(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
純粋なＴｐ１７様ポリペプチドおよび純粋なリゾチームポリペプチドを含有する組成物であって、該Ｔｐ１７様ポリペプチドは、Ｉｖｙポリペプチドではなく、該Ｔｐ１７様ポリペプチドが、配列番号３１のアミノ酸２２〜１５６を含むポリペプチドに対して少なくとも９５％同一であり、かつ、該リゾチームポリペプチドに結合するものであり、かつ、該Ｔｐ１７様ポリペプチドは、ＣＰＨＡＧＫＡＫＡＥＫＶＥＣ（配列番号４１）またはＫＡＰＨＥＫＥ（配列番号４２）を含む、組成物。
【請求項２】
前記リゾチームポリペプチドおよび前記Ｔｐ１７様ポリペプチドが、０．００１と１，０００，０００との間の分子比で存在する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
さらに、キャリア粒子を含有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記キャリア粒子が、赤血球、ポリペプチド凝集粒子、ポリマー粒子、無機粒子、常磁性粒子および酵母細胞からなる群より選択される、請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
前記リゾチームポリペプチドが、以下のアミノ酸配列：
Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｃｙｓ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｔｒｐ  Ｘａａ  Ｃｙｓ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｇｌｕ  Ｓｅｒ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｔｈｒ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｓｅｒ  Ｘａａ  Ａｓｐ  Ｔｙｒ  Ｇｌｙ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｇｌｎ  Ｉｌｅ  Ａｓｎ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｔｒｐ  Ｃｙｓ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｃｙｓ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｃｙｓ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｌｅｕ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｃｙｓ  Ａｌａ  Ｌｙｓ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｔｒｐ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｔｒｐ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｃｙｓ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｃｙｓ  Ｘａａ  Ｘａａ  Ｘａａ（配列番号２８）を含み、該配列において、Ｘａａは、任意のアミノ酸であるか、または存在しない、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
前記Ｔｐ１７様ポリペプチドは、トレポネーマ  パリダム（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ）に由来する、請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
前記Ｔｐ１７様ポリペプチドは、生物学的サンプルから単離される、請求項１に記載の組成物。
【請求項８】
前記Ｔｐ１７様ポリペプチドは、組換えポリペプチドである、請求項１に記載の組成物。
【請求項９】
前記Ｔｐ１７様ポリペプチドは、親和性タグに融合される、請求項１に記載の組成物。
【請求項１０】
前記Ｔｐ１７様ポリペプチド、および／または、前記リゾチームポリペプチドが、固体支持体に固定されている、請求項１に記載の組成物。
【請求項１１】
前記リゾチームポリペプチドが、ヒト由来である、請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
被験体において病原体に対する免疫応答を検出するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該被験体に由来する生物学的サンプルを、外来性のヒトリゾチームポリペプチドおよびＴｐ１７様ポリペプチドと接触させる工程であって、該Ｔｐ１７様ポリペプチドは、配列番号３１のアミノ酸２２〜１５６を含むポリペプチドに対して少なくとも９５％同一であり、該Ｔｐ１７様ポリペプチドは、ＣＰＨＡＧＫＡＫＡＥＫＶＥＣ（配列番号４１）またはＫＡＰＨＥＫＥ（配列番号４２）を含む、工程；ならびに
（ｂ）該被験体に由来する生物学的サンプル中の抗体を検出する工程であって、該抗体はＴｐ１７様ポリペプチド−リゾチームポリペプチド複合体に結合する、工程
を包含し、
該Ｔｐ１７様ポリペプチドが該ヒトリゾチームポリペプチドと共に用いられると、検出感度が高められるものである、方法。
【請求項１３】
病原体に対する免疫応答を検出するための診断アッセイの感度を高めるための方法であって、該方法は、請求項１２に記載の工程（ａ）および工程（ｂ）を包含し、前記ヒトリゾチームポリペプチドへの接触が、該アッセイの感度を少なくとも５％増加させる、方法。
【請求項１４】
前記方法が、凝集アッセイである、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記リゾチームポリペプチドが、前記生物学的サンプルとの接触の前、接触の間、または接触後に、前記Ｔｐ１７様ポリペプチドと接触される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
前記Ｔｐ１７様ポリペプチドが組み換え型である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記リゾチームポリペプチドが組み換え型である、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１８】
前記病原体が、トレポネーマ  パリダム（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ）である、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１９】
前記Ｔｐ１７様ポリペプチドまたは前記リゾチームポリペプチドが、親和性タグに融合されている、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項２０】
前記Ｔｐ１７様ポリペプチドまたは前記リゾチームポリペプチドが、固体支持体に固定されている、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項２１】
前記方法が、イムノアッセイを含む、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項２２】
前記イムノアッセイが、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫凝集アッセイ、ラジオイムノアッセイ、濁度アッセイ、比濁分析アッセイ、免疫クロマトグラフィーアッセイ、化学発光アッセイおよび蛍光アッセイからなる群より選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記生物学的サンプルが、血液、血清、血漿、涙液、唾液、痰、鼻腔液、耳液、生殖液、乳液、乳汁、初乳、胎盤液、汗、滑液、腹水、胃腸液、滲出液、濾出液、胸水、心膜液、羊水、脳脊髄液、胆汁、胃液、精液、糞便物質、上気道液、腹水、炎症部位から回収した流体、プールされた堆積部位から回収された流体（ｆｌｕｉｄ  ｈａｒｖｅｓｔｅｄ  ｆｒｏｍ  ａ  ｐｏｏｌｅｄ  ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ｓｉｔｅ）、気管支洗浄液（ｂｒｏｎｃｈｉａｌ  ｌａｖａｇｅ）、尿、生検物質、房水、反芻動物の噴門洞からの物質、有核細胞サンプル、粘膜表面に付随するあらゆる流体、毛髪および皮膚からなる群より選択される、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項２４】
請求項１に記載の組成物であって、該組成物が梅毒の診断に使用されることを特徴とする、組成物。
【請求項２５】
病原体に対する免疫応答を検出するためのキットであって、Ｔｐ１７様ポリペプチドおよびヒトリゾチームポリペプチドを含み、該Ｔｐ１７様ポリペプチドが、配列番号３１のアミノ酸２２〜１５６を含むポリペプチドに対して少なくとも９５％同一であり、かつ、該Ｔｐ１７様ポリペプチドは、ＣＰＨＡＧＫＡＫＡＥＫＶＥＣ（配列番号４１）またはＫＡＰＨＥＫＥ（配列番号４２）を含み、かつ、該Ｔｐ１７様ポリペプチドが該ヒトリゾチームポリペプチドと共に用いられると、検出感度が高められるものである、キット。
【請求項２６】
前記ヒトリゾチームポリペプチドは、配列番号２８のアミノ酸配列を含む、請求項２５に記載のキット。
【請求項２７】
前記Ｔｐ１７様ポリペプチドまたは前記リゾチームポリペプチドが、固体支持体に結合されている、請求項２５または２６に記載のキット。
【請求項２８】
前記固体支持体が、樹脂、ゲル、ビーズ、ウェル、カラム、チップ、膜、マトリックス、プレートおよびフィルタデバイスからなる群より選択される、請求項２７に記載のキット。
【請求項２９】
病原体に対する免疫応答を検出するための組成物であって、Ｔｐ１７様ポリペプチドおよびヒトリゾチームポリペプチドを含み、該Ｔｐ１７様ポリペプチドが、配列番号３１のアミノ酸２２〜１５６を含むポリペプチドに対して少なくとも９５％同一であり、かつ、該Ｔｐ１７様ポリペプチドは、ＣＰＨＡＧＫＡＫＡＥＫＶＥＣ（配列番号４１）またはＫＡＰＨＥＫＥ（配列番号４２）を含み、かつ、該Ｔｐ１７様ポリペプチドが該ヒトリゾチームポリペプチドと共に用いられると、検出感度が高められるものである、組成物。
【請求項３０】
前記リゾチームポリペプチドは、組換えポリペプチドである、請求項１に記載の組成物。
【請求項３１】
前記リゾチームポリペプチドは、組換えポリペプチドである、請求項２５に記載のキット。
【請求項３２】
前記リゾチームポリペプチドは、生物学的サンプルから単離される、請求項１に記載の組成物。
【請求項３３】
前記リゾチームポリペプチドは、生物学的サンプルから単離される、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項３４】
前記リゾチームポリペプチドは、生物学的サンプルから単離される、請求項２５に記載のキット。
【請求項３５】
前記アッセイに前記リゾチームを添加するための説明書をさらに含む、請求項２５に記載のキット。
【請求項３６】
キャリア粒子をさらに含む、請求項２５に記載のキット。
【請求項３７】
前記キャリア粒子が、赤血球、ポリペプチド凝集粒子、ポリマー粒子、無機粒子、常磁性粒子、および酵母細胞からなる群より選択される、請求項３６に記載のキット。
【請求項３８】
前記リゾチームポリペプチドとの接触が、凝集アッセイの感度を、少なくとも１０％、２５％、５０％、７５％、８５％または９５％増加させる、請求項１４に記載の方法。
【請求項３９】
前記キットが梅毒の診断に使用されることを特徴とする、請求項２５に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は概して、リゾチームポリペプチドのＴｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｐ１７ポリペプチド（Ｔｐ１７）またはＴｐ１７様ポリペプチドへの結合の特徴付けから得られた診断用組成物および治療用組成物ならびに診断方法および治療方法を特徴とする。さらに、本発明はリゾチームポリペプチドとＴＰ−１７ポリペプチドまたはＴＰ−１７様ポリペプチドとの結合を増強または減弱させるための方法および組成物を提供する。
【背景技術】
【０００２】
（発明の背景）
梅毒はＴｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ（下でまた「Ｔｐ」とも呼ぶ）感染に起因する疾患である。梅毒の診断は一般に、例えば梅毒トレポネーマ血球凝集反応試験（ＴＰＨＡ）、梅毒トレポネーマ蛍光抗体吸収試験（ＦＴＡ−ＡＢＳ）および／または梅毒トレポネーマ運動抑制試験（ＴＰＩ）、ならびに酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）およびウェスタンブロット系を用いた、血中における抗Ｔｐ抗体のイムノアッセイによってなされる。これらの試験はＴｐまたはＴｐ由来の抗原調製物（例えばＴｐ抗原であるＴｐ１５、Ｔｐ１７およびＴｐ４７）と反応する抗体を検出する。ＴＰＩ試験は、Ｔｐの運動性を阻害する、患者の血清中の補体活性化抗体の量の顕微鏡観察評価に関連する。この試験はコストが高いために一般に診断として用いられない。ＴＰＨＡ試験は、患者の血清抗体と、Ｔｐ超音波処理抗原が結合した赤血球との凝集に関連する。ＦＴＡ−ＡＢＳ試験は、患者の血清中の特異的抗体が、固体支持体に付着されたＴｐへ結合することを蛍光標識された二次抗体を介して検出するための間接的な免疫蛍光顕微鏡観察に関連する。これらのアッセイは広く用いられているが、体液中のＴｐ抗体レベルが極めて低い場合に、早期の感染または低レベルの感染を検出するために必要な感度を欠く。
【０００３】
さらに、一般に普及している、梅毒の従来のイムノアッセイにおける個々の組換えＴｐ抗原または精製Ｔｐ抗原の使用は、Ｔｐ抗原と、被験体の体液に通常存在する他の抗原（すなわちＴｐ抗原の結合パートナー）との間に形成される複合体に対するいくつかの抗体による結合の原因とならない。したがって、従来のイムノアッセイではＴｐ抗原結合パートナーの非存在下ではこのような抗体を検出できず、いくらかの場合は、結果として感度の低さまたは偽陰性のアッセイ結果につながる。それゆえ、病原体抗原／結合パートナー複合体に結合する抗体を検出する、感度の改善された病原体診断アッセイの必要性が存在する。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
（発明の要旨）
本発明は病原体の感染の検出および処置のための組成物および方法を提供する。本発明は概して、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍのポリペプチドであるＴｐ１７が宿主によって生産される抗菌ペプチドであるリゾチームに結合し、そしてリゾチームの抗菌活性を阻害するという発見に関連する。リゾチームに対するＴｐ１７の結合部位およびＴｐ１７に対するリゾチームの結合部位が同定された。関連するタンパク質と、リゾチームの結合および阻害に必要なＴｐ１７配列との比較は、単純ヘルペスウイルスを含む多くの異なる病原体にわたって保存されたコンセンサス配列に結合するリゾチームの同定を提供し、このことは、リゾチームに結合するＴＰ１７関連ポリペプチドが宿主免疫応答を阻害するための一般的な機構を提供することを示唆した。したがって、本発明はまた、ＴＰ１７結合を阻害するまたは不安定化する変異を含む変異リゾチームポリペプチドの同定も提供する。このようなポリペプチドまたはその断片は、病原体感染の予防または処置に有用である。さらに、本発明はＴｐ１７−リゾチーム複合体に結合する抗体の検出に基づいた、改良された診断アッセイを提供する。
【０００５】
Ｔｐ１７のリゾチーム結合モチーフの同定、および他の病原体由来タンパク質に共有されるリゾチーム結合モチーフコンセンサス配列の同定はまた、リゾチームの検出または阻害、ならびに特定の病原体の検出および梅毒以外の対応する感染の阻害のための有用な組成物および方法を提供する。さらに、病原体由来ポリペプチドは、異常なリゾチーム活性に関連する疾患を含む多くの疾患の診断、予防および処置に有用である。これらのポリペプチドはまた、安価なリゾチームアフィニティクロマトグラフィーを用いたタンパク質生成における使用のための有用なアフィニティタグを提供する。
【０００６】
１つの局面において、本発明は該して、Ｘａａｎ  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａｎ（配列番号１）のアミノ酸配列を含む少なくとも１つのリゾチーム結合モチーフを含む実質的に純粋なＴｐ１７様ポリペプチドの断片を特徴とし、ここでＸａａは任意のアミノ酸であり、そしてｎは少なくとも１であり、そしてこの断片はリゾチームポリペプチドに結合し得、そしてこのモチーフはＣＫＰＨＤＣ（配列番号２４）ではない。１つの実施形態において、この断片は約４アミノ酸〜約２００アミノ酸の間（例えば、５、１０、２５、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５）のＴｐ１７様ポリペプチドである。別の実施形態において、この断片は約３０アミノ酸または約１００アミノ酸未満のＴｐ１７様ポリペプチドである。別の実施形態において、この断片はリゾチームの酵素活性または抗菌活性を実質的に阻害し得る。なお別の実施形態において、このリゾチーム結合モチーフはアミノ酸コンセンサス配列ＣＳ１：Ｃｙｓ  Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｘａａ３  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａ４  Ｘａａ５  Ｘａａ６  Ｘａａ７  Ｘａａ８  Ｘａａ９  Ｘａａ１０  Ｘａａ１１  Ｘａａ１２  Ｘａａ１３  Ｃｙｓ（配列番号２）を含み、ここでＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ１０、Ｘａａ１１、Ｘａａ１２またはＸａａ１３は任意のアミノ酸であるか、存在しないか、またはペプチド結合である。
【０００７】
関連した局面において、本発明は先の局面の断片をコードする実質的に純粋な核酸分子、この核酸分子を含むベクター、およびこのようなベクターを含む宿主細胞を特徴とする。
【０００８】
別の局面において、本発明は実質的に純粋な変異リゾチームポリペプチドを特徴とし、このポリペプチドはこの変異リゾチームポリペプチドとＴｐ１７様ポリペプチドとの間の結合を減弱させる（例えば、野生型の結合と比較して５％、１０％、２５％、５０％、７５％、８５％、または９５％結合を減弱させる）少なくとも１つのアミノ酸変異を含み、ここでこの変異リゾチームポリペプチドは対応する野生型リゾチームポリペプチドの抗菌活性の少なくとも５０％、６０％、７５％、８５％、または９５％を保持する。１つの実施形態において、この変異は変異リゾチームポリペプチドとＴｐ１７様ポリペプチドとの間の結合を、野生型リゾチームポリペプチドの結合と比較して少なくとも５％減弱させる。別の実施形態において、この変異は対応する野生型ポリペプチドにおける表面電荷に影響する。他の実施形態において、この変異は正に荷電したアミノ酸残基にあるか、負に荷電したアミノ酸残基にあるか、またはＴｐ１７様ポリペプチドと接触する野生型リゾチームポリペプチドの疎水性アミノ酸残基にある。他の実施形態において、この変異は、ヒトリゾチームのＬｙｓ１９、Ａｒｇ２３、Ｌｙｓ５１、Ｇｌｙ５５、Ａｓｎ５７、Ａｒｇ１３１、Ａｓｎ１３２およびＡｒｇ１３３からなる群より選択される、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、またはそれ以上のアミノ酸部位のものであるか、または他の種（例えば、原核生物、真核生物、哺乳動物）に由来するリゾチームの対応する部位に存在する。
【０００９】
関連した局面において、本発明は先の局面のリゾチームポリペプチドをコードする実質的に純粋な核酸分子、このような核酸分子を含むベクター、およびこのようなベクターを含む宿主細胞を特徴とする。
【００１０】
さらに別の局面において、本発明は実質的に純粋なＴｐ１７様ポリペプチドおよび実質的に純粋なリゾチームポリペプチドを含む組成物を特徴とし、ここでこのＴｐ１７様ポリペプチドはＩｖｙポリペプチドではない。１つの実施形態において、このリゾチームは外因性である。１つの実施形態において、この組成物はさらにキャリア粒子（例えば、赤血球、ポリペプチド凝集粒子、ポリマー粒子、無機粒子、常磁性粒子、および酵母細胞）を含む。
【００１１】
さらに別の局面において、本発明は被験体中の病原体に対する免疫応答を検出するための方法を特徴とする。この方法は、（ａ）被験体由来の生物学的サンプルを外因性リゾチームおよびＴｐ１７様ポリペプチドと接触させる工程；および（ｂ）Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはＴｐ１７様ポリペプチド−リゾチームポリペプチド複合体と結合する抗体を検出する工程を包含する。
【００１２】
さらに別の局面において、本発明は病原体に対する免疫応答を検出するための診断アッセイの感度を高める方法を特徴とする。この方法は、リゾチームポリペプチドを診断アッセイ（例えば凝集アッセイ）に加える工程を包含し、ここでこのリゾチームポリペプチドの添加はこのアッセイの感度を少なくとも５％増加させる。
【００１３】
先の局面における種々の実施形態において、このリゾチームポリペプチドは上記生物学的サンプルとの接触の前に、間に、または後にＴｐ１７様ポリペプチドと接触される。他の実施形態において、このアッセイはイムノアッセイ（例えば、酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫凝集アッセイ、ラジオイムノアッセイ、濁度アッセイ、比濁分析アッセイ、免疫クロマトグラフィーアッセイ、化学発光アッセイおよび蛍光アッセイ）である。他の実施形態において、上記生物学的サンプルは、血液、血清、血漿、涙、唾液、痰、鼻流体（ｎａｓａｌ  ｆｌｕｉｄ）、耳流体（ｅａｒ  ｆｌｕｉｄ）、生殖流体（ｇｅｎｉｔａｌ  ｆｌｕｉｄ）、乳房流体（ｂｒｅａｓｔ  ｆｌｕｉｄ）、乳、初乳、胎盤流体（ｐｌａｃｅｎｔａｌ  ｆｌｕｉｄ）、汗、滑液、腹水、胃腸液、浸出液、漏出液、胸膜液、心膜流体（ｐｅｒｉｃａｒｄｉａｌ  ｆｌｕｉｄ）、羊水、脳脊髄液、胆汁、胃液、精液、糞便物質、上気道流体（ｕｐｐｅｒ  ａｉｒｗａｙ  ｆｌｕｉｄ）、腹膜流体（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ  ｆｌｕｉｄ）、炎症部位から収集された流体、プールされた収集部位から収集された流体、気管支洗浄、尿、生検物質、眼房水、反芻動物の噴門洞由来の物質、有核細胞サンプル、粘膜表面に関連する任意の流体、毛髪および皮膚からなる群より選択される。１つの好ましい実施形態において、この方法は梅毒を診断するために用いられる。
【００１４】
別の局面において、本発明はサンプル中の病原体を検出するための組成物を特徴とし、この組成物はアミノ酸配列
【００１５】
【化２】
0005414972.tif 000002
（配列番号２８）を含むリゾチームポリペプチド断片を含み、ここでＸａａは任意のアミノ酸であるか存在せず、この断片はＴｐ１７様ポリペプチドに結合し得る。
【００１６】
さらに別の局面において、本発明は病原体または病原体ポリペプチドを検出するまたは同定するための方法を特徴とする。この方法は、（ａ）サンプルを、アミノ酸配列：
【００１７】
【化３】
0005414972.tif 000003
（配列番号２８）を含むリゾチームポリペプチド断片と接触させる工程であって、ここでＸａａは結合を許容する条件において任意のアミノ酸であるかまたは存在しない工程；および（２）リゾチームポリペプチドとサンプル中のポリペプチドとの結合を検出する工程であって、ここでこの結合はサンプル中の病原体または病原体ポリペプチドの存在を示す工程を包含する。別の実施形態において、本発明はさらにリゾチームポリペプチドに結合するポリペプチドの配列を決定する工程を包含する。いくつかの実施形態において、このリゾチームポリペプチドはヒトリゾチームポリペプチド由来の配列を含む。
【００１８】
別の局面において、本発明はサンプル中のリゾチームを検出する方法を特徴とし、この方法は（ａ）このサンプルを固体支持体に結合されたＴｐ−１７様ポリペプチドと接触させる工程；および（ｂ）このサンプル中のポリペプチドへの上記ポリペプチドの結合を検出する工程であって、この結合はこのサンプル（例えば、生物学的流体、細胞培養物、体サンプル、水サンプル、流体サンプル、食物、薬物、または病原体培養物）中にリゾチームが存在することを示す工程を包含する。１つの実施形態において、この方法はさらに結合を通してこのサンプルからリゾチームを除く工程を包含する。
【００１９】
別の局面において、本発明はＴｐ−１７様ポリペプチドおよびリゾチームポリペプチドを備える、病原体への免疫応答を検出するためのキットを特徴とする。
【００２０】
別の局面において、本発明は配列番号２８を含む標識されたリゾチームポリペプチドを含む、サンプル中の病原体の検出のためのキットを特徴とする。
【００２１】
別の局面において、本発明は、天然では連結されない第二のアミノ酸配列と融合されたＴｐ１７様ポリペプチドリゾチーム結合モチーフの少なくとも１つの断片を含む融合ポリペプチドを特徴とする。１つの実施形態において、この融合ポリペプチドは固体支持体に固定される。別の実施形態において、このモチーフはこの融合ポリペプチドの末端にある。別の実施形態において、この融合ポリペプチドはリゾチーム抗菌活性を減弱させ得る。
【００２２】
別の局面において、本発明は融合ポリペプチドを単離するための方法を特徴とし、この方法は：（ａ）先の局面の上記融合ポリペプチドを提供する工程；（ｂ）この融合ポリペプチドをリゾチームポリペプチドと接触させる工程であって、ここでこのリゾチームは上記融合ポリペプチドのこのリゾチームポリペプチドへの結合を許容する条件下で固体支持体に付着される工程；および（ｃ）このリゾチームポリペプチドから上記融合ポリペプチドを溶離させる工程を包含する。
【００２３】
別の局面において、本発明はリゾチーム抗菌活性を増加する競合化合物を同定する方法を特徴とする。この方法は、この競合化合物の存在下において、リゾチームポリペプチドとリゾチーム結合モチーフを含むポリペプチドとの間の結合の減弱を検出する工程を包含する。１つの実施形態において、この競合化合物は、ヒトリゾチームのＧｌｕ５３に対応する触媒作用性グルタミン酸に対するリゾチーム結合モチーフの結合を減弱させる。
【００２４】
別の局面において、本発明は増加した抗菌活性を有する変異リゾチームポリペプチドを同定する方法を特徴とする。この方法は、（ａ）野生型リゾチーム配列と比較して少なくとも１つの変異をポリペプチドのアミノ酸配列内に含むリゾチームポリペプチドを提供する工程；および（ｂ）この変異リゾチームポリペプチドとＴｐ１７様ポリペプチドとの間の結合の減弱を検出する工程を包含する。
【００２５】
さらに別の局面において、本発明は病原体感染の処置または予防が必要な被験体における病原体感染の処置または予防のための方法を特徴とする。この方法は、アミノ酸変異を含む効果的な量の変異リゾチームポリペプチドを被験体に投与する工程を包含し、ここでこの変異はリゾチームポリペプチドとＴｐ１７様ポリペプチドとの間の結合を減弱させる。
【００２６】
別の局面において、本発明は病原体感染の処置または予防が必要な被験体における病原体感染の処置または予防のための方法を特徴とする。この方法は、アミノ酸変異を含む効果的な量の変異Ｔｐ１７様ポリペプチドを被験体に投与する工程を包含し、ここでこの変異Ｔｐ１７様ポリペプチドの投与は、病原体に発現されたＴｐ１７様ポリペプチドと内因性リゾチームポリペプチドとの間の結合を減弱させる。
【００２７】
別の局面において、本発明は免疫応答を必要とする被験体において免疫応答を増加させるワクチンを特徴とし、この組成物は２型単純ヘルペスウイルス由来のｇＪ糖タンパク質およびｇＤ糖タンパク質の内の少なくとも１つを含む。
【００２８】
別の局面において、本発明は免疫応答を必要とする被験体において免疫応答を増加させるワクチンを特徴とし、この組成物はリゾチームポリペプチドおよびリゾチーム結合モチーフを含むポリペプチドを含む。
【００２９】
別の局面において、本発明は被験体における２型単純ヘルペスウイルスの診断の方法を特徴とする。この方法は、被験体に由来するサンプル中におけるｇＪタンパク質リゾチーム結合モチーフの存在を検出する工程を包含する。１つの実施形態において、このリゾチーム結合モチーフはリゾチーム結合アッセイにおいて検出される。別の実施形態において、このリゾチーム結合モチーフはイムノアッセイにおいて検出される。
【００３０】
別の局面において、本発明はサンプルにおけるリゾチームの酵素活性を減少させる方法を特徴とする。この方法は、Ｔｐ１７様ポリペプチドのこのリゾチームとの結合を許容する条件下においてサンプルをこのＴｐ１７様ポリペプチドと接触させる工程を包含し、ここでこのＴｐ１７様ポリペプチドはＩｖｙタンパク質を含まない。
【００３１】
別の局面において、本発明は被験体におけるリゾチームの酵素活性を減少させる方法を特徴とする。この方法は、被験体に効果的な量のＴｐ１７様ポリペプチドまたはその断片を投与する工程を包含する。
【００３２】
先の局面の種々の実施形態において、このポリペプチドは２型単純ヘルペスウイルスの糖タンパク質Ｊである。先の局面の他の実施形態において、この方法は、癌、アルツハイマー病、アミロイド腎症、白血病、クローン病およびアレルギーからなる群より選択される疾患の処置または予防のために用いられる。
【００３３】
別の局面において、本発明はアミノ酸配列Ｃｙｓ  Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｘａａ３  Ｈｉｓ  Ｘａａ４  Ｘａａ５  Ｘａａ６  Ｘａａ７  Ｘａａ８  Ｘａａ９  Ｘａａ１０  Ｘａａ１１  Ｘａａ１２  Ｘａａ１３  Ｃｙｓ（配列番号１７５）を含む少なくとも１つのリゾチーム結合モチーフを含む実質的に純粋なＴｐ１７様ポリペプチドの断片を特徴とし、ここでＸａａは任意のアミノ酸であるかまたは存在せず、そしてこの断片はリゾチームポリペプチドに結合し得る。１つの実施形態において、この断片はＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓまたはＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉに由来する。
【００３４】
別の局面において、本発明はＣｙｓ  Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｘａａ３  Ｘａａ４  Ｘａａ５  Ｘａａ６  Ｘａａ７  Ｘａａ８  Ｘａａ９  Ｘａａ１０  Ｘａａ１１  Ｘａａ１２  Ｘａａ１３  Ｃｙｓのアミノ酸配列を含む少なくとも１つのリゾチーム結合モチーフを含む実質的に純粋なＡＰＰ様ポリペプチドの断片を特徴とし、ここでＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４およびＸａａ５は任意のアミノ酸であるかまたは存在せず、Ｘａａ６はアミノ酸Ｋ、ＲまたはＨであり、Ｘａａ７はＡまたはＧであり、Ｘａａ８はＫ、ＲまたはＨであり、Ｘａａ９およびＸａａ１０は任意のアミノ酸であるかまたは存在せず、Ｘａａ１１はアミノ酸ＫまたはＲであり、Ｘａａ１２は任意のアミノ酸であるかまたは存在せず、そしてＸａａ１３はアミノ酸Ｅ、Ｄ、ＱまたはＮである（配列番号１７７）。１つの実施形態において、このＡＰＰ様ポリペプチドはβ−アミロイド前駆体タンパク質である。別の実施形態において、この断片は実質的にヒトβ−アミロイド前駆タンパク質の断片である。
【００３５】
関連した局面において、本発明は先の局面の断片をコードする核酸、この核酸を含むベクター、およびこのようなベクターを含む宿主細胞を特徴とする。
【００３６】
別の局面において、本発明はＡＰＰ様ポリペプチドおよび実質的に純粋なリゾチームポリペプチドを含む組成物を特徴とする。
【００３７】
別の局面において、本発明は被験体におけるアルツハイマー病を診断する方法を特徴とする。この方法は被験体由来の生物学的サンプル（血清サンプル、脳脊髄液サンプル、または組織サンプル）における、ＡＰＰ様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの複合体の存在を検出する工程を包含する。１つの実施形態において、方法はイムノアッセイを包含する。
【００３８】
別の局面において、本発明は、ＡＰＰ様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの複合体に結合する抗体の存在を検出する工程による、アルツハイマー病を診断する方法を特徴とする。
【００３９】
別の局面において、本発明は、ＡＰＰ様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの結合を調節する候補化合物を同定する方法を特徴とする。この方法は、この候補化合物の存在下におけるＴｐ１７様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの結合の減弱を検出する工程を包含する。
【００４０】
別の局面において、本発明はＸａａｎ  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａｎ（配列番号１）のアミノ酸配列を有する少なくとも１つのリゾチーム結合モチーフを含むＴｐ１７様ポリペプチドを特徴とし、ここでＸａａは任意のアミノ酸であり、そしてｎは少なくとも１であり、そしてこの断片はＳＬＬＰ１に結合し得る。１つの実施形態において、この断片はＴｐ１７様ポリペプチドの約４アミノ酸〜約２００アミノ酸である。１つの実施形態において、このモチーフはアミノ酸配列ＣＳ１：Ｃｙｓ  Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｘａａ３  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａ４  Ｘａａ５  Ｘａａ６  Ｘａａ７  Ｘａａ８  Ｘａａ９  Ｘａａ１０  Ｘａａ１１  Ｘａａ１２  Ｘａａ１３  Ｃｙｓ（配列番号２）を含み、ここでＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ１０、Ｘａａ１１、Ｘａａ１２またはＸａａ１３は任意のアミノ酸であるか、存在しないか、またはペプチド結合である。
【００４１】
関連した局面において、本発明は、先の局面の断片をコードする実質的に純粋な核酸分子、この核酸分子を含むベクター、およびこのベクターを含む宿主細胞を特徴とする。
【００４２】
別の局面において、本発明は、野生型のＳＬＬＰ１ポリペプチドと比較して変異ＳＬＬＰ１ポリペプチドとＴｐ１７様ポリペプチドとの間の結合を減弱させる少なくとも１つのアミノ酸変異を含む、実質的に純粋な変異ＳＬＬＰ１ポリペプチドを特徴とする。
【００４３】
別の局面において、本発明は、野生型のＳＬＬＰ１ポリペプチドと比較して変異ＳＬＬＰ１ポリペプチドの酵素活性を増加させる少なくとも１つのアミノ酸変異を含む、実質的に純粋な変異ＳＬＬＰ１ポリペプチドを特徴とする。一実施形態において、その酵素活性は、抗菌活性を包含する。
【００４４】
別の局面において、本発明は、受精能を必要とする被験体における受精能を調節するための方法を特徴とする。この方法は、この被験体に、効果的な量の、少なくとも１つのアミノ酸変異を含む変異ＳＬＬＰ１ポリペプチドを投与する工程を包含し、ここでこの変異ＳＬＬＰ１ポリペプチドの投与は、被験体の受精能を調節するように、Ｔｐ１７様ポリペプチドと内因性ＳＬＬＰ１ポリペプチドとの結合を変化させる。
【００４５】
別の局面において、本発明は受精能を必要とする被験体における受精能を調節するための方法を特徴とする。この方法は、この被験体に効果的な量のＴｐ１７様ポリペプチドを投与する工程を包含し、ここでこのＴｐ１７様ポリペプチドの投与は、被験体の受精能を調節するように、内因性ＳＬＬＰ１と卵細胞表面の同族レセプターとの結合を減弱させる。
【００４６】
さらに別の局面において、本発明はヒト受精能を調節する候補化合物を同定する方法を特徴とする。この方法は、この候補化合物の存在下において、ＳＬＬＰ１ポリペプチドとリゾチーム結合モチーフを含むポリペプチドとの結合における減弱を検出する工程を包含する。
