【手続補正書】
【提出日】平成17年4月12日(2005.4.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含むＣＡ１２５分子：
（ａ）５つのゲノムエクソンを含む細胞外アミノ末端ドメイン、ここでエクソン１は配列番号：２９９のアミノ酸＃１−３３を含み、エクソン２は配列番号：２９９のアミノ酸＃３４−１５９３を含み、エクソン３は配列番号：２９９のアミノ酸＃１５９４−１６０５を含み、エクソン４は配列番号：２９９のアミノ酸＃１６０６−１６１７を含み、さらにエクソン５は配列番号：２９９のアミノ酸＃１６１８−１６３７を含む；
（ｂ）４つのゲノムエクソンを含むアミノ末端伸長部分、ここでエクソン１は配列番号：３１０のアミノ酸＃１−３１５７を含み、エクソン２は配列番号：３１０のアミノ酸＃３１５８−３１９３を含み、エクソン３は配列番号：３１０のアミノ酸＃３１９４−９２７７を含み、さらにエクソン４は配列番号：３１０のアミノ酸＃９２７８−１０４２７含む；
（ｃ）各リピートユニットが５つのゲノムエクソンを含むマルチリピートドメイン、ここでエクソン１は配列番号：１６４から１９４のいずれかのアミノ酸＃１−４２を含み、エクソン２は配列番号：１９５から２２１のいずれかのアミノ酸＃４３−６５を含み、エクソン３は配列番号：２２２から２４９のいずれかのアミノ酸＃６６−１２３を含み、エクソン４は配列番号：２５０から２７７のいずれかのアミノ酸＃１２４−１３５を含み、さらにエクソン５は配列番号：２７８から２９８のいずれかのアミノ酸＃１３６−１５６を含む；および
（ｄ）短い細胞質ドメインを有するトランスメンブレンアンカーを含み、さらに９つのゲノムエクソンを含むカルボキシ末端ドメイン、ここでエクソン１は配列番号：３００のアミノ酸＃１−１１を含み、エクソン２は配列番号：３００のアミノ酸＃１２−３３を含み、エクソン３は配列番号：３００のアミノ酸＃３４−８２を含み、エクソン４は配列番号：３００のアミノ酸＃８３−１３３を含み、エクソン５は配列番号：３００のアミノ酸＃１３４−１５６を含み、エクソン６は配列番号：３００のアミノ酸＃１５７−２１２を含み、エクソン７は配列番号：３００のアミノ酸＃２１３−２２５を含み、エクソン８は配列番号：３００のアミノ酸＃２２６−２５３を含み、さらにエクソン９は配列番号：３００のアミノ酸＃２５４−２８４を含む。
【請求項２】
前記リピートドメインのエクソン２が少なくとも３１の異なるコピーを含み、エクソン２が少なくとも２７の異なるコピーを含み、エクソン３が少なくとも２８の異なるコピーを含み、エクソン４が少なくとも２８の異なるコピーを含み、さらにエクソン５が少なくとも２１の異なるコピーを含む請求項１に記載のＣＡ１２５分子。
【請求項３】
前記リピートドメインが、エピトープ結合部位を含む１５６アミノ酸リピートユニットを含む請求項１に記載のＣＡ１２５分子。
【請求項４】
前記１５６アミノ酸リピートユニットが、図５Ｃの配列番号：１５０の＃２４位に少なくとも１つの保存メチオニン（Ｍで表示）を含む請求項３に記載のＣＡ１２５分子。
【請求項５】
少なくとも４５のリピートユニットがＣＡ１２５分子のリピートドメインに存在する請求項３に記載のＣＡ１２５分子。
【請求項６】
配列番号：１６２のアミノ酸＃１−１６３８を含むアミノ末端ドメイン、配列番号：１６２のアミノ酸＃１６４３−１１４３８を含むリピートドメイン、および配列番号：１６２のアミノ酸＃１１４３９−１１７２２を含むカルボキシ末端ドメインを含むＣＡ１２５分子。
【請求項７】
表１６の配列番号：１４６を含むＣＡ１２５分子のリピートドメイン。
【請求項８】
さらに６３の個々のリピートユニットを含む請求項７に記載のリピートドメイン。
【請求項９】
各リピートユニットが少なくとも１５６のアミノ酸を含む請求項８に記載のリピートドメイン。
【請求項１０】
以下から成る群から選択されるヌクレオチド配列を含むＣＡ１２５遺伝子の単離核酸：  （ａ）配列番号：４９、６７、８１、８３−１４５、１４７、１５０および１５２に示すヌクレオチド配列；
（ｂ）（ａ）のいずれかの配列と少なくとも７０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）から（ｂ）のいずれかの配列の縮退変種；および
（ｄ）（ａ）から（ｃ）のいずれかの配列のフラグメント。
【請求項１１】
以下から成る群から選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする配列を含むＣＡ１２５遺伝子の単離核酸：
（ａ）配列番号：１１−４７、５０−８０、８２、１４６、１４８、１４９、１５１および１５３−１５８に示すアミノ酸配列；
（ｂ）（ａ）の配列のいずれかと少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；
（ｃ）（ａ）から（ｂ）のいずれの配列の保存的変種；および
（ｄ）（ａ）から（ｃ）のいずれかの配列のフラグメント。
【請求項１２】
請求項１０の核酸を含むベクター。
【請求項１３】
前記ベクターがクローニングベクター、シャトルベクターまたは発現ベクターである請求項１２に記載のベクター。
【請求項１４】
請求項１２のベクターを含む培養細胞。
【請求項１５】
前記ポリペプチドを発現する請求項１２のベクターをトランスフェクトされた培養細胞または前記細胞の子孫細胞。
【請求項１６】
以下の工程を含む、細胞でＣＡ１２５抗原を発現させる方法：
