【手続補正書】
【提出日】平成16年12月15日(2004.12.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的核酸配列を核酸プローブに接触させる工程、環状核酸プローブを形成する工程、及び核酸プローブを増幅させる工程を含む環状核酸プローブを増幅する方法であって、
該核酸プローブが一本鎖であり、該増幅が回転環状増幅であり、該回転環状増幅が二またはそれ以上の異なる相補的プライマーを使用するものであり、該相補的プライマーが該核酸プローブに相補的であり、該相補的プライマーのそれぞれが他の相補的プライマーとではなく該核酸プローブの異なるプライマー領域と相補的塩基対を形成することにより該核酸プローブと相互作用するものである方法。
【請求項２】
該回転環状増幅が三以上の相補的プライマーを使用するものである、請求項１記載の方法。
【請求項３】
該回転環状増幅が該核酸プローブに相補的な核酸鎖を形成するものであり、該回転環状増幅が二又はそれ以上のセンスプライマーを使用するものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖に相補的なものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖の領域と相互作用するものである、請求項１記載の方法。
【請求項４】
該回転環状増幅が三以上のセンスプライマーを使用するものである、請求項３記載の方法。
【請求項５】
該回転環状増幅が該核酸プローブに相補的な核酸鎖を形成するものであり、該回転環状増幅が二又はそれ以上の異なるセンスプライマーを使用するものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖に相補的なものであり、該センスプライマーのそれぞれが他のセンスプライマーとではなく該核酸プローブに相補的な核酸鎖の異なる領域と相互作用するものである、請求項１記載の方法。
【請求項６】
標的核酸配列を核酸プローブと接触させる工程、環状核酸プローブを形成させる工程、及び該環状核酸プローブを増幅させる工程を含む環状核酸プローブを増幅する方法であって、
該核酸プローブが一本鎖であり、該増幅が回転環状増幅であり、該回転環状増幅が一種の相補的プライマーを使用するものであり、該相補的プライマーが該核酸プローブに相補的なものであり、該相補的プライマーの異なるコピーが、該相補的プライマーの他のコピーとではなく該核酸プローブの異なるプライマー領域と相補的塩基対を形成することにより相互作用するものである方法。
【請求項７】
該回転環状増幅が一又はそれ以上のセンスプライマーを使用するものであり、該回転環状増幅が該核酸プローブに相補的な核酸鎖を形成するものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖に相補的なものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖の領域と相互作用するものである、請求項６記載の方法。
【請求項８】
環状核酸プローブを回転環状増幅させる工程を含む、環状核酸プローブを増幅する方法であって、
該回転環状増幅が二又はそれ以上の別々の相補的プライマーを使用するものであり、該相補的プライマーが該核酸プローブに相補的なものであり、該相補的プライマーのそれぞれが、他の相補的プライマーとではなく該核酸プローブの異なるプライマー領域と相補的塩基対を形成することにより核酸プローブと相互作用するものである方法。
【請求項９】
該回転環状増幅が三以上の相補的プライマーを使用するものである、請求項８記載の方法。
【請求項１０】
該回転環状増幅が該核酸プローブに相補的な核酸鎖を形成するものであり、該回転環状増幅が二又はそれ以上のセンスプライマーを使用するものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖に相補的なものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖の領域と相互作用するものである、請求項８記載の方法。
【請求項１１】
回転環状増幅が三以上のセンスプライマーを使用するものである、請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
該回転環状増幅が該核酸プローブに相補的な核酸鎖を形成するものであり、該回転環状増幅が二又はそれ以上の別々のセンスプライマーを使用するものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖に相補的なものであり、該センスプライマーのそれぞれが、他のセンスプライマーとではなく該核酸プローブに相補的な核酸鎖の異なる領域と相互作用するものである、請求項８記載の方法。
【請求項１３】
該核酸プローブが一本鎖である、請求項８記載の方法。
【請求項１４】
該核酸プローブが二本鎖である、請求項８記載の方法。
【請求項１５】
該相補的プライマーが該核酸プローブの同一の鎖に相補的である、請求項８記載の方法。
【請求項１６】
