【手続補正書】
【提出日】平成16年7月15日(2004.7.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組成物であって、以下：
ａ）図２（配列番号２８、３０および３２）のタンパク質の状態を調節する物質、またはｂ）図２のタンパク質によって調節され、これによって図２のタンパク質を発現する細胞の状態が調節される分子
を含む、組成物。
【請求項２】
生理学的に受容可能なキャリアをさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
ヒト単位投薬形態で請求項１に記載の組成物を含む、薬学的組成物。
【請求項４】
請求項１に記載の組成物であって、前記物質が、図２のタンパク質に関するタンパク質に特異的に結合する抗体またはそのフラグメントを含む、組成物。
【請求項５】
モノクローナルである、請求項４に記載の抗体またはそのフラグメント。
【請求項６】
ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体である、請求項４に記載の抗体。
【請求項７】
請求項４に記載の抗体を産生する、非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項８】
請求項５に記載の抗体を産生する、ハイブリドーマ。
【請求項９】
図２（配列番号２８、３０、および３２）のタンパク質を発現する細胞に細胞傷害性試薬または診断剤を送達するための組成物であって、以下：
請求項４に記載の抗体またはそのフラグメントに結合体化した細胞傷害性試薬または診断剤、
を包含する、組成物。
【請求項１０】
請求項１に記載の組成物であって、前記物質が、抗体またはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドを含み、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、図２のタンパク質に免疫特異的に結合する、組成物。
【請求項１１】
請求項１に記載の組成物であって、前記物質が、図２のタンパク質に関するタンパク質を含む、組成物。
【請求項１２】
図２（配列番号２８、３０、および３２）に示される全体のアミノ酸配列に少なくとも９０％相同性である、請求項１１に記載のタンパク質。
【請求項１３】
請求項１に記載の組成物であって、前記物質が以下：
ａ）図２のタンパク質の８個、９個、１０個または１１個の連続したアミノ酸のペプチド
ｂ）表Ｖ〜ＸＶＩＩＩ（配列番号２８、３０、および３２）に記載のペプチド
ｃ）表ＸＸＩＩ〜ＸＬＶＩＩ（配列番号２８、３０、および３２）に記載のペプチド；または
ｄ）表ＸＬＶＩＩＩ〜ＬＩ（配列番号２８、３０、および３２）に記載のペプチド
を含む、組成物。
【請求項１４】
請求項１に記載の組成物であって、前記物質が、図２（配列番号２８、３０、および３２）のタンパク質のアミノ酸配列由来のＣＴＬポリペプチドまたはそのアナログを含む、組成物。
【請求項１５】
請求項１４に記載の組成物であって、ただし、エピトープは、図２（配列番号２８、３０、および３２）のアミノ酸配列全体ではない、組成物。
【請求項１６】
請求項１４に記載の組成物であって、前記物質が、表Ｖ〜ＸＶＩＩＩ（配列番号２８、３０、および３２）に記載されるＣＴＬポリペプチドを含む、組成物。
【請求項１７】
請求項１６に記載の組成物であって、ただし、前記ポリペプチドは、図２（配列番号２８、３０、および３２）のタンパク質のアミノ酸配列全体ではない、組成物。
【請求項１８】
請求項１に記載の組成物であって、前記物質が、図２（配列番号２８、３０、および３２）のアミノ酸配列由来の抗体ポリペプチドエピトープを含む、組成物。
【請求項１９】
請求項１８に記載の組成物であって、ただし、前記エピトープは、図２（配列番号２８、３０、および３２）のアミノ酸配列全体ではない、組成物。
【請求項２０】
請求項１８に記載の組成物であって、前記抗体エピトープが、前記ペプチドの末端までの任意の整数で増える、図２（配列番号２８、３０、および３２）の少なくとも５つのアミノ酸のペプチド領域を含み、ここで該エピトープが以下：
ａ）図５のヒドロパシープロフィールにおいて０．５よりも大きい値を有するアミノ酸位；
ｂ）図６のヒドロパシープロフィールにおいて０．５よりも少ない値を有するアミノ酸位；
ｃ）図７の受容可能残基％において０．５よりも大きい値を有するアミノ酸位；
ｄ）図８の平均可変性プロフィールにおいて０．５よりも大きい値を有するアミノ酸位；
ｅ）図９のβ−ターンプロフィールにおいて０．５よりも大きい値を有するアミノ酸位；
ｆ）ａ）〜ｅ）の少なくとも２つの組み合わせ；
ｇ）ａ）〜ｅ）の少なくとも３つの組み合わせ；
ｈ）ａ）〜ｅ）の少なくとも４つの組み合わせ；
ｉ）ａ）〜ｅ）の５つの組み合わせ；
から選択されるアミノ酸位を含む、組成物。
【請求項２１】
請求項２０に記載の組成物であって、ただし、前記エピトープは、図２（配列番号２８、３０および３２）のアミノ酸配列全体ではない、組成物。
【請求項２２】
請求項１１に記載のタンパク質をコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項２３】
