【手続補正書】
【提出日】平成17年5月2日(2005.5.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
エネルギー転移色素であって、以下：
第1の波長で光を吸収して、そしてそれに対する励起エネルギーを放出するキサンテンドナー色素；
該ドナー色素によって放出された励起エネルギーを吸収して、それに対する第２の波長で蛍光を発する、４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素；および
該４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素の環における５位もしくは環における６位に該ドナー色素の環における４’位を結合させるリンカー
を含む、
エネルギー色素。
【請求項２】
前記ドナー色素がフルオロセイン色素である、請求項１に記載のエネルギー転移色素。
【請求項３】
請求項１に記載のエネルギー転移色素であって、ここで、前記リンカーが、以下：
アルケン、ジエン、アルキン、少なくとも１つの不飽和結合を有する５員環、少なくとも１つの不飽和結合を有する６員環、縮合環構造を含む、エネルギー転移色素。
【請求項４】
前記エネルギー転移色素を別の基質に結合させるのに適した連結基をさらに含む、請求項１に記載のエネルギー転移色素。
【請求項５】
前記連結基が、前記ドナー色素の環における５位または環における６位に結合する、請求項４に記載のエネルギー転移色素。
【請求項６】
前記連結基が、前記４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素の４’位に結合する、請求項４に記載のエネルギー転移色素。
【請求項７】
請求項１に記載のエネルギー転移色素であって、以下の構造：
【化１Ａ】
2004043819.tif 000001
を備え、ここで、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４の各々は、互いに独立して、水素およびアルキルから選択されるか、あるいは、Ｒ１およびＲ５、Ｒ２およびＲ６、Ｒ３およびＲ８、ならびに／またはＲ４およびＲ９は、それらが結合している原子と一緒になって、５員環、６員環または７員環を形成し；
Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ９およびＲ１０の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、および置換フェニルから選択され、また、あるいは、Ｒ６およびＲ７ならびに／またはＲ９およびＲ１０は、それらが結合している原子と一緒になって、ベンゾ基を形成し得；
Ｒ８は、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、置換フェニルおよび連結基から選択され、
Ｘ１およびＸ３の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリルおよびアルコキシから選択され、
Ｌは、該ドナー色素と該アクセプター色素を連結するリンカーであり；
Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１５、およびＲ１６の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、および置換フェニルから選択されるか、また、あるいは、Ｒ１２およびＲ１３ならびに／またはＲ１５およびＲ１６は、それらが結合している原子と一緒になって、ベンゾ基を形成し得；
Ｘ１１、Ｘ１２、およびＸ１５の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリルおよびアルコキシから選択され得；
Ｘ１３は、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、および連結基から選択される、
エネルギー転移色素。
【請求項８】
前記４，７−ジクロローダミンアクセプター色素が、ＤＲ１１０−２、ＤＲ６Ｇ−２、ＤＴＭＲおよびＤＲＯＸから選択される、請求項１に記載のエネルギー転移色素。
【請求項９】
試薬およびエネルギー転移色素を含む蛍光標識試薬であって、
該エネルギー転移色素が、以下：
第1の波長で光を吸収して、そしてそれに対する励起エネルギーを放出し得るキサンテンドナー色素；
該ドナー色素によって放出された励起エネルギーを吸収して、それに対する第２の波長で蛍光を発する、４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素；および
該４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素の環における５位または環における６位に該ドナー色素の環における４’位を結合させるリンカー
を含む、蛍光標識試薬。
【請求項１０】
請求項９に記載の蛍光標識試薬であって、ここで、前記試薬が、タンパク質、ポリペプチド、ポリサッカリド、ヌクレオシドまたはヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドアナログ、脂質、固体支持体ならびに有機ポリマーおよび無機ポリマーからなる群より選択される、蛍光標識色素。
【請求項１１】
前記試薬が、ヌクレオシドまたはヌクレオチドである、請求項１０に記載の蛍光標識試薬。
【請求項１２】
請求項１１に記載の蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチドであって、ここで、前記エネルギー転移試薬が、前記ドナー色素の環における５位もしくは環における６位でヌクレオシドまたはヌクレオチドの核酸塩基に結合するか、または前記４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素の４’位に共有結合する、蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチド。
【請求項１３】
請求項１２に記載の蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチドであって、ここで、前記エネルギー転移色素が、アセチレンアミド結合またはアルケンアミド結合によって、該ヌクレオシドまたはヌクレオチドの核酸塩基に共有結合する、蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチド。
【請求項１４】
請求項１３に記載の蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチドであって、ここで、アセチレンアミド結合またはアルケンアミド結合が、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、３−アミノ−１−プロピン−１−イル、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）５−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡ＣＨ−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−（ＣＨ２）５−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＲ−、ここで、Ｒは水素、保護基、またはアルキルである、蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチド。
