【手続補正書】
【提出日】平成16年5月25日(2004.5.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリヌクレオチドの分析のための装置を較正するための方法であって、以下：
（ｉ）該装置の細長分離チャネル中に、（ａ）未知のヌクレオチド配列の複数の分析物のポリヌクレオチドフラグメントを含むサンプルであって、該フラグメントの各々は、第１、第２、第３または第４の蛍光標識と結合する、サンプル、および（ｂ）既知のヌクレオチド長の複数のポリヌクレオチドフラグメントを含む内部標準であって、該ポリヌクレオチドフラグメントの各々が、第５の蛍光標識と結合する、内部標準、を提供する工程であって；ここで該第１、第２、第３および第４の蛍光標識は、該サンプル中に存在し、そしてさらにここで、該第１、第２、第３、第４および第５の蛍光標識は、互いにスペクトル識別可能である、工程；
（ｉｉ）該ポリヌクレオチドフラグメントを電気泳動分離する工程；
（ｉｉｉ）（ａ）分離しているまたは分離されたポリヌクレオチドフラグメントの標識が該装置の検出ゾーンに沿って通過する場合、該分離しているかまたは分離されたポリヌクレオチドフラグメントの標識から蛍光発光を誘発する工程、（ｂ）該誘発された蛍光発光を検出する工程、および（ｃ）該検出された標識の各々についての蛍光強度トレースを表すデータを収集する、工程；
（ｉｖ）該第５の標識に対応するトレースのピークを位置決めし、ピークの形状およびピークからピークの間隔のうち少なくとも１つを含む、該ピークの少なくとも１つの特徴を決定する、工程；ならびに
（ｖ）該少なくとも１つの特徴に少なくとも部分的に基づいて較正モデルを作成し、該モデルを、該第１、第２、第３および第４の標識に対応するピークの位置決めおよび分析に適用する、工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記ピークの形状の特徴が、（ａ）ピーク高さ、（ｂ）ピーク幅、および（ｃ）ピーク面積のうちの１つ以上を含む、方法。
【請求項３】
請求項１に記載の方法であって、前記分析物のポリヌクレオチドフラグメントのヌクレオチド配列が、決定され、該方法は、以下の工程：
（ｖｉ）該分析物のポリヌクレオチドフラグメントについてのベースコールを作製する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項４】
ポリヌクレオチド配列分析のための方法であって、以下：
（ｉ）分離チャネル中に、（ａ）分析のための複数のポリヌクレオチドフラグメントを含むサンプルであって、該複数のポリヌクレオチドフラグメントの各々が、第１、第２、第３または第４の検出可能な標識に結合している、サンプル、および（ｂ）複数の既知のポリヌクレオチドフラグメントを含む内部標準であって、該複数のポリヌクレオチドフラグメントの各々が、少なくとも第５の検出可能な標識に結合している、内部標準、を注入する工程；
（ｉｉ）該サンプルおよび該標準を一緒に、該チャネル中で電気泳動し、それにより該フラグメントを分離する、工程；
（ｉｉｉ）該分離の間または後に、該標識の全てを検出し、検出された標識を示すデータを収集する、工程；
（ｉｖ）該少なくとも第５の標識に対応する該収集されたデータのデータに基づいて、較正モデルを作成する工程；ならびに
（ｖ）該第１、第２、第３および第４の標識に関する該収集されたデータの分析に、該較正モデルを使用して、該サンプルポリヌクレオチドフラグメントについてのベースコールを作製する工程、
を包含する、方法。
【請求項５】
工程（ｉ）〜（ｖ）が、複数の分離チャネルの各々の中で、実質的に同時に行われる、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
ポリヌクレオチド配列分析における動的較正のための方法であって、以下：
（ｉ）未知のヌクレオチド配列のポリヌクレオチドサンプルおよび既知のヌクレオチド長のポリヌクレオチド標準を含む混合物中のヌクレオチド塩基を示す複数の成分シグナルを含む複合シグナルセットを受信する工程；
