(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
東京都銘柄豚トウキョウXの判別方法であって、ブタゲノム中に存在する下記（Ａ）の（１）〜（１０４）のいずれかに記載の一もしくは複数の多型マーカーを用いて、下記（Ｂ）の工程によって判別する方法。
（Ａ）
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の31位
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の271位
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の193位
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の238位
（５）配列番号：５に記載の塩基配列の318位
（６）配列番号：６に記載の塩基配列の35位
（７）配列番号：７に記載の塩基配列の194位
（８）配列番号：８に記載の塩基配列の495位
（９）配列番号：９に記載の塩基配列の81位
（１０）配列番号：１０に記載の塩基配列の133位
（１１）配列番号：１１に記載の塩基配列の63位
（１２）配列番号：１２に記載の塩基配列の232位
（１３）配列番号：１３に記載の塩基配列の354位
（１４）配列番号：１４に記載の塩基配列の102位
（１５）配列番号：１５に記載の塩基配列の248位
（１６）配列番号：１６に記載の塩基配列の405位
（１７）配列番号：１７に記載の塩基配列の123位
（１８）配列番号：１８に記載の塩基配列の245位
（１９）配列番号：１９に記載の塩基配列の269位
（２０）配列番号：２０に記載の塩基配列の361位
（２１）配列番号：２１に記載の塩基配列の65位
（２２）配列番号：２２に記載の塩基配列の158位
（２３）配列番号：２３に記載の塩基配列の118位
（２４）配列番号：２４に記載の塩基配列の315位
（２５）配列番号：２５に記載の塩基配列の436位
（２６）配列番号：２６に記載の塩基配列の37位
（２７）配列番号：２７に記載の塩基配列の205位
（２８）配列番号：２８に記載の塩基配列の491位
（２９）配列番号：２９に記載の塩基配列の490位
（３０）配列番号：３０に記載の塩基配列の38位
（３１）配列番号：３１に記載の塩基配列の100位
（３２）配列番号：３２に記載の塩基配列の440位
（３３）配列番号：３３に記載の塩基配列の85位
（３４）配列番号：３４に記載の塩基配列の121位
（３５）配列番号：３５に記載の塩基配列の108位
（３６）配列番号：３６に記載の塩基配列の140位
（３７）配列番号：３７に記載の塩基配列の51位
（３８）配列番号：３８に記載の塩基配列の96位
（３９）配列番号：３９に記載の塩基配列の342位
（４０）配列番号：４０に記載の塩基配列の522位
（４１）配列番号：４１に記載の塩基配列の523位
（４２）配列番号：４２に記載の塩基配列の101位
（４３）配列番号：４３に記載の塩基配列の145位
（４４）配列番号：４４に記載の塩基配列の326位
（４５）配列番号：４５に記載の塩基配列の510位
（４６）配列番号：４６に記載の塩基配列の545位
（４７）配列番号：４７に記載の塩基配列の278位
（４８）配列番号：４８に記載の塩基配列の480位
（４９）配列番号：４９に記載の塩基配列の378位
（５０）配列番号：５０に記載の塩基配列の222位
（５１）配列番号：５１に記載の塩基配列の213位
（５２）配列番号：５２に記載の塩基配列の250位
（５３）配列番号：５３に記載の塩基配列の409位
（５４）配列番号：５４に記載の塩基配列の327位
（５５）配列番号：５５に記載の塩基配列の337位
（５６）配列番号：５６に記載の塩基配列の426位
（５７）配列番号：５７に記載の塩基配列の78位
（５８）配列番号：５８に記載の塩基配列の226位
（５９）配列番号：５９に記載の塩基配列の449位
（６０）配列番号：６０に記載の塩基配列の217位
（６１）配列番号：６１に記載の塩基配列の312位
（６２）配列番号：６２に記載の塩基配列の405位
（６３）配列番号：６３に記載の塩基配列の279位
（６４）配列番号：６４に記載の塩基配列の174位
（６５）配列番号：６５に記載の塩基配列の198位
（６６）配列番号：６６に記載の塩基配列の51位
（６７）配列番号：６７に記載の塩基配列の491位
（６８）配列番号：６８に記載の塩基配列の454位
（６９）配列番号：６９に記載の塩基配列の38位
（７０）配列番号：７０に記載の塩基配列の176位
（７１）配列番号：７１に記載の塩基配列の334位
（７２）配列番号：７２に記載の塩基配列の44位
（７３）配列番号：７３に記載の塩基配列の147位
（７４）配列番号：７４に記載の塩基配列の252位
（７５）配列番号：７５に記載の塩基配列の255位
（７６）配列番号：７６に記載の塩基配列の60位
（７７）配列番号：７７に記載の塩基配列の555位
（７８）配列番号：７８に記載の塩基配列の79位
（７９）配列番号：７９に記載の塩基配列の345位
（８０）配列番号：８０に記載の塩基配列の220位
（８１）配列番号：８１に記載の塩基配列の322位
（８２）配列番号：８２に記載の塩基配列の320位
（８３）配列番号：８３に記載の塩基配列の81位
（８４）配列番号：８４に記載の塩基配列の479位
（８５）配列番号：８５に記載の塩基配列の390位
（８６）配列番号：８６に記載の塩基配列の477位
（８７）配列番号：８７に記載の塩基配列の53位
（８８）配列番号：８８に記載の塩基配列の108位
（８９）配列番号：８９に記載の塩基配列の455位
（９０）配列番号：９０に記載の塩基配列の249位
（９１）配列番号：９１に記載の塩基配列の435位
（９２）配列番号：９２に記載の塩基配列の38位
（９３）配列番号：９３に記載の塩基配列の85位
（９４）配列番号：９４に記載の塩基配列の462位
（９５）配列番号：９５に記載の塩基配列の109位
（９６）配列番号：９６に記載の塩基配列の122位
（９７）配列番号：９７に記載の塩基配列の161位
（９８）配列番号：９８に記載の塩基配列の254位
（９９）配列番号：９９に記載の塩基配列の263位
（１００）配列番号：１００に記載の塩基配列の243位
（１０１）配列番号：１０１に記載の塩基配列の272位
（１０２）配列番号：１０２に記載の塩基配列の257位
（１０３）配列番号：１０３に記載の塩基配列の78位
（１０４）配列番号：１０４に記載の塩基配列の173位
（Ｂ）上記（Ａ）のそれぞれの多型マーカーにおける塩基種が下記表１〜３の場合に、トウキョウXではないと判別する方法。
[表１]
0005622141.tif 000019
[表２]
0005622141.tif 000020
[表３]
0005622141.tif 000021
【請求項２】
以下の（ａ）または（ｂ）のいずれかのオリゴヌクレオチドを有効成分とする、偽トウキョウX判別用検査薬。
（ａ）配列番号：１〜１０４のいずれかに記載の塩基配列もしくはその相補鎖にストリンジェント条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであって、該塩基配列中に存在する下記（１）〜（１０４）のいずれかの多型部位を含む領域を増幅するためのＰＣＲプライマー用オリゴヌクレオチド。
（ｂ）配列番号：１〜１０４のいずれかに記載の塩基配列もしくはその相補鎖にストリンジェント条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであって、該塩基配列中に存在する下記（１）〜（１０４）のいずれかの多型部位を含むDNA領域とハイブリダイズすることを特徴とするプローブ用オリゴヌクレオチド。
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の31位
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の271位
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の193位
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の238位
（５）配列番号：５に記載の塩基配列の318位
（６）配列番号：６に記載の塩基配列の35位
（７）配列番号：７に記載の塩基配列の194位
（８）配列番号：８に記載の塩基配列の495位
（９）配列番号：９に記載の塩基配列の81位
（１０）配列番号：１０に記載の塩基配列の133位
（１１）配列番号：１１に記載の塩基配列の63位
（１２）配列番号：１２に記載の塩基配列の232位
（１３）配列番号：１３に記載の塩基配列の354位
（１４）配列番号：１４に記載の塩基配列の102位
（１５）配列番号：１５に記載の塩基配列の248位
（１６）配列番号：１６に記載の塩基配列の405位
（１７）配列番号：１７に記載の塩基配列の123位
（１８）配列番号：１８に記載の塩基配列の245位
（１９）配列番号：１９に記載の塩基配列の269位
（２０）配列番号：２０に記載の塩基配列の361位
（２１）配列番号：２１に記載の塩基配列の65位
（２２）配列番号：２２に記載の塩基配列の158位
（２３）配列番号：２３に記載の塩基配列の118位
（２４）配列番号：２４に記載の塩基配列の315位
（２５）配列番号：２５に記載の塩基配列の436位
（２６）配列番号：２６に記載の塩基配列の37位
（２７）配列番号：２７に記載の塩基配列の205位
（２８）配列番号：２８に記載の塩基配列の491位
（２９）配列番号：２９に記載の塩基配列の490位
（３０）配列番号：３０に記載の塩基配列の38位
（３１）配列番号：３１に記載の塩基配列の100位
（３２）配列番号：３２に記載の塩基配列の440位
（３３）配列番号：３３に記載の塩基配列の85位
（３４）配列番号：３４に記載の塩基配列の121位
（３５）配列番号：３５に記載の塩基配列の108位
（３６）配列番号：３６に記載の塩基配列の140位
（３７）配列番号：３７に記載の塩基配列の51位
（３８）配列番号：３８に記載の塩基配列の96位
（３９）配列番号：３９に記載の塩基配列の342位
（４０）配列番号：４０に記載の塩基配列の522位
（４１）配列番号：４１に記載の塩基配列の523位
（４２）配列番号：４２に記載の塩基配列の101位
（４３）配列番号：４３に記載の塩基配列の145位
（４４）配列番号：４４に記載の塩基配列の326位
（４５）配列番号：４５に記載の塩基配列の510位
（４６）配列番号：４６に記載の塩基配列の545位
（４７）配列番号：４７に記載の塩基配列の278位
（４８）配列番号：４８に記載の塩基配列の480位
（４９）配列番号：４９に記載の塩基配列の378位
（５０）配列番号：５０に記載の塩基配列の222位
（５１）配列番号：５１に記載の塩基配列の213位
（５２）配列番号：５２に記載の塩基配列の250位
（５３）配列番号：５３に記載の塩基配列の409位
（５４）配列番号：５４に記載の塩基配列の327位
（５５）配列番号：５５に記載の塩基配列の337位
（５６）配列番号：５６に記載の塩基配列の426位
（５７）配列番号：５７に記載の塩基配列の78位
（５８）配列番号：５８に記載の塩基配列の226位
（５９）配列番号：５９に記載の塩基配列の449位
（６０）配列番号：６０に記載の塩基配列の217位
（６１）配列番号：６１に記載の塩基配列の312位
（６２）配列番号：６２に記載の塩基配列の405位
（６３）配列番号：６３に記載の塩基配列の279位
（６４）配列番号：６４に記載の塩基配列の174位
（６５）配列番号：６５に記載の塩基配列の198位
（６６）配列番号：６６に記載の塩基配列の51位
（６７）配列番号：６７に記載の塩基配列の491位
（６８）配列番号：６８に記載の塩基配列の454位
（６９）配列番号：６９に記載の塩基配列の38位
（７０）配列番号：７０に記載の塩基配列の176位
（７１）配列番号：７１に記載の塩基配列の334位
（７２）配列番号：７２に記載の塩基配列の44位
（７３）配列番号：７３に記載の塩基配列の147位
（７４）配列番号：７４に記載の塩基配列の252位
（７５）配列番号：７５に記載の塩基配列の255位
（７６）配列番号：７６に記載の塩基配列の60位
（７７）配列番号：７７に記載の塩基配列の555位
（７８）配列番号：７８に記載の塩基配列の79位
（７９）配列番号：７９に記載の塩基配列の345位
（８０）配列番号：８０に記載の塩基配列の220位
（８１）配列番号：８１に記載の塩基配列の322位
（８２）配列番号：８２に記載の塩基配列の320位
（８３）配列番号：８３に記載の塩基配列の81位
（８４）配列番号：８４に記載の塩基配列の479位
（８５）配列番号：８５に記載の塩基配列の390位
（８６）配列番号：８６に記載の塩基配列の477位
（８７）配列番号：８７に記載の塩基配列の53位
（８８）配列番号：８８に記載の塩基配列の108位
（８９）配列番号：８９に記載の塩基配列の455位
（９０）配列番号：９０に記載の塩基配列の249位
（９１）配列番号：９１に記載の塩基配列の435位
（９２）配列番号：９２に記載の塩基配列の38位
（９３）配列番号：９３に記載の塩基配列の85位
（９４）配列番号：９４に記載の塩基配列の462位
（９５）配列番号：９５に記載の塩基配列の109位
（９６）配列番号：９６に記載の塩基配列の122位
（９７）配列番号：９７に記載の塩基配列の161位
（９８）配列番号：９８に記載の塩基配列の254位
（９９）配列番号：９９に記載の塩基配列の263位
（１００）配列番号：１００に記載の塩基配列の243位
（１０１）配列番号：１０１に記載の塩基配列の272位
（１０２）配列番号：１０２に記載の塩基配列の257位
（１０３）配列番号：１０３に記載の塩基配列の78位
（１０４）配列番号：１０４に記載の塩基配列の173位
【請求項３】
下記（１）〜（１０４）のいずれかに記載の遺伝マーカーであって、偽トウキョウX判別に用いられることを特徴とする、遺伝マーカー。
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、31位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、271位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、193位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、238位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（５）配列番号：５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、318位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（６）配列番号：６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、35位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（７）配列番号：７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、194位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（８）配列番号：８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、495位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（９）配列番号：９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、81位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０）配列番号：１０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、133位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１１）配列番号：１１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、63位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１２）配列番号：１２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、232位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１３）配列番号：１３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、354位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１４）配列番号：１４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、102位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（１５）配列番号：１５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、248位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１６）配列番号：１６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、405位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（１７）配列番号：１７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、123位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（１８）配列番号：１８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、245位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１９）配列番号：１９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、269位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（２０）配列番号：２０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、361位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（２１）配列番号：２１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、65位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２２）配列番号：２２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、158位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（２３）配列番号：２３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、118位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２４）配列番号：２４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、315位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２５）配列番号：２５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、436位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（２６）配列番号：２６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、37位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（２７）配列番号：２７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、205位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（２８）配列番号：２８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、491位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（２９）配列番号：２９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、490位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（３０）配列番号：３０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、38位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（３１）配列番号：３１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、100位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３２）配列番号：３２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、440位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３３）配列番号：３３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、85位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３４）配列番号：３４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、121位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３５）配列番号：３５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、108位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３６）配列番号：３６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、140位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３７）配列番号：３７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、51位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３８）配列番号：３８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、96位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（３９）配列番号：３９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、342位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（４０）配列番号：４０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、522位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（４１）配列番号：４１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、523位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（４２）配列番号：４２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、101位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（４３）配列番号：４３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、145位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（４４）配列番号：４４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、326位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４５）配列番号：４５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、510位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（４６）配列番号：４６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、545位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（４７）配列番号：４７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、278位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（４８）配列番号：４８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、480位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（４９）配列番号：４９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、378位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（５０）配列番号：５０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、222位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（５１）配列番号：５１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、213位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（５２）配列番号：５２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