【手続補正書】
【提出日】平成15年5月19日(2003.5.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の構造：
【化１】
2004532805.tif 000001
を有する化合物であって、
Ｚ１は、ＯＨ、ＮＨ２、ＮＨＲ、またはＮＲ２であり、ここで、各Ｒは、独立して、水素、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、フェニル、ベンジル、アリール、複素環、または連結部分であり；
Ｚ２は、Ｏ、＋ＮＨ２、＋ＮＨＲ、または＋ＮＲ２であり、ここで、各Ｒは、独立して、水素、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、フェニル、ベンジル、アリール、複素環、または連結部分であり；
Ｘは、カルボキシレートまたはスルホネートであり；
そして該構造は、そのアリール置換形態を含み；
ここで、該化合物は、アトロプ異性体的に濃縮されている、化合物。
【請求項２】
Ｚ１がＯＨであり、Ｚ２がＯであり、そしてＸがカルボキシレートである、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
Ｚ１がＮＲ２であり、Ｚ２が＋ＮＲ２であり、そしてＸがカルボキシレートである、請求項１に記載の化合物。
【請求項４】
前記化合物が実質的に純粋なアトロプ異性体である、請求項１に記載の化合物。
【請求項５】
以下の構造：
【化２】
2004532805.tif 000002
を有する、請求項１に記載の化合物であって、
ここで、Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、Ｒ２０、Ｚ１、またはＺ２のうちの少なくとも１つが、アジド、一置換第１級アミン、二置換第２級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハロゲン化物、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシル、イソチオシアネート、塩化スルホニル、スルホン酸エステル、ハロゲン化シリル、クロロトリアジニル、スクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、マレイミド、ハロアセチル、エポキシド、ハロゲン化アルキル、ハロゲン化アリル、アルデヒド、ケトン、アシルアジド、無水物、ヨードアセトアミドおよび活性化エステルからなる群より選択される連結部分である、化合物。
【請求項６】
Ｒ１およびＲ１１のうちの１つが連結部分である、請求項５に記載の化合物。
【請求項７】
１つ以上の置換基Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、およびＲ２０を含む、請求項５に記載の化合物であって、該置換基の各々が独立して、フッ素、塩素、Ｃ１〜Ｃ８アルキル、カルボキシレート、スルフェート、スルホネート、アルキルスルホネート、アミノメチル（−ＣＨ２ＮＨ２）、アミノアルキル、４−ジアルキルアミノピリジニウム、ヒドロキシメチル（−ＣＨ２ＯＨ）、メトキシ（−ＯＣＨ３）、ヒドロキシアルキル（−ＲＯＨ）、チオメチル（−ＣＨ２ＳＨ）、チオアルキル（−ＲＳＨ）、アルキルスルホン（−ＳＯ２Ｒ）、アリールチオ（−ＳＡｒ）、アリールスルホン（−ＳＯ２Ａｒ）、スルホンアミド（−ＳＯ２ＮＲ２）、アルキルスルホキシド（−ＳＯＲ）、アリールスルホキシド（−ＳＯＡｒ）、アミノ（−ＮＨ２）、アンモニウム（−ＮＨ３＋）、アミド（−ＣＯＮＲ２）、ニトリル（−ＣＮ）、Ｃ１〜Ｃ８アルコキシ（−ＯＲ）、フェノキシ、フェノール、トリル、フェニル、アリール、ベンジル、複素環、ホスホネート、ホスフェート、第４級アミン、スルフェート、ポリエチレンオキシ、および連結部分である、化合物。
【請求項８】
前記Ｒ１３およびＲ１４が一緒になってベンゾを形成する、請求項５に記載の化合物。
【請求項９】
Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ１１、Ｒ１３、およびＲ１４のうちの少なくとも１つが、２−ピリジル、３−ピリジル、４−ピリジル、２−キノリル、３−キノリル、４−キノリル、２−イミダゾール、４−イミダゾール、３−ピラゾール、４−ピラゾール、ピリダジン、ピリミジン、ピラジン、シンノリン、プタラジン、キナゾリン、キノキサリン、３−（１，２，４−Ｎ）−トリアゾリル、５−（１，２，４−Ｎ）−トリアゾリル、５−テトラゾリル、４−（１−Ｏ，３−Ｎ）−オキサゾール、５−（１−Ｏ，３−Ｎ）−オキサゾール、４−（１−Ｓ，３−Ｎ）−チアゾール、５−（１−Ｓ，３−Ｎ）−チアゾール、２−ベンゾオキサゾール、２−ベンゾチアゾール、４−（１，２，３−Ｎ）−ベンゾトリアゾール、およびベンゾイミダゾールから選択される、電子不足複素環である、請求項５に記載の化合物。
【請求項１０】
Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ１１、Ｒ１３、およびＲ１４のうちの少なくとも１つが、フェニルまたは置換フェニルである、請求項５に記載の化合物。
