【手続補正書】
【提出日】平成16年11月8日(2004.11.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  第１のポリヌクレオチドと第２のポリヌクレオチドとの間のヌクレオチド配列における変異の存在および同一性を決定する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）該第１のポリヌクレオチドのサンプルを提供する工程；
ｂ）該変異を含む可能性のある該第１のポリヌクレオチドの領域を選択する工程；
ｃ）該選択された領域を、鋳型生成増幅反応に供し、該選択された領域を含む第１の複数の二本鎖ポリヌクレオチド鋳型を生成する工程；
ｄ）該変異を含む可能性のある該鋳型の領域を選択する工程；
ｅ）標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第１のファミリーを、以下、
ｉ）第１のプライマーおよび第２のプライマーを含む、少なくとも２つのプライマーのセット、
ｉｉ）２つのワトソン−クリック対合塩基の少なくとも２つの異なるセットを含む、少なくとも４つの型のヌクレオチド三リン酸、および
ｉｉｉ）第１のターミネーターおよび第２のターミネーターを含む、２つの型のフラグメントターミネーター；
を含むフラグメント生成反応によって同時に該鋳型の両鎖から生成する工程であって、
ここで、該第１のプライマーおよび該第２のプライマーが、該鋳型鎖の該選択された領域に隣接し；
ここで、該第１のプライマーが第１のプライマー標識を有し、そして該第２のプライマーが第２のプライマー標識を有し；
ここで、該型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第１のヌクレオチド標識で標識され；
ここで、該第１のターミネーターおよび該第２のターミネーターが、非ワトソン−クリック対合であり；
ここで、該第１のターミネーターが第１のターミネーター標識で標識され、そして該第２のターミネーターが第２のターミネーター標識で標識され；
ここで、該第１のプライマー標識、該第２のプライマー標識、該第１のヌクレオチド標識、該第１のターミネーター標識および該第２のターミネーター標識の各々が、互いに全て識別可能であり；
ここで、該フラグメントの第１のファミリーが、該フラグメントの３’末端で該第１のターミネーターまたは該第２のターミネーターのいずれかによって終結され；そして
ここで、該フラグメントの第１のファミリーが、該第１のターミネーターまたは該第２のターミネーターのいずれかによって示される、プライマーによって隣接される両方の鋳型鎖の該選択された領域の一部分の可能な各塩基で終結する少なくとも１つのフラグメントを含む、工程；ならびに
ｆ）該フラグメントに存在する該第１のプライマー標識、該第２のプライマー標識、該第１のヌクレオチド標識、該第１のターミネーター標識および該第２のターミネーター標識を検出することによって該第１のポリヌクレオチドの該選択された領域における該塩基の位置および同一性を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】  決定された前記塩基の位置および同一性を、第２のポリヌクレオチドからの塩基の位置および同一性と比較して、それによって、前記第１のポリヌクレオチドの前記選択された領域における該塩基の位置および同一性を決定する工程の後に、該第１のポリヌクレオチドの該選択された領域と該第２のポリヌクレオチドの対応する領域との間のヌクレオチド配列における変異の存在および同一性を同定する工程、をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  前記第１のポリヌクレオチドの前記選択された領域が、該第１のポリヌクレオチド上に複数の不連続の配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】  前記鋳型生成増幅反応が、前記選択された領域をＰＣＲに供することを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】  前記鋳型生成増幅反応が、前記選択された領域をＲＴ−ＰＣＲに供することを包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】  前記第１の複数の二本鎖ポリヌクレオチド鋳型が、鎖あたり約５０〜５０，０００ヌクレオチドの二本鎖の核酸鎖を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】  前記選択された領域を鋳型生成増幅反応に供した後に、他の増幅反応成分を除去するために前記鋳型を精製する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】  前記フラグメント生成増幅反応が、前記選択された領域をＰＣＲに供する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】  前記フラグメント生成増幅反応が、前記選択された領域をＲＴ−ＰＣＲに供する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】  前記鋳型鎖の前記選択された領域が、鎖あたり約１００〜１０００ヌクレオチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】  前記少なくとも４つの型のヌクレオチド三リン酸が、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰおよびｄＴＴＰを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】  前記少なくとも４つの型のヌクレオチド三リン酸が、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰおよびｄＵＴＰを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】  前記ターミネーターが２’−３’−ジデオキシターミネーターである、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】  前記第１のターミネーターがピリミジンヌクレオチドを含み、前記第２のターミネーターがプリンヌクレオチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】  