(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
呼吸器の疾患または感染の診断のためのキットであって、以下を含むキット；
・第一のプライマーであって、その核酸配列が14-30ヌクレオチドからなり、配列番号87を含むプライマー、
第二のプライマーであって、その核酸配列が14-30ヌクレオチドからなり、配列番号88を含むプライマー、
ここで該第一のプライマーおよび第二のプライマーがプライマーペアを形成し、ＣＮＣＭ（Collection Nationale de Cultures de Microorganismes）に受託番号I-3763、I-3764、I-3765、I-3761およびI-3762として寄託されたHPIV-2ウイルスから、配列番号62、63、64、65および66の核酸をそれぞれ増幅し、
該キットはさらに第一のプローブを含み、該第一のプローブの配列は、
−配列番号89、90またはそれらの相補的配列、または
−配列番号89、90またはそれらの相補的配列であって、いかなるHPIV-2ウイルスにもハイブリダイズしないビーコン核酸アームに結合した配列、
からなり、該第一のプローブは、Greer, ToshibaおよびV98単離体を検出することなく少なくとも一つの前記の寄託されたHPIV-2ウイルスを検出する、
あるいは、
・第一のプライマーであって、その核酸配列が14-30ヌクレオチドからなり、配列番号91を含むプライマー、
第二のプライマーであって、その核酸配列が14-30ヌクレオチドからなり、配列番号92を含むプライマー、
ここで該第一のプライマーおよび第二のプライマーがプライマーペアを形成し、ＣＮＣＭ（Collection Nationale de Cultures de Microorganismes）に受託番号I-3763、I-3764、I-3765およびI-3761として寄託されたHPIV-2ウイルスから、配列番号67、68、69、および70の核酸をそれぞれ増幅し、
該キットはさらに第一のプローブを含み、該第一のプローブの配列は、
−配列番号93、94またはそれらの相補的配列、または
−配列番号93、94またはそれらの相補的配列であって、いかなるHPIV-2ウイルスにもハイブリダイズしないビーコン核酸アームに結合したもの、
からなり、該第一のプローブは、Greer, ToshibaおよびV98単離体を検出することなく少なくとも一つの前記の寄託されたHPIV-2ウイルスを検出する、
あるいは、
・第一のプライマーであって、その核酸配列が14-30ヌクレオチドからなり、配列番号95を含むプライマー、
第二のプライマーであって、その核酸配列が14-30ヌクレオチドからなり、配列番号96を含むプライマー、
ここで該第一のプライマーおよび第二のプライマーがプライマーペアを形成し、ＣＮＣＭ（Collection Nationale de Cultures de Microorganismes）に受託番号I-3763、I-3764、I-3765およびI-3761として寄託されたHPIV-2ウイルスから、配列番号83、84、85、および86の核酸をそれぞれ増幅し、
該キットはさらに第一のプローブを含み、該第一のプローブの配列は、
−配列番号97、98またはそれらの相補的配列、または
−配列番号97、98またはそれらの相補的配列であって、いかなるHPIV-2ウイルスにもハイブリダイズしないビーコン核酸アームに結合したもの、
からなり、該第一のプローブは、Greer, ToshibaおよびV98単離体を検出することなく少なくとも一つの前記の寄託されたHPIV-2ウイルスを検出する。
【請求項２】
請求項１記載のキットであって、前記第一のプライマーのヌクレオチド配列が18-23ヌクレオチドからなり、前記第二のプライマーのヌクレオチド配列が18-23ヌクレオチドからなるキット。
【請求項３】
請求項１または２記載のキットであって、
前記第一のプライマーのヌクレオチド配列が配列番号87からなり、前記第二のプライマーのヌクレオチド配列が配列番号88からなるか、
前記第一のプライマーのヌクレオチド配列が配列番号91からなり、前記第二のプライマーのヌクレオチド配列が配列番号92からなるか、または
前記第一のプライマーのヌクレオチド配列が配列番号95からなり、前記第二のプライマーのヌクレオチド配列が配列番号96からなる、
キット。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれか１項に記載のキットであって、前記第一のプローブは、Greer, ToshibaおよびV98単離体を検出することなく前記の寄託されたHPIV-2ウイルスのいくつかを検出する、キット。
【請求項５】
請求項１〜４のいずれか１項に記載のキットであって、前記第一のプローブは、Greer, ToshibaおよびV98単離体を検出することなく前記の寄託された各HPIV-2ウイルスを検出する、キット。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか１項に記載のキットであって、前記第一のプローブは前記プライマーペアによるリアルタイム増幅に用いることができる、キット。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか１項に記載のキットであって、前記第一のプローブが放射性マーカー、蛍光マーカーおよび酵素マーカーからなる群から選択される少なくとも一つの検出マーカーを含む、キット。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか１項に記載のキットであって、前記第一のプローブが蛍光マーカーおよびクエンチャーを含む、キット。
【請求項９】
請求項１〜８のいずれか１項に記載のキットであって、前記増幅が以下の増幅条件下で行われるＲＴ−ＰＣＲ増幅である、キット：
５０℃で２分間、
６０℃で３０分間、
９５℃で１０分間、
９５℃から９７℃の温度で１５秒と５５℃〜７０℃の温度で１分を２５〜４０サイクル。
【請求項１０】
請求項１〜９のいずれか１項に記載のキットであって、前記増幅がＲＴ−ＰＣＲ増幅であり、
以下の試薬の存在下：
5X 緩衝剤 (250mM ビシン-N,N-bis(2-ヒドロキシエチルグリシン); 575mM 酢酸カリウム; 0.05mM EDTA; 40% グリセロール; pH 8.2):  1Xの終濃度；
酢酸マンガン(25 mM):  2から5 mMの終濃度;
dATP, dCTP, dGTP:  各々300μMの終濃度;
dUTP:  600μMの終濃度;
ウラシル N-グリコシラーゼ酵素:  0.01U/μLの終濃度;
500 nMの検査ペアの各プライマー;
10pgから100ngのウイルスRNA;
rTth ポリメラーゼ:  0.1 U/μLの終濃度;
脱塩されRNAを含まないH2Oの必要量;
および、
以下の増幅条件下：
５０℃で２分間、
６０℃で３０分間、
９５℃で１０分間、
９５℃から９７℃の温度で１５秒と５５℃〜７０℃で１分を２５〜４０サイクル、
で行われる、キット。
【請求項１１】
請求項１〜１０のいずれか１項に記載のキットであって、前記第一のプローブに加えてさらに第二のプローブを含み、該第二のプローブがGreer, ToshibaおよびV98単離体のそれぞれを検出する、キット。
【請求項１２】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載のキットであって、さらにHPIV-1、HPIV-3およびHPIV-4からなる群から選択される少なくとも一つのHPIVを検出する手段を含む、キット。
【請求項１３】
請求項１〜１２のいずれか１項に記載のキットであって、さらに
肺炎、細気管支炎およびインフルエンザからなる群から選択される少なくとも一つの疾患または感染に関与する微生物を検出する手段を含む、キット。
【請求項１４】
単離された核酸であって、その核酸配列がアンプリコン（amplicon）の配列であり、
プライマーペアを用いたHPIV-2ウイルスからの増幅により得ることができ、プローブにより特異的に検出され、Greer, ToshibaおよびV98単離体を検出することなくＣＮＣＭ（Collection Nationale de Cultures de Microorganismes）に受託番号I-3763、I-3764、I-3765、I-3761およびI-3762として寄託されたHPIV-2ウイルスのうち少なくとも一つをそれぞれ検出し、
・前記プライマーペアが配列番号87および88のプライマーペアであり、前記プローブが
−配列番号89、90またはそれらの相補的配列、または
−配列番号89、90またはそれらの相補的配列であって、いかなるHPIV-2ウイルスにもハイブリダイズしないビーコン核酸アームに結合した配列である、
あるいは、
・前記プライマーペアが配列番号91および92のプライマーペアであり、前記プローブが
−配列番号93、94またはそれらの相補的配列、または
−配列番号93、94またはそれらの相補的配列であって、いかなるHPIV-2ウイルスにもハイブリダイズしないビーコン核酸アームに結合した配列である、
あるいは、
・前記プライマーペアが配列番号95および96のプライマーペアであり、前記プローブが
−配列番号97、98またはそれらの相補的配列、または
−配列番号97、98またはそれらの相補的配列であって、いかなるHPIV-2ウイルスにもハイブリダイズしないビーコン核酸アームに結合した配列である、
単離された核酸。
【請求項１５】
請求項１４に記載の単離された核酸であって、前記HPIV-2ウイルスがGreer, ToshibaおよびV98単離体ではない、単離された核酸。
【請求項１６】
請求項１４または１５に記載の単離された核酸であって、前記HPIV-2ウイルスがI-3763、I-3764、I-3765、I-3761およびI-3762として寄託された前記HPIV-2ウイルスのうちの一つである、単離された核酸。
【請求項１７】
請求項１４〜１６のいずれか１項に記載の単離された核酸であって、配列番号62〜66、67〜70および83〜86からなる群から選択される配列からなる、単離された核酸。
【請求項１８】
請求項１４〜１７のいずれか１項に記載の単離された核酸であって、前記増幅がリアルタイム増幅である、単離された核酸。
【請求項１９】
請求項１４〜１８のいずれか１項に記載の核酸であって、前記増幅がRT-PCR増幅であり、以下の増幅条件下で行われる、核酸アンプリコン：
５０℃で２分間、
６０℃で３０分間、
９５℃で１０分間、
９５℃から９７℃の温度で１５秒と５５℃〜７０℃の温度で１分を２５〜４０サイクル。
【請求項２０】
請求項１４〜１９のいずれか１項に記載の核酸であって、前記増幅がＲＴ−ＰＣＲ増幅であり、
以下の試薬の存在下：
5X 緩衝剤 (250mM ビシン-N,N-bis(2-ヒドロキシエチルグリシン); 575mM 酢酸カリウム; 0.05mM EDTA; 40% グリセロール; pH 8.2):  1Xの終濃度；
酢酸マンガン(25 mM):  2から5 mMの終濃度;
dATP, dCTP, dGTP:  各々300μMの終濃度;
dUTP:  600μMの終濃度;
ウラシル N-グリコシラーゼ酵素:  0.01U/μLの終濃度;
500 nMの検査ペアの各プライマー;
10pgから100ngのウイルスRNA;
rTth ポリメラーゼ:  0.1 U/μLの終濃度;
脱塩されRNAを含まないH2Oの必要量;
および、
以下の増幅条件下：
５０℃で２分間、
６０℃で３０分間、
９５℃で１０分間、
９５℃から９７℃の温度で１５秒と５５℃〜７０℃で１分を２５〜４０サイクル、
で行われる、キット。
【請求項２１】
請求項１４〜２０のいずれか１項に記載の単離された核酸を含む増幅組成物。
【請求項２２】
請求項２１に記載の増幅組成物であって、前記単離された核酸であってその核酸配列がアンプリコンの配列である核酸を含み、
プライマーペアを用いたHPIV-2ウイルスからの増幅により得ることができ、プローブにより特異的に検出され、Greer, ToshibaおよびV98単離体を検出することなくＣＮＣＭ（Collection Nationale de Cultures de Microorganismes）に受託番号I-3763、I-3764、I-3765、I-3761およびI-3762として寄託されたHPIV-2ウイルスのうち少なくとも一つをそれぞれ検出し、
前記プライマーペアが配列番号87および88のプライマーペアであり、前記プローブが
−配列番号89、90またはそれらの相補的配列、または
−配列番号89、90またはそれらの相補的配列であって、いかなるHPIV-2ウイルスにもハイブリダイズしないビーコン核酸アームに結合した配列であり、
さらに前記プライマーペアおよびプローブを含む、増幅組成物。
【請求項２３】
請求項２１に記載の増幅組成物であって、前記単離された核酸であってその核酸配列がアンプリコンの配列である核酸を含み、
プライマーペアを用いたHPIV-2ウイルスからの増幅により得ることができ、プローブにより特異的に検出され、Greer, ToshibaおよびV98単離体を検出することなくＣＮＣＭ（Collection Nationale de Cultures de Microorganismes）に受託番号I-3763、I-3764、I-3765、I-3761およびI-3762として寄託されたHPIV-2ウイルスのうち少なくとも一つをそれぞれ検出し、
前記プライマーペアが配列番号91および92のプライマーペアであり、前記プローブが
−配列番号93、94またはそれらの相補的配列、または
−配列番号93、94またはそれらの相補的配列であって、いかなるHPIV-2ウイルスにもハイブリダイズしないビーコン核酸アームに結合した配列であり、
さらに前記プライマーペアおよびプローブを含む、増幅組成物。
【請求項２４】
請求項２１に記載の増幅組成物であって、前記単離された核酸であってその核酸配列がアンプリコンの配列である核酸を含み、
プライマーペアを用いたHPIV-2ウイルスからの増幅により得ることができ、プローブにより特異的に検出され、Greer, ToshibaおよびV98単離体を検出することなくＣＮＣＭ（Collection Nationale de Cultures de Microorganismes）に受託番号I-3763、I-3764、I-3765、I-3761およびI-3762として寄託されたHPIV-2ウイルスのうち少なくとも一つをそれぞれ検出し、
前記プライマーペアが配列番号95および96のプライマーペアであり、前記プローブが
−配列番号97、98またはそれらの相補的配列、または
−配列番号97、98またはそれらの相補的配列であって、いかなるHPIV-2ウイルスにもハイブリダイズしないビーコン核酸アームに結合した配列であり、
さらに前記プライマーペアおよびプローブを含む、増幅組成物。
【請求項２５】
請求項２１〜２４のいずれか１項に記載の増幅組成物であって、リアルタイム増幅組成物である、増幅組成物。
【発明の詳細な説明】
【発明の技術分野】
【０００１】
本出願は、ヒトのパラインフルエンザ ウイルス ２型 (HPIV-2) バリアントおよび医学的な適用（特に、診断上の適用）に関する。
【０００２】
［発明の背景］
パラミクソウイルス科（Paramyxoviridae ）において、ヒトパラインフルエンザウイルス(HPIV)は、パラミクソウイルス亜科（Paramyxovirinae）の二属に含まれるRNA ウイルスである、つまり：
・  １および3型のパラインフルエンザウイルス(HPIV-1, -3)に関するレスピロウイルス（Respirovirus）；
・  2および4型のパラインフルエンザウイルス(HPIV-2, -4)に関するルブラウイルス（Rubulavirus）；であり、 
HPIVsはエンベロープ ウイルスである。彼等のゲノムは、約 15 キロベース長であり、一本鎖の陰性の極性RNAで構成される。前記ゲノムは、六つの主要なタンパク質をコードする。
【０００３】
遺伝子NP, P および Lは、それぞれ核タンパク質, リンタンパク質（phosphoproteine）およびポリメラーゼ(大きいポリメラーゼ複合体に関するL鎖)をコードする。これらの三つのタンパク質と共にウイルスRNAは、ヌクレオキャプシド（またはホロヌクレオカプシド）を形成する。RNAとともに、核タンパク質はリンタンパク質およびポリメラーゼの支持体を形成し、ゲノムの転写および最終的に複製を許容する。
【０００４】
F および HN遺伝子は、それぞれ融合 F タンパク質 および ヘマグルチニンノイラミニダーゼ (HN) タンパク質をコードし、これはウイルスの二つのエンベロープタンパク質であり、ウイルスが宿主細胞に進入する機構に関与する。
【０００５】
HNタンパク質は、細胞のシアル酸に結合することによってウイルスの細胞への付着に関連する。一旦ウイルスが付着すると、融合 F タンパク質は活性化し、そのドメインの一つを細胞膜に挿入し、二つの膜を共に引き出し、それらを融合する機構が惹起される。
【０００６】
従来技術に記載されるHPIVsには、様々な HPIV-2 ウイルスが含まれる。
【０００７】
参照のHPIV-2 単離体は、1955に患者から単離されたGreer単離体である。
【０００８】
HPIV-2を検出することを含む診断上の手段は、現在全てこの参照単離体の構造を用いて設計される。
【０００９】
例として、病院などでHPIV-2を検出することは、細胞培養(LLC-MK2感受性システムにおいて)における単離で又は免疫蛍光および免疫捕獲ELISAで現在行われる。これらの技術に用いられた抗体は、HPIV-2 Greer系統から得られた。
【００１０】
本願の発明者は、実際にGreer単離体（より具体的には、Greer, Toshiba およびV98単離体）と十分に異なり、通常は従来技術に使用されHPIV-2を検出する抗エンベロープタンパク質抗体で認識されない、HPIV-2 ウイルスの純粋なファミリーが存在することを示した。
【００１１】
同様に、従来技術は、PCRでHPIV-2を検出するための幾つかの技術を提案するが、プライマーデザインはGreer単離体に関する配列に基づいており、本願の発明者が示したような、Greer単離体（および、より具体的には、Greer, Toshiba およびV98単離体）と異なるHPIV-2 ウイルスの純粋なファミリーが存在するとの事実を認めていない。
【００１２】
［発明の概要］
本出願の発明者は、HPIV-2の新規のバリアント系統群（groupe phylogenique variant）およびHPIV-2の新規のバリアント系統亜群（sous-groupe phylogenique variant）を同定した。
【００１３】
本出願は、HPIV-2のこの新規のバリアント系統群の一部を形成するHPIV-2 ウイルスに, およびこの新規のバリアント系統亜群の一部を形成するHPIV-2 ウイルスに関する。
【００１４】
本発明のバリアント系統群は、特にGreer, Toshiba および V98 単離体を含まないHPIV-2 ウイルス群である。
【００１５】
本発明のバリアント系統亜群は、特にGreer, Toshiba および V98 単離体を含まなく、V94 単離体も含まないHPIV-2 ウイルス群である。
【００１６】
この群の及びこの亜群の一部を形成する五つの単離体は、ブダペスト条約下でCNCMに寄託されている。
【００１７】
本出願は、本発明のバリアント系統の群または亜群のウイルスのタンパク質（より具体的にはエンベロープタンパク質）に関し、特にこれらのウイルスのF および HN タンパク質、および前記タンパク質の断片に関する。
【００１８】
また、本出願は、これらのタンパク質またはタンパク質断片をコードする核酸に関する。
【００１９】
また、本出願は、HPIV-2を検出するため（より具体的には、診断するため）の手段に関する。
【００２０】
本出願は、Greer 単離体（および、より具体的には、Greer および V98単離体に関連する）に関連する検出（好ましくは、特異的な検出）を許容するために十分に特異的である本発明のHPIV-2の群または亜群のウイルスの特定のヌクレオチド領域に関する。
【００２１】
それゆえ、本出願は、少なくとも一つのペアのプライマーおよびプローブを含んでいるリアルタイムPCRシステムの構築および生産に特に選択されたヌクレオチド領域に、同様に、チップにおける使用に特異的に適用されるプローブの構築および生産に特に選択されたヌクレオチド領域に関する。
【００２２】
また、本出願は、これらのプライマー, これらのプローブおよび少なくとも一つの本発明のプローブを含んでいるチップに関する。
【００２３】
さらに、本出願は、本発明の少なくとも一つの特定の領域 および／または 少なくとも一つのプライマーおよび／または少なくとも一つのプローブを含んでいるチップおよび組成物に関する。
【００２４】
また、本出願は、本発明のバリアント系統の群または亜群からの少なくとも一つのウイルスのエンベロープタンパク質に対する抗体に, および前記抗体を産生するハイブリドーマに関する。
【図面の簡単な説明】
【００２５】
本出願は、以下の図面を参照する：
【図１】従来技術のプロトタイプのHPIV-2 Greer単離体(左のモデル)およびHPIV-2 単離体 18620などの本発明の単離体（右のモデル）のHN タンパク質の外部ドメインの三次元モデル。この図は、本発明の単離体が特にグリコシル化部位に関してHPIV-2 Greer 単離体のものと異なる一つのHN タンパク質を有するとの事実を説明する。図に認められるとおり、本発明の単離体は、特にグリコシル化部位を形成するS316N変異を含み、HPIV-2 Greer 単離体からのHN タンパク質を有していない。
【図２】以下のものの融合ペプチド(FP:  融合タンパク質 Fの断片107-126)に関するアミノ酸配列のアラインメント：  ・  以下のものに対する本発明の五つのHPIV-2単離体（ヒト パラインフルエンザ ウイルス ２型; 単離体 18620, 20283, 20435, 26056, 26632）；  ・  従来技術のHPIV-2 Greer 単離体(ヒトのパラインフルエンザ ウイルス ２型) およびSV5 ウイルス (サルのパラインフルエンザ ウイルス ５型)。
【図３】以下の単離体のF タンパク質（最上部の系統樹）およびHN タンパク質(底部の系統樹)の系統分析：  ・  本発明の五つのHPIV-2単離体（単離体 HPIV-2 Lyon/20283/2001 = 単離体 20283; 単離体 HPIV-2 Lyon/20435/2001 = 単離体 20435; 単離体 HPIV-2 Lyon/18620/2001 = 単離体 18620; 単離体 HPIV-2 Lyon/26632/1997 = 単離体 26632; 単離体 HPIV-2 Lyon/26056/1997 = 単離体 26056）；  ・  単離体 HPIV-2 Vanderbilt/1994 (= 単離体 HPIV-2 V94);  ・  単離体 HPIV-2 Vanderbilt/1998 (= 単離体 HPIV-2 V98);  ・  単離体 HPIV-2 Greer/1955 (= 単離体 HPIV-2 Greer);  ・  ウイルス SV5 (サルのパラインフルエンザ ウイルス ５型);  ・  HPIV-4A;  ・  HPIV-4B;  ・  HPIV-3; および  ・  HPIV-1。  本願の発明者によって決定された配列は、矢印で指摘される（単離体 20283, 20435, 18620, 26632, 26056）。  他の配列を、Genbank データベース (http///www.ncbi.nlm.nih.gov)から取得した。  系統樹を、近隣接合法（neighbour-joining method）を用いて構築した。  スケールは部位ごとのアミノ酸置換の数を示し, 水平方向の枝の長さは指摘したスケールに比例する。枝の信頼性を「ブートストラップ（bootstraps）」法(1000反復)を用いて評価し、この手順で得られたパーセンテージが指摘される。
【図４】HPIV-2のF タンパク質の構造上のドメインおよび本発明の五つのHPIV-2単離体（単離体 18620, 20283, 20435, 26056, 26632）に関する、HPIV-2 Greer 単離体に関する、およびHPIV-2 単離体 V94およびV98 (それぞれ、Vanderbilt/1994 および Vanderbilt/1998)に関するF タンパク質に関するアミノ酸配列のアラインメントの提示。  この図は、本発明の単離体のF タンパク質の特定のアミノ酸が他のHPIV-2 単離体(Greer, V94 および V98 単離体)で観察されたものと異なるとの事実を説明する。例として、以下の事項が認められる：  ・  本発明の単離体からのF タンパク質は、特に以下の配列の要素のためにGreer 単離体のものと異なる：    o  本願の発明者によりシークエンスされように、切断部位(CS)に関する配列はKPRRER (配列番号 14)であり、代わりにGreer 単離体では配列KTRQER (配列番号 13)が観察され（変異T102P および Q104R）、また代わりに受託番号NC_003443でNCBI データベース(NLM, National Library of Medicine)から利用可能なGreer配列では配列KTRQRK(配列番号 118)が出現する（同じ変異T102P および Q104R）;    o  アミノ酸 I をポジション 112にアミノ酸 Vの代わりに有する（変異 V112I）融合 ペプチド (FP)に関する配列；    o  アミノ酸 T をポジション 160にアミノ酸 Dの代わりに有する（変異 D160T）ポリペプチド F1のドメイン HR1に関する配列；  ・  本発明の単離体のF タンパク質は、特にGreer 単離体に関連して観察されたものと同じ配列の要素(CSにおける変異 T102P, Q104R; FPにおける変異 V112I; HR1における変異 D160T)が原因で, 同様にポリペプチド F1のHR1 ドメインに関する配列で、本発明の単離体が以下のものを有するとの事実により、V98 単離体のものと異なる：    o  アミノ酸 Kの代わりにアミノ酸 Rをポジション 163に(変異 K163R), および    o  アミノ酸 Hの代わりにアミノ酸 Rをポジション 175に(変異 H175R)；  ・  本発明の単離体のF タンパク質は、特にポリペプチド F1のHR1 ドメインに関する配列においてV94 単離体のものと異なり、本発明の単離体においてアミノ酸 Hの代わりにアミノ酸 Rをポジション 175に有する（変異 H175R）。  本発明の特定の単離体が特にF タンパク質の膜貫通ドメイン (TM)に他の変異を有することもみとめられる。例として、本発明の単離体 20283 および 20435は、本発明の単離体 18620, 26056 および 26632と異なるが、それらの膜貫通ドメインがアミノ酸 Vの代わりにアミノ酸 Iをポジション 516に有する（変異 V516I）ことにおいて、Greer, V94 および V98単離体とも異なる。  ここでのアミノ酸のポジションは、F タンパク質の配列に関連して計算される。  より具体的には、図 4は、切断部位 (CS), 本発明の五つのHPIV-2 単離体の各々のHR1, HR2およびTM ドメインの融合ペプチド(FP)に関する配列（それぞれ、配列 101-106, 107-126, 133-177, 451-484 および 487-518）を、Greer, V94 および V98 単離体のそれぞれの配列に整列させたものを記載する。  対応するコード配列は、当業者によって普遍的な遺伝コードにしたがって推測され、そのコードの縮重が許容される。  TM = 膜貫通部  Greer, V98 および V94 単離体と比較して、本発明の五つの特定の単離体は、同時に以下の事項を有していることで特徴付けられることが観察されるだろう：  ・  ポジション 160 (領域 HR1)におけるD以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 T をポジション160に（Greer およびV98 単離体と比較して変異 D160T）;および  ・  ポジション 175 (領域 HR1)におけるH以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 R をポジション175に（Greer およびV94 単離体と比較して変異 H175R）;および
【図５−１】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056 および 26632）のF（1656 ヌクレオチド）をコードしているヌクレオチド配列のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  Greer 単離体 NC_003443のFをコードしている配列（配列番号 48）；  ・  本発明の単離体 18620のFをコードしている配列（配列番号 23）；  ・  本発明の単離体 20283のFをコードしている配列（配列番号 28）；  ・  本発明の単離体 20435のFをコードしている配列（配列番号 33）；  ・  本発明の単離体 26056のFをコードしている配列（配列番号 38）；  ・  本発明の単離体 26632のFをコードしている配列（配列番号 43）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるヌクレオチドを含有するポジションである。  従って、本発明の各々の特定の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。
【図５−２】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056 および 26632）のF（1656 ヌクレオチド）をコードしているヌクレオチド配列のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  Greer 単離体 NC_003443のFをコードしている配列（配列番号 48）；  ・  本発明の単離体 18620のFをコードしている配列（配列番号 23）；  ・  本発明の単離体 20283のFをコードしている配列（配列番号 28）；  ・  本発明の単離体 20435のFをコードしている配列（配列番号 33）；  ・  本発明の単離体 26056のFをコードしている配列（配列番号 38）；  ・  本発明の単離体 26632のFをコードしている配列（配列番号 43）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるヌクレオチドを含有するポジションである。  従って、本発明の各々の特定の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。
【図５−３】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056 および 26632）のF（1656 ヌクレオチド）をコードしているヌクレオチド配列のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  Greer 単離体 NC_003443のFをコードしている配列（配列番号 48）；  ・  本発明の単離体 18620のFをコードしている配列（配列番号 23）；  ・  本発明の単離体 20283のFをコードしている配列（配列番号 28）；  ・  本発明の単離体 20435のFをコードしている配列（配列番号 33）；  ・  本発明の単離体 26056のFをコードしている配列（配列番号 38）；  ・  本発明の単離体 26632のFをコードしている配列（配列番号 43）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるヌクレオチドを含有するポジションである。  従って、本発明の各々の特定の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。
【図５−４】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056 および 26632）のF（1656 ヌクレオチド）をコードしているヌクレオチド配列のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  Greer 単離体 NC_003443のFをコードしている配列（配列番号 48）；  ・  本発明の単離体 18620のFをコードしている配列（配列番号 23）；  ・  本発明の単離体 20283のFをコードしている配列（配列番号 28）；  ・  本発明の単離体 20435のFをコードしている配列（配列番号 33）；  ・  本発明の単離体 26056のFをコードしている配列（配列番号 38）；  ・  本発明の単離体 26632のFをコードしている配列（配列番号 43）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるヌクレオチドを含有するポジションである。  従って、本発明の各々の特定の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。
【図６−１】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056）のHN（1716 ヌクレオチド）をコードしているヌクレオチド配列のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  Greer 単離体 NC_003443のHNをコードしている配列（配列番号 50）；  ・  本発明の単離体 18620のHNをコードしている配列（配列番号 25）；  ・  本発明の単離体 20283のHNをコードしている配列（配列番号 30）；  ・  本発明の単離体 20435のHNをコードしている配列（配列番号 35）；  ・  本発明の単離体 26056のHNをコードしている配列（配列番号 40）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるヌクレオチドを含有するポジションである。  従って、各々の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。
【図６−２】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056）のHN（1716 ヌクレオチド）をコードしているヌクレオチド配列のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  Greer 単離体 NC_003443のHNをコードしている配列（配列番号 50）；  ・  本発明の単離体 18620のHNをコードしている配列（配列番号 25）；  ・  本発明の単離体 20283のHNをコードしている配列（配列番号 30）；  ・  本発明の単離体 20435のHNをコードしている配列（配列番号 35）；  ・  本発明の単離体 26056のHNをコードしている配列（配列番号 40）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるヌクレオチドを含有するポジションである。  従って、各々の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。
【図６−３】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056）のHN（1716 ヌクレオチド）をコードしているヌクレオチド配列のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  Greer 単離体 NC_003443のHNをコードしている配列（配列番号 50）；  ・  本発明の単離体 18620のHNをコードしている配列（配列番号 25）；  ・  本発明の単離体 20283のHNをコードしている配列（配列番号 30）；  ・  本発明の単離体 20435のHNをコードしている配列（配列番号 35）；  ・  本発明の単離体 26056のHNをコードしている配列（配列番号 40）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるヌクレオチドを含有するポジションである。  従って、各々の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。
【図６−４】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056）のHN（1716 ヌクレオチド）をコードしているヌクレオチド配列のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  Greer 単離体 NC_003443のHNをコードしている配列（配列番号 50）；  ・  本発明の単離体 18620のHNをコードしている配列（配列番号 25）；  ・  本発明の単離体 20283のHNをコードしている配列（配列番号 30）；  ・  本発明の単離体 20435のHNをコードしている配列（配列番号 35）；  ・  本発明の単離体 26056のHNをコードしている配列（配列番号 40）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるヌクレオチドを含有するポジションである。  従って、各々の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。
【図７−１】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056 および 26632）のF（551 aa）のアミノ酸配列のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  本発明の単離体 18620のFに関する配列（配列番号 24）；  ・  本発明の単離体 26632のFに関する配列（配列番号 44）；  ・  本発明の単離体 20283のFに関する配列（配列番号 29）；  ・  本発明の単離体 20435のFに関する配列（配列番号 34）；  ・  本発明の単離体 26056のFに関する配列（配列番号 39）；  ・  Greer 単離体 NC_003443のFに関する配列（配列番号 49）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるアミノ酸を含有するポジションである。  従って、各々の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。  従って、Greer 系統と比較して、本発明の単離体は、Fに関する配列において（特に、下記のアミノ酸ポジションにおいて）共通する変化を有することが注意される：  ・  ポジション 32 (Greer 系統に関してアミノ酸 I, 本発明の単離体に関してアミノ酸 V, すなわち、I32V 置換);  ・  ポジション 96 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 A, すなわち、T96A 置換);  ・  ポジション 102 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 P, すなわち、T102P 置換);  ・  ポジション 104 (Greer 系統に関してアミノ酸 Q, 本発明の単離体に関してアミノ酸 P, すなわち、Q104P 置換);  ・  ポジション 112 (Greer 系統に関してアミノ酸 V, 本発明の単離体に関してアミノ酸 I, すなわち、V112I 置換);  ・  ポジション 160 (Greer 系統に関してアミノ酸 D, 本発明の単離体に関してアミノ酸 T, すなわち、D160T 置換);  ・  ポジション 247 (Greer 系統に関してアミノ酸 N, 本発明の単離体に関してアミノ酸 K, すなわち、N247K 置換);  ・  ポジション 248 (Greer 系統に関してアミノ酸 F, 本発明の単離体に関してアミノ酸 L, すなわち、F248L 置換);  ・  ポジション 390 (Greer 系統に関してアミノ酸 R, 本発明の単離体に関してアミノ酸 K, すなわち、R390K 置換);  ・  ポジション 524 (Greer 系統に関してアミノ酸 S, 本発明の単離体に関してアミノ酸 A, すなわち、S524A 置換);  ・  ポジション 538 (Greer 系統に関してアミノ酸 F, 本発明の単離体に関してアミノ酸 V, すなわち、F538V 置換)。  Greer 単離体と比較して共通である特定の変化のうち注意されるものには次のものが含まれる、本発明の単離体が切断部位 (図 4におけるCS)で有するT102P および Q104R 置換, 本発明の単離体が融合ペプチド (図 4におけるFP)で有するV112I 置換, 本発明の単離体がHR1 ドメインで有するD160T 置換。  CDS = コード配列。
【図７−２】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056 および 26632）のF（551 aa）のアミノ酸配列のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  本発明の単離体 18620のFに関する配列（配列番号 24）；  ・  本発明の単離体 26632のFに関する配列（配列番号 44）；  ・  本発明の単離体 20283のFに関する配列（配列番号 29）；  ・  本発明の単離体 20435のFに関する配列（配列番号 34）；  ・  本発明の単離体 26056のFに関する配列（配列番号 39）；  ・  Greer 単離体 NC_003443のFに関する配列（配列番号 49）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるアミノ酸を含有するポジションである。  従って、各々の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。  従って、Greer 系統と比較して、本発明の単離体は、Fに関する配列において（特に、下記のアミノ酸ポジションにおいて）共通する変化を有することが注意される：  ・  ポジション 32 (Greer 系統に関してアミノ酸 I, 本発明の単離体に関してアミノ酸 V, すなわち、I32V 置換);  ・  ポジション 96 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 A, すなわち、T96A 置換);  ・  ポジション 102 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 P, すなわち、T102P 置換);  ・  ポジション 104 (Greer 系統に関してアミノ酸 Q, 本発明の単離体に関してアミノ酸 P, すなわち、Q104P 置換);  ・  ポジション 112 (Greer 系統に関してアミノ酸 V, 本発明の単離体に関してアミノ酸 I, すなわち、V112I 置換);  ・  ポジション 160 (Greer 系統に関してアミノ酸 D, 本発明の単離体に関してアミノ酸 T, すなわち、D160T 置換);  ・  ポジション 247 (Greer 系統に関してアミノ酸 N, 本発明の単離体に関してアミノ酸 K, すなわち、N247K 置換);  ・  ポジション 248 (Greer 系統に関してアミノ酸 F, 本発明の単離体に関してアミノ酸 L, すなわち、F248L 置換);  ・  ポジション 390 (Greer 系統に関してアミノ酸 R, 本発明の単離体に関してアミノ酸 K, すなわち、R390K 置換);  ・  ポジション 524 (Greer 系統に関してアミノ酸 S, 本発明の単離体に関してアミノ酸 A, すなわち、S524A 置換);  ・  ポジション 538 (Greer 系統に関してアミノ酸 F, 本発明の単離体に関してアミノ酸 V, すなわち、F538V 置換)。  Greer 単離体と比較して共通である特定の変化のうち注意されるものには次のものが含まれる、本発明の単離体が切断部位 (図 4におけるCS)で有するT102P および Q104R 置換, 本発明の単離体が融合ペプチド (図 4におけるFP)で有するV112I 置換, 本発明の単離体がHR1 ドメインで有するD160T 置換。  CDS = コード配列。
【図７−３】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056 および 26632）のF（551 aa）のアミノ酸配列のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  本発明の単離体 18620のFに関する配列（配列番号 24）；  ・  本発明の単離体 26632のFに関する配列（配列番号 44）；  ・  本発明の単離体 20283のFに関する配列（配列番号 29）；  ・  本発明の単離体 20435のFに関する配列（配列番号 34）；  ・  本発明の単離体 26056のFに関する配列（配列番号 39）；  ・  Greer 単離体 NC_003443のFに関する配列（配列番号 49）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるアミノ酸を含有するポジションである。  従って、各々の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。  従って、Greer 系統と比較して、本発明の単離体は、Fに関する配列において（特に、下記のアミノ酸ポジションにおいて）共通する変化を有することが注意される：  ・  ポジション 32 (Greer 系統に関してアミノ酸 I, 本発明の単離体に関してアミノ酸 V, すなわち、I32V 置換);  ・  ポジション 96 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 A, すなわち、T96A 置換);  ・  ポジション 102 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 P, すなわち、T102P 置換);  ・  ポジション 104 (Greer 系統に関してアミノ酸 Q, 本発明の単離体に関してアミノ酸 P, すなわち、Q104P 置換);  ・  ポジション 112 (Greer 系統に関してアミノ酸 V, 本発明の単離体に関してアミノ酸 I, すなわち、V112I 置換);  ・  ポジション 160 (Greer 系統に関してアミノ酸 D, 本発明の単離体に関してアミノ酸 T, すなわち、D160T 置換);  ・  ポジション 247 (Greer 系統に関してアミノ酸 N, 本発明の単離体に関してアミノ酸 K, すなわち、N247K 置換);  ・  ポジション 248 (Greer 系統に関してアミノ酸 F, 本発明の単離体に関してアミノ酸 L, すなわち、F248L 置換);  ・  ポジション 390 (Greer 系統に関してアミノ酸 R, 本発明の単離体に関してアミノ酸 K, すなわち、R390K 置換);  ・  ポジション 524 (Greer 系統に関してアミノ酸 S, 本発明の単離体に関してアミノ酸 A, すなわち、S524A 置換);  ・  ポジション 538 (Greer 系統に関してアミノ酸 F, 本発明の単離体に関してアミノ酸 V, すなわち、F538V 置換)。  Greer 単離体と比較して共通である特定の変化のうち注意されるものには次のものが含まれる、本発明の単離体が切断部位 (図 4におけるCS)で有するT102P および Q104R 置換, 本発明の単離体が融合ペプチド (図 4におけるFP)で有するV112I 置換, 本発明の単離体がHR1 ドメインで有するD160T 置換。  CDS = コード配列。
【図８−１】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056）のHN（571 aa）に関するアミノ酸のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  本発明の単離体 18620のHNに関する配列（配列番号 26）；  ・  本発明の単離体 20283のHNに関する配列（配列番号 31）；  ・  本発明の単離体 20435のHNに関する配列（配列番号 36）；  ・  本発明の単離体 26056のHNに関する配列（配列番号 41）；  ・  単離体 Greer NC_003443のHNに関する配列（配列番号 51）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるアミノ酸を含有するポジションである。  従って、各々の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。  従って、Greer 系統と比較して、本発明の単離体は、それらとHNに関する配列において（特に、下記のアミノ酸ポジションにおいて）共通する変化を有することが注意される：  ・  ポジション 57 (Greer 系統に関してアミノ酸 D, 本発明の単離体に関してアミノ酸 E, すなわち、D57E 置換);  ・  ポジション 100 (Greer 系統に関してアミノ酸 F, 本発明の単離体に関してアミノ酸 L, すなわち、F100L 置換);  ・  ポジション 114 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 A, すなわち、T114A 置換);  ・  ポジション 139 (Greer 系統に関してアミノ酸 K, 本発明の単離体に関してアミノ酸 E, すなわち、K139E 置換);  ・  ポジション 186 (Greer 系統に関してアミノ酸 M, 本発明の単離体に関してアミノ酸 I, すなわち、M186I 置換);  ・  ポジション 195 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 A, すなわち、T195A 置換);  ・  ポジション 201 (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の単離体に関してアミノ酸 S, すなわち、A201S 置換);  ・  ポジション 316 (Greer 系統に関してアミノ酸 S, 本発明の単離体に関してアミノ酸 N, すなわち、S316N 置換);  ・  ポジション 319 (Greer 系統に関してアミノ酸 P, 本発明の単離体に関してアミノ酸 T, すなわち、P319T 置換);  ・  ポジション 323 (Greer 系統に関してアミノ酸 K, 本発明の単離体に関してアミノ酸 E, すなわち、K323E 置換);  ・  ポジション 344 (Greer 系統に関してアミノ酸 E, 本発明の単離体に関してアミノ酸 K, すなわち、E344K 置換);  ・  ポジション 348 (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の単離体に関してアミノ酸 I, すなわち、A348I 置換);  ・  ポジション 378 (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の単離体に関してアミノ酸 E, すなわち、A378E 置換);  ・  ポジション 379 (Greer 系統に関してアミノ酸 R, 本発明の単離体に関してアミノ酸 E, すなわち、R379E 置換);  ・  ポジション 479 (Greer 系統に関してアミノ酸 P, 本発明の単離体に関してアミノ酸 L, すなわち、P479L 置換);  ・  ポジション 480 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 M, すなわち、T480M 置換);  ・  ポジション 482 (Greer 系統に関してアミノ酸 Q, 本発明の単離体に関してアミノ酸 R, すなわち、Q482R 置換);  ・  ポジション 497 (Greer 系統に関してアミノ酸 R, 本発明の単離体に関してアミノ酸 K, すなわち、R497K 置換);  ・  ポジション 513 (Greer 系統に関してアミノ酸 S, 本発明の単離体に関してアミ��酸 N, すなわち、S513N 置換);  ・  ポジション 514 (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の単離体に関してアミノ酸 S, すなわち、A514S 置換)。  CDS = コード配列。  Greer 単離体と比較して、これらの共通の変化には、Greer 系統と比べて新しいグリコシル化部位を本発明の単離体に導入するN316S 置換が含まれる。  HN タンパク質のポジション 512, 513, 514 および 515におけるアミノ酸（より具体的には、ポジション 513 および 514におけるアミノ酸）も、注意すべきである。
