(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２８に示される塩基配列からなるラクトコッカス種由来のＨＵ様ＤＮＡ結合タンパク質（ｈｌｌＡ）の遺伝子の天然プロモーター又は該塩基配列と少なくとも９５％同一であり、プロモーター活性を有するその相同体又はその機能的変異体を含む組換え核酸であり、該プロモーターは異種の１つ又は複数のオープンリーディングフレームと操作可能に連結していることを特徴とする、組換え核酸。
【請求項２】
該１つ又は複数のオープンリーディングフレームに対して３'方向に転写終結配列をさらに含む、請求項１に記載の組換え核酸。
【請求項３】
該プロモーターからの転写を制御するように構成されたオペレータをさらに含む、請求項１又は２に記載の組換え核酸。
【請求項４】
該組換え核酸を宿主細胞の染色体に挿入するように構成された配列をさらに含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の組換え核酸。
【請求項５】
シグナル配列をコードする配列をさらに含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の組換え核酸。
【請求項６】
配列番号２８と、ｕｓｐ４５又はｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列とを含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の組換え核酸。
【請求項７】
該１つ又は複数のオープンリーディングフレームが、被験体において治療又は免疫反応を誘起することが可能であるポリペプチドをコードする、請求項１〜６のいずれか一項に記載の組換え核酸。
【請求項８】
該１つ又は複数のオープンリーディングフレームが、抗原及び／又は非ワクチン性治療活性ポリペプチドをコードする、請求項７に記載の組換え核酸。
【請求項９】
該抗原は、ヒト又は動物の被験体において免疫反応を誘起することが可能であり、及び／又は該非ワクチン性治療活性ポリペプチドは、ヒト又は動物の被験体において治療効果を有することが可能である、請求項８に記載の組換え核酸。
【請求項１０】
該抗原が、ヒト又は動物の被験体において免疫反応を誘起し、且つワクチンとして使用することが可能である、請求項８に記載の組換え核酸。
【請求項１１】
該非ワクチン性治療活性ポリペプチドが、ｈＩＬ−１０、ＧＬＰ−２、ＧＬＰ−１、ＴＦＦ又はｈＰＹＹである、請求項８に記載の組換え核酸。
【請求項１２】
該組換え核酸が、
（ａ）該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びｈＩＬ−１０をコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びｈＩＬ−１０をコードする配列；
（ｂ）該プロモーター、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びｈＴＦＦ１をコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びｈＴＦＦ１をコードする配列；
（ｃ）該プロモーター、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びｈＴＦＦ３をコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びｈＴＦＦ３をコードする配列；
（ｄ）該プロモーター、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びｈＰＹＹをコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びｈＰＹＹをコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びｈＰＹＹ Ｇ９（３−３６）をコードする配列；
（ｅ）該プロモータ、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びＧＬＰ−１をコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びＧＬＰ−１をコードする配列；
（ｆ）該プロモーター、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びＧＬＰ−２をコードする配列；又は
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びＧＬＰ−２をコードする配列
を含む、請求項１１に記載の組換え核酸。
【請求項１３】
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の組換え核酸を含むベクター。
【請求項１４】
該ベクターがｐＴ１ＮＸに由来する、請求項１３に記載のベクター。
【請求項１５】
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の組換え核酸、又は請求項１３又は１４に記載のベクターで形質転換した宿主細胞。
【請求項１６】
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の組換え核酸を含む宿主細胞であって、該プロモーターが、該宿主細胞の染色体に存在し、且つ該プロモーターが、該プロモーターとは異種の１つ又は複数のオープンリーディングフレームと操作可能に連結する、宿主細胞。
【請求項１７】
該組換え核酸が、シグナル配列をコードする配列をさらに含む、請求項１６に記載の宿主細胞。
【請求項１８】
該プロモーターが、該プロモーターからの転写を制御するように構成されたオペレータをさらに含む、請求項１６又は１７に記載の宿主細胞。
【請求項１９】
該１つ又は複数のオープンリーディングフレームが、被験体において治療反応又は免疫反応を誘起することが可能であるポリペプチドをコードする、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項２０】
該１つ又は複数のオープンリーディングフレームが、抗原及び／又は非ワクチン性治療活性ポリペプチドをコードする、請求項１６〜１９のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項２１】
該抗原が、ヒト又は動物の被験体において免疫反応を誘起することが可能であり、及び／又は該非ワクチン性治療活性ポリペプチドが、ヒト又は動物の被験体において治療効果を有することが可能である、請求項２０に記載の宿主細胞。
【請求項２２】
該非ワクチン性治療活性ポリペプチドが、ｈＩＬ−１０、ＧＬＰ−２、ＧＬＰ−１、ＴＦＦ又はｈＰＹＹである、請求項２０に記載の宿主細胞。
【請求項２３】
該抗原が、ヒト又は動物の被験体において免疫反応を誘起し、且つワクチンとして使用することが可能である、請求項２０に記載の宿主細胞。
【請求項２４】
該宿主細胞が、
（ａ）該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びｈＩＬ−１０をコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びｈＩＬ−１０をコードする配列；
（ｂ）該プロモーター、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びｈＴＦＦ１をコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びｈＴＦＦ１をコードする配列；
（ｃ）該プロモーター、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びｈＴＦＦ３をコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びｈＴＦＦ３をコードする配列；
（ｄ）該プロモーター、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びｈＰＹＹをコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びｈＰＹＹをコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びｈＰＹＹ Ｇ９（３−３６）をコードする配列；
（ｅ）該プロモーター、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びＧＬＰ−１をコードする配列；
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びＧＬＰ−１をコードする配列；
（ｆ）該プロモーター、ｕｓｐ４５Ｎ４をコードする配列及びＧＬＰ−２をコードする配列；又は
該プロモーター、ｕｓｐ４５をコードする配列及びＧＬＰ−２をコードする配列
を含む、請求項２０に記載の宿主細胞。
【請求項２５】
非病原性及び非侵襲性の細菌である、請求項１５〜２４のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項２６】
宿主細胞において該１つ又は複数のオープンリーディングフレームによってコードされた発現産物の発現を達成するための、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の組換え核酸、又は請求項１３若しくは１４に記載のベクターの使用。
【請求項２７】
以下のａ）、ｂ）を含む、所望ポリペプチドの組換え発現方法：
ａ）当該１つ又は複数のオープンリーディングフレームが所望のポリペプチドをコードする、請求項１５〜２５のいずれか一項に記載の宿主細胞を培養すること、
ｂ）前記培養において前記宿主細胞が産生した所望のポリペプチドを単離すること。
【請求項２８】
組換え核酸の当該１つ又は複数のオープンリーディングフレームによってコードされたポリペプチドのヒト又は動物への送達用の医薬を製造するための請求項１５〜２５のいずれか一項に記載の宿主細胞の使用。
【請求項２９】
該ポリペプチドが、抗原及び／又は非ワクチン性治療活性ポリペプチドある、請求項２８に記載の使用。
【請求項３０】
請求項１５〜２５のいずれか一項に記載の宿主細胞を含む薬学的組成物。
【請求項３１】
医薬として使用するための請求項１５〜２５のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は分子生物学の分野であって、組換え工学処理及びタンパク質発現に関する。さらに特定的には、本発明は、ラクトコッカス由来のそしてプロモーターとして有用な配列を含むタンパク質の組換え発現のための核酸に関する。本発明はさらに、上記核酸を含むベクター及びそれで形質転換される宿主細胞に関する。本発明は、異種タンパク質又は同種タンパク質を発現するための；そしてさらにまた被験体への上記タンパク質の送達、特に治療的送達のための上記核酸又はベクターを含む宿主細胞の使用にも関する。
【背景技術】
【０００２】
乳酸菌は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの異種ポリペプチドの組換え発現のため（例えば特許文献１）、並びに抗原及び／又は治療的関連ポリペプチドのｉｎ  ｖｉｖｏ又はｉｎ  ｓｉｔｕ発現及び送達のため（例えば特許文献２）の宿主として益々重要になりつつある。
【０００３】
乳酸菌、特にラクトコッカスはＧＲＡＳ微生物と考えられており（即ち、一般的に安全であるとみなされており）、したがってヒト及び動物に比較的容易に投与され得る。
【０００４】
しかしながら、乳酸菌における強いレベルの異種発現の達成は、これらの細菌にとって外来のプロモーター及び他の配列の導入を要し（例えば非特許文献１参照）、したがってそのＧＲＡＳ取得（perception）を危うくし得る。
【０００５】
したがって、乳酸菌、さらに好ましくはラクトコッカスに由来し、そしてその点でタンパク質の発現、好ましくは異種タンパク質発現のために好都合に用いられ得るプロモーターをさらに提供する必要がある。
【０００６】
産業的及び／又は治療的設定において十分量のそのように発現されたタンパク質を得るために、高発現レベルを達成し得る上記のプロモーターも必要とされる。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
【特許文献１】米国特許  ＵＳ  ５，５５９，００７
【特許文献２】国際公開  ＷＯ  ９７／１４８０６
【非特許文献】
【０００８】
【非特許文献１】Wells et al., 1993A
【発明の概要】
【０００９】
本発明の態様は、少なくともいくつかの、例えば１つ又は複数の上記考察された当該技術分野の必要性を検討する。
【００１０】
特に本発明者等は、宿主細胞、好ましくは細菌、さらに好ましくはラクトコッカスにおける組換え発現、例えば好ましくはポリペプチドの発現のためのさらなるプロモーターとして有益に用いられ得るラクトコッカス由来の核酸及び核酸配列を認識した。
【００１１】
さらに特定的には、本願発明者等は、宿主細胞、好ましくは細菌、さらに好ましくはラクトコッカスにおける組換え発現、例えば好ましくはポリペプチドの発現のための強力なプロモーター、即ち高レベルの発現を達成するプロモーターとして機能し得るラクトコッカスから核酸及び核酸配列を同定しようと試みて、成功した。強い発現は、宿主細胞により組換え産生される発現産物（例えばポリペプチド）の量を、好都合に増大し得、それはさらなる使用のため（例えば宿主細胞からの精製のため又は宿主細胞による治療的送達のため）に利用可能になる。
【００１２】
さらに意外なことに、本発明の核酸及び核酸配列は、特にラクトコッカスに用いられる場合、ラクトコッカスから従来得られたプロモーターよりさらに強力なプロモーターとして作用し得ることを本願発明者等は見い出した。さらに具体的には、本願発明者等の知る限りでは、今までのところ最強のラクトコッカス由来プロモーター、さらに特定的には最も強力な構成性ラクトコッカス由来プロモーターであるラクトコッカス・ラクティス（Lactococcus lactis）のチミジル酸シンターゼ遺伝子（ｔｈｙＡ）のプロモーターよりさらに強力なプロモーター、例えばさらに強力な構成性プロモーターとして、本発明の核酸及び配列は、機能し得る。ラクトコッカス・ラクティスのｔｈｙＡプロモーターは、本願発明者等の知る限り、ラクトコッカス、好ましくはラクトコッカス・ラクティスにおける組換え的、例えば異種遺伝子発現のための最も強力な一般に知られたプロモーターでもある。
【００１３】
意外にも、高精度プロテオミクスデータと合わせて、実施例に概説されるような組合せトランスクリプトーム解析は、候補プロモーターの強度又は活性を示唆するのを得意としなかった。特に、同定されたいくつかのプロモーターは、試験した場合、弱い活性しかなかった。さらに、いくつかの潜在的プロモーター配列は、自然環境又は天然立体配置の範囲外では、即ち異種遺伝子を用いて試験された場合、活性でなかった。
【００１４】
さらなる利点としては、好ましい標的としてとりわけヒトＩＬ−１０、ヒトペプチドＹＹ（ＰＹＹ）、ヒトグルカゴン様ペプチド−１（ＧＬＰ−１）、ヒトＧＬＰ−２（ＧＬＰ−２）及びヒトトレフォイル因子（ＴＴＦ）に本発明のプロモーターを用いると、特に高い発現が観察される。
【００１５】
さらにまた、本発明者等により同定された核酸及び核酸配列は、ＧＲＡＳ微生物（即ち、「一般的に安全であるとみなされる」）として確立されているラクトコッカスから得られると理解される。その結果として、このようなプロモーターを含む組成物、例えば宿主細胞は、例えば非ＧＲＡＳ微生物又は他の供給源を元とする配列を導入する場合より生物学的安全性に関して余り問題を有さずにヒト及び動物に投与され得る。
【００１６】
したがって本発明は、宿主細胞、好ましくは細菌、さらに好ましくはラクトコッカスにおける、例えばポリペプチドの組換え発現を含めた多数の適用における使用のための、さらなるプロモーター、さらに好ましくはさらなる強力なプロモーター、さらに好ましくはｔｈｙＡプロモーターより強力なプロモーターを構成する有益なラクトコッカス由来の、即ち、比較的安全な核酸及び配列を提供する。
【００１７】
本発明は、その多様な態様において上記の関連的実現を統合する。
【００１８】
したがって、一態様では、本発明は、プロモータ（Ｐ）を含む組換え核酸であって、プロモータ（Ｐ）と異種の１つ又は複数のオープンリーディングフレームと操作可能に連結した、ラクトコッカス種由来の天然プロモータ又はその機能的変異体若しくは機能的断片であり、該プロモータ（Ｐ）が、ラクトコッカスにおいて、ラクトコッカス・ラクティスのチミジル酸シンターゼ遺伝子（ｔｈｙＡ）のプロモータよりも強いことを特徴とする、プロモータ（Ｐ）を含む組換え核酸を提供する。
【００１９】
したがってそれと関連して、本発明はプロモーター（Ｐ）とは異種の１つ又は複数のオープンリーディングフレームと操作可能に連結されるプロモーター（Ｐ）を含む組換え核酸も提供し、この場合、プロモーター（Ｐ）は、ラクトコッカスの以下の遺伝子の天然プロモーター、並びに該天然プロモーターの機能的変異体及び機能的断片を含む又はこれらから成る群から選択される。
１）ＤＮＡ依存性（DNA-directed）ＲＮＡポリメラーゼ、β’サブユニット／１６０ｋＤサブユニット（ｒｐｏＣ）、
２）ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、βサブユニット／１４０ｋＤサブユニット（ｒｐｂ２）、
３）ＤＮＡ結合フェリチン様タンパク質（酸化的損傷保護物質）（ｄｐｓ）、
４）ピルビン酸キナーゼ（ｐｙｋ）、
５）グルタミル−及びグルタミニル−ｔＲＮＡシンセターゼ（ｇｌｎＳ）、
６）エノラーゼ（ｅｎｏ）、
７）グルタミンシンセターゼ（ｇｌｎＡ）、
８）ＨＴＨ型転写調節物質（HTH-type transcriptional regulator）（ｇｌｎＲ）、
９）Ｘａａ−Ｈｉｓジペプチダーゼ（ａｒｇＥ又はｐｅｐＶ）、
１０）Ｆ０Ｆ１型ＡＴＰシンターゼβサブユニット（ＡＴＰシンターゼＦ１βサブユニット）（ａｔｐＤ）、
１１）３−ホスホグリセリン酸キナーゼ（ｐｇｋ）、
１２）グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ／エリスロース−４−リン酸デヒドロゲナーゼ（ｇａｐＡ）、
１３）酢酸キナーゼ（ａｃｋＡ）、
１４）３−オキソアシル−（アシル−キャリア−タンパク質）シンターゼ（ｆａｂＢ）、１５）３−オキソアシル−（アシル−キャリア−タンパク質）レダクターゼ（ｆａｂＧ）、
１６）ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、αサブユニット／４０ｋＤサブユニット（ｒｐｏＡ）、
１７）Ｘａａ−Ｐｒｏアミノペプチダーゼ（ｐｅｐＰ）、
１８）フルクトース／タガトース二リン酸アルドラーゼ（ｔｂｐ）、
１９）リボソームタンパク質Ｓ４（ｒｐｓＤ）、
２０）スーパーオキシドジスムターゼ（ｓｏｄＡ）、
２１）リボソームタンパク質Ｓ１２（ｒｐｓＬ）及びリボソームタンパク質Ｓ７（ｒｐｓＧ）、
２２）リボソームタンパク質Ｌ１８（ｒｐｌＲ）及びリボソームタンパク質Ｓ５（ｒｐｓＥ）及びリボソームタンパク質Ｌ３０／Ｌ７Ｅ（ｒｐｍＤ）、
２３）Ｓ−リボシルホモシステインリアーゼ（ｌｕｘＳ）、
２４）リボソームタンパク質Ｌ１９（ｒｐｌＳ）、
２５）リボソームタンパク質Ｓ１１（ｒｐｓＫ）、
２６）リボソームタンパク質Ｌ１０（ｒｐｌＪ）、
２７）リボソームタンパク質Ｌ７／Ｌ１２（ｒｐｌＬ）、
２８）細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＤＮＡ結合タンパク質ＨＵ（ｈｕｐ）、２９）５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２８（ｒｐｍＢ）、
３０）ホスホトランスフェラーゼ系セロビオース特異的成分IIＢ（ｌａｃＥ）、
３１）Ｆ０Ｆ１型ＡＴＰシンターゼαサブユニット（ａｔｐＡ）、
３２）ＡＢＣ型糖輸送系（ＡＴＰアーゼ成分）（ｍａｌＫ）、
３３）アセトインデヒドロゲナーゼ複合体Ｅ１成分αサブユニット（ａｃｏＡ）、
３４）細胞分裂タンパク質（ｄｉｆｌＶＡ又はｆｔｓＡ）、
３５）ＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼ（ｇｌｆ）、
３６）グルタミルアミノペプチダーゼ（ｆｒｖＸ）、
３７）予測デヒドロゲナーゼ関連タンパク質（predicted dehydrogenase related protein）（ｍｖｉＭ）、
３８）リボソームタンパク質Ｓ２、
３９）翻訳開始因子３（ＩＦ−３）（ｉｎｆＣ）、
４０）リボソームタンパク質Ｌ４（ｒｐｌＤ）及びリボソームタンパク質Ｌ２３（ｒｐｌＷ）及びリボソームタンパク質Ｌ２（ｒｐｌＢ）、
４１）ＥＭＡＰドメイン（ｙｄｊＤ）、
４２）転写延長因子（ｇｒｅＡ）、