【００４７】
別の局面において、本発明は被験体における性感染性病原体感染の処置または予防のための方法を特徴とする。この方法は少なくとも１つのアミノ酸変異を含む変異ＳＬＬＰ１ポリペプチドの効果的な量を被験体に投与する工程を包含し、ここでこの変異は内因性ＳＬＬＰ１ポリペプチドと病原体に発現されたＴｐ１７様ポリペプチドとの結合を減弱させる。
【００４８】
別の局面において、本発明は被験体における性感染性病原体感染の処置または予防のための方法を特徴とする。この方法は効果的な量のＴｐ１７様ポリペプチドを被験体に投与する工程を包含し、このＴｐ１７様ポリペプチドの投与は、病原体に発現されたＴｐ１７様ポリペプチドと内因性ＳＬＬＰ１ポリペプチドとの結合を減弱させる。
【００４９】
別の局面において、本発明は性感染性病原体感染の処置または予防に有用である候補化合物の同定の方法を特徴とする。この方法は、（ａ）ＳＬＬＰ１ポリペプチドおよびＴｐ１７様ポリペプチドを候補化合物と接触させる工程；および（ｂ）この候補化合物の存在下におけるリゾチームポリペプチドと病原体に発現されたＴｐ１７様ポリペプチドとの結合における減弱を検出する工程を包含する。
【００５０】
別の局面において、本発明は、被験体内における性感染性病原体に発現されたＴｐ１７様タンパク質とＳＬＬＰ１との結合を減弱させる方法を特徴とする。この方法は、効果的な量のＴｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドあるいはその断片を被験体に投与する工程を包含する。
【００５１】
別の局面において、本発明は、受精プロセスの間のＳＬＬＰ１結合を妨害するＴｐ１７様ポリペプチドを含む避妊組成物を特徴とする。
【００５２】
別の局面において、本発明は性感染性病原体感染の予防または処置のための薬学的組成物を特徴とし、この組成物は感染プロセスの間のＳＬＬＰ１結合を妨害するＴｐ１７様ポリペプチドを含む。
【００５３】
別の局面において、本発明は少なくとも効果的な量のバクテリオファージＴ４リゾチームおよびパパインまたはバシトラシンを含む抗菌物質としての使用のための薬学的組成物を特徴とする。１つの実施形態において、先の局面の薬学的組成物は、バクテリオファージＴ４リゾチーム、パパインおよびバシトラシンを含む。１つの実施形態において、単位用量に存在するＴ４リゾチームの量は２ｍｇ〜１００ｍｇ（例えば、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０または９０）である。好ましくは、単位用量に存在するＴ４リゾチームの量は５ｍｇである。別の実施形態において、単位用量に存在するパパインの量は２ｍｇである。存在するバシトラシンの量は単位用量あたり３ｍｇである。別の実施形態において、組成物は経口処方物である（例えば、バッカル錠）。
【００５４】
別の局面において、本発明は被験体における病原体感染を処置する方法を特徴とし、病原体感染を有すると診断された被験体に、バクテリオファージＴ４リゾチームおよびパパインまたはバシトラシンを含む薬学的組成物を投与する工程を包含する。１つの実施形態において、この薬学的組成物はバクテリオファージＴ４リゾチーム、パパインおよびバシトラシンを含む。別の実施形態において、この薬学的組成物は経口処方物である。
【００５５】
上記の局面の任意のものの種々の実施形態において、このＴｐ１７様ポリペプチドは、細菌、ウイルス、寄生生物、プラスミド、プリオン、マイコプラズマおよび糸状菌因子からなる群より選択される病原体に由来する。
【００５６】
先の局面の任意のものの他の実施形態において、この病原体は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｕｔｉｄａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉｉ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｐａｒａｈｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｈｅｐａｔｉｃｕｓ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｙｒｉｎｇａｅ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｍｕｌｔｏｃｉｄａ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｓｕｉｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）、コロナウイルス、呼吸器性シンシチウムウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、風疹ウイルス、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ、Ｔｒｙｐａｎｏｚｏｍａ  ｓｐｐ．、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｖｉｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒａｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、２型単純ヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、ＴＡＣＡＲＩＢＥウイルス、ブルータングウイルス、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｃｏｘｉｅｌｌａ  ｂｕｒｎｅｔｔｉ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、チンパンジーサイトメガロウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトパピローマウイルス、デング熱ウイルス、口蹄疫ウイルス、西ナイルウイルス、鳥インフルエンザウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、ＬｄＭＮＰＶ、���ｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｏｖａｌｅ、Ｅｉｍｅｒｉａ  ｔｅｎｅｌｌａ、Ｅｉｍｅｒｉａ  ａｃｅｒｖｕｌｉｎａ、Ｇｉａｒｄｉａ  ｌａｍｂｌｉａ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｙｏｅｌｌｉおよびＡｎｏｐｈｅｌｅｓ  ｇａｍｂｉａｅによって運ばれる病原体である。
【００５７】
先の局面の任意のものの他の実施形態において、この病原体はＴｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｃｏｘｉｅｌｌａ  ｂｕｒｎｅｔｔｉ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、ならびにＳａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ  血清型Ａおよび血清型Ｂ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ、ならびにＢｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓである。好ましくは、この病原体はＴｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍである。
【００５８】
先の局面の任意のものの他の実施形態において、このモチーフはアミノ酸コンセンサス配列ＣＳ２：Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａ３  Ｘａａ４（配列番号３）を含み、ここでＸａａ１はＣｙｓ、Ｌｙｓ、Ｖａｌ、Ａｌａであるか、または存在せず；Ｘａａ２はＡｌａ、ＣｙｓまたはＬｙｓであり；Ｘａａ３はＡｌａ、ＡｓｐまたはＧｌｕであり、そしてＸａａ４はＣｙｓ、ＧｌｙまたはＬｙｓである。先の局面の任意のものの他の実施形態において、このＴｐ１７様ポリペプチドは配列Ｃｙｓ  Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｘａａ３  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａ４  Ｘａａ５  Ｘａａ６  Ｘａａ７  Ｘａａ８  Ｘａａ９  Ｘａａ１０  Ｘａａ１１  Ｘａａ１２  Ｘａａ１３  Ｃｙｓ（配列番号２）を含み、ここでＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ１０、Ｘａａ１１、Ｘａａ１２またはＸａａ１３は任意のアミノ酸であるか、または存在しない。先の局面の任意のもののなお他の実施形態において、このモチーフはアミノ酸コンセンサス配列ＣＳ３：Ｘａａ  Ｃｙｓ  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ａｌａ  Ｇｌｙ（配列番号２５）を含み、ここでＸａａはＣｙｓまたはＶａｌである。先の局面の任意のもののさらに他の実施形態において、このモチーフは、ＣＣＰＨＡＧ（配列番号４）、ＶＣＰＨＡＧ（配列番号５）、ＶＡＰＨＤＣ（配列番号６）、ＫＡＰＨＤＫ（配列番号７）、ＶＫＰＨＤＧ（配列番号８）；ＫＫＰＨＡＫ（配列番号９）、ＫＡＰＨＥＫ（配列番号１０）、ＫＫＰＨＡＣ（配列番号１１）、ＶＡＰＨＡＧ（配列番号１２）、ＶＫＰＨＡＫ（配列番号１３）、ＶＫＰＨＡＣ（配列番号１４）、ＶＡＰＨＥＧ（配列番号１５）、ＶＫＰＨＥＫ（配列番号１６）、ＶＣＰＨＥＫ（配列番号１７）、ＣＫＰＨＡＧ（配列番号１８）、ＡＣＰＨＡＧ（配列番号１９）またはＫＣＰＨＤＣ（配列番号２０）、ＶＫＰＨＤＫ（配列番号２１）、ＫＫＰＨＡＧ（配列番号２２）、およびＣＡＰＨＥＫ（配列番号２３）からなる群より選択される。
【００５９】
上記の局面の任意のものの種々の実施形態において、このリゾチームポリペプチドは以下のアミノ酸配列：
【００６０】
【化４】
0005414972.tif 000004
を含み、ここでＸａａは任意のアミノ酸であるか、または存在しない。
【００６１】
先の局面の任意のものの他の実施形態において、上記のＴｐ１７様ポリペプチドまたは上記のリゾチームポリペプチドあるいはそれらの断片は、生物学的サンプルから単離され、組換えポリペプチドであるか、アフィニティタグに融合されるか、固体支持体（例えば樹脂、ゲル、ビーズ、ウェル、カラム、チップ、膜、マトリックス、プレート、およびフィルターデバイス）に付着されるか、ヒトポリペプチドに由来するか、検出可能に標識される（例えば、フルオロフォア、蛍光タンパク質、発色団、放射性部分、発光性部分および酵素学的に活性な標識で標識される）。なお他の実施形態において、上記リゾチームポリペプチドおよび上記Ｔｐ１７様ポリペプチドは、約０．００１〜約１，０００，０００の間の分子比において存在する。
【００６２】
本発明の組成物および方法は、病原体（例えば、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｅｓｃｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｏ１５７：Ｈ７およびＥ．ｃｏｌｉ  Ｋ１）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｕｔｉｄａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉｉ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｐａｒａｈｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｈｅｐａｔｉｃｕｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｙｒｉｎｇａｅ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｍｕｌｔｏｃｉｄａ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｓｕｉｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、２型単純ヘルペスウイルス、インフルエンザウイルス、ＴＡＣＡＲＩＢＥウイルス、ブルータングウイルス、チンパンジーサイトメガロウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトパピローマウイルス、デング熱ウイルス、口蹄疫ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、ＬｄＭＮＰＶ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｏｖａｌｅ、Ｅｉｍｅｒｉａ  ｔｅｎｅｌｌａ、Ｅｉｍｅｒｉａ  ａｃｅｒｖｕｌｉｎａ、Ｇｉａｒｄｉａ  ｌａｍｂｌｉａ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｙｏｅｌｉｉ、およびＡｎｏｐｈｅｌｅｓ  ｇａｍｂｉａｅによって運ばれる病原体）に対する抗体の同定および／または定性に有用である。別の実施形態において、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒａｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、エボラウイルス、リフトバレー熱ウイルス、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）ウイルス、痘瘡ウイルス、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ  Ｓｐｐ、マイコプラズマ、リケッチア、真菌および酵母のような病原体が検出される。
【００６３】
別の実施形態において、本発明は、サンプル中の抗病原体抗体を検出するための組成物を提供し、この組成物は（ａ）ＴＡＰＨＲＧＬＡＴＬＹＮＧＤＣ（配列番号２６）またはＣＳＰＥＶＧＱＭＤＣ（配列番号２７）のアミノ酸配列を含むポリペプチド、および（ｂ）リゾチームポリペプチドの全長またはその断片を含む。
【００６４】
１つの実施形態において、リゾチームポリペプチド（Ａ）およびＴｐ１７様ポリペプチド（Ｂ）は、約０．００１〜約１，０００，０００の間のモル比（Ａ／Ｂ）において存在する。好ましい実施形態では、リゾチームポリペプチド（Ａ）およびＴｐ１７様ポリペプチド（Ｂ）は、約０．０１〜約１，０００，０００の間のモル比（Ａ／Ｂ）において存在する。別の好ましい実施形態では、リゾチームポリペプチド（Ａ）およびＴｐ１７様ポリペプチド（Ｂ）は、約０．１〜約１，０００，０００の間のモル比（Ａ／Ｂ）において存在する。最も好ましくは、リゾチームポリペプチド（Ａ）およびＴｐ１７様ポリペプチド（Ｂ）は、約１〜約１０００、約１０〜約１０００、または約１００〜約１０００の間のモル比（Ａ／Ｂ）にて存在する。
【００６５】
本発明の方法は、疾患（例えば、梅毒、ＨＩＶ感染、陰部ヘルペス、腺ペスト、赤痢、細菌性赤痢、虫歯、Ｅ．ｃｏｌｉ感染、嚢胞性線維症、結核、コレラ、Ａ群またはＢ群ストレプトコッカス感染症、ブドウ球菌感染症、胃潰瘍、百日咳（ｗｈｏｏｐｉｎｇ  ｃｏｕｇｈ）、腸球菌感染症、クラミジア症、ブルセラ症、中耳炎、髄膜炎、インフルエンザ感染、マラリア、Ｂ型肝炎ウイルス感染およびＣ型肝炎ウイルス感染）の診断に用いられる。別の実施形態において、本発明の方法は、サルモネラ症、淋疾、ビブリオ症、大腸菌症、肺炎、気管支炎、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）、およびリソソーム蓄積症のような細胞質蓄積症の診断に用いられる。
【００６６】
本発明はまた、サンプル中のリゾチームを検出するための方法であって、このサンプルをＴｐ１７様ポリペプチドと接触させる工程、およびこのＴｐ１７様ポリペプチドのこのリゾチームへの結合を検出する工程による方法を提供する。リゾチームの抗菌活性は、Ｔｐ１７様ポリペプチドがこのリゾチームへ結合することを許容する条件下で、サンプルとこのＴｐ１７様ポリペプチドとを接触させることによって減少される。このサンプルは病原体調製物（例えば、細菌、ウイルス、寄生生物、プラスミド、マイコプラズマ、糸状菌因子（例えば、真菌および酵母）、およびプリオン調製物）であり得る。このサンプルはまた、リゾチームの汚染をなくすことが必要な物質（例えば、生物学的サンプル（咽喉吸引物、血液培養（ｈｅｍｏｃｕｌｔｕｒｅ）、脳脊髄液）、培養管（ｃｕｌｔｕｒｅ  ｖｅｓｓｅｌ）、細胞培養物、キュベット、綿棒、臨床的診断装置またはアッセイ物質、医学的機器、流体、水、食物、薬物、インプラント、または移植片）であり得る。
【００６７】
本発明の方法はまた、効果的な量のＴｐ１７様ポリペプチドを被験体（例えば、ヒトのような動物）に投与することによる、この被験体におけるリゾチームの抗菌活性を減少のためにも用いられ得る。この方法は、正常なレベルを越えて上昇したリゾチーム活性に関連する、癌、感染性疾患、炎症疾患、アルツハイマー病、アミロイド腎症、白血病、クローン病およびアレルギーのような疾患の処置または予防のために用いられる。
【００６８】
別の局面において、本発明は、サンプル中の病原体を検出するための組成物を提供し、この組成物は、Ｔｐ１７様ポリペプチドに結合し得るリガンドまたは結合パートナーを含む。１つの実施形態において、このリガンドは、例えばリゾチームポリペプチド、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、またはＦａｂ断片、あるいはＤＮＡまたはＲＮＡのアプタマーを含む。１つの実施形態において、このリガンドは検出分子を含む。
【００６９】
別の局面において、本発明は、（１）リガンド（例えばリゾチームポリペプチド）が病原体または病原体ポリペプチドへ結合することを可能にする条件下で、Ｔｐ１７様ポリペプチドへ結合し得るこのリガンドとサンプルを接触させる工程；および（２）存在する場合、このリガンドが病原体または病原体ポリペプチドへ結合することを検出する工程であって、ここでこのような結合は、サンプル中の病原体または病原体ポリペプチドの存在を示す工程によって、サンプル中の病原体を検出する方法を提供する。１つの実施形態において、このリガンドは、検出分子（例えば、フルオロフォア、蛍光タンパク質、発色団、放射性部分、発光性部分または酵素学的に活性なレポーター）によって標識される。
【００７０】
別の局面において、本発明は、Ｔｐ１７様ポリペプチド、およびこのＴｐ１７様ポリペプチドに結合し得るリガンドを備えるキットを提供する。１つの実施形態において、このリガンドは、固体支持体（例えば、樹脂、ビーズ、ウェル、チップ、カラム、ゲル、膜、またはフィルターデバイス）に付着される。好ましい実施形態において、このリガンドはリゾチームポリペプチドである。
【００７１】
別の局面において、本発明は、目的のポリペプチドに連結されたＴｐ１７様ポリペプチドを含む組換え融合タンパク質を提供する。１つの実施形態において、このＴｐ１７様ポリペプチドは、目的のポリペプチドのＮ末端またはＣ末端にある。別の実施形態において、このＴｐ１７様ポリペプチドは、目的のポリペプチドのＮ末端またはＣ末端の間にある。１つの実施形態において、この組換えタンパク質はリゾチーム活性を減少させ得る。本発明はさらに、Ｔｐ１７様ポリペプチドを目的のポリペプチドに連結することによる組換え融合タンパク質の調製の方法を提供する。なおさらに本発明は、（１）この組換え融合ポリペプチドを含むサンプルを、このポリペプチドがリゾチームへ結合することを可能にする条件下で、リゾチームと接触させる工程；（２）このサンプルを洗浄する工程；および（４）このリゾチームからこの組換え融合ポリペプチドを溶離させる工程によって、目的のポリペプチドのアフィニティ精製のために、この組換え融合タンパク質を用いる方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、このＴｐ１７様ポリペプチドから目的のポリペプチドを単離する工程を包含する。１つの実施形態において、このリゾチームは固体支持体に連結される。
【００７２】
別の局面において、本発明は、病原体感染に関連する疾患の処置または予防の必要がある被験体に、Ｔｐ１７様ポリペプチドによる阻害に抵抗性のリゾチームの有効量を投与する工程による、病原体感染に関連する疾患の処置または予防のための方法を提供する。
【００７３】
別の局面において、本発明は、病原体感染に関連する疾患の処置または予防の必要がある被験体に、Ｔｐ１７様ポリペプチドがリゾチームポリペプチドへ結合することを阻害する、効果的な量の試薬を投与する工程による、病原体感染に関連する疾患の処置または予防のための方法を提供する。１つの実施形態において、この試薬は、Ｔｐ１７様ポリペプチドの、ヒトまたはニワトリのリゾチームのグルタミン酸５３への結合、あるいは他の種における対応するアミノ酸への結合を阻害する（番号付けは、登録番号ＮＰ＿０００２３０において登録された全長ヒトリゾチーム配列を参照する）。別の実施形態において、この試薬はペプチド、化学薬物、抗体、核酸、ＰＮＡ、低分子干渉ＲＮＡ、あるいはバクテリオファージ、ＤＮＡアプタマーまたはＲＮＡアプタマーである。別の実施形態において、この試薬はリゾチームリガンドである。
【００７４】
本発明はまた、２型単純ヘルペスウイルス由来のｇＪ糖タンパク質またはｇＤ糖タンパク質の少なくとも１つを含む処置またはワクチンを提供する。本発明はまた、（ａ）リゾチームリガンドおよび／または（ｂ）リゾチームポリペプチドを含むワクチンを提供する。
【００７５】
「Ｔｐ１７様ポリペプチド」によって、Ｘａａｎ  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａｎコンセンサス配列を含み、そしてリゾチームポリペプチドに結合する能力またはリゾチームの生物学的活性を阻害する能力を有するアミノ酸配列またはその断片を意味する。例示的なＴＰ１７様ポリペプチドは、図１および図２に提供される。Ｔｐ１７様ポリペプチドとしては、Ｔｐ１７の全ての改変体、ホモログ、および変異体、その全長または断片、ならびに材料のパートのような上記の任意のものを含む融合タンパク質が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、ＴＰ１７様ポリペプチドは、Ｘａａｎ  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａｎコンセンサス配列を含み、そしてＴＰ１７（Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号２９７２２；配列番号３１）またはその断片と少なくとも５０％、７５％、８５％、９５％、または９９％同一である。他の実施形態において、「Ｔｐ１７様ポリペプチド」は、以下のコンセンサス配列：ＣＸ（１，５）［ＫＲＨ］［ＡＧ］［ＫＲＨ］Ｘ（０，２）［ＫＲ］Ｘ（０，１）［ＥＤＱＮ］Ｃ（配列番号１７８）を含み、リゾチームに結合する。
【００７６】
「変異Ｔｐ１７様ポリペプチド」によって、天然に存在する配列の配列と比較して少なくとも１アミノ酸変化を有するＴＰ−１７様ポリペプチドを意味する。このような変化としては、例えば、アミノ酸置換、アミノ酸欠失、またはアミノ酸挿入が挙げられる。いくつかの実施形態において、変異Ｔｐ１７様ポリペプチドホモログ、変異体、断片、置換および改変は、リゾチームとの結合能力を保持する。１つの好ましい実施形態において、このようなポリペプチドはリゾチームと結合するが、その抗菌活性を阻害しない。図７はポリペプチド変異体の、標的にされ、およびランダムな同定についての例示的な方法を記載する。
【００７７】
「Ｔｐ１７様核酸分子」または「変異Ｔｐ１７様核酸分子」は、それぞれＴｐ１７様ポリペプチドまたは変異Ｔｐ１７様ポリペプチドをコードする核酸配列を意味する。
【００７８】
「ＡＰＰ様ポリペプチド」によって、リゾチームに結合し、そして以下のコンセンサス配列：ＣＸ（１，５）［ＫＲＨ］［ＡＧ］［ＫＲＨ］Ｘ（０，２）［ＫＲ］Ｘ（０，１）［ＥＤＱＮ］Ｃ（配列番号１７８）を含むポリペプチドを意味する。
【００７９】
「リゾチームポリペプチド」によって、以下のコンセンサス配列
【００８０】
【化５】
0005414972.tif 000005
を含み、そして抗菌活性または酵素活性を有するアミノ酸配列を意味する。例示的なリゾチームポリペプチドは図３Ａおよび図３Ｂに収載される。１つの好ましい実施形態において、リゾチームポリペプチドは、ヒトリゾチーム（Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号ＮＰ＿０００２３０、ＮＰ＿７８３８６２、ＮＰ＿１１５９０６、ＮＰ＿８９８８８１、ＮＰ＿６５３２３５、ＮＰ＿０６５１５９、ＮＰ＿７７６２４６、ＮＰ＿９９５３２８、ＮＰ＿００２２８０）と少なくとも５０％、７５％、８５％、９５％または９９％同一である。
【００８１】
「変異リゾチームポリペプチド」によって、天然に存在するリゾチームアミノ酸配列と比較して少なくとも１アミノ酸変化を含むリゾチームアミノ酸配列を意味する。
【００８２】
「リゾチーム核酸分子」または「変異リゾチーム核酸分子」によって、それぞれリゾチームポリペプチドまたは変異リゾチームポリペプチドをコードする核酸分子を意味する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００８３】
（発明の詳細な説明）
一般に、本発明は、病原体（例えばＴｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ）の感染を有する被験体の検出および処置に関連する組成物および方法を特徴とする。下により詳細に記載するように、本発明は、病原体により発現されるポリペプチドであるＴｐ１７が、宿主により発現される抗菌ポリペプチドであるリゾチームと結合してこれを阻害することの発見に部分的に基づく。多くの病原体がＴｐ１７関連タンパク質を発現するので、宿主の免疫応答を阻害するこの方法は、多数の病原体に渡って保存されるようである。したがって、本発明はこの知見に基づく病原体感染の処置または予防の方法を提供する。さらに、本発明は、Ｔｐ１７−リゾチーム複合体へ結合する抗体の検出に基づく改善された診断アッセイを提供する。
【００８４】
（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｐ１７様ポリペプチド）
本発明の組成物および方法は、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｐ１７（Ｔｐ１７）ポリペプチド（Ｇｅｎｂａｎｋ登録番号Ｐ２９７２２；配列番号３１）およびＴｐ１７様ポリペプチドを含む。これらのポリペプチドは、図１Ａ、図１Ｂおよび図２に図示されるように特定の構造的類似性（本明細書中でひとまとめにして「Ｔｐ１７様ポリペプチド」と呼ばれる）および／または機能的な類似（例えば、リゾチームへの結合能力、あるいはリゾチームの酵素活性または抗菌活性を阻害する能力）を共有する。Ｔｐ１７ポリペプチド（配列番号３１）の少なくとも１つの領域および可能性のある２つの領域がリゾチームと結合する：アミノ酸部位２８〜３３のポリペプチド配列ＶＣＰＨＡＧ（配列番号５）およびアミノ酸部位１１４〜１１９のポリペプチド配列ＫＡＰＨＥＫ（配列番号１０）。図１Ａおよび図２は、多数の細菌種、ウイルス種、寄生生物種および哺乳動物種に由来する例示的なＴｐ１７様ポリペプチドのアラインメントをその登録番号と共に提供する。特に、図２に示されるアラインメントは、進化的に保存されたコンセンサス配列であるＸａａｎ  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａｎを同定し、これは全てのＴＰ１７様ポリペプチドに共通する。
【００８５】
１つの実施形態において、Ｔｐ１７様ポリペプチドは、Ｘａａｎ  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａｎ（配列番号１）のアミノ酸コンセンサス配列を含み、ここでＸａａは任意のアミノ酸であるか、存在しないか、またはペプチド結合であり、そしてｎは少なくとも１である。
【００８６】
別の実施形態において、今図１Ａおよび図１Ｂを参照して、このＴｐ１７様ポリペプチドはアミノ酸コンセンサス配列ＣＳ１：Ｃｙｓ  Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｘａａ３  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａ４  Ｘａａ５  Ｘａａ６  Ｘａａ７  Ｘａａ８  Ｘａａ９  Ｘａａ１０  Ｘａａ１１  Ｘａａ１２  Ｘａａ１３  Ｃｙｓ（配列番号２）を含み、ここでＸａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４、Ｘａａ５、Ｘａａ６、Ｘａａ７、Ｘａａ８、Ｘａａ９、Ｘａａ１０、Ｘａａ１１、Ｘａａ１２またはＸａａ１３は任意のアミノ酸であるか、存在しないか、またはペプチド結合である。好ましい実施形態において、Ｘａａ１はＬｙｓ、Ｇｌｙ、Ｉｌｅ、Ａｒｇ、Ｌｅｕ、Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｐｈｅであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ２はＴｈｒ、Ｈｉｓ、Ｃｙｓ、Ｇｌｎ、Ａｓｎ、Ｉｌｅ、Ｓｅｒ、Ｌｅｕであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ３はＨｉｓ、Ｌｙｓであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ４はＡｓｎ、Ｇｌｙ、Ｔｙｒ、Ｌｅｕ、Ａｌａ、Ｃｙｓ、Ｇｌｕ、Ｔｈｒ、Ａｒｇ、Ｍｅｔ、Ｐｒｏ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｐｈｅ、Ｈｉｓ、Ｇｌｎ、Ｌｙｓであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ５はＨｉｓ、Ａｒｇ、Ａｓｎ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒ、Ｌｙｓ、Ｇｌｕ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、Ｉｌｅ、Ｔｈｒ、Ｃｙｓ、Ｔｒｐ、Ｖａｌ、Ｇｌｎ、Ｐｈｅ、Ａｌａ、Ａｓｐであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ６はＶａｌ、Ｃｙｓ、Ａｌａ、Ａｓｐ、Ｓｅｒ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ、Ｇｌｕ、Ｌｙｓ、Ｌｅｕ、Ｇｌｎ、Ｉｌｅ、Ｔｙｒ、Ａｒｇ、Ａｓｎ、Ｍｅｔであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ７はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ｖａｌ、Ｍｅｔ、Ｐｒｏ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｃｙｓ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｐｈｅ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ８はＧｌｙ、Ａｓｎ、Ａｌａ、Ｉｌｅ、Ａｒｇ、Ｇｌｕ、Ｌｙｓ、Ｔｈｒ、Ｔｙｒ、Ｐｒｏ、Ａｓｐ、Ｌｅｕ、Ｓｅｒであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ９はＬｅｕ、Ａｒｇ、Ｐｈｅ、Ｉｌｅ、Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｌｙｓであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ１０はＶａｌ，Ｔｈｒ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｔｙｒ、Ａｒｇ、Ａｌａ、Ｔｒｐであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ１１はＰｒｏ、Ａｓｐ、Ｌｙｓ、Ａｓｎ、Ｇｌｙ、Ｔｈｒ、Ｉｌｅであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ１２はＩｌｅ、Ｖａｌ、Ｇｌｙ、Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｌｅｕであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；そしてＸａａ１３はＡｓｐ、Ｇｌｕ、Ｃｙｓ、Ｔｈｒであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合である。また、共通なＣＳ１に厳密に適合しない好ましいＴｐ１７様ポリペプチドは、関連モチーフＣＳＰＥＶＧＱＭＤＣ（配列番号２７）を有するヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ−１）Ｉｎｔタンパク質、および関連モチーフＴＡＰＨＲＧＬＡＴＬＹＮＧＤＣ（配列番号２６）を有する口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）ウイルスタンパク質ＶＰ１であ���（図１Ａ）。
【００８７】
別の実施形態において、今図２を参照して、このＴｐ１７様ポリペプチドは、アミノ酸コンセンサス配列ＣＳ２：Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａ３  Ｘａａ４（配列番号３）を含み、ここでＸａａ１はＣｙｓ、Ｌｙｓ、Ｖａｌ、Ａｌａであるかまたは存在しないか、またはペプチド結合であり；Ｘａａ２はＡｌａ、ＣｙｓまたはＬｙｓであり；Ｘａａ３はＡｌａ、ＡｓｐまたはＧｌｕであり、そしてＸａａ４はＣｙｓ、ＧｌｙまたはＬｙｓである。好ましい実施形態において、このＴｐ１７様ポリペプチドはアミノ酸配列ＣＣＰＨＡＧ（配列番号４）、ＶＣＰＨＡＧ（配列番号５）、ＶＡＰＨＤＣ（配列番号６）、ＫＡＰＨＤＫ（配列番号７）、ＶＫＰＨＤＧ（配列番号８）、ＫＫＰＨＡＫ（配列番号９）、ＫＡＰＨＥＫ（配列番号１０）、ＫＫＰＨＡＣ（配列番号１１）、ＶＡＰＨＡＧ（配列番号１２）、ＶＫＰＨＡＫ（配列番号１３）、ＶＫＰＨＡＣ（配列番号１４）、ＶＡＰＨＥＧ（配列番号１５）、ＶＫＰＨＥＫ（配列番号１６）、ＶＣＰＨＥＫ（配列番号１７）、ＣＫＰＨＡＧ（配列番号１８）、ＡＣＰＨＡＧ（配列番号１９）またはＫＣＰＨＤＣ（配列番号２０）、ＶＫＰＨＤＫ（配列番号２１）、ＫＫＰＨＡＧ（配列番号２２）またはＣＡＰＨＥＫ（配列番号２３）を含む。好ましい実施形態において、このＴｐ１７様ポリペプチドはＴｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｐ１７タンパク質または２型単純ヘルペスウイルス糖タンパク質Ｊを含む。
【００８８】
１つの実施形態において、本明細書中で定義される場合、このＴｐ１７様ポリペプチドはＩｖｙタンパク質を含まない。別の実施形態において、本発明はＣＫＰＨＤＣ（配列番号２４）を含むタンパク質を含まない。
【００８９】
別の実施形態において、このＴｐ１７様ポリペプチドは、Ｔｐ１７および２型単純ヘルペスウイルスｇＪタンパク質に共有される、例えばＸａａ  Ｃｙｓ  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ａｌａ  Ｇｌｙ（配列番号２５）（ここで、ＸａａはＣｙｓまたはＶａｌ）に対応するコンセンサス配列ＣＳ３を含む。
【００９０】
図７は、ポリペプチド変異体の、標的にされ、およびランダムな同定についての例示的な方法を記載する。
【００９１】
（リゾチーム分子）
リゾチームは細菌の細胞壁の加水分解を引き起こす。これは一般に粘膜表面に接触する流体および他の体液において見受けられ、そして細菌の感染に対する防御機構を構成する。この酵素は、Ｎ−アセチルムラミン酸の炭素番号１とＮ−アセチル−Ｄ−グルコサミンの炭素番号４との間のグリコシド結合を切断する。インビボにおいて、これらの２つの炭水化物は重合されて細胞壁の多糖を形成する。リゾチームは、４つの保存されたジスルフィド結合を有する、複数ドメインの混合したαおよびβ折り畳み構造を有する。
