【手続補正書】
【提出日】平成16年8月2日(2004.8.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  重合剤を含む組成物であって、該重合剤が、重合剤上のある部位またはその近くに位置しあるいはその部位に関連しまたは共有結合した少なくとも１つの分子および／または原子標識を有し、該標識の検出可能な特性が、モノマー組込みの前、間および／または後に変化を受けることを特徴とする組成物。
【請求項２】  前記検出可能な特性が、重合剤が第１の状態にある時に第１の値を有しかつ重合剤が第２の状態にある時に第２の値を有し、各モノマー組込みの間に重合剤がその第１の状態から第２の状態に変化しさらに第１の状態に戻ることを特徴とする請求項１記載の組成物。
【請求項３】  前記重合剤がポリメラーゼまたは逆転写酵素であることを特徴とする請求項２記載の組成物。
【請求項４】  前記ポリメラーゼが、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼＩ、Ｔ７ ＤＮＡポリメラーゼ、シーケナーゼ、および大腸菌ＤＮＡポリメラーゼＩ由来のクレノウ断片よりなる群から選択されることを特徴とする請求項３記載の組成物。
【請求項５】  前記逆転写酵素が、ＨＩＶ−１逆転写酵素を含むことを特徴とする請求項３記載の組成物。
【請求項６】  前記ポリメラーゼが、Ｔａｑポリメラーゼのアミノ酸位置５１３−５１８、６４３、６４７、６４９、および６５３−６６１、ならびにそれらの混合物または組合せよりなる群から選択される部位に結合した標識を有するＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼＩを含み、前記標識が蛍光分子を含むことを特徴とする請求項３記載の組成物。
【請求項７】  重合剤を含む組成物であって、該重合剤が、ポリメラーゼまたは逆転写酵素であり、かつ該重合剤上のある部位またはその近くに位置しあるいはその部位に関連しまたは共有結合した少なくとも１つの分子および／または原子標識を有し、該標識の検出可能な特性が、モノマー組込みの間、重合剤が第１の状態にある時に第１の値を有しかつ重合剤が第２の状態にある時に第２の値を有し、各モノマー組込みの間に重合剤がその第１の状態から第２の状態に変化しさらに第１の状態に戻ることを特徴とする組成物。
【請求項８】  前記ポリメラーゼが、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼＩ、Ｔ７ ＤＮＡポリメラーゼ、シーケナーゼ、および大腸菌ＤＮＡポリメラーゼＩ由来のクレノウ断片よりなる群から選択されることを特徴とする請求項７記載の組成物。
【請求項９】  前記逆転写酵素が、ＨＩＶ−１逆転写酵素を含むことを特徴とする請求項７記載の組成物。
【請求項１０】  重合剤上のある部位に関連しまたは共有結合した分子および／または原子標識を有する重合剤と、分子および／または原子標識を有するモノマーとを含む組成物であって、前記標識の少なくとも１つが、重合剤標識とモノマー標識との間の相互作用によって、モノマー組込みの前、間および／または後に変化を受ける検出可能な特性を有することを特徴とする組成物。
【請求項１１】  前記検出可能な特性の変化が、各モノマー組込みの間に第１の配座状態から第２の配座状態に変化しさらに第１の配座状態に戻るような重合剤の配座の変化から生じることを特徴とする請求項１０記載の組成物。
【請求項１２】  前記検出可能な特性が、重合剤が第１の配座状態にある時に第１の検出特性を有しかつ重合剤が第２の配座状態にある時に第２の検出特性を有することを特徴とする請求項１０記載の組成物。
【請求項１３】  前記重合剤がポリメラーゼまたは逆転写酵素であることを特徴とする請求項１２記載の組成物。
【請求項１４】  前記ポリメラーゼが、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼＩ、Ｔ７ ＤＮＡポリメラーゼ、シーケナーゼ、および大腸菌ＤＮＡポリメラーゼＩ由来のクレノウ断片よりなる群から選択されることを特徴とする請求項１３記載の組成物。
【請求項１５】  前記逆転写酵素が、ＨＩＶ−１逆転写酵素を含むことを特徴とする請求項１３記載の組成物。
【請求項１６】  前記モノマーがｄＮＴＰを含み、かつ前記モノマーの標識がβまたはγリン酸基に共有結合していることを特徴とする請求項１２記載の組成物。
【請求項１７】  前記標識が蛍光標識を含み、前記検出可能な特性が、発せられる光の強度および／または周波数を含むことを特徴とする請求項１０記載の組成物。
【請求項１８】  前記検出可能な特性が、重合剤が第１の配座状態にある時に実質的に活性でありかつ重合剤が第２の配座状態にある時に不活性であり、あるいは重合剤が第１の配座状態にある時に実質的に不活性でありかつ重合剤が第２の配座状態にある時に活性であることを特徴とする請求項１６記載の組成物。
【請求項１９】  前記ポリメラーゼが、Ｔａｑポリメラーゼのアミノ酸位置５１３−５１８、６４３、６４７、６４９、および６５３−６６１、ならびにそれらの混合物または組合せよりなる群から選択される部位に結合した標識を有するＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼＩを含み、前記標識が蛍光分子を含むことを特徴とする請求項１４記載の組成物。
【請求項２０】  重合剤を含む組成物であって、該重合剤がポリメラーゼまたは逆転写酵素であり、かつ該重合剤上のある部位またはその近くに位置しあるいはその部位に関連しまたは共有結合した一対の標識を有し、該標識の少なくとも一方の標識の検出可能な特性が、モノマー組込みの前、間および／または後に変化を受けることを特徴とする組成物。