図２に記載の核酸分子を含む、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２４】
請求項２２に記載のポリヌクレオチドであって、ただし、前記コードされたタンパク質は、図２（配列番号２８、３０および３２）のアミノ酸配列全体ではない、ポリヌクレオチド。
【請求項２５】
ＴがＵで置換されている、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２６】
請求項１に記載の組成物であって、前記物質が、図２（配列番号２７、２９および３１）の核酸配列のコード配列を含むポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項２７】
請求項２２に記載のポリヌクレオチドであって、請求項１１に記載のさらなるタンパク質をコードするさらなるヌクレオチド配列をさらに含む、ポリヌクレオチド。
【請求項２８】
請求項２２に記載のポリヌクレオチドに完全に相補的であるポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項２９】
請求項２５に記載のポリヌクレオチドに完全に相補的であるポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項３０】
請求項２７に記載のポリヌクレオチドに完全に相補的であるポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項３１】
請求項１に記載の組成物であって、前記物質が、ａ）１０１Ｐ３Ａ１１コード配列を有するポリヌクレオチドを切断するリボザイム、またはｂ）該リボザイムをコードする核酸分子；および生理学的に受容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項３２】
請求項１に記載の組成物であって、前記物質がヒトＴ細胞を含み、該Ｔ細胞が、特定のＨＬＡ分子の状況において１０１Ｐ３Ａ１１ペプチド部分配列を特異的に認識する、組成物。
【請求項３３】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項１に記載の組成物。
【請求項３４】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項３３に記載の組成物であって、以下：
抗体またはそのフラグメントであって、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質に特異的に結合する、抗体またはそのフラグメント
を含む、組成物。
【請求項３５】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項３３に記載の組成物であって、以下：
１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質
を含む、組成物。
【請求項３６】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項３３に記載の組成物であって、以下：
１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質のコード配列を含むポリヌクレオチド、または１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質のコード配列に相補的であるポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド
を含む、組成物。
【請求項３７】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項３３に記載の組成物であって、以下：
図２のタンパク質をコードするポリヌクレオチドを切断するリボザイム
を含む、組成物。
【請求項３８】
図２のタンパク質および特定のＨＬＡ分子を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項３３に記載の組成物であって、以下：
ヒトＴ細胞であって、該Ｔ細胞が図２のタンパク質のペプチド配列部分を特異的に認識する一方で、前記物質が特定のＨＬＡ分子の状況にある、ヒトＴ細胞
を含む、組成物。
【請求項３９】
請求項３３に記載の組成物であって、以下：
一本鎖モノクローナル抗体をコードするヌクレオチドを送達するベクターであって、これにより、該コードされた一本鎖抗体が図２のタンパク質を発現する癌細胞内で細胞内発現される、ベクター
を含む、組成物。
【請求項４０】
図２のタンパク質に対して指向される哺乳動物免疫応答を生成するための組成物であって、以下：
ａ）１０１３ＰＡ１１関連タンパク質および／または
ｂ）該タンパク質をコードするヌクレオチド配列
を含み、これにより免疫応答が該タンパク質に対して生成される、組成物。
【請求項４１】
請求項４０に記載の免疫応答を生成するための組成物であって、以下：
少なくとも１つのＴ細胞または少なくとも１つのＢ細胞エピトープを含む１０１３Ａ１１関連タンパク質を含み；そして
ここで、該エプトープは、哺乳動物免疫系Ｔ細胞またはＢ細胞とそれぞれ接触され、これによってＴ細胞またはＢ細胞が活性化される、