、250位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（５３）配列番号：５３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、409位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（５４）配列番号：５４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、327位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（５５）配列番号：５５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、337位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（５６）配列番号：５６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、426位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（５７）配列番号：５７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、78位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（５８）配列番号：５８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、226位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（５９）配列番号：５９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、449位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（６０）配列番号：６０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、217位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（６１）配列番号：６１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、312位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（６２）配列番号：６２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、405位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（６３）配列番号：６３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、279位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（６４）配列番号：６４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、174位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（６５）配列番号：６５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、198位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（６６）配列番号：６６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、51位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（６７）配列番号：６７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、491位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（６８）配列番号：６８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、454位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（６９）配列番号：６９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、38位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（７０）配列番号：７０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、176位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（７１）配列番号：７１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、334位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（７２）配列番号：７２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、44位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（７３）配列番号：７３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、147位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（７４）配列番号：７４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、252位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（７５）配列番号：７５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、255位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（７６）配列番号：７６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、60位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（７７）配列番号：７７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、555位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（７８）配列番号：７８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、79位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（７９）配列番号：７９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、345位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（８０）配列番号：８０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、220位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（８１）配列番号：８１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、322位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（８２）配列番号：８２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、320位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（８３）配列番号：８３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、81位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（８４）配列番号：８４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、479位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（８５）配列番号：８５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、390位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（８６）配列番号：８６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、477位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（８７）配列番号：８７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、53位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（８８）配列番号：８８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、108位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（８９）配列番号：８９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、455位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（９０）配列番号：９０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、249位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（９１）配列番号：９１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、435位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（９２）配列番号：９２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、38位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（９３）配列番号：９３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、85位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（９４）配列番号：９４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、462位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（９５）配列番号：９５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、109位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（９６）配列番号：９６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、122位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（９７）配列番号：９７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、161位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（９８）配列番号：９８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、254位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（９９）配列番号：９９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、263位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（１００）配列番号：１００に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、243位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０１）配列番号：１０１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、272位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０２）配列番号：１０２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、257位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０３）配列番号：１０３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、78位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０４）配列番号：１０４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、173位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、東京都銘柄豚トウキョウXの判別のためのDNAマーカーの提供、並びに、当該DNAマーカーを用いたトウキョウXの判別方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
主に西洋豚品種に関しては、KITとMC1Rの2つの遺伝子と、その相互作用により多くの毛色形質について、以下の文献が報告されている。
【０００３】
（１）ブタの優性白色がKIT遺伝子と完全な相関があり、SSCP法や量的なサザンブロット、PCR法において重複があることが確かめられた（非特許文献１）。
【０００４】
（２）MC1R遺伝子の配列を決定し、ブタ品種の毛色との相関を見ている。毛色関連の形質から分類されたE遺伝子座と、MC1Rに検出された配列からの対立遺伝子との対応をとった。およびアミノ酸置換を検出し、MC1R*2がEuropean Large BlackやMeishanの黒色、MC1R*3がHampshireの黒色、MC1R*4がDurocの褐色である。この文献ではMC1Rのコード領域全長の配列を決定していないため、下記の非特許文献５における、コード領域内の2 bpの挿入(Insertion)は判明していない。このため、MC1R*3とEP（E遺伝子座の黒スポット）との違いが明らかとなっていない（非特許文献２）。
【０００５】
（３）優性白色ブタのKIT遺伝子は、重複した後、一方の遺伝子のイントロン17の最初の塩基がGからAに置換したため、転写産物がエキソン17を欠いた物となる。これがメラニン細胞の遊走や増殖など、皮膚への展開に直接影響する。優性白色ブタの胎児（E17-E19）において、免疫染色で発現を観察している（非特許文献３）。
【０００６】
（４）HampshireとPietrainのバッククロスで、毛色形質の分離の連鎖解析を行っている。Hampshireの白ベルト形質はKIT遺伝子の多型の分離と完全に一致していた。したがって、白ベルト形質はKIT遺伝子によるものとされたが、原因部分の突然変異までの解明には至っていない（非特許文献４）。
【０００７】
（５）MC1R遺伝子全長の配列決定により、2 bpのinsertion(nt67insCC)の存在が明らかとなった。ピエトレンやlinderodの黒スポット部分では、発現遺伝子で2 bpが外れて先祖返り（somatic reversion）するため、着色するが、他の部分では2 bpが入ったままの状態で発現し、フレームシフトとなるので、白色または褐色となる（非特許文献５）。
【０００８】
（６）KIT遺伝子を含めた近傍の領域を、BACを用いて配列を決定し、遺伝子重複の境界領域を特定した。KIT遺伝子近傍のLINE配列によって相同組換え(homologous recombination)が起こり、重複が起こったと考えられた（非特許文献６）。
【０００９】
（７）KIT遺伝子のコピー数を特定するため、ミニシーケンシングとパイロシーケンシングを用いた。重複(duplication)とともに3重複(triplication)を検出している（非特許文献７）。
【００１０】
また、毛色関連遺伝子（主にMC1RとKIT）の多型と品種の関係について、以下の文献が報告されている。
【００１１】
（１）ブタの品種において、KIT遺伝子とMC1R遺伝子のシーケンシングやRFLPテストを行い、品種別の多型を整理した（非特許文献８、９）。
【００１２】
（２）イタリアのシシリー島原産のNero Siciliano(Sicilian Black)について、MC1Rの多型を検索した。4つの対立遺伝子が検出され、ヘテロ接合体率は高い値（0.4997）を示した（非特許文献１０）。
【００１３】
（３）中国における、ランドレース、ヨークシャー、デュロック集団のMC1R遺伝子多型を検索した（非特許文献１１）。
【００１４】
（４）ヨーロッパブタ31集団と中国ブタ19品種、およびヨーロッパイノシシ12頭と中国イノシシ2頭のMC1Rコード領域全長の配列を確定し、対立遺伝子を整理した。全部で13個の対立遺伝子が検出され、それぞれに対応するE遺伝子座名にて分類を行った（非特許文献１２）。
【００１５】
また、ブタのトレーサビリティ・システムは、大きく分けて2つの方法に分かれる。一つは、毛色関連遺伝子の多型を用いた、Breed traceabilityシステムである（非特許文献８、９など）。他は、多型性の高いマイクロサテライトマーカーやSNPマーカーを用いて、個体識別や親子判定に用いるものである。これらに関して、以下の文献が知られている。
【００１６】
（１）SNPを21個用いて、96個体を調べた結果、同じ遺伝子型を示す個体は存在しなかった（非特許文献１３）。
【００１７】
（２）多型性の高い60個のSNPマーカーを選抜し、Duroc, Hampshire, Landrace, Yorkshireのそれぞれの4品種内でのidentity power (2つの個体が同じ遺伝子型になる確率)、および親子関係に関するParentage exclusion probabilityとSire exclusion probabilityを計算している（非特許文献１４）。
【００１８】
（３）SNPlexジェノタイピングシステムを用いて、46個の多型性の高いSNPを検出することで、各品種内でのprobability of identity (文献13のidentity powerと同じ)、およびparentage testingの可能性について言及している（非特許文献１５）。
【００１９】
（４）マイクロサテライトマーカーを8つ用いて、トウキョウXの親子鑑定を試みている（非特許文献１６）。
【００２０】
（５）マイクロサテライトマーカー14個を、一回のマルチプレックスPCRにて増幅を行い、3品種（ランドレース、大ヨークシャー、デュロック）での父権否定率、個体識別率などを算出している（非特許文献１７）。
【００２１】
（６）デュロック種を止め雄に用いた三元交雑豚の親子判定に効果的なマイクロサテライトマーカー10個を選抜し、一回のマルチプレックスPCRにて増幅を行うシステムを完成させた（非特許文献１８）。
【００２２】
ブタ品種を判別するにあたり、従来法（特許文献１、２）においては2つの毛色遺伝子変異を用いている。すなわち、メラニン細胞刺激ホルモン受容体遺伝子であるMC1R遺伝子の変異を用いて、「優性白色（ランドレース、大ヨークシャー）、六白（バークシャー）」、「黒色（梅山豚、金華豚；黒地の部分はMC1R遺伝子の黒色による）」、「褐色（デュロック）」、「黒地白ベルト（ハンプシャー；黒地の部分はMC1R遺伝子の優性黒色による）」の4つのカテゴリーに分けることが可能であった。また、KIT遺伝子の変異により優性白色となるため、先のMC1R遺伝子の変異と組み合わせることにより、白色品種とバークシャー種を区別することが可能であった。更に、金華豚に特異的な塩基置換をEDNRB遺伝子に検出し（Okumura et al. 2006 Animal Genetics 37:80-82）、特許を出願している（特許文献３、４）。毛色関連遺伝子による識別法は、簡易判定として偽黒豚（偽バークシャー）の分析には適している。しかし、毛色関連遺伝子を品種・銘柄豚の識別に用いる場合、同じ毛色の別品種を分けることはできない。また、海外種豚会社から供給されるハイブリッド豚は、雌系は白色、雄系は褐色や黒地白ベルトなどの有色系が多いため、毛色関連遺伝子の多型からはハイブリッド豚と従来品種との判別は不可能である。
【００２３】
毛色関連遺伝子を用いないトレーサビリティ・システムについては、一般的に多型性の高いSNPマーカーを数十個程度用いるか（非特許文献１３、１４、１５など）、マイクロサテライトマーカーを10個程度用いて、主に個体識別、または親子鑑定での確率計算を行っている（非特許文献１６、１７、１８など）。どちらの方法も、マーカー数を増やすことで、同じ遺伝子型になる個体はほとんど出現しなくなり、また親子鑑定においても充分の鑑定力を持っている。しかし、実際の豚肉の鑑定に当たっては、親豚や出荷豚のサンプル保存（または遺伝子型の把握）が必要であり、また、市場に出てきた段階までのタグなどの物理的なトレーサビリティ・システムとの併用、市場豚肉の遺伝的多型検査と、出荷豚または親豚との多型の照合が必要である。このような煩雑さから、一般的な検査法として普及するまでに至っていない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００２４】
【特許文献１】特開2000-350586
【特許文献２】特許第3116049号
【特許文献３】特開2008-017796
【特許文献４】特開2008-17796
【非特許文献】
【００２５】
【非特許文献１】Moller MJ ほか５名著、「Pigs with the dominant white coat color phenotype carry a duplication of the KIT gene encoding the mast/stem cell growth factor receptor.」、Mamm Genome.、1996年、Vol.7、p.822-830.
【非特許文献２】Kijas JMH ほか５名著、「Melanocortin receptor 1 (MC1R) mutations and coat color in pigs.」、Genetics、1998年、Vol.150、p.1177-1185.
【非特許文献３】Marklund S ほか８名著、「Molecular basis for the dominant white phenotype in the domestic pig.」、Genome Res.、1998年、Vol.8、p.826-833.
【非特許文献４】Giuffra E ほか７名著、「The Belt mutation in pigs is an allele at the Dominant white (I/KIT) locus.」、Mamm Genome.、1999年、Vol.10、p.1132-1136.
【非特許文献５】Kijas JMH ほか３名著、「A frameshift mutation in MC1R and a high frequency of somatic reversions cause black spotting in pigs.」、Genetics、2001年、Vol.158、p.779-785.
【非特許文献６】Giuffra E ほか８名著、「A large duplication associated with dominant white color in pigs originated by homologous recombination between LINE elements flanking KIT.」、Mamm Genome.、2002年、Vol.13、p.569-577.
【非特許文献７】Pielberg G ほか３名著、「Unexpectedly high allelic diversity at the KIT locus causing dominant white color in the domestic pig.」、Genetics.、2002年、Vol.160、p.305-311.
【非特許文献８】奥村直彦 ほか５名著、「ブタ品種間に認められるMC1RおよびKIT遺伝子の多型」、日本畜産学会報、2000年、第71巻 第8号 J222-J234.
【非特許文献９】Carrion, D.,ほか７名著、「The use of MC1R and KIT genotypes for breed characterization.」、Arch. Zootec.、2003年、Vol.52、p.237-244.
【非特許文献１０】D'Alessandro, E. ほか５名著、「Analysis of the MC1R Gene in the Nero Siciliano Pig Breed and Usefulness of this Locus for Breed Traceability.」、Veterinary Research Communications、2007年、Vol.31(Suppl. 1)、p.389-392.
【非特許文献１１】Dun G, ほか４名著、「Variations of melanocortin receptor 1 (MC1R) gene in three pig breeds.」、J Genet Genomics.、2007年、Vol.34(9)、p.777-782.
【非特許文献１２】Fang M ほか４名著、「Contrasting mode of evolution at a coat color locus in wild and domestic pigs.」、PLoS Genet.、2009年、Vol.5(1)、e1000341.
【非特許文献１３】Goffaux F ほか４名著、「Development of a genetic traceability test in pig based on single nucleotide polymorphism detection.」、Forensic Sci Int.、2005年、Vol.151(2-3)、p.239-247.
