【手続補正書】
【提出日】平成17年3月28日(2005.3.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗ＶＬＡ−１抗体であって、該ＶＬＡ−１抗体の重鎖相補性決定領域は、配列番号２のアミノ酸残基３１〜３５（ＣＤＲ１）、５０〜６５（ＣＤＲ２）および９８〜１０７（ＣＤＲ３）（Ｋａｂａｔ番号付け規約）によって規定される、抗体。
【請求項２】
請求項１に記載の抗体であって、該抗体は、その重鎖中に残基Ｖ１２、Ｆ２９、Ａ４９、Ｔ９３およびＲ９４のうちの少なくとも１つを含む、抗体。
【請求項３】
抗ＶＬＡ−１抗体であって、該ＶＬＡ−１抗体の軽鎖相補性決定領域は、配列番号１のアミノ酸残基２４〜３３（ＣＤＲ１）、４９〜５５（ＣＤＲ２）および８８〜９６（ＣＤＲ３）（Ｋａｂａｔ番号付け規約）によって規定される、抗体。
【請求項４】
請求項３に記載の抗体であって、該抗体は、その軽鎖中に残基Ｑ１、Ｌ４およびＹ７１のうちの少なくとも１つを含む、抗体。
【請求項５】
抗ＶＬＡ−１抗体であって、該ＶＬＡ−１抗体の軽鎖相補性決定領域は、配列番号１のアミノ酸残基２４〜３３、４９〜５５および８８〜９６によって規定され、そして該ＶＬＡ−１抗体の重鎖相補性決定領域は、配列番号２のアミノ酸残基３１〜３５、５０〜６５および９８〜１０７によって規定される、抗ＶＬＡ−１抗体。
【請求項６】
請求項５に記載の抗体であって、該抗体は、配列番号１の軽鎖可変ドメイン配列および配列番号２の重鎖可変ドメイン配列を含む、抗体。
【請求項７】
請求項５に記載の抗体であって、該抗体は、ハイブリドーマｍＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３２７３）によって産生される抗体と同一の重鎖ポリペプチド配列および軽鎖ポリペプチド配列を含む、抗体。
【請求項８】
ヒト化抗体である、請求項５に記載の抗体。
【請求項９】
請求項８に記載の抗体であって、該抗体は、その軽鎖内に以下の残基：Ｑ１、Ｌ４、Ｐ４６、Ｗ４７およびＹ７１の少なくとも１つを含むか；またはその重鎖内に以下の残基：Ｄ１、Ｖ１２、Ｓ２８、Ｆ２９、Ａ４９、Ｔ９３、Ｒ９４（Ｋａｂａｔ番号付け規約）の少なくとも１つを含む、抗体。
【請求項１０】
請求項８に記載の抗体であって、該抗体は、配列番号３のアミノ酸残基１〜１０６によって規定される軽鎖可変ドメイン配列、および配列番号４のアミノ酸残基１〜１１８によって規定される重鎖可変ドメイン配列を含む、抗体。
【請求項１１】
請求項８に記載の抗体であって、該抗体は、細胞株ｈＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３２７５）によって産生される抗体と同一の重鎖ポリペプチド配列および軽鎖ポリペプチド配列を含む、抗体。
【請求項１２】
請求項８に記載の抗体であって、前記重鎖は、残基２３４、２３５、２３６、２３７、２９７、３１８、３２０および３２２（ＥＵ番号付け系）からなる群より選択されるアミノ酸残基の１つ以上で変異されており、これにより、エフェクター機能に変更を生じるが改変されていない抗体と比較してＶＬＡ−１に結合し続ける、抗体。
【請求項１３】
請求項１２に記載の抗体であって、該抗体は、改変されていない抗体と比較してその重鎖内に変異Ｌ２３４ＡおよびＬ２３５Ａ（ＥＵ番号付け系）を含む、抗体。
【請求項１４】
請求項８に記載の抗体であって、該抗体は、細胞株ｈｓＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３３５６）によって産生される抗体と同一の重鎖ポリペプチド配列および軽鎖ポリペプチド配列を含む、抗体。
【請求項１５】
請求項８に記載の抗体であって、該抗体は、グリコシル化部位であるアミノ酸残基で変異されており、これによりグリコシル化部位を排除する、抗体。
【請求項１６】
請求項１５に記載の抗体であって、該抗体は、その重鎖内に変異Ｎ２９７Ｑ（ＥＵ番号付け系）を含む、抗体。
【請求項１７】
