【手続補正書】
【提出日】平成15年10月23日(2003.10.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の式：
【化１】
2002540280.tif 000001
を有する化合物であって、ここで：
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６およびＲ１８は、水素、フッ素、塩素、メチル、エチル、低級アルキル、低級アルケン、低級アルキン、シクロアルキル、フェニル、アリール、スルホネート、スルホン、アミノ、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、連結基、およびそれらの組み合わせから各々が互いに独立して選択されるか、または、Ｒ７およびＲ８ならびに／もしくはＲ１３およびＲ１４は一緒になって、酸素、硫黄、イミニウムおよびアルキルイミニウムより選択され；
Ｒ１１およびＲ１７は、水素、低級アルキル、アルキルスルホネート、アルキルカルボキシレート、低級アルケン、低級アルキン、シクロアルキル、フェニル、アリール、連結基、およびそれらの組み合わせから各々が互いに独立して選択され；そして
Ｘ１、Ｘ２およびＸ３は、水素、塩素、フッ素、低級アルキル、アミン、アミド、カルボキシレート、スルホネート、ヒドロキシメチル、および連結基から各々が互いに独立して選択される、化合物。
【請求項２】
Ｘ１がカルボキシレートまたはスルホネートである、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
Ｘ２またはＸ３の１つが連結基である、請求項１に記載の化合物。
【請求項４】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１８が各々水素である、請求項１に記載の化合物。
【請求項５】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１３、およびＲ１４が各々メチルである、請求項１に記載の化合物。
【請求項６】
Ｒ７およびＲ８、ならびにＲ１３およびＲ１４が一緒になって、酸素、硫黄、イミニウムおよびアルキルイミニウムから選択される、請求項１に記載の化合物。
【請求項７】
Ｒ１１およびＲ１７が各々メチルまたはフェニルである、請求項１に記載の化合物。
【請求項８】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０、Ｒ１３、Ｒ１４およびＲ１７は各々水素またはメチルである、請求項１に記載の化合物。
【請求項９】
Ｒ９およびＲ１５が各々水素である、請求項１に記載の化合物。
【請求項１０】
Ｒ１２およびＲ１８が各々水素である、請求項１に記載の化合物。
【請求項１１】
以下の式：
【化２】
2002540280.tif 000002
を有する化合物であって、ここで：
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１およびＲ１２は、請求項１に記載される通りである、化合物。
【請求項１２】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９およびＲ１２が水素である、請求項１１に記載の化合物。
【請求項１３】
Ｒ７およびＲ８が各々メチルである、請求項１１に記載の化合物。
【請求項１４】
Ｒ１１がメチルまたはフェニルである、請求項１１に記載の化合物。
【請求項１５】
式Ｒ−Ｌ−Ｄを有する標識化試薬であって、ここで：
Ｒは、タンパク質、ポリペプチド、ポリサッカライド、ヌクレオシド／ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、脂質および固体支持体から選択される試薬であり；
Ｄは、以下の式：
【化３】
2002540280.tif 000003
を有する４，７−ジクロロローダミンであり、ここで：
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６およびＲ１８は、水素、フッ素、塩素、メチル、エチル、低級アルキル、低級アルケン、低級アルキン、シクロアルキル、フェニル、アリール、スルホネート、スルホン、アミノ、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、およびそれらの組み合わせから各々が互いに独立して選択されるか、またはＲ７およびＲ８ならびに／もしくはＲ１３およびＲ１４は一緒になって、酸素、硫黄、イミニウムおよびアルキルイミニウムから選択され；
Ｒ１１およびＲ１７は各々が互いに独立であり、水素、低級アルキル、アルキルスルホネート、アルキルカルボキシレート、低級アルケン、低級アルキン、シクロアルキル、フェニル、アリール、およびそれらの組み合わせから選択され；そして
Ｘ１、Ｘ２およびＸ３は各々が互いに独立であり、水素、塩素、フッ素、低級アルキル、アミン、アミド、カルボキシレート、スルホネートおよびヒドロキシメチルから選択され；そして
Ｌは、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｘ１、Ｘ２またはＸ３の位置のうちの１位置でＲをＤと連結する連結基である、標識化試薬。
【請求項１６】
Ｒがヌクレオシド／ヌクレオチドである、請求項１５に記載の標識化試薬。
【請求項１７】
以下の式：
【化４】
2002540280.tif 000004
を有する請求項１６に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチドであって、ここで：
