【事件の表示】
　特願２０１３−５２７４２４「結腸直腸がんのエピジェネティックマーカー及び該マーカーを使用する診断法」拒絶査定不服審判事件〔平成２４年　３月２２日国際公開、ＷＯ２０１２／０３４１７０、平成２５年１２月２６日国内公表、特表２０１３−５４５４３７〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯、本願発明  
　本願は、平成２３年９月１３日（パリ条約による優先権主張　平成２２年９月１３日　オーストラリア）を国際出願日とする出願であって、 平成２７年７月８日付け拒絶理由通知に対して平成２８年１月１３日に意見書および手続補正書が提出され、同年５月２６日付けで拒絶査定がなされ、同年９月２９日に拒絶査定不服審判の請求がなされ、平成２９年６月７日付けで当審より拒絶理由が通知され、これに対して同年１２月１２日に意見書、同年１２月１３日付けで手続補足書が提出されたものである。  
　本願の請求項１〜９に係る発明は、平成２８年１月１３日付け手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１〜９に記載の事項により特定されるものであり、そのうち、請求項６に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、以下のとおりのものと認める。  
 　  
 「【請求項６】
　個体における大腸新生物の発症若しくは発症の素因についてスクリーニングする又は大腸新生物をモニターする方法であって、
前記個体由来の生体試料において
（ｉ）Ｈｇ１９座標ｃｈｒ　１２：２４９６４２７８．．２５１０２３０８及びその転写開始部位の２ｋｂ上流により定義される領域、
（ｉｉ）ＢＣＡＴ１及びその２ｋｂ上流の遺伝子領域
から選択されるＤＮＡ領域の発現のレベルを評価することを含み、
対照レベルと比べて群（ｉ）及び／又は（ｉｉ）のＤＮＡ領域の発現のより低いレベルは大腸新生物又は新生物状態の発症の素因を示している、
方法。」
　
　
第２　当審の判断 
１．本願発明の解決しようとする課題
　本願発明の解決しようとする課題は、請求項６の記載および発明の詳細な説明の段落【００１６】【００１７】の記載より、個体における大腸新生物の発症若しくは発症の素因（以下、「大腸新生物の発症等」という。）についてスクリーニングすることができる方法、又は、個体における大腸新生物の発症等についてモニターすることができる方法の提供であると認められる。
　そして、本願発明には、
「（ｉ）Ｈｇ１９座標ｃｈｒ　１２：２４９６４２７８．．２５１０２３０８及びその転写開始部位の２ｋｂ上流により定義される領域、
（ｉｉ）ＢＣＡＴ１及びその２ｋｂ上流の遺伝子領域
から選択されるＤＮＡ領域」（以下、これらの（ｉ）（ｉｉ）の領域をまとめて「ＢＣＡＴ１遺伝子領域」という。）について、個体における発現レベルと対照における発現レベルとを比べ、個体の発現レベルが対照の発現レベルより低い場合に、個体が「大腸新生物の発症等」を示すものと評価することを含むことが特定されており、この評価とは、個体が「大腸新生物の発症等」を有する場合に、「ＢＣＡＴ１遺伝子領域」の発現が低下するという関係があることを前提としていると認められる。
　したがって、本願明細書に“大腸新生物の発症等”と“「ＢＣＡＴ１遺伝子領域」の低い発現レベル”との間に有意な関係があることが示されていれば、本願明細書に上記課題が解決できることが示されているといえる。
　
２．本願明細書の記載
　本願明細書には、「ＢＣＡＴ１遺伝子領域」や、遺伝子の「発現レベル」に関して、以下の事項が記載されていると認められる。
ア　「【００５２】
　すべてのＣｐＧの７０〜８０％はメチル化されている。ＣｐＧは、多くの遺伝子の５’調節領域に存在しメチル化されていないことが多い「ＣｐＧアイランド」と呼ばれるクラスターにグループ化されていることがある。
がんなどの多くの疾患過程では、遺伝子プロモーター及び／又はＣｐＧアイランドは、遺伝性の転写サイレンシングに付随する異常な高度メチル化を獲得する。ＤＮＡメチル化は遺伝子の転写に２つの方法で影響を与え得る
　
イ　「【０１５３】
　上文で詳述されているように、
高度メチル化は転写サイレンシングに関連している
　
ウ　「【０１６１】
　マーカーの発現の下方調節についてスクリーニングする点に関して、ＤＮＡレベルで検出可能である変化は遺伝子発現活性の変化、したがって、発現産物レベルの変化を示していることも当業者には周知であろう。そのような変化には、ＤＮＡメチル化の変化が含まれるが、これに限定されない。したがって、
「発現レベルをスクリーニングする」及びこれらの「発現レベル」と対照「発現レベル」の比較への本明細書での言及は、遺伝子／ＤＮＡメチル化パターンなどの、転写に関係しているＤＮＡ因子を評価することへの言及として理解されるべきである
　
エ　「【０１６４】
　一つの好ましい実施形態では、遺伝子発現のレベルはタンパク質産物をコードする遺伝子を参照することにより測定され、さらに具体的には、
上記発現レベルはタンパク質レベルで測定される
オ　「【０２０６】
実施例２
　
結腸直腸がん細胞株、ＨＣＴ１１６、ＨＴ２９及びＳＷ４８０の亜硫酸水素塩処理されたＤＮＡ由来の並びに全血から単離されたＤＮＡ由来のメチル化されたＤＮＡ画分
　【０２１８】
・・・・これにより、結腸がん細胞株ＤＮＡのそれぞれと血液ＤＮＡを比較して、著しい差次的メチル化が存在する遺伝子及びプロモーター領域の同定が可能になった。次に、８つのプールされたがんＤＮＡと８つのプールされた正常ＤＮＡ試料の分析から得られたこれらの遺伝子の亜硫酸水素塩タグ