前記第１のターミネーターおよび前記第２のターミネーターが、ｄｄＡＴＰ：ｄｄＣＴＰ、ｄｄＡＴＰ：ｄｄＧＴＰ、ｄｄＣＴＰ：ｄｄＴＴＰおよびｄｄＧＴＰ：ｄｄＴＴＰからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】  前記第１のターミネーターおよび前記第２のターミネーターが、ｄｄＡＴＰ：ｄｄＣＴＰ、ｄｄＡＴＰ：ｄｄＧＴＰ、ｄｄＣＴＰ：ｄｄＵＰおよびｄｄＧＴＰ：ｄｄＵＴＰからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】  前記第１のプライマー標識、前記第２のプライマー標識、前記第１のヌクレオチド標識、前記第１のターミネーター標識および前記第２のターミネーター標識が、蛍光標識、蛍光エネルギー移動標識、ルミネッセンス標識、化学ルミネッセンス標識、リン光標識およびフォトルミネッセンス標識からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】  第１のヌクレオチド標識で標識された前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの一部分が、標識されていないヌクレオチド三リン酸の総濃度の約１％〜約１０％を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】  前記第１のポリヌクレオチドの前記選択された領域中の前記塩基の位置および同一性を決定する工程の前に、前記フラグメント生成反応から標識された反応生成物を精製する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】  前記第２のポリヌクレオチドの前記対応する領域の配列が、以下の工程：
ａ）該第２のポリヌクレオチドのサンプルを提供する工程；
ｂ）前記変異を含む可能性のある前記第１のポリヌクレオチドの領域に対応する該第２のポリヌクレオチドの領域を選択する工程；
ｃ）該第２のポリヌクレオチドの該対応する領域を、鋳型生成増幅反応に供し、該対応する領域を含む第２の複数の二本鎖ポリヌクレオチド鋳型を生成する工程；
ｄ）標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーを、以下、
ｉ）第３のプライマーおよび第４のプライマーを含む少なくとも２つのプライマーのセット、
ｉｉ）２つのワトソン−クリック対合塩基の少なくとも２つの異なるセットを含む、少なくとも４つの型のヌクレオチド三リン酸、
ｉｉｉ）第３のターミネーターおよび第４のターミネーターを含む、２つの型のフラグメントターミネーター；
を含むフラグメント生成反応によって同時に該鋳型の両鎖から生成する工程であって、
ここで、該第３のプライマーおよび該第４のプライマーが、該鋳型鎖の該選択された領域に隣接し；
ここで、該第３のターミネーターおよび該第４のターミネーターが非ワトソン−クリック対合であり；
ここで、該フラグメントの第２のファミリーの各々が、該フラグメントの３’末端で該第３のターミネーターまたは該第４のターミネーターのいずれかによって終結され；そして
ここで、該フラグメントの第２のファミリーが、プライマーによって隣接される両方の鋳型鎖の該選択された領域の一部分の、該第３のターミネーターまたは該第４のターミネーターのいずれかによって示される、各々可能な塩基で終結する少なくとも１つのフラグメントを含む、工程；
ｅ）該第２のポリヌクレオチドの該対応する領域において少なくともいくつかの該塩基の位置および同一性を決定する工程、
によって決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】  前記第２のポリヌクレオチドの前記対応する領域の配列が、前記第１のポリヌクレオチドの選択された領域における塩基の位置および同一性を決定する工程と同時に決定される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】  前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第１のファミリーを生成する工程、および前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーを生成する工程が、１つの反応において実施される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】  前記第３のプライマーが第３のプライマー標識を有し、そして前記第４のプライマーが第４のプライマー標識を有し、そしてここで、該第３のプライマー標識および該第４のプライマー標識が互いに全て識別可能である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２４】  前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーの生成において前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第２のヌクレオチド標識で標識される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】  前記第３のターミネーターが第３のターミネーター標識で標識され、そして前記第４のターミネーターが第４のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第３のターミネーター標識および該第４のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２６】  前記第３のプライマーが第３のプライマー標識を有し、前記第４のプライマーが第４のプライマー標識を有し、そして前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーの生成において前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第２のヌクレオチド標識で標識され、そしてここで、該第３のプライマー標識、該第４のプライマー標識および該第２のヌクレオチド標識が互いに全て識別可能である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２７】  前記第３のプライマーが第３のプライマー標識を有し、前記第４のプライマーが第４のプライマー標識を有し、前記第３のターミネーターが第３のターミネーター標識で標識され、そして前記第４のターミネーターが第４のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第３のプライマー標識、該第４のプライマー標識、該第３のターミネーター標識および該第４のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２８】  