【手続補正書】
【提出日】平成16年8月12日(2004.8.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
アミノ酸を含む質量マーカー部と、少なくとも１個のアミド結合を有し開裂可能なリンカーと、アミノ酸を含む質量正規化部とを有してなる質量標識体を２以上含み、該質量標識体の全体質量が同一及び非同一のいずれかであり、前記質量マーカー部の質量が同一及び非同一のいずれかであり、質量が共通である質量マーカー部を有する質量標識体のグループ及び全体の質量が共通である質量標識体のグループのいずれかを含み、前記質量が共通である質量マーカー部を有する質量標識体のグループにおいて各質量標識体が該グループ内の他の全ての質量標識体とは異なる全体質量を有しており、前記全体の質量が共通である質量標識体のグループにおいて各質量標識体の質量マーカー部が該グループ内の他の全ての質量標識体における質量マーカー部とは異なる質量を有しており、各質量標識体は質量分析法における分析において互いに識別可能である質量標識体セット。
【請求項２】
各質量標識体における質量マーカー部の質量が互いに同じであり、各標識体における全体質量が互いに異なる請求項１に記載の質量標識体セット。
【請求項３】
各質量標識体における質量マーカー部が互いに異なり、各質量標識体における全体質量が互いに同じである請求項１から２のいずれかに記載の質量標識体セット。
【請求項４】
各質量マーカー部が互いに共通の構造を有し、またセット中の各質量正規化部が互いに共通の構造を有し、各質量標識体が、更に質量アジャスター部を有し、該質量アジャスター部が、前記質量マーカー部及び前記質量正規化部の少なくともいずれかに隣接して、並びに、前記質量マーカー部及び前記各質量正規化部の少なくともいずれか内に、いずれかに存在する請求項３に記載の質量標識体セット。
【請求項５】
各質量標識体が次の構造を有する請求項４に記載の質量標識体セット。
Ｍ（Ａ）ｙ−Ｌ−Ｘ（Ａ）ｚ
式中、Ｍは、アミノ酸を含む質量正規化部を表し、Ｘは、アミノ酸を含む質量マーカー部を表し、Ａは、質量アジャスター部を表し、Ｌは、アミド結合を含む開裂可能リンカーを表し、ｙ及びｚは、０以上の整数を表し、ｙ＋ｚは、１以上の整数を表す。
【請求項６】
質量アジャスター部が、
（ａ）質量マーカー部及び質量正規化部の少なくともいずれかに存在する同位体置換基、並びに、
（ｂ）質量マーカー部及び質量正規化部の少なくともいずれかに隣接する、置換原子及び置換基のいずれか
から選択される請求項４から５のいずれかに記載の質量標識体セット。
【請求項７】
質量アジャスター部が、ハロゲン原子置換体、メチル基置換体、２Ｈ同位体置換体及び１３Ｃ同位体置換体から選択される請求項６に記載の質量標識体セット。
【請求項８】
質量アジャスター部が、フッ素原子置換体である請求項７に記載の質量標識体セット。
【請求項９】
リンカーが衝突誘発解離によって開裂可能であり、該リンカーの一端に質量マーカー部が結合し他端に質量正規化部が結合する請求項１から８のいずれかに記載の質量標識体セット。
【請求項１０】
リンカーが、プロリン及びアスパラギン酸の少なくともいずれかを含む請求項１から９のいずれかに記載の質量標識体セット。
【請求項１１】
質量マーカー部及び質量正規化部の少なくともいずれかが、開裂抵抗基を含む請求項１から１０のいずれかに記載の質量標識体セット。
【請求項１２】
質量マーカー部が、感受性増強基を含む請求項１から１１のいずれかに記載の質量標識体セット。
【請求項１３】
質量マーカー部及び質量正規化部のいずれかが、反応性官能基を含む請求項１から１２のいずれかに記載の質量標識体セット。
【請求項１４】
各質量標識体が、アフィニティー捕捉リガンドを含む請求項１から１３のいずれかに記載の質量標識体セット。
【請求項１５】
異なる２以上の分析対象物質を含み、該２以上の分析対象物質に、請求項１から１４のいずれかに記載の質量標識体セット中の質量標識体であって互いに異なるものがそれぞれ付着してなることを特徴とする分析対象物質セット。
【請求項１６】
分析対象物質の質量及びクロマトグラフィー特性のいずれかが既知である請求項１５に記載の分析対象物質セット。
【請求項１７】
異なる２以上のプローブを含み、該２以上のプローブに、請求項１から１４のいずれかに記載の質量標識体セット中の質量標識体であって互いに異なるものがそれぞれ付着してなることを特徴とするプローブセット。
【請求項１８】
各分析対象物質及びプローブのいずれかが、質量標識体の独自な組合せに付着しており、各組合せが質量標識体セット中の各質量標識体の有無及びプローブに付着させた各質量標識体の量の少なくともいずれかによって識別される請求項１５から１７のいずれかに記載の分析対象物質セット及びプローブセット。
【請求項１９】
各分析対象物質及びプローブのいずれかが、生体分子を含む請求項１５から１８のいずれかに記載の分析対象物質セット及びプローブセット。
