【手続補正書】
【提出日】平成17年2月1日(2005.2.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
支持材料上の複数の活性化可能な場所を含む能動的場所アレイデバイス（ａｃｔｉｖｅｌｏｃａｔｉｏｎ  ａｒｒａｙ  ｄｅｖｉｃｅ）上に固定化された核酸のアレイをつくるための方法であって、下記工程を含む方法：
ａ）能動的アレイデバイス上の場所の第１セットＬ1を活性化すること、ここで、前記活性化された場所の少なくともいくつかは予め決められた合成アドレッシングユニット（ＳＡＵ）または当該場所に付着された合成アドレッシングユニットのセットを含み、そして当該場所の活性化はＳＢＵｓへのＳＡＵｓの結合に有利な条件を創製するものであり；
ｂ）前記活性化された場所のセットを、合成結合ユニット（ＳＢＵ）−核酸（ＮＡ）共役体（ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ）の第１セットＣ1と接触させること、ここで、当該共役体のセット中のＳＢＵｓの少なくともいくつかは前記の活性化された場所に付着されたＳＡＵｓの少なくともいくつかに特異的に結合することができるものであり；
ｃ）非結合共役体を除去すること；そして
ｄ）工程（ａ）から（ｃ）をＭ回繰返し、場所のセットLM+1を活性化すること、およびそれらを共役体のセットCM+1と接触させること、ここでＭ≧１である。
【請求項２】
下記を含む超分子構築体：
ａ）同じＳＡＵが前記支持材料上の少なくとも２つの予め決められた場所に付着された、別個の場所のアレイを含む支持材料に付着された少なくとも１つの合成アドレスユニット（ＳＡＵ）、および
ｂ）下記共役体の少なくとも２つが同じＳＢＵおよび異なるＮＡｓをもつ、合成結合ユニット（ＳＢＵ）および核酸（ＮＡ）を含む、少なくとも２つの共役体、
ｃ）前記共役体のＳＢＵは２つの予め決められた場所でＳＡＵと合成結合システムユニット（ＳＢＳ）を形成し、そして当該２つの異なるＮＡｓの各々を異なる場所で固定化している。
【請求項３】
一般式（ＮＡ）（ＳＢＵ）をもつ共役体で、ここで：
ＮＡは核酸であり、
ＳＢＵは合成結合ユニットであり、
ここで各ＮＡはリンカーＸにより少なくとも１つのＳＢＵに連結され、ここでＸは下記より成る群から選択される：
【化３】
2004536317.tif 000001
ここで
Ｙ1，Ｙ2は    相互に独立してＯＨ，ＳＨ，ＮＨ2またはＣＨ3であり、
Ｇは          ＯまたはＳであり、
Ｌ1，Ｌ2は    下記より成る群から独立に選択されるリンカーであり：
共有結合；および飽和または不飽和の、分枝または非分枝の、置換または非置換の、１−６０炭素原子および、Ｎ，Ｏ，およびＳより成る群から選択された０−４０ヘテロ原子の鎖、を含むリンカー鎖成分；
Ｖ1，Ｖ2は    下記より成る群から独立に選択される
−［−ＣＨ2−］−，および
【化４】
2004536317.tif 000002
Ｒ1，Ｒ2は    相互に独立してＨまたはＯＨであり、そしてここで
Ｂａは        窒素ヘテロ環成分である、前記共役体。
【請求項４】
一般式（ＮＡ）n（ＳＢＵ）mをもつ共役体で、ここで：
ＮＡは核酸であり、
ＳＢＵは合成結合ユニットであり、
ここで各ＮＡは少なくとも１つのＳＢＵに連結され、ｎは１から６までの整数であり、ｍは１から６までの整数であり、そしてここでｎ＋ｍ＞２である、前記共役体。
【請求項５】
請求項３または４の少なくとも１つの共役体、および当該共役体の少なくとも１つのＳＢＵと特異的に会合して合成結合システムユニット（ＳＢＳ）を形成する少なくとも１つの合成アドレスユニット（ＳＡＵ）であって、当該ＳＡＵが支持材料（ＳＭ）に付着されているもの、を含む超分子構築体。