メチル化プロファイル（図２）
臨床試料においても著しい差次的メチル化を示すビオチン捕獲法を通じて同定された遺伝子のリスト（表４
【０２１９】
　とりわけ、表４においてアステリスクを付けて特定されている５つの遺伝子、ＩＲＸ１、ＤＬＸ５、ＳＡＬＬ１、ＳＬＣ３２Ａ１及びＺＮＦ４７１も、一次スクリーニングのための亜硫酸水素塩タグ法を使用して高度に差次的にメチル化された遺伝子として同定されていた。」
　
カ　「図２−１（ｂ）
  
　（図２−１（ｂ）には、
ＢＣＡＴ１遺伝子
　
キ　「【０２２０】
　表４
　（表４は、臨床試料において差次的メチル化を示すもの同定された遺伝子のリストであり、２列目に
ＢＣＡＴ１遺伝子
　
３．当審の判断
（１）サポート要件違反について
　まず、本願発明にいう「ＢＣＡＴ１遺伝子領域」は、上記２．のカ、キに記載されるＢＣＡＴ１遺伝子を包含すると認められ、「ＢＣＡＴ１遺伝子領域」の発現レベルとは、請求項６を引用する請求項７の「前記発現レベルが、ｍＲＮＡ発現又はタンパク質発現である、請求項６に記載の方法。」の記載からみて、ＢＣＡＴ１遺伝子のｍＲＮＡの発現レベルやタンパク質の発現レベルを主に意味していると認められる。
　そして、上記２．のア〜ウのとおり、本願明細書には、ＤＮＡメチル化は遺伝子の転写に影響を与え得る、高度メチル化は転写サイレンシングに関連しているなどと、ＤＮＡメチル化と遺伝子の発現が関係することについての一般的な記載がなされていると認められる。
　また、上記２．のオ〜キのとおり、本願明細書の実施例２には、「結腸直腸がん細胞株（ＨＣＴ１１６、ＨＴ２９及びＳＷ４８０）」と「全血」のＤＮＡを比較し、「結腸直腸がん細胞株（ＨＣＴ１１６、ＨＴ２９及びＳＷ４８０）」において差次的にメチル化している遺伝子の一つとしてＢＣＡＴ１遺伝子が同定されたことが記載されていると認められる。
　したがって、本願明細書には、大腸新生物とＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化とが関係していることが示されていると認められる。しかし、本願明細書に、大腸新生物とＢＣＡＴ１遺伝子の低い発現レベルとが関係していること、すなわち、“大腸新生物の発症等”と“「ＢＣＡＴ１遺伝子領域」の低い発現レベル”との間に有意な関係があることについて具体的に示されているとは認められない。
　また、上記２．のア〜ウのとおり、本願明細書には、ＤＮＡメチル化と遺伝子の発現の一般的な関係についての一応の記載もあるが、ＢＣＡＴ１遺伝子においてそのような関係が成り立つ具体的な根拠は示されておらず、一方、ｍＲＮＡやタンパク質の発現が遺伝子のメチル化のみに制御されるとはいえない。したがって、本願明細書の記載および本願出願時の技術常識から、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化が実際にＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベル（ｍＲＮＡやタンパク質の量）の低下をもたらすことを合理的に理解できるとはいえないから、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化に関する記載が“大腸新生物の発症等”と“「ＢＣＡＴ１遺伝子領域」の低い発現レベル”との間の有意な関係を示すとは認められない。
　
　むしろ、審判請求人の審判請求書における「さらに、
本願優先日以前の大腸癌に関するデータには、異なる遺伝子発現データ（遺伝子の発現の上方制御又は下方制御を特定しているデータ）が存在しており
添付の参考資料のＴａｂｌｅ　１にも記載されているように、ＢＣＡＴ１の発現は変化しない（上方制御も下方制御もされず）と特定されている
　そうすると、大腸癌とＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルとの関連が不明であるという状況において、ＢＣＡＴ１の発現レベルが低いことが大腸癌と関係していることをいうためには、大腸癌においてＢＣＡＴ１の発現レベルが低下していることについての具体的な実験結果などを示すことが必要であるといえる。しかし、上記のとおり、本願明細書には、大腸癌におけるＢＣＡＴ１の発現レベルについての実験結果などは示されていない。
　したがって、上記のような状況を考慮すれば、なおさら、本願明細書の記載から、“大腸新生物の発症等”と“「ＢＣＡＴ１遺伝子領域」の低い発現レベル”との間に有意な関係があるとはいえない。
　よって、本願明細書の記載から、本願発明の課題が解決できることを理解することはできず、本願発明は、本願明細書において発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載されたものとは認められない。
（２）審判請求人の主張について
（２−１）平成２９年１２月１２日付け意見書について
　審判請求人の上記意見書には、大腸新生物とＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化との関係についての具体的な主張は認められるものの、ＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルについての具体的な主張があるとは認められない。本願発明は、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化ではなくＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルを特定するものであるから、審判請求人は、平成２９年６月７日付け当審拒絶理由通知の（Ｃ）で指摘した本願発明のサポート要件違反の理由について、実質的な反論を行ったとは認められない。
