【手続補正書】
【提出日】平成15年8月28日(2003.8.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）器官または組織に由来するサンプルを得る工程；
ｂ）サンプル中の１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子の発現パターンを測定する工程、該１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子は、図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２、および図１４Ａ〜１４Ａ３中の遺伝子からなる群より選ばれるものである；ならびに
ｃ）工程ｂ）で得られた発現パターンを、腫瘍に特異的な１つまたはそれより多くの遺伝子の発現パターンと比較する工程
を含み、腫瘍に特異的な遺伝子発現パターンに類似するサンプル中のマーカー遺伝子発現パターンが腫瘍を同定する、腫瘍の同定方法。
【請求項２】
腫瘍の同定が、以下からなる群より選ばれるものである請求項１記載の腫瘍の同定方法：
（１）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１Ａ〜１Ｒ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が膀胱腫瘍である；
（２）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図２Ａ〜２Ｔ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が胸部腫瘍である；
（３）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図３Ａ〜３Ｚ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が中枢神経系（ＣＮＳ）腫瘍である；
（４）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図４Ａ〜４Ｓ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が結腸直腸腫瘍である；
（５）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図５Ａ〜５Ｍ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が白血病である；
（６）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図６Ａ〜６Ｗ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が肺腫瘍である；
（７）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図７Ａ〜７Ｄ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍がリンパ腫である；
（８）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図８Ａ〜８Ｘ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が黒色腫である；
（９）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図９Ａ〜９Ｃ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が中皮腫である；
（１０）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１０Ａ〜１０Ｐ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が卵巣腫瘍である；
（１１）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１１Ａ〜１１Ｏ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が膵臓腫瘍である；
（１２）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１２Ａ〜１２Ｖ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が前立腺腫瘍である；
（１３）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１３Ａ〜１３Ｎ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が腎臓腫瘍である；および
（１４）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が子宮腫瘍である。 
【請求項３】
ａ）被検体の器官または組織に由来するサンプルを得る工程；
ｂ）サンプル中の１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子の発現パターンを測定する工程、該１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子は、図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２、および図１４Ａ〜１４Ａ３中の遺伝子からなる群より選ばれるものである；ならびに
ｃ）工程ｂ）で得られた発現パターンを腫瘍に特異的な１つまたはそれより多くの遺伝子の発現パターンと比較する工程
を含み、腫瘍に特異的な遺伝子発現パターンに類似するサンプル中のマーカー遺伝子発現パターンが被検体の腫瘍発達の可能性の増大を示す、被検体における腫瘍発達の可能性を予測する方法。
【請求項４】
腫瘍発達の可能性の予測が、以下からなる群より選ばれるものである請求項３記載の腫瘍発達の可能性を予測する方法：
（１）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１Ａ〜１Ｒ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が膀胱腫瘍である；
（２）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図２Ａ〜２Ｔ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が胸部腫瘍である；
（３）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図３Ａ〜３Ｚ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が中枢神経系（ＣＮＳ）腫瘍である；
（４）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図４Ａ〜４Ｓ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が結腸直腸腫瘍である；
（５）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図５Ａ〜５Ｍ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が白血病である；
（６）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図６Ａ〜６Ｗ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が肺腫瘍である；
（７）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図７Ａ〜７Ｄ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍がリンパ腫である；
（８）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図８Ａ〜８Ｘ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が黒色腫である；
（９）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図９Ａ〜９Ｃ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が中皮腫である；
（１０）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１０Ａ〜１０Ｐ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が卵巣腫瘍である；
（１１）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１１Ａ〜１１Ｏ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が膵臓腫瘍である；
（１２）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１２Ａ〜１２Ｖ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が前立腺腫瘍である；
（１３）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１３Ａ〜１３Ｎ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が腎臓腫瘍である；および
（１４）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が子宮腫瘍である。
【請求項５】
ａ）被検体の器官または組織に由来するサンプルを得る工程；
ｂ）サンプル中の１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子の発現パターンを測定する工程、該１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子は、図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２、および図１４Ａ〜１４Ａ３中の遺伝子からなる群より選ばれるものである；ならびに
ｃ）工程ｂ）で得られた発現パターンを、腫瘍に特異的な１つまたはそれより多くの遺伝子の発現パターンと比較する工程
を含み、腫瘍に特異的な遺伝子発現パターンに類似するサンプル中のマーカー遺伝子発現パターンが被検体の腫瘍の存在を示す、被検体における腫瘍の診断方法。
【請求項６】
腫瘍の診断が以下の群より選ばれるものである、請求項５記載の腫瘍の診断方法：
（１）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１Ａ〜１Ｒ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が膀胱腫瘍である；
（２）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図２Ａ〜２Ｔ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が胸部腫瘍である；
（３）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図３Ａ〜３Ｚ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が中枢神経系（ＣＮＳ）腫瘍である；
（４）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図４Ａ〜４Ｓ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が結腸直腸腫瘍である；
（５）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図５Ａ〜５Ｍ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が白血病である；
（６）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図６Ａ〜６Ｗ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が肺腫瘍である；
