【手続補正書】
【提出日】平成17年2月4日(2005.2.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物の増殖を阻害する化合物が作用する遺伝子産物を特定する方法であって、
前記生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過剰発現する株を複数含む培養物を得ること、
前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現しない前記生物の株の増殖を阻害するのに十分な濃度の前記化合物と前記培養物を接触させ、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現する株を、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現しない株よりも迅速に増殖させること、および
前記培養物中でより迅速に増殖した株が過剰発現する遺伝子産物を特定すること
を含む方法。
【請求項２】
前記培養物は、前記生物の増殖に必須である遺伝子産物を過剰発現しない株を少なくとも１つ含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子産物を過剰発現する前記株は、調節可能プロモーターに作動可能に連結された、前記生物の増殖に必須である前記遺伝子産物をコードする核酸を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記遺伝子産物を過剰発現する前記株は、構成的プロモーターに作動可能に連結された、前記生物の増殖に必須である前記遺伝子産物をコードする核酸を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記特定ステップは、前記培養物中でより迅速に増殖した前記細胞における前記遺伝子産物をコードする核酸のヌクレオチド配列を決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記特定ステップは、前記細胞培養物中でより迅速に増殖した前記細胞における前記遺伝子産物をコードする核酸を特定するための増幅反応を実施することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記増幅反応の産物は、検出可能な色素で標識される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記特定ステップは、ハイブリダイゼーション手順を実施することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記特定ステップは、前記細胞培養物中でより迅速に増殖した前記細胞における前記遺伝子産物をコードする核酸と、核酸アレイを接触させることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記生物は、細菌、真菌、および原生動物からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
生物の増殖を阻害する化合物が作用する遺伝子産物を特定する方法であって、
前記生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過剰発現する、固体成長培地上の株のアレイを得ること、
前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現しない前期生物の株の増殖を阻害するのに十分な濃度の前記化合物と前記株のアレイを接触させ、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現する株を、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現しない株よりも迅速に増殖させること、および
前記培養物中でより迅速に増殖した株が過剰発現する遺伝子産物を特定すること
を含む方法。
【請求項１２】
生物の増殖を阻害する化合物が作用する遺伝子産物を特定する方法であって、
前記生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過剰発現する株を複数含む培養物を複数得ること、
種々の濃度の前記化合物と、前記複数の培養物のそれぞれを接触させること、および
前記化合物により増殖が阻害される株が過剰発現する遺伝子産物を特定すること
を含む方法。
【請求項１３】
化合物の活性をプロファイリングする方法であって、
第１の化合物を用いて第１の培養物上で請求項１に記載の方法を実施すること、
第２の化合物を用いて第２の培養物上で請求項１に記載の方法を実施すること、および
前記第１の培養物で特定された株を、前記第２の培養物で特定された株と比較することを含む方法。
【請求項１４】
第１の化合物の活性をプロファイリングする方法であって、
生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過剰発現する株を含む株アレイを、前記生物の増殖を阻害する前記第１の化合物を含む第１の固体培地上で、および前記生物の増殖を阻害する第２の化合物を含む第２の固体培地上で成長させること、および
