【手続補正書】
【提出日】平成17年1月24日(2005.1.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個々の細胞のコレクションを含んで成るライブラリーであって、当該細胞が
細胞1、細胞2・・・・、細胞i（ここで、i≧2である）で表され、
各細胞が発現可能なヌクレオチド配列を含んで成り、
前記発現可能なヌクレオチド配列が、
a）個々のオリゴヌクレオチドカセットのコンカテマーであって、
以下の式：
[rs2-SP-PR-X-TR-SP-rs1]n
（ここで、
rs1とrs2は一緒に制限部位を表し、
SPは少なくとも２つの塩基のスペーサーを表し、
Xは発現可能なヌクレオチド配列を表し、
PRは、細胞内でXの発現を制御することができるプロモーターを表し、
TRはターミネーターを表し、そして
n≧2である）のヌクレオチド配列を含んで成るコンカテマー、あるいは
ｂ）一般式：
[PR-X]
（ここで、
Xは発現可能なヌクレオチド配列を表し、
そしてPRは、Xと作用可能に関連している、独立して制御可能なプロモーターを表す）を有する異種のオリゴヌクレオチドのランダムな組み合わせ、
ｃ）以下の式：
[rs2-SP-PR-X-TR-SP-rs1]
（ここで、
rs1とrs2は一緒に制限部位を表し、
SPは少なくとも２つの塩基のスペーサーを表し、
PRは、細胞内で機能することができるプロモーターを表し、
Xは発現可能なヌクレオチド配列を表し、
TRはターミネーターを表し、そして
前記細胞が少なくとも２つの発現カセットを含んで成り、当該発現カセットのうちの少なくとも１つが、前記細胞に対して異種の発現可能なヌクレオチド配列を含んでなる）のヌクレオチド配列を含んで成る発現カセット、
に含まれ、
そして、細胞１の少なくとも１つのコンカテマーあるいは独立して制御可能なプロモーター又は発現カセットが、細胞２のコンカテマーあるいは独立して制御可能なプロモーター又は発現カセットと異なる、ライブラリー。
【請求項２】
前記ライブラリーがサブライブラリーのコレクションを含んで成り、サブライブラリーが少なくとも１つ共通の表現型を有する個々の細胞のコレクションであり、当該少なくとも１つの表現型が、異例な基質上での増殖能、亜致死性濃度の毒上での増殖能、高温での増殖能、低温での増殖能、上昇した浸透圧での増殖能、低浸透圧での増殖能、高塩濃度での増殖能、低塩濃度での増殖能、上昇した金属濃度での増殖能、高CO2濃度での増殖能、低CO2濃度での増殖能、高O2濃度での増殖能、低O2濃度での増殖能、特別な分光特性を提供する能力、特別な色を提供する能力、逸脱しているGST活性を有する能力、逸脱しているP450活性を有する能力、を含んで成る群から選択される、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項３】
前記細胞が酵母細胞であり、前記酵母細胞が、出芽酵母, クルイベロマイセス・マリキシャヌス(Kluyveromyces marxianus), K.ラクチス(K. lactis), カンジダ・ウチリス(Candida utilis), ファフィア・ロドザイマ(Phaffia rhodozyma), サッカロマイセス・ボウラジイ(Saccharomyces boulardii), ピキア・パストリス(Pichia pastoris), ハンセヌラ・ポリモルファ(Hansenula polymorpha), ヤロウィア・リポリチカ(Yarrowia lipolytica), カンジダ・パラフィニカ(Candida paraffinica), シュワニオマイセス・カステリイ(Schwanniomyces castellii), ピキア・スチピチス(Pichia stipitis), カンジダ・シェハタエ(Candida shehatae), ロドトルラ・グルチニス(Rhodotorula glutinis), リポマイセス・リポフェル(Lipomyces lipofer), クリプトコッカス・クルバツス(Cryptococcos curvatus), カンジダ種(Candida spp)(例えば、C.パルミオレオフィリア(C. palmioleophila)), ヤロウィア・リポリチカ(Yarrowia lipolytica), カンジダ・ギリエルモンジイ(Candida guilliermondii), カンジダ属(Candida), ロドトルラ種(Rhodotorula spp), サッカロマイセス種(Saccharomycopsis spp), アウレオバシジウム・プルランス(Aureobasidium pullulans), カンジダ・ブルンプチイ(Candida brumptii), カンジダ・ハイドロカーボフマリカ(Candida hydrocarbofumarica), トルロプシス属(Torulopsis), カンジダ・トロピカリス(Candida tropicalis), サッカロマイセス・セレビシアエ(Saccharomyces cerevisiae),  ロドトルラ・ルブラ(Rhodotorula rubra), カンジダ・フラベリ(Candida flaveri), エレモテシウム・アシュビイ(Eremothecium ashbyii), ピキア種(Pichia spp.), ピキア・パストリス(Pichia pastoris), クルイベロマイセス属(Kluyveromyces), ハンセヌラ属(Hansenula), クロエケラ属(Kloeckera), ピキア属(Pichia), パチソレン種(Pachysolen spp.), 又はトルロプシス・ボンビコラ(Torulopsis bombicola)、あるいはそれらの変異体を含んで成る群から選択される、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項４】
