【手続補正書】
【提出日】平成17年1月7日(2005.1.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
アフィニティー補助溶液ハイブリダイゼーションを適用することにより細胞または組織試料中に存在するポリヌクレオチドの量を定量する方法において、以下の連続工程を含むことを特徴とする方法：
（ａ）前もって決定された任意の数の、同定または記録を可能にするために個別のサイズを有する可溶性のプローブポリヌクレオチド配列を含む、１または複数の組織化されたプールを提供する工程、ここで、プローブポリヌクレオチド配列は、定量工程（ｅ）の後の直接記録を可能にするためのトレーサータグであるか、または定量工程（ｅ）の後の増幅を可能にするための２つの末端プライマータグであって、増幅中または増幅後に任意にトレーサーをタグ付加される末端プライマータグである、１または複数のタグを任意に備えており、
該プールは分離しているか結合している独自の容器に組織化された状態で配置されているものである、
（ｂ）標的生物の細胞または組織試料に存在する分析物ポリヌクレオチド配列に少なくとも１つのアフィニティータグを付加する工程、
（ｃ）工程（ａ）からの可溶性プローブと工程（ｂ）からの分析物との間に、可溶性ハイブリッドが形成されるように、ハイブリダイゼーション反応を起こさせる工程、
（ｄ）分析物のアフィニティータグのアフィニティーペアを備えた分離補助手段上に該ハイブリッドを捕獲することにより、工程（ｃ）において形成したハイブリッドを回収する工程、
（ｅ）任意にタグ付加されたプローブを、ハイブリッドおよび分離補助手段から遊離させる工程、および、
（ｆ）遊離の未増幅または増幅後の任意にトレーサータグ付加されたプローブのサイズおよび量を記録する工程。
【請求項２】
該方法が以下の連続工程を含むことを特徴とする請求項１に記載の方法：
（ａ）前もって決定された任意の数の、同定または記録を可能にするために個別のサイズを有する可溶性のプローブポリヌクレオチド配列を含む、１または複数の組織化されたプールを提供する工程、ここで、該プールは分離しているか結合している独自の容器に組織化されて配置されているものである、
（ｂ）標的生物の細胞または組織試料に存在する分析物ポリヌクレオチド配列に少なくとも１つのアフィニティータグを付加する工程、
（ｃ）工程（ａ）からの可溶性プローブと工程（ｂ）からの分析物との間に、可溶性ハイブリッドが形成されるように、ハイブリダイゼーション反応を起こさせる工程、
（ｄ）分析物のアフィニティータグのアフィニティーペアを備えた分離補助手段上に該ハイブリッドを捕獲することにより、工程（ｃ）において形成したハイブリッドを回収する工程、
（ｅ）プローブを、ハイブリッドおよび分離補助手段から遊離させる工程、および、
（ｆ）遊離のプローブのサイズおよび量を質量分析により記録する工程。
【請求項３】
該方法が以下の連続工程を含むことを特徴とする請求項１に記載の方法：
（ａ）前もって決定された任意の数の、記録を可能にするために個別のサイズを有する可溶性のプローブポリヌクレオチド配列を含む、１または複数の組織化されたプールを提供する工程、ここで、プローブポリヌクレオチド配列は、定量工程（ｅ）の後の直接記録を可能にするためのトレーサータグである、１または複数のタグを備えており、
ここで該プールは分離しているか結合している独自の容器に組織化された状態で配置されているものである、
（ｂ）標的生物の細胞または組織試料に存在する分析物ポリヌクレオチド配列を提供し、該分析物に少なくとも１つのアフィニティータグを付加する工程、
（ｃ）工程（ａ）からの可溶性プローブと工程（ｂ）からの分析物との間に、可溶性ハイブリッドが形成されるように、ハイブリダイゼーション反応を起こさせる工程、
（ｄ）分析物のアフィニティータグのアフィニティーペアを備えた分離補助手段上に該ハイブリッドを捕獲することにより、工程（ｃ）において形成したハイブリッドを回収する工程、
（ｅ）トレーサータグ付加されたプローブを、ハイブリッドおよび分離補助手段から遊離させる工程、および、
（ｆ）遊離のトレーサータグ付加されたプローブのサイズおよび量を記録する工程。
【請求項４】
該方法が以下の連続工程を含むことを特徴とする請求項１から３のいずれかに記載の方法：