【図８−２】HPIV-2 Greer 系統 および 本発明のHPIV-2 系統（単離体 18620, 20283, 20435, 26056）のHN（571 aa）に関するアミノ酸のアラインメント；  上部から底部に以下を示す：  ・  本発明の単離体 18620のHNに関する配列（配列番号 26）；  ・  本発明の単離体 20283のHNに関する配列（配列番号 31）；  ・  本発明の単離体 20435のHNに関する配列（配列番号 36）；  ・  本発明の単離体 26056のHNに関する配列（配列番号 41）；  ・  単離体 Greer NC_003443のHNに関する配列（配列番号 51）。  アステリスク(*)でマークされない各ポジションは、アラインメントに示される少なくとも一つの系統が他のものとそのポジションで異なるアミノ酸を含有するポジションである。  従って、各々の単離体が含有する変化のポジションおよび性質を、アラインメントに示される一または二以上の他の系統と, より具体的にはGreer 系統と比較して同定することは容易である。  従って、Greer 系統と比較して、本発明の単離体は、それらとHNに関する配列において（特に、下記のアミノ酸ポジションにおいて）共通する変化を有することが注意される：  ・  ポジション 57 (Greer 系統に関してアミノ酸 D, 本発明の単離体に関してアミノ酸 E, すなわち、D57E 置換);  ・  ポジション 100 (Greer 系統に関してアミノ酸 F, 本発明の単離体に関してアミノ酸 L, すなわち、F100L 置換);  ・  ポジション 114 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 A, すなわち、T114A 置換);  ・  ポジション 139 (Greer 系統に関してアミノ酸 K, 本発明の単離体に関してアミノ酸 E, すなわち、K139E 置換);  ・  ポジション 186 (Greer 系統に関してアミノ酸 M, 本発明の単離体に関してアミノ酸 I, すなわち、M186I 置換);  ・  ポジション 195 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 A, すなわち、T195A 置換);  ・  ポジション 201 (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の単離体に関してアミノ酸 S, すなわち、A201S 置換);  ・  ポジション 316 (Greer 系統に関してアミノ酸 S, 本発明の単離体に関してアミノ酸 N, すなわち、S316N 置換);  ・  ポジション 319 (Greer 系統に関してアミノ酸 P, 本発明の単離体に関してアミノ酸 T, すなわち、P319T 置換);  ・  ポジション 323 (Greer 系統に関してアミノ酸 K, 本発明の単離体に関してアミノ酸 E, すなわち、K323E 置換);  ・  ポジション 344 (Greer 系統に関してアミノ酸 E, 本発明の単離体に関してアミノ酸 K, すなわち、E344K 置換);  ・  ポジション 348 (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の単離体に関してアミノ酸 I, すなわち、A348I 置換);  ・  ポジション 378 (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の単離体に関してアミノ酸 E, すなわち、A378E 置換);  ・  ポジション 379 (Greer 系統に関してアミノ酸 R, 本発明の単離体に関してアミノ酸 E, すなわち、R379E 置換);  ・  ポジション 479 (Greer 系統に関してアミノ酸 P, 本発明の単離体に関してアミノ酸 L, すなわち、P479L 置換);  ・  ポジション 480 (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の単離体に関してアミノ酸 M, すなわち、T480M 置換);  ・  ポジション 482 (Greer 系統に関してアミノ酸 Q, 本発明の単離体に関してアミノ酸 R, すなわち、Q482R 置換);  ・  ポジション 497 (Greer 系統に関してアミノ酸 R, 本発明の単離体に関してアミノ酸 K, すなわち、R497K 置換);  ・  ポジション 513 (Greer 系統に関してアミノ酸 S, 本発明の単離体に関してアミ��酸 N, すなわち、S513N 置換);  ・  ポジション 514 (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の単離体に関してアミノ酸 S, すなわち、A514S 置換)。  CDS = コード配列。  Greer 単離体と比較して、これらの共通の変化には、Greer 系統と比べて新しいグリコシル化部位を本発明の単離体に導入するN316S 置換が含まれる。  HN タンパク質のポジション 512, 513, 514 および 515におけるアミノ酸（より具体的には、ポジション 513 および 514におけるアミノ酸）も、注意すべきである。
【００２６】
［詳細な記載］
本出願は、HPIV-2 ウイルスの新規の系統群に及び新規の系統亜群に, 並びに本願の発明者により提供される本文書における教示（すなわち、この新規の系統群および亜群の存在）から生じえる医学的な適用に関する。
【００２７】
より具体的には、本出願は、本群および／または本亜群の一部を形成しているHPIV-2 ウイルスの検出（より具体的には、診断）のための手段に関する。
【００２８】
本願の発明者は、HPIV-2 Greer 単離体（より具体的には、Greer, Toshiba および V98 単離体）と比較してバリアント（variantes）の系統であるHPIV-2の幾つかの系統を単離した。
【００２９】
従来技術において、Greer 単離体は、HPIV-2に関する検出ツール（より具体的には、診断ツール）を開発するための参照の単離体である。
【００３０】
本願の発明者は、Greer単離体（より具体的には、Greer, Toshiba およびV98単離体）と十分に異なり、通常は従来技術においてHPIV-2を検出するために使用される抗エンベロープタンパク質抗体で認識されないHPIV-2 ウイルスの純粋（toute）なファミリーが存在することを示した。
【００３１】
より具体的には、本発明の新規の系統群または亜群を形成しているHPIV-2 単離体は、ARGENE S.A. (Parc Technologique Delta Sud, 09120 Varilhes; France)が参照12E12G9で取り扱う抗-HN 抗体で認識されない。
【００３２】
しかしながら、今回、これらの本発明のバリアント単離体は、呼吸性疾患をわずらっている幾人かの患者で最近観察された。
【００３３】
対照的に, 従来技術においてHPIV-2 診断手段を開発するための参照としてのHPIV-2 系統は、1955年を端緒とする系統（Greer 系統）である。
【００３４】
従って、本願の発明者は、現在HPIV-2の診断のために使用される手段および現在患者で観察されているHPIV-2 系統の性質の間にミスマッチが存在することを示した。系統が進化すると、このミスマッチが目立つ可能性が高いだろう。
【００３５】
本発明のHPIV-2 単離体の新規の系統群は、Greer, Toshiba および V98 単離体を含まないことで特徴付けられる。
【００３６】
図 3は、F および HN エンベロープ タンパク質に基づく本発明の系統群の代表を示す(上部の系統樹: F タンパク質; 底部の系統樹: HN タンパク質)。
【００３７】
特に, 本発明の新規の系統群には、図 3において、HPIV-2 Lyon/20283/2001, HPIV-2 Lyon/20435/2001, HPIV-2 Lyon/18620/2001 HPIV-2 Lyon/26632/1997 および HPIV-2 Lyon/26056/1997と称される単離体が含まれる（すなわち、本願の発明者により単離され、ブダペスト条約下でCNCMに寄託された五つの新規の単離体）。また、この新規の系統群には、単離体 HPIV-2 Vanderbilt/1994 (=V94 単離体)が含まれる。
【００３８】
特に, 本発明の新規の亜群には、HPIV-2 単離体 Lyon/20283/2001, HPIV-2 Lyon/20435/2001, HPIV-2 Lyon/18620/2001, HPIV-2 Lyon/26632/1997 および HPIV-2 Lyon/26056/1997が含まれるが、HPIV-2 Vanderbilt/1994 単離体(=V94 単離体)は含まれない。F および HN 配列の分析によって、V94 単離体および区別された本発明の五つの特定の単離体を含む亜群の間で幾つかの差異が許容される。
【００３９】
図 3における系統の表現において当業者が認めることができるように、本発明のHPIV-2 単離体の新規の系統群および新規の系統亜群に最も近いが、含まれないHPIV-2 単離体は、Greer, Toshiba および V98 単離体である。
【００４０】
この事項によって、本発明の新規の系統群および新規の系統亜群は、ルブラウイルスではないだろう微生物を含まないこと, より具体的には彼等にはHPIV-2 ウイルスではないだろう微生物が含まれないことも暗示される。
【００４１】
従来技術においてToshiba 単離体の名称を有する単離体は、ヌクレオチドレベルでGreer 単離体と99.8%の同一性を有する。Toshiba 単離体に関する配列は、データベース（特に、Genbank番号 X57559, NC_003443）に記録されている。従来技術によって、次の事項が示されるとの事実が認められるだろう。その事項とは、Toshiba 単離体に関する配列がGreer 単離体に関する配列と関連して有すると思われる差異が、問題の単離体の実際の天然の環境によるというよりも、cDNA クローニング, 合成および／または配列の分析におけるエラーによる可能性が高いことである（Skiadopoulos et al. 2003, Journal of Virology, 77(1): 270-279を参照されたい）。
【００４２】
従って、本出願において、Toshiba 単離体は、Greer 単離体と同一であると考えてもよい。
【００４３】
いずれにしても、Greer 単離体と比較した差異は、Toshiba 単離体と比較した差異を構成するために十分である。
【００４４】
Greer, Toshiba および V98 単離体に関する配列は、Genbankの受託番号でNC_003443 (Greer 単離体), X57559 (Toshiba 単離体), (V98 単離体)で利用可能である。
【００４５】
本出願において、本発明の新規の系統群は、単純化のために、HPIV-2 バリアントの系統群またはバリアント系統群, または本発明の群と称されてもよい。
【００４６】
同様に, 本発明の新規の系統亜群は、HPIV-2 バリアントの系統亜群, バリアント系統亜群, または本発明の亜群と称されてもよい。
【００４７】
本発明の新規の群は、この群のウイルスが以下を含むとの事実で規定される：
・  Greer 単離体のものと異なるF タンパク質；および／または
・  Greer 単離体のものと異なるHN タンパク質。
【００４８】
好ましくは、本発明の群のウイルスは、それぞれGreer 単離体のFおよびHN タンパク質と異なるF タンパク質およびHN タンパク質を含む。
【００４９】
より具体的には、本発明の群のウイルスは、以下のものを含んでもよい：
・  Greer および V98 単離体のF タンパク質と異なるF タンパク質；および／または
・  Greer および V98 単離体のHN タンパク質と異なるHN タンパク質。
【００５０】
好ましくは、本発明の群のウイルスは、GreerおよびV98 単離体のF タンパク質と異なるF タンパク質、およびGreerおよびV98 単離体のHN タンパク質と異なるHN タンパク質を有する。
【００５１】
この又はこれらのタンパク質の差異は、特にアミノ酸配列における一または二以上の差異であってもよい。
【００５２】
従って、本発明の群からのウイルスは、以下のものを有する：
・  アミノ酸配列がGreer 単離体に関するものと整列された場合、同じポジションにGreer 単離体のF タンパク質に関する配列で提示されるものと異なる少なくとも一つのアミノ酸を含むF タンパク質;および／または(好ましくは、および)
・  アミノ酸配列がGreer 単離体に関するものと整列された場合、同じポジションにGreer 単離体のHN タンパク質に関する配列で提示されるものと異なる少なくとも一つのアミノ酸を含むHN タンパク質。
【００５３】
より具体的には、本発明の群からのウイルスは、以下のものを有してもよい：
・  アミノ酸配列がGreerおよびV98単離体に関するものと整列された場合、同じポジションにGreer 単離体のF タンパク質に関する配列で提示されるものと異なる少なくとも一つのアミノ酸および同じポジションにV98 単離体のF タンパク質に関する配列で提示されるものと異なる少なくとも一つのアミノ酸を含むF タンパク質;および／または(好ましくは、および)
・  アミノ酸配列がGreerおよびV98単離体に関するものと整列された場合、同じポジションにGreer 単離体のHN タンパク質に関する配列で提示されるものと異なる少なくとも一つのアミノ酸および同じポジションにV98 単離体のF タンパク質に関する配列で提示されるものと異なる少なくとも一つのアミノ酸を含むHN タンパク質。
【００５４】
前記のGreer 単離体のものと異なる少なくとも一つのアミノ酸および前記のV98 単離体のものと異なる少なくとも一つのアミノ酸は、異なるポジションでみつけられえる。この場合において、本発明の群のウイルスは、(そのF タンパク質 および／または そのHN タンパク質において)少なくとも二つのタイプの差を有する（すなわち、Greer 単離体について所与のポジションで少なくとも一つの差およびV98 単離体について別のポジションで少なくとも一つの差）。
【００５５】
代わりに、前記のGreer 単離体について異なる少なくとも一つのアミノ酸は、前記のV98 単離体について異なる少なくとも一つのアミノ酸と同じポジションでみつけられえる。この場合において、本発明の群のウイルスのF タンパク質は、そのアミノ酸配列において、そこに局在するアミノ酸がGreerおよびV98 単離体に関する配列において同じポジションでのものと異なる少なくとも一つのポジションを含む、および／または (好ましくは、および)、本発明の群のウイルスのHN タンパク質は、そのアミノ酸配列において、そこに局在するアミノ酸がGreerおよびV98 単離体に関する配列において同じポジションに示されるものと異なる少なくとも一つのポジションを含む。
【００５６】
本出願において、「少なくとも一つ」の表現の意味には、検討中のセットにおいて可能性のある最大値まで単一よりも大きな全ての全数値が包含される。例として、「少なくとも一つのアミノ酸」の表現の意味には、「少なくとも二つのアミノ酸」、「少なくとも三つのアミノ酸」などの検討中のセットに含まれる最大数のアミノ酸変化まで包含される。同様に、「少なくとも一つのポジションにおいて」の表現の意味には、「少なくとも二つのポジションにおいて」、「少なくとも三つのポジションにおいて」などの検討中のセットに含まれる最大数のポジションまで包含される。
【００５７】
Greer 単離体と比較して（より具体的には、Greer, Toshiba およびV98 単離体と比較して）、本発明のバリアント系統群のウイルスは、彼等が特定の配列のF タンパク質および／またはHN タンパク質(エンベロープ タンパク質)を有するとの事実で規定されえる。より具体的には：
・  彼等のF タンパク質に関するアミノ酸配列は、少なくとも一つの本発明の特定の単離体の F タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 24, 29, 34, 39, 44 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056, 26632 のF タンパク質)の少なくとも一つの配列と〕、99.3%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.4%, より好ましくは少なくとも 99.5%の同一性を有する；および／または以下の事実で規定されえる、
・  彼等のHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、少なくとも一つの本発明の特定の単離体のHN タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 26, 31, 36, 41 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056 )の少なくとも一つの配列と〕、98.6%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 98.7%, より好ましくは少なくとも 98.8%の同一性を有する。
【００５８】
上記で指摘したパーセンテージ同一性（および、同様に本出願の残りに関して、他に断らない限り）は、同一性に関する全体的な値である〔すなわち、配列の全長に対して計算された同一性〕。
【００５９】
好ましくは, 本発明のバリアント系統群のウイルスは、各々の指摘した配列で上記に指摘されたパーセンテージを有する。
【００６０】
Greer 単離体（より具体的には、Greer, Toshiba および V98 単離体）と比較した本発明のバリアント系統群のウイルスに含有される差を規定するための代替的または補足的な手段は、本発明のバリアント系統群のウイルスが、Greer単離体（および、より具体的には、Greer, Toshiba およびV98単離体）に関連してF タンパク質に関するアミノ酸配列において少なくとも一つの変化を有するだろうとの事実である。
【００６１】
本発明の群のウイルスは、Greer 単離体のアミノ酸配列と少なくとも一つの次のポジション(F タンパク質に関する配列におけるアミノ酸ポジション): ポジション 32, 102, 104, 112, 160, 247, 538, 96, 248, 390, 524において異なるF タンパク質を有してもよい。
【００６２】
より具体的には、Greer 単離体のF タンパク質と比較して、本発明の群のウイルスは、少なくとも一つの次の差を有してもよい:
a)  ポジション 32において、I以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 C (Greer 系統に関してアミノ酸 I, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 V, すなわち、I32V 置換); および／または
b)  ポジション 102において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 P (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 P, すなわち、T102P 置換); および／または
c)  ポジション 104において、Q以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 P (Greer 系統に関してアミノ酸 Q, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 P, すなわち、Q104P 置換); および／または
d)  ポジション 112において、V以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (Greer 系統に関してアミノ酸 V, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 I, すなわち、V112I 置換); および／または
e)  ポジション 160において、D以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 T (Greer 系統に関してアミノ酸 D, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 T , すなわち、D160T 置換); および／または
f)  ポジション 247において、N以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 K (Greer 系統に関してアミノ酸 N, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 K , すなわち、N247K 置換); および／または
g)  ポジション 538において、F以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 V (Greer 系統に関してアミノ酸 F, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 V, すなわち、F538V 置換); および／または
h)  ポジション 96において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 A (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 A , すなわち、T96A 置換); および／または
i)  ポジション 248において、F以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 L (Greer 系統に関してアミノ酸 F, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 L , すなわち、F248L 置換); および／または
j)  ポジション 390において、R以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 K (Greer 系統に関してアミノ酸 R, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 K , すなわち、R390K 置換); および／または
k)  ポジション 524において、S以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 A (Greer 系統に関してアミノ酸 S, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 A , すなわち、S524A 置換)。
【００６３】
上記で議論したGreer 単離体のF タンパク質と比較した差に関する幾つかのポジションは、V98 単離体と比較した差に関するポジションであってもよい。これは特にポジション 32, 102, 104, 112, 160, 247, 538の場合である。
【００６４】
従って、本出願は、F タンパク質がGreer 単離体のF タンパク質で提示されるものと及びV98 単離体のF タンパク質で提示されるものと、少なくとも一つのアミノ酸 ポジション 32, 102, 104, 112, 160, 247, 538, 好ましくは少なくとも二つのこれらのポジション, 好ましくは少なくとも三つのこれらのポジション, より好ましくは少なくとも四つのこれらのポジション, より好ましくは少なくとも五つのこれらのポジション, および高度に好ましくは少なくとも六つのこれらのポジション, およびより具体的には全てのこれらの七つのポジションにおいて異なるアミノ酸を含む任意のHPIV-2 ウイルスに関する。
【００６５】
より具体的には、Greer 単離体のF タンパク質と比較して及びV98 単離体のF タンパク質と比較して、本発明の群のウイルスは、上記で議論した少なくとも一つのF アミノ酸配列の差a)からg)を有してもよい。従って、本出願は、F タンパク質が少なくとも一つの上記で議論した七つの配列差 a) から g), 好ましくは 少なくとも二つのこれらの差, 好ましくは少なくとも三つのこれらの差, より好ましくは少なくとも四つのこれらの差, なおより好ましくは 少なくとも有する五つのこれらの差, 高度に好ましくは少なくとも六つのこれらの差, なおより好ましくは全てのこれらの七つの差を任意のHPIV-2 ウイルスに関する。
【００６６】
Greer 単離体およびV98 単離体と比較して共同して存在するこれらの差のなかで、F タンパク質に関する配列のポジション 102, 104, 112 および 160は、特に注目すべきものである〔より具体的には、上記で議論したアミノ酸配列 F b）, c）, d） および e）における差〕。
【００６７】
実際には、これらの特定のポジションは、HPIV-2における特徴的な部位に位置する、つまり：
・  ポジション 102 および／または 104は、F タンパク質における切断部位に局在する（図 4におけるCS）；
・  ポジション 112は、融合 ペプチドに局在する（図 4におけるFP）；
・  ポジション 160は、タンパク質 FのHR1 ドメインに局在する；
有利には（Avantageusement）、本出願は、F タンパク質が、Greer 単離体のF タンパク質で提示されるものと及びV98 単離体のF タンパク質で提示されるものと、少なくとも一つのアミノ酸 ポジション 102, 104, 112, 160, 好ましくは少なくとも二つのこれらのポジション, 好ましくは少なくとも 三つのこれらのポジション, より好ましくは全てのこれらの四つのポジションにおいて異なるアミノ酸を含む任意のHPIV-2 ウイルスに関する。
【００６８】
また、かかるウイルスは、F タンパク質を有し：
・  アミノ酸配列が、Greer 単離体のF タンパク質で提示されるものと及びV98 単離体のF タンパク質で提示されるものと、少なくとも一つのアミノ酸ポジション 32, 247, 538において異なる一つのアミノ酸を含み;および／または
・  アミノ酸配列が、Greer 単離体のF タンパク質で提示されるものと、少なくとも一つのアミノ酸 ポジション 32, 96, 247, 248, 390, 524, 538において異なる一つのアミノ酸を含む。
【００６９】
より具体的には、本出願は、F タンパク質が少なくとも一つの上記で議論したF タンパク質における四つの特定の差〔F タンパク質の配列差 b）, c）, d）, e）〕, 好ましくは少なくとも二つのこれらの差, 好ましくは少なくとも三つのこれらの差, より好ましくは全てのこれらの四つの差を有する任意のHPIV-2 ウイルスに関する。
【００７０】
かかるHPIV-2ウイルスは、明らかにさらに次のものを有してもよい、つまり：
・  Greer および V98 単離体と比較して、上記で議論した三つの他のF タンパク質の配列差 a) f) g)の少なくとも一つ, 好ましくはこれらの差 a), f), g)の少なくとも二つ, 好ましくはこれらの三つの差 a), f), g)の全て；および／または
・  Greer 単離体と比較して、上記で議論したF タンパク質の配列差 a), f) から k)の少なくとも一つ, 好ましくはこれらの差 a), f) から k)の少なくとも二つ, 好ましくはこれらの七つの差 a), f) から k)の全て。
【００７１】
Greer単離体と比較して（および、より具体的には、Greer, Toshiba およびV98単離体と比較して）本発明のバリアント系統群のウイルスに存在する差を規定するための代替または補足的な手段は、本発明のバリアント系統群がHN タンパク質に関するアミノ酸配列において変化を有しえるとの事実である。
【００７２】
本発明の群のウイルスは、アミノ酸配列がGreer 単離体のアミノ酸配列と少なくとも一つの次のポジション(HN タンパク質に関する配列におけるアミノ酸のポジション): ポジション 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482, 100, 186, 316, 323, 479, 497, 513, 514において異なるHN タンパク質を含んでもよい。
【００７３】
より具体的には、Greer 単離体のHN タンパク質と比較して、本発明の群のウイルスは、少なくとも一つの次の差を有してもよい、すなわち:
a)  ポジション 57において、D以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E (Greer 系統に関してアミノ酸 D, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 E , すなわち、D57E 置換); および／または
b)  ポジション 114において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 A (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 A , すなわち、T114A 置換); および／または
c)  ポジション 139において、K以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E (Greer 系統に関してアミノ酸 K, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 E , すなわち、K139E 置換); および／または
d)  ポジション 195において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 A (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 A , すなわち、T195A 置換);
e)  ポジション 201において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 S (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 S , すなわち、A201S 置換); および／または
f)  ポジション 319において、P以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 T (Greer 系統に関してアミノ酸 P, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 T , すなわち、P319T 置換); および／または
g)  ポジション 344において、E以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 K (Greer 系統に関してアミノ酸 E, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 K , すなわち、E344K 置換); および／または
h)  ポジション 348において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 I, すなわち、A348I 置換); および／または
i)  ポジション 378において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 E , すなわち、A378E 置換); および／または
j)  ポジション 379において、R以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E (Greer 系統に関してアミノ酸 R, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 E , すなわち、R379E 置換); および／または
k)  ポジション 480において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 M (Greer 系統に関してアミノ酸 T, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 M , すなわち、T480M 置換); および／または
l)  ポジション 482において、Q以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 R (Greer 系統に関してアミノ酸 Q, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 R , すなわち、Q482R 置換); および／または
m)  ポジション 100において、F以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 L (Greer 系統に関してアミノ酸 F, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 L , すなわち、F100L 置換); および／または
n)  ポジション 186において、M以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (Greer 系統に関してアミノ酸 M, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 イソロイシン, すなわち、M186I 置換); および／または
o)  ポジション 316において、S以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 N (Greer 系統に関してアミノ酸 S, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 N , すなわち、S316N 置換); および／または
p)  ポジション 323において、K以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E (Greer 系統に関してアミノ酸 K, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 E , すなわち、K323E 置換); および／または
q)  ポジション 479において、P以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 L (Greer 系統に関してアミノ酸 P, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 L , すなわち、P479L 置換); および／または
r)  ポジション 497において、R以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 K (Greer 系統に関してアミノ酸 R, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 K , すなわち、R497K 置換); および／または
s)  ポジション 513において、S以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 N (Greer 系統に関してアミノ酸 S, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 N , すなわち、S513N 置換); および／または
t)  ポジション 514において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 S (Greer 系統に関してアミノ酸 A, 本発明の五つの特定の単離体に関してアミノ酸 S , すなわち、A514S 置換)。
【００７４】
上記で議論したGreer 単離体のHN タンパク質と比較した差に関する特定のポジションは、V98 単離体と比較した差に関するポジションであってもよい。これは特にポジション 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482の場合である。
【００７５】
このように本出願は、HN タンパク質がGreer 単離体のHN タンパク質で提示されるものと及びV98 単離体のHN タンパク質で提示されるものと、少なくとも一つのアミノ酸 ポジション 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482, 好ましくは少なくとも二つのこれらのポジション, 好ましくは少なくとも三つのこれらのポジション, より好ましくは少なくとも四つのこれらのポジション, なおより好ましくは少なくとも五つのこれらのポジション, 高度に好ましくは少なくとも六つのこれらのポジション, より具体的には全てのこれらの十二のポジションにおいて異なるアミノ酸を含む任意のHPIV-2 ウイルスに関する。この少なくとも一つの差に加えて、前記ウイルスのHN タンパク質は、Greer 単離体のHN タンパク質で提示されるものと、少なくとも一つのアミノ酸 ポジション 100, 186, 316, 323, 479, 497, 513, 514において異なるアミノ酸を含んでもよい。
【００７６】
より具体的には、Greer 単離体のHN タンパク質と比較して及びV98 単離体のHN タンパク質と比較して、本発明の群のウイルスは、上記で議論した少なくとも一つのHN アミノ酸配列の差a)からl)を有してもよい。このように本出願は、F タンパク質が少なくとも一つの上記で議論した十二の配列差 a) から l), 好ましくは 少なくとも二つのこれらの差, 好ましくは少なくとも三つのこれらの差, より好ましくは少なくとも四つのこれらの差, なおより好ましくは 少なくとも五つのこれらの差, 高度に好ましくは少なくとも六つのこれらの差, より好ましくは全てのこれらの十二の差を有する任意のHPIV-2 ウイルスに関する。
【００７７】
前記の少なくとも一つの差に加えて、前記ウイルスのHN タンパク質は、少なくとも一つの上記で議論した差m) から t)を有してもよい。
【００７８】
Greer 単離体と関連して存在する差のなかで、HN タンパク質に関する配列のポジション 316, 513 および 514は、特に注目すべきものである〔より具体的には、特に上記で議論したHN アミノ酸配列差 o), s) および t)〕。
【００７９】
Greer 単離体は、そのHN タンパク質のポジション 316にアミノ酸 Sを有する。Greer 単離体は、このポジションにグリコシル化部位を有さない。
【００８０】
このポジションにおいて、本発明のバリアント系統群のウイルスは、S以外のアミノ酸、より具体的にはグリコシル化部位を形成するS以外のアミノ酸、好ましくはアミノ酸 N (アスパラギン)を有してもよい。それゆえ、本発明のバリアント系統群のウイルスは、Greer 単離体と比較して新しいグリコシル化部位を有してもよい。
【００８１】
Greer単離体と比較して、本発明の系統群からのウイルスは、代替（alternativement）または補足（complementairement）として、本発明のバリアント系統群のウイルスがポジション 512-515にHPIV-2 Greer ウイルスにおいて観察されるHN タンパク質に対して異なる三次構造を有することを特徴としてもよい。
【００８２】
この構造上の差は特に図 1に示されており、本発明のバリアント系統群のウイルスのHN タンパク質に関して予測された三次構造が提示されている。図 1において矢印Aはループを指摘し、これはGreer 系統(左手のモデル)においてHN タンパク質の内部に向けて配向（orientee）され、本発明のバリアント系統群からの単離体(右手のモデル)において、このループ（矢印A'で指摘される）はタンパク質の内部に向けて配向されず、HN タンパク質の外部に向けて配向される。
【００８３】
このループは、HN タンパク質のポジション 512-515に, より具体的には本発明の単離体のHN タンパク質のポジション 513-514に対応する。アミノ酸配列の点において、HN タンパク質配列のポジション 513 および 514におけるアミノ酸は、それぞれGreer 単離体に関してS および Aであり、他方それらは本発明の五つの特定の単離体に関してN および Sである。
【００８４】
S以外のアミノ酸（好ましくはアミノ酸 N）のHN タンパク質のポジション 513における、およびA以外のアミノ酸（好ましくはアミノ酸 S）のHN タンパク質のポジション 514における存在は、本発明のバリアントの系統群の一部を形成しているウイルスを規定するための手段である。
【００８５】
有利には、本出願は、HN タンパク質が以下のものを含む任意のHPIV-2 ウイルスに関する：
・  Greer 単離体のHN タンパク質で提示されるものと及びV98 単離体のHN タンパク質で提示されるものと、少なくとも一つのアミノ酸 ポジション 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482において異なるアミノ酸；および
・  Greer 単離体のHN タンパク質で提示されるものと、少なくとも一つのアミノ酸 ポジション 316, 513, 514において, 好ましくはポジション 316において又はポジション 513 および514において, 好ましくはポジション 36, 513 および 514において異なるアミノ酸。
【００８６】
より具体的には、本出願は、HN タンパク質が以下のものを提示する任意のHPIV-2 ウイルスに関する：
・  少なくとも一つの上記で議論したHN タンパク質の配列差〔Greer 単離体およびV98 単離体と比較して、共通して存在する差〕 a) から l), 好ましくは少なくとも二つのこれらの差, 好ましくは少なくとも三つのこれらの差, より好ましくは少なくとも四つのこれらの差, なおより好ましくは 少なくとも五つのこれらの差, 高度に好ましくは全てのこれらの十二の差；および
・  少なくとも一つの上記で議論したHN タンパク質の配列差 o), s) および t), 好ましくは差 o) および／または差 s) およびt), 好ましくは少なくとも二つのこれらの差, より好ましくは少なくとも差 s) およびt), なおより好ましくは差 o), s) およびt)。
【００８７】
要約すると、本発明のバリアント系統群の一部を形成するHPIV-2 ウイルスは、以下の事実で規定されてもよい、つまり：
・  そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、少なくとも一つの本発明の五つの特定の単離体の F タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 24, 29, 34, 39, 44 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056, 26632 のF タンパク質)の少なくとも一つの配列と〕、および好ましくは各々のこれらの配列番号のものと、99.3%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.4%, より好ましくは少なくとも 99.5%の同一性を有する；および／または以下の事実で規定されてもよい、
ii.  そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、少なくとも一つの本発明の特定の単離体のHN タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 26, 31, 36, 41 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056)の少なくとも一つの配列と〕、および好ましくは各々のこれらの配列番号のものと、98.6%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 98.7%, より好ましくは少なくとも 98.8%の同一性を有する；および／または以下の事実で規定されてもよい、
iii.  そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と、少なくとも一つの次のアミノ酸ポジション: 32, 102, 104, 112, 160, 247, 538, 96, 248, 390, 524 (F タンパク質に関する配列内のアミノ酸のポジション)において異なる；および／または以下の事実で規定されてもよい、
iv.  そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、上記で議論した十一のF 配列差 a) から k)の少なくとも一つを有する；および／または以下の事実で規定されてもよい、
v.  そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と及びV98 単離体のアミノ酸配列と、少なくとも一つの次のアミノ酸ポジション: 32, 102, 104, 112, 160, 247, 538 (F タンパク質に関する配列内のアミノ酸のポジション)において異なる；および／または以下の事実で規定されてもよい、
vi.  そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、上記で議論した七つのF 配列差 a) から g)の少なくとも一つを有する；および／または以下の事実で規定されてもよい、
vii.  そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と及びV98 単離体のアミノ酸配列と、上記で議論した、少なくとも一つの次のアミノ酸ポジション: 102, 104, 112, 160 (F タンパク質に関する配列内のアミノ酸のポジション)において異なる；および／または以下の事実で規定されてもよい、
viii.  それらのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、上記で議論した四つのF 配列差 b) から e)の少なくとも一つを有する；および／または以下の事実で規定されてもよい、
ix.  そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と及びV98 単離体のアミノ酸配列と、少なくとも一つの次のアミノ酸ポジション: 102, 104, 112, 160 (F タンパク質配列内のアミノ酸のポジション)において異なり、また以下の配列と異なる、つまり：
o  少なくとも一つのアミノ酸ポジション 32, 247, 538においてGreer 単離体の配列と及びV98 単離体の配列と異なる;および／または
o  少なくとも一つのアミノ酸ポジション 32, 96, 247, 248, 390, 524, 538においてGreer 単離体の配列と異なる;および／または以下の事実で規定されてもよい、
x.  それらのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、上記で議論した四つのF 配列差 b) から e)の少なくとも一つを有し、さらに以下を有する：
o  少なくとも一つの上記で議論した三つのF 配列差 a), f) g); および／または
o  少なくとも一つの上記で議論したFの配列差 a), f) から k); および／または以下の事実で規定されてもよい、
xi.  そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と、少なくとも一つの次のアミノ酸ポジション: 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482, 100, 186, 316, 323, 479, 497, 513, 514 (HN タンパク質内のアミノ酸のポジション)において異なる；および／または以下の事実で規定されてもよい、
xii.  そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、上記で議論した二十のHN 配列差 a) から t)の少なくとも一つを有する；および／または以下の事実で規定されてもよい、
xiii.  そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と及びV98 単離体のアミノ酸配列と、少なくとも一つの次のアミノ酸ポジション: 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482 において異なる；および／または以下の事実で規定されてもよい、
xiv.  そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、上記で議論した十二のHN 配列差 a) から l)の少なくとも一つを有する；および／または以下の事実で規定されてもよい、
xv.  そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と及びV98 単離体のアミノ酸配列と、少なくとも一つの次のアミノ酸ポジション: 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482において異なり、またGreer 単離体のアミノ酸配列と少なくとも一つのアミノ酸ポジション 100, 186, 316, 323, 479, 497, 513, 514において異なる；および／または以下の事実で規定されてもよい、
xvi.  そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、上記で議論した十二のHN 配列差 a) から l)の少なくとも一つを有し、また少なくとも一つの上記で議論したHN 配列差 m) から t)を有する；および／または以下の事実で規定されてもよい、
xvii.  そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と及びV98 単離体のアミノ酸配列と、少なくとも一つの次のアミノ酸ポジション: 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482において異なり、またGreer 単離体のアミノ酸配列と少なくとも一つのアミノ酸ポジション 316, 513, 514において異なる；および／または以下の事実で規定されてもよい、
xviii.  そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、上記で議論した十二のHN 配列差 a) から l)の少なくとも一つを有し、また少なくとも一つの上記で議論したHN 配列差 o), s), t)を有する。
【００８８】
好ましくは, 本発明の群のウイルスは、少なくとも一つの上記のi., ii., v. から x., xiii. から xviiiにリストされた特性で、好ましくは少なくとも一つの上記のi., ii., vii., xiiiにリストされた特性で規定される。
【００８９】
好ましくは, 本発明の群のウイルスは、以下で規定される：
・  少なくとも一つの上記のi., vii.にリストされた特性; および／または
・  少なくとも一つの上記のii., xiii.にリストされた特性;
例えば、少なくとも一つの特性i. およびii., および／または i. およびxiii., および／または vii. およびii., および／または vii. およびxiiiで規定される。
【００９０】
本発明のバリアント系統群の一部を形成する、本願の発明者により同定された五つの単離体は、ブダペスト条約下でCNCM（Collection Nationale de Cultures de Microorganismes; C.N.C.M.; Institut Pasteur; 25, rue du Docteur Roux; F-75724 PARIS Cedex 15; France）に寄託された。
【００９１】
それらの受託番号は、I-3761 (単離体 26056), I-3762 (単離体 26632), I-3763 (単離体 18620), I-3764 (単離体 20283), I-3765 (単離体 20435)である。
【００９２】
彼等は、CNCMに2007年5月10日に寄託された。
【００９３】
これらの単離体は、呼吸器感染をわずらっている患者からの鼻の吸引物または気管支の肺胞洗浄物から単離された。
【００９４】
また、本発明のバリアント系統群は、V94 単離体を含む。
【００９５】
V94に関する従来技術の教示によって、明らかに当業者が刺激されて、HPIV-2のV94 単離体がGreer 単離体と非常に近い単離体であること、及びGreer 単離体と比較して有意な技術的な差、少なくとも検出のための（および、より具体的には、診断のための）有意な技術的な差が存在しないことが考慮されるだろう。
【００９６】
例として、Skiadopoulos等 2003 (Journal of Virology, vol. 77, No. 1, pp. 270-279)による論文は、V94 単離体の完全なシークエンシングを記載し、その配列とGreer および V98 単離体の配列との比較分析を報告している。その論文においてすでに報告された全情報には、Greer 単離体と非常に近い単離体としてV94が示されている。
【００９７】
本願の発明者の知る限り、如何なる従来技術も、V94 単離体がGreer 単離体と比較した構造上の差を提示できておらず、Greer 単離体を検出するだろう手段が必ずしもV94 単離体を検出できないだろうことを考慮することが十分に意義があるであろうことを開示していない。
【００９８】
本願の発明者の知る限り、如何なる従来技術も、V94 単離体がエンベロープタンパク質（および、より具体的には、F および／または HN タンパク質）を提示できておらず、このタンパク質がGreer 単離体のものと十分に異なり、Greer 単離体をそのエンベロープタンパク質の検出を介して検出されることを許容する手段によって必ずしもV94 単離体が検出できないだろうことが考慮されることを開示していない。
【００９９】
さらに本願の発明者の知る限り、如何なる従来技術も、前記事実を議論しておらず、またV94 単離体が過去の孤立したケース（V94 単離体は1994に単離された）ではなく、それが実際はGreer 単離体が一部を形成し、現在患者から単離できるメンバーを有するHPIV-2 群から区別される特定の系統群の一部を形成するとの考えに当業者を誘導もしない。
【０１００】
本願の発明者の知る限り、如何なる従来技術も、V94 単離体（1994に単離された）が続いて単離できた（特に、2000に）他のHPIV-2 ウイルスと系統的に関連させられるだろうことを示唆しない。
【０１０１】
本願の発明者の知る限り、共通にエンベロープにおいてバリエーションを提示し、そのため彼らをHPIV-2を診断するための伝統的な手段で検出できない幾つかのウイルスを含むHPIV-2のバリアント系統群の存在の一般的な概念は、従来技術において開示も示唆もされていない。
【０１０２】
このバリアント系統群の一部を形成している単離体が現在の患者でみつけられ、他方で参照のGreer 系統は1955に単離されたとの事実は、さらに本発明の重要性を強調する。
【０１０３】
系統亜群は、本発明のバリアント系統群内で区別できる。この亜群には、全ての本発明の五つの特定の単離体が含まれ、V94 単離体が含まれない。この本発明の系統亜群には、互いに極度に近いHPIV-2 ウイルスが含まれる。
