【手続補正書】
【提出日】平成17年4月4日(2005.4.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ｉ）表１に記載の配列を有するポリペプチド、
（ｉｉ）（ｉ）のポリペプチドを含むエピトープクラスター、
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に対して実質的類似性を有するポリペプチド、
（ｉｖ）（ｉ）〜（ｉｉｉ）のいずれかに対して機能的類似性を有するポリペプチド、および
（ｖ）（ｉ）〜（ｉｖ）のいずれかのポリペプチドをコードする核酸
からなる群から選択される構成成分を含む、単離されたエピトープ。
【請求項２】
前記エピトープは免疫学的に活性である、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項３】
前記ポリペプチドは約３０未満のアミノ酸長である、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項４】
前記ポリペプチドは８〜１０アミノ酸長である、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項５】
前記実質的類似性または機能的類似性は、少なくとも１つのアミノ酸の付加を含む、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項６】
前記少なくとも１つの付加されたアミノ酸は、前記ポリペプチドのＮ末端にある、請求項５に記載のエピトープ。
【請求項７】
前記実質的類似性または機能的類似性は、少なくとも１つのアミノ酸の置換を含む、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項８】
前記ポリペプチドは、ＨＬＡ−Ａ２分子に対して親和性を有する、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項９】
前記親和性は、結合アッセイにより決定される、請求項８に記載のエピトープ。
【請求項１０】
前記親和性は、エピトープ認識の制限アッセイにより決定される、請求項８に記載のエピトープ。
【請求項１１】
前記親和性は、予測アルゴリズムにより決定される、請求項８に記載のエピトープ。
【請求項１２】
前記ポリペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ７またはＨＬＡ−Ｂ５１分子に対して親和性を有する、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項１３】
前記ポリペプチドは、ハウスキーピングエピトープである、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項１４】
前記ポリペプチドは、腫瘍細胞上に提示されるエピトープに相当する、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項１５】
前記ポリペプチドは、新生血管系細胞上に提示されるエピトープに相当する、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項１６】
前記ポリペプチドは免疫性エピトープである、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項１７】
前記エピトープは核酸である、請求項１に記載のエピトープ。
【請求項１８】
請求項１に記載のポリペプチド、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む薬学的組成物。
【請求項１９】
前記アジュバントはポリヌクレオチドである、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２０】
前記ジヌクレオチドはＣｐＧである、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
前記アジュバントは、ポリヌクレオチドによりコードされる、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２２】
前記アジュバントはサイトカインである、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２３】
前記サイトカインはＧＭ−ＣＳＦである、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
プロフェッショナル抗原提示細胞（ｐＡＰＣ）をさらに含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２５】
前記ｐＡＰＣは樹状細胞である、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】
第２のエピトープをさらに含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２７】