（ａ）前もって決定された任意の数の、同定または記録を可能にするために特定のサイズを有する可溶性の任意にトレーサータグ付加されたプローブポリヌクレオチド配列を含む、１または複数の組織化されたプールを提供する工程であって、該プローブは増幅および増幅中または増幅後の任意のトレーサータグ付加を可能にするための２つの末端プライマータグを備えており、
ここで該プールは分離しているか結合している独自の容器に組織化されて配置されているものである工程、
（ｂ）標的生物の細胞または組織試料に存在する分析物ポリヌクレオチド配列を提供し、該分析物に少なくとも１つのアフィニティータグを付加する工程、
（ｃ）工程（ａ）からの可溶性プローブと工程（ｂ）からの分析物との間に、可溶性ハイブリッドが形成されるように、ハイブリダイゼーション反応を起こさせる工程、
（ｄ）分析物のアフィニティータグのアフィニティーペアを備えた分離補助手段上に該ハイブリッドを捕獲することにより、工程（ｃ）において形成したハイブリッドを回収する工程、
（ｅ）任意にトレーサータグ付加されたプローブを、ハイブリッドおよび分離補助手段から遊離させる工程、および、
（ｆ）ＰＣＲ反応前または反応中または反応後に任意にトレーサータグ付加された、遊離であって次いで増幅されたプローブのサイズおよび量を記録する工程。
【請求項５】
ポリヌクレオチドプローブが、ＤＮＡ断片、合成または修飾オリゴヌクレオチドであることを特徴とする、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
トレーサータグが自動または半自動の手段または装置によって記録可能な標識であることを特徴とする、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
トレーサータグが、蛍光、発光、赤外吸収、電磁気特性、放射能および酵素活性によって検出可能な群から選択されることを特徴とする、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
蛍光によって記録可能なトレーサータグが、蛍光色素またはフルオロフォアであることを特徴とする、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
細胞または組織試料中のポリヌクレオチド分析物がｍＲＮＡを含むことを特徴とする、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
アフィニティータグとその対応物を含むアフィニティーペアが、ビオチンとアビジン、ビオチンとストレプトアビジン、ヒスチジンオリゴマーと金属キレート、ハプテンと抗体、受容体とリガンド、またはグリカンとレクチンであることを特徴とする、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
分離補助手段が、微小粒子、マイクロビーズ、ラテックス粒子、磁性粒子、糸、釘、棒、マイクロウェルおよびアフィニティーカラムからなる固体支持体の群から選択されることを特徴とする、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
プールにおける可溶性プローブの前もって決定された任意の数が、１より多いことを特徴とする、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
プールにおける可溶性プローブの前もって決定された任意の数が、１０より多いことを特徴とする、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
可溶性プールがマイクロタイタープレート上のウェルに入れられることを特徴とする、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
分析物ポリヌクレオチドの量の変動の比較、定量評価が、少なくとも比較すべき各試料当たり１試験キットを含む複数の試験キットのセットを提供することにより行われ、個々の試験キットが、任意にトレーサータグ付加された個別のサイズのプローブである同一の可溶性ポリヌクレオチドを含む組織化されたプールを含むことを特徴とする、請求項１から１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
セットにおける個々の試験キットが、互いに区別できるトレーサータグを備えていることを特徴とする請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