（ｉｉ）該標準を示す第１のシグナルプロフィールを決定する工程；
（ｉｉｉ）該第１のシグナルプロフィールの少なくとも１つの特性を決定する工程；
（ｉｖ）該ポリヌクレオチドサンプルを示す該複合シグナルセットからの１つ以上のさらなるシグナルプロフィールを分析するための較正モデルとして、（ｉｉｉ）からの少なくとも１つの特性を用いる工程；ならびに
（ｖ）第２のサンプルについて工程（ｉ）〜（ｉｖ）を繰り返す工程であって、これにより、前に用いられた較正モデルの代わりに使用するための第２の較正モデルが、作成される、工程、
を包含する、方法。
【請求項７】
前記複数のシグナルが、少なくとも５つの異なるシグナルを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
機械により読み取り可能なプログラム記憶デバイスであって、該デバイスは、該機械により実行可能な指示プログラムを具現化し、ポリヌクレオチド配列分析における動的較正のための方法工程を実行し、該方法工程は、以下の工程：
（ｉ）複数の成分シグナルから構成される複合シグナルセットを受信する工程であって、該成分シグナルは、未知のヌクレオチド配列のポリヌクレオチドサンプルおよび既知のヌクレオチド配列および／またはヌクレオチド長のポリヌクレオチド標準を含む混合物中のヌクレオチド塩基を示す、工程；
（ｉｉ）該標準を示す第１の成分シグナルプロフィールを決定する工程；
（ｉｉｉ）該第１の成分シグナルプロフィールの少なくとも１つの特徴を決定する工程；ならびに
（ｉｖ）該ポリヌクレオチドサンプルを示す１つ以上のさらなる成分シグナルプロフィールを決定および分析するための較正値として、（ｉｉｉ）からの該少なくとも１つの特徴を用いる工程、を包含する、
デバイス。
【請求項９】
請求項８に記載のデバイスであって、工程（ｉ）〜（ｉｖ）が、さらなるサンプルについて繰り返され、それにより、以前に用いられた較正値の代わりに使用するためのさらなる較正値が生成される、デバイス。
【請求項１０】
ポリヌクレオチドの配列分析のための方法であって、以下：
（ｉ）複数の成分シグナルから構成される複合シグナルセットを受信する工程であって、該成分シグナルは、分析のためのポリヌクレオチドサンプルおよび既知の配列および／または長さのポリヌクレオチド標準を含む混合物中のヌクレオチド塩基を示す、工程；
（ｉｉ）該標準に対応する第１の成分シグナルプロフィールを決定する工程；
（ｉｉｉ）該第１の成分シグナルプロフィールのうちの少なくとも１つの特徴を決定する工程；
（ｉｖ）較正基準として、（ｉｉｉ）からの該少なくとも１つの特徴を使用して、該ポリヌクレオチドサンプルに対応する１つ以上のさらなる成分シグナルプロフィールを決定する、工程；ならびに
（ｖ）該１つ以上のさらなる成分シグナルプロフィールを用いて、該ポリヌクレオチドサンプルについてのベースコールを作製する工程、
を包含する、方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法であって、工程（ｉｉｉ）が、前記第１の成分シグナルプロフィール中のピークを位置決めする工程、および（ａ）ピーク高さ、（ｂ）ピーク幅、（ｃ）ピーク面積、および（ｄ）ピークからピークの間隔のうち１つ以上を決定する工程を包含する、方法。
【請求項１２】
ポリヌクレオチドの分析のための方法であって、以下：
（ｉ）複数の成分シグナルから構成される複合シグナルセットを受信する工程であって、該成分シグナルは、未知のヌクレオチド配列の複数の分析物ポリヌクレオチドフラグメントから構成されるサンプル、ならびに既知のヌクレオチド配列および／またはヌクレオチド長の複数の基準ポリヌクレオチドフラグメントから構成される内部標準を含む多成分混合物中のヌクレオチド塩基を示す、工程；
（ｉｉ）該基準ポリヌクレオチドフラグメントに対応する第１の成分シグナルを決定する工程；