【非特許文献１４】Rohrer GA ほか２名著、「Single nucleotide polymorphisms for pig identification and parentage exclusion.」、Anim Genet.、2007年、Vol.38(3)、p.253-258.
【非特許文献１５】Ballester M ほか４名著、「Individual identification and genetic traceability in the pig using the SNPlex(TM) genotyping system.」、Anim Genet.、2007年、Vol.38(6)、p.663-665.
【非特許文献１６】井上和典 著、「TOKYO Xの親子判定〜効率的にトレーサビリティをバックアップ〜」、インターネット＜URL：http://www.sangyo-rodo.metro.tokyo.jp/norin/sogoannai/siken/2004/2005-22.pdf＞
【非特許文献１７】島貫伸一 ほか３名著、「ブタの個体識別と親子判定のための新たなマイクロサテライトマーカーパネル」、日本養豚学会誌、2006年、第43巻 第4号、p.195-199
【非特許文献１８】山口倫子 ほか５名著、「ランドレース種と大ヨークシャー種によるF1 母豚およびデュロック種種雄豚を用いて生産された三元交雑豚の親子判定に有効なマイクロサテライトマーカーセットの作製」、日本畜産学会報、2008年、第79巻 第１号、p.19-27.
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００２６】
東京都銘柄豚トウキョウXの判別のためのDNAマーカーの提供、並びに、当該DNAマーカーを用いたトウキョウXの判別方法の提供を課題とする。
【課題を解決するための手段】
【００２７】
本発明者はトウキョウXの維持豚全頭で対立遺伝子が固定し、かつ、一般豚や黒豚では多型性の高いマーカー（多型マーカー）を104個開発することに成功した。さらに、本発明によって開発した多型マーカーを用いて、実際に98％程度の高い判別率でトウキョウXを判別することに成功し、本発明を完成させた。なお、トウキョウXの原種豚の維持は、東京都農林水産振興財団青梅畜産センターで行なわれている。青梅畜産センターの維持群から生産した種豚は、養豚農家で組織されているTOKYO X生産組合の組合員のみに配付され、農家における飼育は、トウキョウXの肉質を損なわないようにするため、純粋交配が義務付けられている。したがって、青梅畜産センター維持群の遺伝的多型性を把握することにより、トウキョウXの判別系を構築することが可能である。
【００２８】
本発明は、東京都銘柄豚トウキョウXの判別のためのDNAマーカー、並びに、当該DNAマーカーを用いたトウキョウXの判別方法に関し、より具体的には、
〔１〕  東京都銘柄豚トウキョウXの判別方法であって、ブタゲノム中に存在する下記（Ａ）の（１）〜（１０４）のいずれかに記載の一もしくは複数の多型マーカーを用いて、下記（Ｂ）の工程によって判別する方法、
（Ａ）
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の31位
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の271位
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の193位
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の238位
（５）配列番号：５に記載の塩基配列の318位
（６）配列番号：６に記載の塩基配列の35位
（７）配列番号：７に記載の塩基配列の194位
（８）配列番号：８に記載の塩基配列の495位
（９）配列番号：９に記載の塩基配列の81位
（１０）配列番号：１０に記載の塩基配列の133位
（１１）配列番号：１１に記載の塩基配列の63位
（１２）配列番号：１２に記載の塩基配列の232位
（１３）配列番号：１３に記載の塩基配列の354位
（１４）配列番号：１４に記載の塩基配列の102位
（１５）配列番号：１５に記載の塩基配列の248位
（１６）配列番号：１６に記載の塩基配列の405位
（１７）配列番号：１７に記載の塩基配列の123位
（１８）配列番号：１８に記載の塩基配列の245位
（１９）配列番号：１９に記載の塩基配列の269位
（２０）配列番号：２０に記載の塩基配列の361位
（２１）配列番号：２１に記載の塩基配列の65位
（２２）配列番号：２２に記載の塩基配列の158位
（２３）配列番号：２３に記載の塩基配列の118位
（２４）配列番号：２４に記載の塩基配列の315位
（２５）配列番号：２５に記載の塩基配列の436位
（２６）配列番号：２６に記載の塩基配列の37位
（２７）配列番号：２７に記載の塩基配列の205位
（２８）配列番号：２８に記載の塩基配列の491位
（２９）配列番号：２９に記載の塩基配列の490位
（３０）配列番号：３０に記載の塩基配列の38位
（３１）配列番号：３１に記載の塩基配列の100位
（３２）配列番号：３２に記載の塩基配列の440位
（３３）配列番号：３３に記載の塩基配列の85位
（３４）配列番号：３４に記載の塩基配列の121位
（３５）配列番号：３５に記載の塩基配列の108位
（３６）配列番号：３６に記載の塩基配列の140位
（３７）配列番号：３７に記載の塩基配列の51位
（３８）配列番号：３８に記載の塩基配列の96位
（３９）配列番号：３９に記載の塩基配列の342位
（４０）配列番号：４０に記載の塩基配列の522位
（４１）配列番号：４１に記載の塩基配列の523位
（４２）配列番号：４２に記載の塩基配列の101位
（４３）配列番号：４３に記載の塩基配列の145位
（４４）配列番号：４４に記載の塩基配列の326位
（４５）配列番号：４５に記載の塩基配列の510位
（４６）配列番号：４６に記載の塩基配列の545位
（４７）配列番号：４７に記載の塩基配列の278位
（４８）配列番号：４８に記載の塩基配列の480位
（４９）配列番号：４９に記載の塩基配列の378位
（５０）配列番号：５０に記載の塩基配列の222位
（５１）配列番号：５１に記載の塩基配列の213位
（５２）配列番号：５２に記載の塩基配列の250位
（５３）配列番号：５３に記載の塩基配列の409位
（５４）配列番号：５４に記載の塩基配列の327位
（５５）配列番号：５５に記載の塩基配列の337位
（５６）配列番号：５６に記載の塩基配列の426位
（５７）配列番号：５７に記載の塩基配列の78位
（５８）配列番号：５８に記載の塩基配列の226位
（５９）配列番号：５９に記載の塩基配列の449位
（６０）配列番号：６０に記載の塩基配列の217位
（６１）配列番号：６１に記載の塩基配列の312位
（６２）配列番号：６２に記載の塩基配列の405位
（６３）配列番号：６３に記載の塩基配列の279位
（６４）配列番号：６４に記載の塩基配列の174位
（６５）配列番号：６５に記載の塩基配列の198位
（６６）配列番号：６６に記載の塩基配列の51位
（６７）配列番号：６７に記載の塩基配列の491位
（６８）配列番号：６８に記載の塩基配列の454位
（６９）配列番号：６９に記載の塩基配列の38位
（７０）配列番号：７０に記載の塩基配列の176位
（７１）配列番号：７１に記載の塩基配列の334位
（７２）配列番号：７２に記載の塩基配列の44位
（７３）配列番号：７３に記載の塩基配列の147位
（７４）配列番号：７４に記載の塩基配列の252位
（７５）配列番号：７５に記載の塩基配列の255位
（７６）配列番号：７６に記載の塩基配列の60位
（７７）配列番号：７７に記載の塩基配列の555位
（７８）配列番号：７８に記載の塩基配列の79位
（７９）配列番号：７９に記載の塩基配列の345位
（８０）配列番号：８０に記載の塩基配列の220位
（８１）配列番号：８１に記載の塩基配列の322位
（８２）配列番号：８２に記載の塩基配列の320位
（８３）配列番号：８３に記載の塩基配列の81位
（８４）配列番号：８４に記載の塩基配列の479位
（８５）配列番号：８５に記載の塩基配列の390位
（８６）配列番号：８６に記載の塩基配列の477位
（８７）配列番号：８７に記載の塩基配列の53位
（８８）配列番号：８８に記載の塩基配列の108位
（８９）配列番号：８９に記載の塩基配列の455位
（９０）配列番号：９０に記載の塩基配列の249位
（９１）配列番号：９１に記載の塩基配列の435位
（９２）配列番号：９２に記載の塩基配列の38位
（９３）配列番号：９３に記載の塩基配列の85位
（９４）配列番号：９４に記載の塩基配列の462位
（９５）配列番号：９５に記載の塩基配列の109位
（９６）配列番号：９６に記載の塩基配列の122位
（９７）配列番号：９７に記載の塩基配列の161位
（９８）配列番号：９８に記載の塩基配列の254位
（９９）配列番号：９９に記載の塩基配列の263位
（１００）配列番号：１００に記載の塩基配列の243位
（１０１）配列番号：１０１に記載の塩基配列の272位
（１０２）配列番号：１０２に記載の塩基配列の257位
（１０３）配列番号：１０３に記載の塩基配列の78位
（１０４）配列番号：１０４に記載の塩基配列の173位
（Ｂ）上記（Ａ）のそれぞれの多型マーカーにおけるトウキョウXに固定された対立遺伝子の塩基種、および該対立遺伝子の頻度が記載された下記表１〜３に基づき、トウキョウXを判別する工程
[表１]
0005622141.tif 000002
[表２]
0005622141.tif 000003
[表３]
0005622141.tif 000004
〔２〕  ブタゲノム中に存在する前記（Ａ）の（１）〜（１０４）のいずれかに記載の多型マーカーを含むDNA領域を増幅し、その増幅産物の多型を検出する工程を含む、請求項１に記載の方法、
〔３〕  多型の検出を、増幅産物を制限酵素で処理することによって行う、請求項２に記載の方法、
〔４〕  東京都銘柄豚トウキョウXの判別方法であって、ブタゲノム中に存在する下記（Ａ）の（１）〜（１０４）のいずれかに記載の一もしくは複数の多型マーカーを用いて、下記（Ｂ）の工程によって判別する方法、
（Ａ）
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の31位
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の271位
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の193位
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の238位
（５）配列番号：５に記載の塩基配列の318位
（６）配列番号：６に記載の塩基配列の35位
（７）配列番号：７に記載の塩基配列の194位
（８）配列番号：８に記載の塩基配列の495位
（９）配列番号：９に記載の塩基配列の81位
（１０）配列番号：１０に記載の塩基配列の133位
（１１）配列番号：１１に記載の塩基配列の63位
（１２）配列番号：１２に記載の塩基配列の232位
（１３）配列番号：１３に記載の塩基配列の354位
（１４）配列番号：１４に記載の塩基配列の102位
（１５）配列番号：１５に記載の塩基配列の248位
（１６）配列番号：１６に記載の塩基配列の405位
（１７）配列番号：１７に記載の塩基配列の123位
（１８）配列番号：１８に記載の塩基配列の245位
（１９）配列番号：１９に記載の塩基配列の269位
（２０）配列番号：２０に記載の塩基配列の361位
（２１）配列番号：２１に記載の塩基配列の65位
（２２）配列番号：２２に記載の塩基配列の158位
（２３）配列番号：２３に記載の塩基配列の118位
（２４）配列番号：２４に記載の塩基配列の315位
（２５）配列番号：２５に記載の塩基配列の436位
（２６）配列番号：２６に記載の塩基配列の37位
（２７）配列番号：２７に記載の塩基配列の205位
（２８）配列番号：２８に記載の塩基配列の491位
（２９）配列番号：２９に記載の塩基配列の490位
（３０）配列番号：３０に記載の塩基配列の38位
（３１）配列番号：３１に記載の塩基配列の100位
（３２）配列番号：３２に記載の塩基配列の440位
（３３）配列番号：３３に記載の塩基配列の85位
（３４）配列番号：３４に記載の塩基配列の121位
（３５）配列番号：３５に記載の塩基配列の108位
（３６）配列番号：３６に記載の塩基配列の140位
（３７）配列番号：３７に記載の塩基配列の51位
（３８）配列番号：３８に記載の塩基配列の96位
（３９）配列番号：３９に記載の塩基配列の342位
（４０）配列番号：４０に記載の塩基配列の522位
（４１）配列番号：４１に記載の塩基配列の523位
（４２）配列番号：４２に記載の塩基配列の101位
（４３）配列番号：４３に記載の塩基配列の145位
（４４）配列番号：４４に記載の塩基配列の326位
（４５）配列番号：４５に記載の塩基配列の510位
（４６）配列番号：４６に記載の塩基配列の545位
（４７）配列番号：４７に記載の塩基配列の278位
（４８）配列番号：４８に記載の塩基配列の480位
（４９）配列番号：４９に記載の塩基配列の378位
（５０）配列番号：５０に記載の塩基配列の222位
（５１）配列番号：５１に記載の塩基配列の213位
（５２）配列番号：５２に記載の塩基配列の250位
（５３）配列番号：５３に記載の塩基配列の409位
（５４）配列番号：５４に記載の塩基配列の327位
（５５）配列番号：５５に記載の塩基配列の337位
（５６）配列番号：５６に記載の塩基配列の426位
（５７）配列番号：５７に記載の塩基配列の78位
（５８）配列番号：５８に記載の塩基配列の226位
（５９）配列番号：５９に記載の塩基配列の449位
（６０）配列番号：６０に記載の塩基配列の217位
（６１）配列番号：６１に記載の塩基配列の312位
（６２）配列番号：６２に記載の塩基配列の405位
（６３）配列番号：６３に記載の塩基配列の279位
（６４）配列番号：６４に記載の塩基配列の174位
（６５）配列番号：６５に記載の塩基配列の198位
（６６）配列番号：６６に記載の塩基配列の51位
（６７）配列番号：６７に記載の塩基配列の491位
（６８）配列番号：６８に記載の塩基配列の454位
（６９）配列番号：６９に記載の塩基配列の38位
（７０）配列番号：７０に記載の塩基配列の176位
（７１）配列番号：７１に記載の塩基配列の334位
（７２）配列番号：７２に記載の塩基配列の44位
（７３）配列番号：７３に記載の塩基配列の147位
（７４）配列番号：７４に記載の塩基配列の252位
（７５）配列番号：７５に記載の塩基配列の255位
（７６）配列番号：７６に記載の塩基配列の60位
（７７）配列番号：７７に記載の塩基配列の555位
（７８）配列番号：７８に記載の塩基配列の79位
（７９）配列番号：７９に記載の塩基配列の345位
（８０）配列番号：８０に記載の塩基配列の220位
（８１）配列番号：８１に記載の塩基配列の322位
（８２）配列番号：８２に記載の塩基配列の320位
（８３）配列番号：８３に記載の塩基配列の81位
（８４）配列番号：８４に記載の塩基配列の479位
（８５）配列番号：８５に記載の塩基配列の390位
（８６）配列番号：８６に記載の塩基配列の477位
（８７）配列番号：８７に記載の塩基配列の53位
（８８）配列番号：８８に記載の塩基配列の108位
（８９）配列番号：８９に記載の塩基配列の455位
（９０）配列番号：９０に記載の塩基配列の249位
（９１）配列番号：９１に記載の塩基配列の435位
（９２）配列番号：９２に記載の塩基配列の38位
（９３）配列番号：９３に記載の塩基配列の85位
（９４）配列番号：９４に記載の塩基配列の462位
（９５）配列番号：９５に記載の塩基配列の109位
（９６）配列番号：９６に記載の塩基配列の122位
（９７）配列番号：９７に記載の塩基配列の161位
（９８）配列番号：９８に記載の塩基配列の254位
（９９）配列番号：９９に記載の塩基配列の263位
（１００）配列番号：１００に記載の塩基配列の243位
（１０１）配列番号：１０１に記載の塩基配列の272位
（１０２）配列番号：１０２に記載の塩基配列の257位
（１０３）配列番号：１０３に記載の塩基配列の78位
（１０４）配列番号：１０４に記載の塩基配列の173位
（Ｂ）上記（Ａ）のそれぞれの多型マーカーにおける塩基種が下記表４〜６の場合に、トウキョウXではないと判別する方法、
[表４]
0005622141.tif 000005
[表５]
0005622141.tif 000006
[表６]
0005622141.tif 000007
〔５〕  以下の（ａ）または（ｂ）のいずれかのオリゴヌクレオチドを有効成分とする、トウキョウX判別用検査薬、
（ａ）配列番号：１〜１０４のいずれかに記載の塩基配列もしくはその相補鎖にストリンジェント条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであって、該塩基配列中に存在する下記（１）〜（１０４）のいずれかの多型部位を含む領域を増幅するためのＰＣＲプライマー用オリゴヌクレオチド、
（ｂ）配列番号：１〜１０４のいずれかに記載の塩基配列もしくはその相補鎖にストリンジェント条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであって、該塩基配列中に存在する下記（１）〜（１０４）のいずれかの多型部位を含むDNA領域とハイブリダイズすることを特徴とするプローブ用オリゴヌクレオチド
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の31位
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の271位
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の193位
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の238位
（５）配列番号：５に記載の塩基配列の318位
（６）配列番号：６に記載の塩基配列の35位
（７）配列番号：７に記載の塩基配列の194位
（８）配列番号：８に記載の塩基配列の495位
（９）配列番号：９に記載の塩基配列の81位
（１０）配列番号：１０に記載の塩基配列の133位
（１１）配列番号：１１に記載の塩基配列の63位
（１２）配列番号：１２に記載の塩基配列の232位
（１３）配列番号：１３に記載の塩基配列の354位
（１４）配列番号：１４に記載の塩基配列の102位
（１５）配列番号：１５に記載の塩基配列の248位
（１６）配列番号：１６に記載の塩基配列の405位
（１７）配列番号：１７に記載の塩基配列の123位
（１８）配列番号：１８に記載の塩基配列の245位
（１９）配列番号：１９に記載の塩基配列の269位
（２０）配列番号：２０に記載の塩基配列の361位
（２１）配列番号：２１に記載の塩基配列の65位
（２２）配列番号：２２に記載の塩基配列の158位
（２３）配列番号：２３に記載の塩基配列の118位
（２４）配列番号：２４に記載の塩基配列の315位
（２５）配列番号：２５に記載の塩基配列の436位
（２６）配列番号：２６に記載の塩基配列の37位
（２７）配列番号：２７に記載の塩基配列の205位
（２８）配列番号：２８に記載の塩基配列の491位
（２９）配列番号：２９に記載の塩基配列の490位
（３０）配列番号：３０に記載の塩基配列の38位
（３１）配列番号：３１に記載の塩基配列の100位
（３２）配列番号：３２に記載の塩基配列の440位
（３３）配列番号：３３に記載の塩基配列の85位
（３４）配列番号：３４に記載の塩基配列の121位
（３５）配列番号：３５に記載の塩基配列の108位
（３６）配列番号：３６に記載の塩基配列の140位
（３７）配列番号：３７に記載の塩基配列の51位
（３８）配列番号：３８に記載の塩基配列の96位
（３９）配列番号：３９に記載の塩基配列の342位
（４０）配列番号：４０に記載の塩基配列の522位
（４１）配列番号：４１に記載の塩基配列の523位
（４２）配列番号：４２に記載の塩基配列の101位
（４３）配列番号：４３に記載の塩基配列の145位
（４４）配列番号：４４に記載の塩基配列の326位
（４５）配列番号：４５に記載の塩基配列の510位
（４６）配列番号：４６に記載の塩基配列の545位
（４７）配列番号：４７に記載の塩基配列の278位
（４８）配列番号：４８に記載の塩基配列の480位
（４９）配列番号：４９に記載の塩基配列の378位
（５０）配列番号：５０に記載の塩基配列の222位
（５１）配列番号：５１に記載の塩基配列の213位
（５２）配列番号：５２に記載の塩基配列の250位
（５３）配列番号：５３に記載の塩基配列の409位
（５４）配列番号：５４に記載の塩基配列の327位
（５５）配列番号：５５に記載の塩基配列の337位
（５６）配列番号：５６に記載の塩基配列の426位
（５７）配列番号：５７に記載の塩基配列の78位
（５８）配列番号：５８に記載の塩基配列の226位
（５９）配列番号：５９に記載の塩基配列の449位
（６０）配列番号：６０に記載の塩基配列の217位
（６１）配列番号：６１に記載の塩基配列の312位
（６２）配列番号：６２に記載の塩基配列の405位
（６３）配列番号：６３に記載の塩基配列の279位
（６４）配列番号：６４に記載の塩基配列の174位
（６５）配列番号：６５に記載の塩基配列の198位
（６６）配列番号：６６に記載の塩基配列の51位
（６７）配列番号：６７に記載の塩基配列の491位
（６８）配列番号：６８に記載の塩基配列の454位
（６９）配列番号：６９に記載の塩基配列の38位
（７０）配列番号：７０に記載の塩基配列の176位
（７１）配列番号：７１に記載の塩基配列の334位
（７２）配列番号：７２に記載の塩基配列の44位
（７３）配列番号：７３に記載の塩基配列の147位
（７４）配列番号：７４に記載の塩基配列の252位
（７５）配列番号：７５に記載の塩基配列の255位
（７６）配列番号：７６に記載の塩基配列の60位
（７７）配列番号：７７に記載の塩基配列の555位
（７８）配列番号：７８に記載の塩基配列の79位
（７９）配列番号：７９に記載の塩基配列の345位
（８０）配列番号：８０に記載の塩基配列の220位
（８１）配列番号：８１に記載の塩基配列の322位
（８２）配列番号：８２に記載の塩基配列の320位
（８３）配列番号：８３に記載の塩基配列の81位
（８４）配列番号：８４に記載の塩基配列の479位
（８５）配列番号：８５に記載の塩基配列の390位
（８６）配列番号：８６に記載の塩基配列の477位
（８７）配列番号：８７に記載の塩基配列の53位
（８８）配列番号：８８に記載の塩基配列の108位
（８９）配列番号：８９に記載の塩基配列の455位
（９０）配列番号：９０に記載の塩基配列の249位
（９１）配列番号：９１に記載の塩基配列の435位
（９２）配列番号：９２に記載の塩基配列の38位
（９３）配列番号：９３に記載の塩基配列の85位
（９４）配列番号：９４に記載の塩基配列の462位
（９５）配列番号：９５に記載の塩基配列の109位
（９６）配列番号：９６に記載の塩基配列の122位
（９７）配列番号：９７に記載の塩基配列の161位
（９８）配列番号：９８に記載の塩基配列の254位
（９９）配列番号：９９に記載の塩基配列の263位
（１００）配列番号：１００に記載の塩基配列の243位
（１０１）配列番号：１０１に記載の塩基配列の272位
（１０２）配列番号：１０２に記載の塩基配列の257位
（１０３）配列番号：１０３に記載の塩基配列の78位
（１０４）配列番号：１０４に記載の塩基配列の173位
〔６〕  下記（１）〜（１０４）のいずれかに記載の遺伝マーカー、
