【手続補正書】
【提出日】平成16年8月19日(2004.8.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１の状態から第２の状態へと核酸の構造を変化させることが可能な細菌またはウイルス酵素の活性を決定するための方法であって、
（ａ）試験試料中に、
（ｉ）リガーゼ、ヘリカーゼ、ポリメラーゼ、逆転写酵素、プライマーゼ、ヌクレアーゼ、インテグラーゼ、トポイソメラーゼ、トランスポザーゼ、及びジャイレースからなる群から選択される酵素と、
（ｉｉ）前記核酸と、必要に応じて、
（ｉｉｉ）前記第１または第２の状態にある場合に前記核酸に対して少なくとも部分的に相補的な１以上のオリゴヌクレオチドとを与える工程；該オリゴヌクレオチドまたは核酸の一方もしくは両方は出力シグナルを与えることが可能な標識を有し、分解に対する前記標識の安定性は前記核酸が前記第１または第２の状態のいずれにあるかに応じて異なる；と、
（ｂ）前記試験試料を分解条件に曝す工程と、
（ｃ）前記出力シグナルを検出することによって前記核酸が前記第１または第２の状態のいずれに少なくとも主としてあるかを判定する工程と、
（ｄ）前記酵素の活性を決定する工程とを含む方法。
【請求項２】
前記核酸はＤＮＡまたはＲＮＡであることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記核酸は一本鎖または複鎖であることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記酵素はリガーゼであり、前記核酸はその第１の状態では複鎖であって、前記（ａ）工程は更に、前記複鎖核酸が一本鎖に分離することによって、ライゲートされている核酸鎖またはその相補鎖がすべて前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることが可能となるような温度に前記試料を曝すことを更に含む請求項１または２に記載の方法。
【請求項５】
前記酵素はリガーゼであり、前記オリゴヌクレオチドは前記試験試料には含まれず、複鎖である前記核酸は前記標識を有し、前記（ａ）工程は更に、ライゲートされていない核酸のすべてが少なくとも部分的に一本鎖に分離するような温度に前記試料を曝すことを更に含む請求項１または２に記載の方法。
【請求項６】
前記温度は、前記ライゲートされていない核酸は分離するがライゲートされている核酸は分離しないように選択されることを特徴とする請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記核酸は、前記酵素によってライゲートされることが可能な少なくとも２個のライゲートされていない部分からなる中断鎖を有することを特徴とする請求項４、５または６に記載の方法。
【請求項８】
前記物質はヘリカーゼであり、前記核酸はその第１の状態では複鎖であって、前記（ａ）工程は更に、前記核酸が少なくとも部分的に巻き戻されるような環境に前記試料を曝すことを更に含む請求項１または２に記載の方法。
【請求項９】
前記オリゴヌクレオチドは前記試験試料には含まれず、前記核酸は前記標識を有することを特徴とする請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記酵素はポリメラーゼであり、前記核酸はオリゴヌクレオチド及び／またはヌクレオチドの形態であって、前記（ａ）工程は更に、前記オリゴヌクレオチド及び／または前記ヌクレオチドが連結されて鎖を形成し、これに前記相補的オリゴヌクレオチドが結合することが可能となるような環境に前記試料を曝すことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記酵素は逆転写酵素またはプライマーゼであり、前記核酸はヌクレオシド三リン酸の形態であって、前記（ａ）工程は更に、前記ヌクレオシド三リン酸が連結されて鎖を形成し、これに前記相補的オリゴヌクレオチドが結合することが可能となるような環境に前記試験試料を曝すことを更に含む請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記試料は更に核酸鋳型分子を含むことを特徴とする請求項１０または１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記鋳型分子は一本鎖であることを特徴とする請求項１２に記載に方法。
【請求項１４】
前記酵素はヌクレアーゼであり、前記オリゴヌクレオチドは前記試料には含まれず、複鎖であって部位特異的開裂点を有する前記核酸は前記標識を有し、前記（ａ）工程は更に、開裂した核酸がすべて一本鎖に分離するような温度に前記試料を曝すことを更に含む請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記酵素はヌクレアーゼであり、前記核酸は複鎖であるとともに部位特異的開裂点を有し、前記（ａ）工程が更に、開裂した核酸がすべて一本鎖に分離するような温度に前記試料を曝すことを更に含むことによって前記鎖の少なくとも選択された１本に前記相補的オリゴヌクレオチドが結合可能となる請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記温度は、前記開裂した核酸は分離するが開裂していない核酸は分離しないように選択されることを特徴とする請求項１４または１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記酵素はインテグラーゼであり、前記オリゴヌクレオチドは前記試料に含まれず、前記核酸は、分子間及び分子内相補配列を有する少なくとも２個のオリゴヌクレオチドからなることと、前記配列の１つは前記標識を有し、前記（ａ）工程は更に、標識を取り込んでいないオリゴヌクレオチドはすべて分離または脱落する温度に前記試料を曝すことを更に含むこととを特徴とする請求項１または２に記載の方法。
