、適切なテトラフルオロ−ローダミン誘導体１０１（以下に例示）から類似の様式で合成され、ここで、Ｚは、構造式（Ｉｂ）において定義された通りであり、ＤＭＡＰ+基を置換する：
【０１５２】
【化２３】
0003719979.tif 000032
誘導体１０１において、Ｙ、ＬおよびＲxは、構造式（Ｉｂ）について以前に定義された通りである。結合部分−Ｌ−Ｒxが、キサンテン窒素で結合する場合、テトラフルオロ−ローダミン１０１は、スキームＩに例示されるように調製される。結合部分−Ｌ−Ｒxが、キサンテンＣ４位で結合する場合、テトラフルオロ−ローダミン１０１は、置換されたモノマー１１８（Ｒ4＝ＣＨ2ＸまたはＬ−Ｒx）から調製される。本明細書中で記載されるローダミン色素の十分な範囲が、これらの方法の慣用的な改変によって合成され得る。必要な場合には、リンカーＬ上の任意の反応性官能基（例えば、反応性官能基Ｒx）が、公知の基および方法（例えば、ＧｒｅｅｎｅおよびＷｕｔｓ、Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、１９９１、第２版、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，ＮＹを参照のこと）を用いて保護され得る。カルボキシル基は、合成中に保護を必要としないので、Ｒxがカルボン酸またはその塩である色素が、特に有利である。
【０１５３】
適切なテトラフルオロ−ローダミン出発物質が、公知の技術に従って（例えば、米国特許第５，７５０，４０９号；Ｒｏｅｍｐｐｓ’  Ｃｈｅｍｉｅ  Ｌｅｘｉｃｏｎ、第８版、３５８０頁を参照のこと）、１モルの適切な３−アミノフェノール誘導体を、１モルのテトラフルオロ無水フタル酸１１４（Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）と縮合することによって、ローダミンの合成についての通常の様式で生成され得る。この適切な３−アミノフェノール出発物質は、市販されているか、または標準的な合成方法を用いて、容易に得られ得るかのいずれである。ローダミン型親キサンテン環Ｙが、構造式（Ｙ−１）に従う化合物（化合物１２０）である、テトラフルオロローダミン出発物質１００を調製するための代表的な合成を、スキームＩＩに略述する。
【０１５４】
【化２４】
0003719979.tif 000033
スキームＩＩにおいて、種々のＲn置換基は、構造式（Ｙ−１）について以前に定義さた通りである。スキームＩＩに従って、１モルの３−アミノフェノール誘導体１１２を、１モルのテトラフルオロ無水フタル酸１１４（Ａｌｄｒｉｃｈ）で還流し、中間体１１６を得る。中間体１１６を、３−アミノフェノール誘導体１１８で還流し、テトラフルオロ−ローダミン１２０を得る。ローダミン型親キサンテン環Ｙの同一性に依存して、テトラフルオロ−ローダミン１２０を、逆相カラムクロマトグラフィまたは順相カラムクロマトグラフィによって単離する。
【０１５５】
ローダミン型親キサンテン環Ｙが、構造式（Ｙ−２）に従う化合物である、テトラフルオロ−ローダミン１００を合成するための類似の方法を、スキームＩＩＩに例示する：
【０１５６】
【化２５】
0003719979.tif 000034
スキームＩＩＩにおいて、種々のＲn置換基は、構造式（Ｙ−２）について以前に定義された通りである。ローダミン型親キサンテン環が、構造式（Ｙ−３）または（Ｙ−４）に従う化合物である構造式（Ｉａ）に従う色素が、適切な出発物質から類似の様式で調製される。
【０１５７】
Ｙが、結合部分がキサンテン窒素（すなわち、Ｒ3'位）に結合する構造式（Ｙ−１）または（Ｙ−２）に従う化合物である、テトラフルオロ−ローダミン誘導体１０１を調製する方法を、それぞれ、スキームＩＩｂおよびＩＩＩｂに例示する：
【０１５８】
【化２６】
0003719979.tif 000035
【０１５９】
【化２７】
0003719979.tif 000036
種々のアミノフェノール出発物質は、市販されているか、または慣用的な方法を用いて調製され得るかのいずれである。例示的な合成を、実施例の節で提供する。本明細書中で記載されるローダミン化合物の十分な範囲が、これらの方法のいずれかの慣用的な改変によって、容易に合成され得る。
【０１６０】
（５．４  エネルギー移動の色素対）
別の局面において、本発明は、本発明の新規のローダミン色素を取り込むエネルギー移動の色素対を提供する。一般的には、本発明のエネルギー移動の色素対は、以下の３つの主要な要素を含む：（ｉ）第１の波長で光を吸収し、そして応答中に励起エネルギーを放射するドナー色素（ＤＤ）；（ｉｉ）ドナー色素によって発光される励起エネルギーを吸収し得、そして第２の波長で、応答中に光を放射し得るアクセプター色素（ＡＤ）；および（ｉｉｉ）ドナー色素をアクセプター色素に結合する結合であって、この結合が、ドナー色素とアクセプター色素の間の効率的なエネルギー移動を容易にするに有効である、結合。本発明のエネルギー移動の色素対において、少なくともドナー色素またはアクセプター色素のうちの１つ、代表的には、アクセプター色素は、本発明の新規のローダミン色素である。このドナー色素およびアクセプター色素は、この色素の同一性に依存して、種々の異なる配置とともに結合され得る。本発明のエネルギー移動の色素対の理解を助け得る、種々の構造、合成および特定のエネルギー移動の色素対の使用の詳細な議論は、米国特許第５，８００，９９６号；米国特許第５，８６３，７２７号；および米国特許第５，６５４，４１９号に提供され、これらの開示は、本明細書中にその全体において参考として援用される。
【０１６１】
本発明のエネルギー移動の色素対は、代表的には、スキームＶにおいて例示される通りに得られる：
【０１６２】
【化２８】
0003719979.tif 000037
スキームＶでは、光学的リンカーＬ”および相補的官能基ＦXを含む色素１４０を、構造式（Ｉａ）または（Ｉｂ）に従う本発明のローダミン色素と縮合して、それぞれ、構造式（ＩＩａ）および（ＩＩｂ）に従うエネルギー移動色素対（ここでは、例えば、３つのピリジニウム環が存在する）を産生する。
【０１６３】
縮合の間、反応基ＲXと相補的官能基ＦXが反応して、共有結合Ｒ41を形成する。従って、反応基ＲXおよび相補的官能基ＦXが、各々、５．３．１節に記載の相補的な基の種々の対（例えば、相補的な求電剤および求核剤の種々の対）の個々のメンバーを構成し得ることが、当業者によって理解される。好ましくは、ＲXまたはＦXのうちの一方は、アミン基、チオール基、またはヒドロキシル基（最も好ましくは、アミン基）であり、そしてＲXまたはＦXのうちの他方は、アミン、チオール、またはヒドロキシルと反応し得る基（最も好ましくは、カルボン酸またはその塩、エステル、もしくは活性エステル）である。従って、特定の好ましい共有結合Ｒ41は、式−Ｃ（Ｏ）ＮＲ45−のアミドであり、ここでＲ45は水素または（Ｃ1−Ｃ6）アルキルである。
【０１６４】
構造式（ＩＩａ）および（ＩＩｂ）に従うエネルギー移動色素対において、ＤＤ／ＡＤは、ドナー色素またはアクセプター色素のいずれかを表す。ＤＤ／ＡＤが、ドナーを構成するかまたはアクセプターを構成するかは、ＤＤ／ＡＤおよびＹの個々の励起および発光特性に依存する。代表的に、ＤＤ／ＡＤは、キサンテン（フルオレセインおよびローダミン色素を含む）、シアニン、フタロシアニンまたはスクワライン（ｓｑｕａｒａｉｎｅ）のクラスの色素に属する色素である。あるいは、ＤＤ／ＡＤは、本発明の色素、好ましくは構造式（Ｉａ）または（Ｉｂ）に従う色素であり得る。唯一の必要条件は、色素ＤＤ／ＡＤが、Ｙから放射される励起エネルギーを吸収し得るか、またはＹによって吸収可能な励起エネルギーを放射し得るかのいずれかであることである。好ましくは、相補的官能基ＦXに加えて、ＤＤ／ＡＤは、他の化合物または物質に本発明のエネルギー移動色素対を結合体化するために、以前に記載されたような連結部分または連結基を含む。Ｌ”は、構造式（ＩＩａ）または（ＩＩｂ）に従うエネルギー移動色素対に含まれた場合に、アクセプター発色団とドナー発色団との間の効率的なエネルギー移動を容易にする、以前に記載されたリンカーＬと類似した結合またはリンカーを表す。Ｌ”の正体およびＤＤ／ＡＤへのその結合点は、ＤＤ／ＡＤの正体に一部依存する。ＡＤ／ＤＤ色素のこれらの種々のクラスの構造ならびに適切なリンカーＬ”およびこれらの種々のクラスのＡＤ／ＤＤ色素への結合点は、米国特許第５，８６３，７２７号（この開示は、本明細書中で参考として援用される）に記載される。ＤＤ／ＡＤがシアニン色素である場合、Ｌ”は、好ましくはアミドであり、そして四級窒素に結合される。ＤＤ／ＡＤがフタロシアニン色素である場合、Ｌ”は、好ましくはスルホンアミドであり、そして芳香族炭素骨格に結合される。ＤＤ／ＡＤがスクワライン色素である場合、Ｌ”は、好ましくはアミドであり、そして四級窒素に結合される。ＤＤ／ＡＤがローダミン色素である場合、Ｌ”は、好ましくはアミドであり、そしてＣ４またはＲ9に結合される。ＤＤ／ＡＤがフルオレセイン色素である場合、Ｌ”は、好ましくはアミドであり、そしてＣ４またはＲ9に結合される。
【０１６５】
最も好ましくは、ＤＤ／ＡＤは、Ｙによって吸収可能な励起エネルギーを放射するドナー色素である。好ましいドナー色素は、キサンテン色素（特に、そのボトム環上に連結部分または連結基を含むもの）である。とりわけ好ましいキサンテン色素は、フルオレセイン色素である。ドナー色素としての使用に適切なフルオレセイン色素としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：４，７−ジクロロフルオレセイン（米国特許第５，１８８，９３４号に記載）、拡張（ｅｘｔｅｎｄｅｄ）フルオレセイン（米国特許第５，７７５，４０９号に記載）、５−カルボキシフルオレセイン（５−ＦＡＭ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、５−（および６）−カルボキシフルオレセイン（５，６−ＦＡＭ）、ＮＡＮ、Ｃｌ−ＦＬＡＮ、およびＴＥＴ。リンカーＬ”は、代表的に、これらの好ましいフルオレセインドナー色素のキサンテンＣ４位に結合される。ドナー色素の実際の選択は、ＤＤ／ＡＤおよびＹの発光および励起特性に依存し、そして当業者に明らかである。５−，６−または５−（および６）−カルボキシルを含む、好ましいフルオレセインドナー色素において、カルボキシル基（または、その活性エステル）は、本発明のエネルギー移動色素対を他の化合物または物質に共有結合するために使用され得る。
【０１６６】