【００９２】
リゾチームはまた、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）および１型ＨＩＶ（ＨＩＶ−１）に対する強力な抗ウイルス効果を有する。ＨＳＶに感染された細胞単層における合胞体の形成は、鶏卵卵白リゾチームによって阻害される（Ｃｉｓａｎｉら（１９８９）Ｍｉｃｒｏｂｉｏｓ．５９：７３−８３）。さらに、リゾチームはインビトロアッセイにおけるグリシルリジン酸の抗ヘルペス活性を亢進する（Ｌａｍｐｉら（２００１）Ａｎｔｉｖｉｒ．Ｃｈｅｍ．Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．１２：１２５−１３１）。さらに、ヒト繊毛性性腺刺激ホルモン（ｈＣＧ）の調製物に見られる抗ＨＩＶ−１活性は、リゾチームＣに部分的に起因していた（Ｌｅｅ−Ｈｕａｎｇら（１９９９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃｉｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９６：２６７８−２６８１）さらに、Ｉｖｙと呼ばれるＥ．ｃｏｌｉタンパク質は、ヒトリゾチームおよびニワトリリゾチームに結合して、これを阻害することが報告された（Ｍｏｎｃｈｏｉｓら（２００１）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：１８４３７−１８４４１）。リゾチームとこのような病原体タンパク質との間の相互作用、およびこれらの作用の機構は先行技術において明白でない。本明細書中に記載されるように、Ｔｐ１７抗原とリゾチームとの相互作用の特徴づけは、少なくとも部分的に、リゾチームがどのように病原体タンパク質と相互作用し、そしてその活性を阻害するかということの説明を提供する。
【００９３】
リゾチームのレベルは、健康なコントロールと比べてＨＳＶ感染に罹患する患者においてより低く、このことは病原体の感染がリゾチーム生産の減少またはリゾチーム活性の阻害に関連することを示唆する。本発明は少なくとも部分的に、侵入する病原ウイルスにより生産されるタンパク質によってリゾチーム活性がどのように阻害されるかということの説明を提供し、このことは病原ウイルスがリゾチームに対するインヒビターを生産することによってリゾチームによる溶解を避ける機構を示唆する。それゆえ本発明は、インビトロにおけるリゾチーム阻害を軽減するための組成物および方法、ならびにインビボでの病原体感染の予防または処置のための組成物および方法を提供する。
【００９４】
本発明の組成物および方法は、ヒトリゾチームおよびそれとの配列類似性を有するポリペプチドを含む。図３Ａおよび図３Ｂは多数の種に由来するリゾチームポリペプチドのアラインメントを提供し、これらの種としては、カモ、ニワトリ、ウズラ、ホロホロチョウ、キジ、クジャク、シチメンチョウ、ヒメシャクケイ、ヤギ、ヒツジ、ウシ、シカ、ブタ、ラット、マウス、イヌ、ウサギ、サル、ミドリザル、アカゲザル、ヒヒ、マーモセット、タマリン、リスザル、ゴリラ、ヒト、オランウータン、テナガザル、オナガザル、ヤセザル、ラクダ、フクロネズミ、マス、ヒラメ、魚類、イヌ、ウマ、ロバ、ハリモグラ、ハト、ツメバケイ、ハマダラカ、カイコガ、アカスジシンジュサン（ｃｅｃｒｏｐｏｉａ）、ヤママユガ（ｓｉｌｋｍｏｔｈ）、キンウワバ、イモムシおよびウェブワームが挙げられる。リゾチームタンパク質のアラインメントは、以下のリゾチームコンセンサス配列を定義し：
【００９５】
【化６】
0005414972.tif 000006
ここで、Ｘａａは任意のアミノ酸であるかまたは存在しない。１つの実施形態において、このリゾチームコンセンサス配列は、配列
【００９６】
【化７】
0005414972.tif 000007
を含み、ここでアミノ酸の保存はＲｉｓｌｅｒ比較記号（Ｒｉｓｌｅｒら（１９８８）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２０４：１０１９）に従って表される。その表記系において、Ｘは任意のアミノ酸を表すかまたは存在せず、大文字は１００％のアミノ酸保存に対応し、小文字は５０％〜９０％の間を含むアミノ酸保存の値に対応する。さらに、以下の記号を用いて、配列の５０％より多くが共有される保存的変化が表される：＄はロイシンまたはメチオニンに対応し、！はイソロイシンまたはバリンに対応し、そして＃はアスパラギンまたはアスパラギン酸に対応する。
【００９７】
用語「リゾチーム」または「リゾチームポリペプチド」は、その全てのホモログ、変異体、全長または断片、置換、およびそれに対する欠失および付加を含む改変を包含する。１つの実施形態において、リゾチームポリペプチドはＴｐ１７様ポリペプチドと結合する能力、あるいは他の会合するまたは相互作用する能力を減少する変異を含む。結果として、この変異リゾチームポリペプチドは、病原体によって発現されるＴｐ１７様ポリペプチドによる阻害に耐性である。実施例７は、阻害耐性リゾチーム変異の標的にされ、およびランダムな同定についての例示的な方法を記載する。外因性のリゾチームは、本発明の方法において用いられるサンプルまたはＴｐ１７様ポリペプチド調製物以外に起因する（例えば、天然に存在しないか、または顕著に低い濃度で存在する）リゾチームである。１つの実施形態において、外因性のリゾチームは、サンプルまたはＴｐ１７様ポリペプチドに加えられて、本発明の組成物および方法を作り出すリゾチームである。
【００９８】
（Ｔｐ１７様ポリペプチドおよびリゾチームのホモログ、変異体および誘導体）
本発明はまた、ホモログ、変異体および誘導体を含む、Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの精製改変体または組換え改変体を提供する。いくつかの例において、組換え変異ポリペプチドは、天然のＴｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドと比較して組換えポリペプチドの生物学的活性を阻害する特異的変異（例えば、ミスセンス変異、挿入、欠失、またはナンセンス変異）を含む。特に有利なＴｐ１７様変異ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチドの親和性と等しいかまたはそれを越える親和性でリゾチームに結合するが、リゾチームの抗菌活性（例えば、病原体に発現される多糖を切断する能力）は阻害できない。このようなＴｐ１７様変異ポリペプチドは、病原体の感染の処置または予防に有用である。
【００９９】
本発明の特に有利な変異リゾチームポリペプチドは、天然のリゾチームと比較してＴｐ１７様ポリペプチドと結合できないか、または結合の減弱を示す（図３）。好ましくは、結合（例えば、結合の親和性または量）は少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、８５％、９５％または１００％減弱される。他の有利なリゾチームポリペプチドは、Ｔｐ１７様ポリペプチドへの結合能力を残すが、このような結合はリゾチームポリペプチドの抗菌活性（例えば、その酵素活性）を阻害しない。
【０１００】
特異的な生物学的効果は、Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの参照形態または天然に存在する（すなわち野生型）形態の使用とは相対的に、機能の限られたホモログ、変異体または誘導体（例えば、より副作用が少ないか、またはより治療効力が高い）の使用によって誘起され得る。Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの変異は、変異誘発によって（例えば、不連続の点変異、挿入、欠失または他の改変および変化の導入によって）生成され得る。例えば、天然に生じた変異または実験的に誘導された変異は、その変異ポリペプチドが由来したＴｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの生物学的活性と実質的に同じ活性、またはその部分集合のみを保持する変異Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドを生成し得る。あるいは、Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドのアンタゴニスト形態が生成され得る。このようなアンタゴニストは、天然に存在するリガンドと競合的に結合することによって、天然に存在するＴｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの機能を阻害する。
【０１０１】
本発明のＴｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの精製されたホモログまたは組換えホモログはまた、タンパク質分解性切断に天然に耐性である野生型Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの天然に存在するホモログを含む。
【０１０２】
Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドはまた、他の化学的部分（例えば、グリコシル基、脂質、ホスフェート、アセチル基など）と共有結合的なまたは凝集的な結合を形成することによって、化学的に改変されて、それぞれＴｐ１７様ポリペプチド誘導体またはリゾチームポリペプチド誘導体を生成し得る。Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの共有結合的誘導体は、タンパク質のアミノ酸側鎖にある官能基に、あるいはタンパク質のＮ末端またはＣ末端に上記の化学的部分を連結することで調製され得る。
【０１０３】
Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの構造の改変（例えば、アミノ酸変異）は、治療的効力または予防的効力、安定性（例えば、エキソビボでの有効期間、およびタンパク質分解への耐性）、または翻訳後改変（例えば、タンパク質のリン酸化パターンの変化）を亢進するような目的のためになされ得る。このような改変されたまたは変異のＴｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドは、Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの天然に存在する形態の少なくとも１つの活性を保持するように、あるいはその特異的なアンタゴニストを生成するように設計される場合、本明細書中でさらに詳細に記載されるＴｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの機能的等価物と考えられる。このような改変されたＴｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドは、例えばアミノ酸の置換、欠失または付加によって生成され得る。置換改変体は、保存的アミノ酸で置換されても、非保存的アミノ酸で置換されてもよい。
【０１０４】
例えば、イソロイシンまたはバリンによるロイシンの単発的置換、グルタミン酸によるアスパラギン酸の単発的置換、セリンによるトレオニンの単発的置換、または構造的に関連するアミノ酸によるアミノ酸の類似した置換（すなわち、等配電子のおよび／または等電点の変異）が、結果として生じる分子の生物学的活性に大きな影響を有しないと予期することは妥当である。保存的な置換は、その側鎖において関連するアミノ酸のファミリー内で起きる置換である。一般的にコードされるアミノ酸は４つのファミリーに分けられる：（１）酸性＝アスパラギン酸、グルタミン酸；（２）塩基性＝リジン、アルギニン、ヒスチジン；（３）非極性＝アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン；および（４）電荷を持たない極性＝グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、トレオニン、チロシン。同様の様式で、アミノ酸レパートリーは、（１）酸性＝アスパラギン酸、グルタミン酸；（２）塩基性＝リジン、アルギニン、ヒスチジン、（３）脂肪族＝グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、トレオニン（セリンおよびトレオニンは必要に応じて別に水酸化脂肪族に分類される）；（４）芳香族＝フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン；（５）アミド＝アスパラギン、グルタミン；および（６）硫黄含有＝システインおよびメチオニンとして分類され得る。ペプチドのアミノ酸配列における変化が、結果として機能を有するＴｐ１７様ポリペプチドホモログまたはリゾチームポリペプチドホモログ（例えば、結果として生じたポリペプチドが野生型を模倣するまたはこれと拮抗するという意味における機能性）を生じるかどうかは、改変ペプチドが野生型タンパク質と類似した様式でアッセイまたは細胞において反応を生じる能力、またはこのような反応を競合的に阻害する能力を評価することによって容易に決定され得る。１つ以上の置換が生じたポリペプチドは、同様の様式で容易に試験され得る。このようなホモログを試験するために有用なアッセイおよび試薬は、明細書を通して例示される。
【０１０５】
したがって、用語「ポリペプチド」は天然に存在するペプチドまたはタンパク質、および合成的にまたは組換え的に産生されたペプチドまたはタンパク質を含む。このポリペプチドは任意の長さのアミノ酸鎖を包含し得、ここでこのアミノ酸残基は共有結合的なペプチド結合によって連結される。しかし、アミノ酸および／またはペプチド結合が機能的なアナログによって置換された、このようなポリペプチドのペプチド模倣物もまた本発明に包含される。本発明に基づけば、アミノ酸は天然に存在しないアミノ酸アナログを包含する。
【０１０６】
本発明はさらに、Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドのコンビナトリアル変異体および短縮（ｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ）変異体の組み合わせの生成のための方法を企図し、そして可能性のある改変体配列（例えばホモログ）を同定するために特に有用である。このようなコンビナトリアルライブラリーのスクリーニングの目的は、例えば、アゴニストまたはアンタゴニストのいずれかとして作用し得るか、あるいは全体で新規の活性を有する、新規の変異Ｔｐ１７様ポリペプチドまたは変異リゾチームポリペプチドを生成することである。したがって、コンビナトリアル法により誘導される変異ポリペプチドは、生成されて、このポリペプチドの天然に存在する（野生型）形態と比較して増加した効力を有し得る。
【０１０７】
別の実施形態において、本発明は単離されたＴｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドを、好ましくは実質的に純粋な調製物（例えば、体液由来、または組換え的に生成されたポリペプチド）を特徴とする。Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドは全長のポリペプチドを含んでも、１つ以上の特定のモチーフ／ドメインに対応するより小さい断片を含んでも、例えば長さが少なくとも約５アミノ酸、約６アミノ酸、約７アミノ酸、約８アミノ酸、約９アミノ酸、約１０アミノ酸、約１１アミノ酸、約１２アミノ酸、約１３アミノ酸、約１４アミノ酸、約１５アミノ酸、約２０アミノ酸、約２５アミノ酸、約５０アミノ酸、約７５アミノ酸、約１００アミノ酸、約１２５アミノ酸、約１４８アミノ酸の断片を含んでもよい。
【０１０８】
ペプチドは固相技術を用いた直接的なペプチド合成によって生成され得る（例えば、Ｓｔｅｗａｒｔら（１９６９）Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｔｈｅｓｉｓ、ＷＨ  Ｆｒｅｅｍａｎ  Ｃｏ．  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ；Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ（１９６３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９−２１５４）。インビトロのタンパク質合成は、例えば、ＴｎＴ（登録商標）キット（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）またはＲＴＳキット（Ｒｏｃｈｅ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅ、Ｂａｒｃｅｌｏｎａ、Ｓｐａｉｎ）を用いた、または、例えばＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ４３１Ａ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）を製造業者の指示書に従って用いる、自動化されたアプローチを用いた、インビトロの組み合わされた転写および翻訳によって行われ得る。ペプチドは１つ以上の方法によって作られて、そして化学的に結合されて全長分子を生成してもよい。
【０１０９】
Ｔｐ１７のリゾチーム結合部位、および多数の病原体由来Ｔｐ１７様ポリペプチドに共有される結合部位のコンセンサス配列の特徴付けが活用されて、リゾチームポリペプチド／Ｔｐ１７様ポリペプチドの結合のインヒビター、ならびに、多数の病原体による疾患または変化されたリゾチーム活性によって特徴付けられる疾患のための診断（例えばプローブ）、予防および処置としてそれらを作りそして用いる方法を提供し得る。また、本発明はリゾチームの天然の改変体および遺伝的に改変された改変体（ホモログ、変異体および誘導体を含む）、およびそれらを作る方法を提供し、ここでこれらの改変体はＴｐ１７様ポリペプチドに結合し得ず、例えばペプチドグリカン結合および加水分解（例えば、それによってＴｐ１７様ポリペプチドによる阻害を逃れる）のような他のリゾチーム機能を保持する。これらの非野生型リゾチーム（ホモログ、変異体および誘導体を含む）は、梅毒、ＡＩＤＳおよび陰部ヘルペスを含む多くの病原体による疾患の処置または予防のために用いられ得る。
【０１１０】
本発明はまた、変化されたリゾチーム結合配列を有するＴｐ１７様変異ポリペプチド、および変化されたＴｐ１７様ポリペプチド結合配列を有する変異リゾチームポリペプチドを提供する。好ましくは、これらの変異ポリペプチドは変化した結合親和性を示す。特に好ましいのは、天然のＴｐ１７様ポリペプチドと比較してリゾチームへの結合が増加した（例えば、５％、１０％、２５％、５０％、７５％または１００％）Ｔｐ１７様変異ポリペプチドである。このような変異ポリペプチドは、リゾチームへの結合について天然のＴｐ１７様ポリペプチドと競合する。最も好ましいのは、リゾチームと少なくとも天然の親和性を以て結合するが、リゾチームの抗菌活性（例えば酵素活性）を阻害しないＴｐ１７様変異ポリペプチドである。特に好ましいリゾチーム変異ポリペプチドは、Ｔｐ１７関連ポリペプチドへの結合を減弱する（例えば、５％、１０％、２５％、５０％、７５％または１００％）かまたは除去した、変化された結合部位を有する。他の好ましいリゾチーム変異ポリペプチドはＴｐ１７関連ポリペプチドに結合するが、このような結合はリゾチームの抗菌活性を減少も除去もしない。
【０１１１】
Ｔｐ１７関連ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドにおける他の変化は、例えば部位特異的変異誘発またはコンビナトリアル生化学によってもたらされるような、インビトロまたはインビボの機能を変化させる。例えば、ペプチドグリカンへの結合能力を失ったが、Ｔｐ１７様ポリペプチドへの結合能力を保持するリゾチーム改変体が提供される。
【０１１２】
本発明はさらに、目的のポリペプチドとの融合ポリペプチドを生成するために用いられ得るＴｐ１７様ポリペプチドを提供し、これはリゾチーム（例えば、固体支持体（例えば、樹脂、ビーズ、ウェル、チップ、カラム、ゲル、膜またはフィルターデバイス）に結合される）を用いて安価にアフィニティ精製され得る。
【０１１３】
本発明により提供される配列情報はまた、リゾチームをプローブとして用いるＴｐ１７様ポリペプチドの同定、またはＴｐ１７様ポリペプチドをプローブとして用いるリゾチームの同定のための特異的なプローブを提供する。さらに、標準的な方法を用いてこれらの結合部位を定義する配列に対して、抗体が惹起され得る。
【０１１４】
（病原体感染検出方法を改良するための方法）
本発明はまた、サンプルにおける抗病原体抗体の改良された検出（例えば、病原体感染の診断として）のための方法および組成物を提供する。このような診断方法の例は特に梅毒に関連し得るが、当業者はこのような方法がＴｐ１７様ポリペプチドを産生する実質的に任意の病原体に対する免疫応答を検出するために一般的に有用であることを理解する。本発明の診断方法は、とりわけリゾチームを含む試薬を用いたサンプル中における抗病原体抗体の検出を包含する。実施例８は、抗Ｔｐ１７様ポリペプチド抗体についての例示的な梅毒アッセイの記載を提供する。上の方法および他の方法が、下記でさらに詳細に考察される。
【０１１５】
いかなる特定の理論とも結び付けられることなく、梅毒の被験体は、単離されたＴｐ１７タンパク質に対してだけでなく、Ｔｐ１７ポリペプチド／リゾチーム複合体に対しても免疫応答を発生するようである。このような被験体に由来する生物学的サンプルをリゾチームと接触させることは、Ｔｐ１７／リゾチーム複合体を認識する抗体の検出を可能にし、梅毒診断アッセイの感度を増加させる。同様に、Ｔｐ１７様タンパク質／リゾチーム複合体を認識する抗体の検出を包含する任意の病原体の診断方法は、そのアッセイ試薬にリゾチームを含めることで亢進される。好ましくは、アッセイ試薬へのリゾチームの添加は、診断方法の感度を、標準の診断方法と比較して少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％あるいは８５％または９５％も増加させる。
【０１１６】
（抗病原体抗体の検出のための組成物および方法）
本発明は、細菌性病原体（例えば、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｕｔｉｄａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉｉ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｐａｒａｈｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｈｅｐａｔｉｃｕｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｙｒｉｎｇａｅ、Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｍｕｌｔｏｃｉｄａ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｓｕｉｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ類、およびＡｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉｉ、Ｐｒｏｐｉｏｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）の存在、これらによる感染、またはこれらに対する免疫応答（例えば、体液性免疫応答）を示すサンプルにおける抗病原体抗体の検出のための組成物および方法を提供する。さらに、この組成物はウイルス性病原体（例えば、コクサッキーウイルス、２型単純ヘルペスウイルス、Ａ型インフルエンザウイルス、ＴＡＣＡＲＩＢＥウイルス、ブルータングウイルス、チンパンジーサイトメガロウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、ヒトサイトメガロウイルス（ＨＣＭＶ）、ヒトパピローマウイルス、デング熱ウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、口蹄疫ウイルス（ＨＭＤ）、ヒト免疫不全ウイルス、風疹ウイルス、およびＬｄＭＮＰＶ）の存在、これらによる感染、またはこれらに対する免疫応答（例えば、体液性免疫応答）を検出するために用いられる。さらに、この組成物は寄生生物（例えば、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｏｖａｌｅ、Ｅｉｍｅｒｉａ  ｔｅｎｅｌｌａ、Ｅｉｍｅｒｉａ  ａｃｅｒｖｕｌｉｎａ、Ｇｉａｒｄｉａ  ｌａｍｂｌｉａ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｙｏｅｌｉｉおよびＡｎｏｐｈｅｌｅｓ  ｇａｍｂｉａｅによって運ばれる���原体）の存在、これらによる感染、またはこれらに対する免疫応答（例えば、体液性免疫応答）を検出するために用いられる。さらに、この組成物はパラ結核菌、エボラウイルス、リフトバレー熱ウイルス、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）ウイルス、痘瘡ウイルス、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ類、マイコプラズマ、リケッチア、真菌または酵母の存在、これらによる感染、またはこれらに対する免疫応答（例えば、体液性免疫応答）を検出するために用いられる。このような抗体は、例えばＴｐ１７様ポリペプチド、リゾチームポリペプチド、Ｔｐ１７様ポリペプチド／リゾチームポリペプチド複合体、またはそれらの断片に結合する抗体を検出するアッセイによって同定される。
【０１１７】
Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドはアフィニティタグ（例えば、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、６−ヒスチジンテール（ＨＩＳ）、マルトース結合タンパク質、エラスチン様ペプチド、またはＳｔｒｅｐ−Ｔａｇ（ＩＢＡ、Ｇｏｅｔｔｉｎｇｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ））を含み得る。Ｔｐ１７様ポリペプチド、リゾチーム、および／またはＴｐ１７様ポリペプチド−リゾチーム複合体は、固体支持体（例えば、樹脂、ビーズ、ウェル、チップ、カラム、ゲル、膜、マトリックス、プレートまたはフィルターデバイス）に付着され得る。複数のウェルのプレートまたはマイクロチップの使用は、多数のサンプルの大規模な試験や、あるいは単一のサンプルを二連で試験するため、または多数の病原体因子の存在を試験するために有用である。
【０１１８】
１つの実施形態において、本発明の方法は、存在する場合、サンプルに存在する抗病原体抗体の（ｉ）Ｔｐ１７様ポリペプチド単独；（ｉｉ）リゾチーム単独；または（ｉｉｉ）Ｔｐ１７様ポリペプチド−リゾチーム複合体への結合を検出する工程を包含する。１つの実施形態において、この方法は（ａ）サンプル中の抗体のＴｐ１７様ポリペプチドへの結合を許容する条件下において、サンプルをこのＴｐ１７様ポリペプチドと接触させる工程；および（ｂ）抗体のリゾチームへの結合を許容する条件下において、このサンプルをこの実質的に純粋な外因性のリゾチームに接触させる工程を包含する。このＴｐ１７様ポリペプチドおよびリゾチームは互いに結合されても、さもなければ抗体がＴｐ１７様ポリペプチドおよびリゾチームの双方（例えば、Ｔｐ１７様ポリペプチドおよびリゾチームの複合体）に結合し得るように会合されても良い。Ｔｐ１７様ポリペプチド、リゾチームまたはこれらの複合体への抗体の結合は、１５〜２５℃、またはこの抗体のＴｐ１７様ポリペプチドおよび／またはリゾチームへの結合を許容する任意の温度で起き得る。
【０１１９】
好ましい実施形態において、このアッセイは凝集アッセイ（例えば、実施例８および実施例９において記載されるように行われる血球凝集アッセイ）である。この凝集アッセイにおいて用いられるキャリア粒子は、例えば赤血球であっても、タンパク質凝集粒子であっても、ポリマー性粒子であっても、無機粒子であっても、常磁性粒子であっても、酵母細胞であってもよい。好ましい実施形態において、血球凝集はリゾチームの添加によって、少なくとも約０．１〜約２０倍の、約０．３〜約１０倍の、または約１〜約１０倍の、例えば、好ましくは少なくとも約３倍亢進される。このリゾチームは、アッセイサンプルが得られた被験体（例えば、ヒト）と同じ種に由来し得る。このリゾチームはＴｐ１７様ポリペプチド試薬、希釈緩衝液、またはアッセイにおいて用いられる任意の試薬または容器に加えられ、そして任意の時点で、一回でまたは何回かに分けて、例えば、アッセイの試薬の残りまたは容器にサンプルが接触する前、間あるいは後に加えられ得る。特定の実施形態において、外因性のリゾチームが約１ｆｇ／ｍｌ〜約９９９ｍｇ／ｍｌの範囲の濃度で存在する。リゾチームは約１ｎｇ／ｍｌ〜約９９９μｇ／ｍｌの範囲の濃度（例えば、１、１０、２５、５０、１００、２５０、５００または１０００ｎｇ／ｍｌ、あるいは、１、１０、２５、５０、１００、２５０、５００または１０００μｇ／ｍｌ）で存在する。
【０１２０】
別の実施形態において、抗病原体抗体はＥＬＩＳＡアッセイを用いて検出される。ＥＬＩＳＡアッセイを実行するための方法は当該分野において周知である。手短に言うと、サンプル中のＴｐ１７様ポリペプチドに対する抗体の存在を検出するために、例えばＥＬＩＳＡプレートのような固相が、Ｔｐ１７様ポリペプチド単独、Ｔｐ１７様ポリペプチドおよびリゾチームの組み合わせ、またはリゾチーム単独で、プレート上の別々のウェルにコーティングされる。洗浄した後、抗Ｔｐ１７様ポリペプチド抗体、抗Ｔｐ１７様ポリペプチド−リゾチーム複合体抗体、および／または抗リゾチーム抗体を含み得るサンプルがウェルに加えられる。このサンプルはＥＬＩＳＡプレートのいくつかのウェルに適用され得、そして抗Ｔｐ１７様ポリペプチド抗体の二次結合パートナー（例えば、検出可能な標識を有するウサギ抗ヒトＩｇＧ）を用いて、あるいは三次抗体または検出試薬（例えば、ストレプトアビジン−ビオチン、あるいは標識されたプロテインＡまたはプロテインＧ）を用いて、直接的な標識（適切である場合）を介して検出される。あるいは、検出はまた標識されたＴｐ１７様ポリペプチドを用いて達成され得る。特異的抗体が区別をつけて標識される場合、１種類より多い抗体の検出が同じサンプル中で（例えばＥＬＩＳＡプレートの同じウェル中で）起き得る。このことは、例えば異なるＵＶ吸収極大を有する色素を用いて、独立して定量され得る異なる信号を生成する標識の使用を通して達成され得る。さまざまに処理されたウェルについてのＥＬＩＳＡ値は比較されて、Ｔｐ１７様ポリペプチド単独、Ｔｐ１７様ポリペプチド−リゾチーム複合体、および／またはリゾチーム単独に対する抗体の存在を決定し得る。本明細書中で記載される任意のイムノアッセイは、標準の方法に従って、その同族の抗体に結合し得るＴｐ１７様ポリペプチド−リゾチーム複合体を、液相または固相のいずれかで作製するリゾチームの使用によって、Ｔｐ１７様ポリペプチドおよびＴｐ１７様ポリペプチド−リゾチーム複合体に対する抗体の検出の実行において用いられ得る。
【０１２１】
特定の理論に限定することなく、このリゾチームがＴｐ１７様ポリペプチドとの複合体を形成し、それによって、Ｔｐ１７−リゾチーム複合体だけに結合し、Ｔｐ１７様ポリペプチド単独には結合しない抗体との結合のための基質を形成するので、このアッセイはリゾチームの添加によって亢進されるようである。したがって、このアッセイにリゾチームを添加することで、Ｔｐ１７様ポリペプチド単独、リゾチーム単独またはその複合体を指向する抗体がサンプル中で検出される（図４）。
【０１２２】
本発明の１つの実施形態において、このアッセイは、リゾチームのＴｐ１７様ポリペプチドへの結合が拡充されるように、ペプチドグリカン結合活性を有さない天然の精製されたリゾチームまたは組換えリゾチーム（例えばリゾチーム変異体）を用いて達成され得る。この選択的結合は、例えば、リゾチームの部位特異的変異誘発、または、例えば実施例７に記載されるような当該分野で公知の他の方法によって達成され得る。
【０１２３】
別の実施形態において、このリゾチーム分子は変化されて、Ｔｐ１７様ポリペプチドへの結合能力を除かれ得、結果として生じた変異体はＴｐ１７様ポリペプチドによる阻害に耐性となり得る。このような変異体は、Ｔｐ１７様ポリペプチド毒性因子を備える病原体に対する亢進された抗菌活性を示し得る。アセチルムラミダーゼ活性および／または抗菌活性が影響されないように選択された、リゾチームコード配列に局在された変異はリゾチーム／インヒビター相互作用を不安定化し、そして病原体タンパク質（例えば、Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｔｐ１７抗原またはＩｖｙファミリーのメンバー）による阻害に対する耐性を与える。このような変異リゾチームは、感染性疾患の処置のための新規かつ興味深い組成物を表す。さらに、それらの増進された効力および活性スペクトルによって、それらは市販される薬用調製物において現在用いられるニワトリリゾチームよりも優れている。
【０１２４】
（インビトロにおけるリゾチーム活性を阻害するための組成物および方法）
別の局面において、本発明は、サンプルをＴｐ１７様ポリペプチドまたはその断片に接触させることによってサンプル中のリゾチーム活性を減少させるための組成物および方法を提供し、ここで、このＴｐ１７様ポリペプチドはサンプル中のリゾチームに結合してリゾチーム活性を阻害する。この処置は、リゾチームの不活性化または中和を必要とする任意のサンプル（例えば、ヒトへの投与のための薬学的流体の調製、細胞培養物流体、食物、薬物、水、あるいは他の摂食のための流体または因子、インプラント、移植片、あるいはリゾチームが望ましくないまたは有害である任意の他の調製物）にとって有用である。本発明の組成物および方法は、例えば給水の小規模または大規模な処理に適する。この組成物および方法は、リゾチームの汚染が無いと考えられる材料、またはリゾチーム活性の阻害が望まれる物質（例えば、生物学的サンプル、培養容器、キュベット、綿棒、臨床的診断装置またはアッセイ物質、医療用装置、細胞培養物、咽喉吸引物、脳脊髄液（ｃｅｒｅｂｏｓｐｉｎａｌ  ｆｌｕｉｄ）サンプルまたは血液培養（ｈｅｍｏｃｕｌｔｕｒｅ））のリゾチームを阻害するために用いられ得る。いくつかの実施形態において、このＴｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチーム結合断片は固体支持体に固定され、そしてサンプル中に存在するリゾチームはＴＰ１７様ポリペプチドに結合される。
【０１２５】
１つの実施形態において、反芻動物の噴門洞由来の物質は、本発明の方法および組成物を用いて試験されても処理されてもよい。この物質としては、例えば細菌、酵母、カビ、および原生動物細胞が挙げられる。このフロラは反芻動物における栄養素の分解および同化を制御する。１つの実施形態において、Ｔｐ１７様ポリペプチドによるリゾチームの阻害、またはリゾチームによるＴｐ１７様ポリペプチドの阻害は、栄養素の同化速度変更し得、そして特定の状況において有利であり得る。
【０１２６】
このサンプルはまた、病原体抽出物の回収が細胞溶解の阻害によって亢進されるような細菌性サンプルであり得る。
【０１２７】
さらに、前もって決定された配列のＴｐ１７様ポリペプチドの存在下においてリゾチームが細菌の細胞溶解を阻害し得る程度を決定することによる細菌の同定について、本発明は有用である。例えば、本発明の方法はＨＳＶ−１の感染とＨＳＶ−２の感染とを区別するために用いられ得る（実施例６を参照のこと）。
【０１２８】
（インビトロにおけるリゾチーム活性を減少させる方法）
Ｔｐ１７様ポリペプチド上のリゾチーム結合モチーフの同定はまた、動物（例えば、哺乳動物、鳥類または魚類）におけるリゾチーム活性の阻害、不活性化または中和のための組成物および方法（例えば、ワクチンを含む治療的なものまたは予防的なもの）を提供する。リゾチーム結合モチーフを含むＴｐ１７様ポリペプチドは、Ｔｐ１７様ポリペプチドのリゾチームへの結合をブロックするために用いられ得る。それゆえ本発明は、効果的な量のＴｐ１７様ポリペプチドを投与することによって動物におけるリゾチーム活性を減少させる方法を提供する。このような方法は、疾患（例えば、癌、感染性疾患、炎症疾患、アルツハイマー病、アミロイド腎症、白血病、クローン病およびアレルギー）の処置または予防に用いられ得る。
【０１２９】