（ａ）（ｉ）配列番号：４９、６７、８１、８３−１４５、１４７、１５０および１５２に示すヌクレオチド配列；（ｉｉ）（ｉ）のいずれかの配列と少なくとも７０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列；（ｉｉｉ）（ｉ）から（ｉｉ）のいずれかの配列の縮退変種；および（ｉｖ）（ｉ）から（ｉｉｉ）のいずれかの配列のフラグメントから成る群から選択されるヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの核酸を提供し；
（ｂ）ＣＡ１２５抗原をコードするｍＲＮＡを含む細胞を提供し；さらに
（ｃ）前記細胞に前記核酸を導入し、ここでＣＡ１２５抗原が前記細胞で発現される。
【請求項１７】
以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ＣＡ１２５遺伝子の精製ポリペプチド：
（ａ）配列番号：１１−４８、５０、６８−８０、８２、１４６、１４８、１４９、１５０、１５１および１５３−１５８に示すアミノ酸配列；
（ｂ）（ａ）の配列のいずれかと少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；
（ｃ）（ａ）から（ｂ）のいずれの配列の保存的変種；および
（ｄ）（ａ）から（ｃ）のいずれかの配列のフラグメント。
【請求項１８】
ＣＡ１２５タンパク質のレセプター結合ドメイン内のエピトープと選択的に結合する精製抗体であって、前記エピトープが以下から成る群から選択されるアミノ酸配列内に存在する前記精製抗体：
（ａ）配列番号：１１−４８、５０、６８−８０、１４６、１５１および１５３−１５８に示すアミノ酸配列；
（ｂ）（ａ）の配列のいずれかと少なくとも５０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；
（ｃ）（ａ）から（ｂ）のいずれの配列の保存的変種；および
（ｄ）（ａ）から（ｃ）のいずれかの配列のフラグメント。
【請求項１９】
卵巣、結腸、肝臓および膵臓から成る群から選択される癌細胞と選択的に結合する請求項１８に記載の抗体。
【請求項２０】
配列番号：１１−４８、５０、６８−８０、８２、１４６、１５０、１５１、１５３−１６１および１６２（アミノ酸＃１６４３−１１４３８）に示すアミノ酸配列から成る群から選択されるエピトープ結合部位を含むＣＡ１２５リピートドメインの少なくとも１つのリピートユニットを含むリコンビナントＣＡ１２５を含む、ＣＡ１２５抗原の存在を検出およびモニターする診断薬。
【請求項２１】
エピトープ結合部位を含むリコンビナントＣＡ１２５リピートドメインを含む、ＣＡ１２５抗原レベルが上昇するか、またはＣＡ１２５抗原レベルの上昇に付随する症状または症状の再発を惹起させる危険性のある哺乳類を治療する治療用ワクチンであって、前記リピートドメインが、配列番号：１１−４８、５０、６８−８０、８２、１４６、１４８、１４９、１５０、１５１、１５３−１６１および１６２（アミノ酸＃１６４３−１１４３８）並びに配列番号：３００のアミノ酸＃１７５−２８４から成るアミノ酸配列群から選択される前記治療用ワクチン。
【請求項２２】
前記哺乳類が動物およびヒトを含む請求項２１の治療用ワクチン。
【請求項２３】
以下によってコードされるＣＡ１２５の発現を抑制するアンチセンスオリゴヌクレオチド：
（ａ）配列番号：４９、６７、８１、８３−１４５、１４７、１５０および１５２に示されたヌクレオチド配列；
（ｂ）（ａ）のいずれかの配列と少なくとも７０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）から（ｂ）のいずれかの配列の縮退変種；および
（ｄ）（ａ）から（ｃ）のいずれかの配列のフラグメント。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
本発明の別の特徴では、リピートドメインのエクソン１は少なくとも３１の異なるコピーを含み、エクソン２は少なくとも２７の異なるコピーを含み、エクソン３は少なくとも２８の異なるコピーを含み、エクソン４は少なくとも２８の異なるコピーを含み、エクソン５は少なくとも２１の異なるコピーを含む。
本発明の別の特徴では、リピートドメインは、エピトープ結合部位を含む１５６アミノ酸リピートユニットを含む。前記エピトープ結合部位は、図５の配列番号：１５０のアミノ酸＃５９−７９（Ｃ−Ｃと印を付されている）のＣ−包囲部分に位置している。
別の特徴では、１５６アミノ酸リピートユニットは、図５Ｃの配列番号：１５０の＃１２８、＃１２９、＃１３２、＃１３３、＃１３４、＃１３５、＃１３９、＃１４５、＃１４６、＃１４８、＃１５０、＃１５１および＃１５６位にＯ−糖化部位を含む。前記１５６アミノ酸リピートユニットはさらに、図５Ｃの配列番号：１５０の＃３３および＃４９位にＮ−糖化部位を含む。前記リピートユニットはまた、図５Ｃの配列番号：１５０の＃２４位に少なくとも１つの保存メチオニン（Ｍで表示）を含む。
さらに別の特徴では、カルボキシ末端ドメインのトランスメンブレンドメインは、図９Ｂの配列番号：３００の＃２３０−２５２位（下線部）に位置する。前記カルボキシ末端ドメインの細胞質ドメインは高度に塩基性の配列を含み、前記塩基性配列は、図９Ｂの配列番号：３００の＃２５６−２６０位のトランスメンブレン、図９Ｂの配列番号：３００の＃２５４、＃２５５および＃２７６位のセリンおよびスレオニンリン酸化部位、並びに図９Ｂの配列番号：３００の＃２６４、＃２７３および＃２７４位のチロシンリン酸化部位に隣接する。