本発明のエネルギー移動色素は、種々の好ましい実施形態を参照して、以下でより完全に記載される。スキームＶを参照すれば、構造式（Ｉａ）および（Ｉｂ）に従う化合物が、先に記載されたそれらの任意の好ましい実施形態であり、そして化合物１４０が任意の対イオンを含む以下の構造を有する場合、構造式（ＩＩａ）および（ＩＩｂ）に従う好ましいエネルギー移動色素対の一群が得られる：
【０１６７】
【化２９】
0003719979.tif 000038
ここで、
Ｒ33は、水素または以下：
【０１６８】
【化３０】
0003719979.tif 000039
であり；
Ｒ34は、単独ととる場合には水素、またはＲ35と合わせてとる場合にはベンゾであり；
Ｒ35は、単独ととる場合には水素、フルオロ、クロロ、ヒドロキシルもしくはカルボキシル、またはＲ34と合わせてとる場合にはベンゾであり；
Ｒ36は、水素、フルオロまたはクロロであり；
Ｒ37は、単独ととる場合には水素、フルオロ、クロロ、ヒドロキシルもしくはカルボキシル、またはＲ38と合わせてとる場合にはベンゾであり；
Ｒ38は、単独ととる場合には水素、またはＲ37と合わせてとる場合にはベンゾであり；
Ｒ39は、水素またはクロロであり；
Ｒ40は、水素またはクロロであり；そして
Ｒ50は、カルボキシル、またはその塩、エステルもしくは活性エステルである。好ましい化合物１４０は、純粋な５−異性体、純粋な６−異性体、または５−（および６）−異性体の混合物であり得る。特に好ましい化合物１４０は、Ｒ34、Ｒ35、Ｒ36、Ｒ37、Ｒ38、Ｒ39およびＲ40が各々、水素である化合物である。
【０１６９】
別の好ましい実施形態では、本発明のエネルギー移動色素対は、構造式（ＩＩａ）に従う化合物であり、ここで：
Ｙは、構造式（Ｙ−１）、（Ｙ−２）、（Ｙ−３）、（Ｙ−４）、（Ｙ−２０ａ）、（Ｙ−２１ａ）、（Ｙ−２２ａ）、（Ｙ−２３ａ）、（Ｙ−２４ａ）、（Ｙ−２５ａ）、（Ｙ−３１ａ）、（Ｙ−３４ａ）、（Ｙ−３５ａ）、（Ｙ−３６ａ）、（Ｙ−３９ａ）、（Ｙ−４１ａ）、（Ｙ−４２ａ）、（Ｙ−４３ａ）、（Ｙ−４４ａ）、（Ｙ−４５ａ）、または（Ｙ−４６ａ）に従う化合物であり；
ＤＤ／ＡＤは、５−カルボキシル基もしくは６−カルボキシル基またはそれらの塩、エステルもしくは活性エステルを有するフルオレセイン色素（特に、５−カルボキシフルオレセイン（５−ＦＡＭ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、５−（および−６）−カルボキシフルオレセイン、ＮＡＮ、Ｃｌ−ＦＬＡＮおよびＴＥＴからなる群から選択される、フルオレセイン色素）であり；
Ｌは、単結合、（Ｃ1−Ｃ6）アルキルジイルまたは（Ｃ1−Ｃ3）アルカノ（ａｌｋａｎｏ）、好ましくは、単結合であり；
Ｚ1は、（Ｃ1−Ｃ6）アルキルジイル、（Ｃ5−Ｃ14）アリールまたはヘテロアリールであり；
Ｒ41は、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ42−であり、ここでＲ42は、Ｏ、ＳまたはＮＨであり、そしてＬ”に結合し；および／または
Ｌ”は、−Ｒ43−Ｚ3−Ｃ（Ｏ）−Ｒ44−Ｒ45−であり、ここでＲ43は、（Ｃ1−Ｃ6）アルキルジイル、好ましくは（Ｃ1−Ｃ3）アルカノであり、そしてＲ42に結合し；Ｚ3は、５〜６員環式アルケニルジイルもしくはヘテロアルケニルジイル、（Ｃ5−Ｃ14）アリールジイルもしくはヘテロアリールジイルであり；Ｒ44は、Ｏ、ＳもしくはＮＨであり；そしてＲ45は、（Ｃ1−Ｃ6）アルキルジイル、好ましくは（Ｃ1−Ｃ3）アルカノであり、そしてＤＤ／ＡＤのキサンテンＣ４炭素に結合する。
【０１７０】
特にとりわけ好ましい上記エネルギー移動色素対は、以下の化合物である：
Ｌが、単結合であり；
Ｚ1およびＺ3が、各々独立して、フェニルジイル、フェナ（ｐｈｅｎａ）−１，４−ジイル、ナフチルジイル、ナフサ−２，６−ジイルおよびナフサ−３，６−ジイルからなる群から選択され；
Ｒ42が、ＮＨであり；
Ｒ43が、メタノであり；
Ｒ44が、ＮＨであり；そして／または
Ｒ45が、メタノである。
【０１７１】
別の好ましい実施形態では、本発明のエネルギー移動色素対は、構造式（ＩＩｂ）に従う化合物であり、ここで：
Ｅは、カルボキシルまたはその塩であり、
Ｙは、構造式（Ｙ−１）、（Ｙ−２）、（Ｙ−３）もしくは（Ｙ−４）に従う化合物（ここでＬは、Ｒ3'位で結合される）であるか、または構造式（Ｙ−２０ｂ）、（Ｙ−２１ｂ）、（Ｙ−２２ｂ）、（Ｙ−２３ｂ）、（Ｙ−２４ｂ）、（Ｙ−２５ｂ）、（Ｙ−３１ｂ）、（Ｙ−３４ｂ）、（Ｙ−３５ｂ）、（Ｙ−３６ｂ）、（Ｙ−３９ｂ）、（Ｙ−４１ｂ）、（Ｙ−４２ｂ）、（Ｙ−４３ｂ）、または（Ｙ−４６ｂ）に従う化合物であり；
ＤＤ／ＡＤは、５−カルボキシル基もしくは６−カルボキシル基またはそれらの塩、エステルもしくは活性エステルを有するフルオレセイン色素（特に、５−カルボキシフルオレセイン（５−ＦＡＭ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、５−（および−６）−カルボキシフルオレセイン、ＮＡＮ、Ｃｌ−ＦＬＡＮおよびＴＥＴからなる群から選択される、フルオレセイン色素）であり；
Ｚは、（Ｃ1−Ｃ6）アルキル、（Ｃ1−Ｃ6）アルカニル、（Ｃ5−Ｃ14）アリールまたはヘテロアリールであり；
Ｌは、−ＣＨ2−φ−または−ＣＨ2−ψ−であり、ここでφはフェニルジイルであり、そしてψはナフチルジイルであり、そしてメチレンはＹに結合され；
Ｒ41は、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ42−であり、ここでＲ42は、Ｏ、ＳもしくはＮＨであり；そして／または
Ｌ”は、−Ｒ43−Ｚ3−Ｃ（Ｏ）−Ｒ44−Ｒ45−であり、ここでＲ43は、（Ｃ1−Ｃ6）アルキルジイル、好ましくは（Ｃ1−Ｃ3）アルカノであり、そしてＲ42に結合し；Ｚ3は、５〜６員環式アルケニルジイルもしくはヘテロアルケニルジイル、（Ｃ5−Ｃ14）アリールジイルもしくはヘテロアリールジイルであり；Ｒ44は、Ｏ、ＳもしくはＮＨであり；そしてＲ45は、（Ｃ1−Ｃ6）アルキルジイル、好ましくは（Ｃ1−Ｃ3）アルカノであり、そしてＤＤ／ＡＤのキサンテンＣ４炭素に結合する。
【０１７２】
特にとりわけ好ましい上記エネルギー移動色素対は、以下の化合物である：
Ｌが、メタノであり；
Ｚが、フェニル、ナフチル、ナフサ−１−イルおよびナフサ−２−イルからなる群から選択され；
Ｚ3が、フェニルジイル、フェン（ｐｈｅｎ）−１，４−ジイル、ナフチルジイル、ナフサ−２，６−ジイルおよびナフサ−３，６−ジイルからなる群から選択され；
Ｒ42が、ＮＨであり；
Ｒ43が、メタノであり；
Ｒ44が、ＮＨであり；そして／または
Ｒ45が、メタノである。
【０１７３】
（５．４．１  エネルギー移動色素対の合成）
本発明の種々のエネルギー移動色素を合成する方法は、スキームＶ（前出）に図解される。この反応を実施するための条件は、化合物１４０を包含する米国特許第５，８６３，７２７号に記載される。例示的なエネルギー移動色素対の合成は、実施例の節に記載される。本発明のすべてのエネルギー移動色素対が、これらの方法のいずれかの慣用的改変によって獲得され得る。
【０１７４】
（５．５  色素およびエネルギー移動色素対を取り込む結合体）
別の局面では、本発明は、本発明のローダミン色素および／またはエネルギー移動色素対と結合体化された、分子および／または物質を包含する。この結合体は、本発明の色素またはエネルギー移動色素対が結合体化され得る実質的に任意の分子または物質を含み得、これには例として、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、サッカリド、ポリサッカリド、ヌクレオシド、ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、脂質、固体合成支持体、有機ポリマーおよび無機ポリマー、ならびにそれらの組み合わせおよび集合体（例えば、染色体、核、生細胞（例えば、細菌または他の微生物、哺乳動物の細胞、組織など）など）が挙げられるが、それらに限定されない。色素またはエネルギー移動色素対は、以前に記載されたような、以下に挙げられる種々の手段による連結部分を介して、試薬と結合体化される：疎水性誘引、イオン性誘引、共有結合、または特定の結合分子の対の補助。好ましくは、色素は、共有結合を介して結合体化される。
【０１７５】
結合体は、代表的に、当該分野において周知の方法を使用して、任意の連結部分を含む色素または色素対と、結合体化されるべき分子又は物質とを、その両方が可溶性である適切な溶媒中で混合し、次いで、この結合体を、任意の結合体化されていない出発物質または所望されない副産物から分離することから生じる。色素または色素対結合体は、後の使用のために、乾燥状態または溶液中で保存され得る。
【０１７６】
（５．５．１  ヌクレオシド／ヌクレオチド結合体）
好ましいクラスの結合体としては、本発明のローダミン色素またはエネルギー移動色素対で標識された、ヌクレオシド／ヌクレオチドおよびヌクレオシド／ヌクレオチドアナログが挙げられる。このような標識化ヌクレオシド／ヌクレオチドは、酵素的合成によって形成されるポリヌクレオチドを標識するために、特に有用である（例えば、鋳型指向型プライマー伸長法、ＰＣＲ増幅、サンガー型ポリヌクレオチド配列決定、および／またはニックトランスレーション反応の状況下で使用される、標識化ヌクレオチドトリホスフェート）。標識化ヌクレオシド／ヌクレオチドおよび／またはヌクレオシド／ヌクレオチドアナログの結合体は、一般に、連結部分（−Ｌ’−ＦX）を含むように改変されたヌクレオシド／ヌクレオチドまたはヌクレオシド／ヌクレオチドアナログ（ＮＵＣ）を、構造式（Ｉａ）または（Ｉｂ）に従うローダミン色素と縮合して、それぞれ、構造式（ＩＩＩａ）または（ＩＩＩｂ）に従う色素標識化ヌクレオシド／ヌクレオチドまたはヌクレオシド／ヌクレオチドアナログを産生することによって得られる。エネルギー移動色素対標識化ヌクレオシド／ヌクレオチドおよび／またはヌクレオシド／ヌクレオチドアナログは、構造式（ＩＩａ）および（ＩＩｂ）に従うエネルギー移動色素化合物を類似の様式で用いて得られる。ここで、ＤＤ／ＡＤ色素は、式−Ｌ3−ＲX（ここでＬ3は、単結合、または先に記載されたリンカーＬ（それぞれ、化合物（ＩＩａ．１）および（ＩＩｂ．１））と類似のリンカーである）の任意の連結部分を含む。これらの反応は、以下のスキームＶＩａおよびＶＩｂに図解される：
スキームＶＩａ
【０１７７】
【化３１】
0003719979.tif 000040
スキームＶＩｂ
【０１７８】
【化３２】
0003719979.tif 000041
