【手続補正書】
【提出日】平成16年6月28日(2004.6.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
各分子が以下の配列群に基づいた一連のオリゴヌクレオチドから選択されるオリゴヌクレオチドを含む、標識または標識補体として使用される分子を含む組成物であって：
2004522440.tif 000001
2004522440.tif 000002
2004522440.tif 000003
2004522440.tif 000004
これについて：
(A)1から22の各々はWWWW、 WWWX、 WWWY、 WWXW、 WWXX、 WWXY、 WWYW、 WWYX、 WWYY、 WXWW、 WXWX、 WXWY、 WXXW、 WXXX、 WXXY、 WXYW、 WXYX、 WXYY、 WYWW、 WYWX、 WYWY、 WYXW、 WYXX、 WYXY、 WYYW、 WYYX、 WYYY、 XWWW、 XWWX、 XWWY、 XWXW、 XWXX、 XWXY、 XWYW、 XWYX、 XWYY、 XXWW、 XXWX、 XXWY、 XXXW、 XXXX、 XXXY、 XXYW、 XXYX、 XXYY、 XYWW、 XYWX、 XYWY、 XYXW、 XYXX、 XYXY、 XYYW、 XYYX、 XYYY、 YWWW、 YWWX、 YWWY、 YWXW、 YWXX、 YWXY、 YWYW、 YWYX、 YWYY、 YXWW、 YXWX、 YXWY、 YXXW、 YXXX、 YXXY、 YXYW、 YXYX、 YXYY、 YYWW、 YYWX、 YYWY、 YYXW、 YYXX、 YYXY、 YYYW、 YYYX、およびYYYYからなる4mer群から選択された4merであり、かつ 
(B)1から22の各々は他の1から22のすべてと異なるように選択され、
(C)それぞれのW、XとYは次の塩基であり、
(i)(a)W = A、T/U、GとCのうちの1つ
X = A、T/U、G、およびCのうちの1つ
Y = A、T/U、G、およびCのうちの1つ
かつW、X、およびYの各々は他のW、X、およびYのすべてとは異なるように選択され、
(b)選択されなかった(i)(a)の前記の塩基はW、X、およびYの任意の一つと任意の回数代用されることができ、あるいは、
(ii)(a)W = GまたはC、
X = AまたはT/U、
Y = AまたはT/U、
およびX ≠Y、かつ、
(b)(ii)(a)で選択されなかった塩基は、それぞれの配列に一ヶ所以上の場所で挿入されることができ、それぞれの挿入の位置はすべての配列で同じ場所であり、
(D)3塩基までは任意の配列の任意の場所にも挿入されることができ、または3塩基までは任意の配列から欠失させることができ、
(E)前記のオリゴヌクレオチド群の全配列は5'から3'、または3'から5'へと読まれ、かつ、  
ここでは以下の条件で、前記集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、それが基づく最低10の隣接塩基配列を有し：
(F)(I)集合のすべての組合せ配列ではGとCの合計をA、T/U、G、およびCの合計で割った商は、およそ0.1と0.40の間であり、集合のそれぞれの配列での前記の商は、組合せ配列の商から0.2より多く違わず、かつ、  
(II)互いに同一の配列の同一の塩基における、第一と第二の配列から選択される、長さがL1とL2の集合である第一と第二の任意の配列対から各自生成される偽配列に関して、： 
(i)連続的な塩基の配列が生成された第一と第二の配列の各々で、連続的な塩基配列に同一である偽配列の任意の連続的な塩基の配列は、長さが((3/4 x L) - 1)塩基未満であり、
(ii)長さが(5/6 x L)より長いか、または同じならば、偽配列は、配列が由来する第一と第二の配列と比較した場合、少なくとも3つの挿入/欠失またはミスマッチを含み、かつ、  
(iii)偽配列は長さが(11/12 x L)以下または同じであり、
ここでL = L1であり、またはL1≠L2の場合、ここでLはL1とL2の大きい方であり;かつ、
ここで存在する任意の塩基はアナログ塩基によって代用することができる、組成物。
【請求項２】
少なくとも10の分子、または少なくとも11の分子、または少なくとも12の分子、または少なくとも13の分子、または少なくとも14の分子、または少なくとも15の分子、または少なくとも16の分子、または少なくとも17の分子、または少なくとも18の分子、または少なくとも19の分子、または少なくとも20の分子、または少なくとも21の分子、または少なくとも22の分子、または少なくとも23の分子、または少なくとも24の分子、または少なくとも25の分子、または少なくとも26の分子、または少なくとも27の分子、または少なくとも28の分子、または少なくとも29の分子、または少なくとも30の分子、または少なくとも31の分子、または少なくとも32の分子、または少なくとも33の分子、または少なくとも34の分子、または少なくとも35の分子、または少なくとも36の分子、または少なくとも37の分子、または少なくとも38の分子、または少なくとも39の分子、または少なくとも40の分子、または少なくとも41の分子、または少なくとも42の分子、または少なくとも43の分子、または少なくとも44の分子、または少なくとも45の分子、または少なくとも46の分子、または少なくとも47の分子、または少なくとも48の分子、または少なくとも49の分子、または少なくとも50の分子、または少なくとも60の分子、または少なくとも70の分子、または少なくとも80の分子、または少なくとも90の分子、または少なくとも100の分子、または少なくとも110の分子、または少なくとも120の分子、または少なくとも130の分子、または少なくとも140の分子、または少なくとも150の分子、または少なくとも160の分子、または少なくとも170の分子、または少なくとも180の分子、または少なくとも190の分子、または少なくとも200の分子を含む、請求項1の組成物。
【請求項３】
オリゴヌクレオチドの集合は表Iの実施例2で試験された配列を基にする、請求項1の組成物。
【請求項４】
少なくとも10の分子、または少なくとも11の分子、または少なくとも12の分子、または少なくとも13の分子、または少なくとも14の分子、または少なくとも15の分子、または少なくとも16の分子、または少なくとも17の分子、または少なくとも18の分子、または少なくとも19の分子、または少なくとも20の分子、または少なくとも21の分子、または少なくとも22の分子、または少なくとも23の分子、または少なくとも24の分子、または少なくとも25の分子、または少なくとも26の分子、または少なくとも27の分子、または少なくとも28の分子、または少なくとも29の分子、または少なくとも30の分子、または少なくとも31の分子、または少なくとも32の分子、または少なくとも33の分子、または少なくとも34の分子、または少なくとも35の分子、または少なくとも36の分子、または少なくとも37の分子、または少なくとも38の分子、または少なくとも39の分子、または少なくとも40の分子、または少なくとも41の分子、または少なくとも42の分子、または少なくとも43の分子、または少なくとも44の分子、または少なくとも45の分子、または少なくとも46の分子、または少なくとも47の分子、または少なくとも48の分子、または少なくとも49の分子、または少なくとも50の分子、または少なくとも60の分子、または少なくとも70の分子、または少なくとも80の分子、または少なくとも90の分子、または少なくとも100の分子を含む、請求項3の組成物。
