(57)【要約】  容易に入手し得る検体を用いて、被験者が２型糖尿病に罹患しているか否かを判定する方法、糖尿病の治療効果が上がっているか否かを判定する方法を提供する。   (ａ)被験者ｘに由来するヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｘを得る工程、（ｂ）工程（ａ）で得られた発現プロファイルｘを、非糖尿病の被験者ｙに由来するヒト白血球における遺伝子群又はその同等物中の工程（ａ）と同一の特定の遺伝子又は遺伝子群についての発現プロファイルｙと比較する工程、及び（ｃ）工程（ｂ）で、発現プロファイルｘが発現プロファイルｙと有意に異なる場合に、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であると判定する工程を含む、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定する方法等を採用する。
2008047824.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定する方法であって、
(ａ)被験者ｘに由来するヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｘを得る工程、
（ｂ）工程（ａ）で得られた発現プロファイルｘを、非糖尿病の被験者ｙに由来するヒト白血球における遺伝子群又はその同等物中の工程（ａ）と同一の特定の遺伝子又は遺伝子群についての発現プロファイルｙと比較する工程、及び
（ｃ）工程（ｂ）で、発現プロファイルｘが発現プロファイルｙと有意に異なる場合に、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であると判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、下記（Ａ−１）乃至（Ａ−５０）の遺伝子群に含まれていることを特徴とする方法：
（Ａ−１）仮想タンパク質ＬＯＣ５４１０３（登録番号：ＡＬ０７９２７７）
（Ａ−２）ロイシンリッチ繰返し神経単位３（登録番号：ＡＢ０６０９６７）
（Ａ−３）１３キロダルトンの分化関連タンパク質（登録番号：ＢＣ００５９３６）
（Ａ−４）エモパミル結合関連タンパク質，Δ８−Δ７ステロールイソメラーゼ関連タンパク質（登録番号：ＡＦ２４３４３３）
（Ａ−５）グリコシルトランスフェラーゼＡＤ−０１７（登録番号：ＮＭ＿０１８４４６）
（Ａ−６）過酸化レドキシン３（登録番号：ＮＭ＿００６７９３）
（Ａ−７）ＩｇＥのＦｃフラグメント，高親和性Ｉ，α−ポリペプチドの受容体（登録番号：ＮＭ＿００２００１）
（Ａ−８）シグナルペプチダーゼ１２キロダルトン（登録番号：ＥＮＳＧ０００００１１４９０２）
（Ａ−９）オクタマー結合含有非ＰＯＵドメイン（登録番号：Ｌ３２５５８）
（Ａ−１０）ＮＰ２２０核タンパク質（登録番号：ＡＦ２７３０４９）
（Ａ−１１）仮想タンパク質ＦＬＪ１０６５２（登録番号：ＮＭ＿０１８１６９）
（Ａ−１２）クロモゾーム１４のオープンリーディングフレーム１０９（登録番号：ＡＬ０８０１１８）
（Ａ−１３）アポトーシス関連タンパク質３（登録番号：ＮＭ＿００４６３２）
（Ａ−１４）ＡＵＴ様１システインエンドペプチダーゼ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（登録番号：ＥＮＳＧ０００００１２５７０３）
（Ａ−１５）組換えタンパク質ＲＥＣ１４（登録番号：ＡＦ３０９５５３）
（Ａ−１６）エステラーゼＤ／ホルミルグルタチオンヒドロラーゼ（登録番号：ＡＦ１１２２１９）
（Ａ−１７）膜貫通タンパク質１４Ｂ（登録番号：ＮＭ＿０３０９６９）
（Ａ−１８）Ｍｙｃ関連タンパク質（登録番号：ＡＦ０８３２４４）
（Ａ−１９）真核細胞の翻訳開始因子（ｅｌＦ）２Ａ（登録番号：ＡＦ２１２２４１）
（Ａ−２０）Ｂ細胞リンカー（登録番号：ＥＮＳＧ００００００９５５８５）
（Ａ−２１）リンパ球抗原８６（登録番号：ＮＭ＿００４２７１）
（Ａ−２２）リンゴ酸デヒドロゲナーゼ１，ＮＡＤ（可溶性）（登録番号：ＥＮＳＧ００００００１４６４１）
（Ａ−２３）推定される膜タンパク質（登録番号：ＡＦ０７０６２６）
（Ａ−２４）Ｅ１Ａで誘導された遺伝子の細胞性リプレッサ（登録番号：ＮＭ＿００３８５１）
（Ａ−２５）エクスポーチン１（ＣＲＭ１ホモログ，酵母）（登録番号：ＮＭ＿００３４００）
（Ａ−２６）グルタミルプロリルｔＲＮＡシンセターゼ（登録番号：ＮＭ_００４４４６）
（Ａ−２７）ソーティングネキシン１３（登録番号：ＡＬ３５３９４３）
（Ａ−２８）仮想ＤＫＦＺｐ４５１Ｊ１７１９（登録番号：ＡＦ１１６６０８）
（Ａ−２９）ＡＣＮ９ホモログ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（登録番号：ＡＦ２０１９３３）
（Ａ−３０）アナプラスチックリンフォーマキナーゼ（Ｋｉ−１）（登録番号：Ｄ４５９１５）
（Ａ−３１）中心体タンパク質１（登録番号：ＮＭ＿００７０１８）
（Ａ−３２）リガチン（登録番号：ＡＦ２２０４１７）
（Ａ−３３）エイティーピーアーゼ，水素輸送，リソソーム付属タンパク質２（登録番号：ＡＦ２４８９６６）
（Ａ−３４）膜内タンパク質，ミトコンドリア性（ミトフィリン）（登録番号：ＮＭ＿００６８３９）
（Ａ−３５）タンパク質チロシンホスファターゼ，非受容体タイプ１２（登録番号：ＮＭ＿００２８３５）
