【手続補正書】
【提出日】平成16年10月18日(2004.10.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
一又はそれ以上のターゲットにおける２又はそれ以上の指定多型サイトの各々における一又はそれ以上のヌクレオチドを同定する方法において、当該方法が：
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補的なプリヌクレオチドストランドをアニーリングして少なくとも一の指定多型サイトを含む対応ターゲット領域の輪郭を描くヌクレオチドプライマ対を提供するステップと；
ｂ）対応ターゲット中の指定多型サイトに対応する指定多型サイトを伴うアンプリコンの構築を行いうる条件の下に、各オリゴヌクレオチドプライマの前記セットを前記ターゲットに接触させるステップであって、アンプリコンがターゲットセンスストランドに対応するアンプリコンセンスストランドと、ターゲットアンチセンスストランドに対応するアンプリコンアンチセンスストランドを具えるステップと；
ｃ）様々にコード化したプローブが様々なヌクレオチドシーケンスを有するコード化プローブセットを選択するステップであって、当該セットが、前記コード化プローブの少なくとも一のタイプが全体あるいは実質的な部分においてアンプリコンセンスストランドまたはそのサブシーケンスに相補となるように、および前記コード化プローブの少なくとも一のタイプが、全体または実質的な部分においてアンプリコンアンチセンスストランドまたはそのサブシーケンスに相補となるように選択されているステップと；
ｄ）プローブ伸長生成物の構築、それに続いてコード化プローブのアンプリコンへのアニーリングを行う条件下で前記コード化プローブセットをアンプリコンに接触させるステップであって、プローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン内の指定多型サイトに整列するように、プローブがアンプリコンにアニーリング可能であるステップと、
ｅ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項２】
２またはそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の指定多型サイトの各々における一又はそれ以上のヌクレオチドを同定する方法において、当該方法が：
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補的にポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、少なくとも一の指定多型サイトを有する対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能な対を提供するステップと：
ｂ）対応ターゲット中で指定多型サイトに対応する指定多型サイトを伴うアンプリコンの構築を行いうる条件の下に、オリゴヌクレオチドプライマの前記セットを前記ターゲットに接触させるステップであって、各アンプリコンがターゲットセンスストランドに対応するアンプリコンセンスストランドと、ターゲットアンチセンスストランドに対応するアンプリコンアンチセンスストランドを具えるステップと、
ｃ）様々にコード化したプローブが様々なヌクレオチドシーケンスを有するコード化プローブセットを選択するステップであって、当該セットが、前記コード化プローブが少なくとも一のタイプの全体あるいは実質的な部分においてアンプリコンセンスストランドまたはそのサブシーケンスに相補となるように、および、前記コード化プローブの少なくとも一のタイプの全体または実質的な部分においてアンプリコンアンチセンスストランドまたはそのサブシーケンスに相補となるように、選択されているステップと；
ｄ）プローブ伸長生成物の構築、それに続くコード化プローブのアンプリコンへのアニーリングを行う条件下で、前記コード化プローブセットをアンプリコンに接触させるステップであって、プローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン内の指定多型サイトに整列するように、プローブがアンプリコンにアニーリング可能であるステップと、
ｅ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項３】
２またはそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の指定多型サイトの各々において１またはそれ以上のヌクレオチドの複合同定を設計する方法において、
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補的なポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、少なくとも一の指定多型サイトを有する対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能な対を提供するステップと：
ｂ）対応ターゲット中で指定多型サイトに対応する指定多型サイトとのアンプリコンの構築を行いうる条件下で、オリゴヌクレオチドプライマの前記セットを前記ターゲットに接触させるステップ各アンプリコンがターゲットセンスストランドに対応するアンプリコンセンスストランドと、ターゲットアンチセンスストランドに対応するアンプリコンアンチセンスストランドを具えるステップと；
ｃ）様々にコード化したプローブが様々なヌクレオチドシーケンスを有するコード化プローブセットを選択するステップであって、当該セットが、少なくとも一のタイプの前記コード化プローブが全体あるいは実質的な部分においてアンプリコンセンスストランドまたはそのサブシーケンスに相補となるように、および少なくとも一のタイプの前記コード化プローブが全体または実質的な部分においてアンプリコンアンチセンスストランドまたはそのサブシーケンスに相補となるように、選択されているステップと；
