(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の（ｉ）〜（ｖ）からなる群から選択されるポリペプチドまたはポリヌクレオチドを含み、さらに薬学的に許容される希釈剤又は担体を含むことを特徴とする医薬組成物。
（ｉ）配列番号２９９のアミノ酸配列を含むＣ１ＯＲＦ３２細胞外領域ポリペプチド；
（ｉｉ）配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＣ１ＯＲＦ３２細胞外領域ポリペプチド；
（ｉｉｉ）配列番号１４８のアミノ酸配列を含むＣ１ＯＲＦ３２細胞外領域ポリペプチド；
（ｉｖ）配列番号２９９、配列番号１４７、又は配列番号１４８のアミノ酸配列に少なくとも９５％の同一性をもち、Ｔ細胞増殖阻害作用及びＩＬ−２分泌阻害作用を有するＣ１ＯＲＦ３２細胞外領域変異体ポリペプチド；
（ｖ）上記（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、又は（ｉｖ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
【請求項２】
前記ポリペプチドが、配列番号１４７、配列番号１４８、又は配列番号２９９のアミノ酸配列からなることを特徴とする請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
Ｆｃ断片に連結された請求項１又は２に記載のポリペプチドを含むことを特徴とする融合タンパク質。
【請求項４】
配列番号１０５に記載のアミノ酸配列を含むことを特徴とする請求項３に記載の融合タンパク質。
【請求項５】
請求項３又は４に記載の融合タンパク質をコードすることを特徴とする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】
請求項５に記載のポリヌクレオチドを少なくとも１つ含むことを特徴とする発現ベクター。
【請求項７】
請求項６に記載の発現ベクター又は請求項５に記載のポリヌクレオチドを含有するウィルスを含む組み換え細胞であって、細胞が、ＤＮＡ切片にコードされたポリペプチドを恒常的又は誘導的に発現することを特徴とする組み換え細胞。
【請求項８】
Ｃ１ＯＲＦ３２細胞外領域ポリペプチド、又はその融合タンパク質を生産する方法であって、細胞がＤＮＡ切片又は核酸にコードされたポリペプチドを発現する条件下で、請求項７の組換え細胞を培養することおよび前記ポリペプチドを回収することからなる方法。
【請求項９】
請求項３又は４に記載の融合タンパク質；請求項５に記載の単離されたポリヌクレオチド；請求項６に記載の発現ベクター；請求項７に記載の細胞；の少なくとも１つと、更に薬学的に許容される希釈剤又は担体を含むことを特徴とする医薬組成物。
【請求項１０】
免疫関連病態の治療に用いられ、請求項５に記載の単離されたポリヌクレオチド、請求項６に記載の発現ベクター又は請求項７に記載の細胞を含むことを特徴とする請求項１又は９に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
治療が、サイトカイン抗体、サイトカイン受容体抗体、薬剤、又は他の免疫調節剤の１又はそれ以上と組み合わされることを特徴とする請求項１０に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
免疫病態が、自己免疫疾患、移植拒絶反応、又は移植片対宿主病から選択されることを特徴とする請求項１０又は１１に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
前記自己免疫疾患が、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、クローン病、潰瘍性大腸炎、移植片移植拒絶に関連した免疫不全、良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｓ  ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、リウマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、変性リウマチ、関節外リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、尿酸塩関節炎、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症、及び軟骨石灰化からなる群から選択されることを特徴とする請求項１２に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願）
本発明の請求項は、いずれも２００７年９月４日に出願された、米国仮出願第６０／９６９，８６５号、第６０／９６９，７９９号、第６０／９６９，７８０号、６０／９６９，８０６号、第６０／９６９，７６９号、および第６０／９６９，７８８号に基づく優先権を享受するものであり、該仮出願は、参照によりその全体が取り込まれる。
【０００２】
（技術分野）
本発明は、特定の組織に特異的に発現する特定のタンパク質、並びに治療および診断標的としてのその利用に関する。より具体的に、本発明は、特定の癌で特異的に発現し、それ故に免疫療法、癌治療および薬剤開発に適している、ＶＳＩＧ１タンパク質およびその変異体、ＦＸＹＤ３およびその変異体、ＩＬＤＲ１およびその変異体、ＬＯＣ２５３０１２およびその変異体、ＡＩ２１６６１１およびその変異体、並びにＣ１ＯＲＦ３２およびその変異体に関する。さらに、本発明は、ＶＳＩＧ１タンパク質およびその変異体、ＦＸＹＤ３およびその変異体、ＩＬＤＲ１およびその変異体、ＬＯＣ２５３０１２およびその変異体、ＡＩ２１６６１１およびその変異体、並びにＣ１ＯＲＦ３２およびその変異体の、免疫療法、癌治療および薬剤開発に適している細胞外領域の発明に関する。
【０００３】
また、本発明のいくつかのタンパク質は、そのＢ７−様構造から、免疫共刺激に関与していると思われるため、本発明は、免疫調節因子としての、並びに免疫治療、特に癌および自己免疫疾患などの免疫関連疾患を治療するための、これらのタンパク質の利用またはこれらのタンパク質を（作動剤および拮抗剤的に）調節する薬剤に、さらに関する。さらにより具体的に、本発明は、予防および治療抗体並びに、本発明のタンパク質若しくはその可溶性または分泌部分、特に細胞外領域に、特異的に結合する同抗体および抗体断片を用いる治療法および診断法に関する。
【背景技術】
【０００４】
腫瘍抗原は、バイオマーカーおよび薬剤標的として理想的に位置し、単独療法または従来の癌療法と合せて用いられる、能動および受動免疫療法剤の新しいストラテジーの開発において重要な役割を果たしている。腫瘍抗原は、腫瘍細胞にのみ発現し、正常組織には発現していない腫瘍特異抗原（ＴＳＡ）または、腫瘍細胞に過剰に発現し正常組織でも低いレベルで発現している腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）のいずれかに分類される。
【０００５】
ＴＡＡおよびＴＳＡは、免疫寛容を破り、免疫系を刺激するストラテジーを用いる受動（抗体）療法および能動免疫療法の標的として有効であることが証明されている。これらの療法のアプローチによって標的とされる抗原エピトープは、非腫瘍細胞と比べて腫瘍細胞において過剰に発現され、機能活性を妨げ、細胞増殖を阻害し、細胞死を誘発する抗体によって標的にされる。
【０００６】
モノクローナル抗体が試験されてきた腫瘍関連抗原、または癌治療として使用されている腫瘍関連抗原の数が増加してきている。ヒト悪性腫瘍に発現する新しい腫瘍抗原の特定とその分子的特性の解析は、腫瘍免疫学の分野で盛んに行われている。免疫療法の標的候補として腫瘍関連抗原を特定するために、ゲノミクスやプロテオミクスに基づいたハイスループットのバイオインフォマティクスのアプローチなどの、いくつかのアプローチがとられてきた。新規のＴＡＡまたはＴＳＡを特定することによって、免疫認識の標的対象となる腫瘍抗原の範囲が広がり、非改変または複合のモノクローナル抗体などの、受動的免疫療法の治療剤開発のための新しい標的分子が提供される。また、そのような新しい抗原は、能動または養子免疫療法のより効果的な治療ワクチンへの方向性を示し得る。
【０００７】
癌ワクチンは、腫瘍抗原の投与を伴い、並びに、免疫寛容を破り、腫瘍に対する活性化Ｔ細胞応答を誘発する。ワクチン療法は、裸のＤＮＡ、ペプチド、組み換えタンパク質および患者自身の腫瘍細胞が、ワクチンの供給源として用いられる全細胞療法を含む。特異的な腫瘍抗原を特定することで、樹枝状細胞に関連タンパク質またはペプチドに取り込ませる、若しくはベクターＤＮＡまたはＲＮＡをトランスフェクションして、ワクチンをより頻繁に、樹枝状細胞療法によって実施する。
【０００８】
癌の治療に対する抗ＴＡＡ抗体の主な用途は、裸の抗体を用いた療法、薬剤抱合抗体を用いた療法、細胞性免疫との融合療法である。その発見以来、抗体は、薬剤、毒素、放射性同位体など毒性のある剤を、標的としない正常組織に影響を及ぼすことなく、罹患部位に特異的に運ぶと思われる「特効薬（ｍａｇｉｃ  ｂｕｌｌｅｔｓ）」として想定されていた。実際、抗体および特に抗体断片は、放射性同位体、薬剤および毒素などの細胞毒性物質の担体として機能することができる。そのような免疫抱合体を用いる免疫療法は、裸の抗体を用いる療法より効果的である。
【０００９】
裸の抗体（リツキサン（Ｒｉｔｕｘａｎ）およびキャンパス（Ｃａｍｐａｔｈ）など）並びに抱合抗体（ベキサール（Ｂｅｘｘａｒ）およびゼヴァリン（Ｚｅｖａｌｉｎ）など）の血液悪性腫瘍での非常に大きな成功とは対照的に、固形腫瘍の免疫療法ではわずかな成功が達成されたのみであった。免疫療法の固形腫瘍への成功利用における主な制限のひとつは、完全な免疫グロブリンの大きな分子サイズであり、その大きさのため、血中半減期は長いが、腫瘍への浸透および取り込みは乏しい。実際、投与した抗体の、非常に少量（わずか０．０１％）のみが、腫瘍に達する。そのサイズに加え、固形腫瘍の細胞表面に発現する標的抗原に達する前に、抗体は、他の障害物と遭遇する。障害としては、大きな腫瘍における不十分な血流、血管内皮の透過性、腫瘍間質の間質液圧の上昇、および異種の抗体発現が挙げられる。
【００１０】
抗体工学の出現にともない、向上した腫瘍浸透を示す低分子量抗体断片が、作成されてきた。そのような抗体断片は、細胞毒性分子に抱合されていることが多く、それら抗体を癌細胞に選択的に運ぶように設計されている。しかし、免疫抱合抗体断片をもってしても、固体腫瘍は、依然として大変な難題である。
【００１１】
最適化のストラテジーの新しい波は、固形腫瘍による障害を調節する生体改変因子の利用を含む。つまり、抗体または抱合抗体断片と組み合わせて、様々な作用因子が、腫瘍血流を改善し、血管浸透性を向上し、間質細胞および細胞外基質成分を調節して、腫瘍間質液圧を下げ、標的抗原の発現を増加し、治療剤の浸透および保持を向上するために、使用されている。
【００１２】
抗体を用いる免疫療法は、化学療法などの標準的な療法との組み合わせ、および多岐にわたる生体作用因子との組み合わせの絶好の機会を表し、相乗効果を生みだす。実際、抱合されないｍＡｂは、他の抗体を含めた他の治療剤と組み合わせて使用した場合、より効果的である。
【００１３】
免疫療法に対する免疫系応答の他の構成要素は、細胞性応答、特に、Ｔ細胞応答および細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の活性化である。腫瘍退縮を媒介するにあたっての免疫系の効率は、生理的免疫監視、ワクチンによる感作またはにＴ細胞の養子免疫伝達を通した抗体−特異的Ｔ細胞応答の誘発に依存する。多様な腫瘍関連抗原が特定され、免疫療法の方法が試されてきているが、客観的臨床応答は稀である。この理由としては、効果的なＴ細胞応答を生む現在の免疫療法のアプローチ、Ｔ細胞応答を妨げる制御細胞の存在、負の共刺激分子の発現を通した細胞傷害性Ｔ細胞の不活性化などの腫瘍が進行する他の回避機構が挙げられる。癌に対する効果的な免疫療法は、適当な腫瘍特異抗原の使用、抗原性ペプチド、ＡＰＣおよびＴ細胞の間の相互作用の最適化、および免疫療法の効果を損なう負の制御機構の同時遮断が必要であろう。
【００１４】
Ｔ細胞活性化は、防御免疫応答および病原性免疫応答を進めるにあたり中心的な役割を果たし、多くの重要な事象によって先制または中断され得る、注意深く編成された一連の特異的な段階の完了を必要とする。未感作Ｔ細胞は、生産的に活性化されるために、抗原提示細胞（ＡＰＣ）から２つの独立したシグナルを受けなければならない。まず、シグナル１は、抗原特異的で、Ｔ細胞抗原受容体がＡＰＣ上の適当な抗原−ＭＨＣ複合体と出会う際に生じる。第２の抗原と独立したシグナル（シグナル２）は、ＡＰＣに発現したリガンドとかかわるＴ細胞共刺激分子を通して伝わる。共刺激シグナルが無ければ、Ｔ細胞活性化は、弱められ中断される。これによって、（Ｔ細胞アネルギーとして知られる）抗原特異的非応答またはＴ細胞アポトーシス死となる。
【００１５】
共刺激シグナルは、刺激性（正の共刺激）または阻害的（負の共刺激または共阻害）であり得る。正の共刺激は、未感作Ｔ細胞の最適な活性化のために必要であり、負の共刺激は、自身に対する免疫寛容の獲得、エフェクターＴ細胞機能の停止に必要である。また、共刺激シグナル、特に正の共刺激シグナルは、Ｂ細胞の活動の調節に関与している。例えば、Ｂ細胞の活性化および胚中心Ｂ細胞の生き残りは、抗原による刺激に加えＴ細胞由来のシグナルを必要とする。
【００１６】
正および負の共刺激シグナルはともに、細胞性免疫応答の制御において重要な役割を果たし、これらのシグナルを媒介する分子は、免疫調節のための効果的な標的であることが証明されている。この知見に基づいて、共刺激分子を標的とするいくつかの治療アプローチが開発されてきており、癌および自己免疫疾患の予防および治療、並びに同種移植の拒絶に有用であることが示された。それは、それぞれ、これら病態をもつ対象における免疫応答の作動すること、または停止を阻止することによる。
【００１７】
通常、共刺激分子対は、ＡＰＣ上に発現するリガンドとＴ細胞に発現するその同族受容体からなる。良く特徴付けられたＢ７／ＣＤ２８およびＣＤ４０／ＣＤ４０Ｌ共刺激分子は、初期Ｔ細胞活性化において重要である。近年、さらにいくつかの共刺激分子が特定され、それらは、Ｂ７／ＣＤ２８またはＴＮＦ／ＴＮＦ−Ｒ遺伝子ファミリーに属する。共刺激ＴＮＦＲファミリーメンバーの効果は、しばしば、機能的に、時間的に、空間的に、ＣＤ２８ファミリーメンバーの効果およびファミリー内のメンバーの効果と互いに分けて考えら得る。異なる共刺激因子による、Ｔ細胞活性化／生存シグナルの順次的および一時的制御は、Ｔ細胞生存を厳格にコントロールしつつ、その応答の長い持続を可能にするように機能し得る。
【００１８】
Ｂ７ファミリーは、免疫応答を制御するリンパ球上の受容体と結合する、構造的に関連した、細胞表面タンパク質リガンドからなる。Ｂ７−ファミリーメンバーとその対応する共刺激受容体、通常、ＣＤ２８−関連ファミリーとの相互作用は、免疫応答を増強し、一方、ＣＴＬＡ４などの共阻害受容体との相互作用は、免疫応答を減衰する。Ｂ７ファミリーのメンバーは、構造的に関連し、２０〜４０％のアミノ酸同一性をもち、可変および定常免疫グロブリン領域に関連したタンデム領域を含む細胞外領域を有する。
【００１９】
現在、７つのファミリーメンバーが知られている。Ｂ７．１（ＣＤ８０）、Ｂ７．２（ＣＤ８６）、Ｂ７−Ｈ１（ＰＤ−Ｌｌ）、Ｂ７−Ｈ２（ＩＣＯＳ−Ｌ）、Ｂ７−ＤＣ（ＰＤ−Ｌ２）、Ｂ７−Ｈ３、およびＢ７−Ｈ４であり、それぞれ、独自の機能をもつが、多くは重複する機能をもつ。明らかに、免疫系において個々のＢ７分子は、不可欠な独自の特定分野を発達してきた。Ｂ７ファミリーメンバーの特有の特定分野が、細かく調べられるにつれて、その診断および治療の可能性は、より明らかになってきている。Ｂ７スーパーファミリーメンバーの多くは、最初は、Ｔ細胞共刺激分子として特徴付けられた。しかし、最近になって、それらは、またＴ細胞応答を共阻害し得ることが明らかになった。つまり、Ｂ７ファミリーメンバーは、免疫応答において反対の効果をもち得る。
【００２０】
免疫系の正常な機能の中心となるのは、自己とそれ以外非自己とを区別する能力である。それをし損なうことは、自己免疫疾患の発症を招き得る。たいていの自己免疫疾患は、自己反応性Ｔ細胞および／または自己抗体を伴う。従って、自己反応性リンパ球を阻害または除去する能力を有する薬剤は、有望な治療可能性がある。そのうえ、そのような免疫抑制活性を呈する薬剤の使用は、移植を受けた患者におけるアロ抗原に対する通常の免疫応答を阻害するためにも有益であるはずである。つまり、病原体に対して防御する免疫系の能力を損なうことなしに、共刺激シグナルを調節することができる新しい薬剤は、そのような病態の治療および予防に非常に有利である。
【００２１】
自己およびアロ抗原への免疫応答を制御におけるＢ７ファミリーメンバーの重要性は、Ｂ７−ファミリー遺伝子に突然変異をもつマウスにおける免疫不全および自己免疫疾患の発現によって示された。従って、Ｂ７リガンドによって伝わるシグナルを操作することは、自己免疫、炎症性疾患および移植拒絶反応の治療における可能性を示してきた。このアプローチは、少なくとも部分的に、自己またはアロ反応性Ｔ細胞の最終的な除去に依り、それはおそらく、（細胞生存遺伝子を誘発する）共刺激なしには、Ｔ細胞はアポプトーシスの誘発を極めて受けやすくなるからである。
【００２２】
慢性疾患を治療するために免疫系を抑えることは、免疫療法の主要な目標である。能動および受動免疫療法が、効果的な治療戦略として、有能であることが示されてきた。モノクローナル抗体または受容体Ｆｃ−融合タンパク質を用いる受動免疫療法は、十分に発達し、臨床での大きな成功を示してきた。そのような治療剤の認可数は伸びてきており、同種移植拒絶反応の防止または自己免疫疾患および癌の治療に対して、臨床試験中である。能動免疫療法（すなわち、ワクチン）は、通常、急性の自己限定的感染症を引き起こし、続いて免疫をもたらす病原体に対して効果的で、人類を苦しめる感染症を予防する取り組みの最前線にある。しかし、能動免疫療法は、癌または慢性感染症に対して効果は少ない。これらは、正常な免疫応答を回避するストラテジーを発達させるからである。これらにはいるのが、Ｂ７−Ｈ１およびＢ７−Ｈ４などのＢ７ファミリーの負の共刺激因子であり、それらはある種の腫瘍に多く発現し、免疫細胞が媒介する攻撃からの局地的な防御を可能にする。
【００２３】
腫瘍退縮を媒介することにおける免疫系の効率は、生理的免疫学的監視、ワクチンによる感作を通しての、またはＴ細胞の養子移植に続いての、抗原特異的Ｔ細胞応答の誘発に依る。多種の腫瘍関連抗原が特定され、多くの免疫療法の方法がテストされてきているが、客観的な臨床における応答は、稀である。この理由としては、現在の免疫療法アプローチは、効率的なＴ細胞応答を生むことができないこと、Ｔ細胞応答を阻害する制御細胞が存在すること、負の共刺激分子の発現を通した細胞傷害性Ｔ細胞の不活性化などの、腫瘍が進行する他の回避機構が挙げられる。癌に対する効果的な免疫療法は、適当な腫瘍特異的抗原の使用、抗原ペプチド、ＡＰＣおよびＴ細胞の間の相互作用の最適化、並びに免疫治療効果を妨げる負の制御機構の同時遮断を要すると思われる。
【００２４】
Ｂ７ファミリーの共刺激因子は、抗腫瘍免疫応答の活性化および阻害において重要な役割を担っている。これら分子を標的にした新規の薬剤は、免疫応答の調節および癌免疫療法の改善において重要な用途を見出され得るであろう。そのような薬剤は、患者において抗原に対する免疫応答を高める役割をするアジュバントとして、腫瘍特異的抗原と共に投与され得であろう。さらに、そのような薬剤は、腫瘍特異的Ｔ細胞集団が拡大し、腫瘍細胞を攻撃し破壊するように導く、養子免疫療法などの他の種類の癌免疫療法にも有用であり得であろう。そのような抗腫瘍応答を増強できる薬剤は、大きな治療可能性を有し、腫瘍免疫療法の障害を乗り越える取り組みにおいて有益であり得る。
【００２５】
受動腫瘍免疫療法は、免疫系の優れた選択性および溶解能（ｌｙｔｉｃ  ｃａｐａｂｉｌｉｔｙ）を利用する。腫瘍特異的な抗原を標的とし、正常組織への損傷を最小限にして、悪性腫瘍疾患を治療する。いくつかのアプローチが、免疫療法の標的の候補としての新しい腫瘍関連抗原の特定に利用されてきた。新規の腫瘍特異的抗原の特定は、免疫認識に利用可能な抗原標的の範囲を広げ、非改良または複合モノクローナル抗体などの、受動免疫療法の治療薬剤の開発のための新規の標的分子をもたらす。そのような新しい抗原は、能動免疫療法または養子免疫療法のためのより効果的な治療ワクチンへの方向性を示し得る。
【００２６】
共刺激遮断の臨床開発は、関節リウマチに対するＣＴＬＡ４Ｉｇ（アバタセプト（ａｂａｔａｃｅｐｔ））の認可となって実を結んだ。この可溶性融合タンパク質は、Ｂ７／ＣＤ２８共刺激経路の競合阻害剤として働き、乾癬および多発性硬化症などの他の免疫疾患、並びに移植拒絶反応に対して臨床試験中でもある。そのリガンドＢ７．１およびＢ７．２（それぞれ、ＣＤ８０およびＣＤ８６）に対する結合親和性を高めた加工ＣＴＬＡ４Ｉｇであるベラタセプト（ｂｅｌａｔａｃｅｐｔ）では、腎移植の臨床試験第ＩＩ相において、有望な結果が得られている。２つの完全ヒト抗ＣＴＬＡ４モノクローナル抗体イピリムマブ（Ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ）およびトレメリムマブ（ｔｒｅｍｅｌｉｍｕｍａｂ）は、ＣＴＬＡ４／Ｂ７阻害性相互作用を取り消し、転移性黒色腫および他の癌ならびにＨＩＶ感染に対する臨床（試験）第ＩＩＩ相である。ガリキシマブ（Ｇａｌｉｘｉｍａｂ）は、ＣＤ８０を標的とした霊長類化モノクローナル抗体であり、関節リウマチ、乾癬、および非ホジキンリンパ腫に対する第ＩＩ相にある。
【００２７】
共刺激を遮断するために単独の薬剤を用いるストラテジーが不十分であるとしばしばわかることに注目することは重要である。種々の共刺激分子の多様性を考慮して、これからのストラテジーは、いくつかの選ばれた経路の同時遮断、若しくは免疫関連不全に対する免疫抑制剤または癌に対する細胞毒性薬などの従来の薬剤との併用療法を含み得る。
【００２８】
癌生物学および癌治療の理解、並びに免疫応答に係る分子に関するより良い理解において近年の進歩があるにもかかわらず、癌療法および自己免疫疾患の治療における成功率は、依然として低い。従って、癌および自己免疫不全をともに成功裡に治療することができる新規の治療には、対処されていないニーズがある。
【発明の概要】
【００２９】
本発明の目的は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３タンパク質の少なくとも１つ、若しくは本明細書で開示された新規のスプライス変異体の１つを含む新規の治療および診断組成物を提供することである。並びにこれら新規のＶＳＩＧ１スプライス変異体、具体的に、ＩＬＤＲ１スプライス変異体、ＬＯＣ２５３０１２スプライス変異体、ＡＩ２１６６１１ｓスプライス変異体、Ｃ１ＯＲＦ３２スプライス変異体、およびＦＸＹＤ３スプライス変異体、並びにこれらをコードする核酸配列若しくはこれらの断片、特に、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質および／またはスプライス変異体の細胞外領域若しくは分泌形をコードする核酸配列を供給することである。
【００３０】
本発明の別の目的は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質および／またはスプライス変異体に特異的に結合する薬剤、並びに／若しくは他の部位（ｏｔｈｅｒｍｏｉｅｔｉｅｓ）の、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質および／またはスプライス変異体への結合を作動または拮抗する薬剤の開発のための新規の標的として、前記タンパク質、スプライス変異体および核酸配列を利用することである。
【００３１】
さらに、本発明の別の目的は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に関連する生物活性の少なくとも１つを調節（作動または拮抗）する薬剤を提供することである。そのような薬剤として、例えば、抗体、小分子、ペプチド、リボザイム、アンチセンス分子、ｓｉＲＮＡが挙げられる。これら分子は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３ＤＮＡ若しくはその１部またはその変異体によって誘発される活性を直接的に結合または調節し得る、若しくは、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３の相方受容体または内在性リガンドへの結合を調節することによってなど、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３に関連する活性、または分子の、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３並びにその一部および変異体への結合を間接的に調節し得る
【００３２】
より具体的な実施形態において、本発明は他の部位（ｏｔｈｅｒ  ｍｏｉｅｔｉｅｓ）の、ＶＳＩＧ１タンパク質への結合を作動または拮抗する、並びに／若しくは少なくとも１つのＶＳＩＧ１関連生物活性を調節（作動または拮抗）する診断マーカーおよび／または治療剤として利用され得る、公知タンパク質であるＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（配列番号１１）（ＲｅｆＳｅｑａｃｃｅｓｓｉｏｎｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒＮＰ＿８７２４１３、ｓｙｎｏｎｙｍｓ：ＲＰ５−８８９Ｎ１５．１、１７０００６２Ｄ２０Ｒｉｋ、ＧＰＡ３４、ＭＧＣ４４２８７、ｄＪ８８９Ｎ１５．１）の新規のスプライス変異体、またはそれをコードするポリヌクレオチドを供給する。
【００３３】
１つのより具体的な実施形態によると、新規のスプライス変異体は、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１０（配列番号９）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１１（配列番号１０）のいずれか１つに記載の核酸配列またはそれに相同な配列をもつ核酸を含む単離されたポリヌクレオチドである。別の実施形態によると、単離されたポリヌクレオチドは、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１０（配列番号９）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１１（配列番号１０）のいずれか１つに少なくとも９５％の相同性がある。
【００３４】
さらに別のより具体的な実施形態によると、新規のスプライス変異体は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）のいずれか１つに記載のアミノ酸配列または、それに相同な配列をもつ単離されたタンパク質またはポリペプチドである。別の実施形態によると、単離されたポリペプチドは、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）のいずれか１つと少なくとも９５％の相同性がある。
【００３５】
本発明の別の具体的な目的は、ＶＳＩＧ１タンパク質の可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）およびその断片を含む分子および単離されたポリペプチド、並びに、前記可溶性細胞外領域をコードする核酸配列、並びにその断片および抱合体、並びに（免疫共刺激を促進または阻害する）免疫治療におけるその利用を含む、治療剤としてのその利用を供給することである。
【００３６】
より具体的な実施形態では、本発明は、配列番号１３８に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３４、または配列番号１３９に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２７０、または配列番号１４０に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２９６、または配列番号１４１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−１９３、または配列番号１４２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２０３、または配列番号１４３に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３１、または配列番号３０２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２６−２９３に相当する細胞外領域の異なる部分、若しくはそれに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、さらに好ましくはそれに９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつその変異体を含むＶＳＩＧ１タンパク質の別の部分を供給する。
【００３７】
別のより具体的な実施形態によると、本発明は、他の部位（ｏｔｈｅｒ  ｍｏｉｅｔｉｅｓ）の、ＩＬＤＲ１タンパク質への結合を作動または拮抗する、並びに／若しくは少なくとも１つのＩＬＤＲ１関連生体活性を調節する（作動または拮抗する）診断マーカーおよび／または治療剤として利用されることができる、公知のタンパク質である免疫グロブリン様領域含有受容体１（配列番号２１）（ＲｅｆＳｅｑａｃｃｅｓｓｉｏｎｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒＮＰ＿７８７１２０、ＩＬＤＲ１ａｌｐｈａ、ＩＬＤＲ１ｂｅｔａ、ＩＬＤＲ１としても知られている）の新規のスプライス変異体、またはそれをコードするポリヌクレオチドを供給する。
【００３８】
１つの具体的な実施形態では、新規のスプライス変異体は、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｔ７（配列番号２０）に記載の核酸配列またはそれに相同な配列をもつ核酸を含む単離されたポリヌクレオチドである。別の実施形態によると、単離されたポリヌクレオチドは、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｔ７（配列番号２０）に少なくとも、９５、９６、９７、９８または９９％の相同性がある。
【００３９】
さらに別の具体的な実施形態によると、新規のスプライス変異体は、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）に記載のアミノ酸配列若しくはそれに相同な、すなわちそれと少なくとも８０または９０％の配列同一性をもつ配列をもつ単離されたタンパク質またはポリペプチドである。別の関連した実施形態によると、単離されたポリペプチドは、は、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）に少なくとも、９５、９６、９７、９８または９９％の相同性がある。
【００４０】
本発明の別の実施形態は、ＩＬＤＲ１タンパク質の可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）およびその断片を含む分子および単離されたポリペプチド、並びに前記可溶性細胞外領域をコードする核酸配列、並びにその断片および抱合体並びに、（免疫共刺激を促進または阻害する）免疫治療におけるその利用を含む、治療剤としてのその利用を供給することである。
【００４１】
さらなる実施形態によると、本発明は、配列番号７５に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）およびＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号１１）の残基２４−１６２、または配列番号７６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）の残基２４−４５７、または配列番号２９６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）の残基２４−１０５、または配列番号３０１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ３（配列番号２２）の残基５０−１６０に相当する細胞外領域の異なる部分、若しくはそれに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、さらに好ましくはそれに９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつその変異体を含むＩＬＤＲ１タンパク質の別の部分を供給する。
【００４２】
本発明の別の実施形態は、可溶性免疫グロブリン領域または断片などの非ＩＬＤＲ１タンパク質または核酸配列に直接的または間接的に付加してもよいＩＬＤＲ１タンパク質の細胞外領域を有するまたはコードする単離されたまたは精製された可溶性タンパク質、若しくは核酸配列を供給することである。
【００４３】
ある実施形態によると、本発明は、他の部位（ｏｔｈｅｒ  ｍｏｉｅｔｉｅｓ）の、ＬＯＣ２５３０１２タンパク質への結合を作動または拮抗する、若しくはＬＯＣ２５３０１２関連生体活性の少なくとも１つを調節する（作動するまたは拮抗する）診断マーカーおよび／または治療薬剤として利用されることができる、公知の仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２アイソフォーム１（配列番号３５）（ＲｅｆＳｅｑ受入番号（ａｃｃｅｓｓｉｏｎｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）ＮＰ＿００１０３４４６１）の新規のスプライス変異体または、それをコードするポリヌクレオチドを供給する。
【００４４】
１つの実施形態よると、新規のＬＯＣ２５３０１２スプライス変異体は、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ８（配列番号２８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１５（配列番号２９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１６（配列番号３０）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１７（配列番号３１）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１８（配列番号３２）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１９（配列番号３３）、またはＨ６８６５４＿１＿Ｔ２０（配列番号３４）のいずれか１つに記載の核酸配列、若しくはそれに相同な配列をもつ核酸を含む単離されたポリヌクレオチドである。別の実施形態によると、単離されたポリヌクレオチドは、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ８（配列番号２８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１５（配列番号２９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１６（配列番号３０）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１７（配列番号３１）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１８（配列番号３２）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１９（配列番号３３）、またはＨ６８６５４＿１＿Ｔ２０（配列番号３４）のいずれか１つに少なくとも９５％相同である。
【００４５】
さらに別の実施形態によると、新規のＬＯＣ２５３０１２スプライス変異体は、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）のいずれか１つに記載のアミノ酸配列若しくはそれに相同な配列をもつ単離されたタンパク質またはポリペプチドである。別の実施形態によると、単離されたポリペプチドは、は、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）のいずれか１つに少なくとも、９５、９６、９７、９８または９９％の相同性がある。
【００４６】
本発明の別の目的は、ＬＯＣ２５３０１２タンパク質の可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）およびその断片を含む分子および単離されたポリペプチド、並びに、前記可溶性細胞外領域をコードする核酸配列、並びにその断片および抱合体並びに、（免疫共刺激を促進するまたは阻害する）免疫治療におけるその利用を含む、治療剤としてのその利用を供給することである。
【００４７】
さらなる実施形態によると、本発明は、配列番号１４４に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）の残基３８−３４９、または配列番号１４５に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）の残基１９−３３７、または配列番号３００に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）の残基１−３３５に相当する細胞外領域の異なる部分、若しくはそれに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、さらに好ましくはそれに９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつその変異体を含むＬＯＣ２５３０１２タンパク質の別の部分を供給する。
【００４８】
本発明の別の目的は、可溶性免疫グロブリン領域または断片などの非ＬＯＣ２５３０１２タンパク質または核酸配列に直接的または間接的に付加してもよいＬＯＣ２５３０１２タンパク質の細胞外領域を有するまたはコードする単離されたまたは精製された可溶性タンパク質若しくは核酸配列を供給することである。
【００４９】
ある実施形態によると、本発明は、他の部位（ｏｔｈｅｒ  ｍｏｉｅｔｉｅｓ）の、ＡＩ２１６６１１タンパク質への結合を作動するまたは拮抗する、若しくはＡＩ２１６６１１関連生体活性・活動の少なくとも１つを調節する（作動するまたは拮抗する）診断マーカーおよび／または治療薬剤として利用されることができる、ＡＩ２１６６１１の新規のスプライス変異体、またはそれをコードするポリヌクレオチドを供給する。
【００５０】
１つ実施形態によると、新規のＡＩ２１６６１１スプライス変異体は、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ１（配列番号４２）に記載の核酸配列またはそれに相同な核酸配列をもつ核酸を含む単離されたポリヌクレオチドである。別の実施形態によると単離されたポリヌクレオチドは、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ１（配列番号４２）に少なくとも、９５、９６、９７、９８または９９％の相同性がある。
【００５１】
さらに別の実施形態によると、新規のＡＩ２１６６１１スプライス変異体は、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）に記載のアミノ酸配列またはそれに相同な配列をもつ単離されたタンパク質またはポリペプチドである。別の実施形態によると、単離されたポリペプチドは、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）．に少なくとも、９５、９６、９７、９８または９９％の相同性がある。
【００５２】
本発明の別の目的は、ＡＩ２１６６１１タンパク質の可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）およびその断片を含む分子および単離されたポリペプチド、並びに、前記可溶性細胞外領域をコードする核酸配列、並びにその断片および抱合体並びに、（免疫共刺激を促進するまたは阻害する）免疫治療におけるその利用を含む、治療剤としてのその利用を供給することである。本発明のさらなる実施形態によると、配列番号１４６に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）またはＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）の残基２９−１４７、または配列番号２９８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）の残基１−１４５に相当する細胞外領域の異なる部分、若しくはそれに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、さらに好ましくはそれに９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつその変異体を含むＡＩ２１６６１１タンパク質の別の部分がある。
【００５３】
本発明の別の目的は、可溶性免疫グロブリン領域または断片などの、非ＡＩ２１６６１１タンパク質または核酸配列に直接的または間接的に付加されてもよい、ＡＩ２１６６１１タンパク質の細胞外領域を有するまたはコードする、単離または精製された可溶性タンパク質若しくは核酸配列を供給することである。
【００５４】
本発明の別の目的は、ＡＩ２１６６１１、その分泌または可溶形および／若しくはＡＩ２１６６１１タンパク質のＥＣＤおよびその変異体もしくは、前記のものいずれかを含有するポリペプチド抱合体を発現する、プラスミドおよび組み換えウィルスベクターなどのベクター並びに含有宿主細胞を供給することである。
【００５５】
ある実施形態によると、本発明は、他の部位（ｏｔｈｅｒ  ｍｏｉｅｔｉｅｓ）の、Ｃ１ＯＲＦ３２タンパク質への結合を作動または拮抗する、若しくはＣ１ＯＲＦ３２関連生体活性の少なくとも１つを調節する（作動または拮抗する）診断マーカーおよび／または治療薬剤として利用し得することができる、公知の仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ３８７５９７（配列番号４７）（ＲｅｆＳｅｑ受入番号（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）ＮＰ＿９５５３８３、同義語（ｓｙｎｏｎｙｍｓ）：ＮＰ＿９５５３８３；ＬＩＳＣＨ−ｌｉｋｅ、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＲＰ４−７８２Ｇ３．２、ｄＪ７８２Ｇ３．１）の新規のスプライス変異体または、それをコードするポリヌクレオチドを供給する。
【００５６】
ある実施形態によると、新規のＬＯＣ３８７５９７スプライス変異体は、Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ８（配列番号４５）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ９（配列番号４６）いずれか１つに記載の核酸配列または、それに相同な配列をもつ核酸を含む単離されたポリヌクレオチドである。別の実施形態によると、単離されたポリヌクレオチドは、Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ８（配列番号４５）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ９（配列番号４６）いずれか１つに少なくとも、９５、９６、９７、９８または９９％の相同性がある。
【００５７】
さらに別の実施形態によると、新規のスプライスＬＯＣ３８７５９７変異体は、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のいずれか１つに記載のアミノ酸配列またはそれに相同性のある配列をもつ単離されたタンパク質またはポリペプチドである。別の実施形態によると、単離されたポリペプチドは、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のいずれか１つに少なくとも、９５、９６、９７、９８または９９％の相同性がある。
【００５８】
本発明の別の目的は、Ｃ１ＯＲＦ３２タンパク質の可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）およびその断片を含む分子および単離されたポリペプチド、並びに、前記可溶性細胞外領域をコードする核酸配列、並びにその断片および抱合体並びに、（免疫共刺激を促進するまたは阻害する）免疫治療におけるその利用を含む、治療剤としてのその利用を供給することである。
【００５９】
本発明のさらなる実施形態によると、配列番号１４７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の残基２１−１８６、または配列番号１４８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）の残基２１−１６９、または配列番号２９９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の残基１−１８４に相当する細胞外領域の異なる部分、若しくはそれに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、さらに好ましくはそれに９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつその変異体を含むＣ１ＯＲＦ３２タンパク質の別の部分がある。
【００６０】
本発明の別の目的は、可溶性免疫グロブリン領域または断片などの非Ｃ１ＯＲＦ３２タンパク質または核酸配列に直接的または間接的に付加してもよいＣ１ＯＲＦ３２タンパク質の細胞外領域を有するまたはコードする単離されたまたは精製された可溶性タンパク質若しくは核酸配列を供給することである。
【００６１】
ある実施形態によると、本発明は、他の部位（ｏｔｈｅｒ  ｍｏｉｅｔｉｅｓ）の、ＦＸＹＤ３タンパク質への結合を作動または拮抗する、若しくはＦＸＹＤ３関連生物活性の少なくとも１つを調節する（作動または拮抗する）診断マーカーおよび／または治療薬剤として利用されることができる、公知のタンパク質であるＦＸＹＤ３、ＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送レギュレータ３前駆体（ＦＸＹＤｄｏｍａｉｎ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｉｏｎ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ３  ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ）（配列番号７０）（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ受入番号（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）ＦＸＹＤ３ｊＨＵＭＡＮ、同義語（ｓｙｎｏｎｙｍｓ）塩素コンダクタンスインデューサー（Ｃｈｌｏｒｉｄｅ  ｃｏｎｄｕｃｔａｎｃｅ  ｉｎｄｕｃｅｒ）タンパク質Ｍａｔ−８、Ｍａｍｍａｒｙ  ｔｕｍｏｒ  ８ｋＤａタンパク質、ホスホレマン様（Ｐｈｏｓｐｈｏｌｅｍｍａｎ−ｌｉｋｅ）としても知られる）の新規のスプライス変異体またはそれをコードするポリヌクレオチドを供給する。
【００６２】
１つの実施形態によると、新規のＦＸＹＤ３スプライス変異体は、Ｒ３１３７５＿Ｔ１９（配列番号６５）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２５（配列番号６６）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２６（配列番号６７）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２９（配列番号６８）、Ｒ３１３７５＿Ｔ３９（配列番号６９）のいずれか１つに記載の核酸配列またはそれに相同な配列をもつ単離されたポリヌクレオチドである。別の実施形態によると、単離されたポリヌクレオチドは、Ｒ３１３７５＿Ｔ１９（配列番号６５）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２５（配列番号６６）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２６（配列番号６７）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２９（配列番号６８）、Ｒ３１３７５＿Ｔ３９（配列番号６９）のいずれか１つに少なくとも、９５、９６、９７、９８または９９％の相同性がある。
【００６３】
さらに別の実施形態によると、新規のＦＸＹＤ３スプライス変異体は、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）のいずれか１つに記載のアミノ酸配列またはそれに相同な配列をもつ単離されたタンパク質またはポリペプチドである。別の実施形態によると、単離されたポリペプチドは、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）のいずれか１つに少なくとも、９５、９６、９７、９８または９９％の相同性がある。
【００６４】
本発明の別の目的は、ＦＸＹＤ３タンパク質の可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）およびその断片を含む分子および単離されたポリペプチド、並びに、前記可溶性細胞外領域をコードする核酸配列、並びにその断片および抱合体並びに、癌免疫治療におけるその利用を含む、治療剤としてのその利用を供給することである。
【００６５】
本発明のさらなる実施形態によると、配列番号１４９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）またはＲ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）の残基２１−３６、または配列番号１５０に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の残基２１−６５、または配列番号１５１に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の残基２１−２５、または配列番号２９７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の残基１−６３に相当する細胞外領域の異なる部分、若しくはそれに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、さらに好ましくはそれに９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつその変異体を含むＦＸＹＤ３タンパク質の別の部分がある。
【００６６】
本発明の別の目的は、可溶性免疫グロブリン領域または断片などの、非ＶＳＩＧ１、非ＩＬＤＲ１、非ＬＯＣ２５３０１２、非ＡＩ２１６６１１、非Ｃ１ＯＲＦ３２または非ＦＸＹＤ３タンパク質または核酸配列に直接的または間接的に付加されてもよいＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３タンパク質の細胞外領域をもつまたはコードする単離されたまたは精製された可溶性タンパク質若しくは核酸配列を供給することである。
【００６７】
本発明の別の目的は、本発明のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３新規変異体のいずれか１つ若しくはそのホモログまたはその断片のエッジ部、尾または頭部（ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ、ｔａｉｌ  ｏｒ  ｈｅａｄ  ｐｏｒｔｉｏｎ）を含む分子および単離されたポリペプチド並びに前記エッジ部、尾または頭部（ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ、ｔａｉｌ  ｏｒ  ｈｅａｄ  ｐｏｒｔｉｏｎ）をコードする核酸配列並びにその断片および抱合体、並びに治療剤としておよび／または診断ためのその利用を供給することである。
【００６８】
本発明のさらなる目的は、配列番号２８４−２９５のいずれか１つに示されたブリッジ、エッジ部、尾または頭部（ｂｒｉｄｇｅ、ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ、ｔａｉｌ  ｏｒ  ｈｅａｄ  ｐｏｒｔｉｏｎ）を含む分子および単離されたポリペプチド若しくはそのホモログまたはその断片、並びにエッジ部、尾または頭部（ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ、ｔａｉｌ  ｏｒ  ｈｅａｄ  ｐｏｒｔｉｏｎ）をコードする核酸配列並びにその断片並びに抱合体、並びに治療剤としておよび／または診断のためのその利用を供給することである
【００６９】
本発明の別の目的は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３のいずれか１つ、その分泌または可溶形並びに／若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３タンパク質のＥＣＤおよびその変異体若しくは前記のものいずれかを含むポリペプチド抱合体を発現するプラスミドおよび組み換えウィルスベクターなどのベクター、並びにベクターを含む宿主細胞を供給することである。
【００７０】
本発明の別の目的は、前記ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質、断片またはその変異体および／または前記のものいずれか１つを含む抱合体を生産するために、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３のいずれか１つ、その分泌または可溶形並びに／若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２のＥＣＤ、またはＦＸＹＤ３タンパク質およびその変異体若しくは前記のものいずれかを含むポリペプチド抱合体を発現するプラスミドおよび組み換えウィルスベクターなどこれらのベクター並びに含有宿主細胞を利用することである
【００７１】
本発明の別の目的は、前記のものを含む医薬または診断組成物を供給することである。
【００７２】
本発明の別の目的は、癌、自己免疫不全、移植拒絶反応、移植片対宿主病の治療または予防、および／若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、ＦＸＹＤ３またはＣ１ＯＲＦ３２ポリペプチドによって媒介される免疫共刺激の遮断または促進に適している、ＶＳＩＧ１細胞外領域若しくはその断片またはその変異体を含む化合物を供給および利用することである。
【００７３】
本発明の具体的な目的は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９Ｏ１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）からなる群から選ばれる完全長ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原、その分泌形および／若しくはそのＥＣＤ若しくはその抱合体またはその断片に特異的に結合する新規のモノクローナルまたはポリクローナル抗体および抗体断片および含有抱合体を開発することである。これら抗体は、潜在的に治療および／または診断薬剤（ｉｎｖｉｔｒｏａｎｄｉｎｖｉｖｏ診断方法とも）として有用である、特に、含まれるのは、ＡＤＣＣ（抗体依存性細胞障害活性）またはＣＤＣ（補体依存性細胞障害活性）活性を通して細胞を標的とする抗体または断片などの免疫活性化または免疫抑制する抗体および断片である。
【００７４】
本発明の別の目的は、例えば、免疫組織化学的アッセイ、放射性イメージングアッセイ、生体内イメージング、放射免疫定量法（ＲＩＡ）、ＥＬＩＳＡ、スロットブロット、競合的結合測定法、蛍光定量イメージング測定法、ウェスタンブロット、ＦＡＣＳ、などを含む、前記のものいずれかの利用を含む診断法を供給する。特にこれは、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）からなる群から選ばれる完全なＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３タンパク質、その可溶形、そのＥＣＤ、および／若しくはその抱合体、断片または変異体に特異的に結合するキメラまたは非ヒト抗体または断片を用いるアッセイを含む。
【００７５】
本発明の別の目的は、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、脾臓、腎臓、膀胱、頭と頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌などの、他の非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍などの種々の癌および悪性腫瘍で、それが非転移性、浸潤性、または転移性である癌などの、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原若しくはその分泌または可溶形またはＥＣＤおよび／若しくはその部分またはその変異体が差次的に発現している病態を治療するために、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＾Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）からなる群から選ばれるＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原のいずれかに対する治療上効果的な新規のポリクローナルまたはモノクローナル抗体および断片、抱合体、および変異体を利用することである。
【００７６】
本発明の別の目的は、限定はされないが、自己免疫疾患、移植拒絶反応および移植片対宿主病を含む、免疫不全などの非悪性不全疾患を治療するための、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）からなる群から選ばれるＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原、並びにその断片、その抱合体および変異体のいずれか１つに対する新規の治療上有効なポリクローナルまたはモノクローナル抗体を利用することである。
【００７７】
本発明の具体的な目的は、ＶＳＩＧ１抗原、その分泌または可溶形またはＥＣＤおよび／若しくはその変異体、抱合体または断片に対する抗体および抗体断片並びにその断片および変異体を、この抗原が差次的に発現されている肺癌および／または卵巣癌を治療または診断するために利用することである。
【００７８】
本発明の具体的な実施形態は、ＩＬＤＲ１抗原、その分泌または可溶形またはＥＣＤおよび／若しくはその変異体、抱合体または断片に対する抗体および抗体断片並びにその断片および変異体を、この抗原が差次的に発現されている結腸癌および／または卵巣癌を治療または診断するために利用することである。
【００７９】
本発明の具体的な目的は、ＬＯＣ２５３０１２またはＣ１ＯＲＦ３２抗原、その分泌または可溶形またはＥＣＤおよび／若しくはその変異体、抱合体または断片に対する抗体および抗体断片並びにその断片および変異体を、この抗原が差次的に発現されている肺癌、特に小細胞肺癌、を治療または診断するために利用することである。
【００８０】
本発明の具体的な目的は、ＡＩ２１６６１１抗原、その分泌または可溶形またはＥＣＤおよび／若しくはその変異体、抱合体または断片に対する抗体および抗体断片並びにその断片および変異体を、この抗原が差次的に発現されている結腸癌を治療または診断するために利用することである。
【００８１】
本発明の具体的な目的は、ＦＸＹＤ３野生型抗原（Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０））に対する抗体および抗体断片、若しくはその分泌または可溶形またはＥＣＤおよび含有抱合体に対する抗体および抗体断片を、この抗原が差次的に発現されている卵巣癌を治療または診断するために利用することである。
【００８２】
本発明の別の目的は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）からなる群から選ばれたＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原に対する抗体および抗体断片並びに含有抱合体を、免疫を調節する（促進または阻害する）ことに、利用することであり、その抗体は、免疫共刺激、特に、Ｂ７関連免疫共刺激を活性化または抑制し、癌細胞に対するＴ細胞活性の正の刺激および自己免疫および他の免疫不全の治療のためのＴ細胞活性の負の刺激を通して、関連する治療用途を扱うことができる抗体を含む。
【００８３】
本発明の具体的な目的は、配列番号１３８に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３４、または配列番号１３９に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２７０、または配列番号１４０に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２９６、または配列番号１４１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−１９３、または配列番号１４２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２０３、または配列番号１４３に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３１、または配列番号３０２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２６−２９３に相当する細胞外領域の異なる部分を含むＶＳＩＧ１タンパク質の別の部分に対する抗体および抗体断片を生成することである。
【００８４】
本発明の別の具体的な実施形態は、配列番号７５に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）およびＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号１１）の残基２４−１６２、または配列番号７６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）の残基２４−４５７、または配列番号２９６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）の残基２４−１０５、または配列番号３０１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ３（配列番号２２）の残基５０−１６０に相当する細胞外領域の異なる部分
を含むＩＬＤＲ１タンパク質の別の部分に対する抗体および抗体断片を生成することである。
【００８５】
本発明の別の具体的な目的は、配列番号１４４に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）の残基３８−３４９、または配列Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）の残基１９−３３７、または本明細書に開示されたＬＯＣ２５３０１２タンパク質配列の配列番号３００に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）の残基１−３３５、に相当する細胞外領域の異なる部分を含む、ＬＯＣ２５３０１２タンパク質の別の部分に対する、抗体または抗体断片を生産することである。
【００８６】
本発明の別の具体的な目的は、配列番号１４６に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）またはＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）の残基２９−１４７、または本明細書に開示された配列番号２９８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）の残基１−１４５、に相当する細胞外領域の異なる部分を含む、ＡＩ２１６６１１タンパク質の別の部分に対する、抗体または抗体断片を生産することである。
【００８７】
本発明の別の具体的な目的は、配列番号１４７に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の配列に含まれるＣ１ＯＲＦ３２タンパク質配列の残基２１−１８６、または配列番号１４８に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）の配列に含まれるＣ１ＯＲＦ３２タンパク質配列の残基２１−１６９、または配列番号２９９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の残基１−１８４、に相当する細胞外領域の異なる部分を含む、Ｃ１ＯＲＦ３２タンパク質の別の部分に対する、抗体または抗体断片を生産することである。
【００８８】
本発明の別の具体的な目的は、配列番号１４９に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）またはＲ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）の配列に含まれるＦＸＹＤ３タンパク質配列の残基２１−３６、または配列番号１５０に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の配列に含まれるＦＸＹＤ３タンパク質配列の残基２１−６５、または配列番号１５１に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の配列に含まれるＦＸＹＤ３タンパク質配列の残基２１−２５、または配列番号２９７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）に含まれるＦＸＹＤ３タンパク質配列の残基１−６３、に相当する細胞外領域の異なる部分を含む、ＦＸＹＤ３タンパク質の別の部分に対する、抗体または抗体断片を生産することである。
【００８９】
本発明の具体的な目的は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３タンパク質、その可溶形、そのＥＣＤ並びに／若しくは変異体およびその断片に特異的に結合する抗原結合部位を含むポリクローナルおよびモノクローナル抗体並びにその断片またはその抗原結合断片を供給することである。
【００９０】
本発明の具体的な目的は、癌の治療または予防および／または免疫共刺激系において標的の活性を調節（活性化または阻害する）ために、このような抗体およびその断片を利用することである。
【００９１】
本発明の関連した目的は、自己免疫不全、移植拒絶反応、ＧＶＨＤの治療または予防、並びに／若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３ポリペプチドによって媒介される免疫共刺激の遮断または促進に適している、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に対するモノクローナルおよびポリクローナル抗体並びにその断片を選択することである。
【００９２】
本発明の具体的な目的は、例えば肺癌、卵巣癌、結腸癌、並びに限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、脾臓、腎臓、膀胱、頭と頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌などの、他の非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍などの癌で、それが非転移性、浸潤性、または転移性である癌の治療および診断のために、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原、可溶形、ＥＣＤまたは断片若しくはその変異体のいずれかに対する抗体を利用することである。
【００９３】
肺癌に関して、疾患は、扁平上皮細胞肺癌、肺腺癌、カルチノイド、小細胞肺癌または非小細胞肺癌からなる群から選ばれる。
【００９４】
本発明の別の目的は、自己免疫の治療などの免疫調節、並びに、好ましくは、自己免疫疾患：多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性大腸炎、クローン病、移植移植拒絶に関連した免疫不全、良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｓ  ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、リューマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、退廃的リウマチ、非関節性リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、尿酸塩関節炎、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症および軟骨石灰化から選ばれた自己免疫疾患を治療するにあたって有用である、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原のいずれか、その可溶形、若しくはＥＣＤおよび変異体またはその断片、並びに、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原の細胞外領域を含む可溶ポリペプチド若しくはその一部に対する、抗体および抗体断片を供給および利用することである。
【００９５】
本発明の別の目的は、癌、自己免疫不全、移植拒絶反応、ＧＶＨＤの治療または予防に有用で、並びに／若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３ポリペプチドに媒介される免疫共刺激を遮断または増強するための、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原、のいずれか１つに結合する小分子、ペプチド、抗体および断片などの薬剤、並びに、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３核酸配列若しくは、その断片またはその変異体を標的とするリボザイムまたはアンチセンスまたはｓｉＲＮＡなどの化合物を供給および利用することである。
【００９６】
本発明の別の目的は、癌、自己免疫不全疾患、移植拒絶反応、ＧＶＨＤの治療または予防、および／またはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３ポリペプチドによって媒介される免疫共刺激を遮断または増強にあたって有用である、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原のいずれかに結合する小分子、ペプチド、抗体および断片、並びに、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３核酸配列またはその断片またはその変異体を標的とするリボザイムまたはアンチセンスまたはｓｉＲＮＡなどの薬剤を含む化合物を提供および利用することである。
【００９７】
好ましい目的は、本明細で開示されたＶＳＩＧ１タンパク質配列の配列番号１３８に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）の残基２３−２３４、または配列番号１３９に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）の残基２３−２７０、または配列番号１４０に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の残基２３−２９６、または配列番号１４１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）の残基２３−１９３、または配列番号１４２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）の残基２３−２０３、または配列番号１４３に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）の残基２３−２３１、または配列番号３０２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の残基２６−２９３に特異的に結合する、前記のものいずれかを治療または診断するにあたって有用な治療および診断抗体並びに断片および含有抱合体を提供することである。
【００９８】
好ましい実施形態は、配列番号７５に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）およびＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（ＳＥＱＩＤＮＯＳｌ）の配列に含まれるＩＬＤＲ１タンパク質配列の残基２４−１６２、または配列番号７６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）の配列に含まれるＩＬＤＲ１タンパク質配列の残基２４−４５７、または配列番号２９６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）の配列に含まれるＩＬＤＲ１タンパク質配列の残基２４−１０５、または配列番号３０１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ３（配列番号２２）の残基５０−１６０に相当する細胞外領域の異なる部分に特異的に結合する、前記のものいずれかを治療または診断するにあたって有用な治療および診断抗体並びに断片および含有抱合体を提供することである。
【００９９】
好ましい目的は、配列番号１４４に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）の配列に含まれるＬＯＣ２５３０１２タンパク質配列の残基３８−３４９、または配列番号１４５に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）の配列に含まれるＬＯＣ２５３０１２タンパク質配列の残基１９−３３７、または配列番号３００に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）の残基１−３３５に特異的に結合する、前記のものいずれかを治療または診断するにあたって有用な治療および診断抗体並びに断片および含有抱合体を提供することである。
【０１００】
好ましい目的は、配列番号１４６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）またはＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）の配列に含まれるＡＩ２１６６１１タンパク質配列の残基２９−１４７、または配列番号２９８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）の残基１−１４５に特異的に結合する、前記のものいずれかを治療または診断するにあったて有用な治療および診断抗体並びに断片および含有抱合体を提供することである。
【０１０１】
好ましい目的は、配列番号１４７に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の配列に含まれるＣ１ＯＲＦ３２タンパク質配列の残基２１−１８６、または配列番号１４９に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）の配列に含まれるＣ１ＯＲＦ３２タンパク質配列の残基２１−１６９、配列番号２９９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の残基１−１８４に相当する細胞外領域の異なる部分に特異的に結合する、前記のものいずれかを治療または診断するにあたって有用な治療および診断抗体並びに断片および含有抱合体を提供することである。
【０１０２】
好ましい目的は、配列番号１４９に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）またはＲ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）の配列に含まれるＦＸＹＤ３タンパク質配列の残基２１−３６、または配列番号１５０に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の配列に含まれるＦＸＹＤ３タンパク質配列の残基２１−６５、または残基または、配列番号１５１に示されるアミノ酸配列に相当する、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の配列に含まれるＦＸＹＤ３タンパク質配列の残基２１−２５、または配列番号２９７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の残基１−６３に特異的に結合する、前記のものいずれかを治療または診断するにあたって有用な治療および診断抗体および断片および含有抱合体を提供することである。
【０１０３】
また、好ましい目的は、抗体が、キメラ、ヒト化、完全ヒト抗体および／または標的細胞でＣＤＣまたはＡＤＣＣ活性をもつ抗体または抗体断片である、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３および上記で特定された特定の残基およびその断片に結合する抗体およびその断片を提供することである。
【０１０４】
また、好ましい目的は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３および上で特定された特定の残基およびその断片に結合するキメラおよびヒト抗体およびその断片および含有抱合体を提供することである。
【０１０５】
本発明の別の具体的な目的は、限定はされないが、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、ＦｖまたはｓｃＦｖ断片を含む、前記の治療および関連する診断法において有用な抗体断片および含有抱合体を提供することである。
【０１０６】
また、本発明の目的は、対象抗体および断片を、検出可能マーカーなどのマーカーおよび他のエフェクター部位、若しくは酵素、毒素、治療剤、または化学療法剤などのエフェクター部位に、直接的または間接的に付加することである。
【０１０７】
好ましい実施形態では、本発明の独創的な抗体または断片は、放射性同位元素、金属キレート剤、酵素、蛍光化合物、生物発光化合物または化学発光化合物に、直接的または間接的に付加されてもよい。
【０１０８】
また、本発明の目的は、本発明の抗体または抗体断片の治療または診断に効果的な形を含む、医薬および診断組成物を提供することである。
【０１０９】
本発明の別の具体的な目的は、患者でのＶＳＩＧ１発現する細胞の増殖を阻害することであって、それは、前記患者に、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）またはＶＳＩＧ１として、本明細書で参照される抗原に特異的に結合する抗体を投与することを含む。
【０１１０】
本発明の別の具体的な目的は、患者に、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）またはＶＳＩＧ１に特異的に結合するモノクローナル抗体の有効量を投与することを含む、癌を治療または予防する方法を提供することである。
【０１１１】
本発明のより好ましい目的は、肺癌および卵巣癌からなる群から選ばれ、肺癌または卵巣癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である癌を治療するためにこれら抗体を利用することであり、好ましくは、抗体は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）の細胞外領域に特異的な抗原結合領域を有する。
【０１１２】
本発明の別の目的は、患者に、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）に特異的に結合するポリクローナルまたはモノクローナル抗体または断片または含有抱合体の有効量を投与することを含む、自己免疫疾患を治療または予防する方法を提供することである。
【０１１３】
本発明の別の具体的な実施形態は、患者においてＩＬＤＲ１を発現する細胞の増殖を阻害することであって、それは、前記患者に、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）またはＩＬＤＲ１として、本明細書で参照される抗原に特異的に結合する抗体を投与することを含む。
【０１１４】
本発明の別の具体的な実施形態は、患者に、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）またはＩＬＤＲ１に特異的に結合するモノクローナル抗体の有効量を投与することを含む、癌を治療または予防する方法を提供することである。
【０１１５】
本発明のより好ましい実施形態は、結腸癌および卵巣癌からなる群から選ばれ、結腸癌または卵巣癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である癌を治療するためにこれら抗体を利用することであり、好ましくは、抗体は、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）またはＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）の細胞外領域に特異的な抗原結合領域を有する。
【０１１６】
本発明の抗癌ワクチンは、患者に、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）またはＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）に特異的に結合するポリクローナルまたはモノクローナル抗体または断片の有効量を投与することを含む、自己免疫疾患を治療または予防する方法を提供することである。
【０１１７】
本発明の別の具体的な目的は、患者においてＬＯＣ２５３０１２を発現する細胞の増殖を阻害することであって、それは、前記患者に、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）またはＬＯＣ２５３０１２として、本明細書で参照される抗原に特異的に結合する抗体を投与することを含む。
【０１１８】
本発明の別の具体的な目的は、患者に、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）またはＬＯＣ２５３０１２に特異的に結合するモノクローナル抗体の有効量を投与することを含む、癌を治療または予防する方法を提供することである。
【０１１９】
本発明のより好ましい目的は、肺癌、特に、小細胞肺癌からなる群から選ばれ、肺癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である癌を治療するためにこれら抗体を利用することであり、好ましくは、抗体は、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）の細胞外領域に特異的な抗原結合領域を有する。
【０１２０】
本発明の別の目的は、患者に、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）に特異的に結合するポリクローナルまたはモノクローナル抗体または断片または含有抱合体の有効量を投与することを含む、自己免疫疾患を治療または予防する方法を提供することである。
【０１２１】
本発明の別の具体的な目的は、患者に、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）またはＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）に特異的に結合するモノクローナル抗体の有効量を投与することを含む、癌を治療または予防する方法を提供することである。
【０１２２】
本発明の別の目的は、患者に、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）またはＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）に特異的に結合するポリクローナルまたはモノクローナル抗体または断片または含有抱合体の有効量を投与することを含む、自己免疫疾患を治療または予防する方法を提供することである。
【０１２３】
本発明の別の具体的な目的は、患者においてＣ１ＯＲＦ３２を発現する細胞の増殖を阻害することであって、それは、前記患者に、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、またはＣ１ＯＲＦ３２として、本明細書で参照される抗原に特異的に結合する抗体を投与することを含む。
【０１２４】
本発明の別の具体的な目的は、患者に、ＡＨ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）またはＣ１ＯＲＦ３２に特異的に結合するモノクローナル抗体の有効量を投与することを含む、癌を治療または予防する方法を提供することである。
【０１２５】
本発明のより好ましい目的は、肺癌、特に、肺小細胞癌からなる群から選ばれ、肺癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である癌を治療するためにこれら抗体を利用することであり、好ましくは、抗体は、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）の細胞外領域に特異的な抗原結合領域を有する。
【０１２６】
本発明の別の目的は、患者に、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）に特異的に結合するポリクローナルまたはモノクローナル抗体または断片または含有抱合体の有効量を投与することを含む、自己免疫疾患を治療または予防する方法を提供することである。
【０１２７】
本発明の別の具体的な目的は、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）として、本明細書で参照される抗原に特異的に結合する抗体を投与することを含む。
【０１２８】
本発明の別の具体的な目的は、限定はされないが、卵巣癌を含む、癌の免疫療法のために抗癌ワクチンとして投与するために、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３の細胞外領域またはその変異体および含有抱合体の一部またはすべてを使用することである。
【０１２９】
本発明の別の具体的な目的は、患者に、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）に特異的に結合するモノクローナル抗体の有効量を投与することを含む、癌を治療または予防する方法を提供することである。
【０１３０】
本発明のより好ましい目的は、肺癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である肺癌を治療するためにこれら抗体を利用することであり、好ましくは、抗体は、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の細胞外領域に特異的な抗原結合領域を有する。
【０１３１】
本発明の別の実施形態では、癌は、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、肺、卵巣、胸、前立腺、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌を含む、非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍からなる群から選ばれ、癌は、非転移性、浸潤性、または転移性であり得る。
【０１３２】
好ましい実施形態では、自己免疫疾患は、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性大腸炎、クローン病、移植拒絶に関連した免疫不全、良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｓ  ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、リューマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、変性リウマチ、非関節性リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、尿酸塩関節炎、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症および軟骨石灰化を含む。
【０１３３】
本発明の具体的な目的は、患者に、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）に特異的に結合する抗体の有効量を投与することを含む、任意の臓器移植の拒絶反応および／または移植片体宿主病を治療または予防する方法を提供することである。また、前記の方法で、抗体が、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）またはＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の細胞外領域に特異的な抗原結合領域をもつことが好ましい。
【０１３４】
本発明によると、下記のひとつひとつは、いくつかの共刺激経路の同時遮断とともに、または、免疫抑制剤または癌用細胞毒性薬細胞毒性薬などの従来薬を用いた併用療法において、利用されることができる：本発明のＶＳＩＧ１細胞外領域、ＩＬＤＲ１細胞外領域、ＬＯＣ２５３０１２細胞外領域、ＡＩ２１６６１１細胞外領域、Ｃ１ＯＲＦ３２細胞外領域またはＦＸＹＤ３細胞外領域、ＦＸＹＤ３抗原のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２に結合する抗体および断片、癌、自己免疫不全疾患、移植拒絶反応、ＧＶＨＤの治療または予防および／またはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３ポリペプチドによって媒介される免疫共刺激を遮断または増強するにあたって有用である、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３核酸配列またはその断片またはその変異体を標的とする小分子、ペプチド、およびリボザイムまたはアンチセンスまたはｓｉＲＮＡなどの薬剤を含む化合物。
【０１３５】
本発明の別の目的は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）またはＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４Ｊ＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）またはＲ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）タンパク質の有無を、生体試料または個体において、生体外または生体内で検出するためのアッセイを提供することであり、それは、試料とＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９．Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）またはＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）またはＲ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）ポリペプチドまたはその組み合わせに対して特異性を有する抗体と接触すること、および、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）またはＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）またはＲ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）タンパク質の結合を、試料中で検出することを含む。
【０１３６】
本発明の別の目的は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）またはＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）またはＲ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の発現を検出することを含む、疾患を検出し、疾患を診断し、疾患の進行または治療の効果または疾患の再発を観察する若しくは疾患に対する療法を選択する方法を提供することである。
【０１３７】
関連する目的では、検出された疾患は、癌は非転移性、浸潤性、または転移性である、肺癌、卵巣癌、結腸癌などの癌、および限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌を含む、他の非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍を含むであろう。
【０１３８】
肺癌に関して、疾患は、非転移性、浸潤性、転移性の肺癌、扁平上皮細胞肺癌、肺腺癌、カルチノイド、小細胞肺癌または非小細胞肺癌、肺転移（原発腫瘍に対する）中の過剰発現の検出、例えば、非小細胞肺癌（例えば腺癌、扁平上皮細胞癌、またはカルチノイド、または大細胞癌）などの肺癌中の過剰発現の検知、原発肺癌から由来の原因不明の転移の同定、限定はされないが、骨肉腫および軟部組織肉腫、結腸直腸、子宮、頚部並びに体腫瘍、頭頚部、胸、睾丸および唾液腺癌、黒色腫、並びに膀胱および腎臓腫瘍を含む、肺を源としない肺に存在する悪性腫瘍組織の評価、異なるタイプの肺癌（例えば、小細胞対非小細胞腫瘍）を潜在的に識別すること（よって、治療の選択に影響する）、原因不明の呼吸困難、慢性咳および／または喀血の分析、胸水の起源の鑑別診断、限定されないが、肺病変および浸潤巣、ぜん鳴、喘鳴、気管閉塞、食道圧迫、嚥下障害、反回神経麻痺、嗄声、片側横隔膜が挙上した横隔神経麻痺およびホルネル症候群を含む、限定はされないが肺の症状および徴候の非悪性の原因を含む、肺癌として同様の症状、徴候および合併症を持っており、それらと肺癌の間の鑑別診断が臨床に重要である病態の診断、若しくは限定はされないが、拒食症、悪液質、体重減少、発熱、高カルシウム血症、低リン酸血症、低ナトリウム血症、抗利尿ホルモン分泌異常症候群、高ＡＮＰ、高ＡＣＴＨ、低カリウム血症、撥指形成、神経筋障害症候群および血栓性静脈炎を含む、悪性腫瘍を示唆する任意の病状の原因の検出、からなるグループから選ばれる。
【０１３９】
卵巣癌に関して、本発明の化合物は、非転移性、浸潤性、または転移性の卵巣癌の診断、治療または予後の評価、病期と悪性度を関連させること、原発卵巣癌から由来の原因不明の転移の同定、良性および悪性卵巣嚢胞間の鑑別診断、不妊症の原因の診断（例えばその様々な原因の鑑別診断）の原因の分析、卵巣に関連するマーカーの血清レベルを上げ得る、限定はされないが、子宮内膜、頚部、ファロピアン管、膵臓、胸、肺および結腸の癌、妊娠、子宮内膜症、骨盤炎症性疾患および子宮類繊維腫などの非悪性の病態を含む１つ以上の非卵巣癌病態の検知、限定はされないが、良性の卵巣嚢胞、子宮類繊維腫、子宮内膜症、良性の卵巣の新生物および炎症性腸障害を含む、限定はされないが、骨盤内腫瘤の非悪性な原因を含む、卵巣癌として同様の症状、徴候および合併症を持っており、それらと肺癌の間の鑑別診断が臨床に重要である病態の診断、限定はされないが、拒食症、悪液質、体重減少、発熱、高カルシウム血症、低リン酸血症、低ナトリウム血症、抗利尿ホルモン分泌異常症候群、高ＡＮＰ、高ＡＣＴＨ、低カリウム血症、撥指形成、神経筋障害症候群および血栓性静脈炎を含む、悪性腫瘍を示唆する任意の病状の原因の決定において、用いられることができる。
【０１４０】
別の関連する目的では、検出された疾患は、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性大腸炎、クローン病、移植拒絶に関連した免疫不全、良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｓ  ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、リューマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、変性リウマチ、非関節性リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、尿酸塩関節炎、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症および軟骨石灰化からなる群から選ばれた自己免疫および腫瘍性障害を含むであろう。
【０１４１】
別の関連する目的では、検出された疾患は、任意の臓器移植の拒絶反応および／または移植片体宿主病を含むであろう。
【０１４２】
関連する局面では、前記のアッセイは、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（ＳＥＱＩＤＮＯ．１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）またはＡＡ４２４８３９Ｊ＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４Ｊ＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９Ｏ１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）またはＲ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）タンパク質に特異的に結合する抗体を用いて、疾患によって影響された細胞を検出すると思われ、アッセイは、生体外または生体内で達成され得り、ＲＩＡ、ＥＬＩＳＡ、蛍光定量測定法、ＦＡＣＳ、スロットブロット、ウェスタンブロット、免疫組織化学的アッセイ、放射性イメージングアッセイなどを含む。いくつかの実施形態では、本発明は、患者において疾患を診断する方法を提供し、それは、その患者または前記患者から得られた試料において、次から成る群から選ばれたポリペプチドまたはポリヌクレオチドの少なくとも１つを検出することを含む。
【０１４３】
配列番号１１−１６、２１−３４、３５−４０、４３−４４、４８−５０、７０−７６、１３８−１５１、２９６、２９８−３０２のいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【０１４４】
配列番号２８４〜２９５のいずれか１つの、ブリッジ、エッジ部、尾または頭部（ｂｒｉｄｇｅ、ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ、  ｔａｉｌ  ｏｒ  ｈｅａｄ  ｐｏｒｔｉｏｎ）を含むポリペプチドまたはそのホモログまたはその断片。
【０１４５】
配列番号１−１０、１７−２０、２５−３４、４１−４２、４５−４６、５１−６９のいずれか１つに記載の核酸配列を含むポリヌクレオチド。
【０１４６】
配列番号２８４−２９５のいずれか１つの、ブリッジ、エッジ部、尾または頭部（ｂｒｉｄｇｅ、ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ、ｔａｉｌ  ｏｒ  ｈｅａｄ  ｐｏｒｔｉｏｎ）を含むポリペプチドをコードする核酸配列を含むポリヌクレオチド。
【０１４７】
配列番号１８７、１９０、１９３、１９６、１９９、２０２、２０５、２０８、２１１、２１４、２１７、２２０、２２３、２２６、２２９、２３２、２３５、２３８、２４１、２４４、２４７、２５０、２５３に記載の核酸配列をもつオリゴヌクレオチド。
【０１４８】
さらなる実施形態によると、本発明のポリペプチドを検出することは、配列番号２８４−２９５のいずれか１つの、ブリッジ、エッジ部、尾または頭部（ｂｒｉｄｇｅ、ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ、ｔａｉｌ  ｏｒ  ｈｅａｄ  ｐｏｒｔｉｏｎ）を含むポリペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチドの少なくとも１つのエピトープに特異的に結合することができる抗体を用いることを含む。１つ実施形態によると、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの存在を検出することは、疾患の存在および／またはその重症度および／または進行を示す。別の実施形態によると、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの発現および／またはレベルの、健常な対象またはそれから得られた試料中のその発現および／またはレベルと比べての変化は、疾患の存在および／またはその重症度および／または進行を示す。さらなる実施形態によると、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの発現および／またはレベルの、健常な対象またはそれから得られた試料中のその発現および／またはレベルと比べての初期の変化は、疾患の進行を示す。さらなる実施形態によると、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの存在並びに／若しくはその発現および／またはレベルの相対的な変化は、治療の選択および／または疾患の試料の観察に有用である。
【０１４９】
１つ実施形態によると、本発明のポリペプチドを検出することは、配列番号１８７、１９０、１９３、１９６、１９９、２０２、２０５、２０８、２１１、２１４、２１７、２２０、２２３、２２６、２２９、２３２、２３５、２３８、２４１、２４４、２４７、２５０、２５３に記載の核酸配列をもつポリヌクレオチドまたはそれに相同なポリヌクレオチドの少なくとも１部に特異的にハイブリダイズすることができる単離されたオリゴヌクレオチドの対を含むプライマー対を用いることを含む。
【０１５０】
別の実施形態によると、本発明のポリペプチドを検出することは、配列番号１８５−１８６、１８８−１８９、１９１−１９２、１９４−１９５、１９７−１９８、２００−２０１、２０３−２０４、２０６−２０７、２０９−２１０、２１２−２１３、２１５−２１６、２１８−２１９、２２１−２２２、２２４−２２５、２２７−２２８、２３０−２３１、２３３−２３４、２３６−２３７、２３９−２４０、２４２−２４３、２４５−２４６、２４８−２４９、２５１−２５２に記載の単離されたオリゴヌクレオチドの対を含むプライマー対を用いることを含む。
【０１５１】
本発明は、また、次の具体的な実施形態を含む。
【０１５２】
１つの実施形態では、本発明は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）または断片またはそれに少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつ変異体から選ばれる単離されたポリペプチドを含む。
【０１５３】
別の実施形態では、本発明は、前記のポリペプチドのいずれか１つを含む断片または抱合体を含む。
【０１５４】
別の実施形態では、本発明は、免疫グロブリン領域に融合された前記のポリペプチドのいずれか１つを含む。
【０１５５】
別の実施形態では、本発明は、検出可能なまたは治療のための部位に付加された前記のポリペプチドのいずれか１つを含む。
【０１５６】
別の実施形態では、本発明は、前記のポリペプチドのいずれか１つをコードする核酸配列を含む。
【０１５７】
別の実施形態では、本発明は、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１０（配列番号９）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１１（配列番号１０）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｔ７（配列番号２０）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ８（配列番号２８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１５（配列番号２９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１６（配列番号３０）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１７（配列番号３１）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１８（配列番号３２）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１９（配列番号３３）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ２０（配列番号３４）、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ１（配列番号４２）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ８（配列番号４５）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ９（配列番号４６）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１９（配列番号６５）；Ｒ３１３７５＿Ｔ２５（配列番号６６）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２６（配列番号６７）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２９（配列番号６８）、Ｒ３１３７５＿Ｔ３９（配列番号６９）から選ばれた核酸配列または断片またはそれに少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性を含む変異体および抱合体のいずれかを含む。
【０１５８】
別の実施形態では、本発明は、単離されたＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３細胞外領域ポリペプチド、または断片またはその抱合体を含む。
【０１５９】
別の実施形態では、本発明は、配列番号１３８に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３４、または配列番号１３９に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２７０、または配列番号１４０に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２９６、または配列番号１４１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−１９３、または配列番号１４２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２０３、または配列番号１４３に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３１、または配列番号３０２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２６−２９３、または配列番号７５に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）またはＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（ＳＥＱＩＤＮＯＳｌ）のアミノ酸残基２４−１６２、または配列番号７６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）のアミノ酸残基２４−４５６、または配列番号２９６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）のアミノ酸残基２４−１０５、または配列番号３０１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ３（配列番号２２）の残基５０−１６０、または配列番号１４６に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）またはＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）のアミノ酸残基２９−１４７、または配列番号２９８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）の残基１−１４５、または配列番号１４７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸残基２１−１８６、または配列番号１４８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）の残基２１−１６９、または配列番号２９９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の残基１−１８４、または配列番号１４９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）またはＲ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）の残基２１−３６、または配列番号１５０に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の残基２１−６５、または配列番号１５１に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の残基２１−２５、または配列番号２９７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の残基１−６３に、少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつアミノ酸残基の配列を含む、前記のポリペプチドのいずれかを含む。
【０１６０】
別の実施形態では、本発明は、ポリペプチド、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）またはＲ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の細胞外領域を含む前記のポリペプチドのいずれかを含む。
【０１６１】
別の実施形態では、本発明は、検出可能または治療のための部位に付加される前記ポリペプチドのいずれかを含む。
【０１６２】
別の実施形態では、本発明は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３細胞外領域ポリペプチドおよび含有抱合体のいずれか１つをコードする前記核酸配列のいずれかを含む。
【０１６３】
別の実施形態では、本発明は、前記核酸配列を含む発現ベクターを含む。
【０１６４】
別の実施形態では、本発明は、前記発現ベクター若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３細胞外領域ポリペプチドまたは断片またはその抱合体をコードする核酸配列を含むウィルスを含む宿主細胞であって、細胞が、ＤＮＡ切片によってコードされるポリペプチドを発現する宿主細胞を含む。
【０１６５】
別の実施形態では、本発明は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３細胞外領域ポリペプチドまたは断片またはその抱合体のいずれかを生成する方法を含み、それは、ＤＮＡ切片または核酸によってコードされるポリペプチドを発現する前記宿主細胞を培養すること、および前記ポリペプチドを回収することを含む。
【０１６６】
別の実施形態では、本発明は、前記単離された可溶性ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３細胞外領域のいずれかを含み、前記ポリペプチドは、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９ＬＰ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９ＪＰ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５ＪＰ３３（配列番号７４）または断片またはその変異体の、対応する機能的な相方との相互作用を遮断または阻害する。
【０１６７】
別の実施形態では、本発明は、前記単離された可溶性ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３細胞外領域を含み、前記ポリペプチドは、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）またはＲ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）または断片またはその変異体の、対応する機能的な相方との相互作用を置換または増強する。
【０１６８】
別の実施形態では、本発明は、非ＶＳＩＧ１、非ＩＬＤＲ１、非ＬＯＣ２５３０１２、非ＡＩ２１６６１１、非Ｃ１ＯＲＦ３２、非ＦＸＹＤ３タンパク質配列に、それぞれ、連結された前記単離された可溶性ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３細胞外領域のいずれかを含む融合タンパク質を含む。
【０１６９】
別の実施形態では、本発明は、非ＶＳＩＧ１、非ＩＬＤＲ１、非ＬＯＣ２５３０１２、非ＡＩ２１６６１１、非Ｃ１ＯＲＦ３２、非ＦＸＹＤ３タンパク質が、少なくとも免疫グロブリン分子の一部である、前記融合タンパク質のいずれかを含む。
【０１７０】
別の実施形態では、本発明は、ポリエチレングリコールなどのポリアルキルオキシド部位が、ポリペプチドに付加している前記融合タンパク質のいずれかを含む。
【０１７１】
別の実施形態では、本発明は、免疫グロブリン重鎖定常領域が、Ｆｃ断片である前記融合タンパク質のいずれかを含む。
【０１７２】
別の実施形態では、本発明は、配列番号１０３−１０８に示されるアミノ酸配列のいずれか１つに記載の、マウスＦｃに融合されたＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２およびＦＸＹＤ３ＥＣＤのタンパク質配列のいずれか１つ、または、マウスＦｃに融合されたＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２およびＦＸＹＤ３ＥＣＤをコードする核酸配列を含む。本発明はさらに、配列番号９７−１０２に示される配列のいずれか１つに記載の、マウスＦｃに融合されたＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２およびＦＸＹＤ３ＥＣＤをコードする核酸配列を含む。
【０１７３】
別の実施形態では、本発明は、免疫グロブリン重鎖定常領域が、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ、ＩｇＥ、ＩｇＡおよびＩｇＤからなる群から選ばれるアイソタイプである前記融合タンパク質のいずれかを含む。
【０１７４】
別の実施形態では、本発明は、ポリペプチドが、ＶＡＳＰ領域に融合される前記融合タンパク質のいずれかを含む。
【０１７５】
別の実施形態では、本発明は、融合タンパク質が、リンパ球活性化を調節する前記融合タンパク質のいずれかを含む。
【０１７６】
別の実施形態では、本発明は、前記ポリヌクレオチド配列のいずれかを含み、薬理学的に許容される希釈剤または担体をさらに含む医薬組成物を含む。
【０１７７】
別の実施形態では、本発明は、前記ベクターを含み、薬理学的に許容される希釈剤または担体をさらに含む医薬組成物を含む。
【０１７８】
別の実施形態では、本発明は、前記宿主細胞を含み、薬理学的に許容される希釈剤または担体をさらに含む医薬組成物を含む。
【０１７９】
別の実施形態では、本発明は、前記ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３細胞外領域のいずれかを含み、薬理学的に許容される希釈剤または担体をさらに含む医薬組成物を含む。
【０１８０】
別の実施形態では、本発明は、前記ポリペプチドのいずれかを含み、薬理学的に許容される希釈剤または担体をさらに含む医薬組成物を含む。
【０１８１】
別の実施形態では、本発明は、前記融合タンパク質を含み、薬理学的に許容される希釈剤または担体をさらに含む医薬組成物を含む。
【０１８２】
別の実施形態では、本発明は、癌を治療または予防する方法を含み、それを必要とする患者に、配列番号１３８に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３４、または配列番号１３９に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２７０、または配列番号１４０に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２９６、または配列番号１４１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−１９３、または配列番号１４２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２０３、または配列番号１４３に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３１、または配列番号３０２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２６−２９３、または配列番号７５に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）またはＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（ＳＥＱＩＤＮＯＳｌ）のアミノ酸残基２４−１６２、または配列番号７６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）のアミノ酸残基２４−４５６、または配列番号２９６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）のアミノ酸残基２４−１０５、または配列番号３０１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ３（配列番号２２）の残基５０−１６０、または配列番号１４６に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）またはＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）のアミノ酸残基２９−１４７、または配列番号２９８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）の残基１−１４５、または配列番号１４７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸残基２１−１８６、または配列番号１４８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）の残基２１−１６９、または配列番号２９９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の残基１−１８４、または配列番号１４９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）またはＲ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）の残基２１−３６、または配列番号１５０に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の残基２１−６５、または配列番号１５１に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の残基２１−２５、または配列番号２９７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の残基１−６３に、少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつアミノ酸残基の配列を含む、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３ポリペプチドの細胞外領域または断片またはその抱合体、若しくはポリペプチド、若しくは、それをコードする核酸配列をもつ可溶性分子を含む医薬品組成物を投与することを含む。
【０１８３】
別の実施形態では、本発明は、癌が、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫などの血液悪性腫瘍および胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌などの軟部または固形腫瘍からなる群から選ばれ、癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である、前記方法を含む。
【０１８４】
別の実施形態では、本発明は、癌が、肺癌、卵巣癌または結腸癌からなる群から選ばれ、肺癌、卵巣癌または結腸癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である前記方法を含む。
【０１８５】
別の実施形態では、本発明は、自己免疫疾患または移植拒絶反応などの免疫関連病態を治療または予防する方法を含み、それを必要とする患者に、配列番号１３８に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３４、または配列番号１３９に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２７０、または配列番号１４０に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２９６、または配列番号１４１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−１９３、または配列番号１４２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２０３、または配列番号１４３に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３１、または配列番号３０２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２６−２９３、または配列番号７５に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）またはＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）のアミノ酸残基２４−１６２、または配列番号７６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）のアミノ酸残基２４−４５６、または配列番号２９６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）のアミノ酸残基２４−１０５、または配列番号３０１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ３（配列番号２２）の残基５０−１６０、または配列番号１４６に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）またはＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）のアミノ酸残基２９−１４７、または配列番号２９８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）の残基１−１４５、または配列番号１４７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸残基２１−１８６、または配列番号１４８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）の残基２１−１６９、または配列番号２９９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の残基１−１８４、または配列番号１４９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）またはＲ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）の残基２１−３６、または配列番号１５０に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の残基２１−６５、または配列番号１５１に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の残基２１−２５、または配列番号２９７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の残基１−６３に、少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつアミノ酸残基の配列を含む、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３ポリペプチドの細胞外領域または断片またはその抱合体、若しくはポリペプチド若しくはそれをコードする核酸配列をもつ可溶性分子を含む医薬品組成物を投与することを含む。
