(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
アブラナ科植物の品種判別用の遺伝的多型マーカーセットであって、下記（１）〜（１３）のポリヌクレオチドからなるマーカーを含むことを特徴とする遺伝的多型マーカーセット。
（１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１のＤＮＡ配列において、１１番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜２
７３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２のＤＮＡ配列において、１１番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜２
８３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号３のＤＮＡ配列において、１７５〜１７６番目の変異塩基（ＣＴ）お
よび１８４番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０〜３６６の連続したＤＮＡ配列か
らなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号４のＤＮＡ配列において、１６５番目と１６６番目との間の変異塩基
（ＣＴ欠失）および１７３番目の変異塩基（Ｇ）含む１０〜３５３の連続した
ＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号５のＤＮＡ配列において、９０番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜１
４０の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号６のＤＮＡ配列において、９２番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜１
４５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号７のＤＮＡ配列において、９９番目と１００番目との間の変異塩基
（Ｃ欠失）および１００番目と１０１番目との間の変異塩基（Ａ欠失）を含む
１０〜３４９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号８のＤＮＡ配列において、１５９番目の変異塩基（Ｃ）および１６１
番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜４０６の連続したＤＮＡ配列からなるポリ
ヌクレオチド。
（５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号９のＤＮＡ配列において、９３番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０〜２
６３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１０のＤＮＡ配列において、１０８番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０
〜２３２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１１のＤＮＡ配列において、２６４番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０
〜３０２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１２のＤＮＡ配列において、３０１番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０
〜３３６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１３のＤＮＡ配列において、２５４〜２５５番目の変異塩基（ＣＴ）
を含む１０〜４３９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１４のＤＮＡ配列において、２６１〜２６２番目の変異塩基（ＴＣ）
を含む１０〜４６７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１５のＤＮＡ配列において、１９７番目の変異塩基（Ｔ）および２０
０番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜６１９の連続したＤＮＡ配列からなるポ
リヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１６のＤＮＡ配列において、２０８番目の変異塩基（Ａ）および２１
１番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜６２０の連続したＤＮＡ配列からなるポ
リヌクレオチド。
（９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１７のＤＮＡ配列において、２６３番目と２６４番目との間の変異塩
基（Ｃ欠失）、２６５番目の変異塩基（Ｔ）および２６７番目の変異塩基（Ｇ
）を含む１０〜５６７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１８のＤＮＡ配列において、２６５番目の変異塩基（Ｃ）、２６７番
目の変異塩基（Ａ）および２６９番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０〜５６３の
連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１９のＤＮＡ配列において、２９２番目の変異塩基（Ａ）を含む１
０〜３５２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２０のＤＮＡ配列において、２９２番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３５２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２１のＤＮＡ配列において、８９番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０
〜４０５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２２のＤＮＡ配列において、９０番目の変異塩基（Ａ）を含む１０
〜４０８の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２３のＤＮＡ配列において、２９０番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３２４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２４のＤＮＡ配列において、３００番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜３３５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２５のＤＮＡ配列において、２２６番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３２９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２６のＤＮＡ配列において、２１２番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜２９６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
【請求項２】
前記アブラナ科植物が、ダイコンであることを特徴とする請求項１記載の遺伝的多型マーカーセット。
【請求項３】
前記ダイコンが、下記表１に示す品種からなる群から選択される少なくとも一つであることを特徴とする請求項２記載の遺伝的多型マーカーセット。
【表１】
0005445400.tif 000013
【請求項４】
請求項１から３のいずれか一項に記載の遺伝的多型マーカーセットを検出するためのプローブセットであって、前記（１）〜（１３）のポリヌクレオチドにおける前記変異塩基を含むＤＮＡ配列またはその相補的配列を含むことを特徴とするプローブセット。
【請求項５】
前記ＤＮＡ配列を含むプローブが、下記（１）〜（１３）のプローブであることを特徴とする請求項４記載のプローブセット。
（１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号２７のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号２８のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号２９のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号３０のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３１のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号３２のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３３のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号３４のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３５のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号３６のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３７のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号３８のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３９のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号４０のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４１のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号４２のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４３のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号４４のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（１０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４５のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号４６のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（１１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４７のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号４８のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（１２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４９のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号５０のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（１３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号５１のＤＮＡ配列からなるプローブ。
（Ａ）配列番号５２のＤＮＡ配列からなるプローブ。
【請求項６】
請求項１から３のいずれか一項に記載の遺伝的多型マーカーセットを検出するための検出キットであって、請求項４または５記載のプローブセットを含むことを特徴とする検出キット。
【請求項７】
アブラナ科植物の品種を判定する品種判定方法であって、アブラナ科植物のゲノムにおける請求項１記載の遺伝的多型マーカーセットを用いて判定することを特徴とする品種判定方法。
【請求項８】
前記アブラナ科植物が、ダイコンであることを特徴とする請求項７記載の品種判定方法。
【請求項９】
前記ダイコンが、下記表１に示す９６品種であり、前記判定が、下記表２に示す判定表を用い、前記９６品種の中のどの品種に該当するかを判定することにより実施されることを特徴とする請求項８記載の品種判定方法。
【表１】
0005445400.tif 000014
【表２】
0005445400.tif 000015
【請求項１０】
アブラナ科植物の種子の純度を検定する種子純度検定方法であって、アブラナ科植物のゲノムにおける請求項１記載の遺伝的多型マーカーセットを用い、複数の種子における目的の品種の割合を求めることを特徴とする種子純度検定方法。
【請求項１１】
前記複数の種子における目的の品種の種子と他品種の種子の個数より、前記目的の品種の種子の割合を求める、請求項１０記載の種子純度検定方法。
【請求項１２】
前記複数の種子における目的のＦ１種子と親系統種子の個数より、前記目的のＦ１種子の割合を求める、請求項１０記載の種子純度検定方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、遺伝的多型マーカーセット、プローブセット、検出キットおよび品種判定方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
植物の品質管理上、例えば、種子について、品種および純度等の判定を行うことが重要視されている。しかしながら、従来、品種および純度等の判定は、実際に種子を栽培し、初期段階における形態的特性および栽培特性等の表現形を観察し、品種間の差異を確認するという方法がとられている。しかしながら、このように、表現形による判断には、育種家の熟練した判断力が必要であり、誰にでも容易に行えるものではない。また、栽培を必須とするため、判定結果を得るまでに、時間がかかるという問題がある。
【０００３】
そこで、近年、遺伝学的解析により、品種および純度の判定を行う方法が実用化されており、中でも、一塩基多型（ＳＮＰｓ）の解析による判定が試みられている（特許文献１）。しかしながら、アブラナ科植物については、Ｓ型遺伝子の同定方法についての技術が報告されているものの（特許文献２）、近縁品種間を識別するための有効なＳＮＰが明らかとなっておらず、遺伝学的解析によって、品種および純度等の判定を行うことが困難であった。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】特許第４３８９７８３号
【特許文献２】特許第４３４６９３３号
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
そこで、本発明は、遺伝学的解析によってアブラナ科植物の品種の判別を可能とする遺伝的多型マーカーセット、プローブセット、検出キットおよび品種判定方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本発明の遺伝的多型マーカーセットは、アブラナ科植物の品種判別用の遺伝的多型マーカーセットであって、下記（１）〜（１３）のポリヌクレオチドからなるマーカーを含むことを特徴とする。
（１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１のＤＮＡ配列において、１１番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜２
７３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２のＤＮＡ配列において、１１番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜２
８３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号３のＤＮＡ配列において、１７５〜１７６番目の変異塩基（ＣＴ）お
よび１８４番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０〜３６６の連続したＤＮＡ配列か
らなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号４のＤＮＡ配列において、１６５番目と１６６番目との間の変異塩基
（ＣＴ欠失）および１７３番目の変異塩基（Ｇ）含む１０〜３５３の連続した
ＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号５のＤＮＡ配列において、９０番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜１
４０の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号６のＤＮＡ配列において、９２番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜１
４５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号７のＤＮＡ配列において、９９番目と１００番目との間の変異塩基
（Ｃ欠失）および１００番目と１０１番目との間の変異塩基（Ａ欠失）を含む
１０〜３４９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号８のＤＮＡ配列において、１５９番目の変異塩基（Ｃ）および１６１
番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜４０６の連続したＤＮＡ配列からなるポリ
ヌクレオチド。