スキームＶＩａおよびＶＩｂを参照すると、ここでは例えば、３つのピリジニウム環が存在し、そして構造式（Ｉａ）、（Ｉｂ）、（ＩＩａ．１）および／または（ＩＩｂ．１）に従う色素またはエネルギー移動色素対上の反応性官能基ＲXと化合物１４４上の相補的官能基ＦXが反応して、共有結合Ｒ46を形成する。共有結合Ｒ46は、先に記載された共有結合Ｒ41と類似する。Ｒ46の好ましい実施形態は、Ｒ41について先に記載された好ましい実施形態と同じである。
【０１７９】
相補的官能基ＦXは、リンカーＬ’を介してＮＵＣに結合される。相補的官能基ＦXは、ＮＵＣに直接結合され得る（この場合、Ｌ’は単結合を表す）か、またはこれは、１以上の介在原子によってＮＵＣから隔てられ得る（この場合、Ｌ’はリンカーを表す）。ローダミン色素化合物自体および／またはエネルギー移動色素対自体と結合されている、先に記載された任意のリンカーＬまたはＬ”が、リンカーＬ’に使用され得る。
【０１８０】
相補的官能基ＦXは、種々の異なる位置（例えば、核酸塩基、糖、および／またはリン酸エステル部分）で、ＮＵＣに結合され得る。本発明に従う色素および／または色素対と結合体化され得るように種々の位置で適切に改変された、ヌクレオシド／ヌクレオチドおよびヌクレオシド／ヌクレオチドアナログは、当該分野において公知である。好ましくは、相補的基ＦXは、核酸塩基に結合される。核酸塩基が７−デアザプリン（ｄｅａｚａｐｕｒｉｎｅ）である場合、Ｌ’は通常、核酸塩基のＣ７位に結合される。核酸塩基がピリミジンである場合、Ｌ’は通常、核酸塩基のＣ−５位に結合される。核酸塩基がプリンである場合、Ｌ’は通常、核酸塩基のＣ−８位に結合される。ＮＵＣの核酸塩基に本発明の色素を共有結合体化するために有用なリンカーＬ’は、米国特許第５，８２１，３５６号、同第５，７７０，７１６号、および米国特許出願番号第０８／８３３，８５４号（１９９７年４月１０日出願）（これらの開示は、本明細書中で参考として援用される）に記載される。
【０１８１】
ＮＵＣの核酸塩基に本発明の色素を共有結合体化するために好ましいリンカーＬ’としては、以下が挙げられる：（Ｃ2−Ｃ20）アルキレノ（ａｌｋｙｌｅｎｏ）、ヘテロアルキルジイル、およびヘテロアルキレノ、特に（Ｃ2−Ｃ20）アルキノ（ａｌｋｙｎｏ）、（Ｃ2−Ｃ20）アルケノ（ａｌｋｅｎｏ）、ヘテロアルキノ、およびヘテロアルケノ。特に好ましいリンカーＬ’は、以下：
【０１８２】
【化３３】
0003719979.tif 000042
であり、ここで末端ｓｐ炭素は、ＮＵＣの核酸塩基に共有結合され、そして末端メチレン（ｓｐ3）炭素は、構造式（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶａ）および（ＩＶｂ）の化合物におけるＲ46、または化合物１４４のＦXに共有結合される。
【０１８３】
本発明のローダミン色素またはエネルギー移動色素対を、ＮＵＣの核酸塩基に共有結合するのにさらに好ましいリンカーＬ’には、構造式−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ2−Ｏ−ＣＨ2−ＣＨ2−ＣＲ47−Ｒ48−に従うプロパルジルエトキシ基が挙げられ、ここで、Ｒ47は、水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり、Ｒ48は、−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ2）r−、−Ｃ（Ｏ）−ＣＨＲ49−、−Ｃ（Ｏ）−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ2−および−Ｃ（Ｏ）−φ−（ＣＨ2）r−からなる群から選択され、ここで、各ｒは独立して、１〜５の整数であり、φは、Ｃ6アリールジイルまたはヘテロアリールジイルを表し、好ましくは、ペンタ−１，４−ジイル：
【０１８４】
【化３４】
0003719979.tif 000043
であり、そしてＲ49は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルまたはアミノ酸側鎖（遺伝子にコードされたアミノ酸またはコードされていないアミノ酸の側鎖を含む）である。またはこれらのリンカーＬ’において、末端ｓｐ炭素は、ＮＵＣの核酸塩基に結合し、そして他方の末端基は、構造式（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶａ）および（ＩＶｂ）の化合物においてＲ46に結合するか、または化合物１４４のＦxに結合する。
【０１８５】
好ましい実施形態において、構造式（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶａ）および（ＩＶｂ）に従う標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド、および／または標識化ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログは、酵素的に標識された組み込み可能ヌクレオチド、酵素的に標識された伸長可能ヌクレオチドまたは標識化ターミネーターである。
【０１８６】
別の好ましい実施形態において、標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド、および標識化ヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログは、スキーム（ＶＩａ）および（ＶＩｂ）から得られるものであり、ここで、構造式（Ｉａ）、（Ｉｂ）に従う化合物は、それらのそれぞれ上記で定義された好ましい実施形態のいずれかであり、化合物（ＩＩａ．１）および（ＩＩｂ．１）は、上記で定義された化合物（ＩＩａ）および（ＩＩｂ）の好ましい実施形態のいずれかであり、そして化合物１４４は、以下の構造式（Ｖ）に従う化合物である：
【０１８７】
【化３５】
0003719979.tif 000044
ここで、
Ｂは、核酸塩基であり；
Ｆxは、上記のような相補的官能基であり；
Ｌ’は、上記の好ましいリンカーの１つであり；
Ｒ70およびＲ71は、単独の場合、それぞれ独立して、水素、ヒドロキシル、およびポリメラーゼ媒介テンプレート指向性核酸合成をブロックする部分、からなる群から選択されるか、または一緒になって、例示される糖が２’，３’−ジデヒドロリボースであるような結合を形成し；そして
Ｒ72は、ヒドロキシル、以下の式を有するリン酸エステルおよびリン酸エステルアナログからなる群から選択され：
【０１８８】
【化３６】
0003719979.tif 000045
ここで、ａは、０〜２の整数である。代表的に、Ｆxは、式−ＮＨＲ51のアミノ基であり、ここで、Ｒ51は、水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであるが、任意の求核基または求電子基であり得る。
【０１８９】
構造式（Ｖ）の好ましい実施形態において、Ｂは、正常な核酸塩基またはその共通のアナログ、７−デアザプリン、８−アザ、７−デアザプリン、プリンまたはピリミジンである。特に好ましい実施形態において、Ｂは、７−デアザ−アデニン、シトシン、７−デアザ−グアニン、チミンおよびおよびウラシルからなる群から選択される核酸塩基である。好ましい核酸塩基Ｂがプリンまたは７−デアザ−プリンである場合、ペントース部分はその核酸塩基のＮ9位に結合し、そして好ましいＢがピリミジンである場合、ペントース部分はその核酸塩基のＮ1位に結合する。リンカーＬ’は、上記のように、核酸塩基Ｂに結合する。
【０１９０】
構造式（Ｖ）において、Ｒ70およびＲ71の両方がヒドロキシルである場合、スキームＶＩａおよびＶＩｂで生成されて得られる化合物は、標識化リボヌクレオシド／ヌクレオチドである。Ｒ70が水素であり、かつＲ71がヒドロキシルである場合、得られる化合物は、標識化２’−デオキシリボヌクレオシド／ヌクレオチドである。Ｒ70およびＲ71がそれぞれ水素である場合、得られる化合物は、２’，３’−ジデオキシリボヌクレオシド／ヌクレオチドである。標識化２’，３’−ジデオキシリボヌクレオシド−５’−三リン酸ｄｄ（ＮＴＰ）は、蛍光検出を利用するＳａｎｇｅｒ型ＤＮＡ配列決定法におけるターミネーターとして特定の用途を見出す。標識化２’−デオキシリボヌクレオシド−５’−三リン酸（ｄＮＴＰ）は、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応またはニックトランスレーションにおいて、ＤＮＡポリメラーゼ伸長産物を標識化するための手段としての特定の用途を見出す。標識化リボヌクレオシド−５’−三リン酸（ＮＴＰ）は、ＲＮＡポリメラーゼ伸長産物を標識化するための手段としての特定の用途を見出す。
【０１９１】
前出のスキーム（ＶＩａ）および（ＶＩｂ）を参照すると、本発明の色素をヌクレオシド／ヌクレオチドおよび／またはヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログに結合するのに有用なアルキニルアミノ誘導体化化合物１４４の合成は、ＥＰ  ８７３０５８４４．０およびＨｏｂｂｅｓら、１９８９，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．５４：３４２０に教示される。対応するヌクレオシド一リン酸、ヌクレオシド二リン酸およびヌクレオシド三リン酸は、標準的な技術によって得られる（例えば、米国特許第５，８２１，３５６号、米国特許第５，７７０，７１６号および米国出願番号０８／８３３，８５４（１９９７年４月１０日出願、前出で議論される）を参照のこと）。プロパルジルエトキシアミノリンカーＬ’で修飾された化合物１４４を合成するための方法はまた、これらの特許および出願に見出され得る。
【０１９２】
エネルギー移動色素対は、核酸塩基のアミノ基を介して、（ｉ）エネルギー移動色素対の活性化エステル（例えば、２３０ＮＨＳエステル）に結合することによってか、または（ｉｉ）１つの色素１４０（例えば、４’−保護アミノメチルフルオレセイン）に段階的にカップリングし、次いで、保護されていない４’−アミノメチルをその対の第２の色素（例えば、１９６ＮＨＳエステル）にカップリングすることによって、ヌクレオチド５’−三リン酸１４４に結合され得る。
【０１９３】