４３）ＡＴＰ依存性Ｃｌｐプロテアーゼのプロテアーゼサブユニット（ｃｌｐＰ）、
４４）リボソームタンパク質Ｌ１５（ｒｐｌＯ）、
４５）リボソームタンパク質Ｌ１１（ｒｐｌＫ）、
４６）リボソームタンパク質Ｓ８（ｒｐｓＨ）、
４７）リボソームタンパク質Ｌ２１（ｒｐｌＵ）、
４８）リボソームタンパク質Ｓ１３（ｒｐｓＭ）、
４９）リボソームタンパク質Ｓ１９（ｒｐｓＳ）及びリボソームタンパク質Ｌ２２（ｒｐｌＶ）及びリボソームタンパク質Ｌ１６（ｒｐｌＰ）及びリボソームタンパク質Ｌ１４（ｒｐｌＮ）、
５０）リボソームタンパク質Ｓ１０（ｒｐｓＪ）、
５１）コシャペロニンＧｒｏＥＳ（Ｈｓｐ１０）（ｃｐｎ１０）、
５２）リボソームタンパク質Ｌ２４（ｒｐｌＸ）、及び
５３）仮説的タンパク質ＬＡＣＲ＿０１３７（hypothetical protein LACR_0137）（ｄｕｆ９６５）
【００２０】
本発明は、組換え核酸を提供し、そのプロモータ（Ｐ）は、ラクトコッカス、好ましくは、ラクトコッカス・ラクティスの以下の遺伝子の天然プロモータ、並びに該天然プロモータの機能的変異体及び機能的断片から成る群から選択される。
１）ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、β’サブユニット／１６０ｋＤサブユニット（ｒｐｏＣ）、
３）非ヘム鉄結合フェリチン（ｄｐｓＡ）、
４）ピルビン酸キナーゼ（ｐｙｋ）、
５）グルタミニル−ｔＲＮＡシンセターゼ（ｇｌｔＸ）、
６）ホスホピルビン酸ヒドラターゼ（ｅｎｏ）、
９）ジペプチダーゼＰｅｐＶ（ｐｅｐＶ）、
１２）グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ｇａｐＢ）、
１３）酢酸キナーゼ（ａｃｋＡ）、
１８）フルクトースビスリン酸アルドラーゼ（ｆｂａＡ）、
２０）スーパーオキシドジスムターゼ（ｓｏｄＡ）、
２１）リボソームタンパク質Ｓ１２（ｒｐｓＬ）及びリボソームタンパク質Ｓ７（ｒｐｓＧ）、
２２）リボソームタンパク質Ｌ１８（ｒｐｌＲ）及びリボソームタンパク質Ｓ５（ｒｐｓＥ）及びリボソームタンパク質Ｌ３０／Ｌ７Ｅ（ｒｐｍＤ）、
２４）リボソームタンパク質Ｌ１９（ｒｐｌＳ）、
２６）リボソームタンパク質Ｌ１０（ｒｐｌＪ）、
２８）ＨＵ様ＤＮＡ結合タンパク質（HU-like DNA-binding protein）（ｈｌｌＡ）、
２９）５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２８（ｒｐｍＢ）、
３０）ホスホトランスフェラーゼシステムIIＢ成分（ｐｔｃＢ）、
３１）Ｆ０Ｆ１型ＡＴＰシンターゼαサブユニット（ａｔｐＡ）、
３２）マルチプル糖結合輸送ＡＴＰ結合タンパク質（multiple sugar-binding transport ATP-binding protein）（ｍｓｍＫ）、
３３）ピルビン酸デヒドロゲナーゼＥ１成分αサブユニット（ｐｄｈＡ）、
３４）細胞分裂タンパク質（ｄｉｆｌＶＡ又はｆｔｓＡ）、
３５）ＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼ（ｇｌｆ１）、
３６）グルタミルアミノペプチダーゼ（ｐｅｐＡ）、
３７）予測デヒドロゲナーゼ関連タンパク質（predicted dehydrogenase related protein）（ｌｌｍｇ０２７２）、
３８）リボソームタンパク質Ｓ２（ｒｐｓＢ）、
３９）翻訳開始因子３（ＩＦ−３）（ｉｎｆＣ）、
４０）リボソームタンパク質Ｌ４（ｒｐｌＤ）及びリボソームタンパク質Ｌ２３（ｒｐｌＷ）及びリボソームタンパク質Ｌ２（ｒｐｌＢ）、
４１）フェニルアラニル−ｔＲＮＡシンセターゼβ鎖（ｐｈｅＴ）、
４２）転写伸長因子ＧｒｅＡ（ｇｒｅＡ）、
４３）ＡＴＰ依存性Ｃｌｐプロテアーゼタンパク質分解サブユニット（ATP- dependent Clp protease proteolytic subunit）（ｃｌｐＰ）、
４４）リボソームタンパク質Ｌ１５（ｒｐｌＯ）、
４５）リボソームタンパク質Ｌ１１（ｒｐｌＫ）、
４６）リボソームタンパク質Ｓ８（ｒｐｓＨ）、
４７）リボソームタンパク質Ｌ２１（ｒｐｌＵ）、
４８）リボソームタンパク質Ｓ１３（ｒｐｓＭ）、
４９）リボソームタンパク質Ｓ１９（ｒｐｓＳ）及びリボソームタンパク質Ｌ２２（ｒｐｌＶ）及びリボソームタンパク質Ｌ１６（ｒｐｌＰ）及びリボソームタンパク質Ｌ１４（ｒｐｌＮ）、
５０）リボソームタンパク質Ｓ１０（ｒｐｓＪ）、
５１）コシャペロニンＧｒｏＥＳ（Ｈｓｐ１０）（ｇｒｏＥＳ）、
５２）リボソームタンパク質Ｌ２４（ｒｐｌＸ）、及び
５３）推定ホリデイジャンクションレゾルバーゼ（putative holiday junction resolvase）（ｌｌｍｇ＿０１５１）
【００２１】
さらにより好ましい実施の形態では、本発明は、組換え核酸を提供し、そのプロモーター（Ｐ）は、ラクトコッカス、好ましくはラクトコッカス・ラクティスの表１に記載の以下の遺伝子の天然プロモータから成る群から選択される。
１）ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、β’サブユニット／１６０ｋＤサブユニット（ｒｐｏＣ）、
３）非ヘム鉄結合フェリチン（ｄｐｓＡ）、
４）ピルビン酸キナーゼ（ｐｙｋ）、
５）グルタミニル−ｔＲＮＡシンセターゼ（ｇｌｔＸ）、
６）ホスホピルビン酸ヒドラターゼ（ｅｎｏ）、
９）ジペプチダーゼＰｅｐＶ（ｐｅｐＶ）、
１２）グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ｇａｐＢ）、
１３）酢酸キナーゼ（ａｃｋＡ）、
１８）フルクトースビスリン酸アルドラーゼ（ｆｂａＡ）、
２０）スーパーオキシドジスムターゼ（ｓｏｄＡ）、
２１）リボソームタンパク質Ｓ１２（ｒｐｓＬ）及びリボソームタンパク質Ｓ７（ｒｐｓＧ）、
２２）リボソームタンパク質Ｌ１８（ｒｐｌＲ）及びリボソームタンパク質Ｓ５（ｒｐｓＥ）及びリボソームタンパク質Ｌ３０／Ｌ７Ｅ（ｒｐｍＤ）、
２４）リボソームタンパク質Ｌ１９（ｒｐｌＳ）、
２６）リボソームタンパク質Ｌ１０（ｒｐｌＪ）、
２８）ＨＵ様ＤＮＡ結合タンパク質（ｈｌｌＡ）、
２９）５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２８（ｒｐｍＢ）、及び
３０）ホスホトランスフェラーゼシステムIIＢ成分（ｐｔｃＢ）
【００２２】
さらなる好ましい一実施形態では、本発明は、プロモーターとは異種の１つ又は複数のオープンリーディングフレームと操作可能に連結されるプロモーター２８）細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＨＵ様ＤＮＡ結合タンパク質（ｈｌｌａ又はｈｕｐ）を含む組換え核酸を提供する。さらに好ましくは、上記プロモーターはＰｈｌｌＡプロモーターである。
【００２３】
さらなる好ましい一実施形態では、本発明は、それぞれ、プロモーター３）非ヘム鉄結合フェリチン（ｄｐｓＡ又はＬＡＣＲ_２３１１）、プロモーター９）ジペプチダーゼＰｅｐＶ（ｐｅｐＶ又はＬＡＣＲ_０９０８）、又はプロモーター２０）スーパーオキシドジスムターゼ（ｓｏｄＡ又はＬＡＣＲ_０４５８）を含む組換え核酸を提供し、上記プロモーターは、プロモーターとは異種の１つ又は複数のオープンリーディングフレームと操作可能に連結される。さらに好ましくは、上記プロモーターはＰｄｐｓＡ、ＰｐｅｐＶ又はＰｓｏｄＡプロモーターである。
【００２４】
好ましい一選択では、本発明は、プロモーター（Ｐ）とは異種の１つ又は複数のオープンリーディングフレームと操作可能に連結されるプロモーター（Ｐ）を含む組換え核酸を提供し、この場合、プロモーター（Ｐ）は、上記の１）〜３０）、又は表１に列挙されたラクトコッカスの遺伝子の天然プロモーター、好ましくはＰｈｌｌＡ、ＰｄｐｓＡ、ＰｐｅｐＶ又はＰｓｏｄＡプロモーター、並びに上記天然プロモーターの機能的変異体及び機能的断片を含む又はこれらから成る群から選択される。
【００２５】
さらなる好ましい一実施形態では、上記遺伝子、そしてそれぞれの天然プロモーター並びにその機能的変異体及び機能的断片は、ラクトコッカス・ラクティスから得られる。
【００２６】
関連の例示的態様では、本発明の組換え核酸を含むベクター；染色体に組込まれる発現カセット、本発明の組換え核酸又はそれを含むベクターで形質転換される宿主細胞；宿主細胞における上記オープンリーディングフレームによりコードされる好ましくは１つ又は複数のポリペプチドの発現産物の発現を達成するための本発明の組換え核酸の使用；上記宿主細胞を用いて、所望の発現産物好ましくはポリペプチドの、組換え発現方法と単離方法；このような宿主細胞によるヒト又は動物への、治療的関連発現産物、好ましくはポリペプチド、例えば抗原及び／又は非ワクチン性治療活性ポリペプチドのｉｎ  ｓｉｔｕ送達を含む治療方法；そして上記送達を促進するための医薬の製造のための宿主細胞の関連使用；上記宿主細胞を含む薬学的組成物等も提供される。
【００２７】
本発明のこれらの及びさらなる態様並びに好ましい実施形態は、以下の項で、及び添付の特許請求の範囲において記載される。
【図面の簡単な説明】
【００２８】
【図１】（Ａ〜Ｊ）好ましいプロモーター配列を示す。
【図２】ラクトコッカス・ラクティス ＭＧ１３６３ポリペプチドの電気泳動分離を示す。
【図３】クローニング戦略を示す。
【図４】プロモーター−Ｕｓｐ４５−ｈ［Ｇｌｙ２］ＧＬＰ２融合体のサブ−クローニングを示す図である。Ｐは、以下のプロモーターのいずれかを意味する：Ｐ１（Waterfield, et al. 1995）、ＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター）及びＰｈｌｌＡ（細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＤＮＡ結合タンパク質ＨＵのプロモーター）；ｕｓｐ４５は、野生型ｕｓｐ４５分泌シグナル（van Asseldonk, et al. 1990）又はその突然変異型、例えばＵｓｐ４５  Ｎ４（この場合、４位のリシンがアスパラギンにより置換された）を意味する；Ｅｍは、エリスロマイシン選択マーカーを意味する；ｏｒｉは、複製の起点を意味する。
【図５】抗ｈＧＬＰ２抗体により明示される組換えラクトコッカス・ラクティス株によるｈ［Ｇｌｙ２］ＧＬＰ−２の産生及び分泌を示す図である。（Ａ）ｈ［Ｇｌｙ２］ＧＬＰ−２の分泌を示す。１μｇの組換えｈＧＬＰ−２を陽性対照として装填した。（Ｂ）ｈ［Ｇｌｙ２］ＧＬＰ−２の細胞性産生及び分泌を示す。ブロット上の各レーンは、３時間の増殖後に得られた１ｍｌのラクトコッカス・ラクティス細胞画分又は培養上清を表す。ＳｅｅＢｌｕｅ（登録商標）Ｐｌｕｓ２（Invitrogen）を分子量マーカー（ＭＷ）として用いた。
【図６】ラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３及びこの試験に用いられる種々のｈｌＬ−１０発現菌株の比較図である。構築中、ｈｌＬ−１０発現カセットは、それぞれｔｈｙＡ及びｈｌＬ−１０発現カセットの上流並びに下流の同一配列での相同組換えによりラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３染色体中に組込まれる。組換え点は、図中では×で表されている。このことによって、発現カセットの外側の全てのＤＮＡ配列が上記菌株に関して同一であることが想定される。遺伝因子は、正確な縮尺率で描かれていない。
【図７】ＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター、菌株ｓＡＧＸ０００５及びＴｈｙ１２）からのｈｌＬ−１０発現と、（Ａ）ＰｄｐｓＡプロモーター（ＤＮＡ結合フェリチン様タンパク質、配列番号３、ｓＡＧＸ００１２）、（Ｂ）ＰｐｅｐＶ（Ｘａａ−Ｈｉｓジペプチダーゼプロモーター、配列番号９又は１５８、菌株ｓＡＧＸ００１８）、（Ｃ）ＰｓｏｄＡ（スーパーオキシドジスムターゼプロモーター、配列番号２０、ｓＡＧＸ００２９）及び（Ｄ）ＰｈｌｌＡ（細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＤＮＡ結合タンパク質ＨＵのプロモーター、配列番号２８、菌株ｓＡＧＸ００３７）からのｈｌＬ−１０発現との比較を示す図である。「プロモーター」は、ｈｌＬ−１０遺伝子の前部に存在するプロモーターを示す。
【図８】１０９個のＭＧ１３６３、ｓＡＧＸ０００５及びｓＡＧＸ００３７細胞当たりのｈｌＬ−１０発現の比較を示す図である。
【図９】ラクトコッカス・ラクティス ＭＧ１３６３及びこの試験に用いられる種々のｈＴＦＦ発現菌株の比較図である。構築中、ＴＦＦ発現カセットは、それぞれｔｈｙＡ及びＴＦＦ発現カセットの上流並びに下流の同一配列での相同組換えによりラクトコッカス・ラクティス ＭＧ１３６３染色体中に組込まれる。組換え点は、図中では×で表されている。このことによって、発現カセットの外側の全てのＤＮＡ配列が上記菌株に関して同一であることが想定される。突然変異型ｕｓｐ４５は★印により示される。遺伝因子は、正確な縮尺率で描かれていない。
【図１０】（Ａ）野生型（ｗｔ）ｕｓｐ４５分泌シグナル及びｈＴＦＦ１（菌株ｓＡＧＸ００４１）と連結されたＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター）、突然変異型（ｍｕｔ）ｕｓｐ４５分泌シグナル及びｈＴＦＦ１（菌株ｓＡＧＸ００４９）と連結されたＰｈｌｌＡ（細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＤＮＡ結合タンパク質ＨＵのプロモーター、配列番号２８）、又はｗｔ  ｕｓｐ４５分泌シグナル及びｈＴＦＦ１（菌株ｓＡＧＸ００４８）と連結されたＰｈｌｌＡからのｈＴＦＦ１発現、    （Ｂ）ｗｔ  ｕｓｐ４５分泌シグナル及びｈＴＦＦ３（菌株ｓＡＧＸ００４３）と連結されたＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター）、ｗｔ  ｕｓｐ４５分泌シグナル及びｈＴＦＦ３（菌株ｓＡＧＸ００５９）と連結されたＰｄｐｓＡプロモーター（ＤＮＡ結合フェリチン様タンパク質、配列番号３）並びにｍｕｔ  ｕｓｐ４５分泌シグナル及びｈＴＦＦ３（菌株ｓＡＧＸ００５７）と連結されたＰｈｌｌＡからのｈＴＦＦ３発現の比較を示す図である。「プロモーター」及び「分泌シグナル」は、ＴＦＦ遺伝子の前部に存在するプロモーター及び分泌シグナルを示す。
【図１１】種々の指示菌株の上清のウエスタンブロット分析を示す図である。参照タンパク質を含有するレーンは、「ｈＴＦＦ１」（参照ｈＴＦＦ１）及び「ＭＷＭ」（分子量マーカー、分子量は「ｋＤａ」により示される）を用いて示されている。他のレーンは全て、上記のように採取された指示菌株の０．５ｍｌの培養上清の等価物を含有する。一次抗体は、マウスモノクローナル抗ｈＴＦＦ１：１／１０００（Abnova：カタログ番号Ｈ００００７０３１−Ｍ０２）であった。二次抗体は、ヤギ抗マウスＡＰ：１／１０００（Southern Biotech：４０５０−０４）であって、ＮＢＴ／ＢＣＩＰ（Roche  １１  ６９７  ４７１  ０００１）を用いて検出を実行した。ＭＷＭは、InvitrogenのＳｅｅＢｌｕｅ  ｐｌｕｓ２予備染色標準（カタログ番号ＬＣ５９２５）である。
【図１２】ｐＴ１ＮＸ、及びこの試験に用いられる種々のｈＰＹＹ  Ｇ９（３〜３６）発現プラスミドの構造の概略図である。ＥｃｏＲＩ−ＳｐｅＩ開放ｐＴ１ＮＸ中にＥｃｏＲＩ−ＳｐｅＩ断片としてそれぞれの発現カセットを挿入することにより、発現プラスミドｐＡＧＸ０２１１、ｐＡＧＸ０２１２及びｐＡＧＸ０２１３を得た。このように、複製の起点（ｏｒｉ）及びエリスロマイシン耐性マーカー（ＥｍＲ）のような発現カセットの外側の全てのＤＮＡ配列の構造及び位置は、全てのプラスミドに関して同一である。遺伝因子は正確な縮尺率で描かれていない。
【図１３】ｕｓｐ４５分泌シグナル及びｈＰＹＹ  Ｇ９（３〜３６）と連結されたＰ１（Waterfield et al. 1995）（プラスミドｐＡＧＸ０２１１）、ＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター、プラスミドｐＡＧＸ０２１２）及びＰｈｌｌＡ（細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＤＮＡ結合タンパク質ＨＵのプロモーター、配列番号２８、プラスミドｐＡＧＸ０２１３）からのｈＰＹＹ  Ｇ９（３〜３６）発現の比較を示す図である。全プラスミドが、ラクトコッカス・ラクティス ＭＧ１３６３中に存在した。「プロモーター」は、ｈＰＹＹ  Ｇ９（３〜３６）遺伝子の上流にあるか又はｐＴ１ＮＸ中の等価部位に存在するプロモーターを示す。
【図１４】ｐＴ１ＮＸ、及びこの試験に用いられる種々のｈＧＬＰ−１  Ｇ８（７〜３６）発現プラスミドの構造の概略図である。ＥｃｏＲＩ−ＳｐｅＩ開放ｐＴ１ＮＸ中にＥｃｏＲＩ−ＳｐｅＩ断片としてそれぞれの発現カセットを挿入することにより、発現プラスミドｐＡＧＸ０２３３及びｐＡＧＸ０２３４を得た。このように、複製の起点（ｏｒｉ）及びエリスロマイシン耐性マーカー（ＥｍＲ）のような発現カセットの外側の全てのＤＮＡ配列の構造及び位置は、全てのプラスミドに関して同一である。遺伝因子は正確な縮尺率で描かれていない。
【図１５】ｕｓｐ４５分泌シグナル及びｈＧＬＰ−１  Ｇ８（７〜３６）と連結されたＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター、プラスミドｐＡＧＸ０２３３）及びＰｈｌｌＡ（細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＤＮＡ結合タンパク質ＨＵのプロモーター、配列番号２８、プラスミドｐＡＧＸ０２３４）からのｈＧＬＰ−１  Ｇ８（７〜３６）発現の比較を示す図である。全プラスミドが、ラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３中に存在した。「プロモーター」は、ｈＧＬＰ−１  Ｇ８（７〜３６）遺伝子の上流にあるか又はｐＴ１ＮＸ中の等価部位に存在するプロモーターを示す。
【図１６】ラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３及びこの試験に用いられる種々のｈｌＬ−１０発現菌株の比較図である。構築中、ｈｌＬ−１０発現カセットは、それぞれｔｈｙＡ及びｈｌＬ−１０発現カセットの上流並びに下流の同一配列での相同組換えによりラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３染色体中に組込まれる。組換え点は、図中では×で表されている。このことによって、発現カセットの外側の全てのＤＮＡ配列が上記菌株に関して同一であることが想定される。ここで、「プロモーター」は、菌株「ｓＡＧＸ００ｘｘ」中に存在するようなプロモーターのいずれかである（表１１）。遺伝因子は、正確な縮尺率で描かれていない。
【図１７】ＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター、菌株ｓＡＧＸ０００５）からのｈＩＬ−１０発現と一連の菌株（図１６及び表１１参照）のうちのいずれか１つからのｈＩＬ−１０発現との比較を示す図である（ここで、これらのラクトコッカスプロモーターはｕｓｐ４５−ｈＩＬ−１０融合遺伝子の上流に配置された）。
【発明を実施するための形態】
【００２９】
本明細書中で用いる場合、単数形「１つの（a）」、「１つの（an）」及び「その（the）」は、別記しない限り、単数及び複数の指示対象を含める。例えば「１つの（a）細胞」は１つ又は複数の細胞を指す。
【００３０】
「〜を含んでいる（comprising）」、「〜を含む（comprises）」及び「〜から成る（comprised of）」という用語は、本明細書中で用いる場合、「〜を包含している（including）」、「〜を包含する（includes）」又は「〜を含有している（containing）」、「〜を含有する（contains）」と同義であり、そして包括的であるか又は制限がなく、付加的な非列挙成員、素子又は方法工程を排除しない。
【００３１】
終点による数的範囲の列挙は、その範囲内に含まれる全ての数及び分数、並びに列挙終点を包含する。
【００３２】
「約」という用語は、本明細書中で用いる場合、パラメータ、量、継続時間等のような測定可能な値に言及するときは、変動が開示された本発明において実施されるのが適切である限りにおいて、特定値から±２０％以下、好ましくは±１０％以下、さらに好ましくは±５％以下、さらに好ましくは±１％以下、さらに好ましくは±０．１％以下のこのような変動を包含するよう意図される。
【００３３】
本明細書中で引用される文献は全て、全体として参照により本明細書中で援用される。特に、具体的に言及される全ての文献の教示は、参照により本明細書中で援用される。