Ｂは、Ｎ９位置を介して糖部分に結合されたプリンもしくは７−デアザプリンのヌクレオシド／ヌクレオチド塩基、またはＮ１位置を介して糖部分に結合されたピリミジンのヌクレオシド／ヌクレオチド塩基であり；
Ｗ１およびＷ２は、−Ｈおよび−ＯＨから各々が互いに独立して選択され；
Ｗ３は、−ＯＨ、−ＯＰＯ３、−ＯＰ２Ｏ６、−ＯＰ３Ｏ９、およびそれらのアナログから選択され；そして
Ｌは、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｘ１、Ｘ２またはＸ３の位置のうちの１位置でＢをＤと連結し、その結果、Ｂがプリンのヌクレオシド／ヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの８位でＤをＢと連結し、Ｂが７−デアザプリンのヌクレオシド／ヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの７位でＤをＢと連結し、そしてＢがピリミジンのヌクレオシド／ヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの５位でＤをＢと連結する、標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項１８】
Ｂがウラシル、シトシン、７−デアザアデニン、および７−デアザグアニンから選択される、請求項１７に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項１９】
前記結合部Ｌが、アセチレン型アミド結合またはアルケン型アミド結合である、請求項１７に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項２０】
前記結合部Ｌが、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）５−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−（ＣＨ２）５−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、および−Ｃ≡Ｃ−Ｐｈ−ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−から選択され、ここで、Ｐｈがパラフェニレン基である、請求項１９に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項２１】
Ｗ１およびＷ２が各々Ｈであり、そしてＷ３が−ＯＰ３Ｏ９である、請求項１７に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項２２】
Ｗ１がＨであり；Ｗ２が−ＯＨであり、そしてＷ３が−ＯＰ３Ｏ９である、請求項１７に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項２３】
ＤがＸ２またはＸ３の位置でＢと連結される、請求項１７に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項２４】
Ｘ１がカルボキシレートまたはスルホネートである、請求項１７〜２３のいずれか１項に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項２５】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１８が各々水素である、請求項１７〜２３のいずれか１項に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項２６】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１３およびＲ１４が各々メチルである、請求項１７〜２３のいずれか１項に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項２７】
Ｒ７およびＲ８、ならびにＲ１３およびＲ１４が一緒になって、酸素、硫黄、イミニウムおよびアルキルイミニウムより選択される、請求項１７〜２３のいずれか１項に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項２８】
Ｒ１１およびＲ１７が各々メチルまたはフェニルである、請求項１７〜２３のいずれか１項に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項２９】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０、Ｒ１３、Ｒ１４およびＲ１７が各々水素またはメチルである、請求項１７〜２３のいずれか１項に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項３０】
Ｒ９およびＲ１５が各々水素である、請求項１７〜２３のいずれか１項に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項３１】
Ｒ１２およびＲ１８が各々水素である、請求項１７〜２３のいずれか１項に記載の標識化ヌクレオシド／ヌクレオチド。
【請求項３２】
Ｒがポリヌクレオチドである、請求項１５に記載の標識化試薬。
【請求項３３】
Ｄ−Ｌ−がポリヌクレオチドの５’末端に連結される、請求項３２に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項３４】
Ｄ−Ｌ−がポリヌクレオチドの３’末端に連結される、請求項３２に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項３５】