【請求項６】
請求項３および／または４の少なくとも２つの共役体を含むライブラリー。
【請求項７】
少なくとも１つの（ＳＢＵ）が単量体ユニットのオリゴマーを含む、請求項３または４の共役体であって、ここで当該単量体ユニットは下記の一般式をもち
【化１０】
2004536317.tif 000003
ここでＢbは単量体ユニットをオリゴマーに接続するバックボーン成分で、そしてここでＲsは窒素ヘテロ環成分を含む特定認識成分であり、
ここで当該単量体ユニットは式（ＩＸ）または（Ｘ）に従って直線的に配列され、
Ｂs1−（Ｊ）−Ｂs2                           （式（ＩＸ））
Ｂs1−（Ｊ）−Ｂs2−（J’）−Ｂs3            （式（Ｘ））
ここでｓ１，ｓ２およびｓ３は、独立に、０および１０の間の整数で、そしてＢは合成結合ユニット（ＳＢＵ）を合成するために使われるような任意の単量体性ユニットであり、そしてＪは認識成分（Ｒs）の配列で、ここでＪはＪ’と同じでもあるいは異なってもよく、そして
ここで配列ＪおよびＪ’は、配列ＪおよびＪ’が同じ群から選択されることを条件に、各々独立に、SEQ ID NO. ３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、および７５より成る群Ａから選択されるか、または、SEQ ID NO. ４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、および７６より成る群Ｂから選択される、前記共役体。
【請求項８】
支持材料上に固定化された核酸のセットをつくる方法であって、下記の工程を含む方法：
ａ）合成アドレスユニット（ＳＡＵ）が当該支持体上の予め決められた位置に付着された支持材料を提供すること；及び
ｂ）請求項３または４の少なくとも２つの共役体を、ＳＢＵ’ｓおよび‘ＳＡＵ’ｓが会合してＳＢＳ’ｓを形成するために適した条件下で当該支持体と接触させること、ここで当該共役体は当該支持体上の少なくとも１つのＳＡＵに特異的に結合する少なくとも１つのＳＢＵ含んでいる。
【請求項９】
合成結合ユニット（ＳＢＵ）および合成アドレッシングユニット（ＳＡＵ）より成る群から選択される合成結合システムのユニットであって、単量体ユニットのオリゴマーを含み、ここで当該単量体ユニットが下記の一般式をもち
【化１１】
2004536317.tif 000004
ここでＢbは当該単量体ユニットを当該オリゴマーに接続するバックボーン成分で、そしてここでＲsは窒素ヘテロ環成分を含む特定認識成分であり、
ここで当該単量体ユニットは式（ＩＸ）または（Ｘ）に従って直線的に配列され、
Ｂs1−（Ｊ）−Ｂs2                           （式（ＩＸ））
Ｂs1−（Ｊ）−Ｂs2−（J’）−Ｂs3            （式（Ｘ））
ここでｓ１，ｓ２およびｓ３は、独立に、０および１０の間の整数で、そしてＢは合成結合ユニット（ＳＢＵ）を合成するために使われるような任意の単量体性ユニットであり、そしてＪは認識成分（Ｒs）の配列で、ここでＪはＪ’と同じでもあるいは異なってもよく、そしてここでＪおよびＪ’はｐ−ＲＮＡ−ポリヌクレオチド，ｐ−ＤＮＡ−ポリヌクレオチドおよびＣＮＡ−ポリヌクレオチドより成る群から選択され、そして配列ＪおよびＪ’は、独立に、群直交性配列から選択される、前記ユニット。
【請求項１０】
合成結合ユニット（ＳＢＵ）および合成アドレッシングユニット（ＳＡＵ）より成る群から選択される合成結合システムのユニットであって、単量体ユニットのオリゴマーを含み、ここで当該単量体ユニットは下記の一般式をもち
【化１２】
2004536317.tif 000005
