【手続補正書】
【提出日】平成16年11月12日(2004.11.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  以下の（a）〜（n）：
（a）配列番号１のポリヌクレオチド断片、または配列番号１にハイブリダイズすることができるATCC受託番号PTA-2766に含まれるcDNA配列のポリヌクレオチド断片、
（b）配列番号２のポリペプチド断片、または配列番号１にハイブリダイズすることができるATCC受託番号PTA-2766に含まれるcDNA配列がコードするポリペプチド断片、をコードするポリヌクレオチド、
（c）配列番号２のポリペプチドドメイン、または配列番号１にハイブリダイズすることができるATCC受託番号PTA-2766に含まれるcDNA配列がコードするポリペプチドドメイン、をコードするポリヌクレオチド、
（d）配列番号２のポリペプチドエピトープ、または配列番号１にハイブリダイズすることができるATCC受託番号PTA-2766に含まれるcDNA配列がコードするポリペプチドエピトープ、をコードするポリヌクレオチド、
（e）生物学的活性を持つ、配列番号２のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、または配列番号１にハイブリダイズすることができるATCC受託番号PTA-2766に含まれるcDNA配列、
（f）配列番号１の変異体であるポリヌクレオチド、
（g）配列番号１のアレル変異体であるポリヌクレオチド、
（h）配列番号２の種ホモログをコードするポリヌクレオチド、
（i）配列番号２のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（j）配列番号２の成熟型ポリペプチドをコードする配列番号１のヌクレオチド182〜1372を含有するポリヌクレオチド、
（k）開始コドンを除く配列番号２のポリペプチドをコードする配列番号１のヌクレオチド71〜1372を含有するポリヌクレオチド、
（l）開始コドンを含む配列番号２のポリペプチドをコードする配列番号１のヌクレオチド68〜1372を含有するポリヌクレオチド、
（m）上記（a）〜（l）のいずれか１つの相補配列（アンチセンス）であるポリヌクレオチド、および
（n）（a）〜（m）に記載のポリヌクレオチドのいずれか１つにストリンジェントな条件でハイブリダイズする能力を持ち、かつＡ残基のみまたはＴ残基のみのヌクレオチド配列を持つ核酸分子にストリンジェントな条件でハイブリダイズしない、ポリヌクレオチド、
からなる群から選ばれる配列と少なくとも95％一致するヌクレオチド配列を持つポリヌクレオチドを含む、単離された核酸分子。
【請求項２】  該ポリヌクレオチド断片がセルピンタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の単離された核酸分子。
【請求項３】  該ポリヌクレオチド断片が、配列番号２に示す配列、または配列番号１にハイブリダイズすることができるATCC受託番号PTA-2766に含まれるcDNA配列がコードするポリペプチド、をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の単離された核酸分子。
【請求項４】  該ポリヌクレオチド断片が、配列番号１の全ヌクレオチド配列、または配列番号１にハイブリダイズすることができるATCC受託番号PTA-2766に含まれるcDNA配列を含む、請求項１に記載の単離された核酸分子。
【請求項５】  該ヌクレオチド配列が、C末端またはN末端からの連続的ヌクレオチド欠失を含む、請求項２に記載の単離された核酸分子。
【請求項６】  該ヌクレオチド配列が、C末端またはN末端からの連続的ヌクレオチド欠失を含む、請求項３に記載の単離された核酸分子。
【請求項７】  請求項１に記載の単離された核酸分子を含む組換えベクター。
【請求項８】  請求項１に記載の単離された核酸分子を含む組換え宿主細胞を産生する方法。
【請求項９】  請求項８に記載の方法によって産生される組換え宿主細胞。
【請求項１０】  ベクター配列を含む請求項９に記載の組換え宿主細胞。
【請求項１１】  以下の（a）〜（l）：
（a）配列番号２またはATCC受託番号PTA-2766に含まれるコードされた配列のポリペプチド断片、
（b）生物学的活性を持つ、配列番号２またはATCC受託番号PTA-2766に含まれるコードされた配列のポリペプチド断片、