前記第２のエピトープはポリペプチドである、請求項２６に記載の組成物。
【請求項２８】
前記第２のエピトープは核酸である、請求項２６に記載の組成物。
【請求項２９】
前記第２のエピトープはハウスキーピングエピトープである、請求項２６に記載の組成物。
【請求項３０】
前記第２のエピトープは免疫性エピトープである、請求項２６に記載の組成物。
【請求項３１】
請求項１に記載の核酸、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む薬学的組成物。
【請求項３２】
請求項１に記載の核酸を含む組換え構築物。
【請求項３３】
プラスミド、ウイルスベクター、または人工染色体をさらに含む、請求項３２に記載の構築物。
【請求項３４】
第２のエピトープ、ＩＲＥＳ、ＩＳＳ、ＮＩＳ、およびユビキチンからなる群から選択される少なくとも１つの形質をコードする配列をさらに含む、請求項３２に記載の構築物。
【請求項３５】
請求項１に記載のエピトープに特異的に結合する、精製された抗体。
【請求項３６】
請求項１に記載のエピトープを含むペプチド−ＭＨＣタンパク質複合体に特異的に結合する、精製された抗体。
【請求項３７】
前記抗体はモノクローナル抗体である、請求項３５または３６に記載の抗体。
【請求項３８】
請求項１に記載のエピトープを含む多量体ＭＨＣ−ペプチド複合体。
【請求項３９】
ＭＨＣ−ペプチド複合体に特異的なＴ細胞受容体を発現する単離されたＴ細胞であって、該複合体は請求項１に記載のエピトープを含む単離されたＴ細胞。
【請求項４０】
ｉｎ  ｖｉｔｒｏ免疫により産生される、請求項３９に記載のＴ細胞。
【請求項４１】
免疫された動物から単離される、請求項３９に記載のＴ細胞。
【請求項４２】
請求項３９に記載のＴ細胞を含むＴ細胞クローン。
【請求項４３】
請求項３９に記載のＴ細胞を含むＴ細胞のポリクローナル集団。
【請求項４４】
請求項３９に記載のＴ細胞、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む薬学的組成物。
【請求項４５】
ＭＨＣ−ペプチド複合体に特異的なＴ細胞受容体の結合ドメインを含む単離されたタンパク質分子であって、該複合体は請求項１に記載のエピトープを含む、単離されたタンパク質分子。
【請求項４６】
前記タンパク質は多価である、請求項４５に記載のタンパク質。
【請求項４７】
請求項４５に記載のタンパク質をコードする、単離された核酸。
【請求項４８】
請求項４７に記載の核酸を含む、組換え構築物。
【請求項４９】
前記組換え構築物を発現する宿主細胞であって、該構築物は請求項１に記載の核酸を含むか、または該構築物はＭＨＣ−ペプチド複合体に特異的なＴ細胞受容体の結合ドメインを含むタンパク質分子をコードする、宿主細胞。
【請求項５０】
前記宿主細胞は、樹状細胞、マクロファージ、腫瘍細胞、または腫瘍由来細胞である、請求項４９に記載の宿主細胞。
【請求項５１】
前記宿主細胞は、細菌、真菌、または原生動物である、請求項４９に記載の宿主細胞。
【請求項５２】
請求項４９に記載の宿主細胞、および薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤を含む薬学的組成物。
【請求項５３】
請求項１に記載のエピトープ、請求項１８、３１、または４４に記載の組成物、請求項３３に記載の構築物、請求項４０に記載のＴ細胞、ＭＨＣ−ペプチド複合体に特異的なＴ細胞受容体結合ドメインをコードする核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞およびそれらを含む組成物、ならびに請求項１の核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞およびそれらを含む組成物からなる群から選択される少なくとも１つの構成成分を含むワクチンまたは免疫治療用組成物。
【請求項５４】
動物を治療する方法であって、
請求項５３に記載のワクチンまたは免疫治療用組成物を動物に投与すること
を含む方法。
【請求項５５】
前記投与工程は、経皮、結節内、結節周囲、経口、静脈内、皮内、筋内、腹腔内、粘膜、エーロゾル吸入、および滴注からなる群から選択される送達様式を含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
標的細胞（単数または複数）の状態を示す特徴を決定する、アッセイする工程をさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５７】
第１のアッセイ工程、および第２のアッセイ工程を含む方法であって、該第１のアッセイ工程は前記投与工程前に行われ、該第２のアッセイ工程は前記投与工程後に行われる、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記第１のアッセイ工程で決定される特徴を、前記第２のアッセイ工程で決定される特徴と比較して結果を得る工程をさらに含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記結果は、免疫応答の徴候、標的細胞数の減少、標的細胞を含む腫瘍の質量またはサイズの低下、細胞内寄生生物感染標的細胞の数または濃度の低減からなる群から選択される、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