ここでＢbは当該単量体ユニットを当該オリゴマーに接続するバックボーン成分で、そしてここでＲsは窒素ヘテロ環成分を含む特定認識成分であり、
ここで当該単量体ユニットは式（ＩＸ）または（Ｘ）に従って直線的に配列され、
Ｂs1−（Ｊ）−Ｂs2                           （式（ＩＸ））
Ｂs1−（Ｊ）−Ｂs2−（J’）−Ｂs3            （式（Ｘ））
ここでｓ１，ｓ２およびｓ３は、独立に、０および１０の間の整数で、そしてＢは合成結合ユニット（ＳＢＵ）を合成するために使われるような任意の単量体性ユニットであり、そしてＪは認識成分（Ｒs）の配列で、ここでＪはＪ’と同じでもあるいは異なってもよく、そして
ここで配列ＪおよびＪ’は、配列ＪおよびＪ’が同じ群から選択されることを条件に、各々独立して、SEQ ID NO. ３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、および７５より成る群Ａから選択されるか、または、SEQ ID NO. ４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、および７６より成る群Ｂから選択される、前記ユニット。
【請求項１１】
前記合成結合ユニットが直交性である、請求項１０の少なくとも２つの合成結合ユニット（ＳＢＵｓ）を含む、生体分子を固定化するためのキット。
【請求項１２】
核酸と合成結合ユニットとの共役体を調製するための改良法であって、下記の工程を含む方法：
ａ）前記ユニットが当該ユニットの少なくとも１つのリン原子上でβ−シアノエチル保護されている、モノマーまたはオリゴマーユニットを用いて固体支持相上に当該共役体を合成すること、
ｂ）当該支持体を不活性溶媒中でアルキルアミンの溶液で処理すること、
ｃ）当該共役体を切離し、そして脱保護するために、当該支持体をヒドラジンで処理すること。
【請求項１３】
標的核酸、および少なくとも１つの核酸（ＮＡ）および少なくとも１つの合成結合ユニット（ＳＢＵ）を含む共役体の核酸より成る群から選択される核酸を、当該共役体の核酸を基質に利用して、酵素的に修飾するための方法であって、下記の工程を含む方法：
ａ）天然に存在する核酸を基質として利用する少なくとも１つの酵素と、および当該酵素の作用に必要な他の試薬とに、当該共役体を接触させること；および
ｂ）当該核酸の修飾を行うのに十分な時間の間、当該酵素が機能するのに適した条件下で、ａ）で得られた混合物をインキュベートすること。
【請求項１４】
前記他の試薬が前記共役体のＮＡにハイブリッド形成する核酸を含む、請求項１３の方法。
【請求項１５】
前記他の試薬がヌクレオシド三リン酸または修飾ヌクレオシド三リン酸を含む、請求項１３の方法。
【請求項１６】
少なくとも１つの酵素が、ポリメラーゼ、リガーゼ、エンドヌクレアーゼ、エキソヌクレアーゼ、キナーゼ、メチルトランスフェラーゼ、メチラーゼ、制限エンドヌクレアーゼ、およびターミナルトランスフェラーゼより成る群から選択される、請求項１３の方法。
【請求項１７】
前記酵素がリガーゼで、そして共役体のＮＡが少なくとも１つの付加核酸への当該ＮＡの末端のライゲーションにより修飾される、請求項１３の方法。
【請求項１８】
前記ライゲーションが鋳型依存性であり、そして前記共役体のＮＡおよび付加核酸が鋳型核酸の隣接配列にハイブリッド形成される、請求項１７の方法。
【請求項１９】
前記ライゲーションが鋳型非依存性であり、そして前記共役体のＮＡおよび付加核酸が一本鎖である、請求項１７の方法。
【請求項２０】
使われるリガーゼがＴ４ＲＮＡリガーゼである、請求項１９の方法。
【請求項２１】