（５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号９のＤＮＡ配列において、９３番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０〜２
６３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１０のＤＮＡ配列において、１０８番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０
〜２３２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１１のＤＮＡ配列において、２６４番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０
〜３０２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１２のＤＮＡ配列において、３０１番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０
〜３３６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１３のＤＮＡ配列において、２５４〜２５５番目の変異塩基（ＣＴ）
を含む１０〜４３９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１４のＤＮＡ配列において、２６１〜２６２番目の変異塩基（ＴＣ）
を含む１０〜４６７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１５のＤＮＡ配列において、１９７番目の変異塩基（Ｔ）および２０
０番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜６１９の連続したＤＮＡ配列からなるポ
リヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１６のＤＮＡ配列において、２０８番目の変異塩基（Ａ）および２１
１番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜６２０の連続したＤＮＡ配列からなるポ
リヌクレオチド。
（９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１７のＤＮＡ配列において、２６３番目と２６４番目との間の変異塩
基（Ｃ欠失）、２６５番目の変異塩基（Ｔ）および２６７番目の変異塩基（Ｇ
）を含む１０〜５６７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１８のＤＮＡ配列において、２６５番目の変異塩基（Ｃ）、２６７番
目の変異塩基（Ａ）および２６９番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０〜５６３の
連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１９のＤＮＡ配列において、２９２番目の変異塩基（Ａ）を含む１
０〜３５２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２０のＤＮＡ配列において、２９２番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３５２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２１のＤＮＡ配列において、８９番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０
〜４０５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２２のＤＮＡ配列において、９０番目の変異塩基（Ａ）を含む１０
〜４０８の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２３のＤＮＡ配列において、２９０番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３２４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２４のＤＮＡ配列において、３００番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜３３５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２５のＤＮＡ配列において、２２６番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３２９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２６のＤＮＡ配列において、２１２番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜２９６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
【０００７】
本発明のプローブセットは、前記本発明の遺伝的多型マーカーセットを検出するためのプローブセットであって、前記（１）〜（１３）のポリヌクレオチドにおける前記変異塩基を含むＤＮＡ配列またはその相補的配列を含むことを特徴とする。
【０００８】
本発明の検出キットは、前記本発明の遺伝的多型マーカーセットを検出するための検出キットであって、前記本発明のプローブセットを含むことを特徴とする。
【０００９】
本発明の品種判定方法は、アブラナ科植物の品種を判定する品種判定方法であって、アブラナ科植物のゲノムにおける前記本発明の遺伝的多型マーカーセットを用いて判定することを特徴とする。
【発明の効果】
【００１０】
本発明者らは、鋭意研究の結果、アブラナ科植物の品種を判別可能なＳＮＰを含む複数種類のポリヌクレオチドを明らかにし、これに基づいて本発明を完成するに到った。本発明によれば、アブラナ科植物の被検体について、これらのポリヌクレオチドを遺伝学的マーカーセットとして、遺伝学的解析方法で検出することにより、迅速かつ簡便に、優れた信頼性で、前記被検体の品種を判別することが可能となった。また、これによって、種子の純度検定等も、迅速かつ簡便に優れた信頼性で行うことができる。このため、本発明は、例えば、種苗等の流通における品質表示ならびに品質の確認において、極めて有用な技術といえる。
【図面の簡単な説明】
【００１１】
【図１】図１は、本発明の実施例における種子純度検定結果の一例を示す写真である。
【図２】図２は、本発明の実施例における種子純度検定結果のその他の例を示す写真である。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
＜ポリヌクレオチド＞
本発明のポリヌクレオチドは、前述のように、下記（１）〜（１３）のポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも一つを含むことを特徴とする。
（１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１のＤＮＡ配列において、１１番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜２
７３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２のＤＮＡ配列において、１１番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜２
８３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号３のＤＮＡ配列において、１７５〜１７６番目の変異塩基（ＣＴ）お
よび１８４番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０〜３６６の連続したＤＮＡ配列か
らなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号４のＤＮＡ配列において、１６５番目と１６６番目との間の変異塩基
（ＣＴ欠失）および１７３番目の変異塩基（Ｇ）含む１０〜３５３の連続した
ＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号５のＤＮＡ配列において、９０番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜１
４０の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号６のＤＮＡ配列において、９２番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜１
４５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号７のＤＮＡ配列において、９９番目と１００番目との間の変異塩基
（Ｃ欠失）および１００番目と１０１番目との間の変異塩基（Ａ欠失）を含む
１０〜３４９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号８のＤＮＡ配列において、１５９番目の変異塩基（Ｃ）および１６１
番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜４０６の連続したＤＮＡ配列からなるポリ
ヌクレオチド。
（５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号９のＤＮＡ配列において、９３番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０〜２
６３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１０のＤＮＡ配列において、１０８番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０
〜２３２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１１のＤＮＡ配列において、２６４番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０
〜３０２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１２のＤＮＡ配列において、３０１番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０
〜３３６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１３のＤＮＡ配列において、２５４〜２５５番目の変異塩基（ＣＴ）
を含む１０〜４３９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１４のＤＮＡ配列において、２６１〜２６２番目の変異塩基（ＴＣ）
を含む１０〜４６７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１５のＤＮＡ配列において、１９７番目の変異塩基（Ｔ）および２０
０番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０〜６１９の連続したＤＮＡ配列からなるポ
リヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１６のＤＮＡ配列において、２０８番目の変異塩基（Ａ）および２１
１番目の変異塩基（Ａ）を含む１０〜６２０の連続したＤＮＡ配列からなるポ
リヌクレオチド。
（９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１７のＤＮＡ配列において、２６３番目と２６４番目との間の変異塩
基（Ｃ欠失）、２６５番目の変異塩基（Ｔ）および２６７番目の変異塩基（Ｇ
）を含む１０〜５６７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１８のＤＮＡ配列において、２６５番目の変異塩基（Ｃ）、２６７番
目の変異塩基（Ａ）および２６９番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０〜５６３
の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１９のＤＮＡ配列において、２９２番目の変異塩基（Ａ）を含む１
０〜３５２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２０のＤＮＡ配列において、２９２番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３５２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２１のＤＮＡ配列において、８９番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０
〜４０５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２２のＤＮＡ配列において、９０番目の変異塩基（Ａ）を含む１０
〜４０８の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２３のＤＮＡ配列において、２９０番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３２４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２４のＤＮＡ配列において、３００番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜３３５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号２５のＤＮＡ配列において、２２６番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３２９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号２６のＤＮＡ配列において、２１２番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜２９６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
【００１３】
また、本発明のポリヌクレオチドは、この他に、下記（１４）〜（２３）のポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも一つを含むことを特徴とする。
（１４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号５３のＤＮＡ配列において、６０番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０
〜３４４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号５４のＤＮＡ配列において、５６番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０
〜３４４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号５５のＤＮＡ配列において、１３１番目と１３２番目との間の変異
塩基（ＣＡＧ欠失）を含む１０〜４０１の連続したＤＮＡ配列からなるポリ
ヌクレオチド。
（Ａ）配列番号５６のＤＮＡ配列において、１３３〜１３５番目の変異塩基（ＣＡ
Ｇ）を含む１０〜４１４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号５７のＤＮＡ配列において、７９番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０
〜５３４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号５８のＤＮＡ配列において、７５番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０
〜５３１の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号５９のＤＮＡ配列において、７２番目の変異塩基（Ｔ）を含む１０
〜３６３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号６０のＤＮＡ配列において、７２番目の変異塩基（Ｇ）を含む１０
〜３５０の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号６１のＤＮＡ配列において、１７６番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３１３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号６２のＤＮＡ配列において、１７５番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３１２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（１９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号６３のＤＮＡ配列において、１９６番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３１６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号６４のＤＮＡ配列において、１７６番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３０２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号６５のＤＮＡ配列において、２４１番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３５０の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号６６のＤＮＡ配列において、２４３番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜３５２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号６７のＤＮＡ配列において、５３番目の変異塩基（Ｃ）を含む１０
