【手続補正書】
【提出日】平成16年10月13日(2004.10.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
電気伝導性のターゲット表面を支持体上に有する該支持体を含む、レーザー脱離／イオン化質量分析計と共に使用するためのプローブであって、前記ターゲット表面は、非特異的なタンパク質の結合に耐性がある層を含み、前記層は、タンパク質忌避分子と１種又はそれ以上の高親和性の検体補足部分を組み込み、前記高親和性の検体捕捉部分は、タンパク質忌避分子と比較して小さい割合で前記層に均一に組み込まれていることを特徴とする、前記プローブ。
【請求項２】
前記層における前記タンパク質忌避分子と比較した前記高親和性の検体捕捉部分の割合は、20％より小さいことを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項３】
前記層における前記タンパク質忌避分子と比較した前記高親和性の検体捕捉部分の割合は、1-20％の範囲内であることを特徴とする、請求項１又は２に記載のプローブ。
【請求項４】
前記層における前記タンパク質忌避分子と比較した前記高親和性の検体捕捉部分の割合は、1％、2％、10％又は20％であることを特徴とする、請求項３記載のプローブ。
【請求項５】
前記高親和性の検体捕捉部分を、前記表面の十分全体に配置することを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項６】
前記ターゲット表面は、複数の別個のターゲット領域を有し、前記高親和性の検体捕捉部分は、別個のターゲット領域に均一に配置されていることを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項７】
前記高親和性の検体捕捉部分は、前記別個のターゲット領域にのみ均一に配置されていることを特徴とする、請求項６記載のプローブ。
【請求項８】
前記高親和性の検体捕捉部分は、別個のターゲット領域に、決められた方向に配置されていることを特徴とする、請求項６記載のプローブ。
【請求項９】
前記別個のターゲット領域の表面は、実質的に平面であることを特徴する、請求項６記載のプローブ。
【請求項１０】
前記別個のターゲット領域は、平底のウェルであることを特徴とする、請求項７記載のプローブ。
【請求項１１】
前記プローブは、1000μm2当たり1015分子以下の濃度で、より好ましくは1000μm2当たり1012分子以下の濃度で、より好ましくは1000μm2当たり109分子以下の濃度で、さらにより好ましくは1000μm2当たり106分子以下の濃度で検体を結合することができることを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項１２】
前記高親和性の検体捕捉部分は、タンパク質捕捉部分であることを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項１３】
前記高親和性のタンパク質捕捉部分は、抗体ではないことを特徴とする、請求項１２記載のプローブ。
【請求項１４】
前記高親和性の検体捕捉部分は、小分子であることを特徴とする、請求項１〜１２のいずれか１項に記載のプローブ。
【請求項１５】
前記小分子は、2kDaより小さいこと、好ましくは1kDaより小さいこと、より好ましくは500Daより小さいことを特徴とする、請求項１４記載のプローブ。
【請求項１６】
前記高親和性の検体捕捉部分とその結合パートナーとの間の結合親和性（Kd）は、少なくとも10-7M、より好ましくは少なくとも10-9M、より好ましくは少なくとも10-12M、さらにより好ましくは少なくとも10-15Mであることを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項１７】
前記支持体は、スライドグラス又はMALDIターゲットであることを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項１８】