構造式（ＩＩＩａ）、（ＩＩＩｂ）、（ＩＶａ）および（ＩＶｂ）に従う化合物を合成する際に使用するのに適切なさらなる合成手順は、例えば以下に記載される：Ｇｉｂｓｏｎら、１９８７，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６４５５〜６４６７；Ｇｅｂｅｙｅｈｕら、１９８７，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：４５１３〜４５３５；Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓら、１９８７，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：４８５６〜４８７６；Ｎｅｌｓｏｎら、１９８６，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ。５（３）：２３３〜２４１；Ｂｅｒｇｓｔｒｏｍら、１９８９，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１１：３７４〜３７５；米国特許第４，８５５，２２５号、米国特許第５，２３１，１９１号および米国特許第５，４４９，７６７号（これらの開示は、本明細書中で参考として援用される）。これらの方法のいずれかは、本明細書中に記載される全範囲の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチドおよびヌクレオシドアナログ／ヌクレオチドアナログを合成するのに必要である場合、慣用的に適合されるかまたは改変され得る。
【０１９４】
（５．５．１．１  ポリヌクレオチド結合体）
さらに別の好ましいクラスの本発明の結合体は、本発明のローダミン色素またはエネルギー移動色素対で標識化されたポリヌクレオチドアナログおよび／またはポリヌクレオチドアナログを含む。このような標識化ポリヌクレオチドおよび／またはアナログは、多くの重要な状況において有用であり、これには、ＤＮＡ配列決定プライマー、ＰＣＲプライマー、オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブ、オリゴヌクレオチドライゲーションプローブなどが挙げられる。
【０１９５】
１つの好ましい実施形態において、本発明の標識化ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドアナログは、蛍光エネルギー移動がドナー色素とアクセプター色素との間で行われるように配置された複数の色素を含む。このような多色素（ｍｕｌｔｉ−ｄｙｅ）エネルギー移動ポリヌクレオチドは、スペクトル調整可能な配列決定プライマーとしての用途（例えば、Ｊｕら、１９９５，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９２：４３４７〜４３５１に記載される）、およびハイブリダイゼーションプローブとしての用途（例えば、Ｌｅｅら、１９９３，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２１：３７６１〜３７６６に記載される）を見出す。
【０１９６】
標識化ポリヌクレオチドおよび／またはポリヌクレオチドアナログは、代表的に、例えば、上記のようなＤＮＡ／ＲＮＡポリメラーゼまたはリガーゼ（例えば、Ｓｔｒｙｅｒ，１９８１，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，第２４章，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎａｎｄ  Ｃｏｍｐａｎｙ）、ならびに標識化した酵素的に取込み可能なヌクレオチドを使用して、酵素的に合成される。あるいは、これらの標識は、以下により詳細に議論されるように、従来の結合体化反応による反応の後に導入され得る。
【０１９７】
一般に、標識化ポリヌクレオチドは、酵素合成を使用して作製される場合、以下の手順が使用され得る。標的ＤＮＡポリヌクレオチドを変性し、そしてオリゴヌクレオチドプライマーを標的ＤＮＡにアニールする。プライムされた標的のテンプレート指向性酵素伸長を支持し得る２’−デオキシリボヌクレオシド−５’−三リン酸の混合物（例えば、混合物は、ｄＧＴＰ、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、およびｄＴＴＰを含む）を、プライムされた標的に添加する。少なくとも一部分のデオキシヌクレオチドを、上記のように、本発明のローダミン色素またはエネルギー移動色素対で標識化する。次に、ポリメラーゼ酵素が活性な条件下で、ポリメラーゼ酵素をこの混合物に添加する。ポリメラーゼ媒介標準合成の間に、標識化デオキシヌクレオチドの取込みによって、標識化ポリヌクレオチドを形成する。代替の酵素的合成法において、１つのプライマーの代わりに２つのプライマー（一方は、標的のプラス（＋）鎖に対して相補的であり、他方は、標的のマイナス（−）鎖に対して相補的である）を使用し、ポリメラーゼは熱安定性ポリメラーゼであり、そして反応温度は、変性温度と伸長温度との間で繰返し、それによって、ＰＣＲによって、標的配列に対する標識化相補鎖を急激に合成する（例えば、ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，１９９０，Ｉｎｎｉｓら編，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ）。
【０１９８】
あるいは、標識化ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドアナログは、合成後の（ｐｏｓｔ−ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）結合によって得られる。この実施形態によると、相補的官能基Ｆx（代表的に、アミノ基）を含むポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドアナログは、ＲxおよびＦxが反応して共有結合を形成する条件下で、構造式（ＩＩａ）もしくは（ＩＩｂ）に従うローダミン色素、または構造式（ＩＩＩａ）もしくは（ＩＩＩｂ）に従うエネルギー移動色素対と縮合する。標識化ポリヌクレオチドおよび／またはポリヌクレオチドアナログを、従来の手段（例えば、アルコール沈殿、ゲル電気泳動、カラムクロマトグラフィーなど）を使用して単離する。
【０１９９】
アミノ基または他の相補的官能基（例えば、チオール）を、酵素的または化学的に合成したポリヌクレオチドおよびポリヌクレオチドアナログに導入するための様々な試薬が、適切な縮合条件と同様に当該分野で公知である。例えば、ポリヌクレオチドの５’位でこのポリヌクレオチドを標識化するための方法は、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ａｎａｌｏｇｓ，１９９１．Ｅｃｋｓｔｅｉｎ編、第８章、ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ；Ｏｒｇｅｌら、１９８３，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１１（１８）：６５１３；および米国特許第５，１１８，８００号に記載される。リン酸エステル骨格でポリヌクレオチドを標識化するための方法は、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ａｎａｌｏｇｓ，１９９１．Ｅｃｋｓｔｅｉｎ編、第９章、ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓに記載される。ポリヌクレオチドの３’末端でこのポリヌクレオチドを標識化するための方法は、Ｎｅｌｓｏｎら、１９９２，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０（２３）：６２５３〜６２５９；米国特許第５，４０１，８３７号；および米国特許第５，１４１，８１３号に記載される。標識化手順の総説について、読者は、Ｈａｕｇｌａｎｄ，Ｅｘｃｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  ｏｆ  Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ，１９８３，Ｓｔｅｉｎｅｒ編、Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹを参照する。これらの開示の全ては、本明細書中で参考として援用される。
【０２００】
（５．６  本発明の色素および試薬を利用する方法）
本発明のローダミン色素、エネルギー移動色素対、およびこれらの色素およびエネルギー移動色素対を組み込む結合体は、蛍光検出を利用する任意の方法、特に、空間的に重なった複数の分析物の同時検出を必要とする水性の用途および方法によく適している。本発明の様々な色素および結合体は、特に、生物学的分離手順（例えば、電気泳動）に供されたか、または空間的にアドレス可能なハイブリダイゼーションアレイ中の位置に分配されたポリヌクレオチドのクラスを同定するのによく適している。
【０２０１】
本発明の様々な色素は、ペプチド、タンパク質、抗体および抗原に結合し得る。色素−抗体結合体は、サンドイッチ型免疫吸着アッセイに有用である。特に好ましいのは、ペプチド、細胞、および本発明が抗体に結合体化される他の細胞成分の検出のためのビーズベースのアッセイである。
【０２０２】
本明細書中で「フラグメント分析」または「遺伝子分析」法と称される方法の好ましいカテゴリーにおいて、標識化ポリヌクレオチドフラグメントは、例えば、ライゲーションまたはポリメラーゼ指向性プライマー伸長によって、標識化プライマーまたはヌクレオチドを使用するテンプレート指向性酵的合成によって生成され；このフラグメントは、サイズ依存性分離プロセス（例えば、電気泳動またはクロマトグラフィー）に供され；そしてこの分離されたフラグメントは、この分離に続いて、例えば、レーザー誘発蛍光によって検出される。特に好ましい実施形態において、複数のクラスのポリヌクレオチドが同時に分離され、そしてその異なるクラスがスペクトル分解可能な標識により識別される。
【０２０３】
増幅断片長多型検出（ＡｍｐＦＬＰ）として公知の１つのこのようなフラグメント分析法は、増幅断片長多型（すなわち、ＰＣＲによって増幅される制限断片長多型）に依存する。これらのサイズが変化する増幅フラグメントは、変異遺伝子をファミリーにわたって追跡するための結合マーカーとして役立つ。染色体上で増幅断片が変異遺伝子により接近するにつれて、結合相関はより高くなる。多くの遺伝子疾患に関する遺伝子は同定されていないため、これらの結合マーカーは、疾患の危険度または父系性の評価するのに役立つ。ＡｍｐＦＬＰ技術において、ポリヌクレオチドは、標識化ポリヌクレオチドＰＣＲプライマーを利用することによってか、またはＰＣＲにおいて標識化ヌクレオチド三リン酸を利用することによって標識化し得る。