Ｄ−Ｌ−がポリヌクレオチドのヌクレオチド塩基に連結される、請求項３２に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項３６】
前記ヌクレオチド塩基が内部ヌクレオチド塩基である、請求項３２に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項３７】
前記ヌクレオチド塩基が５’末端ヌクレオチド塩基である、請求項３２に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項３８】
前記ヌクレオチド塩基が３’末端ヌクレオチド塩基である、請求項３２に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項３９】
以下の式：
【化５】
2002540280.tif 000005
を含む、請求項３２に記載の標識化ポリヌクレオチドであって、ここで：
Ｂは、Ｎ９位置を介して糖部分に結合されるプリンもしくは７−デアザプリンのヌクレオシド／ヌクレオチド塩基、またはＮ１位置を介して糖部分に結合されるピリミジンのヌクレオシド／ヌクレオチド塩基であり；
Ｚ１は、Ｈおよび−ＯＨから選択され；
Ｚ２は、Ｈ、−ＯＨ、−ＯＰＯ３および５’−Ｎｕｃから選択され、ここで、５’−Ｎｕｃは、ホスホジエステル結合によって５’炭素を介して図の３’炭素に連結される、ヌクレオシド、ヌクレオチドもしくはポリヌクレオチド、またはそのアナログであり；
Ｚ３は、−ＯＨ、−ＯＰＯ３および３’−Ｎｕｃから選択され、ここで、３’−Ｎｕｃは、ホスホジエステル結合によって、３’炭素を介して図の５’炭素に連結される、ヌクレオシド、ヌクレオチドもしくはポリヌクレオチド、またはそのアナログであり；そして
Ｌは、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｘ１、Ｘ２またはＸ３の位置のうちの１位置でＢをＤと連結し、その結果、Ｂがプリンのヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの８位でＤをＢと連結し、Ｂが７−デアザプリンのヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの７位でＤをＢと連結し、そしてＢがピリミジンのヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの５位でＤをＢと連結する、標識化ポリヌクレオチド。
【請求項４０】
Ｂがウラシル、シトシン、７−デアザアデニン、および７−デアザグアニンから選択される、請求項３９に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項４１】
前記結合部Ｌが、アセチレン型アミド結合またはアルケン型アミド結合である、請求項３９に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項４２】
前記結合部Ｌが、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）５−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−（ＣＨ２）５−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、および−Ｃ≡Ｃ−Ｐｈ−ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−から選択され、ここで、Ｐｈがパラフェニレン基である、請求項４１に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項４３】
ＤがＸ２またはＸ３の位置でＢと連結される、請求項３９に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項４４】
Ｘ１がカルボキシレートまたはスルホネートである、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項４５】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１８が各々水素である、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項４６】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１３およびＲ１４が各々メチルである、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項４７】
Ｒ７およびＲ８、ならびにＲ１３およびＲ１４が一緒になる、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項４８】
Ｒ１１およびＲ１７が各々メチルまたはフェニルである、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項４９】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０、Ｒ１３、Ｒ１４およびＲ１７が各々水素またはメチルである、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項５０】
Ｒ９およびＲ１５が各々水素である、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項５１】
Ｒ１２およびＲ１８が各々水素である、請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の標識化ポリヌクレオチド。