〜６０３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号６８のＤＮＡ配列において、８６番目の変異塩基（Ａ）を含む１０
〜６３３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号６９のＤＮＡ配列において、１９３番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜２４９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号７０のＤＮＡ配列において、１７２番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜２３９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号７１のＤＮＡ配列において、１５６番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜３５２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号７２のＤＮＡ配列において、２２７番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜４２２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
【００１４】
また、本発明のポリヌクレオチドは、この他に、下記（２４）〜（５１）のポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも一つを含むことを特徴とする。
（２４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号７３のＤＮＡ配列において、１００番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜３７６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号７４のＤＮＡ配列において、１１９番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３７６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号７５のＤＮＡ配列において、３４８番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３５８の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号７６のＤＮＡ配列において、３３３番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜３４２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号７７のＤＮＡ配列において、１６３〜１６５番目の変異塩基（ＡＴ
Ｇ）を含む１０〜５１０の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号７８のＤＮＡ配列において、１３４番目と１３５番目との間の変異
塩基（ＡＴＧ欠失）を含む１０〜４８３の連続したＤＮＡ配列からなるポリ
ヌクレオチド。
（２７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号７９のＤＮＡ配列において、２７３番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜４６８の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号８０のＤＮＡ配列において、２６８番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜４６５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号８１のＤＮＡ配列において、２７８番目の変異塩基（Ａ）を含む１
０〜４２９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号８２のＤＮＡ配列において、４８８番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜６４２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（２９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号８３のＤＮＡ配列において、３２１番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３３２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号８４のＤＮＡ配列において、３２０番目の変異塩基（Ａ）を含む１
０〜３３２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号８５のＤＮＡ配列において、３７５〜３７６番目の変異塩基（ＣＴ
）を含む１０〜４３６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号８６のＤＮＡ配列において、３７３〜３７４番目の変異塩基（ＴＣ
）を含む１０〜４３５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号８７のＤＮＡ配列において、１５２番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３３３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号８８のＤＮＡ配列において、１４８番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３２７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号８９のＤＮＡ配列において、２２５番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３５９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号９０のＤＮＡ配列において、２２７番目の変異塩基（Ａ）を含む１
０〜３６１の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号９１のＤＮＡ配列において、２８５番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３８３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号９２のＤＮＡ配列において、２７１番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３８２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号９３のＤＮＡ配列において、１２４番目の変異塩基（Ａ）を含む１
０〜２４７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号９４のＤＮＡ配列において、１２５番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜２５１の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号９５のＤＮＡ配列において、１２１番目の変異塩基（Ａ）を含む１
０〜３１９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号９６のＤＮＡ配列において、１２０番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３５８の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号９７のＤＮＡ配列において、３２１番目の変異塩基（Ａ）を含む１
０〜３６７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号９８のＤＮＡ配列において、３３５番目の変異塩基（Ｇ）を含む１
０〜３８２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号９９のＤＮＡ配列において、９０番目の変異塩基（Ａ）を含む１０
〜２８４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１００のＤＮＡ配列において、１１６番目の変異塩基（Ｇ）を含む
１０〜３１８の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１０１のＤＮＡ配列において、２３４番目の変異塩基（Ｇ）を含む
１０〜３８４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１０２のＤＮＡ配列において、２２７番目の変異塩基（Ｔ）を含む
１０〜３７６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（３９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１０３のＤＮＡ配列において、２８４番目の変異塩基（Ｃ）を含む
１０〜５１６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１０４のＤＮＡ配列において、３０２番目の変異塩基（Ａ）を含む
１０〜５３１の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１０５のＤＮＡ配列において、１２２番目の変異塩基（Ｇ）を含む
１０〜３８５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１０６のＤＮＡ配列において、１２２番目の変異塩基（Ａ）を含む
１０〜３８５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１０７のＤＮＡ配列において、１０７番目の変異塩基（Ｃ）を含む
１０〜２８０の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１０８のＤＮＡ配列において、１０８番目の変異塩基（Ａ）を含む
１０〜２８３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１０９のＤＮＡ配列において、４１番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜２６２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１１０のＤＮＡ配列において、４１番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜２６４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１１１のＤＮＡ配列において、２３６番目の変異塩基（Ｇ）を含む
１０〜３２０の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１１２のＤＮＡ配列において、２３１番目の変異塩基（Ｔ）を含む
１０〜３０５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１１３のＤＮＡ配列において、１５３番目の変異塩基（Ｇ）を含む
１０〜２８３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１１４のＤＮＡ配列において、１７４番目の変異塩基（Ａ）を含む
１０〜２８７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１１５のＤＮＡ配列において、６３番目の変異塩基（Ｃ）を含む１
０〜３３６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１１６のＤＮＡ配列において、６３番目の変異塩基（Ｔ）を含む１
０〜３３３の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１１７のＤＮＡ配列において、２５８番目の変異塩基（Ａ）を含む
１０〜４５２の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１１８のＤＮＡ配列において、２７１番目の変異塩基（Ｔ）を含む
１０〜４６５の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１１９のＤＮＡ配列において、２２６番目と２２７番目との間の変
異塩基（Ｔ欠失）を含む１０〜２７４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌ
クレオチド。
（Ａ）配列番号１２０のＤＮＡ配列において、２５１番目の変異塩基（Ｔ）を含む
１０〜３０９の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１２１のＤＮＡ配列において、３４０番目の変異塩基（Ａ）
を含む１０〜６２７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１２２のＤＮＡ配列において、３５８番目の変異塩基（Ｔ）を含む
１０〜５１４の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（４９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１２３のＤＮＡ配列において、１０７番目の変異塩基（Ｃ）を含む
１０〜２６０の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１２４のＤＮＡ配列において、１０４番目の変異塩基（Ｔ）を含む
１０〜２５７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（５０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１２５のＤＮＡ配列において、３４２番目の変異塩基（Ａ）を含む
１０〜６２７の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１２６のＤＮＡ配列において、３２３番目の変異塩基（Ｇ）を含む
１０〜６０６の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（５１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のポリヌクレオチド。
（Ｓ）配列番号１２７のＤＮＡ配列において、１８６番目の変異塩基（Ａ）を含む
１０〜２５０の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
（Ａ）配列番号１２８のＤＮＡ配列において、１５５番目の変異塩基（Ｔ）を含む
１０〜２２１の連続したＤＮＡ配列からなるポリヌクレオチド。
【００１５】
以下、本発明において、前記（Ｓ）のポリヌクレオチドは、（Ｓ）型ポリヌクレオチドといい、前記（Ａ）のポリヌクレオチドは、（Ａ）型ポリヌクレオチドという。二倍体のアブラナ科植物は、所定の遺伝子座について、ホモ型およびヘテロ型に分類できるため、前記（１）〜（５１）のポリヌクレオチドについては、例えば、（Ｓ）型ポリヌクレオチドのホモ型、（Ａ）型ポリヌクレオチドのホモ型、（Ｓ）型ポリヌクレオチドと（Ａ）型ポリヌクレオチドとを有するヘテロ型が存在するといえる。また、前記（１）〜（５１）の各ポリヌクレオチドについて、前記（Ｓ）型ポリヌクレオチドと前記（Ａ）型ポリヌクレオチドとの組み合せを、ポリヌクレオチドセットいう。具体的には、例えば、前記（１）の前記（Ｓ）型ポリヌクレオチドと前記（Ａ）型ポリヌクレオチドとの組み合せを、前記（１）のポリヌクレオチドセットいい、他の（２）〜（５１）についても同様である。以下、本発明のポリヌクレオチドを、表１および２に示す名で表わすこともある。
【００１６】
本発明において、前記変異塩基は、各ポリヌクレオチドのＤＮＡ配列において、前記ポリヌクレオチドセットの（Ｓ）型ポリヌクレオチドと（Ａ）型ポリヌクレオチドとの間で、品種判別に関与する対比関係にある塩基を意味する。前記変異塩基は、各ポリヌクレオチドにおいて、置換、欠失、挿入、付加した塩基であり、以下、各塩基を、一塩基多型（ＳＮＰ）ともいう。
【００１７】
本発明者らは、Ｍｉｃｈｉｇａｎ州立大学で公開されている二十日ダイコンのＥＳＴ情報に基づき、複数のプライマーセットを構築し、サヤダイコンと青首ダイコンとについて、それぞれ核酸増幅を行い、同じプライマーセットによって増幅される配列間を比較して、両者間で塩基が異なるＳＮＰ候補を探索した。そして、これらのＳＮＰ候補について、さらなる検討を重ねた結果、アブラナ科植物を判別可能なＳＮＰを有するポリヌクレオチドを決定するに到った。つまり、アブラナ科植物について、サヤダイコンと青首ダイコンとの間における所定のＳＮＰが、いずれのタイプであるかを検出することによって、品種を判別することを可能としたのである。これらのポリヌクレオチドが、前記（１）〜（５１）のポリヌクレオチドである。前記（１）〜（５１）のポリヌクレオチドにおいて、前記（Ｓ）型ポリヌクレオチドは、サヤダイコンに由来する配列のポリヌクレオチドであり、前記（Ａ）型ポリヌクレオチドは、青首ダイコンに由来する配列のポリヌクレオチドである。本発明においては、前記（１）〜（５１）のポリヌクレオチドを、後述するように、遺伝的多型マーカーセットとして使用することによって、アブラナ科植物の品種の判別が可能となった。なお、判別の方法については、本発明の品種判定方法において、詳細に説明する。
【００１８】
本発明のポリヌクレオチドは、例えば、前記（１）〜（５１）のいずれかのポリヌクレオチドに対する相補的配列からなるポリヌクレオチドであってもよい。また、本発明のポリヌクレオチドは、例えば、前記（１）〜（５１）のいずれかのポリヌクレオチドにおいて、チミンがウラシルに置換されたＲＮＡ配列からなるポリヌクレオチドであってもよい。