（病原体およびＴｐ１７様ポリペプチドのリガンドの検出のための方法）
本発明の組成物および方法はまた、サンプルにおける病原体の検出のために用いられ得る。Ｔｐ１７様ポリペプチドに結合し得るリガンドを含む組成物（例えばリゾチームポリペプチド、またはリゾチーム結合に競合し得る分子）が用いられ得る。あるいは、このリガンドはモノクローナル抗体であっても、ポリクローナル抗体であっても、Ｔｐ１７様ポリペプチドに結合するＦａｂ断片であってもよい。
【０１３０】
このリガンドは直接的に検出され得、例えば検出分子（例えば、フルオロフォア、蛍光タンパク質、発色団、放射性部分、発光性部分あるいは酵素学的に活性なリポーターまたは標識）に連結される。例示的な検出分子は当該分野で周知であり、例えばフルオレセイン結合体、西洋ワサビペルオキシダーゼ結合体、アルカリホスファターゼ結合体およびイソルミノール結合体である。本発明のこの実施形態において、サンプルはリゾチームと、または他のＴｐ１７様リガンドと、このリガンドの病原体または病原体ポリペプチドとの結合を許容する条件下において接触され、そして存在する場合このリゾチームの病原体または病原体ポリペプチドとの結合が検出される。このような結合は、サンプル中の病原体または病原体ポリペプチドの存在を示し得る。
【０１３１】
本発明の組成物および方法はまた、サンプル中におけるリゾチームの存在を検出するために有用である。サンプルはＴｐ１７様ポリペプチドと接触され、そしてサンプル中におけるＴｐ１７様ポリペプチドのこのリゾチームとの結合が検出される。
【０１３２】
（キット）
本発明の組成物および方法は、Ｔｐ１７様ポリペプチド、リゾチームおよびそのリガンド（ｌｉｇａｎｄ  ｔｈｅｒｅｆｏｒｅ）のうちの少なくとも１つを含む診断キットまたは治療キットに包含され得る。Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドの投与、アッセイまたは精製に必要または有用な試薬（例えば、反応容器（例えば、固体支持体、樹脂、ビーズ、ウェル、チップ、カラム、ゲル、膜およびフィルターデバイスを含む）、コントロール標準または使用説明書）がまたこのキットに含まれ得る。このような診断キットまたは治療キットは、病原体感染（例えば、梅毒またはヘルペス）の診断または処置、あるいはアルツハイマー病のために有用である。
【０１３３】
（融合ペプチドおよびアフィニティクロマトグラフィー）
本発明のＴｐ１７様ポリペプチドまたはその断片は、リゾチームポリペプチド（例えば、固体支持体（例えば、カラム）に連結された）を用いたアフィニティクロマトグラフィーにおける使用のためのアフィニティタグとして有用である。それゆえ本発明は、第二のポリペプチド配列にペプチド結合で連結された第一のポリペプチド配列を含む組換え融合タンパク質（例えば、Ｔｐ１７融合タンパク質）を提供し、ここで第一のポリペプチド配列はＴｐ１７様ポリペプチドを含み、そして第二のポリペプチド配列は目的のアミノ酸配列を含む。１つの実施形態において、第一のポリペプチド配列は第二のポリペプチド配列に天然には連結されない。このＴｐ１７様ポリペプチドは、目的のポリペプチドをリゾチームアフィニティカラムに結合させるために用いられる精製カセットとして作用する。この精製カセットは分子の任意の部分（例えば、目的のポリペプチドのＮ末端またはＣ末端）に位置し得る。あるいは、この精製カセットはＮ末端とＣ末端との間に位置し得る。この組換え融合ポリペプチドは、第一のポリペプチド配列をペプチド結合によって第二ポリペプチド配列に連結することで調製され、ここで第一のポリペプチド配列はＴｐ１７様ポリペプチド精製カセットを含み、そして第二のポリペプチド配列は目的のアミノ酸配列を含む。次いでこのＴｐ１７融合タンパク質は、Ｔｐ１７様ポリペプチドのリゾチームとの結合を許容する条件下において、Ｔｐ１７融合タンパク質を含むサンプルをリゾチームと接触させることで、目的のポリペプチドを精製するための方法において用いられる。次いで形成された複合体は洗浄され、そしてこのＴｐ１７融合タンパク質はリゾチームから溶離され、そして目的のタンパク質が当該分野で周知の方法に従ってこの精製カセットから単離され得る。１つの実施形態において、このＴＰ１７様ポリペプチド断片は、少なくともリゾチーム結合コンセンサス配列（例えば、配列番号１）を含む５、１０、１５、２０、２５、５０、７５または１００アミノ酸の断片である。
【０１３４】
（他の疾患の処置または予防の方法）
リゾチームポリペプチドは、変異の存在に起因して少なくともいくつかのＴｐ１７様ポリペプチドに結合しない（例えば、リゾチーム機能の阻害）ことが提供される。これらの変異は、リゾチームの触媒作用活性に影響しない残基を標的とされる。このような変化されたリゾチームポリペプチドは標準の方法（例えば、本明細書中で記載される、部位特異的変異誘発またはランダムな変異誘発）によって作製される。このようなリゾチームは、Ｔｐ１７様ポリペプチドによる阻害の回避に有用であり、そして病原体感染の予防または処置に用いられ得る。本発明はまた、Ｔｐ１７様ポリペプチドに結合し得ない効果的な量のリゾチームポリペプチドを投与することによって病原体感染を阻害するための方法を提供する。
【０１３５】
本発明はまた、リゾチームインヒビター（例えばＴｐ１７様ポリペプチド）のリゾチームのＥ５３（番号付けは、登録番号ＮＰ＿０００２３０として受託された全長ヒトリゾチーム配列を参照する）への結合を阻害する試薬の同定のための方法を提供する。好ましい実施形態において、この試薬はポリペプチド、化学物質、薬物、抗体、核酸、アプタマーまたはＰＮＡである。例えば、このインヒビターはＴｐ１７様ポリペプチドのリゾチームのＥ５３への結合を妨げる任意のこのような分子である。
【０１３６】
（スクリーニングアッセイ）
上に記載されるように、Ｔｐ１７様ポリペプチドのリゾチームポリペプチドへの結合は、リゾチームの抗菌活性を阻害し得る。この知見に基づき、本発明の組成物は、Ｔｐ１７様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの間の結合を増強するまたは減弱させる候補化合物の同定のための、このような候補化合物のハイスループットかつ低コストなスクリーニングのために有用である。かなり多数の方法が、Ｔｐ１７様ポリペプチドおよびリゾチームポリペプチドの結合を調節する新たな候補化合物の同定のためのスクリーニングアッセイを行うために、本発明によって利用可能であり、そして企図される。
【０１３７】
１つの実施形態において、候補化合物は、Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドと特異的に結合するものについてスクリーニングされる。このような候補化合物の効力は、このようなポリペプチドまたはその機能的に同等なものと相互作用する能力に依存する。このような相互作用は、かなり多数の標準の結合技術および機能的アッセイ（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、前出に記載されるもの）を用いて容易にアッセイされ得る。１つの実施形態において、候補化合物は、本発明のポリペプチドに特異的に結合する能力についてインビトロで試験され得る。別の実施形態において、候補化合物は、本明細書中に記載されるリゾチームポリペプチドの生物学的活性を亢進する能力について試験される（例えば、Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチド）。Ｔｐ１７様ポリペプチドおよび／またはリゾチームポリペプチドにおける、この候補化合物の生物学的活性の影響は、当業者に公知の任意の標準的な方法（例えば、実施例３に記載されるアッセイ）を用いてアッセイされる。
【０１３８】
１つの特定の実施例において、Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチドに結合する候補化合物は、クロマトグラフィーに基づく技術を用いて同定される。例えば、本発明の組換えポリペプチドは、このポリペプチドを発現するように工作された細胞（例えば、本明細書中に記載されるもの）から標準の技術を用いて精製され得、そしてカラムに固定化され得る。次いで候補化合物の溶液がカラムを通り、Ｔｐ１７様ポリペプチドまたはリゾチームに特異的に相互作用する化合物は、そのポリペプチドに結合し、そしてカラムに固定化される能力に基づいて同定される。この化合物を単離するために、カラムが洗浄されて非特異的結合した分子を除き、次いで目的の化合物がカラムから放出され、そして収集される。同様の方法がポリペプチドマイクロアレイ（例えば、複数のＴｐ１７様リゾチーム結合モチーフを含むアレイ）に結合する化合物を単離するために用いられ得る。この方法（または任意の他の適切な方法）により単離される化合物は、必要に応じて、さらに精製される（例えば、高速液体クロマトグラフィーによって）。さらに、これらの候補化合物は、Ｔｐ１７様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの間の結合を調節する能力について試験され得る。結合は、例えば複合体化された分子の数を増加または減少させることで、結合親和性を変化させることで、複合体が形成する可能性を変化させることで、または結合について分子の一方または双方と競合することで、変化され得る。他の実施形態において、この化合物はリゾチームの抗菌活性を増強する能力についてアッセイされる。さらに他の実施形態において、この化合物は、ＣＸ（１，５）［ＫＲＨ］［ＡＧ］［ＫＲＨ］Ｘ（０，２）［ＫＲ］Ｘ（０，１）［ＥＤＱＮ］Ｃ共通モチーフを含むポリペプチド（例えばβ−アミロイド前駆体タンパク質）とリゾチームポリペプチドとの間の相互作用を調節する能力についてアッセイされる。
【０１３９】
このアプローチにより単離された化合物は、例えば、ヒト患者における病原体感染、リゾチーム障害またはアルツハイマー病を処置するための治療として用いられ得る。本発明のポリペプチドと、１０ｍＭ以下の親和力定数（ａｆｆｉｎｉｔｙ  ｃｏｎｓｔａｎｔ）で結合するように同定された化合物は、本発明において特に有用であると考えられる。あるいは、任意のインビボタンパク質相互作用検出系（例えば、任意のツーハイブリッドアッセイ）が利用され得る。潜在的なアゴニストおよびアンタゴニストとしては、本発明の核酸配列またはポリペプチド（例えば、Ｔｐ１７関連ポリペプチドまたはリゾチームポリペプチド）と結合する有機分子、ペプチド、ペプチド模倣物、ポリペプチド、核酸、および抗体が挙げられる。Ｔｐ１７様ポリペプチドのリゾチーム阻害によって特徴付けられる障害（例えば、病原体感染）を有する患者のためには、Ｔｐ１７様ポリペプチドのリゾチームへの結合を阻害する、あるいはリゾチームの抗菌活性または酵素活性を亢進する化合物が特に有用である。過剰なリゾチーム活性によって特徴付けられる障害を有する患者のためには、リゾチームと結合して、そしてその活性を阻害する、またはＴｐ１７様ポリペプチドとリゾチームとの間の結合を亢進する化合物が特に有用である。
【０１４０】
本明細書に収載されるＴｐ１７様ポリペプチドおよびリゾチームポリペプチドをコードするＤＮＡ配列はまた、病原体感染、リゾチーム障害、またはアルツハイマー病を有する患者の処置のための治療的化合物の発見および開発に用いられ得る。このコードされたタンパク質は、発現によって、薬物のスクリーニングの標的として用いられ得る。必要に応じて、上に記載した任意のアッセイにおいて同定された化合物は、Ｔｐ１７様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの間の結合を調節する、またはリゾチームポリペプチドの活性を調節する化合物についてのインビボでのアッセイにおいて有用であるとして確認され得る。本発明の小さな分子は好ましくは２０００ダルトン未満の、より好ましくは３００〜１０００ダルトンの、最も好ましくは４００〜７００ダルトンの分子量を有する。これらの小さな分子は有機分子であることが好ましい。
【０１４１】
（試験化合物および抽出物）
一般に、Ｔｐ１７様ポリペプチドのリゾチームポリペプチドへの結合を調節し得る化合物は、天然の産物もしくは合成（もしくは半合成）抽出物の双方の大きなライブラリー、または化学物質ライブラリーから、あるいはポリペプチドまたは核酸ライブラリーから、当該分野で公知の方法に従って同定される。薬物の発見および開発の分野における当業者は、試験抽出物または化合物の正確な供給源が本発明のスクリーニング手順に重大ではないことを理解する。スクリーニングで用いられる化合物は公知の化合物（例えば、他の疾患または障害について用いられる公知の治療）を含み得る。あるいは、実質的に任意の数の未知の化学的抽出物または化合物が、本明細書に記載される方法を用いてスクリーニングされ得る。このような抽出物または化合物の例としては、植物に基づく抽出物、真菌に基づく抽出物、原核生物に基づく抽出物、または動物に基づく抽出物、発酵ブロス、および合成的化合物、ならびに現存の化合物の改変体が挙げられるが、これらに限定されない。多数の方法がまた、かなり多数の化学的化合物（糖類に基づく化合物、脂質に基づく化合物、ペプチドに基づく化合物、および核酸に基づく化合物が挙げられるが、これらに限定されない）のランダムな合成または指向的な合成（例えば、半合成または全体的な合成）をきたすために利用可能である。合成的化合物のライブラリーは、Ｂｒａｎｄｏｎ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ（Ｍｅｒｒｉｍａｃｋ、Ｎ．Ｈ．）およびＡｌｄｒｉｃｈ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ（Ｍｉｌｗａｕｋｅｅ、Ｗｉｓ．）から市販される。あるいは、細菌抽出物、カビ抽出物、植物抽出物、および動物抽出物の形態の天然化合物のライブラリーが多数の供給源（Ｂｉｏｔｉｃｓ（Ｓｕｓｓｅｘ、ＵＫ）、Ｘｅｎｏｖａ（Ｓｌｏｕｇｈ、ＵＫ）、Ｈａｒｂｏｒ  Ｂｒａｎｃｈ  Ｏｃｅａｎｇｒａｐｈｉｃｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（Ｆｔ．Ｐｉｅｒｃｅ、Ｆｌａ．）、およびＰｈａｒｍａＭａｒ，Ｕ．Ｓ．Ａ．（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、Ｍａｓｓ．）が挙げられる）から市販される。さらに、天然におよび合成的に生成されたライブラリーは、必要に応じて、当該分野で公知の方法に従って（例えば、標準的な抽出および分画方法によって）生成される。さらに、必要に応じて、任意のライブラリーまたは化合物が、標準の化学的、物理的、または生化学的方法を用いて容易に改変される。
【０１４２】
さらに、薬物の発見および開発の分野における当業者は、回数の減少（ｄｅｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ）（例えば、分類学的回数の減少、生物学的回数の減少、および化学的回数の減少、またはそれらの任意の組み合わせ）、または複製の除去、またはその活性が既に公知である物質の反復の方法が、可能であるときはいつでも用いられることを容易に理解する。
【０１４３】
粗製抽出物がＴｐ１７様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの間の結合を調節することが見出される場合、観察された効果の原因となる化学的成分を単離するために、陽性の主要な抽出物のさらなる分画が必要である。したがって、抽出プロセス、分画プロセスおよび精製プロセスの目標は、Ｔｐ１７様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの間の結合を変化させる粗製抽出物に含まれる化学的存在物の注意深い特徴付けおよび同定である。このような不均質な抽出物の分画および精製の方法は、当該分野で公知である。必要に応じて、病原体感染またはリゾチーム障害の処置のための治療剤として有用であると示された化合物は、当該分野で公知の方法に従って化学的に改変される。
【０１４４】
（抗体の調製）
本発明のイムノアッセイにおける使用に適切なモノクローナル抗体は、差次的な結合アッセイを用いて、その抗体がＴｐ１７様ポリペプチド、リゾチーム、Ｔｐ１７様ポリペプチド−リゾチーム複合体、または他の目的の抗原に特異的であり、そして関連するタンパク質との間に交差反応性を示さないか、または限定された交差反応性しか示さないことを確実にすることで、標準のハイブリドーマ方法によって調製され得る。あるいは、適切なモノクローナル抗体は、抗体操作方法（例えばファージディスプレイ）を用いて調製され得る。抗体ファージディスプレイライブラリーから高度に特異的な抗体を取得する方法は当該分野で公知であり、そしていくつかのファージ抗体ライブラリーが、例えばＭｏｒｐｈｏＳｙｓ（Ｍａｒｔｉｎｓｒｉｅｄ、Ｇｅｒｍａｎｙ）、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＵＫ）、およびＤｙａｘ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ）から市販される。適切なファージディスプレイ方法は、例えば、米国特許第６，３００，０６４号および同第５，９６９，１０８号に記載され、これらの文献はその全体が本明細書で参考として援用される。また、例えば「Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ」ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら（編）（ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ  １９９６）およびその参考文献も参照のこと。ファージディスプレイ抗体方法は、ＦａｂまたはｓｃＦｖ形式における抗体のライブラリーを使用し得る。一旦、抗体の重鎖遺伝子および軽鎖遺伝子がファージ抗体から回収されると、任意の適切な形式の抗体が調製され得る（例えば、抗体全体、Ｆａｂ、ｓｃＦｖなど）。
【０１４５】
他の抗体調製物（例えば、重鎖免疫グロブリン鎖しか含まない、ラクダ化抗体）もまた使用され得る。例えば、Ｍｕｙｌｄｅｒｍａｎｓら（２００１）Ｊ．Ｂｉｏｇｅｃｈｎｏｌ．７４：２７７−３０２、およびその参考文献を参照のこと。
【０１４６】
あるいは、抗原（例えば、Ｔｐ１７様ポリペプチド、リゾチーム、または他の目的の抗原）の検出のために、ポリクローナル抗体調製物が使用され得る。ファージディスプレイ法もまた、ポリクローナル抗体の再生できる集団の調製に用いられ得る。例えば、抗体ライブラリーは、固体表面に結合する他の抗原上の吸収によって交差反応するクローンが徹底的に除去されて、次いで固体表面上をパニングして、目的の抗原に結合する抗体を同定し得る。結果として得られるクローンの集団はまた、当該分野で周知の方法を用いて、無関係のタンパク質（例えば、ウシ血清アルブミンなど）をもつ表面での吸収によって交差反応性のクローンが除去され得る。このことは結果として、目的の抗原に特異的に結合する抗体の集団の同定につながる。
【０１４７】
目的の抗原に特異的なポリクローナル抗体はまた、従来の動物に基づく方法を用いて調製され得る。このような抗原（例えばペプチド）は、キャリアタンパク質（例えば、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ））に、そのＮ末端またはＣ末端において結合体化され得、そして周知の免疫レジメンを用いて動物（たとえばウサギ）を免疫するために用いられ得る。特異的なポリクローナル抗体は、例えば固体支持体に結合した免疫化に用いられるペプチドを含むマトリックス上におけるアフィニティクロマトグラフィーによって、動物の血清から得られ得る。また一方、例えばＴｐ１７様ポリペプチドに対して生じる抗血清が、固体支持体に結合した他のポリペプチドに対して吸収されて、任意の交差反応性抗体を除き得、そして逆もまた真である。
【０１４８】
（イムノアッセイ）
多数のイムノアッセイのうちのいずれもが、本発明の方法の実施において用いられ得る。例えば、酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）、凝集アッセイ、ラジオイムノアッセイ、濁度アッセイ、比濁分析アッセイ、免疫クロマトグラフィー、化学発光アッセイ、および蛍光アッセイ。このようなアッセイは当該分野で周知であり、そして本明細書中に詳細に記載される（Ａｎｄｒｅｏｔｔｉら（２００３）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ３５：８５０−８５９）。
【０１４９】
ＥＬＩＳＡアッセイを実行するための方法は、当該分野で周知である。手短に言うと、サンプル中におけるＴｐ１７様ポリペプチドの存在を検出するために、例えば、固相（例えばＥＬＩＳＡプレート）が、リゾチームでコーティングされる。洗浄後、Ｔｐ１７様ポリペプチドを含み得るサンプルが、加えられる。このサンプルは、ＥＬＩＳＡプレートのいくつかのウェルに適用され得、そして（適切な場合には）直接的な標識を介してか、標識された抗Ｔｐ１７様ポリペプチド抗体を用いることによってか、あるいは二次抗体および三次抗体または検出試薬（ストレプトアビジン−ビオチン）または標識されたプロテインＡもしくは標識されたプロテインＧを用いることによって、検出され得る。特異的な抗体が差次的に標識される場合、同じサンプルにおいて（例えば、ＥＬＩＳＡプレートの同じウェルにおいて）１つよりも多い抗原の検出が生じ得る。このことは、例えば異なるＵＶ吸収極大を有する色素を用いることによって、独立して定量され得る別個のシグナルを生成する標識の使用を必要とする。有用な色素およびスペクトルとしては、西洋ワサビペルオキシダーゼのためのＡＢＴＳ（２，２’−アジノビス（３−エチルベンゾチアゾリン−６−スルホン酸）（２，２’−ａｚｉｎｏｂｉｓ（３−ｅｔｈｙｌｂｅｎｔｈｉａｚｏｌｉｎｅ−ｂ−ｓｕｌｐｈｏｎｉｃ  ａｃｉｄ）））色素生産性基質（４１０ｎｍにおける吸収光）および西洋ワサビペルオキシダーゼのためのＴＭＢ（３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン）色素生産性基質（１Ｍ  Ｈ２ＳＯ４の添加後に４５０ｎｍにおける吸収光）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１５０】
他の公知のタンパク質検出方法が、上記のイムノアッセイの代わりに、またはこれに加えて、用いられ得る。例えば、タンパク質の非表面エピトープに対する抗体を用いる場合、検出前にそのタンパク質の酵素的消化または化学的消化（例えば、ＣＮＢｒ）が用いられ得る。例えば、全長のＴｐ１７様ポリペプチドが、Ｔｐ１７様ポリペプチドに結合する一般的な抗体を用いて取得され得、続いて酵素的タンパク質消化が行われ得、そしてＴｐ１７様ポリペプチド特異的抗体を用いて検出され得る。タンパク質のＣＮＢｒ消化のための改善された方法は、Ｋａｉｓｅｒら（１９９９）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２６６：１−８に記載される。
【０１５１】
用いられ得る他の方法としては、ウェスタンブロット、ファーウェスタンブロット、免疫組織化学、スポットブロット／スロットブロット技術、プロテインチップ、およびバイオセンサーが挙げられる。ウェスタンブロットについては、例えば、二つ組のタンパク質サンプルがアクリルアミドゲル上にて電気泳動され、膜（例えば、ニトロセルロースまたはＰＶＤＦ）に移され得る。一方のブロットは、Ｔｐ１７様ポリペプチドに対する抗体を用いて検出され、そして一方のブロットは、コントロールタンパク質に対する抗体を用いて検出される。次いで、これらの一次抗体は、例えば、標識された二次抗体を用いて検出される。あるいは、目的のタンパク質に対して特異的な抗体およびコントロールタンパク質に対して特異的な抗体が、異なる蛍光色素で各々標識され、そして同じブロットと同時的に反応される。各々の色素の蛍光強度が、測定され、そしてその強度の比は２つのタンパク質の比を示す。
【０１５２】
ファーウェスタンブロットは、タンパク質の固体支持体への固定化工程、タンパク質に直接的に結合する可能性があるリガンドでこの支持体をプローブする工程、および結合したタンパク質−リガンドの免疫検出工程を、包含する。例示的なファーウェスタンブロットが、図５に示され、そして実施例２に詳細に記載される。
【０１５３】
免疫組織化学については、二つ組の組織切片が、目的のポリペプチドに対して特異的な抗体およびコントロールのポリペプチドに対して特異的な抗体を用いて処理され得る。これらの一次抗体は、直接的に標識されても、適切な二次抗体を用いて検出されても良い。染色強度は、電荷結合素子（ＣＣＤ）カメラを用いて測定され得、そしてこのタンパク質が定量される。この染色強度の比は、上記タンパク質の量の比を示す。あるいは、抗体が異なる蛍光標識で標識された場合、単一の切片が双方の抗体を用いて染色され得る。
【０１５４】
スポットブロット／スロットブロット技術はまた、当該分野で周知である。例えば、上に記載したように、Ｔｐ１７様ポリペプチド抗体、Ｔｐ１７様ポリペプチド−リゾチーム複合体抗体、またはリゾチーム抗体を含む、同一の量の生物学的サンプルが、膜上に直接的にスポットされ得、そして、Ｔｐ１７様ポリペプチド、リゾチーム、および／またはＴｐ１７様ポリペプチド−リゾチーム複合体によって検出され得る。このプローブは標識されても、二次リガンドが用いられても良い。
【０１５５】
多くの型のバイオセンサーに基づく方法が、当該分野で公知であり、そして抗Ｔｐ１７様ポリペプチド抗体、抗Ｔｐ１７様ポリペプチド−リゾチーム複合体抗体、または抗リゾチーム抗体を検出および定量するために用いられ得る。例えば、Ｔｐ１７様ポリペプチドに対して特異的な抗体および／またはリゾチームに対して特異的な抗体を含むサンプルが、バイオセンサーの表面上に結合され得、Ｔｐ１７様ポリペプチドおよび／またはリゾチームが、コーティングされた表面に結合した場合、その表面のある性質において検出可能な変化が生じるようになる。バイオセンサーは、例えば、その表面上の質量変化、電気的性質における変化、または光学的性質における変化を測定する。これらの方法の各々は、当該分野で周知であり、そして本方法における使用のために適切である。
【０１５６】
市販のバイオセンサーに基づく方法は、例えばＢｉａｃｏｒｅ（Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）から入手可能であり、Ｔｐ１７様ポリペプチドに対する抗体および／またはリゾチームに対する抗体のレベルの変化を検出および定量するための本発明における使用のために適切である。また、例えば米国特許第６，２２５，０４７号（その内容は、その全体が本明細書中で参考として援用される）、およびＤａｖｉｅｓら（１９９９）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ２７：１２５８−６１に記載されるタンパク質検出方法を参照のこと。市販のプロテインチップ検出方法は、Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ（Ｆｒｅｍｏｎｔ、ＣＡ）から入手可能である。本発明は、スケールアップされて、例えば、細菌の株が薬物耐性株であるか、あるいはリゾチームに結合し得ないか、またはリゾチームを阻害するかを決定するために、２つ以上の病原体を検出または区別し得る。
【０１５７】
別の実施形態において、本明細書中に記載される方法のうちの任意のものは、当該分野で周知である競合的イムノアッセイであり得る。例えば、Ｔｐ１７様ポリペプチドに対する抗体および／またはリゾチームに対する抗体のレベルを測定するために、競合的サンドイッチイムノアッセイが行われ得、ここでＴｐ１７様ポリペプチドに対する結合について、サンプル中のＴｐ１７様ポリペプチド抗体と競合するために、既知のＴｐ１７様ポリペプチド抗体が用いられる。例えば、既知のＴｐ１７様ポリペプチド抗体の連続的な希釈物が、アッセイへの添加に先立ってサンプルまたはＴｐ１７様ポリペプチドと共にインキュベートされ得る。
【０１５８】
タンパク質検出のための質量分析方法もまた、例えば、サンプル中のＴｐ１７様ポリペプチドおよび／またはリゾチームに対する抗体またはそのフラグメントの、レベルにおける変化を検出および定量するために、用いられ得る。例えば、米国特許第５，７１９，０６０号；同第５，８９４，０６３号に記載された方法；ならびにＳｈｉｍｉｚｕら（２００２）Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ．Ａｎａｌｙｔ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉ．２５：７７６：１５−３０；Ｋｉｅｒｍａｎら（２００２）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．３０１：４９−５６；およびＰｒａｍａｎｉｋら（２００２）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉ．１１：２６７６−８７を参照のこと。質量分析に基づくタンパク質検出方法はまた、Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ（Ｆｒｅｍｏｎｔ、ＣＡ）から入手可能である。
【０１５９】
（生物学的サンプル）
本発明の組成物および方法のうちの任意のものを用いて分析または処理されるサンプルは、体サンプル（例えば、血液、血清、血漿、涙、唾液、鼻流体、痰、耳流体、生殖流体、乳房流体、初乳、乳、胎盤流体、汗（ｐｅｒｓｐｉｒａｔｅ）、滑液、腹水、脳脊髄液、胆汁、胃液、胃腸液、滲出液、漏出液、胸膜液、心膜流体、精液、糞便物質、上気道流体、腹膜流体、炎症または他の免疫応答の部位から収集された流体、プールされた収集部位から収集された流体、気管支洗浄、尿、眼房水、生検物質、反芻動物の噴門洞由来の物質、有核細胞サンプル、粘膜表面に関連する流体）を含み得る。あるいは、本発明に従う組成物および方法は、乾燥細胞サンプル（例えば、毛髪または皮膚）、あるいは目的の遺伝子または抗体が発現されるか沈着される、任意の組織の生検サンプルに対して行われ得る。
【０１６０】
（他のサンプル）
本明細書中で言及される場合、「サンプル」とはまた、リゾチームまたはＴｐ１７様ポリペプチドを含むことが疑われ得るか、あるいはさもなければ、リゾチームまたはＴｐ１７様ポリペプチドもしくはそれらに対する抗体の存在に関する試験または処理が必要な、任意の診断サンプル、実験的サンプルまたは臨床サンプル（例えば、培養管、キュベット、綿棒、医療用機器（例えば、手術用機器））を意味する。サンプルはまた、細胞培養物または流体培養物（例えば、咽喉吸引物、脳脊髄液サンプル、血液培養）であり得る。サンプルは１病原体調製物（例えば、細菌調製物、ウイルス調製物、寄生生物調製物、プラスミド調製物、マイコプラズマ調製物、糸状菌因子（例えば、カビ、酵母）調製物、またはプリオン調製物）であってもよい。サンプルは、液体因子または固体因子（例えば、食物、薬物、移植物、移植片、組織培養培地または細胞培養培地、水サンプル、あるいは滅菌が望まれるかまたは必要な、他の溶液、試薬または装置）であり得る。
【０１６１】
この組成物および方法は、病原体の混入または感染（例えば、病原体関連疾患（例えば、梅毒、ＨＩＶ感染、陰部ヘルペス、腺ペスト、赤痢、細菌性赤痢、虫歯、Ｅ．ｃｏｌｉ感染、嚢胞性線維症、結核、コレラ、Ａ群およびＢ群の連鎖球菌感染、ブドウ球菌感染、胃潰瘍、百日咳、クラミジア症、ブルセラ症、中耳炎、髄膜炎、インフルエンザ感染、マラリア、サルモネラ症、淋病、ビブリオ症、大腸菌症、肺炎、気管支炎、重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）））を診断または処置するために用いられ得る。１つの実施形態において、本発明の組成物および方法は、細胞質蓄積症（例えばリソソーム蓄積症）を診断または処置するために有用である。
【０１６２】
さらに、本発明の組成物および方法は、疾患（例えば、癌、感染性疾患、炎症性疾患、アルツハイマー病、アミロイド腎症、白血病、クローン病、およびアレルギー）を診断または処置するために用いられ得る。
【０１６３】
（投与）
リゾチームとの結合についてＴｐ１７様ポリペプチドと競合するＴｐ１７様ポリペプチドのインヒビターが、被験体（例えば、哺乳動物（例えば、ヒト））に投与され、リゾチームとのＴｐ１７様ポリペプチドの結合を阻害するために、その結果、リゾチームは病原体因子に対抗することができる。あるいは、Ｔｐ１７様ポリペプチドによる感染阻害に対して非感受性の変異リゾチームが、投与され得る。
【０１６４】
リゾチームとその同族のインヒビター（例えば、Ｔｐ１７様ポリペプチド）との結合を妨げる、任意の技術的手段（例えば、化学的薬物、競合ペプチド、抗体、ベクター、ｓｉＲＮＡ）が、予防的または治療的に用いられ得る。このようなインヒビターを含む任意の病原体に起因する病原性疾患（例えば、梅毒、ＨＩＶ感染、陰部ヘルペス、腺ペスト、赤痢、細菌性赤痢、虫歯、Ｅ．ｃｏｌｉ感染、嚢胞性線維症、結核、コレラ、Ａ群およびＢ群の連鎖球菌感染、ブドウ球菌感染、胃潰瘍、百日咳、腸球菌感染、クラミジア症、ブルセラ症、中耳炎、髄膜炎、インフルエンザ感染、マラリア、サルモネラ症、淋病、ビブリオ症、大腸菌症、肺炎、気管支炎、および重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ））に対抗するために、予防的または治療的に用いられ得る。１つの実施形態において、本発明の組成物および方法は、細胞質蓄積症（例えばリソソーム蓄積症）の予防または処置において有用である。
【０１６５】
あるいは、Ｔｐ１７様ポリペプチドとの結合についてリゾチームと競合するリガンドが、リゾチームの過剰生産に関連する疾患に罹患している患者、あるいはリゾチーム活性の減少が望まれる任意の疾患または状態に罹患している患者における、リゾチーム活性を不活性化するために、患者に投与され得る。
【０１６６】
Ｔｐ１７様ポリペプチド／リゾチーム結合のインヒビターの経口投与のための調製物は、活性化合物を徐放させるように適切に処方され得る。口腔内投与のために、このインヒビターは、従来の様式で処方される錠剤またはトローチ剤の形態をとり得る。あるいは、処置後サンプルを（例えば、擦過によって）得る前に、特定領域にインヒビターを塗布、噴霧、または適用され得る。吸入による投与のために、本発明の方法に従う使用のためのインヒビターは、適切な噴霧剤（例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素、または他の適切なガス）の使用を伴って、加圧されたパックまたは噴霧器からエアロゾル噴霧の体裁の形態にて、都合よく送達される。加圧されたエアロゾルの場合、投薬単位は、測定された量を送達するバルブを供給することで決定され得る。インヒビターの粉末混合物、および適切な粉末基剤（例えば、ラクトースまたはデンプン）を含む、吸入器または注入器における使用のための、（例えばゼラチンの）カプセルおよびカートリッジが、処方され得る。
【０１６７】
このインヒビターは、注射による（例えば、ボーラス注射または連続的注入による）非経口的投与のために、処方され得る。注射のための処方物は、添加された保存剤を含む単位投与形態（例えば、アンプルまたは多用量容器）にて提示され得る。このインヒビターは、油性または水性のビヒクル中の懸濁液、溶液、または乳濁液などの形態を採り得、そして処方剤（例えば、懸濁剤、安定剤、および／または分散剤）を含み得る。あるいは、このインヒビターは、使用前に適切なビヒクル（例えば、滅菌された、発熱物質を含まない水）で構成するために、粉末形態であり得る。
【０１６８】
このインヒビター（（例えば、従来の坐剤基剤（例えば、ココアバターまたは他のグリセリド）を含む）坐剤または持続浣腸（ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ  ｅｎｅｍａ）のようなインヒビター）はまた、直腸投与のために処方され得る。
【０１６９】
このインヒビターはまた、貯蔵調製物として処方され得る。例えば、非経口的貯蔵システム（ＰＤＳ）は、筋肉または皮下組織に注射または移植され、そして徐放様式にて放出される薬物を組み込んでおり、数日間〜１年間の範囲の、長期間にわたる放出速度の調整を可能とする。このような長期間作用する処方物は、移植（例えば、皮下移植、または筋肉内移植）または筋肉注射によって投与され得る。このインヒビターは、適切なポリマー性材料もしくは疎水性材料（例えば、受容可能な油の中の乳濁液として）またはイオン交換樹脂を用いて処方され得るか、あるいは難溶性誘導体（例えば、難溶性塩）として処方され得る。他の適切な送達システムとしては、長期間にわたって、インヒビターの局所的な非侵襲性送達の可能性を提供する、ミクロスフェアが挙げられる。この技術は、体の任意の選択された部分（例えば、眼または他の器官）に、冠血管カテーテルを介して、炎症も虚血も引き起こすことなく注入され得る、前毛細血管の大きさのミクロスフェアを利用する。投与されたインヒビターは、これらのミクロスフェアからゆっくりと放出され、そして周囲の組織細胞によって吸収される。
