(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
表示部と記憶部と制御部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置であって、
上記記憶部は、
生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、
を備え、
上記制御部は、
任意の上記ネットワークモデルである任意ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該任意ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索する検索手段と、
上記検索手段により検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記表示部に表示させる検索結果表示手段と、
上記任意ネットワークモデルに、上記検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該任意ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合手段と、
を備えたことを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項２】
請求項１に記載のネットワークモデル統合装置において、
上記制御部は、
上記統合手段により生成された上記統合ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤを取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納するネットワークモデル格納手段、
を更に備えたことを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項３】
請求項１または２に記載のネットワークモデル統合装置において、
上記任意ネットワークモデルは、
上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記ネットワークモデル、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶されていない既知の上記ネットワークモデル、または、新規の上記ネットワークモデルであることを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項４】
請求項２に記載のネットワークモデル統合装置において、
上記ネットワークモデル格納手段は、
更に、上記任意ネットワークモデルが、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶されていない既知のネットワークモデル、または、新規のネットワークモデルである場合、上記任意ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤを取得し、当該任意ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納することを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項５】
請求項２に記載のネットワークモデル統合装置において、
上記ネットワークモデル格納手段は、
上記統合ネットワークモデルに含まれる上記任意ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤ、または、新規の上記ネットワークモデルＩＤを、上記統合ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤとして取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納することを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項６】
請求項１乃至５のいずれか一つに記載のネットワークモデル統合装置において、
上記記憶部は、
上記構成要素のパスウェイを記憶したパスウェイ記憶手段と、
上記構成要素および上記相互作用に関する文献の文献情報を記憶する文献情報記憶手段と、
ニュース配信サービスが提供するニュースを記憶するニュース記憶手段と、
上記文献情報からテキストマイニングを用いて抽出された上記構成要素および上記相互作用に関するテキスト情報を記憶するテキストマイニング記憶手段と、
を更に備え、
上記検索手段は、
更に、上記パスウェイ記憶手段に記憶された上記パスウェイ、上記文献情報記憶手段に記憶された上記文献情報、上記ニュース記憶手段に記憶された上記ニュース、および／または、上記テキストマイニング記憶手段に記憶された上記テキスト情報から、上記任意ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該任意ネットワークモデルを構成しない上記エッジを検索し、当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤを取得することを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項７】
請求項１乃至６のいずれか一つに記載のネットワークモデル統合装置において、
上記検索結果表示手段は、
更に、上記検索手段により検索された上記エッジに結合した、上記任意ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該ノードを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む上記検索結果を上記表示部に表示させることを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項８】
請求項１乃至６のいずれか一つに記載のネットワークモデル統合装置において、
上記検索結果表示手段は、
上記検索結果を、リスト形式で上記表示部に表示、および／または、上記ネットワークモデル上に重畳して上記表示部に表示させることを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項９】
請求項１乃至８のいずれか一つに記載のネットワークモデル統合装置において、
上記制御部は、
上記検索手段により上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジが検索された場合、上記任意ネットワークモデルに含まれ、且つ、当該エッジに対応する上記ネットワークモデルＩＤにより識別される上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記ネットワークモデルに含まれない、上記ノードおよび／または上記エッジを、当該ネットワークモデルを提供したユーザに通知する構成通知手段、
を更に備えたことを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項１０】
請求項１乃至８のいずれか一つに記載のネットワークモデル統合装置において、
上記制御部は、
上記統合手段により上記統合ネットワークモデルが生成された場合、上記統合ネットワークモデルに含まれ、且つ、上記検索結果に含まれる当該エッジに対応する上記ネットワークモデルＩＤにより識別される上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記ネットワークモデルに含まれない、上記ノードおよび／または上記エッジを、当該ネットワークモデルを提供したユーザに通知する構成通知手段、
を更に備えたことを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項１１】
請求項１乃至８のいずれか一つに記載のネットワークモデル統合装置において、
上記ネットワークモデル記憶手段は、
更に、上記ネットワークモデルの一部もしくは全部、上記ノード、または、上記エッジに対する注釈を、当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに対応付けて記憶し、
上記制御部は、
上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された、上記ネットワークモデルの一部もしくは全部、上記ネットワークモデルに含まれる上記ノード、または、上記ネットワークモデルに含まれる上記エッジに対して、上記注釈を当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納する注釈格納手段と、
上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記注釈を、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された、当該注釈に対応する上記ネットワークモデル、当該注釈に対応する上記ノードを含む上記ネットワークモデル、または、当該注釈に対応する上記エッジを含む上記ネットワークモデルを提供したユーザに通知する注釈通知手段、
を更に備えたことを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項１２】
請求項１乃至１１のいずれか一つに記載のネットワークモデル統合装置において、
上記ネットワークモデル記憶手段は、
更に、上記検索結果に対する評価値を当該検索結果に含まれる上記エッジに対応付けて記憶し、
上記制御部は、
上記評価値を当該検索結果に含まれる上記エッジに対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納する評価値格納手段、
を更に備えたことを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項１３】
請求項１２に記載のネットワークモデル統合装置において、
上記検索結果表示手段は、
更に、上記検索手段により検索された上記エッジに対応する、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記評価値を上記表示部に表示させることを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項１４】
請求項６に記載のネットワークモデル統合装置において、
上記制御部は、
当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに関連するキーワードを取得するキーワード取得手段と、
任意の間隔で、上記キーワード取得手段により取得された上記キーワードを用いて、上記文献情報記憶手段に記憶された、所定時間内に発表された上記文献の上記文献情報を検索する文献情報検索手段と、
上記文献情報検索手段により検索された上記文献情報を、リスト形式で上記表示部に表示、および／または、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記ネットワークモデル上に重畳して上記表示部に表示させる文献情報表示手段と、
を更に備えたことを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項１５】
請求項１４に記載のネットワークモデル統合装置において、
上記制御部は、
上記文献情報検索手段により検索された上記文献情報をユーザに通知する文献情報通知手段、
を更に備えたことを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項１６】
請求項１４または１５に記載のネットワークモデル統合装置において、
上記文献情報表示手段は、
表示優先条件に基づいて、上記文献情報を、上記リスト形式で上記表示部に表示、および／または、上記ネットワークモデル上に重畳して上記表示部に表示させることを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項１７】
請求項１６に記載のネットワークモデル統合装置において、
上記表示優先条件は、
文献名、文献発行機関名、または、著書名であることを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項１８】
請求項１乃至１７のいずれか一つに記載のネットワークモデル統合装置において、
上記記憶部は、
上記構成要素または上記相互作用に関する広告情報を記憶する広告情報記憶手段、
を更に備え、
上記制御部は、
当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに基づく上記構成要素または上記相互作用に関する、上記広告情報記憶手段に記憶された上記広告情報を取得する広告情報取得手段と、
上記広告情報取得手段により取得された上記広告情報を上記表示部に表示させる広告情報表示手段と、
を更に備えたことを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項１９】
請求項１８に記載のネットワークモデル統合装置において、
上記広告情報取得手段は、
更に、上記ネットワークモデルの一部もしくは全部、上記ノード、または、上記エッジに基づく上記構成要素と相互作用する周辺の上記構成要素に関する、上記広告情報記憶手段に記憶された上記広告情報を取得することを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項２０】
請求項１乃至１７のいずれか一つに記載のネットワークモデル統合装置において、
上記記憶部は、
上記構成要素または上記相互作用に関する広告情報を記憶する広告情報記憶手段、
を更に備え、
上記制御部は、
上記ネットワークモデルを上記表示部に表示させるネットワークモデル表示手段と、
上記ネットワークモデル表示手段により、所定時間内で画面中心部に最も長く表示されている上記ネットワークモデルの一部を認識し、当該ネットワークモデルの一部に含まれる、上記ノードに基づく上記構成要素、および／または、上記エッジに基づく上記相互作用に関連する、上記広告情報記憶手段に記憶された上記広告情報を取得する広告情報取得手段と、
上記広告情報取得手段により取得された上記広告情報を上記表示部に表示させる広告情報表示手段と、
を更に備えたことを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項２１】
請求項６に記載のネットワークモデル統合装置において、
上記制御部は、
上記検索手段により上記エッジを検索された上記文献情報から、自然言語解析を用いて上記ネットワークモデルを取得し、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得する文献モデル取得手段、
を更に備え、
上記ネットワークモデル格納手段は、
更に、上記文献モデル取得手段により取得された上記ネットワークモデルと、上記ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納することを特徴とする、ネットワークモデル統合装置。
【請求項２２】
制御部と記憶部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置、および、表示部と制御部とを少なくとも備えた端末装置、を通信可能に接続したネットワークモデル統合システムであって、
上記ネットワークモデル統合装置の上記記憶部は、
生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、
を備え、
上記ネットワークモデル統合装置の上記制御部は、
任意の上記ネットワークモデルである任意ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該任意ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索し、上記検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記端末装置に送信する検索手段と、
上記任意ネットワークモデルに、上記検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該任意ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合手段と、
を備え、
上記端末装置の上記制御部は、
上記ネットワークモデル統合装置から送信される上記検索結果を上記表示部に表示させる検索結果表示手段、
を備えたことを特徴とする、ネットワークモデル統合システム。
【請求項２３】
表示部と記憶部と制御部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置において実行されるネットワークモデル統合方法であって、
上記記憶部は、
生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、
を備え、
上記制御部において実行される、
任意の上記ネットワークモデルである任意ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該任意ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索する検索ステップと、
上記検索ステップにて検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記表示部に表示させる検索結果表示ステップと、
上記任意ネットワークモデルに、上記検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該任意ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合ステップと、
を含むことを特徴とする、ネットワークモデル統合方法。
【請求項２４】
制御部と記憶部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置、および、表示部と制御部とを少なくとも備えた端末装置、を通信可能に接続したネットワークモデル統合システムにおいて実行されるネットワークモデル統合方法であって、
上記ネットワークモデル統合装置の上記記憶部は、
生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、
を備え、
上記ネットワークモデル統合装置の上記制御部において実行される、任意の上記ネットワークモデルである任意ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該任意ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索し、上記検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記端末装置に送信する検索ステップと、
上記端末装置の上記制御部において実行される、上記ネットワークモデル統合装置から送信される上記検索結果を上記表示部に表示させる検索結果表示ステップと、
上記ネットワークモデル統合装置の上記制御部において実行される、上記任意ネットワークモデルに、上記検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該任意ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合ステップと、
を含むことを特徴とする、ネットワークモデル統合方法。
【請求項２５】
表示部と記憶部と制御部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置に実行させるためのプログラムであって、
上記記憶部は、
生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、
を備え、
