【手続補正書】
【提出日】平成16年1月9日(2004.1.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）種子発生期（ｄｕｒｉｎｇ  ｓｅｅｄ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）における胚／内乳のサイズの制御に関連するシトクロムＰ４５０ポリペプチドをコードする核酸配列であって、配列番号２、７、１１、１９、２７、もしくは３３から成る群より選択される第２のポリペプチドと比較した場合、アラインメントのクラスタル（Ｃｌｕｓｔａｌ）法に基づいて少なくとも６１％のアミノ酸同一性を有する核酸配列、または
（ｂ）種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連するシトクロムＰ４５０ポリペプチドをコードする核酸配列であって、配列番号１５、１７、３１、９３、９５、９７、もしくは９９から成る群より選択される第３のポリペプチドと比較した場合、アラインメントのクラスタル法に基づいて少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有する核酸配列、
または
（ｃ）種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連するシトクロムＰ４５０ポリペプチドをコードする核酸配列であって、配列番号９、１３、２３、２９、３５、もしくは４１から成る群より選択される第４のポリペプチドと比較した場合、アラインメントのクラスタル法に基づいて少なくとも７０％のアミノ酸同一性を有する核酸配列、または
（ｄ）種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連するシトクロムＰ４５０ポリペプチドをコードする核酸配列であって、配列番号２１、２５、３７、もしくは３９から成る群より選択される第２のポリペプチドと比較した場合、アラインメントのクラスタル法に基づいて少なくとも７７％のアミノ酸同一性を有する核酸配列、または
（ｅ）（ａ）もしくは（ｂ）もしくは（ｃ）もしくは（ｄ）の相補体、
から成る群より選択される核酸配列を含んで成る単離されたヌクレオチドフラグメント。
【請求項２】
プロモーターを含んで成る単離された核酸フラグメントであって、前記プロモーターが、配列番号３、４、１０４、もしくは１０５に記載のヌクレオチド配列から本質的に成るか、あるいは前記プロモーターが、配列番号３、４、１０４、もしくは１０５に記載のヌクレオチド配列に実質的に類似するかまたは機能的に等価であるフラグメントまたはサブフラグメントから本質的に成る単離された核酸フラグメント。
【請求項３】
少なくとも１つの調節配列に操作可能に連結された請求項１に記載の単離された核酸フラグメントを含んで成るキメラ構築物。
【請求項４】
前記単離された核酸フラグメントが、請求項３に記載のプロモーターに操作可能に連結されている請求項２に記載のキメラ構築物。
【請求項５】
ゲノム内に請求項３もしくは４に記載のキメラ構築物を含んで成る植物。
【請求項６】
請求項５に記載の植物から得られる種子。
【請求項７】
請求項６に記載の種子から得られる油。
【請求項８】
請求項３もしくは４に記載のキメラ構築物を含んで成る、形質転換された植物組織または植物細胞。
【請求項９】
（ａ）請求項３もしくは４に記載のキメラ構築物で植物を形質転換し、
（ｂ）キメラ構築物の発現に適切な条件下で形質転換された植物を成長させ、そして
（ｃ）改変された胚／内乳のサイズを有する種子を産生する上記形質転換された植物を選択する、
ことを含んで成る、植物の種子発生期における胚／内乳のサイズの制御方法。
【請求項１０】
（ａ）配列番号２、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、９３、９５、９７、または９９と、種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連する他のポリペプチド配列とを比較し、
（ｂ）工程（ａ）において得られる保存配列すなわち４つもしくはそれ以上のアミノ酸を同定し、
（ｃ）工程（ｂ）において同定される保存配列に基づいて領域特異的ヌクレオチドプローブまたはオリゴマーを作製し、そして