【０１７０】
このインヒビターの全身投与はまた、経粘膜手段または経皮手段を介し得る。経粘膜投与または経皮投与のために、浸透されるべき障壁に適する浸透剤が、処方物中で用いられる。このような浸透剤は当該分野で一般に公知であり、そして、例えば経粘膜投与のためには、胆汁酸塩およびフシジン酸誘導体が挙げられる。さらに、浸透を促進するために、界面活性剤が用いられ得る。経粘膜投与は、スプレー式点鼻薬を介し得、または坐薬を用い得る。局所投与のために、本発明のオリゴマーは、当該分野で一般に公知である軟膏（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、膏薬（ｓａｌｖｅ）、ゲル、またはクリームに処方される。治癒を促進させる目的で、損傷または炎症を処置するために、洗浄溶液が局所的に用いられ得る。
【０１７１】
（細胞）
本発明は、例えば、病原体ペプチドの調製または試験のための細胞を必要とし得る。培養された一次動物細胞株または培養された永続的な動物細胞株または培養された一次細菌細胞株または培養された永続的な細菌細胞株は、流体サンプルと同じ被験体に由来するか、別の個体に由来する一次細胞（単球、滑膜細胞、線維芽細胞、および内皮細胞が挙げられるが、これらに限定されない）であっても；一定範囲の組織起源および器官起源に由来する永続的な細胞株（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｔｙｐｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎのような、公共アクセス貯蔵所から利用可能な細胞株が挙げられるが、これに限定されない）であっても；あるいは「プロモーター読み出し」構築物で安定にトランスフェクトされた、一次細胞株または永続的な細胞株であってもよい。
【０１７２】
細菌細胞培養技術は、当該分野で周知である。例えば、細菌細胞は、２×ＹＴブロス中にて、振盪機上で３７℃にて増殖され得る。プラスミドまたはウイルスで形質転換された細菌の増殖の方法はまた、選択因子（例えば、アンピシリンまたは他の抗生物質）中での増殖を含み得る。細胞および細胞溶解物の調製、ならびにタンパク質および核酸の精製もまた、当該分野で周知である。
【０１７３】
本発明の実施は、他のように示されない限り、当業者の範囲内である、細胞生物学、分子生物学、遺伝子組換え生物学、微生物学、組換えＤＮＡ、および免疫学の従来技術を用い得る。このような技術は、文献において完全に説明される。Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ−Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（１９８９）第２版、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（編）Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、第１６章および第１７章；Ｈｏｇａｎら（１９８６）Ｍａｎｉｐｕｌａｔｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｍｏｕｓｅ  Ｅｍｂｒｙｏ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ；米国特許第４，６８３，１９５号；ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ、第Ｉ巻および第ＩＩ巻（１９８５）Ｇｌｏｖｅｒ（編）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（１９８４）Ｇａｉｔ（編）；Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（１９８４）ＨａｍｅｓおよびＨｉｇｇｉｎｓ（編）；Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（１９８４）ＨａｍｅｓおよびＨｉｇｇｉｎｓ（編）；Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｏｆ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌｓ（１９８７）Ｆｒｅｓｈｎｅｙ、Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．；Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  Ｃｅｌｌｓ  Ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅｓ（１９８６）ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ；Ｐｅｒｂａｌ（１９８４）Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  Ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．、Ｎ．Ｙ．）；Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  Ｖｅｃｔｏｒｓ  Ｆｏｒ  Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｃｅｌｌｓ（１９８７）ＭｉｌｌｅｒおよびＣａｌｏｓ（編）Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ；Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ、第１５４巻および第１５５巻、Ｗｕら（編）Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ  Ｉｎｃ．、Ｎ．Ｙ．；Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｉｎ  Ｃｅｌｌ  Ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９８７）ＭａｙｅｒおよびＷａｌｋｅｒ（編）Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｌｏｎｄｏｎ；Ｈａｎｄｂｏｏｋ  Ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、第Ｉ巻〜第ＩＶ巻（１９８６）ＷｅｉｒおよびＢｌａｃｋｗｅｌｌ（編）。
【０１７４】
それゆえ、本発明の方法は、診断手段および予後の判定手段として、疾患を処置するためまたは疾患に対して免疫するための手段として、疾患の進行および回復をモニターするための手段として、治療に対する応答または応答を欠くことを追跡するための手段として、代わりの薬物療法または併用する薬物療法の効力を評価するための手段として；ならびに薬物療法の妥当な治療用量を確立するのための手段として、有用である。本発明の方法はまた、薬物研究および開発に関連して、動物試験ならびに／またはフェーズＩ、フェーズＩＩ、フェーズＩＩＩおよびフェーズＩＶの臨床試験ならびに／または市販後の研究の過程で収集された生物学的サンプルにおける、研究中の薬物および認可された薬物の潜在的な効力および副作用を評価するために、用いられ得る。本発明の実施例の実行は、以下の実施例からより完全に理解される。これらの実施例は本明細書中にて例示目的のみのために提示され、決して本発明を限定するように解釈されるべきでない。
【実施例】
【０１７５】
（実施例１：ニワトリリゾチームは、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  Ｐａｌｌｉｄｕｍ  １７ｋＤａ抗原を組換え形態と共精製する）
Ｅ．ｃｏｌｉ由来の組換えＴ．ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｔｐ１７抗原（ＧＳＴ−Ｔｐ１７またはＴｐ１７−ＨＩＳの精製に関連して、タンパク質が再生的にＴｐ１７と共精製した。この「混入物」タンパク質は、１４ｋＤａの分子量を有し、そして抗Ｔｐ１７ポリクローナル血清とは反応しなかった。この「混入物」タンパク質を、以下に記載するようにニワトリリゾチームとして同定した。
【０１７６】
両方の実態（Ｔｐ１７および「混入物」）を含むタンパク質画分を、ＰＡＧＥ−ＳＤＳで分離し、ゲルから切除して、そしてＮ末端アミノ酸配列決定に供した。この実験から、Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｔｐ１７抗原またはニワトリリゾチームの期待される配列と完全に一致する短いＮ末端ペプチド配列（６〜７アミノ酸）を得、これを細胞ペースト再懸濁緩衝液に入れて、細菌細胞の溶解を促進した。これらの知見は、Ｔｐ１７がニワトリリゾチームと物理的に相互作用することを示唆した。ＧＳＴ−Ｔｐ１７およびＴｐ１７−ＨＩＳの精製、ならびに微量配列決定実験に対応する実験プロトコールを、以下に示す。
【０１７７】
（ＧＳＴ−Ｔｐ１７クロマトグラフィー）
ｐＧＥＸ２Ｔ−Ｔｐ１７（Ａｋｉｎｓら（１９９３）Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．６１：１２０２−１２１０）（図６）を含む組換えＥ．ｃｏｌｉ  ＤＨ５αを、１００μｇ／ｍｌのアンピシリン（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｂａｒｃｅｌｏｎａ、Ｓｐａｉｎ）を含む２×ＹＴブロス（Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ第２版、Ｃｈｒｉｓ  Ｎｏｌａｎ（編）Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ．）内で、５リットル発酵槽にて増殖させた。この培養物を、０．３ｍＭのＩＰＴＧ（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｍａｎｎｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙ）で４時間誘導した。細胞を収集し、そして、プロテアーゼインヒビターカクテル（細胞ペースト１ｇあたり１ｍｌ、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｍａｄｒｉｄ、Ｓｐａｉｎ）および０．５ｍｇ／ｍｌのニワトリリゾチーム（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｍａｄｒｉｄ、Ｓｐａｉｎ）を含む、５０ｍＭのＴｒｉｓ（ｐＨ８．０）、８５ｍＭのＮａＣｌ、２ｍＭのＥＤＴＡ、１％のポリオキシエチレン１０トリデシルエーテル中に再懸濁した。５０分間のインキュベートの後、細胞を超音波処理し、そして２８，０００ｇで遠心分離した。組換えＧＳＴ−Ｔｐ１７を、イオン交換クロマトグラフィー（Ｑ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ＸＬ、Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｃｅｒｄａｎｙｏｌａ、Ｓｐａｉｎ）によって上清から精製した。フロースルーを、グルタチオンアフィニティクロマトグラフィー（ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ  ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ＦＦ、Ａｍｅｒｓｈａｍ、Ｃｅｒｄａｎｙｏｌａ、Ｓｐａｉｎ）によってさらに精製した。１００ｍＭの還元グルタチオン緩衝液を用いて、ＧＳＴ−Ｔｐ１７を溶出した。収集された画分を、ゲル電気泳動によって分析した。別の精製プロセスを、同じプロトコールの後にリゾチームを使用することなく行った。
【０１７８】
（Ｔｐ１７−ＨＩＳクロマトグラフィー）
成熟Ｔｐ１７タンパク質コード配列（ＮＣＢＩ登録番号Ｐ２９７２２において寄託されるＴｐ１７配列の残基２３〜残基１５６を含む）をコードする遺伝子配列を、ｐＰｒｏＥｘＨＴ−Ｔｐ１７（Ｎｏｒｇａｒｄ博士、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｄａｌｌａｓ、Ｔｅｘａｓ、ＵＳＡ）ベクターをテンプレートとして用いて、ＰＣＲ増幅した。ＰＣＲ増幅は、Ｅｘｐａｎｄ  Ｈｉｇｈ  Ｆｉｄｅｌｉｔｙ  ＰＣＲシステムキット（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｍａｎｎｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙ）およびオリゴヌクレオチドＰ１７−ＮｄｅＩ（
【０１７９】
【化８】
0005414972.tif 000008
）（配列番号３３）およびＰ１７−ｒｅｖ１（ＸｈｏＩ）（５’−ＡＴＧＴＡＧＣＧＡＡＣＧＧＡＧＴＴＡ−３’）（配列番号３４）を用いて、供給者（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｍａｎｎｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙ）に推奨される条件下において行った。温度サイクル条件は以下の通りであった：変性サイクル（９４℃にて１分間）、続いて３０回の増幅サイクル（９４℃にて１分間、５５℃にて１分間、７２℃にて１分間）。結果として生じたＰＣＲアンプリコン（約３００ｂｐ）を、Ｎｕｃｌｅｏｔｒａｐ精製システム（Ｍａｃｈｅｒｅｙ−Ｎａｇｅｌ、Ｄｕｒｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて精製した。精製したＰＣＲ断片１μｇ、および精製したｐＥＴ２４ａプラスミド１μｇを、それぞれ１０ユニットのＮｄｅＩおよび１０ユニットのＸｈｏＩを用いて、供給源（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｍａｎｎｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙ）に推奨される条件を使用して消化した。制限断片を０．８％アガロースゲル（Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９））を通して分離し、そしてＴｐ１７に対応する断片（約３００ｂｐ）およびｐＥＴ２４ａベクターに対応する断片（約５３００ｂｐ）を切除し、そしてＮｕｃｌｅｏｔｒａｐ精製システム（Ｍａｃｈｅｒｅｙ−Ｎａｇｅｌ、Ｄｕｒｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いてゲル精製した。両方の断片を、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｍａｎｎｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を用い、供給源に推奨される条件を用いて連結した。次いで、この連結反応物を用いて、化学的に適格なＥ．ｃｏｌｉ  ＴＯＰ１０（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  ＳＡ、Ｂａｒｃｅｌｏｎａ  Ｓｐａｉｎ）を形質転換し、そして１００μｇ／ｍｌのアンピシリン（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｍａｎｎｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を補充されたＬＢプレート上にて形質転換体を選抜した。プラスミドＤＮＡを、１０個の個々のクローンから調製し、そしてＮｄｅＩおよびＸｈｏＩを用いた制限エンドヌクレアーゼ消化によって分析した。１０クローン中８クローンが、正しいｐＥＴ２４ａ−Ｔｐ１７組換えプラスミドを含んでいた。１つのプラスミドクローンの配列を、ＤＮＡ配列決定（ＤＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｆａｃｉｌｉｔｙ、ＵＡＢ、Ｂａｒｃｅｌｏｎａ、Ｓｐａｉｎ）で確認し、引き続いてこれを用いてＥ．ｃｏｌｉ  ＢＬ２１（ＤＥ３）Ｒｏｓｅｔｔａ（Ｎｏｖａｇｅｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）発現株を形質転換した。結果として生じた株を、ＥｃＢＫ６３３と名付けた（図７を参照のこと）。
【０１８０】
組換えＥ．ｃｏｌｉ  ＥｃＢＫ６３３を、アンピシリン（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｉｔｃｓ、Ｍａｎｎｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を含む２×ＹＴブロス中で、５リットルのバイオリアクターにて増殖させた。この培養物を、１ｍＭのＩＰＴＧ（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｉｔｃｓ、Ｍａｎｎｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙ）で４時間誘導した。細胞を収集し、そして、プロテアーゼインヒビター（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｍａｄｒｉｄ、Ｓｐａｉｎ）および０．６ｍｇ／ｍｌのニワトリリゾチーム（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｍａｄｒｉｄ、Ｓｐａｉｎ）を含む５０ｍＭのＴｒｉｓ（ｐＨ８．５）に再懸濁した。４５分間のインキュベートの後、細胞を超音波処理し、そして３０，１００ｇにて遠心分離した。この組換えＴｐ１７−ＨＩＳを、ニッケル充填樹脂（Ｃｈｅｌａｔｉｎｇ  ＨＰ；Ａｍｅｒｓｈａｍ、Ｃｅｒｄａｎｙｏｌａ、Ｓｐａｉｎ）および勾配溶出１０〜２００ｍＭイミダゾール（Ｍｅｒｃｋ  Ｄａｒｈｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）、および供給源に推奨される５００ｍＭイミダゾールを用いた、金属イオンアフィニティクロマトグラフィーによって上清から精製した。収集した画分を、ゲル電気泳動およびウェスタンブロットにて解析した。
【０１８１】
（電気泳動およびウェスタンブロット分析）
上記のクロマトグラフィー画分およびタンパク質分子量マーカー（Ｓｅｅ  Ｂｌｕｅ  Ｐｌｕｓ  ＩＩＴＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｂａｒｃｅｌｏｎａ、Ｓｐａｉｎ）を、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）に記載されたように２つの同一の１５％ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルを通して、電気泳動的に分離した。引き続いて、１つのゲルをＣｏｏｍａｓｉｅ  Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ  Ｂｌｕｅ  Ｒ２５０（Ｍｅｒｃｋ、Ｄａｒｈｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）で染色し、総タンパク質を検出した。図８Ａに示すように、Ｔｐ１７精製タンパク質に対応する画分において２つの主要なバンド（１４ｋＤａおよび１７ｋＤａ）を認めた。もう一方のゲルにおけるタンパク質を、供給源に推奨されるようにＩｍｍｏｂｉｌｏｎＴＭ  Ｐ  ＰＶＤＦ膜（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｃｏｒｐ．、Ｂｅｄｆｏｒｄ、Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ）に電気移行させた。次いでこの膜を、ＰＢＳと、０．０５％ｗ／ｖのＴｗｅｅｎと１０％ｗ／ｖの乾燥した脱脂スキムミルク（ＰＢＳＴ）とを含む５ｍｌのＢｌｏｔｔｏＴＭ（ＢｉｏＲａｄ、Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）中で、室温（１８〜２２℃）にて１時間インキュベートした。次いで、この膜を以下のように処理した：（１）ＰＢＳＴによる１０分間の洗浄３回、（２）１／２００にＢｌｏｔｔｏＴＭで希釈した、梅毒を有する患者に由来するヒト血清１０ｍｌの存在下での、室温（１８〜２２℃）における１時間のインキュベート、（３）ＰＢＳＴによる１０分間の洗浄３回、（４）ＰＢＳＴ中に１／２０００に希釈した、アルカリホスファターゼ結合体化ウサギ抗ヒトポリクローナル抗体（ＢｉｏＲａｄ、Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡ）１０ｍｌとの、室温での１時間のインキュベート、（５）ＰＢＳＴによる１０分間の洗浄３回、および（６）発色するまでの、ＮＢＴ／ＢＣＩＰアルカリホスファターゼ色素生産性基質（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｍａｄｒｉｄ、Ｓｐａｉｎ）５ｍｌとの最後のインキュベート。図８Ｂに示すように、このアッセイは１７ｋＤａタンパク質（Ｔｐ１７−ＨＩＳ）へのヒトＩｇＧの結合を検出するが、しかし１４ｋＤａタンパク質への結合は検出しない。
【０１８２】
（Ｎ末端配列決定）
精製Ｔｐ１７−ＨＩＳを混入物タンパク質（１４ｋＤａ）と共に含む上記のクロマトグラフィー画分およびタンパク質分子量マーカー（ＳｅｅＢｌｕｅ  Ｐｌｕｓ  ＩＩＴＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  ＳＡ、Ｂａｒｃｅｌｏｎａ、Ｓｐａｉｎ）を、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）に記載されるように、１５％ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルを通して電気泳動的に分離した。引き続いて、ゲル中のタンパク質を、供給業者の指針を用いてＩｍｍｏｂｉｌｏｎＴＭ  Ｐ  ＰＶＤＦ膜（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｃｏｒｐ．、Ｂｅｄｆｏｒｄ、ＭＡ）に電気移行した。この膜をＣｏｏｍａｓｉｅ  Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ  Ｂｌｕｅ  Ｒ２５０で染色し、そして２つのバンドを切り取って、そして配列決定分析のために乾燥した。自動エドマン分解によるＮ末端分析を、ＰＴＨ−アミノ酸分析機を有するＢｅｃｋｍａｎ  ＬＦ３０００シークエンサー（Ｓｙｓｔｅｍ  Ｇｏｌｄ、Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ、Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）にて行った。
【０１８３】
得られた配列は：
１７ｋＤａタンパク質について、ＮＨ２−ＶＳ（Ｃ）ＴＴＶ−ＣＯＯＨ（配列番号３５）
１４ｋＤａタンパク質について、ＮＨ２−ＫＶＦＧＲ（Ｃ）ＥＬＡＡ−ＣＯＯＨ（配列番号３６）であった。
【０１８４】
図８Ｂに示すように、この１７ｋＤａタンパク質のＮ末端配列は、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｔｐ１７に対応し、この１４ｋＤａタンパク質の配列は、ニワトリリゾチームに対応した。
【０１８５】
（実施例２：ニワトリリゾチームおよびヒトリゾチームへのＴｐ１７の結合のファーウェスタン検出）
Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ  １７ｋＤａ（Ｔｐ１７）タンパク質抗原がニワトリリゾチームと共精製するというこの知見は、両方のタンパク質の間の直接的な物理的相互作用を強く示唆した。この仮説を試験するために、ファーウェスタンブロットリゾチーム−タンパク質相互作用アッセイを行った。このアッセイは図５に要約され、そして一般に以下の３つの工程を包含する：（１）膜上への精製されたリゾチームの固定化工程；（２）この膜を、リゾチームに直接結合しそうなリガンドでプロービングする工程；および（３）結合したリゾチーム−リガンドの免疫検出工程。詳細な実験手順を以下に示す。
【０１８６】
（リゾチーム−Ｔｐ１７タンパク質相互作用のファーウェスタンブロット検出）
精製されたニワトリ卵白リゾチームおよびヒト母乳リゾチームを、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｍａｄｒｉｄ、Ｓｐａｉｎ）から購入した。精製されたリゾチーム１μｇ、５μｇ、および１０μｇを含む２つのシリーズのアリコート画分、ならびにタンパク質分子量マーカー（ＳｅｅＢｌｕｅ  Ｐｌｕｓ  ＩＩＴＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  ＳＡ、Ｂａｒｃｅｌｏｎａ、Ｓｐａｉｎ）を、供給業者（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に推奨される条件下にて、４〜１２％ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルを通して電気泳動的に分離した。次いで、このゲルをＳａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）に記載されるような、ウェスタンブロットのために当該分野で公知の方法に従って処理し、そしてこのタンパク質をＩｍｍｏｂｉｌｏｎＴＭ  Ｐ  ＰＶＤＦ膜（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｃｏｒｐ．、Ｂｅｄｆｏｒｄ、Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ）に電気移行した。ＰＶＤＦ膜上に固定化されたリゾチームの存在を、ポンソーＳ染色（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｍａｄｒｉｄ、Ｓｐａｉｎ）を用いて１分間染色することによって評価し、次いで脱イオン水により５分間激しく洗浄することによって脱色した。この膜を２つに分けた。それぞれの部分は、タンパク質ラダー、および３種の量のニワトリリゾチームまたはヒトリゾチーム（レーンごとに、１μｇ、５μｇおよび１０μｇ）を含んだ。次いでそれぞれの膜を、（ＴＢＳＴ−ミルクを作るために）５％（重量／体積）の脱脂スキム乾燥ＳＶＥＬＴＥＳＳＥＴＭミルク（ＮＥＳＴＬＥ、ＥＳＰＡＮＡ、Ｂａｒｃｅｌｏｎａ、Ｓｐａｉｎ）を補充し、５ｍｌのＴＢＳＴ（１０ｍｌのＴｒｉｓ−ＨＣｌ  ｐＨ８．０、１５０ｍＭのＮａＣｌ、０．０５％重量／体積のＴｗｅｅｎ  ２０ＴＭ）中で、４℃にて１６時間インキュベートした。次いでこの膜を別々に以下のように処理した：（１）１０ｍｌのＴＢＳＴによる１分間の洗浄３回、（２）１００ｍｇ／ｍｌのＧＳＴ−Ｔｐ１７融合タンパク質（Ａｋｉｎら（１９９３））またはコントロールタンパク質であるＧＳＴ−Ｔｐ４７（Ｈｓｕら（１９８９）Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．５７：１９６−２０３；Ｗｅｉｇｅｌら（１９９２）Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．６０：１５６８−１５７６）１０ｍｌの存在下における、室温（１８〜２２℃）での１時間のインキュベート、（３）５ｍｌのＴＢＳＴによる１０分間の洗浄３回、（４）ＴＢＳＴ−ミルクで１／７５００に希釈した抗ＧＳＴポリクローナルヤギ血清（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｃｅｒｄａｎｙｏｌａ、Ｓｐａｉｎ）１０ｍｌとの室温での３０分間のインキュベート、（５）５ｍｌのＴＢＳＴによる室温での１０分間の洗浄３回、（６）ＴＢＳＴ−ミルクで１／５０００に希釈した、アルカリホスファターゼ結合体化ウサギ抗ヤギポリクローナル血清（Ｄａｋｏ  Ａ／Ｓ、Ｇｌｏｓｔｒｕｐ、Ｄｅｎｍａｒｋ）１０ｍｌとの室温における１時間のインキュベート、（７）５ｍｌのＴＢＳＴによる１０分間の洗浄３回、および（８）発色するまでの、ニトロブルーテトラゾリウム／ブロモクロロインドリルホスフェートアルカリホスファターゼ色素生産性基質（ＮＢＴ／ＢＣＩＰ）（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｍａｄｒｉｄ、Ｓｐａｉｎ）５ｍｌとの３分間のインキュベート。
【０１８７】
上記のアッセイから、ニワトリリゾチームおよびヒトリゾチームの両方へのＧＳＴ−Ｔｐ１７融合タンパク質の結合（それぞれ、図９Ｂおよび図９Ｄにおける１４ｋＤａのバンド）を検出した。さらに、リゾチームへのＧＳＴ−Ｔｐ１７の結合は、界面活性剤（０．０５％のＴｗｅｅｎ  ２０ＴＭ）の存在下における多数の洗浄工程に耐えたので、この結合は強い。この膜をコントロールのＧＳＴ−Ｔｐ４７抗原と共にインキュベートした場合、シグナルを検出しなかった（図９Ａおよび図９Ｃ）。このことは、Ｔｐ１７とリゾチームとの間の相互作用が、特異的であり、そしてＧＳＴ−Ｔｐ１７およびＧＳＴ−Ｔｐ４７の両方に共有されるＧＳＴ部分に関与しないことを示した。これらの結果は、（ｉ）Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｔｐ１７抗原は、ヒトリゾチームおよびニワトリリゾチームに、強くかつ特異的に結合すること、および（ｉｉ）この性質は、Ｔｐ１７の残基２２〜残基１５６の間に含まれること（番号は、登録番号Ｐ２９７２２に寄託された、Ｔｐ１７ペプチド配列に関連する）を示す。このアッセイは、新規なリゾチーム結合タンパク質を特徴付けるため、およびリゾチームの同族インヒビターに結合し得ないリゾチーム変異体を同定するために、用いられる。逆に、このアッセイは、リゾチームと結合もし得ず、会合もし得ないＴｐ１７変異体とスクリーニングするために用いられる。このアッセイはまた、リゾチームが、その同族インヒビターへ結合するのを妨害する物質（例えば、ペプチド、タンパク質、薬物、抗体、核酸、ＰＮＡなど）をスクリーニングするために用いられる。
【０１８８】
（実施例３：Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｔｐ１７タンパク質抗原は、ニワトリリゾチームおよびヒトリゾチームの抗菌活性を阻害する）
リゾチームは、粘膜表面および生物学的流体中に見受けられる、良く特徴付けられた抗菌因子である。リゾチームの強力なアセチル−ムラミダーゼ酵素活性に起因して、リゾチームは、細胞壁のペプチドグリカンを加水分解し得、それによって多くの病原性細菌を殺す。Ｔｐ１７とヒトリゾチームとの間の強力な結合は、この結合がリゾチームの抗菌活性を変化させ得ることを示唆した。この仮説は、（ｉ）Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍが粘膜病原体であるという知見、および（ｉｉ）Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍは、その感染生活環全体を通して、生態学的適所においてヒトリゾチームと接触するという知見と一致する。
【０１８９】
この仮説を試験するために、ヒトリゾチームおよびニワトリリゾチームの両方の抗菌活性を、ＧＳＴ−Ｔｐ１７の存在下または非存在下において、ＥｎｚＣｈｅｃｋ（登録商標）リゾチームアッセイキット（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ、Ｅｕｇｅｎｅ、Ｏｒｅｇｏｎ）を用いてアッセイした。このアッセイは、リゾチームの蛍光基質としての、フルオレセイン標識したＭｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｉｓｙｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ細菌細胞の使用を包含する。このグラム陽性細菌において、ペプチドグリカン層がリゾチームに直接接近可能であり、そして、蛍光が自然にクエンチされるようにフルオレセイン標識をされている。リゾチーム加水分解に際して、クエンチングが取り除かれ、そして、リゾチーム活性に比例する量にてフルオレセインが放出される。以下の実験プロトコルを用いた。
【０１９０】
（リゾチーム阻害アッセイ）
典型的な１００μｌの反応物は、２５μｌのリゾチーム溶液（ニワトリリゾチームについては１０ユニット、またはヒトリゾチームについては５０ユニットを、脱イオン水に溶解した）、２５μｌの試験タンパク質溶液、および５０μｌのフルオレセイン標識Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ（５０μｇ／ｍｌ）懸濁液からなった。この反応物を、３７℃にて４５分間インキュベートした。ＫＣ  ｊｕｎｉｏｒデータ取得ソフトウェア（Ｂｉｏ  ＴＥＫ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ、Ｗｉｎｏｏｓｋｙ、Ｖｅｒｍｏｎｔ）を備える、蛍光マルチウェルプレートリーダーモデルＦＬｘ８００（Ｂｉｏ  ＴＥＫ  ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ、Ｗｉｎｏｏｓｋｙ、Ｖｅｒｍｏｎｔ）を用いて、蛍光を測定した（λｅｘｃ．＝４８５ｎｍ；λｅｍｉ．＝５２０ｎｍ）。各々の実験点を、３つの独立したウェルの読み取りに対応する平均値および標準偏差として表した。５０μｌの脱イオン水を含むウェル、および５０μｌのフルオレセイン標識Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ懸濁液を含むウェルを、ブランクとして用いた。試験タンパク質の２倍連続希釈物を用いて、試験タンパク質の濃度を、８３．５μｇ／ウェルから１．３μｇ／ウェルまで変化させた。
【０１９１】
図１０に示すように、ヒトリゾチームおよびニワトリリゾチームの両方のアセチルムラミダーゼ活性が、わずか１．３μｇ／ウェルのＧＳＴ−Ｔｐ１７融合タンパク質の添加によって、強力に阻害された（８５％を超える阻害）。対照的に、コントロールのＧＳＴ−Ｔｐ４７融合タンパク質は、ヒトリゾチームのアセチルムラミダーゼ酵素活性またはニワトリリゾチームのアセチルムラミダーゼ酵素活性のいずれにも、いかなる阻害効果も及ぼさなかった。このデータは、Ｔｐ１７が、ニワトリリゾチームおよびヒトリゾチームの両方の抗菌活性を、特異的に阻害し、そしてＧＳＴ部分に依存するものではないことを示す。さらに、このアッセイは、新規のリゾチームインヒビターを特徴付けるために、ならびに、リゾチームの同族のインヒビターに結合し得ず、および／あるいは、Ｔｐ１７タンパク質、Ｉｖｙタンパク質、または他のＴｐ１７様タンパク質による阻害に対して非感受性であるリゾチーム変異体を同定するために、用いられる。このアッセイはまた、リゾチームの抗菌活性の阻害を妨害する物質（例えば、ペプチド、タンパク質、薬物、抗体、核酸、またはＰＮＡなど）の、有用なスクリーニングを提供する。
【０１９２】
（実施例４：ニワトリリゾチームに対する、Ｅｘｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｉｖｙの結合に必要な構造的決定因子）