上記制御部において、
任意の上記ネットワークモデルである任意ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該任意ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索する検索ステップと、
上記検索ステップにて検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記表示部に表示させる検索結果表示ステップと、
上記任意ネットワークモデルに、上記検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該任意ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合ステップと、
を実行させるためのプログラム。
【請求項２６】
端末装置に通信可能に接続された、制御部と記憶部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置に実行させるためのプログラムであって、
上記記憶部は、
生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、
を備え、
上記制御部において、
任意の上記ネットワークモデルである任意ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該任意ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索し、上記検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記端末装置に送信する検索ステップと、
上記任意ネットワークモデルに、上記検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該任意ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合ステップと、
を実行させるためのプログラム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ネットワークモデル統合装置、ネットワークモデル統合システム、ネットワークモデル統合方法、および、プログラムに関する。
【背景技術】
【０００２】
従来から、生物学に関連する情報から構成されるネットワークを提供する技術が開示されている。
【０００３】
非特許文献１乃至２に記載の分子間ネットワークモデルの作成編集ソフトにおいては、分子間ネットワーク内のパスウェイ編集中に、外部の文献データベース、パスウェイデータベース、および、テキストマイニング装置などに接続して情報を取得する技術が開示されている。
【０００４】
また、非特許文献３に記載のオンラインシステムにおいては、ネットワークのモデル化ツールであるＣｅｌｌＤｅｓｉｇｎｅｒで作成したネットワークモデルのデータベース化、および、ネットワークモデルのオンライン上での表示に関する技術が開示されている。また、当該オンラインシステムにおいては、ユーザによるパスウェイモデルに対するタグおよびコメント等のインターフェースの追加等の情報付加に関する技術が開示されている。
【０００５】
また、非特許文献４乃至６に記載のパスウェイマップの表示システムにおいては、ＣｅｌｌＤｅｓｉｇｎｅｒを用いて従来のネットワークのモデル化ツールよりも精密なパスウェイマップを生成する技術が開示されている。
【０００６】
また、非特許文献７に記載のＩＰＡ（Ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ  Ｐａｔｈｗａｙ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）ソフトウェアにおいては、独自の文献データベース、および、ネットワークモデルデータベースを保持し、複雑な生物学および化学システムのモデル化、解析、表示、および、検索等を行う技術が開示されている。
【０００７】
また、非特許文献８に記載のパスウェイ分析システムにおいては、ユーザによる相互作用データのアップロード、パスウェイ関連実験データのマッピング、相互作用データのデータベースの提供、バスウェイ分析等を含めた低分子化合物に関する生物学的影響の評価、パスウェイ編集、および、化合物等のデータ検索等を行う技術が開示されている。
【０００８】
また、非特許文献９に記載のウェブアプリケーションにおいては、生物学に関連する公開データ、論文、臨床試験、および、科学ニュース等の関連あるデータベースに接続し、データの提供および共有等を行う技術が開示されている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Ｆｕｎａｈａｓｈｉ，  Ａ．，  Ｔａｎｉｍｕｒａ，  Ｎ．，  Ｍｏｒｏｈａｓｈｉ，  Ｍ．，  ａｎｄ  Ｋｉｔａｎｏ，  Ｈ．，  ＣｅｌｌＤｅｓｉｇｎｅｒ：  ａ  ｐｒｏｃｅｓｓ  ｄｉａｇｒａｍ  ｅｄｉｔｏｒ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅ−ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ａｎｄ  ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  ｎｅｔｗｏｒｋｓ，  ＢＩＯＳＩＬＩＣＯ，  Ｖｏｌｕｍｅ  １，  Ｉｓｓｕｅ  ５，  ５  Ｎｏｖｅｍｂｅｒ  ２００３，  Ｐａｇｅｓ  １５９−１６２
【非特許文献２】Ｆｕｎａｈａｓｈｉ，  Ａ．；  Ｍａｔｓｕｏｋａ，  Ｙ．；  Ｊｏｕｒａｋｕ，  Ａ．；  Ｍｏｒｏｈａｓｈｉ，  Ｍ．；  Ｋｉｋｕｃｈｉ，  Ｎ．；  Ｋｉｔａｎｏ，  Ｈ．“ＣｅｌｌＤｅｓｉｇｎｅｒ  ３．５：  Ａ  Ｖｅｒｓａｔｉｌｅ  Ｍｏｄｅｌｉｎｇ  Ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｎｅｔｗｏｒｋｓ”  Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＩＥＥＥ  Ｖｏｌｕｍｅ  ９６，  Ｉｓｓｕｅ  ８，  Ａｕｇ．  ２００８：  １２５４−１２６５
【非特許文献３】Ｍａｔｓｕｏｋａ  Ｙ，  Ｇｈｏｓｈ  Ｓ，  Ｋｉｋｕｃｈｉ  Ｎ，  Ｋｉｔａｎｏ  Ｈ．，  Ｐａｙａｏ：  ａ  ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ  ｐｌａｔｆｏｒｍ  ｆｏｒ  ＳＢＭＬ  ｐａｔｈｗａｙ  ｍｏｄｅｌ  ｃｕｒａｔｉｏｎ．，  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．  ２０１０  Ｍａｙ  １５；２６（１０）：１３８１−３．  Ｅｐｕｂ  ２０１０  Ａｐｒ  ５．
【非特許文献４】Ｏｄａ  Ｋ，  Ｍａｔｓｕｏｋａ  Ｙ，  Ｆｕｎａｈａｓｈｉ  Ａ，  Ｋｉｔａｎｏ  Ｈ．，  Ａ  ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ｐａｔｈｗａｙ  ｍａｐ  ｏｆ  ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ．，  Ｍｏｌ  Ｓｙｓｔ  Ｂｉｏｌ．  ２００５；１：２００５．００１０．  Ｅｐｕｂ  ２００５  Ｍａｙ  ２５．
【非特許文献５】Ｏｄａ  Ｋ，  Ｋｉｔａｎｏ  Ｈ．，  Ａ  ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ｍａｐ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｔｏｌｌ−ｌｉｋｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｎｅｔｗｏｒｋ．，  Ｍｏｌ  Ｓｙｓｔ  Ｂｉｏｌ．  ２００６；２：２００６．００１５．  Ｅｐｕｂ  ２００６  Ａｐｒ  １８．
【非特許文献６】Ｂａｕｅｒ−Ｍｅｈｒｅｎ  Ａ，  Ｆｕｒｌｏｎｇ  ＬＩ，  Ｓａｎｚ  Ｆ．，  Ｐａｔｈｗａｙ  ｄａｔａｂａｓｅｓ  ａｎｄ  ｔｏｏｌｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅｉｒ  ｅｘｐｌｏｉｔａｔｉｏｎ：  ｂｅｎｅｆｉｔｓ，  ｃｕｒｒｅｎｔ  ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎｓ  ａｎｄ  ｃｈａｌｌｅｎｇｅｓ．，  Ｍｏｌ  Ｓｙｓｔ  Ｂｉｏｌ．  ２００９；５：２９０．  Ｅｐｕｂ  ２００９  Ｊｕｌ  ２８．
【非特許文献７】Ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｉｎｃ．  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ．ｃｏｍ）
【非特許文献８】ＧｅｎｅＧｏ  Ｉｎｃ．  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｅｇｏ．ｃｏｍ／）
【非特許文献９】ＮｅｘｔＢｉｏ  （ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｅｘｔｂｉｏ．ｃｏｍ／ｂ／ｎｅｘｔｂｉｏ．ｎｂ）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
しかしながら、非特許文献１乃至９に記載の従来のパスウェイ分析システムにおいては、ユーザがアップロードしたパスウェイモデルデータを拡張する場合に、各種の情報源から検索した相互作用等の候補をユーザに提示し、ユーザが選択した候補を統合することができないという問題点を有していた。また、当該従来のパスウェイ分析システムにおいては、新たに統合する候補が提示される根拠となった検索結果の情報源等を、ユーザが区別することができるように表示されていないというという問題点を有していた。
【００１１】
本発明は、上記問題点に鑑みてなされたもので、分子間相互作用ネットワーク、転写制御ネットワーク、細胞間コミュニケーション、または、臓器間相互作用などの生物学に関連する情報のネットワークモデルを表示し、ユーザの選択に基づく当該ネットワークモデルの拡張を可能とするネットワークモデル統合装置、ネットワークモデル統合システム、ネットワークモデル統合方法、および、プログラムを提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１２】
このような目的を達成するため、本発明のネットワーク統合装置は、入力部と表示部と記憶部と制御部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置であって、上記記憶部は、生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、を備え、上記制御部は、ユーザにより上記ネットワークモデルが上記入力部を介して指定された場合、当該ネットワークモデルである指定ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索する検索手段と、上記検索手段により検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記表示部に選択可能に表示させる検索結果表示手段と、上記ユーザにより上記入力部を介して上記検索結果表示手段により上記表示部に表示された上記検索結果が選択された場合、上記指定ネットワークモデルに、上記選択された当該検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合手段と、上記統合手段により生成された上記統合ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤを取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納するネットワークモデル格納手段と、を備えたことを特徴とする。
【００１３】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記指定ネットワークモデルは、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記ネットワークモデル、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶されていない既知の上記ネットワークモデル、または、新規の上記ネットワークモデルであることを特徴とする。
【００１４】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記ネットワークモデル格納手段は、更に、上記ユーザにより上記入力部を介して上記既知のネットワークモデル、または、上記新規のネットワークモデルが入力された場合、上記指定ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤを取得し、当該指定ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納することを特徴とする。
【００１５】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記ネットワークモデル格納手段は、上記ユーザにより上記入力部を介してＩＤ選択指示が入力された場合、当該ＩＤ選択指示に基づいて、上記統合ネットワークモデルに含まれる上記指定ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤ、または、新規の上記ネットワークモデルＩＤを、上記統合ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤとして取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納することを特徴とする。
【００１６】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記記憶部は、上記構成要素のパスウェイを記憶したパスウェイ記憶手段と、上記構成要素および上記相互作用に関する文献の文献情報を記憶する文献情報記憶手段と、ニュース配信サービスが提供するニュースを記憶するニュース記憶手段と、上記文献情報からテキストマイニングを用いて抽出された上記構成要素および上記相互作用に関するテキスト情報を記憶するテキストマイニング記憶手段と、を更に備え、上記検索手段は、更に、上記パスウェイ記憶手段に記憶された上記パスウェイ、上記文献情報記憶手段に記憶された上記文献情報、上記ニュース記憶手段に記憶された上記ニュース、および／または、上記テキストマイニング記憶手段に記憶された上記テキスト情報から、上記指定ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない上記エッジを検索し、当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤを取得することを特徴とする。
【００１７】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記検索手段は、上記ユーザにより事前に上記入力部を介して指定された上記エッジを検索することを特徴とする。
【００１８】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記検索結果表示手段は、更に、上記検索手段により検索された上記エッジに結合した、上記指定ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該ノードを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む上記検索結果を上記表示部に選択可能に表示させることを特徴とする。
【００１９】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記検索結果表示手段は、上記検索結果を、リスト形式で上記表示部に選択可能に表示、および／または、上記ネットワークモデル上に重畳して上記表示部に選択可能に表示させることを特徴とする。
【００２０】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記制御部は、上記検索手段により上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジが検索された場合、上記指定ネットワークモデルに含まれ、且つ、当該エッジに対応する上記ネットワークモデルＩＤにより識別される上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記ネットワークモデルに含まれない、上記ノードおよび／または上記エッジを、当該ネットワークモデルを提供した上記ユーザに通知する構成通知手段、を更に備えたことを特徴とする。
【００２１】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記制御部は、上記統合手段により上記統合ネットワークモデルが生成された場合、上記統合ネットワークモデルに含まれ、且つ、上記ユーザにより上記入力部を介して選択された上記検索結果に含まれる当該エッジに対応する上記ネットワークモデルＩＤにより識別される上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記ネットワークモデルに含まれない、上記ノードおよび／または上記エッジを、当該ネットワークモデルを提供した上記ユーザに通知する構成通知手段、を更に備えたことを特徴とする。
【００２２】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記ネットワークモデル記憶手段は、更に、上記ネットワークモデルの一部もしくは全部、上記ノード、または、上記エッジに対する注釈を、当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに対応付けて記憶し、上記制御部は、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された、上記ネットワークモデルの一部もしくは全部、上記ネットワークモデルに含まれる上記ノード、または、上記ネットワークモデルに含まれる上記エッジに対して、上記ユーザにより上記入力部を介して上記注釈が入力された場合、当該注釈を当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納する注釈格納手段と、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記注釈を、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された、当該注釈に対応する上記ネットワークモデル、当該注釈に対応する上記ノードを含む上記ネットワークモデル、または、当該注釈に対応する上記エッジを含む上記ネットワークモデルを提供した上記ユーザに通知する注釈通知手段、を更に備えたことを特徴とする。
【００２３】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記ネットワークモデル記憶手段は、更に、上記検索結果に対する評価値を当該検索結果に含まれる上記エッジに対応付けて記憶し、上記制御部は、上記ユーザにより上記入力部を介して上記検索結果に対する評価値が入力された場合、当該評価値を当該検索結果に含まれる上記エッジに対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納する評価値格納手段、を更に備えたことを特徴とする。