ｄ）コード化プローブとその相補アンプリコンストランドターゲットを２又はそれ以上のサブセットに分けて、プローブと指定アンプリコンストランドターゲットの相補の度合いを最大にし、伸長プローブの尋問サイトに整列すべき指定多型サイトを含み、一方で、各指定アンプリコンストランドターゲット以外のアンプリコンに対するプローブの相補の度合いを最小にするステップと；
ｅ）プローブ伸長生成物の構築、それに続くコード化プローブのアンプリコンへのアニーリングを行う条件下で、前記分離したコード化プローブセットを相補アンプリコンストランドターゲットの前記サブセットに接触させるステップであって、プローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン内の指定多型サイトに整列するように、プローブが、アンプリコンにアニーリングすることが可能であるステップと、
ｆ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
ｇ）前記コード化プローブを復号して、伸長生成物を同定するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項４】
請求項１，２，または３に記載の方法において、アンプリコンセンスストランドに相補である少なくとも一のタイプのプローブと、アンプリコンアンチセンスストランドに相補である少なくとも一のタイプのプローブがあることを特徴とする方法。
【請求項５】
請求項１，２，または３に記載の方法において、前記１またはそれ以上のターゲットがシングルストランドの多型であることを特徴とする方法。
【請求項６】
請求項２に記載の方法において、アンプリコンアンチセンスストランドに少なくとも部分的に相補であるコード化したプローブタイプが、前記アンプリコンアンチセンスストランド（前記選択されたプローブタイプの尋問サイトに整列する指定多型サイトを含む）領域との相補性の増加があるか、あるような場合に、指定多型サイトを含むアンプリコンセンスストランドと相補のプローブと比較して、選択されることを特徴とする方法。
【請求項７】
請求項２に記載の方法において、アンプリコンセンスストランドに少なくとも部分的に相補であるコード化プローブタイプが、前記アンプリコンセンスストランド（前記選択されたプローブタイプの尋問サイトに整列する指定多型サイトを含む）の領域との相補性の増加があるか、あるような場合に、指定多型サイトを含むアンプリコンアンチセンスストランドと相補のプローブと比較して、選択されることを特徴とする方法。
【請求項８】
請求項１，２または３に記載の方法において、選択されたプローブが少なくとも部分的に相補であり、選択されたプローブタイプの尋問サイトに整列する指定多型サイトを含む前記アンチセンスストランドの領域が、指定多型サイトを含むアンプリコンセンスストランドの領域より少ない数の非指定多型サイトあるいは非選択多型サイトを含むか、あるいは含むような場合に、アンプリコンアンチセンスストランドに少なくとも部分的に相補であるコード化したプローブのタイプが選択されることを特徴とする方法。
【請求項９】
請求項１，２、または３に記載の方法において、前記アンプリコンセンスストランド（前記選択されたプローブタイプの尋問サイトに整列する指定多型サイトを含む）の領域内に非指定多型サイトまたは非選択指定多型サイト以外のものがより少数であるか、あるようである場合に、指定多型サイトを含むアンプリコンセンスストランドに相補のプローブと比較して、アンプリコンセンスストランドに少なくとも部分的に相補であるコード化したプローブタイプが、選択されることを特徴とする方法。
【請求項１０】
請求項１、２または３に記載の方法において、前記アンプリコンセンスストランドが非指定多型サイトあるいは非選択多型サイト（前記選択されたプローブタイプの尋問サイトに整列する指定多型サイトを含む）を、前記アンプリコンセンスストランドの前記指定多型サイトの特定近位内に含む場合に、アンプリコンアンチセンスストランドに少なくとも部分的に相補であるコード化したプローブのタイプが、選択されることを特徴とする方法。
【請求項１１】
請求項１、２または３に記載の方法において、前記アンプリコンセンスストランドがアンプリコンアンチセンスストランド内に非指定多型サイトあるいは非選択多型サイト（前記選択されたプローブタイプの尋問サイトに整列する指定多型サイトを含む）を、前記アンプリコンアンチセンスストランドの前記指定多型サイトの特定近位内に含む場合に、アンプリコンセンスストランドに少なくとも部分的に相補であるコード化したプローブのタイプが、選択されることを特徴とする方法。
【請求項１２】
請求項１０または１１に記載の方法において、前記非指定多型サイトまたは非選択指定多型サイトが、末端伸長開始領域と整列することを特徴とする方法。
【請求項１３】
請求項１、２または３に記載の方法において、選択されたプローブのセットが、センスまたはアンチセンスアンプリコンストランド中の指定多型サイトに整列する尋問サイトを含むコード化プローブタイプを含み、前記コード化したプローブタイプが、前記プローブがプローブ伸長生成物に含まれうる場合に、前記アンプリコンストランド上の非指定多型サイトまたは非選択指定多型サイトとも整列することを特徴とする方法。
【請求項１４】
請求項１、２または３に記載の方法において、前記アンプリコンが非対称ＰＣＲによって生成されることを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項１、２または３に記載の方法において、少なくとも二つの異なるタイプのプローブであって、コード化によって別々に同定可能なプローブが、それぞれの尋問サイトを異にし、両タイプのプローブがアンプリコンストランドにアニーリング可能であり、一方のタイプのプローブが一の既知の対立遺伝子に対する尋問サイト相補性を有し、他方のタイプのプローブが他の既知の対立遺伝子の尋問サイト相補性を有していることを特徴とする方法。
【請求項１６】
一又はそれ以上の核酸を、一又はそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の指定サイトの各々において同定する方法において、当該方法が：
