【手続補正書】
【提出日】平成16年12月7日(2004.12.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  サンプル中の標的核酸の存在を決定するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）負に荷電したポリヌクレオチドプローブおよび合成水溶性ポリカチオン性ポリマーをサンプルに提供する工程であって、ここで、該プローブが該サンプル中に存在し得る標的核酸に優先的にハイブリダイズすることが可能な条件下で、該プローブが該サンプルに提供され、それによって、プローブ：標的の二重鎖を形成し得る工程であって、ここで、該ポリマーは、該条件下で、該サンプル中の該プローブと該標的核酸との会合速度が増大するのに十分な量で該サンプル中に提供される、工程；
ｂ）該プローブおよび該標的核酸が、該サンプル中で会合するのに十分な時間を経過した後に、該二重鎖から該ポリマーが解離するのに十分な量で、該サンプルを解離試薬に曝露する工程；および
ｃ）該標的核酸の存在または非存在の指標として、該二重鎖が該サンプル中に存在するか否かを決定する工程
を包含する、方法。
【請求項２】  前記ポリマーを構成するカチオン性モノマーが、前記プローブのリン酸基のモル濃度を超える、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  前記ポリマーが、コポリマーである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】  前記ポリマーが、グラフトコポリマーである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項５】  前記ポリマーが、非局在電荷を有する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項６】  前記サンプル中の前記ポリマーの濃度が、約１０μＭ〜約１００μＭの範囲内である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】  前記ポリマーが、約３００，０００Ｄａ未満の重量平均分子量を有する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】  前記プローブが標識を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】  請求項８に記載の方法であって、前記プローブは、複数の相互作用標識を含み、そして前記標的核酸の非存在下で、前記条件下で互いにハイブリダイズする第一および第二の塩基領域を含み、ここで、該標識は、互いに相互作用して、該プローブが該標的核酸にハイブリダイズしない場合に第一の検出可能なシグナルを生じ、そして該プローブが該標的核酸にハイブリダイズする場合に第二の検出可能なシグナルを生じ、そしてここで、該第一および第二のシグナルは、互いに検出可能に異なる、方法。
【請求項１０】  請求項９に記載の方法であって、前記プローブは、前記条件下で前記標的核酸にハイブリダイズする第三の塩基領域を含み、ここで、該第三の塩基領域は、前記第一および第二の塩基領域とは異なるか、または該第三の塩基領域は、該プローブの該第一および第二の塩基領域の少なくとも１つと、部分的もしくは完全に重複する、方法。
【請求項１１】  前記プローブが、ポリアニオンである、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】  前記プローブが、カチオン性基および非イオン性基の少なくとも１つをさらに含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】  前記ポリマーの隣接カチオン性モノマー間の距離が、前記プローブおよび前記標的核酸の隣接リン酸基間の距離に近似する、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】  前記標的核酸がＲＮＡを含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】  前記ＲＮＡがリボソームＲＮＡである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】  前記ＲＮＡがメッセンジャーＲＮＡである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】  前記ポリマーを含む複合体が、前記条件下にて前記サンプル中で形成される、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】  前記複合体が、共有結合した複数のポリマーを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】  前記複合体が、共有結合したポリマーおよびポリヌクレオチドを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】  前記複合体が水溶性である、請求項１７〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】  前記プローブおよび前記ポリマーが、前記二重鎖の形成中に溶液中に存在する、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】  請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法であって、前記条件下かつ前記ポリマーの存在下での前記プローブと前記標的核酸との会合速度が、該条件下かつ該ポリマーの非存在下での該プローブと該標的核酸との会合速度よりも、少なくとも約２倍速い、方法。