前記第１の固体培地上で成長した株のパターンを、前記第２の固体培地上で成長した株のパターンと比較すること
を含む方法。
【請求項１５】
生物の増殖を阻害する化合物が作用する遺伝子産物を特定する方法であって、
前記生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過小発現する株を複数含む培養物を得ること、
前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過小発現する前期生物の株の増殖を阻害するのに十分な濃度の前記化合物と前記培養物を接触させ、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過小発現する株を、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過小発現しない株よりもゆっくりと増殖させること、および
前記培養物中でよりゆっくりと増殖した株が過小発現する遺伝子産物を特定すること
を含む方法。
【請求項１６】
生物の増殖を阻害する化合物が作用する遺伝子産物を特定する方法であって、
前記生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過小発現する株を複数含む培養物を複数得ること、
種々の濃度の前記化合物と、前記培養物それぞれを接触させること、および
前記化合物により増殖速度が低減される株が過小発現する遺伝子産物を特定すること
を含む方法。
【請求項１７】
第１の化合物の活性をプロファイリングする方法であって、
生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過小発現する株を複数含む株アレイを、前記生物の増殖を阻害する前記第１の化合物を含む第１の固体培地上で、および前記生物の増殖を阻害する第２の化合物を含む第２の固体培地上で成長させること、
前記第１の固体培地上で成長した株のパターンを、前記第２の固体培地上で成長した株のパターンと比較すること
を含む方法。
【請求項１８】
生物の増殖を阻害する化合物が作用する遺伝子産物を特定する方法であって、
前記生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過小発現する株を複数含む培養物を得ること、
前記生物の増殖に必須である前記遺伝子産物の発現レベルを調節する様々な濃度の調節剤と、前記複数の培養物それぞれを接触させること、および
前記化合物により増殖速度が低減される株が過小発現する遺伝子産物を特定すること
を含む方法。
【請求項１９】
前記生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過剰発現する株を複数含む培養物。
【請求項２０】
前記生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過小発現する株を複数含む培養物。
【請求項２１】
生物の増殖を阻害する化合物が作用する遺伝子産物を特定する方法であって、
前記生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過剰発現する株を複数含み、該過剰発現された遺伝子それぞれのヌクレオチド配列は、該過剰発現された遺伝子それぞれに対応する特有の産物を生成するのに使用され得るヌクレオチド配列を包含するように変更されている培養物を得ること、
前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現しない前記生物の株の増殖を阻害するのに十分な濃度の前記化合物と前記培養物を接触させ、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現する株を、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現しない株よりも迅速に増殖させること、および
前記遺伝子に対応する該特有の産物を検出することにより、前記培養物中でより迅速に増殖した株が過剰発現する遺伝子産物を特定すること
を含む方法。
【請求項２２】
生物の増殖を阻害する化合物が作用する遺伝子産物を特定する方法であって、
前記生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過剰発現する株を複数含む培養物であって、該過剰発現された遺伝子それぞれのヌクレオチド配列は、該過剰発現された遺伝子それぞれに対応する特有の産物を生成するのに使用され得るヌクレオチド配列を包含するように変更されている培養物を得ること、
前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現しない前記生物の株の増殖を阻害するのに十分な濃度の前記化合物と前記培養物を接触させ、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現する株を、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過剰発現しない株よりも迅速に増殖させること、および
前記遺伝子に対応する該特有の産物を検出することにより、前記培養物中でより迅速に増殖した株が過剰発現する遺伝子産物を特定すること