ａ）一のセットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対のセットを提供するステップと；
ｂ）対応ターゲット中の指定多型サイトに対応する指定多型サイトを含む相補アンプリコンストランドの対を形成可能な条件下で、前記オリゴヌクレオチドプライマのセットを前記ターゲットに接触させるステップと、
ｃ）様々なタイプのコード化プローブが様々なヌクレオチドシーケンスを有し、様々なタイプのコード化プローブが様々にコード化されており、様々なアンプリコンストランドあるいは様々なアンプリコンストランドのサブシーケンスに、全体的にあるいは実質的な部分において相補である、コード化プローブセットを選択するステップと；
ｄ）少なくとも一のタイプのコード化プローブと、相補アンプリコンストランドを前記セットの残りのプローブから分離するステップと；
ｅ）プローブ伸長生成物の形成と、それに続くコード化プローブのアンプリコンへのアニーリングが可能な条件下で前記相補アンプリコンストランドに、コード化したプローブセットを接触させ、プローブ内の尋問サイトが前記アンプリコンの指定多型サイトに整列するようにプローブがアンプリコンにアニーリング可能であるステップと；
ｆ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項１７】
一又はそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の所定の多型サイトにおけるヌクレオチドを決定する方法において、当該方法が：
ａ）一のセットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対のセットを提供するステップと；
ｂ）相補アンプリコンストランドの対の形成を行いうる条件下で前記オリゴヌクレオチドプライマのセットを前記ターゲットに接触させるステップと；
ｃ）コード化プローブセットを選択するステップであって、様々なタイプのコード化プローブが様々なヌクレオチドシーケンスを有し、様々なタイプのコード化プローブが様々にコード化されており、様々なアンプリコンストランドあるいは様々なアンプリコンストランドのサブシーケンスに全体にあるいは実質的な部分において相補であり、アンプリコンにアニールするときに、その尋問サイトが前記アンプリコン中の所望の多型サイトに整列するようにプローブが設計されている、ステップと；
ｄ）コード化プローブセットのサブセットを選択するステップであって、当該サブセット中のプローブの尋問サイトが、前記プローブが、指定多型サイトにおけるあるヌクレオチド（すなわち、Ａ、Ｃ、ＧあるいはＴの一つである塩基）を有するアンプリコンストランドにアニールする際に伸長生成物に変形しないように選択されるステップと；
ｅ）コード化したプローブのアンプリコンへのアニーリングと、プローブ伸長生成物の形成が可能な条件下において、コード化したプローブセットのサブセットを前記アンプリコンに接触させるステップであって、プローブが、プローブ内の尋問サイトが前記アプリコン中の指定多型サイトに整列するようにアンプリコンにアニーリングできるステップと；
ｆ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
ｇ）伸長プローブのアイデンティティを復号するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項１８】
請求項１７に記載の方法において、コード化プローブセット中の少なくとも一のプローブが、その尋問サイトが前記あるヌクレオチドの一つと整列するときに伸長されることを特徴とする方法。
【請求項１９】
一又はそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の所定の多型サイトにおけるヌクレオチドを決定する方法において、当該方法が：
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対セットを提供するステップと；
ｂ）対応ターゲット中の指定多型サイトに対応する指定多型サイトを含む相補アンプリコンストランドの対のフォーメーションが可能な条件下で、前記オリゴヌクレオチドプライマセットを前記ターゲットに接触させるステップと、
ｃ）コード化したプローブセットを選択するステップであって、様々なタイプのコード化したプローブが様々なヌクレオチドシーケンスを有し、さまざまなタイプのコード化したプローブが様々にコード化されており、様々なアンプリコンストランドあるいは様々なアンプリコンストランドのサブシーケンスに全体にあるいは実質的な部分において相補であり、少なくとも一のタイプのプローブが、アンプリコンストランド中の非指定多型サイトまたは非選択多型サイトに整列する前記タイプ中のヌクレオチドが末端伸長開始領域の全く外側にあるように、選択するステップと；
ｄ）コード化プローブをアプリコンにアニーリングさせ、プローブ伸長生成物の形成が可能な条件下で、コード化プローブセットを前記アンプリコンに接触させるステップであって、プローブ中の尋問サイトが、前記アンプリコン中の対応する指定多型サイトに整列するようにプローブがアンプリコンにアニーリングすることができるステップと；
ｅ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
ｆ）伸長プローブのアイデンティティを復号するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項２０】
一又はそれ以上のターゲット中の２またはそれ以上の所定の多型サイトにおけるヌクレオチドを決定する方法において、
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対セットを提供するステップと；
ｂ）対応ターゲット中の指定多型サイトに対応する指定多型サイトを含む相補アンプリコンストランド対の形成が可能な条件下で、前記オリゴヌクレオチドプライマのセットを前記ターゲットに接触させるステップと、