組成物。
【請求項４２】
請求項４１に記載の組成物であって、前記免疫系細胞がＢ細胞であり、これによって誘導されたＢ細胞が１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質に特異的に結合する抗体を生成する、組成物。
【請求項４３】
請求項４１に記載の組成物であって、前記免疫系細胞が、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）であるＴ細胞であり、これによって活性化されたＣＴＬ細胞が、１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質を発現する自己細胞を殺傷する、組成物。
【請求項４４】
請求項４１に記載の組成物であって、前記免疫系細胞が、ヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ）であるＴ細胞であり、これによって活性化ＨＴＬが細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の細胞傷害活性、またはＢ細胞の抗体産生活性を促進するサイトカインを分泌する、組成物。
【請求項４５】
サンプル中の１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質または１０１Ｐ３Ａ１１関連ポリヌクレオチドの存在を検出するための方法であって、該方法は：
該サンプルを、１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質または１０１Ｐ３Ａ１１関連ポリヌクレオチドとそれぞれ特異的に結合する請求項１に記載の物質と接触させる工程；および
それぞれ該物質と該１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質との複合体、または該物質と該１０１Ｐ３Ａ１１関連ポリヌクレオチドとの複合体が存在するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４６】
サンプル中の１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質の存在を検出するための請求項４５に記載の方法であって、該方法は：
該サンプルを、抗体またはそのフラグメントと接触させる工程であって、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが該１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質に特異的に結合する、工程；および
該抗体またはそのフラグメントと１０１Ｐ３Ａ１１関連タンパク質との複合体が存在するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４７】
請求項４５に記載の方法であって、癌を有しているか、または癌を有していると疑われる患者からサンプルを採取する工程をさらに包含する、方法。
【請求項４８】
サンプル中の図２のタンパク質およびｍＲＮＡの存在を検出するための請求項４５に記載の方法であって、該方法は：
少なくとも１つのプライマーを用いて逆転写によって該サンプルからｃＤＮＡを生成する工程；
そのように生成されたｃＤＮＡを、１０１Ｐ３Ａ１１ポリヌクレオチドをセンスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして使用して増幅させる工程であって、センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして使用された該１０１Ｐ３Ａ１１ポリヌクレオチドが１０１Ｐ３Ａ１１  ｃＤＮＡを増幅させるために役立つ、工程；ならびに
該増幅された１０１Ｐ３Ａ１１  ｃＤＮＡの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項４９】
癌を有しているか、または癌を有していると疑われる患者由来の生物学的サンプルにおける１つ以上の１０１Ｐ３Ａ１１遺伝子産物をモニタリングするための請求項４５に記載の方法であって、該方法は：
個体由来の組織サンプル中の細胞によって発現される１つ以上の１０１Ｐ３Ａ１１遺伝子産物の状態を決定する工程；
そのように決定された状態を、対応する正常なサンプルにおける１つ以上の１０１Ｐ３Ａ１１遺伝子産物の状態と比較する工程；および
該正常なサンプルに対する該サンプル中の１０１Ｐ３Ａ１１の１つ以上の異常な遺伝子産物の存在を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項５０】
請求項４９に記載の方法であって、１０１Ｐ３Ａ１１  ｍＲＮＡまたは１０１Ｐ３Ａ１１タンパク質の１つ以上の上昇した遺伝子産物が存在するか否かを決定する工程をさらに包含し、これによって前記正常な組織サンプルと比較した前記試験サンプル中の１つ以上の上昇した遺伝子産物の存在が、癌の存在または状態を示す、方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の方法であって、前記癌が表Ｉに記載の組織中で生じる、方法。