【手続補正書】
【提出日】平成15年5月28日(2003.5.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
長さが少なくとも７アミノ酸残基であり、かつ、自己免疫疾患に関連するＭＨＣクラスIIタンパクに結合することができる合成ペプチドであって、当該合成ペプチドは、II型コラーゲン２６１−２７３ペプチドよりもＭＨＣクラスIIタンパクの抗原結合グルーブに対してより大きい親和性で結合し、ここで当該合成ペプチドが、アラニン−グルタミン酸−リシン−チロシン−アラニン（ＡＥＫＹＡ）、アラニン−グルタミン酸−リシン−バリン−アラニン（ＡＥＫＶＡ）、およびアラニン−グルタミン酸−リシン−フェニルアラニン−アラニン（ＡＥＫＦＡ）、アラニン−リシン−チロシン−アラニン−グルタミン酸（ＡＫＹＡＥ）、グルタミン酸−アラニン−リシン−チロシン−アラニン（ＥＡＫＹＡ）、アラニン−リシン−バリン−アラニン−グルタミン酸（ＡＫＶＡＥ）、およびグルタミン酸−アラニン−リシン−バリン−アラニン（ＥＡＫＶＡ）、アラニン−リシン−フェニルアラニン−アラニン−グルタミン酸（ＡＫＦＡＥ）、およびグルタミン酸−アラニン−リシン−フェニルアラニン−アラニン（ＥＡＫＦＡ）よりなる群から選択される配列を含む、当該合成ペプチド。
【請求項２】
自己免疫疾患が、関節炎の状態である、請求項１記載のペプチド。
【請求項３】
関節炎の状態が、リューマチ性関節炎である、請求項２記載のペプチド。
【請求項４】
ペプチドが７〜１００アミノ酸残基の長さである、請求項１記載のペプチド。
【請求項５】
医薬的に許容可能な担体中で単一用量として製剤化されている、請求項１記載のペプチド。
【請求項６】
実質的に純粋である、請求項１記載のペプチド。
【請求項７】
関節炎の状態及び脱髄状態よりなる群から選択される自己免疫疾患を患う個体において治療活性を有する合成ペプチドを含む組成物であって、ペプチドが、グルタミン酸、リシンおよびアラニン、およびチロシン、バリンおよびフェニルアラニンからなる群から選択されるアミノ酸、の各アミノ酸の少なくとも１つを有するアミノ酸配列を有し、当該ペプチドが、ＭＨＣクラスIIのＤＲ−１、ＤＲ−２、及びＤＲ−４よりなる群から選択されるＭＨＣクラスIIタンパクに高い親和性を有する、当該組成物。
【請求項８】
ペプチドが、７〜１００アミノ酸の長さである、請求項７記載の組成物。
【請求項９】
ペプチドが、７〜５０アミノ酸の長さである、請求項８記載の組成物。
【請求項１０】
ペプチドが、７〜２５アミノ酸の長さである、請求項９記載の組成物。
【請求項１１】
ペプチドが、７〜１５アミノ酸の長さである、請求項１０記載の組成物。
【請求項１２】
個体におけるペプチドのプロテアーゼ分解を阻害するのに充分な量で残基の位置にアミノ酸アナログを含む、請求項７記載の組成物。
【請求項１３】
以下のものからなる群から選択されるアミノ酸配列を有する単離されたペプチド組成物：ＡＫＥＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号７）、ＡＡＥＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１２）、ＡＡＫＹＡＥＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１５）、およびＥＡＫＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１８）。
【請求項１４】
チロシン（Ｙ）が、バリン（Ｖ）またはフェニルアラニン（Ｆ）で置換されている、請求項１３記載のペプチドのいずれかの単離されたペプチド。
【請求項１５】
