【手続補正書】
【提出日】平成14年5月27日(2002.5.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７６】
遺伝子の混合集団内で組み換えを使用する手法は、例えば、インターロイキンＩ、抗体、ｔＰＡ、および成長ホルモンのような任意の有用なタンパク質の作製に役立ち得る。この手法は、特異性または活性が変化したタンパク質を作製するために使用できる。この手法は、例えば、遺伝子のプロモーター領域、イントロン、エクソン、エンハンサー配列、３’非翻訳領域または５’非翻訳領域のような、ハイブリッド核酸配列の作製にも有用な可能性がある。したがって、この手法は発現率が上昇した遺伝子を作製するために使用できる。この手法は、ＤＮＡの繰り返し配列の研究にも有用である可能性がある。最後に、この手法はリボザイムまたはアプタマーを変異させるために役立つ可能性がある。


【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２２１】
合成ＣＤＲ配列の集合には、自然に存在するＣＤＲ配列ではないことが知られているメンバーが少なくとも１つ含まれる。Ｈ鎖ＣＤＲ中でＮ領域付加に対応するランダムまたは疑似ランダム配列を含めるか否かは、実施者の裁量である。Ｎ領域配列は、１ヌクレオチドから約４ヌクレオチドで、Ｖ−ＤおよびＤ−Ｊ接合部で発生する。合成Ｈ鎖ＣＤＲ配列は、少なくとも約１００のユニークなＣＤＲ配列、通常は少なくとも約１，０００のユニークなＣＤＲ配列、好ましくは少なくとも約１０，０００のユニークなＣＤＲ配列、しばしば５０，０００以上のユニークなＣＤＲ配列を含む；しかし、通常１×１０６以下のユニークなＣＤＲ配列がこの集合には含まれるが、特に、自然に存在するヒトＣＤＲでは保存的アミノ酸置換体が存在しないまたはまれな（すなわち０．１％未満）位置で、保存的アミノ酸置換が許可される場合には、時には１×１０７から１×１０８のユニークなＣＤＲ配列が存在する。一般に、ライブラリーに含まれるユニークなＣＤＲ配列の数は、ライブラリー中の期待される一次形質転換体の数の１０倍を超えないほうが良い。そのような一本鎖抗体は、一般に少なくとも１×１０ ｍ−１、好ましくは少なくとも５×１０７ Ｍ−１の親和性、より好ましくは少なくとも１×１０８ Ｍ−１から１×１０９ Ｍ−１またはそれ以上、時折最高１×１０１０ Ｍ−１またはそれ以上の親和性で結合する。しばしば、事前に決められた抗原はヒトタンパク質であり、例えばヒト細胞表面抗原（例えば、ＣＤ４、ＣＤ８、ＩＬ−２受容体、ＥＧＦ受容体、ＰＤＧＦ受容体）、他のヒト生体高分子（例えば、トロンボモジュリン、プロテインＣ、炭化水素抗原、シアリルルイス抗原、Ｌセレクチン）、または非ヒト疾病関連高分子（例えば、細菌ＬＰＳ、ビリオンキャプシドタンパク質、またはエンベロープ糖タンパク質）などがある。


【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料の核酸プロフィールを得る方法であり、以下の段階を含む方法：
生物体の混合集団を含む試料から、複数の核酸配列を得る段階；
試料から得られた複数の核酸配列から作製されたライブラリー中の少なくとも１つのクローンの配列を決定する段階；
データベースが複数の生物体由来の複数の核酸配列を含む、少なくとも１つのクローンの得られた配列をデータベース中のデータと比較するために、アルゴリズムを用いて、データベースのデータベース検索を実行する段階；及び
少なくとも１つのクローンの得られた配列に対する相同性の程度（ａ ｄｅｇｒｅｅ ｏｆ ｈｏｍｏｌｏｇｙ）を持つ、データベース中の配列を同定し、それによって試料の核酸プロフィールを得る段階。
【請求項２】
生物体の混合集団が、非培養生物体または培養生物体に由来する、請求項１記載の方法。
【請求項３】
非培養生物体または培養生物体が環境試料から単離される、請求項２記載の方法。
【請求項４】
環境試料から単離される生物体がエクストレモフィル（ｅｘｔｒｅｍｏｐｈｉｌｅ）である、請求項３記載の方法。
【請求項５】
エクストレモフィルが好熱菌、超好熱菌、好冷菌、好塩菌、抗酸菌、好圧菌、および低温細菌（ｐｓｙｃｈｒｏｔｒｏｐｈｓ）のうち一つ又は複数より選択される、請求項４記載の方法。
【請求項６】
データベースに含まれる複数の核酸配列が、ゲノムＤＮＡ、もしくはその断片または複数の核酸配列から作製されたｃＤＮＡである、請求項１から５のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
ゲノムＤＮＡまたはその断片が、１つもしくは複数のオペロン、またはその一部を含む、請求項６記載の方法。
【請求項８】