【０１０４】
Greer 単離体と比較して（より具体的には、Greer, Toshiba およびV98 単離体と比較して）、本発明のバリアントの系統亜群のウイルスは、彼等が特定の従来技術の抗-HPIV-2 抗体（および、より具体的には、HPIV-2 ウイルスのHN エンベロープ タンパク質に対する従来技術の抗体）によって認識されないとの事実で規定されえる。これらの従来技術の抗-HN 抗体は、実際に従来技術において参照として機能するHPIV-2 系統（すなわち、HPIV-2 Greer 系統）のHN タンパク質のエピトープから産生または構築された。本願の発明者は、本発明のバリアントの系統亜群のHN タンパク質がGreer 単離体からのHN タンパク質と同じエピトープを含まないことを示した。より具体的には、Greer 単離体のHN タンパク質に存在する特定のエピトープは、本発明のバリアント系統群のウイルスからのHN タンパク質に存在しない。この理由のため、本発明のバリアント系統群のウイルスは、特定の従来技術の抗-HN 抗体で認識されない。
【０１０５】
かかる従来技術の抗-HN 抗体の一例は、参照12E12G9でARGENE S.A. (Parc Technologique Delta Sud 09120 Varilhes; France)が販売する抗体である。この従来技術の抗体は、本発明のバリアント系統亜群ウイルスに存在しないGreer 単離体のHN タンパク質におけるエピトープを認識する。
【０１０６】
代わりに又は補足として、本発明の系統亜群のウイルスは、共通にF タンパク質に関する配列においてポジション 175であるアミノ酸の置換, および／またはHN タンパク質に関する配列においてポジション 186 であるアミノ酸の置換を有していると規定されてもよい。
【０１０７】
F タンパク質のポジション 175は、F1 ポリペプチドのHR1 ドメインに存在する。
【０１０８】
ポジション 175において、V94 単離体は、アミノ酸 H (ヒスチジン)を有する。
【０１０９】
HN タンパク質のポジション 186はタンパク質の触媒部位に非常に近く、それゆえこのポジションに存在するアミノ酸の性質がタンパク質の活性に影響を有しえる。
【０１１０】
HN タンパク質のポジション 186において、V94 単離体はアミノ酸 M を有する(偶然、Greer 単離体もアミノ酸 Mをポジション 186に有することが注意されるだろう)。
【０１１１】
従って、本発明のバリアントの系統亜群の一部を形成しているウイルスは、以下の事実で規定されえる：
・  該ウイルスは、以上で規定されるように、例えば、上記で議論した群の一以上の特性（例えば、F タンパク質 および／または HN タンパク質のパーセンテージ 同一性, F および／または HN 配列の差, HNに関する異なる三次構造）を用いて、本発明の系統群の一部を形成する;
また、以下の事実で規定されえる：
・  該ウイルスは、従来技術のモノクローナル抗-HN抗体（例えば、Greer 単離体に関するHN タンパク質から構築された及び／又は取得された参照番号12E12G9でArgeneが販売する抗体）で認識されない;および／または
・  該ウイルスは、F タンパク質のポジション 175においてH以外のアミノ酸および／または（好ましくは、および）HN タンパク質のポジション 186においてM以外のアミノ酸を有する。
【０１１２】
好ましくは, 本発明のバリアントの系統亜群の一部を形成しているウイルスのF タンパク質に関する配列のポジション 175におけるアミノ酸は、アミノ酸 R (アスパラギン)である。
【０１１３】
好ましくは, 本発明のバリアントの系統亜群の一部を形成しているウイルスのHN タンパク質に関する配列のポジション 186におけるアミノ酸は、アミノ酸 I(イソロイシン)である。
【０１１４】
群の特性および亜群の特性の任意の組み合わせは、明らかに本出願に含まれる。
【０１１５】
例として、本発明のバリアントHPIV-2の系統亜群の一部を形成するHPIV-2 ウイルスは、以下で規定されえる、つまり：
・  少なくとも一つの上記でリストされた群 i., ii., v. から x., xiii. から xviii.の特性を有するとの事実で規定されえる; および
・  少なくとも一つの次の亜群の特性も有するとの事実で規定されえる、つまり：
・  HN タンパク質に関する配列のポジション 186において、M以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (イソロイシン)を有する, および／または
・  そのF タンパク質に関する配列のポジション 175において、H以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 Rを有する。
【０１１６】
本発明の系統亜群のウイルスを定義するために、一または二以上の十八の特性i. から xviii.を、本発明のバリアント系統群を規定しているセクションにおいて上記で指摘されたとおり使用してもよい。
【０１１７】
特性の全ての組み合わせは、明らかに本出願において予見される。
【０１１８】
例として、本発明のバリアントHPIV-2の系統亜群の一部を形成するHPIV-2 ウイルスは、以下で規定されえる、つまり：
・  少なくとも一つの上記でリストされた群 i. から xviii.の特性を有するとの事実で規定されえる、および
・  少なくとも一つの次の亜群の特性も有するとの事実で規定されえる、つまり：
・  HN タンパク質に関する配列のポジション 186において、M以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (イソロイシン)を有する; および／または
・  そのF タンパク質に関する配列のポジション 175において、H以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 Rを有する; および／または
・  該ウイルスは、Greer 単離体のHN タンパク質から構築された及び／又は取得された従来技術の抗-HNモノクローナル抗体（参照12E12G9でArgeneが販売する抗体のような）で認識されない。
【０１１９】
より具体的には、本出願は、Greer, Toshiba, V98 および V94 HPIV-2 単離体を含まないバリアント HPIV-2の系統亜群の一部を形成するHPIV-2 ウイルスに関し、これらは以下の事実で規定されえる：
・  それらのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、少なくとも一つの本発明の特定の単離体の F タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 24, 29, 34, 39, 44 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056, 26632 のF タンパク質)の少なくとも一つの配列と〕、および好ましくは各々のこれらの配列と、99.85%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.90%, より好ましくは少なくとも 99.95%の同一性を有する；および／または
・  彼等のHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、少なくとも一つの本発明の特定の単離体のHN タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 26, 31, 36, 41 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056 )の少なくとも一つの配列と〕, 好ましくはこれらの配列の各々と、99.15%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.20%, より好ましくは少なくとも 99.30%の同一性を有する。
【０１２０】
また、加えて、以下の事実で規定されえる：
・  HN タンパク質に関する配列のポジション 186において、それらはM以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (イソロイシン)を有する。
【０１２１】
より具体的には、本出願は、Greer, Toshiba, V98 および V94 HPIV-2 単離体を含まないHPIV-2バリアントの系統亜群の一部を形成するHPIV-2 ウイルスに関し、これらは以下の事実で規定されえる：
・  それらのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、少なくとも一つの本発明の特定の単離体の F タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 24, 29, 34, 39, 44 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056, 26632 のF タンパク質)の少なくとも一つの配列と〕、および好ましくは各々のこれらの配列と、99.85%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.90%, より好ましくは少なくとも 99.95%の同一性を有する；および／または
・  彼等のHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、少なくとも一つの本発明の特定の単離体のHN タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 26, 31, 36, 41 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056 )の少なくとも一つの配列と〕, 好ましくはこれらの配列の各々と、99.15%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.20%, より好ましくは少なくとも 99.30%の同一性を有する。
【０１２２】
また、加えて、以下の事実で規定されえる：
・  そのF タンパク質に関する配列のポジション 175において、それらはH以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 Rを有する。
【０１２３】
次の表は、要約または説明の様式で提供される：
【０１２４】
【表１】
0005591697.tif 000002
【０１２５】
少なくとも一つの上記で議論した群の特性に必ずしも説明を求めることなく、本発明の系統亜群のウイルスを規定する代替または補足的な手段は、アミノ酸配列がそれらのF および／または HN タンパク質で有する% 同一性である。
【０１２６】
実際に、本発明の系統亜群のウイルスは、以下の事実で規定されえる：
・  それらのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、好ましくは少なくとも一つの本発明の特定の単離体の F タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 24, 29, 34, 39, 44 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056, 26632 のF タンパク質)の少なくとも一つの配列と〕、および好ましくは各々のこれらの配列と、99.85%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.90%, より好ましくは少なくとも 99.95%の同一性を有する；および／または
・  彼等のHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、少なくとも一つの本発明の特定の単離体のHN タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 26, 31, 36, 41 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056 )の少なくとも一つの配列と〕, 好ましくはこれらの配列の各々と、99.15%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.20%, より好ましくは少なくとも 99.30%の同一性を有する。
【０１２７】
これらの同一性の判定基準を満足するHPIV-2 ウイルスは、上記で議論した群i. から xviii.の特性の一つを頼りにすることなく、本発明の系統亜群の一部を形成する。
【０１２８】
従って、本出願は、以下の任意のHPIV-2 ウイルスに関する、つまり：
i.  少なくとも一つの上記で議論した群 i. から xviiiの特性, および少なくとも一つの上記で議論した亜群の特性を満たすもの〔そのF タンパク質のポジション 175においてH以外のアミノ酸（好ましくは、アミノ酸 R）；そのHN タンパク質のポジション 186においてM以外のアミノ酸（好ましくは、アミノ酸 I）；従来技術のモノクローナル抗-HN 抗体で認識されないウイルス〕;
および／または 
ii.  そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、少なくとも一つの本発明の特定の単離体の F タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 24, 29, 34, 39, 44 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056, 26632 のF タンパク質)の少なくとも一つの配列と〕、および好ましくは各々のこれらの配列と、99.85%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.90%, より好ましくは少なくとも 99.95%の同一性を有するもの；
および／または 
iii.  そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、少なくとも一つの本発明の特定の単離体のHN タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 26, 31, 36, 41 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056 )の少なくとも一つの配列と〕, 好ましくはこれらの配列の各々と、99.15%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.20%, より好ましくは少なくとも 99.30%の同一性を有するもの。
【０１２９】
本発明の系統亜群の一部を形成しているHPIV-2 ウイルスは、少なくとも一つの上記のこれらの特性i. から iii.、例えば、一, 二 または全てのこれらの特性を有する。
【０１３０】
より具体的には、本出願は、五つの特定のウイルスを予見(vise)する。これらの五つの特定のウイルスは、CNCMに2007年5月10日に寄託された受託番号I-3761 (単離体 26056), I-3762 (単離体 26632), I-3763 (単離体 18620), I-3764 (単離体 20283), I-3765 (単離体 20435)のものである。彼等は、本発明の系統群および本発明の系統亜群の一部を形成する。
【０１３１】
これらの特定のウイルスのF および HN タンパク質の物理化学的パラメータは、以下の表14 および 15に示される（パラメータはCLC Free WorkBench version 3.2 softwareを用いて計算された）。
【０１３２】
本出願は、F タンパク質が本発明の少なくとも一つの特定のウイルスのF タンパク質のものと同一である分子量 および／または 等電点 および／または 脂肪指標（d'index aliphatique）を有する、および／または、HN タンパク質が本発明の少なくとも一つの特定のウイルスのHN タンパク質のものと同一である分子量 および／または 等電点 および／または 脂肪指標を有する任意のHPIV-2 ウイルスに関する。
【０１３３】
より具体的には、本出願は、F タンパク質が本発明の少なくとも一つの特定のウイルスのF タンパク質のものと同一である等電点を有する、および／または、HN タンパク質が本発明の一つの特定のウイルスのHN タンパク質のものと同一である等電点を有する任意のHPIV-2 ウイルスに関する。
【０１３４】
好ましくは、本発明のHPIV-2 ウイルスは、分子量 および／または 等電点 および／または 脂肪指標のパラメータから選択される少なくとも二つのパラメータを有し、その値は少なくとも一つの本発明の特定のウイルスのそれぞれのパラメータのものと同一であるF タンパク質、および／または、分子量 および／または 等電点 および／または 脂肪指標のパラメータからの少なくとも二つのパラメータを提示し、その値は少なくとも一つの本発明の特定のウイルスのそれぞれのパラメータのものと同一であるHN タンパク質を有する。
【０１３５】
好ましくは、前記少なくとも二つのパラメータは、等電点のパラメータを含む。
【０１３６】
【表２】
0005591697.tif 000003
【０１３７】
【表３】
0005591697.tif 000004
【０１３８】
また、本出願は、本発明のHPIV-2 ウイルスの核酸に関する配列を含む又はそれで構成される核酸に関し、より具体的には：
a)  本発明の群または亜群からのHPIV-2 ウイルスに関するゲノムRNA配列; または
b)  前記ゲノムRNAの逆転写(または逆転写  プラス  ポリメラーゼ)で取得されるcDNA (一本鎖または二本鎖)に関する配列;または
c)  前記配列 a) または b)の全長に対し、上記a) および b)において予見される配列の一つの相補の配列。
【０１３９】
タンパク質:
本出願は、本発明のバリアント系統群または（適切な場合）亜群の一部を形成するウイルスからのものである任意のタンパク質に関する。
【０１４０】
本出願において、「タンパク質」の用語は、その範囲内に非グリコシル化タンパク質同様に糖タンパク質を包含する。
【０１４１】
本発明のバリアント系統群または（適切な場合）亜群の一部を形成するウイルスは、通常は従来技術において観察されるものと異なる（より具体的には、Greerのものと異なる, 好ましくはGreer, Toshiba および V98 単離体のものと異なる）ウイルス性のエンベロープを有する。
【０１４２】
また、本発明の系統亜群の一部を形成するウイルスエンベロープは、V94 単離体のものと異なる。
【０１４３】
従って、本出願は、本発明のバリアント系統群または（適切な場合）亜群の一部を形成するウイルスの任意のエンベロープタンパク質に関する。
【０１４４】
このエンベロープタンパク質は、前記ウイルスのF タンパク質および／または前記ウイルスのHN タンパク質であってもよい又はそれらのタンパク質を含んでもよい。
【０１４５】
より具体的には、本出願は、本発明の亜群のウイルス（好ましくは、CNCMに受託番号I-3761からI-3765で寄託された本発明の五つの特定の単離体）に特異的なエンベロープタンパク質に関する。
【０１４６】
前記F タンパク質は、Greer単離体からのF タンパク質と比較して、より具体的には、Greer, Toshiba および V98 単離体からのF タンパク質と比較して、好ましくはGreer, Toshiba, V98 および V94 単離体からのF タンパク質に関連して、特定の数の差を有する。
【０１４７】
例として、このF タンパク質に関する配列は、Greer単離体からのF タンパク質に関する配列と比較して、より具体的には、Greer, Toshiba および V98 単離体からのF タンパク質と比較して、好ましくはGreer, Toshiba, V98 および V94 単離体からのF タンパク質に関連して、特定の数のアミノ酸置換を有してもよい。
【０１４８】
本発明のウイルスを規定しているセクションに提示されるF および HN タンパク質の各々の上記の規定は、もちろんそれ自体F および HN タンパク質に適用される。
【０１４９】
従って、ウイルスにおけるセクションで上記で指摘されるように、F および HN タンパク質は、群からの少なくとも一つの特性（Greer, Toshiba および V98 単離体と比較される少なくとも一つの差）および亜群からの少なくとも一つの特性（V94 単離体と比較される少なくとも一つの差）の組み合わせで規定されてもよい。
【０１５０】
Greer 単離体（より具体的には、Greer, Toshiba および V98 単離体）と比較した本発明の単離体のF タンパク質において同定されえる差の例として、以下の差を特に引用してもよく、これらはF タンパク質の切断部位（F タンパク質に関する完全な配列のポジション 102 から106；  図4におけるCSを参照）と関連性がある:
・  ポジション102において、T (スレオニン)以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 P (プロリン); および／または
・  ポジション104において、Q (グルタミン)以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 R (アルギニン); および／または
好ましくは、前記F タンパク質は、ポジション102においてアミノ酸Pおよびポジション104においてアミノ酸Rの両方を含む。
【０１５１】
ポジション102において、Greer, Toshiba および V98 単離体は、アミノ酸 T (スレオニン)を有し、アミノ酸Pを有さない。
【０１５２】
ポジション104において、Greer, Toshiba および V98 単離体は、アミノ酸 Q (グルタミン)を有し、アミノ酸Rを有さない。
【０１５３】
好ましくは, 前記F タンパク質は、ポジション105にアミノ酸 Eを有する。
【０１５４】
有利には、この切断部位の配列は、KPRRER (配列番号 14)である。
【０１５５】
Greer 単離体と比較して（より具体的には、Greer, Toshiba およびV98 単離体と比較して）本発明の単離体のF タンパク質において同定されえる差のなかで、以下の差を代わりに又は補足として引用してもよい：
・  ポジション112において、V (バリン)以外のアミノ酸, 好ましくは I (イソロイシン); および／または
・  ポジション160において、D (アスパラギン酸)以外のアミノ酸, 好ましくは T (スレオニン); および／または
ポジション 112は融合ペプチド (FP)に局在する; ポジション 160はポリペプチド F1のHR1 ドメインに局在する。
【０１５６】
ポジション112において、Greer および V98 単離体は、アミノ酸 V (バリン)を有する。
【０１５７】
ポジション160において、Greer および V98 単離体は、アミノ酸 D (アスパラギン酸)を有する。
【０１５８】
Greer 単離体と比較して（より具体的には、Greer, Toshiba およびV98 単離体と比較して）本発明の単離体のF タンパク質において同定されえる差のなかで、以下の差を代わりに又は補足として引用してもよい：
・  ポジション32において、I (イソロイシン)以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 V; 
・  ポジション247において、N以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 K; 
・  ポジション538において、F以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 V; 
本発明のバリアント系統群の一部を形成している前記ウイルスの F タンパク質は、上記で規定された一, 二, 三または四以上または全ての差を有してもよい。これらの差の全ての組み合わせは、本出願において予見される。
【０１５９】
本発明のバリアントの系統亜群の一部を形成している前記ウイルスの F タンパク質は、上記で規定された差に加えて、V94 単離体のF タンパク質について一または二以上の差を有してもよい。
【０１６０】
有利には、本発明の系統亜群の一部を形成しているウイルスのF タンパク質は、ポジション 175にH以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 R (H175R 変異)を有する。
【０１６１】
特に引用されえるV94 単離体と比較してF タンパク質で同定されえる特定の差は、以下の通りである:
・  ポジション4において、L以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 P; および／または
・  ポジション403において、N以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 T; および／または
・  ポジション516において、V以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (イソロイシン); 
例えば：
・  本発明の単離体 20283は、V94 単離体と比較して, およびGreer 単離体と比較して, 置換 L4P および 置換 V516Iを有する;
・  本発明の単離体 26056は、V94 単離体と比較して、la 置換 N403Tを提示する;
本発明の単離体 20435は、V94 単離体と比較して, およびGreer 単離体と比較して, 置換 V516I を提示する。
【０１６２】
本発明のバリアントの系統亜群の一部を形成している前記ウイルスの F タンパク質は、Greer, Toshiba および V98 単離体と比較した少なくとも一つの F 配列差に加えて、上記で規定された一, 二 または三つの差を有してもよい。これらの差の任意の組み合わせは、明らかに本出願によって予見される。
【０１６３】
従って、本発明のバリアント系統群または（適切な場合）亜群の一部を形成するHPIV-2 ウイルスは、Greer, Toshiba および V98 単離体と比較してF タンパク質において変異 V1121 および／または D160Tを及びV94 単離体と比較してF タンパク質においてH175R 変異を示すバリアントであってもよい。
【０１６４】
ウイルスにおけるセクションで上記で指摘されるとおり、F タンパク質における差によって、この差を群の差と組み合わせることなく、本発明の亜群のウイルスのF タンパク質を区別することが許容される。従って、それらは、Greer Toshiba V98 および V94 単離体のCNCMに受託番号 I-3761 から I-3765で寄託された五つの特定の単離体などの本発明の亜群からのウイルスのF タンパク質を区別する特に特異的な差である。
【０１６５】
より具体的には、本出願は、そのアミノ酸配列が、少なくとも一つの本発明の特定の単離体の F タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 24, 29, 34, 39, 44 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056, 26632 のF タンパク質)の少なくとも一つの配列と〕、および好ましくは各々のこれらの配列と、99.85%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.90%, より好ましくは少なくとも 99.95%の同一性を有する任意のF タンパク質に関する。
【０１６６】
本出願は、特に、その配列が配列番号 24, 29, 34, 39, 44 の配列から選択される少なくとも一つのタンパク質を含むタンパク質（より具体的には、エンベロープタンパク質）に関連する(表 5を参照されたい)。
【０１６７】
本発明のエンベロープタンパク質は、本発明のバリアント系統群または（適切な場合）亜群の一部を形成するウイルスのHN タンパク質であってもよい又はそれを含んでもよい。
【０１６８】
この HN タンパク質は、少なくとも一つの以下の因子, 好ましくは少なくとも二つのこれらの因子, より好ましくは全ての以下の因子を有してもよい(Greer, Toshiba および V98 単離体のHN タンパク質と比較した差):
・  ポジション57において、D以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E; 
・  ポジション114において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 A; 
・  ポジション139において、K以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E; 
・  ポジション195において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 A; 
・  ポジション201において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 S; 
・  ポジション319において、P以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 T; 
・  ポジション344において、E以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 K; 
・  ポジション348において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (イソロイシン); 
・  ポジション378において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E; 
・  ポジション379において、R以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E; 
・  ポジション480において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 M; 
・  ポジション482において、Q以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 R。
【０１６９】
また、本発明の系統亜群の一部を形成しているウイルスのHN タンパク質は、V94 単離体のHN タンパク質に関して少なくとも一つの差を有する。
【０１７０】
好ましくは、このHN タンパク質は、M以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (イソロイシン)をポジション 186に有する。
【０１７１】
V94 単離体は、アミノ酸 Mをポジション 186に有する。Greer 単離体も、アミノ酸 Mをポジション 186に有する。
【０１７２】
CNCMに寄託された本発明の五つの特定の単離体は、アミノ酸 I (イソロイシン)をポジション 186に有する。
【０１７３】
従って、本出願は、Greer, Toshiba および V98 単離体と比較して上記でリストされた少なくとも一つの差を有し、M以外のアミノ酸をポジション 186に有する任意のHN タンパク質に関する。
【０１７４】
より具体的には、本出願は、そのアミノ酸配列が、少なくとも一つの本発明の特定の単離体の F タンパク質に関するアミノ酸配列と〔すなわち、配列番号 26, 31, 36, 41 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056, 26632 のHN タンパク質)の少なくとも一つの配列と〕、および好ましくは各々のこれらの配列と、99.15%をこえる同一性, 好ましくは少なくとも 99.20%, より好ましくは少なくとも 99.30%の同一性を有する任意のHN タンパク質に関する。
【０１７５】
より具体的には、本出願は、特に、その配列が配列番号 26, 31, 36, 41 の配列から選択される少なくとも一つのタンパク質を含むタンパク質（より具体的には、エンベロープタンパク質）に関連する(表 5を参照されたい)。
【０１７６】
タンパク質断片:
また、本出願は、本発明のバリアント系統群のウイルスのエンベロープタンパク質の又はバリアント系統亜群のウイルスのエンベロープタンパク質の断片（より具体的には、本発明のバリアント系統群の又はバリアント系統亜群のウイルスのF および HN タンパク質の断片）に関する。
【０１７７】
より具体的には、タンパク質断片は、本発明の系統亜群のウイルス（より具体的には、CNCMに受託番号I-3761ないしI-3765で寄託された本発明の五つの特定の単離体）に特異的であるものが予見される。
【０１７８】
より具体的には、本発明のバリアント系統群の又はバリアント系統亜群のウイルスのF タンパク質断片のなかで、本出願は、以下から選択されるこれらの F タンパク質の少なくとも一つの断片を含む又はそれで構成される断片に関する：
・  細胞外部分の断片;
・  F2 ポリペプチドの断片;
・  切断部位(CS)の断片;
・  融合ペプチド (FP)の断片;
・  HR1 ドメインの断片;
・  HR2 ドメインの断片;
・  F1 ポリペプチドの断片;
・  膜貫通部分の断片;
・  断片の細胞質内部分。
【０１７９】
図 4は、かかる断片の概略を提供する。
【０１８０】
これらの断片は、完全なF タンパク質配列から計算された以下のポジションから伸びる：
【０１８１】
【表４】
0005591697.tif 000005
【０１８２】
本発明の五つの特定の単離体に関する完全なF タンパク質配列は、配列番号 24, 29, 34, 39, 44 (それぞれ、単離体 18620, 20283, 20435, 26056, 26632)の配列である。
【０１８３】
本出願は、少なくとも本発明のウイルスのF タンパク質の切断部位に関する配列〔すなわち、配列 KPRRER (配列番号 14)〕を含む（または、それから構成される）任意のタンパク質, ポリペプチド, ペプチド (グリコシル化または別の)に関連する。
【０１８４】
このようなタンパク質または（適切な場合）このようなポリペプチドまたはペプチドはウイルス起源であり、より具体的にはウイルス（好ましくはHPIV-2 ウイルス）のエンベロープから由来する。
【０１８５】
特に、本出願は、配列番号 14の切断部位配列を含む任意のF タンパク質, 好ましくは任意のHPIV-2のF タンパク質を含む。
【０１８６】
本発明のバリアント系統群の又はバリアント系統亜群のウイルスのF タンパク質断片のなかで、本出願は、特に少なくとも 10 アミノ酸の配列を含み、断片が由来するF タンパク質において、ポジション 32, 102, 104, 112, 160, 247, 538の一つに存在した少なくとも一つのアミノ酸(好ましくは少なくとも二つのアミノ酸)が保存された断片にも関する。
【０１８７】
前記断片は、少なくとも 10 アミノ酸長であり、好ましくは、少なくとも11 および 550の間であるように選択された全体数である。より好ましくは、少なくとも14であり、なおより好ましくは少なくとも19である。
【０１８８】
高度に好ましくは、前記断片は、本発明のバリアント系統群の又は本発明のバリアント系統亜群のウイルスに特異的に結合する抗体によって認識される能力を保存する。
【０１８９】
高度に好ましくは、この断片は、好ましくはミョウバンの存在下で哺乳類（好ましくは非ヒト哺乳類）に注射された場合に抗体の産生を誘導する能力を保存している。
【０１９０】
有利には、本発明のF タンパク質の少なくとも 10 アミノ酸の断片は、断片が由来するF タンパク質において、ポジション 175に存在したアミノ酸 (H以外のアミノ酸)(好ましくは少なくとも二つのアミノ酸)も保存している。
【０１９１】
有利には、本発明のF タンパク質の少なくとも 10 アミノ酸の断片は、断片が由来するF タンパク質においてポジション 160 に存在した保存されたアミノ酸(D以外のアミノ酸, 例えばT)を有し、断片が由来するF タンパク質においてポジション 175 に存在した保存されたアミノ酸(H以外のアミノ酸, 例えばR)を有する。
【０１９２】
本発明のバリアント系統群の又はバリアント系統亜群のウイルスのHN タンパク質の断片のなかで、本出願は、特に少なくとも 10 アミノ酸の断片から選択された少なくとも一つの断片を含む又はこれらで構成され、断片が由来するHN タンパク質において、ポジション 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482の一つに存在した少なくとも一つのアミノ酸 (好ましくは 少なくとも二つの アミノ酸)で保存された断片に関連する。
【０１９３】
また、かかる断片は、断片が由来するHN タンパク質に関する完全な配列において、以下のポジションに存在したものの少なくとも一つの, 好ましくは 少なくとも二つの, より好ましくは三つのアミノ酸が保存されていてもよい：
・  ポジション 316（S以外のアミノ酸）；
・  ポジション 513（S以外のアミノ酸）；
・  ポジション 514（A以外のアミノ酸）；
好ましくは、かかる断片は、少なくともポジション 316に存在したアミノ酸が保存される。
【０１９４】
好ましくは、かかる断片は、少なくともポジション 513に存在したアミノ酸, および少なくともポジション 514に存在したアミノ酸が保存される。
【０１９５】
好ましくは、かかる断片は、少なくともポジション 316に存在したアミノ酸, 少なくともポジション 513に存在したアミノ酸, および少なくともポジション 514に存在したアミノ酸が保存される。
【０１９６】
本発明のタンパク質断片は、本発明の系統群または亜群のウイルスに対して特異的な抗体の産生および／または係る抗体に関するエピトープの同定が所望される候補である。
【０１９７】
HN タンパク質断片は、少なくとも10 アミノ酸のサイズである。好ましくは、このサイズは、少なくとも11 および 570の間から選択された全体数である。より好ましくは、少なくとも14であり、なおより好ましくは少なくとも19である。
【０１９８】
高度に好ましくは、この断片は、本発明のバリアント系統群の又は本発明のバリアント系統亜群のウイルスに特異的に結合する抗体によって認識される能力が保存されている。
【０１９９】
高度に好ましくは、この断片は、好ましくはミョウバンの存在下で哺乳類（好ましくは非ヒト哺乳類）に注射された場合に抗体の産生を誘導する能力を保存している。
【０２００】
有利には、本発明のHN タンパク質の少なくとも 10 アミノ酸の断片は、断片が由来するHN タンパク質において、ポジション 186 に存在したアミノ酸(M以外のアミノ酸)(好ましくは少なくとも二つのアミノ酸)も保存している。
【０２０１】
タンパク質および小さい断片をコードしている核酸
また、本出願は、その配列が少なくとも一つの本発明のエンベロープタンパク質, または少なくとも一つの本発明のエンベロープタンパク質の断片をコードし、普遍的な遺伝コードの縮重を許容する核酸に関する。
【０２０２】
これらの核酸は、DNAまたはRNAであってもよい。
【０２０３】
前記エンベロープタンパク質は、本発明のF タンパク質 および／または HN タンパク質であってもよい。
【０２０４】
これらの核酸は、本発明のバリアント系統群または亜群の少なくとも一つのウイルスのエンベロープタンパク質, またはエンベロープタンパク質断片をコードする。
【０２０５】
本発明の核酸は、本発明のバリアント系統群の一部を形成しているウイルスのものであり、Greer, Toshiba および V98 単離体と比較して（より具体的には、Greer単離体と比較して）一または二以上の差を有する。
【０２０６】
Greer, Toshiba およびV98 単離体と比較して、F タンパク質および／またはHN タンパク質をコードする本発明の核酸は、普遍的な遺伝コードと一致し、そのコードの縮重を許容する、本発明のタンパク質およびタンパク質断片に関して上記で同定されたアミノ酸の差と一致するヌクレオチドの差を有してもよい。
【０２０７】
Greer, Toshiba およびV98 単離体と比較して、F タンパク質をコードする本発明の核酸は、少なくとも一つの, 好ましくは少なくとも二つの, より好ましくは全ての以下の差を提示する：
・  ポジション 94-96において、I以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Vをコードするコドン;
・  ポジション 304-306において、T以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Pをコードするコドン;
・  ポジション 310-312において、Q以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Rをコードするコドン;
・  ポジション 334-336において、V以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Iをコードするコドン;
・  ポジション 478-480において、D以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Tをコードするコドン;
・  ポジション 739-741において、N以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Kをコードするコドン;
・  ポジション 1612-1614において、F以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Vをコードするコドン;
指摘されるポジションは、タンパク質 Fをコードしている配列に関して計算されたものである。
【０２０８】
これらの核酸は、本発明のバリアント系統群の一部を形成しているウイルスの核酸である。
【０２０９】
Greer, Toshiba およびV98 単離体と比較して、HN タンパク質をコードする本発明の核酸は、少なくとも一つの, 好ましくは少なくとも二つの, より好ましくは全ての以下の差を有する：
・  ポジション 169-171において、D以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Eをコードするコドン;
・  ポジション 340-342において、T以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Aをコードするコドン;
・  ポジション 415-417において、K以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Eをコードするコドン;
・  ポジション 583-585において、T以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Aをコードするコドン;
・  ポジション 601-603において、A以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Sをコードするコドン;
・  ポジション 955-957において、P以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Tをコードするコドン;
・  ポジション 1030-1032において、E以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Kをコードするコドン;
・  ポジション 1042-1044において、A以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Iをコードするコドン;
・  ポジション 1132-1134において、A以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Eをコードするコドン;
・  ポジション 1135-1137において、R以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Eをコードするコドン;
・  ポジション 1438-1440において、T以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Mをコードするコドン;
・  ポジション 1444-1446において、Q以外のアミノ酸をコードするコドン, 好ましくはアミノ酸 Rをコードするコドン。
【０２１０】
指摘されるポジションは、タンパク質 HN をコードしている配列に関して計算されたものである。
【０２１１】
これらの核酸は、本発明のバリアント系統群の一部を形成しているウイルスの核酸である。
【０２１２】
本発明の核酸は、本発明のバリアント系統群の一部を形成しているウイルスのものであり、Greer, Toshiba および V98 単離体と比較して（より具体的には、Greer単離体と比較して）少なくとも一つの上記の差を, およびV94 単離体と比較して少なくとも一つの差を提示する。
【０２１３】
V94 単離体と比較して、本発明の系統亜群のウイルスのF タンパク質をコードする本発明の核酸は、少なくとも一つの, 好ましくは少なくとも二つの, より好ましくは全ての以下の差を提示する：
・  ポジション 33において、T以外のヌクレオチド、好ましくはヌクレオチド C（例えば、V94 単離体のコドン 31-33はATTであり、本発明の五つの特定の単離体において、このコドンはATCである）；
・  ポジション 525において、A以外のヌクレオチド、好ましくはヌクレオチド G （例えば、V94 単離体のコドン 524-526はCACであり、タンパク質のポジション 175においてアミノ酸 Hをコードしており、他方で本発明の五つの特定の単離体において、このコドンはCGCであり、ポジション 175においてアミノ酸 R をコードしている）；
・  ポジション 1479において、C以外のヌクレオチド、好ましくはヌクレオチド A （例えば、V94 単離体のコドン 1479-1481はATCであり、本発明の五つの特定の単離体において、このコドンはATAである）。
【０２１４】
指摘されるポジションは、F タンパク質をコードしている配列を用いて計算されたものである。
【０２１５】
好ましくは、F タンパク質をコードする本発明の核酸は、少なくともポジション 525に関して上記で議論した差を有する。
【０２１６】
これらの核酸は、本発明のバリアントの系統亜群の一部を形成しているウイルスの核酸である。
【０２１７】
V94 単離体と比較して、本発明の系統亜群のウイルスのHN タンパク質をコードする本発明の核酸は、少なくとも以下の差を有する：
・  ポジション 558において、G以外のヌクレオチド、好ましくはヌクレオチド A （例えば、V94 単離体のコドン 556-558はATGで、タンパク質のポジション 186においてアミノ酸 M をコードしており、他方で本発明の五つの特定の単離体において、このコドンはATAで、ポジション 186においてアミノ酸 I -イソロイシン-をコードしている）。
【０２１８】
指摘されるポジションは、HN タンパク質をコードしている配列を用いて計算されたものである。
【０２１９】
これらの核酸は、本発明のバリアントの系統亜群の一部を形成しているウイルスの核酸である。
【０２２０】
ヌクレオチド差の全ての組み合わせは、明らかに本出願で予見される。
【０２２１】
次の表は、要約および説明の様式で提示される：
【０２２２】
【表５】
0005591697.tif 000006
【０２２３】
より具体的には、本出願は、本発明の五つの特定の単離体のF および／または HN タンパク質をコードする核酸（すなわち、配列番号 22, 27, 32, 37, 42, 23, 28, 33, 38, 43, 25, 30, 35, 40の配列のなかからの配列を含む、又は、により構成される配列を有する核酸）を予見する（表 5を参照されたい）。
【０２２４】
HPIV-2の検出のため, および特にその診断（免疫学的または分子的な手段）のための適用：
バリアント系統群 および バリアント系統亜群の同定, 記載 および 特徴付けから開始して、本願の発明者は、HPIV-2を検出するための新規の手段（特に、HPIV-2の診断のための新規の手段）を提案する。
【０２２５】
本発明によるHPIV-2のための新規の検出手段（より具体的には、診断手段）によって、全ての本発明のバリアント系統群のウイルスが検出されることが許容される。
【０２２６】
特に、本発明は、特異的な様式（すなわち、Greer, Toshiba および V98 HPIV-2 単離体を検出することなく）で、それらの検出 および／または それらの診断を許容する手段を提案する。
【０２２７】
また、本発明は、特異的な様式（すなわち、Greer, Toshiba および V98 単離体を検出することなく、V94 単離体を検出することなく）で、本発明の系統亜群の一部を形成するウイルスの検出 および／または 診断を許容するための手段を提案する。
【０２２８】
免疫学的な手段
また、本出願は、HPIV-2 ウイルス エンベロープに結合する抗体に関する。
【０２２９】
また、本出願は、HPIV-2 エンベロープ タンパク質に結合する能力を保存している抗体の断片に関する。
【０２３０】
「抗体断片」の用語は、特にFab, F(ab)'2, Fv, CDR1, CDR2, CDR3 断片、同様に、前記断片から由来する構築物（例えば、scFvまたはヒト化抗体）を含む。
【０２３１】
「結合」の表現は、本願においてその習慣的な意味で抗体-抗原結合の文脈で使用される。
【０２３２】
より具体的には、本出願は、少なくとも一つの 本発明のバリアント系統群のウイルス, 好ましくは少なくとも一つの発明者によりCNCMに寄託された五つの特定のウイルス, 好ましくは少なくとも二, 三 または四つの, より好ましくはこれらの五つのウイルスのエンベロープに結合する抗体または抗体断片に関する。
【０２３３】
より具体的には、本出願は、HPIV-2 Greer 単離体（Greer 単離体に関する配列は、Genbankから受託番号NC_003443で利用可能であり、本出願で「例」のセクションの後に再現される、ポイント  B.2）に結合しない、より具体的にはGreer, Toshiba およびV98 HPIV-2 単離体のエンベロープ タンパク質に結合しない抗体または抗体断片に関する。
【０２３４】
好ましくは, 前記抗体は、HPIV-2 ウイルスではない微生物に結合しない。
【０２３５】
好ましくは、本発明の抗体または抗体断片は、本発明のバリアント系統群の一部を形成しているウイルスに対する特異的な抗体である。
【０２３６】
好ましくは、本発明の少なくとも一つの HPIV-2 ウイルスのエンベロープタンパク質は、F タンパク質を含む又はそれで構成される。
【０２３７】
本発明の抗体または抗体断片は、本発明のF タンパク質に及び／又は本発明のF タンパク質断片に結合しえる。本発明のF タンパク質およびF タンパク質の断片を規定するための上記の特性は、本発明の抗体 および 抗体断片のエピトープ標的であるF タンパク質 および F タンパク質断片の規定に自然に適用可能である。
【０２３８】
有利には、前記抗体または抗体断片は、F タンパク質に関する配列のポジション 32, 96, 102, 104, 112, 160, 247, 248, 390, 524, 538, より具体的にはポジション 32, 102, 104, 112, 160, 247, 538に局在するアミノ酸から選択される少なくとも一つのアミノ酸を含む少なくとも一つのエピトープにおいてF タンパク質に結合する。
【０２３９】
好ましくは、本発明の少なくとも一つの HPIV-2 ウイルスのエンベロープタンパク質は、HN タンパク質を含む又はそれで構成される。
【０２４０】
本発明の抗体または抗体断片は、本発明のHN タンパク質に及び／又は本発明のHN タンパク質の断片に結合しえる。本発明のHN タンパク質の断片を規定するための上記の特性は、本発明の抗体 および 抗体断片のエピトープ標的であるHN タンパク質 および HN タンパク質断片の規定に自然に適用可能である。
【０２４１】
有利には、前記抗体または抗体断片は、HN タンパク質と以下のものを含む少なくとも一つのエピトープにおいて結合する:
・  HN タンパク質に関する配列において、ポジション 316, 513, 514に局在するアミノ酸から選択される少なくとも一つの アミノ酸（例えば、HN タンパク質のエピトープは、HN タンパク質に関する配列において、ポジション 513-514, または512-515に局在するアミノ酸を含む); および／または
・  HN タンパク質に関する配列において、ポジション 57, 100, 114, 139, 186, 195, 201, 319, 323, 344, 348, 378, 379, 479, 480, 482, 497, より具体的にはポジション 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482に局在するアミノ酸から選択される少なくとも一つのアミノ酸。
【０２４２】
より具体的には、本出願は、本発明のバリアントの系統亜群の一部を形成しているウイルスに特異的である抗体または抗体断片に関する。従って、係る抗体は、V94 HPIV-2 単離体に結合しない。
【０２４３】
前記抗体または抗体断片は、特にF タンパク質に関する配列において、ポジション 175に局在するアミノ酸から選択される少なくとも一つのアミノ酸を含む少なくとも一つのエピトープにおいてバリアント系統亜群の少なくとも一つのウイルスのF タンパク質に結合しえる。
【０２４４】
本発明の抗体または抗体断片は、天然で検出を促進するためのマーカー（例えば、蛍光または酵素マーカー）を輸送しえる。
【０２４５】
また、本出願は、前記抗体または抗体断片を産生しているハイブリドーマに関する。
【０２４６】
また、本出願は、前記抗体または抗体断片を産生するトランスフェクトされた, 感染された, または形質転換された細胞に関する。
【０２４７】
また、本出願は、本発明の少なくとも一つの抗体, 抗体断片, ハイブリドーマまたはトランスフェクトされた, 感染された, または形質転換された細胞, 任意で少なくとも一つの薬学的に許容されるビヒクルを含む任意の組成物に関する。