（ｉｉｉ）較正基準として、（ｉｉ）からの該第１の成分シグナルを使用し、該分析物ポリヌクレオチドフラグメントに対応する１つ以上のさらなる成分シグナルを決定する工程；ならびに
（ｉｖ）該分析物ポリヌクレオチドフラグメントについてのベースコールを作製する工程、
を包含する、方法。
【請求項１３】
機械により読み取り可能なプログラム記憶デバイスであって、該デバイスは、該機械により実行可能な指示プログラムを具現化し、ポリヌクレオチド配列分析のための方法工程を実行し、該方法工程は、以下：
（ｉ）複数の成分シグナルから構成される複合シグナルセットを受信する工程であって、該成分シグナルは、未知のヌクレオチド配列の複数の分析物ポリヌクレオチドフラグメントから構成されるサンプル、ならびに既知のヌクレオチド配列および／またはヌクレオチド長の複数の基準ポリヌクレオチドフラグメントから構成される内部標準を含む多成分混合物中のヌクレオチド塩基を示す、工程；
（ｉｉ）該基準ポリヌクレオチドフラグメントに対応する第１の成分シグナルを決定する工程；
（ｉｉｉ）較正基準として、（ｉｉ）からの該第１の成分シグナルを使用し、該分析物ポリヌクレオチドフラグメントに対応する１つ以上のさらなる成分シグナルを決定する工程；ならびに
（ｉｖ）該分析物ポリヌクレオチドフラグメントについてのベースコールを作製する工程、を包含する、
デバイス。
【請求項１４】
ポリヌクレオチド分析のための較正方法であって、以下：
（ｉ）複数の成分シグナル強度プロフィールから構成されるシグナル強度プロフィールセットを受信する工程であって、該成分シグナル強度プロフィールが、未知のヌクレオチド配列の蛍光標識されたポリヌクレオチドおよび蛍光標識された基準ポリヌクレオチドを含む混合物中のヌクレオチド塩基を示し；該シグナル強度プロフィールの各々は、一連の別個のスキャン点または時点で検出された蛍光発光強度を示す、工程；
（ｉｉ）塩基中の、該基準ポリヌクレオチドについてのサイズを含むサイズ規定を受信する工程；
（ｉｉｉ）該基準ポリヌクレオチドに対応する第１の成分シグナル強度プロフィールを決定する工程；
（ｉｖ）該第１の成分シグナル強度プロフィールにおけるピークを決定する工程；
（ｖ）該サイズ規定におけるそれぞれのサイズに対して、（ｉｖ）において決定された該ピークを相関させる工程；ならびに
（ｖｉ）それぞれのスキャン点または時点に対して、該サイズ規定におけるサイズを相関させる工程、
を包含する、方法。
【請求項１５】
請求項１４に記載の方法であって、以下：
前記未知の配列のポリヌクレオチドの第１の塩基に対応するピークが生じる可能性のあるスキャン点または時点を推定する工程、をさらに包含する、方法。
【請求項１６】
（ｉｖ）で決定された前記ピークの少なくとも１つの特徴を決定する工程をさらに包含する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
請求項１６に記載の方法であって、前記少なくとも１つの特徴が、（ａ）ピーク高さ、（ｂ）ピーク幅、（ｃ）ピーク面積、（ｄ）ピークからピークの間隔、および（ｅ）（ａ）〜（ｄ）の任意の組合せからなる群から選択される、方法。
【請求項１８】
請求項１７に記載の方法であって、前記未知の配列のポリヌクレオチドに対応する１つ以上のさらなる成分シグナル強度プロフィールの決定において、前記少なくとも１つの特徴を用いる工程をさらに包含する、方法。
【請求項１９】
前記１つ以上のさらなる成分シグナル強度プロフィールに基づいて、ベースコールを作製する工程をさらに包含する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
機械により読み取り可能なプログラム記憶デバイスであって、該デバイスは、該機械により実行可能な指示プログラムを具現化し、ポリヌクレオチド配列分析のための方法工程を実行し、該方法工程は、以下の工程：
