【手続補正書】
【提出日】平成17年4月19日(2005.4.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞内でバイオマーカーを局在化する、コンピューターにより実行される方法であって、以下：
第１の規定された領域に対応する該細胞の第１の画像の部分を同定する工程；
少なくとも１つのバイオマーカーに対応する該細胞の第２の画像の部分を同定する工程；
該第１の画像の該部分内に位置する該第２の画像の部分を決定し、該バイオマーカーが該規定された領域内に局在化するか否かを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項２】
前記第１の画像の前記部分および前記第２の画像の前記部分が、ピクセルを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の画像の前記部分が、前記細胞の該第１の規定された領域に関連する強度を有する、ピクセルを含む請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記細胞の前記第１の規定された領域に関連する前記強度を決定する工程をさらに包含する、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記第２の画像の前記部分が、前記少なくとも１つのバイオマーカーに対応する強度を有するピクセルを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つのバイオマーカーに関連する前記強度を決定する工程をさらに包含する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記第１の画像中の焦点外エレメントの表示を削減する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
表示を削減する工程が、異なる焦点の深さを特徴とする第３の画像の画像ピクセル強度に基づいて、前記第１の画像の画像ピクセル強度を操作する工程を包含する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
細胞含有サンプルを分析する方法であって、以下：
該細胞内の第１の規定された領域に選択的な第１の染色および、少なくとも１つのバイオマーカーに選択的な第２の染色を有する該細胞の第１の画像、を得る工程；
該第１の画像中の複数のピクセル位置で、該第１の染色についての強度値を決定する工程；
該強度値に基づいて、該細胞内の該第１の規定された領域に対応する該第１の画像中のピクセル位置を決定し、そして、これらのピクセル位置を該第１の規定された領域に割り当てる工程；
第２の画像を得て、該第２の画像中の複数のピクセル位置で、該第２の染色についての強度値を決定する工程；ならびに、
該第１の画像および該第２の画像を比較して、該第１の細胞区画内にある該第２の画像中のピクセル位置を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０】
前記規定された領域が、細胞核、細胞質、核膜、細胞膜、ミトコンドリア、小胞体、ペルオキソームおよびリソソームからなる群から選択される、請求項１または９に記載の方法。
【請求項１１】
前記細胞成分が、タンパク質、ペプチド、核酸、脂質または炭水化物からなる群から選択される、請求項１または９に記載の方法。
【請求項１２】
請求項９に記載の方法であって、前記細胞が、該細胞内の第２の規定された領域に選択的な第３の染色に接触され、該方法はさらに、以下：
該細胞中の該第３の染色の分布についての第３の画像において、該第３の画像中の複数のピクセル位置の各ピクセル位置について強度値を決定する工程；
該強度値に基づいて、該第３の画像中のピクセル位置が、該細胞の該第２の規定された領域に対応することを決定し、そして、これらのピクセル位置を、該第２の規定された領域に割り当てる工程；ならびに、
該第２の画像中の該ピクセル位置のいずれが、該第２の規定された領域内にあるかを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１３】
前記第１の規定された領域または前記第２の規定された領域に割り当てられないピクセル位置を、第３の規定された領域に割り当て、そして、該第２の画像中の該ピクセル位置のいずれが該第３の規定された領域内にあるかを同定する工程、をさらに包含する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記第１の規定された領域、前記第２の規定された領域および前記第３の規定された領域が、以下：
核、細胞質、核膜、細胞膜、ミトコンドリア、小胞体、ペルオキソームおよびリソソーム、
からなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
請求項１２に記載の方法であって、前記細胞が、該細胞中の規定された領域に選択的な第４の染色と接触され、そして、該第４の染色の分布の少なくとも１つのピクセル化された画像が取得され、該方法はさらに、以下：
該第４の染色分布の画像中の複数のピクセルの各々について、第３の強度値を読み取る工程；
該第３の強度値からの閾値強度値を決定する工程；
該閾値強度と、該複数のピクセルの各々についての該第３の強度とを比較する工程；ならびに
ピクセル位置を、該閾値強度値に基づくマスクに割り当てる工程、
を包含する、方法。
【請求項１６】
前記第１の染色分布の画像中の前記複数のピクセルにおける前記ピクセル位置が、前記マスクセット中の該ピクセル位置である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記マスクに割り当てられた前記ピクセル位置が、前記閾値強度値と等しいか、またはそれより大きい第３の強度値を有するピクセルの位置を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記第４の染色分布の前記画像中の前記複数のピクセルの各々について、前記第３の強度値を保存する工程をさらに包含する、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記閾値強度値が、最大ビンの強度値から決定される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記閾値強度値が、第２の最大ビンの強度値から選択される、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
各ピクセル位置について、前記第１の強度値と前記第２の強度値を比較し、そして、該第２の強度値が、該第１の強度値より大きい場合、該ピクセル位置に前記第２の規定された領域を割り当てる工程をさらに包含する、請求項１５に記載の方法。
【請求項２２】
前記第２の染色分布の前記画像中のピクセルのアレイにおける各ピクセル位置について、シグナル強度値を読み取り、全シグナル強度を決定するために該シグナル強度を合計する工程をさらに包含する、請求項１５に記載の方法。
【請求項２３】
前記第２の染色分布の前記画像中の前記ピクセルのアレイが、前記細胞中の前記第１の規定された領域中である、請求項１５に記載の方法。
【請求項２４】
前記第２の染色分布の前記画像中の前記ピクセルのアレイにおける各ピクセル位置についてシグナル強度値を読み取り、該シグナル値を合計する工程をさらに包含する、請求項１５に記載の方法。
【請求項２５】
前記第２の染色分布の前記画像中の前記ピクセルのアレイが、前記第２の規定された領域である、請求項１５に記載の方法。
【請求項２６】
前記第２の染色分布の前記画像中の前記ピクセルのアレイにおける各ピクセル位置についてシグナル強度値を読み取り、全強度を決定するために該シグナル強度値を合計する工程をさらに包含する、請求項１５に記載の方法。
【請求項２７】
前記第２の染色分布の前記画像中の前記アレイのピクセルが、前記第３の規定された領域である、請求項１５に記載の方法。
【請求項２８】
細胞含有サンプルを分析する方法であって、以下：
細胞の第１の画像中の複数のピクセル位置の各々についての値を入手する工程；
細胞の第２の画像中の該複数のピクセル位置の各々についての値を入手する工程；および
該第２の画像中の各ピクセル位置についての強度値の割合を、該第１の画像中の同じピクセル位置の強度値から減算して、調整した強度値を得る工程
を包含する、方法。
【請求項２９】
前記第１の画像が、第１の焦点面で獲得され、そして、前記第２の画像が、第２の焦点面で獲得される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
減算された前記第２の画像中の各ピクセル位置についての前記強度値の割合が、強度分布関数から決定される、請求項２８に記載の方法。