【手続補正書】
【提出日】平成16年11月9日(2004.11.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の試料及び非悪性の試料からmRNAを単離し；
（ｄ）EGFR腫瘍の増幅試料及びEGFRの非悪性の増幅試料、又はHER2-neu腫瘍の増幅試料及びHER2-neuの非悪性の増幅試料を得るために、EGFR遺伝子の領域を増幅することができるオリゴヌクレオチドプライマー対、又はHER2-neu遺伝子の領域を増幅することができるオリゴヌクレオチドプライマー対を用いて、前記mRNAを増幅にかけ；
（ｅ）HER2-neu腫瘍の増幅試料及びHER2-neuの非悪性の増幅試料中のHER2-neu mRNAの量を決定し、又はEGFR腫瘍の増幅試料及びEGFRの非悪性の増幅試料中のEGFR mRNAの量を決定し；
（ｆ）ディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルを入手し、又はディファレンシャルなEGFRの発現レベルを入手し；そして
（ｇ）段階（ｆ）のディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルとディファレンシャルなHER2-neu遺伝子の発現についての閾値とを比較し、又は段階（ｆ）のディファレンシャルなEGFRの発現レベルとディファレンシャルなEGFR遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項２】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の試料及び非悪性の試料からmRNAを単離し；
（ｄ）腫瘍の増幅試料及び非悪性の増幅試料を得るために、EGFR遺伝子の領域を増幅することができるオリゴヌクレオチドプライマー対を用いて、前記mRNAを増幅にかけ；
（ｅ）EGFR腫瘍の増幅試料及びEGFRの非悪性の増幅試料中のEGFR mRNAの量を決定し；
（ｆ）ディファレンシャルなEGFRの発現レベルを入手し；そして
（ｇ）段階（ｆ）のディファレンシャルなEGFRの発現レベルとディファレンシャルなEGFR遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項３】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の試料及び非悪性の試料からmRNAを単離し；
（ｄ）腫瘍の増幅試料及び非悪性の増幅試料を得るために、HER2-neu遺伝子の領域を増幅することができるオリゴヌクレオチドプライマー対を用いて、前記mRNAを増幅にかけ；
（ｅ）腫瘍の増幅試料及び非悪性の増幅試料中のHER2-neu mRNAの量を決定し；
（ｆ）ディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルを入手し；そして
（ｇ）段階（ｆ）のディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルとディファレンシャルなHER2-neu遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項４】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の試料及び非悪性の試料からmRNAを単離し；
（ｄ）EGFR腫瘍の増幅試料及びEGFRの非悪性の増幅試料、並びにHER2-neu腫瘍の増幅試料及びHER2-neuの非悪性の増幅試料を得るために、EGFR遺伝子の領域を増幅することができるオリゴヌクレオチドプライマー対及びHER2-neu遺伝子の領域を増幅することができるオリゴヌクレオチドプライマー対を用いて、前記mRNAを増幅にかけ；
（ｅ）HER2-neu腫瘍の増幅試料及びHER2-neuの非悪性の増幅試料中のHER2-neu mRNAの量を決定し、且つEGFR腫瘍の増幅試料及びEGFRの非悪性の増幅試料中のEGFR mRNAの量を決定し；
（ｆ）ディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルを入手し、そしてディファレンシャルなEGFRの発現レベルを入手し；そして
（ｇ）段階（ｆ）のディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルとディファレンシャルなHER2-neu遺伝子の発現についての閾値とを比較し、且つ段階（ｆ）のディファレンシャルなEGFRの発現レベルとディファレンシャルなEGFR遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項５】  オリゴヌクレオチドプライマー対が配列番号１又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー及び配列番号２又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー、から成る、請求項２に記載の方法。
【請求項６】  オリゴヌクレオチドプライマー対が配列番号４又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー及び配列番号５又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー、から成る、請求項３に記載の方法。
【請求項７】  腫瘍が非小細胞肺癌の腫瘍である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】  プライマーがオリゴプライマー対である配列番号４又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー及び配列番号５又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー；並びにオリゴヌクレオチドプライマー対である配列番号１又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー及び配列番号２又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー、の両方から成る、請求項４に記載の方法。