ワクチンまたは免疫治療用組成物の免疫原性を評価する方法であって、
請求項５３に記載のワクチンまたは免疫治療用組成物を動物に投与すること、および
該動物の特徴に基づいて免疫原性を評価すること
を含む方法。
【請求項６１】
前記動物はＨＬＡトランスジェニックである、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
免疫原性を評価する方法であって、
請求項５３に記載のワクチンまたは免疫治療用組成物によるＴ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ刺激、および
該Ｔ細胞の特徴に基づいて免疫原性を評価すること
を含む方法。
【請求項６３】
前記刺激は一次刺激である、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
受動／養子免疫治療薬を作製する方法であって、
請求項３９に記載のＴ細胞、またはＭＨＣ−ペプチド複合体に特異的なＴ細胞受容体結合ドメインをコードする核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞、または請求項１に記載の核酸を含む組換え構築物を発現する宿主細胞を、薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤と組み合わせることを含む方法。
【請求項６５】
特異的Ｔ細胞頻度を決定する方法であって、Ｔ細胞を、請求項１に記載のエピトープを含むＭＨＣ−ペプチド複合体と接触させる工程を含む方法。
【請求項６６】
前記接触工程は、免疫、再刺激、検出、および計数からなる群から選択される少なくとも１つの特徴を含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
ＥＬＩＳＰＯＴ解析、限界希釈解析、フローサイトメトリー、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、ポリメラーゼ連鎖反応、またはそれらの任意の組合せをさらに含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項６８】
免疫学的応答を評価する方法であって、免疫工程の前および後に実施される請求項６５に記載の方法を含む方法。
【請求項６９】
免疫学的応答を評価する方法であって、
請求項１に記載のエピトープを含むＭＨＣ−ペプチド複合体による刺激工程の前および後に、Ｔ細胞の頻度、サイトカイン産生、または細胞溶解活性を決定すること
を含む方法。
【請求項７０】
疾患を診断する方法であって、
被験体組織を、請求項３９に記載のＴ細胞、請求項４９に記載の宿主細胞、請求項３５に記載の抗体、および請求項４５に記載のタンパク質からなる群から選択される少なくとも１つの構成成分と接触させること、および
該組織または該構成成分の特徴に基づいて該疾患を診断すること
を含む方法。
【請求項７１】
前記接触工程はｉｎ  ｖｉｖｏで行われる、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記接触工程はｉｎ  ｖｉｔｒｏで行われる、請求項７０に記載の方法。
【請求項７３】
ワクチンを作製する方法であって、
請求項１に記載のエピトープ、請求項１８、３１、４４、または５２に記載の組成物、請求項３２に記載の構築物、請求項３９に記載のＴ細胞、および請求項４９に記載の宿主細胞からなる群から選択される少なくとも１つの構成成分を、薬学的に許容可能なアジュバント、キャリア、希釈剤、または賦形剤と組み合わせること
を含む方法。
【請求項７４】
配列番号１〜６０２のいずれか１つの配列を包含する分子の物理的、生化学的、免疫学的、または分子遺伝学的特性を算出するハードウェアまたはソフトウェアを有するマシンにおいて、前記配列を記録したコンピュータ可読媒体。
【請求項７５】
動物を治療する方法であって、請求項５４に記載の方法を、放射線療法、化学療法、生化学療法、および手術からなる群から選択される少なくとも１つの治療様式と組み合わせることを含む方法。
【請求項７６】
表２５〜４４に開示されるような配列を有する標的関連抗原由来のエピトープクラスタ
ーを含む単離されたポリペプチドであって、アミノ酸配列が約８０％以下の該抗原のアミノ酸配列から構成される単離されたポリペプチド。
【請求項７７】
請求項７６に記載のポリペプチドを含むワクチンまたは免疫治療用生成物。
【請求項７８】
請求項７６に記載のポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７９】
請求項７８に記載のポリヌクレオチドを含むワクチンまたは免疫治療用生成物。
【請求項８０】
前記ポリヌクレオチドはＤＮＡである、請求項７８または７９に記載のポリヌクレオチド。
【請求項８１】
前記ポリヌクレオチドはＲＮＡである、請求項７８または７９に記載のポリヌクレオチド。