【手続補正書】
【提出日】平成15年3月24日(2003.3.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核塩基に対して塩基対合することができる結合した複素環式基を有する主鎖を含んでなる核酸結合性化合物であって、前記複素環式基が一般式Ｉ：
【化１】
2004505988.tif 000001
〔式中、
Ｒ１はＸ、Ｒ２またはＲ３から独立であり、そして下記の基から成る群から選択される：
（１）  −Ｆ、−Ｃｌ、−Ｂｒまたは−Ｉ、
（２）  ニトロ、
（３）  シアノ、
（４）  −ＣＯＯ−
（５）  （１０）に従い置換された−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、
（６）  （１０）に従い置換された−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、
（７）  （１０）に従い置換された−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、
（８）  （１０）に従い置換された−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリール、
（９）  −Ｗ−  （Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−Ｗ−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−Ｗ−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、−Ｗ−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリールまたは−Ｗ−Ｈ（式中Ｗ＝−Ｓ−、−Ｏ−、−ＮＨ−、−Ｓ−Ｓ−、−ＣＯ−、−ＣＯＯ−、−ＣＯ−ＮＨ−、−ＮＨ−ＣＯ−、−ＮＨ−ＣＯ−ＮＨ−、−ＮＨ−ＣＳ−ＮＨ−、−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−であり、ここでｒおよびｓは、互いに独立して、１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に０または１である）、
（１０）  置換基（５）〜（９）（ここで、アルキル、アルケニル、アルキニルまたはアリールは、−ハロゲン、−ＳＨ、−ＮＯ２、−ＣＮ、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−ＮＲ５Ｒ６、−Ｎ＋Ｒ５Ｒ６Ｒ１２、−ＯＲ１２、−ＣＯＲ１１、−ＮＨ−ＣＯ−ＮＲ５Ｒ６、−ＮＨ−ＣＳ−ＮＲ５Ｒ６および−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−ＮＲ５Ｒ６から成る群から選択される１または２以上の部分により置換されることができ、ｒおよびｓは、互いに独立して、１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に０または１であり、ここでＲ１１は−ＮＨＲ１２、ＯＲ１２、および−ＳＲ１２から成る群から選択され、ここでＲ５、Ｒ６およびＲ１２は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリールおよびリポーター基から成る群から独立して選択され、リポーター基は細胞内吸収を促進する基であるか、あるいは核酸結合性化合物がその相補的核酸に対してハイブリダイゼーションするとき、結合、架橋または切断の間に後者を攻撃する基である）、
置換基（５）〜（１０）中の前記アルキル、アルケニル、アルキニルまたはアリールは置換されていないか、あるいは−ハロゲン、−ＳＨ、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルコキシ、−ＯＨ、−ＮＲ５Ｒ６、−ＣＯＲ１１、−ＮＨ−ＣＯＮＲ５Ｒ６、−ＮＨ−ＣＳＮＲ５Ｒ６および−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−ＮＲ５Ｒ６から成る群から選択される１または２以上の部分により置換されており、ｒおよびｓは互いに独立して１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に０または１であり、ただし基（５）〜（７）が−ＮＲ５Ｒ６、ＮＨＲ１２、−ＯＲ１２、またはＳＲ１２により置換されている場合、Ｒ５、Ｒ６またはＲ１２はリポーター基ではない、
Ｒ２、Ｒ３はＸ、Ｒ１、Ｒ２およびＲ３から独立し、そして下記の基から成る群から選択される：
（１）  −Ｈ、
（２）  （Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、
（３）  （Ｃ１−Ｃ１０）−アルケニル、
（４）  （Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、
（５）    （Ｃ６−Ｃ２２）−アリール、
（６）  −Ｚ−  （Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−Ｚ−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−Ｚ−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、−Ｚ−  （Ｃ６−Ｃ２２）−アリールまたは−Ｚ−Ｈ、ここでＺ＝−ＣＯ−、−ＣＯ−ＮＨ−、−ＣＳ−ＮＨ−、−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−（ここでｒおよびｓは、互いに独立して、１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に１または２である）、