【０１８６】
別の実施形態では、本発明は、自己免疫疾患が、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性大腸炎、クローン病、移植拒絶に関連した免疫不全；良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｓ  ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、リューマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、変性リウマチ、非関節性リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、尿酸塩関節炎、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症および軟骨石灰化からなる群から選ばれる前記方法を含む。
【０１８７】
別の実施形態では、本発明は、免疫関連障害が、移植拒絶反応または移植片体宿主病から選ばれる前記方法を含む。
【０１８８】
別の実施形態では、本発明は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（ＳＥＱＩＤＮＯＳＯ）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）から選ばれるＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３ポリペプチドのいずれか１つまたは断片またはその変異体をコードする転写産物に結合し、その発現を阻害するｓｉＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡまたはリボザイムを含む。
【０１８９】
別の実施形態では、本発明は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９ＪＪ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）から選ばれるＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３ポリペプチドのいずれか１つまたは断片またはその変異体および含有抱合体に特異的に結合する、および／またはそれによって誘発される活性を調節するポリクローナルまたはモノクローナル抗体を含む。
【０１９０】
別の実施形態では、本発明は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）に含まれるＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３ポリペプチドのいずれか１つまたは断片またはそれに少なくとも８０％同一であるその変異体に特異的に結合する抗原結合部位を含むモノクローナルまたはポリクローナル抗体若しくはその抗原結合断片を含む。
【０１９１】
別の実施形態では、本発明は、前記抗体が、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の１つ、若しくは断片またはその変異体の相方の活性または機能との相互作用を遮断または阻害する前記抗体またはその断片のいずれかを含む。
【０１９２】
別の実施形態では、本発明は、前記抗体が、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の１つ若しくは断片またはその変異体の相方の活性または機能との相互作用を置換または増強する前記抗体またはその断片のいずれかを含む。
【０１９３】
別の実施形態では、本発明は、リンパ球活性を調節する方法を含み、それは、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）陽性リンパ球を、ＶＳＩＧ１媒介、ＩＬＤＲ１媒介、ＬＯＣ２５３０１２媒介、ＡＩ２１６６１１媒介、Ｃ１ＯＲＦ３２媒介またはＦＸＹＤ３媒介シグナリングを調節することができる生理活性剤と、少なくとも１つのリンパ球活性を調節するのに有効な量で接触することを含む。
【０１９４】
別の実施形態では、本発明は、前記薬剤が、ＶＳＩＧ１媒介、ＩＬＤＲ１媒介、ＬＯＣ２５３０１２媒介、ＡＩ２１６６１１媒介、Ｃ１ＯＲＦ３２媒介シグナリングの拮抗剤またはＦＸＹＤ３媒介シグナリングを含み、前記接触が、そのようなシグナリングによって媒介されるリンパ球活性の減衰を阻害する前記方法を含む。
【０１９５】
別の実施形態では、本発明は、前記接触が、リンパ球活性を増加する前記方法を含む。
【０１９６】
別の実施形態では、本発明は、前記拮抗剤が、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３抗原の、その相方との機能的な相互作用を妨げることができる遮断剤を含む前記方法を含む。
【０１９７】
別の実施形態では、本発明は、Ｂ７様共刺激系におけるＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質のいずれかひとつの活性を調節することによって、癌の治療または予防に適している前記抗体または断片を含む。
【０１９８】
別の実施形態では、本発明は、投与された抗体または断片が、癌細胞に対するＴ細胞活性の負の刺激を阻害する前記方法を含む。
【０１９９】
別の実施形態では、本発明は、癌が、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫などの血液悪性腫瘍および胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌などの軟部組織または固形腫瘍からなる群から選ばれる癌であって、並びに癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である、前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２００】
別の実施形態では、本発明は、Ｂ７様共刺激系におけるＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質のいずれかの活性を調節することによる自己免疫疾患または移植拒絶反応などの免疫関連障害の治療または予防に適している前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２０１】
別の実施形態では、本発明は、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性大腸炎、クローン病、移植移植拒絶に関連した免疫不全、良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、シェーグレン症候群、リューマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、変性リウマチ、非関節性リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、関節炎ｕｒａｔｉｃａ、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症および軟骨石灰化から選ばれる自己免疫疾患の治療に適している前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２０２】
別の実施形態では、本発明は、移植拒絶反応または移植片体宿主病の治療に適している前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２０３】
別の実施形態では、本発明は、アミノ酸：配列番号１３８に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３４、または配列番号１３９に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２７０、または
配列番号１４０に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２９６、または配列番号１４１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−１９３、または配列番号１４２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２０３、または配列番号１４３に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２３−２３１、または配列番号３０２に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列に含まれるＶＳＩＧ１タンパク質配列の残基２６−２９３、または配列番号７５に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）またはＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（ＳＥＱＩＤＮＯＳｌ）のアミノ酸残基２４−１６２、または配列番号７６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）のアミノ酸残基２４−４５６、または
配列番号２９６に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）のアミノ酸残基２４−１０５、または配列番号３０１に示されるアミノ酸配列に相当する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ３（配列番号２２）の残基５０−１６０、または配列番号１４６に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）またはＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）のアミノ酸残基２９−１４７、または配列番号２９８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）の残基１−１４５、または配列番号１４７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸残基２１−１８６、または配列番号１４８に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）の残基２１−１６９、または配列番号２９９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の残基１−１８４、または配列番号１４９に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）またはＲ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）の残基２１−３６、または配列番号１５０に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の残基２１−６５、または配列番号１５１に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の残基２１−２５、または配列番号２９７に示されるアミノ酸配列に相当する、配列Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の残基１−６３、若しくはその変異体または断片またはエピトープ
に特異的に結合する前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２０４】
別の実施形態では、本発明は、抗原結合部位が、約３−７個の連続または非連続のアミノ酸、より典型的に、少なくとも５個の連続または非連続のアミノ酸を含む前記抗体または断片のいずれかを含む。これらの結合部位は、立体配座および非立体配座エピトープを含む。
【０２０５】
別の実施形態では、本発明は、抗体が、完全ヒト抗体である前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２０６】
別の実施形態では、本発明は、抗体が、キメラ抗体である前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２０７】
別の実施形態では、本発明は、抗体が、ヒト化または霊長類化抗体である前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２０８】
別の実施形態では、本発明は、断片が、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ａｂ’）、Ｆ（ａｂ）、ＦｖまたはｓｃＦｖ断片および最小認識単位からなる群から選ばれる前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２０９】
別の実施形態では、本発明は、抗体または断片が、検出可能マーカーまたはエフェクター部位に連結されている前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２１０】
別の実施形態では、本発明は、エフェクター部位が、酵素、毒素、治療剤または化学療法剤である前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２１１】
別の実施形態では、本発明は、検出可能マーカーが、放射性同位元素、金属キレート剤、酵素、蛍光化合物、生物発光化合物または化学発光化合物である前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２１２】
別の実施形態では、本発明は、前記抗体またはその断片のいずれかを含む医薬組成物を含む。
【０２１３】
別の実施形態では、本発明は、前記抗体またはその断片を含む医薬組成物を含む。
【０２１４】
別の実施形態では、本発明は、免疫応答を誘発または増強する方法を含み、その方法は、それを必要としている患者に前記抗体または断片を投与すること、および前記免疫応答の誘発または増強を検出することを含む。
【０２１５】
別の実施形態では、本発明は、患者における抗原に対する２次免疫応答を増強する方法を含み、その方法は、前記抗体または断片のいずれかの有効量を投与することを含む。
【０２１６】
別の実施形態では、本発明は、抗原が、好ましくは、癌抗原、ウェイルス抗原または細菌抗原であり、好ましくは、抗癌ワクチンまたはウィルスワクチンを用いる治療を受ける前記方法を含む。
【０２１７】
別の実施形態では、本発明は、患者に前記抗体または断片のいずれかの有効量を投与することを含む、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３陽性悪性腫瘍をもつ患者を治療する方法を含む。
【０２１８】
別の実施形態では、本発明は、化学療法剤を併用投与することをさらに含む前記方法を含む。
【０２１９】
別の実施形態では、本発明は、前記悪性腫瘍が、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫などの血液悪性腫瘍、並びに胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌などの軟部または固形腫瘍からなる群から選ばれ、癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である、前記方法を含む。
【０２２０】
別の実施形態では、本発明は、前記悪性腫瘍が、肺癌、卵巣癌、結腸癌から成る群から選ばれ、肺癌、卵巣癌または結腸癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である前記方法を含む。
【０２２１】
別の実施形態では、本発明は、生体試料中における、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４Ｊ＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）若しくは断片またはその変異体の存在を検出するアッセイを含み、そのアッセイは、試料を前記のものいずれか１つの抗体と接触すること、および試料中において、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）若しくは断片またはその変異体の結合を検出することを含む。
【０２２２】
別の実施形態では、本発明は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）若しくは断片またはその変異体の発現を検出することを含む、疾患を検出し、疾患を診断し、疾患の進行または治療の効果または疾患の再発を観察する若しくは、疾患に対する療法を選択する方法を含む。
【０２２３】
別の実施形態では、本発明は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４Ｊ＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）若しくは断片またはその変異体の発現の検出が、生体内または生体外で施される前記方法を含む。
【０２２４】
別の実施形態では、本発明は、疾患が、肺癌、卵巣癌、結腸癌から成る群から選ばれ、肺癌、卵巣癌または結腸癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である前記方法を含む。
【０２２５】
別の実施形態では、本発明は、疾患が、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性大腸炎、クローン病、移植拒絶に関連した免疫不全、良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｓ  ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、リューマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、変性リウマチ、非関節性リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、尿酸塩関節炎、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症または軟骨石灰化である、前記方法を含む。
【０２２６】
別の実施形態では、本発明は、患者における、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿Ｉ＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９Ｏ１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）から選ばれるポリペプチドまたは断片またはその変異体を発現する細胞の増殖を阻害する方法を含み、その方法は、前記患者に前記抗体または断片のいずれかを投与することを含む。
【０２２７】
別の実施形態では、本発明は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）若しくは断片または少なくとも８０％の同一性をもつ変異体に特異的に結合する抗体または結合断片の治療有効量の投与を含む、癌を治療または予防する方法を含む。
【０２２８】
別の実施形態では、本発明は、癌が、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫などの血液悪性腫瘍、並びに胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌などの軟部または固形腫瘍からなる群から選ばれ、癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である前記方法を含む。
【０２２９】
別の実施形態では、本発明は、癌が、肺癌、卵巣癌、結腸癌からなる群から選ばれ、肺癌、卵巣癌または結腸癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である前記方法を含む
【０２３０】
別の実施形態では、本発明は、抗体が、ヒト、ヒト化またはキメラ抗体若しくは抗原結合断片である前記方法を含む。
【０２３１】
別の実施形態では、本発明は、抗体または断片が、直接的または間接的にエフェクター部位に付加されている前記方法を含む。
【０２３２】
別の実施形態では、本発明は、エフェクターが、薬剤、毒素、放射性核種、フルオロフォア、および酵素から選ばれる前記方法を含む。
【０２３３】
別の実施形態では、本発明は、自己免疫または移植関連疾患などの免疫不全疾患を治療または予防する方法を含み、その方法は、患者に次に特異的に結合する抗体の治療有効量を投与する：ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）、
【０２３４】
若しくは断片またはそれに少なくとも８０％の配列同一性をもつその変異体。
【０２３５】
別の実施形態では、本発明は、抗体が、前記ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３ポリペプチドのいずれかひとつの細胞外領域に特異的な抗原結合領域をもつ前記方法の方法を含む。
【０２３６】
別の実施形態では、本発明は、抗体または断片が、自己免疫効果を生み出したＴ細胞活性の正の刺激を阻害するやり方で、Ｂ７／共刺激系を調節する前記方法の方法を含む。
【０２３７】
別の実施形態では、本発明は、治療が、自己免疫または移植拒絶反応病態を治療するにあたって有用である部位と組み合わされる前記方法の方法を含む。
【０２３８】
別の実施形態では、本発明は、部位が、サイトカイン抗体、サイトカイン受容体抗体、薬剤または他の免疫調節剤である前記方法の方法を含む。
【０２３９】
別の実施形態では、本発明は、自己免疫疾患が、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性大腸炎、クローン病、移植拒絶に関連した免疫不全、良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｓ  ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、リューマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、変性リウマチ、非関節性リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、尿酸塩関節炎、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症および軟骨石灰化からなる群から選ばれる前記方法の方法を含む。
【０２４０】
別の実施形態では、本発明は、免疫不全疾患が、移植拒絶反応または移植片体宿主病である前記方法を含む。
【０２４１】
別の実施形態では、本発明は、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）若しくは断片またはその変異体の差次的発現によって特徴付けられる腫瘍または炎症部位の生体内イメージングのために、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）若しくは断片またはその変異体に特異的に結合する抗体または抗原結合性断片を利用する方法を含む。
【０２４２】
別の実施形態では、本発明は、癌の予後または治療プロトコールを評価するために用いられる前記方法を含む。
【０２４３】
別の実施形態では、本発明は、患者において疾患をスクリーニングする方法を含み、その方法は、その患者または前記患者から得られた試料において、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５ＪＰ３３（配列番号７４）のいずれかひとつに記載のアミノ酸配列に少なくとも８５％相同である配列をもつポリペプチド、またはＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（ＳＥＱＩＤＮＯ：７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）のいずれか１つの細胞外領域を含む配列をもつポリペプチドを検出することを含む。
【０２４４】
別の実施形態では、本発明は、疾患のスクリーニングが、疾患、障害、病態の存在または重症度の検出、若しくは対象の予後、若しくは前記対象に対する治療の選択、若しくは前記対象に対する治療観察を含む前記方法を含む。
【０２４５】
別の実施形態では、本発明は、疾患が、肺癌、卵巣癌、結腸癌からなる群から選ばれる癌であって、肺癌、卵巣癌および結腸癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である前記方法を含む。
【０２４６】
別の実施形態では、本発明は、疾患が、自己免疫疾患であって、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性大腸炎、クローン病、移植移植拒絶に関連した免疫不全、良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｓ  ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、リューマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、変性リウマチ、非関節性リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、尿酸塩関節炎、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症および軟骨石灰化から選ばれる前記方法を含む。
【０２４７】
別の実施形態では、本発明は、検出が、免疫アッセイによって行われる前記方法を含む。
【０２４８】
別の実施形態では、本発明は、免疫アッセイが、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）のいずれかひとつに記載のアミノ酸配列に少なくとも８５％相同である配列をもつポリペプチド、またはＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、およびＲ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）のいずれか１つの細胞外領域を含む配列をもつポリペプチドに特異的に相互作用する抗体を用いる前記方法を含む。
【０２４９】
別の実施形態では、本発明は、前記タンパク質を発現する癌細胞のアポトーシスまたは溶解を誘発する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、およびＲ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）、若しくは断片またはその変異体に特異的な抗体を含む。
【０２５０】
別の実施形態では、本発明は、前記アポトーシスまたは溶解が、抗体のＣＤＣまたはＡＤＣＣ活性を含む前記抗体または断片を含む。
【０２５１】
別の実施形態では、本発明は、癌細胞が、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫などの血液悪性腫瘍、並びに胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌などの軟部または固形腫瘍からなる群から選ばれる前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２５２】
別の実施形態では、本発明は、癌細胞が、肺、卵巣または結腸癌細胞である前記抗体または断片のいずれかを含む。
【０２５３】
別の実施形態では、本発明は、前記ポリペプチドまたは断片またはその変異体が、癌免疫療法のための抗癌ワクチンとして用いられる、前記の単離された可溶性ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３細胞外領域ポリペプチドのいずれかに関する。
【０２５４】
別の実施形態では、本発明は、配列番号２８４−２９５のいずれか１つに記載の配列に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５、９６、９７、９８または９９％、１００％の相同性をもつアミノ酸配列を含む任意の単離されたポリペプチド若しくはその断片に関する。
【０２５５】
別の実施形態では、本発明は、１８７、１９０、１９３、１９６、１９９、２０２、２０５、２０８、２１１、２１４、２１７、２２０、２２３、２２６、２２９、２３２、２３５、２３８、２４１、２４４、２４７、２５０、２５３からなる群から選ばれる核酸配列をもつアンプリコンを含む任意の単離されたポリヌクレオチドまたはそれに相同なポリヌクレオチドに関する。
【０２５６】
別の実施形態では、本発明は、上記アンプリコンを増幅することができる単離されたオリゴヌクレオチドの対を含む任意のプライマー対に関する。
【０２５７】
配列番号１８５−１８６、１８８−１８９、１９１−１９２、１９４−１９５、１９７−１９８、２００−２０１、２０３−２０４、２０６−２０７、２０９−２１０、２１２−２１３、２１５−２１６、２１８−２１９、２２１−２２２、２２４−２２５、２２７−２２８、２３０−２３１、２３３−２３４、２３６−２３７、２３９−２４０、２４２−２４３、２４５−２４６、２４８−２４９および２５１−２５２からなる群から選ばれる配列をもつ単離されたオリゴヌクレオチドの対を含むプライマー対
【０２５８】
本発明は、患者において疾患、障害、病態をスクリーニングする方法であって、その方法は、その患者または前記患者から得られた試料において、配列番号１−１０、１７−２０、２５−３４、４１−４２、４５−４６、５１−６９、１８７、１９０、１９３、１９６、１９９、２０２、２０５、２０８、２１１、２１４、２１７、２２０、２２３、２２６、２２９、２３２、２３５、２３８、２４１、２４４、２４７、２５０および２５３にいずれか１つに記載の核酸配列に少なくとも８５％相同な配列をもつポリヌクレオチドを検出することを含む。
【０２５９】
別の実施形態では、本発明は、疾患のスクリーニングが、疾患、障害、病態の存在または重症度の検出、若しくは対象の予後、若しくは前記対象に対する治療の選択、若しくは治療観察を含む前記の方法。
【０２６０】
疾患が、肺癌、結腸癌および卵巣癌からなる群から選ばれる癌であって、肺癌、結腸癌および卵巣癌が、非転移性、浸潤性、または転移性である前記の方法。
【０２６１】
疾患が、自己免疫疾患である前記の方法。
【０２６２】
検出が、配列番号１−１０、１７−２０、２５−３４、４１−４２、４５−４６、５１−６９、１８７、１９０、１９３、１９６、１９９、２０２、２０５、２０８、２１１、２１４、２１７、２２０、２２３、２２６、２２９、２３２、２３５、２３８、２４１、２４４、２４７、２５０および２５３に記載の核酸配列に少なくとも８５％相同な核酸配列の少なくとも一部にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチド対を用いて実施される上記の方法。
【０２６３】
検出が、配列番号１８５−１８６、１８８−１８９、１９１−１９２、１９４−１９５、１９７−１９８、２００−２０１、２０３−２０４、２０６−２０７、２０９−２１０、２１２−２１３、２１５−２１６、２１８−２１９、２２１−２２２、２２４−２２５、２２７−２２８、２３０−２３１、２３３−２３４、２３６−２３７、２３９−２４０、２４２−２４３、２４５−２４６、２４８−２４９および２５１−２５２のいずれか１つに記載のオリゴヌクレオチド対を用いて実施される上記の方法。
【図面の簡単な説明】
【０２６４】
【図１】図１は、定量リアルタイムＰＣＲ解析の図解要約を示す。
【図２】図２は、ＭＥＤディスカバリーエンジン（ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｅｎｇｉｎｅ）を用いるすべての組織および条件のバーチャルパネル上での、ＶＳＩＧ１タンパク質をコードするＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示す散布図であり、正常肺試料と比較した肺癌におけるＡＩ５８１５１９転写産物の過剰発現を示している。
【図３Ａ】図３Ａは、公知のＶＳＩＧ１タンパク質ＮＰ＿８７２４１３（配列番号１１）およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮに対する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３Ｂ】図３Ｂは、公知のＶＳＩＧ１タンパク質ＮＰ＿８７２４１３（配列番号１１）およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮに対する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３Ｃ】図３Ｃは、公知のＶＳＩＧ１タンパク質ＮＰ＿８７２４１３（配列番号１１）およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮに対する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３Ｄ】図３Ｄは、公知のＶＳＩＧ１タンパク質ＮＰ＿８７２４１３（配列番号１１）およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮに対する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３Ｅ】図３Ｅは、公知のＶＳＩＧ１タンパク質ＮＰ＿８７２４１３（配列番号１１）およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮに対する、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０タンパク質の比較アライメントを示す。
【図４】図４は、正常および癌性卵巣組織における、配列名ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７（配列番号１９０）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図５】図５は、正常および癌性肺組織における、配列名ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７（配列番号１９０）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図６Ａ】図６Ａは、様々な正常組織における、配列名ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７（配列番号１９０）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。図６Ａは、卵巣試料の中間値に相対的な各試料の発現を示す。
【図６Ｂ】図６Ｂは、様々な正常組織における、配列名ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７（配列番号１９０）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。図６Ｂは、肺試料の中間値に相対的な各試料の発現を示す。
【図７】図７は、正常および癌性卵巣組織における、配列名  ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９（配列番号１８７）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図８】図８は、正常および癌性肺組織における、配列名ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９（配列番号１８７）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図９】図９は、血液特異的パネルにおける、配列名  ＡＩ５８１５１９ｓｅｇ７−９（配列番号１９６）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図１０】図１０は、正常および癌性肺組織における、配列名ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２Ｒ２（配列番号１９３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図１１】図１１は、正常および癌性卵巣組織における、配列名ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２Ｒ２（配列番号１９３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図１２Ａ】図１２Ａは、様々な正常組織における、配列名ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２Ｒ２（配列番号１９３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。図１２Ａは、肺試料の中間値に相対的な各試料の発現を示す。
【図１２Ｂ】図１２Ｂは、様々な正常組織における、配列名ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２Ｒ２（配列番号１９３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。図１２Ｂは、卵巣試料の中間値に相対的な各試料の発現を示す。
【図１３】図１３は、血液特異的パネルにおける、配列名ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２Ｒ２（配列番号１９３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（Ｖ−ｓｅｔ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  １）（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図１４】図１４は、ＭＥＤディスカバリーエンジン（ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｅｎｇｉｎｅ）を用いるすべての組織および条件のバーチャルパネル上での、ＩＬＤＲ１タンパク質をコードするＡＡ４２４８３９転写産物の発現を示す散布図であり、正常卵巣試料と比較した卵巣癌におけるＡＡ４２４８３９転写産物の過剰発現を示している。
【図１５】図１５は、ＭＥＤディスカバリーエンジン（ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｅｎｇｉｎｅ）を用いるすべての組織および条件のバーチャルパネル上での、ＩＬＤＲ１  タンパク質をコードするＡＡ４２４８３９転写産物の発現を示す散布図であり、正常結腸試料と比較した結腸癌におけるＡＡ４２４８３９転写産物の過剰発現を示している。
【図１６Ａ】図１６Ａは、公知のＩＬＤＲ１タンパク質Ｑ８６ＳＵ０＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿７８７１２０（配列番号２１）に対する、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３タンパク質の比較アライメントを示す。
【図１６Ｂ】図１６Ｂは、公知のＩＬＤＲ１タンパク質Ｑ８６ＳＵ０＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿７８７１２０（配列番号２１）に対する、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７タンパク質の比較アライメントを示す。
【図１６Ｃ】図１６Ｃは、公知のＩＬＤＲ１タンパク質Ｑ８６ＳＵ０＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿７８７１２０（配列番号２１）に対する、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１タンパク質の比較アライメントを示す。
【図１７】図１７は、正常および癌性卵巣組織における、配列名ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇｌ８ｗｔ（配列番号１９９）で示されるアンプリコンによって検出可能である、免疫グロブリン様領域含有受容体１（ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ−ｌｉｋｅ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  １）（ＩＬＤＲ１）ＡＡ４２４８３９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図１８】図１８は、様々な正常組織における、配列名ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇｌ８ｗｔ（配列番号１９９）で示されるアンプリコンによって検出可能である、免疫グロブリン様領域含有受容体１（ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ−ｌｉｋｅ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  １）（ＩＬＤＲ１）ＡＡ４２４８３９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図１９】図１９は、正常および癌性卵巣組織における、配列名ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇｌ４−１６（配列番号２０２）で示されるアンプリコンによって検出可能である、免疫グロブリン様領域含有受容体１（ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ−ｌｉｋｅ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  １）（ＩＬＤＲ１）ＡＡ４２４８３９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図２０】図２０は、様々な正常組織における、配列名ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇｌ４−１６（配列番号２０２）で示されるアンプリコンによって検出可能である、免疫グロブリン様領域含有受容体１（ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ−ｌｉｋｅ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  １）（ＩＬＤＲ１）ＡＡ４２４８３９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図２１】図２１は、血液特異的パネルにおける、配列名ＡＡ４２４８３９ｓｅｇｌｌ−１４Ｆ３Ｒ３（配列番号２０５）で示されるアンプリコンによって検出可能である、免疫グロブリン様領域含有受容体１（ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ−ｌｉｋｅ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  １）（ＩＬＤＲ１）ＡＡ４２４８３９転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図２２】図２２は、正常および癌性結腸組織における、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４−６Ｆ２Ｒ２（配列番号  ２０８）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図２３】図２３は、様々な正常組織における、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４−６Ｆ２Ｒ２（配列番号２０８）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図２４】図２４は、正常および癌性結腸組織における、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴ（配列番号２１１）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図２５】図２５は、様々な正常組織における、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴ（配列番号２１１）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図２６】図２６は、血液特異的パネルにおける、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４−６（配列番号２１４）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図２７】図２７は、血液特異的パネルにおける、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２−４ｓｅｇ５Ｆ２Ｒ２（配列番号２２０）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図２８】図２８は、正常および癌性結腸組織における、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２−４ｓｅｇ５Ｆ２Ｒ２（配列番号２２０）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図２９】図２９は、ＭＥＤディスカバリーエンジン（ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｅｎｇｉｎｅ）を用いるすべての組織および条件のバーチャルパネル上での、ＬＯＣ２５３０１２タンパク質をコードするＨ６８６５４転写産物の発現を示す散布図であり、正常肺試料と比較した肺癌におけるＨ６８６５４転写産物の過剰発現を示している。
【図３０Ａ】図３０Ａは、公知のＬＯＣ２５３０１２タンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）に対する、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３０Ｂ】図３０Ｂは、公知のＬＯＣ２５３０１２タンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）に対する、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３０Ｃ】図３０Ｃは、公知のＬＯＣ２５３０１２タンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）に対する、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３０Ｄ】図３０Ｄは、公知のＬＯＣ２５３０１２タンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）に対する、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３０Ｅ】図３０Ｅは、公知のＬＯＣ２５３０１２タンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）に対する、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３０Ｆ】図３０Ｆは、公知のＬＯＣ２５３０１２タンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）に対する、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３０Ｇ】図３０Ｇは、公知のＬＯＣ２５３０１２タンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）に対する、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３０Ｈ】図３０Ｈは、公知のＬＯＣ２５３０１２タンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）に対する、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３１】図３１は、正常および癌性肺組織における、配列名Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２Ｒ２（配列番号２２６）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図３２】図３２は、様々な正常組織における、配列名Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２Ｒ２（配列番号２２６）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図３３】図３３は、正常および癌性肺組織における、配列名Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７−１２ＷＴ（配列番号２２３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図３４】図３４は、様々な正常組織における、配列名Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７−１２ＷＴ（配列番号２２３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図３５Ａ】図３５Ａは、血液特異的パネルにおける、配列名Ｈ６８６５４ｓｅｇ３Ｆ２Ｒ２（配列番号２２６）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図３５Ｂ】図３５Ｂは、血液特異的パネルにおける、配列名Ｈ６８６５４ｓｅｇ７−１２Ｆ１Ｒ１（配列番号２２３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図３６】図３６は、正常および癌性肺組織における、配列名Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ０−３（配列番号２２９）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図３７】図３７は、正常および癌性肺組織における、配列名Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ２−３（配列番号２３２）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図３８Ａ】図３８Ａは、公知のＣ１ＯＲＦ３２タンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）に対する、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（図３８Ａ）タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３８Ｂ】図３８Ｂは、公知のＣ１ＯＲＦ３２タンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）に対する、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（図３８Ｂ）タンパク質の比較アライメントを示す。
【図３９】図３９は、正常および癌性結腸組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｓｅｇｌ３Ｆ２Ｒ２（配列番号２３５）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図４０】図４０は、正常および癌性肺組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｓｅｇｌ３Ｆ２Ｒ２（配列番号２３５）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図４１Ａ】図４１Ａは、様々な正常組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｓｅｇｌ３Ｆ２Ｒ２（配列番号２３５）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。図４１Ａは、結腸試料の中間値に相対的な各試料の発現を示す。
【図４１Ｂ】図４１Ｂは、様々な正常組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｓｅｇｌ３Ｆ２Ｒ２（配列番号２３５）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。図４１Ｂは、肺試料の中間値に相対的な各試料の発現を示す。
【図４２】図４２は、正常および癌性肺組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ８−１３ＦｌＲｌ（配列番号２３８）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図４３】図４３は、正常および癌性肺組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８−１０ｓｅｇｌ３（配列番号２４１）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図４４】図４４は、正常および癌性結腸組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８−１０ｓｅｇｌ３（配列番号２４１）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図４５Ａ】図４５Ａは、様々な正常組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８−１０ｓｅｇｌ３（配列番号２４１）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。図４５Ａは、結腸試料の中間値に相対的な各試料の発現を示す。
【図４５Ｂ】図４５Ｂは、様々な正常組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８−１０ｓｅｇｌ３（配列番号２４１）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。図４５Ｂは、肺試料の中間値に相対的な各試料の発現を示す。
【図４６】図４６は、血液特異的パネルにおける、配列名Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８−１０ｓｅｇｌ３（配列番号２４１）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図４７】図４７は、正常および癌性肺組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ６−１０ＦｌＲｌ（配列番号２４４）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図４８】図４８は、正常および癌性結腸組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ６−１０ＦｌＲｌ（配列番号２４４）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、染色体１オープンリーディングフレーム３２（ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ３２）、Ｈ１９０１１  転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図４９Ａ】図４９Ａは、公知のＦＸＹＤ３タンパク質ＮＰ＿０６８７１０（配列番号７１）、ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）、ＮＰ＿００５９６２およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）に対する、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４タンパク質の比較アライメントを示す。
【図４９Ｂ】図４９Ｂは、公知のＦＸＹＤ３タンパク質ＮＰ＿０６８７１０（配列番号７１）、ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）、ＮＰ＿００５９６２およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）に対する、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１タンパク質の比較アライメントを示す。
【図４９Ｃ】図４９Ｃは、公知のＦＸＹＤ３タンパク質ＮＰ＿０６８７１０（配列番号７１）、ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）、ＮＰ＿００５９６２およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）に対する、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１タンパク質の比較アライメントを示す。
【図４９Ｄ】図４９Ｄは、公知のＦＸＹＤ３タンパク質ＮＰ＿０６８７１０（配列番号７１）、ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）、ＮＰ＿００５９６２およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）に対する、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３タンパク質の比較アライメントを示す。
【図４９Ｅ】図４９Ｅは、公知のＦＸＹＤ３タンパク質ＮＰ＿０６８７１０（配列番号７１）、ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）、ＮＰ＿００５９６２およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）に対する、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３タンパク質の比較アライメントを示す。
【図５０】図５０は、正常および癌性卵巣組織における、配列名Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０−３３（配列番号２４７）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＦＸＹＤ３ドメイン含有イオン輸送レギュレータ３（ＦＸＹＤ３  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｉｏｎ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ３）Ｒ３１３７５転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図５１】図５１は、様々な正常組織における、配列名Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０−３３（配列番号２４７）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＦＸＹＤ３ドメイン含有イオン輸送レギュレータ３（ＦＸＹＤ３  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｉｏｎ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ３）Ｒ３１３７５転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図５２】図５２は、正常および癌性卵巣組織における、配列名Ｒ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４−３７（配列番号２５０）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＦＸＹＤ３ドメイン含有イオン輸送レギュレータ３（ＦＸＹＤ３  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｉｏｎ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ３）Ｒ３１３７５転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図５３】図５３は、様々な正常組織における、配列名Ｒ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４−３７（配列番号２５０）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＦＸＹＤ３ドメイン含有イオン輸送レギュレータ３（ＦＸＹＤ３  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｉｏｎ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ３）Ｒ３１３７５転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図５４】図５４は、正常および癌性卵巣組織における、配列名Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０−２２ｓｅｇ３０Ｆ６Ｒ６（配列番号２５３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＦＸＹＤ３ドメイン含有イオン輸送レギュレータ３（ＦＸＹＤ３  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｉｏｎ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ３）Ｒ３１３７５転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図５５】図５５は、様々な正常組織における、配列名Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０−２２ｓｅｇ３０Ｆ６Ｒ６（配列番号２５３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＦＸＹＤ３ドメイン含有イオン輸送レギュレータ３（ＦＸＹＤ３  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｉｏｎ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ３）Ｒ３１３７５転写産物の発現を示すヒストグラムを表す。
【図５６Ａ】図５６Ａは、組み換え完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦのヌクレオチド配列を表す。候補の完全長配列に相当する遺伝子特有の配列は太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰ／サイレンス変異は下線が引かれている。図５６Ａは、ＦＸＹＤ３＿Ｔ０＿Ｐ０＿ＥＧＦＰ  ＤＮＡ（９９６ｂｐ）（配列番号７７）の完全長＿ＥＧＦＰ  ＯＲＦ核酸配列を表す。
【図５６Ｂ】図５６Ｂは、組み換え完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦのヌクレオチド配列を表す。候補の完全長配列に相当する遺伝子特有の配列は太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰ／サイレンス変異は下線が引かれている。図５６Ｂは、ＦＸＹＤ３＿Ｔ２５＿Ｐ１４＿ＥＧＦＰ  ＤＮＡ（１０８３ｂｐ）（配列番号７８）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦ核酸配列を表す。
【図５６Ｃ】図５６Ｃは、組み換え完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦのヌクレオチド配列を表す。候補の完全長配列に相当する遺伝子特有の配列は太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰ／サイレンス変異は下線が引かれている。図５６Ｃは、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０＿Ｐ０＿ＥＧＦＰ  ＤＮＡ（１３７１ｂｐ）（配列番号７９）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦ核酸配列を表す。
【図５６Ｄ】図５６Ｄは、組み換え完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦのヌクレオチド配列を表す。候補の完全長配列に相当する遺伝子特有の配列は太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰ／サイレンス変異は下線が引かれている。図５６Ｄは、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ１＿Ｐ１＿ＥＧＦＰ  ＤＮＡ（１３３２ｂｐ）（配列番号８０）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦ核酸配列を表す。
【図５６Ｅ】図５６Ｅは、組み換え完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦのヌクレオチド配列を表す。候補の完全長配列に相当する遺伝子特有の配列は太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰ／サイレンス変異は下線が引かれている。図５６Ｅは、Ｃ１ＯＲＦ３２＿Ｔ８＿Ｐ８＿ＥＧＦＰ  ＤＮＡ（１５３３ｂｐ）（配列番号８１）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦ核酸配列を表す。
【図５６Ｆ】図５６Ｆは、組み換え完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦのヌクレオチド配列を表す。候補の完全長配列に相当する遺伝子特有の配列は太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰ／サイレンス変異は下線が引かれている。図５６Ｆは、ＬＯＣ２５３０１２＿Ｔ４＿Ｐ５＿ＥＧＦＰ  ＤＮＡ（２０８５ｂｐ）（配列番号８２）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦ核酸配列を表す。
【図５６Ｇ】図５６Ａ−５６Ｊは、組み換え完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦのヌクレオチド配列を表す。候補の完全長配列に相当する遺伝子特有の配列は太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰ／サイレンス変異は下線が引かれている。図５６Ｇは、ＩＬＤＲ１＿Ｔ０＿Ｐ３＿ＥＧＦＰ  ＤＮＡ（２３７３ｂｐ）（配列番号８３）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦ核酸配列を表す。
【図５６Ｈ】図５６Ｈは、組み換え完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦのヌクレオチド配列を表す。候補の完全長配列に相当する遺伝子特有の配列は太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰ／サイレンス変異は下線が引かれている。図５６Ｈは、ＩＬＤＲ１＿Ｔ２＿Ｐ５＿ＥＧＦＰ  ＤＮＡ（２２４１ｂｐ）（配列番号８４）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦ核酸配列を表す。
【図５６Ｉ】図５６Ｉは、組み換え完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦのヌクレオチド配列を表す。候補の完全長配列に相当する遺伝子特有の配列は太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰ／サイレンス変異は下線が引かれている。図５６Ｉは、ＶＳＩＧ１＿Ｔ６＿Ｐ５＿ＥＧＦＰ  ＤＮＡ（２０８２ｂｐ）（配列番号８５）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦ核酸配列を表す。図５６Ｊは、ＶＳＩＧ１＿Ｔ５＿Ｐ４＿ＥＧＦＰ  ＤＮＡ（２００４ｂｐ）（配列番号８６）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦ核酸配列を表す。
【図５６Ｊ】図５６Ｊは、組み換え完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦのヌクレオチド配列を表す。候補の完全長配列に相当する遺伝子特有の配列は太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰ／サイレンス変異は下線が引かれている。図５６Ｊは、ＶＳＩＧ１＿Ｔ５＿Ｐ４＿ＥＧＦＰ  ＤＮＡ（２００４ｂｐ）（配列番号８６）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦ核酸配列を表す。
【図５７Ａ】図５７Ａは、発明の完全長ＥＧＦＰ融合タンパク質の配列を表す。タンパク質の完全長配列に相当する候補の特有の配列は、太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は、太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰにより改変されたアミノ酸は、下線が引かれている。図５７Ａは、ＦＸＹＤ３＿Ｐ０＿ＥＧＦＰタンパク質（３３１ａａ）（配列番号８７）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦアミノ酸配列を表す。
【図５７Ｂ】図５７Ｂは、発明の完全長ＥＧＦＰ融合タンパク質の配列を表す。タンパク質の完全長配列に相当する候補の特有の配列は、太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は、太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰにより改変されたアミノ酸は、下線が引かれている。図５７Ｂは、ＦＸＹＤ３＿Ｐ１４＿ＥＧＦＰタンパク質（３６０ａａ）（配列番号８８）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦアミノ酸配列を表す。
【図５７Ｃ】図５７Ｃは、発明の完全長ＥＧＦＰ融合タンパク質の配列を表す。タンパク質の完全長配列に相当する候補の特有の配列は、太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は、太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰにより改変されたアミノ酸は、下線が引かれている。図５７Ｃは、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０＿ＥＧＦＰタンパク質（４５６ａａ）（配列番号８９）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦアミノ酸配列を表す。
【図５７Ｄ】図５７Ｄは、発明の完全長ＥＧＦＰ融合タンパク質の配列を表す。タンパク質の完全長配列に相当する候補の特有の配列は、太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は、太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰにより改変されたアミノ酸は、下線が引かれている。図５７Ｄは、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１＿ＥＧＦＰタンパク質（４４３ａａ）（配列番号９０）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦアミノ酸配列を表す。
【図５７Ｅ】図５７Ｅは、発明の完全長ＥＧＦＰ融合タンパク質の配列を表す。タンパク質の完全長配列に相当する候補の特有の配列は、太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は、太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰにより改変されたアミノ酸は、下線が引かれている。図５７Ｅは、Ｃ１ＯＲＦ３２＿Ｐ８＿ＥＧＦＰタンパク質（５１０ａａ）（配列番号９１）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦアミノ酸配列を表す。
【図５７Ｆ】図５７Ｆは、発明の完全長ＥＧＦＰ融合タンパク質の配列を表す。タンパク質の完全長配列に相当する候補の特有の配列は、太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は、太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰにより改変されたアミノ酸は、下線が引かれている。図５７Ｆは、ＬＯＣ２５３０１２＿Ｐ５＿ＥＧＦＰタンパク質（６９４ａａ）（配列番号９２）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦアミノ酸配列を表す。
【図５７Ｇ】図５７Ｇは、発明の完全長ＥＧＦＰ融合タンパク質の配列を表す。タンパク質の完全長配列に相当する候補の特有の配列は、太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は、太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰにより改変されたアミノ酸は、下線が引かれている。図５７Ｇは、ＩＬＤＲ１＿Ｐ３＿ＥＧＦＰタンパク質（７９０ａａ）（配列番号９３）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦアミノ酸配列を表す。
【図５７Ｈ】図５７Ｈは、発明の完全長ＥＧＦＰ融合タンパク質の配列を表す。タンパク質の完全長配列に相当する候補の特有の配列は、太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は、太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰにより改変されたアミノ酸は、下線が引かれている。図５７Ｈは、ＩＬＤＲ１＿Ｐ５＿ＥＧＦＰタンパク質（７４６ａａ）（配列番号９４）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦアミノ酸配列を表す。
【図５７Ｉ】図５７Ｉは、発明の完全長ＥＧＦＰ融合タンパク質の配列を表す。タンパク質の完全長配列に相当する候補の特有の配列は、太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は、太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰにより改変されたアミノ酸は、下線が引かれている。図５７Ｉは、ＶＳＩＧ１＿Ｐ５＿ＥＧＦＰタンパク質（６９３ａａ）（配列番号９５）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦアミノ酸配列を表す。
【図５７Ｊ】図５７Ｊは、発明の完全長ＥＧＦＰ融合タンパク質の配列を表す。タンパク質の完全長配列に相当する候補の特有の配列は、太字で示されており、ＥＧＦＰ配列は、太字でないイタリックであり、公知のＳＮＰにより改変されたアミノ酸は、下線が引かれている。図５７Ｊは、ＶＳＩＧ１＿Ｐ４＿ＥＧＦＰタンパク質（６６７ａａ）（配列番号９６）の完全長ＥＧＦＰ  ＯＲＦアミノ酸配列を表す。
【図５８Ａ】図５８Ａは、発明のタンパク質の細胞膜への局在を示す。図５８Ａは、ＡＩ２１６６１１−ＥＧＦＰ＿Ｔ０＿Ｐ０およびＡＩ２１６６１１−ＥＧＦＰ＿Ｔ１＿Ｐ１タンパク質の細胞内局在を示す。図５８Ｄは、ＬＯＣ２５３０１２−ＥＧＦＰ＿Ｔ４＿Ｐ５タンパク質の細胞内局在を示す。図５８Ｅは、ＶＳＩＧ１−ＥＧＦＰ＿Ｔ６＿Ｐ５およびＶＳＩＧ１−ＥＧＦＰ＿Ｔ５＿Ｐ４タンパク質の細胞内局在を示す。図５８Ｆは、ＩＬＤＲ１−ＥＧＦＰ＿Ｔ０＿Ｐ３およびＩＬＤＲ１−ＥＧＦＰ＿Ｔ２＿Ｐ５タンパク質の細胞内局在を示す。すべてのイメージは、共焦点顕微鏡の対象４０倍（４Ｏｘ）を用いて得られた。
【図５８Ｂ】図５８Ｂは、発明のタンパク質の細胞膜への局在を示す。図５８Ｂは、ＦＸＹＤ３−ＥＧＦＰ＿Ｔ０＿Ｐ０およびＦＸＹＤ３−ＥＧＦＰ＿Ｔ２５＿Ｐ１４タンパク質の細胞内局在を示す。すべてのイメージは、共焦点顕微鏡の対象４０倍（４Ｏｘ）を用いて得られた。
【図５８Ｃ】図５８Ｃは、発明のタンパク質の細胞膜への局在を示す。図５８Ｃは、Ｃ１ＯＲＦ３２−ＥＧＦＰ＿Ｔ８＿Ｐ８タンパク質の細胞内局在を示す。すべてのイメージは、共焦点顕微鏡の対象４０倍（４Ｏｘ）を用いて得られた。
【図５８Ｄ】図５８Ｄは、発明のタンパク質の細胞膜への局在を示す。図５８Ｄは、ＬＯＣ２５３０１２−ＥＧＦＰ＿Ｔ４＿Ｐ５タンパク質の細胞内局在を示す。すべてのイメージは、共焦点顕微鏡の対象４０倍（４Ｏｘ）を用いて得られた。
【図５８Ｅ】図５８Ｅは、発明のタンパク質の細胞膜への局在を示す。図５８Ｅは、ＶＳＩＧ１−ＥＧＦＰ＿Ｔ６＿Ｐ５およびＶＳＩＧ１−ＥＧＦＰ＿Ｔ５＿Ｐ４タンパク質の細胞内局在を示す。すべてのイメージは、共焦点顕微鏡の対象４０倍（４Ｏｘ）を用いて得られた。
【図５８Ｆ】図５８Ｆは、発明のタンパク質の細胞膜への局在を示す。図５８Ｆは、ＩＬＤＲ１−ＥＧＦＰ＿Ｔ０＿Ｐ３およびＩＬＤＲ１−ＥＧＦＰ＿Ｔ２＿Ｐ５タンパク質の細胞内局在を示す。すべてのイメージは、共焦点顕微鏡の対象４０倍（４Ｏｘ）を用いて得られた。
【図５９Ａ】図５９Ａは、マウスＦｃ：ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＯＲＦに融合された、本発明の候補タンパク質の細胞外領域のヌクレオチド配列を表す。ＥＣＤ配列に相当する、候補のタンパク質特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は太字のイタリックである。図５９Ａは、ＦＸＹＤ３＿Ｔ２５＿Ｐ１４＿ＥＣＤ−ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（９２４ｂｐ）（配列番号９７）を示す。
【図５９Ｂ】図５９Ｂは、マウスＦｃ：ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＯＲＦに融合された、本発明の候補タンパク質の細胞外領域のヌクレオチド配列を表す。ＥＣＤ配列に相当する、候補のタンパク質特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は太字のイタリックである。図５９Ｂは、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０＿Ｐ０＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（１１７０ｂｐ）（配列番号９８）を示す。
【図５９Ｃ】図５９Ｃは、マウスＦｃ：ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＯＲＦに融合された、本発明の候補タンパク質の細胞外領域のヌクレオチド配列を表す。ＥＣＤ配列に相当する、候補のタンパク質特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は太字のイタリックである。図５９Ｃは、Ｃ１ＯＲＦ３２＿Ｔ８＿Ｐ８＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（１２８７ｂｐ）（配列番号９９）を示す。
【図５９Ｄ】図５９Ｄは、マウスＦｃ：ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＯＲＦに融合された、本発明の候補タンパク質の細胞外領域のヌクレオチド配列を表す。ＥＣＤ配列に相当する、候補のタンパク質特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は太字のイタリックである。図５９Ｄは、ＬＯＣ２５３０１２＿Ｔ４＿Ｐ５＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（１７４０ｂｐ）（配列番号１００）を示す。
【図５９Ｅ】図５９Ｅは、マウスＦｃ：ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＯＲＦに融合された、本発明の候補タンパク質の細胞外領域のヌクレオチド配列を表す。ＥＣＤ配列に相当する、候補のタンパク質特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は太字のイタリックである。図５９Ｅは、ＩＬＤＲ１＿Ｔ０＿Ｐ３＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（１１６７ｂｐ）（配列番号１０１）を示す。
【図５９Ｆ】図５９Ｆは、マウスＦｃ：ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＯＲＦに融合された、本発明の候補タンパク質の細胞外領域のヌクレオチド配列を表す。ＥＣＤ配列に相当する、候補のタンパク質特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は太字のイタリックである。図５９Ｆは、ＶＳＩＧ１＿Ｔ６＿Ｐ５＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（１６４１ｂｐ）（配列番号１０２）を示す。
【図６０Ａ】図６０Ａは、ＥＣＤ＿ｍＦｃ融合タンパク質のアミノ酸配列を示す。ＥＣＤ配列に相当する候補タンパク質の特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は、太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は、太字イタリックである。図６０Ａは、ＦＸＹＤ３＿Ｔ２５＿Ｐ１４＿ＥＣＤ−ｍＦｃアミノ酸配列（３０７ａａ）（配列番号１０３）を示す。
【図６０Ｂ】図６０Ｂは、ＥＣＤ＿ｍＦｃ融合タンパク質のアミノ酸配列を示す。ＥＣＤ配列に相当する候補タンパク質の特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は、太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は、太字イタリックである。図６０Ｂは、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０＿Ｐ０＿ＥＣＤ＿ｍＦｃアミノ酸配列（３８９ａａ）（配列番号１０４）を示す。
【図６０Ｃ】図６０Ｃは、ＥＣＤ＿ｍＦｃ融合タンパク質のアミノ酸配列を示す。ＥＣＤ配列に相当する候補タンパク質の特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は、太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は、太字イタリックである。図６０Ｃは、Ｃ１ＯＲＦ３２＿Ｔ８＿Ｐ８＿ＥＣＤ＿ｍＦｃアミノ酸配列（４２８ａａ）（配列番号１０５）を示す。
【図６０Ｄ】図６０Ｄは、ＥＣＤ＿ｍＦｃ融合タンパク質のアミノ酸配列を示す。ＥＣＤ配列に相当する候補タンパク質の特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は、太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は、太字イタリックである。図６０Ｄは、ＬＯＣ２５３０１２＿Ｔ４＿Ｐ５＿ＥＣＤ＿ｍＦｃアミノ酸配列（５７９ａａ）（配列番号１０６）を示す。
【図６０Ｅ】図６０Ｅは、ＥＣＤ＿ｍＦｃ融合タンパク質のアミノ酸配列を示す。ＥＣＤ配列に相当する候補タンパク質の特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は、太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は、太字イタリックである。図６０Ｅは、ＩＬＤＲ１＿Ｔ０＿Ｐ３＿ＥＣＤ＿ｍＦｃアミノ酸配列（３８８ａａ）（配列番号１０７）を示す。
【図６０Ｆ】図６０Ｆは、ＥＣＤ＿ｍＦｃ融合タンパク質のアミノ酸配列を示す。ＥＣＤ配列に相当する候補タンパク質の特有の配列は、太字で示され、ＴＥＶ切断部位配列は、下線が引かれ、ｍＦｃ配列は、太字でないイタリック、およびＩＬ６ｓｐ配列は、太字イタリックである。図６０Ｆは、ＶＳＩＧ１＿Ｔ６＿Ｐ５＿ＥＣＤ＿ｍＦｃアミノ酸配列（５４６ａａ）（配列番号１０８）を示す。
【図６１】図６１は、発現されたＦＸＹＤ３＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０３）、ＡＩ２１６６１１  ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０４）、Ｃ１ＯＲＦ３２＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０５）、ＬＯＣ２５３０１２＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０６）、ＩＬＤＲ１＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０７）、ＶＳＩＧ１＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０８）のウェスタンブロット分析の結果を示す。レーンは次の通りである。レーン１  分子量マーカー（Ａｍｅｒｓｈａｍ、ｆｕｌｌ  ｒａｎｇｅ  ｒａｎｂｏｗ、カタログ番号ＲＰＮ８００）、レーン２−ＬＯＣ２５３０１２＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ、レーン３−ＦＸＹＤ３＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ、レーン４−ＡＩ２１６６１１  ＥＣＤ＿ｍＦｃ、レーン５−Ｃ１ＯＲＦ３２＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ、レーン６−ＩＬＤＲ１＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ、レーン７−ＶＳＩＧ１＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ
【図６２Ａ】図６２Ａは、Ｆｃが融合されたＢ７様タンパク質ＥＣＤの休止Ｔ細胞、またはＣｏｎＡで様々な時間にわたって活性化されたＴ細胞に対する結合を表す。図６２Ａは、Ｆｃが融合されたＶＳＩＧ１  ＥＣＤの結合結果を示す。
【図６２Ｂ】図６２Ｂは、Ｆｃが融合されたＢ７様タンパク質ＥＣＤの休止Ｔ細胞、またはＣｏｎＡで様々な時間にわたって活性化されたＴ細胞に対する結合を表す。図６２Ｂは、Ｆｃが融合されたＬＯＣ２５３０１２の結合結果を示す。
【図６２Ｃ】図６２Ｃは、Ｆｃが融合されたＢ７様タンパク質ＥＣＤの休止Ｔ細胞、またはＣｏｎＡで様々な時間にわたって活性化されたＴ細胞に対する結合を表す。図６２Ｃは、Ｆｃが融合されたＣ１ＯＲＦ３２  ＥＣＤの結合結果を示す。
【図６２Ｄ】図６２Ｄは、Ｆｃが融合されたＢ７様タンパク質ＥＣＤの休止Ｔ細胞、またはＣｏｎＡで様々な時間にわたって活性化されたＴ細胞に対する結合を表す。図６２Ｄは、Ｆｃが融合されたＡＩ２１６６１１  ＥＣＤの結合結果を示す。
【図６２Ｅ】図６２Ｅは、Ｆｃが融合されたＢ７様タンパク質ＥＣＤの休止Ｔ細胞、またはＣｏｎＡで様々な時間にわたって活性化されたＴ細胞に対する結合を表す。図６２Ｅは、Ｆｃが融合されたＦＸＹＤ３  ＥＣＤの結合結果を示す。
【図６３】図６３は、Ｆｃが融合するＢ７様タンパク質  ＥＣＤの活性化されたＴ細胞への結合の用量応答を表す。精製されたＴ細胞は、４８時間培養された。ＣｏｎＡは、最後の２４時間加えられた。次いで、細胞は採取され、Ｆｃが融合されたＶＳＩＧ１、ＬＯＣ２５３０１２、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＡＩ２１６６１１、ＩＬＤＲ１またはＦＸＹＤ３  ＥＣＤの増加する濃度（３、６、１２、２５および５０μｇ／ｍｌ）で染められた。ネガティブコントロールとして、マウスＩｇＧ２ａが同じ濃度で用いられた。
【図６４Ａ】図６４Ａは、ＥＣＤ−Ｆｃ融合タンパク質の、抗ＣＤ３Ａｂで活性化した際の、Ｔ細胞増殖またはＩＬ−２分泌への効果を表す。図６４Ａは、ＢｒｄＵ取り込みのレベルを示す。
【図６４Ｂ】図６４Ｂは、ＥＣＤ−Ｆｃ融合タンパク質の、抗ＣＤ３Ａｂで活性化した際の、Ｔ細胞増殖またはＩＬ−２分泌への効果を表す。図６４Ｂは、ＩＬ−２分泌のレベルを示す。
【図６５Ａ】図６５Ａは、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、ＦＸＹＤ３またはＣ１ＯＲＦ３２のＦｃが融合されたＥＣＤのリンパ球に対する結合を図解する。
【図６５Ｂ】図６５Ｂは、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、ＦＸＹＤ３またはＣ１ＯＲＦ３２のＦｃが融合されたＥＣＤのリンパ球に対する結合を図解する。
【図６６Ａ】図６６Ａは、ＩＬＤＲ１、Ｃ１ＯＲＦ３２およびＡＩ２１６６１１のＦｃが融合されたＥＣＤのＣＤ４＋Ｔ細胞に対する結合を図解する。
【図６６Ｂ】図６６Ｂは、ＩＬＤＲ１、Ｃ１ＯＲＦ３２およびＡＩ２１６６１１のＦｃが融合されたＥＣＤのＣＤ４＋Ｔ細胞に対する結合を図解する。
【図６７Ａ】図６７は、Ｂ７様タンパク質の、Ｔ細胞活性化における効果を示す。「ＣＤ３」は、共刺激分子の存在なしでＣＤ３のみを意味する。「ＣＤ３＋Ｂ７．２」は、ＣＤ３＋公知のＢ７刺激コントロール、Ｂ７．２を意味する。「ＣＤ３＋Ｂ７Ｈ４」は、ＣＤ３およびＢ７Ｈ４、公知のＢ７阻害コントロールを意味する。「ＣＤ３＋Ｂ７Ｈ３」は、ＣＤ３およびＢ７Ｈ３、公知のＢ７刺激タンパク質を意味する。「ＣＤ３＋７０２」は、ＣＤ３＋ＬＯＣ２５３０１２−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０６）を意味する。「ＣＤ３＋７２１」は、ＣＤ３＋ＡＩ２１６６１１−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０４）を意味する。「ＣＤ３＋７５４」は、ＣＤ３＋Ｃ１ＯＲＦ３２−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０５）を意味する。「ＣＤ３＋７６８」は、ＣＤ３＋ＶＳＩＧ１−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０８）を意味する。「ＣＤ３＋７７０」は、ＣＤ３＋ＩＬＤＲ１−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０７）を意味する。「ＣＤ３＋７８９」は、ＣＤ３＋ＦＸＹＤ３−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０３）を意味する。図６７Ａ、ＢおよびＣは、異なる３ドナーの３つの異なる実験を表す。
【図６７Ｂ】図６７は、Ｂ７様タンパク質の、Ｔ細胞活性化における効果を示す。「ＣＤ３」は、共刺激分子の存在なしでＣＤ３のみを意味する。「ＣＤ３＋Ｂ７．２」は、ＣＤ３＋公知のＢ７刺激コントロール、Ｂ７．２を意味する。「ＣＤ３＋Ｂ７Ｈ４」は、ＣＤ３およびＢ７Ｈ４、公知のＢ７阻害コントロールを意味する。「ＣＤ３＋Ｂ７Ｈ３」は、ＣＤ３およびＢ７Ｈ３、公知のＢ７刺激タンパク質を意味する。「ＣＤ３＋７０２」は、ＣＤ３＋ＬＯＣ２５３０１２−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０６）を意味する。「ＣＤ３＋７２１」は、ＣＤ３＋ＡＩ２１６６１１−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０４）を意味する。「ＣＤ３＋７５４」は、ＣＤ３＋Ｃ１ＯＲＦ３２−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０５）を意味する。「ＣＤ３＋７６８」は、ＣＤ３＋ＶＳＩＧ１−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０８）を意味する。「ＣＤ３＋７７０」は、ＣＤ３＋ＩＬＤＲ１−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０７）を意味する。「ＣＤ３＋７８９」は、ＣＤ３＋ＦＸＹＤ３−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０３）を意味する。図６７Ａ、ＢおよびＣは、異なる３ドナーの３つの異なる実験を表す。
【図６７Ｃ】図６７は、Ｂ７様タンパク質の、Ｔ細胞活性化における効果を示す。「ＣＤ３」は、共刺激分子の存在なしでＣＤ３のみを意味する。「ＣＤ３＋Ｂ７．２」は、ＣＤ３＋公知のＢ７刺激コントロール、Ｂ７．２を意味する。「ＣＤ３＋Ｂ７Ｈ４」は、ＣＤ３およびＢ７Ｈ４、公知のＢ７阻害コントロールを意味する。「ＣＤ３＋Ｂ７Ｈ３」は、ＣＤ３およびＢ７Ｈ３、公知のＢ７刺激タンパク質を意味する。「ＣＤ３＋７０２」は、ＣＤ３＋ＬＯＣ２５３０１２−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０６）を意味する。「ＣＤ３＋７２１」は、ＣＤ３＋ＡＩ２１６６１１−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０４）を意味する。「ＣＤ３＋７５４」は、ＣＤ３＋Ｃ１ＯＲＦ３２−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０５）を意味する。「ＣＤ３＋７６８」は、ＣＤ３＋ＶＳＩＧ１−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０８）を意味する。「ＣＤ３＋７７０」は、ＣＤ３＋ＩＬＤＲ１−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０７）を意味する。「ＣＤ３＋７８９」は、ＣＤ３＋ＦＸＹＤ３−ＥＣＤ−Ｆｃ融合（配列番号１０３）を意味する。図６７Ａ、ＢおよびＣは、異なる３ドナーの３つの異なる実験を表す。
【図６８Ａ】図６８Ａは、ＩＬＤＲ１−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０７）、Ｃ１ＯＲＦ３２−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０５）、ＡＩ２１６６１１−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０４）、ＬＯＣ２５３０１２−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０６）、ＦＸＹＤ３−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０３）およびＶＳＩＧ１−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０８）の休止Ｂ細胞に対する結合のＦＡＣＳの結果を表す。
【図６８Ｂ】図６８Ｂは、ＩＬＤＲ１−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０７）、Ｃ１ＯＲＦ３２−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０５）、ＡＩ２１６６１１−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０４）、ＬＯＣ２５３０１２−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０６）、ＦＸＹＤ３−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０３）およびＶＳＩＧ１−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０８）の活性化Ｂ細胞に対する結合のＦＡＣＳの結果を表す
【図６８Ｃ】図６８Ｃは、ＩＬＤＲ１−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０７）、Ｃ１ＯＲＦ３２−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０５）、ＡＩ２１６６１１−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０４）、ＬＯＣ２５３０１２−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０６）、ＦＸＹＤ３−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０３）およびＶＳＩＧ１−ＥＣＤ−Ｆｃ（配列番号１０８）のＢリンパ腫細胞株に対する結合のＦＡＣＳの結果を表す。
【図６９】図６９は、ＡＩ２１６６１１およびＢ７Ｈ４の間の相互作用を示すＢＩＡＣＯＲＥ結果を示す。
【発明を実施するための形態】
【０２６５】
本発明は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３と呼ばれる抗原のいずれか１つ、その対応する核酸配列および一部およびその変異体および含有抱合体、並びに、治療または診断標的としてのその利用に関する。特に、本発明は、この抗原およびその個々の部分を、薬剤標的として、治療用小分子、ペプチド、抗体、アンチセンスＲＮＡｓ、ｓｉＲＮＡ、リボザイムなどに用いる。より具体的に、本発明は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３および部分およびその変異体に結合する、診断および治療ポリクローナルおよびモノクローナル抗体およびその断片、特に、細胞外領域または部分またはその変異体を標的にするもの、特に、抗原ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）およびその変異体に特異的に結合する、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３によって誘発される活性を促進または阻害するものを含む、例えばＢ７関連共刺激などの免疫共刺激の調節に関するものを含む、ヒトまたはキメラモノクローナル抗体に関する。
【０２６６】
ある実施形態では、本発明の抗体は、特定の重鎖および軽鎖生殖細胞系配列由来であり、並びに／または、特定のアミノ酸配列を含むＣＤＲ領域などの特定の構造的特徴を含む。本発明は、単離された抗体、そのような抗体を作成する方法、そのような抗体を含む免疫抱合体および二重特異性分子、並びに本発明の抗体、免疫抱合体または二重特異性分子を含む医薬および診断組成物を提供する。
【０２６７】
本発明はまた、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３を検出するための、並びにＶＳＩＧ１を差次的に発現する悪性腫瘍などの、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３の発現に関連する疾患を治療するための抗体および断片を用いる生体外および生体内の方法に関する。本発明はさらに、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３に特異的な抗体および断片を用いる、自己免疫不全疾患並びに生体移植および移植片体宿主病を治療するための方法に関する。従って、本発明はまた、本発明の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、抗ＦＸＹＤ３抗体およびＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３を調節する他の薬剤を用いる、悪性腫瘍を治療するための方法を提供する。それは、例えば、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌を含む、非転移性、浸潤性または転移性であり得る、肺癌、卵巣癌、結腸癌、非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍の治療などである。本発明は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３を調節する、本発明の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、抗ＦＸＹＤ３抗体および他の薬剤を用いる、限定はされないが、自己免疫不全疾患、移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む、免疫不全疾患などの非悪性障害を治療するための方法をさらに供給する。好ましくは、これら抗体は、癌細胞などの標的細胞に対するＡＤＣＣまたはＣＤＣ活性をもつであろう。
【０２６８】
また、本発明は、免疫療法において利用するための、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３抗原、およびＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３の細胞外領域を含有する可溶性ポリペプチド抱合体を含むその抗原の一部、並びに／若しくは、対応するＤＮＡまたはベクター若しくはそれを発現する細胞に関する。さらに、本発明は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３抗原並びに個々の部分およびその変異体の発現のための、ベクター、含有細胞並びにその利用を提供する。また、本発明は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３関連活性に特異的に結合および／または調節するペプチド、アンチセンスＲＮＡ、ｓｉＲＮＡｓ、炭水化物および他の小分子などの、非抗体に基づいたＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３調節剤を提供する。
【０２６９】
本発明がより容易に理解され得るために、いくつかの用語を最初に定義する。さらなる定義は、詳細な説明を通して、記載される。
【０２７０】
ＶＳＩＧ１という語は、本明細書で報告される、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ０（配列番号１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１（配列番号２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ２（配列番号３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ３（配列番号４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ４（配列番号５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ５（配列番号６）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ６（配列番号７）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ８（配列番号８）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１０（配列番号９）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１１（配列番号１０）転写産物のいずれか１つによってコードされるタンパク質を指し、特に、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）のいずれか１つに記載の、例えば、非転移性、浸潤性、または転移性であり得る、肺癌および卵巣癌などの癌、並びに、限定はされないが、自己免疫疾患、移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む免疫不全疾患などの非悪性障害に差次的に発現するタンパク質およびその変異体を指す。
【０２７１】
ＩＬＤＲ１という語は、本明細書で報告される、ＡＡ４２４８３９＿Ｔ０（配列番号１７）、ＡＡ４２４８３９＿Ｔ２（配列番号１８）、ＡＡ４２４８３９＿Ｔ４（配列番号１９）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｔ７（配列番号２０）転写産物のいずれか１つによってコードされるタンパク質を指し、特に、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）、ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）のいずれか１つに記載の、例えば、非転移性、浸潤性、または転移性であり得る、結腸癌および卵巣癌などの癌、並びに、限定はされないが、自己免疫疾患、移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む免疫不全疾患などの非悪性障害に差次的に発現するタンパク質およびその変異体を指す。
【０２７２】
ＬＯＣ２５３０１２という語は、本明細書で報告される、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ０（配列番号２５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ４（配列番号２６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ５（配列番号２７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ８（配列番号２８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１５（配列番号２９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１６（配列番号３０）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１７（ＳＥＱＩＤＮＯ．３１）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１８（配列番号３２）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１９（配列番号３３）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ２０（配列番号３４）転写産物のいずれか１つによってコードされるタンパク質を指し、特に、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）のいずれか１つに記載の、例えば、非転移性、浸潤性、または転移性であり得る、肺癌、特に小細胞肺癌、などの癌、並びに、限定はされないが、自己免疫疾患、移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む免疫不全疾患などの非悪性障害に差次的に発現するタンパク質およびその変異体を指す。
【０２７３】
ＡＩ２１６６１１という語は、本明細書で報告される、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０（配列番号４１）、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ１（配列番号４２）転写産物のいずれか１つによってコードされるタンパク質を指し、特に、ＡＩ２１６６１１＿ＰＯ（配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（ＳＥＱＩＤＮＯ．４４）のいずれか１つに記載の、例えば、非転移性、浸潤性、または転移性であり得る、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓および脳の癌を含む、非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍などの癌、並びに、限定はされないが、自己免疫疾患、移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む免疫不全疾患などの非悪性障害に差次的に発現するタンパク質およびその変異体を指す。
【０２７４】
Ｃ１ＯＲＦ３２という語は、本明細書で報告される、Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ８（配列番号４５）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ９（配列番号４６）転写産物のいずれか１つによってコードされるタンパク質を指し、特に、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のいずれか１つに記載の、例えば、非転移性、浸潤性、または転移性であり得る、肺癌、特に小細胞肺癌などの癌、並びに、限定はされないが、自己免疫疾患、移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む免疫不全疾患などの非悪性障害に差次的に発現するタンパク質およびその変異体を指す。
【０２７５】
ＦＸＹＤ３という語は、本明細書で報告される、Ｒ３１３７５＿Ｔ０（配列番号５１）；Ｒ３１３７５＿Ｔ１（配列番号５２）；Ｒ３１３７５＿Ｔ１０（配列番号６１）；Ｒ３１３７５＿Ｔ１１（配列番号６２）；Ｒ３１３７５＿Ｔ１２（配列番号６３）；Ｒ３１３７５＿Ｔ１３（配列番号６４）；Ｒ３１３７５＿Ｔ２（配列番号５３）；Ｒ３１３７５＿Ｔ３（配列番号５４）；Ｒ３１３７５＿Ｔ４（ＳＥＱＩＤＮＯ：５５）；Ｒ３１３７５＿Ｔ５（配列番号５６）；Ｒ３１３７５＿Ｔ６（配列番号５７）；Ｒ３１３７５＿Ｔ７（配列番号５８）；Ｒ３１３７５＿Ｔ８（配列番号５９）；Ｒ３１３７５＿Ｔ９（配列番号６０）：Ｒ３１３７５＿Ｔ１９（配列番号６５）；Ｒ３１３７５＿Ｔ２５（配列番号６６）；Ｒ３１３７５＿Ｔ２６（配列番号６７）；Ｒ３１３７５＿Ｔ２９（配列番号６８）；Ｒ３１３７５＿Ｔ３９（配列番号６９）転写産物のいずれか１つによってコードされるタンパク質を指し、特に、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）のいずれか１つに記載の、例えば、非転移性、浸潤性、または転移性であり得る、卵巣癌、並びに、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓および脳の癌を含む、非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍などの癌に差次的に発現するタンパク質およびその変異体を指す。
【０２７６】
好ましくは、そのようなＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３の変異体は、それと少なくとも８０％の配列同一性をもち、より好ましくは少なくとも９０％の配列同一性およびさらに好ましくは少なくとも９５％の配列同一性をもつであろう。
【０２７７】
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２タンパク質のいずれか１つは、その領域の構造に基づいて、例えば、癌細胞に対して誘発されるＴ細胞応答を含むＢ７免疫共刺激に係り、および自己免疫効果を引き起こすなど免疫上の効果を誘発する免疫共刺激タンパク質、例えば、Ｂ７タンパク質ファミリーメンバーであると予想される。
【０２７８】
ＶＳＩＧ１の「可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）」または「細胞外領域」という語は、（ＶＳＩＧ１タンパク質のシグナルペプチドおよびＴＭを含まない）下記のポリペプチド配列または対応する核酸配列を指す。
【０２７９】
＞ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）残基２３から２３４（配列番号１３８）
【０２８０】
ＱＶＴＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰＧＮＡＳＩＴＩＳＨＭＱＰＡＤＳＧＩＹＩＣＤＶＮＮＰＰＤＦＬＧＱＮＱＧＩＬＮＶＳＶＬＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦＮＰＴＴＧＩＬＶＩＧＮＬＴＮＦＥＱＧＹＹＱＣＴＡＩＮＲＬＧＮＳＳＣＥＩＤＬＴＳＳＨＰＥＶＧ
【０２８１】
＞ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）残基２３から２７０（配列番号１３９）
【０２８２】
ＱＶＴＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳＨＳＳＣＬＳＴＥＧＭＥＥＫＡＶＧＱＣＬＫＭＴＨＶＲＤＡＲＧＲＣＳＷＴＳＥＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰＧＮＡＳＩＴＩＳＨＭＱＰＡＤＳＧＩＹＩＣＤＶＮＮＰＰＤＦＬＧＱＮＱＧＩＬＮＶＳＶＬＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦＮＰＴＴＧＩＬＶＩＧＮＬＴＮＦＥＱＧＹＹＱＣＴＡＩＮＲＬＧＮＳＳＣＥＩＤＬＴＳＳＨＰＥＶＧ
【０２８３】
＞ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）残基２３から２９６（配列番号１４０）
【０２８４】
ＱＶＴＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳＨＳＳＣＬＳＴＥＧＭＥＥＫＡＶＧＱＣＬＫＭＴＨＶＲＤＡＲＧＲＣＳＷＴＳＥＳＰＷＥＥＧＫＷＰＤＶＥＡＶＫＧＴＬＤＧＱＱＡＥＬＱＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰＧＮＡＳＩＴＩＳＨＭＱＰＡＤＳＧＩＹＩＣＤＶＮＮＰＰＤＦＬＧＱＮＱＧＩＬＮＶＳＶＬＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦＮＰＴＴＧＩＬＶＩＧＮＬＴＮＦＥＱＧＹＹＱＣＴＡＩＮＲＬＧＮＳＳＣＥＩＤＬＴＳＳＨＰＥＶＧ
【０２８５】
＞ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）残基２３から１９３（配列番号１４１）
【０２８６】
ＱＶＴＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦＮＰＴＴＧＩＬＶＩＧＮＬＴＮＦＥＱＧＹＹＱＣＴＡＩＮＲＬＧＮＳＳＣＥＩＤＬＴＳＳＨＰＥＶＧ
【０２８７】
＞ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）残基２３から２０３（配列番号１４２）
【０２８８】
ＱＶＴＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰＧＮＡＳＩＴＩＳＨＭＱＰＡＤＳＧＩＹＩＣＤＶＮＮＰＰＤＦＬＧＱＮＱＧＩＬＮＶＳＶＬＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦＴＮＨＲＤＦＧＨＷＫＳＤＫＦ
【０２８９】
＞ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）残基２３から２３１（配列番号１４３）
【０２９０】
ＱＶＴＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰＧＮＡＳＩＴＩＳＨＭＱＰＡＤＳＧＩＹＩＣＤＶＮＮＰＰＤＦＬＧＱＮＱＧＩＬＮＶＳＶＬＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦＮＰＴＴＧＩＬＶＩＧＮＬＴＮＦＥＱＧＹＹＱＣＴＡＩＮＲＬＧＮＳＳＣＥＩＤＬＴＳＳＲＱ、
【０２９１】
＞ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）残基２６から２９３（配列番号３０２）
【０２９２】
ＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳＨＳＳＣＬＳＴＥＧＭＥＥＫＡＶＳＱＣＬＫＭＴＨＡＲＤＡＲＧＲＣＳＷＴＳＥＳＰＷＥＥＧＫＷＰＤＶＥＡＶＫＧＴＬＤＧＱＱＡＥＬＱＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰＧＮＡＳＩＴＩＳＨＭＱＰＡＤＳＧＩＹＩＣＤＶＮＮＰＰＤＦＬＧＱＮＱＧＩＬＮＶＳＶＬＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦＮＰＴＴＧＩＬＶＩＧＮＬＴＮＦＥＱＧＹＹＱＣＴＡＩＮＲＬＧＮＳＳＣＥＩＤＬＴＳＳＨＰ、
【０２９３】
並びに、それに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、およびさらに好ましくはそれに少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつ変異体を指す。
【０２９４】
ＩＬＤＲ１の「可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）」または「細胞外領域」という語は、（ＩＬＤＲ１タンパク質のシグナルペプチドおよびＴＭを含まない）下記のポリペプチド配列または対応する核酸配列を指す。
【０２９５】
ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）の残基２４から１０５：配列番号２９６
【０２９６】
ＡＬＳＬＧＱＤＰＳＮＤＣＮＤＮＱＲＥＶＲＩＶＡＱＲＲＧＱＮＥＰＶＬＧＶＤＹＲＱＲＫＩＴＩＱＮＲＡＤＬＶＩＮＥＶＭＷＷＤＨＧＶＹＹＣＴＩＥＡＰＧＤＴＳＧＤＰＤＫＥＶＫ（配列番号２９６）；
【０２９７】
ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）およびＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）の残基２４から１６２：配列番号７５
【０２９８】
ＬＬＶＴＶＱＨＴＥＲＹＶＴＬＦＡＳＩＩＬＫＣＤＹＴＴＳＡＱＬＱＤＶＶＶＴＷＲＦＫＳＦＣＫＤＰＩＦＤＹＹＳＡＳＹＱＡＡＬＳＬＧＱＤＰＳＮＤＣＮＤＮＱＲＥＶＲＩＶＡＱＲＲＧＱＮＥＰＶＬＧＶＤＹＲＱＲＫＩＴＩＱＮＲＡＤＬＶＩＮＥＶＭＷＷＤＨＧＶＹＹＣＴＩＥＡＰＧＤＴＳＧＤＰＤＫＥＶＫ：
【０２９９】
ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）の残基２４から４５７：配列番号７６
【０３００】
ＬＬＶＴＶＱＨＴＥＲＹＶＴＬＦＡＳＩＩＬＫＣＤＹＴＴＳＡＱＬＱＤＶＶＶＴＷＲＦＫＳＦＣＫＤＰＩＦＤＹＹＳＡＳＹＱＡＡＬＳＬＧＱＤＰＳＮＤＣＮＤＮＱＲＥＶＲＩＶＡＱＲＲＧＱＮＥＰＶＬＧＶＤＹＲＱＲＫＩＴＩＱＮＰＬＡＲＨＲＹＭＫＱＡＱＡＬＧＰＱＭＭＧＫＰＬＹＷＧＡＤＲＳＳＱＶＳＳＹＰＭＨＰＬＬＱＲＤＬＳＬＰＳＳＬＰＱＭＰＭＴＱＴＴＮＱＰＰＩＡＮＧＶＬＥＹＬＥＫＥＬＲＮＬＮＬＡＱＰＬＰＰＤＬＫＧＲＦＧＨＰＣＳＭＬＳＳＬＧＳＥＶＶＥＲＲＩＩＨＬＰＰＬＩＲＤＬＳＳＳＲＲＴＳＤＳＬＨＱＱＷＬＴＰＩＰＳＲＰＷＤＬＲＥＧＲＳＨＨＨＹＰＤＦＨＱＥＬＱＤＲＧＰＫＳＷＡＬＥＲＲＥＬＤＰＳＷＳＧＲＨＲＳＳＲＬＮＧＳＰＩＨＷＳＤＲＤＳＬＳＤＶＰＳＳＳＥＡＲＷＲＰＳＨＰＰＦＲＳＲＣＱＥＲＰＲＲＰＳＰＲＥＳＴＱＲＨＧＲＲＲＲＨＲＳＹＳＰＰＬＰＳＧＬＳＳＷＳＳＥＥＤＫＥＲＱＰＱＳＷＲＡＨＲＲＧＳＨＳＰＨＷＰＥＥＫＰＰＳＹＲＳＬＤＩＴＰＧＫＮＳＲＫＫＧＳＶＥＲＲＳＥＫＤＳＳＨＳＧＲＳＶＶＩ；
【０３０１】
ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号３６）の残基５０から１６０：配列番号３０１
【０３０２】
ＡＱＬＱＤＶＶＶＴＷＲＦＫＳＦＣＫＤＰＩＦＤＹＹＳＡＳＹＱＡＡＬＳＬＧＱＤＰＳＮＤＣＮＤＮＱＲＥＶＲＩＶＡＱＲＲＧＱＮＥＰＶＬＧＶＤＹＲＱＲＫＩＴＩＱＮＲＡＤＬＶＩＮＥＶＭＷＷＤＨＧＶＹＹＣＴＩＥＡＰＧＤＴＳＧＤＰＤＫＥ、
【０３０３】
並びに、それに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、およびさらに好ましくはそれに少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつ変異体を指す。
【０３０４】
ＬＯＣ２５３０１２の「可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）」または「細胞外領域」という語は、（ＬＯＣ２５３０１２タンパク質のシグナルペプチドおよびＴＭを含まない）下記のポリペプチド配列または対応する核酸配列を指す。
【０３０５】
Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）残基３８から３４９：（配列番号１４４）
【０３０６】
ＳＨＴＶＨＧＶＲＧＱＡＬＹＬＰＶＨＹＧＦＨＴＰＡＳＤＩＱＩＩＷＬＦＥＲＰＨＴＭＰＫＹＬＬＧＳＶＮＫＳＶＶＰＤＬＥＹＱＨＫＦＴＭＭＰＰＮＡＳＬＬＩＮＰＬＱＦＰＤＥＧＮＹＩＶＫＶＮＩＱＧＮＧＴＬＳＡＳＱＫＩＱＶＴＶＤＤＰＶＴＫＰＶＶＱＩＨＰＰＳＧＡＶＥＹＶＧＮＭＴＬＴＣＨＶＥＧＧＴＲＬＡＹＱＷＬＫＮＧＲＰＶＨＴＳＳＴＹＳＦＳＰＱＮＮＴＬＨＩＡＰＶＴＫＥＤＩＧＮＹＳＣＬＶＲＮＰＶＳＥＭＥＳＤＩＩＭＰＩＩＹＹＧＰＹＧＬＱＶＮＳＤＫＧＬＫＶＧＥＶＦＴＶＤＬＧＥＡＩＬＦＤＣＳＡＤＳＨＰＰＮＴＹＳＷＩＲＲＴＤＮＴＴＹＩＩＫＨＧＰＲＬＥＶＡＳＥＫＶＡＱＫＴＭＤＹＶＣＣＡＹＮＮＩＴＧＲＱＤＥＴＨＦＴＶＩＩＴＳＶＧＬＥＫＬＡＱＫＧＫＳＬ；
【０３０７】
Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号：４０）残基１９から３３７：（配列番号１４５）ＧＬＫＶＴＶＰＳＨＴＶＨＧＶＲＧＱＡＬＹＬＰＶＨＹＧＦＨＴＰＡＳＤＩＱＩＩＷＬＦＥＲＰＨＴＭＰＫＹＬＬＧＳＶＮＫＳＶＶＰＤＬＥＹＱＨＫＦＴＭＭＰＰＮＡＳＬＬＩＮＰＬＱＦＰＤＥＧＮＹＩＶＫＶＮＩＱＧＮＧＴＬＳＡＳＱＫＩＱＶＴＶＤＤＰＶＴＫＰＶＶＱＩＨＰＰＳＧＡＶＥＹＶＧＮＭＴＬＴＣＨＶＥＧＧＴＲＬＡＹＱＷＬＫＮＧＲＰＶＨＴＳＳＴＹＳＦＳＰＱＮＮＴＬＨＩＡＰＶＴＫＥＤＩＧＮＹＳＣＬＶＲＮＰＶＳＥＭＥＳＤＩＩＭＰＩＩＹＹＧＰＹＧＬＱＶＮＳＤＫＧＬＫＶＧＥＶＦＴＶＤＬＧＥＡＩＬＦＤＣＳＡＤＳＨＰＰＮＴＹＳＷＩＲＲＴＤＮＴＴＹＩＩＫＨＧＰＲＬＥＶＡＳＥＫＶＡＱＫＴＭＤＹＶＣＣＡＹＮＮＩＴＧＲＱＤＥＴＨＦＴＶＩＩＴＳＶＧＬＥＫＬＡＱＫＧＫＳＬ