【０２４８】
また、本出願は、本発明の少なくとも一つの抗体, 抗体断片, ハイブリドーマまたはトランスフェクトされた, 感染された, または形質転換された細胞を含む任意のキット（特に、任意の診断キット）に関する。
【０２４９】
前記診断キットは、他の微生物を検出するための手段を含んでもよく、それは特に以下のものである：
・  本発明のバリアント系統群または（適切な場合）亜群の一部を形成しないHPIV-2（例えば、Greer, Toshiba および V98 HPIV-2s）を検出するための手段; および／または
・  HPIV-2以外のHPIV（例えば、HPIV-1, HPIV-3, HPIV-4）を検出するための手段; および／または
・  肺炎, 細気管支炎, インフルエンザなどの呼吸器の感染または疾患(低部および／または上部の呼吸系)に関与する微生物（より具体的には、ウイルス）などのHPIVではない微生物を検出するための手段。
【０２５０】
また、本出願は、少なくとも一つの本発明のバリアント系統群または（適切な場合）亜群のウイルス、より具体的には、発明者によりCNCMに寄託された少なくとも一つの五つの特定の単離体, 好ましくは前記特定の五つの単離体に結合する能力のある抗体を産生するための方法に関する。好ましくは、産生された抗体は、これらのウイルスに特異的な抗体である。
【０２５１】
この方法には、哺乳類(好ましくは非-ヒト哺乳類)への少なくとも一つの本発明の五つの特定の単離体, 好ましくは本発明の五つの特定の単離体, および任意でV94 単離体, および／または本発明の少なくとも一つのエンベロープタンパク質または少なくとも一つのエンベロープタンパク質の断片（例えば、HN タンパク質に関する配列においてポジション 316に存在したアミノ酸および／またはHN タンパク質に関する配列においてポジション 513 および514に存在した二つのアミノ酸が保存されるHN タンパク質の断片）の投与が含まれてもよい。
【０２５２】
投与される前記のウイルス, タンパク質, F タンパク質の断片がそれを受ける哺乳類による抗体の産生を誘導するように投与が行われる。
【０２５３】
この投与は、免疫原性を増加することができるアジュバント（例えば、alum）で行われてもよい。
【０２５４】
次に、産生された抗体は、収穫され、好ましくは単離される。
【０２５５】
モノクローナル抗体は、当業者に知られる技術を用いて産生されえる。
【０２５６】
分子的な手段
参照の核酸(大きな核酸断片)
本願の発明者は、少なくとも一つの本発明の単離体（好ましくは、全ての本発明の単離体）の特異的な検出に特別に適合した核酸を選択した。
【０２５７】
本発明の全ての単離体の特異的な検出に特別に適合する核酸によって、バリアント系統群の一部を形成している全ての亜群の検出が許容される。
【０２５８】
本出願は、Greer, Toshiba およびV98 HPIV-2 単離体の一部を形成せず、この系統群または亜群の一または二以上のウイルスの特異的な検出に特に適合した一または二以上の本発明の系統群または亜群のウイルスに特異的な、および／または前記特異的な検出を許容するプローブ および／または プライマーの構築および生産に特異的な核酸に関する。
【０２５９】
これらの核酸は、本願の発明者により寄託された五つの特定の単離体が一部を形成する少なくとも一つの本発明の系統群または（適切な場合）亜群のウイルスの断片である。
【０２６０】
これらの核酸は、一または二以上の本発明の系統群または亜群のウイルスに高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする。高ストリンジェントな条件は当業者に知られる条件であり、例えば、SSC 5X, 2% ドデシル硫酸ナトリウム(SDS), 100 マイクログラム/mLの一本鎖ＤＮＡを55-65゜C で 8 時間でのフィルターに対するDNA結合におけるハイブリダイゼーションに, およびSSC 02X および 0.2% SDS中で60-65゜Cでの30 分間の洗浄に関する条件である。
【０２６１】
好ましくは、かかる核酸は、高ストリンジェント条件下でHPIV-2を除いて他の微生物にハイブリダイズしない。
【０２６２】
好ましくは、高ストリンジェント条件下で、かかる核酸は、本発明の系統群または（適切な場合）亜群の一部を形成しないHPIV-2 単離体（例えば、Greer, Toshiba および V98 単離体）とハイブリダイズしない。
【０２６３】
かかる核酸は、一つの, 好ましくは幾つかの, より好ましくは全ての本発明の系統群または亜群のウイルスと特異的にハイブリダイズする核酸である。
【０２６４】
前記核酸は、前記核酸に関する配列が以下のものを含む又はそれで構成されることで特徴付けられる：
・  請求項1による少なくとも一つのHPIV-2 ウイルスのF タンパク質および／またはHN タンパク質をコードしている少なくとも 132 ヌクレオチドの配列の断片；または
・  前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的な配列。
【０２６５】
好ましくは、前記断片は、少なくとも 133, 134, 135, 136, 137 ヌクレオチドの断片(例えば、137, 180, 208, 210 ヌクレオチドを有する断片, または137, 208, 210 ヌクレオチドを有する断片, または180 ヌクレオチドを有する断片)である。
【０２６６】
より好ましくは、前記断片は、少なくとも 170, 175, 180 ヌクレオチド(例えば, 180, 208, 210 または180, または208, 210 ヌクレオチド)を有する断片である。
【０２６７】
例えば、前記断片は、少なくとも 240 ヌクレオチドを有する断片である。
【０２６８】
有利には、リアルタイム増幅における使用に適合したプライマー および プローブの構築および生産に関して、前記断片は多くとも 400 ヌクレオチドを有している断片である。
【０２６９】
好ましくは、F タンパク質をコードしている配列は配列番号 23, 28, 33, 38, 43の配列から選択される、および／または、ここでHN をコードしている配列は配列番号 25, 30, 35, 40の配列から選択される、および／または、F および HN タンパク質をコードしているコード配列は配列番号 22, 27, 32, 37, 42の配列から選択される。
【０２７０】
好ましくは、前記核酸に関する配列は、少なくとも一つの配列番号 57 ないし 86の配列を含む又はそれで構成される。
【０２７１】
より具体的には、特にGreer, Toshiba および V98 HPIV-2 単離体を含まない本発明のHPIV-2 バリアント系統群または亜群に特異的なプローブまたはプライマーの構築に及び生産に適合し、前記核酸が以下のものを含む又はそのもので構成されることを特徴とする：
a)  少なくとも一つの配列番号 57 から 86の配列から選択される配列; または
b)  少なくとも一つのa)で予見される配列からの保存された断片であって、該保存された断片が以下の配列から選択される少なくとも一つの配列を含んでいる又はその配列で構成されている断片：
・  本発明の群または亜群のウイルスにおけるFをコードしている配列のポジション 241 から 420にわたる配列；
・  本発明の群または亜群のウイルスにおけるFをコードしている配列のポジション 259 から 395にわたる配列；
・  本発明の群または亜群のウイルスにおけるHNをコードしている配列のポジション 234 から 443にわたる配列；
・  本発明の群または亜群のウイルスにおけるHNをコードしている配列のポジション 241 から 420にわたる配列；
・  本発明の群または亜群のウイルスにおけるHNをコードしている配列のポジション 961 から 1140にわたる配列；
・  本発明の群または亜群のウイルスにおけるHNをコードしている配列のポジション 1381 から 1560にわたる配列；
・  本発明の群または亜群のウイルスにおけるHNをコードしている配列のポジション 1466 から 1673にわたる配列；または
c)  前記配列 a) または b)の全長に対する上記a) および b)において予見される配列の一つの相補的な配列。
【０２７２】
より具体的には、本出願は、HPIV-2 バリアントの前記系統群または亜群の一または二以上のウイルスの特異的な検出のためのリアルタイム増幅を行うために特に適合した少なくとも一つのペアのプライマー および 少なくとも一つのプローブの構築に及び生産に特に適合した核酸に関する。
【０２７３】
本出願において、前記核酸は、単純化する目的で「リアルタイム核酸」の表現で呼称される。
【０２７４】
前記核酸は、その配列が以下のものを含む又はそのもので構成されるとの事実で規定されてもよい：
・  本発明の系統群または亜群のウイルスのF をコードしている配列またはHNをコードしている配列の断片；または
・  前記断片の全長にわたり断片に対して相補的である配列;
前記断片は以下の範囲にわたる：
・  前記ウイルスのF をコードしている配列のポジション 259 から 395；または
・  前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 234 から 443；または
・  前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 1466 から 1673。
【０２７５】
好ましくは、F をコードしている配列のポジション 259 から 395にわたっている断片は、配列番号 62 から 66の配列の一つで構成される, および／またはHN をコードしている配列のポジション 234 から 443にわたっている断片は、配列番号 67 から 70の配列の一つで構成される, および／またはHN をコードしている配列のポジション 1466 から 1673にわたっている断片は、配列番号 83 から 86の配列の一つで構成される。
【０２７６】
従って、前記核酸配列に関する配列は、以下の配列の一つを含む又はその配列で構成されてもよい：
配列番号 62 から 66, 67 から 70, 83 から 86の配列及びこれらの前記規定された配列番号の配列の全長にわたり前記規定された配列番号の配列と相補的である配列。
【０２７７】
また、本出願は、本発明の系統群または亜群の一または二以上のウイルスの特異的な検出のための、チップにおける使用に特に適合したプローブの構築および生産に特に適合した核酸に関する。
【０２７８】
本出願において、前記核酸は、単純化する目的で「チップ核酸」の表現で称される。
【０２７９】
有利には、前記核酸に関する配列は、以下のものを含む又はそのもので構成される：
・  本発明の系統群または亜群のウイルスのF をコードしている配列および／またはHNをコードしている配列の断片；または
・  前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的である配列;
前記断片は以下の範囲にわたる：
・  前記ウイルスのF をコードしている配列のポジション 241 から 420；または
・  前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 241 から 420；または
・  前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 961 から 1140；または
・  前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 1381 から 1560。
【０２８０】
従って、本出願は、Greer, Toshiba および V98 HPIV-2 単離体とハイブリダイズすることなく、前記バリアント系統群または亜群の一または二以上のウイルスの核酸とハイブリダイズする能力のある少なくとも一つの プローブの構築及び生産に特に適合した核酸に関する。
【０２８１】
有利には、前記核酸に関する配列は、以下の配列の一つを含む又はその配列で構成される：
配列番号 57 から61, 71 から74, 75 から78, 79 から82の配列及びこれら規定された配列番号の配列の全長にわたり前記規定された配列番号の配列と相補的である配列。
【０２８２】
好ましくは、前記核酸に関する配列は、配列番号 57 から61, 71 から74, 75 から78, 79 から82の一つで構成される。
【０２８３】
プライマー および プローブは、リアルタイム増幅に特に適合される。
【０２８４】
また、本出願は、リアルタイム増幅（好ましくは、リアルタイム PCR）を行うための関連しえるペアのプライマー および プローブに関する。
【０２８５】
本出願は、Greer, Toshiba および V98 HPIV 単離体からの核酸を増幅することなく、本発明のバリアント系統群または亜群の少なくとも一つのウイルスの核酸を増幅する能力のあるペアのプライマーに関する。
【０２８６】
本発明のペアのプライマーは、このペアの各々のプライマーに関する配列が次のようなものであるとのことで規定されてもよい。すなわち、前記ペアのプライマーが請求項 1の少なくとも一つの五ウイルスからのRNA物質と, および前記 Greer, Toshiba および V98 ウイルスの各々のからのRNA物質と、例えば、以下に示す適切なRT-PCR 試薬の存在下で、四つの別のチューブにおいて、接触させて配置される場合に、Greer, Toshiba および V98 HPIV-2 ウイルスの核酸を増幅することなく、本発明の系統群または亜群の少なくとも一つのウイルスの核酸の増幅を許容する:
・  TaqMan(登録商標) EZ 5X 緩衝剤 (250 mM ビシン -N,N-bis(2-ヒドロキシエチル グリシン); 575 mM 酢酸カリウム; 0.05 mM EDTA; 40% グリセロール; pH 8.2):  1Xの終濃度；
・  酢酸マンガン(25 mM):  2 から 5 mMの終濃度（例えば、3 mMの終濃度）;
・  dATP, dCTP, dGTP:  各々300 μMの終濃度;
・  dUTP:  600 μMの終濃度;
・  AmpErase UNG:  0.01 U/μLの終濃度;
・  500 nMの検査ペアの各プライマー;
・  10 pg から 100 ng のウイルスRNA;
・  逆転写酵素活性およびＤＮＡポリメラーゼ活性を有する耐熱性ポリメラーゼ、例えば、rTth ポリメラーゼ(例えば、アプライドバイオシステムから製品参照N808-0192で利用可能):  0.1 U/μLの終濃度;
・  H2O（脱塩されRNAを含まない）;
適切なRT-PCR条件下、例えば、次の実験条件:
・  AmpErase UNG (ウラシル N-グリコシラーゼ酵素; CE 3.2.2)の活性化:  50゜Cで2 min;
・  逆転写 (rTth ポリメラーゼ)を60゜Cで30 min;
・  AmpErase UNGの非活性化:  95゜Cで10 min;
・  PCR: 25 から 40 サイクルの:
o  95゜C から 97゜Cの温度での変性を15 秒間;
o  好ましくはペアの検査プライマーの融点 Tmの値より15゜C から 5゜C低く、好ましくは55゜Cをこえる温度、例えば、55゜C から 70゜Cの温度、例えば、60゜Cの温度でのアニーリングおよび伸長を1 min。
【０２８７】
商品名「Taqman(登録商標) EZ RT-PCR キット」でアプライドバイオシステムより販売される反応混合物は、適切な反応媒体を提供するキットの例である。
【０２８８】
従って、検査ペアのプライマーが、Greer, Toshiba およびV98 単離体を増幅することなく、本発明の少なくとも一つの五つのウイルスを正しく増幅するかどうか（すなわち、検査プライマーペアが、本発明の少なくとも一つのの五つのウイルスからのRNA材料からアンプリコンの産生を導き、Greer, Toshiba およびV98 単離体の各々からのRNA材料からアンプリコンの産生を導かないかどうか）を決定することは可能である。
【０２８９】
アンプリコンの存在または非存在を検出するために適切な当業者が見出すことができる任意の手段を用いてもよい。
【０２９０】
検出プローブの生産を必要としない単純な手段は、臭化エチジウムの存在下での核酸の電気泳動法(例えば、1% アガロースゲル)および紫外線照射後に生じるバンドの視覚的な分析または濃度測定の分析である。
【０２９１】
適切なプライマーペアは、以下のものである：
・  各々の二つのプライマーは、その二つのプライマーの各々で設定される領域の増幅を許容するため、少なくとも一つの本発明の五つのウイルス（好ましくは、本発明の各々の五つのウイルス）からのヌクレオチド物質における標的とのハイブリダイズに成功する; および
・  前記二つのプライマーの少なくとも一つによって、Greer, Toshiba および V98 単離体の各々のヌクレオチド物質において標的が見出されず、Greer, Toshiba および V98 単離体の各々のヌクレオチド物質のある領域（d'une region ）の増幅を許容するかもしれない。
【０２９２】
それゆえ、候補のプライマーペアは、二つのプライマーの少なくとも一つが本発明の五つのウイルスの少なくとも一つのヌクレオチド物質において（好ましくは、本発明の五つのウイルスの各々において）標的を提示し、Greer, Toshiba および V98 単離体からのヌクレオチド物質において同一ではない(少なくとも一つのヌクレオチド差)ものから選択されてもよい。
【０２９３】
好ましくは、プライマーペアは、以下のとおり選択される：
・  14 から 30 ヌクレオチドを含む;
・  20% から 80%のG+C 含有量を有する;
・  各プライマーに関して58゜C から 60゜Cの融解温度(Tm)を有する;および
・  各プライマーの３’端での最後の 五 ヌクレオチドは、二をこえるG および／または C 塩基を含まない。
【０２９４】
プライマーペアの構築は、当業者に知られる技術である。自動化した手段が、この目的に利用可能である（例えば、アプライドバイオシステムにより販売された「Primer Express」ソフトウェアバージョン3以上）。
【０２９５】
適切なプライマーペアに関する配列は、少なくとも一つの本発明の五つのウイルスからの増幅された配列の5' 断片のもの、前記増幅された配列に対して相補的な配列の5' 断片（5' 断片は、５’端で全体の第一のヌクレオチドを含んでいる）のものであってもよい。
【０２９６】
この場合において、適切なプライマーペアに関する配列は、本発明の五つのウイルスの少なくとも一つに関する配列の断片のもの及び該ウイルス配列に関する相補的な配列の断片のものである。
【０２９７】
また、適切なプライマーペアに関する配列は、Toshiba, Greer およびV98を増幅することなく、前記断片に関する配列の少なくとも一つのヌクレオチドの置換 および／または 付加 および／または 欠失で取得されえるバリアント配列であってもよく、これは本発明の五つのウイルスの少なくとも一つを増幅する能力を保存している。好ましくは、バリアント配列は、Greer, Toshiba および V98 単離体の各々において全てのそれらの潜在的な標的に関連した少なくとも一つのヌクレオチド差を保存している。
【０２９８】
ウイルスからのRNAは、検査プライマーペアに容易にアクセスできるように、それらを検査プライマーペアに接触させる前に抽出することが好ましい。ウイルスからのRNA材料の抽出を許容する手段は、当業者に知られている。例として、ウイルスのサンプルは、4M チオシアン酸グアニジン, 0.5% N-ラウリルサルコシン, 1 mM ジチオスレイトール, 25 mM クエン酸ナトリウム および0.1 mg／mLのグリコーゲンを含んでいる抽出緩衝剤で処理し、イソプロパノール および70% エタノールで沈殿させてもよい。
【０２９９】
好ましくは、前記プライマーペアは、CNCMに受託番号 I-3761 から I-3765で発明者により寄託された五つの特定のウイルスの各々からの核酸を増幅する。
【０３００】
有利には、本発明のプライマーペアは、以下のようなものである：
・  前記ペアのプライマーの一つに関する配列は、本発明のリアルタイム核酸の14 から 30 ヌクレオチドの 5' 断片のものであり;
・  前記ペアの他のプライマーに関する配列は、前記核酸の全長にわたり同じリアルタイム核酸と相補的な配列の14 から 30 ヌクレオチド 5' 断片のものである;
前記 5' 断片は、それらが断片として存在する配列の５’端に第一のヌクレオチドを含む断片である。
【０３０１】
好ましくは、本発明のプライマーペアは、Greer, Toshiba および V98 HPIV 単離体からの核酸を増幅することなく、発明者により寄託された五つの特定のウイルスの各々の核酸を増幅する能力がある。
【０３０２】
本発明のプライマーペアにおいて、前記 5' 断片の各々は、（他と独立に）14 から 30 ヌクレオチド（好ましくは 18 から 23 ヌクレオチド）で構成される。
【０３０３】
好ましくは、本発明のプライマーペアは、以下のもので構成される（以下の表8 および 9を参照されたい）：
・  配列番号 87のプライマーおよび配列番号 88のプライマー; または
・  配列番号 91のプライマーおよび配列番号 92のプライマー; または
・  配列番号 95のプライマーおよび配列番号 96のプライマー。
【０３０４】
また、本出願は、本発明の少なくとも一つのプライマーペアを含むプライマーの任意のセットに関する。
【０３０５】
また、本出願は、本発明のプライマーペアから選択される任意のセットに関する。
【０３０６】
また、本出願は、本発明の系統群または亜群からの少なくとも一つのウイルスの特異的な検出のための本発明のプライマーペアでのリアルタイム増幅に使用しえるプローブに関する。
【０３０７】
有利には、「リアルタイム」プローブは、「ハイブリダイゼーション」配列を有し、これは以下のものである：
・  本発明のリアルタイム核酸の14 から 30 ヌクレオチド断片のものであって、前記断片は好ましくは前記核酸の５’端に第一のヌクレオチドを含んでおらず、好ましくは前記核酸の３’端に最後のヌクレオチドを含んでいないもの;または
・  前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的である配列のもの。
【０３０８】
好ましくは、前記核酸断片は、14 から 30 ヌクレオチド, 好ましくは23 から 28 ヌクレオチドで構成される。
【０３０９】
有利には、「リアルタイム」プローブは、配列番号 89, 90, 93, 94, 97, 98の配列から選択される（以下の表 8 および 9を参照されたい）。
【０３１０】
前記プローブは、例えば、検出を促進するためのマーカー（例えば、放射性, 蛍光性または酵素性のマーカー）を輸送しえる。
【０３１１】
前記プローブは、Taqman(登録商標)型のプローブまたはビーコン型またはScorpion(登録商標)型のプローブとしての使用に適切な蛍光マーカーやクエンチャーを有利に輸送しえる。従って、かかるプローブは、HPIV-2 ウイルスとハイブリダイズしなく、ビーコンアームを形成することを意図するアームを含んでもよい。
【０３１２】
また、本出願は、少なくとも一つの本発明の「リアルタイム」プライマーペアおよび少なくとも一つの本発明の「リアルタイム」プローブを含むオリゴヌクレオチドのセットに関する。
【０３１３】
有利には、前記セットは、少なくとも配列番号 87-88のプライマーペア, および配列番号 89または90のプローブを含む。
【０３１４】
有利には、前記セットは、少なくとも配列番号 91-92のプライマーペア, および配列番号93または94のプローブを含む。
【０３１５】
有利には、前記セットは、少なくとも配列番号 95-96のプライマーペア, および配列番号97または98のプローブを含む。
【０３１６】
本発明のセットは、例えば、少なくとも一つの本発明のプライマーペアおよび少なくとも二つの本発明の「リアルタイム」プローブを含んでもよい。
【０３１７】
有利には、前記セットは、少なくとも配列番号 87-88のプライマーペア, および配列番号 89のプローブまたは配列番号 90のプローブを含む。
【０３１８】
有利には、前記セットは、少なくとも配列番号 91-92のプライマーペア, および配列番号93のプローブまたは配列番号 94のプローブを含む。
【０３１９】
有利には、前記セットは、少なくとも配列番号 95-96のプライマーペア, および配列番号97のプローブまたは配列番号 98のプローブを含む。
【０３２０】
また、本出願は、少なくとも一つの本発明のプライマーペアおよび／または少なくとも一つの本発明のプローブを含む呼吸器の疾患または感染を診断するためのキットに関する。
【０３２１】
また、本出願は、特にリアルタイム増幅に適合し、少なくとも一つの本発明のプライマーペアおよび少なくとも一つの本発明のプローブ、より具体的には本発明のバリアント系統群または亜群のウイルスからの核酸の前記プライマーペアで産生されたアンプリコンとハイブリダイズする能力がある少なくとも一つの本発明のプライマーペアおよび少なくとも一つの本発明のプローブを含む増幅システムに関する。
【０３２２】
また、本出願は、本発明の少なくとも一つの プライマーペア および／または 少なくとも一つの プローブ および／または 少なくとも一つの「リアルタイム」システムを含む任意の組成物（より具体的には、任意の薬学的または生物学的組成物）に関する。
【０３２３】
また、本出願は、特にHPIV-2の検出に適合したキットに関し、より具体的には本発明の少なくとも一つの プライマーペア および／または 少なくとも一つのプローブ および／または 少なくとも一つの「リアルタイム」システムを含むその診断のためのキットに関する。
【０３２４】
前記診断キットは、他の微生物を検出するための手段を含んでもよく、それは特に以下のものである：
・  本発明のバリアント系統群または（適切な場合）亜群の一部を形成しないHPIV-2（例えば、Greer, Toshiba および V98 HPIV-2s）を検出するための手段; および／または
・  HPIV-2以外のHPIV（例えば、HPIV-1, HPIV-3, HPIV-4）を検出するための手段; および／または
・  肺炎, 細気管支炎, インフルエンザなどの呼吸器の感染または疾患(低部の呼吸系および／または上部の呼吸系)に関与する微生物（より具体的には、ウイルス）などのHPIVではない微生物を検出するための手段。
【０３２５】
また、本出願は、少なくとも一つの HPIV-2 ウイルスを含むであろうサンプルを、リアルタイム増幅（例えば、リアルタイム PCR）に適切な条件下で、本発明の少なくとも一つの プライマーペア および 少なくとも一つの プローブと接触させることを含むHPIV-2を検出するための方法（より具体的には、診断するための方法）に関する。
【０３２６】
このプライマーペアで産生され、前記プローブで検出されるアンプリコンの存在が検出されることは、本発明の系統群または（適切な場合）亜群の一部を形成しているHPIV-2 ウイルスの存在の指標である。
【０３２７】
また、本出願は、本発明のバリアント系統群または（適切な場合）亜群のウイルスからの核酸の本発明のプライマーペアを用いた増幅で取得しえる任意のアンプリコンに関する。
【０３２８】
プローブは、特にチップでの使用に適合される
本出願は、特に構築に適合する核酸の選択および特にチップ（上記の核酸チップ）での使用に適合するプローブの生産を記載する。
【０３２９】
従って、本出願は、特にチップでの使用に適合し、Greer, Toshiba および V98 HPIV-2 単離体からの核酸とハイブリダイズすることなく、一または二以上の本発明の系統群または亜群のウイルスからの核酸とハイブリダイズする能力のあるプローブに関する。
【０３３０】
好ましくは、前記プローブは、高ストリンジェント条件下でGreer, Toshiba および V98 HPIV-2 単離体の核酸とハイブリダイズすることなく、同じ高ストリンジェント条件下で一または二以上の本発明の系統群または亜群のウイルスからの核酸とハイブリダイズする核酸である。高ストリンジェント条件は当業者に知られ、かかる条件の例は上記で記載された。
【０３３１】
有利には、前記プローブは、その配列が本発明のチップ核酸の断片のものである、または前記断片の全長にわたりその断片と相補的な配列のものである。
【０３３２】
より具体的には、本出願は、Greer 系統のHPIV-2 ウイルスとハイブリダイズすることなく、少なくとも一つの本発明の系統群または亜群のウイルスとハイブリダイズする能力のあるプローブであって、その配列が以下の断片からのサブ断片（14から30, 好ましくは18から23 ヌクレオチドを有する）のものであることを特徴とするプローブに関する：
・  Fをコードしている配列の断片241-420;
・  Fをコードしている配列の断片259-395;
・  HNをコードしている配列の断片181-480;
・  HNをコードしている配列の断片234-443;
・  HNをコードしている配列の断片1381-1716;
・  HNをコードしている配列の断片1466-1673;
・  前記配列の全長にわたり前記配列に対して相補的である配列。
【０３３３】
有利には、前記プローブは、配列番号 99から117の配列から選択される（表 11を参照されたい）。
【０３３４】
また、本出願は、少なくとも一つの 前記プローブを含むマイクロ流の循環に適合した任意の固体の支持体（例えば、チップ）に関する。
【０３３５】
好ましくは、前記 プローブは、前記チップに関する支持体に固定される。
【０３３６】
前記チップは、凍結（むしろフリーズドライ）の形態であってもよい。
【０３３７】
チップの例は、当業者に知られている。例えば、チップは、Korimbocus等（Korimbocus et al. 2005, Journal of Clinical Microbiology 43(8): 3779-3787）に記載され、Affymetrix（California, USA）によって販売された。
【０３３８】
【表６】
0005591697.tif 000007
【０３３９】
【表７】
0005591697.tif 000008
【０３４０】
【表８】
0005591697.tif 000009
【０３４１】
【表９】
0005591697.tif 000010
【０３４２】
【表１０】
0005591697.tif 000011
【０３４３】
【表１１】
0005591697.tif 000012
【０３４４】
【表１２】
0005591697.tif 000013
【０３４５】
本出願において、「含んでいる」または「含有している」と同義の「含む」の用語は、オープンタームであり、明示的に示されていない一または二以上の付加的な要素, 構成成分または方法における工程の存在を排除しない。他方で、「からなる」または「構成される」の用語は、明示的に規定されていない他の付加的な要素, 工程または構成成分の存在を排除するクローズドタームである。「から本質的になる」または「から本質的に構成される」の用語は、一または二以上の付加的な要素, 構成成分または工程の存在を排除しない部分的なオープンタームである（但し、前記付加的な要素, 構成成分または工程は、本発明の基礎の特性に実質的に影響しない）。
【０３４６】
結果的に、「含んでいる」（または「含む」）の用語は、「からなる」、「から構成される（constitue）」の用語、同様に、「から本質的になる」および「から本質的に構成される」の用語を含む。
【０３４７】
本出願に引用される文献および書誌的な参照の内容は、参照によって援用される。
【０３４８】
以下の例は、純粋に説明のために提供され、本発明を限定しない。
【０３４９】
［例］
材料および方法
バリアント HPIV-2 単離体
五つの「非定型（atypiques）」のHPIV-2 単離体を、入院患者から採取された呼吸サンプル,鼻の吸引物または気管支肺胞洗浄からLLC-MK2 細胞で単離した（表1を参照されたい）。これらの患者（小児一名および成人三名）は、呼吸器感染で病院に収容されていた。
【０３５０】
五つの単離体は、単離体参照Lyon/18620/2001, Lyon/20283/2001, Lyon/20435/2001, Lyon/26056/1997 および Lyon/26632/1997を与えられた。
【０３５１】
本出願において、これらの単離体は、単純にするためにそれぞれ18620, 20283, 20435, 26056, 26632と称されてもよい。
【０３５２】
これらの五つの単離体は、ブタペスト条約下でCNCM（Collection Nationale de Cultures de Microorganismes; C.N.C.M.; Institut Pasteur; 25, rue du Docteur Roux; F-75724 PARIS Cedex 15; France）に寄託された。
【０３５３】
【表１３】
0005591697.tif 000014
【０３５４】
プロトタイプの系統
Greer HPIV-2 系統 (ATCC番号 VR-1381)は、1955 (USA)に11ヶ月の乳児から単離された。全ての検査は、-80゜Cで凍結した貯蔵物(107.5 TCID 50/50 μL)を用いて行なわれた。
【０３５５】
ウイルス培養
ウイルスを単離するために、LLC-MK2 細胞 (サル腎臓細胞, ATCC CCL-7) を、24-ウェル シェル バイアル プレートにおいて培養した。細胞を、ストリプシン (2 (g/mL)を補充したイーグルの最小必須培地で維持した。播種後、プレートを、遠心(400 g で30 min、34゜C)し、培養培地を新しくし、プレートを34゜Cで5% CO2中でインキュベーションした。ウイルスの細胞変性作用を、定期的に10日間モニターした。
【０３５６】
免疫蛍光検査(IF検査)
IF検査を、それぞれ四タイプのHPIVに対して特異的なモノクローナル 抗体 (モノクローナル 抗-HPIV-1 抗体, モノクローナル 抗-HPIV-2 抗体, モノクローナル 抗-HPIV-3 抗体 および モノクローナル HPIV-4 抗体)で行なった。前記抗体は、当業者が生産できる又は商業的に利用可能である。例として、HPIV-4 型の特異的な モノクローナル抗体が、Chemicon (Temecula, California, USA)から参照番号「mAb 8780」で利用可能である。
【０３５７】
他のＩＦ検査は、HPIV-2に対して特異的なモノクローナル抗体で行なわれた。使用したモノクローナル 抗-HPIV-2 抗体は、HN または構造 タンパク質 (内部のタンパク質)を認識する。前記抗体は、当業者が産生しえる又は商業的に利用可能である。例として、HPIV-2のHN タンパク質を標的にするモノクローナル 抗-HPIV-2 抗体は、ARGENE S.A. (Parc Technologique Delta Sud, 09120 Varilhes; France)から参照12E12G9で利用可能である。
【０３５８】
抽出 および RT-PCR
ウイルスのRNAを、「Absolutely RNA Microprep」キット(Stratagene, USA)を用いて製造者の指示にしたがってLLC-MK2 細胞からの100 μLの培養上清から抽出した。逆転写を、pd(N)6 ランダムへキサマー (Amersham Biosciences, Great Britain)を用いて行なった。簡単に説明すると、5 μLの抽出したRNA懸濁物を1 μLのpd(N)6 (1 (g/μL)でインキュベーションした。4 μLの AMV-RT 緩衝液(Promega Corporation, USA), 7.5 μLの 滅菌水, 1 μLの dNTP (20 mM) (Eurogentec, Belgium), 0.5 μLの Rnase インヒビター(40 U/μL) (Promega Corporation, USA), および 1 μLの AMV 逆転写酵素 (10 U/μL) (Promega Corporation, USA)を、次に添加した。逆転写を、37゜C、1 時間のインキュベーションで行い、95゜C 、5 分間での加熱で停止した。
【０３５９】
F および HN遺伝子に関する完全な配列を得るために、PCR増幅を、利用可能な HPIV-2 単離体、すなわちHPIV-2 Greer 単離体(GenBank受託番号NC_003443) に関するヌクレオチド配列を用いて構築した6ペアのプライマー(表2に示される)で行なった。
【０３６０】
【表１４】
0005591697.tif 000015
【０３６１】
PCR条件の最適化後、増幅を、45 μLの 次の PCR 混合物: 24.5 μLの 滅菌水, 5 μLの PCR 緩衝剤 (15 mM MgCl2) (Applied Biosystems, Roche, USA), 5 μLの dNTP (20 mM), 5 μLの 各プライマー (センス および アンチセンス) (20 μM) (Eurogentec, Belgium) および 0.5 μLの Taq ＤＮＡポリメラーゼ (5 U/μL) (Applied Biosystems, Roche, USA)を含んでいるチューブに上記の合成した5 μLのcDNAを添加することで行なった。プロトタイプ HPIV-2 系統 および 滅菌水を、それぞれ陽性および陰性の対照として使用した。増幅を、次のプロトコールを用いて行なった：すなわち、95゜C を5 分間, 次に 40サイクル(95゜C を30秒間, 58゜C を30秒間, 72゜C を1 分間 および 30秒間) および 最終的な伸長工程を72゜Cで10 分間である。
【０３６２】
シークエンシング
PCR産物を、GFX 精製キット（Amersham Biosciences, Great Britain）を用いて、製造者の指示にしたがって精製した。20 ng/100 bpの量の各産物をシークエンシングのためにMWG Biotech (Ebersberg, Germany)に送った。
【０３６３】
系統分析
アラインメントを、ClustalX プログラム (http://www-igbmc.u-strasbg.fr/Bioinfo/clustalX/Top.html)を用いて行なった。距離 マトリックスを、Phylip プログラム パッケージ (version 3.64) (Felsenstein J., 1993, PHYLIP Phylogeny Interference Package version 3.64, Genetics Department, Washington University, Seattle, USA)からのDNADIST を用いて計算した。系統樹を、Phylip プログラムパッケージのNEIGHBOR プログラムのNeighbour-Joining (またはNJ, またはSaitou および Nei) アルゴリズム)を用いて構築した。ブートストラップ分析を、Phylip プログラム パッケージのSEQBOOT および CONSENSEを用いて1000反復で行なった。系統樹を、Njplot ソフトウェア (IBCP, Lyon)を用いて編集した。
【０３６４】
二次構造予測および分子モデリングの分析
二次構造を、オンラインの SECCONS ソフトウェア (http://Seccons.pbil.ibcp.fr) (IBCP, Lyon, France) (Combet et al. 2000, Trends Biochem Sci, 25:147-150)を用いて予測した。このソフトウェアによって、8つの異なる二次構造予測プログラムの単位で決定されるコンセンサス二次構造が与えられる。自動分子モデリングを、GENO3D ソフトウェア (http://geno3D-pbil.ibcp.fr) (Combet et al. 2002, Bioinformatics, 18:213-214) および Rasmolグラフィックスインターフェース(Rasmol 分子グラフィックス, パッケージ2.7.1)を用いて行なった。コイルドコイルドメインに関与している可能性があるドメイン(HR1 および 2)を、Learncoil-VMF ソフトウェア (http://web.wi.mit.edu/kim) (Singh M et al. 1999, J. Mol. Biol., 290:1031-1041)を用いて予測した。
【０３６５】
結果
ウイルスの単離 および 同定
五つの単離体を、四人の入院患者から採取された呼吸サンプル,鼻の吸引物または気管支肺胞洗浄から単離した。これらの五つの単離体は、ブタペスト条約下でCNCMに寄託された（表1を参照されたい）。
【０３６６】
5単離体は、LLC-MK2 細胞系統で良好に成長し、感染後の3 から7日で現れる大きいシンシチウム（syncytial）での細胞変性効果を有していた。また、ルーチンの免疫蛍光検査を、4 タイプの HPIV および 他の呼吸器性の病原体に対する特異的な モノクローナル抗体を用いて5 サンプルで行なった。全てのこれらの検査の結果は、陰性であった。本発明の単離体は、これらの従来技術の抗-HPIV 抗体で検出されなかった。
【０３６７】
対照的に、特異的なHPIV RT-PCRで試験した場合、前記単離体は全てHPIV-2陽性の結果を生じた。従って、五つの単離体は、参照のHPIV-2 Greer 系統と比較して「非定型」の HPIV-2 単離体であると思われる。
【０３６８】
モノクローナル抗体との反応性
免疫蛍光検査を、HPIV-2に対する8つの特異的なモノクローナル抗体を用いて5つの単離体で行なった。内部タンパク質に対するモノクローナル抗体で行なった検査のみが、陽性の結果であった。従来技術のヘマグルチニン-ノイラミニダーゼに対するモノクローナル抗体で行なった免疫蛍光検査の結果は、陰性であった（これらの免疫蛍光検査の結果は、表 3に示される）。陽性対照に関して、全てのモノクローナル抗体は、プロトタイプ HPIV-2 Greer 系統と反応した。
【０３６９】
【表１５】
0005591697.tif 000016
【０３７０】
分子の特徴づけ
様々な断片を集合させた後に、F および HN遺伝子に関する完全なコンセンサス ヌクレオチド配列を、Greer, 18620, 20283, 20435, 26056 および SV5 HPIV-2 単離体に関して樹立し、F遺伝子に関する完全なコンセンサス ヌクレオチド配列をHPIV-2 単離体 26632に関して樹立した。
【０３７１】
対照として、プロトタイプの系統 (ヌクレオチド配列  配列番号 45; アミノ酸配列  配列番号 46)に関して得られた完全なコンセンサス ヌクレオチド配列を、GenBank/EMBL データベースで利用可能な対応する配列と比較した。二つの配列は、99.9%のパーセンテージホモロジーを有していた。F および HN タンパク質に関するホモロジーは、完全であった。
【０３７２】
【表１６】
0005591697.tif 000017
【０３７３】
Genbank 受託番号 DQ072586, DQ072587, DQ072588, DQ072589, DQ072590に対応する内容は、以下の「配列の記載」のセクションに再現される。
【０３７４】
「非定型」の HPIV-2 単離体のF 遺伝子に関するヌクレオチド配列を、プロトタイプ系統における対応物と比較した。取得されたアラインメントは、トータルで 1656 ヌクレオチドのうち全ての「非定型」の HPIV-2 単離体に共通する５７の変化を示した(3.4%)。これらの共通の差は、観察された差の大多数（85%）を示している。これらの変化は、11 アミノ酸置換 (図 4 および 7の記載を参照されたい)を生じた（すなわち、2% の置換）。
【０３７５】
また、「非定型」の HPIV-2 ウイルスのHN 遺伝子に関するヌクレオチド配列を、参照の系統と比較した。「非定型」のウイルスのセットに共通する79の変化が、トータルで 1716 ヌクレオチドのなかから示された(4.6%)。また、これらの共通の差は、観察された差の大部分を代表する（80%）。これらの変化は、20の共通の変化(図 8の記載を参照されたい)を生じた（すなわち、3.8%の置換）。
【０３７６】
HN 付着タンパク質
HN 遺伝子における潜在的なグリコシル化部位 (N-X-S/T)の分析によって、全ての5つのHPIV-2 バリアントがプロトタイプ系統に非存在の新しいグリコシル化部位の出現の原因であるS316N 置換を共通に有することが示される。バリアントおよびプロトタイプの系統間の主要な差は、タンパク質のカルボキシル末端に観察された。
【０３７７】
構造上のホモロジーから構築されたHPIV-2 Greer 系統 および「非定型」の単離体のHN タンパク質の三次元モデルは、非常に強い類似性を有する。6層の組織化（ノイラミニダーゼの特性）が、観察された（図 1を参照されたい）。NDV, SV5 および HPIV-3のHN タンパク質の既知の構造との類似性から、触媒部位のポジション および コンホメーションが様々な HPIV-2 単離体で同一であると思われる。得られたモデルによって、「非定型」の HPIV-2 バリアントにのみ存在するグリコシル化部位が、タンパク質の外部に向いたループに局在することが確認される。S316N 置換によって、このループの構造が変化させられるとは思われない。参照のHPIV-2 Greer 系統において上記の疎水性ピークを構成するアミノ酸(ポジション 512-515)は、前記タンパク質の内部に向いたループ（図 1における左手のモデルにおいてAで示されるループを参照されたい）を形成し、これはHPIV-2の「非定型」の バリアント 単離体では違っている（図 1における右手のモデルにおいてA'で示されるループを参照されたい）。
【０３７８】
融合タンパク質 F
パラミキソウイルスの融合ペプチドを構成する20 アミノ酸のアラインメントは、バリアント HPIV-2 単離体 および プロトタイプ 系統の間に一つのアミノ酸の差を有する（図 2）。V94 および V98 系統の融合ペプチドは、それぞれ「非定型」の HPIV-2 ウイルスの融合ペプチドと及びプロトタイプ HPIV-2 系統の融合ペプチドと類似する（図 2および4）。
【０３７９】
HPIV-2 単離体の他の構造的に顕著なドメイン (HR1 および 2, TM および CS, 図 4)のアラインメントは、大きな差を示さなかった（CS および HR1 ドメインは例外）。Greer および V98 単離体において、切断部位は、他の単離体に対するKPRRER (配列番号 14)の代わりに、KTRQER (配列番号 13)またはKTRQKR (配列番号 118)である。
【０３８０】
系統分析
HPIV-2 Greer プロトタイプ 系統 および SV5の非定型の単離体のF および HN遺伝子に関するヌクレオチド配列を、GenBank データベースで利用可能なそれらの対応物と整列させた。この分析はF および HN タンパク質に関して類似する進化図を示し、非定型のウイルスのF および HN タンパク質の進化がプロトタイプ系統のものと分岐し、二つの別の群(または複数の群)を形成することを示している。内部の枝分れのトポロジーに注目すると、二つの樹は同じ進化プロフィールに存在している(図 3)。また、USAから由来する二つのHPIV-2 系統のエンベロープタンパク質は、この多岐にわたる進化とよく一致し、各系統が一または二つの群に存在する(図 3)。
【０３８１】
考察
この研究の目的は、診断に使用されるモノクローナル抗体に対して非定型の抗原反応性を有する臨床 HPIV-2 単離体を特徴づけることであった。HPIV-2 ウイルスに関して、少数の研究（既に古い）は、単離体間の抗原性のバリエーションを示している（Numazaki Y et al. 1968, Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 127:992-996; Ray et al. 1992, Virus Res. 24:107-113）。しかしながら、抗原性のバリエーション および 遺伝的なバリエーションの間の関連は、今まで分析されていない。
【０３８２】
「非定型」の HPIV-2 ウイルスのF および HN タンパク質は、プロトタイプの系統と比較して著しいパーセンテージで置換を有する（F 遺伝子に関して2%およびHN 遺伝子に関して3.8%）。比較して、1995に記載されたHPIV-3 バリアントは、既知の抗原性部位での2つを含む、HN タンパク質において僅か4 アミノ酸置換を有していた（0.7%の置換）。抗原性部位のポジションはHPIV-2に関していまだ決定されていない。しかし、「非定型」の HPIV-2 ウイルスのHN 遺伝子において観察された22 アミノ酸置換の何れもが、抗原性部位に局在しないとしたら驚くべきことであろう。
【０３８３】
ヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ
観察された置換のなかで、S316N 置換は、プロトタイプ HPIV-2 系統のHN タンパク質に存在しない新しい潜在的なグリコシル化部位の発端である。HN タンパク質の三次元モデルは、この部位が前記タンパク質の外部（すなわち、抗原性部位に対応するだろう暴露されたゾーン）に向いたループに局在することを示している。グリコシル化は、エピトープをマスクする能力があり、特定の抗体との反応が非存在であることを説明できる。他の潜在的なグリコシル化部位は、変化しないままであった。
【０３８４】
非定型の単離体のHN タンパク質の一次構造に観察された差は、潜在的に前記タンパク質のカルボキシル末端における二次構造と因果関係がある。提示された結果（目下のところ単に予測）によって、特に前記タンパク質の表面で又は触媒部位で顕著な構造上の変化は示されない。しかしながら、これらの機能を妨害しない微量な構造上の変化は、コンホメーションエピトープの消失の原因であろう。
【０３８５】
融合タンパク質
「非定型」の HPIV-2 単離体からの融合ペプチドの分析は、プロトタイプ系統のF タンパク質と比較して一つのアミノ酸の差の存在を示す。融合ペプチドで構成される疎水性ドメインは、パラミクソウイルス科のF タンパク質で最も保存されたゾーンとして提示される。これは、その構造 および その機能が、前記タンパク質の他のドメインよりもより強い淘汰圧にさらされることを示唆している。
【０３８６】
SV5 および NDVで行われた特定の保存された及び非保存の変化の分析によって、ペプチド配列が融合の活性に重要であることが示された（Horvath C M 1992, Sergel T A et al., 2001）。「非定型」のウイルスおよび同じ型のプロトタイプ系統の間で我々が観察した一つのアミノ酸の差は、それゆえ無視できるとは思われない。融合ペプチドの疎水性の性質を増大する変化によって、細胞膜の脂質との相互作用が奨励され、シンシチウム構造の形成を増加させる結果となることが示されている。本ケースにおいて、バリンのイソロイシンでの置換によって、実際には疎水性の性質は修飾されない。この置換によって、「非定型」のウイルスおよびSV5ウイルスのペプチドが共に近くなる（SV5はシンシチウム構造に類似する細胞変性効果を有するウイルスである）。しかしながら、観察された置換と、より顕著な融合との間の相関は、いまだ樹立されていない。
【０３８７】
バリアントのHPIV-2 単離体は、プロトタイプの系統よりもより塩基性の切断部位を有する。このことからも融合活性の差が説明できるだろう。NDV (F 遺伝子) および インフルエンザ (HA 遺伝子)のケースにおいて、ウイルス性のビルレンスおよび病原性に関して切断部位の重要性が研究された。切断部位で複数の塩基性残基を有する系統は、病原性であり、容易に宿主内で広まる。インフルエンザの特定の非病原性の系統において、ポジション 5または6におけるHA 遺伝子に関する切断部位でのアルギニンまたはリジン置換によって、病原性の獲得を生じることが示された。さらなる分析が、切断部位の塩基性の性質, 融合活性および「非定型」の HPIV-2 バリアント単離体のビルレンスの間の類縁関係を決定するために行なわれた。
【０３８８】
系統分析
系統分析によって、各群が異なる抗原性の特性を有しているHPIV-2内の二つの別の群（クラスター）が示唆される。
【０３８９】
本願の発明者の知る限り、HPIV-2 配列のF および HN遺伝子に基づく系統分析を平行して行ったことは最初である。HN タンパク質が実質的にF タンパク質よりも急速に進化すると思われるにもかかわらず、二つの系統樹(図 3)は形態に関して非常に強い類似性を有する。HPIV-2の二つの糖タンパク質の共進化は、他の構造タンパク質に関するよりも著しい圧力での淘汰圧への同等の暴露で説明できるだろう。
【０３９０】
HPIVの検査室診断を、ルーチン的に従来の細胞培養の単離（培養物をシェルバイアル中で遠心する）を用いて行い、免疫蛍光で標識化(鼻咽腔サンプルの直接の染色)した。シークエンシングのデータは、明らかにいままで記載されていない新規の HPIV-2 系統の存在を示している。我々が今回単離したこれらのバリアントが患者集団中で優勢であるかどうかは今まで知られていない。我々の研究室で利用可能なHPIV-2の他の臨床単離体におけるF および HN遺伝子におけるバリエーションを分析するため（特に、HPIV-2 バリアントが出現するかどうかを決定するため）、シークエンシング研究が進行中である。
【０３９１】
継続的なウイルスの調査は、より具体的にはワクチン開発のため、同様に、開発された診断上の検査を行うため、系統の選択と比較して、自然で起こりえる抗原性の変化をモニターするために重要である。
【０３９２】
［配列の記載］
A.  本発明の単離体に関する配列:
配列番号22-26 (単離体 18620)
座位：       bankit721306            4333 pb    RNA  リニア
定義：  融合タンパク質 (F) および ヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ (HN)をコードしている、ヒト パラインフルエンザ ２型 ウイルスからの18620/1997/Lyon 単離体の F および HN 遺伝子に関する完全なCDS
アクセッション：   Genbank 受託番号DQ072586
参照：   1  (塩基 1から4333)
特徴： 位置/クォリファイアー
ソース：          1..4333 (配列番号22)
/生物体 ="ヒト パラインフルエンザ ２型 ウイルス; ウイルス; 陰性の極性 一本鎖ＲＮＡ ウイルス; モノネガウイルス(Mononegavirales); パラミクソウイルス科; パラミクソウイルス亜科; ルブラウイルス."