（７）  置換基（２）〜（６）  、ここでアルキル、アルケニル、アルキニルまたはアリールは、−ハロゲン、−ＮＯ２、−ＯＲ１２、−ＣＮ、−ＳＨ、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−ＮＲ５Ｒ６、−Ｎ＋Ｒ５Ｒ６Ｒ１２、−ＣＯＲ１１、−ＮＨ−ＣＯＮＲ５Ｒ６、−ＮＨ−ＣＳＮＲ５Ｒ６および−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−ＮＲ５Ｒ６から成る群から選択される１または２以上の部分により置換されることができ、ｒおよびｓは、互いに独立して、１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に０または１であり、ここでＲ１１は−ＮＨＲ１２およびＯＲ１２から成る群から選択され、ここでＲ５、Ｒ６およびＲ１２は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリールおよびリポーター基から成る群から独立して選択され、
置換基（２）〜（７）中の前記アルキル、アルケニル、アルキニルまたはアリールは置換されていないか、あるいは−ハロゲン、−ＳＨ、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルコキシ、−ＯＨ、−ＮＲ５Ｒ６、−ＣＯＲ１１、−ＮＨ−ＣＯＮＲ５Ｒ６、−ＮＨ−ＣＳＮＲ５Ｒ６および−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−ＮＲ５Ｒ６から成る群から選択される１または２以上の部分により置換されており、ｒおよびｓは互いに独立して１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に０または１である、
ＸはＲ１、Ｒ２またはＲ３から独立であり、そしてＮおよびＣＨから成る群から選択され、そして
Ｄは核酸結合性化合物の残部に対する基の結合位置である〕
の基であることを特徴とする化合物、又はそれらの任意の塩。
【請求項２】
式中、Ｒ１がアルキニル−アミノ−Ｃ≡Ｃ−Ｅ−ＮＲ５Ｒ６、アルケニル−アミノ−Ｃ＝Ｃ−Ｅ−ＮＲ５Ｒ６および−Ｅ−ＮＲ５Ｒ６であり、ここでＥは−［（ＣＨ２）ｒＦ］ｓ−（ＣＨ２）ｒ−であり、ここでＦ＝ＯまたはＳそしてｒおよびｓは互いに独立して１〜１８の整数であり、Ｒ５およびＲ６は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリールおよびリポーター基から成る群から独立して選択され、Ｒ１１は−ＮＨＲ１２およびＯＲ１２から成る群から選択され、ここでＲ５、Ｒ６およびＲ１２は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリールおよびリポーター基から成る群から独立して選択され、前記アルキル、アルケニル、アルキニルまたはアリールは置換されていないか、あるいは−ハロゲン、−ＳＨ、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルコキシ、−ＯＨ、−ＮＲ５Ｒ６、−ＣＯＲ１１、−ＮＨ−ＣＯＮＲ５Ｒ６、−ＮＨ−ＣＳＮＲ５Ｒ６および−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−ＮＲ５Ｒ６から成る群から選択される１または２以上の部分により置換されており、ｒおよびｓは互いに独立して１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に０または１である、
請求項１に記載の核酸結合性化合物。
【請求項３】
前記核酸化合物が一般式ＩＩ：
【化２】
2004505988.tif 000002
〔式中、
ＡはＯ、Ｓ、ＣＨ２、Ｎ−ＣＯ−  （Ｃ１−Ｃ１０）−アルキルから成る群から選択され、
Ｌはオキシ、スルファンジイル、−ＣＨ２−および−ＮＲ２２−から成る群から選択され、
Ｔはオキソ、チオキソおよびセレノキソから成る群から選択され、
Ｕは−ＯＨ、Ｏ−、−Ｏ−リポーター基、−ＳＨ、−Ｓ−リポーター基、−ＳｅＨ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルコキシ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリール、−（Ｃ６−Ｃ１４）−アリール−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−ＮＲ２３Ｒ２４、および−（−Ｏ−  （Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル）ｎ−Ｒ２５から成る群から選択され、ここでｎは１〜６の任意の整数であることができるか、あるいは−ＮＲ２３Ｒ２４はＮと一緒になって５〜６員の複素環式環であることができ、
Ｖはオキシ、スルファンジイル、−ＣＨ２−および−ＮＲ２２から成る群から選択され、
Ｒ１４は−Ｈ、−ＯＨ、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルコキシ、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニルオキシ、−ハロゲン、−アジド、−Ｏ−アリル、−Ｏ−アルキニル、およびＮＨ２から成る群から選択され、
Ｒ２２は−Ｈおよび−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキルから成る群から独立して選択され、
Ｒ２３およびＲ２４は−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ２０）−アリール、−（Ｃ６−Ｃ１４）−アリール−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル−［ＮＨ（ＣＨ２）ｃ］ｄ−ＮＲ２６Ｒ２７およびリポーター基から成る群から独立して選択され、
Ｒ２５は−Ｈ、−ＯＨ、−ハロゲン、−アミノ、−（Ｃ１−Ｃ１８）−アルキルアミノ、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２および−ＣＯＯ  （Ｃ１−Ｃ４）−アルキルおよびリポーター基から成る群から選択され、