（Ａ−３６）ピルビン酸デヒドロゲナーゼ（リポアミド）β（登録番号：Ｍ３４４７９）
（Ａ−３７）ｕｎｃ−５０ホモログ（Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ）（登録番号：ＡＦ０７７０３８）
（Ａ−３８）仮想タンパク質ＦＬＪ２０００３（登録番号：ＮＭ＿０１７６１５）
（Ａ−３９）仮想タンパク質ＫＩＡＡ１１０９（登録番号：ＡＢ０２９０３２）
（Ａ−４０）タビー様タンパク質３（登録番号：ＮＭ＿００３３２４）
（Ａ−４１）二重特異性ホスファターゼ５（登録番号：ＮＭ＿００４４１９）
（Ａ−４２）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ７（登録番号：ＢＣ００５３６５）
（Ａ−４３）Ｂ細胞抑制因子α中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の核因子（登録番号：ＮＭ＿０２０５２９）
（Ａ−４４）ぞうげ質マトリクス酸性リンタンパク質（登録番号：ＮＭ＿００４４０７）
（Ａ−４５）クルッペル様因子５（腸）（登録番号：ＮＭ＿００１７３０）
（Ａ−４６）イヅロネート２−スルファターゼ（ハンター症候群）（登録番号：ＮＭ＿００６１２３）
（Ａ−４７）ＣＤ８３抗原（活性化されたＢリンパ球，免疫グロブリンのスーパーファミリー）（登録番号：ＮＭ＿００４２３３）
（Ａ−４８）リングフィンガータンパク質１２１（登録番号：ＮＭ＿０１８３２０）
（Ａ−４９）コアプロモーター因子結合タンパク質（登録番号：ＮＭ＿００１３００）及び
（Ａ−５０）血清／糖質コルチコイドで調節されたキナーゼ（登録番号：ＮＭ＿００５６２７）。
【請求項２】
被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定する方法であって、
(ａ)被験者ｘに由来するヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｘを得る工程、
（ｂ）工程（ａ）で得られた発現プロファイルｘを、非糖尿病の被験者ｙに由来するヒト白血球における遺伝子群又はその同等物中の工程（ａ）と同一の特定の遺伝子又は遺伝子群についての発現プロファイルｙと比較する工程、及び
（ｃ）工程（ｂ）で、発現プロファイルｘが発現プロファイルｙと有意に異なる場合に、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であると判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子または遺伝子群は、ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項３】
ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群が、ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（登録商標）においてこれらのパスウェイに属する下記８２種の遺伝子群に含まれている、請求項２に記載の方法：
Ａｆｆ．  ＩＤ  Ｎｏｓ．  ２０９６６６＿ｓ＿ａｔ、１５５４３１９＿ａｔ、２０９３４１＿ｓ＿ａｔ、１５５２６３１＿ａ＿ａｔ、１５７０４３９＿ａｔ、２１１４５９＿ａｔ、１５５９２９５＿ａｔ、２０６１０６＿ａｔ、２０３０９６＿ｓ＿ａｔ、２０９９５１＿ｓ＿ａｔ、２０３５１４＿ａｔ、１５７００７６＿ａｔ、２０５０２７＿ｓ＿ａｔ、２０２４２４＿ａｔ、２０２６７０＿ａｔ、２０３２１８＿ａｔ、２０３０８４＿ａｔ、２０２５３０＿ａｔ、２０１７６３＿ｓ＿ａｔ、２０１８９５＿ａｔ、１５５５１４６＿ａｔ、２１５０７５＿ｓ＿ａｔ、２０１４６４＿ｘ＿ａｔ、２０８４０３＿ｘ＿ａｔ、１５５８９８４＿ａｔ、２０６３６２＿ｘ＿ａｔ、２０２４３１＿ｓ＿ａｔ、１５６５７７２＿ａｔ、１５５９０５２＿ｓ＿ａｔ、１５５２２６３＿ａｔ、２０７１２１＿ｓ＿ａｔ、２０７２９２＿ｓ＿ａｔ、２１０４７７＿ｘ＿ａｔ、２０６０４０＿ｓ＿ａｔ、２０４８１３＿ａｔ、２１００５８＿ａｔ、２０７６６７＿ｓ＿ａｔ、２０４７５６＿ａｔ、２０５６９８＿ｓ＿ａｔ、１５５７６７５＿ａｔ、２０３３７９＿ａｔ、１５５６３４０＿ａｔ、２０３２６５＿ｓ＿ａｔ、２０１４６９＿ｓ＿ａｔ、２０４１７１＿ａｔ、２０６８５３＿ｓ＿ａｔ、２１８３１１＿ａｔ、２１２８７１＿ａｔ、１５６０７２０＿ａｔ、１７２９＿ａｔ、２０４６３２＿ａｔ、２０３７７７＿ｓ＿ａｔ、２０５１９２＿ａｔ、２０９２３９＿ａｔ、２０６０４４＿ｓ＿ａｔ、２０４０３９＿ａｔ、２１３９２６＿ｓ＿ａｔ、２０４９３６＿ａｔ、２０６９４３＿ａｔ、１５６０８６８＿ｓ＿ａｔ、２０３６１７＿ｘ＿ａｔ、２０９１８９＿ａｔ、２１２９８３＿ａｔ、２０８３２８＿ｓ＿ａｔ、２０３８３６＿ｓ＿ａｔ、２０３５５２＿ａｔ、１５６５１３０＿ａｔ、１５６７４５７＿ａｔ、２０６２９６＿ｘ＿ａｔ、２００８８７＿ｓ＿ａｔ、２０３０９７＿ｓ＿ａｔ、２１８２０５＿ｓ＿ａｔ、２１８１８１＿ｓ＿ａｔ、２０１５０２＿ｓ＿ａｔ、１５５７９７０＿ｓ＿ａｔ、２０４４１３＿ａｔ、２０１４６０＿ａｔ、２１２０４６＿ｘ＿ａｔ、２０２７８７＿ｓ＿ａｔ、２０４７０７＿ｓ＿ａｔ、２１４７８６＿ａｔ及び１５５３６８５＿ｓ＿ａｔ。
【請求項４】
ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群が、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒにおいてこれらのパスウェイに属する下記（Ｂ−１）乃至（Ｂ−３１）の遺伝子群に含まれている、請求項２に記載の方法：
（Ｂ−１）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ６（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ  １５５２６３１＿ａ＿ａｔ）
（Ｂ−２）リボソームタンパク質Ｓ６キナーゼ，９０キロダルトン，ポリペプチド２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５７９７０＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−３）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６５１３０＿ａｔ）
（Ｂ−４）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１４６０＿ａｔ）
（Ｂ−５）ｖ−ｊｕｎ肉腫ウイルス１７癌遺伝子ホモログ（鳥類）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１４６４＿ｘ＿ａｔ）
（Ｂ−６）Ｂ細胞抑制因子α中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の核因子（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１５０２＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−７）ｖ−ｒａｆネズミ肉腫３６１１ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１８９５＿ａｔ）
（Ｂ−８）Ｒａｐグアニンヌクレオチド交換因子（ＧＥＦ）２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３０９６＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−９）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３５１４＿ａｔ）
（Ｂ−１０）ＥＬＫ１，ＥＴＳ癌遺伝子ファミリーのメンバー（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３６１７＿ｘ＿ａｔ ）
（Ｂ−１１）ＣＣＡＡＴ／増強剤結合タンパク質（Ｃ／ＥＢＰ），α（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４０３９＿ａｔ）
（Ｂ−１２）ＴＮＦ受容体関連因子２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４４１３＿ａｔ）
（Ｂ−１３）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ４（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４７０７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−１４）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ５（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４７５６＿ａｔ）
（Ｂ−１５）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ１４（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０５１９２＿ａｔ）
（Ｂ−１６）ｖ−ｒａｆネズミ肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログＢ１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０６０４４＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−１７）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ１０（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０６３６２＿ｘ＿ａｔ）
（Ｂ−１８）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ６（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０７１２１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−１９）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０７６６７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−２０）ＭＡＤＳボックス転写増強剤因子２，ポリペプチドＡ（ミオサイト増強剤因子２Ａ）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０８３２８＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−２１）ｖ−ｆｏｓＦＢＪネズミ骨肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９１８９＿ａｔ）