【００３４】
別記しない限り、本発明を開示するに際して用いられる用語は全て、技術的用語及び科学的用語を含めて、本発明が属する技術分野の当業者により一般に理解されるような意味を有する。さらなるガイダンスにより、その結果として生じる定義は、本発明の教示をより良好に理解するために包含される。
【００３５】
「核酸」という用語は、本明細書中で用いる場合、本質的にヌクレオチド、例えばデオキシリボヌクレオチド及び／又はリボヌクレオチドから成る任意長のポリマーを意味する。核酸は、プリン塩基及び／又はピリミジン塩基及び／又はその他の天然（例えば、キサンチン、イノシン、ヒポキサンチン）、化学的又は生化学的に修飾された（例えば、メチル化）、非天然又は誘導化したヌクレオチド塩基を含み得る。核酸の主鎖は、ＲＮＡ又はＤＮＡに典型的に見出され得るような糖及びリン酸基、及び／又は１つ又は複数の修飾糖又は置換糖及び／又は１つ又は複数の修飾リン酸基又は置換リン酸基を含み得る。「核酸」という用語は、さらに好ましくは、ＤＮＡ、ＲＮＡ及びＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド分子、具体的には例えばｈｎＲＮＡ、ｐｒｅ−ｍＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、増幅産物、オリゴヌクレオチド、並びに合成（例えば、化学合成）ＤＮＡ、ＲＮＡ又はＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを包含する。「核酸」は、二本鎖、部分二本鎖又は一本鎖であり得る。一本鎖である場合、核酸はセンス鎖又はアンチセンス鎖であり得る。さらに、核酸は環状又は線状であり得る。
【００３６】
好ましい一実施形態では、本発明のプロモーターを含む核酸は、ＤＮＡ又はＲＮＡ、さらに好ましくはＤＮＡである。
【００３７】
「組換え核酸」という用語は、組換えＤＮＡ技術を用いて一緒に結合されるセグメントから成る核酸を一般的に指す。組換え核酸が宿主生物中で複製する場合、子孫核酸も「組換え核酸」という用語内に包含される。
【００３８】
組換えＤＮＡ技術の一般原理を記述している標準的な参照研究としては、Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd ed., vol. 1-3, ed.Sambrook et al., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.,1989、Current Protocols in Molecular Biology, ed.Ausubel et al., Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York, 1992（定期的に更新）（「Ausubel et al. 1992」）、Innis et al., PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, Academic Press: San Diego, 1990 が挙げられる。微生物学の一般原理は、例えば Davis, B.D. et al., Microbiology, 3rd edition, Harper & Row,publishers, Philadelphia,Pa.（1980）に記述されている。
【００３９】
「プロモーター」とは、ＲＮＡポリメラーゼが結合し、転写を開始する核酸分子、好ましくはＤＮＡ分子上の一領域を一般的に意味する。プロモーターは、好ましくは、転写を制御する配列の上流に、即ち５’に置かれるが、必ずそうであるというわけではない。本発明において、特定プロモーターは、遺伝子名を後に付けた「Ｐ」という語で示され、例えば「ＰｔｈｙＡ」が得られるが、これは、ｔｈｙＡ遺伝子のプロモーターを意味し、「ＰｈｌｌＡ」はｈｌｌＡ遺伝子のプロモーターを意味する。
【００４０】
「天然プロモーター」という用語は、そのヌクレオチド配列が天然に存在する、例えば天然の細胞又は生物中に存在するプロモーターのものと同一であるプロモーターを指す。したがって修飾語「天然プロモーター」はプロモーターの配列と関係があり、特定の方法でプロモーターを得る又は産生する必要があると解釈されるものではない。非限定例として、このようなプロモーター配列が天然に生じるそれらの等価物のものと同一である限りにおいて、天然宿主から単離される、組換えＤＮＡ技術を用いてクローン化と増殖される、増幅法により産生される、又は合成手段により生成される等、天然宿主中のプロモーターを該用語は包含する（例えば表１参照）。
【００４１】
所定の遺伝子のプロモーターの天然配列は、ラクトコッカスの種、亜種及び／又は菌株間の天然遺伝的多様性のため、異なる種のラクトコッカス間で、及び／又は単一種のラクトコッカス内の異なる亜種間で、及び／又は単一種又は亜種のラクトコッカス内の異なる菌株間で異なり得ると当業者は理解する。したがってこのような多様であるが、天然に見出されるプロモーター配列は天然であるとみなされる。
【００４２】
当業者は一般的に、天然細菌プロモーター、例えばラクトコッカスのプロモーターを予測し、同定し得る。それにもかかわらず、付加的ガイダンスを提供するために、天然プロモーターはしばしば、細菌、好ましくはラクトコッカス種からのゲノム配列又はその一部を分析すること；その中でオープンリーディングフレーム、即ち翻訳開始コドン（好ましくはＡＴＧ）で開始し、翻訳終止コドン（例えばＴＡＡ、ＴＡＧ又はＴＧＡ）で終わり、任意の内部インフレーム翻訳終止コドンを含有しない一連のコードヌクレオチドトリプレットを同定すること；そして上記翻訳開始コドンの上流の配列を分析して、インフレーム翻訳終止コドンを生じる場所の上流に最上流翻訳開始コドンを配置することにより同定され得る。好ましくは、そのように同定されたオープンリーディングフレームの転写は、実験的に、例えばノーザンブロッティング又はＲＴ−ＰＣＲにより立証することができ、そして転写開始部位（例えば最上流の及び／又はおそらくは１つ又は複数のより下流の翻訳開始コドンに隣接する）は、例えばｃＤＮＡ末端の５’迅速増幅法（５’−ＲＡＣＥ）を用いて評価され得る。
【００４３】
典型的には、最上流翻訳開始コドン（及び／又は実験的証拠がそのように示す場合には、１つ又は複数のより下流の翻訳開始コドン）の５’側に隣接し、近位の配列は、上記ＯＲＦの転写に関与する天然プロモーターを含み得る。好ましい例として、転写開始コドンの最初のヌクレオチドが＋１で示され（例えばＡＴＧコドンのＡヌクレオチドは＋１である）そしてその直５’側のヌクレオチドが−１で示される場合には、配列がプロモーター活性を示す限りにおいて「天然プロモーター」という用語は約−５００から約＋５０まで、例えば約−５００から約＋２０まで、約−５００から約＋１０まで、約−５００から約＋５まで、約−５００から約＋２まで、又は約−５００から約−１まで；好ましくは約−４００から約＋５０まで、例えば好ましい例では、約−４００から約＋２０まで、例えば約−４００から約＋１０まで、約−４００から約＋５まで、約−４００から約＋２まで、又は約−４００から約−１まで；さらに好ましくは約−３００から約＋５０まで、好ましい例では、約−３００から約＋２０まで、例えば約−３００から約＋１０まで、約−３００から約＋５まで、約−３００から約＋２まで、又は約−３００から約−１まで；例えば好ましい例では、約−２００から約＋５０まで、さらなる好ましい例では、約−２００から約＋２０まで、例えば約−２００から約＋１０まで、約−２００から約＋５まで、約−２００から約＋２まで、又は約−２００から約−１まで；或いは例えば他の好ましい例では、約−１００から約＋５０まで、さらなる好ましい例では、約−１００から約＋２０まで、例えば約−１００から約＋１０まで、約−１００から約＋５まで、約−１００から約＋２まで、又は約−１００から約−１までの配列を指し得る。
【００４４】
本発明の組換え核酸中の天然ラクトコッカスプロモーターの機能的変異体の使用も、意図される。「変異体」という用語は、対応する天然配列、例えば対応する天然ラクトコッカスプロモーターの配列と実質的に同一である（即ちおおむね同一であるが、しかし全く同一であるというわけではない）配列を指す。「実質的に同一の」とは、少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％同一、さらに好ましくは、少なくとも８０％同一、例えば少なくとも８５％同一、さらに好ましくは少なくとも９０％同一、例えば少なくとも９１％同一、９２％同一、さらに好ましくは少なくとも９３％同一、例えば９４％同一、さらに好ましくは少なくとも９５％同一、例えば少なくとも９６％同一、さらに好ましくは少なくとも９７％同一、例えば少なくとも９８％同一、及び最も好ましくは少なくとも９９％同一であることを指す。配列アラインメント及び配列同一性の確定は、例えば元はAltschul et al.（1990）により記載された基本的局所的アラインメント検索ツール（ＢＬＡＳＴ）、例えばTatusova and Madden（1999）により記載された「Ｂｌａｓｔ２配列」アルゴリズムを用いて実行され得る。
【００４５】
本発明の組換え核酸中の天然ラクトコッカスプロモーターの機能的断片の使用も、意図される。本明細書中で用いる場合、「断片」という用語は、天然配列、例えば天然ラクトコッカスプロモーター又はその変異体と比較した場合に１つ又は複数のヌクレオチドの５’及び／又は３’欠失を有する配列を指すが、しかしこの場合、断片の残りの核酸配列は天然ラクトコッカスプロモーター又はその変異体の配列中の対応する位置と同一である。断片の残りの配列は、本発明の方法により同定されるような、例えば表１の特定配列番号により提示されるような、それぞれの天然ラクトコッカスプロモーター又はその変異体の核酸配列の少なくとも３０％、例えば少なくとも４０％、さらに好ましくは少なくとも５０％、例えば少なくとも６０％、さらに好ましくは少なくとも７０％、例えば少なくとも８０％又は少なくとも８５％、さらに好ましくは少なくとも９０％、例えば少なくとも９５％以上を表し得る。
【００４６】
「機能的」という用語は、上記のようなプロモーターの変異体及び断片に関しては、特定の変異体及び断片が、プロモーター活性、即ち対応する天然プロモーターのＲＮＡポリメラーゼを結合し、転写を開始する能力を少なくとも部分的に保有しているということを指す。好ましくはこのような機能的変異体又は機能的断片は、対応する天然プロモーターの活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも６０％、さらに好ましくは少なくとも７０％、例えば少なくとも８０％、さらに好ましくは少なくとも８５％、例えば少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％又は８９％、さらに好ましくは少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、最も好ましくは少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、少なくとも９７％、非常に好ましくは少なくとも９８％又は少なくとも９９％を保有し得る。さらにまた好ましくは、このような機能的変異体又は機能的断片は、対応する天然プロモーターより高い活性を有することさえある。
【００４７】
実施形態において、本発明の組換え核酸は、２つ以上の本発明のプロモーター（Ｐ）及び／又は機能的変異体及び／又は機能的断片を含むことさえあるということも当業者は理解し得る。例えば上記のプロモーター、機能的変異体又は機能的断片（同一であっても又は異なっていてもよい）は、上記組換え核酸内の異なる転写単位と操作可能に連結され、そしてその発現を制御し得る。代替的には或いはさらに、単一転写単位の発現は、同一である又は異なり得る、それと操作可能に連結された２つ以上のプロモーター（複数可）、機能的変異体（複数可）及び／又は機能的断片（複数可）により制御され得る。例えばプロモーター活性を有する２つ以上の上記素子と単一転写単位との操作可能な結合は、上記単位の転写のレベルをさらに増大し得る。非限定例として、このようなプロモーター、機能的変異体及び／又は機能的断片は、逐次的に、例えばそれぞれの転写単位の上流に整列され得る。
【００４８】
さらに代替的には、本発明は、本発明の異なるプロモーター、機能的変異体及び／又は機能的断片由来の２つ以上の部分を包含し、一緒になって新規のプロモーターを構成するキメラプロモーターを含む組換え核酸も想定する。
【００４９】
当業者は、プロモーターの活性を評価する技法を承知している。例えばプロモーターとしてのその活性が確定されようとしている核酸配列は、レポーター配列、好ましくはレポーターコード配列、例えば緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）又はクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ）等と操作可能に連結されるよう、組換えレポーター構築物中に挿入され、そして該レポーター構築物が宿主細胞又は所望の生物中に導入された場合、レポーターｍＲＮＡ（例えばノーザンブロッティング、定量的ＲＴ−ＰＣＲ等により）、及び／又はタンパク質（例えばウエスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡ、蛍光活性又は酵素活性の測定等により）の発現及び／蓄積が評価され得る。
【００５０】
例示的な好ましい一実施形態では、発現が測定される生物と異種である、例えば細菌と異種である、好ましくはラクトコッカスと異種である、さらに好ましくはラクトコッカス・ラクティスと異種であるタンパク質に関して発現が測定され得る。例えば好ましい一実施形態では、細菌、好ましくはラクトコッカス、さらに好ましくはラクトコッカス・ラクティスにおける発現は、真核生物起源のポリペプチドをコードする遺伝子に関して、さらに好ましくは（本明細書中の他の箇所に記載されるような）本発明の核酸を用いて発現が意図された治療的関連ポリペプチド、好ましくはＧＬＰ−２、ＧＬＰ−１、ＰＹＹ及びＴＦＦをコードする遺伝子のいずれかに関して、そしてさらに好ましくは免疫調節ポリペプチド、サイトカイン、増殖因子又はインターロイキンのいずれか、例えば非常に好ましくはｈＩＬ−１０に関して、評価され得る。評価した核酸配列に関してそのように測定された値は、このような配列内に含まれる潜在的プロモーターの活性又は強度を示す。このようなプロモーター活性アッセイの比較性を確保するために、評価した核酸配列以外の条件はほぼ同一に、又は理想的には異なるアッセイ間で同一に保持されるべきであるということも当業者は理解する。このような条件は、例として、細胞中に導入されるレポーター構築物の量、上記導入に用いられる形質転換法、評価したレシピエント細胞のゲノム中のこのような構築物の組み込みの数及び部位、及び／又は測定時点でのレシピエント宿主細胞の状態（例えば増殖期、例えば好ましくは対数増殖期）等を含み得る。発現遺伝子としてｈＩＬ−１０を用いるラクトコッカス・ラクティスレシピエント細胞におけるプロモーターの強度を測定する例示的一方法は、実施例２に示される。発現遺伝子としてＧＬＰ２を用いるラクトコッカス・ラクティス及びラクトバチルス・カゼイ（Lactobacillus casei）レシピエント細胞におけるプロモーターの強度を測定するさらなる例示的一方法は、実施例３及び実施例４に示される。ここで発現遺伝子としてＧＬＰ１、ｈＰＹＹ、ｈＩＬ−１０及びＴＦＦを用いるラクトコッカス・ラクティス  レシピエント細胞におけるプロモーターの強度を測定するさらなる例示的方法は、実施例５〜実施例９に示される。レシピエント細胞としてラクトバチルス・カゼイを用いる実験は、同様の結果を生じる（示されていない）。
【００５１】
したがって、別のプロモーター（２）より「強力」であるといわれるプロモーター（１）は、適切なアッセイ、例えば前段落に記載されたアッセイ、例えば実施例２〜実施例９に例示されるようなアッセイにより評価された場合、有意に高い活性を示す。有意に高い活性は、例えば好ましくはｐ＜０．５又はｐ＜０．０５を有するプロモーター（１）に関するより高い活性の統計学的に有意の知見を指す。
【００５２】
プロモーター（１）の活性は、任意の程度でプロモーター（２）の活性より高く、好ましくはプロモーター（１）の活性は、プロモーター（２）の活性の値の少なくとも１％、例えば少なくとも２％、少なくとも３％又は少なくとも４％、さらに好ましくは少なくとも５％、例えば少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％又は少なくとも９％、さらに好ましくは少なくとも１０％、例えば少なくとも１５％、さらに好ましくは少なくとも２０％、例えば少なくとも３０％又は少なくとも４０％、さらに好ましくは少なくとも５０％、例えば少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％又は少なくとも９０％、さらに非常に好ましい例では、プロモーター（２）の活性の値の少なくとも１００％、少なくとも１５０％、少なくとも２００％、少なくとも２５０％、少なくとも３００％、少なくとも４００％又は少なくとも５００％プロモータ（２）の活性より高いことがあり、或いはさらなる非常に好ましい例では、プロモーター（１）の活性は、プロモーター（２）の活性より少なくとも１０倍、例えば少なくとも約５０倍、少なくとも約１００倍、少なくとも約５００倍又は少なくとも約１０００倍高いことがある。
【００５３】
したがって、プロモーター、特に本発明により開示されるプロモーターの機能的変異体又は断片を実現するために、当業者は、このような変異体（例えば標的化又は無作為突然変異誘発による）又は断片（例えば５’及び／又は３’切断による、例えば制限消化又はＰＣＲによる）を調製し、そして上記のようなそれらのプロモーター活性に関してこのような変異体又は断片を評価することを知っている。それにもかかわらず、さらなるガイダンス（これに限定されない）により、細菌プロモーターはしばしば、−１０位及び−３５位に隣接するコンセンサス配列を含むことが注目される。したがって、細菌、例えばラクトコッカスのプロモーターの機能的断片は、好ましくは、少なくとも約−１０から約−３５まで、さらに好ましくは約−８から約−４０まで、さらに好ましくは約−５から約−４０まで、又は約−５から約−４５まで、さらに好ましくは約−２又は−１から約−５０まで、天然プロモーター中の位置に対応する配列を含み得る。さらに、細菌、例えばラクトコッカスのプロモーターの機能的変異体は、好ましくは、天然同等物プロモーター中に存在するような、又は当該技術分野で既知であるような−１０位及び−３５位に隣接するコンセンサス配列を含み得る。
【００５４】
「操作可能な連結」は、調節ＤＮＡ配列及び発現するよう求められるＤＮＡ配列が発現を可能にするようなやり方における連結である。例えば、配列間の連結の性質が（１）フレームシフト突然変異の導入を生じない、（２）オープンリーディングフレームの転写に関するプロモーターの能力を妨げない、又は（３）プロモーター領域配列により転写されるオープンリーディングフレームの能力を妨げない場合、ＤＮＡ配列、例えば好ましくはプロモーター及び異種オープンリーディングフレームは、操作可能に連結されるといわれる。
【００５５】
例示的な好ましい一実施形態では、上記プロモーターは、操作可能に連結されるオープンリーディングフレーム（複数可）の上流、即ちその５’側に置かれ得る。
【００５６】
発現に必要とされる調節領域の明確な性質は、生物によって変わり得るが、しかし概して、原核生物においてはプロモーター（ＲＮＡ転写の開始に関する）並びにＲＮＡに転写される場合にタンパク質合成の開始を示すＤＮＡ配列の両方を含有するプロモーター領域を含む。このような領域は、普通は、転写及び翻訳の開始に関与する５’−非コード配列、例えばプリブノーボックス（参照、ＴＡＴＡ−ボックス）、シャイン・ダルガノ配列等を包含する。
【００５７】
有益には、本発明の所定のプロモーターが普通は自然状態で本来結合されるそれぞれの翻訳開始コドンは、例えばこのようなコドンからの翻訳開始を防止するよう、本発明の組換え核酸中に含まれ得ない。例えばプロモーターの３’末端は−１位又はその上流で切断され得る。代替的には、翻訳開始コドンは、突然変異し得る（例えばＡＴＧから異なるコドンに）。さらに代替的には、上記天然翻訳開始コドンが存在し、そしておそらくはさらにまた、自然状態で所定のプロモーターと結合されるオープンリーディングフレームのいくつか（例えば好ましくは２０個以下、さらに好ましくは１０個以下、さらに好ましくは５個以下、例えば多くて１個、２個、３個又は４個）のその後のコドン、並びに所望の異種オープンリーディングフレームがそこにインフレームで融合されて、融合産物を生じ得る。
【００５８】
