【手続補正書】
【提出日】平成17年1月25日(2005.1.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
選択されたエピトープを発現する分子を検出する方法であって、
（ａ）選択されたエピトープを発現する分子を、選択された表面に固定化し；
（ｂ）上記表面をエピトープ検出器に接触させることにより、表面上の固定化された分子にエピトープ検出器が結合するようにするが、但し、エピトープ検出器は、
（ｉ）ＲＮＡプロモーターを含むオリゴヌクレオチドであって、下記（ii）に結合したオリゴヌクレオチド；
（ii）選択されたエピトープに特異的に結合するモノクローナル抗体、選択されたエピトープに特異的に結合する単鎖Ｆｖ、選択されたエピトープに特異的に結合する強制されたＣＤＲ、選択されたエピトープに特異的に結合するＣＤＲ模倣物、又は選択されたエピトープに特異的に結合する工作されたＣＤＲ構造
を含み；
（ｃ）ＲＮＡ増幅により上記オリゴヌクレオチドから増幅されたＲＮＡを生成し；そして
（ｄ）増幅されたＲＮＡ産物の存在を検出するが、但し、
（ｉ）ＲＮＡ産物を染色する蛍光染料に上記の増幅されたＲＮＡ産物を接触させ、そして染色されたＲＮＡから放射される蛍光を測定するが、但し、染色されたＲＮＡから放射される蛍光が、表面上に固定化された分子上の選択されたエピトープに結合したエピトープ検出器の指標であること、
（ii）さらに、リバーストランスクリプターゼを用いてＲＮＡ産物を増幅し、そしてさらなる増幅産物を検出するが、但し、さらなる増幅産物の検出が、表面上に固定化された分子上の選択されたエピトープに結合したエピトープ検出器の指標であること、そして
（iii）さらに、レプリカーゼを用いてＲＮＡ産物を増幅し、そしてさらなる増幅産物を検出するが、但し、さらなる増幅産物の検出が、表面上に固定化された分子上の選択されたエピトープに結合したエピトープ検出器の指標であること
からなる群から選択される方法により増幅されたＲＮＡ産物の存在を検出すること
を含む方法。
【請求項２】
選択されたエピトープを発現する分子を検出する方法であって、
（ａ）選択されたエピトープを発現する分子を、選択された表面に固定化し；
（ｂ）上記表面をエピトープ検出器に接触させることにより、表面上の固定化された分子にエピトープ検出器が結合するようにするが、但し、エピトープ検出器は、
（ｉ）ＲＮＡプロモーターを含み、下記（ii）に結合したオリゴヌクレオチド；
（ii）選択されたエピトープに特異的に結合するモノクローナル抗体、選択されたエピトープに特異的に結合する単鎖Ｆｖ、選択されたエピトープに特異的に結合する強制されたＣＤＲ、選択されたエピトープに特異的に結合するＣＤＲ模倣物、又は選択されたエピトープに特異的に結合する工作されたＣＤＲ構造
を含み；
（ｃ）ＲＮＡ増幅により上記オリゴヌクレオチドから増幅されたＲＮＡを生成し；
（ｄ）ＲＮＡ産物を染色する蛍光染料に上記の増幅されたＲＮＡ産物を接触させ；そして
（ｅ）染色されたＲＮＡ産物から放射される蛍光を定量するが、但し、放射される蛍光の量が、サンプル中に存在するエピトープを発現する分子の数に相当すること
を含む方法。
【請求項３】
２−成分系を用いてインビトロにて分子の相互作用を監視する方法であって、
（ａ）第１の分子を固相表面に固定化し；
（ｂ）第１の分子に相互作用する第２の分子を固相表面に添加するが、但し、第２の分子はユニバーサルエピトープを含み；
（ｃ）ＲＮＡプロモーターを含むオリゴヌクレオチドをコンジュゲートしたユニバーサルエピトープ検出器を上記固相表面に添加し；
（ｄ）ＲＮＡ増幅を実施し；
（ｅ）増幅されたＲＮＡ産物を、ＲＮＡ産物を染色する蛍光染料に接触させ；そして
（ｆ）第１の分子の第２の分子に対する結合の指標である、染色されたＲＮＡから放射された蛍光を測定すること
を含む方法。
【請求項４】
第１の分子及び第２の分子が、蛋白質、糖、糖質、ＤＮＡ、ＲＮＡ、又は構造上のコンフォメーションを伴うペプチドである、請求項３記載の方法。
【請求項５】
インビトロにて分子の相互作用を監視する方法であって、