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、31位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、271位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、193位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、238位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５）配列番号：５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、318位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（６）配列番号：６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、35位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（７）配列番号：７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、194位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（８）配列番号：８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、495位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（９）配列番号：９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、81位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０）配列番号：１０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、133位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１１）配列番号：１１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、63位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１２）配列番号：１２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、232位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１３）配列番号：１３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、354位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（１４）配列番号：１４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、102位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１５）配列番号：１５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、248位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１６）配列番号：１６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、405位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（１７）配列番号：１７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、123位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１８）配列番号：１８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、245位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１９）配列番号：１９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、269位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（２０）配列番号：２０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、361位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２１）配列番号：２１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、65位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（２２）配列番号：２２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、158位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（２３）配列番号：２３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、118位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（２４）配列番号：２４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、315位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（２５）配列番号：２５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、436位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（２６）配列番号：２６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、37位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２７）配列番号：２７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、205位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２８）配列番号：２８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、491位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２９）配列番号：２９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、490位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３０）配列番号：３０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、38位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３１）配列番号：３１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、100位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３２）配列番号：３２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、440位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３３）配列番号：３３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、85位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３４）配列番号：３４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、121位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３５）配列番号：３５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、108位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３６）配列番号：３６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、140位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（３７）配列番号：３７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、51位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３８）配列番号：３８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、96位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３９）配列番号：３９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、342位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４０）配列番号：４０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、522位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４１）配列番号：４１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、523位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（４２）配列番号：４２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、101位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４３）配列番号：４３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、145位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４４）配列番号：４４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、326位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（４５）配列番号：４５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、510位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（４６）配列番号：４６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、545位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４７）配列番号：４７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、278位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４８）配列番号：４８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、480位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（４９）配列番号：４９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、378位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（５０）配列番号：５０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、222位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（５１）配列番号：５１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、213位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５２）配列番号：５２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、250位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５３）配列番号：５３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、409位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（５４）配列番号：５４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、327位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５５）配列番号：５５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、337位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５６）配列番号：５６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、426位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５７）配列番号：５７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、78位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（５８）配列番号：５８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、226位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（５９）配列番号：５９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、449位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（６０）配列番号：６０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、217位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（６１）配列番号：６１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、312位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（６２）配列番号：６２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、405位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（６３）配列番号：６３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、279位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（６４）配列番号：６４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、174位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（６５）配列番号：６５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、198位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（６６）配列番号：６６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、51位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（６７）配列番号：６７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、491位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（６８）配列番号：６８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、454位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（６９）配列番号：６９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、38位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（７０）配列番号：７０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、176位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（７１）配列番号：７１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、334位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（７２）配列番号：７２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、44位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（７３）配列番号：７３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、147位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（７４）配列番号：７４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、252位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（７５）配列番号：７５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、255位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（７６）配列番号：７６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、60位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（７７）配列番号：７７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、555位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（７８）配列番号：７８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、79位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（７９）配列番号：７９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、345位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（８０）配列番号：８０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、220位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（８１）配列番号：８１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、322位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（８２）配列番号：８２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、320位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（８３）配列番号：８３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、81位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（８４）配列番号：８４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、479位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（８５）配列番号：８５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、390位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（８６）配列番号：８６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、477位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（８７）配列番号：８７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、53位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（８８）配列番号：８８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、108位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（８９）配列番号：８９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、455位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（９０）配列番号：９０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、249位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（９１）配列番号：９１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、435位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（９２）配列番号：９２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、38位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（９３）配列番号：９３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、85位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（９４）配列番号：９４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、462位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（９５）配列番号：９５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、109位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（９６）配列番号：９６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、122位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（９７）配列番号：９７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、161位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（９８）配列番号：９８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、254位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（９９）配列番号：９９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、263位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（１００）配列番号：１００に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、243位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０１）配列番号：１０１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、272位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０２）配列番号：１０２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、257位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０３）配列番号：１０３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、78位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０４）配列番号：１０４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、173位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
を、提供するものである。
【発明の効果】
【００２９】
従来法では、トウキョウXのような毛色多型のある品種を判別する方法は存在しなかった。本研究成果は、選択圧に中立と想定されるランダムなSNPsにより、トウキョウXの維持豚全頭で対立遺伝子が固定し、かつ、一般豚や黒豚では多型性の高いマーカーを104個開発した。また、PCR-RFLP法により、98％程度の判別率で一般豚や黒豚とトウキョウXを分ける簡易検査法を構築した。このように多数のSNPsを用いて維持豚全頭を検証した判別系はこれまで構築されたことは無かったため、今後の銘柄豚等のトレーサビリティ系の構築において模範的な先例となると考えられる。
【００３０】
一般に、畜産物のような同一種内の異なった品種、系統を完全に判別するためには、分析対象の母豚を生産している維持豚全頭の遺伝的多型の把握と解析が不可欠である。本発明者は、東京都銘柄豚トウキョウX維持豚全頭で対立遺伝子が固定し、かつ、市場豚（三元交雑豚、黒豚等）で多型の存在するSNP（1塩基多型）を抽出することにより、トウキョウXを市場豚からほぼ完全に判別するSNPをセット化した。維持豚全頭の単型性を用いた特定の銘柄豚のトレーサビリティ・システムの構築は、今回の発明が初めての報告である。更に、市場豚で多型性の特に高い遺伝子座については、PCR-RFLP法によって簡便に判別する系を構築し、一般的な研究室においても高い確率で偽トウキョウX肉を判別することが可能となった。
【図面の簡単な説明】
【００３１】
【図１】図１は、PCR-RFLPによる電気泳動パターンを示す写真である。Mはサイズマーカーを示す。トウキョウXのパターンは各電気泳動像の左レーンに示す。
【発明を実施するための形態】
【００３２】
本発明は、東京都銘柄豚「トウキョウX（エックス）」と一般市場豚を判別（識別）する方法を提供する。本発明の方法の好ましい態様としては、ブタのゲノム上に存在する多型を検出することを特徴とする方法である。
【００３３】
本発明において「判別」とは、通常、被検ブタ（本発明の判別方法に供するブタ）が高い蓋然性をもってトウキョウXであると判別すること、もしくはトウキョウXではない（偽トウキョウXである）と判別すること、あるいは、被検ブタが黒豚もしくは一般豚であると推定すること等を言う。また、トウキョウXとその他の豚（例えば、黒豚、一般豚等）とを区別することをいい、例えば、「鑑定」、「鑑別」あるいは「判定」、「検査」等と表現してもよい。また、判別率と表記する場合、トウキョウXと異なる一般市場豚において、トウキョウXとは異なる遺伝子型となる確率（排除確率）を示す。本発明の方法は、トウキョウXの判別率あるいは排除確率の評価方法と表現することも可能である。例えば、実施例に記載された8個のマーカー等を用いることにより、被検ブタを約98％の判別率（排除確率）で検査することが可能である。
【００３４】
また、本発明の方法は、必ずしもブタ個体を対象として判別する方法に限定されず、例えば、食肉もしくは精肉加工品（例えば、ハム等）がトウキョウXに由来するか否かを判別する方法もまた、本発明の判別方法に含まれる。
【００３５】
本発明において「多型」とは、通常、一塩基多型(SNP)を指す。
【００３６】
本発明のトウキョウXの判別方法の好ましい態様としては、ブタゲノム中に存在する多型マーカーを用いることを特徴とする方法である。
【００３７】