【請求項５】
以下である、請求項1または請求項2の組成物：  
(G)各1 = GATT、各2 = TGAT、各3 = AAAG、各4 = TGTA、 各 5 = GTAT、各6 = TTGA、各7 = TGAA、各8 = GTAA、各9 = ATTG、各10 = ATGA、各11 = TTAG、各12 = GTTA、各13 = ATAG、各14 = GTTT、各15 = GATG、各16 = GTAG、各17 = GAAG、各18 = GTTG、各19 = ATTA、各20 = TATA、各21 = TAATおよび各22 = ATATである24mer配列群に関して、1つの配列と24mer配列群の異なる配列の任意の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、前記の配列とその補体間でのハイブリダイゼーションの度合の30%を超えないという定義された一連の条件下で、集合の全オリゴヌクレオチドについて、一つのオリゴヌクレオチドと集合のその他の任意のオリゴヌクレオチドの補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、オリゴヌクレオチドとその補体のハイブリダイゼーションの度合の50%を越えない。
【請求項６】
以下である、請求項3または請求項4の組成物：
(G)各1 = GATT、各2 = TGAT、各3 = AAAG、各4 = TGTA、各5 = GTAT、各6 = TTGA、各7 = TGAA、各8 = GTAA、各9 = ATTG、各10 = ATGA、各11 = TTAG、各12 = GTTA、各13 = ATAG、各14 = GTTT、各15 = GATG、各16 = GTAG、各17 = GAAG、各18 = GTTG、各19 = ATTA、各20 = TATA、各21 = TAATと各22 = ATATである24mer配列群に関して、1つの配列と24mer配列群の異なる配列の任意の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は前記の配列とその補体間でのハイブリダイゼーションの度合の30%を超えないという一連の定義された条件下で、集合の全オリゴヌクレオチドにおいて、一つのオリゴヌクレオチドとその他のオリゴヌクレオチドの集合の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、オリゴヌクレオチドとその補体のハイブリダイゼーションの度合の50%を越えない。
【請求項７】
1つの配列と異なる配列の任意の補体の間のハイブリダイゼーションの最大度合は、前記の配列とその補体間のハイブリダイゼーションの度合の30%を越えないという定義された一連の条件下での(G)において、それぞれの配列とその補体間のハイブリダイゼーションの度合は1倍から10倍、より好ましくは1倍から9倍、さらに好ましくは1倍から8倍変化する、請求項5の組成物。
【請求項８】
1つの配列と異なる配列の任意の補体の間のハイブリダイゼーションの最大度合は、前記の配列とその補体間のハイブリダイゼーションの度合の30%を越えないという定義された一連の条件下での(G)において、それぞれの配列とその補体間のハイブリダイゼーションの度合は1倍から10倍、より好ましくは1倍から9倍、さらに好ましくは1倍から8倍変化する、請求項6の組成物。
【請求項９】
(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は25%を越えず、より好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は20%を越えず、さらに好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は15%を越えず、さらに好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は11%を越えない、請求項7の組成物。
【請求項１０】
(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は25%を越えず、より好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は20%を越えず、さらに好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は15%を越えず、さらに好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は11%を越えない、請求項8の組成物。
【請求項１１】
定義された(G)の条件下で、一つの配列と他の任意の配列集合の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、1つの配列と24mer配列群の異なる配列の任意の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合より15%以下高く、より好ましくは10%以下高く、さらに好ましくは5%以下高い、請求項7の組成物。
【請求項１２】
定義された(G)の条件下で、一つの配列と任意の他の配列集合の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、1つの配列と24mer配列群の異なる配列の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合より15%以下高く、より好ましくは10%以下高く、さらに好ましくは5%以下高い、請求項8の組成物。
【請求項１３】
定義された(G)の条件下で、一つの配列と任意の他の配列集合の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、1つの配列と前記の24mer配列群の異なる配列の任意の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合より15%以下高く、より好ましくは10%以下高く、さらに好ましくは5%以下高い、請求項9の組成物。
【請求項１４】
定義された(G)の条件下で、一つの配列と任意の他の配列集合の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、1つの配列と24mer配列群の異なる配列の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合より15%以下高く、より好ましくは10%以下高く、さらに好ましくは5%以下高い、請求項10の組成物。
【請求項１５】
定義された条件により、ハイブリダイゼーション条件が37℃、pH 8.0で0.2 M 塩化ナトリウム、0.1 M トリス、0.08% トリトン X-100を含む時に得られるハイブリダイゼーションのレベルと同じハイブリダイゼーションレベルが得られる、請求項5、7、9、11または13の組成物。
【請求項１６】
定義された条件により、ハイブリダイゼーション条件が37℃、pH 8.0で0.2 M 塩化ナトリウム, 0.1 M トリス、0.08% トリトン X-100を含む時に得られるハイブリダイゼーションのレベルと同じハイブリダイゼーションレベルが得られる、請求項6、8、10、12または14の組成物。
【請求項１７】
(G)において、定義された条件はビーズに共有結合している(G)の24mer配列群を含む、請求項15の組成物。
【請求項１８】
(G)において、定義された条件はビーズに共有結合している(G)の24mer配列群を含む、請求項16の組成物。