【請求項１１】
Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ１１、Ｒ１３、およびＲ１４のうちの少なくとも１つが、ナフチルまたは置換ナフチルである、請求項５に記載の化合物。
【請求項１２】
Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ１１、Ｒ１３、およびＲ１４のうちの少なくとも１つが、フッ素または塩素である、請求項５に記載の化合物。
【請求項１３】
Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ１１、Ｒ１３、およびＲ１４のうちの少なくとも１つが、２−ピリジルまたは３−ピリジルである、請求項５に記載の化合物。
【請求項１４】
Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ１１、Ｒ１３、およびＲ１４のうちの少なくとも１つが、２−キノリルまたは３−キノリルである、請求項５に記載の化合物。
【請求項１５】
Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ１１、Ｒ１３、およびＲ１４のうちの少なくとも１つが、メトキシ（−ＯＣＨ３）である、請求項５に記載の化合物。
【請求項１６】
Ｒ１、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ１１、Ｒ１３、およびＲ１４のうちの少なくとも１つが、アミノメチル（−ＣＨ２ＮＨ２）である、請求項５に記載の化合物。
【請求項１７】
Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、およびＲ２０のうちの少なくとも１つが、塩素である、請求項５に記載の化合物。
【請求項１８】
Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、およびＲ２０のうちの少なくとも１つが、フッ素である、請求項５に記載の化合物。
【請求項１９】
Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、およびＲ２０のうちの少なくとも１つが、４−ジアルキルアミノピリジニウムである、請求項５に記載の化合物。
【請求項２０】
Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、およびＲ２０のうちの少なくとも１つが、チオフェニルである、請求項５に記載の化合物。
【請求項２１】
Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ１９、およびＲ２０のうちの少なくとも１つが、チオ−４−カルボキシフェニルである、請求項５に記載の化合物。
【請求項２２】
Ｒ１８およびＲ１９のうちの１つがカルボキシルであり、そして他方が水素である、請求項５に記載の化合物。
【請求項２３】
Ｒ１８およびＲ１９のうちの１つが連結部分であり、そして他方が水素である、請求項５に記載の化合物。
【請求項２４】
Ｒ１７およびＲ２０が塩素であり；Ｒ１８およびＲ１９のうちの１つが連結部分であり、そして他方が水素であり；そしてＸがカルボキシルである、請求項５に記載の化合物。
【請求項２５】
請求項５に記載の化合物であって、以下：
第１の架橋基であって、該第１の架橋基は、Ｚ１の窒素、Ｚ１に結合する炭素、およびＲ１に結合する炭素と一緒になって、４〜７員の第１の環構造を形成する、第１の架橋基；ならびに
必要に応じて、第２の架橋基であって、該第２の架橋基は、Ｚ２の窒素、Ｚ２に結合する炭素、およびＲ１１に結合する炭素と一緒になって、４〜７員の第２の環構造を形成する、第２の架橋基、
を含む、化合物。
【請求項２６】
前記第１の環構造および第２の環構造の一方または両方が、５員を有する、請求項２５に記載の化合物。
【請求項２７】
前記５員環構造が、１つのｇｅｍ置換された炭素を含む、請求項２６に記載の化合物。
【請求項２８】
前記ｇｅｍ置換基がＣ１〜Ｃ８アルキルである、請求項２７に記載の化合物。
【請求項２９】
前記５員環が、連結部分で置換されている、請求項２５に記載の化合物。
【請求項３０】
以下の構造：
【化３】
2004532805.tif 000003
からなる群より選択される、化合物であって、該化合物が、アトロプ異性体的に濃縮されている、化合物。
【請求項３１】
エネルギー移動色素であって、以下：
第１の波長の光を吸収し得、そして該吸収に応答して励起エネルギーを放出し得る、ドナー色素；
該ドナー色素によって放出された該励起エネルギーを吸収し得、そして応答して第２の波長で蛍光を発し得る、アクセプター色素；ならびに
該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカー、
を含み、ここで、該ドナー色素およびアクセプター色素のうちの少なくとも一方が、以下の構造：
【化４】
2004532805.tif 000004
またはそのアリール置換形態を有する、アトロプ異性体的に濃縮されたキサンテン化合物であり；
ここで、Ｚ１およびＺ２は、Ｏ、ＯＨ、ＮＨ２、ＮＨＲ、またはＮＲ２であり；Ｘは、カルボキシレートまたはスルホネートである、エネルギー移動色素。
