【手続補正書】
【提出日】平成15年11月11日(2003.11.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列を増幅するための方法であって、以下：
（ａ）該標的配列を含む一本鎖ＤＮＡテンプレートを複合プライマーとハイブリダイズさせる工程であって、該複合プライマーがＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、工程；
（ｃ）ＤＮＡポリメラーゼを用いて該複合プライマーを伸長させる工程；
（ｄ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、該アニールした複合プライマーのＲＮＡ部分を切断して、別の複合プライマーが該テンプレートにハイブリダイズしかつ鎖置換によりプライマー伸長を反復するようにする工程であって、
それにより該標的配列の相補的配列の複数のコピーが生成される、工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、（ｂ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを、前記テンプレートへの前記複合プライマーのハイブリダイゼーションに対して５’側にある該テンプレートの領域にハイブリダイズさせる工程、をさらに包含する、方法。
【請求項３】
標的ポリヌクレオチド配列を増幅するための方法であって、以下：
（ａ）該標的配列を含む一本鎖ＤＮＡテンプレートを、複合プライマーとハイブリダイズさせる工程であって、該複合プライマーがＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、工程；
（ｃ）該複合プライマーをＤＮＡポリメラーゼを用いて伸長させる工程；
（ｄ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、該アニールした複合プライマーのＲＮＡ部分を切断して、別の複合プライマーが該テンプレートにハイブリダイズしかつ鎖置換によりプライマー伸長を反復して置換されたプライマー伸長産物を生成するようにする工程；
（ｅ）プロプロモーターと該置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域とを含むポリヌクレオチドを、ＲＮＡポリメラーゼにより転写が生じるのを可能にする条件下でハイブリダイズさせ、該置換されたプライマー伸長産物と相補的な配列を含むＲＮＡ転写物が生成されるようにする工程であって、
それにより該標的配列の複数のコピーが生成される、工程、
を包含する、方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法であって、（ｂ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを、前記テンプレートへの前記複合プライマーのハイブリダイゼーションに対して５’側にある該テンプレートの領域にハイブリダイズさせる工程、をさらに包含する、方法。
【請求項５】
請求項１、２、３または４に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、方法。
【請求項７】
請求項１、２、３または４に記載の方法であって、複数の複合プライマーが使用される、方法。
【請求項８】
請求項２または４に記載の方法であって、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
【請求項９】
請求項８に記載の方法であって、前記ＴＳＯが、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯが、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
【請求項１０】
請求項２または４に記載の方法であって、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、ブロッキング配列である、方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法であって、前記ブロッキング配列が、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ブロッキング配列が、該改変を含まないブロッキング配列と比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
【請求項１２】
請求項１、２、３または４に記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
【請求項１３】
請求項３または４に記載の方法であって、前記プロプロモーターと前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域とを含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
【請求項１４】
請求項３または４に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、二本鎖プロモーターを生成し、該二本鎖プロモーターから転写が行われる、方法。
【請求項１５】
請求項１４に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、方法。
【請求項１６】
請求項２または４に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）がどちらの順序でも実施される、方法。
【請求項１７】
請求項２または４に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）が同時に実施される、方法。
【請求項１８】
請求項１、２、３または４に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
【請求項１９】
請求項１、２、３または４に記載の方法であって、工程（ａ）が工程（ｃ）の前に実施される、方法。
【請求項２０】
請求項２または４に記載の方法であって、工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
【請求項２１】
請求項２または４に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）が工程（ｃ）の前に実施される、方法。
【請求項２２】
請求項１、２、３または４に記載の方法であって、工程すべてが同時に実施される、方法。
【請求項２３】
標的ヌクレオチド配列を配列決定する方法であって、以下：
（ａ）該標的配列を含む一本鎖ＤＮＡテンプレートを複合プライマーとハイブリダイズさせる工程であって、該複合プライマーが、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、工程；
（ｃ）ＤＮＡポリメラーゼならびにｄＮＴＰとｄＮＴＰアナログとの混合物を用いて、該複合プライマーを伸長させて、プライマー伸長がｄＮＴＰアナログの取り込みの際に終結するようにする、工程；
（ｄ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、該アニールした複合プライマーのＲＮＡ部分を切断して、別の複合プライマーが該テンプレートにハイブリダイズしかつ鎖置換によりプライマー伸長を反復するようにする工程であって、それにより該標的配列の相補的配列の種々の長さの複数のコピーが生成される、工程；
（ｅ）工程（ａ）〜（ｄ）の産物を分析して配列を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２４】
請求項２３に記載の方法であって、（ｂ）必要に応じて、終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを、前記テンプレートへの前記複合プライマーのハイブリダイゼーションに対して５’側にある該テンプレートの領域にハイブリダイズさせる工程、をさらに包含する、方法。