Ｒ２６およびＲ２７は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、および−（Ｃ１−Ｃ４）−アルコキシ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキルおよびリポーター基から成る群から独立して選択され、
ｃは２〜６の整数であり、
ｄは０〜６の整数であり、そして
ＢはＲ１、Ｒ２、Ｒ３およびＸが請求項１において特定した通りである式Ｉの部分であり、
ここで任意のアルキル、アルケニル、アルキニルまたはアリールは−ハロゲン、−ＳＨ、−ＮＯ２、−ＣＮ、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−ＮＲ５Ｒ６、−Ｎ＋Ｒ５Ｒ６Ｒ１２、−ＯＲ１２、−ＣＯＲ１１、−ＮＨ−ＣＯ−ＮＲ５Ｒ６、−ＮＨ−ＣＳ−ＮＲ５Ｒ６および−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−ＮＲ５Ｒ６から成る群から選択される１または２以上の部分により置換されることができ、ｒおよびｓは互いに独立して１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に０または１であり、ここでＲ１１は−ＮＨＲ１２、ＯＲ１２、および−ＳＲ１２から成る群から選択され、ここでＲ５、Ｒ６およびＲ１２は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリールおよびリポーター基から成る群から独立して選択され、リポーター基は細胞内吸収を促進する基であるか、あるいは核酸結合性化合物がその相補的核酸に対してハイブリダイゼーションするとき、結合、架橋または切断の間に後者を攻撃する基である〕
の１または２以上の部分を含んでなる、請求項１〜２のいずれかに記載の核酸結合性化合物またはそれらの任意の塩。
【請求項４】
主鎖が一般式ＩＩＩ：
【化３】
2004505988.tif 000003
〔式中、
ｔは０または１であり、
ｔ＝１である場合、
ＡはＯ、Ｓ、ＣＨ２およびＮ−  （Ｃ１−Ｃ６）−アルキルから成る群から選択され、
Ｍはオキシ、スルファンジイル、−ＮＲ２２−、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−または−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−Ｏ−、および−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−Ｏ−および−ＮＲ２２−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−Ｏ−から成る群から選択され、
Ｒ２２は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、保護基およびリポーター基から成る群から選択され、
Ｒ１４は−Ｈ、−ＯＨ、−（Ｃ１−Ｃ３）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ６）−アリル、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルコキシ、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニルオキシ、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニルオキシ、−（Ｏ−ＣＨ２）ｎ−（ここでｎは１〜１８の整数であることができる）、−ハロゲン、−アジド、ＳＨ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキルメルカプト、Ｏ−リポーター基、Ｏ−固相および−ＮＨ２から成る群から選択され、
Ｒ１５は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキル−カルボニル、−（Ｃ３−Ｃ１９）−アルケニル−カルボニル、−（Ｃ３−Ｃ１９）−アルキニル−カルボニル、−（Ｃ６−Ｃ１４）−アリール−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、固相および式ＩＶの基から成る群から選択され、
【化４】
2004505988.tif 000004
式中、
Ｔはオキソ、チオキソおよびセレノキソから成る群から選択され、
Ｕは−ＯＨ、Ｏ−、−Ｏ−リポーター基、−ＳＨ、−ＳｅＨ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルコキシ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリール、−（Ｃ６−Ｃ１４）−アリール−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−ＮＲ２３Ｒ２４、および−（−Ｏ−  （Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル）ｎ−Ｒ２５から成る群から選択され、ここでｎは１〜６の任意の整数であることができるか、あるいはＮＲ２３Ｒ２４はＮと一緒になって５〜６員の複素環式環であることができ、
Ｒ２３およびＲ２４は−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ２０）−アリール、−（Ｃ６−Ｃ１４）−アリール−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル−［ＮＨ（ＣＨ２）ｃ］ｄ−ＮＲ２６Ｒ２７から成る群から独立して選択され、
Ｒ２５は−Ｈ、−ＯＨ、−ハロゲン、−アミノ、−（Ｃ１−Ｃ１８）−アルキルアミノ、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２および−ＣＯＯ  （Ｃ１−Ｃ４）−アルキルから成る群から選択され、