ｃ）コード化したプローブセットを選択するステップであって、様々なタイプのコード化プローブが様々なヌクレオチドシーケンスを有し、さまざまなタイプのコード化プローブが様々にコード化されており、様々なアンプリコンストランドあるいは様々なアンプリコンストランドのサブシーケンスに全体にあるいは実質的な部分において相補であり、各尋問サイトに様々なヌクレオチドを有する少なくとも２またはそれ以上のタイプのプローブがあり、各プローブのタイプについて、尋問サイトに同じヌクレオチドを有する更なる様々なタイプのプローブが前記セット中に含まれており、前記更なる様々なタイプのプローブが特定のアンプリコンストランド中の非指定多型サイト又は非選択指定多型サイトと整列する各ヌクレオチドにおいて異なっており、前記非指定多型サイト又は非選択指定多型サイトが、指定多型サイトの予め定められた近位内にあり、前記位置におけるヌクレオチドが、前記非指定多型サイトまたは前記非選択指定多型サイトに相補であるように選択されているステップと；
ｄ）コード化プローブをアプリコンにアニーリングさせ、プローブ伸長生成物の形成が可能な条件下で、コード化プローブセットを前記アンプリコンに接触させ、プローブ中の尋問サイトが、アンプリコン中の対応する指定多型サイトに整列するようにプローブが前記アンプリコンにアニーリングすることができるステップと；
ｅ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
ｆ）伸長プローブのアイデンティティを復号するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項２１】
請求項２０に記載の方法において、４つのタイプの異なるプローブがあり、各々が指定多型サイトの前記予め決められた近位内の非指定多型サイトまたは非選択指定多型サイトに整列する異なるヌクレオチドを伴うことを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項２０に記載の方法において、一又はそれ以上の選択されたコード化プローブセットが、指定多型サイトの前記予め決定された近位の外側の非指定多型サイトまたは非選択指定多型サイトに整列する位置において同じヌクレオチドを有することを特徴とする方法。
【請求項２３】
一又はそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の指定サイトの各々における一又はそれ以上のヌクレオチドを同定する方法において、当該方法が；
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対セットを提供するステップと；
ｂ）対応ターゲット中の指定多型サイトに対応する指定多型サイトを含む相補アンプリコンストランド対の形成が可能な条件下で、前記オリゴヌクレオチドプライマのセットを前記ターゲットに接触させるステップと、
ｃ）タイプの異なるコード化プローブがタイプの異なるヌクレオチドシーケンスを有し、タイプの異なるプローブが全体にあるいは実質的な部分において異なるアンプリコンストランドまたは異なるアンプリコンストランドのサブシーケンスに相補であるコード化プローブセットを選択するステップと；
ｄ）コード化がどのタイプのプローブがどのタイプのコード化キャリアに関連しているかを表示するように前記プローブセットをコード化キャリアセットに、関連させ、一又はそれ以上のプローブタイプが一のタイプのコード化キャリアに関連しているステップと：
ｅ）プローブ伸長生成物の形成と、それに続くコード化プローブのアンプリコンへのアニーリングを可能とする条件下でコード化プローブセットを前記アンプリコンに接触させるステップであって、プローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン中の指定多型サイトと整列するようにプローブがアンプリコンにアニーリング可能であるステップと；
ｆ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項２４】
請求項２３に記載の方法において、タイプの異なるプローブが、前記プローブが同じ尋問サイトを有するが、非指定多型サイトまたは非選択多型サイトに整列する一又はそれ以上のヌクレオチドにおいて異なる、一のタイプのコード化キャリアに関連するように選択されていることを特徴とするステップ。
【請求項２５】
一又はそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の指定サイトの各々における一又はそれ以上のヌクレオチドを同定する方法において、当該方法が；
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対セットを提供するステップと；
ｂ）対応ターゲット中の指定多型サイトに対応する指定多型サイトを含む相補アンプリコンストランド対の形成が可能な条件下で、前記オリゴヌクレオチドプライマのセットを前記ターゲットに接触させるステップと、
ｃ）プローブセットを選択するステップであって、タイプの異なるコード化プローブがタイプの異なるヌクレオチドシーケンスを有し、タイプの異なるプローブが別々にコード化されており、全体にあるいは実質的な部分において異なるアンプリコンストランドまたは異なるアンプリコンストランドのサブシーケンスに相補であり、当該セットが、前記プローブ対において末端伸長開始領域の一部に整列する相補アンプリコン領域における一又はそれ以上のヌクレオチドの欠如を検出するように設計された様々なコード化されたプローブタイプ対を含み、前記対の一方の員がターゲットアンプリコン中に存在しないと予測される前記一又はそれ以上のヌクレオチドに相補であるヌクレオチドを含んでおらず、前記対の他方の員が、存在しないと予測される前記ヌクレオチドを少なくとも一つ含んでいる、プローブセットを選択するステップと；
ｄ）プローブ伸長生成物の形成と、それに続くコード化プローブのアンプリコンへのアニーリングを可能とする条件下でコード化プローブセットを前記アンプリコンに接触させ、プローブが、プローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン中の指定多型サイトと整列するようにアンプリコンにアニーリング可能であるステップと；