【００１９】
本発明のポリヌクレオチドの全長は、特に制限されないが、例えば、１０〜５００塩基長であり、好ましくは１０〜３００塩基長、より好ましくは１０〜２００塩基長、さらに好ましくは１０〜３０塩基長、特に好ましくは１５〜２５塩基長であり、最も好ましくは１７塩基長である。
【００２０】
本発明のポリヌクレオチドとしては、例えば、配列番号１〜１２８に示すＤＮＡ配列があげられ、中でも、配列番号１〜２６に示すＤＮＡ配列および配列番号２７〜７２に示すＤＮＡ配列が好ましく、より好ましくは、配列番号１〜２６に示すＤＮＡ配列である。また、本発明のポリヌクレオチドとしては、例えば、配列番号１〜１２８に示すＤＮＡ配列における前記変異塩基を含む部分配列でもよく、例えば、下記表１および表２に示す１７塩基長の配列または前記１７塩基長を含む配列が例示できる。下記表１および表２の塩基配列において、下線部および＊印は、前記変異塩基であり、＊印は、欠失を示す。なお、本発明において、両表に示すポリヌクレオチドは、例示であって、これには制限されない。
【００２１】
【表１】
0005445400.tif 000002
【表２】
0005445400.tif 000003
【００２２】
＜遺伝的多型マーカーセット＞
本発明の遺伝的多型マーカーセットは、前述のように、アブラナ科植物の品種判別用の遺伝的多型マーカーセットであって、前記（１）〜（１３）のポリヌクレオチドからなるマーカーを含むことを特徴とする。
【００２３】
本発明の遺伝的多型マーカーセットにより品種判別可能なアブラナ科植物は、特に制限されず、例えば、ダイコン、ハクサイ、キャベツ、タカナ、カラシナ、カブ、ブロッコリ、カリフラワー、クレソン、アブラナ（ナタネ）、コマツナ、チンゲンサイ、シロナ、パクチョイ、カイラン、メキャベツ、コールラビ、ルタバガ、ハツカダイコン等があげられるが、中でも、本発明の遺伝的多型マーカーは、例えば、ダイコンの品種判別用に適している。
【００２４】
本発明の遺伝的多型マーカーにより、例えば、ダイコンの品種を判別する場合、判別可能なダイコンの種類は、特に制限されず、様々なダイコンが判別可能である。下記表３に、判別可能なダイコンの品種を例示するが、本発明は、これには制限されない。
【表３】
0005445400.tif 000004
【００２５】
前記表３に示す各種ダイコン（Ｒａｐｈａｎｕｓ ｓａｔｉｖｕｓ Ｌ．）のうち、品種番号１〜３２、５４〜５６は、例えば、タキイ種苗株式会社から、品種番号３３〜４１は、株式会社サカタのタネから、品種番号４２は、カネコ種苗株式会社から、品種番号４３〜４９は、みかど協和株式会社から、品種番号５０は、株式会社トーホクから、品種番号５１、５２は、株式会社渡辺採種場から、品種番号５３は、有限会社松下種苗店から、品種番号５７〜７２は、Ｔｈｏｍｐｓｏｎ＆Ｍｏｒｇａｎより、それぞれ入手できる。また、品種番号７３〜９４は、農業生物資源ジーンバング（http://www.gene.affrc.go.jp/index_j.php）に登録されており、入手可能である。
【００２６】
本発明の遺伝的多型マーカーセットにおいて、含まれる各マーカーを遺伝的多型マーカーという。また、以下、本発明の遺伝的多型マーカーセットにおいて、前記（Ｓ）型ポリヌクレオチドからなるマーカーを、（Ｓ）型マーカーまたは（Ｓ）型といい、前記（Ａ）型ポリヌクレオチドからなるマーカーを、（Ａ）型マーカーまたは（Ａ）型という。二倍体のアブラナ科植物は、所定の遺伝子座について、ホモ型およびヘテロ型に分類できるため、前記（１）〜（５１）のマーカーについては、例えば、（Ｓ）型マーカーのホモ型、（Ａ）型マーカーのホモ型、（Ｓ）型マーカーと（Ａ）型マーカーとを有するヘテロ型が存在するといえる。
【００２７】
本発明の遺伝的多型マーカーセットは、前述のように、前記（１）〜（１３）のポリヌクレオチドからなるマーカーを含んでいればよく、その他の構成は、何ら制限されない。本発明の遺伝的多型マーカーセットは、例えば、さらに、前記（１４）〜（２３）のポリヌクレオチドからなるマーカーを含んでもよく、また、前記（２４）〜（５１）のポリヌクレオチドからなるマーカーを含んでもよい。以下、本発明において、前記（１）〜（５１）のポリヌクレオチドからなるマーカーは、それぞれ、（１）〜（５１）のマーカーともいう。以下、各マーカーを、前記表１および２に示す名で表わすこともある。
【００２８】
本発明において、前記（１）〜（５１）のマーカーは、例えば、それぞれ、前記（Ｓ）型マーカーおよび前記（Ａ）型マーカーのいずれでもよいが、好ましくは、それぞれ、前記（Ｓ）型マーカーおよび前記（Ａ）型マーカーの両方を含むことが好ましい。前記（１）〜（５１）のマーカーについて、それぞれ、前記（Ｓ）型マーカーと前記（Ａ）型マーカーとを、（Ｓ）型と（Ａ）型のマーカーペアともいう。具体例としては、前記（１）のマーカーが、前記（Ｓ）型マーカーと前記（Ａ）型マーカーとを含む場合、前記（１）のマーカーは、前記（１）のマーカーペアともいい、他の（２）〜（５１）についても同様である。本発明の遺伝的多型マーカーセットは、例えば、前記（１）〜（１３）のマーカーとして、前記（１）〜（１３）のマーカーペアを含むことが好ましく、さらに、前記（１４）〜（２３）のマーカーペアおよび／または前記（２４）〜（５１）のマーカーペアを含んでもよい。
【００２９】
本発明における遺伝的多型マーカーとしては、例えば、配列番号１〜１２８に示すＤＮＡ配列があげられ、中でも、配列番号１〜２６に示すＤＮＡ配列および配列番号２７〜７２に示すＤＮＡ配列が好ましく、より好ましくは、配列番号１〜２６に示すＤＮＡ配列である。また、本発明のポリヌクレオチドとしては、例えば、配列番号１〜１２８に示すＤＮＡ配列における前記変異塩基を含む部分配列でもよく、例えば、前記表１および表２に示す１７塩基長の配列または前記１７塩基長を含む配列が例示できる。本発明において、両表に示す遺伝的多型マーカーは、例示であって、これには制限されない。
【００３０】
＜プローブ＞
本発明のプローブセットは、前述のように、前記本発明の遺伝的多型マーカーセットを検出するためのプローブセットであって、前記（１）〜（１３）のポリヌクレオチドにおける前記変異塩基を含むＤＮＡ配列またはその相補的配列を含むことを特徴とする。本発明のプローブセットは、本発明の遺伝的多型マーカーセットを検出できればよく、その他の条件は、何ら制限されない。
【００３１】
本発明のプローブセットにおいて、前記ＤＮＡ配列を含むプローブは、例えば、下記（１）〜（１３）のプローブからなる群から選択された少なくとも一つである。
（１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号２７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号２７のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１）（Ｓ）のポリヌクレオチドにハイ
ブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号２８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号２８のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１）（Ａ）のポリヌクレオチドにハイ
ブリダイズ可能なプローブ。
（２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号２９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号２９のＤＮＡ
配列において、７番目〜８番目の塩基および１６番目の塩基以外の１〜数個の
塩基が置換、欠失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２）（
Ｓ）のポリヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号３０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３０のＤＮＡ
配列において、８番目と９番目との間の変異（ＣＴ欠失）および１６番目の塩
基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、
かつ、前記（２）（Ａ）のポリヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ
。
（３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３１のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３）（Ｓ）のポリヌクレオチドにハイ
ブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号３２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３２のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３）（Ａ）のポリヌクレオチドにハイ
ブリダイズ可能なプローブ。
（４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３３のＤＮＡ
配列において、８番目と９番目との間の変異（Ｃ欠失）および９番目と１０番
目との間の変異（Ａ欠失）以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加し
たＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４）（Ｓ）のポリヌクレオチドにハイブ
リダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号３４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３４のＤＮＡ
配列において、９番目および１１番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠
失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４）（Ａ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３５のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３５のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（５）（Ｓ）のポリヌクレオチドにハイ
ブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号３６のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３６のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（５）（Ａ）のポリヌクレオチドにハイ
ブリダイズ可能なプローブ。
（６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３７のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（６）（Ｓ）のポリヌクレオチドにハイ
ブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号３８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３８のＤＮＡ
配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加
したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（６）（Ａ）のポリヌクレオチドにハイ
ブリダイズ可能なプローブ。
（７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号３９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号３９のＤＮＡ
配列において、９番目および１０番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠
失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（７）（Ｓ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号４０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４０のＤＮＡ
配列において、９番目および１０番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠
失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（７）（Ａ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４１のＤＮＡ
配列において、８番目および１１番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠
失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（８）（Ｓ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号４２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４２のＤＮＡ
配列において、８番目および１１番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠
失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（８）（Ａ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４３のＤＮＡ
配列において、７番目と８番目との間の変異（Ｃ欠失）、９番目および１１番
目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加したＤＮＡ配列から
なり、かつ、前記（９）（Ｓ）のポリヌクレオチドにハイブリダイズ
可能なプローブ。
（Ａ）配列番号４４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４４のＤＮＡ
配列において、７番目、９番目および１１番目の塩基以外の１〜数個の塩基が
置換、欠失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（９）（Ａ）の
ポリヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４５のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４５のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１０）（Ｓ）のポリヌクレオチ
ドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号４６のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４６のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１０）（Ａ）のポリヌクレオチ
ドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４７のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１１）（Ｓ）のポリヌクレオチ
ドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号４８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４８のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１１）（Ａ）のポリヌクレオチ
ドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号４９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号４９のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１２）（Ｓ）のポリヌクレオチ
ドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号５０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号５０のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１２）（Ａ）のポリヌクレオチ
ドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号５１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号５１のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１３）（Ｓ）のポリヌクレオチ
ドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号５２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号５２のＤＮ
Ａ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、
付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１３）（Ａ）のポリヌクレオチ
ドにハイブリダイズ可能なプローブ。
【００３２】
本発明のプローブセットは、この他に、さらに、前記（１４）〜（２３）のポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも一つのポリヌクレオチドにおける前記変異塩基を含むＤＮＡ配列またはその相補的配列を含んでもよい。前記ＤＮＡ配列を含むプローブは、例えば、下記（１４）〜（２３）のプローブからなる群から選択された少なくとも一つである。
