【手続補正書】
【提出日】平成17年3月14日(2005.3.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーを生成する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）標的ＲＮＡにハイブリダイズした第１のプライマーを、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼで伸長し、それにより、第１のプライマー伸長産物と該標的ＲＮＡとを含む複合体が生成される、工程であって、該第１のプライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を包含する複合プライマーである、工程；
（ｂ）工程（ａ）の複合体中のＲＮＡを、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素で切断する工程；
（ｃ）該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズした第２のプライマーを、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼおよびＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼで伸長し、それにより、第２のプライマー伸長産物が生成されて、第１および第２のプライマー伸長産物の複合体を形成する工程；
（ｄ）該第１および第２のプライマー伸長産物の複合体における該第１のプライマーから、ＲＮＡを、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素で切断する工程であって、その結果、複合増幅プライマーが第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズし、該複合増幅プライマーがＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する、工程；
（ｅ）該複合増幅プライマーを、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼで伸長する工程、
を包含し、これにより、該第１のプライマー伸長産物が置換され、ＲＮＡが該複合増幅プライマーから切断され、そして別の複合増幅プライマーがハイブリダイズし、その結果、プライマー伸長および鎖置換が繰り返され、そしてそれにより該目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーが生成される、方法。
【請求項２】
目的のＲＮＡ配列の多数のコピーを生成する方法であって、該方法が、以下の工程：
（ａ）ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼで標的ＲＮＡにハイブリダイズした第１のプライマーを伸長し、それにより、第１のプライマー伸長産物と該標的ＲＮＡとを包含する複合体が生成される、工程であって、該第１のプライマーが、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する複合プライマーである、工程；
（ｂ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する物質で工程（ａ）の複合体中のＲＮＡを切断する工程；
（ｃ）該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズした第２のプライマーを、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼおよびＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼで伸長し、それにより、第２のプライマー伸長産物が生成されて、第１および第２のプライマー伸長産物の複合体が形成される、工程；
（ｄ）該第１および第２のプライマー伸長産物の複合体中の該第１のプライマーからＲＮＡを、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素で切断する工程であって、その結果、複合増幅プライマーが第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズし、ここで、該複合増幅プライマーが、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを含む、工程；
（ｅ）該第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズした該複合増幅プライマーを、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼで伸長する工程であって、それにより、該第１のプライマー伸長産物が置換され、ＲＮＡが該複合増幅プライマーから切断され、そして別の複合増幅プライマーがハイブリダイズし、その結果、このプライマー伸長および鎖置換が繰り返される、工程；
（ｆ）該置換された第１のプライマー伸長産物を、プロプロモーターと、該置換された第１のプライマー伸長産物にＲＮＡポリメラーゼによる転写が生じる条件下でハイブリダイズし得る領域と、を含むポリヌクレオチドに、その結果、該置換された第１のプライマー伸長産物に相補的な配列を含むＲＮＡ転写物が生成されるようにハイブリダイズさせる工程、
を包含し、それにより、該目的のＲＮＡ配列の多数のコピーが生成される、
方法。
【請求項３】
前記プロプロモーターポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それによって、置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、転写が起こる二本鎖プロモーターを生じる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記プロプロモーターポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
標識されたｒＮＴＰを使用し、それにより、標識された産物が生成される工程をさらに包含する、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記第２のプライマーは、前記伸長産物にハイブリダイズする前記標的ＲＮＡのフラグメントを含み、該フラグメントが、工程（ａ）の前記複合体をＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素で切断することによって生成される、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
前記第２のプライマーは、ＤＮＡを包含する、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記標的ＲＮＡがｍＲＮＡであり、そして前記第１のプライマーがポリｄＴ配列を包含し、さらに該第１のプライマーは尾部が付いたプライマーであり、該第１のプライマーは、該標的ｍＲＮＡにハイブリダイズする条件下で該標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
複数の異なる第１のプライマーが、前記標的ＲＮＡにハイブリダイズするために用いられる、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記第２のプライマーがランダムプライマーである、請求項１〜５または７〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記第２のプライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第２のプライマーは、該第２のプライマーが前記第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズする条件下で該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する物質が、酵素である、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮａｓｅ  Ｈである
、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼと前記ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼとが、同じ酵素である、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
前記ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼと、前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素とが、同じ酵素である、請求項１〜１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
前記ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼと、前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素とが、同じ酵素である、請求項１〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
前記ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、前記ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、および前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素とが、同じ酵素である、請求項１〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
標識されたｄＮＴＰを使用し、それにより、標識された産物が生成される工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記第１のプライマーと、前記複合増幅プライマーとが、同じである、請求項１〜１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
前記第１のプライマーと、前記複合増幅プライマーとが、異なる、請求項１〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