「オープンリーディングフレーム」又はＯＲＦという用語は、翻訳開始コドン（好ましくはＡＴＧ）で開始し、そして翻訳終止コドン（例えばＴＡＡ、ＴＡＧ又はＴＧＡ）で終え、そして任意の内部インフレーム翻訳終止コドンを含有しない、そして潜在的にポリペプチドをコードし得る一連のコードヌクレオチドトリプレットを指す。それゆえ、該用語は、当該技術分野で用いられるような「コード配列」と同義であり得る。本発明の組換え核酸において、１つ又は複数のＯＲＦの翻訳開始コドンは、典型的には、翻訳の開始を制御する調節配列、例えばシャイン・ダルガノ配列と結合され得る。細菌、例えばラクトコッカスにおいて、下流翻訳開始コドンをこのような翻訳開始を制御する上記配列と結合することにより、共通上流プロモーターにより制御される２つ以上の順次ＯＲＦを含有する多シストロン性単位が作製され得ることも既知である。
【００５９】
「異種」という用語は、所定のＯＲＦとプロモーターとの間の関係に言及する場合、上記プロモーターは、自然状態で上記ＯＲＦと普通は結合されない、即ち普通は該ＯＲＦの転写を制御していないということを意味する。言い換えれば、結合は、本発明の組換え核酸において組換えＤＮＡ技法により作製される。
【００６０】
「ラクトコッカス」という用語は、一般的にラクトコッカス属を指し、そして当該技術分野でこのようなものに属すると分類される任意の分類群（例えば種、亜種、菌株）を包含する。例として、ラクトコッカスは、次の種、ラクトコッカス・ガルビエ（Lactococcus garvieae）、ラクトコッカス・ラクティス（Lactococcus lactis）、ラクトコッカス・ピスシウム（Lactococcus piscium）、ラクトコッカス・プランタラム（Lactococcus plantarum）及びラクトコッカス・ラフィノラクティス（Lactococcus raffinolactis）、並びにその任意の亜種及び菌株を包含する。
【００６１】
本発明の好ましい実施形態では、ラクトコッカスは、ラクトコッカス・ラクティスである。ラクトコッカス・ラクティスとしては、ラクトコッカス・ラクティス 亜種 クレモリス（cremoris）、ラクトコッカス・ラクティス 亜種 ホールドニアエ（hordniae）、ラクトコッカス・ラクティス 亜種 ラクティス、ラクトコッカス・ラクティス 亜種 ｂｖ．ジアセチラクティス（diacetylactis）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６２】
本発明のさらなる好ましい実施形態では、ラクトコッカス・ラクティスは、ラクトコッカス・ラクティス亜種クレモリス又はラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス、さらに好ましくはラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスであり、そしてその任意の菌株、例えばラクトコッカス・ラクティス亜種クレモリスＳＫ１１又はラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスＭＧ１３６３を包含する。
【００６３】
好ましい実施形態では、プロモーター（Ｐ）は、上記のようなラクトコッカスから、さらに好ましくは、特に２つ前の段落に上記されたような好ましいラクトコッカス分類群から得られる。
【００６４】
プロモーター（Ｐ）がラクトコッカスにおいてラクトコッカス・ラクティスｔｈｙＡプロモーターより強力であるといわれる場合、これは、少なくとも１つ、潜在的に２つ以上又は全てのラクトコッカス分類群（例えば種、亜種又は菌株）においてそれがより強力であることを意味する。好ましくはプロモーター（Ｐ）は、少なくともラクトコッカス・ラクティスにおいてそのように強力であり得る。さらにまた好ましくは、プロモーター（Ｐ）は、少なくともラクトコッカス・ラクティス亜種クレモリス及びラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス、さらに好ましくは少なくともラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスにおいてそのように強力であり得る。
【００６５】
「チミジル酸シンターゼ」という用語は酵素ＥＣ２．１．１．４５を指し、そして「ラクトコッカス・ラクティスのチミジル酸シンターゼ（ｔｈｙＡ）遺伝子」は、ラクトコッカス・ラクティス中で上記酵素をコードする遺伝子を意味する。いくつかのラクトコッカス・ラクティス分類群由来のｔｈｙＡ遺伝子の配列は、例えばラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスＭＧ１３６３（Ross et al., 1990、Steidler et al., 2003、Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号：ＡＦ４６２０７０）、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスＩＬ１４０３（Bolotin et al., 2001、Ｇｅｎｂａｎｋ遺伝子番号１１１５１９８）及びラクトコッカス・ラクティス亜種クレモリスＳＫ１１（Ｇｅｎｂａｎｋ寄託番号：ＮＣ_００８５２７、遺伝子座ＬＡＣＲ_１６３１、ゲノム遺伝子番号：４４３４１１０）から記載されている。当業者は、ラクトコッカス・ラクティスのさらなる分類群からｔｈｙＡ遺伝子相同体を同定及び単離し得る。
【００６６】
したがってｔｈｙＡ遺伝子のプロモーターは、本明細書中に記載されるような任意のｔｈｙＡ遺伝子の天然プロモーターを指す。例として、所定のｔｈｙＡプロモーターは、対応するｔｈｙＡ遺伝子の約−５００から約＋５０まで（＋１は所定のｔｈｙＡ遺伝子の翻訳開始コドンの最初のヌクレオチドを意味する）；さらなる好ましい例として、約−５００から約＋２０まで、約−５００から約＋１０まで、約−５００から約＋５まで、約−５００から約＋２まで、又は約−５００から約−１まで；約−４００から約＋５０まで、約−４００から約＋２０まで、約−４００から約＋１０まで、約−４００から約＋５まで、約−４００から約＋２まで、又は約−４００から約−１まで；約−３００から約＋５０まで、約−３００から約＋２０まで、例えば約−３００から約＋１０まで、約−３００から約＋５まで、約−３００から約＋２まで、又は約−３００から約−１まで；約−２００から約＋５０まで、約−２００から約＋２０まで、例えば約−２００から約＋１０まで、約−２００から約＋５まで、約−２００から約＋２まで、又は約−２００から約−１まで；或いは約−１００から約＋５０まで、約−１００から約＋２０まで、例えば約−１００から約＋１０まで、約−１００から約＋５まで、約−１００から約＋２まで、又は約−１００から約−１までの核酸配列を、配列が自然状態でｔｈｙＡプロモーターとほぼ同一、好ましくは同一の強度を示す限り、指し得る。
【００６７】
好ましくは、本発明における参照として用いるためのｔｈｙＡプロモーターは、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスＭＧ１３６３由来のｔｈｙＡ遺伝子のプロモーターであり、そして本発明のプロモーターは上記のようにそれに対してより強い。
【００６８】
実施例２に記載され、そしてSteidler et al. 2003（同書中）に基づいた例示的アッセイにおいて、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスＭＧ１３６３のｔｈｙＡプロモーターは、ＭＧ１３６３中のｔｈｙＡ遺伝子座に単一コピーで組込まれ、６．５ｎｇ／１×１０９細菌のヒトＩＬ−１０を発現する。したがってｔｈｙＡプロモーターより強力である本発明のプロモーターは、上記アッセイにおいて、６．５ｎｇ／１×１０９細菌を超える、好ましくは７ｎｇ／１×１０９細菌以上、例えば８ｎｇ／１×１０９以上又は９ｎｇ／１×１０９細菌以上、さらに好ましくは１０ｎｇ／１×１０９細菌以上、例えば１１ｎｇ／１×１０９細菌以上、１２ｎｇ／１×１０９細菌以上、１３ｎｇ／１×１０９細菌以上又は１４ｎｇ／１×１０９細菌以上、さらに好ましくは１５ｎｇ／１×１０９細菌以上、さらに好ましくは２０ｎｇ／１×１０９細菌以上、例えば２５ｎｇ／１×１０９細菌以上、３０ｎｇ／１×１０９細菌以上、３５ｎｇ／１×１０９細菌以上又は４０ｎｇ／１×１０９細菌以上、もっとも好ましくは５０ｎｇ／１×１０９細菌以上又はそれ以上、例えば１００ｎｇ／１×１０９細菌以上；そしてさらなる非常に好ましい例では、２００ｎｇ／１×１０９細菌以上、例えば５００ｎｇ／１×１０９細菌以上又は１０００ｎｇ／１×１０９細菌以上、又は２０００ｎｇ／１×１０９細菌以上、又は５０００ｎｇ／１×１０９細菌以上のｈＩＬ−１０の発現を達成し得る。
【００６９】
例えば実施例３及び実施例４に記載されるようなさらなる例示的アッセイでは、ＭＧ１３６３菌株又はカゼイ菌(L.casei)はｐＴ１ＮＸベクターを含み、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスＭＧ１３６３ｔｈｙＡプロモーターは、ヒトＧＬＰ−２遺伝子を発現する。これに従い、本発明のプロモーター、例えばＰｈｌｌＡプロモーターは、１ｍｌの培養物の等価物が対数期の終了時に回収され、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ上に載せられ、そしてウエスタンブロットにより分析される場合、ｔｈｙＡプロモーターより強力であり、本発明のプロモーターにより発現されるＧＬＰ−２の量はｔｈｙＡプロモーターによるものよりも高い。さらなる例示的アッセイは、実施例５〜実施例９に記載される。
【００７０】
関連の実施形態では、本発明はこのように、プロモーター（Ｐ）と異種の１つ又は複数のオープンリーディングフレーム（例えば、GLP-2 遺伝子、hlL-10 遺伝子、GLP-1 遺伝子、hPYY 遺伝子 又は TTF 遺伝子）と操作可能に連結されるプロモーター（Ｐ）を含む組換え核酸も提供し、そのプロモーターは、発明の概要の項の１）〜５３）で列挙されたラクトコッカス遺伝子の天然プロモーター、好ましくは、そのプロモータ（Ｐ）は、１）ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、β’サブユニット／１６０ｋＤサブユニット（ｒｐｏＣ）、３）非ヘム鉄結合フェリチン（ｄｐｓＡ）、４）ピルビン酸キナーゼ（ｐｙｋ）、５）グルタミニル−ｔＲＮＡシンセターゼ（ｇｌｔＸ）、６）ホスホピルビン酸ヒドラターゼ（ｅｎｏ）、９）ジペプチダーゼＰｅｐＶ（ｐｅｐＶ）、１２）グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ｇａｐＢ）、１３）酢酸キナーゼ（ａｃｋＡ）、１８）フルクトース二リン酸アルドラーゼ（ｆｂａＡ）、２０）スーパーオキシドジスムターゼ（ｓｏｄＡ）、２１）リボソームタンパク質Ｓ１２（ｒｐｓＬ）及びリボソームタンパク質Ｓ７（ｒｐｓＧ）、２２）リボソームタンパク質Ｌ１８（ｒｐｌＲ）及びリボソームタンパク質Ｓ５（ｒｐｓＥ）及びリボソームタンパク質Ｌ３０／Ｌ７Ｅ（ｒｐｍＤ）、２４）リボソームタンパク質Ｌ１９（ｒｐｌＳ）、２６）リボソームタンパク質Ｌ１０（ｒｐｌＪ）、２８）ＨＵ様ＤＮＡ結合タンパク質（ｈｌｌＡ）、２９）５０Ｓリボソームタンパク質Ｌ２８（ｒｐｍＢ）、３０）ホスホトランスフェラーゼ系IIＢ成分（ｐｔｃＢ）（表１に１）〜５３）で記載）、の遺伝子の天然プロモーターから成る群から選択される、列挙されたラクトコッカス遺伝子の天然プロモーターであり、さらに好ましくは表１の１）、３）〜６）、９）、１２）、１３）、１８）、２０）〜２２）、２４）、２６）及び２８）〜３０）で列挙されたプロモーター、さらに好ましくは２８）で記載されたＰｈｌｌＡプロモーター、３）で記載されたＰｄｐｓＡプロモーター、９）で記載されたＰｐｅｐＶプロモーター、あるいは２０）で記載されたＰｓｏｄＡプロモーター、並びに上記天然プロモーターの機能的変異体及び機能的断片を含む又はそれらから成る群から選択される。またプロモーター（Ｐ）は、配列番号１、３〜６、９、１２、１３、１８、２０〜２２、２４、２６、２８〜５４、１６０、１６３〜１６５、１６７、１６９、１７１〜１８０で記述される核酸、並びにこの天然プロモーターの機能的変異体及び機能的断片を含む又はそれらから成る群から選択されることが好ましい。
【００７１】
上記の名称は当業者には明らかであり、そして種々のラクトコッカス分類群（例えば種、亜種及び菌株）、例えば上記の好ましいラクトコッカス分類群由来の特定の遺伝子を教示する。それにもかかわらず、さらなるガイダンスに基づいて、ラクトコッカス・ラクティス亜種クレモリスＳＫ１１（ＳＫ１１の全長ゲノム配列に関するＧｅｎｂａｎｋ寄託番号：ＮＣ＿００８５２７）及び亜種ラクティスＭＧ１３６３から単離される上記遺伝子を同定する特有の遺伝子番号について、下記の表１は言及する。遺伝子番号は、Maglott et al. 2005に記載されているＮＣＢＩの「Ｅｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ」データベース（www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene）中で上記遺伝子を独自に同定する。これに基づいて、ＳＫ１１及び／又はＭＧ１３６３以外のラクトコッカスのさらなる分類群、例えば本明細書中に教示されるような好ましい種、亜種及び菌株から上記遺伝子の相同体を同定及び単離し得る。「相同体」とは、本明細書中で用いる場合、共通の先祖を元としているため類似している（例えば好ましくは本明細書中に記載されるように実質的に同一であり得る）２つ以上の異なる分類群由来の配列、特に遺伝子を指す。ＳＫ１１及び／又はＭＧ１３６３由来の上記の遺伝子の相同体は、好ましくは他のラクトコッカス分類群において同一機能を遂行する。
【００７２】
本明細書の教示に従って、そして当業界における一般知識を用いて、ＳＫ１１及び／又はＭＧ１３６３から表１に列挙される遺伝子、又はさらなるラクトコッカス分類群由来のその相同体の発現を制御する天然プロモーターを、当業者は同定及び単離し得る。（多シストロン性転写単位に見出される遺伝子の発現を制御するが、それらの翻訳開始コドンの直ぐ上流のプロモーターを含有しないプロモーターを含む。例えばＳＫ１１及び／又はＭＧ１３６３における場合、実例として、ｒｐｓＬの上流に両方の転写を指示するプロモーターを有するｒｐｓＬ−ｒｐｓＧ；又は、ｒｐｓＬの上流に、全ての転写を指示するプロモーターを有するｒｐｌＲ−ｒｐｓＥ−ｒｐｍＤ；又は、ｒｐｌＤの上流に全ての転写を指示するプロモーターを有するｒｐｌＤ−ｒｐｌＷ−ｒｐｌＢ；又は、全ての転写を指示するｒｐｓＳの上流に、全ての転写を指示するプロモーターを有するｒｐｓＳ−ｒｐｌＶ−ｒｐｌＰ−ｒｐｌＮ；又は翻訳開始因子１（ＩＦ−１）をコードする上流遺伝子ｉｎｆＡの上流に、ｒｐｓＭの転写を指示するプロモーターを有するｒｐｓＭ）
【００７３】
好ましい一実施形態では、本発明は、プロモーター（Ｐ）と異種の１つ又は複数のオープンリーディングフレームと操作可能に連結されるプロモーター（Ｐ）を含む組換え核酸も提供し、この場合、プロモーター（Ｐ）は、発明の概要の項の１）〜３０）で列挙されたラクトコッカス遺伝子の天然プロモーター（即ち、表１の最初の３０の遺伝子）、さらに好ましく表１の１）、３）〜６）、９）、１２）、１３）、１８）、２０）〜２２）、２４）、２６）及び２８）〜３０）で列挙されたプロモーター、さらに好ましくは２８）で記載されたＰｈｌｌＡプロモーター、３）で記載されたＤＮＡ結合フェリチン様タンパク質（酸化的損傷保護物質）（ｄｐｓ）プロモーター、９）で記載されたＸａａ−Ｈｉｓジペプチダーゼ（ａｒｇＥ又はｐｅｐＶ）プロモーター、あるいは２０）で記載されたスーパーオキシドジスムターゼ（ｓｏｄＡ）プロモーター、並びに上記天然プロモーターの機能的変異体及び機能的断片を含む又はそれらから成る群から選択される。
【００７４】
好ましい一実施形態では、本発明は、プロモーター（Ｐ）と異種の１つ又は複数のオープンリーディングフレームと操作可能に連結されるプロモーター（Ｐ）を含む組換え核酸を提供し、この場合、プロモーター（Ｐ）は、配列番号１〜５４及び１５７〜１８０並びにその相同体、さらに好ましくは配列番号１、３〜６、９、１２、１３、１８、２０〜２２、２４、２６、２８〜５４、１６０、１６３〜１６５、１６７、１６９、１７１〜１８０、並びに該天然プロモーターの機能的変異体及び機能的断片、さらに好ましくは配列番号１、３〜６、９、１２、１３、１８、２０〜２２、２４、２６、２８〜３０、１６０、１６３〜１６５、１６７、１６９及び１７１、並びに該天然プロモーターの機能的変異体及び機能的断片、好ましくは配列番号２８、３、９、１５８及び／又は２０並びにその機能的変異体及び機能的断片、で記述される核酸を含む又はそれらから成る群から選択される。
【００７５】
配列番号１〜５４及び１５７〜１８０の上記配列は、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスＭＧ１３６３及び／又はラクトコッカス・ラクティス亜種クレモリスＳＫ１１における上記の１）〜５３）で列挙される遺伝子（表１にさらに詳細に教示）の発現と関連する天然プロモーターを例示的に、しかし限定的ではなく、表す。したがって、これらのプロモーター及びその相同体（特にＭＧ１３６３及び／又はＳＫ１１以外のラクトコッカス分類群由来）、並びにその機能的変異体及び機能的誘導体は、宿主細胞、好ましくは細菌宿主細胞、さらに好ましくはラクトコッカス、さらに好ましくはラクトコッカス・ラクティス、さらに好ましくはラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス、例えば好ましい一例では菌株ＭＧ１３６３、における有用なオープンリーディングフレームの発現を実行するために本発明の組換え核酸において有用であり得る。
【００７６】
さらなる好ましい一実施形態では、プロモーター（Ｐ）は、配列番号１〜５４及び１５７〜１８０、さらに好ましくは配列番号１、３〜６、９、１２、１３、１８、２０〜２２、２４、２６、２８〜５４、１６０、１６３〜１６５、１６７、１６９、１７１〜１８０、さらに好ましくは配列番号１、３〜６、９、１２、１３、１８、２０〜２２、２４、２６、２８〜３０、１６０、１６３〜１６５、１６７、１６９及び１７１、最も好ましくは配列番号２８、３、９、１５８及び／又は２０で記述される核酸及びその相同体、その機能的変異体及び機能的断片を含むか又はそれらから成る群から選択される。
【００７７】
さらなる好ましい一実施形態では、プロモーター（Ｐ）は、配列番号１〜３０及び１５７〜１７１、さらに好ましくは配列番号２８、３、９、１５８及び／又は２０で記述される核酸、並びにその機能的変異体及び機能的断片を含むか又はそれらから成る群から選択される。
【００７８】
別の好ましい実施形態では、本発明の組換え核酸は、上記１つ又は複数のオープンリーディングフレームに対して３’側の転写ターミネーター配列をさらに含む。例えば、オープンリーディングフレームが１つだけ存在する場合、ターミネーター配列は有益には、その下流に、即ち３’側に置かれ得る。組換え核酸が、例えば連続的に順序づけられ、多シストロン性転写単位とともに形成する２つ以上のＯＲＦを含有する場合、転写ターミネーターは有益には、最下流ＯＲＦに対して３’側に配置され得る。
【００７９】
「転写ターミネーター」という用語は、転写の終結を示す転写単位の末端の配列素子を指す。好ましくは、本発明に用いるための転写ターミネーターは、本発明の組換え核酸とともに用いるよう意図された宿主細胞、例えば細菌宿主細胞、さらに好ましくはラクトコッカス、さらに好ましくはラクトコッカス・ラクティスにおける転写の終結を示す。適切なターミネーター、例えばラクトコッカス由来のターミネーターの同定及び単離のための技法は、例示的ターミネーター（例えばvan der Vossen et al.,（1992）等参照）と同様に、当該技術分野で既知である（例えばvan der Vossen et al., 1985参照）。
【００８０】
さらなる好ましい一実施形態では、本発明の組換え核酸は、プロモーター（Ｐ）からの転写を制御するよう設計されたオペレーターをさらに含む。本明細書中で用いる場合、「オペレーター」という用語は、プロモーターからの配列の転写の開始及び／又は保持を制御するヌクレオチド配列、好ましくはＤＮＡ配列を指す。
【００８１】
典型的には、オペレーターは一般的には、プロモーターと、プロモーターが転写を制御する下流の配列との間に配置され得る。通常は、オペレーターはリプレッサー・ポリペプチドと結合し、それにより上記プロモーターからの転写を低減し得る。有用なリプレッサーは、オペレーターと結合する状態と、そうでない状態との間で交互に変わり得るし、そしてこのような交替は、有益には、外部条件、例えば外部物質又は特定の代謝物質により制御され得る。したがって、互換性リプレッサーを含む宿主細胞では、本発明の核酸中へのオペレーターの封入は、プロモーターの活性及びそれからの発現を制御させ得る。例示的オペレーター−リプレッサー系としては、例えばｌａｃ系（例えばNauta et al.（1996）も参照）又はヒスチジン生合成系（例えばDelorme et al., 1999参照）が挙げられる。オペレーター配列は、一般的に細菌染色体から得られる。