【請求項１８】
前記標識は前記酵素が活性である部位から離れた位置にあることによって前記標識が前記酵素の活性に干渉することがないことを特徴とする請求項５、１４または１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記酵素はトポイソメラーゼであり、前記核酸はその第１の状態では５’末端または３’末端側に延長部分を有する二本鎖分子であり、前記オリゴヌクレオチドは前記酵素の活性によって生成される前記５’末端または３’末端側の延長部分に相補的な鎖である再ライゲートされた鎖であることを特徴とする請求項１または２に記載の方法。
【請求項２０】
前記出力シグナルの検出には、比色定量法、蛍光測定法、及び化学発光法の１以上を使用することを特徴とする請求項１乃至１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記標識は蛍光分子または化学発光分子であることを特徴とする請求項１乃至２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記標識はアクリジニウム塩であることを特徴とする請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
複数の酵素の活性を決定する請求項１乃至２２のいずれか１項に記載の方法であって該方法は、
（ａ）試験試料中に、
（ｉ）複数の酵素と、
（ｉｉ）前記複数の酵素の核酸と、必要に応じて、
（ｉｉｉ）前記第１または第２の状態にある場合に前記核酸に対して少なくとも部分的に相補的な１以上のオリゴヌクレオチドとを与える工程；該オリゴヌクレオチドまたは核酸の一方もしくは両方はそれぞれ出力シグナルを与えることが可能な複数の標識を有し、該シグナルは前記核酸が前記第１または第２の状態のいずれにあるかによって分解の影響に対して安定であり、各標識の出力シグナルが異なることによって各酵素の活性の区別が可能である；と、
（ｂ）前記試験試料を分解条件に曝す工程と、
（ｃ）各標識の出力シグナルを検出することによって前記複数の核酸が前記第１または第２の状態のいずれに少なくとも主としてあるかを判定する工程と、
（ｄ）前記複数の酵素のそれぞれの活性を決定する工程とを含む方法。
【請求項２４】
前記酵素に関して、薬剤を調節活性についてスクリーニングするための請求項１乃至２３のいずれか１項に記載の方法の用途であって、前記方法の前記（ａ）工程は更に、前記試験試料中に試験を行う前記薬剤を与えることを更に含むことを特徴とする用途。
【請求項２５】
前記薬剤は薬理活性についてスクリーニングされることを特徴とする請求項２４に記載の用途。
【請求項２６】
前記薬剤は抗細菌活性についてスクリーニングされることを特徴とする請求項２４または２５に記載の用途。
【請求項２７】
前記薬剤は抗ウイルス活性についてスクリーニングされることを特徴とする請求項２４または２５に記載の用途。
【請求項２８】
試料中の基質核酸の構造が変化して第１の状態または第２の状態のいずれにあるかを検出するための請求項１乃至２３のいずれか１項に記載の方法の用途。
【請求項２９】
核酸の構造を第１の状態から第２の状態へと変化させることが可能な細菌またはウイルス酵素に関して、薬剤を調節活性についてスクリーニングするための方法であって、
（ａ）試験試料中に、
（ｉ）リガーゼ、ヘリカーゼ、ポリメラーゼ、逆転写酵素、プライマーゼ、ヌクレアーゼ、インテグラーゼ、トポイソメラーゼ、トランスポザーゼ、及びジャイレースからなる群から選択される酵素と、
（ｉｉ）前記核酸と、
（ｉｉｉ）試験する薬剤と、必要に応じて、
（ｉｖ）前記第１または第２の状態にある場合に前記核酸に対して少なくとも部分的に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドとを与える工程；該オリゴヌクレオチド及び核酸の一方もしくは両方は出力シグナルを与えることが可能な標識を有し、分解に対する前記標識の安定性は前記核酸が前記第１または第２の状態のいずれにあるかに応じて異なる；と、
（ｂ）前記試験試料を分解条件に曝す工程と、
（ｃ）前記出力シグナルを検出することによって前記核酸が前記第１または第２の状態のいずれに少なくとも主としてあるかを判定する工程と、
（ｄ）前記酵素の活性、したがって前記薬剤の調節活性を決定する工程とを含む方法。
【請求項３０】
リガーゼ、ヘリカーゼ、ポリメラーゼ、逆転写酵素、プライマーゼ、ヌクレアーゼ、インテグラーゼ、トポイソメラーゼ、トランスポザーゼ、及びジャイレースからなる群から選択される所定の細菌またはウイルス酵素の活性の決定において使用するための基質核酸であって、核酸と標識との複合体からなり、該核酸が前記酵素によって作用を受けるものであることによって、前記酵素が活性である場合に前記基質核酸は第１の状態から第２の状態に変化して分解に対する標識の安定性に影響を与えることを特徴とする基質核酸。