【請求項２３】  請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法であって、前記条件下かつ前記ポリマーの存在下での前記プローブと前記標的核酸との会合速度が、該条件下かつ該ポリマーの非存在下での該プローブと該標的核酸との会合速度よりも、少なくとも約５倍速い、方法。
【請求項２４】  請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法であって、前記条件下かつ前記ポリマーの存在下での前記プローブと前記標的核酸との会合速度が、該条件下かつ該ポリマーの非存在下での該プローブと該標的核酸との会合速度よりも、少なくとも約１０倍速い、方法。
【請求項２５】  請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法であって、前記条件下かつ前記ポリマーの存在下での前記プローブと前記標的核酸との会合速度が、該条件下かつ該ポリマーの非存在下での該プローブと該標的核酸との会合速度よりも、少なくとも約１００倍速い、方法。
【請求項２６】  請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法であって、前記条件下かつ前記ポリマーの存在下での前記プローブと前記標的核酸との会合速度が、該条件下かつ該ポリマーの非存在下での該プローブと該標的核酸との会合速度よりも、少なくとも約１０００倍速い、方法。
【請求項２７】  前記解離試薬が、ポリアニオンまたはアニオン性界面活性剤の少なくとも１つである、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】  前記条件が、少なくとも約４０℃の温度および少なくとも約５ｍＭの一価カチオンの塩濃度または多価カチオンを含有する等価な塩濃度を含む、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】  前記温度が、約６０℃までである、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】  前記条件が、少なくとも約４０℃の温度および少なくとも約１５０ｍＭの一価カチオンの塩濃度または多価カチオンを含有する等価な塩濃度を含む、請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】  前記温度が、約６０℃までである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】  前記ポリマーが、前記プローブの前に前記サンプルに提供される、請求項１〜３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】  前記決定工程が、ウイルスまたは生物あるいはウイルスまたは生物の群のメンバーの、前記サンプル中での存在または非存在について診断するものである、請求項１〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】  前記プローブが、前記標的核酸配列と少なくとも１塩基の差異を有する、前記サンプル中に存在する１以上の核酸配列と安定してハイブリダイズする、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】  前記プローブおよび前記ポリマーが、独立して前記サンプルに提供される、請求項１〜３４のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】  キットであって、以下：
第一セットのハイブリダイゼーション条件下で、試験サンプル中に存在する標的核酸に優先的にハイブリダイズする、負に荷電したポリヌクレオチドプローブ；
該第一セットのハイブリダイゼーション条件下で、該サンプル中の該プローブと該標的核酸の会合速度を増大させるに十分な量での、合成水溶性ポリカチオン性ポリマー；ならびに
該サンプル中の該プローブと該標的核酸から該ポリマーを解離させるため解離試薬、
を備える、キット。
【請求項３７】  前記ポリマーを含むカチオン性モノマーが、前記プローブのリン酸基のモル濃度を超える、請求項３６に記載のキット。
【請求項３８】  前記ポリマーが、コポリマーである、請求項３６または３７に記載のキット。
【請求項３９】  前記ポリマーが、グラフトコポリマーである、請求項３６または３７に記載のキット。