前記方法が、目的の２つ以上の異なる配列の多数のコピーを生成する工程を包含する、請求項１〜２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記方法が、少なくとも２つの異なる第１のプライマーを包含する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
各第１のプライマーが、ポリｄＴ部分またはランダムプライマー配列を包含する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、以下のリボヌクレオチド配列：
５’−ＧＡＣＧＧＡＵＧＣＧＧＵＣＵ−３’（配列番号２５）
を包含する、請求項１〜２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
異なる酵素が、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性とＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性とを有する、請求項１〜１３および１８〜２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
異なる酵素が、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性を有し、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する、請求項１〜１３および１８〜２５のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】
異なる酵素が、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性を有し、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する、請求項１〜１３および１８〜２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
異なる酵素が、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性を有し、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する、請求項１〜１３および１８〜２７のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーを生成する方法であって、該方法は、反応混合物をインキュベートする工程を包含し、該反応混合物は、以下：
（ａ）第１のプライマー伸長産物と第２のプライマー伸長産物との複合体であって、ここで、該第１のプライマー伸長産物は該第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズされ、そしてこのとき、該第２のプライマー伸長産物が３’一本鎖部分を含み、ここで、該３’一本鎖部分は、第１のプライマーの一部分の相補体を含み、ここで、該第１のプライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する複合プライマーであり、かつ該第１のプライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第１のプライマーは、前記標的ＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含し、ここで、該第１のプライマー伸長産物と該第２のプライマー伸長産物との部分的に二本鎖の複合体は、標的ＲＮＡにハイブリダイズした該第１のプライマーをＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼによって伸長する工程、およびＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素によって該第１のプライマー伸長産物と該第２のプライマー伸長産物との複合体由来の該第１のプライマーからＲＮＡを切断する工程を包含する方法によって生成される、第１のプライマー伸長産物と第２のプライマー伸長産物との複合体；
（ｂ）３’一本鎖部分にハイブリダイズ可能な複合増幅プライマーであって、該複合増幅プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する、複合増幅プライマー；
（ｃ）ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ；ならびに
（ｄ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素；
を含み、ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、そして別の複合増幅プライマーが該３’一本鎖部分にハイブリダイズする場合にプライマー伸長および鎖置換が繰り返されるような該第１のプライマー伸長産物の置換を可能にする条件下であり、それによって、該目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーが生成される、方法。
【請求項３０】
目的のＲＮＡ配列の多数のコピーを生成する方法であって、該方法は、反応混合物をインキュベーションする工程を包含し、該反応混合物は、以下；
（ａ）第１のプライマー伸長産物と第２のプライマー伸長産物との複合体であって、ここで、該第１のプライマー伸長産物は該第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズされ、そしてこのとき、該第２のプライマー伸長産物は、３’一本鎖部分を含み、ここで、該３’一本鎖部分は、第１のプライマーの一部分の相補体を含み、ここで、該第１のプライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する複合プライマーであり、ここで、該第１のプライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第１のプライマーは、標的ＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含し、そしてここで、部分的に二本鎖のポリヌクレオチドが、標的ＲＮＡにハイブリダイズした該第１のプライマーをＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼによって伸長する工程を包含する方法によって生成される、第１のプライマー伸長産物と第２のプライマー伸長産物との複合体；
（ｂ）３’一本鎖部分にハイブリダイズ可能な複合増幅プライマーであって、該複合増幅プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する、複合増幅プライマー；
（ｃ）ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ；
（ｄ）ＲＮＡポリメラーゼ；
（ｅ）プロプロモーターおよび第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含む、プロプロモーターポリヌクレオチド；ならびに
（ｆ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素；
を含み、ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、および別の複合増幅プライマーが該３’一本鎖部分にハイブリダイズする場合にプライマー伸長および鎖置換が繰り返されるような該第１のプライマー伸長産物の置換、該プロプロモーターポリヌクレオチドが前記置換された第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズして、該置換されたプライマー伸長産物と該プロプロモーターポリヌクレオチドとを含む第２の複合体を形成すること、ならびに該第２の複合体からのＲＮＡ転写を可能にする条件下であり、それによって、該目的のＲＮＡ配列の多数のコピーが生成される、方法。
【請求項３１】
前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮａｓｅ  Ｈである、請求項２９または３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記プロプロモーターポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズし、それによって置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、転写が起こる二本鎖プロモーターを生じる領域を３’末端に含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記反応混合物が、標識されたｒＮＴＰをさらに含み、それにより、標識された産物が生成される、請求項３０または３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記反応混合物が、標識されたｄＮＴＰをさらに含み、それにより、標識された産物が生成される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３５】
前記第２のプライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第２のプライマーは、該第２のプライマーが前記第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズする条件下で該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項２９〜３４に記載の方法。
【請求項３６】
目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーを生成する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）反応混合物をインキュベートする工程であって、該反応混合物が、以下：
（ｉ）標的ＲＮＡ；
（ｉｉ）標的ＲＮＡにハイブリダイズ可能である第１のプライマーであって、ここで、該第１のプライマーが、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む複合プライマーである、第１のプライマー；
（ｉｉｉ）ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ；
を含み、ここで、該インキュベーションが、プライマーハイブリダイゼーション、ならびに第１のプライマー伸長産物および該標的ＲＮＡを含む複合体の形成を可能にする条件下である、工程；