ｅ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法において、前記ターゲットアンプリコン中に存在しないと予測される一又はそれ以上のヌクレオチドが、ＴＴであり、それに対する前記ターゲットアンプリコン３’のシーケンスがＴＴＴＴＴであることを特徴とする方法。
【請求項２７】
請求項２５に記載の方法において、プローブの末端伸長開始領域に整列するターゲットアンプリコン領域が、サブシーケンスＧＣを含んでおり、前記ターゲットアンプリコン中に存在しないと予測される一又はそれ以上のヌクレオチドが、前記ＧＣサブシーケンスに対して３’に位置しているマルチヌクレオチドサブシーケンスであることを特徴とする方法。
【請求項２８】
一又はそれ以上のターゲット中の二またはそれ以上の指定サイトの各々における一又はそれ以上のヌクレオチドの同定方法において、当該方法が；
ａ）一のセットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対セットを提供するステップと；
ｂ）対応ターゲット中の指定多型サイトに対応する指定多型サイトを含む相補アンプリコンストランド対の形成が可能な条件下で、前記オリゴヌクレオチドプライマのセットを前記ターゲットに接触させるステップと、
ｃ）プローブセットを選択するステップであって、タイプの異なるコード化プローブがタイプの異なるヌクレオチドシーケンスを有し、タイプの異なるプローブが別々にコード化されており、全体にあるいは実質的な部分において異なるアンプリコンストランドまたは異なるアンプリコンストランドのサブシーケンスに相補であり、当該セットが、前記プローブ対において末端伸長開始領域の一部に整列する相補アンプリコンの領域における一又はそれ以上のヌクレオチドの存在を検出するように設計された様々にコード化されたプローブタイプ対を含み、前記対の一方の員がターゲットアンプリコン中に存在すると予測される前記一又はそれ以上のヌクレオチドに相補であるヌクレオチドを含んでおらず、前記対の他方の員が、存在すると予測される前記ヌクレオチドを少なくとも一つ含んでいる、プローブセットを選択するステップと；
ｄ）プローブ伸長生成物の形成と、それに続くコード化プローブのアンプリコンへのアニーリングを可能とする条件下でコード化プローブセットを前記アンプリコンに接触させ、プローブが、プローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン中の指定多型サイトと整列するようにアンプリコンにアニーリング可能であるステップと；
ｅ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項２９】
請求項２５または２８に記載の方法において、前記プローブ対の各員が、３’末端サイトでない尋問サイトを含んであり、その尋問サイトの３’に位置する一又はそれ以上のヌクレオチドのサブシーケンスが、アンプリコンの保存シーケンスに相補であることを特徴とする方法。
【請求項３０】
請求項２８に記載の方法において、前記ターゲットアンプリコン中に存在すると予測される一又はそれ以上のヌクレオチドが、ＴＴであり、それに対する前記ターゲットアンプリコン３’のシーケンスがＴＴＴＴＴであることを特徴とする方法。
【請求項３１】
請求項２８に記載の方法において、プローブの末端伸長開始領域に整列するターゲットアンプリコンの領域が、サブシーケンスＧＣを含んでおり、前記ターゲットアンプリコン中に存在すると予測される一又はそれ以上のヌクレオチドが、前記ＧＣサブシーケンスに対して３’に位置しているマルチヌクレオチドサブシーケンスであることを特徴とする方法。
【請求項３２】
一又はそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の指定サイトの各々における一又はそれ以上のヌクレオチドを同定する方法において、当該方法は；
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対セットを提供するステップと；
ｂ）対応ターゲット中の指定多型サイトに対応する指定多型サイトを含む相補アンプリコンストランド対の形成が可能な条件下で、前記オリゴヌクレオチドプライマのセットを前記ターゲットに接触させるステップと、
ｃ）タイプの異なるコード化プローブがタイプの異なるヌクレオチドシーケンスを有し、タイプの異なるプローブが様々にコード化されており、部分的に、異なるアンプリコンストランドまたは異なるアンプリコンストランドのサブシーケンスに相補であり、少なくとも一のタイプの前記プローブが尋問サイトと、アンプリコンにアニーリング可能に設計されたアニーリングサブシーケンスとを有し、前記プローブアニーリングサブシーケンスと、末端伸長開始領域を含むプローブサブシーケンスとが全体的又は部分的にアンプリコンの非近接サブシーケンスに相補であり、プローブアニーリングサブシーケンスと前記プローブサブシーケンスが、前記アンプリコンの整列した部分に相補でないリンカーサブシーケンスによって分離されているステップと；
ｄ）プローブ伸長生成物のフォーメーションと、それに続くコード化プローブのアンプリコンへのアニーリングを可能とする条件下でコード化プローブセットを前記アンプリコンに接触させるステップであって、プローブが、プローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン中の指定多型サイトと整列するようにアンプリコンにアニーリング可能であるステップと；
ｅ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項３３】
請求項３２に記載の方法において、前記リンカーサブシーケンスの少なくとも一部が、前記プローブアニーリングサブシーケンスの一部に相補であることを特徴とする方法。
【請求項３４】
請求項３２に記載の方法において、前記リンカーサブシーケンスの部分が、前記プローブアニーリングサブシーケンスの部分にアニーリングするべくアンプリコンストランドと競合することを特徴とする方法。
【請求項３５】
請求項３２に記載の方法において、前記プローブの末端伸長開始領域がサブシーケンスＧＣまたはＣＧを含むことを特徴とする方法。
