【手続補正書】
【提出日】令和3年9月2日(2021.9.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
転写産物バリアントをシミュレートする人工核酸（ＮＡ）分子の標準セットであって、
Ａ）以下の：
各ファミリーが少なくとも２つの異なった人工ＮＡ分子から成る、少なくとも２つの人工ＮＡ分子のファミリーを含み、
ここで、各ファミリーで独立に、前記各ファミリーのすべての人工ＮＡ分子が同じ人工遺伝子の転写産物バリアントであり、及び
ここで、各ファミリーで独立に、前記各ファミリーの人工ＮＡ分子が、少なくとも８０ヌクレオチド（ｎｔ）の長さの配列を共有し、且つ、前記各ファミリーの少なくとも２つの人工ＮＡ分子が少なくとも８０ｎｔの長さの少なくとも別の配列と異なり；そして
Ｂ）ここで、標準セットが：
−以下の：選択的転写産物開始部位（ＴＳＳ）、選択的転写産物終結部位（ＴＥＳ）、アンチセンス転写産物、オーバーラップ転写産物、及び以下の：スキップカセットエクソン（ＣＥ）、イントロン残存（ＩＲ）、相互除外エクソン（ＭＸＥ）、選択的３’スプライス部位（Ａ３ＳＳ）、選択的５’スプライス部位（Ａ５ＳＳ）、選択的第１エクソン（ＡＦＥ）、選択的最終エクソン（ＡＬＥ）、及びトランス−スプライシングの群から選択される選択的スプライシング事象、の群から選択される少なくとも２つの選択的転写事象をシミュレートし；及び／又は
−５００ｎｔ〜２０００ｎｔの平均である配列長有し；及び／又は
−２５％〜５５％の平均ＧＣ含量を有し；及び／又は
−ＧＡＡ、ＧＡＣ、ＧＡＧ、ＧＡＴ、ＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ、ＧＣＴ、ＧＧＡ、ＧＧＣ、ＧＧＧ、ＧＧＴ、ＧＴＡ、ＧＴＣ、ＧＴＧ、ＧＴＴから選択される５’開始トリヌクレオチド又はＡＡ、ＡＣ、ＡＧ、ＡＴ、ＣＡ、ＣＣ、ＣＧ、ＣＴ、ＧＡ、ＧＣ、ＧＧ、ＧＴ、ＴＡ、ＴＣ、ＴＧ、ＴＴから選択される５’開始ジヌクレオチド及び／又はＡＣ、ＡＧ、ＡＴ、ＣＣ、ＣＧ、ＣＴ、ＧＣ、ＧＧ、ＧＴ、ＴＣ、ＴＧ、ＴＴから選択される３’終結ジヌクレオチドの実質的にランダムに分布して出現し；及び／又は
ここで、標準セットの各人工ＮＡ分子が、５’開始ヌクレオチドとしてグアノシンを有し；及び／又は
ここで、人工ＮＡ分子の標準セットのすべてのエクソン配列の中のすべてのイントロン開始ジヌクレオチドのうちの少なくとも５０％がＧＴであり、ここで、前記イントロン開始ジヌクレオチドの各々が標準セットの別の人工ＮＡ分子に存在していない配列の５’終結ジヌクレオチドであるため、それによって、前記別の人工ＮＡ分子のイントロンを示し；及び／又は
ここで、人工ＮＡ分子の標準セットのすべてのエクソン配列の中のすべてのイントロン開始ジヌクレオチドのうちの少なくとも５０％がＡＴであり、ここで、前記イントロン開始ジヌクレオチドの各々が標準セットの別の人工ＮＡ分子に存在していない配列の５’終結ジヌクレオチドであるため、それによって、前記別の人工ＮＡ分子のイントロンを示し；及び／又は
ここで、人工ＮＡ分子の標準セットのすべてのエクソン配列の中のすべてのイントロン終結ジヌクレオチドのうちの少なくとも５０％、好ましくは少なくとも７５％、特に少なくとも９５％がＡＴであり、ここで、前記イントロン終結ジヌクレオチドの各々が、標準セットの別の人工ＮＡ分子に存在しない配列の５’終結ジヌクレオチドであるため、それによって、前記別の人工ＮＡ分子のイントロンを示し；そして
Ｃ）ここで、前記標準セットの配列が、１０−１未満の統計的有意性の閾値（期待値）で、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋデータベース受入番号が表３で列挙されている配列に対して類似性を有しない、ここで、該類似性は、以下のパラメーター：低複雑性領域フィルタリングを伴った、２８のワードサイズ、１、−２の直鎖ギャップコスト及びマッチ／ミスマッチスコア、を用いてＢＬＡＳＴｎプログラムによって測定される、標準セット。
【請求項２】
以下の：
Ａ）配列番号１〜１４８の群から選択される配列全体に対して少なくとも８０％同一の配列；又は
Ｂ）配列番号１５６〜３３４の群から選択される配列全体に対して少なくとも８０％同一の配列を有する少なくとも１つのエクソンを有する配列、
を含む人工ＮＡ分子。
【請求項３】
少なくとも８０個の連続したヌクレオチドから成る配列を含み、その配列が、配列番号１〜１４８から選択される配列の、８０ｎｔの最小サイズを有する配列断片に対して少なくとも８０％である、人工ＮＡ分子。