実質的に全てのrs1-rs2配列が同一の制限酵素によって認識され、更に好ましくは実質的に全てのrs1-rs2配列が実質的に同一である、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項５】
１つの細胞内の少なくとも１つのカセットが、プロモーターと発現可能なヌクレオチド配列との間にイントロンを含んで成り、更に好ましくは実質的に全ての細胞内の実質的に全てのカセットが、プロモーターと発現可能なヌクレオチド配列との間にイントロンを含んで成る、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項６】
少なくとも２つの発現可能なヌクレオチド配列が異なる発現状態に由来し、当該異なる発現状態が、少なくとも２つの異なる組織、例えば少なくとも２つの器官、例えば少なくとも２つの種、例えば少なくとも２つの属を表す、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項７】
異種のオリゴヌクレオチド及び／又は発現カセットの少なくとも１つのコンカテマー及び／又はランダムな組み合わせが宿主ゲノム内に組み込まれる、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項８】
異種のオリゴヌクレオチド及び／又は発現カセットの少なくとも１つのコンカテマー及び／又はランダムな組み合わせが宿主ゲノムの人工染色体内に組み込まれる、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項９】
ランダムな組み合わせがプロモーターと異種の発現可能なヌクレオチド配列の2次元アレイから作られる、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項１０】
外部から制御可能なプロモーターを含んで成る、請求項１又は２に記載のライブラリー。
【請求項１１】
個々の細胞コレクションを含んで成るライブラリーを生成する方法であって：
i)一般式 [rs2-SP-PR-X-TR-SP-rs1]（ここで、rs1とrs2は一緒に制限部位を表し、SPは少なくとも２つの塩基のスペーサーを表し、Xは発現可能なヌクレオチド配列を表し、PRは、細胞内でXの発現を制御することができるプロモーターを表し、TRはターミネーターを表す）を有するヌクレオチドカセット群を提供し、そして
ii)当該カセットのランダムなサブセットを、少なくとも２つのカセットを含んで成るコンカテマー内に構築し、
iii)コンカテマーをベクター内にライゲーションし、
iv)ベクターを宿主細胞内に導入し、
v)第一細胞の少なくとも１つのコンカテマーが、第二細胞のカセットのランダムなサブセットと異なるカセットのランダムなサブセットを含んで成るように、少なくとも２つの細胞を混合する、
段階を含んで成る方法。
【請求項１２】
ベクターが人工染色体を含んで成る、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
個々の細胞コレクションを含んで成るライブラリーを生成する方法であって、
i) ５’→３’方向に、一般式：[RS1-RS2-SP-PR-CS-TR-SP-RS2-RS1']（ここで、RS1及びRS1'は制限部位を表し、RS2はRS1及びRS1'と異なる制限部位を表し、SPは少なくとも２つのヌクレオチドのスペーサーを表し、PRはプロモーターを表し、CSはクローニング部位を表し、そしてTRはターミネーターを表す）のヌクレオチド配列を含んで成るカセットを含んで成る少なくとも２つの一次ベクターのクローニング部位内に、少なくとも２つの発現可能なヌクレオチド配列を挿入し、
ii)RS1, RS１’, RS2及びRS2’に特異的な少なくとも１つの制限酵素を用いて当該カセットを切り出し、一般式[rs2-SP-PR-X-TR-SP-rs1]（ここで、rs1-rs2は一緒に制限部位を表し、そしてXは発現可能なヌクレオチド配列を表す）を有する発現カセットを獲得し、
iii)当該発現カセットをベクター内に挿入し、
iv)当該発現カセットを少なくとも２つの宿主細胞内に伝達し、そして
v)異なるカセットを有する少なくとも２つの宿主細胞を混合する、
段階を含んで成る方法。
【請求項１４】
個々の細胞コレクションを含んで成るライブラリーを生成する方法であって、
i)少なくとも１つの発現可能なヌクレオチド配列を提供し、
ii)少なくとも１つの発現可能なヌクレオチド配列を、宿主細胞内で機能することができる制御可能なプロモーターとライゲーションして、第一の発現コンストラクトを獲得し、
iii)少なくとも１つの発現可能なヌクレオチド配列を、宿主細胞内で機能することができる別の独立して制御可能なプロモーターとライゲーションして、第二の発現コンストラクトを獲得し、
iv)段階ii)及び段階iii)のコンストラクトを少なくとも２つの宿主細胞内に挿入し、
v)独立して制御可能なプロモーターと発現可能なヌクレオチド配列の異なる組み合わせを有する少なくとも２つの細胞を混合する、
段階を含んで成る方法。
【請求項１５】
請求項１１〜１４のいずれか１項に記載の方法によって得ることができる発現ライブラリー。