【手続補正書】
【提出日】平成17年2月25日(2005.2.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
増幅反応において増幅された核酸分子の、定性的検出および定量的検出のうち少なくとも一方のための方法であって、増幅反応中の増幅溶液中におけるオリゴヌクレオチドの質量の変化を決定することを特徴とする方法。
【請求項２】
増幅反応はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）であることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】
増幅反応中のオリゴヌクレオチドの質量の変化の決定は、少なくとも２回の増幅サイクルについて１回の増幅サイクルに存在するオリゴヌクレオチドの質量を決定することによって実施されることを特徴とする請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
１回の増幅サイクルに存在するオリゴヌクレオチドの質量の決定は、増幅サイクルの各回において実施されることを特徴とする請求項３に記載の方法。
【請求項５】
１回の増幅サイクル時に存在するオリゴヌクレオチドの質量の決定は、表面に結合したオリゴヌクレオチドの質量を決定することによって実施されることを特徴とする請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
表面へのオリゴヌクレオチドの結合は可逆的であることを特徴とする請求項５に記載の方法。
【請求項７】
増幅反応においてモノマーとして用いられるデオキシリボヌクレオシド三リン酸は表面に結合しないことを特徴とする請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
オリゴヌクレオチドの質量の変化の決定は、ｉｎ  ｓｉｔｕで実施されることを特徴とする請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
オリゴヌクレオチドの質量の変化の決定は、質量を感知する検出器によって実施されることを特徴とする請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
質量を感知する検出器は、白色光干渉計、表面波センサ、マイクロバランス、水晶振動子マイクロバランス散逸センサ、および表面プラズモン共鳴検出用センサからなる群より選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法であって、少なくとも１つのサイクル中に以下の工程ａ）〜ｃ）、すなわち
ａ）適切な温度（変性温度）に設定することにより、ＤＮＡ二本鎖を変性させる工程と、
ｂ）適切な温度（アニーリング温度）に設定することにより、オリゴヌクレオチドプライマーを増幅すべき核酸分子にアニーリングさせる工程と、
ｃ）適切な温度（鎖長伸長温度）でのＤＮＡ合成または鎖長伸長の工程と、
を含み、１回の増幅サイクル時に存在するオリゴヌクレオチドの質量を工程ｂ）後および／または工程ｃ）後に決定することができることを特徴とする方法。
【請求項１２】
表面に結合したオリゴヌクレオチドは、変性温度において表面から脱離することを特徴とする請求項５〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
１回の増幅サイクル時に存在するオリゴヌクレオチドについて決定された質量に対するゼロ値として機能する測定値は、変性温度において決定されることを特徴とする請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
１回の増幅サイクル時に存在するオリゴヌクレオチドの質量の決定は、アニーリング温度で行われることを特徴とする請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
１回の増幅サイクル時に存在するオリゴヌクレオチドの質量の決定は、アニーリング温度未満の温度で行われることを特徴とする請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記温度は２５℃〜５０℃であることを特徴とする請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
増幅された核酸分子の分子量は、増幅反応中のオリゴヌクレオチドの質量の変化から決定されることを特徴とする請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
増幅反応の増幅率は、増幅反応中のオリゴヌクレオチドの質量の変化から決定されることを特徴とする請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
増幅反応に先だって増幅すべき核酸分子の初期濃度を決定するために、様々な確定した初期濃度の前記核酸分子を用いた多数の増幅反応を較正のために実施することを特徴とする請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
増幅によるオリゴヌクレオチドの総質量の変化が測定可能な増幅サイクルを、増幅すべき核酸分子の初期濃度に対する尺度として用いることを特徴とする請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
増幅反応の終了後に、表面からオリゴヌクレオチドが脱離する温度が決定されることを特徴とする請求項５〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
増幅反応において増幅された核酸分子の、定性的検出および定量的検出の少なくとも一方のための装置であって、
ａ）反応チャンバと、
ｂ）温度制御ユニットと、
ｃ）オリゴヌクレオチドの結合に適した表面と、
ｄ）表面に結合したオリゴヌクレオチドの質量を決定するための検出器と、
を含む装置。
【請求項２３】
表面がオリゴヌクレオチドに非特異的に結合するかまたは同様の親和性で結合するか少なくともいずれかであることを特徴とする請求項２２に記載の装置。
【請求項２４】
表面上への増幅された核酸分子の結合は、表面上へのオリゴヌクレオチドプライマーの結合よりも優先して起こることを特徴とする請求項２２に記載の装置。
【請求項２５】
表面はデオキシリボヌクレオシド三リン酸には結合しないことを特徴とする請求項２２〜２４のいずれか一項に記載の装置。
【請求項２６】
オリゴヌクレオチドに対する結合部位は、表面上に均等に分布していることを特徴とする請求項２２〜２５のいずれか一項に記載の装置。
【請求項２７】
結合部位は表面に結合されたオリゴヌクレオチドプローブであり、該プローブは、増幅すべき核酸分子およびオリゴヌクレオチドプライマーのうち少なくとも一方とのハイブリダイゼーションに適していることを特徴とする、請求項２２〜２６のいずれか一項に記載の装置。
【請求項２８】
表面に結合されたオリゴヌクレオチドすべてが同じ長さを有することを特徴とする請求項２７に記載の装置。
【請求項２９】
オリゴヌクレオチドプローブは、表面上にコンビナトリアル合成されることを特徴とする請求項２７または２８に記載の装置。
【請求項３０】
表面はシラン化されたガラスであることを特徴とする請求項２２〜２９のいずれか一項に記載の装置。
【請求項３１】
表面は干渉法に適した厚みを有することを特徴とする請求項２２〜３０のいずれか一項に記載の装置。
【請求項３２】
表面の厚みは３００ｎｍ〜７００ｎｍであることを特徴とする請求項３１に記載の装置。
【請求項３３】
表面上にあるオリゴヌクレオチドに対する結合部位の数は、オリゴヌクレオチドの数より大きいことを特徴とする請求項２２〜３２のいずれか一項に記載の装置。
【請求項３４】
チャンバ体積に対する表面の比は、可能な限り小さいことを特徴とする請求項２２〜３３のいずれか一項に記載の装置。
【請求項３５】
前記比は、１０−１ｍｍ２／μＬ〜１０−３ｍｍ２／μＬであることを特徴とする請求項３４に記載の装置。
【請求項３６】
検出器の制御のためだけでなく、データ記録および温度制御のための制御コンピュータをさらに含むことを特徴とする請求項２２〜３５のいずれか一項に記載の装置。
【請求項３７】
試料入口および試料出口をさらに含むことを特徴とする請求項２２〜３６のいずれか一
項に記載の装置。
【請求項３８】
検出器は、白色光干渉計、表面波センサ、マイクロバランス、水晶振動子マイクロバランス散逸センサ、および表面プラズモン共鳴検出用センサからなる群より選択されることを特徴とする請求項２２〜３７のいずれか一項に記載の装置。
【請求項３９】
請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法を実施するための、請求項２２〜３８のいずれか一項に記載の装置の用途。