【請求項１９】
(G)において24mer群において、1つの配列と異なる配列の任意の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、前記の配列とその補体の間のハイブリダイゼーションの度合の15%を越えず、それぞれの配列とその補体の間のハイブリダイゼーションの度合は1倍から9倍まで変化し、集合の全オリゴヌクレオチドにおいて、オリゴヌクレオチドと集団のその他の任意のオリゴヌクレオチドの補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、オリゴヌクレオチドとその補体のハイブリダイゼーションの度合の20%を越えない、請求項17または18の組成物。
【請求項２０】
1から22の数値で表されるそれぞれの4merはWXXX、WXXY、WXYX、WXYY、WYXX、WYXY、WYYX、WYYY、XWXX、XWXY、XWYX、XWYY、XXWX、XXWY、XXXW、XXYW、XYWX、XYWY、XYXW、XYYW、YWXX、YWXY、YWYX、YWYY、YXWX、YXWY、YXXW、YXYW、YYWX、YYWY、YYXW、およびYYYWからなる4mer群から選択される、請求項1から19のいずれか一項記載の組成物。
【請求項２１】
数値1と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値2と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値3と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値4と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値5と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値6と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値7と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値8と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値9と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値10と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値11と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値12と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値13と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値14と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値15と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値16と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値17と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値18と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値19と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値20と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値21と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、そして数値22と表されるそれぞれの4merは互いが同一である、請求項20の組成物。
【請求項２２】
数値1で表される4merの少なくとも1つは配列WXYY、数値2で表される4merの少なくとも1つは配列YWXY、数値3で表される4merの少なくとも1つは配列XXXW、数値4で表される4merの少なくとも1つは配列YWYX、数値5で表される4merの少なくとも1つは配列WYXY、数値6で表される4merの少なくとも1つは配列YYWX、数値7で表される4merの少なくとも1つは配列YWXX、数値8で表される4merの少なくとも1つは配列WYXX、数値9で表される4merの少なくとも1つは配列XYYW、数値10で表される4merの少なくとも1つは配列XYWX、数値11で表される4merの少なくとも1つは配列YYXW、数値12で表される4merの少なくとも1つは配列WYYX、数値13で表される4merの少なくとも1つは配列XYXW、数値14で表される4merの少なくとも1つは配列WYYY、数値15で表される4merの少なくとも1つは配列WXYW、数値16で表される4merの少なくとも1つは配列WYXW、数値17で表される4merの少なくとも1つは配列WXXW、数値18で表される4merの少なくとも1つは配列WYYW、数値19で表される4merの少なくとも1つは配列XYYX、数値20で表される4merの少なくとも1つは配列YXYX、数値21で表される4merの少なくとも1つは配列YXXY、かつ数値22で表される4merの少なくとも1つは配列XYXYである、請求項20の組成物。
【請求項２３】
各1 = WXYY、各2 = YWXY、各3 = XXXW、各4 = YWYX、 各5 = WYXY、各6 = YYWX、各7 = YWXX、各8 = WYXX、各9 = XYYW、各10 = XYWX、 各11 = YYXW、各12 = WYYX、各13 = XYXW、各14 = WYYY、各15 = WXYW、各16 = WYXW、各17 = WXXW、各18 = WYYW、各19 = XYYX、各 20 = YXYX、各21 = YXXY、かつ各22 = XYXYである、請求項22の組成物。
【請求項２４】
配列群は表IAの1から173の配列識別子を持つ配列に基づき、(A)の数値1から14に表されるそれぞれの4merはWXYY、YWXY、XXXW、YWYX、WYXY、YYWX、YWXX、WYXX、XYYW、XYWX、YYXW、 WYYX、XYXW、かつWYYYからなる4mer群から選択される、請求項1の組成物。
【請求項２５】
少なくとも10の分子、または少なくとも11の分子、または少なくとも12の分子、または少なくとも13の分子、または少なくとも14の分子、または少なくとも15の分子、または少なくとも16の分子、または少なくとも17の分子、または少なくとも18の分子、または少なくとも19の分子、または少なくとも20の分子、または少なくとも21の分子、または少なくとも22の分子、または少なくとも23の分子、または少なくとも24の分子、または少なくとも25の分子、または少なくとも26の分子、または少なくとも27の分子、または少なくとも28の分子、または少なくとも29の分子、または少なくとも30の分子、または少なくとも31の分子、または少なくとも32の分子、または少なくとも33の分子、または少なくとも34の分子、または少なくとも35の分子、または少なくとも36の分子、または少なくとも37の分子、または少なくとも38の分子、または少なくとも39の分子、または少なくとも40の分子、または少なくとも41の分子、または少なくとも42の分子、または少なくとも43の分子、または少なくとも44の分子、または少なくとも45の分子、または少なくとも46の分子、または少なくとも47の分子、または少なくとも48の分子、または少なくとも49の分子、または少なくとも50の分子、または少なくとも60の分子、または少なくとも70の分子、または少なくとも80の分子、または少なくとも90の分子、または少なくとも100の分子、または少なくとも110の分子、または少なくとも120の分子、または少なくとも130の分子、または少なくとも140の分子、または少なくとも150の分子、または少なくとも160の分子、または少なくとも170の分子、または少なくとも180の分子、または少なくとも190の分子、または少なくとも200の分子を含む、請求項24の組成物。