（Ｂ−２２）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ７（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９９５１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−２３）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ１３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１００５８＿ａｔ）
（Ｂ−２４）ｖ−Ｈａ−ｒａｓハーベイラット肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１２９８３＿ａｔ）
（Ｂ−２５）成長因子受容体結合タンパク質２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１５０７５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−２６）ＭＡＰキナーゼ相互作用セリン／トレオニンキナーゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８２０５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−２７）細胞分裂サイクル４２（ＧＴＰ結合タンパク質，２５キロダルトン）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５６９３１＿ａｔ）
（Ｂ−２８）ホスフォリパーゼＡ２，ＶＩ群（細胞質ゾル，カルシウム非依存性）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４６９１＿ｘ＿ａｔ）
（Ｂ−２９）ＤＮＡ損傷誘導性転写３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９３８３＿ａｔ）
（Ｂ−３０）早期成長応答１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１６９３＿ｓ＿ａｔ）及び
（Ｂ−３１）神経成長因子，βポリペプチド（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０６８１４＿ａｔ）。
【請求項５】
被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定する方法であって、
(ａ)被験者ｘに由来するヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｘを得る工程、
（ｂ）工程（ａ）で得られた発現プロファイルｘを、非糖尿病の被験者ｙに由来するヒト白血球における遺伝子群又はその同等物中の工程（ａ）と同一の特定の遺伝子又は遺伝子群についての発現プロファイルｙと比較する工程、及び
（ｃ）工程（ｂ）で、発現プロファイルｘが発現プロファイルｙと有意に異なる場合に、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であると判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ユビキノン生合成系及びＡＴＰ合成系に属する遺伝子群に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項６】
ユビキノン生合成系及びＡＴＰ合成系に属する遺伝子群が、ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（登録商標）においてこれらのパスウェイに属する下記７０種の遺伝子群に含まれている、請求項５に記載の方法：
Ａｆｆ．  ＩＤ  Ｎｏｓ．  ２０７３３５＿ｘ＿ａｔ、２１８２００＿ｓ＿ａｔ、２０１９６６＿ａｔ、２１８１６０＿ａｔ、２０３６０６＿ａｔ、２０６７９０＿ｓ＿ａｔ、２０１７５４＿ａｔ、２０１１３４＿ｘ＿ａｔ、２１８１９０＿ｓ＿ａｔ、２１８４８４＿ａｔ、２１７９６３＿ｓ＿ａｔ、２０２８３９＿ｓ＿ａｔ、２０１３０４＿ａｔ、２０２０９０＿ｓ＿ａｔ、２０１５６８＿ａｔ、２０５８４９＿ｓ＿ａｔ、２１８５６３＿ａｔ、２０２０２６＿ａｔ、２０１０９３＿ｘ＿ａｔ、２１１７５２＿ｓ＿ａｔ、２００８８３＿ａｔ、２０３６６３＿ｓ＿ａｔ、２０２２３３＿ｓ＿ａｔ、２０３８５８＿ｓ＿ａｔ、２０２３２５＿ｓ＿ａｔ、２０１３２２＿ａｔ、２０３９２６＿ｘ＿ａｔ、２１１７５５＿ｓ＿ａｔ、２０７５０７＿ｓ＿ａｔ、２０２３４３＿ｘ＿ａｔ、２０４５７０＿ａｔ、２０１５９７＿ａｔ、２０２１１０＿ａｔ、２０７８４３＿ｘ＿ａｔ、２０１０６６＿ａｔ、２１７７７３＿