【請求項５２】
請求項３２〜４３のいずれか１項に記載の標識化ポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、４，７−ジクロロローダミン色素に対するドナー色素またはアクセプター色素をさらに含み、該４，７−ジクロロローダミン色素は、蛍光エネルギー移動が該ドナー色素または該アクセプター色素と該４，７−ジクロロローダミン色素との間で起こるように配置される、標識化ポリヌクレオチド。
【請求項５３】
ポリヌクレオチドを標識する方法であって、該方法は、連結基を有するジクロロローダミン色素と、相補的官能基を有するポリヌクレオチドとを、該連結基および該相補的官能基が反応して共有結合を生成する条件下で接触させる工程を包含し、ここで、該ジクロロローダミンは、以下の構造：
【化６】
2002540280.tif 000006
を有し、ここで、
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、およびＲ１８は各々水素、フッ素、塩素、メチル、エチル、低級アルキル、低級アルケン、低級アルキン、シクロアルキル、フェニル、アリール、スルホネート、スルホン、アミノ、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、連結基およびそれらの組み合わせから各々が互いに独立して選択されるか、またはＲ７およびＲ８、ならびに／もしくはＲ１３およびＲ１４は一緒になって、酸素、硫黄、イミニウムおよびアルキルイミニウムから選択され；
Ｒ１１およびＲ１７は各々水素、低級アルキル、アルキルスルホネート、アルキルカルボキシレート、低級アルケン、低級アルキン、シクロアルキル、フェニル、アリール、連結基およびそれらの組み合わせから各々が互いに独立して選択され；そして
Ｘ１、Ｘ２、およびＸ３は各々水素、塩素、フッ素、低級アルキル、アミン、アミド、カルボキシレート、スルホネート、ヒドロキシメチル、および連結基から各々が互いに独立して選択され、
ただし、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｘ１、Ｘ２、およびＸ３のうちの少なくとも１つが連結基である、方法。
【請求項５４】
前記相補的官能基が前記ポリヌクレオチドの５’末端に位置する、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記相補的官能基が前記ポリヌクレオチドの３’末端に位置する、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
前記相補的官能基が前記ポリヌクレオチドのヌクレオチド塩基に位置する、請求項５３に記載の方法。
【請求項５７】
前記相補的官能基がアミンである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５８】
前記相補的官能基が、ＮＨＳエステルである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５９】
Ｘ１がカルボキシレートまたはスルホネートである、請求項５３〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
Ｘ２がまたはＸ３が連結基である、請求項５３〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６１】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５およびＲ１８が各々水素である、請求項５３〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６２】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１３およびＲ１４が各々メチルである、請求項５３〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６３】
Ｒ７およびＲ８、ならびにＲ１３およびＲ１４が一緒になる、請求項５３〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６４】
Ｒ１１およびＲ１７が各々メチルまたはフェニルである、請求項５３〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６５】
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０、Ｒ１３、Ｒ１４およびＲ１７が各々水素またはメチルである、請求項５３〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６６】
Ｒ９およびＲ１５が各々水素である、請求項５３〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６７】
Ｒ１２およびＲ１８が各々水素である、請求項５３〜５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６８】
核酸を分析する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）以下のようなポリヌクレオチドの第１クラス、第２クラス、第３クラス、第４クラスの混合物を生成する工程であって：
（ｉ）該第１クラスの各ポリヌクレオチドは、第１蛍光色素およびアデノシンに相補的な３’−末端ヌクレオチドを含み；
（ｉｉ）該第２クラスの各ポリヌクレオチドは、第２蛍光色素およびシトシンに相補的な３’−末端ヌクレオチドを含み；
