【手続補正書】
【提出日】平成16年7月23日(2004.7.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
アッセイキットであって、以下：
第１の容器であって、該第１の容器は、少なくとも１つの標的ポリヌクレオチド配列と混合された場合に、対立遺伝子識別反応または発現分析反応を実施するよう適合されている試薬を含む混合物を含む、第１の容器、および
データ記憶媒体であって、該第１の容器の中身についてのデータを含む、媒体
を含む、アッセイキット。
【請求項２】
請求項１に記載のアッセイキットであって、アッセイ試薬を含む第２の容器をさらに含む、アッセイキット。
【請求項３】
請求項１に記載のアッセイキットであって、ここで前記容器が、該容器の中身についての情報を提供する機械読み出し可能な標識を有する、アッセイキット。
【請求項４】
請求項１に記載のアッセイキットであって、少なくとも１つの第１のプローブをさらに含み、ここで該少なくとも１つの第１のプローブは、第１のマーカー色素を有する、アッセイキット。
【請求項５】
請求項１に記載のアッセイキットであって、ここで前記容器が、密封されている、アッセイキット。
【請求項６】
請求項１に記載のアッセイキットであって、ここで該キットは、標的ポリヌクレオチドをさらに含む、アッセイキット。
【請求項７】
請求項１に記載のアッセイキットであって、ここで前記試薬が、前記反応の実行の間に蛍光発生５’ヌクレアーゼ化学を利用する、アッセイキット。
【請求項８】
請求項１に記載のアッセイキットであって、ここで前記混合物が、ＤＮＡポリメラーゼ、１種以上のポリヌクレオチドモノマー、少なくとも１種の塩、および緩衝液をさらに含む、アッセイキット。
【請求項９】
請求項８に記載のアッセイキットであって、ここで前記ポリヌクレオチドモノマーが、ペプチド核酸である、アッセイキット。
【請求項１０】
請求項１に記載のアッセイキットであって、ここで前記容器が、チューブである、アッセイキット。
【請求項１１】
請求項５に記載のアッセイキットであって、ここで前記密封されている容器が、取り外し可能なキャップで密封されている、アッセイキット。
【請求項１２】
請求項１に記載のアッセイキットであって、ここで前記データが、少なくとも１つの第１のプローブおよび少なくとも１つのプライマーのうちの少なくとも１つについての配列情報を含む、アッセイキット。
【請求項１３】
請求項４に記載のアッセイキットであって、ここで前記データが、前記第１のマーカー色素についての情報を含む、アッセイキット。
【請求項１４】
請求項４に記載のアッセイキットであって、ここで前記データが、少なくとも１つの科学実験室器具を制御することが可能な情報を含む、アッセイキット。
【請求項１５】
請求項１４に記載のアッセイキットであって、ここで前記少なくとも１つの器具が、ポリメラーゼ連鎖反応およびポリヌクレオチド配列決定反応のうちの少なくとも１つを実施するよう設計されている器具である、アッセイキット。
【請求項１６】
請求項１または１４のいずれか１項に記載のアッセイキットであって、ここで前記データ記憶媒体が、コンパクトディスク（ＣＤ）であり、前記データが、電子的にフォーマット化されている、アッセイキット。
【請求項１７】
請求項１に記載のアッセイキットであって、ここで前記データ記憶媒体が、ソフトウェアプログラムを含み、該ソフトウェアプログラムは、少なくとも１つの科学器具または実験室器具を制御するために該データ記憶媒体に含まれるデータと一緒に利用され得る、アッセイキット。
【請求項１８】
請求項１に記載のアッセイキットであって、第２のデータ記憶媒体をさらに含み、そして該第２のデータ記憶媒体は、少なくとも１つの科学器具または実験室器具を制御するために用いられ得るソフトウェアプログラムを含む、アッセイキット。
【請求項１９】
請求項１７または１８のいずれか１項に記載のアッセイキットであって、ここで前記ソフトウェアプログラムが、少なくとも１つの器具からの出力データを受け取るように適合されている、アッセイキット。
【請求項２０】
請求項１に記載のアッセイキットであって、ここで前記データ記憶媒体が、前記容器から分離している、アッセイキット。
【請求項２１】
請求項１に記載のアッセイキットであって、ここで前記データ記憶媒体が、前記容器に添付されている、アッセイキット。
【請求項２２】
請求項２１に記載のアッセイキットであって、ここで前記データ記憶媒体が、光学的に検出可能なコードを含む、アッセイキット。
【請求項２３】
請求項２１に記載のアッセイキットであって、ここで前記データ記憶媒体が、２次元バーコードの形態である、アッセイキット。
【請求項２４】
請求項１に記載のアッセイキットであって、ここで前記データ記憶媒体が、前記容器中でエッチングされている、アッセイキット。
【請求項２５】
アッセイを実施する方法であって、以下：
請求項１に記載のアッセイキットを提供する工程、
前記データを用いて器具を制御して、前記アッセイ試薬を処理する工程、および
アッセイを実施する工程
を包含する、方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法であって、前記データをソフトウェアプログラムを用いて処理して、前記器具を制御する工程をさらに包含する、方法。