/単離体="18620/1997/Lyon"
/国家="フランス"
/ノート="タイプ: 2"
遺伝子            177..1832 
/遺伝子="F"
CDS             177..1832 (配列番号 22の断片 177-1832 = 配列番号 23 ; 図 5を参照)
/遺伝子="F"
/コドン開始=1
/産物="融合タンパク質" (配列番号 24)
【０３９３】
/翻訳="MHHLHPMIVCIFVMYTGIVGSDAIAGDQLLNVGVIQSKIRSLMYYTD
GGASFIVVKLLPNLPPSNGTCNITSLDAYNVTLFKLLTPLIENLSKISAVTDTKPRRE
RFAGVVIGLAALGVATAAQITAAVAIVKANANAAAINNLASSIQSTNKAVSDVIT
ASRTIATAVQAIQDRINGAIVNGITSASCRAHDALIGSILNLYLTELTTIFHNQITNP
ALTPLSIQALRILLGSTLPIVIESKLNTKLNTAELLSSGLLTGQIISISPMYMQMLIQ
INVPTFIMQPGAKVIDLIAISANHKLQEVVVQVPNRILEYANELQNYPANDCVVTPN
SVFCRYNEGSPIPESQYQCLRGNLNSCTFTPIIGNFLKRFAFANGVLYANCKSLLCK
CADPPHVVSQDDNQGISIIDIKRCSEMMLDTFSFRITSTFNATYVTDFSMINANIVHL
SPLDLSNQINSINKSLKSAEDWIADSNFFANQARTAKTLYSLSAIALILSVITLVVVG
LLIAYIIKLVSQIHQFRALAATTMFHRENPAVFSKNNHGNIYGIS"
【０３９４】
遺伝子            2205..3920
/遺伝子="HN"
CDS             2205..3920 (配列番号 22の断片 2205-3920 = 配列番号 25 ; 図 6を参照)
/遺伝子="HN"
/コドン開始=1
/産物="ヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ" (配列番号 26)
【０３９５】
/翻訳="MEDYSNLSLKSIPKRTCRIIFRTATILGICTLIVLCSSILHEII
HLDVSSDLMNSDESQQGIIQPIIESLKSLIALANQILYNVAIVIPLKIDSIETVILSALK
DMHTGSMSNANCTPGNLLLHDAAYINGINKFLVLESYNGTPKYGPLLNIPSFIPSAT
SPHGCTRIPSFSLIRTHWCYTHNVILGDCLDFTASNQYLSMGIIQQSAAGFPIFRTMK
TIYLSDGINRKSCSVTAIPGGCVLYCYVATRSEKEDYATTDLAELRLAFYYYNDTFI
ERVISLPNTTGQWATINPAVGSGIYHLGFILFPVYGGLINGTTSYNEQSSRYFIPKHP
NITCAGNSSKQAAIARSSYVIRYHSNRLIQSAVLICPLSDMHTEECNLVMFNNSQV
MMGAEGRLYVIGNNLYYYQRSSSWWSASLFYRINTDFSKGIPPIIEAQWVPSYQVP
RPGVMPCDATSFCPANCITGVYADVWPLNDPELMSRNALNPNYRFAGAFLKNESN
RTNPTFYTASSNSLLNTTGFNKTNHKAAYTSSTCFKNTGTQKIYCLIIIEMGSSLLGE
FQIIPFLRELML"
【０３９６】
塩基数：     1395 a    954 c    699 g   1285 t
オリジン：       (配列番号22)
【０３９７】
1 atgctccagc atctaggaat agaacaacaa ctaagtcata ccattattga ccatacaata
61 atcaacaatt ttagccaact gattactaag atattatcat aggtccgaac tgatcaatct
121 aacaaaaaaa ctaaacattc aataataaat caaagttcag gccaaattat ccagccatgc
181 atcacctgca tccaatgata gtatgcatct ttgttatgta cactggaatt gtaggttcag
241 atgccattgc tggagatcaa ctcctcaatg taggggtcat tcaatcaaag ataagatcac
301 tcatgtacta cactgatggt ggcgctagct ttattgttgt aaaattacta ccaaatcttc
361 ccccaagcaa tggaacatgc aacatcacca gtctagatgc atataatgtt accctattta
421 agttgctaac gcccctgatt gagaacctga gcaaaatttc tgctgttaca gataccaaac
481 cccgccgaga acgatttgca ggagtcgtta ttgggcttgc tgcactagga gtagctacag
541 ctgcacaaat aaccgcagct gtagcaatag taaaagccaa tgcaaatgct gctgcgataa
601 acaatcttgc atcttcaatt caatccacca acaaggcagt atccgatgtg ataactgcat
661 caagaacaat tgcaaccgca gttcaagcaa ttcaggatcg catcaatgga gctattgtta
721 atgggataac atctgcatca tgccgtgccc atgatgcact aattgggtca atattaaatt
781 tgtatctcac tgagcttact acaatatttc ataatcaaat aacaaaccct gcgctgacac
841 cactttccat ccaagcttta agaatcctcc tcggtagcac cttgccaatt gtcattgaat
901 ccaaactcaa cacaaaactc aacacagcag agctgctcag ttccggactg ttaactggtc
961 aaataatttc catttcccca atgtacatgc aaatgctaat tcaaatcaat gttccgacat
1021 ttataatgca acccggtgcg aaggtaattg atctaattgc tatctctgca aaccataaat
1081 tacaagaagt agttgtacaa gttcctaata gaattctaga atacgcaaat gaactacaaa
1141 actacccagc caatgattgt gtcgtgacac caaactctgt attttgtaga tacaatgagg
1201 gttccccgat ccctgaatca caatatcaat gcttaagggg gaatcttaat tcttgcactt
1261 ttacccctat tatcgggaac tttctcaagc gattcgcatt tgccaatggt gtgctctatg
1321 ccaactgcaa atctttgcta tgtaagtgtg ccgaccctcc ccatgttgtg tctcaagatg
1381 acaaccaagg catcagcata attgatatta agaggtgctc tgagatgatg cttgacactt
1441 tttcatttag gatcacatct acattcaatg ctacatacgt gacagacttc tcaatgatta
1501 atgcaaatat tgtacatcta agtcctctag acttgtcaaa tcaaattaat tcaataaaca
1561 aatctcttaa aagtgctgaa gattggattg cagatagcaa cttcttcgct aatcaagcca
1621 gaacagccaa gacactttat tcactaagtg caatagcatt aatactatca gtgattactt
1681 tggttgttgt gggattgctg attgcctaca tcatcaagct ggtttctcaa atccatcaat
1741 tcagagcact agctgctaca acaatgttcc acagggagaa tcctgctgtc ttttccaaga
1801 acaatcatgg aaacatatat gggatatctt aagaattcta tcataagtcc atatatgtcc
1861 atgattgacc tttaagagcc aacctccaat gattatccgt taaattcaga tataacaatt
1921 caaaaatcaa tattaagcct ccagatacca atgaatatga atatatctct tagaaaactt
1981 gattattatg tgataacata gtacaattta agaaaaaacc taaaataagc acgaaccctt
2041 aaggtgtcgt aacgtctcgt gacgccgggt tcagttcaaa catcgacccc tgacccaatt
2101 caatacccat ttccataaag gaacacagta taatttaatc ataaaagacc tcaaaatctg
2161 atacagctta atccactcaa catataatta taagactaat aataatggaa gattacagca
2221 atctatctct taaatcaatt cctaaaagga catgtagaat cattttccga actgccacaa
2281 ttcttggcat atgcacatta attgtgctat gttcaagtat tcttcatgag ataattcatc
2341 ttgatgtttc ctctgatctt atgaattctg atgagtcaca gcaaggcatt atccagccta
2401 tcatagaatc attaaaatca ttgattgctt tggccaacca gattctatat aatgttgcaa
2461 tagtaattcc tcttaaaatt gacagtatcg aaactgtaat actctctgct ttaaaagata
2521 tgcacaccgg gagtatgtcc aatgccaact gcacgccagg aaatctactt ctgcatgatg
2581 cagcatacat caatggaata aacaaattcc ttgtacttga atcatacaat gggacgccta
2641 aatatggacc tctcctaaat atacccagct ttatcccctc agcaacatct ccccatgggt
2701 gtactagaat accatcattt tcactcatca ggacccattg gtgttacact cacaatgtaa
2761 tacttggaga ttgtcttgat ttcacggcat ctaaccagta tttatcaatg gggataatac
2821 aacaatctgc tgcagggttt ccaattttca ggactatgaa aaccatttac ctaagtgatg
2881 gaatcaatcg caaaagctgt tcagtcactg ctataccagg aggttgtgtc ttgtattgct
2941 atgtagctac aaggtctgaa aaagaagatt atgccacgac tgatctagct gaactgagac
3001 ttgccttcta ttattataat gataccttta ttgaaagagt catatctctt ccaaatacaa
3061 cagggcagtg ggccacaatc aaccctgcag tcggaagcgg gatctatcat ctaggcttta
3121 tcttatttcc tgtatatggt ggtctcataa atgggactac ttcttacaat gagcagtcct
3181 cacgctattt tatcccaaaa catcccaaca taacttgtgc cggtaactcc agcaaacagg
3241 ctgcaatagc acggagttcc tatgtcatcc gttatcactc aaacaggtta attcagagtg
3301 ctgttcttat ttgtccattg tctgacatgc acacagaaga gtgtaatcta gttatgttta
3361 acaattccca agtcatgatg ggtgcagaag gtaggctcta tgttattggt aataatttgt
3421 attattatca acgcagttcc tcttggtggt ctgcatcgct cttttacagg atcaatacag
3481 atttttctaa aggaattcct ccgatcattg aggctcaatg ggtaccgtcc tatcaagttc
3541 cccgtcctgg agtcatgcca tgcgatgcaa caagtttttg ccctgctaat tgcatcacag
3601 gggtgtacgc agatgtgtgg ccgcttaatg atccagaact catgtcacgt aatgctctga
3661 accccaacta tcgatttgct ggagcctttc tcaaaaatga gtccaaccga actaatccca
3721 cattctacac tgcatcgtct aactccctct taaatactac cggattcaac aaaaccaatc
3781 acaaagcagc atatacatct tcaacctgct ttaaaaacac tggaacccaa aaaatttatt
3841 gtttaataat aattgaaatg ggctcatctc ttttagggga gttccaaata ataccatttt
3901 taagggaact aatgctttaa tcctattgaa tgaagactcc agattcaaga ataattggaa
3961 ggctctttat tttatgcgat agttatacgt tttggctgta ttagaatgct atagcattct
4021 gctgtttttc ccatatggaa aaatccttca acaccaactt aggttcaatt ttctcatcat
4081 ttactgttgt aattcaatct tactaaagtt attctgatat ttaagaaaaa ataatcttta
4141 tataatgtaa caatactact aagattataa tataggccag aatggcggcc tcttctgaga
4201 tactccttcc tgaagtccat ttgaactcac caatagtcaa acacaaactc atatactact
4261 tattactagg gcacttcccg catgatcttg acatttctga aataagcccc cttcacaata
4321 atgattggga tca
//
【０３９８】
配列番号27-31 (単離体 20283)
座位：       bankit721320            4333 bp    ARN     リニア   
定義：  融合タンパク質 (F) および ヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ (HN)をコードしている、ヒト パラインフルエンザ ２型 ウイルスからの20283/1997/Lyon 単離体の F および HN 遺伝子に関する完全なCDS
アクセッション：   Genbank 受託番号DQ072587
参照：   1  (塩基 1から4333)（配列番号27）
特徴： 位置/クォリファイアー
ソース：          1..4333
/生物体="ヒトパラインフルエンザ ２型 ウイルス"
/単離体="20283/1997/Lyon"
/db_xref="分類群:11212"
/国家="フランス"
/ノート="タイプ: 2"
遺伝子            179..1834
/遺伝子="F"
CDS             179..1834 (配列番号 27の断片 179-1834 = 配列番号 28 ; 図 5を参照)
/遺伝子="F"
/コドン開始=1
/産物="融合タンパク質" (配列番号 29)
【０３９９】
/翻訳="MHHPHPMIVCIFVMYTGIVGSDAIAGDQLLNVGVIQSKIRSLMYYTD
GGASFIVVKLLPNLPPSNGTCNITSLDAYNVTLFKLLTPLIENLSKISAVTDTKPRRE
RFAGVVIGLAALGVATAAQITAAVAIVKANANAAAINNLASSIQSTNKAVSDVIT
ASRTIATAVQAIQDRINGAIVNGITSASCRAHDALIGSILNLYLTELTTIFHNQITNP
ALTPLSIQALRILLGSTLPIVIESKLNTKLNTAELLSSGLLTGQIISISPMYMQMLIQ
INVPTFIMQPGAKVIDLIAISANHKLQEVVVQVPNRILEYANELQNYPANDCVVTPN
SVFCRYNEGSPIPESQYQCLRGNLNSCTFTPIIGNFLKRFAFANGVLYANCKSLLCK
CADPPHVVSQDDNQGISIIDIKRCSEMMLDTFSFRITSTFNATYVTDFSMINANIVHL
SPLDLSNQINSINKSLKSAEDWIADSNFFANQARTAKTLYSLSAIALILSVITLVVVG
LLIAYIIKLISQIHQFRALAATTMFHRENPAVFSKNNHGNIYGIS"
【０４００】
遺伝子            2207..3922
/遺伝子="HN"
CDS             2207..3922 (配列番号 27の断片 2207-3922 = 配列番号 30 ; 図 6を参照)
/遺伝子="HN"
/コドン開始=1
/産物="ヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ" (配列番号 31)
【０４０１】
/翻訳="MEDYSNLSLKSIPKRTCRIIFRTATILGICTLIVLCSSILHEII
HLDVSSGLMNSDESQQGIIQPIIESLKSLIALANQILYNVAIVIPLKIDSIETVILSALK
DMHTGSMSNANCTPGNLLLHDAAYINGINKFLVLESYNGTPKYGPLLNIPSFIPSA
TSPHGCTRIPSFSLIKTHWCYTHNVILGDCLDFTASNQYLSMGIIQQSAAAFPFFRTM
KTIYLSDGINRKSCSVTAIPGGCVLYCYVATRSEKEDYATTDLAELRLAFYYYNDT
FIERVISLPNTTGQWATINPAVGSGIYHLGFILFPVYGGLINGTTSYNEQSSRYFIPKH
PNITCAGNSSKQAAIARSSYVIRYHSNRLIQSAVLICPLSDMHTEECNLVMFNNSQV
MMGAEGRLYVIGNNLYYYQRSSSWWSASLFYRINTDFSKGIPPIIEAQWVPSYQVP
RPGVMPCNATSFCPANCITGVYADVWPLNDPELMSRNALNPNYRFAGAFLKNESN
RTNPTFYTASSNSLLNTTGFNKTNHKAAYTSSTCFKNTGTQKIYCLIIIEMGSSLLGE
FQIIPFLRELML"
【０４０２】
塩基数：     1399 a    953 c    694 g   1287 t
オリジン：       (配列番号27)
【０４０３】
1 gaatgctcca gcatctagga atagaacaac aactaagtca taccattatt gaccatacaa
61 taatcaacaa ttttagccaa ctgattacta agatattatc ataggtccga actgatcaat
121 ctaacaaaaa aactaaacat tcaataataa atcaaagttc aggccaaatt atccagccat
181 gcatcacccg catccaatga tagtatgcat ctttgttatg tacactggaa ttgtaggttc
241 agatgccatt gctggagatc aactcctcaa tgtaggggtc attcaatcaa agataagatc
301 actcatgtac tacactgatg gtggcgctag ctttattgtt gtaaaattac taccaaatct
361 tcccccaagc aatggaacat gcaacatcac cagtctagat gcatataatg ttaccctatt
421 taagttgcta acgcccctga ttgagaacct gagcaaaatt tctgctgtta cagataccaa
481 accccgccga gaacgatttg caggagtcgt tattgggctt gctgcactag gagtagctac
541 agctgcacaa ataaccgcag ctgtagcaat agtaaaagcc aatgcaaatg ctgctgcgat
601 aaacaatctt gcatcttcaa ttcaatccac caacaaggca gtatccgatg tgataactgc
661 atcaagaaca attgcaaccg cagttcaagc aattcaggat cgcatcaatg gagctattgt
721 taatgggata acatctgcat catgccgtgc ccatgatgca ctaattgggt caatattaaa
781 tttgtatctc actgagctta ctacaatatt tcataatcaa ataacaaacc ctgcgctgac
841 accactttcc atccaagctt taagaatcct cctcggtagc accttgccaa ttgtcattga
901 atccaaactc aacacaaaac tcaacacagc agagctgctc agttccggac tgttaactgg
961 tcaaataatt tccatttccc caatgtacat gcaaatgcta attcaaatca atgttccgac
1021 atttataatg caacccggtg cgaaggtaat tgatctaatt gctatctctg caaaccataa
1081 attacaagaa gtagttgtac aagttcctaa tagaattcta gaatacgcaa atgaactaca
1141 aaactaccca gccaatgatt gtgtcgtgac accaaactct gtattttgta gatacaatga
1201 gggttccccg atccctgaat cacaatatca atgcttaagg gggaatctta attcttgcac
1261 ttttacccct attatcggga actttctcaa gcgattcgca tttgccaatg gtgtgctcta
1321 tgccaactgc aaatctttgc tatgtaagtg tgccgaccct ccccatgttg tgtctcaaga
1381 tgacaaccaa ggcatcagca taattgatat taagagatgc tctgagatga tgcttgacac
1441 tttttcattt aggatcacat ctacattcaa tgctacatac gtgacagact tctcaatgat
1501 taatgcaaat attgtacatc taagtcctct agacttgtca aatcaaatca attcaataaa
1561 caaatctctt aaaagtgctg aggattggat tgcagatagc aacttcttcg ctaatcaagc
1621 cagaacagcc aagacacttt attcactaag tgcaatagca ttaatactat cagtgattac
1681 tttggttgtt gtgggattgc tgattgccta catcatcaag ctgatttctc aaatccatca
1741 attcagagca ctagctgcta caacaatgtt ccacagggag aatcctgccg tcttttccaa
1801 gaacaatcat ggaaacatat atgggatatc ttaagaattc tatcataagt ccatatatgt
1861 ccatgattga cctttaagag ccaacctcca atgattatcc gttaaattca gatataacaa
1921 ttcaaaaatc aatattaagc ctccagatac caatgaatat gaatatatct cttagaaaac
1981 ttgattatta tgtgataaca tagtacaatt taagaaaaaa cctaaaataa gcacgaaccc
2041 ttaaggtgtc gtaacgtctc gtgacgccgg gttcagttca aacatcgacc cctgacccaa
2101 ttcaataccc attttcataa aggaacacag tataatttaa tcataaaaga cctcaaaatc
2161 tgatacagct taatccactc aacatataat tataagacta ataataatgg aagattacag
2221 caatctatct cttaaatcaa ttcctaaaag gacatgtaga atcattttcc gaactgccac
2281 aattcttggc atatgcacat taattgtgct atgttcaagt attcttcatg agataattca
2341 tcttgatgtt tcctctggtc ttatgaattc tgatgagtca cagcaaggca ttatccagcc
2401 tatcatagaa tcattaaaat cattgattgc tttggccaac cagattctat ataatgttgc
2461 aatagtaatt cctcttaaaa ttgacagtat cgaaactgta atactctctg ctttaaaaga
2521 tatgcacacc gggagtatgt ccaatgccaa ctgcacgcca ggaaatctac ttctgcatga
2581 tgcagcatac atcaatggaa taaacaaatt ccttgtactt gaatcataca atgggacgcc
2641 taaatatgga cctctcctaa atatacccag ctttatcccc tcagcaacat ctccccatgg
2701 gtgtactaga ataccatcat tttcactcat caagacccat tggtgttaca ctcacaatgt
2761 aatacttgga gattgtcttg atttcacagc atctaaccag tatttatcaa tggggataat
2821 acaacaatct gctgcagcat ttccattttt caggactatg aaaaccattt acctaagtga
2881 tggaatcaat cgcaaaagct gttcagtcac tgctatacca ggaggttgtg tcttgtattg
2941 ctatgtagct acaaggtctg aaaaagaaga ttatgccacg actgatctag ctgaattgag
3001 acttgccttc tattattata atgatacctt tattgaaaga gtcatatctc ttccaaatac
3061 aacagggcag tgggccacaa tcaaccctgc agtcggaagc gggatctatc atctaggctt
3121 tatcttattt cctgtatatg gtggtctcat aaatgggact acttcttaca atgagcagtc
3181 ctcacgctat tttatcccaa aacatcccaa cataacttgt gccggtaact ccagcaaaca
3241 ggctgcaata gcacggagtt cctatgtcat ccgttatcac tcaaacaggt taattcagag
3301 tgctgttctt atttgtccat tgtctgacat gcacacagaa gagtgtaatc tagttatgtt
3361 taacaattct caagtcatga tgggtgcaga aggtaggctc tatgttattg gtaataattt
3421 gtattattat caacgcagtt cctcttggtg gtctgcatcg ctcttttaca ggatcaatac
3481 agatttttct aaaggaattc ctccgatcat tgaggctcaa tgggtaccgt cctatcaagt
3541 tcctcgtcct ggagtcatgc catgcaatgc aacaagtttt tgccctgcta attgcatcac
3601 aggggtgtac gcagatgtgt ggccgcttaa tgatccagaa ctcatgtcac gtaatgctct
3661 gaaccccaac tatcgatttg ctggagcctt tctcaaaaat gagtccaacc gaactaatcc
3721 cacattctac actgcatcgt ctaactccct cttaaatact accggattca acaaaaccaa
3781 tcacaaagca gcatatacat cttcaacctg ctttaaaaat actggaaccc aaaaaattta
3841 ttgtttaata ataattgaaa tgggctcatc tcttttaggg gagttccaaa taataccatt
3901 tttaagggaa ctaatgcttt aatcctattg aatgaagact ccagattcaa gaataattgg
3961 aaggctcttt attttatgcg atagttatac gttttggctg tattagaatg ctatagcatt
4021 ctgctgtttt tcccatatgg aaaaatcctt caacaccaac ttaggttcaa ttttctcatc
4081 atttactgtt gtaattcaat cttactaaag ttattctgat atttaagaaa aaataatctt
4141 tatataatgt aacaatacta ctaagattat aatataggcc agaatggcgg cctcttctga
4201 gatactcctt cctgaagtcc attgaactca ccaatagtca aacacaaact catatactac
4261 ttatatctag ggcacttccc acatgatctt gacatttctg aaataagccc ccttcacaat
4321 aatgattggg atc
//
【０４０４】
配列番号32-36 (単離体 20435)
座位：       bankit721328            4335 bp    ARN     リニア   
定義：  融合タンパク質 (F) および ヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ (HN)をコードしている、ヒト パラインフルエンザ ２型 ウイルスからの20435/1997/Lyon 単離体の F および HN 遺伝子に関する完全なCDS
アクセッション：   Genbank 受託番号DQ072588
参照：   1  (塩基 1から4335)（配列番号32）
特徴： 位置/クォリファイアー
ソース：          1..4335
/生物体="ヒトパラインフルエンザ ２型 ウイルス"
/単離体="20435/1997/Lyon"
/db_xref="分類群:11212"
/国家="フランス"
/ノート="タイプ: 2"
遺伝子            179..1834
/遺伝子="F"
CDS             179..1834 (配列番号 32の断片 179-1834 = 配列番号 33 ; 図 5を参照)
/遺伝子="F"
/コドン開始=1
/産物="融合タンパク質" (配列番号 34)
【０４０５】
/翻訳="MHHLHPMIVCIFVMYTGIVGSDAIAGDQLLNVGVIQSKIRSLMY
YTDGGASFIVVKLLPNLPPSNGTCNITSLDAYNVTLFKLLTPLIENLSKISAVTDTKP
RRERFAGVVIGLAALGVATAAQITAAVAIVKANANAAAINNLASSIQSTNKAVSDV
ITASRTIATAVQAIQDRINGAIVNGITSASCRAHDALIGSILNLYLTELTTIFHNQITNP
ALTPLSIQALRILLGSTLPIVIESKLNTKLNTAELLSSGLLTGQIISISPMYMQMLIQ
INVPTFIMQPGAKVIDLIAISANHKLQEVVVQVPNRILEYANELQNYPANDCVVTPN
SVFCRYNEGSPIPESQYQCLRGNLNSCTFTPIIGNFLKRFAFANGVLYANCKSLLCK
CADPPHVVSQDDNQGISIIDIKRCSEMMLDTFSFRITSTFNATYVTDFSMINANIVHL
SPLDLSNQINSINKSLKSAEDWIADSNFFANQARTAKTLYSLSAIALILSVITLVVVG
LLIAYIIKLISQIHQFRALAATTMFHRENPAVFSKNNHGNIYGIS"
【０４０６】
遺伝子            2207..3922
/遺伝子="HN"
CDS             2207..3922 (配列番号 32の断片 2207-3922 = 配列番号 35 ; 図 6を参照)
/遺伝子="HN"
/コドン開始=1
/産物="ヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ" (配列番号 36)
【０４０７】
/翻訳="MEDYSNLSLKSIPKRTCRIIFRTATILGICTLIVLCSSILHEII
HLDVSSGLMNSDESQQGIIQPIIESLKSLIALANQILYNVAIIIPLKIDSIETVILSA
LKDMHTGSMSNANCTPGNLLLHDAAYINGINKFLVLESYNGTPKYGPLLNIPSFIPS
ATSPHGCTRIPSFSLIKTHWCYTHNVILGDCLDFTASDQYLSMGIIQQSAAGFPIFRT
MKTIYLSDGINRKSCSVTAIPGGCVLYCYVATRSEKEDYATTDLAELRLAFYYYND
TFIERVISLPNTTGQWATINPAVGSGIYHLGFILFPVYGGLINGTTSYNEQSSRYFIPK
HPNITCAGNSSKQAAIARSSYVIRYHSNRLIQSAVLICPLSDMHTEECNLVMFNNSQ
MVMGAEGRLYVIDNNLYYYQRSSSWWSASLFYRINTDFSKGIPPIIEAQWVPSYQV
PRPGVMPCNATSFCPANCITGVYADVWPLNDPELMSRNALNPNYRFAGAFLKNES
NRTNPTFYTASSNSLLNTTGFNKTNHKAAYTSSTCFKNTGTQKIYCLIIIEMGSSLLG
EFQIIPFLRELML"
【０４０８】
塩基数：     1401 a    950 c    695 g   1289 t
オリジン：       (配列番号32)
【０４０９】
1 gaatgctcca gcatctagga atagaacaac aactaagtca taccattatt gaccatacaa
61 taatcaacaa ttttagccaa ctgattacta agatattatc ataggtccga actgatcaat
121 ctaacaaaaa aactaaacat tcaataataa atcaaagttc aggccaaatt atccagccat
181 gcatcacctg catccaatga tagtatgcat ctttgttatg tacactggaa ttgtaggttc
241 agatgccatt gctggagatc aactcctcaa tgtaggggtc attcaatcaa agataagatc
301 actcatgtac tacactgatg gtggcgctag ctttattgtt gtaaaattac taccaaatct
361 tcccccaagc aatggaacat gcaacatcac cagtctagat gcatataatg ttaccctatt
421 taagttgcta acgcccctga ttgagaacct gagcaaaatt tctgctgtta cagataccaa
481 accccgccga gaacgatttg caggagtcgt tattgggctt gctgcactag gagtagctac
541 agctgcacaa ataaccgcag ctgtagcaat agtaaaagcc aatgcaaatg ctgctgcgat
601 aaacaatctt gcatcttcaa ttcaatccac caacaaggca gtatccgatg tgataactgc
661 atcaagaaca attgcaaccg cagttcaagc aattcaggat cgcatcaatg gagctattgt
721 taatgggata acatctgcat catgccgtgc ccatgatgca ctaattgggt caatattaaa
781 tttgtatctc actgagctta ctacaatatt tcataatcaa ataacaaacc ctgcgctgac
841 accactttcc atccaagctt taagaatcct cctcggtagc accttgccaa ttgtcattga
901 atccaaactc aacacaaaac tcaacacagc agagctgctc agttccggac tgttaactgg
961 tcaaataatt tccatttccc caatgtacat gcaaatgcta attcaaatca atgttccgac
1021 atttataatg caacccggtg cgaaggtaat tgatctaatt gctatctctg caaaccataa
1081 attacaagaa gtagttgtac aagttcctaa tagaattcta gaatacgcaa atgaactaca
1141 aaactaccca gccaatgatt gtgtcgtgac accaaactct gtattttgta gatacaatga
1201 gggttccccg atccctgaat cacaatatca atgcttaagg gggaatctta attcttgcac
1261 ttttacccct attatcggga actttctcaa gcgattcgca tttgccaatg gtgtgctcta
1321 tgccaactgc aaatctttgc tatgtaagtg tgccgaccct ccccatgttg tgtctcaaga
1381 tgacaaccaa ggcatcagca taattgatat taagagatgc tctgagatga tgcttgacac
1441 tttttcattt aggatcacat ctacattcaa tgctacatac gtgacagact tctcaatgat
1501 taatgcaaat attgtacatc taagtcctct agacttgtca aatcaaatca attcaataaa
1561 caaatctctt aaaagtgctg aggattggat tgcagatagc aacttcttcg ctaatcaagc
1621 cagaacagcc aagacacttt attcactaag tgcaatagca ttaatactat cagtgattac
1681 tttggttgtt gtgggattgc tgattgccta catcatcaag ctgatttctc aaatccatca
1741 attcagagca ctagctgcta caacaatgtt ccacagggag aatcctgccg tcttttccaa
1801 gaacaatcat ggaaacatat atgggatatc ttaagaattc tatcataagt ccatatatgt
1861 ccatgattga cctttaagag ccaacctcca atgattatcc gttaaattca gatataacaa
1921 ttcaaaaatc aatattaagc ctccagatac caatgaatat gaatatatct cttagaaaac
1981 ttgattatta tgtgataaca tagtacaatt taagaaaaaa cctaaaataa gcacgaaccc
2041 ttaaggtgtc gtaacgtctc gtgacgccgg gttcagttca aacatcgacc cctgacccaa
2101 ttcaataccc attttcataa aggaacacag tataatttaa tcataaaaga cctcaaaatc
2161 tgatacagct taatccactc aacatataat tataagacta ataataatgg aagattacag
2221 caatctatct cttaaatcaa ttcctaaaag gacatgtaga atcattttcc gaactgccac
2281 aattcttggc atatgcacat taattgtgct atgttcaagt attcttcatg agataattca
2341 tcttgatgtt tcctctggtc ttatgaattc tgatgagtca cagcaaggca ttatccagcc
2401 tatcatagaa tcattaaaat cattgattgc tttggccaac cagattctat ataatgttgc
2461 aataataatt cctcttaaaa ttgacagtat cgaaactgta atactctctg ctttaaaaga
2521 tatgcacacc gggagtatgt ccaatgccaa ctgcacgcca ggaaatctac ttctgcatga
2581 tgcagcatac atcaatggaa taaacaaatt ccttgtactt gaatcataca atgggacgcc
2641 taaatatgga cctctcctaa atatacccag ctttatcccc tcagcaacat ctccccatgg
2701 gtgtactaga ataccatcat tttcactcat caagacccat tggtgttaca ctcacaatgt
2761 aatacttgga gattgtcttg atttcacagc atctgaccag tatttatcaa tggggataat
2821 acaacaatct gctgcagggt ttccaatttt caggactatg aaaaccattt acctaagtga
2881 tggaatcaat cgcaaaagct gttcagtcac tgctatacca ggaggttgtg tcttgtattg
2941 ctatgtagct acaaggtctg aaaaagaaga ttatgccacg actgatctag ctgaattgag
3001 acttgccttc tattattata atgatacctt tattgaaaga gtcatatctc ttccaaatac
3061 aacagggcag tgggccacaa tcaaccctgc agtcggaagc gggatctatc atctaggctt
3121 tatcttattt cctgtatatg gtggtctcat aaatgggact acttcttaca atgagcagtc
3181 ctcacgctat tttatcccaa aacatcccaa cataacttgt gccggtaact ccagcaaaca
3241 ggctgcaata gcacggagtt cctatgtcat ccgttatcac tcaaacaggt taattcagag
3301 tgctgttctt atttgtccat tgtctgacat gcacacagaa gagtgtaatc tagttatgtt
3361 taacaattcc caagtcatga tgggtgcaga aggtaggctc tatgttattg acaataattt
3421 gtattattat caacgtagtt cctcttggtg gtctgcatcg cttttttaca ggatcaatac
3481 agatttttct aaaggaattc ctccgatcat tgaggctcaa tgggtaccgt cctatcaagt
3541 tcctcgtcct ggagtcatgc catgcaatgc aacaagtttt tgccctgcta attgcatcac
3601 aggggtgtac gcagatgtgt ggccgcttaa tgatccagaa ctcatgtcac gtaatgctct
3661 gaaccccaac tatcgatttg ctggagcctt tctcaaaaat gagtccaacc gaactaatcc
3721 cacattctac actgcatcgt ctaactccct cttaaatact accggattca acaaaaccaa
3781 tcacaaagca gcatatacat cttcaacctg ctttaaaaat actggaaccc aaaaaattta
3841 ttgtttaata ataattgaaa tgggctcatc tcttttaggg gagttccaaa taataccatt
3901 tttaagggaa ctaatgcttt aatcctattg aatgaagact ccagattcaa gaataattgg
3961 aaggctcttt attttatgcg atagttatac gttttggctg tattagaatg ctatagcatt
4021 ctgctgtttt tcccatatgg aaaaatcctt caacaccaac ttaggttcaa ttttctcatc
4081 atttactgtt gtaattcaat cttactaaag ttattctgat atttaagaaa aaataatctt
4141 tatataatgt aacaatacta ctaagattat aatataggcc agaatggcgg ccttttctga
4201 gatactcctt cctgaagtcc atttgaactc accaatagtc aaacacaaac tcatatacta
4261 cttattacta gggcacttcc cacatgatct tgacatttct gaaataagcc cccttcacaa
4321 taatgattgg gatca
//
【０４１０】
配列番号37-41 (単離体 26056)
座位：       bankit721330            4394 bp    ARN     リニア   VRL 24-MAY-2005
定義：  融合タンパク質 (F) および ヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ (HN)をコードしている、ヒト パラインフルエンザ ２型 ウイルスからの26056/1997/Lyon 単離体の F および HN 遺伝子に関する完全なCDS
アクセッション：   Genbank 受託番号DQ072589
参照：   1  (塩基 1から4394)（配列番号37）
特徴： 位置/クォリファイアー
ソース：          1..4394
/生物体="ヒトパラインフルエンザ ２型 ウイルス"
/単離体="26056/1997/Lyon"
/db_xref="分類群:11212"
/国家="フランス"
/ノート="タイプ: 2"
遺伝子            179..1834
/遺伝子="F"
CDS             179..1834 (配列番号 37の断片 179-1834 = 配列番号 38 ; 図 5を参照)
/遺伝子="F"
/コドン開始=1
/産物="融合タンパク質" (配列番号 39)
【０４１１】
/翻訳="MHHLHPMIVCIFVMYTGIVGSDAIAGDQLLNVGVIQSKIRSLMY
YTDGGASFIVVKLLPNLPPSNGTCNITSLDAYNVTLFKLLTPLIENLSKISAVTDTKP
RRERFAGVVIGLAALGVATAAQITAAVAIVKANANAAAINNLASSIQSTNKAVSDV