【０２０４】
ニックトランスレーションとして公知の別のこのようなフラグメント分析法において、反応を使用して、二本鎖（ｄｓ）ＤＮＡ分子中の未標識のヌクレオチドを標識化ヌクレオチドで置換する。遊離３’−ヒドロキシル基は、デオキシリボヌクレアーゼ（ＤＮＡａｓｅ  Ｉ）で処理することにより生じる「ニック」により、ｄｓＤＮＡ内で生成される。ＤＮＡポリメラーゼ  Ｉは、次いで、このニックの３’−ヒドロキシル末端への標識化ヌクレオチドの付加を触媒する。同時に、この酵素の５’〜３’−エキソヌクレアーゼ活性は、このニックの５’−ホスホリル末端でヌクレオチドを除去する。遊離３’−ＯＨ基を有する新しいヌクレオチドは、除去されたもとのヌクレオチドの位置で組み込まれ、そしてこのニックは、１つのヌクレオチドに沿って３’方向で、シフトする。この３’シフトにより、ｄｓＤＮＡへの新しい標識化ヌクレオチドの連続付加が生じる。次いで、ニックトランスレーションされたポリヌクレオチドを、例えば、電気泳動のような分離プロセスを使用することによって分析する。
【０２０５】
別の代表的なフラグメント分析法は、様々な数のタンデム反復、すなわちＶＮＴＲに依存する。ＶＮＴＲは、特定の配列の複数の隣接するコピーを含む二本鎖ＤＮＡの領域であり、反復単位の数は可変である。ＶＮＴＲ遺伝子座は、ｐＹＮＺ２２、ｐＭＣＴ１８８およびＡｐｏ  Ｂである。サブセットのＶＮＴＲ方法は、マイクロサテライト反復、またはショートタンデムリピート（ＳＴＲ）（すなわち、短い（２〜４塩基）反復配列によって特徴付けられるＤＮＡのタンデム反復）の検出に依存する。ヒトにおいて最も多い分散性反復型ＤＮＡファミリーの１つは、（ｄＣ−ｄＡ）ｎ−（ｄＧ−ｄＴ）ｎジヌクレオチド反復ファミリー（（ＣＡ）ｎジヌクレオチド反復ファミリーとも呼ばれる）である。これらは、ヒトゲノム中で、典型的に１ブロックにつき１５〜３０個の反復を有する５０，０００〜１００，０００個もの多くの（ＣＡ）ｎ反復領域であると考えられる。これらの反復領域の多くは、長さの多型であり、従って、有用な遺伝子マーカーとして役立ち得る。好ましくは、ＶＮＴＲ法またはＳＴＲ法において、標識は、標識化ＰＣＲプライマーを使用して、ポリヌクレオチドフラグメントに導入される。
【０２０６】
特に好ましいフラグメント分析法においては、本発明によって同定されるクラスは、末端ヌクレオチドの観点で規定され、その結果、４種の可能な末端塩基と、スペクトル的に分離可能な色素のセットのメンバーとの間に、対応が確立される。このようなセットは、市販の分光器を用いて発光バンド幅および吸収バンド幅を測定することによって、本発明の色素およびエネルギー移動色素対から、容易に構築される。より好ましくは、クラスは、ＤＮＡ配列決定の化学的方法および連鎖停止方法に関して惹起され、そして最も好ましくは、クラスは、連鎖停止方法（すなわち、ジデオキシＤＮＡ配列決定、またはサンガー型配列決定）に関して惹起される。
【０２０７】
サンガー型配列決定は、配列が決定されるべき一本鎖ＤＮＡまたは二本鎖ＤＮＡのテンプレートを使用して、ＤＮＡポリメラーゼによるインビトロでの、ＤＮＡ鎖の合成を包含する。合成は、オリゴヌクレオチドプライマーがテンプレートにアニーリングする位置に基づいて規定される部位において、開始する。この合成反応は、連続したＤＮＡ伸長を支持しないターミネーターの取り込みによって、終結される。適切な割合のｄＮＴＰおよびＡ、Ｇ、ＣまたはＴと相補的な単一のターミネーターが使用される場合には、酵素により触媒されるプライマー伸長は、ターミネーターが取り込まれる各部位における伸長産物の画分において、終結する。標識プライマーまたは標識ターミネーターが各反応に対して使用される場合には、配列情報は、得られるプライマー伸長産物を高分解能電気泳動によって分離した後に、蛍光によって検出され得る。連鎖停止方法において、本発明の色素またはエネルギー移動色素対が、配列決定プライマーまたはターミネーターのいずれかに付着され得る。色素またはエネルギー移動色素対は、このプライマーの５’末端の相補的官能基（例えば、Ｆｕｎｇら、米国特許第４，７５７，１４１号の教示に従って）；プライマーの塩基、またはターミネーターの塩基（例えば、上述のアルキニルアミノ基または他の連結基を介して）に連結され得る。種々の酵素、プライマー、ｄＮＴＰおよび標識ターミネーターの濃度範囲は、当該分野において通常使用される濃度である。
【０２０８】
上記フラグメント分析方法の各々において、標識された伸長産物は、好ましくは、電気泳動手順によって分離される（例えば、Ｇｅｌ  Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ｏｆ  Ｎｕｃｌｉｅｃ  Ａｃｉｄｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ、１９８１、ＲｉｃｋｗｏｏｄおよびＨａｍｅｓ編、ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ  Ｌｉｍｉｔｅｄ、  Ｌｏｎｄｏｎ；Ｏｓｔｅｒｍａｎ、１９８４、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、第１巻、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ、Ｂｅｒｌｉｎ；または米国特許第５，３７４，５２７号、同第５，６２４，８００号および／または同第５，５５２，０２８号）。好ましくは、電気泳動マトリックスの種類は、架橋ポリアクリルアミドまたは架橋していないポリアクリルアミドであり、約２〜２０重量％の間（重量対容量）の濃度を有する。より好ましくは、このポリアクリルアミドの濃度は、約４〜８％の間である。好ましくは、ＤＮＡ配列決定に関して、電気泳動マトリックスは、変性剤（例えば、尿素、ホルムアミドなど）を含む。このようなマトリックスを構築するための詳細な手順は、以下により与えられる：Ｍａｎｉａｔｉｓら、１９８０、「Ｆｒａｃｔｉｏｎａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｌｏｗ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｗｅｉｇｈｔ  ＤＮＡ  ａｎｄ  ＲＮＡ  ｉｎ  Ｐｏｌｙａｃｒｙｌａｍｉｄｅ  Ｇｅｌｓ  Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ９８％  Ｆｏｒｍａｍｉｄｅ  ｏｒ  ７Ｍ  Ｕｒｅａ」、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  ６５：２９９〜３０５；Ｍａｎｉａｔｉｓら、１９７５、「Ｃｈａｉｎ  Ｌｅｎｇｔｈ  Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｍａｌｌ  Ｄｏｕｂｌｅ−  ａｎｄ  Ｓｉｎｇｌｅ−Ｓｔｒａｎｄｅｄ  ＤＮＡ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ｂｙ  Ｐｏｌｙａｃｒｙｌａｍｉｄｅ  Ｇｅｌ  Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ」、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １４：３７８７〜３７９４；Ｍａｎｉａｔｉｓら、１９８２、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１７９〜１８５頁；およびＡＢＩ  ＰＲＩＳＭTM  ３７７  ＤＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ  Ｕｓｅｒ’ｓ  Ｍａｎｕａｌ、Ｒｅｖ．Ａ、１９９５年１月、第２章（ｐ／ｎ９０３４３３、Ｔｈｅ  Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）。特定の分離において使用される、最適な電気泳動条件（例えば、ポリマー濃度、ｐＨ、温度、および変性剤の濃度）は、多くの要因（とりわけ、分離されるべき核酸の大きさの範囲、これらの塩基組成、これらが一本鎖であるか二本鎖であるか、および電気泳動によって情報が求められるクラスの性質）に依存する。従って、本発明の適用は、特定の分離のための条件を最適化するために、標準的な予備試験を必要とする。
【０２０９】
電気泳動分離に続いて、標識された伸長産物は、この標識から発光される蛍光を測定することによって、決定される。この検出を実施するために、標識された産物は、標準的な手段（例えば、高強度水銀灯、レーザーなど）によって照射される。照射波長は、特定の標識のスペクトル特性に依存する。好ましくは、照射手段は、４００ｎｍと７００ｎｍとの間の波長の照射ビームを有するレーザーである。より好ましくは、照射手段は、アルゴンイオンレーザーにより生成するレーザー光、特に、アルゴンイオンレーザーの４８８ｎｍと５１４ｎｍの輝線、またはネオジム固相ＹＡＧレーザーの５３２ｎｍの輝線、またはヘリウム−ネオンレーザーの６３３ｎｍの輝線である。これらの線を同時にレーザー発光する（ｌａｓｅ）いくつかのアルゴンイオンレーザーは、市販されており、例えば、Ｃｙｏｎｉｃｓ，Ｌｔｄ．（Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ、Ｃａｌｉｆ．）Ｍｏｄｅｌ  ２００１などである。次いで、蛍光が、感光検出器（例えば、光電子増倍管、電荷結合素子など）によって検出される。適切な例示的な電気泳動検出システムは、他の箇所、例えば、米国特許第５，５４３，０２６号；同第５，２７４，２４０号；同第４，８７９，０１２号；同第５，０９１，６５２号および同第４，８１１，２１８号に記載される。
【０２１０】
好ましい実施形態において、プライマーは標識されず、そしてこの配列決定反応物は、ｄＮＴＰのポリメラーゼおよび混合物に加えて、４つの異なるターミネーター（１つはＡに対して相補的であり、１つはＧに対して相補的であり、１つはＣに対して相補的であり、そして１つはＴに対して相補的である）を含む。異なるターミネーターの各々は、異なる、スペクトル的に分離可能な色素またはエネルギー移動色素対を用いて、標識される。これらのターミネーターのうちの１つは、本発明のローダミン色素またはエネルギー移動色素対で標識される。標識されたターミネーターの各々は、異なる波長で蛍光を発するので、大きさに基づく分離に続いて、各伸長産物の３’末端ヌクレオチドの同一性が、この標識の波長（または色）により同定される。特に好ましい実施形態においては、異なるスペクトル的に分離可能な標識の各々は、単一の光源を使用して励起され得る。このような好ましい標識ターミネーターのセットは、実施例の節に提供される。他のセットは、慣用的な方法によって容易に得られる種々の標識の励起スペクトル特性および発光スペクトル特性に依存する。