【請求項３２】
前記ドナー色素が、アトロプ異性体的に濃縮されたキサンテン化合物であり、そして前記アクセプター色素が、シアニン色素、フタロシアニン色素、スクアレン色素、ｂｏｄｉｐｙ色素、ベンゾフェノキサジン色素、フルオレセイン色素、ジベンゾローダミン色素、またはローダミン色素である、請求項３１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項３３】
前記アクセプター色素が、アトロプ異性体的に濃縮されたキサンテン化合物であり、そして前記ドナー色素が、該キサンテン化合物およびポリヌクレオチドに連結されている、請求項３１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項３４】
前記ドナー色素が、前記ポリヌクレオチドの５’末端に連結されている、請求項３３に記載のエネルギー移動色素。
【請求項３５】
前記ドナー色素が、前記ポリヌクレオチドの３’末端に連結されている、請求項３３に記載のエネルギー移動色素。
【請求項３６】
前記ドナー色素が、ポリヌクレオチドの核酸塩基に結合しており、ここで、該核酸塩基がプリンである場合、前記リンカーは、８位で結合しており、該核酸塩基が７−デアザプリンである場合、該リンカー、は７位または８位で結合しており、そして該核酸塩基がピリミジンである場合、該リンカーは、５位で結合している、請求項３３に記載のエネルギー移動色素。
【請求項３７】
前記リンカーが、以下の構造：
【化５】
2004532805.tif 000005
を有し、ここで、
Ｚは、ＮＨ、ＳおよびＯからなる群より選択され；
Ｒ２１は、前記ドナー色素に結合したＣ１〜Ｃ１２アルキルであり；
Ｒ２２は、Ｃ１〜Ｃ１２アルキルジイル、少なくとも１つの不飽和結合を有する５員環または６員環、およびカルボニル炭素に結合した縮合環構造からなる群より選択される置換基であり；
Ｒ２３は、該リンカーを前記アクセプター色素に結合させる、官能基を含む、請求項３１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項３８】
前記リンカーが、以下の構造：
【化６】
2004532805.tif 000006
を有し、そしてｎが２〜１０の範囲である、請求項３７に記載の化合物。
【請求項３９】
Ｒ２３が、以下の構造：
【化７】
2004532805.tif 000007
を有し、ここで、Ｒ２４は、Ｃ１〜Ｃ１２アルキルである、請求項３７に記載のエネルギー移動色素。
【請求項４０】
Ｒ２２が、シクロペンテン、シクロヘキセン、シクロペンタジエン、シクロヘキサジエン、フラン、チオフラン、ピロール、イソピロール、イソアゾール、ピラゾール、イソイミダゾール、ピラン、ピロン、ベンゼン、ピリジン、ピリダジン、ピリミジン、ピラジン、オキサジン、インデン、ベンゾフラン、チオナフテン、インドールおよびナフタレンからなる群より選択される、５員環または６員環である、請求項３７に記載のエネルギー移動色素。
【請求項４１】
前記リンカーが、以下の構造：
【化８】
2004532805.tif 000008
を有する、請求項３１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項４２】
前記リンカーが、以下の構造：
【化９】
2004532805.tif 000009
を有する、請求項３１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項４３】
前記リンカーが、以下の構造：
【化１０】
2004532805.tif 000010
を有する、請求項３１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項４４】
前記リンカーが、以下の構造：
【化１１】
2004532805.tif 000011
を有し、ここで、Ｄはドナー色素であり、Ａはアクセプター色素であり、そしてｎは１または２である、請求項３１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項４５】
前記リンカーが、以下の構造：
【化１２】
2004532805.tif 000012
を有する前記アトロプ異性体的に濃縮されているキサンテン化合物のＲ１、Ｒ１１、Ｒ１８またはＲ１９において結合している、請求項３１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項４６】
前記ドナーまたは前記アクセプターに対するリンカーが、Ｒ１またはＲ１１において結合しており、そしてポリヌクレオチドに対するリンカーが、Ｒ１８またはＲ１９において結合している、請求項４５に記載のエネルギー移動色素。
【請求項４７】
前記リンカーが、前記実質的に純粋なアトロプ異性体キサンテン化合物のＺ１位またはＺ２位の１つにおいて結合している、請求項４５に記載のエネルギー移動色素。
【請求項４８】
以下の式：
【化１３】
2004532805.tif 000013
を有する、標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチドであって、ここで、ＤＹＥが、以下の構造：
