【手続補正書】
【提出日】平成16年3月19日(2004.3.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
(a)配列番号１又はその酵素的に活性な断片をコードする配列；
(b) αアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードし、配列比較アルゴリズムを用いた解析若しくは目視検査によって決定する場合に、少なくとも約100、約150、約200、約300、約400若しくは約500残基の領域にわたって又は配列番号１若しくはその酵素的に活性な断片の完全長にわたって、配列番号１に対して少なくとも約50％、約55％、約60％、約65％、約70％、約75％、約80％、約85％、約90％、約95％若しくは約100％の配列同一性を有する配列：
(c)αアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードし、ストリンジェントな条件下で配列番号１とハイブリダイズする配列であって、前記ストリンジェントな条件が、2×SSC、0.1％SDSにより室温にて15分間；0.1×SSC、0.5％SDSにより室温にて30分から1時間；0.1×SSC、0.5％SDSによりハイブリダイゼーション温度から68℃の間にて15分から30分間；又は0.15M NaClにより72℃にて15分間；を含む洗浄を含む前記配列：
(d)配列番号２に記載の配列又はその酵素的に活性な断片をコードする配列を有するポリペプチドをコードする配列：及び
(e) (a)、(b)、(c)又は(d)の配列に対して相補的な配列：
からなる群より選択される配列を含む、単離又は組換え核酸。
【請求項２】
(a)配列番号２に記載のアミノ酸配列又はその酵素的に活性な断片をコードする配列を有するポリペプチド：
(b) 配列比較アルゴリズムを用いた解析若しくは目視検査によって決定する場合に、少なくとも約10、約15、約20、約25、約30、約35、約40、約50、約75、約100、約150若しくは約200残基の領域にわたって又は配列番号１の完全長にわたって、配列番号２に対して少なくとも約50％、約55％、約60％、約65％、約70％、約75％、約80％、約85％、約90％、約95％若しくは約100％の配列同一性を有するポリペプチドであって、αアミラーゼ活性を有するか又はαアミラーゼポリペプチド若しくはその断片に対して特異的に結合する抗体を作製する前記ポリペプチド：及び
(c)請求項１に示す配列を有する核酸によってコードされるポリペプチド：
からなる群より選択される、単離又は組換えポリペプチド。
【請求項３】
(a)請求項２に示すポリペプチド：及び
(b)請求項１に示す核酸によってコードされるポリペプチド：
からなる群より選択されるポリペプチドに対して特異的に結合する、単離又は組換え抗体。
【請求項４】
ポリクローナル又はモノクローナルである、請求項３の抗体。
【請求項５】
(a)請求項２に示すポリペプチド：及び
(b)請求項１に示す核酸によってコードされるポリペプチド：
からなる群より選択されるポリペプチドを生産する方法であって、
前記ポリペプチドをコードする核酸を宿主細胞に導入する工程：及び
前記ポリペプチドの発現を可能にする条件下で前記宿主細胞を培養する工程：
を含む前記方法。
【請求項６】
請求項１に示すポリヌクレオチドを含む核酸を得ること：及び
前記ポリヌクレオチドにおいて一つ以上のヌクレオチドを別のヌクレオチドに改変すること、前記ポリヌクレオチドにおいて一つ以上のヌクレオチドを欠失すること、又は、前記ポリヌクレオチドに一つ以上のヌクレオチドを付加すること：
を含む変異体ポリヌクレオチドを作製する方法。
【請求項７】
改変が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異誘発、アセンブリーPCR、有性PCR変異誘発、in vivo変異誘発、カセット変異誘発、帰納的アンサンブル変異誘発、指数的アンサンブル変異誘発、部位特異的変異誘発、遺伝子リアセンブリー、遺伝子部位飽和変異誘発及びこれらの方法の組合せからなる群より選択される方法によって導入される、請求項６の方法。
【請求項８】
(a)請求項１に示すポリヌクレオチド配列：及び
(b)請求項２に示すポリペプチド配列：
からなる群より選択される配列が保存されているコンピュータで読取り可能な媒体、又はプロセッサ及び前記配列が保存されているデータ記憶デバイスを含むコンピュータシステム。
【請求項９】
デンプン結合の加水分解を促進する条件下において、デンプンを含む物質を、
(a)請求項１に示す配列を有するポリヌクレオチドによってコードされ、デンプン結合を加水分解し得るポリペプチド：及び
(b)請求項２に示す配列を有し、デンプン結合を加水分解し得るポリペプチド：
からなる群より選択されるポリペプチドと接触させることを含む、デンプン結合を加水分解する方法。
【請求項１０】
α-1,4-グルコシド結合の加水分解を促進する条件下において、α-1,4-グルコシド結合を含む組成物を含むサンプルを、
(a)配列番号１に記載の配列を有するポリヌクレオチドによってコードされ、α-1,4-グルコシド結合を加水分解し得るポリペプチド：及び
(b)請求項２に示す配列を有し、α-1,4-グルコシド結合を加水分解し得るポリペプチド：
からなる群より選択される配列を有するポリペプチドと接触させる工程を含む、α-1,4-グルコシド結合の加水分解を触媒する方法。