（ｉｉｉ）該第３クラスの各ポリヌクレオチドは、第３蛍光色素およびグアノシンに相補的な３’−末端ヌクレオチドを含み；そして
（ｉｖ）該第４クラスの各ポリヌクレオチドは、第４蛍光色素およびチミジンに相補的な３’−末端ヌクレオチドを含み；
ここで、該第１蛍光色素、第２蛍光色素、第３蛍光色素および第４蛍光色素の発光スペクトルは、互いから分析可能であり、そしてさらにここで、第１蛍光色素、第２蛍光色素、第３蛍光色素または第４蛍光色素のうちの少なくとも１つは請求項１に記載の化合物を含み、該化合物はＲ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｘ１、Ｘ２またはＸ３の位置のうちの１位置で該ポリヌクレオチドに結合される工程；
（ｂ）該ポリヌクレオチドをそのサイズを基に分離する工程；ならびに
（ｃ）該ポリヌクレオチドのクラスを、その蛍光スペクトルを基に同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項６９】
前記第１蛍光色素、前記第２蛍光色素、前記第３蛍光色素および前記第４蛍光色素が請求項１に記載の異なる化合物を含み、該化合物がＲ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｘ１、Ｘ２またはＸ３の位置のうちの１位置で前記ポリヌクレオチドに結合される、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
前記核酸の配列が決定される、請求項６８に記載の方法。
【請求項７１】
請求項６８に記載の方法であって、ここで、前記第１クラス、前記第２クラス、前記第３クラスおよび前記第４クラスのポリヌクレオチドは、前記核酸、鋳型依存性のプライマー伸長に適切なヌクレオチド三リン酸、前記第１蛍光色素を含みかつアデノシンに相補的な第１終結ヌクレオシド三リン酸、前記第２蛍光色素を含みかつシトシンに相補的な第２終結ヌクレオシド三リン酸、前記第３蛍光色素を含みかつグアノシンに相補的な第３終結ヌクレオシド三リン酸、および前記第４蛍光色素を含みかつチミジンに相補的な第４終結ヌクレオシド三リン酸の存在下で、該核酸領域に相補的であるオリゴヌクレオチドプライマーを酵素的に伸長することによって形成される、方法。
【請求項７２】
請求項７１に記載の方法であって、ここで、前記第１終結ヌクレオシド三リン酸、前記第２終結ヌクレオシド三リン酸、前記第３終結ヌクレオシド三リン酸または前記第４終結ヌクレオシド三リン酸は、以下の式：
【化７】
2002540280.tif 000007
に従う、２，３’−ジデオキシヌクレオシド−５’−三リン酸であり、ここで：
Ｂは、Ｎ９位を介して糖部分に結合されるプリンもしくは７−デアザプリンのヌクレオシド／ヌクレオチド塩基、またはＮ１位を介して糖部分に結合されるピリミジンのヌクレオシド／ヌクレオチド塩基であり；
Ｄは以下の式：
【化８】
2002540280.tif 000008
を有し、ここで、
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６およびＲ１８は、水素、フッ素、塩素、メチル、エチル、低級アルキル、低級アルケン、低級アルキン、シクロアルキル、フェニル、アリール、スルホネート、スルホン、アミノ、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、およびそれらの組み合わせから各々が互いに独立して選択されるか、またはＲ７およびＲ８、ならびに／もしくはＲ１３およびＲ１４は一緒になって、酸素、硫黄、イミニウムおよびアルキルイミニウムから選択され；
Ｒ１１およびＲ１７は、水素、低級アルキル、アルキルスルホネート、アルキルカルボキシレート、低級アルケン、低級アルキン、シクロアルキル、フェニル、アリールおよびそれらの組み合わせから各々が互いに独立して選択され；そして
Ｘ１、Ｘ２、およびＸ３は、水素、塩素、フッ素、低級アルキル、アミン、アミド、カルボキシレート、スルホネートおよびヒドロキシメチルから各々が互いに独立して選択され；そして
Ｌは、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｘ１、Ｘ２またはＸ３の位置のうちの１位置でＢをＤと連結する結合であり、その結果、Ｂがプリンヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの８位でＤをＢと連結し、Ｂが７−デアザプリンヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの７位でＤをＢと連結し、そしてＢがピリミジンヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの５位でＤをＢと連結する、方法。
【請求項７３】
請求項７１に記載の方法であって、ここで、前記第１終結ヌクレオシド三リン酸、第２終結ヌクレオシド三リン酸、第３終結ヌクレオシド三リン酸および第４終結ヌクレオシド三リン酸が各々以下の式：
【化９】
2002540280.tif 000009
に従う、異なる２，３’−ジデオキシヌクレオシド−５’−三リン酸であり、ここで：
Ｂは、Ｎ９位を介して糖部分に結合されるプリンもしくは７−デアザプリンのヌクレオシド／ヌクレオチド塩基、またはＮ１位を介して糖部分に結合されるピリミジンのヌクレオシド／ヌクレオチド塩基であり；
Ｄは以下の式：
【化１０】
2002540280.tif 000010
を有し、ここで、
Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６およびＲ１８は、水素、フッ素、塩素、メチル、エチル、低級アルキル、低級アルケン、低級アルキン、シクロアルキル、フェニル、アリール、スルホネート、スルホン、アミノ、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、およびそれらの組み合わせから各々が互いに独立して選択されるか、またはＲ７およびＲ８、ならびに／もしくはＲ１３およびＲ１４は一緒になって、酸素、硫黄、イミニウムおよびアルキルイミニウムから選択され；
Ｒ１１およびＲ１７は、水素、低級アルキル、アルキルスルホネート、アルキルカルボキシレート、低級アルケン、低級アルキン、シクロアルキル、フェニル、アリールおよびそれらの組み合わせから各々が互いに独立して選択され；そして
Ｘ１、Ｘ２、およびＸ３は、水素、塩素、フッ素、低級アルキル、アミン、アミド、カルボキシレート、スルホネートおよびヒドロキシメチルから各々が互いに独立して選択され；そして
Ｌは、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｘ１、Ｘ２またはＸ３の位置のうちの１位置でＢをＤと連結する結合であり、その結果、Ｂがプリンヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの８位でＤをＢと連結し、Ｂが７−デアザプリンヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの７位でＤをＢと連結し、そしてＢがピリミジン
ヌクレオチド塩基である場合、ＬはＢの５位でＤをＢと連結する、方法。
【請求項７４】
前記結合Ｌがアセチレン型アミド結合またはアルケン型アミド結合である、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記結合Ｌが、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）５−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−（ＣＨ２）５−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、および−Ｃ≡Ｃ−Ｐｈ−ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−から選択され、ここで、Ｐｈがパラフェニレン基である、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
請求項６８に記載の方法であって、ここで、前記第１クラス、前記第２クラス、前記第３クラスおよび前記第４クラスのポリヌクレオチド各々が、前記核酸、ヌクレオチド三リン酸、および異なる終結ヌクレオシド三リン酸の存在下で、第１オリゴヌクレオチドプライマー、第２オリゴヌクレオチドプライマー、第３オリゴヌクレオチドプライマーおよび第４オリゴヌクレオチドプライマーを酵素的に伸長することによって形成され、該終結ヌクレオシド三リン酸の各々は、アデノシン、シチジン、グアノシン、およびチミジンのうちの異なる１つに相補的であり、ここで、該第１オリゴヌクレオチドプライマー、該第２オリゴヌクレオチドプライマー、該第３オリゴヌクレオチドプライマーおよび該第４オリゴヌクレオチドプライマーは各々、標的核酸の同一領域に相補的でありかつ前記第１蛍光色素、前記第２蛍光色素、前記第３蛍光色素および前記第４蛍光色素のうちの異なる１つを含む、方法。
【請求項７７】
前記蛍光色素が、それらのそれぞれのプライマーの前記ヌクレオチド塩基と共有結合Ｌで結合される、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記結合Ｌがアセチレン型アミド結合またはアルケン型アミド結合である、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記結合Ｌが、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）５−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−（ＣＨ２）５−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、および−Ｃ≡Ｃ−Ｐｈ−ＯＣＨ２ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−から選択され、ここで、Ｐｈがパラフェニレン基である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
請求項１に記載の化合物を作製する方法であって、ここで、Ｘ１はカルボキシレートまたはスルホネートであり、該方法は、以下：
（ｉ）以下の式：
【化１１】
2002540280.tif 000011
を有する化合物であって、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０、Ｒ１１およびＲ１２が請求項１に規定される通りである、化合物；
（ｉｉ）以下の式：
【化１２】
2002540280.tif 000012
を有する化合物であって、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１６、Ｒ１７およびＲ１８が請求項１に規定される通りである、化合物；および
（ｉｉｉ）以下の式：
【化１３】
2002540280.tif 000013
を有する化合物であって、Ｘ２およびＸ３が請求項１に規定される通りであり、そしてＹがＯまたはＳである化合物；
を、適切な反応条件下で一緒に接触させる工程を包含する、方法。