【請求項２５】
標的ヌクレオチド配列を配列決定する方法であって、以下：
（ａ）該標的配列を含む一本鎖ＤＮＡテンプレートを複合プライマーとハイブリダイズさせる工程であって、該複合プライマーが、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、工程；
（ｃ）ＤＮＡポリメラーゼを用いて該複合プライマーを伸長させる工程；
（ｄ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、該アニールした複合プライマーのＲＮＡ部分を切断して、別の複合プライマーが該テンプレートにハイブリダイズしかつ鎖置換によりプライマー伸長を反復して置換されたプライマー伸長産物を生成するようにする工程；
（ｅ）プロプロモーターと該置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域とを含むポリヌクレオチドを、ｒＮＴＰとｒＮＴＰアナログとの混合物を使用して、ＲＮＡポリメラーゼにより該伸長産物から転写が生じるような条件下で、ハイブリダイズさせ、該置換されたプライマー伸長産物と相補的な配列を含むＲＮＡ転写物が生成されるようにし、そして転写がｒＮＴＰアナログの取り込みの際に終結するようにする工程であって、それにより該標的配列の種々の長さの複数のコピーが生成される、工程；
（ｆ）工程（ａ）〜（ｅ）の産物を分析して配列を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法であって、（ｂ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを、前記テンプレートへの前記複合プライマーのハイブリダイゼーションに対して５’側にある該テンプレートの領域にハイブリダイズさせる工程、をさらに包含する、方法。
【請求項２７】
前記複合プライマーのＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、請求項２３、２４、２５、または２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記５’ＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に隣接している、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
標的ポリヌクレオチド中の目的の配列を特徴付ける方法であって、該方法は、
（ｉ）請求項１、２、３または４に記載の方法により目的の配列を含むテンプレートポリヌクレオチド配列を増幅する工程であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が既知である、工程、および
（ｉｉ）存在するのであれば、工程（ｉ）からの増幅産物と、参照テンプレートからの増幅産物の量とを比較する工程
を包含し、ここで、
（１）該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な領域を含む該参照テンプレートからの増幅産物の量と比較して検出可能に少ない、前記テンプレートからの増幅産物の生成は、該標的ポリヌクレオチドが、該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列を含まずかつ該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列に対する配列改変体であることを示すか；または
（２）該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な領域を含まない該参照テンプレートからの増幅産物の量と比較して検出可能に多い、該テンプレートからの増幅産物の生成は、該標的ポリヌクレオチドが、該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列を含みかつ該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列に対する配列改変体ではないことを示す、方法。
【請求項３０】
請求項２９に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が野生型配列と相補的な配列を含み、そして前記目的の配列が、該野生型配列の存在または非存在を決定することにおいて特徴付けられる、方法。
【請求項３１】
請求項２９に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が変異配列と相補的な配列を含み、そして前記目的の配列が、該変異配列の存在または非存在を決定することにおいて特徴付けられる、方法。
【請求項３２】
請求項２９に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が対立遺伝子配列と相補的な配列を含み、そして前記目的の配列が、該対立遺伝子配列の存在または非存在を決定することにおいて特徴付けられる、方法。
【請求項３３】
一本鎖高次構造多型により標的ポリヌクレオチドにおける変異を検出する方法であって、（ｉ）請求項１、２、３または４に記載の方法により該標的ポリヌクレオチドを増幅する工程；および（ｉｉ）一本鎖高次構造について該増幅産物を分析する工程、を包含し、参照一本鎖ポリヌクレオチドと比較した場合の高次構造における差異が、該標的ポリヌクレオチドにおける変異を示す、方法。
【請求項３４】
請求項２９に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、方法。
【請求項３５】
請求項３４に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に隣接している、方法。
【請求項３６】
マイクロアレイを作製する方法であって、（ｉ）請求項１、２、３または４に記載の方法によりポリヌクレオチド配列を増幅する工程；および（ｉｉ）該増幅産物のマイクロアレイを作製するために固体基材上に該増幅産物を付着させる工程、を包含する、方法。
【請求項３７】
複合プライマーおよび（ｂ）終結ポリヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチド、を含む組成物であって、該複合プライマーが３’ＤＮＡ部分および５’ＲＮＡ部分を含み、該終結ポリヌクレオチド配列は、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）を含み、ここで該終結ポリヌクレオチド配列が、ＤＮＡポリメラーゼによるテンプレートのＤＮＡ複製の停止をもたらす、組成物。
【請求項３８】
請求項３７に記載の組成物であって、前記５’ＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に隣接している、組成物。
【請求項３９】
請求項３７に記載の組成物であって、前記５’ＲＮＡ部分が５〜２０ヌクレオチドであり、そして前記３’ＤＮＡ部分が５〜１５ヌクレオチドである、組成物。
【請求項４０】
請求項３７に記載の組成物であって、前記ＴＳＯは、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯは、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合、より緊密に該領域に結合する、組成物。
【請求項４１】
請求項３７に記載の組成物であって、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）をさらに含む、組成物。
【請求項４２】
（ａ）テンプレート鎖と；（ｂ）複合プライマーであって、該複合プライマーが３’ＤＮＡ部分およびＲＮＡ部分を含む、複合プライマーと；（ｃ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、該終結ポリヌクレオチドがテンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）を含む、ポリヌクレオチドとの複合体を含み、ここで該終結ポリヌクレオチド配列が、ＤＮＡポリメラーゼによるテンプレートのＤＮＡ複製の停止をもたらす、組成物。