（ｂ）反応混合物をインキュベートする工程であって、該反応混合物は、以下：
（ｉ）該第１のプライマー伸長産物；
（ｉｉ）ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ；
（ｉｉｉ）ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ；および
（ｉｖ）必要に応じて、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断し得る酵素；
を含み、ここで、該インキュベーションが、該第１のプライマー伸長産物および第２のプライマー伸長産物を含む複合体の形成を可能にする条件下である、工程；ならびに
（ｃ）反応混合物をインキュベートする工程であって、該反応混合物は、以下：
（ｉ）該第１のプライマー伸長産物および第２のプライマー伸長産物を含む該複合体；
（ｉｉ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断し得る酵素
（ｉｉｉ）複合増幅プライマーであって、該複合増幅プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合増幅プライマー；および
（ｉｖ）ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ
を含み、ここで、該インキュベーションは、ＲＮＡの切断、複合プライマーハイブリダイゼーション、および該第１のプライマー伸長産物と第２のプライマー伸長産物とを含む複合体からの該第１のプライマー伸長産物の置換を可能にする条件下であり、それによって、別の複合増幅プライマーがハイブリダイズし、そしてプライマー伸長と鎖置換とが繰り返される、工程；
を包含し、これによって、該目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーが生成される、方法。
【請求項３７】
工程（ｂ）の前記反応混合物が、（ｖ）第２のプライマーをさらに含み、ここで、前記インキュベーションが、該第２のプライマーのハイブリダイゼーションを可能にする条件下である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記第２のプライマーが、ＤＮＡを含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
複数の第１のプライマーが、前記標的ＲＮＡにハイブリダイズするために用いられる、請求項３６〜３８のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
前記第２のプライマーが、ランダムプライマーである、請求項３６〜３９のいずれかに記載の方法。
【請求項４１】
前記第２のプライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第２のプライマーは、該第２のプライマーが前記第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズする条件下で、該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズ可能ではない５’部分を含む、請求項３６〜３９のいずれかに記載の方法。
【請求項４２】
工程（ｃ）の前記反応混合物中の、前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮａｓｅ  Ｈである、請求項３６〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
前記ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼおよび前記ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼが、同じ酵素である、請求項３６〜４２のいずれかに記載の方法。
【請求項４４】
前記ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼおよび前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素が、同じ酵素である、請求項３６〜４３のいずれかに記載の方法。
【請求項４５】
前記ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼおよび前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素とが、同じ酵素である、請求項３６〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４６】
前記ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、前記ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、および前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素とが、同じ酵素である、請求項３６〜４５のいずれかに記載の方法。
【請求項４７】
工程（ｃ）の前記反応混合物が、標識されたｄＮＴＰをさらに含み、それにより、標識された産物が生成される、請求項３６〜４６のいずれかに記載の方法。
【請求項４８】
前記方法が、２以上の異なる目的配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーを生成する工程を包含する、請求項３６〜４７のいずれかに記載の方法。
【請求項４９】
前記方法が、少なくとも２つの異なる第１のプライマーを含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、以下のリボヌクレオチド配列：
５’−ＧＡＣＧＧＡＵＧＣＧＧＵＣＵ−３’（配列番号２５）
を包含する、請求項３６〜４９のいずれかに記載の方法。
【請求項５１】
異なる酵素が、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性とＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性とを有する、請求項３６〜４２または４７〜５０のいずれかに記載の方法。
【請求項５２】
異なる酵素が、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性を有し、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する、請求項３６〜４２または４７〜５１のいずれかに記載の方法。
【請求項５３】
異なる酵素が、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性を有し、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する、請求項３６〜４２または４７〜５２のいずれかに記載の方法。
【請求項５４】
異なる酵素が、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性を有し、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する、請求項３６〜４２または４７〜５３に記載の方法。
【請求項５５】
目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーを生成する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、第１のプライマー伸長産物および第２のプライマー伸長産物の複合体からＲＮＡを切断する工程であって、ここで、該第１のプライマー伸長産物は、標的ＲＮＡにハイブリダイズした第１のプライマーをＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼで伸長することによって生成され、ここで、該第１のプライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する複合プライマーであり、そしてこのとき、該第２のプライマー伸長産物は、該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズした第２のプライマーの伸長によって生成される、工程；
（ｂ）該第２のプライマー伸長産物に複合増幅プライマーをハイブリダイズさせ、そしてＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを用いて該複合増幅プライマーを伸長させる工程であって、ここで、該複合増幅プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する複合プライマーである、工程；
を包含し、それによって、該第１のプライマー伸長産物が置換され、該複合増幅プライマーからＲＮＡが切断され、そして別の複合増幅プライマーがハイブリダイズし、その結果、プライマー伸長と鎖置換とが繰り返され；そしてそれによって、該目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーが生成される、方法。
【請求項５６】
目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーを生成する方法であって、該方法は、複合体中の複合増幅プライマーを伸長する工程を包含し、該複合体が、以下：
（ｉ）第１のプライマー伸長産物および第２のプライマー伸長産物の複合体であって、該第１のプライマー伸長産物は、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを用いた、標的ＲＮＡにハイブリダイズした第１のプライマーの伸長によって産生され、ここで、該第１のプライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む複合プライマーであり、該第２のプライマー伸長産物は、該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズした第２のプライマーの伸長によって作製され、ここで、該第１および第２のプライマー伸長産物の複合体由来のＲＮＡは、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて切断される、複合体；ならびに
