【手続補正書】
【提出日】平成15年8月5日(2003.8.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】全図
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１】
2005504263.tif 000001
【図２】
2005504263.tif 000002
【図３】
2005504263.tif 000003
【図４】
2005504263.tif 000004
【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
2005504263.tif 000009
【図１０】
2005504263.tif 000010
【図１１Ａ】
2005504263.tif 000011
【図１１Ｂ】
2005504263.tif 000012
【図１２Ａ】
2005504263.tif 000013
【図１２Ｂ】
2005504263.tif 000014
【図１３】
2005504263.tif 000015
【図１４】
2005504263.tif 000016
【図１５】
2005504263.tif 000017
【図１６】
2005504263.tif 000018
【図１７】
2005504263.tif 000019
【図１８】
2005504263.tif 000020
【図１９】
2005504263.tif 000021
【図２０】
2005504263.tif 000022
【図２１】
2005504263.tif 000023
【図２２】
2005504263.tif 000024
【図２３】
2005504263.tif 000025
【図２４】
2005504263.tif 000026
【図２５】
2005504263.tif 000027
【図２６】
2005504263.tif 000028
【図２７】
2005504263.tif 000029
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図面の簡単な説明
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図面の簡単な説明】
本発明の上記の目的および他の目的ならびに上記の利点および他の利点は、上記の詳細な説明を、添付の図面と組み合わせて考慮すると明らかになる。添付の図面において、同様の文字は、全体にわたり同様の部分を指す。
【図１】  図１は、本発明の分析装置の実施形態を図式化する。
【図２】  図２は、本発明の分析装置における使用に好ましい直交ＱｑＴＯＦタンデム質量分析計の要素をより詳細に示す。
【図３】  図３は、単一のＢＰＨおよび前立腺癌患者の精液タンパク質プロフィールを示す。
【図４】  図４は、図３にて検出可能なアップレギュレートされたタンパク質のうちの１つのプローブ上単離の結果を示す。
【図５】  図５は、図４の濃縮されたバイオマーカー候補がトリプシンを使用してインサイチュ消化に曝された後に、ＭＳ分析の１つのフェーズにより検出されたペプチドを示す。
【図６】  図６は、図５において示されるのと同じ精製タンパク質ペプチドのＬＤＩ  Ｑｑ−ＴＯＦ  ＭＳ分析を示す。
【図７】  図７は、濃縮されたバイオマーカー候補の選択された二重荷電イオンの、本発明の分析デバイスからのＭＳ／ＭＳの結果を示す。
【図８】  図８は、タンパク質分析物のタンパク質分解切断産物の質量スペクトルを示し、これは、親和性捕捉プローブ上にタンパク質分解フラグメントを捕捉し、その後、分析前に選択的に溶出することにより、配列網羅範囲の増加が可能なことを示す。
【図９】  図９は、２Ｍ尿素でスパイクしたＢＳＡのトリプシン消化物のＭＡＬＤＩ質量スペクトルを示す。
【図１０】  図１０は、弱カチオン交換表面を有する親和性捕捉プローブに吸着させｐＨ６の緩衝液で洗浄した後の、２Ｍ尿素でスパイクしたＢＳＡのトリプシン消化物の質量スペクトルを示す。