【００８２】
さらなる好ましい一実施形態では、本発明の組換え核酸は、宿主細胞のゲノム、例えば染色体中への該組換え核酸の挿入を実行するよう設計された配列をさらに含む。
【００８３】
特に好ましい一例では、宿主細胞のゲノム、例えば染色体内の特定部位への本発明の核酸の挿入は、相同的組換えにより助長され得る。例えば本発明の組換え核酸は、宿主細胞のゲノム、例えば染色体内の上記組込み部位と相同性を有する１つ又は複数の領域を含み得る。上記ゲノム、例えば染色体部位での配列は、天然であり得る、即ち自然状態で生じ得るか、あるいは以前の遺伝子工学処理により導入された外来配列であり得る。
【００８４】
例えば相同性の上記領域（複数可）は、少なくとも５０ｂｐ、好ましくは少なくとも１００ｂｐ、例えば少なくとも２００ｂｐ、さらに好ましくは少なくとも３００ｂｐ、例えば少なくとも４００ｂｐ、さらに好ましくは少なくとも５００ｂｐ、例えば少なくとも６００ｂｐ又は少なくとも７００ｂｐ、さらに好ましくは少なくとも８００ｂｐ、例えば少なくとも９００ｂｐ、又は少なくとも１０００ｂｐ以上であり得る。
【００８５】
好ましい一例では、相同性がある２つの領域、即ち本発明の核酸中に存在する発現単位（複数可）の各サイドと隣接するものを含み得る。このような立体配置は、有益には、宿主細胞中での、関連配列、即ち本発明のプロモーターからの所望のオープンリーディングフレームの発現を実行する配列を挿入し得る。特に細菌宿主において相同的組換えを実施し、そして組換え体を選択する方法は、当該技術分野で一般的に既知である。例示的及び好ましい一方法は、例えばラクトコッカスのｔｈｙＡ遺伝子部位中に外来配列を導入するためのSteidler et al.（2003）の方法である。
【００８６】
それゆえ、好ましい一実施形態では、ゲノム、例えば染色体、好ましくは細菌染色体、さらに好ましくはラクトコッカス染色体中に組込まれた場合、本発明はまた、組換え核酸を提供する。このような組込みは、本明細書中の別の箇所に記載されるように、上記組換え核酸又はこれを含むベクターで形質転換された宿主細胞で得られ得る。
【００８７】
好ましい一実施形態では、本発明の核酸中の本発明のプロモーターと連結される１つ又は複数のオープンリーディングフレームはポリペプチドをコードする。
【００８８】
理解され得るように、本発明の本質は、主に新規のプロモーター及びそれらの使用に関し、そして上記発現産物、好ましくはポリペプチドの性質は、如何なる点でも限定されるべきない。
【００８９】
それにもかかわらず、ラクトコッカスプロモーター制御オープンリーディングフレームを含む宿主細胞は、ウイルス、原核生物起源又は真核生物起源の関連ポリペプチド、例えばヒト及び動物における疾患の予防又は治療に有用なポリペプチドのｉｎ  ｖｉｔｒｏ産生（例えば米国特許第５，５５９，００７号明細書；Steidler et al., 1995、Wells et al., 1993B参照）及びｉｎ  ｖｉｖｏ送達（例えば国際公開第９７／１４８０６号、国際公開第０１／０２５７０号、Steidler et al., 2003、Steidler et al., 2000参照）のための手段として報告されている。
【００９０】
したがって、一実施形態では、本発明の組換え核酸の上記１つ又は複数のオープンリーディングフレームは、被験体、好ましくはヒト又は動物被験体における治療的応答を引き出し得る発現産物、好ましくはポリペプチドをコードし得る。
【００９１】
特に有用な例示的で非限定的な一実施形態では、本発明の組換え核酸の上記１つ又は複数のオープンリーディングフレームは、抗原及び／又は非ワクチン性治療活性ポリペプチドをコードし得る。
【００９２】
本明細書中で用いる場合、「抗原」という用語は一般的に、免疫応答、例えば体液性免疫及び／又は細胞性免疫応答を引き起こし、そして免疫応答の産物、例えば抗体又はＴ細胞と結合し得る物質を指す。それゆえ、好ましい一例では、抗原は、このような被験体から生理学的応答を引き出すために投与される被験体の免疫系が機能している必要がある。本発明の「抗原」は、健常個体においては免疫応答を引き起こさないが、しかし自己免疫疾患に罹患している、即ち、生物自身の構成部分（分子レベルより下まで）を「自己」として認識できないヒトにおいては免疫応答を引き起こす「自己抗原」も包含し、これにより自身の細胞及び組織に対する免疫応答を生じる。このような異常な免疫応答に起因する任意の疾患は、自己免疫疾患と呼ばれる。したがって本発明の「抗原」は、健常個体においては免疫応答を引き起こさないが、しかし該タンパク質を遺伝的に欠いているヒトにおいては免疫応答を引き起こす（生理学的に活性な）タンパク質も包含する。さらに、本発明の「抗原」は、健常個体においては免疫応答を引き起こさないが、しかしアレルギー性疾患に罹患しているヒトにおいては免疫応答を引き起こす抗原も包含する。
【００９３】
本発明による抗原は、ヒト又は動物被験体における免疫応答が治療的に有用である任意のポリペプチド、例えば病原体、例えばウイルス、原核生物（例えば細菌）又は真核生物病原体、非生理学的タンパク質（例えば癌組織由来のタンパク質）、アレルゲン（例えば免疫耐容性を引き出すための）等に由来し得る。抗原は、タンパク質の代謝産物でもあり得る。一例として、抗原は、多糖、脂質等であり得る。本明細書に記載されるような強力なプロモーターは、上記の多糖、脂質等を合成するか又は組み立てるのに必要な酵素の発現を駆動し得る。
【００９４】
「非ワクチン性治療活性ポリペプチド」という用語は、一般的に、投与されるヒト又は動物被験体において、それ自体に対する免疫応答を引き出さない、そして治療効果を達成し得るポリペプチドを指す。それゆえ、このようなポリペプチドの治療効果は、それ自体の天然生物学的機能に直接連結されると予測され、それにより、被験体において免疫原性及び／又は免疫防御性抗原として作用することにより治療効果を生じるというよりむしろ、被験体の身体中で特定作用を達成し得る。それゆえ、非ワクチン性治療活性ポリペプチドはその発現形態で生物学的に活性であるものとするか、又は少なくとも、発現中の宿主細胞から一旦放出されたら生物学的活性形態に転換されなければならない。好ましくは上記ポリペプチドのこのような生物学的活性形態は、その天然立体配置と同一であるか又は密接に類似する二次、好ましくは三次立体配座を示し得る。
【００９５】
好ましくは非ワクチン性治療活性ポリペプチドは、非毒性及び非病原性でもある。
【００９６】
好ましい一実施形態では、非ワクチン性治療活性ポリペプチドはヒト又は動物由来であり得るし、そして好ましくは投与されるべきヒト又は動物被験体と同一分類群に対応し得る。
【００９７】
適切な非ワクチン性治療活性ポリペプチドの非限定的な例としては、局所的又は全身的に機能し得るものが挙げられ、例えば局所的又は全身的代謝に影響を及ぼす内分泌活性を発揮し得るポリペプチドであり、及び／又は生物学的活性ポリペプチド（複数可）は免疫造血系に属する細胞の活性の調節が可能であるもの（複数可）であり、及び／又は１つ又は複数の身体中の種々の正常又は新生物細胞の成育可能性、増殖及び分化に影響を及ぼし得るか、又は損傷及び感染に対する急性期炎症応答の免疫調節又は誘導に影響を及ぼし得るもの（複数可）であり、及び／又は１つ又は複数の生物学的活性ポリペプチドは、それらの標的細胞受容体に作用するケモカインにより媒介される細胞及び組織の感染に対する耐性、あるいは上皮細胞の増殖又は創傷治癒の促進を増強又は誘導し得るものであり、及び／又は１つ又は複数の生物学的活性ポリペプチドは、身体中の細胞による物質の発現又は産生を調整する。
【００９８】
このようなポリペプチドの具体例としては、インスリン、成長ホルモン、プロラクチン、カルシトニン、黄体形成ホルモン、上皮小体ホルモン、ソマトスタチン、甲状腺刺激ホルモン、血管作用性小腸ポリペプチド、サイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１４〜ＩＬ−３２のいずれか、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＳＣＦ、ＩＦＮｓ、ＥＰＯ、Ｇ−ＣＳＦ、ＬＩＦ、ＯＳＭ、ＣＮＴＦ、ＧＨ、ＰＲＬ、サイトカインのＴＮＦファミリー、例えばＴＮＦａ、ＴＮＦｂ、ＣＤ４０、ＣＤ２７又はＦＡＳリガンド、サイトカインのＩＬ−１ファミリー、繊維芽細胞増殖因子ファミリー、血小板由来増殖因子、形質転換増殖因子及び神経成長因子、サイトカインの表皮成長因子ファミリー、インスリン関連サイトカイン等が挙げられるが、これらに限定されない。代替的には、治療活性ポリペプチドは、上記のような治療活性ポリペプチドのための受容体又はアンタゴニストであり得る。代替的には、治療活性ポリペプチドは、中和抗体等であり得る。このような適切なポリペプチドのさらなる具体例は、例えば国際公開第９６／１１２７７号（１４ページ１〜３０行目）（この記載内容は参照により本明細書中で援用される）；国際公開第９７／１４８０６号（１２ページ１行目〜１３ページ２７行目）（この記載内容は参照により本明細書中で援用される）；又は米国特許第５，５５９，００７号（第８欄の３１行目〜第９欄の９行目）（この記載内容は参照により本明細書中で援用される）に列挙されている。好ましくは適切なポリペプチドはＩＬ−１０ペプチド、例えばヒトＩＬ−１０（ｈＩＬ−１０）である（例えば実施例２、実施例５又は実施例９に例示されている）。
【００９９】
好ましい一実施形態では、適切なポリペプチドは、トレフォイルペプチド、例えばＴＴＦ１、ＴＴＦ２及び／又はＴＴＦ３である。トレフォイルペプチドのこのファミリーの３つの成員はヒトにおいて同定されており、初めは以下のように呼ばれた：ｐＳ２（乳癌エストロゲン誘導性遺伝子、Lefebvre, 1993）、ＳＰ（鎮痙性ペプチド）及びＩＴＦ（腸トレフォイル因子）。本発明の命名法では、ｐＳ２はＴＦＦ１と改名され、ＳＰはＴＦＦ２と、そしてＩＴＦはＴＦＦ３と改名される（例えばWong et al., 1999参照）。この新しい命名法は、本文全体を通して用いられる。ヒト、マウス及びラットにおいては、ＴＦＦ１及びＴＦＦ２は主に胃で見出される一方で、ＴＦＦ３は主に十二指腸及び結腸で見出される。ＴＦＦ１は、細胞表面受容体を介して作用すると考えられる（Tan et al., 1997）。Wong et al.（1999）は、トレフォイルペプチドについての最新の概要を示している。この論文の内容は、参照により本開示中で援用される。トレフォイルペプチドは、粘膜上皮細胞により分泌され、そして酸性環境中で安定である。これらのペプチドは粘膜の保護（上皮上のゲルの形成）に寄与し、そしておそらくは、上皮移動の刺激による損傷粘膜の修復に関与する（Playford et al., 1996）。トレフォイルペプチドの産生は、胃潰瘍及び結腸炎のような損傷が起こる領域において局所的に増大する（Wright et al., 1990）。Babyatsky et al.（1996）は、組換えトレフォイルペプチドの投与がそれらの場所での損傷を低減するということを示している。粘膜の保護に重要であるほとんどの他のタンパク質（例えば表皮成長因子）に反して、トレフォイルペプチドは増殖をほとんど又は全く引き起こさないということを、ほとんどの研究が実証している（Playford et al., 1996）。
【０１００】
別の好ましい実施形態では、適切なポリペプチドは、ＰＹＹペプチド、例えばヒトＰＹＹ（ｈＰＹＹ）、さらに好ましくは実施例７に例示されるようなｈＰＹＹ  Ｇｌｙ９変異体（３〜３６）である。
【０１０１】
さらなる好ましい一実施形態では、適切なポリペプチドは、グルカゴン様ペプチド−１（ＧＬＰ−１又はＧＬＰ１）、例えばヒトＧＬＰ−１（ｈＧＬＰ−１）、さらに好ましくは実施例８に例示されるようなｈＧＬＰ−１  グリシン８変異体（７〜３６）である。好ましい一実施形態では、適切なポリペプチドは、グルカゴン様ペプチド−２（ＧＬＰ−２又はＧＬＰ２）である。ヒトプログルカゴン遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号  ＮＭ＿００２０５４）は、４つの別個の成熟ペプチド、例えばグルカゴン様ペプチド−２（ＧＬＰ−２）に切断されるプレプロタンパク質をコードする。外部投与されるＧＬＰ−２は、個体、例えばヒトにおいて多数の作用、例えば小腸成長、腸機能の増強、骨破壊の低減及び神経保護を生じる。ＧＬＰ−２は、内分泌様式で作用して、小腸成長及び代謝を栄養摂取と関連させ得る。ＧＬＰ−２及び関連類似体は、短腸症候群、クローン病、骨粗鬆症のため、そして癌化学療法中のアジュバント療法としての処置であり得る。好ましくはＧＬＰ−２遺伝子は、ラクトコッカス、例えばラクトコッカス・ラクティスにおける好ましいコドン使用に適合される。好ましくは遺伝子は、アミノ酸配列ＨＡＤＧＳＦＳＤＥＭＮＴＩＬＤＮＬＡＡＲＤＦＩＮＷＬＩＱＴＫＩＴＤをコードする。
【０１０２】
別の好ましい実施形態では、遺伝子は、２位でのアラニンからグリシンへの置換を有する成熟ヒトＧＬＰ−２類似体をコードし（これは、ジペプチジルペプチダーゼ−ＩＶによる分解に対する感受性を低減することが示された）（Booth et al., 2004）、例えば遺伝子は、アミノ酸配列ＨＧＤＧＳＦＳＤＥＭＮＴＩＬＤＮＬＡＡＲＤＦＩＮＷＬＩＱＴＫＩＴＤをコードする。
【０１０３】
さらなる好ましい一実施形態では、ＧＬＰ−２遺伝子はラクトコッカスにおける好ましいコドン使用に適合され、そして２位でのアラニンからグリシンへの置換を含み、例えば以下のｈ［Ｇｌｙ２］ＧＬＰ−２のヌクレオチド配列を含む：
【０１０４】
【化１】
0005584470.tif 000002
【０１０５】
したがって、一実施形態では、本発明の組換え核酸は抗原及び／又は非ワクチン性治療活性ポリペプチドをコードし、この場合、該抗原はヒト又は動物被験体において免疫応答、好ましくは防御的免疫応答を引き出し得るし、及び／又は該非ワクチン性治療活性ポリペプチドはヒト又は動物被験体において治療効果を生じ得る。
【０１０６】
国際公開第９７／１４８０６号は、細菌による免疫応答刺激分子、例えばインターロイキン、例えばＩＬ−２又はＩＬ−６を伴う抗原の同時発現をさらに具体的に開示する。したがって本発明のプロモーターを用いたこのような同時発現も意図される。
【０１０７】
さらなる好ましい一実施形態では、本発明によるオープンリーディングフレームはさらに、ＯＲＦによりコードされるポリペプチドと同調して分泌シグナルをコードする配列を含む。これは、有益には、宿主細胞からの発現ポリペプチドの分泌を可能にし、それにより例えば単離又は送達を助長し得る。
【０１０８】
典型的には、分泌シグナル配列は、通常は、脂質二重膜中に包埋されるようになる疎水性アミノ酸を含有し、それにより宿主細胞からの随伴タンパク質又はペプチド配列の分泌を可能にする約１６〜約３５アミノ酸セグメントを表すが、これは通常はそのタンパク質又はペプチドから切断される。好ましくは分泌シグナル配列は、上記シグナル配列を含む核酸とともに用いるよう意図された宿主細胞、例えば細菌宿主細胞、好ましくは乳酸菌、さらに好ましくはラクトコッカス、さらに好ましくはラクトコッカス・ラクティス中でそのように活性であり得る。
【０１０９】
適切な宿主細胞中で活性な分泌シグナル配列は、当該技術分野で既知である。例示的ラクトコッカスシグナル配列としては、ｕｓｐ４５（米国特許第５，５５９，００７号参照）の配列、並びにその他の配列（例えばPerez-Martinez et al.（1992）、Sibakov et al.（1991）参照）が挙げられる。好ましくはシグナル配列は、プロモーター配列及びＯＲＦ間に置かれ、即ちシグナル配列はプロモーター配列から３’側に置かれて、所望のポリペプチドのＯＲＦに先行する。好ましい一実施形態では、シグナル配列はアミノ酸配列
ＭＫＫＫＩＩＳＡＩＬ  ＭＳＴＶＩＬＳＡＡＡ  ＰＬＳＧＶＹＡ（ｕｓｐ４５）
をコードする。
【０１１０】
驚くべきことにＰｈｌｌＡプロモーターと突然変異ｕｓｐ４５シグナル配列との組合せは所望のポリペプチドのさらなる制御可能な産生及び分泌を生じるということを、本発明者等は見出した。特に、突然変異体は、リシン（Ｋ）の代わりに４位にアスパラギン（Ｎ）を含む。好ましい一実施形態では、シグナル配列は、アミノ酸配列  ＭＫＫＮＩＩＳＡＩＬ  ＭＳＴＶＩＬＳＡＡＡ  ＰＬＳＧＶＹＡＤＴＮ  をコードする。
【０１１１】
さらに好ましい実施の形態では、本発明は、本明細書に記載の組換え核酸であって、
（ａ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びｈＩＬ−１０（ｓＡＧＸ００１２）；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＩＬ−１０；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びｈＩＬ−１０（ｓＡＧＸ００１８）；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＩＬ−１０；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びｈＩＬ−１０（ｓＡＧＸ００２９）；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＩＬ−１０；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びｈＩＬ−１０（ｓＡＧＸ００３７）；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＩＬ−１０；
（ｂ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ１；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ１；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ１；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ１；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ１；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ１；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ１（ｓＡＧＸ００４９）；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ１（ｓＡＧＸ００４８）；
（ｃ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ３；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ３（ｓＡＧＸ００５９）；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ３；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ３；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ３；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ３；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ３（ｓＡＧＸ００５７）；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ３；
（ｄ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＰＹＹ；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びｈＰＹＹ；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＰＹＹ；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びｈＰＹＹ；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＰＹＹ；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びｈＰＹＹ；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＰＹＹ；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びｈＰＹＹ；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びｈＰＹＹ  Ｇ９（３−３６）（ｐＡＧＸ０２１３）；