（１４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１２９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１２９の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１４）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１３０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１３０の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１４）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１３１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１３１の
ＤＮＡ配列において、６番目と７番目との間の変異（ＣＡＧ欠失）以外の１
〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前
記（１５）（Ｓ）のポリヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１３２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１３２の
ＤＮＡ配列において、５〜７番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失
、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１５）（Ａ）のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１３３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１３３の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１６）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１３４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１３４の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１６）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１３５のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１３５の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１７）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１３６のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１３６の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１７）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１３７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１３７の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１８）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１３８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１３８の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１８）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（１９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１３９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１３９の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１９）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１４０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１４０の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（１９）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（２０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１４１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１４１の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２０）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１４２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１４２の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２０）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（２１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１４３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１４３の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２１）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１４４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１４４の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２１）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（２２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１４５のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１４５の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２２）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１４６のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１４６の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２２）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（２３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１４７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１４７の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２３）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１４８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１４８の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２３）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
【００３３】
本発明のプローブは、この他に、さらに、前記（２４）〜（５１）のポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも一つのポリヌクレオチドにおける前記変異塩基を含むＤＮＡ配列またはその相補的配列を含んでもよい。前記ＤＮＡ配列を含むプローブは、例えば、下記（２４）〜（５１）のプローブからなる群から選択された少なくとも一つである。
（２４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１４９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１４９の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２４）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１５０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１５０の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２４）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（２５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１５１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１５１の
ＤＮＡ配列において、１０番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、
挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２５）（Ｓ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１５２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１５２の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２５）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（２６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１５３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１５３の
ＤＮＡ配列において、８〜１０番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠
失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２６）（Ｓ）のポリ
ヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１５４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１５４の
ＤＮＡ配列において、８番目と９番目との間の変異（ＡＴＧ欠失）以外の１
〜数個の塩基が置換、欠失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前
記（２６）（Ａ）のポリヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（２７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１５５のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１５５の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２７）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１５６のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１５６の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２７）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（２８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１５７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１５７の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２８）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１５８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１５８の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２８）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（２９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１５９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１５９の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２９）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１６０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１６０の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（２９）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（３０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１６１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１６１の
ＤＮＡ配列において、８〜９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失
、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３０）（Ｓ）のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１６２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１６２の
ＤＮＡ配列において、８〜９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失