Ｒ２６およびＲ２７は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、および−（Ｃ１−Ｃ４）−アルコキシ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキルから成る群から独立して選択され、
Ｒ２９は−ＯＲ３０および−ＳＲ３０から成る群から選択され、
Ｒ３０は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリール、保護基、固相およびリポーター基から成る群から選択され、
ｃは２〜６の整数であり、
ｄは０〜６の整数であり、そして
ＢはＲ１、Ｒ２、Ｒ３およびＸが請求項１において特定した通りである式Ｉの部分であり、
ここで任意のアルキル、アルケニル、アルキニルまたはアリールは−ハロゲン、−ＳＨ、−ＮＯ２、−ＣＮ、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−ＮＲ５Ｒ６、−Ｎ＋Ｒ５Ｒ６Ｒ１２、−ＯＲ１２、−ＣＯＲ１１、−ＮＨ−ＣＯ−ＮＲ５Ｒ６、−ＮＨ−ＣＳ−ＮＲ５Ｒ６および−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−ＮＲ５Ｒ６から成る群から選択される１または２以上の部分により置換されることができ、ｒおよびｓは互いに独立して１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に０または１であり、ここでＲ１１は−ＮＨＲ１２、ＯＲ１２、および−ＳＲ１２から成る群から選択され、ここでＲ５、Ｒ６およびＲ１２は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリールおよびリポーター基から成る群から独立して選択され、リポーター基は細胞内吸収を促進する基であるか、あるいは核酸結合性化合物がその相補的核酸に対してハイブリダイゼーションするとき、結合、架橋または切断の間に後者を攻撃する基であり、
そしてｔ＝０である場合、Ｒ１５は−Ｈである〕の部分を含んでなる、請求項１〜３のいずれかに記載の核酸結合性化合物またはそれらの任意の塩。
【請求項５】
式中ｔ＝０である場合、Ｒ１５が−ＨでありかつＲ１４が−Ｈである、請求項４に記載の核酸結合性化合物。
【請求項６】
主鎖が一般式Ｖ：
【化５】
2004505988.tif 000005
〔式中、
ＡはＯ、Ｓ、ＣＨ２およびＮ−  （Ｃ１−Ｃ６）−アルキルから成る群から選択され、
Ｍ’  はオキシ、スルファンジイル、−ＮＲ２２−、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−または−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−Ｏ−、および−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−Ｏ−および−ＮＲ２２−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル−Ｏ−から成る群から選択され、
Ｒ２２は−Ｈ、保護基、リポーター基および−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキルから成る群から独立して選択され、
Ｒ１４は−Ｈ、−ＯＨ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルコキシ、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニルオキシ、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニルオキシ、−ハロゲン、−アジド、−ＳＨ、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキルメルカプト、Ｏ−リポーター基、Ｏ−固相およびＮＨ２から成る群から選択され、
Ｒ１６は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１８）−アルケニル、−（Ｃ２−Ｃ１８）−アルキニル、−（Ｃ２−Ｃ１８）−アルキル−カルボニル、−（Ｃ３−Ｃ１９）−アルケニル−カルボニル、−（Ｃ３−Ｃ１９）−アルキニル−カルボニル、−（Ｃ６−Ｃ１４）−アリール−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、保護基または式ＩＶの化合物から成る群から選択され、
【化６】
2004505988.tif 000006
式中、
Ｔはオキソ、チオキソおよびセレノキソから成る群から選択され、
Ｕは−ＯＨ、−ＳＨ、−ＳｅＨ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルコキシ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリール、−（Ｃ６−Ｃ１４）−アリール−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−ＮＲ２３Ｒ２４、および−（−Ｏ−  （Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル）ｎ−Ｒ２５から成る群から選択され、ここでｎは１〜６の任意の整数であることができるか、あるいはＮＲ２３Ｒ２４はＮと一緒になって５〜６員の複素環式環であることができ、
Ｒ２３およびＲ２４は−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ２０）−アリール、−（Ｃ６−Ｃ１４）−アリール−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル−［ＮＨ（ＣＨ２）ｃ］ｄ−ＮＲ２６Ｒ２７から成る群から独立して選択され、
Ｒ２５は−Ｈ、−ＯＨ、−ハロゲン、−アミノ、−（Ｃ１−Ｃ１８）−アルキルアミノ、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２および−ＣＯＯ  （Ｃ１−Ｃ４）−アルキルから成る群から選択され、