ITASRTIATAVQAIQDRINGAIVNGITSASCRAHDALIGSILNLYLTELTTIFHNQITNP
ALTPLSIQALRILLGSTLPIVIESKLNTKLNTAELLSSGLLTGQIISISPMYMQMLIQ
INVPTFIMQPGAKVIDLIAISANHKLQEVVVQVPNRILEYANELQNYPANDCVVTPN
SVFCRYNEGSPIPESQYQCLRGNLNSCTFTPIIGNFLKRFAFANGVLYANCKSLLCK
CADPPHVVSQDDTQGISIIDIKRCSEMMLDTFSFRITSTFNATYVTDFSMINANIVHL
SPLDLSNQINSINKSLKSAEDWIADSNFFANQARTAKTLYSLSAIALILSVITLVVVG
LLIAYIIKLVSQIHQFRALAATTMFHRENPAVFSKNNHGNIYGIS"
【０４１２】
遺伝子            2207..3922
/遺伝子="HN"
CDS             2207..3922 (配列番号 37の断片 2207-3922 = 配列番号 40 ; 図 6を参照)
/遺伝子="HN"
/コドン開始=1
/産物="ヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ" (配列番号 41)
【０４１３】
/翻訳="MEDYSNLSLKSIPKRTCRIIFRTATILGICTLIVLCSSILHEII
HLDVSSGLMDSDESQQGIIQPIIESLKSLIALANQILYNVAIIIPLKIDSIETVILSA
LKDMHTGSMSNANCTPGNLLLHDAAYINGINKFLVPESYNGTPKYGPLLNIPSFIPS
ATSPNGCTRIPSFSLIKTHWCYTHNVILGDCLDFTASNQYLSMGIIQQSAAGFPIFRT
MKTIYLSDGINRKSCSVTAIPGGCVLYCYVATRSEKEDYATTDLAELRLAFYYYND
TFIERVISLPNTTGQWATINPAVGSGIYHLGFILFPVYGGLINGTTSYNEQSSRYFIPK
HPNITCAGNSSKQAAIARNSYVIRYHSNRLIQSAVLICPLSDMHTEECNLVMFNNSQ
MVMGAEGRLYVIGNNLYYYQRSSSWWSASLFYRINTDFSKGIPPIIEAQWVPSYQV
PRPGVMPCNATSFCPANCITGVYADVWPLNDPELMSRNALNPNYRFAGAFLKNES
NRTNPTFYTASANSLLNTTGFNNTNHKAAYTSSTCFKNTGNQKIYCLIIIEMGSSLL
GEFQIIPFLRELML"
【０４１４】
塩基数：     1416 a    961 c    714 g   1303 t
オリジン：       (配列番号37)
【０４１５】
1 gaatgctcca gcatctagga atagaacaac agctaagtca taccattatt gaccatacaa
61 taatcaacaa ttttagccaa ctgattacta agatattatc ataggtccga actgatcaat
121 ctaacaaaaa aactaaacat tcaataataa atcaaagttc aggccaaatt atccagccat
181 gcatcacctg catccaatga tagtatgcat ctttgttatg tacactggaa ttgtaggttc
241 agatgccatt gctggagatc aactcctcaa tgtaggggtc attcaatcaa agataagatc
301 actcatgtac tacactgatg gtggcgctag ctttattgtt gtaaaattac tacccaatct
361 tcccccaagc aatggaacat gcaacatcac cagtctagat gcatataatg ttaccctatt
421 taagttgcta acacccctga ttgagaacct gagcaaaatt tccgctgtta cagataccaa
481 accccgccga gaacgatttg caggggtcgt tattgggctt gctgcactag gagtagctac
541 agctgcacaa ataaccgcag ctgtagcaat agtgaaagcc aatgcaaatg ctgctgcgat
601 aaacaatctt gcatcttcaa ttcaatccac caacaaggca gtatccgatg tgataactgc
661 atcaagaaca attgcaaccg cagttcaagc aattcaggat cgcatcaatg gagccattgt
721 caacgggata acatctgcat catgccgtgc ccatgatgca ctaattgggt caatattaaa
781 tttgtatctc actgagctta ctacaatatt tcataatcaa ataacaaacc ctgcgctgac
841 accactttcc atccaagctt taagaatcct cctcggtagc accttgccaa ttgtcatcga
901 atccaagctc aacacaaaac tcaacacagc agagttactc agttccggac tgttaactgg
961 tcaaataatt tccatttccc caatgtacat gcaaatgcta attcaaatca atgttccgac
1021 atttataatg caacccggtg cgaaggtaat tgatctaatt gctatctctg caaaccataa
1081 attacaagaa gtagttgtac aagttcctaa tagaattcta gagtatgcaa atgaactaca
1141 aaactaccca gccaatgatt gtgtcgtgac accaaactct gtattttgta gatacaatga
1201 gggttccccg atccctgaat cacaatatca atgcttaagg gggaatctta attcttgcac
1261 ttttacccct attatcggaa actttctcaa gcgattcgca tttgccaatg gtgtgctcta
1321 tgccaactgc aaatctttgc tatgtaagtg tgccgaccct ccccatgttg tgtctcaaga
1381 tgacacccaa ggcatcagca taattgatat taagaggtgc tctgagatga tgcttgacac
1441 tttttcattt aggatcacat ctacattcaa tgctacatac gtgacagact tctcaatgat
1501 taatgcaaat attgtacatc taagtcctct agacttgtca aatcaaatca attcaataaa
1561 caaatctctt aaaagtgctg aggattggat tgcagatagc aacttctttg ctaatcaagc
1621 cagaacagcc aagacacttt attcactaag tgcaatagca ttaatactat cagtgattac
1681 tttggttgtc gtgggattgc tgattgccta catcatcaag ctggtttctc aaatccatca
1741 attcagagca ctagctgcta caacaatgtt ccacagggag aatcctgccg tcttttccaa
1801 gaacaatcat ggaaacatat atgggatatc ttaagaattc tatcataagt ccatatatgt
1861 ccatgattga cttttaagag ccaacctcca atgattatcc gttaaattca gatataacag
1921 ttcaaaaatc aatattaagc ctccagatac caatgaatat gaatatatct cttagaaaac
1981 ttgattatta tgtgataaca tagtacaatt taagaaaaaa cctaaaataa gcacgaaccc
2041 ttaaggtgtc gtaacgtctc gtgacgccgg gttcagttca aacatcgacc cctgacccaa
2101 ttcaataccc atttccataa aggaacacag tataatttaa tcataaaaga tctcaaaatc
2161 tgatacagct taatccactc aacatataat tataagacta ataataatgg aagattacag
2221 caatctatct cttaaatcaa ttcctaaaag gacatgtaga atcattttcc gaactgccac
2281 aattcttggc atatgcacat taattgtgct atgttcaagt attcttcatg agataattca
2341 tcttgatgtt tcctctggtc ttatggattc tgatgagtca cagcaaggca tcattcagcc
2401 tatcatagaa tcattaaaat cattgattgc tttggccaac cagattctat ataatgttgc
2461 aataataatt cctcttaaaa ttgacagtat cgaaactgta atactctctg ctttaaaaga
2521 tatgcacacc gggagtatgt ccaatgccaa ctgcacgcca ggaaatttgc ttctgcatga
2581 tgcagcatac atcaatggaa taaacaaatt ccttgtacct gaatcataca atgggacgcc
2641 taaatatgga cctctcctaa atatacccag ctttatcccc tcagcaacat ctcccaatgg
2701 gtgtactaga ataccatcat tttcactcat caagacccat tggtgttaca ctcacaatgt
2761 aatacttgga gattgtcttg atttcacagc atctaaccag tatttatcaa tggggataat
2821 acaacaatct gctgcagggt ttccaatttt caggactatg aaaaccattt acctaagtga
2881 tggaatcaat cgcaaaagct gttcagtcac tgctatacca ggaggttgtg tcttgtattg
2941 ctatgtagct acaaggtctg aaaaagaaga ttatgccacg actgatctag ctgaactgag
3001 acttgctttc tattattata atgatacctt tattgaaaga gtcatatctc ttccaaatac
3061 aacagggcag tgggccacaa tcaaccctgc agttggaagc gggatctatc atctaggctt
3121 tatcttattt cctgtatatg gtggtctcat aaatgggact acttcttaca atgagcagtc
3181 ctcacgctat tttatcccaa aacatcccaa cataacttgt gccggtaact ccagcaaaca
3241 ggctgcaata gcacggaatt cttatgtcat ccgttatcac tcaaacaggt taattcagag
3301 tgctgttctt atttgtccat tgtctgacat gcacacagaa gagtgtaatc tagttatgtt
3361 taacaattcc caagtcatga tgggtgcaga aggtaggctc tatgttattg gtaataattt
3421 gtattattat caacgcagtt cctcttggtg gtctgcatcg cttttttaca ggatcaatac
3481 agatttttct aaaggaattc ctccgatcat tgaggctcaa tgggtaccgt cctatcaagt
3541 tcctcgtcct ggagtcatgc catgcaatgc aacaagtttt tgccctgcta attgcatcac
3601 aggggtgtac gcagatgtgt ggccgcttaa tgatccagaa ctcatgtcac gtaatgctct
3661 gaaccccaac tatcgatttg ctggagcctt tctcaaaaat gagtccaacc gaactaatcc
3721 cacattttac actgcatcgg ctaactccct cttaaatact accggattca acaacaccaa
3781 tcacaaagca gcatatacat cttcaacctg ctttaaaaac actggaaacc aaaaaattta
3841 ttgtttaata ataattgaaa tgggctcatc tcttttaggg gagttccaaa taataccatt
3901 tttaagggaa ctaatgcttt aatcctattg aatgaagact ccagattcaa gaataattgg
3961 aaggctcttt attttatgcg atagttatac gttttggctg tattagaatg ctatagcatt
4021 ctgctgtttt tcccatatgg aaaaatcctt caacaccaac ttaggttcaa ttttctcatc
4081 atttactgtt gtaattcaat tttactaaaa ttattctgat atttaagaaa aaataatctt
4141 tatataatgt aacaatacta ctaagattat gatataggcc agaatggcgg cctcttctga
4201 gatactcctt cctgaagtcc atttgaactc accaatagtc aaacacaaac tcatatacta
4261 cttattacta gggcacttcc cgcatgatct tgacatttct gaaataagcc cccttcacaa
4321 taatgattgg gatcagattg ccagagaaga atccaacaga agagtgtaat ctagttatgt
4381 ttaacaattc ccaa
//
【０４１６】
配列番号42-44 (単離体 26632)
座位：       bankit721338            2472 bp    ARN     リニア   VRL 24-MAY-2005
定義：  融合タンパク質 (F) および ヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ (HN)をコードしている、ヒト パラインフルエンザ ２型 ウイルスからの26632/1997/Lyon 単離体の F および HN 遺伝子に関する完全なCDS
アクセッション：   Genbank 受託番号DQ72590
参照：   1  (塩基 1から2472)（配列番号42）
特徴： 位置/クォリファイアー
ソース：          1..2472
/生物体="ヒトパラインフルエンザ ２型 ウイルス"
/単離体="26632/1997/Lyon"
/db_xref="分類群:11212"
/国家="フランス"
/ノート="タイプ: 2"
遺伝子            179..1834
/遺伝子="F"
CDS             179..1834 (配列番号 42の断片 179-1834 = 配列番号 43 ; 図 5を参照)
/遺伝子="F"
/コドン開始=1
/産物="融合タンパク質" (配列番号 44)
【０４１７】
/翻訳="MHHLHPMIVCIFVMYTGIVGSDAIAGDQLLNVGVIQSKIRSLMY
YTDGGASFIVVKLLPNLPPSNGTCNITSLDAYNVTLFKLLTPLIENLSKISAVTDTKP
RRERFAGVVIGLAALGVATAAQITAAVAIVKANANAAAINNLASSIQSTNKAVSDV
ITASRTIATAVQAIQDRINGAIVNGITSASCRAHDALIGSILNLYLTELTTIFHNQITNP
ALTPLSIQALRILLGSTLPIVIESKLNTKLNTAELLSSGLLTGQIISISPMYMQMLIQ
INVPTFIMQPGAKVIDLIAISANHKLQEVVVQVPNRILEYANELQNYPANDCVVTPN
SVFCRYNEGSPIPESQYQCLRGNLNSCTFTPIIGNFLKRFAFANGVLYANCKSLLCK
CADPPHVVSQDDNQGISIIDIKRCSEMMLDTFSFRITSTFNATYVTDFSMINANIVHL
SPLDLSNQINSINKSLKSAEDWIADSNFFANQARTAKTLYSLSAIALILSVITLVVVG
LLIAYIIKLVSQIHQFRALAATTMFHRENPAVFSKNNHGNIYGIS"
【０４１８】
塩基数：     829 a    546 c    388 g   709 t
オリジン：       (配列番号42)
【０４１９】
1 gaatgctcca gcatctagga atagaacaac aactaagtca taccattatt gaccatacaa
61 taatcaacaa ttttagccaa ctgattacta agatattatc ataggtccga actgatcaat
121 ctaacaaaaa aactaaacat tcaataataa atcaaagttc aggccaaatt atccagccat
181 gcatcacctg catccaatga tagtatgcat ctttgttatg tacactggaa ttgtaggttc
241 agatgccatt gctggagatc aactcctcaa tgtaggggtc attcaatcaa agataagatc
301 actcatgtac tacactgatg gtggcgctag ctttattgtt gtaaaattac taccaaatct
361 tcccccaagc aatggaacat gcaacatcac cagtctagat gcatataatg ttaccctatt
421 taagttgcta acgcccctga ttgagaacct gagcaaaatt tctgctgtta cagataccaa
481 accccgccga gaacgatttg caggagtcgt tattgggctt gctgcactag gagtagctac
541 agctgcacaa ataaccgcag ctgtagcaat agtaaaagcc aatgcaaatg ctgctgcgat
601 aaacaatctt gcatcttcaa ttcaatccac caacaaggca gtatccgatg tgataactgc
661 atcaagaaca attgcaaccg cagttcaagc aattcaggat cgcatcaatg gagccattgt
721 caacgggata acatctgcat catgccgtgc ccatgatgca ctaattgggt caatattaaa
781 tttgtatctc actgagctta ctacaatatt tcataatcaa ataacaaacc ctgcgctgac
841 accactttcc atccaagctt taagaatcct cctcggtagc accttgccaa ttgtcattga
901 atccaaactc aacacaaaac tcaacacagc agagctgctc agttccggac tgttaactgg
961 tcaaataatt tccatttccc caatgtacat gcaaatgcta attcaaatca atgttccgac
1021 atttataatg caacccggtg cgaaggtaat tgatctaatt gctatctctg caaaccataa
1081 attacaagaa gtagttgtac aagttcctaa tagaattcta gaatacgcaa atgaactaca
1141 aaactaccca gccaatgatt gtgtcgtgac accaaactct gtattttgta gatacaatga
1201 gggttccccg atccctgaat cacaatatca atgcttaagg gggaatctta attcttgcac
1261 ttttacccct attatcggga actttctcaa gcgattcgca tttgccaatg gtgtgctcta
1321 tgccaactgc aaatctttgc tatgtaagtg tgccgaccct ccccatgttg tgtctcaaga
1381 tgacaaccaa ggcatcagca taattgatat taagaggtgc tctgagatga tgcttgacac
1441 tttttcattt aggatcacat ctacattcaa tgctacatac gtgacagact tctcaatgat
1501 taatgcaaat attgtacatc taagtcctct agacttgtca aatcaaatca attcaataaa
1561 caaatctctt aaaagtgctg aggattggat tgcagatagc aacttcttcg ctaatcaagc
1621 cagaacagcc aagacacttt attcactaag tgcaatagca ttaatactat cagtgattac
1681 tttggttgtt gtgggattgc tgattgccta catcatcaag ctggtttctc aaatccatca
1741 attcagagca ctagctgcta caacaatgtt ccacagggag aatcctgccg tcttttccaa
1801 gaacaatcat ggaaacatat atgggatatc ttaagaattc tatcataagt ccatatatgt
1861 ccatgattga cctttaagag ccaacctcca atgattatcc gttaaattca gatataacaa
1921 ttcaaaaatc aatattaagc ctccagatac caatgaatat gaatatatct cttagaaaac
1981 ttgattatta tgtgataaca tagtacaatt taagaaaaaa cctaaaataa gcacgaaccc
2041 ttaaggtgtc gtaacgtctc gtgacgccgg gttcagttca aacatcgacc cctgacccaa
2101 ttcaataccc attttcataa aggaacacag tataatttaa tcataaaaga cctcaaaatc
2161 tgatacagct taatccactc aacatataat tataagacta ataataatgg aagattacag
2221 caatctatct cttaaatcaa ttcctaaaag gacatgtaga atcattttcc gaactgccac
2281 aattcttggc atatgcacat taattgtgct atgttcaagt attcttcatg agataattca
2341 tcttgatgtt tcctctggtc ttatgaattc tgatgagtca cagcaaggca ttatccagcc
2401 tatcatagaa tcattaaaat cattgattgc tttggccaac cagattctat ataatgttgc
2461 aatagtaatt cc
//
【０４２０】
B.  Greer 配列:
B.1.  研究室で使用されたGreer 系統
例において取得されたGreer 単離体 (単離体 n°27640)のF タンパク質をコードしているヌクレオチド配列  ―  シークエンシングの陽性対照  ―  配列番号 45 (1656 nt)
【０４２１】
ATG
CATCACCTGCATCCAATGATAGTATGCATCTTTGTTATGTACACTGGAATTGTAGGTTCA
GATGCCATTGCTGGAGATCAACTACTTAATATAGGGGTCATTCAATCAAAGATAAGATCA
CTCATGTACTATACTGATGGTGGTGCTAGCTTTATTGTTGTAAAATTGCTACCTAATCTT
CCCCCAAGCAATGGAACATGCAACATCACCAGTCTAGATGCATATAATGTTACCCTATTT
AAGTTACTAACACCCCTGATTGAGAACCTGAGTAAAATTTCCACTGTTACAGATACCAAA
ACCCGCCAAGAACGATTTGCAGGAGTAGTTGTTGGACTTGCTGCATTAGGAGTAGCCACA
GCCGCACAAATAACTGCAGCTGTAGCAATAGTGAAAGCTAATGCAAATGCTGCTGCGATA
AACAATCTTGCATCTTCAATTCAATCCACCAACAAGGCAGTATCCGATGTGATAGATGCA
TCAAGAACAATTGCAACCGCAGTTCAAGCAATTCAGGATCGCATCAATGGAGCTATTGTT
AATGGGATAACATCTGCATCATGCCGTGCCCATGATGCACTCATTGGGTCA
ATATTAAATCTTTATCTCACTGAGCTTACCACAATATTTCATAATCAAATAACAAACCCT
GCGCTGACACCACTCTCCATCCAAGCTTTAAGAATCCTCCTCGGTAGCACCTTGCCAATT
GTCATTGAGTCCAAACTCAACACAAACTTCAACACAGCAGAGCTGCTCAGTTCCGGACTG
TTAACTGGTCAAATAATTTCCATTTCCCCAATGTACATGCAAATGCTAATTCAAATCAAT
GTTCCGACATTTATAATGCAACCCGGTGCGAAGGTAATTGATCTAATTGCTATCTCCGCA
AACCATAAATTGCAAGAAGTGGTTGTACAAGTTCCGAATAGGATTCTAGAGTATGCAAAT
GAACTACAAAATTACCCAGCCAATGACTGTGTCGTGACACCGAACTCTGTATTTTGTAGA
TACAATGAGGGTTCCCCTATCCCTGAATCACAATATCAATGCTTGAGGGGGAATCTTAAT
TCTTGCACTTTTACCCCTATTATCGGGAACTTTCTTAAGCGATTCGCATTTGCTAATGGT
GTGCTCTATGCCAACTGCAAATCTTTGCTATGTAGGTGTGCCGACCCCCCCCATGTTGTA
TCCCAGGATGATACCCAAGGCATCAGCATAATTGATATTAAGAGATGCTCTGAGATGATG
CTTGACACTTTTTCATTTAGGATCACATCTACTTTCAATGCTACGTACGTGACAGACTTC
TCAATGATTAATGCAAATATTGTACATCTAAGTCCTCTAGATTTGTCAAATCAAATCAAT
TCAATAAACAAATCTCTTAAAAGTGCTGAGGATTGGATTGCAGATAGCAACTTCTTTGCT
AATCAAGCCAGGACAGCCAAGACACTTTATTCACTAAGTGCAATAGCATTAATACTATCA
GTGATTACTTTGGTTGTCGTGGGATTGCTGATTGCCTACATCATCAAGCTGGTTTCTCAA
ATCCATCAATTCAGATCGCTAGCTGCTACAACAATGTTCCACAGGGAAAATCCTGCCTTC
TTTTCCAAGAATAACCATGGAAACATATATGGGATATCTTAA
【０４２２】
例において取得されたGreer Labo 単離体 (n°27640)のF タンパク質に関する配列  ―  シークエンシングの陽性対照 - 配列番号 46 (551 aa)
【０４２３】
MHHLHPMIVCIFVMYTGIVGSDAIAGDQLLNIGVIQSKIRSLMYYTDGGASFIVVKLLPN
LPPSNGTCNITSLDAYNVTLFKLLTPLIENLSKISTVTDTKTRQERFAGVVVGLAALGVA
TAAQITAAVAIVKANANAAAINNLASSIQSTNKAVSDVIDASRTIATAVQAIQDRINGAI
VNGITSASCRAHDALIGSILNLYLTELTTIFHNQITNPALTPLSIQALRILLGSTLPIVI
ESKLNTNFNTAELLSSGLLTGQIISISPMYMQMLIQINVPTFIMQPGAKVIDLIAISANH
KLQEVVVQVPNRILEYANELQNYPANDCVVTPNSVFCRYNEGSPIPESQYQCLRGNLNSC
TFTPIIGNFLKRFAFANGVLYANCKSLLCRCADPPHVVSQDDTQGISIIDIKRCSEMMLD
TFSFRITSTFNATYVTDFSMINANIVHLSPLDLSNQINSINKSLKSAEDWIADSNFFANQ
ARTAKTLYSLSAIALILSVITLVVVGLLIAYIIKLVSQIHQFRSLAATTMFHRENPAFFS
KNNHGNIYGIS
【０４２４】
B.2.  Greerに関するGenbank データ:
座位：       NC_003443              15646 bp ss-RNA     リニア   VRL 30-MAR-2006
定義：  ヒト パラインフルエンザ ウイルス 2, 完全ゲノム.（配列番号47）
アクセッション：   NC_003443
バージョン：     NC_003443.1  GI:19525721
キーワード：    F 遺伝子; 融合タンパク質; ヘマグルチニンノイラミニダーゼ; HN 遺伝子; L 遺伝子; ラージプロテイン; M-遺伝子; マトリックス タンパク質; NP 遺伝子; ヌクレオカプシド タンパク質; p 遺伝子; パラインフルエンザ ウイルス; リンタンパク質.
ソース：      ヒト パラインフルエンザ ウイルス 2
生物体：  ヒト パラインフルエンザ ウイルス 2
ウイルス; ssRNA ネガテイブストランドウイルス; モノネガウイルス;
パラミクソウイルス科; パラミクソウイルス亜科; ルブラウイルス.
参照：   1  (塩基 8743から15646)
著者：   Kawano,M., Okamoto,K., Bando,H., Kondo,K., Tsurudome,M., Komada,H., Nishio,M. およびIto,Y.
表題：     L タンパク質をコード化しているヒト パラインフルエンザ ２型 ウイルス 遺伝子および遺伝子間の配列の特性分析
ジャーナル：   Nucleic Acids Res. 19 (10), 2739-2746 (1991)
PUBMED   1645865
参照：   2  (sites)
著者：   Ohgimoto,S., Bando,H., Kawano,M., Okamoto,K., Kondo,K., Tsurudome,M., Nishio,M. およびIto,Y.
表題：     ヒト パラインフルエンザ ２型 ウイルスのP 遺伝子の配列分析: P およびシステインリッチタンパク質は、二つの非鋳型のＧ残基で異なる二つのmRNAsで翻訳される
ジャーナル：   Virology 177 (1), 116-123 (1990)
PUBMED   2162103
参照：   3  (塩基 1から15646)
著者：   Kawano,M., Bando,H., Yuasa,T., Kondo,K., Tsurudome,M., Komada,H., Nishio,M. およびIto,Y.
表題：     ヒト パラインフルエンザ ２型 ウイルスのヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ (HN) 遺伝子の配列決定およびヒトに感染性の全てのパラミクソウイルスのHN タンパク質に関する系統樹の構築
ジャーナル：   Virology 174 (1), 308-313 (1990)
PUBMED   2152995
参照：   4  (塩基 1から15646)
CONSRTM   NCBI Genome Project
表題：     直接提出
ジャーナル：   Submitted (16-MAR-2002) National Center for Biotechnology Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
参照：   5  (塩基 1から15646)
著者：   Kawano,M.
表題：     直接提出
ジャーナル：   Submitted (04-MAR-1991) M. Kawano, Dept of Microbiology, Mie University School of Medicine, 2-174 Edobashi, Tsu-Shi Mie Prefecture 514, Japan
コメント：     REVIEWED REFSEQ:  この記録はNCBIのスタッフによって管理されており、参照配列はX57559から由来した.
M38200 & M37751とオーバーラップする配列.
完全性: 全長.
特徴：             位置/クォリファイアー
ソース：          1..15646
/生物体="ヒトパラインフルエンザ ウイルス 2"
/mol_type="ゲノムRNA"
/db_xref="分類群:11212"
遺伝子            71..1919
/遺伝子="NP"
/locus_tag="HPIV2gp1"
/db_xref="GeneID:935191"
mRNA            71..1919
/遺伝子="NP"
/locus_tag="HPIV2gp1"
/db_xref="GeneID:935191"
CDS             157..1785
/遺伝子="NP"
/locus_tag="HPIV2gp1"
/codon_start=1
/産物="ヌクレオカプシド タンパク質"
/protein_id="NP_598401.1"
/db_xref="GI:19525722"
/db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P21737"
/db_xref="GeneID:935191"
【０４２５】
/翻訳="MSSVLKTFERFTIQQELQEQSDDTPVPLETIKPTIRVFVINNND
PVVRSRLLFFNLRIIMSNTAREGHRAGALLSLLSLPSAAMSNHIKLAMHSPEASIDRV
EITGFENNSFRVIPDARSTMSRGEVLAFEALAEDIPDTLNHQTPFVNNDVEDDIFDET
EKFLDVCYSVLMQAWIVTCKCMTAPDQPPVSVAKMAKYQQQGRINARYVLQPEAQRLI
QNAIRKSMVVRHFMTYELQLSQSRSLLANRYYAMVGDIGKYIEHSGMGGFFLTLKYGL
GTRWPTLALAAFSGELQKLKALMLHYQSLGPMAKYMALLESPKLMDFVPSEYPLDYSY
AMGIGTVLDTNMRNYAYGRSYLNQQYFQLGVETARKQQGAVDNRTAEDLGMTAADKAD
LTATISKLSLSQLPRGRQPISDPFAGANDREMGGQANDTPVYNFNPIDTRRYDNYDSD
GEDRIDNDQDQAIRENRGEPGQPNNQTSDNQQRFNPPIPQRTSGMSSEEFQHSMNQYI
RAMHEQYRGSQDDDANDATDGNDISLELVGDFDS"
【０４２６】
遺伝子            1924..3365
/遺伝子="V"
/locus_tag="HPIV2gp2"
/db_xref="GeneID:935190"
mRNA            1924..3365
/遺伝子="V"
/locus_tag="HPIV2gp2"
/db_xref="GeneID:935190"
CDS             join(1993..2481,2480..3178)
/遺伝子="V"
/locus_tag="HPIV2gp2"
/exception="RNA エディティング"
/codon_start=1
/産物="P タンパク質"
/protein_id="NP_599019.1"
/db_xref="GI:19526784"
/db_xref="GeneID:935190"
【０４２７】
/翻訳="MAEEPTYTTEQVDELIHAGLGTVDFFLSRPIDAQSSLGKGSIPP
GVTAVLTSAAETKSKPVAAGPVKPRRKKVISNTTPYTIADNIPPEKLPINTPIPNPLL
PLARPHGKMTDIDIVTGNITEGSYKGVELAKLGKQTLLTRFTSNEPVSSAGSAQDPNF
KRGGELIEKEQEATIGENGVLHGSEIRSKSSSGVIPGVPQSRPQLASSPAHADPAPAS
AENVKEIIELLKGLDLRLQTVEGKVDKILATSATIINLKNEMTSLKASVATMEGMITT
IKIMDPSTPTNVPVEEIRKSLHNVPVVIAGPTSGGFTAEQVILISMDELARPTLSSTK
RITRKPESKKDLTGIKLTLMQLANDCISRPDTKTEFVTKIQAATTESQLNEIKRSIIR
SAI"
【０４２８】
CDS             1993..2670
/遺伝子="V"
/locus_tag="HPIV2gp2"
/codon_start=1
/産物="リンタンパク質"
/protein_id="NP_598402.1"
/db_xref="GI:19525723"
/db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P23057"
/db_xref="GeneID:935190"
【０４２９】
/翻訳="MAEEPTYTTEQVDELIHAGLGTVDFFLSRPIDAQSSLGKGSIPP
GVTAVLTSAAETKSKPVAAGPVKPRRKKVISNTTPYTIADNIPPEKLPINTPIPNPLL
PLARPHGKMTDIDIVTGNITEGSYKGVELAKLGKQTLLTRFTSNEPVSSAGSAQDPNF
KRGGANRERARGNHRREWSIAWVGDQVKVFEWCNPRCAPVTASARKFTCTCGSCPSIC
GECEGDH"
【０４３０】
遺伝子            3411..4742
/遺伝子="M"
/locus_tag="HPIV2gp3"
/db_xref="GeneID:935187"
mRNA            3411..4742
/遺伝子="M"
/locus_tag="HPIV2gp3"
/db_xref="GeneID:935187"
CDS             3479..4612
/遺伝子="M"
/locus_tag="HPIV2gp3"
/codon_start=1
/産物="マトリックスタンパク質"
/protein_id="NP_598403.1"
/db_xref="GI:19525724"
/db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P24266"
/db_xref="GeneID:935187"
【０４３１】
/翻訳="MPIISLPADPTSPSQSLTPFPIQLDTKDGKAGKLLKQIRIRYLN
EPNSRHTPITFINTYGFVYARDTSGGIHSEISSDLAAGSITACMMKLGPGPNIQNANL
VLRSLNEFYVKVKKTSSQREEAVFELVNIPTLLREHALCKRKMLVCSAEKFLKNPSKL
QAGFEYVYIPTFVSITYSPRNLNYQVARPILKFRSRFVYSIHLELILRLLCKSDSPLM
KSYNADRTGRGCLASVWIHVCNILKNKSIKQQGRESYFIAKCMSMQLQVSIADLWGPT
IIIKSLGHIPKTALPFFSKDGIACHPLQDVSPNLAKSLWSVGCEIESAKLILQESDLN
ELMGHQDLITDKIAIRSGQRTFERSKFSPFKKYASIPNLEAIN"
【０４３２】
遺伝子            4771..6630
/遺伝子="F"
/locus_tag="HPIV2gp4"
/db_xref="GeneID:935186"
mRNA            4771..6630
/遺伝子="F"
/locus_tag="HPIV2gp4"
/db_xref="GeneID:935186"
CDS             4789..6444 (配列番号 : 48)
/遺伝子="F"
/locus_tag="HPIV2gp4"
/codon_start=1
/産物="融合タンパク質"
/protein_id="NP_598404.1"
/db_xref="GI:19525725"
/db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P26629"
/db_xref="GeneID:935186"
【０４３３】
/翻訳="MHHLHPMIVCIFVMYTGIVGSDAIAGDQLLNIGVIQSKIRSLMY
YTDGGASFIVVKLLPNLPPSNGTCNITSLDAYNVTLFKLLTPLIENLSKISTVTDTKT
RQKRFAGVVVGLAALGVATAAQITAAVAIVKANANAAAINNLASSIQSTNKAVSDVID
ASRTIATAVQAIQDRINGAIVNGITSASCRAHDALIGSILNLYLTELTTIFHNQITNP
ALTPLSIQALRILLGSTLPIVIESKLNTNFNTAELLSSGLLTGQIISISPMYMQMLIQ
INVPTFIMQPGAKVIDLIAISANHKLQEVVVQVPNRILEYANELQNYPANDCVVTPNS
VFCRYNEGSPIPESQYQCLRGNLNSCTFTPIIGNFLKRFAFANGVLYANCKSLLCRCA
DPPHVVSQDDTQGISIIDIKRCSEMMLDTFSFRITSTFNATYVTDFSMINANIVHLSP
LDLSNQINSINKSLKSAEDWIADSNFFANQARTAKTLYSLSAIALILSVITLVVVGLL
IAYIIKLVSQIHQFRSLAATTMFHRENPAFFSKNNHGNIYGIS" 配列番号 : 49
【０４３４】
遺伝子            6639..8742
/遺伝子="HN"
/locus_tag="HPIV2gp5"
/db_xref="GeneID:935188"
mRNA            6639..8742
/遺伝子="HN"
/locus_tag="HPIV2gp5"
/db_xref="GeneID:935188"
CDS             6817..8532 (配列番号 : 50)
/遺伝子="HN"
/locus_tag="HPIV2gp5"
/codon_start=1
/産物="ヘマグルチニン-ノイラミニダーゼ"
/protein_id="NP_598405.1"
/db_xref="GI:19525726"
/db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P25466"
/db_xref="GeneID:935188"
【０４３５】
/翻訳="MEDYSNLSLKSIPKRTCRIIFRTATILGICTLIVLCSSILHEII
HLDVSSGLMDSDDSQQGIIQPIIESLKSLIALANQILYNVAIIIPLKIDSIETVIFSA
LKDMHTGSMSNTNCTPGNLLLHDAAYINGINKFLVLKSYNGTPKYGPLLNIPSFIPSA
TSPNGCTRIPSFSLIKTHWCYTHNVMLGDCLDFTTSNQYLAMGIIQQSAAAFPIFRTM
KTIYLSDGINRKSCSVTAIPGGCVLYCYVATRSEKEDYATTDLAELRLAFYYYNDTFI
ERVISLPNTTGQWATINPAVGSGIYHLGFILFPVYGGLISGTPSYNKQSSRYFIPKHP
NITCAGNSSEQAAAARSSYVIRYHSNRLIQSAVLICPLSDMHTARCNLVMFNNSQVMM
GAEGRLYVIDNNLYYYQRSSSWWSASLFYRINTDFSKGIPPIIEAQWVPSYQVPRPGV
MPCNATSFCPANCITGVYADVWPLNDPEPTSQNALNPNYRFAGAFLRNESNRTNPTFY
TASASALLNTTGFNNTNHKAAYTSSTCFKNTGTQKIYCLIIIEMGSSLLGEFQIIPFL
RELIP" 配列番号 : 51
【０４３６】
遺伝子            8785..15625
/遺伝子="L"
/locus_tag="HPIV2gp6"
/db_xref="GeneID:935189"
mRNA            8785..15625
/遺伝子="L"
/locus_tag="HPIV2gp6"
/db_xref="GeneID:935189"
CDS             8793..15581
/遺伝子="L"
/locus_tag="HPIV2gp6"
/codon_start=1
/産物="ラージプロテイン"
/protein_id="NP_598406.1"
/db_xref="GI:19525727"
/db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P26676"
/db_xref="GeneID:935189"
【０４３７】
/翻訳="MAASSEILLPEVHLNSPIVKHKLIYYLLLGHFPHDLDISEISPL
HNNDWDQIAREESNLAERLGVAKSELIKRVPAFRATRWRSHAAVLIWPSCIPFLVKFL
PHSKLQPVEQWYKLINASCNTISDSIDRCMENISIKLTGKNNLFSRSRGTAGAGKNSK
ITLNDIQSIWESNKWQPNVSLWLTIKYQMRQLIMHQSSRQPTDLVHIVDTRSGLIVIT
PELVICFDRLNSVLMYFTFEMTLMVSDMFEGRMNVTALCTISHYLSPLGPRIDRLFSI
VDELAQLLGDTVYKVIASLESLVYGCLQLKDPVVELAGSFHSFITQEIIDILIGSKAL
DKDESITVTTQLLDIFSNLSPDLIAEMLCLMRLWGHPTLTAAQVGKVRESMCAGKLLD
FPTIMKTLAFFHTILINGYRRKKNGMWPPLILPKNASKSLIEFQHDNAEISYEYTLKH
WKEISLIEFRKCFDFDPGEELSIFMKDKAISAPRSDWMSVFRRSLIKQRHQRHHIPMP
NPFNRRLLLNFLEDDSFDPVAELRYVTGGEYLQDDTFCASYSLKEKEIKPDGRIFAKL
TNRMRSCQVIAEAILANHAGTLMKENGVVLNQLSLTKSLLTMSQIGIISEKAKRYTRD
NISSQGFHTIKTDSKNKRKSKTASSYLTDPDDTFELSACFITTDLAKYCLQWRYQTII
HFARTLNRMYGVPHLFEWIHLRLIRSTLYVGDPFNPPAATDAFDLDKVLNGDIFIVSK
GGIEGLCQKMWTMISISVIILSSAESKTRVMSMVQGDNQAIAVTTRVPRSLPSIQKKE
LAYAASKLFFERLRANNYGLGHQLKAQETIISSTFFIYSKRVFYQGRILTQALKNASK
LCLTADVLGECTQASCSNSATTIMRLTENGVEKDTCYKLNIYQSIRQLTYDLIFPQYS
IPGETISEIFLQHPRLISRIVLLPSQLGGLNYLACSRLFNRNIGDPLGTAVADLKRLI
KCGALESWILYNLLARKPGKGSWATLAADPYSLNQEYLYPPTTILKRHTQNTLMEICR
NPMLKGVFTDNAKEEENLLAKFLLDRDIVLPRVAHIIIDQSSIGRKKQIQGFFDTTRT
IMRRSFEIKPLSTKKTLSVIEYNTNYLSYNYPVILNPLPIPGYLNYITDQTCSIDISR
SLRKLSWSSLLNGRTLEGLETPDPIEVVNGFLIVGTGDCDFCMQGDDKFTWFFLPMGI
IIDGNPETNPPIRVPYIGSRTEERRVASMAYIKGATHSLKAALRGAGVYIWAFGDTVV
NWNDALDIANTRVKISLEQLQTLTPLPTSANITHRLDDGATTLKFTPASSYAFSSYTH