【０３０８】
Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）残基１から３３５（配列番号３００）：ＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴＧＡＣＳＧＬＫＶＴＶＰＳＨＴＶＨＧＶＲＧＱＡＬＹＬＰＶＨＹＧＦＨＴＰＡＳＤＩＱＩＩＷＬＦＥＲＰＨＴＭＰＫＹＬＬＧＳＶＮＫＳＶＶＰＤＬＥＹＱＨＫＦＴＭＭＰＰＮＡＳＬＬＩＮＰＬＱＦＰＤＥＧＮＹＩＶＫＶＮＩＱＧＮＧＴＬＳＡＳＱＫＩＱＶＴＶＤＤＰＶＴＫＰＶＶＱＩＨＰＰＳＧＡＶＥＹＶＧＮＭＴＬＴＣＨＶＥＧＧＴＲＬＡＹＱＷＬＫＮＧＲＰＶＨＴＳＳＴＹＳＦＳＰＱＮＮＴＬＨＩＡＰＶＴＫＥＤＩＧＮＹＳＣＬＶＲＮＰＶＳＥＭＥＳＤＩＩＭＰＩＩＹＹＧＰＹＧＬＱＶＮＳＤＫＧＬＫＶＧＥＶＦＴＶＤＬＧＥＡＩＬＦＤＣＳＡＤＳＨＰＰＮＴＹＳＷＩＲＲＴＤＮＴＴＹＩＩＫＨＧＰＲＬＥＶＡＳＥＫＶＡＱＫＴＭＤＹＶＣＣＡＹＮＮＩＴＧＲＱＤＥＴＨＦＴＶＩＩＴＳＶＧＬＥＫＬＡＱＫＧＫ、
【０３０９】
並びに、それに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、およびさらに好ましくはそれに少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつ変異体を指す。
【０３１０】
ＡＩ２１６６１１の「可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）」または「細胞外領域」という語は、（ＡＩ２１６６１１タンパク質のシグナルペプチドおよびＴＭを含まない）下記のポリペプチド配列または対応する核酸配列を指す。
【０３１１】
＞ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）２９から１４７（配列番号１４６）
【０３１２】
ＬＱＳＱＧＶＳＬＹＩＰＱＡＴＩＮＡＴＶＫＥＤＩＬＬＳＶＥＹＳＣＨＧＶＰＴＩＥＷＴＹＳＳＮＷＧＴＱＫＩＶＥＷＫＰＧＴＱＡＮＩＳＱＳＨＫＤＲＶＣＴＦＤＮＧＳＩＱＬＦＳＶＧＶＲＤＳＧＹＹＶＩＴＶＴＥＲＬＧＳＳＱＦＧＴＩＶＬＨＶＳＥＩＬＹＥＤＬＨ、
【０３１３】
＞ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）１から１４５（配列番号２９８）
【０３１４】
ＭＲＰＬＰＳＧＲＲＫＴＲＧＩＳＬＧＬＦＡＬＣＬＡＡＡＲＣＬＱＳＱＧＶＳＬＹＩＰＱＡＴＩＮＡＴＶＫＥＤ
ＩＬＬＳＶＥＹＳＣＨＧＶＰＴＩＥＷＴＹＳＳＮＷＧＴＱＫＩＶＥＷＫＰＧＴＱＡＮＩＳＱＳＨＫＤＲＶＣＴＦＤＮＧＳＩＱ
ＬＦＳＶＧＶＲＤＳＧＹＹＶＩＴＶＴＥＲＬＧＳＳＱＦＧＴＩＶＬＨＶＳＥＩＬＹＥＤ、
【０３１５】
並びに、それに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、およびさらに好ましくはそれに少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつ変異体を指す。
【０３１６】
Ｃ１ＯＲＦ３２の「可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）」または「細胞外領域」という語は、（Ｃ１ＯＲＦ３２タンパク質のシグナルペプチドおよびＴＭを含まない）下記のポリペプチド配列または対応する核酸配列を指す。
【０３１７】
＞Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）残基２１から１８６（配列番号１４７）
【０３１８】
ＬＱＶＴＶＰＤＫＫＫＶＡＭＬＦＱＰＴＶＬＲＣＨＦＳＴＳＳＨＱＰＡＶＶＱＷＫＦＫＳＹＣＱＤＲＭＧＥＳＬＧＭＳＳＴＲＡＱＳＬＳＫＲＮＬＥＷＤＰＹＬＤＣＬＤＳＲＲＴＶＲＷＡＳＫＱＧＳＴＶＴＬＧＤＦＹＲＧＲＥＩＴＩＶＨＤＡＤＬＱＩＧＫＬＭＷＧＤＳＧＬＹＹＣＩＩＴＴＰＤＤＬＥＧＫＮＥＧＳＬＧＬＬＶＬＧＲＴＧＬＬＡＤＬＬＰＳＦＡＶＥＩＭＰＥ
【０３１９】
＞Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）残基２１から１６９（配列番号１４８）
【０３２０】
ＬＱＶＴＶＰＤＫＫＫＶＡＭＬＦＱＰＴＶＬＲＣＨＦＳＴＳＳＨＱＰＡＶＶＱＷＫＦＫＳＹＣＱＤＲＭＧＥＳＬＧＭＳＳＴＲＡＱＳＬＳＫＲＮＬＥＷＤＰＹＬＤＣＬＤＳＲＲＴＶＲＶＶＡＳＫＱＧＳＴＶＴＬＧＤＦＹＲＧＲＥＩＴＩＶＨＤＡＤＬＱＩＧＫＬＭＷＧＤＳＧＬＹＹＣＩＩＴＴＰＤＤＬＥＧＫＮＥＧＳＬＧＬＬＶＬＥＷＶ、
【０３２１】
＞Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）残基１から１８４（配列番号２９９）
【０３２２】
ＭＤＲＶＬＬＲＷＩＳＬＦＷＬＴＡＭＶＥＧＬＱＶＴＶＰＤＫＫＫＶＡＭＬＦＱＰＴＶＬＲＣＨＦＳＴＳＳＨＱＰＡＶＶＱＷＫＦＫＳＹＣＱＤＲＭＧＥＳＬＧＭＳＳＴＲＡＱＳＬＳＫＲＮＬＥＷＤＰＹＬＤＣＬＤＳＲＲＴＶＲＶＶＡＳＫＱＧＳＴＶＴＬＧＤＦＹＲＧＲＥＩＴＩＶＨＤＡＤＬＱＩＧＫＬＭＷＧＤＳＧＬＹＹＣＩＩＴＴＰＤＤＬＥＧＫＮＥＤＳＶＥＬＬＶＬＧＲＴＧＬＬＡＤＬＬＰＳＦＡＶＥＩＭ、
【０３２３】
並びに、それに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、およびさらに好ましくはそれに少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつ変異体を指す。
【０３２４】
ＦＸＹＤ３の「可溶性細胞外領域（ＥＣＤ）」または「細胞外領域」という語は、（ＦＸＹＤ３タンパク質のシグナルペプチドおよびＴＭを含まない）下記のポリペプチド配列または対応する核酸配列を指す。
【０３２５】
＞Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）２１から３６（配列番号１４９）
【０３２６】
ＮＤＬＥＤＫＮＳＰＦＹＹＤＷＨＳ
【０３２７】
＞Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）２１から６５（配列番号１５０）
【０３２８】
ＮＤＬＥＤＫＮＳＰＦＹＹＧＡＰＹＩＦＶＫＲＭＧＧＱＭＫＲＴＱＡＧＴＥＶＰＳＴＦＬＬＤＷＨＳ
【０３２９】
＞Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）２１から２５（配列番号１５１）
【０３３０】
ＮＤＬＥＤ
【０３３１】
＞Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）１から６３（配列番号２９７）
【０３３２】
ＭＱＫＶＴＬＧＬＬＶＦＬＡＧＦＰＶＬＤＡＮＤＬＥＤＫＮＳＰＦＹＹＧＡＰＹＩＦＶＫＲＭＧＧＱＭＫＲＴＱＡＧＴＥＶＰＳＴＦＬＬＤＷ、
【０３３３】
並びに、それに少なくとも８０％の配列同一性、より好ましくはそれに少なくとも９０％の配列同一性、およびさらに好ましくはそれに少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％の配列同一性をもつ変異体を指す。
【０３３４】
「免疫応答」という語は、例えば、リンパ球、抗原提示細胞、食細胞、顆粒球および上記細胞、若しくは肝臓または脾臓によって作られる細胞によって生成される、（抗体、サイトカインおよび補体を含む）可溶性巨大分子の作用を指し、結果として、侵入病原体、病原体に感染された細胞または組織、癌性細胞に対する、若しくは自己免疫または病的炎症の場合、正常ヒト細胞または組織に対する選択的な損傷、破壊、または人体からの除去となる。
【０３３５】
「シグナル伝達経路」は、細胞のある１つの部分から別の部分へのシグナルの伝達に関与する多様なシグナル伝達分子間の生化学的関係を指す。
【０３３６】
本明細書において、「細胞表面受容体」という句（ｐｈｒａｓｅ）は、例えば、シグナルを受けること、およびそのシグナルを、細胞膜をまたいで伝達することができる分子または分子の複合体を含む。
【０３３７】
本明細書では、「抗体」という語は、全ポリクローナルおよびモノクローナル抗体、並びに任意の抗原結合断片（すなわち、「抗原結合部」）またはその１本鎖を含む。「抗体」は、ジスルフィド結合またはその抗原結合部によって相互につながった少なくとも２つの重鎖（Ｈ）および軽鎖（Ｌ）を含む糖タンパク質を指す。各重鎖は、重鎖可変領域（以下、ＶＨと略す）および重鎖定常領域から構成される。重鎖定常領域は、３つの領域、ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３から構成される。各軽鎖は、軽鎖可変領域（以下、ＶＬと略す）、および軽鎖定常領域から構成される。軽鎖定常領域は、１つの領域ＣＬから構成される。ＶＨおよびＶＬ領域は、さらに、相補性決定領域と呼ばれる超可変性の領域、フレームワーク領域と呼ばれるより保存された領域がちりばめられた領域に分類される。各ＶＨおよびＶＬは、アミノ末端からカルボキシ末端へ次の順に並んだ３つのＣＤＲおよび４つのＦＲから構成される：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合領域を含む。抗体の定常領域は、様々な免疫系の細胞（例えばエフェクター細胞）および古典的な補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）を含む、免疫グロブリンの宿主組織または因子への結合を媒介し得る。
【０３３８】
本発明書において、抗体の「抗原結合部」という語（または、単に「抗体部」）は、抗原（例えば、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質、若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３）に特異的に結合する能力を保有する抗体の１つ以上の断片を指す。抗体の抗原結合機能は、完全長抗体の断片によってなされることが示されている。抗体の「抗原結合部」という語に含まれる例として、（ｉ）Ｆａｂ断片、ＶＬｉｇｈｔ、ＶＨｅａｖｙ、Ｃｏｎｓｔａｎｔ  ｌｉｇｈｔ（ＣＬ）およびＣＨ１領域からなる１価の断片、（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２断片、ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂ断片からなる２価の断片、（ｉｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１領域からなるＦｄ断片、（ｉｖ）抗体の単アーム（ｓｉｎｇｌｅ  ａｒｍ）のＶＬおよびＶＨ領域からなるＦｖ断片、（ｖ）ＶＨ領域からなるｄＡｂ断片（Ｗａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８９）  Ｎａｔｕｒｅ  ３４１：５４４−５４６）および（ｖｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）が、挙げられる。さらに、Ｆｖ断片の２つの領域、ＶＬおよびＶＨは、別の遺伝子によってコードされているが、ＶＬおよびＶＨ領域が対になって１価の分子を形成する１本鎖タンパク質鎖（１本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られる）として作成することができる人工リンカーにより、組換え法を用いて、連結されることができる。（例えば、Ｂｉｒｄ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４２：４２３−４２６  およびＨｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８５：５８７９−５８８３を参照のこと。）そのような１本鎖抗体もまた、抗体の「抗原結合部」という語に含まれることを意図される。これら抗体断片は、当業者に公知の従来技術を用いて得られ、断片は、完全抗体と同じ方法で有用性に関してわけられる。
【０３３９】
本明細書において、「単離された抗体」は、異なる抗原特異性をもつ他の抗体を実質的に含んでいない抗体を指すことを意図されている。（例えば、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質、若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に特異的に結合する単離された抗体は、それぞれ、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３以外の抗原に特異的に結合する抗体を実質的に含まない。）しかし、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質、若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に特異的に結合する単離された抗体は、それぞれ、他の種のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質、若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３分子などの他の抗原に対する交差反応性をもち得る。さらに、単離された抗体は、他の細胞物質および／または化学薬品を実質的に含んでいない可能性がある。
【０３４０】
本明細書において、「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体  組成物」という語は、単一分子組成の抗体分子の調製物を指す。モノクローナル抗体組成物は、単一の結合特異性および特定のエピトープに対する親和性を示す。
【０３４１】
本明細書において、「ヒト抗体」という語は、フレームワークおよびＣＤＲ領域がともに、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列由来である可変領域をもつ抗体を含むことを意図される。さらに、抗体が定常領域を含む場合、定常領域もまた、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列由来である。本発明のヒト抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列によってコードされない（例えば、生体外におけるランダムにまたは部位特異的に導入された変異若しくは生体内における体細胞変異）アミノ酸残基を含み得る。しかし、本明細書において、「ヒト抗体」という語は、マウスなどの他の哺乳類種の生殖細胞由来のＣＤＲ配列が、ヒトフレームワーク配列上に接合された抗体を含むことを意図されない。
【０３４２】
「ヒトモノクローナル抗体」という語は、フレームワークおよびＣＤＲ領域がともに、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列由来である可変領域をもつ、単一の結合特異性を示す抗体を指す。１つ実施形態では、ヒトモノクローナル抗体は、例えばトランスジェニックマウスなどの、トランスジェニックの非ヒト動物から得られ、ヒト重鎖トランス遺伝子および軽鎖トランス遺伝子を含むゲノムをもち、不死化細胞に融合されたＢ細胞を含むハイブリドーマによって生産される。
【０３４３】
本明細書において、「組み換えヒト抗体」という語は、（ａ）ヒト免疫グロブリン遺伝子に対してトランスジェニックまたはトランスクロモソーマル（ｔｒａｎｓｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ）である動物（例えばマウス）若しくはそれらから調製されたハイブリドーマ（さらに下で述べる）から単離された抗体、（ｂ）抗体を発現するように形質転換された宿主細胞、例えばトランスフェクトーマ（ｔｒａｎｓｆｅｃｔｏｍａ）から単離された抗体、（ｃ）組換えコンビナトリアル（ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ）ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体、および（ｄ）ヒト免疫グロブリン遺伝子配列の他のＤＮＡ配列へのスプライシングを含む他の組み換え手段によって、調製、発現、作製または単離された抗体などの、組み換え手段によって、調製、発現、作製または単離されたすべてのヒト抗体を含む。このような組み換えヒト抗体は、フレームワークおよびＣＤＲ領域が、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に由来する可変領域をもつ。しかし、ある実施形態では、このような組み換えヒト抗体は、生体外突然変異誘発（または、ヒトＩｇ配列に対して動物トランスジェニックが使用されるときは、生体内体細胞変異誘発）に供されることができる。したがって、組み換え抗体のＶＨおよびＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖系ＶＨおよびＶＬ配列に由来および関連する一方で、生体内ヒト抗体生殖系レパートリー内に天然に存在していない可能性がある配列である。
【０３４４】
本明細書において、「アイソタイプ」は、重鎖定常領域遺伝子によってコードされる抗体クラス（例えば、ＩｇＭまたはＩｇＧｌ）を指す。
【０３４５】
本明細書では、「抗原を認識する抗体」および「抗原に特異的な抗体」という句（ｐｈｒａｓｅ）は、「抗原に特異的に結合する抗体」と互換的に用いられる。
【０３４６】
本明細書において、「ヒトＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質、若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に特異的に結合する」抗体は、それぞれ、ヒトＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質、若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３に結合する抗体で、好ましくは、５Ｘ１０−８Ｍ以下、より好ましくは３Ｘ１０−８Ｍ以下およびさらに好ましくは１Ｘ１０−９Ｍ以下のＫＤをもつものを指すことを意図される。
【０３４７】
本明細書において、「Ｋ−ａｓｓｏｃ」また「Ｋａ」という語は、特定の抗体抗原相互作用の会合速度を指すことを意図され、一方、本明細書において、「Ｋｄｉｓｓ」または「Ｋｄ」という語は、特定の抗体−抗原相互作用の解離速度を指すことを意図する。本明細書において、「ＫＤ」という語は、ＫｄのＫａに対する比（すなわち、Ｋｄ／Ｋａ）から得られ、モル濃度（Ｍ）として表わされる解離定数を指すことを意図される。抗体に対するＫＤ値は、当分野で確立された方法を用いて測定されることができる。抗体のＫＤを測定する好ましい方法は、表面プラズモン共鳴法を用いること、好ましくは、ＢｉａｃｏｒｅＲＴＭ．システムなどのバイオセンサーシステムを用いることによる。
【０３４８】
本明細書において、ＩｇＧ抗体に対する「高親和性」という語は、標的抗原に対して１０−８Ｍ以下、より好ましくは１０−９Ｍ以下、およびさらに好ましくは１０−１０Ｍ以下のＫＤをもつ抗体を指す。しかし、「高親和性」結合は、他の抗体アイソタイプに対して変動することができる。例えば、ＩｇＭアイソタイプに対する「高親和性」結合は、１０−７Ｍ以下、より好ましくは１０−８Ｍ以下のＫＤをもつ抗体を指す。
【０３４９】
本明細書において、「対象」という語は、いかなるヒトまたは非ヒト動物を含む。「非ヒト動物」という語は、すべての脊椎動物、例えば、非ヒト霊長類、羊、犬、猫、馬、牛、鶏、両性類、爬虫類などの哺乳類および非哺乳類を含む。
【０３５０】
本明細書において、「尾（ｔａｉｌ）」という語は、本発明に記載のスプライス変異体に特有であるアミノ酸配列の末部にあるペプチド配列を指す。従って、このような尾（ｔａｉｌ）をもつスプライス変異体は、スプライス変異体の少なくとも前半の部分が、典型的に、対応する公知タンパク質の部分に高度に相同（しばしば１００％同一）であり、後半の部分が尾（ｔａｉｌ）を含むという点で、任意選択で、キメラとしてみなされ得る。
【０３５１】
本明細書において、「頭（ｈｅａｄ）」という語は、本発明に記載のスプライス変異体に特有であるアミノ酸配列の末部にあるペプチド配列を指す。従って、このような頭（ｈｅａｄ）をもつスプライス変異体は、スプライス変異体の前半の部分が、頭（ｈｅａｄ）を含み、少なくとも後半の部分が、典型的に、対応する公知タンパク質の部分に高度に相同（しばしば１００％同一）であるという点で、任意選択で、キメラとしてみなされ得る。
【０３５２】
本明細書において、「エッジ部（ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ）」は、本発明に記載のスプライス変異体の２つの部分の間の、野生型または公知のタンパク質ではつながっていなかった連結部（ｃｏｎｎｅｃｔｉｏｎ）を指す。エッジ（ｅｄｇｅ）は、任意選択で、例えば、変異体の上記「公知タンパク質」部分と尾（ｔａｉｌ）との間の結合により生じて得る、および／または、野生型配列の内側部分がもはや存在しない場合、配列の２つの部分が、公知タンパク質では連続でなかったが、スプライス変異体中では連続であるように生じて得る。「ブリッジ（ｂｒｉｄｇｅ）」は、任意選択で、上記エッジ部（ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ）であってもよく、頭（ｈｅａｄ）と変異体の「公知タンパク質」部分の間の連結、または尾（ｔａｉｌ）と変異体の「公知タンパク質」部分の間の連結、または挿入部と変異体の「公知タンパク質」部分の間の連結を含み得る。
【０３５３】
いくつか実施形態では、尾（ｔａｉｌ）または頭（ｈｅａｄ）または特有の挿入部と変異体の「公知タンパク質」部分の間のブリッジ（ｂｒｉｄｇｅ）は、少なくとも１つのアミノ酸が尾（ｔａｉｌ）／頭（ｈｅａｄ）／挿入部からで、および少なくとも１つのアミノ酸が変異体の「公知タンパク質」部分からである、少なくとも約１０アミノ酸、若しくは、いくつか実施形態では、少なくとも約２０アミノ酸、若しくは、いくつか実施形態では、少なくとも約３０アミノ酸、若しくは、いくつか実施形態では、少なくとも約４０アミノ酸を含む。いくつか実施形態では、ブリッジ（ｂｒｉｄｇｅ）は、約１０から約４０までのアミノ酸の任意の数（例えば、長さ、１０、１１、１２、１３．．．３７、３８、３９、４０アミノ酸またはその間の任意の数）のアミノ酸を含み得る。
【０３５４】
ブリッジ（ｂｒｉｄｇｅ）が、いずれの方向にも配列長を超えて伸長されることはできないことは、特筆されるべきであり、各ブリッジ（ｂｒｉｄｇｅ）の説明は、ブリッジ（ｂｒｉｄｇｅ）の長さが配列そのものを超えて伸長しないという態度（ｍａｎｎｅｒ）で、解されることは当然であると考えるべきである。
【０３５５】
さらに、下記のある文脈においては、ブリッジ（ｂｒｉｄｇｅｓ）は、スライドウィンドウ（ｓｌｉｄｉｎｇ  ｗｉｎｄｏｗ）に関して、説明される。例えば、ブリッジ（ｂｒｉｄｇｅｓ）のある説明は、次の様式を特徴としてもつ：２つのエッジ（ｅｄｇｅｓ）間のブリッジ（ｂｒｉｄｇｅ）（公知のタンパク質の部分が、変異体に存在しない）は、任意選択で、次のように説明され得る：長さ「ｎ」をもつポリペプチドをもつＣＯＮＴＩＧ−ＮＡＭＥ＿Ｐ１（タンパク質名を表している）のブリッジ部（ｂｒｉｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ）であり、ｎが、少なくとも長さ約１０のアミノ酸、任意選択で、少なくとも長さ約２０のアミノ酸、好ましくは、少なくとも長さ約３０のアミノ酸、より好ましくは、少なくとも長さ約４０のアミノ酸および最も好ましくは、少なくとも長さ約５０のアミノ酸であり、少なくとも２つのアミノ酸が、ＸＸ（ブリッジ（ｂｒｉｄｇｅ）の中央の２つのアミノ酸、エッジ（ｅｄｇｅ）の各端から１つ）を含み、次の構造をもつ、（ＣＯＮＴＩＧ−ＮＡＭＥ＿Ｐｌの配列に従った番号付け）：任意のアミノ酸番号（例えば）４９−ｘから４９から始まり、任意のアミノ酸番号（例えば）５０＋（（ｎ−２）−ｘ）で終わる配列、ここで、ｘは、０からｎ−２で変動する。この例ではまた、長さ１０−５０アミノ酸の間の任意のアミノ酸の数である、ブリッジ（ｂｒｉｄｇｅｓ）を含むこととして解釈されるべきである。さらに、ブリッジ（ｂｒｉｄｇｅ）ポリペプチドは、配列を超えて伸長することはできない、よって、（例えば）４９−ｘは、１より短くなく、（例えば）５０  ＋  （（ｎ−２）  −  ｘ）    は、全配列長よりも長くないと、解釈されるべきである。
【０３５６】
本発明の多様な局面を、さらに詳細に、次に続く副セクションで説明する。
【０３５７】
核酸
「核酸断片」または「オリゴヌクレオチド」または「ポリヌクレオチド」は、本明細書では、互換的に用いられ、核酸残基のポリマーを指す。本発明のポリヌクレオチド配列は、単離され、ＲＮＡ配列、相補的ポリヌクレオチド配列（ｃＤＮＡ）、ゲノムポリヌクレオチド配列および／または混成（ｃｏｍｐｏｓｉｔｅ）ポリヌクレオチド配列（例えば、上記の組み合わせ）の形で与えられた１本鎖または２本鎖核酸配列を指す。
【０３５８】
よって、本発明は、上記核酸配列、その断片、それにハイブリダイズ可能な配列、それに相同な配列（例えば、本明細書に記載の核酸配列に、少なくとも９０％、少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％またはそれ以上同一である）、異なったコドン使用頻度で同じポリペプチドをコードする配列、天然また人工の、ランダムまたは標的にしたやり方で、１つ以上のヌクレオチドの削除、挿入または置換などの変異を特徴とする改変配列を含む。本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドに特有の配列領域を含む相同性核酸配列（すなわち、本発明のポリヌクレオチド配列の一部を形成する配列）を含む。
【０３５９】
本発明のポリヌクレオチド配列が、これまで同定されていないポリペプチドをコードする場合、本発明はまた、以上に記述された単離されたポリヌクレオチドおよび対応するその核酸断片によってコードされる新規のポリペプチドまたはその部分を含む。
【０３６０】
よって、本発明はまた、本発明のポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドを含む。本発明はまた、これらポリペプチドのホモログを含み、このようなホモログは、下に記載のアミノ酸配列に少なくとも９０  ％、少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％またはそれ以上相同であることができ、それは、初期パラメータで用いて、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｏｆ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  （ＮＣＢＩ）のＢｌａｓｔＰソフトウェアを使用して決めることができる。最後に、本発明はまた、天然また人工的に誘発された、ランダムまたは標的にしたやり方で、１つ以上のヌクレオチドの削除、挿入または置換などの変異をもつ、上記のポリペプチドおよびポリペプチドの断片を含む。
【０３６１】
以上に述べたように、本発明の生物分子配列は、組織または病理マーカーとして、および疾患を治療または予防するための推定薬剤または薬剤標的として、効率的に使用されることができる。
【０３６２】
本発明の方法を実施するために設計された（上記のように設計された）、本明細書で提供された配列のいずれかに対するオリゴヌクレオチドは、酵素合成または固相合成などの当業者に公知のいかなるオリゴヌクレオチド合成方法に従って生成されることができる。固相合成を行うための装置および試薬は、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓから市販されている。その合成のための任意の他の手段も採用され得る。オリゴヌクレオチドの実際の合成は、当業者の能力の範疇に十分にある。
【０３６３】
本発明のこの局面に従って用いられるオリゴヌクレオチドは、約１０から約２００塩基、好ましくは約１５から約１５０塩基、より好ましくは、約２０から約１００塩基、最も好ましくは約２０から約５０塩基の範囲から選ばれる長さをもつものである。
【０３６４】
本発明のオリゴヌクレオチドは、３’−５’ホスホジエステル結合で結合された、プリンおよびピリミジン塩基からなる複素環ヌクレオチドを含み得る。
【０３６５】
好ましいオリゴヌクレオチドは、骨格、ヌクレオチド間結合または塩基のいずれかにおいて、以下に概して記述されるように、修飾されたものである。そのような修飾は、しばしば、オリゴヌクレオチド取り込みおよび細胞内状態に対する耐性を容易にすることができる。
【０３６６】
本発明のこの局面にしたがって有用な好ましいオリゴヌクレオチドの具体的な例として、修飾された骨格または非天然のヌクレオチド間結合を含むオリゴヌクレオチドが挙げられる。修飾された骨格をもつオリゴヌクレオチドとして、米国特許第４，４６９，８６３号、第４，４７６，３０１号、第５，０２３，２４３号、第５，１７７，１９６号、第５，１８８，８９７号、第５，２６４，４２３号、第５，２７６，０１９号、第５，２７８，３０２号、第５，２８６，７１７号、第５，３２１，１３１号、第５，３９９，６７６号、第５，４０５，９３９号、第５，４５３，４９６号、第５，４５５，２３３号、第５，４６６，６７７号、第５，４７６，９２５号、第５，５１９，１２６号、第５，５３６，８２１号、第５，５４１，３０６号、第５，５５０，１１１号、第５，５６３，２５３号、第５，５７１，７９９号、第５，５８７，３６１号、および第５，６２５，０５０号に開示された、骨格にリン原子を保有するものが挙げられる。
【０３６７】
例えば、好ましい修飾オリゴヌクレオチド骨格として、ホスホロチオエート、鏡像異性ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホン酸塩および鏡像異性ホスホン酸塩を含むメチルおよび他のアルキルホスホン酸塩、ホスフィン酸塩、ホスホロアミダート、３’−アミノホスホロアミダートおよびアミノアルキルホスホロアミダート、チオノホスホロアミダート、チオノアルキルホスホロアミダート、チオノアルキルホスホトリエステル、並びに、正常な３’−５’結合をもつボラノホスフェート、これらの２’−５’結合アナログ、および、隣接した組のヌクレオチド単位が、３’−５’から５’−３’または２’−５’から５’−２’である逆の極性をもつものが挙げられる。様々な塩、混合塩および遊離酸の形もまた用いられることができる。
【０３６８】
或いは、リン原子を含まない修飾オリゴヌクレオチド骨格は、短鎖アルキルまたはシクロアルキルヌクレオチド間結合、混合ヘテロ原子およびアルキルまたはシクロアルキルヌクレオチド間結合、若しくは１つ以上の短鎖ヘテロ原子または複素環ヌクレオチド間結合によって形成される骨格をもつ。これらとしては、米国特許第５，０３４，５０６号、第５，１６６，３１５号、第５，１８５，４４４号、第５，２１４，１３４号、第５，２１６，１４１号、第５，２３５，０３３号、第５，２６４，５６２号、第５，２６４，５６４号、第５，４０５，９３８号、第５，４３４，２５７号、第５，４６６，６７７号、第５，４７０，９６７号、第５，４８９，６７７号、第５，５４１，３０７号、第５，５６１，２２５号、第５，５９６，０８６号、第５，６０２，２４０号、第５，６１０，２８９号、第５，６０２，２４０号、第５，６０８，０４６号、第５，６１０，２８９号、第５，６１８，７０４号、第５，６２３，０７０号、第５，６６３，３１２号、第５，６３３，３６０号、第５，６７７，４３７号、および第５，６７７，４３９号に開示されたように、モルフォリノ結合（ヌクレオシドの糖部分から一部形成された）、シロキサン骨格、スルフィド、スルフォキシド及びスルホン骨格、ホルムアセチル及びチオホルムアセチル骨格、メチレンホルムアセチル及びチオホルムアセチル骨格、アルケン含有骨格、スルファメート（ｓｕｌｆａｍａｔｅ）骨格、メチレンイミノ及びメチレンヒドラジノ骨格、スルホネート及びスルホンアミド骨格、アミド骨格をもつもの、並びに混合Ｎ、Ｏ、ＳおよびＣＨ２構成物の部分をもつ他のものが挙げられる。
【０３６９】
本発明に従って用いられることができる他のオリゴヌクレオチドは、糖およびヌクレオチド内結合で修飾されたもの、すなわち、ヌクレオチド単位の骨格が新規のグループで置換されたものある。塩基単位は、適当なポリヌクレオチド標的との相補性のために維持されている。そのようなオリゴヌクレオチド模倣剤の例として、ペプチド核酸（ＰＮＡ）がある。ＰＮＡオリゴヌクレオチドは、糖骨格が、アミド含有骨格、特に、アミノエチルグリシン骨格で置換されているオリゴヌクレオチドを指す。塩基は保持され、直接的または間接的に、骨格のアミド部分のアザ窒素原子に結合される。ＰＮＡ化合物の調製を教示する米国特許として、限定されないが、米国特許第５，５３９，０８２号、第５，７１４，３３１号、および第５，７１９，２６２号が挙げられ、それぞれは、参照により本明細書に取り込まれる。本発明で用いられることができる他の骨格修飾は、米国特許第６，３０３，３７４号に開示されている。
【０３７０】
また、本発明のオリゴヌクレオチドは、塩基修飾または置換を含み得る。本明細書において、「非修飾」または「天然」塩基は、プリン塩基、アデニン（Ａ）およびグアニン（Ｇ）、並びにピリミジン塩基、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）およびウラシル（Ｕ）を含む。修飾塩基として、限定はされないが、５−メチルシトシン（５−ｍｅ−Ｃ）、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニンおよびグアニンの６−メチルおよび他のアルキル誘導体、アデニンおよびグアニンの２ープロピルおよび他のアルキル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミンおよび２−チオシトシン、５−ハロウラシルおよびシトシン、５ープロピニルウラシルおよびシトシン、６−アゾウラシル、シトシンおよびチミン、５−ウラシル（シュードウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ））、４−チオウラシル、８ーハロ、８ーアミノ、８−チオ、８ーチオアルキル、８ーヒドロキシルおよび他の８―置換アデニンおよびグアニン、５ーハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチルおよび他の５−置換ウラシルおよびシトシン、７‐メチルグアニンおよび７ーメチルアデニン、８−アザグアニンおよび８‐アザアデニン、７−デアザグアニンおよび７−デアザアデニン、並びに３−デアザグアニンおよび３−デアザアデニンなどの他の合成および天然塩基が挙げられる。さらなる塩基として、米国特許第３，６８７，８０８号に開示されたもの、Ｔｈｅ  Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  Ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，  ｐａｇｅｓ  ８５８−８５９，  Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，  Ｊ．  Ｌ，  ｅｄ．  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  １９９０に開示されたもの、Ｅｎｇｌｉｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ，  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  １９９１，  ３０，  ６１３に開示されたもの、およびＳａｎｇｈｖｉ，  Ｙ．  Ｓ．，  Ｃｈａｐｔｅｒ  １５，  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐａｇｅｓ  ２８９−３０２，  Ｃｒｏｏｋｅ，  Ｓ．  Ｔ．  ａｎｄ  Ｌｅｂｌｅｕ，  Ｂ．，  ｅｄ．，  ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，  １９９３に開示されたものが挙げられる。そのような塩基は、本発明のオリゴマー化合物の結合親和性を増すので、特に有用である。これらとしては、５−置換ピリミジン、６‐アザピリミジン並びに２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシンを含むＮ−２、Ｎ−６およびＯ−６置換プリンが挙げられる。５−メチルシトシン置換は、核酸２本鎖安定性を０．６−１．２℃増加することが示されており（Ｓａｎｇｈｖｉ  ＹＳ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，  ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ  ２７６−２７８）、現在、とりわけ２’−Ｏ−メトキシエチル糖修飾と組み合わされた場合、好ましい塩基置換である。
【０３７１】
本発明のオリゴヌクレオチドの別の修飾は、活性、細胞分布または細胞のオリゴヌクレオチドと取り込みを増強する、１つ以上の部位（ｍｏｉｅｔｉｅｓ）または抱合体を、オリゴヌクレオチドに化学的に連結すること含む。そのような部位（ｍｏｉｅｔｉｅｓ）としては、限定的はされないが、米国特許第６，３０３，３７４号に開示されているように、コレステロール部分（ｍｏｉｅｔｙ）、コール酸、チオエテール（例えばヘキシル−Ｓ−トリチルチオール）、チオコレステロール、脂肪族鎖（例えば、ドデカンジオールまたはウンデシル残基）、リン脂質、例えば、ジヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールか、トリエチルアンモニウム１、２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホン酸塩、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、
若しくは、アダマンタン酢酸、パルミチル部位（ｍｏｉｅｔｙ）、オクタデシルアミン、若しくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部位（ｍｏｉｅｔｙ）などの脂質部位（ｍｏｉｅｔｉｅｓ）が挙げられる。
【０３７２】
所与のオリゴヌクレオチド分子のすべての位置が、一様に修飾される必要はなく、実際、２つ以上の前記の修飾が、１つの化合物またはオリゴヌクレオチド内の１つのヌクレオチドにさえ取り込まれ得る。
【０３７３】
ペプチド
「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」という語は、本明細書において互換的に用いられ、アミノ酸残基のポリマーを指す。その語は、天然のアミノ酸ポリマー同様、１つ以上のアミノ酸残基が、天然のアミノ酸のアナログまたは模倣物であるアミノ酸ポリマーに適用する。ポリペプチドは、例えば、炭水化物残基の付加によって修飾されることができ、糖タンパク質を形成する。「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」という語は、糖タンパク質並びに非糖タンパク質を含む。
【０３７４】
ポリペプチド生成物は、標準的な固相技術を用いることなどによって、生化学的に合成されることができる。そのような方法としては、排除固相合成（ｅｘｃｌｕｓｉｖｅ  ｓｏｌｉｄ  ｐｈａｓｅ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）、部分的な固相合成方法、断片濃縮、古典的な溶液合成が挙げられる。これら方法は、好ましくは、ペプチドが比較的短い（すなわち、１０ｋＤａ）場合および／または組換え技術によって生成できず（すなわち、核酸配列でコードされない）異なる化学が関与する場合に用いられる。
【０３７５】
固相ポリペプチド合成手順は、当分野で周知であり、さらに、Ｊｏｈｎ  Ｍｏｒｒｏｗ  Ｓｔｅｗａｒｔ  ａｎｄ  Ｊａｎｉｓ  Ｄｉｌｌａｈａ  Ｙｏｕｎｇ，  Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｅｓ  （２ｎｄ  Ｅｄ．，  Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  １９８４）に記載されている。
【０３７６】
合成ポリペプチドは、分取（ｐｒｅｐａｒａｔｉｖｅ）高速液体クロマトグラフィーによって精製されることができ（Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ  Ｔ．  （１９８３）  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ．  ＷＨ  Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．  Ｎ．Ｙ．）、その組成は、アミノ酸シーケンシングを通して確かめられることができる。
【０３７７】
多量のポリペプチドが望まれる場合、Ｂｉｔｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８７）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  １５３：５１６−５４４，  Ｓｔｕｄｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  １８５：６０−  ８９，  Ｂｒｉｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８４）  Ｎａｔｕｒｅ  ３１０：５１１−５１４，  Ｔａｋａｍａｔｓｕ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ６：３０７−  ３１１，  Ｃｏｒｕｚｚｉ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８４）  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ３：１６７１−１６８０  ａｎｄ  Ｂｒｏｇｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８４）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２４：８３８−８４３，  Ｇｕｒｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８６）  ＭｏＩ．  Ｃｅｌｌ．  Ｂｉｏｌ．  ６：５５９−５６５  ａｎｄ  Ｗｅｉｓｓｂａｃｈ  ＆  Ｗｅｉｓｓｂａｃｈ，  １９８８，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  ＮＹ，  Ｓｅｃｔｉｏｎ  ＶＩＩＩ，  ｐｐ  ４２１−４６３．に記載されているような組換え技術を用いて生成されることができる。
【０３７８】
本発明の教示に従って特定されたペプチドが、分解産物、合成ペプチドまたは組み換えペプチド並びにペプチド模倣物、典型的に合成ペプチド、および、例えば体内でより安定である、または、細胞により浸透することができる修飾をもち得るペプチドアナログであるペプトイドおよびセミペプトイドであり得ることは理解されるであろう。そのような修飾として、限定はされないが、Ｎ末修飾、Ｃ末修飾、限定はされないが、ＣＨ２−ＮＨ、ＣＨ２−Ｓ、ＣＨ２−Ｓ＝Ｏ、Ｏ＝Ｃ−ＮＨ、ＣＨ２−Ｏ、ＣＨ２−ＣＨ２、Ｓ＝Ｃ−ＮＨ、ＣＨ＝ＣＨまたはＣＦ＝ＣＨを含むペプチド結合修飾、骨格修飾、および残基修飾が挙げられる。ペプチド模倣化合物を調製する方法は、当分野で周知であり、例えば、Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ，  ＣＡ．  Ｒａｍｓｄｅｎ  Ｇｄ．，  Ｃｈａｐｔｅｒ  １７．２，  Ｆ．  Ｃｈｏｐｌｉｎ  Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ  （１９９２）で明示され、それは、参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。さらに、これに関する詳細を以下に提供する。
【０３７９】
ペプチド内のペプチド結合（−ＣＯ−ＮＨ−）は、Ｎ−メチル化結合（−Ｎ（ＣＨ３）−ＣＯ−）、エステル結合（−Ｃ（Ｒ）Ｈ−Ｃ−Ｏ−Ｏ−Ｃ（Ｒ）−Ｎ−）、ケトメチレン結合（−ＣＯ−ＣＨ２−）、α−アザ結合（−ＮＨ−Ｎ（Ｒ）−ＣＯ−）、（ここで、Ｒは、任意のアルキル、例えば、メチル、カルバ（ｃａｒｂａ）結合（−ＣＨ２−ＮＨ−）、ヒドロキシエチレン（−ＣＨ（ＯＨ）−ＣＨ２−）、チオアミド結合（−ＣＳ−ＮＨ−）、オレフィン二重結合（−ＣＨ＝ＣＨ−）、レトロアミド結合（ｒｅｔｒｏ  ａｍｉｄｅ  ｂｏｎｄｓ）（−ＮＨ−ＣＯ−）、ペプチド誘導体（−Ｎ（Ｒ）−ＣＨ２−ＣＯ）（Ｒは、「普通」の側鎖、天然に存在する炭素原子））と置換され得る。
【０３８０】
これらの改変は、ペプチド鎖に沿った結合のいずれかおよび同時にいくつか（２−３）でさえも生じることができる。
【０３８１】
天然芳香族アミノ酸、Ｔｒｐ、ＴｙｒおよびＰｈｅは、フェニルグリシン、ＴＩＣ、ナフチルアラニン（ｎａｐｈｔｈｙｌｅｌａｎｉｎｅ）（Ｎｏｌ）、Ｐｈｅの環メチル化誘導体、Ｐｈｅのハロゲン化誘導体またはｏ−メチル−Ｔｙｒなどの合成非天然酸で置換され得る。
【０３８２】
上記に加えて、本発明のペプチドはまた、１つ以上の改変アミノ酸または１つ以上の非アミノ酸モノマー（例えば、脂肪酸、複合炭水化物（ｃｏｍｐｌｅｘ  ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅｓ）など）を含み得る。
【０３８３】
本明細書および、下の特許請求の範囲のセクションにおいて、「アミノ酸（ａｍｉｎｏ  ａｃｉｄ）」または「アミノ酸（ａｍｉｎｏ  ａｃｉｄｓ）」という語は、２０個の天然アミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、ホスホセリンおよびホスホトレオニンを含む、生体内で翻訳後にしばしば修飾されるアミノ酸、並びに、限定はされないが、２−アミノアジビン酸、ヒドロキシリジン、イソデスモシン、ノルバリン、ノルロイシンおよびオルニチンを含む他の稀なアミノ酸を含むものと理解される。さらに、「アミノ酸（ａｍｉｎｏ  ａｃｉｄ）」という語は、Ｄ−およびＬ−アミノ酸をともに含む。
【０３８４】
本発明のペプチドは、好ましくは、ペプチドが、不溶性の形であることが要求される治療において使用される。本発明のペプチドは、好ましくは、限定はされないが、ヒドロキシル含有側鎖のよってペプチド溶解性を増加することができるセリンおよびトレオニンを含む、１つ以上の非天然または天然極性アミノ酸を含む。
【０３８５】
本発明のペプチドは、好ましくは、直線状の形で使用される。環化が、ペプチドの性質を著しく妨げない場合、環状の形のペプチドもまた使用されることができることは理解されるであろう。
【０３８６】
本発明のペプチドは、標準的な固相技術を用いることによってなど、生化学的に合成されることができる。これらの方法として、排除固相合成（ｅｘｃｌｕｓｉｖｅ  ｓｏｌｉｄ  ｐｈａｓｅ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）部分的な固相合成方法、断片濃縮、古典的な溶液合成が挙げられる。これら方法は、好ましくは、ペプチドが比較的短い（すなわち、１０ｋＤａ）場合および／または組換え技術によって生成できず（すなわち、核酸配列でコードされない）、よって異なる化学が関与する場合に用いられる。
【０３８７】
固相ポリペプチド合成手順は、当分野で周知であり、さらに、Ｊｏｈｎ  Ｍｏｒｒｏｗ  Ｓｔｅｗａｒｔ  ａｎｄ  Ｊａｎｉｓ  Ｄｉｌｌａｈａ  Ｙｏｕｎｇ，  Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｅｓ  （２ｎｄ  Ｅｄ．，  Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｐａｎｙ，  １９８４）に記載されている。
【０３８８】
合成ポリペプチドは、分取（ｐｒｅｐａｒａｔｉｖｅ）高速液体クロマトグラフィーによって精製されることができ、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ  Ｔ．  （１９８３）  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ．  ＷＨ  Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．  Ｎ．Ｙ．、その組成は、アミノ酸シーケンシングを通して確かめられることができる。
【０３８９】
多量のポリペプチドが望まれる場合、Ｂｉｔｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８７）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  １５３：５１６−５４４，  Ｓｔｕｄｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  １８５：６０−  ８９，  Ｂｒｉｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８４）  Ｎａｔｕｒｅ  ３１０：５１１−５１４，  Ｔａｋａｍａｔｓｕ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ６：３０７−  ３１１，  Ｃｏｒｕｚｚｉ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８４）  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ３：１６７１−１６８０  ａｎｄ  Ｂｒｏｇｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８４）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２４：８３８−８４３，  Ｇｕｒｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８６）  ＭｏＩ．  Ｃｅｌｌ．  Ｂｉｏｌ．  ６：５５９−５６５  および  Ｗｅｉｓｓｂａｃｈ  ＆  Ｗｅｉｓｓｂａｃｈ，  １９８８，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  ＮＹ，  Ｓｅｃｔｉｏｎ  ＶＩＩＩ，  ｐｐ  ４２１−４６３．に記載されているなどの組換え技術を用いて生成されることができる。
【０３９０】
発現系
本発明のポリヌクレオチドの細胞発現を可能にするため、本発明に記載の核酸構築物が使用され得る。その核酸構築物は、少なくとも上記核酸配列の１つのコーディング領域を含み、さらに、少なくとも１つのシス作用調節因子を含む。本明細書において、「シス作用調節因子」という句は、ポリヌクレオチド配列、好ましくは、トランス作用調節因子に結合し、その下流に位置するコーディング配列の転写を制御するプロモーターを指す。
【０３９１】
適切なプロモーター配列が、本発明の核酸構築物によって、用いられることができる。
【０３９２】
好ましくは、本発明の核酸構築物によって用いられるプロモーターは、形質転換された特定の細胞集団において活性がある。例えば、細胞タイプ特異的および／または組織特異的プロモーターとして、肝臓特異的であるアルブミン（Ｐｉｎｋｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８７）  Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．  １：２６８−２７７）、リンパ特異的プロモーター（Ｃａｌａｍｅ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８８）  Ａｄｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ４３：２３５−２７５）、特にＴ細胞受容体プロモーター（Ｗｉｎｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８９）  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ８：７２９−７３３）および免疫グロブリン（Ｂａｎｅｒｊｉ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８３）  Ｃｅｌｌ  ３３７２９−７４０）、ニューロフィラメントプロモーターなどニューロン特異的プロモーター  （Ｂｙｒｎｅ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８６：５４７３−５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｃｈ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８５）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：９１２−９１６）、または乳清プロモーターなどの乳腺特異的プロモーター（Ｕ．Ｓ．  Ｐａｔ．  Ｎｏ．  ４，８７３，３１６  および  Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．  ２６４，１６６）などのプロモーターが挙げられる。本発明の核酸構築物は、プロモーター配列に隣接するまたは離れていることができ、そこからの転写の亢進において機能するエンハンサーをさらに含むことができる。
【０３９３】
本発明の核酸構築物は、好ましくは、適当な選択可能マーカーおよび／または複製起点をさらに含む。好ましくは、使用される核酸構築物は、Ｅ．ｃｏｌｉ（構築物が適当な選択可能マーカーおよび複製起点を含む）で増殖することができ、並びに細胞における増殖または選択された遺伝子および組織における組み込みに適応されることができるシャトルベクターである。本発明に記載の構築物は、例えば、プラスミド、バクミド、ファージミド、コスミド、ファージ、ウィルスまたは人工染色体であることができる。
【０３９４】
例えば、好適な構築物としては、限定はされないが、ｐｃＤＮＡ３、ｐｃＤＮＡ３．１（＋／−）、ｐＧＬ３、ＰｚｅｏＳＶ２（＋／−）、ｐＤｉｓｐｌａｙ、ｐＥＦ／ｍｙｃ／ｃｙｔｏ、ｐＣＭＶ／ｍｙｃ／ｃｙｔｏが挙げられ、各々、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏ．（ｗｗｗ．ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ．ｃｏｍ）から市販されている。レトロウィルスベクターおよびパッケージング系の例は、Ｒｅｔｒｏ−ＸベクターｐＬＮＣＸおよびｐＬＸＳＮを含む、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  Ｃａｌｉｆ．より販売されるものであり、それらは、マルチクローニングサイトへのクローニングが可能で、トランスジーンがＣＭＶプロモーターから転写される。Ｍｏ−ＭｕＬＶ由来のベクターはまた、トランスジーンが、５’ＬＴＲ  プロモーターから転写されるであろうｐＢａｂｅなどを含む。
【０３９５】
現在好ましい生体内核酸導入技術としては、アデノウィルス、レンチウィルス、単純ヘルペス  Ｉ  ウィルスまたはアデノ随伴ウィルス（ＡＡＶ）および脂質に基づいた系などのウィルスまたは非ウィルス構築物とのトランスフェクションが挙げられる。遺伝子の脂質に媒介される導入において有用な脂質は、例えば、ＤＯＴＭＡ、ＤＯＰＥ、およびＤＣ−Ｃｈｏｌ（Ｔｏｎｋｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ，  １４（１）：  ５４−６５  （１９９６））である。遺伝子療法に用いるために最も好ましい構築物は、ウィルスであり、最も好ましくは、アデノウィルス、ＡＡＶ、レンチウィルスまたはレトロウィルスである。レトロウィルス構築物などのウィルス構築物は、少なくとも１つの転写プロモーター／エンハンサーまたは遺伝子座規定エレメント（ｌｏｃｕｓ−ｄｅｆｉｎｉｎｇ  ｅｌｅｍｅｎｔｓ）、若しくは選択的スプライシング、ＲＮＡ核外輸送またはメッセンジャー（ｍｅｓｓｅｎｇｅｒ）の翻訳後修飾などの他の手段によって遺伝子発現を制御する他の因子を含む。そのようなベクター構築物はまた、パッケージングシグナル（ｐａｃｋａｇｉｎｇ  ｓｉｇｎａｌ）、長端末反復（ＬＴＲ）またはその一部、並びに、ウィルス構築物にすでに存在しない場合、用いられるウィルスに適切である正および負の（ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ａｎｄ  ｎｅｇａｔｉｖｅ）鎖プライマー結合部位を含む。加えて、そのような構築物は、典型的に、それが置かれた宿主細胞からのペプチドの分泌のためのシグナル配列を含む。好ましくは、この目的のためのシグナル配列は、哺乳類シグナル配列、または本発明のポリペプチドのシグナル配列である。任意選択で、構築物はまた、ポリアデニル化を導くシグナル、並びに１つ以上の制限酵素認識部位および翻訳停止配列を含み得る。例として、そのような構築物は、典型的に、５’ＬＴＲ、ｔＲＮＡ結合部位、パッケージングシグナル、第二鎖ＤＮＡ合成の起点、および３’ＬＴＲまたはその一部を含むであろう。陽イオン性脂質、ポリリシンおよびデンドリマーなどの非ウィルスである他のベクターが用いられることができる。
【０３９６】
組み換え発現ベクターおよび宿主細胞
本発明の別の局面は、ベクター、好ましくは、本発明のタンパク質をコーディングする核酸、または、誘導体、断片、そのアナログまたはホモログを含む発現ベクターに関する。この明細書において、「ベクター」という語は、それに連結されている別の核酸を輸送する核酸分子を指す。ベクターの１つのタイプは、付加的なＤＮＡ断片が連結されることができる環状２本鎖ＤＮＡループを指す「プラスミド」である。ベクターの別のタイプは、付加的なＤＮＡ断片が、ウィルスゲノムに連結されることができるウィルスベクターである。ある種のベクターは、それらが導入された宿主細胞中で自律複製をすることができる。（例えば、細菌複製起点をもつ細菌ベクターおよびエピソーム（ｅｐｉｓｏｍａｌ）哺乳類ベクター。）他のベクター（例えば、非エピソーム（ｎｏｎ−ｅｐｉｓｏｍａｌ）哺乳類ベクター）は、宿主細胞に導入されると、宿主細胞のゲノムに組み込まれ、それによって、宿主ゲノムといっしょに複製される。そのうえ、ある種のベクターは、機能可能なように連結された（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ−ｌｉｎｋｅｄ）遺伝子の発現を指図する（ｄｉｒｅｃｔ）ことができる。そのようなベクターは、本明細書では、「発現ベクター」と呼ばれる。一般に、組み換えＤＮＡ技術において使用される発現ベクターは、しばしば、プラスミドの形である。プラスミドが、もっとも一般的に使用される形のベクターであるので、本明細書では、「プラスミド」および「ベクター」は、互換的に用いられることができる。しかし、本発明は、ウィルスベクター（例えば、複製欠損レトロウィルス、アデノウィルスおよびアデノ随伴ウィルス）などの、同等の機能を果たす他の形の発現ベクターを含むことを意図されている。
【０３９７】
本発明の組み換え発現ベクターは、宿主細胞における核酸の発現に適した形で、本発明の核酸を含み、それは、組み換え発現ベクターが、発現に用いられる宿主細胞に基づいて選ばれ、発現される核酸配列に機能可能なように連結された（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ−ｌｉｎｋｅｄ）１つ以上の調節配列を含むことを意味する。組み換え発現ベクター内で「機能可能なように連結された（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ−ｌｉｎｋｅｄ）」は、ベクターが宿主細胞に導入されたときヌクレオチド配列が（例えば、生体外転写／翻訳系でまたはベクターが宿主細胞に導入された場合は、宿主細胞内で）発現可能なように、対象のヌクレオチド配列が、調節配列に連結されていることを意味するよう意図されている。
【０３９８】
「調節配列」という語は、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御因子（例えば、ポリアデニル化シグナル）を含むことを意図される。そのような調節配列は、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ，  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １８５，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  Ｃａｌｉｆ．  （１９９０）に記載されている。調節配列は、多種の宿主細胞においてヌクレオチド配列の恒常的発現を導くもの、およびある種の宿主細胞でのみヌクレオチド配列の発現を導くもの（例えば、組織特異的調節配列）を含む。発現ベクターの設計が、形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現のレベルなどの要因に依存することができることは当業者に理解されるであろう。本発明の発現ベクターは、宿主細胞に導入されることができ、それによって、本明細書に記載の核酸にコードされた融合タンパク質またはペプチドなどのタンパク質またはペプチドを生成する。
【０３９９】
本発明の組み換え発現ベクターは、原核細胞または真核細胞における変異体タンパク質の生産のために設計されることができる。例えば、本発明のタンパク質は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉなどの細菌細胞、昆虫細胞（バキュロウィルス発現ベクターを用いる）、酵母細胞または哺乳類細胞において、発現されることができる。適切な宿主細胞は、さらに、Ｇｏｅｄｄｅｌ，  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １８５，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  Ｃａｌｉｆ．  （１９９０）で論じられている。或いは、組み換え発現ベクターは、例えば、Ｔｌプロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを用いて、生体外で転写および翻訳されることができる。
【０４００】
原核生物におけるタンパク質の発現は、ほとんどの場合、融合または非融合タンパク質いずれかの発現を導く恒常的または誘導プロモーターを含むベクターを用いて、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉで実行される。融合ベクターは、多くのアミノ酸を、そこにコードされているタンパク質、組み換えタンパク質のアミノまたはＣ末端に付加する。そのような融合ベクターは、典型的に、３つの目的を果たす：（ｉ）組み換えタンパク質の発現を増加する、（ｉｉ）組み換えタンパク質の溶解度を増加する、および（ｉｉｉ）アフィニティー精製におけるリガンドとして作用することによって、組み換えタンパク質の精製を補助する。しばしば、融合発現ベクターには、タンパク質分解酵素による切断（ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ  ｃｌｅａｖａｇｅ）部位が、融合部位と組み換えタンパク質の接合部に導入され、融合タンパク質の精製に続く、融合部位から組み換えタンパク質の分離を可能にする。そのような酵素およびその同系の認識配列としては、血液凝固因子Ｘａ（Ｆａｃｔｏｒ  Ｘａ）、トロンビン、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎ、ＴＥＶおよびエンテロキナーゼが挙げられる。典型的な融合発現ベクターとしては、ｐＧＥＸ  （Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  Ｉｎｃ；  Ｓｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｊｏｈｎｓｏｎ，  １９８８．  Ｇｅｎｅ  ６７：  ３１−４０）、  ｐＭＡＬ  （Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，  Ｂｅｖｅｒｌｙ，  Ｍａｓｓ．）およびｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，  Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，  Ｎ．Ｊ．）が挙げられ、それぞれ、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質またはプロテインＡを標的組み換えタンパク質に融合する。
【０４０１】
適切な誘導、非融合Ｅ．ｃｏｌｉ  発現ベクターの例として、ｐＴｒｃ  （Ａｍｒａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９８８）  Ｇｅｎｅ  ６９：３０１−３１５）  およびｐＥＴ  １１ｄ  （Ｓｔｕｄｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １８５，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  Ｃａｌｉｆ．  （１９９０）  ６０−８９）−（正確でない、ｐＥＴｌｌａ−ｄは、Ｎ末Ｔ７タグをもつ）が挙げられる。
【０４０２】
Ｅ．ｃｏｌｉにおける組み換えタンパク質発現を最大にするストラテジーの１つは、組み換えタンパク質をタンパク質分解酵素による切断（ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃａｌｌｙ  ｃｌｅａｖｅ）する能力が損なわれた組み換えタンパク質を宿主細菌に、タンパク質を発現することである。例えば、Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １８５，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  Ｃａｌｉｆ．  （１９９０）  １１９−１２８を参照のこと。別のストラテジーは、各アミノ酸に対する各コドンが、Ｅ．ｃｏｌｉで優先的に使用されるものであるように、発現ベクターに挿入される核酸の核酸配列を変更することである。（例えば、Ｗａｄａ，  ｅｔ  ａｌ．，  １９９２．  Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２０：  ２１１１−２１１８を参照のこと。）そのような本発明の核酸配列の改変は、標準的なＤＮＡ合成技術によって施されることができる。コドン偏位（ｃｏｄｏｎ  ｂｉａｓ）を解決する別のストラテジーは、稀なＥ．ｃｏｌｉ  ｔＲＮＡ遺伝子の特別な（ｅｘｔｒａ）コピーを含む、ＢＬ２１−ｃｏｄｏｎ  ｐｌｕｓ細菌株（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、またはＲｏｓｅｔｔａ細菌株（Ｎｏｖａｇｅｎ）を用いることによる。
【０４０３】
別の実施形態では、本発明のタンパク質をコードする発現ベクターは、酵母発現ベクターである。酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅにおける発現用ベクターの例として、ｐＹｅｐＳｅｃｌ  （Ｂａｌｄａｒｉ，  ｅｔ  ａｌ．，  １９８７．  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ６：  ２２９−２３４），  ｐＭＦａ  （Ｋｕｒｊａｎ  ａｎｄ  Ｈｅｒｓｋｏｗｉｔｚ，  １９８２．  Ｃｅｌｌ  ３０：  ９３３−９４３），  ｐＪＲＹ８８  （Ｓｃｈｕｌｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８７．  Ｇｅｎｅ  ５４：  １１３−１２３），  ｐＹＥＳ２  （Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  Ｃａｌｉｆ．），  およびｐｉｃＺ  （ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  Ｃａｌｉｆ．）が挙げられる。
【０４０４】
或いは、本発明のポリペプチドは、バキュロウィルス発現ベクターを用いて、昆虫細胞で生成されることができる。培養昆虫細胞（例えば、ＳＦ９細胞）でのタンパク質の発現に利用できるバキュロウィルスベクターとしては、ｐＡｃシリーズ（Ｓｍｉｔｈ，  ｅｔ  ａｌ．，  １９８３．  Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ．  Ｂｉｏｌ．  ３：  ２１５６−２１６５）およびｐＶＬ  シリーズ（Ｌｕｃｋｌｏｗ  ａｎｄ  Ｓｕｍｍｅｒｓ，  １９８９．  Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １７０：  ３１−３９）が挙げられる。
【０４０５】
さらに別の実施形態では、本発明の核酸は、哺乳類発現ベクターを用いて、哺乳類細胞で発現される。哺乳類発現ベクターの例としては、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ，  １９８７．  Ｎａｔｕｒｅ  ３２９：  ８４０）およびｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎ，  ｅｔ  ａｌ．，  １９８７．  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ６：  １８７−１９５）、ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）、ｐＵＢ６（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ｐＣＥＰ４（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ｐＲＥＰ４（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ｐｃＤＮＡ３（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）が挙げられる。哺乳類細胞で使用される場合、発現ベクターの制御機能は、しばしば、ウィルス調節因子によってもたらされる。例えば、一般に用いられるプロモーターは、ポリオーマウイルス、アデノウィルス２、サイトメガロウイルス、ラウス肉腫ウイルスおよびサルウィルス４０由来である。原核および真核細胞のための、他の好適な発現系については、例えば、  Ｓａｍｂｒｏｏｋ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．  ２ｎｄ  ｅｄ．，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎ．Ｙ．，  １９８９．の１６章および１７章を参照のこと。
【０４０６】
別の実施形態では、組み換え哺乳類発現ベクターは、特定の細胞タイプにおいて、優先的に核酸の発現を導くことができる（例えば、組織特異的調節因子が、核酸を発現するために用いられる。組織特異的調節因子は、当分野で公知である。適切な組織特異的プロモーターの非限定的な例としては、アルブミンプロモーター（肝臓特異的、Ｐｉｎｋｅｒｔ，  ｅｔ  ａｌ．，  １９８７．  Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．  １：  ２６８−２７７）、リンパ特異的プロモーター（Ｃａｌａｍｅ  ａｎｄ  Ｅａｔｏｎ，  １９８８．  Ａｄｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ４３：  ２３５−２７５）、特にＴ細胞受容体のプロモーター（Ｗｉｎｏｔｏ  ａｎｄ  Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，  １９８９．  ＥＭＢＯ  Ｊ．  ８：  ７２９−７３３）および免疫グロブリン  （Ｂａｎｅｒｊｉ，  ｅｔ  ａｌ．，  １９８３．  Ｃｅｌｌ  ３３：  ７２９−７４０；  Ｑｕｅｅｎ  ａｎｄ  Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，  １９８３．  Ｃｅｌｌ  ３３：  ７４１−７４８）、ニューロン特異的プロモーター（例えば、ニューロフィラメントプロモーター、Ｂｙｒｎｅ  ａｎｄ  Ｒｕｄｄｌｅ，  １９８９．  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８６：  ５４７３−５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄ，  ｅｔ  ａｌ．，  １９８５．  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：  ９１２−９１６）および乳腺特異的プロモーター（例えば、乳清プロモーター、米国特許第４，８７３，３１６号およびＥｕｒｏｐｅａｎ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．２６４，１６６）が挙げられる。例えば、マウスｈｏｘプロモーター（Ｋｅｓｓｅｌ  ａｎｄ  Ｇｒｕｓｓ，  １９９０．  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：  ３７４−３７９）  およびアルファ−フェトプロテインプロモーター（Ｃａｍｐｅｓ  ａｎｄ  Ｔｉｌｇｈｍａｎ，  １９８９．  Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．  ３：  ５３７−５４６）など、発生的に調節されるプロモーターもまた含まれる。
【０４０７】
本発明は、発現ベクターにアンチセンス方向でクローンされた本発明のＤＮＡ分子を含む組み換え発現ベクターをさらに提供する。すなわち、ＤＮＡ分子は、本発明のタンパク質をコードするｍＲＮＡに対するアンチセンスであるＲＮＡ分子の（ＤＮＡ分子の転写による）発現を可能にするやり方で、調節配列に機能可能なように連結される（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ−ｌｉｎｋｅｄ）。アンチセンス方向でクローンされた核酸に、機能可能なように連結された（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ−ｌｉｎｋｅｄ）アンチセンスＲＮＡ分子の恒常的な発現を指図（ｄｉｒｅｃｔ）する調節配列が、多様な細胞タイプにおいて選択されることができる。例えば、恒常的なアンチセンスＲＮＡの組織特異的または細胞タイプ特異的発現を指図（ｄｉｒｅｃｔ）するウィルスプロモーターおよび／またはエンハンサー若しくは調節配列が、選択されることができる。アンチセンス発現ベクターは、アンチセンス核酸が、高効率調節領域の制御下で生成され、その活性が、ベクターが導入された細胞タイプによって、決定されることができる、組み換えプラスミド、ファージミドまたは弱毒化ウィルスの形であることができる。アンチセンス遺伝子を用いる遺伝子発現の制御についての考察に関して、例えば、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂ，  ｅｔ  ａｌ．，  ”Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ＲＮＡ  ａｓ  ａ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎａｌｙｓｉｓ，”  Ｒｅｖｉｅｗｓ−Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，  Ｖｏｌ．  １（１）  １９８６を参照のこと。
【０４０８】
本発明の別の局面は、本発明の組み換え発現ベクターが導入されている宿主細胞に関する。「宿主細胞」および「組み換え宿主細胞」という語は、本明細書において互換的に用いられる。特定の対象細胞だけでなく、そのような細胞の子孫または潜在的（ｐｏｔｅｎｔｉａｌ）子孫も指すことは理解される。ある種の改変は、突然変異または環境の影響のいずれかのため、次世代に起こり得るので、実際は、そのような子孫は親細胞と同一でない可能性があるが、本明細書においての範疇の中に含まれる。
【０４０９】
宿主細胞は、任意の原核または真核細胞であることができる。例えば、本発明のタンパク質は、Ｅ．ｃｏｌｉなどの細菌細胞、昆虫細胞、酵母、植物または哺乳類細胞（チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）またはＣＯＳまたは２９３細胞など）で生成されることができる。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
【０４１０】
ベクターＤＮＡは、従来の形質転換またはトランスフェクション技術を通して、原核または真核細胞に導入されることができる。この明細書において、「形質転換」および「トランスフェクション」という語は、リン酸カルシウム共沈法または塩化カルシウム、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション若しくは電気穿孔法を含む、外来核酸（例えば、ＤＮＡ）を宿主細胞に導入するための、当分野で認められている多様な技術を指すことを意図されている。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクションするための適切な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，  ｅｔ  ａｌ．  （Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．  ２ｎｄ  ｅｄ．，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  Ｎ．Ｙ．，  １９８９）、および他の実験マニュアル（ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌｓ）にみられることができる。
【０４１１】
哺乳類細胞の安定的遺伝子導入トランスフェクションに関して、用いられる発現ベクターおよびトランスフェクション技術よっては、ほんのわずかの細胞しか、外来ＤＮＡをそのゲノムに組み込み得ないことが知られている。これら取り込んだものを特定し、選択するために、選択可能マーカー（例えば、抗生物質に対する耐性）をコードする遺伝子が、一般的に、対象の遺伝子とともに宿主細胞に導入される。多様な選択可能マーカーには、Ｇ４１８、ハイグロマイシン、ピューロマイシン、ブラストサイジンおよびメトトレキサートなどの薬剤に対する耐性を付与するものが含まれる。選択可能マーカーをコードする核酸は、本発明のタンパク質をコードする核酸と同じベクター上で宿主細胞に導入されることができ、または別個のベクターで導入されることができる。導入された核酸で安定的にトランスフェクションされた細胞は、薬剤選択によって特定されることができる。（例えば、選択可能マーカー遺伝子を取り込んでいる細胞は生き残り、一方で、他の細胞は死滅するであろう。）
【０４１２】
原核または真核宿主細胞など、培養下の本発明の宿主細胞は、本発明のタンパク質を生成（すなわち、発現）するために用いられることができる。従って、本発明は、本発明の宿主細胞を用いる、本発明のタンパク質を生成する方法を、さらに提供する。１つの実施形態では、その方法は、本発明のタンパク質が生成されるように、（本発明のタンパク質をコードする組み換え発現ベクターが導入されている）本発明の宿主細胞を適切な培地中で培養することを含む。別の実施形態では、その方法は、培地または宿主細胞から本発明のタンパク質を単離することをさらに含む。
【０４１３】
タンパク質の効率的な生成に関して、所望の宿主での発現向けに最適化された発現制御配列の制御下に、本発明のタンパク質をコードするヌクレオチド配列をおくことが好ましい。例えば、配列は、最適化された転写および／または翻訳調節配列（改変コザック配列など）を含み得る。
【０４１４】
タンパク質の改変
融合タンパク質
本発明によると、融合タンパク質は、免疫グロブリンの定常領域を含む免疫グロブリンの部分との融合によって、本発明のタンパク質から調製され得る。より好ましくは、免疫グロブリンの部分は、任意選択でおよびより好ましくは、ヒト重鎖定常領域である重鎖定常領域を含む。重鎖定常領域は、最も好ましくは、ＩｇＧ重鎖定常領域であり、並びに、任意選択でおよびより好ましくは、Ｆｃ鎖であり、最も好ましくは、ＣＨ２およびＣＨ３領域を含むＩｇＧＦｃ断片である。どのＩｇＧサブタイプも任意選択で用いられ得るが、ＩｇＧ１サブタイプが好ましい。Ｆｃ鎖は、任意選択で公知または「野生型」Ｆｃ鎖であってよく、或いは変異されてもよい。変異の非限定的、例示的、典型的なタイプは、米国特許出願第２００６００３４８５２号（２００８年２月１６日発行）に記載され、参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。「Ｆｃ鎖」という語はまた、任意選択で、Ｆｃ断片のいずれのタイプを含む。
【０４１５】
ＩｇＧサブクラスにおいて、抗体定常領域が媒介する活性に重要な特定のアミノ酸残基のいくつかが、特定されてきた。従って、これら特定のアミノ酸の包含、置換または除外は、特定免疫グロブリン定常領域媒介活性の包含または除外を可能にする。さらに、特定の変更は、結果として例えば、非グリコシレーション（ａｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ）、および／またはＦｃ鎖に対する他の所望の変更になり得る。以下により詳細に記載されるように、少なくともいくつかの変更は、任意選択で、望ましくない免疫系効果などの望ましくないと考えられるＦｃの機能を妨げるように施され得る。
【０４１６】
融合タンパク質の活性を調節するために施され得る、Ｆｃに対する変異の非限定的、説明的な例として、次の変更が挙げられる（Ｆｃ配列命名（ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ）に関しては、Ｋａｂａｔ  ＥＡ  ｅｔ  ａｌ：  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ．  ＵＳ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ、ＮＩＨ、１９９１からの、Ｋａｂａｔによる）：２２０Ｃ−＞Ｓ、２３３−２３８ＥＬＬＧＧＰ−＞ＥＡＥＧＡＰ、２６５Ｄ−＞Ａ、好ましくは、４３４Ｎ−＞Ａと組み合して、２９７Ｎ−＞Ａ（例えば、Ｎ−グリコシレーションを妨げるため）、３１８−３２２ＥＹＫＣＫ−＞ＡＹＡＣＡ、３３０−３３１ＡＰ−＞ＳＳ、またはその組み合わせ（これら変異およびそれらの効果の説明に関して、例えば、Ｍ．  Ｃｌａｒｋ、”Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ａｎｄ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ”、ｐｐ  １−３１を参照のこと。）前記変更を特徴とするＦｃ鎖に対する構築物は、任意選択でおよび好ましくは、ヒンジ領域のＣＨ２およびＣＨ３領域との組み合わせを含む。
【０４１７】
前記変更は、所望の性質を増強する、または代わりに望ましくない性質を妨げるために、任意選択で実行され得る。例えば，抗体の脱グリコシレーションは、所望の結合機能性を維持する一方で、望ましくない機能であり得るＴ細胞の枯渇の阻止またはサイトカインの放出を引き起こすことが示された（Ｍ．  Ｃｌａｒｋ、Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ａｎｄ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ｐｐ１−３１参照のこと）。３３１位のプロリンのセリンへの置換は、任意選択で望ましくない機能とみなされ得る活性化補体の能力を阻み得る（Ｍ．  Ｃｌａｒｋ、Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ａｎｄ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ｐｐ１−３１を参照のこと）。また、この変更と併せて、３３０位のアラニンをセリンに換えることは、補体を活性化する能力を阻む所望の効果を増強し得る。
【０４１８】
残基２３５および２３７は、前記のように、２３３−２３８からの残基の阻害を変えることはまた、ＡＤＣＣが望ましくない機能とみなされる場合、そのような活性を阻害し得るように抗体依存細胞媒介細胞毒性（ＡＤＣＣ）に関与することが示された。
【０４１９】
残基２２０は、通常、ＩｇＧ１からのＦｃではシステインであり、重鎖が軽鎖と共有結合を形成する部位である。任意選択で、この残基は、いかなるタイプの共有結合をさけるためにセリンに変更され得る。（Ｍ．  Ｃｌａｒｋ、“Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ａｎｄ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ”、ｐｐ  １−３１を参照のこと。）
【０４２０】
残基２６５および４３４に対する前記の変更は、任意選択で、Ｆｃ受容体への結合を減少または阻害するために施され得る免疫系機能に関連するＦｃの望ましくない機能を、任意選択で妨げ得る。（“Ｂｉｎｄｉｎｇ  ｓｉｔｅ  ｏｎ  Ｈｕｍａｎ  ＩｇＧｌ  ｆｏｒ  Ｆｃ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ”、Ｓｈｉｅｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ、ＶｏＩ  ２７６、ｐｐ  ６５９１−６６０４、２００１を参照のこと。）
【０４２１】
前記変更は、選択的な変更の例示としてのみ意図されており、いかなる限定を意味しない。さらに、前記説明は、単一の仮説に縛られることを望むものではなく、便宜的に付与されたものである。
【０４２２】
基の付加
本発明に記載のタンパク質が、直線状の分子である場合、化学的改変を受け入れることができる、またはそれに適している直線状分子上の様々な箇所で種々の官能基を付加することが可能である。官能基は、本発明のタンパク質の直線系状の端部に付加されることができる。いくつかの実施形態では、官能基は、限定はされないが、安定性の向上、（細胞膜および／または組織バリアを通した）浸透、組織局在、効率、クリアランス（ｃｌｅａｒａｎｃｅ）の低下、毒性の低下、選択性向上、細胞ポンプによる排出に対する抵抗の向上などを含む、１つ以上の性質に関して、タンパク質の活性を向上する。便宜上のため、および限定することを望むことなしに、本発明の組成物に含まれた配列の１つの結合していない（ｆｒｅｅ）Ｎ末端は、組成物のＮ末端と呼ばれ、配列の結合していない（ｆｒｅｅ）Ｃ末端は、組成物のＣ末端とみなさるであろう。配列のＣ末端またはＮ末端、若しくは両方は、それぞれ、カルボン酸官能基またはアミン官能基に結合されることができる。
【０４２３】
適切な官能基の非限定的な例は、Ｇｒｅｅｎ  ａｎｄ  Ｗｕｔｓ、”Ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ、５および７章、１９９１に記載され、教示は、参照により本明細書に取り込まれる。好ましい保護基は、例えば、活性成分の親水性を減じるおよび親油性を増加することにより、それに付加された活性成分の細胞への輸送を容易にするものである。これらは、「細胞膜をまたいだ輸送のための部位」の例である。  
【０４２４】
これらの部位は、任意選択でおよび好ましくは、細胞内で、加水分解または酵素的いずれかで生体内で切断される。（Ｄｉｔｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ｐｈａｒｍ．  Ｓｃｉ．  ５７：７８３  （１９６８）；  Ｄｉｔｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ｐｈａｒｍ．  Ｓｃｉ．  ５７：８２８  （１９６８）；  Ｄｉｔｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ｐｈａｒｍ．  Ｓｃｉ．  ５８：５５７  （１９６９）；  Ｋｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２６：２２９４  （１９８７）；  Ｌｉｎｄｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ａｎｄ  Ｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ  １７：３１１  （１９８９）；  ａｎｄ  Ｔｕｎｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｐｈａｒｍ．  ３７：３８６７  （１９８８）、Ａｎｄｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｒｃｈ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  ２３９：５３８  （１９８５）  ａｎｄ  Ｓｉｎｇｈａｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＡＳＥＢ  Ｊ．  １：２２０  （１９８７））．  
ヒドロキシル保護基としては、炭酸およびカルバマート保護基が挙げられる。アミン保護基としては、Ｎ末端保護基に対して、前記のように、アルコキシとアリールオキシのカルボニル基が挙げられる。カルボン酸保護基としては、Ｃ末端保護基に対して、前記のように、脂肪族、ベンジル、およびアリールエステルが挙げられる。１つの実施形態では、本発明の組成物中の１つ以上のグルタミン酸またはアスパラギン酸の側鎖のカルボン酸基が、好ましくは、メチル、エチル、ベンジルまたは置換ベンジルエステルで、より好ましくは、ベンジルエステルで保護される。
【０４２５】
Ｎ末端保護基の非限定的、説明的な例としては、アシル基（ＣＯ−Ｒ１）およびアルコキシカルボニルまたはアリールオキシカルボニル基（ＣＯ−Ｏ−Ｒ１）（Ｒ１は、脂肪族、置換脂肪族、ベンジル、置換ベンジル、芳香族、または置換芳香族基）が挙げられる。アシル基の具体的な例としては、限定はされないが、アセチル、（エチル）−ＣＯ−、ｎ−プロピル−ＣＯ−、イソ−プロピル−ＣＯ−、ｎ−ブチル−ＣＯ、ｓｅｃ−ブチル−ＣＯ、ｔ−ブチル−ＣＯ−、ヘキシル、ラウロイル、パルミトイル、ミリストイル、ステアリル、オレオイルフェニルを含むＣＯ−、置換フェニル−ＣＯ−、ベンジル−ＣＯ  −および（置換ベンジル）−ＣＯ−が挙げられる。アルコキシカルボニルおよびアリールオキシカルボニル基の例としては、ＣＨ３−Ｏ−ＣＯ、（エチル）−Ｏ−ＣＯ−、ｎ−プロピル−Ｏ−ＣＯ、イソプロピル−Ｏ−ＣＯ−、ｎ−ブチル−Ｏ−ＣＯ−、ｓｅｃ−ブチル−Ｏ−ＣＯ、ｔ−ブチル‐Ｏ−ＣＯ−、置換フェニル‐Ｏ−ＣＯ、置換フェニル‐Ｏ−ＣＯ−またベンジル‐Ｏ−ＣＯ、−（置換ベンジル‐Ｏ−ＣＯ、アダマンタン、ナフタレン、ミリストレイル、トルエン、ビフェニル、シンナモイル、ニトロベンゾイル、トルオイル、フロイル、ベンゾイル、シクロヘキサン、ノルボルナンまたはＺカプロンが挙げられる。Ｎ−アシル化を容易にするため、１ないし４グリシン残基は、分子のＮ末端に存在することができる。
【０４２６】
化合物のＣ末端のカルボキシル基は、例えば、限定はされないが、アミド（すなわち、Ｃ末端のヒドロキシル基が、−ＮＨ２、−ＮＨＲ２および−ＮＲ２Ｒ３で置換される）またはエステル（すなわち、  Ｃ末端のヒドロキシル基が−ＯＲ２で置換される）を含む基で保護されることができる。Ｒ２およびＲ３は、任意選択で、独立して、脂肪族、置換脂肪族で、ベンジル、置換ベンジル、アリールまたは置換アリール基である。さらに、窒素原子と併せて、Ｒ２およびＲ３は任意選択で、窒素、酸素または硫黄などの約０から２の付加的なヘテロ原子をもつＣ４〜Ｃ８の複素環を形成することができる。適切な複素環の非限定的、適切な例としては、ピペリジニル、ピロリジニル、モルホリノ、チオモルホリノまたはピペラジニルが挙げられる。Ｃ末端保護基の例としては、限定はされないが、−ＮＨ２、−ＮＨＣＨ３、−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＮＨ（エチル）、−Ｎ（エチル）２、−Ｎ（メチル）（エチル）、−ＮＨ（ベンジル）、−Ｎ（Ｃ１−Ｃ４アルキル）（ベンジル）、−ＮＨ（フェニル）、−Ｎ（Ｃ１−Ｃ４アルキル）（フェニル）、−ＯＣＨ３、−Ｏ−（エチル）−、−Ｏ−（ｎ−プロピル）、−Ｏ−（ｎ−ブチル）、−Ｏ−（イソプロピル）、−Ｏ−（ｓｅｃ−ブチル）、−Ｏ−（ｔ−ブチル）、−Ｏ−ベンジル、および−Ｏ−フェニルが挙げられる。
【０４２７】
ペプチド模倣部位による置換
「ペプチド模倣有機部位（ｍｏｉｅｔｉｅｓ）」は、任意選択で、この発明の組成物のアミノ酸残基に対して、同類置換および非同類置換として、置換されることができる。これら部位（ｍｏｉｅｔｉｅｓ）はまた、「非天然アミノ酸」と呼ばれ、任意選択でアミノ酸残基、アミノ酸を置換し、または削除アミノ酸の代わりにペプチド内でスペサー基として働く。ペプチド模倣有機部位（ｍｏｉｅｔｉｅｓ）は、任意選択でおよび好ましくは、置換されるアミノ酸と同様の立体構造的、電子的または立体配置的性質をもち、並びにそのようなペプチド模倣物は、本質的な位置におけるアミノ酸の置換に用いられ、同類置換とみなされる。しかし、そのような類似性は、必ずしも要求されない。本発明の好ましい実施形態によると、１つ以上のペプチド模倣物は、本発明に記載の天然のタンパク質と比較して、少なくとも生理的活性を実質的に保持するように選択される。
【０４２８】
ペプチド模倣物は、任意選択で、酵素的または他の分解プロセスによるペプチドの分解を阻害するために用いられ得る。ペプチド模倣物は、任意選択でおよび好ましくは、有機合成技術よって生成されることができる。適切なペプチド模倣物の非限定的な例としては、対応するＬ  アミノ酸のＤ  アミノ酸、
テトラゾール（Ｚａｂｒｏｃｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １１０：５８７５−５８８０  （１９８８））、アミド結合の同配体（Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．  ２９：  ３８５３−３８５６  （１９８８））、ＬＬ−３−アミノ−２−プロペニドン（ｐｒｏｐｅｎｉｄｏｎｅ）−６−カルボン酸（ＬＬ−Ａｃｐ）（Ｋｅｍｐ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ｏｒｇ．  Ｃｈｅｍ．  ５０：５８３４−５８３８  （１９８５））．同様のアナログは、Ｋｅｍｐ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．  ２９：５０８１−５０８２  （１９８８）、および  Ｋｅｍｐ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．  ２９：５０５７−５０６０  （１９８８）、Ｋｅｍｐ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．  ２９：４９３５−４９３８  （１９８８）  ａｎｄ  Ｋｅｍｐ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ｏｒｇ．  Ｃｈｅｍ．  ５４：１０９−１１５  （１９８７）にみられる。他の適切なしかし典型的なペプチド模倣物は、Ｎａｇａｉ  ａｎｄ  Ｓａｔｏ、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．  ２６：６４７−６５０  （１９８５）；  Ｄｉ  Ｍａｉｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  Ｐｅｒｋｉｎ  Ｔｒａｎｓ．、１６８７  （１９８５）；  Ｋａｈｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．  ３０：２３１７  （１９８９）；  Ｏｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １１２：３２３−３３３  （１９９０）；  Ｇａｒｖｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ｏｒｇ．  Ｃｈｅｍ．  ５６：４３６  （１９９０）に示される。さらに、適切な典型的なペプチド模倣物としては、ヒドロキシ−１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボン酸塩（Ｍｉｙａｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ｔａｋｅｄａ  Ｒｅｓ．  Ｌａｂｓ  ４３：５３−７６  （１９８９））、１，２，３，４−テトラヒドロ−イソキノリン−３−カルボン酸塩（Ｋａｚｍｉｅｒｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １３３：２２７５−２２８３  （１９９１））、ヒスチジンイソナフトキノンカルボン酸（（ＨＩＣ）  （Ｚｅｃｈｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ．  Ｊ．  Ｐｅｐ．  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．  ４３  （１９９１））、（２Ｓ，３Ｓ）−メチル−フェニルアラニン、（２Ｓ，３Ｒ）−メチル−フェニルアラニン）、（２Ｒ，３Ｓ）−メチル−フェニルアラニン、および（２Ｒ，３Ｒ）−メチル−フェニル‐アラニン（Ｋａｚｍｉｅｒｓｋｉ  ａｎｄ  Ｈｒｕｂｙ、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．  （１９９１））が挙げられる。
【０４２９】
典型的、説明的、非限定的な非天然アミノ酸は、ベータアミノ酸（ベータ３およびベータ２）、ホモアミノ酸、環状アミノ酸、芳香族アミノ酸、ＰｒｏおよびＰｙｒ誘導体、３−置換アラニン誘導体、グリシン誘導体、環置換ＰｈｅおよびＴｙｒ誘導体、直線状コア（ｌｉｎｅａｒ  ｃｏｒｅ）アミノ酸またはジアミノ酸が挙げられる。例えば、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（ＵＳＡ）など、様々な供給業者か入手可能である。
【０４３０】
化学的修飾
本発明において、本発明のタンパク質の任意の部分は、任意選択で、化学的に修飾され得る、すなわち、官能基の付加によって変えられ得る。例えば、天然配列に現れる側鎖アミノ酸残基は、下記のように側鎖アミノ酸残基に加えてまたは代わってタンパク質の他の部分が任意選択的に修飾され得るが、任意選択で修飾され得る。修飾は、例えば、化学合成プロセスが続く場合、化学的に修飾されたアミノ酸を付加することによって、任意選択で分子の合成中に行なわれ得る。しかし、すでに分子中に存在する場合、アミノ酸の化学的修飾もまた可能である（「インサイチュ（ｉｎ  ｓｉｔｕ）」修飾）。
【０４３１】
分子の配列領域のいずれかのアミノ酸は、（「化学的な修飾」と概念的にみなされ得るペプチドにおいて）任意選択で、次の典型的なタイプの修飾のいずれか１つによって、修飾されることができる。非限定的、典型的タイプの修飾としては、カルボキシメチル化、アシル化、リン酸化反応、グリコシル化または脂肪酸アシル化が挙げられる。エーテル結合は、任意選択で、糖のヒドロキシ基にセリンまたはトレオニンのヒドロキシ基を結合するために用いられることができる。アミド結合は、任意選択で、グルタミン酸またはアスパラギン酸のカルボキシル基を糖のアミノ基に結合するために用いられることができる。（Ｇａｒｇ  ａｎｄ  Ｊｅａｎｌｏｚ、Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、Ｖｏｌ．  ４３、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ  （１９８５）；  Ｋｕｎｚ、Ａｎｇ．  Ｃｈｅｍ．  Ｉｎｔ．  Ｅｄ．  Ｅｎｇｌｉｓｈ  ２６：２９４−３０８  （１９８７））アセタール結合およびケタール結合もまた、アミノ酸と炭水化物との間で形成されることができる。脂肪酸アシル誘導体が、任意選択で、例えば、結合していない（ｆｒｅｅ）アミノ基のアシル化によって（例えば、リシン）作られることができる。（Ｔｏｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｅｐｔｉｄｅｓ：  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｒｉｖｉｅｒ  ａｎｄ  Ｍａｒｓｈａｌ、ｅｄｓ．、ＥＳＣＯＭ  Ｐｕｂｌ．、Ｌｅｉｄｅｎ、１０７８−１０７９  （１９９０））
【０４３２】
本明細書において、本発明に記載のタンパク質またはペプチドに言及する際、「化学的な改変」という語は、少なくとも１つのアミノ酸残基が、プロセシングまたは他の翻訳後修飾などの天然のプロセス、若しくは当分野で周知である化学的な修飾技術により、修飾されるタンパク質またはペプチドを指す。数多くの公知の修飾の例としては、限定はされないが、典型的に、アセチル化、アシル化、アミド化、ＡＤＰリボシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、脂質または脂質誘導体の共有結合性付加、メチル化、ミリストイル化、ペグ化、プレニル化、リン酸化、ユビキチン化または任意の同様のプロセスが挙げられる。
【０４３３】
他のタイプの修飾としては、ＰＣＴ出願番号ＷＯ２００６／０５０２６２（参照によりその全体が本明細書に取り込まれる）に記載のように、任意選択で、タンパク質などの生体分子へのシクロアルカンの付加が挙げられ得る。これらの部位（ｍｏｉｅｔｉｅｓ）は、生体分子との使用に設計され、任意選択で、タンパク質に多様な性質を与えるために用いられ得る。
【０４３４】
さらに、任意選択で、タンパク質の任意の部分が、修飾され得る。例えば、ＰＣＴ出願番号ＷＯ２００６／０５０２４７（参照によりその全体が本明細書に取り込まれる）に記載のように、タンパク質上のグリコシレーション部位の（ｍｏｉｅｔｙ）のペグ化が、任意選択で施され得る。１つ以上のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）基が、任意選択で、Ｏ結合型および／またはＮ結合型グリコシレーションに付加され得る。ＰＥＧ基は、任意選択で、分岐または直線状であり得る。任意選択で、水溶性ポリマーの任意のタイプが、グリコシルリンカーを通して、タンパク質上のグリコシレーション部位に付加され得る。
【０４３５】
改変グリコシル化
本発明のタンパク質は、改変されたグリコシル化パターン（すなわち、元のまたは天然のグリコシル化パターンから改変された）をもつように改変され得る。この明細書において、「改変された」とは、１つ以上の炭化水素部位が削除、および／または、少なくとも１つのグリコシル化部位が元のタンパク質に付加されることを意味する。
【０４３６】
タンパク質のグリコシル化は、典型的に、Ｎ結合型またはＯ結合型のいずれかである。Ｎ結合型は、炭化水素部位（ｍｏｉｅｔｙ）のアスパラギン残基の側鎖への付加を指す。トリペプチド配列、アスパラギン−Ｘ−セリンおよびアスパラギン−Ｘ−トレオニン（ここで、Ｘは、プロリン以外の任意のアミノ酸）は、アスパラギン側鎖への炭化水素（ｍｏｉｅｔｙ）の酵素的な付加に対する認識配列である。よって、ポリペプチドにおけるこれらトリペプチド配列のいずれかの存在は、グリコシレーションを受ける可能性がある部位を生む。Ｏ結合型グリコシレーションは、Ｎ−アセチルガラクトサミン、ガラクトースまたはキシロースの糖の１つの、ヒドロキシアミノ酸の１つ、最も一般的にはセリンまたはトレオニンへの付加を指す。ただし、５−ヒドロキシプロリンまたは５−ヒドロキシリシンが用いられることもあり得る。
【０４３７】
本発明のタンパク質に対する、グリコシル化部位の付加は、タンパク質のアミノ酸配列を変えることによって、（Ｎ結合型グリコシル化部位に対して）１つ以上の上記のトリペプチド配列を含むように、便宜的に達成される。改変はまた、（Ｏ結合型グリコシル化部位に対して）元のタンパク質の配列における１つ以上のセリンまたはトレオニン残基の付加または置換によってなされ得る。タンパク質のアミノ酸配列はまた、ＤＮＡレベルで変更を導入することによって変えられ得る。
【０４３８】
タンパク質上の炭化水素部位（ｍｏｉｅｔｉｅｓ）の数を増加する他の手段は、タンパク質のアミノ酸残基にグリコシドを化学的または酵素的に連結することによる。用いられる連結モード（ｃｏｕｐｌｉｎｇ  ｍｏｄｅ）に応じて、糖は、（ａ）アルギニンおよびヒスチジン、（ｂ）結合していない（ｆｒｅｅ）カルボキシル基、（ｃ）システインのスルフヒドリル基などの結合していない（ｆｒｅｅ）スルフヒドリル基、（ｄ）セリン、トレオニンまたはヒドロキシプロリンのヒドロキシル基などの結合していない（ｆｒｅｅ）ヒドロキシル基（ｅ）フェニルアラニン、チロシンまたはトリプトファン芳香族残基などの芳香族残基、若しくは（ｆ）グルタミンのアミド基に付加され得る。これら方法は、ＷＯ８７／０５３３０およびＡｐｌｉｎ  ａｎｄ  Ｗｒｉｓｔｏｎ、ＣＲＣ  Ｃｒｉｔ．  Ｒｅｖ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．、２２：  ２５９−３０６  （１９８１）に記載されている。
【０４３９】
本発明のタンパク質上に存在する任意の炭化水素の除去は、化学的または酵素的に達成される。化学的な脱グリコシル化は、トリフルオロメタンスルホン酸または同等の化合物にさらすことを必要とする。この処理は、結果として、連結糖（Ｎ−アセチルグルコサミンまたはＮ−アセチルガラクトサミン）を除くほとんどまたはすべての糖を、アミノ酸配列を完全なまま残して切断する。
【０４４０】
化学的な脱グリコシル化は、Ｈａｋｉｍｕｄｄｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｒｃｈ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．，２５９：  ５２  （１９８７）；  および  Ｅｄｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．、１１８：  １３１  （１９８１）に記載されている。タンパク質上の炭化水素部位（ｍｏｉｅｔｉｅｓ）の酵素的な切断は、Ｔｈｏｔａｋｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈ．  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１３８：  ３５０  （１９８７）に記載のように、種々のエンドグリコシダーゼおよびエキソグリコシダーゼを用いることによって達成されることができる。
【０４４１】
治療の方法
上記のように、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質、若しくは本発明のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質およびポリペプチド、若しくはその核酸配列またはその断片、特に、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質の細胞外領域または分泌形
並びにＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３  タンパク質および／またはスプライス変異体に特異的に結合する薬剤、並びに／若しくは、他の部位（ｍｏｉｅｔｉｅｓ）の、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質および／またはスプライス変異体への結合を作動または拮抗する薬剤、並びに／若しくは、すくなくとも１つのＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３関連生物活性を調節（作動または拮抗）する薬剤（そのような薬剤は、例として、抗体、小分子、ペプチド、リボザイム、アンチセンス分子、ｓｉＲＮＡなどを含む）は、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌を含む、限定はされないが、非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍を含む癌であり、非転移性、浸潤性または転移性であり得る癌を治療するために用いられることができる。
【０４４２】
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質若しくは、本発明のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質およびポリペプチド、若しくは核酸配列またはその断片、特にＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質の細胞外領域または分泌形、並びにＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質および／またはスプライス変異体に特異的に結合する薬剤、並びに／若しくは、他の部位の、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３タンパク質への結合を作動または拮抗する薬剤、並びに／若しくは、少なくとも１つのＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３関連生物活性を調節（作動または拮抗）する薬剤（そのような薬剤は、例として、抗体、小分子、ペプチド、リボザイム、アンチセンス分子、ｓｉＲＮＡなどを含む。）はさらに、限定はされないが、自己免疫疾患、移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む免疫不全疾患などの非悪性障害を治療するため、並びに／若しくは、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３ポリペプチドによって媒介される免疫共刺激を阻害または促進するために用いられるこいとができる。
【０４４３】
よって、本発明の付加的な局面によると、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭と頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌を含む、限定はされないが、非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍などの癌であり、非転移性、浸潤性または転移性であり得る癌、並びに、限定はされないが、自己免疫疾患、移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む免疫不全疾患などの非悪性の障害を治療するため、並びに／若しくは、対象において、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３ポリペプチドによって媒介される免疫共刺激を阻害または促進するための方法が提供される。
【０４４４】
本発明に記載の対象は、哺乳類であり、好ましくは、上記の疾患、障害、または病態の１つと診断される、若しくは、代わりに、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌などの、限定はされないが、非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍を含む癌、並びに、限定はされないが、自己免疫疾患、移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む免疫不全疾患などの非悪性障害の少なくとも１つのタイプにかかりやすいヒトである。
【０４４５】
本明細書において、「治療する」という語は、上記の疾患、障害または病態の有害な影響を予防する、矯正する、転換する、軽減する、緩和する、最小化する、抑止する、または停止することを指す。
【０４４６】
本発明によると、治療することは、対象において、本発明のポリペプチドの少なくとも１つの発現を具体的に亢進（ｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｌｙ  ｕｐｒｅｇｕｌａｔｉｎｇ）することによって実行されることができる。
【０４４７】
任意選択で、亢進（ｕｐｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ）は、本明細書に記載のように、本発明の（例えば、組み換えまたは合成）ポリペプチド、若しくはその活性部分の少なくとも１つを、対象に投与することによって実行され得る。しかし、大きなポリペプチドのバイオアベイラビィリティは、高分解速度および低浸透速度のため、相対的に小さい可能性があり得るので、ポリペプチドの投与は、好ましくは、小さなペプチド断片（例えば、約１００アミノ酸）にとどめる。ポリペプチドまたはペプチドは、下により詳しく述べるように、任意選択で、医薬組成物の一部として、投与され得る。
【０４４８】
上記疾患の本発明に記載の治療は、当業者に公知の他の治療方法と組み合わせら得る（すなわち、併用治療）。よって、本発明の薬剤を用いる悪性腫瘍の治療は、例えば、放射線治療、抗体治療、および／または化学治療と組み合わせられ得ることは、理解されるであろう。
【０４４９】
代わりにまたはさらに、亢進する（ｕｐｒｅｇｕｌａｔｉｎｇ）方法は、任意選択で、対象において、本発明ポリペプチドまたはその活性部分の少なくとも１つの量（任意選択で発現）を具体的に亢進（ｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｌｙ  ｕｐｒｅｇｕｌａｔｉｎｇ）することによって実行され得る。
【０４５０】
上記、および後に続く実施例セクションに述べたように、本発明のこの局面の生体分子配列は、野生型遺伝子産物（公知タンパク質）の改変された活性または発現が、疾患、障害または病態発症または進行に寄与することが知られるいる疾患、障害または病態の治療において、価値ある治療ツール（ｔｏｏｌｓ）として用いられ得る。例えば、疾患が、膜結合型受容体の過剰発現によって引き起こされる場合、その可溶性変異体は、拮抗剤として用いられ得る。拮抗剤は、リガンド結合に関して受容体と競合し、それによって受容体からのシグナリングを終わらせる。
【０４５１】
抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、抗ＦＸＹＤ３抗体
特定の生殖細胞系配列、ホモログ抗体、控えめな改変（ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ  ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ）が施された抗体、加工および改変された抗体をもつものを含む本発明の抗体は、特有の特性または性質によって特徴付けられる。例えば、抗体は、ヒトＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に特異的に結合する。好ましくは、本発明の抗体は、対応するＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に、高い親和性で、例えば、１０−８Ｍ以下のＫＤ、１０−９Ｍ以下のＫＤ、または１０−１０Ｍ以下のＫＤでさえも結合する。本発明の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体は、好ましくは、１つ以上の次の性質を示す。
【０４５２】
（ｉ）対応するヒトＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に、５Ｘ１０−８Ｍ以下のＫＤで結合する、
【０４５３】
（ｉｉ）Ｂ７免疫共刺激並びに抗腫瘍免疫および自己免疫に係るＴ細胞応などの関連する活性または機能を調節（増強または阻害）する、並びに／若しくは、
【０４５４】
（ｉｉｉ）例えば肺癌、卵巣癌、結腸癌を含む癌細胞によって発現されるＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原に結合するが、正常細胞に実質的に結合しない。加えて、好ましくは、これら抗体およびその抱合体は、そのような癌細胞を選択的に死滅させることを誘発し、並びに自己免疫および癌に係る免疫応答を調節するために効果的であろう。
【０４５５】
より好ましくは、抗体は、対応するヒトＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原に、３Ｘ１０−８Ｍ以下のＫＤで、または１Ｘ１０−９Ｍ以下のＫＤで、０．１Ｘｌ０−９Ｍ以下のＫＤで、または０．０５．Ｘ１０−９Ｍ以下のＫＤで、または１Ｘ１０−９と１Ｘ１０−１１Ｍの間のＫＤで結合する。
【０４５６】
抗体のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に対する結合能を評価する標準的なアッセイは、当分野で公知であり、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロットおよびＲＩＡが挙げられる。適切なアッセイは、実施例で詳細に記載される。抗体の結合動態（例えば、結合親和性）はまた、Ｂｉａｃｏｒｅ分析によってなど、当分野で公知である標準的なアッセイによって評価されることができる。
【０４５７】
抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体の生成にあたり、抗体からの配列は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に結合することができる。ＶＨおよびＶＬ配列は、本発明の他の抗ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３結合分子を作るため「混合および調和される（ｍｉｘｅｄ  ａｎｄ  ｍａｔｃｈｅｄ）」ことができる。そのような「混合および調和された（ｍｉｘｅｄ  ａｎｄ  ｍａｔｃｈｅｄ）」抗体のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３結合は、例えば、ＥＬＩＳＡなど上記の結合アッセイを用いて試験されることができる。好ましくは、ＶＨおよびＶＬ鎖が、混合および調和された場合、特定のＶＨ／ＶＬ対からのＶＨ配列は、構造的に類似のＶＨ配列と置換される。同様に、好ましくは、特定のＶＨ／ＶＬ対からのＶＬ配列は、構造的に類似のＶＬ配列と置換される。例えば、相同な抗体のＶＨおよびＶＬ配列は、混合および調和に、特に適している。
【０４５８】
特定の生殖細胞系配列をもつ抗体
ある実施形態では、本発明の抗体は、特定の生殖細胞系重鎖免疫グロブリン遺伝子からの重鎖可変領域および／または生殖細胞系軽鎖免疫グロブリン遺伝子からの軽鎖可変領域を含む。
【０４５９】
本明細書において、ヒト抗体は、抗体の可変領域がヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子を用いる系から得られる場合、特定の生殖細胞系配列「の産物」または「から由来の」重鎖または軽鎖可変領域を含む。そのような系は、ヒト免疫グロブリン遺伝子をもつトランスジェニックマウスを対象の抗原で免疫接種すること、またはファージにディスプレイされたヒト免疫グロブリン遺伝子ライブラリーを対象抗原でスクリーニングすることを含む。ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列「の産物」または「から由来の」ヒト抗体は、ヒト抗体のアミノ酸配列をヒト生殖細胞系免疫グロブリンのアミノ酸配列と比較することによって、およびヒト抗体の配列に、配列でもっとも近い（すなわち、最大の％同一性）ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列を選択することによってなどで、特定されることができる。
【０４６０】
特定のヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列「の産物」または「から由来の」ヒト抗体は、生殖細胞系配列と比較して、例えば、天然の体細胞変異体細胞変異または部位特異的な変異の意図的な導入による、アミノ酸の違いを含む。しかし、選択されたヒト抗体は、典型的に、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子によってコードされたアミノ酸配列に対して、少なくとも９０％の同一性があり、他の種の生殖細胞免疫グロブリンアミノ酸配列（例えば、マウス生殖細胞系配列）と比較したとき、ヒトであるとヒト抗体を特定するアミノ酸残基を含む。あるケースでは、ヒト抗体は、生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列に、アミノ酸配列で、少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％、若しくは少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一であり得る。典型的に、特定のヒト生殖細胞系配列由来のヒト抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列と１０アミノ酸以下の違いを示すであろう。あるケースでは、ヒト抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列と５アミノ酸以下、若しくは、４、３、２、または１以下のアミノ酸の違いを示すであろう。
【０４６１】
相同な抗体
さらに別の実施形態では、本発明の抗体は、抗体が、親（ｐａｒｅｎｔ）抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体の所望の機能的性質を保持する、それぞれ、好ましい抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体の単離された抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３アミノ酸配列に相同なアミノ酸配列を含む重鎖および軽鎖可変領域を含む。
【０４６２】
本明細書において、２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、２つの配列間のパーセント同一性に同等である。２つの配列間のパーセント同一性は、配列により共有される同一ポジションの数の関数（ｆｕｎｃｔｉｏｎ）である。（すなわち、％同一性＝同一ポジションの数／ポジションの全数Ｘ１００）（２つ配列の最適なアライメントのために導入される必要がある、ギャップの数および各ギャップの長さを考慮する。）配列の比較、および２つの配列間のパーセント同一性の決定は、下記の非限定的な例に記載のように、数学的アルゴリズムを用いて達成されることができる。
【０４６３】
２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれた、Ｅ．  ＭｅｙｅｒｓおよびＷ．  Ｍｉｌｌｅｒのアルゴリズムを用いてＰＡＭ１２０加重残基表（ｗｅｉｇｈｔ  ｒｅｓｉｄｕｅ  ｔａｂｌｅ）、ギャップ長ペナルティ（ｇａｐ  ｌｅｎｇｔｈ  ｐｅｎａｌｔｙ）が１２およびギャップペナルティが４で決定されることができる。（Ｃｏｍｐｕｔ．  Ａｐｐｌ．  Ｂｉｏｓｃｉ．，  ４：１１−１７  （１９８８））さらに、２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（市販）の中のＧＡＰプログラムに組み込まれている、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ  （Ｊ．  ＭｏＩ．  Ｂｉｏｌ．  ４８：４４４−４５３  （１９７０））アルゴリズムを用いて、Ｂｌｏｓｓｕｍ  ６２  マトリックス（ｍａｔｒｉｘ）またはＰＡＭ２５０  マトリックス（ｍａｔｒｉｘ）、並びにギャップ加重（ｇａｐ  ｗｅｉｇｈｔ）１６、１４、１２、１０、８、６、または４および長さ加重（ｌｅｎｇｔｈ  ｗｅｉｇｈｔ）１、２、３、４、５、または６で決定されることができる。
【０４６４】
