【手続補正書】
【提出日】平成15年9月24日(2003.9.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）インデックステーブルを構成する工程であって、該インデックステーブルは、複数の許容質量値に対応する複数のレコードを含み、該レコードは、ゼロ以上のフィールドを含み、
（ｉ）該複数のデータベースペプチドから第１のペプチドを選択する工程と、
（ｉｉ）該第１のペプチドの複数の関連する質量を計算する工程と、
（ｉｉｉ）該複数の関連する質量から第１の関連する質量を選択する工程と、
（ｉｖ）該複数のレコードから第１のレコードを参照する工程であって、該第１のレコードは該第１の関連する質量に対応する、工程と、
（ｖ）第１のフィールドを該第１のレコードに入力する工程であって、該第１のフィールドは、該第１のペプチドを参照する第１のペプチドインデックスを含む、工程と、
（ｖｉ）該複数の関連する質量から、少なくとも１つの他の関連する質量について、工程（ｉｉｉ）〜（ｖ）を繰返す工程と、
（ｖｉｉ）該複数のデータベースペプチドから、少なくとも１つの他のペプチドについて、工程（ｉ）〜（ｖｉ）を繰返す工程と、
を包含する、構成する工程と、
（ｂ）複数の比較スコアを生成する工程であって、該複数の比較スコアは、該複数のデータベースペプチドに対応し、
（ｉ）該照会ペプチドの複数の照会質量値を生成する工程と、
（ｉｉ）該複数の照会質量値から第１の照会質量値を選択する工程と、
（ｉｉｉ）該複数のレコードから第２のレコードを参照する工程であって、該第２のレコードは、該第１の照会質量値に対応する、工程と、
（ｉｖ）該第２のレコードから第２のフィールドを選択する工程であって、該第２のフィールドは、第２のペプチドインデックスを含む、工程と、
（ｖ）該複数の比較スコアから第１の比較スコアを選択する工程であって、該第１の比較スコアは、該第２のペプチドインデックスに対応する、工程と、
（ｖｉ）該第１の比較スコアをインクリメントする工程と、
（ｖｉｉ）該複数の照会質量値から選択された、少なくとも１つの他の照会質量値について、工程（ｉｉ）〜（ｖｉ）を繰返す工程と、
を包含する、生成する工程と
を包含する、照会ペプチドを複数のデータベースペプチドと比較する方法。
【請求項２】
前記生成する工程（ｂ）（ｉ）は、前記照会ペプチドに関して質量分光分析法を実行する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記質量分光分析法は、フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴分析法（「ＦＴＩＣＲ」）、四重極質量分析法、イオントラップ質量分析法、および飛行時間型質量分析法からなるセットより選択された方法によって実行される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記計算する工程（ａ）（ｉｉ）は、前記第１のペプチドの複数の関連する質量を計算する工程を包含し、該複数の関連する質量は、複数の１次質量および複数の相補的質量を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記生成する工程（ｂ）は、前記第１の比較スコアを、重み値で乗算する工程をさらに包含し、該重み値は、該質量値のタイプの関数である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記質量値のタイプは、ｙイオン、ｂイオン、ピーク質量、および相補的質量からなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
（ａ）第１のインデックステーブルを構成する工程であって、該第１のインデックステーブルは、複数の許容質量値に対応する第１の複数のレコードを含み、該レコードは、ゼロ以上のフィールドを含む、構成する工程と、
（ｂ）第２のインデックステーブルを構成する工程であって、該第２のインデックステーブルは、該複数の許容質量値に対応する第２の複数のレコードを含み、該レコードは、ゼロ以上のフィールドを含む、構成する工程と、
（ｃ）複数の重み値を計算する工程であって、該重み値は、該第１および該第２のインデックステーブルの予測値により設定される、計算する工程と
を包含する、照会ペプチドを複数のデータベースペプチドと比較する方法。
【請求項８】
（ａ）照会ペプチドの複数の照会質量値を生成する工程と、
（ｂ）該複数の照会質量値から照会質量値のセットを同定する工程であって、該セットは、変更された質量値に対応する、工程と、
（ｃ）該照会ペプチドのスペクトル範囲を決定する工程と、
（ｄ）該スペクトル範囲を複数の等しい区間に細分する工程と、
（ｅ）該複数の等しい区間について複数の検索を実行する工程と
を包含する、改変された照会ペプチドを複数のデータベースペプチドと比較する方法。
【請求項９】
該照会質量値のセットを排除する工程をさらに包含する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記照会質量値のセットを調整する工程をさらに包含する、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
インデックステーブルを構成する工程を包含する、照会ペプチドを複数のデータベースペプチドと比較する方法であって、該インデックステーブルは、複数の許容質量値に対応する複数のレコードを含み、該レコードは、ゼロ以上のフィールドを含み、該構成する工程は、
（ｉ）該複数のデータベースペプチドから第１のペプチドを選択する工程と、
（ｉｉ）該第１のペプチド上の改変部位を同定する工程と、
（ｉｉｉ）該改変部位に改変を適用して、第１の改変ペプチドを生成する、工程と、
（ｉｖ）該第１の改変ペプチドの複数の関連する質量を計算する工程と、
（ｖ）該複数の関連する質量から第１の関連する質量を選択する工程と、
（ｖｉ）該複数のレコードから第１のレコードを参照する工程であって、該第１のレコードは、該第１の関連する質量に対応する、工程と、
（ｖｉｉ）第１のフィールドを該第１のレコードに入力する工程であって、該第１のフィールドは、該第１のペプチドを参照する第１のペプチドインデックスを含む、工程と、
（ｖｉｉｉ）該複数の関連する質量からの、少なくとも１つの他の関連する質量について、工程（ｖ）〜（ｖｉｉ）を繰返す工程と、
（ｉｘ）該複数のデータベースペプチドからの、少なくとも１つの他のペプチドについて、工程（ｉ）〜（ｖｉｉｉ）を繰返す工程と
を包含する、方法。
【請求項１２】