【請求項４３】
請求項４２に記載の組成物であって、前記ＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分の５’側にありかつ隣接している、組成物。
【請求項４４】
反応混合物であって、（ａ）ポリヌクレオチドテンプレート；（ｂ）３’ＤＮＡ部分とＲＮＡ部分とを含む、複合プライマー；（ｃ）ＤＮＡポリメラーゼ；ならびに（ｄ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、該終結ポリヌクレオチドがテンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）を含む、ポリヌクレオチド、を含み、ここで該終結ポリヌクレオチド配列が、ＤＮＡポリメラーゼによるテンプレートのＤＮＡ複製の停止をもたらす、反応混合物。
【請求項４５】
前記複合プライマーが、前記３’ＤＮＡ部分に隣接する５’ＲＮＡ部分を含む、請求項４４に記載の反応混合物。
【請求項４６】
請求項４５に記載の反応混合物であって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素をさらに含む、反応混合物。
【請求項４７】
請求項４６に記載の反応混合物であって、前記酵素がＲＮアーゼＨである、反応混合物。
【請求項４８】
請求項４４に記載の反応混合物であって、プロプロモーターを含むポリヌクレオチドをさらに含む、反応混合物。
【請求項４９】
請求項４８に記載の反応混合物であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドがＴＳＯである、反応混合物。
【請求項５０】
請求項４８に記載の反応混合物であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、反応混合物。
【請求項５１】
標的ポリヌクレオチド配列の増幅のためのキットであって、（ａ）３’ＤＮＡ部分とＲＮＡ部分とを含む、複合プライマー、および（ｂ）終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドであって、該終結ポリヌクレオチド配列が、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）を含む、ポリヌクレオチドを備え、ここで該終結ポリヌクレオチド配列が、ＤＮＡポリメラーゼによるテンプレートのＤＮＡ複製の停止をもたらす、キット。
【請求項５２】
請求項５１に記載のキットであって、前記ＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、キット。
【請求項５３】
請求項５２に記載のキットであって、前記５’ＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に隣接している、キット。
【請求項５４】
請求項５１に記載のキットであって、プロプロモーターを含むポリヌクレオチドをさらに備える、キット。
【請求項５５】
請求項５４に記載のキットであって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドがＴＳＯである、キット。
【請求項５６】
請求項５４に記載のキットであって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドがＰＴＯである、キット。
【請求項５７】
請求項５１に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素をさらに備える、キット。
【請求項５８】
請求項５７に記載のキットであって、前記酵素がＲＮアーゼＨである、キット。
【請求項５９】
請求項２４または２６に記載の方法であって、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
【請求項６０】
請求項５９に記載の方法であって、前記ＴＳＯが、前記テンプレートにハイブリダイズする領域における改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯが、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
【請求項６１】
請求項２４また２６に記載の方法であって、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドは、ブロッキング配列である、方法。
【請求項６２】
請求項６１に記載の方法であって、前記ブロッキング配列は、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ブロッキング配列が、該改変を含まないブロッキング配列と比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
【請求項６３】
請求項２３、２４、２５または２６に記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素は、ＲＮアーゼＨである、方法。
【請求項６４】
請求項２５または２６に記載の方法であって、前記プロプロモーター配列および置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドは、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
【請求項６５】
請求項２５または２６に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、二本鎖プロモーターを生成し、該二本鎖プロモーターから転写が行われる、方法。
【請求項６６】
請求項６５に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、方法。
【請求項６７】
請求項２４または２６に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）がどちらの順序でも実施される、方法。
【請求項６８】
請求項２４または２６に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）が同時に実施される、方法。
【請求項６９】
請求項２３、２４、２５または２６に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
【請求項７０】
請求項２３、２４、２５または２６に記載の方法であって、工程（ａ）が工程（ｃ）の前に実施される、方法。
【請求項７１】
請求項２４または２６に記載の方法であって、工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
【請求項７２】
請求項２４または２６に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｂ）が工程（ｃ）の前に実施される、方法。
【請求項７３】
請求項２３、２４、２５または２６に記載の方法であって、前記産物を分析する工程を除く全ての工程が、同時に実施される、方法。
【請求項７４】
請求項２９に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、方法。
【請求項７５】
請求項７４に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分が、３’ＤＮＡ部分に隣接している、方法。
【請求項７６】
請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、該終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
【請求項７７】