ｓ＿ａｔ、２０２０００＿ａｔ、２０３３７１＿ｓ＿ａｔ、２０３６２１＿ａｔ、２０３４７８＿ａｔ、２０３１８９＿ｓ＿ａｔ、２０２６７５＿ａｔ、２０２００４＿ｘ＿ａｔ、２０４２９５＿ａｔ、２０１９０３＿ａｔ、２０１１１９＿ｓ＿ａｔ、２０７６１８＿ｓ＿ａｔ、２００９２５＿ａｔ、２０３５５１＿ｓ＿ａｔ、２１９５４７＿ａｔ、２０２２９８＿ａｔ、２１８２２６＿ｓ＿ａｔ、２１８１０１＿ｓ＿ａｔ、２０１７４０＿ａｔ、２０１７５７＿ａｔ、２０４３００＿ａｔ、２０１２５６＿ａｔ、２０８９６９＿ａｔ、２０２０７７＿ａｔ、２０１２２６＿ａｔ、２０５７１１＿ｘ＿ａｔ、２０７５５２＿ａｔ、２０６３５３＿ａｔ、２０８９０９＿ａｔ、２１７８０１＿ａｔ、２２０８６４＿ｓ＿ａｔ、２０５２２４＿ａｔ、２０８９０５＿ａｔ、２０７５７３＿ｘ＿ａｔ及び２０８９７２＿ｓ＿ａｔ。
【請求項７】
ユビキノン生合成系及びＡＴＰ合成系に属する遺伝子群が、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒにおいてこれらのパスウェイに属する下記（Ｃ−１）乃至（Ｃ−４２）の遺伝子群に含まれている、請求項５に記載の方法： 
（Ｃ−１）無機ピロホスファターゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５４４９９＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−２）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Ｆｅ−Ｓタンパク質４，１８キロダルトン（ＮＡＤＨコエンザイムＱリダクターゼ）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５５０５７＿ａｔ）
（Ｃ−３）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｄ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５５９９８＿ａｔ）
（Ｃ−４）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ１複合体，Ｏサブユニット（オリゴマイシン感受性付与タンパク質）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６４４８２＿ａｔ）
（Ｃ−５）ＢＣＬ２様１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６９０６７＿ａｔ）
（Ｃ−６）１含有ＴａｔＤ  ディーエヌアーゼドメイン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６９２３０＿ａｔ）
（Ｃ−７）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ１複合体，αサブユニット，イソフォーム１，心筋（オリゴマイシン感受性付与タンパク質）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６９８９１＿at）
（Ｃ−８）ＡＴＰアーゼ，水素輸送，リソソーム９キロダルトン，Ｖ０サブユニットｅ／／／ＡＴＰアーゼ，水素輸送，リソソーム９キロダルトン，Ｖ０サブユニットｅ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０００９６＿s＿at）
（Ｃ−９）スーパーオキシドディスムーターゼ１，可溶性（アミオトロフィック・ラテラル・スクレロシス１（大人））（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２００６４２＿ａｔ）
（Ｃ−１０）ユビキノール−チトクロームｃリダクターゼコアタンパク質ＩＩ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２００８８３＿ａｔ）
（Ｃ−１１）チトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶＩａポリペプチド１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２００９２５＿ａｔ）
（Ｃ−１２）チトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶＩＩｃ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１１３４＿ｘ＿ａｔ）
（Ｃ−１３）チトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶＩｃ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１７５４＿ａｔ）
（Ｃ−１４）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Ｆｅ−Ｓタンパク質２，４９キロダルトン（ＮＡＤＨコエンザイムＱリダクターゼ）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１９６６＿ａｔ）
