【手続補正書】
【提出日】平成16年4月28日(2004.4.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  下記の式：
Ｒ1 −Ｘ−Ｒ2 
（式中、Ｒ1 はエポキシド基、
Ｒ2 はアルコキシシラン基、
Ｘは前記エポキシド基と前記アルコキシシラン基とを連結するために化学的に好適な部分である）を有する化合物に共有結合した核酸を含んでなる修飾された核酸。
【請求項２】   前記エポキシド基がエチレンオキシドである請求項１の修飾された核酸。
【請求項３】   前記アルコキシシラン基が、−Ｓｉ（ＯＣＨ3 ）3 、−Ｓｉ（ＯＣ2 Ｈ5 ）3 、−Ｓｉ（ＯＣＨ3 ）Ｈ2 、−ＳＩ（ＯＣＨ3 ）（ＣＨ3 ）2 および−Ｓｉ（ＯＣＨ3 ）2 ＣＨ3 からなる群より選択される請求項１の修飾された核酸。
【請求項４】   前記化合物が３−グリシドオキシプロピルトリメトキシシランである請求項１の修飾された核酸。
【請求項５】   前記核酸がＤＮＡである請求項１の修飾された核酸。
【請求項６】   前記核酸がＲＮＡである請求項１の修飾された核酸。
【請求項７】  核酸を固体支持体に固定化する方法であって、
式：Ｒ1 −Ｘ−Ｒ2 （式中、Ｒ1 はエポキシド基、Ｒ2 はアルコキシシラン基、Ｘは前記エポキシド基と前記アルコキシシラン基とを連結するために化学的に好適な部分である）の化合物を核酸と反応させて、誘導体化された核酸を得る工程；および前記誘導体化された核酸を前記固体支持体と反応させる工程
を含む方法。
【請求項８】  前記化合物が３−グリシドオキシプロピルトリメトキシシランである請求項７の方法。
【請求項９】  前記核酸がＤＮＡである請求項７または８の方法。
【請求項１０】  前記核酸がＲＮＡである請求項７または８の方法。
【請求項１１】  前記第１の反応工程が塩基性ｐＨで行われる請求項７または８の方法。
【請求項１２】  前記第１の反応工程が約６〜約１２のｐＨで行われる請求項９の方法。
【請求項１３】  前記第１の反応工程が約６〜約８．５のｐＨで行われる請求項１０の方法。
【請求項１４】  前記ｐＨが９．５よりも大きい請求項１１の方法。
【請求項１５】  前記固体支持体がガラスである請求項７または８の方法。
【請求項１６】  前記第２の反応工程がほぼ中性ｐＨで行われる請求項７または８の方法。
【請求項１７】  下記の式：
Ｒ1 −Ｘ−Ｒ2 
（式中、Ｒ1 はアミノ基、
Ｒ2 はアルコキシシラン基、
Ｘは前記アミノ基と前記アルコキシシラン基とを連結するために化学的に好適な部分である）を有する化合物に共有結合した核酸を含んでなる修飾された核酸。
【請求項１８】  前記アミノ基が一級アミンである請求項１７の修飾された核酸。
【請求項１９】  前記アルコキシシラン基が、−Ｓｉ（ＯＣＨ3 ）3 、−Ｓｉ（ＯＣ2 Ｈ5 ）3 、および 
【化１】
2002513814.tif 000001
（式中、Ｒ1 、Ｒ2 およびＲ3 は、−Ｈ、−ＣＨ3 、−ＯＣＨ3 および−ＯＣ2 Ｈ5 からなる群より選択されるが、Ｒ1 、Ｒ2 またはＲ3 の少なくとも１つは−ＯＣＨ3 または−ＯＣ2Ｈ5 のいずれかである）からなる群より選択される請求項１７の修飾された核酸。
【請求項２０】  前記化合物が３−アミノプロピルトリエトキシシランである請求項１７の修飾された核酸。
【請求項２１】  前記核酸がＤＮＡである請求項１７の修飾された核酸。
【請求項２２】  前記核酸がＲＮＡである請求項１７の修飾された核酸。
【請求項２３】  前記核酸がシトシン残基を含有する請求項１７の修飾された核酸。
【請求項２４】  核酸を固体支持体に固定化する方法であって、
式：Ｒ1 −Ｘ−Ｒ2 （式中、Ｒ1 はアミノ基、Ｒ2 はアルコキシシラン基、Ｘは前記アミノ基と前記アルコキシシラン基とを連結するために化学的に好適な部分である）の化合物を核酸と反応させて、誘導体化された核酸を得る工程；および前記誘導体化された核酸を前記固体支持体と反応させる工程を含む方法。
【請求項２５】  前記化合物が３−アミノプロピルトリエトキシシランである請求項２４の方法。
【請求項２６】  前記核酸がＤＮＡである請求項２４または２５の方法。
【請求項２７】  前記核酸がＲＮＡである請求項２４または２５の方法。
【請求項２８】  前記核酸がシトシン残基を含有する請求項２４または２５の方法。
【請求項２９】  前記第１の反応工程が本質的には中性ｐＨで行われる請求項２４または２５の方法。
【請求項３０】  前記第１の反応工程がｐＨ約６．０〜約７．０で行われる請求項２７の方法。
【請求項３１】  前記第１の反応工程が重亜硫酸ナトリウムの存在下で行われる請求項２４または２５の方法。