前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーの生成において前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第２のヌクレオチド標識で標識され、ここで、前記第３のターミネーターが第３のターミネーター標識で標識され、そして前記第４のターミネーターが第４のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第２のヌクレオチド標識、該第３のターミネーター標識および該第４のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２９】  前記第３のプライマーが第３のプライマー標識を有し、前記第４のプライマーが第４のプライマー標識を有し、前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーの生成において前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第２のヌクレオチド標識で標識され、前記第３のターミネーターが第３のターミネーター標識で標識され、そして前記第４のターミネーターが第４のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第３のプライマー標識、該第４のプライマー標識、該第２のヌクレオチド標識、該第３のターミネーター標識および該第４のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項２０に記載の方法。
【請求項３０】  第１のポリヌクレオチドと第２のポリヌクレオチドとの間のヌクレオチド配列における変異の存在および同一性を決定する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）該第１のポリヌクレオチドのサンプルを提供する工程；
ｂ）該変異を含む可能性のある該第１のポリヌクレオチドの領域を選択する工程；
ｃ）該選択された領域を、鋳型生成増幅反応に供し、該選択された領域を含む第１の複数の二本鎖ポリヌクレオチド鋳型を生成する工程；
ｄ）該変異を含む可能性のある該鋳型の領域を選択する工程；
ｅ）標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第１のファミリーを、以下、
ｉ）第１のプライマーおよび第２のプライマーを含む少なくとも２つのプライマーのセット、
ｉｉ）２つのワトソン−クリック対合塩基の少なくとも２つの異なるセットを含む、少なくとも４つの型のヌクレオチド三リン酸、および
ｉｉｉ）第１のターミネーターおよび第２のターミネーターを含む、２つの型のフラグメントターミネーター；
を含むフラグメント生成反応によって同時に該鋳型の両鎖から生成する工程であって、
ここで、該第１のプライマーおよび該第２のプライマーが、該鋳型鎖の該選択された領域に隣接し；
ここで、該第１のターミネーターおよび該第２のターミネーターが、非ワトソン−クリック対合であり；
ここで、該フラグメントの第１のファミリーの各々が、該フラグメントの３’末端で第１のターミネーターまたは第２のターミネーターのいずれかによって終結され；そして
ここで、該フラグメントの第１のファミリーが、プライマーによって隣接される両方の鋳型鎖の該選択された領域の一部分の、該第１のターミネーターまたは該第２のターミネーターのいずれかによって示される、各々可能な塩基で終結する少なくとも１つのフラグメントを含む工程；ならびに
ｆ）該選択された領域における該塩基の位置および同一性を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項３１】  決定された前記塩基の位置および同一性を、第２のポリヌクレオチドからの塩基の位置および同一性と比較して、それによって、前記第１のポリヌクレオチドの前記選択された領域における塩基の位置および同一性を決定する工程の後に、該第１のポリヌクレオチドの該選択された領域と該第２のポリヌクレオチドの対応する領域との間のヌクレオチド配列における変異の存在および同一性を同定する工程、をさらに包含する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】  前記第１のプライマーが第１のプライマー標識を有し、そして前記第２のプライマーが第２のプライマー標識を有し、そしてここで、該第１のプライマー標識および該第２のプライマー標識が互いに全て識別可能である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】  前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第１のヌクレオチド標識で標識される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】  前記第１のターミネーターが第１のターミネーター標識で標識され、そして前記第２のターミネーターが第２のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第１のターミネーター標識および該第２のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】  前記第１のプライマーが第１のプライマー標識を有し、前記第２のプライマーが第２のプライマー標識を有し、そして前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第１のヌクレオチド標識で標識され、そしてここで、該第１のプライマー標識、該第２のプライマー標識および該第１のヌクレオチド標識が互いに全て識別可能である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３６】  前記第１のプライマーが第１のプライマー標識を有し、前記第２のプライマーが第２のプライマー標識を有し、前記第１のターミネーターが第１のターミネーター標識で標識され、そして前記第２のターミネーターが第２のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第１のプライマー標識、該第２のプライマー標識、該第１のターミネーター標識および該第２のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３７】  前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第１のヌクレオチド標識で標識され、ここで、前記第１のターミネーターが第１のターミネーター標識で標識され、そして前記第２のターミネーターが第２のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第１のヌクレオチド標識、該第１のターミネーター標識および該第２のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項３０に記載の方法