【化１４】
2004532805.tif 000014
を有するキサンテン化合物の、実質的に純粋なアトロプ異性体であり、
Ｚ１は、ＯＨ、ＮＨ２、ＮＨＲ、またはＮＲ２であり、ここで、各Ｒは、独立して、水素、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、フェニル、ベンジル、アリール、複素環、または連結部分であり；
Ｚ２は、Ｏ、＋ＮＨ２、＋ＮＨＲ、または＋ＮＲ２であり、ここで、各Ｒは、独立して、水素、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、フェニル、ベンジル、アリール、複素環、または連結部分であり；
Ｘは、カルボキシレートまたはスルホネートであり；
ＤＹＥは、エネルギー移動色素であって、該エネルギー移動色素は、第１の波長において光を吸収し得、そして該吸収に応答して励起エネルギーを放出し得る、ドナー色素；該ドナー色素によって放出された該励起エネルギーを吸収し得、そして該吸収に応答して、第２の波長において蛍光を発し得る、アクセプター色素；ならびに該ドナー色素および該アクセプター色素を結合するための、リンカーを含み；ここで、該ドナー色素およびアクセプター色素のうちの少なくとも１つが、該キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体であり；
Ｂは、核酸塩基であり；
Ｌは、リンカーであり；
Ｒ２５は、Ｈ、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェート、チオホスフェート、またはホスフェートアナログであり；そして
Ｒ２６およびＲ２７は、単独の場合、それぞれ独立して、Ｈ、ＨＯ、Ｆ、またはポリメラーゼにより媒介される標的特異的重合をブロックする他の部分であるか、あるいは一緒になって、Ｒ２６およびＲ２７は、２’−３’−ジデヒドロリボースを形成し；そしてここで、ＤＹＥは、必要に応じて、アリール置換されている、
標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項４９】
Ｂが、ウラシル、チミン、シトシン、アデニン、７−デアザアデニン、グアニン、および７−デアザグアノシンからなる群より選択される、請求項４８に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項５０】
Ｌが、以下：
【化１５】
2004532805.tif 000015
であり、ここで、ｎは、０、１、または２である、請求項４８に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項５１】
酵素的に組み込み可能である、請求項４８に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項５２】
ターミネーターである、請求項４８に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項５３】
以下の構造：
【化１６】
2004532805.tif 000016
を有する、請求項５２に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチドであって、ここで、Ｒ２６およびＲ２７は、単独の場合、それぞれ独立して、Ｈ、Ｆ、またはポリメラーゼにより媒介される標的特異的重合をブロックする他の部分であるか、あるいは一緒になって、２’−３’−ジデヒドロリボースを形成する、標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項５４】
酵素的に伸長可能である、請求項４８に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項５５】
標識に共有結合したポリヌクレオチドを含む、標識されたポリヌクレオチドであって、ここで、該標識が、以下の構造：
【化１７】
2004532805.tif 000017
を有する、キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体であり、
Ｚ１は、ＯＨ、ＮＨ２、ＮＨＲ、またはＮＲ２であり、ここで、各Ｒは、独立して、水素、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、フェニル、ベンジル、アリール、複素環、または連結部分であり；
Ｚ２は、Ｏ、＋ＮＨ２、＋ＮＨＲ、または＋ＮＲ２であり、ここで、各Ｒは、独立して、水素、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、フェニル、ベンジル、アリール、複素環、または連結部分であり；
Ｘは、カルボキシレートまたはスルホネートであるか；