【請求項２１】  前記検出可能な特性が、重合剤が第１の状態にある時に第１の値を有しかつ重合剤が第２の状態にある時に第２の値を有し、各モノマー組込みの間に重合剤がその第１の状態から第２の状態に変化しさらに第１の状態に戻ることを特徴とする請求項２０記載の組成物。
【請求項２２】  前記ポリメラーゼが、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼＩ、Ｔ７ ＤＮＡポリメラーゼ、シーケナーゼ、および大腸菌ＤＮＡポリメラーゼＩ由来のクレノウ断片よりなる群から選択されることを特徴とする請求項２１記載の組成物。
【請求項２３】  前記逆転写酵素が、ＨＩＶ−１逆転写酵素を含むことを特徴とする請求項２１記載の組成物。
【請求項２４】  前記ポリメラーゼが、Ｔａｑポリメラーゼのアミノ酸位置５１３−５１８、６４３、６４７、６４９、および６５３−６６１、ならびにそれらの混合物または組合せよりなる群から選択される部位に結合した標識を有するＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼＩを含み、前記標識が蛍光分子を含むことを特徴とする請求項２２記載の組成物。
【請求項２５】  少なくとも１つの標識ポリメラーゼがその中に封じ込められている第１チャンバーおよび標識ｄＮＴＰを含む第２チャンバーを有する基板と、前記チャンバーを相互連結するチャネルとを含んで成り、少なくとも１つの標識の検出可能な特性が、モノマー組込みサイクルの間に検出可能な変化を受けることを特徴とする単一分子シークエンシング装置。
【請求項２６】  各標識ｄＮＴＰに対して１つのチャンバーが対応するような、複数のモノマーチャンバーをさらに含むことを特徴とする請求項２５記載の装置。
【請求項２７】  天然Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼのアミノ酸位置５１３−５１８、６４３、６４７、６４９、および６５３−６６１、ならびにそれらの混合物または組合せよりなる群から選択される部位にシステイン残基置換を有する変異Ｔａｑポリメラーゼ。
【請求項２８】  前記システイン残基に、そのＳＨ基を介して標識が共有結合していることを特徴とする請求項２７記載のポリメラーゼ。
【請求項２９】  データストリームを表す未知のヌクレオチド配列；
標識結合ポリメラーゼおよび該ポリメラーゼに対応する標識結合モノマーを含む単一分子シークエンサー；
前記標識の少なくとも１つを励起するように適合させた励起光源；および
前記標識の少なくとも１つからの反応を検出するように適合させた検出器；を含んで成り、前記反応が相補配列の重合の間に変化し、かつ該反応の変化が前記データストリームの内容を表すことを特徴とする、保存情報を検索するシステム。
【請求項３０】  未知のヌクレオチド配列；
標識結合ポリメラーゼおよび該ポリメラーゼに対応する標識結合モノマーを含む単一分子シークエンサー；
前記標識の少なくとも１つを励起するように適合させた励起光源；および
前記標識の少なくとも１つからの反応を検出するように適合させた検出器；を含んで成り、前記反応が相補配列の重合の間に変化し、かつ該反応の変化が前記未知配列中の各ヌクレオチドの同一性を表すことを特徴とする、単一分子からの配列情報を特定するシステム。
【請求項３１】  分子配列をシークエンシングする方法であって、
蛍光ドナーが共有結合したポリメラーゼおよび各モノマーに独自の蛍光アクセプターが共有結合した前記ポリメラーゼに対応するモノマーを含む単一分子シークエンサーに、ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの未知配列を供給し；
励起光源からの光で前記蛍光ドナーを励起させ；
蛍光検出器によって、モノマー組込みサイクルの間に前記アクセプターから発せられる蛍光を検出し；さらに
前記変化を、前記未知配列中の各ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの同一性に変換する；各工程を含んで成り、前記アクセプターから発せられる光の強度および／または周波数が各モノマー組込みサイクルの間に変化することを特徴とする方法。
【請求項３２】  個々の核酸分子、または並列で多数の個々の核酸分子をシークエンシングする方法であって、
標識結合ポリメラーゼ、プライマーまたは鋳型を含む複製複合体の構成員を、各複合体の分解検出が可能になるように十分離間させて固相支持体上に固定化し；
協同的に標識されたヌクレオチドと共に、前記複製複合体をインキュベートし；
ポリメラーゼがそのオープン型とクローズ型との間で移行して、少なくとも１つの前記標識の検出可能な特性に変化を生じさせる時に、あるいはピロリン酸基がポリメラーゼから遊離される時に、ポリメラーゼによって組込まれた各ヌクレオチドを検出し；さらに
検出可能な特性の変化を未知核酸配列中のヌクレオチドの配列に関連付ける；各工程を含んで成り、前記標識ヌクレオチドの各々がそのγリン酸基に独自の標識を含み、各ヌクレオチドが個別に検出され得ることを特徴とする方法。
【請求項３３】  γリン酸修飾ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、およびｄＴＴＰを含んで成る、γ−リン酸修飾ヌクレオシド。
【請求項３４】  配列番号１から２９の配列より成る群から選択されるプライマー配列またはその部分。