【請求項９】  ディファレンシャルなEGFR遺伝子発現の閾値が約１．８である、請求項１，２，又は４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】  ディファレンシャルなHER2-neu遺伝子発現の閾値が約１．８である、請求項１，３，又は４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】  組織試料が固定され、又は固定されてパラフィン包埋される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の組織試料及び非悪性の組織試料からmRNAを単離し；ここで、前記組織試料は、前記mRNA単離前に固定され、又は固定されてパラフィン包埋される；
（ｄ）HER2-neu腫瘍組織試料及びHER2-neuの非悪性組織試料中のHER2-neu mRNAの量を決定し、又はEGFR腫瘍の組織試料及びEGFRの非悪性の組織試料中のEGFR mRNAの量を決定し；
（ｅ）ディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルを入手し、又はディファレンシャルなEGFRの発現レベルを入手し；そして
（ｆ）段階（ｅ）のディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルと約１．８のディファレンシャルなHER2-neu遺伝子の発現についての閾値とを比較し、又は段階（ｅ）のディファレンシャルなEGFRの発現レベルと約１．８のディファレンシャルなEGFR遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項１３】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の組織試料及び非悪性の組織試料からmRNAを単離し；ここで、前記組織試料は、前記mRNA単離前に固定され、又は固定されてパラフィン包埋される；
（ｄ）腫瘍組織試料及び非悪性組織試料中のHER2-neu mRNAの量を決定し、又は腫瘍組織試料及び非悪性の組織試料中のEGFR mRNAの量を決定し；
（ｅ）ディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルを入手し、又はディファレンシャルなEGFRの発現レベルを入手し；そして
（ｆ）段階（ｅ）のディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルと約１．８のディファレンシャルなHER2-neu遺伝子の発現についての閾値とを比較し、又は段階（ｅ）のディファレンシャルなEGFRの発現レベルと約１．８のディファレンシャルなEGFR遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項１４】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の組織試料及び非悪性の組織試料からmRNAを単離し；ここで、前記組織試料は、前記mRNA単離前に固定され、又は固定されてパラフィン包埋される；
（ｄ）腫瘍組織試料及び非悪性組織試料中のEGFR mRNAの量を決定し；
（ｅ）ディファレンシャルなEGFRの発現レベルを入手し；そして
（ｆ）段階（ｅ）のディファレンシャルなEGFRの発現レベルと約１．８のディファレンシャルなEGFR遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項１５】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の組織試料及び非悪性の組織試料からmRNAを単離し；ここで、前記組織試料は、前記mRNA単離前に固定され、又は固定されてパラフィン包埋される；
（ｄ）腫瘍組織試料及び非悪性組織試料中のHER2-neu mRNAの量を決定し；
（ｅ）ディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルを入手し；そして
（ｆ）段階（ｅ）のディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルと約１．８のディファレンシャルなHER2-neu遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項１６】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の組織試料及び非悪性の組織試料からmRNAを単離し；ここで、前記組織試料は、前記mRNA単離前に固定され、又は固定されてパラフィン包埋される；
（ｄ）腫瘍組織試料及び非悪性組織試料中のHER2-neu mRNAの量を決定し、そして腫瘍組織試料及び非悪性の増幅試料中のEGFR mRNAの量を決定し；
（ｅ）ディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルを入手し、且つディファレンシャルなEGFRの発現レベルを入手し；そして
（ｆ）段階（ｅ）のディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルと約１．８のディファレンシャルなHER2-neu遺伝子の発現についての閾値とを比較し、且つ段階（ｅ）のディファレンシャルなEGFRの発現レベルと約１．８のディファレンシャルなEGFR遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項１７】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の組織試料及び非悪性の組織試料からmRNAを単離し；ここで、前記組織試料は、前記mRNA単離前に固定され、又は固定されてパラフィン包埋される；
（ｄ）腫瘍組織試料及び非悪性組織試料中のHER2-neu mRNAの量を決定し、又は腫瘍組織試料及び非悪性の組織試料中のEGFR mRNAの量を決定し；
（ｅ）ディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルを入手し、又はディファレンシャルなEGFRの発現レベルを入手し；そして
