【手続補正書】
【提出日】平成16年10月25日(2004.10.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程を含む、第一および第二の標的ドメインを含む標的配列をサンプル中で検出する方法： 
ａ）前記標的配列を以下のｉ）からｉｖ）を含むプレサークルプローブとハイブリダイズさせて第一のハイブリダイゼーション複合体を生成し：
ｉ）第一の向標的ドメイン；
ｉｉ）第二の向標的ドメイン；
ｉｉｉ）少なくとも第一の万能プライミング部位；および
ｉｖ）切断部位；
（ここで前記第一および第二の向標的ドメインは前記第一および第二の標的ドメインとハイブリダイズする）、
ｂ）前記第一のハイブリダイゼーション複合体をリガーゼと接触させて閉環状プローブを生成し；
ｃ）前記閉環状プローブを前記切断部位で切断して切断プローブを生成し；
ｄ）前記切断プローブを増幅させて複数のアンプリコンを生成し；さらに
ｅ）前記アンプリコンを検出して前記標的配列の前記サンプル中の存在を検出する。
【請求項２】
前記増幅が、前記切断プローブを下記のａ）からｃ）と接触させることによって実施される請求項１に記載の方法：
ａ）少なくとも第一の万能プライマー；
ｂ）伸長酵素；および
ｃ）ＮＴＰ。
【請求項３】
前記伸長酵素がポリメラーゼである請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記プレサークルプローブがさらに第二の万能プライミング部位を含み、前記第二の接触工程が前記切断プローブを第二の万能プライマーと接触させることを含む請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記切断部位が前記第一および第二の万能プライミング部位の間に存在する請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記標的配列がさらに前記第一および第二の標的ドメインの間にギャップドメインを含み、前記方法がさらに、前記閉環状プローブの生成前に、前記第一のハイブリダイゼーション複合体を伸長酵素および少なくとも１つの審問ＮＴＰと接触させる追加工程を含む請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記標的配列がさらに前記第一および第二の標的ドメインの間にギャップドメインを含み、前記方法がさらに、前記閉環状プローブの生成前に、前記第一のハイブリダイゼーション複合体を少なくとも１つのギャップオリゴヌクレオチドと接触させる追加工程を含み、前記ギャップオリゴヌクレオチドが前記ギャップドメインと完全に相補的な核酸配列を有し、前記アンプリコンの検出によって前記ギャップドメインが特定される請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記標的配列がさらに前記第一および第二の標的ドメインの間にギャップドメインを含み、前記プレサークルプローブがさらに、前記ギャップドメインと完全に相補的な１つまたは２つ以上の核酸を含む最３´または５´側検出ドメインを含み、前記アンプリコンの検出によって前記ギャップドメインが特定される請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記検出ドメインが前記第二の向標的ドメインと結合されてある請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ギャップドメインが１から約１０００ヌクレオチドである請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記ギャップドメインが、前記標的配列内の１ヌクレオチド多形性と一致する請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
前記閉環状プローブの切断の前に一切の直鎖状プレサークルプローブを消化する追加工程を含む請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
さらに、前記審問ＮＴＰの添加前に一切のＮＴＰを分解することを含む請求項６に記載の方法。
【請求項１４】