請求項８に記載の抗体であって、該抗体は、細胞株ｈａＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３２７４）によって産生される抗体と同一の重鎖ポリペプチド配列および軽鎖ポリペプチド配列を含む、抗体。
【請求項１８】
請求項８〜１７のいずれか１項に記載の抗体および薬学的に受容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項１９】
請求項１に記載の抗体重鎖のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項２０】
請求項３に記載の抗体軽鎖のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項２１】
配列番号１のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項２２】
配列番号２のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項２３】
ハイブリドーマｍＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３２７３）によって産生される抗体の軽鎖のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項２４】
ハイブリドーマｍＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３２７３）によって産生される抗体の重鎖のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項２５】
細胞株ｈＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３２７５）によって産生される抗体の軽鎖のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項２６】
細胞株ｈＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３２７５）によって産生される抗体の重鎖のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項２７】
細胞株ｈａＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３２７４）によって産生される抗体の重鎖のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項２８】
細胞株ｈｓＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３３５６）によって産生される抗体の重鎖のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項２９】
配列番号３の残基１〜１０６のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項３０】
配列番号４の残基１〜１１８のコード配列を含む、単離された核酸。
【請求項３１】
請求項２１に記載の単離された核酸を含む、ベクター。
【請求項３２】
請求項２２に記載の単離された核酸を含む、ベクター。
【請求項３３】
ＶＬＡ−１によって媒介される免疫学的障害を有する被験体を処理する方法であって、請求項１４に記載の組成物を被験体に投与する工程を包含する、方法。
【請求項３４】
組織中のＶＬＡ−１レベルを決定する方法であって、該組織を請求項５に記載の抗体と接触させる工程、および該抗体の該組織に対する結合を決定し、これにより該組織中のＶＬＡ−１レベルを決定する工程、を包含する、方法。
【請求項３５】
ハイブリドーマｍＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３２７３）の細胞。
【請求項３６】
（ａ）分子複合体であって、図１９に記載される、α１β１インテグリンＲΔＨのキメラＩドメインとヒト化抗体ｈＡＱＣ２との複合体の構造座標のセットによって規定される、分子複合体；または
