【手続補正書】
【提出日】平成16年9月21日(2004.9.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
選ばれたターゲットに対して選ばれた結合強度で、あるいはそれ以上の強度で結合する任意の配位子候補のために生物的複合体物質を選別し、そして該任意の配位子候補の特性を調べる方法において、
（１）生物学的複合体サンプルを供給するステップと、
（２）前記生物学的複合体サンプルを選ばれたターゲットと結合させてサンプル／ターゲット混合物を形成させるステップ、
（３）ステップ（２）のサンプル／ターゲット混合物のプラグをキャピラリー電気泳動分析計の導路の入口端へ注入するステップ、
（４）サンプル／ターゲット・プラグ内の化合物を前もって決めた第１の条件下で、キャピラリー電気泳動法により分析し、その際の第１の条件は最適化した結果、ターゲットと任意の配位子候補との間に形成された、選ばれた第１の結合強度あるいはそれ以上の強度を持つ任意の第１の複合体の検出可能な量が、キャピラリー電気泳動法の測定時間中のかなりの割合の期間内は結合したままでおり、一方その際、任意の追加的な配位子とターゲットとの間に、ターゲットと選ばれた前記結合強度以下で結合して形成された任意の追加的複合体のかなりの量は、導路の出口端へ到着する以前に解離するものであるステップ、
（５）電気泳動処理を受けたサンプル／ターゲット化合物をキャピラリー電気泳動分析計の出口からキャピラリー電気泳動分析計に接続するオンライン質量分析器へ導入するステップ、
（６）サンプル／ターゲットのプラグ化合物をイオン化し質量分析にかけるステップ、
（７）サンプル／ターゲットのプラグ化合物についてキャピラリー電気泳動法によるプロファイル図を調べて、サンプル／ターゲットのプラグのプロファイル図がステップ（４）のキャピラリー電気泳動法の間の移動を追跡することで得られたかまたは質量分析計により得られたものであり、そしてサンプル／ターゲット・プラグのプロファイルが生物学的複合体サンプルに配位子候補の存在を示すかどうかを決定するステップ、
（８）ステップ（６）の質量スペクトルデータを用いて、検出される任意のターゲットと結合する配位子候補の質量を決定するステップ、および
（９）ステップ（３）‐（８）を少なくとも一回繰り返すステップであって、ステップ（４）の各繰り返しは前記第１の所定の条件とは異なりまた他の繰り返しの（４）のステップの条件とも異なり、そして前記他の所定の条件は最適化されて前記第１の選択された結合強度および他の任意の繰り返しの（４）のステップにおける選択された結合強度とは異なる選択された結合強度でターゲットに結合する候補配位子を検知するものである、
以上の各ステップからなる方法。
【請求項２】
キャピラリー電気泳動法により、選ばれたターゲットに対して選ばれた結合強度であるいはそれ以上の強度で結合する任意の配位子候補のための生物的複合体物質を選別し、そして該任意の配位子候補の特性を調べる方法において、
（１）ステップ（２）のターゲットプラグを単独で、キャピラリー電気泳動分析計の導路の入口端から注入し、その導路は生物的複合体サンプルを含有する流通する緩衝液で充たされているステップと、
（２）サンプル／ターゲットプラグ内の化合物を前もって決めた第１の条件下で、キャピラリー電気泳動法にかけ、その際の第１の条件は最適化した結果、ターゲットと任意の配位子候補との間で形成された選択された結合強度であるいはそれ以上の強度で結合した任意の複合体の検出可能な量が、キャピラリー電気泳動法の測定時間中のかなりの割合の間、結合したままでおり、
一方その際、ターゲットと任意の追加的配位子の間に前記選ばれた結合強度よりも低い強度でターゲットに結合するように形成されたかなりの量の任意の追加的複合体が、導路の出口端へ到着する以前に解離するものであるステップ、
（３）電気泳動処理を受けたターゲットと任意のターゲット結合配位子をキャピラリー電気泳動分析計の出口からキャピラリー電気泳動分析計に接続しているオンライン質量分析器へ導入するステップ、
（４）電気泳動処理されたサンプル／ターゲットのプラグ化合物をイオン化し質量分析にかけるステップ、
（５）電気泳動処理されたターゲットおよび任意のターゲット結合配位子についてキャピラリー電気泳動分析によるプロファイル図を得、キャピラリー電気泳動のプロファイル図が複合生物学的サンプル中の少なくとも一つの候補配位子を存在を示すかどうかを決定するステップ、および
（６）ステップ（４）の質量スペクトルデータを用いて、検出される任意の候補ターゲット結合の配位子の質量を決定する、
以上の各ステップからなる選別方法。
【請求項３】