【請求項３６】
一またはそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の予め決められた多型サイトにおけるヌクレオチドを決定する方法において、
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対セットを提供するステップと；
ｂ）対応ターゲット中の指定多型サイトに対応する指定多型サイトを含む相補アンプリコンストランド対の形成が可能な条件下で、前記オリゴヌクレオチドプライマセットを前記ターゲットに接触させるステップと、
ｃ）タイプの異なるコード化プローブがタイプの異なるヌクレオチドシーケンスを有し、タイプの異なるプローブが別々にコード化されており、別々のアンプリコンストランドまたは別々のアンプリコンストランドのサブシーケンスに部分的に相補である、プローブセットの選択ステップと；
ｄ）コード化プローブをアンプリコンにアニーリングするのに好ましい第１の温度と条件にて、前記プローブセットを前記アンプリコンに接触させ、次いで、プローブ伸長生成物の形成に好ましい第２の温度と条件を提供し、プローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン中の指定多型サイトに直接整列するように、プローブがアンプリコンにアニーリング可能であり、これによってプローブ伸長生成物が形成されるステップと；
ｅ）一又はそれ以上のプローブ伸長生成物を検出するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項３７】
請求項３６に記載の方法において、前記第２の温度が第１の温度より高いことを特徴とする方法。
【請求項３８】
請求項３７に記載の方法において、前記第１の温度が約５５℃であり、前記第２の温度が約７２℃であることを特徴とする方法。
【請求項３９】
請求項３６に記載の方法が、更に、伸長生成物の形成に続いて、アンプリコンが伸長生成物から分離する第３の温度を提供し、アニーリング、伸長、および分離のシーケンスに好ましい温度サイクルを繰り返すことを特徴とする方法。
【請求項４０】
請求項３６に記載の方法において、伸長生成物が各温度サイクルの前後に検出されることを特徴とする方法。
【請求項４１】
請求項３６に記載の方法において、伸長生成物の形成が所定の時間以上継続的にモニタされることを特徴とする方法。
【請求項４２】
一またはそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の予め決められた多型サイトにおけるヌクレオチドを決定する方法において、
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能な対セットを提供するステップと；
ｂ）相補アンプリコンストランド対を形成する条件下で前記ターゲットに前記オリゴヌクレオチドプライマセットを接触させるステップと、
ｃ）タイプの異なるコード化プローブがタイプの異なるヌクレオチドシーケンスを有し、様々にコード化されたプローブが、全体的または実質的な部分において、様々なアンプリコンストランドと相補であるコード化プローブを選択するステップと；
ｄ）コード化プローブをアンプリコンにアニーリングした後に、光学的ラベルを付したプローブ延長生成物の形成が可能である条件下でコード化プローブを前記アンプリコンに接触させるステップであり、プローブが、プローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン中の指定多型サイトと整列するようにアンプリコンをアニーリングすることが可能である、ステップと；
ｅ）以下のステップｆ）に合わせて２又はそれ以上の異なるポイントでの伸長生成物の形成に関連する光学サインをモニタすることによって、プローブ伸長生成物を検出するステップと；
ｆ）形成されたプローブ伸長生成物のアイデンティティをデコードするステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項４３】
請求項４２に記載の方法において、より多くのプローブ伸長生成物が形成されるにしたがって、前記光学サインに対応する信号が、増加することを特徴とする方法。
【請求項４４】
請求項４２に記載の方法において、前記増加が時間を超えて生じることを特徴とする方法。
【請求項４５】
請求項４２乃至４４のいずれかに記載の方法において、前記光学的サインに対応する信号を記録することを特徴とする方法。
【請求項４６】
請求項４２乃至４４のいずれかに記載の方法において、前記光学的サインが、伸長生成物に関連する蛍光ラベルによって発光した蛍光であることを特徴とする方法。
【請求項４７】
請求項４２に記載の方法において、前記光学的サインを連続的にモニタすることを特徴とする方法。
【請求項４８】
請求項４２に記載の方法が、更に、特定の対立遺伝子に対して予測されるプローブ伸長生成物の組み合わせを決定し、検出されたプローブと伸長生成物の組み合わせとそれを比較することによって、対立遺伝子を振り分けるステップを含むことを特徴とする方法。
【請求項４９】
請求項４２に記載の方法において、コード化プローブのセットが、コード化によってそれぞれ同定可能であり、各尋問サイトにおいて異なるタイプの異なる少なくとも２つのプローブを含み、両タイプのプローブがアンプリコンストランドにアニーリング可能であり、一方のタイプのプローブが一の既知の対立遺伝子に相補の尋問サイトを有し、他方のタイプのプローブが他の既知の対立遺伝子に相補の尋問サイトを有することを特徴とする方法。
【請求項５０】
請求項４４に記載の方法において、前記プローブがヘテロ接合体の同定が可能なように選択されていることを特徴とする方法。
【請求項５１】
一またはそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の予め決められた多型サイトにおけるヌクレオチドを決定することによる対立遺伝子の配列方法において、
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対セットを提供するステップと；