Ｒ２６およびＲ２７は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、および−（Ｃ１−Ｃ４）−アルコキシ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキルから成る群から独立して選択され、
Ｒ２９は−ＯＲ３０および−ＳＲ３０から成る群から選択され、
Ｒ３０は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリール、保護基、固相およびリポーター基から成る群から選択され、
ｃは２〜６の整数であり、
ｄは０〜６の整数であり、そして
ＢはＲ１、Ｒ２、Ｒ３およびＸが請求項１において特定した通りである式Ｉの部分であり、
ここで任意のアルキル、アルケニル、アルキニルまたはアリールは−ハロゲン、−ＳＨ、−ＮＯ２、−ＣＮ、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−ＮＲ５Ｒ６、−Ｎ＋Ｒ５Ｒ６Ｒ１２、−ＯＲ１２、−ＣＯＲ１１、−ＮＨ−ＣＯ−ＮＲ５Ｒ６、−ＮＨ−ＣＳ−ＮＲ５Ｒ６および−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−ＮＲ５Ｒ６から成る群から選択される１または２以上の部分により置換されることができ、ｒおよびｓは互いに独立して１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に０または１であり、ここでＲ１１は−ＮＨＲ１２、ＯＲ１２、および−ＳＲ１２から成る群から選択され、ここでＲ５、Ｒ６およびＲ１２は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリールおよびリポーター基から成る群から独立して選択され、リポーター基は細胞内吸収を促進する基であるか、あるいは核酸結合性化合物がその相補的核酸に対してハイブリダイゼーションするとき、結合、架橋または切断の間に後者を攻撃する基である〕
の部分を含んでなる、請求項１〜５のいずれかに記載の核酸結合性化合物およびそれらの任意の塩。
【請求項７】
Ｍ’がＯであり、Ｒ１６がＨであり、そしてＲ１４が−Ｈおよび−ＯＨから成る群から選択される、請求項６に記載の化合物。
【請求項８】
主鎖が糖およびリン酸塩部分を含んでなる、請求項１〜７のいずれかに記載の核酸結合性化合物。
【請求項９】
糖がロックされたコンフォメーションである、請求項８に記載の核酸結合性化合物。
【請求項１０】
核酸結合性化合物がピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン、ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンまたはそれらのアナローグである複素環式環を含んでなる、請求項１〜９のいずれかに記載の核酸結合性化合物。
【請求項１１】
保護基が−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−ＮＨ−アルキル、−ＮＨ−アルケニレン、−ＮＨ−アルキニレン、または−ＮＨ−アリール基の１つまたは２つの水素原子を置換する、請求項１〜１０のいずれかに記載の核酸結合性化合物。
【請求項１２】
前記核酸結合性化合物がリポーター基を含有する、請求項１〜１１のいずれかに記載の核酸結合性化合物。
【請求項１３】
請求項１において定義した式Ｉの複素環式基がリポーター基が結合しているヌクレオチドから分離された１〜５ヌクレオチドである、請求項１２に記載の核酸結合性化合物。
【請求項１４】
複素環式基が７−ブロモ−７−デアザ−８−アザ−２，６−ジアミノ−プリンまたは７−ヨード−７−デアザ−８−アザ−２，６−ジアミノ−プリンである、請求項１〜１１のいずれかに記載の核酸結合性化合物。
【請求項１５】
核酸結合性化合物のみまたは核酸結合性化合物および相補的核酸結合性化合物は一緒になって主鎖を含んでなる核酸結合性化合物であり、前記主鎖は核塩基に対する塩基対合することができる結合した複素環式基を有し、ここで複素環式基は置換されたピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンまたはそのアナローグであることを特徴とする、異なる配列を有する複数の核酸結合性化合物のアレイを含んでなり、前記複数の核酸結合性化合物が既知の位置において固体状支持体に結合されておりかつ相補的核酸結合性化合物に結合するように選択される、核酸結合性化合物間の相互作用を分析する組成物。
【請求項１６】
置換ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンアナローグがアデニンまたはグアニンのピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンアナローグまたはアデニンまたはグアニンの７−置換ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンアナローグである、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
核酸結合性化合物のみまたは核酸結合性化合物および相補的核酸結合性化合物が請求項１〜１４のいずれかに記載の核酸結合性化合物である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１８】
前記固体状支持体がシリカ、ポリマー物質、ガラス、多孔質ガラス、ビーズ、チップ、およびスライドから成る群から選択される、請求項１５〜１７のいずれかに記載の組成物。
【請求項１９】
前記組成物が５〜２０ヌクレオチド長さの核酸結合性化合物のアレイを含んでなる、請求項１５〜１８のいずれかに記載の組成物。
【請求項２０】