（ｉｉ）複合増幅プライマーであって、該複合増幅プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含み、ここで、該複合増幅プライマーは、該第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズする、複合増幅プライマー；
を含み、
それによって、該第１のプライマー伸長産物が置換され、複合増幅プライマーからＲＮＡが切断され、そして別の複合増幅プライマーがハイブリダイズし、その結果、プライマー伸長と鎖置換とが繰り返され；そしてそれによって、該目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーが生成される、方法。
【請求項５７】
前記第２のプライマーが、ＤＮＡを含む、請求項５５また５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記第２のプライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第２のプライマーは、該第２のプライマーが前記第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズする条件下で、該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項５５〜５７のいずれかに記載の方法。
【請求項５９】
目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーを生成する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）標的ＲＮＡにハイブリダイズした第１のプライマーを伸長することによってポリヌクレオチド鎖を合成し、それによって該第１のポリヌクレオチド鎖と該標的ＲＮＡとを含む複合体が生成される工程であって、ここで、該第１のプライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する複合プライマーである、工程；
（ｂ）該第１のポリヌクレオチド鎖に相補的な第２のポリヌクレオチド鎖を合成し、それによって該第２のポリヌクレオチド鎖が該第１のポリヌクレオチド鎖と共に複合体を形成する工程；
（ｃ）複合増幅プライマーが該第２のポリヌクレオチド鎖にハイブリダイズするように、該第１のポリヌクレオチド鎖と該第２のポリヌクレオチド鎖との複合体中の該第１の複合プライマーからＲＮＡを切断する工程であって、ここで、該複合増幅プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する、工程；
（ｄ）該第１のポリヌクレオチド鎖が置換され、該複合増幅プライマーからＲＮＡが切断され、そして別の複合増幅プライマーがハイブリダイズし、その結果、プライマー伸長と鎖置換とが繰り返されるように、該第２のポリヌクレオチド鎖にハイブリダイズした該複合増幅プライマーを伸長する工程、
を包含し、それによって、該目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーが生成される、方法。
【請求項６０】
前記第２のポリヌクレオチド鎖の合成が、前記第１のポリヌクレオチド産物にハイブリダイズした前記標的ＲＮＡのフラグメントを包含する第２のプライマーによって初回刺激され、該フラグメントは、工程（ａ）の前記複合体中の該標的ＲＮＡをＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する物質で切断することによって生成される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記物質が酵素である、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記酵素がＲＮａｓｅ  Ｈである、請求項６０また６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記第１のプライマーと、前記複合増幅プライマーとが、同じである、請求項３６〜４７のいずれかに記載の方法。
【請求項６４】
前記第１のプライマーの前記ＲＮＡ部分が、該第１のプライマーの前記３’ＤＮＡ部分に関して５’である、請求項１、２、２９、３０、３６、５５、５６、５９、およびこれらに従属する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項６５】
前記第１のプライマーの前記５’ＲＮＡ部分が、該第１のプライマーの前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記複合増幅プライマーの前記ＲＮＡ部分が、該複合増幅プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に関して５’である、請求項１、２、２９、３０、３６、５５、５６、５９、６４、およびこれらに従属する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項６７】
前記複合増幅プライマーの前記ＲＮＡ部分が、該複合増幅プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記第１のプライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第１のプライマーは、該第１のプライマーが前記標的ＲＮＡにハイブリダイズする条件下で該標的ＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項１、２、２９、３０、３６、５５、５６、５９、６４〜６７、およびこれらに従属する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項６９】
前記第１のプライマーは、ポリｄＴ配列を包含する、請求項１、２、２９、３０、３６、５５、５６、５９、６４〜６８、およびこれらに従属する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項７０】
前記第１のプライマーが、少なくとも１つのランダムヌクレオチドを３’末端にさらに包含する、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記標的ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項１、２、３６、５５、５６、５９、６４〜７０、およびこれらに従属する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項７２】
前記第１のプライマーが、ランダムプライマー配列を包含する、請求項１、２、３６、５５、５６、５９、６４〜７１、およびこれらに従属する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項７３】
前記第２のポリヌクレオチド鎖を合成する工程は、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性およびＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性、そして必要に応じてＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する活性を有する酵素を使用する、請求項５９、６４〜７２のいずれかに記載の方法。
【請求項７４】
前記第１のポリヌクレオチド鎖と前記第２のポリヌクレオチド鎖との複合体中の前記第１の複合プライマーからＲＮＡを切断する工程は、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する活性を有する酵素を使用する、請求項５９〜７３のいずれかに記載の方法。
【請求項７５】
プライマー伸長が、少なくとも１つの標識されたｄＮＴＰの存在下で実行され、それによって、標識された産物が生成される、請求項５９〜７４のいずれかに記載の方法。
【請求項７６】
前記方法が、２つ以上の異なる目的の標的ＲＮＡ配列を使用する工程、および該２つ以上の異なる目的の標的ＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーを生成する工程を包含する、請求項５９〜７５のいずれかに記載の方法。
【請求項７７】
前記方法は、標的ＲＮＡにハイブリダイズする少なくとも２つの異なる第１の複合プライマーを含み、ここで、各プライマーは、ランダムプライマー配列を含む３’部分を包含する、請求項５９〜７６のいずれかに記載の方法。
【請求項７８】
前記方法は、標的ＲＮＡにハイブリダイズする少なくとも２つの異なる第１の複合プライマーを含み、ここで、各プライマーは、ポリｄＴ配列を含む３’ＤＮＡ部分を包含する、請求項５９〜７６のいずれかに記載の方法。
【請求項７９】
前記第２のポリヌクレオチド鎖の合成は、第２のプライマーによって初回刺激され、ここで、該第２のプライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第２のプライマーは、該第２のプライマーが前記第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズする条件下で該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項５９または６１〜７８のいずれかに記載の方法。
【請求項８０】
前記第１のプライマーと、前記複合増幅プライマーとが、異なる、請求項３６〜４７のいずれかに記載の方法。
【請求項８１】
目的のＲＮＡ配列を配列決定する方法であって、該方法は、増幅産物を分析して配列を決定する工程を包含し、該増幅産物は、プライマー伸長がｄＮＴＰアナログの取り込みの際に終了するように、ｄＮＴＰとｄＮＴＰアナログとの混合物の存在下で、請求項１、１８、２９、３４、３６〜８０のいずれか１項に記載の方法によって生成される、方法。
【請求項８２】
目的のＲＮＡ配列を配列決定する方法であって、該方法は、増幅産物を分析して配列を決定する工程を包含し、該増幅産物は、プライマー伸長がｒＮＴＰアナログの取り込みの際に終了するように、ｒＮＴＰとｒＮＴＰアナログとの混合物の存在下で、請求項２、５、３０、３２、または３３のいずれかに記載の方法によって生成される、方法。
【請求項８３】
一本鎖コンホメーション多型によって標的ＲＮＡ中の変異を検出する方法であって、該方法は、一本鎖コンホメーションについて増幅産物を分析する工程を包含し、ここで、参照一本鎖ポリヌクレオチドと比較した場合のコンホメーションにおける差異が、該標的ポリヌクレオチドにおけるの変異を示し、該増幅産物は、請求項１〜８０のいずれかに記載の方法によって生成される、方法。
【請求項８４】
標的ＲＮＡ中の目的の配列の存在または非存在を決定する方法であって、該方法は、以下：