【００２４】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記評価値の上記入力は、上記検索結果表示手段により上記表示部に表示された上記検索結果の上記選択であることを特徴とする。
【００２５】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記検索結果表示手段は、更に、上記検索手段により検索された上記エッジに対応する、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記評価値を上記表示部に表示させることを特徴とする。
【００２６】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記制御部は、上記ユーザにより上記入力部を介して上記ネットワークモデルの一部もしくは全部、上記ノード、または、上記エッジが選択された場合、当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに関連するキーワードを取得するキーワード取得手段と、上記ユーザにより上記入力部を介して設定された間隔で、上記キーワード取得手段により取得された上記キーワードを用いて、上記文献情報記憶手段に記憶された、所定時間内に発表された上記文献の上記文献情報を検索する文献情報検索手段と、上記文献情報検索手段により検索された上記文献情報を、リスト形式で上記表示部に表示、および／または、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記ネットワークモデル上に重畳して上記表示部に表示させる文献情報表示手段と、を更に備えたことを特徴とする。
【００２７】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記制御部は、上記文献情報検索手段により検索された上記文献情報を上記ユーザに通知する文献情報通知手段、を更に備えたことを特徴とする。
【００２８】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記文献情報表示手段は、上記ユーザにより上記入力部を介して設定された表示優先条件に基づいて、上記文献情報を、上記リスト形式で上記表示部に表示、および／または、上記ネットワークモデル上に重畳して上記表示部に表示させることを特徴とする。
【００２９】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記表示優先条件は、文献名、文献発行機関名、または、著書名であることを特徴とする。
【００３０】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記記憶部は、上記構成要素または上記相互作用に関する広告情報を記憶する広告情報記憶手段、を更に備え、上記制御部は、上記ユーザにより上記入力部を介して上記ネットワークモデルの一部もしくは全部、上記ノード、または、上記エッジが選択された場合、当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに基づく上記構成要素または上記相互作用に関する、上記広告情報記憶手段に記憶された上記広告情報を取得する広告情報取得手段と、上記広告情報取得手段により取得された上記広告情報を上記表示部に表示させる広告情報表示手段と、を更に備えたことを特徴とする。
【００３１】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記広告情報取得手段は、更に、上記ネットワークモデルの一部もしくは全部、上記ノード、または、上記エッジに基づく上記構成要素と相互作用する周辺の上記構成要素に関する、上記広告情報記憶手段に記憶された上記広告情報を取得することを特徴とする。
【００３２】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記記憶部は、上記構成要素または上記相互作用に関する広告情報を記憶する広告情報記憶手段、を更に備え、上記制御部は、上記ネットワークモデルを上記表示部に表示させるネットワークモデル表示手段と、上記ネットワークモデル表示手段により、所定時間内で画面中心部に最も長く表示されている上記ネットワークモデルの一部を認識し、当該ネットワークモデルの一部に含まれる、上記ノードに基づく上記構成要素、および／または、上記エッジに基づく上記相互作用に関連する、上記広告情報記憶手段に記憶された上記広告情報を取得する広告情報取得手段と、上記広告情報取得手段により取得された上記広告情報を上記表示部に表示させる広告情報表示手段と、を更に備えたことを特徴とする。
【００３３】
また、本発明のネットワーク統合装置は、上記記載のネットワーク統合装置において、上記制御部は、上記検索手段により上記エッジを検索された上記文献情報から、自然言語解析を用いて上記ネットワークモデルを取得し、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得する文献モデル取得手段、を更に備え、上記ネットワークモデル格納手段は、更に、上記文献モデル取得手段により取得された上記ネットワークモデルと、上記ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納することを特徴とする。
【００３４】
また、本発明のネットワーク統合システムは、制御部と記憶部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置、および、入力部と表示部と制御部とを少なくとも備えた端末装置、を通信可能に接続したネットワークモデル統合システムであって、上記ネットワークモデル統合装置の上記記憶部は、生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、を備え、上記ネットワークモデル統合装置の上記制御部は、上記端末装置から送信される、上記端末装置のユーザにより上記入力部を介して指定された上記ネットワークモデルである指定ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索し、上記検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記端末装置に送信する検索手段と、上記指定ネットワークモデルに、上記端末装置から送信される上記ユーザにより上記入力部を介して選択された上記検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合手段と、上記統合手段により生成された上記統合ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤを取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納するネットワークモデル格納手段と、を備え、上記端末装置の上記制御部は、上記ネットワークモデル統合装置から送信される上記検索結果を上記表示部に選択可能に表示させ、上記ユーザにより上記入力部を介して選択された上記検索結果を上記端末装置に送信する検索結果表示手段、を備えたことを特徴とする。
【００３５】
また、本発明のネットワーク統合方法は、入力部と表示部と記憶部と制御部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置において実行されるネットワークモデル統合方法であって、上記記憶部は、生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、を備え、上記制御部において実行される、ユーザにより上記ネットワークモデルが上記入力部を介して指定された場合、当該ネットワークモデルである指定ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索する検索ステップと、上記検索ステップにて検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記表示部に選択可能に表示させる検索結果表示ステップと、上記ユーザにより上記入力部を介して上記検索結果表示ステップにて上記表示部に表示された上記検索結果が選択された場合、上記指定ネットワークモデルに、上記選択された当該検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合ステップと、上記統合ステップにて生成された上記統合ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤを取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納するネットワークモデル格納ステップと、を含むことを特徴とする。
【００３６】
また、本発明のネットワーク統合方法は、制御部と記憶部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置、および、入力部と表示部と制御部とを少なくとも備えた端末装置、を通信可能に接続したネットワークモデル統合システムにおいて実行されるネットワークモデル統合方法であって、上記ネットワークモデル統合装置の上記記憶部は、生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、を備え、上記ネットワークモデル統合装置の上記制御部において実行される、上記端末装置から送信される、上記端末装置のユーザにより上記入力部を介して指定された上記ネットワークモデルである指定ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索し、上記検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記端末装置に送信する検索ステップと、上記端末装置の上記制御部において実行される、上記ネットワークモデル統合装置から送信される上記検索結果を上記表示部に選択可能に表示させ、上記ユーザにより上記入力部を介して選択された上記検索結果を上記端末装置に送信する検索結果表示ステップと、上記ネットワークモデル統合装置の上記制御部において実行される、上記指定ネットワークモデルに、上記端末装置から送信される上記ユーザにより上記入力部を介して選択された上記検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合ステップと、上記ネットワークモデル統合装置の上記制御部において実行される、上記統合ステップにて生成された上記統合ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤを取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納するネットワークモデル格納ステップと、を含むことを特徴とする。
【００３７】
また、本発明のプログラムは、入力部と表示部と記憶部と制御部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置に実行させるためのプログラムであって、上記記憶部は、生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、を備え、上記制御部において、ユーザにより上記ネットワークモデルが上記入力部を介して指定された場合、当該ネットワークモデルである指定ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索する検索ステップと、上記検索ステップにて検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記表示部に選択可能に表示させる検索結果表示ステップと、上記ユーザにより上記入力部を介して上記検索結果表示ステップにて上記表示部に表示された上記検索結果が選択された場合、上記指定ネットワークモデルに、上記選択された当該検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合ステップと、上記統合ステップにて生成された上記統合ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤを取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納するネットワークモデル格納ステップと、を実行させることを特徴とする。
【００３８】
また、本発明のプログラムは、入力部を少なくとも備えた端末装置に通信可能に接続された、制御部と記憶部とを少なくとも備えたネットワークモデル統合装置に実行させるためのプログラムであって、上記記憶部は、生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段、を備え、上記制御部において、上記端末装置から送信される、上記端末装置のユーザにより上記入力部を介して指定された上記ネットワークモデルである指定ネットワークモデルを構成する上記ノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された上記エッジを検索し、上記検索された上記エッジと、上記ネットワークモデル記憶手段に記憶された当該エッジを含む上記ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を上記端末装置に送信する検索ステップと、上記指定ネットワークモデルに、上記端末装置から送信される上記ユーザにより上記入力部を介して選択された上記検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しない上記ノードと、を統合した上記ネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合ステップと、上記統合ステップにて生成された上記統合ネットワークモデルを識別する上記ネットワークモデルＩＤを取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて上記ネットワークモデル記憶手段に格納するネットワークモデル格納ステップと、を実行させることを特徴とする。
【発明の効果】
【００３９】
この発明によれば、ユーザによりネットワークモデルが指定された場合、当該ネットワークモデルである指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない、エッジを検索し、検索されたエッジと、当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を表示部に選択可能に表示させ、ユーザにより入力部を介して表示部に表示された検索結果が選択された場合、指定ネットワークモデルに、選択された当該検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しないノードと、を統合したネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成し、生成された統合ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて格納するので、エッジが提示される根拠となった情報源の信頼性等をユーザが判断することができ、当該情報源をもとにユーザが選択したエッジをネットワークモデルに統合することで、信頼性の高いネットワークモデルへと拡張することができるという効果を奏する。
【００４０】
また、この発明によれば、指定ネットワークモデルは、記憶部に記憶されたネットワークモデル、記憶部に記憶されていない既知のネットワークモデル、または、新規のネットワークモデルであるので、新規に同定されたネットワークモデルの拡張、および、既存の様々なネットワークモデルの拡張をすることができるという効果を奏する。
【００４１】
また、この発明によれば、ユーザにより既知のネットワークモデル、または、新規のネットワークモデルが入力部を介して入力された場合、指定ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得し、当該指定ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶部に格納するので、新たに本システムに登録されたネットワークモデルが提示される根拠となった情報源等を、ユーザが検索することができるという効果を奏する。
【００４２】
また、この発明によれば、ユーザによりＩＤ選択指示が入力部を介して入力された場合、当該ＩＤ選択指示に基づいて、統合ネットワークモデルに含まれる指定ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤ、または、新規のネットワークモデルＩＤを、統合ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤとして取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶部に格納するので、ユーザにより選択されたエッジを統合した統合ネットワークモデルに付与するネットワークモデルＩＤを、新規のものにするか指定ネットワークモデルのものにするかユーザの利便性に従って選択することができるという効果を奏する。
【００４３】
また、この発明によれば、更に、記憶部に記憶されたパスウェイ、記憶部に記憶された文献情報、記憶部に記憶されたニュース、および／または、記憶部に記憶されたテキスト情報から、指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索し、当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得するので、エッジの検索対象を様々な情報源に拡張することができるという効果を奏する。
【００４４】
また、この発明によれば、ユーザにより事前に入力部を介して指定されたエッジを検索するので、システム内の検索対象にユーザによるフィルタリングをかけることができるという効果を奏する。
【００４５】
また、この発明によれば、更に、検索されたエッジに結合した、指定ネットワークモデルを構成しないノードと、記憶部に記憶された当該ノードを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を表示部に選択可能に表示させるので、検索結果にエッジだけでなくノードも含めることで、ノードが提示される根拠となった情報源の信頼性等をユーザが判断することができるという効果を奏する。
【００４６】
また、この発明によれば、検索結果を、リスト形式で表示部に選択可能に表示、および／または、ネットワークモデル上に重畳して表示部に選択可能に表示させるので、情報として整理しやすい形式と、視認性の高い形式とを使いわけて検索結果を表示することができるという効果を奏する。
【００４７】
また、この発明によれば、記憶部に記憶されたエッジが検索された場合、指定ネットワークモデルに含まれ、且つ、当該エッジに対応するネットワークモデルＩＤにより識別される記憶部に記憶されたネットワークモデルに含まれない、ノードおよび／またはエッジを、当該ネットワークモデルを提供したユーザに通知するので、自分が提供したネットワークモデルおよびその周辺に対する研究の進展等の可能性をリアルタイムに把握することができるという効果を奏する。
【００４８】
また、この発明によれば、統合ネットワークモデルが生成された場合、統合ネットワークモデルに含まれ、且つ、ユーザにより入力部を介して選択された検索結果に含まれる当該エッジに対応するネットワークモデルＩＤにより識別される記憶部に記憶されたネットワークモデルに含まれない、ノードおよび／またはエッジを、当該ネットワークモデルを提供したユーザに通知するので、ネットワークモデルの拡張が行われた際に、拡張された統合ネットワークモデルに統合されたエッジを含むネットワークモデルを本システムに提供した登録者に知らせることができるという効果を奏する。