【請求項２０】
生体分子が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、オリゴヌクレオチド、核酸塩基及びタンパク質、並びにアミノ酸の少なくとも一種から選択される請求項１９に記載の分析対象物質セット及びプローブセット。
【請求項２１】
分析対象物質と関連付け得る質量標識体及び質量標識体の組合せのいずれかを質量分析法で同定することによって分析対象物質を検出することを含む分析方法であって、該質量標識体が、請求項１から１４のいずれかに規定した質量標識体セットにおける質量標識体であることを特徴とする分析方法。
【請求項２２】
使用する質量標識体が、アフィニティー捕捉リガンドを含む標識体であり、該アフィニティー捕捉リガンドをカウンターリガンドで捕捉することにより、標識分析対象物質を未標識分析対象物質から分離する請求項２１に記載の分析方法。
【請求項２３】
２以上の分析対象物質を、質量分析法でそれらの質量標識体及び質量標識体の組合せのいずれかを同時に同定することによって検出する請求項２１から２２のいずれかに記載の分析方法。
【請求項２４】
各分析対象物質を質量標識体セット及び系列のいずれかからの独自の組合せによって同定し、各組合せを該セット及び系列いずれか中の各質量標識体の有無及び各質量標識体の量の少なくともいずれかによって識別する請求項２１から２３のいずれかに記載の分析方法。
【請求項２５】
２以上の分析対象物質を同定する方法であって、該分析対象物質を、質量分析法でその質量標識体を検出する前にその質量に応じて分離する請求項２１から２４のいずれかに記載の分析方法。
【請求項２６】
同定する分析対象物質を、使用する分離法において質量及び性状のいずれかが既知の１以上の標準分析対象物質と混合し、分析対象物質の特徴分析を容易にする請求項２５に記載の分析方法。
【請求項２７】
標準分析対象物質が、請求項１６で規定したとおりである請求項２６に記載の分析方法。
【請求項２８】
クロマトグラフィー法及び電気泳動法のいずれかによって分離を実施する請求項２５から２７のいずれかに記載の分析方法。
【請求項２９】
質量標識体の検出に使用する質量分析計が、１以上の質量分析器からなり、該質量分析器が特定の質量及び質量範囲のイオンのいずれかを検出のために通過させる、並びに、イオンを解離させる、少なくともいずれかを可能にする請求項２１から２８のいずれかに記載の分析方法。
【請求項３０】
１以上の既知質量標識体に特異的な特定の質量及び質量範囲のいずれかのイオンを質量分析器によって選択し、選択したイオンを解離させ、解離生成物を検出し、選択した質量標識体を示唆するイオンパターンを同定する請求項２９に記載の分析方法。
【請求項３１】
質量分析計が、３連四重極質量分析器からなる請求項２９から３０のいずれかに記載の分析方法。
【請求項３２】
第１質量分析器を使って、特定の質量及び質量範囲のいずれかのイオンを選択し、第２質量分析器を使って選択したイオンを解離させ、第３質量分析器を使って、得られたイオンを検出する請求項３１に記載の分析方法。
【請求項３３】
方法が以下の段階からなる請求項２１から３２のいずれかに記載の分析方法。
（ａ）１以上の分析対象物質を、プローブセットと接触させ、その場合、該プローブは請求項１７から２０のいずれかで規定した通りであり、
（ｂ）分析対象物質を、該分析対象物質に関連付け可能なプローブを検出することにより同定する。
【請求項３４】
質量標識体を質量分析法で検出する前に、該質量標識体をプローブから開裂させる請求項３３に記載の分析方法。
【請求項３５】
１以上の核酸をハイブリダイゼーションプローブセットと接触させる請求項３３から３４のいずれかに記載の分析方法。
【請求項３６】
１以上の核酸の配列決定法に用いられる請求項２１から３５のいずれかに記載の分析方法。
【請求項３７】
遺伝子発現プロファイリング法に用いられる請求項２１から３５のいずれかに記載の分析方法。
【請求項３８】
タンパク発現プロファイリング法に用いられる請求項２１から３５のいずれかに記載の分析方法。
【請求項３９】
核酸分類法に用いられる請求項２１から３５のいずれかに記載の分析方法。
【請求項４０】
分析対象物質と関連付け得る質量標識体及び質量標識体の組合せのいずれかを質量分析法で同定することによって分析対象物質を検出することを含む分析方法であって、該質量標識体が、請求項１から１４のいずれかに規定した質量標識体セットにおける質量標識体であることを特徴とする２次元電気泳動分析方法。
【請求項４１】
分析対象物質と関連付け得る質量標識体及び質量標識体の組合せのいずれかを質量分析法で同定することによって分析対象物質を検出することを含む分析方法であって、該質量標識体が、請求項１から１４のいずれかに規定した質量標識体セットにおける質量標識体であることを特徴とする２次元質量分析方法。