請求項１〜１５のいずれかに記載の第１核酸結合性化合物または請求項１６〜１９のいずれかに記載の組成物と、第２核酸結合性化合物または請求項１〜１４のいずれかに記載の第２核酸結合性化合物との結合性生成物、ここで第１核酸結合性化合物および組成物および第２核酸結合性化合物は平行または逆平行の向きで塩基対合により互いに結合されている結合性生成物。
【請求項２１】
一般式ＶＩＩＩ：
【化７】
2004505988.tif 000007
〔式中、
ＰＰＰはトリホスフェート基、チオトリホスフェート基またはそれらのアナローグであり、
Ｒ１４は−Ｈ、−ＯＨ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルコキシ、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニルオキシ、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニルオキシ、−ハロゲン、−アジドおよびＮＨ２から成る群から選択され、
Ｒ３６は−Ｈおよび−ＯＨの群から選択され、そして
Ｂは請求項１において定義された式Ｉの基であり、
そしてここで必要に応じて少なくとも１つの保護基は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−ＮＨ−アルキル、−ＮＨ−アルケニレン、−ＮＨ−アルキニレンまたは−ＮＨ−アリール基の１つまたは２つの水素原子を置換する〕の化合物およびそれらの任意の塩。
【請求項２２】
Ｒ１４がＨであり、そしてＢが７−ブロモ−７−デアザ−８−アザ−２，６−ジアミノプリンまたは７−ヨード−７−デアザ−８−アザ−２，６−ジアミノプリンである、請求項２１に記載の化合物。
【請求項２３】
式ＶＩ：
【化８】
2004505988.tif 000008
〔式中、
ＡはＯ、Ｓ、ＣＨ２およびＮ−  （Ｃ１−Ｃ６）−アルキルから成る群から選択され、
Ｒ１４は−Ｈ、−ＯＨ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルコキシ、Ｏ−保護基、Ｓ−保護基、ＮＨ−保護基、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニルオキシ、−ハロゲン、−アジド、−ＳＨ、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキルメルカプト、Ｏ−リポーター基、Ｏ−固相および−ＮＨ２から成る群から選択され、
Ｒ１５およびＲ１６は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ８）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１８）−アルケニル、−（Ｃ２−Ｃ１８）−アルキニル、−（Ｃ２−Ｃ１８）−アルキル−カルボニル、−（Ｃ３−Ｃ１９）−アルケニル−カルボニル、−（Ｃ３−Ｃ１９）−アルキニル−カルボニル、−（Ｃ６−Ｃ１４）−アリール−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、保護基および式ＩＶの基から成る群から独立して選択され、
ただしＲ１５またはＲ１６は式ＩＶの基であり、
【化９】
2004505988.tif 000009
式中、
Ｔはオキソ、チオキソおよびセレノキソから成る群から選択され、
Ｕは−ＯＨ、−ＳＨ、−ＳｅＨ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルコキシ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリール、−（Ｃ６−Ｃ１４）−アリール−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−ＮＲ２３Ｒ２４、および−Ｏ−  （Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−Ｏ−  （Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−Ｒ２５から成る群から選択され、またはＮＲ２３Ｒ２４はＮと一緒になって５〜６員の複素環式環であることができ、
Ｒ２３およびＲ２４は−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ２０）−アリール、−（Ｃ６−Ｃ１４）−アリール−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル−［ＮＨ（ＣＨ２）ｃ］ｄ−ＮＲ２６Ｒ２７から成る群から独立して選択され、
Ｒ２５は−Ｈ、−ＯＨ、−ハロゲン、−アミノ、−（Ｃ１−Ｃ１８）−アルキルアミノ、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２および−ＣＯＯ  （Ｃ１−Ｃ４）−アルキルから成る群から選択され、
Ｒ２６およびＲ２７は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、および−（Ｃ１−Ｃ４）−アルコキシ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキルから成る群から独立して選択され、
Ｒ２９は−ＯＲ３０および−ＳＲ３０から成る群から選択され、
Ｒ３０は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリール、保護基、ホスフェート、ジホスフェートおよびリポーター基から成る群から選択され、
ＭおよびＭ’  はオキシ、スルファンジイル、−ＮＲ２２−、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−、または−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−Ｏ−、および−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−Ｏ−および−ＮＲ２２−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル−Ｏ−から成る群から独立して選択され、