【請求項２６】
以下である、請求項24または請求項25の組成物：
(G)各1 = GATT、各2 = TGAT、各3 = AAAG、各4 = TGTA、 各 5 = GTAT、各6 = TTGA、各7 = TGAA、各8 = GTAA、各9 = ATTG、各10 = ATGA、各11 = TTAG、各12 = GTTA、各13 = ATAG、各14 = GTTTである24mer配列群に関して、1つの配列と24mer配列群の異なる配列の任意の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、前記の配列とその補体間でのハイブリダイゼーションの度合の30%を超えないという定義された条件下で、集合の全オリゴヌクレオチドにおいて、一つのオリゴヌクレオチドと集合のその他のオリゴヌクレオチドの補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、オリゴヌクレオチドとその補体のハイブリダイゼーションの度合の50%を越えない。 
【請求項２７】
1つの配列と異なる配列の任意の補体の間のハイブリダイゼーションの最大度合は、前記の配列とその補体間のハイブリダイゼーションの度合の30%を越えないという定義された条件下の(G)において、それぞれの配列とその補体間のハイブリダイゼーションの度合は1倍から10倍、より好ましくは1倍から9倍、さらに好ましくは1倍から8倍変化する、請求項26の組成物。
【請求項２８】
(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は25%を越えず、より好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は20%を越えず、さらに好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は15%を越えず、さらに好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は11%を越えない、請求項27の組成物。
【請求項２９】
定義された(G)の条件下で、一つの配列と集合の他の任意の配列の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、1つの配列と24mer配列群の異なる配列の任意の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合より15%以下高く、より好ましくは10%以下高く、さらに好ましくは5%以下高い、請求項27あるいは請求項28の組成物。
【請求項３０】
定義された条件により、ハイブリダイゼーション条件が37℃、pH 8.0で0.2 M 塩化ナトリウム、0.1 M トリス、0.08% トリトン X-100を含む時に得られるハイブリダイゼーションのレベルと同じハイブリダイゼーションレベルが得られる、請求項26から29のいずれか一項記載の組成物。
【請求項３１】
(G)において定義された条件は、ビーズに共有結合している(G)の24mer配列群を含む、請求項30の組成物。
【請求項３２】
数値1と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値2と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値3と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値4と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値5と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値6と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値7と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値8と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値9と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値10と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値11と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値12と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値13と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値14と表されるそれぞれの4merは互いが同一である、請求項24から31のいずれか一項記載の組成物。
【請求項３３】
数値1で表される4merの少なくとも1つは配列WXYY、数値2で表される4merの少なくとも1つは配列YWXY、数値3で表される4merの少なくとも1つは配列XXXW、数値4で表される4merの少なくとも1つは配列YWYX、数値5で表される4merの少なくとも1つは配列WYXY、数値6で表される4merの少なくとも1つは配列YYWX、数値7で表される4merの少なくとも1つは配列YWXX、数値8で表される4merの少なくとも1つは配列WYXX、数値9で表される4merの少なくとも1つは配列XYYW、数値10で表される4merの少なくとも1つは配列XYWX、数値11で表される4merの少なくとも1つは配列YYXW、数値12で表される4merの少なくとも1つは配列WYYX、数値13で表される4merの少なくとも1つは配列XYXW、数値14で表される4merの少なくとも1つは配列WYYYである、請求項24から31のいずれか一項記載の組成物。
【請求項３４】
各1 = WXYY、各2 = YWXY、各3 = XXXW、各4 = YWYX、 各5 = WYXY、各6 = YYWX、各7 = YWXX、各8 = WYXX、各9 = XYYW、各10 = XYWX、 各11 = YYXW、各12 = WYYX、各13 = XYXW、および各14 = WYYYである、請求項33の組成物。
【請求項３５】
配列群は表IAに表されたように1から100の配列識別子を持つ配列に基づき、(A)の数値1から10に表されるそれぞれの4merは、WXYY、YWXY、XXXW、YWYX、WYXY、YYWX、YWXX、WYXX、XYYW、およびXYWXからなる4mer群から選択される、請求項1の組成物。
【請求項３６】