あるいは、エネルギー移動色素であって、以下：第１の波長の光を吸収し得、そして該吸収に応答して励起エネルギーを放出し得る、ドナー色素；該ドナー色素によって放出された該励起エネルギーを吸収し得、そして該吸収に応答して、第２の波長の蛍光を発し得る、アクセプター色素；ならびに該ドナー色素および該アクセプター色素を結合するための、リンカーを含み；ここで、該ドナー色素およびアクセプター色素のうちの少なくとも１つが、該キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体であり；そして該キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体が、必要に応じて、アリール置換されている、
標識されたポリヌクレオチド。
【請求項５６】
以下の式：
【化１８】
2004532805.tif 000018
を有する、請求項５５に記載の標識されたポリヌクレオチドであって、
ここで、ＤＹＥは、キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体またはエネルギー移動色素であり；
Ｂは、核酸塩基であり；
Ｌは、リンカーであり；
Ｒ２７は、Ｈ、ＯＨ、ハロゲン化物、アジド、アミン、アルキルアミン、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アリル、Ｃ１〜Ｃ６アルコキシ、ＯＣＨ３、またはＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２であり；そして
Ｒ２８およびＲ２９は、単独の場合、それぞれ独立して、Ｈ、ホスフェート、ヌクレオチド間ホスホジエステル、またはヌクレオチド間アナログであり；
ここで、該ポリヌクレオチドが、２〜１００のヌクレオチドを含む、標識されたポリヌクレオチド。
【請求項５７】
Ｂが、ウラシル、チミン、シトシン、アデニン、７−デアザアデニン、グアニン、および７−デアザグアノシンからなる群より選択される、請求項５６に記載の標識されたポリヌクレオチド。
【請求項５８】
以下の式：
【化１９】
2004532805.tif 000019
を有する、請求項５５に記載の標識されたポリヌクレオチドであって、
ここで、ＤＹＥは、キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体またはエネルギー移動色素であり；
Ｂは、核酸塩基であり；
Ｘは、Ｏ、ＮＨ、またはＳであり；
Ｌは、リンカーであり；
Ｒ２７は、Ｈ、ＯＨ、ハロゲン化物、アジド、アミン、アルキルアミン、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アリル、Ｃ１〜Ｃ６アルコキシ、ＯＣＨ３、またはＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２であり；そして
Ｒ２８は、ヌクレオチド間ホスホジエステル、またはヌクレオチド間アナログであり；
ここで、該ポリヌクレオチドが、２〜１００のヌクレオチドを含む、標識されたポリヌクレオチド。
【請求項５９】
Ｂが、ウラシル、チミン、シトシン、アデニン、７−デアザアデニン、グアニン、および７−デアザグアノシンからなる群より選択される、請求項５８に記載の標識されたポリヌクレオチド。
【請求項６０】
Ｌが、Ｃ１〜Ｃ１２アルキルジイルである、請求項５８に記載の標識されたポリヌクレオチド。
【請求項６１】
Ｌが、−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−を含み、ここで、ｎは、１〜１００である、請求項５８に記載の標識されたポリヌクレオチド。
【請求項６２】
標識に共有結合したポリペプチドを含む、標識されたポリペプチドであって、ここで、該標識が、以下の構造：
【化２０】
2004532805.tif 000020
を有する、キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体であり、
Ｚ１は、ＯＨ、ＮＨ２、ＮＨＲ、またはＮＲ２であり、ここで、各Ｒは、独立して、水素、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、フェニル、ベンジル、アリール、複素環、または連結部分であり；
Ｚ２は、Ｏ、＋ＮＨ２、＋ＮＨＲ、または＋ＮＲ２であり、ここで、各Ｒは、独立して、水素、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、フェニル、ベンジル、アリール、複素環、または連結部分であり；
Ｘは、カルボキシレートまたはスルホネートであるか；あるいは
該ポリペプチドは、エネルギー移動色素に共有結合しており、該エネルギー移動色素は、以下：第１の波長において光を吸収し得、そして該吸収に応答して励起エネルギーを放出し得る、ドナー色素；該ドナー色素によって放出された該励起エネルギーを吸収し得、そして該吸収に応答して、第２の波長において蛍光を発し得る、アクセプター色素；ならびに該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカーを含み；ここで、該ドナー色素およびアクセプター色素のうちの少なくとも１つが、該キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体であり；そして該キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体が、必要に応じて、アリール置換されている、