さらにまたは代わりに、本発明のタンパク質配列はさらに、例えば、関連する配列を特定するために公共のデータベースの検索を実行する「クエリー（ｑｕｅｒｙ）配列」として用いられることができる。そのような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，  ｅｔ  ａｌ．  （１９９０）  Ｊ  ＭｏＩ．  Ｂｉｏｌ．  ２１５：４０３−１０．のＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を用いて実行されることができる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、ＸＢＬＡＳＴプログラム、ｓｃｏｒｅ＝５０、ｗｏｒｄｌｅｎｇｔｈ＝３で実行され、本発明の抗体に相同なアミノ酸配列をえることができる。比較の目的のためのギャップのあるアライメント得るために、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９７）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  ２５（１７）：３３８９−３４０２に記載のように、Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴが使用されることができる。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴプログラムを使用する場合、各プログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）の初期（ｄｅｆａｕｌｔ）パラメータが用いられることができる。
【０４６５】
同類改変（Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ）をもつ抗体
ある実施形態では、本発明の抗体は、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３  配列を含む重鎖可変領域およびＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列を含む軽鎖可変領域を含み、１つ以上のこれらＣＤＲ配列が、本発明の方法を用いて単離および生成された、好ましい抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３抗体、またはその同類改変（ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ  ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ）に基づいた特定されたアミノ酸配列を含み、並びに抗体が、それぞれ、本発明の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体の所望の機能的性質を保持する。
【０４６６】
様々な実施形態では、抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体は、ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体であることができる。
【０４６７】
本明細書において、「同類（ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ）配列改変」は、アミノ酸配列を含む抗体の結合の特徴に、著しく影響または変化を与えないアミノ酸改変を指すことを意図されている。そのような同類改変（ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ  ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ）は、アミノ酸置換、付加および削除を含む。改変は、部位特異的変異導入およびＰＣＲが媒介する変異導入などの、当分野で公知の標準技術によって、本発明の抗体に導入されることができる。同類（Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ）アミノ酸置換は、アミノ酸残基が、同様の側鎖をもつアミノ酸残基で置換されるものである。同様の側鎖をもつアミノ酸残基のファミリーは、当分野で定義されてきている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン）、ベータ分岐側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香性側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）をもつアミノ酸が挙げられる。よって、本発明の抗体のＣＤＲ領域内の１つ以上のアミノ酸残基は、同じ側鎖ファミリーからの他のアミノ酸残基に置換されることができ、および改変された抗体は、保持された機能（すなわち、上記（ｃ）から（ｊ）に記載の機能）に関して、本明細書に記載された機能アッセイを用いて、試験をされることができる。
【０４６８】
本発明の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体と同じエピトープに結合する抗体
別の実施形態では、本発明は、Ｂ７共刺激および関連機能の調節など、所望の機能特性をもつヒトＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３上の好ましいエピトープに結合する抗体を提供する。所望のエピトープ特異性をもつ他の抗体が、選択され、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原への結合を、所望の抗体と交差競合（ｃｒｏｓｓ−ｃｏｍｐｅｔｅ）する能力をもつであろう。
【０４６９】
加工および改変された抗体
本発明の抗体はさらに、抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体由来のＶＨおよび／またはＶＬ配列の１つ以上をもつ抗体を開始材料として用いて調製され、改変された抗体を加工することができ、改変された抗体は、開始抗体から変えられた特性をもち得る。抗体は、片方または両方の可変領域（すなわちＶＨおよび／またはＶＬ）内、例えば、１つ以上ＣＤＲ領域内および／または１つ以上フレームワーク領域内の１つ以上の残基を改変することによって、加工されることができる。さらにまたは代わりに、抗体は、例えば、抗体のエフェクター機能を変えるために、定常領域内の残基を改変することによって、加工されることができる。
【０４７０】
実施されることができる可変領域加工の１つのタイプは、ＣＤＲグラフティングである。抗体は、主に、６つの重鎖および軽鎖相補的領域（ＣＤＲ）に位置するアミノ酸残基を通して、標的抗原と相互作用する。この理由のため、ＣＤＲ内のアミノ酸配列は、ＣＤＲ外の配列より、個々の抗体間でより多様性がある。ＣＤＲ配列は、抗体抗原相互作用に大きく関与するため、異なる特性をもつ異なる抗体からフレームワーク配列上に移植された特定の天然抗体からのＣＤＲ配列を含む発現ベクターを構築することによって、特定の天然抗体の特性を模倣する組み換え抗体を発現することが可能である。（例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ，  Ｌ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９８）  Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２７；  Ｊｏｎｅｓ，  Ｐ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８６）  Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５；  Ｑｕｅｅｎ，  Ｃ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９８９）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｅｅ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８６：１００２９−１００３３、米国特許第５，２２５，５３９号（Ｗｉｎｔｅｒ）、並びに米国特許第５，５３０，１０１号、第５，５８５，０８９号、第５，６９３，７６２号および第６，１８０，３７０号（Ｑｕｅｅｎ  ｅｔ  ａｌ．）を参照のこと。）
【０４７１】
好適なフレームワーク配列は、生殖細胞系抗体遺伝子配列を含む公共のデータベースまたは既刊参照文献から得られることができる。例えば、ヒト重鎖および軽鎖可変領域遺伝子に対する生殖細胞系ＤＮＡ配列は、「ＶＢａｓｅ」ヒト生殖細胞系配列データベース  （インターネット上で入手可能）、並びに、Ｋａｂａｔ，  Ｅ．  Ａ．，  ｅｔ  ａｌ．  （１９９１）  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，  Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ｕ．Ｓ．  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，  ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．  ９１−３２４２；  Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎ，  Ｉ．  Ｍ．，  ｅｔ  ａｌ．  （１９９２）  ”Ｔｈｅ  Ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｒｍｌｉｎｅ  ＶＨ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  Ｒｅｖｅａｌｓ  ａｂｏｕｔ  Ｆｉｆｔｙ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｏｆ  ＶＨ  Ｓｅｇｍｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ  Ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅ  Ｌｏｏｐｓ”  Ｊ．  ＭｏＩ．  Ｂｉｏｌ．  ２２７：７７６−７９８；  および  Ｃｏｘ，  Ｊ．  Ｐ．  Ｌ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９４）  ”Ａ  Ｄｉｒｅｃｔｏｒｙ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｒｍ−ｌｉｎｅ  ＶＨ  Ｓｅｇｍｅｎｔｓ  Ｒｅｖｅａｌｓ  ａ  Ｓｔｒｏｎｇ  Ｂｉａｓ  ｉｎ  ｔｈｅｉｒ  Ｕｓａｇｅ”  Ｅｕｒ．  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  ２４：８２７−８３６に見られることができる。各々の内容は、参照して、明確に本明細書に取り込まれる。
【０４７２】
可変領域改変の他のタイプは、ＶＨおよび／またはＶＬ  ＣＤＲ１、ＣＤＲ２および／またはＣＤＲ３領域内のアミノ酸残基を変異することであり、それによって、対象抗体の１つ以上結合特性を（例えば、親和性）を向上する。変異を導入するために、部位特異的変異導入またはＰＣＲが媒介する変異導入が、実施されることができる。抗体結合の効果または他の対象機能特性は、適当な生体外または生体内アッセイで評価されることができる。好ましくは、同類改変（ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ  ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ）（上記）が導入される。変異は、アミノ酸置換、付加または削除であり得るが、好ましくは置換である。さらに、典型的に、ＣＤＲ領域内で１、２、３、４または５残基のみが改変される。
【０４７３】
本発明の加工された抗体は、例えば、抗体の特性を向上するために、ＶＨおよび／またはＶＬ内のフレームワーク残基になされる改変を含む。典型的に、そのようなフレームワーク改変は、抗体の免疫原性を減じるためになされる。例えば、１つのアプローチは、対応する生殖細胞系配列に１つ以上のフレームワーク残基を「戻し変異（ｂａｃｋｍｕｔａｔｅ）」する。より具体的に、体細胞変異を受けた抗体は、抗体に由来する生殖細胞系配列と異なるフレームワーク残基を含み得る。そのような残基は、抗体フレームワーク配列を抗体に由来する生殖細胞系配列と比較することによって、特定できる。
【０４７４】
フレームワークまたはＣＤＲ領域内になされた改変に加えてまたは代わって、Ｆｃ領域内に改変を含むように、典型的に、血清半減期、補体結合、Ｆｃ受容体結合および／または抗原依存細胞毒性などの１つ以上の抗体の機能特性を改変するように本発明の抗体は加工され得る。さらに、本発明の抗体は、化学的に改変され得る（例えば、１つ以上の化学的な部位（ｍｏｉｅｔｉｅｓ）が、抗体に付加されることができる）、または、グリコシル化を改変、１つ以上の抗体の機能特性を再び改変し得る。そのような実施形態は、下でさらに述べられている。Ｆｃ領域中の残基の番号付け（ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ）は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスのものである。
【０４７５】
１つの実施形態では、ＣＨ１のヒンジ領域は、ヒンジ領域中のシステイン残基の数が変えられる（例えば、増加または減少する）ように改変される。このアプローチは、米国特許第５，６７７，４２５号（Ｂｏｄｍｅｒ  ｅｔ  ａｌによる）さらに記載されている。ＣＨ１のヒンジ領域中でシステイン残基の数が変更され、例えば、軽鎖および重鎖の組み立てを容易にする、または、抗体の安定性を増加または減少する。
【０４７６】
別の実施形態では、抗体のＦｃヒンジ領域は、抗体の生物学的半減期を減少するために変異される。より具体的に、１つ以上のアミノ酸変異が、抗体が、天然のＦｃ−ヒンジ領域のブドウ球菌蛋白質Ａ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｙｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａ  （ＳｐＡ）結合と比較して損なわれたＳｐＡ結合を有するようにＦｃ−ヒンジ断片のＣＨ２−ＣＨ３領域（ｄｏｍａｉｎ）インターフェース領域（ｒｅｇｉｏｎ）に導入される。このアプローチは、米国特許第６，１６５，７４５号（Ｗａｒｄ  ｅｔ  ａｌによる）さらに詳しく記載されている。
【０４７７】
別の実施形態では、抗体は、その生物学的半減期を増加するために改変される。様々なアプローチが可能である。米国特許第６，２７７，３７５号（Ｗａｒｄ）に記載のように、例えば、１つ以上の次の変異が導入されることができる：Ｔ２５２Ｌ、Ｔ２５４Ｓ、Ｔ２５６Ｆ。代わりに、生物学的半減期を増加するために、米国特許第５，８６９，０４６号および第６，１２１，０２２号（Ｐｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．）に記載のように、抗体は、ＩｇＧのＦｃ領域のＣＨ２領域の２つのループから採用されたエピトープに結合するサルベージ受容体（ｓａｌｖａｇｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ）を含むように、ＣＨ１またはＣＬ領域内で変えられることができる。
【０４７８】
さらに別の実施形態では、抗体のエフェクター機能を変えるために、Ｆｃ領域は、少なくとも１つのアミノ酸残基を異なるアミノ酸残基で置換することによって、改変される。例えば、アミノ酸残基２３４、２３５、２３６、２３７、２９７、３１８、３２０および３２２から選ばれる１つ以上アミノ酸は、抗体がエフェクターに対して変られた親和性をもつが、親（ｐａｒｅｎｔ）抗体の抗原結合能を保持するように、異なるアミノ酸残基で置換されることができる。それに対する親和性が変えられたエフェクターリガンドは、例えば、Ｆｃ受容体または補体のＣ１構成物であることができる。このアプローチは、米国特許第５，６２４，８２１号および第５，６４８，２６０号（ともにＷｉｎｔｅｒ  ｅｔ  ａｌによる）にさらに詳しく記載されている。
【０４７９】
別の例では、抗体が、改変されたＣ１ｑ結合および／若しくは減少したまたは消失した補体依存細胞毒性（ＣＤＣ）をもつようにアミノ酸残基３２９、３３１および３２２から選ばれる１つ以上アミノ酸が、異なるアミノ酸残基で置換されることができる。このアプローチは、米国特許第６，１９４，５５１号（Ｉｄｕｓｏｇｉｅ  ｅｔ  ａｌ．による）にさらに詳しく記載されている。
【０４８０】
別の例では、アミノ酸ポジション２３１および２３９の１つ以上のアミノ酸残基が変更され、それによって、補体結合能を変える。このアプローチは、ＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ＷＯ９４／２９３５１（Ｂｏｄｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．による）にさらに詳しく記載されている。
【０４８１】
さらに別の例では、Ｆｃ領域は、抗体の抗体依存細胞毒性（ＡＤＣＣ）を媒介する能力および／または抗体のＦｅｙ受容体に対する親和性を増加するために、次のポジションのアミノ酸１つ以上を改変することによって改変される：２３８、２３９、２４８、２４９、２５２、２５４、２５５、２５６、２５８、２６５、２６７、２６８、２６９、２７０、２７２、２７６、２７８、２８０、２８３、２８５、２８６、２８９、２９０、２９２、２９３、２９４、２９５、２９６、２９８、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１２、３１５、３２０、３２２、３２４、３２６、３２７、３２９、３３０、３３１、３３３、３３４、３３５、３３７、３３８、３４０、３６０、３７３、３７６、３７８、３８２、３８８、３８９、３９８、４１４、４１６、４１９、４３０、４３４、４３５、４３７、４３８または４３９。このアプローチは、ＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ＷＯ００／４２０７２（Ｐｒｅｓｔａによる）にさらに詳しく記載されている。さらに、Ｆｃ  ｇｒａｍｍａｒ、ＦｃガンマＲＩＩ、ＦｃガンマＲＩＩＩおよびＦｃＲｎのヒトＩｇＧ１上の結合部位はマップされており、向上した結合をもつ変異体は、記載されている。（Ｓｈｉｅｌｄｓ，  Ｒ．  Ｌ．  ｅｔ  ａｌ．  （２００１）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２７６：６５９１−６６０４を参照のこと。）ポジション２５６、２９０、２９８、３３３、３３４および３３９における特定の変異は、ＦｃｙＲＩＩＩへの結合を向上することが示されている。加えて、次の組み合わせ変異体（ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ  ｍｕｔａｎｔｓ）が、ＦｃガンマＲＩＩＩ結合を向上することが示されている：Ｔ２５６Ａ／Ｓ２９８Ａ、Ｓ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ、Ｓ２９８Ａ／Ｋ２２４ＡおよびＳ２９８Ａ／Ｅ３３３Ａ／Ｋ３３４Ａ。
【０４８２】
さらに別の実施形態では、抗体のグリコシル化が改変される。例えば、非グルコシ化抗体（すなわち、グリコシル化を欠く抗体）が作成され得る。グリコシル化は、例えば、抗体の抗原に対する親和性を増加するよう変えられることができる。そのような炭水化物改変（ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ）は、例えば、抗体配列内の１つ以上のグリコシル化部位を変えることによって、達成されることができる。例えば、１つ以上の可変領域フレームワークグリコシル化部位を取り除くことになる、１つ以上のアミノ酸置換がなされることができ、それによって、その部位におけるグリコシル化が除去される。そのような非グリコシ化は、抗体の抗原に対する親和性を増加し得る。そのようなアプローチは、米国特許第５，７１４，３５０号および第６，３５０，８６１号（Ｃｏ  ｅｔ  ａｌ．による）にさらに詳しく記載されている。
【０４８３】
さらにまたは代わりに、減少した量のフコース残基をもつ低フコース化抗体または分岐（ｂｉｓｅｃｔｉｎｇ）ＧｌｃＮａｃ構造が増加した抗体などのグリコシル化の改変されたタイプをもつ抗体が、作成されることができる。そのような変えられたグリコシル化パターンは、抗体のＡＤＣＣ能を増加することが示されている。そのような炭化水素改変は、例えば、改変されたグリコシル化機構をもつ宿主細胞に抗体を発現することによって、達成されることができる。改変されたグリコシル化機構をもつ細胞は、当分野で記載されてきており、本発明の組み換え抗体を発現し、それによって改変されたグリコシル化をもつ抗体を作成する宿主細胞として用いられることができる。例えば、細胞株Ｍｓ７０４、Ｍｓ７０５およびＭｓ７０９は、フコース転移酵素遺伝子、ＦＵＴ８（アルファ（１，６）フコース転移酵素）を欠き、Ｍｓ７０４、Ｍｓ７０５およびＭｓ７０９細胞株で発現された抗体は、その炭水化物にフコースを欠く。Ｍｓ７０４、Ｍｓ７０５およびＭｓ７０９  ＦＵＴ８−／−細胞株は、ＣＨＯ／ＤＧ４４細胞において、２つの置換ベクターを用いて、ＦＵＴ８遺伝子の標的破壊によって作成される。（米国特許公開第２００４０１１０７０４  （Ｙａｍａｎｅ  ｅｔ  ａｌ．による）およびＹａｍａｎｅ−Ｏｈｎｕｋｉ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  Ｂｉｏｅｎｇ  ８７：６１４−２２を参照のこと。）別の例として、欧州特許第１，１７６，１９５号（Ｈａｎａｉ  ｅｔ  ａｌ．による）は、機能的に破壊されたフコース転移酵素をコードするＦＵＴ８遺伝子をもつ細胞株を記載している。そのような細胞株において発現された抗体は、アルファ１，６結合関連酵素を減少または削除することによる低フコシル化を示す。Ｈａｎａｉ  ｅｔ  ａｌ．はまた、例えば、抗体のＦｃ領域に結合するＮ−アセチルグルコサミンにフコースを付加する酵素活性が低い、またはその酵素活性をもたない細胞株、ラット骨髄腫細胞株ＹＢ２／０（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  １６６２）を記載している。ＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ＷＯ０３／０３５８３５（Ｐｒｅｓｔａによる）は、Ａｓｎ（２９７）結合炭水化物にフコースを付加する能力が減少し、結果として、その宿主細胞に発現された抗体の低フコシル化を招く、変異体ＣＨＯ細胞株、Ｌｅｃｌ３細胞を記載している。（Ｓｈｉｅｌｄｓ，  Ｒ．  Ｌ．  ｅｔ  ａｌ．  （２００２）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２７７：２６７３３−２６７４０を／も参照のこと。）ＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ＷＯ９９／５４３４２（Ｕｍａｎａ  ｅｔ  ａｌ．による）は、糖タンパク質改変糖転移酵素（例えば、ベータ（１，４）−Ｎ−アセチルグルコサミン転移酵素ＩＩＩ（ＧｎＴＩＩＩ））を発現するよう加工された細胞株を記載しており、加工された細胞株において発現された抗体は、増加した分岐ＧｌｃＮａｃ構造を呈し、結果として、抗体のＡＤＣＣ活性を増加する。（Ｕｍａｎａ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９９）  Ｎａｔ．  Ｂｉｏｔｅｃｈ．  １７：１７６−１８０も参照のこと。）代わりに、抗体のフコース残基は、フコシダーゼを用いて切断される得る。例えば、フコシダーゼ  アルファ−Ｌ−フコシダーゼ酵素は、抗体からフコシル残基を取り除��（Ｔａｒｅｎｔｉｎｏ，  Ａ．  Ｌ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９７５）  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  １４：５５１６−２３）。  
【０４８４】
本発明によって考慮されている、本明細書における抗体の別の改変は、ペグ化である。抗体は、ペグ化されることができ、例えば、抗体の生物学的（例えば血清）半減期を増加する。抗体をペグ化するために、抗体またはその断片は、典型的に、１つ以上のＰＥＧ基が、抗体または抗体断片に付加される条件下で、ＰＥＧの反応性エステルまたはアルデヒド誘導体などのポリエチレングリコール（ＰＥＧ）と反応される。好ましくは、ペグ化は、反応性ＰＥＧ分子（または反応性水溶性ポリマーアナログ）とのアシル化反応またはアルキル化反応を通して行われる。本明細書において、「ポリエチレングリコール」という語は、モノ（Ｃ１−Ｃ１０）アルコキシ−またはアリールオキシ−ポリエチレングリコール若しくはポリエチレングリコール−マレイミドなどの、他のタンパク質を誘導体化するのに用いられてきた、ＰＥＧの任意の形を含むことを意図される。ある実施形態では、ペグ化された抗体は、非グリコシル化抗体である。タンパク質をペグ化する方法は、当分野で公知であり、本発明の抗体に適用されることができる。例えば、欧州特許第０１５４３１６号（Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．による）および欧州特許第０４０１３８４号（Ｉｓｈｉｋａｗａ  ｅｔ  ａｌによる）を参照のこと。
【０４８５】
抗体を加工する方法
上記のように、本発明で開示された、ＶＨおよびＶＫ配列をもつ抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体は、それぞれ、ＶＨおよび／またはＶＬ配列若しくはそれに付加される定常領域を改変することによって、新しい抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体を作成するために用いられることができる。よって、本発明の別の局面では、本発明の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体の構造的な特徴は、例えば、ヒトＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３それぞれに対する結合など、本発明の抗体の少なくとも１つの機能的特性を保持する構造的に関連する抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体を作成するために用いられる。例えば、上記のように、本発明の、付加的な組み換え加工された抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体を作成するために、１つのＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗体またはその変異の１つ以上のＣＤＲ領域が、公知のフレームワーク領域および／または他のＣＤＲと組み換え的に組み合わされることができる。他のタイプの改変としては、これまでのセクションで記載されたものが挙げられる。加工方法のための開始材料は、１つ以上の本明細書において準備されたＶＨおよび／またはＶＫ配列、若しくは１つ以上のそのＣＤＲ領域である。加工抗体を作成するために、１つ以上の本明細書において準備されたＶＨおよび／またはＶＫ配列、若しくは１つ以上のそのＣＤＲ領域をもつ抗体を実際に調製（すなわち、タンパク質として発現）する必要はない。むしろ、配列に含まれる情報は、元の（ｏｒｉｇｉｎａｌ）配列に由来する「第２世代（ｓｅｃｏｎｄ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）」配列を作成するための開始材料として用いられる。
【０４８６】
標準的な分子生物学技術が、変えられ抗体配列を調製および発現するために用いられることができる。
【０４８７】
好ましくは、改変された抗体配列によってコードされる抗体は、１つ、いくつかまたはすべての、本明細書で与えられた方法によって作られ、本明細書で与えられた配列をもつ抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体のそれぞれの機能的特性を保持するものである。その機能特性は、特定のＫＤレベル以下での、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原に対する結合、および／または  Ｂ７共刺激の調節、および／またはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原を発現する肺癌、卵巣癌、結腸癌などの所望の標的細胞に対する選択的結合を含む。
【０４８８】
抗体の機能的特性は当分野で入手可能および／または本明細書で記載の標準的なアッセイを用いて評価されることができる。
【０４８９】
本発明の抗体を加工する方法のある実施形態では、変異は、抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３抗体をコードする配列の全部分または一部において、ランダムまたは選択的に導入されることができ、および得られた改変抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体は、結合能および／または他の所望の機能的特性に関して選別されることができる。
【０４９０】
変異方法は、当分野で記載されてきている。例えば、ＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ＷＯ０２／０９２７８０（Ｓｈｏｒｔによる）は、飽和変異導入、合成連結組み立て（ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ｌｉｇａｔｉｏｎ  ａｓｓｅｍｂｌｙ）またはその組み合わせを用いる、抗体変異を作成および選別する方法を記載している。代わりに、ＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ＷＯ０３／０７４６７９（Ｌａｚａｒ  ｅｔ  ａｌ．による）は、コンピューターによる（ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ）選別法を用いて、抗体の生理化学的特性を最適化する方法を記載している。
【０４９１】
本発明の抗体をコードする核酸分子
本発明の別の局面は、抗体をコードする核酸分子に関する。核酸は、全（ｗｈｏｌｅ）細胞、細胞溶解物若しくは、部分的に精製された、または実質的的に純粋な形で、存在し得る。核酸は、例えば、アルカリ／ＳＤＳ処理、ＣｓＣｌバンディング、カラムクロマトグラフィー、アガロースゲル電気泳動および当分野で周知の他のものなどの標準的な技術によって、他の細胞核酸またはタンパク質などの細胞構成物または他の不純物を取り除いて精製されたとき、「単離された」または「実質的に純粋である（ｒｅｎｄｅｒｅｄ  ｓｕｂｓｔａｎｔｉａｌｌｙ  ｐｕｒｅ）」。Ｆ．  Ａｕｓｕｂｅｌ，  ｅｔ  ａｌ．，  ｅｄ．  （１９８７）  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｇｒｅｅｎｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  ａｎｄ  Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照のこと。本発明の核酸は、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡであることができ、イントロン配列を含んでも含まなくてもよい。好ましい実施形態では、核酸は、ｃＤＮＡ分子である。
【０４９２】
本発明の核酸は、標準的な分子生物学の技術を用いて、得られることができる。ハイブリドーマによって発現された抗体（例えば、下記にさらに記載されるように、ヒト免疫グロブリン遺伝子を含むトランスジェニックマウスから調製されたハイブリドーマ）に関して、ハイブリドーマによって作られた抗体の軽鎖および重鎖をコードするｃＤＮＡは、標準的なＰＣＲ増幅またはｃＤＮＡクローニング技術によって得られることができる。免疫グロブリン遺伝子ライブラリーから（例えば、ファージディスプレイ技術を用いて、）得られた抗体に関して、抗体をコードする核酸は、ライブラリーから回収されることができる。
【０４９３】
ＶＨおよびＶＬ切片をコードするＤＮＡ断片が、一旦得られると、これらのＤＮＡ断片は、例えば、可変領域遺伝子を完全長抗体鎖遺伝子、Ｆａｂ断片遺伝子またはｓｃＦｖ遺伝子に転換するために、標準的な組み換えＤＮＡ技術によって、さらに操作されることができる。これら操作において、ＶＬまたはＶＨをコードするＤＮＡ断片は、抗体定常領域または柔軟なリンカーなどの別のタンパク質をコードする別のＤＮＡ断片に、機能可能なように連結される（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ  ｌｉｎｋｅｄ）。
【０４９４】
この文脈において用いられる、「機能可能なように連結される（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ  ｌｉｎｋｅｄ）」という語は、２つのＤＮＡ断片によってコードされるアミノ酸配列が、インフレームで残るように、２つのＤＮＡ断片が連結されること意味することを意図される。
【０４９５】
ＶＨ領域をコードする、単離されたＤＮＡは、重鎖定常領域  （ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３）をコードする別のＤＮＡ分子にＶＨをコードするＤＮＡを機能可能なように連結される（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ  ｌｉｎｋｅｄ）ことによって、完全長重鎖遺伝子に転換されることができる。ヒト重鎖定常領域遺伝子の配列は、当分野で公知であり（例えば、Ｋａｂａｔ，  Ｅ．  Ａ．，  ｅｌ  ａｌ．  （１９９１）  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，  Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ｕ．Ｓ．  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，  ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．  ９１−  ３２４２を参照のこと）、これら領域を含むＤＮＡ断片は、標準的なＰＣＲ増幅によって得られることができる。重鎖定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭまたはＩｇＤ定常領域であることができる。しかし、最も好ましくは、ＩｇＧ１またはＩｇＧ４定常領域である。Ｆａｂ断片重鎖遺伝子に関して、ＶＨをコードするＤＮＡは、重鎖ＣＨ１定常領域のみをコードする別のＤＮＡ分子に機能可能なように連結される（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ  ｌｉｎｋｅｄ）ことができる。
【０４９６】
ＶＬ領域をコードする、単離されたＤＮＡは、軽鎖定常領域ＣＬをコードする別のＤＮＡ分子にＶＬをコードするＤＮＡを機能可能なように連結される（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ  ｌｉｎｋｅｄ）ことによって、完全長重鎖遺伝子（並びにＦａｂ軽鎖遺伝子に）に転換されることができる。ヒト軽鎖定常領域遺伝子の配列は、当分野で公知であり（例えば、Ｋａｂａｔ，  Ｅ．  Ａ．，  ｅｔ  ａｌ．  （１９９１）  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，  Ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ｕ．Ｓ．  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，  ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．  ９１−３２４２を参照のこと）、これら領域を含むＤＮＡ断片は、標準的なＰＣＲ増幅によって得られることができる。軽鎖定常領域は、カッパまたはラムダ定常領域であることができ、最も好ましくは、カッパ定常領域である
【０４９７】
ｓｃＦｖ遺伝子を作成するために、ＶＨおよびＶＬをコードするＤＮＡ断片は、例えば、アミノ酸配列（Ｇｌｙ４−Ｓｅｒ）３をコードするなどの、柔軟なリンカーをコードする別の断片に機能可能なように連結され（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ  ｌｉｎｋｅｄ）、ＶＨおよびＶＬ配列は、リンカーによって連結されたＶＬおよびＶＨ領域をもつ連続した単一鎖のタンパク質として発現されることができる。（例えば、Ｂｉｒｄ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４２：４２３−４２６；  Ｈｕｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８８）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８５：５８７９−５８８３；  ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．，  （１９９０）  Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５４を参照のこと）
【０４９８】
本発明の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３モノクローナル抗体の生成
本発明のモノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、例えば、Ｋｏｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ  （１９７５）  Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５の標準的な体細胞ハイブリダイゼーション技術などの従来のモノクローナル抗体方法論（ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｙ）を含む種々の技術によって生成されることができる。体細胞ハイブリダイゼーション手順が、原則として好ましいが、モノクローナル抗体を生成する他の技術、例えばＢリンパ球のウィルスまたは腫瘍形成性形質転換が採用されることができる。
【０４９９】
ハイブリドーマを調製するための好ましい動物系は、マウスの系である。  マウスにおけるハイブリドーマ生産は、良く確立された手順である。免疫接種プロトコールおよび融合のために免疫された脾細胞（免疫接種された（ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ）脾細胞）を単離する技術は当分野で公知である。融合する相手（ｐａｒｔｎｅｒｓ）（例えば、マウス骨髄腫細胞）および融合手順もまた公知である。
【０５００】
本発明のキメラ抗体またはヒト化抗体は、上記記載のように調製されたマウスモノクローナル抗体の配列に基づいて調製されることができる。重鎖および軽鎖免疫グロブリンをコードするＤＮＡは、標準的な分子生物学の技術を用いて、対象のマウスハイブリドーマから得られ、非マウス（例えば、ヒト）免疫グロブリン配列を含むように加工されることができる。例えば、キメラ抗体を作るために、マウス可変領域は、当分野で公知の方法を用いて、ヒト定常領域に結合されることができる。（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号（Ｃａｂｉｌｌｙ  ｅｔ  ａｌ．）を参照のこと。）ヒト化抗体を作るために、マウスＣＤＲ領域は、当分野で公知の方法を用いて、ヒトのフレームワーク領域に挿入されることができる。（例えば、米国特許第５，２２５，５３９号（Ｗｉｎｔｅｒ）並びに米国特許第５，５３０，１０１号、第５，５８５，０８９号、第５，６９３，７６２号および第６，１８０，３７０号（Ｑｕｅｅｎ  ｅｔ  ａｌ．）を参照のこと。）
【０５０１】
好ましい実施形態では、本発明の抗体は、ヒトモノクローナル抗体である。ＶＳＩＧ１に対する、そのようなヒトモノクローナル抗体は、マウスの系よりむしろヒト免疫系の一部をもつトランスジェニックまたはトランスクロモソームマウスを用いて生成されることができる。これらトランスジェニックまたはトランスクロモソームマウスは、本明細書で、それぞれ、ＨｕＭＡｂ  Ｍｏｕｓｅ  ＲＴＭおよびＫＭ  Ｍｏｕｓｅ  ＲＴＭと呼ばれるマウスであり、本明細書で、まとめて「ヒトＩｇマウス」と呼ばれる。内在性のミューおよびカッパ鎖遺伝子座を不活性化する標的変異（例えば、Ｌｏｎｂｅｒｇ，  ｅｔ  ａｌ．  （１９９４）  Ｎａｔｕｒｅ  ３６８（６４７４）：  ８５６−８５９を参照のこと）とともに、ＨｕＭＡｂ  Ｍｏｕｓｅ  ＴＭ．  （Ｍｅｄａｒｅｘ．Ｉｎｃ．）は、再構成されない（ｕｎｒｅａｒｒａｎｇｅｄ）ヒト重鎖（ミューおよびガンマ）およびカッパ軽鎖免疫グロブリン配列をコードするヒト免疫グロブリン遺伝子ミニ遺伝子座（ｍｉｎｉｌｏｃｉ）を含む。従って、マウスは、マウスＩｇＭまたはカッパの減少した発現を示し、免疫接種に応答して、導入されたヒト重鎖および軽鎖トランスジーンが、クラススイッチおよび体細胞変異を経て、高親和性のヒトＩｇＧカッパモノクローナルを生成する。（Ｌｏｎｂｅｒｇ，  Ｎ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９４），  ｓｕｐｒａ；  ｒｅｖｉｅｗｅｄ  ｉｎ  Ｌｏｎｂｅｒｇ，  Ｎ．  （１９９４）  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  １１３：４９−１０１；  Ｌｏｎｂｅｒｇ，  Ｎ．  ａｎｄ  Ｈｕｓｚａｒ，  Ｄ．  （１９９５）  Ｉｎｔｅｒｎ．  Ｒｅｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １３：  ６５−９３，  ａｎｄ  Ｈａｒｄｉｎｇ，  Ｆ．  ａｎｄ  Ｌｏｎｂｅｒｇ，  Ｎ．  （１９９５）  Ａｎｎ．  Ｎ．Ｙ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ７６４：５３６−５４６）．  ＨｕＭａｂ  Ｍｏｕｓｅ  ＲＴＭの調製および利用、並びにそのマウスで行われるゲノム改変は、Ｔａｙｌｏｒ，  Ｌ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９２）  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２０：６２８７−６２９５；  Ｃｈｅｎ，  Ｊ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ５：６４７−６５６；  Ｔｕａｉｌｌｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９０：３７２０−３７２４；  Ｃｈｏｉ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４：１１７−１２３；  Ｃｈｅｎ，  Ｊ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  ＥＭＢＯ  Ｊ．  １２：  ８２１−８３０；  Ｔｕａｉｌｌｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９４）  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １５２：２９１２−２９２０；  Ｔａｙｌｏｒ，  Ｌ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９４）  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ６：５７９−５９１；  ａｎｄ  Ｆｉｓｈｗｉｌｄ，  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９６）  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４：  ８４５−８５１に、さらに記載されており、全ての内容は、参照によりその全体が本明細書に具体的に取り込まれる。さらに、米国特許第５，５４５，８０６号、第５，５６９，８２５号、第５，６２５，１２６号、第５，６３３���４２５号、第５，７８９，６５０号、第５，８７７，３９７号、第５，６６１，０１６号、第５，８１４，３１８号、第５，８７４，２９９号および第５，７７０，４２９号（すべてＬｏｎｂｅｒｇ  ａｎｄ  Ｋａｙによる）、米国特許第５，５４５，８０７号（Ｓｕｒａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．）、  ＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏｓ．  ＷＯ９２／０３９１８、ＷＯ９３／１２２２７、ＷＯ９４／２５５８５、ＷＯ９７／１３８５２、ＷＯ９８／２４８８４、およびＷＯ９９／４５９６２（すべてＬｏｎｂｅｒｇ  ａｎｄ  Ｋａｙによる）並びにＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  Ｎｏ．  ＷＯ０１／１４４２４（Ｋｏｒｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．）を参照のこと。
【０５０２】
別の実施形態では、本発明のヒト抗体は、トランスジーンおよびトランスクロモソーム上に、ヒト免疫グロブリン配列をもつマウスを用いて作成されることができる。ヒト重鎖トランスジーンおよびヒト軽鎖トランスクロモソームをもつマウスなどの、本明細書において「ＫＭマウスＴＭ」と呼ばれるそのようなマウスは、ＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ＷＯ０２／４３４７８（Ｉｓｈｉｄａ  ｅｔ  ａｌ）に、詳細に記載されている。
【０５０３】
さらに、ヒト免疫グロブリン遺伝子を発現する、代替となるトランスジェニック動物の系は、当分野で利用可能であり、本発明の抗ＶＳＩＧ１抗体を作成するために用いられることができる。例えば、ゼノマウス（Ｘｅｎｏｍｏｕｓｅ）（Ａｂｇｅｎｉｘ，  Ｉｎｃ．）と呼ばれる代替となるトランスジェニック系が用いられることができ、そのようなマウスは、例えば、米国特許第５，９３９，５９８号、第６，０７５，１８１号、第６，１１４，５９８号、第６，１５０，５８４号および第６，１６２，９６３号（Ｋｕｃｈｅｒｌａｐａｔｉ  ｅｔ  ａｌ．）に記載されている。
【０５０４】
さらに、ヒト免疫グロブリン遺伝子を発現する、代替となるトランスクロモソーム動物の系は、当分野で利用可能であり、本発明の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体を作成するために用いられることができる。例えば、「ＴＣマウス」と呼ばれる、ヒト重鎖トランスクロモソームおよびヒト軽鎖トランスクロモソームをともにもつマウスが用いられることができ、そのようなマウスは、Ｔｏｍｉｚｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．  （２０００）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９７：７２２−７２７に記載されている。さらに、ヒト重鎖および軽鎖トランスクロモソームをもつウシが、当分野で記載されており、（Ｋｕｒｏｉｗａ  ｅｔ  ａｌ．  （２００２）  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２０：８８９−８９４）本発明の抗ＶＳＩＧ１の抗体を作成するために用いられることができる。
【０５０５】
本発明のヒトモノクローナル抗体はまた、ヒト免疫グロブリン遺伝子のライブラリーをスクリーニングするファージディスプレイ法を用いて調製されることができる。ヒト抗体を単離するそのようなファージディスプレイ法が、当分野で確立されている。例えば、米国特許第５，２２３，４０９号、第５，４０３，４８４号、および第５，５７１，６９８号（Ｌａｄｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）、米国特許第５，４２７，９０８号および第５，５８０，７１７号（Ｄｏｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）、米国特許第５，９６９，１０８号および第６，１７２，１９７号（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．）、並びに米国特許第  ５，８８５，７９３号、第６，５２１，４０４号、第６，５４４，７３１号、第６，５５５，３１３号、第６，５８２，９１５号および第６，５９３，０８１号（Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ  ｅｔ  ａｌ．）を参照のこと。
【０５０６】
本発明のヒトモノクローナル抗体はまた、免疫接種するとヒト抗体応答が生じることができるように、ヒト免疫細胞が再構築されたＳＣＩＤマウスを用いて調製されることができる。そのようなマウスは、例えば、米国特許第５，４７６，９９６号および第５，６９８，７６７号（Ｗｉｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．）に記載されている。
【０５０７】
ヒトＩＧマウスの免疫接種
Ｌｏｎｂｅｒｇ，  Ｎ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９４）  Ｎａｔｕｒｅ  ３６８（６４７４）：  ８５６−８５９；  Ｆｉｓｈｗｉｌｄ，  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９６）  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４：  ８４５−８５１；  およびＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ＷＯ９８／２４８８４およびＷＯ０１／１４４２４によって記載されるように、ヒトＩｇマウスが、本発明のヒト抗体を作成するために用いられる場合、そのようなマウスは、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原、および／若しくは組み換えＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３、若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３融合タンパク質の精製または濃縮された調製物を用いて免疫接種されることができる。好ましくは、マウスは、最初の注入の際、週齢６−１６週である。例えば、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原の精製された調製物または組み換え調製物（５−５０ｍｕ．ｇ）が、ヒトＩｇマウスに腹腔内に免疫接種するために用いられることができる。
【０５０８】
他の人々による様々な抗原に関するいままでの経験は、完全フロインドアジュバント中の抗原で最初に腹腔内に（ＩＰ）免疫接種され、続いて、不完全フロインドアジュバント中の抗原で１週毎にＩＰ免疫接種（合計６回まで）した場合、トランスジェニックマウスは応答することを示している。しかし、フロインド以外のアジュバントも有効とわかっている。さらに、アジュバントがない状態での全（ｗｈｏｌｅ）細胞が高い免疫抗原性をもつことがわかっている。
免疫応答は、眼窩後（ｒｅｔｒｏｏｒｂｉｔａｌ）採血によって血漿サンプルがえられる免疫接種プロトコルの間、観察することができる。血漿は（下記のように）にＥＬＩＳＡよって選別されることができ、抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３ヒト免疫グロブリンの十分な滴定濃度もつマウスは、融合に用いられることができる。マウスは、犠牲および脾臓除去の３日前に抗原を静脈内で用いてブーストされることができる。各免疫接種につき２−３回の融合が行なわれる必要があるかもしれないことが予想される。６から２４匹のマウスが、典型的に各抗原のために免疫接種される。通常、ＨＣｏ７およびＨＣｏｌ２株の両方が使用される。さらに、ＨＣｏ７およびＨＣｏｌ２トランスジーンは、２の異なるヒト重鎖トランスジーン（ＨＣｏ７／ＨＣｏ１２）をもつ単一のマウスへ育種されることができる。代わりにまたはさらに、ＫＭマウスＲＴＭ株が使用されることができる。
【０５０９】
本発明のヒトモノクローナル抗体を生産するハイブリドーマの作成
本発明のヒトモノクローナル抗体を生産するハイブリドーマを作るために、免疫接種されたマウスから脾細胞および／またはリンパ節細胞が、単離されることができ、マウス骨髄腫細胞株などの適当な不死化細胞株に融合されることができる。得られたハイブリドーマは、抗原特異的抗体の生産に関して選別されることができる。例えば、免疫接種されたマウスからの脾リンパ球の単一細胞懸濁液は、６分の１の数のＰ３Ｘ６３−Ａｇ８．６５３非分泌マウス骨髄腫細胞（ＡＴＣＣ、  ＣＲＬ  １５８０）と、５０％  ＰＥＧを用いて、融合されることができる。細胞は、平底マイクロプレートに約２Ｘ１０−５で播種され、続いて、２０％の胎児クローン血清、１８％の「６５３」調整培地、５％のオリゲン（ｏｒｉｇｅｎ）（ＩＧＥＮ）、４ｍＭ  Ｌ−グルタミン、１ｍＭ  ナトリウムピルベート、５ｍＭ  ＨＥＰＥＳ、０．０５５ｍＭ  ２−メルカプトエタノール、５０ユニット／ｍｌのペニシリン、５０ｍｇ／ｍｌのストレプトマイシン、５０ｍｇ／ｍｌのゲンタマイシンおよびＩＸ  ＨＡＴ（シグマ、ＨＡＴは融合の２４時間後に添加）を含む選択培地中で２週間培養される。約２週後に、細胞は、ＨＡＴがＨＴと取り替えられた培地において培養されることができる。次いで、個々のウェルは、ヒトモノクローナルＩｇＭおよびＩｇＧ抗体用ＥＬＩＳＡによって選別される。一旦盛んなハイブリドーマ増殖が生じれば、培地は、１０−１４日後に通常観察されることができる。抗体を分泌するハイブリドーマは再び幡種され、再度選別されることができる。ヒトＩｇＧに対してまだ陽性の場合、モノクローナル抗体は、少なくとも２回限界希釈法によってサブクローン化されることができる。その後、安定したサブクローンは生体外で培養されることができ、特徴付けのため組織培養培地中で少量の抗体を生成する。
【０５１０】
ヒトモノクローナル抗体を精製するために、選択されたハイブリドーマは、モノクローナル抗体精製用の２リットルのスピナーフラスコ中で培養されることができる。上澄みは、プロテインＡ−セファロース（Ｐｈａｒｍａｃｉａ、  Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、  Ｎ．Ｊ．）を備えたアフィニティークロマトグラフィーの前に、ろ過および濃縮されることができる。溶出されたＩｇＧは、純度を確認するためにゲル電気泳動と高速液体クロマトグラフィーによってチェックされることができる。バッファーはＰＢＳへ交換されることができ、濃縮は、１．４３の消散係数を用いて、ＯＤ２８０によって測定されることができる。モノクローナル抗体は分注され、−８０℃で保存されることができる。
【０５１１】
本発明のモノクローナル抗体を生産するトランスフェクトーマ（ＴＲＡＮＳＦＥＣＴＯＭＡＳ）の生成
本発明の抗体はまた、当分野で周知のように、例えば、組み換えＤＮＡ技術と遺伝子トランスフェクション法の組み合わせを用いて、宿主細胞トランスフェクトーマ（ｔｒａｎｓｆｅｃｔｏｍａ）で生成されることができる。（例えば、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，  Ｓ．  （１９８５）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：１２０２）．
【０５１２】
例えば、抗体あるいはその抗体断片を発現するために、部分または完全長軽鎖および重鎖をコードするＤＮＡは、標準的な分子生物学技術（例えば対象の抗体を発現するハイブリドーマを使用するＰＣＲ増幅またはｃＤＮＡクローニング）によって得ることができ、ＤＮＡは、遺伝子が転写および翻訳調節配列に機能可能なように連結される（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ  ｌｉｎｋｅｄ）ように、発現ベクターに挿入されることができる。この文脈において、「機能可能なように連結される（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ  ｌｉｎｋｅｄ）」という語は、抗体遺伝子が、ベクター内の転写および翻訳調節配列が抗体遺伝子の転写および翻訳を制御する意図した機能を、ベクターに結合されることを意味するように意図される。発現ベクターおよび発現制御配列は、用いられる発現宿主細胞にあうように選択される。抗体軽鎖遺伝子および抗体重鎖遺伝子は個別のベクターまたはより典型的に両方の遺伝子が、同じ発現ベクターに挿入されることができる。抗体遺伝子は、標準的な方法（例えば、抗体遺伝子断片およびベクターの相補的な制限部位連結、制限部位が存在しない場合は、平滑末端連結）によって発現ベクターに挿入される。本明細書に記載された抗体の軽鎖および重鎖可変領域は、ＶＨセグメントが、ベクター内のＣＨセグメントに機能可能なように連結され（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ  ｌｉｎｋｅｄ）、およびＶＫセグメントが、ベクター内のＣＬセグメントに機能可能なように連結される（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ  ｌｉｎｋｅｄ）ように、既に所望のアイソタイプの重鎖定常および軽鎖定常領域をコードする発現ベクターにそれらを挿入することにより任意の抗体アイソタイプの完全長抗体遺伝子を作成するために使用されることができる。さらにまたは代わりに、組み換え発現ベクターは、宿主細胞からの抗体鎖の分泌を促進するシグナルペプチドをコードすることができる。抗体鎖遺伝子は、シグナルペプチドが抗体鎖遺伝子のアミノ末端にインフレームで連結するように、ベクターにクローンされることができる。シグナルペプチドは、免疫グロブリンのシグナルペプチドまたは異種のシグナルペプチド（すなわち非免疫グロブリンタンパク質からのシグナルペプチド）であることができる。
【０５１３】
抗体鎖遺伝子に加えて、本発明の組み換え発現ベクターは、宿主細胞中の抗体鎖遺伝子の発現を制御する調節配列をもつ。「調節配列」という語は、抗体鎖遺伝子の転写か翻訳を制御するプロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御因子（例えば、ポリアデニル化シグナル）を含むように意図される。そのような調節配列は、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ（Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １８５，  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，  Ｃａｌｉｆ．  （１９９０））に、記載されている。例えば、調節配列の選択を含む、発現ベクターの設計は、形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現のレベルなどの要素に依存し得ることは、当業者に理解されるであろう。哺乳類宿主細胞発現用の好ましい調節配列としては、サイトメガロウィルス（ＣＭＶ）、シミアンウイルス４０（シミアンウイルス４０）、アデノウィルス（例えば、アデノウィルスのメジャーレイト（ｍａｊｏｒ  ｌａｔｅ）プロモーター（ＡｄＭＬＰ）およびポリオーマウィルス）に由来したプロモーター並びに／またはエンハンサーのような哺乳類細胞の中の高いレベルのタンパク質発現を指図するウイルスの因子が挙げられる。代わりに、ユビキチンプロモーターまたはベータグロビンプロモーターなどの非ウイルスの調節配列が使用され得る。さらに、ＳＶ４０初期（ｅａｒｌｙ）プロモーターおよびヒトＴ細胞白血病ウィルスタイプ１の末端反復配列からの配列を含む、ＳＲアルファプロモーター系などの、異なる供給源からの配列から構成された調節因子（Ｔａｋｅｂｅ、Ｙ．ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ．  Ｂｉｏｌ．  ８：４６６−４７２）。
【０５１４】
抗体鎖遺伝子および調節配列に加えて、本発明の組み換え発現ベクターは、宿主細胞においてベクターの複製を調節する配列（例えば、複製起点）および選択可能マーカー遺伝子などの付加的配列をもち得る。選択可能マーカー遺伝子は、ベクターが導入された宿主細胞の選択を容易にする。（例えば、米国特許第４，３９９，２１６号、第４，６３４，６６５号、および第５，１７９，０１７号（すべてＡｘｅｌ  ｅｔ  ａｌ．による））例えば、典型的に、選択可能マーカー遺伝子は、ベクターが導入された宿主細胞で、Ｇ４１８、ハイグロマイシンまたはメトトレキサートなどの薬剤に対する耐性を付与する。好ましい選択可能マーカー遺伝子としては、ジヒドロ葉酸還元酵素（ＤＨＦＲ）遺伝子（メトトレキサート選択／増幅をもつｄｈｆｒ−宿主細胞での使用）およびｎｅｏ遺伝子（Ｇ４１８選択用）が挙げられる。
【０５１５】
軽鎖および重鎖の発現に関して、重鎖と軽鎖をコードする発現ベクターは、標準的な技術によって宿主細胞へトランスフェクトされる。「トランスフェクション」という語の様々な形式は、例えば、電気穿孔法、リン酸カルシウム沈澱、ＤＥＡＥデキストラントランスフェクションなどの、原核または真核宿主細胞への外来ＤＮＡの導入に一般的に用いられる種々様々の技術を含むように意図される。原核あるいは真核宿主細胞のいずれかに本発明の抗体を表現することは理論上可能であるが、真核細胞、最も好ましくは哺乳類宿主細胞における抗体の発現が、最も好ましい。なぜなら、真核細胞および特に哺乳類細胞は、原核細胞と比べ、より適切に折り畳まれ、免疫学的に活性のある抗体を組み立て分泌する可能性が高いからである。抗体遺伝子の原核生物での発現は、活性のある抗体の高収率の生産には効果がないことが報告されている（Ｂｏｓｓ，  Ｍ．  Ａ．  ａｎｄ  Ｗｏｏｄ，  Ｃ．  Ｒ．  （１９８５）  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｔｏｄａｙ  ６：１２−１３）。
【０５１６】
本発明の組み換え抗体を表現するための好ましい哺乳類宿主細胞としては、チャイニーズハムスター卵巣細胞（Ｒ．  Ｊ．  Ｋａｕｆｍａｎ  ａｎｄ  Ｐ．  Ａ．  Ｓｈａｒｐ  （１９８２）  ＭｏＩ．  Ｂｉｏｌ．  １５９：６０１−６２１に記載のようにＤＨＦＲ選択可能マーカーと共に使用された、Ｕｒｌａｕｂ  ａｎｄ  Ｃｈａｓｉｎ，  （１９８０）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ７７：４２１６−４２２０記載のＣＨＯ細胞）、ＮＳＯ骨髄腫細胞、ＣＯＳ細胞およびＳＰ２細胞が挙げられる。特に、ＮＳＯ骨髄腫細胞との使用に関して、別の好ましい発現系は、ＷＯ８７／０４４６２、ＷＯ８９／０１０３６およびＥＰ３３８，８４１に開示されたＧＳ遺伝子発現系である。組み換え発現ベクターをコードする抗体遺伝子が哺乳類宿主細胞へ導入される場合、抗体は、宿主細胞の中の抗体の発現、または、より好ましくは宿主細胞が培養される培地中への抗体の分泌で可能である十分な期間の宿主細胞の培養によって生産される。抗体は、標準的なタンパク質精製法を用いて、培地から回収することができる。
【０５１７】
抗原に結合する抗体の特徴付け
本発明の抗体は、例えば、標準的なＥＬＩＳＡによる、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３への結合に関して、試験されることができる。簡潔に、マイクロプレートは、ＰＢＳ中の０．２５．ｍｕ．ｇ／ｍｌの精製されたＶＳＩＧ１でコートされ、次いでリン酸緩衝食塩水中の５％ウシ血清アルブミンでブロックされる。抗体の希釈物（例えば、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を免疫接種されたマウスからの血漿の希釈物）は、各ウェルに加えられ、３７℃で１−２時間、インキュベートされる。プレートは、ＰＢＳ／Ｔｗｅｅｎで洗われ、次に、アルカリホスファターゼに抱合された第２の試薬（例えばヒト抗体、ヤギの抗ヒトのＩｇＧのＦｃに特異的なポリクローナル試薬）を用いて、３７℃で１時間、インキュベートされる。洗浄の後、プレートはｐＮＰＰ基質（１ｍｇ／ｍｌ）で展開（ｄｅｖｅｌｏｐ）され、４０５−６５０のＯＤで分析される。好ましくは、最も高い滴定濃度を展開（ｄｅｖｅｌｏｐ）するマウスが、融合に使用されるであろう。
【０５１８】
上記のＥＬＩＳＡアッセイもまた、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３免疫原に陽性の反応性を示すハイブリドーマをスクリーニングするために使用することができる。ＶＳＩＧ１に高い結合力（ａｖｉｄｉｔｙ）で結合するハイブリドーマはサブクローン化され、さらに特徴付けられます。各ハイブリドーマからの１つのクローン（それは親細胞の反応性（ＥＬＩＳＡによる）を保持する）は、−１４０℃で保存される５−１０瓶（ｖｉａｌ）細胞バンク作成および抗体精製のために選択されることができる。
【０５１９】
抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体を精製するために、選択されたハイブリドーマは、モノクローナル抗体精製用の２リットルのスピナーフラスコ中で培養されることができる。上澄みは、プロテインＡ−セファロース（Ｐｈａｒｍａｃｉａ、  Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、  Ｎ．Ｊ．）を備えたアフィニティークロマトグラフィーの前に、ろ過および濃縮されることができる。溶出されたＩｇＧは、純度を確認するためにゲル電気泳動と高速液体クロマトグラフィーによってチェックされることができる。バッファーはＰＢＳへ交換されることができ、濃縮は、１．４３の消散係数を用いて、ＯＤ２８０によって測定されることができる。モノクローナル抗体は分注され、−８０℃で保存されることができる。
【０５２０】
Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３モノクローナル抗体が、ユニークなエピトープに結合するかどうか判断するために、抗体は、それぞれ市販の試薬（Ｐｉｅｒｃｅ、  Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、  Ｉｌｌ．）を用いてビオチン化されることができる。ラベルされていないモノクローナル抗体およびビオチン化されたモノクローナル抗体を使用する競合試験（ｓｔｕｄｉｅｓ）が、上記のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３をコートしたＥＬＩＳＡプレートを用いて行なわれることができる。ビオチン化されたｍＡｂの結合は、ストレプト−アビジン−アルカリホスファターゼプローブで検出されることができる。
【０５２１】
精製された抗体のアイソタイプを決定するために、アイソタイプＥＬＩＳＡが、特定のアイソタイプの抗体に特異的な試薬を用いて行なわれることができる。例えば、ヒトモノクローナル抗体のアイソタイプを決定するために、マイクロプレートのウェルは、４℃で抗ヒト免疫グロブリンのｌ．ｍｕ．ｇ／ｍｌで１晩コートされることができる。１％のＢＳＡでブロッキングした後、プレートは、１〜２時間の室温（ａｍｂｉｅｎｔ  ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ）で、１ｍｕｇ／ｍｌ以下の試験されるモノクローナル抗体または精製されたアイソタイプ対照を用いて反応させる。次いで、ヒトＩｇＧ１またはヒトＩｇＭのいずれかに特異的なアルカリホスファターゼ抱合プローブを反応させることができる。プレートは、上記のように、展開（ｄｅｖｅｌｏｐ）され、分析される。
【０５２２】
抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３ヒトＩｇＧはさらに、ウェスタンブロットによって、それぞれ、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原に対する反応性を試験されることができる。簡潔に、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原は、調製され、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動に供されることができる。電気泳動の後、分離された抗原は、ニトロセルロース膜に移され、１０％のウシ胎仔血清でブロッキングされ、試験されるモノクローナル抗体でプローブされる。ヒトＩｇＧの結合は、抗ヒトＩｇＧアルカリホスファターゼを用いて検出され、ＢＣＩＰ／ＮＢＴ基質タブレット（Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍ．  Ｃｏ．，  Ｓｔ．  Ｌｏｕｉｓ，  Ｍｏ．）を用いて、展開（ｄｅｖｅｌｏｐ）されることができる。
【０５２３】
抱合体または免疫抱合体
本発明は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原および細胞外領域または部分を含むその可溶性部分、若しくはその変異体を含む、免疫治療に用いられための抱合体を含む。例えば、本発明は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原のＥＣＤが、免疫グロブリンまたはその断片に付加されている抱合体を含む。本発明は、免疫共刺激などのＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原活性を促進または阻害するために用いること、並びに本明細書に記載の移植、自己免疫および癌徴候の治療に用いることを考慮する。
【０５２４】
別の局面では、本発明は、抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体またはその断片を含み、細胞毒素、薬剤（例えば、免疫抑制薬）または放射能毒素のような治療のための部位に抱合された免疫抱合体を、特徴とする（ｆｅａｔｕｒｅｓ）。そのような抱合体はここで「免疫抱合体」と呼ばれる。１つ以上の細胞毒素を含む免疫抱合体は「免疫毒素」と呼ばれる。細胞毒素または細胞毒性薬は、細胞に有害な（例えば、死滅させる）任意の薬剤を含んでいる。例としては、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、エチジウムブロマイド、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド（ｔｅｎｏｐｏｓｉｄｅ）、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、およびピューロマイシン、並びにそのアナログまたはそのホモログが挙げられる。
治療のための薬剤としては、例えば、代謝拮抗物質（例えばメトトレキサート、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、５−フルオロウラシルダカルバジン）、アルキル化薬（例えば、メクロレタミン、チオエパ、クロラムブチル、メルファラン、カルマスティン（ＢＳＮＵ）およびロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロホスファミド、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトチン、マイトマイシンＣおよびシス形ジクロロジアミン白金（ＩＩ）（ＤＤＰ）シスプラチン）、アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン（旧ダウノマイシン）およびドキソルビシン）、抗生物質（例えば、ダクチノマイシン（旧アクチノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシンおよびアントラマイシン（ＡＭＣ））、並びに抗有糸分裂剤（例えば、ビンクリスチンおよびビンブラスチン）が挙げられる。
【０５２５】
本発明の抗体に抱合されることができる治療のための細胞毒素の他の好ましい例としては、それについてデュオカルマイシン（ｄｕｏｃａｒｍｙｃｉｎｓ）、カリケアマイシン（ｃａｌｉｃｈｅａｍｉｃｉｎｓ）、メイタンシン（ｍａｙｔａｎｓｉｎｅｓ）およびアウリスタチン（ａｕｒｉｓｔａｔｉｎｓ）、およびその誘導体が挙げられる。カリケアマイシン（ｃａｌｉｃｈｅａｍｉｃｉｎ）抗体抱合体の一例は市販されている。（Ｍｙｌｏｔａｒｇ．ＴＭ（商標）．、Ｗｙｅｔｈ）
【０５２６】
細胞毒素は、当分野において利用可能なリンカー技術を用いて、本発明の抗体に抱合体されることができる。細胞毒素を抗体に抱合するために用いられるリンカータイプの例としては、限定はされないが、ヒドラゾン、チオエテール、エステル、ジスルフィドおよびペプチド含有リンカーが挙げられる。リソソームのコンパートメント内の低いｐＨによる分割に弱い、または、カテプシン（例えばカテプシンＢ、Ｃ、Ｄ）などの腫瘍組織で差次的に発現されたプロテアーゼなどのプロテアーゼによる分割に弱いリンカーが、例えば、選択されることができる。
【０５２７】
治療薬剤を抗体に抱合する、細胞毒素の種類、リンカーおよび方法のさらなる考察はまた、Ｓａｉｔｏ，  Ｇ．  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ａｄｖ．  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．  Ｒｅｖ．  ５５：１９９−２１５；  Ｔｒａｉｌ，  Ｐ．  Ａ．  ｅｔ  ａｌ．  （２００３）  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．  ５２：３２８−  ３３７；  Ｐａｙｎｅ，  Ｇ．  （２００３）  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ３：２０７−２１２；  Ａｌｌｅｎ，  Ｔ．  Ｍ．  （２００２）  Ｎａｔ．  Ｒｅｖ．  Ｃａｎｃｅｒ  ２：７５０−７６３；  Ｐａｓｔａｎ，  Ｉ．  ａｎｄ  Ｋｒｅｉｔｍａｎ，  Ｒ．  Ｊ．  （２００２）  Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｉｎｖｅｓｔｉｇ．  Ｄｒｕｇｓ  ３：１０８９−  １０９１；  Ｓｅｎｔｅｒ，  Ｐ．  Ｄ．  および  Ｓｐｒｉｎｇｅｒ，  Ｃ．  Ｊ．  （２００１）  Ａｄｖ．  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖ．  Ｒｅｖ．  ５３：２４７−２６４を参照のこと。
【０５２８】
本発明の抗体はまた、放射性同位体への抱合されることができ、放射性免疫抱合体と呼ばれる細胞毒性の放射性医薬品を生成する。診断あるいは治療上使用のための抗体への抱合されることのできる放射性同位体としては、例えば、限定はされないが、ヨウ素１３１、インジウム１１１、イットリウム９０およびルテチウム１７７が挙げられる。放射性免疫抱合体を調製する方法は、当分野で確立されている。Ｚｅｖａｌｉｎ．ＴＭ（商標）（ＩＤＥＣ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）およびＢｅｘｘａｒ．ＴＭ（商標）を含む放射性免疫抱合体の例は市販されている。また、同様の方法は本発明の抗体を用いて、放射性免疫抱合体を調製するために用いられることができる。
【０５２９】
本発明の抗体抱合体は所与の生体応答を改変するために用いられることができ、薬部位（ｍｏｉｅｔｙ）は、古典的化学治療薬剤に制限される解釈すべきではない。例えば、薬部位（ｍｏｉｅｔｙ）は、所望の生物活性をもつタンパク質またはポリペプチドであり得る。そのようなタンパク質としては、例えば、アブリン、リシンＡ、シュードモナス菌体外毒素またはジフテリア毒素などの酵素的に活性のある毒素またはその活性断片、腫瘍壊死因子またはインターフェロンガンマなどのタンパク質、若しくは、例えばリンホカイン、インターロイキン１（「ＩＬ−１」）、インターロイキン２（「ＩＬ−２」）、インターロイキン６（「ＩＬ−６」）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「ＧＭ−ＣＳＦ」）、顆粒球コロニー刺激因子（「Ｇ−ＣＳＦ」）または他の生長因子などの生体応答調節剤が挙げられ得る。
【０５３０】
抗体へのそのような治療のための部位（ｍｏｉｅｔｙ  ）を抱合するための技術は周知であり、例えば、Ａｒｎｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ”Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｉｍｍｕｎｏｔａｒｇｅｔｉｎｇ  Ｏｆ  Ｄｒｕｇｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ”，  ｉｎ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，  Ｒｅｉｓｆｅｌｄ  ｅｔ  ａｌ．  （ｅｄｓ．），  ｐｐ．  ２４３−５６  （Ａｌａｎ  Ｒ．  Ｌｉｓｓ，  Ｉｎｃ．  １９８５）；  Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，  ”Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ”，  ｉｎ  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  （２ｎｄ  Ｅｄ．），  Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．  （ｅｄｓ．），  ｐｐ．  ６２３−５３  （Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，  Ｉｎｃ．  １９８７）；Ｔｈｏｒｐｅ，  ”Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃａｒｒｉｅｒｓ  Ｏｆ  Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ａｇｅｎｔｓ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ：  Ａ  Ｒｅｖｉｅｗ”，  ｉｎ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ’８４：  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，  Ｐｉｎｃｈｅｒａ  ｅｔ  ａｌ．  （ｅｄｓ．），  ｐｐ．  ４７５−５０６  （１９８５）；”Ａｎａｌｙｓｉｓ，  Ｒｅｓｕｌｔｓ，  Ａｎｄ  Ｆｕｔｕｒｅ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  Ｏｆ  Ｔｈｅ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  Ｕｓｅ  Ｏｆ  Ｒａｄｉｏｌａｂｅｌｅｄ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ”，  ｉｎ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ｆｏｒ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ａｎｄ  Ｔｈｅｒａｐｙ，  Ｂａｌｄｗｉｎ  ｅｔ  ａｌ．  （ｅｄｓ．），  ｐｐ．  ３０３−１６  （Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ  １９８５），  および  Ｔｈｏｒｐｅ  ｅｔ  ａｌ．，  ”Ｔｈｅ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  Ａｎｄ  Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ  Ｏｆ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ−Ｔｏｘｉｎ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ”，  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｒｅｖ．，  ６２：１１９−５８  （１９８２）を参照のこと。
【０５３１】
二重特異性分子
別の局面では、本発明は、本発明の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体、若しくはその断片を含む二重特異性分子を特徴とする（ｆｅａｔｕｒｅｓ）。それについて、本発明の抗体またはその抗原結合部分は、誘導体化されることができる、または、例えば別のペプチドまたはタンパク質（例、受容体に対する別の抗体またはリガンド）などの別の機能的な分子に連結されることができる、それは少なくとも２つの異なる結合部位または標的分子に結合する二重特異性の分子を生成する。本発明の抗体は、実際に、３つ以上の異なる結合部位および／または標的分子と結合する多重特異性分子を生成するために、誘導体化され得るか、または２つ以上の機能的に連結され得る。そのような多重特異性の分子も、本明細書において、「二重特異性分子」という語によって含まれるように意図される。本発明の二重特異性分子を作成するために、本発明の抗体は、別の抗体、抗体断片、ペプチドまたは結合模倣物質などの１つ以上の他の結合分子に、（例えば、化学的カップリング、遺伝子融合、非共有結合連結、またはその他（ｏｔｈｅｒｗｉｓｅ）によって）、結果として二重特異性分子になるように、機能的に連結されることができる。
【０５３２】
従って、本発明は、少なくともＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に対する第１の結合特異性、および第２の標的エピトープに対する第２の結合特異性を含む二重特異性分子を含む。本発明の特定の実施形態では、例えば、ヒトＦｃガンマＲＩ（ＣＤ６４）またはヒトＦｃアルファ受容体（ＣＤ８９）などの第２の標的エピトープＦｃ受容体である。したがって、本発明は、両方をＦｃガンマＲ、ＦｃアルファＲまたはＦｃイプシロンＲを発現するエフェクター細胞（例えば単球、マクロファージあるいは多形核細胞（ＰＭＮ））、および、それぞれ、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を発現する標的細胞の両方に、結合することができる二重特異性分子を含む。これらの二重特異性分子はＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を発現する細胞エフェクター細胞と、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を発現する細胞の食作用、抗体依存の細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）、サイトカイン放出またはスーパーオキシドアニオンの生成などのＦｃ受容体が媒介するエフェクター細胞活性を、誘発する。
【０５３３】
二重特異性分子が、多重特異性である、本発明の実施形態では、分子は、抗Ｆｃ結合特異性および抗６ｆ結合特異性に加えて、第３の結合特異性をさらに含むことができる。１つの実施形態では、第３の結合特異性は、例えば、細胞毒性活性に関与する表面タンパク質に結合し、それによって、標的細胞に対する免疫応答を増加する分子などの  抗促進因子（ａｎｔｉ−ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ  ｆａｃｔｏｒ）部分である。
【０５３４】
「抗促進因子（ａｎｔｉ−ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ  ｆａｃｔｏｒ）部分」は、例えば、抗原または受容体などの所与の分子に結合し、それによって、Ｆｃ受容体または標的細胞抗原に対する結合決定因子の効果の増強となる抗体、機能的な抗体断片またはリガンドであることができる。「抗促進因子（ａｎｔｉ−ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ  ｆａｃｔｏｒ）部分」は、Ｆｃ受容体または標的細胞抗原に結合することができる。或いは、抗促進因子（ａｎｔｉ−ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ  ｆａｃｔｏｒ）部分は、第１および第２の結合特異性が結合する要素（ｅｎｔｉｔｙ）とは異なる要素（ｅｎｔｉｔｙ）に結合することができる。抗抗促進因子（ａｎｔｉ−ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ  ｆａｃｔｏｒ）部分は、細胞傷害性Ｔ細胞に（例えば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ８、ＣＤ２８、ＣＤ４、ＣＤ４０、ＩＣＡＭ−１、または標的細胞に対する増加した免疫応答になる他の免疫細胞を通して）結合することができる。
【０５３５】
１つの実施形態では、米国特許第４，９４６，７７８号（Ｌａｄｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）（その内容は参照によって明確に取り込まれる）に記載のように、本発明の両特定の分子は、結合特異性として、例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）．ｓｕｂ．２、Ｆｖ、または単一鎖Ｆｖなどの少なくとも１つの抗体、または抗体断片を含む。抗体はまた、Ｆｖまたは単一鎖構築物まどの、軽鎖また
【０５３６】
１つの実施形態では、Ｆｅｙ受容体に対する結合特異性は、モノクローナル抗体によって提供され、その結合は、ヒト免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）によって妨げられない。本明細書において、「ＩｇＧ受容体」という語は、クロモソーム１にある８個のガンマ鎖遺伝子のいずれかを指す。これらの遺伝子は、合計１２の膜貫通または可溶性の受容体アイソフォームをコードし、それらは、３つのＦｃガンマ受容体クラスにグループ分けされる：ＦｃガンマＲｌ（ＣＤ６４）、ＦｃガンマＲＩＩ（ＣＤ３２）、およびＦｃガンマＲＩＩＩ（ＣＤ１６）。  
１つの好ましい実施形態では、Ｆｃガンマ受容体ヒト高親和性ＦｃガンマＲＩ。ヒトＦｃガンマＲＩは、単量体ＩｇＧ（１０８−１０−９Ｍ−１）に対する高い親和性を示す７２ｋＤａ分子である。
【０５３７】
ある好ましい抗Ｆｃガンマモノクローナル抗体の産生および特徴付けは、Ｆａｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．ＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ＷＯ８８／０００５２および米国特許第４，９５４，６１７号に記載されており、その教示は、参照によりその全体が本明細書に取り込まれる。これら抗体は、ＦｃガンマＲｌ、ＦｃｙＲＩＩ、またはＦｃｙＲＩＩＩのエピトープに、受容体のＦｃガンマ結合部位とは異なる部位で結合する。その結合は、ＩｇＧの生理的レベルによって、実質的に妨げられない。本発明で有用である具体的な抗ＦｃガンマＲＩ抗体は、ｍＡｂ２２、ｍＡｂ３２、ｍＡｂ４４、ｍＡｂ６２およびｍＡｂ１９７である。ｍＡｂ３２を産生するハイブリドーマは、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから入手可能である（ＡＴＣＣ  受託番号ＨＢ９４６９）。他の実施形態では、抗Ｆｅｙ受容体抗体は、モノクローナル抗体２２（Ｈ２２）のヒト化形である。Ｈ２２抗体の産生および特性付けは、Ｇｒａｚｉａｎｏ，  Ｒ．Ｆ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９５）  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １５５  （１０）：  ４９９６−５００２  および  ＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ＷＯ９４／１０３３２に記載されている。Ｈ２２抗体を酸性する細胞株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎに、ＨＡＯ２２ＣＬＩのもとで寄託され、受託番号ＣＲＬ１１１７７である。
【０５３８】
さらに他の好ましい実施形態では、Ｆｃ受容体に対する結合特異性は、ヒトＩｇＡ受容体に結合するする抗体によってもたらされる。例えば、Ｆｃ−アルファ受容体（ＦｃアルファＲＩ（ＣＤ８９））、その結合は、好ましくは、ヒト免疫グロブリン（ＩｇＡ）によって、妨げられない。「ＩｇＡ受容体」という語は、染色体１９にある１つのアルファ−遺伝子（ＦｃアルファＲＩ）の遺伝子産物を含むように意図される。この遺伝子は５５−１０ｋＤａの数個の選択的にスプライシングされた膜貫通アイソフォームをコードすることが知られている。
【０５３９】
ＦｃアルファＲＩ（ＣＤ８９）は、単球／マクロファージ、好エオシンおよび好中顆粒球で恒常的に発現されるが、非エフェクター細胞集団では発現されない。ＦｃアルファＲＩは、ＩｇＡ１およびＩｇＡ２の両方に対し培地親和性（ほぼ５Ｘ１０−７Ｍ−１）をもち、それは、Ｇ−ＣＳＦまたはＧＭ−ＣＳＦなどのサイトカインへの接触で増加される（Ｍｏｒｔｏｎ，  Ｈ．  Ｃ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９６）  Ｃｒｉｔｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  １６：４２３−４４０）。Ａ３、Ａ５９、Ａ６２およびＡ７７と特定された、ＩｇＡリガンド結合領域の外側のＦｃアルファＲＩに結合する、４つのＦｃａＲＩに特有のモノクローナル抗体が記述されている（Ｍｏｎｔｅｉｒｏ，  Ｒ．  Ｃ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９２）  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １４８：１７６４）。
【０５４０】
ＦｃアルファＲＩおよびＦｃガンマＲＩは、本発明の二重特異性分子で用いられる好ましいトリガー受容体（ｔｒｉｇｇｅｒ  ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ）である。なぜなら、（１）主として免疫エフェクター細胞（例えば単球、ＰＭＮ、マクロファージ、樹枝状細胞）で発現される、（２）高いレベル（例えば１個の細胞当たり５，０００−１００，０００）で発現される、（３）細胞毒性活性（例えばＡＤＣＣ、食作用）の媒介物質であり、（４）例えば自己抗原など、標的とされた抗原の増強された抗原提示を媒介するからである。
【０５４１】
ヒトモノクローナル抗体が好ましいが、本発明の二重特異性分子に採用されることができる他の抗体は、マウス、キメラおよびヒト化モノクローナル抗体である。
【０５４２】
本発明の二重特異分子は、当分野で公知の方法を用いて、例えば、抗ＦｃＲおよび抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３結合特異性など、構成要素結合特異性（ｃｏｎｓｔｉｔｕｅｎｔ  ｂｉｎｄｉｎｇ  ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｉｅｓ）を抱合することによって、調製されることができる。例えば、二重特異分子の各結合特異性は、個別に生成され、次いで互いに抱合されることができる。結合特異性がタンパク質またはペプチドである場合、多様なカップリングまたはクロスリンキング剤が、共有結合性の抱合に用いられることができる。クロスリンキング剤の例として、プロテイン  Ａ、カルボジイミド、Ｎ−サクシニミジル−Ｓ−アセチル−チオ酢酸（Ｎ−ｓｕｃｃｉｎｉｍｉｄｙｌ−Ｓ−ａｃｅｔｙｌ−ｔｈｉｏａｃｅｔａｔｅ）（ＳＡＴＡ）、５，５’−ジチオビス（２−ニトロ安息香酸）（ＤＴＮＢ）、ｏ−フェニレンジマレイミド（ｏＰＤＭ）、
Ｎ−サクシニミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（Ｎ−ｓｕｃｃｉｎｉｍｉｄｙｌ−３−（２−ｐｙｒｉｄｙｌｄ−ｉｔｈｉｏ）ｐｒｏｐｉｏｎａｔｅ）（ＳＰＤＰ）、およびスクシンイミジル  ４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ｓｕｌｆｏｓｕｃｃｉｎｉｍｉｄｙｌ  ４−（Ｎ−ｍａｌｅｉｍｉｄｏｍｅｔｈｙｌ）ｃｙｃｌｏｈｅｘａｎｅ−１−ｃａｒｂｏｘｙｌａｔｅ）（スルホ−ＳＭＣＣ）が挙げられる。（例えば、Ｋａｒｐｏｖｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８４）  Ｊ．  Ｅｘｐ．  Ｍｅｄ．  １６０：１６８６；  Ｌｉｕ，  Ｍ  Ａ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８５）  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８２：８６４８を参照のこと。）他の方法としては、Ｐａｕｌｕｓ  （１９８５）  Ｂｅｈｒｉｎｇ  Ｉｎｓ．  Ｍｉｔｔ．  Ｎｏ．  ７８，  １１８−１３２；  Ｂｒｅｎｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８５）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：８１−８３）および  Ｇｌｅｎｎｉｅ  ｅｔ  ａｌ．  （１９８７）  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １３９：  ２３６７−２３７５）で記載されたものが挙げられる。好ましい抱合剤は、ＳＡＴＡおよびスルホ−ＳＭＣＣであり、ともにＰｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、  Ｉｌｌ．）から入手可能である。
【０５４３】
結合特異性が抗体の場合、それらは、２つの重鎖のＣ末端ヒンジ領域のスルフヒドリル結合を通して、抱合されることができる。特に好ましい実施形態では、ヒンジ領域は、抱合する前に、奇数のスルフヒドリル残基、好ましくは１つを含むように改変される。
【０５４４】
代わりに、両方の結合特異性は、同じベクターにコードされ、発現され、同じ宿主細胞で組み立てられることができる。この方法は、二重特異性分子が、ｍＡｂＸｍＡｂ、ｍＡｂＸＦａｂ、ＦａｂＸＦ（ａｂ’）２またはリガンドＸＦａｂ融合タンパク質である場合、特に有用である。本発明の二重特異分子は、１つの単鎖抗体および結合決定因子（ｂｉｎｄｉｎｇ  ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔ）を含む単鎖分子、または２つの結合決定因子（ｂｉｎｄｉｎｇ  ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔｓ）を含む単鎖二重特異性分子であることができる。
二重特異性分子は、少なくとも２つの単鎖分子を含み得る。二重特異性分子を調製する方法は、例えば、米国特許第５，２６０，２０３号、米国特許第５，４５５，０３０号、米国特許第４，８８１，１７５号、米国特許第５，１３２，４０５号、米国特許第５，０９１，５１３号、米国特許第５，４７６，７８６号、米国特許第５，０１３，６５３号、米国特許第５，２５８，４９８号、および米国特許第５，４８２，８５８号に記載されている。
【０５４５】
二重特異分子の特異的標的への結合は、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、ＦＡＣＳ解析、バイオアッセイ（ｂｉｏａｓｓａｙ）（例えば、成長阻害）、またはウェスタンブロットアッセイによって、確かめることができる。これらアッセイの各々は、一般に、特に対象となるタンパク質−抗体複合体の存在を対象の複合体に特異的なラベルされた試薬（例えば抗体）を用いて検出する。例えば、ＦｃＲ−抗体複合体は、例えば、抗体−ＦｃＲ複合体を認識し、特異的に結合する酵素連結抗体または抗体断片を用いて検出されることができる。代わりに、複合体は、多様な他の免疫アッセイのいずれかを用いて、検出されることができる。例えば、抗体は、放射性ラベルされ、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）で用いられることができる  （例えば、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂ，  Ｂ．，  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ，  Ｓｅｖｅｎｔｈ  Ｔｒａｉｎｉｎｇ  Ｃｏｕｒｓｅ  ｏｎ  Ｒａｄｉｏｌｉｇａｎｄ  Ａｓｓａｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，  Ｔｈｅ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ  Ｓｏｃｉｅｔｙ，  Ｍａｒｃｈ，  １９８６（参照して本明細書に組み込まれる）を参照のこと。）放射性アイソトープは、ガンマカウンターまたはシンチレーションカウンターを用いる手段、若しくはオートラジオグラフィによって検出されることができる。
【０５４６】
医薬組成物
別の局面では、本発明は、薬理学的に許容される担体とともに調合される、１つ若しくは本発明のモノクローナル抗体またはその抗原結合部分の組み合わせを含んでいる、組成物（例えば医薬組成物）を提供する。そのような組成物は、１つ若しくは（例えば、２つ以上の異なる）本発明の抗体または免疫抱合体または両特定の分子の組み合わせを含み得る。例えば、本発明の医薬組成物は、標的抗原上の異なるエピトープに結合するまたは相補的な活性をもつ抗体（または免疫抱合体または二重特異性分子）の組み合わせを含むことができる。
【０５４７】
前に論じたように、本発明のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３は、それぞれ、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原によって誘発された活性に特異的に結合するおよび／または調節（増強または阻害）する、小有機分子、ペプチド、リボザイム、炭水化物、糖タンパク質、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡなどの他の分子を特定することを含む。これらの分子は結合アッセイのなどの公知のスクリーニング法によって特定され得る。ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３関連活性に結合および／または調節する推定上の薬剤候補を特定するために、典型的に、これらのアッセイは、ハイスループットであり、合成または天然の化合物の大きなライブラリーをスクリーニングするであろう。
【０５４８】
具体的に、本発明は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原の細胞外領域、若しくはその断片または変異体、若しくはコードしている、対応する核酸配列を含む薬の開発を含む。これら抱合体は、免疫グロブリン領域などの標的または他の部位を含み得る。これら抱合体は、公知のベクター系または細胞または核酸配列対応する核酸配列を含むベクターで発現され、自己免疫、移植、ＧＶＨＤ、癌および免疫不全疾患または病態の治療においてなどの、癌治療および免疫治療のために用いられ得る
【０５４９】
従って、本発明は、本発明に記載の治療剤の治療有効量を含む医薬組成物を特徴とする（ｆｅａｔｕｒｅｓ）。本発明よると、治療剤は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３細胞外領域のいずれか１つ、若しくはその断片または変異体、若しくはコードしている、対応する核酸配列であり得るであろう。
【０５５０】
本発明に記載の医薬組成物は、さらに好ましくは、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌を含み、例えば、非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍を含む癌であって、非転移性、浸潤性または転移性癌で有り得る癌の治療のために好ましくはさらに用いられる。
【０５５１】
本発明に記載の医薬組成物は、自己免疫の治療のためにさらに用いられ、並びに多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性大腸炎、クローン病、移植拒絶に関連した免疫不全、良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｓ  ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、リューマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、変性リウマチ、非関節性リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、尿酸塩関節炎、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症および軟骨石灰化、から選ばれる自己免疫疾患の治療のために用いられる。
【０５５２】
本発明に記載の医薬組成物は、好ましくは、いかなる生体移植の拒絶および／または骨髄移植後に発症するかもしれない移植片体宿主病の治療のために用いられる。
【０５５３】
「治療」は、治療（ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）および予防（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）または防止（ｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）手段をともに指す。治療を必要とするものは、既に障害をもつもの並びに障害が予防されなければならないものを含む。従って、本明細書において、治療される哺乳類は、障害をもつとして診断されている、若しくは障害の傾向をもっているまたは障害にかかりやすい可能性がある。治療の目的のための「哺乳動物」は、例えばヒト、家畜および家畜（ｄｏｍｅｓｔｉｃ  ａｎｄ  ｆａｒｍ  ａｎｉｍａｌｓ）、並びに犬、馬、猫、雌牛などの、動物園の動物、スポーツ用の動物、ペット動物を含む哺乳動物として分類される、任意の動物を指す。好ましくは、哺乳動物はヒトである。
【０５５４】
「治療有効量」という語は、哺乳類において、疾患または障害を治療するために有効な本発明に記載の薬剤の量を指す。
【０５５５】
本発明の治療薬剤は、対象に、単独でまたは薬理学的に許容される担体と混合された医薬組成物の一部として、与えられることができる。
【０５５６】
本発明の医薬組成物はまた、併用治療、すなわち他の薬剤と組み合わせて投与されることができる。例えば、併用治療は、少なくとも１つの他の治療または免疫調節剤と組み合わられた、本発明に記載の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体、若しくは、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原の細胞外領域若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に結合するペプチド、リボザイム、ｓｉＲＮＡまたは他の薬などの小分子を含む可溶性ポリペプチド抱合体などの、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３調節剤を含むことができる。併用治療に用いられることができる治療薬剤の例は、下の本発明の抗体の利用に関するセクションに、より詳細に記載されている。
【０５５７】
本明細書において、「薬理学的に許容される担体」は、生理学上互換性をもつ任意および全ての溶媒、分散培地、コーティング、抗細菌および抗真菌物質、アイソトニック並びに吸収を遅らせる剤などを含む。好ましくは、担体は、静脈内、筋肉内、皮下、非経口、脊柱または表皮投与（例えば、注射または注入による）に適している。投与経路に応じて、活性化合物、すなわち、抗体、免疫抱合体または二重特異性分子は、材料でコートされ得り、酸の作用および化合物を不活性化する可能性のある自然状態から、化合物を保護する。本発明の医薬化合物は、１つ以上の薬理学的に許容される塩を含み得る。「薬理学的に許容される塩」は、親（ｐａｒｅｎｔ）化合物の所望の生物活性を保持し、いかなる望ましくない毒性効果を与えない塩を指す。（例えば、Ｂｅｒｇｅ，  Ｓ．  Ｍ．，  ｅｔ  ａｌ．  （１９７７）  Ｊ．  Ｐｈａｒｍ．  Ｓｃｉ．  ６６：  １−１９を参照のこと。）そのような塩の例として、酸付加塩および塩基付加塩が挙げられる。酸付加塩としては、塩酸、硝酸、リン酸、硫酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、亜リン酸などの無毒な無機酸、並びに脂肪族のモノおよびジカルボン酸、フェニル置換アルカン酸、ヒドロキシアルカン酸、芳香性の酸、脂肪族および芳香族スルホン酸などの無毒な有機酸由来のものが挙げられる。
塩基付加塩としては、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、カルシウムなどのアルカリ土類金属、並びに、Ｎ、Ｎ’−ジベンジルエチレンジアミン、Ｎ−メチルグルカミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、プロカインなどの無毒な有機アミン由来のものが挙げられる。
【０５５８】
本発明の医薬組成物はまた、薬学的に許容される抗酸化剤を含み得る。薬学的に許容される抗酸化剤としては、（１）アスコルビン酸、システイン塩酸塩、硫化水素ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウムなどの水溶性抗酸化剤、（２）アスコルビン酸パルミテート、ブチルヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、ブチルヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、レシチン、没食子酸プロピル、アルファトコフェロールなどの油溶性抗酸化剤、および（３）クエン酸、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ソルビトール、酒石酸、リン酸などの金属キレート剤が挙げられる。
【０５５９】
本発明の医薬組成物はまた、薬学的に許容される抗酸化剤を含み得る。薬学的に許容される抗酸化剤としては、（１）アスコルビン酸、システイン塩酸塩、硫化水素ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウムなどの水溶性抗酸化剤、（２）アスコルビン酸パルミテート、ブチルヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、ブチルヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、レシチン、没食子酸プロピル、アルファトコフェロールなどの油溶性抗酸化剤、および（３）クエン酸、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ソルビトール、酒石酸、リン酸などの金属キレート剤が挙げられる。本発明の医薬組成物に採用され得る、適切な水性および非水性の担体の例としては、水、エタノール、（グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなどの）多価アルコールおよびその適切な混合物、オリーブオイルなどの植物油、並びにオレイン酸エチルなどの注入可能な有機エステルが挙げられる。例えば、レシチンなどのコーティング剤の使用によって、分散の場合、必要な粒径の維持によって、界面活性剤の使用によって、好適な流動性が維持されることができる。
【０５６０】
これら組成物はまた、保存剤、湿潤剤、乳化剤および分散剤などのアジュバントを含み得る。微生物の存在の防止は、事前殺菌処理による、および様々な抗細菌物質および抗真菌物質（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノールソルビン酸など）の包含による両方によって保証され得る。組成物に、糖、塩化ナトリウムなどのアイソトニックな薬剤含むこともまた望ましい可能性がある。さらに、注射可能な剤形の延長された吸収は、モノステアリン酸アルミニウムとゼラチンなどの吸収を遅らせる薬剤の包含によってなされ得る。
【０５６１】
薬理学的に許容された担体はとしては、無菌水性溶液または分散液、および無菌注射可能な溶液または分散液の即席の調製のための無菌粉末が挙げられる。薬理学的に活性のある物質に対する、そのような媒体および薬剤の使用は、当分野で公知である。いかなる従来の媒体または薬剤が、活性化合物と合わない場合を除いて、本発明の医薬組成物でのその使用が考慮される。補助的な活性化合物もまた、組成物に組み入れられることができる。
【０５６２】
治療組成物は、典型的に、製造と保存の状況の下で、無菌および安定でなければならない。組成物は、溶液、マイクロエマルジョン、リポソームまたは高い薬物濃度に適している他の秩序構造として、製剤されることができる。担体は、例えば、水、エタノール、（例えばグリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコールなどの）多価アルコールおよび適切なその混合物を含む、溶媒または分散媒体であることができる。例えば、レシチンなどのコーティング剤の使用によって、分散の場合、必要な粒径の維持によって、および界面活性剤の使用によって、適当な流動性が維持されることができる。多くの場合、組成物に、砂糖、マンニトール、ソルビトールなどの多価アルコール、または塩化ナトリウムなどのアイソトニックな薬剤を含むことが好ましいであろう。注射可能な組成物の延長された吸収は、例えば、モノステアリン酸アルミニウムとゼラチンなどの吸収を遅らせる薬剤を組成物に含むことによってなされることができる。無菌注射可能溶液は、１つまたは上に列挙された成分の組み合わせと、適切な溶剤中の必要量に活性化合物を組み入れることにより調製されることができ、必要ならば、続いて、滅菌マイクロフィルトレーションを行う。一般に、分散液は、基本的な分散媒体および上に列挙されたものからの必要な他の成分を含む無菌媒体（ｖｅｈｉｃｌｅ）に活性化合物を組み入れることにより調製される。無菌注射可能溶液の調製のための無菌の粉末の場合、好ましい調製法は、活性成分の粉末と予め無菌濾過された溶液からの任意の付加的な所望の成分を産出する真空乾燥および凍結乾燥である。
【０５６３】
無菌注射可能溶液は、１つまたは上に列挙された成分の組み合わせと、適切な溶剤中の必要量に活性化合物を組み入れることにより調製されることができ、必要ならば、続いて、滅菌マイクロフィルトレーションを行う。一般に、分散液は、基本的な分散媒体および上に列挙されたものからの必要な他の成分を含む無菌媒体（ｖｅｈｉｃｌｅ）に活性化合物を組み入れることにより調製される。無菌注射可能溶液の調製のための無菌の粉末の場合、好ましい調製法は、活性成分の粉末と予め無菌濾過された溶液からの任意の付加的な所望の成分を産出する真空乾燥および凍結乾燥である。
【０５６４】
単一剤形を作成するために担体材料と混合されることができる活性成分の量は、治療される対象および投与の特定の様式（ｍｏｄｅ）に応じて、変動するであろう。単一剤形を作成するために担体材料と混合されることができる活性成分の量は、一般に治療効果を生じる組成物の量であろう。一般に、１００パーセント中、この量は、薬理学的に許容される担体と組み合わせて、活性成分の約０．０１パーセントから約９９パーセント、好ましくは約０．１パーセントから約７０パーセント、最も好ましくは約１パーセントから約３０パーセントの範囲である。
【０５６５】
投与計画は、最適の所望の反応（例えば、治療効果）を提供するために調整される。例えば、単一のボーラス（ｂｏｌｕｓ）が投与され得る、いくつかの分割投与量が時間をかけて投与され得る、または治療の状況の要求に示されるように、投与量は、比例的に（ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎａｌｌｙ）減少または増加され得る。投与のしやすいようにおよび投与量の均一である投与単位形（ｄｏｓａｇｅ  ｕｎｉｔ  ｆｏｒｍ）に非経口組成物を調剤することは特に有利である。本明細書において、投与単位形（ｄｏｓａｇｅ  ｕｎｉｔ  ｆｏｒｍ）は、治療される患者に対する単一の投与量として適した物理的に分離した単位を指す。各単位は、必要な薬理学的担体とともに所望の治療効果を生むように計算された活性化合物の所定の量を含む。本発明の投与単位形（ｄｏｓａｇｅ  ｕｎｉｔ  ｆｏｒｍ）の仕様は、（ａ）活性化合物の特有の特徴および達成されるべき特定の治療効果、並びに、（ｂ）個人における感度（ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ）の治療のための、そのような活性化合物を化合する分野に本来ある限界
によって決定され、直接的に依存する。
【０５６６】
抗体の投与に関して、投与量は、約０．０００１から１００ｍｇ／ｋｇ（宿主（ｈｏｓｔ）体重）およびより普通には、０．０１から５ｍｇ／ｋｇである。例えば、投与量は、０．３ｍｇ／ｋｇ体重、１ｍｇ／ｋｇ体重、３ｍｇ／ｋｇ体重、５ｍｇ／ｋｇ体重または１０ｍｇ／ｋｇ体重若しくは１−１０ｍｇ／ｋｇの範囲内であることができる。典型的な治療計画は、週１回、２週毎に１回、３週毎に１回、４週毎に１回、月１回、３箇月毎に１回、３から６箇月毎に１回の投与を伴う。好ましい本発明の抗ＶＳＩＧ１抗体に関する投与計画としては、静脈内投与を経た、１ｍｇ／ｋｇ体重または３ｍｇ／ｋｇ体重が挙げられ、抗体は、次の投与スケジュールの１つを用いて与えられる：（ｉ）４週毎に６回、その後３箇月毎、（ｉｉ）  ３週毎、（ｉｉｉ）３ｍｇ／ｋｇ体重を１回、続いて３週毎に１ｍｇ／ｋｇ体重。
【０５６７】
いくつかの方法では、異なる結合特異性をもつ２つ以上のモノクローナル抗体が、同時に投与され、その場合、投与される各抗体の投与量は、示された範囲内にある。抗体は、通常、複数回で投与される。各投与間の間隔は、例えば、週、月、３箇月毎または年である。間隔はまた、患者における標的抗原に対する抗体の血中レベルを測定することによる適応があれば、不定期であることができる。いくつかの方法では、投与量は、約１−１０００ｍｕｇ／ｍｌの血漿抗体濃度なるように調整され、およびいくつかの方法では、約２５−３００ｍｕ．ｇ／ｍｌである。
【０５６８】
代わりに、抗体は、持続した放出剤として、投与されることができ、その場合、より少ない頻度の投与が必要である。投与量および頻度は、患者における抗体の半減期に依存して変動する。一般に、ヒト抗体が、最も長い半減期を示し、ヒト抗体、キメラ抗体およびヒト以外の抗体が後に続く。投与量および頻度は、治療が予防的か治療的か依存して変動することができる。予防的な用途では、比較的低い投与量が、長期にわたって比較的低頻度（ｉｎｆｒｅｑｕｅｎｔ）間隔で投与される。一生治療を受け続ける患者もいる。治療的な用途では、疾患の進行が減じる、または停止するまで、好ましくは、患者が疾病の症状の部分的または完全な改善を示すまで、比較的短い間隔での比較的高い投与量が時として必要である。その後、患者は予防的な計画で投与されることができる。
【０５６９】
本発明の医薬組成物中の活性成分の実際の投与レベルは、患者に毒性であることなしに、特定の患者、組成物および投与の様式（ｍｏｄｅ）に対して所望の治療反応を達成するために効果的である活性成分の量を得るように変動され得る。選択された投与量は、採用された本発明の特定の組成物若しくはそのエステル、塩またはアミドの活性、投与経路、投与の時間、採用されている特定の化合物の排出の速度、治療の期間、採用された特定の組成物と組み合わせて用いられた他の薬、化合物および／または材料、治療されている患者の年齢、性別、体重、状況、健康状態およびこれまでの病歴、並びに医学分野において周知の要因を含む、種々の薬物動態学的要因に依存するであろう。
【０５７０】
本発明の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体の「治療有効量」は、好ましくは、疾患症状の重症度の減少、疾患の症状のない期間の頻度および持続の増加、寿命（ｌｉｆｅｐａｎ）の増加、疾病寛解、若しくは疾患罹患による障害または身体障害の予防に結果としてなる。例えば、肺腫瘍、卵巣腫瘍および結腸腫瘍などの、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３陽性腫瘍の治療に関して、「治療有効量」は、治療されなかった対象と比較して、細胞増殖または腫瘍増殖を、好ましくは少なくとも約２０％、より好ましくは少なくとも約４０％、さらにより好ましくは少なくとも約６０％、さらにより好ましくは少なくとも約８０％阻害する。組成物の腫瘍増殖阻害能は、ヒト腫瘍における薬効の予測となる動物モデル系において評価されることができる。或いは、組成物の特性は、組成物の阻害能、当業者に公知のアッセイによって生体外阻害を試験することによって評価されることができる。治療化合物の治療有効量は、腫瘍の大きさを減じることができ、そうでなければ、対象における症状を改善することができる。
当業者は、対象の身体の大きさ、対象の症状の重症度および選択された投与の特定の組成物または経路のような要素に基づいて、その量を決定することができるであろう。
【０５７１】
本発明の組成物は、１つ以上の当分野で公知の様々な方法を用いて、１つ以上の投与の経路を通して、投与されることができる。当業者に理解されるであろうように、投与の経路および／または様式（ｍｏｄｅ）は、所望の結果に応じて変えられるであろう。本発明の抗体の投与の好ましい経路としては、例えば、注射または注入による、静脈内、筋肉内、皮内、腹腔内、皮下、脊柱または他の非経口の投与経路が挙げられる。本明細書において、「非経口投与」という句（ｐｈｒａｓｅ）は、経腸および局所投与以外の。通常は注射による投与の様式を意味し、限定なしに、静脈内、筋肉内、動脈内、鞘内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、越導管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、蜘蛛膜下、脊髄内、硬膜外、胸骨内の注射および注入を含む。
【０５７２】
代わりに、本発明に記載のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原活性を調節する抗体  若しくは他のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３薬、若しくは分子並びにその抱合体および組み合わせは、例えば、鼻腔内、経口で、経膣的に、経直腸的に、舌下にまたは局所的になどの、局所的か、表皮または粘膜の投与経路などの非非経口の経路経由で投与されることができる。
【０５７３】
活性化合物は、例えばインプラント、経皮的なパッチおよびマイクロカプセル化された送達システムを含む、制御された放出製剤などの、急速な放出に対して化合物を保護するであろう担体とともに調製されることができる。エチレン酢酸ビニル、ポリアンヒドリド、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステルおよびポリ乳酸などの生物分解性、生体適合性ポリマーが、用いられることができる。そのような製剤を調製する方法は、特許権を有する、または、一般に当業者に公知である。例えば、Ｓｕｓｔａｉｎｅｄ  ａｎｄ  Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｒｅｌｅａｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，  Ｊ．  Ｒ．  Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，  ｅｄ．，  Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，  Ｉｎｃ．，  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  １９７８．を参照のこと。
【０５７４】
治療組成物は、当分野で公知の医療装置（ｄｅｖｉｃｅｓ）で投与されることができる。例えば、好ましい実施形態では、本発明の治療組成物は、米国特許第５，３９９，１６３号、第５，３８３，８５１号、第５，３１２，３３５号、第５，０６４，４１３号、第４，９４１，８８０号、第４，７９０，８２４号、または第４，５９６，５５６号で開示された装置のような針皮下注射装置で投与されることができる。本発明において有用なインプラントおよびモジュールの例としては、制御された速度で薬剤を投薬するための埋め込み可能なミクロ輸液ポンプを開示する米国特許第４，４８７，６０３号、皮膚を通して薬物を投与するための治療装置を開示する米国特許第４，４８６，１９４号、正確な注入速度で薬剤を送達するための薬物輸液ポンプを開示する米国特許第４，４４７，２３３号、可変フローで、連続的に薬剤送達するためのインプラント可能な注入器を開示する米国特許第４，４４７，２２４号、マルチチャンバコンパートメントをもつ浸透性薬剤送達システムを開示する米国特許第４，４３９，１９６号、どれが浸透性薬物送達システムを開示する米国特許第４，４７５，１９６号、が挙げられる。これら特許は、参照により本明細書に取り込まれる。数多くの他のそのようなインプラント、送達システムおよびモジュールが、当業者に公知である。
【０５７５】
ある実施形態では、本発明の抗体または他のＶＳＩＧ１関連薬は、生体内適当な分散を確実にするために製剤されることができる。例えば、脳血液関門（ＢＢＢ）は、多くの高親油性化合物を除外する。本発明の治療化合物がＢＢＢをこえること（望まれるならば）を確実にするために、化合物は、例えば、リポソーム中に製剤されることができる。リポソームを製造する方法に関しては、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号、第５，３７４，５４８号、および第５，３９９，３３１号を参照のこと。リポソームは、特定の細胞または器官に選択的に輸送される１つ以上の部位を含み、よって、標的薬剤送達を増強し得る。（例えば、Ｖ．  Ｖ．  Ｒａｎａｄｅ  （１９８９）  Ｊ．  Ｃｌｉｎ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．  ２９：６８５を参照のこと）。典型的な標的部位としては、葉酸またはビオチン（例えば、米国特許第５，４１６，０１６号（Ｌｏｗ  ｅｔ  ａｌ）を参照のこと）、マンノシド（Ｕｍｅｚａｗａ  ｅｔ  ａｌ，  （１９８８）  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．  Ｒｅｓ．  Ｃｏｍｍｕｎ．  １５３：１０３８）、抗体（Ｐ．  Ｇ．  Ｂｌｏｅｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９５）  ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．  ３５７：１４０；  Ｍ．  Ｏｗａｉｓ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９５）  Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．  Ａｇｅｎｔｓ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．  ３９：１８０）、界面活性剤  プロテインＡ  受容体（Ｂｒｉｓｃｏｅ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９５）  Ａｍ．  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．  １２３３：１３４）、ｐｌ２０（Ｓｃｈｒｅｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９４）  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６９：９０９０）（Ｋ．  Ｋｅｉｎａｎｅｎ；  Ｍ．  Ｌ．  Ｌａｕｋｋａｎｅｎ  （１９９４）  ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．  ３４６：１２３；  Ｊ．  Ｊ．  Ｋｉｌｌｉｏｎ；  Ｉ．  Ｊ．  Ｆｉｄｌｅｒ  （１９９４）  Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ  ４：２７３も参照のこと）が挙げられる。
