【手続補正書】
【提出日】平成16年11月11日(2004.11.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  以下を具備するインターフェロンで治療されるべき個体におけるインターフェロン療法の有効性を予測する方法：
（１）前記個体からのサンプルにおけるインターフェロン受容体遺伝子の遺伝子型を決定すること、および
（２）前記インターフェロン受容体遺伝子の遺伝子型を基にインターフェロン療法の有効性を予測すること。
【請求項２】  前記（１）の決定することが、インターフェロン受容体遺伝子プロモーターにおけるＧＴ反復配列の反復回数を決定することを具備することを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】  前記（１）の決定することが、前記個体から得たゲノムＤＮＡのサンプルと、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２およびそれらの相補的なポリヌクレオチドからなる群より選択されるポリヌクレオチドの８から５００の連続したヌクレオチドを含むプローブとをハイブリダイズすることを具備することを特徴とする請求項１または２の何れか１項記載の方法。
【請求項４】  前記（１）の決定することが、前記個体から得たゲノムＤＮＡのサンプルと、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３およびそれらの相補的なポリヌクレオチドからなる群より選択されるポリヌクレオチドを含むプローブとをハイブリダイズすることを具備することを特徴とする請求項１または２の何れか１項に記載の方法。
【請求項５】  前記プローブが核酸チップに固定化されていることを特徴とする請求項３または４の何れか１項に記載の方法。
【請求項６】  前記（１）の決定することが、当該インターフェロン受容体遺伝子の領域を増幅することを具備し、前記領域は前記インターフェロン受容体遺伝子の遺伝子型を決定するために充分な数のヌクレオチドを含むことを特徴とする請求項１から５の何れか１項に記載の方法。
【請求項７】  以下を具備するインターフェロンで治療されるべき個体におけるインターフェロン療法の有効性をコンピュータを利用して予測する方法：
（１）前記個体からのサンプルにおけるインターフェロン受容体遺伝子の遺伝子型をデータ記録手段で記録すること、
（２）前記（１）の遺伝子型を、コンピュータに記憶され、前記インターフェロン療法の効果と前記インターフェロン受容体の遺伝子型とを関連付けたマトリックスに対して比較すること、および
（３）前記インターフェロン受容体遺伝子の遺伝子型を基に当該インターフェロン療法の効果を予測すること。
【請求項８】  前記（３）の予測することが、前記（２）の比較することの結果を出力することを具備することを特徴とする請求項７に記載の方法。
【請求項９】  前記（１）の記録することが、前記（２）における比較のために使用されるコンピュータへ当該遺伝子型を入力することを具備することを特徴とする請求項７または８の何れか１項に記載の方法。
【請求項１０】  前記出力することが当該結果をコンピュータスクリーンに表示することを具備することを特徴とする請求項８または９の何れか１項に記載の方法。
【請求項１１】  前記出力することが当該結果を印刷することを具備することを特徴とする請求項８または９の何れか１項に記載の方法。
【請求項１２】  前記（２）の比較することが、当該インターフェロン受容体遺伝子プロモーターにおけるＧＴ反復の回数と、前記マトリックスとを比較することを具備することを特徴とする請求項７から１１の何れか１項に記載の方法。
【請求項１３】  前記個体における少なくとも１の対立遺伝子に少なくとも５のＧＴ反復が存在することが、当該インターフェロン療法が有効であることを示すことを特徴とする請求項２から６および請求項１２の何れか１項に記載の方法。
【請求項１４】  前記個体が両方の対立遺伝子において少なくとも５のＧＴ反復を有することを特徴とする請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】  前記個体が、第１の対立遺伝子に少なくとも５のＧＴ反復を、第２の対立遺伝子に少なくとも１４の反復を有することを特徴とする請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】  前記インターフェロン受容体がインターフェロンα受容体またはインターフェロンβ受容体であることを特徴とする請求項１から１５の何れか１項に記載の方法。
【請求項１７】  前記個体がＣ型肝炎ウイルスに感染していることを特徴とする請求項１から１６の何れか１項に記載の方法。
【請求項１８】  以下を具備するコンピュータプログラム：
（１）個体におけるインターフェロン受容体遺伝子の遺伝子型を記録する手段、
（２）前記個体におけるインターフェロン受容体遺伝子の遺伝子型を、インターフェロン療法の効果と前記インターフェロン受容体の遺伝子型とを関連付けたマトリックスに対して比較するための手段、および
（３）前記遺伝子型と前記マトリックスとの比較を出力するための手段。
【請求項１９】  前記インターフェロン受容体がインターフェロンα受容体またはインターフェロンβ受容体であることを特徴とする請求項１８に記載のコンピュータプログラム。
【請求項２０】  前記個体がＣ型肝炎ウイルスに感染していることを特徴とする請求項１８または１９の何れか１項に記載のコンピュータプログラム。
【請求項２１】  前記（２）の比較することが、前記インターフェロン受容体遺伝子プロモータにおけるＧＴ反復の回数と、前記マトリックスとを比較することを具備することを特徴とする請求項１８から２０の何れか１項に記載のコンピュータプログラム。
【請求項２２】  前記個体における少なくとも１の対立遺伝子に少なくとも５のＧＴ反復の存在することが、当該インターフェロン療法が有効であることを示すことを特徴とする請求項２１に記載のコンピュータプログラム。
【請求項２３】  当該個体が少なくとも５のＧＴ反復を両方の対立遺伝子に有することを特徴とする請求項２１に記載のコンピュータプログラム。
【請求項２４】  当該個体が第１の対立遺伝子に少なくとも５の反復を、第２の対立遺伝子に少なくとも１４の反復を有することを特徴とする請求項２１に記載のコンピュータプログラム。
【請求項２５】  配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２およびそれらの相補鎖からなる群より選択されるポリヌクレオチドの８から５００の連続したヌクレオチドを含む核酸プローブ。
【請求項２６】  配列番号１９、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２３およびそれらの相補鎖からなる群より少なくとも１選択されるポリヌクレオチドを含む核酸プローブ。
【請求項２７】  配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２およびそれらの相補鎖からなる群より選択されるポリヌクレオチドのうちの８から５００の連続したヌクレオチドを含む核酸プローブ、並びに配列番号１９、配列番号２０、配列番号２２、配列番号２３およびそれらの相補鎖からなる群より選択されるポリヌクレオチドを含む核酸プローブからなる群より少なくとも１選択される核酸プローブを具備する核酸検出用チップ。
【請求項２８】  配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７および配列番号１８からなる群より選択されるポリヌクレオチド。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１６】
図１にＩＦＮＡＲ１のプロモーター領域からイントロン１の領域までを示す。配列の左側の数字は、ｍＲＮＡの転写開始点を＋１とした場合の位置を示す。ＳＮＰは、−４０８位、−１８位および−３位に存在する。問題のマイクロサテライト多型は−７７位から−５０位に存在し、図１に記載された配列の反復回数は９である。しかしながらこの反復回数は、個体の遺伝子型によって異なる反復回数で存在する。従って、反復回数に応じてマイクロサテライト多型の存在部位は変わる。即ち、反復回数が５の場合、当該マイクロサテライト多型の部位は、転写開始点を＋１とした場合、−６９番目から−６０番目、即ち、−６９位から−６０位に存在する。