（ｅ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−１；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−１；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−１；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−１；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−１；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−１；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−１；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−１；
（ｆ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−２；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−２；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−２；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−２；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−２；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−２；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−２；又は
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−２
を含む、組換え核酸に関する。
【０１１２】
さらなる一態様では、本発明は、本発明の組換え核酸を含むベクターに関する。
【０１１３】
本明細書中で用いる場合、「ベクター」は、核酸断片が挿入され、クローン化され、例えば増殖され得る核酸分子、典型的にはＤＮＡを指す。それゆえ、ベクターは典型的には１つ又は複数の特有の制限部位を含有し、そしてクローン化配列が再生可能であるよう、規定の宿主又はビヒクル生物中での自律的複製を可能にし得る。ベクターとしては、プラスミド、ファージミド、バクテリオファージ、バクテリオファージ由来ベクター、ＰＡＣ、ＢＡＣ、線状核酸、例えば線状ＤＮＡ等（用途に応じて）が挙げられるが、これらに限定されない（例えばSambrook et al., 1989、Ausubel 1992参照）。
【０１１４】
特定のベクター、例えばプラスミドを選択するに際して重要な因子としては、特に、以下のものが挙げられる：ベクターを含有するレシピエント細胞がベクターを含有しないレシピエント細胞から識別及び選択され得る容易さ；特定の宿主中に要求されるベクターのコピーの数；並びに異なる種の宿主細胞間でベクターを「シャトル（shuttle）」し得ることが望ましいか否か。好ましい原核生物ベクターとしては、プラスミド、例えば大腸菌中での複製が可能なもの（例えばｐＢＲ３２２、ＣｏｌＥ１、ｐＳＣ１０１、ｐＵＣ１９等）が挙げられる。このようなプラスミドは、例えばSambrook et al., 1989、Ausubel 1992に記載されている。特に好ましいベクターは、大腸菌（又はその他のグラム陰性細菌）、並びに別の所望の宿主細胞中、例えばグラム陽性細菌、乳酸菌、好ましくはラクトコッカス、さらに好ましくはラクトコッカス・ラクティス中で複製し得るものであり得る（例えばKok et al.（1984）参照）。その他の好ましいベクターは、1つ又は複数のグラム陽性細菌間で複製及び／又はシャトルし得るが、しかしグラム陰性細菌ではそうでないものであり得る。好ましい一実施形態では、ベクターは、Steidler et al.,（1998）（この記載内容は参照により本明細書中で援用される）により記載されたようなｐＴ１ＮＸである。
【０１１５】
さらなる一態様では、本発明は、組換え核酸、及び／又は本発明のベクターで形質転換される宿主細胞を提供する。例えばこのような形質転換は、上記核酸又はベクターの増殖及び保持に有用であり得る。
【０１１６】
代替的には又はさらに、そして有益には、形質転換宿主細胞は、本発明のプロモーターを用いて本発明の核酸のオープンリーディングフレーム（複数可）を転写し、好ましくは該オープンリーディングフレームによりコードされる発現産物、好ましくは１つ又は複数のポリペプチドを発現し得る。
【０１１７】
それゆえ、さらなる一態様では、本発明は、宿主細胞中での上記オープンリーディングフレームによりコードされる発現産物、好ましくは１つ又は複数のポリペプチドの発現を達成するための本発明の組換え核酸又はベクターの使用を提供する。好ましくは発現産物、例えばポリペプチドは、上記宿主細胞に対して異種、即ち外因性であり得る。
【０１１８】
好ましくは宿主細胞は、本発明のプロモーターが上記宿主細胞中で適切に活性である限り、原核生物細胞、例えば細菌細胞、さらに好ましくは非病原性及び／又は非侵襲性細菌、さらに好ましくはグラム陽性細菌、さらに好ましくは乳酸菌（例えばラクトコッカス亜種、ストレプトコッカス（Streptococcus）亜種、ラクトバチルス（Lactobacillus）亜種、ロイコノストック（Leuconostoc）亜種、ペジオコッカス（Pediococcus）亜種、ブレビバクテリウム（Brevibacterium）亜種、プロピオン酸菌（Propionibacterium）亜種又はビフィズス菌（Bifidobacterium）亜種）、非常に好ましくはラクトコッカス細菌、最も好ましくはラクトコッカス・ラクティス（例えば上記）である。
【０１１９】
本発明の組換え核酸又はベクターは、宿主細胞中に存在して、独自の複製の起点を用いて染色体外で、好ましくは自律的に複製し得るし、又は細菌ゲノムＤＮＡ、例えば細菌染色体、例えばラクトコッカス染色体中に組込まれ得る。後者の場合、上記核酸の単一又は多重コピー、好ましくは単一コピーが組込まれ得る。組込みは、染色体の無作為部位で、又は上記のように、その所定の部位で、好ましくは好ましい非限定的な例におけるような所定の部位で、ラクトコッカス、例えばSteidler et al.,（2003）（この記載内容は参照により本明細書中で援用される）に記載されたようなラクトコッカス・ラクティスのｔｈｙＡ遺伝子座で起こり得る。
【０１２０】
したがって、さらなる一態様では、本発明は、本明細書中に記載されるような組換え核酸を含む宿主細胞であって、該プロモーター（Ｐ）が該宿主細胞の染色体中に存在し、そして該プロモーター（Ｐ）が、該プロモーター（Ｐ）と異種である１つ又は複数のオープンリーディングフレームと操作可能に連結され、さらに好ましくは該プロモーター（Ｐ）がシグナル配列、好ましくはｕｓｐ４５又はｕｓｐ４５Ｎ４をさらに含み、さらに好ましくは該プロモーター（Ｐ）が該プロモーター（Ｐ）からの転写を制御するよう設計されたオペレーターをさらに含み、そしてさらに好ましくは、プロモーター（Ｐ）が、配列番号１、３〜６、９、１２、１３、１８、２０〜２２、２４、２６、２８〜５４、１６０、１６３〜１６５、１６７、１６９、１７１〜１８０で記述される核酸、及びその相同体、並びにその機能的変異体及び機能的断片から成る群から選択される宿主細胞を提供する。
【０１２１】
さらなる一態様では、本発明は、本明細書中に記載されるような宿主細胞を提供するが、この場合、上記１つ又は複数のオープンリーディングフレームは、被験体、好ましくはヒト又は動物被験体における治療的応答又は免疫原性応答を引き出し得るポリペプチドをコードし、好ましくは該１つ又は複数のオープンリーディングフレームは、抗原及び／又は非ワクチン性治療活性ポリペプチドをコードし、さらに好ましくは該抗原は、ヒト又は動物被験体において免疫応答、好ましくは免疫耐容性応答を引き出し得るし、及び／又は該非ワクチン性治療活性ポリペプチドは、ヒト又は動物被験体において治療効果を生じ得る。さらなる好ましい一態様では、本発明は、本明細書中に記載されるような宿主細胞を提供するが、この場合、上記非ワクチン性治療活性ポリペプチドはｈＩＬ−１０、ＧＬＰ−２、ＧＬＰ−１、ＴＦＦ又はｈＰＹＹである。別のさらなる態様では、本発明は、本明細書中に記載されるような宿主細胞を提供するが、上記抗原は免疫応答を引き出し得るし、そしてヒト又は動物被験体においてワクチンとして用いられる。
【０１２２】
さらに好ましい実施の形態では、本発明は、本明細書に記載の宿主細胞であって、
（ａ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びｈＩＬ−１０（ｓＡＧＸ００１２）；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＩＬ−１０；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びｈＩＬ−１０（ｓＡＧＸ００１８）；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＩＬ−１０；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びｈＩＬ−１０（ｓＡＧＸ００２９）；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＩＬ−１０；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びｈＩＬ−１０（ｓＡＧＸ００３７）；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＩＬ−１０；
（ｂ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ１；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ１；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ１；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ１；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ１；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ１；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ１（ｓＡＧＸ００４９）；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ１（ｓＡＧＸ００４８）；
（ｃ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ３；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ３（ｓＡＧＸ００５９）；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ３；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ３；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ３；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ３；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＴＦＦ３（ｓＡＧＸ００５７）；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びｈＴＦＦ３；
（ｄ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＰＹＹ；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びｈＰＹＹ；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＰＹＹ；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びｈＰＹＹ；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＰＹＹ；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びｈＰＹＹ；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びｈＰＹＹ；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びｈＰＹＹ；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びｈＰＹＹ  Ｇ９（３−３６）（ｐＡＧＸ０２１３）；
（ｅ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−１；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−１；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−１；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−１；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−１；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−１；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−１；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−１；
（ｆ）ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−２；
ＰｄｐｓＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−２；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−２；
ＰｐｅｐＶ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−２；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−２；
ＰｓｏｄＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−２；
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５Ｎ４及びＧＬＰ−２；又は
ＰｈｌｌＡ、ｕｓｐ４５及びＧＬＰ−２
を含む、宿主細胞に関する。
【０１２３】
さらなる態様では、本発明は、
ａ）当該１つ又は複数のオープンリーディングフレームが所望の発現産物、好ましくはポリペプチドをコードする、本発明の組換え核酸又はベクターを含む宿主細胞を培養すること、及び
ｂ）上記培養において宿主細胞が産生した所望の発現産物、好ましくはポリペプチドを単離こと、
を含む、所望の発現産物、好ましくはポリペプチドを組換え発現する方法を提供する。
【０１２４】
宿主細胞、好ましくは本発明の宿主細胞中のポリペプチドの発現を可能にする培養条件、例えば温度、必要な栄養素の存在及び濃度、酸素供給、撹拌、接種等を、当業者は一般的に知っており、そしてさらに最適化し得る。
【０１２５】
上記宿主細胞により発現される発現産物、例えば好ましくはポリペプチドの単離のための生成技法も、当業者は知っており、そしてさらに最適化し得る。例えばタンパク質単離の適切な技法は、例えば細胞壁の機械的又は酵素的崩壊による宿主生物の溶解（例えばポリペプチドが細胞内に蓄積する場合）、及び細胞残屑の除去、又は上清収集（例えばポリペプチドが分泌される場合）、非タンパク質成分、例えばＤＮＡ及びリポ多糖の除去、硫酸アンモニウム析出、サイズ排除クロマトグラフィー（例えば所望のタンパク質を濃縮するため）、アフィニティークロマトグラフィー等を包含し得る。
【０１２６】
さらなる態様では、本発明は、上記組換え核酸に含まれる１つ又は複数のオープンリーディングフレームによってコードされた発現産物（複数可）、好ましくはポリペプチド（複数可）のヒト又は動物への送達用の医薬を製造するための、本発明の組換え核酸及び／又はベクターによって形質転換した宿主細胞の使用を提供する。
【０１２７】
関連の一態様では、本発明は、それを必要とするヒト又は動物への、本発明の組換え核酸内に含まれる１つ又は複数のオープンリーディングフレームによりコードされるポリペプチドの送達のための方法であって、本発明の上記核酸及び／又はベクターで形質転換された治療的有効量の宿主細胞を該ヒト又は動物に投与することを包含する、方法を提供する。動物は、好ましくは哺乳類、例えば家畜、農場動物、動物園動物、スポーツ動物、ペット及び実験用動物、例えばイヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、畜牛、乳牛；霊長類、例えば類人猿、サル、オランウータン及びチンパンジー；イヌ科、例えばイヌ及びオオカミ；ネコ科、例えばネコ、ライオン及びトラ；ウマ科、例えばウマ、ロバ及びシマウマ；食用動物、例えばウシ、ブタ及びヒツジ；有蹄類、例えばシカ及びキリン；齧歯類、例えばマウス、ラット、ハムスター及びモルモット等であり得る。
【０１２８】
本明細書中で用いる場合、「処置する」又は「処置」という用語は、治療的処置及び予防的又は防止的手段の両方を指し、この場合、目的は、望ましくない生理学的変化又は障害を防止するか又は遅らせる（少なくする）ことである。「処置を必要とするヒト又は動物」は、所定の条件の処置から利益を得るものを包含する。
【０１２９】
「治療的有効量」という用語は、被験体、例えばヒト又は動物における疾患又は障害を処置するのに、即ち所望の局所的又は全身的な作用及び成果を得るのに有効な治療用物質又は組成物の量を指す。例として、治療的に有効な細菌の量は、少なくとも１個の細菌、又は少なくとも１０個の細菌、又は少なくとも１０２個の細菌、又は少なくとも１０３個の細菌、又は少なくとも１０４個の細菌、又は少なくとも１０５個の細菌、又は少なくとも１０６個の細菌、又は少なくとも１０７個の細菌、又は少なくとも１０８個の細菌、又は少なくとも１０９個、又は少なくとも１０１０個、又は少なくとも１０１１個、又は少なくとも１０１２個、又は少なくとも１０１３個、又は少なくとも１０１４個、又は少なくとも１０１５個、またはそれより多くの宿主細胞、例えば細菌を、例えば単一又は反復用量で含み得る。
【０１３０】
本発明の宿主細胞は、単独で、あるいは１つ又は複数の活性化合物と組合せて投与され得る。後者は、上記宿主細胞の投与の前に、後に、又は同時に投与され得る。
【０１３１】
抗原及び／又は治療活性ポリペプチドの送達に関する多数の従来技術の開示が存在し、そしてこのような開示は、本発明の強力なプロモーターを用いてさらに有益に修飾され得ると理解されるべきである。例としてこれらに限定されない、結腸炎を処置するためのインターロイキン、特にＩＬ−１０の細菌性送達（例えば国際公開第００／２３４７１号参照）、ワクチンとしての抗原の送達（例えば国際公開第９７／１４８０６号）、ＧＬＰ−２及び関連類似体の送達が、短腸性疾患、クローン病、骨粗鬆症を処置するために、そして癌化学療法中のアジュバント療法として等で用いられ得る。さらに、トレフォイルペプチドの細菌性送達は、消化管の疾患を処置するために用いられ得る（例えば国際公開第０１／０２５７０号）。特に、消化管、例えば口、食道、胃、並びに大腸及び小腸の障害及びそれらに対する損傷の処置のための、並びに消化管の外側にある組織の保護及び処置のためのトレフォイルタンパク質又はペプチドの使用は、国際公開第９７／３８７１２号及び国際公開第９２／１４８３７号に記載されている。これらのタンパク質は、これらの領域における病変を処置するか又は病変の形成を阻止するために用いられ得る。これらの病変は、癌の処置のための放射線療法又は化学療法、消化管を損傷するアルコールを含む任意のその他の薬剤、放射線又は腐蝕性物質への偶発的曝露、感染、消化性疾患、例えば非潰瘍性消化不良、胃炎、消化性又は十二指腸潰瘍、胃癌、ＭＡＬＴリンパ腫、メネトリエ症候群、胃食道逆流症、クローン病、潰瘍性結腸炎、並びに化学性、細菌性又は不明瞭な起源の急性結腸炎（これらに限定されない）により引き起こされ得る。トレフォイルペプチドは、急性結腸炎を処置するのに特に有用である。さらなる治療的用途は、本発明のプロモーター及び宿主細胞を用いて予見される。