本発明における多型マーカーとは、トウキョウXと他のブタ品種とを区別可能なDNA部位（多型部位）をいう。従って、本発明の方法において多型マーカーを用いるとは、通常、本発明の多型部位における塩基種の違いに基づきトウキョウXの判別を行うことをいう。
【００３８】
本発明において用いる多型マーカーとしては、具体的には、以下の多型マーカー（本明細書において「本発明の多型マーカー」と記載する場合あり）を示すことができる。
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の31位
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の271位
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の193位
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の238位
（５）配列番号：５に記載の塩基配列の318位
（６）配列番号：６に記載の塩基配列の35位
（７）配列番号：７に記載の塩基配列の194位
（８）配列番号：８に記載の塩基配列の495位
（９）配列番号：９に記載の塩基配列の81位
（１０）配列番号：１０に記載の塩基配列の133位
（１１）配列番号：１１に記載の塩基配列の63位
（１２）配列番号：１２に記載の塩基配列の232位
（１３）配列番号：１３に記載の塩基配列の354位
（１４）配列番号：１４に記載の塩基配列の102位
（１５）配列番号：１５に記載の塩基配列の248位
（１６）配列番号：１６に記載の塩基配列の405位
（１７）配列番号：１７に記載の塩基配列の123位
（１８）配列番号：１８に記載の塩基配列の245位
（１９）配列番号：１９に記載の塩基配列の269位
（２０）配列番号：２０に記載の塩基配列の361位
（２１）配列番号：２１に記載の塩基配列の65位
（２２）配列番号：２２に記載の塩基配列の158位
（２３）配列番号：２３に記載の塩基配列の118位
（２４）配列番号：２４に記載の塩基配列の315位
（２５）配列番号：２５に記載の塩基配列の436位
（２６）配列番号：２６に記載の塩基配列の37位
（２７）配列番号：２７に記載の塩基配列の205位
（２８）配列番号：２８に記載の塩基配列の491位
（２９）配列番号：２９に記載の塩基配列の490位
（３０）配列番号：３０に記載の塩基配列の38位
（３１）配列番号：３１に記載の塩基配列の100位
（３２）配列番号：３２に記載の塩基配列の440位
（３３）配列番号：３３に記載の塩基配列の85位
（３４）配列番号：３４に記載の塩基配列の121位
（３５）配列番号：３５に記載の塩基配列の108位
（３６）配列番号：３６に記載の塩基配列の140位
（３７）配列番号：３７に記載の塩基配列の51位
（３８）配列番号：３８に記載の塩基配列の96位
（３９）配列番号：３９に記載の塩基配列の342位
（４０）配列番号：４０に記載の塩基配列の522位
（４１）配列番号：４１に記載の塩基配列の523位
（４２）配列番号：４２に記載の塩基配列の101位
（４３）配列番号：４３に記載の塩基配列の145位
（４４）配列番号：４４に記載の塩基配列の326位
（４５）配列番号：４５に記載の塩基配列の510位
（４６）配列番号：４６に記載の塩基配列の545位
（４７）配列番号：４７に記載の塩基配列の278位
（４８）配列番号：４８に記載の塩基配列の480位
（４９）配列番号：４９に記載の塩基配列の378位
（５０）配列番号：５０に記載の塩基配列の222位
（５１）配列番号：５１に記載の塩基配列の213位
（５２）配列番号：５２に記載の塩基配列の250位
（５３）配列番号：５３に記載の塩基配列の409位
（５４）配列番号：５４に記載の塩基配列の327位
（５５）配列番号：５５に記載の塩基配列の337位
（５６）配列番号：５６に記載の塩基配列の426位
（５７）配列番号：５７に記載の塩基配列の78位
（５８）配列番号：５８に記載の塩基配列の226位
（５９）配列番号：５９に記載の塩基配列の449位
（６０）配列番号：６０に記載の塩基配列の217位
（６１）配列番号：６１に記載の塩基配列の312位
（６２）配列番号：６２に記載の塩基配列の405位
（６３）配列番号：６３に記載の塩基配列の279位
（６４）配列番号：６４に記載の塩基配列の174位
（６５）配列番号：６５に記載の塩基配列の198位
（６６）配列番号：６６に記載の塩基配列の51位
（６７）配列番号：６７に記載の塩基配列の491位
（６８）配列番号：６８に記載の塩基配列の454位
（６９）配列番号：６９に記載の塩基配列の38位
（７０）配列番号：７０に記載の塩基配列の176位
（７１）配列番号：７１に記載の塩基配列の334位
（７２）配列番号：７２に記載の塩基配列の44位
（７３）配列番号：７３に記載の塩基配列の147位
（７４）配列番号：７４に記載の塩基配列の252位
（７５）配列番号：７５に記載の塩基配列の255位
（７６）配列番号：７６に記載の塩基配列の60位
（７７）配列番号：７７に記載の塩基配列の555位
（７８）配列番号：７８に記載の塩基配列の79位
（７９）配列番号：７９に記載の塩基配列の345位
（８０）配列番号：８０に記載の塩基配列の220位
（８１）配列番号：８１に記載の塩基配列の322位
（８２）配列番号：８２に記載の塩基配列の320位
（８３）配列番号：８３に記載の塩基配列の81位
（８４）配列番号：８４に記載の塩基配列の479位
（８５）配列番号：８５に記載の塩基配列の390位
（８６）配列番号：８６に記載の塩基配列の477位
（８７）配列番号：８７に記載の塩基配列の53位
（８８）配列番号：８８に記載の塩基配列の108位
（８９）配列番号：８９に記載の塩基配列の455位
（９０）配列番号：９０に記載の塩基配列の249位
（９１）配列番号：９１に記載の塩基配列の435位
（９２）配列番号：９２に記載の塩基配列の38位
（９３）配列番号：９３に記載の塩基配列の85位
（９４）配列番号：９４に記載の塩基配列の462位
（９５）配列番号：９５に記載の塩基配列の109位
（９６）配列番号：９６に記載の塩基配列の122位
（９７）配列番号：９７に記載の塩基配列の161位
（９８）配列番号：９８に記載の塩基配列の254位
（９９）配列番号：９９に記載の塩基配列の263位
（１００）配列番号：１００に記載の塩基配列の243位
（１０１）配列番号：１０１に記載の塩基配列の272位
（１０２）配列番号：１０２に記載の塩基配列の257位
（１０３）配列番号：１０３に記載の塩基配列の78位
（１０４）配列番号：１０４に記載の塩基配列の173位
【００３９】
本発明の好ましい態様としては、上記多型マーカーにおける多型部位を評価（例えば、多型部位の塩基種を決定）することにより、トウキョウXを判別する（例えば、トウキョウXではないと判別する）方法である。
【００４０】
より具体的には、本発明の判別方法は、ブタゲノム中に存在する上記（１）〜（１０４）のいずれかに記載の一もしくは複数の多型マーカーを用いて、上記のそれぞれの多型マーカーにおけるトウキョウXに固定された対立遺伝子の塩基種、および該対立遺伝子の頻度が記載された下記表１〜３に基づき、トウキョウXを判別する（例えば、トウキョウXではないと判別する）方法である。
【００４１】
[表１]
0005622141.tif 000008
【００４２】
表２は表１の続きの表である。
[表２]
0005622141.tif 000009
【００４３】
表３は表２の続きの表である。
[表３]
0005622141.tif 000010
【００４４】
本発明において用いる多型マーカーは、好ましくは、上記表１〜３のトウキョウXとその他の豚における「対立遺伝子頻度」の差が大きい多型マーカーであることが好ましい。本発明において好ましい多型マーカーとしては、例えば、表１〜３の黒豚または一般豚における「対立遺伝子頻度」が好ましくは0.95以下、より好ましくは0.9以下、より好ましくは0.8以下、さらに好ましくは0.7以下、さらに好ましくは0.6以下、最も好ましくは0.5以下である。
【００４５】
トウキョウXとその他の豚との「対立遺伝子頻度」の差が大きい多型マーカーの場合には、一もしくは少数の多型マーカーを用いることにより、トウキョウXの有効な判別が可能である。トウキョウXとその他の豚との「対立遺伝子頻度」の差が比較的小さい多型マーカーの場合でも、複数の多型マーカーを用いることにより、トウキョウXの有効な判別が可能である。当業者であれば、上記表１〜３に記載された技術情報に照らして、判別に使用する多型マーカーを適宜選択し、その多型マーカーにおける多型部位の塩基種の情報に基づき、被検豚について適宜トウキョウXの判別を行うことができる。
【００４６】
本発明の方法においては、通常、多くの多型マーカーを用いるほど判別精度が向上する。従って、本発明の方法は、必ずしも必須ではないが、複数の多型マーカーを用いることが好ましい。本発明の方法において用いる多型マーカーは、通常、１もしくは少数（１〜９程度）であるが、好ましくは少なくとも５以上、より好ましくは８以上、さらに好ましくは１０以上であり、それ以上の数の多型マーカー、例えば、２０もしくは３０以上、４０もしくは５０以上、６０もしくは７０以上の多型マーカーを用いてもよい。本発明の方法は、好ましくは、上記多型マーカーを組み合わせて用いる方法であり、即ち、上記（１）〜（１０４）に記載された複数の多型マーカーからなる群より選択される１もしくは複数の多型マーカーを用いることを特徴とする方法である。
【００４７】
本発明の判別方法の好ましい態様としては、上記（１）〜（１０４）の多型マーカーにおける多型部位の変異を検出することを特徴とする方法である。
【００４８】
本発明において変異を検出する部位は、好ましくは、上記（１）〜（１０４）のいずれかに記載の多型マーカーにおける多型部位である。
【００４９】
本発明において変異とは、例えば、上記（１）〜（１０４）の多型マーカーにおける多型部位において、トウキョウXに固定された対立遺伝子の塩基種への置換変異であることが好ましい。
【００５０】
具体的には、被検ブタにおいて、上記（１）〜（１０４）の多型マーカーにける多型部位が、上記表１〜３に記載の「トウキョウXに固定された対立遺伝子の塩基種」である場合に、被検ブタはトウキョウXである蓋然性が非常に高いと判別される。
【００５１】
また、本発明の方法は、被検ブタについて上記（１）〜（１０４）の多型マーカーにける多型部位が、上記表１〜３に記載の「トウキョウXに固定された対立遺伝子の塩基種」でない場合に被検ブタはトウキョウXではないと判別（または、黒豚や一般豚などであると推定）される。
【００５２】
さらに好ましくは、被検ブタについて上記（１）〜（１０４）の多型マーカーにける多型部位が、下記の表４〜６に記載の「トウキョウXで検出されない対立遺伝子の塩基種」である場合に、被検ブタはトウキョウXではないと判別（または、黒豚や一般豚などであると推定）される。
【００５３】
[表４]
0005622141.tif 000011
【００５４】
表５は表４の続きの表である。
[表５]
0005622141.tif 000012
【００５５】
表６は表５の続きの表である。
[表６]
0005622141.tif 000013
【００５６】
本発明の方法の好ましい態様としては、東京都銘柄豚トウキョウXの判別方法であって、ブタゲノム中に存在する上記（１）〜（１０４）のいずれかに記載の一もしくは複数の多型マーカーを用いて、当該多型マーカーにおける塩基種が表４〜６の場合に、被検豚はトウキョウXではないと判別する方法である。
【００５７】
本発明の判別方法において、変異を検出する（多型マーカーにおける多型部位の塩基種を評価する）方法は、公知の種々の方法を利用することが可能である。即ち、変異を検出可能な方法であれば任意の方法を本発明の判別方法において用いることができる。
【００５８】
以下に本発明の多型マーカーにおける多型部位の変異の検出が可能な方法を例示するが、必ずしもこれらの方法に限定されない。当業者であれば、変異の種類や位置等を考慮して、適宜当該変異を検出することが可能である。
【００５９】
まず、本発明の多型マーカーにおける多型変異（塩基種）を直接決定する方法が挙げられる。即ち、多型部位を含む塩基配列を直接決定することを特徴とする、以下の工程を含む方法が挙げられる。
（ａ）被検ブタからDNAを調製する工程
（ｂ）本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する工程
（ｃ）増幅したDNAの塩基配列を決定する工程
【００６０】
この方法においてはまず、被検ブタからDNA試料を調製する。DNA試料は、例えば被検ブタの臓器、または組織、あるいは細胞や血液、口腔粘膜、皮膚、毛等から抽出した染色体DNAを基に調製することができる。
【００６１】
本方法においては、次いで、本発明の多型マーカーを含むDNA領域を単離する。該DNAの単離は、本発明の多型マーカーを含むDNAにハイブリダイズするプライマーを用いて、染色体DNAを鋳型としたPCR等によって行うことも可能である。本方法においては、次いで、単離したDNAの塩基配列（多型部位の塩基種）を決定する。単離したDNAの塩基配列の決定は、当業者に公知の方法で行うことができる。
【００６２】
本方法においては、次いで、決定したDNAの塩基配列（多型部位の塩基種）を、上記表１〜３あるいは４〜６に基づいて、トウキョウXの判別を行う。
【００６３】
本発明の判別方法は、上記の如く直接被検ブタ由来のDNAの塩基配列を決定する方法以外に、上記多型変異の検出が可能な種々の方法によって行うことができる。
【００６４】
例えば、本発明における上記多型変異の検出は、以下の工程を含む方法によっても行うことができる。
（ａ）被検ブタからDNAを調製する工程
（ｂ）本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する工程
（ｃ）増幅したDNAを制限酵素により切断する工程
（ｄ）DNA断片をその大きさに応じて分離する工程
（ｅ）検出されたDNA断片の大きさを対照と比較する工程
【００６５】
まず、被検ブタからDNA試料を調製する。次いで、本発明の多型マーカーを含むDNAを増幅する。さらに、増幅したDNAを制限酵素により切断する。次いで、DNA断片をその大きさに応じて分離する。次いで、検出されたDNA断片の大きさを、対照と比較する。
【００６６】
このような方法としては、例えば、制限酵素断片長多型（Restriction Fragment Length Polymorphism／RFLP）を利用した方法やPCR−RFLP法等が挙げられる。具体的には、制限酵素の認識部位に変異が存在する場合、制限酵素処理後に生じる断片の大きさが対照と比較して変化する。この変異を含む部分をPCR法によって増幅し、それぞれの制限酵素で処理することによって、これらの変異を電気泳動後のバンドの移動度の差として検出することができる。あるいは、染色体DNAをこれらの制限酵素によって処理し、電気泳動した後、本発明のプローブDNAを用いてサザンブロッティングを行うことにより、変異の有無を検出することができる。用いられる制限酵素は、それぞれの変異に応じて適宜選択することができる。さらに、ゲノムDNAを蛍光ラベルしたプライマーを用いてPCR増幅し、制限酵素切断の後、シークエンサー等のディテクターで変異を検出することも可能である。
【００６７】
なお、上記方法において使用する制限酵素は、通常、本発明の多型マーカーを含むDNA配列を認識する酵素である。
【００６８】
制限酵素を利用した上記方法の好ましい態様としては、例えば、表１２に記載されたフォワードプライマーおよびリバースプライマーを用いて増幅されるDNA断片を、同表に記載された制限酵素で処理することによって行うPCR-RFLP法が挙げられる。
【００６９】
当業者であれば、上記多型マーカーの多型部位および当該部位の塩基種等の情報を基に、本発明の判別方法において使用可能な適切なプライマーおよび制限酵素を、適宜選択することが可能である。
【００７０】
本発明の方法の好ましい態様としては、ブタゲノム中に存在する上記（Ａ）の（１）〜（１０４）のいずれかに記載の多型マーカーを含むDNA領域を増幅し、その増幅産物の多型を検出する工程を含む方法である。
【００７１】
上記方法における多型の検出は、好ましくは、増幅産物を制限酵素で処理することによって行う。使用する制限酵素は、対象の多型マーカーの塩基種および周辺DNA領域の塩基配列に関する情報に基づいて、当業者であれば適宜選択することができる。
【００７２】
さらに別の方法としては、以下の工程を含む方法が挙げられる。
（ａ）被検ブタからDNAを調製する工程
（ｂ）本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する工程
（ｃ）増幅したDNAを一本鎖に解離させる工程
（ｄ）解離させた一本鎖DNAを非変性ゲル上で分離する工程
（ｅ）分離した一本鎖DNAのゲル上での移動度を対照と比較する工程
【００７３】
まず、被検ブタからDNA試料を調製する。次いで、本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する。さらに、増幅したDNAを一本鎖DNAに解離させる。次いで、解離させた一本鎖DNAを非変性ゲル上で分離する。分離した一本鎖DNAのゲル上での移動度を対照と比較する。
【００７４】
該方法としては、例えばPCR-SSCP(single-strand conformation polymorphism、一本鎖高次構造多型)法(Cloning and polymerase chain reaction-single-strand conformation polymorphism analysis of anonymous Alu repeats on chromosome 11. Genomics. 1992 Jan 1; 12(1): 139-146.、Detection of p53 gene mutations in human brain tumors by single-strand conformation polymorphism analysis of polymerase chain reaction products. Oncogene. 1991 Aug 1; 6(8): 1313-1318.、Multiple fluorescence-based PCR-SSCP analysis with postlabeling. 、PCR Methods Appl. 1995 Apr 1; 4(5): 275-282.)が挙げられる。この方法は操作が比較的簡便であり、また被検試料の量も少なくて済む等の利点を有するため、特に多数のDNA試料をスクリーニングするのに好適である。その原理は次の通りである。二本鎖DNA断片を一本鎖に解離すると、各鎖はその塩基配列に依存した独自の高次構造を形成する。この解離したDNA鎖を、変性剤を含まないポリアクリルアミドゲル中で電気泳動すると、それぞれの高次構造の差に応じて、相補的な同じ鎖長の一本鎖DNAが異なる位置に移動する。一塩基の置換によってもこの一本鎖DNAの高次構造は変化し、ポリアクリルアミドゲル電気泳動において異なる移動度を示す。従って、この移動度の変化を検出することによりDNA断片に欠損等による変異が存在することを検出することができる。
【００７５】
具体的には、まず、本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する。増幅される範囲としては、通常200〜400 bp程度の長さが好ましい。PCRは、当業者においては反応条件等を適宜選択して行うことができる。PCRの際に、32P等のアイソトープ、蛍光色素、またはビオチン等によって標識したプライマーを用いることにより、増幅DNA産物を標識することができる。あるいはPCR反応液に32P等のアイソトープ、蛍光色素、またはビオチン等によって標識された基質塩基を加えてPCRを行うことにより、増幅DNA産物を標識することも可能である。さらに、PCR反応後にクレノウ酵素等を用いて、32P等のアイソトープ、蛍光色素、またはビオチン等によって標識された基質塩基を、増幅DNA断片に付加することによっても標識を行うことができる。こうして得られた標識DNA断片を、熱を加えること等により変性させ、尿素などの変性剤を含まないポリアクリルアミドゲルによって電気泳動を行う。この際、ポリアクリルアミドゲルに適量（5から10％程度）のグリセロールを添加することにより、DNA断片の分離の条件を改善することができる。また、泳動条件は各DNA断片の性質により変動するが、通常、室温（20から25℃）で行い、好ましい分離が得られないときには4から30℃までの温度で最適の移動度を与える温度の検討を行う。電気泳動後、DNA断片の移動度を、Ｘ線フィルムを用いたオートラジオグラフィーや、蛍光を検出するスキャナー等で検出し、解析を行う。移動度に差があるバンドが検出された場合、このバンドを直接ゲルから切り出し、PCRによって再度増幅し、それを直接シークエンシングすることにより、変異の存在を確認することができる。また、標識したDNAを使わない場合においても、電気泳動後のゲルをエチジウムブロマイドや銀染色法などによって染色することによって、バンドを検出することができる。
【００７６】
さらに別の方法としては、以下の工程を含む方法が挙げられる。
（ａ）被検ブタからDNAを調製する工程
（ｂ）本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する工程
（ｃ）ヌクレオチドプローブが固定された基板を提供する工程
（ｄ）工程（ｂ）のDNAと工程（ｃ）の基板を接触させる工程
（ｅ）該DNAと該基板に固定されたヌクレオチドプローブとのハイブリダイズの強度を検出する工程
（ｆ）工程（ｅ）で検出された強度を対照と比較する工程
【００７７】
まず、被検ブタから調製した本発明の多型マーカーを含むDNA、および該DNAとハイブリダイズするヌクレオチドプローブが固定された基板、を提供する。次いで、該DNAと該基板を接触させる。さらに、基板に固定されたヌクレオチドプローブにハイブリダイズしたDNAを検出することにより、上記「変異」を検出する。
【００７８】
このような方法としては、DNAアレイ法が例示できる。本発明の多型マーカーを含むDNA試料の調製は、当業者に周知の方法で行うことができる。該DNA試料の調製の好ましい態様においては、例えば被検ブタの血液、皮膚、口腔粘膜等の組織または細胞から抽出した染色体DNAを基に調製することができる。染色体DNAから本方法のDNA試料を調製するには、例えば、本発明の多型マーカーを含むDNA領域にハイブリダイズするプライマーを用いて、染色体DNAを鋳型としたPCR等によって、本発明の多型マーカーを含むDNAを調製することも可能である。調製したDNA試料には、必要に応じて、当業者に周知の方法によって検出のための標識を施すことができる。
【００７９】
本発明において「基板」とは、ヌクレオチドを固定することが可能な板状の材料を意味する。本発明においてヌクレオチドには、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドが含まれる。本発明の基板は、ヌクレオチドを固定することが可能であれば特に制限はないが、一般にDNAアレイ技術で使用される基板を好適に用いることができる。
【００８０】
一般にDNAアレイは、高密度に基板にプリントされた何千ものヌクレオチドで構成されている。通常これらのDNAは非透過性(non-porous)の基板の表層にプリントされる。基板の表層は、一般的にはガラスであるが、透過性(porous)の膜、例えばニトロセルロースメンブレムを使用することができる。
【００８１】
本発明において、ヌクレオチドの固定（アレイ）方法として、Affymetrix社開発によるオリゴヌクレオチドを基本としたアレイが例示できる。オリゴヌクレオチドのアレイにおいて、オリゴヌクレオチドは通常インサイチュ(in situ)で合成される。例えば、photolithographicの技術（Affymetrix社）、および化学物質を固定させるためのインクジェット(Rosetta Inpharmatics社)技術等によるオリゴヌクレオチドのインサイチュ合成法が既に知られており、いずれの技術も本発明の基板の作製に利用することができる。
【００８２】
基板に固定するヌクレオチドプローブは、上記「変異」を検出することができるものであれば、特に制限されない。即ち該プローブは、例えば、本発明の多型マーカーを含むDNAと特異的にハイブリダイズするようなプローブである。特異的なハイブリダイズが可能であれば、ヌクレオチドプローブは、検出する多型マーカーを含むDNAに対し、完全に相補的である必要はない。
【００８３】
本発明において基板に結合させるヌクレオチドプローブの長さは、オリゴヌクレオチドを固定する場合は、通常10〜100ベースであり、好ましくは10〜50ベースであり、さらに好ましくは15〜25ベースである。
【００８４】
本発明においては、次いで、該DNA試料と該基板を接触させる。本工程により、上記ヌクレオチドプローブに対し、DNA試料をハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーションの反応液および反応条件は、基板に固定するヌクレオチドプローブの長さ等の諸要因により変動しうるが、一般的に当業者に周知の方法により行うことができる。
【００８５】
本発明においては、次いで、該DNA試料と基板に固定されたヌクレオチドプローブとのハイブリダイズの有無または強度を検出する。この検出は、例えば、蛍光シグナルをスキャナー等によって読み取ることによって行うことができる。なお、DNAアレイにおいては、一般的にスライドガラスに固定したDNAをプローブといい、一方溶液中のラベルしたDNAをターゲットという。従って、基板に固定された上記ヌクレオチドを、本明細書においてヌクレオチドプローブと記載する。
【００８６】
さらに別の方法としては、以下の工程を含む方法が挙げられる。
（ａ）被検ブタからDNAを調製する工程
（ｂ）本発明の多型マーカーを含むDNA領域にハイブリダイズするヌクレオチドとハイブリダイゼーションさせる工程
（ｃ）ハイブリッド形成の程度を検出する工程
（ｄ）工程（ｃ）で検出された程度を対照と比較する工程
【００８７】
まず、被検ブタから調製した本発明の多型マーカーを含むDNA、および該DNAとハイブリダイズするヌクレオチドを用意する。次いで、該DNAとヌクレオチドとをハイブリダイゼーションさせる。さらに、ハイブリッド形成の程度を検出し、対照と比較することにより、上記変異を検出する。
【００８８】
具体的には、特定位置の欠損のみを検出する目的にはアレル特異的オリゴヌクレオチド（Allele Specific Oligonucleotide／ASO）ハイブリダイゼーション法が利用できる。多型変異が存在すると考えられる塩基配列を含むオリゴヌクレオチドを作製し、これと試料DNAでハイブリダイゼーションを行わせると、変異が存在する場合、ハイブリッド形成の効率が低下する。それをサザンブロット法や、特殊な蛍光試薬がハイブリッドのギャップにインターカレーションすることにより消光する性質を利用した方法、等により検出することができる。
【００８９】
またInvader法による検出も可能である。具体的には、本発明の多型マーカーにおける多型部位にハイブリダイズする２種類のオリゴヌクレオチド（アレルオリゴ及びInvaderオリゴ）を用意する。該部位においてInvaderオリゴがアレルオリゴの下に１塩基のみ侵入する。侵入構造を認識する部分を酵素反応で切断することによりアレルオリゴの断片が放出される。過剰なアレルオリゴにより反応が繰り返され、断片の量が増幅される。変異に対応したオリゴヌクレオチドを用い、断片量を検出することにより、変異を検出することができる。