Ｒ２２は−Ｈおよび−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキルの群から選択され、
ｃは２〜６の整数であり、
ｄは０〜６の整数であり、そして
Ｂは式Ｉの部分であり、
【化１０】
2004505988.tif 000010
式中、
Ｒ１はＸ、Ｒ２またはＲ３から独立であり、そして請求項１における式Ｉ中のＲ１についての置換基（１）〜（１０）および下記の（１１）から成る群から選択され、
【化１１】
2004505988.tif 000011
式中、
Ｎｕｃは式Ｉに対する結合であり、そしてｎは１〜１８の整数であり、
置換基（５）〜（１０）中の前記アルキル、アルケニル、アルキニルまたはアリールは置換されていないか、あるいは−ハロゲン、−ＳＨ、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルコキシ、−ＯＨ、−ＮＲ５Ｒ６、−ＣＯＲ１１、−ＮＨ−ＣＯＮＲ５Ｒ６、−ＮＨ−ＣＳＮＲ５Ｒ６および−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−ＮＲ５Ｒ６から成る群から選択される１または２以上の部分により置換されており、ｒおよびｓは互いに独立して１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に０または１であり、
ただし基（５）〜（７）が−ＮＲ５Ｒ６、ＮＨＲ１２、−ＯＲ１２、またはＳＲ１２により置換されている場合、Ｒ５、Ｒ６またはＲ１２はリポーター基ではない、
Ｒ２、Ｒ３はＸ、Ｒ１、Ｒ２およびＲ３から独立し、そして請求項１における式Ｉ中のＲ２およびＲ３についての置換基（１）〜（７）の群から選択され、
ＸはＲ１、Ｒ２またはＲ３から独立であり、そしてＮおよびＣＨから成る群から選択され、そして
Ｄは核酸結合性化合物の残部に対する基の結合位置であり、
ここで必要に応じて少なくとも１つの保護基は−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−ＮＨ−アルキル、−ＮＨ−アルケニレン、−ＮＨ−アルキニレンまたは−ＮＨ−アリール基の１つまたは２つの水素原子を置換する〕
の化合物およびそれらの任意の塩。
【請求項２４】
式ＶＩＩ：
【化１２】
2004505988.tif 000012
〔式中、
ＡはＯ、Ｓ、ＣＨ２およびＮ−  （Ｃ１−Ｃ６）−アルキルから成る群から選択され、
ＭおよびＭ’  はオキシ、スルファンジイル、−ＮＲ２２−、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−、または−Ｏ−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−Ｏ−、および−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル−Ｏ−および−ＮＲ２２−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル−Ｏ−から成る群から独立して選択され、
Ｒ２２は−Ｈおよび−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキルの群から選択され、
Ｒ１４は−Ｈ、−ＯＲ３１、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルコキシ、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニルオキシ、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルキニルオキシ、−ハロゲン、−アジド、ＮＨＲ３１、ＳＲ３１から成る群から選択され、
Ｒ３１は保護基またはリポーター基であり、
Ｒ３２およびＲ１７は−Ｈ、−（Ｃ１−Ｃ１０）−アルキル、−（Ｃ２−Ｃ１０）−アルケニル、−（Ｃ６−Ｃ２２）−アリールから成る群から独立して選択されるか、あるいはＮＲ３２Ｒ１７はＮと一緒になって５〜６員の複素環式環を形成することができ、
Ｒ１８は−（Ｃ２−Ｃ６）−アルケニルオキシ、置換または非置換の−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、または置換または非置換の−（Ｃ１−Ｃ６）−アルコキシから成る群から選択され、ここで置換基は−ハロゲン、ｐ−ニトロアリールオキシおよび−シアノから成る群から選択される１または２以上の置換基であり、
Ｂは式Ｉの基であり、
【化１３】
2004505988.tif 000013
Ｒ１はＸ、Ｒ２またはＲ３から独立であり、そして請求項１における式Ｉ中のＲ１についての置換基（１）〜（１０）および下記の（１１）から成る群から選択され、
【化１４】
2004505988.tif 000014
式中、
Ｎｕｃは式Ｉに対する結合であり、そしてｎは１〜１８の整数であり、
置換基（５）〜（１０）中の前記アルキル、アルケニル、アルキニルまたはアリールは置換されていないか、あるいは−ハロゲン、−ＳＨ、−Ｓ−（Ｃ１−Ｃ６）−アルキル、−（Ｃ１−Ｃ６）−アルコキシ、−ＯＨ、−ＮＲ５Ｒ６、−ＣＯＲ１１、−ＮＨ−ＣＯＮＲ５Ｒ６、−ＮＨ−ＣＳＮＲ５Ｒ６および−（ＣＨ２）ｎ−［Ｏ−（ＣＨ２）ｒ］ｓ−ＮＲ５Ｒ６から成る群から選択される１または２以上の部分により置換されており、ｒおよびｓは互いに独立して１〜１８の整数でありそしてｎはｒおよびｓから独立に０または１であり、
ただし基（５）〜（７）が−ＮＲ５Ｒ６、ＮＨＲ１２、−ＯＲ１２、またはＳＲ１２により置換されている場合、Ｒ５、Ｒ６またはＲ１２はリポーター基ではない、
Ｒ２、Ｒ３はＸ、Ｒ１、Ｒ２およびＲ３から独立し、そして請求項１における式Ｉ中のＲ２およびＲ３についての置換基（１）〜（７）の群から選択され、
ＸはＲ１、Ｒ２またはＲ３から独立であり、そしてＮおよびＣＨから成る群から選択され、
Ｄは核酸結合性化合物の残部に対する基の結合位置であり、