（ｉ）該標的ＲＮＡを増幅する工程であって、該増幅する工程が、該目的の配列に対応する３’一本鎖領域を含む該標的ＲＮＡから生成されたポリヌクレオチド複合体にハイブリダイズした複合増幅プライマーを伸長する工程を包含し、ここで、該複合増幅プライマーのＲＮＡ部分は、該目的の配列を含む参照配列にハイブリダイズすることが公知であり、そしてここで、該ポリヌクレオチド複合体が、以下の工程：
（ａ）標的ＲＮＡにハイブリダイズした第１のプライマーを伸長し、それによって第１のプライマー伸長産物と該標的ＲＮＡとを含む複合体が生成される工程であって、該第１のプライマーが、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する、工程；
（ｂ）該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズした第２のプライマーを伸長し、それによって、第２のプライマー伸長産物が生成されて、第１および第２のプライマー伸長産物が形成される、工程；および
（ｃ）該第１のプライマー伸長産物と第２のプライマー伸長産物との複合体中のＲＮＡを切断し、それによって、前記３’一本鎖領域を含むポリヌクレオチド複合体が生成される、工程；
を包含する方法によって生成される、工程；ならびに
（ｉｉ）存在する場合、工程（ｉ）由来の該増幅産物を、該参照配列を含む該３’一本鎖領域を含む参照テンプレートから生成されたポリヌクレオチド複合体由来の増幅産物の量と比較する工程であって、ここで、該参照テンプレートの該ポリヌクレオチド複合体の該３’一本鎖領域が、該目的の配列に対応する、工程、
を包含する方法によって生成され、ここで、該参照テンプレート由来の該ポリヌクレオチド複合体からの増幅産物の量と比較した場合に、該標的ＲＮＡ由来の該ポリヌクレオチド複合体から検出可能に少ない増幅産物の生成は、該目的の配列が、該標的ＲＮＡに存在せず、該標的ＲＮＡが前記複合増幅プライマーの前記ＲＮＡ部分にハイブリダイズ可能な配列に関する配列改変体を含み得ることを示す、方法。
【請求項８５】
基材に固定された核酸を生成する方法であって、該方法は、増幅産物を基材上に固定する工程を包含し、該増幅産物が、請求項１〜８０のいずれかに記載の方法によって生成される、方法。
【請求項８６】
前記基材がマイクロアレイである、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
目的のＲＮＡ配列を特徴付ける方法であって、該方法は、ＤＮＡ増幅産物を分析する工程を包含し、該増幅産物が、請求項１、１８、２９、３４、または３６〜８０のいずれかに記載の方法により標的ＲＮＡを増幅することによって生成される、方法。
【請求項８８】
前記ＤＮＡ産物が標識されている、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記ＤＮＡ増幅産物を分析する工程が、該産物の量を決定する工程を包含し、これにより、サンプル中に存在する前記目的のＲＮＡ配列が定量される、請求項８７または８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記ＤＮＡ増幅産物を分析する工程が、少なくとも１つのプローブと該ＤＮＡ増幅産物を接触させる工程を包含する、請求項８７〜８９のいずれかに記載の方法。
【請求項９１】
前記ＤＮＡ増幅産物が標識され、そして前記少なくとも１つのプローブがマイクロアレイとして提供される、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】
請求項９１に記載の方法であって、前記マイクロアレイが、紙、ガラス、セラミック、プラスチック、ポリプロピレン、ポリスチレン、ナイロン、ポリアクリルアミド、ニトロセルロース、シリコン、および光ファイバーからなる群より選択される材料から作製された基材上に固定された少なくとも１つのプローブを含む、方法。
【請求項９３】
請求項９１に記載の方法であって、前記プローブが、ピン、ロッド、ファイバー、テープ、糸、ビーズ、粒子、マイクロタイターウェル、キャピラリー、およびシリンダーを含む二次元的構造または三次元的構造で前記基材上に固定される、方法。
【請求項９４】
目的のＲＮＡ配列を特徴付ける方法であって、該方法は、ＲＮＡ増幅産物を分析する工程を包含し、該ＲＮＡ増幅産物は、請求項２、５、３０、３２、または３３のいずれかに記載の方法によって生成される、方法。
【請求項９５】
前記ＲＮＡ産物が標識される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記ＲＮＡ増幅産物を分析する工程は、該産物の量を決定する工程を包含し、これにより、サンプル中に存在する前記目的のＲＮＡ配列の量が定量される、請求項９４または９５に記載の方法。
【請求項９７】
前記ＲＮＡ増幅産物を分析する工程が、前記標識されたＲＮＡ産物を少なくとも１つのプローブと接触させる工程を包含する、請求項９５または９６に記載の方法。
【請求項９８】
前記ＲＮＡ増幅産物が標識され、そして前記少なくとも１つのプローブがマイクロアレイとして提供される、請求項９４に記載の方法。
【請求項９９】
請求項９８に記載の方法であって、前記マイクロアレイが、紙、ガラス、セラミック、プラスチック、ポリプロピレン、ポリスチレン、ナイロン、ポリアクリルアミド、ニトロセルロース、シリコン、および光ファイバーからなる群より選択される材料から作製された基材上に固定された少なくとも１つのプローブを含む、方法。
【請求項１００】
請求項９９に記載の方法であって、前記プローブが、ピン、ロッド、ファイバー、テープ、糸、ビーズ、粒子、マイクロタイターウェル、キャピラリー、およびシリンダーを含む二次元的構造または三次元的構造で基材上に固定される、方法。
【請求項１０１】
サンプル中の遺伝子発現プロフィールを決定する方法であって、該方法は、以下の工程：
少なくとも１つの目的のＲＮＡ配列の増幅産物の量を決定し、これにより、該サンプル中の該遺伝子発現プロフィールを決定する工程を包含し、ここで、該増幅産物は、請求項１〜８０のいずれかに記載の方法を使用して、該サンプル中の少なくとも１つの目的のＲＮＡ配列を増幅することによって生成され、各該量が、該サンプル中の目的の各ＲＮＡ配列の量を示す、方法。
【請求項１０２】
各標的ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
ライブラリーを調製する方法であって、該方法は、以下：
請求項１〜８０のいずれかに記載の方法を使用して、複数の目的のＲＮＡ配列を増幅する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０４】
前記第１のプライマーが、ランダムプライマー配列を包含する、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
前記標的ＲＮＡにハイブリダイズする第１のプライマーが、ポリｄＴ配列を含む、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０６】
減算的ハイブリダイゼーションプローブを調製する方法であって、該方法は、請求項１、１８、２９、３４、３６〜８０のいずれか１項に記載の方法を使用して、第１のＲＮＡ集団から少なくとも１つの目的のＲＮＡ配列の相補体の多数のポリヌクレオチドコピーを作製する工程を包含する、方法。
【請求項１０７】
減算的ハイブリダイゼーションを実行する方法であって、該方法において少なくとも第１と第２の標的ＲＮＡ集団とが比較され、該方法は、以下：
（ａ）請求項１、１８、２９、３４、３６〜８０のいずれかに記載の方法を使用して、第１のＲＮＡ集団から少なくとも１つの目的のＲＮＡ配列の相補体の多数のポリヌクレオチドコピーをハイブリダイズさせる工程；ならびに
（ｂ）該多数のコピーを第２のｍＲＮＡ集団にハイブリダイズさせる工程であって、これにより、該第２の集団の部分集団が、ポリヌクレオチドコピーと複合体を形成する、工程、
を包含する、方法。
【請求項１０８】
１つ以上の目的のＲＮＡ配列にハイブリダイズしないＲＮＡの示差的な増幅のための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）請求項１、１８、２９、３４、３６〜８０のいずれか１項に記載の方法を使用して調製された少なくとも１つの目的のＲＮＡ配列の相補体の多数のポリヌクレオチドコピーをＲＮＡ集団にハイブリダイズする工程であって、これにより、該ＲＮＡ集団の部分集団が、該ポリヌクレオチドコピーとハイブリダイズして、複合体を形成する、工程；
（ｂ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、工程（ａ）の該複合体中のＲＮＡを切断する工程；ならびに
（ｃ）該ＲＮＡ集団のハイブリダイズしていない部分集団を増幅する工程であって、これにより、該ＲＮＡ集団の該ハイブリダイズしていない部分集団に相補的な多数のコピーの一本鎖ＤＮＡが作製される、工程、
を包含する、方法。
【請求項１０９】
ライブラリーを調製する方法であって、該方法は、以下：
請求項１０８に従って調製された前記ＲＮＡ集団の前記ハイブリダイズしていない部分集団に相補的な多数のコピーを調製する工程、
を包含する、方法。
【請求項１１０】
目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーを生成する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）複合体を提供する工程であって、該複合体は、以下：
（ｉ）第１のプライマー伸長産物と第２のプライマー伸長産物との複合体であって、該第１のプライマー伸長産物は、標的ＲＮＡにハイブリダイズした第１のプライマーをＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼで伸長することによって生成され、ここで、該第１のプライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する複合プライマーであり、ここで、該第２のプライマー伸長産物は、該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズした第２のプライマーを伸長することによって生成され、そしてここで、該第１のプライマー伸長産物および第２のプライマー伸長産物との複合体由来のＲＮＡは、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素で切断される、工程；および
（ｉｉ）複合プライマーであって、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを含み、ここで、該複合プライマーが該第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズされる、工程、