前記ライゲーションが平滑末端であり、そして前記共役体のＮＡおよび付加核酸が二本鎖である、請求項１７の方法。
【請求項２２】
前記酵素がポリメラーゼであり、共役体のＮＡが非遮断３’末端をもち、前記他の試薬が当該ＮＡの非遮断３’末端がハイブリッド形成する鋳型核酸を含み、そして当該鋳型核酸に相補的な少なくとも１つのヌクレオシドの当該ＮＡの３’末端への添加により当該ＮＡが修飾される、請求項１３の方法。
【請求項２３】
ジデオキシヌクレオチドが前記共役体のＮＡに付加される、請求項２２の方法。
【請求項２４】
標識されたヌクレオチドが前記共役体のＮＡに付加される、請求項２２の方法。
【請求項２５】
鋳型核酸が生物学的試料に由来する、請求項２２の方法。
【請求項２６】
前記生物学的試料が、ヒト材料、動物材料、植物材料、真菌材料、細胞培養、ウイルス培養、食物試料、および水試料より成る群から選択される試料に由来する、請求項２５の方法。
【請求項２７】
前記ポリメラーゼは、ＤＮＡポリメラーゼ，ＲＮＡポリメラーゼ，および逆転写酵素より成る群から選択される少なくとも１つの酵素である、請求項２２の方法。
【請求項２８】
鋳型核酸配列の少なくとも一部が増幅される、請求項２２の方法。
【請求項２９】
前記ポリメラーゼが熱安定性ポリメラーゼあり，そして前記ｂ）の条件がａ）の混合物について、ｉ）前記鋳型核酸から伸長生成物を解離させ、及びｉｉ）当該鋳型への共役体ＮＡのハイブリド形成および当該共役体のＮＡの酵素的伸長を可能にすること、を交互にサーモサイクリングして、当該鋳型核酸配列の少なくとも一部を増幅させることを含む、請求項２２の方法。
【請求項３０】
当該共役体をａ）の混合物中の制限エンドヌクレアーゼに接触させ、ここで、前記共役体のＮＡは前記鋳型核酸にハイブリド形成する当該３’末端の５’にエンドヌクレアーゼ認識配列５’を含み、そして当該鋳型核酸配列の少なくとも一部が標準置換増幅により増幅されることをさらに含む、請求項２２の方法。
【請求項３１】
前記ポリメラーゼがＲＮＡポリメラーゼおよび逆転写酵素の混合物であり、当該共役体人をａ）の混合物中のＲＮＡアーゼＨ活性に接触させることをさらに含み、ここで当該鋳型核酸配列の少なくとも一部が転写仲介増幅により増幅される、請求項２２の方法。
【請求項３２】
前記酵素がターミナルトランスフェラーゼであり、そして前記共役体のＮＡが当該ＮＡの３’端への少なくとも１つのヌクレオシドの付加により修飾される、請求項１３の方法。
【請求項３３】
標識されたヌクレオシドが前記共役体のＮＡに付加される、請求項３２の方法。
【請求項３４】
ホモポリマー尾部が前記共役体のＮＡに付加される、請求項３２の方法。
【請求項３５】
前記酵素が制限エンドヌクレアーゼであり、前記他の試薬が前記共役体のＮＡの少なくとも一部がハイブリッド形成する標的核酸を含み、そして当該共役体のＮＡおよび当該標的核酸が工程（ｂ）で当該制限エンドヌクレアーゼにより切断される、請求項１３の方法。
【請求項３６】
前記酵素が制限エンドヌクレアーゼであり、前記他の試薬が前記共役体のＮＡの少なくとも一部がハイブリッド形成する標的核酸を含み、そして当該共役体のＮＡが工程（ｂ）で当該制限エンドヌクレアーゼにより切断されるが、当該標的核酸は切断されない、請求項１３の方法。
【請求項３７】
前記酵素が制限エンドヌクレアーゼであり、前記他の試薬が前記共役体のＮＡの少なくとも一部がハイブリッド形成する標的核酸を含み、そして当該標的核酸が工程（ｂ）で当該制限エンドヌクレアーゼにより切断されるが、当該共役体のＮＡは切断されない、請求項１３の方法。
【請求項３８】
前記酵素がＲＮＡアーゼＨであり、前記共役体のＮＡの少なくとも一部がハイブリッド形成するＲＮＡ標的核酸を前記他の試薬が含み、そして当該共役体のＮＡにハイブリッド形成する標的ＲＮＡ核酸が工程（ｂ）で当該ＲＮＡアーゼＨにより分解される、請求項１３の方法。