、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３０）（Ａ）のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（３１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１６３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１６３の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３１）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１６４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１６４の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３１）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（３２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１６５のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１６５の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３２）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１６６のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１６６の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３２）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（３３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１６７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１６７の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３３）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１６８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１６８の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３３）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（３４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１６９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１６９の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３４）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１７０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１７０の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３４）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（３５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１７１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１７１の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３５）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１７２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１７２の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３５）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（３６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１７３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１７３の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３６）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１７４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１７４の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３６）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（３７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１７５のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１７５の
ＤＮＡ配列において、１０番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、
挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３７）（Ｓ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１７６のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１７６の
ＤＮＡ配列において、１０番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、
挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３７）（Ａ）のポリヌク
レオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（３８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１７７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１７７の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３８）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１７８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１７８の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３８）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（３９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１７９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１７９の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３９）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１８０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１８０の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（３９）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（４０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１８１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１８１の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４０）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１８２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１８２の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４０）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（４１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１８３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１８３の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４１）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１８４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１８４の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４１）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（４２）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１８５のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１８５の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４２）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１８６のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１８６の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４２）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（４３）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１８７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１８７の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４３）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１８８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１８８の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４３）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（４４）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１８９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１８９の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４４）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１９０のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１９０の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４４）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（４５）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１９１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１９１の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４５）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１９２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１９２の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４５）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（４６）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１９３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１９３の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４６）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１９４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１９４の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４６）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（４７）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１９５のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１９５の
ＤＮＡ配列において、８番目と９番目との間の変異（Ｔ欠失）以外の１〜数
個の塩基が置換、欠失、挿入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（
４７）（Ｓ）のポリヌクレオチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１９６のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１９６の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４７）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（４８）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１９７のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１９７の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４８）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号１９８のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１９８の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４８）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（４９）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号１９９のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号１９９の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４９）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号２００のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号２００の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（４９）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（５０）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号２０１のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号２０１の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（５０）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号２０２のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号２０２の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（５０）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（５１）  下記（Ｓ）または（Ａ）のプローブ。
（Ｓ）配列番号２０３のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号２０３の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（５１）（Ｓ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
（Ａ）配列番号２０４のＤＮＡ配列からなるプローブ、または、配列番号２０４の
ＤＮＡ配列において、９番目の塩基以外の１〜数個の塩基が置換、欠失、挿
入、付加したＤＮＡ配列からなり、かつ、前記（５１）（Ａ）のポリヌクレ
オチドにハイブリダイズ可能なプローブ。
【００３４】
以下、本発明において、前記（Ｓ）のプローブは、前記（Ｓ）型ポリヌクレオチドまたは前記（Ｓ）型マーカーを検出するための（Ｓ）型用プローブともいい、前記（Ａ）のプローブは、前記（Ａ）型ポリヌクレオチドまたは（Ａ）型マーカーを検出するための（Ａ）型用プローブともいう。
【００３５】
本発明において、前記（１）〜（５１）のプローブは、例えば、それぞれ、前記（Ｓ）型用プローブおよび前記（Ａ）型用プローブのいずれでもよいが、好ましくは、それぞれ、前記（Ｓ）型用プローブおよび前記（Ａ）型用プローブの両方を含むことが好ましい。前記（１）〜（５１）のプローブについて、それぞれ、前記（Ｓ）型用プローブと前記（Ａ）型用プローブとを、（Ｓ）型用と（Ａ）型用のプローブペアともいう。具体例としては、前記（１）のプローブが、前記（Ｓ）型用プローブと前記（Ａ）型用プローブとを含む場合、前記（１）のプローブは、前記（１）のプローブペアともいい、他の（２）〜（５１）についても同様である。本発明のプローブセットは、例えば、前記（１）〜（１３）のプローブとして、前記（１）〜（１３）のプローブペアを含むことが好ましく、さらに、前記（１４）〜（２３）のプローブペアおよび／または前記（２４）〜（５１）のプローブペアを含んでもよい。
【００３６】
本発明におけるプローブは、例えば、アンチセンス鎖にハイブリダイズ可能なプローブでもよいし、センス鎖にハイブリダイズ可能なプローブでもよい。前記（１）〜（５１）のプローブは、アンチセンス鎖にハイブリダイズ可能なプローブである。本発明のプローブは、例えば、前記（１）〜（５１）のプローブに対する相補的配列からなるプローブであってもよく、これらは、センス鎖にハイブリダイズ可能なプロ―ブである。前記（１）〜（５１）の（Ｓ）型用プローブに対する相補的配列からなるプローブも、センス鎖検出用の（Ｓ）型用プローブといい、前記（１）〜（５１）の（Ａ）型用プローブに対する相補的配列からなるプローブも、センス鎖検出用の（Ａ）型用プローブという。また、本発明におけるプローブは、例えば、前記（１）〜（５１）のいずれかのプローブにおいて、チミンがウラシルに置換されたＲＮＡ配列からなるプローブであってもよい。