【００４９】
また、この発明によれば、記憶部に記憶された、ネットワークモデルの一部もしくは全部、ネットワークモデルに含まれるノード、または、ネットワークモデルに含まれるエッジに対して、ユーザにより入力部を介して注釈が入力された場合、当該注釈を当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに対応付けて記憶部に格納し、記憶部に記憶された注釈を、記憶部に記憶された、当該注釈に対応するネットワークモデル、当該注釈に対応するノードを含むネットワークモデル、または、当該注釈に対応するエッジを含むネットワークモデルを提供したユーザに通知するので、ユーザがネットワークモデルを評価する際に、情報源以外に判断材料を得ることができるという効果を奏する。
【００５０】
また、この発明によれば、ユーザにより入力部を介して評価値が入力された場合、当該評価値を当該検索結果に含まれるエッジに対応付けて記憶部に格納するので、システム内に記憶されたエッジに対する信頼性をユーザが客観的に把握することができるという効果を奏する。
【００５１】
また、この発明によれば、評価値の入力は、表示部に表示された検索結果の選択であるので、ユーザによるエッジのネットワークモデルへの統合と同時に、当該エッジに対する評価を加える処理を自動的にすることができるという効果を奏する。
【００５２】
また、この発明によれば、更に、検索されたエッジに対応する、記憶部に記憶された評価値を表示部に表示させるので、ネットワークモデルを構成するエッジに対する他のユーザの加えた評価をユーザが視覚的に把握することができるという効果を奏する。
【００５３】
また、この発明によれば、ユーザにより入力部を介してネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジが選択された場合、当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに関連するキーワードを取得し、ユーザにより入力部を介して設定された間隔で、取得されたキーワードを用いて、記憶部に記憶された、所定時間内に発表された文献の文献情報を検索し、検索された文献情報を、リスト形式で表示部に表示、および／または、記憶部に記憶されたネットワークモデル上に重畳して表示部に表示させるので、ユーザが文献情報検索を設定する手法およびプッシュ型情報伝達機能を利用することで、ユーザの興味対象となっているネットワークモデルに対する最新の論文を面倒な文献検索処理をすることなく知ることができるという効果を奏する。
【００５４】
また、この発明によれば、検索された文献情報をユーザに通知するので、興味対象となっているネットワークモデルに対する最新の論文を面倒な文献検索処理なしに電子メール等で受信することできるという効果を奏する。
【００５５】
また、この発明によれば、ユーザにより入力部を介して設定された表示優先条件に基づいて、文献情報を、リスト形式で表示部に表示、および／または、ネットワークモデル上に重畳して表示部に表示させるので、あらかじめ設定されたフィルタに基づいて、検索された論文から実際表示するものを選別することができるという効果を奏する。
【００５６】
また、この発明によれば、表示優先条件は、文献名、文献発行機関名、または、著書名であるので、研究者の間で信頼性の高い刊行物等に掲載された論文、および、信頼のおける研究者が発表した論文だけを表示すことができるという効果を奏する。
【００５７】
また、この発明によれば、ユーザにより入力部を介してネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジが選択された場合、当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに基づく構成要素または相互作用に関する、記憶部に記憶された広告情報を取得し、取得された広告情報を表示部に表示させるので、画面上に表示されている、複数の情報またはユーザが選択した単一または複数の要素に関する情報を利用して、ユーザの興味対象に対する適切な広告の告知文を表示することができるという効果を奏する。
【００５８】
また、この発明によれば、更に、ネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジに基づく構成要素と相互作用する周辺の構成要素に関する、記憶部に記憶された広告情報を取得するので、ユーザの興味対象の関連要素に対する適切な広告も併せて表示することができるという効果を奏する。
【００５９】
また、この発明によれば、ネットワークモデルを表示部に表示させ、所定時間内で画面中心部に最も長く表示されているネットワークモデルの一部を認識し、当該ネットワークモデルの一部に含まれる、ノードに基づく構成要素、および／または、エッジに基づく相互作用に関連する、記憶部に記憶された広告情報を取得し、取得された広告情報を表示部に表示させるので、画面の中央付近に長い時間表示されていることが多い興味対象に対する適切な広告を表示することができるという効果を奏する。
【００６０】
また、この発明によれば、エッジを検索された文献情報から、自然言語解析を用いてネットワークモデルを取得し、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得し、取得されたネットワークモデルと、ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶部に格納するので、論文等の文献情報から自動的にネットワークモデルを生成し、ユーザに提供することができるという効果を奏する。
【図面の簡単な説明】
【００６１】
【図１】図１は、本実施の形態の基本原理を示すフローチャートである。
【図２】図２は、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の構成の一例を示すブロック図である。
【図３】図３は、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の概略構成の一例を示す概念図である。
【図４】図４は、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の処理の一例を示すフローチャートである。
【図５】図５は、本実施の形態におけるエッジ検索処理の一例を示す概念図である。
【図６】図６は、本実施の形態における検索通知処理の一例を示す概念図である。
【図７】図７は、本実施の形態における検索結果表示処理の一例を示す概念図である。
【図８】図８は、本実施の形態における広告表示処理の一例を示す概念図である。
【図９】図９は、本実施の形態における統合処理の一例を示す概念図である。
【図１０】図１０は、本実施の形態における最新文献自動表示処理の一例を示すフローチャートである。
【図１１】図１１は、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の一例を示す概念図である。
【図１２】図１２は、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の一例を示す概念図である。
【図１３】図１３は、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の一例を示す概念図である。
【発明を実施するための形態】
【００６２】
以下に、本発明にかかるネットワークモデル統合装置、ネットワークモデル統合システム、ネットワークモデル統合方法、または、プログラムの実施の形態を図面に基づいて詳細に説明する。なお、この実施の形態によりこの発明が限定されるものではない。
【００６３】
特に以下の実施の形態においては、本発明を生体内の分子間相互作用ネットワークに適用した例について説明するが、この場合に限られず、転写制御ネットワーク、細胞間コミュニケーション、および、臓器間相互作用等の生物学に関連する情報をネットワークの形態で、プログラムまたはウェブアプリケーションを用いて提供する全ての技術分野において、同様に適用することができる。
【００６４】
［本発明の実施の形態の概要］
以下、本発明の実施の形態の概要について図１を参照して説明し、その後、本実施の形態の構成および処理等について詳細に説明する。図１は、本実施の形態の基本原理を示すフローチャートである。
【００６５】
本実施の形態は、概略的に、以下の基本的特徴を有する。すなわち、本実施の形態のネットワークモデル統合装置の制御部は、図１に示すように、生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジを含むネットワークモデルがユーザにより指定された場合、当該ネットワークモデルを指定ネットワークモデルとして設定する（ステップＳＡ−１）。ここで、指定ネットワークモデルは、記憶部に記憶されたネットワークモデル、記憶部に記憶されていない既知のネットワークモデル、または、新規のネットワークモデルであってもよい。ここで、既知のネットワークモデルとは、外部データベース等からインターネットを介して取得可能な情報であってもよい。また、制御部は、更に、ユーザにより既知のネットワークモデル、または、新規のネットワークモデルが入力された場合、指定ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得し、当該指定ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶部に格納してもよい。
【００６６】
そして、本ネットワークモデル統合装置の制御部は、ステップＳＡ−１にて設定した指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない、記憶部に記憶されたエッジを検索する（ステップＳＡ−２）。ここで、制御部は、更に、記憶部に記憶された構成要素のパスウェイ、記憶部に記憶された構成要素および相互作用に関する文献の文献情報、記憶部に記憶されたニュース配信サービスが提供するニュース、および／または、記憶部に記憶された文献情報から自然言語解析を用いて抽出された構成要素および相互作用に関するテキスト情報から、指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索し、当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得してもよい。また、制御部は、ユーザにより事前に指定された記憶部に記憶されたエッジを検索してもよい。
【００６７】
そして、本ネットワークモデル統合装置の制御部は、検索したエッジと、記憶部に記憶された当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を表示部に選択可能に表示させる（ステップＳＡ−３）。ここで、制御部は、更に、検索したエッジに結合した、指定ネットワークモデルを構成しないノードと、記憶部に記憶された当該ノードを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を表示部に選択可能に表示させてもよい。また、制御部は、検索結果を、リスト形式で表示部に選択可能に表示、および／または、ネットワークモデル上に重畳して表示部に選択可能に表示させてもよい。また、制御部は、更に、検索したエッジに対応する、記憶部に記憶された検索結果に対する評価値を表示部に表示させてもよい。
【００６８】
そして、本ネットワークモデル統合装置の制御部は、ユーザにより表示部に表示した検索結果が選択された場合、当該選択を検知する（ステップＳＡ−４）。
【００６９】
そして、本ネットワークモデル統合装置の制御部は、指定ネットワークモデルに、ユーザにより選択された検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しないノードと、を統合したネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する（ステップＳＡ−５）。
【００７０】
そして、本ネットワークモデル統合装置の制御部は、生成した統合ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶部に格納し（ステップＳＡ−６）、処理を終了する。ここで、制御部は、ユーザによりＩＤ選択指示が入力された場合、当該ＩＤ選択指示に基づいて、統合ネットワークモデルに含まれる指定ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤ、または、新規のネットワークモデルＩＤを、統合ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤとして取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶部に格納してもよい。
【００７１】
以上で、本実施の形態の概要の説明を終える。
【００７２】
［ネットワークモデル統合システムの実施の形態］
次に、ネットワークモデル統合システムの実施の形態について、図２乃至図１０を参照して以下に説明する。但し、以下に示すスタンドアローン型ネットワークモデル統合システムの実施の形態は、本発明の技術思想を具体化するためのネットワークモデル統合システムを例示するものであって、本発明をこのネットワークモデル統合システムに特定することを意図するものではなく、特許請求の範囲に含まれるその他の実施の形態のネットワークモデル統合システムにも等しく適用し得るものである。
【００７３】
［ネットワークモデル統合システム１０の構成］
まず、本ネットワークモデル統合システム１０の構成について図２を参照して説明する。図２は、本実施の形態が適用されるネットワークモデル統合システム１０の構成の一例を示すブロック図であり、該構成のうち本実施の形態に関係する部分のみを概念的に示している。なお、本実施の形態においては、スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０（ネットワークモデル統合装置１００）を具体例として説明するが、本発明はこれに限ることなく、図３に示すような、ネットワークモデル統合装置１００と、単数または複数の端末装置１３０（例えば、ユーザ端末等）と、単数または複数の外部装置１５０（例えば、外部データベース等）とが通信可能に接続した通信型ネットワークモデル統合システム１０などにも適用可能である。図３は、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の概略構成の一例を示す概念図である。ここで、図３に示すように、通信には、一例として、ネットワーク（通信回線）３００を介した有線・無線通信等の遠隔通信等を含む。また、これらネットワークモデル統合システム１０の各部は任意の通信路を介して通信可能に接続されている。なお、本実施の形態における通信型ネットワークモデル統合システム１０は、スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０と同様の効果や機能を奏し得る範囲において、任意の単位で機能的または物理的に分散・統合して構成することができる。
【００７４】
図２においてネットワークモデル統合装置１００は、概略的に、入力部１１２と表示部１１４と制御部１０２と記憶部１０６とを備える。ここで、制御部１０２は、ネットワークモデル統合装置１００の全体を統括的に制御するＣＰＵ等である。また、記憶部１０６は、各種のデータベースやテーブルなどを格納する装置である。これらネットワークモデル統合装置１００の各部は任意の通信路を介して通信可能に接続されている。更に、このネットワークモデル統合装置１００は、ルータ等の通信装置および専用線等の有線または無線の通信回線を介して、ネットワーク（通信回線）３００に通信可能に接続されていてもよい。また、入力部１１２は、データおよび選択指示等を入力する入力手段（例えば、キー入力部、タッチパネル、キーボード、および、マイク等）であってもよい。また、表示部１１４は、アプリケーション等の表示画面を表示する表示手段（例えば、液晶または有機ＥＬ等から構成されるディスプレイおよびモニタ等）であってもよい。また、入出力制御インターフェース部１０８は、入力部１１２、および、表示部１１４等の制御を行う。
【００７５】
記憶部１０６に格納される各種のデータベースやテーブル（ネットワークモデルデータベース１０６ａ、相互作用データベース１０６ｂ、パスウェイデータベース１０６ｃ、文献情報データベース１０６ｄ、ニュースデータベース１０６ｅ、テキストマイニングデータベース１０６ｆ、および、広告情報データベース１０６ｇ）は、ＨＤＤ（Ｈａｒｄ  Ｄｉｓｋ  Ｄｒｉｖｅ）等の固定ディスク装置およびＳＳＤ（Ｓｏｌｉｄ  Ｓｔａｔｅ  Ｄｒｉｖｅ）等のストレージ手段である。例えば、記憶部１０６は、各種処理に用いる各種のプログラム、テーブル、ファイル、データベース、および、ウェブページ等を格納する。
【００７６】
これら記憶部１０６の各構成要素のうち、ネットワークモデルデータベース１０６ａは、生体の構成要素を示すノード、および、当該構成要素間の相互作用を示すエッジ（アーク）を含むネットワークモデルと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて記憶するネットワークモデル記憶手段である。ここで、ネットワークモデルデータベース１０６ａは、更に、ネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジに対する注釈を、当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに対応付けて記憶してもよい。ここで、注釈とは、タグ、コメント、または、スレッド等であってもよい。また、ネットワークモデルデータベース１０６ａは、更に、制御部１０２により検索されたエッジおよび当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを含む検索結果に対する評価値を当該検索結果に含まれるエッジに対応付けて記憶してもよい。また、生体の構成要素とは、原子（水素原子、酸素原子、炭素原子、または、窒素原子等）、イオン（ナトリウムイオン、カリウムイオン、または、カルシウムイオン等）、分子（例えば、アミノ酸、タンパク質、糖、脂質、ＤＮＡ、ＲＮＡ、または、酵素等）、細胞、組織、または、臓器などであってもよい。また、ネットワークモデルとは、最低一つの構成要素が含まれているモデルであってもよい。
【００７７】
また、相互作用データベース１０６ｂは、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデルに含まれる、構成要素を示すノード、および、構成要素間の相互作用を示すエッジと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて構成されるリストを記憶する相互作用記憶手段である。ここで、相互作用データベース１０６ｂに記憶されたリストは、制御部１０２によりネットワークモデルデータベース１０６ａから抽出されたノード、エッジ、および、ネットワークモデルＩＤに基づき生成されたものであってもよい。
【００７８】
また、パスウェイデータベース１０６ｃは、生体の構成要素のパスウェイを記憶したパスウェイ記憶手段である。ここで、パスウェイとは、生体内の代謝経路または信号伝達経路等であってもよい。
【００７９】
また、文献情報データベース１０６ｄは、生体の構成要素および構成要素間の相互作用に関する文献の文献情報を記憶する文献情報記憶手段である。ここで、文献情報データベース１０６ｄは、出版社などの保有する文献情報（文献関連データ）を記憶してもよい。これら文献情報は、文献情報データベース１０６ｄに予め記憶されており、ネットワークモデル統合装置１００の制御部１０２は、定期的にネットワーク（通信回線）３００を介して世界中で逐次発表される最新のデータを外部機器（例えば、出版社および国家機関等の文献情報を提供する文献情報提供サービスなど）等からダウンロードして文献情報データベース１０６ｄに記憶された文献情報をアップデートしてもよい。
