【手続補正書】
【提出日】令和2年12月3日(2020.12.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリペプチド会合体の製造方法であって、
前記ポリペプチド会合体は、下記のドメイン：
（１） 癌抗原結合ドメイン（ただし癌抗原はCD3ではない）、
（２） 配列番号：23に記載のヒトFc領域を有するポリペプチド会合体と比較して、ヒトFcγI、ヒトFcγIIA、ヒトFcγIIB、ヒトFcγIIIA、又はヒトFcγIIIBのいずれかであるヒトFcγ受容体に対する結合活性が低下している、Fc領域を含むドメイン、及び、
（３） T細胞受容体複合体結合ドメイン
を含み、
癌抗原結合ドメイン、及び、T細胞受容体複合体結合ドメインは各々一価のFabを含み、
さらに前記ポリペプチド会合体は、以下の（ａ）から（ｅ）からなる群より選択され：
（ａ）癌抗原結合ドメインを構成する前記一価のFabの重鎖Fv断片がCH1領域を介してFc領域を構成する一方のポリペプチドに連結され、当該Fabの軽鎖Fv断片がCL領域と連結され、T細胞受容体結合ドメインを構成する前記一価のFabの重鎖Fv断片がCH1領域を介してFc領域を構成する他方のポリペプチドに連結され、当該Fabの軽鎖Fv断片がCL領域と連結された、ポリペプチド会合体；
（ｂ）癌抗原結合ドメインを構成する前記一価のFabの重鎖Fv断片がCH1領域を介してFc領域を構成する一方のポリペプチドに連結され、当該Fabの軽鎖Fv断片がCL領域と連結され、T細胞受容体結合ドメインを構成する前記一価のFabの軽鎖Fv断片がCH1領域を介してFc領域を構成する他方のポリペプチドに連結され、当該Fabの重鎖Fv断片がCL領域と連結された、ポリペプチド会合体；
（ｃ）癌抗原結合ドメインを構成する前記一価のFabの重鎖Fv断片がCH1領域を介してFc領域を構成する一方のポリペプチドに連結され、当該Fabの軽鎖Fv断片がCL領域と連結され、T細胞受容体結合ドメインを構成する前記一価のFabの重鎖Fv断片がCL領域を介してFc領域を構成する他方のポリペプチドに連結され、当該Fabの軽鎖Fv断片がCH1領域と連結された、ポリペプチド会合体；
（ｄ）T細胞受容体結合ドメインを構成する前記一価のFabの重鎖Fv断片がCH1領域を介してFc領域を構成する一方のポリペプチドに連結され、当該Fabの軽鎖Fv断片がCL領域と連結され、癌抗原結合ドメインを構成する前記一価のFabの軽鎖Fv断片がCH1領域を介してFc領域を構成する他方のポリペプチドに連結され、当該Fabの重鎖Fv断片がCL領域と連結された、ポリペプチド会合体；又は、
（ｅ）T細胞受容体結合ドメインを構成する前記一価のFabの重鎖Fv断片がCH1領域を介してFc領域を構成する一方のポリペプチドに連結され、当該Fabの軽鎖Fv断片がCL領域と連結され、癌抗原結合ドメインを構成する前記一価のFabの重鎖Fv断片がCL領域を介してFc領域を構成する他方のポリペプチドに連結され、当該Fabの軽鎖Fv断片がCH1領域と連結された、ポリペプチド会合体、
前記製造方法は、
（ア）前記ポリペプチド会合体をコードするポリヌクレオチドが組み込まれた発現ベクターを細胞に導入して当該細胞を形質転換する工程；及び、
（イ）前記細胞を培養して培養上清から前記ポリペプチド会合体を回収する工程
を含む、
方法。
【請求項２】
前記Fc領域を含むドメインが、配列番号：２３、２４、２５または２６に記載のヒトFc領域において当該Fc領域を構成するアミノ酸のいずれかが置換されたヒトFc領域を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
同じアイソタイプの抗体のヒトFc領域を有するポリペプチド会合体と比較して、ヒトFcγ受容体に対する結合活性が、表面プラズモン共鳴（SPR）システムで測定して、50％以下に低下している、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記結合活性が20％以下に低下している、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記結合活性が10％以下に低下している、請求項３又は４に記載の方法。
【請求項６】
前記Fc領域を含むドメインが、ヒトFcγI、ヒトFcγIIIA及びヒトFcγIIIBに対する結合活性が低下している、請求項１から５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
前記Fc領域を含むドメインが、ヒトFcγI、ヒトFcγIIA、ヒトFcγIIB、ヒトFcγIIIA及びヒトFcγIIIBのすべてに対する結合活性が低下している、請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
T細胞受容体複合体結合ドメインがT細胞受容体結合ドメインである、請求項１から７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
T細胞受容体複合体結合ドメインがCD3結合ドメインである、請求項１から８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
CD3結合ドメインがヒトCD3を構成するε鎖配列に存在するエピトープに結合する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
CD3結合ドメインがヒトCD3複合体のε鎖の細胞外領域に存在するエピトープに結合する、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記Fc領域を含むドメインおいてFc領域を構成するアミノ酸のうちEUナンバリングに従って特定される下記のいずれかのアミノ酸： 220位、226位、229位、231位、232位、233位、234位、235位、236位、237位、238位、239位、240位、264位、265位、266位、267位、269位、270位、295位、296位、297位、298位、299位、300位、325位、327位、328位、329位、330位、331位、332位、が変異している、請求項１から１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記Fc領域を含むドメインが、ヒトIgG1抗体のFc領域（配列番号：23）を構成するアミノ酸のいずれかが置換されたヒトFc領域を含む、請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記Fc領域を含むドメインおいてFc領域を構成するアミノ酸のうちEUナンバリングに従って特定される下記のいずれかのアミノ酸： 220位、226位、229位、231位、232位、237位、238位、239位、240位、264位、265位、266位、267位、269位、270位、295位、296位、300位、325位、328位、329位、332位、が変異している、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項１５】
