【手続補正書】
【提出日】平成15年10月29日(2003.10.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗菌剤用の少なくとも１つの細菌標的を同定する方法であって，
細菌蛋白質を細菌成長を阻害するバクテリオファージポリペプチドと接触させ，ここで，
前記バクテリオファージポリペプチドは，前記バクテリオファージによりコードされるポリペプチドまたは前記コードされるポリペプチドの変種であり；
前記バクテリオファージポリペプチドが前記細菌蛋白質に結合するか否かを判定し；そして
前記バクテリオファージポリペプチドにより結合される前記細菌蛋白質を同定する；
ことを含み，ここで，前記バクテリオファージポリペプチドの前記細菌蛋白質への結合は前記細菌蛋白質が標的であることを示す，
ことを特徴とする方法。
【請求項２】
前記変種が，バクテリオファージ蛋白質のフラグメントを含む，請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記検出が，バクテリオファージポリペプチドと細菌蛋白質との間の蛋白質：蛋白質相互作用を検出することを含む，請求項１または２記載の方法。
【請求項４】
前記蛋白質：蛋白質相互作用が，アフィニティークロマトグラフィー，免疫沈殿，架橋，および酵母ツーハイブリッドからなる群より選択される手法を用いて検出される，請求項３記載の方法。
【請求項５】
細菌複製について前記標的を本質的に確認することをさらに含む，請求項１−４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
細菌標的に結合するかまたは細菌標的の活性のレベルを減少させる小分子をスクリーニングする工程をさらに含む，請求項１−５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
前記抗菌剤が細菌成長を阻害する，請求項６記載の方法。
【請求項８】
前記標的の細菌ホモログまたは細菌蛋白質フラグメントを同定する工程をさらに含む，請求項１−７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
細菌抽出物中の複数の細菌蛋白質を前記バクテリオファージポリペプチドと接触させる，請求項１−８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記バクテリオファージが，表１に記載されるバクテリオファージからなる群より選択される，請求項１−９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記バクテリオファージが，Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ，Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｏｇｉｎｏｓａからなる群より選択される宿主を有する，請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
前記バクテリオファージポリペプチドが単離されたまたは精製されたポリペプチドである，請求項１−１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記バクテリオファージポリペプチドが組換えバクテリオファージポリペプチドである，請求項１−１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記バクテリオファージによりコードされる前記バクテリオファージポリペプチドを同定することをさらに含み，ここで，前記バクテリオファージポリペプチドの同定は，前記バクテリオファージのゲノムをシークエンスし，そして前記ゲノム中のオープンリーディングフレームを同定することを含む，請求項１−１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
前記バクテリオファージポリペプチドの前記細菌蛋白質への結合部位を決定することをさらに含む，請求項１−１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
抗菌剤用の少なくとも１つの細菌標的を同定する方法であって，
細菌蛋白質の少なくとも１つのホモログを細菌成長を阻害するバクテリオファージポリペプチドと接触させ；そして
前記バクテリオファージポリペプチドが前記ホモログに結合するか否かを判定する；
ことを含み，ここで，前記バクテリオファージポリペプチドによる前記ホモログの結合は前記ホモログが抗菌剤の標的であることを示す，
ことを特徴とする方法。
【請求項１７】
前記検出が，前記ホモログとバクテリオファージポリペプチドとの間の蛋白質：蛋白質相互作用を検出することを含む，請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