ISNDQQYLEIDQRVVDSNIIYQQLMITGLGIIETYHNPPIRTSTQEITLHLHTSSSCC
VRSVDGCLICESNGEVPQITVPYTNTFVYDPDPLADYEIAHLDYLSYQAKIGSTDYYS
LTDKIDLLAHLTAKQMINSIIGLDETVSIVNDAVILSDYTNNWISECSYTKIDLVFKL
MAWNFLLELAFQMYYLRISSWTNIFDYTYMTLRRIPGTALNNIAATISHPKLLRRAMN
LDIITPIHAPYLASLDYVKLSIDAIQWGVKQVLADLSNGIDLEILILSEDSMEISDRA
MNLIARKLTLLALVKGENYTFPKIKGMPPEEKCLVLTEYLAMCYQNTHHLDPDLQKYL
YNLTNPKLTAFPSNNFYLTRKILNQIRESDEGQYIITSYYESFEQLETDIILHSTLTA
PYDNSENSNKVRFIPFDIFPHPESLEKYPLPVDHDSQSAISTLIPGPPSHHVLRPLGV
SSTAWYKGISYCRYLETQKIQTGDHLYLAEGSGASMSLLELLFPGDTVYYNSLFSSGE
NPPQRNYAPLPTQFVQSVPYKLWQADLADDSNLIKDFVPLWNGNGAVTDLSTKDAVAF
IIHKVGAEKASLVHIDLESTANINQQTLSRSQIHSLIIATTVLKRGGILIYKTSWLPF
SRFSQLAGLLWCFFDRIHLIRSSYSDPHSHEVYLVCRLAADFRTIGFSAALVTATTLH
NDGFTTIHPDVVCSYWQHHLENVGRVGKVIDEILDGLATNFFAGDNGLILRCGGTPSS
RKWLEIDQLASFDLVQDALVTLITIHLKEIIEVQSSHTEDYTSLLFTPYNIGAAGKVR
TIIKLILERSLMYTVRNWLVLPSSIRDSVRQDLELGSFRLMSILSEQTFLKKTPTKKY
LLDQLTRTYISTFFNSHSVLPLHRPYQKQIWKALGSVIYCSETVDIPLIKDIQIEDIN
DFEDIERGIDGEEL"
【０４３８】
オリジン：
1 accaagggga gaatcagatg gcatcgttat atgacgaatt gcaaaaagat tacgtaggtc
61 cggaaccact agattcggtg ccggtaacga ttccagtttt atactatctg atcattctct
121 atctctatta aggatatttc tagtctaaag ttcaaaatgt caagtgtttt aaagacattt
181 gaaagattta ctatacaaca ggagcttcag gagcaatctg atgacactcc agtacctctt
241 gagacaatca aacctacaat cagggtattt gtcatcaata ataatgatcc tgtcgtaaga
301 tctagacttt tattctttaa tctacgaatc attatgagta acactgcaag agagggacat
361 agagctggtg ctctcctcag tcttttatca ctaccttctg cagctatgag taatcacatc
421 aaattagcca tgcattcacc agaagccagc atagatagag tagagataac agggtttgag
481 aataattcat tccgagtcat tccagatgct cgatcaacta tgtccagagg agaggtgctg
541 gcttttgaag cattagctga ggacattcct gataccctta atcaccaaac tccatttgta
601 aataatgatg tagaagatga catatttgat gaaacagaga aattcttaga tgtttgctac
661 agtgtgctta tgcaggcatg gatagtaaca tgcaagtgta tgactgctcc tgatcaacca
721 ccagtatcag tagcaaagat ggctaaatat caacaacaag ggagaatcaa tgctaggtat
781 gtactacaac ctgaagcaca aagactaatt cagaatgcca tccgcaagtc aatggtagta
841 aggcatttca tgacttatga gcttcaactt tcacaatcaa gatctttgct agcaaaccgc
901 tactatgcta tggtgggaga cattggcaag tacattgaac acagcggaat gggaggattt
961 ttcttaacac ttaaatatgg acttggaaca agatggccta cattggctct tgcagcattt
1021 tctggggaac tccagaaatt aaaagctctc atgctacatt atcagagtct aggacccatg
1081 gccaagtaca tggctctatt agaatcacca aaactgatgg attttgtccc atctgaatat
1141 ccattagatt atagctatgc aatgggtatt ggaactgtcc ttgatacaaa tatgagaaat
1201 tatgcatacg gtagatcata tttaaatcag caatattttc agctaggagt agaaacagca
1261 aggaaacagc agggagctgt tgacaacagg acagcagagg acctcggcat gactgctgca
1321 gacaaagcag acctcactgc aaccatatca aagctatcct tgtcccaatt acctaggggt
1381 agacaaccaa tatctgaccc atttgctgga gcaaatgaca gagaaatggg aggacaagca
1441 aatgatacac ctgtgtataa cttcaatcca atcgatactc ggaggtatga caactatgac
1501 agtgatggtg aggacagaat tgacaacgat caagatcaag ctatcagaga gaatagagga
1561 gagcctggac aaccaaacaa ccagacaagt gacaaccagc agagattcaa cccccccata
1621 ccgcaaagaa catcaggtat gagcagtgaa gagttccaac attcaatgaa tcagtacatc
1681 cgtgctatgc atgagcaata cagaggctcc caggatgatg atgccaatga tgccacagat
1741 gggaatgaca tttctcttga gctagttgga gattttgatt cctaactctc aatgtcatac
1801 aaccagatat acacatccac atcactcaga gatacagctg ccactcacac actcatccag
1861 acaaatcaaa ctagactcac atcattcgga aacaattctc tcataattta aagaaaaaat
1921 cataggccgg acgggttaga aatccggtgc ttgttcgtga tcagataacc tccacaccag
1981 aatcatacaa tcatggccga ggaaccaaca tacaccactg agcaagttga tgaattaatc
2041 catgctggac tgggaacagt agatttcttc ctatctagac ccatagatgc tcagtcttct
2101 ttaggcaaag gcagcatccc accaggtgtc acagctgttc taactagtgc agcggagaca
2161 aaatccaaac cagttgctgc tggtccagtt aaacccaggc ggaagaaagt gatcagcaat
2221 actactccat acactattgc agacaatatt ccacctgaga agctaccgat caacactcca
2281 atacccaatc cattacttcc actggcacgc cctcacggaa agatgacaga cattgacatt
2341 gtcactggga acattacaga aggatcgtac aaaggtgtgg agcttgctaa attagggaag
2401 cagacactac tcacaaggtt cacctcgaat gagccagtct cctcagctgg atccgcccaa
2461 gaccccaact ttaagagggg gggagctaat agagaaagag caagaggcaa ccataggaga
2521 gaatggagta ttgcatgggt cggagatcag gtcaaagtct tcgagtggtg taatcccagg
2581 tgtgccccag tcacggcctc agctcgcaag ttcacctgca catgcggatc ctgccccagc
2641 atctgcggag aatgtgaagg agatcattga gctcttaaag ggacttgatc ttcgccttca
2701 gactgtagaa gggaaagtag ataaaattct tgcaacttct gcaactataa tcaatcttaa
2761 aaatgaaatg actagtctca aggcgagtgt tgcaactatg gaaggtatga taacaacaat
2821 taaaatcatg gatcccagta caccaactaa tgtccctgta gaggagatca gaaagagttt
2881 acacaatgtt ccagtagtaa ttgccggtcc aactagtgga ggcttcacag ccgaacaggt
2941 gatattgatt tcaatggatg aactagctag acctacactc tcatcaacaa aaaggatcac
3001 acgaaagcct gaatccaaga aagatttaac aggcataaaa ctaactttga tgcagcttgc
3061 aaatgactgc atctcgcgtc cagataccaa gactgagttc gtgactaaga ttcaggcagc
3121 aaccacagaa tcacagctta acgaaattaa acggtcaata atacgctctg caatataaaa
3181 tgaggtgcag tcacacaaga gacactcaac atgcatccaa tcaagatcca gactccatcc
3241 atccaaaaac acgcccacaa ttgtcaacac caagaaacaa ccacagccga accatgctca
3301 accaaaagac ccaaacaaca cctcacatca atagaaggct ggacatgata aatttaataa
3361 aaaaagaaaa gaagttaagt aaaatttaaa ggacacaata gagaaaatct aggtccgaaa
3421 gcttgcctct cagacagatc ccaaaatcat agtccaaacc ccaaacacag cagcagacat
3481 gcctataata tcattaccag cagatccaac ttcacccagt caatccctta ctccgtttcc
3541 aatacaactt gacaccaaag atggcaaggc agggaaactc cttaaacaga ttcgaattag
3601 gtatctaaat gagcctaatt ctcgccatac accaataact ttcatcaata cgtatggatt
3661 tgtttatgct cgagacactt cagggggcat tcacagtgag atcagcagtg acctagctgc
3721 agggtccata acagcatgca tgatgaagct aggacctggt ccaaatattc agaatgcaaa
3781 tctagtgcta agatctctga atgaattcta cgtaaaagtc aagaagacat caagccagag
3841 agaggaagca gtgtttgaat tagttaacat tccaacttta ttgagagaac atgctctttg
3901 caaacgcaaa atgttagtat gctctgcaga aaaattcctc aagaacccgt caaagctaca
3961 agctggattt gagtatgtat acataccaac ttttgtctcc attacatact caccacgaaa
4021 tctgaattac caagtggcca gacctatcct taagttcaga tcacgctttg tgtatagcat
4081 tcatttggaa ttaatcctga gattgctatg caaatctgac tcccccttga tgaaatccta
4141 caatgcagac agaacaggtc ggggatgcct cgcatcagtc tggatccatg tatgtaacat
4201 tctgaaaaac aaaagcatca agcaacaagg cagagaatca tatttcatag ctaagtgcat
4261 gagcatgcag ctgcaggtgt ccattgcaga tctttgggga ccaacaatca taatcaaatc
4321 attgggtcac atccccaaga ctgcacttcc ttttttcagc aaagatggga ttgcctgtca
4381 tccattacaa gatgtttccc ctaatctagc aaaatcactg tggtcagttg gatgtgagat
4441 agaatctgcc aagttgatac ttcaagaatc tgatcttaat gagctaatgg gccaccagga
4501 ccttatcact gataagattg ccattagatc aggtcaacgg acatttgaga ggtccaaatt
4561 cagcccattc aaaaaatatg catcaattcc aaacttggaa gccatcaact gaatgctcca
4621 gcatctgaga atagaaccac aatcaagtca tactactagt cactatacaa taatcaacaa
4681 ttttagtcaa ctgattacca agatgttatc ataggtccga actgatcaat ctaacaaaaa
4741 aactaaacgt tccacaataa atcaacgttc aggccaaaat attcagccat gcatcacctg
4801 catccaatga tagtatgcat ctttgttatg tacactggaa ttgtaggttc agatgccatt
4861 gctggagatc aactacttaa tataggggtc attcaatcaa agataagatc actcatgtac
4921 tatactgatg gtggtgctag ctttattgtt gtaaaattgc tacctaatct tcccccaagc
4981 aatggaacat gcaacatcac cagtctagat gcatataatg ttaccctatt taagttacta
5041 acacccctga ttgagaacct gagtaaaatt tccactgtta cagataccaa aacccgccaa
5101 aaacgatttg caggagtagt tgttggactt gctgcattag gagtagccac agccgcacaa
5161 ataactgcag ctgtagcaat agtgaaagct aatgcaaatg ctgctgcgat aaacaatctt
5221 gcatcttcaa ttcaatccac caacaaggca gtatccgatg tgatagatgc atcaagaaca
5281 attgcaaccg cagttcaagc aattcaggat cgcatcaatg gagctattgt taatgggata
5341 acatctgcat catgccgtgc ccatgatgca ctcattgggt caatattaaa tctttatctc
5401 actgagctta ccacaatatt tcataatcaa ataacaaacc ctgcgctgac accactctcc
5461 atccaagctt taagaatcct cctcggtagc accttgccaa ttgtcattga gtccaaactc
5521 aacacaaact tcaacacagc agagctgctc agttccggac tgttaactgg tcaaataatt
5581 tccatttccc caatgtacat gcaaatgcta attcaaatca atgttccgac atttataatg
5641 caacccggtg cgaaggtaat tgatctaatt gctatctccg caaaccataa attgcaagaa
5701 gtggttgtac aagttccgaa taggattcta gagtatgcaa atgaactaca aaattaccca
5761 gccaatgact gtgtcgtgac accgaactct gtattttgta gatacaatga gggttcccct
5821 atccctgaat cacaatatca atgcttgagg gggaatctta attcttgcac ttttacccct
5881 attatcggga actttcttaa gcgattcgca tttgctaatg gtgtgctcta tgccaactgc
5941 aaatctttgc tatgtaggtg tgccgacccc ccccatgttg tatcccagga tgatacccaa
6001 ggcatcagca taattgatat taagagatgc tctgagatga tgcttgacac tttttcattt
6061 aggatcacat ctactttcaa tgctacgtac gtgacagact tctcaatgat taatgcaaat
6121 attgtacatc taagtcctct agatttgtca aatcaaatca attcaataaa caaatctctt
6181 aaaagtgctg aggattggat tgcagatagc aacttctttg ctaatcaagc caggacagcc
6241 aagacacttt attcactaag tgcaatagca ttaatactat cagtgattac tttggttgtc
6301 gtgggattgc tgattgccta catcatcaag ctggtttctc aaatccatca attcagatcg
6361 ctagctgcta caacaatgtt ccacagggaa aatcctgcct tcttttccaa gaataaccat
6421 ggaaacatat atgggatatc ttaagaaatc tatcacaagt ctatatatgt ccacaattga
6481 cccttaagaa ccaacttcca acgattatcc gttaaattta agtataatag tttaaaaatt
6541 aacattaagc ctccagatac caatgaatat gaatatatct cttagaaaac ctgattatta
6601 tgtgatagcg tagtacaatt taagaaaaaa cctaaaataa gcacgaaccc ttaaggtgtc
6661 gtaacgtctc gtgacaccgg gttcagttca aatatcgacc tctaacccaa tttaacaccc
6721 attcttatat aagaacacag tataatttaa tcacaaaaga cctcaaaaac tgacacagct
6781 tgatccactc aacatataat tgtaagatta ataataatgg aagattacag caatctatct
6841 cttaaatcaa ttcctaaaag gacatgtaga atcattttcc gaactgccac aattcttgga
6901 atatgcacat tgattgttct atgttcaagt attcttcatg agataattca tcttgatgtt
6961 tcctctggtc tcatggattc cgatgattca cagcaaggca ttattcagcc tattatagaa
7021 tcattaaaat cattaattgc tttggctaac cagattctgt acaatgttgc aataataatt
7081 cctcttaaaa ttgacagtat cgagactgta atattctctg ctttaaagga tatgcatact
7141 gggagcatgt ccaacaccaa ctgtacaccc ggaaatctgc ttctgcatga tgcagcgtac
7201 atcaatggaa taaacaaatt ccttgtactt aaatcataca atgggacgcc taaatatgga
7261 cctctcctaa atattcccag ctttatcccc tcagcaacat ctcccaacgg gtgcactaga
7321 ataccatcat tttcactcat taagacccat tggtgttaca ctcacaatgt aatgcttgga
7381 gattgcctcg atttcacgac atctaatcag tatttagcaa tggggataat acaacaatct
7441 gctgcagcat ttccaatctt caggactatg aaaaccattt acctaagtga tggaatcaat
7501 cgcaaaagct gttcagtcac tgctatacca ggaggttgtg tcttgtattg ctatgtagct
7561 acaagatctg agaaagaaga ttatgccaca actgatctag ctgaactgag acttgctttc
7621 tattattata atgatacctt tattgaaaga gtcatatctc ttccaaatac aacagggcaa
7681 tgggccacaa tcaatcctgc agttggaagc gggatctatc atctaggctt tatcttattt
7741 cctgtatatg gtggtctcat aagtgggact ccttcctaca acaagcagtc ctcacgctat
7801 tttatcccaa aacatcccaa cataacctgt gccggtaact ccagcgaaca ggctgcagca
7861 gcacggagtt cctatgtaat ccgttatcac tcaaacaggt tgattcagag tgctgttctt
7921 atttgcccat tgtctgacat gcacacagca aggtgtaatc tagttatgtt taacaattct
7981 caagtcatga tgggtgcaga aggtaggctc tatgttattg acaataattt gtattattat
8041 caacgtagtt cctcttggtg gtctgcatcg cttttttaca ggatcaatac agatttttct
8101 aaaggaattc ctcctatcat tgaggctcaa tgggtaccgt cctatcaagt tccccgtcct
8161 ggagtcatgc catgcaatgc aacaagtttt tgccctgcta attgcatcac aggggtgtac
8221 gcagatgtgt ggccgcttaa cgatccagaa cccacatcac aaaatgctct gaatcccaac
8281 tatcgatttg ctggagcctt tctcagaaat gagtccaacc gaaccaatcc cacattctac
8341 actgcatcag ccagcgccct actaaatact accggattca acaacaccaa tcacaaagca
8401 gcatatacgt cttcaacctg ctttaagaat actggaactc aaaagattta ttgtttgata
8461 ataattgaaa tgggctcatc tcttttaggg gagttccaaa taataccatt tctaagggaa
8521 ctaatacctt aatactattg aatgaagact ccagattcaa taataattga aaggctctct
8581 atcttatgca atagttatac gttttggctg tattagaatg ttatagattc tgctgttttt
8641 cccatatgaa gcaatccttc aacaccgact taggttcaat tttctcatca tttactgttg
8701 taattcaatc ttactaaagt tattccgata tttaagaaaa aataaccttt atataatgta
8761 acaatactat taagattatg atataggcca gaatggcggc ctcttctgag atactccttc
8821 ctgaagtcca cttgaactca ccaatagtca aacacaaact catatactac ttattactag
8881 ggcacttccc gcatgatctt gacatttctg aaataagccc ccttcacaat aatgattggg
8941 atcaaattgc cagagaagaa tccaatcttg ctgaacgact tggagtagct aaatctgaat
9001 taattaaacg tgtgcccgca tttagagcaa ctagatggcg tagtcatgca gccgtcctta
9061 tatggccttc ttgtatacca tttcttgtta aattcctacc tcattctaag cttcaaccag
9121 tagaacaatg gtacaagttg atcaatgctt catgtaatac tatatctgac tcaattgata
9181 gatgtatgga gaatatttct attaagctta ctgggaaaaa caatctattc tctcgatcca
9241 gaggaactgc aggtgcaggt aaaaacagta aaatcaccct caatgatatc caatctattt
9301 gggaatcaaa caagtggcaa cctaatgtat ctttatggct tacaattaaa taccaaatgc
9361 gacaacttat aatgcatcaa agttctcgtc agccgactga tttagttcac attgttgaca
9421 cacgatctgg tctaatagtt atcacccctg aacttgttat ttgttttgat cggttaaata
9481 gtgttttaat gtattttaca tttgagatga ctttaatggt aagtgacatg tttgagggaa
9541 ggatgaatgt caccgctctc tgcactatta gtcattactt atctccacta gggccaagga
9601 tagatagatt gttttccatt gtagatgaat tagcacaact attaggtgac actgtatata
9661 aagttattgc atctcttgaa tctttagtat atgggtgtct acaacttaaa gatccagtag
9721 tggaattagc agggtcattt cattccttta ttacacaaga gattatagat atcctaattg
9781 gttcaaaagc ccttgataag gatgaatcaa taactgttac tacacaattg ttagatatat
9841 tttccaacct ttctccagat ttaattgctg agatgttgtg tctcatgaga ctttggggtc
9901 atcccactct tactgctgcg caagtgggta aagtgagaga atctatgtgt gcaggtaagt
9961 tacttgattt ccctacaata atgaaaactc ttgctttttt ccacacaatt ttaattaatg
10021 gttaccgtag aaagaaaaat ggaatgtggc ctccacttat acttcctaaa aatgcatcaa
10081 aaagcttaat agaatttcaa catgataatg ctgaaatatc ttacgaatat acactcaagc
10141 attggaaaga gatatctctc atagaattta gaaagtgctt tgactttgat cctggtgagg
10201 agctaagcat ttttatgaaa gacaaggcaa taagtgctcc aagaagtgat tggatgagtg
10261 tatttcgtag aagtctaata aaacaacgac atcagagaca tcatattcct atgcccaatc
10321 catttaatag acgtctatta ctcaatttct tagaagatga cagttttgat ccagttgccg
10381 agcttcgata tgttaccggt ggtgaatatc tccaagatga cacattttgt gcatcttact
10441 cattaaaaga gaaagaaata aaaccagatg gaaggatatt tgctaagctt actaatagaa
10501 tgcggtcctg tcaagtaatt gcggaagcaa ttctcgcaaa tcatgcaggt actctaatga
10561 aggaaaacgg agttgtcttg aatcaattat cactgactaa atcattgctt actatgagtc
10621 aaattggcat aatatcagaa aaggcgaaga gatatacgcg agataacatc tcatcccaag
10681 gtttccatac aatcaagact gattctaaaa ataagaggaa aagcaaaact gcatcatcat
10741 acctcacaga tcctgatgat acatttgaac ttagtgcatg ttttataact actgatcttg
10801 ctaaatactg tcttcaatgg agatatcaga ccataatcca ttttgctcga acattaaaca
10861 gaatgtatgg agttccacat ttatttgaat ggattcatct tcgtttaatt agatctacat
10921 tatatgttgg tgatccattc aatcctcctg ccgcaactga tgctttcgat ctagataaag
10981 tattaaatgg tgatatcttt atagtctcca agggaggtat tgaaggccta tgtcagaaaa
11041 tgtggacaat gatctctatt tctgtgatca tcctctcttc agccgaatcc aaaacaagag
11101 taatgagcat ggttcaagga gataatcagg cgattgcagt tacaacaaga gttcctagat
11161 cattacctag tattcagaaa aaggagttag cctatgcagc aagcaagtta ttttttgaaa
11221 gacttagggc aaataattat gggttgggtc atcagctaaa ggctcaagaa actataataa
11281 gttccacgtt cttcatatat agtaaacggg tattttatca aggacgtata ctaacacagg
11341 cactcaaaaa tgctagcaag ttatgtctta ctgcagatgt attaggtgaa tgtactcaag
11401 cttcctgttc aaattctgct actaccatca tgagattaac agaaaatggg gttgagaaag
11461 atacatgtta taagcttaat atttatcagt ccattcgtca actcacatat gatctaatat
11521 ttccccaata ctccatacca ggtgaaacta taagtgagat tttcctacag catccaagac
11581 taatctcacg tattgttctg ctcccttcac agctaggtgg tcttaattac ctcgcatgta
11641 gcagattatt taaccgcaat atcggagatc ctcttggtac agctgtggca gatctcaaga
11701 ggttaattaa atgtggtgct cttgaatcat ggatactgta taatttacta gcaagaaaac
11761 cagggaaagg ttcatgggca actttagcag ccgatccata ctcattgaat caagaatatc
11821 tttatcctcc tactactata cttaaaagac atactcaaaa tactttaatg gagatatgtc
11881 ggaatcctat gttaaaggga gtttttacag ataatgcaaa agaggaggaa aatctccttg
11941 caaaatttct tcttgatcgt gatatagtat tgccaagagt tgcacacatt ataatagatc
12001 aatctagcat cggaaggaag aaacagatac aaggattttt tgacaccaca aggaccataa
12061 tgagacgatc atttgaaatc aaaccactct caactaagaa gactctttca gtcatagaat
12121 ataatactaa ttacttatct tataactacc ctgtcatact taatccttta cctattcctg
12181 gatatttaaa ttatattact gaccaaactt gcagtattga tatatctaga agtttaagaa
12241 aattatcatg gtcttcttta ttgaatggaa gaactttaga aggattagaa actccagatc
12301 caattgaagt tgtcaatggt ttcttgattg taggtacagg agattgtgat ttttgtatgc
12361 agggtgacga caaatttact tggttctttt tacctatggg gataattatt gatggaaatc
12421 ctgaaactaa tccacccatc agagttccat acattgggtc tagaacagag gaaagaagag
12481 ttgcatcaat ggcatatatt aaaggtgcca cacacagttt gaaggctgct cttagaggcg
12541 caggggtata tatttgggca ttcggggata ctgtagtgaa ctggaatgat gcacttgata
12601 tcgcaaatac tagggttaag atatccctag agcaacttca gacccttaca cctcttccta
12661 catctgcaaa cattacacac cgtttagatg atggagccac aacacttaaa ttcactccag
12721 ctagttccta tgcattttct agttatactc atatatcaaa tgatcaacaa tatttagaaa
12781 tagatcagag agtagtcgat tctaatatta tttatcaaca attaatgata acaggacttg
12841 ggattattga gacctaccat aacccaccta taaggacttc tacacaagaa atcactctcc
12901 atttgcacac tagctcatct tgttgtgtta gaagtgtaga tggttgcctt atatgtgaga
12961 gcaatggaga ggttcctcag atcactgttc cctatactaa tacatttgta tatgatcctg
13021 atccactagc agattatgag attgcacacc tagattatct ctcctaccaa gctaaaattg
13081 gaagtacaga ttactactca ctcactgata aaattgacct attagcacat ttaactgcaa
13141 aacaaatgat aaactcaata attgggttag atgaaacagt atcaattgtc aatgatgcgg
13201 ttatcctatc tgactatact aataactgga ttagtgaatg ttcttatact aagatagatt
13261 tagtttttaa attaatggca tggaatttcc ttcttgagct tgcattccag atgtactact
13321 taaggatatc atcttggaca aatatatttg actatactta tatgactttg cgcaggatac
13381 ccggaactgc tctaaataat attgcagcta ctattagcca tccaaaatta ttaagacgtg
13441 caatgaatct tgatattatc actcctatac atgcaccgta tttagcttca ttagattatg
13501 tcaaattaag tattgatgca attcagtggg gagttaaaca agttcttgct gatttatcaa
13561 atggaattga tcttgaaatc ttgattcttt cagaggattc aatggaaatt agtgataggg
13621 caatgaatct cattgctaga aaactaactc tccttgcact tgttaaaggt gagaactata
13681 cttttccaaa aattaaaggg atgccaccag aagaaaagtg tttagtctta actgaatatc
13741 tagcaatgtg ttatcaaaat actcatcact tagatccaga tcttcaaaag tatttatata
13801 atctaactaa tccaaaattg actgcatttc ccagtaacaa cttctactta actagaaaaa
13861 tccttaatca aattagagaa tcagacgaag gacaatatat tatcacctca tattatgaat
13921 ccttcgaaca attagaaaca gatataattc ttcactctac tttaactgct ccttatgata
13981 attcagaaaa ctctaacaaa gttcgattta tccctttcga catctttcca catccagaat
14041 ctctcgagaa atatcctctt ccagttgatc atgactctca atctgcaatt tcaacactaa
14101 ttccaggccc tccttctcat catgtattac gaccactagg agtgtcatcc acagcttggt
14161 ataaagggat aagttattgt agatacctag aaacacaaaa gatacagact ggtgatcatc
14221 tttatttagc cgaaggaagc ggtgcttcaa tgtcacttct agaactctta tttccaggag
14281 atactgtcta ttataatagt ctttttagta gtggagagaa tcctccacag agaaactatg
14341 cccctcttcc aactcaattt gtacagagtg ttccatataa attgtggcaa gctgatcttg
14401 ctgatgatag caatttgata aaagattttg tcccattatg gaatggaaac ggtgcagtta
14461 cagacttatc aacaaaggat gcagttgcat tcataataca taaagtagga gcagagaaag
14521 catcccttgt ccatatagat ctcgaatcaa ctgctaatat aaatcagcaa actctgtcca
14581 gatcccagat tcattcatta attatagcaa ctactgttct taagaggggt gggatattaa
14641 tttataaaac atcatggctt ccgttttcta ggtttagtca actagcaggt ctactttggt
14701 gcttctttga ccggatccat ctaatacgta gtagctattc tgatcctcac agtcatgagg
14761 tttatcttgt atgtagactt gccgcagatt ttagaactat cggtttcagt gcagctctag
14821 taactgctac tactcttcac aatgacggat tcacaacaat acatcctgat gttgtttgta
14881 gttattggca acaccatctt gaaaatgttg ggagagtcgg aaaagtaatt gatgagatac
14941 ttgatggttt agccaccaac ttcttcgcag gagataatgg gcttattcta agatgtggag
15001 gaactccaag ctccagaaaa tggttagaga ttgaccagtt agcatcattt gatttggttc
15061 aagatgctct ggttacactt atcactatac acctaaagga aattatagaa gtgcagtcat
15121 cacatacaga ggattataca tctctcctct tcacacctta taatattggt gcagcaggga
15181 aagtcagaac tatcatcaaa ttaattctag aacgatcttt aatgtataca gtccgaaatt
15241 ggttagtttt acccagttcc atccgggatt ctgtacgaca agatttagaa ttagggtcat
15301 ttagattaat gtctatttta agtgaacaga catttcttaa aaagacaccc acaaaaaaat
15361 acttacttga tcagcttaca aggacatata tatcaacctt ctttaactct cactcagtcc
15421 ttcccctcca ccgtccatat caaaaacaaa tatggaaagc cttaggtagt gtaatatatt
15481 gttcggagac agttgatata cctctaatta aagacattca gatagaagat attaatgatt
15541 ttgaagatat cgagaggggt atcgatggcg aagaattatg acaacaatga ttataagaac
15601 tcatgatagt tttatttaag aaaaacatat tgattttccc cttggt 
//配列番号47
【０４３９】
B.3.  Greer 配列:
Genbank データ NC_003443から取得した、Greer 単離体のF タンパク質をコードしているヌクレオチド配列  ―  配列番号 48 (1656 nt)
配列番号 47の断片 4789-6444
Genbank データ NC_003443から取得した、Greer 単離体のF タンパク質の配列  ―  配列番号 49 (551 aa)
【０４４０】
MHHLHPMIVCIFVMYTGIVGSDAIAGDQLLNIGVIQSKIRSLMYYTDGGASFIVVKLLPNLPPSNGTCNITSLDAYNVTLFKLLTPLIENLSKISTVTDTKTRQKRFAGVVVGLAALGVATAAQITAAVAIVKANANAAAINNLASSIQSTNKAVSDVIDASRTIATAVQAIQDRINGAIVNGITSASCRAHDALIGSILNLYLTELTTIFHNQITNPALTPLSIQALRILLGSTLPIVIESKLNTNFNTAELLSSGLLTGQIISISPMYMQMLIQINVPTFIMQPGAKVIDLIAISANHKLQEVVVQVPNRILEYANELQNYPANDCVVTPNSVFCRYNEGSPIPESQYQCLRGNLNSCTFTPIIGNFLKRFAFANGVLYANCKSLLCRCADPPHVVSQDDTQGISIIDIKRCSEMMLDTFSFRITSTFNATYVTDFSMINANIVHLSPLDLSNQINSINKSLKSAEDWIADSNFFANQARTAKTLYSLSAIALILSVITLVVVGLLIAYIIKLVSQIHQFRSLAATTMFHRENPAFFSKNNHGNIYGIS
【０４４１】
Genbank データ NC_003443から取得した、Greer 単離体のHN タンパク質をコードしているヌクレオチド配列  ―  配列番号 50 (1716 nt)
配列番号 47の断片 6817-8532
Genbank データ NC_003443から取得した、Greer 単離体のHN タンパク質の配列  ―  配列番号 51 (571 aa)
【０４４２】
MEDYSNLSLKSIPKRTCRIIFRTATILGICTLIVLCSSILHEIIHLDVSSGLMDSDDSQQGIIQPIIESLKSLIALANQILYNVAIIIPLKIDSIETVIFSALKDMHTGSMSNTNCTPGNLLLHDAAYINGINKFLVLKSYNGTPKYGPLLNIPSFIPSATSPNGCTRIPSFSLIKTHWCYTHNVMLGDCLDFTTSNQYLAMGIIQQSAAAFPIFRTMKTIYLSDGINRKSCSVTAIPGGCVLYCYVATRSEKEDYATTDLAELRLAFYYYNDTFIERVISLPNTTGQWATINPAVGSGIYHLGFILFPVYGGLISGTPSYNKQSSRYFIPKHPNITCAGNSSEQAAAARSSYVIRYHSNRLIQSAVLICPLSDMHTARCNLVMFNNSQVMMGAEGRLYVIDNNLYYYQRSSSWWSASLFYRINTDFSKGIPPIIEAQWVPSYQVPRPGVMPCNATSFCPANCITGVYADVWPLNDPEPTSQNALNPNYRFAGAFLRNESNRTNPTFYTASASALLNTTGFNNTNHKAAYTSSTCFKNTGTQKIYCLIIIEMGSSLLGEFQIIPFLRELIP
【０４４３】
C.  V94 配列:
C.1.  V94に関するGenbank データ:
座位：       AF533010               15654 bp    RNA     リニア   VRL 16-DEC-2002
定義：  ヒト パラインフルエンザ ウイルス 2 系統 V94, 完全ゲノム(配列番号52)
アクセッション：   AF533010
バージョン：     AF533010.1  GI:26655521
キーワード：    .
ソース：      ヒト パラインフルエンザ ウイルス 2
生物体：  ヒト パラインフルエンザ ウイルス 2
ウイルス; ssRNA ネガテイブストランドウイルス; モノネガウイルス;
パラミクソウイルス科; パラミクソウイルス亜科; ルブラウイルス.
参照：   1  (塩基 1から15654)
著者：   Skiadopoulos,M.H., Vogel,L., Riggs,J.M., Surman,S.R., Collins,P.L. および Murphy,B.R.
表題：     ヒト パラインフルエンザ ウイルス ２型のゲノム長は六のルールにしたがい、非ポリヘキサマー長のアンチゲノム cDNAsから回収された組換え型ウイルスは訂正変異の偏った分布を含む
ジャーナル：   J. Virol. 77 (1), 270-279 (2003)
PUBMED   12477832
参照：   2  (塩基 1から15654)
著者：   Skiadopoulos,M.H., Vogel,L., Riggs,J.M., Surman,S.R., Collins,P.L. および Murphy,B.R.
