(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
治療を受けたＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎の被験者から採取された血液における遺伝子の発現量を指標として、前記被験者に対する前記治療の効果を予測する材料を提供する方法であって、
前記遺伝子は、以下の（ａ−１）〜（ａ−３５）および（ｂ−１）〜（ｂ−３）からなる群から選択される１種類または２種類以上の遺伝子である、
治療の効果を予測する材料を提供する方法。
（ａ−１）ＣＬＣをコードする遺伝子
（ａ−２）ＩＦＩＴ１をコードする遺伝子
（ａ−４）ＣＣＲ３をコードする遺伝子
（ａ−１１）ＥＭＲ１をコードする遺伝子
（ａ−１３）ＯＡＳＬをコードする遺伝子
（ａ−１５）ＩＦＩＴ５をコードする遺伝子
（ａ−１７）ＦＦＡＲ２をコードする遺伝子
（ａ−１９）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｈをコードする遺伝子
（ａ−２１）ＣＴＳＬ１をコードする遺伝子
（ａ−２４）ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＥをコードする遺伝子
（ａ−３１）ＯＡＳ２をコードする遺伝子
（ａ−３３）ＬＴＢをコードする遺伝子
（ａ−３５）ＡＤＭをコードする遺伝子
（ｂ−１）ＡＤＡＭ２８をコードする遺伝子
（ｂ−２）ＣＥＡＣＡＭ８をコードする遺伝子
（ｂ−３）ＣＯＬ９Ａ２をコードする遺伝子
【請求項２】
前記（ａ−１）〜（ａ−３５）から選択された１種類または２種類以上の遺伝子の発現量を指標とする方法であって、前記治療を受けてから所定の時間が経過した時の遺伝子の発現量が、その時より前の所定の時の遺伝子の発現量に比べて減少しているときに、前記治療が前記被験者に対して有効であると予測する材料を提供する、請求項１に記載の治療の効果を予測する材料を提供する方法。
【請求項３】
前記（ｂ−１）〜（ｂ−３）から選択された１種類または２種類以上の遺伝子の発現量を指標とする方法であって、前記治療を受けてから所定の時間が経過した時の遺伝子の発現量が、その時より前の所定の時の遺伝子の発現量に比べて増加しているときに、前記治療が前記被験者に対して有効であると予測する材料を提供する、請求項１に記載の治療の効果を予測する材料を提供する方法。
【請求項４】
前記（ａ−１）〜（ａ−３５）および（ｂ−１）〜（ｂ−３）からなる群の１６種類すべての遺伝子の発現量を指標とする、請求項１に記載の治療の効果を予測する材料を提供する方法。
【請求項５】
前記治療は、薬剤の投与である、請求項１に記載の治療の効果を予測する材料を提供する方法。
【請求項６】
前記薬剤は、免疫抑制剤、ステロイド系薬剤または生物学的製剤である、請求項５に記載の治療の効果を予測する材料を提供する方法。
【請求項７】
前記薬剤の投与は、免疫抑制剤の投与およびステロイド系薬剤の投与の組み合わせであり、
前記免疫抑制剤は、シクロホスファミドであり、
前記ステロイド系薬剤は、メチルプレドニゾロンまたはプレドニゾロンである、
請求項５に記載の治療の効果を予測する材料を提供する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎の被験者に対する治療の効果を予測する材料を提供する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
自己免疫疾患は、免疫系が自己の正常な細胞や組織を標的として攻撃してしまうことで症状をきたす疾患の総称であり、血管炎症候群などの様々な疾患が自己免疫疾患として報告されている。自己免疫疾患の治療方法は疾患により異なるが、免疫系の異常が疾患の原因となっていることから、多くの疾患では免疫抑制剤やステロイド系薬剤などが治療に用いられている。例えば、血管炎症候群の一つであるＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎（顕微鏡的多発血管炎）の場合は、免疫抑制剤であるシクロホスファミドの投与とステロイド系薬剤であるメチルプレドニゾロン（またはプレドニゾロン）の投与との併用療法により、３〜６ヶ月かけて治療を行う方法が標準的な治療方法となっている（非特許文献１）。
【非特許文献１】「ＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎に対する標準的治療プロトコールの有用性を明らかにする前向き臨床試験」厚生労働科学研究費補助金・難治性疾患克服研究事業：難治性血管炎に関する調査研究、平成１６年度総括・分担研究報告書：ｐ．２２４〜２２６、２００７年。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００３】
しかしながら、従来、免疫抑制剤の投与などにより自己免疫疾患の治療を試みても、その治療効果が判明するのは治療開始後数週間以上経過してからという問題があった。
【０００４】
すなわち、自己免疫疾患に有効と思われている薬剤を患者に投与しても、すべての患者にその薬剤が効くわけではなく、一部の患者では治療開始後数週間経過してから初めてその薬剤が効かないことが判明することがあった。例えば、免疫抑制剤の投与は感染のリスクを高めるという副作用があるが、免疫抑制剤がその患者において有効であるかどうかは治療開始後数週間以上経過して初めて判明するため、患者によってはまったく治療効果がない上に、感染症に罹患してしまうという事態になることもあった。
【０００５】
本発明は、かかる点に鑑みてなされたものであり、自己免疫疾患の患者に対して薬剤の投与を行った際に、当該薬剤が当該患者に対して有効であるか否かを早期に予測することができる、治療効果の予測方法を提供することを第一の目的とする。
【０００６】
また、本発明は、自己免疫疾患に対して治療効果を有する物質をスクリーニングすることができる、自己免疫疾患に対して治療効果を有する物質のスクリーニング方法を提供することを第二の目的とする。
【０００７】
さらに、本発明は、上記予測方法およびスクリーニング方法に利用することができる、オリゴ／ポリヌクレオチドアレイを提供することを第三の目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明者は、鋭意研究を行った結果、自己免疫疾患に対する治療効果と遺伝子の発現量が相関する７４の遺伝子を見出し、さらに検討を加えて本発明を完成させた。
【０００９】
すなわち、本発明の第一は、以下の治療効果の予測方法に関する。
［１］治療を受けた自己免疫疾患の被験者から採取された血液における遺伝子の発現量を指標として、前記被験者に対する前記治療の効果を予測する方法であって、前記遺伝子は、以下の（ａ−１）〜（ａ−５９）および（ｂ−１）〜（ｂ−１５）からなる群から選択される１種類または２種類以上の遺伝子である、予測方法。
（ａ−１）ＣＬＣをコードする遺伝子
（ａ−２）ＩＦＩＴ１をコードする遺伝子
（ａ−３）ＩＦＩＴ３をコードする遺伝子
（ａ−４）ＣＣＲ３をコードする遺伝子
（ａ−５）ＨＥＲＣ５をコードする遺伝子
（ａ−６）ＮＧＦＲＡＰ１をコードする遺伝子
（ａ−７）ＴＮＦＳＦ１０をコードする遺伝子
（ａ−８）ＦＧＬ２をコードする遺伝子
（ａ−９）ＭＸ１をコードする遺伝子
（ａ−１０）ＣＣＲ１をコードする遺伝子
（ａ−１１）ＥＭＲ１をコードする遺伝子
（ａ−１２）ＸＩＡＰ関連因子−１をコードする遺伝子
（ａ−１３）ＯＡＳＬをコードする遺伝子
（ａ−１４）ＯＡＳ１をコードする遺伝子
（ａ−１５）ＩＦＩＴ５をコードする遺伝子
（ａ−１６）ＷＳＢ２をコードする遺伝子
（ａ−１７）ＦＦＡＲ２をコードする遺伝子
（ａ−１８）ＩＳＧ１５をコードする遺伝子
（ａ−１９）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｈをコードする遺伝子
（ａ−２０）ＩＦＩ６をコードする遺伝子
（ａ−２１）ＣＴＳＬ１をコードする遺伝子
（ａ−２２）ＧＢＰ１をコードする遺伝子
（ａ−２３）ＩＲＦ７をコードする遺伝子
（ａ−２４）ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＥをコードする遺伝子
（ａ−２５）ＩＦＩＨ１をコードする遺伝子
（ａ−２６）ＭＭＤをコードする遺伝子
（ａ−２７）ＣＤ３６をコードする遺伝子
（ａ−２８）ＭＴ２Ａをコードする遺伝子
（ａ−２９）ＰＳＭＢ９をコードする遺伝子
（ａ−３０）ＰＬＳＣＲ１をコードする遺伝子
（ａ−３１）ＯＡＳ２をコードする遺伝子
（ａ−３２）ＥＩＦ２ＡＫ２をコードする遺伝子
（ａ−３３）ＬＴＢをコードする遺伝子
（ａ−３４）ＭＳ４Ａ４Ａをコードする遺伝子
（ａ−３５）ＡＤＭをコードする遺伝子
（ａ−３６）ＯＡＳ３をコードする遺伝子
（ａ−３７）ＳＬＡＭＦ７をコードする遺伝子
（ａ−３８）ＤＤＸ５８をコードする遺伝子
（ａ−３９）ＧＮＧ１１をコードする遺伝子
（ａ−４０）ＴＳＣ２２Ｄ１をコードする遺伝子
（ａ−４１）ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＤをコードする遺伝子
（ａ−４２）ＩＦＩＴＭ３をコードする遺伝子
（ａ−４３）ＵＢＥ２Ｌ６をコードする遺伝子
（ａ−４４）Ｈ２ＢＦＳをコードする遺伝子
（ａ−４５）ＣＡＴをコードする遺伝子
（ａ−４６）ＳＣＯ２をコードする遺伝子
（ａ−４７）ＰＳＭＥ２をコードする遺伝子
（ａ−４８）ＳＴＡＴ１をコードする遺伝子
（ａ−４９）ＭＴＨＦＤ２をコードする遺伝子
（ａ−５０）ＭＴ１Ｘをコードする遺伝子
（ａ−５１）ＴＧＦＡをコードする遺伝子
（ａ−５２）ＧＰＲ１０９Ｂをコードする遺伝子
（ａ−５３）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｄをコードする遺伝子
（ａ−５４）ＩＦＩ４４Ｌをコードする遺伝子
（ａ−５５）Ｆ１３Ａ１をコードする遺伝子
（ａ−５６）ＣＸ３ＣＲ１をコードする遺伝子
（ａ−５７）ＦＣＧＲ１Ａをコードする遺伝子
（ａ−５８）ＩＬ１Ｂをコードする遺伝子
（ａ−５９）ＡＲＲＢ１をコードする遺伝子
（ｂ−１）ＡＤＡＭ２８をコードする遺伝子
（ｂ−２）ＣＥＡＣＡＭ８をコードする遺伝子
（ｂ−３）ＣＯＬ９Ａ２をコードする遺伝子
（ｂ−４）ＤＥＦＡ４をコードする遺伝子
（ｂ−５）ＬＴＦをコードする遺伝子
（ｂ−６）ＳＥＣ２３Ｂをコードする遺伝子
（ｂ−７）ＶＳＩＧ４をコードする遺伝子
（ｂ−８）ＤＥＦＡ１をコードする遺伝子
（ｂ−９）ＣＤ１６３をコードする遺伝子
（ｂ−１０）ＲＵＮＤＣ３Ａをコードする遺伝子
（ｂ−１１）ＣＡＭＰをコードする遺伝子
（ｂ−１２）ＬＣＮ２をコードする遺伝子
（ｂ−１３）ＨＤＡＣ９をコードする遺伝子
（ｂ−１４）ＣＤ２４をコードする遺伝子
（ｂ−１５）ＩＬ１Ｒ２をコードする遺伝子
［２］前記（ａ−１）〜（ａ−５９）から選択された１種類または２種類以上の遺伝子の発現量を指標とする方法であって、前記治療を受けてから所定の時間が経過した時の遺伝子の発現量が、その時より前の所定の時の遺伝子の発現量に比べて減少しているときに、前記治療が前記被験者に対して有効であると予測する、［１］に記載の予測方法。
［３］前記（ｂ−１）〜（ｂ−１５）から選択された１種類または２種類以上の遺伝子の発現量を指標とする方法であって、前記治療を受けてから所定の時間が経過した時の遺伝子の発現量が、その時より前の所定の時の遺伝子の発現量に比べて増加しているときに、前記治療が前記被験者に対して有効であると予測する、［１］または［２］に記載の予測方法。
［４］前記自己免疫疾患は、血管炎症候群である、［１］〜［３］のいずれかに記載の予測方法。
［５］前記血管炎症候群は、ＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎である、［４］に記載の予測方法。
［６］前記治療は、薬剤の投与である、［１］〜［５］のいずれかに記載の予測方法。
［７］前記薬剤は、免疫抑制剤、ステロイド系薬剤または生物学的製剤である、［６］に記載の予測方法。
［８］前記薬剤の投与は、免疫抑制剤の投与およびステロイド系薬剤の投与の組み合わせであり、前記免疫抑制剤は、シクロホスファミドであり、前記ステロイド系薬剤は、メチルプレドニゾロンまたはプレドニゾロンである、［６］に記載の予測方法。