【００３７】
本発明におけるプローブの全長は、特に制限されず、例えば、１０〜１００塩基長であり、好ましくは１０〜５０塩基長であり、より好ましくは１５〜２５塩基長であり、特に好ましくは、１７塩基長である。
【００３８】
本発明におけるプローブとしては、例えば、後述する表８および表９に示す１７塩基長の配列が例示できる。なお、本発明において、両表に示すプローブは、例示であって、これには制限されない。本発明における各プローブは、例えば、前記本発明のポリヌクレオチドまたはマーカーの配列に基づけば、データベース等に登録されている各種アブラナ科植物の配列から、当業者であれば適宜設計できる。
【００３９】
本発明におけるプローブは、例えば、本発明のポリヌクレオチドまたは遺伝的多型マーカーにハイブリダイズ可能であればよいが、特異的にハイブリダイズ可能であることが好ましい。本発明において、「特異的にハイブリダイズ可能」とは、例えば、一般的なハイブリダイゼーション条件下で、目的とする前記ポリヌクレオチドに対して、他のポリヌクレオチドに対してよりも、有意にハイブリダイズ可能であることを意味し、好ましくは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下（例えば、サムブルックら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ，第２版１９８９）において、目的とする前記ポリヌクレオチドに対して、他のポリヌクレオチドに対してよりも、有意にハイブリダイズ可能であることを意味する。
【００４０】
本発明におけるプローブは、例えば、標識物質を有する標識プローブであってもよい。前記標識物質としては、特に制限されず、例えば、蛍光物質、蛍光物質に対する消光物質、発色物質、３２Ｐ等の放射性物質、ジゴキシゲニン（ＤＩＧ）等の抗体、アビジンまたはビオチン等、公知の標識物質があげられる。これらの標識物質は、例えば、前記本発明のポリヌクレオチドまたは遺伝的多型マーカーの検出方法に応じて適宜設定できる。
【００４１】
本発明におけるプローブは、前記標識物質による標識部位は、特に制限されず、例えば、５’末端および３’末端の少なくとも一方があげられるが、５’末端が好ましい。
【００４２】
＜プライマー＞
本発明のプライマーは、前述のように、遺伝子増幅法により前記本発明のポリヌクレオチドまたは前記本発明の遺伝的多型マーカーを検出するためのプライマーであって、前記（１）〜（１３）のポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも一つのポリヌクレオチドにおける前記変異塩基を含むＤＮＡ配列またはその相補的配列を含むことを特徴とする。本発明のプローブは、例えば、被検体の遺伝子における、本発明のポリヌクレオチドまたは遺伝的多型マーカーからなる領域またはそれらを含む領域を増幅できればよく、その他の条件は、何ら制限されない。
【００４３】
本発明のプライマーは、この他に、前記（１４）〜（２３）のポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも一つのポリヌクレオチドにおける前記変異塩基を含むＤＮＡ配列またはその相補的配列を含むことを特徴とする。
【００４４】
本発明のプライマーは、この他に、前記（２４）〜（５１）のポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも一つのポリヌクレオチドにおける前記変異塩基を含むＤＮＡ配列またはその相補的配列を含むことを特徴とする。
【００４５】
本発明のプライマーは、例えば、フォワードプライマーでもよく、リバースプライマーでもよい。また、本発明のプライマーを含むプライマーセットして、例えば、後述する本発明の品種判定方法等に使用することもできる。
【００４６】
本発明のプライマーの全長は、特に制限されず、例えば、１０〜５０塩基長であり、好ましくは１０〜３０塩基長であり、より好ましくは２０〜２５塩基長である。また、本発明により増幅させる領域の長さは、特に制限されないが、例えば、１００〜８００塩基長であり、好ましくは１２０〜６５０塩基長であり、さらに好ましくは１２０〜６００塩基長である。
【００４７】
＜検出キット＞
本発明の検出キットは、前述のように、前記本発明のポリヌクレオチドまたは前記本発明の遺伝的多型マーカーセットを検出するための検出キットであって、前記本発明のプローブセットを含むことを特徴とする。
【００４８】
本発明の検出キットは、例えば、前記プローブとして、各マーカーについて、（Ｓ）型用プローブと（Ａ）型用プローブとを含むことが好ましい。この場合、検出目的の多型に応じて、いずれか一方を前記標識プローブとし、他方を非標識プローブとすることが好ましい。具体的には、検出目的のマーカーが（Ｓ）型の場合、例えば、（Ｓ）型用の標識プローブと、（Ａ）型用の非標識プローブを含むことが好ましい。このように、検出目的とは異なる（Ａ）型マーカーに対するプローブを非標識プローブとして併用すると、競合によって、（Ｓ）型用の標識化プローブが、（Ａ）型マーカーに結合することを防止できるため、（Ｓ）型マーカーの検出を、より精度よく行うことができる。同様の理由から、検出目的のマーカーが（Ａ）型の場合、例えば、（Ａ）型用の標識プローブと、（Ｓ）型用の非標識プローブを含むことが好ましい。
【００４９】
本発明の検出キットが、前記標識プローブと前記非標識プローブとを有する場合、両者の割合は、特に制限されないが、例えば、前記標識プローブ（Ｌ）と前記非標識プローブ（Ｎ）とのモル比（Ｌ：Ｎ）は、１：５〜１：１００が好ましく、より好ましくは１：１０〜１：５０であり、さらに好ましくは１：１０〜１：２０であり、特に好ましくは１：１０である。
【００５０】
本発明の検出キットにおいて、前記（１）〜（１３）のプローブを含んでいればよく、その他の構成は、特に制限されない。本発明の検出キットは、例えば、さらに、前記（１４）〜（２３）のプローブを含んでもよく、また、前記（２４）〜（５１）のプローブを含んでもよい。アブラナ科植物は二倍体であることから、例えば、前記（１）〜（５１）のマーカーについて、（Ｓ）型のホモ、（Ａ）型のホモ、（Ｓ）型と（Ａ）型とのヘテロのいずれであるかを決定することが好ましい。このため、検出目的の遺伝的多型マーカーに対して、前記（Ｓ）型用プローブと前記（Ａ）型用プローブのプローブペアを有することが好ましい。
【００５１】
本発明の検出キットは、例えば、さらに、前記プローブをハイブリダイズさせる領域を増幅するための、プライマーを含んでもよい。前記プライマーとして、フォワードプライマーとリバースプライマーとからなるプライマーセットを含んでもよい。
【００５２】
本発明の検出キットは、例えば、前記本発明のポリヌクレオチドまたは遺伝的多型マーカーの検出方法に応じて、さらに、他の試薬を任意で含んでもよい。前記他の試薬としては、例えば、酵素、前記酵素の基質、緩衝液等があげられる。また、本発明の検出キットは、例えば、さらに、プレート、チューブ等の容器を備えてもよい。本発明の検出キットは、例えば、さらに、使用説明書を備えてもよい。
【００５３】
＜品種判定方法＞
本発明の品種判定方法は、前述のように、アブラナ科植物の品種を判定する品種判定方法であって、アブラナ科植物のゲノムにおける前記本発明の遺伝的多型マーカーセットを用いて判定することを特徴とする。本発明は、前記本発明の遺伝的多型マーカーセットを用いることが特徴であって、その他の条件は何ら制限されない。
【００５４】
本発明の品種判定方法は、例えば、被検体のゲノムにおける前記本発明の遺伝的多型マーカーセットの検出により行うことができる。具体的には、例えば、前記アブラナ科植物のゲノムについて、前記遺伝的多型マーカーセットの検出を行い、それぞれ、（Ｓ）型および（Ａ）型のいずれを有するかを検出することにより行える。アブラナ科植物は、二倍体であるため、例えば、各遺伝的多型マーカーについて、（Ｓ）型のホモ、（Ａ）型のホモ、（Ｓ）型および（Ａ）型を有するヘテロに分類することができる。したがって、前記被検体についての前記遺伝的多型マーカーセットの検出結果を、予め、同定した各種アブラナ科植物の遺伝的多型マーカーのそれぞれの型と比較することにより、前記被検体の品種を判定することができる。
【００５５】
前記アブラナ科植物は、特に制限されず、例えば、前述のものがあげられ、中でもダイコンが好ましい。また、判定するダイコンの品種は、特に制限されないが、例えば、前述のように、前記表３に示す９６品種のダイコンがあげられる。
【００５６】
本発明の品種判定方法において、ダイコンの品種を判定する場合、例えば、ダイコンが、前記表３に示す９６品種であり、前記判定は、下記表４または下記表５に示す判定表を用い、前記９６品種の中のどの品種に該当するかを判定することにより実施可能である。また、下記表５は、下記表４の内容を樹状図にして表わした表である。
【表４】
0005445400.tif 000005
【表５】
0005445400.tif 000006
【００５７】
前記表４または表５に示す判定表を用いた判定は、例えば、以下のようにして行うことができる。被検体が、例えば、任意の２種類の品種のいずれであるかを判定する場合には、前記２種類の品種と他の品種との間で異なる変異塩基を有する遺伝的多型マーカーの検出および前記２種類の品種間で異なる変異塩基を有する遺伝的多型マーカーの検出を行う。一例として、被検体が、品種番号９５（青首ダイコン）と品種番号６４（Ｚｌａｔａ）のいずれであるかを判定する場合には、両品種と他の品種との間で異なる変異塩基を有する遺伝的多型マーカーとして、（３）および（７）の検出を行い、両品種間で異なる変異塩基を有する遺伝的多型マーカーとして、（８）の検出を行う。具体的には、まず、遺伝的多型マーカー（３）および（７）が（Ｓ）型であることを確認した後、遺伝的多型マーカー（８）が、（Ｓ）型マーカーと（Ａ）型マーカーのいずれであるかを検出する。そして、前記被検体の遺伝的多型マーカー（８）が、（Ｓ）型マーカーである場合には、品種番号９５と判定でき、（Ａ）型マーカーである場合には、品種番号６４と判定できる。また、判定目的の品種を特定していない場合には、例えば、前記（１）〜（１３）の遺伝的多型マーカーを検出し、各マーカーについて、（Ｓ）型のホモ、（Ａ）型のホモおよびヘテロのいずれであるかを検出し、前記表４または表５に基づいて、品種を判定すればよい。本発明においては、前記表３に示す９６品種のダイコンは、例えば、前記（１）〜（１３）の遺伝的多型マーカーを検出することによって、全て判定できる。
【００５８】
前記ゲノムにおける前記遺伝的多型マーカーの検出方法は、特に制限されず、当業者であれば、本発明の遺伝的多型マーカーの配列に基づいて、適宜、従来公知の方法により行うことができる。
【００５９】
前記アブラナ科植物のゲノムにおける前記遺伝的多型マーカーの検出は、例えば、前記遺伝的多型マーカーが、（Ｓ）型および（Ａ）型で異なる変異塩基（ＳＮＰ）を有することから、前記ゲノムについて、各遺伝的多型マーカーにおけるいずれの変異塩基を有するかを決定すればよい。
【００６０】
前記アブラナ科植物のゲノムにおける前記変異塩基の決定方法は、特に制限されず、従来公知の方法が採用できる。前記決定方法としては、例えば、ダイレクトシーケンシング法、ＲＦＬＰ（Ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  Ｆｒａｇｍｅｎｔ  Ｌｅｎｇｔｈ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ：ＲＦＬＰ；制限酵素断片長多型）解析方法、ＰＣＲ−ＲＦＬＰ法、ＰＣＲ−ＳＳＣＰ（ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔｒａｎｄ  ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ：一本鎖高次構造多型）法、レポーター物質とクエンチャー物質とを利用するＴａｑＭａｎ（商標）ＰＣＲ法、Ｉｎｖａｄｅｒ法、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ法、Ａｃｙｃｌｏ  Ｐｒｉｍｅ法、ＳＮｕＰｅ法、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ  ＭＳ法、ＤＮＡアレイ法、アレル特異的オリゴヌクレオチド（Ａｌｌｅｌｅ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ／ＡＳＯ）ハイブリダイゼーション法、ドットブロット法等があげられる。ドットブロット法の場合、例えば、メンブレンに固定化した被検体の核酸と、目的の遺伝的多型マーカーに対するプローブとを反応させ、前記プローブとの結合の有無を確認することによって、変異塩基を決定できる。この際、各遺伝的多型マーカーについて、前記（Ｓ）型用プローブおよび前記（Ａ）型用プローブをそれぞれ用いて、結合の有無を確認することが好ましい。これによって、被検体が、各遺伝的多型マーカーについて、（Ｓ）型であるか、（Ａ）型であるか、ヘテロであるかを決定できる。また、例えば、前記遺伝的多型マーカーが（Ｓ）型であるか否かを確認する際には、検出用に、標識化した（Ｓ）型用プローブを使用し、競合用に、未標識の（Ａ）型用プローブを併用することが好ましい。前記未標識の（Ａ）型用プローブを共存させれば、（Ｓ）型用プローブが、（Ａ）型マーカーの配列を有する被検体に結合することを防止できるため、判定結果の精度をより向上することができる。
【００６１】
前記ゲノムにおける前記遺伝的多型マーカーの検出は、例えば、前記変異塩基の決定方法に応じて、アブラナ科植物の被検体由来のゲノムＤＮＡまたはＲＮＡをそのまま使用してもよいし、前記ゲノムＤＮＡまたはＲＮＡを鋳型として、核酸増幅方法によって増幅させた、ＤＮＡまたはＲＮＡ等の増幅産物を使用してもよい。前記核酸増幅を行う場合は、例えば、プライマーを用いて、検出目的の遺伝的多型マーカーを含む領域を増幅させることが好ましい。前記被検体由来のゲノムＤＮＡは、例えば、葉、根、種子、カルス、培養細胞等から調製できる。前記ゲノムＤＮＡの調製方法は、特に制限されず、従来公知の方法が採用できる。具体例として、前記種子を使用する場合、例えば、アルカリ性の水性溶媒中で前記種子を粉砕し、粉砕物からゲノムＤＮＡを抽出できる。前記核酸増幅方法は、何ら制限されず、例えば、ＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ）法、逆転写（ＲＴ）−ＰＣＲ法、ＩＣＡＮ（Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ  ａｎｄ  ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ｐｒｉｍｅｒ−ｉｎｉｔｉａｔｅｄ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ）法、ＮＡＳＡＢＡ（Ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｂａｓｅｄ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＴＭＡ（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＳＤＡ（Ｓｔｒａｎｄ  Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法等、公知の核酸増幅法が採用できる。
【００６２】
＜品種間類似度検定方法＞
本発明の品種間類似度検定方法は、前述のように、アブラナ科植物の２以上の品種間の類似度を検定する品種間類似度検定方法であって、アブラナ科植物のゲノムにおける前記本発明の遺伝的多型マーカーセットを用いて検定することを特徴とする。本発明は、前記本発明の遺伝的多型マーカーセットを用いることが特徴であって、その他の条件は何ら制限されない。
【００６３】
前記アブラナ科植物は、特に制限されず、例えば、前述のものがあげられ、中でもダイコンが好ましい。また、検定するダイコンの品種は、特に制限されないが、例えば、前述のように、前記表３に示す９６品種のダイコンがあげられる。
【００６４】
本発明の品種間類似検定方法において、ダイコンの品種間の類似度を検定する場合、例えば、ダイコンが、前記表３に示す９６品種であり、前記検定が、前記表５に示す検定表を用い、前記９６品種においての類似度を検定することにより実施できる。
【００６５】
＜種子純度検定方法＞
本発明の種子純度検定方法は、前述のように、アブラナ科植物の種子の純度を検定する種子純度検定方法であって、アブラナ科植物のゲノムにおける前記本発明の遺伝的多型マーカーセットを用い、複数の種子における目的の品種の割合を求めることを特徴とする。本発明は、前記本発明の遺伝的多型マーカーセットを用いることが特徴であって、その他の条件は何ら制限されない。
【００６６】
一般に、種子は、数十個〜数百個の単位で流通される。しかしながら、例えば、目的品種の種子に他品種の種子が混入したり、目的のＦ１種子に親系統の自殖種子が混入するおそれ等があるため、品質管理の点から、純度検定が重要となる。本発明によれば、前述のように、本発明の遺伝的多型マーカーを用いることによって、品種の判別が可能となるため、純度検定を、迅速且つ簡便に、優れた精度で行うことが可能である。
【００６７】
前記アブラナ科植物は、特に制限されず、例えば、前述のものがあげられ、中でもダイコンが好ましい。また、検定するダイコンの品種は、特に制限されないが、例えば、前述のように、前記表３に示す９６品種のダイコンがあげられる。
【００６８】
本発明の種子純度検定方法において、ダイコンの種子純度を検定する場合、例えば、ダイコンが、前記表３に示す９６品種であり、前記検定が、前記表４または表５に示す判定表を用い、前記複数の種子の品種を判定することにより実施される。
【００６９】
本発明の種子純度検定方法は、例えば、以下のようにして行うことができる。複数の種子を含むサンプルから、所定の個数の種子を採取し、各種子由来のゲノムＤＮＡを抽出する。そして、各ゲノムＤＮＡについて、目的の品種を判定可能な遺伝的多型マーカーの検出を行う。この検出結果が、目的の品種の遺伝的多型マーカーの結果と異なる場合は、他品種の種子と判定し、目的の品種の遺伝的多型マーカーの結果が同じ場合は、目的の品種の種子と判定する。そして、採取した種子における他品種の種子の個数より、目的の品種の種子の割合を求め、これを純度として算出すればよい。
【００７０】