【請求項１５】
前記ドナー色素がフルオロセインである、請求項１１に記載の蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチド。
【請求項１６】
請求項１１に記載の蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチドであって、ここで、前記リンカーが、以下：
アルケン、ジエン、アルキン、少なくとも１つの不飽和結合を有する５員環、および少なくとも１つの不飽和結合を有する６員環、縮合環構造を含む、
蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチド。
【請求項１７】
請求項１に記載の蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチドであって、前記エネルギー転移色素は、以下の構造：
【化１Ｂ】
2004043819.tif 000002
を備え、ここで、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４の各々は、互いに独立して、水素およびアルキルから選択されるか、あるいは、Ｒ１およびＲ５、Ｒ２およびＲ６、Ｒ３およびＲ８、ならびに／またはＲ４およびＲ９は、それらが結合している原子と一緒になって、５員環、６員環または７員環を形成し；
Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ９およびＲ１０の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、および置換フェニルから選択され、また、あるいは、Ｒ６およびＲ７ならびに／またはＲ９およびＲ１０は、それらが結合している原子と一緒になって、ベンゾ基を形成し得；
Ｒ８は、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、および置換フェニルから選択され、
Ｘ１およびＸ３の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリルおよびアルコキシから選択され、
Ｌは、該ドナー色素と該アクセプター色素を連結するリンカーであり；
Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１５、およびＲ１６の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、および置換フェニルから選択されるか、また、あるいは、Ｒ１２およびＲ１３ならびに／またはＲ１５およびＲ１６は、それらが結合している原子と一緒になって、ベンゾ基を形成し得；
Ｘ１１、Ｘ１２、Ｘ１３およびＸ１５の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリルおよびアルコキシから選択され得；
Ｒ８またはＸ１３は、該ヌクレオシドまたはヌクレオチドへの結合を含む、
蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチド。
【請求項１８】
前記ヌクレオシド／またはヌクレオチドが、２’−デオキシリボヌクレオシドである、請求項１１〜１７のいずれか１項に記載の蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチド。
【請求項１９】
前記ヌクレオシド／またはヌクレオチドが、２’−デオキシリボヌクレオチドである、請求項１１〜１７のいずれか１項に記載の蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチド。
【請求項２０】
前記２’−デオキシリボヌクレオチドが、２’−デオキシリボヌクレオシド−５’−トリホスフェートである、請求項１９に記載の蛍光標識ヌクレオシドまたは蛍光標識ヌクレオチド。
【請求項２１】
前記ヌクレオシド／ヌクレオチドが、終止ヌクレオチドである、請求項１１〜１７に記載の蛍光標識ヌクレオシド。
【請求項２２】
前記終止ヌクレオチドが、２’，３’−ジデオキシヌクレオシド−５’−トリホスフェートである、請求項２１に記載のヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項２３】
前記試薬が、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドアナログである、請求項９に記載の蛍光標識試薬。
【請求項２４】
前記エネルギー転移色素が、前記５’末端に結合している、請求項２３に記載の蛍光標識オリゴヌクレオチドまたは蛍光標識オリゴヌクレオチドアナログ。
【請求項２５】
前記エネルギー転移色素が、前記３’末端に結合している、請求項２３に記載の蛍光標識オリゴヌクレオチドまたは蛍光標識オリゴヌクレオチドアナログ。
【請求項２６】
前記エネルギー転移色素が、前記核酸塩基に結合している、請求項２３に記載の蛍光標識オリゴヌクレオチドまたは蛍光標識オリゴヌクレオチドアナログ。
【請求項２７】
核酸を分析するためのキットであって、
４つの異なる終止ヌクレオチドのセットを備え、そして、該終止ヌクレオチドの各々は、異なるテンプレートヌクレオチドでテンプレート依存性プライマー伸長反応を終止させ、そして、該キットは、検出可能である空間的に分解可能な蛍光シグナルを生じ得る蛍光標識を備え、該蛍光標識のうちの少なくとも１つは、エネルギー転移色素であり
該エネルギー転移色素は、以下：
以下：
第1の波長で光を吸収して、そしてそれに対する励起エネルギーを放出するキサンテンドナー色素；
該ドナー色素によって放出された励起エネルギーを吸収して、それに対する第２の波長で蛍光を発する、４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素；および
該４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素の環における５位または環における６位に該ドナー色素の環における４’位を結合させるリンカー
を含み、
ここで、前記エネルギー転移色素が、該４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素の環における４’位または該ドナー色素の環における５位または環における６位で終止ヌクレオチドに結合する、
キット。
【請求項２８】
前記ドナー色素が、フルオロセイン色素である、請求項２７に記載のキット。
【請求項２９】
請求項２７に記載のキットであって、ここで、前記ドナー色素とアクセプター色素とを連結させるリンカーが、以下：アルケン、ジエン、アルキン、少なくとも１つの不飽和結合を有する５員環、少なくとも１つの不飽和結合を有する６員環および縮合環構造