請求項７６に記載の方法であって、前記ＴＳＯが、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯが、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
【請求項７８】
請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、該終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、ブロッキング配列である、方法。
【請求項７９】
請求項７８に記載の方法であって、前記ブロッキング配列が、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ブロッキング配列が、該改変を含まないブロッキング配列と比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
【請求項８０】
請求項２９に記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
【請求項８１】
請求項３または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、該プロプロモーターおよび前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
【請求項８２】
請求項３または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、該プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、二本鎖プロモーターを生成し、該二本鎖プロモーターから転写が行われる、方法。
【請求項８３】
請求項８２に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、方法。
【請求項８４】
請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）がどちらの順序でも実施される、方法。
【請求項８５】
請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が同時に実施される、方法。
【請求項８６】
請求項２９に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
【請求項８７】
請求項２９に記載の方法であって、工程（ａ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
【請求項８８】
請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
【請求項８９】
請求項２または４に従属する場合の請求項２９に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
【請求項９０】
請求項２９に記載の方法であって、前記増幅産物を比較する工程を除く全ての工程が、同時に実施される、方法。
【請求項９１】
請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
【請求項９２】
請求項９１に記載の方法であって、前記ＴＳＯが、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯが、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
【請求項９３】
請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、ブロッキング配列である、方法。
【請求項９４】
請求項９３に記載の方法であって、前記ブロッキング配列が、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ブロッキング配列が、該改変を含まないブロッキング配列と比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
【請求項９５】
請求項３３に記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
【請求項９６】
請求項３または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、
ここで、前記プロプロモーターおよび前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
【請求項９７】
請求項３または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、二本鎖プロモーターを生成し、該二本鎖プロモーターから転写が行われる、方法。
【請求項９８】
請求項９７に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、方法。
【請求項９９】
請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）がどちらの順序でも実施される、方法。
【請求項１００】
請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が同時に実施される、方法。
【請求項１０１】
請求項３３に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
【請求項１０２】
請求項３３に記載の方法であって、工程（ａ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
【請求項１０３】
請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
【請求項１０４】
請求項２または４に従属する場合の請求項３３に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
【請求項１０５】
請求項３３に記載の方法であって、前記増幅産物を分析する工程を除く全ての工程が、同時に実施される、方法。
【請求項１０６】
請求項３３に記載の方法であって、前記変異が、塩基置換、塩基挿入、塩基欠失、および単一ヌクレオチド多型からなる群より選択される、方法。
【請求項１０７】
請求項３３に記載の方法であって、前記増幅産物を分析する工程が、ゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動、および配列依存性二次構造を認識するヌクレアーゼを使用する増幅産物の切断からなる群より選択される方法を含む、方法。
【請求項１０８】
請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
【請求項１０９】
請求項１０８に記載の方法であって、前記ＴＳＯが、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯが、該改変を含まないＴＳＯと比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
【請求項１１０】
請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、ブロッキング配列である、方法。
【請求項１１１】
請求項１１０に記載の方法であって、前記ブロッキング配列が、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ブロッキング配列が、該改変を含まないブロッキング配列と比較した場合に、より緊密に該領域に結合する、方法。
【請求項１１２】
請求項３６に記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
【請求項１１３】
請求項３または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、前記プロプロモーターおよび前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
【請求項１１４】