また、Ｆ１種子の母親系統についての純度検定を行う場合には、同様にして、ゲノムＤＮＡを抽出し、Ｆ１種子と親系統種子との間で異なる変異塩基を示す遺伝的多型マーカーの検出を行う。この検出結果が、Ｆ１種子の遺伝的多型マーカーの結果と同じであれば、Ｆ１種子と判定し、親系統種子の遺伝的多型マーカーの結果と同じであれば、親系統種子と判定する。そして、採取した種子における親系統種子の個数より、Ｆ１種子の割合を求め、これを純度として算出すればよい。
【００７１】
つぎに、本発明の実施例について説明する。ただし、本発明は、下記実施例により制限されない。
【実施例】
【００７２】
[実施例１]
本例では、前記表３に示す９６種類のダイコン品種について、５１種類のマーカー領域を増幅し、ドットブロット法により、多型分析を行った。そして、多型の分析結果に基づき、ダイコンの品種の判別を行った。
【００７３】
（プライマーセット）
下記表６および表７に、前述した５１種類のマーカーセットの増幅に使用した各プライマーセットの塩基配列を示す。
【００７４】
【表６】
0005445400.tif 000007
【表７】
0005445400.tif 000008
【００７５】
（プローブ）
下記表８および表９に、前記多型検出に用いたプローブの配列を示す。両表において、上段が、（Ｓ）型用プローブの配列であり、下段が、（Ａ）型用プローブの配列である。前記各プローブは、前記マーカーの配列において、前記多型部位を含む１７塩基長のオリゴヌクレオチドとした。また、前記各プローブは、５’末端をビオチン標識したプローブと、未標識のプローブを準備し、前者を検出用プローブ、後者を競合用プローブとして使用した。後述するように、前記（Ｓ）型マーカーの検出には、検出用（Ｓ）型用プローブと、競合用（Ａ）型用プローブとを使用し、前記（Ａ）型マーカーの検出には、検出用（Ａ）型用プローブと、競合用（Ｓ）型用プローブとを使用した。また、両方において、配合比は、核酸増幅の反応液における、検出用プローブ（Ｄ）と競合用プローブ（Ｃ）とのモル比（Ｄ：Ｃ）を示す。
【００７６】
【表８】
0005445400.tif 000009
【表９】
0005445400.tif 000010
【００７７】
＜品種判定＞
被検体として、前記表３に示す９６品種のダイコンの種子を使用した。前記各品種の種子をそれぞれ粉砕し、下記組成の抽出液を加えて混合した後、フェノール・クロロフォルム・イソアミルアルコール混合液を加え、遠心分離により上清を回収した。前記上清に等量のイソプロパノールを添加し、ＤＮＡを析出させ、再度、遠心分離した。得られた沈殿を、下記組成の１×ＴＥ緩衝液に溶解し、ＤＮＡ試料を調製した。そして、前記ＤＮＡ試料を添加した下記組成のＰＣＲ反応液１０μＬについて、ＰＣＲを行った。前記ＰＣＲは、９４℃で１分間処理後、９４℃で３０秒、５８℃で３０秒、７２℃で３０秒を１サイクルとして、４０サイクル繰り返し、７２℃で１分間処理して行った。なお、下記ＰＣＲ反応液におけるフォワードプライマーおよびリバースプライマーは、前述の、各マーカーに対応するプライマーセットを用いた。
【００７８】
（抽出液）
２００ｍｍｏｌ／Ｌ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ緩衝液（ｐＨ７．５）
２５０ｍｍｏｌ／Ｌ  ＮａＣｌ
２５ｍｍｏｌ／Ｌ    ＥＤＴＡ
０．５ｗ／ｖ％      ＳＤＳ
（１×ＴＥ緩衝液）
１０ｍｍｏｌ／Ｌ    Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．０）
１ｍｍｏｌ／Ｌ      ＥＤＴＡ
（ＰＣＲ反応液：１０μＬ）
１０ｎｇ            ＤＮＡ
１０ｐｍｏｌ        フォワードプライマー
１０ｐｍｏｌ        リバースプライマー
１×ＥｘＴａｑ  ｂｕｆｆｅｒ  ※１
２μｍｏｌ          ｄＮＴＰ
５Ｕ  Ｔａｑ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ※２
※１  商品名、タカラ・バイオメディカル社製
※２  商品名ＥｘＴａｑ、タカラ・バイオメディカル社製
【００７９】
ＰＣＲ反応後、前記反応液に、下記組成のアルカリ変性液を等量添加した。変性させた反応液を、マルチピンブロッター（ＡＴＴＯ社）を用いて、２枚のナイロンメンブレン（商品名ＮｙｔｒａｎＮ、ＧＥバイオサイエンス社）に、同じ配置でドットブロットし、ＵＶクロスリンカー（ＵＶＰ社製）を用いて、ＵＶ照射して、前記反応液に含まれるＤＮＡを前記メンブレンに結合させた。なお、各反応液について、ＤＮＡを結合させた２枚のメンブレンを１セット準備した。
（アルカリ変性液）
０．８ｍｏｌ／Ｌ  ＮａＯＨ
２０ｍｍｏｌ／Ｌ  ＥＤＴＡ
【００８０】
つぎに、下記組成のプレハイブリダイゼーション液およびハイブリダイゼーション液を調製した。前記ハイブリダイゼーション液における検出用プローブおよび競合用プローブは、前述の通りである。ここで、（Ｓ）型マーカーの検出には、前記（Ｓ）型用検出用プローブと（Ａ）型用競合用プローブとを含む（Ｓ）型用ハイブリダイゼーション液を使用し、（Ａ）型マーカーの検出には、前記（Ａ）型用検出用プローブと（Ｓ）型用競合用プローブとを含む（Ａ）型用ハイブリダイゼーション液を使用した。
【００８１】
（プレハイブリダイゼーション液）
５×ＳＳＣ
０．１ｗ／ｖ％    サルコシル
０．０２ｗ／ｖ％  ＳＤＳ
１ｗ／ｖ％        Ｂｌｏｃｋｉｎｇ  Ｒｅａｇｅｎｔ（ロシュ社製）
（ハイブリダイゼーション液）
プレハイブリダイゼーション溶液          １０ｍＬ
１００μｍｏｌ／Ｌ  検出用プローブ        ５μＬ
１００μｍｏｌ／Ｌ  競合用プローブ      ５０μＬ
【００８２】
ＤＮＡを結合させた前記メンブレンを、前記プレハイブリダイゼーション液に、５０℃で１時間以上浸漬した後、前記プレハイブリダイゼーション溶液を除去した。そして、前記プローブを含むハイブリダイゼーション液を、熱湯中で１０分間処理し、急冷した後、前記ハイブリダイゼーション液に、前記メンブレンを５０℃で一晩浸漬した。この際、１セットのメンブレンのうち、一方は、前記（Ｓ）型用ハイブリダイゼーション液に浸漬し、他方は、前記（Ａ）型用ハイブリダイゼーション液に浸漬した。そして、浸漬後の前記メンブレンを、洗浄液１（０．１ｗ／ｖ％  ＳＤＳ含有２×ＳＳＣ）を用いて、室温で５分間の洗浄を２回行い、つぎに、洗浄液２（０．１ｗ／ｖ％  ＳＤＳ含有０．１×ＳＳＣ）を用いて、５０℃で２０分間の洗浄を２回行い、さらに、下記組成のＴＢＳを用いて、室温で５分間洗浄した。そして、１ｖ／ｖ％  Ｂｌｏｃｋｉｎｇ  Ｒｅａｇｅｎｔ（商品名、Ｒｏｃｈｅ社）を含む前記ＴＢＳ溶液を調製し、これに前記メンブレンを、室温で３０分間以上浸漬することによって、ブロッキング処理を行った。
（ＴＢＳ、ｐＨ８．０）
５０ｍｍｏｌ／Ｌ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ緩衝液
０．９ｗ／ｖ％    ＮａＣｌ
０．０２ｗ／ｖ％  ＮａＮ３
【００８３】
ジゴキシゲニン抗体−アルカリフォスファターゼ複合体液（Ｒｏｃｈｅ社製）を前記ブロッキング液で５０００倍に希釈し、これにブロッキングした前記メンブレンを、２５℃で３０分間浸漬した。浸漬後、前記メンブレンを、前記組成のＴＢＳを用いて、室温で１０分間の洗浄を３回行った。さらに、前記メンブレンを、下記組成のＡＰ９．５に、室温で３分間浸漬した後、ＣＳＰＤ（Ｒｏｃｈｅ社）を前記ＡＰ９．５で５００倍に希釈し、これに前記メンブレンを、３７℃で５分間浸漬した。そして、前記メンブレンを、Ｘ線フィルムに露光し、発光シグナルを検出した。
（ＡＰ９．５、ｐＨ９．５）
１００ｍｍｏｌ／Ｌ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ緩衝液
１００ｍｍｏｌ／Ｌ  ＮａＣｌ
５ｍｍｏｌ／Ｌ      ＭｇＣｌ２
【００８４】
そして、得られたシグナルに基づいて、９６種類のサンプルについて、前記（１）〜（２３）のマーカーに関し、（Ｓ）型マーカーのホモ型、（Ａ）型マーカーのホモ型、（Ｓ）型マーカーと（Ａ）型マーカーとを有するヘテロ型のいずれであるかを分類した。その結果、前記（１）〜（２３）のマーカーによって、９６品種のサンプル（品種番号１〜９６）を判別可能であることがわかった。
【００８５】
下記表１０に、９６品種のサンプル（品種番号１〜９６）について、前記２３種類のマーカーの型を示す。下記表１０に示すように、前記２３種類のマーカーの型を判別することによって、９６品種のサンプルを分類できた。さらに、前記２３種類のマーカーのうち、１３種類のマーカーのＳ型、Ａ型およびヘテロ型によって、９６品種のサンプルを分類した樹状図を作製した。この樹状図を、下記表１１に示す。この結果、前記２３種類のマーカーの型を判別することによって、９６品種のサンプルを分類できることはもちろんのこと、前記１３種類のマーカーの型の判別によっても、９６品種のサンプルを分類できることが確認された。
【００８６】
【表１０】
0005445400.tif 000011
【表１１】
0005445400.tif 000012
【００８７】
[実施例２]
＜種子純度検定＞
本例では、前記表３に示す９６品種のダイコンの中から、単交配（Ｓｉｎｇｌｅ−ｃｒｏｓｓ）のＦ１品種である２系統（白肌美人および辛之助）の種子について、種子純度検定として、親系統の自殖種子の混入の有無を確認した。
【００８８】
前記白肌美人および前記辛之助のそれぞれについて、前記表１から、Ｆ１種子と親系統の種子とを判別するための遺伝子多型マーカーを選択した。前記遺伝子多型マーカーは、前記Ｆ１種子では、（Ｓ）型と（Ａ）型とを有するヘテロ型を示し、前記Ｆ１種子の親系統種子では、（Ｓ）型のホモ型または（Ａ）型のホモ型を示すものを選択した。具体的には、前記白肌美人について、前記表１における前記（１５）のマーカーを選択し、前記辛之助について、前記表１における前記（５）のマーカーを選択した。
【００８９】
まず、被検体として、前記表３に示す９６品種のダイコンの中から、単交配（Ｓｉｎｇｌｅ−ｃｒｏｓｓ）のＦ１品種２系統（白肌美人および辛之助）の種子を、それぞれ９６個体使用した。前記各品種の種子をそれぞれ粉砕し、下記組成の抽出液を加えて混合した後、フェノール・クロロフォルム・イソアミルアルコール混合液を加え、遠心分離により上清を回収した。前記上清に等量のイソプロパノールを添加し、ＤＮＡを析出させ、再度、遠心分離した。得られた沈殿を、下記組成の１×ＴＥ緩衝液に溶解し、ＤＮＡ試料を調製した。そして、前記ＤＮＡ試料（１０ｎｇ）を添加した下記組成のＰＣＲ反応液１０μＬについて、ＰＣＲを行った。前記ＰＣＲは、９４℃で１分間処理後、９４℃で３０秒、５８℃で３０秒、７２℃で３０秒を１サイクルとして、４０サイクル繰り返し、７２℃で１分間処理して行った。白肌美人のＰＣＲについては、フォワードプライマーおよびリバースプライマーとして、前記（１５）のマーカーに対応する前記表６に記載のプライマーをそれぞれ使用し、辛之助のＰＣＲについては、フォワードプライマーおよびリバースプライマーとして、前記（５）のマーカーに対応する前記表６に記載のプライマーをそれぞれ使用した。
【００９０】
（抽出液）
２００ｍｍｏｌ／Ｌ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ緩衝液（ｐＨ７．５）
２５０ｍｍｏｌ／Ｌ  ＮａＣｌ
２５ｍｍｏｌ／Ｌ    ＥＤＴＡ
０．５ｗ／ｖ％      ＳＤＳ
（１×ＴＥ緩衝液）
１０ｍｍｏｌ／Ｌ    Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．０）
１ｍｍｏｌ／Ｌ      ＥＤＴＡ
（ＰＣＲ反応液：１０μＬ）
１０ｎｇ            ＤＮＡ試料
１０ｐｍｏｌ        フォワードプライマー
１０ｐｍｏｌ        リバースプライマー
１×ＥｘＴａｑ  ｂｕｆｆｅｒ  ※１
２μｍｏｌ          ｄＮＴＰ
５Ｕ  Ｔａｑ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ※２
※１  商品名、タカラ・バイオメディカル社製
※２  商品名ＥｘＴａｑ、タカラ・バイオメディカル社製
【００９１】
ＰＣＲ反応後、前記反応液に、下記組成のアルカリ変性液を等量添加した。変性させた前記反応液を、マルチピンブロッター（ＡＴＴＯ社）を用いて、２枚のナイロンメンブレン（商品名ＮｙｔｒａｎＮ、ＧＥバイオサイエンス社）に、同じ配置でドットブロットした。そして、ＵＶクロスリンカー（ＵＶＰ社製）を用いて、前記メンブレンにＵＶ照射して、前記反応液に含まれるＤＮＡを前記メンブレンに結合させた。白肌美人のＰＣＲ反応液および辛之助のＰＣＲ反応液のそれぞれについて、上述のように、２枚のメンブレンを１セット準備した。
【００９２】
（アルカリ変性液）
０．８ｍｏｌ／Ｌ  ＮａＯＨ
２０ｍｍｏｌ／Ｌ  ＥＤＴＡ
【００９３】
つぎに、下記組成のプレハイブリダイゼーション液およびハイブリダイゼーション液を調製した。前記ハイブリダイゼーション液における検出用プローブおよび競合用プローブは、前記表８に示す通りである。ここで、（Ｓ）型マーカーの検出には、前記（Ｓ）型用検出用プローブと（Ａ）型用競合用プローブとを含む（Ｓ）型用ハイブリダイゼーション液を使用し、（Ａ）型マーカーの検出には、前記（Ａ）型用検出用プローブと（Ｓ）型用競合用プローブとを含む（Ａ）型用ハイブリダイゼーション液を使用した。
【００９４】
（プレハイブリダイゼーション液）
５×ＳＳＣ
０．１ｗ／ｖ％    サルコシル
０．０２ｗ／ｖ％  ＳＤＳ
１ｗ／ｖ％        Ｂｌｏｃｋｉｎｇ  Ｒｅａｇｅｎｔ（ロシュ社製）
（ハイブリダイゼーション液）
プレハイブリダイゼーション溶液          １０ｍＬ
１００μｍｏｌ／Ｌ  検出用プローブ        ５μＬ
１００μｍｏｌ／Ｌ  競合用プローブ      ５０μＬ
【００９５】
ＤＮＡを結合させた前記メンブレンを、前記プレハイブリダイゼーション液に、５０℃で１時間以上浸漬した後、前記プレハイブリダイゼーション溶液を除去した。そして、前記プローブを含むハイブリダイゼーション液を、熱湯中で１０分間処理し、急冷した後、前記ハイブリダイゼーション液に、前記メンブレンを５０℃で一晩浸漬した。この際、１セットのメンブレンのうち、一方は、前記（Ｓ）型用ハイブリダイゼーション液に浸漬し、他方は、前記（Ａ）型用ハイブリダイゼーション液に浸漬した。そして、浸漬後の前記メンブレンを、洗浄液１（０．１ｗ／ｖ％  ＳＤＳ含有２×ＳＳＣ）を用いて、室温で５分間の洗浄を２回行い、つぎに、洗浄液２（０．１ｗ／ｖ％  ＳＤＳ含有０．１×ＳＳＣ）を用いて、５０℃で２０分間の洗浄を２回行い、さらに、下記組成のＴＢＳを用いて、室温で５分間洗浄した。そして、１ｖ／ｖ％  Ｂｌｏｃｋｉｎｇ  Ｒｅａｇｅｎｔ（商品名、Ｒｏｃｈｅ社）を含む前記ＴＢＳ溶液を調製し、これに前記メンブレンを、室温で３０分間以上浸漬することによって、ブロッキング処理を行った。
【００９６】
（ＴＢＳ、ｐＨ８．０）
５０ｍｍｏｌ／Ｌ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ緩衝液
０．９ｗ／ｖ％    ＮａＣｌ
０．０２ｗ／ｖ％  ＮａＮ３
【００９７】
ジゴキシゲニン抗体−アルカリフォスファターゼ複合体液（Ｒｏｃｈｅ社製）を前記ブロッキング液で５０００倍に希釈した。この希釈液に、ブロッキングした前記メンブレンを、２５℃で３０分間浸漬した。浸漬後、前記メンブレンを、前記組成のＴＢＳを用いて、室温で１０分間の洗浄を３回行った。さらに、前記メンブレンを、下記組成のＡＰ９．５に、室温で３分間浸漬した。そして、ＣＳＰＤ（Ｒｏｃｈｅ社）を前記ＡＰ９．５で５００倍に希釈し、この希釈液に、前記メンブレンを、３７℃で５分間浸漬した。そして、前記メンブレンを、Ｘ線フィルムに露光し、発光シグナルを検出した。
【００９８】
（ＡＰ９．５、ｐＨ９．５）
１００ｍｍｏｌ／Ｌ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ緩衝液
１００ｍｍｏｌ／Ｌ  ＮａＣｌ
５ｍｍｏｌ／Ｌ      ＭｇＣｌ２
【００９９】
これらの結果を、図１および図２に示す。図１および図２は、前記Ｘ線フィルムにおける発光シグナルを示す写真である。図１は、白肌美人に関する結果であり、（Ａ）は、（Ｓ）型マーカーのシグナル検出、（Ｂ）は、（Ａ）型マーカーのシグナル検出を示す結果である。図２は、辛之助に関する結果であり、（Ａ）は、（Ｓ）型マーカーのシグナル検出、（Ｂ）は、（Ａ）型マーカーのシグナル検出を示す結果である。
【０１００】
図１および図２に基づいて、白肌美人および辛之助の各９６個体のサンプルについて、前記遺伝子多型マーカーの分類を行った。具体的には、前記（１５）のマーカーおよび前記（５）のマーカーに関し、（Ｓ）型マーカーのホモ型、（Ａ）型マーカーのホモ型、（Ｓ）型マーカーと（Ａ）型マーカーとを有するヘテロ型のいずれであるかを分類した。その結果、図１に示すとおり、白肌美人では、９６個体全てが、（Ｓ）型マーカーおよび（Ａ）型マーカーの両方でシグナルを示し、（Ｓ）型マーカーと（Ａ）型マーカーとを有するヘテロ型と決定された。この結果から、白肌美人の９６個体は、全て、Ｆ１種子であることが確認でき、自殖種子および他系統の混入の可能性が極めて低いことがわかった。一方、図２に示すとおり、辛之助では、９６個体中９５個体が、（Ｓ）型マーカーおよび（Ａ）型マーカーの両方でシグナルを示し、（Ｓ）型マーカーと（Ａ）型マーカーとを有するヘテロ型と決定された。しかし、図２（Ａ）の矢印で示す１個体では、（Ｓ）型マーカーのシグナルが検出されず、（Ａ）型マーカーのホモ型と決定された。この結果から、辛之助の９５個体は、Ｆ１種子であるが、１個体は、自殖種子（母親系統）であることが確認でき、自殖種子が混入していることが判明した。以上の結果から、本発明の遺伝子多型マーカーによれば、例えば、単交配のＦ１品種について、種子純度検定が可能であることがわかった。
【産業上の利用可能性】
【０１０１】
本発明によれば、アブラナ科植物の被検体について、これらのポリヌクレオチドを遺伝学的マーカーセットとして、遺伝学的解析方法で検出することにより、迅速かつ簡便に、優れた信頼性で、前記被検体の品種を判別することが可能となった。また、これによって、アブラナ科植物の種子の純度検定等も、迅速かつ簡便に優れた信頼性で行うことができる。このため、本発明は、例えば、種苗等の流通における品質表示ならびに品質の確認において、極めて有用な技術といえる。
【図１】
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【図２】
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【配列表】
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