【手続補正書】
【提出日】平成17年5月10日(2005.5.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
それぞれが水性媒体中に少なくとも１つの特有の一方向性アンチセンス核酸インサートを含む組換えバクテリオファージまたは組換えファージミドベクター由来の、１以上の一本鎖ＬＣ−アンチセンス化合物を有する、複数のコンパートメントを含み、
ここで前記ＬＣ−アンチセンス化合物は、宿主細胞中に導入されることができ、そして、前記特有のアンチセンス核酸インサートと実質的に相補的な、前記宿主細胞中の核酸に特異的に結合しうる、
複数の特有一本鎖核酸のライブラリー。
【請求項２】
前記特有のアンチセンス核酸インサートの標的遺伝子に対する特異性は、ライブラリーの初回作製時に既知である、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項３】
前記宿主細胞の表現型の発現を調節する標的宿主細胞核酸の特異性は、ライブラリーの初回作製時に未知である、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項４】
前記宿主細胞は、真核細胞である、請求項１〜３のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項５】
前記コンパートメントは、それぞれ前記ＬＣ−アンチセンス化合物を水性媒体１ｍｌあたり約０．１μＭ〜約１μＭ含有する、請求項１〜４のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項６】
前記バクテリオファージまたはファージミドベクターは、繊維状バクテリオファージ由来である、請求項１〜５のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項７】
前記バクテリオファージまたはファージミドベクターは、前記特有のアンチセンス核酸インサート配列が挿入された、バクテリオファージまたはファージミドゲノム配列を有する、請求項１〜６のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項８】
前記バクテリオファージまたはファージミドベクターは、１超の特有のアンチセンス核酸インサート配列を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項９】
前記複数のコンパートメントは、少なくとも６ウェルのマルチウェルフォーマットを含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１０】
実質的に自動化された工程において作製され、用いられるように設定されている、請求項９に記載のライブラリー。
【請求項１１】
前記複数のコンパートメントは、少なくとも９６ウェルのマルチウェルフォーマットを含む、請求項９または１０に記載のライブラリー。
【請求項１２】
前記宿主細胞は異常であり、前記宿主細胞を正常な状態に戻すのに遺伝子発現の調節が有用である、請求項１〜１１のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１３】
前記異常は、癌、ウイルス感染、免疫障害または代謝疾患である、請求項１２に記載のライブラリー。
【請求項１４】
前記癌は、肝癌、肺癌、胃癌、結腸癌、白血病、子宮頸癌、前立腺癌、膀胱癌、膵臓癌、皮膚癌、卵巣癌、腎臓癌または乳癌である、請求項１３に記載のライブラリー。
【請求項１５】
前記ウイルス感染は、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ＨＩＶ、天然痘、単球増加症（エプスタイン−バーウイルス）、肝炎または呼吸器系合胞ウイルス（ＲＳＶ）により生じる、請求項１３に記載のライブラリー。
【請求項１６】
前記代謝疾患は、フェニルケトン尿症（ＰＫＵ）、原発性甲状腺機能低下症、ガラクトース血症、異常ヘモグロビン、Ｉ型およびＩＩ型糖尿病または肥満である、請求項１３に記載のライブラリー。
【請求項１７】
前記免疫障害は、シェーグレン症候群、抗リン脂質抗体症候群、免疫複合体疾患、紫斑病、シェーンライン−ヘノッホ、免疫不全症候群、全身性エリテマトーデス、免疫不全、リウマチ、腎または肝硬化である、請求項１３に記載のライブラリー。
【請求項１８】
核酸断片をバクテリオファージまたはファージミドベクター中に一方向にクローニングすることにより、前記ベクター中に核酸断片を一方向に挿入すること：を含む、
少なくとも１つの特有の一方向性アンチセンス核酸インサートを含む、組換えバクテリオファージまたは組換えファージミドベクター由来の１以上の一本鎖ＬＣ−アンチセンス化合物を有する、複数の特有の一本鎖核酸を含むライブラリーの製造方法。
【請求項１９】
細菌形質転換体を作製するために、インサートを有するベクターをコンピテント細菌細胞中に導入することにより、細菌形質転換体を調製し；そして次いで、一本鎖核酸ライブラリーを製造するために、前記細菌形質転換体にヘルパーファージを感染させる：ことをさらに含む、請求項１８に記載の製造方法。
【請求項２０】