前記分解がアピラーゼを用いて実施される請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記切断部位がウラシルであり、前記閉環状プローブの前記切断工程が前記閉環状プローブをウラシル−Ｎ−グリコリラーゼと接触させることを含む請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記切断部位が制限部位であり、前記閉環状プローブの前記切断工程が前記閉環状プローブを制限酵素と接触させることを含む請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記第一の万能プライマーが標識される請求項２又は４に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＮＴＰの少なくとも１つが標識される請求項２又は４に記載の方法。
【請求項１９】
前記標識された万能プライマーの標識がビオチンを含み、前記方法がさらに、前記切断プローブの前記増幅工程の前にビオチン化アンプリコンを分離する追加工程を含む請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
以下の工程を含む、第一および第二の標的ドメイン並びに前記第一および第二の標的ドメインの間に存在するギャップドメインを含む標的配列をサンプル中で検出する方法：
ａ）複数のプレサークルプローブの少なくとも１つを前記標的配列とハイブリダイズさせて複数の第一のハイブリダイゼーション複合体を生成し、前記プレサークルプローブは各々以下のｉ）からｖｉ）を含み：
ｉ）第一の向標的ドメイン；
ｉｉ）第二の向標的ドメイン；
ｉｉｉ）異なる検出ドメイン；
ｉｖ）少なくとも第一の万能プライミング部位；
ｖ）切断部位；および
ｖｉ）バーコード配列；
（ここで前記第一および第二の向標的ドメインは前記複数の第一および第二の標的ドメインと相補的であり、さらに前記ギャップドメインは前記複数の検出ドメインの少なくとも１つとハイブリダイズする）、
ｂ）前記複数の第一のハイブリダイゼーション複合体をリガーゼと接触させて複数の閉環状プローブを生成し；
ｃ）前記複数の閉環状プローブを前記切断部位で切断して複数の切断プローブを生成し；
ｄ）前記切断プローブを増幅させてアンプリコンを生成し；
ｅ）前記複数の切断された閉環状プローブを増幅してアンプリコンを生成し；および
ｆ）前記アンプリコンの存在を検出して前記標的配列の前記サンプル中の存在を検出する。
【請求項２１】
前記増幅が、前記複数の切断された閉環状プローブを下記のａ）からｃ）と接触させることによって実施される請求項２０に記載の方法：
ａ）少なくとも第一の万能プライマー；
ｂ）伸長酵素；および
ｃ）ＮＴＰ。
【請求項２２】
前記伸長酵素がポリメラーゼである請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記複数のプレサークルプローブが各々さらに第二の万能プライミング部位を含み、第二接触工程が前記複数の切断プローブを第二の万能プライマーと接触させることを含む請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記切断部位が前記第一および第二の万能プライミング部位の間に存在する請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記標的配列がさらに前記第一および第二の標的ドメインの間にギャップドメインを含み、前記複数のプレサークルプローブが各々固有のバーコードを含み、さらに前記ギャップドメインと相補的な１つまたは２つ以上の核酸を含む最３´または５´側検出ドメインを含み、前記バーコードの検出によって前記ギャップドメインが特定される請求項２０に記載の方法。
【請求項２６】
以下の工程を含む、複数の標的配列をサンプル中で検出する方法であって、前記複数の標的配列の各々が第一および第二の標的ドメインを含む前記方法： 
ａ）前記複数の標的配列を複数のプレサークルプローブとハイブリダイズさせて複数の第一のハイブリダイゼーション複合体を生成し、前記プレサークルプローブの各々は以下のｉ）からｖ）を含み：
ｉ）第一の向標的ドメイン；
ｉｉ）第二の向標的ドメイン；
ｉｉｉ）少なくとも第一の万能プライミング部位；
ｉｖ）切断部位；および
ｖ）バーコード配列；
（ここで前記複数の第一および第二の向標的ドメインは前記複数の第一および第二の標的ドメインとハイブリダイズする）、
ｂ）前記複数の第一のハイブリダイゼーション複合体をリガーゼと接触させて複数の閉環状プローブを生成し；