以下のものからなる群から選択されるアミノ酸配列を有する単離されたペプチド組成物：ＡＥＫＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号６）、ＡＫＥＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号７）、ＫＥＡＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１０）、ＡＥＥＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１１）、ＡＡＥＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１２）、ＥＫＡＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１３）、ＡＡＫＹＥＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１４）、ＡＡＫＹＡＥＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１５）、ＥＡＡＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１６）、ＥＫＫＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１７）、ＥＡＫＹＡＡＡＡＡＡＫＡＡＡＡ（配列番号１８）、ＡＫＫＹＥＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ（配列番号２１）、ＡＡＥＹＫＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ（配列番号２６）、ＡＡＫＹＥＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ（配列番号２８）、ＡＡＫＹＡＥＡＡＡＡＡＡＡＡＡ（配列番号２９）、ＡＥＹＡＫＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ（配列番号３２）、ＡＥＫＡＹＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ（配列番号３３）、ＡＹＫＡＥＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ（配列番号３５）、およびＡＫＹＡＥＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ（配列番号３６）。
【請求項１６】
チロシン（Ｙ）が、バリン（Ｖ）またはフェニルアラニン（Ｆ）で置換されている、請求項１５記載の配列のいずれかの単離されたペプチド。
【請求項１７】
個体における自己抗原に対する免疫応答を阻害することができるアミノ酸配列を有する単離されたペプチド組成物であって、ＭＨＣクラスII  ＤＲタンパクのペプチド結合グルーブの抗原結合ポケットに相当するペプチドのアミノ酸配列中の位置が、特定のアミノ酸として同定される、ペプチド組成物。
【請求項１８】
自己抗原が、多発性硬化症およびリューマチ性関節炎からなる群から選択される状態と関連する、請求項１７記載の単離されたペプチド組成物。
【請求項１９】
ＭＨＣクラスIIタンパクが、ＭＨＣクラスII  ＨＬＡ−ＤＲ１タンパク、およびＭＨＣクラスII  ＨＬＡ−ＤＲ４タンパクからなる群から選択される、請求項１７記載の単離されたペプチド組成物。
【請求項２０】
ＭＨＣクラスIIタンパクが、ＭＨＣクラスII  ＨＬＡ−ＤＲ２タンパクである、請求項１７記載の単離されたペプチド組成物。
【請求項２１】
ＭＨＣクラスIIペプチド結合グルーブのＰ１ポケットに相当する配列の位置のアミノ酸残基が、チロシン、バリン、およびフェニルアラニンからなる群から選択される、請求項１７記載の単離されたペプチド組成物。
【請求項２２】
ＭＨＣクラスIIペプチド結合グルーブのＰ１ポケットに相当する配列の最初のアミノ酸位置のアミノ酸残基が、アラニンである、請求項１７記載の単離されたペプチド組成物。
【請求項２３】
ＭＨＣクラスIIペプチド結合グルーブのＰ１ポケットに相当する配列の最初のアミノ酸位置から８残基越えて位置するアミノ酸残基が、リシン残基およびアラニン残基からなる群から選択される、請求項１７記載の単離されたペプチド組成物。