少なくとも10の分子、または少なくとも11の分子、または少なくとも12の分子、または少なくとも13の分子、または少なくとも14の分子、または少なくとも15の分子、または少なくとも16の分子、または少なくとも17の分子、または少なくとも18の分子、または少なくとも19の分子、または少なくとも20の分子、または少なくとも21の分子、または少なくとも22の分子、または少なくとも23の分子、または少なくとも24の分子、または少なくとも25の分子、または少なくとも26の分子、または少なくとも27の分子、または少なくとも28の分子、または少なくとも29の分子、または少なくとも30の分子、または少なくとも31の分子、または少なくとも32の分子、または少なくとも33の分子、または少なくとも34の分子、または少なくとも35の分子、または少なくとも36の分子、または少なくとも37の分子、または少なくとも38の分子、または少なくとも39の分子、または少なくとも40の分子、または少なくとも41の分子、または少なくとも42の分子、または少なくとも43の分子、または少なくとも44の分子、または少なくとも45の分子、または少なくとも46の分子、または少なくとも47の分子、または少なくとも48の分子、または少なくとも49の分子、または少なくとも50の分子、または少なくとも60の分子、または少なくとも70の分子、または少なくとも80の分子、または少なくとも90の分子、または少なくとも100の分子を含む、請求項35の組成物。
【請求項３７】
以下である、請求項35または請求項36の組成物：
(G)各1 = GATT、各2 = TGAT、各3 = AAAG、各4 = TGTA、 各 5 = GTAT、各6 = TTGA、各7 = TGAA、各8 = GTAA、各9 = ATTG、各10 = ATGAである24mer配列の集合に関して、1つの配列と24mer配列群の異なる配列の任意の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、前記の配列とその補体間でのハイブリダイゼーションの度合の30%を超えないという定義された条件下で、集合の全オリゴヌクレオチドにおいて、一つのオリゴヌクレオチドと集合のその他の任意のオリゴヌクレオチドの補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、オリゴヌクレオチドとその補体のハイブリダイゼーションの度合の50%を越えない。
【請求項３８】
1つの配列と異なる配列の任意の補体の間のハイブリダイゼーションの最大度合は、前記の配列とその補体間のハイブリダイゼーションの度合の30%を越えないという定義された条件下の(G)において、それぞれの配列とその補体間のハイブリダイゼーションの度合は、1倍から10倍、より好ましくは1倍から9倍、さらに好ましくは1倍から8倍変化する、請求項37の組成物。
【請求項３９】
(G)における1つの配列と異なる任意の配列の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は25%を越えず、より好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は20%を越えず、さらに好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は15%を越えず、さらに好ましくは(G)における1つの配列と異なる配列の任意の補体間のハイブリダイゼーションの最大度合は11%を越えない、請求項38の組成物。
【請求項４０】
定義された(G)の条件下で、一つの配列と集合の他の配列の任意の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、1つの配列と前記の24mer配列群の異なる配列の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合より15%以下高く、より好ましくは10%以下高く、さらに好ましくは5%以下高い、請求項38または請求項39の組成物。
【請求項４１】
定義された条件により、ハイブリダイゼーション条件が37℃、pH 8.0で0.2 M 塩化ナトリウム、0.1 M トリス、0.08% トリトン X-100を含む時に得られるハイブリダイゼーションのレベルと同じハイブリダイゼーションレベルが得られる、請求項37から40のいずれか一項記載の組成物。
【請求項４２】
(G)において定義された条件は、ビーズに共有結合している(G)の24mer配列群を含む、請求項41の組成物。
【請求項４３】
数値1と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値2と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値3と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値4と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値5と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値6と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値7と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値8と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値9と表されるそれぞれの4merは互いが同一であり、数値10と表されるそれぞれの4merは互いが同一である、請求項35から41のいずれか一項記載の組成物。
【請求項４４】
数値1で表される4merの最低1つは配列WXYY、数値2で表される4merの最低1つは配列YWXY、数値3で表される4merの最低1つは配列XXXW、数値4で表される4merの最低1つは配列YWYX、数値5で表される4merの最低1つは配列WYXY、数値6で表される4merの最低1つは配列YYWX、数値7で表される4merの最低1つは配列YWXX、数値8で表される4merの最低1つは配列WYXX、数値9で表される4merの最低1つは配列XYYW、数値10で表される4merの最低1つは配列XYWXである、請求項43の組成物。
【請求項４５】
各1 = WXYY、各2 = YWXY、各3 = XXXW、各4 = YWYX、 各5 = WYXY、各6 = YYWX、各7 = YWXX、各8 = WYXX、各9 = XYYW、および各10 = XYWXである、請求項44の組成物。
【請求項４６】
C)(i)(a)において:  W = GおよびCの1つ; X = AおよびT/Uの1つ;かつY = AおよびT/Uの1つである、請求項1から45のいずれか一項記載の組成物。
【請求項４７】
(C)(i)(a)において:  W = G; X = AおよびT/Uの1つ、;かつY = AおよびT/Uの1つである、請求項46の組成物。   
【請求項４８】
W = G; X = A;かつY = T/Uである、請求項1から47のいずれか一項記載の組成物。
【請求項４９】
(F)(I)において、集合の各配列の商は、組合せ配列の商から0.1より多くは変化しない、請求項1から48のいずれか一項記載の組成物。
【請求項５０】
(F)(I)において、集合の各配列の商は、組合せ配列の商から0.05より多くは変化しない、請求項49の組成物。
【請求項５１】
(F)(I)において、集合の各配列の商は、組合せ配列の商から0.01より多くは変化しない、請求項50の組成物。
【請求項５２】