キャピラリー電気泳動分析によるプロファイル図が、導路の長さ方向に沿ったある検出点におけるターゲットの移動を追跡することにより得られる請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
紫外線吸光検出器または蛍光検出器がキャピラリー電気泳動分析中にターゲットの移動を追跡するために用いられる請求項３記載の方法。
【請求項５】
キャピラリー電気泳動分析によるプロファイル図が、質量分析法のデータにより得られる請求項１または２記載の方法。
【請求項６】
生物学的複合体サンプル中にある配位子候補の存在の決定が、キャピラリー電気泳動分析によるプロファイル図を、任意のターゲット結合配位子の不存在下に得られるキャピラリー電気泳動分析によるプロファイル図からなる参照標準と比較することからなる請求項１または２記載の方法。
【請求項７】
配位子候補の質量の決定が、電気泳動処理を受けたサンプル／ターゲット化合物の質量分析データを、キャピラリー電気泳動処理を受けたターゲットプラグ単独の質量分析によるプロファイル図およびキャピラリー電気泳動分析を受けた生物学的複合体サンプル単独のプラグの質量分析データとを包含する参照標準と比較することからなる請求項１または２記載の方法。
【請求項８】
ターゲットに結合し、１．０μＭより大きい解離定数（Ｋｄ）と１．０（Ｓ−１）より大きいオフレート値（Ｋｏｆｆ）を持ち、荷電を持つ既知の競合的配位子を含むキャピラリー電気泳動法用測定緩衝液を用いることからなる請求項１または２記載の方法。
【請求項９】
配位子候補の存在の決定が、ターゲットと任意の検知されたターゲット結合配位子候補のキャピラリー電気泳動分析によるプロファイル図を、任意のターゲット結合配位子を含まない流通緩衝液中でのターゲットについてのキャピラリー電気泳動分析によるプロファイル図および既知の荷電した競合的配位子を含む流通緩衝液中のターゲットについてのキャピラリー電気泳動分析によるプロファイル図からなる参照標準と比較することからなる請求項８記載の方法。
【請求項１０】
さらに少なくともステップ（３）−（６）の繰り返しを含み、その際、キャピラリー電気泳動分析法におけるステップの最初の実行時は任意のターゲット結合配位子を含まないキャピラリー電気泳動法用測定緩衝液を用いるが、キャピラリー電気泳動分析法におけるステップの繰り返し実行時には、ターゲットと結合する既知の荷電した競合的配位子を含み、１．０μＭより大きい解離定数（Ｋｄ）と１．０（Ｓ−１）より大きいオフレート値（Ｋｏｆｆ）を有するキャピラリー電気泳動法測定用の緩衝液を用いることからなる請求項１または２記載の方法。
【請求項１１】
配位子候補の存在の決定が、キャピラリー電気泳動分析によるプロファイル図を、任意のターゲット結合配位子を含まない測定緩衝液中のターゲットについてのキャピラリー電気泳動分析によるプロファイル図および既知の荷電した競合的配位子を含む測定緩衝液中のターゲットについてのキャピラリー電気泳動分析によるプロファイル図を包含する参照標準と比較することからなる請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
イオン化実施の技術が、電子衝撃イオン化（ＥＩ）、電子噴霧イオン化（ＥＳＩ）、化学的イオン化（ＣＩ）、常圧下化学的イオン化（ＡＰＣＩ）、マトリックス補助レーザー脱着イオン化（ＭＡＬＤＩ）、熱噴霧イオン化（ＴＳＩ）、および迅速原子爆撃（ｆａｂ）イオン化からなるグループから選ばれることよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項１３】
質量分析器が、飛行時間型（ＴＯＦ）質量分析器、単純核四極子質量分析器、トリプル核四極子質量分析器、フーリエ変換質量分析器、またはイオン・トラップ質量分析器等に整合することよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項１４】
さらに、電気泳動処理を受けたサンプル／ターゲット化合物が、ターゲット、または任意の検出される配位子候補、またはその両方についての断片化データ発生させるため、質量分析測定中に断片化を施されることよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項１５】
上記断片化が衝突誘起解離法（ＣＩＤ）により達成されることよりなる請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
上記断片化データが、電気泳動処理を受けたサンプル／ターゲット化合物の断片化データを、任意のターゲット結合性配位子の不在下にて得られたターゲット単独の断片化データを包含する参照標準と比較することにより、任意の検出される配位子候補の構造を確認し決定することよりなる請求項１４記載の方法。
【請求項１７】