【請求項４】
各ファミリーが少なくとも２つの、請求項２又は３に記載の異なった人工ＮＡ分子から成る、少なくとも２つの人工ＮＡ分子ファミリーを含み、
ここで、各ファミリーで独立に、前記各ファミリーのすべての人工ＮＡ分子が同じ人工遺伝子の標準転写産物バリアントであり、且つ
ここで、各ファミリーで独立に、前記各ファミリーの人工ＮＡ分子が、少なくとも８０ｎｔの長さの配列を共有し、且つ、前記各ファミリーの少なくとも２つの人工ＮＡ分子が少なくとも８０ｎｔの長さの別の配列と異なる、転写産物バリアントをシミュレートする人工ＮＡ分子の標準セット。
【請求項５】
少なくとも２つの人工ＮＡ分子のファミリーを含み、ここで、各ファミリーは、Ａ）配列番号１〜１４８の群から選択される配列の配列全体に対して少なくとも８０％同一の配列、又はＢ）少なくとも８０個の連続したヌクレオチドから成る配列であって、その配列が、配列番号１〜１４８から選択される配列の、８０ｎｔの最小サイズを有する配列断片に対して少なくとも８０％同一の配列、を含む少なくとも２つの異なった人工ＮＡ分子からなり；
ここで、独立に各ファミリーについて、前記各ファミリーの全ての人工ＮＡ分子は、同一の人工遺伝子の転写バリアントであり、
ここで、独立に各ファミリーについて、前記各ファミリー人工ＮＡ分子は、少なくとも８０ｎｔ長の配列を共有し、前記各ファミリーの少なくとも２つの人工ＮＡ分子は少なくとも８０ｎｔの長さの少なくとも別の配列と異なる、請求項４に記載の標準セット。
【請求項６】
前記標準セットが：
−以下の：選択的転写産物開始部位（ＴＳＳ）、選択的転写産物終結部位（ＴＥＳ）、アンチセンス転写産物、オーバーラップ転写産物、及び以下の：スキップカセットエクソン（ＣＥ）、イントロン残存（ＩＲ）、相互除外エクソン（ＭＸＥ）、選択的３’スプライス部位（Ａ３ＳＳ）、選択的５’スプライス部位（Ａ５ＳＳ）、選択的第１エクソン（ＡＦＥ）、選択的最終エクソン（ＡＬＥ）、及びトランス−スプライシングの群から選択される選択的スプライシング事象、の群から選択される少なくとも２つの選択的転写事象をシミュレートし；及び／又は
−５００ｎｔ〜２０００ｎｔの平均である配列長有し；及び／又は
−２５％〜５５％の平均ＧＣ含量を有し；及び／又は
−ＧＡＡ、ＧＡＣ、ＧＡＧ、ＧＡＴ、ＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ、ＧＣＴ、ＧＧＡ、ＧＧＣ、ＧＧＧ、ＧＧＴ、ＧＴＡ、ＧＴＣ、ＧＴＧ、ＧＴＴから選択される５’開始トリヌクレオチド又はＡＡ、ＡＣ、ＡＧ、ＡＴ、ＣＡ、ＣＣ、ＣＧ、ＣＴ、ＧＡ、ＧＣ、ＧＧ、ＧＴ、ＴＡ、ＴＣ、ＴＧ、ＴＴから選択される５’開始ジヌクレオチド及び／又はＡＣ、ＡＧ、ＡＴ、ＣＣ、ＣＧ、ＣＴ、ＧＣ、ＧＧ、ＧＴ、ＴＣ、ＴＧ、ＴＴから選択される３’終結ジヌクレオチドの実質的に均一に分布して出現し；及び／又は
ここで、標準セットの各人工ＮＡ分子が、５’開始ヌクレオチドとしてグアノシンを有し；及び／又は
ここで、人工ＮＡ分子の標準セットのすべてのエクソン配列の中のすべてのイントロン開始ジヌクレオチドのうちの少なくとも５０％がＧＴであり、ここで、前記イントロン開始ジヌクレオチドの各々が標準セットの別の人工ＮＡ分子に存在していない配列の５’終結ジヌクレオチドであるため、それによって、前記別の人工ＮＡ分子のイントロンを示し；及び／又は
ここで、人工ＮＡ分子の標準セットのすべてのエクソン配列の中のすべてのイントロン終結ジヌクレオチドのうちの少なくとも５０％がＡＴであり、ここで、前記イントロン終結ジヌクレオチドの各々が、標準セットの別の人工ＮＡ分子に存在しない配列の５’終結ジヌクレオチドであるため、それによって、前記別の人工ＮＡ分子のイントロンを示す、請求項４に記載のセット。
【請求項７】
前記標準セットの人工ＮＡ分子のうちの少なくとも２つは、あらかじめ設定されたモル量で存在する、請求項１及び４〜６のいずれか１項に記載のセット。
【請求項８】
少なくとも２つの人工ＮＡ分子の各モル量が、少なくとも２桁異なる、請求項７に記載のセット。
【請求項９】
前記人工ＮＡ分子が同じコンテナ内に存在する、請求項７又は８に記載のセット。
【請求項１０】
前記人工ＮＡ分子の標準セットをコンテナ内に乾燥させて提供する、請求項１及び４〜９のいずれか１項に記載のセット。
【請求項１１】
前記人工ＮＡ分子がＲＮＡ又はＤＮＡである、請求項１及び４〜９のいずれか１項に記載のセット。