【０２１１】
本発明を記載してきたが、以下の実施例は、本発明を例示するために提供され、限定するためではない。
【０２１２】
（６．  実施例：ローダミン色素１９０の合成）
ローダミン色素１９０を、上述のスキームＩおよびＩＩに示したように適切なアミノフェノール出発物質から合成した。
【０２１３】
【化３７】
0003719979.tif 000046
（６．１  ２０２の合成）
【０２１４】
【化３８】
0003719979.tif 000047
アミノフェノール化合物２００を、米国特許第５，７５０，４０９号に記載のように、アセトニトリル中でヨウ化エチルおよび重炭酸ナトリウムを用いて１９２をアルキル化し、続いてジクロロメタン中で三臭化ホウ素を用いて脱メチルすることによって、合成した。
【０２１５】
【化３９】
0003719979.tif 000048
アミノフェノール２００（４．８ｇ、２２ｍｍｏｌ）および無水テトラフルオロフタル酸１１４（４．９ｇ、２２ｍｍｏｌ；Ａｌｄｒｉｃｈ）の溶液を、トルエン（４４ｍｌ）中で３時間還流した。この溶液を室温まで冷却し、そして沈殿を収集して、テトラフルオロケトン２０２（６．８ｇ、７０％）を得た。
【０２１６】
（６．２  ２０４の合成）
【０２１７】
【化４０】
0003719979.tif 000049
ｔｅｒｔ−ブチルエステルアミン１９４（米国特許第５，６８８，８０８号に従って調製した）（５．４６ｇ、２０ｍｍｏｌ）、メチル４−（ブロモメチル）ベンゾエート（８．３ｇ、３６．２ｍｍｏｌ）、ヨウ化ナトリウム（３．０ｇ、２０ｍｍｏｌ）および炭酸カリウム（２．８ｇ、２０ｍｍｏｌ）の懸濁液を、アセトニトリル（２０ｍｌ）中で１時間還流した。ＴＬＣ（ヘキサン／酢酸エチル  １／１）は、この反応が完了したことを示した。エーテルを、冷却した混合物に添加し、そしてこの溶液を固体からデカンテーションした。この溶液を水（５０ｍｌの２部分）、ブライン（５０ｍｌ）で洗浄し、そして硫酸マグネシウムで乾燥した。粗生成物を、シリカゲルでのクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル  １９：１）で精製して、アルキル化されたｔｅｒｔ−ブチルエステル生成物（４．３ｇ、１０ｍｍｏｌ、５０％）の白色結晶を得た。このｔｅｒｔ−ブチルエステルを、水酸化リチウム一水和物（１．７ｇ、４０ｍｍｏｌ）の水（１０ｍｌ）およびメタノール（５０ｍｌ）中の溶液に溶解し、２時間還流し、次いで乾燥するまで減圧下でエバポレートした。この残渣をジエチルエーテル（１００ｍｌ）で抽出し、水およびブラインで洗浄した。有機層を硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、そしてエバポレートして、黄褐色の泡状物として２０４を得た。1Ｈ  ＮＭＲ（２０４、ＣＤ2Ｃｌ2）δ８．０３，２Ｈ，ｄ；７．４５，２Ｈ，ｄ；６．９６，１Ｈ，ｄ；６．０４，１Ｈ，ｄ；５．６５，１Ｈ，ｓ；４．５５，１Ｈ，ｍ；１．３８，３Ｈ，ｓ；１．２５、６Ｈ，ｓ。
【０２１８】
（６．３  ２０６の合成）
【０２１９】
【化４１】
0003719979.tif 000050
オキシ三塩化リン（２．８ｍｌ、３０ｍｍｏｌ）を、テトラフルオロケトン２０２（４．４ｇ、１０ｍｍｏｌ）のクロロホルム（１００ｍｌ）中の懸濁液に添加した。この懸濁液を室温で３０分間撹拌し、アミノフェノール２０４（３．２ｇ、１０ｍｍｏｌ）を添加し、そしてこの混合物を３時間還流した。この溶液を室温に冷却し、そしてこの反応を水（１ｍｌ）でクエンチした。溶媒をエバポレートし、そして色素２０６を、順相クロマトグラフィー（ＤＣＭ／ＭｅＯＨ／ＨＯＡｃ、９０：１０：１）で精製した。色素２０６を、Ｃ１８逆相クロマトグラフィー（ＭｅＯＨ／０．１Ｍ  ＴＥＡＡ、４：１）でさらに精製して、暗緑色固体（０．６５ｇ、９％、吸収極大６１０ｎｍ、発光極大６３２ｎｍ、Ｈ2Ｏ）を得た。
【０２２０】
（６．４  色素１９０の合成）
ジメチルアミノピリジン（８５ｍｇ）を、０．７ｍｌのジメチルホルムアミド中のテトラフルオロ色素２０６（３０ｍｇ）に添加した。室温で２０時間後に、ＴＬＣ分析（ＣＨ2Ｃｌ2：ＣＨ3ＯＨ：ＣＨ3ＣＯ2Ｈ  ８０：２０：１６）は、出発物２０６の完全な消失および新たな低いＲｆスポットのテトラジメチルアミノピリジニウム付加体の出現を示した。チオフェノール（０．７５ｍｌ）を添加し、そしてさらに８時間後、ＴＬＣは、より高いＲｆスポットの部分的な変換体を示した。減圧下で濃縮した後に、１９０を、逆相ＨＰＬＣ（Ｃ１８）で、３０〜５０％の０．１Ｍ  ＴＥＡＡ中のアセトニトリルの勾配によって、精製した。１９０を含む画分を合わせ、そしてエバポレートして、青色オイルを得、これをエーテル中で沈殿させて、純粋な色素１９０を青色固体（３０ｍｇ、吸収極大６２８ｎｍ、発光極大６５０ｎｍ、Ｈ2Ｏ）として得た。
【０２２１】
１９０のスクシンイミジル（ＮＨＳ）エステルを、１００μｌのジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）中の１９０（５ｍｇ）の溶液から調製した。スクシンイミジルテトラメチルウロニウムテトラフルオロボレート（２０ｍｇ）およびジイソプロピルアミン（１０μｌ）を添加した。室温で１時間後、ＴＬＣ分析（Ｃ２逆相プレート、ＣＨ3ＯＨ／０．１Ｍ  ＴＥＡＡ  １：１）は、出発物１９０の消失および新たな低いＲｆスポットを示した。１９０のＮＨＳエステルを、沈殿によって、青色固体として単離した。
【０２２２】
（７．  実施例：ローダミン色素１９６の合成）
【０２２３】
【化４２】
0003719979.tif 000051
ローダミン色素１９６を、色素１９０と類似の様式で、対応するテトラフルオロ色素２２０から合成した。
【０２２４】
（７．１  テトラフルオロ２２０の合成）
【０２２５】
【化４３】
0003719979.tif 000052
オキシ三塩化リン（２．８ｍｌ、３０ｍｍｏｌ）を、テトラフルオロケトン２０２（４．４ｇ、１０ｍｍｏｌ）のクロロホルム（１００ｍｌ）中の懸濁液に添加した。この懸濁液を室温で３０分間撹拌し、アミノフェノール２００（３．２ｇ、１０ｍｍｏｌ）を添加し、そしてこの混合物を３時間還流した。この溶液を室温に冷却し、そしてこの反応を水（１ｍｌ）でクエンチした。溶媒をエバポレートし、そして色素２２０を、順相クロマトグラフィー（ＤＣＭ／ＭｅＯＨ／ＨＯＡｃ、９０：１０：１）で精製した。色素２２０を、Ｃ１８逆相クロマトグラフィー（ＣＨ3ＯＨ：０．１Ｍ  ＴＥＡＡ、４：１）でさらに精製して、暗緑色固体（０．６５ｇ、９％、吸収極大６１３ｎｍ、発光極大６４３ｎｍ、Ｈ2Ｏ）を得た。
【０２２６】
（７．２  ローダミン色素１９６の合成）
２２０（１００ｍｇ）のジメチルホルムアミド（１．５ｍｌ）中の溶液に、４−（ジメチルアミノ）ピリジン（１５０ｍｇ）を添加した。８０：２０：１６のジクロロメタン：メタノール：酢酸で溶出するシリカゲルでの薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）は、テトラフルオロ２２０（Ｒｆ＝１）をテトラジメチルアミノピリジニウム付加体（Ｒｆ＝０）と区別し得た。４０時間後、薄層クロマトグラフィーによる分析は、ＳｙｍＪＡＺ付加体への完全な転換を示した。
【０２２７】
この溶液に、４−カルボキシチオベンゼン（５０ｍｇ）を添加した。１０分後、ＴＬＣ分析は、ローダミン色素１９６（Ｒｆ＝０．１）への転換を示した。１９６の精製は、Ｃ１８シリカゲルで、２０〜７０％メタノール対０．１Ｍトリエチルアンモニウムアセテートでの段階的な溶出により、達成した。色素１９６は、３０％と５０％との間のメタノールで溶離された。この溶媒をエバポレートして、残渣の青色オイルをエーテルで沈殿させ、色素１９６を青色固体（８５ｍｇ、吸収極大６３６ｎｍ、発光極大６６１ｎｍ、Ｈ2Ｏ）として得た。
【０２２８】
（７．３  テトラフルオロ１９８の合成）
【０２２９】
【化４４】
0003719979.tif 000053
アミノフェノール化合物２２８を、米国特許第５，７５０，４０９号に記載されるように合成し、そして上述の実施例６．１のように無水テトラフルオロフタル酸１１４で環化して、２３８（λｍａｘ  ３８４ｎｍ）を得た。２．６ミリモルの２３８および２．６ミリモルの２２８の、１．２ｇのオキシ三塩化リンおよび１０ｍｌのアセトニトリル中の混合物を、１２時間還流した。溶媒を減圧下でエバポレートし、数ミリリットルのジクロロメタンに溶解し、そしてシリカゲルで、ジクロロメタンおよびメタノールでの溶出により、クロマトグラフィーで分離した。生成物の画分を合わせ、エバポレートし、そして逆相分取ＨＰＬＣおよび１％ＨＣｌ中への沈殿によってさらに精製して、３５ｍｇの１９８を赤色固体として得た。1Ｈ  ＮＭＲ（１９８、ＣＤ3ＯＤ）δ６．８２，２Ｈ，ｓ；６．５９，２Ｈ，ｓ；５．６３，２Ｈ，ｓ；１．９，６Ｈ，ｂｒ  ｓ；１．４，１２Ｈ，ｂｒ  ｓ。
【０２３０】
【化４５】
0003719979.tif 000054
（７．４  テトラフルオロ２４０の合成）
テトラフルオロ２４０を、実施例７．３の方法および対応するメチル化中間体により、合成した。質量分析２４０：実測値＝６６２．２２（分子量＝６６２．６７）励起極大６２４ｎｍ、発光極大６４４ｎｍ（８Ｍ尿素））。
【０２３１】
【化４６】
0003719979.tif 000055
（８．  実施例：ローダミン色素２３２の合成）
【０２３２】
【化４７】
0003719979.tif 000056
ローダミン色素２３２を、上記のスキーム（Ｉ）および（ＩＩ）に示すように、適切なアミノフェノール出発物質から合成した。
【０２３３】
（８．１  三環式アミンフェノール２０８の合成）
【０２３４】
【化４８】
0003719979.tif 000057
