【手続補正書】
【提出日】平成16年4月15日(2004.4.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
(a)αアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする配列であって、配列比較アルゴリズムを用いた解析又は目視検査によって決定する場合に少なくとも約100、約150、約200、約300、約400若しくは約500残基の領域にわたって又は配列の完全長にわたって配列番号1, 3, 5, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45 ,47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 189, 191, 193, 195, 197, 199, 201, 203, 205, 207, 209, 211, 213, 215, 217, 219, 221, 223, 225, 227, 229, 231, 233, 235, 237, 239, 241, 243, 245, 247, 249, 251, 253, 255, 257, 259, 261, 263, 265, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 281, 283, 285, 287, 289, 291, 293, 295, 297又は299に記載の配列を有する核酸に対して少なくとも約50％、約55％、約60％、約65％、約70％、約75％、約80％、約85％、約90％、約95％、約97％又は約100％の配列同一性を有する前記配列；
(b)αアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする配列であって、配列番号1, 3, 5, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 43, 45 ,47, 49, 51, 53, 55, 57, 59, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 75, 77, 79, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 103, 105, 107, 109, 111, 113, 115, 117, 119, 121, 123, 125, 127, 129, 131, 133, 135, 137, 139, 141, 143, 145, 147, 149, 151, 153, 155, 157, 159, 161, 163, 165, 167, 169, 171, 173, 175, 177, 179, 181, 183, 185, 187, 189, 191, 193, 195, 197, 199, 201, 203, 205, 207, 209, 211, 213, 215, 217, 219, 221, 223, 225, 227, 229, 231, 233, 235, 237, 239, 241, 243, 245, 247, 249, 251, 253, 255, 257, 259, 261, 263, 265, 267, 269, 271, 273, 275, 277, 279, 281, 283, 285, 287, 289, 291, 293, 295, 297又は299に記載の配列を有する核酸と高ストリンジェンシー条件下又は減少したストリンジェンシー条件下においてハイブリダイズする前記配列；
(c)αアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする配列であって、前記ポリペプチドが配列番号2, 4, 6, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 248, 250, 252, 254, 256, 258, 260, 262, 264, 266, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280, 282, 284, 286, 288, 290, 292, 294, 296若しくは298に記載の配列又はそれらの酵素的に活性な断片を有する前記配列；又は
(d)(a)、(b)、(c)又は(d)の配列に対して相補的な配列；
を含む単離された又は組換え核酸。
【請求項２】
(a)配列比較アルゴリズムを用いた解析又は目視検査によって決定する場合に少なくとも約10、約15、約20、約25、約30、約35、約40、約50、約75、約100、約150若しくは約200残基の領域にわたって又は配列の完全長にわたって配列番号2, 4, 6, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 248, 250, 252, 254, 256, 258, 260, 262, 264, 266, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280, 282, 284, 286, 288, 290, 292, 294, 296若しくは298に記載の配列又はこれらの酵素的に活性な断片をコードする配列に対して少なくとも約50％、約55％、約60％、約65％、約70％、約75％、約80％、約85％、約90％、約95％又は約100％の配列同一性を有するアミノ酸配列であって、