【請求項４０】  前記ポリマーが、非局在電荷を有する、請求項３６または３７に記載のキット。
【請求項４１】  前記ポリマーが、約３００，０００Ｄａ未満の重量平均分子量を有する、請求項３６〜４０のいずれか１項に記載のキット。
【請求項４２】  前記プローブが標識含む、請求項３６〜４１のいずれか１項に記載のキット。
【請求項４３】  請求項４２に記載のキットであって、前記プローブは、複数の相互作用標識を含み、そして前記標的配列の非存在下で、前記第一セットのハイブリダイゼーション条件下で互いにハイブリダイズする第一および第二の塩基領域を含み、ここで、該標識は、互いに相互作用して、該プローブが該標的配列にハイブリダイズしない場合に第一の検出可能なシグナルを生じ、そして該プローブが該標的配列にハイブリダイズする場合に第二の検出可能なシグナルを生じ、そしてここで、該第一および第二のシグナルは、互いに検出可能に異なる、キット。
【請求項４４】  請求項４３に記載のキットであって、前記プローブは、前記第一セットのハイブリダイゼーション条件下で前記標的配列にハイブリダイズする第三の塩基領域を含み、ここで、該第三の塩基領域は、前記第一および第二の塩基領域とは異なるか、または該第三の塩基領域は、該プローブの該第一および第二の塩基領域の少なくとも１つと、部分的もしくは完全に重複する、キット。
【請求項４５】  前記プローブが、ポリアニオンである、請求項３６〜４４に記載のキット。
【請求項４６】  前記プローブが、カチオン性基および非イオン性基の少なくとも１つをさらに含む、請求項４５に記載のキット。
【請求項４７】  前記ポリマーの隣接カチオン性モノマー間の距離が、前記プローブの隣接リン酸基間の距離に近似する、請求項４５または４６に記載のキット。
【請求項４８】  前記標的核酸がＲＮＡを含む、請求項３６〜４７のいずれか１項に記載のキット。
【請求項４９】  前記ＲＮＡがリボソームＲＮＡである、請求項４８に記載のキット。
【請求項５０】  前記ＲＮＡがメッセンジャーＲＮＡである、請求項４８に記載のキット。
【請求項５１】  前記解離試薬が、ポリアニオンまたはアニオン性界面活性剤の少なくとも１つである、請求項３６〜５０のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５２】  前記サンプル中のウイルスもしくは生物、またはウイルスもしくは生物の群のメンバーの存在または非存在の指標として、該サンプル中の該標的配列の存在または非存在を決定するためにアッセイを実行するための指示書をさらに備える、請求項３６〜５１のいずれか１項に記載のキット。
【請求項５３】  前記指示書が、少なくとも約４０℃の温度および少なくとも約５ｍＭの一価カチオンの塩濃度または多価カチオンを含む等価な塩濃度を含むハイブリダイゼーション条件を特定する、請求項５２に記載のキット。
【請求項５４】  前記指示書によって特定される温度が、約６０℃までである、請求項５３に記載のキット。
【請求項５５】  前記指示書が、少なくとも約４０℃の温度および少なくとも約１５０ｍＭの一価カチオンの塩濃度または多価カチオンを含む等価な塩濃度を含むハイブリダイゼーション条件を特定する、請求項５３に記載のキット。
【請求項５６】  前記指示書によって特定される温度が、約６０℃までである、請求項５５に記載のキット。
【請求項５７】  請求項３６〜５６のいずれか１項に記載のキットであって、第二セットのハイブリダイゼーション条件下で、前記標的核酸中に存在する塩基領域に安定にハイブリダイズする塩基領域を有する捕捉プローブをさらに備え、ここで、前記第一セットのハイブリダイゼーション条件および該第二セットのハイブリダイゼーション条件は、同じであっても異なってもよく、そしてここで、該捕捉プローブは、該第一セットのハイブリダイゼーション条件下で該標的核酸に安定にハイブリダイズする、キット。
【請求項５８】  １以上の増幅プライマーをさらに備える、請求項３６〜５７のいずれか１項に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
アニオン性基に加えて、本発明において特徴付けられるポリヌクレオチドプローブは、さらに、カチオン／非イオン性基をさらに含み得る（但し、プローブは、正味の負電荷を有する）。ポリヌクレオチドは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、ＤＮＡおよびＲＮＡの組み合わせから成り得るか、または核酸アナログ（例えば、ペプチド核酸）を含み得るか、もしくは１つ以上の改変ヌクレオシド（例えば、リボウラノシル部分の２’−Ｏ−メチル置換を有するリボヌクレオシド）を含み得る。非ヌクレオチド基（例えば、多糖類またはポリエチレングリコール）はまた、プローブ中に含まれ得る。提供される非ヌクレオチドは、標的核酸に対するプローブのハイブリダイゼーションを防がないかまたは実質的に干渉しない。本発明のプローブは、１００塩基長までかまたはそれ以上の塩基長（好ましくは、１２〜５０塩基長、そしてより好ましくは、１８〜３５塩基長）であり、標的核酸（この塩基領域は、好ましくは標的配列と完全に相補的である）中に含まれる標的配列に相補的な塩基領域を含む。