（Ｃ−１５）ユビキノール−チトクロームｃリダクターゼヒンジタンパク質（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２２３３＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−１６）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットＦ６（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２３２５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−１７）ＡＴＰアーゼ，水素輸送，リソソーム４２キロダルトン，Ｖ１サブユニットＣ，イソフォーム１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２８７２＿ａｔ）
（Ｃ−１８）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１βサブコンプレックス，３，１２キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３３７１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−１９）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１，サブコンプレックス不明，１，６キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３４７８＿ａｔ）
（Ｃ−２０）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１βサブコンプレックス，５，１６キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３６２１＿ａｔ）
（Ｃ−２１）チトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶａ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３６６３＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−２２）ＣＯＸ１０ホモログ，チトクロームｃオキシダーゼアッセンブリータンパク質，ヘムＡ：ファーネシルトランスフェラーゼ（酵母）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３８５８＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−２３）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１αサブコンプレックス，アッセンブリー因子１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４１２５＿ａｔ）
（Ｃ−２４）プログラムされた細胞死８（アポトーシス誘導因子）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０５５１２＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−２５）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ１複合体，γポリペプチド１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０５７１１＿ｘ＿ａｔ）
（Ｃ−２６）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｃ（サブユニット９）イソフォーム３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０７５０７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−２７）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｃ（サブユニット９）イソフォーム２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０７５５２＿ａｔ）
（Ｃ−２８）ＡＴＰアーゼ，水素輸送，リソソーム３４キロダルトン，Ｖ１サブユニットＤ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０８８９８＿ａｔ）