前記蛋白質：蛋白質相互作用が，アフィニティークロマトグラフィー，免疫沈殿，架橋，および酵母ツーハイブリッドからなる群より選択される手法を用いて検出される，請求項１７記載の方法。
【請求項１９】
前記ホモログが細菌抽出物中に存在する，請求項１６−１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
細菌標的に結合するかまたは細菌標的の活性のレベルを減少させる小分子をスクリーニングすることをさらに含む，請求項１６−１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
前記小分子が細菌成長を阻害する，請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
前記ホモログに結合するバクテリオファージポリペプチド変種を同定することをさらに含む，請求項１６−２１のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
前記バクテリオファージポリペプチドの前記ホモログへの結合部位を決定することをさらに含む，請求項１６−２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
抗菌剤をスクリーニングするための細菌標的を同定する方法であって，
ａ）  細菌中に導入されたときに細菌成長を阻害する全長バクテリオファージ蛋白質またはバクテリオファージポリペプチド変種を同定し；
ｂ）  前記バクテリオファージ蛋白質または変種を，全長細菌蛋白質，または細菌蛋白質フラグメントまたはそれらのホモログと接触させ；そして
ｃ）  前記バクテリオファージポリペプチドまたは変種が，前記全長細菌蛋白質，または前記細菌蛋白質フラグメントまたはそれらのホモログと結合するか否かを判定する；
ことを含み，ここで，前記バクテリオファージ蛋白質または変種の，前記細菌蛋白質，フラグメントまたはホモログへの結合は，前記細菌蛋白質，フラグメントまたはホモログが抗菌剤のスクリーニングの標的であることを示す，
ことを特徴とする方法。
【請求項２５】
工程（ｂ）において，バクテリオファージ蛋白質または変種を複数の細菌蛋白質を含む細菌抽出物と接触させる，請求項２４記載の方法。
【請求項２６】
前記バクテリオファージポリペプチド変種が全長バクテリオファージ蛋白質のフラグメントを含む，請求項２４または２５記載の方法。
【請求項２７】
前記検出が，細菌蛋白質フラグメントまたはホモログとバクテリオファージ蛋白質または変種との間の蛋白質：蛋白質相互作用を検出することを含む，請求項２４−２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
細菌複製について前記標的を本質的に確認することをさらに含む，請求項２４−２７のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
細菌標的に結合するかまたは細菌標的の活性のレベルを減少させる小分子をスクリーニングすることをさらに含む，請求項２４−２８のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
前記小分子が細菌成長を阻害する，請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
前記バクテリオファージポリペプチドまたは変種の，前記全長細菌蛋白質，細菌蛋白質フラグメントまたはそれらのホモログへの結合部位を決定することをさらに含む，請求項２４−３０のいずれかに記載の方法。
【請求項３２】
抗菌剤をスクリーニングするための細菌標的を同定する方法であって，
ａ）  細菌中に導入されたときに細菌成長を阻害することができるおとりを用意し，前記おとりは，全長バクテリオファージ蛋白質およびバクテリオファージポリペプチド変種からなる群より選択され；
ｂ）  全長細菌蛋白質，細菌蛋白質フラグメントおよびそれらのホモログからなる群より選択される捕獲物を用意し，
ｃ）  特異的なおとり：捕獲物複合体が形成されるのに適した条件下で前記おとりを前記捕獲物と接触させ；そして
ｄ）  前記おとり：捕獲物複合体を形成する捕獲物を同定する；
の各工程を含み，ここで，おとり：捕獲物複合体の形成は，前記捕獲物が細菌標的に対する抗菌剤をスクリーニングすることができる細菌標的であることを示す，
ことを特徴とする方法。
【請求項３３】
全長細菌蛋白質または細菌蛋白質フラグメントが細菌抽出物中に存在する，請求項３２記載の方法。
【請求項３４】
前記おとりが固相マトリクスに固定化されている，請求項３２または３３記載の方法。
【請求項３５】
細菌複製について前記標的を本質的に確認することをさらに含む，請求項３２−３４のいずれかに記載の方法。
【請求項３６】
