【手続補正書】
【提出日】平成15年3月11日(2003.3.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
分子の代謝速度に及ぼす分子修飾の効果を予測するコンピュータシステムであって、該システムは、
一つ以上のプロセッサ、
一つ以上のユーザ入力装置、および
メモリ
を備えており、該プロセッサおよび該メモリは、
ａ）該分子上の第１部位における該分子修飾の反応速度を予測または決定すること、
ｂ）該反応速度を、基質と該分子を代謝する代謝酵素との複合体からの分岐経路と比較すること、および
ｃ）該第１部位を、その反応速度と該分岐経路の該速度との相対値に基づいて特徴づけることによって、該分子修飾の該効果の予測を促進すること、
をおこなうように構成されたコンピュータシステム。
【請求項２】
該コンピュータシステムは、該（ａ）から（ｃ）を該分子上の第２部位について繰り返すことをさらにおこなう請求項１に記載のコンピュータシステム。
【請求項３】
該コンピュータシステムは、該（ａ）から（ｃ）を該分子上の３以上の異なる部位について繰り返すことをさらにおこなう請求項１に記載のコンピュータシステム。
【請求項４】
該分岐経路が脱離反応である請求項１、２または３に記載のコンピュータシステム。
【請求項５】
該分岐経路が水脱離反応である請求項４に記載のコンピュータシステム。
【請求項６】
該コンピュータシステムは、該分子上の複数の反応部位を、それらの反応速度が該分岐経路の該速度よりも速いかまたは遅いかに基づいて分類することをさらにおこなう請求項２、３、４、または５に記載のコンピュータシステム。
【請求項７】
基質分子の反応部位を特徴づける方法であって、該方法は、
該反応部位の活性化エネルギーまたは速度定数を決定する操作、および
該反応部位の該活性化エネルギーまたは該速度定数を、酵素と複合体化した該基質分子に関連する分岐経路の活性化エネルギーまたは速度定数と比較する操作を備えている方法。
【請求項８】
該分岐経路は、脱離反応である請求項７に記載の方法。
【請求項９】
該分岐経路は、水脱離反応である請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも該（ａ）および該（ｂ）の一つからの情報を用いて、該基質分子の代謝に対する該反応部位の効果を決定する操作をさらに備えている請求項７、８、または９に記載の方法。
【請求項１１】
該酵素は、シトクロムＰ４５０酵素である請求項７、８、９、または１０に記載の方法。
【請求項１２】
該基質分子は、経口薬としてデザインされている請求項７〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
該反応部位は、脂肪族炭素原子である請求項７〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
該活性化エネルギーは、該反応部位の初期状態と、水素原子が除去されたラジカル化された状態との自由エネルギーの差によって計算される請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
該反応部位は、芳香族炭素原子である請求項７〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
該活性化エネルギーは、該反応部位の初期状態と、メトキシ基が付加されたラジカル化された状態との自由エネルギーの差によって計算される請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
該活性化エネルギーは、ＡＭ１を用いて計算される請求項７〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
該特徴づける方法は、該反応部位を、安定、比較的安定、および不安定の３つのカテゴリーに分類することをさらに備えている請求項７〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
該安定のカテゴリーは、活性化エネルギーが約０．５ｋｃａｌ／ｍｏｌ以上該分岐経路の活性化エネルギーよりも大きいとして定義され、該比較的安定のカテゴリーは、活性化エネルギーが約１．５ｋｃａｌ／ｍｏｌだけ該分岐経路の活性化エネルギーよりも小さい点から、約０．５ｋｃａｌ／ｍｏｌだけ該分岐経路の活性化エネルギーよりも大きい点までとして定義され、該不安定のカテゴリーは、活性化エネルギーが約１．５ｋｃａｌ／ｍｏｌ以上該分岐経路の活性化エネルギーよりも小さいとして定義される請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
該分岐経路は水脱離反応であり、該反応の該活性化エネルギーは約１０ｋｃａｌ／ｍｏｌである請求項７に記載の方法。
【請求項２１】
該分岐経路の該活性化エネルギーは、同位体効果測定によって間接的に測定される請求項７に記載の方法。
【請求項２２】
該同位体効果測定は、水素および重水素を用いた固有同位体効果反応のアンマスキングである請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
該方法は、該（ａ）および（ｂ）を該分子上の第２部位について繰り返すことをさらに備えている請求項７に記載の方法。
【請求項２４】
該方法は、該（ａ）および（ｂ）を該分子上の３以上の異なる部位について繰り返すことをさらに備えている請求項７に記載の方法。
【請求項２５】
分子の代謝速度に及ぼす分子修飾の効果を予測するコンピュータシステムであって、該コンピュータシステムは、
一つ以上のプロセッサ、
一つ以上のユーザ入力装置、および
メモリ
を備えており、該プロセッサおよび該メモリは、
該反応部位の活性化エネルギーまたは速度定数を決定すること、および
該反応部位の該活性化エネルギーまたは該速度定数を、酵素と複合体化した該基質分子に関連する分岐経路の活性化エネルギーまたは速度定数と比較すること、
をおこなうよう構成されているコンピュータシステム。
【請求項２６】
該分岐経路は、脱離反応である請求項２５に記載のコンピュータシステム。
【請求項２７】
該分岐経路は、水脱離反応である請求項２５に記載のコンピュータシステム。
【請求項２８】
該プロセッサおよび該メモリは、少なくとも該（ａ）および該（ｂ）の一つからの情報を用いて、該基質分子の代謝に対する該反応部位の効果を決定することをさらにおこなうように構成されている請求項２５、２６、または２７に記載のコンピュータシステム。
【請求項２９】
該酵素はシトクロムＰ４５０酵素である請求項２５〜２８のいずれかに記載のコンピュータシステム。
【請求項３０】
該基質分子は、経口薬としてデザインされている請求項２５〜２９のいずれかにコンピュータシステム。
【請求項３１】
コンピュータで読み取り可能な媒体を介して提供されるプログラム命令を備えたコンピュータプログラムであって、該プログラム命令は、分子の代謝速度に及ぼす分子修飾の効果を予測する命令を備えており、該命令は、
該反応部位の活性化エネルギーまたは速度定数を決定すること、および
該反応部位の該活性化エネルギーまたは該速度定数を、酵素と複合体化した該基質分子に関連する分岐経路の活性化エネルギーまたは速度定数と比較すること、
を記述するコンピュータプログラム。
【請求項３２】
該分岐経路は、脱離反応である請求項３１に記載のコンピュータプログラム。
【請求項３３】
該分岐経路は、水脱離反応である請求項３１に記載のコンピュータプログラム。
【請求項３４】
該命令は、少なくとも該（ａ）および該（ｂ）の一つからの情報を用いて、該基質分子の代謝に対する該反応部位の効果を決定することをさらに備えている請求項３１〜３３のいずれかに記載のコンピュータプログラム。
【請求項３５】
該酵素はシトクロムＰ４５０酵素である請求項３１〜３４のいずれかに記載のコンピュータプログラム。
【請求項３６】
該基質分子は、経口薬としてデザインされている請求項３１〜３５のいずれかにコンピュータプログラム。
【請求項３７】
該命令は、該（ａ）および（ｂ）を該分子上の第２部位について繰り返すことをさらに備えている請求項３１に記載のコンピュータプログラム。
【請求項３８】
該方法は、該（ａ）および（ｂ）を該分子上の３以上の異なる部位について繰り返すことをさらに備えている請求項３１に記載のコンピュータプログラム。