（Ｃ−２９）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｃ（サブユニット９）イソフォーム１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０８９７２＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３０）非カップリングタンパク質２（ミトコンドリア，プロトンキャリア）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０８９９７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３１）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Ｆｅ−Ｓタンパク質７，２０キロダルトン（ＮＡＤＨコエンザイムＱリダクターゼ）／／／ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Ｆｅ−Ｓタンパク質７，２０キロダルトン（ＮＡＤＨコエンザイムＱリダクターゼ）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１１７５２＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３２）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｂ，イソフォーム１／／／ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｂ，イソフォーム１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１１７５５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３３）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ１複合体，Ｏサブユニット（オリゴマイシン感受性付与タンパク質）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１６９５４＿ｘ＿ａｔ）
（Ｃ−３４）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ１複合体，εサブユニット（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１７８０１＿ａｔ）
（Ｃ−３５）ピロホスファターゼ（無機）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１７８４８＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３６）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１，サブコンプレックス不明，２，１４．５キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８１０１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３７）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１  αサブコンプレックス，８，１９キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８１６０＿ａｔ）
（Ｃ−３８）ユビキノール−チトクロームｃリダクターゼ複合体（７．２キロダルトン）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８１９０＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３９）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１，βサブコンプレックス，２，８キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８２００＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−４０）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１，βサブコンプレックス，４，１５キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８２２６＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−４１）無機ピロホスファターゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２２０７４１＿ｓ＿ａｔ）及び
（Ｃ−４２）ＫＩＡＡ１３８７タンパク質／／／ＫＩＡＡ１３８７タンパク質（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２２４４７４＿ｘ＿ａｔ）。
【請求項８】
２型糖尿病患者における治療効果の有無を判定する方法であって、
（Ａ）被験糖尿病患者の治療開始前と治療開始後に採取したヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルを得る工程、
（Ｂ）工程（Ａ）で測定された治療開始前の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと治療開始後の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルとを比較する工程、及び