　
　なお、本願明細書には、ＤＮＡメチル化と遺伝子の発現が関係することについての一般的な記載がなされており、審判請求人は、上記のとおり、意見書において専らＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化について主張しているから、念のために、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化から間接的にＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルの低下を推定することについても検討しておく。
　まず、本願発明には、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化から間接的にＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルの低下を推定する方法であることは特定されていない。むしろ、上記２．エや請求項７に記載されるように、本願発明は、ＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルに該当するタンパク質の発現レベルを直接測定するような場合を含むものである。
　また、本願明細書には、ＤＮＡメチル化と遺伝子の発現の一般的な関係について記載されているが、上記（１）で述べたとおり、ＢＣＡＴ１遺伝子においてそのような関係が成り立つ具体的な根拠は示されておらず、ｍＲＮＡやタンパク質の発現が遺伝子のメチル化のみに制御されるとはいえないから、本願明細書の記載から、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化が実際にＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルの低下をもたらすことを直ちに理解できるとはいえない。
　さらに、本願発明には、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化を同定するための具体的な方法について特定されていないところ、以下のとおり、従来から知られているような任意のメチル化同定方法によっては、必ずしもメチル化を正確に同定できるとは認められない。
　すなわち、審判請求人は、意見書の「（Ｃ）請求項６について」において、以下の主張している。
　「本願の場合は、
従来技術の著者らが、それらのゲノムワイド結腸直腸スキャンにおいてＢＣＡＴ１を同定しなかった
本願が目標とする発明は高度な技術を必要とし、高度な専門知識を必要とするため、たとえば、従来技術の著者らが実験をうまく設計しておらず、適切なレベルの感度、何らかの方法による組織試料やＤＮＡの損傷、不適当なプローブやプライマーの使用、十分なスキルを備えた実験を行っていない等の理由が挙げられます
　また、以下のとおり、審判請求人は審判請求書においても、同様の主張を行っていた。
　「参考資料として添付した、本願出願後に本願発明者らによって発表された論文（Ｍｉｔｃｈｅｌｌら、２０１４）が明らかにするように、大腸癌診断において高メチル化する遺伝子を特定するために、様々な技術を用い、多くの異なるサンプルを集め、実施し、照合することが発明者に求められた。大腸癌の後成的変化（epigenetic changes）の診断を適切に解析するためにこれら異なる技術をすべて実施し、検証しなくてはならなかった。本研究を必要とみなした研究グループは他にないことから明らかなように、これら研究の設計は明確ではなく、重ねて発表されたデータは不正確であることが現在知られている。上記添付の論文は、大腸癌に後成的変化の特定について論じる広範囲の論文（審査官が引用した文献を含める）を特定している。以下に本論文についてより具体的に論じるが、概してこれらの論文は（本論文の表１のデータと共に）、
優先日以前に行われたゲノムワイド解析の全て（そして多くの優先日以降の解析）は、大腸癌において高メチル化される遺伝子としてＢＣＡＴ１が特定されていないことを考えている。これら論文すべては高メチル化された遺伝子を広範囲にリスト化しているが、ＢＣＡＴ１は一貫してリストに含まれていない
　
ＢＣＡＴ１は、大腸癌において高メチル化されることが現在知られていることから、先行技術の方法は一貫して信頼性に欠け不正確である点をこれら先行文献が明らかにしている
　
　上記の主張から、本願明細書の実施例２に記載された具体的な方法によれば、「結腸直腸がん細胞株（ＨＣＴ１１６、ＨＴ２９及びＳＷ４８０）」のような大腸癌においてＢＣＡＴ１遺伝子がメチル化していることが同定されるが、審判請求人が審判請求書で示したような従来技術の方法（さらに、本願優先日以降の方法）では、大腸癌においてＢＣＡＴ１遺伝子がメチル化していることが同定されないこと、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化を正確に分析するためには、適当なプローブ、プライマーの使用、適切な実験条件などを満足する、審判請求人がいうところの高度な技術等を必要とする方法、言うなれば『適切な方法』を採用すること必要であることが理解される。
