【手続補正書】
【提出日】平成17年3月25日(2005.3.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
基板表面にプローブＲＮＡを配列する工程、ループ構造を形成しているプローブＲＮＡに生化学検体をハイブリダイゼーションする工程、ハイブリダイゼーションの実行中又は実行後に２本鎖を形成したプローブＲＮＡ又は生化学検体あるいはその両方に標識を修飾する工程、前記標識を検出・識別する工程を有する生化学反応体の検出方法。
【請求項２】
基板表面にプローブＲＮＡを配列する工程、ループ構造を形成しているプローブＲＮＡに予め標識を修飾した生化学検体をハイブリダイゼーションする工程、ハイブリダイゼーションの実行中又は実行後に２本鎖を形成したプローブＲＮＡ又は生化学検体あるいはその両方に標識を修飾する工程、前記標識を検出・識別する工程を有する生化学反応体の検出方法。
【請求項３】
基板表面にプローブＲＮＡを配列する工程、ループ構造を形成しているプローブＲＮＡに予め標識を修飾した生化学検体をハイブリダイゼーションする工程、前記標識を検出・識別する工程を有する生化学反応体の検出方法。
【請求項４】
基板表面にプローブＲＮＡを配列する工程、ループ構造を形成しているプローブＲＮＡに生化学検体をハイブリダイゼーションする工程、ハイブリダイゼーションにより２本鎖を形成したプローブ及び生化学検体とループ構造を取っている他プローブとを高さの違いとして検出・識別する工程を有する生化学反応体の検出方法。
【請求項５】
２本鎖を形成したプローブＲＮＡ又は生化学検体あるいはその両方に標識を修飾する方法が、先に第１の標識を修飾してさらにそれを目標として第２の標識を修飾する２段階以上の多段修飾である請求項１から請求項３のいずれかに記載の生化学反応体の検出方法。
【請求項６】
標識が、金属粒子（Ｓｉを含む）、セラミックス粒子、蛍光標識、蛍光色素、色素、化学発色体のいずれかである請求項１から請求項３のいずれかに記載の生化学反応体の検出方法。
【請求項７】
標識を検出・識別する方法が、光散乱法、ＳＰＲ分光法、化学発色法、蛍光検知法、イメージング処理法、目視法のいずれかである請求項１から請求項３のいずれかに記載の生化学反応体の検出方法。
【請求項８】
検出・識別する方法が、２本鎖を形成したプローブ及び生化学検体とループ構造を取っている他プローブとを高さの違いとして検知する方法であり、電子又は光学顕微鏡観察法、Ｘ線顕微鏡観察法、レーザー顕微鏡観察法、ＳＴＭ，ＳＴＳ，ＡＦＭ観察法、電子回折法、Ｘ線回折法、Ｘ線トポグラフ法、Ｘ線表面回折法、蛍光Ｘ線分析法のいずれかである請求項１から請求項４のいずれかに記載の生化学反応体の検出方法。
【請求項９】
標識がプローブＲＮＡより大きい請求項８に記載の生化学反応体の検出方法。
【請求項１０】
金属粒子が、Ａｕ、Ａｌ、Ｔｉ、Ｃｒ、Ｍｎ、Ｆｅ、Ｃｏ、Ｎｉ、Ｃｕ、Ｚｎ、Ｍｏ、Ｓｉのいずれかである請求項６に記載の生化学反応体の検出方法。
【請求項１１】
セラミックス粒子が、ＳｉＯ２、ＴｉＯ２、ＺｒＯ２、Ａｌ２Ｏ３、ＭｇＯのいずれかである請求項６に記載の生化学反応体の検出方法。
【請求項１２】
標識を検出・識別する方法が目視法であり、標識が、金属粒子（Ｓｉを含む）、セラミックス粒子、色素、染色体、糖鎖体、タンパク質、核酸、酵素、細胞のいずれかである請求項１から請求項３のいずれかに記載の生化学反応体の検出方法。
【請求項１３】
標識の粒径が５００ｎｍ以上である請求項１２に記載の生化学反応体の検出方法。
【請求項１４】