【００９０】
またTaqMan probe法による検出も可能である。具体的には、5’末端を特殊な蛍光物質（FAMなど）で、3’末端をクエンチャー物質（TAMRAなど）で修飾した、本発明の多型マーカーを含むDNAにハイブリダイズするオリゴヌクレオチド（TaqManプローブ）の存在下で、本発明の多型マーカーを含むDNAをPCR法等によって増幅する。PCRの伸長反応ステップのときに、鋳型DNAにハイブリダイズしたTaqManプローブが分解されると、蛍光色素がプローブから遊離し、クエンチャーによる抑制が解除されて蛍光が発せられる。異なる変異ごとに異なる蛍光を発するTaqMan probeを用い、蛍光の量を測定することにより、変異を検出することができる。
【００９１】
さらに別の方法としては、以下の工程を含む方法が挙げられる。
（ａ）被検ブタからDNAを調製する工程
（ｂ）本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する工程
（ｃ）工程（ｂ）で増幅したDNAを質量分析器にかけ、分子量を測定する工程
（ｄ）工程（ｃ）で測定した分子量を対照と比較する工程
【００９２】
まず、被検ブタからDNAを調製し、次いで、本発明の多型マーカーを含むDNA領域を増幅する。次いで、増幅したDNAを質量分析器にかけ、分子量を測定する。次いで、測定した分子量を対照と比較する。このような方法としては、例えば、MALDI-TOF MS法(Trends Biotechnol (2000):18:77-84)等が挙げられる。
【００９３】
また、本発明の方法は、PCR-SSP(sequence specific primers)法を用いて実施することが可能である。PCR-SSP法は、特定の配列をもったDNA部位を選択的にPCRによって増幅する方法である。
【００９４】
例えば、本発明の多型マーカーにおける「トウキョウXに固定されている塩基種」を選択的に増幅し得るプライマーを設定し、PCRを行う。当該PCRの増幅産物の有無により、トウキョウXの判別を行うことが可能である。例えば、当該PCRの増幅産物が検出された場合に、被検ブタはトウキョウXである蓋然性が非常に高いと判別される。一方、当該PCRの増幅産物が検出されない場合に、被検ブタは偽トウキョウXである（トウキョウXではない）、または、黒豚もしくは一般豚等であると推定される。
【００９５】
PCR-SSPを行う場合、プライマーは3'末端側に検出したい配列（本発明の多型マーカー）がくるように設計することが好ましい。
【００９６】
上記方法の好ましい態様としては、以下の工程を含む方法が挙げられる。
（ａ）被検ブタからDNAを調製する工程
（ｂ）本発明の多型マーカーが3'末端側に位置するように設計されたPCR-SSP用プライマーを用いて、当該多型マーカーを含むDNA領域をPCRにて増幅する工程
（ｃ）増幅したDNAを検出する工程
【００９７】
また本発明は、ブタゲノムにおいて上記（１）〜（１０４）のいずれかに記載の多型マーカーを提供する。
より具体的には、本発明は、下記（１）〜（１０４）のいずれかに記載の遺伝マーカーに関する。
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、31位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、271位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、193位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、238位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５）配列番号：５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、318位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（６）配列番号：６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、35位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（７）配列番号：７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、194位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（８）配列番号：８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、495位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（９）配列番号：９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、81位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０）配列番号：１０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、133位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１１）配列番号：１１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、63位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１２）配列番号：１２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、232位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１３）配列番号：１３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、354位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（１４）配列番号：１４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、102位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１５）配列番号：１５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、248位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１６）配列番号：１６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、405位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（１７）配列番号：１７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、123位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１８）配列番号：１８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、245位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１９）配列番号：１９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、269位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（２０）配列番号：２０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、361位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２１）配列番号：２１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、65位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（２２）配列番号：２２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、158位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（２３）配列番号：２３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、118位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（２４）配列番号：２４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、315位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（２５）配列番号：２５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、436位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（２６）配列番号：２６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、37位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２７）配列番号：２７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、205位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２８）配列番号：２８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、491位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（２９）配列番号：２９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、490位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３０）配列番号：３０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、38位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３１）配列番号：３１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、100位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３２）配列番号：３２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、440位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３３）配列番号：３３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、85位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３４）配列番号：３４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、121位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３５）配列番号：３５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、108位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３６）配列番号：３６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、140位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（３７）配列番号：３７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、51位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（３８）配列番号：３８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、96位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（３９）配列番号：３９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、342位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４０）配列番号：４０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、522位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４１）配列番号：４１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、523位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（４２）配列番号：４２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、101位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４３）配列番号：４３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、145位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４４）配列番号：４４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、326位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（４５）配列番号：４５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、510位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（４６）配列番号：４６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、545位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４７）配列番号：４７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、278位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（４８）配列番号：４８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、480位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（４９）配列番号：４９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、378位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（５０）配列番号：５０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、222位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（５１）配列番号：５１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、213位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５２）配列番号：５２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、250位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５３）配列番号：５３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、409位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（５４）配列番号：５４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、327位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５５）配列番号：５５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、337位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５６）配列番号：５６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、426位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（５７）配列番号：５７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、78位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（５８）配列番号：５８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、226位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（５９）配列番号：５９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、449位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（６０）配列番号：６０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、217位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（６１）配列番号：６１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、312位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（６２）配列番号：６２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、405位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（６３）配列番号：６３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、279位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（６４）配列番号：６４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、174位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（６５）配列番号：６５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、198位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（６６）配列番号：６６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、51位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（６７）配列番号：６７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、491位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（６８）配列番号：６８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、454位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（６９）配列番号：６９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、38位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（７０）配列番号：７０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、176位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（７１）配列番号：７１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、334位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（７２）配列番号：７２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、44位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（７３）配列番号：７３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、147位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（７４）配列番号：７４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、252位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（７５）配列番号：７５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、255位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（７６）配列番号：７６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、60位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（７７）配列番号：７７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、555位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（７８）配列番号：７８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、79位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（７９）配列番号：７９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、345位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（８０）配列番号：８０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、220位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（８１）配列番号：８１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、322位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（８２）配列番号：８２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、320位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（８３）配列番号：８３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、81位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（８４）配列番号：８４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、479位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（８５）配列番号：８５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、390位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（８６）配列番号：８６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、477位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がAであることを特徴とする遺伝マーカー