（c）配列番号２またはATCC受託番号PTA-2766に含まれるコードされた配列のポリペプチドドメイン、
（d）配列番号２またはATCC受託番号PTA-2766に含まれるコードされた配列のポリペプチドエピトープ、
（e）配列番号２またはATCC受託番号PTA-2766に含まれるコードされた配列の全長タンパク質、
（f）配列番号２の変異体、
（g）配列番号２のアレル変異体、
（h）配列番号２の種ホモログ、
（i）アミノ酸39〜435は配列番号２の成熟型ポリペプチドを含む、配列番号２の該アミノ酸39〜435を含むポリペプチド、
（j）開始メチオニンを除く配列番号２のポリペプチドを含む、配列番号２のアミノ酸2〜435を含むポリペプチド、
（k）配列番号２のアミノ酸1〜435を含むポリペプチド、および
（l）ATCC受託番号PTA-2766に含まれるcDNAがコードするポリペプチド、
からなる群から選ばれる配列と少なくとも95％一致するアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項１２】  該全長タンパク質はC末端またはN末端からの連続的アミノ酸欠失を含む、請求項１１に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１３】  請求項１１に記載の単離されたポリペプチドに特異的に結合する単離された抗体。
【請求項１４】  請求項１１に記載の単離されたポリペプチドを発現させる組換え宿主細胞。
【請求項１５】  単離されたポリペプチドを産生する方法であって、
（a）請求項１４に記載の組換え宿主細胞を該ポリペプチドが発現されるような条件下で培養すること、および
（b）該ポリペプチドを回収すること
を含む、該方法。
【請求項１６】  請求項１５に記載の方法によって産生されるポリペプチド。
【請求項１７】  精巣癌、甲状腺機能亢進病（例えば、グレーヴス病）、および糖尿病からなる群から選ばれる疾患を予防し、治療しまたは軽減するための医薬組成物であって、有効成分として治療学的に有効な量の請求項１１に記載のポリペプチドまたは請求項１に記載の単離された核酸分子と、医薬的に許容し得る担体、ビヒクル、湿潤剤、乳化剤、ｐＨ緩衝剤、結合剤、可溶化剤、および局所麻酔剤とを一緒に含有する、該医薬組成物。
【請求項１８】  被験者における病理学的な病気または病理学的な病気に対する感受性を診断する方法であって、
（a）請求項１に記載の単離された核酸分子中での突然変異の有無を測定し；そして、
（b）該突然変異の有無に基づいて、病理学的な病気または病理学的な病気に対する感受性を診断すること
を含む、該方法。
【請求項１９】  被験者における病理学的な病気または病理学的な病気に対する感受性を診断する方法であって、
（a）生物学的な試料中での請求項１１に記載のポリペプチドの存在またはその発現量を測定し；そして、
（b）該ポリペプチドの存在またはその発現量に基づいて病理学的な病気または病理学的な病気に対する感受性を診断すること
を含む、該方法。
【請求項２０】  請求項１１に記載のポリペプチドに対する結合パートナーを同定する方法であって、
（a）請求項１１に記載のポリペプチドを結合パートナーと接触させ；そして、
（b）該結合パートナーが該ポリペプチドの活性に影響を及ぼすかどうかを測定すること
を含む、該方法。
【請求項２１】  配列番号２に記載のcDNA配列に対応する遺伝子。
【請求項２２】  生物学的なアッセイにおいて活性を同定する方法であって、
（a）細胞中で配列番号１のポリヌクレオチドまたその断片を発現させ、
（b）上清を単離し、
（c）生物学的なアッセイにおいて活性を検出し、そして、
（d）該活性を持つ該上清中のタンパク質を同定すること
を含む、該方法。
【請求項２３】  請求項２０に記載の方法によって産生する産物。
【請求項２４】  改変されたセルピン活性を持つ遺伝子産物をコードするポリヌクレオチド配列を得る方法であって、
a）請求項１に記載のヌクレオチド配列をシャッフルし、
b）その結果得られるシャッフルされたヌクレオチド配列を発現させ、そして、
c）該改変されていないヌクレオチド配列の遺伝子産物の活性と比較して改変したセルピン活性を選択すること
を含む、該方法。
【請求項２５】  請求項２４に記載の方法から産生されるシャッフルされたポリヌクレオチド配列。