【請求項２７】
方法であって、以下：
請求項１に記載のアッセイキットを提供する工程；および
該アッセイキットを消費者に出荷する工程を包含する、方法。
【請求項２８】
請求項２７に記載の方法であって、ここで前記アッセイキットが、均質なアッセイを行うための試薬を含む、方法。
【請求項２９】
遺伝子分析キットであって、以下：
第１の容器；
該第１の容器中に保持されている反応混合物であって、該反応混合物は、対立遺伝子識別または発現分析のために適合されている、反応混合物；
データ記憶媒体であって、電子形態にて情報を含み、該情報は、該反応混合物に少なくとも一部は関係する、データ記憶媒体；および
第２の容器であって、該第１の容器および該データ記憶媒体をユニットとしての出荷のために保持する、第２の容器
を含む、遺伝子分析キット。
【請求項３０】
請求項２９に記載のキットであって、ここで前記第１の容器が、チューブを含む、キット。
【請求項３１】
請求項２９に記載のキットであって、ここで前記第２の容器が、パッケージを含む、キット。
【請求項３２】
請求項２９に記載のキットであって、ここで前記データ記憶媒体が、ディスクを含む、キット。
【請求項３３】
請求項３２に記載のキットであって、ここで前記ディスクが、取り外し可能なディスクを含む、キット。
【請求項３４】
請求項２９に記載のキットであって、ここで前記反応混合物が、均質な反応混合物を含む、キット。
【請求項３５】
請求項３４に記載のキットであって、ここで前記均質な反応混合物が、蛍光発生５’ヌクレアーゼアッセイを行うための成分を含む、キット。
【請求項３６】
請求項２９に記載のキットであって、ここで前記情報が、情報交換用米国標準コード（ａｓｃｉｉ）フォーマット化テキストから、少なくとも一部は構成される、キット。
【請求項３７】
請求項２９に記載のキットであって、ここで前記データ記憶媒体が、機械読み出し可能なコードをさらに含む、キット。
【請求項３８】
遺伝子分析を容易にするための方法であって：
ユーザーから１つ以上の遺伝子分析アッセイについての要望を受ける工程；および
消費者に（ｉ）該１つ以上のアッセイであって、各々のアッセイが、単一のチューブフォーマットで提供される、アッセイおよび（ｉｉ）該１つ以上のアッセイに関する情報であって、該情報は、電子形態である、情報を提供する工程を包含する、方法。
【請求項３９】
請求項３８に記載の方法であって、ここで前記１つ以上のアッセイが各々、均質な反応混合物を含む、方法。  
【請求項４０】
請求項３９に記載の方法であって、ここで前記均質な反応混合物が、蛍光発生５’ヌクレアーゼアッセイを行うための成分を含む、方法。
【請求項４１】
請求項３８に記載の方法であって、ここで前記情報が、電子メールを介して前記消費者に伝達される、方法。
【請求項４２】
請求項３８に記載の方法であって、ここで前記情報が、ファイル転送プロトコル（ＦＴＰ）を介して提供される、方法。
【請求項４３】
請求項３８に記載の方法であって、ここで前記１つ以上のアッセイのうちの少なくとも１つおよび前記情報が、１つのパッケージで一緒に前記消費者に出荷される、方法。
【請求項４４】
遺伝子分析のための方法であって、以下：
供給者から遺伝子分析のための複数のアッセイ混合物を要求する工程；
該供給者から（ｉ）該複数のアッセイ混合物、および（ｉｉ）各アッセイ混合物に関係する電子形態の情報を受け取る、工程；
電子情報の少なくとも一部を、サーマルサイクラーとの電気的連絡のために適合されたコンピューターシステムに伝達する工程；および
該コンピューターシステムおよび該情報の少なくとも一部を使用し、器具の操作を指示し、これにより該アッセイ混合物の各々が分析される工程
を包含する、方法。
【請求項４５】
請求項４４に記載の方法であって、ここで前記複数のアッセイの各々が、均質な反応混合物を含む、方法。
【請求項４６】
請求項４５に記載の方法であって、ここで前記均質な反応混合物が、蛍光発光５’ヌクレアーゼアッセイを行うための成分を含む、方法。
【請求項４７】
請求項４４に記載の方法であって、ここで前記サーマルサイクラーが、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応を実施するように構成される、方法。
【請求項４８】
請求項４４に記載の方法であって、ここで前記情報が、電子メールを介して前記供給者に伝達される、方法。
【請求項４９】
請求項４４に記載の方法であって、ここで前記情報が、前記消費者によってサーバーからダウンロードされる、方法。
【請求項５０】
請求項３８または４４のいずれか１項に記載の方法であって、ここで前記情報が、情報交換用米国標準コード（ａｓｃｉｉ）フォーマット化テキストから、少なくとも一部は、構成される、方法。
【請求項５１】
請求項４４に記載の方法であって、ここで前記複数のアッセイのうちの少なくとも１つおよび前記情報が、１つのパッケージで一緒に前記ユーザーに出荷される、方法。
【請求項５２】
請求項４４に記載の方法であって、ここで前記複数のアッセイ混合物の各々が、単一のチューブ中に含まれる、方法。