基板上に一方端を固定して配列されたプローブＲＮＡを有し、配列したプローブＲＮＡは生化学検体と相補的に結合する主要部位が基板側に位置するようループ構造を有するバイオチップ。
【請求項１５】
基板上に一方端を固定して配列されたプローブＲＮＡを有し、配列したプローブＲＮＡはその基板表面に固定されない解放端側又はその標識を修飾可能にした部位が基板側に位置するようループ構造を有するバイオチップ。
【請求項１６】
基板上に一方端を固定して配列されたプローブＲＮＡを有し、配列したプローブＲＮＡは第２の標識を修飾可能にした第１の標識が修飾された部位が基板側に位置するようループ構造を有するバイオチップ。
【請求項１７】
基板材料がガラス又は半導体シリコンである請求項１４から請求項１６のいずれかに記載のバイオチップ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
【課題を解決するための手段】
発明者らは、バイオチップを用いた生化学検体の検出精度の向上を目的に、ガラスなどの基板にプローブが多数配列されたバイオチップにおいて、プローブへ生化学検体をハイブリダイゼーションさせる方法、プローブへの蛍光標識などの標識の修飾方法について詳細に検討したところ、
１）ハイブリダイゼーションを完了して二重螺旋構造を形成したプローブへ標識を修飾すると、ハイブリダイズしていないプローブへも修飾が行われて標識による検出が不能となるため、従来、予め検体側に標識の修飾を施しておき、ハイブリダイズした後に検体側の標識を検出することで目的検体を検出するが、条件設定の違いや施術者の技量などによりハイブリダイゼーション時に非特異的な吸着が生じて検出精度が変動低下すること、
２）プローブがＲＮＡ及び核酸類似構造物である場合、プローブがＤＮＡ構造物である時と比較して生化学検体との結合力が強く、かつ基板に多数のプローブが配列されているため、目的物以外との吸着やハイブリダイゼイションの可能性が高くノイズが増大して目的生化学検体の検出精度が低下すること、
等の問題があることを知見し、これらを解消するには、かかるプローブが多数配列されるバイオチップにおいて、根本的に検出精度を向上させ得る新たな基本構造を与えなければならないことに着目した。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
また、この発明は、上述の生化学反応体の検出方法において、
・  標識が、金属粒子（Ｓｉを含む）、セラミックス粒子、蛍光標識、蛍光色素、色素、化学発色体のいずれかである構成、
・  標識を検出・識別する方法が、光散乱法、ＳＰＲ分光法、化学発色法、蛍光検知法、イメージング処理法、目視法のいずれかである構成、
・  標識の有無にかかわらずハイブリダイゼーションを検出・識別する方法が、２本鎖を形成したプローブ及び生化学検体とループ構造を取っている他プローブとを高さの違いとして検知する方法であり、電子又は光学顕微鏡観察法、Ｘ線顕微鏡観察法、レーザー顕微鏡観察法、ＳＴＭ，ＳＴＳ，ＡＦＭ観察法、電子回折法、Ｘ線回折法、Ｘ線トポグラフ法、Ｘ線表面回折法、蛍光Ｘ線分析法のいずれかである構成、
・  標識がプローブＲＮＡより大きい構成、
・  金属粒子が、Ａｕ、Ａｌ、Ｔｉ、Ｃｒ、Ｍｎ、Ｆｅ、Ｃｏ、Ｎｉ、Ｃｕ、Ｚｎ、Ｍｏ、Ｓｉのいずれかである構成、
・  セラミックス粒子が、ＳｉＯ２、ＴｉＯ２、ＺｒＯ２、Ａｌ２Ｏ３、ＭｇＯのいずれかである構成、
・  標識を検出・識別する方法が目視法であり、標識が、金属粒子（Ｓｉを含む）、セラミックス粒子、色素、染色体、糖鎖体、タンパク質、核酸、酵素、細胞のいずれかである構成、
・  標識の粒径が５００ｎｍ以上である構成、を併せて提案する。