【手続補正書】
【提出日】平成17年6月3日(2005.6.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
感染症起炎菌遺伝子を検出するための感染症起炎菌検出用プローブセットであって、
SEQ ID No.1〜14の塩基配列及びその相補配列を含む第1群と、SEQ ID No.15〜24の塩基配列及びその相補配列を含む第2群と、SEQIDNo.25〜36の塩基配列及びその相補配列を含む第3群と、SEQ ID No.37〜47の塩基配列及びその相補配列を含む第4群と、SEQ IDNo.48〜57の塩基配列及びその相補配列を含む第5群と、SEQID No.58〜68の塩基配列及びその相補配列を含む第6群と、SEQ ID No.69〜77の塩基配列及びその相補配列を含む第7群と、SEQID No.78〜85の塩基配列及びその相補配列を含む第8群と、SEQID No.86〜97の塩基配列及びその相補配列を含む第9群と、SEQ IDNo.98〜106の塩基配列及びその相補配列を含む第10群より選択された複数群の各々から選択された塩基配列を有するオリゴヌクレオチドで形成される複数種類のプローブを含むことを特徴とする感染症起炎菌検出用プローブセット。
【請求項２】
請求項１に記載の感染症起炎菌検出用プローブセットに含まれるプローブが化学的に固定されている担体。
【請求項３】
請求項２に記載の担体を用いて感染症起炎菌遺伝子を検出する遺伝子検査方法。
【請求項４】
SEQ ID No.1〜14の塩基配列及びその相補配列のうちのいずれかを有するオリゴヌクレオチドから成ることを特徴とする黄色ブドウ球菌由来の遺伝子を検出可能な感染症検出用プローブ。
【請求項５】
SEQ ID No.15〜24の塩基配列及びその相補配列のうちのいずれかを有するオリゴヌクレオチドから成ることを特徴とする表皮ブドウ球菌由来の遺伝子を検出可能な感染症検出用プローブ。
【請求項６】
SEQ ID No.25〜36の塩基配列及びその相補配列のうちのいずれかを有するオリゴヌクレオチドから成る、大腸菌由来の遺伝子を検出可能な感染症検出用プローブ。
【請求項７】
SEQ ID No.37〜47の塩基配列及びその相補配列のうちのいずれかを有するオリゴヌクレオチドから成ることを特徴とする肺炎桿菌由来の遺伝子を検出可能な感染症検出用プローブ。
【請求項８】
SEQ ID No.48〜57の塩基配列及びその相補配列のうちのいずれかを有するオリゴヌクレオチドから成ることを特徴とする緑膿菌由来の遺伝子を検出可能な感染症検出用プローブ。
【請求項９】
SEQ ID No.58〜68の塩基配列及びその相補配列のうちのいずれかを有するオリゴヌクレオチドから成ることを特徴とするセラチア菌由来の遺伝子を検出可能な感染症検出用プローブ。
【請求項１０】
SEQ ID No.69〜77の塩基配列及びその相補配列のうちのいずれかを有するオリゴヌクレオチドから成ることを特徴とする肺炎連鎖球菌由来の遺伝子を検出可能な感染症検出用プローブ。
【請求項１１】
SEQ ID No.78〜85の塩基配列及びその相補配列のうちのいずれかを有するオリゴヌクレオチドから成ることを特徴とするインフルエンザ菌由来の遺伝子を検出可能な感染症検出用プローブ。
【請求項１２】
SEQ ID No.86〜97の塩基配列及びその相補配列のうちのいずれかを有するオリゴヌクレオチドから成ることを特徴とするエンテロバクタークロアカエ菌由来の遺伝子を検出可能な感染症検出用プローブ。
【請求項１３】
SEQ ID No.98〜106の塩基配列及びその相補配列のうちのいずれかを有するオリゴヌクレオチドから成ることを特徴とするエンテロコッカウフェカリス菌由来の遺伝子を検出可能な感染症検出用プローブ。
【請求項１４】
感染症起炎菌遺伝子を検出するためのプローブセットであって、下記（i）〜（x）から選ばれる少なくとも２つの各々から選ばれるプローブを含んでいることを特徴とするプローブセット：
（i）SEQ ID No.1〜14の塩基配列及びその相補配列の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブ、
（ii）SEQ ID No.15〜24の塩基配列及びその相補鎖の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブ、
（iii）SEQ ID No.25〜36の塩基配列及びその相補鎖の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブ、
（iv）SEQ ID No.37〜47の塩基配列及びその相補鎖の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブ、
（v）SEQ ID No.48〜57の塩基配列及びその相補鎖の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブ、
（vi）SEQ ID No.58〜68の塩基配列及びその相補鎖の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブ、
（vii）SEQ ID No.69〜77の塩基配列及びその相補鎖の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブ、
（viii）SEQ ID No.78〜85の塩基配列及びその相補鎖の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブ、
（ix）SEQ ID No.86〜97の塩基配列及びその相補鎖の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブ、