【請求項５３】
請求項４４に記載の方法であって、ここで前記要求する工程が、インターネットを介して実行される、方法。
【請求項５４】
遺伝子分析を容易にする方法であって、以下：
消費者から遺伝子分析のための複数のアッセイ混合物についての要求を受ける工程；ならびに
該ユーザーに（ｉ）該複数のアッセイ混合物、（ｉｉ）各アッセイ混合物に関係する電子形態の、情報、および（ｉｉｉ）コンピューターシステムによって読み出し可能なプログラム記憶デバイスを供給する工程を包含し、
該デバイスは、遺伝子分析のための方法工程を実施するための、コンピューターシステムによって実行可能な指示のプログラムを具体化し、
該方法工程は、（ａ）該電子情報の少なくとも一部を、該コンピューターシステムのメモリに移す工程、（ｂ）該情報の少なくとも一部を利用し、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応を実施するよう適合されたサーマルサイクラーの操作のための指示を作成する工程、および（ｃ）該サーマルサイクラーに該指示を送ることにより、該サーマルサイクラーが、該アッセイ混合物に対して作用する工程を包含する、方法。
【請求項５５】
請求項５４に記載の方法であって、ここで前記複数のアッセイ混合物および前記情報が、同時に、前記ユーザーに一緒に供給される、方法。
【請求項５６】
請求項３８、４４または５４のいずれか１項に記載の方法であって、ここで前記情報が、ディスクで提供される、方法。
【請求項５７】
請求項３８、４４または５４のいずれか１項に記載の方法であって、ここでディスクが、取り外し可能なディスクである、方法。
【請求項５８】
請求項５７に記載の方法であって、ここで前記取り外し可能なディスクが、コンパクトディスク（ＣＤ）を含む、方法。
【請求項５９】
請求項３８、４４または５４のいずれか１項に記載の方法であって、ここで前記情報が、コンピューターネットワークを介して提供される、方法。
【請求項６０】
請求項５４に記載の方法であって、ここで前記複数のアッセイ混合物が、均質な反応混合物を含む、方法。
【請求項６１】
請求項６０に記載の方法であって、ここで各々の均質な反応混合物が、蛍光発生５’ヌクレアーゼアッセイを含む、方法。
【請求項６２】
請求項５４に記載の方法であって、ここで前記複数のアッセイ混合物の各々が、単一のチューブに含まれる、方法。
【請求項６３】
請求項５４に記載の方法であって、ここで前記プログラム記憶デバイスが、取り外し可能なディスクを含む、方法。
【請求項６４】
請求項５４に記載の方法であって、遺伝子分析のためのアッセイ混合物についての消費者からの要求を受け取るために構成されたウェブサイトを提供する工程をさらに包含する、方法。
【請求項６５】
コンピューターシステムによって読み出し可能なプログラム記憶デバイスであって、該コンピューターシステムにより実行可能な遺伝子分析のための指示のプログラムを具体化し、該指示のプログラムが、該コンピューターシステムに方法工程を実施させ、該方法工程は、以下：
（ｉ）データ記憶デバイスから該コンピューターシステムへの複数のアッセイ混合物に関する電子情報をアップロードする工程、
（ｉｉ）該情報を使用し、サーマルサイクラーの操作のための指示を含むファイルを作成する工程；
（ｉｉｉ）該ファイルを実行のために、該サーマルサイクラーへ伝達する工程
を包含する、工程である、デバイス。
【請求項６６】
請求項６５に記載のデバイスであって、ここで前記方法工程が、
アップロードする準備が出来た電子情報をモニタリングする工程
をさらに包含する、デバイス。
【請求項６７】
請求項６５に記載のデバイスであって、ここで前記方法工程が、
サーマルサイクラーから結果ファイルを受け取り、そして結果ファイルを保存させる工程
をさらに包含する、デバイス。
【請求項６８】
請求項６５に記載のデバイスであって、ここで前記方法工程が、
アッセイ情報データベースを構築する工程をさらに包含する、デバイス。
【請求項６９】
請求項６５に記載のデバイスであって、ここで前記方法工程が、
プレート文書を作成し、前記サーマルサイクラーへの伝達のためにファイルにて該プレート文書を提供する工程
をさらに包含する、デバイス。
【請求項７０】
請求項６５に記載のデバイスであって、ここで前記方法工程が、
作業ログを作成するかまたはアップデートする工程
をさらに包含する、デバイス。
【請求項７１】
請求項６５に記載のデバイスであって、ここで前記方法工程が、
印刷のためにプリンターへの指示を出力する工程
をさらに包含する、デバイス。
【請求項７２】
請求項６５に記載のデバイスであって、ここで前記方法工程が、
前記アッセイ混合物に有害に影響し得る、前記情報または指示におけるエラーを決定する工程、
を包含する、デバイス。
【請求項７３】
請求項６５に記載のデバイスであって、ここで前記データ記憶デバイスが、取り外し可能なディスクである、デバイス。
【請求項７４】
請求項６５に記載のデバイスであって、ここで前記サーマルサイクラーが、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応を実施するのに適合されている、デバイス。