ｂ）相補アンプリコンストランド対を形成する条件下で前記ターゲットに前記オリゴヌクレオチドプライマセットを接触させるステップと、
ｃ）タイプの異なるコード化プローブがタイプの異なるヌクレオチドシーケンスを有し、様々にコード化されたプローブが、全体的または実質的な部分において、様々なアンプリコンストランドと相補であるコード化プローブを選択するステップと；
ｄ）コード化プローブをアンプリコンにアニーリングした後に、プローブ延長生成物の形成が可能な条件下で、コード化プローブを前記アンプリコンに接触させるステップであって、プローブがプローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン中の指定多型サイトと整列するようにアンプリコンをアニーリングすることが可能である、ステップと；
ｅ）プローブ伸長生成物に関連する光学サインをモニタすることによってプローブ伸長生成物を検出するステップと：
ｆ）伸長されなかったプローブのアイデンティティと、プローブ伸長生成物のアイデンティティをデコードするステップと；
ｇ）特定の対立遺伝子に対するプローブ伸長生成物の組み合わせ（及び非伸長プローブ）を決定し、それを実際に同定されている検出したプローブ伸長生成物（及び非伸長プローブ）と比較することによって、対立遺伝子を振り分けるステップと、
を具えることを特徴とする方法。
【請求項５２】
請求項５１に記載の方法において、前記プローブがヘテロ接合の同定を行うように選択されていることを特徴とする方法。
【請求項５３】
一またはそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の指定サイトにおけるヌクレオチドを同定する方法において、
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対セットを提供するステップと；
ｂ）相補アンプリコンストランド対を形成する条件下で前記ターゲットに前記オリゴヌクレオチドプライマセットを接触させるステップと、
ｃ）タイプの異なるコード化プローブがタイプの異なるヌクレオチドシーケンスを有し、様々にコード化されたプローブが、全体的または実質的な部分において、様々なアンプリコンストランドと相補である、コード化プローブセットを選択するステップと；
ｄ）コード化プローブをアンプリコンにアニーリング後に、プローブ延長生成物の形成が可能な条件下でコード化プローブを前記アンプリコンに接触させ、プローブがプローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン中の指定多型サイトと整列するようにアンプリコンをアニーリングすることが可能であり、前記尋問サイトが末端伸長開始領域にあるが、３’末端位置にはない、ステップと；
ｅ）プローブ伸長生成物を検出するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項５４】
請求項５３に記載の方法において、前記プローブの末端伸長開始領域がサブシーケンスＧＣまたはＣＧを含むことを特徴とする方法。
【請求項５５】
請求項５３に記載の方法において、前記プローブセットが、末端伸長開始領域に相補である領域中にサブシーケンスが存在しないアンプリコンとアニーリング可能であるか、あるいは、末端伸長開始領域に相補である領域のサブシーケンスが存在するアンプリコンにアニーリング可能なサブセットを具えることを特徴とする方法。
【請求項５６】
請求項５３に記載の方法において、前記プローブセットが、多型サイトに予想されるヌクレオチドに相補であるプローブの変性サブセットを含む事を特徴とする方法。
【請求項５７】
請求項５６に記載の方法において、前記プローブの変性サブセットが、シングルヌクレオチド尋問サイトに４つの異なるヌクレオチドのうちの一つを有することを特徴とする方法。
【請求項５８】
請求項１、２、１６、１７、１９、２０、２３、２５、２８、３２、３６、４２、５１および５３のいずれかに記載の方法において、尋問サイトがプローブの３’末端にあることを特徴とする方法。
【請求項５９】
請求項１、２、１６、１７、１９、２０、２３、２５、２８、３２、３６、４２、５１および５３のいずれかに記載の方法において、異なるプローブタイプが、コード化キャリアに関連することを特徴とする方法。
【請求項６０】
請求項１、２、１６、１７、１９、２０、２３、２５、２８、３２、３６、４２、５１および５３のいずれかに記載の方法において、プローブセットが、４つのタイプの異なるプローブのサブセットを含み、各々が指定多型サイトに整列する異なるヌクレオチドを伴うことを特徴とする方法。
【請求項６１】
請求項１６、１７、１９、２０、２３、２５、２８、３２、３６、４２、５１および５３のいずれかに記載の方法において、一又はそれ以上のシングルストランドターゲットが、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、またはＤＮＡを含むダブルストランドポリヌクレオチドであることを特徴とする方法。
【請求項６２】
請求項１、２、１６、１７、１９、２０、２３、２５、２８、３２、３６、４２、５１および５３のいずれかに記載の方法において、プローブのコード化が、異なるシーケンスを伴うプローブを、ビーズを含み、異なる光学サインを有するキャリアに関連させることによってなされることを特徴とする方法。
【請求項６３】
請求項５８に記載の方法において、前記コード化がカラーを伴うことを特徴とする方法。
【請求項６４】
請求項１、２、１６、１７、１９、２０、２３、２５、２８、３２、３６、４２、５１および５３のいずれかに記載の方法において、プローブの伸長が、プローブセットの伸長用に、一又はそれ以上のタイプのデオキシリボ核酸トリホスフェート、又は、ジデオキシリボ核酸トリホスフェートを加えるステップを具えることを特徴とする方法。
【請求項６５】
請求項１、２、１６、１７、１９、２０、２３、２５、２８、３２、３６、４２、５１および５３のいずれかに記載の方法において、一のタイプのデオキシリボ核酸トリホスフェート、又は、ジデオキシリボ核酸トリホスフェートが、プローブセットの伸長に含まれている事を特徴とする方法。