該核酸プローブが複製起点を含むものである、請求項８記載の方法。
【請求項１７】
該核酸プローブがプロモーターを含むものである、請求項８記載の方法。
【請求項１８】
該核酸プローブがゲノム由来のものである、請求項８記載の方法。
【請求項１９】
該ゲノムがヒトゲノムである、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
該核酸プローブがヒト、ヒト以外の動物、植物、微生物、ウイルス、及びプリオンのヌクレオチド配列に由来するヌクレオチド配列から誘導されるものである、請求項８記載の方法。
【請求項２１】
ヒト以外の動物が、霊長類、家畜動物、研究試験動物、愛玩動物、鳥類、捕獲野生動物又は飼育動物である、請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
ヒト以外の動物が、ヒツジ、ウシ、ブタ、ヤギ、ウマ、ロバ、マウス、ラット、モルモット、ハムスター、ウサギ、イヌ、ネコ、ニワトリ、ガチョウ、アヒル、猟鳥、エミュー、ダチョウ、キツネ、カンガルー、ディンゴである、請求項２０記載の方法。
【請求項２３】
環状核酸プローブを回転環状増幅させる工程を含む、環状核酸プローブを増幅する方法であって、該回転環状増幅が一種の相補的プライマーを使用するものであり、該相補的プライマーが核酸プローブに相補的なものであり、該相補的プライマーの異なるコピーが、該相補的プライマーの他のコピーとではなく該核酸プローブの異なるプライマー領域と相補的塩基対を形成することにより相互作用するものである方法。
【請求項２４】
該回転環状増幅が一又はそれ以上のセンスプライマーを使用するものであり、該回転環状増幅が核酸プローブに相補的な核酸鎖を形成するものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖に相補的なものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖の領域と相互作用するものである、請求項２３記載の方法。
【請求項２５】
請求項２３記載の方法であって、該回転環状増幅が該核酸プローブに相補的な核酸鎖を形成するものであり、該回転環状増幅が二又はそれ以上の別々のセンスプライマーを使用するものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖に相補的なものであり、該センスプライマーのそれぞれが、他のセンスプライマーとではなく該核酸プローブに相補的な核酸鎖の異なる領域と相互作用するものである方法。
【請求項２６】
該核酸プローブが一本鎖である、請求項２３記載の方法。
【請求項２７】
該核酸プローブが二本鎖である、請求項２３記載の方法。
【請求項２８】
該核酸プローブの異なるプライマー領域が、該核酸プローブの同じ鎖の上にあるものである、請求項２３記載の方法。
【請求項２９】
該核酸プローブが複製起点を含むものである、請求項２３記載の方法。
【請求項３０】
該核酸プローブがプロモーターを含むものである、請求項２３記載の方法。
【請求項３１】
該核酸プローブがゲノム由来のものである、請求項２３記載の方法。
【請求項３２】
該ゲノムがヒトゲノムである、請求項２３記載の方法。
【請求項３３】
該核酸プローブがヒト、ヒト以外の動物、植物、微生物、ウイルス、及びプリオンのヌクレオチド配列に由来するヌクレオチド配列から誘導されるものである、請求項２３記載の方法。
【請求項３４】
ヒト以外の動物が、霊長類、家畜動物、研究試験動物、愛玩動物、鳥類、捕獲野生動物、又は飼育動物である、請求項３３記載の方法。
【請求項３５】
ヒト以外の動物が、ヒツジ、ウシ、ブタ、ヤギ、ウマ、ロバ、マウス、ラット、モルモット、ハムスター、ウサギ、イヌ、ネコ、ニワトリ、ガチョウ、アヒル、猟鳥、エミュー、ダチョウ、キツネ、カンガルー、ディンゴである、請求項３３記載の方法。
【請求項３６】
第一の標的核酸配列分子及び第二の標的核酸配列分子を第一の核酸プローブ及び第二の核酸プローブと接触させる工程であって、該核酸プローブがそれぞれ５’標的プローブ領域と３’標的プローブ領域を含むものであり、該第一核酸プローブの５’標的プローブ領域が第一標的核酸配列分子とハイブリダイズし、該第一核酸プローブの３’標的プローブ領域が第二標的核酸配列分子とハイブリダイズするものであり、該第二核酸プローブの３’標的プローブ領域が第一標的核酸配列分子とハイブリダイズし、該第二核酸プローブの５’標的プローブ領域が第二標的核酸配列分子とハイブリダイズするものであり、第一及び第二の標的核酸配列分子の標的核酸配列が別々のものである工程、及び、
第一及び第二核酸プローブを環状化することにより環状核酸プローブを形成する工程、を含む環状核酸プローブを形成する方法。
【請求項３７】
該環状核酸プローブを増幅する工程をさらに含む、請求項３６記載の方法。
【請求項３８】
該増幅が回転環状増幅である、請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