（ｉ）複数の成分シグナル強度プロフィールから構成される複合シグナル強度プロフィールを受信する工程であって、該成分シグナル強度プロフィールは、未知のヌクレオチド配列の蛍光標識されたポリヌクレオチドおよび蛍光標識された基準ポリヌクレオチドを含む混合物中のヌクレオチド塩基を示し；該シグナル強度プロフィールの各々は、一連の別個のスキャン点または時点において検出された蛍光発光強度を示す、工程；
（ｉｉ）塩基中の、該基準ポリヌクレオチドについてのサイズを含むサイズ規定を受信する工程；
（ｉｉｉ）該基準ポリヌクレオチドを示す第１の成分シグナル強度プロフィールを決定する工程；
（ｉｖ）該第１の成分シグナル強度プロフィールにおけるピークを決定する工程；
（ｖ）該サイズ規定におけるそれぞれのサイズに対して、（ｉｖ）において決定された該ピークを相関させる工程；ならびに
（ｖｉ）それぞれのスキャン点または時点に対して、該サイズ規定におけるサイズを相関させる工程、を包含する、
デバイス。
【請求項２１】
請求項２０に記載のデバイスであって、前記方法工程が、以下：
前記未知の配列のポリヌクレオチドの第１の塩基に対応するピークが生じる可能性のあるスキャン点または時点を推定する工程、をさらに包含する、デバイス。
【請求項２２】
請求項２０に記載のデバイスであって、前記方法工程が、以下：
（ｉｖ）で決定された前記ピークの少なくとも１つの特徴を決定する工程、をさらに包含する、デバイス。
【請求項２３】
請求項２２に記載のデバイスであって、前記方法工程が、以下：
前記未知の配列のポリヌクレオチドを示す１つ以上のさらなる成分シグナル強度プロフィールの決定において、前記少なくとも１つの特徴を用いる工程、をさらに包含する、デバイス。
【請求項２４】
請求項２３に記載のデバイスであって、前記方法工程が、以下：
前記未知の配列のポリヌクレオチドについてのベースコールを作製する工程、をさらに包含する、デバイス。
【請求項２５】
配列分析のためのポリヌクレオチドサンプルを含む、内部較正標準として使用するためのポリヌクレオチド混合物であって、以下：
（ｉ）既知の長さの蛍光標識したポリヌクレオチドの第１のセットであって、該ポリヌクレオチドは、電気泳動の際にラダーを形成するように構成されており、該第１のセットは、短いポリヌクレオチド、長いポリヌクレオチドおよび該短いポリヌクレオチドおよび長いポリヌクレオチドに対して中間の長さの複数のポリヌクレオチドを含み；ここで該第１のセットの該中間のポリヌクレオチドおよび長いポリヌクレオチドの長さが、（ａ）該短いポリヌクレオチドの正の整数の倍数、または（ｂ）該短いポリヌクレオチドの正の整数の倍数＋定数である、第１のセット；ならびに
（ｉｉ）既知の長さの蛍光標識されたポリヌクレオチドの第２のセットであって、該ポリヌクレオチドは、電気泳動の際に同定可能なサインを形成するように構成されており、該第２のセットのポリヌクレオチドは、該第１のセットのポリヌクレオチドの長さとは異なる長さを有する、第２のセット、
を含む、混合物。
【請求項２６】
請求項２５に記載の混合物であって、前記ポリヌクレオチドの第１および第２のセットが、該混合物の全ポリヌクレオチド内容物の実質的に全てを構成する、混合物。
【請求項２７】
請求項２５に記載の混合物であって、前記ポリヌクレオチドの第１のセットが、前記短いポリヌクレオチドよりも短いフラグメントを含み；前記定数が、塩基において、該短いフラグメントの長さと等しい整数である、混合物。
【請求項２８】
配列分析のためのヌクレオチドサンプルであって、該サンプルは、１つ以上の未知の配列の蛍光標識されたポリヌクレオチドを含み、請求項２５に記載のポリヌクレオチド混合物と混合され；ここで、前記ポリヌクレオチドの第１および第２のセットの蛍光標識が、該配列分析のためのポリヌクレオチドサンプルの蛍光標識からスペクトル識別される、サンプル。
【請求項２９】
配列分析のためのポリヌクレオチドサンプルを含む、内部較正標準として使用するためのポリヌクレオチド混合物であって、以下：
（ｉ）電気泳動の際にポリヌクレオチドラダーを形成するように構成された蛍光標識されたポリヌクレオチドの第１のセット；