前記電気伝導性の表面は、金属又は半導体を含むことを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項１９】
前記金属は、金、銀、白金、イリジウム、鉄、ニッケル、コバルト、銅又はそれらの混合物もしくは合金から選択され、前記半導体は、ケイ素、グラファイト又はゲルマニウムから選択されることを特徴とする、請求項１２記載のプローブ。
【請求項２０】
前記高親和性の検体捕捉部分は、前記電気伝導性のターゲット表面に直接付着していることを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項２１】
前記高親和性の検体捕捉部分は、前記電気伝導性のターゲット表面に間接的に付着していることを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項２２】
前記高親和性の検体捕捉部分は、１種又はそれ以上のリンカー分子を介して付着していることを特徴とする、請求項２１記載のプローブ。
【請求項２３】
前記リンカー分子は、ポリアミノ酸又はアルカンチオールを含むことを特徴とする、請求項２２記載のプローブ。
【請求項２４】
前記ポリアミノ酸は、ポリ−Ｌ−リジン、ポリ−Ｌ−アスパラギン酸、ポリ−Ｌ−グルタミン酸又は前記３種のアミノ酸とその他の既知のアミノ酸との混合物であることを特徴とする、請求項２３記載のプローブ。
【請求項２５】
少なくとも１種の高親和性のタンパク質捕捉部分が、ビオチン又はブレオマイシン耐性タンパク質を結合することを特徴とする、請求項１２記載のプローブ。
【請求項２６】
前記高親和性のタンパク質捕捉部分は、ストレプトアビジン、アビジン、ニュートラビジン（Neutravidin）又はブレオマイシンであることを特徴とする、請求項２５記載のプローブ。
【請求項２７】
前記層は、前記層の、一般にタンパク質を忌避する性質を担う重合体又は、自己組織化膜（self assembled monolayers，SAM）を含むことを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項２８】
前記重合体は、ポリエチレングリコール（polyethylene glycol、PEG）、デキストラン、ポリウレタン又はポリアクリルアミドを含むことを特徴とする、請求項２７記載のプローブ。
【請求項２９】
前記重合体は、１種又はそれ以上のリンカー分子を介して前記プローブの表面に結合していることを特徴とする、請求項２７記載のプローブ。
【請求項３０】
前記高親和性の検体捕捉部分は、前記重合体及び／又は前記リンカー分子を介して前記表面に付着していることを特徴とする、請求項２９記載のプローブ。
【請求項３１】
単一の一般的な高親和性の検体捕捉部分が前記表面上に提供されていることを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項３２】
複数の異なる高親和性の検体捕捉部分が前記表面上に提供されていることを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項３３】
検体が、マイクロアレイとして、複数の別個のターゲット領域に捕捉されている、捕捉した検体をさらに含むことを特徴とする、請求項１記載のプローブ。
【請求項３４】
前記複数の別個のターゲット領域は、空間的に定められて配列されていることを特徴とする、請求項３３記載のプローブ。
【請求項３５】
各別個のターゲット領域は、1000μm2より小さい面積、より好ましくは500μm2より小さい面積、さらにより好ましくは100μm2より小さい面積を有することを特徴とする、請求項３３記載のプローブ。
【請求項３６】
各別個のターゲット領域は、785μm2より小さい面積、より好ましくは392μm2より小さい面積、さらにより好ましくは78μm2より小さい面積を有することを特徴とする、請求項３３記載のプローブ。
【請求項３７】
前記別個のターゲット領域は、実質的に円形であることを特徴とする、請求項３３記載のプローブ。
【請求項３８】
前記別個のターゲット領域は、マトリックス内に配列されていることを特徴とする、請求項３３記載のプローブ。
【請求項３９】
