【手続補正書】
【提出日】平成15年7月30日(2003.7.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
９アミノ酸からなるエピトープを同定するための方法であって、該エピトープは、ＨＬＡ−Ａ２スーパータイプの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合し、該方法は以下の工程：
（ａ）目的の抗原のアミノ酸配列を提供する工程；
（ｂ）該配列において、９アミノ酸残基からなるアミノ酸部分配列を同定する工程であって、該部分配列は、該部分配列の２番目の位置にＬ、Ｍ、Ｖ、Ｔ、Ｑ、Ａ、およびＩからなる群より選択される第１のアミノ酸アンカーを有し、かつ該部分配列のＣ末端にＬ、Ｖ、Ｉ、Ａ、ＴおよびＭからなる群より選択される第２のアミノ酸アンカーを有し；
ここで、
（ｉ）該部分配列の１番目の位置はＰでなく、かつ
（ｉｉ）該部分配列の３番目の位置は、Ｄでも、Ｅでも、ＲでもＫでもなく、かつ
（ｉｉｉ）該部分配列の５番目の位置はＥでなく、かつ
（ｉｖ）該部分配列の６番目の位置はＡでなく、かつ
（ｖ）該部分配列の７番目の位置はＤでもＥでもない、工程；ならびに
（ｃ）ＨＬＡ−Ａ２スーパータイプの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合するエピトープとして、工程（ｂ）の該部分配列を、同定する工程、
を包含する方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記部分配列の１番目の位置が、ＹまたはＦであるか、あるいは
（ｉｉ）前記部分配列の３番目の位置が、Ａである、
方法。
【請求項３】
請求項２に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記部分配列の１番目の位置が、ＹまたはＦであり、かつ
（ｉｉ）前記部分配列の３番目の位置が、Ａである、
方法。
【請求項４】
１０アミノ酸からなるエピトープを同定するための方法であって、ここで、該エピトープは、ＨＬＡ−Ａ２スーパータイプの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合し、該方法は、以下の工程：
（ａ）目的の抗原のアミノ酸配列を提供する工程；
（ｂ）該配列において、１０アミノ酸残基からなるアミノ酸部分配列を同定する工程であって、該部分配列は、該部分配列の２番目の位置にＬ、Ｍ、Ｖ、Ｔ、Ｑ、Ａ、およびＩからなる群より選択される第１のアミノ酸アンカーを有し、そして該部分配列のＣ末端にＬ、Ｖ、Ｉ、Ａ、ＴおよびＭからなる群より選択される第２のアミノ酸アンカーを有し；
ここで、
（ｉ）該部分配列の１番目の位置はＤでも、ＥでもＰでもなく、かつ
（ｉｉ）該部分配列の３番目の位置は、Ｄでも、Ｅでも、Ｒでも、ＫでもＧでもなく、かつ
（ｉｉｉ）該部分配列の４番目の位置はＰでなく、かつ
（ｉｖ）該部分配列の７番目の位置はＱでも、Ｎでも、Ｐでもなく、かつ
（ｖ）該部分配列の８番目の位置はＤでも、Ｑでも、Ｎでもなく、かつ
（ｖｉ）該部分配列の９番目の位置はＲでも、Ｋでも、Ｈでもない、工程；ならびに
（ｃ）ＨＬＡ−Ａ２スーパータイプの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合するエピトープとして、該部分配列を、同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記部分配列の１番目の位置が、ＦまたはＹであるか、あるいは
（ｉｉ）前記部分配列の３番目の位置が、Ｆ、ＹまたはＷであるか、あるいは
（ｉｉｉ）前記部分配列の５番目の位置が、ＤまたはＥであるか、あるいは
（ｉｖ）前記部分配列の７番目の位置が、Ｌ、Ｖ、ＩまたはＭであるか、あるいは
（ｖ）前記部分配列の８番目の位置が、Ｈ、ＲまたはＫである、
方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記部分配列の１番目の位置が、ＦまたはＹであり、かつ
（ｉｉ）前記部分配列の３番目の位置が、Ｆ、ＹまたはＷであり、かつ
（ｉｉｉ）前記部分配列の５番目の位置が、ＤまたはＥであり、かつ
（ｉｖ）前記部分配列の７番目の位置が、Ｌ、Ｖ、ＩまたはＭであり、かつ
（ｖ）前記部分配列の８番目の位置が、Ｈ、ＲまたはＫである、
方法。
【請求項７】
請求項１に記載の方法であって、前記方法が、
工程（ｃ）において同定された前記部分配列を含む、ペプチドを設計する工程をさらに包含し、ここで、該ペプチドは１５より長く連続する前記抗原のアミノ酸を含まず；
それによって、ＨＬＡ−Ａ２スーパータイプの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合するエピトープを含む該ペプチドが、設計され、該ペプチドは、Ａ２スーパータイプ対立遺伝子を有することによって特徴付けられる集団において免疫応答を誘発するために効果的である、