標識されたポリペプチド。
【請求項６３】
以下の式：
【化２１】
2004532805.tif 000021
を有する、ホスホロアミダイト化合物であって、ここで、ＤＹＥは、以下の構造：
【化２２】
2004532805.tif 000022
を有するキサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体であり、
Ｚ１は、ＯＨ、ＮＨ２、ＮＨＲ、またはＮＲ２であり、ここで、各Ｒは、独立して、水素、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、フェニル、ベンジル、アリール、複素環、または連結部分であり；
Ｚ２は、Ｏ、＋ＮＨ２、＋ＮＨＲ、または＋ＮＲ２であり、ここで、各Ｒは、独立して、水素、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、フェニル、ベンジル、アリール、複素環、または連結部分であり；
Ｘは、カルボキシレートまたはスルホネートであるか；あるいは
ＤＹＥは、第１の波長において光を吸収し得、そして該吸収に応答して励起エネルギーを放出し得る、ドナー色素；該ドナー色素によって放出された該励起エネルギーを吸収し得、そして該吸収に応答して、第２の波長において蛍光を発し得る、アクセプター色素；ならびに該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカーを含み；ここで、該ドナー色素およびアクセプター色素のうちの少なくとも１つが、該キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体であり；そしてここで、ＤＹＥは、必要に応じて、アリール置換されており；
Ｌは、リンカーであり；
Ｒ３０およびＲ３１は、別々に、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ１〜Ｃ１２シクロアルキル、およびアリールからなる群より選択されるか、またはＲ３０およびＲ３１は、窒素原子と一緒になって、飽和窒素複素環を形成し；そして
Ｒ３２は、亜リン酸エステル保護基である、
ホスホロアミダイト化合物。
【請求項６４】
Ｒ３２が、メチル、２−シアノエチル、および２−（４−ニトロフェニル）エチルからなる群より選択される、請求項６３に記載のホスホロアミダイト化合物。
【請求項６５】
Ｒ３０およびＲ３１が、それぞれイソプロピルである、請求項６３に記載のホスホロアミダイト化合物。
【請求項６６】
Ｒ３０およびＲ３１が、一緒になってモルホリノである、請求項６３に記載のホスホロアミダイト化合物。
【請求項６７】
ＬがＣ１〜Ｃ１２アルキルジイルである、請求項６３に記載のホスホロアミダイト化合物。
【請求項６８】
Ｌが、以下の構造：
【化２３】
2004532805.tif 000023
を有するＤＹＥのＲ１８またはＲ１９に結合している、請求項６３に記載のホスホロアミダイト化合物。
【請求項６９】
以下の構造：
【化２４】
2004532805.tif 000024
を有する、請求項６８に記載のホスホロアミダイト化合物。
【請求項７０】
Ｌが、以下：
【化２５】
2004532805.tif 000025
であり、そしてｎが、１〜１０の範囲である、請求項６３に記載のホスホロアミダイト化合物。
【請求項７１】
標識された基質を形成する方法であって、ポリヌクレオチド、ヌクレオチド、ヌクレオシド、ポリペプチド、炭水化物、リガンド、エナンチオマー的に実質的に純粋な化合物、粒子、および表面からなる群より選択される基質を、請求項５に記載の化合物の連結部分、または請求項３１に記載のエネルギー移動色素と反応させ、これによって、標識された基質が形成する工程を包含する、方法。
【請求項７２】
前記連結部分がＮ−ヒドロキシスクシンイミドである、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記連結部分がホスホロアミダイトである、請求項７１に記載の方法。
【請求項７４】
前記基質がエナンチオマー的に実質的に純粋である、請求項７１に記載の方法。
【請求項７５】
前記エナンチオマー的に実質的に純粋な化合物が、（＋）メンチルクロロホルメートまたは（−）メンチルクロロホルメートである、請求項７１に記載の方法。
【請求項７６】
前記標識された基質が、以下の構造：
【化２６】
2004532805.tif 000026
を有する、Ｃ−１１アミノメチル，Ｃ−１９カルボキシルフルオレセインを含む、請求項７１に記載の方法。
【請求項７７】
前記粒子が、ナノ粒子、微小球、ビーズ、またリポソームである、請求項７１に記載の方法。
【請求項７８】
前記表面がガラスである、請求項７１に記載の方法。
【請求項７９】
標識されたポリヌクレオチドを合成する方法であって、請求項６３に記載のホスホロアミダイト化合物を、ポリヌクレオチドにカップリングさせ、これによって、標識されたポリヌクレオチドが形成される工程を包含し、ここで、該ポリヌクレオチドが、固体支持体に結合されている、方法。