【０５７６】
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原および相当するポリヌクレオチドの診断利用
いくつかの実施形態によると、本発明に記載の診断アッセイを行うための対象（患者）からとられた試料は、限定はされないが、血液、血清、尿、血漿、前立腺液、精液（ｓｅｍｉｎａｌ  ｆｌｕｉｄ）、精液（ｓｅｍｅｎ）、皮膚、呼吸器官、腸管および尿生殖路の外分泌物、涙、脳脊髄液、痰、唾液、母乳、腹水、胸膜液、嚢胞液、胸管系（および／またはその洗浄）、気管支肺胞洗浄、生殖器系の洗浄、および身体の他の部分または身体中の系の洗浄の分泌物、単離された細胞または組織を含む任意の器官の試料（ここで、細胞または組織は、限定はされないが、肺、結腸、卵巣および／または胸組織から選ばれる器官からえられることができる）、便または組織試料、若しくはその任意の組み合わせを含む体液または分泌物からなる群から選ばれる。いくつかの実施形態では、その語は、生体内細胞培養構成物（ｃｕｌｔｕｒｅ  ｃｏｎｓｔｉｔｕｅｎｔｓ）の試料を含む。診断アッセイに供される前に、試料は、任意選択で、適切な溶離液（ｅｌｕａｎｔ）で希釈されることができる。
【０５７７】
いくつかの実施形態では、本発明の文脈において「マーカー」という句（ｐｈｒａｓｅ）は、本明細書に記載された疾患または病態の１つをもつ患者（対象）からとられた試料において、上記疾患または病態の１つをもたない対象からとられた比較試料と比べて、差次的に存在する、核酸断片、ペプチド、またはポリペプチドを指す。
【０５７８】
いくつかの実施形態では、「ポリペプチド」という語は、少なくとも２から数千以上のアミノ酸を含む分子を指すと理解されるべきである。「ポリペプチド」という語は、  ｉｓ  ｔｏ  ｂｅ  ｕｎｄｅｒｓｔｏｏｄ  ｔｏ  ｉｎｃｌｕｄｅ，  とりわけ、天然（ｎａｔｉｖｅ）ペプチド（分解産物、合成ペプチドまたは組み換えペプチドいずれか）、ペプトイドおよびセミペプトイドなどのペプチド模倣またはペプチドアナログを含み、当業者によって理解されるであろうように、例えば任意の所望の修飾、とりわけ、ペプチドを体内でより安定にする、細胞により浸透することができる、またはその他の修飾を含み得ることは理解されるべきである。そのような修飾としては、限定はされないが、Ｎ末端修飾、Ｃ末端修飾、ペプチド結合修飾、骨格修飾、残基修飾またはその他が挙げられる。本発明のポリペプチド内のそのようなペプチドの包含は、本明細書に記載のポリペプチド、例えば、配列表に提供されたものなどと同一性を共有するポリペプチドを生成し得る。
【０５７９】
いくつかの実施形態では、「差次的に存在する」という句（ｐｈｒａｓｅ）は、本明細書に記載された疾患または病態の１つをもつ患者からとられた試料において存在するマーカーの量または質における、本明細書に記載された疾患または病態の１つをもたない対象からとられた比較試料と比べての差を指す。例えば、核酸断片は、例えば、ハイブリダイゼーションおよび／またはＮＡＴを基にしたアッセイで測定された際に、１試料中の核酸断片の量が、他の試料中の核酸断片の量と著しく異なる場合、任意選択で、２つの試料間で差次的に存在し得る。ポリペプチドは、１試料中のポリペプチドの量が、他の試料中のポリペプチドの量と著しく異なる場合、２つの試料間で差次的に存在する。特筆すべきは、マーカーが、１つの試料で検出可能であって、他の試料で検出可能でない場合、そのようなマーカーは、差次的に存在するとみなされることができる。本明細書に記載のように、任意選択で、亢進（ｕｐ−ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ）の相対的に低い量は、マーカーとしての役割をなし得る。当業者は、マーカーのそのような相対的なレベルを容易に決定することができるであろう。さらなる指針（ｇｕｉｄａｎｃｅ）は、下記の各々のマーカーの説明に  提供される。
【０５８０】
いくつかの実施形態では、「診断の」という句（ｐｈｒａｓｅ）は、病態の存在または本質（ｎａｔｕｒｅ）を特定することを意味する。診断方法は、その感受性および特異性において異なる。診断アッセイの「感受性（ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ）」は、陽性と判定された疾患をもつ個人の割合（「真陽性」の割合）である。アッセイによって検出されない疾患をもつ個人は、「偽陰性」である。疾患をもたず、アッセイで陰性と判定された対象は、「真陰性」と呼ばれる。診断アッセイの「特異性」は、１から偽陽性比（ｒａｔｅ）を引いたものである。ここで、「偽陽性」比（ｒａｔｅ）は、陽性と判定された、疾患をもたないヒトの割合として定義される。特定の診断方法は、病態の決定的診断を提供しないかもしれないが、診断を補助する陽性の示唆（ｉｎｄｉｃａｔｉｏｎ）を提供するならば、その方法は十分である。
【０５８１】
いくつかの実施形態では、「定性的」という句（ｐｈｒａｓｅ）は、当業者によって理解されるように、本明細書に記載のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの発現レベルにおける差異に関する場合、発現の非存在（ａｂｓｅｎｃｅ）に対する存在を指し、若しくは、いくつかの実施形態では、発現の時間的な制御、若しくは、いくつかの実施形態では、発現のタイミング、いくつかの実施形態では、発現された分子に対する任意の翻訳後修飾などを指す。いくつかの実施形態では、「定量的」という句（ｐｈｒａｓｅ）は、本明細書に記載のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの発現レベルにおける差に関する場合、当分野で公知の任意の手段で測定された際、発現の量における絶対的な差を指す。または、他の実施形態では、実質的に顕著であり得る相対的な差、
または、いくつかの実施形態では、全期間または長期間などで見た場合、発現における差に関する傾向を示す。
【０５８２】
いくつかの実施形態では、「診断する」という語は、疾患または症状を分類すること、疾患の重症度を決定すること、疾患の進行を観察すること、疾患の結果および／または回復の可能性を予想することを指す。「検出する」という語は、任意選択で、上記にいずれかを含み得る。
【０５８３】
いくつかの実施形態では、本発明に記載の疾患の診断は、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドのレベルを測定することによって、対象から得られた生体試料において影響されることができ、そのレベルは、疾患のかかりやすさ（ｐｒｅｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ）または疾患の有無に相関されることができる。尚、より詳細に下で記載されるように、「対象から得られた生体試料」はまた、任意選択で、対象から物理的に取り除かれていない試料を含み得る。
【０５８４】
いくつかの実施形態では、「レベル」という語は、ＲＮＡおよび／またはタンパク質の発現レベル若しくは本発明のマーカーのＤＮＡコピー数を指す。
【０５８５】
典型的に、対象から得られた生体試料中のマーカーのレベルは、健康な個人から得られた同様の試料中の同じマーカーのレベルと異なる（すなわち、増加または減少している）。（生体試料の例は、本明細書に記載されている。）
【０５８６】
対象における対象マーカーのＤＮＡ、ＲＮＡおよび／またはポリペプチドのレベルを測定するために、数多くの周知の組織または体液を採取する方法が、対象からの生体試料を摂取するために用いられることができる。
【０５８７】
例として、限定はされないが、細針生検、針生検、中核針生検（ｃｏｒｅ  ｎｅｅｄｌｅ  ｂｉｏｐｓｙ）、および外科的生検（例えば脳生検）並びに洗浄が挙げられる。採用される手順にかかわらず、一旦、生検／試料が得られると、マーカーのレベルが測定され、よって診断がなされることができる。
【０５８８】
同じ起源（ｏｒｉｇｉｎ）の正常組織中の同じマーカーのレベルを測定することは、好ましくは、正常組織に対するマーカーの上昇した発現および／または増幅並びに／若しくは減少した発現を検出するために、並行して実行される。
【０５８９】
いくつかの実施形態では、マーカーの「試験量（ｔｅｓｔ  ａｍｏｕｎｔ）」という語は、特定の疾患または病態の診断に一致した（ｃｏｎｓｉｓｔｅｎｔ）対象試料中のマーカーの量を指す。試験量（ｔｅｓｔ  ａｍｏｕｎｔ）は、絶対量（例えば、ｍｉｃｒｏｇｒａｍ／ｍｌ）または相対量（例えば、シグナルの相対的な強度）のいずれかであることができる。
【０５９０】
いくつかの実施形態では、マーカーの「対照量（ｃｏｎｔｒｏｌ  ａｍｏｕｎｔ）」という語は、マーカーの試験量（ｔｅｓｔ  ａｍｏｕｎｔ）に対して比較されるべき任意の量または量の範囲であることができる。例えば、マーカーの対照量（ｃｏｎｔｒｏｌ  ａｍｏｕｎｔ）は、特定の疾患または病態をもつ患者、若しくはそのような疾患または病態をもたない人におけるマーカーの量であることができる。対照量（ｃｏｎｔｒｏｌ  ａｍｏｕｎｔ）は、絶対量（例えば、ｍｉｃｒｏｇｒａｍ／ｍｌ）または相対量（例えば、シグナルの相対的な強度）のいずれかであることができる。
【０５９１】
いくつかの実施形態では、「検出」という語は、検出される対象の有無または量を特定することを指す。
【０５９２】
いくつかの実施形態では、「レベル」という語は、分光学的、光化学的、生化学、免疫化学的または化学的手段によって検出可能な任意の部位（ｍｏｉｅｔｙ）またはアイテム（ｉｔｅｍ）が挙げられる。例えば、有用なラベルとしては、３２Ｐ、３５Ｓ、蛍光染料、電子密度の高い（ｅｌｅｃｔｒｏｎ−ｄｅｎｓｅ）試薬、酵素（例えば、通常、ＥＬＩＳＡで使用）ビオチン−ストレプトアビジン（ｓｔｒｅｐｔａｖａｄｉｎ）、ジゴキシゲニン（ｄｉｏｘｉｇｅｎｉｎ）、ハプテンおよびタンパク質（そのタンパク質に対する抗血清またはモノクローナル抗体がある場合）または標的に相補的な配列をもつ核酸分子が挙げられる。ラベルは、しばしば、放射性、発色性または蛍光性のシグナルなどの測定可能なシグナルを生じ、それは、試料に結合したラベルの量を定量するために用いられることができる。ラベルは、例えば、放射性ヌクレオチドまたはストレプトアビジン（ｓｔｒｅｐｔａｖａｄｉｎ）によって認識されるビオチン化ヌクレオチドの取り込みなど、共有結合的に、若しくはイオン、ファンデルワールスまたは水素結合を通して、プライマーまたはプローブに取り込まれるまたは付加されることができる。ラベルは、直接的または間接的に、検出可能であり得る。間接的な検出は、第２のラベルの第１のラベルへの直接的または間接的な結合に係る。例えば、ラベルは、ストレプトアビジン（ｓｔｒｅｐｔａｖａｄｉｎ）の結合パートナーであるビオチンなどの結合パートナーのリガンドであることができ、または、相補的な配列の結合パートナーであり、それに特異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列であることができる。結合パートナーそれ自体が直接的に検出可能であり得る。例えば、抗体自体が蛍光分子でラベルされ得る。結合パートナーはまた、間接的に検出可能である得る。例えば、相補的なヌクレオチド配列をもつ核酸は、他のラベルされた核酸分子とのハイブリダイゼーションを通して順次検出可能な分岐ＤＮＡ分子の一部であることができる。（例えば、Ｐ．  Ｄ．  Ｆａｈｒｌａｎｄｅｒ  ａｎｄ  Ａ．  Ｋｌａｕｓｎｅｒ，  Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１６５  （１９８８）を参照のこと。）シグナルの定量は、シンチレーションカウント、デンシトメトリーまたはフローサイトメトリーによって、達成される。
【０５９３】
免疫アッセイと用いられる典型的な検出可能ラベルとしては、任意選択でまたは好ましくは、限定はされないが、磁気ビーズ、蛍光染料、放射性標識、
酵素（例えば、西洋ワサビ過酸化物、アルカリホスファターゼおよび、一般にＥＬＩＳＡで用いられるその他）、並びに、コロイド状金または色ガラスまたはプラスチックビーズなどの熱量測定（ｃａｌｏｒｉｍｅｔｒｉｃ）ラベルが挙げられる。  代わりに、試料中のマーカーは、例えば、第２の、ラベルされた抗体が、結合したマーカーに特異的抗体を検出するために用いられる間接的なアッセイ、および／若しくは、例えば、マーカーの異なるエピトープに結合するモノクローナル抗体が混合物と同時にインキュベートされる競合または阻害アッセイにおいて、検出されることができる。
【０５９４】
「免疫アッセイ」は、抗原に特異的に結合する抗体を用いるアッセイである。免疫アッセイは、抗体の単離、標的化、および／または定量するために特定の抗体の特異的結合特性の利用によって特徴付けられる。
【０５９５】
抗体に「特異的に（または選択的に）結合」という句は、または「特異的に（または選択的に）免疫反応する」または「特異的に相互作用するまたは結合する」は、タンパク質またはペプチド（または他のエピトープ）を言及する際、いくつかの実施形態では、タンパク質および他のｂｉｏｌｏｇｉｅｓの異種のものから成る集団中で、タンパク質の存在の決定要因である結合反応を指す。よって、指定された免疫アッセイ条件下において、特定の抗体が特定のタンパク質に、バックグラウンド（非特異シグナル）より少なくとも２倍多く結合し、および実質的に、試料中に存在する他のタンパク質に著しい量で結合しない。そのような条件下での抗体に対する特異的な結合は、特定のタンパク質に対する特異性に関して選択される抗体を必要し得る。例えば、ラット、マウス、またはヒトなどの特定の種からの精液の基本的なタンパク質に対して作られたポリクローナル抗体は、選択されることができ、精液の基本的なタンパク質に特異的に免疫反応するが、多形の変異体および精液の基本的なタンパク質の対立遺伝子を除く他のタンパク質には特異的に免疫反応しないポリクローナル抗体のみをえる。この選択は、他の種からの精液の基本的なタンパク質分子に交差反応する抗体を取り去ることによって達成され得る。様々な免疫アッセイ様式が、特定のタンパク質に特異的に免疫反応する抗体を選択するために用いら得る。例えば、固相ＥＬＩＳＡ免疫アッセイは、タンパク質に特異的に免疫反応する抗体を選択するために日常的に用いられる。（例えば、Ｈａｒｌｏｗ  ＆  Ｌａｎｅ，  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  （１９８８），  ｆｏｒ  ａ  ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ｏｆ  ｉｍｍｕｎｏａｓａｙ  ｆｏｒｍａｔｓ  ａｎｄ  ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ  ｔｈａｔ  ｃａｎ  ｂｅ  ｕｓｅｄ  ｔｏ  ｄｅｔｅｒｍｉｎｅ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｉｍｍｕｎｏｒｅａｃｔｉｖｉｔｙを参照のこと。）典型的に、特異的または選択的反応は、バックグラウンドシグナルまたはノイズの少なくとも２倍、より典型的に、バックグラウンドの１０から１００倍である。
【０５９６】
別の実施形態では、本発明は、生体試料中に本発明のポリペプチドを検出する方法を提供する。その方法は、生体試料を、本発明に記載のポリペプチドを特異的に認識する抗体と接触すること、および前記相互作用を検出することを含み、相互作用の存在が、生体試料中のポリペプチドの存在と相関する。
【０５９７】
本発明のいくつかの実施形態では、本明細書で記載のポリペプチドは、疾患および／または示唆する状態（ｉｎｄｉｃａｔｉｖｅ  ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）を診断するためのマーカーの非限定的な例である。本発明の各マーカーは、限定はされないが、予後、予測、スクリーニング、早期診断、進行の判定（ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ）、治療選択および疾患および／または示唆する状態（ｉｎｄｉｃａｔｉｖｅ  ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）の治療観察を含む、多様な用途に単独または組み合せて用いられることができる。
【０５９８】
関連した目的では、検出された疾患としては、限定的はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌を含む非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍などの、非転移性、浸潤性または転移性であり得る癌が挙げられるであろう。
【０５９９】
別の関連した目的では、検出された疾患としては、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性大腸炎、クローン病、移植拒絶に関連した免疫不全、良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｓ  ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、リューマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、変性リウマチ、非関節性リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、尿酸塩関節炎、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症および軟骨石灰化からなる群から選ばれた自己免疫および腫瘍性の障害が挙げられるであろう。
【０６００】
別の関連した目的では、検出された疾患としては、任意の生体移植の拒絶反応および／または移植片体宿主病が挙げられるであろう。
【０６０１】
本発明の各ポリペプチド／ポリヌクレオチドは、上記のように、限定はされないが、予後、予測、スクリーニング、早期診断、進行の判定（ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ）、  治療選択および疾患および／または示唆する状態（ｉｎｄｉｃａｔｉｖｅ  ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）の治療観察を含む、多様な用途に単独または組み合せて用いられることができる。
【０６０２】
そのような組み合わせは、任意選択で、マーカーの任意のサブコンビネーション（ｓｕｂｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）および／または例えば、公知のマーカーなどの少なくとも１つの他のマーカーを特徴とする（ｆｅａｔｕｒｅ）組み合わせを含み得る。さらに、そのような組み合わせは、任意選択でおよび好ましくは、上記のように、本明細書に記載の任意のマーカーの定量的または準定量的測定と本明細書に記載の他のマーカーおよび／または任意の他の公知のマーカーおよび／または任意の他のマーカーの間の比を測定することに関して、用いられる。
【０６０３】
本発明のさらなる実施形態によると、本発明のマーカーは、任意選択で、単独で、若しくは、限定はされないが、ＴＰＡ、ＣＥＡ、ＣＡ１５−３、ベータ−２−ミクログロブリン、ＣＡ１９−９を含む肺癌の公知のマーカーと組み合わせて、および／または、本明細書に記載の変異体マーカーの公知のタンパク質と組み合わせて用いられ得る。
【０６０４】
本発明のさらなる実施形態によると、本発明のマーカーは、任意選択で、単独で、若しくは、限定はされないが、ＣＥＡ、ＣＡ１２５（ムチン１６）、ＣＡ７２−４ＴＡＧ、ＣＡ−５０、ＣＡ５４−６１、ＣＡ−１９５およびＣＡ１９−９を含む卵巣癌の公知のマーカーと組み合わせて、並びに／または、本明細書に記載の変異体マーカーの公知のタンパク質と組み合わせて用いられ得る。
【０６０５】
本発明のさらなる実施形態によると、本発明のマーカーは、任意選択で、単独で、若しくは、限定はされないが、ＣＥＡ、ＣＡ１９−９、ＣＡ５０を含む直腸癌の公知のマーカーと組み合わせて、および／または、本明細書に記載の変異体マーカーの公知のタンパク質と組み合わせて用いられ得る。
【０６０６】
本発明のいくつかの実施形態では、疾患または病態の診断のための方法、用途、装置およびアッセイを提供する。任意選択で、複数のマーカーが、本発明と用いられ得る。複数のマーカーが、任意選択で、明細書に記載のマーカーおよび／または１つ以上の公知マーカーが含まれ得る。そして、複数のマーカーは、好ましくは疾患または病態と相関する。例えば、そのような相関は、任意選択で、複数のマーカーの各々の濃度を測定すること、および各マーカーの濃度を閾値レベルと個々に比較することを含み得る。任意選択で、マーカーの濃度が、閾値レベルより上または下（マーカーおよび／または行われる診断試験に依る）の場合、マーカーの濃度は、疾患また病態と相関する。任意選択でおよび好ましくは、複数のマーカー濃度が、疾患また病態と相関する。
【０６０７】
或いは、そのような相関は、任意選択で、複数のマーカーの各々の濃度を測定すること、複数のマーカーの各々の濃度に基づいて単一指標値（ｓｉｎｇｌｅ  ｉｎｄｅｘ  ｖａｌｕｅ）を算出すること、およびを指標値（ｉｎｄｅｘ  ｖａｌｕｅ）を閾値レベルに比較すること含み得る。
【０６０８】
或いはまた、そのような相関は、任意選択で、少なくとも１つのマーカーにおける、相関段階で用いられる時間的変化を測定することを含み得る。
【０６０９】
或いはまた、そのような相関は、任意選択で、複数のマーカーの少なくとも「Ｘ」個が、所定の範囲外または／若しくは（上記のように）より上または下の濃度であるかを決定することを含み得る。「Ｘ」の値は、任意選択で、１つのマーカー、複数のマーカーまたはすべてのマーカーであり得る。代わりにまたはさらに、「Ｘ」のカウントにいかなるマーカー含むよりむしろ、複数のマーカーの１つ以上の特定のマーカーは、任意選択で、（範囲および／または閾値にしたがって）疾患または病態と相関することが要求され得る。
【０６１０】
代わりにまた、そのような相関は、任意選択で、２つのマーカーに対するマーカー濃度の比が、範囲外および／または閾値より上また下であるかどうかを決定することを含む。任意選択で、その比が、閾値レベルの上または下、および／若しくは範囲外である場合、その比は、疾患または病態に相関する。
【０６１１】
任意選択で、２つ以上のこれらの相関の組み合わせは、単一のパネルおよび／または複数のパネルの間の相関と用いられ得る。
【０６１２】
任意選択で、方法は、疾患および病態を、正常対象と比べて少なくとも８５％の特異性において、少なくとも７０％の感受性で、識別する。本明細書において、感受性は、存在する陽性試料の総数のうち、検出された陽性（疾患の）試料の数に関し、特異性は、存在する陰性試料の総数のうち、検出された陰性（非疾患の）試料の数に関する。好ましくは、方法は、疾患および病態を、正常対象と比べて少なくとも９０％の特異性において、少なくとも８０％の感受性で、識別する。より好ましくは、方法は、疾患および病態を、正常対象と比べて少なくとも９０％の特異性において、少なくとも９０％の感受性で、識別する。またより好ましくは、疾患および病態を、疾患または病態症状を模倣する症状を呈する対象と比べて、少なくとも８５％の特異性において、少なくとも７０％の感受性で、識別する
【０６１３】
マーカーパネルは、当業者に周知の、数多くのやり方で分析され得る。例えば、パネルの各メンバーは、「正常」値または特定の結果を示す値と比較され得る。特定の診断／予後は、この値に対する各マーカーの比較に依存し得る。代わりに、マーカーのサブセット（ｓｕｂｓｅｔ）のみが、正常範囲の外にある場合、このサブセット（ｓｕｂｓｅｔ）は、特定の診断／予後を示すものであり得る。当業者はまた、診断マーカー、鑑別診断マーカー、予後マーカー、発症時間（ｔｉｍｅ  ｏｆ  ｏｎｓｅｔ）マーカー、疾患または状況識別マーカーなどが、単一のアッセイまたは装置に組み合わされ得ることを理解するであろう。マーカーはまた、通常、例えば異なる閾値または異なる目的のためのマーカーに対する異なる加重要素（ｗｅｉｇｈｔｉｎｇ  ｆａｃｔｏｒ）を適用することによってなど、多様な目的のため用いられる。
【０６１４】
１つの実施形態では、パネルは、次の目的に関するマーカーを含む：  疾患の診断、疾患が急性フェーズにある、および／または疾患の急性発作が起こった場合、疾患および病態の診断、疾患が非急性フェーズにある、および／または疾患の非急性発作が起こった場合、疾患および病態の診断、急性および非急性フェーズまたは発作の組み合わせが起こっているかどうかの兆候、疾患の診断および続いておこる有害結果の予後、疾患の診断および続いておこる急性または非急性フェーズまたは発作、疾患の進行（例えば、癌に関して、そのような進行としては、例えば、転移の発症または再発が挙げられ得る。）
【０６１５】
上記診断はまた、任意選択で、１つ以上の類似または同一症状を特徴としてもち得る疾患を含む他の疾患からそれを識別するための疾患の鑑別診断を含み得る。
【０６１６】
ある実施形態では、１つ以上の診断または予後指標は、指標の有無によってのみ、病態または疾患に相関する。他の実施形態では、診断または予後指標の閾値レベルが、確立されることができ、患者試料における指標のレベルは、閾値レベルと比較されることができる。診断および／または予後試験の感受性および特異性は、単なる試験の分析の「質」より多く依存し、それらはまた、普通でない結果を構成するものの定義に依存する。実際には、「正常」および「疾患」集団における相対的な頻度に対して変数の値をプロットすることによって、並びに／若しくは治療前、治療中および／または治療後の対象からの結果の比較によって、Ｒｅｃｅｉｖｅｒ  Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ曲線、または  「ＲＯＣ」曲線が、典型的に算出される。
【０６１７】
本発明の実施形態によると、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３タンパク質、ポリヌクレオチド若しくはその断片は、上記のように、疾患および／または示唆する病態を検出するためのバイオマーカーとして、特徴付けられ得る。
【０６１８】
さらに他の実施形態によると、本発明は、任意選択でおよび好ましくは、本明細書に記載のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に相当する核酸配列によってコードされる、アミノ酸配列またはその断片を含む。そのようなアミノ酸配列またはその断片に関する、任意のオリゴペプチドまたはペプチドはまた、任意選択で、（さらにまたは代わりに）バイオマーカーとして用いられる得る。
【０６１９】
さらに他の実施形態によると、本発明は、生体試料中で本発明のポリヌクレオチドを、ＮＡＴに基づいたアッセイを用いて検出する方法を提供し、それは、単離された核酸分子、または少なくともおおよそ最短の長さのオリゴヌクレオチド断片を生体試料中の核酸材料にハイブリダイズすること、およびハイブリダイズした複合体を検出することを含む。ここで、ハイブリダイズした複合体の存在が、生体試料中のポリヌクレオチドの存在に相関する。方法またはアッセイの非限定的な例を、下に記載する。
【０６２０】
本発明はまた、そのような診断方法またはアッセイに基づいたキットに関する。
【０６２１】
核酸技術（ＮＡＴ）に基づいたアッセイ
生体試料中の対象の核酸の検出はまた、任意選択で、例えば、ＰＣＲ（または、リアルタイムＰＣＲなどのそのバリエーション核酸増幅技術を含む、ＮＡＴに基づいたアッセイによって実行され得る。本明細書において、「プライマー」は、標的配列にアニールする（ハイブリダイズする）ことができ、それによって、適切な条件下でＤＮＡ合成のための開始点としての役割をすることができる２本鎖領域を作るオリゴヌクレオチドを定義する。選択または標的核酸配列の増幅は、当分野で公知の、多くの適切な方法によって実行され得る。増幅技術の非限定的な例としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ｓｔｒａｎｄ  ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ  ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＳＤＡ）、転写ベース増幅、ｑ３レプリカーゼ系およびＮＡＳＢＡが挙げられる。（Ｋｗｏｈ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８６，  １１７３−１１７７；  Ｌｉｚａｒｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８８，  ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７−１２０２；  Ｍａｌｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，  １９９４，  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ＭｏＩ．  Ｂｉｏｌ，  ２８：２５３−２６０；  ａｎｄ  Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９，  上記を参照）。核酸技術（ＮＡＴ）に基づいたアッセイの非限定的の例は、ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、ＬＣＲ、自立合成反応、Ｑ−ベータレプリカーゼ、サイクリングプローブ（Ｃｙｃｌｉｎｇ  ｐｒｏｂｅ反応、分岐ＤＮＡ、ＲＦＬＰ分析、ＤＧＧＥ／ＴＧＧＥ、一本鎖コンフォメーション多形性、ジデオキシフィンガープリント法、マイクロアレイ、蛍光インサイチューハイブリダイゼーションおよび相対的なゲノムのハイブリダイゼーションからなる群から選ばれる。本明細書では、「増幅対（ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｐａｉｒ）」（または「プライマー対（ｐｒｉｍｅｒ  ｐａｉｒ）」）という専門用語（ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ）は、多くの種類の増幅プロセスの１つ、好ましくは、ポリメラーゼ連鎖反応によって選択核酸配列を増幅するにあたり、いっしょに用いられるように選択された、本発明のオリゴヌクレオチド（オリゴ）の対を指す。当分野で、一般に知られているように、オリゴは、選択された条件下で、相補的配列に結合するように設計される。１つの特定の実施形態では、患者からの核酸試料の増幅は、最も豊富に差次的に発現された核酸の増幅に有利に働く条件下で増幅される。１つの好ましい実施形態では、ＲＴ−ＰＣＲは、患者からのｍＲＮＡ試料で、最も豊富なｍＲＮＡの増幅に有利に働く条件のもとで行われる。他の好ましい実施形態では、差次的に発現された核酸の増幅は、同時に行われ得る。そのような方法は、差次的に発現された核酸配列に代わって、差次的に発現されたタンパク質の検出のために適用されることができるであろうことは、当業者に認識されるであろう。本発明を実施するための核酸（すなわち、ＤＮＡまたはＲＮＡ）は、周知の方法に従ってえられ得る。
【０６２２】
本発明のオリゴヌクレオチドプライマーは、特定のアッセイ様式および特定の要求および用いられる標的ゲノムに応じて、任意の適切な長さであり得る。
任意選択で、オリゴヌクレオチドプライマーは、少なくとも長さ１２ヌクレオチド、好ましくは１５から２４分子であり、選択された核酸増幅系に特に適するように適応され得る。当分野で、一般に知られているように、オリゴヌクレオチドプライマーは、その標的配列とのハイブリダイゼーションの融点を考慮して、設計されることができる。（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  −Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  ２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  ＣＳＨ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ；  Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９，  ｉｎ  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  Ｉｎｃ．，  Ｎ．Ｙ．）。
【０６２３】
免疫アッセイ
本発明の別の実施形態では、免疫アッセイは、試料中のマーカーを定性的または定量的に検出および分析するために用いられることができる。この方法は、マーカーに特異的に結合する抗体を準備すること、試料を抗体と接触すること、および試料中でマーカーに結合した抗体の複合体の存在を検出することを含む。
【０６２４】
マーカーに特異的に結合する抗体を調製するために、精製されたタンパク質マーカーが用いられることができる。タンパク質マーカーに特異的な抗体は、当分野で公知の任意の適切な方法を用いて調製されることができる。
【０６２５】
抗体が準備された後、マーカーは、多くの良く認識された免疫結合アッセイのいずれかを用いて、検出および／または定量されることができる。有用なアッセイとしては、例えば、酵素免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、放射性免疫アッセイ（ＲＩＡ）、ウェスタンブロットアッセイ、またはスロットブロットアッセイなどの酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）が挙げられる。例えば、米国特許第４，３６６，２４１号、第４，３７６，１１０号、第４，５１７，２８８号、および第４，８３７，１６８号を参照のこと。一般に対象から得られた試料は、マーカーに特異的に結合する抗体と接触させられることができる。
【０６２６】
任意選択で、抗体は、抗体を試料に接触する前に、洗浄およびそれに続く複合体の単離を容易にするために、固体支持体に固定されることができる。固体支持体の例として、限定はされないが、例えば、マイクロプレート、スティック（ｓｔｉｃｋ）、ビーズまたは微小ビーズのかたちのガラスまたはプラスティックが挙げられる。抗体はまた、固体支持体に付着されることができる。
【０６２７】
試料を抗体とインキュベーションした後、混合物は洗浄され、抗体−マーカー複合体が検出されることができる。これは、洗浄された混合物を検出試薬とインキュベートすることによって達成される。或いは、試料中のマーカーが、例えば、第２の、ラベルされた抗体が、結合したマーカー特異的抗体を検出するために用いられる、間接的なアッセイを用いて、および／または例えば、マーカーの異なるエピトープに結合するモノクローナル抗体が、混合物と同時にインキュベートされる競合または阻害アッセイで検出されることができる。
【０６２８】
アッセイを通して、インキュベーションおよび／または洗浄段階が、試薬の各組み合わせの後に要求され得る。インキュベーション段階は、約５秒から数時間で、好ましくは、約５分から約２４時間で変動することができる。しかし、インキュベーション時間は、アッセイの様式、マーカー、溶液の体積、濃度などに依存するであろう。アッセイは、１０℃から４０℃などの温度の範囲にわたって行われることができるが、通常、室温（ａｍｂｉｅｎｔ  ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ）で実行されるであろう。
【０６２９】
免疫アッセイは、対象からの試料におけるマーカーの試験量を測定するために用いられることができる。最初に、試料におけるマーカーの試験量は、上記の免疫アッセイ方法を用いて検出されることができる。マーカーが、試料中に存在する場合、上記の適切なインキュベーション条件下で、マーカーに特異的に結合する抗体と抗体−マーカー複合体を形成するであろう。抗体−マーカー複合体の量は、任意選択で、標準と比較することによって、測定される。上記のように、マーカーの試験量は、測定の単位が、対照量および／またはシグナルに比較される限り、絶対量で測られる必要はない。
【０６３０】
放射性免疫アッセイ（ＲＩＡ）：１つの型では、この方法は、所望の基質の沈澱を含み、本明細書で詳しく後述される方法にある。特異的抗体およびアガロースビーズなどの沈澱可能な担体に固定した放射性ラベルされたタンパク質結合抗体（例えば、Ｉ１２５でラベルされたプロテインＡ）とともに本明細書で詳しく後述される方法にある。沈澱された沈殿物中のカウント数は、基質の量に比例する。
【０６３１】
ＲＩＡの別の型では、ラベルされた器質およびラベルされないタンパク質結合抗体が採用される。未知量の基質を含む試料は、様々な量で加えられる。ラベルされた基質から沈澱されたカウントの減少は、加えられた試料における基質の量に比例する。
【０６３２】
酵素免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）：この方法は、タンパク質基質を例えばマイクロプレートのウェルなどの表面に含む、試料の固定（例えば、固定された細胞またはタンパク質様溶液）を含む。酵素につながれた基質特異的抗体は、基質に加え、結合させる。次に、抗体の存在は、抗体につながった酵素を用いる発色反応によって検出および定量される。この方法で普通用いられる酵素としては、西洋ワサビペルオキシダーゼとアルカリホスファターゼが挙げられる。  よく標準化され、反応の直線の範囲内であれば、試料に存在する基質の量は、生じた発色の量に比例する。基質標準は、定量的な正確さを向上するため一般に用いられる。
【０６３３】
ウェスタンブロット：この方法は、アクリルアミドゲル、続いてメンブレン（例えば、ナイロンまたはＰＶＤＦ）への基質のトランスファーの手段で他のタンパク質から基質の分離を含む。次いで、基質の存在は、基質に特異的な抗体によって検出され、その抗体は、次に、抗体結合試薬によって検出される。抗体結合試薬は、例えば、プロテインＡ、または他の抗体であり得る。抗体結合試薬は、上記のように、放射性ラベルまたは酵素連結され得る。検出は、オートラジオグラフィ、比色定量の反応あるいは化学発光によってであり得る。この方法は、基質の量の定量および電気泳動の際のアクリルアミドゲル中の移動距離を示す膜上の相対的な位置によるそのアイデンティティの決定の両方が可能である。
【０６３４】
免疫組織化学法：この方法は、基質特異的抗体によって固定された細胞中で、インサイチュ（ｉｎ  ｓｉｔｕ）に基質の検出を含む。基質特異的抗体は、酵素に連結または蛍光体に連結され得る。検出は顕微鏡検査法および主観的な評価による。酵素を連結した抗体が用いられる場合、比色定量の反応は必要とされ得る。
【０６３５】
蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）：この方法は、基質特異的抗体による細胞におけるインサイチュ（ｉｎ  ｓｉｔｕ）基質の検出を含む。基質特異的抗体は、蛍光体に連結される。検出は、各細胞から放射された光の波長を、ビームを通過する際に読み取る細胞選別機による。この方法は２つ以上の抗体を同時に用い得る。
【０６３６】
放射性イメージング法
これらの方法は、限定はされないが、陽電子射出断層撮影法（ＰＥＴ）単一光子放射形コンピュータ断層撮影（ＳＰＥＣＴ）を含む。  これらの両技術は、非侵襲性であり、例えば癌様細胞の検出など種々様々の組織事象および／または機能を検出および／または測定するために用いられることができる。  ＰＥＴと異なり、ＳＰＥＣＴは、任意選択で、２つのラベルを同時に用いることができる。ＳＰＥＣＴはまた、例えば、コストおよび用いられることができるラベルのタイプに関して、いくつかの他の有利な点をもつ。例えば、米国特許第６，６９６，６８６号は、胸癌の検出に対するＳＰＥＣＴの利用を記載しており、参照によりその全体が本明細書に取り込まれる
【０６３７】
セラノスティクス
セラノスティクスという語は、疾患を診断し、診断試験の結果に従って正しい治療計画の選択し、および／または診断試験の結果に従って、治療に対する患者の反応を観察するための診断試験の使用を表す。セラノスティクス試験は、特にそれが利益になり、副作用が生じなさそうな治療のための患者を選択するために用いられることができる。それはまた、各患者における、治療効果の指標を早期および客観的に提供し、その結果、（もし必要ならば）治療は、最小限の遅れで変更されることができる。例えば、ＤＡＫＯおよびＧｅｎｅｎｔｅｃｈは、共同で胸癌治療のためのＨｅｒｃｅｐＴｅｓｔ  ａｎｄ  Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ  （ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ）を作り、それは、新規の治療薬と同時に認可された初のセラノスティクス試験である。（免疫組織化学試験である）ＨｅｒｃｅｐＴｅｓｔに加えて、従来の臨床化学免疫アッセイ、細胞に基づいた技術および核酸試験を用いる他のセラノスティクス試験が開発中である。ＰＰＧｘの最近売り出されたＴＰＭＴ（チオプリン  Ｓ−メチルトランスフェラーゼ）試験では、医師が、白血病の治療に用いられる薬剤である６−メルカプトプリンに対する潜在的な致命的副作用に対するリスクのある患者を特定することができる。また、Ｎｏｖａ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒは、コリン様作用治療に対するアルツハイマー病患者の反応を予測するためのアポリポタンパク質Ｅ遺伝子のＳＮＰ遺伝子タイピングを先駆け、現在それはこの指標に関して、新規薬剤の臨床試験で広く用いられている。従って、セラノスティクスの分野は、治療に対する患者の反応を予測する治療試験情報の、特定の患者に対する適当な治療の選択との交わるところ（ｉｎｔｅｒｓｅｃｔｉｏｎ）である。
【０６３８】
サロゲートマーカー
サロゲートマーカーは、研究室および／または患者の身体兆候または症状によって検出可能な、臨床的に意味のある評価項目の代わりとして治験で用いられるマーカーである。サロゲートマーカーは、どのように患者が感じ、機能し、生存するかを直接測るものであり、治療の効果を予測すると見込まれている。サロゲートマーカーの必要性は、そのようなマーカーが、臨床的評価項目と呼ばれる、患者での治療の効果に関する、対象となる評価項目と比べ、より早期に、より簡便に、またはより頻繁に測定されることができる場合に主に生じる。理想的には、サロゲートマーカーは生物学上妥当性があり、疾患の進行を予側し、（限定はされないが、従来の臨床化学免疫アッセイ、免疫アッセイ、細胞に基づいた技術および核酸試験およびイメージングモダリティなど）標準化されたアッセイによって測定可能であるべきである。
【０６３９】
サロゲート評価項目は、主として心血管の分野で最初に用いられた。例えば、抗高血圧薬は血圧低下でのその有効性に基づいて認可された。同様に、過去には、コレステロールを低下させる薬剤がアテローム性動脈硬化心臓疾患による死亡を減少させる直接的な証拠ではなく、血清コレステロールを減少させるその能力に基づいて認可された。さらに、現在、ＨＩＶ研究において、一般に用いられている２つのサロゲートマーカーはＣＤ４＋Ｔ細胞カウントおよび定量的血漿ＨＩＶ  ＲＮＡ（ウイルス負荷）である。本発明のいくつかの実施形態では、ポリペプチド／ポリヌクレオチド発現パターンが、当業者に理解されるであろうように、特定の疾患に対するサロゲートマーカーとしての役割をし得る。
【０６４０】
本発明の利用および方法
本発明に記載のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３薬剤、特に抗体、特に、ヒト抗体、抗体組成物およびＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原の細胞外領域または断片またはその変異体を含有する可溶性抱合体、若しくは対応する核酸配列またはベクターまたはそれを発現する細胞並びに、本発明の方法は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３抗原関連疾患および／またはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原を含むＢ７関連免疫共刺激を例えば含む免疫共刺激の調節が、治療上望ましい障害の診断および治療を含む、非常に多くの生体外および生体内診断および治療実用性をもつ。上記のように、これらの病態としては、特に、その浸潤性および転移性のものを含めて、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原を差次的に発現する癌、例えば肺癌、卵巣癌、結腸癌、並びに／若しくは、Ｂ７が係るものなど共刺激の調節が治療上望ましい自己免疫病態が挙げられる。対象の抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体は、癌細胞に対するＴ細胞活性のＢ７媒介の負の刺激を阻み、並びに／若しくはＴ細胞活性の正の刺激を阻止し得る。そのような抗体は、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌を含む非固形および固形腫瘍、肉腫、血液悪性腫瘍などの、非転移性、浸潤性、転移性であり得る癌、並びに、限定はされないが移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む免疫不全疾患などの非悪性障害、並びに前記のものなど自己免疫不全疾患を含む病態の治療において用いられ得る。
【０６４１】
例えば、これらの分子は、試験管内または生体外で培養中の細胞、若しくは多様な障害を治療、予防、診断するために、ヒト対象、例えば、生体内へ投与されることができる。好ましい対象としては、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原を発現する細胞およびＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３活性をもつ細胞によって媒介される障害をもつヒト患者が挙げられる。特に、方法は、異常なＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原発現に関連した障害をもつヒト患者を、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）またはＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０  （配列番号４３）、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）またはＲ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）に特異的に結合する抗体を用いて、ヒト患者を治療するのに適している
【０６４２】
本発明に記載のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３薬剤は、他の薬剤と共に投与され、２剤は、順番にまたは同時に投与されることができる。
【０６４３】
本発明の抗体の、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に対する特異的結合を考えると、本発明の抗体は、細胞表面上のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３の発現を特異的に検出するのに用いられることができ、さらに、免疫アフィニティー精製を経て、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原を精製するために用いられることができる。
【０６４４】
さらに、多様な腫瘍細胞でのＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３の発現を考えると、ヒト抗体、抗体組成物および本発明の方法は、例えば、上記の肺癌および卵巣癌などの腫瘍形成障害、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原を発現する腫瘍細胞の存在を特徴とする障害をもつ対象を治療するために用いられることができる。
【０６４５】
１つの実施形態では、本発明の抗体（例えば、ヒト抗体、多特異性および二重特異性分子および組成物）は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３のレベル、若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を細胞表面に含む細胞のレベルを、それぞれ検出するために用いられることができ、それらレベルは、ある種の疾患症状に結び付けられることができる。代わりに、抗体は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３機能を阻害または遮断するために用いられることができ、ある種の疾患症状の予防または回復につながることができる。それによって、疾患の媒介物質として、それぞれ、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を示唆する。これは、試料および対照試料を抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体と、それぞれ、対応する抗体とＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３との複合体の形成が可能な条件下で、接触することによって達成されることができる。抗体とＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３の間で形成された、どんな複合体も、試料および対照で検出され、比較される。
【０６４６】
別の実施形態では、本発明の抗体（例えば、ヒト抗体、多特異性および二重特異性分子および組成物）は、はじめ、生体外で治療または診断用途に関連する結合活性を試験されることができる。例えば、本発明の組成物は、低発色アッセイを用いて試験されることができる。
【０６４７】
本発明の抗体（例えば、ヒト抗体、多特異性および二重特異性分子および組成物）は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３関連疾患の治療および診断において付加的な用途を有する。例えば、ヒト抗体、多特異性および二重特異性分子および免疫抱合体は、生体内または生体外において、１つ以上の次の生物活性を誘発するために用いられることができる：ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を発現する細胞の成長を阻害する、および／または死滅すること、ヒトエフェクター細胞の存在下で、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を発現する細胞の食作用またはＡＤＣＣを媒介すること、若しくは、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３リガンドが、それぞれ、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に結合するのを妨げること。
【０６４８】
特定の実施形態では、抗体（例えば、ヒト抗体、多特異的および二重特異的分子および組成物）は、多様なＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３関連疾患を治療、予防、または診断するために、生体内で利用される。ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３関連疾患として、とりわけ、例えば、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、脾臓、腎臓、膀胱、頭と頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌を含む肺癌、卵巣癌、結腸癌、非固形および固形腫瘍肉腫、血液悪性腫瘍などの癌であって、非転移性、浸潤性または転移性であり得る癌、さらに、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３関連疾患として、とりわけ、限定はされないが自己免疫疾患、移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む免疫不全疾患などの非悪性障害が挙げられる。そのような障害として、多発性硬化症、乾癬、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性大腸炎、クローン病、移植拒絶に関連した免疫不全、良性リンパ球血管炎、紅斑性狼瘡、橋本甲状腺炎、原発性粘液水腫、グレーブス病、悪性貧血、自己免疫性萎縮性胃炎、アジソン病、インスリン依存型糖尿病、グッドパスチャー症候群、重症筋無力症、天疱瘡、交感性眼炎、自己免疫ブドウ膜炎、自己免疫溶血性貧血、特発性血小板減少症、原発性胆汁性肝硬変、慢性作用肝炎、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｓ  ｃｏｌｉｔｉｓ）、シェーグレン症候群、リューマチ性疾患、多発性筋炎、強皮症、混合結合組織病、炎症性リウマチ、変性リウマチ、非関節性リウマチ、膠原病、慢性多発関節炎、関節症性乾癬、強直性脊椎炎、若年性関節リウマチ、肩関節周囲炎、結節性多発動脈炎、進行性全身性強皮症、尿酸塩関節炎、皮膚筋炎、筋肉リウマチ、筋炎、筋硬症および軟骨石灰化から選ばれる自己免疫疾患が例として挙げられる。
【０６４９】
本発明の抗体組成物（例えば、ヒトモノクローナル抗体、多特異的および二重特異的分子および免疫抱合体）の生体内および生体外投与の適切な経路は、当分野では周知であり、当業者によって選択されることができる。例えば、抗体組成物は、注入（例えば、静脈内または皮下）によって投与されることができる。用いられる分子の適切な投与量は、対象の年齢および体重並びに抗体組成物の濃度および／または剤形に依るであろう。
【０６５０】
先に記載のように、本発明のヒト抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体は、１つ以上の他の治療剤、例えば、細胞毒性剤、放射能毒性薬剤または免疫抑制剤のなどと同時投与されることができる。抗体は、（免疫複合体として）薬剤に連結されることができ、または薬剤と別に投与されることができる。後者の場合（別投与）、抗体は、薬剤の前、後、または同時に投与されることができ、または、例えば、抗癌療法、放射線療法などの他の公知の療法と同時投与されることができる。そのような治療剤として、とりわけ、ドキソルビシン（アドリアマイシン）、シスプラチン硫酸ブレオマイシン、カルマスティン、クロラムブチル、シクロホスファミドヒドロキシウレアなど、それ自体では、患者にとって毒性または準毒性であるレベルでのみ効果的である抗腫瘍薬が挙げられる。シスプラチンは、４週間毎に一度、１００ｍｇ／回で静脈内投与され、アドリアマイシンは、２１日毎一度６０−７５ｍｇ／ｍｌで  静脈内投与される。本発明のヒト抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体またはその抗原結合断片の、化学療法剤との同時投与は、ヒト腫瘍細胞に対する細胞毒性効果を生じる異なる機序を通して働く２つの抗癌剤を提供する。そのような同時投与は、また、薬剤に対する耐性の発達、または腫瘍細胞を抗体に対して非反応にする腫瘍細胞の抗原性の変化による問題を解決することができる。
【０６５１】
また、標的特異的エフェクター細胞、例えば、発明の組成物（例えば、ヒト抗体、多特異的および二重特異的分子）に連結されたエフェクター細胞は、治療剤として用いられるとこができる。標的エフェクター細胞は、マクロファージ、好中球または単球などのヒト白血球であることができる。他の細胞としては、好酸球、ナチュラルキラー細胞およびＩｇＧ−またはＩｇＡ−受容体をもつ細胞が挙げられる。望ましいならば、エフェクター細胞は、治療を受ける対象から得られることもできる。標的エフェクター細胞は、生理的に許容される溶液中の細胞懸濁液として投与されることができる。投与細胞の数は、１０−８から１０−９のオーダーであることができるが、治療目的に応じて変えられるであろう。一般的に、その量は、標的細胞、例えば、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を発現する腫瘍細胞を局在をえるにあたって、および、例えば食作用によって細胞の死滅を達成するにあたって十分であろう。投与経路もまた、様々であろう。
【０６５２】
標的エフェクター細胞を用いる治療は、標的細胞の除去のための他の技法と併せて、実行されることができる。例えば、本発明の組成物（例えば、ヒト抗体、多特異的および二重特異的分子）および／またはこれら組成物でかためられた（ａｒｍｅｄ  ｗｉｔｈ）エフェクター細胞を用いる抗腫瘍療法は、化学療法と併せて用いられることができる。さらに、組み合わせ免疫療法は、２つの異なる細胞毒性エフェクター集団を腫瘍細胞拒否へ向かわせる（ｄｉｒｅｃｔ）ために用いられ得る。例えば、抗ＦｃガンマＲＩまたは抗ＣＤ３に連結された抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体は、ＩｇＧ−またはＩｇＡ−受容体特異的結合薬剤と併せて用いられ得る。
【０６５３】
本発明の二重特異的および多特異的分子は、また、エフェクター細胞上のＦｃがンマＲまたはＦｃガンマＲレベルを、細胞表面上で、受容体を覆ったり、取り除いたりして、調節するために用いられることができる。抗Ｆｃ受容体の混合物もまた、この目的に用いられることができる。
【０６５４】
また、補体と結合するＩｇＧ１、−２、または−３若しくはＩｇＭからの部位などの補体結合部位をもつ、本発明の組成物（例えば、ヒト抗体、多特異的および二重特異的分子並びに免疫抱合体）は補体の存在下で用いられることができる。１つの実施形態では、本発明の結合剤をもつ標的細胞  および適当なエフェクター細胞を含む細胞の集団の生体外処理（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）は、補体または補体含有血清の添加によって補われることができる。本発明の結合剤でコートされた標的細胞の食作用は、補体タンパク質の結合によって、向上されることができる。別の実施形態では、本発明の組成物（例えば、ヒト抗体、多特異的および二重特異的分子）でコートされた標的細胞もまた、補体によって溶解されることができる。さらに別の実施形態では、本発明の組成物は、補体を活性化しない。
【０６５５】
本発明の組成物（例えば、ヒト抗体、多特異的および二重特異的分子並びに免疫抱合体）はまた、補体と共に投与されることができる。従って、ヒト抗体、多特異的および二重特異的分子および血清または補体を含む組成物は、本発明の範囲内である。これら組成物は、補体がヒト抗体、多特異的および二重特異的分子にごく接近して位置している点で、有利である。代わりに、本発明のヒト抗体、多特異的または二重特異的分子および補体または血清は、別々に投与されることができる。
【０６５６】
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抱合体若しくは本発明の抗体組成物（例えば、ヒト抗体、二重特異的または多特異的分子若しくは免疫抱合体）および使用説明書を含むキットもまた、本発明の範囲内である。キットは、さらに１つ以上の、免疫抑制剤、細胞毒性剤または放射性毒性剤などの追加試薬、若しくは、１つ以上の追加的な本発明のヒト抗体（例えば、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原中のエピトープに結合する、補完的な活性をもつ、第１のヒト抗体と異なるヒト抗体）をさらに含むことができる。
【０６５７】
従って、本発明の抗体組成物で治療された患者は、ヒト抗体の治療効果を強化または増加する、細胞毒性または放射能毒性薬剤などの別の治療剤を、さらに（本発明のヒト抗体の投与の前に、投与と同時に、投与に続いて）投与されることができる。
【０６５８】
別の実施形態では、対象は、例えば、サイトカインで対象を治療することによってなど、ＦｅｙまたはＦｅｙ受容体の発現または活性を調節（例えば、増強または阻害）する薬剤を用いて、付加的に治療され得る。多特異的な分子での治療中に投与される好ましいサイトカインとしては、果粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−ｇａｍｍａ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）が挙げられる。
【０６５９】
また、本発明の組成物（例えば、ヒト抗体、多特異的および二重特異的分子）  、例えば、細胞をラベルすることによって、ＦｃガンマＲまたはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を発現する細胞を標的にするために用いられることができる。そのような用途では、結合剤は、検出されることが可能な分子に連結されることができる。従って、本発明は、ＦｃガンマＲなどのＦｃ受容体、若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原を発現する細胞の生体外または生体内局在を見出す方法を提供する。検出可能なラベルは、例えば、放射性同位元素、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子であることができる。
【０６６０】
特定の実施形態では、本発明は、試料中のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原の存在を検出する方法、またはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原の量を測定する方法をそれぞれ提供する。それは、試料および対照試料を、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またＦＸＹＤ３、それぞれに特異的に結合するヒトモノクローナル抗体またはその抗原結合部分を、抗体またはその部分およびＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３の間の複合体の形成を可能にする条件下で、接触することを含む。次いで、複合体の形成が、検出され、参照試料と比較した試料の複合体形成の差が、試料中のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原の存在を示唆する。上記のように、特に、本発明は、免疫アッセイ、放射性免疫アッセイ、放射性アッセイ、放射性イメージングアッセイ、ＥＬＩＳＡｓ、ウェスタンブロット、ＦＡＣＳ、スロットブロット、免疫組織化学的アッセイ、並びに／および当業者に周知の他のアッセイなどの、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原を生体外および生体内で検出するアッセイを包含する。
【０６６１】
別の実施形態では、本発明は、対象において、例えば、限定はされないが、急性リンパ性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、胸、前立腺、肺、卵巣、結腸、脾臓、腎臓、膀胱、頭頚部、子宮、睾丸、胃、頚部、肝臓、硬骨、皮膚、膵臓、脳の癌を含む非固形および固形腫瘍肉腫、血液悪性腫瘍などの癌であって、それが、非転移性、浸潤性または転移性であり得る癌、並びに限定はされないが移植拒絶反応および移植片体宿主病を含む非悪性障害または上記のものから選ばれる自己免疫疾患などの免疫不全疾患などの、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３が媒介する障害を治療する方法、並びに、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３に係る免疫共刺激の調節が治療上望ましい任意の病態を、抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体または可溶性ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原抱合体若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３生物活性の１つ以上を標的および調節（増強または阻害）する他の薬剤を用いて、治療する方法を提供する。
【０６６２】
抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体、可溶性ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原抱合体、若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原またはその部分を対象に投与することによって、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原がそのような活性を誘発する能力が阻害または促進され、よって、関連する障害が治療される。可溶性ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原、若しくは抗原抱合体、若しくは抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２または抗ＦＸＹＤ３抗体、若しくは組成物を含有する断片、若しくはＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を標的とし調節する他の薬剤は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原媒介疾患を治療または予防するために、単独で投与されることもでき、抗体組成物と併せてまたは相乗的に作用する細胞毒性または放射能毒性薬剤などの他の治療剤と併用されることもできる。
【０６６３】
さらに別の実施形態では、本発明の免疫抱合体は、化合物を抗体に連結することによって、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３細胞表面受容体をもつ細胞への標的化合物（例えば、治療剤、ラベル、細胞毒素、放射性毒素、免疫抑制剤等）にも用いられることができる。よって、本発明は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３を発現する細胞の生体外または生体内での局在を、（例えば、放射性同位元素、蛍光化合物、酵素、または酵素補酵素などの検出可能なラベルを用いて）見出す方法を提供する。或いは、免疫抱合体は、細胞をＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３細胞表面受容体をもつ細胞を、細胞毒素または放射性毒素をＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原を標的にすることによって破壊するために用いられることができる。
【０６６４】
本発明を、次に、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２またはＦＸＹＤ３抗原をコードするＤＮＡ転写産物、その領域および正常および癌性組織における発現データの配列の特徴付け、並びに、完全ヒト抗体の生産を説明する机上の実施例によってさらに説明する。この情報および実施例は、例示であり、限定と解釈されるべきではない。本出願を通して引用された、すべての図並びにすべての参照、特許および公開特許出願は、参照して明示的に本明細書に取り込まれる。
【実施例】
【０６６５】
実施例１：本発明のタンパク質をコードするＲＮＡの発現を分析するために用いられた方法
本発明の標的を、種々の癌性および非癌性組織試料におけるその発現に関して、および／または種々の免疫細胞、並びに悪性血液疾患および血液細胞株、並びに数種の正常組織のいくつかの試料を含む広範なヒト試料のパネルにおけるその発現に関して、検討した。ｑＲＴ−ＰＣＲ分析に用いられた血液特異的ＲＮＡ試料のリストを、下記の表１に示す。正常組織パネルに用いられた試料の説明を表２に示す。肺癌試験パネルに用いられた試料の説明を下の表３に示す。卵巣癌試験パネルに用いられた試料の説明を下の表４に示す。直腸癌試験パネルに用いられた試料の説明を下の表５に示す。表３、４、および５のキーを、表３＿１、４＿１および５＿１に示す。試験は、下の「材料および実験手順」の項に記載のように実施した。
【０６６６】
表１：血液特異的パネル中の試料
0005607530.tif 000002
0005607530.tif 000003
0005607530.tif 000004
0005607530.tif 000005
0005607530.tif 000006
0005607530.tif 000007
【０６６７】
表２：正常パネル中の組織試料
0005607530.tif 000008
0005607530.tif 000009
0005607530.tif 000010
0005607530.tif 000011
0005607530.tif 000012
【０６６８】
表３：肺癌試験パネル
0005607530.tif 000013
0005607530.tif 000014
0005607530.tif 000015
0005607530.tif 000016
0005607530.tif 000017
0005607530.tif 000018
0005607530.tif 000019
0005607530.tif 000020
0005607530.tif 000021
0005607530.tif 000022
0005607530.tif 000023
0005607530.tif 000024
0005607530.tif 000025
0005607530.tif 000026
0005607530.tif 000027
0005607530.tif 000028
0005607530.tif 000029
0005607530.tif 000030
0005607530.tif 000031
0005607530.tif 000032
0005607530.tif 000033
0005607530.tif 000034
【０６６９】
表３＿１
0005607530.tif 000035
0005607530.tif 000036
0005607530.tif 000037
【０６７０】
表４：卵巣パネル中の組織試料
0005607530.tif 000038
0005607530.tif 000039
0005607530.tif 000040
0005607530.tif 000041
0005607530.tif 000042
0005607530.tif 000043
0005607530.tif 000044
0005607530.tif 000045
0005607530.tif 000046
0005607530.tif 000047
0005607530.tif 000048
0005607530.tif 000049
0005607530.tif 000050
0005607530.tif 000051
0005607530.tif 000052
0005607530.tif 000053
0005607530.tif 000054
0005607530.tif 000055
0005607530.tif 000056
0005607530.tif 000057
0005607530.tif 000058
0005607530.tif 000059
0005607530.tif 000060
0005607530.tif 000061
0005607530.tif 000062
0005607530.tif 000063
0005607530.tif 000064
0005607530.tif 000065
0005607530.tif 000066
0005607530.tif 000067
0005607530.tif 000068
【０６７１】
表４＿１
0005607530.tif 000069
0005607530.tif 000070
0005607530.tif 000071
【０６７２】
表５：直腸癌試験パネル
0005607530.tif 000072
0005607530.tif 000073
0005607530.tif 000074
0005607530.tif 000075
0005607530.tif 000076
0005607530.tif 000077
0005607530.tif 000078
0005607530.tif 000079
0005607530.tif 000080
0005607530.tif 000081
0005607530.tif 000082
0005607530.tif 000083
0005607530.tif 000084
0005607530.tif 000085
0005607530.tif 000086
0005607530.tif 000087
0005607530.tif 000088
0005607530.tif 000089
0005607530.tif 000090
0005607530.tif 000091
0005607530.tif 000092
0005607530.tif 000093
0005607530.tif 000094
0005607530.tif 000095
0005607530.tif 000096
0005607530.tif 000097
【０６７３】
表５＿１
0005607530.tif 000098
0005607530.tif 000099
0005607530.tif 000100
【０６７４】
発現データを得るために用いた材料および実験手順
ＲＮＡ調製
ＲＮＡは、ＡＢＳ（Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ、ＤＥ  １９８０１、ＵＳＡ、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ａｂｓｂｉｏｒｅａｇｅｎｔｓ．ｃｏｍ）、ＢｉｏＣｈａｉｎ  Ｉｎｓｔ．  Ｉｎｃ．（Ｈａｙｗａｒｄ、ＣＡ  ９４５４５  ＵＳＡ  ｗｗｗ．ｂｉｏｃｈａｉｎ．ｃｏｍ）、ＧＯＧ（卵巣試料−Ｐｅｄｉａｔｉｃ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｎｅｔｗｏｒｋ、Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｇｒｏｕｐ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｂａｎｋ、Ｃｈｉｌｄｒｅｎ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｃｏｌｕｍｂｕｓ（Ｃｏｌｕｍｂｕｓ  ＯＨ  ４３２０５  ＵＳＡ））、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ（Ｆｒａｎｋｌｉｎ  Ｌａｋｅｓ、ＮＪ  ＵＳＡ  ０７４１７、ｗｗｗ．ｃｌｏｎｔｅｃｈ．ｃｏｍ）、Ａｍｂｉｏｎ  （Ａｕｓｔｉｎ、ＴＸ  ７８７４４  ＵＳＡ、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ａｍｂｉｏｎ．ｃｏｍ）、Ａｓｔｅｒｎａｄ（Ｄｅｔｒｏｉｔ、ＭＩ  ４８２０２−３４２０、ＵＳＡ、ｗｗｗ．ａｓｔｅｒａｎｄ．ｃｏｍ）、およびＧｅｎｏｍｉｃｓ  Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ  Ｉｎｃ．ａ  Ｄｉｖｉｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｅｒａｃａｒｅ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ  ０２１３９、ＵＳＡ、ｗｗｗ．ｇｅｎｏｍｉｃｓｉｎｃ．ｃｏｍ）から入手した。また、ＲＮＡは、血液細胞、細胞株、組織試料から、ＴＲＩ−Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｅｎｔｅｒ）を用い、その製造者の説明書に従って、生成した。組織およびＲＮＡ試料は、患者または死後検体から入手した。ＲＮＡ試料の大部分は、ＤＮａｓｅＩ（Ａｍｂｉｏｎ）で処理した。
【０６７５】
ＲＴ−ＰＣＲ−精製したＲＮＡ（２〜１０μｇ）を３００〜１５００ｎｇのランダムヘキサマー（Ｒａｎｄｏｍ  Ｈｅｘａｍｅｒ）プライマー（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、５００μＭｄＮＴＰと混合し、全容量３１．２〜１５６μｌで、混合物を、６５℃で５分間、インキュベートし、氷上で急冷した。その後、１０〜５０μｌの５ＸＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔＩＩ  ｆｉｒｓｔ  ｓｔｒａｎｄバッファー（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、４．８〜２４μｌの０．１ＭＤＴＴ、８０〜４００単位のＲＮａｓｉｎ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を加えた。混合物を、２５℃で１０分間インキュベートし、さらに４２℃で２分間インキュベートした。その後、２〜１０μｌ（４００〜２０００単位）のＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔＩＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を加え、反応液（最終容量５０〜２５０μｌ）を４２℃で５０分間、次いで７０℃で１５分間インキュベートした。得られたｃＤＮＡを、ＴＥバッファー（１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ＝８、１ｍＭ  ＥＤＴＡ  ｐＨ＝８）を用い、１：２０で希釈した。
【０６７６】
リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ分析を下記のように実施した。上記のように調製したｃＤＮＡ（５μｌ）を、ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  Ｉ  ａｓｓａｙ（ＰＥ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ）を用い、特異的プライマーおよびＵＮＧ  Ｅｎｚｙｍｅ（ＥｕｒｏｇｅｎｔｅｃｈまたはＡＢＩまたはＲｏｃｈｅ）を含むリアルタイムＰＣＲ反応（最終容積２０μｌ）中で、鋳型として用いた。増幅は、次のように達成された：５０℃２分間、９５℃１０分間、およびその後４０サイクル９５℃１５秒間、続いて、６０℃１分間、解離ステップがこれに続いた。検出は、ＰＥ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ  ＳＤＳ  ７０００を用いて行った。反応が、蛍光の閾値レベルに達したサイクル（Ｃｔ＝閾値サイクル（Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ  Ｃｙｃｌｅ）、詳細は下記）を記録し、ＲＴ反応中の相対的転写量を算出するために用いた。相対量を、式、Ｑ＝効率＾−Ｃｔを用いて算出した。ＰＣＲ反応の効率は、いくつかの逆転写（ＲＴ）反応の異なる希釈を用いて作成した標準曲線から算出した。ＲＴ反応中の本来備わっている差異（ｉｎｈｅｒｅｎｔ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ）を最小にするために、得られた相対的な量を、次のように算出した正規化因子を用いて、正規化した。
【０６７７】
数種のハウスキーピング（ＨＳＫＰ）遺伝子の発現を、各パネルで調べた。上記のように算出した、各試料中の各ハウスキーピング遺伝子の相対的量（ｒｅｌａｔｉｖｅ  ｑｕａｎｔｉｔｙ  （Ｑ））を、すべてのパネル試料中のその遺伝子の中間量で割り、「ｒｅｌａｔｉｖｅ  Ｑ  ｒｅｌ  ｔｏ  ＭＥＤ」を得た。次に、各試料に対し、選ばれたハウスキーピング遺伝子の「ｒｅｌａｔｉｖｅ  Ｑ  ｒｅｌ  ｔｏ  ＭＥＤ」の中間値を算出し、この試料のさらなる計算のための正規化因子とした。定量リアルタイムＰＣＲ分析の図式要約を図１に示す。図のように、Ｘ軸はサイクル数を示す。ＣＴ＝閾サイクル点（Ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ  Ｃｙｃｌｅ  ｐｏｉｎｔ）であり、増幅曲線が、実験で設定された蛍光閾値と交わるサイクルである。この点は、ＰＣＲ産物シグナルが、背景レベル（ｐａｓｓｉｖｅ  ｄｙｅ  ＲＯＸ）を超え、依然、幾何学的／指数フェーズにある、算出サイクル数である。（図のように、いったん、蛍光のレベルが、測定閾値と交わると、測定が最も正確になされる幾何学的増加フェーズであり、これに、直線フェーズおよび水平フェーズが続く。定量的な測定において、後者の２つのフェーズは、正確な測定をもたらさない。）Ｙ軸は、正規化されたレポーター蛍光を示す。尚、この種の分析は、相対的な定量化を提供する。
【０６７８】
個々のＲＴ試料に対して、特異的アンプリコンの発現を、上の項で述べたように、様々なハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因子に対して正規化した。
【０６７９】
これらハウスキーピング遺伝子は、各パネルで異なる。直腸パネルにおいては、ＨＰＲＴ１（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００１９４（配列番号１１８）、アンプリコン−ＨＰＲＴ１−アンプリコン（配列番号１８１））、ＰＢＧＤ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＣ０１９３２３（配列番号１１７）、アンプリコン−ＰＢＧＤ−アンプリコン（配列番号１７８））、およびＧ６ＰＤ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００４０２（配列番号１１９）、Ｇ６ＰＤアンプリコン（配列番号１８４））である。肺パネルにおいては、ＨＰＲＴ１（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００１９４（配列番号１１８）、アンプリコン−ＨＰＲＴ１−アンプリコン（配列番号１８１））、ＰＢＧＤ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＣ０１９３２３（配列番号１１７）、アンプリコン−ＰＢＧＤ−アンプリコン（配列番号１７８））、ＳＤＨＡ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭＪ）００４１６８（配列番号１１６）；アンプリコン−ＳＤＨＡ−アンプリコン（配列番号１７５））およびユビキチン（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＣ０００４４９（配列番号１１５）、アンプリコン−ユビキチン−アンプリコン（配列番号１７２））である。卵巣パネルにおいては、ＳＤＨＡ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００４１６８（配列番号１１６）、アンプリコン−ＳＤＨＡ−アンプリコン（配列番号１７５））、ＨＰＲＴ１（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００１９４（配列番号１１８）、アンプリコン−ＨＰＲＴ１−アンプリコン（配列番号１８１））およびＧ６ＰＤ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００４０２（配列番号１１９）、Ｇ６ＰＤアンプリコン（配列番号１８４））である。正常パネルにおいては、ＳＤＨＡ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００４１６８（配列番号１１６）、アンプリコン−ＳＤＨＡ−アンプリコン（配列番号１７５））、ユビキチン（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＣ０００４４９（配列番号１１５）、アンプリコン−ユビキチン−アンプリコン（配列番号１７２））およびＴＡＴＡボックス（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００３１９４（配列番号１１４）、ＴＡＴＡアンプリコン（配列番号１６９））である。血液パネルにおいては、ＨＳＢ１Ｌ＿ＨＵＭＡＮ（受託番号Ｑ９Ｙ４５０）（配列番号１０９）、ＤＨＳＡ＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１０）（受託番号Ｐ３１０４０）、ＳＦＲＳ４＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１１）（受託番号Ｑ０８１７０）およびＳＬＣ２５Ａ３（受託番号Ｑ７Ｚ７Ｎ７）（配列番号  １１２）である。
【０６８０】
血液パネルの実施例すべてにおいて測定されたハウスキーピング遺伝子の配列は次の通りであった。
【０６８１】
ＨＳＢ１Ｌ＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１０９）（受託番号Ｑ９Ｙ４５０）
【０６８２】
Ｔ０５３３７＿ｓｅｇ３０−３４Ｆ１−順方向プライマー（配列番号１５２）：ＧＣＴＣＣＡＧＧＣＣＡＴＡＡＧＧＡＣＴＴＣ
【０６８３】
Ｔ０５３３７＿ｓｅｇ３０−３４Ｒ１（配列番号１５３）−逆方向プライマー：ＣＡＧＣＴＴＣＡＡＡＣＴＣＴＣＣＣＣＴＧＣ
【０６８４】
アンプリコン（配列番号１５４）：ＧＣＴＣＣＡＧＧＣＣＡＴＡＡＧＧＡＣＴＴＣＡＴＴＣＣＡＡＡＴＡＴＧＡＴＴＡＣＡＧＧＡＧＣＡＧＣＣＣＡＧＧＣＧＧＡＴＧＴＡＧＣＴＧＴＴＴＴＡＧＴＴＧＴＡＧＡＴＧＣＣＡＧＣＡＧＧＧＧＡＧＡＧＴＴＴＧＡＡＧＣＴＧ
【０６８５】
ＤＨＳＡ＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１０）（受託番号Ｐ３１０４０）
【０６８６】
Ｍ７８１２４＿ｓｅｇ４５−４８Ｆ１（配列番号１５５）−順方向プライマー：ＴＴＣＣＴＴＧＣＣＡＧＧＡＣＣＴＡＧＡＧ
【０６８７】
Ｍ７８１２４＿ｓｅｇ４５−４８Ｒ１−逆方向プライマー（配列番号１５６）：ＣＡＴＡＡＡＣＣＴＴＴＣＧＣＣＴＴＧＡＣ
【０６８８】
アンプリコン（配列番号１５７）：ＴＴＣＣＴＴＧＣＣＡＧＧＡＣＣＴＡＧＡＧＴＴＴＧＴＴＣＡＧＴＴＣＣＡＣＣＣＣＡＣＡＧＧＣＡＴＡＴＡＴＧＧＴＧＣＴＧＧＴＴＧＴＣＴＣＡＴＴＡＣＧＧＡＡＧＧＡＴＧＴＣＧＴＧＧＡＧＡＧＧＧＡＧＧＣＡＴＴＣＴＣＡＴＴＡＡＣＡＧＴＣＡＡＧＧＣＧＡＡＡＧＧＴＴＴＡＴＧ
【０６８９】
ＳＦＲＳ４＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１１）（受託番号Ｑ０８１７０）
【０６９０】
ＨＵＭＳＲＰ７５Ａｓｅｇ３０−３３Ｆ１（配列番号１５８）−順方向プライマー：ＡＡＴＴＴＧＴＣＡＡＧＴＣＧＧＴＧＣＡＧＣ
【０６９１】
ＨＵＭＳＲＰ７５Ａｓｅｇ３０−３３Ｒ１（配列番号１５９）−逆方向プライマー：ＴＣＡＣＣＣＣＴＴＣＡＴＴＴＴＴＧＣＧＴ
【０６９２】
アンプリコン（配列番号１６０）：ＡＡＴＴＴＧＴＣＡＡＧＴＣＧＧＴＧＣＡＧＣＴＧＧＣＡＡＧＡＣＣＴＡＡＡＧＧＡＴＴＡＴＡＴＧＣＧＴＣＡＧＧＣＡＧＧＡＧＡＡＧＴＧＡＣＴＴＡＴＧＣＡＧＡＴＧＣＴＣＡＣＡＡＧＧＧＡＣＧＣＡＡＡＡＡＴＧＡＡＧＧＧＧＴＧＡ
【０６９３】
ＳＬＣ２５Ａ３（受託番号Ｑ７Ｚ７Ｎ７）（配列番号１１２）
【０６９４】
ＳＳＭＰＣＰｓｅｇ２４−２５−２９Ｆ１−順方向プライマー（配列番号１６１）：ＣＣＣＡＡＡＡＴＧＴＡＴＡＡＧＧＡＡＧＡＡＧＧＣ
【０６９５】
ＳＳＭＰＣＰｓｅｇ２４−２５−２９Ｒ１−逆方向プライマー（配列番号１６２）：ＴＴＣＡＡＡＧＣＡＧＧＣＧＡＡＣＴＴＣＡ
【０６９６】
アンプリコン（配列番号１６３）：ＣＡＧＣＣＡＧＧＴＴＡＴＧＣＣＡＡＣＡＣＴＴＴＧＡＧＧＧＡＴＧＣＡＧＣＴＣＣＣＡＡＡＡＴＧＴＡＴＡＡＧＧＡＡＧＡＡＧＧＣＣＴＡＡＡＡＧＣＡＴＴＣＴＡＣＡＡＧＧＧＧＧＴＴＧＣＴＣＣＴＣＴＣＴＧＧＡＴＧＡＧＡＣＡＧＡＴＡＣＣＡＴＡＣＡＣＣＡＴＧＡＴＧＡＡＧＴＴＣＧＣＣＴＧＣＴＴＴＧＡ
【０６９７】
正常組織試料パネル上の実施例すべてにおいて測定されたハウスキーピング遺伝子の配列は次の通りであった。
【０６９８】
ＴＡＴＡボックス（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００３１９４（配列番号１１４））
【０６９９】
ＴＡＴＡボックス順方向プライマー（配列番号１６７）：ＣＧＧＴＴＴＧＣＴＧＣＧＧＴＡＡＴＣＡＴ
【０７００】
ＴＡＴＡボックス逆方向プライマー（配列番号１６８）：ＴＴＴＣＴＴＧＣＴＧＣＣＡＧＴＣＴＧＧＡＣ
【０７０１】
ＴＡＴＡボックス−アンプリコン（配列番号１６９）：ＣＧＧＴＴＴＧＣＴＧＣＧＧＴＡＡＴＣＡＴＧＡＧＧＡＴＡＡＧＡＧＡＧＣＣＡＣＧＡＡＣＣＡＣＧＧＣＡＣＴＧＡＴＴＴＴＣＡＧＴＴＣＴＧＧＧＡＡＡＡＴＧＧＴＧＴＧＣＡＣＡＧＧＡＧＣＣＡＡＧＡＧＴＧＡＡＧＡＡＣＡＧＴＣＣＡＧＡＣＴＧＧＣＡＧＣＡＡＧＡＡＡ
【０７０２】
ユビキチン（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＣ０００４４９（配列番号１１５））
【０７０３】
ユビキチン（Ｕｂｉｑｕｉｔｎ）順方向プライマー（配列番号１７０）：ＡＴＴＴＧＧＧＴＣＧＣＧＧＴＴＣＴＴＧ
【０７０４】
ユビキチン逆方向プライマー（配列番号１７１）：ＴＧＣＣＴＴＧＡＣＡＴＴＣＴＣＧＡＴＧＧＴ
【０７０５】
ユビキチン−アンプリコン（配列番号１７２）
【０７０６】
ＡＴＴＴＧＧＧＴＣＧＣＧＧＴＴＣＴＴＧＴＴＴＧＴＧＧＡＴＣＧＣＴＧＴＧＡＴＣＧＴＣＡＣＴＴＧＡＣＡＡＴＧＣＡＧＡＴＣＴＴＣＧＴＧＡＡＧＡＣＴＣＴＧＡＣＴＧＧＴＡＡＧＡＣＣＡＴＣＡＣＣＣＴＣＧＡＧＧＴＴＧＡＧＣＣＣＡＧＴＧＡＣＡＣＣＡＴＣＧＡＧＡＡＴＧＴＣＡＡＧＧＣＡ
【０７０７】
ＳＤＨＡ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００４１６８（配列番号１１６））
【０７０８】
ＳＤＨＡ順方向プライマー（配列番号１７３）：ＴＧＧＧＡＡＣＡＡＧＡＧＧＧＣＡＴＣＴＧ
【０７０９】
ＳＤＨＡ逆方向プライマー（配列番号１７４）：ＣＣＡＣＣＡＣＴＧＣＡＴＣＡＡＡＴＴＣＡＴＧ
【０７１０】
ＳＤＨＡ−アンプリコン（配列番号１７５）：ＴＧＧＧＡＡＣＡＡＧＡＧＧＧＣＡＴＣＴＧＣＴＡＡＡＧＴＴＴＣＡＧＡＴＴＣＣＡＴＴＴＣＴＧＣＴＣＡＧＴＡＴＣＣＡＧＴＡＧＴＧＧＡＴＣＡＴＧＡＡＴＴＴＧＡＴＧＣＡＧＴＧＧＴＧＧ
【０７１１】
癌性の実施例すべてで測定されたハウスキーピン遺伝子のプライマーおよびアンプリコンの配列を下に列挙する。直腸パネルには、ＨＰＲＴ１、ＰＢＧＤおよびＧ６ＰＤを用いた。肺パネルには、ＰＢＧＤ、ＨＰＲＴ１、ユビキチンおよびＳＤＨＡを用いた。卵巣パネルには、ＨＰＲＴ１、ＳＤＨＡおよびＧ６ＰＤを用いた。
【０７１２】
ＳＤＨＡ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００４１６８（配列番号１１６））
【０７１３】
ＳＤＨＡ順方向プライマー（配列番号１７３）：ＴＧＧＧＡＡＣＡＡＧＡＧＧＧＣＡＴＣＴＧ
【０７１４】
ＳＤＨＡ逆方向プライマー（配列番号１７４）：ＣＣＡＣＣＡＣＴＧＣＡＴＣＡＡＡＴＴＣＡＴＧ
【０７１５】
ＳＤＨＡ−アンプリコン（配列番号１７５）：ＴＧＧＧＡＡＣＡＡＧＡＧＧＧＣＡＴＣＴＧＣＴＡＡＡＧＴＴＴＣＡＧＡＴＴＣＣＡＴＴＴＣＴＧＣＴＣＡＧＴＡＴＣＣＡＧＴＡＧＴＧＧＡＴＣＡＴＧＡＡＴＴＴＧＡＴＧＣＡＧＴＧＧＴＧＧ
【０７１６】
ＰＢＧＤ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＣ０１９３２３（配列番号１１７））
【０７１７】
ＰＢＧＤ順方向プライマー（配列番号１７６）：ＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＴＣＧＣＧＴＧＧＧ
【０７１８】
ＰＢＧＤ逆方向プライマー（配列番号１７７）：ＣＣＡＧＧＧＴＡＣＧＡＧＧＣＴＴＴＣＡＡＴ
【０７１９】
ＰＢＧＤ−アンプリコン（配列番号１７８）：ＴＧＡＧＡＧＴＧＡＴＴＣＧＣＧＴＧＧＧＴＡＣＣＣＧＣＡＡＧＡＧＣＣＡＧＣＴＴＧＣＴＣＧＣＡＴＡＣＡＧＡＣＧＧＡＣＡＧＴＧＴＧＧＴＧＧＣＡＡＣＡＴＴＧＡＡＡＧＣＣＴＣＧＴＡＣＣＣＴＧＧ
【０７２０】
ＨＰＲＴ１（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００１９４（配列番号１１８））
【０７２１】
ＨＰＲＴ１順方向プライマー（配列番号１７９）：ＴＧＡＣＡＣＴＧＧＣＡＡＡＡＣＡＡＴＧＣＡ
【０７２２】
ＨＰＲＴ１逆方向プライマー（配列番号１８０）：ＧＧＴＣＣＴＴＴＴＣＡＣＣＡＧＣＡＡＧＣＴ
【０７２３】
ＨＰＲＴ１−アンプリコン（配列番号１８１）：ＴＧＡＣＡＣＴＧＧＣＡＡＡＡＣＡＡＴＧＣＡＧＡＣＴＴＴＧＣＴＴＴＣＣＴＴＧＧＴＣＡＧＧＣＡＧＴＡＴＡＡＴＣＣＡＡＡＧＡＴＧＧＴＣＡＡＧＧＴＣＧＣＡＡＧＣＴＴＧＣＴＧＧＴＧＡＡＡＡＧＧＡＣＣ
【０７２４】
Ｇ６ＰＤ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０００４０２（配列番号１１９））
【０７２５】
Ｇ６ＰＤ順方向プライマー（配列番号１８２）：ｇａｇｇｃｃｇｔｃａｃｃａａｇａａｃａｔ
【０７２６】
Ｇ６ＰＤ逆方向プライマー（配列番号１８３）：ｇｇａｃａｇｃｃｇｇｔｃａｇａｇｃｔｃ
【０７２７】
Ｇ６ＰＤ−アンプリコン（配列番号１８４）：ｇａｇｇｃｃｇｔｃａｃｃａａｇａａｃａｔｔｃａｃｇａｇｔｃｃｔｇｃａｔｇａｇｃｃａｇａｔａｇｇｃｔｇｇａａｃｃｇｃａｔｃａｔｃｇｔｇｇａｇａａｇｃｃｃｔｔｃｇｇｇａｇｇｇａｃｃｔｇｃａｇａｇｃｔｃｔｇａｃｃｇｇｃｔｇｔｃｃ
【０７２８】
ユビキチン（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＣ０００４４９（配列番号１１５））
【０７２９】
ユビキチン順方向プライマー（配列番号１７０）：ＡＴＴＴＧＧＧＴＣＧＣＧＧＴＴＣＴＴＧ
【０７３０】
ユビキチン逆方向プライマー（配列番号１７１）：ＴＧＣＣＴＴＧＡＣＡＴＴＣＴＣＧＡＴＧＧＴ
【０７３１】
ユビキチンアンプリコン（配列番号１７２）：ＡＴＴＴＧＧＧＴＣＧＣＧＧＴＴＣＴＴＧＴＴＴＧＴＧＧＡＴＣＧＣＴＧＴＧＡＴＣＧＴＣＡＣＴＴＧＡＣＡＡＴＧＣＡＧＡＴＣＴＴＣＧＴＧＡＡＧＡＣＴＣＴＧＡＣＴＧＧＴＡＡＧＡＣＣＡＴＣＡＣＣＣＴＣＧＡＧＧＴＴＧＡＧＣＣＣＡＧＴＧＡＣＡＣＣＡＴＣＧＡＧＡＡＴＧＴＣＡＡＧＧＣＡ
【０７３２】
本発明のタンパク質の発現パターンを予想するために用いた他の方法は、ＭＥＤディスカバリーエンジン（ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｅｎｇｉｎｅ）であった。
【０７３３】
ＭＥＤは、公開されている遺伝子発現データ、正規化、注釈、および様々なクエリーの性能の収集したもののプラットフォームである。最も汎用されているＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイからの発現データをＧｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓ（ＧＥＯ−ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＧＥＯ）からダウンロードする。データを、定常値に対して９５％パーセンタイルとし、乗法的に正規化し（正規化された発現＝１２００）、ノイズを低３０％から０とし、取り除いた。実験を、はじめは自動的に、次いで手作業で注釈付けし、組織および条件を特定し、チップを、この注釈によってグループ分けし、各チップの遺伝子の全体的な発現パターンを、このグループ中の遺伝子の平均的な発現パターンと比較することで、このグループ分けをクロス検証した。各グループの各プローブセットは、グループに含まれるすべてのチップ中のプローブセットの発現の中間値である発現値を割り当てられた。あるグループ内のすべてのプローブセットの発現のベクターは、そのグループのバーチャルチップ（ｖｉｒｔｕａｌ  ｃｈｉｐ）、および、そのようなバーチャルチップ（ｖｉｒｔｕａｌ  ｃｈｉｐｓ）のすべてを集めたものが、バーチャルパネル（ｖｉｒｔｕａｌ  ｐａｎｅｌ）である。パネル（またはサブパネル）にクエリーを行い、所要の性質をもつプローブセットを特定することができる（例えば、組織のサブセットにおける特異的な発現、または疾病および健常な組織間の差次的発現）。以後の分析のために、これらのプローブセットを、ＬＥＡＤＳコンティグおよびＲｅｆＳｅｑｓ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＲｅｆＳｅｑ／）に、プローブレベルのマッピングによって、リンクする。
【０７３４】
ダウンロードしたＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプッラトフォームは、ＨＧ−Ｕ９５ＡおよびＨＧ−Ｕ１３３ファミリーである（Ａ、Ｂ、Ａ２．０およびＰＬＵＳ２．０）。次いで、３つのバーチャルパネルを作成した：対応するプッラトフォームに基づくＵ９５およびＵ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０、並びにＨＧ−Ｕ１３３Ａ、ＨＧ−Ｕ１３３Ａ２．０およびＨＧ−Ｕ１３３  ＰＬＵＳ  ２．０＋用の共通のプローブセットのセットを用いるＵ１３３。
【０７３５】
ＭＥＤディスカバリーエンジン（ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｅｎｇｉｎｅ）の結果を、散布図に示す。散布図は、与えられたパネル（グループの収集物（ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｇｒｏｕｐｓ））のコンパクト表現である。Ｙ軸は、（正規化された）発現、Ｘ軸は、パネルのグループを記載する。各グループに、中間の発現が、中の詰まった印で示され、グループ内の異なるチップの発現値を小さいダッシュ（「−」）で表わす。グループは、次のように順番付け、しるしを付ける：「他の（Ｏｔｈｅｒ）」グループ（例えば、良性、非癌性疾患など）は三角、治療された細胞は正方形、正常は円、適合したものは、十字、癌は、菱形。また、各グループのチップ数を、グループ名の傍に記す。
【０７３６】
実施例２：クラスターＡＩ５８１５１９の説明
本発明は、ＶＳＩＧ１ポリペプチド、新規のスプライス変異体並びにそれを基にした診断薬および治療薬に関する。
【０７３７】
本発明によると、クラスターＡＩ５８１５１９（内部（ｉｎｔｅｒｎａｌ）ＩＤ７２７５６４２２）は、１０個の対象転写産物および２個の対象切片を特色とし、それらの名称を、表６および７にそれぞれ示した。選ばれたタンパク質変異体を表８に示す。
【０７３８】
表６：対象転写産物
0005607530.tif 000101
【０７３９】
表７：対象切片
0005607530.tif 000102
【０７４０】
表８：対象タンパク質
0005607530.tif 000103
【０７４１】
これらの配列は、公知のタンパク質、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＲｅｆＳｅｑ受入番号（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）ＮＰ＿８７２４１３、別称：ＲＰ５−８８９Ｎ１５．１、１７０００６２Ｄ２０Ｒｉｋ、ＧＰＡ３４、ＭＧＣ４４２８７、ｄＪ８８９Ｎ１５．１）の変異体であり、本明細書では、既知タンパク質と呼ぶ。
【０７４２】
ＶＳＩＧ１は、糖タンパク質Ａ３４（ＧＰＡ３４）としても知られる、Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１タンパク質である。この遺伝子は、もともとは、直腸癌抗原である糖タンパク質Ａ３３（ＧＰＡ３３）に類似性をもつタンパク質をコードする転写産物として特定され（Ｓｃａｎｌａｎ  ｅｔ  ａｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ６：２  ２００６）、ＧＰＡ３３と３２％の相同性がある。筆者らは、Ａ３４ｍＲＮＡおよびタンパク質発現が、非常に組織限定的であり、主に、胃および睾丸に発現していることを示した。また、Ａ３４ｍＲＮＡおよびタンパク質発現は、胃癌、食道癌（ｅｓｏｐｈａｇｅａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ）および卵巣癌でも検出された。  彼らの研究では、発現は、肺、胸または直腸癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ）においては、Ａ３４は検出されなかった（Ｓｃａｎｌａｎ  ｅｔ  ａｌ．  ２００６、  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ６：２）。
【０７４３】
公知の野生型ＶＳＩＧ１核酸配列は、様々な特許および非特許参考文献で報告されてきた。例えば、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）の配列は、国際公開第２００４０３７９９９号で開示され、そこで、糖タンパク質Ａ３４（ＧＰＡ３４）と呼ばれた。このＰＣＴ出願は、本明細書で開示されたＡ３４抗原をコードするＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）の配列を含む。相当する抗原Ａ３４は、被験胃癌（２９％）、食道（ｅｓｏｐｈａｇｅａｌ）（６３％）で発現し、また、かなり低い程度（９％）で、被験卵巣癌で発現することが示さている。筆者らは、この抗原は、治療に使用し得り、抗体癌治療のために適した標的であり得ると提案している。
【０７４４】
国際公開第９９２６９７２号は、この抗原性タンパク質が、例えば、Ｔおよび／またはＢリンパ球の成長および増殖を制御（亢進または抑制（ｕｐ  ｏｒ  ｄｏｗｎ））し、また、ＮＫ細胞および他の細胞集団の細胞毒性活性に影響を与えて、（重症複合型免疫不全症（ＳＣＩＤ）を含む）種々の免疫不全および障害の治療のためなど、免疫刺激または免疫抑制活性を示し得ることを開示している。
【０７４５】
さらに、本明細書のＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）に示されるのと同じタンパク質配列が、国際公開第９９６００２０号および米国特許第２００２１９３５６７号に述べられており、そこでは、ヒト分泌型タンパク質＃６２として同定されている。
【０７４６】
本明細書のＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）に示されるＶＳＩＧ１変異体に相同な配列（公知のＳＮＰに対応する２つのミスマッチを含む）が、国際公開第２００３０２７２２８号出願に開示されている。様々な差次的に発現しているとされている配列の広範なリストを開示している。
【０７４７】
さらに、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）に密接に関連する配列、（公知のＳＮＰに対応する２つのミスマッチを含む）が、ＰＣＴ出願国際公開第２００４１００７７４号に開示されており、それも、多くの他の差次的に発現しているとされている配列を教示している。
【０７４８】
さらに、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）に密接に関連する配列、（公知のＳＮＰに対応する１つのミスマッチを含む）が、ＰＣＴ出願国際公開第２００４０４８５５０号に開示されており、それも同様に、差次的に発現していると言われている配列の広範なリストを含んでいる。
【０７４９】
本発明によると、ＩｇＶおよびＩｇＣ２領域の存在に基づいて、ＶＳＩＧ１は、新規のＢ７メンバーであると予想される。各Ｉｇサブタイプの１つの領域を有するタンパク質の大部分は、共刺激分子である。他の公知のＢ７メンバーのように、ＶＳＩＧ１もまたタイプＩ膜タンパク質である。本発明において、後述のように、細胞外領域内に独特の領域を含有する、ＶＳＩＧ１の選択的スプライス変異体がいくつか同定された。ＶＳＩＧ１の新しい変異体は、肺腺癌および卵巣癌で過剰に発現していることが、本発明で示された。
【０７５０】
本明細書実施例１に記載されたＭＥＤディスカバリーエンジン（ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｅｎｇｉｎｅ）を、ＶＳＩＧ１転写産物の発現を評価するために用いた。ＶＳＩＧ１遺伝子データを表すＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブセット２３４３７０に対する発現データを、図２に示す。図２の分散図から明らかなように、上記プローブセットで検出可能なＶＳＩＧ１転写産物の発現は、正常な肺の試料と比べ、肺癌では高かった。
【０７５１】
上で述べたように、クラスターＡＩ５８１５１９は、上の表６に列挙された１０個の転写産物を特色とする。これら転写産物は、タンパク質Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１の変異体であるタンパク質をコードする。本発明の各変異体タンパク質について説明する。
【０７５２】
本発明の変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）は、転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ０（配列番号１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１（配列番号２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ２（配列番号３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ３（配列番号４）およびＡＩ５８１５１９＿Ｔ４（配列番号５）にコードされたアミノ酸配列をもつ。
【０７５３】
変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよび他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【０７５４】
また、変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）は、表９に列挙される、次のノンサイレントＳＮＰ（ｎｏｎ−ｓｉｌｅｎｔ  ＳＮＰｓ）（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した。）
【０７５５】
表９：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000104
【０７５６】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表１０に示す。
【０７５７】
表１０：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000105
【０７５８】
変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ３（配列番号１１）は、次の転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ０（配列番号１）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１（配列番号２）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ２（配列番号３）、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ３（配列番号４）およびＡＩ５８１５１９＿Ｔ４（配列番号５）にコードされる。
【０７５９】
転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ０（配列番号１）のコーディング部は、ポジション１７１で始まり、ポジション１３３１で終わる。また、転写産物は、表１１に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した（配列番号１１）。）
【０７６０】
表１１：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000106
【０７６１】
転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１（配列番号２）のコーディング部は、ポジション１７１で始まり、ポジション１３３１で終わる。また、転写産物は、表１２に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（核酸配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０７６２】
表１２：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000107
【０７６３】
転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ２（配列番号３）のコーディング部は、ポジション１７１で始まり、ポジション１３３１で終わる。また、転写産物は、表１３に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０７６４】
表１３：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000108
【０７６５】
転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ３（配列番号４）のコーディング部は、ポジション１７１で始まり、ポジション１３３１で終わる。また、転写産物は、表１４に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０７６６】
表１４：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000109
【０７６７】
転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ４（配列番号５）のコーディング部は、ポジション１７１で始まり、ポジション１３３１で終わる。また、転写産物は、表１５に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のそれらポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０７６８】
表１５：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000110
【０７６９】
本発明の変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）は、転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ５（配列番号６）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図３Ａに示す。本発明の変異体タンパク質の、そのアラインメントされたタンパク質各々との関係についての簡単な説明は、次の通りである。
【０７７０】
２．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）並びに公知タンパク質ＮＰ＿８７２４１３（配列番号１１）およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ間の比較報告（ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｒｅｐｏｒｔ）（図３Ａ）
【０７７１】
Ａ．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）のアミノ酸１〜７１に相当し、また、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）のアミノ酸１〜７１に相当する、ＭＶＦＡＦＷＫＶＦＬＩＬＳＣＬＡＧＱＶＳＶＶＱＶＴＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳに少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）のアミノ酸７２〜１０７に相当する配列ＨＳＳＣＬＳＴＥＧＭＥＥＫＡＶＧＱＣＬＫＭＴＨＶＲＤＡＲＧＲＣＳＷＴＳＥ（配列番号２８４）をもつポリペプチドに、少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％およびさらに好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％相同である第２のアミノ酸配列、並びに公知タンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）のアミノ酸７２〜３８７に相当し、またＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）のアミノ酸１０８〜４２３に相当する、ＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰＧＮＡＳＩＴＩＳＨＭＱＰＡＤＳＧＩＹＩＣＤＶＮＮＰＰＤＦＬＧＱＮＱＧＩＬＮＶＳＶＬＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦＮＰＴＴＧＩＬＶＩＧＮＬＴＮＦＥＱＧＹＹＱＣＴＡＩＮＲＬＧＮＳＳＣＥＩＤＬＴＳＳＨＰＥＶＧＩＩＶＧＡＬＩＧＳＬＶＧＡＡＩＩＩＳＶＶＣＦＡＲＮＫＡＫＡＫＡＫＥＲＮＳＫＴＩＡＥＬＥＰＭＴＫＩＮＰＲＧＥＳＥＡＭＰＲＥＤＡＴＱＬＥＶＴＬＰＳＳＩＨＥＴＧＰＤＴＩＱＥＰＤＹＥＰＫＰＴＱＥＰＡＰＥＰＡＰＧＳＥＰＭＡＶＰＤＬＤＩＥＬＥＬＥＰＥＴＱＳＥＬＥＰＥＰＥＰＥＰＥＳＥＰＧＶＶＶＥＰＬＳＥＤＥＫＧＶＶＫＡに少なくとも９０％相同である第３のアミノ酸配列を含み、前記第１のアミノ酸配列、第２のアミノ酸配列および第３のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番であるポリペプチド。
【０７７２】
Ｃ．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）の配列ＨＳＳＣＬＳＴＥＧＭＥＥＫＡＶＧＱＣＬＫＭＴＨＶＲＤＡＲＧＲＣＳＷＴＳＥ（配列番号２８４）に、少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％およびさらに好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）のエッジ部（ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ）をコードする単離されたポリペプチド
【０７７３】
変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよび他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、変異体タンパク質は、に局在していると考えられる：膜。
【０７７４】
また、変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）は、表１６に列挙される、次のノンサイレントＳＮＰ（ｎｏｎ−ｓｉｌｅｎｔ  ＳＮＰｓ）（一塩基多型）（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号１２））をもつ。
【０７７５】
表１６：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000111
【０７７６】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表１７に示す。
【０７７７】
表１７：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000112
【０７７８】
変異タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ４（配列番号１２）は、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ５（配列番号６）によってコードされ、そのコーディング部は、ポジション１７１で始まり、ポジション１４３９で終わる。また、転写産物は、表１８に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０７７９】
表１８：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000113
【０７８０】
本発明の変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）は、転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ６（配列番号７）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。既刊のタンパク質配列に対するアラインメントアラインメントを図３Ｂに示す。本発明の変異体タンパク質の、そのアラインメントされたタンパク質各々との関係についての簡単な説明は、次の通りである。
【０７８１】
２．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）並びに公知タンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）間の比較報告（ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｒｅｐｏｒｔ）（図３Ｂ）
【０７８２】
Ａ．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）のアミノ酸１〜７１に相当し、また、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）のアミノ酸１〜７１に相当する、ＭＶＦＡＦＷＫＶＦＬＩＬＳＣＬＡＧＱＶＳＶＶＱＶＴＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳに少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列、並びにＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）のアミノ酸７２〜１３３に相当する配列ＨＳＳＣＬＳＴＥＧＭＥＥＫＡＶＧＱＣＬＫＭＴＨＶＲＤＡＲＧＲＣＳＷＴＳＥＳＰＷＥＥＧＫＷＰＤＶＥＡＶＫＧＴＬＤＧＱＱＡＥＬＱ（配列番号２８５）をもつポリペプチドに、少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％およびさらに好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％相同である第２のアミノ酸配列、並びに公知タンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）のアミノ酸７２〜３８７に相当し、またＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）のアミノ酸１３４〜４４９に相当する、ＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰＧＮＡＳＩＴＩＳＨＭＱＰＡＤＳＧＩＹＩＣＤＶＮＮＰＰＤＦＬＧＱＮＱＧＩＬＮＶＳＶＬＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦＮＰＴＴＧＩＬＶＩＧＮＬＴＮＦＥＱＧＹＹＱＣＴＡＩＮＲＬＧＮＳＳＣＥＩＤＬＴＳＳＨＰＥＶＧＩＩＶＧＡＬＩＧＳＬＶＧＡＡＩＩＩＳＶＶＣＦＡＲＮＫＡＫＡＫＡＫＥＲＮＳＫＴＩＡＥＬＥＰＭＴＫＩＮＰＲＧＥＳＥＡＭＰＲＥＤＡＴＱＬＥＶＴＬＰＳＳＩＨＥＴＧＰＤＴＩＱＥＰＤＹＥＰＫＰＴＱＥＰＡＰＥＰＡＰＧＳＥＰＭＡＶＰＤＬＤＩＥＬＥＬＥＰＥＴＱＳＥＬＥＰＥＰＥＰＥＰＥＳＥＰＧＶＶＶＥＰＬＳＥＤＥＫＧＶＶＫＡに少なくとも９０％相同である第３のアミノ酸配列を含み、前記第１のアミノ酸配列、第２のアミノ酸配列および第３のアミノ酸配列は、連続で、ここに記された順番であるポリペプチド。
【０７８３】
Ｃ．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）の配列ＨＳＳＣＬＳＴＥＧＭＥＥＫＡＶＧＱＣＬＫＭＴＨＶＲＤＡＲＧＲＣＳＷＴＳＥＳＰＷＥＥＧＫＷＰＤＶＥＡＶＫＧＴＬＤＧＱＱＡＥＬＱ（配列番号２８５）に、少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、最も好ましくは少なくとも約９０％およびさらに好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）のエッジ部（ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ）をコードする単離されたポリペプチド
【０７８４】
変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよび他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【０７８５】
また、変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）は、表１９に列挙される、次のノンサイレントＳＮＰ（ｎｏｎ−ｓｉｌｅｎｔ  ＳＮＰｓ）（一塩基多型）（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号１３）。）をもつ。
【０７８６】
表１９：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000114
【０７８７】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。それら領域を表２０に示す。
【０７８８】
表２０：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000115
【０７８９】
変異タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ５（配列番号１３）は、次の転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ６（配列番号７）によってコードされ、そのコーディング部は、ポジション１７１で始まり、ポジション１５１７で終わる。転写産物は。また、表２１に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０７９０】
表２１：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000116
【０７９１】
本発明の変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）は、転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ８（配列番号８）によってコードされる。１以上の既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図３Ｃに示す。本発明の変異体タンパク質のそのアラインメントされたタンパク質各々との関係についての簡単な説明は、次の通りである。
【０７９２】
２．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７  （配列番号１４）並びに公知タンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）（図３Ｃ）間の比較報告（ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｒｅｐｏｒｔ）（図３Ｃ）
【０７９３】
Ａ．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７  （配列番号１４）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）のアミノ酸１〜９６に相当し、また、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）のアミノ酸１〜９６に相当する、ＭＶＦＡＦＷＫＶＦＬＩＬＳＣＬＡＧＱＶＳＶＶＱＶＴＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰに少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列、並びに公知のタンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）のアミノ酸１３８〜３８７に相当し、また、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）のアミノ酸９７〜４４６に相当する、ＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦＮＰＴＴＧＩＬＶＩＧＮＬＴＮＦＥＱＧＹＹＱＣＴＡＩＮＲＬＧＮＳＳＣＥＩＤＬＴＳＳＨＰＥＶＧＩＩＶＧＡＬＩＧＳＬＶＧＡＡＩＩＩＳＶＶＣＦＡＲＮＫＡＫＡＫＡＫＥＲＮＳＫＴＩＡＥＬＥＰＭＴＫＩＮＰＲＧＥＳＥＡＭＰＲＥＤＡＴＱＬＥＶＴＬＰＳＳＩＨＥＴＧＰＤＴＩＱＥＰＤＹＥＰＫＰＴＱＥＰＡＰＥＰＡＰＧＳＥＰＭＡＶＰＤＬＤＩＥＬＥＬＥＰＥＴＱＳＥＬＥＰＥＰＥＰＥＰＥＳＥＰＧＶＶＶＥＰＬＳＥＤＥＫＧＶＶＫＡに少なくとも９０％相同である第２のアミノ酸配列を含み、前記第１のアミノ酸配列および第２のアミノ酸配列は、連続で、ここに記された順番であるポリペプチド。