リゾチームに対するＴ．ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｔｐ１７の結合、およびリゾチームアセチルムラミダーゼ活性の阻害に関与するポリペプチド領域を同定するために、リゾチームに結合しそしてそのアセチルムラミダーゼ活性を阻害することが過去に記載されたポリペプチドについて、生物学的データベースを検索した。キーワードとして用語「リゾチーム」および用語「インヒビター」を用いた、国立保険研究所のＰｕｂＭｅｄデータベースを通した検索から、Ｉｖｙ（脊椎動物リゾチームのインヒビターを意味する）と名づけられるＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉタンパク質を同定した。このＩｖｙは、ヒトリゾチームおよびニワトリリゾチームの両方に結合し、それらのアセチルムラミダーゼ活性を阻害することが報告されている（Ｍｏｎｃｈｏｉｓら（２００１）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：１８４３７−１８４４１）。このタンパク質は、（ｉ）成熟Ｔｐ１７（１５ｋＤａの成熟ポリペプチド）と、大きさが類似し（１４ｋＤａの成熟ポリペプチド）、そして（ｉｉ）ニワトリリゾチームと複合体化したＩｖｙの結晶構造が、Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｌｌａｂｒｏａｔｉｏｎ  ｆｏｒ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（ＲＣＳＢ）におけるタンパク質データバンクＰＤＢにおいて、登録番号１ＧＰＱとして利用可能であるので、興味深かった。しかし、図１１Ａに表されるように、このＩｖｙタンパク質は、Ｔｐ１７と２１％未満のアミノ酸配列同一性しか共有せず、そして、ポリペプチド配列アラインメントからは、明白なペプチドモチーフは推論出来なかった。このＩｖｙ／ニワトリリゾチームの三次元結晶構造を、両方の分子間の境界面に位置する残基について調べた。Ｃｎ３Ｄ三次元分子構造ビューアーを用いて、Ｉｖｙとニワトリリゾチームとの間の分子相互作用を分析した。以下の実施例において、全ての番号付けは、以下のＮＣＢＩ登録番号として記録されたデータを参照し、そしてそのデータに対応する：ニワトリリゾチームについてＰ００６９８、ヒトリゾチームについてＮＰ＿０００２３０、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＩｖｙについてＰ４５５０２、およびＴ．ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｔｐ１７についてＰ２９７２２。
【０１９３】
図１１Ｂに描写されるように、Ｉｖｙと接触する可能性のある、ニワトリリゾチームの３つの領域を同定した。対応するペプチドストレッチは：
【０１９４】
【化９】
0005414972.tif 000009
である。
【０１９５】
ペプチドＩＩは、両末端でＫＰＨＤモチーフ（配列番号４０；図１４Ａ）を含むペプチドループに近接する、ｃｙｓ−ｃｙｓジスルフィド架橋を含む指様構造を示した。このループに存在するアミノ酸の精密な分析から、Ｈ８８−ｉｖｙとＥ５３−ｃｈｋｃＬｙｓの間、およびＤ８９−ｉｖｙとＲ１３２−ｃｈｋｃＬｙｓの間における２つの強力な非共有結合的静電相互作用を明らかにした。
【０１９６】
Ｈ８８−ｉｖｙの窒素原子は、Ｅ５３−ｃｈｋｃＬｙｓの酸素原子と相互作用し、そしてＤ８９−ｉｖｙの酸素原子は、Ｒ１３２−ｃｈｋｃＬｙの窒素原子と相互作用した（図１２）。３−Ｄ  Ｍｏｌビューアーコンピューターソフトウェア（Ｖｅｃｔｏｒ  ＮＴＩ  ｓｕｉｔｅ  ８．０、Ｉｎｆｏｍａｘ、Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ、Ｍａｒｙｌａｎｄ）を用いて、原子中心間の距離を、Ｈ８８−ｉｖｙ／Ｅ５３−ｃｈｋｃＬｙｓ相互作用については２．５６Å（１Å＝１０−１０ｍ）、およびＤ８９−ｉｖｙ／Ｒ１３２−ｃｈｋｃＬｙｓ相互作用については２．４６Åと測定した。原子中心の性質（側鎖残基間の静電気引力）および近さ（２．４〜３．４Åの範囲）は、「塩橋」と呼ばれる特定の種類の非共有結合の存在を示した。ほとんどの塩橋は、比較的水分のない窪みか、または水が排除される生体分子の境界面において生じるので、（Ｐｅｔｓｋｏら（２００３）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎ．ＬａｗｒｅｎｃｅおよびＲｏｂｅｒｔｓｏｎ（編）Ｎｅｗ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｐｒｅｓｓ  Ｌｔｄ．、ＵＫ）この知見は興味深かった。
【０１９７】
図１３Ａ〜図１３Ｄは、
【０１９８】
【化１０】
0005414972.tif 000010
を含む塩橋が、溶媒の水分子に部分的に曝露されており（図１３Ｃおよび図１３Ｄ）、一方で
【０１９９】
【化１１】
0005414972.tif 000011
を含む塩橋が、タンパク質−タンパク質境界面によって完全に埋まり、そして結果的にタンパク質−タンパク質境界面によって溶媒から保護されていた（図１３Ａおよび図１３Ｂ）ことを図示する。塩橋の水和がその結合強度を弱めると仮定すると、
【０２００】
【化１２】
0005414972.tif 000012
の塩橋は
【０２０１】
【化１３】
0005414972.tif 000013
の塩橋よりも、溶媒によってより破壊される可能性が低い。興味深いことに、図１３Ａおよび図１３Ｂはまた、
【０２０２】
【化１４】
0005414972.tif 000014
の塩橋が、ニワトリリゾチームのグルタミン酸５３（Ｅ５３）への接近性を阻害したことを示す。全長リゾチーム配列におけるグルタミン酸ｎｕｍｂｅｒ５３（Ｅ５３）およびアスパラギン酸７１（Ｄ７１）は、成熟リゾチームペプチド鎖の残基Ｅ３５および残基Ｄ５３に対応する。図３Ａおよび図３Ｂに描写されるように、成熟ニワトリリゾチームにおける（またはヒトリゾチームにおける）Ｅ５３は、Ｄ５３と共に、全ての公知のリゾチーム配列に渡って保存され、そしてペプチドグリカンの加水分解に必要な２つの触媒作用的残基であると考えられる（Ｍａｌｃｏｌｍら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１３３−７）。
【０２０３】
まとめると、これらのデータは、Ｉｖｙが、リゾチームでの２つの塩橋を確立することを実証する：一方は、特異性および相互作用の安定性
【０２０４】
【化１５】
0005414972.tif 000015
ならびに立体障害によるリゾチーム抗菌活性の阻害に必須であり、他方、
【０２０５】
【化１６】
0005414972.tif 000016
は、より少ない程度に、リゾチーム／インヒビター相互作用の安定化に関与する。残基Ｅ３５およびＤ５３／Ｄ５２  Ｄ５２（番号付けは、成熟リゾチーム配列による）の種間の厳密な保存に起因して、これらの所見は、Ｔｐ１７が、全てではないにしても、広い範囲のリゾチームを阻害することを示す。
【０２０６】
（実施例５：哺乳動物リゾチームのタンパク質インヒビターが共有するコンセンサスペプチド配列の同定）
実施例４は、ペプチドＩＩ配列ＮＨ２−ＣＫＰＨＤＣＧ−ＣＯＯＨ（配列番号３８）が、ニワトリリゾチームへ結合し、その酵素活性を阻害するために必要であることを実証する。Ｔｐ１７ポリペプチド配列の詳細な試験により、ニワトリおよびヒト両方のリゾチームの結合および阻害をおそらく媒介する２つの候補配列が同定された。これらの配列は、Ｔｐ１７＿ｐｅｐ１およびＴｐ１７＿ｐｅｐ２といわれ、ともに、以下に列挙される：
Ｔｐ１７＿ｐｅｐ１：ＮＨ２−２９Ｃ  Ｐ  Ｈ  Ａ  Ｇ  Ｋ  Ａ  Ｋ  Ａ  Ｅ  Ｋ  Ｖ  Ｅ  Ｃ４２−ＣＯＯＨ（配列番号４１）
Ｔｐ１７＿ｐｅｐ２：ＮＨ２−１１４Ｋ  Ａ  Ｐ  Ｈ  Ｅ  Ｋ  Ｅ１２０−ＣＯＯＨ（配列番号４２）。
【０２０７】
Ｔｐ１７＿ｐｅｐ１は、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｉｖｙタンパク質のＮＨ２−８５ＣＫＰＨＤＣＧ９１−ＣＯＯＨモチーフ（配列番号３８）に密接に関連しているが、ヒスチジン残基をアスパラギン酸残基から分離している９アミノ酸の拡がりが存在することで異なる。図１４Ｂに示されるように、およびＩｖｙモチーフについて見出されるように（図１４Ａ）、２つの隣り合うシステインの架橋が、おそらくリゾチームの残基Ｅ５３およびＲ１３２と接触することができる配置で、空間的に近い、重要なヒスチジン残基およびアスパラギン酸残基をおそらく架橋する。Ｔｐ１７の考えられる９アミノ酸ループの機能は、現時点では未知であるものの、その組成は、非常に親水性であり、おそらく免疫原性であることを示唆する。この９アミノ酸ループ中に含まれる正に荷電したリジン残基は、リゾチームの負に荷電した表面領域と直接接触し得、このことは、結合を強めるためにさらなる結合点を提供する。Ｔｐ１７＿ｐｅｐ１ペプチドとＩｖｙリゾチーム結合モチーフとを整列させることによって、コンセンサス配列ＣＸ１ＰＨＸｎＸ２Ｃ（配列番号４３）（ここでＸ１は、少なくとも１つのアミノ酸であるか、存在しないか、またはペプチド結合であり、Ｘｎは、０〜９個のアミノ酸であるか、またはペプチド結合であり、Ｘ２は、グルタミン酸またはアスパラギン酸である）が得られた。
【０２０８】
この２つの隣り合うシステインを欠いているが、Ｔｐ１７＿ｐｅｐ２はまた、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｉｖｙタンパク質のＮＨ２−ＣＫＰＨＤＣＧ−ＣＯＯＨモチーフ（配列番号３８）によく似ていた。なぜなら、これは、重要なＰＨ残基、次に酸性残基（Ｄ／Ｅ）を共有するからである。構造データを編集する場合、参考文献情報およびデータベース検索により、ユニバーサルＰＲＯＳＩＴＥペプチドパターンシンタックスフォーマットを用いて書かれたリゾチーム結合コンセンサス［ＣＫＶＡ］［ＡＣＫ］Ｐ  Ｈ  ［ＡＥＤ］［ＣＧＫ］（配列番号３）が明らかになった。
【０２０９】
さらなるコンセンサス配列を決定し、ユニバーサルＰＲＯＳＩＴＥペプチドパターンシンタックスフォーマット（このフォーマットは、Ｅｘｐｅｒｔ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｓｙｓｔｅｍ’ｓＳＷＩＳＳＰｒｏｔデータベースを通じて入手可能である）を用いて以下のように書いた。
（ａ）ＸｎＰＨＸｎ（配列番号１）（ここでＸｎは、少なくとも１つのアミノ酸である）
（ｂ）ＣＸ１Ｘ２Ｘ３ＰＨＸ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０Ｘ１１Ｘ１２Ｘ１３Ｃ（配列番号２）（ここでＸ１〜Ｘ１３は、任意のアミノ酸であるか、アミノ酸がないかまたはペプチド結合である）
（ｃ）Ｘ１ＣＰＨＡＧ（配列番号２５）（ここでＸ１は、ＣまたはＶである）。
【０２１０】
Ｔｐ１７様ポリペプチドの好ましい実施形態は、図１Ａ、図１Ｂおよび図２に例示される。
【０２１１】
（実施例６：推定リゾチーム結合タンパク質およびインヒビターのインシリコ同定）
Ｅ．ｃｏｌｉ  ＩｖｙおよびＴ．ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｔｐ１７が共有するペプチド配列保存性が全体的に低いとすると、以前に検出されなかったリゾチーム結合モチーフは、おそらく、他の病原性生物のゲノム中に存在していた。この仮定を検証するために、実施例５において規定されるコンセンサス配列を使用して、ＳｃａｎＰｒｏｓｉｔｅアルゴリズム（ｈｔｔｐ：／／ｕｓ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｔｏｏｌｓ／ｓｃａｎｐｒｏｓｉｔｅ／）を使用して、タンパク質データベース（Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ、ＴｒＥＭＢＬ、ＴｒＥＭＢＬｎｅｗおよびＰＤＢ）を調べた。図１Ａ、図１Ｂ、および図２は、コンセンサス配列内でフィットするペプチドの拡がりを含むタンパク質が、多くのヒトおよび動物の病原体中に存在したことを例示する。
【０２１２】
Ｔ．ｄｅｎｔｉｃｏｌａ、Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｃ．ｂｕｒｎｅｔｔｉ、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの血清群Ａおよび血清群Ｂ、Ｖ．ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｖ．ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ、Ｈ．ｄｕｃｒｅｙｉ、Ｓ．ｔｙｐｈｉ、Ｌ．ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、ならびにＢ．ｐｅｒｔｕｓｓｉに由来するタンパク質は、以下のコンセンサス配列に分けられ得る：ＣＸ（０，３）ＰＨＸ（０，１４）（これは、Ｃｙｓ  Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｘａａ３  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａ４  Ｘａａ５  Ｘａａ６  Ｘａａ７  Ｘａａ８  Ｘａａ９  Ｘａａ１０  Ｘａａ１１  Ｘａａ１２  Ｘａａ１３  Ｘａａ１４  Ｘａａ１５  Ｘａａ１６  Ｘａａ１７  Ｃｙｓ  （配列番号１７６）に対応し、ここでＸａａは任意のアミノ酸であるか、または存在しない）。
【０２１３】
タンパク質（Ｐ．ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓおよびＨ．ｐｙｌｏｒｉに由来する）は、わずかに典型的でない改変体であり、この改変体は、以下のコンセンサスに基づいて分けられ得る：ＣＸ（０，３）ＨＸ（０，１０）Ｃ（これは、Ｃｙｓ  Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｘａａ３  Ｈｉｓ  Ｘａａ４  Ｘａａ５  Ｘａａ６  Ｘａａ７  Ｘａａ８  Ｘａａ９  Ｘａａ１０  Ｘａａ１１  Ｘａａ１２  Ｘａａ１３  Ｃｙｓ  （配列番号１７５）に対応し、ここでｘは、任意のアミノ酸であるかまたは存在しない）。
【０２１４】
この結果は、これらの生物の全てが、その感染性の生活環の一部または大部分の間で粘膜の病原体であるので、興味深い。単純ヘルペスウイルス２型ｇＪ糖タンパク質のカルボキシ末端にコンセンサスペプチドモチーフが存在することは、特に興味深かった。このタンパク質の機能は、これまで未知であるものの、このウイルスの特有の短い（Ｕｓ）領域に存在するＵｓ５遺伝子によってコードされる。この領域は、毒性およびヒト宿主タンパク質とのタンパク質−タンパク質相互作用の媒介に関与するＨＳＶタンパク質の大部分を含むことが公知である。このことは、ＨＳＶ感染の病因論におけるｇＪの役割を支持する。興味深いことに、いくつかの刊行物により、リゾチームが、ＨＳＶ２感染およびその臨床的な症状発現に対して強力な阻害効果を有することが実証された（Ｃｉｓａｎｉら（１９８９）Ｍｉｃｒｏｂｉｏｓ．５９：７３−８３；Ｏｅｖｅｒｍａｎｎら（２００３）Ａｎｔｉｖｉｒ．Ｒｅｓ．５９：２３−３３）。ＨＳＶ−２に由来するｇＪタンパク質はまた、リゾチーム結合／インヒビタータンパク質である。顕著なことには、このコンセンサスリゾチーム結合モチーフは、密接に関連したＨＳＶ−１  ｇＪタンパク質には存在しない（図１５）。この所見は、口顔領域に対するＨＳＶ−１の優先的ではあるが、唯一でない（ｅｘｃｌｕｓｉｖｅ）向性を示すのに対して、ＨＳＶ−２は、リゾチームリッチな、生殖器粘膜において最も頻繁に見出される、臨床的所見の考えられる説明を提供する（Ｌｏｗｈａｇｅｎら（２００２）Ａｃｔａ  Ｄｅｒｍ．Ｖｅｎｅｒｅｏｌ．８２：１１８−２１；Ｂｒｕｉｓｔｅｎら（２００３）Ｃｕｒｒ．Ｗｏｍｅｎｓ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｒｅｐｏｒｔ  ３：２８８−９８）。さらに、２つの生殖器病原体（１つはウイルス（ＨＳＶ−２）であり、もう一方は細菌（Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ）である）が、共通するリゾチーム阻害性ペプチド配列を共有することを観察したのは興味深い。
【０２１５】
これらの所見は、ｇＪが、単独でも、ヒトリゾチームと合わさっても、特異な血清学的アッセイまたはウイルス学的診断アッセイを用いて、ＨＳＶ−１感染とＨＳＶ−２感染との間を区別するために有用であることを実証する。このことはまた、ｇＪならびに／またはＩｖｙファミリーおよびＴｐ１７ファミリーのメンバーによる阻害を逃れ得るリゾチーム変異体で、単純ヘルペス感染を処置するための組成物および方法を提供する。
【０２１６】
（実施例７：リゾチーム／インヒビタータンパク質−タンパク質相互作用を不安定化する点変異の同定）
タンパク質−タンパク質相互作用が、構造的相補性および物理化学的相補性に依存していることは、広く認識されている。タンパク質表面の不規則性および局所的不均質性は、リガンドとの特異的結合および会合を可能にし、四次構造の形成の基礎を提供する。１つのタンパク質表面と別のタンパク質表面との間のフィットは、それらの形状に依存するだけではない。それは、一緒に複合体を維持している弱い物理化学的結合：共有結合、水素結合、塩橋、長距離の静電相互作用およびファンデルワールス相互作用に及ぶ。この相補性の特性は、タンパク質と低分子との間、またはタンパク質と別の種の高分子との間であろうと、普遍的である（Ｐｅｔｓｋｏら（２００３））。
【０２１７】
リゾチームコード配列中に位置する変異を、アセチルムラミダーゼおよび抗菌活性に影響がなく、リゾチーム／インヒビター相互作用を不安定化し、病原体タンパク質（例えば、Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｔｐ１７抗原またはＩｖｙファミリーのメンバー）による阻害に対する耐性を付与するように選択した。一実施形態において、変異リゾチームは、対応する野生型リゾチームの望ましい抗菌活性（例えば、少なくとも約３０％、５０％またはさらに８０％）を実質的に保持する。このような変異リゾチームは、感染症の処置のための新規かつ興味深いツールになる。これらの変異リゾチームはまた、市販の医療用調製物において使用される、天然の鶏卵由来のニワトリリゾチームの代わりでもあり、改善された効力および活性スペクトルを有する。このような阻害耐性リゾチーム変異体の使用によりおそらく改善される潜在的な薬物の列挙は、以下に示される：
【０２１８】
【化１７】
0005414972.tif 000017
このようなリゾチーム変異体は、標的をしぼったアプローチおよびランダムアプローチの両方を用いて得られる。
【０２１９】
（結晶学的データから推測される阻害耐性リゾチーム変異体の標的をしぼった同定）
これらの高い等電点（ｐＩ）に起因して、ヒトリゾチーム（理論的ｐＩ＝９．２８）およびニワトリリゾチーム（理論的ｐＩ＝９．３２）は、ｐＨ３〜ｐＨ７の間に含まれる生理学的値のｐＨで、強い正電荷を示す。全ての公知のリゾチームインヒビターは、低いｐＩ値を有する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ由来の成熟Ｉｖｙタンパク質（Ｍｏｎｃｈｏｉｓら（２００１）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：１８４３７−１８４４１）（ｐＩ＝５．５１）およびＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来の成熟Ｉｖｙタンパク質（ｐＩ＝５．６９）、ならびにＳ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来の成熟Ｓｉｃタンパク質（Ｆｅｒｎｉｅ−Ｋｉｎｇら（２００２）Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．７０：４９０８−４９１６）（ｐＩ＝４．３９）は、生理学的ｐＨで負に荷電している。リゾチーム／インヒビター接触領域に存在する正に荷電したリゾチーム残基は、変異誘発のための魅力的な標的であると仮説を立てた。負に荷電した接触領域を有するリゾチーム変異体を生成することは、そのインヒビターの結合を妨げる静電反発力を生成し得る。これらの変異は、リゾチームの触媒性残基に影響を及ぼさなかったので、病原体によって阻害されない、活性なリゾチーム変異体を生じるようである。
【０２２０】
ＰＤＢ登録番号１ＧＰＱの下で受託されたＥ．ｃｏｌｉ  Ｉｖｙ／ニワトリリゾチーム結晶構造、ならびにＰＤＢ登録番号１ＨＫＥの下で受託されたＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  Ｉｖｙ結晶構造を、ＶＮＴＩ  ３Ｄ分子ビュ−ワーで調べた。重要な残基を、各リゾチームに対して同定し、インヒビターの結合を改変する以下の点変異を生成した：
【０２２１】
【化１８】
0005414972.tif 000018
（部位指向性変異誘発による点変異の導入：）
ＱｕｉｋＣｈａｎｇｅ（登録商標）部位指向性変異誘発キットを用いて、供給元（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）により推奨されるガイドラインに従って、変異を導入する。簡潔には、ＱｕｉｋＣｈａｎｇｅ（登録商標）部位指向性変異誘発キットを、点変異を作製し、アミノ酸を変え、単一もしくは複数のアミノ酸を欠失もしくは挿入するために使用する。ＱｕｉｋＣｈａｎｇｅ（登録商標）部位指向性変異誘発法を、ＰｆｕＴｕｒｂｏ（登録商標）ＤＮＡポリメラーゼおよび温度サイクラーを用いて行う。ＰｆｕＴｕｒｂｏ（登録商標）ＤＮＡポリメラーゼは、高忠実度で変異オリゴヌクレオチドプライマーを置換せずにプラスミド鎖の両方を複製する。その基本的な手順は、目的の挿入物を有するスーパーコイルド二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）ベクター、および望ましい変異を含む２種類の合成オリゴヌクレオチドプライマーを利用する。このオリゴヌクレオチドプライマーは、各々、ベクターの反対側の鎖に相補的であり、ＰｆｕＴｕｒｂｏ  ＤＮＡポリメラーゼによる温度サイクリングの間に伸長される。このオリゴヌクレオチドプライマーの組み込みは、互い違いの（ｓｔａｇｇｅｒｅｄ）ニックを含む変異プラスミドを生成する。温度サイクリングの後に、この生成物を、ＤｐｎＩで処理する。このＤｐｎＩエンドヌクレアーゼ（標的配列：５’−Ｇｍ  ６  ＡＴＣ−３’）は、メチル化ＤＮＡおよびヘミメチル化ＤＮＡに特異的であり、これを使用して、親ＤＮＡテンプレートを消化し、変異を含む合成ＤＮＡを選択する。ほとんど全てのＥ．ｃｏｌｉ株から単離されるＤＮＡを、ｄａｍメチル化し、よって、ＤｐｎＩ消化しやすくする。次いで、望ましい変異を含む、このニック形成したベクターＤＮＡを、ＸＬ１−Ｂｌｕｅスーパーコンピテント細胞（ｓｕｐｅｒｃｏｍｐｅｔｅｎｔ  ｃｅｌｌ）に形質転換する。この方法を行うために必要な少量の出発ＤＮＡテンプレート、高忠実度のＰｆｕＴｕｒｂｏ  ＤＮＡポリメラーゼ、および低サーマルサイクル数は、全て、反応の間の高変異効率およびランダム変異誘発生成の可能性の減少に寄与する。
【０２２２】
（ＰＣＲ媒介性ランダム変異誘発、続いて微生物ツーハイブリッドスクリーニングを用いる阻害耐性リゾチーム変異体のランダム単離）
ツーハイブリッドシステムは、多くの真核生物転写アクチベーターが、２つの物理的に別個の分子ドメイン：ＤＮＡ結合ドメイン（ＤＮＡ−ＢＤ）および活性化ドメイン（ＡＤ）からなるという所見に基づく。このＤＮＡ−ＢＤは、特定のプロモーター配列に結合し、このＡＤは、ＲＮＡポリメラーゼＩＩ複合体を、選択可能表現型／スクリーニング可能表現型を付与する下流遺伝子を転写するように指向する。これらドメインは、独立したモジュールとして作用する：いずれも単独では転写を活性化できないが、各ドメインは、他方のタンパク質に融合されると機能し続ける。適切な市販の系としては、直ぐ使用できるＢａｃｔｅｒｉｏＭａｔｃｈ（登録商標）ＩＩ  ツーハイブリッドシステム（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）またはＢＤ  ＭａｔｃｈｍａｋｅｒOシステム（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ）が挙げられる。
【０２２３】
リゾチームおよびＴｐ１７（一方はＡＤに融合され、他方は、ＤＮＡ−ＢＤに融合された）を発現させる。この２つのタンパク質が相互作用する場合、ＤＮＡ−ＢＤドメインおよびＡＤドメインは、近位にあって、レポーター遺伝子の転写を活性化させる。使用される宿主系（例えば、細菌、酵母または哺乳動物）に依存して、相互作用を、観察可能な生理学的変化または構造的変化（例えば、コロニーの色、蛍光発光、酵素活性など）についてのスクリーニングにより検出する。例えば、ＡＤドメインおよびＤＮＡ−ＢＤドメインを、リゾチームおよびＴｐ１７とそれぞれ融合し、適切な微生物宿主（例えば、細菌または酵母）に形質転換し、得られた形質転換体を、レポーター遺伝子（例えば、β−ガラクトシダーゼ）の活性化を示す青色コロニーの出現についてスクリーニングする。一旦コロニーが得られると、ヒトリゾチームオープンリーディングフレームを有するプラスミドＤＮＡ配列を、大規模なＰＣＲ媒介性ランダム変異誘発に供する。得られる形質転換体を、青色を失った変異体について視覚的にスクリーニングすると、リゾチーム／Ｔｐ１７様ポリペプチド相互作用を損なっている１以上の変異を有するようである。次いで、対応するコロニーからプラスミドＤＮＡを抽出し、配列決定する。
【０２２４】
（実施例８：ヒトリゾチームは、梅毒診断に使用される血球凝集キットの感度を改善するが、ニワトリリゾチームは、改善しない）
実施例３は、インビトロで、Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍの１７ｋＤａタンパク質であるＴｐ１７がニワトリリゾチームおよびヒトリゾチームに強く結合し、この両方のリゾチームの抗菌活性を強く阻害することを実証する。以下の実験は、これらの結合および阻害の相互作用がまた、Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍによるヒト粘膜表面の感染の間にインビボで生じることを実証する。リゾチームへのＴｐ１７結合の結果として、新たなエピトープがおそらく形成され、免疫系に曝される。梅毒患者は、図４に示されるように、Ｔｐ１７エピトープに対する免疫応答、およびＴｐ１７−リゾチーム複合体によって共有されるエピトープまたはさらにリゾチーム単独に対する免疫応答を惹起させ得る。このことを検証するために、ヒトリゾチームまたはニワトリリゾチームを、その複合体に対して生成される抗体を検出するために、梅毒診断アッセイに使用される血球凝集試薬に添加し、それによりこのアッセイの感度を改善した。梅毒アッセイの感度の上昇により、ヒトリゾチームに特異的であったことが観察された。
【０２２５】
精製鶏卵卵白リゾチーム（Ｌ−６８７６）およびヒト乳汁リゾチーム（Ｌ−６３９４）を、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｍａｄｒｉｄ，Ｓｐａｉｎ）から得た。割合：３μｇ  リゾチーム／１μｇ  Ｔｐ１７を維持するために十分なニワトリリゾチームまたはヒトリゾチームの量を、以下のように調製した血球凝集試薬（Ｂｉｏｋｉｔ  ＳＡ，Ｌｌｉｃａ  ｄ’Ａｍｕｎｔ，Ｓｐａｉｎ）に添加した。ニワトリ赤血球を、以前に記載されるように（Ｈｅｒｂｅｒｔら（１９７９）Ｐａｓｓｉｖｅ  Ｈａｅｍａｇｇｌｕｔｉｎａｔｉｏｎ  Ｗｉｔｈ  Ｓｐｅｃｉａｌ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ｔａｎｎｅｄ  Ｃｅｌｌ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ．  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（ｖｏｌ．１），ｐｇｓ  ２０．１−２２．２０（ＤＭＷｅｉｒ（編）  Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｏｘｆｏｒｄ））；Ｓｔｅｆｅｎら（１９５１）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．９３：１０７−１２０；Ｈｉｒａｔａ（１９６８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１００：６４１−４６））、タンニン酸処理し（ｔａｎｎｅｄ）、固定し、ＧＳＴ−Ｔｐ１７（４０μｇ／ｍｌ）でコーティングした。ＧＳＴ−Ｔｐ１７コーティングした固定ニワトリ赤血球（５ｍｌ）のバッチ１つに、精製鶏卵卵白リゾチーム（１００μｇ／μｌ）を６μｌ補充した。ＧＳＴ−Ｔｐ１７コーティングした固定ニワトリ赤血球の別のバッチ（１ｍｌ）に、１２０μｌのヒト乳汁リゾチーム（１μｇ／μｌ）を補充した。感作させた赤血球の両方のロットを、マグネチックスターラーで室温で３０分間ホモジナイズした。次いで、各ロットの感度を、他の市販の血球凝集試薬では境界線上の応答を与えると特徴づけられたヒト梅毒血清のセットを用いて、血球凝集反応を行うことにより評価した。
【０２２６】
血球凝集反応を以下のように行った。丸底マイクロタイタープレート（Ｕ形状）において、２５μｌの希釈液（Ｓｙｐｈａｇｅｎ  ＴＰＨＡ，Ｂｉｏｋｉｔ  ＳＡ，Ｂａｒｃｅｌｏｎａ，Ｓｐａｉｎ）をウェル１に、１００μｌをウェル２に、そして２５μｌをウェル３〜８の各々に添加した。２５μｌのサンプルを、ウェル１に添加した。ウェル１の中身を混合し、２５μｌをウェルに移し、混合した。２５μｌをウェル２からウェル３に移し、混合した。次いで、連続２倍希釈をウェル８まで行った。ウェル８からの２５μｌを、廃棄した。７５μｌの血球凝集試薬を、ウェル３〜８に添加した（最終的なサンプル希釈率は、１／８０〜１／２５６０であった）。振盪機で少なくとも３０秒間、ウェルの中身を混合した。このプレートを覆い、１時間室温でインキュベートした。このアッセイの結果を、以下の基準を適用して読み取った。結果を、ウェルの底全体を滑らかな細胞の層（ｓｍｏｏｔｈ  ｍａｔ  ｏｆ  ｃｅｌｌ）が覆うかまたは滑らかな細胞の層がウェルの底部を部分的に覆うかいずれかの場合に陽性とスコア付けし、細胞の濃い環で囲まれるのを観察した。小さな中心開口部を有する、細胞がボタン状になったものか、または中心において非常に小さな穴ありもしくなしの、細胞がボタン状になったものが観察されたかのいずれかの場合に、結果を陰性とスコア付けした。サンプルの力価は、陽性反応を与える最高の希釈率に対応した。この技術のカットオフは、１／８０であった。
【０２２７】
図１６Ａおよび図１６Ｂに示されるように、このアッセイにヒトリゾチームを添加すると、濃度依存性様式で、血球凝集強度が改善される（すなわち、リゾチームがない場合と比較して、ヒトリゾチームがある場合により高い希釈率で血球凝集が起こる）。このような改善は、ヒトリゾチームに特異的であるようであった。なぜなら、ニワトリリゾチームの添加は、応答を増強しなかったからである。ヒトリゾチームを添加すると、梅毒血球凝集試薬の感度が激しく改善され、市場に現在あるキットでは検出できない抗体の検出を可能にした。
【０２２８】
（実施例９：天然および組換え両方のヒトリゾチームが、梅毒診断に使用される血球凝集試験の感度を改善する）
ヒト乳汁は、天然のヒトリゾチーム供給源である。しかし、以下に起因して、この体液からリゾチームを精製することは面倒である：（ｉ）その量が少ないこと、（ｉｉ）定期的かつ再現性のある供給物を確保することが困難であること、（ｉｉｉ）非検出病原体での考えられる汚染、ならびに（ｉｖ）社会的考慮事項および倫理上の考慮事項。従って、ヒトリゾチームの組換え供給源は、工業規模で使用するために好ましい。天然のヒト乳汁由来リゾチームおよびトランスジェニックイネ由来の組換えヒトリゾチーム両方の効力を試験した。
【０２２９】
精製天然ヒト乳汁リゾチーム（Ｌ−６３９４；Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｍａｄｒｉｄ，Ｓｐａｉｎ）は、１０１，０００ユニット／ｍｇタンパク質および１０％  リゾチーム含有量を有した。精製組換えヒトトランスジェニックイネリゾチーム（１５９−５３ＬＺ−９０Ｐ；Ｖｅｎｔｒｉａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，Ｓａｃｒａｍｅｎｔｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）は、１８７，０００ユニット／ｍｇ  タンパク質および９０％  リゾチーム含有量を有した。両方のリゾチームに関する単位定義は、以下の通りである。１ユニットは、２．６ｍｌ反応混合物中、基質としてＭｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓの懸濁液を用いて、４５０ｎｍでの吸光度が、２５℃、ｐＨ６．２４で１分あたり０．００１増加を生じる（１ｃｍ光路）。（Ｓｈｕｇａｒら（１９５２）  Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．８：３０２−３０９）。実験の結果を比較できるようにするために、割合：５９４ユニットのヒトリゾチーム／μｇ  ＧＳＴ−Ｔｐ１７を、各々使用した。天然または組換えいずれかのリゾチーム等量を、梅毒血球凝集試薬に添加して、血球凝集反応（実施例８に詳述される）を行った。両方のリゾチームの効力を、陽性梅毒サンプル陰性梅毒サンプルに対して試験した。
【０２３０】
図１７Ａおよび１７Ｂに例示されるように、試験した１０サンプルのうちの６サンプルは、天然ヒトリゾチーム（ＬｙｓＮ）または組換えヒトリゾチーム（ＬｙｓＲ）のいずれかを添加で、アッセイの感度において改善を示した。
【０２３１】
図１８Ａは、組換えヒトリゾチームを、梅毒血球凝集試薬に添加すると、アッセイ感度が実質的に改善されたことを示す。３４個の真に陽性のサンプルの評価において、リゾチームを含まなかった試薬を使用して陰性と判断された１９サンプルのうちの１４個は、実際、リゾチームが反応系に添加された場合に陽性であった。図１８Ｂに例示されるように、陽性反応と陰性反応との間のこの視覚的区別は、組換えヒトリゾチームがこの試薬に添加される場合に単純化される。
【０２３２】
図１９は、組換えヒトリゾチーム（ＬｙｓＲ）あり（試薬ＬｙｓＲ）または組換えヒトリゾチーム（ＬｙｓＲ）なし（試薬Ｒ）での、２つの血球凝集試薬の性能（相対的血球凝集強度）を示す。その実験において、ＬｙｓＲ血球凝集試薬は、試薬Ｒをしのぎ、試験した全ての血清（μ＝３４）で、約１倍〜約２倍高い相対凝集力価を示した。
【０２３３】
図２０は、組換えヒトリゾチーム（ＬｙｓＲ）を梅毒血球凝集試薬に添加しても、擬陽性結果をもたらさないことを示す。２００個の血液バンクサンプルの評価において、両方の試薬の間の平均の結果および標準偏差は、非常に近かった。組換えヒトリゾチームの効力は、従って、天然の乳汁リゾチームの効力に等しい。よって、組換えリゾチームは、診断適用に関して、天然リゾチームの代わりとなり得る。
【０２３４】
（実施例１０：ヒトリゾチームは、梅毒診断に使用される酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）キットの感度を改善する）
梅毒スクリーニングは、酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）キットを用いて慣用的に行われている。これらのキットは、マイクロタイタープレートのウェルに固定したＴ．ｐａｌｌｉｄｕｍ抗原への抗梅毒抗体の結合を検出する。そのプレートへの抗梅毒抗体の結合の検出は、通常、ヒトＦｃ抗体鎖に対する酵素標識抗血清（第２世代キット）または酵素標識Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ抗原（第３世代キット）のいずれかによって行われる。
【０２３５】
このような市販の診断試薬の例を、以下に列挙する：
【０２３６】
【化１９】
0005414972.tif 000019
（第２世代キット形式を用いた梅毒抗体の検出）
この研究において使用される全ての試薬は、市販のＢｉｏｅｌｉｓａ  Ｓｙｐｈｉｌｉｓ  ３．０検出キット（Ｂｉｏｋｉｔ  Ｓ．Ａ．，Ｌｌｉｃａ  ｄ’Ａｍｕｎｔ，Ｓｐａｉｎ）により提供される。使用されるプロトコルは、キットのパッケージ挿入物において推奨されるものである。簡潔には、血清サンプルまたは血漿サンプルを、マイクロタイタープレートのウェルに添加する。Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍに特異的な抗体がサンプル中に存在する場合、その抗体は、ウェルを覆う抗原と安定な複合体を形成する。洗浄して非結合物質を除去した後、西洋ワサビペルオキシダーゼで標識されたウサギ結合体化抗ヒトＩｇＧおよび抗ヒトＩｇＭを添加し、抗原／抗体複合体が存在する場合、その結合体は、複合体に結合する。２回目の洗浄の後に、色素原を含む酵素基質溶液を添加する。この溶液は、サンプルが陽性である場合は、青色を発色させる。この青色は、硫酸で反応をブロックした後に黄色に変化する。色の強度は、サンプル中の抗Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ抗体濃度に比例する。陰性サンプルを含むウェルは、無色のままである。