該回転環状増幅が一又はそれ以上の相補的プライマーを使用するものであり、該相補的プライマーが該核酸プローブに相補的なものであり、該回転環状増幅が一又はそれ以上のセンスプライマーを使用するものであり、該回転環状増幅が該核酸プローブに相補的な核酸鎖を形成するものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖に相補的なものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖の領域と相互作用するものである、請求項３８記載の方法。
【請求項４０】
標的核酸配列を核酸プローブと接触させる工程であって、該核酸プローブの両末端領域が標的配列と隣接しない二本鎖を形成するものである工程、
環状核酸プローブを形成する工程であって、捕捉リガンドが環状化の際両末端領域の間に介在する領域中に組み込まれ、該捕捉リガンドが核酸分子若しくはヌクレオチドを含んでおり、これに捕捉分子が連結、結合若しくは他の方法で結びつくものである工程、
該環状核酸プローブを豊富化する工程であって、該豊富化工程が捕捉リガンドを介して該環状核酸プローブを単離する工程を含むものである工程、及び
該豊富化された環状核酸プローブを増幅する工程、
を含む環状核酸プローブを増幅する方法。
【請求項４１】
該増幅が回転環状増幅である、請求項４０記載の方法。
【請求項４２】
該回転環状増幅が一又はそれ以上の相補的プライマーを使用するものであり、該相補的プライマーが該核酸プローブに相補的なものであり、該回転環状増幅が一又はそれ以上のセンスプライマーを使用するものであり、該回転環状増幅が核酸プローブに相補的な核酸鎖を形成するものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖に相補的なものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖の領域と相互作用するものである、請求項４１記載の方法。
【請求項４３】
該回転環状増幅が複数プライマー回転環状増幅である、請求項４１記載の方法。
【請求項４４】
該捕捉リガンドが認識配列を含むものである、請求項４０記載の方法。
【請求項４５】
該捕捉リガンドがビオチン化されたオリゴヌクレオチドを含むものである、請求項４０記載の方法。
【請求項４６】
該増幅が固相中で行われるものである、請求項４０記載の方法。
【請求項４７】
標的核酸配列を核酸プローブと接触させる工程であって、該核酸プローブの両末端領域が標的配列と隣接しない二本鎖を形成するものである工程、
環状核酸プローブを形成させる工程であって、捕捉分子が連結、結合若しくは他の方法で結び付く核酸分子若しくはヌクレオチドを含むものである捕捉リガンドが、環状化の際に両末端領域の間に介在する領域中に組み込まれる工程、
捕捉リガンドを介して環状核酸プローブを単離し、それにより環状核酸プローブを豊富化する工程
を含む、環状核酸プローブを豊富化する方法。
【請求項４８】
該捕捉リガンドが認識配列を含むものである、請求項４７記載の方法。
【請求項４９】
該捕捉リガンドがビオチン化されたオリゴヌクレオチドを含むものである、請求項４７記載の方法。
【請求項５０】
固相中で行われる請求項４７記載の方法。
【請求項５１】
標的核酸配列を核酸プローブと接触させる工程であって、該核酸プローブの両末端領域が隣接しない二本鎖を標的配列と形成するものである工程、
環状核酸プローブを形成させる工程であって、捕捉リガンドが環状化の際に両末端領域の間に介在する領域中に組み込まれ、この捕捉リガンドが核酸分子若しくはヌクレオチドを含むものでありこれに捕捉分子が連結、結合若しくは他の方法で結びつくものである工程、
該環状核酸プローブを豊富化する工程であって、該豊富化工程が捕捉リガンドを介して該環状核酸プローブを単離する工程を含むものである工程、及び
該豊富化された環状核酸プローブを増幅し、それにより標的配列を増幅し、増幅された標的配列における遺伝子変化を検出する工程
を含む、標的配列における遺伝子変化を検出する方法。
【請求項５２】
該増幅工程が回転環状増幅である、請求項５１記載の方法。
【請求項５３】
該回転環状増幅が一又はそれ以上の相補的プライマーを使用するものであり、該相補的プライマーが該核酸プローブに相補的なものであり、該回転環状増幅が一又はそれ以上のセンスプライマーを使用するものであり、該回転環状増幅が該核酸プローブに相補的な核酸鎖を形成するものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖に相補的なものであり、該センスプライマーが該核酸プローブに相補的な核酸鎖の領域と相互作用するものである、請求項５２記載の方法。
【請求項５４】
該回転環状増幅が複数プライマー回転環状増幅である、請求項５２記載の方法。
【請求項５５】
該捕捉リガンドが認識配列を含むものである、請求項５１記載の方法。
【請求項５６】
該捕捉リガンドがビオチン化されたオリゴヌクレオチドを含むものである、請求項５５記載の方法。
【請求項５７】
固相中で行われる請求項５１記載の方法。
【請求項５８】
該遺伝子変化が、遺伝子変化の存在により診断できる疾病状態に関連するものである、請求項５１記載の方法。