（ｄ）工程（ｃ）のヌクレオチドプローブまたはオリゴマーを使用して、配列依存性プロトコルにより種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連する配列を単離する、ことを含んで成る、種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連するポリペプチドをコードする核酸フラグメントの単離方法。
【請求項１１】
（ａ）２種の植物種を交雑させ、そして
（ｂ）工程（ａ）の交雑から得られる子孫植物における、
（ｉ）配列番号１、３、４、５、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、もしくは１０５から成る群より選択される核酸配列、または
（ｉｉ）配列番号２、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、８０〜９１、９３、９５、９７、もしくは９９から成る群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列、
について遺伝子の変異を評価することを含んで成り、その際、評価を、ＲＦＬＰ解析、ＳＮＰ解析、およびＰＣＲに基づく解析から成る群より選択される方法を使用して行う、胚／内乳のサイズを制御することおよび／または植物の油表現型を改変することに関する遺伝子の変異のマッピング方法。
【請求項１２】
（ａ）２種の植物種を交雑させ、そして
（ｂ）工程（ａ）の交雑から得られる子孫植物における
（ｉ）配列番号１、３、４、５、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、もしくは１０５から成る群より選択される核酸配列、または
（ｉｉ）配列番号２、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、８０〜９１、９３、９５、９７、もしくは９９から成る群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列、
について遺伝子の変異を評価することを含んで成り、その際、評価を、ＲＦＬＰ解析、ＳＮＰ解析、およびＰＣＲに基づく解析から成る群より選択される方法を使用して行う、胚／内乳のサイズを制御するための分子育種および／または植物の油表現型の改変方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７４】
これらのデータは、トウモロコシＧＥ相同物の１つ、ｚｍＧＥ２が、高油株の発生中の
胚での発現において実質的にダウンレギュレートされたことを示した。発現研究の結果か
ら、このＧＥ相同物は、トウモロコシ種子中の高油形質と負の相関を有することが確認さ
れた。このことは、ＧＥ遺伝子の変異が胚の肥大および高油表現型を生じたイネの結果と
一致する。
なお、本発明の特徴または主な態様は次のとおりである。
１．（ａ）種子発生期（ｄｕｒｉｎｇ  ｓｅｅｄ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）における胚／内乳のサイズの制御に関連するシトクロムＰ４５０ポリペプチドをコードする核酸配列であって、配列番号２、７、１１、１９、２７、もしくは３３から成る群より選択される第２のポリペプチドと比較した場合、アラインメントのクラスタル（Ｃｌｕｓｔａｌ）法に基づいて少なくとも６１％のアミノ酸同一性を有する核酸配列、または
（ｂ）種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連するシトクロムＰ４５０ポリペプチドをコードする核酸配列であって、配列番号１５、１７、３１、９３、９５、９７、もしくは９９から成る群より選択される第３のポリペプチドと比較した場合、アラインメントのクラスタル法に基づいて少なくとも６５％のアミノ酸同一性を有する核酸配列、
または
（ｃ）種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連するシトクロムＰ４５０ポリペプチドをコードする核酸配列であって、配列番号９、１３、２３、２９、３５、もしくは４１から成る群より選択される第４のポリペプチドと比較した場合、アラインメントのクラスタル法に基づいて少なくとも７０％のアミノ酸同一性を有する核酸配列、または
（ｄ）種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連するシトクロムＰ４５０ポリペプチドをコードする核酸配列であって、配列番号２１、２５、３７、もしくは３９から成る群より選択される第２のポリペプチドと比較した場合、アラインメントのクラスタル法に基づいて少なくとも７７％のアミノ酸同一性を有する核酸配列、または