【００８０】
また、ニュースデータベース１０６ｅは、ニュース配信サービスが提供するニュースを記憶するニュース記憶手段である。ここで、ニュースとは、生体の構成要素および構成要素間の相互作用に関連する情報であって、例えば、製薬会社等が発表する新薬のパスウェイに対する効用データ等であってもよい。
【００８１】
また、テキストマイニングデータベース１０６ｆは、文献情報からテキストマイニングを用いて抽出された構成要素および相互作用に関するテキスト情報を記憶するテキストマイニング記憶手段である。ここで、テキストマイニングデータベース１０６ｆは、更に、インターネット上に存在する各種情報からテキストマイニングを用いて抽出された構成要素および相互作用に関するテキスト情報を記憶していてもよい。
【００８２】
また、広告情報データベース１０６ｇは、生体の構成要素および構成要素間の相互作用に関する広告情報を記憶する広告情報記憶手段である。
【００８３】
また、図２において、制御部１０２は、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）等の制御プログラムや、各種の処理手順等を規定したプログラム、および、所要データを格納するための内部メモリを有する。そして、制御部１０２は、これらのプログラム等により、種々の処理を実行するための情報処理を行う。制御部１０２は、機能概念的に、検索部１０２ａ、検索結果表示部１０２ｂ、統合部１０２ｃ、ネットワークモデル格納部１０２ｄ、構成通知部１０２ｅ、注釈格納部１０２ｆ、注釈通知部１０２ｇ、評価値格納部１０２ｈ、キーワード取得部１０２ｉ、文献情報検索部１０２ｊ、文献情報表示部１０２ｋ、文献情報通知部１０２ｍ、広告情報取得部１０２ｎ、広告情報表示部１０２ｐ、ネットワークモデル表示部１０２ｑ、および、文献モデル取得部１０２ｒを備える。
【００８４】
このうち、検索部１０２ａは、ユーザによりネットワークモデルが入力部１１２を介して指定された場合、当該ネットワークモデルである指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない、ネットワークモデルデータベース１０６ａまたは相互作用データベース１０６ｂに記憶されたエッジを検索する検索手段である。ここで、検索部１０２ａは、更に、パスウェイデータベース１０６ｃに記憶されたパスウェイ、文献情報データベース１０６ｄに記憶された文献情報、ニュースデータベース１０６ｅに記憶されたニュース、および／または、テキストマイニングデータベース１０６ｆに記憶されたテキスト情報から、指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索し、当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得してもよい。また、検索部１０２ａは、ユーザにより事前に入力部１１２を介して指定されたネットワークモデルデータベース１０６ａまたは相互作用データベース１０６ｂに記憶されたエッジを検索してもよい。また、指定ネットワークモデルは、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデル、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されていない既知のネットワークモデル（例えば、ウェブサービスを経由して提供されるネットワークモデル等）、または、新規のネットワークモデルであってもよい。また、検索部１０２ａは、更に、インターネット上の各種情報源から、指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索し、当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得してもよい。
【００８５】
また、検索結果表示部１０２ｂは、検索部１０２ａにより検索されたエッジと、当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を表示部１１４に選択可能に表示させる検索結果表示手段である。ここで、検索結果表示部１０２ｂは、更に、検索部１０２ａにより検索されたエッジに結合した、指定ネットワークモデルを構成しないノードと、当該ノードを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を表示部１１４に選択可能に表示させてもよい。また、検索結果表示部１０２ｂは、検索結果を、リスト形式で表示部１１４に選択可能に表示、および／または、ネットワークモデル上に重畳して表示部１１４に選択可能に表示させてもよい。また、検索結果表示部１０２ｂは、更に、検索部１０２ａにより検索されたエッジに対応する検索結果に対する評価値を表示部１１４に表示させてもよい。
【００８６】
また、統合部１０２ｃは、ユーザにより入力部１１２を介して検索結果表示部１０２ｂにより表示部１１４に表示された検索結果が選択された場合、指定ネットワークモデルに、選択された当該検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しないノードと、を統合したネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する統合手段である。ここで、統合部１０２ｃは、一定の基準（例えば、ユーザにより事前に設定された条件等）に基づき自動的に検索結果を選択し、指定ネットワークモデルに、選択された当該検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しないノードと、を統合したネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成してもよい。
【００８７】
また、ネットワークモデル格納部１０２ｄは、統合部１０２ｃにより生成された統合ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納するネットワークモデル格納手段である。ここで、ネットワークモデル格納部１０２ｄは、更に、ユーザにより入力部１１２を介して既知のネットワークモデル、または、新規のネットワークモデルが入力された場合、指定ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得し、当該指定ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納してもよい。また、ネットワークモデル格納部１０２ｄは、ユーザにより入力部１１２を介してＩＤ選択指示が入力された場合、当該ＩＤ選択指示に基づいて、統合ネットワークモデルに含まれる指定ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤ、または、新規のネットワークモデルＩＤを、統合ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤとして取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納してもよい。また、ネットワークモデル格納部１０２ｄは、更に、文献モデル取得部１０２ｒにより取得されたネットワークモデルと、ネットワークモデルＩＤと、を対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納してもよい。
【００８８】
また、構成通知部１０２ｅは、検索部１０２ａによりネットワークモデルデータベース１０６ａまたは相互作用データベース１０６ｂに記憶されたエッジが検索された場合、指定ネットワークモデルに含まれ、且つ、当該エッジに対応するネットワークモデルＩＤにより識別されるネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデルに含まれない、ノードおよび／またはエッジを、当該ネットワークモデルを提供したユーザに通知する構成通知手段である。ここで、構成通知部１０２ｅは、統合部１０２ｃにより統合ネットワークモデルが生成された場合、統合ネットワークモデルに含まれ、且つ、ユーザにより入力部１１２を介して選択された検索結果に含まれるエッジに対応するネットワークモデルＩＤにより識別されるネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデルに含まれない、ノードおよび／またはエッジを、当該ネットワークモデルを提供したユーザに通知してもよい。
【００８９】
また、注釈格納部１０２ｆは、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶された、ネットワークモデルの一部もしくは全部、ネットワークモデルに含まれるノード、または、ネットワークモデルに含まれるエッジに対して、ユーザにより入力部１１２を介して注釈が入力された場合、当該注釈を当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納する注釈格納手段である。
【００９０】
また、注釈通知部１０２ｇは、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶された注釈を、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶された、当該注釈に対応するネットワークモデル、当該注釈に対応するノードを含むネットワークモデル、または、当該注釈に対応するエッジを含むネットワークモデルを提供したユーザに通知する注釈通知手段である。
【００９１】
また、評価値格納部１０２ｈは、ユーザにより入力部１１２を介して検索結果に対する評価値が入力された場合、当該評価値を当該検索結果に含まれるエッジに対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納する評価値格納手段である。ここで、評価値の入力は、検索結果表示部１０２ｂにより表示部１１４に表示された検索結果の選択であってもよい。
【００９２】
また、キーワード取得部１０２ｉは、ユーザにより入力部１１２を介してネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジが選択された場合、当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに関連するキーワードを取得するキーワード取得手段である。
【００９３】
また、文献情報検索部１０２ｊは、ユーザにより入力部１１２を介して設定された間隔で、キーワード取得部１０２ｉにより取得されたキーワードを用いて、文献情報データベース１０６ｄに記憶された、所定時間内に発表された文献の文献情報を検索する文献情報検索手段である。
【００９４】
また、文献情報表示部１０２ｋは、文献情報検索部１０２ｊにより検索された文献情報を、リスト形式で表示部１１４に表示、および／または、ネットワークモデル上に重畳して表示部１１４に表示させる文献情報表示手段である。ここで、文献情報表示部１０２ｋは、ユーザにより入力部１１２を介して設定された表示優先条件に基づいて、文献情報を、リスト形式で表示部１１４に表示、および／または、ネットワークモデル上に重畳して表示部１１４に表示させてもよい。また、表示優先条件は、文献名、文献発行機関名、または、著書名であってもよい。
【００９５】
また、文献情報通知部１０２ｍは、文献情報検索部１０２ｊにより検索された文献情報をユーザに通知する文献情報通知手段である。
【００９６】
また、広告情報取得部１０２ｎは、ユーザにより入力部１１２を介してネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジが選択された場合、当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに基づく構成要素または相互作用に関する、広告情報データベース１０６ｇに記憶された広告情報を取得する広告情報取得手段である。ここで、広告情報取得部１０２ｎは、更に、ユーザにより入力部１１２を介して選択されたネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジに基づく構成要素と相互作用する周辺の構成要素に関する、広告情報データベース１０６ｇに記憶された広告情報を取得してもよい。また、広告情報取得部１０２ｎは、制御部１０２により、所定時間内で画面中心部に最も長く表示されているネットワークモデルの一部を認識し、当該ネットワークモデルの一部に含まれる、ノードに基づく構成要素、および／または、エッジに基づく相互作用に関連する、広告情報データベース１０６ｇに記憶された広告情報を取得してもよい。
【００９７】
また、広告情報表示部１０２ｐは、広告情報取得部１０２ｎにより取得された広告情報を表示部１１４に表示させる広告情報表示手段である。
【００９８】
また、ネットワークモデル表示部１０２ｑは、ネットワークモデルを表示部１１４に表示させるネットワークモデル表示手段である。ネットワークモデル表示部１０２ｑは、更に、ネットワークモデルに対応する注釈を表示部１１４に表示させてもよい。
【００９９】
また、文献モデル取得部１０２ｒは、検索部１０２ａによりエッジを検索された文献情報から、自然言語解析を用いてネットワークモデルを取得し、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得する文献モデル取得手段である。
【０１００】
以上で、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の構成の一例の説明を終える。
【０１０１】
［ネットワークモデル統合システム１０の処理］
次に、このように構成された本実施の形態における本システムの処理の一例について、以下に図４乃至図１０を参照して詳細に説明する。
【０１０２】
［スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０の処理］
まず、本実施の形態におけるスタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０（ネットワークモデル統合装置１００）の処理の詳細について図４乃至図１０を参照して説明する。図４は、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の処理の一例を示すフローチャートである。
【０１０３】
図４に示すように、ネットワークモデル格納部１０２ｄは、ユーザにより新規のネットワークモデル（例えば、ユーザが実験により同定したネットワークモデル等）が入力部１１２を介して入力された場合、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得し、当該ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納（登録）し、当該ネットワークモデルをユーザの指定ネットワークモデルに設定する（ステップＳＢ−１）。そして、制御部１０２は、ネットワークモデル格納部１０２ｄにより登録されたネットワークモデルに含まれるノードおよびエッジと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて相互作用データベース１０６ｂにリスト形式で格納（登録）する。
【０１０４】
そして、検索部１０２ａは、ネットワークモデル格納部１０２ｄにより設定された指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない、相互作用データベース１０６ｂに記憶されたエッジを検索する（ステップＳＢ−２）。ここで、検索部１０２ａは、更に、パスウェイデータベース１０６ｃに記憶されたパスウェイ、文献情報データベース１０６ｄに記憶された文献情報、ニュースデータベース１０６ｅに記憶されたニュース、テキストマイニングデータベース１０６ｆに記憶されたテキスト情報、および／または、インターネット上の各種情報源から、指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索し、当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得してもよい。また、検索部１０２ａは、ユーザにより事前に入力部１１２を介して指定された相互作用データベース１０６ｂに記憶されたエッジを検索してもよい。すなわち、検索部１０２ａは、相互作用データベース１０６ｂ上の全てのデータから相互作用を検索する場合と、対象となる特定のネットワークモデル（単数、複数）を指定し、そのネットワークモデル（単数、複数）より抽出された情報のみを検索対象としない等の選択を可能としてもよい。これにより、品質的に信頼することができるネットワークモデルから抽出された情報のみを検索対象とするなどの制御が可能となる。
【０１０５】
更に、文献モデル取得部１０２ｒは、検索部１０２ａによりエッジを検索された文献情報から、自然言語解析を用いてネットワークモデルを取得し、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得してもよい。そして、ネットワークモデル格納部１０２ｄは、文献モデル取得部１０２ｒにより取得されたネットワークモデルと、ネットワークモデルＩＤと、を対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納してもよい。すなわち、本システムでは、検索部１０２ａにより参照論文が提示（検索）された際、文献モデル取得部１０２ｒにより自然言語解析システムを利用して、その論文の概要がネットワークの形で抽出され、ネットワークモデル格納部１０２ｄによりネットワークモデル統合システム１０のデータベース（ネットワークモデルデータベース１０６ａ）に蓄積されてもよい。なお、ユーザがネットワークモデルデータベース１０６ａに蓄積された当該論文の概要表示を求めた際には、ここに蓄積された相互作用に関するネットワークモデルを表示させてもよい。また、各々の論文から抽出されたネットワークモデルが、他のユーザが登録したネットワークモデルと同等に扱うことが可能であるので、ある論文に対応するネットワークモデルに対して他の論文から生成されたネットワークモデルを対象にアービトレーション機能を利用することで、この論文と他の論文から生成されたネットワークモデルの相違を表示させてもよい。また、同時に、これら両論文に基づく相互作用を統合し新たなネットワークモデルの構築をしてもよい。また、各々の出版社等のユーザは、当該ユーザ（出版社）の発行する論文に関して、本実施の形態において取得されたネットワークモデル（すなわち、ここで記述するような概要）を直接または間接的に利用してもよい。
【０１０６】
また、ユーザは、相互作用データベース１０６ｂのみを検索対象とするか、その他の情報源も利用するか、利用するならどの情報源を利用するかの選択をしてもよい。つまり、検索部１０２ａは、あらたにネットワークモデルデータベース１０６ａに登録されたネットワークモデル（指定ネットワークモデル）に対して、既に相互作用データベース１０６ｂに登録されているがネットワークモデル上に反映されていない相互作用や構成要素を検索してもよい。同時に、検索部１０２ａは、テキストマイニングデータベース１０６ｆ（テキストマイニングシステム）、パスウェイデータベース１０６ｃ、および、インターネット上の各種情報源等から相互作用や構成要素の候補を検索してもよい。つまり、検索部１０２ａは、相互作用データベース１０６ｂ以外の外部情報を利用してもよく、インターネット情報および商用データベース等の外部資源にアクセスし、そこからの情報を任意の方法で抽出した結果を取り込んでもよい。
【０１０７】
ここで、図５を参照して、本実施の形態におけるエッジ検索処理の一例について説明する。図５は、本実施の形態におけるエッジ検索処理の一例を示す概念図である。
【０１０８】