【請求項１１】
酵素的に活性なポリペプチドを同定するためのアッセイであって、
請求項２に示す配列を有するポリペプチドを、前記ポリペプチドが機能し得る条件下において基質分子と接触させる工程：及び
ポリペプチドと前記基質との間の反応によって生じる前記基質量の減少又は反応生成物量の増加のどちらかを検出する工程であって、前記基質量減少若しくは反応生成物量増加によって機能性ポリペプチドが示される前記工程を含む前記アッセイ。
【請求項１２】
請求項１に示す配列の少なくとも連続する10ヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドを含む、核酸プローブ。
【請求項１３】
オリゴヌクレオチドがDNA、RNA又はペプチド核酸（PNA）である、請求項１２のプローブ。
【請求項１４】
(a)請求項１に示す配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド：及び
(b)請求項２に示す配列を有するポリペプチド：
からなる群より選択されるポリペプチドを含む、タンパク質調製品。
【請求項１５】
固体又は液体を含む、請求項１４のタンパク質調製品。
【請求項１６】
(a)請求項１に示す配列を有するポリヌクレオチドによってコードされ、α-1,4-グルコシド結合を加水分解し得るポリペプチド：及び
(b)請求項２に示す配列を有し、α-1,4-グルコシド結合を加水分解し得るポリペプチド：
からなる群より選択される少なくとも一つのポリペプチドを混合する工程を含む、小分子を改変する方法。
【請求項１７】
(a)請求項１に示す配列：及び
(b)請求項２に示すポリペプチドをコードする配列：
からなる群より選択される配列を有するポリヌクレオチドを含む、クローニングベクター。
【請求項１８】
(a)請求項１に示す配列：及び
(b)請求項２に示すポリペプチドをコードする配列：
からなる群より選択される配列を有するポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
【請求項１９】
(a)請求項１に示す配列：及び
(b)請求項２に示すポリペプチドをコードする配列：
からなる群より選択される配列を有するポリヌクレオチドを含み、宿主細胞内で複製し得る、発現ベクター。
【請求項２０】
ベクターが、ウイルスベクター、プラスミドベクター、ファージベクター、ファージミドベクター、コスミド、フォスミド、バクテリオファージ、人工染色体、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター及びアデノ随伴ウイルスベクターからなる群より選択される、請求項１７又は１９記載のベクター。
【請求項２１】
請求項１９に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項２２】
宿主が、原核生物、真核生物、真菌、酵母、植物及び代謝性に富む宿主からなる群より選択される、請求項５、１８、１９又は２１のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項２３】
デンプンを請求項２のポリペプチドと接触させることを含む、デンプン含有組成物を液化するための方法。
【請求項２４】
請求項２３の方法によって製造された液化シロップ。
【請求項２５】
対象物を洗滌に充分な条件下で請求項２のポリペプチドと接触させることを含む、対象物を洗滌するための方法。
【請求項２６】
繊維製品を糊抜きに充分な条件下で請求項２のポリペプチドと接触させることを含む、繊維製品の糊抜きのための方法。
【請求項２７】
繊維を、繊維特性の改良に有効な量である請求項２のポリペプチドと処理する、リグノセルロース繊維の処理のための方法。
【請求項２８】
請求項２のポリペプチドを繊維表面の効率的な脱インキに有効な量で使用する、再生紙パルプの酵素的脱インキのための請求項２７記載の方法。
【請求項２９】
請求項２のポリペプチドを含む洗浄性添加剤。
【請求項３０】
有効量の請求項２のポリペプチドを用いてデンプンを液化し可溶性デンプン加水分解物を得ること、及び、前記可溶性デンプン加水分解物を糖化することによってシロップを得ることを含む、高マルトースシロップ又は高グルコースシロップ又は混合シロップを製造するための方法。
【請求項３１】
デンプンが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物及びサツマイモより選択される原料に由来する、請求項２３又は３０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】
産出作業の間に形成され、完成した掘削穴を囲む地下構造物内に見出される、粘着性でデンプンを含む有害な流体を除去することによって、前記地下構造物からの産出流体の流量を増加させる方法であって、
前記産出流体を前記掘削穴から流れ出させること；
前記構造物からの前記産出流体の流量を期待流速より減少させること；
水溶性流体と請求項２のポリペプチドを一緒に混合することによって、酵素処理剤を調剤すること；
前記掘削穴内部の所望する位置に前記酵素処理剤をポンプで注入すること；
前記粘着性でデンプンを含む有害な流体を、前記酵素処理剤によって分解して前記地下構造物から前記掘削穴の表層に移動させること；
を含み、前記酵素処理剤がデンプンを含む流体中のαグルコシド結合に効果的に作用する前記方法。