【００１０】
また、本発明の第二は、以下のスクリーニング方法に関する。
［９］自己免疫疾患の非ヒトモデル動物に試験物質を投与するステップと、前記モデル動物の血液における遺伝子の発現量を指標として、前記試験物質の前記自己免疫疾患に対する治療効果を判定するステップと、を含む、自己免疫疾患に対して治療効果を有する物質のスクリーニング方法であって、前記遺伝子は、以下の（ａ−１）〜（ａ−５９）および（ｂ−１）〜（ｂ−１５）からなる群から選択される１種類または２種類以上の遺伝子である、スクリーニング方法。
（ａ−１）ＣＬＣをコードする遺伝子
（ａ−２）ＩＦＩＴ１をコードする遺伝子
（ａ−３）ＩＦＩＴ３をコードする遺伝子
（ａ−４）ＣＣＲ３をコードする遺伝子
（ａ−５）ＨＥＲＣ５をコードする遺伝子
（ａ−６）ＮＧＦＲＡＰ１をコードする遺伝子
（ａ−７）ＴＮＦＳＦ１０をコードする遺伝子
（ａ−８）ＦＧＬ２をコードする遺伝子
（ａ−９）ＭＸ１をコードする遺伝子
（ａ−１０）ＣＣＲ１をコードする遺伝子
（ａ−１１）ＥＭＲ１をコードする遺伝子
（ａ−１２）ＸＩＡＰ関連因子−１をコードする遺伝子
（ａ−１３）ＯＡＳＬをコードする遺伝子
（ａ−１４）ＯＡＳ１をコードする遺伝子
（ａ−１５）ＩＦＩＴ５をコードする遺伝子
（ａ−１６）ＷＳＢ２をコードする遺伝子
（ａ−１７）ＦＦＡＲ２をコードする遺伝子
（ａ−１８）ＩＳＧ１５をコードする遺伝子
（ａ−１９）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｈをコードする遺伝子
（ａ−２０）ＩＦＩ６をコードする遺伝子
（ａ−２１）ＣＴＳＬ１をコードする遺伝子
（ａ−２２）ＧＢＰ１をコードする遺伝子
（ａ−２３）ＩＲＦ７をコードする遺伝子
（ａ−２４）ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＥをコードする遺伝子
（ａ−２５）ＩＦＩＨ１をコードする遺伝子
（ａ−２６）ＭＭＤをコードする遺伝子
（ａ−２７）ＣＤ３６をコードする遺伝子
（ａ−２８）ＭＴ２Ａをコードする遺伝子
（ａ−２９）ＰＳＭＢ９をコードする遺伝子
（ａ−３０）ＰＬＳＣＲ１をコードする遺伝子
（ａ−３１）ＯＡＳ２をコードする遺伝子
（ａ−３２）ＥＩＦ２ＡＫ２をコードする遺伝子
（ａ−３３）ＬＴＢをコードする遺伝子
（ａ−３４）ＭＳ４Ａ４Ａをコードする遺伝子
（ａ−３５）ＡＤＭをコードする遺伝子
（ａ−３６）ＯＡＳ３をコードする遺伝子
（ａ−３７）ＳＬＡＭＦ７をコードする遺伝子
（ａ−３８）ＤＤＸ５８をコードする遺伝子
（ａ−３９）ＧＮＧ１１をコードする遺伝子
（ａ−４０）ＴＳＣ２２Ｄ１をコードする遺伝子
（ａ−４１）ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＤをコードする遺伝子
（ａ−４２）ＩＦＩＴＭ３をコードする遺伝子
（ａ−４３）ＵＢＥ２Ｌ６をコードする遺伝子
（ａ−４４）Ｈ２ＢＦＳをコードする遺伝子
（ａ−４５）ＣＡＴをコードする遺伝子
（ａ−４６）ＳＣＯ２をコードする遺伝子
（ａ−４７）ＰＳＭＥ２をコードする遺伝子
（ａ−４８）ＳＴＡＴ１をコードする遺伝子
（ａ−４９）ＭＴＨＦＤ２をコードする遺伝子
（ａ−５０）ＭＴ１Ｘをコードする遺伝子
（ａ−５１）ＴＧＦＡをコードする遺伝子
（ａ−５２）ＧＰＲ１０９Ｂをコードする遺伝子
（ａ−５３）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｄをコードする遺伝子
（ａ−５４）ＩＦＩ４４Ｌをコードする遺伝子
（ａ−５５）Ｆ１３Ａ１をコードする遺伝子
（ａ−５６）ＣＸ３ＣＲ１をコードする遺伝子
（ａ−５７）ＦＣＧＲ１Ａをコードする遺伝子
（ａ−５８）ＩＬ１Ｂをコードする遺伝子
（ａ−５９）ＡＲＲＢ１をコードする遺伝子
（ｂ−１）ＡＤＡＭ２８をコードする遺伝子
（ｂ−２）ＣＥＡＣＡＭ８をコードする遺伝子
（ｂ−３）ＣＯＬ９Ａ２をコードする遺伝子
（ｂ−４）ＤＥＦＡ４をコードする遺伝子
（ｂ−５）ＬＴＦをコードする遺伝子
（ｂ−６）ＳＥＣ２３Ｂをコードする遺伝子
（ｂ−７）ＶＳＩＧ４をコードする遺伝子
（ｂ−８）ＤＥＦＡ１をコードする遺伝子
（ｂ−９）ＣＤ１６３をコードする遺伝子
（ｂ−１０）ＲＵＮＤＣ３Ａをコードする遺伝子
（ｂ−１１）ＣＡＭＰをコードする遺伝子
（ｂ−１２）ＬＣＮ２をコードする遺伝子
（ｂ−１３）ＨＤＡＣ９をコードする遺伝子
（ｂ−１４）ＣＤ２４をコードする遺伝子
（ｂ−１５）ＩＬ１Ｒ２をコードする遺伝子
［１０］前記（ａ−１）〜（ａ−５９）から選択された１種類または２種類以上の遺伝子の発現量を指標とする方法であって、前記試験物質を投与してから所定の時間が経過した時の遺伝子の発現量が、その時より前の所定の時の遺伝子の発現量に比べて減少しているときに、前記試験物質が前記自己免疫疾患に対して治療効果があると判定する、［９］に記載のスクリーニング方法。
［１１］前記（ｂ−１）〜（ｂ−１５）から選択された１種類または２種類以上の遺伝子の発現量を指標とする方法であって、前記試験物質を投与してから所定の時間が経過した時の遺伝子の発現量が、その時より前の所定の時の遺伝子の発現量に比べて増加しているときに、前記試験物質が前記自己免疫疾患に対して治療効果があると判定する、［９］または［１０］に記載のスクリーニング方法。
［１２］前記自己免疫疾患は、血管炎症候群である、［９］〜［１１］のいずれかに記載のスクリーニング方法。
［１３］前記血管炎症候群は、ＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎である、［１２］に記載のスクリーニング方法。
【００１１】
また、本発明の第三は、以下のオリゴ／ポリヌクレオチドアレイに関する。
［１４］自己免疫疾患を治療するための医薬物または候補医薬物の効果を判定するためのオリゴ／ポリヌクレオチドアレイであって、支持体と、前記支持体に固定された２種類以上のオリゴ／ポリヌクレオチドとを有し、前記２種類以上のオリゴ／ポリヌクレオチドは、以下の（ｃ−１）〜（ｃ−７４）からなる群から選択される、オリゴ／ポリヌクレオチドアレイ。
（ｃ−１）ＣＬＣをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２）ＩＦＩＴ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３）ＩＦＩＴ３をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４）ＣＣＲ３をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５）ＨＥＲＣ５をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６）ＮＧＦＲＡＰ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７）ＴＮＦＳＦ１０をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−８）ＦＧＬ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−９）ＭＸ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１０）ＣＣＲ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１１）ＥＭＲ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１２）ＸＩＡＰ関連因子−１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１３）ＯＡＳＬをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１４）ＯＡＳ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１５）ＩＦＩＴ５をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１６）ＷＳＢ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１７）ＦＦＡＲ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１８）ＩＳＧ１５をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１９）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｈをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２０）ＩＦＩ６をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２１）ＣＴＳＬ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２２）ＧＢＰ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２３）ＩＲＦ７をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２４）ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＥをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２５）ＩＦＩＨ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２６）ＭＭＤをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２７）ＣＤ３６をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２８）ＭＴ２Ａをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２９）ＰＳＭＢ９をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３０）ＰＬＳＣＲ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３１）ＯＡＳ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３２）ＥＩＦ２ＡＫ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３３）ＬＴＢをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３４）ＭＳ４Ａ４Ａをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３５）ＡＤＭをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３６）ＯＡＳ３をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３７）ＳＬＡＭＦ７をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３８）ＤＤＸ５８をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３９）ＧＮＧ１１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４０）ＴＳＣ２２Ｄ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４１）ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＤをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４２）ＩＦＩＴＭ３をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４３）ＵＢＥ２Ｌ６をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４４）Ｈ２ＢＦＳをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４５）ＣＡＴをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４６）ＳＣＯ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４７）ＰＳＭＥ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４８）ＳＴＡＴ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４９）ＭＴＨＦＤ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５０）ＭＴ１Ｘをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５１）ＴＧＦＡをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５２）ＧＰＲ１０９Ｂをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５３）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｄをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５４）ＩＦＩ４４Ｌをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５５）Ｆ１３Ａ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５６）ＣＸ３ＣＲ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５７）ＦＣＧＲ１Ａをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５８）ＩＬ１Ｂをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５９）ＡＲＲＢ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６０）ＡＤＡＭ２８をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６１）ＣＥＡＣＡＭ８をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６２）ＣＯＬ９Ａ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６３）ＤＥＦＡ４をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６４）ＬＴＦをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６５）ＳＥＣ２３Ｂをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６６）ＶＳＩＧ４をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６７）ＤＥＦＡ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６８）ＣＤ１６３をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６９）ＲＵＮＤＣ３Ａをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７０）ＣＡＭＰをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７１）ＬＣＮ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７２）ＨＤＡＣ９をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７３）ＣＤ２４をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７４）ＩＬ１Ｒ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
【発明の効果】
【００１２】
本発明の治療効果の予測方法によれば、自己免疫疾患の被験者に対して薬剤を投与した際に、当該薬剤が当該被験者に対して有効であるか否かを早期に予測することができる。したがって、医師は、この予測結果に基づいて、当該薬剤を当該被験者に使用するか否かを早い段階で適切に判断することができる。
【００１３】
本発明のスクリーニング方法によれば、自己免疫疾患に対して治療効果を有する物質を迅速にスクリーニングすることができる。
【００１４】
本発明のオリゴ／ポリヌクレオチドアレイによれば、２種類以上の遺伝子について発現解析を同時に並行して行うことができるため、上記治療効果の予測方法およびスクリーニング方法を迅速に行うことができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１５】
１．本発明の治療効果の予測方法
本発明の予測方法は、自己免疫疾患の被験者に対して治療を行うときに、その治療がその被験者に有効であるかどうかを予測するための方法であって、その被験者の血液における以下のａ群およびｂ群からなる群から選択される１種類または２種類以上の遺伝子の発現量を指標として予測することを特徴とする。
【００１６】
［ａ群］
（ａ−１）ＣＬＣ（Charcot-Leyden crystal protein）をコードする遺伝子
（ａ−２）ＩＦＩＴ１（interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1）をコードする遺伝子
（ａ−３）ＩＦＩＴ３（interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3）をコードする遺伝子
（ａ−４）ＣＣＲ３（chemokine (C-C motif) receptor 3）をコードする遺伝子
（ａ−５）ＨＥＲＣ５（hect domain and RLD 5）をコードする遺伝子
（ａ−６）ＮＧＦＲＡＰ１（nerve growth factor receptor (TNFRSF16) associated protein 1）をコードする遺伝子
（ａ−７）ＴＮＦＳＦ１０（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 10）をコードする遺伝子
（ａ−８）ＦＧＬ２（fibrinogen-like 2）をコードする遺伝子
（ａ−９）ＭＸ１（myxovirus (influenza virus) resistance 1, interferon-inducible protein p78 (mouse)）をコードする遺伝子
（ａ−１０）ＣＣＲ１（chemokine (C-C motif) receptor 1）をコードする遺伝子
（ａ−１１）ＥＭＲ１（egf-like module containing, mucin-like, hormone receptor-like 1）をコードする遺伝子
（ａ−１２）ＸＩＡＰ関連因子−１（XIAP associated factor-1）をコードする遺伝子
（ａ−１３）ＯＡＳＬ（2'-5'-oligoadenylate synthetase-like）をコードする遺伝子
（ａ−１４）ＯＡＳ１（2',5'-oligoadenylate synthetase 1, 40/46kDa）をコードする遺伝子
（ａ−１５）ＩＦＩＴ５（interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 5）をコードする遺伝子
（ａ−１６）ＷＳＢ２（WD repeat and SOCS box-containing 2）をコードする遺伝子
（ａ−１７）ＦＦＡＲ２（free fatty acid receptor 2）をコードする遺伝子
（ａ−１８）ＩＳＧ１５（ISG15 ubiquitin-like modifier）をコードする遺伝子
（ａ−１９）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｈ（histone cluster 1, H3h）をコードする遺伝子
（ａ−２０）ＩＦＩ６（interferon, alpha-inducible protein 6）をコードする遺伝子
（ａ−２１）ＣＴＳＬ１（cathepsin L1）をコードする遺伝子
（ａ−２２）ＧＢＰ１（guanylate binding protein 1, interferon-inducible, 67kDa）をコードする遺伝子
（ａ−２３）ＩＲＦ７（interferon regulatory factor 7）をコードする遺伝子
（ａ−２４）ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＥ（histone cluster 2, H2be）をコードする遺伝子
（ａ−２５）ＩＦＩＨ１（interferon induced with helicase C domain 1）をコードする遺伝子
（ａ−２６）ＭＭＤ（monocyte to macrophage differentiation-associated）をコードする遺伝子
（ａ−２７）ＣＤ３６（CD36 molecule (thrombospondin receptor)）をコードする遺伝子
（ａ−２８）ＭＴ２Ａ（metallothionein 2A）をコードする遺伝子
（ａ−２９）ＰＳＭＢ９（proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type, 9 (large multifunctional peptidase 2)）をコードする遺伝子
（ａ−３０）ＰＬＳＣＲ１（phospholipid scramblase 1）をコードする遺伝子
（ａ−３１）ＯＡＳ２（2'-5'-oligoadenylate synthetase 2, 69/71kDa）をコードする遺伝子
（ａ−３２）ＥＩＦ２ＡＫ２（eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 2）をコードする遺伝子
（ａ−３３）ＬＴＢ（lymphotoxin beta (TNF superfamily, member 3)）をコードする遺伝子
（ａ−３４）ＭＳ４Ａ４Ａ（membrane-spanning 4-domains, subfamily A, member 4）をコードする遺伝子
（ａ−３５）ＡＤＭ（adrenomedullin）をコードする遺伝子
（ａ−３６）ＯＡＳ３（2'-5'-oligoadenylate synthetase 3, 100kDa）をコードする遺伝子
（ａ−３７）ＳＬＡＭＦ７（SLAM family member 7）をコードする遺伝子
（ａ−３８）ＤＤＸ５８（DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 58）をコードする遺伝子
（ａ−３９）ＧＮＧ１１（guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 11）をコードする遺伝子
（ａ−４０）ＴＳＣ２２Ｄ１（TSC22 domain family, member 1）をコードする遺伝子
（ａ−４１）ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＤ（histone cluster 1, H2bd）をコードする遺伝子
（ａ−４２）ＩＦＩＴＭ３（interferon induced transmembrane protein 3 (1-8U)）をコードする遺伝子
（ａ−４３）ＵＢＥ２Ｌ６（ubiquitin-conjugating enzyme E2L 6）をコードする遺伝子