（ｂ）該分子複合体のホモログであって、該分子複合体のアミノ酸の骨格原子から０．６５Å以下の根平均２乗偏差を有する、ホモログ、
の３次元表示を生成するためのコンピュータであって、
ここで、該コンピュータは、以下：
（ｉ）コード化された機械読み取り可能なデータを有するデータ格納材料を含む、機械読み取り可能なデータ格納媒体であって、該データは、図１９に記載される、該複合体の構造座標の少なくとも一部を含む、媒体；
（ｉｉ）該機械読み取り可能なデータを処理するための命令を格納するための、ワーキングメモリ；
（ｉｉｉ）該３次元表示に該機械読み取り可能なデータを処理するために該機械読み取り可能なデータ格納媒体を処理するための、該ワーキングメモリおよび該機械読み取り可能なデータ格納媒体に連結した、中央処理装置；ならびに
（ｉｖ）該３次元表示を表示するための、該中央処理装置に連結した、ディスプレイ、
を備える、コンピュータ。
【請求項３７】
インテグリンＩドメインのインヒビターを同定する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）図１９に記載される軽鎖残基のＡｓｎ３０、Ｔｙｒ４８、Ｔｒｐ９０、Ｓｅｒ９１、Ａｓｎ９３およびＴｒｐ９５、ならびに重鎖残基のＳｅｒ３０、Ａｒｇ３１、Ｔｒｐ４７、Ｓｅｒ５２、Ｇｌｙ５３、Ｈｉｓ５６、Ｔｙｒ５８、Ｐｈｅ９９、Ｇｌｙ１００およびＡｓｐ１０１からなる群より選択される少なくとも７つの残基を含むｈＡＱＣ２アミノ酸の構造座標、または、該ｈＡＱＣ２アミノ酸の骨格原子から±１．１０Å以下の根平均２乗偏差、を使用して、結合部位の３次元構造を生成する、工程；
（ｂ）潜在的アンタゴニストを設計または選択するために該３次元構造を使用する、工程；
（ｃ）該潜在的アンタゴニストを合成する、工程；および
（ｄ）該潜在的アンタゴニストがｈＡＱＣ２と相互作用する能力を決定するために、該潜在的アンタゴニストをｈＡＱＣ２と接触させる工程であって、該潜在的アンタゴニストがｈＡＱＣ２と相互作用する能力は、該潜在的アンタゴニストが該Ｉドメインのインヒビターであることを示す、工程
を包含する、方法。
【請求項３８】
インテグリンＩドメインのインヒビターを同定する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）図１９に記載されるＩドメインアミノ酸残基Ａｓｐ１５４、Ｓｅｒ１５６、Ａｓｎ１５７、Ｓｅｒ１５８、Ｔｙｒ１６０、Ｇｌｕ１９２、Ｇｌｎ２１８、Ａｒｇ２１９、Ｇｌｙ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｒｇ２２２、Ｇｌｎ２２３、Ｔｈｒ２２４、Ａｓｐ２５７、Ｈｉｓ２６１、Ａｓｎ２６３、Ａｒｇ２９１およびＬｅｕ２９４の構造座標を使用して、結合部位の３次元構造を生成する、工程；
（ｂ）潜在的アンタゴニストを設計または選択するために該３次元構造を使用する、工程；
（ｃ）該潜在的アンタゴニストを合成する、工程；そして
（ｄ）該潜在的アンタゴニストが該Ｉドメインと相互作用する能力を決定するために、該潜在的アンタゴニストを該Ｉドメインと接触させる工程であって、該潜在的アンタゴニストがＩドメインと相互作用する能力は、該潜在的アンタゴニストが該Ｉドメインのインヒビターであることを示す、工程
を包含する、方法。
【請求項３９】
インテグリンＩドメインのインヒビターを同定する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）図１９に記載される残基Ｇｌｕ１９２、Ｇｌｎ２１８、Ａｒｇ２１９、Ｇｌｙ２２０およびＧｌｙ２２１を含む少なくとも３つのＩドメインアミノ酸の構造座標、または、該Ｉドメインアミノ酸の骨格原子から±０．３０Å以下の根平均２乗偏差、を使用して、結合部位の３次元構造を生成する、工程；
（ｂ）潜在的アンタゴニストを設計または選択するために該３次元構造を使用する、工程；
（ｃ）該潜在的アンタゴニストを合成する、工程；そして
（ｄ）該潜在的アンタゴニストが該Ｉドメインと相互作用する能力を決定するために、該潜在的アンタゴニストを該Ｉドメインと接触させる工程であって、該潜在的アンタゴニストがＩドメインと相互作用する能力は、該潜在的アンタゴニストが該Ｉドメインのインヒビターであることを示す、工程