（７）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図７Ａ〜７Ｄ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍がリンパ腫である；
（８）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図８Ａ〜８Ｘ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が黒色腫である；
（９）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図９Ａ〜９Ｃ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が中皮腫である；
（１０）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１０Ａ〜１０Ｐ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が卵巣腫瘍である；
（１１）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１１Ａ〜１１Ｏ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が膵臓腫瘍である；
（１２）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１２Ａ〜１２Ｖ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が前立腺腫瘍である；
（１３）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１３Ａ〜１３Ｎ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が腎臓腫瘍である；および
（１４）前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が子宮腫瘍である。
【請求項７】
ａ）細胞または細胞溶解物サンプルを提供する工程；
ｂ）細胞または細胞溶解物サンプルを候補化合物と接触させる工程；ならびに
ｃ）腫瘍に特異的な１つまたはそれより多くの遺伝子の発現における減少を検出する工程、該１つまたはそれより多くの遺伝子は、図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２、および図１４Ａ〜１４Ａ３中の遺伝子からなる群より選ばれるものである
を含み、腫瘍に特異的な１つまたはそれより多くの遺伝子の発現を減少させる候補化合物が癌の治療において使用するための化合物を同定する、癌の治療において使用するための化合物を同定する方法。
【請求項８】
化合物の同定が、以下の群より選ばれるものである請求項７記載の化合物を同定する方法：
（１）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１Ａ〜１Ｒ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が膀胱癌の治療に有用である；
（２）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図２Ａ〜２Ｔ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が乳癌の治療に有用である；
（３）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図３Ａ〜３Ｚ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が中枢神経系（ＣＮＺ）癌の治療に有用である；
（４）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図４Ａ〜４Ｓ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が結腸直腸癌の治療に有用である；
（５）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図５Ａ〜５Ｍ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が白血病の治療に有用である；
（６）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図６Ａ〜６Ｗ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が肺癌の治療に有用である；
（７）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図７Ａ〜７Ｄ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物がリンパ腫の治療に有用である；
（８）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図８Ａ〜８Ｘ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が黒色腫の治療に有用である；
（９）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図９Ａ〜９Ｃ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が中皮腫の治療に有用である；
（１０）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１０Ａ〜１０Ｐ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が卵巣癌の治療に有用である；
（１１）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１１Ａ〜１１Ｏ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が膵臓癌の治療に有用である；
（１２）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１２Ａ〜１２Ｖ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が前立腺癌の治療に有用である；
（１３）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１３Ａ〜１３Ｎ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が腎臓癌の治療に有用である；および
（１４）前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が子宮癌の治療に有用である。
【請求項９】
オリゴヌクレオチドマイクロアレイであって、図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２、および図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれる１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な多数のオリゴヌクレオチドプローブをそこに固定してなる、オリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項１０】
固定されるプローブが、以下の群より選ばれるものである請求項９記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ：
（１）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１Ａ〜１Ｒ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（２）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図２Ａ〜２Ｔ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（３）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図３Ａ〜３Ｚ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（４）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図４Ａ〜４Ｓ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（５）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図５Ａ〜５Ｍ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（６）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図６Ａ〜６Ｗ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（７）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図７Ａ〜７Ｄ３の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（８）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図８Ａ〜８Ｘ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（９）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図９Ａ〜９Ｃ３の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（１０）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１０Ａ〜１０Ｐ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（１１）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１１Ａ〜１１Ｏ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（１２）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１２Ａ〜１２Ｖ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである；
（１３）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１３Ａ〜１３Ｎ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである；および
（１４）前記１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれるものである。
【請求項１１】
マーカー遺伝子がＤＮＡである、請求項１記載の方法。
【請求項１２】
マーカー遺伝子がｍＲＮＡである、請求項１記載の方法。
【請求項１３】
マーカー遺伝子の発現パターンが、特異的ハイブリダイゼーションプローブを利用して測定される、請求項１１記載の方法。
【請求項１４】
マーカー遺伝子の発現パターンが、特異的ハイブリダイゼーションプローブを利用して測定される、請求項１２記載の方法。
【請求項１５】
マーカー遺伝子の発現パターンが、オリゴヌクレオチドマイクロアレイを利用して測定される、請求項１１記載の方法。
【請求項１６】
マーカー遺伝子の発現パターンが、オリゴヌクレオチドマイクロアレイを利用して測定される、請求項１２記載の方法。
【請求項１７】
１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子の発現の測定が、該１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドのレベルを測定することにより起こる、請求項１記載の方法。
【請求項１８】
前記ポリペプチドのレベルが、抗体を利用して測定される、請求項１７記載の方法。