（ｉｉ）該第１のセットと共に電気泳動された際に同定可能なサインを形成するように構成された蛍光標識されたポリヌクレオチドの第２のセットであって、該第２のセットは、種々の長さの複数のポリヌクレオチドから構成され、該長さは、（ｉ）で規定された該ポリヌクレオチドの長さとは等しくない、第２のセット、
を含む、混合物。
【請求項３０】
前記第１および第２のセットのポリヌクレオチドが、同じ蛍光標識を有する、請求項２９に記載の混合物。
【請求項３１】
ポリヌクレオチド分析における誤差を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ｉ）１つ以上の配列決定反応の誤差の非存在下で、配列決定サンプルの各々が未知のヌクレオチド配列の複数の分析物ポリヌクレオチドフラグメントを含むことが推定されるような様式で、該複数の配列決定サンプルを生成する工程であって、ここで該分析物ポリヌクレオチドフラグメントは、第１、第２、第３または第４の蛍光標識と結合している、工程；
（ｉｉ）該配列決定サンプルの各々を内部標準と組み合わせ、それにより複数のそれぞれのサンプル混合物を形成する工程であって、ここで該内部標準は、既知のヌクレオチド長の１つ以上のポリヌクレオチドフラグメントを含み、該１つ以上のポリヌクレオチドフラグメントの各々は、第５の蛍光標識と結合しており、さらにここで、該第１、第２、第３、第４および第５の蛍光標識は、互いにスペクトル識別可能である、工程；
（ｉｉｉ）該サンプル混合物の各々を、マルチレーン電気泳動装置のそれぞれの分離レーンに充填する工程；
（ｉｖ）該サンプル混合物の各々を、そのそれぞれのレーンを下向きに、その検出ゾーンに沿って移動させるのに十分な電気泳動力を適用する工程；
（ｖ）（ａ）分離しているポリヌクレオチドフラグメントまたは分離されたポリヌクレオチドフラグメントが該検出ゾーンを通過する場合に、該分離しているポリヌクレオチドフラグメントまたは分離されたポリヌクレオチドフラグメントの標識から蛍光発光を誘発するのに十分な励起放射線を、該検出ゾーンに向かって方向付ける工程、（ｂ）誘発された蛍光発光について検出する工程、および（ｃ）該検出された標識の各々の蛍光強度トレースを示すデータを収集する工程；
（ｖｉ）該サンプル混合物の各々について、該第５の標識に対応するトレースと、該第１、第２、第３および第４の標識についてのトレースとを比較する工程；ならびに
（ｖｉｉ）少なくとも部分的に、工程（ｖｉ）の該比較に基づいて、前の工程の１つ以上において誤差が生じたか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項３２】
請求項３１に記載の方法であって、工程（ｖｉ）の前記比較が、前記サンプル混合物の各々についての少なくとも１つのトレースと、前記サンプル混合物の他の少なくとも１つに対応する少なくとも１つのトレースとを比較する工程をさらに包含する、方法。
【請求項３３】
請求項３１に記載の方法であって、少なくとも部分的に、工程（ｖｉ）の前記比較に基づいて、誤差が生じたと決定された場合、該誤差が生じた工程を決定する工程をさらに包含する、方法。
【請求項３４】
請求項３３に記載の方法であって、決定された誤差が生じた工程を決定する前記工程が、以下の判定：（ｉ）（ａ）前記第５の標識が、第１の選択された閾値より上のレベルで検出された場合、および（ｂ）前記第１、第２、第３および第４の標識が、検出されないかまたは少なくとも第２の選択された閾値より下のレベルで検出された場合、誤差は、前記生成工程で生じたとみなされること；および（ｉｉ）（ａ）該第５の標識が検出されないかまたは第１の選択された閾値より下のレベルで検出される場合、および（ｂ）該第１、第２、第３および第４の標識が、検出されないかまたは少なくとも第２の選択された閾値より下のレベルで検出される場合、誤差は前記充填工程で生じたとみなされること、の少なくとも１つを含む理論の使用を包含する、方法。
【請求項３５】