(F)(I)において、すべての組合せ配列の集合に関して、GとCの合計をA、T/U、G、およびCの合計で割った商はおよそ0.15と0.35の間である、請求項1から51のいずれか一項記載の組成物。
【請求項５３】
(F)(I)において、すべての組合せた配列の集合に関して、GとCの合計をA、T/U、G、およびCの合計で割った商はおよそ0.2と0.3の間である、請求項52の組成物。
【請求項５４】
(F)(I)において、すべての組合せた配列の集合に関して、GとCの合計をA、T/U、G、およびCの合計で割った商はおよそ0.21と0.29の間である、請求項53の組成物。
【請求項５５】
(F)(I)において、すべての組合せた配列の集合に関して、GとCの合計をA、T/U、G、およびCの合計で割った商はおよそ0.22と0.28の間である、請求項54の組成物。
【請求項５６】
(F)(I)において、すべての組合せた配列の集合に関して、GとCの合計をA、T/U、G、およびCの合計で割った商はおよそ0.23と0.27の間である、請求項55の組成物。
【請求項５７】
(F)(I)において、すべての組合せた配列の集合に関して、GとCの合計をA、T/U、G、およびCの合計で割った商はおよそ0.24と0.26の間である、請求項56の組成物。
【請求項５８】
(F)(I)において、すべての組合せた配列の集合に関して、GとCの合計をA、T/U、G、およびCの合計で割った商は0.25である、請求項57の組成物。
【請求項５９】
(D)において、2つまでの塩基を任意の配列の任意の場所に挿入することが出来、または2つまでの塩基を任意の配列から欠失することが出来る、請求項1から58のいずれか一項記載の組成物。
【請求項６０】
(D)において、1つの塩基を任意の配列の任意の場所に挿入することが出来、または1つの塩基を任意の配列から欠失することが出来る、請求項59の組成物。
【請求項６１】
(D)において、どの塩基もどの配列のどの場所にも挿入できない、請求項60の組成物。
【請求項６２】
(D)において、どの塩基もどの配列からも欠失できない、請求項60の組成物。
【請求項６３】
(D)において、どの塩基もどの配列のどの場所にも挿入できないか、またはどの場所からも失欠できない、請求項60の組成物。
【請求項６４】
集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、基となる少なくとも11の連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも12の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも13の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも14の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも15の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも16の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも17の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも18の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも19の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも20の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも21の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも22の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも23の基となる連続した配列塩基を持つ、または集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも24の基となる連続した配列塩基を持つ、請求項1から63のいずれか一項記載の組成物。
【請求項６５】
集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドにおいて、すべての隣接したGの対の間に、G以外の塩基が最大6つある、請求項1から64のいずれか一項記載の組成物。
【請求項６６】
集合配列のオリゴヌクレオチドの最初のGはそれぞれ、1番目、2番目、3番目、4番目、5番目、6番目、または7番目から選択された末端で位置を占めている、請求項65の組成物。
【請求項６７】
集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドの連続した塩基は、基となる配列内の各前記オリゴヌクレオチドの最初の塩基の位置が、集合のすべてのヌクレオチドで同じであるように選択される、請求項1から66のいずれか一項記載の組成物。
【請求項６８】
集合の各オリゴヌクレオチドは30塩基長までである、または集合の各オリゴヌクレオチドは29塩基長までである、または集合の各オリゴヌクレオチドは28塩基長までである、または集合の各オリゴヌクレオチドは27塩基長までである、または集合の各オリゴヌクレオチドは26塩基長までである、または集合の各オリゴヌクレオチドは25塩基長までである、または集合の各オリゴヌクレオチドは24塩基長までである、請求項1から67のいずれか一項記載の組成物。
【請求項６９】
集合の各オリゴヌクレオチドは集合の全オリゴヌクレオチドの平均長の5塩基以内の長さがある、または集合の各オリゴヌクレオチドは集合の全オリゴヌクレオチドの平均長の4塩基以内の長さがある、または集合の各オリゴヌクレオチドは集合の全オリゴヌクレオチドの平均長の3塩基以内の長さがある、または集合の各オリゴヌクレオチドは集合の全オリゴヌクレオチドの平均長の2塩基以内の長さがある、または集合の各オリゴヌクレオチドは集合の全オリゴヌクレオチドの平均長の1塩基以内の長さがある、請求項1から68のいずれか一項記載の組成物。
【請求項７０】
(II)(i)において、それが由来する1番目および2番目の配列の各々における連続的な塩基配列と同一である、偽配列における任意の連続的な塩基配列は、((2/3 x L) - 1)以下の塩基長である、請求項1から69のいずれか一項記載の組成物。
【請求項７１】
(II)(ii)において、長さが(3/4 x L)より長いかまたは同じならば、偽配列はそれが由来する1番目および2番目の配列と比較した場合、最低3つの挿入/欠失またはミスマッチを含む、請求項1から70のいずれか一項記載の組成物。
【請求項７２】
(II)(ii)において、長さが(2/3 x L)より長いかまたは同じならば、偽配列はそれが由来する1番目および2番目の配列と比較した場合、最低3つの挿入/欠失またはミスマッチを含む、請求項71の組成物。
【請求項７３】
(II)(iii)において、偽配列は長さが(5/6 x L)より長くないかまたは同じである、請求項1から72のいずれか一項記載の組成物。
【請求項７４】
(II)(iii)において、偽配列は長さが(3/4 x L)より長くないかまたは同じである、請求項73の組成物。
【請求項７５】
それぞれの分子は、表Iの実施例2で試験された配列の100の配列識別子を持つ以下の配列群を基に、一連のオリゴヌクレオチドから選択されたオリゴヌクレオチドを含む、標識あるいは標識補体として使用するための分子を含む組成物であって：
ここでは： 