図５に示すように、検索部１０２ａは、ユーザにより入力部１１２を介して指定された指定ネットワークモデル（ファイル：ＩＤ：００２）を構成するエッジ（ＡＢ、ＢＣ、および、ＣＥ）を抽出している（ステップＳＣ−１）。なお、図５に示すように、ネットワークモデル表示部１０２ｑは、指定ネットワークモデルを表示部１１４に表示させてもよい（ステップＳＣ−２）。そして、検索部１０２ａは、抽出した指定ネットワークモデルを構成するノード（Ａ、Ｂ、Ｃ、および、Ｅ）に結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを、相互作用データベース１０６ｂから検索している（ステップＳＣ−３）。なお、図５に示すように、ネットワークモデル表示部１０２ｑは、相互作用データベース１０６ｂに記憶された、検索対象となったエッジに対応するネットワークモデルＩＤ（ファイル：ＩＤ：０００、および、ファイル：ＩＤ：００１）により識別されるネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデルを表示部１１４に表示させてもよい（ステップＳＣ−４）。そして、検索部１０２ａは、検索結果として、抽出した指定ネットワークモデルを構成するノード（Ａ、Ｂ、Ｃ、および、Ｅ）に結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しない、相互作用データベース１０６ｂに記憶されたエッジ（ＣＡ、および、ＡＤ）およびノード（Ｄ）を取得している（ステップＳＣ−５）。このように、図５では、相互作用データベース１０６ｂのみを検索対象とし、指定ネットワークモデルに含まれるノード（構成要素）に対して、指定ネットワークモデルには含まれていないエッジ（相互作用）を検索し、それらのエッジ（相互作用）とそのエッジ（相互作用）が接続するノード（構成要素）を検索結果としている。なお、図５に示すステップＳＣ−０１およびＳＣ−０２については、後述する。
【０１０９】
図４に戻り、構成通知部１０２ｅは、検索部１０２ａにより相互作用データベース１０６ｂに記憶されたエッジが検索された場合、指定ネットワークモデルに含まれ、且つ、当該エッジに対応するネットワークモデルＩＤにより識別されるネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデルに含まれない、ノードおよび／またはエッジを、当該ネットワークモデルを提供したユーザに通知する（ステップＳＢ−３）。ここで、通知とは、ユーザへの電子メール送信、または、ネットワークモデル統合装置１００内の当該ユーザ固有のアクセス領域へのノードおよび／またはエッジ等を含むデータの格納等であってもよい。
【０１１０】
ここで、図６を参照して、本実施の形態における検索通知処理の一例について説明する。図６は、本実施の形態における検索通知処理の一例を示す概念図である。
【０１１１】
図６に示すように、構成通知部１０２ｅは、検索部１０２ａにより相互作用データベース１０６ｂに記憶されたエッジが検索された場合（ステップＳＣ−３）、指定ネットワークモデルに含まれ、且つ、当該エッジに対応するネットワークモデルＩＤ（ファイル：ＩＤ：０００）により識別されるネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデルに含まれない、エッジ（ＡＢ、ＢＣ、および、ＣＥ）を、当該ネットワークモデルを提供した（ステップＳＣ−０１）ユーザに通知している（ステップＳＣ−６）。そして、構成通知部１０２ｅは、指定ネットワークモデルに含まれ、且つ、当該エッジに対応するネットワークモデルＩＤ（ファイル：ＩＤ：００１）により識別されるネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデルに含まれない、エッジ（ＣＥ）を、当該ネットワークモデルを提供した（ステップＳＣ−０２）ユーザに通知している（ステップＳＣ−７）。このように、構成通知部１０２ｅは、ネットワークモデルの登録者等に対して、登録されたネットワークモデルが、アービトレーションの対象となり、その検索キーとなるエッジ（相互作用）が、登録されているネットワークモデルに含まれているものではない場合に、その検索キーとなるエッジ（相互作用）をモデル登録者に通知している。なお、図６に示すステップＳＣ−１およびＳＣ−２については、図５と同様であるため説明を省略する。
【０１１２】
図４に戻り、検索結果表示部１０２ｂは、検索部１０２ａにより検索されたエッジと、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶された当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を、リスト形式で表示部１１４に選択可能に表示、および／または、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶された、当該検索結果に含まれるエッジを含むネットワークモデル上に重畳して表示部１１４に選択可能に表示させる（ステップＳＢ−４）。ここで、検索結果表示部１０２ｂは、更に、検索部１０２ａにより検索されたエッジに結合した、指定ネットワークモデルを構成しないノードと、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶された当該ノードを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を表示部１１４に選択可能に表示させてもよい。また、検索結果表示部１０２ｂは、更に、検索部１０２ａにより検索されたエッジに対応する、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶された検索結果に対する評価値を表示部１１４に表示させてもよい。つまり、検索結果表示部１０２ｂは、検索結果表示の方法として、リスト形式とネットワークモデル上に提示する方法とのいずれかまたは両方を提示してもよい。また、検索結果表示部１０２ｂは、更に、表示部１１４に表示されたネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジに対応する、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶された注釈を表示部１１４に表示させてもよい。
【０１１３】
ここで、図７を参照して、本実施の形態における検索結果表示処理の一例について説明する。図７は、本実施の形態における検索結果表示処理の一例を示す概念図である。
【０１１４】
図７に示すように、検索結果表示部１０２ｂは、検索部１０２ａにより取得された検索結果（ステップＳＣ−５）をリスト形式で表示部１１４に選択可能にチェックボックスを付けて表示させている（ステップＳＣ−８）。そして、検索結果表示部１０２ｂは、検索部１０２ａにより取得された検索結果（ステップＳＣ−５）を選択可能な矢印（太線）として、当該検索結果に含まれるエッジを含むネットワークモデル上に重畳して表示部１１４に表示させている（ステップＳＣ−９）。ここで、ユーザは、事前に、検索された相互作用等を自動的にネットワークモデルに統合するか、ユーザが個別に判断するかを設定してもよい。そして、個別に判断する場合は、表示されたリストまたはネットワークモデルの表示画面に、各々のエッジ（相互作用）と接続先のノード（構成要素）をネットワークモデルに統合するかを個別に選択してもよい。なお、図７に示すステップＳＣ−１、ＳＣ−２、およびＳＣ−３については、図５および図６と同様であるため説明を省略する。
【０１１５】
図４に戻り、広告情報取得部１０２ｎは、検索結果表示部１０２ｂにより表示部１１４に表示されたネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジがユーザにより入力部１１２を介して選択（例えば、クリック、または、タップ等）された場合、当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに基づく構成要素または相互作用に関する、広告情報データベース１０６ｇに記憶された広告情報を取得する（ステップＳＢ−５）。ここで、広告情報取得部１０２ｎは、更に、ユーザにより入力部１１２を介して選択されたネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジに基づく構成要素と相互作用する周辺の構成要素に関する、広告情報データベース１０６ｇに記憶された広告情報を取得してもよい。また、広告情報取得部１０２ｎは、所定時間内で検索結果表示部１０２ｂにより表示部１１４の画面中心部に最も長く表示されているネットワークモデルの一部を認識し、当該ネットワークモデルの一部に含まれる、ノードに基づく構成要素、および、エッジに基づく相互作用に関連する、広告情報データベース１０６ｇに記憶された広告情報を取得してもよい。
【０１１６】
そして、広告情報表示部１０２ｐは、広告情報取得部１０２ｎにより取得された広告情報を表示部１１４に表示させる（ステップＳＢ−６）。
【０１１７】
ここで、図８を参照して、本実施の形態における広告表示処理の一例について説明する。図８は、本実施の形態における広告表示処理の一例を示す概念図である。
【０１１８】
図８に示すように、ネットワークモデル表示部１０２ｑは、細胞内の分子間相互作用のネットワークモデルを表示部１１４にグラフィカルに表示させている。ここで、広告情報取得部１０２ｎは、ネットワークモデル表示部１０２ｑにより表示部１１４に表示されたネットワークモデルに含まれるノードＡがユーザにより入力部１１２を介して選択されたため、当該ノードＡに基づく分子に関する、広告情報データベース１０６ｇに記憶された広告情報を取得している。そして、広告情報表示部１０２ｐは、広告情報取得部１０２ｎにより取得された広告情報（Ａ関連の広告など）を表示部１１４に表示させている。すなわち、本実施の形態において、広告情報表示部１０２ｐは、分子間相互作用ネットワーク、転写制御ネットワーク、細胞間コミュニケーション、または、臓器間相互作用などの生物学に関連する情報をネットワークとしてプログラムまたはインターネット上のサービスとして表示した際に、あらかじめ用意された広告などの告知情報を画面上に表示させることができる。更に、広告情報表示部１０２ｐは、表示部１１４に表示されたネットワークモデル自体のユーザによる編集、各要素（ノードおよびエッジ）および表示画面上の領域などに対するユーザによる各種の検索、ならびに、タグおよびスレッドなどの形での各種コメントのユーザによる追加または編集があった際に、あらかじめ用意された広告などの告知情報を画面上に表示させることができる。なお、ユーザは、ネットワークモデルがグラフィカルに表示部１１４に表示されている場合等に、本システムによって用意された方法によって画面の内容や表示範囲を変更（例えば、スクロール、拡大、および、縮小等）することができる。
【０１１９】
また、本実施の形態において、表示部１１４に表示されるネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデルを構成する要素（ノードおよびエッジ）には、あらかじめ、表示に利用されるデータ、単一または複数のキーワード、および、関連するデータベースへのリンク情報などが含まれていてもよい。また、広告情報表示部１０２ｐは、例えば、現在、表示部１１４に表示されているネットワークモデルの全ての要素（ノードおよびエッジ）に関する情報を利用して、単一または複数の告知文を選択し、表示してもよい。この場合、広告情報取得部１０２ｎは、画面に常時表示されている全ての要素に関するキーワードと、広告情報データベース１０６ｇにあらかじめ登録してある告知文の内容および登録キーワードと比較し、最も適合度の高い一つまたは複数の告知文（広告）を取得してもよい。また、広告情報表示部１０２ｐは、告知文表示の際に、あらかじめ用意された一つまたは複数の表示領域に対して表示してもよい。また、広告を出稿しようとする出稿者は、プッシュ型情報伝達方法を利用して、ユーザのアカウントに登録してあるネットワークモデルに関連した一連の広告を、出稿者所有のネットワークモデルに付加して、本システムに登録してもよい。この際に、広告情報表示部１０２ｐは、既に定義されたプッシュ型情報伝達機構を利用して、ユーザが表示した画面に広告を表示させるだけでなく、ユーザ個別の「ユーザ広告リスト」を生成し、ユーザの既読広告以外の広告を表示させるなどのユーザ毎の広告表示管理を行ってもよい。
【０１２０】
また、従来の技術では、インターネットなどの電子媒体上に広告などの告知を表示する場合、そのページが表示された際に、事前に決定してある広告などを自動的に表示していた。また、多くの検索エンジンでは、告知文出稿者による特定のキーワードの登録に基づき、ユーザが検索の過程でそれらのキーワードを使用した際に、特定に基準に照合してこれらの告知文を画面上に提示する手法がとられている。しかしながら、生物学的ネットワークでは、一度に多くの情報が提示されているのみならず、ユーザは、既に表示されている要素を選択することで、さらに情報を検索するなどの行為を行う。このため従来技術では、適切な告知文の提示が期待できなかった。また、ネットワークモデルが表示された際に、当該ネットワークモデルを表示するために利用した検索キーワードは、そのファイル名やパスウェイ全体の名称等であり、必ずしもユーザが興味を有する特定の遺伝子またはタンパク質等の名称を使うわけではなかった。しかし、ユーザは、多くの場合、興味がある要素を画面の中央付近に配置するように画面表示を調整するため、画面の中央付近に表示されている相互作用や構成要素にユーザが最も関心が高いと考えるのが自然である。
【０１２１】
そこで、本実施の形態において、広告情報取得部１０２ｎは、所定時間内で表示部１１４の画面中心部に最も長く表示されているネットワークモデルに含まれるノードおよびエッジがどのようなネットワークの形態（トポロジー）を有しているのか、または、どの程度の時間画面の中央付近に表示されているかの計算を行い、ユーザの興味尺度として設定もよい。そして、広告情報取得部１０２ｎは、設定した興味尺度に基づき、表示部１１４に表示されているネットワークモデルに関連する、広告情報データベース１０６ｇに記憶された広告情報を取得してもよい。そして、広告情報表示部１０２ｐは、広告情報取得部１０２ｎにより取得された広告情報を表示部１１４に表示させてもよい。すなわち、広告情報表示部１０２ｐは、画面の中央付近により長い時間表示されている相互作用、構成要素、それらのトポロジー、または、生物機能などに関する広告を、あらかじめ広告主等の情報提供者より指定されている特徴から、表示の可否、順番、および、位置等を決定して表示させている。
【０１２２】
図４に戻り、注釈格納部１０２ｆは、検索結果表示部１０２ｂにより表示部１１４に表示されたネットワークモデルの一部もしくは全部、ネットワークモデルに含まれるノード、または、ネットワークモデルに含まれるエッジに対して、ユーザにより入力部１１２を介して注釈が入力された場合、当該注釈を当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納する（ステップＳＢ−７）。そして、検索結果表示部１０２ｂは、注釈格納部１０２ｆによりネットワークモデルデータベース１０６ａに格納した注釈を、ネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジ上に重畳して表示部１１４に表示させてもよい。すなわち、本実施の形態において、ネットワークモデルの提供者（例えば、研究者、出版社、広告主等）によりネットワークモデルデータベース１０６ａに登録（アップロード）されたネットワークモデルが、ユーザの検索等に応じて表示部１１４に表示され、表示されたネットワークモデルの領域、構成要素、または、相互作用等に対して、ユーザによるタグ、コメント、または、スレッド等が設定可能となっている。
【０１２３】
また、注釈通知部１０２ｇは、注釈格納部１０２ｆによりネットワークモデルデータベース１０６ａに格納された注釈を、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶された、当該注釈に対応するネットワークモデル、当該注釈に対応するノードを含むネットワークモデル、または、当該注釈に対応するエッジを含むネットワークモデルを提供したユーザ（提供者）に通知してもよい。すなわち、注釈通知部１０２ｇは、対象となるネットワークモデルに対し、タグまたはスレッド等の形での各種コメントがユーザにより加えられた場合、ユーザのコメントなどを各々のネットワークモデルに関する情報の提供者に対して、そのまま、または、編集した形で自動的にフィードバックしてもよい。ここで、注釈通知部１０２ｇは、あらかじめ定義されたサイクルおよびフィルタに準じて、ユーザが付加した各種コメント等の情報を、各々のネットワークモデル毎に提供者と合意した形式でまとめ、その情報を提供者に通知してもよい。
【０１２４】
そして、評価値格納部１０２ｈは、ユーザにより入力部１１２を介して検索結果に対する評価値が入力された場合、当該評価値を当該検索結果に含まれるエッジに対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納する（ステップＳＢ−８）。ここで、評価値の入力は、検索結果表示部１０２ｂにより表示部１１４に表示された検索結果の選択であってもよい。すなわち、本実施の形態において、ユーザは、検索結果表示部１０２ｂにより表示された文献検索、テキストマイニング、および、外部と内部の各種データベースなどの検索結果に含まれるエッジに対応する相互作用に対し、その信頼度を数値または二値的に評価してもよい。そして、評価値格納部１０２ｈは、当該評価値を、提示された相互作用を示すエッジおよび相互作用を提示するに至った検索結果と共に、ネットワークモデルデータベース１０６ａに格納してもよい。なお、統合部１０２ｃは、評価値格納部１０２ｈによりユーザが指定ネットワークモデルに加えると評価した相互作用を示すエッジを、ユーザのネットワークモデルに統合してもよい。また、評価値格納部１０２ｈは、更に、一つの相互作用を示すエッジが、複数のユーザに提示され、評価を受けた場合には、母数となるユーザ数と評価の結果をネットワークモデルデータベース１０６ａに格納してもよい。
【０１２５】
そして、統合部１０２ｃは、ユーザにより入力部１１２を介して検索結果表示部１０２ｂにより表示部１１４に表示された検索結果が選択された場合、当該選択を検知する（ステップＳＢ−９）。
【０１２６】
そして、統合部１０２ｃは、指定ネットワークモデルに、ユーザにより入力部１１２を介して選択された検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しないノードと、を統合したネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する（ステップＳＢ−１０）。ここで、統合部１０２ｃは、一定の基準（例えば、ユーザにより事前に設定された条件等）に基づき自動的に検索結果を選択し、指定ネットワークモデルに、選択された当該検索結果に含まれるエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しないノードと、を統合したネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成してもよい。なお、ステップＳＢ−８およびステップＳＢ−９の処理の順番はどちらが先でもよく、同時でもよい。すなわち、本実施の形態において、各種情報源からから提示される検索結果（相互作用）の評価値（ユーザ評価）をデータベースに保存すると同時に、ユーザにより入力部１１２を介して選択された相互作用を示すエッジをネットワークモデルに統合してもよい。
【０１２７】
再び、図７を参照して、本実施の形態における統合処理の一例について説明する。
【０１２８】