細菌標的に結合するかまたは細菌標的の活性のレベルを減少させる小分子をスクリーニングすることをさらに含む，請求項３２−３５のいずれかに記載の方法。
【請求項３７】
前記小分子が細菌成長を阻害する，請求項３６記載の方法。
【請求項３８】
前記バクテリオファージが，表１に記載されるバクテリオファージからなる群より選択される，請求項３２−３７のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
前記バクテリオファージが，Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ，Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｏｇｉｎｏｓａからなる群より選択される宿主を有する，請求項３８記載の方法。
【請求項４０】
前記バクテリオファージ蛋白質またはバクテリオファージポリペプチド変種が単離されるかまたは精製されたものである，請求項３２−３９のいずれかに記載の方法。
【請求項４１】
前記バクテリオファージポリペプチドが組換えバクテリオファージポリペプチドである，請求項３２−３９のいずれかに記載の方法。
【請求項４２】
前記バクテリオファージによりコードされる全長バクテリオファージ蛋白質またはバクテリオファージポリペプチド変種を同定するために，前記バクテリオファージのゲノムをシークエンスし，そして前記ゲノム中のオープンリーディングフレームを同定することをさらに含む，請求項３２−４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
前記おとり：捕獲物複合体の形成の部位を決定することをさらに含む，請求項３２−４２のいずれかに記載の方法。
【請求項４４】
抗菌剤のための少なくとも１つの標的を同定する方法であって，
細菌蛋白質を細菌成長を阻害するバクテリオファージポリペプチドと接触させ；
前記バクテリオファージポリペプチドが前記細菌蛋白質に結合するか否かを判定し；そして
前記バクテリオファージポリペプチドにより結合された前記細菌蛋白質を同定する；
ことを含み，ここで，前記バクテリオファージポリペプチドの前記細菌蛋白質への結合は前記細菌蛋白質が前記標的であることを示す，
ことを特徴とする方法。
【請求項４５】
前記決定が，固体マトリクス上でのアフィニティークロマトグラフィーを用いて，前記バクテリオファージポリペプチドに結合する少なくとも１つの細菌蛋白質を同定することを含む，請求項４４記載の方法。
【請求項４６】
前記方法が，前記バクテリオファージポリペプチドの前記標的をコードする細菌核酸配列を同定することをさらに含む，請求項４４または４５記載の方法。
【請求項４７】
前記決定が，細菌成長を阻害する複数のバクテリオファージポリペプチドについて行われる，請求項４４−４６のいずれかに記載の方法。
【請求項４８】
前記決定が，複数の異なるバクテリオファージからの細菌成長を阻害するバクテリオファージポリペプチドを用いて行われる，請求項４７記載の方法。
【請求項４９】
前記複数の異なるバクテリオファージが，少なくとも３種類の異なるバクテリオファージである，請求項４８記載の方法。
【請求項５０】
前記複数の異なるバクテリオファージが，少なくとも５種類の異なるバクテリオファージである，請求項４９記載の方法。
【請求項５１】
前記複数の異なるバクテリオファージが，少なくとも１０種類の異なるバクテリオファージである，請求項５０記載の方法。
【請求項５２】
前記少なくとも１つの標的が複数の標的である，請求項４４−５１のいずれかに記載の方法。
【請求項５３】
前記複数の標的が複数の異なる細菌からのものである，請求項５２記載の方法。
【請求項５４】
バクテリオファージポリペプチドの前記細菌蛋白質への結合部位を決定することをさらに含む，請求項４４−５３のいずれかに記載の方法。
【請求項５５】
抗菌剤を同定する方法であって，
請求項１−５，１６−１９，２４−２８，３２−３５，４４−５４のいずれかに記載の抗菌剤の少なくとも１つの標的を同定し；そして
前記少なくとも１つの標的に結合するかまたはその活性のレベルを低下させる少なくとも１つの化合物をスクリーニングする；
ことを含み，ここで，前記少なくとも１つの標的に結合するかまたはその活性のレベルを低下させる化合物の同定は前記化合物が抗菌剤であることを示す，
ことを特徴とする方法。
【請求項５６】
前記化合物が小分子である，請求項５５記載の方法。
【請求項５７】
前記化合物がバクテリオファージ阻害剤蛋白質のフラグメントまたは変種である，請求項５５または５６記載の方法。
【請求項５８】
前記スクリーニングが，インビトロで実施される少なくとも１つの工程を含む，請求項５５−５７のいずれかに記載の方法。
【請求項５９】
前記スクリーニングが，非ヒト動物中でインビボで実施される少なくとも１つの工程を含む，請求項５５−５８のいずれかに記載の方法。
【請求項６０】