【請求項３８】  前記第１のプライマーが第１のプライマー標識を有し、前記第２のプライマーが第２のプライマー標識を有し、前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第１のヌクレオチド標識で標識され、前記第１のターミネーターが第１のターミネーター標識で標識され、そして前記第２のターミネーターが第２のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第１のプライマー標識、該第２のプライマー標識、該第１のヌクレオチド標識、該第１のターミネーター標識および該第２のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３９】  前記第１のポリヌクレオチドの前記選択された領域が、該第１のポリヌクレオチド上に複数の不連続の配列を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項４０】  前記鋳型生成増幅反応が、前記選択された領域をＰＣＲに供する工程を包含する、請求項３０に記載の方法。
【請求項４１】  前記鋳型生成増幅反応が、前記選択された領域をＲＴ−ＰＣＲに供する工程を包含する、請求項３０に記載の方法。
【請求項４２】  前記第１の複数の二本鎖ポリヌクレオチド鋳型が、鎖あたり約５０〜５０，０００ヌクレオチドの二本鎖の核酸鎖を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項４３】  前記選択された領域を鋳型生成増幅反応に供した後に、他の増幅反応成分を除去するために前記鋳型を精製する工程をさらに包含する、請求項３０に記載の方法。
【請求項４４】  前記フラグメント生成増幅反応が、前記選択された領域をＰＣＲに供する工程を包含する、請求項３０に記載の方法。
【請求項４５】  前記フラグメント生成増幅反応が、前記選択された領域をＲＴ−ＰＣＲに供する工程を包含する、請求項３０に記載の方法。
【請求項４６】  前記鋳型鎖の前記選択された領域が、鎖あたり約１００〜１０００ヌクレオチドである、請求項３０に記載の方法。
【請求項４７】  前記少なくとも４つの型のヌクレオチド三リン酸が、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰおよびｄＴＴＰを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項４８】  前記少なくとも４つの型のヌクレオチド三リン酸が、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰおよびｄＵＴＰを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項４９】  前記ターミネーターが２’−３’−ジデオキシターミネーターである、請求項３０に記載の方法。
【請求項５０】  前記第１のターミネーターがピリミジンヌクレオチドを含み、かつ前記第２のターミネーターがプリンヌクレオチドを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項５１】  前記第１のターミネーターおよび前記第２のターミネーターが、ｄｄＡＴＰ：ｄｄＣＴＰ、ｄｄＡＴＰ：ｄｄＧＴＰ、ｄｄＣＴＰ：ｄｄＴＴＰおよびｄｄＧＴＰ：ｄｄＴＴＰからなる群より選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項５２】  前記第１のターミネーターおよび前記第２のターミネーターが、ｄｄＡＴＰ：ｄｄＣＴＰ、ｄｄＡＴＰ：ｄｄＧＴＰ、ｄｄＣＴＰ：ｄｄＵＴＰおよびｄｄＧＴＰ：ｄｄＵＴＰからなる群より選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項５３】  前記第１のプライマー標識、前記第２のプライマー標識、前記第１のヌクレオチド標識、前記第１のターミネーター標識および前記第２のターミネーター標識が、蛍光標識、蛍光エネルギー移動標識、ルミネッセンス標識、化学ルミネッセンス標識、リン光標識およびフォトルミネッセンス標識からなる群より選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項５４】  第１のヌクレオチド標識で標識された前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの一部分が、標識されていないヌクレオチド三リン酸の総濃度の約１％〜約１０％を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項５５】  前記第１のポリヌクレオチドの選択された領域中の塩基の位置および同一性を決定する工程の前に、前記フラグメント生成反応から標識された反応生成物を精製する工程をさらに包含する、請求項３０に記載の方法。
【請求項５６】  前記第１のプライマー、前記第２のプライマー、前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの一部分、前記第１のターミネーターおよび前記第２のターミネーターの１つ以上が標識され、そしてここで、前記第１のポリヌクレオチドの前記選択された領域における前記塩基の位置および同一性を決定する工程が該標識を検出する工程によって達成される、請求項３０に記載の方法。
【請求項５７】  前記第２のポリヌクレオチドの前記対応する領域の配列が、以下の工程：
ａ）該第２のポリヌクレオチドのサンプルを提供する工程；
ｂ）前記変異を含む可能性のある前記第１のポリヌクレオチドの領域に対応する該第２のポリヌクレオチドの領域を選択する工程；
ｃ）該第２のポリヌクレオチドの該対応する領域を、鋳型生成増幅反応に供し、該対応する領域を含む第２の複数の二本鎖ポリヌクレオチド鋳型を生成する工程；
ｄ）標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーを、以下、