【０１３２】
本発明による治療用ポリペプチドの送達によるヒト又は動物において処置可能な疾患の種類のさらなる非限定的な例としては、例えば炎症性腸疾患、例えばクローン病及び潰瘍性結腸炎（例えばＩＬ−Ｉｒａ又はＩＬ‐１０又はトレフォイルペプチドで処置可能）；自己免疫疾患、例えば乾癬、慢性関節リウマチ、紅斑性狼瘡（これらに限定されない）（例えばＩＬ−Ｉｒａ又はＩＬ‐１０又は関連自己抗原で処置可能）；アレルギー性疾患、例えば喘息、食物アレルギー（これらに限定されない）（関連アレルゲンで処置可能）；腹腔疾患（グルテンアレルゲンで処置可能）；神経学的障害、例えばアルツハイマー病、パーキンソン病及び筋萎縮性側索硬化症（これらに限定されない）（例えば脳由来（devated）神経栄養因子及び毛様体神経栄養因子で処置可能）；癌（例えばＩＬ−１、コロニー刺激因子又はインターフェロンＷで処置可能）；骨粗鬆症（例えば形質転換増殖因子ｆ３で処置可能）；糖尿病（例えばインスリンで処置可能）；心臓血管性疾患（例えば組織プラスミノーゲン活性化因子で処置可能）；アテローム硬化症（例えばサイトカイン及びサイトカインアンタゴニストで処置可能）；血友病（例えば凝固因子で処置可能）；変性肝疾患（例えば肝細胞成長因子又はインターフェロンａで処置可能）；肺疾患、例えば嚢胞性繊維症（例えばαアンチトリプシンで処置可能）；肥満症；病原体感染、例えばウイルス又は細菌感染（任意数の上記組成物又は抗原で処置可能）等が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１３３】
本明細書中で具体的に列挙された疾患は単なる例示であって、それらの列挙は如何なる点でも、これらの特定の疾患に対する本発明により提供される試薬、例えば本発明のプロモーター、核酸、ベクター及び宿主細胞の使用を限定するよう意図されないと当業者は理解するはずである。その代わりに、本発明の試薬は、原則として、列挙されたものだけでなく、ヒト及び動物の種々のさらなる疾患又は症状において治療的関連性を有し得る任意の所望の発現産物、好ましくはポリペプチドを発現するために用いられ得ると当業者は理解する。その結果として、適切な発現産物、好ましくはポリペプチド、例えば抗原及び／又は非ワクチン性治療活性ポリペプチドが所定の病気のために一旦選択又は確定されると、当業者は本発明の試薬を用いてその発現、単離及び／又は送達を達成し得る。
【０１３４】
本発明は、その他の動物、例えばイヌ、ウマ、ネコ及びトリにおける疾患の処置も意図する。イヌにおける疾患としては、イヌジステンパー（パラミクソウイルス）、イヌ肝炎（アデノウイルスＣａｖ−１）、イヌ伝染性気管支炎（kennel cough）又は喉頭気管炎（アデノウイルスＣａｖ−２）、感染性イヌ腸炎（コロナウイルス）及び出血性腸炎（パルボウイルス）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１３５】
ネコにおける疾患としては、ウイルス性鼻気管炎（ヘルペスウイルス）、ネコカリシウイルス疾患（カリシウイルス）、ネコ感染性腹膜炎（パルボウイルス）及びネコ白血病（ネコ白血病ウイルス）が挙げられるが、これらに限定されない。ウマ及びトリにおけるその他のウイルス性疾患も、本発明の方法及び組成物を用いて治療可能であると意図される。この目的のために、組換えインターフェロンを発現する微生物の使用が、特に好ましい。
【０１３６】
さらなる一態様では、したがって本発明は、本発明の核酸及び／又はベクターで形質転換される宿主細胞を含む薬学的組成物も提供する。
【０１３７】
好ましくは、このような製剤は、治療的有効量の本発明の宿主細胞及び薬学的に許容可能な担体、即ち１つ又は複数の薬学的に許容可能な担体物質及び／又は添加剤、例えば緩衝剤、担体、賦形剤、安定剤等を含む。
【０１３８】
「薬学的に許容可能な」という用語は、本明細書中で用いる場合、当業界と一致しており、そして薬学的組成物の他の成分と適合性で、そのレシピエントにとって有害でないことを意味する。
【０１３９】
本発明の組換え宿主細胞は、処置されるべき疾患を有するヒト又は動物への投与のために薬学的製剤中に懸濁され得る。このような薬学的製剤は、これらに限定されないが、生宿主細胞及び投与に適した培地を含む。組換え宿主細胞は、一般的賦形剤、例えばラクトース、他の糖、アルカリ及び／又はアルカリ土類ステアリン酸塩、炭酸塩及び／又は硫酸塩（例えばステアリン酸マグネシウム、炭酸ナトリウム及び硫酸ナトリウム）、カオリン、シリカ、風味剤及び芳香剤の存在下で凍結乾燥され得る。
【０１４０】
そのように凍結乾燥された宿主細胞は、カプセル、錠剤、顆粒及び粉末の形態で調製され、その各々は経口的に投与され得る。
【０１４１】
代替的には、いくつかの組換え細菌は、適切な培地中の水性懸濁液として調製され得るか、又は凍結乾燥細菌は、使用直前に適切な培地中に懸濁され得るが、このような培地は、本明細書中で言及される賦形剤並びに他の賦形剤、例えばグルコース、グリシン及びサッカリン酸ナトリウムを含む。
【０１４２】
経口投与のために、耐酸性（gastroresistant：耐胃性）経口剤形が処方されるが、この剤形は、宿主細胞の制御放出を提供して、それによりその中でコードされた所望のタンパク質の制御放出を提供する化合物も含み得る。例えば、経口剤形（例えば錠剤、ペレット、顆粒、粉末）は、胃中での溶解又は崩壊に耐性があるが、小腸中では耐性がない賦形剤（通常はポリマー、セルロース誘導体及び／又は親油性物質）の薄層で被覆されて、それにより小腸中での崩壊、溶解及び吸収に好都合であるよう胃を通過させ得る。
【０１４３】
経口剤形は、例えば制御放出、持続性放出、延長放出、持続性作用錠剤又はカプセルのように、宿主細胞、そしてその組換えタンパク質の徐放を可能にするよう設計され得る。これらの剤形は通常は、従来のそして既知の賦形剤、例えば親油性、高分子性、セルロース性、不溶性、膨潤性賦形剤を含有する。制御放出処方物は、任意のその他の送達部位、例えば小腸、結腸、生体付着又は舌下送達（即ち、歯粘膜送達）、及び気管支送達にも用いられ得る。本発明の組成物が直腸又は膣投与されるべきものである場合、薬学的処方物としては座薬及びクリームが挙げられる。この場合、宿主細胞は、脂質も含む一般的賦形剤の混合物中に懸濁される。上記処方物の各々は当業界でよく知られており、例えば以下の参考文献に記載されている：Hansel et al.（1990）、Chien（1992）、Prescott et al.（1989）及びCazzaniga et al.（1994）。
【０１４４】
好ましくは、浣腸処方物は、直腸投与に用いられ得る。「浣腸」という用語は、直腸使用を意図した液体製剤を包含するために用いられる。浣腸は、通常は単一用量容器で供給され、そして水、グリセロール又はマクロゴール又はその他の適切な溶媒中に溶解又は分散された１つ又は複数の活性物質を含有する。
【０１４５】
したがって本発明によれば、好ましい一実施形態では、所望の遺伝子をコードする組換え宿主細胞は、特定経路に適用可能な現行の技術水準の処方物のいずれかにより、粘膜、例えば口腔、鼻、直腸、膣又は気管支経路を介して、動物又はヒトに投与され得る。投与のための宿主細胞の投与量は、任意数の因子、例えば細菌の種類及びそれによりコードされる遺伝子、処置されるべき疾患の種類及び重症度、並びに用いられるべき投与経路によって変わる。
【０１４６】
したがって、正確な投与量は、本発明の各々のありとあらゆる実施形態に関して規定され得るわけではないが、しかし一旦本発明で準備されれば、当業者には容易に明らかになる。いずれにせよ投与量は、既知の方法、例えばＥＬＩＳＡ又はビアコアとして既知の方法を用いて、所定数の細胞の投与後に組換えタンパク質の血清レベル濃度を測定することにより、症例毎に確定され得る（実施例参照）。送達組換えタンパク質の動態学的プロファイル及び半減期の分析は、形質転換宿主細胞に関する有効投与量範囲の確定を可能にするのに十分な情報を提供する。
【０１４７】
一実施形態では、宿主細胞が抗原を発現する場合、本発明はしたがってワクチンも提供し得る。
【０１４８】
「ワクチン」という用語は、動物又はヒト被験体に有効量で投与される場合、ワクチン中に含まれる免疫原に抗体を誘導し得る、及び／又は被験体における防御免疫を引き出す薬学的に許容可能な組成物を特定する。
【０１４９】
本発明のワクチンは、本発明の核酸又はベクターで形質転換された宿主細胞と、さらに任意に賦形剤とを含む。このようなワクチンは、アジュバント、即ち、抗原に対する免疫応答を増強する化合物又は組成物も含み得る。アジュバントとしては、完全フロイントアジュバント、不完全フロイントアジュバント、サポニン、無機質ゲル、例えば水酸化アルミニウム、界面活性物質、例えばリソレシチン、プルロニックポリオール（pluronic polyols）、ポリアニオン、ペプチド、油又は炭化水素エマルジョン、並びに潜在的に有用な薬学的に許容可能なヒトアジュバント、例えばＢＣＧ（ウシ型弱毒結核菌ワクチン（bacille Calmetle-Guerin））及びコリネバクテリウム・パルブム（Corynebacteriumparvum）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１５０】
さらなる好ましい実施形態では、本発明は、組換え核酸の上記１つ又は複数のオープンリーディングフレームによりコードされるポリペプチドのヒト又は動物への送達用の医薬の製造のための本明細書中で規定されるような宿主細胞の使用に関するが、好ましくは該ポリペプチドは、抗原、及び／又は非ワクチン性治療活性ポリペプチド、好ましくは上記のようなｈＩＬ−１０、ＧＬＰ−２、ＧＬＰ−１、ＴＦＦ又はｈＰＹＹである。本発明はさらに、本明細書中で規定されるような宿主細胞を含む薬学的組成物に関する。また本発明はさらに、医薬として用いるための本明細書中で規定されるような宿主細胞に関する。
【０１５１】
実施例により本発明をさらに例証するが、実施例は本発明を限定するものではない。
【発明を実施するための最良の形態】
【０１５２】
実施例に用いられる材料
ＧＭ１７
−Ｍ１７ブロス（Oxoid ＣＭ０８１７）  メーカーの使用説明書に従って調製される。しかし糖全くを付加しない。
−２０％グルコース（Merck １．０８３３７）  濾過滅菌（Ｓｔｅｒｉｃｕｐ−ＧＶ  ０．２２μｍ  ＰＶＤＦ  Millipore ＣＧＶＵ０５ＲＥ）
−ＧＭ１７ブロス：０．５％グルコースを補充したＭ１７
ＧＭ１７Ｔは、２００μＭチミジン（Sigma♯Ｔ９２５０）を補充したＧＭ１７である。
ＧＭ１７Ｅは、９６％エタノールストック溶液中で２５ｍｇ／ｍｌエリスロマイシンからの希釈による５μｇ／ｍｌエリスロマイシン（Sigma♯Ｅ６３７６）を補充したＧＭ１７である。
ＢＭ９
−１０％カシトン（Difco ２２５９３０）、１２１℃で１５分間オートクレーブ処理
−０．５Ｍ  ＮａＨＣＯ３（Merck １．０６３２９）  濾過滅菌（Ｓｔｅｒｉｃｕｐ−ＧＶ  ０．２２μｍ  ＰＶＤＦ  Millipore  ＣＧＶＵ０５ＲＥ）
−０．５Ｍ  Ｎａ２ＣＯ３（Merck １．０６３９２）  濾過滅菌（Ｓｔｅｒｉｃｕｐ−ＧＶ  ０．２２μｍ  ＰＶＤＦ  Millipore  ＣＧＶＵ０５ＲＥ）
−１Ｍ  ＭｇＳＯ４（Merck １．０５８８６）  １２１℃で１５分間オートクレーブ処理
−１００ｍＭ  ＣａＣｌ２（Merck １．０２３８２）、１２１℃で１５分間オートクレーブ処理
−１０×Ｍ９塩（Difco ２４８５１０）  １２１℃で１５分間オートクレーブ処理  滅菌水で１０倍希釈して、Ｍ９塩を得る。
−１０ｍｌ  ＢＭ９：下記と同一順序で異なる成分を付加する。
＊１ｍｌ  １０×Ｍ９塩
＊５００μｌ  １０％カシトン
＊２５０μｌ  ２０％グルコース
＊７．７５ｍｌ  水
＊５００μｌ  ０．５Ｍ  ＮａＨＣＯ３
＊５００μｌ  ０．５Ｍ  Ｎａ２ＣＯ３
適切に混合し、以下の成分を付加する：
＊２０μｌ  １Ｍ  ＭｇＳＯ４
＊１０μｌ  １００ｍＭ  ＣａＣｌ２
ＢＭ９Ｔは、２００μＭチミジン（Sigma  ♯Ｔ９２５０）を補充したＢＭ９である。
ＢＭ９Ｅは、９６％エタノールストック溶液中で２５ｍｇ／ｍｌエリスロマイシンからの希釈による５μｇ／ｍｌエリスロマイシン（Sigma♯Ｅ６３７６）を補充したＢＭ９である。
【０１５３】
ＥＬＩＳＡ
ＩＬ１０
−ＢＤ  ＯｐｔＥＩＡヒトＩＬ−１０ＥＬＩＳＡキットＩＩ；カタログ番号：５５０６１３、BD Biosciences、www.bdbiosciences.com
ＴＦＦ−１
−サンドイッチＥＬＩＳＡ
−被覆抗体：ＴＦＦ１マウスモノクローナル抗体（Ｍ０２）、クローン３Ｈ５（Abnovaカタログ番号：Ｈ００００７０３１−Ｍ０２）
−検出抗体：ポリクローナルウサギ抗ｈＴＦＦ１（Alpha Diagnosticsカタログ番号：ＴＦＦ１２−Ａ、www.4adi.com）
−接合体：抗ウサギＨＲＰ（Southern Biotechカタログ番号：４０５０−０５、www.southernbiotech.com）
−基質：ＴＭＢ
ＴＦＦ−３
サンドイッチＥＬＩＳＡ
−被覆抗体：ＴＦＦ３に対するマウスモノクローナル抗体４４０８（R&D Systemsカタログ番号：ＭＡＢ４４０８、www.rndsystems.co）
−検出抗体：ＴＦＦ−３に対する系内ビオチニル化マウスモノクローナル１５Ｃ６（Calbiochemカタログ番号：５８５３５０、www.calbiochem.com）
−接合体：ストレプトアビジン−ＨＲＰ（カタログ番号：５５４０６６、BD Biosciences、www.bdbiosciences.com）
−基質：ＴＭＢ
ＰＹＹ
−市販キット：総ペプチドＹＹ（ＰＹＹ）ＥＬＩＳＡ、カタログ番号：ＤＳＬ−１０−３３６００、Diagnostic System Laboratories, Inc.、www.dslabs.com
ＧＬＰ−１
−市販キット：グルカゴン様ペプチド−１（活性）ＥＬＩＳＡキット、カタログ番号：ＥＧＬＰ−３５Ｋ、Linco Research、www.millipore.com
【実施例１】
【０１５４】
ラクトコッカス・ラクティスからの強力なプロモーターの単離
Antelmannet al.（2000）の方法を用いて、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティスＭＧ１３６３において、強力に発現されたタンパク質を同定した。
【０１５５】
要するに、１Ｄゲルにおける豊富タンパク質スポットにより、高度に発現されたタンパク質を同定した（図２）。同定されたタンパク質バンドをトリプシンで消化し、ペプチド混合物を、イオントラップ質量分光分析計（Esquire HCT, Bruker）で、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳモードで分析した。ラクトコッカス・ラクティス亜種クレモリスｓｋ１１タンパク質からのデータバンク（Ｇｅｎｂａｎｋ  ＮＣ＿００８５２７）を用いてＭＡＳＣＯＴにより、スペクトル（１回の実行につき２５０個のＭＳ／ＭＳスペクトルのみをデータ分析のために保持した）を分析した。同定閾値スコアを上回るＭａｓｃｏｔスコアを有するペプチドは、９５％の確率で同定される。同一タンパク質から得られるペプチドが多いほど、同定の信頼度は高くなる。
【０１５６】
この分析によって、非常に豊富なタンパク質及び対応する遺伝子のリストが得られた（上記の表１及び図１）。この結果に基づいて、その遺伝子の上流の配列（配列番号１〜５４及び配列番号１５７〜１８０）をそれら自身のシャイン・ダルガノ（ＳＤ）配列と共に同定及び単離した。ほとんどのプロモーターに関しては、ラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３染色体ＤＮＡに関するＰＣＲにより、これを実行した。例として、上記の１）〜３０）で列挙された遺伝子に対応するプロモーターの配列を増幅するために用いられるプライマーを、表２に示す。同様に、上記の３１）〜５３）に列挙された遺伝子に対応するプロモーターに関する利用可能なゲノム情報に基づいて、適切なプライマーを選択し得る。ｅｎｏ、ｔｂｐ及びｌａｃＥに関するプロモーターも、オリゴヌクレオチドを用いて合成した（表３中のオリゴ）。
【実施例２】
【０１５７】
プロモーター活性
分泌性ｈＩＬ−１０遺伝子の前部に種々のプロモーターのサブクローニングを可能にする戦略を考案した（図３）。ｈＩＬ−１０発現カセットが標的配列に隣接される方法で、サブクローニングを実施した。この構造は、ｔｈｙＡ遺伝子周囲の二重相同組換え、及びしたがって本質的にはSteidler et al. 2003（上記）及び国際公開第０２／０９０５５１号に記載されるように、染色体組込みを可能にする。
【０１５８】
図３を参照しながら戦略を図で概説する：
Ａ）適切なプライマーを用いて、ラクトコッカス・ラクティス  ＭＧ１３６３染色体ＤＮＡからのＰＣＲによりプロモーターを単離する。Ｂ）アニーリングＰＣＲにより、プロモーターを関連隣接領域（一部上流標的領域、一部ｈＩＬ−１０）と連結する。Ｃ及びＤ）適切に配置された制限エンドヌクレアーゼ部位（ＮｃｏＩ＋ＡｆｌｌＩＩ又は代替的にはＮｃｏＩ＋ＢｓｔＥＩＩ）を用いて、条件付非複製プラスミド中で、連結産物をサブクローニングする。これによって、上流標的領域及びｈＩＬ−１０の両方が完成する。Ｅ）連続的な上流及び下流の組換えにより、プロモーター構築物をラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３中に導入する。二段階手法により、染色体組込みを実施する。親菌株ラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３への非複製プラスミドの導入後、上流又は下流の標的配列のいずれかでの一次相同組換えが、エリスロマイシン含有選択培地で選択され得る。代替標的での二次相同組換えは、ｔｈｙＡの非存在によりスクリーニングされる。Ｆ）ｔｈｙＡがｈＩＬ−１０に置き換えられた最終染色体構造を得る。
【０１５９】
Steidleret al.(2003)、国際公開第０２／０９０５５１号「Self-containing Lactococcus strain」及び本明細書中の簡潔な記載の場合と本質的に同様に、他のラクトコッカス菌株に関する、分泌性ｈＩＬ−１０（即ちラクトコッカス分泌シグナル配列、例えばｕｓｐ４５又は同様のものを伴ってインフレームに提供されるｈＩＬ−１０）の発現レベルについて、染色体に組込まれた導入遺伝子を評価する。種々のラクトコッカス・ラクティス株を単一コロニーに画線（streaked out）して、ＧＭ１７（Ｍ１７、Oxoid, Hampshire, UK、０．５％グルコースを補充）中に１つのコロニーを接種して、３０℃で１６時間インキュベートすることにより、前培養物を調製する。これらの前培養物を５ｍｌのＧＭ中に１／２５接種して、３０℃で４時間インキュベートする。細胞を遠心分離により回収して、５ｍｌの新しいＢＭ９（表４の組成物）中に再懸濁する。これらの細胞懸濁液を、３０℃で３時間インキュベートする。細菌細胞を遠心分離により除去し、上清を新しい試験管に移す。上清のｈＩＬ−１０含量をＥＬＩＳＡにより確定し、そしてウエスタンブロットにより１ｍｌの等価培養物を分析することによりｈＩＬ−１０タンパク質を可視化する。
【０１６０】
反復試験と異なるクローニング戦略の後でさえ、多様なプロモーター配列をサブクローニングすることはできなかった。首尾よくサブクローニングされたプロモーター配列を、表１２に示す。
【実施例３】
【０１６１】
プロモーター強度
いくつかのプロモーターを同定後、さらなる一連の実験においていくつかのプロモーター構築物を試験した。さらに、プロモーター活性がレポーター遺伝子と無関係であるか否かを確立するために、ＧＬＰ−２遺伝子を含むレポーター構築物を設計した。
【０１６２】
ヒトプログルカゴン遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＮＭ＿００２０５４）は、４つの別個の成熟ペプチド、例えばグルカゴン様ペプチド−２（ＧＬＰ−２）に切断されるプレプロタンパク質をコードする。ラクトコッカス・ラクティスの選択的コドン使用でコードされるｈ［Ｇｌｙ２］ＧＬＰ−２に関する遺伝子を設計した。この遺伝子は、２位でのアラニンからグリシンへの置換を有する成熟ヒトＧＬＰ−２類似体をコードする（これは、ジペプチジルペプチダーゼ−ＩＶによる分解に対する感受性を低減することが示された（Booth et al., 2004））。本質的にStemmer et al.（1995）（この記載内容は参照により本明細書中で援用される）により記載された現行の技術水準の方法を用いて、合成遺伝子を組み立てた。