ｔｅｒｔ−ブチルエステルアミン１９４（米国特許第５，６８８，８０８号に従って調製した）（１２．８ｇ、４７ｍｍｏｌ）、１−ブロモ−３−クロロプロパン（２９．３ｇ、１８７ｍｍｏｌ）、ヨウ化ナトリウム（５６．４ｇ、３７６ｍｍｏｌ）および重炭酸ナトリウム（７．９ｇ、９４ｍｍｏｌ）の懸濁液を、アセトニトリル（１５０ｍｌ）中で１８時間還流した。この混合物を室温に冷却し、吸引濾過によって濾過し、そして残渣のレベルまでエバポレートした。フィルターケーキをヘキサン（３００ｍｌ）で洗浄し、そしてこの濾液を残渣と合わせ、そして水（５０ｍｌの２部分）、ブライン（５０ｍｌ）で洗浄し、そして硫酸マグネシウムで乾燥した。粗環化生成物を、シリカゲルでのクロマトグラフィー（ヘキサン／酢酸エチル  ２０：１）で精製して、中間体である三環式ピバレートエステルを淡黄色オイルとして得た（９．５ｇ、３０ｍｍｏｌ、６４％）。この環化エステルを、水酸化リチウム一水和物（２．６ｇ、６０ｍｍｏｌ）の水（１５ｍｌ）およびメタノール（１２０ｍｌ）中の溶液に溶解した。この溶液を室温で１時間撹拌し、次いで乾固するまで減圧下でエバポレートした。この残渣を１Ｍ  ＨＣｌ（３０ｍｌ）で処理し、そしてジエチルエーテル（１００ｍｌの３部分）で抽出した。合わせた抽出物を２００ｍＭ、ｐＨ７のリン酸緩衝液（５０ｍｌ）で洗浄し、硫酸マグネシウムで乾燥し、濾過し、そしてエバポレートして、三環式アミンフェノール２０８を褐色の固体として得、粗生成物を次の工程で使用した。
【０２３５】
（８．２  テトラフルオロケトン２１０の合成）
【０２３６】
【化４９】
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アミノフェノール２０８（０．６７ｇ、２．９ｍｍｏｌ）および無水テトラフルオロフタル酸（０．６４ｇ、２．９ｍｍｏｌ）の溶液を、トルエン（１０ｍｌ）中で３時間還流した。この溶液を室温に冷却し、そして沈殿を収集して、テトラフルオロケトン２１０（０．９２ｇ、７１％）を得た。
【０２３７】
（８．３  テトラフルオロ２１２の合成）
【０２３８】
【化５０】
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亜リン酸オキシトリクロリド（０．５６ｍｌ、６ｍｍｏｌ）を、クロロホルム（２０ｍｌ）中のＦ４  ＲＡＺケトン２１０（０．９１ｇ、２ｍｍｏｌ）の溶液に添加した。この溶液を１５分間攪拌し、アミノフェノール２０８（０．４６ｇ、２ｍｍｏｌ）を添加し、そしてこの混合物を３時間還流した。この溶液を室温に冷却し、この反応物を水（０．５ｍｌ）でクエンチした。テトラフルオロ色素２１２を、正相（ｎｏｒｍａｌ  ｐｈａｓｅ）クロマトグラフィー（ＤＣＭ／ＭｅＯＨ、２０：１）によって精製し、Ｃ１８逆相クロマトグラフィー（ＭｅＯＨ／０．１Ｍ  ＴＥＡＡ、９：１）によってさらに精製し、金属調の緑色固体として２１２を生成した（０．３９ｇ、３０％、最大吸収６３０ｎｍ、最大発光６５５ｎｍ、８Ｍ  尿素）。
【０２３９】
（８．４  ローダミン色素２３２の合成）
ローダミン色素２３２を、７．２節（前出）に記載されるように、４−（ジメチルアミノ）ピリジンおよび４−カルボキシチオベンゼンを用いて、テトラフルオロ色素２１２から合成し、そしてＣ−８逆相ＨＰＬＣによって精製し、アセトニトリル／０．１Ｍ  ＴＥＡＡ勾配で溶出した（最大発光６６５ｎｍ、水）。
【０２４０】
（９．実施例：ローダミン色素２３４の合成）
【０２４１】
【化５１】
0003719979.tif 000060
ローダミン色素２３４を、スキーム（Ｉ）および（ＩＩ）に示されるように、適切なアミノフェノール出発物質から合成した。
【０２４２】
（９．１  ピロリジニルフェノール２１４の合成）
【０２４３】
【化５２】
0003719979.tif 000061
ｍ−アミノフェノール（１２．６ｇ、１１５ｍｍｏｌ）の溶液を、１，４−ジブロモブタン（５０ｇ、２３０ｍｍｏｌ）中において、１３０℃で１８時間加熱した。この混合物を室温に冷却し、ガムをエーテル、次いで酢酸エチルを用いて粉砕した。このガムを１２０ｍｌの１Ｍ  ＮａＯＨに溶解し、そして酢酸エチル（１００ｍｌ）で抽出した。層を分離し、そして有機相を水で２回、次いでブラインで洗浄した。硫酸マグネシウムで乾燥した後、粗生成物を、シリカゲルクロマトグラフィー（ＤＣＭ／メタノール  １００：１）によって精製して、薄い黄色の固体を得た。この固体をトルエン（５００ｍｌ）およびトリエチルアミン（１６ｍｌ、１１５ｍｍｏｌ）中で２時間還流し、室温に冷却し、そして水で洗浄した。この溶媒をエバポレートして、ピロリジニルフェノール２１４を白色の固体（１１ｇ、６０％）として残した。1Ｈ  ＮＭＲ（２１４、ｄ６−ＤＭＳＯ）δ８．９８、１Ｈ、ｓ；６．９０、１Ｈ、ｔ；５．９５、３Ｈ、ｍ；３．１８、４Ｈ、ｍ；１．９５、４Ｈ、ｍ。
【０２４４】
（９．２  ピロリジニルケトン２１６の合成）
【０２４５】
【化５３】
0003719979.tif 000062
アミノフェノール２１４（０．７４ｇ、４．６ｍｍｏｌ）および無水テトラフルオロフタル酸（１ｇ、４．６ｍｍｏｌ）の溶液を、トルエン（５ｍｌ）中で３時間還流した。この溶液を室温に冷却し、そして沈殿物を回収し、ピロリジニルケトン２１６（１．３ｇ、７７％）を得た。
【０２４６】
（９．３  テトラフルオロ２１８の合成）
【０２４７】
【化５４】
0003719979.tif 000063
亜リン酸オキシトリクロリド（１ｍｌ、１０ｍｍｏｌ）を、クロロホルム（１０ｍｌ）中のピロリジニルケトン２１６（１．３ｇ、３．５ｍｍｏｌ）の溶液に添加した。この溶液を１５分間攪拌し、アミノフェノール２１４（０．５６ｇ、３．５ｍｍｏｌ）を添加し、そしてこの溶液を４時間還流した。この溶液を室温に冷却し、この反応物を水（０．５ｍｌ）でクエンチした。テトラフルオロ２１８を、Ｃ１８逆相クロマトグラフィー（ＭｅＯＨ／０．１Ｍ  ＴＥＡＡ、４：１）によって精製して、金属調の緑色固体を生成した（０．７３ｇ、４１％、最大吸収５７６ｎｍ、最大発光５９４ｎｍ、ＣＨ3ＯＨ）。
【０２４８】
（９．４  ローダミン色素２３４の合成）
ローダミン色素２３４（最大吸収５９０ｎｍ、最大発光６０６ｎｍ、ＣＨ3ＯＨ；最大発光６１１ｎｍ、水）を、７．２節（前出）に記載されるように、２１８から合成し、そしてＣ−８逆相ＨＰＬＣによって精製し、アセトニトリル／０．１Ｍ  ＴＥＡＡ勾配で溶出した。
【０２４９】
（１０．実施例：ローダミン色素２３６の合成）
【０２５０】
【化５５】
0003719979.tif 000064
ローダミン色素２３６を、スキームＩおよびＩＩに示されるように、３−（ビスベンジルアミノ）フェノールおよび無水テトラフルオロフタル酸１１４から合成した。
【０２５１】
（１０．１  ビス−ベンジルテトラフルオロケトン２２２の合成）
【０２５２】
【化５６】
0003719979.tif 000065
３−（ビスベンジルアミノ）フェノール（１４．５ｇ、５０ｍｍｏｌ）および無水テトラフルオロフタル酸（１１ｇ、５０ｍｍｏｌ）の溶液を、トルエン（５０ｍｌ）中で１８時間還流した。この溶媒をエバポレートし、そして残渣をＣ１８逆相クロマトグラフィー（ＭｅＯＨ／水、７：３）によって精製し、白色の固体としてビス−ベンジルテトラフルオロケトン２２２（６．５ｇ、２５％）を生成した。
【０２５３】
（１０．２  テトラ−ベンジルテトラフルオロ２２４の合成）
【０２５４】
【化５７】
0003719979.tif 000066
亜リン酸オキシトリクロリド（３．３ｍｌ、３５ｍｍｏｌ）を、クロロホルム（６０ｍｌ）中のビス−ベンジルケトン２２２（６．０ｇ、１２ｍｍｏｌ）の溶液に添加した。この溶液を１５分間攪拌し、３−（ビスベンジルアミノ）フェノール（３．４ｇ、１２ｍｍｏｌ）を添加し、そしてこの混合物を３時間還流した。この溶液を室温に冷却し、この反応物を水（１ｍｌ）でクエンチした。この溶媒をエバポレートし、そして残渣をＣ１８逆相クロマトグラフィー（ＭｅＯＨ／０．１Ｍ  ＴＥＡＡ、９：１）によって精製し、暗赤色の固体としてテトラ−ベンジルテトラフルオロ色素２２４（０．６２ｇ、７％、最大吸収５６６ｎｍ）を生成した。
【０２５５】
（１０．３  テトラフルオロ２２６の合成）
【０２５６】
【化５８】
0003719979.tif 000067
色素２２４（０．６２ｇ、０．８ｍｍｏｌ）の懸濁液を、濃ＨＢｒ（２０ｍｌ）中において１１０℃で４５分間加熱した。この反応混合物を氷水中に注ぎ、そして、沈澱を回収し、そしてＣ１８逆相クロマトグラフィー（ＣＨ3ＯＨ／０．１Ｍ  ＴＥＡＡ、３：２）によって精製して、金属調の緑色の固体として脱ベンジル化色素２２６（１００ｍｇ、３１％、最大吸収５２１ｎｍ）を生成した。
【０２５７】
（１０．４  ローダミン色素２３６の合成）
ローダミン色素２３６を、７．２節（前出）に記載されるように、２２６から合成した。２３６の精製を、２０〜７０％  エタノール  対  ０．１Ｍ  酢酸トリエチルアンモニウムを用いた段階的溶出を用いてＣ１８シリカゲルで達成した。色素２３６は、３０％と５０％との間のメタノールで溶出した。この溶媒をエバポレートし、そして残りの青色オイルをエーテルで沈澱して、青色の固体として表題の色素（８５ｍｇ、最大吸収５４５ｎｍ、Ｈ2Ｏ）を生成した。
【０２５８】
（１１．実施例：ＦＲＥＴ色素２３０の合成）
【０２５９】
【化５９】
0003719979.tif 000068
（１１．１  １９６のスクシニミジル（ＮＨＳ）エステルの合成）
ＤＭＦ（１００μｌ）中の色素１９６（５ｍｇ）の溶液に、スクシニミジルテトラメチルウラン  テトラフルオロボレート（ｔｅｔｒａｍｅｔｈｙｌｕｒｏｎｉｕｍ  ｔｅｔｒａｆｌｕｏｒｏｂｏｒａｔｅ）（２０ｍｇ）およびジイソプロピルアミン（１０μＬ）を添加した。１：１のメタノール：０．１Ｍ  酢酸トリエチルアンモニウムで溶出する、Ｃ２逆相シリカゲルでのＴＬＣ分析は、１９６スクシニミジルエステル（Ｒｆ＝０）から色素１９６（Ｒｆ＝０．２）を区別し得た。１時間後、反応は、完了したように見え、そしてこの反応物を、５％  ＨＣｌとジクロロメタンとの間で分画した。有機層をＮａ2ＳＯ4で乾燥し、そして溶媒をエバポレートして１９６ＮＨＳエステルを青色の固体として得た。
【０２６０】
（１１．２  ＦＲＥＴ色素２３０の合成）
エネルギー移動（ＦＲＥＴ）色素２３０を、米国特許第５，８６３，７２７号に記載される方法に従って、１９６ＮＨＳエステルおよび４−アミノメチル安息香酸および４’−アミノメチル−６−カルボキシフルオレセイン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅ  Ｉｎｃ．，Ｅｕｇｅｎｅ、ＯＲ）を結合することによって調製する。例えば、２５０μｌのＤＭＳＯに溶解された１μモルの１９６ＮＨＳを、１００μｌ  ＤＭＳＯおよび２０μｌ  トリエチルアミン中の２μモルの４’−アミノメチル−６−カルボキシフルオレセインの溶液に添加する。混合後、この溶液を約１２時間静置し、逆相ＨＰＬＣによって結合の進行をモニタリングする。