（x）SEQ ID No.98〜106の塩基配列及びその相補鎖の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするプローブ。
【請求項１５】
請求項１４に記載のプローブセットに含まれる感染症検出用プローブが化学的に固定されていることを特徴とする担体。
【請求項１６】
請求項１５に記載の担体を用いて感染症起炎菌遺伝子を検出することを特徴とする遺伝子検査方法。
【請求項１７】
SEQ ID No.1〜14の塩基配列及びその相補配列の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とする黄色ブドウ球菌由来の遺伝子検出用のプローブ。
【請求項１８】
SEQ ID No.15〜24の塩基配列及びその相補配列の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とする表皮ブドウ球菌由来の遺伝子検出用のプローブ。
【請求項１９】
SEQ ID No.25〜36の塩基配列及びその相補配列の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とする大腸菌由来の遺伝子検出用のプローブ。
【請求項２０】
SEQ ID No.37〜47の塩基配列及びその相補配列の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とする肺炎桿菌由来の遺伝子検出用のプローブ。
【請求項２１】
SEQ ID No.48〜57の塩基配列及びその相補配列の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とする緑膿菌由来の遺伝子検出用のプローブ。
【請求項２２】
SEQ ID No.58〜68の塩基配列及びその相補配列の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とするセラチア菌由来の遺伝子検出用のプローブ。
【請求項２３】
SEQ ID No.69〜77の塩基配列及びその相補配列の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とする肺炎連鎖球菌由来の遺伝子検出用のプローブ。
【請求項２４】
SEQ ID No.78〜85の塩基配列及びその相補配列の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とするインフルエンザ菌由来の遺伝子検出用のプローブ。
【請求項２５】
SEQ ID No.86〜97の塩基配列及びその相補配列の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とするエンテロバクタークロアカエ菌由来の遺伝子検出用のプローブ。
【請求項２６】
SEQ ID No.98〜106の塩基配列及びその相補配列の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とするエンテロコッカスフェーカリス菌由来の遺伝子検出用のプローブ。
【請求項２７】
感染症起炎菌の16s rRNA遺伝子配列をＰＣＲ増幅させるのに用いられるプライマーであって、
SEQ ID No.73〜78の塩基配列のいずれかを有するオリゴヌクレオチドからなることを特徴とする感染症起炎菌増幅反応用プライマー。
【請求項２８】
ヒトゲノムDNAの塩基配列と３塩基以上配列が異なることを特徴とする請求項２７に記載の感染症起炎菌増幅反応用プライマー。
【請求項２９】
感染症起炎菌の16s rRNA遺伝子配列をＰＣＲ増幅させるのに用いられるプライマーセットであって、
SEQ ID No.107〜109の塩基配列のうちの少なくとも一つ以上と、SEQ ID No.110〜112の塩基配列のうちの少なくとも一つ以上の複数の塩基配列の各々を有するオリゴヌクレオチドからなる複数のプライマーを含むことを特徴とする感染症起炎菌増幅反応用プライマーセット。
【請求項３０】
ヒト血液検体に対して、該プライマーセットのうちの全てを同時に用いて、PCR反応させることを特徴とする請求項２９記載の感染症起炎菌増幅反応用プライマーセット。
【請求項３１】
請求項２９に記載の感染症起炎菌増幅反応用プライマーセットを用いてＰＣＲ増幅処理を行なってＤＮＡプローブによる感染症起炎菌の検出を行なうことを特徴とする感染症起炎菌検出方法。
【請求項３２】
感染症起炎菌の16s rRNA遺伝子配列をＰＣＲ増幅させるのに用いられるプライマーであって、SEQ ID No.73〜78の何れかに対して相補的な配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とする感染症起炎菌増幅反応用プライマー。
【請求項３３】
感染症起炎菌遺伝子を検出するための感染症起炎菌検出用プローブセットであって、
SEQ ID No.1〜9の塩基配列及びその相補配列を含む第1群と、SEQ ID No.15〜21の塩基配列及びその相補配列を含む第2群と、SEQIDNo.25〜31の塩基配列及びその相補配列を含む第3群と、SEQ ID No.37〜42の塩基配列及びその相補配列を含む第4群と、SEQ IDNo.48〜55の塩基配列及びその相補配列を含む第5群と、SEQID No.58〜62の塩基配列及びその相補配列を含む第6群と、SEQ ID No.69〜75の塩基配列及びその相補配列を含む第7群と、SEQID No.78〜84の塩基配列及びその相補配列を含む第8群と、SEQID No.86〜92の塩基配列及びその相補配列を含む第9群と、SEQ IDNo.98〜105の塩基配列及びその相補配列を含む第10群より選択された複数群の各々から選択された塩基配列を有するオリゴヌクレオチドで形成される複数種類のプローブを含むことを特徴とする感染症起炎菌検出用プローブセット。