を包含する、工程；ならびに
（ｂ）（ｉｉ）の該複合プライマーを伸長する工程であって、これにより、該第１のプライマー伸長産物が置換され、そしてこれにより、該目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーが生成される、方法。
【請求項１１１】
請求項１１０に記載の方法であって、該方法は、以下の最初の工程：
（ａ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、第１のプライマー伸長産物と第２のプライマー伸長産物との複合体からＲＮＡを切断し、その結果、複合プライマーを該第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズさせる工程であって、ここで、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを含み、ここで、該第１のプライマー伸長産物は、標的ＲＮＡにハイブリダイズした第１のプライマーをＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼで伸長することによって生成され、ここで、該第１のプライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する複合プライマーである、工程；および
（ｂ）複合プライマーを該第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズさせる工程であって、ここで該複合プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する、工程、
をさらに包含し、そしてここで、該複合プライマーは、ＤＮＡ依存性ポリメラーゼで伸長される、方法。
【請求項１１２】
請求項１１１に記載の方法であって、該方法は、以下の最初の工程：
（ａ）標的ＲＮＡにハイブリダイズした第１のプライマーをＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼで伸長する工程であって、これにより、第１のプライマー伸長産物と該標的ＲＮＡとを含む複合体が生成され、ここで、該第１のプライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含する複合プライマーである、工程；
（ｂ）工程（ａ）の該複合体中のＲＮＡを切断する工程；
（ｃ）該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズした第２のプライマーを、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼおよびＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼで伸長する工程であって、これにより、第２のプライマー伸長産物が生成されて、第１のプライマー伸長産物と第２のプライマー伸長産物との複合体が形成される、工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項１１３】
前記第２のプライマーが、前記プライマー伸長産物にハイブリダイズする前記標的ＲＮＡのフラグメントを含み、該フラグメントが、前記第１のプライマー伸長産物と標的ＲＮＡとの複合体中のＲＮＡを切断することによって生成される、請求項１１０〜１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
前記第２のプライマーが、ＤＮＡを包含する、請求項１１０〜１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１５】
前記第２のプライマーが、複合プライマーを包含する、請求項１１０〜１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１６】
前記第２のプライマーが、ランダムプライマーを包含する、請求項１１０〜１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１７】
前記第２のプライマーは、該第２のプライマーが前記第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズする条件下で該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項１１０〜１１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１１８】
標的ＲＮＡにハイブリダイズする前記第１のプライマー中の前記ＲＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドである、請求項１１０〜１１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１１９】
前記ＲＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドである、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２０】
標的ＲＮＡにハイブリダイズする前記第１のプライマー中の前記３’ＤＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドである、請求項１１０〜１１９のいずれかに記載の方法。
【請求項１２１】
前記３’ＤＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドである、請求項１２０に記載の方法。
【請求項１２２】
標的ＲＮＡにハイブリダイズする前記第１のプライマーの前記ＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に関して５’である、請求項１１０〜１２１のいずれかに記載の方法。
【請求項１２３】
前記５’ＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
前記５’ＲＮＡ部分が、少なくとも約１０ヌクレオチドである、請求項１２２または１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
前記５’ＲＮＡ部分が、約１０ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドである、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
標的ＲＮＡにハイブリダイズする前記第１のプライマーは、該第１のプライマーが該標的ＲＮＡに結合する条件下で該標的ＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項１１０〜１２５のいずれかに記載の方法。
【請求項１２７】
標的ＲＮＡにハイブリダイズする前記第１のプライマーが、ポリｄＴ配列を包含する、請求項１１０〜１２６のいずれかに記載の方法。
【請求項１２８】
前記第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズする前記複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドである、請求項１１０〜１２７のいずれかに記載の方法。
【請求項１２９】
前記ＲＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドである、請求項１２８に記載の方法。
【請求項１３０】
前記第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズする前記複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、少なくとも１ヌクレオチドである、請求項１１０〜１２９のいずれかに記載の方法。
【請求項１３１】
前記３’ＤＮＡ部分が、約１〜約２０ヌクレオチドである、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３２】
前記第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズする前記複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に関して５’である、請求項１１０〜１３１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３３】
前記５’ＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
前記標的ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項１１０〜１３３のいずれかに記載の方法。
【請求項１３５】
標的ＲＮＡにハイブリダイズする前記第１のプライマーが、ランダム配列を包含する、請求項１１０〜１３４のいずれかに記載の方法。
【請求項１３６】
前記標的ＲＮＡがｍＲＮＡであり、そして標的ＲＮＡにハイブリダイズする前記第１のプライマーがポリｄＴ配列を含み、そしてさらに該第１のプライマーが該標的ｍＲＮＡにハイブリダイズする条件下で該標的ｍＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項１１０〜１３５のいずれかに記載の方法。
【請求項１３７】
複数の異なる第１のプライマーが、前記標的ＲＮＡにハイブリダイズするために使用される、請求項１１０〜１３６のいずれかに記載の方法。
【請求項１３８】
前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮａｓｅ  Ｈである、請求項１１０〜１３７のいずれかに記載の方法。
【請求項１３９】
前記ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼと前記ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼとが、同じ酵素であるかまたは異なる酵素であるか、該ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼと該ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素とが、同じ酵素であるかまたは異なる酵素であるか、該ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼと該ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素とが、同じ酵素であるかまたは異なる酵素であるか、あるいは該ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、該ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼおよび該ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素とが、同じ酵素であるかまたは異なる酵素である、請求項１１０〜１３８のいずれかに記載の方法。