上記断片化データが、電気泳動処理を受けたサンプル／ターゲット化合物の断片化データを、既知のターゲット結合性配位子の共存下に得られたターゲットの断片化データを包含する参照標準と比較することにより、任意の検出される配位子候補の構造を確認し決定する目的で用いられることよりなる請求項１４記載の方法。
【請求項１８】
さらに、上記イオン化された化合物に対して、質量分析法の追加処理を施すことよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも一つのキャピラリー電気泳動法のステップにおいて、キャピラリー電気泳動法の条件が最適化され、その結果ターゲットと複合化するときにはターゲットに緊密に結合し、約１．０μＭ未満の解離定数（Ｋｄ）と、約１．０（Ｓ−１）未満のオフレート値（Ｋｏｆｆ）を有する任意の配位子候補を検知することからなる請求項１または２記載の方法。
【請求項２０】
キャピラリー電気泳動法の条件が最適化され、その結果ターゲットと複合化するときにはターゲットに緊密に結合し、約１０ｎＭかそれ以下の解離定数（Ｋｄ）と、約０．０１（Ｓ−１）かそれ以下のオフレート値（Ｋｏｆｆ）を有する任意の候補配位子を検知することよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項２１】
生物学的な複合体のサンプルが、化学的混合物、純粋な化合物ライブラリ、合成化合物のコンビナトリアルライブラリー、天然の生産物、天然の抽出物、および生物学的調製品からなるグループから選ばれることよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項２２】
ターゲットが、タンパク質、ペプチド、アミノ酸、核酸、抗体、オリゴヌクレオチド、および医薬品からなるグループから選ばれることよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項２３】
既知の荷電した競合的配位子が、天然の化合物、合成化合物、抗体、および関心あるターゲットに結合することが知られている医薬品からなるグループから選ばれることよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項２４】
既知の荷電した競合的配位子が、天然の化合物、合成化合物、抗体、および関心あるターゲットに結合することが知られている医薬品からなるグループから選ばれることよりなる請求項８記載の方法。
【請求項２５】
第１の複合体の検出可能な量が、配位子／ターゲット複合体候補の質量分析器の検出下限以上であるような量であることよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項２６】
第１の複合体の少なくとも約５０％が、キャピラリー電気泳動分析の測定時間の間結合したままでいることよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項２７】
第１の複合体の少なくとも約８０％が、キャピラリー電気泳動分析の測定時間の間結合したままでいることよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項２８】
任意の解離する追加的複合体のかなりの量が、質量分析器に到着する任意の残存する追加的複合体の、質量分析器の検出下限以下であるような量であることよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項２９】
任意の追加的複合体の少なくとも約５０％が、キャピラリー電気泳動分析の導路の出口端に到着する以前に解離することよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項３０】
任意の追加的複合体の少なくとも約８０％が、キャピラリー電気泳動分析の導路の出口端に到着する以前に解離することよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項３１】
キャピラリー電気泳動分析の測定時間中のかなりの部分とは、少なくとも約５０％であることよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項３２】
キャピラリー電気泳動分析の測定時間中のかなりの部分とは、少なくとも約８０％であることよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項３３】
第１の複合体の検出可能な量が、キャピラリー電気泳動分析の全測定時間の間実質的に元のままでおり、一方任意の追加的複合体の少なくとも約５０％が、キャピラリー電気泳動分析の測定時間中の最初の約２０％の間に解離することよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項３４】