【請求項２６】  分子もしくは分子複合体は表IIIに記載のLSI-01モデルの構造座標、または該分子もしくは分子複合体のホモログの３次元表示を含む、該分子または分子複合体の３次元表示を得るためのコンピュータであって、ここで、該ホモログは骨格原子からの根平均２乗偏差が4.0ANG.以下であり、該コンピュータは、
A．）機械で読み取り可能なデータをコード化するデータ記憶物質を含む機械で読み取り可能なデータ記憶媒体（該データは表IIIに記載のLSI-01モデルまたは該モデルのホモログの構造座標の組みによって定義され、該ホモログは骨格原子からの根平均２乗偏差が4.0Å以下である）；
B．）該機械で読み取り可能なデータを処理するための、指令を記憶するための作業記憶；
C．）該機械で読み取り可能なデータを処理して該３次元表示を得るための、該作業記憶および該機械で読み取り可能なデータ記憶媒体と連結させた中央処理装置；および
D．）該３次元表示を表示するための、該中央処理装置と連結させたディスプレー
を含む、該コンピュータ。
【請求項２７】  機械で読み取り可能な記憶媒体が表IIIに記載のLSI-01モデルまたは該分子のホモログの構造座標の組みによって定義される、請求項２６に記載のコンピュータであって、該ホモログは骨格原子からの根平均２乗偏差が3.0Å以下である、該コンピュータ。
【請求項２８】  表IIIに記載のLSI-01または該分子もしくは分子複合体の変異体もしくはホモログの構造座標によって定義されるモデルの全てもしくはそのいずれか一部を含むモデル。
【請求項２９】  改変された生物学的な性質、機能または反応性を有するLSI-01の変異体を同定する方法であって、以下のａ〜d：
a．上記請求項１７の治療学的な効果を示す改変された生物学的な機能または性質を有するタンパク質変異体の設計において、LSI-01モデルまたは表IIIに記載の該モデルのホモログを使用すること；
b．上記の請求項１７に記載の治療学的な効果を示す改変された生物学的な機能または性質を有する、表IIIに記載のアミノ酸A384、T385、A386、A387、T388、T389、T390、K391、F392、I393、V394、R395、S396、K397、D398、G399、P400、S401、Y402、F403およびT404を含む反応ループ領域中に突然変異を有するタンパク質の設計において、該LSI-01モデルまたは該モデルのホモログを使用すること；
c．上記請求項１７に記載の治療学的な効果を示す改変された生物学的な機能または性質を有する、表IIIに記載のアミノ酸Y63-E80、E125-T140およびA306-S315が含むヘパリン結合領域中に突然変異を有するタンパク質の設計において、LSI-01モデルまたは該モデルのホモログを使用すること；および
d．上記請求項１７に記載の治療学的な効果を示す改変された生物学的な機能または性質を有する表IIIに記載のアミノ酸N185-T201、Q202-I209、A217-K227およびK368-V377が含む切断される反応ループ結合領域中に突然変異を有するタンパク質の設計において、LSI-01モデルまたは該モデルのホモログを使用すること、
からなる群から選ばれる工程を含む、該方法。
【請求項３０】  LSI-01の生物学的な性質、機能または反応性のモジュレーターを同定する方法であって、以下のａおよびb：
a.）表IIIに記載の３次元LSI-01構造モデルの残基Y63-E80、E125-T140およびA306-S315の全てまたはいずれか一部によって定義されるヘパリン結合領域を空間的に覆う被験化合物をモデリングしたり、あるいはホモログまたはその部分を使用すること；および
b.）表IIIに記載の３次元構造モデルの残基N185-T201、Q202-I209、A217-K227およびK368-V377を含む切断される反応ループ結合領域の全てまたはいずれか一部によって定義される領域を空間的に覆う被験化合物をモデリングしたり、あるいはホモログまたはその部分を使用すること
からなる群から選ばれる工程を含む、該方法。
【請求項３１】  請求項２８に記載の構造座標を用いて、LSI-01の構造的および化学的な特徴を同定する方法であって、
a．潜在的なLSI-01モジュレーターとしての化合物を設計したりまたは選択するのに、同定された構造的または化学的な特徴を使用すること；
b．潜在的なLSI-01モジュレーターとしての化合物を設計したりまたは選択するのに、３次元構造モデルを使用すること；