前記ターゲットの表面上に複数のマトリックスがあることを特徴とする、請求項３８記載のプローブ。
【請求項４０】
前記マトリックスは、少なくとも２行と２列の別個のターゲット領域を含むことを特徴とする、請求項３８記載のプローブ。
【請求項４１】
少なくとも10個、より好ましくは少なくとも100個、さらにより好ましくは少なくとも1000個、さらにより好ましくは10000個の別個のターゲット領域を含むことを特徴とする、請求項３３記載のプローブ。
【請求項４２】
マトリックス内の隣接した別個のターゲット領域間の間隔が1mmより小さいことを特徴とする、請求項３３記載のプローブ。
【請求項４３】
前記捕捉した検体は、タンパク質を含むことを特徴とする、請求項３３記載のプローブ。
【請求項４４】
前記タンパク質は、融合タンパク質であることを特徴とする、請求項４３記載のプローブ。
【請求項４５】
前記融合タンパク質は、ビオチンカルボキシル・キャリアタンパク質（biotin carboxyl carrier protein，BCCP）を含むことを特徴とする、請求項４４記載のプローブ。
【請求項４６】
前記融合タンパクは、フレオマイシン／ゼオシン耐性タンパク質を含むことを特徴とする、請求項４３記載のプローブ。
【請求項４７】
前記捕捉した検体は、該検体に結合した更なる分子を有することを特徴とする、請求項３３記載のプローブ。
【請求項４８】
前記更なる分子は、小分子、タンパク質又は核酸であることを特徴とする、請求項４７記載のプローブ。
【請求項４９】
前記検体は、前記表面上にプリントされていることを特徴とする、請求項３３記載のプローブ。
【請求項５０】
前記検体は、インクジェット・プリント、圧電プリント（piezo electric printing）又は接触プリントを用いてプリントされていることを特徴とする、請求項４９記載のプローブ。
【請求項５１】
前記接触プリントにおいて、スプリット・ピン、ソリッド・ピン（solid pin）又はホローピン（hollow pin）を用いて前記検体を塗布することを特徴とする、請求項５０記載のプローブ。
【請求項５２】
レーザー脱離／イオン化質量分析計と共に使用するためのタンパク質マイクロアレイを製造する方法であって、前記方法は、タンパク質マイクロアレイとして別個のターゲット領域にタンパク質を沈着させるように、請求項１２記載のプローブの電気伝導性のターゲット表面上に前記タンパク質を沈着させることを含むことを特徴とする、前記タンパク質マイクロアレイを製造する方法。
【請求項５３】
レーザー脱離／イオン化質量分析によってタンパク質マイクロアレイを分析する方法であって、前記方法は、タンパク質マイクロアレイとして別個のターゲット領域にタンパク質を沈着させるように、１種又はそれ以上のタンパク質捕捉部分を示す電気伝導性のターゲット表面を支持体上に有する該支持体を含むプローブの前記ターゲット表面上に前記タンパク質を沈着させ、その後、前記タンパク質マイクロアレイのレーザー脱離／イオン化質量分析を行うことを含むことを特徴とする、前記タンパク質マイクロアレイを分析する方法。
【請求項５４】
前記レーザー脱離／イオン化質量分析は、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化質量分析（MALDI）であることを特徴とする、請求項５３記載の方法。
【請求項５５】
エネルギー吸収分子を、前記ターゲット表面全体にわたって沈着させるか、又はタンパク質が捕捉されている前記別個のターゲット領域に位置を合わせて沈着させることを特徴とする、請求項５４記載の方法。
【請求項５６】
前記エネルギー吸収分子を、タンパク質が捕捉されている前記別個のターゲット領域に位置を合わせて沈着させることを特徴とする、請求項５５記載の方法。
【請求項５７】
前記エネルギー吸収分子を、前記タンパク質を変性させ、従って、前記タンパク質捕捉部分から前記タンパク質を解放し、表面上において、前記タンパク質捕捉部分のすぐそばに変性したタンパク質を残す方法で沈着させることを特徴とする、請求項５５又は５６記載の方法。
【請求項５８】