を含む方法。
【請求項２３】
生物の増殖を阻害する化合物が作用する遺伝子産物を同定する方法であって、
前記生物の増殖に必須である種々の遺伝子産物を過小発現する株を複数含む培養物であって、該過小発現された遺伝子それぞれのヌクレオチド配列は、該過剰発現された遺伝子それぞれに対応する特有の産物を生成するのに使用され得るヌクレオチド配列を包含するように変更されている培養物を得ること、
前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過小発現する前記生物の株の増殖を阻害するのに十分な濃度の前記化合物と前記培養物を接触させ、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過小発現する株を、前記化合物が作用する前記遺伝子産物を過小発現しない株よりもゆっくりと増殖させること、および
前記遺伝子に対応する該特有の産物を検出することにより、前記培養物中でより迅速に増殖した株が過小発現する遺伝子産物を同定すること
を含む方法。
【請求項２４】
複数の株それぞれが株の培養物または収集物中に存在する程度を決定する方法であって、
前記生物の増殖に必要とされる種々の遺伝子産物を過剰発現または過小発現する株を複数含む株の培養物または収集物から核酸を含む核酸試料を得ること、
前記遺伝子産物をコードする遺伝子内または該遺伝子に隣接したヌクレオチド配列に相補的なプライマー対組を用いた増幅反応であって、前記プライマー対組の成員は、前記プライマー対に相補的なヌクレオチド配列を含む株が前記株の培養物または収集物中に存在する場合に、各プライマー対が他のプライマー対からの増幅産物の長さと識別可能な長さを有する増幅産物を生じるように設計されている増幅反応を実施すること、および
前記増幅反応で得られる増幅産物の長さを決定すること
を含む方法。
【請求項２５】
生物の増殖を阻害する化合物の標的を同定する方法であって、
前記生物の増殖に必要とされる種々の遺伝子産物を過剰発現または過小発現する株を複数含む第１の培養物または収集物であって、前記化合物と接触させられている第１の培養物または収集物から、核酸を含む第１の核酸試料を得ること、
前記第１の株の培養物または収集物と同じ株を含む第２の培養物または収集物であって、前記化合物を接触させられていない第２の培養物または収集物から、核酸を含む第２の核酸試料を得ること、
前記遺伝子産物をコードする遺伝子内または該遺伝子に隣接したヌクレオチド配列に相補的なプライマー対組を用いた、前記第１の核酸試料の第１の増幅反応であって、前記プライマー対組の成員は、前記プライマー対に相補的なヌクレオチド配列を含む株が前記株の培養物または収集物中に存在する場合に、各プライマー対が他のプライマー対からの増幅産物の長さと識別可能な長さを有する増幅産物を生じるように設計されている増幅反応を実施すること、
前記第１の増幅反応で使用したプライマー対組と同じプライマー対組を用いて、前記第２の核酸試料の第２の増幅反応を実施すること、および
前記第１の増幅反応における各増幅産物の量を、前記第２の増幅反応における該増幅産物の量と比較することにより、前記第２の増幅反応に対する前記第１の増幅反応における増幅産物のレベルの増加は、前記増幅産物に対応する遺伝子産物が、前記培養物または株は前記遺伝子を過剰発現する場合に前記化合物の標的であることを明らかにし、前記第２の増幅反応に対する前記第１の増幅反応における増幅産物のレベルの減少は、前記増幅産物に相当する遺伝子産物が、前記培養物または株は前記遺伝子を過剰発現する場合に前記
化合物の標的であることを明らかにすること
を含む方法。
【請求項２６】
複数の株それぞれが株の培養物または収集物中に存在する程度を決定する方法であって、
前記生物の増殖に必要とされる種々の遺伝子産物に相補的なアンチセンス核酸を転写する複数の株を含む株の培養物または収集物から、核酸を含む核酸試料を得ること、
前記アンチセンス核酸をコードする核酸内または該核酸に隣接したヌクレオチド配列に相補的なプライマー対組を用いた増幅反応であって、前記プライマー対組の成員は、前記プライマー対に相補的なヌクレオチド配列を含む株が前記株の培養物または収集物中に存在する場合に、各プライマー対が他のプライマー対からの増幅産物の長さと識別可能な長さを有する増幅産物を生じるように設計されている増幅反応を実施すること、および
前記増幅反応で得られる増幅産物の長さを決定すること
を含む方法。
【請求項２７】
複数の株それぞれが株の培養物または収集物中に存在する程度を決定する方法であって、
前記生物の増殖に必要とされる種々の遺伝子産物を過剰発現または過小発現する複数の株を含む株の培養物または収集物から、核酸を含む核酸試料を得ること、
前記遺伝子核酸をコードする遺伝子内または該遺伝子に隣接したヌクレオチド配列に相補的なプライマー対を用いた増幅反応であって、前記プライマー対は、前記プライマー対に相補的なヌクレオチド配列を含む株が前記株の培養物または収集物中に存在する場合に、各プライマー対が長さ、検出可能な標識ならびに長さおよび検出可能な標識の両方からなる群から選択されることに基づいて他のプライマー対により生産される増幅産物と識別可能な増幅産物を生じるように設計されている増幅反応を実施すること、および
前記増幅反応で得られる増幅産物を同定すること
を含む方法。