（ａ）請求項３又は４記載の方法に従い２−成分系を使用し；
（ｂ）第３の分子を２−成分系に添加し；そして
（ｃ）蛍光の変化を測定することにより上記の２−成分系の第１分子と第２分子の結合及び相互作用に対する第３の分子の作用を監視するが、但し、蛍光の正の変化が第１分子と第２分子の結合を促進する第３分子の指標であり、そして負の変化が第１分子と第２分子の結合を阻害する第３分子の指標であること
を含む方法。
【請求項６】
第３の分子がリガンド又は薬学上の薬剤を含む、請求項５記載の方法。
【請求項７】
特異的エピトープに特異的に結合するＣＤＲ構造、特異的エピトープに特異的に結合するＣＤＲ模倣物構造又は特異的エピトープに特異的に結合する工作されたＣＤＲ構造を同定する方法であって、
（ａ）選択されたエピトープを発現する分子を、選択された表面に固定化し；
（ｂ）上記表面をＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物又は工作されたＣＤＲ構造のライブラリーに接触させるが、但し、
（ｉ）ＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物又は工作されたＣＤＲ構造のライブラリーは、各々、ＲＮＡプロモーターを含むオリゴヌクレオチドに結合しているか；又は
（ii）ＣＤＲｓ，ＣＤＲ模倣物又は工作されたＣＤＲ構造のライブラリーはユニバーサルエピトープを含み、且つ、ユニバーサルエピトープに結合するエピトープ検出器をさらに添加するが、エピトープ検出器はＲＮＡプロモーターを含むオリゴヌクレオチドを含み
（ｃ）ＲＮＡ増幅によりオリゴヌクレオチドから、増幅されたＲＮＡ産物を生成し；
（ｄ）ＲＮＡ産物を染色する蛍光染料に上記の増幅されたＲＮＡ産物を接触させることにより増幅されたＲＮＡ産物の存在を検出し；そして
（ｅ）染色されたＲＮＡ産物から放射された蛍光を測定するが、但し、染料されたＲＮＡ産物をから放射される蛍光が、選択された表面上に固定化された分子上の特異的エピトープに特異的に結合するＣＤＲ構造、選択された表面上に固定化された分子上の特異的エピトープに特異的に結合するＣＤＲ模倣物構造又は選択された表面上に固定化された分子上の特異的エピトープに特異的に結合する工作されたＣＤＲ構造を同定する指標であること
を含む方法。
【請求項８】
選択された表面が、チップ、９６−ウエルプレート及び３８４−ウエルプレートからなる群から選択される、請求項１乃至７の何れか１項記載の方法。
【請求項９】
オリゴヌクレオチドが、
（ａ）ビオチン−ストレプトアビジンリンカーによるか；又は
（ｂ）オリゴヌクレオチドがモノクローナル抗体、単鎖Ｆｖ、強制されたＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は工作されたＣＤＲ構造上のエピトープに特異的に結合する分子にコンジュゲートされるかにより、
モノクローナル抗体、単鎖Ｆｖ、強制されたＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は工作されたＣＤＲ構造に結合している、請求項１乃至８の何れか１項記載の方法。
【請求項１０】
オリゴヌクレオチドが二重鎖ｃＤＮＡ分子である、請求項１乃至９の何れか１項記載の方法。
【請求項１１】
細胞溶解物中の蛋白質をプロファイリングする方法であって、
（ａ）細胞溶解物をエピトープ検出器の混合物に接触させることにより、エピトープ検出器が細胞溶解物中に存在する蛋白質上の選択されたエピトープに特異的に結合するようにし、上記エピトープ検出器の各々は、
（ｉ）ＲＮＡプロモーターを含み、下記（ii）に結合したｃＤＮＡ；
（ii）選択されたエピトープに特異的に結合するモノクローナル抗体、選択されたエピトープに特異的に結合する単鎖Ｆｖ、選択されたエピトープに特異的に結合する強制されたＣＤＲ、選択されたエピトープに特異的に結合するＣＤＲ模倣物、又は選択されたエピトープに特異的に結合する工作されたＣＤＲ構造を含むが、