　しかし、本願発明にはＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルについて特定されるのみで、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化を同定することに関しては何ら特定されていない。もし、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化から間接的にＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルの低下を推定できるというのであれば、本願発明は、当然、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化を同定することを内包しているといえるが、本願発明には、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化の同定を上記した『適切な方法』で行うことについては特定されていない。本願発明には、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化からＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルを推定するために、上記した『適切な方法』以外の従来技術の方法でメチル化を同定する場合も包含されているが、『適切な方法』以外の方法でメチル化を同定した場合には、必ずしも、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化、ひいてはＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルが正確に同定できるとは認められないのである。
　したがって、仮に、本願発明がＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化から間接的にＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルの低下を推定するものであるとしても、本願発明は『適切な方法』に限られない、ＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化を正確に同定できないような任意の方法によってＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化を同定することを包含するから、本願明細書の記載から、本願発明全体において発明の課題が解決できることを合理的に理解することはできない。
（２−２）平成２９年１２月１３日付けの手続補足書について
　審判請求人は、上記手続補足書において文献１〜７、広告１、２を示し、また意見書において、以下の点を主張している。
　「・・・
結腸直腸癌のマーカーとしてのＢＣＡＴ１メチル化の有用性に関して以下の７つの文献
　「大部分の文献は、血液中の循環腫瘍ＤＮＡの検出に焦点を当てていますが、文献１及び２は、本願と同様に結腸直腸組織におけるＢＣＡＴ１メチル化を実証しています。なお、以前にも示したように、ＢＣＡＴ１は、Ｃｏｌｏｒｅａの商標で、米国において結腸直腸癌のマーカーとして商業的に発売されたような優れたマーカーです。」、
　「添付の文献、特に文献４の要約における結論は、ＢＣＡＴ１のモニタリングの有用性を検討しています。出願人はまた、本願明細書の結果及び上の文献に基づいた、Ｃｌｉｎｉｃａｌ　Ｇｅｎｏｍｉｃｓによって最近公表された２つの広告、電子メール広告（広告１）及び郵便広告（広告２）を添付します。
これらの広告は、診断に加えて、モニタリングにおけるＢＣＡＴ１の有用性を確認しています
　上記広告における、“recurrence”「再発」又は“residual disease”「残存疾患」の検出はモニタリングです。これは、原発性結腸直腸新生物を除去する手術後の患者に対して、新生物の再発（例えば、転移の開始）又は完全に切除されていない腫瘍の検出のために、スクリーニングすることです。これらの検査は、
結腸直腸新生物の再発（または除去／収縮）のマーカーとしてのメチル化ＢＣＡＴ１のレベル
　「最後に、本願明細書のデータの強さを証明する最も強い証拠は、
ＢＣＡＴ１がＣｏｌｏｒｅａの商標で米国において現在結腸直腸癌のマーカーとして市販されている
　しかし、審判請求人が示した文献等には、
大腸癌におけるＢＣＡＴ１遺伝子のメチル化
ＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベル
　また、仮に審判請求人が示した文献等の記載から、大腸癌におけるＢＣＡＴ１遺伝子の発現レベルに関する何らかの事項が理解できるとしても、上記（１）で述べたとおり、本願明細書には大腸癌におけるＢ
ＣＡＴ１遺伝子の発現レベル
　
（３）小括
　本願発明は、発明の詳細な説明において発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載されたものでないか、記載された範囲を超えていると認められるから、本願発明は、発明の詳細な説明に記載されたものとはいえない。
 　
第３　むすび
　以上のとおり、この出願の発明の詳細な説明は、請求項６に係る発明について、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていないから、他の請求項に係る発明について言及するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。  
よって、結論のとおり審決する。