下記のいずれかのアミノ酸：234位、235位、297位が変異しているヒトFc領域変異体である、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項１６】
234位のアミノ酸がアラニン、235位のアミノ酸がアラニンに置換され、場合によりさらに、297位のアミノ酸がアラニンに置換されている、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
234位、235位、329位が置換されている、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項１８】
297位が置換されているヒトFc領域変異体である、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項１９】
前記Fc領域を含むドメインおいて、ヒトIgG1抗体のFc領域（配列番号：２３）を構成するアミノ酸のうちEUナンバリングに従って特定される下記のいずれかの置換又は欠失：
（a） L234F、L235E、P331S、
（b） C226S、C229S、P238S、
（c） C226S、C229S、
（d） C226S、C229S、E233P、L234V、L235A
（e） L234A、L235A、N297A、又は
（f） 231位から238位のアミノ酸配列が欠失したFc領域
を含む、請求項１から１３のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
前記Fc領域を含むドメインおいて、ヒトIgG2抗体のFc領域（配列番号：２４）を構成するアミノ酸のうちEUナンバリングに従って特定される下記のいずれかの置換：
（a） H268Q、V309L、A330S、P331S
（b） V234A
（c） G237A
（d） V234A、G237A
（e） A235E、G237A
（f） V234A、A235E、G237A
を含む、請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
前記Fc領域を含むドメインおいて、ヒトIgG3抗体のFc領域（配列番号：２５）を構成するアミノ酸のうちEUナンバリングに従って特定される下記のいずれかの置換：
（a） F241A
（b） D265A
（c） V264A
を含む、請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記Fc領域を含むドメインおいて、ヒトIgG4抗体のFc領域（配列番号：２６）を構成するアミノ酸のうちEUナンバリングに従って特定される下記のいずれかの置換：
（a） L235A、G237A、E318A
（b） L235E
（c） F234A、L235A
を含む、請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
前記Fc領域を含むドメインが、Fc領域を構成するアミノ酸のうちEUナンバリングに従って特定される下記のアミノ酸： 118位から260位のアミノ酸配列が配列番号：２４に記載の配列； 261位から447位のアミノ酸配列が配列番号：２６に記載の配列である、請求項１から１１のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
前記Fc領域を含むドメインにおいて、Fc領域を構成するアミノ酸のうちEUナンバリングに従って特定される下記のいずれかのアミノ酸：233位、234位、235位、236位、237位、327位、330位、331位、が対応するIgG2またはIgG4においてそのEUナンバリングが対応するアミノ酸に置換された、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項２５】
ポリペプチド会合体が、癌抗原非依存的なサイトカインストームが誘導されないか、又は、誘導が低下される、請求項１から２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
ポリペプチド会合体が、抗がん剤である有機化合物がコンジュゲートされていない、請求項１から２５のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
癌抗原結合ドメイン中の重鎖Fv断片と軽鎖Fv断片、またはT細胞受容体結合ドメイン中の重鎖Fv断片と軽鎖Fv断片が会合するようにCH1領域とCL領域の電荷が制御されている、請求項１から２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
T細胞受容体複合体結合ドメイン中の重鎖Fv断片に連結されたCH1領域のアミノ酸残基および癌抗原結合ドメイン中の軽鎖Fv断片に連結されたCL領域のアミノ酸残基が互いに同種の電荷を有する、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
癌抗原結合ドメイン中の重鎖Fv断片に連結されたCH1領域のアミノ酸残基およびT細胞受容体複合体結合ドメイン中の軽鎖Fv断片に連結されたCL領域のアミノ酸残基が互いに同種の電荷を有する、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
T細胞受容体複合体結合ドメイン中の重鎖Fv断片に連結されたCH1領域のアミノ酸残基および癌抗原結合ドメイン中の軽鎖Fv断片に連結されたCL領域のアミノ酸残基が互いに同種の電荷を有し、癌抗原結合ドメイン中の重鎖Fv断片に連結されたCH1領域のアミノ酸残基およびT細胞受容体複合体結合ドメイン中の軽鎖Fv断片に連結されたCL領域のアミノ酸残基が互いに同種の電荷を有する、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】
T細胞受容体複合体結合ドメイン中の重鎖Fv断片に連結されたCH1領域のアミノ酸残基およびT細胞受容体結合ドメイン中の軽鎖Fv断片に連結されたCL領域のアミノ酸残基が互いに異種の電荷を有する、請求項２８又は３０に記載の方法。