（ｅ）（ａ）もしくは（ｂ）もしくは（ｃ）もしくは（ｄ）の相補体、
から成る群より選択される核酸配列を含んで成る単離されたヌクレオチドフラグメント。
２．配列番号８０〜９１に記載のアミノ酸配列のいずれかに実質的に対応する少なくとも１つのモチーフを含んで成り、前記モチーフが保存された部分配列である、前記第１項に記載の単離されたヌクレオチド配列、またはその相補体。
３．前記フラグメントまたはその部分が、形質転換された植物の種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連するシトクロムＰ４５０ポリペプチドの相互抑制またはアンチセンス阻害に有用である前記第１項または２項に記載の単離されたヌクレオチド。
４．プロモーターを含んで成る単離された核酸フラグメントであって、前記プロモーターが、配列番号３、４、１０４、もしくは１０５に記載のヌクレオチド配列から本質的に成るか、あるいは前記プロモーターが、配列番号３、４、１０４、もしくは１０５に記載のヌクレオチド配列に実質的に類似するかまたは機能的に等価であるフラグメントまたはサブフラグメントから本質的に成る単離された核酸フラグメント。
５．少なくとも１つの調節配列に操作可能に連結された前記第１項または２項に記載の単離された核酸フラグメントを含んで成るキメラ構築物。
６．少なくとも１つの調節配列に操作可能に連結された前記第３項に記載の単離された核酸フラグメントを含んで成るキメラ構築物。
７．前記単離された核酸フラグメントが、前記第４項に記載のプロモーターに操作可能に連結されている前記第５項に記載のキメラ構築物。
８．前記単離された核酸フラグメントが、前記第４項に記載のプロモーターに操作可能に連結されている前記第６項に記載のキメラ構築物。
９．ゲノム内に前記第５項に記載のキメラ構築物を含んで成る植物。
１０．ゲノム内に前記第６項に記載のキメラ構築物を含んで成る植物。
１１．ゲノム内に前記第７項に記載のキメラ構築物を含んで成る植物。
１２．ゲノム内に前記第８項に記載のキメラ構築物を含んで成る植物。
１３．前記第９項に記載の植物から得られる種子。
１４．前記第１０項に記載の植物から得られる種子。
１５．前記第１１項に記載の植物から得られる種子。
１６．前記第１２項に記載の植物から得られる種子。
１７．前記第１３項に記載の種子から得られる油。
１８．前記第１４項に記載の種子から得られる油。
１９．前記第１５項に記載の種子から得られる油。
２０．前記第１６項に記載の種子から得られる油。
２１．前記植物が、イネ、トウモロコシ、モロコシ、キビ、ライムギ、ダイズ、カノーラ、コムギ、オオムギ、カラスムギ、豆類、およびナッツ類から成る群より選択される前記第９項に記載の植物。
２２．前記植物が、イネ、トウモロコシ、モロコシ、キビ、ライムギ、ダイズ、カノーラ、コムギ、オオムギ、カラスムギ、豆類、およびナッツ類から成る群より選択される前記第１０項に記載の植物。
２３．前記植物が、イネ、トウモロコシ、モロコシ、キビ、ライムギ、ダイズ、カノーラ、コムギ、オオムギ、カラスムギ、豆類、およびナッツ類から成る群より選択される前記第１１項に記載の植物。
２４．前記植物が、イネ、トウモロコシ、モロコシ、キビ、ライムギ、ダイズ、カノーラ、コムギ、オオムギ、カラスムギ、豆類、およびナッツ類から成る群より選択される前記第１２項に記載の植物。
２５．前記第５項に記載のキメラ構築物を含んで成る、形質転換された植物組織または植物細胞。
２６．前記第６項に記載のキメラ構築物を含んで成る、形質転換された植物組織または植物細胞。
２７．前記第７項に記載のキメラ構築物を含んで成る、形質転換された植物組織または植物細胞。
２８．前記第８項に記載のキメラ構築物を含んで成る、形質転換された植物組織または植物細胞。
２９．植物が、イネ、トウモロコシ、モロコシ、キビ、ライムギ、ダイズ、カノーラ、コムギ、オオムギ、カラスムギ、豆類、およびナッツ類から成る群より選択される前記第２５項に記載の植物組織または植物細胞。
３０．植物が、イネ、トウモロコシ、モロコシ、キビ、ライムギ、ダイズ、カノーラ、コムギ、オオムギ、カラスムギ、豆類、およびナッツ類から成る群より選択される前記第２６項に記載の植物組織または植物細胞。
３１．植物が、イネ、トウモロコシ、モロコシ、キビ、ライムギ、ダイズ、カノーラ、コムギ、オオムギ、カラスムギ、豆類、およびナッツ類から成る群より選択される前記第２７項に記載の植物組織または植物細胞。