【請求項３２】  前記固体支持体がガラスである請求項２４または２５の方法。
【請求項３３】  遠位端および先細り状の近位端を有する多数の毛細管マイクロピペットを含む、高密度マイクロアレイ作製用装置であって、前記マイクロピペットは、
実質的に密着充填された配列で赤道上に配列され；かつ
それぞれの前記近位端で先細り状であり、そして
前記両端は本質的に平面状である装置。
【請求項３４】  前記マイクロピペットが密着充填された正方形配列で配列されている請求項３３の装置。
【請求項３５】  前記マイクロピペットがフレームによって結束されている請求項３３の装置。
【請求項３６】  前記マイクロピペットが基部に固定されている請求項３５の装置。
【請求項３７】  固体支持体；前記核酸を、３−グリシドオキシプロピルトリメトキシシランおよび３−アミノプロピルトリエトキシシランからなる群より選択されるアルコキシシランと反応させることによって調製され、かつ規則正しく離れたスポットで前記固体支持体に固定化されている修飾された核酸を含んでなる高密度マイクロアレイ。
【請求項３８】  前記固体支持体がガラスである請求項３７の高密度マイクロアレイ。
【請求項３９】  前記離れたスポットが直径約５０ミクロンである請求項３７の高密度マイクロアレイ。
【請求項４０】   請求項３７の修飾された核酸；
前記修飾された核酸試料を密着配置した試料の前記多数が設置されている固体支持体を含んでなる高密度マイクロアレイ。
【請求項４１】  前記試料が高密度マイクロアレイ作製用装置を使用して前記固体支持体に設置されている請求項３７の高密度マイクロアレイ。
【請求項４２】  下記の式：
Ｒ1 −Ｘ−Ｒ2 
（式中、Ｒ1 は環状エーテル、
Ｒ2 は−ＮＲ4 であり、この場合、各Ｒ3 基は同じアルキル基または異なるアルキル基であり、Ｒ4 は−Ｈまたはアルキル基であり；およびＸは前記環状エーテル基と前記アルコキシシラン基とを連結するために化学的に好適な部分である）を有する化合物に共有結合した核酸を含んでなる修飾された核酸。
【請求項４３】   前記化合物が、−−（ＣＨ2 ）8 ＳｉＣｌ3 、−−（ＣＨ2 ）8 Ｓｉ（ＯＣＨ3 ）3 、−（ＣＨ2 ）4 ＳｉＣｌ2 ＣＨ3 および−ＣＨ2 ＣＨ2 ＣＨ2 Ｓｉ（ＯＣＨ3 ）3 からなる群より選択される請求項４２の修飾された核酸。
【請求項４４】   多数の修飾されたシラン部分が固定された固体支持体を含む高密度マイクロアレイであって、前記シラン部分は、−Ｓｉ−（ＣＨ2 ）n −（ただし、ｎ＝３、４、５、６、７、８または９）および−Ｓｉ−ＣＨ2 −ＣＨ2 −Ｃ4 Ｈ8 −ＣＨ2 −ＣＨ2 −Ｓｉ−−からなる群より選択される高密度マイクロアレイ。
【請求項４５】   ガラス固体支持体の静電特性を調節する方法であって、前記固体支持体を、１，６−ビス−トリクロロシリルヘキサン、１，８−ビス−トリクロロシリルオクタン、１，６−ビス−トリメトキシシリルヘキサン、および１，４−ビス−トリメチルオキシシリルエチルベンゼンからなる群より選択されるシランと選択的に反応する工程を含む方法。
【請求項４６】   前記核酸のグアニン塩基またはシトシン塩基をＮ−ブロモスクシンイミドと約８．０のｐＨで反応させて、臭素化された核酸を得る工程；および前記臭素化された核酸を、式Ｈ2 Ｎ−（ＣＨ2 ）n −Ｓｉ（ＯＣ2 Ｈ5 ）3 （ただし、ｎ＝３、４、５、６、７、８または９）を有するシランと反応させる工程によって調製される修飾された核酸。
【請求項４７】   式：−ＨＮ−（ＣＨ2）n −Ｓｉ（ＯＲ）3 （ただし、ｎ＝３、４、５、６、７、８または９）を有する化合物に共有結合した核酸を含んでなる修飾された核酸。
【請求項４８】   Ｒが、−ＣＨ3 、−Ｃ2 Ｈ5 および−Ｃ3 Ｈ7 からなる群より選択される請求項４７の修飾された核酸。
【請求項４９】   下記の式：
【化２】
2002513814.tif 000002
（式中、Ｒは、−−ＣＨ3 、−−Ｃ2 Ｈ5 および−Ｃ3 Ｈ7 からなる群より選択され；Ｒ1 およびＲ2 は同一または異なって、−Ｈ、−−ＣＨ3 、−−Ｃ2 Ｈ5 、−−ＯＣＨ3 、−−ＯＣ2 Ｈ5 、−Ｃ3 Ｈ7 および−ＯＣ3 Ｈ7 からなる群より選択され；ならびにＸ連結基は、少なくとも部分的な脂肪族鎖を含む）を有する化合物に共有結合した核酸を含んでなる修飾された核酸。
【請求項５０】  下記の式：
【化３】 
2002513814.tif 000003
（式中、Ｒ1 、Ｒ2 およびＲ3 は同一または異なって、−ＯＣＨ3 、−ＯＣ2 Ｈ5 、−ＯＣ3 Ｈ7 および−Ｃｌからなる群より選択され；Ｘは、前記核酸を前記化合物に連結するために化学的に好適な部分である）を有する化合物に共有結合した核酸を含んでなる修飾された核酸。