方法。
【請求項８】
請求項７に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記エピトープの１番目の位置が、ＹまたはＦであるか、あるいは
（ｉｉ）前記エピトープの３番目の位置が、Ａである、
方法。
【請求項９】
請求項８に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記エピトープの１番目の位置が、ＹまたはＦであり、かつ
（ｉｉ）前記エピトープの３番目の位置が、Ａである、
方法。
【請求項１０】
請求項４に記載の方法であって、該方法が、
工程（ｃ）において同定された前記部分配列を含む、ペプチドを設計する工程をさらに包含し、ここで、該ペプチドは前記抗原の１５より長く連続するアミノ酸を含まず；
それによって、ＨＬＡ−Ａ２スーパータイプの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合するエピトープを含む該ペプチドが、設計され、該ペプチドは、Ａ２スーパータイプ対立遺伝子を有することによって特徴付けられる集団において免疫応答を誘発するために効果的である、
方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記エピトープの１番目の位置が、ＦまたはＹであるか、あるいは
（ｉｉ）前記エピトープの３番目の位置が、Ｆ、ＹまたはＷであるか、あるいは
（ｉｉｉ）前記エピトープの５番目の位置が、ＤまたはＥであるか、あるいは
（ｉｖ）前記エピトープの７番目の位置が、Ｌ、Ｖ、ＩまたはＭであるか、あるいは
（ｖ）前記エピトープの８番目の位置が、Ｈ、ＲまたはＫである、
方法。
【請求項１２】
請求項１１に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記エピトープの１番目の位置が、ＦまたはＹであり、かつ
（ｉｉ）前記エピトープの３番目の位置が、Ｆ、ＹまたはＷであり、かつ
（ｉｉｉ）前記エピトープの５番目の位置が、ＤまたはＥであり、かつ
（ｉｖ）前記エピトープの７番目の位置が、Ｌ、Ｖ、ＩまたはＭであり、かつ
（ｖ）前記エピトープの８番目の位置が、Ｈ、ＲまたはＫである、
方法。
【請求項１３】
請求項１に記載の方法であって、該方法が、
工程（ｃ）において同定された前記部分配列を含むペプチドを調製する工程をさらに包含し、ここで、該ペプチドは前記抗原の１５より長く連続するアミノ酸を含まず、
それによって、ＨＬＡ−Ａ２スーパーファミリーの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合するエピトープを含む該ペプチドが、作製される、
方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記エピトープの１番目の位置が、ＹまたはＦであるか、あるいは
（ｉｉ）前記エピトープの３番目の位置が、Ａである、
方法。
【請求項１５】
請求項１４に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記エピトープの１番目の位置が、ＹまたはＦであり、かつ
（ｉｉ）前記エピトープの３番目の位置が、Ａである、
方法。
【請求項１６】
請求項４に記載の方法であって、該方法が、
工程（ｃ）において同定された前記部分配列を含む、ペプチドを調製する工程をさらに包含し、ここで、該ペプチドは前記抗原の１５より長く連続するアミノ酸を含まず、
それによって、ＨＬＡ−Ａ２スーパーファミリーの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合するエピトープを含む該ペプチドが、作製される、
方法。
【請求項１７】
請求項１６に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記エピトープの１番目の位置が、ＦまたはＹであるか、あるいは
（ｉｉ）前記エピトープの３番目の位置が、Ｆ、ＹまたはＷであるか、あるいは
（ｉｉｉ）前記エピトープの５番目の位置が、ＤまたはＥであるか、あるいは
（ｉｖ）前記エピトープの７番目の位置が、Ｌ、Ｖ、ＩまたはＭであるか、あるいは
（ｖ）前記エピトープの８番目の位置が、Ｈ、ＲまたはＫである、
方法。
【請求項１８】
請求項１７に記載の方法であって、ここで
（ｉ）前記エピトープの１番目の位置が、ＦまたはＹであり、かつ
（ｉｉ）前記エピトープの３番目の位置が、Ｆ、ＹまたはＷであり、かつ
（ｉｉｉ）前記エピトープの５番目の位置が、ＤまたはＥであり、かつ
（ｉｖ）前記エピトープの７番目の位置が、Ｌ、Ｖ、ＩまたはＭであり、かつ
（ｖ）前記エピトープの８番目の位置が、Ｈ、ＲまたはＫである、
方法。
【請求項１９】