(A)各1 = WXYY、各2 = YWXY、各3 = XXXW、各4 = YWYX、 各5 = WYXY、各6 = YYWX、各7 = YWXX、各8 = WYXX、各9 = XYYW、各10 = XYWX、 各11 = YYXW、各12 = WYYX、各13 = XYXW、各14 = WYYY、各15 = WXYW、各16 = WYXW、各17 = WXXW、各18 = WYYW、各19 = XYYX、各 20 = YXYX、各21 = YXXY、かつ各22 = XYXYであり、 
(B)それぞれのW、X、およびYは次のいずれかである塩基であり、
(i)(a)W = A、T/U、G、およびCのうちの一つ、
X = A、T/U、G、およびCのうちの一つ、
Y = A、T/U、G、およびCのうちの一つ、
かつ各W、X、およびYは、他の全てのW、X、およびYとは異なるように選択され、
(b)選択されなかった(i)(a)の塩基は、W、X、およびYの任意の一つで任意の回数代用されることができ、あるいは、
(ii)(a)W = GまたはC、
X = AまたはT/U、
Y = AまたはT/U、
かつX ≠Y、そして、
(b)(ii)(a)で選択されなかった塩基は、それぞれの配列に一ヶ所以上の場所で挿入されることができ、それぞれの挿入の位置はすべての配列で同じ場所であり、
(C)3塩基までは任意の配列の任意の場所に挿入することができ、または3塩基までは任意の配列から欠失することができ、
(D)前記のオリゴヌクレオチド群の全配列は、5'から3'、または3'から5'へと読むことができ、かつ、
ここでは以下の条件で、前記の集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは少なくとも10の連続した塩基の配列を有し、
(E)集合のすべての組合せ配列では、GとCの合計をA、T/U、G、およびCの合計で割った商はおよそ0.1と0.40の間であり、集合のそれぞれの配列の前記の商は、組合せ配列の商から0.2より多く変化せず、かつ、
(F)各1 = GATT、各2 = TGAT、各3 = AAAG、各4 = TGTA、各5 = GTAT、各6 = TTGA、各7 = TGAA、各8 = GTAA、各9 = ATTG、各10 = ATGA、各11 = TTAG、各12 = GTTA、各13 = ATAG、各14 = GTTT、各15 = GATG、各16 = GTAG、各17 = GAAG、各18 = GTTG、各19 = ATTA、各20 = TATA、各21 = TAAT、および各22 = ATATである24mer配列群に関して、1つの配列と24mer配列群の異なる配列の任意の補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、前記の配列とその補体間でのハイブリダイゼーションの度合の30%を超えないという定義された条件下で、集合の全オリゴヌクレオチドにおいて、一つのオリゴヌクレオチドと集合のその他の任意のオリゴヌクレオチドの補体との間のハイブリダイゼーションの最大度合は、オリゴヌクレオチドとその補体のハイブリダイゼーションの度合の50%を越えず、存在する任意の塩基はアナログ塩基によって代用することができる、組成物。
【請求項７６】
集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドの連続した塩基は、配列内の前記の各オリゴヌクレオチドの最初の塩基の位置が、集合のすべてのヌクレオチドと同じであるように選択される、請求項75の組成物。
【請求項７７】
(E)と(F)の但し書きを条件として、集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、基となる配列の24隣接塩基からなる配列を含む、請求項75または76の組成物。
【請求項７８】
(F)の但し書きを条件として、集合のそれぞれのオリゴヌクレオチドは、基となる配列の24隣接塩基からなる配列を含む、請求項75または76の組成物。
【請求項７９】
(B)において、W = GおよびCの1つ; X = AおよびT/Uの1つ；かつY = AおよびT/Uの一つである、請求項75から78のいずれか一項記載の組成物。 
【請求項８０】
(B)において、W = G; X = AおよびT/Uの1つ；かつY = AおよびT/Uの1つである、請求項79の組成物。
【請求項８１】
組成物は少なくとも10の分子、または少なくとも11の分子、または少なくとも12の分子、または少なくとも13の分子、または少なくとも14の分子、または少なくとも15の分子、または少なくとも16の分子、または少なくとも17の分子、または少なくとも18の分子、または少なくとも19の分子、または少なくとも20の分子、または少なくとも21の分子、または少なくとも22の分子、または少なくとも23の分子、または少なくとも24の分子、または少なくとも25の分子、または少なくとも26の分子、または少なくとも27の分子、または少なくとも28の分子、または少なくとも29の分子、または少なくとも30の分子、または少なくとも31の分子、または少なくとも32の分子、または少なくとも33の分子、または少なくとも34の分子、または少なくとも35の分子、または少なくとも36の分子、または少なくとも37の分子、または少なくとも38の分子、または少なくとも39の分子、または少なくとも40の分子、または少なくとも41の分子、または少なくとも42の分子、または少なくとも43の分子、または少なくとも44の分子、または少なくとも45の分子、または少なくとも46の分子、または少なくとも47の分子、または少なくとも48の分子、または少なくとも49の分子、または少なくとも50の分子、または少なくとも60の分子、または少なくとも70の分子、または少なくとも80の分子、または少なくとも90の分子、または少なくとも100の分子を含む、請求項75から80のいずれか一項記載の組成物。
【請求項８２】
それぞれの分子は、その補体へのハイブリダイゼーションによって前記の分子の混合物から区別できるように固相担体に連結される、請求項1から81のいずれか一項記載の組成物。
【請求項８３】
それぞれの分子は、固相担体上の定義された位置に連結され、それぞれの前記の分子の定義された位置は、その他の前記の分子について定義された位置と異なる、請求項82の組成物。
【請求項８４】
それぞれの固相担体は微粒子であり、分子は他の異なる分子とは異なる微粒子に共有結合している、請求項82の組成物。
【請求項８５】
分子は標識補体を含む、請求項1から84のいずれか一項記載の組成物。
【請求項８６】
1つ以上の固相担体を含み、担体のそれぞれが1つ以上の空間的に別個の領域を持ち、それぞれの領域は共有結合した実質上同一の標識補体の均一な集合であり、標識補体は請求項1から85のいずれか一項で定義されたオリゴヌクレオチドの集合から選択される、ポリヌクレオチドの分類および認別用キット。
【請求項８７】
組成物の各オリゴヌクレオチドに関する標識補体がある、請求項86のキット。
【請求項８８】
1つ以上の固相担体は平面の基質であり、1つ以上の空間的に別個の領域は複数の空間的にアドレス可能な領域である、請求項86または87のキット。
【請求項８９】
1つ以上の固相担体は複数の微粒子である、請求項86から88のいずれか一項記載のキット。
【請求項９０】
各微粒子は直径が5μmから40 μmの範囲である、請求項89によるキット。 
【請求項９１】
各微粒子は異なったオリゴヌクレオチドが結合された他の各微粒子から、分光光度的に固有である、請求項89または90のキット。
【請求項９２】