ｃ）前記複数の閉環状プローブを前記切断部位で切断して複数の切断プローブを生成し；
ｄ）前記複数の切断プローブを増幅させてアンプリコンを生成し；さらに
ｅ）前記アンプリコンの存在を検出して、前記複数の標的配列の前記サンプル中の存在を検出する。
【請求項２７】
前記増幅が、前記複数の切断プローブを下記のａ）からｃ）と接触させることによって実施される請求項２６に記載の方法：
ａ）少なくとも第一の万能プライマー；
ｂ）伸長酵素；および
ｃ）ＮＴＰ。
【請求項２８】
前記伸長酵素がポリメラーゼである請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記複数のプレサークルプローブが各々さらに第二の万能プライミング部位を含み、第二接触工程が前記複数の切断プローブを第二の万能プライマーと接触させることを含む請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記切断部位が前記第一および第二の万能プライミング部位の間に存在する請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記複数の標的配列の各々がさらに前記第一および第二の標的ドメインとの間にギャップドメインを含み、前記方法がさらに、前記リガーゼと前記複数のハイブリダイゼーション複合体を接触させる前に、前記複数の第一のハイブリダイゼーション複合体をポリメラーゼおよび少なくとも１つのＮＴＰと接触させて複数の前記閉環状プローブを生成する追加工程を含む請求項２６に記載の方法。
【請求項３２】
前記複数の標的配列の各々がさらに前記第一および第二の標的ドメインとの間にギャップドメインを含み、前記方法がさらに、前記複数の閉環状プローブを生成する前に、前記複数の第一のハイブリダイゼーション複合体を少なくとも１つのギャップオリゴヌクレオチドと接触させる追加工程を含み、前記ギャップオリゴヌクレオチドが、前記複数のギャップドメインの少なくとも１つと相補的な核酸配列を有し、前記アンプリコンを検出することによって前記ギャップドメインが特定される請求項２６に記載の方法。
【請求項３３】
前記複数の標的配列の各々がさらに前記第一および第二の標的ドメインとの間にギャップドメインを含み、前記複数のプレサークルプローブの各々が固有のバーコードを含み、さらに、前記ギャップドメインの少なくとも１つと相補的な１つまたは２つ以上の核酸を含む検出領域を含む請求項２６に記載の方法。
【請求項３４】
以下の工程を含む、ギャップドメインによって分離されている第一および第二の標的ドメインを含む標的配列中の検出場所に存在する塩基を特定する方法であって、前記ギャップドメインが前記検出場所を含む前記の塩基特定方法： 
ａ）前記標的配列をプレサークルプローブとハイブリダイズさせて第一のハイブリダイゼーション複合体を生成し、前記プレサークルプローブは以下のｉ）からｉｖ）を含み：
ｉ）５´側の第一の向標的ドメイン；
ｉｉ）３´側の第二の向標的ドメイン；
ｉｉｉ）少なくとも第一の万能プライミング部位；および
ｉｖ）切断部位；
（ここで前記第一および第二の向標的ドメインは前記第一および第二の標的ドメインとハイブリダイズする）、
ｂ）前記第一のハイブリダイゼーション複合体をポリメラーゼおよび少なくとも１つの審問ＮＴＰと接触させて伸長されたプレサークルプローブを生成し；
ｃ）前記伸長プレサークルプローブおよび前記標的配列を含む前記第一のハイブリダイゼーション複合体をリガーゼと接触させて閉環状プローブを生成し；
ｄ）前記閉環状プローブを前記切断部位で切断して切断プローブを生成し；
ｅ）前記切断プローブを増幅させて複数のアンプリコンを生成し；
ｆ）前記アンプリコンの存在を検出して前記標的配列の前記サンプル中の存在を検出する。
【請求項３５】
さらに、前記審問ＮＴＰの添加前に一切のＮＴＰを分解することを含む請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記分解がアピラーゼで実施される請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
以下の工程を含む、第一および第二の標的ドメインを含む標的配列をサンプル中で増幅する方法： 
ａ）前記標的配列をプレサークルプローブとハイブリダイズさせて第一のハイブリダイゼーション複合体を生成し、前記プレサークルプローブは以下のｉ）からｉｖ）を含み：