請求項３または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、二本鎖プロモーターを生成し、該二本鎖プロモーターから転写が行われる、方法。
【請求項１１５】
請求項１１４に記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、プロプロモーターテンプレートオリゴヌクレオチド（ＰＴＯ）である、方法。
【請求項１１６】
請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）がどちらの順序でも実施される、方法。
【請求項１１７】
請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が同時に実施される、方法。
【請求項１１８】
請求項３６に記載の方法であって、工程（ａ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
【請求項１１９】
請求項３６に記載の方法であって、工程（ａ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
【請求項１２０】
請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が同時に実施される、方法。
【請求項１２１】
請求項２または４に従属する場合の請求項３６に記載の方法であって、ここで、工程（ａ）および（ｂ）が、工程（ｃ）の前に実施される、方法。
【請求項１２２】
請求項３６に記載の方法であって、前記増幅産物を付着する工程を除く全ての工程が、同時に行われる、方法。
【請求項１２３】
請求項１〜４、２３〜２６、２９、３３および３６のいずれか１項に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、５〜２０ヌクレオチドからなる、方法。
【請求項１２４】
請求項１２３に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、１０〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなる、方法。
【請求項１２５】
請求項３７または４２に記載の組成物であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、５〜２０ヌクレオチドからなる、組成物。
【請求項１２６】
請求項１２５に記載の組成物であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、１０〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなる、組成物。
【請求項１２７】
請求項４４に記載の反応混合物であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、５〜２０ヌクレオチドからなる、反応混合物。
【請求項１２８】
請求項１２７に記載の反応混合物であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、１０〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなる、反応混合物。
【請求項１２９】
請求項５１に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、５〜２０ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１３０】
請求項１２９に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、１０〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１３１】
標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列を増幅するための方法であって、該方法は、
（ａ）以下の（ｉ）および（ｉｉ）を含む複合体：
（ｉ）該標的配列を含むＤＮＡテンプレート；
（ｉｉ）ＤＮＡポリメラーゼを用いて、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む複合プライマーを伸長することにより生成した、複合プライマー伸長産物であって、ここで、該複合プライマー伸長産物は、該ＤＮＡテンプレートにハイブリダイズする、複合プライマー伸長産物、
を提供する工程；
（ｂ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素を用いて、該複合プライマー伸長産物のＲＮＡ部分を切断して、別の複合プライマーが該ＤＮＡテンプレートにハイブリダイズするようにする工程；
（ｃ）ＤＮＡポリメラーゼを用いて、鎖置換によるプライマー伸長を反復する工程；
（ｄ）工程（ｂ）および（ｃ）を繰り返して、それにより該標的配列の相補的配列の複数のコピーが生成される工程、
を包含する、方法。
【請求項１３２】
請求項１３１に記載の方法であって、前記複合体が、前記テンプレートの領域にハイブリダイズした終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドをさらに含み、該テンプレートは、該複合プライマーの該テンプレートへのハイブリダイゼーションに対して５’側にある、方法。
【請求項１３３】
標的ポリヌクレオチド配列を増幅するための方法であって、該方法は、請求項１３２に記載の方法を実施する工程を包含し、さらに
（ｅ）プロプロモーターおよび前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドを、ＲＮＡポリメラーゼにより転写が生じる条件下で、前記置換されたプライマー伸長産物とハイブリダイズさせて、該置換されたプライマー伸長産物と相補的な配列を含むＲＮＡ転写物が生成されるようにし、それにより該標的配列の複数のコピーが生成される、工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項１３４】
標的ポリヌクレオチド配列を配列決定する方法であって、該方法は、請求項１３１または１３２に記載の方法を実施する工程を包含し、前記プライマー伸長は、ＤＮＡポリメラーゼおよびｄＮＴＰとｄＮＴＰアナログとの混合物を用いて、終結部位へと該複合プライマーを伸長させて、プライマー伸長がｄＮＴＰアナログの取り込みの際に終結するようにする工程であって、それにより該標的配列の相補的配列の種々の長さの複数のコピーが生成される、工程；
該方法の産物を分析して、配列を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１３５】
標的ヌクレオチド配列を配列決定する方法であって、該方法は、請求項１３２に記載の方法を実施する工程を包含し、さらに
（ｅ）プロプロモーターと前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域とを含むポリヌクレオチドを、ｒＮＴＰとｒＮＴＰアナログとの混合物を使用して、ＲＮＡポリメラーゼにより伸長産物から転写が生じるような条件下で、該置換されたプライマー伸長産物とハイブリダイズさせ、該置換されたプライマー伸長産物と相補的な配列を含むＲＮＡ転写物が生成されるようにし、該転写がｒＮＴＰアナログの取り込みの際に終結するようにする工程であって、それにより該標的配列の種々の長さの複数のコピーが生成される、工程；
（ｆ）工程（ａ）〜（ｅ）の産物を分析して、配列を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１３６】
請求項１３１〜１３５のいずれかに記載の方法であって、前記複合プライマーが、３’ＤＮＡ部分に隣接した５’ＲＮＡ部分を含む、方法。
【請求項１３７】
請求項１３１〜１３６のいずれかに記載の方法であって、複数の複合プライマーが使用される、方法。
【請求項１３８】