【請求項６６】
請求項６４に記載の方法において、少なくとも一のタイプの
デオキシリボ核酸トリホスフェート、又は、ジデオキシリボ核酸トリホスフェートの断片がラベル化されており、プローブ中に含有させた後伸長生成物に関連する光学的に検出可能なサインを生成することを特徴とする方法。
【請求項６７】
請求項６６に記載の方法において、全タイプのデオキシリボ核酸トリホスフェート、又は、ジデオキシリボ核酸トリホスフェートがラベル化されており、プローブ中に含有させた後伸長生成物に関連する光学的に検出可能なサインを生成することを特徴とする方法。
【請求項６８】
請求項６４に記載の方法において、プローブの伸長を行うためにポリメラーゼが含まれていることを特徴とする方法。
【請求項６９】
請求項６８に記載の方法において、前記ポリメラーゼが３’-＞５’エクソヌクレーゼ活性を欠いていることを特徴とする方法。
【請求項７０】
請求項１６、１７、１９、２０、２３、２５、２８、３２、３６、４２、５１および５３のいずれかに記載の方法において、各アンプリコン対の相補ストランドの一つが、酵素でダイジェストすることによって選択的に除去されることを特徴とする方法。
【請求項７１】
請求項７０に記載の方法において、その中に含まれるプライマをホスホレート化することによって、アンプリコンがダイジェスト用に予め選択することを特徴とする方法。
【請求項７２】
請求項１、２、１６、１７、１９、２０、２３、２５、２８、３２、３６、４２、５１および５３のいずれかに記載の方法において、プローブの３’末端における３塩基セグメントが、好ましくは、相補アンプリコンストランドの指定多型に相補であることを特徴とする方法。
【請求項７３】
一またはそれ以上のターゲット中の２又はそれ以上の指定サイトにおける一又はそれ以上のヌクレオチドを同定する方法において、
ａ）一セットのオリゴヌクレオチドプライマ対であって、各対が相補ポリヌクレオチドストランドとアニーリングして、指定多型サイトを含む対応ターゲットの領域の輪郭を描くことが可能である対セットを提供するステップと；
ｂ）対応ターゲット中の指定多型サイトに対応する指定多型サイトを含む相補アンプリコンストランド対を形成する条件下で前記ターゲットに前記オリゴヌクレオチドプライマセットを接触させるステップと、
ｃ）タイプの異なるコード化プローブがタイプの異なるヌクレオチドシーケンスを有し、タイプの異なるプローブが様々にコード化されており、全体または実質的な部分において、様々なアンプリコンストランドまたは様々なアンプリコンストランドのサブシーケンスと相補である、プローブセットを選択するステップと；
ｄ）コード化プローブをアンプリコンにアニーリングした後に、プローブ延長生成物の形成が可能である条件下でコード化プローブを前記アンプリコンに接触させ、プローブがプローブ内の尋問サイトが前記アンプリコン中の指定多型サイトと整列するようにアンプリコンをアニーリングすることが可能であるステップと；
ｅ）検出プローブをプローブ伸長生成物にアニーリングすることのできる条件下で、プローブ伸長生成物の少なくとも一のサブシーケンスに相補であるラベル化したオリゴヌクレオチドである、検出プローブに、少なくとも一の伸長生成物を接触させるステップと；
ｆ）プ検出プローブのローブ伸長生成物へのアニーリングを検出してプローブ伸長生成物を復号するステップと；
を具えることを特徴とする方法。
【請求項７４】
請求項７３に記載の方法において、前記ラベルが光学的サインを発生することを特徴とする方法。
【請求項７５】
請求項７３に記載の方法において、伸長生成物の異なるサブシーケンスに向けられた２又はそれ以上の検出プローブが、伸長生成物ごとに異なる光学サインを生成することを特徴とする方法。
【請求項７６】
請求項７３に記載の方法において、前記検出プローブが蛍光ラベル化されていることを特徴とする方法。
【請求項７７】
請求項７３に記載の方法において、少なくとも二つの異なる検出プローブが、同じ伸長生成物にアニールして、これによって、同じアンプリコンストランド上の少なくとも２又はそれ以上の変形の存在あるいは非存在を確認するように設計されていることを特徴とする方法。
【請求項７８】
請求項７３に記載の方法において、検出プローブが、２又はそれ以上の異なる伸長生成物とアニールするように設計されていることを特徴とする方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】全図
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１ａ】
2005506075.tif 000001
【図１ｂ】
2005506075.tif 000002
【図２】
2005506075.tif 000003
【図３】
2005506075.tif 000004
【図４】
2005506075.tif 000005
【図５】
2005506075.tif 000006
【図６】
2005506075.tif 000007
【図７】
2005506075.tif 000008
【図８】
2005506075.tif 000009
【図９】
2005506075.tif 000010
【図１０】
2005506075.tif 000011
【図１１】
2005506075.tif 000012
【図１２】
2005506075.tif 000013
【図１３】
2005506075.tif 000014
【図１４】
2005506075.tif 000015
【図１５】
2005506075.tif 000016
【図１６】
2005506075.tif 000017
【図１７】
2005506075.tif 000018
【図１８】
2005506075.tif 000019
【図１９】
2005506075.tif 000020
【図２０】
2005506075.tif 000021
【図２１】
2005506075.tif 000022
【図２２】
2005506075.tif 000023
【図２３】
2005506075.tif 000024
【図２４】
2005506075.tif 000025