ｉ）第一の向標的ドメイン；
ｉｉ）第二の向標的ドメイン；
ｉｉｉ）少なくとも第一の万能プライミング部位；および
ｉｖ）切断部位；
（ここで前記第一および第二の向標的ドメインは前記第一および第二の標的ドメインとハイブリダイズする）、
ｂ）前記第一のハイブリダイゼーション複合体をリガーゼと接触させて閉環状プローブを生成し；
ｃ）前記閉環状プローブを前記切断部位で切断して切断プローブを生成し；さらに
ｄ）前記切断プローブを増幅させる。
【請求項３８】
前記標的配列がさらに前記第一および第二の標的ドメインとの間にギャップドメインを含み、前記方法がさらに、前記複合体と前記リガーゼを接触させる前に、前記第一のハイブリダイゼーション複合体をポリメラーゼおよび少なくとも１つのＮＴＰと接触させて前記閉環状プローブを生成する追加工程を含む請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記閉環状プローブを切断する前に、一切の直線状プレサークルプローブを消化する追加工程を含む請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
以下の工程を含む、第一および第二の標的ドメインを含む標的配列をサンプル中で検出する方法： 
ａ）前記標的配列をプレサークルプローブとハイブリダイズさせて第一のハイブリダイゼーション複合体を生成し、前記プレサークルプローブは以下のｉ）からｉｉｉ）を含み：
ｉ）第一の向標的ドメイン；
ｉｉ）第二の向標的ドメイン；
ｉｉｉ）少なくとも第一の万能プライミング部位；および
ｉｖ）少なくとも１つの切断部位；
（ここで前記第一および第二の向標的ドメインは前記第一および第二の標的ドメインとハイブリダイズする）、
ｂ）前記第一のハイブリダイゼーション複合体をリガーゼと接触させて閉環状プローブを生成し；
ｃ）前記閉環状プローブを少なくとも第一の万能プライマー、伸長酵素およびＮＴＰと接触させて伸長生成物を生成し；
ｄ）前記閉環状プローブを切断し；
ｅ）前記伸長生成物を増幅させてアンプリコンを生成し；さらに
ｆ）前記アンプリコンを検出して前記標的配列の前記サンプル中の存在を検出する。
【請求項４１】
前記増幅が、前記伸長生成物を下記のａ）からｃ）と接触させることによって実施される請求項４０に記載の方法：
ａ）少なくとも第一の万能プライマー；
ｂ）伸長酵素；および
ｃ）ＮＴＰ。
【請求項４２】
前記標的配列がさらに前記第一および第二の標的ドメインとの間にギャップドメインを含み、前記方法がさらに、前記閉環状プローブを生成する前に、前記第一のハイブリダイゼーション複合体を伸長酵素および少なくとも１つの審問ＮＴＰと接触させる追加工程を含む請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
前記標的配列がさらに前記第一および第二の標的ドメインとの間にギャップドメインを含み、前記方法がさらに、前記閉環状プローブを生成する前に、前記第一のハイブリダイゼーション複合体を少なくとも１つのギャップオリゴヌクレオチドと接触させる追加工程を含み、前記ギャップオリゴヌクレオチドが、前記ギャップドメインと完全に相補的な核酸配列を有し、前記アンプリコンを検出することによって前記ギャップドメインが特定される請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】
前記標的配列がさらに前記第一および第二の標的ドメインとの間にギャップドメインを含み、前記プレサークルプローブがさらに、前記ギャップドメインと完全に相補的な１つまたは２つ以上の核酸を含む最３´または５´側検出ドメインを含み、前記アンプリコンを検出することによって前記ギャップドメインが特定される請求項４０に記載の方法。
【請求項４５】
前記少なくとも１つの切断部位がウラシルを含み、前記閉環状プローブの切断工程が、前記閉環状プローブをウラシル−Ｎ−グリコリラーゼと接触させることを含む請求項４０に記載の方法。
【請求項４６】
前記切断部位が制限部位であり、前記閉環状プローブの切断工程が、前記閉環状プローブと制限酵素を接触させることを含む請求項４０に記載の方法。
【請求項４７】
前記標識された万能プライマーの標識がビオチンを含み、前記方法がさらに、前記切断プローブを増幅する前に、ビオチン化アンプリコンを分離する追加工程を含む請求項１８に記載の方法。