【請求項２４】
第一のペプチド配列および第二のペプチド配列を含む医薬調製物であって、調製物が、ともに請求項１７記載の異なるアミノ酸配列の第一のペプチドおよび第二のペプチドの医薬的に許容可能な担体中の混合物であり、第一の配列がさらにリシン残基を有し、第二の配列がＭＨＣクラスIIペプチド結合グルーブのＰ１ポケットに相当するアミノ酸を越えて８残基に相当するアミノ酸位置にアラニン残基を有する、当該医薬調製物。
【請求項２５】
合成ペプチドヘテロポリマー分子の混合物中のＭＨＣクラスIIアミノ酸結合モチーフを同定する方法であって、ここで、当該ＭＨＣクラスIIタンパクは自己免疫疾患に関連し、前記ヘテロポリマー分子は特定のモル比の成分アミノ酸を有するランダム配列であり、
（ａ）合成ヘテロポリマー分子の混合物を精製組換えＭＨＣクラスIIタンパク分子に結合させて、ヘテロポリマー−ＭＨＣタンパク複合体を形成させる工程；
（ｂ）前記ヘテロポリマー−ＭＨＣタンパク複合体から突出しているヘテロポリマー分子のアミノ末端アミノ酸残基をアミノペプチダーゼ酵素消化により除去して、ＭＨＣクラスIIタンパク複合体内に整列アミノ末端及びコンセンサス結合モチーフを有するヘテロポリマーを生成させる工程（ここで、当該結合モチーフは、得られるヘテロポリマー分子のアミノ末端に位置する）；
（ｃ）前記複合体を解離させることにより、前記得られる整列ヘテロポリマーをＭＨＣタンパクから溶出させる工程；および、
（ｄ）前記溶出させた整列ヘテロポリマーのアミノ末端からのアミノ酸配列を決定し、結合モチーフを同定する工程；
を含む、当該方法。
【請求項２６】
付加的な工程（ｅ）が、前記溶出させた整列ヘテロポリマー分子のアミノ酸配列を合成ヘテロポリマー組成物のアミノ酸配列と比較することを含む、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】
自己免疫疾患が関節炎の状態である、請求項２５記載の方法。
【請求項２８】
付加的な工程（ｅ）が、複数のペプチド組成物を合成することを含み、ここで各ペプチド組成物が、結合モチーフを包含するアミノ酸配列を有する、請求項２５記載の方法。
【請求項２９】
付加的な工程（ｆ）が、ＭＨＣクラスIIタンパクに対する各々の合成ペプチドの親和性を決定することを含む、請求項２８記載の方法。
【請求項３０】
自己免疫疾患が脱髄状態である、請求項２５記載の方法。
【請求項３１】
脱髄状態が多発性硬化症である、請求項３０記載の方法。
【請求項３２】
ＭＨＣクラスIIがＤＲ１及びＤＲ４からなる群から選択される、請求項２７記載の方法。
【請求項３３】
関節炎の状態が、リューマチ性関節炎である、請求項２７記載の方法。
【請求項３４】
ＭＨＣクラスIIがＤＲ２である、請求項３０記載の方法。
【請求項３５】
合成へテロポリマー分子の混合物を結合する工程に、チロシン（Ｙ）、フェニルアラニン（Ｆ）、アラニン（Ａ）、グルタミン酸（Ｅ）、及びリシン（Ｋ）からなる群から選択される成分アミノ酸を有するヘテロポリマー分子を提供する工程をさらに含む、請求項２５記載の方法。
【請求項３６】
各ペプチド組成物を合成する工程に、チロシン（Ｙ）、フェニルアラニン（Ｆ）、アラニン（Ａ）、グルタミン酸（Ｅ）、及びリシン（Ｋ）からなる群からアミノ酸を選択する工程を含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３７】
自己免疫疾患が脱髄状態である、請求項１記載のペプチド。
【請求項３８】
脱髄状態が多発性硬化症である、請求項３７記載のペプチド。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００８】
概要