キャピラリー電気泳動分析の測定条件が、最適化されて、約１．０μＭかそれ以下の解離定数（Ｋｄ）と、約１．０（Ｓ−１）かそれ以下のオフレート値（Ｋｏｆｆ）を有する緊密な結合性の候補配位子を検知し、該候補配位子はキャピラリー電気泳動の開始後約１．５―５．０分にキャピラリー電気泳動分析における移動ピーク面積が約５０％だけ減少する配位子／ターゲットの複合体候補を形成することよりなる請求項１または２記載の方法。
【請求項３５】
さらに、（７）ステップ（１）‐（６）を少なくとも一回遂行するステップからなり、
ステップ（２）の任意の繰り返しは第１の所定の条件およびステップ（２）の他の繰り返しの所定の条件とは異なる他の所定の条件下で遂行され、また前記他の所定の条件は、第１の所定の選択された結合強度およびステップ（２）の任意の繰り返しにおける選択された結合強度とは異なる選択された結合強度でターゲットに結合する候補配位子を検知するために最適化される、請求項２の方法。
【請求項３６】
所定の条件が、各キャピラリー電気泳動の測定を行うに異なる温度を使用して変えられる請求項１または３５の方法。
【請求項３７】
所定の条件が、各キャピラリー電気泳動の測定のために、キャピラリー電気泳動測定用に使用される測定緩衝液の組成を変えることにより変えられる請求項１または３５の方法。
【請求項３８】
測定緩衝液の塩濃度が、各キャピラリー電気泳動測定で異なるものである請求項３７の方法。
【請求項３９】
測定緩衝液のｐＨが、各キャピラリー電気泳動測定で異なるものである請求項３７の方法。
【請求項４０】
所定の条件が各キャピラリー電気泳動測定のために、キャピラリー電気泳動遂行の電圧を変えることにより変えられる請求項１または３５の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００４】
発明の背景
新規生化学的活性化合物同定のためのスクリーニング方法の開発には、とりわけ複合物質、詳しくは「複合生化学的サンプル」（ＣＢＳ）、生態系に何らかの影響を及ぼす任意の物質のサンプル、をスクリーニングする場合には、独特で困難な課題が課せられることがある。ＣＢＳの例には、以下には限らないが、天然産物、天然抽出物、生化学的調剤、化学薬品混合物、純粋化合物ライブラリおよびコンビナトリアル  ライブラリなどが含まれる。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００５】
毛管電気泳動は以前、既知化合物及び既知組成の物質の検出及び／又は分析に使用されて来たけれども、この技術は現在に至るまで、選ばれたターゲット分子へのリガンド（配位子）として以前は知られていないかまたは同定されていないターゲット結合配位子のための複合生物学的サンプルをスクリーニングするためには広く利用されて来なかった。
たとえば、国際公開公報９７／２２０００号は未知の生物学的に活性化合物のためのキャピラリー電気泳動選別法の４種の広い態様を包含し、これは以下の通りである、
（１）  国際公開公報９７／２２０００号の非競争的態様では、ターゲットと複合生物学的にサンプルは混合され、それからそのターゲット／サンプル混合物の部分はキャピラリー電気泳動（ＣＥ）に供され、そしてターゲットのＣＥ移動を追跡する。この条件下のターゲットの移動パターンは参照標準、典型的には任意のターゲット結合リガンドの不存在下の非結合ターゲットの移動パターンに対して比較される。
（２）国際公開公報９７／２２０００号の非競争的、差し引き分析（subtractive  analysis）態様では、ターゲットとサンプルは混合され、それからＣＥに供される。この混合物の移動パターンは複合生物学的物質のサンプル単独の移動パターンと比較される。二つの移動パターンの間の任意の差異はターゲットに結合可能なヒット化合物サンプルの存在を示唆する。
（３）一つの競争的結合態様が国際公開公報９７／２２０００号により与えられ、それは既知の荷電リガンドを追跡する：ターゲットは最初に複合生物学的物質サンプルと混合され、それからターゲットに強固に結合する既知の荷電リガンドと混合されて、サンプル／ターゲット／既知リガンド混合物を形成する。この方法は、ターゲットと既知の強結合リガンドを共に保温する際に基本的に平衡操作を使用し、それにより既知の強結合リガンドはＣＥの前に任意の弱結合ヒットと置き換わる。この混合物はキャピラリー電気泳動法に供されて、既知の荷電リガンドの移動が追跡される。（このようにして、この方法はターゲットがＣＥの間容易に検出されないときには有用である。）  ターゲット単独存在時の既知のリガンドの移動パターンとのターゲットと複合生物学的物質サンプルの両方の存在時の既知の荷電リガンドの移動パターンとの任意の差異は、そのサンプル中の候補、未確認のターゲット結合リガンドの存在を示唆する。