（ａ−４４）Ｈ２ＢＦＳ（H2B histone family, member S）をコードする遺伝子
（ａ−４５）ＣＡＴ（catalase）をコードする遺伝子
（ａ−４６）ＳＣＯ２（SCO cytochrome oxidase deficient homolog 2 (yeast)）をコードする遺伝子
（ａ−４７）ＰＳＭＥ２（proteasome (prosome, macropain) activator subunit 2 (PA28 beta)）をコードする遺伝子
（ａ−４８）ＳＴＡＴ１（signal transducer and activator of transcription 1, 91kDa）をコードする遺伝子
（ａ−４９）ＭＴＨＦＤ２（methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+ dependent) 2, methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase）をコードする遺伝子
（ａ−５０）ＭＴ１Ｘ（metallothionein 1X）をコードする遺伝子
（ａ−５１）ＴＧＦＡ（transforming growth factor, alpha）をコードする遺伝子
（ａ−５２）ＧＰＲ１０９Ｂ（G protein-coupled receptor 109B）をコードする遺伝子
（ａ−５３）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｄ（histone cluster 1, H3d）をコードする遺伝子
（ａ−５４）ＩＦＩ４４Ｌ（interferon-induced protein 44-like）をコードする遺伝子
（ａ−５５）Ｆ１３Ａ１（coagulation factor XIII, A1 polypeptide）をコードする遺伝子
（ａ−５６）ＣＸ３ＣＲ１（chemokine (C-X3-C motif) receptor 1）をコードする遺伝子
（ａ−５７）ＦＣＧＲ１Ａ（Fc fragment of IgG, high affinity Ia, receptor (CD64)）をコードする遺伝子
（ａ−５８）ＩＬ１Ｂ（interleukin 1, beta）をコードする遺伝子
（ａ−５９）ＡＲＲＢ１（arrestin, beta 1）をコードする遺伝子
【００１７】
［ｂ群］
（ｂ−１）ＡＤＡＭ２８（ADAM metallopeptidase domain 28）をコードする遺伝子
（ｂ−２）ＣＥＡＣＡＭ８（carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 8）をコードする遺伝子
（ｂ−３）ＣＯＬ９Ａ２（collagen, type IX, alpha 2）をコードする遺伝子
（ｂ−４）ＤＥＦＡ４（defensin, alpha 4, corticostatin）をコードする遺伝子
（ｂ−５）ＬＴＦ（lactotransferrin）をコードする遺伝子
（ｂ−６）ＳＥＣ２３Ｂ（Sec23 homolog B (S. cerevisiae)）をコードする遺伝子
（ｂ−７）ＶＳＩＧ４（V-set and immunoglobulin domain containing 4）をコードする遺伝子
（ｂ−８）ＤＥＦＡ１（defensin, alpha 1）をコードする遺伝子
（ｂ−９）ＣＤ１６３（CD163 molecule）をコードする遺伝子
（ｂ−１０）ＲＵＮＤＣ３Ａ（RUN domain containing 3A (also known as RPIP8)）をコードする遺伝子
（ｂ−１１）ＣＡＭＰ（cathelicidin antimicrobial peptide）をコードする遺伝子
（ｂ−１２）ＬＣＮ２（lipocalin 2 (oncogene 24p3)）をコードする遺伝子
（ｂ−１３）ＨＤＡＣ９（histone deacetylase 9）をコードする遺伝子
（ｂ−１４）ＣＤ２４（CD24 molecule）をコードする遺伝子
（ｂ−１５）ＩＬ１Ｒ２（interleukin 1 receptor, type II）をコードする遺伝子
【００１８】
これらの遺伝子は、自己免疫疾患（ＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎）の患者を対象として、患者の予後と治療（免疫抑制療法）開始後の遺伝子発現量の変化との間に有意な相関が見られた遺伝子である。これらの遺伝子を抽出した手順を以下に説明する。
【００１９】
［網羅的遺伝子発現解析］
血管炎症候群（ＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎）の重症患者２０症例について、ＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎の標準的治療を開始する前と、治療を開始してから１週間後に各患者から採血して検体（末梢血１０ｍｌ）を得た。ここで「ＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎の標準的治療」とは、メチルプレドニゾロンパルス療法（０.５〜１.０ｇ／日、静注療法、３日間）またはプレドニゾロン経口投与（０.６〜１.０ｍｇ／ｋｇ／日または４０〜６０ｍｇ／日）と、シクロホスファミドパルス療法（０.５〜０.７５／ｍ２、静注療法、１回／月）またはシクロホスファミド経口投与（０.５〜２.０ｍｇ／ｋｇ／日または５０〜１００ｍｇ／日）との併用療法を意味し（非特許文献１参照）、メチルプレドニゾロンパルス療法またはプレドニゾロン経口投与の初日を「治療開始日」とした。
【００２０】
これら４０検体のそれぞれからPAXgene Blood RNA system（日本ベクトン・ディッキンソン株式会社）を用いてＲＮＡを抽出した。４０検体のそれぞれについてGeneChip（登録商標）Human Genome Focus Array（８７９７遺伝子搭載：アフィメトリクス・ジャパン株式会社）を用いて網羅的な遺伝子発現解析を行った。このチップでは、１つの遺伝子に対してパーフェクトマッチおよびミスマッチのプローブが少なくとも１１対設計されている。そこで、これらのプローブに対するシグナル強度の差（「パーフェクトマッチのプローブに対するシグナル強度」−「ミスマッチプローブに対するシグナル強度」）を各遺伝子の発現値とした。このとき、０.０１以下の発現値は、便宜的に０.０１とした。次いで、各チップに搭載されたすべての遺伝子の発現値の中央値（メディアン）を算出し、得られた中央値で当該チップにおける各遺伝子の発現値を割ることでチップ間の標準化を図った。さらに、全サンプルの標準化後の発現値から遺伝子ごとに中央値を算出し、得られた中央値で各サンプルの当該遺伝子の発現値を割ることで遺伝子間の標準化を図った。このようにすることで、チップ間（検体間）での各遺伝子の発現を比較可能とした。これらの実験方法は、すべて推奨されるプロトコールに従って行った。
【００２１】
［発現変動遺伝子の抽出］
サンプルを得た２０症例それぞれについて予後を調べたところ、図１に示すように、寛解が１０例、軽快（改善）が３例、死亡が３例、その他が４例であった。そこで、寛解または軽快（改善）した１３症例（２６検体）において治療前後で１.５倍以上の有意（ｐ＜０.０５）な発現変動を示した遺伝子を抽出した。その結果、８７９７遺伝子の中から、治療後に発現量が減少する５９遺伝子（ａ群）と発現量が増加する１５遺伝子（ｂ群）の合計７４遺伝子が抽出された（図２参照）。抽出された７４遺伝子について遺伝子のクラスタリングを行ったところ、図３に示すように、治療後に発現量が減少する遺伝子（ａ群）と発現量が増加する遺伝子（ｂ群）が明確に分かれた。抽出された７４遺伝子の名称、発現変化（減少または増加）、発現変動量および有意確率（ｐ値）を図４〜図６に示す。
【００２２】
以上のように、本発明の予測方法において指標とする遺伝子のうち、ａ群の遺伝子は、寛解または軽快した患者において治療開始後に遺伝子発現量が減少した遺伝子であり、ｂ群の遺伝子は、寛解または軽快した患者において遺伝子発現量が増加した遺伝子である。これらの遺伝子の塩基配列はすべて公知であり、上記各遺伝子の名称、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号およびＧｅｎＢａｎｋ ＲｅｆＳｅｑを図７〜図１１に示す。なお、上記各遺伝子の塩基配列は、図７〜図１１に示すアクセッション番号またはＲｅｆＳｅｑで示される塩基配列に限定されるわけではなく、それぞれのタンパク質をコードするものであれば特に限定されない。
【００２３】
本発明の予測方法において指標とする遺伝子は、ａ群およびｂ群からなる群から選択される１種類または２種類以上の遺伝子であれば特に限定されないが、上記抽出過程において算出された統計学的優位性（ｐ値：図４〜図６参照）に基づいて指標とする遺伝子を選択してもよい。この場合、本発明の予測方法において指標とする遺伝子は、ｐ値が小さいものを選択することが好ましく、例えばｐ＜０.０３の遺伝子を選択してもよいし、ｐ＜０.０１の遺伝子を選択してもよい。
【００２４】
例えば、ｐ値が小さい（ｐ＜０.０３２）以下の１６遺伝子の発現量を指標とすることで、実施例に示すように非常に高い精度で予後を予測することができる。
（ａ−１）ＣＬＣをコードする遺伝子
（ａ−２）ＩＦＩＴ１をコードする遺伝子
（ａ−４）ＣＣＲ３をコードする遺伝子
（ａ−１１）ＥＭＲ１をコードする遺伝子
（ａ−１３）ＯＡＳＬをコードする遺伝子
（ａ−１５）ＩＦＩＴ５をコードする遺伝子
（ａ−１７）ＦＦＡＲ２をコードする遺伝子
（ａ−１９）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｈをコードする遺伝子
（ａ−２１）ＣＴＳＬ１をコードする遺伝子
（ａ−２４）ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＥをコードする遺伝子
（ａ−３１）ＯＡＳ２をコードする遺伝子
（ａ−３３）ＬＴＢをコードする遺伝子
（ａ−３５）ＡＤＭをコードする遺伝子
（ｂ−１）ＡＤＡＭ２８をコードする遺伝子
（ｂ−２）ＣＥＡＣＡＭ８をコードする遺伝子
（ｂ−３）ＣＯＬ９Ａ２をコードする遺伝子
【００２５】
本発明の予測方法が対象とする疾患は、自己免疫疾患であれば特に限定されない。自己免疫疾患の例には血管炎症候群が含まれ、血管炎症候群の例にはＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎が含まれる。
【００２６】
本発明の予測方法が対象とする治療は、特に限定されず、例えば薬剤の投与（複数種類の薬剤の併用投与を含む）や血漿交換療法などである。薬剤の例には、シクロホスファミドなどの免疫抑制剤や、メチルプレドニゾロンまたはプレドニゾロンなどのステロイド系薬剤、生物学的製剤などが含まれる。
【００２７】
上記各遺伝子の発現量を調べるサンプル（検体）は、特に限定されないが、血液（末梢血）が好ましい。血液は、患者に負担をかけることなく容易に採取可能であるからである。血液における遺伝子の発現量を調べる際には、採取した血液から白血球（好中球、好酸球、好塩基球、リンパ球および単球）を分離してもよいが、採取した血液をそのまま発現量の解析に用いてもよい。血液を採取する量は、後述する遺伝子の発現量の変化を調べる方法に応じて適宜設定すればよい。
【００２８】
上記各遺伝子の発現量を指標として被験者に対する治療の効果を予測するには、例えば、治療を受けてから所定の時間（例えば、１週間）が経過した時の遺伝子の発現量と、その時より前の所定の時（例えば、治療開始直前）の遺伝子の発現量とを比較すればよい。上記ａ群に含まれる遺伝子は、自己免疫疾患の症状が改善すると発現量が減少する遺伝子であり、上記ｂ群に含まれる遺伝子は、自己免疫疾患の症状が改善すると発現量が増加する遺伝子である。したがって、上記ａ群に含まれる遺伝子について、治療を受けてから所定の時間が経過した時の遺伝子の発現量が、その時より前の所定の時の遺伝子の発現量に比べて減少しているときは、当該治療がその患者に対して効果があると予測する。同様に、上記ｂ群に含まれる遺伝子について、治療を受けてから所定の時間が経過した時の遺伝子の発現量が、その時より前の所定の時の遺伝子の発現量に比べて増加しているときは、当該治療がその患者に対して効果があると予測する。また、実施例に示すように、各遺伝子の発現量の変化が予後の予測に及ぼす影響に着目して予測式を求め、当該予測式を用いて治療の効果を予測してもよい。