そのポリペプチドがαアミラーゼ活性を有するか又はαアミラーゼポリペプチド若しくはその断片に特異的に結合する抗体を生じる前記アミノ酸配列；又は
(b)請求項１に記載の核酸によってコードされるアミノ酸配列；
を含む配列を有する単離された又は組換えポリペプチド。
【請求項３】
アミノ酸配列が、少なくとも約200残基の領域にわたって配列番号2, 4, 6, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98, 100, 102, 104, 106, 108, 110, 112, 114, 116, 118, 120, 122, 124, 126, 128, 130, 132, 134, 136, 138, 140, 142, 144, 146, 148, 150, 152, 154, 156, 158, 160, 162, 164, 166, 168, 170, 172, 174, 176, 178, 180, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 196, 198, 202, 204, 206, 208, 210, 212, 214, 216, 218, 220, 222, 224, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 238, 240, 242, 244, 246, 248, 250, 252, 254, 256, 258, 260, 262, 264, 266, 268, 270, 272, 274, 276, 278, 280, 282, 284, 286, 288, 290, 292, 294, 296, 298からなる群より選択される配列に対して少なくとも約50%の相同性を有する、請求項２に記載の精製ポリペプチド。
【請求項４】
(a)請求項２に記載のポリペプチド；及び
(b)請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチド；
からなる群より選択されるポリペプチドに特異的に結合する、単離された又は組換え抗体。
【請求項５】
(a)請求項２に記載のポリペプチド；及び(b)請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチド；からなる群より選択されるポリペプチドを生産する方法であって、
前記ポリペプチド発現を可能にする条件下で前記ポリペプチドをコードする核酸を宿主細胞に導入する工程、及び、前記ポリペプチドを回収する工程を含む前記方法。
【請求項６】
請求項１に記載のポリヌクレオチドを含む核酸を得ること；及び
前記ポリヌクレオチドにおいて一つ以上のヌクレオチドを別のヌクレオチドに改変すること、前記ポリヌクレオチドにおいて一つ以上のヌクレオチドを欠失すること、又は前記ポリヌクレオチドに一つ以上のヌクレオチドを付加すること；
を含む、変異ポリヌクレオチドを作製する方法。
【請求項７】
改変が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異誘発、アセンブリーPCR、有性PCR変異誘発、in vivo変異誘発、カセット変異誘発、帰納的アンサンブル変異誘発、指数的アンサンブル変異誘発、部位特異的変異誘発、遺伝子リアセンブリー、遺伝子部位飽和変異誘発及びこれらの方法の組合せからなる群より選択される方法によって導入される、請求項６の方法。
【請求項８】
(a)請求項１に記載のポリヌクレオチド配列；及び
(b)請求項２に記載のポリペプチド配列；
からなる群より選択される配列が保存されているコンピュータで読取り可能な媒体、又はプロセッサと前記配列が記憶されているデータ記憶デバイスとを含むコンピュータシステム。
【請求項９】
デンプン結合の加水分解を促進する条件下において、デンプンを含む物質を
(a)請求項１に記載の配列を有するポリヌクレオチドによってコードされ、デンプン結合を加水分解し得るポリペプチド；及び
(b)請求項２に記載の配列を有し、デンプン結合を加水分解し得るポリペプチド；
からなる群より選択されるポリペプチドと接触させることを含む、デンプン結合を加水分解する方法。
【請求項１０】
デンプンの分解を促進する条件下において、デンプンを含むサンプルを
(a)請求項１に記載の配列を有するポリヌクレオチドによってコードされ、デンプン結合を加水分解しうるポリペプチド；及び
(b)請求項２に記載の配列を有し、デンプン結合を加水分解し得るポリペプチド；
からなる群より選択される配列を有するポリペプチドと接触させる工程を含む、デンプンの分解を触媒する方法。
【請求項１１】
酵素的に活性なポリペプチドを同定するためのアッセイであって、
請求項２に記載の配列を有するポリペプチドを、そのポリペプチドが機能し得る条件下において基質分子と接触させる工程；及び
前記ポリペプチドと前記基質との間の反応によって生じる基質量減少若しくは反応生成物量増加のどちらかを検出する工程であって、前記基質量減少若しくは反応生成物量増加が酵素的に活性なポリペプチドを同定する前記工程；
を含む前記アッセイ。
【請求項１２】
請求項１に記載の配列の少なくとも連続する10ヌクレオチドの配列を有するオリゴヌクレオチドを含む核酸プローブであって、