図７に示すように、統合部１０２ｃは、指定ネットワークモデル（ファイル：ＩＤ：００２）に、ユーザにより入力部１１２を介して選択された検索結果に含まれるエッジ（ＣＡ、および、ＡＤ）と、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しないノード（Ｄ）と、を統合している（ステップＳＣ−１０）。
【０１２９】
図４に戻り、構成通知部１０２ｅは、統合部１０２ｃにより生成された統合ネットワークモデルに含まれ、且つ、ユーザにより入力部１１２を介して選択された検索結果に含まれるエッジに対応するネットワークモデルＩＤにより識別されるネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデルに含まれない、ノードおよび／またはエッジを、当該ネットワークモデルを提供したユーザに通知する（ステップＳＢ−１１）。すなわち、本実施の形態において、ネットワークモデルを統合する際に、統合が指示された相互作用とその接続先の構成要素に関する情報は別個に保持され、構成通知部１０２ｅは、当該情報をネットワークモデルの提供者に送付する。
【０１３０】
そして、ネットワークモデル格納部１０２ｄは、統合部１０２ｃにより生成された統合ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納し（ステップＳＢ−１２）、処理を終了する。なお、ネットワークモデル表示部１０２ｑは、ユーザに統合結果を確認させるために、統合部１０２ｃにより生成された統合ネットワークモデルを表示部１１４に表示させてもよい。ここで、ネットワークモデル格納部１０２ｄは、ユーザにより入力部１１２を介してＩＤ選択指示が入力された場合、当該ＩＤ選択指示に基づいて、統合ネットワークモデルに含まれる指定ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤ、または、新規のネットワークモデルＩＤを、統合ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤとして取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納してもよい。すなわち、ネットワークモデル格納部１０２ｄは、統合後のネットワークモデルが、元のファイル名およびネットワークモデルＩＤを保持するか、新ファイル名およびネットワークモデルＩＤを与えるか、ユーザに選択可能とし、ユーザにより選択されたファイル名およびネットワークモデルＩＤを登録してもよい。
【０１３１】
ここで、図９を参照して、本実施の形態における統合処理の一例について説明する。図９は、本実施の形態における統合処理の一例を示す概念図である。
【０１３２】
図９に示すように、ネットワークモデル格納部１０２ｄは、統合部１０２ｃにより生成された統合ネットワークモデルを識別する新しいネットワークモデルＩＤ（ファイル：ＩＤ：００２ｖ２）を取得し、当該統合ネットワークモデルと、当該新しいネットワークモデルＩＤと、を対応付けてネットワークモデルデータベース１０６ａに格納している。そして、ネットワークモデル表示部１０２ｑは、統合ネットワークモデルを表示部１１４に表示させている（ステップＳＣ−１１）。なお、図９に示すステップＳＣ−１、ＳＣ−３、ＳＣ−５、およびＳＣ−１０については、図７と同様であるため説明を省略する。
【０１３３】
以上で、本実施の形態におけるスタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０の処理の一例の説明を終える。
【０１３４】
［最新文献自動表示処理］
次に、本実施の形態における最新文献自動表示処理の詳細について図１０を参照して説明する。図１０は、本実施の形態における最新文献自動表示処理の一例を示すフローチャートである。
【０１３５】
図１０に示すように、ネットワークモデル表示部１０２ｑは、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデルを表示部１１４に表示させる（ステップＳＤ−１）。
【０１３６】
そして、キーワード取得部１０２ｉは、ネットワークモデル表示部１０２ｑにより表示されたネットワークモデルの一部もしくは全部、ノード、または、エッジがユーザにより入力部１１２を介して選択された場合、当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに関連するキーワードを取得する（ステップＳＤ−２）。
【０１３７】
そして、文献情報検索部１０２ｊは、ユーザにより入力部１１２を介して事前に設定された間隔で、キーワード取得部１０２ｉにより取得されたキーワードを用いて、文献情報データベース１０６ｄに記憶された、所定時間内に発表された文献の文献情報を検索する（ステップＳＤ−３）。すなわち、本実施の形態において、文献情報検索部１０２ｊは、あらかじめユーザにより選択された、画面上の一つまたは複数の要素、領域、表示されているネットワーク全て、または、画面全てに含まれるキーワードを利用し、別途定められた時間間隔で、文献情報データベース１０６ｄなどを検索し、一定の時間内で新たに出版された論文を同定している。また、文献情報検索部１０２ｊは、更に、キーワード取得部１０２ｉにより取得されたキーワード以外のユーザにより事前に設定された制約条件を用いて、文献情報を検索してもよい。
【０１３８】
そして、制御部１０２は、ユーザにより入力部１１２を介して事前に入力され、設定された表示優先条件を取得する（ステップＳＤ−４）。ここで、表示優先条件は、文献名、文献発行機関名、または、著書名であってもよい。
【０１３９】
そして、文献情報表示部１０２ｋは、制御部１０２により取得された表示優先条件に合致する文献情報検索部１０２ｊにより検索された文献情報を、リスト形式で表示部１１４に表示、および／または、ネットワークモデルデータベース１０６ａに記憶されたネットワークモデル上に重畳して表示部１１４に表示させる（ステップＳＤ−５）。すなわち、本実施の形態において、文献情報表示部１０２ｋは、同定された論文のタイトル、概要、または、本文が解析して最も関係あると思われる要素または領域に表示するためのタグを生成し、当該タグの内容に論文情報を記述して表示させてもよい。この際、複数のタグが生成され、当該タグ各々に複数の論文の情報が記載されてもよい。また、文献情報表示部１０２ｋは、更に、所定期間中に出版された関連論文のリストをあらかじめ決められた形式で作成して表示部１１４に表示させてもよい。
【０１４０】
そして、文献情報通知部１０２ｍは、制御部１０２により取得された表示優先条件に合致する文献情報検索部１０２ｊにより検索された文献情報をユーザに通知し（ステップＳＤ−６）、処理を終了する。すなわち、文献情報通知部１０２ｍは、ユーザが通知設定を行っていた場合、文献情報検索部１０２ｊにより検索された論文のリストを作成し、当該論文をユーザ指定のメールアドレス等に送付する。なお、ステップＳＤ−５およびステップＳＤ−６の処理の順番はどちらが先でもよく、同時でもよい。
【０１４１】
ここで、最新文献自動表示処理について具体例を挙げて説明すると、例えば、ユーザが、ＭＡＰＫシグナル伝達系に関して２４時間毎に最新の論文に関する情報を得ようとする場合、本システムに毎朝６時に過去２４時間に発表された論文を検索するように設定画面から設定することができる。次に、ユーザは、ＭＡＰＫシグナル伝達系のネットワークモデルを画面表示し、その中で興味のある分子（例えば、ＲＡＳ、ＲＡＦ、ＭＥＫ、または、ＥＲＫ等）を選択する。この場合、文献情報検索部１０２ｊは、毎朝６時に、過去２４時間に新たに文献データベースに加わった論文から、ＲＡＳ、ＲＡＦ、ＭＥＫ、または、ＥＲＫが、タイトルまたは要約に含まれる論文を抽出する。そして、文献情報表示部１０２ｋは、ＭＡＰＫシグナル伝達系に関するネットワークモデルが表示されている表示画面上の対応する各要素（ノード、または、エッジ）に、論文情報が記載されたタグを加えて表示する。また、例えば、プッシュ型情報表示機能の応用としての文献表示を行う際、ユーザが、自分のアカウントにおいてキーとなるネットワークモデルを登録すると、文献情報検索部１０２ｊは、このネットワークモデルに関連してユーザが認識している論文のリストを「ユーザ論文リスト」として取得する。そして、文献情報表示部１０２ｋは、このネットワークモデルに対してプッシュ型情報表示機能で定義された手続きを行い、新たなノードやエッジに関する情報を、それらに関わる論文への参照情報とともに表示する。また、文献情報表示部１０２ｋは、同等の手続きで、既に表示されているノードやエッジに関してユーザ論文リストに存在しない論文に関する情報を表示してもよい。
【０１４２】
以上で、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の処理の一例の説明を終える。
【０１４３】
［実施例１（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０）］
また、図１１を参照して、本実施の形態におけるスタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０（ネットワークモデル統合装置１００）の実施例について説明する。図１１は、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の一例を示す概念図である。
【０１４４】
図１１に示すように、ネットワークモデル統合装置１００の制御部１０２は、利用者により指定されたネットワークモデル（指定ネットワークモデル）を構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索する検索指示を生成する（ステップＳＥ−１）。
【０１４５】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の検索部１０２ａは、検索指示に従って、相互作用データベース（相互作用データベース１０６ｂ）に記憶されたエッジ、パスウェイデータベース（パスウェイデータベース１０６ｃ）に記憶されたパスウェイ、出版関連データベース（文献情報データベース１０６ｄおよびニュースデータベース１０６ｅ）に記憶された文献情報およびニュース、ならびに、テキストマイニング（テキストマイニングデータベース１０６ｆ）に記憶されたテキスト情報から、指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索する（ステップＳＥ−２）。
【０１４６】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の検索結果表示部１０２ｂは、検索部１０２ａにより検索されたエッジと、当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を含む候補相互作用（検索結果）を生成する（ステップＳＥ−３）。
【０１４７】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の検索結果表示部１０２ｂは、生成した候補相互作用（検索結果）を、リスト形式で表示部１１４に選択可能に表示、および／または、当該候補相互作用（検索結果）に含まれるエッジを含むネットワークモデル上に重畳して表示部１１４に選択可能に表示させることで、利用者に提示する（ステップＳＥ−４）。
【０１４８】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の評価値格納部１０２ｈは、利用者により入力部１１２を介して候補相互作用（検索結果）に対する評価値が入力された場合（ステップＳＥ−５）、当該評価値を当該候補相互作用（検索結果）に含まれるエッジに対応付けて相互作用データベース（ネットワークモデルデータベース１０６ａ、および／または、相互作用データベース１０６ｂ）に格納する（ステップＳＥ−６）。
【０１４９】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の統合部１０２ｃは、利用者により入力部１１２を介して検索結果表示部１０２ｂにより表示部１１４に表示された候補相互作用（検索結果）が選択された場合（ステップＳＥ−５）、選択された相互作用等（検索結果に含まれる相互作用を示すエッジ）と、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しないノードと、を統合したネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する（ステップＳＥ−７）。
【０１５０】
以上で、本実施の形態における実施例１の説明を終える。
【０１５１】
［実施例２（通信型ネットワークモデル統合システム１０）］
また、図１２を参照して、本実施の形態における企業内（ネットワークモデル統合装置１００）と外部（少なくとも記憶部（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０における記憶部１０６に相当する構成）を備えた外部装置１５０）とを通信可能に接続した通信型ネットワークモデル統合システム１０の実施例について説明する。すなわち、本システムを企業内のシステム等に利用する際に、企業内のデータベース（内部データベース）、および、外部のデータベースが分離して構成されている通信型ネットワークモデル統合システム１０の実施例について説明する。図１２は、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の一例を示す概念図である。
【０１５２】
図１２に示すように、ネットワークモデル統合装置１００の制御部１０２は、利用者により指定されたネットワークモデル（指定ネットワークモデル）を構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索する検索指示を生成する（ステップＳＦ−１）。
【０１５３】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の検索部１０２ａは、検索指示に従って、ネットワークモデル統合装置１００の内部データベース（ネットワークモデルデータベース１０６ａ、および、相互作用データベース１０６ｂ）に記憶されたエッジ、ならびに、ネットワーク（通信回線）３００を介して外部ＤＢ群、すなわち、外部装置１５０のパスウェイデータベース（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０におけるパスウェイデータベース１０６ｃに相当する構成）に記憶されたパスウェイ、外部装置１５０の出版関連データベース（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０における文献情報データベース１０６ｄ、および、ニュースデータベース１０６ｅに相当する構成）に記憶された文献情報およびニュース、外部装置１５０のテキストマイニング（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０におけるテキストマイニングデータベース１０６ｆに相当する構成）に記憶されたテキスト情報，ならびに、外部装置１５０の共有データベースに記憶された各種情報から、指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索する（ステップＳＦ−２）。
【０１５４】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の検索部１０２ａは、検索したエッジと、当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を含む候補相互作用（検索結果）を生成する（ステップＳＦ−３）。
【０１５５】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の検索結果表示部１０２ｂは、検索部１０２ａにより生成された候補相互作用（検索結果）を、リスト形式で表示部１１４に選択可能に表示、および／または、当該候補相互作用（検索結果）に含まれるエッジを含むネットワークモデル上に重畳して表示部１１４に選択可能に表示させることで、利用者に提示する（ステップＳＦ−４）。
【０１５６】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の評価値格納部１０２ｈは、利用者により入力部１１２を介して候補相互作用（検索結果）に対する評価値が入力された場合（ステップＳＦ−５）、当該評価値を当該候補相互作用（検索結果）に含まれるエッジに対応付けて内部データベース（ネットワークモデルデータベース１０６ａ、および／または、相互作用データベース１０６ｂ）に格納する（ステップＳＦ−６）。
【０１５７】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の統合部１０２ｃは、利用者により入力部１１２を介して検索結果表示部１０２ｂにより表示部１１４に表示された候補相互作用（検索結果）が選択された場合（ステップＳＦ−５）、選択された検索結果に含まれる相互作用を示すエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しないノードと、を統合したネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成（相互作用の統合）する（ステップＳＦ−７）。
【０１５８】
以上で、本実施の形態における実施例２の説明を終える。
【０１５９】
［実施例３（通信型ネットワークモデル統合システム１０）］
また、図１３を参照して、本実施の形態における、少なくとも制御部１０２と記憶部１０６とを備えたネットワークモデル統合装置１００、少なくとも入力部（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０における入力部１１２に相当する構成）と、表示部（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０における表示部１１４に相当する構成）と、を備えた端末装置１３０、および、少なくとも記憶部（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０における記憶部１０６に相当する構成）を備えた外部装置１５０が接続した通信型ネットワークモデル統合システム１０の実施例について説明する。図１３は、本実施の形態におけるネットワークモデル統合システム１０の一例を示す概念図である。
【０１６０】
図１３に示すように、ネットワークモデル統合装置１００の制御部１０２は、端末装置１３０−１からネットワーク（通信回線）３００を介して送信される、ネットワークモデル登録者・提供者（端末装置１３０−１のユーザ）により端末装置１３０−１の入力部を介して入力された新規のネットワークモデルを受信する（ステップＳＧ−１）。
【０１６１】
そして、ネットワークモデル統合装置１００のネットワークモデル格納部１０２ｄは、制御部１０２により受信されたネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤを取得し、当該ネットワークモデルと、当該ネットワークモデルＩＤと、を対応付けてネットワークモデルデータベース（ネットワークモデルデータベース１０６ａ）に格納（登録）する（ステップＳＧ−２）。
【０１６２】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の相互作用抽出装置（制御部１０２）は、ネットワークモデル格納部１０２ｄにより登録されたネットワークモデルに含まれるノードおよびエッジと、当該ネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を対応付けて相互作用データベース（相互作用データベース１０６ｂ）にリスト形式で格納（追加登録）する（ステップＳＧ−３）。