【０２６１】
（１２．実施例：ＦＲＥＴ色素２３０−ｄｄＡＴＰの合成）
【０２６２】
【化６０】
0003719979.tif 000069
ＦＲＥＴ色素２３０を、前出の実施例１１．１の方法によってＮＨＳエステルとして活性化し、そして米国特許第５，８２１，３５６号および同第５，７７０，７１６号の方法に従って、７−デアザ−７−アミノプロパルギル，２’−３’ジデオキシアデノシン−５’−三リン酸と結合し、ＦＲＥＴ色素２３０−ｄｄＡＴＰを得る。あるいは、４’−トリフルオロアセタミドメチル  ６−カルボキシフルオレセインＮＨＳエステルを、７−デアザ−７−アミノプロパルギル，２’−３’ジデオキシアデノシン−５’−三リン酸と結合し、中間体色素ヌクレオチドを得る。トリフルオロアセチル保護基を、塩基性条件下で除去し、そして中間体色素ヌクレオチドを、２３０ＮＨＳエステルと結合し、ヌクレオチドにエネルギー移動色素を結合する２工程方法によって、ＦＲＥＴ色素２３０−ｄｄＡＴＰを得る。
【０２６３】
（１３．実施例：エネルギー移動色素を用いるＳａｎｇｅｒ型配列決定）
米国特許第５，８２１，３５６号および同第５，３６６，８６０号に記載の方法に従って、Ｓａｎｇｅｒ型ターミネーター配列決定を、Ｔａｑ  ＦＳポリメラーゼ（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）、４つのｄＮＴＰの混合物、非標識配列決定プライマーおよび単一の標識ターミネーター（６−ＦＡＭ−２３０−ｄｄＡＴＰ）を用いて、ｐＧＥＭ（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）で実施した。ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  Ｍｏｄｅｌ  ３１０装置（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）で得た、生じた配列決定データのプロットを図１に提供する。
【０２６４】
（１４．実施例：４色のＳａｎｇｅｒ型配列決定）
米国特許第５，８２１，３５６号および同第５，３６６，８６０号に記載の方法に従って、４色Ｓａｎｇｅｒ型ターミネーター配列決定を、Ｔａｑ  ＦＳポリメラーゼ（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）、４つのｄＮＴＰの混合物、非標識配列決定プライマーおよび４つの３’−フルオロ、スペクトル分離可能標識ターミネーター（６−ＦＡＭ−２３０−ｄｄＡＴＰ；５−ＦＡＭ−２３６−７−デアザ−ｄｄＡＴＰ；６−ＦＡＭ−ＪＯＮ−ｄｄＡＴＰ；６−ＦＡＭ−ＲＯＸ−ｄｄＡＴＰ）の混合物を用いて、ｐＧＥＭ１（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）で実施した。ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  Ｍｏｄｅｌ  ３１０装置（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）で得た、生じた配列決定データのプロットを図２に提供する。
【０２６５】
図２に示され得るように、全ての色素標識ポリヌクレオチドは、顕著な蛍光強度を示す。さらに、異なる色素標識ポリヌクレオチドは、十分に類似した移動度を示し、よい分解能を生じる。
【０２６６】
（１５．実施例：抗ヒト抗体−色素結合物検出）
（抗ヒトＩＬ−８抗体−色素−１９６結合物）
ポリクローナル抗ヒトＩＬ−８抗体（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ；０．５ｍｌのＰＢＳ中に０．５ｍｇ）を、５０μｌの１Ｍ  Ｎａ2ＣＯ3および１０５μｇの色素１９６とともに、暗所において、室温で１時間インキュベートした。抗体−色素−１９６結合物（最大吸収６６６ｎｍ、Ｈ2Ｏ）を、ｓｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−５０（微細）サイズ排除カラムを用いて、遊離色素から分離した。結合物を０．２μフィルターに通し、そしてＰＢＳ中にて４℃で保存した。抗体の濃度を、以下の方程式に従って決定した：［Ａ280−（０．８２×Ａ640）］／１７０，０００、ここで、０．８２＝遊離色素のＡ280／Ａ640であり、そして１７０，０００は、抗体に対する消衰係数である。色素の濃度を、以下の方程式に従って決定した：Ａ640／１２０，０００、ここで、１２０，０００は、色素１９６に対する消衰係数である。色素１９６標識ポリクローナル抗ヒトＩＬ−８抗体濃度は、２．３／１のＦ／Ｐ比を有して、０．１８ｍｇ／ｍｌであった。
【０２６７】
（モノクローナル抗ヒトＩＬ−８抗体コートビーズの調製）
ヤギ抗マウスＩｇＧ（Ｆｃ）ポリスチレンビーズ（２００ｍｌの０．５％ｗ／ｖ；６μｍビーズ直径；Ｓｐｈｅｒｏｔｅｃｈ）を、まず１ｍｌのＰＢＳを用いたビーズペレットの遠心分離および再懸濁によって３回洗浄した。４μｇのモノクローナル抗ヒトＩＬ−８抗体（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）を、最終容量１ｍｌでビーズ攪拌液に添加した。緩徐な攪拌を伴う、室温での１６時間のインキュベートの後、モノクローナル抗体コートビーズを上記のように２回洗浄し、そして１ｍｌのＰＢＳに再懸濁した。最終ビーズ濃度は、０．１％ｗ／ｖまたは８×１０6ビーズ／ｍｌであった。モノクローナル抗体コートビーズは、４℃にて保存される場合、約１ヶ月間安定であった。
【０２６８】
（蛍光連結免疫吸着アッセイ（ＦＬＩＳＡ））
標準曲線を作成するために、５０μｌのＦＬＩＳＡ緩衝液（１ｍｇ／ｍｌ  ＢＳＡ、０．３５Ｍ  ＮａＣｌ、０．１％  Ｔｗｅｅｎ  ２０、および０．０１％  ＮａＮ3を含むＰＢＳ）中のヒトＩＬ−８ペプチド（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）の２倍段階希釈物を、９６ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ  Ｃｏｓｔａｒ  Ｎｏ．３９０４）にアリコートした。続いて、次いで、ＦＬＩＳＡ緩衝液中にモノクローナル抗ヒトＩＬ−８抗体コートビーズおよび色素１９６標識ポリクローナル抗ヒトＩＬ−８抗体を含む５０μｌの混合物を、それぞれのウェルに添加した。１ウェル当たり１００μｌ総容積中の最終濃度は、６４，０００抗体コートビーズ／ｍｌおよび０．１１μｇ／ｍｌの色素１９６標識ポリクローナル抗ヒトＩＬ−８抗体であった。ＩＬ−８ペプチドの段階希釈物は、２，０００〜２．０ｐｇ／ｍｌの範囲であった。このアッセイは、８つの複製物およびペプチドを含まないコントールウェルを含む。暗所にて、室温で一晩のインキュベートの後、この９６ウェルプレートを、ＦＭＡＴ８１００  ＨＴＳ  Ｓｙｓｔｅｍ（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）、６３３ｎｍのＨｅＮｅレーザーおよび２チャンネルの蛍光検出器（ＦＬ１：６５０〜６８５ｎｍ、ＦＬ２：６８５〜７２０ｎｍ）を装備した巨大共焦点イメージングシステムを用いて走査した。各ウェルの１ｍｍ2領域を、１００μｍの焦点深度、そして１秒／ウェルの速度で、産生された２５６の走査線でラスタ走査する。次いで、各ビーズに関する蛍光強度を、デジタル画像から得、そしてビーズ当たりの平均蛍光強度をウェルごとに計算する。ＦＬ１  対  ＩＬ−８ペプチドのｐｇ／ｍｌにおける平均蛍光強度の両対数グラフを、図４に示す。このアッセイの直線的ダイナミックレンジは、２５０〜３．９ｐｇ／ｍｌ  ＩＬ−８である。
【０２６９】
本発明は上記に詳しく述べられた好ましい実施形態および実施例を参照することによって記載されたが、これらの実施例が、限定する意義でなく例示の意義であることが意図されることを理解すべきである。本発明の精神から逸脱しない改変が、当業者によって容易に行われるということが意図される。任意のこのような改変は、添付の特許請求の範囲の範囲内にあることが意図される。
【０２７０】
本明細書中に列挙されるすべての参考文献、刊行物および特許は、それぞれの参考文献が独立して参考として組み込まれる場合と同一の範囲に、本明細書中に参考として援用される。
【図面の簡単な説明】
【図１】  図１は、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  Ｍｏｄｅｌ  ３１０シーケンサー（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）上で、プラスミドｐＧＥＭ、標識されていない配列決定プライマーおよび標識されたターミネーター６−ＦＡＭ−１９６−７−デアザ−ｄｄＡＴＰを用いて得られた、単一色の配列決定データを提供する。
【図２】  図２は、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  Ｍｏｄｅｌ  ３１０シーケンサー（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）上でプラスミドｐＧＥＭ１、標識されていない配列決定プライマーならびにスペクトル的に分解可能な４つの混合物（標識された３’−フルオロターミネーター：６−ＦＡＭ−１９６−７−デアザ−ｄｄＡＴＰ；５−ＦＡＭ−ｄＲ１１０−７−デアザ−ｄｄＧＴＰ；６−ＦＡＭ−ｄＪＯＮ−ｄｄＴＴＰ；および６−ＦＡＭ−ｄＲＯＸ−ｄｄＣＴＰ）を用いて得られた、４色の配列決定データを提供する。
【図３】  図３は、以下（左から右へ）；：２３６（Ｅｍａｘ＝５４５ｎｍ）、１９０（Ｅｍａｘ＝６５０ｎｍ）、１９６（Ｅｍａｘ＝６６１ｎｍ）、２３２（Ｅｍａｘ＝６６５ｎｍ）の発光極大を有する、４つの色素の蛍光発光スペクトル（Ｈ2Ｏ）を提供する。縦座標軸は蛍光単位であり、横座標軸は発光波長（ｎｍ）である。
【図４】  図４は、蛍光結合免疫吸着アッセイによる、ＦＬ１（６５０〜６８５ｎｍ）対ＩＬ−８ペプチドのｐｇ／ｍｌでの検出における平均蛍光強度のｌｏｇ対ｌｏｇグラフの標準曲線のプロットである。
【図１】
0003719979.tif 000119
【図２】
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【図３】
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【図４】
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