表題：     直接提出
ジャーナル：   Submitted (29-JUL-2002) Laboratory of Infectious Diseases, NIAID, NIH, BLDG. 50/RM 6512 MSC 8007, Bethesda, MD 20892-8007, USA
特徴：             位置/クォリファイアー
ソース：          1..15654
/生物体="ヒトパラインフルエンザ ウイルス 2"
/ビリオン
/mol_type="ゲノムRNA"
/系統="V94"
/db_xref="分類群:11212"
【０４４４】
オリジン：
1 accaagggga gaatcagatg gcatcgttat atgacgaatt gcaaaaagat tacgtaggtc
61 cggaaccact agattccggt gccggtaacg atctcagttt tatactatct gatcattctt
121 tatctctact aaggatattt ctaatctaag gttcaaaatg tcaagtgtct taaagacatt
181 tgaaagattt actatacaac aggagcttca ggagcaatct gaagacactc caatacctct
241 tgaaacaatc agacctacaa tcagagtatt tgtcatcaat aataatgatc ctattgtaag
301 atctagactt ttattcttta atctacgaat tattatgagt aacactgcaa gagagggaca
361 tagagctggt gctctcctca gtcttttatc actaccttct gcagctatga gtaatcacat
421 caaactagcc atgcattcac cagaagccag catagataga gtagaaataa cagggtttga
481 gaataattca ttccgagtta ttccagatgc tcgatcaact atgtccagag gagaagtgct
541 ggccttcgaa gcattagctg aggacattcc tgataccctt aatcaccaaa ctccatttgt
601 aaataatgat gtggaagatg acatatttga tgaaacagag aaattcttgg atgtttgcta
661 tagtgtactt atgcaggcat ggatagtaac atgcaagtgc atgactgctc ctgatcaacc
721 accagtatca gtagcaaagc ggatggctaa atatcaacaa caagggagaa tcaatgctag
781 atatgtacta caacctgaag cacaaagact aattcagaat gccatccgca agtcaatggt
841 agtaaggcat ttcatgacct atgagcttca actttcacaa tcaagatctt tgctagcgaa
901 ccgttattat gccatggtgg gagacattgg caagtatatt gaacacagcg gaatgggagg
961 gtttttctta acacttaaat atggacttgg aacaagatgg cctacattgg ctcttgcagc
1021 attctctggg gaactccaga aattaaaggc tctcatgcta cattatcaga gtctaggacc
1081 catggccaag tacatggctc tattagaatc accaaagctg atggattttg tcccatctga
1141 atatccatta gtttatagct atgcaatggg tattggaact gtccttgata caaacatgag
1201 aaactatgca tatggtagat catatctaaa tccacaatat tttcagctag gggtagaaac
1261 agcaaggaaa cagcaaggag ctgttgacaa caggacagca gaggacctcg gcatgactgc
1321 tgcagataaa gcagacctca ctgcaaccat atcaaagcta tctttatccc aattacctag
1381 gggtagacaa ccaatatccg acccatttgc tggagcaaat gacagagaaa caggaggaca
1441 agcaactgat acacctgtgt ataacttcaa tccaatcaat aatcggaggt atgacaacta
1501 tgacagtgat agtgaggaca gaattgacaa cgatcaagat caggctatca gagagaacag
1561 aggagaacct ggacaaccaa acaaccagac aagcgaaaac cagcagagac tcaatctccc
1621 tgtaccgcaa agaacatcag gtatgagtag tgaagagttc caacattcaa tgaatcagta
1681 catccgtgct atgcatgagc aatacagagg ctcccaggat gatgatgcca atgatgccac
1741 agatgggaat gacatttcac ttgagctagt tggagatttt gattcctaac tctcactttc
1801 acataaccag acatacacat ccacaccacc cagagacata gctaccatcc acacactcac
1861 ccagacaaat caaactagat tcaaatcatt cggaaacaat tctcctagaa tttaagaaaa
1921 aaacataggc ccggacgggt tagagatccg gtgctcgtct gtggccagac aacctccaca
1981 ccagagccac acaatcatgg ccgaggaacc aacatacacc actgagcaag ttgatgaatt
2041 aatccatgct ggactaggaa cagtagattt cttcctatct agacccatag atgctcagtc
2101 ttctttaggt aaaggcagca tcccaccagg tgtcacggct gttctaacca atgcagcaga
2161 ggcaaaatcc aaaccagttg ctgctggtcc agtaaaaccc agacggaaga aagtgatcag
2221 caataccact ccatacacta ttgcagacaa catcccacct gagaagctac cgatcaacac
2281 tccaataccc aatccattac ttccactggc acgccctcac ggaaagatga cagacattga
2341 cattgtcact gggaacatta cagaaggatc atacaaaggt gtggagcttg ccaaattagg
2401 gaagcaaaca ctactcacaa ggttcacctc gaatgagcca gtctcctcag ctggatccgc
2461 ccaagacccc aactttaaga gggggggagc taatagagaa agagcaagag gcaaccatag
2521 gagagaatgg agtattgcat gggtcggaga tcaggtcaaa gtcttcgagt ggtgtaatcc
2581 caggtgtgcc ccagtcacgg cttcagctcg caagttcacc tgcacatgtg gatcctgccc
2641 cagcatctgc ggagaatgtg aaggagatca ttgagctctt aaaagggctt gatcttcgcc
2701 ttcagactgt agaagggaaa gtagataaaa ttcttgcaac ctctgcaact ataatcaatc
2761 ttaaaaatga aatgactagt cttaaggcga gcgttgcaac tgtggaaggt atgataacaa
2821 caattaaaat catggatccc agtacaccaa ccaatgtccc tgtagaggag atcagaaaga
2881 gtttacacaa tgttccagta gtaattgctg gtccgactag tggaggcttc acagccgaag
2941 gcagtgacat gatttcaatg gatgaactag ctaggcctac actctcatca acaaaaaaga
3001 tcacacgaaa gcctgaatcc aagaaagatt taacaggcat aaaactaacc ctgatgcagc
3061 ttgcaaatga ctgcatctcg cgtccagata ccaagactga gtttgtgact aagattcaag
3121 cagcaaccac agaatcacag ctcaacgaaa tcaaacggtc aataatacgc tctgcaatat
3181 aaaatgcggt gcaatcacac aagagacatt caacatgcat ccgatcaaga tccaaactcc
3241 ttccatccga aaacacactc accactgtca acaccaagaa acaactacag ccgaaccatg
3301 ctcaaccaaa agacccaaac aacatctcaa atcgacagaa ggctagacat gataaattta
3361 ataaaaaatt aaaagaagtt aagtaaaatt taaagaacac aatagagaaa acctaggtcc
3421 gaaagcttgc ctttcagaca gatcccaaaa tcatagttca aacttcaaac acagcagcag
3481 acatgcctat aatatcatta ccagcagatc caacttcacc cagtcaatcc cttactccgt
3541 ttccaataca acttgatacc aaagatggca aggcagggaa actccttaaa cagattagaa
3601 ttaggtatct aaatgaacct aactctcgtc atacaccaat aactttcatc aatacgtatg
3661 gatttgttta tgctcgagac acttcaggag gcattcacag cgagatcagc agtgacctag
3721 ctgcagggtc cataacggca tgcatgatga cactaggtcc tggtccaaat attcagaatg
3781 caaatctagt gctaagatcc ctgaatgaat tctacgtaaa agtcaagaag acatcaagcc
3841 agagggagga agcagtgttt gaattagtta acattccaac cttattgaga gaacatgctc
3901 tttgcaaacg caaaacgtta gtatgctctg cagaaaaatt cctcaagaac ccatcaaagc
3961 tacaagctgg atttgaatat gtatacatcc caacttttgt ctccattaca tactcaccac
4021 gaaatctgaa ttaccaagtt gccagaccta tccttaagtt cagatcacgc tttgtgtata
4081 gcattcattt ggaattaatc ctgagattgc tatgcaaatc tgactcccct ttgatgaaat
4141 cttataatgc agatcgaaca ggtcgaggat gcctcgcatc agtctggatc cacgtatgta
4201 acattctgaa aaacaaaagc atcaagcaac aaggcagaga atcatatttc atagctaagt
4261 gcatgagtat gcagctgcag gtgtccattg cagatctttg gggaccaaca atcataatta
4321 aatcattggg tcacatcccc aagactgcac ttcctttttt cagcaaagac gggattgcct
4381 gtcatccact acaagatgtt tcccctactc tgacaaaatc actgtggtca gtgggatgtg
4441 agatagaatc tgccaagttg atacttcaag aatctgatat taatgagcta atgggccacc
4501 aggacttgat tactgataag attgccatta gatcaggtca acggacattt gagaggtcca
4561 aattcagccc attcaaaaaa tacgcatcaa ttccaaactt agaagccatc aactgaatgc
4621 tccagcatct aggaatagaa caacaactaa gtcataccat tattgaccat acaataatca
4681 acaattttag ccaactgatt actaagatat tatcataggt ccgaactgat caatctaaca
4741 aaaaaactaa acattcaata ataaatcaaa gttcaggcca aattatccag ccatgcatca
4801 cctgcatcca atgatagtat gcatttttgt tatgtacact ggaattgtag gttcagatgc
4861 cattgctgga gatcaactcc tcaatgtagg ggtcattcaa tcaaagataa gatcactcat
4921 gtactacact gatggtggcg ctagctttat tgttgtaaaa ttactaccca atcttccccc
4981 aagcaatgga acatgcaaca tcaccagtct agatgcatat aatgttaccc tatttaagtt
5041 gctaacaccc ctgattgaga acctgagcaa aatttctgct gttacagata ccaaaccccg
5101 ccgagaacga tttgcaggag tcgttattgg gcttgctgca ctaggagtag ctacagctgc
5161 acaaataacc gcagctgtag caatagtaaa agccaatgca aatgctgctg cgataaacaa
5221 tcttgcatct tcaattcaat ccaccaacaa ggcagtatcc gatgtgataa ctgcatcaag
5281 aacaattgca accgcagttc aagcgattca ggatcacatc aatggagcca ttgtcaacgg
5341 gataacatct gcatcatgcc gtgcccatga tgcactaatt gggtcaatat taaatttgta
5401 tctcactgag cttactacaa tatttcataa tcaaataaca aaccctgcgc tgacaccact
5461 ttccatccaa gctttaagaa tcctcctcgg tagcaccttg ccaattgtca ttgaatccaa
5521 actcaacaca aaactcaaca cagcagagct gctcagttcc ggactgttaa ctggtcaaat
5581 aatttccatt tccccaatgt acatgcaaat gctaattcaa atcaatgttc cgacatttat
5641 aatgcaaccc ggtgcgaagg taattgatct aattgctatc tctgcaaacc ataaattaca
5701 agaagtagtt gtacaagttc ctaatagaat tctagaatat gcaaatgaac tacaaaacta
5761 cccagccaat gattgtgtcg tgacaccaaa ctctgtattt tgtagataca atgagggttc
5821 cccgatccct gaatcacaat atcaatgctt aagggggaat cttaattctt gcacttttac
5881 ccctattatc gggaactttc tcaagcgatt cgcatttgcc aatggtgtgc tctatgccaa
5941 ctgcaaatct ttgctatgta agtgtgccga ccctccccat gttgtgtctc aagatgacaa
6001 ccaaggcatc agcataattg atattaagag gtgctctgag atgatgcttg acactttttc
6061 atttaggatc acatctacat tcaatgctac atacgtgaca gacttctcaa tgattaatgc
6121 aaatattgta catctaagtc ctctagactt gtcaaatcaa atcaattcaa taaacaaatc
6181 tcttaaaagt gctgaggatt ggattgcaga tagcaacttc ttcgctaatc aagccagaac
6241 agccaagaca ctttattcac taagtgcaat cgcattaata ctatcagtga ttactttggt
6301 tgttgtggga ttgctgattg cctacatcat caagctggtt tctcaaatcc atcaattcag
6361 agcactagct gctacaacaa tgttccacag ggagaatcct gccgtctttt ccaagaacaa
6421 tcatggaaac atatatggga tatcttaaga attctatcat aagtccatat atgtccatga
6481 ttgaccttta agagccaacc tccaatgatt atccgttaaa ttcagatata acaattcaaa
6541 aatcaatatt aagcctccag ataccaatga atatgaatat atctcttaga aaacttgatt
6601 attatgtgat aacatagtac aatttaagaa aaaacctaaa ataagcacga acccttaagg
6661 tgtcgtaacg tctcgtgacg ccgggttcag ttcaaacatc gacccctgac ccaattcaat
6721 acccattttc ataaaggaac acagtataat ttaatcataa aagacctcaa aatctgatac
6781 agcttaatcc actcaacata taattataag actaataata atggaagatt acagcaatct
6841 atctcttaaa tcaattccta aaaggacatg tagaatcatt ttccgaactg ccacaattct
6901 tggcatatgc acattaattg tgctatgttc aagtattctt catgagataa ttcatcttga
6961 tgtttcctct ggtcttatga attctgatga gtcacagcaa ggcattattc agcctatcat
7021 agaatcatta aaatcattga ttgctttggc caaccagatt ctatataatg ttgcaatagt
7081 aattcctctt aaaattgaca gtatcgaaac tgtaatactc tctgctttaa aagatatgca
7141 caccgggagt atgtccaatg ccaactgcac gccaggaaat ctgcttctgc atgatgcagc
7201 atacatcaat ggaataaaca aattccttgt acttgaatca tacaatggga cgcctaaata
7261 tggacctctc ctaaatatac ccagctttat cccctcagca acatctcccc atgggtgtac
7321 tagaatacca tcattttcac tcatcaagac ccattggtgt tacactcaca atgtaatgct
7381 tggagattgt cttgatttca cggcatctaa ccagtattta tcaatgggga taatacaaca
7441 atctgctgca gggtttccaa ttttcaggac tatgaaaacc atttacctaa gtgatggaat
7501 caatcgcaaa agctgttcag tcactgctat accaggaggt tgtgtcttgt attgctatgt
7561 agctacaagg tctgaaaaag aagattatgc cacgactgat ctagctgaac tgagacttgc
7621 tttctattat tataatgata cctttattga aagagtcata tctcttccaa atacaacagg
7681 gcagtgggcc acaatcaacc ctgcagtcgg aagcgggatc tatcatctag gctttatctt
7741 atttcctgta tatggtggtc tcataaatgg gactacttct tacaatgagc agtcctcacg
7801 ctattttatc ccaaaacatc ccaacataac ttgtgccggt aactccagca aacaggctgc
7861 aatagcacgg agttcctatg tcatccgtta tcactcaaac aggttaattc agagtgctgt
7921 tcttatttgt ccattgtctg acatgcatac agaagagtgt aatctagtta tgtttaacaa
7981 ttcccaagtc atgatgggtg cagaaggtag gctctatgtt attggtaata atttgtatta
8041 ttatcaacgc agttcctctt ggtggtctgc atcgctcttt tacaggatca atacagattt
8101 ttctaaagga attcctccga tcattgaggc tcaatgggta ccgtcctatc aagttcctcg
8161 tcctggagtc atgccatgca atgcaacaag tttttgccct gctaattgca tcacaggggt
8221 gtacgcagat gtgtggccgc ttaatgatcc agaactcatg tcacgtaatg ctctgaaccc
8281 caactatcga tttgctggag cctttctcaa aaatgagtcc aaccgaacta atcccacatt
8341 ctacactgca tcggctaact ccctcttaaa tactaccgga ttcaacaaca ccaatcacaa
8401 agcagcatat acatcttcaa cctgctttaa aaacactgga acccaaaaaa tttattgttt
8461 aataataatt gaaatgggct catctctttt aggggagttc caaataatac catttttaag
8521 ggaactaatg ctttaatcct attgaatgaa gactccagat tcaagaataa ttggaaggct
8581 ctttatttta tgcgatagtt atacgttttg gctgtattag aatgctatag cattctgctg
8641 tttttcccat atggaaaaat ccttcaacac caacttaggt tcaattttct catcatttac
8701 tgttgtaatt caatcttact aaagttattc tgatatttaa gaaaaaataa tctttatata
8761 atgtaacaat actactaaga ttataatata ggccagaatg gcggcctctt ctgagatact
8821 ccttcctgaa gtccatttga actcaccaat agtcaaacac aaactcatat actacttatt
8881 actagggcac ttcccgcatg atcttgacat ttctgaaata agcccccttc acaataatga
8941 ttgggatcag attgccagag aagaatccaa tcttgctgaa cgactcggag tagctaaatc
9001 tgaattaatt aaacgtgtgc ccgcatttag agcaaccaga tggcgtagtc atgcagccgt
9061 ccttatatgg ccttcttgta taccattcct tgttaaattc ctaccccatt ctaagcttca
9121 accaatagaa caatggtaca agttgatcaa tgcttcatgc aatactatat ctgactcaat
9181 tgatagatgt atggagaata tttctattaa gcttactggg aaaaacaatc tattctctcg
9241 atccagagga actgcaggcg caggtaaaaa cagtaaaatc accctcaatg atatccaatc
9301 tatttgggaa tcaaacaaat ggcagcctaa tgtatcttta tggcttacaa ttaaatacca
9361 aatgcgacaa cttataatgc atcaaagttc tcgtcagcca actgatttag ttcacattgt
9421 tgacacacga tctggtctaa tagttatcac ccctgaactt gttatttgct ttgatcggtt
9481 gaataatgtt ttaatgtatt ttacatttga gatgacttta atggtaagtg acatgtttga
9541 gggacggatg aatgttgccg cgctctgcac tattagtcat tacttatcac cactagggcc
9601 aaggatagat agattgtttt ctattgtaga tgaattagca caactattgg gtgacactgt
9661 atataaaatt attgcatctc ttgaatcttt agtatatggg tgtctacaac ttaaagatcc
9721 agtggttgaa ttaacaggat catttcattc ctttattacg caagagatta tagatatcct
9781 aattgggtca aaagcccttg ataaggatga atcaataact gtcactacac aattgctaga
9841 tatattttcc aacctttctc cagatttaat cgctgagatg ttgtgtctca tgagactttg
9901 gggtcatccc actcttactg ctgcgcaagc tgcaggtaaa gtgagagaat ctatgtgtgc
9961 aggtaagtta cttgatttcc ctacaataat gaaaactctt gcttttttcc acacaatttt
10021 aatcaatggt tatcgtagaa agaagaatgg aatgtggcct ccacttatac ttcctaaaaa
10081 tgcatcaaaa agcttaatag agtttcaaca tgataatgct gaaatatctt atgagtatac
10141 actcaagcat tggaaagaaa tctctctcat agaatttaga aagtgctttg actttgatcc
10201 tggtgaggag ctaagcattt ttatgaaaga caaggcaata agtgctccaa aaagtgattg
10261 gatgagtgta ttccgtagaa gtctaataaa acaacgacat cagagacatc atattcctat
10321 gcccaatcca tttaacagac gtctattact caatttctta gaagatgaca gttttgatcc
10381 agttgctgag cttcaatatg ttaccagtgg tgaatatctc cgagatgaca cattttgtgc
10441 atcttactca ttaaaagaga aagaaataaa accagatgga aggatatttg ctaagcttac
10501 taatagaatg cggtcttgtc aagtaattgc ggaagcaatt cttgcaaatc acgcaggtac
10561 tctaatgaag gaaaacggag ttgtcttgaa tcaattatct ctgactaaat cattgcttac
10621 tatgagtcaa attggcataa tatcagaaaa agcaaagaga tatacccgag ataacatctc
10681 atctcaaggt ttccatacaa tcaagactga ctcaaaaaat aagaagaaaa gcaaaattgc
10741 atcatcatac ctcacagatc ctgatgatac atttgaactt agtgcatgtt ttataactac
10801 tgatcttgct aaatactgtc ttcaatggag atatcagacc ataatccatt ttgctcgaac
10861 attaaacaga atgtatggag ttccacattt atttgaatgg attcatcttc gtttgattag
10921 atctacatta tatgttggtg atccattcaa tcctcctgcc acaactgatg ccttcgatct
10981 agataaagta ttaaatggtg atatctttat agtctctccc aagggaggta ttgaaggcct
11041 atgtcagaaa atgtggacaa tgatctctat ttctgtgatc atcctttctt cagccgaatc
11101 caaaacaaga gtaatgagca tggttcaagg agataatcag gcgattgcag ttacaacaag
11161 agttcctaga tcattgccta gtgttcagaa aaaggagtta gcctacgcag caagcaagtt
11221 attctttgaa agacttaggg caaataatta tggtttgggt catcaactaa aggctcaaga
11281 gactataata agttccacgt tcttcatata tagtaaacgg gtattctatc aaggacgtat
11341 actaacacag gcacttaaaa atgctagcaa gttatgtctt actgcagatg tattaggtga
11401 atgtactcag gcttcctgct caaattctgc tactacaatc atgagattaa cagaaaatgg
11461 ggttgagaaa gatacatgtt ataagcttaa tatttatcaa tctattcgtc aactcacata
11521 tgatctaata tttccccaat actccatacc aggtgaaaca ataagtgaaa ttttcttaca
11581 gcatccaaga ttaatctcac gtattgttct gctcccttca cagctaggtg gtcttaatta
11641 cctcgcatgt agcagattat ttaaccgcaa tatcggagat ccccttggta cagccgtggc
11701 agacctcaag aggttaatta aatgtggtgc tcttgaatca tggatactgt acaatttact
11761 ggcaagaaaa ccagggaaag gttcatgggc cactttagca gccgatccat actcattgaa
11821 tcaagaatat ctttatcctc ctactactat acttaaaaga catactcaaa atactttaat
11881 ggagatatgt cggaatccta tgttaaaggg agtttttaca gataatgcaa aagaggagga
11941 aaatctcctt gcaaaatttc ttcttgatcg tgatatagta ttgccaagag tcgcacacat
12001 tataatagat caatccagca ttggaaggaa gaaacagata caagggtttt ttgacaccac
12061 aaggaccata atgagacgat catttgagat caaaccactc tcaactaaga agacactttc
12121 agtcatagaa tataatacta attatttatc ttataactac cctgtcatac ttaatccttt
12181 acctattcct ggatatttaa attatattac tgaccaaact tgcagtattg atatatctag
12241 aagtttaaga aaattatcat ggtcttcttt attgaatgga agaactttag aaggattaga
12301 aactccagat ccaattgaag ttgtcaatgg ttccttgatt gtaggtacag gagattgtga
12361 cttttgtatg cagggtgacg ataaattcac ttggttcttt ttacctatgg ggataattat
12421 tgatggaaat cctgaaacta atccacccat cagagttcca tacattgggt ctagaacaga
12481 ggaaagaaga gttgcatcaa tggcatatat taaaggtgcc acacacagtt tgaaggctgc
12541 tcttagaggc gcaggggtat acatttgggc attcggagat acagtagtga actggaatga
12601 tgcacttgat atcgcaaata ctagggttaa gatatcccta gagcaacttc agactcttac
12661 acctcttcct acatctgcaa acattacaca tcgtttagat gatggagcca caacacttaa
12721 attcactcca gctagttcct atgcattttc tagttatact catatatcaa atgatcaaca
12781 atatttagaa atagatcaga gagtagtcga ttccaatatt atttatcaac aattaatgat
12841 aacagggctt gggatcattg agacctacca taacccacct atcaggacct ctacacagga
12901 aatcaccctc catttgcaca ctagctcatc ttgttgtgtt agaagtgtag atggttgcct
12961 tatatgtgag agcaatggag aggttcctca gatcactgtt ccctacacta attcatttgt
13021 atatgatcct gatccactag cagattatga gattgcacat ctagattatc tctcctacca
13081 agctaaaatt ggaagtacag attactactc acttactgat aaaattgatc tattggcaca
13141 tttaactgca aaacaaatga taaactcaat aattgggtta gatgaaacag tatcaattgt
13201 caatgatgcg gttattctat ctgattatac taataactgg attagtgaat gttcttatac
13261 taagatagat ttagttttta aattaatggc atggaatttc cttcttgagc ttgcattcca
13321 gatgtactac ctaagaatat catcttggac aaatatattt gactatactt acatgacttt
13381 acgcaggata cccggaactg ctctaaataa tattgcagct actattagcc acccaaaatt
13441 attaagacgt gcaatgaatc ttgatattat cactcctata catgcaccgt atttggcttc
13501 attagattat gtcaaattaa gtattgatgc aattcagtgg ggggttaaac aagttcttgc
13561 tgatttatca aatggaattg atcttgaaat cttgattctt tcagaggatt caatggaaat
13621 tagtgatagg gcaatgaatc tcattgctag aaaactaact ctccttgcac ttgttaaagg
13681 tgagaactat acatttccaa aaattaaagg gatgccacca gaggaaaagt gtttagtctt
13741 aactgaatac ctagcaatgt gttatcagaa tactcaccac ttagatccag atcttcaaaa
13801 gtatttatat aatctaacta atccaaaatt gactgcattt cccagtaaca acttctactt
13861 aacaaggaaa atccttaatc aaattagaga atcagacgaa ggacaatata ttatcacctc
13921 atattatgaa tccttcgaac aattagaaac agatataatt cttcactcta ctttaactgc
13981 tccttatgat aattcagaaa ctctaacaaa gtttgattta tcccttgaca tctttccaca
14041 tccagaatct ctcgagaaat atcctcttcc agttgatcat gactctcaat ctgcaatttc
14101 aacactaatt ccaggccctc cctctcatca tgtattacga ccactaggag tgtcatctac
14161 agcttggtat aaagggataa gttattgcag atacctggaa acgcaaaaga tacagactgg
14221 tgatcatctt tatttagctg aaggaagcgg tgcttcaatg tcacttctag aactcctatt
14281 tccaggagat actgtctatt ataatagtct ttttagtagt ggagagaatc ctccacagag
14341 aaattatgct cctcttccaa ctcaatttgt acagagtgtt ccatataaat tgtggcaagc
14401 tgatcttgct gatgatagta acttaataaa agattttgtc ccattatgga atggaaacgg
14461 agcagttaca gacttatcga caaaggatgc agttgcattc ataatacata aagtaggagc
14521 ggagaaagca tcccttgttc atatagatct cgaatcgact gctaatataa atcagcaaac
14581 tctgtccaga tcccagattc attcgttaat tatagcaact actgttctta agaggggtgg
14641 gatattagtt tacaaaacat catggcttcc gttttctagg tttagtcaac tagcaagcct
14701 actttggtgc ttttttgacc ggatccatct aatacgtagt agttattctg atcctcacag
14761 tcatgaggtt tatcttgtat gtagacttgc tgcggatttt agaactatcg gtttcagtgc
14821 agctctagta actgctacta ctcttcacaa tgacggattc acaacaatac atcctgatgt
14881 tgtttgtagt tattggcaac accatcttga gaatgttggg agagtcgaaa aagtaattga
14941 tgagatactt gatggtttag ccaccaactt cttcgcagga gataatgggc ttattctaag
15001 atgtggagga actcccagct ctagaaaatg gttagagatt gatcagttag catcatttga
15061 ttcagttcaa gatgctctag tgacacttat caccatacac ctaaaggaaa ttatagaagt
15121 gcagtcatca catacagagg attatacatc tctccttttc acaccttata atattggtgc
15181 agcagggaaa gtaagaacta tcatcaaatt aattctagaa cgatctttaa tgtatacagt
15241 ccgaaattgg ttagttttac ccagttccat ccgggattcc gtacgacaag atctagagtt
15301 agggtcattt agattaatgt ctattttaag tgaacagaca tttcttaaaa agacacccac
15361 caaaaaatac ttacttgatc agcttacaag gacatatata tcaaccttct ttaattctca
15421 ctcagtcctc cccctccacc gtccatatca aaaacaaata tggaaagcct taggtagtgt
15481 aatatattgt tcggagacgg ttgatatacc tctaattaga gacattcaga tagaagatat
15541 taatgatttt gaagatatcg agaggggtat cgatggcgaa gaattatgac aacagtgatt
15601 ataagaactc atgatagttt tatttaagaa aaacatattg attttcccct tggt
//配列番号52
【０４４５】
C.2.  V94配列:
Genbank データ AF_533010から取得した、V94 単離体のF タンパク質をコードしているヌクレオチド配列  ―  配列番号 53 (1656 nt)
【０４４６】
atgcatca
cctgcatcca atgatagtat gcatttttgt tatgtacact ggaattgtag gttcagatgc
cattgctgga gatcaactcc tcaatgtagg ggtcattcaa tcaaagataa gatcactcat
gtactacact gatggtggcg ctagctttat tgttgtaaaa ttactaccca atcttccccc
aagcaatgga acatgcaaca tcaccagtct agatgcatat aatgttaccc tatttaagtt
gctaacaccc ctgattgaga acctgagcaa aatttctgct gttacagata ccaaaccccg
ccgagaacga tttgcaggag tcgttattgg gcttgctgca ctaggagtag ctacagctgc
acaaataacc gcagctgtag caatagtaaa agccaatgca aatgctgctg cgataaacaa
tcttgcatct tcaattcaat ccaccaacaa ggcagtatcc gatgtgataa ctgcatcaag
aacaattgca accgcagttc aagcgattca ggatcacatc aatggagcca ttgtcaacgg
gataacatct gcatcatgcc gtgcccatga tgcactaatt gggtcaatat taaatttgta
tctcactgag cttactacaa tatttcataa tcaaataaca aaccctgcgc tgacaccact
ttccatccaa gctttaagaa tcctcctcgg tagcaccttg ccaattgtca ttgaatccaa
actcaacaca aaactcaaca cagcagagct gctcagttcc ggactgttaa ctggtcaaat
aatttccatt tccccaatgt acatgcaaat gctaattcaa atcaatgttc cgacatttat
aatgcaaccc ggtgcgaagg taattgatct aattgctatc tctgcaaacc ataaattaca
agaagtagtt gtacaagttc ctaatagaat tctagaatat gcaaatgaac tacaaaacta
cccagccaat gattgtgtcg tgacaccaaa ctctgtattt tgtagataca atgagggttc
cccgatccct gaatcacaat atcaatgctt aagggggaat cttaattctt gcacttttac
ccctattatc gggaactttc tcaagcgatt cgcatttgcc aatggtgtgc tctatgccaa
ctgcaaatct ttgctatgta agtgtgccga ccctccccat gttgtgtctc aagatgacaa
ccaaggcatc agcataattg atattaagag gtgctctgag atgatgcttg acactttttc
atttaggatc acatctacat tcaatgctac atacgtgaca gacttctcaa tgattaatgc
aaatattgta catctaagtc ctctagactt gtcaaatcaa atcaattcaa taaacaaatc
tcttaaaagt gctgaggatt ggattgcaga tagcaacttc ttcgctaatc aagccagaac
agccaagaca ctttattcac taagtgcaat cgcattaata ctatcagtga ttactttggt
tgttgtggga ttgctgattg cctacatcat caagctggtt tctcaaatcc atcaattcag
agcactagct gctacaacaa tgttccacag ggagaatcct gccgtctttt ccaagaacaa
tcatggaaac atatatggga tatctta
【０４４７】
Genbank データ AF_533010から取得した、V94 単離体のF タンパク質の配列  ―  配列番号 54 (551 aa)
【０４４８】
MHHLHPMIVCIFVMYTGIVGSDAIAGDQLLNVGVIQSKIRSLMYYTDGGASFIVVKLLPNLPPSNGTCNITSLDAYNVTLFKLLTPLIENLSKISAVTDTKPRRERFAGVVIGLAALGVATAAQITAAVAIVKANANAAAINNLASSIQSTNKAVSDVITASRTIATAVQAIQDHINGAIVNGITSASCRAHDALIGSILNLYLTELTTIFHNQITNPALTPLSIQALRILLGSTLPIVIESKLNTKLNTAELLSSGLLTGQIISISPMYMQMLIQINVPTFIMQPGAKVIDLIAISANHKLQEVVVQVPNRILEYANELQNYPANDCVVTPNSVFCRYNEGSPIPESQYQCLRGNLNSCTFTPIIGNFLKRFAFANGVLYANCKSLLCKCADPPHVVSQDDNQGISIIDIKRCSEMMLDTFSFRITSTFNATYVTDFSMINANIVHLSPLDLSNQINSINKSLKSAEDWIADSNFFANQARTAKTLYSLSAIALILSVITLVVVGLLIAYIIKLVSQIHQFRALAATTMFHRENPAVFSKNNHGNIYGISX
【０４４９】
Genbank データ AF_533010から取得した、V94 単離体のHN タンパク質をコードしているヌクレオチド配列  ―  配列番号 55 (1716 nt)
【０４５０】
atggaagatt acagcaatct
atctcttaaa tcaattccta aaaggacatg tagaatcatt ttccgaactg ccacaattct
tggcatatgc acattaattg tgctatgttc aagtattctt catgagataa ttcatcttga
tgtttcctct ggtcttatga attctgatga gtcacagcaa ggcattattc agcctatcat
agaatcatta aaatcattga ttgctttggc caaccagatt ctatataatg ttgcaatagt
aattcctctt aaaattgaca gtatcgaaac tgtaatactc tctgctttaa aagatatgca
caccgggagt atgtccaatg ccaactgcac gccaggaaat ctgcttctgc atgatgcagc
atacatcaat ggaataaaca aattccttgt acttgaatca tacaatggga cgcctaaata
tggacctctc ctaaatatac ccagctttat cccctcagca acatctcccc atgggtgtac
tagaatacca tcattttcac tcatcaagac ccattggtgt tacactcaca atgtaatgct
tggagattgt cttgatttca cggcatctaa ccagtattta tcaatgggga taatacaaca
atctgctgca gggtttccaa ttttcaggac tatgaaaacc atttacctaa gtgatggaat
caatcgcaaa agctgttcag tcactgctat accaggaggt tgtgtcttgt attgctatgt
agctacaagg tctgaaaaag aagattatgc cacgactgat ctagctgaac tgagacttgc
tttctattat tataatgata cctttattga aagagtcata tctcttccaa atacaacagg
gcagtgggcc acaatcaacc ctgcagtcgg aagcgggatc tatcatctag gctttatctt
atttcctgta tatggtggtc tcataaatgg gactacttct tacaatgagc agtcctcacg
ctattttatc ccaaaacatc ccaacataac ttgtgccggt aactccagca aacaggctgc
aatagcacgg agttcctatg tcatccgtta tcactcaaac aggttaattc agagtgctgt
tcttatttgt ccattgtctg acatgcatac agaagagtgt aatctagtta tgtttaacaa
ttcccaagtc atgatgggtg cagaaggtag gctctatgtt attggtaata atttgtatta
ttatcaacgc agttcctctt ggtggtctgc atcgctcttt tacaggatca atacagattt
ttctaaagga attcctccga tcattgaggc tcaatgggta ccgtcctatc aagttcctcg
tcctggagtc atgccatgca atgcaacaag tttttgccct gctaattgca tcacaggggt
gtacgcagat gtgtggccgc ttaatgatcc agaactcatg tcacgtaatg ctctgaaccc
caactatcga tttgctggag cctttctcaa aaatgagtcc aaccgaacta atcccacatt
ctacactgca tcggctaact ccctcttaaa tactaccgga ttcaacaaca ccaatcacaa
agcagcatat acatcttcaa cctgctttaa aaacactgga acccaaaaaa tttattgttt
aataataatt gaaatgggct catctctttt aggggagttc caaataatac catttttaag
ggaactaatg ctttaa
【０４５１】
Genbank データ AF_533010から取得した、V94 単離体のHN タンパク質の配列  ―  配列番号 56 (571 aa)
【０４５２】
MEDYSNLSLKSIPKRTCRIIFRTATILGICTLIVLCSSILHEIIHLDVSSGLMNSDESQQGIIQPIIESLKSLIALANQILYNVAIVIPLKIDSIETVILSALKDMHTGSMSNANCTPGNLLLHDAAYINGINKFLVLESYNGTPKYGPLLNIPSFIPSATSPHGCTRIPSFSLIKTHWCYTHNVMLGDCLDFTASNQYLSMGIIQQSAAGFPIFRTMKTIYLSDGINRKSCSVTAIPGGCVLYCYVATRSEKEDYATTDLAELRLAFYYYNDTFIERVISLPNTTGQWATINPAVGSGIYHLGFILFPVYGGLINGTTSYNEQSSRYFIPKHPNITCAGNSSKQAAIARSSYVIRYHSNRLIQSAVLICPLSDMHTEECNLVMFNNSQVMMGAEGRLYVIGNNLYYYQRSSSWWSASLFYRINTDFSKGIPPIIEAQWVPSYQVPRPGVMPCNATSFCPANCITGVYADVWPLNDPELMSRNALNPNYRFAGAFLKNESNRTNPTFYTASANSLLNTTGFNNTNHKAAYTSSTCFKNTGTQKIYCLIIIEMGSSLLGEFQIIPFLRELML
【０４５３】
以下に、本願発明の実施の態様を付記する。
（１）
HPIV-2 バリアントの系統亜群の一部を形成しているHPIV-2 ウイルスであって、Greer, Toshiba, V98 およびV94 HPIV-2 単離体を含まず、以下を特徴とするウイルス：
・ そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、配列番号24, 29, 34, 39, 44の少なくとも一つの配列と、99.85%をこえる同一性, 好ましくは 少なくとも 99.90%, より好ましくは 少なくとも 99.95%の同一性を有する；および／または
・ そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、配列番号26, 31, 36, 41の少なくとも一つのアミノ酸配列と、99.15%をこえる同一性, 好ましくは 少なくとも 99.20%, より好ましくは 少なくとも 99.30%の同一性を有する。
（２）
HPIV-2 バリアントの系統亜群の一部を形成しているHPIV-2 ウイルスであって、Greer, Toshiba, V98 およびV94 HPIV-2 単離体を含まず、以下を特徴とするウイルス：
・ そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、配列番号24, 29, 34, 39, 44の少なくとも一つの配列と、99.3%をこえる同一性, 好ましくは 少なくとも 99.4%, より好ましくは 少なくとも 99.5%の同一性を有する；および／または
・ そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、配列番号26, 31, 36, 41（それぞれ単離体 18620, 20283, 20435, 26056）の少なくとも一つの配列と、98.6%をこえる同一性, 好ましくは 少なくとも 98.7%, より好ましくは 少なくとも 98.8%の同一性を有する；および／または
・ そのF タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と及びV98 単離体のアミノ酸配列と、少なくとも一つのアミノ酸ポジション: 102, 104, 112, 160；および／または
・ そのHN タンパク質に関するアミノ酸配列は、Greer 単離体のアミノ酸配列と及びV98 単離体のアミノ酸配列と、少なくとも一つのアミノ酸ポジション: 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482 において異なる；
前記ウイルスは、さらに以下を特徴とする、
o そのF タンパク質に関する配列のポジション 175において、H以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 Rを有する；
o そのHN タンパク質に関する配列のポジション 186において、M以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (イソロイシン)を有する。
（３）
（１）または（２）に記載のウイルスであって、以下を特徴とするウイルス：
・ そのHN タンパク質に関する配列のポジション 316において、S以外でグリコシル化部位を形成するアミノ酸、好ましくはアミノ酸 N (アスパラギン)を有する; および／または
・ そのHN タンパク質に関する配列のポジション 513において、S以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 Nを有する; および／または
・ そのHN タンパク質に関する配列のポジション 514において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 Sを有する。
（４）
（1）〜（3）の何れか一項に記載のHPIV-2ウイルスであって、CNCMから受託番号 I-3761, I-3762, I-3763, I-3764, I-3765で利用可能なHPIV-2 ウイルスから選択されることを特徴とするウイルス。
（５）
以下の配列を含むまたは該配列により構成されることを特徴とする核酸：
a) （1）〜（4）の何れか一項に記載のHPIV-2ウイルスのゲノムRNAに関する配列；または
b) 前記ゲノムRNAの逆転写で得られるcDNAに関する配列；または
c) 前記配列 a) または b)の全長に対し、上記a) および b)において予見される配列の一つと相補的である配列。
（６）
少なくとも一つの（1）〜（4）の何れか一項に記載のウイルスの一つのエンベロープタンパク質のアミノ酸配列を含むことを特徴とするタンパク質。
（７）
（6）に記載のタンパク質であって、前記少なくとも一つのエンベロープタンパク質がF タンパク質であることを特徴とするタンパク質。
（８）
（7）に記載のタンパク質であって、前記F タンパク質が以下を有することを特徴とするタンパク質：
・ ポジション102において、アミノ酸 P (プロリン); および／または
・ ポジション104において、アミノ酸R (アルギニン)。
（９）
（7）または（8）に記載のタンパク質であって、前記F タンパク質の切断部位に対する配列がKPRRER (配列番号 14)であることを特徴とするタンパク質。
（１０）
（7）〜（9）の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記F タンパク質が以下を有することを特徴とするタンパク質：
・ ポジション112において、アミノ酸 I (イソロイシン); および／または
・ ポジション160において、アミノ酸T (スレオニン)。
（１１）
（7）〜（10）の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記F タンパク質がその配列のポジション175において、H以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸Rを有することを特徴とするタンパク質。
（１２）
（7）〜（11）の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記F タンパク質に関する配列が配列番号24, 29, 34, 39, 44の配列から選択されることを特徴とするタンパク質。
（１３）
（6）〜（12）の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記少なくとも一つのエンベロープタンパク質がHN タンパク質であることを特徴とするタンパク質。
（１４）
（13）に記載のタンパク質であって、前記HNタンパク質が、少なくとも一つの以下の因子, 好ましくは少なくとも二つの以下の因子, より好ましくは全ての以下の因子を有することを特徴とするタンパク質：
・ ポジション57において、D以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E; 
・ ポジション114において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 A; 
・ ポジション139において、K以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E; 
・ ポジション195において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 A; 
・ ポジション201において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 S; 
・ ポジション319において、P以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 T; 
・ ポジション344において、E以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 K; 
・ ポジション348において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 I (イソロイシン); 
・ ポジション378において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E; 
・ ポジション379において、R以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 E; 
・ ポジション480において、T以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 M; 
・ ポジション482において、Q以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 R。
（１５）
（13）または（14）に記載のタンパク質であって、以下を特徴とするタンパク質：
・ ポジション316において、前記 HN タンパク質が、S以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 Nを有する; および／または
・ ポジション513において、S以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 N; および／または
・ ポジション514において、A以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸 S。
（１６）
（3）〜（15）の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記HNタンパク質がポジション186において、M以外のアミノ酸, 好ましくはアミノ酸I (イソロイシン)を有することを特徴とするタンパク質。
（１７）
（13）〜（16）の何れか一項に記載のタンパク質であって、前記HNタンパク質に関する配列が配列番号26, 31, 36, 41の配列から選択されることを特徴とするタンパク質。
（１８）
（6）〜（17）の何れか一項に記載のタンパク質をコードする配列に関する核酸であって、普遍的な遺伝コードの縮重を許容する核酸。
（１９）
（18）に記載の核酸であって、その配列が配列番号 22, 27, 32, 37, 42, 23, 28, 33, 38, 43, 25, 30, 35, 40の配列から選択される配列を含む又は該配列により構成されることを特徴とする核酸。
（２０）
HPIV-2 バリアントの系統亜群の一または二以上のウイルスに特異的な核酸であって、（1）〜（4）の何れか一項に記載のウイルスが一部を形成するが、Greer HPIV-2, Toshiba およびV98 単離体が一部を形成しなく、前記系統亜群の一または二以上のウイルスの特異的な検出におよび／または前記特異的な検出を許容するプローブ および／または プライマーの構築および生産に特に適合し、前記核酸に関する配列が以下のものを含む又は以下のものにより構成されることを特徴とする核酸：
・ （1）〜（4）の何れか一項に記載の少なくとも一つのHPIV-2 ウイルスのF タンパク質および／またはHN タンパク質をコードしている少なくとも 132 ヌクレオチドの配列の断片；または
・ 前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的な配列。
（２１）
（20）に記載の核酸であって、前記HPIV-2 バリアントの系統亜群の一または二以上のウイルスの特異的な検出のためのリアルタイム増幅に使用するために特に適合した少なくとも一つのペアのプライマー および 少なくとも一つのプローブの構築に及び生産に特に適合し、前記核酸に関する配列が以下のものを含む又は以下のものにより構成されることを特徴とする核酸：
・ （1）〜（4）の何れか一項に記載のウイルスのF をコードしている配列またはHNをコードしている配列の断片；または
・ 前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的である配列、
前記断片は：
・ 前記ウイルスのF をコードしている配列のポジション 259 から 395；または
・ 前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 234 から 443；または
・ 前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 1466 から 1673にわたる。
（２２）
（21）に記載の核酸であって、以下を特徴とする核酸：
F をコードしている配列のポジション 259 から 395にわたっている断片は、配列番号 62 から 66の配列の一つで構成される；または
HN をコードしている配列のポジション 234 から 443にわたっている断片は、配列番号 67 から 70の配列の一つで構成される；または
HN をコードしている配列のポジション 1466 から 1673にわたっている断片は、配列番号 83 から 86の配列の一つで構成される。
（２３）
（21）または（22）に記載の核酸であって、Greer, Toshiba および V98 HPIV 単離体からの核酸を増幅することなく、（1）〜（4）の何れか一項に記載のウイルスの核酸を増幅する能力のあるプライマーペアの構築に及び生産に特に適合し、前記バリアントの系統亜群の一または二以上のウイルスの特異的な検出のための、前記プライマーペアでのリアルタイム増幅に使用しえる少なくとも一つのプローブの構築に及び生産に特に適合し、その配列が配列番号 62から66, 67から70, 83から86の配列の一つにより構成されることを特徴とする核酸。
（２４）
（20）に記載の核酸であって、（1）〜（4）の何れか一項に記載の一または二以上のウイルスの特異的な検出のためのチップに使用するために特に適合したプローブの構築に及び生産に特に適合し、前記核酸に関する配列が以下のものを含む又は以下のものにより構成されることを特徴とする核酸：
・ （1）〜（4）の何れか一項に記載のウイルスのF をコードしている配列またはHNをコードしている配列の断片；または
・ 前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的である配列；
前記断片は：
・ 前記ウイルスのF をコードしている配列のポジション 241 から 420；または
・ 前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 241 から 420；または
・ 前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 961 から 1140；または
・ 前記ウイルスのHN をコードしている配列のポジション 1381 から 1560
にわたる。
（２５）
（24）に記載の核酸であって、その配列が配列番号 57から61, 71から74, 75から78, 79から82の配列, および規定された配列番号の配列の全長にわたり規定された配列番号の配列と相補的な配列の一つを含む、又は、で構成されることを特徴とする核酸。
（２６）
（1）〜（4）の何れか一項に記載の少なくとも一つのウイルスの核酸を増幅する能力のあるプライマーペアであって、Greer, Toshiba および V98 HPIV 単離体からの核酸を増幅することなく且つ以下を特徴とするプライマーペア：
・ 前記ペアのプライマーの一つに関する配列は、（23に記載の核酸の14 から 30 ヌクレオチドの 5' 断片のものであり; 
・ 前記ペアの他のプライマーに関する配列は、前記核酸の全長にわたり同じ（23に記載の核酸と相補的な配列の14 から 30 ヌクレオチドの 5' 断片のものであり; 
前記 5' 断片は、それらが断片として存在する配列の５’端に第一のヌクレオチドを含む断片である。
（２７）
（26）に記載のプライマーペアであって、Greer, Toshiba および V98 HPIV 単離体からの核酸を増幅することなく、（4）において規定した五つのウイルスの各々からの核酸を増幅する能力のあることを特徴とするプライマーペア。
（２８）
（26）または（27）に記載のプライマーペアであって、前記 5' 断片の各々が独立に18から23 ヌクレオチドで構成されることを特徴とするプライマーペア。
（２９）
（26）〜（28）の何れか一項に記載のプライマーペアであって、以下で構成されることを特徴とするプライマーペア：
・ 配列番号 87に関するプライマーおよび配列番号 88に関するプライマー; または
・ 配列番号 91に関するプライマーおよび配列番号 92に関するプライマー; または
・ 配列番号 95に関するプライマーおよび配列番号 96に関するプライマー。
（３０）
少なくとも一つの（26）〜（29）の何れか一項に記載のプライマーのペアを含むプライマーのセット。
（３１）
（26）〜（29）の何れか一項に記載のペアないから選択されるプライマーの配列が自身の配列であることを特徴とするプライマー。
（３２）
少なくとも一つの（1）〜（4）の何れか一項に記載のウイルスの特異的な検出のための、（26〜29の何れか一項に記載のプライマーペアでのリアルタイム増幅に使用することができるプローブであって、その配列が以下のものであることを特徴とするプローブ：
・ （23に記載の核酸の14 から 30 ヌクレオチド断片のものであって、前記断片は好ましくは前記核酸の５’端に第一のヌクレオチドを含んでおらず、好ましくは前記核酸の３’端に最後のヌクレオチドを含んでいないもの;または
・ 前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的である配列のもの。
（３３）
（32）に記載のプローブであって、前記核酸断片が23 から 28 ヌクレオチドで構成されることを特徴とするプローブ。
（３４）
呼吸器の疾患または感染の診断のためのキットであって、少なくとも一つの（26）〜（29）の何れか一項に記載のプライマーペアおよび／または少なくとも一つの（32）または（33）に記載のプローブを含むキット。
（３５）
チップでの使用に特に適合し、Greer, Toshiba および V98 HPIV-2 単離体からの核酸とハイブリダイズすることなく、（1）〜（4）の何れか一項に記載の一または二以上のウイルスの核酸とハイブリダイズする能力のあるプローブであって、その配列が（25）に記載の核酸断片のものであること又は前記断片の全長にわたり前記断片に対して相補的である配列のものであることを特徴とするプローブ。
（３６）
チップなどのマイクロ流の循環に適合した固体の支持体であって、少なくとも一つの（35）に記載のプローブを含むことを特徴とする固体の支持体。
（３７）
HPIV-2のエンベロープタンパク質に結合する抗体または前記抗体の保存された断片であって、該保存された断片はHPIV-2 エンベロープタンパク質に結合する能力を保存しており、前記の抗体または抗体の保存された断片は、Greer HPIV-2 単離体 NC_003443のエンベロープタンパク質に結合することなく、少なくとも一つの（1）〜（4）の何れか一項に記載のHPIV-2 ウイルスのエンベロープ タンパク質に結合することを特徴とする抗体または前記抗体の保存された断片。
（３８）
（37）に記載の抗体または抗体断片であって、（4）の五つの単離体のエンベロープタンパク質に結合することを特徴とする抗体または抗体断片。
（３９）
（37）または（38）に記載の抗体または抗体断片であって、（1）〜（4）の何れか一項に記載の少なくとも一つの HPIV-2 ウイルスのエンベロープタンパク質がF タンパク質を含む又はF タンパク質により構成されることを特徴とする抗体または抗体断片。
（４０）
（39）に記載の抗体または抗体断片であって、F タンパク質に関する配列においてポジション 32, 102, 104, 112, 160, 247, 538に局在するアミノ酸から選択される少なくとも一つのアミノ酸を含む少なくとも一つのエピトープにおいてF タンパク質と結合することを特徴とする抗体または抗体断片。
（４１）
（37）〜（40）の何れか一項に記載の抗体または抗体断片であって、（1）〜（4）の何れか一項に記載の少なくとも一つの HPIV-2 ウイルスのエンベロープタンパク質がHN タンパク質を含む又はHN タンパク質により構成されることを特徴とする抗体または抗体断片。
（４２）
（41）に記載の抗体または抗体断片であって、HN タンパク質に関する配列においてポジション 57, 114, 139, 195, 201, 319, 344, 348, 378, 379, 480, 482に局在するアミノ酸から選択される少なくとも一つのアミノ酸を含む少なくとも一つのエピトープにおいてHN タンパク質と結合することを特徴とする抗体または抗体断片。
（４３）
（42）に記載の抗体または抗体断片であって、HN タンパク質に関する配列においてポジション 316, 513, 514に局在するアミノ酸から選択される少なくとも一つのアミノ酸を含む少なくとも一つのエピトープにおいてHN タンパク質と結合することを特徴とする抗体または抗体断片。
（４４）
（37）〜（43）の何れか一項に記載の抗体または抗体断片であって、V94 HPIV-2 単離体 (AF533010)のエンベロープタンパク質に結合しないことを特徴とする抗体または抗体断片。
（４５）
呼吸器の疾患または感染の診断のためのキットであって、少なくとも一つの（37）〜（44）の何れか一項に記載の抗体または抗体断片を含むことを特徴とするキット。
【図１】
0005591697.tif 000018
【図２】
0005591697.tif 000019
【図３】
0005591697.tif 000020
【図４】
0005591697.tif 000021
【図５−１】
0005591697.tif 000022
【図５−２】
0005591697.tif 000023
【図５−３】
0005591697.tif 000024
【図５−４】
0005591697.tif 000025
【図６−１】
0005591697.tif 000026
【図６−２】
0005591697.tif 000027
【図６−３】
0005591697.tif 000028
【図６−４】
0005591697.tif 000029
【図７−１】
0005591697.tif 000030
【図７−２】
0005591697.tif 000031
【図７−３】
0005591697.tif 000032
【図８−１】
0005591697.tif 000033
【図８−２】
0005591697.tif 000034
【配列表】
0005591697000001.app