前記化合物の前記標的への結合部位を決定することをさらに含む，請求項５５−５９のいずれかに記載の方法。
【請求項６１】
抗菌剤を製造する方法であって，
請求項５５−６０のいずれかに記載の抗菌剤を同定し；そして
細菌成長を阻害するのに十分な量で前記抗菌剤を合成する
の各工程を含む方法。
【請求項６２】
前記抗菌剤が，前記標的を天然に産生する細菌に感染した生物に投与されたときに治療効果を与えるのに十分な量で合成される，請求項６１記載の方法。
【請求項６３】
細菌を阻害する方法であって，請求項６１または６２記載の抗菌剤を製造し；そして前記細菌を前記抗菌剤と接触させる工程を含む方法。
【請求項６４】
前記接触がインビトロで行われる，請求項６３記載の方法。
【請求項６５】
前記接触が非ヒト動物中でインビボで行われる，請求項６３記載の方法。
【請求項６６】
感染を有する非ヒト動物において細菌感染を治療する方法であって，請求項６１または６２記載の抗菌剤を製造し；そして前記非ヒト動物に治療上有効量の前記抗菌剤を投与することを含む方法。
【請求項６７】
少なくとも１５ヌクレオチドの長さの単離された，精製された，または濃縮された核酸配列であって，前記配列はバクテリオファージ配列の少なくとも一部に対応し，かつ，前記バクテリオファージは，Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓバクテリオファージ７７，３Ａ，９６，および４４ＡＨＪＤ，Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓバクテリオファージ１８２，およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅバクテリオファージＤｐ−１からなる群より選択されることを特徴とする核酸配列。
【請求項６８】
前記配列が少なくとも５０ヌクレオチドを含む，請求項６７記載の核酸配列。
【請求項６９】
前記核酸配列が，細菌阻害機能を与える産物をコードする核酸配列の少なくとも一部に対応する，請求項６７または６８記載の核酸配列。
【請求項７０】
前記核酸配列が細菌阻害活性を有するポリペプチドをコードする，請求項６７−６９のいずれかに記載の核酸配列。
【請求項７１】
前記核酸配列が制御配列と転写的に連結されており，前記配列の発現の誘導を可能とする，請求項６７−７０のいずれかに記載の核酸配列。
【請求項７２】
請求項６７−７１のいずれかに記載の少なくとも１つの核酸配列を含む組換えベクター。
【請求項７３】
前記ベクターが発現ベクターである，請求項７２記載のベクター。
【請求項７４】
請求項７２または７３記載のベクターを含む組換え細胞。
【請求項７５】
抗微生物蛋白質の少なくとも一部を含む，単離された，精製された，または濃縮されたポリペプチドであって，前記ポリペプチドは，Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓバクテリオファージ７７，３Ａ，９６，および４４ＡＨＪＤ，Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓバクテリオファージ１８２，およびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅバクテリオファージＤｐ−１からなる群より選択されるバクテリオファージによりコードされることを特徴とするポリペプチド。
【請求項７６】
前記ポリペプチドが，前記抗微生物蛋白質の少なくとも１０個の連続するアミノ酸残基を含む，請求項７５記載のポリペプチド。
【請求項７７】
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓバクテリオファージ７７，バクテリオファージ３Ａ，またはバクテリオファージ９６の少なくとも１つのバクテリオファージゲノムの一部のヌクレオチド配列，前記ヌクレオチド配列と少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列，リボ核酸同等物，縮重同等物，相同配列，または前記ヌクレオチド配列によりコードされる少なくとも１つのアミノ酸配列；およびヌクレオチド配列またはアミノ酸配列分析プログラムがその中に記録されているコンピュータ読み出し可能なデバイスであって，前記プログラムは前記ヌクレオチドまたはアミノ酸配列についての少なくとも１つの配列分析を行うことができることを特徴とするデバイス。
【請求項７８】
少なくとも１つのバクテリオファージゲノムの前記少なくとも一部が少なくとも１つのＯＲＦを含む，請求項７７記載のデバイス。
【請求項７９】
前記デバイスが，フロッピーディスク，コンピュータハードドライブ，光学ディスク，コンピュータランダムアクセスメモリ，磁気テープからなる群より選択される媒体を含み，ここで，前記ヌクレオチドまたはアミノ酸配列または前記プログラムまたはその両方が前記媒体に記録されている，請求項７７または７８記載のデバイス。