本発明の一つの態様において、芳香族酸、負に荷電したアミノ酸、正に荷電したアミノ酸、および脂肪族アミノ酸からなるアミノ酸の群から選択される残基を含むアミノ酸配列を有する合成ペプチドであって、長さが少なくとも７アミノ酸残基であり、かつ、自己免疫疾患に関連するＭＨＣクラスIIタンパクに結合することができる合成ペプチドである、組成物が提供される。したがって、芳香族アミノ酸は、チロシン（Ｙ）、バリン（Ｖ）、およびフェニルアラニン（Ｆ）からなる群から選択され、正に荷電したアミノ酸はリシン（Ｋ）であり、その配列はリシン−チロシン（ＫＹ）、リシン−バリン（ＫＶ）、およびリシン−フェニルアラニン（ＫＦ）からなる群から選択される。さらに、提供される組成物において、脂肪族であるアミノ酸がアラニン（Ａ）であり、その配列は、グルタミン酸−リシン−チロシン−アラニン（ＥＫＹＡ）、グルタミン酸−リシン−バリン−アラニン（ＥＫＶＡ）、およびグルタミン酸−リシン−フェニルアラニン−アラニン（ＥＫＦＡ）から選択される。その組成物は、さらにアミノ末端アラニンを含むことができ、その配列は、アラニン−グルタミン酸−リシン−チロシン−アラニン（ＡＥＫＹＡ）、アラニン−グルタミン酸−リシン−バリン−アラニン（ＡＥＫＶＡ）、およびアラニン−グルタミン酸−リシン−フェニルアラニン−アラニン（ＡＥＫＦＡ）からなるアミノ酸配列の群から選択される。本発明の態様である合成ペプチドは、例えば関節炎の状態（例えばリューマチ性関節炎）のような自己免疫疾患に関連するＭＨＣクラスIIタンパクに結合することができる。別の態様においては、本発明の態様である合成ペプチド組成物は、アラニンである脂肪族アミノ酸を有し、そのアミノ酸配列は、リシン−グルタミン酸−チロシン−アラニン（ＫＥＹＡ）、リシン−チロシン−アラニン−グルタミン酸（ＫＹＡＥ）、リシン−グルタミン酸−バリン−アラニン（ＫＥＶＡ）、リシン−バリン−アラニン−グルタミン酸（ＫＶＡＥ）、リシン−グルタミン酸−フェニルアラニン−アラニン（ＫＥＦＡ）、およびリシン−フェニルアラニン−アラニン−グルタミン酸（ＫＦＡＥ）からなる群から選択される。脂肪族アミノ酸がアラニン（Ａ）であるさらに別の態様においては、アミノ酸配列は、リシン−チロシン−アラニン−アラニン（ＫＹＡＡ）またはリシン−リシン−チロシン−アラニン（ＫＫＹＡ）、リシン−バリン−アラニン−アラニン（ＫＶＡＡ）またはリシン−リシン−バリン−アラニン（ＫＫＶＡ）、リシン−フェニルアラニン−アラニン−アラニン（ＫＦＡＡ）、およびリシン−リシン−フェニルアラニン−アラニン（ＫＫＦＡ）からなるアミノ酸配列の群から選択される。この態様においては、ペプチドは、２個のアラニン残基をさらに含むことができ、そのアミノ酸配列は、アラニン−リシン−チロシン−アラニン−グルタミン酸（ＡＫＹＡＥ）、グルタミン酸−アラニン−リシン−チロシン−アラニン（ＥＡＫＹＡ）、アラニン−リシン−バリン−アラニン−グルタミン酸（ＡＫＶＡＥ）；およびグルタミン酸−アラニン−リシン−バリン−アラニン（ＥＡＫＶＡ）、およびアラニン−リシン−フェニルアラニン−アラニン−グルタミン酸（ＡＫＦＡＥ）；および��ルタミン酸−アラニン−リシン−フェニルアラニン−アラニン（ＥＡＫＦＡ））からなる群から選択されることができる。本発明のこの態様のペプチド組成物は、長さが７〜１００アミノ酸残基であることができる。


【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４７】
水溶性ＨＬＡ−ＤＲ１分子を、異種宿主細胞、例えば、組換えバキュロウイルスで感染された昆虫細胞（Ｓｔｅｒｎ，Ｌ．Ｊ．ら、１９９２年、Ｃｅｌｌ  ６８：４６５）、特に、上記Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  Ｓ２細胞において組換えにより産生させた。結合分析は、二連で、５０μｌの結合緩衝液中のビオチニル化されたＹＥＡＫ、ＹＥＡ、ＹＡＫ、ＥＡＫ、またはＹＥＫ（最終濃度１．５μｌ）を、濃度を変えた非標識阻害剤（ＹＥＡ、ＹＡＫ、ＥＡＫ、ＹＥＫ、ＹＥＡＫ、ＣII２６１−２７３またはＨＡ３０６−３１８）、および組換え水溶性ＤＲ分子（０．５μｇ）と、３７℃で４０時間、ｐＨ５．０で共にインキュベートすることにより行った。