３２．植物が、イネ、トウモロコシ、モロコシ、キビ、ライムギ、ダイズ、カノーラ、コムギ、オオムギ、カラスムギ、豆類、およびナッツ類から成る群より選択される前記第２８項に記載の植物組織または植物細胞。
３３．（ａ）前記第５項に記載のキメラ構築物で植物を形質転換し、
（ｂ）キメラ構築物の発現に適切な条件下で形質転換された植物を成長させ、そして
（ｃ）改変された胚／内乳のサイズを有する種子を産生する上記形質転換された植物を選択する、
ことを含んで成る、植物の種子発生期における胚／内乳のサイズの制御方法。
３４．（ａ）前記第６項に記載のキメラ構築物で植物を形質転換し、
（ｂ）キメラ構築物の発現に適切な条件下で形質転換された植物を成長させ、そして
（ｃ）改変された胚／内乳のサイズを有する種子を産生する前記形質転換された植物を選択する、
ことを含んで成る、植物の種子発生期における胚／内乳のサイズの制御方法。
３５．（ａ）前記第７項に記載のキメラ構築物で植物を形質転換し、
（ｂ）キメラ構築物の発現に適切な条件下で形質転換された植物を成長させ、そして
（ｃ）改変された胚／内乳のサイズを有する種子を産生する前記形質転換された植物を選択する、
ことを含んで成る、植物の種子発生期における胚／内乳のサイズの制御方法。
３６．（ａ）前記第８項に記載のキメラ構築物で植物を形質転換し、
（ｂ）キメラ構築物の発現に適切な条件下で形質転換された植物を成長させ、そして
（ｃ）改変された胚／内乳のサイズを有する種子を産生する前記形質転換された植物を選択する、
ことを含んで成る、植物の種子発生期における胚／内乳のサイズの制御方法。
３７．（ａ）配列番号２、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、９３、９５、９７、または９９と、種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連する他のポリペプチド配列とを比較し、
（ｂ）工程（ａ）において得られる保存配列すなわち４つもしくはそれ以上のアミノ酸
を同定し、
（ｃ）工程（ｂ）において同定される保存配列に基づいて領域特異的ヌクレオチドプロ
ーブまたはオリゴマーを作製し、そして
（ｄ）工程（ｃ）のヌクレオチドプローブまたはオリゴマーを使用して、配列依存性プロトコルにより種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連する配列を単離する、ことを含んで成る、種子発生期における胚／内乳のサイズの制御に関連するポリペプチドをコードする核酸フラグメントの単離方法。
３８．（ａ）２種の植物種を交雑させ、そして
（ｂ）工程（ａ）の交雑から得られる子孫植物における、
（ｉ）配列番号１、３、４、５、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、もしくは１０５から成る群より選択される核酸配列、または
（ｉｉ）配列番号２、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、８０〜９１、９３、９５、９７、もしくは９９から成る群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列、
について遺伝子の変異を評価することを含んで成り、その際、評価を、ＲＦＬＰ解析、ＳＮＰ解析、およびＰＣＲに基づく解析から成る群より選択される方法を使用して行う、胚／内乳のサイズを制御することおよび／または植物の油表現型を改変することに関する遺伝子の変異のマッピング方法。
３９．（ａ）２種の植物種を交雑させ、そして
（ｂ）工程（ａ）の交雑から得られる子孫植物における
（ｉ）配列番号１、３、４、５、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、もしくは１０５から成る群より選択される核酸配列、または
（ｉｉ）配列番号２、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、８０〜９１、９３、９５、９７、もしくは９９から成る群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列、
について遺伝子の変異を評価することを含んで成り、その際、評価を、ＲＦＬＰ解析、ＳＮＰ解析、およびＰＣＲに基づく解析から成る群より選択される方法を使用して行う、胚／内乳のサイズを制御するための分子育種および／または植物の油表現型の改変方法。