【図１１Ａ】  図１１Ａは、弱カチオン交換表面を有する親和性捕捉プローブに吸着させ種々の条件下で洗浄した後の、２Ｍ尿素でスパイクしたＢＳＡのトリプシン消化物から得られる質量スペクトルにて観察される、ペプチドのｍ／ｚを表に示す。
【図１１Ｂ】  図１１Ｂは、弱カチオン交換表面を有する親和性捕捉プローブに吸着させ種々の条件下で洗浄した後の、２Ｍ尿素でスパイクしたＢＳＡのトリプシン消化物から得られる質量スペクトルにて観察される、ペプチドのｍ／ｚを表に示す。
【図１２Ａ】  図１２Ａは、強アニオン交換表面を有する親和性捕捉プローブに吸着させ種々の条件下で洗浄した後の、２Ｍ尿素でスパイクしたＢＳＡのトリプシン消化物から得られる質量スペクトルにて観察される、ペプチドのｍ／ｚを表に示す。
【図１２Ｂ】  図１２Ｂは、強アニオン交換表面を有する親和性捕捉プローブに吸着させ種々の条件下で洗浄した後の、２Ｍ尿素でスパイクしたＢＳＡのトリプシン消化物から得られる質量スペクトルにて観察される、ペプチドのｍ／ｚを表に示す。
【図１３】  図１３は、ＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐ（登録商標）アレイ上でのＣＥＡ捕捉の３つの段階での質量スペクトルを示す。
【図１４】  図１４は、図１３のＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐ（登録商標）アレイのチップ上ペプシン消化後の、質量スペクトルを示す。
【図１５】  図１５は、本発明に従ってＳＥＬＤＩ−ＱｑＴＯＦを使用して得られた、ＣＥＡペプチドＭＨ＋＝ｍ／ｚ  １８９４．９２９９のＭＳ／ＭＳスペクトルを示す。
【図１６】  図１６は、ソマトスタチンを使用して正規化した、４００ｆｍｏｌ／μｌ〜４ｆｍｏｌ／μｌのＣＥＡ連続希釈物のペプシン消化物の質量スペクトルを示す。
【図１７】  図１７は、図１６のスペクトルからの、チップ上に搭載されたＣＥＡの量に対するＣＥＡ−レポーティングペプチド（ｍ／ｚ＝１８９６）の強度のプロットであり、２０ｆｍｏｌ〜８０ｆｍｏｌにて線形応答が観察される。
【図１８】  図１８は、ウシ胎仔血清の存在下でのＣＥＡ連続希釈物からの質量スペクトルを示す。
【図１９】  図１９は、ペプシンタンパク質分解後の、ウシ胎仔血清の存在下でのＣＥＡ連続希釈物からの質量スペクトルを示す。
【図２０】  図２０は、正常条件下または低酸素条件下で増殖した細胞から得た培地サンプルの質量スペクトルを示す。
【図２１】  図２１は、正常条件下または低酸素条件下で増殖した細胞から得た、トリプシン消化後のサンプルの質量スペクトルを示す。
【図２２】  図２２は、４時間のチップ上酸加水分解から生じたペプチド産物の陽イオン質量スペクトルを示し、この結果は、（ａ）６％  ＴＦＡ，ａｐｏ−Ｍｂ；（ｂ）０．６％  ＴＦＡ，ａｐｏ−Ｍｂ；（ｃ）６％  ＴＦＡ，リゾチーム；および（ｄ）０．６％  ＴＦＡ，リゾチームのような条件を用いて、Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＰＢＳ  ＩＩ  ＭＳにより分析した。
【図２３】  図２３は、ウシ胎仔血清中のチトクロムＣサンプル（パネルＡおよびパネルＢ、Ｂは表示倍率が増加している）およびコントロール（ＦＣＳ、パネルＣおよびパネルＤ、Ｄは、表示倍率が増加している）についての、ＰＢＳＩＩ質量スペクトル（タンパク質プロフィール）を示す。
【図２４】  図２４は、トリプシンによりチップ上での消化後に得た、図２３に示されるコントロールおよびサンプルについてのＭＳスペクトルを示す。
【図２５】  図２５は、図２４と同様であるがＱｑＴＯＦタンデム質量分析計にて得た、サンプルおよびコントロールについてのスペクトルを示す。
【図２６】  図２６は、１１６８のペプチドについてのＱｑＴＯＦ  ＣＩＤ  ＭＳ／ＭＳフラグメントスペクトルを示す。
【図２７】  図２７は、図２６に示されるスペクトルから得たペプチドフラグメント質量の提出からのＭＳ−Ｔａｇの結果を示す。