中〜高ストリンジェンシー条件下において前記核酸の標的領域とハイブリダイズして検出可能な標的-プローブ二重鎖を形成する前記核酸プローブ。
【請求項１３】
(a)請求項１に記載の配列を有する核酸；及び
(b)請求項２に記載の配列を有するポリペプチドをコードする核酸；
の少なくとも一つの断片と同じ配列又は完全に相補性な配列を有する、αアミラーゼ遺伝子の単離又は同定のためのポリヌクレオチドプローブ。
【請求項１４】
(a)請求項１に記載の配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド；及び
(b)請求項２に記載の配列を有するポリペプチド；
からなる群より選択されるポリペプチドを含み、液体又は固体を含むタンパク質調製品。
【請求項１５】
(a)請求項１に記載の配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド；及び
(b)請求項２に記載の配列を有するポリペプチド；
からなる群より選択されαアミラーゼ活性を有する少なくとも一つのポリペプチドを少なくとも一つの小分子と混合して、少なくとも一つの生体触媒反応を介し少なくとも一つの改変小分子を生産する工程を含む、小分子を改変するための方法。
【請求項１６】
(a)請求項１に記載の配列；及び(b)請求項２に記載のポリペプチドをコードする配列；からなる群より選択される配列を含む、クローニングベクター又は発現ベクター。
【請求項１７】
(a)請求項１に記載の配列；及び(b)請求項２に記載のポリペプチドをコードする配列；からなる群より選択される配列を含む、宿主細胞。
【請求項１８】
請求項２のポリペプチド又は請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチドであって、αアミラーゼ活性を有する前記ポリペプチドをデンプンと接触させることを含む、デンプン含有組成物を液化するための方法。
【請求項１９】
請求項１８の方法によって製造された液化シロップ。
【請求項２０】
請求項２のポリペプチド又は請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチドであって、αアミラーゼ活性を有する前記ポリペプチドを洗滌に充分な条件下で対象物と接触させることを含む、対象物を洗滌するための方法。
【請求項２１】
請求項２のポリペプチド又は請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチドであって、αアミラーゼ活性を有する前記ポリペプチドを糊抜きに充分な条件下で繊維製品と接触させることを含む、繊維製品の糊抜きのための方法。
【請求項２２】
請求項２のポリペプチド又は請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチドであって、αアミラーゼ活性を有する前記ポリペプチドを繊維特性の改良に有効な量で用いて繊維を処理する、リグノセルロース繊維の処理方法。
【請求項２３】
請求項２のポリペプチド又は請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチドであって、αアミラーゼ活性を有する前記ポリペプチドを繊維表面の効率的な脱インキに有効な量で使用する、再生紙パルプの酵素的脱インキ方法。
【請求項２４】
請求項２のポリペプチド又は請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチドであって、αアミラーゼ活性を有する前記ポリペプチドを液化に充分な条件下でデンプンと接触させることを含む、デンプン液化方法。
【請求項２５】
請求項２のポリペプチド又は請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチドであって、αアミラーゼ活性を有する前記ポリペプチドを含む、洗浄性添加剤。
【請求項２６】
請求項２のポリペプチド又は請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチドであって、αアミラーゼ活性を有する前記ポリペプチドを有効量で用いてデンプンを液化し可溶性デンプン加水分解物を得ること；及び
前記可溶性デンプン加水分解物を糖化することによってシロップを得ること；
を含む高マルトースシロップ又は高グルコースシロップ又は混合シロップを製造する方法。
【請求項２７】
産出作業の間に形成され、完成した掘削穴を囲む地下構造物内に見出される、粘着性でデンプンを含む有害な流体を除去することによって、前記地下構造物からの産出流体の流量を増加させる方法であって、
前記産出流体を前記掘削穴から流れ出させること；
前記構造物からの前記産出流体の流量を期待流速より減少させること；
請求項２のポリペプチド又は請求項１に記載の核酸によってコードされるポリペプチドであって、αアミラーゼ活性を有する前記ポリペプチドを水溶性流体と一緒に混合することによって、酵素処理剤を調剤すること；
前記掘削穴内部の所望する位置に前記酵素処理剤をポンプで注入すること；
前記粘着性でデンプンを含む有害な流体を、前記酵素処理剤によって分解して前記地下構造物から前記掘削穴の表層に移動させること；
を含み、前記酵素処理剤がデンプンを含む流体中のαグルコシド結合に効果的に作用する前記方法。