請求項３４に記載の方法であって、前記選択された閾値が、少なくとも部分的に、前記サンプル混合物の少なくとも１つについての少なくとも１つのトレースと、前記サンプル混合物の他の少なくとも１つに対応する少なくとも１つのトレースとを比較することによって、決定される、方法。
【請求項３６】
請求項３４に記載の方法であって、前記理論が、以下の判定：（ａ）前記第１、第２、第３または第４の標識、および（ｂ）前記第５の標識の一方が、少なくとも１つの選択された閾値より上のレベルで検出されるが、（ａ）および（ｂ）の他方が、検出されないか少なくとも１つの他の選択された閾値より下のレベルで検出される場合、誤差は、前記組合せ工程で生じたとみなされること、をさらに含む、方法。
【請求項３７】
請求項３４に記載の方法であって、前記理論が、以下の判定：（ａ）前記第１、第２、第３または第４の標識、および（ｂ）前記第５の標識の両方が、少なくとも１つの選択された閾値より上のレベルで検出されるが、他のサンプル混合物の少なくとも１つのこのようなトレースと比較すると、時間的に遅れる場合、誤差は、前記レーンまたはそれぞれのレーンの充填領域、あるいはサンプル純度に関与する工程で生じたとみなされること、をさらに含む、方法。
【請求項３８】
マルチレーン電気泳動機器を使用してポリヌクレオチド分析におけるシグナルクロストークを決定するための方法であって、以下：
（ｉ）複数の配列決定サンプルを内部標準と組み合わせて、複数のサンプル混合物を形成する工程であって；ここで該配列決定サンプルの各々は、未知のヌクレオチド配列の複数の分析物ポリヌクレオチドフラグメントを含み、該分析物ポリヌクレオチドフラグメントは、第１、第２、第３または第４の蛍光標識と結合し；そして該内部標準は、既知のヌクレオチド長の１つ以上のポリヌクレオチドフラグメントを含み、該１つ以上のポリヌクレオチドフラグメントの各々は、第５の蛍光標識と結合し；さらにここで、該第１、第２、第３、第４および第５の蛍光標識は、互いにスペクトル識別可能である、工程；
（ｉｉ）該機器のそれぞれの分離レーンに、該サンプル混合物を充填する工程；
（ｉｉｉ）該サンプル混合物の各々を、そのそれぞれのレーンを下向きに、その検出ゾーンに沿って移動させるのに十分な電気泳動力を適用する工程；
（ｉｖ）分離しているポリヌクレオチドフラグメントまたは分離されたポリヌクレオチドフラグメントが該検出ゾーンを通過する場合に、該分離しているポリヌクレオチドフラグメントまたは分離されたポリヌクレオチドフラグメントの標識から蛍光発光を誘発するのに十分な励起放射線を、該検出ゾーンに向かって方向付ける工程、（ｂ）誘発された蛍光発光について検出する工程、および（ｃ）該検出された標識の各々の蛍光強度トレース（蛍光強度  対  時間）を示すデータを収集する工程；
（ｖ）少なくとも２つの隣接するレーンの１つ以上の時点について、第５の標識のシグナルの量を算出する工程；ならびに
（ｖｉ）工程（ｖ）の結果を使用して、クロストーク値を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項３９】
請求項３８に記載の方法であって、前記クロストークが、ｘ／ｙを含む比として決定され、ここでｙは、選択されたサンプルレーンにおける前記第５の標識のシグナルであり、ｘは、隣接するレーンにおける該第５の標識のシグナルである、方法。
【請求項４０】
請求項３８に記載の方法であって、前記クロストーク値が、前記第１、第２、第３および第４の標識シグナルから独立して決定される、方法。
【請求項４１】
電気泳動装置を使用して、ポリヌクレオチド分析物の分解能を決定するための方法であって、以下：
（ｉ）１つ以上の配列決定サンプルを内部標準と組み合わせて、１つ以上のそれぞれのサンプル混合物を形成する工程であって；該配列決定サンプルの各々は、未知のヌクレオチド配列の複数の分析物ポリヌクレオチドフラグメントを含み、該分析物ポリヌクレオチドフラグメントは、第１、第２、第３または第４の蛍光標識と結合し；ここで該内部標準は、既知のヌクレオチド長の１つ以上のポリヌクレオチドフラグメントを含み、該１つ以上のポリヌクレオチドフラグメントの各々は、第５の蛍光標識と結合し；さらにここで、該第１、第２、第３、第４および第５の蛍光標識は、互いにスペクトル識別可能である、工程；