（４）国際公開公報９７／２２０００号の他の競争的態様では、ターゲットの移動が追跡されそしてＣＥの測定緩衝液は既知の弱結合、競争的リガンドを含む。ターゲットはサンプルと混合され、そして混合物の一部分がＣＥ測定緩衝液中に既知の、相対的弱ターゲット結合の“競争者“リガンドの存在下にＣＥに供される。ターゲットの移動はＣＥの間追跡される。参照標準は既知のリガンドを含むＣＥ緩衝液におけるターゲット・プラグ単独の移動であり、その移動はリガンドを含まない緩衝液のターゲット移動単独と比較してＣＥ緩衝液中に分散する既知のリガンドに結合する弱、可逆性結合によりシフトされている。ヒットは全ＣＥ測定中ターゲットを拘束し既知の弱結合リガンドとの相互作用を防止するので、この競争的選別方法は、ターゲット／天然サンプル混合物中の強結合ヒット化合物の検出をすることができる。それ故、サンプル／ターゲット部分のターゲットのＣＥ移動パターンはリガンドを含まない測定緩衝液中におけるそれと同様に、ターゲットの移動位置へ逆戻りをする。この方法は、また未結合ターゲットがＣＥの間リガンドを含まない緩衝液中に容易に検出されない際には特に有用である。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００６】
国際公開公報９７／２２０００号は有用なＣＥ線別法を提供する一方、それは一定の共通する薬品選別法も課題を解決するものではない。好適に経済的な薬剤スクリーニングを妨げた主要因は、スクリーンされるサンプルの中に１個又は数個のターゲット弱結合配位子化合物が高濃度で存在することであった。これらは、同一サンプル内に低濃度で生じるそれより壊れやすい中乃至強結合又は強結合の配位子の存在を覆い隠してしまうことがある。別の主要阻害要因は、高親和力配位子についての、特にこれらが極めて複雑な混合物の中に存在するときの、構造情報の入手である。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
したがって、疾病に関わる分子又は重要物質代謝経路の重要分子に結合する新規生化学活性及び／又は潜在調節化合物を発見するための迅速で経済効率の良いスクリーニング・ツールに関する需要が残っている。ターゲットに対し最高の結合強度を示すこれら候補配位子を特性付ける方法もまた必要とされている。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
発明の要約
本発明は、毛管電気泳動と質量スペクトル測定技術の両方を結合する改良スクリーニング方法を提供することにより、これらの必要に答える。毛管電気泳動、詳しくは毛管帯電気泳動は、サンプルの極少量を消費するだけで、迅速で経済効率の良いサンプル内化合物の分離及び同定を可能にする。ここに教示される特定応用において、毛管電気泳動（ＣＥ）は、関係ターゲットに堅く結合する特定の候補配位子の選択的同定を可能にする。ＣＥステップは、ここに参照として組み込んだ国際出願ＰＣＴ／ＵＳ９８／２７４６３号で開示したように、選択された結合強度またはそれ以上の強度で関係ターゲット分子に結合するリガンドを除く、すべての配位子を篩い分けるよう最適化する。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
質量スペクトル測定（ＭＳ）は、ペプチド及びタンパク質のような生物分子の分子レベルでの分析を、高度の質量測定精度で可能にする。適切なＭＳイオン化技術には、以下に限らないが、電子衝撃イオン化（ＥＩ）、電子散布イオン化（ＥＳＩ）、化学的イオン化（ＣＩ）、大気圧化学的イオン化（ＡＰＣＩ）、マトリクス支援レーザー脱着イオン化（ＭＡＬＤＩ）、サーモスプレー（ＴＳＰ）、及び迅速原子衝突（ＦＡＢ）イオン化などが含まれる。これらのイオン化技術は、飛行時間型（ＴＯＦ）、単一又は三重核四極子、フーリエ変換、又はトラップＭＳ分析と組み合わされて、分析された化合物の追加情報を供与する。例えば、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量スペクトル測定は、サンプル調製の容易さ、質量スペクトル中の単一荷電イオンの優位性、感度、及び高速性などの点で価値がある。イオン・トラップ及びフーリエ変換ＭＳにより、必要に応じ、イオンの再分析が出来る。所望なら、追加の構造的又は副構造的データを得るため、質量スペクトル測定中に衝突誘起脱着（ＣＴＤ）などでイオンをフラグメント化させてもよい。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１０】