【０７９４】
Ｃ．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）のエッジ部（ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、長さ「ｎ」をもつポリペプチドを含み、ｎが、少なくとも長さ約１０アミノ酸、任意選択で少なくとも長さ約２０アミノ酸、好ましくは少なくとも長さ約３０アミノ酸、より好ましくは少なくとも長さ約４０アミノ酸、さらに好ましくは少なくとも長さ約５０アミノ酸を含み、少なくとも２つのアミノ酸が、ＰＶを含み、次の構造をもつ：任意のアミノ酸番号９６−ｘから９６から始まり、任意のアミノ酸番号９７＋（（ｎ−２）−ｘ）で終わる配列、ここで、ｘは、０からｎ−２で変動する。
【０７９５】
変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよび他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【０７９６】
また、変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）は、表２２に列挙される、次のノンサイレントＳＮＰ（ｎｏｎ−ｓｉｌｅｎｔＳＮＰｓ）（一塩基多型）（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号１４））をもつ。
【０７９７】
表２２：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000117
【０７９８】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表２３に示す。
【０７９９】
表２３：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000118
【０８００】
変異タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ７（配列番号１４）は、ＡＩ５８１５１９＿Ｔ８（配列番号８）によってコードされ、そのコーディング部は、ポジション１７１で始まり、ポジション１２０８で終わる。また、転写産物は、表２４に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０８０１】
表２４：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000119
【０８０２】
本発明の変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）は、転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１０（配列番号９）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。１以上の既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図３Ｄに示す。本発明の変異体タンパク質の、そのアラインメントされたタンパク質各々との関係についての簡単な説明は、次の通りである。
【０８０３】
２．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）並びに公知タンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）（図３Ｄ）間の比較報告（ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｒｅｐｏｒｔ）（図３Ｄ）
【０８０４】
Ａ．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）のアミノ酸１〜１８９に相当し、また、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）のアミノ酸１〜１８９に相当する、ＭＶＦＡＦＷＫＶＦＬＩＬＳＣＬＡＧＱＶＳＶＶＱＶＴＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰＧＮＡＳＩＴＩＳＨＭＱＰＡＤＳＧＩＹＩＣＤＶＮＮＰＰＤＦＬＧＱＮＱＧＩＬＮＶＳＶＬＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦに少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列、並びにＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）のアミノ酸１９０〜２０３に相当する配列ＴＮＨＲＤＦＧＨＷＫＳＤＫＦ（配列番号２８６）をもつポリペプチドに、少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％および最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８または９９％相同である第２のアミノ酸配列を含み、前記第１のアミノ酸配列および第２のアミノ酸配列は、連続で、ここに記された順番であるポリペプチド。
【０８０５】
Ｃ．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）の配列ＴＮＨＲＤＦＧＨＷＫＳＤＫＦ（配列番号２８６）に、少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％およびさらに好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）のエッジ部（ｅｄｇｅ  ｐｏｒｔｉｏｎ）をコードする単離されたポリペプチド
【０８０６】
変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよび他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【０８０７】
また、変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）は、表２５に列挙される、次のノンサイレントＳＮＰ（ｎｏｎ−ｓｉｌｅｎｔ  ＳＮＰｓ）（一塩基多型）（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号１５））をもつ。
【０８０８】
表２５：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000120
【０８０９】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。それら領域を表２６に示す。
【０８１０】
表２６：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000121
【０８１１】
変異タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ９（配列番号１５）は、転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１０（配列番号９）によってコードされ、そのコーディング部は、ポジション１７１で始まり、ポジション７７９で終わる。転写産物は。また、表２７に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０８１２】
表２７：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000122
【０８１３】
本発明の変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）は、転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１１（配列番号１０）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図３Ｅに示す。本発明の変異体タンパク質の、そのアラインメントされたタンパク質各々との関係についての簡単な説明は、次の通りである。
【０８１４】
２．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）並びに公知タンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）（図３Ｅ）間の比較報告（ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｒｅｐｏｒｔ）（図３Ｅ）
【０８１５】
Ａ．ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＮＰ＿８７２４１３およびＱ８６ＸＫ７＿ＨＵＭＡＮ（配列番号１１）のアミノ酸１〜２２９に相当し、また、ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）のアミノ酸１〜２２９に相当する、ＭＶＦＡＦＷＫＶＦＬＩＬＳＣＬＡＧＱＶＳＶＶＱＶＴＩＰＤＧＦＶＮＶＴＶＧＳＮＶＴＬＩＣＩＹＴＴＴＶＡＳＲＥＱＬＳＩＱＷＳＦＦＨＫＫＥＭＥＰＩＳＩＹＦＳＱＧＧＱＡＶＡＩＧＱＦＫＤＲＩＴＧＳＮＤＰＧＮＡＳＩＴＩＳＨＭＱＰＡＤＳＧＩＹＩＣＤＶＮＮＰＰＤＦＬＧＱＮＱＧＩＬＮＶＳＶＬＶＫＰＳＫＰＬＣＳＶＱＧＲＰＥＴＧＨＴＩＳＬＳＣＬＳＡＬＧＴＰＳＰＶＹＹＷＨＫＬＥＧＲＤＩＶＰＶＫＥＮＦＮＰＴＴＧＩＬＶＩＧＮＬＴＮＦＥＱＧＹＹＱＣＴＡＩＮＲＬＧＮＳＳＣＥＩＤＬＴＳＳに少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列、並びにＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）のアミノ酸２３０〜２３１に相当する第２のアミノ酸配列ＲＱ（配列番号２８７）を含み、前記第１のアミノ酸配列、第２のアミノ酸配列および第３のアミノ酸配列は、連続で、ここで記された順番である。
【０８１６】
変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよび他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【０８１７】
また、変異体タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）は、表２８に列挙される、次のノンサイレントＳＮＰ（ｎｏｎ−ｓｉｌｅｎｔ  ＳＮＰｓ）（一塩基多型）（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号１６）。）をもつ。
【０８１８】
表２８：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000123
【０８１９】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。それら領域を表２９に示す。
【０８２０】
表２９：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000124
【０８２１】
変異タンパク質ＡＩ５８１５１９＿Ｐ１０（配列番号１６）は、転写産物ＡＩ５８１５１９＿Ｔ１１（配列番号１０）によってコードされ、そのコーディング部は、ポジション１７１で始まり、ポジション８６３で終わる。また、転写産物は、表３０に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（核酸配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０８２２】
表３０：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000125
【０８２３】
本発明の任意選択の実施形態によれば、上のクラスターに関連する短い切片も、また提供される。これら切片は、約１２０ｂｐまでの長さで、別の明細書（ｓｅｐａｒａｔｅ  ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ）に含まれる。
【０８２４】
本発明の切片クラスターＡＩ５８１５１９＿Ｎ７（配列番号１２０）は、６つのライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のように決定された。この切片は、次の転写産物に見られる：ＡＩ５８１５１９＿Ｔ５（配列番号６）およびＡＩ５８１５１９＿Ｔ６（配列番号７）。下の表３１は、各転写産物上のこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【０８２５】
表３１：転写産物上の切片位置
0005607530.tif 000126
【０８２６】
本発明の切片クラスターＡＩ５８１５１９＿Ｎ９（配列番号１２１）は、１のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のように決定された。この切片は、次の転写産物に見られる：ＡＩ５８１５１９＿Ｔ６（配列番号７）。下の表３２は、各転写産物上のこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【０８２７】
表３２：転写産物上の切片の位置
0005607530.tif 000127
【０８２８】
配列名ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７（配列番号１９０）で示されるアンプリコンによって検出可能なＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の、正常および癌性卵巣組織、正常および癌性肺組織並びに異なった正常組織における発現
【０８２９】
ｓｅｇ７−ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７（配列番号１９０）アンプリコン並びにプライマーＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７Ｆ１（配列番号１８８）およびＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７Ｒ１（配列番号１８９）によってまたは従って検出可能なＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の発現を、卵巣パネル、肺パネルおよび正常パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料は、上の表４、表３および表２で、それぞれ詳述する。
【０８３０】
卵巣パネル−非検出試料（試料番号８０、８３、１００および１０９、表４）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。各ＲＴ試料に関して、上のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次いで、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５２〜７８、上記表４）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進（ｕｐ−ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ）したかの値を得た。
【０８３１】
図４は、上で示したＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の正常試料に対する癌性卵巣試料における過剰発現を示すヒストグラムである。
【０８３２】
図４から明らかなように、上のアンプリコンによって検出可能なＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の粘液性癌および類内膜癌（ｅｎｄｏｍｅｔｒｏｉｄ）試料における発現が、非癌性試料（試料番号５２〜７８、上記表４）中より顕著に高かった。特に、少なくとも４０倍の過剰発現が、１２粘液性癌試料中４試料に、１０類内膜癌（ｅｎｄｏｍｅｔｒｏｉｄ）試料中３試料にみられた。
【０８３３】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現４０倍の閾値が、粘液性癌および類内膜癌（ｅｎｄｏｍｅｔｒｏｉｄ）並びに正常試料の間で、それぞれ、Ｐ値６．０２ｅ−００３および１．５４ｅ〜００２で、差を生じることがわかった。上の値は、結果が統計学的に有意であることを示す。
【０８３４】
肺パネル−各ＲＴ試料に関して、上のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次いで、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記表３）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進（ｕｐ−ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ）したかの値を得た。
【０８３５】
図５は、上で示したＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の正常試料に対する癌性肺試料における過剰発現を示すヒストグラムである。
【０８３６】
図５から明らかなように、上のアンプリコンによって検出可能なＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の腺癌試料における発現は、非癌性試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記表３）中より顕著に高かった。特に、少なくとも６倍の過剰発現が、２３腺癌試料中１１試料にみられた。
【０８３７】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。正常組織試料に対する、肺腺癌試料中の上記アンプリコンによって検出可能なＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の発現レベルにおける差のＰ値を、９．３６ｅ−００３としてＴテストで決めた。フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現６倍の閾値が、腺癌および正常試料の間で、Ｐ値８．０７ｅ−００４で、差を生じることがわかった。
【０８３８】
上の値は、結果が統計学的に有意であることを示す。
【０８３９】
正常パネル−各ＲＴ試料に関して、上のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次いで、各ＲＴ試料の正規化された量を、卵巣試料（試料番号３１、３２、３３および３４、上記表２）の量の中間値で割り、卵巣試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。それを、図６Ａに示す。また、各ＲＴ試料の正規化された量を、卵巣試料（試料番号３１−３４、上記表２）の量の中間値で割り、肺試料（試料番号２６、２８、２９および３０、上記表２）の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。それを、図６Ｂに示す。
【０８４０】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７Ｆ１（配列番号１８８）順方向プライマーおよびＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７Ｒ１  （配列番号１８９）逆方向プライマー
【０８４１】
本発明は、また、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７（配列番号１９０）
【０８４２】
順方向プライマー＞ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７Ｆ１（配列番号１８８）：ＣＡＣＡＧＣＴＣＧＴＧＣＣＴＣＡＧＴＡＣＴＧ
【０８４３】
逆方向プライマー＞ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７Ｒ１（配列番号１８９）：ＡＧＣＴＡＣＡＴＣＴＴＣＣＣＣＧＡＧＣＧ
【０８４４】
アンプリコン＞ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７（配列番号１９０）
【０８４５】
ＣＡＣＡＧＣＴＣＧＴＧＣＣＴＣＡＧＴＡＣＴＧＡＧＧＧＴＡＴＧＧＡＧＧＡＡＡＡＧＧＣＡＧＴＣＧＧＴＣＡＧＴＧＴＣＴＡＡＡＡＡＴＧＡＣＧＣＡＣＧＴＡＡＧＡＧＡＣＧＣＴＣＧＧＧＧＡＡＧＡＴＧＴＡＧＣＴ
【０８４６】
配列名ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９（配列番号１８７）で示されるアンプリコンによって検出可能なＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の、正常および癌性卵巣組織並びに正常および癌性肺組織における発現
【０８４７】
ｓｅｇ７−９−ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９（配列番号１８７）アンプリコン並びにプライマーＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９Ｆ１（配列番号１８５）およびＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９Ｒ１（配列番号１８６）によってまたは従って検出可能なＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の発現を、卵巣パネルおよび肺パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料は、上の表４および表３で、それぞれ詳述する。
【０８４８】
卵巣パネル−非検出試料（試料番号４０、表４）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。各ＲＴ試料に関して、上のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次いで、各ＲＴ試料の正規化した量を、正常試料（試料番号５２〜７８、上記表４）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進（ｕｐ−ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ）したかの値を得た。
【０８４９】
図７は、上で示したＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の正常試料に対する癌性卵巣試料における過剰発現を示すヒストグラムである。
【０８５０】
図７から明らかなように、上のアンプリコンによって検出可能なＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の粘液性癌試料における発現は、非癌性試料（試料番号５２〜７８、上記表４）中より顕著に高く、少数の腺癌試料においては、非癌性試料中より高かった。特に、少なくとも６倍の過剰発現が、９粘液性癌試料中６試料に、３７類内膜癌（ｅｎｄｏｍｅｔｒｏｉｄ）試料中９試料にみられた。
【０８５１】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現６倍の閾値が、粘液性癌および正常試料の間で、Ｐ値２．７５ｅ−００４で、差を生じることがわかった。フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現６倍の閾値が、腺癌および正常試料の間で、Ｐ値２．４４ｅ−００２で、差を生じることがわかった。
【０８５２】
上の値は、結果が統計学的に有意であることを示す。
【０８５３】
肺パネル−各ＲＴ試料に関して、上のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次いで、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記表３）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進（ｕｐ−ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ）したかの値を得た。
【０８５４】
図８は、上で示したＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の正常試料に対する癌性肺試料における過剰発現を示すヒストグラムである。
【０８５５】
図８から明らかなように、上のアンプリコンによって検出可能なＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の腺癌試料における発現は、非癌性試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記表３）中より顕著に高く、少数の非小細胞癌試料においては、非癌性試料中より高かった。特に、少なくとも１７倍の過剰発現が、１８腺癌試料中８試料にみられた。
【０８５６】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。正常組織試料に対する、肺腺癌の上記アンプリコンによって検出可能な  Ｖ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）転写産物の発現レベルにおける差のＰ値を、１．１７ｅ−００２としてＴテストで決めた。
【０８５７】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現１７倍の閾値が、腺癌および正常試料の間で、Ｐ値２．４１ｅ−００３で、差を生じることがわかった。
【０８５８】
上の値は、結果が統計学的に有意であることを示す。
【０８５９】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９Ｆ１（配列番号１８５）順方向プライマーおよびＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９Ｒ１（配列番号１８６）逆方向プライマー
【０８６０】
本発明は、また、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９（配列番号１８７）
【０８６１】
順方向プライマー＞ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９Ｆ１（配列番号１８５）：ＡＡＴＧＡＣＧＣＡＣＧＴＡＡＧＡＧＡＣＧＣ
【０８６２】
逆方向プライマー＞ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９Ｒ１（配列番号１８６）：ＧＡＧＴＧＣＣＣＴＴＣＡＣＡＧＣＣＴＣＡ
【０８６３】
アンプリコン＞ＡＩ５８１５１９＿ｓｅｇ７−９（配列番号１８７）
ＡＡＴＧＡＣＧＣＡＣＧＴＡＡＧＡＧＡＣＧＣＴＣＧＧＧＧＡＡＧＡＴＧＴＡＧＣＴＧＧＡＣＣＴＣＴＧＡＧＴＣＴＣＣＴＴＧＧＧＡＧＧＡＧＧＧＧＡＡＧＴＧＧＣＣＡＧＡＴＧＴＴＧＡＧＧＣＴＧＴＧＡＡＧＧＧＣＡＣＴＣ
【０８６４】
配列名ＡＩ５８１５１９ｓｅｇ７−９（配列番号１９６）で示されるアンプリコンによって検出可能なＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の、血液特異的パネルにおける発現
【０８６５】
ｓｅｇ７−９−ＡＩ５８１５１９ｓｅｇ７−９Ｆ３Ｒ３（配列番号１９６）アンプリコン並びにプライマーＡＩ５８１５１９ｓｅｇ７−９Ｆ３（配列番号１９４）およびＡＩ５８１５１９ｓｅｇ７−９Ｒ３（配列番号１９５）によってまたは従って検出可能なＶＳＩＧ１転写産物の発現を、血液パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料は、上の表１に詳述する。非検出試料（試料番号２８、３３、８３、８５、９０および６３、表１）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。用いた試料は、上の表１に詳述する。各ＲＴ試料に関して、上のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次いで、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号６４、６９〜７２および７４〜７６、上記表１）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【０８６６】
この解析の結果を、図９のヒストグラムに示す。ＣＤ８、ＣＤ４未処理およびＣＤ４＋ＣＤ２５−試料において、上記のＶＳＩＧ１転写産物の発現が高く、正常小腸および正常胃試料においては、より高かった。
【０８６７】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ｓｅｇ７−９Ｆ３順方向プライマー（配列番号１９４）およびｓｅｇ７−９Ｒ３逆方向プライマー（配列番号１９５）
【０８６８】
本発明は、また、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコン対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ｓｅｇ７−９Ｆ３Ｒ３（配列番号１９６）
【０８６９】
順方向プライマー＞ＡＩ５８１５１９ｓｅｇ７−９Ｆ３（配列番号１９４）
【０８７０】
ＡＴＧＡＣＧＣＡＣＧＴＡＡＧＡＧＡＣＧＣＴＣＧ
【０８７１】
逆方向プライマー＞ＡＩ５８１５１９ｓｅｇ７−９Ｒ３（配列番号１９５）
【０８７２】
ＧＧＡＧＴＴＣＡＧＣＣＴＧＣＴＧＴＣＣＡＴＣＡＡＧ
【０８７３】
アンプリコン＞ＡＩ５８１５１９ｓｅｇ７−９Ｆ３Ｒ３（配列番号１９６）
【０８７４】
ＡＴＧＡＣＧＣＡＣＧＴＡＡＧＡＧＡＣＧＣＴＣＧＧＧＧＡＡＧＡＴＧＴＡＧＣＴＧＧＡＣＣＴＣＴＧＡＧＴＣＴＣＣＴＴＧＧＧＡＧＧＡＧＧＧＧＡＡＧＴＧＧＣＣＡＧＡＴＧＴＴＧＡＧＧＣＴＧＴＧＡＡＧＧＧＣＡＣＴＣＴＴＧＡＴＧＧＡＣＡＧＣＡＧＧＣＴＧＡＡＣＴＣＣ
【０８７５】
配列名ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２Ｒ２（配列番号１９３）で示されるアンプリコンによって検出可能なＶ−ｓｅｔおよび免疫グロブリン領域含有１（ＶＳＩＧ１）ＡＩ５８１５１９転写産物の、正常および癌性肺組織、正常および癌性卵巣組織、他の正常組織並びに血液特異的パネルにおける発現
【０８７６】
ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２Ｒ２−ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２Ｒ２（配列番号１９３）アンプリコン並びにプライマーＡＩ５８１５１９Ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２（配列番号１９１）およびＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｒ２（配列番号１９２）によってまたは従って検出可能なＶＳＩＧ１転写産物の発現を、肺パネル、卵巣パネル、正常パネルおよび血液パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料は、上の表３、表４、表２および表１にそれぞれ詳述する。各ＲＴ試料に関して、上のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【０８７７】
肺パネル−非検出試料（試料番号４９、表３）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した次いで、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５１〜６４、６９および７０、上記表３）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進（ｕｐ−ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ）したかの値を得た。
【０８７８】
図１０は、上で示したＶＳＩＧ１転写産物の正常試料に対する癌性肺試料における過剰発現を示すヒストグラムである。
【０８７９】
図１０から明らかなように、上のアンプリコンによって検出可能なＶＳＩＧ１転写産物の腺癌試料における発現は、非癌性試料（試料番号５１〜６４、６９および７０、上記表３）中より顕著に高かった。特に、少なくとも１６倍の過剰発現が、２３腺癌試料中１０試料にみられた。
【０８８０】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。正常組織試料に対する、肺腺癌の上記アンプリコンによって検出可能なＶＳＩＧ１転写産物の発現レベルにおける差のＰ値を、５．１３ｅ−００３としてＴテストで決めた。
【０８８１】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現１６倍の閾値が、腺癌および正常試料の間で、Ｐ値１．８０ｅ−００３で、差を生じることがわかった
【０８８２】
上の値は、結果が統計学的に有意であることを示す。
【０８８３】
卵巣パネル−非検出試料（試料番号１６、２３、５７、６０〜６２、６７、６８、７１〜７４、７７および７８、表４）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次いで、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５２、５３、５５および５７〜６７、上記表４）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進（ｕｐ−ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ）したかの値を得た。
【０８８４】
図１１は、上で示したＶＳＩＧ１転写産物の正常試料に対する癌性卵巣試料における過剰発現を示すヒストグラムである。
【０８８５】
図１１から明らかなように、上のアンプリコンによって検出可能なＶＳＩＧ１転写産物の粘液性癌試料における発現は、非癌性試料（試料番号５２、５３、５５および５７〜６７、上記表４）中より顕著に高く、少数の腺癌試料においては、非癌性試料中より高かった。特に、少なくとも２５倍の過剰発現が、９粘液性癌試料中６試料にみられ、３７腺癌試料中１０試料にみられた。
【０８８６】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現２５倍の閾値が、粘液性癌試料および腺癌並びに正常試料の間で、それぞれ、Ｐ値３．９５ｅ−００４および１．８８ｅ−００２で、差を生じることがわかった。上の値は、結果が統計学的に有意であることを示す
【０８８７】
正常パネル−非検出試料（試料番号１１〜２０、２８、３０、３２〜３４、３６、３８−４０、４９および５６、表２）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次いで、各ＲＴ試料の正規化された量を、肺試料（試料番号２６、および２８〜３０、上記表２）の量の中間値で割り、肺試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。それを、図１２Ａに示す。各ＲＴ試料の正規化された量を、卵巣試料（試料番号３１〜３４、上記表２）の量の中間値で割り、卵巣試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。それを、図１２Ｂに示す。
【０８８８】
血液パネル−非検出試料（試料番号６、１５〜１９、２２〜２４、２７、２９、４０、４１、４６〜５０、５２〜５８、６０〜６４、７１および７６、表１）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次いで、各ＲＴ試料の正規化された量を、腎臓正常試料（試料番号６５〜６７、上記表１）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【０８８９】
この解析の結果を、図１３のヒストグラムに示す。ＣＤ８、ＣＤ４未処理およびＣＤ４＋ＣＤ２５−試料において、上記のＶＳＩＧ１転写産物の発現が非常に高く、いくつかのリンパ腫で高く、また正常小腸および正常胃試料においては、非常に高い。
【０８９０】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２（配列番号１９１）順方向プライマーおよびＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｒ２（配列番号１９２）逆方向プライマー
【０８９１】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２Ｒ２（配列番号１９３）
【０８９２】
順方向プライマー＞ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２（配列番号１９１）
【０８９３】
ＧＡＡＧＡＴＧＴＡＧＣＴＧＧＡＣＣＴＣＴＧＡＧＡＴＴＴＡ
【０８９４】
逆方向プライマー＞ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｒ２（配列番号１９２）
【０８９５】
ＧＴＴＧＧＡＣＣＣＴＧＴＡＡＴＴＣＧＡＴＣＴＴＴ
【０８９６】
アンプリコン＞ＡＩ５８１５１９＿ｊｕｎｃ７−１１Ｆ２Ｒ２（配列番号１９３）
【０８９７】
ＧＡＡＧＡＴＧＴＡＧＣＴＧＧＡＣＣＴＣＴＧＡＧＡＴＴＴＡＣＴＴＴＴＣＴＣＡＡＧＧＴＧＧＡＣＡＡＧＣＴＧＴＡＧＣＣＡＴＣＧＧＧＣＡＡＴＴＴＡＡＡＧＡＴＣＧＡＡＴＴＡＣＡＧＧＧＴＣＣＡＡＣ
【０８９８】
実施例３：クラスターＡＡ４２４８３９の説明
本発明は、ＩＬＤＲ１ポリペプチド、新規なスプライス変異体、並びにそれを基にした診断薬および治療薬に関する。
【０８９９】
本発明によると、クラスターＡＡ４２４８３９（内部ＩＤ７１４１８２６１）は、４個の対象転写産物および１個の対象切片を特色とし、それらの名称を、それぞれ表３３および３４に示した。選ばれたタンパク質変異体を表３５に示す。
【０９００】
表３３：対象転写産物
0005607530.tif 000128
【０９０１】
表３４：対象切片
0005607530.tif 000129
【０９０２】
表３５：対象タンパク質
0005607530.tif 000130
【０９０３】
これらの配列は、公知のタンパク質、免疫グロブリン様領域含有受容体１（ＲｅｆＳｅｑ受入番号ＮＰ＿７８７１２０（配列番号２１）、ＩＬＤＲ１アルファ、ＩＬＤＲ１ベータ、ＭＧＣ５０８３１とも称される）の変異体であり、本明細書では既知タンパク質と呼ぶ。
【０９０４】
示した免疫グロブリン様領域含有受容体１（配列番号２１）であるＩＬＤＲ１は、Ｈａｕｇｅ  ｅｔ  ａｌ．  （２００４）  ＢＢＲＣ  ３２３：  ９７０‐９７８、によって報告され、そこでは、無痛性濾胞性リンパ腫（ＦＬ）にて、このタンパク質をコードする転写産物の差次的発現が示され、形質転換されたびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）と一致した。遺伝子の識別は、ＦＬおよびＤＬＢＣＬの患者と一致させた生検組織に対してｃＤＮＡサブトラクション法を用いて行った。このタンパク質は、シグナルペプチドおよび膜貫通領域、並びに細胞外部分にＩｇ領域をもつことが示され、脂肪分解刺激レムナント受容体（ｌｉｐｏｌｙｓｉｓ‐ｓｔｉｍｕｌａｔｅｄ  ｒｅｍｎａｎｔ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ）（ＬＳＲ）に対して３１％の同一性をもつ膜結合タンパク質であることが分かった。
【０９０５】
本発明によると、ＩＬＤＲ１タンパク質およびＩＬＤＲ１スプライス変異体は、新規なＢ７／ＣＤ２８メンバーであると予想された。本発明によると、ＩＬＤＲ１およびＩＬＤＲ１スプライス変異体は、卵巣癌にて過剰発現されることが示された。
【０９０６】
本明細書の実施例１で述べるＭＥＤディスカバリーエンジンを用いて、ＩＬＤＲ１転写産物の発現を評価した。ＩＬＤＲ１遺伝子データを表すＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブセット２３５５８３＿ａｔに対する発現データを、図１４および１５に示す。図１４に示す分散図から明らかなように、上記のプローブセットで検出可能であるＩＬＤＲ１転写産物の発現は、正常卵巣試料と比較して卵巣癌の方が高かった。図１５に示す分散図から明らかなように、上記のプローブセットで検出可能であるＩＬＤＲ１転写産物の発現は、正常結腸試料と比較して結腸癌の方が高かった。
【０９０７】
上記で示すように、クラスターＡＡ４２４８３９は、上の表３３に列挙された４個の転写産物を特色とする。これらの転写産物は、タンパク質免疫グロブリン様領域含有受容体１（配列番号２１）の変異体であるタンパク質をコードする。ここで本発明の各々のタンパク質について説明する。
【０９０８】
本発明の変異体タンパク質ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）は、転写産物ＡＡ４２４８３９＿Ｔ０（配列番号１７）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図１６Ａに示す。本発明の変異体タンパク質とそれらのアラインメントされたタンパク質の各々との関係についての簡単な説明は以下の通りである：
【０９０９】
１．ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）並びに公知のタンパク質Ｑ８６ＳＵ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号２１）およびＮＰ＿７８７１２０（配列番号２１）間の比較報告（図１６Ａ）：
【０９１０】
Ａ．ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質Ｑ８６ＳＵ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号２１）およびＮＰ＿７８７１２０（配列番号２１）のアミノ酸１〜２１５に相当し、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）のアミノ酸１〜２１５にも相当するＭＡＷＰＫＬＰＡＰＷＬＬＬＣＴＷＬＰＡＧＣＬＳＬＬＶＴＶＱＨＴＥＲＹＶＴＬＦＡＳＩＩＬＫＣＤＹＴＴＳＡＱＬＱＤＶＶＶＴＷＲＦＫＳＦＣＫＤＰＩＦＤＹＹＳＡＳＹＱＡＡＬＳＬＧＱＤＰＳＮＤＣＮＤＮＱＲＥＶＲＩＶＡＱＲＲＧＱＮＥＰＶＬＧＶＤＹＲＱＲＫＩＴＩＱＮＲＡＤＬＶＩＮＥＶＭＷＷＤＨＧＶＹＹＣＴＩＥＡＰＧＤＴＳＧＤＰＤＫＥＶＫＬＩＶＬＨＷＬＴＶＩＦＩＩＬＧＡＬＬＬＬＬＬＩＧＶＣＷＣＱＣＣＰＱＹＣＣＣＹＩＲＣＰＣＣＰＡＨＣＣＣＰＥＥに対して少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列と、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）のアミノ酸２１６〜２５９に相当する配列ＡＬＡＲＨＲＹＭＫＱＡＱＡＬＧＰＱＭＭＧＫＰＬＹＷＧＡＤＲＳＳＱＶＳＳＹＰＭＨＰＬＬＱＲ（配列番号２８８）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第２のアミノ酸配列と、公知のタンパク質Ｑ８６ＳＵ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号２１）およびＮＰ＿７８７１２０（配列番号２１）のアミノ酸２１６〜５０２に相当し、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）のアミノ酸２６０〜５４６にも相当するＤＬＳＬＰＳＳＬＰＱＭＰＭＴＱＴＴＮＱＰＰＩＡＮＧＶＬＥＹＬＥＫＥＬＲＮＬＮＬＡＱＰＬＰＰＤＬＫＧＲＦＧＨＰＣＳＭＬＳＳＬＧＳＥＶＶＥＲＲＩＩＨＬＰＰＬＩＲＤＬＳＳＳＲＲＴＳＤＳＬＨＱＱＷＬＴＰＩＰＳＲＰＷＤＬＲＥＧＲＳＨＨＨＹＰＤＦＨＱＥＬＱＤＲＧＰＫＳＷＡＬＥＲＲＥＬＤＰＳＷＳＧＲＨＲＳＳＲＬＮＧＳＰＩＨＷＳＤＲＤＳＬＳＤＶＰＳＳＳＥＡＲＷＲＰＳＨＰＰＦＲＳＲＣＱＥＲＰＲＲＰＳＰＲＥＳＴＱＲＨＧＲＲＲＲＨＲＳＹＳＰＰＬＰＳＧＬＳＳＷＳＳＥＥＤＫＥＲＱＰＱＳＷＲＡＨＲＲＧＳＨＳＰＨＷＰＥＥＫＰＰＳＹＲＳＬＤＩＴＰＧＫＮＳＲＫＫＧＳＶＥＲＲＳＥＫＤＳＳＨＳＧＲＳＶＶＩに対して少なくとも９０％相同である第３のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列、第２のアミノ酸配列、および第３のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【０９１１】
Ｂ．ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）の配列ＡＬＡＲＨＲＹＭＫＱＡＱＡＬＧＰＱＭＭＧＫＰＬＹＷＧＡＤＲＳＳＱＶＳＳＹＰＭＨＰＬＬＱＲ（配列番号２８８）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【０９１２】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【０９１３】
また、変異体タンパク質ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）は、表３６に列挙される次のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号２２）。）
【０９１４】
表３６：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000131
【０９１５】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表１０に示す。
【０９１６】
表３７：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000132
【０９１７】
変異体タンパク質ＡＡ４２４８３９＿Ｐ３（配列番号２２）は、転写産物ＡＡ４２４８３９＿Ｔ０（配列番号１７）によってコードされ、そのコーディング部はポジション２０４で始まり、ポジション１８４１で終わる。また、この転写産物は、表３８に列挙される次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０９１８】
表３８：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000133
【０９１９】
本発明のタンパク質ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）は、転写産物ＡＡ４２４８３９＿Ｔ２（配列番号１８）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。
【０９２０】
このタンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、このタンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【０９２１】
また、タンパク質ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）は、表３９に列挙される、次のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号２１）。）
【０９２２】
表３９：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000134
【０９２３】
このタンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表４０に示す：
【０９２４】
表４０：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000135
【０９２５】
タンパク質ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）は、転写産物ＡＡ４２４８３９＿Ｔ２（配列番号１８）によってコードされ、そのコーディング部はポジション２０４で始まりポジション１７０９で終わる。また、この転写産物は、表４１に列挙される次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０９２６】
表４１：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000136
【０９２７】
表４２に示すように、タンパク質ＡＡ４２４８３９＿Ｐ５（配列番号２１）のゲノム構造（タンパク質の細胞外領域に関連するエクソンの数、これらのエクソンの長さ、イントロンが挿入されたコドンのフレーム、および遺伝子構造内のタンパク質の特性および領域の位置）は、Ｂ７／共刺激タンパク質ファミリーのリガンドに特徴的である。
【０９２８】
表４２：ゲノム構造およびタンパク質特性
0005607530.tif 000137
【０９２９】
本発明の変異体タンパク質ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）は、転写産物ＡＡ４２４８３９＿Ｔ４（配列番号１９）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。１つ以上の既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図１６Ｂに示す。本発明の変異体タンパク質とそのアラインメントされたタンパク質の各々との関係についての簡単な説明は次の通りである：
【０９３０】
１．ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）並びに公知のタンパク質Ｑ８６ＳＵ０＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿７８７１２０（配列番号２１）間の比較報告（図１６Ｂ）：
【０９３１】
Ａ．ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質Ｑ８６ＳＵ０＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿７８７１２０（配列番号２１）のアミノ酸１〜１２６に相当し、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）のアミノ酸１〜１２６にも相当するＭＡＷＰＫＬＰＡＰＷＬＬＬＣＴＷＬＰＡＧＣＬＳＬＬＶＴＶＱＨＴＥＲＹＶＴＬＦＡＳＩＩＬＫＣＤＹＴＴＳＡＱＬＱＤＶＶＶＴＷＲＦＫＳＦＣＫＤＰＩＦＤＹＹＳＡＳＹＱＡＡＬＳＬＧＱＤＰＳＮＤＣＮＤＮＱＲＥＶＲＩＶＡＱＲＲＧＱＮＥＰＶＬＧＶＤＹＲＱＲＫＩＴＩＱＮに対して少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列と、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）のアミノ酸１２７〜１７０に相当する配列ＰＬＡＲＨＲＹＭＫＱＡＱＡＬＧＰＱＭＭＧＫＰＬＹＷＧＡＤＲＳＳＱＶＳＳＹＰＭＨＰＬＬＱＲをもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第２のアミノ酸配列と、公知のタンパク質Ｑ８６ＳＵ０＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿７８７１２０（配列番号２１）のアミノ酸２１６〜５０２に相当し、ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）のアミノ酸１７１〜４５７にも相当するＤＬＳＬＰＳＳＬＰＱＭＰＭＴＱＴＴＮＱＰＰＩＡＮＧＶＬＥＹＬＥＫＥＬＲＮＬＮＬＡＱＰＬＰＰＤＬＫＧＲＦＧＨＰＣＳＭＬＳＳＬＧＳＥＶＶＥＲＲＩＩＨＬＰＰＬＩＲＤＬＳＳＳＲＲＴＳＤＳＬＨＱＱＷＬＴＰＩＰＳＲＰＷＤＬＲＥＧＲＳＨＨＨＹＰＤＦＨＱＥＬＱＤＲＧＰＫＳＷＡＬＥＲＲＥＬＤＰＳＷＳＧＲＨＲＳＳＲＬＮＧＳＰＩＨＷＳＤＲＤＳＬＳＤＶＰＳＳＳＥＡＲＷＲＰＳＨＰＰＦＲＳＲＣＱＥＲＰＲＲＰＳＰＲＥＳＴＱＲＨＧＲＲＲＲＨＲＳＹＳＰＰＬＰＳＧＬＳＳＷＳＳＥＥＤＫＥＲＱＰＱＳＷＲＡＨＲＲＧＳＨＳＰＨＷＰＥＥＫＰＰＳＹＲＳＬＤＩＴＰＧＫＮＳＲＫＫＧＳＶＥＲＲＳＥＫＤＳＳＨＳＧＲＳＶＶＩに対して少なくとも９０％相同である第３のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列、第２のアミノ酸配列、および第３のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【０９３２】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：分泌。
【０９３３】
また、変異体タンパク質ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）は、表４３に列挙される次のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した。）
【０９３４】
表４３：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000138
【０９３５】
変異体タンパク質ＡＡ４２４８３９＿Ｐ７（配列番号２３）は、転写産物ＡＡ４２４８３９＿Ｔ４（配列番号１９）によってコードされ、そのコーディング部はポジション２０４で始まり、ポジション１５７４で終わる。また、この転写産物は、表４４に列挙される次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０９３６】
表４４：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000139
【０９３７】
本発明の変異体タンパク質ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）は、転写産物ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｔ７（配列番号２０）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。１つ以上の既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図１６Ｃに示す。
【０９３８】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【０９３９】
また、変異体タンパク質ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）は、表４５に列挙される次のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号２４）。）
【０９４０】
表４５：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000140
【０９４１】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表４６に示す：
【０９４２】
表４６：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000141
【０９４３】
変異体タンパク質ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｐ１１（配列番号２４）は、転写産物ＡＡ４２４８３９＿１＿Ｔ７（配列番号２０）によってコードされ、そのコーディング部はポジション２０４で始まり、ポジション１６７０で終わる。また、この転写産物は、表４７に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【０９４４】
表４７：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000142
【０９４５】
本発明の切片クラスターＡＡ４２４８３９＿Ｎ１８（配列番号１２２）は、１０個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、次の転写産物に見られる：ＡＡ４２４８３９＿Ｔ０（配列番号１７）、ＡＡ４２４８３９＿Ｔ２（配列番号１８）、ＡＡ４２４８３９＿Ｔ４（配列番号１９）、およびＡＡ４２４８３９＿１＿Ｔ７（配列番号２０）。下記の表４８は、各転写産物上のこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【０９４６】
表４８：転写産物上の切片位置
0005607530.tif 000143
【０９４７】
正常および癌性卵巣組織、並びに異なる正常組織における、配列名ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１８ｗｔ（配列番号１９９）で示されるアンプリコンによって検出可能である、免疫グロブリン様領域含有受容体１（ＩＬＤＲ１）ＡＡ４２４８３９転写産物の発現
【０９４８】
ｓｅｇ１８ｗｔ‐ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１８ｗｔ（配列番号１９９）アンプリコン、並びにプライマーＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１８ｗｔＦ１（配列番号１９７）およびＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１８ｗｔＲ１（配列番号１９８）によって、またはこれらに従って検出可能である、免疫グロブリン様領域含有受容体１（ＩＬＤＲ１）転写産物の発現は、卵巣パネルおよび正常パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表４および表２に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【０９４９】
卵巣パネル−次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５２〜７８、上記の表４）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【０９５０】
図１７は、上記で示した免疫グロブリン様領域含有受容体１（ＩＬＤＲ１）転写産物の正常試料に対する癌性卵巣試料における過剰発現を示すヒストグラムである。
【０９５１】
図１７から明らかなように、漿液性癌（ｓｅｒｏｕｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、粘液性癌、および腺癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能である免疫グロブリン様領域含有受容体１（ＩＬＤＲ１）転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５２〜７８、上記の表４）よりも著しく高かった。特に、３７腺癌試料中３６試料に、具体的には、１８漿液性癌試料中１７試料、９粘液性癌試料中９試料、および１０類内膜癌試料中１０試料に、少なくとも２５倍の過剰発現が見られた。
【０９５２】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能である免疫グロブリン様領域含有受容体１（ＩＬＤＲ１）転写産物の、卵巣腺癌試料、漿液性癌試料、粘液性癌、および類内膜癌における発現レベルの正常組織試料に対する差についてのＰ値を、それぞれ、３．８５ｅ−０１０、６．２１ｅ−００５、１．１０ｅ−００３、および２．９４ｅ−００４としてＴテストで決めた。
【０９５３】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現２５倍の閾値が、腺癌、漿液性癌、粘液性癌、類内膜癌、および正常試料の間で、それぞれＰ値３．３１ｅ−０１７、１．６３ｅ−０１１、１．０６ｅ−００８、および２．８７ｅ−００９で、差を生じることが分かった。
【０９５４】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【０９５５】
正常パネル−次に、図１８に示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、卵巣試料（試料番号３１、３２、３３、および３４、上記の表２）の量の中間値で割り、卵巣試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【０９５６】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１８ｗｔＦ１（配列番号１９７）順方向プライマー；およびＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１８ｗｔＲ１（配列番号１９８）逆方向プライマー
【０９５７】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１８ｗｔ（配列番号１９９）。
【０９５８】
順方向プライマー＞ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１８ｗｔＦ１（配列番号１９７）
【０９５９】
ＡＧＣＣＡＣＣＡＣＣＡＴＴＡＣＣＣＴＧＡ
【０９６０】
逆方向プライマー＞ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１８ｗｔＲ１（配列番号１９８）
【０９６１】
ＴＧＣＣＴＴＣＣＡＣＴＣＣＡＣＧＡＴＧ
【０９６２】
アンプリコン＞ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１８ｗｔ（配列番号１９９）
【０９６３】
ＡＧＣＣＡＣＣＡＣＣＡＴＴＡＣＣＣＴＧＡＴＴＴＣＣＡＣＣＡＧＧＡＧＣＴＣＣＡＧＧＡＣＣＧＧＧＧＧＣＣＡＡＡＧＴＣＴＴＧＧＧＣＡＴＴＧＧＡＡＡＧＡＡＧＧＧＡＧＴＴＧＧＡＣＣＣＡＴＣＧＴＧＧＡＧＴＧＧＡＡＧＧＣＡ
【０９６４】
正常および癌性卵巣組織、または異なる正常組織における、配列名ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１４‐１６（配列番号２０２）で示されるアンプリコンによって検出可能である、免疫グロブリン様領域含有受容体１（ＩＬＤＲ１）ＡＡ４２４８３９転写産物の発現
【０９６５】
ｓｅｇ１４‐１６‐ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１４‐１６（配列番号２０２）アンプリコン、並びにプライマーＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１４‐１６Ｆ１（配列番号２００）およびＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１４‐１６Ｒ１（配列番号２０１）によって、またはこれらに従って検出可能であるＩＬＤＲ１転写産物の発現は、卵巣パネルまたは正常パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表４および表２に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【０９６６】
卵巣パネル−次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５２〜５５、５８、５９、６３〜６９、および７１〜７８、上記の表４）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【０９６７】
図１９は、正常試料と比較した癌性卵巣試料における上記で示したＩＬＤＲ１転写産物の過剰発現を示すヒストグラムである。
【０９６８】
図１９から明らかなように、漿液性癌、粘液性癌、および腺癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＩＬＤＲ１転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５２〜５５、５８、５９、６３〜６９、および７１〜７８、上記の表４）よりも著しく高かった。特に、３７腺癌試料中３３試料：１８漿液性癌試料中１４試料、９粘液性癌試料中９試料、および１０腺癌試料中１０試料にて、少なくとも１４倍の過剰発現が見られた。
【０９６９】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。
【０９７０】
上記のアンプリコンによって検出可能であるＩＬＤＲ１転写産物の、卵巣腺癌試料、卵巣漿液性癌試料、卵巣粘液性癌試料、および卵巣類内膜癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、それぞれ、１．００ｅ−００８、４．７９ｅ−００４、４．９７ｅ−００４、および６．９３ｅ−００５としてＴテストで決めた。
【０９７１】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現１４倍の閾値が、腺癌、漿液性癌、粘液性癌、類内膜癌、および正常試料の間で、それぞれＰ値３．７８ｅ−０１２、２．０３ｅ−００７、６．９９ｅ−００８、および２．２５ｅ−００８で、差を生じることが分かった。
【０９７２】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【０９７３】
正常パネル−次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、卵巣試料（試料番号３１〜３４、上記の表２）の量の中間値で割り、卵巣試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【０９７４】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１４‐１６Ｆ１（配列番号２００）順方向プライマー；およびＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１４‐１６Ｒ１（配列番号２０１）逆方向プライマー
【０９７５】
配列名ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１４‐１６（配列番号２０２）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＩＬＤＲ１  ＡＡ４２４８３９転写産物の異なる正常組織中における発現を示す結果を図２０に提示する。
【０９７６】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１４‐１６Ｆ１Ｒ１（配列番号２０２）。
【０９７７】
順方向プライマー＞ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１４‐１６Ｆ１（配列番号２００）
【０９７８】
ＧＣＣＡＣＣＧＣＴＡＣＡＴＧＡＡＧＣＡ
【０９７９】
逆方向プライマー＞ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１４‐１６Ｒ１（配列番号２０１）
【０９８０】
ＣＴＧＧＡＣＧＧＣＡＧＧＧＡＣＡＡＡＴ
【０９８１】
アンプリコン＞ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１４‐１６Ｆ１Ｒ１（配列番号２０２）
【０９８２】
ＧＣＣＡＣＣＧＣＴＡＣＡＴＧＡＡＧＣＡＧＧＣＣＣＡＧＧＣＣＣＴＡＧＧＴＣＣＴＣＡＧＡＴＧＡＴＧＧＧＡＡＡＡＣＣＣＣＴＧＴＡＣＴＧＧＧＧＧＧＣＧＧＡＣＡＧＧＡＧＣＴＣＣＣＡＧＧＴＴＴＣＡＴＣＴＴＡＴＣＣＡＡＴＧＣＡＣＣＣＧＣＴＧＣＴＧＣＡＧＣＧＡＧＡＴＴＴＧＴＣＣＣＴＧＣＣＧＴＣＣＡＧ
【０９８３】
血液特異的パネル中における、配列名ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１１‐１４Ｆ３Ｒ３（配列番号２０５）で示されるアンプリコンによって検出可能である、免疫グロブリン様領域含有受容体１（ＩＬＤＲ１）ＡＡ４２４８３９転写産物の発現
【０９８４】
ｓｅｇ１１‐１４‐ＡＡ４２４８３９ｓｅｇ１１‐１４Ｆ３Ｒ３（配列番号２０５）アンプリコン、並びにプライマーＡＡ４２４８３９ｓｅｇ１１‐１４Ｆ３（配列番号２０３）およびＡＡ４２４８３９ｓｅｇ１１‐１４Ｒ３（配列番号２０４）によって、またはこれらに従って検出可能であるＩＬＤＲ１転写産物の発現は、血液パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、上記の表１に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、腎臓正常試料（試料番号６５〜６７、上記の表１）の量の中間値で割り、腎臓正常試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【０９８５】
本分析の結果を図２１のヒストグラムに示す。上述のＩＬＤＲ１転写産物の発現が、いくつかのリンパ腫および細胞株で見られたが、この発現は、腎臓正常試料と同じ程度に高かった。
【０９８６】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ｓｅｇ１１‐１４Ｆ３順方向プライマー；およびｓｅｇ１１‐１４Ｒ３逆方向プライマー
【０９８７】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ｓｅｇ１１‐１４Ｆ３Ｒ３
【０９８８】
順方向プライマー＞ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１１‐１４Ｆ３（配列番号２０３）
【０９８９】
ＴＣＣＴＣＣＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＴＴＧ
【０９９０】
逆方向プライマー＞ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１１‐１４Ｒ３（配列番号２０４）
【０９９１】
ＴＧＧＧＣＣＴＧＣＴＴＣＡＴＧＴＡＧＣＧ
【０９９２】
アンプリコン＞ＡＡ４２４８３９＿ｓｅｇ１１‐１４Ｆ３Ｒ３（配列番号２０５）
【０９９３】
ＴＣＣＴＣＣＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＴＴＧＧＡＧＴＧＴＧＣＴＧＧＴＧＣＣＡＧＴＧＣＴＧＴＣＣＴＣＡＧＴＡＴＴＧＣＴＧＣＴＧＣＴＡＴＡＴＣＣＧＣＴＧＴＣＣＣＴＧＣＴＧＴＣＣＴＧＣＣＣＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＣＣＴＧＡＧＧＡＡＧＣＣＣＴＧＧＣＣＣＧＣＣＡＣＣＧＣＴＡＣＡＴＧＡＡＧＣＡＧＧＣＣＣＡ
【０９９４】
実施例４：クラスターＡＩ２１６６１１の説明
本発明は、特に、ＡＩ２１６６１１と称する推定Ｂ７／ＣＤ２８メンバー、並びにこれを基にした診断薬および治療薬に関する。本発明によると、クラスターＡＩ２１６６１１（内部ＩＤ７０６０５９３４）は、２個の対象転写産物および３個対象切片を特色とし、これらの名称を、それぞれ表４９および５０に示す。選ばれたタンパク質を表５１に示す。
【０９９５】
表４９：対象転写産物
0005607530.tif 000144
【０９９６】
表５０：対象切片
0005607530.tif 000145
【０９９７】
表５１：対象タンパク質
0005607530.tif 000146
【０９９８】
ＡＩ２１６６１１は、完全長ｍＲＮＡがＧｅｎｂａｎｋに寄託されていない未同定の遺伝子である。ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０に対応するタンパク質は、コンピュータ解析およびゲノムの翻訳に基づく、セレラ社によるヒトゲノムのアノテーションに見られる（ＤＮＡ配列受託番号ＣＨ４７１０６５）（Ｖｅｎｔｅｒ，  Ｊ．Ｃ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００１  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２９１，  １３０４‐１３５１）。ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０に対応するタンパク質は、国際公開第２００３０２５１４８号に開示される他の配列中にも列挙されている。しかし、この出願は、その機能の特徴付けをしておらず、より詳細には、それがＢ７／ＣＤ２８共刺激タンパク質であることを教示するものではない。
【０９９９】
ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１配列に対応するタンパク質は、新規のタンパク質であり、Ｂｉｏｇｅｎ‐Ｉｄｅｃに割り当てられた国際公開第２０５１０８４１５号に報告されているポリペプチドに対して部分的にしか類似しておらず（１９９のアミノ酸うちの１８６が同一）、この国際公開は、このポリペプチドが、過剰増殖障害（ｈｙｐｅｒｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ）の治療において標的となり得る膜貫通タンパク質であると主張している。国際公開第２０５１０８４１５号には、このポリペプチドの機能は報告されていない。より具体的には、これがＢ７／ＣＤ２８共刺激タンパク質であることを示すものではない。
【１０００】
本発明によると、ＡＩ２１６６１１は、Ｂ７／ＣＤ２８ファミリーメンバーの特徴的な構造特性であるＩｇＶ領域の存在に基づき、新規なＢ７／ＣＤ２８ファミリーメンバーであると予想される。さらに、ＡＩ２１６６１１は、そのエクソンのサイズ、並びにこれらのエクソン内のＩｇＶ領域および膜貫通領域の位置について、公知のＣＤ２８ファミリーメンバーと類似している。公知のすべてのＢ７／ＣＤ２８メンバーと同様に、ＡＩ２１６６１１も、タイプＩ膜タンパク質である。本発明によると、選択的にスプライスされたＡＩ２１６６１１の２個の転写産物が提供され、各々が、細胞内領域内に独特の領域を含んでいる。ＡＩ２１６６１１およびその変異体の発現が結腸癌内で下方制御されることが本発明で実証され、このことは、免疫共刺激の役割をさらに支持するものである。
【１００１】
上述のように、コンティグＡＩ２１６６１１は、上記の表４９に列挙された２個の転写産物を特色とする。ここで本発明の各々のタンパク質について説明する。
【１００２】
本発明のタンパク質ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）は、転写産物ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０（配列番号４１）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。
【１００３】
このタンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１００４】
また、タンパク質ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）は、表５２に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号４３）。）
【１００５】
表５２：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000147
【１００６】
このタンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表５３に示す：
【１００７】
表５３：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000148
【１００８】
タンパク質ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）は、転写産物ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０（配列番号４１）によってコードされ、そのコーディング部はポジション１で始まり、ポジション６００で終わる。また、この転写産物は、表５４に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１００９】
表５４：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000149
【１０１０】
表５５に示すように、タンパク質ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０（配列番号４３）のゲノム構造（タンパク質の細胞外領域に関連するエクソンの数、これらのエクソンの長さ、イントロンが挿入されたコドンのフレーム、および遺伝子構造内のタンパク質の特性および領域の位置）は、Ｂ７／共刺激タンパク質ファミリーの受容体に特徴的である。
【１０１１】
表５５：ゲノム構造およびタンパク質特性
0005607530.tif 000150
【１０１２】
本発明のタンパク質ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）は、転写産物ＡＩ２１６６１１＿Ｔ１（配列番号４２）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。
【１０１３】
このタンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１０１４】
また、タンパク質ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）は、表５６に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号４４）。）
【１０１５】
表５６：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000151
【１０１６】
このタンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表５７に示す：
【１０１７】
表５７：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000152
【１０１８】
タンパク質ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１（配列番号４４）は、転写産物ＡＩ２１６６１１＿Ｔ１（配列番号４２）によってコードされ、そのコーディング部はポジション１で始まり、ポジション５９７で終わる。また、この転写産物は、表５８に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１０１９】
表５８：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000153
【１０２０】
上述のように、クラスターＡＩ２１６６１１は、上記の表５０に列挙された３個の切片を特色とする。これらの切片は、特に興味の対象であるために本明細書において別に説明する核酸配列の一部である。ここで、本発明の各切片について説明する。
【１０２１】
本発明の切片クラスターＡＩ２１６６１１＿Ｎ２（配列番号１２６）は、４個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０（配列番号４１）およびＡＩ２１６６１１＿Ｔ１（配列番号４２）。下記の表５９は、各転写産物上のこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１０２２】
表５９：転写産物上の切片位置
0005607530.tif 000154
【１０２３】
本発明の切片クラスターＡＩ２１６６１１＿Ｎ４（配列番号１２７）は、４個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０（配列番号４１）およびＡＩ２１６６１１＿Ｔ１（配列番号４２）。下記の表６０は、各転写産物上のこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１０２４】
表６０：転写産物上の切片位置
0005607530.tif 000155
【１０２５】
本発明の切片クラスターＡＩ２１６６１１＿Ｎ６（配列番号１２８）は、２個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０（配列番号４１）およびＡＩ２１６６１１＿Ｔ１（配列番号４２）。下記の表６１は、各転写産物上のこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１０２６】
表６１：転写産物上の切片位置
0005607530.tif 000156
【１０２７】
正常および癌性結腸組織、並びに異なる正常組織における、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４‐６Ｆ２Ｒ２（配列番号２０８）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現
【１０２８】
ｊｕｎｃ４‐６‐ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４‐６Ｆ２Ｒ２（配列番号２０８）アンプリコン、並びにプライマーＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４‐６Ｆ２（配列番号２０６）およびＡＩ２１６６１１  ｊｕｎｃ４‐６Ｒ２（配列番号２０７）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現は、結腸パネルおよび正常パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表５および表２に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【１０２９】
結腸パネル−次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号４２〜７０、上記の表５）の量の中間値で割った。そして、この比の逆数を算出し、正常試料の中間値に対して各試料が何倍下方制御されたかの値を得た。
【１０３０】
図２２は、正常試料と比較した癌性結腸試料における上記で示したＡＩ２１６６１１転写産物の下方制御を示すヒストグラムである。
【１０３１】
図２２から明らかなように、癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＡＩ２１６６１１転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号４２〜７０、上記の表５）よりも著しく低かった。特に、５５腺癌試料中２７試料に、少なくとも５倍の下方制御が見られた。
【１０３２】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能であるＡＩ２１６６１１転写産物の、結腸癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、２．３９ｅ−００５としてＴテストで決めた。
【１０３３】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、下方制御５倍の閾値が、癌試料および正常試料の間で、Ｐ値５．０９ｅ−００７で、差を生じることが分かった。
【１０３４】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１０３５】
正常パネル−非検出試料（試料番号５０、５２、５４、および５６、表２）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、図２３に示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、結腸試料（試料番号３、４、および５、上記の表２）の量の中間値で割り、結腸試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１０３６】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４‐６Ｆ２（配列番号２０６）順方向プライマー；およびＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４‐６Ｒ２（配列番号２０７）逆方向プライマー
【１０３７】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４‐６Ｆ２Ｒ２（配列番号２０８）
【１０３８】
順方向プライマー＞ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４‐６Ｆ２（配列番号２０６）：ＣＣＧＣＡＧＴＡＴＴＡＡＴＣＡＧＣＣＴＣＡＴＧ
【１０３９】
逆方向プライマー＞ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４‐６Ｒ２（配列番号２０７）：ＡＡＴＣＴＣＣＴＣＡＧＴＴＧＴＧＣＴＴＴＣＴＴＴＧ
【１０４０】
アンプリコン＞ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４‐６Ｆ２Ｒ２（配列番号２０８）
【１０４１】
ＣＣＧＣＡＧＴＡＴＴＡＡＴＣＡＧＣＣＴＣＡＴＧＴＧＧＧＴＴＴＧＴＡＡＴＡＡＧＴＧＴＧＣＡＴＡＴＡＡＡＴＴＴＣＡＧＡＧＧＡＡＧＡＧＡＡＧＡＣＡＣＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＴＧＡＧＧＡＧＡＴＴ
【１０４２】
正常および癌性結腸組織、並びに異なる正常組織における、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴ（配列番号２１１）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現
【１０４３】
ｓｅｇ２ＷＴ‐ＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴ（配列番号２１１）アンプリコン、並びにプライマーＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴＦ１（配列番号２０９）およびＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴＲ１（配列番号２１０）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現は、結腸パネルおよび正常パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表５および表２に詳細を示す。
【１０４４】
結腸パネル−非検出試料（試料番号３３、表５）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号４２〜７０、上記の表５）の量の中間値で割った。そして、この比の逆数を算出し、正常試料の中間値に対して各試料が何倍下方制御されたかの値を得た。
【１０４５】
図２４は、正常試料と比較した癌性結腸試料における上記で示したＡＩ２１６６１１転写産物の下方制御を示すヒストグラムである。
【１０４６】
図２４から明らかなように、癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＡＩ２１６６１１転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号４２〜７０、上記の表５）よりも著しく低かった。特に、５５腺癌試料中２５試料に、少なくとも５倍の下方制御が見られた。
【１０４７】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、下方制御５倍の閾値が、癌試料および正常試料の間で、Ｐ値２．００ｅ−００６で、差を生じることが分かった。
【１０４８】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１０４９】
正常パネル−各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、本明細書にて実施例１で述べたこれらのハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、図２５に示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、結腸試料（試料番号３、４、および５、上記の表５）の量の中間値で割り、結腸試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１０５０】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴＦ１（配列番号２０９）順方向プライマー；およびＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴＲ１（配列番号２１０）逆方向プライマー
【１０５１】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴ（配列番号２１１）
【１０５２】
順方向プライマー＞ＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴＦ１（配列番号２０９）
【１０５３】
ＧＡＡＣＧＣＡＧＡＡＧＡＴＣＧＴＧＧＡＧＴ
【１０５４】
逆方向プライマー＞ＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴＲ１（配列番号２１０）
【１０５５】
ＣＴＧＡＡＧＡＧＣＴＧＧＡＴＧＧＡＧＣＣ
【１０５６】
アンプリコン＞ＡＩ２１６６１１＿ｓｅｇ２ＷＴ（配列番号２１１）
【１０５７】
ＧＡＡＣＧＣＡＧＡＡＧＡＴＣＧＴＧＧＡＧＴＧＧＡＡＡＣＣＡＧＧＧＡＣＴＣＡＧＧＣＣＡＡＣＡＴＣＴＣＴＣＡＡＡＧＣＣＡＣＡＡＧＧＡＣＡＧＡＧＴＣＴＧＣＡＣＣＴＴＴＧＡＣＡＡＣＧＧＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＣＴＣＴＴＣＡＧ
【１０５８】
血液特異的パネルにおける、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ４‐６（配列番号２１４）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現
【１０５９】
ｊｕｎｃ４‐６‐ｊｕｎｃ４‐６Ｆ４Ｒ４（配列番号２１４）アンプリコン、並びにプライマーｊｕｎｃ４‐６Ｆ４（配列番号２１２）およびｊｕｎｃ４‐６Ｒ４（配列番号２１３）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現は、血液パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、上記の表１に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、腎臓正常試料（試料番号６５〜６７、上記の表１）の量の中間値で割り、腎臓正常試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１０６０】
本分析の結果を図２６のヒストグラムに示す。上述のＡＩ２１６６１１転写産物の発現は、パネル中の異なる血液特異的試料と比較して、試験した正常試料の方がかなり高かった。
【１０６１】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ｊｕｎｃ４‐６Ｆ４（配列番号２１２）順方向プライマー；およびｊｕｎｃ４‐６Ｒ４逆方向プライマー（配列番号２１３）
【１０６２】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ｊｕｎｃ４‐６Ｆ４Ｒ４（配列番号２１４）
【１０６３】
順方向プライマー  ＡＩ２１６６１１ｊｕｎｃ４‐６Ｆ４（配列番号２１２）：ＣＴＧＣＡＣＴＴＴＧＴＣＧＣＴＧＴＣＡＴＣ
【１０６４】
逆方向プライマー  ＡＩ２１６６１１ｊｕｎｃ４‐６Ｒ４（配列番号２１３）：ＣＡＡＴＣＴＣＣＴＣＡＧＴＴＧＴＧＣＴＴＴＣＴＴＴＧ
【１０６５】
アンプリコン  ＡＩ２１６６１１ｊｕｎｃ４‐６Ｆ４Ｒ４（配列番号２１４）
【１０６６】
ＣＴＧＣＡＣＴＴＴＧＴＣＧＣＴＧＴＣＡＴＣＣＴＴＧＣＴＴＴＴＣＴＣＧＣＴＧＣＴＧＴＧＧＣＣＧＣＡＧＴＡＴＴＡＡＴＣＡＧＣＣＴＣＡＴＧＴＧＧＧＴＴＴＧＴＡＡＴＡＡＧＴＧＴＧＣＡＴＡＴＡＡＡＴＴＴＣＡＧＡＧＧＡＡＧＡＧＡＡＧＡＣＡＣＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＴＧＡＧＧＡＧＡＴＴＧ
【１０６７】
血液特異的パネルにおける、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５（配列番号２１７）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現
【１０６８】
ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５‐ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ３Ｒ４アンプリコン（配列番号２１７）、並びにプライマーｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ３（配列番号２１５）およびｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｒ４（配列番号２１６）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現は、血液パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、上記の表１に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、腎臓正常試料（試料番号６５〜６７、上記の表１）の量の中間値で割り、腎臓正常試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１０６９】
本分析の結果を図２７のヒストグラムに示す。上述のＡＩ２１６６１１転写産物の発現は、パネル中の異なる血液特異的試料と比較して、試験した正常試料の方がかなり高かった。
【１０７０】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ３（配列番号２１５）順方向プライマー；およびｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｒ４（配列番号２１６）逆方向プライマー
【１０７１】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ３Ｒ４（配列番号２１７）
【１０７２】
順方向プライマー  ＡＩ２１６６１１  ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ３（配列番号２１５）：ＴＧＣＴＧＣＡＣＧＴＣＴＣＴＧＡＧＡＴＣＣ
【１０７３】
逆方向プライマー  ＡＩ２１６６１１  ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｒ４（配列番号２１６）：ＣＡＣＣＴＣＴＧＧＣＣＴＣＡＡＡＡＣＣＡＣＴＣ
【１０７４】
アンプリコン＞ＡＩ２１６６１１ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ３Ｒ４（配列番号２１７）
【１０７５】
ＴＧＣＴＧＣＡＣＧＴＣＴＣＴＧＡＧＡＴＣＣＴＣＴＡＴＧＡＡＧＡＣＣＴＧＣＡＣＴＴＴＧＴＣＧＣＴＧＴＣＡＴＣＣＴＴＧＣＴＴＴＴＣＴＣＧＣＴＧＣＴＧＴＧＧＣＣＧＣＡＧＴＡＴＴＡＡＴＣＡＧＣＣＴＣＡＴＧＴＧＧＧＴＴＴＧＴＡＡＴＡＡＧＴＧＴＧＣＡＴＡＴＡＡＡＴＴＴＣＡＧＡＧＧＡＡＧＡＧＡＡＧＡＣＡＣＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＧＴＡＡＣＣＣＣＣＴＧＧＧＣＣＴＴＧＴＧＡＴＡＡＴＣＣＡＴＧＡＧＴＧＧＴＴＴＴＧＡＧＧＣＣＡＧＡＧＧＴＧ
【１０７６】
正常および癌性結腸組織における、配列名ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ２Ｒ２（配列番号２２０）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現
【１０７７】
ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ２Ｒ２‐ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ２Ｒ２（配列番号２２０）アンプリコン、並びにプライマーＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ２（配列番号２１８）およびＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｒ２（配列番号２１９）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＡＩ２１６６１１転写産物の発現は、結腸パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、上記の表５に詳細を示す。非検出試料（試料番号２８、３３、８３、８５、９０、および６３、表５）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号４２〜６２、および６４〜７０、上記の表５）の量の中間値で割った。そして、この比の逆数を算出し、正常試料の中間値に対して各試料が何倍下方制御されたかの値を得た。
【１０７８】
図２８は、正常試料と比較した癌性結腸試料における上記で示したＡＩ２１６６１１転写産物の下方制御を示すヒストグラムである。
【１０７９】
図２８から明らかなように、癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＡＩ２１６６１１転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号４２〜６２、および６４〜７０、上記の表５）よりも著しく低かった。特に、５５腺癌試料中３１試料にて、少なくとも５倍の下方制御が見られた。
【１０８０】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能であるＡＩ２１６６１１転写産物の、結腸癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、５．２９ｅ−００３としてＴテストで決めた。
【１０８１】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、下方制御５倍の閾値が、癌試料および正常試料の間で、Ｐ値４．１８ｅ−００８で、差を生じることが分かった。
【１０８２】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１０８３】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ２（配列番号２１８）順方向プライマー；およびＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｒ２（配列番号２１９）逆方向プライマー
【１０８４】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ２Ｒ２（配列番号２２０）
【１０８５】
順方向プライマー＞ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ２（配列番号２１８）
【１０８６】
ＧＣＴＧＣＡＣＧＴＣＴＣＴＧＡＧＡＴＣＣＴ
【１０８７】
逆方向プライマー＞ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｒ２（配列番号２１９）
【１０８８】
ＣＡＣＣＴＣＴＧＧＣＣＴＣＡＡＡＡＣＣＡ
【１０８９】
アンプリコン＞ＡＩ２１６６１１＿ｊｕｎｃ２‐４ｓｅｇ５Ｆ２Ｒ２（配列番号２２０）
【１０９０】
ＧＣＴＧＣＡＣＧＴＣＴＣＴＧＡＧＡＴＣＣＴＣＴＡＴＧＡＡＧＡＣＣＴＧＣＡＣＴＴＴＧＴＣＧＣＴＧＴＣＡＴＣＣＴＴＧＣＴＴＴＴＣＴＣＧＣＴＧＣＴＧＴＧＧＣＣＧＣＡＧＴＡＴＴＡＡＴＣＡＧＣＣＴＣＡＴＧＴＧＧＧＴＴＴＧＴＡＡＴＡＡＧＴＧＴＧＣＡＴＡＴＡＡＡＴＴＴＣＡＧＡＧＧＡＡＧＡＧＡＡＧＡＣＡＣＡＡＡＣＴＣＡＡＡＧＧＴＡＡＣＣＣＣＣＴＧＧＧＣＣＴＴＧＴＧＡＴＡＡＴＣＣＡＴＧＡＧＴＧＧＴＴＴＴＧＡＧＧＣＣＡＧＡＧＧＴＧ
【１０９１】
実施例５：クラスターＨ６８６５４＿１の説明
本発明は、ＬＯＣ２５３０１２ポリペプチド、新規なスプライス変異体、並びにこれらを基にした診断薬および治療薬に関する。
【１０９２】
本発明によると、クラスターＨ６８６５４＿１（内部ＩＤ７６４３２８８２）は、１０個の対象転写産物および３個の対象切片を特色とし、これらの名称を、それぞれ表６２および６３に示す。選ばれたタンパク質変異体を表６４に示す。
【１０９３】
表６２：対象転写産物
0005607530.tif 000157
【１０９４】
表６３：対象切片
0005607530.tif 000158
【１０９５】
表６４：対象タンパク質
0005607530.tif 000159
【１０９６】
これらの配列は、公知のタンパク質、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２アイソフォーム１（ＲｅｆＳｅｑ受入番号ＮＰ＿００１０３４４６１（配列番号３５）、ＮＰ＿９３７７９４（配列番号３６））の変異体であり、本明細書では、既知タンパク質と呼ぶ。
【１０９７】
公知のＬＯＣ２５３０１２は、新規なヒト分泌タンパク質および膜貫通タンパク質を識別するための大規模な取り組みである分泌タンパク質発見戦略プロジェクト（ｓｅｃｒｅｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ  ｐｒｏｊｅｃｔ）（ＳＰＤＩ）において計算によって発見された仮説に基づいたタンパク質である（Ｃｌａｒｋ  ｅｔ  ａｌ  ２００３，  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．  １３：  ２２６５‐２２７０）。実験的に確認されたその最も近いパラログは、肝細胞接着分子である（Ｒｅｆｓｅｑ受入番号ＮＰ＿６８９９３５）（Ｅ値  ｅ−２１）。
【１０９８】
ＬＯＣ２５３０１２抗原は、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ  Ｉｎｃ．に割り当てられた欧州特許出願番号ＥＰ１６２０７０に報告されており、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）に対応するＬＯＣ２５３０１２（ＰＲＯ３４６）が、肺腫瘍試料にて差次的発現されると表明している。この特許明細書では、対応するポリペプチドを、ＰＲＯ３４６を含む開示されたＰＲＯ抗原に対する抗体の開発に用いることができると主張している。この特許出願では、さらに、ＰＲＯ３４６を含むそこで報告されたポリペプチドの類に対する抗体が、癌の治療および診断、具体的には肺癌の診断および治療に用いられ得ることも示唆している。しかし、このＧｅｎｅｎｔｅｃｈの特許出願では、ＬＯＣ２５３０１２（ＰＲＯ３４６）が小細胞肺癌中において差次的発現されることについては教示していない。さらに、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ  Ｉｎｃ．の特許出願では、抗ＰＲＯ３４６抗体を、小細胞肺癌の治療および／またはＡＰＣ／Ｔ細胞活性の共刺激の調節に用いることができることに関する具体的な教示はない。さらに、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ  Ｉｎｃ．の特許出願では、ＰＲＯ３４６が免疫共刺激タンパク質、またはより具体的にはＢ７ファミリーメンバーであるという教示はない。Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ  Ｉｎｃ．の特許出願では、免疫共刺激、または特にＢ７共刺激経路の調節のための、ＰＲＯ３４６抗原に対する抗体の使用に関する教示はない。
【１０９９】
本発明によると、ＬＯＣ２５３０１２は、新規な免疫共刺激タンパク質、特にＢ７共刺激タンパク質であると予想された。この予想は、Ｂ７ファミリーメンバーに特徴的な構造特性であるＩｇＶ領域およびＩｇＣ２の両方が存在することに基づくものであった。他のＢ７メンバーと同様に、ＬＯＣ２５３０１２もタイプＩ膜タンパク質である。ＬＯＣ２５３０１２およびその変異体は、本発明において、肺癌にて過剰発現されることが実証された。
【１１００】
本明細書にて実施例１で述べたＭＥＤディスカバリーエンジンを用いて、ＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現を評価した。ＬＯＣ２５３０１２遺伝子データを代表するＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘプローブセット２４２６０１＿ａｔに対する発現データを図２９に示す。図２９に示す分散図から明らかなように、上記のプローブセットで検出可能であるＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、正常肺試料と比較して肺癌の方が高かった。
【１１０１】
上記で示すように、クラスターＨ６８６５４は、上記の表６２に列挙された１０個の転写産物を特色とする。これらの転写産物は、タンパク質、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２アイソフォーム１（配列番号３５）の変異体であるタンパク質をコードする。ここで本発明の各々の変異体タンパク質について説明する。
【１１０２】
本発明の変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）は、転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ０（配列番号２５）およびＨ６８６５４＿１＿Ｔ５（配列番号２７）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。
【１１０３】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１１０４】
また、変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）は、表６５に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した。）
【１１０５】
表６５：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000160
【１１０６】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表６６に示す：
【１１０７】
表６６：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000161
【１１０８】
転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ０（配列番号２５）のコーディング部は、ポジション７９で始まり、ポジション１４６４で終わる。また、この転写産物は、表６７に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１１０９】
表６７：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000162
【１１１０】
転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ５（配列番号２７）のコード部分は、７９位で始まり、１４６４で終わる。また、この転写産物は、表６８に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１１１１】
表６８：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000163
【１１１２】
表６９に示すように、タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ２（配列番号３５）のゲノム構造（タンパク質の細胞外領域に関連するエクソンの数、これらのエクソンの長さ、イントロンが挿入されたコドンのフレーム、および遺伝子構造内のタンパク質の特性および領域の位置）は、Ｂ７／共刺激タンパク質ファミリーのリガンドに特徴的である。
【１１１３】
表６９：ゲノム構造およびタンパク質特性
0005607530.tif 000164
【１１１４】
本発明の変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）は、転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ４（配列番号２６）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。
【１１１５】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１１１６】
また、変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）は、表７０に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号３６）。）
【１１１７】
表７０：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000165
【１１１８】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表７１に示す：
【１１１９】
表７１：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000166
【１１２０】
変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ５（配列番号３６）は、転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ４（配列番号２６）によってコードされ、そのコーディング部は、ポジション１０２で始まり、ポジション１４５１で終わる。また、この転写産物は、表７２に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１１２１】
表７２：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000167
【１１２２】
本発明の変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）は、転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ８（配列番号２８）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）の、１つ以上の既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図３０Ａおよび３０Ｂに示す。本発明の変異体タンパク質とそのアラインメントされたタンパク質の各々との関係についての簡単な説明は以下の通りである：
【１１２３】
１．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）並びに公知のタンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）間の比較報告（図３０Ａ）：
【１１２４】
Ａ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）のアミノ酸１〜３６７に相当し、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）のアミノ酸１〜３６７にも相当するＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴＧＡＣＳＧＬＫＶＴＶＰＳＨＴＶＨＧＶＲＧＱＡＬＹＬＰＶＨＹＧＦＨＴＰＡＳＤＩＱＩＩＷＬＦＥＲＰＨＴＭＰＫＹＬＬＧＳＶＮＫＳＶＶＰＤＬＥＹＱＨＫＦＴＭＭＰＰＮＡＳＬＬＩＮＰＬＱＦＰＤＥＧＮＹＩＶＫＶＮＩＱＧＮＧＴＬＳＡＳＱＫＩＱＶＴＶＤＤＰＶＴＫＰＶＶＱＩＨＰＰＳＧＡＶＥＹＶＧＮＭＴＬＴＣＨＶＥＧＧＴＲＬＡＹＱＷＬＫＮＧＲＰＶＨＴＳＳＴＹＳＦＳＰＱＮＮＴＬＨＩＡＰＶＴＫＥＤＩＧＮＹＳＣＬＶＲＮＰＶＳＥＭＥＳＤＩＩＭＰＩＩＹＹＧＰＹＧＬＱＶＮＳＤＫＧＬＫＶＧＥＶＦＴＶＤＬＧＥＡＩＬＦＤＣＳＡＤＳＨＰＰＮＴＹＳＷＩＲＲＴＤＮＴＴＹＩＩＫＨＧＰＲＬＥＶＡＳＥＫＶＡＱＫＴＭＤＹＶＣＣＡＹＮＮＩＴＧＲＱＤＥＴＨＦＴＶＩＩＴＳＶＧＬＥＫＬＡＱＫＧＫＳＬＳＰＬＡＳＩＴＧＩＳＬＦＬＩＩＳＭＣＬＬＦＬＷＫＫＹＱＰＹＫに対して少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列と、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）のアミノ酸３６８〜４５５に相当する配列ＧＱＫＱＮＴＧＫＬＫＨＦＱＡＭＫＭＬＷＭＴＳＥＹＭＮＬＬＬＦＱＭＦＬＶＦＰＧＳＱＡＧＬＦＱＰＬＩＶＹＲＧＫＩＣＴＶＱＣＭＫＬＦＳＴＳＬＰＳＳＫＴＩＱＳＥＬＳＷＡＫＱＹＩＲＶＫＦ（配列番号２９０）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第２のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列および第２のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１１２５】
Ｂ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）の配列ＧＱＫＱＮＴＧＫＬＫＨＦＱＡＭＫＭＬＷＭＴＳＥＹＭＮＬＬＬＦＱＭＦＬＶＦＰＧＳＱＡＧＬＦＱＰＬＩＶＹＲＧＫＩＣＴＶＱＣＭＫＬＦＳＴＳＬＰＳＳＫＴＩＱＳＥＬＳＷＡＫＱＹＩＲＶＫＦ（配列番号２９０）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【１１２６】
２．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）および公知のタンパク質ＮＰ＿００１０３４４６１（配列番号３５）間の比較報告（図３０Ｂ）：
【１１２７】
Ａ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）のアミノ酸１〜１４に相当する配列ＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴ（配列番号２８９）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第１のアミノ酸配列と、公知のタンパク質ＮＰ＿００１０３４４６１（配列番号３５）のアミノ酸２７〜３７９に相当し、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）のアミノ酸１５〜３６７にも相当するＧＡＣＳＧＬＫＶＴＶＰＳＨＴＶＨＧＶＲＧＱＡＬＹＬＰＶＨＹＧＦＨＴＰＡＳＤＩＱＩＩＷＬＦＥＲＰＨＴＭＰＫＹＬＬＧＳＶＮＫＳＶＶＰＤＬＥＹＱＨＫＦＴＭＭＰＰＮＡＳＬＬＩＮＰＬＱＦＰＤＥＧＮＹＩＶＫＶＮＩＱＧＮＧＴＬＳＡＳＱＫＩＱＶＴＶＤＤＰＶＴＫＰＶＶＱＩＨＰＰＳＧＡＶＥＹＶＧＮＭＴＬＴＣＨＶＥＧＧＴＲＬＡＹＱＷＬＫＮＧＲＰＶＨＴＳＳＴＹＳＦＳＰＱＮＮＴＬＨＩＡＰＶＴＫＥＤＩＧＮＹＳＣＬＶＲＮＰＶＳＥＭＥＳＤＩＩＭＰＩＩＹＹＧＰＹＧＬＱＶＮＳＤＫＧＬＫＶＧＥＶＦＴＶＤＬＧＥＡＩＬＦＤＣＳＡＤＳＨＰＰＮＴＹＳＷＩＲＲＴＤＮＴＴＹＩＩＫＨＧＰＲＬＥＶＡＳＥＫＶＡＱＫＴＭＤＹＶＣＣＡＹＮＮＩＴＧＲＱＤＥＴＨＦＴＶＩＩＴＳＶＧＬＥＫＬＡＱＫＧＫＳＬＳＰＬＡＳＩＴＧＩＳＬＦＬＩＩＳＭＣＬＬＦＬＷＫＫＹＱＰＹＫに対して少なくとも９０％相同である第２のアミノ酸配列と、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）のアミノ酸３６８〜４５５に相当する配列ＧＱＫＱＮＴＧＫＬＫＨＦＱＡＭＫＭＬＷＭＴＳＥＹＭＮＬＬＬＦＱＭＦＬＶＦＰＧＳＱＡＧＬＦＱＰＬＩＶＹＲＧＫＩＣＴＶＱＣＭＫＬＦＳＴＳＬＰＳＳＫＴＩＱＳＥＬＳＷＡＫＱＹＩＲＶＫＦ（配列番号２９０）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第３のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列、第２のアミノ酸配列、および第３のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１１２８】
Ｂ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）のヘッドをコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）の配列ＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴ（配列番号２８９）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるポリペプチドを含む、ポリペプチド。
【１１２９】
Ｃ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）の配列ＧＱＫＱＮＴＧＫＬＫＨＦＱＡＭＫＭＬＷＭＴＳＥＹＭＮＬＬＬＦＱＭＦＬＶＦＰＧＳＱＡＧＬＦＱＰＬＩＶＹＲＧＫＩＣＴＶＱＣＭＫＬＦＳＴＳＬＰＳＳＫＴＩＱＳＥＬＳＷＡＫＱＹＩＲＶＫＦ（配列番号２９０）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【１１３０】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１１３１】
また、変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）は、表７３に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号３７）。）
【１１３２】
表７３：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000168
【１１３３】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表７４に示す：
【１１３４】
表７４：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000169
【１１３５】
変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ７（配列番号３７）は、転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ８（配列番号２８）によってコードされ、そのコーディング部は、ポジション１０２で始まり、ポジション１４６６で終わる。また、この転写産物は、表７５に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１１３６】
表７５：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000170
【１１３７】
本発明の変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）は、転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１５（配列番号２９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１６（配列番号３０）、およびＨ６８６５４＿１＿Ｔ１８（配列番号３２）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）の、既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図３０Ｃおよび３０Ｄに示す。本発明の変異体タンパク質とそのアラインメントされたタンパク質の各々との関係についての簡単な説明は以下の通りである：
【１１３８】
１．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）並びに公知のタンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）間の比較報告（図３０Ｃ）：
【１１３９】
Ａ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）のアミノ酸１〜４１３に相当し、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）のアミノ酸１〜４１３にも相当するＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴＧＡＣＳＧＬＫＶＴＶＰＳＨＴＶＨＧＶＲＧＱＡＬＹＬＰＶＨＹＧＦＨＴＰＡＳＤＩＱＩＩＷＬＦＥＲＰＨＴＭＰＫＹＬＬＧＳＶＮＫＳＶＶＰＤＬＥＹＱＨＫＦＴＭＭＰＰＮＡＳＬＬＩＮＰＬＱＦＰＤＥＧＮＹＩＶＫＶＮＩＱＧＮＧＴＬＳＡＳＱＫＩＱＶＴＶＤＤＰＶＴＫＰＶＶＱＩＨＰＰＳＧＡＶＥＹＶＧＮＭＴＬＴＣＨＶＥＧＧＴＲＬＡＹＱＷＬＫＮＧＲＰＶＨＴＳＳＴＹＳＦＳＰＱＮＮＴＬＨＩＡＰＶＴＫＥＤＩＧＮＹＳＣＬＶＲＮＰＶＳＥＭＥＳＤＩＩＭＰＩＩＹＹＧＰＹＧＬＱＶＮＳＤＫＧＬＫＶＧＥＶＦＴＶＤＬＧＥＡＩＬＦＤＣＳＡＤＳＨＰＰＮＴＹＳＷＩＲＲＴＤＮＴＴＹＩＩＫＨＧＰＲＬＥＶＡＳＥＫＶＡＱＫＴＭＤＹＶＣＣＡＹＮＮＩＴＧＲＱＤＥＴＨＦＴＶＩＩＴＳＶＧＬＥＫＬＡＱＫＧＫＳＬＳＰＬＡＳＩＴＧＩＳＬＦＬＩＩＳＭＣＬＬＦＬＷＫＫＹＱＰＹＫＶＩＫＱＫＬＥＧＲＰＥＴＥＹＲＫＡＱＴＦＳＧＨＥＤＡＬＤＤＦＧＩＹＥＦＶＡＦＰＤＶＳＧＶＳＲに対して少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列と、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）のアミノ酸４１４〜４１９に相当する配列ＶＧＦＰＳＧ（配列番号２９１）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第２のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列および第２のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１１４０】
Ｂ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）の配列ＶＧＦＰＳＧ（配列番号２９１）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【１１４１】
２．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）及び公知のタンパク質ＮＰ＿００１０３４４６１（配列番号３５）間の比較報告（図３０Ｄ）：
【１１４２】
Ａ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）のアミノ酸１〜１４に相当する配列ＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴ（配列番号２８９）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第１のアミノ酸配列と、公知のタンパク質ＮＰ＿００１０３４４６１（配列番号３５）のアミノ酸２７〜４２５に相当し、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）のアミノ酸１５〜４１３にも相当するＧＡＣＳＧＬＫＶＴＶＰＳＨＴＶＨＧＶＲＧＱＡＬＹＬＰＶＨＹＧＦＨＴＰＡＳＤＩＱＩＩＷＬＦＥＲＰＨＴＭＰＫＹＬＬＧＳＶＮＫＳＶＶＰＤＬＥＹＱＨＫＦＴＭＭＰＰＮＡＳＬＬＩＮＰＬＱＦＰＤＥＧＮＹＩＶＫＶＮＩＱＧＮＧＴＬＳＡＳＱＫＩＱＶＴＶＤＤＰＶＴＫＰＶＶＱＩＨＰＰＳＧＡＶＥＹＶＧＮＭＴＬＴＣＨＶＥＧＧＴＲＬＡＹＱＷＬＫＮＧＲＰＶＨＴＳＳＴＹＳＦＳＰＱＮＮＴＬＨＩＡＰＶＴＫＥＤＩＧＮＹＳＣＬＶＲＮＰＶＳＥＭＥＳＤＩＩＭＰＩＩＹＹＧＰＹＧＬＱＶＮＳＤＫＧＬＫＶＧＥＶＦＴＶＤＬＧＥＡＩＬＦＤＣＳＡＤＳＨＰＰＮＴＹＳＷＩＲＲＴＤＮＴＴＹＩＩＫＨＧＰＲＬＥＶＡＳＥＫＶＡＱＫＴＭＤＹＶＣＣＡＹＮＮＩＴＧＲＱＤＥＴＨＦＴＶＩＩＴＳＶＧＬＥＫＬＡＱＫＧＫＳＬＳＰＬＡＳＩＴＧＩＳＬＦＬＩＩＳＭＣＬＬＦＬＷＫＫＹＱＰＹＫＶＩＫＱＫＬＥＧＲＰＥＴＥＹＲＫＡＱＴＦＳＧＨＥＤＡＬＤＤＦＧＩＹＥＦＶＡＦＰＤＶＳＧＶＳＲに対して少なくとも９０％相同である第２のアミノ酸配列と、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）のアミノ酸４１４〜４１９に相当する配列ＶＧＦＰＳＧ（配列番号２９１）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第３のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列、第２のアミノ酸配列、および第３のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１１４３】