ただし−ＯＨ、−ＳＨ、−ＮＨ２、−ＮＨ−アルキル、−ＮＨ−アルケニレン、−ＮＨ−アルキニレンまたは−ＮＨ−アリール基の１つまたは２つの水素原子は保護基により置換されている〕
の化合物およびそれらの任意の塩。
【請求項２５】
下記工程：
−  核酸を含有することが推測される試料を準備し、
−  主鎖を含んでなる核酸結合性化合物を準備し、前記主鎖は核塩基に対して塩基対合することができる複素環式基を結合して有し、ここで複素環式基は置換ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンまたはそのアナローグであり、核酸の一部分またはすべてに対して本質的に相補的であることを特徴とし、
−  核酸結合性化合物を核酸に結合させる条件下に前記試料を核酸結合性化合物と接触させてデュプレックスを形成させ、
−  結合性生成物または核酸と核酸結合性化合物との間のハイブリダイゼーションの程度を核酸の存在、不存在または量の測度として決定する、
を含んでなる核酸の存在、不存在または量を決定する方法。
【請求項２６】
下記の工程：
ａ）  定義した配列を有する核酸結合性化合物を準備し、ここで核酸結合性化合物は主鎖を含んでなり、前記主鎖は核塩基に対して塩基対合することができる複素環式基を結合して有し、ここで複素環式基は置換ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンまたはそのアナローグであることを特徴とし、
ｂ）  ２つの関係するヌクレオチド配列を有する核酸を準備し、ヌクレオチド配列の各々はターゲット配列を含んでなり、ここでヌクレオチド配列の一方は核酸結合性化合物に対して完全に相補的であり、そしてセグメントの一方は関係するターゲット配列であり、
ｃ）  ハイブリダイゼーション条件下に核酸を核酸結合性化合物とインキュベートしてデュプレックスを形成し、そして
ｄ）  核酸結合性化合物とセグメントの各々との間のハイブリダイゼーションの程度を決定する、を含んでなる、核酸中の関係するヌクレオチド配列を区別する方法。
【請求項２７】
核酸結合性化合物がリポーター基を含んでなる、請求項２５〜２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】
リポーター基が蛍光性標識である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
核酸結合性化合物が蛍光性標識の蛍光をクエンチするクエンチング剤をさらに含んでなる、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
蛍光性標識がフルオレセインであり、そしてクエンチング剤が蛍光性ローダミンまたはシアニンである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
ハイブリダイゼーションに引き続いて蛍光性標識とクエンチング剤との間の空間的関係を変更する工程をさらに含んでなる、請求項２９〜３０のいずれかに記載の方法。
【請求項３２】
蛍光性標識とクエンチング剤との間の空間的関係を核酸結合性化合物のエキソヌクレアーゼにより達成し、ここでエキソヌクレアーゼの加水分解の結果、標識が解放される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
ハイブリダイゼーションに引き続いて核酸結合性化合物から解放される標識の量により、核酸結合性化合物と核酸との間のハイブリダイゼーションの程度を決定する、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
核酸結合性化合物のプライミング能力により、核酸結合性化合物と核酸との間のハイブリダイゼーションの程度を決定する、請求項２５〜２６のいずれかに記載の方法。
【請求項３５】
ポリメラーゼ連鎖反応の一部分としてプライミングが起こる、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
２以上の核酸結合性化合物を使用する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３７】
２つのの核酸結合性化合物を使用する、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
２つの核酸結合性化合物の第１が蛍光ドナーを含んでなり、そして２つの核酸結合性化合物の第２が蛍光アクセプターを含んでなり、そして蛍光ドナーの放射波長が蛍光アクセプターの吸収波長とオーバーラップする、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
蛍光ドナーと蛍光アクセプターとの間で移動しかつ蛍光アクセプターにより放射された光の量により、ハイブリダイゼーションの程度を測定する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
核酸結合性化合物と核酸との間の溶融温度の測定により、ハイブリダイゼーションの程度を決定する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
下記の工程：
ａ）  ターゲット配列の存在について試験すべき核酸を準備し、
ｂ）  主鎖を含んでなる核酸結合性化合物を準備し、前記主鎖は核塩基に対して塩基対合することができる複素環式基を結合して有し、ここで複素環式基は置換ピラゾロ［３，４−ｄ］ピリミジンまたはそのアナローグであることを特徴とし、核酸結合性化合物はターゲット配列に対して実質的に相補的であり、
ｃ）  核酸および核酸結合性化合物をハイブリダイゼーション条件下にインキュベートし、そして
ｄ）  ハイブリダイゼーションした核酸を同定する、を含んでなる、核酸中のターゲット配列の存在を検出する方法。
【請求項４２】
核酸結合化合物が、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の核酸結合化合物である、請求項２５〜４１のいずれか１項に記載の方法。