【０１６３】
その結果生じた断片をｕｓｐ４５分泌シグナルと融合した（van Asseldonk, et al., 1990）。融合構築物を、一連のラクトコッカスプロモーター：Ｐ１（Waterfield, et al., 1995）、ＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター）及びＰｈｌｌＡ（細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＤＮＡ結合タンパク質ＨＵのプロモーター、配列番号２８）の下流に配置した。
【０１６４】
この戦略は、Ｐ１（ｐＴ１ＧＬＰ２）に関してＥｃｏＲＩ−ＸｂａＩとしてサブクローニングされ得る断片、又はＥｃｏＲＩ−ＳｐｅＩ開放プラスミドｐＴ１ＮＸ中のＥｃｏＲＩ−ＳｐｅＩ（全ての他の構築物）断片を生じた（Steidler et al., 1998;図４）。
【０１６５】
種々のプラスミドの概要を、表５に示す。全てのプラスミドは確認された配列であり、その後、Gasson（1983）による方法を用いてラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３に形質転換された。
【０１６６】
ＧＬＰ−２発現及び分泌を、並行して得られた種々の菌株からのタンパク質抽出物に関して実証した。要するに、飽和培養液を２５倍希釈して、適切に緩衝された増殖培地中で増殖させて、対数期終了時に収穫した。１ｍｌ培養の等価物をＳＤＳ−ＰＡＧＥ上に載せて、ウエスタンブロットにより分析した。ポリクローナルウサギ抗ＧＬＰ−２抗体（Abcam, Cambridge, UK）を用いたイムノブロッティングにより、ＧＬＰ−２を検出した。二次抗体は、アルカリ性ホスファターゼと結合されたヤギ抗ウサギＩｇＧ（Southern Biotechnology Associates, Birmingham, AL）であった。ＮＢＴ／ＢＣＩＰ基質（Roche Diagnostics, Basel, Switzerland）を用いて、酵素活性を明示した。
【０１６７】
われわれのデータから、ＰｈｌｌＡプロモーターは非常に強力である、と結論づけることができる。
【実施例４】
【０１６８】
シグナル配列の影響
発現レベル、例えば産生及び分泌を制御するために、一連のｕｓｐ４５突然変異体を構築し、これを先ず、２８）のＰｈｌｌＡプロモーターと併せて試験した。
【０１６９】
意外にも、４位のリシンがアスパラギンと交換されたｕｓｐ４５突然変異体（ｕｓｐ４５  Ｎ４）は、ｔｈｙＡ−プロモーター及びＰ１−プロモーター指示発現に比して、劇的に増大されたｈ［Ｇｌｙ２］ＧＬＰ−２産生及び分泌を生じた（ＰｈｌｌＡＮ４ＧＬＰ２）（図５Ａ）。さらに、これらの形質転換体は非常に安定していた。ラクトコッカス・ラクティスのゲノム中に組込まれた構築物も、実質的に増大された産生及び分泌を示す。ラクトバチルス・カゼイにおけるレポーター構築物の発現は、ラクトコッカス・ラクティスの場合と本質的に同じ結果を生じる。
【０１７０】
次に、Ｐ１プロモーター及びｔｈｙＡプロモーターの下流のｕｓｐ４５中にこの突然変異を導入して、それぞれプラスミドｐＴ１Ｎ４ＧＬＰ２及びｐＴｈｙＡＮ４ＧＬＰ２を生成した。意外にも、突然変異は、Ｐ１プロモーターにより調節されるｈ［Ｇｌｙ２］ＧＬＰ−２産生にほとんど影響を及ぼさなかったが、ｔｈｙＡプロモーターの転写制御下ではｈ［Ｇｌｙ２］ＧＬＰ−２産生を完全に無効にした（図５Ｂ）。
【０１７１】
これらのデータから、ＰｈｌｌＡプロモーターはシグナル配列ｕｓｐ４５Ｎ４と併せて、遺伝子の発現を制御するのに非常に良く適している、ということは明らかである。
【実施例５】
【０１７２】
ヒトインターロイキン−１０（ｈＩＬ−１０）発現により試験されるプロモーター強度
一連の発現において、いくつかのプロモーター構築物を試験した。さらに、プロモーター活性がレポーター遺伝子と無関係であるか否かを確立するために、合成ｈＩＬ−１０遺伝子と融合されたｕｓｐ４５分泌シグナル（van Asseldonk, et al., 1990）の前部に研究中のプロモーターを含有する発現カセットが生成されるレポーター構築物を設計した（実施例２も参照）。この場合、一連のラクトコッカスプロモーター：ＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター、菌株ｓＡＧＸ０００５及びＴｈｙ１２）、ＰｄｐｓＡプロモーター（ＤＮＡ結合フェリチン様タンパク質、配列番号３、ｓＡＧＸ００１２）、ＰｐｅｐＶ（Ｘａａ−Ｈｉｓジペプチダーゼプロモーター、配列番号１５８、菌株ｓＡＧＸ００１８）、ＰｓｏｄＡ（スーパーオキシドジスムターゼプロモーター、配列番号２０、ｓＡＧＸ００２９）及びＰｈｌｌＡ（細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＤＮＡ結合タンパク質ＨＵのプロモーター；配列番号２８、菌株ｓＡＧＸ００３７）の下流に融合構築物を配置した。
【０１７３】
全ての発現カセットを二重相同組換えによりラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３染色体のｔｈｙＡ遺伝子座に組込んで、それによりｔｈｙＡ遺伝子を除去した（Ｔｈｙ１２の構築のために適用されたものと同様の戦略（Steidler et al., 2003）であるが、しかし図３に示すようにヘルパープラスミドｐＶＥ６００７は用いなかった）。これにより、ｈＩＬ−１０発現カセットの外側の全てのＤＮＡ配列が同一である、ということになる。種々の菌株におけるｈＩＬ−１０発現カセットの構造及び位置の概要を、図６に示す。本明細書に記載される菌株のｈＩＬ−１０発現カセット（プロモーター、ｕｓｐ４５分泌シグナル、ｈＩＬ−１０）は、確認された配列であった。
【０１７４】
種々の試験菌株を、固形寒天ＧＭ１７Ｔ上で単一コロニーに画線した。単一コロニーをＧＭ１７Ｔ中に接種して、一晩増殖させて飽和状態にした。これらの培養の適切な希釈物を、ＧＭ１７Ｔ中で４時間予備増殖させた。細菌を遠心分離により収穫して、緩衝培地（ＢＭ９Ｔ）中で３時間さらにインキュベートした。遠心分離により細菌を除去し、そしてこの清澄化上清から、分析のために試料を収集した。ｈＩＬ−１０に特異的なＥＬＩＳＡにより、試料を分析した。発現レベルを、図７に示す。全データを、３つの個々の測定の平均として示す。相対プロモーター強度を、表６に示す。
【０１７５】
菌株間の異なる増殖特質の影響を排除するために、上記のような発現実験の終了時にコロニー形成単位（ＣＦＵ）を確定し、そして種々の菌株に関してｈＩＬ−１０産生／１０９ＣＦＵを算定した。この実験は、実質的に異なる増殖率は観察されず、そしてｈＩＬ−１０発現から判断されるように、ＰｈｌｌＡはＰｔｈｙＡよりおよそ４倍強力である、ということを示す（図８及び表７）。
【０１７６】
われわれのデータから、ＰｄｐｓＡ、ＰｐｅｐＶ、ＰｓｏｄＡ及びＰｈｌｌＡは非常に強力であり、そして異種遺伝子の発現を指示するのに非常に適している、と結論づけられ得る。
【実施例６】
【０１７７】
実施例６  ヒトトレフォイル因子（ＴＦＦ）発現により試験されるプロモーター強度
潜在的に強力なプロモーターを同定後、さらなる一連の実験においていくつかのプロモーター構築物を試験した。さらに、プロモーター活性がレポーター遺伝子と無関係であるか否かを確立するために、合成ｈＴＦＦ１又はｈＴＦＦ３遺伝子と融合された野生型（ｗｔ）ｕｓｐ４５分泌シグナル（van Asseldonk et al. 1990）又はその突然変異型（ｍｕｔ；例えば位置４のリシンがアスパラギンに置換されたＵｓｐ４５  Ｎ４）の前部に研究中のプロモーターを含有する発現カセットが生成されるレポーター構築物を設計した。一連のラクトコッカスプロモーター：ＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター、菌株ｓＡＧＸ００４１及びｓＡＧＸ００４３）、ＰｄｐｓＡプロモーター（ＤＮＡ結合フェリチン様タンパク質、配列番号３、菌株ｓＡＧＸ００５９）、及びＰｈｌｌＡ（細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＤＮＡ結合タンパク質ＨＵのプロモーター；配列番号２８、菌株ｓＡＧＸ００４８、ｓＡＧＸ００４９及びｓＡＧＸ００５７）の下流に融合構築物を配置した。全ての発現カセットを二重相同組換えによりラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３染色体のｔｈｙＡ遺伝子座に組込んで、それによりｔｈｙＡ遺伝子を除去した（Ｔｈｙ１２の構築のために適用されたものと同様の戦略（Steidler et al., 2003）であるが、図３に示すようにヘルパープラスミドｐＶＥ６００７は用いなかった）。これにより、ＴＦＦ発現カセットの外側の全てのＤＮＡ配列が同一である、ということになる。種々の菌株におけるＴＦＦ発現カセットの構造及び位置の概要を、図９及び表８に示す。本明細書に記載される菌株のＴＦＦ発現カセット（プロモーター、分泌シグナル、ＴＦＦ）は、確認された配列であった。
【０１７８】
種々の試験菌株を、固形寒天ＧＭ１７Ｔ上で単一コロニーに画線した。単一コロニーをＧＭ１７Ｔ中に接種して、一晩増殖させて飽和状態にした。これらの培養の適切な希釈物を、ＧＭ１７Ｔ中で４時間予備増殖させた。細菌を遠心分離により収穫して、緩衝培地（ＢＭ９Ｔ）中で３時間さらにインキュベートした。遠心分離により細菌を除去し、そしてこの清澄化上清から、分析のために試料を収集した。ｈＴＦＦに特異的なＥＬＩＳＡにより、試料を分析した。発現レベルを、図１０に示す。ｈＴＦＦ１発現体菌株からの試料も、ｈＴＦＦ１に特異的なウエスタンブロットにより分析した（図１１）。全データを、３つの個々の測定の平均として示す。相対プロモーター強度を、表８に示す。
【０１７９】
実施例４と一致して、図１０におけるデータは、Ｕｓｐ４５  Ｎ４突然変異体はｓＡＧＸ００５７のｈＴＦＦ３の発現増強に関与しておらず、さらなる制御発現レベルを提供する、ということを示す。
【０１８０】
ｈＴＦＦ１及びｈＴＦＦ３発現構築物の前部に配置されたＰｄｐｓＡ、ＰｐｅｐＶ及びＰｓｏｄＡも、ＰｔｈｙＡに比して発現増強を示す。
【０１８１】
われわれのデータから、ＰｄｐｓＡ、ＰｐｅｐＶ、ＰｓｏｄＡ及びＰｈｌｌＡは非常に強力であり、そして異種遺伝子の発現を指示するのに非常に適している、と結論づけることができる。
【実施例７】
【０１８２】
ヒトペプチドＹＹ  Ｇｌｙ９変異体のアミノ酸３〜３６（ｈＰＹＹ  Ｇ９（３〜３６））の発現により試験されるプロモーター強度
潜在的に強力なプロモーターを同定後、さらなる一連の実験においていくつかのプロモーター構築物を試験した。さらに、プロモーター活性がレポーター遺伝子と無関係であるか否かを確立するために、合成ｈＰＹＹ  Ｇ９（３〜３６）遺伝子と融合されたｕｓｐ４５分泌シグナル（van Asseldonk, et al. 1990）の前部に研究中のプロモーターを含有する発現カセットが生成されるレポーター構築物を設計した。一連のラクトコッカスプロモーター：Ｐ１（Waterfield, et al. 1995）（プラスミドｐＡＧＸ０２１１）；ＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター、プラスミドｐＡＧＸ０２１２）、及びＰｈｌｌＡ（細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＤＮＡ結合タンパク質ＨＵのプロモーター；配列番号２８、プラスミドｐＡＧＸ０２１３）の下流に融合構築物を配置した。全ての発現カセットを、プラスミドｐＴ１ＮＸ中のＥｃｏＲＩ−ＳｐｅＩ断片として挿入した（Schotte et al., 2000）。これにより、複製の起点及びエリスロマイシン耐性を含めた発現カセットの外側の全てのＤＮＡ配列は、上記プラスミドと同一であることになる。種々の発現プラスミドの構造の概要を、図１２及び表９に示す。本明細書に記載される菌株のｈＰＹＹ発現カセット（プロモーター、ｕｓｐ４５分泌シグナル、ＰＹＹ）は、確認された配列であった。
【０１８３】
空発現ベクターｐＴ１ＮＸ及び全てのｈＰＹＹ−１  Ｇ９（３〜３６）発現プラスミドを、ラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３に形質転換した。その結果生じた菌株を、固形寒天ＧＭ１７Ｅプレート上で単一コロニーに画線した。単一コロニーをＧＭ１７Ｅ中に接種して、一晩増殖させて飽和状態にした。これらの培養の適切な希釈物を、ＧＭ１７Ｅ中で４時間予備増殖させた。細菌を遠心分離により収穫して、緩衝培地（ＢＭ９Ｅ）中で３時間さらにインキュベートした。遠心分離により細菌を除去し、そしてこの清澄化上清から、分析のために試料を収集した。ｈＰＹＹに特異的なＥＬＩＳＡにより、試料を分析した。発現レベルを、図１３に示す。相対プロモーター強度を、表９に示す。
【０１８４】
合成ｈＰＹＹ  Ｇ９（３〜３６）遺伝子と融合されたｕｓｐ４５分泌シグナル（van Asseldonk, et al. 1990）の前部に配置されたＰｄｐｓＡ、ＰｐｅｐＶ及びＰｓｏｄＡも、ＰｔｈｙＡ指示発現に比して発現増強を示す。
【０１８５】
われわれのデータから、ＰｄｐｓＡ、ＰｐｅｐＶ、ＰｓｏｄＡ及びＰｈｌｌＡは非常に強力であり、そして異種遺伝子の発現を指図するのに非常に適している、と結論づけることができる。
【実施例８】
【０１８６】
ヒトグルカゴン様ペプチド−１  Ｇｌｙ８変異体のアミノ酸７〜３６（ｈＧＬＰ−１  Ｇ８（７〜３６））の発現により試験されるプロモーター強度
潜在的に強力なプロモーターを同定後、さらなる一連の実験においていくつかのプロモーター構築物を試験した。さらに、プロモーター活性がレポーター遺伝子と無関係であるか否かを確立するために、合成ｈＧＬＰ−１  Ｇ８（７〜３６）遺伝子と融合されたｕｓｐ４５分泌シグナル（van Asseldonk, et al. 1990）の前部に研究中のプロモーターを含有する発現カセットが生成されるレポーター構築物を設計した。ＧＬＰ−１  Ｇｌｙ８変異体は、ジペプチジルペプチダーゼＶＩによるタンパク質分解的切断に対する感受性低減を示す（Deacon et al., 1998）。２つのラクトコッカスプロモーター：ＰｔｈｙＡ（チミジル酸シンターゼプロモーター、プラスミドｐＡＧＸ０２３３）、及びＰｈｌｌＡ（細菌ヌクレオイドＤＮＡ結合タンパク質／ＤＮＡ結合タンパク質ＨＵのプロモーター；配列番号２８、プラスミドｐＡＧＸ０２３４）の下流に融合構築物を配置した。全ての発現カセットを、プラスミドｐＴ１ＮＸ中のＥｃｏＲＩ−ＳｐｅＩ断片として挿入した（Schotte et al., 2000）。これにより、複製の起点及びエリスロマイシン耐性を含めた発現カセットの外側の全てのＤＮＡ配列は、上記プラスミドと同一であることになる。種々の発現プラスミドの構造の概要を、図１４及び表１０に示す。本明細書に記載される菌株のＧＬＰ−１  Ｇｌｙ８発現カセット（プロモーター、ｕｓｐ４５分泌シグナル、ＧＬＰ−１  Ｇｌｙ８）は、確認された配列であった。空発現ベクターｐＴ１ＮＸ及び全てのｈＧＬＰ−１  Ｇ８（７〜３６）発現プラスミドを、ラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３に形質転換した。その結果生じた菌株を、固形寒天ＧＭ１７Ｅプレート上で単一コロニーに画線した。単一コロニーをＧＭ１７Ｅ中に接種して、一晩増殖させて飽和状態にした。これらの培養の適切な希釈物を、ＧＭ１７Ｅ中で４時間予備増殖させた。細菌を遠心分離により収穫して、緩衝培地（ＢＭ９Ｅ）中で３時間さらにインキュベートした。遠心分離により細菌を除去し、そしてこの清澄化上清から、分析のために試料を収集した。ｈＧＬＰ−１に特異的なＥＬＩＳＡにより、試料を分析した。発現レベルを、図１５に示す。相対プロモーター強度を、表１０に示す。
【実施例９】
【０１８７】
ヒトインターロイキン−１０（ｈＩＬ−１０）発現により試験されるプロモーター強度
さらなる一連の発現において、いくつかのプロモーター構築物を試験した。さらに、プロモーター活性がレポーター遺伝子と無関係であるか否かを確立するために、合成ｈＩＬ−１０遺伝子と融合されたｕｓｐ４５分泌シグナル（van Asseldonk, et al. 1990）の前部に研究中のプロモーターを含有する発現カセットが生成されるレポーター構築物を設計した。一連のラクトコッカスプロモーターの下流に融合構築物を配置した（図１６及び表１１）。
【０１８８】
全ての発現カセットを二重相同組換えによりラクトコッカス・ラクティスＭＧ１３６３染色体のｔｈｙＡ遺伝子座に組込んで、それによりｔｈｙＡ遺伝子を除去した（Ｔｈｙ１２の構築のために適用されたものと同様の戦略（Steidler et al., 2003）であるが、ヘルパープラスミドｐＶＥ６００７は用いなかった）。これにより、ｈＩＬ−１０発現カセットの外側の全てのＤＮＡ配列が同一である、ということになる。種々の菌株（一般的に設計される「ｓＡＧＸ００ｘｘ」）に存在するｈＩＬ−１０発現カセットの構造及び位置の概要を、図１６に示す。本明細書に記載される菌株のｈＩＬ−１０発現カセット（プロモーター、ｕｓｐ４５分泌シグナル、ｈＩＬ−１０）は、立証される配列であった。
【０１８９】
種々の試験菌株を、固形寒天ＧＭ１７Ｔ上で単一コロニーに画線した。単一コロニーをＧＭ１７Ｔ中に接種して、一晩増殖させて飽和状態にした。これらの培養の適切な希釈物を、ＧＭ１７Ｔ中で４時間予備増殖させた。細菌を遠心分離により収穫して、緩衝培地（ＢＭ９Ｔ）中で３時間さらにインキュベートした。遠心分離により細菌を除去し、そしてこの清澄化上清から、分析のために試料を収集した。ｈＩＬ−１０に特異的なＥＬＩＳＡにより、試料を分析した。発現レベルを、図１７に示す。全データを、３つの個々の測定の平均として示す。相対プロモーター強度を、表１１に示す。
【０１９０】
計画されたプロテオミック及びトランスクリプトーム分析と対比して、異種遺伝子の発現を指示する特定のプロモーターの強度及び適格性は、依然として予期されないもののままであった。
【０１９１】
【表１】
0005584470.tif 000003
0005584470.tif 000004
0005584470.tif 000005
0005584470.tif 000006
【０１９２】
【表２】
0005584470.tif 000007
【０１９３】
【表３】
0005584470.tif 000008
【０１９４】
【表４】
0005584470.tif 000009
【０１９５】
【表５】
0005584470.tif 000010
【０１９６】
【表６】
0005584470.tif 000011
【０１９７】
【表７】
0005584470.tif 000012
【０１９８】
【表８】
0005584470.tif 000013
【０１９９】
【表９】
0005584470.tif 000014
【０２００】
【表１０】
0005584470.tif 000015
【０２０１】
【表１１】
0005584470.tif 000016
【０２０２】
【表１２】
0005584470.tif 000017
【０２０３】
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【図１Ａ】
0005584470.tif 000018
【図１Ｂ】
0005584470.tif 000019
【図１Ｃ】
0005584470.tif 000020
【図１Ｄ】
0005584470.tif 000021
【図１Ｅ】
0005584470.tif 000022
【図１Ｆ】
0005584470.tif 000023
【図１Ｇ】
0005584470.tif 000024
【図１Ｈ】
0005584470.tif 000025
【図１Ｉ】
0005584470.tif 000026
【図１Ｊ】
0005584470.tif 000027
【図４】
0005584470.tif 000028
【図７】
0005584470.tif 000029
【図８】
0005584470.tif 000030
【図１０】
0005584470.tif 000031
【図１２】
0005584470.tif 000032
【図１３】
0005584470.tif 000033
【図１４】
0005584470.tif 000034
【図１５】
0005584470.tif 000035
【図１７】
0005584470.tif 000036
【図２】
0005584470.tif 000037
【図３】
0005584470.tif 000038
【図５】
0005584470.tif 000039
【図６】
0005584470.tif 000040
【図９】
0005584470.tif 000041
【図１１】
0005584470.tif 000042
【図１６】
0005584470.tif 000043