【０２３７】
（第３世代のキット形式を用いた梅毒抗体の検出）
この研究において使用される全ての試薬は、市販のＢｉｏｅｌｉｓａ  Ｓｙｐｈｉｌｉｓ  ３．０検出キット（Ｂｉｏｋｉｔ  Ｓ．Ａ．，Ｌｌｉｃａ  ｄ’Ａｍｕｎｔ，Ｓｐａｉｎ）により提供される。使用されるプロトコルは、キットのパッケージ挿入物において推奨されるものである。簡潔には、Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍタンパク質（例えば、組換えＴｐ１５抗原、組換えＴｐ１７抗原または組換えＴｐ４７抗原）でコーティングしたマイクロタイタープレートのウェル中で試験標本をインキュベートすることによって試験を行う。サンプル中に存在する特異的ＩｇＧ抗体およびＩｇＭ抗体は、固相抗原に結合する。その後、ウェルを洗浄して、残りの試験サンプルを除去し、酵素ペルオキシダーゼと結合体化したＴ．ｐａｌｌｉｄｕｍ抗原を添加する。この結合体は、捕獲された特異的抗体に結合する。さらに洗浄して、非結合物質を除去した後に、酵素基質および色素原の溶液を添加する。この溶液は、サンプルが抗Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ抗体を含む場合に、青色を発色する。この青色は、硫酸で反応をブロックした後に黄色に変化する。色の強度は、サンプル中の抗Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ抗体濃度に比例する。
【０２３８】
（組換えヒトリゾチームの添加）
第２世代のＥＬＩＳＡ形式に関して、組換えヒトリゾチーム（Ｖｅｎｔｒｉａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，Ｖｅｎｔｕｒａ，ＣＡ）を、２．８６μｇ／ｍｌで、Ｂｉｏｅｌｉｓａ  Ｓｙｐｈｉｌｉｓ  ３．０  ＥＬＩＳＡプレートに添加した。第３世代キットに関しては、組換えヒトリゾチームを、サンプル希釈緩衝液（１０．８μｇ／ｍｌの濃度で）または結合体希釈緩衝液（１．０８μｇ／ｍｌの濃度で）のいずれかに添加した。
【０２３９】
図２１Ａおよび図２１Ｂに示されるように、梅毒陽性ヒト血清を、Ｂｉｏｅｌｉｓａ  Ｓｙｐｈｉｌｉｓ（第２世代）ＥＬＩＳＡ試薬およびＢｉｏｅｌｉｓａ  Ｓｙｐｈｉｌｉｓ  ３．０（第３世代）ＥＬＩＳＡ試薬で試験した場合に、シグナル強度の有意な増大が、ヒトリゾチームの存在下で検出された。シグナル強度の増大は、リゾチームをプレートに添加して、第２世代形式で血清を試験した場合、約２０％の範囲であり、リゾチームをサンプル希釈緩衝液および結合体希釈緩衝液の両方に添加して、第３世代形式に従って処理した場合、（４血清のうち３血清について）約２００％の範囲であった。興味深いことに、リゾチームを添加しても、梅毒陰性ヒト血清の応答は変化しない。これらのデータは、ヒトリゾチームが、ＥＬＩＳＡベースの梅毒検出およびスクリーニングの感度を増大させることを実証する。
【０２４０】
（実施例１１：ヒトリゾチーム／Ｔｐ１７複合体の精製）
ヒトリゾチーム／Ｔｐ１７タンパク質複合体は、非常に抗原性が高く、上記のように、診断アッセイにおいて有用である。精製ヒトリゾチーム／Ｔｐ１７複合体の単離は、構造研究（例えば、タンパク質結晶化およびＸ線回折を介する原子構造の決定）の能力を促進する。以下に記載される実験手順を用いて、ｍｇ量の精製ヒトリゾチーム／Ｔｐ１７−ＨＩＳ複合体を得た。
【０２４１】
（Ｔｐ１７−ＨＩＳ単量体およびＴｐ１７−ＨＩＳ二量体の単離）
精製Ｔｐ１７−Ｈｉｓタンパク質（実施例１に記載されるように得た）を、単量体および二量体を他の凝集形態から分離するために、ゲル濾過クロマトグラフィーによりさらに精製した（図２２）。１００ｍｌのＳｕｐｅｒｏｓｅ  １２  ＨＲを充填したＨＲ  １６／５０カラム（１．６ｃｍ直径×６０ｃｍ高；Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｃｅｒｄａｎｙｏｌａ，Ｓｐａｉｎ）を、２カラム容量のゲル濾過緩衝液（Ｔｒｉｓ  ２０ｍＭ  ＮａＣｌ  ３００ｍＭ，ｐＨ８．０）で平衡化した。次いで、８ｍｇのＴｐ１７−ＨＩＳ融合タンパク質を含む２ｍｌサンプルを注入し、圧力０．７０ＭＰａの定圧下、流速１〜１．２５ｍｌ／分でクロマトグラフィーを行った。Ｔｐ１７−ＨＩＳ単量体およびＴｐ１７−ＨＩＳ二量体に対応する画分（１．５ｍｌ）を、３回の連続クロマトグラフィー運転から回収し、次いで、８ｍｌのＴｐ１７−ＨＩＳ単量体画分および６ｍｌのＴｐ１７−ＨＩＳ二量体画分にプールした。
【０２４２】
（インビトロでのＴｐ１７−ＨＩＳ／ヒトリゾチーム複合体の形成）
組換えヒトリゾチーム（Ｖｅｎｔｒｉａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，Ｓａｃｒａｍｅｎｔｏ，ＣＡ，ＵＳＡから市販されている）は、図２３に示されるアッセイ結果によって示されるように、非常に均質な単量体タンパク質からなった。
【０２４３】
インビトロで複合体を形成するために、３．８ｍｇの精製Ｔｐ１７−ＨＩＳ単量体およびＴｐ１７−ＨＩＳ二量体を、別個に、３０分間、２倍モル過剰の精製組換えヒトリゾチーム（Ｖｅｎｔｒｉａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，Ｓａｃｒａｍｅｎｔｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）の存在下で、２２℃で攪拌せずにインキュベートした。
【０２４４】
（ゲル濾過によるＴｐ１７−ＨＩＳ／ヒトリゾチーム複合体の精製）
図２４において示されるように、ヒトリゾチーム／Ｔｐ１７複合体を、会合していない単量体から、上記のように、Ｓｕｐｅｒｏｓｅ  １２  ＨＲ  １６／５０ゲルによるゲル濾過で分離した。Ｔｐ１７−ＨＩＳ／ヒトリゾチームピークに対応する画分を回収し、１０ｋＤａカットオフを有するＣｅｎｔｒｉｃｏｎ  Ｐｌｕｓ  ２０  （ＵＦＣ２ＬＧＣ０８，Ｔｈｅ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｂｅｄｆｏｒｄ，ＭＡ，ＵＳＡ）デバイスを用いて濃縮した。３カラム容量（１０ｍｌ）のＴｒｉｓ−ＨＣｌ  １０ｍＭ，ＮａＣｌ  ５０ｍＭ（ｐＨ８．０）で洗浄することによって、遠心分離濾過の間に緩衝液を交換した。Ｔｐ１７−Ｈｉｓ単量体／ヒトリゾチームおよびＴｐ１７−Ｈｉｓ二量体／ヒトリゾチームの最終サンプルを、それぞれ、１．６２ｍｇ／ｍｌおよび１．５７ｍｇ／ｍｌで回収した。最終タンパク質回収率は、Ｔｐ１７−Ｈｉｓ単量体／ヒトリゾチーム複合体については６０％であり、Ｔｐ１７−Ｈｉｓ二量体／ヒトリゾチーム複合体については４４％であった。
【０２４５】
（実施例１２：新規Ｔｐ１７様タンパク質を発見するための方法）
Ｔｐ１７およびＴｐ１７様タンパク質は、ヒトリゾチームに結合する能力を共有している。この所見に基づいて、病原性生物からの総タンパク質抽出物中のＴｐ１７様タンパク質の検出を提供する一般的な方法を考案した。一実施形態において、検出可能なマーカーと結合体化したヒトリゾチームを、タンパク質サンプルに混合する。リゾチームの結合は、サンプル中のＴｐ１７様ポリペプチドを同定する。
【０２４６】
（ヒトリゾチーム−西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨｕＬＹＳ−ＰＯＤ）結合体の調製）
ヒトリゾチーム−西洋ワサビペルオキシダーゼ結合体を、総容量３．５ｍｌの炭酸緩衝液（炭酸ナトリウム／−炭酸水素ナトリウム  ５０ｍＭ，ｐＨ９．５５）中で、９．７２ｍｇの組換えヒトリゾチーム（１５９−５３ＬＺ−９０Ｐ；Ｖｅｎｔｒｉａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，Ｓａｃｒａｍｅｎｔｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）と１３．６ｍｇの活性化ペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）（１．４２８．８６１；Ｒｏｃｈｅ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）とを混合することにより、生成した。この結合反応を、３０分ごとに手動で攪拌しながら、水浴中で２５℃で２時間行った。この反応を、３６４μｌのトリエタノールアミン２Ｍ（１０８３７９；Ｍｅｒｃｋ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、および脱イオン水中４ｍｇ／ｍｌの濃度の水素化ホウ素ナトリウム（４５，２８８−２；Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｃｈｅｍｉｅ，Ｓｔｅｉｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）４５５μｌを、連続して添加することにより終了させた。得られた溶液を、１５分間手動で攪拌し、次いで、２〜８℃で３０分間インキュベートした。次いで、２２７μｌのトリエタノールアミン２Ｍを添加し、その混合物を、２〜８℃で２時間インキュベートした。次に、９１μｌのグリシン１Ｍ（１０４２０１；Ｍｅｒｃｋ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を添加し、その溶液を、１５時間、ＴＳＧ緩衝液（Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ  ２０ｍＭ、ＮａＣｌ  １５０ｍＭ、グリシン  １０ｍＭ、ｐＨ７．５）に対して透析した。次いで、この溶液を、３０分間１５，０００ｇで遠心分離することによって透明にした。４．５ｍｌの上清を回収した。５００μｌのＢＳＡ（Ｐｅｎｔｅｘ  Ｍｉｌｅｓ  Ｉｎｃ．，Ｋａｎｋａｋｅｅ，ＩＬ，ＵＳＡ；ＴＳＧ緩衝液（Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ）中１０％  重量／容量）および２５μｌのマーシオレート（ｍｅｒｔｈｉｏｌａｔｅ）−硫酸ゲンタマイシンを、結合体に添加した。マーシオレート−硫酸ゲンタマイシンを、２５ｍｇの硫酸ゲンタマイシン（２２１９１  Ｅ１；Ｊｅｓｃｕｄｅｒ，Ｔｅｒｒａｓｓａ，Ｓｐａｉｎ）および４００ｍｇのチメロサール（Ｔ−５１２５  Ｓｉｇｍａ，Ｓａｉｎｔ  Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）を、８．０ｍｌのウシ胎仔血清中に溶かすことによって調製した。次いで、このｐＨを、水酸化ナトリウム（５Ｍ）でｐＨ８．０に調節した。次いで、Ｍｉｌｌｅｘ  ＧＶ  ０．２２μｍフィルタ（ＳＬＧＶ  Ｒ０４  ＮＬ；Ｔｈｅ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｂｅｄｆｏｒｄ，ＭＡ，ＵＳＡ）を通してこの結合体を滅菌濾過し、使用時まで、２〜８℃で遮光保存した。
【０２４７】
（病原体に由来するタンパク質サンプルの処理）
２〜２０μｇの病原体由来タンパク質を含む１５μｌサンプルを、５μｌのＮｕＰＡＧＥ（登録商標）ＬＤＳ充填緩衝液（４×）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）と混合し、直ぐに、ＮｕＰＡＧＥ（登録商標）ＭＥＳ  ＳＤＳ泳動緩衝液（１×）（ＮＰ０００２；Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して、４〜１２％  ＮｕＰＡＧＥ（登録商標）Ｎｏｖｅｘ  Ｂｉｓ−Ｔｒｉｓポリアクリルアミドゲル（ＮＰＯ３２３ＢＯＸ；Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）で分離した。印加された電圧は、３５分間１６５ボルト一定である。タンパク質を移動させた後、ゲルを回収し、電気転写緩衝液（ＥＴ緩衝液：２５ｍＭ  Ｔｒｉｓ、１９２ｍＭ  グリシン、１０％  メタノール、ｐＨ調節なし）中で１５分間インキュベートした。この分離されたゲル上のタンパク質を、次いで、電気泳動的にＩＭＭＯＢＩＬＯＮ（登録商標）Ｐ膜（ＩＰＶＨ０００１０；Ｔｈｅ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｂｅｄｆｏｒｄ，ＭＡ，ＵＳＡ）に転写した。この膜を、メタノールで１回すすぎ、脱イオン水で２回すすぐことにより準備した。電気泳動的転写を行うために、印加した電圧を、１時間、６５ボルトに一定して保持した。
【０２４８】
（ＨｕＬＹＳ−ＰＯＤタンパク質重層アッセイ）
電気転移の後、膜を、２２°Ｃで１時間、５％（重量／容量）のＳＶＥＬＴＥＳＳＥ（登録商標）スキムミルク（Ｎｅｓｔｌｅ  Ｅｓｐａｎｙａ，Ｂａｒｃｅｌｏｎａ，Ｓｐａｉｎ）によって補填したＴＢＳＴ（Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ  １０ｍＭ  ｐＨ８．０、ＮａＣｌ  １５０ｍＭ、Ｔｗｅｅｎ  ２０）中でインキュベートする。次に、この膜をＴＢＳＴでリンスし、そして次に、１／５０００希釈のＨｕＬＹＳ−ＨＲＰ結合体を含むＴＢＳＴ−ミルク中、２２°Ｃで１時間インキュベートする。インキュベーションの後、この膜を、ＴＢＳＴ中で３回洗浄する。次いで、この膜を１０ｍｌの３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）（Ｔ０５６５；ＳＩＧＭＡ−ＡＬＤＲＩＣＨ  Ｉｎｃ．、Ｓａｉｎｔ−ｌｏｕｉｓ、ＭＯ、ＵＳＡ）中に浸漬することによって免疫染色を達成し、タンパク質を可視化する。ポジティブコントロールとして、１７ｋＤａで移動し、そしてＩｖｙに対応する単一バンドが、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ＢＬ２１（ＤＥ３）細胞抽出物中で検出される。
【０２４９】
（実施例１３：グラム陽性細菌病原体は、ヒトリゾチームインヒビターを分泌する）
グラム陽性細菌は、外膜を欠き、そして培養培地に厚いペプチドグリカン層を広げる。結果として、これら細菌は、グラム陰性細菌よりリゾチーム殺傷に対しより感受性であるようである。従って、本発明者らは、ヒト病原体であるグラム陽性細菌がリゾチームインヒビターを所有すると仮定した。外膜の不在に起因して、これらインヒビターは、細菌培養培地中に存在し得る。以下に説明されるように、本発明者らは、８株の臨床的に関連するグラム陽性細菌種（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ  ＣＥＣＴ１８４株、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ  ＡＴＣＣ１０５４１株、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ＡＴＣＣ１１６３２株、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ  ＡＴＣＣ１２２２８株、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＡＴＣＣ４９６１９株、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ＣＥＣＴ５９８株、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ  ＣＩＰ１０５４５１株、およびＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ  ＮＭＲ−ＧＦ株）からの培養培地中のリゾチームインヒビターの存在についてアッセイした。
【０２５０】
これらの株を、カチオン調節されたＭｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎｔｏｎブロス（ＣＡＭＨＢ）で４８時間、３７°Ｃで増殖させた。これらの細菌の細胞を、遠心分離（２０分間、１４．０００ｇ、４°Ｃ）によってペレット化し、そして１ｍｌの上清液を、Ｍｉｃｒｏｃｏｎ（登録商標）ＹＭ−１０遠心分離フィルターデバイス（Ｔｈｅ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｂｅｄｆｏｒｄ、ＭＡ、ＵＳＡ）を用いて約２００μｌの最終容量まで濃縮した。各々の１５μｌの上清液濃縮物を、製造業者（Ｔｈｅ  Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  ｃｏｍｐａｎｙ、Ｐｒａｔ  ｄｅ  Ｌｌｏｂｒｅｇａｔ、Ｂａｒｃｅｌｏｎａ，  Ｓｐａｉｎ）の指示書に従って、ＮｕＰＡＧＥ（登録商標）の４−１２％のグラージェントゲルを用いたＳＤＳ−ＰＡＧＥ電気泳動によって分析し、そして次に銀染色（ＳｉｌｖｅｒＸｐｒｅｓｓ（登録商標）キット）して、タンパク質を視認可能にした。
【０２５１】
図２５中に描写されるアッセイ結果によって示されるように、試験された８株の細菌種の各々について、別個のタンパク質パターンが検出された。ヒトリゾチーム（１単位）の細菌溶解活性は、上記８つの細菌種の各々に対応する濃縮された１０μの上清液の不在下または存在下で決定された。このアッセイは、製造業者（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ、Ｅｕｇｅｎｅ、ＯＲ、ＵＳＡ）の指示書に従って、ＥｎｚＣｈｅｃｋ（登録商標）リゾチームを用いて、先に記載のように実施された。図２６に示されるように、リゾチーム酵素活性の完全な阻害が、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓの濃縮された上清液の存在下で観察された。部分的な阻害が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの濃縮された上清液の存在下で観察された。これらのアッセイ条件下では、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓの濃縮された上清液では阻害は検出されなかった。
【０２５２】
これらのデータは、ヒトリゾチームの特徴付けられていないインヒビターが臨床的に関連するグラム陽性細菌に存在し、これらは、このようなインヒビターを発見するための可能な供給源であり得ることを示す。これらのインヒビターは、薬物およびワクチン、ならびに新規な診断アッセイの新規かつ魅力的な標的を提示する。これらの実験はまた、グラム陽性細菌が、Ｔｐ１７様ポリペプチド阻害に抵抗性である野生型または変異体の細菌により発現されるリゾチームポリペプチドをスクリーニングするために用いられ得ることを示す。
【０２５３】
（実施例１４：Ｔｐ１７／リゾチーム複合体の形成または安定性を阻害する候補化合物を同定する方法）
Ｔｐ１７タンパク質およびＴｐ１７様タンパク質は、多くのヒト病原体および動物病原体（例えば、ウイルス、細菌、真菌および原生動物）によって発現される。ＨｕＬＹＳ／Ｔｐ１７様タンパク質複合体の形成および／またはその安定性を妨害する薬物は、被験体中で病原体感染を防ぐか、またはこれを処置するために用いられ得る有望な抗微生物候補化合物である。このような抗微生物分子を単離するために、インビトロスクリーニング試験が、以下のように考案された。この試験が、生物学的抽出物および化学的ライブラリーの高スループットスクリーニングのために有用であることは、当業者に明らかである。図２７に示されるように、例示の方法は、以下の工程を含む：
（試薬の調製）
ＰＢＳ  １０×を、２９ｇのＮａ２ＨＰＯ４／１２Ｈ２Ｏ、２ｇのＫＨ２ＰＯ４および８０ｇのＮａＣｌを１リットルの蒸留した発熱性物質なしの水に溶解し、そしてｐＨを水酸化ナトリウム（１０Ｍ）でｐＨ６．８に調節することによって調製した。ＢＳＡ−グリシン溶液を、１０ｇのＢＳＡ（８１−００３；Ｐｅｎｔｅｘ  Ｍｉｌｅｓ  Ｉｎｃ．、Ｋａｎｋａｋｅｅ、ＵＳＡ）、７．５ｇのグリシン（５００１９０；Ｍｅｒｃｋ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）および１ｇのアジ化ナトリウム（６６８８；Ｍｅｒｃｋ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を１リットルの蒸留水（ＭｉｌｌｉＱグレード、Ｔｈｅ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｂｅｄｆｏｒｄ、ＭＡ、ＵＳＡ）中に溶解することによって調製した。得られた溶液のｐＨを、ＮａＯＨ（１０Ｍ）でｐＨ７．４にした。ＥＬＩＳＡ洗浄緩衝液１０×、ＴＭＢ発色基質およびＴＭＢ希釈緩衝液は、市販される（ＢｉｏＥＬＩＳＡ  ＡＮＴＩ−ＨＢＳ  ９６ウェルキット、３０００−１１０１；ｂｉｏｋｉｔ  ＳＡ、Ｌｌｉｃａ  ｄ’Ａｍｕｎｔ、Ｓｐａｉｎ）。ＥＬＩＳＡサンプル希釈緩衝液は、ＢｉｏＥＬＩＳＡ  Ｓｙｐｈｉｌｉｓ  ３．０（３０００−１１４８；ｂｉｏｋｉｔ  ＳＡ、Ｌｌｉｃａ  ｄ’Ａｍｕｎｔ、Ｓｐａｉｎ）から得た。
【０２５４】
（固体基板上のＴｐ１７タンパク質および／またはＴｐ１７様タンパク質の固定化）
実施例１に記載のように産生された、精製ＧＳＴ−Ｔｐ１７タンパク質を、ＰＢＳ  １×中に０．４μｇ／ｍｌの濃度で再懸濁し、そしてその溶液の１５０μｌを、９６ウェルのマイクロタイタープレート（ＭａｘｉＳｏｒｐO  ＬｏｃｋｗｅｌｌO；ＮＵＮＣ、Ｒｏｓｋｉｌｄｅ、Ｄｅｎｍａｒｋ）中に分与し、そして室温（２２°Ｃ）で１６時間インキュベートした。次に、１００μｌのＢＳＡ−グリシン溶液を添加し、そして２２°Ｃで１時間インキュベートした。これらウェルを、次いで吸引により空にし、そして直ちに、２００μｌのＢＳＡ−スクロースで満たした。インキュベーションを２２℃で１時間３０分間実施した。各ウェルの液体内容物を注意深く吸引し、そしてこれらプレートを、次いで、気密なプラスチックバッグ中に詰める前に、乾燥室（１５％相対湿度）中で３時間風乾した。
【０２５５】
（Ｔｐ１７および／またはＴｐ１７様を化学薬品（単数または複数）ならびにＨｕＬＹＳ−ＰＯＤと接触させること）
１００μｌの候補化合物（ＥＬＩＳＡサンプル希釈緩衝液中１０ｎｇ／ｍｌ〜１０ｍｇ／ｍｌの範囲の濃度で溶解）を、マイクロウェルに添加し、そして１５分間３７°Ｃでインキュベートする。ＥＬＩＳＡサンプル希釈緩衝液中に１／２０．０００で希釈されたＨｕＬＹＳ−ＰＯＤの５０μｌを、ウェルに添加し、そしてさらなる１５分の間インキュベートする。これらウェルを次いで、洗浄緩衝液で４回洗浄した。
【０２５６】
（候補化合物の発色およびスコアリング）
次いで、基質希釈緩衝液中に希釈された１００μｌの西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）発色基質を各ウェルに添加し、そして３０分後に１００μｌのＨ２ＳＯ４  ２Ｍを添加した後発色を停止する。この実験では、候補化合物なしでインキュベートされた３つのウェルの平均吸光度が、１００％値に規格化される。ＨｕＬＹＳ−ＰＯＤの結合を、少なくとも４０％、５０％、６０％、７５％、８５％、９５％、またはそれ以上低減し得る分子または生物学的抽出物は、規格化された値と比較して単一チャネルにおける個々の減少によって証明されるように、「ヒット」候補と考えられる。好ましくは、結合は、候補化合物と接触されなかったコントロールウェルに対して８５％減少される。
【０２５７】
（実施例１５：Ｔｐ１７は、リゾチームの市販の調製物を阻害する）
ニワトリリゾチームは、細菌およびウイルスの両方に対して活性な潜在的抗微生物酵素である。リゾチームを活性薬剤として含む市販の調製物は、制限されないで、ＬＩＺＩＰＡＩＮＡ（登録商標）（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ、Ｓａｎ  Ｃｕｇａｔ  ｄｅｌ  Ｖａｌｌｅｓ、Ｓｐａｉｎ）およびＬＩＳＯＺＩＭＡ  ＣＨＩＥＳＩ（ＣＨＩＥＳＩ  ＥＳＰＡＮＹＡ  ＳＡ、Ｂａｒｃｅｌｏｎａ、Ｓｐａｉｎ）を含む。Ｔｐ１７タンパク質は、精製されたニワトリリゾチームの酵素的抗細菌活性をインビトロで阻害することが示されたので、本発明者らは、Ｔｐ１７がまた、ＬＩＺＩＰＡＩＮＡ（登録商標）およびＬＩＳＯＺＩＭＡ  ＣＨＩＥＳＩの抗細菌活性を阻害し得ると仮定した。この仮説を試験するために、ＬＩＺＩＰＡＩＮＡ（登録商標）（１錠剤あたり５ｍｇのニワトリリゾチームを含む）およびＬＩＳＯＺＩＭＡ  ＣＨＩＥＳＩ（１錠剤あたり２５０ｍｇのニワトリリゾチームを含む）の各々の薬物の１錠剤を、脱イオン水（Ｔｈｅ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｂｅｄｆｏｒｄ、ＭＡ、ＵＳＡ）中に再懸濁し、リゾチーム濃度を４μｇ／ｍｌに調節した。次いで、これらのサンプルを、ＧＳＴ−Ｔｐ１７またはＴｐ１７−ＨＩＳいずれかの増加する量の不在下または存在下でインキュベートした。この実験では、ニワトリリゾチームとその同族インヒビターとの間のモル比を、ＧＳＴ−Ｔｐ１７については１：５〜１：５０、そしてＴｐ１７−ＨＩＳについては１：１６〜１：１６０で変化させた。２０°Ｃで５分間のインキュベーションの後、これらサンプルを、ＥｎｚＣｈｅｃｋ（登録商標）リゾチームアッセイキット（Ｅ−２２０１３；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ  Ｉｎｃ．、Ｅｕｇｅｎｅ、ＯＲ、ＵＳＡ）を用い、供給者のガイドラインによって推奨されるように、リゾチーム酵素的活性についてアッセイした。
【０２５８】
図２８Ａおよび２８Ｂで報告されるように、ＧＳＴ−Ｔｐ１７およびＴｐ１７−ＨＩＳの両者は、それぞれ、ＬＩＺＩＰＡＩＮＡ（登録商標）およびＬＩＳＯＺＩＭＡ  ＣＨＩＥＳＩの酵素的抗細菌活性を強力に阻害した。したがって、Ｔｐ１７およびＴｐ１７様タンパク質は、２つの市販され入手可能な抗微生物薬物の酵素的抗細菌活性を阻害し得る。ＬＩＺＩＰＡＩＮＡ（登録商標）、ＬＩＳＯＺＩＭＡ  ＣＨＩＥＳＩ、および関連薬物によって提供されるある程度の治療的効力は、Ｔｐ１７タンパク質およびＴｐ１７様タンパク質の阻害に起因してインビボにおいて失われるようである。上記で論議されたように、Ｔｐ１７タンパク質およびＴｐ１７様タンパク質は、細菌、ウイルス、真菌および寄生生物のヒト病原体によって広く発現される。その結果、Ｔｐ１７タンパク質およびＴｐ１７様タンパク質による酵素的阻害を受けないリゾチーム改変体は、有望なクラスの新規抗微生物薬物である。
【０２５９】
（実施例１６：ｒ−リゾチームOの抗細菌活性はＴｐ１７によって阻害されない）
Ｔｐ１７タンパク質およびＴｐ１７様タンパク質の阻害に抵抗し得るリゾチームの検索において、本発明者らは、市販のｒリゾチームO（７１１１０−５；Ｎｏｖａｇｅｎ（登録商標）ＭｅｒｃｋＫＧａＡ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を試験した。ｒリゾチームOは、Ｅ．ｃｏｌｉ細胞の溶解のために推奨される高度に精製された組換えリゾチームである。この酵素は、細菌細胞壁中のＮ−アセチルムラミド結合の加水分解を触媒する。ｒリゾチーム溶液（１．７００．０００Ｕ／ｍｇ）の比活性は、鶏卵卵白リゾチームのそれより２５０倍より大きく、そしてそれ故、Ｅ．ｃｏｌｉ溶解を達成するために必要な酵素はより少ない。さらに、ｒリゾチームOは、タンパク質および核酸抽出試薬のＮｏｖａｇｅｎの方針に適合する生理学的ｐＨ（６．０〜８．０）で最適に活性である。
【０２６０】
その文脈で、本発明者らは、ヒトリゾチーム（Ｖｅｎｔｒｉａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、Ｓａｃｒａｍｅｎｔｏ、ＣＡ、ＵＳＡ）、およびｒリゾチームOの抗細菌活性を、ＥｎｚＣｈｅｃｋリゾチームアッセイ（Ｅ−２２０１３；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ、Ｅｕｇｅｎｅ、Ｏｒｅｇｏｎ）を用いて比較した。本発明者らは、最初、製造業者の処方されるアッセイ条件で、１単位のヒトリゾチームが、２３０単位のｒリゾチームOと同じ蛍光強度を生成したことを決定した。次いで、本発明者らは、ＧＳＴ−Ｔｐ１７またはＴｐ１７−ＨＩＳのいずれかの１０μｇの存在下または非存在下で、１単位のヒトリゾチームまたは２３０単位のｒリゾチームOいずれかの蛍光強度を測定した。図２９に示されるように、ｒリゾチームOは、ＧＳＴ−Ｔｐ１７の阻害もＴｐ１７−ＨＩＳの阻害も受けなかったが、ヒトリゾチームの抗細菌活性は、強く阻害された。興味深いことに、本発明者らは、Ｔｐ１７の存在下で、ｒリゾチームOの抗細菌活性の（２０％の範囲にある）僅かな増加を再現可能に観察した。一緒に考慮して、これらの結果は、ｒリゾチームOが、Ｔｐ１７タンパク質および恐らくＴｐ−１７様タンパク質による阻害を受けないことを示唆している。結果として、ｒリゾチームOは、ヒトおよび動物の使用のために意図された種々の治療調製物において、ニワトリリゾチームを最終的に置換し得る新規かつ有望な抗微生物薬物に相当する。さらに、それは、防腐剤として、および／または食品保存剤として用いられ得る。
【０２６１】
（実施例１７：アルツハイマー前駆体タンパク質（βＡＰＰ）はＴｐ１７様タンパク質と構造的類似性を共有する）
Ｔｐ１７と広範な配列類似性を共有するタンパク質（例えば、図１を参照のこと）の中で、本発明者らは、ヒトβアミロイド前駆体タンパク質（β−ＡＰＰ）を同定した。このタンパク質は、重要な医療的および診断的目的である。なぜなら、それは、アルツハイマー病の間にアミロイド沈着の生成に関与しているからである。図３０に示されるように、本発明者らは、Ｉｖｙタンパク質ファミリー、Ｔｐ１７、および３つのスプライシングアイソフォームβ−ＡＰＰ（ＡＰＰ７７０、ＡＰＰ７５１およびＡＰＰ６９５）のメンバーによって共有される良好に保存されたペプチドモチーフを発見した。手動で実施した複数アラインメントは、本発明者らが、これらすべてのペプチド配列を、以下のコンセンサスの下にグループ分けすることを可能にした：
ＣＸ（１，５）［ＫＲＨ］［ＡＧ］［ＫＲＨ］Ｘ（０，２）［ＫＲ］Ｘ（０，１）［ＥＤＱＮ］Ｃ（配列番号１７８）
このコンセンサスでは、Ｃ、Ｋ、Ｒ、Ｈ、Ａ、Ｇ、Ｅ、Ｄ、ＱおよびＮは、それぞれ、システイン、リジン、アスパラギン、ヒスチジン、アラニン、グリシン、グルタミン酸、アスパラギン酸、グルタミン、およびアスパラギンに対する１文字アミノ酸コードに対応する。記法規則は、ＰＲＯＳＩＴＥデータベース中で用いられるものである。このコンセンサスはまた、以下のように表され得る：
ＣｙｓＸａａ１Ｘａａ２Ｘａａ３Ｘａａ４Ｘａａ５Ｘａａ６Ｘａａ７Ｘａａ８Ｘａａ９Ｘａａ１０Ｘａａ１１Ｘａａ１２Ｘａａ１３Ｃｙｓ（配列番号１７７）
ここで、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４およびＸａａ５は、任意のアミノ酸または存在せず、Ｘａａ６は、アミノ酸Ｋ、ＲまたはＨであり、Ｘａａ７は、ＡまたはＧであり、Ｘａａ８は、Ｋ、Ｒ、またはＨであり、Ｘａａ９およびＸａａ１０は、任意のアミノ酸または存在せず、Ｘａａ１１は、アミノ酸ＫまたはＲであり、Ｘａａ１２は、任意のアミノ酸または存在せず、そしてＸａａ１３は、アミノ酸Ｅ、Ｄ、ＱまたはＮである。
【０２６２】
これら３つのタンパク質（Ｅ．ｃｏｌｉからのＩｖｙ、Ｔｐ１７、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）について、結晶構造が入手可能である。Ｃｎ３Ｄ分子ビュワーを用いて、本発明者らは、これら３つのタンパク質の各々の関連するペプチドストレッチが、保存された三次元組織を示したことを見出した。図３１に示されるように、３つすべては、幅のあるβシートを形成し、ジスルフィド架橋ペプチドループを提示する。これらのタンパク質は、保存された三次元構造組織を共有する。３つの分子のすべては、幅のあるβシート構造、および剥き出たジスルフィド架橋ペプチドループを含む。この構造モチーフは、ヒトβ−ＡＰＰタンパク質の３つのすべてのアイソフォーム（ＡＰＰ７７０、ＡＰＰ７５１およびＡＰＰ６９５）で保存されている。３ＤビューがＣｎ３Ｄソフトウェアを用いて生成された。このソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙのウェブサイト、および以下のＰｒｏｔｅｉｎ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）原子座標ファイル：１ＧＰＱ（Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｉｖｙ）、１ＵＵＺ（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  Ｉｖｙ）および１ＭＷＰ（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  β−ＡＰＰ）から入手可能である。これらのデータは、Ｉｖｙ、Ｔｐ１７およびβ−ＡＰＰが構造的および機能的に関連していることを示唆する。
【０２６３】
（実施例１８：ヒトリゾチームは、固定化アルツハイマー前駆体タンパク質（βＡＰＰ）に結合する）
図３２に示されるように、β−ＡＰＰ中で同定されたリゾチーム結合部位は、このタンパク質の極度のＮ末端にあり、そして残基９２〜１１６にまたがる。アイソフォームＡＰＰ７５１（７５１アミノ酸長）は、例示のＡＰＰ様ポリペプチドである。この図から得られる結論はまた、アイソフォームＡＰＰ６９５およびＡＰＰ７７０についてもまた真実である。アミノ酸数は、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿９５８８１６の下で受託されたβ−ＡＰＰ配列中のアミノ酸位置に言及している。このリゾチーム結合部位は、残基９２〜１１６の間に位置している。詳細には、本発明者らは、ｓＡＰＰαと呼ばれる、β−ＡＰＰ誘導体のより長いフラグメント、およびｓＡＰＰα（３０４−６１２）と呼ばれるより短いフラグメントを用いた。ｓＡＰＰαおよびｓＡＰＰα（３０４−６１２）の両方は、ＡＰＰ６９５アイソフォームから由来し、そして結果として、クニッツプロテアーゼインヒビタードメイン（ＡＰＰ７７０およびＡＰＰ７５１中の残基２８９〜３４２）を欠いている。
【０２６４】
β−ＡＰＰタンパク質がｈｕＬＹＳを結合するか否かを試験するために、本発明者らは、精製された組換え形態のβ−ＡＰＰを用いるリゾチーム結合アッセイを実施した。ｓＡＰＰα（製品番号：Ｓ９５６４）およびｓＡＰＰα（３０２−６１２）（製品番号：Ｓ８０６５）をＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｔｒｅｓ  ｃａｎｔｏｓ、Ｍａｄｒｉｄ、Ｓｐａｉｎ）から購入した。１０μｇの各タンパク質を、Ｎｙｔｒａｎ膜（Ｓｃｌｅｉｃｈｅｒ＆Ｓｃｈｏｕｅｌｌ、Ｄａｓｓｅｌ、Ｇｅｒｍａｎｙ）上にスポットした。非特異的吸着部位は、ＴＢＳＴ−ミルク中で１時間のインキュベーションによってブロックされた。ＴＢＳＴを用いた３回の洗浄の後、この膜を、ＴＢＳＴ−ミルク中で１／１０００希釈された、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）−標識ヒトリゾチームとともに１時間インキュベートした。次いで、膜を、ＴＢＳＴで３回（各洗浄は５分間）洗浄した。染色は、５ｍｌのＰＯＤ発色基質（ＴＭＢ、製品番号：Ｔ０５６５、Ｓｉｇｍａ）を添加することにより実施した。図３３に示されるように、ｈｕＬＹＳはｓＡＰＰαに結合したが、ｓＡＰＰα（３０２−６１２）には結合しなかった。この観察は、このβ−ＡＰＰタンパク質がｈｕＬＹＳに結合し、しかも結合部位が、β−ＡＰＰの残基９２と１１６との間のＮ末端領域中に位置することを示唆した。これらのデータは、アルツハイマー病の処置のための新規の薬理学的標的を規定する。さらに、このβ−ＡＰＰ／ｈｕＬＹＳタンパク質複合体は、アルツハイマー病の診断マーカーとして役立ちそうである。
【０２６５】
アルツハイマー病に関連する診断組成物および診断方法は、実質的に純粋なＡＰＰ様ポリペプチドのフラグメントを特徴とし、このフラグメントは、Ｃｙｓ  Ｘａａ１Ｘａａ２Ｘａａ３Ｘａａ４Ｘａａ５Ｘａａ６Ｘａａ７Ｘａａ８Ｘａａ９Ｘａａ１０Ｘａａ１１Ｘａａ１２Ｘａａ１３Ｃｙｓ（配列番号１７７）のアミノ酸配列を含み、ここで、Ｘａａ１、Ｘａａ２、Ｘａａ３、Ｘａａ４およびＸａａ５は任意のアミノ酸であるかまたは存在せず、Ｘａａ６はアミノ酸Ｋ、ＲまたはＨであり、Ｘａａ７はＡまたはＧであり、Ｘａａ８はＫ、Ｒ、またはＨであり、Ｘａａ９およびＸａａ１０は任意のアミノ酸であるかまたは存在せず、Ｘａａ１１はアミノ酸ＫまたはＲであり、Ｘａａ１２は任意のアミノ酸であるかまたは存在せず、そしてＸａａ１３はアミノ酸Ｅ、Ｄ、ＱまたはＮである。上記の組成物および方法はまた、このポリペプチドフラグメントをコードする核酸分子、このようなフラグメントの発現のためのベクター、およびこれらベクターを含む宿主細胞としての特徴をもつ。このようなフラグメントは、組換えポリペプチドとして発現され得、そして上記フラグメントを認識するか、またはリゾチームポリペプチドに複合体化されるとき上記フラグメントを認識する抗体の生成のために用いられる。