各トレーサータグが異なる発光波長で放射する蛍光標識であることを特徴とする、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
アフィニティータグを備えた分析物配列が、プローブプールと接触する前に固体支持体上に捕獲されることを特徴とする請求項１から１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
アフィニティー補助溶液ハイブリダイゼーションを適用することにより細胞または組織試料に存在するポリヌクレオチドの量を定量するための試験キットにおいて、試験キットが前もって決定された任意の数の、任意のタグを備えた、同定および記録を可能にするために個別のサイズを有する可溶性のポリヌクレオチド配列プローブを含む、１または複数の組織化されたプールを含み、該プールが分離または結合している独自の容器に組織化されて配置されていることを特徴とする試験キット。
【請求項２０】
該試験キットが、前もって決定された任意の数の、質量分析により同定および記録を可能にするために特定のサイズを有する可溶性のポリヌクレオチド配列プローブを含む、１または複数の組織化されたプールを含むことを特徴とする、請求項１９に記載の試験キット。
【請求項２１】
プローブが、ＰＣＲ−増幅を可能にするために少なくとも２つの末端プライマータグを備えていることを特徴とする、請求項１９または２０に記載の試験キット。
【請求項２２】
試験キットが末端プライマーを有するプローブに加えて任意に、別々のセットの任意にトレーサータグ付加されたプライマーまたは別々のセットのトレーサータグを備えていることを特徴とする、請求項２１に記載の試験キット。
【請求項２３】
トレーサータグが、自動または半自動の手段または装置によって記録可能な標識を含むことを特徴とする、請求項１９、２０または２２のいずれかに記載の試験キット。
【請求項２４】
特定のサイズを有するプローブが、蛍光、発光、赤外吸収、電磁気特性、放射能および酵素活性により記録可能なトレーサータグの群から選択されるトレーサータグを備えていることを特徴とする、請求項１９、２０、２２または２３のいずれかに記載の試験キット。
【請求項２５】
蛍光により記録可能なトレーサータグが蛍光色素またはフルオロフォアであることを特徴とする、請求項２４に記載の試験キット。
【請求項２６】
少なくとも１つのアフィニティータグおよび／または該アフィニティータグの１つの対応物を備えた分離補助手段を任意に含むことを特徴とする、請求項１９から２５のいずれかに記載の試験キット。
【請求項２７】
アフィニティータグとその対応物を含むアフィニティーペアが、ビオチンとアビジン、ビオチンとストレプトアビジン、ヒスチジンオリゴマーと金属キレート、ハプテンと抗体、またはグリカンとレクチンであることを特徴とする請求項２６に記載の試験キット。
【請求項２８】
分離補助手段が、微小粒子、マイクロビーズ、ラテックス粒子、磁性粒子、糸、釘、棒、マイクロウェルおよびアフィニティーカラムからなる固体支持体の群から選択されることを特徴とする請求項２６に記載の試験キット。
【請求項２９】
ポリヌクレオチドプローブが、ＤＮＡ断片、合成または修飾オリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項１９から２８のいずれかに記載の試験キット。
【請求項３０】
プールにおける可溶性ポリヌクレオチドプローブの前もって決定された任意の数が、１より多いことを特徴とする、請求項１９から２９のいずれかに記載の試験キット。
【請求項３１】
プールにおける可溶性ポリヌクレオチドプローブの前もって決定された任意の数が、１０より多いことを特徴とする、請求項１９から３０のいずれかに記載の試験キット。
【請求項３２】
組織化されたプールがマイクロタイタープレートであることを特徴とする、請求項１９から３１のいずれかに記載の試験キット。
【請求項３３】
少なくともポリヌクレオチドの量の変動を比較および定量評価するべき各試料について１つである、複数の試験キットのセットを含み、該試験キットが同一の個別のサイズを有し、任意にトレーサータグを備えている互いに区別可能なプローブ配列群を含むプールを含むことを特徴とする、請求項１９から３２のいずれかに記載の試験キット。
【請求項３４】
トレーサータグが異なる発光波長で放射するフルオロフォアであることを特徴とする、請求項３３に記載の試験キット。