【０１６３】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の利用者定義検索指示生成装置（制御部１０２）は、端末装置１３０−２からネットワーク（通信回線）３００を介して送信される、利用者（端末装置１３０−２のユーザ）により端末装置１３０−２の入力部を介してネットワークモデルが指定された場合、当該ネットワークモデルである指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索する検索指示を生成する（ステップＳＧ−４）。ここで、ネットワークモデル統合装置１００の検索指示生成装置（制御部１０２）は、端末装置１３０−１から新規のネットワークモデル（指定ネットワークモデル）を受信した場合、指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索する検索指示を生成してもよい。
【０１６４】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の相互作用データベース検索装置（検索部１０２ａ）は、検索指示に従って、相互作用データベース（相互作用データベース１０６ｂ）に記憶されたエッジから、指定ネットワークモデルを構成するノードに結合する、当該指定ネットワークモデルを構成しないエッジを検索し、外部検索装置群（検索部１０２ａ）は、検索指示に従って、ネットワーク（通信回線）３００を介して外部装置１５０のパスウェイデータベース（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０におけるパスウェイデータベース１０６ｃに相当する構成）に記憶されたパスウェイ、外部装置１５０の外部文献データベース（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０における文献情報データベース１０６ｄに相当する構成）に記憶された文献情報、外部装置１５０のテキストマイニング（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０におけるテキストマイニングデータベース１０６ｆに相当する構成）に記憶されたテキスト情報，および、外部装置１５０のニュースサービス（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０におけるニュースデータベース１０６ｅに相当する構成）に記憶されたニュース配信サービスが提供するニュースから、当該エッジを検索し、検索されたエッジと、当該エッジを含むネットワークモデルを識別するネットワークモデルＩＤと、を含む検索結果を生成する（ステップＳＧ−５）。
【０１６５】
そして、端末装置１３０−２の候補相互作用生成装置（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０における検索結果表示部１０２ｂに相当する構成）は、ネットワークモデル統合装置１００からネットワーク（通信回線）３００を介して送信される検索結果を受信する（ステップＳＧ−６）。そして、端末装置１３０−２の候補相互作用生成装置は、当該検索結果を、リスト形式に表示した表示画面、および／または、当該検索結果に含まれるエッジを含むネットワークモデル上に重畳させた表示画面を生成する（ステップＳＧ−７）。そして、端末装置１３０−２の候補相互作用提示装置（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０における検索結果表示部１０２ｂに相当する構成）は、候補相互作用生成装置により生成された表示画面を表示部に検索結果を選択可能に表示させる（ステップＳＧ−８）。
【０１６６】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の情報提供装置（構成通知部１０２ｅ）は、相互作用データベース検索装置によりエッジが検索された場合、指定ネットワークモデルに含まれ、且つ、当該エッジに対応するネットワークモデルＩＤにより識別されるネットワークモデルデータベースに記憶されたネットワークモデルに含まれない、ノードおよび／またはエッジを、当該ネットワークモデルを事前に提供した（ステップＳＧ−０）情報提供者（端末装置１３０−３のユーザ）に通知する（ステップＳＧ−９）。
【０１６７】
そして、端末装置１３０−３の検索結果表示装置（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０における検索結果表示部１０２ｂに相当する構成）は、ネットワークモデル統合装置１００から通知されたノードおよび／またはエッジをリスト形式で表示部に表示させる（ステップＳＧ−１０）。さらに、端末装置１３０−３のネットワークモデル表示装置（スタンドアローン型ネットワークモデル統合システム１０における検索結果表示部１０２ｂに相当する構成）は、ノードおよび／またはエッジを、情報提供者（端末装置１３０−３のユーザ）が提供した（ステップＳＧ−０）ネットワークモデル上に重畳して表示部に表示させる（ステップＳＧ−１１）。
【０１６８】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の情報付加装置（注釈格納部１０２ｆ）は、端末装置１３０−２の候補相互作用提示装置により端末装置１３０−２の表示部に表示されたネットワークモデルの一部もしくは全部、ネットワークモデルに含まれるノード、または、ネットワークモデルに含まれるエッジに対して、利用者（端末装置１３０−２のユーザ）により端末装置１３０−２の入力部を介して付加情報（注釈）が入力された場合、当該付加情報（注釈）を当該ネットワークモデルの一部もしくは全部、当該ノード、または、当該エッジに対応付けてネットワークモデルデータベースに格納する（ステップＳＧ−１２）。
【０１６９】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の付加情報フィードバック装置（注釈通知部１０２ｇ）は、情報付加装置によりネットワークモデルデータベースに格納された付加情報（注釈）を、ネットワークモデルデータベースに記憶された、当該付加情報（注釈）に対応するネットワークモデル、当該付加情報（注釈）に対応するノードを含むネットワークモデル、または、当該付加情報（注釈）に対応するエッジを含むネットワークモデルを提供したネットワークモデル登録者・提供者（端末装置１３０−１のユーザ）に通知する（ステップＳＧ−１３）。
【０１７０】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の評価値格納部１０２ｈは、端末装置１３０−２からネットワーク（通信回線）３００を介して送信される、利用者（端末装置１３０−２のユーザ）により端末装置１３０−２の入力部を介して候補相互作用（検索結果）に対する評価値が入力された場合（ステップＳＧ−１４）、当該評価値を当該候補相互作用（検索結果）に含まれるエッジに対応付けて相互作用データベース（相互作用データベース１０６ｂ）に格納する（ステップＳＧ−１５）。
【０１７１】
そして、ネットワークモデル統合装置１００の相互作用統合装置（統合部１０２ｃ）は、端末装置１３０−２からネットワーク（通信回線）３００を介して送信される、利用者（端末装置１３０−２のユーザ）により端末装置１３０−２の入力部を介して候補相互作用提示装置により表示部に表示された候補相互作用（検索結果）が選択された場合（ステップＳＧ−１４）、選択された検索結果に含まれる相互作用を示すエッジと、当該エッジに結合した、当該指定ネットワークモデルを構成しないノードと、を統合したネットワークモデルである統合ネットワークモデルを生成する（ステップＳＧ−１６）。
【０１７２】
以上で、本実施の形態における実施例３の説明を終える。
【０１７３】
［他の実施の形態］
さて、これまで本発明の実施の形態について説明したが、本発明は、上述した実施の形態以外にも、特許請求の範囲に記載した技術的思想の範囲内において種々の異なる実施の形態にて実施されてよいものである。
【０１７４】
また、実施の形態において説明した各処理のうち、自動的に行われるものとして説明した処理の全部または一部を手動的に行うこともでき、あるいは、手動的に行われるものとして説明した処理の全部または一部を公知の方法で自動的に行うこともできる。
【０１７５】
このほか、上記文献中や図面中で示した処理手順、制御手順、具体的名称、各処理の登録データや検索条件等のパラメータを含む情報、画面例、データベース構成については、特記する場合を除いて任意に変更することができる。
【０１７６】
また、ネットワークモデル統合システム１０、ネットワークモデル統合装置１００、端末装置１３０、および、外部装置１５０に関して、図示の各構成要素は機能概念的なものであり、必ずしも物理的に図示の如く構成されていることを要しない。
【０１７７】
例えば、ネットワークモデル統合装置１００、端末装置１３０、および、外部装置１５０の各装置が備える処理機能、特に制御部１０２にて行われる各処理機能については、その全部または任意の一部を、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ  Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  Ｕｎｉｔ）および当該ＣＰＵにて解釈実行されるプログラムにて実現してもよく、また、ワイヤードロジックによるハードウェアとして実現してもよい。尚、プログラムは、後述する記録媒体に記録されており、必要に応じてネットワークモデル統合装置１００、端末装置１３０、および、外部装置１５０に機械的に読み取られる。すなわち、ＲＯＭ、ＳＳＤ、または、ＨＤＤなどの記憶部１０６などには、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）として協働してＣＰＵに命令を与え、各種処理を行うためのコンピュータプログラムが記録されている。このコンピュータプログラムは、ＲＡＭにロードされることによって実行され、ＣＰＵと協働して制御部を構成する。
【０１７８】
また、このコンピュータプログラムは、ネットワークモデル統合装置１００、端末装置１３０、および、外部装置１５０に対して任意のネットワーク（通信回線）３００を介して接続されたアプリケーションプログラムサーバに記憶されていてもよく、必要に応じてその全部または一部をダウンロードすることも可能である。
【０１７９】
また、本発明に係るプログラムを、コンピュータ読み取り可能な記録媒体に格納してもよく、また、プログラム製品として構成することもできる。ここで、この「記録媒体」とは、メモリーカード、ＵＳＢメモリ、ＳＤカード、フレキシブルディスク、光磁気ディスク、ＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＭＯ、ＤＶＤ、および、Ｂｌｕ−ｒａｙ（登録商標）  Ｄｉｓｃ等の任意の「可搬用の物理媒体」を含むものとする。
【０１８０】
また、「プログラム」とは、任意の言語や記述方法にて記述されたデータ処理方法であり、ソースコードやバイナリコード等の形式を問わない。なお、「プログラム」は必ずしも単一的に構成されるものに限られず、複数のモジュールやライブラリとして分散構成されるものや、ＯＳ（Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）に代表される別個のプログラムと協働してその機能を達成するものをも含む。なお、実施の形態に示した各装置において記録媒体を読み取るための具体的な構成、読み取り手順、あるいは、読み取り後のインストール手順等については、周知の構成や手順を用いることができる。
【０１８１】
記憶部１０６に格納される各種のデータベース等（ネットワークモデルデータベース１０６ａ、相互作用データベース１０６ｂ、パスウェイデータベース１０６ｃ、文献情報データベース１０６ｄ、ニュースデータベース１０６ｅ、テキストマイニングデータベース１０６ｆ、および、広告情報データベース１０６ｇ）は、ＲＡＭ、ＲＯＭ等のメモリ装置、ハードディスク等の固定ディスク装置、フレキシブルディスク、および、光ディスク等のストレージ手段であり、各種処理やウェブサイト提供に用いる各種のプログラム、テーブル、データベース、および、ウェブページ用ファイル等を格納する。
【０１８２】
また、ネットワークモデル統合装置１００、端末装置１３０、および、外部装置１５０は、既知のパーソナルコンピュータ、ワークステーション等の情報処理装置として構成してもよく、また、該情報処理装置に任意の周辺装置を接続して構成してもよい。また、ネットワークモデル統合装置１００、端末装置１３０、および、外部装置１５０は、該情報処理装置に本発明の方法を実現させるソフトウェア（プログラム、データ等を含む）を実装することにより実現してもよい。
【０１８３】
更に、装置の分散・統合の具体的形態は図示するものに限られず、その全部または一部を、各種の付加等に応じて、または、機能負荷に応じて、任意の単位で機能的または物理的に分散・統合して構成することができる。すなわち、上述した実施の形態を任意に組み合わせて実施してもよく、実施の形態を選択的に実施してもよい。
【０１８４】
［本実施の形態のまとめ］
以上説明したように、本実施の形態では、ユーザの指定するネットワークモデル（最低一つの構成要素が含まれているモデルであり、すでにネットワークモデルデータベース１０６ａに登録されているか、ユーザが新たにネットワークモデルデータベース１０６ａに登録するものか、ユーザが端末装置１３０側またはウェブサービスを経由して提示するもの）をもとに、そのネットワークモデルの要素に関連のある一連の検索指示を生成することができる。そして、本実施の形態では、当該検索指示に従って、相互作用データベース１０６ｂならびにネットワークモデル統合装置１００に接続される外部装置１５０であるテキストマイニング装置、パスウエイデータベース、出版社などの保有する文献関連データベース、インターネット上の各種の情報源から一連の相互作用や構成要素に関する情報を獲得することができる。そして、本実施の形態では、当該情報をユーザに提示しユーザの選択により、または一定の基準の基に自動的に、ユーザの指定するネットワークモデルに統合することで、ユーザの指定するネットワークモデルを拡張することができる。この際に、本実施の形態では、新たに統合された相互作用の構成要素は、それらの項目が提示される根拠となった検索結果の情報源等をユーザが区別することが可能な表示上の工夫、すなわち、アービトレーション機能を施すことができる。
【０１８５】
また、本実施の形態では、ユーザがネットワークモデルデータベース１０６ａに登録されているネットワークモデルに対して、新たな情報の付加、ネットワークモデルの拡張、または、コメントの付加などを行った際に、これらの情報をネットワークモデルの登録者に提供することができる。また、本実施の形態では、ネットワークモデルの登録者に、ユーザによって付加された情報を、既に登録してあるネットワークモデル上に明確に区別できる形式で表示させるとともに、別途、リストの形式等で電子メールや指定されたデータベースに登録する等の方法によって提供することができる。さらに、本実施の形態では、ネットワークモデルの登録者は、これらの情報の一部または全てを画面上等で選択することで、これらの情報を付加したネットワークモデルを既存ネットワークモデルの更改版として登録することができる。
【０１８６】
また、本実施の形態では、ネットワークモデルデータベース１０６ａからユーザが登録または提示するネットワークモデルに含まれる相互作用および構成要素の情報を抽出し、それらの情報を相互作用データベース１０６ｂに加えることができる。また、本実施の形態では、ユーザがネットワークモデルの拡張を行う際に、ユーザが検索結果として提示された相互作用および構成要素に関する情報に対する評価を加えることができる。さらに、本実施の形態では、各々の相互作用および構成要素に対する検索結果を相互作用データベース１０６ｂに加えることにより相互作用データベースを拡張すると同時に各々の相互作用および構成要素に関する評価情報を収納することができる。
【０１８７】
また、本実施の形態では、ユーザが指定するネットワークモデル、相互作用、構成要素などに関して、ユーザが指定する条件（２４時間毎または４８時間毎等）に従って、検索指示を生成し、その条件に当てはまる検索結果（過去２４時間以内に新たに出版された論文や関連するニュースや各種発表等で、指定された相互作用や構成要素などに関するもの等）をユーザの指定するネットワークモデル上またはリスト形式等でユーザに提示することができる。また、本実施の形態では、ユーザの指示によってはこれらの検索結果をユーザの指示するメールアドレスなどに送付すること等ができる。
【０１８８】
また、本実施の形態では、情報提供者（出版社および試薬販売業者など）が、あらかじめ指定したネットワークモデルの部分構造等の検索を行ったユーザに対して、当該情報提供者が指定した情報（広告）を当該ネットワークモデルの表示画面に所定の形式で提供、または、登録されたユーザのメールアドレス等に送付する形式で提供することができる。
【０１８９】
また、本実施の形態では、検索結果として提示された論文に対して、テキストマイニングまたは自然言語解析手法などを行い、当該論文に記載されている相互作用を機械可読形式またはグラフィック形式で表示することができる。また、本実施の形態では、当該相互作用の情報を相互作用データベース１０６ｂ等に格納することで、各々の相互作用と文献との関連を確立すると同時に、ユーザに検索結果として提示された文献がどのような相互作用や構成要素を扱っているかを容易に理解させることができる。また、本実施の形態では、ここで生成された相互作用に関する情報を、ネットワークモデルとしてネットワークモデルデータベース１０６ａに登録することができる。
【産業上の利用可能性】
【０１９０】
以上詳述に説明したように、本発明によれば、分子間相互作用ネットワーク、転写制御ネットワーク、細胞間コミュニケーション、または、臓器間相互作用などの生物学に関連する情報のネットワークモデルを表示し、ユーザの選択に基づく当該ネットワークモデルの拡張を可能とするネットワークモデル統合装置、ネットワークモデル統合システム、ネットワークモデル統合方法、および、プログラムを提供することができるので、医療や製薬や創薬や生物学研究等の様々な分野において極めて有用である。
【符号の説明】
【０１９１】
１０  ネットワークモデル統合システム
１００  ネットワークモデル統合装置
１０２  制御部
１０２ａ  検索部
１０２ｂ  検索結果表示部
１０２ｃ  統合部
１０２ｄ  ネットワークモデル格納部
１０２ｅ  構成通知部
１０２ｆ  注釈格納部
１０２ｇ  注釈通知部
１０２ｈ  評価値格納部
１０２ｉ  キーワード取得部
１０２ｊ  文献情報検索部
１０２ｋ  文献情報表示部
１０２ｍ  文献情報通知部
１０２ｎ  広告情報取得部
１０２ｐ  広告情報表示部
１０２ｑ  ネットワークモデル表示部
１０２ｒ  文献モデル取得部
１０６  記憶部
１０６ａ  ネットワークモデルデータベース
１０６ｂ  相互作用データベース
１０６ｃ  パスウェイデータベース
１０６ｄ  文献情報データベース
１０６ｅ  ニュースデータベース
１０６ｆ  テキストマイニングデータベース
１０６ｇ  広告情報データベース
１０８  入出力制御インターフェース部
１１２  入力部
１１４  表示部
１３０  端末装置
１５０  外部装置
３００  ネットワーク
【図１】
0005639237.tif 000002
【図２】
0005639237.tif 000003
【図３】
0005639237.tif 000004
【図４】
0005639237.tif 000005
【図５】
0005639237.tif 000006
【図６】
0005639237.tif 000007
【図７】
0005639237.tif 000008
【図８】
0005639237.tif 000009
【図９】
0005639237.tif 000010
【図１０】
0005639237.tif 000011
【図１１】
0005639237.tif 000012
【図１２】
0005639237.tif 000013
【図１３】
0005639237.tif 000014