【請求項１４０】
前記方法が、少なくとも１つの標識されたｄＮＴＰの存在下で実行され、これにより、標識された産物が生成される、請求項１１０〜１３９のいずれかに記載の方法。
【請求項１４１】
標的ＲＮＡにハイブリダイズする前記第１のプライマーが、前記第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズする前記複合プライマーのいくつかの配列またはすべての配列を包含する、請求項１１０〜１４０のいずれかに記載の方法。
【請求項１４２】
前記方法が、２つ以上の異なる目的の配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーを生成する工程を包含する、請求項１１０〜１４１のいずれかに記載の方法。
【請求項１４３】
前記方法が、標的ＲＮＡにハイブリダイズする少なくとも２つの異なる複合プライマーを包含する、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４４】
前記第１のプライマーの前記ＲＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドであり、該第１のプライマーの前記ＤＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドである、請求項１、２、２９、３０、３６、５５、５６、およびこれらに従属する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１４５】
前記第１のプライマーの前記ＲＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドからなり、該第１のプライマーの前記ＤＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドからなる、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４６】
前記複合増幅プライマーの前記ＲＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドであり、該複合増幅プライマーの前記ＤＮＡ部分が、少なくとも約１ヌクレオチドである、請求項１、２、２９、３０、３６、５５、５６、およびこれらに従属する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項１４７】
前記複合増幅プライマーの前記ＲＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドからなり、該複合増幅プライマーの前記ＤＮＡ部分が、少なくとも約１ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドからなる、請求項１４６に記載の方法。
【請求項１４８】
第１の複合プライマーと第２の複合プライマーとを含む組成物であって、ここで、該第１の複合プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを含み、該第２の複合プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを含み、そして該第２の複合プライマーは、該第１の複合プライマーの相補体を含むポリヌクレオチドにハイブリダイズされる配列を含む、組成物。
【請求項１４９】
前記第１の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に関して５’であり、前記第２の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、該第２の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に関して５’である、請求項１４８に記載の組成物。
【請求項１５０】
前記第１の複合プライマーの前記５’ＲＮＡ部分が、該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に隣接し、前記第２の複合プライマーの前記５’ＲＮＡ部分が、該第２の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、請求項１４９に記載の組成物。
【請求項１５１】
前記第１の複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡからなり、前期第２の複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡからなる、請求項１５０に記載の組成物。
【請求項１５２】
前記第１の複合プライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第１の複合プライマーは、該第１の複合プライマーが標的ＲＮＡにハイブリダイズする条件下で該標的ＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項１４８〜１５１のいずれかに記載の組成物。
【請求項１５３】
前記第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、ランダムプライマー配列を包含する、請求項１４８〜１５２のいずれかに記載の組成物。
【請求項１５４】
前記第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、ポリｄＴ配列を包含する、請求項１４８〜１５３のいずれかに記載の組成物。
【請求項１５５】
前記第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、少なくとも１つのランダムヌクレオチドを３’末端に含む、請求項１５４に記載の組成物。
【請求項１５６】
前記第１の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドを含み、該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドを含み、そして前記第２の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドを含み、該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、少なくとも約１ヌクレオチドを含む、請求項１４８〜１５５のいずれかに記載の組成物。
【請求項１５７】
前記第１の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドからなり、該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドからなり、そして前記第２の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドからなり、該第２の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、約１ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドからなる、請求項１５６に記載の組成物。
【請求項１５８】
組成物であって、以下：
（ａ）第１のプライマー伸長産物と第２のプライマー伸長産物とを含む複合体であって、該第１のプライマー伸長産物は、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する少なくとも１つの酵素を用いて、標的ＲＮＡにハイブリダイズした第１のプライマーを伸長することによって生成され、該第１のプライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを包含するプライマーであり、そして該第２のプライマー伸長産物は、該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズした第２のプライマーを伸長することによって生成される、複合体；および
（ｂ）複合増幅プライマーであって、該複合増幅プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを含み、かつ該複合増幅プライマーは、該第１のプライマーの相補体を含むポリヌクレオチドにハイブリダイズ可能な配列を含む、複合増幅プライマー、
を含む、組成物。
【請求項１５９】
前記第１の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に関して５’であり、前記複合増幅プライマーの前記ＲＮＡ部分が、該複合増幅プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に関して５’である、請求項１５８に記載の組成物。
【請求項１６０】
前記第１の複合プライマーの前記５’ＲＮＡ部分が、該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に隣接し、前記複合増幅プライマーの前記５’ＲＮＡ部分が、該複合増幅プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、請求項１５９に記載の組成物。
【請求項１６１】
前記第１の複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡからなり、前期複合増幅プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡからなる、請求項１６０に記載の組成物。
【請求項１６２】
前記第１の複合プライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第１の複合プライマーは、該第１の複合プライマーが標的ＲＮＡにハイブリダイズする条件下で該標的ＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項１５８〜１６１のいずれかに記載の組成物。
【請求項１６３】