オペロンまたはその一部が、完全または部分的な代謝経路をコードする、請求項７記載の方法。
【請求項９】
複数のクローンを含むライブラリーが、ファージ、プラスミド、ファージミド、コスミド、フォスミド、ウイルスベクターおよび人工染色体のうち一つ又は複数より選択される、請求項１から８のいずれか一項記載の方法。
【請求項１０】
ライブラリーが、細菌、真菌、植物細胞、昆虫細胞および動物細胞のうち一つ又は複数より選択される宿主細胞に含まれる、請求項１から８のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
宿主細胞が細菌である、請求項１０記載の方法。
【請求項１２】
細菌が、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）、またはネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）細胞より選択される、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
宿主細胞が真菌である、請求項１０記載の方法。
【請求項１４】
真菌が酵母である、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
宿主細胞がショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）Ｓ２細胞およびスポドプテラ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ）Ｓ９細胞より選択される、請求項１０記載の方法。
【請求項１６】
宿主細胞が動物細胞である、請求項１０記載の方法。
【請求項１７】
動物細胞がＣＨＯ細胞、ＣＯＳ細胞およびＢｏｗｅｓメラノーマ細胞より選択される、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
配列決定する段階がハイスループットシーケンシングにより行われる、請求項１から１７のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも１つのクローンが２つまたはそれ以上のクローンを含む、請求項１から１８のいずれか一項記載の方法。
【請求項２０】
データベースが、ＧｅｎＢａｎｋ、ＰＦＡＭ、およびＰｒｏＤｏｍより選択される、請求項１から１９のいずれか一項記載の方法。
【請求項２１】
アルゴリズムが、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈ、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ、ＢＬＩＴＺ、およびＰＳＩ−ＢＬＡＳＴアルゴリズムより選択される、請求項１から２０のいずれか一項記載の方法。
【請求項２２】
相同性の程度が事前に設定された閾値を必ず超える、請求項１から２１のいずれか一項記載の方法。
【請求項２３】
相同性の程度が少なくとも６０％である、請求項１から２２のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
相同性の程度が少なくとも７０％である、請求項１から２２のいずれか一項記載の方法。
【請求項２５】
相同性の程度が少なくとも８０％である、請求項１から２２のいずれか一項記載の方法。
【請求項２６】
相同性の程度が少なくとも約９０％である、請求項１から２２のいずれか一項記載の方法。
【請求項２７】
ライブラリーが少なくとも１０４から１０１０のクローンを含む、請求項１から２５のいずれか一項記載の方法。
【請求項２８】
ライブラリーの形成の前に核酸が標準化される、請求項１から２７のいずれか一項記載の方法。
【請求項２９】
ライブラリーのクローンが、０．５ｋｂから１０ｋｂの核酸挿入物を含み、かつ、配列決定する段階が、挿入物の１つの末端からの配列決定を含む、請求項１から２８のいずれか一項記載の方法。
【請求項３０】
ライブラリーのクローンが、０．５ｋｂから１０ｋｂの核酸挿入物を含み、かつ、配列決定する段階が、挿入物の両端からの配列決定を含む、請求項１から２８のいずれか一項記載の方法。
【請求項３１】
生物体が微生物である、請求項１から３０のいずれか一項記載の方法。
【請求項３２】
試料が植物の混合集団を含む、請求項１から３１のいずれか一項記載の方法。
【請求項３３】
請求項１から３２のいずれか一項記載の方法によって得られた試料の核酸プロフィール。
【請求項３４】
生物学、診断学、および治療学を発展させるため、ならびにその他の産業上の応用に関する組成物を開発するための、請求項１から３２のいずれか一項記載の方法によって得られた試料の核酸プロフィールの使用。