ｉ）第３のプライマーおよび第４のプライマーを含む少なくとも２つのプライマーのセット、
ｉｉ）２つのワトソン−クリック対合塩基の少なくとも２つの異なるセットを含む、少なくとも４つの型のヌクレオチド三リン酸；および
ｉｉｉ）第３のターミネーターおよび第４のターミネーターを含む、２つの型のフラグメントターミネーター；
を含むフラグメント生成反応によって同時に該鋳型の両鎖から生成する工程であって、
ここで、該第３のプライマーおよび該第４のプライマーが、該鋳型鎖の該選択された領域に隣接し；
ここで、該第３のターミネーターおよび該第４のターミネーターが非ワトソン−クリック対合であり；
ここで、該フラグメントの第２のファミリーの各々が、該フラグメントの３’末端で該第３のターミネーターまたは該第４のターミネーターのいずれかによって終結され；そして
ここで、該フラグメントの第２のファミリーが、プライマーによって隣接される両方の鋳型鎖の該選択された領域の一部分の、該第３のターミネーターまたは該第４のターミネーターのいずれかによって示される、各々可能な塩基で終結する少なくとも１つのフラグメントを含む工程；
ｅ）該第２のポリヌクレオチドの対応する領域において少なくともいくつかの該塩基の位置および同一性を決定する工程、
によって決定される、請求項３０に記載の方法。
【請求項５８】  前記第２のポリヌクレオチドの前記対応する領域の配列が、前記第１のポリヌクレオチドの前記選択された領域における塩基の位置および同一性を決定する工程と同時に決定される、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】  前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第１のファミリーを生成する工程、および前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーを生成する工程が、１つの反応において実施される、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】  前記第３のプライマーが第３のプライマー標識を有し、そして前記第４のプライマーが第４のプライマー標識を有し、そしてここで、該第３のプライマー標識および該第４のプライマー標識が互いに全て識別可能である、請求項５７に記載の方法。
【請求項６１】  前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーの生成において前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第２のヌクレオチド標識で標識される、請求項５７に記載の方法。
【請求項６２】  前記第３のターミネーターが第３のターミネーター標識で標識され、そして前記第４のターミネーターが第４のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第３のターミネーター標識および該第４のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項５７に記載の方法。
【請求項６３】  前記第３のプライマーが第３のプライマー標識を有し、前記第４のプライマーが第４のプライマー標識を有し、そして前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーの生成において前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第２のヌクレオチド標識で標識され、そしてここで、該第３のプライマー標識、該第４のプライマー標識および該第２のヌクレオチド標識が互いに全て識別可能である、請求項５７に記載の方法。
【請求項６４】  前記第３のプライマーが第３のプライマー標識を有し、前記第４のプライマーが第４のプライマー標識を有し、前記第３のターミネーターが第３のターミネーター標識で標識され、そして前記第４のターミネーターが第４のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第３のプライマー標識、該第４のプライマー標識、該第３のターミネーター標識および該第４のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項５７に記載の方法。
【請求項６５】  前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーの生成において前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第２のヌクレオチド標識で標識され、ここで、前記第３のターミネーターが第３のターミネーター標識で標識され、そして前記第４のターミネーターが第４のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第２のヌクレオチド標識、該第３のターミネーター標識および該第４のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項５７に記載の方法。
【請求項６６】  前記第１のプライマーが第１のプライマー標識を有し、前記第２のプライマーが第２のプライマー標識を有し、前記第３のプライマーが第３のプライマー標識を有し、前記第２のプライマーが第２のプライマー標識を有し、前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第１のファミリーの生成において前記型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第１のヌクレオチド標識で標識され、前記標識された直鎖状のポリヌクレオチドフラグメントの第２のファミリーの生成において該型のヌクレオチド三リン酸の１つの少なくとも一部分が、第２のヌクレオチド標識で標識され、前記第１のターミネーターが第１のターミネーター標識で標識され、前記第２のターミネーターが第２のターミネーター標識で標識され、前記第３のターミネーターが第３のターミネーター標識で標識され、そして前記第４のターミネーターが第４のターミネーター標識で標識され、そしてここで、該第１のプライマー標識、該第２のプライマー標識、該第３のプライマー標識、該第４のプライマー標識、該第１のヌクレオチド標識、該第２のヌクレオチド標識、該第１のターミネーター標識、該第２のターミネーター標識、該第３のターミネーター標識および該第４のターミネーター標識が互いに全て識別可能である、請求項５７に記載の方法。