但し、同じ特異的エピトープに特異的に結合するエピトープ検出器が同じ長さのＲＮＡ増幅産物を生じるｃＤＨＡｓにコンジュゲートされており、そして異なる特異的エピトープに特異的に結合するエピトープ検出器が異なる長さのＲＮＡ増幅産物にコンジュゲートされており；
（ｂ）ＲＮＡ増幅を実施し；
（ｃ）ＲＮＡをサイズにより分離し；そして
（ｄ）増幅されたＲＮＡを、ＲＮＡを染色する蛍光染料に接触させ；
（ｆ）溶解物中の異なる選択されたエピトープを発現する蛋白質のプロファイルを決定できるように、分離されて染色された増幅ＲＮＡを可視化し、そして異なるサイズの増幅ＲＮＡの存在を同定すること
を含む方法。
【請求項１２】
増幅ＲＮＡを電気泳動によりサイズで分離する、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】
ＲＮＡプロモーターがＴ７のＲＮＡプロモーター、Ｔ３のＲＮＡプロモーター及びＳＰ６のＲＮＡプロモーターからなる群から選択される、請求項１乃至１２の何れか１項記載の方法。
【請求項１４】
蛍光染料が非対称性シアニン染料からなる群から選択される、請求項１乃至１３の何れか１項記載の方法。
【請求項１５】
選択されたエピトープを発現する分子の蛍光を用いた検出又は定量のための、
（ａ）（ｉ）ＲＮＡプロモーターを含むオリゴヌクレオチドであって、下記（ii）に結合したオリゴヌクレオチド；
（ii）選択されたエピトープに特異的に結合するモノクローナル抗体、選択されたエピトープに特異的に結合する単鎖Ｆｖ、選択されたエピトープに特異的に結合する強制されたＣＤＲ、選択されたエピトープに特異的に結合するＣＤＲ模倣物、又は選択されたエピトープに特異的に結合する工作されたＣＤＲ構造
を含むエピトープ検出器；
（ｂ）ＲＮＡポリメラーゼ；
（ｃ）増幅反応バッファー；
（ｄ）ＲＮＡに結合する蛍光染料
を含むキット。
【請求項１６】
（ａ）細胞溶解物の中に存在する蛋白質上の選択されたエピトープに特異的に結合するエピトープ検出器の混合物であって、上記エピトープ検出器の各々は、
（ｉ）ＲＮＡプロモーターを含み、下記（ii）に結合したｃＤＮＡ；
（ii）選択されたエピトープに特異的に結合するモノクローナル抗体、選択されたエピトープに特異的に結合する単鎖Ｆｖ、選択されたエピトープに特異的に結合する強制されたＣＤＲ、選択されたエピトープに特異的に結合するＣＤＲ模倣物、又は選択されたエピトープに特異的に結合する工作されたＣＤＲ構造を含むが、
但し、同じ特異的エピトープに特異的に結合するエピトープ検出器が同じ長さのＲＮＡ増幅産物を生じるｃＤＨＡｓにコンジュゲートされており、そして異なる特異的エピトープに特異的に結合するエピトープ検出器が異なる長さのＲＮＡ増幅産物にコンジュゲートされているエピトープ検出器混合物；
（ｂ）ＲＮＡポリメラーゼ；
（ｃ）増幅反応バッファー；
（ｄ）ＲＮＡに結合する蛍光染料
を含むキット。
【請求項１７】
オリゴヌクレオチドが、
（ａ）ビオチン−ストレプトアビジンリンカーによるか；又は
（ｂ）オリゴヌクレオチドがモノクローナル抗体、単鎖Ｆｖ、強制されたＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は工作されたＣＤＲ構造上のエピトープに特異的に結合する分子にコンジュゲートされるかにより、
モノクローナル抗体、単鎖Ｆｖ、強制されたＣＤＲ、ＣＤＲ模倣物又は工作されたＣＤＲ構造に結合している、請求項１５又は１６項記載のキット。
【請求項１８】
オリゴヌクレオチドが二重鎖ｃＤＮＡ分子である、請求項１５乃至１７の何れか１項記載のキット。
【請求項１９】
ＲＮＡプロモーターがＴ７のＲＮＡプロモーターであり且つＲＮＡポリメラーゼがＴ７のＲＮＡポリメラーゼであるか、ＲＮＡプロモーターがＴ３のＲＮＡプロモーターであり且つＲＮＡポリメラーゼがＴ３のＲＮＡポリメラーゼであるか、又はＲＮＡプロモーターがＳＰ６のＲＮＡプロモーターであり且つＲＮＡポリメラーゼがＳＰ６のＲＮＡポリメラーゼである、請求項１５乃至１８の何れか１項記載のキット。
【請求項２０】
蛍光染料が非対称性シアニン染料からなる群から選択される、請求項１５乃至１９の何れか１項記載の方法。