Ｂ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）のヘッドをコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）の配列ＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴ（配列番号２８９）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるポリペプチドを含む、ポリペプチド。
【１１４４】
Ｃ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）の配列ＶＧＦＰＳＧ（配列番号２９１）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【１１４５】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１１４６】
また、変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１２（配列番号３８）は、表７６に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号３８）。）
【１１４７】
表７６：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000171
【１１４８】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表７７に示す：
【１１４９】
表７７：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000172
【１１５０】
転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１５（配列番号２９）のコーディング部は、ポジション１０２で始まり、ポジション１３５８で終わる。また、この転写産物は、表７８に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１１５１】
表７８：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000173
【１１５２】
転写産物Ｈ６８６５４＿１＿のコーディング部は、ポジション１０２で始まり、ポジション１３５８で終わる。また、この転写産物は、表７９に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１１５３】
表７９：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000174
【１１５４】
転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１８（配列番号３２）のコーディング部は、ポジション１０２で始まり、ポジション１３５８で終わる。また、この転写産物は、表８０に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１１５５】
表８０：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000175
【１１５６】
本発明の変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）は、転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１７（配列番号３１）およびＨ６８６５４＿１＿Ｔ１９（配列番号３３）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。１つ以上の既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図３０Ｅおよび３０Ｆに示す。本発明の変異体タンパク質とそのアラインメントされたタンパク質の各々との関係についての簡単な説明は以下の通りである：
【１１５７】
１．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）並びに公知のタンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）間の比較報告（図３０Ｅ）：
【１１５８】
Ａ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）のアミノ酸１〜３７６に相当し、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）のアミノ酸１〜３７６にも相当するＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴＧＡＣＳＧＬＫＶＴＶＰＳＨＴＶＨＧＶＲＧＱＡＬＹＬＰＶＨＹＧＦＨＴＰＡＳＤＩＱＩＩＷＬＦＥＲＰＨＴＭＰＫＹＬＬＧＳＶＮＫＳＶＶＰＤＬＥＹＱＨＫＦＴＭＭＰＰＮＡＳＬＬＩＮＰＬＱＦＰＤＥＧＮＹＩＶＫＶＮＩＱＧＮＧＴＬＳＡＳＱＫＩＱＶＴＶＤＤＰＶＴＫＰＶＶＱＩＨＰＰＳＧＡＶＥＹＶＧＮＭＴＬＴＣＨＶＥＧＧＴＲＬＡＹＱＷＬＫＮＧＲＰＶＨＴＳＳＴＹＳＦＳＰＱＮＮＴＬＨＩＡＰＶＴＫＥＤＩＧＮＹＳＣＬＶＲＮＰＶＳＥＭＥＳＤＩＩＭＰＩＩＹＹＧＰＹＧＬＱＶＮＳＤＫＧＬＫＶＧＥＶＦＴＶＤＬＧＥＡＩＬＦＤＣＳＡＤＳＨＰＰＮＴＹＳＷＩＲＲＴＤＮＴＴＹＩＩＫＨＧＰＲＬＥＶＡＳＥＫＶＡＱＫＴＭＤＹＶＣＣＡＹＮＮＩＴＧＲＱＤＥＴＨＦＴＶＩＩＴＳＶＧＬＥＫＬＡＱＫＧＫＳＬＳＰＬＡＳＩＴＧＩＳＬＦＬＩＩＳＭＣＬＬＦＬＷＫＫＹＱＰＹＫＶＩＫＱＫＬＥＧＲに対して少なくとも９０％相同であるアミノ酸配列を含み、ここで、前記のおよび第１のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１１５９】
２．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）および公知のタンパク質ＮＰ＿００１０３４４６１（配列番号３５）間の比較報告（図３０Ｆ）：
【１１６０】
Ａ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）のアミノ酸１〜１４に相当する配列ＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴ（配列番号２８９）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第１のアミノ酸配列と、公知のタンパク質ＮＰ＿００１０３４４６１（配列番号３５）のアミノ酸２７〜３８８に相当し、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）のアミノ酸１５〜３７６にも相当するＧＡＣＳＧＬＫＶＴＶＰＳＨＴＶＨＧＶＲＧＱＡＬＹＬＰＶＨＹＧＦＨＴＰＡＳＤＩＱＩＩＷＬＦＥＲＰＨＴＭＰＫＹＬＬＧＳＶＮＫＳＶＶＰＤＬＥＹＱＨＫＦＴＭＭＰＰＮＡＳＬＬＩＮＰＬＱＦＰＤＥＧＮＹＩＶＫＶＮＩＱＧＮＧＴＬＳＡＳＱＫＩＱＶＴＶＤＤＰＶＴＫＰＶＶＱＩＨＰＰＳＧＡＶＥＹＶＧＮＭＴＬＴＣＨＶＥＧＧＴＲＬＡＹＱＷＬＫＮＧＲＰＶＨＴＳＳＴＹＳＦＳＰＱＮＮＴＬＨＩＡＰＶＴＫＥＤＩＧＮＹＳＣＬＶＲＮＰＶＳＥＭＥＳＤＩＩＭＰＩＩＹＹＧＰＹＧＬＱＶＮＳＤＫＧＬＫＶＧＥＶＦＴＶＤＬＧＥＡＩＬＦＤＣＳＡＤＳＨＰＰＮＴＹＳＷＩＲＲＴＤＮＴＴＹＩＩＫＨＧＰＲＬＥＶＡＳＥＫＶＡＱＫＴＭＤＹＶＣＣＡＹＮＮＩＴＧＲＱＤＥＴＨＦＴＶＩＩＴＳＶＧＬＥＫＬＡＱＫＧＫＳＬＳＰＬＡＳＩＴＧＩＳＬＦＬＩＩＳＭＣＬＬＦＬＷＫＫＹＱＰＹＫＶＩＫＱＫＬＥＧＲに対して少なくとも９０％相同である第２のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列および第２のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１１６１】
Ｂ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）のヘッドをコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）の配列ＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴ（配列番号２８９）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるポリペプチドを含む、ポリペプチド。
【１１６２】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１１６３】
また、変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１３（配列番号３９）は、表８１に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号３９）。）
【１１６４】
表８１：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000176
【１１６５】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表８２に示す：
【１１６６】
表８２：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000177
【１１６７】
転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１７（配列番号３１）のコーディング部は、ポジション１０２で始まり、ポジション１２２９で終わる。また、この転写産物は、表８３に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１１６８】
表８３：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000178
【１１６９】
転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１９（配列番号３３）のコーディング部は、ポジション１０２で始まり、ポジション１２２９で終わる。また、この転写産物は、表８４に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１１７０】
表８４：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000179
【１１７１】
本発明の変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）は、転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ２０（配列番号３４）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図３０Ｇおよび３０Ｈに示す。本発明の変異体タンパク質とそのアラインメントされたタンパク質の各々との関係についての簡単な説明は以下の通りである：
【１１７２】
１．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）並びに公知のタンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）間の比較報告（図３０Ｇ）：
【１１７３】
Ａ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＮＰ＿９３７７９４およびＱ６ＵＸＩ０＿ＨＵＭＡＮ（配列番号３６）のアミノ酸１〜３８９に相当し、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）のアミノ酸１〜３８９にも相当するＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴＧＡＣＳＧＬＫＶＴＶＰＳＨＴＶＨＧＶＲＧＱＡＬＹＬＰＶＨＹＧＦＨＴＰＡＳＤＩＱＩＩＷＬＦＥＲＰＨＴＭＰＫＹＬＬＧＳＶＮＫＳＶＶＰＤＬＥＹＱＨＫＦＴＭＭＰＰＮＡＳＬＬＩＮＰＬＱＦＰＤＥＧＮＹＩＶＫＶＮＩＱＧＮＧＴＬＳＡＳＱＫＩＱＶＴＶＤＤＰＶＴＫＰＶＶＱＩＨＰＰＳＧＡＶＥＹＶＧＮＭＴＬＴＣＨＶＥＧＧＴＲＬＡＹＱＷＬＫＮＧＲＰＶＨＴＳＳＴＹＳＦＳＰＱＮＮＴＬＨＩＡＰＶＴＫＥＤＩＧＮＹＳＣＬＶＲＮＰＶＳＥＭＥＳＤＩＩＭＰＩＩＹＹＧＰＹＧＬＱＶＮＳＤＫＧＬＫＶＧＥＶＦＴＶＤＬＧＥＡＩＬＦＤＣＳＡＤＳＨＰＰＮＴＹＳＷＩＲＲＴＤＮＴＴＹＩＩＫＨＧＰＲＬＥＶＡＳＥＫＶＡＱＫＴＭＤＹＶＣＣＡＹＮＮＩＴＧＲＱＤＥＴＨＦＴＶＩＩＴＳＶＧＬＥＫＬＡＱＫＧＫＳＬＳＰＬＡＳＩＴＧＩＳＬＦＬＩＩＳＭＣＬＬＦＬＷＫＫＹＱＰＹＫＶＩＫＱＫＬＥＧＲＰＥＴＥＹＲＫＡＱＴＦＳＧに対して少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列と、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）のアミノ酸３９０〜４２３に相当する配列ＦＭＬＡＡＰＳＱＲＥＥＥＫＫＩＷＱＧＰＧＬＬＬＣＰＨＣＮＰＨＹＨＱＹ（配列番号２９２）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第２のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列および第２のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１１７４】
Ｂ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）の配列ＦＭＬＡＡＰＳＱＲＥＥＥＫＫＩＷＱＧＰＧＬＬＬＣＰＨＣＮＰＨＹＨＱＹ（配列番号２９２）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【１１７５】
２．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）および公知のタンパク質ＮＰ＿００１０３４４６１（配列番号３５）間の比較報告（図３０Ｈ）：
【１１７６】
Ａ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）のアミノ酸１〜１４に相当する配列ＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴ（配列番号２８９）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第１のアミノ酸配列と、公知のタンパク質ＮＰ＿００１０３４４６１（配列番号３５）のアミノ酸２７〜４０１に相当し、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）のアミノ酸１５〜３８９にも相当するＧＡＣＳＧＬＫＶＴＶＰＳＨＴＶＨＧＶＲＧＱＡＬＹＬＰＶＨＹＧＦＨＴＰＡＳＤＩＱＩＩＷＬＦＥＲＰＨＴＭＰＫＹＬＬＧＳＶＮＫＳＶＶＰＤＬＥＹＱＨＫＦＴＭＭＰＰＮＡＳＬＬＩＮＰＬＱＦＰＤＥＧＮＹＩＶＫＶＮＩＱＧＮＧＴＬＳＡＳＱＫＩＱＶＴＶＤＤＰＶＴＫＰＶＶＱＩＨＰＰＳＧＡＶＥＹＶＧＮＭＴＬＴＣＨＶＥＧＧＴＲＬＡＹＱＷＬＫＮＧＲＰＶＨＴＳＳＴＹＳＦＳＰＱＮＮＴＬＨＩＡＰＶＴＫＥＤＩＧＮＹＳＣＬＶＲＮＰＶＳＥＭＥＳＤＩＩＭＰＩＩＹＹＧＰＹＧＬＱＶＮＳＤＫＧＬＫＶＧＥＶＦＴＶＤＬＧＥＡＩＬＦＤＣＳＡＤＳＨＰＰＮＴＹＳＷＩＲＲＴＤＮＴＴＹＩＩＫＨＧＰＲＬＥＶＡＳＥＫＶＡＱＫＴＭＤＹＶＣＣＡＹＮＮＩＴＧＲＱＤＥＴＨＦＴＶＩＩＴＳＶＧＬＥＫＬＡＱＫＧＫＳＬＳＰＬＡＳＩＴＧＩＳＬＦＬＩＩＳＭＣＬＬＦＬＷＫＫＹＱＰＹＫＶＩＫＱＫＬＥＧＲＰＥＴＥＹＲＫＡＱＴＦＳＧに対して少なくとも９０％相同である第２のアミノ酸配列と、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）のアミノ酸３９０〜４２３に相当する配列ＦＭＬＡＡＰＳＱＲＥＥＥＫＫＩＷＱＧＰＧＬＬＬＣＰＨＣＮＰＨＹＨＱＹ（配列番号２９２）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第３のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列、第２のアミノ酸配列、および第３のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１１７７】
Ｂ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）のヘッドをコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）の配列ＭＷＬＫＶＦＴＴＦＬＳＦＡＴ（配列番号２８９）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるポリペプチドを含む、ポリペプチド。
【１１７８】
Ｃ．Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）の配列ＦＭＬＡＡＰＳＱＲＥＥＥＫＫＩＷＱＧＰＧＬＬＬＣＰＨＣＮＰＨＹＨＱＹ（配列番号２９２）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【１１７９】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１１８０】
また、変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）は、表８５に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号４０）。）
【１１８１】
表８５：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000180
【１１８２】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表８６に示す：
【１１８３】
表８６：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000181
【１１８４】
変異体タンパク質Ｈ６８６５４＿１＿Ｐ１４（配列番号４０）は、転写産物Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ２０（配列番号３４）によってコードされ、そのコーディング部は、ポジション１０２で始まり、ポジション１３７０で終わる。また、この転写産物は、表８７に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１１８５】
表８７：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000182
【１１８６】
上述のように、クラスターＨ６８６５４は、表６３に列挙された３個の切片を特色とする。これらの切片は、特に興味の対象であるために本明細書において別に説明する核酸配列の一部である。ここで、本発明の各切片について説明する。
【１１８７】
本発明の切片クラスターＨ６８６５４＿１＿Ｎ３（配列番号１２３）は、２４個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、次の転写産物に見られる：Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ０（配列番号２５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１５（配列番号２９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１６（配列番号３０）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１７（配列番号３１）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１８（配列番号３２）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１９（配列番号３３）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ２０（配列番号３４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ４（配列番号２６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ５（配列番号２７）、およびＨ６８６５４＿１＿Ｔ８（配列番号２８）。下記の表８８は、各転写産物上のこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１１８８】
表８８：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000183
【１１８９】
本発明の切片クラスターＨ６８６５４＿１＿Ｎ７（配列番号１２４）は、２０個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、次の転写産物に見られる：Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ０（配列番号２５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１５（配列番号２９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１６（配列番号３０）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１７（配列番号３１）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１８（配列番号３２）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１９（配列番号３３）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ２０（配列番号３４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ４（配列番号２６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ５（配列番号２７）、およびＨ６８６５４＿１＿Ｔ８（配列番号２８）。下記の表８９は、各転写産物上のこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１１９０】
表８９：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000184
【１１９１】
本発明の切片クラスターＨ６８６５４＿１＿Ｎ１２（配列番号１２５）は、１８個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、次の転写産物に見られる：Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ０（配列番号２５）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１５（配列番号２９）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１６（配列番号３０）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１７（配列番号３１）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１８（配列番号３２）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ１９（配列番号３３）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ２０（配列番号３４）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ４（配列番号２６）、Ｈ６８６５４＿１＿Ｔ５（配列番号２７）、およびＨ６８６５４＿１＿Ｔ８（配列番号２８）。下記の表９０は、各転写産物上のこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１１９２】
表９０：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000185
【１１９３】
正常および癌性肺組織、並びに異なる正常組織における、配列名Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２Ｒ２（配列番号２２６）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現
【１１９４】
ｓｅｇ３Ｆ２Ｒ２‐Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２Ｒ２（配列番号２２６）アンプリコン、並びにプライマーＨ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２（配列番号２２４）およびＨ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＲ２（配列番号２２５）によって、またはこれらに従って検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、肺パネルおよび正常パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表３および表２に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【１１９５】
肺パネル−次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記の表３）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【１１９６】
図３１は、正常試料と比較した癌性肺試料における上記で示した仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２転写産物の過剰発現を示すヒストグラムである。
【１１９７】
図３１から明らかなように、小細胞癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能である仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記の表３）よりも著しく高かった。特に、９小細胞癌試料中７試料にて、少なくとも８０倍の過剰発現が見られた。
【１１９８】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。
【１１９９】
上記のアンプリコンによって検出可能である仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２転写産物の、肺小細胞癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、３．２４ｅ−００３としてＴテストで決めた。
【１２００】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現８０倍の閾値が、小細胞癌試料および正常試料の間で、Ｐ値７．４９ｅ−００５で、差を生じることが分かった。
【１２０１】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１２０２】
正常パネル−次に、図３２に示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、肺試料（試料番号２６、２８、２９、および３０、上記の表２）の量の中間値で割り、肺試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１２０３】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２（配列番号２２４）順方向プライマー；およびＨ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＲ２（配列番号２２５）逆方向プライマー
【１２０４】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２Ｒ２（配列番号２２６）
【１２０５】
順方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２（配列番号２２４）：ＡＴＣＡＣＡＣＡＣＴＧＴＣＣＡＴＧＧＣＧＴ
【１２０６】
逆方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＲ２（配列番号２２５）：ＧＴＣＴＣＴＣＡＡＡＴＡＧＣＣＡＴＡＴＧＡＴＣＴＧＧ
【１２０７】
アンプリコン＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２Ｒ２（配列番号２２６）
【１２０８】
ＡＴＣＡＣＡＣＡＣＴＧＴＣＣＡＴＧＧＣＧＴＣＡＧＡＧＧＴＣＡＧＧＣＣＣＴＣＴＡＣＣＴＡＣＣＣＧＴＣＣＡＣＴＡＴＧＧＣＴＴＣＣＡＣＡＣＴＣＣＡＧＣＡＴＣＡＧＡＣＡＴＣＣＡＧＡＴＣＡＴＡＴＧＧＣＴＡＴＴＴＧＡＧＡＧＡＣ
【１２０９】
正常および癌性肺組織、並びに異なる正常組織における、配列名Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴ（配列番号２２３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現
【１２１０】
ｓｅｇ７‐１２‐Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴ（配列番号２２３）アンプリコン、並びにプライマーＨ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴＦ１（配列番号２２１）およびＨ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴＲ１（配列番号２２２）によって、またはこれらに従って検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、肺パネルおよび正常パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表３および表２に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【１２１１】
肺パネル−非検出試料（試料番号３０、４１、７８、および９２、表３）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記の表３）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【１２１２】
図３３は、正常試料と比較した癌性肺試料における上記で示した仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２転写産物の過剰発現を示すヒストグラムである。
【１２１３】
図３３から明らかなように、小細胞癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能である仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記の表３）よりも著しく高く、数個の扁平上皮癌試料よりも高かった。特に、９小細胞癌試料中６試料、および２４扁平上皮癌試料中４試料にて、少なくとも２５倍の過剰発現が見られた。
【１２１４】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能である仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２転写産物の、肺小細胞癌試料および肺扁平上皮癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、それぞれ、１．２４ｅ−００２および２．９７ｅ−００２としてＴテストで決めた。
【１２１５】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現２５倍の閾値が、小細胞癌試料および正常試料の間で、Ｐ値４．７４ｅ−００４で、差を生じることが分かった。
【１２１６】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１２１７】
正常パネル−非検出試料（試料番号１６）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次に、図３４に示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、肺試料（試料番号２６、２８、２９、および３０、上記の表２）の量の中間値で割り、肺試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１２１８】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴＦ１（配列番号２２１）順方向プライマー；およびＨ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴＲ１（配列番号２２２）逆方向プライマー
【１２１９】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴ（配列番号２２３）
【１２２０】
順方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴＦ１（配列番号２２１）：ＡＴＧＧＧＣＣＴＣＧＣＴＴＡＧＡＡＧＴＴＧ
【１２２１】
逆方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴＲ１（配列番号２２２）：ＴＴＣＴＧＴＧＣＡＡＧＣＴＴＣＴＣＣＡＧＴＣ
【１２２２】
アンプリコン＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴ（配列番号２２３）：ＡＴＧＧＧＣＣＴＣＧＣＴＴＡＧＡＡＧＴＴＧＣＡＴＣＴＧＡＧＡＡＡＧＴＡＧＣＣＣＡＧＡＡＧＡＣＡＡＴＧＧＡＣＴＡＴＧＴＧＴＧＣＴＧＴＧＣＴＴＡＣＡＡＣＡＡＣＡＴＡＡＣＣＧＧＣＡＧＧＣＡＡＧＡＴＧＡＡＡＣＴＣＡＴＴＴＣＡＣＡＧＴＴＡＴＣＡＴＣＡＣＴＴＣＣＧＴＡＧＧＡＣＴＧＧＡＧＡＡＧＣＴＴＧＣＡＣＡＧＡＡ
【１２２３】
血液特異的パネルにおける、配列名Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２Ｒ２（配列番号２２６）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現
【１２２４】
ｓｅｇ３‐Ｈ６８６５４ｓｅｇ３Ｆ２Ｒ２（配列番号２２６）アンプリコン、並びにプライマーＨ６８６５４ｓｅｇ３Ｆ２（配列番号２２４）およびＨ６８６５４ｓｅｇ３Ｒ２（配列番号２２５）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、血液パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、上記の表１に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、腎臓正常試料（試料番号６５〜６７、上記の表１）の量の中間値で割り、腎臓正常試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１２２５】
本分析の結果を図３５Ａのヒストグラムに示す。上述のＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、評価したほとんどの血液試料と異なり、腎臓正常、結腸正常、および小腸正常試料中で高い。
【１２２６】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２順方向プライマー；およびＨ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＲ２逆方向プライマー
【１２２７】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２Ｒ２
【１２２８】
順方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２：ＡＴＣＡＣＡＣＡＣＴＧＴＣＣＡＴＧＧＣＧＴ（配列番号２２４）
【１２２９】
逆方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＲ２：ＧＴＣＴＣＴＣＡＡＡＴＡＧＣＣＡＴＡＴＧＡＴＣＴＧＧ（配列番号２２５）
【１２３０】
アンプリコン＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ３ＷＴＦ２Ｒ２（配列番号２２６）
【１２３１】
ＡＴＣＡＣＡＣＡＣＴＧＴＣＣＡＴＧＧＣＧＴＣＡＧＡＧＧＴＣＡＧＧＣＣＣＴＣＴＡＣＣＴＡＣＣＣＧＴＣＣＡＣＴＡＴＧＧＣＴＴＣＣＡＣＡＣＴＣＣＡＧＣＡＴＣＡＧＡＣＡＴＣＣＡＧＡＴＣＡＴＡＴＧＧＣＴＡＴＴＴＧＡＧＡＧＡＣ
【１２３２】
血液特異的パネルにおける、配列名Ｈ６８６５４ｓｅｇ７‐１２（配列番号２２３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現
【１２３３】
ｓｅｇ７‐１２‐Ｈ６８６５４ｓｅｇ７‐１２ＷＴＦ１Ｒ１（配列番号２２３）アンプリコン、並びにプライマーＨ６８６５４ｓｅｇ７‐１２ＷＴＦ１（配列番号２２１）およびＨ６８６５４ｓｅｇ７‐１２ＷＴＲ１（配列番号２２２）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、血液パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、上記の表１に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた複数のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、腎臓正常試料（試料番号６５〜６７、上記の表１）の量の中間値で割り、腎臓正常試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１２３４】
本分析の結果を図３５Ｂのヒストグラムに示す。上述のＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、評価した異なる血液試料と比較して、腎臓正常、結腸正常、および小腸正常試料の方が高い。
【１２３５】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：ｓｅｇ７‐１２ＷＴＦ１順方向プライマー（配列番号２２１）；およびｓｅｇ７‐１２ＷＴＲ１逆方向プライマー（配列番号２２２）
【１２３６】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：ｓｅｇ７‐１２ＷＴＦ１Ｒ１（配列番号２２３）
【１２３７】
順方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴＦ１（配列番号２２１）
【１２３８】
ＡＴＧＧＧＣＣＴＣＧＣＴＴＡＧＡＡＧＴＴＧ
【１２３９】
逆方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴＲ１（配列番号２２２）
【１２４０】
ＴＴＣＴＧＴＧＣＡＡＧＣＴＴＣＴＣＣＡＧＴＣ
【１２４１】
アンプリコン＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ７‐１２ＷＴ（配列番号２２３）
【１２４２】
ＡＴＧＧＧＣＣＴＣＧＣＴＴＡＧＡＡＧＴＴＧＣＡＴＣＴＧＡＧＡＡＡＧＴＡＧＣＣＣＡＧＡＡＧＡＣＡＡＴＧＧＡＣＴＡＴＧＴＧＴＧＣＴＧＴＧＣＴＴＡＣＡＡＣＡＡＣＡＴＡＡＣＣＧＧＣＡＧＧＣＡＡＧＡＴＧＡＡＡＣＴＣＡＴＴＴＣＡＣＡＧＴＴＡＴＣＡＴＣＡＣＴＴＣＣＧＴＡＧＧＡＣＴＧＧＡＧＡＡＧＣＴＴＧＣＡＣＡＧＡＡ
【１２４３】
正常および癌性肺組織における、配列名Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ０‐３（配列番号２２９）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現
【１２４４】
ｓｅｇ０‐３‐Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ０‐３（配列番号２２９）アンプリコン、並びにプライマーＨ６８６５４＿ｓｅｇ０‐３Ｆ１（配列番号２２７）およびＨ６８６５４＿ｓｅｇ０‐３Ｒ１（配列番号２２８）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、肺パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、上記の表３に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５１〜５４、５６〜６４、６９、および７０、上記の表３）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【１２４５】
図３６は、正常試料と比較した癌性肺試料における上記で示したＬＯＣ２５３０１２転写産物の過剰発現を示すヒストグラムである。
【１２４６】
図３６から明らかなように、扁平上皮癌試料および小細胞癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５１〜５４、５６〜６４、６９、および７０、上記の表３）よりも著しく高かった。特に、２１扁平上皮癌試料中６試料、および９小細胞癌試料中８試料にて、少なくとも５倍の過剰発現が見られた。
【１２４７】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能であるＬＯＣ２５３０１２転写産物の、肺扁平上皮癌試料および肺小細胞癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、それぞれ、４．９６ｅ−００２および１．０５ｅ−００３としてＴテストで決めた。
【１２４８】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現５倍の閾値が、扁平上皮癌試料および小細胞癌試料並びに正常試料の間で、それぞれ２．７９ｅ−００２および１．２２ｅ−００５のＰ値で、差を生じることが分かった。上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１２４９】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ０‐３Ｆ１（配列番号２２７）順方向プライマー；およびＨ６８６５４＿ｓｅｇ０‐３Ｒ１（配列番号２２８）逆方向プライマー
【１２５０】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ０‐３Ｆ１Ｒ１（配列番号２２９）
【１２５１】
順方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ０‐３Ｆ１（配列番号２２７）
【１２５２】
ＧＣＴＴＴＣＡＴＧＧＡＧＣＣＣＴＴＣＧ
【１２５３】
逆方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ０‐３Ｒ１（配列番号２２８）
【１２５４】
ＧＣＣＴＧＡＣＣＴＣＴＧＡＣＧＣＣＡ
【１２５５】
アンプリコン＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ０‐３Ｆ１Ｒ１（配列番号２２９）
【１２５６】
ＧＣＴＴＴＣＡＴＧＧＡＧＣＣＣＴＴＣＧＧＴＧＡＣＡＣＡＣＴＴＧＧＧＧＴＣＴＴＴＣＡＧＴＧＣＡＡＡＡＴＡＴＡＣＣＴＣＣＴＴＣＴＣＴＴＣＧＧＴＧＣＴＴＧＣＴＣＧＧＧＧＣＴＧＡＡＧＧＴＧＡＣＡＧＴＧＣＣＡＴＣＡＣＡＣＡＣＴＧＴＣＣＡＴＧＧＣＧＴＣＡＧＡＧＧＴＣＡＧＧＣ
【１２５７】
正常および癌性肺組織における、配列名Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ２‐３（配列番号２３２）で示されるアンプリコンによって検出可能である、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ２５３０１２  Ｈ６８６５４転写産物の発現
【１２５８】
ｓｅｇ２‐３‐Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ２‐３（配列番号２３２）アンプリコン、並びにプライマーＨ６８６５４＿ｓｅｇ２‐３Ｆ１（配列番号２３０）およびＨ６８６５４＿ｓｅｇ２‐３Ｒ１（配列番号２３１）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、肺パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、上記の表３に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５１、５２、５４〜６４、６９、および７０、上記の表３）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【１２５９】
図３７は、正常試料と比較した癌性肺試料における上記で示したＬＯＣ２５３０１２転写産物の過剰発現を示すヒストグラムである。
【１２６０】
図３７から明らかなように、小細胞癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＬＯＣ２５３０１２転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５１、５２、５４〜６４、６９、および７０、上記の表３）よりも著しく高かった。特に、９小細胞癌試料中７試料にて、少なくとも８倍の過剰発現が見られた。
【１２６１】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能であるＬＯＣ２５３０１２転写産物の、肺小細胞癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、１．９３ｅ−００２としてＴテストで決めた。
【１２６２】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現８倍の閾値が、小細胞癌試料および正常試料の間で、Ｐ値１．０４ｅ−００４で、差を生じることが分かった。
【１２６３】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１２６４】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ２‐３Ｆ１（配列番号２３０）順方向プライマー；およびＨ６８６５４＿ｓｅｇ２‐３Ｒ１（配列番号２３１）逆方向プライマー
【１２６５】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ２‐３Ｆ１Ｒ１（配列番号２３２）
【１２６６】
順方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ２‐３Ｆ１（配列番号２３０）
【１２６７】
ＣＴＣＴＧＣＡＴＴＴＧＣＣＣＣＴＴＴＡＧＡ
【１２６８】
逆方向プライマー＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ２‐３Ｒ１（配列番号２３１）
【１２６９】
ＧＡＴＧＧＣＡＣＴＧＴＣＡＣＣＴＴＣＡＧＣ
【１２７０】
アンプリコン＞Ｈ６８６５４＿ｓｅｇ２‐３Ｆ１Ｒ１（配列番号２３２）
【１２７１】
ＣＴＣＴＧＣＡＴＴＴＧＣＣＣＣＴＴＴＡＧＡＴＴＧＴＧＡＡＡＴＧＴＧＧＣＴＣＡＡＧＧＴＣＴＴＣＡＣＡＡＣＴＴＴＣＣＴＴＴＣＣＴＴＴＧＣＡＡＣＡＧＧＴＧＣＴＴＧＣＴＣＧＧＧＧＣＴＧＡＡＧＧＴＧＡＣＡＧＴＧＣＣＡＴＣ
【１２７２】
実施例６：クラスターＨ１９０１１＿１の説明
本発明は、Ｃ１ＯＲＦ３２ポリペプチド、新規なスプライス変異体、並びにこれらを基にした診断薬および治療薬に関する。
【１２７３】
本発明によると、クラスターＨ１９０１１＿１（内部ＩＤ７６４３２８２７）は、２個の対象転写産物および５個の対象切片を特色とし、これらの名称を、それぞれ表９１および９２に示す。選ばれたタンパク質変異体を表９３に示す。
【１２７４】
表９１：対象転写産物
0005607530.tif 000186
【１２７５】
表９２：対象切片
0005607530.tif 000187
【１２７６】
表９３：対象タンパク質
0005607530.tif 000188
【１２７７】
これらの配列は、本明細書にて既知タンパク質と称する公知のタンパク質、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ３８７５９７（ＲｅｆＳｅｑ受入番号ＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）、別称：Ｃ１ＯＲＦ３２、ＮＰ＿９５５３８３；ＬＩＳＣＨ‐様；ＲＰ４‐７８２Ｇ３．２；ｄＪ７８２Ｇ３．１）の変異体である。
【１２７８】
Ｃ１ＯＲＦ３２は、１番染色体のアノテーションの際に計算によって発見された仮説に基づいたタンパク質である（Ｇｒｅｇｏｒｙ  ＳＧ  ｅｔ  ａｌ．  ２００６，  Ｎａｔｕｒｅ  ４４１  （７０９１）  ３１５‐３２１）。その最も近いアノテーションされたホモログは、免疫グロブリンスーパーファミリーのサブファミリーであるＬＩＳＣＨ７ファミリーに属する。このファミリーのアノテーションされたメンバーの一つは、血液からのトリグリセリドリッチなリポタンパク質のクリアランスにおいて役割をもつと考えられるリポリーシス刺激リポタンパク質受容体（ｌｉｐｏｌｙｓｉｓ‐ｓｔｉｍｕｌａｔｅｄ  ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ）である（受託番号Ｑ８６Ｘ２９のＳｗｉｓｓｐｒｏｔアノテーション）。
【１２７９】
本発明によると、Ｃ１ＯＲＦ３２は、他の公知のＢ７メンバーと同様に、タイプＩ膜タンパク質であることに加えて、ＩｇＶ領域が存在することに基づき、新規なＢ７／ＣＤ２８メンバーであると予想された。さらに、野生型のＣ１ＯＲＦ３２とは最初の５個のエクソンを共有するだけである、選択的にスプライスされた本発明の２個の変異体（Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）およびＨ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０））は、そのエクソンのサイズ、並びにこれらのエクソン内でのＩｇＶおよび膜貫通領域の位置に関して公知のＢ７ファミリーメンバーと類似している。さらに、Ｃ１ＯＲＦ３２は、本発明において、小細胞肺癌で過剰発現されることが示された。
【１２８０】
上述のように、クラスターＨ１９０１１は、上記の表９１に列挙された２個の転写産物を特色とする。これらの転写産物は、タンパク質、仮説に基づいたタンパク質ＬＯＣ３８７５９７（配列番号４７）の変異体であるタンパク質をコードする。ここで本発明の各々の変異体タンパク質について説明する。
【１２８１】
本発明の変異体タンパク質Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）は、転写産物Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ８（配列番号４５）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。１つ以上の既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図３８Ａに示す。本発明の変異体タンパク質の、そのアラインメントされたタンパク質の各々との関係についての簡単な説明は以下の通りである：
【１２８２】
Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）並びに公知のタンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）間の比較報告（図３８Ａ）：
【１２８３】
Ａ．Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）のアミノ酸１〜１５８に相当し、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸１〜１５８にも相当するＭＤＲＶＬＬＲＷＩＳＬＦＷＬＴＡＭＶＥＧＬＱＶＴＶＰＤＫＫＫＶＡＭＬＦＱＰＴＶＬＲＣＨＦＳＴＳＳＨＱＰＡＶＶＱＷＫＦＫＳＹＣＱＤＲＭＧＥＳＬＧＭＳＳＴＲＡＱＳＬＳＫＲＮＬＥＷＤＰＹＬＤＣＬＤＳＲＲＴＶＲＶＶＡＳＫＱＧＳＴＶＴＬＧＤＦＹＲＧＲＥＩＴＩＶＨＤＡＤＬＱＩＧＫＬＭＷＧＤＳＧＬＹＹＣＩＩＴＴＰＤＤＬＥＧＫＮＥに対して少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列と、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸１５９に相当する架橋アミノ酸Ｇと、公知のタンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）のアミノ酸１６０〜１６０に相当し、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸１６０〜１６０にも相当するＳに対して少なくとも９０％相同である第２のアミノ酸配列と、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸１６１〜１６２に相当する架橋アミノ酸ＬＧと、公知のタンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）のアミノ酸１６３〜２２９に相当し、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸１６３〜２２９にも相当するＬＬＶＬＧＲＴＧＬＬＡＤＬＬＰＳＦＡＶＥＩＭＰＥＷＶＦＶＧＬＶＬＬＧＶＦＬＦＦＶＬＶＧＩＣＷＣＱＣＣＰＨＳＣＣＣＹＶＲＣＰＣＣＰＤＳＣに対して少なくとも９０％相同である第３のアミノ酸配列と、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸２３０に相当する架橋アミノ酸Ｗと、公知のタンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）のアミノ酸２３１〜２３４に相当し、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸２３１〜２３４にも相当するＣＰＱＡに対して少なくとも９０％相同である第４のアミノ酸配列と、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のアミノ酸２３５〜２５４に相当する配列ＣＥＹＳＤＲＷＧＤＲＡＩＥＲＮＶＹＬＳＴ（配列番号２９３）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第５のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列、架橋アミノ酸、第２のアミノ酸配列、架橋アミノ酸、第３のアミノ酸配列、架橋アミノ酸、第４のアミノ酸配列、および第５のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１２８４】
Ｂ．Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）の配列ＣＥＹＳＤＲＷＧＤＲＡＩＥＲＮＶＹＬＳＴ（配列番号２９３）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【１２８５】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１２８６】
また、変異体タンパク質Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）は、表９４に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号４８）。）代替アミノ酸をもつ（以下のＳＮＰの一部を用いて）作製されたそのような推定配列の例を、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８＿Ｖ１（配列番号４９）の名称で示す。
【１２８７】
表９４：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000189
【１２８８】
変異体タンパク質は、ＩｎｔｅｒＰｒｏを用いて決定したところ、次の領域をもつ。その領域を表９５に示す：
【１２８９】
表９５：ＩｎｔｅｒＰｒｏ領域
0005607530.tif 000190
【１２９０】
変異体タンパク質Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）は、転写産物Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ８（配列番号４５）によってコードされ、そのコーディング部はポジション１８１で始まり、ポジション９４２で終わる。また、この転写産物は、表９６に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１２９１】
表９６：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000191
【１２９２】
表９７に示すように、タンパク質Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ８（配列番号４８）のゲノム構造（タンパク質の細胞外領域に関連するエクソンの数、これらのエクソンの長さ、イントロンが挿入されたコドンのフレーム、および遺伝子構造内のタンパク質の特性および領域の位置）は、Ｂ７／共刺激タンパク質ファミリーのリガンドに特徴的である。
【１２９３】
表９７：ゲノム構造およびタンパク質特性
0005607530.tif 000192
【１２９４】
本発明の変異体タンパク質Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）は、転写産物Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ９（配列番号４６）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。１つ以上の既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図３８Ｂに示す。本発明の変異体タンパク質とそのアラインメントされたタンパク質の各々との関係についての簡単な説明は以下の通りである：
【１２９５】
Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）並びに公知のタンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）間の比較報告（図３８Ｂ）：
【１２９６】
Ａ．Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）のアミノ酸１〜１５８に相当し、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のアミノ酸１〜１５８にも相当するＭＤＲＶＬＬＲＷＩＳＬＦＷＬＴＡＭＶＥＧＬＱＶＴＶＰＤＫＫＫＶＡＭＬＦＱＰＴＶＬＲＣＨＦＳＴＳＳＨＱＰＡＶＶＱＷＫＦＫＳＹＣＱＤＲＭＧＥＳＬＧＭＳＳＴＲＡＱＳＬＳＫＲＮＬＥＷＤＰＹＬＤＣＬＤＳＲＲＴＶＲＶＶＡＳＫＱＧＳＴＶＴＬＧＤＦＹＲＧＲＥＩＴＩＶＨＤＡＤＬＱＩＧＫＬＭＷＧＤＳＧＬＹＹＣＩＩＴＴＰＤＤＬＥＧＫＮＥに対して少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列と、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のアミノ酸１５９に相当する架橋アミノ酸Ｇと、公知のタンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）のアミノ酸１６０〜１６０に相当し、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のアミノ酸１６０〜１６０にも相当するＳに対して少なくとも９０％相同である第２のアミノ酸配列と、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のアミノ酸１６１〜１６２に相当する架橋アミノ酸ＬＧと、公知のタンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）のアミノ酸１６３〜１６６に相当し、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のアミノ酸１６３〜１６６にも相当するＬＬＶＬに対して少なくとも９０％相同である第３のアミノ酸配列と、公知のタンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）のアミノ酸１８６〜２２９に相当し、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のアミノ酸１６７〜２１０にも相当するＥＷＶＦＶＧＬＶＬＬＧＶＦＬＦＦＶＬＶＧＩＣＷＣＱＣＣＰＨＳＣＣＣＹＶＲＣＰＣＣＰＤＳＣに対して少なくとも９０％相同である第４のアミノ酸配列と、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のアミノ酸２１１に相当する架橋アミノ酸Ｗと、公知のタンパク質Ｑ７１Ｈ６１＿ＨＵＭＡＮおよびＮＰ＿９５５３８３（配列番号４７）のアミノ酸２３１〜２３４に相当し、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のアミノ酸２１２〜２１５にも相当するＣＰＱＡに対して少なくとも９０％相同である第５のアミノ酸配列と、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）のアミノ酸２１６〜２３５に相当する配列ＣＥＹＳＤＲＷＧＤＲＡＩＥＲＮＶＹＬＳＴ（配列番号２９３）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第６のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列、架橋アミノ酸、第２のアミノ酸配列、架橋アミノ酸、第３のアミノ酸配列、第４のアミノ酸配列、架橋アミノ酸、第５のアミノ酸配列、および第６のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１２９７】
Ｂ．Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）の端部をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、長さ「ｎ」をもつポリペプチドを含み、ここで、ｎが、少なくとも長さ約１０アミノ酸、任意選択で少なくとも長さ約２０アミノ酸、好ましくは少なくとも長さ約３０アミノ酸、より好ましくは少なくとも長さ約４０アミノ酸、そして最も好ましくは少なくとも長さ約５０アミノ酸であり、ここで、少なくとも２個のアミノ酸がＬＥを含み、以下の構造：１６６−ｘから１６６までのいずれかのアミノ酸番号から始まり、１６７＋（（ｎ−２）−ｘ）のいずれかのアミノ酸番号で終わる（ここで、ｘは０からｎ−２まで変動する）配列、をもつ、キメラポリペプチド。
【１２９８】
Ｃ．Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）の配列ＣＥＹＳＤＲＷＧＤＲＡＩＥＲＮＶＹＬＳＴ（配列番号２９３）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【１２９９】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１３００】
また、変異体タンパク質Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）は、表９８に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号５０）。）
【１３０１】
表９８：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000193
【１３０２】
変異体タンパク質Ｈ１９０１１＿１＿Ｐ９（配列番号５０）は、転写産物Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ９（配列番号４６）によってコードされ、そのコーディング部はポジション１８１で始まり、ポジション８８５で終わる。また、この転写産物は、表９９に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１３０３】
表９９：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000194
【１３０４】
上述のように、クラスターＨ１９０１１は、上記の表９２に列挙された５個の切片を特色とする。これらの切片は、特に興味の対象であるために本明細書において別に説明する核酸配列の一部である。ここで、本発明の各切片について説明する。
【１３０５】
本発明の切片クラスターＨ１９０１１＿１＿Ｎ１３（配列番号１２９）は、３個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ８（配列番号４５）およびＨ１９０１１＿１＿Ｔ９（配列番号４６）。下記の表１００は、各転写産物上におけるこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１３０６】
表１００：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000195
【１３０７】
本発明の任意選択の実施形態によると、上記のクラスターに関連する短い切片も、また提供される。これらの切片は、約１２０ｂｐまでの長さであり、別の明細書に含まれる。
【１３０８】
本発明の切片クラスターＨ１９０１１＿１＿Ｎ８（配列番号１３０）は、４個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ８（配列番号４５）。下記の表１０１は、各転写産物上におけるこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１３０９】
表１０１：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000196
【１３１０】
本発明の切片クラスターＨ１９０１１＿１＿Ｎ１０（配列番号１３１）は、４個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ８（配列番号４５）およびＨ１９０１１＿１＿Ｔ９（配列番号４６）。下記の表１０２は、各転写産物上におけるこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１３１１】
表１０２：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000197
【１３１２】
本発明の切片クラスターＨ１９０１１＿１＿Ｎ１１（配列番号１３２）は、３個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ８（配列番号４５）およびＨ１９０１１＿１＿Ｔ９（配列番号４６）。下記の表１０３は、各転写産物上におけるこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１３１３】
表１０３：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000198
【１３１４】
本発明の切片クラスターＨ１９０１１＿１＿Ｎ１２（配列番号１３３）は、５個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：Ｈ１９０１１＿１＿Ｔ８（配列番号４５）およびＨ１９０１１＿１＿Ｔ９（配列番号４６）。下記の表１０４は、各転写産物上におけるこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１３１５】
表１０４：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000199
【１３１６】
正常および癌性結腸組織、正常および癌性肺組織、並びに異なる正常組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ１３Ｆ２Ｒ２（配列番号２３５）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、１番染色体オープンリーディングフレーム３２、Ｈ１９０１１転写産物の発現
【１３１７】
ｓｅｇ１３‐Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ１３Ｆ２Ｒ２（配列番号２３５）アンプリコン、並びにプライマーＨ１９０１１＿ｓｅｇ１３Ｆ２（配列番号２３３）およびＨ１９０１１＿ｓｅｇ１３Ｒ２（配列番号２３４）によって、またはこれらに従って検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、１番染色体オープンリーディングフレーム３２転写産物の発現は、結腸パネル、肺パネル、および正常パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表５、表３、および表２に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【１３１８】
結腸パネル−次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号４２〜７０、上記の表５）の量の中間値で割った。そして、この比の逆数を算出し、正常試料の中間値に対して各試料が何倍下方制御されたかの値を得た。
【１３１９】
図３９は、正常試料と比較した癌性結腸試料における上記で示したＣ１ＯＲＦ３２転写産物の下方制御を示すヒストグラムである。
【１３２０】
図３９から明らかなように、癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号４２〜７０、上記の表５）よりも著しく低かった。特に、５５腺癌試料中１７試料にて、少なくとも６倍の下方制御が見られた。
【１３２１】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の、結腸癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、９．３６ｅ−００４としてＴテストで決めた。
【１３２２】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、下方制御６倍の閾値が、癌試料および正常試料の間で、Ｐ値２．６７ｅ−００４で、差を生じることが分かった。
【１３２３】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１３２４】
肺パネル−次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記の表３）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【１３２５】
図４０は、正常試料と比較した癌性肺試料における上記で示したＣ１ＯＲＦ３２転写産物の過剰発現を示すヒストグラムである。
【１３２６】
図４０から明らかなように、小細胞癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記の表３）よりも著しく高かった。特に、９小細胞癌試料中９試料にて、少なくとも６倍の過剰発現が見られた。
【１３２７】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。
【１３２８】
上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の、肺小細胞癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、３．４３ｅ−００３としてＴテストで決めた。
【１３２９】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現６倍の閾値が、小細胞癌試料および正常試料の間で、Ｐ値４．８９ｅ−００７で、差を生じることが分かった。
【１３３０】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１３３１】
正常パネル−次に、図４１Ａに示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、結腸試料（試料番号３、４、および５、上記の表２）の量の中間値で割り、結腸試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。次に、図４１Ｂに示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、肺試料（試料番号２６、２８、２９、および３０、上記の表２）の量の中間値で割り、肺試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１３３２】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ１３Ｆ２（配列番号２３３）順方向プライマー；およびＨ１９０１１＿ｓｅｇ１３Ｒ２（配列番号２３４）逆方向プライマー
【１３３３】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ１３Ｆ２Ｒ２（配列番号２３５）
【１３３４】
順方向プライマー＞Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ１３Ｆ２（配列番号２３３）：ＧＴＧＡＧＴＡＣＡＧＴＧＡＣＣＧＣＴＧＧＧ
【１３３５】
逆方向プライマー＞Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ１３Ｒ２（配列番号２３４）：ＧＧＡＧＡＡＧＡＧＴＣＴＧＧＡＡＴＧＡＣＣＡＡ
【１３３６】
アンプリコン＞Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ１３Ｆ２Ｒ２（配列番号２３５）
【１３３７】
ＧＴＧＡＧＴＡＣＡＧＴＧＡＣＣＧＣＴＧＧＧＧＡＧＡＣＡＧＡＧＣＧＡＴＣＧＡＧＡＧＡＡＡＴＧＴＣＴＡＣＣＴＣＴＣＴＡＣＣＴＧＡＣＡＧＣＴＧＴＧＴＧＣＧＣＴＧＧＧＴＴＣＣＴＣＣＴＣＣＡＣＣＴＣＣＴＧＴＣＣＴＧＣＣＡＣＣＣＣＣＡＡＧＡＴＴＧＧＴＣＡＴＴＣＣＡＧＡＣＴＣＴＴＣＴＣＣ
【１３３８】
正常および癌性肺組織における、配列名Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ８‐１３Ｆ１Ｒ１（配列番号２３８）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、１番染色体オープンリーディングフレーム３２、Ｈ１９０１１転写産物の発現
【１３３９】
ｓｅｇ８‐１３Ｆ１Ｒ１‐Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ８‐１３Ｆ１Ｒ１（配列番号２３８）アンプリコン、並びにプライマーＨ１９０１１＿ｓｅｇ８‐１３Ｆ１（配列番号２３６）およびＨ１９０１１＿ｓｅｇ８‐１３Ｒ１（配列番号２３７）によって、またはこれらに従って検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、１番染色体オープンリーディングフレーム３２、転写産物の発現は、肺パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、上記の表３に詳細を示す。アンプリコンの検出を示さなかった試料（試料番号１、２、４〜１０、１２〜２７、２９〜３５、３７〜４１、５１〜６４、および６９〜７０、表３）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。これらの試料は、特徴的な解離曲線および著しく低いＴＭをもつプライマー‐ダイマー産物を示した（この人為産物は、ＲＴ試料を有さないネガティブコントロール中に出現することによって識別された）。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記の表３）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【１３４０】
図４２は、正常試料と比較した癌性肺試料における上記で示したＣ１ＯＲＦ３２転写産物の過剰発現を示すヒストグラムである。
【１３４１】
図４２から明らかなように、小細胞癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５１〜６４および６９〜７０、上記の表３）よりも著しく高かった。特に、９小細胞癌試料中９試料にて、少なくとも５００倍の過剰発現が見られた。
【１３４２】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の、肺小細胞癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、６．７０ｅ−００３としてＴテストで決めた。
【１３４３】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現５００倍の閾値が、小細胞癌試料および正常試料の間で、Ｐ値４．８９ｅ−００７で、差を生じることが分かった。
【１３４４】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１３４５】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ８‐１３Ｆ１（配列番号２３６）順方向プライマー；およびＨ１９０１１＿ｓｅｇ８‐１３Ｒ１（配列番号２３７）逆方向プライマー
【１３４６】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ８‐１３Ｆ１Ｒ１（配列番号２３８）。
【１３４７】
順方向プライマー＞Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ８‐１３Ｆ１（配列番号２３６）：ＧＣＣＣＡＧＴＴＴＴＧＣＴＧＴＧＧＡＧＡ
【１３４８】
逆方向プライマー＞Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ８‐１３Ｒ１（配列番号２３７）：ＧＧＴＡＧＡＣＡＴＴＴＣＴＣＴＣＧＡＴＣＧＣＴＣ
【１３４９】
アンプリコン＞Ｈ１９０１１＿ｓｅｇ８‐１３Ｆ１Ｒ１（配列番号２３８）
【１３５０】
ＧＣＣＣＡＧＴＴＴＴＧＣＴＧＴＧＧＡＧＡＴＴＡＴＧＣＣＡＧＡＧＴＧＧＧＴＧＴＴＴＧＴＴＧＧＣＣＴＧＧＴＧＣＴＣＣＴＧＧＧＣＧＴＣＴＴＣＣＴＣＴＴＣＴＴＣＧＴＣＣＴＧＧＴＧＧＧＧＡＴＣＴＧＣＴＧＧＴＧＣＣＡＧＴＧＣＴＧＣＣＣＴＣＡＣＡＧＣＴＧＣＴＧＣＴＧＣＴＡＴＧＴＣＣＧＣＴＧＣＣＣＡＴＧＣＴＧＣＣＣＡＧＡＴＴＣＣＴＧＣＴＧＧＴＧＣＣＣＴＣＡＡＧＣＣＴＧＴＧＡＧＴＡＣＡＧＴＧＡＣＣＧＣＴＧＧＧＧＡＧＡＣＡＧＡＧＣＧＡＴＣＧＡＧＡＧＡＡＡＴＧＴＣＴＡＣＣ
【１３５１】
正常および癌性肺組織、正常および癌性結腸組織、異なる正常組織、並びに血液特異的パネルにおける、配列名Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８‐１０ｓｅｇ１３（配列番号２４１）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、１番染色体オープンリーディングフレーム３２、Ｈ１９０１１転写産物の発現
【１３５２】
ｊｕｎｃ８‐１０ｓｅｇ１３‐Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８‐１０ｓｅｇ１３（配列番号２４１）アンプリコン、並びにプライマーＨ１９０１１＿ｊｕｎｃ８‐１０ｓｅｇ１３Ｆ１（配列番号２３９）およびＨ１９０１１＿ｊｕｎｃ８‐１０ｓｅｇ１３Ｒ１（配列番号２４０）によって、またはこれらに従って検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２転写産物の発現は、肺パネル、結腸パネル、正常パネル、および血液パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表３、表５、表２、および表１に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【１３５３】
肺パネルについて−非検出試料（試料番号６９、表３）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５１、５３、５４、５６、５７、５９、６１、６２、６４、および７０、上記の表３）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【１３５４】
図４３は、正常試料と比較した癌性肺試料における上記で示したＣ１ＯＲＦ３２転写産物の過剰発現を示すヒストグラムである。
【１３５５】
図４３から明らかなように、小細胞癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５１、５３、５４、５６、５７、５９、６１、６２、６４、および７０、上記の表３）よりも著しく高かった。特に、９小細胞癌試料中９試料にて、少なくとも７倍の過剰発現が見られた。
【１３５６】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。
【１３５７】
上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の、肺小細胞癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、２．３４ｅ−００３としてＴテストで決めた。
【１３５８】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現７倍の閾値が、小細胞癌試料および正常試料の間で、Ｐ値１．０８ｅ−００５で、差を生じることが分かった。
【１３５９】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１３６０】
結腸パネルについて−非検出試料（試料番号７９、表５）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号４２〜６２および６５〜７０、上記の表５）の量の中間値で割った。次に、この比の逆数を算出し、正常試料の中間値に対して各試料が何倍下方制御されたかの値を得た。
【１３６１】
図４４は、正常試料と比較した癌性結腸試料における上記で示したＣ１ＯＲＦ３２転写産物の下方制御を示すヒストグラムである。
【１３６２】
図４４から明らかなように、癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号４２〜６２および６５〜７０、上記の表５）よりも著しく低かった。特に、３６腺癌試料中１５試料にて、少なくとも５倍の下方制御が見られた。
【１３６３】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、下方制御５倍の閾値が、癌試料および正常試料の間で、Ｐ値４．２９ｅ−００４で、差を生じることが分かった。
【１３６４】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１３６５】
正常パネルについて−非検出試料（試料番号４２および４９、表２）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次に、図４５Ａに示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、結腸試料（試料番号４および５、上記の表２）の量の中間値で割り、結腸試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。次に、図４５Ｂに示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、肺試料（試料番号２６、２９、および３０、上記の表２）の量の中間値で割り、肺試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１３６６】
血液パネルについて−各ＲＴ試料の正規化された量を、腎臓正常試料（試料番号６５〜６７、上記の表１）の量の中間値で割り、腎臓正常試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１３６７】
この分析の結果を図４６のヒストグラムに示す。上述のＣ１ＯＲＦ３２転写産物の発現は、一つのリンパ腫試料（試料番号３３、表１）で高いが、正常脳試料でも高い。
【１３６８】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８‐１０ｓｅｇ１３Ｆ１（配列番号２３９）順方向プライマー；およびＨ１９０１１＿ｊｕｎｃ８‐１０ｓｅｇ１３Ｒ１（配列番号２４０）逆方向プライマー
【１３６９】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８‐１０ｓｅｇ１３Ｆ１Ｒ１（配列番号２４１）
【１３７０】
順方向プライマー＞Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８‐１０ｓｅｇ１３Ｆ１（配列番号２３９）
【１３７１】
ＴＧＴＧＧＡＧＡＴＴＡＴＧＣＣＡＧＡＧＴＧＧ
【１３７２】
逆方向プライマー＞Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８‐１０ｓｅｇ１３Ｒ１（配列番号２４０）
【１３７３】
ＧＡＣＡＴＴＴＣＴＣＴＣＧＡＴＣＧＣＴＣＴＧＴ
【１３７４】
アンプリコン＞Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ８‐１０ｓｅｇ１３Ｆ１Ｒ１（配列番号２４１）
【１３７５】
ＴＧＴＧＧＡＧＡＴＴＡＴＧＣＣＡＧＡＧＴＧＧＧＴＧＴＴＴＧＴＴＧＧＣＣＴＧＧＴＧＣＴＣＣＴＧＧＧＣＧＴＣＴＴＣＣＴＣＴＴＣＴＴＣＧＴＣＣＴＧＧＴＧＧＧＧＡＴＣＴＧＣＴＧＧＴＧＣＣＡＧＴＧＣＴＧＣＣＣＴＣＡＣＡＧＣＴＧＣＴＧＣＴＧＣＴＡＴＧＴＣＣＧＣＴＧＣＣＣＡＴＧＣＴＧＣＣＣＡＧＡＴＴＣＣＴＧＣＴＧＧＴＧＣＣＣＴＣＡＡＧＣＣＴＧＴＧＡＧＴＡＣＡＧＴＧＡＣＣＧＣＴＧＧＧＧＡＧＡＣＡＧＡＧＣＧＡＴＣＧＡＧＡＧＡＡＡＴＧＴＣ
【１３７６】
正常および癌性肺組織、並びに正常および癌性結腸組織中における、配列名Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ６‐１０（配列番号２４４）で示されるアンプリコンによって検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２、１番染色体オープンリーディングフレーム３２、Ｈ１９０１１転写産物の発現
【１３７７】
ｊｕｎｃ６‐１０‐Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ６‐１０Ｆ１Ｒ１（配列番号２４４）アンプリコン、並びにプライマーＨ１９０１１＿ｊｕｎｃ６‐１０Ｆ１（配列番号２４２）およびＨ１９０１１＿ｊｕｎｃ６‐１０Ｒ１（配列番号２４３）によって、またはこれらに従って検出可能である、Ｃ１ＯＲＦ３２転写産物の発現は、肺パネルおよび結腸パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表３および表５に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【１３７８】
肺パネル−次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５１〜６４、６９、および７０、上記の表３）の量の中間値で割った。次に、この比の逆数を算出し、正常試料の中間値に対して各試料が何倍下方制御されたかの値を得た。
【１３７９】
図４７は、正常試料と比較した癌性肺試料における上記で示したＣ１ＯＲＦ３２転写産物の下方制御を示すヒストグラムである。
【１３８０】
図４７から明らかなように、非小細胞癌試料、腺癌および扁平上皮癌において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５１〜６４、６９、および７０、上記の表３）よりも著しく低かった。特に、３９非小細胞癌試料中２３試料にて、とりわけ、１７腺癌試料中８試料および１６扁平上皮癌試料中１２試料にて、少なくとも５倍の下方制御が見られた。
【１３８１】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の、肺非小細胞癌、肺腺癌、および肺扁平上皮癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、それぞれ、１．１８ｅ−００３、２．８７ｅ−００２、および３．５５ｅ−００４としてＴテストで決めた。
【１３８２】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、下方制御５倍の閾値が、肺非小細胞癌、肺腺癌、および肺扁平上皮癌試料並びに正常試料の間で、それぞれ１．５９ｅ−００３、３．５４ｅ−００２、および４．７８ｅ−００４のＰ値で、差を生じることが分かった。
【１３８３】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１３８４】
結腸パネル−次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号４２〜７０、上記の表５）の量の中間値で割った。次に、この比の逆数を算出し、正常試料の中間値に対して各試料が何倍下方制御されたかの値を得た。
【１３８５】
図４８は、正常試料と比較した癌性結腸試料における上記で示したＣ１ＯＲＦ３２転写産物の下方制御を示すヒストグラムである。
【１３８６】
図４８から明らかなように、癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＣ１ＯＲＦ３２転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号４２〜７０、上記の表５）よりも著しく低かった。特に、５５腺癌試料中２３試料にて、少なくとも９倍の下方制御が見られた。
【１３８７】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。
【１３８８】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、下方制御９倍の閾値が、癌試料および正常試料の間で、Ｐ値７．３９ｅ−００６で、差を生じることが分かった。
【１３８９】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１３９０】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ６‐１０Ｆ１（配列番号２４２）順方向プライマー；およびＨ１９０１１＿ｊｕｎｃ６‐１０Ｒ１（配列番号２４３）逆方向プライマー
【１３９１】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ６‐１０Ｆ１Ｒ１（配列番号２４４）
【１３９２】
順方向プライマー＞Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ６‐１０Ｆ１（配列番号２４２）
【１３９３】
ＡＣＴＣＴＡＴＴＡＣＴＧＴＡＴＴＡＴＣＡＣＣＡＣＣＣＣＡＧ
【１３９４】
逆方向プライマー＞Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ６‐１０Ｒ１（配列番号２４３）
【１３９５】
ＣＣＡＡＣＡＡＡＣＡＣＣＣＡＣＴＣＣＡＡＣ
【１３９６】
アンプリコン＞Ｈ１９０１１＿ｊｕｎｃ６‐１０Ｆ１Ｒ１（配列番号２４４）
【１３９７】
ＡＣＴＣＴＡＴＴＡＣＴＧＴＡＴＴＡＴＣＡＣＣＡＣＣＣＣＡＧＡＴＧＡＣＣＴＧＧＡＧＧＧＧＡＡＡＡＡＴＧＡＧＧＧＣＴＣＡＣＴＧＧＧＡＣＴＧＣＴＧＧＴＧＴＴＧＧＡＧＴＧＧＧＴＧＴＴＴＧＴＴＧＧ
【１３９８】
実施例７：クラスターＲ３１３７５の説明
本発明は、特異的抗原ＦＸＹＤ３、並びに関連する診断薬およびそれに基づく治療薬に関する。
【１３９９】
本発明によると、クラスターＲ３１３７５（内部ＩＤ  ７２３６０３０１）は、１９個の対象転写産物および４個の対象切片を特色とし、これらの名称を、それぞれ表１０５および１０６に示した。選ばれたタンパク質変異体を表１０７に示す。
【１４００】
表１０５：対象転写産物
0005607530.tif 000200
【１４０１】
表１０６：対象切片
0005607530.tif 000201
【１４０２】
表１０７：対象タンパク質
0005607530.tif 000202
【１４０３】
これらの配列は、公知のタンパク質ＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送レギュレータ３前駆体（ＦＸＹＤ  ｄｏｍａｉｎ‐ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｉｏｎ  ｔｒａｎｓｐｏｒｔ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ３  ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ）（ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ受入番号ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）；塩素コンダクタンスインデューサータンパク質（Ｃｈｌｏｒｉｄｅ  ｃｏｎｄｕｃｔａｎｃｅ  ｉｎｄｕｃｅｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ）Ｍａｔ‐８；乳房腫瘍（Ｍａｍｍａｒｙ  ｔｕｍｏｒ）８ｋＤａタンパク質；ホスホレマン様（Ｐｈｏｓｐｈｏｌｅｍｍａｎ‐ｌｉｋｅ）、の別称でも知られる）の変異体であり、本明細書では既知タンパク質と呼ぶ。
【１４０４】
ＦＸＹＤ３は、マウス乳腺腫瘍中のｎｅｕまたはＨａ‐Ｒａｓ発癌遺伝子によって誘導される遺伝子群内で過去に識別され、Ｍａｔ‐８（乳房腫瘍、８ｋＤａ）と命名された（Ｍｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ  １９９５）。正常組織中では、ＦＸＹＤ３は、子宮、胃、結腸、および皮膚内で主に発現される（Ｍｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ  １９９５）。その発現は、ヒト原発性乳腺腫瘍、並びに前立腺癌および膵管腺癌中にて上昇することが発見された（Ｇｒｚｍｉｌ  ｅｔ  ａｌ  ２００４，  Ｋａｙｅｄ  ｅｔ  ａｌ  ２００６）。ｓｉＲＮＡによって前立腺癌細胞株中でその発現が特異的に阻害されることにより、細胞増殖における役割が示唆される（Ｇｒｚｍｉｌ  ｅｔ  ａｌ  ２００４）。
【１４０５】
ＦＸＹＤ３は、ＦＸＹＤファミリータンパク質に属する。このファミリーの７種類の公知のメンバーはすべて、ＦＸＹＤモチーフを含む６アミノ酸の共通する特徴をもつ低分子膜タンパク質である。ヒトＦＸＹＤ３を含むほとんどのＦＸＹＤタンパク質は、膜貫通ドメインおよび開裂性シグナルペプチドをもつタイプＩ膜タンパク質である。しかし、マウスＦＸＹＤ３のシグナルペプチドは開裂されず、このシグナルペプチドは、第２の膜貫通ドメインとして作用し得る（Ｃｒａｍｂｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ  ２００５，  Ｇｅｅｒｉｎｇ  ２００６）。ＦＸＹＤファミリーのその他のメンバーと同様に、ＦＸＹＤ３は、組織に特異的な方法で、Ｎａ／Ｋ‐ＡＴＰアーゼと相互作用し、その活性を調節する（Ｃｒａｍｂｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ  ２００５，  Ａｒｉｍｏｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ  ２００７，  Ｇｅｅｒｉｎｇ  ２００６）。
【１４０６】
ＦＸＹＤ３の２種類のスプライス変異体アイソフォームが過去に報告されている（Ｂｉｂｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ  ２００６）。これらは、膜貫通ドメイン後のフレーム挿入における２６のアミノ酸が異なり、細胞分裂の際に差次的発現される。さらに、両アイソフォーム共に、安定的にＮａ／Ｋ‐ＡＴＰアーゼと会合することができ、このＡＴＰアーゼの活性の制御において異なる機能的役割を担っている（Ｂｉｂｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ  ２００６）。
【１４０７】
さらに、国際公開第２００３１０１２８３号が、本発明と関連し得る。このＰＣＴ出願は、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）（本明細書にて報告する野生型ＦＸＹＤ３核酸コード配列）が、ヒト肺癌のための診断マーカーとして使用可能であるとするタンパク質配列をコードする差次的発現される核酸であることを開示すると主張している。
【１４０８】
さらに、国際公開第２００３００００１２号は、本明細書で開示するＲ３１３７５‐Ｐ０（野生型）に対応すると思われるタンパク質＃１２と称される、ヒト乳癌と関連するタンパク質を開示すると主張している。さらに、米国特許第７，１８９，５０７号は、遺伝子配列の長い表中に、Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）に対応すると思われるＭＡＴ８と称される遺伝子を開示している。この表は、この遺伝子が卵巣癌中で発現され得ることを示唆していると思われる。
【１４０９】
タンパク質ＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送制御因子３前駆体（配列番号７０）は、以下の機能をもつことが公知であるか、またはもつと考えられる：アフリカツメガエル（Ｘｅｎｏｐｕｓ）卵母細胞中で発現された場合に、過分極活性化塩素イオン流（ｈｙｐｅｒｐｏｌａｒｉｚａｔｉｏｎ‐ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｃｈｌｏｒｉｄｅ  ｃｕｒｒｅｎｔ）を誘発する。内在性卵母細胞チャネルを活性化する能力をもつ修飾因子であり得る。この配列に対する公知の多型を表１０８に示す。
【１４１０】
表１０８：公知のタンパク質に対するアミノ酸突然変異
0005607530.tif 000203
【１４１１】
タンパク質ＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送制御因子３前駆体（配列番号７０）の局在は、膜であり；膜を１回貫通するタイプＩ膜タンパク質（Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ）であると考えられる。
【１４１２】
以下のＧＯアノテーションが、既知のタンパク質に適用される。以下のアノテーションが発見された：塩素イオン輸送、これは生物的プロセスに関連するアノテーション；塩素イオンチャネル活性、これは分子機能に関連するアノテーション；および、細胞膜への一体化、これは細胞成分に関連するアノテーション。
【１４１３】
このＧＯ割り当て（ＧＯ  ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ）は、＜ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｓｐｒｏｔ／＞より利用可能であるＳｗｉｓｓＰｒｏｔ／ＴｒｅｍＢｌタンパク質知識ベース；または、＜ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｒｏｊｅｃｔｓ／ＬｏｃｕｓＬｉｎｋ／＞より利用可能であるＬｏｃｕｓｌｉｎｋ、の１若しくは２つ以上からの情報に基づいている。
【１４１４】
本発明によると、新規なＦＸＹＤ３スプライス変異体は、癌において過剰発現されると予想される膜結合タンパク質として識別された。ＦＸＹＤ３は、タイプＩ膜結合タンパク質であり（Ｂｉｂｅｒｔ  ｅｔ．  ａｌ  Ａｌ  ２００６）、本発明によると、このタンパク質の３種類の新規なスプライス変異体が提供される。本明細書においてＲ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）と称する新規なスプライス変異体は、その細胞外領域内に追加のインフレームエクソン（ｉｎ‐ｆｒａｍｅ  ｅｘｏｎ）をもつ。このエクソンの追加により、細胞外領域の長さが２９８アミノ酸分長くなり、これは、野生型タンパク質の１８アミノ酸という比較的短い細胞外ドメインに対して重要な意味を持つ追加である。本明細書においてＲ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）と称する新規なスプライス変異体は、ＦＸＹＤ３の膜近傍ドメイン内に追加のインフレームエクソンを有し、これは、細胞内領域に２６の新しいアミノ酸を追加する。本明細書においてＲ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）と称する新規なスプライス変異体は、野生型ＦＸＹＤ３の第３のコードエクソンがとばされており、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）と同様に、膜近傍ドメイン内に追加のインフレームエクソンをもつ。このことにより、外部ドメイン内における８個のアミノ酸の欠失が引き起こされる。
【１４１５】
本発明によると、ＦＸＹＤ３およびＲ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）は、卵巣癌内にて過剰発現されることが示された。
【１４１６】
上述のように、クラスターＲ３１３７５は、１９個の転写産物を特色とし、これらを上記の表１０５に示した。これらの転写産物は、タンパク質ＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送制御因子３前駆体（配列番号７０）の変異体であるタンパク質をコードする。本発明の各変異体タンパク質について説明する。
【１４１７】
本発明の変異体タンパク質Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）は、転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ０（配列番号５１）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１（配列番号５２）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１０（配列番号６１）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１１（配列番号６２）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１２（配列番号６３）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１３（配列番号６４）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２（配列番号５３）、Ｒ３１３７５＿Ｔ３（配列番号５４）、Ｒ３１３７５＿Ｔ４（配列番号５５）、Ｒ３１３７５＿Ｔ５（配列番号５６）、Ｒ３１３７５＿Ｔ６（配列番号５７）、Ｒ３１３７５＿Ｔ７（配列番号５８）、Ｒ３１３７５＿Ｔ８（配列番号５９）、およびＲ３１３７５＿Ｔ９（配列番号６０）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。
【１４１８】
変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよび他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１４１９】
また、変異体タンパク質Ｒ３１３７５＿Ｐ０（配列番号７０）は、表１０９に列挙される、次のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号７０）。）をもつ。
【１４２０】
表１０９：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000204
【１４２１】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ０（配列番号５１）のコーディング部は、ポジション４９１で始まり、ポジション７５１で終わる。また、転写産物は、表１１０に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４２２】
表１１０：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000205
【１４２３】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ１（配列番号５２）のコーディング部は、ポジション７９５で始まり、ポジション１０５５で終わる。また、転写産物は、表１１１に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４２４】
表１１１：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000206
【１４２５】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ１０（配列番号６１）のコーディング部は、ポジション１８２６で始まり、ポジション２０８６で終わる。また、転写産物は、表１１２に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４２６】
表１１２：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000207
【１４２７】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ１１（配列番号６２）のコーディング部は、ポジション６１３で始まり、ポジション８７３で終わる。また、転写産物は、表１１３に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４２８】
表１１３：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000208
【１４２９】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ１２（配列番号６３）のコーディング部は、ポジション７１１で始まり、ポジション９７１で終わる。また、転写産物は、表１１４に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４３０】
表１１４：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000209
【１４３１】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ１３（配列番号６４）のコーディング部は、ポジション１０１５で始まり、ポジション１２７５で終わる。また、転写産物は、表１１５に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４３２】
表１１５：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000210
【１４３３】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ２（配列番号５３）のコーディング部は、ポジション６７８で始まり、ポジション９３８で終わる。また、転写産物は、表１１６に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４３４】
表１１６：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000211
【１４３５】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ３（配列番号５４）のコーディング部は、ポジション５７２で始まり、ポジション８３２で終わる。また、転写産物は、表１１７に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４３６】
表１１７：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000212
【１４３７】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ４（配列番号５５）のコーディング部は、ポジション５７５で始まり、ポジション８３５で終わる。また、転写産物は、表１１８に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４３８】
表１１８：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000213
【１４３９】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ５（配列番号５６）のコーディング部は、ポジション６５６で始まり、ポジション９１６で終わる。また、転写産物は、表１１９に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４４０】
表１１９：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000214
【１４４１】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ６（配列番号５７）のコーディング部は、ポジション６９７で始まり、ポジション９５７で終わる。また、転写産物は、表１２０に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４４２】
表１２０：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000215
【１４４３】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ７（配列番号５８）のコーディング部は、ポジション２４７５で始まり、ポジション２７３５で終わる。また、転写産物は、表１２１に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４４４】
表１２１：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000216
【１４４５】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ８（配列番号５９）のコーディング部は、ポジション１３２９で始まり、ポジション１５８９で終わる。また、転写産物は、表１２２に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４４６】
表１２２：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000217
【１４４７】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ９（配列番号６０）のコーディング部は、ポジション２５８６で始まり、ポジション２８４６で終わる。また、転写産物は、表１２３に列挙される、次のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４４８】
表１２３：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000218
【１４４９】
本発明の変異体タンパク質Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）は、転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ１９（配列番号６５）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２５（配列番号６６）、およびＲ３１３７５＿Ｔ２６（配列番号６７）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。１以上の既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図４９Ａに示す。本発明の変異体タンパク質の、そのアラインメントされたタンパク質各々との関係についての簡単な説明は、次の通りである。
【１４５０】
１．Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）並びに公知のタンパク質ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ、ＮＰ＿００５９６２、およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）間の比較報告（図４９Ａ）
【１４５１】
Ａ．Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ、ＮＰ＿００５９６２、およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）のアミノ酸１〜３２に相当し、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）のアミノ酸１〜３２にも相当する、ＭＱＫＶＴＬＧＬＬＶＦＬＡＧＦＰＶＬＤＡＮＤＬＥＤＫＮＳＰＦＹＹに少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列と、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）のアミノ酸３３〜６１に相当する配列ＧＡＰＹＩＦＶＫＲＭＧＧＱＭＫＲＴＱＡＧＴＥＶＰＳＴＦＬＬ（配列番号２９４）をもつポリペプチドに、少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、および最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第２のアミノ酸配列と、公知のタンパク質ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ、ＮＰ＿００５９６２、およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）のアミノ酸３３〜８７に相当し、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）のアミノ酸６２〜１１６にも相当する、ＤＷＨＳＬＱＶＧＧＬＩＣＡＧＶＬＣＡＭＧＩＩＩＶＭＳＡＫＣＫＣＫＦＧＱＫＳＧＨＨＰＧＥＴＰＰＬＩＴＰＧＳＡＱＳに少なくとも９０％相同である第３のアミノ酸配列と、を含み、前記第１のアミノ酸配列、第２のアミノ酸配列、および第３のアミノ酸配列は、連続で、ここに記された順番であるポリペプチド。
【１４５２】
Ｂ．Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）の配列ＧＡＰＹＩＦＶＫＲＭＧＧＱＭＫＲＴＱＡＧＴＥＶＰＳＴＦＬＬ（配列番号２９４）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【１４５３】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１４５４】
また、変異体タンパク質Ｒ３１３７５＿Ｐ１４（配列番号７２）は、表１２４に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号７２）。）
【１４５５】
表１２４：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000219
【１４５６】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ１９（配列番号６５）のコーディング部は、ポジション４９１で始まり、ポジション８３８で終わる。また、この転写産物は、表１２５に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４５７】
表１２５：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000220
【１４５８】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ２５（配列番号６６）のコーディング部は、ポジション５７５で始まり、ポジション９２２で終わる。また、この転写産物は、表１２６に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４５９】
表１２６：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000221
【１４６０】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ２６（配列番号６７）のコーディング部は、ポジション１４４３で始まり、ポジション１７９０で終わる。また、この転写産物は、表１２７に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４６１】
表１２７：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000222
【１４６２】
本発明の変異体タンパク質Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）は、転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ２９（配列番号６８）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。１以上の既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図４９Ｂおよび４９Ｃに示す。本発明の変異体タンパク質とそのアラインメントされたタンパク質の各々との関係についての簡単な説明は以下の通りである：
【１４６３】
１．Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）並びに公知のタンパク質ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ、ＮＰ＿００５９６２、およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）間の比較報告（図４９Ｂ）：
【１４６４】
Ａ．Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ、ＮＰ＿００５９６２、およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）のアミノ酸１〜５８に相当し、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）のアミノ酸１〜５８にも相当するＭＱＫＶＴＬＧＬＬＶＦＬＡＧＦＰＶＬＤＡＮＤＬＥＤＫＮＳＰＦＹＹＤＷＨＳＬＱＶＧＧＬＩＣＡＧＶＬＣＡＭＧＩＩＩＶＭＳに対して少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列と、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）のアミノ酸５９〜８４に相当する配列ＥＷＲＳＳＧＥＱＡＧＲＧＷＧＳＰＰＬＴＴＱＬＳＰＴＧ（配列番号２９５）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第２のアミノ酸配列と、公知のタンパク質ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ、ＮＰ＿００５９６２、およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）のアミノ酸５９〜７０に相当し、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）のアミノ酸８５〜９６にも相当するＡＫＣＫＣＫＦＧＱＫＳＧに対して少なくとも９０％相同である第３のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列、第２のアミノ酸配列、および第３のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１４６５】
Ｂ．Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）の配列ＥＷＲＳＳＧＥＱＡＧＲＧＷＧＳＰＰＬＴＴＱＬＳＰＴＧ（配列番号２９５）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【１４６６】
２．Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）および公知のタンパク質ＮＰ＿０６８７１０（配列番号７１）間の比較報告（図４９Ｃ）：
【１４６７】
Ａ．Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＮＰ＿０６８７１０（配列番号７１）のアミノ酸１〜９６に相当し、Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）のアミノ酸１〜９６にも相当するＭＱＫＶＴＬＧＬＬＶＦＬＡＧＦＰＶＬＤＡＮＤＬＥＤＫＮＳＰＦＹＹＤＷＨＳＬＱＶＧＧＬＩＣＡＧＶＬＣＡＭＧＩＩＩＶＭＳＥＷＲＳＳＧＥＱＡＧＲＧＷＧＳＰＰＬＴＴＱＬＳＰＴＧＡＫＣＫＣＫＦＧＱＫＳＧに対して少なくとも９０％相同であるアミノ酸配列を含み、ここで、前記の第１のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１４６８】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：膜。
【１４６９】
また、変異体タンパク質Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）は、表１２８に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号７３）。）
【１４７０】
表１２８：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000223
【１４７１】
変異体タンパク質Ｒ３１３７５＿Ｐ３１（配列番号７３）は、転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ２９（配列番号６８）によってコードされ、そのコーディング部は、ポジション４９１で始まり、ポジション７７８で終わる。また、この転写産物は、表１２９に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４７２】
表１２９：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000224
【１４７３】