請求項１３２〜１３７のいずれかに記載の方法であって、前記終結ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）またはブロッキング配列である、方法。
【請求項１３９】
請求項１３８に記載の方法であって、前記ＴＳＯまたはブロッキング配列が、前記テンプレートにハイブリダイズする領域において改変を含み、所定のセットの条件下で、該ＴＳＯまたは該ブロッキング配列が、該改変を含まないＴＳＯまたはブロッキング配列にそれぞれ比較した場合に、該領域により緊密に結合する、方法。
【請求項１４０】
請求項１３１〜１３９のいずれかに記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
【請求項１４１】
請求項１３３または１３５〜１４０のいずれかに記載の方法であって、プロプロモーターおよび前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を含むポリヌクレオチドが、テンプレートスイッチオリゴヌクレオチド（ＴＳＯ）である、方法。
【請求項１４２】
請求項１３３または１３５〜１４１のいずれかに記載の方法であって、前記プロプロモーターを含むポリヌクレオチドが、前記置換されたプライマー伸長産物にハイブリダイズする領域を３’末端に含み、それにより置換されたプライマー伸長産物のＤＮＡポリメラーゼ伸長が、転写が生じる二本鎖プロモーターを生成する、方法。
【請求項１４３】
請求項１３１〜１４２のいずれかに記載の方法であって、複合プライマーが、５〜２０ヌクレオチドの５’ＲＮＡ部分および５〜１５ヌクレオチドの３’ＤＮＡ部分を含む、方法。
【請求項１４４】
請求項１４３に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分が１０〜１５ヌクレオチドであり、そして前記３’ＤＮＡ部分が７〜１２ヌクレオチドである、方法。
【請求項１４５】
標的配列中の目的に配列を特徴付ける方法であって、該方法は、
（ｉ）請求項１３１〜１３３、１３６〜１４０、１４３または１４４のいずれかに記載の方法により、目的の配列を含むテンプレートポリヌクレオチドを増幅する工程であって、該複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が既知である、工程；ならびに
（ｉｉ）存在するのであれば、工程（ｉ）からの増幅産物を、参照テンプレートからの増幅産物の量と比較する工程であって、
（ａ）該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な領域を含む該参照テンプレートからの増幅産物の量と比較して検出可能に少ない、前記テンプレートからの増幅産物の生成は、該標的ポリヌクレオチドが、該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列を含まず、かつ該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列に対する配列改変体であることを示すか；または
（ｂ）該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な領域を含まない該参照テンプレートからの増幅産物の量と比較して検出可能に多い、該テンプレートからの増幅産物の生成は、該標的ポリヌクレオチドが、該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列を含み、かつ該複合プライマーのＲＮＡ部分と相補的な配列に対する配列改変体ではないことを示す、工程、
を包含する、方法。
【請求項１４６】
請求項１４５に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が、野生型配列と相補的な配列を含み、前記目的の配列が野生型の存在もしくは非存在を決定することにおいて特徴付けられるか；または複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が変異配列と相補的な配列を含み、前記目的の配列が該変異配列の存在もしくは非存在を決定することにおいて特徴付けられるか；または前記複合プライマーのＲＮＡ部分の配列が、対立遺伝子配列と相補的な配列を含み、前記目的の配列が該対立遺伝子配列の存在もしくは非存在を決定することにおいて特徴付けられる、方法。
【請求項１４７】
一本鎖高次構造多型により標的ポリヌクレオチドにおける変異を検出する方法であって、該方法は、（ａ）請求項１３１〜１３３、請求項１３６〜１４０、または請求項１４３もしくは１４４のいずれか１項に記載の方法を行う工程；および（ｂ）一本鎖高次構造について、該方法の増幅産物を分析する工程を包含し、参照一本鎖ポリヌクレオチドと比較した場合の高次構造における差異が、該標的ポリヌクレオチドにおける変異を示す、方法。
【請求項１４８】
マイクロアレイを作製する方法であって、該方法は、（ａ）請求項１３１〜１３３、請求項１３６〜１４０、または請求項１４３もしくは１４４のいずれか１項に記載の増幅方法を行う工程；および（ｂ）該増幅産物のマイクロアレイを作製するために固体基材上に該増幅産物を付着させる工程、を包含する、方法。
【請求項１４９】
請求項３６に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、方法。
【請求項１５０】
請求項１４９に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分は、３’ＤＮＡ部分に隣接している、方法。
【請求項１５１】
標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列を増幅する方法であって、該方法は、反応混合物をインキュベートする工程を包含し、該反応混合物は、以下：
（ａ）ＤＮＡテンプレート鎖；
（ｂ）該一本鎖ＤＮＡテンプレートにハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
（ｃ）ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ；ならびに
（ｄ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
を含み、
ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、および該ＲＮＡが切断され、複合プライマーが一本鎖ＤＮＡテンプレートに結合して、伸長した場合に、該プライマー伸長産物の該一本鎖ＤＮＡテンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより該標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列の複数のコピーが生成される、
方法。
【請求項１５２】
標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列を増幅するための方法であって、該方法は、反応混合物をインキュベートする工程を包含し、該反応混合物は、以下：
（ａ）以下の（ｉ）および（ｉｉ）を含む複合体：
（ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
（ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
（ｂ）ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ；および
（ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
を含み、
ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、および該ＲＮＡが切断され、複合プライマーがＤＮＡテンプレートに結合して、伸長した場合に、該プライマー伸長産物の該ＤＮＡテンプレート鎖からの置換を可能にする条件下で行われ、それにより該標的ポリヌクレオチド配列と相補的なポリヌクレオチド配列の複数のコピーが生成される、
方法。
【請求項１５３】