【請求項３２】
癌抗原結合ドメイン中の重鎖Fv断片に連結されたCH1領域のアミノ酸残基および癌抗原結合ドメイン中の軽鎖Fv断片に連結されたCL領域のアミノ酸残基がともに異種の電荷を有する、請求項２９又は３０に記載の方法。
【請求項３３】
CH1領域のアミノ酸残基およびCL領域のアミノ酸残基が、以下の（ａ）〜（ｆ）に示される1組又は2組以上のアミノ酸残基の組からなる群：
（ａ）ＣＨ１領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング147位のアミノ酸残基、及びＣＬ領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング180位のアミノ酸残基、
（ｂ）CH1領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング147位のアミノ酸残基、及びCL領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング131位のアミノ酸残基
（ｃ）CH1領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング147位のアミノ酸残基、及びCL領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング164位のアミノ酸残基
（ｄ）CH1領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング147位のアミノ酸残基、及びCL領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング138位のアミノ酸残基
（ｅ）CH1領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング147位のアミノ酸残基、及びCL領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング123位のアミノ酸残基
（ｆ）CH1領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング175位のアミノ酸残基、及びCL領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング160位のアミノ酸残基
より選択され、ＣＨ１領域のアミノ酸残基とＣＬ領域のアミノ酸残基とが互いに異種の電荷を有するアミノ酸残基である、請求項３１又は３２に記載の方法。
【請求項３４】
さらに、以下の（ｇ）に示されるアミノ酸残基の組を含む群より選択される、請求項３３に記載の方法：
（ｇ）CH1領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング213位のアミノ酸残基、及びCL領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング123位のアミノ酸残基。
【請求項３５】
前記異種の電荷を有するアミノ酸残基が、以下の（X）または（Y）のいずれかの群：
（X）グルタミン酸（E）、アスパラギン酸（D）；
（Y）リジン（K）、アルギニン（R）、ヒスチジン（H）；
に含まれるアミノ酸残基から選択される、請求項３３又は３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記異種の電荷を有するアミノ酸残基が、CH1領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング175位のアミノ酸残基がＬｙｓ、CL領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング180位、131位及び160位のアミノ酸残基がいずれもＧｌｕである、請求項３３から３５のいずれかに記載の方法。
【請求項３７】
前記異種の電荷を有するアミノ酸残基が、CH1領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング147位及び175位のアミノ酸残基がＧｌｕ、CL領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング180位、131位及び160位のアミノ酸残基がいずれもＬｙｓである、請求項３３から３５のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
さらに、CH1領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング213位のアミノ酸残基がＧｌｕであり、CL領域のアミノ酸残基であってEUナンバリング123位のアミノ酸残基がＬｙｓである、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
Fc領域を構成する二つのポリペプチドの配列が互いに異なる配列を有する、請求項１から３８のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
Fc領域を構成する二つのポリペプチドの一方のポリペプチドのアミノ酸残基のうちEUナンバリングに従って特定される349位のアミノ酸がシステイン、366位のアミノ酸がトリプトファンに、他方のポリペプチドのアミノ酸残基のうちEUナンバリングに従って特定される356位のアミノ酸がシステイン、366位のアミノ酸がセリンに、368位のアミノ酸がアラニンに、407位のアミノ酸がバリンに変異していることを特徴とする、請求項１から３９のいずれかに記載の方法。
【請求項４１】
Fc領域を構成する二つのポリペプチドの一方のポリペプチドのアミノ酸残基のうちEUナンバリングに従って特定される356位のアミノ酸がリジンに、他方のポリペプチドのアミノ酸残基のうちEUナンバリングに従って特定される439位のアミノ酸がグルタミン酸に変異し、いずれか一方のポリペプチドのアミノ酸残基のうちEUナンバリングに従って特定される435位のアミノ酸がアルギニンに変異している、請求項１から４０のいずれかに記載の方法。
【請求項４２】
さらに、前記Fc領域を含むドメインにおいて、Fc領域を構成する二つのポリペプチドのカルボキシ末端に存在する配列GKが欠失している、請求項１から４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
細胞が真核細胞である、請求項１から４２のいずれかに記載の方法。
【請求項４４】
真核細胞が哺乳類細胞である、請求項４３に記載の方法。