からなる群より選択される官能基を含む、
キット。
【請求項３０】
前記終止ヌクレオチドが、前記４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素の４’位に結合する、請求項２７に記載のキット。
【請求項３１】
前記終止ヌクレオチドが、前記ドナー色素の５位または６位に結合している、請求項２７に記載のキット。
【請求項３２】
請求項２７に記載のキットであって、ここで、前記エネルギー転移色素が、以下の構造：
【化１Ｃ】
2004043819.tif 000003
を備え、ここで、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４の各々は、互いに独立して、水素およびアルキルから選択されるか、あるいは、Ｒ１およびＲ５、Ｒ２およびＲ６、Ｒ３およびＲ８、ならびに／またはＲ４およびＲ９は、それらが結合している原子と一緒になって、５員環、６員環または７員環を形成し；
Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ９およびＲ１０の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、および置換フェニルから選択され、また、あるいは、Ｒ６およびＲ７ならびに／またはＲ９およびＲ１０は、それらが結合している原子と一緒になって、ベンゾ基を形成し得；
Ｒ８は、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、および置換フェニルから選択され、
Ｘ１およびＸ３の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリルおよびアルコキシから選択され、
Ｌは、該ドナー色素と該アクセプター色素を連結するリンカーであり；
Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１５、およびＲ１６の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、および置換フェニルから選択されるか、また、あるいは、Ｒ１２およびＲ１３ならびに／またはＲ１５およびＲ１６は、それらが結合している原子と一緒になって、ベンゾ基を形成し得；
Ｘ１１、Ｘ１２、Ｘ１３およびＸ１５の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリルおよびアルコキシから選択され得；
Ｒ８またはＸ１３は、該ヌクレオシドまたはヌクレオチドへの結合を含む、
キット。
【請求項３３】
前記終止ヌクレオチド標識は、単一光源によって励起可能である、請求項２７に記載のキット。
【請求項３４】
請求項２７に記載のキットであって、ここで、前記４つの異なる終止ヌクレオチドの各々において、前記蛍光標識は、エネルギー転移色素であって、以下：
第1の波長で光を吸収して、そしてそれに対する励起エネルギーを放出するキサンテンドナー色素；
該ドナー色素によって放出された励起エネルギーを吸収して、４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素；および
該４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素の環における５位または環における６位に該ドナー色素の環における４’位を結合させるリンカー
を含み、
ここで、各エネルギー転移色素は、前記４，７−ジクロロローダミンアクセプター色素の４’位、または該ドナーの５位もしくは６位でそのそれぞれの終止ヌクレオチドに結合する、
キット。
【請求項３５】
各ドナー色素が、フルオロセイン色素である、請求項３４に記載のキット。
【請求項３６】
請求項３４に記載のキットであって、ここで、各ドナー色素と各アクセプター色素を連結するリンカーは、以下：
アルケン、ジエン、アルキン、少なくとも１つの不飽和結合を有する５員環、少なくとも１つの不飽和結合を有する６員環および縮合環構造
を含む、キット。
【請求項３７】
請求項３４に記載のキットであって、ここで、各エネルギー転移色素が、前記４，７−
ジクロロローダミンアクセプター色素の４’位でそのそれぞれの終止ヌクレオチドに結合する、キット。
【請求項３８】
請求項３４に記載のキットであって、ここで、前記ドナー色素の５位または６位でそのそれぞれの終止ヌクレオチドに結合している、キット。
【請求項３９】
請求項３４に記載のキットであって、各エネルギー転移色素が、以下の構造：
【化１Ｄ】
2004043819.tif 000004
を備え、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４の各々は、互いに独立して、水素およびアルキルから選択されるか、あるいは、Ｒ１およびＲ５、Ｒ２およびＲ６、Ｒ３およびＲ８、ならびに／またはＲ４およびＲ９は、それらが結合している原子と一緒になって、５員環、６員環または７員環を形成し；
Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ９およびＲ１０の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、および置換フェニルから選択され、また、あるいは、Ｒ６およびＲ７ならびに／またはＲ９およびＲ１０は、それらが結合している原子と一緒になって、ベンゾ基を形成し得；
Ｒ８は、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、および置換フェニルから選択され、
Ｘ１およびＸ３の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリルおよびアルコキシから選択され、
Ｌは、該ドナー色素と該アクセプター色素を連結するリンカーであり；
Ｒ１１、Ｒ１２、Ｒ１３、Ｒ１５、およびＲ１６の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、アルコキシ、フェニル、および置換フェニルから選択されるか、また、あるいは、Ｒ１２およびＲ１３ならびに／またはＲ１５およびＲ１６は、それらが結合している原子と一緒になって、ベンゾ基を形成し得；
Ｘ１１、Ｘ１２、Ｘ１３およびＸ１５の各々は、互いに独立して、水素、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、カルボキシル、アルキル、アルケン、アルキン、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリルおよびアルコキシから選択され得；
Ｒ８またはＸ１３は、それぞれの終止ヌクレオシドまたは終止ヌクレオチドへの結合を含む、
キット。
【請求項４０】
各々エネルギー転移色素が、同じドナー色素を含む、請求項３４に記載のキット。
【請求項４１】
請求項２７〜４０のいずれか１項に記載のキットであって、テンプレート依存性プライマー伸長反応におけるオリゴヌクレオチドプライマーを伸長し得る４つのヌクレオシドトリホスフェートのセットを含む、キット。
【請求項４２】
ポリメラーゼをさらに含む、請求項４１に記載のキット。