核酸の遺伝子座における突然異変または多形性の存在について、生体配列を含む生体試料を分析する方法であって：  
(A)標識配列に相補的な配列を持つ、5'末端を有する増幅した分子を形成するため、請求項85で定義された標識補体ファミリーに属する標識補体配列に相補的な標識配列を有する5'配列を持つ、第一プライマーの存在下で核酸分子を増幅する段階、
(B)ポリメラーゼおよび増幅した配列の3'末端に相補的な5'末端を持つ第二プライマーの存在下で増幅分子を伸長する段階であって、第二プライマーの3'末端は最隣接した前記の遺伝子座へと伸長し、それぞれ(i)転写の間、増大するヌクレオチド鎖の3'末端に、ポリメラーゼによって組み入れが可能であり、(ii)重合の終結を引き起こし、(iii) それぞれの示差検出が可能である、複数のヌクレオシド三リン酸塩誘導体の存在下で、前記の増幅した配列の遺伝子座にありうる各ヌクレオチドに相補的な誘導体がある段階、
(C)第二プライマーを(A)の標識補体配列を持つ標識補体に特異的に交雑する段階、ならびに
(D)核酸遺伝子座に位置する塩基を同定するため、(B)の第二プライマーに組み込まれたヌクレオチド誘導体を検出する段階
を含む方法。
【請求項９３】
各核酸の遺伝子座における突然変異または多形性の存在について、複数の核酸分子を含む生体試料を解析する方法であって：
(A)標識配列に相補する配列を持つ、5'末端を有する増幅した分子を形成するため、請求項85で定義された標識補体ファミリーに属する標識補体配列に相補的な標識配列を有する5'配列を持つ、第一プライマーの存在下で核酸分子を増幅する段階、
(B)ポリメラーゼおよび増幅した配列の3'末端に相補的な5'末端を持つ第二プライマーの存在下で増幅分子を伸長する段階であって、第二プライマーの3'末端は最隣接した前記の遺伝子座へと伸長し、それぞれ(i)転写の間、増大するヌクレオチド鎖の3'末端にポリメラーゼによりの組み入れが可能であり、(ii)重合の終結を引き起こし、(iii) それぞれの示差検出が可能である、複数のヌクレオシド三リン酸塩誘導体の存在下で、前記の増幅した配列の遺伝子座にありうる各ヌクレオチドに相補的な誘導体がある段階、
(C)第二プライマーを(A)の標識補体配列を持つ標識補体に特異的に交雑する段階、ならびに
(D)核酸の遺伝子座に位置する塩基を同定するため、(B)の第二プライマーに組み込まれたヌクレオチド誘導体を検出する段階
を含み、ここで(A)の各標識は核酸分子にとって固有であり、段階(A) と (B)は相互の存在下で前記の核酸を用いて行われる方法。
【請求項９４】
各核酸遺伝子座における突然変異または多形性の存在について、核酸分子に相補的な複数の2本鎖を含む生体試料を解析する方法であって：
(A)標識配列に相補的な配列を持つ、5'末端を有する増幅した分子を形成するため、第一プライマー対の存在下で2本鎖分子を増幅する段階であって、各プライマーは請求項85で定義された標識補体ファミリーに属する標識補体配列に相補的な標識配列を有する、同一の5'配列を持つ段階、
(B)ポリメラーゼおよび増幅した配列の3'末端に相補的な5'末端を持つ第二プライマーの存在下で増幅分子を伸長する段階であって、第二プライマーの3'末端は、最隣接した前記の遺伝子座へと伸長し、それぞれ(i)転写の間、増大するヌクレオチド鎖の3'末端にポリメラーゼにより組み入れが可能であり、(ii)重合の終結を引き起こし、(iii) それぞれの示差検出が可能である、複数のヌクレオシド三リン酸塩誘導体の存在下で行われる段階、
(C)第二プライマーを(A)の標識補体配列を持つ標識補体に特異的に交雑する段階、
(D)前記の遺伝子座に位置する塩基を同定するため、(B)の第二プライマーに組み込まれたヌクレオチド誘導体を検出する段階
を含み、ここで(A)の各標識の配列は各核酸分子にとって固有であり、段階(A) と (B)は相互の存在下で前記の核酸を用いて行われる方法。
【請求項９５】
各核酸分子の遺伝子座における突然変異または多形性の存在について、複数の核酸分子を含む生体試料を解析する方法であって：
(a)分子とプライマーを交雑し、プライマーは請求項85で定義された標識補体ファミリーに属する標識補体配列に相補的な標識配列を有する5'配列を持ち、3'末端は最隣接の遺伝子座へと伸長する段階、
(b)それぞれ：(i)増大するヌクレオチド鎖の3'末端に酵素的に組み入れが可能であり、(ii)伸長の終結を引き起こし、(iii) 互いに示差検出が可能である、複数のヌクレオシド三リン酸塩誘導体の存在下で、プライマーの3'末端を酵素的に伸長する段階であって、ここで、前記の遺伝子座に存在する可能性のある各ヌクレオドに相補的な誘導体がある段階、
(c)段階(b)で形成された伸長したプライマーを、(a)の標識補体配列を持つ標識補体に特異的に交雑する段階、
(d)核酸分子の遺伝子座に位置する塩基を同定するため、段階(b)のプライマーに組み込まれたヌクレオチド誘導体を検出する段階
を含み、ここで(a)の各標識は各核酸分子にとって固有であり、段階(a) と (b)は相互の存在下で前記の核酸分子を用いて行われる方法。
【請求項９６】
各誘導体は、ジデオキシヌクレオシド三リン酸塩である、請求項93の方法。
【請求項９７】
各補体は、一つ以上の固相担体上の、空間的に分離した領域中の、実質的に同一の補体の均一集団として結合している、請求項95の方法。
【請求項９８】
各標識補体はラベルを含み、そのようなラベルは各補体で異なり、かつ段階(d)は結合標識と標識補体との各ハイブリダイゼーション複合体の異なったラベルを検出することを含む、請求項97の方法。
【請求項９９】
請求項95から98のいずれか一項記載の段階(A)の、交雑された分子およびプライマー。
【請求項１００】
混合物に含まれていると推定されるターゲットの存在を決定する方法であって、以下の段階を含む方法：
(i)第一ラベルでターゲットをラベルする段階、
(ii)ターゲットへの特異的な結合が可能な第一検出部分を提供し、かつ第一標識を含む段階、
(iii)前記の分子とターゲットの特異的結合を可能にする（又は、引き起こす）条件下で、混合物のサンプルを検出部分に露出する段階、
(iv)請求項85で定義された標識補体ファミリーを提供し、ここでファミリーは、第一標識のファミリーに相補的な配列を持つ第一標識補体を含有している段階、
(v)第一標識とその標識補体の特異的ハイブリダイゼーションを可能にする（又は、引き起こす）条件下で、サンプルを標識補体ファミリーに露出する段階、
(vi)混合物において前記のターゲットが存在するか否かを決定するため、前記の第一標識補体に交雑した前記の第一検出部分が、前記のラベルされたターゲットに結合されているかどうかを決定する段階。
【請求項１０１】
第一標識補体は担体の特異位置で固体担体に結合されており、段階(vi) は前記の特異位置における第一ラベルの検出も含む、請求項100の方法。
【請求項１０２】
第一標識補体は第二ラベルを含み、段階(vi) は部分と第一標識補体の交雑した混合物における、第一ラベルと第二ラベルの検出を含む、請求項100の方法。
【請求項１０３】
ターゲットは有機分子、抗原、タンパク質、ポリペプチド、抗体、および核酸から成る群から選択される、請求項100の方法。
【請求項１０４】
ターゲットは抗原であり、第一分子は前記抗原に特異的な抗体である、請求項103の方法。
【請求項１０５】
抗原はポリペプチドまたはタンパク質であり、ラベル付け段階は蛍光分子、ジゴキシゲニン、ビオチン標識などの共役を含む、請求項104の方法。
【請求項１０６】
ターゲットは核酸であり、ラベル付け段階は蛍光分子、放射標識されたヌクレオチド、ジゴキシゲニン、ビオチン標識などの組み込みを含む、請求項105の方法。