本発明の変異体タンパク質Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）は、転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ３９（配列番号６９）によってコードされるアミノ酸配列をもつ。１以上の既刊のタンパク質配列に対するアラインメントを図４９Ｄおよび４９Ｅに示す。本発明の変異体タンパク質とそのアラインメントされたタンパク質の各々との関係についての簡単な説明は以下の通りである：
【１４７４】
１．Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）並びに公知のタンパク質ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ、ＮＰ＿００５９６２、およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）間の比較報告（図４９Ｄ）：
【１４７５】
Ａ．Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ、ＮＰ＿００５９６２、およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）のアミノ酸１〜２４に相当し、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）のアミノ酸１〜２４にも相当するＭＱＫＶＴＬＧＬＬＶＦＬＡＧＦＰＶＬＤＡＮＤＬＥに対して少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列と、公知のタンパク質ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ、ＮＰ＿００５９６２、およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）のアミノ酸３３〜５８に相当し、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）のアミノ酸２５〜５０にも相当するＤＷＨＳＬＱＶＧＧＬＩＣＡＧＶＬＣＡＭＧＩＩＩＶＭＳに対して少なくとも９０％相同である第２のアミノ酸配列と、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）のアミノ酸５１〜７６に相当する配列ＥＷＲＳＳＧＥＱＡＧＲＧＷＧＳＰＰＬＴＴＱＬＳＰＴＧ（配列番号２９５）をもつポリペプチドに対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、そして最も好ましくは少なくとも９５、９６、９７、９８、または９９％相同である第３のアミノ酸配列と、公知のタンパク質ＦＸＹＤ３＿ＨＵＭＡＮ、ＮＰ＿００５９６２、およびＱ６ＩＢ５９＿ＨＵＭＡＮ（配列番号７０）のアミノ酸５９〜７０に相当し、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）のアミノ酸７７〜８８にも相当するＡＫＣＫＣＫＦＧＱＫＳＧに対して少なくとも９０％相同である第４のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列、第２のアミノ酸配列、第３のアミノ酸配列、および第４のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１４７６】
Ｂ．Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の端部をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、長さ「ｎ」をもつポリペプチドを含み、ここで、ｎが、少なくとも長さ約１０アミノ酸、任意選択で少なくとも長さ約２０アミノ酸、好ましくは少なくとも長さ約３０アミノ酸、より好ましくは少なくとも長さ約４０アミノ酸、そして最も好ましくは少なくとも長さ約５０アミノ酸であり、ここで、少なくとも２個のアミノ酸がＥＤを含み、以下の構造：２４−ｘから２４までのいずれかのアミノ酸番号から始まり、２５＋（（ｎ−２）−ｘ）のいずれかのアミノ酸番号で終わる（ここで、ｘは０からｎ−２まで変動する）配列、をもつ、キメラポリペプチド。
【１４７７】
Ｃ．Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の端部をコードする単離されたポリペプチドであって、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の配列ＥＷＲＳＳＧＥＱＡＧＲＧＷＧＳＰＰＬＴＴＱＬＳＰＴＧ（配列番号２９５）に対して少なくとも７０％、任意選択で少なくとも約８０％、好ましくは少なくとも約８５％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５、９６、９７、９８、または９９％相同であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【１４７８】
２．Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）および公知のタンパク質ＮＰ＿０６８７１０（配列番号７１）間の比較報告（図４９Ｅ）：
【１４７９】
Ａ．Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、公知のタンパク質ＮＰ＿０６８７１０（配列番号７１）のアミノ酸１〜２４に相当し、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）のアミノ酸１〜２４にも相当するＭＱＫＶＴＬＧＬＬＶＦＬＡＧＦＰＶＬＤＡＮＤＬＥに対して少なくとも９０％相同である第１のアミノ酸配列と、公知のタンパク質ＮＰ＿０６８７１０（配列番号７１）のアミノ酸３３〜９６に相当し、Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）のアミノ酸２５〜８８にも相当するＤＷＨＳＬＱＶＧＧＬＩＣＡＧＶＬＣＡＭＧＩＩＩＶＭＳＥＷＲＳＳＧＥＱＡＧＲＧＷＧＳＰＰＬＴＴＱＬＳＰＴＧＡＫＣＫＣＫＦＧＱＫＳＧに対して少なくとも９０％相同である第２のアミノ酸配列と、を含み、ここで、前記第１のアミノ酸配列および第２のアミノ酸配列は、連続で、この記された順番である、キメラポリペプチド。
【１４８０】
Ｂ．Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）の端部をコードする単離されたキメラポリペプチドであって、長さ「ｎ」をもつポリペプチドを含み、ここで、ｎが、少なくとも長さ約１０アミノ酸、任意選択で少なくとも長さ約２０アミノ酸、好ましくは少なくとも長さ約３０アミノ酸、より好ましくは少なくとも長さ約４０アミノ酸、そして最も好ましくは少なくとも長さ約５０アミノ酸であり、ここで、少なくとも２個のアミノ酸がＥＤを含み、以下の構造：２４−ｘから２４までのいずれかのアミノ酸番号から始まり、２５＋（（ｎ−２）−ｘ）のいずれかのアミノ酸番号で終わる（ここで、ｘは０からｎ−２まで変動する）配列、をもつ、キメラポリペプチド。
【１４８１】
この変異体タンパク質の局在を、ＳｉｇｎａｌＰおよびその他の特別のプログラムによる解析を含む、数多くの様々なソフトウェアプログラムおよび解析による結果に従って決定した。細胞に関して、この変異体タンパク質は、次に局在していると考えられる：分泌。
【１４８２】
また、変異体タンパク質Ｒ３１３７５＿Ｐ３３（配列番号７４）は、表１３０に列挙される以下のノンサイレントＳＮＰ（一塩基多型）をもつ。（アミノ酸配列上のポジションに照らして、代替アミノ酸を列挙した（配列番号７４）。）
【１４８３】
表１３０：アミノ酸突然変異
0005607530.tif 000225
【１４８４】
転写産物Ｒ３１３７５＿Ｔ３９（配列番号６９）のコーディング部は、ポジション４９１で始まり、ポジション７５４で終わる。また、この転写産物は、表１３１に列挙される以下のＳＮＰをもつ。（ヌクレオチド配列上のポジションに照らして、代替核酸を列挙した。）
【１４８５】
表１３１：核酸ＳＮＰ
0005607530.tif 000226
【１４８６】
本発明の任意選択の実施形態によると、上記のクラスターに関連する短い切片も、また提供される。これらの切片は、約１２０ｂｐまでの長さであり、別の明細書に含まれる。
【１４８７】
本発明の切片クラスターＲ３１３７５＿Ｎ３０（配列番号１３４）は、７個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：Ｒ３１３７５＿Ｔ１９（配列番号６５）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２５（配列番号６６）、およびＲ３１３７５＿Ｔ２６（配列番号６７）。下記の表１３２は、各転写産物上におけるこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１４８８】
表１３２：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000227
【１４８９】
本発明の切片クラスターＲ３１３７５＿Ｎ３３（配列番号１３５）は、２７８個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：Ｒ３１３７５＿Ｔ０（配列番号５１）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１（配列番号５２）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１０（配列番号６１）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１１（配列番号６２）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１２（配列番号６３）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１３（配列番号６４）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１９（配列番号６５）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２（配列番号５３）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２５（配列番号６６）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２６（配列番号６７）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２９（配列番号６８）、Ｒ３１３７５＿Ｔ３（配列番号５４）、Ｒ３１３７５＿Ｔ３９（配列番号６９）、Ｒ３１３７５＿Ｔ４（配列番号５５）、Ｒ３１３７５＿Ｔ５（配列番号５６）、Ｒ３１３７５＿Ｔ６（配列番号５７）、Ｒ３１３７５＿Ｔ７（配列番号５８）、Ｒ３１３７５＿Ｔ８（配列番号５９）、およびＲ３１３７５＿Ｔ９（配列番号６０）。下記の表１３３は、各転写産物上におけるこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１４９０】
表１３３：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000228
【１４９１】
本発明の切片クラスターＲ３１３７５＿Ｎ３４（配列番号１３６）は、２７５個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：Ｒ３１３７５＿Ｔ０（配列番号５１）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１（配列番号５２）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１０（配列番号６１）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１１（配列番号６２）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１２（配列番号６３）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１３（配列番号６４）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１９（配列番号６５）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２（配列番号５３）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２５（配列番号６６）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２６（配列番号６７）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２９（配列番号６８）、Ｒ３１３７５＿Ｔ３（配列番号５４）、Ｒ３１３７５＿Ｔ３９（配列番号６９）、Ｒ３１３７５＿Ｔ４（配列番号５５）、Ｒ３１３７５＿Ｔ５（配列番号５６）、Ｒ３１３７５＿Ｔ６（配列番号５７）、Ｒ３１３７５＿Ｔ７（配列番号５８）、Ｒ３１３７５＿Ｔ８（配列番号５９）、およびＲ３１３７５＿Ｔ９（配列番号６０）。下記の表１３４は、各転写産物上におけるこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１４９２】
表１３４：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000229
【１４９３】
本発明の切片クラスターＲ３１３７５＿Ｎ３７（配列番号１３７）は、２５４個のライブラリーによってサポートされる。ライブラリーの数は、前述のようにして決定された。この切片は、以下の転写産物に見られる：Ｒ３１３７５＿Ｔ０（配列番号５１）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１（配列番号５２）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１０（配列番号６１）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１１（配列番号６２）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１２（配列番号６３）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１３（配列番号６４）、Ｒ３１３７５＿Ｔ１９（配列番号６５）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２（配列番号５３）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２５（配列番号６６）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２６（配列番号６７）、Ｒ３１３７５＿Ｔ２９（配列番号６８）、Ｒ３１３７５＿Ｔ３（配列番号５４）、Ｒ３１３７５＿Ｔ３９（配列番号６９）、Ｒ３１３７５＿Ｔ４（配列番号５５）、Ｒ３１３７５＿Ｔ５（配列番号５６）、Ｒ３１３７５＿Ｔ６（配列番号５７）、Ｒ３１３７５＿Ｔ７（配列番号５８）、Ｒ３１３７５＿Ｔ８（配列番号５９）、およびＲ３１３７５＿Ｔ９（配列番号６０）。下記の表１３５は、各転写産物上におけるこの切片の開始および終止ポジションを記す。
【１４９４】
表１３５：転写産物上における切片の位置
0005607530.tif 000230
【１４９５】
正常および癌性卵巣組織、並びに異なる正常組織における、配列名Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０‐３３（配列番号２４７）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３  Ｒ３１３７５転写産物の発現
【１４９６】
ｊｕｎｃ３０‐３３−Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０‐３３（配列番号２４７）アンプリコン、並びにプライマーＲ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０‐３３Ｆ１（配列番号２４５）およびＲ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０‐３３Ｒ１（配列番号２４６）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３転写産物の発現は、卵巣パネルおよび正常パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表４および表２に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【１４９７】
卵巣パネル−非検出試料（試料番号３３および５３、表４）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５２〜７８、上記の表４）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【１４９８】
図５０は、正常試料と比較した癌性卵巣試料における上記で示したＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３転写産物の過剰発現を示すヒストグラムである。
【１４９９】
図５０から明らかなように、腺癌試料、特に、粘液性癌試料および類内膜癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５２〜７８、上記の表４）よりも著しく高かった。特に、３７腺癌試料中１３試料、とりわけ、９粘液性癌試料中７試料および１０類内膜癌試料中４試料にて、少なくとも１８倍の過剰発現が見られた。
【１５００】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能であるＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３転写産物の、卵巣腺癌試料、粘液性癌試料、および類内膜癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、それぞれ、９．７５ｅ−００４、１．９２ｅ−００２、および１．５５ｅ−００２としてＴテストで決めた。
【１５０１】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現１８倍の閾値が、腺癌、粘液性癌試料、および類内膜癌試料並びに正常試料の間で、それぞれ、２．７１ｅ−００４、４．３１ｅ−００６、および３．１８ｅ−００３のＰ値で、差を生じることが分かった。
【１５０２】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１５０３】
正常パネル−非検出試料（試料番号５０および５４、表２）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次に、図５１に示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、卵巣試料（試料番号３１〜３４、上記の表２）の量の中間値で割り、卵巣試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１５０４】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０‐３３Ｆ１（配列番号２４５）順方向プライマー；およびＲ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０‐３３Ｒ１（配列番号２４６）逆方向プライマー
【１５０５】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０‐３３（配列番号２４７）
【１５０６】
順方向プライマー＞Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０‐３３Ｆ１（配列番号２４５）：ＧＴＧＣＴＣＣＡＴＡＴＡＴＡＴＴＴＧＴＣＡＡＧＡＧＡＡＴＧ
【１５０７】
逆方向プライマー＞Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０‐３３Ｒ１（配列番号２４６）：ＧＧＡＧＧＣＴＧＴＧＣＣＡＧＴＣＴＡＧＧ
【１５０８】
アンプリコン＞Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ３０‐３３（配列番号２４７）：ＧＴＧＣＴＣＣＡＴＡＴＡＴＡＴＴＴＧＴＣＡＡＧＡＧＡＡＴＧＧＧＧＧＧＡＣＡＧＡＴＧＡＡＧＡＧＧＡＣＡＣＡＧＧＣＴＧＧＣＡＣＴＧＡＧＧＴＣＣＣＣＴＣＣＡＣＴＴＴＣＣＴＣＣＴＡＧＡＣＴＧＧＣＡＣＡＧＣＣＴＣＣ
【１５０９】
正常および癌性卵巣組織、並びに異なる正常組織における、配列名Ｒ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４‐３７（配列番号２５０）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３  Ｒ３１３７５転写産物の発現
【１５１０】
ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４‐３７‐Ｒ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４‐３７（配列番号２５０）アンプリコン、並びにプライマーＲ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４‐３７Ｆ１（配列番号２４８）およびＲ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４‐３７Ｒ１（配列番号２４９）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３転写産物の発現は、卵巣パネルおよび正常パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表４および表２に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【１５１１】
卵巣パネル−非検出試料（試料番号５２、６１、および７０、表４）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５２〜７８、上記の表４）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【１５１２】
図５２は、正常試料と比較した癌性卵巣試料における上記で示したＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３転写産物の過剰発現を示すヒストグラムである。
【１５１３】
図５２から明らかなように、腺癌試料、漿液性癌、粘液性癌、および類内膜癌において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５２〜７８、上記の表４）よりも著しく高かった。特に、３７腺癌試料中２０試料、とりわけ、１８漿液性癌試料中７試料、９粘液性癌試料中８試料、および１０類内膜癌試料中５試料にて、少なくとも８５倍の過剰発現が見られた。
【１５１４】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能であるＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３転写産物の、卵巣腺癌試料、漿液性癌試料、粘液性癌試料、および類内膜癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、それぞれ、１．６１ｅ−００４、５．４０ｅ−００３、１．４９ｅ−００２、および９．０８ｅ−００３としてＴテストで決めた。
【１５１５】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現８５倍の閾値が、腺癌、漿液性癌、粘液性癌、および類内膜癌、並びに正常試料の間で、それぞれ、８．１１ｅ−００７、７．０１ｅ−００４、２．９７ｅ−００７、および５．７８ｅ−００４のＰ値で、差を生じることが分かった。
【１５１６】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１５１７】
正常パネル−次に、図５３に示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、卵巣試料（試料番号３１〜３４、上記の表２）の量の中間値で割り、卵巣試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１５１８】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｒ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４‐３７Ｆ１（配列番号２４８）順方向プライマー；およびＲ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４‐３７Ｒ１（配列番号２４９）逆方向プライマー
【１５１９】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｒ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４‐３７（配列番号２５０）
【１５２０】
順方向プライマー＞Ｒ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４‐３７Ｆ１（配列番号２４８）
【１５２１】
ＡＣＴＧＧＣＡＣＡＧＣＣＴＣＣＡＧＧ
【１５２２】
逆方向プライマー＞Ｒ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４‐３７Ｒ１（配列番号２４９）
【１５２３】
ＣＡＴＴＴＧＣＡＴＴＴＴＧＣＡＣＴＣＡＴＧ
【１５２４】
アンプリコン＞Ｒ３１３７５＿ｓｅｇ３３ｊｕｎｃ３４‐３７（配列番号２５０）
【１５２５】
ＡＣＴＧＧＣＡＣＡＧＣＣＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＧＧＣＴＣＡＴＣＴＧＣＧＣＴＧＧＧＧＴＴＣＴＧＴＧＣＧＣＣＡＴＧＧＧＣＡＴＣＡＴＣＡＴＣＧＴＣＡＴＧＡＧＴＧＣＡＡＡＡＴＧＣＡＡＡＴＧ
【１５２６】
正常および癌性卵巣組織、並びに異なる正常組織における、配列名Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０‐２２ｓｅｇ３０Ｆ６Ｒ６（配列番号２５３）で示されるアンプリコンによって検出可能である、ＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３  Ｒ３１３７５転写産物の発現
【１５２７】
ｊｕｎｃ２０‐２２ｓｅｇ３０‐Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０‐２２ｓｅｇ３０Ｆ６Ｒ６（配列番号２５３）アンプリコン、並びにプライマーＲ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０‐２２ｓｅｇ３０Ｆ６（配列番号２５１）およびＲ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０‐２２ｓｅｇ３０Ｒ６（配列番号２５２）によって、またはこれらに従って検出可能である、ＦＸＹＤ３領域含有イオン輸送制御因子３転写産物の発現は、卵巣パネルおよび正常パネルでリアルタイムＰＣＲによって測定した。用いた試料については、それぞれ上記の表４および表２に詳細を示す。各ＲＴ試料について、上記のアンプリコンの発現を、実施例１で述べた数種のハウスキーピング遺伝子の発現から算出した正規化因数に対して正規化した。
【１５２８】
卵巣パネルについて−非検出試料（試料番号２、６、９、１２、１５、１９、２１、２４、３２、３４、３８、４５、５３、５６〜５９、６２、６３、６５〜６７、および７２〜７８、表４）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次に、各ＲＴ試料の正規化された量を、正常試料（試料番号５２、５３、５６〜５９、６２、６３、６５〜６７、および７２〜７８、上記の表４）の量の中間値で割り、正常試料の中間値に対して各試料が何倍亢進したかの値を得た。
【１５２９】
図５４は、正常試料と比較した癌性卵巣試料における上記で示したＦＸＹＤ３転写産物の過剰発現を示すヒストグラムである。
【１５３０】
図５４から明らかなように、腺癌試料、漿液性癌試料、粘液性癌試料、および類内膜癌試料において、上記のアンプリコンによって検出可能であるＦＸＹＤ３転写産物の発現は、非癌性試料（試料番号５２、５３、５６〜５９、６２、６３、６５〜６７、および７２〜７８、上記の表４）よりも著しく高かった。特に、３３腺癌試料中２１試料、１６漿液性癌試料中１０試料、８粘液性癌試料中５試料、および９類内膜癌試料中６試料にて、少なくとも１４倍の過剰発現が見られた。
【１５３１】
下記のように、統計解析を利用して、これら結果の有意性を検証した。上記のアンプリコンによって検出可能であるＦＸＹＤ３転写産物の、卵巣腺癌試料における発現レベルの正常組織試料に対する差のＰ値を、３．７８ｅ−００３としてＴテストで決めた。
【１５３２】
フィッシャーの正確確率検定でチェックしたところ、過剰発現１４倍の閾値が、腺癌、漿液性癌、粘液性癌、および類内膜癌、並びに正常試料の間で、それぞれ、４．２１ｅ−００５、５．１７ｅ−００４、４．４６ｅ−００３、および１．７３ｅ−００３のＰ値で、差を生じることが分かった。
【１５３３】
上記の値は、この結果が統計的に有意であることを示すものである。
【１５３４】
正常パネル−非検出試料（試料番号１、１０、１１、１４、１７、２５、２９、３１〜３４、３８、３９、４６、４７、４９〜５４、５７、５８、６１〜６５、６８、６９、および７３、表２）を、Ｃｔ値４１とし、それに合わせて計算した。次に、図５５に示すように、各ＲＴ試料の正規化された量を、卵巣試料（試料番号３１〜３４、上記の表２）の量の中間値で割り、卵巣試料の中間値に対する各試料の相対的発現の値を得た。
【１５３５】
また、プライマー対は、任意選択でおよび好ましくは、本発明の範囲内に含まれる。例えば、上の実験では、適当なプライマー対の非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のプライマー対を用いた：Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０‐２２ｓｅｇ３０Ｆ６（配列番号２５１）順方向プライマー；およびＲ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０‐２２ｓｅｇ３０Ｒ６（配列番号２５２）逆方向プライマー
【１５３６】
また、本発明は、好ましくは、任意の適当なプライマー対の使用を通して得られる任意のアンプリコンを含む。例えば、上の実験では、適当なアンプリコンの非限定的な説明に役立つほんの一例として、次のアンプリコンを得た：Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０‐２２ｓｅｇ３０Ｆ６Ｒ６（配列番号２５３）
【１５３７】
順方向プライマー＞Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０‐２２ｓｅｇ３０Ｆ６（配列番号２５１）
【１５３８】
ＴＴＧＴＧＴＴＣＣＴＧＧＣＡＧＧＣＴＴＴ
【１５３９】
逆方向プライマー＞Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０‐２２ｓｅｇ３０Ｒ６（配列番号２５２）
【１５４０】
ＴＣＡＴＣＴＧＴＣＣＣＣＣＣＡＴＴＣＴＣ
【１５４１】
アンプリコン＞Ｒ３１３７５＿ｊｕｎｃ２０‐２２ｓｅｇ３０Ｆ６Ｒ６（配列番号２５３）
【１５４２】
ＴＴＧＴＧＴＴＣＣＴＧＧＣＡＧＧＣＴＴＴＣＣＴＧＴＣＣＴＧＧＡＣＧＣＣＡＡＴＧＡＣＣＴＡＧＡＡＧＡＴＡＡＡＡＡＣＡＧＴＣＣＴＴＴＣＴＡＣＴＡＴＧＧＴＧＣＴＣＣＡＴＡＴＡＴＡＴＴＴＧＴＣＡＡＧＡＧＡＡＴＧＧＧＧＧＧＡＣＡＧＡＴＧＡ
【１５４３】
実施例８：ＥＧＦＰに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３をコードする完全長転写産物のクローン化
ＥＧＦＰに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３をコードする完全長転写産物のクローン化を、以下で述べるようにして行った。
【１５４４】
まず、ＥＧＦＰ発現ベクターを構築し、次に、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）をクローン化した。以下のように、ＥＧＦＰをｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  カタログ番号６３１６１９）へサブクローン化した：ＥＧＦＰ‐Ｎ１ベクター（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  カタログ番号６０８５‐１）をＮｈｅＩおよびＮｏｔＩで消化してＥＧＦＰ遺伝子を切除した。次に、ＥＧＦＰインサートを、同一の酵素であらかじめ消化しておいたｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ  カタログ番号６３１６１９）の中へ連結させ、ＥＧＦＰ‐ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３ベクターを得た。
【１５４５】
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）のクローン化を、以下の工程を用いて行った：
【１５４６】
１．逆転写反応を以下のようにして実施した：精製ＲＮＡ１０μｇを、１５０ｎｇのランダムヘキサマープライマー（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，カールズバッド，カリフォルニア州，米国、カタログ番号：４８１９０‐０１１）および５００μＭのｄＮＴＰと混合し、全容量を１５６μｌとした。この混合物を、６５℃で５分間インキュベートし、次に、氷上で急冷した。その後、５０μｌの５Ｘ  ＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔＩＩ  ｆｉｒｓｔ  ｓｔｒａｎｄバッファー（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログ番号：１８０６４‐０１４、品番：Ｙ００１４６）、２４μｌの０．１Ｍ  ＤＴＴ、および４００単位のＲＮａｓｉｎ（Ｐｒｏｍｅｇａ，ミルウォーキー，ウィスコンシン州（ＷＳ），米国、カタログ番号：Ｎ２５１１）を加え、この混合物を、２５℃で１０分間インキュベートし、さらに４２℃で２分間インキュベートした。その後、１０μｌ（２０００単位）のＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔＩＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログ番号：１８０６４‐０１４）を加え、この反応液（最終容量２５０μｌ）を４２℃で５０分間、次いで７０℃で１５分間インキュベートした。得られたｃＤＮＡを、ＴＥバッファー（１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ  ｐＨ８）を用い、１：２０で希釈した。
【１５４７】
２．ＰＣＲは、Ｐｌａｔｉｎｕｍ  ＰＦＸ（商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，カールズバッド，カリフォルニア州，米国、カタログ番号：１１７８‐０２１）を用いて以下の条件下にて行った：５μｌ  Ｐｌａｔｉｎｕｍ  ＰＦＸ  １０ｘバッファー；５μｌ−上記からのｃＤＮＡ；２μｌ−１０ｍＭのｄＮＴＰ（２．５ｍＭの各ヌクレオチド）；０．５μｌ−Ｐｌａｔｉｎｕｍ  ＰＦＸ酵素；３７μｌ−Ｈ２Ｏ；および、全反応液容量５０μｌ中１．５μｌ−の各プライマー（１５μＭ）；反応プログラムは、９５℃で５分間；９４℃で３０秒間、５５℃で３０秒間、６８℃で５０秒間の３５サイクル；その後６８℃で１０分間。用いたプライマーは、以下の表１３６に列挙されるように、所望されるタンパク質および制限酵素部位の座標に相当する遺伝子特異的配列、並びにコザック配列を含む。表１３６中、太字は特異的遺伝子配列を表し、一方、クローン化の目的で利用される制限部位の範囲は斜字体であり、コザック配列は下線部分である。
【１５４８】
表１３６は、ＯＲＦ標的のクローン化工程を示す。例えば、ＦＸＹＤ３＿Ｔ２５＿Ｐ１４およびＶＳＩＧ１＿Ｔ６＿Ｐ５は、工程１における完全長の２個のオーバーラップ断片のＰＣＲ増幅、およびこれに続く、工程１からの両ＰＣＲ断片を完全長の作製のためのテンプレートとして用いた工程２におけるさらなるＰＣＲ、によってクローン化した。ＶＳＩＧ１＿Ｔ５＿Ｐ４は、工程１で作製された両ＰＣＲ断片を消化および直接の連結に用いてクローン化し、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ１＿Ｐ１は、工程１からの作製されたＰＣＲ産物にネステッドＰＣＲを施してクローン化した。番号１、４、５、８、９、１０、１１、１２、１５、１６、および１７（表１３６）の産物５μｌを、臭化エチジウムで染色した１％アガロースゲル上へ充填し、１００Ｖにて１ｘＴＢＥ溶液中で電気泳動を施し、ＵＶ光線を用いて可視化した。予測されたサイズのバンドの確認後、残ったＰＣＲ産物を、Ｑｉａｑｕｉｃｋ  ＰＣＲ精製キット（Ｑｉａｇｅｎ（商標）、バレンシア，カリフォルニア州，米国、カタログ番号２８１０６）を用いて処理し、ＤＮＡ精製を行った。表１３６に列挙されるように、抽出されたＰＣＲ産物を、適切な制限酵素（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，ベバリー，マサチューセッツ州，米国）で消化した。消化後、上述のようにしてＤＮＡを１％アガロースゲル上へ充填した。予測されたバンドサイズを切除し、ＱｉａＱｕｉｃｋ（商標）ゲル抽出キット（Ｑｉａｇｅｎ、カタログ番号：２８７０７）を用いてゲルからの抽出を行った。
【１５４９】
ＬｉｇａＦａｓｔ（商標）  Ｒａｐｉｄ  ＤＮＡ  Ｌｉｇａｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｐｒｏｍｅｇａ、カタログ番号：Ｍ８２２１）を用いて、消化された標的のＯＲＦ  ＤＮＡを、ＥＧＦＰ＿ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３ベクターへ連結させた。得られたＤＮＡを、製造元の説明書に従って、コンピテントな大腸菌ＤＨ５α（ＲＢＣ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，台北，台湾、カタログ番号：ＲＨ８１６）に形質転換し、次に、リコンビナントプラスミドの選別のためにＬＢ‐アンピシリン寒天プレート上へ播種し、３７℃で一晩インキュベートした。
【１５５０】
翌日、選択プレート上に成長した各形質転換からの多数のコロニーを採取し、別の選択プレート上への画線状の播種、およびＧｏＴａｑ  ＲｅａｄｙＭｉｘ（Ｐｒｏｍｅｇａ、カタログ番号：Ｍ７１２２）を用いたＰＣＲによるさらなる分析を行った。ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３ベクター特異的プライマーおよび遺伝子特異的プライマーを用いたＰＣＲにより、スクリーニングポジティブクローン（ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ  ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｃｌｏｎｅｓ）を実施した（データ示さず）。すべてのＰＣＲサイクルの完了後、反応物の半分を、上述のように１％アガロースゲルを用いて分析した。予測されたサイズバンドの確認後、各連結反応物からの２個の陽性コロニーを、１００μｇ／ｍｌのアンピシリンが添加された５ｍｌのテリフィックブロス（Ｔｅｒｒｉｆｉｃ  Ｂｒｏｔｈ）中、３７℃にて一晩振とうして成長させた。プラスミドＤＮＡを、Ｑｉａｐｒｅｐ（商標）Ｓｐｉｎ  Ｍｉｎｉｐｒｅｐ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ、カタログ番号：２７１０６）を用いて、細菌培養物から単離した。クローン化の正確性は、インサートの配列決定によって確認した（Ｗｅｉｚｍａｎｎ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，レホヴォト，イスラエル）。エラーのないコロニー（すなわち、ＯＲＦ中に突然変異が存在しない）の確認後、組換えプラスミドをさらなる分析のために処理した。
【１５５１】
ＥＧＦＰに融合した、得られたＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３完全長のＤＮＡ配列を図５６Ａ〜Ｊに示す。図５６Ａ〜Ｊでは、標的の完全長配列に対応する遺伝子特異的配列を太字で表記し、ＥＧＦＰ配列は太字ではない斜字体であり、公知のＳＮＰ／サイレンス変異（ｓｉｌｅｎｃｅ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ）には下線を施した。図５６Ａは、ＦＸＹＤ３＿Ｔ０＿Ｐ０＿ＥＧＦＰのＤＮＡ配列（９９６ｂｐ）（配列番号７７）を示し；図５６Ｂは、ＦＸＹＤ３＿Ｔ２５＿Ｐ１４＿ＥＧＦＰのＤＮＡ配列（１０８３ｂｐ）（配列番号７８）を示し；図５６Ｃは、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０＿Ｐ０＿ＥＧＦＰのＤＮＡ配列（１３７１ｂｐ）（配列番号７９）を示し；図５６Ｄは、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ１＿Ｐ１＿ＥＧＦＰのＤＮＡ配列（１３３２ｂｐ）（配列番号８０）を示し；図５６Ｅは、Ｃ１ＯＲＦ３２＿Ｔ８＿Ｐ８＿ＥＧＦＰのＤＮＡ配列（１５３３ｂｐ）（配列番号８１）を示し；図５６Ｆは、ＬＯＣ２５３０１２＿Ｔ４＿Ｐ５＿ＥＧＦＰのＤＮＡ配列（２０８５ｂｐ）（配列番号８２）を示し；図５６Ｇは、ＩＬＤＲ１＿Ｔ０＿Ｐ３＿ＥＧＦＰのＤＮＡ配列（２３７３ｂｐ）（配列番号８３）を示し；図５６Ｈは、ＩＬＤＲ１＿Ｔ２＿Ｐ５＿ＥＧＦＰのＤＮＡ配列（２２４１ｂｐ）（配列番号８４）を示し；図５６Ｉは、ＶＳＩＧ１＿Ｔ６＿Ｐ５＿ＥＧＦＰのＤＮＡ配列（２０８２ｂｐ）（配列番号８５）を示し；図５６Ｊは、ＶＳＩＧ１＿Ｔ５＿Ｐ４＿ＥＧＦＰのＤＮＡ配列（２００４ｂｐ）（配列番号８６）を示す。
【１５５２】
ＥＧＦＰに融合した、得られたＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３完全長のアミノ酸配列を図５７Ａ〜Ｊに示し；タンパク質の完全長配列に対応する遺伝子特異的配列を太字で表記し、ＥＧＦＰ配列は太字ではない斜字体であり、公知のＳＮＰに基づいて修飾されたアミノ酸には下線を施した。図５７Ａは、ＦＸＹＤ３＿Ｐ０＿ＥＧＦＰタンパク質のアミノ酸配列（３３１ａａ）（配列番号８７）を示し；図５７Ｂは、ＦＸＹＤ３＿Ｐ１４＿ＥＧＦＰタンパク質のアミノ酸配列（３６０ａａ）（配列番号８８）を示し；図５７Ｃは、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０＿ＥＧＦＰタンパク質のアミノ酸配列（４５６ａａ）（配列番号８９）を示し；図５７Ｄは、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ１＿ＥＧＦＰタンパク質のアミノ酸配列（４４３ａａ）（配列番号９０）を示し；図５７Ｅは、Ｃ１ＯＲＦ３２＿Ｐ８＿ＥＧＦＰタンパク質のアミノ酸配列（５１０ａａ）（配列番号９１）を示し；図５７Ｆは、ＬＯＣ２５３０１２＿Ｐ５＿ＥＧＦＰタンパク質のアミノ酸配列（６９４ａａ）（配列番号９２）を示し；図５７Ｇは、ＩＬＤＲ１＿Ｐ３＿ＥＧＦＰタンパク質のアミノ酸配列（７９０ａａ）（配列番号９３）を示し；図５７Ｈは、ＩＬＤＲ１＿Ｐ５＿ＥＧＦＰタンパク質のアミノ酸配列（７４６ａａ）（配列番号９４）を示し；図５７Ｉは、ＶＳＩＧ１＿Ｐ５＿ＥＧＦＰタンパク質のアミノ酸配列（６９３ａａ）（配列番号９５）を示し；図５７Ｊは、ＶＳＩＧ１＿Ｐ４＿ＥＧＦＰタンパク質のアミノ酸配列（６６７ａａ）（配列番号９６）を示す。
【１５５３】
表１３６：完全長クローン化の詳細
0005607530.tif 000231
0005607530.tif 000232
0005607530.tif 000233
0005607530.tif 000234
0005607530.tif 000235
0005607530.tif 000236
0005607530.tif 000237
0005607530.tif 000238
0005607530.tif 000239
0005607530.tif 000240
【１５５４】
実施例９：ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３の細胞局在の測定
タンパク質標的の細胞局在を測定するために、これらをＥＧＦＰ（高感度緑色蛍光タンパク質）融合タンパク質としてクローン化した。タンパク質の局在は、一過性トランスフェクションの際に、共焦点顕微鏡を用いて観察した（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｖｉｓｉｏｎ  ２００２；  ８；  ３７２‐３８８）。トランスフェクションの４８時間後に、蛍光産物の存在について細胞の観察を行った。
【１５５５】
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３の細胞局在の測定は、上記で述べた組換えＯＲＦ‐ＥＧＦＰコンストラクトの一過性トランスフェクションによって行った。
【１５５６】
続いて、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３‐ＥＧＦＰ  ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３コンストラクトを、以下のようにしてＨＥＫ‐２９３Ｔ細胞へ一過性にトランスフェクトした：
【１５５７】
ＨＥＫ‐２９３Ｔ（ＡＴＣＣ、ＣＲＬ‐１１２６８）細胞を、２ｍｌのあらかじめ加温したＤＭＥＭ［ダルベッコ変法イーグル培地、Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ（ベイトハエメク（Ｂｅｉｔ  Ｈａ’Ｅｍｅｋ），イスラエル）、カタログ番号：０１‐０５５‐１Ａ］＋１０％ＦＢＳ（ウシ胎仔血清）＋４ｍＭ  Ｌ‐グルタミン、を用いて、６ウェルプレート中へ配置した直径１３ｍｍの滅菌カバーガラス上（Ｍａｒｉｅｎｆｅｌｄ、カタログ番号：０１  １１５  ３０）へ播種した。９４ｕｌのＤＭＥＭ中へ希釈した６μｌのＦｕＧＥＮＥ６試薬（Ｒｏｃｈｅ、カタログ番号：１１‐８１４‐４４３‐００１）を用い、ウェルあたり５００，０００個の細胞を２μｇのＤＮＡコンストラクトでトランスフェクトした。この混合物を、室温にて１５分間インキュベートした。複合体混合物を細胞へ滴下し、攪拌した。細胞を、ＣＯ２濃度５％で３７℃に維持されたインキュベーター中に配置した。
【１５５８】
一過性トランスフェクションの４８時間後、共焦点顕微鏡観察による分析のために、細胞をさらに処理した。カバーガラスをリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で３回洗浄し、３．７％または１％のパラホルムアルデヒド（ＰＦＡ）（Ｓｉｇｍａ、カタログ番号：Ｐ‐６１４８）で１５分間固定した。ＰＢＳによる２回の洗浄後、固定したカバーガラスを、マウント液（Ｓｉｇｍａ、カタログ番号：Ｇ０９１８）を用いてスライドグラス上へ接着し、共焦点顕微鏡を用いて、蛍光産物の存在について細胞を観察した。結果を図５８Ａ〜Ｆに示す。
【１５５９】
図５８Ａは、ＡＩ２１６６１１＿Ｐ０＿ＥＧＦＰ（配列番号８９）およびＡＩ２１６６１１＿Ｐ１＿ＥＧＦＰ（配列番号９０）融合タンパク質が、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞中での発現後、細胞膜に局在化していることを示す。画像は、共焦点顕微鏡の４０ｘの対物レンズを用いて得たものである。
【１５６０】
図５８Ｂは、ＦＸＹＤ３＿Ｐ０＿ＥＧＦＰ（配列番号８７）およびＦＸＹＤ３＿Ｐ１４＿ＥＧＦＰ（配列番号８８）融合タンパク質が、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞中での発現後、細胞膜に局在化していることを示す。画像は、共焦点顕微鏡の４０ｘの対物レンズを用いて得たものである。
【１５６１】
図５８Ｃは、Ｃ１ＯＲＦ３２＿Ｐ８＿ＥＧＦＰ（配列番号９１）融合タンパク質が、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞中での発現後、細胞膜；小胞体（ＥＲ）膜、および細胞間結合部に局在化していることを示す。画像は、共焦点顕微鏡の４０ｘの対物レンズを用いて得たものである。
【１５６２】
図５８Ｄは、ＬＯＣ２５３０１２＿Ｐ５＿ＥＧＦＰ（配列番号９２）融合タンパク質が、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞中での発現後、細胞膜および小胞体（ＥＲ）膜に局在化していることを示す。画像は、共焦点顕微鏡の４０ｘの対物レンズを用いて得たものである。
【１５６３】
図５８Ｅは、ＶＳＩＧ１＿Ｐ５＿ＥＧＦＰ（配列番号９５）およびＶＳＩＧ１‐＿Ｐ４＿ＥＧＦＰ（配列番号９６）融合タンパク質が、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞中での発現後、細胞核膜および小胞体膜に局在化していることを示す。画像は、共焦点顕微鏡の４０ｘの対物レンズを用いて得たものである。
【１５６４】
図５８Ｆは、ＩＬＤＲ１＿Ｐ３＿ＥＧＦＰ（配列番号９３）およびＩＬＤＲ１＿Ｐ５＿ＥＧＦＰ（配列番号９４）融合タンパク質が、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞中での発現後、細胞膜および小胞体膜に局在化していることを示す。画像は、共焦点顕微鏡の４０ｘの対物レンズを用いて得たものである。
【１５６５】
実施例１０：マウスＦＣに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３細胞外領域（ＥＣＤ）のクローン化並びに発現
本分析の目的は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３  ＥＣＤの抗体の産生、並びに機能評価にさらに使用するために、その対応するＣ’末端を介してマウスＦｃ（ｍＦｃ）に融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３  ＥＣＤをクローン化し、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞（ＡＴＣＣ‐ＣＲＬ‐１１２６８）中で融合ＥＣＤを発現させることであった。
【１５６６】
クローン化したＥＣＤの座標を表１３７に示す：
【１５６７】
表１３７：
0005607530.tif 000241
【１５６８】
融合タンパク質（ＥＣＤ＿ｍＦｃ）のクローン化は、２つの工程で行った：
【１５６９】
１．ＥＣＤのｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３へのクローン化
２．工程１からのｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３へあらかじめクローン化したＥＣＤのＣ’末端への、マウスＦｃ  ＩｇＧ２ａのインフレームでのサブクローン化
【１５７０】
ＥＣＤのｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３へのクローン化は以下のようにして実施した：
【１５７１】
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３の各々に対するＥＣＤのクローン化は、表１３７に示すように、そのＥＣＤの部分アミノ酸配列に範囲を定めたＰＣＲにより、その完全長配列をテンプレートとして用い、および表１３８に列挙したプライマーを用いて実施した。
【１５７２】
表１３８：ＥＣＤクローン化の詳細
0005607530.tif 000242
0005607530.tif 000243
0005607530.tif 000244
【１５７３】
表１３８では、上記の太字は遺伝子特異的配列を表し、一方、クローン化のために用いられる制限部位の範囲は斜字体であり、下線を施したのがコザック配列である。
【１５７４】
ＰＣＲ産物を精製し、表１３８に示す適切な制限酵素で消化した。分泌を増加させるために、ＦＸＹＤ３、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＬＯＣ２５３０１２に対するＰＣＲ産物は、ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３へ連結させ、一方、ＶＳＩＧ１およびＩＬＤＲ１に対するＰＣＲ産物は、ＩＬ６ｓｐ＿ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３へ連結させた。連結混合物を、ＤＨ５ａコンピテント細胞に形質転換した。陽性形質転換体をスクリーニングし、ＤＮＡ配列決定によって確認した。
【１５７５】
ＥＣＤ‐ｍＦｃ  ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３のクローン化
ＴＥＶ開裂部位配列が続くマウスＦｃ（ＩｇＧ２ａ）（受託番号‐ＣＡＡ４９８６８  ａａ  ２３７‐４６９）タンパク質配列のコドン最適化を行い、哺乳類系でのタンパク質の発現を促進した。最適化された配列は、ＧｅｎｅＡｒｔ（ドイツ）により、Ｎ’末端に隣接するＢａｍＨＩ制限部位を、Ｃ’末端にＮｏｔＩ制限部位を配置して合成した。ＤＮＡ断片をＢａｍＨＩ／ＮｏｔＩで消化し、あらかじめ同一の酵素で消化しておいたＥＣＤ＿ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３コンストラクトへインフレームで連結させ、ＥＣＤ＿ｍＦｃ＿ｐＩＲＥＳｐｕｒｏ３を得た。連結混合物を、ＤＨ５ａコンピテント細胞に形質転換した。陽性形質転換体をスクリーニングし、ＤＮＡ配列決定によって確認した。
【１５７６】
得られたＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＯＲＦのヌクレオチド配列を図５９Ａ〜Ｆに示し：ＥＣＤ配列に対応する遺伝子特異的配列を太字で表記し、下線を施したのがＴＥＶ開裂部位配列であり、ｍＦｃ配列は太字ではない斜字体であり、ＩＬ６ｓｐ配列は太字の斜字体である。図５９Ａは、ＦＸＹＤ３＿Ｔ２５＿Ｐ１４＿ＥＣＤ‐＿ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（９２４ｂｐ）（配列番号９７）を示し；図５９Ｂは、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０＿Ｐ０＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（１１７０ｂｐ）（配列番号９８）を示し；図５９Ｃは、Ｃ１ＯＲＦ３２＿Ｔ８＿Ｐ８＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（１２８７ｂｐ）（配列番号９９）を示し；図５９Ｄは、ＬＯＣ２５３０１２＿Ｔ４＿Ｐ５＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（１７４０ｂｐ）（配列番号１００）を示し；図５９Ｅは、ＩＬＤＲ１＿Ｔ０＿Ｐ３＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（１１６７ｂｐ）（配列番号１０１）を示し、および図５９Ｆは、ＶＳＩＧ１＿Ｔ６＿Ｐ５＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ  ＤＮＡ配列（１６４１ｂｐ）（配列番号１０２）を示す。
【１５７７】
得られたＥＣＤ＿ｍＦｃ融合タンパク質の配列を図６０Ａ〜６０Ｆに示し；ＥＣＤ配列に対応する遺伝子特異的配列を太字で表記し、下線を施したのがＴＥＶ開裂部位配列であり、ｍＦｃ配列は太字ではない斜字体であり、ＩＬ６ｓｐ配列は太字の斜字体である。図６０Ａは、ＦＸＹＤ３＿Ｔ２５＿Ｐ１４＿ＥＣＤ＿ｍＦｃアミノ酸配列（３０７ａａ）（配列番号１０３）を示し；図６０Ｂは、ＡＩ２１６６１１＿Ｔ０＿Ｐ０＿ＥＣＤ＿ｍＦｃアミノ酸配列（３８９ａａ）（配列番号１０４）を示し；図６０Ｃは、Ｃ１ＯＲＦ３２＿Ｔ８＿Ｐ８＿ＥＣＤ＿ｍＦｃアミノ酸配列（４２８ａａ）（配列番号１０５）を示し；図６０Ｄは、ＬＯＣ２５３０１２＿Ｔ４＿Ｐ５＿ＥＣＤ＿ｍＦｃアミノ酸配列（５７９ａａ）（配列番号１０６）を示し；図６０Ｅは、ＩＬＤＲ１＿Ｔ０＿Ｐ３＿ＥＣＤ＿ｍＦｃアミノ酸配列（３８８ａａ）（配列番号１０７）を示し、および図６０Ｆは、ＶＳＩＧ１＿Ｔ６＿Ｐ５＿ＥＣＤ＿ｍＦｃアミノ酸配列（５４６ａａ）（配列番号１０８）を示す。
【１５７８】
ＥＣＤ‐ｍＦｃ発現細胞を作出するために、ＨＥＫ‐２９３Ｔ細胞を、マウスＦｃに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３細胞外領域に対応する上述のコンストラクトでトランスフェクトした。安定なプールは以下のようにして作製され、トランスフェクションの４８時間後、細胞をトリプシン処理し、選択培地（ＤＭＥＭ  １０％ＦＣＳおよび５μｇ／ｍｌピューロマイシン）を入れたＴ７５フラスコへ移して安定なプールを得た。コロニーが形成されるまで、培地を３から４日ごとに入れ替えた。
【１５７９】
細胞の識別を確認するためにゲノムＰＣＲを実施し、正しい配列が細胞ゲノムへ組み込まれたことが示された（データ示さず）。
【１５８０】
細胞を除去した培地を回収し、以下のようにして、プロテインＡセファロースビーズ（Ａｍｅｒｓｈａｍ、カタログ番号１７‐５２８０‐０４）により精製した：細胞を除去した培地１ｍｌを、プロテインＡセファロースビーズ５０μｌと共に室温にて４５分間インキュベートした。インキュベーション時間の終了後、１００ｍＭのクエン酸リン酸  ｐＨ３．５および１０ｍＭのＤＴＴを含有するサンプルバッファー５０μｌにより、ビーズペレットからタンパク質を溶離させた。これらの試料を３分間煮沸し、２５μｌを１２％のＮｕＰＡＧＥ  Ｂｉｓ  Ｔｒｉｓゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログ番号ＮＰＯ３４２）へ充填した。タンパク質をニトロセルロースメンブレンへ転写し、ＰＢＳＴ（０．０５％のｔｗｅｅｎ‐２０が添加されたＰＢＳ）中１０％の低脂肪牛乳でブロックした。次に、メンブレンを、ヤギ抗マウスＩｇＧ  Ｆｃ断片ＨＲＰ（Ｊａｃｋｓｏｎ、カタログ番号１１５‐０３５‐２０６）（ブロッキング溶液中１：４０，０００）により、室温にて１時間ブロットした。ＥＣＬ溶液（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、カタログ番号ＲＰＮ２２０９）によるインキュベーションの後、メンブレンをフィルムへ曝露させた。
【１５８１】
図６１は、本発明の発現されたＦＸＹＤ３＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０３）、ＡＩ２１６６１１  ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０４）、Ｃ１ＯＲＦ３２＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０５）、ＬＯＣ２５３０１２＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０６）、ＩＬＤＲ１＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０７）、ＶＳＩＧ１＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０８）に対するウェスタンブロットの結果を示す。
【１５８２】
レーンは以下の通りである：レーン１  分子量マーカー（Ａｍｅｒｓｈａｍ、ｆｕｌｌ  ｒａｎｇｅ  ｒａｎｂｏｗ、カタログ番号ＲＰＮ８００）；レーン２‐  ＬＯＣ２５３０１２＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０６）；レーン３‐  ＦＸＹＤ３＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０３）；レーン４‐  ＡＩ２１６６１１  ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０４）；レーン５‐  Ｃ１ＯＲＦ３２＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０５）；レーン６‐  ＩＬＤＲ１＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０７）；レーン７‐  ＶＳＩＧ１＿ＥＣＤ＿ｍＦｃ（配列番号１０８）。
【１５８３】
実施例１１：マウスＦＣに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３細胞外領域（ＥＣＤ）のタンパク質産生
マウスＦＣに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３  ＥＣＤの産生のために、本明細書にて上述の対応するコンストラクトで安定にトランスフェクトされたＨＥＫ２９３Ｔ細胞のプールを用いた。通常は１０％血清添加培地中で維持されるトランスフェクトされた細胞を、４ｍＭのグルタミンおよび選択抗生物質（５ｕｇ／ｍｌ  ピューロマイシン）が添加された血清を含まない培地（ＥＸ‐ＣＥＬＬ２９３、ＳＡＦＣ）へ移し、振とうフラスコ中３７℃にて、攪拌しながら懸濁培養で増殖させた。２Ｌのスピナーフラスコ中で３〜４日間の産生フェーズが行われるまで、段階希釈によって培養物容量を増加させた。スピナーから培地を回収し、遠心分離で細胞を除去し、０．２２μｍフィルターでろ過し、−２０℃で保存した。
【１５８４】
マウスＦｃに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３のＥＣＤを、以下で述べるように、ｎプロテインＡアフィニティクロマトグラフィを用いて精製した。
【１５８５】
回収物を、２個の１０ｋＤカセット上のＰＡＬＬ限外ろ過システムを用いておよそ１０倍に濃縮した。次に、濃縮物に５ＭのＮａＯＨを添加することでｐＨを７．５に調節し、０．２μｍのＳｔｅｒｉｃｕｐフィルターでろ過した。
【１５８６】
ＡＫＴＡ  Ｅｘｐｌｏｒｅｒ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を用いて精製プロセスを実施した。２ｍｌのｎＰｒｏｔｅｉｎ  Ａ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ（商標）  Ｆａｓｔ  Ｆｌｏｗ樹脂（カタログ番号１７‐５２８０‐０２）を、Ｐｏｌｙ‐ｐｒｅｐクロマトグラフィカラム上にて、減圧下、１０カラム容量分（ＣＶ）の７０％エタノール、１０ＣＶのＷＦＩ（灌注用滅菌水（ＴＥＶＡ））、続いて、１０ＣＶのバッファーＡにより洗浄した。２ｍｌの樹脂を２個の５００ｍｌ管へ移し（各々１ｍｌ）、濃縮した回収物を添加した。この管を、ローラー上にて４℃で一晩インキュベートし、タンパク質を結合させた。次に、結合した樹脂を、一定の流量下、ＸＫ１６カラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、カタログ番号１８‐８７７３‐０１）へ移し、充填した。このカラムを、２０ＣＶのバッファーＡ（１００Ｍｍ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ７．４）で洗浄し、１００％バッファーＢ（クエン酸／リン酸  ｐＨ３．０）を用いて１段階の溶離を行った。画分を１２．５％（体積／体積）のバッファーＣ（２Ｍ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．５）で滴定し、ｐＨを約７．５に調節して、プールした。
【１５８７】
５３ｍｌのＨｉＰｒｅｐ（商標）（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、カタログ番号１７‐５０８７‐０１）脱塩用カラム（ｄｅｓａｌｔｉｎｇ  ｃｏｌｕｍｎ）を用いて、最終バッファーを、ＤＰＢＳ（ダルベッコリン酸バッファー生理食塩水  ｐＨ７．４、Ｃａなし、Ｍｇなし）ｐＨ７．４  Ｃａなし、Ｍｇなし、に交換した。タンパク質を０．２２μｍのフィルターでろ過し、滅菌条件下で等分し、−８００Ｃで保存した。
【１５８８】
最終タンパク質濃度を、ＢＣＡ全タンパク質アッセイ（ＢＣＡ  ｔｏｔａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ａｓｓａｙ）で測定し、クーマシー染色還元性ＳＤＳ／ＰＡＧＥによってタンパク質を分析した（データ示さず）。比色ＬＡＬアッセイ（カブトガニ血球抽出物、ＱＣＬ‐１０００、Ｃａｍｂｒｅｘ）により、エンドトキシンレベルを測定した。特定のタンパク質の識別は、ＭＳ（Ｓｍｏｌｅｒ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  Ｃｅｎｔｅｒ，Ｔｅｃｈｎｉｏｎ，ハイファ（Ｈａｉｆａ）、データ示さず）によって確認した。
【１５８９】
得られたタンパク質分析の結果を表１３９にまとめる。
【１５９０】
表１３９
0005607530.tif 000245
【１５９１】
実施例１２：本発明のＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質の活性化細胞への結合
上述のＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３のＦｃ‐融合ＥＣＤがＴ細胞上の推定対抗受容体（ｐｕｔａｔｉｖｅ  ｃｏｕｎｔｅｒ‐ｒｅｃｅｐｔｏｒ）と結合する能力を調べるために、これらのＦｃ‐融合ＥＣＤを、休止または活性化Ｔ細胞上で試験した。精製したＴ細胞をＣｏｎＡ（Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号Ｃ５２７５）で活性化し、続いて、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３のＦｃ‐融合ＥＣＤと共にインキュベートし、フローサイトメトリーで分析した。
【１５９２】
ＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐ（商標）  Ｈｕｍａｎ  Ｔ  Ｃｅｌｌ  Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  Ｃｏｃｋｔａｉｌ（ＳｔｅｍＣｅｌｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ番号１５０６１）を用いたネガティブ選別により、Ｔ細胞を全血から精製した。これにより、約９０％の純度であるＴ（ＣＤ３＋）細胞の集団が得られた。精製したＴ細胞（１Ｘ  １０５）を、活性化をしない状態またはＣｏｎＡ（Ｃｏｎｃｏｖａｌｉｎ  Ａ、１０ｕｇ／ｍｌ、Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ、カタログ番号Ｃ５２７５）で活性化した状態のいずれかで、１０％ＦＢＳを含有する１００ｕｌのＲＰＭＩ１６４０完全培地中にて４８時間培養した。培養物を回収し、ＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質により、４℃にて１時間染色した（マウスＩｇＧ２  Ｆｃに融合した、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、ＦＸＹＤ３、またはＣ１ＯＲＦ３２  ＥＣＤ）。結合したタンパク質を、ＦＩＴＣ‐結合Ｆ（ａｂ）２ヤギ抗マウスＦｃにより、４℃にて３０分間検出した（Ｊａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、カタログ番号１１５‐０９６‐０７１）。試料の解析は、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ（ＢＤ  Ｉｍｍｕｎｏｃｙｔｏｍｅｔｒｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）およびＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェアを用いて行った。
【１５９３】
図６２Ａ〜Ｄは、ＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質（ＶＳＩＧ１（配列番号１０８）、ＬＯＣ２５３０１２（配列番号１０６）、ＡＩ２１６６１１（配列番号１０４）、またはＣ１ＯＲＦ３２（配列番号１０５））の、休止Ｔ細胞またはＣｏｎＡで活性化されたＴ細胞への結合を、種々の時間について示すものである。３種類の異なるドナーからの一次ヒトＴ細胞を、刺激の非存在下（０時間）またはＣｏｎＡの存在下にて合計４８時間培養し、ＣｏｎＡは、最後の６、１８、２４、または４８時間の培養に対して、１０μｇ／ｍｌの最終濃度となるように添加した（ドナー５からのＴ細胞は、ＣｏｎＡと共に０、６、１８、および２４時間培養し、一方、ドナー６および７は、０、６、２４、および４８時間培養した）。次に、細胞を回収し、１０μｇ／ｍｌの示したＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質と共にインキュベートした。図６２Ａは、Ｆｃ‐融合ＶＳＩＧ１  ＥＣＤの結合結果を示し；図６２Ｂは、Ｆｃ‐融合ＬＯＣ２５３０１２の結合結果を示し；図６２Ｃは、Ｆｃ‐融合Ｃ１ＯＲＦ３２  ＥＣＤの結合結果を示し；図６２Ｄは、Ｆｃ‐融合ＡＩ２１６６１１  ＥＣＤの結合結果を示し、および図６２Ｅは、Ｆｃ‐融合ＦＸＹＤ３  ＥＣＤの結合結果を示す。陽性細胞のパーセントは、示したタンパク質による陽性細胞とＦＩＴＣ‐結合Ｆ（ａｂ）２ヤギ抗マウスＦｃで得られた陽性細胞との間の差として算出した。図６３は、活性化Ｔ細胞へのＢ７様タンパク質の結合に関する用量反応を示す。精製したＴ細胞を４８時間培養した。ＣｏｎＡは、最後の２４時間添加した。次に、細胞を回収し、Ｆｃ‐融合ＶＳＩＧ１、ＬＯＣ２５３０１２、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＡＩ２１６６１１、またはＩＬＤＲ１  ＥＣＤにより、その濃度を増加させながら（３、６、１２、２５、および５０μｇ／ｍｌ）染色した。ネガティブコントロールとしては、マウスＩｇＧ２ａを同一の濃度で用いた。
【１５９４】
図６２Ａ〜Ｄおよび６３に示した結果は、試験したすべてのＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質（マウスＩｇＧ２  Ｆｃに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、またはＣ１ＯＲＦ３２  ＥＣＤ、それぞれ、配列番号１０８、１０７、１０６、１０４、または１０５）の結合が、アイソタイプコントロールとしてのネガティブコントロール：マウスＩｇＧ２ａ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＭＡＢ００３）よりも高い結合レベルであることを示している。Ｆｃ‐融合ＶＳＩＧ１  ＥＣＤおよびＬＯＣ２５３０１２  ＥＣＤ‐Ｆｃについて、ＣｏｎＡで刺激されたＴ細胞に対する著しい結合が検出された。図６２Ａ〜Ｄおよび６３から分かるように、Ｃ１ＯＲＦ３２およびＡＩ２１６６１１のＦｃ‐融合ＥＣＤは、これらの細胞に対してより弱い結合を示した。各タンパク質は、ある程度のパーセントの活性化されたＴ細胞に結合することが分かった。結合レベルの順序は次の通り、ＶＳＩＧ１＞ＬＯＣ２５３０１２＞ＩＬＤＲ１＝ＡＩ２１６６１１＞Ｃ１ＯＲＦ３２、であった。いずれのタンパク質も、休止Ｔ細胞には結合しなかった（すなわち、図６２Ａ〜Ｄ中、ＣｏｎＡの０時間）。
【１５９５】
本発明のＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質のＴ細胞活性化に対する影響
本発明の可溶性タンパク質、マウスＩｇＧ２  Ｆｃに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、ＦＸＹＤ３、もしくはＣ１ＯＲＦ３２  ＥＣＤ、それぞれ、配列番号１０８、１０７、１０６、１０４、もしくは１０５、の、Ｔ細胞増殖およびＩＬ‐２分泌に対する共刺激または／並びに共阻害活性の可能性を試験するため、ヒトＴ細胞を、抗ＣＤ３（クローンＯＫＴ３、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、カタログ番号１６‐００３７‐８５）および上述の本発明のＢ７様タンパク質の存在下で培養した。組換えヒトＢ７‐１タンパク質（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号１４０‐Ｂ１）を、共刺激活性のポジティブコントロールとして用いた。組換えマウスＢ７‐Ｈ４タンパク質（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号４２０６‐Ｂ７）を、共阻害活性のポジティブコントロールとして用いた。
【１５９６】
まず、平底９６‐ウェルプレートを、３μｇ／ｍｌの抗ＣＤ３ｍＡｂ（クローンＯＫＴ３）により、４℃にて一晩コーティングし、続いて、示した濃度のヒトＢ７‐１（Ｒ＆Ｄ、３μｇ／ｍｌ）、マウスＢ７‐Ｈ４（Ｒ＆Ｄ、１０μｇ／ｍｌ）、または本発明のＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質、マウスＩｇＧ２  Ｆｃに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、ＦＸＹＤ３、もしくはＣ１ＯＲＦ３２  ＥＣＤ、により、３７℃にて４時間コーティングした。ヒトＴ細胞を上述のようにして全血から精製し、あらかじめコーティングしておいた９６‐ウェルプレートで（１ｘ１０５細胞／ウェル）、１０％ＦＢＳを含有するＲＰＭＩ１６４０完全培地の２５０μｌ中、４８時間培養した。コーティングしたプレートをＰＢＳで３回洗浄後、細胞を播種した。Ｔ細胞の増殖は、細胞増殖ＥＬＩＳＡ、ＢｒｄＵ（比色）（Ｒｏｃｈｅ）により、ＢｒｄＵの取り込みから測定した。細胞は、最後の１８時間に、最終濃度１００μＭのＢｒｄＵ標識試薬で標識した。次に、プレートを遠心分離にかけ（３００ｇ、１０分間）、上清を吸引し、これに続くヒトＩＬ‐２ＥＬＩＳＡ（Ｄｉａｃｌｏｎｅ、カタログ番号８５０．０１０  ０９６）を用いたＩＬ‐２測定のために−２０℃で保存した。ＢｒｄＵの取り込みは、細胞増殖ＥＬＩＳＡ、ＢｒｄＵ（比色）（Ｒｏｃｈｅ、カタログ番号１１‐６４７‐２２９）の製造元の説明書に従って測定した。
【１５９７】
図６４Ａ〜Ｂは、抗ＣＤ３Ａｂで活性化した際の、本発明のＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質の、Ｔ細胞増殖またはＩＬ‐２分泌に対する影響を示す。図６４Ａは、ＢｒｄＵの取り込みのレベルを示す。図６４Ｂは、ＩＬ‐２分泌のレベルを示す。
【１５９８】
図６４Ａ〜Ｂに示す結果から、ＥＣＤ‐Ｆｃ融合タンパク質、マウスＩｇＧ２Ｆｃに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、ＦＸＹＤ３、またはＣ１ＯＲＦ３２  ＥＣＤ、はいずれも共刺激活性を示さなかったことが示される。ポジティブコントロールＢ７‐１は、予想通り強い共刺激活性を示した。Ｆｃ融合ＩＬＤＲ１  ＥＣＤおよびＦｃ‐融合ＡＩ２１６６１１  ＥＣＤは、ネガティブコントロール：マウスＩｇＧ２ａの存在下で得られたものと比較して、Ｂ７‐Ｈ４と同様に細胞増殖を阻害したことから、共阻害活性を有すると思われる（図６４Ａ）。しかし、ＥＣＤ‐Ｆｃ融合タンパク質、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、ＦＸＹＤ３、またはＣ１ＯＲＦ３２  Ｆｃ‐融合ＥＣＤ、のいずれでも、ＩＬ‐２分泌への大きな影響は観察されなかった（図６４Ｂ）。
【１５９９】
実施例１３：本発明のＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質のリンパ球およびＣＤ４陽性細胞への結合
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、ＦＸＹＤ３、およびＣ１ＯＲＦ３２  Ｆｃ‐融合ＥＣＤがＴ細胞上の推定対抗受容体と結合する能力をさらに調べるために、これらのＦｃ‐融合ＥＣＤを、まずリンパ球上で試験した。ＰＢＭＣを、ヒト末梢血液から、ＦＡＣＳバッファー中にて１ｘ１０ｅ７／ｍｌで調製した。３０ｕｇ／ｍｌのＦｃブロッカー（ｈＩｇＧ（１６Ｄ１０）、ロット番号０８０７０６、１．３ｍｇ／ｍｌ）を添加し、細胞をブロッカーと共に氷上で３０分間インキュベートした。融合タンパク質を、染色部（ｓｔａｉｎ）あたり１ｕｇ／１０ｅ６で、氷上にて３０分間で添加した。第二のＡｂを、１ｕｇ／１００ｕｌ／染色部で、２５〜３０分間で添加した（Ｇ＠ｍＩｇＧ‐Ｆｃ‐ＦＩＴＣ：Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｌａｂ、１ｍｇ／ｍｌ、コード番号１１５‐０９６‐０７１、ロット番号７１４５３、１．０ｍｇ／ｍｌ、１ｕｇ／染色部で用いた）。細胞は、上記で概説した各工程においてバッファーで洗浄した。結合は、フローサイトメトリーで分析した。
【１６００】
図６５は、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、ＦＸＹＤ３、またはＣ１ＯＲＦ３２のＥＣＤ  Ｆｃ‐融合の、リンパ球への結合を示す。図６５から分かるように、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＡＩ２１６６１１、およびＩＬＤＲ１は、リンパ球上に発現された対応物と結合する。
【１６０１】
次に、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、ＦＸＹＤ３、およびＣ１ＯＲＦ３２  Ｆｃ‐融合ＥＣＤの、ＣＤ４＋細胞への結合。３０ｕｇ／ｍｌでＦｃブロッカー（ｈＩｇＧ（１６Ｄ１０）、ロット番号０８０７０６、１．３ｍｇ／ｍｌ）を添加し、細胞をブロッカーと共に氷上で３０分間インキュベートした。融合タンパク質を、染色部あたり１ｕｇ／１０ｅ６で、氷上にて３０分間で添加した。第二のＡｂを、１ｕｇ／１００ｕｌ／染色部で、２５〜３０分間で添加した（Ｇ＠ｍＩｇＧ‐Ｆｃ‐ＦＩＴＣ：Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｌａｂ、１ｍｇ／ｍｌ、コード番号１１５‐０９６‐０７１、ロット番号７１４５３、１．０ｍｇ／ｍｌ、１ｕｇ／染色部で用いた）。＠ＣＤ４（ｍ＠ｈＣＤ４‐ＡＰＣ：ＢＤ、カタログ番号３５５５３４９、ロット番号４４３３１）を、各々染色部あたり２０ｕｇで、氷上にて３０分間で添加した。
【１６０２】
細胞は、上記で概説した各工程においてバッファーで洗浄した。結合は、フローサイトメトリーで分析した。
【１６０３】
図６６は、ＩＬＤＲ１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＡＩ２１６６１１のＥＣＤ  Ｆｃ‐融合の、ＣＤ４＋細胞への結合を示す。
【１６０４】
実施例１４：本発明のＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質のＴ細胞活性化に対する影響
本発明のＢ７様タンパク質の共刺激または／および共阻害活性の可能性を試験するため、マウスＩｇＧ２  Ｆｃに融合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、またはＣ１ＯＲＦ３２  ＥＣＤのＴ細胞増殖に対する影響について試験した。ＣＤ３マイクロビーズ（モノクローナル抗ヒトＣＤ３抗体（アイソタイプ：マウスＩｇＧ２ａ）に結合したマイクロビーズ（ＭＡＣＳ  Ｗｈｏｌｅ  Ｂｌｏｏｄ  ＣＤ３  Ｍｉｃｒｏｂｅａｄｓ  ＃１３０‐０９０‐８７４）を用い、ポジティブ選別によって全血からＴ細胞を精製した。Ｄｙｎａｂｅａｄｓを、Ｍ‐４５０  Ｅｐｏｘｙ  Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  カタログ番号１４０．１１）と共にＣＤ３＋／−Ｂ７でコーティングする。ＣＤ３  Ｔ細胞の活性化については、精製したＣＤ３  Ｔ細胞を、ＣＤ３＋ＣＤ２８コーティングビーズにより、必要に応じて種々の時間点において、１：１または１：０５の比で刺激する。細胞を、ＣＤ３＋ＣＤ２８（各々２ｕｇ／ｍｌ）コーティングビーズの存在下または非存在下にて、ウェルあたり２ｘ１０ｅ５で播種し、７２時間後、トリチウム‐チミジン取り込みにより細胞の増殖を測定した。結果を図６７に示す。図６７中の「ＣＤ３」は、共刺激または共阻害分子が存在せず、ＣＤ３のみであることを意味し；「ＣＤ３＋Ｂ７．２」は、ＣＤ３＋公知のＢ７刺激コントロール、Ｂ７．２を意味し；「ＣＤ３＋Ｂ７Ｈ４」は、ＣＤ３およびＢ７Ｈ４、公知のＢ７阻害コントロール、を意味し；「ＣＤ３＋Ｂ７Ｈ３」は、ＣＤ３およびＢ７Ｈ３、公知のＢ７刺激タンパク質、を意味し；「ＣＤ３＋７０２」は、ＣＤ３＋ＬＯＣ２５３０１２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ融合（配列番号１０６）を意味し；「ＣＤ３＋７２１」は、ＣＤ３＋ＡＩ２１６６１１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ融合（配列番号１０４）を意味し；「ＣＤ３＋７５４」は、ＣＤ３＋Ｃ１ＯＲＦ３２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ融合（配列番号１０５）を意味し；「ＣＤ３＋７６８」は、ＣＤ３＋ＶＳＩＧ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ融合（配列番号１０８）を意味し；「ＣＤ３＋７７０」は、ＣＤ３＋ＩＬＤＲ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ融合（配列番号１０７）を意味し；「ＣＤ３＋７８９」は、ＣＤ３＋ＦＸＹＤ３‐ＥＣＤ‐Ｆｃ融合（配列番号１０３）を意味する。
【１６０５】
図６７から分かるように、ＬＯＣ２５３０１２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ、ＡＩ２１６６１１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ、ＶＳＩＧ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ、およびＦＸＹＤ３‐ＥＣＤ‐Ｆｃは、３つの異なる実験において、ＣＤ３単独と比較して、Ｔ細胞への阻害効果を有していた（図６７Ａ、Ｂ、およびＣ）。
【１６０６】
実施例１５：本発明のＥＣＤ‐Ｆｃ融合タンパク質の休止Ｂ細胞、活性化Ｂ細胞、およびＢ細胞由来リンパ腫細胞株との相互作用
本発明のタンパク質のリンパ球への結合が示されたことに続いて（本明細書における実施例１２および１３）、本発明の可溶性タンパク質がＢ細胞へ結合する能力を調べた。
【１６０７】
ＰＢＭＣを、ヒト末梢血液から、ＦＡＣＳバッファー中にて１ｘ１０ｅ７／ｍｌで調製した。３０μｇ／ｍｌのＦｃブロッカー（ｈＩｇＧ（１６Ｄ１０）、ロット番号０８０７０６、１．３ｍｇ／ｍｌ）を添加し、細胞をブロッカーと共に氷上で３０分間インキュベートした。本発明の融合タンパク質、ＩＬＤＲ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０７）、Ｃ１ＯＲＦ３２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０５）、ＡＩ２１６６１１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０４）、ＬＯＣ２５３０１２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０６）、ＦＸＹＤ３‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０３）、およびＶＳＩＧ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０８）を、染色部あたり１μｇ／１０ｅ６で、氷上にて３０分間で添加した。第二のＡｂを、１μｇ／１００ｕｌ／染色部で、２５〜３０分間で添加した（Ｇ＠ｍＩｇＧ‐Ｆｃ‐ＦＩＴＣ：Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｌａｂ、１ｍｇ／ｍｌ、コード番号１１５‐０９６‐０７１、ロット番号７１４５３、１．０ｍｇ／ｍｌ、１ｕｇ／染色部で用いた）。細胞は、上記で概説した各工程においてバッファーで洗浄した。結合は、フローサイトメトリーで分析した。その後、細胞を、Ｂ細胞に特異的である＠ヒトＩｇＭ‐ＰＥ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，カリフォルニア州，米国、カタログ番号５５５７８３）で染色した。染色した細胞をフローサイトメトリーで分析した。＠ヒトＩｇＭ陽性細胞をゲーティングし、本発明の融合タンパク質のＢ細胞への結合について解析した。
【１６０８】
図６８Ａに示すように、ＩＬＤＲ１‐ＥＣＤ‐ＦｃおよびＣ１ＯＲＦ３２‐ＥＣＤ‐Ｆｃは、試験した３つのドナーすべてのＢ細胞に結合した。ＡＩ２１６６１１‐ＥＣＤ‐Ｆｃは、１つのドナーのＢ細胞に対してのみ結合を示した。  
【１６０９】
活性化Ｂ細胞上の対応物の存在を確認するために、ＰＢＭＣをＬＰＳにより７２時間活性化した。その後、本発明のＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質、ＩＬＤＲ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０７）、Ｃ１ＯＲＦ３２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０５）、ＡＩ２１６６１１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０４）、ＬＯＣ２５３０１２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０６）、ＦＸＹＤ３‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０３）、およびＶＳＩＧ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０８）との結合を、上述のようにして行い、細胞を、マウス＠ヒトＣＤ８６‐Ｃｙ５ＰＥ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，カリフォルニア州，米国、Ｓ、カタログ番号５５５６５９）およびマウス＠ヒトＣＤ１９‐ＰＥ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，カリフォルニア州，米国）抗体で染色した。活性化された細胞は、二重陽性ＣＤ１９＋／ＣＤ８６＋細胞集団として定義した。
【１６１０】
図６８Ｂに示すように、ＩＬＤＲ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０７）、Ｃ１ＯＲＦ３２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０５）、およびＡＩ２１６６１１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０４）は、活性化Ｂ細胞への結合を示した。
【１６１１】
Ｂ細胞悪性腫瘍中における対応物の存在を確認するために、Ｂ細胞リンパ腫細胞株中における、本発明のＥＣＤ  Ｆｃ‐融合タンパク質、ＩＬＤＲ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０７）、Ｃ１ＯＲＦ３２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０５）、ＡＩ２１６６１１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０４）、ＬＯＣ２５３０１２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０６）、ＦＸＹＤ３‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０３）、およびＶＳＩＧ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０８）の結合を分析した。Ｒａｊｉ（ＡＴＣＣ番号ＣＣＬ‐８６）およびＤａｕｄｉ（ＡＴＣＣ番号ＣＣＬ−２１３）細胞をＡＴＣＣから購入し、ＲＰＭＩ＋１０％ＦＢＳ中に維持した。細胞を、Ｂ７タンパク質またはコントロールにより、１０μｇ／ｍｌで染色し、その後、ＦＩＴＣ結合ヤギ抗マウスＩｇＧＦｃ（Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｌａｂ，ニュージャージー州，米国、カタログ番号１１５‐０９６‐０７１、ロット番号７１４５３）で染色した。
【１６１２】
図６８Ｃは、本発明のＢ７様タンパク質のＦｃ‐融合ＥＣＤ（ＩＬＤＲ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０７）、Ｃ１ＯＲＦ３２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０５）、ＡＩ２１６６１１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０４）、ＬＯＣ２５３０１２‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０６）、ＦＸＹＤ３‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０３）、およびＶＳＩＧ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０８））の、Ｂ細胞リンパ腫細胞株への結合を示す。ＩＬＤＲ１‐ＥＣＤ‐Ｆｃ（配列番号１０７）は、両方のＢ細胞リンパ腫細胞株への明らかな結合を示した。
【１６１３】
実施例１６：本発明のＥＣＤ‐Ｆｃ融合タンパク質と公知のＢ７との相互作用
本発明のＡＩ２１６６１１タンパク質とＢ７ファミリーの種々の公知のリガンドとの相互作用を分析した。ＡＩ２１６６１１は、推定ＣＤ２８受容体であると予測されたため、オーファン（その対応する受容体がまだ識別されていない）であると考えられる公知のＢ７リガンド、Ｂ７Ｈ４に結合すると仮定した。
【１６１４】
Ｂ７Ｈ４‐Ｉｇ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．、カタログ番号４２０６‐Ｂ７）とＦｃ融合ＡＩ２１６６１１  ＥＣＤ（配列番号１０４）との間の相互作用の分析は、表面プラズモン共鳴を用いて分子間相互作用を直接測定するＢＩＡｃｏｒｅ  ３０００  ｓｙｓｔｅｍ（ウプサラ，スウェーデン）（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ，ウプサラ，スウェーデン）を用いて行った。Ｆｃ融合ＡＩ２１６６１１  ＥＣＤ（配列番号１０４）（４００〜５００レゾナンスユニット（ＲＵ））を、センサーＣＭ５チップへ直接固定した。２種類の異なる濃度のＢ７Ｈ４‐Ｉｇを含有する溶液（５および１０マイクロモル濃度）を注入した。コントロールとして、リガンドの固定を行っていない空のフローセルにもこの溶液を注入した。
【１６１５】
データの解析は、ＢＩＡｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｉｎｃ．，サンディエゴ，カリフォルニア州）を用いて行った。ゼロベースラインレベルは、リガンドの固定を行っていないコントロールフローセルを通しての分析物の注入からバックグラウンド応答を引くことによって得た。
【１６１６】
図６９から分かるように、Ｆｃ融合ＡＩ２１６６１１  ＥＣＤ（配列番号１０４）とＢ７Ｈ４との間の僅かな相互作用が、５および１０μＭのＡＩ２１６６１１で見られた。
【１６１７】
実施例１７：マウスモノクローナル抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、および抗ＦＸＹＤ３抗体の開発
種々の癌組織中におけるＢ７様タンパク質の発現を免疫組織化学によって試験するために、本発明のタンパク質のＦｃ‐融合ＥＣＤに特異的であるモノクローナルマウス抗体を開発した。
【１６１８】
マウスモノクローナル抗体の開発：
Ｂａｌｂ／ｃマウスの４グループ（グループあたりマウス３体）を、本発明の４種類のＦｃ‐融合ＥＣＤタンパク質：ＶＳＩＧ１（配列番号１０８）、ＬＯＣ２５３０１２（配列番号１０６）、Ｃ１ＯＲＦ３２（配列番号１０５）、およびＦＸＹＤ３（配列番号１０３）により免疫した。免疫処理は、複数の部位、皮下および腹腔内に、１週間の間隔で８回行った。４回目および８回目の免疫処理の１０日後にマウスの採血を行なった。以下で述べる直接ＥＬＩＳＡプロトコルを用いて、抗体価について血清のスクリーニングを行った。
【１６１９】
ＥＬＩＳＡプレートを、ＤＰＢＳ中に希釈した２．５μｇ／ｍＬ  Ｆｃ‐融合タンパク質（マウスＩｇＧ２  Ｆｃに融合したＶＳＩＧ１、ＬＯＣ２５３０１２、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３  ＥＣＤ、それぞれ、配列番号１０８、１０６、１０５、１０３）の５０μｌ／ウェルにより、室温（ＲＴ）にて１時間コーティングした。マウスＦｃ領域に融合したヒトＩｇＧをネガティブコントロールとして用いた。その後、プレートを、１％ＢＳＡ／ＤＰＢＳの３００μｌ／ウェルにより、ＲＴにて１５分間ブロックした。ブロッキング工程に続いて、免疫化マウスからの段階希釈した血清および関連性のないマウスＩｇＧを、ブロックしたＥＬＩＳＡプレートへ移し、ＲＴにて１時間インキュベートした。その後、プレートを３００μｌ／ウェルの洗浄バッファー（０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０を含むＤＰＢＳ、ｐＨ７．２〜７．４）で３回洗浄した。検出のために、プレートを、１：１０００に希釈した５０μｌ／ウェルのヤギ抗マウスカッパ軽鎖抗体と共に、ＲＴにて１時間インキュベートし、続いて、よく洗浄し（３００μｌ／ウェルの洗浄バッファーで６回）、基質と共にインキュベートした。基質である２，２’‐アジノ‐ビス‐（３‐エチルベンズチアゾリン‐６‐スルホン酸（ＡＢＴＳ）を１００μＬ／ウェルで添加し、ＲＴにて約５分間インキュベートした後、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ  ＳＰＥＣＴＲＡｍａｘ  ３４０ＰＣプレートリーダーおよびＳＯＦＴｍａｘ  ＰＲＯソフトウェアを用いて、４１４ｎｍにてプレートの読み取りを行った。
【１６２０】
血清抗体価は、バックグラウンドの２倍のシグナルを発生する血清の希釈率として定義した。
【１６２１】
４回の免疫処理後の免疫処理血清のＥＬＩＳＡ試験の結果を表１４０にまとめる。データによると、４回の免疫処理の後、２つのマウスグループ（ＬＯＣ２５３０１２およびＶＳＩＧ１  Ｆｃ融合タンパク質ＥＣＤで免疫処理）が、ハイブリドーマ産生に十分である抗体価を発生させたことが示される。
【１６２２】
最も高い抗体血清価（ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｓｅｒｕｍ  ｔｉｔｅｒｓ）を示したマウスを、ハイブリドーマ産生のために選択した。脾細胞をマウス骨髄腫細胞株Ａｇ８．６５３と融合させた。関連するおよび関連しないコーティング剤によってコーティングしたプレートを用いて、直接ＥＬＩＳＡにより（上述のように）、ハイブリドーマクローンの上清を試験した。結果を表１４１Ａおよび表１４１Ｂにまとめる。
【１６２３】
結果は、ハイブリドーマ細胞株の産生により、ＬＯＣ２５３０１２を特異的に認識するクローン１４個（表１４１Ａ、太字）、およびＶＳＩＧ１を特異的に認識するクローン１４個（表１４１Ｂ、太字）が得られたことを示す。
【１６２４】
残りのタンパク質については、残りのタンパク質に対する血清抗体価の発生を促進するために、さらに４回の免疫処理を行なった。８回目の免疫処理の後の血清価を直接ＥＬＩＳＡで試験した。結果を表１４２にまとめる。結果は、８回の免疫処理の後、ＦＸＹＤ‐Ｆｃ融合ＥＣＤ（配列番号１０３）およびＣ１ＯＲＦ３２‐Ｆｃ融合ＥＣＤ（配列番号１０３）で免疫処理したマウスは、ハイブリドーマ産生に十分である抗体価を発生させた。次の工程では、ハイブリドーマ産生およびモノクローナル抗体製造に関して、最良のレスポンダーを選別する。
【１６２５】
マウスモノクローナル抗ＩＬＤＲ１および抗ＡＩ２１６６１１抗体を、同様にして発生させる。
【１６２６】
本発明の各抗原（ＶＳＩＧ１、ＬＯＣ２５３０１２、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３、ＡＩ２１６６１１、およびＩＬＤＲ１、それぞれ、配列番号１０８、１０６、１０５、１０３、１０４、および１０７）に対するモノクローナル抗体を用いて、癌および正常組織におけるこれらの各推定タンパク質の発現プロファイルを確認するために、免疫組織化学分析を行う。
【１６２７】
表１４０：４回の免疫処理後の免疫化マウスの抗体血清価
0005607530.tif 000246
【１６２８】
表１４１Ａ：ＬＯＣ２５３０１２で免疫した番号１６７２２３のマウスから得られた融合後クローン（ｐｏｓｔ  ｆｕｓｉｏｎａｌ  ｃｌｏｎｅｓ）
0005607530.tif 000247
0005607530.tif 000248
【１６２９】
表１４１Ｂ：ＶＳＩＧ１で免疫した番号１６７２２８のマウスから得られた融合後クローン
0005607530.tif 000249
0005607530.tif 000250
【１６３０】
表１４２：８回の免疫処理後の免疫化マウスの抗体血清価
0005607530.tif 000251
【１６３１】
免疫組織化学分析
免疫組織化学により、特定の抗原（またはエピトープ）の組織内分布を可視化（光学または共焦点顕微鏡観察を用いて）することができる。このプロセスでは、抗体インキュベーションと称されるプロセスにて、特異的モノクローナルまたはポリクローナル抗体を組織表面に適用することにより、対象タンパク質標的の位置が特定される。
【１６３２】
この方法は、基質特異的抗体による、固定化細胞中における基質のインサイチュ（ｉｎ  ｓｉｔｕ）での検出を含む。基質特異的抗体は、酵素と結合していてもよく、またはフルオロフォアと結合していてもよい。検出は、顕微鏡観察により、主観的評価で行われる。酵素結合抗体が用いられる場合は、比色反応が必要である場合がある。
【１６３３】
本発明の抗原（ＶＳＩＧ１、ＬＯＣ２５３０１２、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３、ＡＩ２１６６１１、およびＩＬＤＲ１、それぞれ、配列番号１０８、１０６、１０５、１０３、１０４、および１０７）に対して実施される免疫組織化学分析は、２つのフェーズから成る：
【１６３４】
フェーズＩ：抗体キャリブレーション：特定のタンパク質抗原に対して発生した各抗体の段階希釈物について、選択されたホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）コントロール組織および細胞株を用いて実験を行う。結果の最も良かった抗体を選択してフェーズＩＩに進む。
【１６３５】
フェーズＩＩ：タンパク質の分布および局在分析：フェーズＩで選択された最適な抗体濃度を用いて、ＶＳＩＧ１、ＬＯＣ２５３０１２、Ｃ１ＯＲＦ３２、ＦＸＹＤ３、ＡＩ２１６６１１、およびＩＬＤＲ１タンパク質の分布および局在分析を、癌および正常組織から成る組織アレイ中で行い、正常試料と比較した癌試料のいくつかにおける差次的発現を求める。
【１６３６】
実施例１７：完全ヒト抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、および抗ＦＸＹＤ３抗体の開発
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３抗原に対するヒトモノクローナル抗体の作出
【１６３７】
マウスＩｇＧ２  Ｆｃポリペプチドに結合したＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３の細胞外領域から成る融合タンパク質を、標準的な組換え法によって作出し、免疫処理の抗原として用いる。
【１６３８】
トランスジェニックＨｕＭａｂマウス
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３に対する完全ヒトモノクローナル抗体を、ヒト抗体遺伝子を発現するトランスジェニックＨｕＭａｂマウス（登録商標）のＨＣｏ７系統からのマウスを用いて作出する。このマウス系統では、Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９３）  ＥＭＢＯ  Ｊ．  １２：８１１‐８２０に記載のように、内在性マウスカッパ軽鎖遺伝子が、ホモ接合的に破壊されており、ＰＣＴ  ＰｕｂｌｉｃａｔｉｏｎＷＯ０１／０９１８７の実施例１に記載のように、内在性マウス重鎖遺伝子が、ホモ接合的に破壊されている。さらに、このマウス系は、Ｆｉｓｈｗｉｌｄ  ｅｔ  ａｌ．  （１９９６）  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４：８４５‐８５１に記載のように、ヒトカッパ軽鎖導入遺伝子、ＫＣｏ５、を有し、米国特許第５，５４５，８０６号；第５，６２５，８２５号；および第５，５４５，８０７号に記載のように、ヒト重鎖導入遺伝子、ＨＣｏ７、を有する。
【１６３９】
ＨｕＭａｂの免疫処理：
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３に対する完全ヒトモノクローナル抗体を作出するために、ＨＣｏ７ＨｕＭａｂマウス（登録商標）（この系統は、融合タンパク質をコードする遺伝子を含む発現ベクターでトランスフェクトされた哺乳類細胞由来の精製された組換えＶＳＩＧ１融合タンパク質で免疫することができる）。ＨｕＭａｂマウス（登録商標）に対する一般的な免疫処理スキームは、Ｌｏｎｂｅｒｇ，  Ｎ．  ｅｔ  ａｌ  （１９９４）  Ｎａｔｕｒｅ  ３６８（６４７４）：  ８５６‐８５９；  Ｆｉｓｈｗｉｌｄ，  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９６）  Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４：  ８４５‐８５１、およびＰＣＴ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ９８／２４８８４、に記載されている。第１回目の抗原の注入時のマウスの週齢は、６〜１６週である。精製された組換えＶＳＩＧ１抗原製剤（５〜５０ｍｕｇ、ＶＳＩＧ１融合タンパク質を発現するトランスフェクトされた哺乳類細胞から精製）を用いて、ＨｕＭａｂマウスを腹腔内に免疫する。
【１６４０】
トランスジェニックマウスを、完全フロイントアジュバントまたはＲｉｂｉアジュバント中の抗原で２回腹腔内に免疫し、続いて、不完全フロイントアジュバントまたはＲｉｂｉアジュバント中の抗原で３〜２１日の腹腔内免疫接種を行う（合計で最大１１回の免疫接種）。免疫反応は、後眼窩採血によりモニタリングする。血漿をＥＬＩＳＡでスクリーニングし（以下で述べるように）、抗ＶＳＩＧ１ヒト免疫グロブリンの十分な力価を有するマウスを融合に用いる。マウスを静脈内に抗原で追加免疫し、３日後に屠殺および脾臓の除去を行う。
【１６４１】
抗ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、およびＦＸＹＤ３抗体を産生するＨｕＭａｂマウス（商標）の選別：
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３と結合する抗体を産生するＨｕＭａｂマウス（商標）を選別するために、Ｆｉｓｈｗｉｌｄ，  Ｄ．  ｅｔ  ａｌ．  （１９９６）によって最初に報告されたように、免疫化マウスからの血清を改良ＥＬＩＳＡ（ｍｏｄｉｆｉｅｄ  ＥＬＩＳＡ）で試験する。簡単に述べると、マイクロタイタープレートを、ＰＢＳ中の１〜２ｍｕｇ／ｍｌの精製された組換えＶＳＩＧ１融合タンパク質により、５０ｍｕｌ／ウェルでコーティングし、一晩４℃でインキュベートし、続いて、ＰＢＳ中の５％ＢＳＡの２００ｍｕｌ／ウェルでブロックする。ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３で免疫したマウスからの血漿の希釈物を各ウェルに添加し、環境温度にて１〜２時間インキュベートする。プレートをＰＢＳ／Ｔｗｅｅｎで洗浄し、次に、アルカリホスファターゼと結合したヤギ抗ヒトカッパ軽鎖ポリクローナル抗体と共に、室温にて１時間インキュベートする。洗浄後、プレートをｐＮＰＰ基質で発色させ、ＯＤ  ４１５〜６５０にて分光光度計で分析する。抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３抗体価が最も高かったマウスを融合に用いる。融合を以下で述べるようにして行い、ハイブリドーマ上清を、抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３活性についてＥＬＩＳＡによって試験する。
【１６４２】
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３に対するヒトモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマの作出
ＨｕＭａｂマウスから単離されたマウス脾細胞を、標準的なプロトコルに基づき、ＰＥＧと共にマウス骨髄腫細胞株に融合させる。得られたハイブリドーマを、次に、抗原特異的抗体の産生についてスクリーニングする。免疫マウスからの脾臓リンパ球の単一細胞懸濁液を、５０％ＰＥＧ（Ｓｉｇｍａ）と共にＰ３Ｘ６３  Ａｇ８．６．５３（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  １５８０）、非分泌マウス骨髄腫細胞の４分の１の数に対して融合させる。平底マイクロタイタープレートへ、およそ１Ｘ１０−５／ウェルで細胞を播種し、続いて、１０％ウシ胎仔血清を含み、ＲＰＭＩ中のオリゲン（ｏｒｉｇｅｎ）（ＩＧＥＮ）、Ｌ‐グルタミン、ピルビン酸ナトリウム、ＨＥＰＥＳ、ペニシリン、ストレプトマイシン、ゲンタマイシン、１ｘ  ＨＡＴ、およびベータ‐メルカプトエタノールを添加した選択培地中で約２週間インキュベートする。１〜２週間後、ＨＡＴをＨＴで置き換えた培地で細胞を培養する。次に、個々のウェルを、ヒト抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３モノクローナルＩｇＧ抗体についてＥＬＩＳＡによってスクリーニングする（上述）。ハイブリドーマを大きく繁殖させた後、通常は１０〜１４日後に培地をモニタリングする。抗体分泌ハイブリドーマを再播種し、再度スクリーニングし、それでもヒトＩｇＧに対して陽性の場合、抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３モノクローナル抗体を、限界希釈によって少なくとも２回サブクローン化する。次に、安定なサブクローンを生体外で培養して、さらなる特性決定のために少量の抗体を組織培養培地に産生させる。
【１６４３】
ハイブリドーマクローンを、さらなる分析のために選別する。
【１６４４】
所望される抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３ヒトモノクローナル抗体の構造特性決定
得られた抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３モノクローナル抗体の重鎖および軽鎖可変領域をコードするｃＤＮＡ配列は、それぞれ、得られたハイブリドーマから、標準的なＰＣＲ技術を用いて得られ、標準的なＤＮＡ配列決定技術を用いて配列決定される。
【１６４５】
重鎖可変領域および軽鎖可変領域のヌクレオチド配列並びにアミノ酸配列が同定される。これらの配列は、公知のヒト生殖系免疫グロブリン軽鎖および重鎖配列と比較することができ、そして、得られた抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３配列の各重鎖および軽鎖のＣＤＲが同定される。
【１６４６】
抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３ヒトモノクローナル抗体の結合特異性および結合動態の特性決定
抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３抗体の結合親和性、結合動態、結合特異性、および交差競合（ｃｒｏｓｓ‐ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｏｎ）を、ビアコア（Ｂｉａｃｏｒｅ）分析によって調べる。さらに、結合特異性を、フローサイトメトリーで調べる。
【１６４７】
結合親和性および動態
本発明によって産生された抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３抗体を、親和性および結合動態について、ビアコア分析（Ｂｉａｃｏｒｅ  ＡＢ，ウプサラ，スウェーデン）によって特性決定する。精製された組換えヒトＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３融合タンパク質を、標準的なアミンカップリング化学およびＢｉａｃｏｒｅ製のキットを用い、一級アミンを介してＣＭ５チップ（カルボキシメチルデキストランコーティングチップ）に共有結合させる。ＨＢＳ  ＥＰバッファー（ＢＩＡｃｏｒｅ  ＡＢ製）中、２６７ｎＭの濃度、５０ｍｕｌ／分の流速で抗体を流動させることによって結合を測定する。抗原結合抗体の結合動態を３分間追跡し、解離速度を７分間追跡する。ＢｌＡｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェア（Ｂｉａｃｏｒｅ  ＡＢ）を用いて、結合および解離曲線を１：１ラングミュア結合モデルに適合させる。結合定数の算出における結合活性の影響を最小限に抑えるため、結合および解離フェーズに相当する最初のデータセグメントのみを適合に用いる。
【１６４８】
得られた抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３抗体のエピトープマッピング
ビアコアを用いて、抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３  ＨｕＭＡｂのエピトープグルーピング（ｅｐｉｔｏｐｅ  ｇｒｏｕｐｉｎｇ）を決定する。得られた抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３抗体を用いて、それぞれ、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３抗原上のそれらのエピトープをマッピングする。これらの異なる抗体を、同一のチップの３つの異なる表面上に、各々８０００ＲＵまでコーティングする。１０ｍｕｇ／ｍＬから開始して、ｍＡｂの各々の希釈を行い、Ｆｃ融合ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３（５０ｎＭ）と共に１時間インキュベートする。インキュベートした複合体を、３つの表面上すべて（およびブランク表面）に、１．５分間、流速２０ｍｕＬ／分で同時に注入する。１．５分間の終了後における各表面からのシグナルを、適切なブランクを引いた後に、複合体中のｍＡｂ濃度に対してプロットした。データの解析により、抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３抗体は、エピトープマッピングの結果に応じて、異なるエピトープ群に分類される。その機能特性も比較される。
【１６４９】
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３タンパク質を細胞表面で発現するチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞株を作成し、これを用いて、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３  ＨｕＭＡｂの特異性をフローサイトメトリーにより測定する。ＣＨＯ細胞を、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、もしくはＦＸＹＤ３抗原またはその変異体の膜貫通型をコードする完全長ｃＤＮＡを含む発現プラスミドでトランスフェクトする。Ｎ末端にエピトープタグを含むトランスフェクトションされたタンパク質を、エピトープに対して特異的である抗体による検出に用いる。抗ＶＳＩＧ１、抗ＩＬＤＲ１、抗ＬＯＣ２５３０１２、抗ＡＩ２１６６１１、抗Ｃ１ＯＲＦ３２、または抗ＦＸＹＤ３  ＭＡｂの結合の評価は、トランスフェクトされた細胞を、濃度１０ｍｕｇ／ｍｌのＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３  Ａｂの各々と共にインキュベートすることによって行う。細胞を洗浄し、ＦＩＴＣ‐標識抗ヒトＩｇＧ  Ａｂにより結合を検出する。ポジティブコントロールとしては、マウス抗エピトープタグＡｂ、およびこれに続く標識抗マウスＩｇＧを用いる。非特異的ヒトおよびマウスＡｂをネガティブコントロールとして用いる。得られたデータを用いて、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３抗原標的に対するＨｕＭＡｂの特異性を評価する。
【１６５０】
ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３に特異的であるこれらの抗体およびその他の抗体は、肺癌、結腸癌、および卵巣癌等の、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、もしくはＦＸＹＤ３抗原が差次的に発現される癌の治療等、前述の抗ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、もしくはＦＸＹＤ３に関連する治療に用いることができ、並びに／または、このような抗体が、例えば所望の標的癌細胞に対するＴ細胞活性の負の刺激を阻止するか、もしくはＴ細胞活性の正の刺激を阻止し、それによって所望の抗自己免疫効果を誘発する癌および自己免疫疾患の治療等、ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、もしくはＣ１ＯＲＦ３２抗原が関与するＢ７免疫共刺激の調節（促進または阻害）のために用いることができる。
【１６５１】
疾患または状態がＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、またはＦＸＹＤ３抗原に関連する場合の治療および診断方法として用いることが所望される抗ＶＳＩＧ１、ＩＬＤＲ１、ＬＯＣ２５３０１２、ＡＩ２１６６１１、Ｃ１ＯＲＦ３２、もしくはＦＸＹＤ３抗体の製造および選別に関連して、本発明を説明し、予測的な実施形態を提供した。本発明を、以下の請求項によりさらに説明する。
【図１】
0005607530.tif 000252
【図２】
0005607530.tif 000253
【図３Ａ】
0005607530.tif 000254
【図３Ｂ】
0005607530.tif 000255
【図３Ｃ】
0005607530.tif 000256
【図３Ｄ】
0005607530.tif 000257
【図３Ｅ】
0005607530.tif 000258
【図４】
0005607530.tif 000259
【図５】
0005607530.tif 000260
【図６Ａ】
0005607530.tif 000261
【図６Ｂ】
0005607530.tif 000262
【図７】
0005607530.tif 000263
【図８】
0005607530.tif 000264
【図９】
0005607530.tif 000265
【図１０】
0005607530.tif 000266
【図１１】
0005607530.tif 000267
【図１２Ａ】
0005607530.tif 000268
【図１２Ｂ】
0005607530.tif 000269
【図１３】
0005607530.tif 000270
【図１４】
0005607530.tif 000271
【図１５】
0005607530.tif 000272
【図１６Ａ】
0005607530.tif 000273
【図１６Ｂ】
0005607530.tif 000274
【図１６Ｃ】
0005607530.tif 000275
【図１７】
0005607530.tif 000276
【図１８】
0005607530.tif 000277
【図１９】
0005607530.tif 000278
【図２０】
0005607530.tif 000279
【図２１】
0005607530.tif 000280
【図２２】
0005607530.tif 000281
【図２３】
0005607530.tif 000282
【図２４】
0005607530.tif 000283
【図２５】
0005607530.tif 000284
【図２６】
0005607530.tif 000285
【図２７】
0005607530.tif 000286
【図２８】
0005607530.tif 000287
【図２９】
0005607530.tif 000288
【図３０Ａ】
0005607530.tif 000289
【図３０Ｂ】
0005607530.tif 000290
【図３０Ｃ】
0005607530.tif 000291
【図３０Ｄ】
0005607530.tif 000292
【図３０Ｅ】
0005607530.tif 000293
【図３０Ｆ】
0005607530.tif 000294
【図３０Ｇ】
0005607530.tif 000295
【図３０Ｈ】
0005607530.tif 000296
【図３１】
0005607530.tif 000297
【図３２】
0005607530.tif 000298
【図３３】
0005607530.tif 000299
【図３４】
0005607530.tif 000300
【図３５Ａ】
0005607530.tif 000301
【図３５Ｂ】
0005607530.tif 000302
【図３６】
0005607530.tif 000303
【図３７】
0005607530.tif 000304
【図３８Ａ】
0005607530.tif 000305
【図３８Ｂ】
0005607530.tif 000306
【図３９】
0005607530.tif 000307
【図４０】
0005607530.tif 000308
【図４１Ａ】
0005607530.tif 000309
【図４１Ｂ】
0005607530.tif 000310
【図４２】
0005607530.tif 000311
【図４３】
0005607530.tif 000312
【図４４】
0005607530.tif 000313
【図４５Ａ】
0005607530.tif 000314
【図４５Ｂ】
0005607530.tif 000315
【図４６】
0005607530.tif 000316
【図４７】
0005607530.tif 000317
【図４８】
0005607530.tif 000318
【図４９Ａ】
0005607530.tif 000319
【図４９Ｂ】
0005607530.tif 000320
【図４９Ｃ】
0005607530.tif 000321
【図４９Ｄ】
0005607530.tif 000322
【図４９Ｅ】
0005607530.tif 000323
【図５０】
0005607530.tif 000324
【図５１】
0005607530.tif 000325
【図５２】
0005607530.tif 000326
【図５３】
0005607530.tif 000327
【図５４】
0005607530.tif 000328
【図５５】
0005607530.tif 000329
【図５６Ａ】
0005607530.tif 000330
【図５６Ｂ】
0005607530.tif 000331
【図５６Ｃ】
0005607530.tif 000332
【図５６Ｄ】
0005607530.tif 000333
【図５６Ｅ】
0005607530.tif 000334
【図５６Ｆ】
0005607530.tif 000335
【図５６Ｇ】
0005607530.tif 000336
【図５６Ｈ】
0005607530.tif 000337
【図５６Ｉ】
0005607530.tif 000338
【図５６Ｊ】
0005607530.tif 000339
【図５７Ａ】
0005607530.tif 000340
【図５７Ｂ】
0005607530.tif 000341
【図５７Ｃ】
0005607530.tif 000342
【図５７Ｄ】
0005607530.tif 000343
【図５７Ｅ】
0005607530.tif 000344
【図５７Ｆ】
0005607530.tif 000345
【図５７Ｇ】
0005607530.tif 000346
【図５７Ｈ】
0005607530.tif 000347
【図５７Ｉ】
0005607530.tif 000348
【図５７Ｊ】
0005607530.tif 000349
【図５８Ａ】
0005607530.tif 000350
【図５８Ｂ】
0005607530.tif 000351
【図５８Ｃ】
0005607530.tif 000352
【図５８Ｄ】
0005607530.tif 000353
【図５８Ｅ】
0005607530.tif 000354
【図５８Ｆ】
0005607530.tif 000355
【図５９Ａ】
0005607530.tif 000356
【図５９Ｂ】
0005607530.tif 000357
【図５９Ｃ】
0005607530.tif 000358
【図５９Ｄ】
0005607530.tif 000359
【図５９Ｅ】
0005607530.tif 000360
【図５９Ｆ】
0005607530.tif 000361
【図６０Ａ】
0005607530.tif 000362
【図６０Ｂ】
0005607530.tif 000363
【図６０Ｃ】
0005607530.tif 000364
【図６０Ｄ】
0005607530.tif 000365
【図６０Ｅ】
0005607530.tif 000366
【図６０Ｆ】
0005607530.tif 000367
【図６１】
0005607530.tif 000368
【図６２Ａ】
0005607530.tif 000369
【図６２Ｂ】
0005607530.tif 000370
【図６２Ｃ】
0005607530.tif 000371
【図６２Ｄ】
0005607530.tif 000372
【図６２Ｅ】
0005607530.tif 000373
【図６３】
0005607530.tif 000374
【図６４Ａ】
0005607530.tif 000375
【図６４Ｂ】
0005607530.tif 000376
【図６５Ａ】
0005607530.tif 000377
【図６５Ｂ】
0005607530.tif 000378
【図６６Ａ】
0005607530.tif 000379
【図６６Ｂ】
0005607530.tif 000380
【図６７Ａ】
0005607530.tif 000381
【図６７Ｂ】
0005607530.tif 000382
【図６７Ｃ】
0005607530.tif 000383
【図６８Ａ−１】
0005607530.tif 000384
【図６８Ａ−２】
0005607530.tif 000385
【図６８Ａ−３】
0005607530.tif 000386
【図６８Ａ−４】
0005607530.tif 000387
【図６８Ｂ−１】
0005607530.tif 000388
【図６８Ｂ−２】
0005607530.tif 000389
【図６８Ｃ−１】
0005607530.tif 000390
【図６８Ｃ−２】
0005607530.tif 000391
【図６９】
0005607530.tif 000392
【配列表】
0005607530000001.app