【００２９】
上記各遺伝子の発現量の変化を調べるには、被験者から採取したサンプル中の転写産物（ｍＲＮＡ）または翻訳産物（タンパク質、ポリペプチドまたはこれらの断片）の量を測定すればよい。
【００３０】
サンプル中の転写産物（ｍＲＮＡ）の量を測定するには、上記各遺伝子のプローブを用いたハイブリダイゼーション技術や上記各遺伝子のプライマーを用いた遺伝子増幅技術などの公知の遺伝子解析技術を用いて測定すればよい。ハイブリダイゼーション技術の例には、ノーザンハイブリダイゼーション法、ドットブロット法、ＤＮＡマイクロアレイ（ＤＮＡチップ）法などが含まれる。遺伝子増幅技術の例には、ＲＴ−ＰＣＲ法やリアルタイムＰＣＲ法（検量線法、比較Ｃｔ法）などが含まれる。ハイブリダイゼーション技術または遺伝子増幅技術を用いて上記各遺伝子の発現量を測定する場合、上記（ａ−１）〜（ａ−５９）の遺伝子に対しては以下の（ｃ−１）〜（ｃ−５９）のオリゴ／ポリヌクレオチドを、上記（ｂ−１）〜（ｂ−１５）の遺伝子に対しては以下の（ｃ−６０）〜（ｃ−７４）のオリゴ／ポリヌクレオチドをプローブまたはプライマーとして用いることができる。
【００３１】
［ｃ群］
（ｃ−１）ＣＬＣをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２）ＩＦＩＴ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３）ＩＦＩＴ３をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４）ＣＣＲ３をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５）ＨＥＲＣ５をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６）ＮＧＦＲＡＰ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７）ＴＮＦＳＦ１０をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−８）ＦＧＬ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−９）ＭＸ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１０）ＣＣＲ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１１）ＥＭＲ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１２）ＸＩＡＰ関連因子−１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１３）ＯＡＳＬをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１４）ＯＡＳ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１５）ＩＦＩＴ５をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１６）ＷＳＢ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１７）ＦＦＡＲ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１８）ＩＳＧ１５をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−１９）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｈをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２０）ＩＦＩ６をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２１）ＣＴＳＬ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２２）ＧＢＰ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２３）ＩＲＦ７をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２４）ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＥをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２５）ＩＦＩＨ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２６）ＭＭＤをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２７）ＣＤ３６をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２８）ＭＴ２Ａをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−２９）ＰＳＭＢ９をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３０）ＰＬＳＣＲ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３１）ＯＡＳ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３２）ＥＩＦ２ＡＫ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３３）ＬＴＢをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３４）ＭＳ４Ａ４Ａをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３５）ＡＤＭをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３６）ＯＡＳ３をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３７）ＳＬＡＭＦ７をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３８）ＤＤＸ５８をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−３９）ＧＮＧ１１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４０）ＴＳＣ２２Ｄ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４１）ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＤをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４２）ＩＦＩＴＭ３をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４３）ＵＢＥ２Ｌ６をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４４）Ｈ２ＢＦＳをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４５）ＣＡＴをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４６）ＳＣＯ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４７）ＰＳＭＥ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４８）ＳＴＡＴ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−４９）ＭＴＨＦＤ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５０）ＭＴ１Ｘをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５１）ＴＧＦＡをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５２）ＧＰＲ１０９Ｂをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５３）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｄをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５４）ＩＦＩ４４Ｌをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５５）Ｆ１３Ａ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５６）ＣＸ３ＣＲ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５７）ＦＣＧＲ１Ａをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５８）ＩＬ１Ｂをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−５９）ＡＲＲＢ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６０）ＡＤＡＭ２８をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６１）ＣＥＡＣＡＭ８をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６２）ＣＯＬ９Ａ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６３）ＤＥＦＡ４をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６４）ＬＴＦをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６５）ＳＥＣ２３Ｂをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６６）ＶＳＩＧ４をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６７）ＤＥＦＡ１をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６８）ＣＤ１６３をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−６９）ＲＵＮＤＣ３Ａをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７０）ＣＡＭＰをコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７１）ＬＣＮ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７２）ＨＤＡＣ９をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７３）ＣＤ２４をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
（ｃ−７４）ＩＬ１Ｒ２をコードする核酸にハイブリダイズしうるオリゴ／ポリヌクレオチド
【００３２】