（ｆ）段階（ｅ）のディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルとディファレンシャルなHER2-neu遺伝子の発現についての閾値とを比較し、又は段階（ｅ）のディファレンシャルなEGFRの発現レベルとディファレンシャルなEGFR遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項１８】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の組織試料及び非悪性の組織試料からmRNAを単離し；ここで、前記組織試料は、前記mRNA単離前に固定され、又は固定されてパラフィン包埋される；
（ｄ）腫瘍組織試料及び非悪性の組織試料中のEGFR mRNAの量を決定し；
（ｅ）ディファレンシャルなEGFRの発現レベルを入手し；そして
（ｆ）段階（ｅ）のディファレンシャルなEGFRの発現レベルとディファレンシャルなEGFR遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項１９】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の組織試料及び非悪性の組織試料からmRNAを単離し；ここで、前記組織試料は、前記mRNA単離前に固定され、又は固定されてパラフィン包埋される；
（ｄ）腫瘍組織試料及び非悪性組織試料中のHER2-neu mRNAの量を決定し；
（ｅ）ディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルを入手し；そして
（ｆ）段階（ｅ）のディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルとディファレンシャルなHER2-neu遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項２０】  受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定するための方法であって、
（ａ）腫瘍の組織試料を入手し；
（ｂ）対応する非悪性の組織試料を入手し；
（ｃ）腫瘍の組織試料及び非悪性の試料からmRNAを単離し；ここで、前記組織試料は、前記mRNA単離前に固定され、又は固定されてパラフィン包埋される；
（ｄ）腫瘍組織試料及び非悪性組織試料中のHER2-neu mRNAの量を決定し、且つ腫瘍組織試料及び非悪性の増幅試料中のEGFR mRNAの量を決定し；
（ｅ）ディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルを入手し、且つディファレンシャルなEGFRの発現レベルを入手し；そして
（ｆ）段階（ｅ）のディファレンシャルなHER2-neuの発現レベルとディファレンシャルなHER2-neu遺伝子の発現についての閾値とを比較し、且つ段階（ｅ）のディファレンシャルなEGFRの発現レベルとディファレンシャルなEGFR遺伝子の発現についての閾値とを比較することによって、受容体チロシンキナーゼを標的とした薬剤を含んで成る化学療法による養生法を決定すること、
を含んで成る方法。
【請求項２１】  段階（ｄ）が、配列番号１又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー及び配列番号２又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー、から成るオリゴヌクレオチドプライマー対の使用を含んで成る、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】  段階（ｄ）が、配列番号４又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー及び配列番号５又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー、から成るオリゴヌクレオチドプライマー対の使用を含んで成る、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】  腫瘍が非小細胞肺癌の腫瘍である、請求項１７〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】  段階（ｄ）が、オリゴプライマー対である配列番号４又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー及び配列番号５又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー；並びにオリゴヌクレオチドプライマー対である配列番号１又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー及び配列番号２又はそれと少なくとも約８０％同一のオリゴヌクレオチドプライマー、から成る２つのオリゴヌクレオチドプライマー対の使用を含んで成る、請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】  段階（ｄ）が、前記腫瘍組織試料及び前記非悪性組織試料から単離されるmRNAを増幅する段階、を含んで成る、請求項１７〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】  段階（ｃ）が、有効濃度のカオトロピック剤の存在下で固定された組織試料を加熱する段階を含んで成り、ここで、当該加熱が約７５℃〜約１００℃の温度で約５〜約１２０分行われる、請求項１７〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】  前記組織試料が、前記mRNA単離の前に固定され、又は固定されてパラフィン包埋され、且つ段階（ｃ）が、有効濃度のカオトロピック剤の存在下で固定された組織試料を加熱する段階を含んで成り、ここで、当該加熱が約５０℃〜約１００℃の温度で行われる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】  前記組織試料が、前記mRNA単離の前に固定され、又は固定されてパラフィン包埋され、且つ段階（ｃ）が、有効濃度のカオトロピック剤の存在下で固定された組織試料を加熱する段階を含んで成り、ここで、当該加熱が約５０℃〜約１００℃の温度で行われる、請求項１７〜２０のいずれか１項に記載の方法。