さらに、ＭＳでは化合物を検出してその分子量及び／又は大きさにより区別することが出来るので、単独で又は複合生化学サンプル存在下での何れかでＣＥに入った後、ターゲットの移動パターンを選択的に観察するのに、これを用いることができる。したがって、ＭＳにより、所望なら、別個の何らかの検出器及び／又はターゲットの何らかの誘導化（derivatization）を省略することが出来る。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
代わりに、別個の検出器、例えば超音波吸収（ＵＶ）又は蛍光検出器（例えば光誘起蛍光（ＬＩＦ）を、ＣＥ毛管又はマイクロチップに沿った一点で使用し、ＣＥ中のターゲットの移動を追跡し、そして質量スペクトル測定データと別にＣＥプロファイルを作ってもよい。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
選択されたターゲットと最も安定な化合物を作るこれら候補配位子の同定及び即時特性測定は、これら化合物の分離及び特性付けに必要な時間と資源とを最小にする。最も安定なターゲット結合配位子は、効果的な治療、調節、及び／又は診断用化合物及び医薬である可能性が高いので、本発明は、いっそう経済効率の良いスクリーニング方法を提供する。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
本方法は一般的に、複合生化学的サンプルのスクリーニング用の毛管電気泳動（ＣＥ）技術を、質量スペクトル測定（ＭＳ）分析ステップと連結して、任意の複合生化学的サンプルの中から、選ばれたターゲット分子に選ばれた結合強度で結合する任意の候補配位子を、選択的に同定し特性付けるための簡素化手順を提供する。都合のよいことに、ＣＥ／ＭＳ法は、中乃至強結合配位子（ＭＴＬ）、特に強結合配位子（ＴＬ）を、低濃度強結合配位子を覆い隠すことの多い高濃度弱結合配位子（ＷＬ）が同一サンプル中に存在していても、選択的に同定し特性付けすることが出来る。その結果、本方法は、すべて一つの過程内で、ＷＬを超えてＴＬを選択的に検出することにより、及び候補強結合配位子に関する有益な構造的データを作成することにより、先行ＣＥスクリーニング技術を大幅に改善する。代わりに、所望に応じて、本方法のＣＥその他の条件を、弱結合配位子が検出されるよう、調節することも出来る。本発明はまた、複合生化学サンプルの中で検出されたターゲット結合配位子を、それらの相対結合強度にしたがって、格付けすることが出来る。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５５】
最後に、本方法のＣＥ条件（例えば、温度、バッファ条件、電圧、など）は、国際出願ＰＣＴ／ＵＳ９８／／２７４６３の教示のように、数多のターゲット結合配位子の相対解離速度に影響するよう変更し、それによりそれらの相対結合強度を決定することができる。したがって、本方法は、検出された配位子候補を、選ばれたターゲットに対する相対親和力にしたがって、つまりそれらの治療用又は診断用化合物としての潜在価値にしたがって、格付けするのに使用することが出来る。特に、小型分子、例えば、多くの薬剤類似化合物の観点では、それらのＣＥオフ速度はそれらの相対結合強度に相関する。小型分子は大きさが約１０００ダルトン以下である。したがって、本発明は、検出された配位子候補を選ばれたターゲットのそれらの相対的親和力にしたがって、つまりそれらの治療用又は診断用化合物としての潜在価値にしたがって、格付けするのに使用することが出来る。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５６】
本発明のＣＥ／ＭＳスクリーニング方法の別の実施例は、前に論じた実施例ではそれほど容易に検出することの出来なかった中結合配位子を検出し特性付けするため実用される。この場合、ＣＥ測定緩衝液は、複合生物学的サンプル（例えば、選ばれたターゲットに対する潜在的な配位子である合成化合物の混合物）を含めてなる。このＣＢＳ含有流通緩衝液で満たしたＣＥ導管内にターゲットのプラグを入れて電気泳動させる。ターゲットがこの緩衝液中を移動するにつれ、ターゲットはＣＢＳの中に存在する任意のターゲット結合配位子に結合することが出来る。この設定においては、任意の潜在的なターゲット結合リガンドは、ターゲットとＣＰＳを先ず一緒に混合し次いでこの混合物のプラグをＣＥ導管（つまり、流通緩衝液がＣＢＳを含まない場所）に入れた前述の実施例に比べ、任意のポテンシャル・ターゲット結合配位子が高濃度で存在する傾向がある。したがって、中乃至弱配位子はこの時、ターゲットへの結合したままとなり易くしたがって検出され易い。