請求項１５１または１５２に記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分の５’側にある、方法。
【請求項１５４】
請求項１５３に記載の方法であって、前記５’ＲＮＡ部分が、３’ＤＮＡ部分に隣接している、方法。
【請求項１５５】
請求項１５１〜１５４のいずれかに記載の方法であって、複数の複合プライマーが使用される、方法。
【請求項１５６】
請求項１５１〜１５５のいずれかに記載の方法であって、前記ＲＮＡを切断する酵素が、ＲＮアーゼＨである、方法。
【請求項１５７】
請求項１５１〜１５６のいずれかに記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、５〜２０ヌクレオチドからなる、方法。
【請求項１５８】
請求項１５１〜１５６のいずれかに記載の方法であって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分は、１０〜２０ヌクレオチドからなり、該複合プライマーのＤＮＡ部分は、７〜２０ヌクレオチドからなる、方法。
【請求項１５９】
ポリヌクレオチド配列を増幅するためのキットであって、該キットは、複合プライマーを含み、ここで、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含み、該複合プライマーのＲＮＡ部分は、該３’ＤＮＡ部分に対して５’側にあり、該５’ＲＮＡ部分は、該３’ＤＮＡ部分に隣接し、そして、該複合プライマーのＲＮＡ部分が、５〜２０ヌクレオチドからなり、そして該複合プライマーのＤＮＡ部分が、３〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１６０】
請求項１５９に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、７〜２０ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１６１】
請求項１５９に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、７〜１８ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１６２】
請求項１５９〜１６１のいずれかに記載のキットであって、前記複合プライマーのＤＮＡ部分が、５〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１６３】
請求項１５９〜１６１のいずれかに記載のキットであって、前記複合プライマーのＤＮＡ部分が、７〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１６４】
請求項１５９に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素をさらに含む、キット。
【請求項１６５】
請求項１６４に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する前記酵素が、ＲＮアーゼＨである、キット。
【請求項１６６】
請求項１６５に記載のキットであって、ＤＮＡポリメラーゼをさらに含む、キット。
【請求項１６７】
ポリヌクレオチド配列を増幅するためのキットであって、該キットは、複合プライマーを含み、ここで、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含み、そして、該複合プライマーのＲＮＡ部分は、５〜３０ヌクレオチドからなり、そして該複合プライマーのＤＮＡ部分は、３〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１６８】
ポリヌクレオチド配列を増幅するためのキットであって、該キットは、複合プライマーを含み、ここで、該複合プライマーが、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含み、そしてここで、該複合プライマーのＲＮＡ部分が、３〜２５ヌクレオチドからなり、そして該複合プライマーのＤＮＡ部分が、３〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１６９】
請求項１６８に記載のキットであって、前記５’ＲＮＡ分が、前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、キット。
【請求項１７０】
請求項１６８に記載のキットであって、前記複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡ部分からなる、キット。
【請求項１７１】
請求項１６８に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、７〜２０ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１７２】
請求項１６８に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、７〜１８ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１７３】
請求項１７２に記載のキットであって、前記複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡ部分からなる、キット。
【請求項１７４】
請求項１６８に記載のキットであって、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、１０〜２０ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１７５】
請求項１７４に記載のキットであって、前記５’ＲＮＡ分が、前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、キット。
【請求項１７６】
請求項１６８〜１７５のいずれかに記載のキットであって、前記複合プライマーのＤＮＡ部分が、５〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１７７】
請求項１６８〜１７５のいずれかに記載のキットであって、前記複合プライマーのＤＮＡ部分が、７〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１７８】
請求項１６８に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素をさらに含む、キット。
【請求項１７９】
請求項１７８に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する前記酵素が、ＲＮアーゼＨである、キット。
【請求項１８０】
請求項１７８に記載のキットであって、ＤＮＡポリメラーゼをさらに含む、キット。
【請求項１８１】
ポリヌクレオチド配列を増幅するためのキットであって、該キットは、複合プライマーと、ＤＮＡポリメラーゼと、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素とを含み、ここで、該複合プライマーが、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含み、ここで、該複合プライマーのＲＮＡ部分が、１０〜２０ヌクレオチドからなり、そして該複合プライマーのＤＮＡ部分が、７〜１２ヌクレオチドからなる、キット。
【請求項１８２】
請求項１８１に記載のキットであって、前記５’ＲＮＡ分が、前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、キット。
【請求項１８３】
請求項１８１に記載のキットであって、前記複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡ部分からなる、キット。
【請求項１８４】
請求項１８２に記載のキットであって、前記複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡ部分からなる、キット。