上記（ｃ−１）〜（ｃ−７４）において、タンパク質をコードする核酸の例には、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ｃＲＮＡなどが含まれる。オリゴ／ポリヌクレオチドを構成するヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチドおよび非天然型ヌクレオチドのいずれであってもよい。オリゴ／ポリヌクレオチドの塩基長は、特に限定されず、転写産物の量を測定する方法に応じて適宜設定すればよい。
【００３３】
上記各オリゴ／ポリヌクレオチドの塩基配列は、各オリゴ／ポリヌクレオチドがハイブリダイズしうる核酸の塩基配列に基づいて設計すればよい。例えば、上記ａ群およびｂ群に属する各遺伝子からコード領域（ＣＤＳ）を選択し、当該領域にハイブリダイズするようにオリゴ／ポリヌクレオチドの塩基配列を設計すればよい。また、コード領域の５'末端側または３'末端側に隣接する領域にハイブリダイズしうるように、あるいはコード領域からその５'末端側または３'末端側に隣接する領域にわたる領域にハイブリダイズしうるように設計してもよい。設計したオリゴ／ポリヌクレオチドについては、実際にプライマーやプローブとして利用して、目的とする核酸にハイブリダイズするか否かを確認することが好ましい。上記各オリゴ／ポリヌクレオチドには、制限酵素認識配列、タグ、蛍光色素、ラジオアイソトープなどの標識を付加してもよい。
【００３４】
サンプル中の翻訳産物（タンパク質、ポリペプチドまたはこれらの断片）の量を測定するには、抗体またはその断片を用いたウェスタンブロッティング法や免疫沈降法、ＥＬＩＳＡ法などの公知のタンパク質解析技術を用いて測定すればよい。タンパク質解析技術を用いて上記各遺伝子の発現量を測定する場合、上記（ａ−１）〜（ａ−５９）の遺伝子に対しては以下の（ｄ−１）〜（ｄ−５９）の抗体またはその断片を、上記（ｂ−１）〜（ｂ−１５）の遺伝子に対しては以下の（ｄ−６０）〜（ｄ−７４）の抗体またはその断片を用いることができる。
【００３５】
［ｄ群］
（ｄ−１）ＣＬＣに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−２）ＩＦＩＴ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−３）ＩＦＩＴ３に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−４）ＣＣＲ３に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−５）ＨＥＲＣ５に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−６）ＮＧＦＲＡＰ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−７）ＴＮＦＳＦ１０に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−８）ＦＧＬ２に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−９）ＭＸ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−１０）ＣＣＲ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−１１）ＥＭＲ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−１２）ＸＩＡＰ関連因子−１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−１３）ＯＡＳＬに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−１４）ＯＡＳ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−１５）ＩＦＩＴ５に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−１６）ＷＳＢ２に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−１７）ＦＦＡＲ２に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−１８）ＩＳＧ１５に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−１９）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｈに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−２０）ＩＦＩ６に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−２１）ＣＴＳＬ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−２２）ＧＢＰ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−２３）ＩＲＦ７に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−２４）ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＥに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−２５）ＩＦＩＨ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−２６）ＭＭＤに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−２７）ＣＤ３６に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−２８）ＭＴ２Ａに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−２９）ＰＳＭＢ９に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−３０）ＰＬＳＣＲ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−３１）ＯＡＳ２に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−３２）ＥＩＦ２ＡＫ２に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−３３）ＬＴＢに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−３４）ＭＳ４Ａ４Ａに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−３５）ＡＤＭに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−３６）ＯＡＳ３に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−３７）ＳＬＡＭＦ７に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−３８）ＤＤＸ５８に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−３９）ＧＮＧ１１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−４０）ＴＳＣ２２Ｄ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−４１）ＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＤに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−４２）ＩＦＩＴＭ３に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−４３）ＵＢＥ２Ｌ６に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−４４）Ｈ２ＢＦＳに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−４５）ＣＡＴに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−４６）ＳＣＯ２に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−４７）ＰＳＭＥ２に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−４８）ＳＴＡＴ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−４９）ＭＴＨＦＤ２に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−５０）ＭＴ１Ｘに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−５１）ＴＧＦＡに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−５２）ＧＰＲ１０９Ｂに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−５３）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｄに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−５４）ＩＦＩ４４Ｌに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−５５）Ｆ１３Ａ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−５６）ＣＸ３ＣＲ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−５７）ＦＣＧＲ１Ａに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−５８）ＩＬ１Ｂに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−５９）ＡＲＲＢ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−６０）ＡＤＡＭ２８に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−６１）ＣＥＡＣＡＭ８に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−６２）ＣＯＬ９Ａ２に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−６３）ＤＥＦＡ４に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−６４）ＬＴＦに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−６５）ＳＥＣ２３Ｂに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−６６）ＶＳＩＧ４に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−６７）ＤＥＦＡ１に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−６８）ＣＤ１６３に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−６９）ＲＵＮＤＣ３Ａに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−７０）ＣＡＭＰに反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−７１）ＬＣＮ２に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−７２）ＨＤＡＣ９に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−７３）ＣＤ２４に反応しうる抗体またはその断片