（８７）配列番号：８７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、53位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（８８）配列番号：８８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、108位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（８９）配列番号：８９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、455位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（９０）配列番号：９０に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、249位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（９１）配列番号：９１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、435位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（９２）配列番号：９２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、38位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（９３）配列番号：９３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、85位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（９４）配列番号：９４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、462位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（９５）配列番号：９５に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、109位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（９６）配列番号：９６に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、122位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（９７）配列番号：９７に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、161位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（９８）配列番号：９８に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、254位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（９９）配列番号：９９に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、263位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（１００）配列番号：１００に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、243位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がCであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０１）配列番号：１０１に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、272位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がTであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０２）配列番号：１０２に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、257位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０３）配列番号：１０３に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、78位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
（１０４）配列番号：１０４に記載の塩基配列の全部もしくは部分配列からなる遺伝マーカーであって、173位の多型部位を含み、かつ該多型部位の塩基種がGであることを特徴とする遺伝マーカー
【００９８】
上記遺伝マーカーの長さは特に制限されないが、例えば、300 bp以下であり、好ましくは100 bp以下であり、より好ましくは50 bp以下であり、さらに好ましくは30もしくは20 bp以下である。
【００９９】
本発明はまた、トウキョウXを判別する方法に用いるための識別もしくは判別用試薬を提供する。
【０１００】
本発明の試薬の好ましい態様としては、以下の（ａ）または（ｂ）のいずれかの物質を有効成分とする、トウキョウX判別用検査薬が挙げられる。
（ａ）配列番号：１〜１０４のいずれかに記載の塩基配列もしくはその相補鎖にストリンジェント条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであって、該塩基配列中に存在する下記（１）〜（１０４）のいずれかの多型部位を含む領域を増幅するためのPCRプライマー用オリゴヌクレオチド。
（ｂ）配列番号：１〜１０４のいずれかに記載の塩基配列もしくはその相補鎖にストリンジェント条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであって、該塩基配列中に存在する下記（１）〜（１０４）のいずれかの多型部位を含むDNA領域とハイブリダイズすることを特徴とするプローブ用オリゴヌクレオチド。
（１）配列番号：１に記載の塩基配列の31位
（２）配列番号：２に記載の塩基配列の271位
（３）配列番号：３に記載の塩基配列の193位
（４）配列番号：４に記載の塩基配列の238位
（５）配列番号：５に記載の塩基配列の318位
（６）配列番号：６に記載の塩基配列の35位
（７）配列番号：７に記載の塩基配列の194位
（８）配列番号：８に記載の塩基配列の495位
（９）配列番号：９に記載の塩基配列の81位
（１０）配列番号：１０に記載の塩基配列の133位
（１１）配列番号：１１に記載の塩基配列の63位
（１２）配列番号：１２に記載の塩基配列の232位
（１３）配列番号：１３に記載の塩基配列の354位
（１４）配列番号：１４に記載の塩基配列の102位
（１５）配列番号：１５に記載の塩基配列の248位
（１６）配列番号：１６に記載の塩基配列の405位
（１７）配列番号：１７に記載の塩基配列の123位
（１８）配列番号：１８に記載の塩基配列の245位
（１９）配列番号：１９に記載の塩基配列の269位
（２０）配列番号：２０に記載の塩基配列の361位
（２１）配列番号：２１に記載の塩基配列の65位
（２２）配列番号：２２に記載の塩基配列の158位
（２３）配列番号：２３に記載の塩基配列の118位
（２４）配列番号：２４に記載の塩基配列の315位
（２５）配列番号：２５に記載の塩基配列の436位
（２６）配列番号：２６に記載の塩基配列の37位
（２７）配列番号：２７に記載の塩基配列の205位
（２８）配列番号：２８に記載の塩基配列の491位
（２９）配列番号：２９に記載の塩基配列の490位
（３０）配列番号：３０に記載の塩基配列の38位
（３１）配列番号：３１に記載の塩基配列の100位
（３２）配列番号：３２に記載の塩基配列の440位
（３３）配列番号：３３に記載の塩基配列の85位
（３４）配列番号：３４に記載の塩基配列の121位
（３５）配列番号：３５に記載の塩基配列の108位
（３６）配列番号：３６に記載の塩基配列の140位
（３７）配列番号：３７に記載の塩基配列の51位
（３８）配列番号：３８に記載の塩基配列の96位
（３９）配列番号：３９に記載の塩基配列の342位
（４０）配列番号：４０に記載の塩基配列の522位
（４１）配列番号：４１に記載の塩基配列の523位
（４２）配列番号：４２に記載の塩基配列の101位
（４３）配列番号：４３に記載の塩基配列の145位
（４４）配列番号：４４に記載の塩基配列の326位
（４５）配列番号：４５に記載の塩基配列の510位
（４６）配列番号：４６に記載の塩基配列の545位
（４７）配列番号：４７に記載の塩基配列の278位
（４８）配列番号：４８に記載の塩基配列の480位
（４９）配列番号：４９に記載の塩基配列の378位
（５０）配列番号：５０に記載の塩基配列の222位
（５１）配列番号：５１に記載の塩基配列の213位
（５２）配列番号：５２に記載の塩基配列の250位
（５３）配列番号：５３に記載の塩基配列の409位
（５４）配列番号：５４に記載の塩基配列の327位
（５５）配列番号：５５に記載の塩基配列の337位
（５６）配列番号：５６に記載の塩基配列の426位
（５７）配列番号：５７に記載の塩基配列の78位
（５８）配列番号：５８に記載の塩基配列の226位
（５９）配列番号：５９に記載の塩基配列の449位
（６０）配列番号：６０に記載の塩基配列の217位
（６１）配列番号：６１に記載の塩基配列の312位
（６２）配列番号：６２に記載の塩基配列の405位
（６３）配列番号：６３に記載の塩基配列の279位
（６４）配列番号：６４に記載の塩基配列の174位
（６５）配列番号：６５に記載の塩基配列の198位
（６６）配列番号：６６に記載の塩基配列の51位
（６７）配列番号：６７に記載の塩基配列の491位
（６８）配列番号：６８に記載の塩基配列の454位
（６９）配列番号：６９に記載の塩基配列の38位
（７０）配列番号：７０に記載の塩基配列の176位
（７１）配列番号：７１に記載の塩基配列の334位
（７２）配列番号：７２に記載の塩基配列の44位
（７３）配列番号：７３に記載の塩基配列の147位
（７４）配列番号：７４に記載の塩基配列の252位
（７５）配列番号：７５に記載の塩基配列の255位
（７６）配列番号：７６に記載の塩基配列の60位
（７７）配列番号：７７に記載の塩基配列の555位
（７８）配列番号：７８に記載の塩基配列の79位
（７９）配列番号：７９に記載の塩基配列の345位
（８０）配列番号：８０に記載の塩基配列の220位
（８１）配列番号：８１に記載の塩基配列の322位
（８２）配列番号：８２に記載の塩基配列の320位
（８３）配列番号：８３に記載の塩基配列の81位
（８４）配列番号：８４に記載の塩基配列の479位
（８５）配列番号：８５に記載の塩基配列の390位
（８６）配列番号：８６に記載の塩基配列の477位
（８７）配列番号：８７に記載の塩基配列の53位
（８８）配列番号：８８に記載の塩基配列の108位
（８９）配列番号：８９に記載の塩基配列の455位
（９０）配列番号：９０に記載の塩基配列の249位
（９１）配列番号：９１に記載の塩基配列の435位
（９２）配列番号：９２に記載の塩基配列の38位
（９３）配列番号：９３に記載の塩基配列の85位
（９４）配列番号：９４に記載の塩基配列の462位
（９５）配列番号：９５に記載の塩基配列の109位
（９６）配列番号：９６に記載の塩基配列の122位
（９７）配列番号：９７に記載の塩基配列の161位
（９８）配列番号：９８に記載の塩基配列の254位
（９９）配列番号：９９に記載の塩基配列の263位
（１００）配列番号：１００に記載の塩基配列の243位
（１０１）配列番号：１０１に記載の塩基配列の272位
（１０２）配列番号：１０２に記載の塩基配列の257位
（１０３）配列番号：１０３に記載の塩基配列の78位
（１０４）配列番号：１０４に記載の塩基配列の173位
【０１０１】
ここで「ハイブリダイズする」とは、通常のハイブリダイゼーション条件下、好ましくはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下（例えば、サムブルックら, Molecular Cloning,Cold Spring Harbour Laboratory Press,New York,USA,第２版 1989に記載の条件）において、目的以外のDNAとクロスハイブリダイゼーションを有意に生じないことを意味する。特異的なハイブリダイズが可能であれば、該ポリヌクレオチドは、検出する上記塩基配列に対し完全に相補的である必要はない。
【０１０２】
ハイブリダイゼーションの条件は、当業者であれば適宜選択することができる。ハイブリダイゼーションの条件としては、例えば、低ストリンジェントな条件が挙げられる。低ストリンジェントな条件とは、ハイブリダイゼーション後の洗浄において、例えば42℃、0.1×SSC、0.1％SDSの条件であり、好ましくは50℃、0.1×SSC、0.1％SDSの条件である。より好ましいハイブリダイゼーションの条件としては、高ストリンジェントな条件が挙げられる。高ストリンジェントな条件とは、例えば65℃、5×SSC及び0.1％SDSの条件である。これらの条件において、温度を上げる程に高い相同性を有するDNAが効率的に得られることが期待できる。但し、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーに影響する要素としては温度や塩濃度など複数の要素が考えられ、当業者であればこれら要素を適宜選択することで同様のストリンジェンシーを実現することが可能である。
【０１０３】
該ポリヌクレオチドは、本発明の判別方法におけるプローブやプライマーとして利用することができる。該ポリヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、その長さは、通常15 bp〜100 bpであり、好ましくは17 bp〜30 bpである。プライマーは、本発明の多型マーカーを含むDNAを増幅しうるものであれば、特に制限されない。該プライマーとしては、例えば、表１２に記載された配列からなるポリヌクレオチドが挙げられるが、このポリヌクレオチドに特に限定されるものではない。
【０１０４】
また、本発明のポリヌクレオチドをプローブとして使用する場合、該プローブは、本発明の多型マーカーを含むDNA領域に特異的にハイブリダイズするものであれば、特に制限されない。該プローブは、合成ポリヌクレオチドであってもよく、通常少なくとも15 bp以上の鎖長を有する。
【０１０５】
本発明のポリヌクレオチドは、例えば市販のポリヌクレオチド合成機により作製することができる。プローブは、制限酵素処理等によって取得される二本鎖DNA断片として作製することもできる。
【０１０６】
本発明のポリヌクレオチドをプローブとして用いる場合は、適宜標識して用いることが好ましい。標識する方法としては、T4ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、ポリヌクレオチドの5'端を32Pでリン酸化することにより標識する方法、およびクレノウ酵素等のDNAポリメラーゼを用い、ランダムヘキサマーポリヌクレオチド等をプライマーとして32P等のアイソトープ、蛍光色素、またはビオチン等によって標識された基質塩基を取り込ませる方法（ランダムプライム法等）を例示することができる。
【０１０７】
上記の識別もしくは判別用試薬（本発明の検査薬）においては、有効成分であるポリヌクレオチド以外に、例えば、滅菌水、生理食塩水、植物油、界面活性剤、脂質、溶解補助剤、緩衝剤、タンパク質安定剤（BSAやゼラチンなど）、保存剤等が必要に応じて混合されていてもよい。
【０１０８】
また、本発明の試薬を少なくとも含有するトウキョウX判別用キットもまた、本発明に含まれる。該キットには、上記（ａ）または（ｂ）のいずれかに記載の物質の他に、例えば、本発明の方法に用いるための各種試薬類、反応液、対照標品、反応容器、操作器具等を含めることができる。
【０１０９】
なお本明細書において引用された全ての先行技術文献は、参照として本明細書に組み入れられる。
【実施例】
【０１１０】
以下本発明を実施例により具体的に説明するが、本発明はこれら実施例に制限されるものではない。
【０１１１】
〔実施例１〕
これまで、ブタゲノム上にてSNPを開発するとともに、16グループの品種や銘柄豚について、その多型性を評価した。ブタ16グループの内訳は、{（11品種：ランドレース 51頭、大ヨークシャー 69頭、中ヨークシャー 7頭、デュロック 68頭、バークシャー 68頭、ハンプシャー 20頭、メイシャン 32頭、金華豚 13頭、ポットベリー 3頭、クラウンミニ 2頭、トウキョウX 26頭）、（品種間交雑豚：梅山豚×ユカタンミニ 2頭、三元交雑豚 10頭）、合成豚系（デカルブ系 3頭、バブコック系 4頭）、(日本イノシシ 6頭)}である。ジェノタイピングは飛行時間型質量分析計（TOF-MS）であるSEQUENOM社のMASS ARRAY  COMPACT  SYSTEMを用いた。検出用のプライマーを作製することができた2,342個のSNP遺伝子座について、上述の個体からなる参照DNAパネルを用いてジェノタイピングを行った結果、1801遺伝子座について多型データを取得した。これらの遺伝子座は、少なくとも1個体の多型を含み、完全に単型の遺伝子座は含まれていない。多型のある1801遺伝子座のうち、参照パネル内のトウキョウX  26頭で対立遺伝子が固定しているものは606個存在した。この606 SNP遺伝子座について、産業基幹品種（ランドレース、大ヨークシャー、デュロック、バークシャー）にて多型性の高い遺伝子座を156個抽出した。その抽出基準は、子取り用雌豚生産に通常使用されるランドレースと大ヨークシャーにてMAF（頻度の低い方の対立遺伝子頻度）が共に0.2以上であるか、または止雄として通常使用されるデュロック、バークシャーのどちらかでMAFが0.1以上とした。トウキョウXの維持豚全頭、および比較のための一般豚（三元交雑豚、黒豚等）における遺伝子頻度を明らかにするため、TOF-MSにてジェノタイピングを行った。ジェノタイピング用のプライマーは150 SNPs分を作製することができた。
【０１１２】
ジェノタイピングに供した個体は、トウキョウXについて雄23頭、雌62頭の計85頭、一般豚（三元交雑、合成豚、大貫豚など）が879頭、バークシャー種（鹿児島黒豚）が461頭である。150 SNPsのうち、127 SNPsについてデータを取得できた。トウキョウXの維持豚では、データの取れた127 SNPsのうち、104 SNPsがトウキョウXで単型であり、かつ一般豚と鹿児島黒豚のどちらかで多型が存在した。この104 SNPsの管理番号（SNP_ID）とそれぞれの前後の配列（検出したSNPを[ ]内に示す）、およびBLAST検索によるブタゲノム上の位置を表７に示す。SNP_ID、SEQUENCE、配列番号、megaBLAST (genome or HTGS)、DEFINITION、score（*印：＜200）の順に、各項目をスラッシュ（/）で区切って示す。「SEQUENCE」中の[x/x]は、SNPsを示す。
【０１１３】
[表７]
B00047/GAGGGCAATGCCAGCCCCAGCATCAAAAGT[A/G]GAAGAGTGAGTGTCACTGTTGAAGTCACAGGACACAACCTGGGGAAGGAAGAGGGCCAATTACGGAACCCAGTCTTGGTCAGTGGGGTCGTGTGGACACCAAGTTCCCTGACCTATCAGTACCTGGTCCTCAGTGTAGCCCAGGATGCCCTTGAGGGGGCCCTCGGACGCCTGCTTCACCACCTTCTTGATGTCATCATATTTTGCCTGATGAGGTAAAAACCGATGGTTATTCAAGTACCAATCCTACAACCCCTCAGCCCCCCAAAGCTG/1/ヒットせず//
B00077/TACTGTAAACCTCTCCTCTTTCACATCCATGTACAAATTCGATACACCACAAAACTGCTAAATTCTCCAACTACAACCTCAATTTACATCCACACTGTCTAAATGAGTACAAATAAAATACTGGCAAGACATCAAGTCATTAAAAGGGAAAAAAGGTTGGAAAAAACTAAGTGACAGCTGTATTAACTTGATTTTTAACAATCTATTAAAAAGACTCAATAATCCCTGAACAGTATTTAAAAATCTGTAAACTGAGGGTGGGGTTGTTTA[A/G]ATTCTCAGTTGAAATTGCTTTTAAAGGCTTAGGTGTTACAAACCAATGCTGTCCACCAACTGAGGTTAACATCGAAGGGGGCTCAAAACTTCTCGGAGTGGCCCCGAGGAAAAACAACACGAAACTTTAGAACTTGCCACGGTCCTGGGCGTCAGTCAATTTCGATTTCCCAGACTTCTACTTAGGAGACACTCTCAACCCCTTCCCCAACCCCTTTATGAACACCTACCCTCTGGTCAACCGAATAATATCCCCCGGCTGAATGAGACCTCCGATTTCATCCCACACG/2/ref|NW_001885648.1|Ssc15_WGA1347_1/Sus scrofa chromosome 15 genomic contig, reference assembly (based on Sscrofa5)/407
B00091/CGCGCAAGGACCACCCGCCTCGCTGGCCCCGCCCCGCCCCGCCGCTCTGTTTCGGCCAATCAGCGAGCGCCTGGCAGTCCTGCCTGTGGAGAGGCAAGATGGCTGCTGCGTGTCGCAGCGTGAAGGTAACTGGGTTTTCTCCCCTGCTGCTTGCCCCGCTGCCCCGGCTGGGATGGCGCGGCCGTAGAACTA[A/G]GAGGAAGAGATCGGTACTGGGAGAAAAGGTCAGGCTTATCTAGGCCTTCTGTCGCTGCGGTTGGGCTCGGGAGGTGAAGGTCAACTCTCCAGGGCACGTGCAAGTGGGGGTGACTGGGTGGGTTGTCTGGGGATGAGACCCCAGAGGTCCCATCGGTAAGGTGAGGAGGACACCTGGGTCACACCGCAGGGGTGACCGGGAACCTCCCTCCAAGAAGCCT/3/emb|CU695116.2|/Sus scrofa chromosome X clone CH242-358M12, WORKING DRAFT SEQUENCE, 4 unordered pieces/355
B00135/CACTTAATATGTAACTGCATACCAGACACCTCCACTAGAATCTCTAAGGCACCTAAAATTTAATGGGTCCAAAACAGACGTTTAATTCGGCTTCCTTTCACAACTCCTTACGTCATCTACTCCTGCCTTTCCTCCTCGACCTCTCCTCCTCTCTCTCCCAGCTAAGAAACTGTCCTATAATTAGTCTTCTCTGGCTTGGTGTGTATGACTACTCTCCACTCAACTGCTCAAGCCAGA[C/A]ACTTGAGAAGATACACCGATTTCTCCTTTTTAAACCTAGATTCAAAGTCATAACCATCCTTATCAACCCTACTTCCAAAGTGGGTTCCTAAACCACCTGTTCAGTCTCATTTCCGGACTTTCGCTTATGCTGTATTCACCGTTTGGAATGTTTCTTGTTTTCTCCCTAGCACGGTAAACCAGGTCTCAGCTTCGGTCATATTTTCTAGAAACCCTTCCTCGCCCTTCCATCACCATTTGAGCGCCACTCTGCTCTGCGTTCCGTATCACAGTCCGAGTCACGCTTCACTGCCACTCCCCAGTGGGGCTGGCGTTCCCTCAGGG/4/ref|NW_001885344.1|Ssc13_WGA971_1/Sus scrofa chromosome 13 genomic contig, reference assembly (based on Sscrofa5)/741
B00139/GTAAGCCACGGCGGTGACCACTACACCCGCGATGAGGACCACCACGGCGAAGGGGATGATGCAGCGGTAGCAGGAGAGCTCGGCACCCCCCGTGGCAGCCGTCAGCTGAATCTCGCTGACCAGGGGAACCATAGTGACCACGACTTCACTGTTGGGGCTCTTTTCCATTGTCGCTGGCTTGGGAGACTTCGGGGTTCCCAGGATTTCCTTTATGGGCTCGTCCGCCATTTTTACAATGGAGTTTCCTAGCTGGGTTCACAGACTAGTCCTGGGCAGTCTCACCAGGGTGGAAGCTGTGGAGGAGAAGACAGAACACG[T/G]GAGCTAAGTGGATCAGAGTGAGCCCAGGCAAGTAGGAGTAAAAAGTTGGGGAAATACCACTGTATTCTTTTCTAGGAGGCATCAGTGCCTGTGAATCAGCTTTAAGATTGTTTTCCTAATTGTTTGCATTCTCTTTGCATTGGGCAGAAAGAAAGATAAAGTAGAGAACTATAAAGAAAAGAAAGATATTAAAAGCAGGAAGCACTTTACGGTGCTTAATATAATCTGGCGATCTACAAATATTTTACAAGCTTTTCTCCTTTGTCTATTGCTTCTCTTTCCTCT/5/emb|CU914472.2| /Sus scrofa chromosome 12 clone CH242-1B12, WORKING DRAFT SEQUENCE, 10 unordered pieces/850
B00188/TGAATTCTCTCATGTTGAATAAGTTTTGAGTCAC[A/G]ACTACCAGCCTTCTCACATTCCTGACAAATGTAGGGTTTCTCTTGCTTATGAATACTTGGATGTGCAGTAAGAGATTCATGTTTTCTGTAAGCAGGTACTTTTTCATAGCTGATTATCATTTGACTTAAGTATCCCTCTTGATGTCCCTGGAGCTCCTCGAATCCACTCTCACACTTCCAATTATTTTTGAAAACAGATGCCTCAAGGTCAAGGGTTTCACTGCTTTCCACTATCTCCCACTGGGAAAAATTTATTTCAAAAATGTTCTTTTTTGAAGATGTATTTTGGGTCTCATATGTTGACTCCCAATCTGGAAGAAAATAAGAAAACCACACATTTTATTTCCTTTACTCTAAAAAAAGCCCTTTGTAGTAGAAATAAGAGACAAATTGAAAACAATATCCACAAGTGAACTGAATCAGGAGACTTACTGAATTTCTA/6/emb|FP236583.3|/Sus scrofa chromosome 6 clone CH242-24E14, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, 15 unordered pieces/852
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B00274/TACCCCAAGTACTTTTTTTCCTAATTCAAGTTCCTACACTGCACACACAAATGGTTGCTGGTGAGATGTTCTCTTCAGTGTTCTTAGTAGACTGTTTAGTGCTCTATTTTCAACCTGCTGAGTAAAGCTTTC[C/T]TTTCACTTAATCAGAATGGGTTGAACGCACTCCATCTCGCTTCCAAAGAAGGCCATGTTGAGGTTGTTTCTGAGCTGCTCCAGAGGGAAGCCAGTGTGGATGCAGCTACAAAGGTCAGTATCATGCACTTTATGCTTTTTCTATCAATTGCCAAATGCTATGAGAAGTCAGCCCTTGAAAAGAATTGGAGCACACTCCTCATAAGATACTTGTGGACCTTGTTCTCTTTGGGGAACTACCGAGGGGGGCAATGTCTTGTAAAATGTTGAAAGGAGAACGAAAGATTATAAATTGAGTTGATGTATCTTGCCTTTTGTTTTGCAGAAAGGAAACACAG/10/ref|NW_001885476.1|Ssc14_WGA1175_1 /Sus scrofa chromosome 14 genomic contig, reference assembly (based on Sscrofa5)/*113