前記第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、ランダムプライマー配列を包含する、請求項１５８〜１６２のいずれかに記載の組成物。
【請求項１６４】
前記第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、ポリｄＴ配列を包含する、請求項１５８〜１６３のいずれかに記載の組成物。
【請求項１６５】
前記第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、少なくとも１つのランダムヌクレオチドを３’末端に含む、請求項１６４に記載の組成物。
【請求項１６６】
前記第１の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドを含み、該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドを含み、そして前記複合増幅プライマーの前記ＲＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドを含み、該複合増幅プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、少なくとも約１ヌクレオチドを含む、請求項１５８〜１６５のいずれかに記載の組成物。
【請求項１６７】
前記第１の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドからなり、該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドからなり、そして前記複合増幅プライマーの前記ＲＮＡ部分が、、約５ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドからなり、該複合増幅プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が約１ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドからなる、請求項１６６に記載の組成物。
【請求項１６８】
前記複合増幅プライマーが、前記第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズされる、請求項１５８〜１６７のいずれかに記載の組成物。
【請求項１６９】
前記第２のプライマーが、前記第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズする前記標的ＲＮＡのフラグメントを含む、請求項１５８〜１６８のいずれかに記載の組成物。
【請求項１７０】
標的ＲＮＡを増幅するためのキットであって、該キットは、第１の複合プライマーと第２の複合プライマーとを備え、該第１の複合プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを含み、該第２の複合プライマーは、ＲＮＡ部分と３’ＤＮＡ部分とを含み、そして該第２の複合プライマーは、該第１の複合プライマーの相補体を含むポリヌクレオチドにハイブリダイズする配列を含む、キット。
【請求項１７１】
前記第１の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に関して５’であり、前記第２の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、該第２の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に関して５’である、請求項１７０に記載の組成物。
【請求項１７２】
前記第１の複合プライマーの前記５’ＲＮＡ部分が、該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に隣接し、前記第２の複合プライマーの前記５’ＲＮＡ部分が、該第２の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、請求項１７１に記載のキット。
【請求項１７３】
前記第１の複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡからなり、前期第２の複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡからなる、請求項１７２に記載のキット。
【請求項１７４】
前記第１の複合プライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第１の複合プライマーは、該第１の複合プライマーが標的ＲＮＡにハイブリダイズする条件下で該標的ＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含する、請求項１７０〜１７３のいずれかに記載のキット。
【請求項１７５】
前記第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、ランダムプライマー配列を包含する、請求項１７０〜１７４のいずれかに記載のキット。
【請求項１７６】
前記第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、ポリｄＴ配列を包含する、請求項１７０〜１７５のいずれかに記載のキット。
【請求項１７７】
前記第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、ポリｄＴ配列を含み、そして該第１の複合プライマーの前記３’ＤＮＡ部分が、少なくとも１つのランダムヌクレオチドを３’末端に含む、請求項１７０〜１７５のいずれかに記載のキット。
【請求項１７８】
前記第１の複合プライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第１の複合プライマーは、該第１の複合プライマーが標的ＲＮＡにハイブリダイズする条件下で該標的ＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含し、該第１の複合プライマーが、ランダムプライマー配列をさらに包含する、請求項１７０〜１７７のいずれかに記載のキット。
【請求項１７９】
前記第１の複合プライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第１の複合プライマーは、該第１の複合プライマーが標的ＲＮＡにハイブリダイズする条件下で該標的ＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含し、該第１の複合プライマーが、ポリｄＴ配列をさらに包含する、請求項１７０〜１７７のいずれかに記載のキット。
【請求項１８０】
前記第１の複合プライマーは、尾部が付いたプライマーであり、該第１の複合プライマーは、該第１の複合プライマーが標的ＲＮＡにハイブリダイズする条件下で該標的ＲＮＡにハイブリダイズ可能ではない５’部分を包含し、該第１の複合プライマーが、ポリｄＴ配列をさらに含み、そして該第１の複合プライマーが、少なくとも１つのランダムヌクレオチドを３’末端に含む、請求項１７０〜１７７に記載のキット。
【請求項１８１】
前記第１の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドを含み、該第１の複合プライマーの前記ＤＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドを含む、請求項１７０〜１８０のいずれかに記載のキット。
【請求項１８２】
前記第１の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドからなり、該第１の複合プライマーの前記ＤＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドからなる、請求項１８１に記載のキット。
【請求項１８３】
前記第２の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、少なくとも約５ヌクレオチドを含み、該第２の複合プライマーの前記ＤＮＡ部分が、少なくとも約１ヌクレオチドを含む、請求項１７０〜１８２のいずれかに記載のキット。
【請求項１８４】
前記第２の複合プライマーの前記ＲＮＡ部分が、約５ヌクレオチド〜約５０ヌクレオチドからなり、該第２の複合プライマーの前記ＤＮＡ部分が、約１ヌクレオチド〜約２０ヌクレオチドからなる、請求項１８３に記載のキット。
【請求項１８５】
ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡ切断する酵素をさらに備える、請求項１７０〜１８４のいずれかに記載のキット。
【請求項１８６】
前記ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡ切断する酵素が、ＲＮａｓｅ  Ｈである、請求項１８５に記載のキット。
【請求項１８７】
ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼをさらに備える、請求項１７０〜１８６のいずれかに記載のキット。
【請求項１８８】
標識されたｄＮＴＰをさらに備える、請求項１７０〜１８７のいずれかに記載のキット。
【請求項１８９】
以下の工程：
（ａ）標的ＲＮＡにハイブリダイズした前記第１の複合プライマーをＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素で伸長することによって第１のプライマー伸長産物を生成する工程；
（ｂ）該第１のプライマー伸長産物にハイブリダイズした第２のプライマーの伸長によって第２のプライマー伸長産物を生成する工程；
（ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する少なくとも１つの酵素を用いて、第１のプライマー伸長産物と第２のプライマー伸長産物との複合体からＲＮＡを切断する工程；
（ｄ）第２の複合プライマーを該第２のプライマー伸長産物にハイブリダイズさせ、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する少なくとも１つの酵素を用いて該第２の複合プライマーを伸長する工程、
を包含する方法を実行するための指示書のセットをさらに備え、これにより、該第１のプライマー伸長産物が置換され、該第２のプライマー伸長産物からＲＮＡが切断され、そして別の第２の複合プライマーがハイブリダイズし、その結果、プライマー伸長と鎖置換とが繰り返され；そしてこれにより、該目的のＲＮＡ配列に相補的なポリヌクレオチド配列の多数のコピーが生成される、請求項１７０〜１８８のいずれかに記載のキット。
【請求項１９０】
第３のプライマーをさらに備える、請求項１７０〜１８９のいずれかに記載のキット。