（ｄ−７４）ＩＬ１Ｒ２に反応しうる抗体またはその断片
【００３６】
上記（ｄ−１）〜（ｄ−７４）において、抗体の例には、モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体が含まれる。また、抗体の断片の例には、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ）’２断片、単鎖抗体（ｓｃＦｖ）などが含まれる。各抗体（またはその断片）は、目的のタンパク質には反応するが、血液に含まれる他のタンパク質には反応しないことが好ましい。上記（ｄ−１）〜（ｄ−７４）の抗体を調製する方法は、特に限定されず、当業者に公知の方法を用いて調製すればよい。
【００３７】
抗体またはその断片を用いて翻訳産物の量を測定する際には、例えば、放射能免疫測定法（ＲＩＡ）、酵素免疫測定法（ＥＩＡ）、化学発光測定法（ＣＬＩＡ）、蛍光免疫測定法（ＦＩＡ）などを利用すればよい。具体的には、物理吸着や化学結合などにより抗体を結合させた固相担体（例えば、イムノプレートやラテックス粒子など）を用いてサンプル中の目的とする翻訳産物を捕捉した後、固相担体に固定化した抗体とは抗原認識部位が異なる標識化抗体（酵素や蛍光物質などで標識した抗体）を用いて捕捉された翻訳産物を定量すればよい。
【００３８】
また、翻訳産物の活性を測定することによって翻訳産物の量を測定してもよい。翻訳産物の活性は、例えば、当該翻訳産物に反応し得る抗体またはその断片を利用したウェスタンブロッティング法、ＥＬＩＳＡ法などの公知の方法によって測定することができる。
【００３９】
以下、本発明の治療効果の予測方法の一実施の形態（ＤＮＡマイクロアレイを用いた方法）について説明するが、本発明の治療効果の予測方法はこの実施の形態に限定されるわけではない。例えば、実施例に示すようにリアルタイムＰＣＲ法を用いても本発明の治療効果の予測方法を実施することが可能である。
【００４０】
以下の説明では、上記ｃ群に含まれるオリゴ／ポリヌクレオチドから選択される２種類以上のオリゴ／ポリヌクレオチドが固定されたＤＮＡマイクロアレイがあらかじめ準備されているものとする。
【００４１】
まず、治療を開始する前に、自己免疫疾患に罹患している被験者から血液を採取する。なお、一回目の採血を行うタイミングは、治療開始前に行うのが好ましいが、治療の効果が現れる前であれば特に限定されず、治療開始後（例えば、治療開始直後）であってもよい。以下、このときに採取した血液を「第一のサンプル」という。
【００４２】
次いで、当該被験者に対し治療を開始する。例えば、被験者がＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎（顕微鏡的多発血管炎）に罹患している場合は、シクロホスファミドとメチルプレドニゾロン（またはプレドニゾロン）の併用投与を開始する（非特許文献１参照）。
【００４３】
次いで、治療を開始してから１週間後に、被験者から再び血液を採取する。なお、二回目の採血を行うタイミングは、治療の効果が現れた後であれば特に限定されず、例えば治療を開始してから３日後であってもよい。以下、このときに採取した血液を「第二のサンプル」という。
【００４４】
次いで、第一のサンプル（治療開始前の血液）からｍＲＮＡを抽出し、抽出したｍＲＮＡを鋳型としてｃＤＮＡを調製し、調製したｃＤＮＡを蛍光標識する。ＤＮＡマイクロアレイ上に蛍光標識されたｃＤＮＡを含む溶液を提供して、ＤＮＡマイクロアレイ上のプローブ（オリゴ／ポリヌクレオチド）とｃＤＮＡとをハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーション終了後、ＤＮＡマイクロアレイの各スポットにおける蛍光強度をスキャナを用いて測定し、第一のサンプルにおける各遺伝子（上記ａ群およびｂ群に含まれる遺伝子）の発現量を測定する。
【００４５】
同様に、第二のサンプル（治療開始後の血液）から蛍光標識されたｃＤＮＡを調製し、ＤＮＡマイクロアレイ上のプローブ（オリゴ／ポリヌクレオチド）とｃＤＮＡとをハイブリダイズさせ、第二のサンプルにおける各遺伝子（上記ａ群およびｂ群に含まれる遺伝子）の発現量を測定する。
【００４６】
次いで、各遺伝子の発現量を第一のサンプルと第二のサンプルとで比較する。その結果、上記ａ群に含まれる遺伝子のそれぞれについて、第二のサンプルにおける発現量が第一のサンプルにおける発現量に比べて減少しているときは、被験者に対して行った治療がその被験者に対して効果があると予測する。同様に、上記ｂ群に含まれる遺伝子について、第二のサンプルにおける発現量が第一のサンプルにおける発現量に比べて増加しているときは、当該治療がその被験者に対して効果があると予測する。
【００４７】
以上のように、本発明の治療効果の予測方法は、被験者の血液における上記ａ群およびｂ群からなる群から選択される１種類または２種類以上の遺伝子の発現量を指標とすることで、自己免疫疾患の被験者に対して薬剤を投与した際に、当該薬剤が当該被験者に対して有効であるか否かを早期に予測することができる。これにより、当該被験者の治療にあたる医師は、この予測結果に基づいて、当該薬剤を当該被験者に使用するか否かを早期に適切に判断することができる。
【００４８】
２．本発明のスクリーニング方法
本発明のスクリーニング方法は、自己免疫疾患のモデル動物に試験物質を投与するステップと、前記試験物質の前記自己免疫疾患に対する治療効果を判定するステップとを含む、自己免疫疾患に対して治療効果を有する物質のスクリーニング方法であって、前記モデル動物から採取したサンプルにおける上記ａ群およびｂ群からなる群から選択される１種類または２種類以上の遺伝子の発現量を指標として前記試験物質の治療効果を判定することを特徴とする。
【００４９】
本発明のスクリーニング方法において指標とする遺伝子は、ａ群およびｂ群からなる群から選択される１種類または２種類以上の遺伝子であれば特に限定されないが、前述の統計学的優位性に基づいて指標とする遺伝子を選択してもよい。この場合、本発明のスクリーニング方法において指標とする遺伝子は、ｐ値が小さいものを選択することが好ましく、例えばｐ＜０.０３の遺伝子を選択してもよいし、ｐ＜０.０１の遺伝子を選択してもよい。例えば、ｐ値が小さい（ｐ＜０.０３２）以下の１６遺伝子の発現量を指標としてもよい。
（ａ−１）ＣＬＣをコードする遺伝子
（ａ−２）ＩＦＩＴ１をコードする遺伝子
（ａ−４）ＣＣＲ３をコードする遺伝子
（ａ−１１）ＥＭＲ１をコードする遺伝子
（ａ−１３）ＯＡＳＬをコードする遺伝子
（ａ−１５）ＩＦＩＴ５をコードする遺伝子
（ａ−１７）ＦＦＡＲ２をコードする遺伝子
（ａ−１９）ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｈをコードする遺伝子
（ａ−２１）ＣＴＳＬ１をコードする遺伝子
（ａ−２４）ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＥをコードする遺伝子
（ａ−３１）ＯＡＳ２をコードする遺伝子
（ａ−３３）ＬＴＢをコードする遺伝子
（ａ−３５）ＡＤＭをコードする遺伝子
（ｂ−１）ＡＤＡＭ２８をコードする遺伝子
（ｂ−２）ＣＥＡＣＡＭ８をコードする遺伝子
（ｂ−３）ＣＯＬ９Ａ２をコードする遺伝子
【００５０】
試験物質を投与する自己免疫疾患のモデル動物は、特に限定されず、公知の自己免疫疾患のモデル動物を用いることができる。対象とする疾患は、自己免疫疾患であれば特に限定されない。自己免疫疾患の例には血管炎症候群が含まれ、血管炎症候群の例にはＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎が含まれる。モデル動物の種は、ヒト以外であれば特に限定されず、ラット、マウス、モルモット、ウサギなどを用いることができる。
【００５１】
試験物質の種類は、特に限定されず、例えば、高分子化合物、低分子化合物、抗体、タンパク質、ペプチド、核酸、糖質、無機塩類、金属錯体、これらの複合体などであればよい。
【００５２】
上記各遺伝子の発現量を調べるサンプル（検体）は、特に限定されないが、血液（末梢血）が好ましい。血液は、モデル動物に負担をかけることなく容易に採取可能であるからである。血液における遺伝子の発現量を調べる際には、採取した血液から白血球（好中球、好酸球、好塩基球、リンパ球および単球）を分離してもよいが、採取した血液をそのまま発現量の解析に用いてもよい。
【００５３】
上記各遺伝子の発現量を指標として試験物質の自己免疫疾患に対する治療の効果を判定するには、例えば、試験物質を投与してから所定の時間（例えば、１週間）が経過した時の遺伝子の発現量と、その時より前の所定の時（例えば、投与開始直前）の遺伝子の発現量とを比較すればよい。上記ａ群に含まれる遺伝子は、自己免疫疾患の症状が改善すると発現量が減少する遺伝子であり、上記ｂ群に含まれる遺伝子は、自己免疫疾患の症状が改善すると発現量が増加する遺伝子である。したがって、上記ａ群に含まれる遺伝子について、試験物質を投与してから所定の時間が経過した時の遺伝子の発現量が、その時より前の所定の時の遺伝子の発現量に比べて減少しているときは、当該試験物質が自己免疫疾患に対して効果があると判定する。同様に、上記ｂ群に含まれる遺伝子について、試験物質を投与してから所定の時間が経過した時の遺伝子の発現量が、その時より前の所定の時の遺伝子の発現量に比べて増加しているときは、当該試験物質が自己免疫疾患に対して効果があると判定する。また、各遺伝子の発現量の変化が治療効果の判定に及ぼす影響に着目して判定式を求め、当該判定式を用いて治療の効果を判定してもよい。
【００５４】
上記各遺伝子の発現量の変化を調べるには、前述の通り、モデル動物から採取したサンプル中の転写産物（ｍＲＮＡ）または翻訳産物（タンパク質、ポリペプチドまたはこれらの断片）の量を測定すればよい。
【００５５】
以下、本発明のスクリーニング方法の一実施の形態（ＤＮＡマイクロアレイを用いた方法）について説明するが、本発明のスクリーニング方法はこの実施の形態に限定されるわけではない。例えば、リアルタイムＰＣＲ法を用いても本発明のスクリーニング方法を実施することが可能である。
【００５６】
以下の説明では、上記ｃ群に含まれるオリゴ／ポリヌクレオチドから選択される２種類以上のオリゴ／ポリヌクレオチドが固定されたＤＮＡマイクロアレイがあらかじめ準備されているものとする。
【００５７】
まず、試験物質を投与する前に、自己免疫疾患のモデル動物から血液を採取する。なお、一回目の採血を行うタイミングは、試験物質を投与する前に行うのが好ましいが、試験物質の効果が現れる前であれば特に限定されず、試験物質を投与した後（例えば、試験物質の投与直後）であってもよい。以下、このときに採取した血液を「第一のサンプル」という。
【００５８】
次いで、当該モデル動物に対し試験物質を投与する。試験物質を投与してから１週間後に、モデル動物から再び血液を採取する。なお、二回目の採血を行うタイミングは、試験物質の効果が現れた後であれば特に限定されず、例えば２週間後であってもよい。以下、このときに採取した血液を「第二のサンプル」という。
【００５９】
次いで、第一のサンプル（試験物質を投与する前の血液）から蛍光標識されたｃＤＮＡを調製し、ＤＮＡマイクロアレイ上のプローブ（オリゴ／ポリヌクレオチド）とｃＤＮＡとをハイブリダイズさせ、第一のサンプルにおける各遺伝子の発現量を測定する。同様に、第二のサンプル（試験物質を投与した後の血液）から蛍光標識されたｃＤＮＡを調製し、ＤＮＡマイクロアレイ上のプローブ（オリゴ／ポリヌクレオチド）とｃＤＮＡとをハイブリダイズさせ、第二のサンプルにおける各遺伝子の発現量を測定する。
【００６０】
次いで、各遺伝子の発現量を第一のサンプルと第二のサンプルとで比較する。その結果、上記ａ群に含まれる遺伝子のそれぞれについて、第二のサンプルにおける発現量が第一のサンプルにおける発現量に比べて減少しているときは、モデル動物に投与した試験物質が当該自己免疫疾患に対して効果があると判定する。同様に、上記ｂ群に含まれる遺伝子について、第二のサンプルにおける発現量が第一のサンプルにおける発現量に比べて増加しているときは、モデル動物に投与した試験物質が当該自己免疫疾患に対して効果があると判定する。