多発性筋炎／強皮症自己抗原、ＥＳＴ（Ｎ２１９７２）、核マトリックスタンパク質ｐ８４、ガンマ−アミノ酪酸（ＧＡＢＡ）Ａ受容体ベータ３、ＳＲＹ（性決定領域Ｙ）−ボックス９、ＥＳＴ（Ｈ１３１１２）、ＥＳＴ（ＡＷ２９４１３３）、プライマーゼ，ポリペプチド１（４９ｋＤ）、ヒトＥＶ１２タンパク質遺伝子、上皮成長因子受容体経路基質８またはタンパク質チロシンホスファターゼ，非受容体タイプ２に対して標的化された大環状アンチセンス化合物を含み、肝癌細胞の増殖を特異的に阻害するための薬剤組成物。
【請求項２１】
ＴＧＦ−β刺激性タンパク質，ＴＳＣ−２２、基礎転写因子ＩＩＨ、チトクロムＰ４５０，サブファミリーＩＩＩＡ，ポリペプチド７、ＫＩＡＡ００９４タンパク質（Ｄ４２０８４）、ＭＡＸ二量化タンパク質、セリン／スレオニンキナーゼ１３（ａｕｒｏｒａ／Ｌ  １−ｋｉｋｅ）、ＥＳＴ（ＡＩ０５７０９４）、Ｒａｓ−関連ＧＴＰ−結合タンパク質、ＭＨＣクラスＩ領域ＯＲＦまたは腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー，メンバー７に対して標的化された大環状アンチセンス化合物を含み、肺癌細胞の増殖を特異的に阻害するための薬剤組成物。
【請求項２２】
以下の段階を含む、ユニジーン一方向性アンチセンスライブラリーを用いて機能的ゲノミクス分析を行うための、高スループットシステム：
（ｉ）前記ユニジーン一方向性アンチセンスライブラリーを有する、大環状アンチセンス分子−キャリアー複合体を形成すること；
（ｉｉ）内生的に発現している、実質的に相補的な転写産物を除去するために、前記複合体を宿主細胞にトランスフェクションすること；
（ｉｉｉ）前記宿主細胞の表現型の変化をスクリーニングすること；および
（ｉｖ）（ｉｉｉ）において表現型の変化を引き起こした遺伝子を同定すること。
【請求項２３】
さらなる機能的試験を必要とする、請求項２２に記載の高スループットシステム。
【請求項２４】
相同の遺伝子または完全な遺伝子配列を決定するために、前記段階（ｉｖ）において得られた遺伝子配列を、以前に確認されたクローン情報と比較することを含む、請求項２２または２３に記載の高スループットシステム。
【請求項２５】
前記キャリアーは、リポソーム、カチオン性高分子、ＨＶＪ−リポソーム複合体、ペプチドまたはウイルスである、請求項２２〜２４のいずれか１項に記載の高スループットシステム。
【請求項２６】
前記大環状アンチセンス分子および前記キャリアーは、約１：３（ｗ／ｗ）または約１：４（ｗ／ｗ）を含む比で混合される、請求項２５に記載の高スループットシステム。
【請求項２７】
分析される表現型は、細胞の形態、細胞の増殖、細胞のアポトーシス、または基質に対する細胞の応答である、請求項２２〜２６のいずれか１項に記載の高スループットシステム。
【請求項２８】
前記分析は、ＲＴ−ＰＣＲ、ウエスタンブロット分析、イムノアッセイ、ＭＴＴ還元分析、［３Ｈ］−チミジン取込み（ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）分析、コロニー形成分析、ＤＮＡ合成およびクロマチン活性化、細胞の形態変化の検査によるアポトーシスの分析、染色体の凝集または断片化、ＤＮＡの断片化、アポトーシスの定量分析、アポトーシスのシグナル機構、細胞サイクル調節因子の活性化、細胞サイクル調節因子間での複合体形成、または、インビトロおよびインビボにおける、代謝の、形態の、生理的な、および生化学的な表現型の変化の分析である、請求項２７に記載の高スループットシステム。
【請求項２９】
１）大量のユニジーンに対するＬＣ−アンチセンス化合物を大規模に並行して製造することによりアンチセンスライブラリーを作製し；
２）宿主細胞群をマルチウェルプレート中で培養し；
３）前記１）のアンチセンスライブラリーを用いて、ＬＣ−アンチセンス化合物−キャリアー複合体を形成し；
４）前記３）の複合体を宿主細胞群にトランスフェクションすることにより、遺伝子の一次の機能的分析を行い；および
５）前記４）においてスクリーニングされた遺伝子のさらなる機能的分析を行う：ことを含む、
ユニジーン一方向性アンチセンスライブラリーを特定の疾患の細胞株に適用することにより行われる、大規模な機能的ゲノミクス分析を行うための高スループットシステム。
【請求項３０】
前記ユニジーンＬＣ−アンチセンス化合物は、
１）標的遺伝子のｃＤＮＡ断片を調製し；
２）前記１）のｃＤＮＡ断片を、ＬＣ−アンチセンス化合物を製造しうるファージまたはファージミドベクターに挿入することにより、組換えファージまたは組換えファージミドを調製し；および
３）前記２）の組換えファージまたは組換えファージミドベクターにより作られる一本鎖環状ゲノムの一部として、前記ユニジーンのアンチセンス配列を含有するＬＣ−アンチセンス化合物を製造する：段階により調製される、請求項２９に記載の、機能的ゲノミクスのための高スループットシステム。
【請求項３１】
１）ユニジーンＬＣ−アンチセンス化合物を選抜することによりアンチセンスアレイを作製し；
２）宿主細胞群をマルチウェルプレート中で培養し；
３）前記１）のアンチセンスアレイ上でＬＣ−アンチセンス化合物−キャリアー複合体を形成し；
４）前記３）の複合体を前記細胞群にトランスフェクションすることにより、遺伝子の一次の機能的分析を行い；および
５）前記４）においてスクリーニングされた遺伝子のさらなる機能的分析を行う：ことを含む、
マクロアレイまたはマイクロアレイアセンブリを疾患細胞に適用することにより行われる、大規模な機能的ゲノミクスのための高スループットシステム。