【請求項３５】
内在制御機構による、または外部刺激に対する応答としての、細胞または組織試料におけるポリヌクレオチド量の変動を評価するための、請求項１９から３４のいずれかに記載の試験キット。
【請求項３６】
治療様式、疫学的状態、衛生学的状態または微生物集団の効果を評価するための請求項１９から３４のいずれかに記載の試験キット。
【請求項３７】
内在制御機構による、または外部刺激に対する応答としての、細胞または組織試料におけるポリヌクレオチドの量の変動を評価するための、請求項１から１８のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
治療様式、疫学的状態、衛生学的状態または微生物集団の効果を評価するための、請求項１から１８のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
以下の工程を含む、アフィニティー補助溶液ハイブリダイゼーションを適用することにより細胞または組織試料中に存在するポリヌクレオチドの量を定量する方法：
（ａ）定量工程（ｅ）の後の直接記録を可能にするためのトレーサータグであるか、または定量工程（ｅ）の後の増幅を可能にするための２つの末端プライマータグであって、増幅中または増幅後に任意にトレーサータグをタグ付加される末端プライマータグである、１または複数のタグを任意に備えている可溶性ポリヌクレオチド配列を提供する工程、
（ｂ）標的生物の細胞または組織試料に存在する分析物ポリヌクレオチド配列に少なくとも１つのアフィニティータグを付加する工程、
（ｃ）工程（ａ）からの可溶性プローブと工程（ｂ）からの分析物との間に、可溶性プローブ／分析物ハイブリッドが形成されるように、ハイブリダイゼーション反応を起こさせる工程、
（ｄ）分析物に結合しているアフィニティータグのアフィニティーペアを備えた分離補助手段上に該ハイブリッドを捕獲することにより、工程（ｃ）において形成したハイブリッドを回収する工程、
（ｅ）任意にタグ付加されたプローブを、ハイブリッドおよび分離補助手段から遊離させる工程、および、
（ｆ）遊離の未増幅または増幅後の任意にトレーサータグ付加されたプローブを記録する工程；
ここで、該方法は、以下の工程を含む同じ試料中に存在するいくつかのポリヌクレオチドの同時定量のための方法であることを特徴とする：
（ａ）前もって決定された任意の数の、同定または記録を可能にするために個別のサイズを有する可溶性のプローブポリヌクレオチド配列を含む、１または複数の組織化されたプールを提供する工程、ここで、プローブポリヌクレオチド配列は、定量工程（ｅ）の後の直接記録を可能にするためのトレーサータグであるか、または定量工程（ｅ）の後の増幅を可能にするための２つの末端プライマータグであって、増幅中または増幅後に任意にトレーサーをタグ付加される末端プライマータグである、１または複数のタグを任意に備えており、
該プールは分離しているか結合している独自の容器に組織化された状態で配置されているものである、
（ｂ）標的生物の細胞または組織試料に存在する分析物ポリヌクレオチド配列に少なくとも１つのアフィニティータグを付加する工程、
（ｃ）工程（ａ）からの可溶性プローブと工程（ｂ）からの分析物との間に、可溶性ハイブリッドが形成されるように、ハイブリダイゼーション反応を起こさせる工程、
（ｄ）分析物のアフィニティータグのアフィニティーペアを備えた分離補助手段上に該ハイブリッドを捕獲することにより、工程（ｃ）において形成したハイブリッドを回収する工程、
（ｅ）任意にタグ付加されたプローブを、ハイブリッドおよび分離補助手段から遊離させる工程、および、
（ｆ）遊離の未増幅または増幅後の任意にトレーサータグ付加されたプローブのサイズおよび量を記録する工程。
【請求項４０】
任意にタグ付加された可溶性ポリヌクレオチド配列プローブを含むアフィニティー補助溶液ハイブリダイゼーションを適用することにより細胞または組織試料に存在するポリヌクレオチドの量を定量するための試験キットにおいて、複数のポリヌクレオチド配列の同時定量のために、試験キットが前もって決定された任意の数の、任意のタグを備えた、同定および記録を可能にするために個別のサイズを有する可溶性のポリヌクレオチド配列プローブを含む、１または複数の組織化されたプールを含み、該プールが分離または結合している独自の容器に組織化されて配置されていることを特徴とする試験キット。