【００６１】
以上のように、本発明のスクリーニング方法は、モデル動物の血液における上記ａ群およびｂ群からなる群から選択される１種類または２種類以上の遺伝子の発現量を指標とすることで、自己免疫疾患に対して治療効果を有する物質を迅速にスクリーニングすることができる。
【００６２】
３．本発明のオリゴ／ポリヌクレオチドアレイ
本発明のオリゴ／ポリヌクレオチドアレイは、支持体と、前記支持体に固定された２種類以上のオリゴ／ポリヌクレオチドとを有するオリゴ／ポリヌクレオチドアレイであって、前記オリゴ／ポリヌクレオチドは、上記ｃ群から選択されることを特徴とする。
【００６３】
本発明のオリゴ／ポリヌクレオチドアレイは、ｃ群から選択される２種類以上のオリゴ／ポリヌクレオチドであれば特に限定されないが、対応する遺伝子の統計学的優位性（図４〜図６参照）に基づいて選択してもよい。この場合、支持体に固定されるオリゴ／ポリヌクレオチドは、対応する遺伝子のｐ値が小さいものを選択することが好ましく、例えばｐ＜０.０３の遺伝子に対応するオリゴ／ポリヌクレオチドを選択してもよいし、ｐ＜０.０１の遺伝子に対応するオリゴ／ポリヌクレオチドを選択してもよい。
【００６４】
支持体の材質は、上記治療効果の予測方法およびスクリーニング方法において使用される各種液体に対して不溶性であれば特に限定されず、例えば、ガラスやプラスチック、金属、セラミックス、これらの複合材料などであればよい。支持体の形状は、特に限定されず、例えば、平板状であればよい。
【００６５】
上記ｃ群に含まれるオリゴ／ポリヌクレオチドは、その種類（（ｃ−１）〜（ｃ−７４）のいずれであるか）を支持体上の位置に基づいて識別できるように支持体上に固定されることが好ましい。支持体に固定されるオリゴ／ポリヌクレオチドの量は、目的とする遺伝子の発現量を測定できれば特に限定されない。オリゴ／ポリヌクレオチドを支持体上に固定する方法は、特に限定されず、当業者に公知の技術を用いればよい。例えば、オリゴ／ポリヌクレオチドは、例えば、静電結合、共有結合、タンパク質−タンパク質相互作用、タンパク質−低分子相互作用等を利用して支持体の表面に固定すればよい。
【００６６】
以上のように、本発明のオリゴ／ポリヌクレオチドアレイは、上記ｃ群に含まれるオリゴ／ポリヌクレオチドを２種類以上固定しており、上記ａ群およびｂ群に含まれる複数種類の遺伝子について発現量の解析を同時に並行して行うことができるため、上記治療効果の予測方法およびスクリーニング方法を迅速に行うことができる。
【００６７】
以下、本発明を実施例を参照して詳細に説明するが、本発明はこれらの実施例により限定されない。
【実施例】
【００６８】
本実施例では、７４遺伝子の中から予後を予測するのに最適と思われる遺伝子（群）を抽出し、当該遺伝子（群）を指標として血管炎症候群の患者の予後を予測した例を示す。
【００６９】
１．検体の調製
血管炎症候群（ＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎）の患者２５症例について、ＭＰＯ−ＡＮＣＡ関連血管炎の標準的治療（前述）を開始する前と、治療を開始してから１週間後に各患者から採血して検体（末梢血１０ｍｌ）を得た。これら５０検体のそれぞれからPAXgene Blood RNA system（日本ベクトン・ディッキンソン株式会社）を用いてＲＮＡを抽出した。
【００７０】
２．最適遺伝子の抽出および予測式の決定
（ＬＤＡ解析）
ａ群およびｂ群の７４遺伝子のうちｐ値が小さい４４遺伝子（ａ−１〜ａ−３６、ｂ−１〜ｂ−８：ターゲット遺伝子）および精度管理のための４遺伝子（内在性コントロール遺伝子）のプライマー／プローブセットを充填した３８４ウェルプレート（TaqMan Low Density Arrays：アプライドバイオシステムズ社）を準備した。用いた内在性コントロール遺伝子は、以下の４遺伝子である。
・ＡＣＴＢ（Actin, beta）遺伝子
・ＧＡＰＤＨ（Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase）遺伝子
・１８Ｓ（Ribosomal RNA 18S）をコードする遺伝子
・ＨＰＲＴ１（Hypoxanthine phosphoribosyltransferase）遺伝子
【００７１】
このプレートを用いて、５０サンプルのそれぞれについて各遺伝子のＣｔ（Threshold Cycle）値をリアルタイムＰＣＲ法により測定した。これらの実験方法は、すべて推奨されるプロトコールに従って行った。
【００７２】
各サンプルについて、ターゲット遺伝子（４４遺伝子）のＣｔ値から内在性コントロール遺伝子のＣｔ値を引いて、ターゲット遺伝子それぞれのΔＣｔ値を算出した。今回は、最もサンプル間で変動が少なかったＡＣＴＢ遺伝子を内在性コントロール遺伝子として選択した。さらに、各症例について、治療後のサンプル（ターゲットサンプル）のΔＣｔ値から治療前のサンプル（基準サンプル）のΔＣｔ値を引いて、各ターゲット遺伝子のΔΔＣｔ値を算出した。得られたΔΔＣｔ値を以下の式に代入して、各ターゲット遺伝子のシグナル値（相対的発現量）を算出した（比較Ｃｔ法）。このシグナル値は、治療前のサンプル（基準サンプル）における発現量を「１」としたときの、治療後のサンプル（ターゲットサンプル）における相対的な発現量を意味する。
シグナル値（相対的発現量）＝２−ΔΔＣｔ
【００７３】
（重回帰分析）
４８遺伝子のうち内在性コントロール遺伝子として用いたＡＣＴＢ遺伝子を除く４７遺伝子から１６遺伝子を無作為に選択し、選択した遺伝子のシグナル値（２−ΔΔＣｔ）を説明変数とし、同一症例の予後を目的変数として重回帰分析（最小二乗法）を実施した。このとき、予後を表す「寛解」を「０」、「非寛解」を「１」と設定したダミー変数を目的変数とした。
【００７４】
選択した１６遺伝子のそれぞれについて予後（目的変数）に与える影響度を算出した。選択した１６遺伝子から影響度が最小の遺伝子を除き、解析に加えなかった他の任意の遺伝子を加えて（置換し）、再度重回帰分析を実施した。この操作を置換する遺伝子が無くなるまで繰り返し実施した。置換する遺伝子が無くなった後は、影響度が最小の遺伝子を除いた上で再度重回帰分析を繰り返し、最終的に説明変数が１つになるまで重回帰分析を行った（変数増減法）。
【００７５】
得られた４６の回帰式（回帰式１〜４６）のそれぞれについてＲｕ（説明変数選択基準）およびＡＩＣ（赤池の情報量基準）を算出し、最適な回帰式（予測精度の最も高い予測式）を決定した。最適な（Ｒｕが最大かつＡＩＣが最小である）回帰式を以下に示す。予後を予測したい患者の各遺伝子のシグナル値（２−ΔΔＣｔ）を以下の予測式（回帰式２５）に代入することで、予後の予測値を算出することができる。この予測値は、０に近いときは寛解の可能性が高いことを意味し、１に近いときは非寛解の可能性が高いことを意味する。
［回帰式２５］
予後＝０.１４６７９８４１２
＋（−０.０５１７８２４６９）×（ＡＤＡＭ２８遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（１.２５６１５３０９８）×（ＡＤＭ遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（０.２３１８９９０７８）×（ＣＣＲ３遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（０.６３９８３８６９１）×（ＣＬＣ遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（０.０７８５００８４７）×（ＣＯＬ９Ａ２遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（１.２９４９８１０６５）×（ＣＴＳＬ１遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（−０.８８６３３１１１８）×（ＥＭＲ１遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（−０.４４０６５２２６６）×（ＦＦＡＲ２遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（−０.８３９８７１２９８）×（ＨＩＳＴ１Ｈ３Ｈ遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（−０.６６６７２３２７２）×（ＨＩＳＴ２Ｈ２ＢＥ遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（−０.９７８２３３３）×（ＩＦＩＴ１遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（０.６５６８３８７２５）×（ＩＦＩＴ５遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（−０.４０４１４３７２）×（ＬＴＢ遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（−０.０１５４７７９６７）×（ＣＥＡＣＡＭ８遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（０.３９０８２１１３５）×（ＯＡＳ２遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
＋（０.５５５５６０４１５）×（ＯＡＳＬ遺伝子の２−ΔΔＣｔ）
【００７６】
３．予後の予測
１６遺伝子の発現量を指標とする上記予測式を用いて、前述の２５症例について予後を予測した。各遺伝子のΔΔＣｔ値を算出する際には、ＡＣＴＢ遺伝子を内在性コントロール遺伝子とし、同一症例の治療前の全血ＲＮＡを基準サンプルとした。
【００７７】
図１２は、２５症例について算出された予後の予測値（横軸）と、実際の予後（寛解０／非寛解１：縦軸）との関係を示すグラフである。このグラフから、Ｒ２（重決定）＝０.９７７と非常に高い相関を持って予後を予測できることがわかる。
【産業上の利用可能性】
【００７８】
本発明は、例えばＤＮＡマイクロアレイ（ＤＮＡチップ）やその関連機器の製造業に有用である。
【図面の簡単な説明】
【００７９】
【図１】サンプルを得た血管炎症候群の重症患者２０症例の予後を示す表
【図２】抽出した７４遺伝子の治療前後の発現量の変化を示すグラフ
【図３】抽出した７４遺伝子のクラスタリングの結果を示す図
【図４】抽出した７４遺伝子のうちの３０遺伝子（ａ−１〜ａ−３０）の名称、発現変化、変動量およびｐ値を示す表
【図５】抽出した７４遺伝子のうちの２９遺伝子（ａ−３１〜ａ−５９）の名称、発現変化、変動量およびｐ値を示す表
【図６】抽出した７４遺伝子のうちの１５遺伝子（ｂ−１〜ｂ−１５）の名称、発現変化、変動量およびｐ値を示す表
【図７】本発明の治療効果の予測方法およびスクリーニング方法において指標としうる７４遺伝子のうちの１５遺伝子（ａ−１〜ａ−１５）の名称、アクセッション番号およびＲｅｆＳｅｑを示す表
【図８】本発明の治療効果の予測方法およびスクリーニング方法において指標としうる７４遺伝子のうちの１５遺伝子（ａ−１６〜ａ−３０）の名称、アクセッション番号およびＲｅｆＳｅｑを示す表
【図９】本発明の治療効果の予測方法およびスクリーニング方法において指標としうる７４遺伝子のうちの１５遺伝子（ａ−３１〜ａ−４５）の名称、アクセッション番号およびＲｅｆＳｅｑを示す表
【図１０】本発明の治療効果の予測方法およびスクリーニング方法において指標としうる７４遺伝子のうちの１４遺伝子（ａ−４６〜ａ−５９）の名称、アクセッション番号およびＲｅｆＳｅｑを示す表
【図１１】本発明の治療効果の予測方法およびスクリーニング方法において指標とする遺伝子（ｂ−１〜ａ−１５）の名称、アクセッション番号およびＲｅｆＳｅｑを示す表
【図１２】実施例の結果を示すグラフ
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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