前記エネルギー吸収分子は、均一な層として、別個のターゲット領域に、捕捉したタンパク質に位置を合わせて存在することを特徴とする、請求項５５又は５６記載の方法。
【請求項５９】
前記均一な層は、個々の結晶が倍率100倍で目に見えず、隣接する結晶間に目に見える隙間が全くないほど十分に連続していることを特徴とする、請求項５８記載の方法。
【請求項６０】
前記均一な層は、倍率100倍で結晶の大きさに明らかな差異がないほど十分に一様な奥行きを有することを特徴とする、請求項５８記載の方法。
【請求項６１】
前記エネルギー吸収分子を、非水溶性溶媒中で表面上に沈着させ、次に該非水溶性溶媒を蒸発して取り除くことを特徴とする、請求項５５記載の方法。
【請求項６２】
前記非水溶性溶媒は、有機溶媒であることを特徴とする、請求項６１記載の方法。
【請求項６３】
前記有機溶媒は、アセトン又はブタノンであることを特徴とする、請求項６２記載の方法。
【請求項６４】
前記非水溶性溶媒は、前記エネルギー吸収分子を沈着させた後に前記非水溶性溶媒の蒸発が起きるように蒸発速度を制御する調節剤を含むことを特徴とする、請求項６１記載の方法。
【請求項６５】
前記調節剤は、グリセロール、ポリエチレングリコール又はチオグリセロールであることを特徴とする、請求項６４記載の方法。
【請求項６６】
前記エネルギー吸収分子を、80−99.9％、好ましくは99％の非水溶性溶媒、好ましくはアセトンと、20−0.1％、好ましくは1％の調節剤、好ましくはグリセロール（容積／容積）の混合物中で沈着させることを特徴とする、請求項５５記載の方法。
【請求項６７】
前記エネルギー吸収分子は、α−シアノ−４−ヒドロキシ桂皮酸、シナピン酸、ゲンチシン酸、ニフィジン（nifidine）、コハク酸、１，８，９−アントラセントリオール、３−インドールアクリル酸、２−（ヒドロキシフェニルアゾ）安息香酸、４−ニトロアニリン及びそれらの組み合わせの結晶を含むことを特徴とする、請求項５５記載の方法。
【請求項６８】
レーザー脱離／イオン化質量分析による分析方法であって、前記方法は、
ａ）請求項１２記載のプローブを用意する工程と；
ｂ）前記プローブを、１種又はそれ以上のタンパク質と接触させる工程と；
ｃ）前記プローブの表面上におけるタンパク質のレーザー脱離／イオン化質量分析を行う工程を含むことを特徴とする、分析方法。
【請求項６９】
工程ｂ）とｃ）の間に、洗浄することによって、前記プローブから非結合分子を除去する工程をさらに含むことを特徴とする、請求項６８記載の方法。
【請求項７０】
前記１種又はそれ以上のタンパク質は、タンパク質の混合物中に含まれていることを特徴とする、請求項６９記載の方法。
【請求項７１】
前記プローブの表面上のタンパク質を同定する方法を含む方法であって、前記方法は、
ｄ）前記タンパク質分子の質量を測定する工程と；
ｅ）更なるプローブ又はプローブ表面上で前記タンパク質の反復したサンプルの消化を行う工程と；
ｆ）工程ｅ）より生じたペプチドのレーザー脱離／イオン化質量分析を行って、前記タンパク質を同定する工程をさらに含むことを特徴とする、請求項６８記載の方法。
【請求項７２】
前記プローブ表面上のタンパク質の機能及び前記タンパク質と相互作用する分子を分析する方法を含む方法であって、前記方法は、工程ｃ）の代わりに、
ｃ）前記プローブ表面上のタンパク質を、１種又はそれ以上の試験分子と接触させる工程と；
ｄ）前記プローブ表面から結合していない試験分子を除去する工程と；
ｅ）前記タンパク質及び任意の結合した分子のレーザー脱離／イオン化質量分析を行って、前記タンパク質及び／又は試験分子の同一性を決定する工程をさらに含むことを特徴とする、請求項６８記載の方法。
【請求項７３】
前記試験分子は、小分子、タンパク質又は核酸であることを特徴とする、請求項７２記載の方法。
【請求項７４】
タンパク質の機能を分析する方法を含む方法であって、
ｄ）前記プローブ表面上のタンパク質を、１種又はそれ以上の試験基質と接触させる工程と；
ｅ）前記タンパク質及び試験基質のレーザー脱離／イオン化質量分析を行って、前記タンパク質による前記試験基質の触媒反応の生成物の存在及び／又は同一性を決定する工程をさらに含むことを特徴とする、請求項６８記載の方法。