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B00322/GATTTTTTGCGCTGGCAGCTTTCTGTGCCTTTGAACAGTAAGTGTTTGAACTTAGTTGATGGCTGCAATTGGCTTTGGCTGTGAGACTTTAATTCGTAATGACGATAGGCGGCCGCAGCGGGTGGTCTGCCCTCTCCTGCTCCCTGTCCCCCTAGGCTCAGAACCGCGTCAGAGAGAGCACAACTCGAGCTAGGAGGTCGGAGTCGGAGCTAGGCGGGCTGCGGGCACCTCTAGTAACCCGGCAACGGGGGCCTTAGCAACGGGGAGGGGGCGGGACCAACGGAGGAAGTCGGAAGCAGGCAGCTAAATATCGCGACACTTACTTTTGCGCGCGAACTCTAAGCTCTAGGGTC[C/G]CGGGGCCAGGTTCGCGGTTGCTCGCGGGGCAGGCCCCTGAGGGACGAGACGGCGTCACTGGACCTGGACACCTTCATCACCCCATCATGCAGACCTCAGCGCACAAGCAGCAGCAGCAGCCCGAGGC/13/ref|NW_001885439.1|Ssc14_WGA1138_1/Sus scrofa chromosome 14 genomic contig, reference assembly (based on Sscrofa5)/*110
B00424/TCCACCCACAAGTGGCCCCAGGACCTGGACTCAGCCACCAGTGGGTGGGTACCAACCTCAGGACCCCTTGGGCCCTGGCCCCATCCACCAGCAGATCAACA[A/T]CAACTTCAGAACAACCTGGACCCCACAGCTGAATGTGTCTGAAACCGCCCCCATCCCCACCAGTGGGCAAATACCAGCTCCAAGACACCCAAGGTCCTATAGTGGAGAACCTAGAACCTGGCTCCATCCACCAGTAGCCCAGAACTAGTTCTGAAAGCCCCTGGGCCCCAACTCCACCTATCAGCAGGTAGACCCAAGCATGGCTGGCCCCTGGTCTGTATTTGTCTAAGCAAAAAATAAAAGACCACAACTAAAACTACAAAAATTACAAAAGGAAAAATCTCATTAGTAAAGGCAAATATACAGTGAAAATGTAACTCAACCACTTATAAAGCTAGTAAAAAAGTAAAAAGCAAAAACTGCAAAATCATCTATATCTATTGCAAGTAACTAAGGGATACACAAAACAAAAAGCTGTAATATACAGCATCAAAAATAATAAACTTGGGGAGGGGGA/14/ref|NW_001885284.1|Ssc13_WGA911_1/Sus scrofa chromosome 13 genomic contig, reference assembly (based on Sscrofa5)/*187
B00482/TGAAGAGAGCCACAACTCTATTTGGTTTATATGCATCTGGCATACATGTTCACACAGCGGGGTGTGATGTTTTTCTTTTTTAGGTTAGCTGGTGCCTTTATTTTTCTCAAAGCTGCTTTTTTGTATAATAATAGATTCTGGAGCTTTTCAAATGTCAGTACATATGTGTGTGTGTGTATACATATACATATATGTATTTACCTGCTTTGGGGTAACTGCTACATATAGGATGTTCTAGGAATCCAAG[C/T]ACCACAATTTATTCAACTAATTATCTGTTTATGCATTTCACTTTTATTAATAATTCTGTGGTACACAGTCTTCTACTTACTATGTCCACATCTGAAGAGTTCTCTAAGGTAGACCTTTTGTCTTTTCTAACCACAAATGCATTCTGCTCAAATCCTGTTATTCTGCACACCTCAGAAACAAACACACTAAGTAAACTGAGTTGGCTCTCTCAGCTCTTCATTACTAGGACAACACTTTCTCAGCATCCTGCTGCTCAGATTGTAGAGAAACAGCCATGCGCCCAAGTAAGATGTTCTGGGACACCAAATAAATGATGGC/15/emb|CU469432.2| /Sus scrofa chromosome 7 clone CH242-422B4, WORKING DRAFT SEQUENCE, 6 unordered pieces/754
B00485/TGAAGAGAGCCACAACTCTATTTGGTTTATATGCATCTGGCATACATGTTCACACAGCGGGGTGTGATGTTTTTCTTTTTTAGGTTAGCTGGTGCCTTTATTTTTCTCAAAGCTGCTTTTTTGTATAATAATAGATTCTGGAGCTTTTCAAATGTCAGTACATATGTGTGTGTGTGTATACATATACATATATGTATTTACCTGCTTTGGGGTAACTGCTACATATAGGATGTTCTAGGAATCCAAGCACCACAATTTATTCAACTAATTATCTGTTTATGCATTTCACTTTTATTAATAATTCTGTGGTACACAGTCTTCTACTTACTATGTCCACATCTGAAGAGTTCTCTAAGGTAGACCTTTTGTCTTTTCTAACCACAAATGCATTCTGCTCAAATCCT[A/G]TTATTCTGCACACCTCAGAAACAAACACACTAAGTAAACTGAGTTGGCTCTCTCAGCTCTTCATTACTAGGACAACACTTTCTCAGCATCCTGCTGCTCAGATTGTAGAGAAACAGCCATGCGCCCAAGTAAGATGTTCTGGGACACCAAATAAATGATGGC/16/emb|CU469432.2| /Sus scrofa chromosome 7 clone CH242-422B4, WORKING DRAFT SEQUENCE, 6 unordered pieces/754
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B02357/AGGGGCCAGAGCAGAGAGACTTGGAGGCTTTGGGGCACTGGTCCAGGTGGGGCCTGACCCCAGGGCATCTCTCCCAGGAGATCTTCGGGCCTCTGCTGACGGTGTACGTCTACCCTGATGACAAGTACAAAGAGACCCTGCGGCTGGTCGACAGCACTACCAGCTATGGCCTCACAGGGGCAGTGTTTGCCCAGGATAAGTGAGTCGCCACAGCCCCTCTGCTCTATTCCTGGTGTCCTGTCCCCCACAGGACCCTGCTGTCCCCGGAGACTGCTCCCTTGGACATGGATCCTAGTAATAATGCTGCCTTTGCTTTCTATCCATTGTCCTGAC[C/T]CGTGGGCAGGCCTCCCAAACACAGAC/71/emb|FP325361.1|/Sus scrofa chromosome 6 clone CH242-127K3, WORKING DRAFT SEQUENCE, 19 unordered pieces/296
B02403/AGGTGGACAAACTGACCCTGACGTCGAGGGCTTTCTACAATGA[C/T]GTGCTCGGGGAATACGAAGAGTACATTACGAAGCTTTTCAACTACCACAAGGTCCTGCCTATGAATACAGGTAACGTGTTTGCTTTTTGTGGTTGTCACTGTTAAATAGCCAGGGAAGTCTTAGGATTTCCGATCGTTTAAAACATTTTTAAAACCGGAGAAACGTTCTCTTTTGATAATAGGGGTGGAGGCTGGAGAGACTGCCTGCAAAATCGCTCGTAGATGGGGCTATACGGTGAAGGGTATCCCAAAATACAAAGCAAAGATCATTTTTGCAGGTATGTGAAATTCAGCATTAACTACTGTGCTTCTAACACACAGTATCACTTACCATGTGAATTTACCAATGAAATCTTCCTAATGTGCTTGCCTTATATGTGTGTTATTTGCCGTGTGTTTCATAAAAA/72/ref|NW_001885556.1|Ssc14_WGA1255_1 /Sus scrofa chromosome 14 genomic contig, reference assembly (based on Sscrofa5)/*80.5
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B02898/CAAACCTATACCATGTCATCAGAGACTGCACAAAAGCTGATCTGAAAAGTCTTCTCTGCCTCAGATGCAGATGAATTGTCATCCCGTGGAGGGTAGTCAGTTTCCTTCCTGCTCACAAGAAGATGGTGTGGCTCAGGGGATGGTAACGACAGCCCCCATTCATGAAGTGGCTAGCTGTTGTACCAGATATGTAGATAAGTTGCCTGGGCTTCTCGGGACATGTGACCAGGTGGCATCTGGGTTGCTCACCCAGGGCTTCTTGATTGTTGCAGAGGAGGCAGCACCGGGCAGAGGGGCCCTTGAGAGATGTCACCATCCTGTTAAGAAAGGGCTGGACCACAGCGCTGCAGAGGTGAGCTCTGTTCATTGGAGGTCTGGGGCTTGGCATCCCGCAAGTGCCCACAGTTCCCCTGGTGTGATGTTCTCTGGGAAGTAGGTAGAGGAGTGACGAGGG[C/T]GGCTTCGTCCTGGCCTTCTCTGGGGCCTTCAAGAACACACCTGGTTTCTATTTATGCCCTTGATTCTGAGAGCTCTTCCTCAAATGTTGGCAGCAGAACGTGTGA/89/emb|FP340185.1| /Sus scrofa chromosome 17 clone CH242-155O6, WORKING DRAFT SEQUENCE, 14 unordered pieces/*97.1
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B03114/GAGAACTCTAGAGTCTGACCGAGCTTCAGCTCTTGGGCAGAATATCTATTTCCCATTCCTTGGTGGCTGCGGGGTCA[A/G]GGATTGGAGGTGGGGCCCTTTACCTTTCTGACTTGGAGATTGCCCGGACTGCCCGGGGTCCGCACAACCAGCAGGGGGCGCAGATAAGTGTGCCAGAGACGGTGCGGGTCCAGTCGCCCCACCACCCTCCGAAGCCCGGCTTCGGGGAGGCTTCCGAGCCCCGGACCCTTGGGAAAGAGGTGGGAAAGAGAAGAGCAGAGCGTGAAAAGCACCCTCATTTCAACTCTACCCCGGGGGCTGTCATCCCTAAAAAGCCCCGGCTCCTCTTCCTAATGGCAGATTCCAGCATCAGAGGTTTCTAGGATAAATCCTAGACTCGGGAAAGTCTACCCAAGCCCATCCGGTATAGCCCAC/103/ヒットせず/ / 
B03171/CTGGGGCCTGCACTGCCCTTCTGCCCCATCCCCTGTATGTTGGGCAAGTCCTACCCGTTTCAGGCTGCTCTGAAGCCTGCGCTGACCCTGACAAGCAGAAACCAGCTCTCTCTTCTTTGTGCCGTCCCCGAAGTGTGTGCCACTGCCCCTGCCCTGTCACTCCCTGCACTGG[A/G]GGTCTTGCATGTCTGTGCTCCTATGAGGTGGAGAGCACATCTGACTTCCCTGTTCTTAGCCCGGGGCTGGCAGGTGACACAGCAGATGTTTAGAGGGCGAATGAGCGCCCCTGCTCCAGGAGGTAAGCTGCTGGTCTAGAGGAAGGTGCTTCTCGTTTCCCCGGGGACCCTCCAGCTCCGTCCCTCCTTCGGGGGGGCGGAGGTCCAGCGCAAGGCCCCCAGTGGCTGACCTTGCCTTTCTCCCTCCTTGGCAGCTGGGGTATGGCCGTCAATGTGTACTCCACATCCGTGACCAGCGAGAATCTGAGTCGCCATGACATGCTTGCGTGGGTCAAC/104/emb|CU915336.2| /Sus scrofa chromosome 3 clone CH242-300H20, WORKING DRAFT SEQUENCE, 5 unordered pieces/872
【０１１４】
また、トウキョウXに固定している対立遺伝子と、それら対立遺伝子の一般豚と鹿児島黒豚での頻度を表８〜１０に示す。
【０１１５】
[表８]
0005622141.tif 000014
【０１１６】
表９は表８の続きの表である。
[表９]
0005622141.tif 000015
【０１１７】
表１０は表９の続きの表である。
[表１０]
0005622141.tif 000016
【０１１８】
この104個は、維持豚で対立遺伝子が固定しているため、トウキョウXの銘柄豚トレーサビリティ・マーカーとして用いることが可能である。ちなみに、これら104個の遺伝子座のゲノム上での位置は全て判明していないが、仮に常染色体上にあると仮定して計算した場合、全ての遺伝子座でトウキョウXと同じ遺伝子型になる個体は、黒豚で3.37×10-10（100億頭に3.37頭）、一般豚で6.59×10-13（10兆頭に6.59頭）の存在確率となる（表２）。したがって、ほぼ完全なトウキョウXの品種判別システムである。
【０１１９】
これら単型のSNP遺伝子座のうち、黒豚と一般豚に特に多型性の高い遺伝子座を抽出し、PCR-PFLPの検査系とすることを試みた。抽出基準は黒豚と一般豚でMAFが共に0.1以上のものである。合計12 SNPsを抽出したが、トウキョウXにて固定している対立遺伝子を基準とした黒豚および一般豚での遺伝子頻度を表１１に示す。また、SNPを認識する制限酵素、および排除確率を共に示す。
【０１２０】
[表１１]
0005622141.tif 000017
【０１２１】
12 SNPsのうち、市販の制限酵素で認識される部位となっているものは9 SNPsであった。そこで、PCR-RFLP法による3％および4％のアガロースゲル電気泳動での検出系を作製した。各SNPsを含む領域の増幅に用いたプライマー配列、および制限酵素と反応温度を表１２に示す。
【０１２２】
[表１２]
0005622141.tif 000018
【０１２３】
プライマー配列は、事前に３２個体または２４個体を用いて、各SNPを含む約700 bpのゲノム配列を比較検討し、SNPや挿入欠失（Indel）、およびSINEやLINEなどの挿入配列を可能な限り避けるように設計した。各SNPのIDと、各プライマーセットを用いて増幅される配列を表１３に示す。増幅配列中の[ ]内に、トウキョウXの判別に用いた多型を示す。各項目を以下の順に、スラッシュで区切って記載する。
SNP_ID / PCR増幅配列 / トウキョウXの対立遺伝子 / トウキョウXのRFLP / トウキョウXに検出されないRFLP / 備考
【０１２４】
[表１３]
B00724 / GAAAGAGACAAGCTGTTGTTTGGTCAAGACAGTTGGCACTTTCTCCCCAAGGTCTGCCAGTTGCATCTACTTAAAGCCTCAACAGTACTTTCCAGACAACATAAACACGGGATAGCATACATGGGAAGTGACTTGGCCAAGGAGTCACTGATTAAAAGAGCATGTAACACGGGCTTCCCACCAGTYGGCTTGCCCTTATATGACAGTAGGAAC[A/G]TGTGTTCATGTGATGAGCTGAATACAAAACCTTT / A / 52bp, 8bp / 60bp / 
B01353 / CATCAGAAGCTGGAGATTGCTTATGCCATAAATAAGCCATTTCCCTTCTTTGAAGGACTCCGAGACAACAACTTCATCACCGATACACTATACAGGGTGAGTCACATTGATGGCTTTGCCRTGGCAGCCCCAGCCCACCAAGAATGCCTRACTATTAAGACAATG[C/T]CCCAGGCCTTCTAGAACTGGGAAGCCCAGGCTAACATAGCATCAGGGAAAAAAGGTGTCCAAGGGAGGTGACCTCAAACAAGATGGATTTTTAAAAAGAAAGGTGTTTATGCACAGTTCTGGAGGCCAGAAATATGRAATCAAGGTGTTGACAGGGTTGATTCCTTCTTGAGACTCTGAGGGACCATCCATTTGGTGACTTTCTCTGTCTCCTGGTGGTGCCAGGCATCCAATCCGAGTAATCTGGG / T / 210bp, 154bp / 364bp / 
B01667 / GGGTGTTTTGACCAGCTCATCCGTCATGCAGTGGTATTCCCGATATGCCTGGCACAGGCTACTTGTGCCTGAATGATTACCTGGGATAAAAGTCACTTCCCATGACTTAGCAATTTACGCACCATTAGGAGTTTCTTTGTTTTAAAATTTTCTTTTGTATGTAGCACTATTTTTCATCAAGTATGTGGGCTTGTTGGATGGCTC[A/G]TCCCCTCTTATTCTGAGCAGGAGAGTCTGGAAGGTCTTCTATGCTTCCAGCCCAAGGGCAGTCACAGAATGTGCCTGTACTTGAATTCATGAAAGTTGGCACTTAGAGTGCAATATATGTTTGTTAAGTTAATCAGAAGATTAATTATTGTTAGTAAGAAGATTAGCATTTGAACTCTGTGCMACTTAAATGGTRGTGTGACTTTGGACAATTCTCCTGA / G / 231bp, 194bp / 425bp / 
B01687 / TGTGCGAGGAAAGTCTAGGGACCATCTCCCTCAGCCTCCCCCACAGTTTTGTAGTAGATACTCCTCTGTCCCCAGAGAGCACRAGGTGAGGAYGACACATGACCACTGGGTGGGGCTGAACRCGGGTCGGCTTGACTCCAGGGCCACCCTTGGACCATCACTGTACAtaGTCACAYCGACACTGTCACCAGAATCCAGTCCCTTGTTCTGGCCACGGCTCCCACTGCCTCCAGTTACCAGAGCTGTGTGATCTGCCATCTTACTTACAAATTTYTATATAGACAACAAATGCACAAATATCCAATACATTTAACTGAAGAATGAAGTGAAGGTCTTAGTGGTTTCA[C/T]GTTGGACTTYGTTTATAGGAACTGTCTACTGCTACTTTGCTGCAAAAGAAAATGACTCCAGGCT / C / 310bp / 247bp, 63bp / 小文字のtaはInDel（ta/--)を示す。
B01880 / GCCACCTTGAGGGTGTTATTACAYGTATTGCTCACACACTACATGCTCTTAACCAGTAGAGARAATTGTCRTTTGTCATTTACGGAGCCCAGGCCTTGCCCTAGGTGCCTCATCTASGGGAGCCTTGGYAAAGCCTCGCCGTGASCCTGTGCTGTGGTGGGTGGTGTGCCCTCTGAGAGGAGAGGAAATGGGCACCAAAGGCCACGTGGTCAGGAGGC[A/G]GCRGTCAGGACACCGGGCCCTCCGCCTCGCCCTGGCTCTGGGTGGAAGGCTGGGAGGGTCTGTCTCCTCGGTGCTGCTGCCAGAGGCCCGGTGGGTATCCCCCCCACAGCTTGGTCCCCCGAGGTGGTGGAGCTGTGTAAGAAGTACCGGCAGCAGAC / A / 229bp, 50bp / 279bp / 
B02138 / TGAGCTTGTTTTCCTGTTTTACAAAAAGATTAAAGCTTATAAACTGTTCACAGTATAACATGAGATAACAATGTTTTTGATCTTCAGGTTTAACTTGCACAGAACAAAATTTTATTACAAAATCTGGTTATCATCAAGCTGCCTCAGAACACGGCCTTGTCGTCATTGCTCCAGATACCAGCCCTCGTAAGTCTTTTTTTATGAGATCTTTTGTGAAAATATAAGTCTTAAAGACTAAGGTCTAAGCGGCATAACATTTACACA[A/G]TTCATATTTTTGCTATTTATTAATCTTTGAAGCAACATCATGACTGTAAAATACCATGCTGTACTTCTTCCTCACTGAATTTTACTCATCACATCACTCG / A / 156bp, 79bp / 235bp / 
B02269 / TCAAGGTGAGGCCATCTTTCCCCCCTACAGAGASACCCCTCCCATAGTTCCCTGGTGCCCCTAGCCTTCCCTGGAGCGCGTCTCCCTAGCGGCCTTGGCTGTTGAGTCCGGGGCTGCTGGCTGACATGGTAGGGCAGTTCTGTCCACGGGCGGGGTCGGGGGCGAGGGCCCCTCTTCGTGTTGGGCTGGCTTGGGAGTTGCAGAGTGACCTGAGCCCCGTGCTGGCACTTGAGGACGGTACGCGAAGAGGGCGTGGGTTGAACGCCGCTTGCCCCTCAGGCAGCTGATCTCGGAATGACATTTGAGTTGGAAAGGGGTAGATCTTTCGAGAACACAGCTCTTCTTTGGGAAGGGAGCTAAATGTGACTGAGAAAGGGGATTTGCTCAAAGTTGAAGCCTTT[C/T]CAGTTTTCTTTTCCTGGACACTTTTCTCCGAGGTGGCCAAGCCTAGCTGATTGCTTGAGGCCCTTCCCGAGCTACCAGACTCACCTCGTTTGTACGCTTCYCTGAACAGAACCTCAGGGGAG / T / 524bp / 402bp, 122bp / 
B02344 / TATGAAGCCTGGGAATTTGCCAAGAGAGTACATGGAGATGCTGTCCCTGCTAATTCTTCTTCTGCTGCAGAGCACAGTCAGTGAGTCCACCTTGATCGCCTTGTTGGCAGCACGGAAGAACAAAATCCTGGAAATGAAAGCATCTGAGCCTGGGGCAGATGAGTCCTGCCTGAATGCCCGGCTCATCGCCTATGCCTCCGACCAGGTGAGTTGC[C/T]CAGCGCAGGTCGAACCTCCAGGCAGTGCTTGGCTTCTGGAGTCTTCATCTCTGAGTGATTTCCTTGTAGACCTGAGCCTCCTGGATTCAGGGCAGCTCAGGCCTTGGAGGTTGTCCAAGAACCATAGGGRACTTTAAGACTCAAATGTTAAATTTTTTCCCTTAGTCTGGCTTCAGCAGTTTCTGGGGCTTGCTCATGCCAGAACGTGGTGCTGACAGGtCTCTGTGGTCCTTTCAGGCCCACTCCTCAGTGGAAAAGGCTGGTCTGATTTCTCTGGTCAAGATGAAATTTCTGCCTGTGGATGACAACTTCTCGCTCCGGGGGGAAGCTCTTCAGAAAGCCATTGAGGAGGACA / C / 570bp / 356bp, 214bp / 小文字のtはInDel（t/-)を示す。
【０１２５】
なお、PCRは94℃30秒変性、57℃30秒アニーリング、72℃30秒の伸張反応を1サイクルとして、計40サイクルにて行った。増幅後、PCR産物6μlに対して、各制限酵素のバッファー1μlと制限酵素1μl、および滅菌水4μlを加えた計12μlにて約3時間の制限酵素消化を行った。なお、マーカーB00908のFokI切断は、別の箇所の常に切断される部位とトウキョウX判別のための多型部位が1 bpしか離れていなかったので、検出に用いることは出来なかった。これにより、制限酵素多型検出に用いたSNPsは8つとなった。
【０１２６】
図１は、アガロースゲルでの電気泳動像である。B00724のHsp92II消化断片は4％アガロースゲルにて、その他は3％アガロースゲルで電気泳動を行った。
１）B00724；  Hsp92IIによって、トウキョウXでは60 bpのDNA断片が消化され、52 bpと8 bpの2本となった。8 bpの断片は短いため写真に写っていない。
２）B01353；  BsmFIによって、トウキョウXでは364 bpのDNA断片が消化され、210 bpと154 bpの2本となった。
３）B01667；  BsmFIによって、トウキョウXでは425 bpのDNA断片が消化され、231 bpと194 bpの2本となった。
４）B01687；  Hsp92IIによって、トウキョウXでは310 bpのDNA断片は消化されなかった。
５）B01880；  BbvIによって、トウキョウXでは279 bpのDNA断片が消化され、229 bpと50 bpの2本となった。
６）B02138；  Tsp509Iによって、トウキョウXでは235 bpのDNA断片が消化され、156 bpと79 bpの2本となった。
７）B02269；  BsrSIによって、トウキョウXでは524 bpのDNA断片は消化されなかった。
８）B02344；  BlpIによって、トウキョウXでは570 bpのDNA断片は消化されなかった。
【０１２７】
これらの遺伝子座が全て常染色体上に存在すると仮定した場合の排除確率（トウキョウXで無いとする確率）を表１１に示す。8つの遺伝子座を併せると、理論値は黒豚で0.974、一般豚で0.981であった。また、実際のジェノタイピングの結果からは黒豚で461頭中9頭、一般豚で879頭中19頭がトウキョウXと同じ遺伝型を示した。市場豚肉は約2％程度がトウキョウX肉との判別が不可能という結果であるが、8つの遺伝子座に限定したPCR-RFLPでの簡易検査法としては、比較的高い判別率の分析系を構築することができた。
【０１２８】
従来法では、トウキョウXのような毛色多型のある品種を判別する方法は存在しなかった。本研究成果は、選択圧に中立と想定されるランダムなSNPsにより、トウキョウXの維持豚全頭で対立遺伝子が固定し、かつ、一般豚や黒豚では多型性の高いマーカーを104個開発した。また、PCR-RFLP法により、98％程度の判別率で一般豚や黒豚とトウキョウXを分ける簡易検査法を構築した。このように多数のSNPsを用いて維持豚全頭を検証した判別系はこれまで構築されたことは無かったため、今後の銘柄豚等のトレーサビリティ系の構築において模範的な先例となると考えられる。
【図１】
0005622141.tif 000022
【配列表】
0005622141000001.app