【０２６６】
ＡＰＰ様ポリペプチド／リゾチーム複合体に特異的に結合する抗体は、被験体におけるアルツハイマー病を診断するための方法で有用であり、ここで、この抗体は、血清サンプル、脳脊髄流体サンプル、または組織サンプルのような被験体からの生物学的サンプルをプローブ検査するために用いられる。現在のところ、アルツハイマー病の決定的な診断は、一般に、被験体からの脳組織の死後の検査を必要とする。従って、本発明の方法は、生存被験体から得られる体液中のアルツハイマー病の診断を容易にし、現存する診断方法に優る顕著な改良を提供する。
【０２６７】
詳細には、本発明は、被験体からのサンプル中のＡＰＰ様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドと間の複合体の存在、またはこのような複合体に結合する抗体の存在を検出することによりアルツハイマー病を診断する方法を提供する。さらに、ＡＰＰ様ポリペフチドとリゾチームポリペプチドとの間の結合を調節する候補化合物を同定する方法が提供され、この方法は、この候補化合物の存在下で、Ｔｐ１７様ポリペプチドとリゾチームポリペプチドとの間の結合における減少を検出することによる。
【０２６８】
（実施例１９：新規Ｔｐ１７様タンパク質のコンピューター同定）
ペプチド配列データベース（Ｓｗｉｓｓｐｒｏｔ  ＆  ＴｒＥＭＢＬ）を、図３０中に規定されるＣＸ（１，５）［ＫＲＨ］［ＡＧ］［ＫＲＨ］Ｘ（０，２）［ＫＲ］Ｘ（０，１）［ＥＤＱＮ］Ｃ（配列番号１７８）コンセンサス配列を共有するタンパク質についてサーチした。この配列を有するとして同定された、細菌タンパク質、ウイルスタンパク質および真核生物タンパク質を図３４Ａおよび３４Ｂに示す。これらのタンパク質は、Ｔｐ１７様／ｈｕＬＹＳタンパク質複合体の形成を妨害するようである新規な治療標的および免疫原性組成物を提示する。さらに、ｈｕＬＹＳと複合体化されたこれらタンパク質は、ヒト疾患、動物疾患および植物疾患の診断のための魅力的なマーカーを提示し得る。
【０２６９】
（実施例２０：Ｔｐ１７変異体の阻害および結合能力）
Ｔｐ１７のＨ３１およびＨｉｓ１０４がｈｕＬＹＳ阻害に寄与したか否かを決定するために、本発明者らは、ＧＳＴ−Ｔｐ１７をコードする遺伝子（図３５Ａ）の部位特異的変異誘発を実施した。このＨ３１ＡおよびＨｉｓ１０４Ａ  ＧＳＴ−Ｔｐ１７変異体ポペプチドは、ＱｕｉｃｋＣｈａｎｇｅ（登録商標）部位特異的変異誘発キット（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ  Ｊｏｌｌａ、ＣＡ、ＵＳＡ）を用いて、ｐＧＥＸ２Ｔ−Ｔｐ１７プラスミドベクター中に２つのヌクレオチド変化を導入することにより生成した。この目的のための変異誘発オリゴヌクレオチドは、Ｆｗ＿ＣＰＡＡＧ（５’−ＣＣＧ  ＴＧＴ  ＧＴＣ  ＣＧＧ  ＣＣＧ  ＣＣＧ  ＧＧＡ  ＡＧＧ  Ｃ−３’）（配列番号２９８）およびＢｗ＿ＣＰＡＡＧ（５’−ＧＣＣ  ＴＴＣ  ＣＣＧ  ＧＣＧ  ＧＣＣ  ＧＧＡ  ＣＡＣ  ＡＣＧ  Ｇ−３’）（配列番号：２９９）およびオリゴヌクレオチドＦｗ＿ＫＰＡＥ（５’−ＡＡＴ  ＣＧＡ  ＡＧＧ  ＣＡＣ  ＣＧＧ  ＣＣＧ  ＡＧＡ  ＡＡＧ  ＡＧＣ  ＴＧＴ  ＡＣＧ−３’）（配列番号：３００）およびＢｗ＿ＫＰＡＥ（５’−ＣＧＴ  ＡＣＡ  ＧＣＴ  ＣＴＴ  ＴＣＴ  ＣＧＧ  ＣＣＧ  ＧＴＧ  ＣＣＴ  ＴＣＧ  ＡＴＴ−３’）（配列番号：３０１）は、別個に変性ｐＧＥＸ２Ｔ−Ｔｐ１７にアニールされ、そしてＰｆｕ  Ｔｕｒｂｏ  ＤＮＡ  ポリメラーゼを用いて供給者によって推奨される条件下で伸長された。非メチル化ＤＮＡテンプレートは、ＤｐｎＩ消化によって除去され、そして得られる消化混合物を用いてＸＬ−１  Ｂｌｕｅ（登録商標）スーパーコンピテント細胞を形質転換した。変異体プラスミドは、得られるＰＣＲアンプリコンを制限酵素マッピングすることにより選択した。Ｈ３１Ａ変異の存在は、完全長の変異したＴｐ１７遺伝子を配列決定することにより確認した。次いで、Ｈ３１ＡまたはＨｉｓ１０４Ａ変異を保持する変異体ＧＳＴ−Ｔｐ１７を、実施例１に記載のように作製および精製した。リゾチーム阻害アッセイを以下に記載のように実施した。
【０２７０】
各１００μｌ反応混合物は、２５μｌのリゾチーム溶液（反応緩衝液中に溶解した、２ユニットのヒトリゾチーム）、２５μｌの試験タンパク質溶液、および５０μｌの蛍光標識Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ懸濁物（５０μｇ／ｍｌ）を含んだ。その後、その反応混合物を、３７℃にて４５分間インキュベートした。その反応混合物中に存在する蛍光を、ＫＣジュニアデータ取得ソフトウェア（Ｂｉｏ  ＴＥＫ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ，Ｗｉｎｏｏｓｋｙ，Ｖｅｒｍｏｎｔ）を備えた蛍光マルチウェルプレートリーダーモデルＦＬｘ８００（Ｂｉｏ  ＴＥＫ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ，Ｗｉｎｏｏｓｋｙ，Ｖｅｒｍｏｎｔ）を使用して、測定した（λｅｘｃ．＝４８５ｎｍ；λｅｍｉ．＝５２０ｎｍ）。得られた蛍光データ（図３５Ｂにおいて示される）は、３つの独立したウェルの読取り値に対応する平均および標準偏差を示す。ネガティブコントロールウェルは、５０μｌの脱イオン水および５０μｌのフルオレセイン標識Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ懸濁物を含んだ。
【０２７１】
図３５Ａおよび図３５Ｂにおいて示されるように、Ｈ３１Ａ変異体ポリペプチドおよびＨｉｓ１０４Ａ変異体ポリペプチドは、リゾチーム阻害の減少を示したが、そのリゾチーム結合能を保持した（図３６）。これらのデータは、アミノ酸３１位および１０４位がリゾチーム結合および／またはリゾチーム阻害に寄与することを、実証した。従って、本発明に従う変異体Ｔｐ１７の実施形態は、Ｔｐ−１７のＨ３１およびＨｉｓ１０４において、ならびに／またはＨ３１およびＨｉｓ１０４の付近において、ならびに他のＴｐ−１７様病原体における対応部位において、１つ以上の変異を含む。そのような変異体は、インビボにてＴｐ−１７様タンパク質の通常の阻害を妨害し得、従って、上記のような治療効果を有する。
【０２７２】
（実施例２１：Ｔｐ１７は、ＳＬＬＰ１リゾチーム様タンパク質に結合し得る）
ニワトリ型リゾチーム様すなわち従来型（Ｃ型）リゾチーム様の独特な非細菌溶解性タンパク質であるＳＬＬＰ１が、ヒト精子のアクロソーム中に存在する（Ｍａｎｄｅｌら、Ｂｉｏｌ  Ｒｅｐｒｏｄ．６８：１５２５〜３７，２００３）。通常、Ｃ型リゾチームは、細菌溶解性であり、そしてこれは、β−１，４グリコシド結合によって連結されたＮ−アセチルグルコサミンに結合し得る。すべてがシステインを含むその不変残基のうちのほとんど（２０個中１７個）が、ＳＬＬＰ１において保存されているが、Ｃ−リゾチームにおいて保存される２つの触媒残基Ｅ３５およびＤ５２が、ＳＬＬＰ１においてはそれぞれＴおよびＮで置換されて、Ｔ１２２およびＮ１３９となっている。Ｍａｎｄａｌらは、アクロソーム反応の後、ＳＬＬＰ１が、卵黄周囲腔内、透明帯の孔内、および卵丘層内で、卵オリゴ糖残基Ｎ−アセチルグルコサミン（これは、卵の原形質膜を覆う、細胞外マトリックス中に存在する）の潜在的レセプターであり得ると、仮説を立てた。
【０２７３】
本発明者らは、ｈｕＬＹＳ、ｃｈｋＬＹＳおよびＳＬＬＰ１が、５５％を超える配列同一性を共有することを見出した。図３７において示されるように、ヒトリゾチームおよびニワトリリゾチームは、６３％アミノ酸配列同一性を共有し、一方、ＳＬＬＰ１およびヒトリゾチームは、５８％配列同一性を共有する。Ｔｐ１７は、ｈｕＬＹＳおよびｃｈｋＬＹＳの両方に結合可能であるので、これらのタンパク質間に存在する高レベルの配列同一性に基づいて、Ｔｐ１７様ポリペプチド（Ｔｐ１７を含む）もまた、ＳＬＬＰ１に結合可能である可能性がある。この相互作用は、性的接触の間の病原体伝達を促進し得る。図３８において示されるように、ＳＬＬＰ１／Ｔｐ１７様ポリペプチド複合体は、ヒトおよび動物の受精能の制御のための有望な治療標的を示す。例えば、図３８において示されるように、有効量のＴｐ１７様ポリペプチドを投与することは、避妊方法として役立ち得る。なぜなら、Ｔｐ１７様ポリペプチドは、卵細胞表面における精子とその同族レセプター（ｃｏｇｎａｔｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ）との正常な結合を妨害するからである。
【０２７４】
さらに、ＳＬＬＰ１に対するＴｐ１７様ポリペプチドの結合を減少させる候補化合物は、性感染病の有用なインヒビターである。そのような化合物をスクリーニングするための方法が、上記に記載されている。
【０２７５】
さらに、野生型ＳＬＬＰ１は、細菌溶解性である可能性はないが、一方、Ｔ１２２→Ｅおよび／またはＮ１３９→Ｄというアミノ酸変化を含む変異体ＳＬＬＰ１（特に、Ｃ型リゾチームの保存配列に戻る両方の変異を含む二重変異体）は、細菌溶解活性を獲得する可能性がある。これらの変異を含む変異体ＳＬＬＰ１は、Ｔｐ１７様ポリペプチドに結合できない可能性があり、例えば、ニワトリリゾチームと比較して増加したリゾチーム酵素活性を有する可能性がある。従って、変異体ＳＬＬＰ１は、その増強された抗菌（例えば、細菌溶解）能力について、薬学的組成物または殺菌剤として使用され得る。他のリゾチーム改変体（例えば、バクテリオファージＴ４リゾチーム）もまた、同様な様式で使用され得る。そのような組成物の一実施形態は、約２ｍｇ〜約１００ｍｇの上記リゾチーム改変体（好ましくは約５ｍｇ）、約２ｍｇのパパイン、および／または約３ｍｇのバシトラシンを含み得る。好ましい実施形態は、経口摂取のために溶解可能である。
【０２７６】
（他の実施形態）
本発明は、本発明の精神からも本質的特徴からも逸脱することなく、他の具体的な形態で実施され得る。上記の発明の任意の局面および特徴が、合わせられ得る。従って、上記の実施形態は、すべてに点において、本明細書中に記載される発明を限定するのではなく、例示するものであると考えられるべきである。従って、本発明の範囲は、上記の説明によって示されるのではなく、添付される特許請求の範囲によって示される。特許請求の範囲と等価である意味および範囲内におけるすべての変更が、本発明に包含される。
【０２７７】
（参考としての援用）
本出願において引用されるすべての刊行物および特許文献は、個々の刊行物または特許文献の各々の内容があたかも本明細書中に援用された場合と同じ程度まで、すべての目的のためにその全体が参考として援用される。
【図面の簡単な説明】
【０２７８】
本発明の先のおよび他の目的、特色および利点ならびに本発明自体は、添付の図と共に読む場合、以下の好ましい実施形態の説明からより完全に理解される。
【図１Ａ】図１Ａは、多数の細菌、ウイルス、寄生生物および哺乳動物の生物体に由来するＴｐ１７様ポリペプチド上のリゾチーム結合部位、ならびにこれらが定義する１７アミノ酸のコンセンサス配列を図示する。
【図１Ｂ】図１Ｂは、多数の細菌、ウイルス、寄生生物および哺乳動物の生物体に由来するＴｐ１７様ポリペプチド上のリゾチーム結合部位、ならびにこれらが定義する１７アミノ酸のコンセンサス配列を図示する。図１Ｂにおいて、Ｔ．ｄｅｎｔｉｃｏｌａ、Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｃ．ｂｕｒｎｅｔｔｉ、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ血清群ＡおよびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ血清群Ｂ、Ｖ．ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｖ．ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ、Ｈ．ｄｕｃｒｅｙｉ、Ｓ．ｔｙｐｈｉ、Ｌ．ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、およびＢ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓに由来するＴｐ１７関連ポリペプチドは、コンセンサス配列：Ｃｙｓ  Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｘａａ３  Ｐｒｏ  Ｈｉｓ  Ｘａａ４  Ｘａａ５  Ｘａａ６  Ｘａａ７  Ｘａａ８  Ｘａａ９  Ｘａａ１０  Ｘａａ１１  Ｘａａ１２  Ｘａａ１３  Ｘａａ１４  Ｘａａ１５  Ｘａａ１６  Ｘａａ１７  Ｃｙｓ（配列番号１７６）に一致し、ここでＸａａは任意のアミノ酸であるかまたは存在しない。Ｐ．ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓおよびＨ．ｐｙｌｏｒｉ由来の残る２つのタンパク質は、以下のコンセンサス配列：Ｃｙｓ  Ｘａａ１  Ｘａａ２  Ｘａａ３  Ｈｉｓ  Ｘａａ４  Ｘａａ５  Ｘａａ６  Ｘａａ７  Ｘａａ８  Ｘａａ９  Ｘａａ１０  Ｘａａ１１  Ｘａａ１２  Ｘａａ１３  Ｃｙｓ（配列番号１７５）のもとに分類され、ここでｘは任意のアミノ酸であるかまたは存在しない。図１Ｂは、種々の臨床的に関連する細菌性病原体の間に保存されるリゾチーム結合モチーフを定義する表である。
【図２】図２は、多数の細菌、ウイルス、寄生生物、昆虫および哺乳動物の生物体に由来するＴｐ１７様ポリペプチド上のリゾチーム結合部位、およびそれらの定義する６アミノ酸コンセンサス配列を図示する。
【図３Ａ】図３Ａは、多数の種に由来する成熟したリゾチーム配列のアラインメントである。成熟ニワトリリゾチームのＥ３５およびＤ５３（または成熟ヒトリゾチームのＤ５２）は、触媒性ダイアドに属し、そして全ての公知のリゾチーム配列を通して保存される。コンセンサス配列はアラインメントの下に示される。アミノ酸の保存は、Ｒｉｓｌｅｒ比較記号（Ｒｉｓｌｅｒら（１９９８）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２０４：１０１９）に従って表される。この表現系において、Ｘは任意のアミノ酸を表すか、またはアミノ酸が無いことを表し、大文字は１００％のアミノ酸保存に対応し、小文字は５０％〜９０％のアミノ酸保存の値に対応する。さらに、配列の５０％を越えるものに共有される保存的変化は、ロイシンまたはメチオニンに対応する以下の記号＄、イソロイシンまたはバリンに対応する！、およびアスパラギンまたはアスパラギン酸に対応する＃を用いて表される。
【図３Ｂ】図３Ｂは、図３Ａに示された成熟リゾチーム配列のアラインメントの続きである。コンセンサス配列は、図３Ａについて記載した命名法を用いて、アラインメントの下に示される。
【図４】従来のＴｐ１７抗体検出キットがＴｐ１７−リゾチーム複合体に対する抗体を検出しないので、図４は本発明の利点を図示する。１つの実施形態において、本発明は、Ｔｐ１７様ポリペプチドおよびリゾチームポリペプチドを備えるキットを特徴とする。このようなキットは、Ｔｐ１７単独に対する抗体、リゾチーム単独に対する抗体、または存在する場合、Ｔｐ１７−リゾチーム複合体に対する抗体を検出し得る。
【図５】図５は、以下の５つの工程を包含するファーウェスタンブロットリゾチーム−タンパク質相互作用アッセイを図示する：（１）精製したリゾチームの固体支持体上への固定化；（２）リゾチームに対するリガンド（例えば、ＧＳＴ−Ｔｐ１７）による固体支持体のプローブ工程；（３）ＧＳＴ−Ｔｐ１７のヤギ抗ＧＳＴ抗体との結合；（４）ヤギ抗体の抗ヤギアルカリホスファターゼ結合体との結合；および（５）ニトロブルーテトラゾリウム／ブロモクロロインドリルホスフェートアルカリホスファターゼ色素産生基質（ＮＢＴ／ＢＣＩＰ）による染色工程。
【図６】図６は、ＧＳＴ−Ｔｐ１７融合タンパク質のアミノ酸配列（配列番号２９）およびヌクレオチド配列（配列番号３０）を図示する。ＧＳＴ部分およびＴｐ１７に対応する配列は、それぞれイタリック体および太字で表される。番号のついた線（配列番号３０）はセンスＤＮＡ鎖を示し；アンチセンス鎖またはＲＮＡ鎖はセンス鎖の下にある。
【図７】図７は、Ｔｐ１７−ＨＩＳ発現構築物であるｐＥＴ２４ａ＿Ｔｐｐ１７Ｈｉｓを図示する。このベクターはｐＥＴ２４発現ベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ  Ｉｎｃ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）に由来する。
【図８】図８Ａは、精製されたＧＳＴ−Ｔｐ１７のクロマトグラフィー画分のクーマシーブリリアントブルー染色ゲルである。レーン１：添加したニワトリリゾチームを用いる精製プロセス；レーン２：添加したニワトリリゾチームなしでの精製プロセス；レーン３：ＭＷＭ：分子量マーカー。図８Ｂは、精製されたＴｐ１７−ＨＩＳのクロマトグラフィー画分のウェスタンブロットおよびクーマシーブリリアントブルー染色ゲルである。レーン１：添加したニワトリリゾチームの存在する精製プロセスから回収したタンパク質の、梅毒陽性ヒト血清を用いたウェスタンブロット。レーン２：添加したニワトリリゾチームの存在する精製プロセスから回収したタンパク質のクーマシーブリリアントブルー染色。レーン１およびレーン２における電気泳動バンドから回収されたタンパク質のＮ末端アミノ酸配列決定によって得られたペプチド配列が示される。
【図９】図９Ａは、ファーウェスタンブロットアッセイにおけるＧＳＴ−Ｔｐ４７を用いたニワトリリゾチームのプロービングの結果を図示する。レーンＭＷ：分子量マーカー；レーン１：１μｇの精製ニワトリリゾチーム；レーン２：５μｇの精製ニワトリリゾチーム；レーン３：１０μｇの精製ニワトリリゾチーム。図９ＢはファーウェスタンブロットアッセイにおけるＧＳＴ−Ｔｐ１７をもちいたニワトリリゾチームのプロービングの結果を図示する。レーンＭＷ：分子量マーカー；レーン４：１μｇの精製ニワトリリゾチーム；レーン５：５μｇの精製ニワトリリゾチーム；レーン６：１０μｇの精製ニワトリリゾチーム。図９ＣはファーウェスタンブロットアッセイにおけるＧＳＴ−Ｔｐ４７を用いたヒトリゾチームのプロービングの結果を図示する。レーンＭＷ：分子量マーカー；レーン７：１μｇの精製ヒトリゾチーム；レーン８：５μｇの精製ヒトリゾチーム；レーン９：１０μｇの精製ヒトリゾチーム。図９ＤはファーウェスタンブロットアッセイにおけるＧＳＴ−Ｔｐ１７を用いたヒトリゾチームのプロービングの結果を図示する。レーンＭＷ：分子量マーカー；レーン１０：１μｇの精製ヒトリゾチーム；レーン１１：５μｇの精製ヒトリゾチーム；レーン１２：１０μｇの精製人リゾチーム。
【図１０】図１０は、Ｔｐ１７ポリペプチドのリゾチーム抗菌活性に対する効果のグラフ表現を示す。ヒトリゾチーム（白丸）およびニワトリリゾチーム（黒三角）の存在下におけるＧＳＴ−Ｔｐ１７の濃度が、相対的蛍光強度に対してプロットされた。コントロールとして、ヒトリゾチーム（黒菱形）の存在下におけるＧＳＴ−Ｔｐ４７の濃度もまた、相対的蛍光強度に対してプロットされた。
【図１１】図１１Ａは、Ｅ．ｃｏｌｉ由来のＩＶＹタンパク質のアミノ酸配列と、Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ由来のＴｐ１７アミノ酸配列とのアラインメントを示す。コンセンサス配列がアラインメントの下に示される。「＃」は保存的変化（Ａｓｐ／Ｇｌｕ）および半保存的変化（Ａｓｐ／Ａｓｎ）を同定し、一方「！」はＶａｌ／Ｉｌｅ変化を示す。図１１Ｂは、ニワトリリゾチームのＥ．ｃｏｌｉ  ＩＶＹとの、考えられる３つの接触領域の結晶構造を図示する：ペプチドＩ、ペプチドＩＩおよびペプチドＩＩＩは暗い影付けで示される。
【図１２】図１２は、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｉｖｙとニワトリリゾチームとの間の原子相互作用を図示し、これはＨ８８−ｉｖｙの窒素原子とＥ５３−ｃｈｋｃＬｙｓの酸素原子との間の相互作用、およびＤ８９−ｉｖｙの酸素原子とＲ１３２−ｃｈｋｃＬｙの窒素原子との間の相互作用を含む。Ｈ８８−ｉｖｙ／Ｅ５３−ｃｈｋｃＬｙｓ相互作用において原子中心間の距離は２．５６Å（１オングストローム＝１０−１０メートル）であり、そしてＤ８８−ｉｖｙ／Ｒ１３２−ｃｈｋｃＬｙｓ相互作用においては２．４６Åであった。
【図１３】図１３Ａはニワトリリゾチーム単体の、水のアクセス可能な分子表面（明るい）を図示する。アミノ酸残基Ｅ５３の表面に露出された水のアクセス可能な領域は影付けされる。図１３Ｂは、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＩＶＹと複合体化されたニワトリリゾチームの、水のアクセス可能な分子表面を図示する。アミノ酸残基Ｅ５３は完全に遮蔽され、溶媒にほとんどアクセス可能で無い。図１３Ｃは、ニワトリリゾチームの水にアクセス可能な分子表面（明るい）を図示する。アミノ酸残基Ｒ１３２の表面に露出された水のアクセス可能な領域は影付けされる。図１３Ｄは、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＩＶＹと複合体化されたニワトリリゾチームの、水のアクセス可能な分子表面を図示する。アミノ酸残基Ｒ１３２は部分的に溶媒に露出されたままである。
【図１４】図１４Ａは、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＩＶＹ−ニワトリリゾチーム結合部位の２つの隣接するシステインの架橋を図示し、この架橋はヒスチジン残基とグルタミン酸残基を近接した空間的近傍にもたらして、ニワトリリゾチームの残基Ｅ５３とＲ１３２とを接触させるような立体配置にする。図１４Ｂは、Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍのＴｐ１７−リゾチーム結合部位の２つの隣接するシステインの架橋を図示し、この架橋はヒスチジン残基とアスパラギン酸残基を近接した空間的近傍にもたらして、リゾチームのＥ５３残基とＲ１３２残基とを接触させ得るような立体配置にする。
【図１５】図１５は１型単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ１）および２型単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ２）に由来するタンパク質ｇＪのアラインメントを図示する。コンセンサス配列は、アラインメントの下で誇張される。挿入物は、ＨＳＶ２のｇＪに見受けられるＴｐ１７様コンセンサス配列をＨＳＶ１のｇＪが共有しないことを示す。「＃」はＡｓｐ／Ａｓｎのような半保存的変化を同定する。
【図１６】図１６Ａは、４つの境界線ヒト梅毒性血清（ｂｏｒｄｅｒｌｉｎｅ  ｈｕｍａｎ  ｓｙｐｈｉｌｉｔｉｃ  ｓｅｒｕｍ）（ＨＰＭ１０、ＨＧ３８、ＨＧ４８およびＨＧ８２）に対応する相対的血球凝集強度を図示する表である。血清サンプルはニワトリリゾチーム（ＣｈｉｃｋｅｎＬｙｚ）またはヒトリゾチーム（ＨｕｍａｎＬｙｚ）の存在下または非存在下においてＴｐ１７（Ｒ）と合わせられた。結果は、希釈力価の逆数（ｒｅｃｉｐｒｏｃａｌ  ｄｉｌｕｔｉｏｎ  ｔｉｔｅｒ）として表される（例えば、８０は１／８０の希釈率において陽性であることを意味する）。図１６Ｂは、図１６Ａの血球凝集の結果のグラフ式表現である。リゾチーム無しでのＴｐ１７試薬（黒い棒）；ニワトリリゾチームを補充したＴｐ１７試薬（斜線の棒）；ヒトリゾチームを補充したＴｐ１７試薬（空白の棒）。結果は、希釈力価の逆数として表される（例えば、８０は１／８０の希釈率において陽性であることを意味する）。
【図１７】図１７Ａは、１０のヒト梅毒性血清（Ｓｙｐｈ７１、０９−４、０９−３、ＨＳＰ９１、ＨＳＰ１７、ＨＳＰ３、４９３２、５８９５、ＨＧ６２およびＨＧ８２）に対応する相対的血球凝集強度を図示する表である。血清サンプルは、天然のヒトリゾチーム（ＬｙｚＮ）または組換えヒトリゾチーム（ＬｙｚＲ）の存在下または非存在下においてＴｐ１７（Ｒ）と合わせられた。結果は、希釈力価の逆数として表される（例えば、８０は１／８０の希釈率において陽性であることを意味する）。図１７Ｂは、図１７Ａの血球凝集の結果のグラフ式表現である。リゾチーム無しでのＴｐ１７試薬（黒い棒）；天然のヒトリゾチームを補充したＴｐ１７試薬（格子縞の棒）；組換えヒトリゾチームを補充したＴｐ１７試薬（空白の棒）。結果は、希釈力価の逆数として表される（例えば、８０は１／８０の希釈において陽性であることを意味する）。
【図１８】図１８Ａは組換えヒトリゾチームの添加による血球凝集の相対強度の増加を図示する。Ｔｐ１７試薬（Ｒ）または組換えヒトリゾチームを補充したＴｐ１７試薬（Ｒ＋ＬｙｚＲ）のいずれかを用いて、全てで３４種の血清が試験された。この技術の結果は、陽性の凝集を示した最後の希釈度の逆数として与えられる。それぞれの結果は、数に変換された（１／８０の希釈は１、１／１６０の希釈は２など）。カットオフは１／８０の希釈においてであり、１未満の値は陰性の結果と考えられる。ＦＮおよびＰそれぞれは、偽陰性の結果および陽性の結果をそれぞれ表す。図１８Ｂは、Ｔｐ１７試薬（Ｒ）または組換えヒトリゾチームを補ったＴｐ１７試薬（Ｒ＋ＬｙｚＲ）を用いた、組換えヒトリゾチームの偽陰性血清サンプルへの添加による血球凝集の相対強度を図示する。偽陰性サンプルにおける凝集強度は０〜１の間の数で表される（１は血球凝集技術のカットオフを表す）。
【図１９】図１９は、３４のヒト血清を用いて行われた血球凝集アッセイを図示する。アッセイは、Ｔｐ１７試薬（黒い棒）または組換えヒトリゾチームを補充したＴｐ１７試薬（空白の棒）を用いて行われた。この技術の結果は、陽性の凝集を示した最後の希釈度の逆数によって与えられる。カットオフは１／８０の希釈においてである。結果は希釈力価の逆数として表される（例えば、８０は１／８０の希釈において陽性であることを意味する）。
【図２０】図２０は、Ｔｐ１７試薬（Ｒ）または組換えヒトリゾチームを補ったＴｐ１７試薬（Ｒ＋ＬｙｚＲ）を用いた、２００の梅毒陰性血液バンク血清サンプルにおける血球凝集アッセイの特異性に対するリゾチームの効果を図示する。陰性サンプルにおける凝集の強度は、０〜０．５の間の数によって表される。ＳＤ、標準偏差。
【図２１】図２１Ａは、組換えヒトリゾチームの存在下における第二世代ＥＬＩＳＡ梅毒アッセイの増加した感度を図示する。図２１Ｂは、組換えヒトリゾチームの存在下における第三世代ＥＬＩＳＡ梅毒アッセイの増加した感度を図示する。
【図２２】図２２は、Ｔｐ１７−Ｈｉｓアイソフォームのサイズ排除クロマトグラフィー分離を示す。アフィニティー精製されたＴｐ１７−ＨＩＳは、３集団の分子から構成される：単量体Ｔｐ１７−Ｈｉｓ（ピーク３）、二量体Ｔｐ１７−Ｈｉｓ（ピーク２）および多量体Ｔｐ１７−Ｈｉｓ（ピーク１）。
【図２３】図２３は、精製された組換えヒトリゾチーム（Ｖｅｎｔｒｉａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｃｒａｍｅｎｔｏ、ＣＡ、ＵＳＡ）のサイズ排除クロマトグラフィー分離を示す。組換えヒトリゾチームは、単一の高度に同質な集団の分子（ピーク１）から構成される。
【図２４】図２４は、Ｔｐ１７−Ｈｉｓ／ｈｕＬＹＳ複合体のサイズ排除クロマトグラフィー分離を示す。単量体Ｔｐ１７−Ｈｉｓ（円）または二量体Ｔｐ１７−Ｈｉｓ（ひし形）のいずれかとのｈｕＬＹＳ複合体に対応するクロマトグラフィープロフィールが表される。ピークは、Ｔｐ１７／ｈｕＬＹＳタンパク質複合体（ピーク１および２）または単量体（ｈｕＬｙｓおよびＴｐ１７）の過多（ピーク３および４）に対応する。
【図２５】図２５は濃縮された（５倍）細菌培養物の上清のＳＤＳ−ＰＡＧＥ電気泳動分離、および銀染色による分泌された細菌性タンパク質の検出を示す。以下の病原体が分析された：Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ（レーン２）、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ（レーン３）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（レーン４）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ（レーン５）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（レーン６）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ（レーン７）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（レーン８）、Ｓｔｒｅｐｔｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ（レーン９）。
【図２６】図２６は、以下の８つの細菌種から収集された、濃縮された（５倍）細菌培養物の上清の非存在下または存在下において測定された、ヒトリゾチーム酵素活性を示す棒グラフである：Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓおよびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ。それぞれの棒の高さは検出された酵素活性を示す。リゾチームのコントロールは、図の最も左側にある。
【図２７】図２７は、リゾチームとのＴｐ１７様複合体の形成を妨害し得る候補化合物の同定のためのハイスループットスクリーニングアッセイの原理および設計を示す概略図である。工程１：試験サンプルと、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）標識したｈｕＬＹＳおよびＴｐ１７様ポリペプチドとの接触。工程２：試験サンプルの３７℃でのインキュベート。工程３：大規模な洗浄、ＰＯＤ基質の添加および信号の検出。
【図２８】図２８Ａおよび図２８Ｂは、市販のニワトリリゾチーム治療的調製物のＴｐ１７による阻害を示す棒グラフである。図２８Ａは、種々のモル比におけるＧＳＴ−Ｔｐ１７およびＴｐ１７−Ｈｉｓ双方による、Ｌｉｚｉｐａｉｎａ（登録商標）（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）の溶菌活性の阻害を示す。図２８Ｂは、種々のモル比におけるＧＳＴ−Ｔｐ１７によるＬｉｚｏｚｉｍａ  ＣＨＩＥＳＩ（Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｏ  ＣＨＩＥＳＩ）の溶菌活性の阻害を示す。それぞれの棒の高さは検出された酵素活性を示す。リゾチームのコントロールは図の最も左側にある。
【図２９】図２９は、ｒ−ＬｙｓｏｚｙｍｅＴＭ（Ｎｏｖａｇｅｎ、ＶＷＲ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ、Ｍｏｌｌｅｔ  ｄｅｌ  Ｖａｌｌｅｓ、Ｓｐａｉｎ）の溶菌活性がＧＳＴ−Ｔｐ１７またはＴｐ１７−ＨＩＳによる阻害に対して感受性で無く、一方ヒトリゾチームの抗菌活性は強く阻害されたことを示す棒グラフである。それぞれの棒の高さは検出された蛍光を示す。ｒ−ＬｙｓｏｚｙｍｅＴＭのコントロールおよびヒトリゾチーム（ＨｕＬｙｓ）のコントロールは、それぞれの実験の組の左側にある。
【図３０】図３０は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｉｖｙ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  Ｉｖｙ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ  Ｉｖｙ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ  ｓｐ．ｐａｌｌｉｄｕｍ  Ｔｐ１７およびヒトβアミロイド前駆体タンパク質（β−ＡＰＰ）の３つのアイソフォーム（ＡＰＰ７７０、ＡＰＰ７５１およびＡＰＰ６９５）に由来する、リゾチーム結合／阻害配列の配列アラインメントを示す。それぞれのペプチド配列に対応するＧｅｎｂａｎｋ登録番号が示される。推論されるコンセンサス配列が、ＰＲＯＳＩＴＥデータベースにて用いられるパターン文法を用いて表される。
【図３１】図３１は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｉｖｙ、Ｐｓｅｕｄｏｍａｎｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  Ｉｖｙおよびヒトβ−ＡＰＰのリゾチーム結合／阻害ドメインの三次元観察を示す。
【図３２】図３２は、ｓＡＰＰおよびＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  βアミロイド前駆タンパク質（β−ＡＰＰ）のドメイン構成を示す概略図である。
【図３３】図３３は、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＰＯＤ）−標識されたｈｕＬＹＳの、固定化されたｓＡＰＰａまたは固定化されていないｓＡＰＰａ（３０４〜６１２）への結合の検出を示す。ｓＡＰＰａおよびｓＡＰＰａ（３０４〜６１２）の双方１０μｇがニトロセルロース膜にスポットされ、そして１／１０００に希釈されたＰＯＤ−ＨｕＬＹＳでプローブされた。
【図３４Ａ】図３４Ａは、リゾチーム結合／インヒビタータンパク質、そのＧｅｎｂａｎｋ登録番号およびそのペプチドが存在する宿主種のアラインメントを示す表である。これらのアミノ酸配列は、ＣＸ（１，５）［ＫＲＨ］［ＡＧ］［ＫＲＨ］Ｘ（０，２）［ＫＲ］Ｘ（０，１）［ＥＤＱＮ］Ｃペプチドパターン（図３１に示される）を用いてインシリコで同定されて、ＳｃａｎＰｒｏｓｉｔｅアルゴリズムを用いてＳｗｉｓｓ−ＰｒｏｔデータベースおよびＴｒＥＭＢＬデータベースを検索した。
【図３４Ｂ】図３４Ｂは、リゾチーム結合／インヒビタータンパク質、そのＧｅｎｂａｎｋ登録番号およびそのペプチドが存在する宿主種のアラインメントを示す表である。これらのアミノ酸配列はＣＸ（１，５）［ＫＲＨ］［ＡＧ］［ＫＲＨ］Ｘ（０，２）［ＫＲ］Ｘ（０，１）［ＥＤＱＮ］Ｃペプチドパターン（図３１に示される）を用いてインシリコで同定されて、ＳｃａｎＰｒｏｓｉｔｅアルゴリズムを用いてＳｗｉｓｓ−ＰｒｏｔデータベースおよびＴｒＥＭＢＬデータベースを検索した。
【図３５】図３５Ａは、野生型Ｔｐ１７ポリペプチドならびに変異Ｔｐ１７  ＣＰＡポリペプチドおよび変異Ｔｏ１７  ＫＰＡポリペプチドを示す模式図である。ＴＰ１７  ＣＰＡにおいて、アミノ酸第３１位に存在するヒスチジンはアラニンで置換され、そしてＴｐ１７  ＫＰＡにおいて、アミノ酸第１０７位に存在するヒスチジンはアラニンで置換された。図３５Ｂは、野生型Ｔｐ１７ポリペプチドと比較した変異Ｔｐ１７  ＣＰＡポリペプチドおよび変異Ｔｐ１７  ＫＰＡポリペプチドの阻害能力を示す表である。
【図３６】図３６は、レーン１、２および３のそれぞれにおける４５ｋＤＡの分子量を有するタンパク質を示すウェスタンブロットであり、レーン１は野生型Ｔｐ１７、レーン２はＣＰＡ変異体およびレーン３はＫＰＡ変異体である。
【図３７】図３７は、ヒトリゾチーム（ｈｕＬＹＳ）およびニワトリリゾチーム（ｃｈｋＬＹＳ）、ならびにｈｕＬＹＳおよびヒト精子リゾチーム様（ＳＬＬＰ１）タンパク質に対応するペプチド配列のアラインメントを示す。このアラインメントは、ＳＬＬＰ１がｈｕＬＹＳおよびｃｈｋＬＹＳの双方に密接に関連することを示し、Ｔｐ１７がＳＬＬＰ１に結合し得ることを支持する。
【図３８】図３８は、Ｔｐ１７が精子表面においてＳＬＬＰ１と結合し得、そして続いて受精プロセスを妨害し得ることを示す概略図である。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４Ａ】
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【図３４Ｂ】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【配列表】
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