c．潜在的なLSI-01モジュレーターを製造すること；および
d．タンパク質とLSI-01との結合を特徴とするアッセイにおいて、潜在的なLSI-01モジュレーターをスクリーニングすること
からなる群の要素から選ばれる工程を含む、該方法。
【請求項３２】  潜在的なLSI-01モジュレーターをデータベースから選択する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】  潜在的なLSI-01モジュレーターを新規に設計する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】  潜在的なLSI-01モジュレーターを活性の公知モジュレーターから設計する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】  免疫障害、Ｔ−細胞悪性、白血病およびＢ−細胞白血病からなる群から選ばれる疾患を予防し、治療しまたは軽減するための医薬組成物であって、有効成分として治療学的に有効な量の請求項１１に記載のポリペプチドまたは請求項１に記載の単離された核酸分子と、医薬的に許容し得る担体、ビヒクル、湿潤剤、乳化剤、ｐＨ緩衝剤、結合剤、可溶化剤、および局所麻酔剤とを一緒に含有する、該医薬組成物。
【請求項３６】  以下の（a）〜（f）：
（a）配列番号２のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、
（b）配列番号２の成熟型ポリペプチドをコードする配列番号１のヌクレオチド182〜1372を含むポリヌクレオチド、
（c）開始コドンを除く配列番号２のポリペプチドをコードする配列番号１のヌクレオチド71〜1372を含むポリヌクレオチド、
（d）開始コドンを含む配列番号２のポリペプチドをコードする配列番号１のヌクレオチド68〜1372を含むポリヌクレオチド、
（e）ATCC受託番号PTA-2766に含まれるcDNAクローンがコードするLSI-01ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および
（f）上記の（a）〜（e）のいずれか１つの相補配列（アンチセンス）であるポリヌクレオチド
からなる群から選ばれるヌクレオチド配列を持つポリヌクレオチドからなる単離された核酸分子。
【請求項３７】  該ポリヌクレオチドはセルピンタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項３６に記載の単離された核酸分子。
【請求項３８】  該ポリヌクレオチドは配列番号２として同定されたポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項３６に記載の単離された核酸分子。
【請求項３９】  該ヌクレオチド配列はC末端またはN末端からの連続的ヌクレオチド欠失を含む、請求項３７に記載の単離された核酸分子。
【請求項４０】  請求項３７に記載の単離された核酸分子を含む、組換えベクター。
【請求項４１】  請求項４０に記載の組換えベクターを含む、組換え宿主細胞。
【請求項４２】  以下の（a）〜（g）：
（a）セルピン活性を持つ配列番号２のポリペプチド断片、
（b）セルピン活性を持つ配列番号２のポリペプチドドメイン、
（c）配列番号２の全長タンパク質、
（d）セルピン活性を持つ配列番号２の変異体、
（e）配列番号２の成熟型ポリペプチドを含む配列番号２のアミノ酸39〜435を含むポリペプチド、
（e）開始メチオニンを除く配列番号２のポリペプチドを含む配列番号２のアミノ酸2〜435を含むポリペプチド、
（f）配列番号２のアミノ酸1〜435を含むポリペプチド、および
（g）ATCC受託番号PTA-2766に含まれるcDNAがコードするポリペプチド、
から選ばれるアミノ酸配列からなる、単離されたポリペプチド。
【請求項４３】  カリウムチャンネルベータサブユニットに結合しおよび/またはカリウムチャンネルベータサブユニットの活性を調節することができる候補化合物のスクリーニング方法であって、
（a.）被験化合物を実質的にまたは部分的に精製された請求項３７に記載のポリペプチドと接触させること、および
（b.）該ポリペプチドに結合しおよび/または該ポリペプチドの活性を調節する被験化合物を候補化合物として選択すること、
を含む方法。
【請求項４４】  候補化合物は小分子である、請求項４３に記載の方法。