（ｉｉ）該サンプル混合物を、該装置のそれぞれの分離レーンに充填する工程；
（ｉｉｉ）該サンプル混合物の各々を、そのそれぞれのレーンを下向きに、その検出ゾーンに沿って移動させるのに十分な電気泳動力を適用する工程；
（ｉｖ）分離しているポリヌクレオチドフラグメントまたは分離されたポリヌクレオチドフラグメントが該検出ゾーンを通過する場合に、該分離しているポリヌクレオチドフラグメントまたは分離されたポリヌクレオチドフラグメントの標識から蛍光発光を誘発するのに十分な励起放射線を、該検出ゾーンに向かって方向付ける工程、（ｂ）誘発された蛍光発光について検出する工程、および（ｃ）該検出された標識の各々の蛍光強度トレースを示すデータを収集する工程；
（ｖ）各サンプル混合物について、該第５の標識のトレースのピークを決定し、そしてピークの位置およびピークの半値幅を決定する工程；
（ｖｉ）工程（ｖ）の該検出されたピークについてのピークからピークの距離を決定する工程；ならびに
（ｖｉｉ）工程（ｖ）および（ｖｉ）からの結果を使用して、分解能値を算出する工程、
を包含する方法。
【請求項４２】
１つ以上の電気泳動装置を使用して、ポリヌクレオチド分析実験間を標準化するための方法であって、以下：
（Ａ）実験を実施する工程であって、以下：
（ｉ）検出可能な標識の第１のセットを有する複数の分析物ポリヌクレオチドフラグメントを含む配列決定反応サンプル、および（ｂ）第５の色素標識を有する既知量の１つ以上のポリヌクレオチドフラグメントを含む内部標準、を含むサンプル混合物を形成すること；
（ｉｉ）該サンプル混合物を電気泳動し、該標識の第１のセットおよび該第５の色素標識からのシグナルを収集し、そして選択されたウインドウにわたって各々の合計を算出すること；および
（ｉｉｉ）第１の標識セットのシグナル  対  第５の色素シグナルの比を算出すること、
を包含する、工程、
を包含する、方法。
【請求項４３】
請求項４２に記載の方法であって、以下：
（Ｂ）第２の実験を実施する工程であって、第２の配列決定反応サンプルを使用する工程（Ａ）（ｉ）〜（ｉｉｉ）を包含する、工程であって；それにより第１の標識セットのシグナル  対  第５の色素シグナルの第２の比が、算出される、工程；および
（Ａ）および（Ｂ）からの比を使用し、前記実験の間の配列決定反応サンプルの相対量を決定する工程、をさらに包含する、方法。
【請求項４４】
請求項４３に記載の方法であって、前記電気泳動装置が、マルチレーン電気泳動機器であり、前記実験が、該機器の異なるレーンにおいて実質的に同時に行われる、方法。
【請求項４５】
請求項４４に記載の方法であって、前記（Ａ）の実験が、１つの電気泳動機器で行われ、前記（Ｂ）の実験が、第２の電気泳動機器で行われる、方法。
【請求項４６】
機械により読み取り可能なプログラム記憶デバイスであって、該デバイスは、該機械により実行可能な指示プログラムを具現化し、ポリヌクレオチド配列データの較正のための方法工程を実行し、該方法工程は、以下の工程：
蛍光強度シグナルのセットを受信する工程であって、該セットの該蛍光強度シグナルの各々は、複数の成分シグナルから構成され、該成分シグナルの各々は、未知のヌクレオチド配列の複数の分析物ポリヌクレオチドフラグメントを含む多成分混合物中のそれぞれのヌクレオチド塩基または内部標準を示す、工程；
該内部標準に対応する第１の成分シグナルを決定する工程；
該それぞれのヌクレオチド塩基を示す、第２、第３、第４および第５の成分シグナルを決定する工程；
該第１成分シグナルからの特徴を同定し、ピークの形状およびピークからピークの間隔のうち少なくとも１つを含む、少なくとも１つの特徴を決定する工程；ならびに
該少なくとも１つの特徴に少なくとも部分的に基づいて較正モデルを作成し、該較正モデルを、該第２、第３、第４および第５の成分シグナルに適用する工程、を包含する、
デバイス。