【請求項３９】
前記ＳＢＵが単量体性ユニットから成るオリゴマーであって、当該単量体性ユニットが下記の一般式をもち、
【化１６】
2004536317.tif 000006
ここでＢbは当該単量体性ユニットを当該オリゴマーに接続するバックボーン成分で、そしてここでＲsは、当該ＳＢＵが合成アドレッシングユニットと特異的に相互作用することを可能にする分子相互作用を提供する特異的認識成分である、請求項１３の方法。
【請求項４０】
Ｂbが炭素を含む６員環を含む、請求項３９の方法。
【請求項４１】
Ｂbがピラノシル環およびシクロヘキシル環より成る群から選択される６員環を含む、請求項３９の方法。
【請求項４２】
Ｒsが水素結合または塩基スタッキングを通じる分子相互作用を提供する、請求項３９の方法。
【請求項４３】
Ｒsが窒素ヘテロ環成分を含む、請求項３９の方法。
【請求項４４】
少なくとも１つの合成結合ユニット（ＳＢＵ）がｐ−ＲＮＡｓ，ｐ−ＤＮＡｓ，およびＣＮＡ’ｓより成る群から選択される、請求項３９の方法。
【請求項４５】
前記合成結合ユニット（ＳＢＵ）がｐＲＮＡまたはｐＤＮＡであり、そして当該ＳＢＵがその２’端を介して核酸（ＮＡ）の５’端とまたはその２’端を介して核酸（ＮＡ）の３’端とまたはその４’端を介して核酸（ＮＡ）の３’端とまたはその４’端を介して核酸（ＮＡ）の５’端と連結されている、請求項４４の方法。
【請求項４６】
前記核酸（ＮＡ）が、デオキシリボ核酸、リボ核酸、化学的に修飾された核酸、ホスホロチオエート核酸、ホスホロジチオエート核酸、メチルホスホネート核酸、２’−Ｏ−メチルＲＮＡ、２’−フルオロＲＮＡ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックされた核酸（ＬＮＡ）、アプタマーおよびアプタザイムより成る群から選択される、請求項１３の方法。
【請求項４７】
前記共役体が少なくとも１つの標識成分をさらに含む、請求項１３の方法。
【請求項４８】
前記標識成分が、蛍光成分、クエンチャー成分、可視色素成分、放射活性成分、化学発光成分、ビオチン成分、ハプテン成分、微小粒子、常磁性微粒子、および酵素性標識成分より成る群から選択される、請求項４７の方法。
【請求項４９】
前記標識成分が、ＢＯＤＩＰＹ（商標）色素，シアニン色素、Ａｌｅｘａ（商標）色素，フルオレセイン色素、ローダミン色素、フィコエリスリン色素、クーマリン色素、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ色素，Ｌｉｓｓａｍｉｎｅ（商標），ＦＡＭ，ＨＥＸ，ＴＥＴ，ＴＡＭＲＡ，ＲＯＸ，ＥＤＡＮＡ，４−アセタミド−４’−イソチオシアナト−スチルベン−２，２’−ジスルフォン酸，４，４’−ジイソチオシアナトスチルベン−２，２‘−ジスルフォン酸，サクシニミジルピレンブチレート、アクリジンイソチオシアネート、Ｃａｓｃａｄｅ  Ｂｌｕｅ，Ｏｒｅｇｏｎ  Ｇｒｅｅｎ，Ｌｕｃｉｆｅｒ  Ｙｅｌｌｏｗビニルスルフォン，およびＩＲ１４４６（Ｋｏｄａｋ（商標）Ｌａｓｅｒ  Ｄｙｅ）：より成る群から選択される蛍光色素成分である、請求項４７の方法。
【請求項５０】
前記標識成分が、Ｂｌａｃｋ  Ｈｏｌｅ  Ｑｕｅｎｃｈｅｒ（商標）成分，ＤＡＢＣＹＬ，Ｒｅａｃｔｉｖｅ  Ｒｅｄ  ４（Ｃｉｂａｃｒｏｎ  Ｂｒｉｌｌｉａｎｔ  Ｒｅｄ  ３Ｂ−Ａ），マラカイトグリーン、４−ジメチルアミノフェニルアゾフェニル−４’−イソチオチアシアナト（ＤＡＢＩＴＣ），および４，４’−ジイソチオシアナトジヒドロ−スチルベン−２，２’−ジスルフォン酸成分より成る群から選択されるクエンチャー成分である、請求項４７の方法。