【請求項１８５】
請求項１８１に記載のキットであって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する前記酵素が、ＲＮアーゼＨである、キット。
【請求項１８６】
請求項１５９に記載のキットであって、前記複合プライマーが、前記５’ＲＮＡ部分および前記３’ＤＮＡ部分からなる、キット。
【請求項１８７】
請求項１５９に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
（ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
（ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
（ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
（ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
（ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
を含み、
ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
キット。
【請求項１８８】
請求項１６７に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
（ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
（ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
（ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
（ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
（ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
を含み、
ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
キット。
【請求項１８９】
請求項１６８に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
（ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
（ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
（ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
（ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
（ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
を含み、
ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
キット。
【請求項１９０】
請求項１６９に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
（ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
（ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
（ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
（ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
（ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
を含み、
ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
キット。
【請求項１９１】
請求項１８１に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
（ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
（ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
（ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
（ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
（ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
を含み、
ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
キット。
【請求項１９２】
請求項１８２に記載のキットであって、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書をさらに含み、該反応混合物が、以下：
（ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
（ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
（ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、５’ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
（ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
（ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
を含み、
ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
キット。
【請求項１９３】
請求項１、３、５、６、２３、２５、２７〜２９、３３〜３６、１３１、１３３、１３４、１３６、または１４５〜１５４のいずれか一項に記載の方法であって、ここで、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、３〜２５ヌクレオチドからなり、そして該複合プライマーのＤＮＡ部分が、３〜１５ヌクレオチドからなる、方法。
【請求項１９４】
ポリヌクレオチド配列を増幅するためのキットであって、該キットは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む複合プライマーと、反応混合物をインキュベートする工程を包含する方法を実行するための一組の指示書とを含み、該反応混合物は、以下：
（ａ）以下の（ｉ）と（ｉｉ）とを含む複合体：
（ｉ）ＤＮＡテンプレート鎖、
（ｉｉ）該ＤＮＡテンプレート鎖にハイブリダイズ可能な複合プライマーであって、該複合プライマーは、ＲＮＡ部分および３’ＤＮＡ部分を含む、複合プライマー；
（ｂ）ＤＮＡポリメラーゼ；および
（ｃ）ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドからＲＮＡを切断する酵素、
を含み、
ここで、該インキュベーションは、プライマーハイブリダイゼーション、プライマー伸長、ＲＮＡ切断、およびＲＮＡが該プライマー伸長産物から切断された場合の該プライマー伸長産物の該テンプレートからの置換を可能にする条件下で行われ、それにより別の複合プライマーがハイブリダイズし、そして鎖置換によるプライマー伸長を繰り返す、
キット。
【請求項１９５】
請求項１９４に記載のキットであって、ここで、前記複合プライマーのＲＮＡ部分が、前記３’ＤＮＡ部分に対して５’側にある、キット。
【請求項１９６】
請求項１９５に記載のキットであって、前記５’ＲＮＡ部分が前記３’ＤＮＡ部分に隣接する、キット。