【請求項８０】
Ｃ−１１アミノメチル，Ｃ−１９カルボキシルフルオレセイン化合物のアトロプ異性体を分離する方法であって、以下の工程：
（ａ）Ｃ−１１アミノメチル，Ｃ−１９カルボキシルフルオレセインを、活性エステルまたはカルボン酸の実質的に純粋なエナンチオマーと反応させて、ジアステレオマーカルバメートを形成する工程；
（ｂ）該ジアステレオマーカルバメートを分離する工程；および
（ｃ）該分離されたジアステレオマーを、水性の酸で加水分解する工程、
を包含する、方法。
【請求項８１】
前記活性エステルが、メンチルクロロホルメートである、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
前記ジアステレオマーカルバメートが、逆相ＨＰＬＣによって分離される、請求項８０に記載の方法。
【請求項８３】
標識された基質の混合物を分離する方法であって、ここで該標識された基質が、請求項１に記載の化合物、または請求項３１に記載のエネルギー移動色素からなり、該方法は、以下の工程：
（ａ）電気泳動によって、標識された基質の混合物を分離する工程；および
（ｂ）蛍光検出によって、該標識された基質を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項８４】
前記標識された基質が、標識されたポリヌクレオチドである、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
標識された基質の混合物を分離する方法であって、ここで、該標識された基質が、請求項１に記載の化合物または請求項３１に記載のエネルギー移動色素からなり、該方法は、以下の工程；
（ａ）クロマトグラフィーによって、標識された基質の混合物を分離する工程；および
（ｂ）蛍光検出によって、該標識された基質を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項８６】
標識されたプライマー伸長産物を生成する方法であって、プライマー−標的ハイブリッドを、酵素的に組み込み可能なヌクレオチドで伸長させ、これによって、該プライマーが伸張する工程を包含し、ここで、該プライマーまたは該ヌクレオチドが、請求項１に記載の化合物、または請求項３１に記載のエネルギー移動化合物で標識されている、方法。
【請求項８７】
前記ヌクレオチドが、酵素的に伸長可能である、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記プライマーが、以下の式：
【化２７】
2004532805.tif 000027
を含む標識されたポリヌクレオチドであり、ここで、
ＤＹＥは、キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体またはエネルギー移動色素であり；
Ｂは、核酸塩基であり；
Ｘは、Ｏ、ＮＨ、またはＳであり；
Ｌは、リンカーであり；
Ｒ２７は、Ｈ、ＯＨ、ハロゲン化物、アジド、アミン、アルキルアミン、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アリル、Ｃ１〜Ｃ６アルコキシ、ＯＣＨ３、またはＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２であり；そして
Ｒ２８は、ヌクレオチド間ホスホジエステルまたはヌクレオチド間アナログであり；
ここで、該ポリヌクレオチドは、２〜１００のヌクレオチドを含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項８９】
Ｂが、ウラシル、チミン、シトシン、アデニン、７−デアザアデニン、グアニン、および７−デアザグアノシンからなる群より選択される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記酵素的に組み込み可能なヌクレオチドが、以下の式：
【化２８】
2004532805.tif 000028
を有する標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチドであり、ここで、
ＤＹＥは、キサンテン化合物の実質的に純粋なアトロプ異性体またはエネルギー移動色素であり；
Ｂは、核酸塩基であり；
Ｌは、リンカーであり；
Ｒ２５は、Ｈ、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェート、チオホスフェート、またはホスフェートアナログであり；そして
Ｒ２６およびＲ２７は、単独の場合、それぞれ独立して、Ｈ、ＨＯ、およびＦである、請求項８６に記載の方法。
【請求項９１】
ターミネーターヌクレオチドをさらに含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項９２】
Ｒ２６およびＲ２７は、単独の場合、それぞれ独立して、Ｈ、Ｆ、ポリメラーゼにより媒介される標的特異的プライマー伸長をブロックする部分であるか、あるいは一緒になって、２’−３’−ジデヒドロリボースを形成する、請求項９０に記載の方法。
【請求項９３】
ポリヌクレオチド配列決定の方法であって、以下の工程：