前記ペプチドが、２５０アミノ酸未満である、請求項１３または１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記ペプチドが、５０アミノ酸未満である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
５００ｎＭ未満のＩＣ５０でもってＨＬＡ−Ａ２．１分子に結合する前記部分配列または前記ペプチドの能力を評価する工程をさらに包含する、請求項１３または１６に記載の方法。
【請求項２２】
１００ｎＭ未満のＩＣ５０でもってＨＬＡ−Ａ２．１分子に結合する前記部分配列または前記ペプチドの能力を評価する工程をさらに包含する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
２０ｎＭ未満のＩＣ５０でもってＨＬＡ−Ａ２．１分子に結合する前記部分配列または前記ペプチドの能力を評価する工程をさらに包含する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記部分配列または前記ペプチドの、ＨＬＡ−Ａ２細胞傷害性Ｔ細胞によって認識される能力、または細胞傷害性Ｔ細胞応答を刺激する能力について試験する工程をさらに含む、請求項１３または１６に記載の方法。
【請求項２５】
Ａ２スーパータイプ対立遺伝子を有することによって特徴付けられる集団において、免疫応答を誘発するのに効果的であるペプチドを設計するための方法であって、ここで、該ペプチドは、９〜１０アミノ酸残基からなるエピトープを含み、そして該エピトープは、ＨＬＡ−Ａ２スーパータイプの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合し、該方法が、以下の工程：
（ａ）目的の抗原のアミノ酸配列を提供する工程；
（ｂ）該配列において、９〜１０アミノ酸残基からなる部分配列をエピトープとして同定する工程であって、ここで該部分配列は、該部分配列の２番目の位置にＬ、Ｍ、Ｖ、Ｔ、Ｑ、Ａ、およびＩからなる群より選択される第１のアミノ酸アンカーを有し、かつ該部分配列のＣ末端にＬ、Ｖ、Ｉ、Ａ、ＴおよびＭからなる群より選択される第２のアミノ酸アンカー残基を有する、工程；
（ｃ）工程（ｂ）において同定された該エピトープを含む、該抗原のフラグメントを同定する工程であって、ここで、該フラグメントは１５より長く連続する該抗原のアミノ酸を含まず；
（ｄ）該フラグメントを調製し、そして５００ｎＭ未満のＩＣ５０でもってＨＬＡ−Ａ２．１分子に結合することについて該フラグメントを試験する工程；ならびに
（ｅ）該フラグメントが、５００ｎＭ未満のＩＣ５０でもってＨＬＡ−Ａ２．１分子に結合すると（ｄ）において決定される場合、該フラグメントを含むペプチドを設計する工程、
を包含し、
これによって、ＨＬＡ−Ａ２スーパータイプの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合するエピトープを含むペプチドが、設計される、
方法。
【請求項２６】
請求項２５に記載の方法であって、ここで、前記フラグメントは、１００ｎＭ未満のＩＣ５０でもってＨＬＡ−Ａ２．１に結合すると決定される、方法。
【請求項２７】
請求項２６に記載の方法であって、ここで、前記フラグメントは、２０ｎＭ未満のＩＣ５０でもってＨＬＡ−Ａ２．１に結合すると決定される、方法。
【請求項２８】
Ａ２スーパータイプ対立遺伝子を有することによって特徴付けられる集団において、免疫応答を誘発するのに効果的であるペプチドを設計するための方法であって、該ペプチドは、９〜１０アミノ酸からなるエピトープを含み、そして該エピトープは、ＨＬＡ−Ａ２スーパータイプの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合し、該方法は、以下の工程：
（ａ）目的の抗原のアミノ酸配列を提供する工程；
（ｂ）該配列において、エピトープを同定する工程であって、該エピトープは、９〜１０アミノ酸残基からなる部分配列であり、該部分配列は、２番目の位置にＶ、Ｌ、またはＭである第１のアミノ酸アンカーを有し、かつ該部分配列のＣ末端にＶ、ＬまたはＩである第２のアミノ酸アンカー残基を有する、工程；
（ｃ）工程（ｂ）において同定された該エピトープを含む、該抗原のフラグメントを同定する工程であって、ここで、該フラグメントは１５より長く連続する該抗原のアミノ酸を含まない、工程；かつ
（ｄ）該フラグメントを含むペプチドを設計する工程であって、ここで該ペプチドは１５より長く連続する該抗原のアミノ酸を含まない、工程を包含し、
これによって、ＨＬＡ−Ａ２スーパータイプの少なくとも３つのＨＬＡ分子と結合するエピトープを含むペプチドが、設計される、方法。
【請求項２９】
前記第１のアミノ酸アンカーおよび／または前記第２のアミノ酸アンカーが、Ｖである、請求項２８に記載の方法。