前記同定工程（ｉｉ）は、リン酸化部位、酸化部位、および置換部位からなる群より選択される改変部位を同定する工程を包含する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記リン酸化部位は、セリン、スレオニンおよびチロシンからなる群より選択されるアミノ酸を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記酸化部位は、システインおよびメチオニンからなる群より選択されるアミノ酸を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記置換部位は、グルタミン、グルタメート、アスパラギンおよびアスパルテートからなる群より選択されるアミノ酸を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
各データベースペプチドについて、少なくとも１つの関連する質量セットを含むインデックステーブルを構成する工程であって、該関連する質量セットは、各データベースペプチドから導き出された１つ以上のフラグメントの質量値を含む、工程と、
選択されたペプチドの、少なくとも１つのフラグメンテーション質量値を含む照会質量セットを、各データベースペプチドの少なくとも関連する質量セットと比較することによって該インデックステーブルの検索を実行して、これにより、該照会質量セットと該少なくとも１つの関連する質量セットとの間の類似性を同定する、工程と、
該照会質量セットと１つ以上の関連する質量セットとの間の類似性に基づいて、該選択されたペプチドの同定を、少なくとも１つのデータベースペプチドの同定と関連付ける工程と、
を包含する、照会ペプチドを複数のデータベースペプチドと比較する方法。
【請求項１７】
前記選択されたペプチドと前記複数のデータベースペプチドとの間の類似性は、複数の質量スコア値の決定を含み、該値の各々は、特定のデータベースペプチドと関連付けられ、かつ該照会質量セットと該関連する質量セットとの間の類似性を評価することによって決定される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
最高質量スコア値を有する前記データベースペプチドは、前記選択されたペプチドに類似していると決定される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
許容値は、前記質量スコア値との関連でさらに評定され、これにより、前記照会質量セットと前記関連する質量セットとのマッチングに柔軟性が提供される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記データベースペプチドと前記選択されたペプチドの前記質量スコア値は、質量分光分析に基づく、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記質量分析は、フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴分析法（「ＦＴＩＣＲ」）、四重極質量分光法、イオントラップ質量分光法、および飛行時間型質量分光法からなる群より選択された方法によって実行される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
重み値は、前記質量スコア値との関連で評定され、該重み値は、該質量スコア値によって反映されるペプチドフラグメントイオンタイプによって規定される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２３】
前記ペプチドフラグメントイオンタイプは、ｙイオン、ｂイオン、ａイオンおよびインモニウムイオンからなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
重み値は、前記質量スコア値との関連で評定され、該重み値は、前記質量値によって反映されるペプチドフラグメント特性により規定される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２５】
前記ペプチドフラグメント特性は、ピーク質量、相補的質量、フラグメント電荷および質量比からなる群より選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記インデックステーブルの検索を実行する場合、推定ペプチド改変は、前記データベースペプチド質量または前記選択されたペプチド質量のどちらかに寄与する推定ペプチド改変と関連付けられた予測質量に基づいて評価される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２７】
前記推定ペプチド改変は、翻訳後改変、リン酸化、グリコシル化および置換からなる群より選択される改変を含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記照会質量セットと前記関連する質量セットとの比較は、推定ペプチド改変を評価する工程と関連して実行され、前記選択されたペプチドの質量と前記データベースペプチドの質量との間の差をもたらす、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
改変された照会ペプチドを複数のデータベースペプチドと比較する方法であって、
該複数のデータベースペプチドの複数の関連する質量値を同定する工程であって、該関連する質量値は、親および子イオンフラグメントを含むペプチドイオン質量フラグメント情報を反映する、工程と、
照会ペプチドについて複数の照会質量値を生成する工程であって、該照会質量値は、親および子イオンフラグメントを含むペプチドイオン質量フラグメント情報を反映する、工程と、
少なくとも１つの改変および該改変の関連する質量を同定する工程と、
該複数の照会質量値から改変された照会質量値のサブセットを同定する工程であって、該改変の該関連する質量は、該改変された照会質量値を取得するために、該照会質量値から減算される、工程と、
約ゼロの質量と、該照会ペプチド親イオン質量との間に常駐する該改変された照会ペプチドのスペクトル範囲を同定する工程と、
該スペクトル範囲を少なくとも１つの区間に細分する工程と、
各区間について検索を実行して、該改変された照会ペプチドの該質量値と該複数のデータベースペプチドとの間の類似性を同定する工程と、
最も重要な該同定された類似性を有する検索に基づいて、該改変された照会ペプチドの同定を、選択されたデータベースペプチドと関連付ける工程と
を包含する、方法。
【請求項３０】
前記置換部位は、グルタミン、グルタメート、アスパラギンおよびアスパルテートからなる群より選択されるアミノ酸を含む、請求項２９に記載の方法。