を包含する、方法。
【請求項４０】
インテグリンＩドメインの候補インヒビターを同定する方法であって、該方法は、以下の工程：
（ａ）Ｉドメインを含む結晶を得る工程であって、該結晶は、空間群Ｐ６１またはＰ６５を用いて特徴付けられ、単位格子定数ａ＝ｂ＝２５５．０９Å、ｃ＝３８．６４Åを有する、工程；
（ｂ）工程（ａ）の結晶のアミノ酸の構造座標を得る工程であって、該構造座標は、図１９に示される、工程；
（ｃ）１．５Å以下の該アミノ酸の骨格原子からの根平均２乗偏差を用いて工程（ｂ）において得られるアミノ酸の構造座標を使用して該インテグリンＩドメインの３次元モデルを生成する工程：
（ｄ）該３次元モデルから該インテグリンＩドメインの結合部位を決定する工程；および
（ｅ）該結合部位と相互作用する該候補インヒビターを同定するためにコンピューター適合分析を実施する工程、
を包含する、方法。
【請求項４１】
請求項４０に記載の方法であって、該方法はさらに、
（ｆ）前記同定された候補インヒビターをインテグリンＩドメインと接触させて、該潜在的アンタゴニストがインテグリンＩドメインと相互作用する能力を決定する工程であって、該潜在的アンタゴニストが該Ｉドメインと相互作用する能力は、該同定された候補が該Ｉドメインのインヒビターであることを示す、工程、
を包含する、方法。
【請求項４２】
請求項４０に記載の方法であって、工程（ｄ）において決定される前記Ｉドメインの結合部位は、図１９に記載される構造座標のアミノ酸残基Ａｓｐ１５４、Ｓｅｒ１５６、Ａｓｎ１５７、Ｓｅｒ１５８、Ｔｙｒ１６０、Ｇｌｕ１９２、Ｇｌｎ２１８、Ａｒｇ２１９、Ｇｌｙ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｒｇ２２２、Ｇｌｎ２２３、Ｔｈｒ２２４、Ａｓｐ２５７、Ｈｉｓ２６１、Ａｓｎ２６３、Ａｒｇ２９１およびＬｅｕ２９４を含み、該アミノ酸の骨格原子からの根平均２乗偏差は１．５Å以下である、方法。
【請求項４３】
請求項４０に記載の方法であって、工程（ｄ）において決定される前記Ｉドメインの結合部位は、図１９に記載される構造座標のアミノ酸残基Ｇｌｕ１９２、Ｇｌｎ２１８、Ａｒｇ２１９、Ｇｌｙ２２０、およびＧｌｙ２２１を含み、該アミノ酸の骨格原子からの根平均２乗偏差は１．５Å以下である、方法。
【請求項４４】
結合ポケットもしくは結合ドメインを含む分子または分子複合体の候補インヒビターを同定するための方法であって、
該結合ポケットまたは結合ドメインは、
（ｉ）図１９に従うＩドメインのアミノ酸残基Ｇｌｕ１９２、Ｇｌｎ２１８、Ａｒｇ２１９、Ｇｌｙ２２０、およびＧｌｙ２２１と同一である１セットのアミノ酸残基であって、該アミノ酸の骨格原子からの根平均２乗偏差は１．５Å以下である、アミノ酸残基；と
（ｉｉ）図１９に従うＩドメインのアミノ酸残基Ａｓｐ１５４、Ｓｅｒ１５６、Ａｓｎ１５７、Ｓｅｒ１５８、Ｔｙｒ１６０、Ｇｌｕ１９２、Ｇｌｎ２１８、Ａｒｇ２１９、Ｇｌｙ２２０、Ｇｌｙ２２１、Ａｒｇ２２２、Ｇｌｎ２２３、Ｔｈｒ２２４、Ａｓｐ２５７、Ｈｉｓ２６１、Ａｓｎ２６３、Ａｒｇ２９１およびＬｅｕ２９４と同一である１セットのアミノ酸残基であって、該アミノ酸の骨格原子からの根平均２乗偏差は１．５Å以下である、アミノ酸残基と、
からなり、
該方法は、
（ａ）複数の化学実体を設計、選択、または最適化するために該結合ポケットまたは結合ドメインの３次元構造を使用する工程；および
（ｂ）該分子または分子複合体に対する阻害効果に基づいて、該候補インヒビターを選択する工程；
を包含する、方法。
【請求項４５】
細胞株ｈＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３２７５）の細胞。
【請求項４６】
細胞株ｈａＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３２７４）の細胞。
【請求項４７】
細胞株ｈｓＡＱＣ２（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ３３５６）の細胞。