第１、第２、第３、および第４のクラスのポリヌクレオチドの混合物を形成する工程であって、その結果：
該第１のクラスの各ポリヌクレオチドが、３’−末端ジデオキシアデノシンを含み、そして第１の色素で標識されており；
該第２のクラスの各ポリヌクレオチドが、３’−末端ジデオキシシチジンを含み、そして第２の色素で標識されており；
該第３のクラスの各ポリヌクレオチドが、３’−末端ジデオキシグアノシンを含み、そして第３の色素で標識されており；そして
該第４のクラスの各ポリヌクレオチドが、３’−末端ジデオキシチミジンを含み、そして第４の色素で標識されており；
ここで、該第１、第２、第３、または第４の色素のうちの１つが、請求項１に記載の化合物、または請求項３１に記載のエネルギー移動色素であり、そして他の色素が、互いから分光学的に分解可能である、工程；ならびに
該ポリヌクレオチドを、大きさに基づいて分離する工程、
を包含する、方法。
【請求項９４】
蛍光検出によって、前記分離されたポリヌクレオチドを検出する工程をさらに包含する、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記色素の蛍光スペクトルによって、前記ポリヌクレオチドの３’−末端ヌクレオチドを同定する工程をさらに包含する、請求項９３に記載の方法。
【請求項９６】
オリゴヌクレオチドの連結の方法であって、２つのプローブを標的配列にアニーリングする工程、および一方のプローブの５’末端と他方のプローブの３’末端との間にホスホジエステル結合を形成する工程を包含し；
ここで、一方または両方のプローブが、請求項１に記載の化合物または請求項３１に記載のエネルギー移動色素で標識されている、方法。
【請求項９７】
フラグメント分析の方法であって、大きさに依存する分離プロセスによって、標識されたポリヌクレオチドフラグメントを分離する工程、および該分離プロセスに引き続いて、該分離された標識されたポリヌクレオチドフラグメントを検出する工程を包含し；
ここで、該フラグメントが、請求項１に記載の化合物または請求項３１に記載のエネルギー移動色素で標識されている、方法。
【請求項９８】
前記フラグメントが、移動度改変標識で標識されている、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記フラグメントが、連結によって形成されている、請求項９７に記載の方法。
【請求項１００】
前記大きさに依存する分離プロセスが、電気泳動であり、そして前記標識されたポリヌクレオチドフラグメントが、蛍光によって検出される、請求項９７に記載の方法。
【請求項１０１】
増幅の方法であって、２つ以上のプライマーを標的ポリヌクレオチドにアニーリングする工程、ならびにポリメラーゼおよび酵素的に伸長可能なヌクレオチドの混合物によって、該プライマーを伸張させる工程を包含し；
ここで、該プライマーのうちの少なくとも１つが、請求項５５に記載の標識されたポリヌクレオチドで標識されている、方法。
【請求項１０２】
増幅の方法であって、２つ以上のプライマーを標的ポリヌクレオチドにアニーリングする工程、ならびにポリメラーゼおよび酵素的に伸長可能なヌクレオチドの混合物によって、該プライマーを伸張させる工程を包含し；
ここで、該ヌクレオチドのうちの少なくとも１つが、請求項４８に記載の標識されたヌクレオチドである、方法。
【請求項１０３】
増幅の方法であって、２つ以上のプライマーおよび蛍光色素−消光剤プローブを、標的核酸にアニーリングする工程、ならびにポリメラーゼおよび酵素的に伸長可能なヌクレオチドの混合物によって、該プライマーを伸張させる工程を包含し；
ここで、該プローブが、請求項５５に記載の標識されたポリヌクレオチドである、方法。
【請求項１０４】
ポリヌクレオチドを標識するためのキットであって、請求項６に記載の連結部分およびポリヌクレオチドを含む化合物を備える、キット。
【請求項１０５】
ポリヌクレオチドを標識するためのキットであって、請求項３１に記載のエネルギー移動色素およびポリヌクレオチドを備える、キット。
【請求項１０６】
ポリヌクレオチドを標識するためのキットであって、請求項６３に記載のホスホロアミダイト化合物およびポリヌクレオチドを備える、キット。
【請求項１０７】
標識されたプライマー伸長産物を生成するためのキットであって、１つ以上の酵素的に組み込み可能なヌクレオチドおよびプライマーを備え、ここで、該プライマーが、請求項５５に記載の標識されたポリヌクレオチドである、キット。
【請求項１０８】
標識されたプライマー伸長産物を生成するためのキットであって、１つ以上の酵素的に組み込み可能なヌクレオチドおよびプライマーを備え、ここで、少なくとも１つのヌクレオチドが、請求項４８に記載の標識されたヌクレオチドである、キット。
【請求項１０９】
前記標識されたヌクレオチドがターミネーターである、請求項１０８に記載のキット。
【請求項１１０】
４つの異なるターミネーターを備える、請求項１０９に記載のキットであって、１つは、標的Ａにおいて終結するターミネーターであり、１つは、標的Ｇにおいて終結するターミネーターであり、１つは、標的Ｃにおいて終結するターミネーターであり、１つは、標的ＴまたはＵにおいて終結するターミネーターである、キット。