（Ｃ）治療開始後の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルが治療開始前の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと有意に異なり、糖尿病であることを示す発現プロファイルの特徴が消失又は低減した場合に治療効果があったと判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、下記（Ｄ−１）乃至（Ｄ−５０）の遺伝子群に含まれていることを特徴とする方法：
（Ｄ−１）フォークヘッドボックスＰ１（登録番号：ＮＭ＿０１６４７７）
（Ｄ−２）ＣＤ２４抗原（小細胞肺癌クラスター４抗原）（登録番号：ＮＭ＿０１３２３０）
（Ｄ−３）リボソームタンパク質Ｌ２９（登録番号：ＮＭ＿０００９９２）
（Ｄ−４）真核細胞翻訳延長因子１Δ（グアニンヌクレオチド交換タンパク質）（登録番号：ＮＭ＿０３２３７８）
（Ｄ−５）ＥＬＫ３，ＥＴＳ−ドメインタンパク質（ＳＲＦ付属タンパク質２）（登録番号：ＮＭ＿００５２３０）
（Ｄ−６）核受容体サブファミリー３，Ｃ群，メンバー１（糖質コルチコイド受容体）（登録番号：ＮＭ＿０００１７６）
（Ｄ−７）ニューロテンシン受容体１（高親和性）（登録番号：ＮＭ＿００２５３１）
（Ｄ−８）内在性膜タンパク質２Ａ（登録番号：ＮＭ＿００４８６７）
（Ｄ−９）真正小歯ホモログ２（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）（登録番号：ＮＭ＿０２１７２８）
（Ｄ−１０）エステラーゼ２Ａ（登録番号：ＮＭ＿０３３４４０）
（Ｄ−１１）外部ミトコンドリア膜トランスロカーゼ２２ホモログ（酵母）（登録番号：ＮＭ＿０２０２４３）
（Ｄ−１２）エンドスルフィンα（登録番号：ＮＭ＿００４４３６）
（Ｄ−１３）ＣＤ２２６抗原（登録番号：ＮＭ＿００６５６６）
（Ｄ−１４）一時受容体ポテンシャル陽イオンチャンネル，サブファミリーＶ，メンバー４（登録番号：ＮＭ＿０２１６２５）
（Ｄ−１５）ＡＤＰ−リボシレーション因子相互作用タンパク質２（アーファプチン２）（登録番号：ＮＭ＿０１２４０２）
（Ｄ−１６）ブラジキニン受容体Ｂ２（登録番号：ＮＭ＿０００６２３）
（Ｄ−１７）リボソームタンパク質Ｓ３（登録番号：ＮＭ＿００１００５）
（Ｄ−１８）コンタクチン関連タンパク質様２（登録番号：ＮＭ＿０１４１４１）
（Ｄ−１９）ミオシン，光ポリペプチドキナーゼ（登録番号：ＮＭ＿００５９６５）
（Ｄ−２０）ジペプチダーゼ１（腎性）（登録番号：ＮＭ＿００４４１３）
（Ｄ−２１）卵黄黄斑ジストロフィー（ベスト病，ｂｅｓｔｒｏｐｈｉｎ）（登録番号：ＡＦ０５７１７０）
（Ｄ−２２）ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド５（登録番号：ＮＭ＿００２９８５）
（Ｄ−２３）１−アシルグリセロール−３−ホスフェート  Ｏ−アシルトランスフェラーゼ１（リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼα）（登録番号：ＮＭ＿０３２７４１）
（Ｄ−２４）ジンクフィンガータンパク質，サブファミリー１Ａ，４（Ｅｏｓ）（登録番号：ＮＭ＿０２２４６５）
（Ｄ−２５）ベンゾジアゼピン受容体（周囲）（登録番号：ＮＭ＿０００７１４）
（Ｄ−２６）ＫＩＡＡ０１７４遺伝子産物（登録番号：ＮＭ＿０１４７６１）
（Ｄ−２７）死亡率因子４様２（登録番号：ＮＭ＿０１２２８６）
（Ｄ−２８）セリン（又はシステイン）プロテイナーゼ阻害因子，クレードＢ（オボアルブミン），メンバー１３（登録番号：ＮＭ＿０１２３９７）
（Ｄ−２９）ＩＫサイトカイン，ＨＬＡ  ＩＩのダウンレギュレーター（登録番号：ＡＬ０５０２９６）
（Ｄ−３０）リポ多糖誘導ＴＮＦ因子（登録番号：ＮＭ＿００４８６２）
（Ｄ−３１）ＡＲＦ結合タンパク質１含有ゴルジ関連γアダプチンイーヤ（登録番号：ＮＭ＿０１３３６５）
（Ｄ−３２）一時受容体ポテンシャル陽イオンチャンネル，サブファミリーＭ，メンバー５（登録番号：ＮＭ＿０１４５５５）
（Ｄ−３３）高移動性群ヌクレオソーム結合ドメイン１（登録番号：ＮＭ＿００４９６５）
（Ｄ−３４）サイクリンＴ１（登録番号：ＮＭ＿００１２４０）
（Ｄ−３５）ｖ−ｍａｆ筋腱膜繊維肉腫癌遺伝子ホモログ（鳥類）（登録番号：ＮＭ＿００５３６０）
（Ｄ−３６）配列相同性１８，メンバーＢを伴うファミリー（登録番号：ＡＦ２２３４６７）
（Ｄ−３７）ＤＮＡ結合２の阻害因子，優性陰性ヘリックス−ループ−ヘリックスタンパク質（登録番号：ＮＭ＿００２１６６）
（Ｄ−３８）ＴＡＦ１１  ＲＮＡポリメラーゼＩＩ，ＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）関連因子，２８キロダルトン（登録番号：ＥＮＳＧ００００００６４９９５）
（Ｄ−３９）カドヘリン１１，２型，ＯＢ−カドヘリン（骨芽細胞）（登録番号：Ｄ２１２５５）
（Ｄ−４０）甲状腺ホルモン受容体，α（赤芽球症白血病ウイルス（ｖ−ｅｒｂ−ａ）癌遺伝子ホモログ，鳥類）（登録番号：X５５００５）
（Ｄ−４１）ジンクフィンガータンパク質１６０（登録番号：Ｘ７８９２８）
（Ｄ−４２）ホスフォリパーゼＡ２，Ｘ群（登録番号：ＥＮＳＧ００００００６９７６４）
（Ｄ−４３）仮想タンパク質ＦＬＪ２３１２０（登録番号：ＡＫ０２６７７３）
（Ｄ−４４）ホスフォイノシチド−３−キナーゼ，クラス２，γポリペプチド（登録番号：ＡＪ０００００８）
（Ｄ−４５）仮想タンパク質ＩＭＡＧＥ：４２１５３３９（登録番号：ＡＣ００５３２８）
（Ｄ−４６）カテプシンＥ（登録番号：ＡＪ２５０７１６）
（Ｄ−４７）ケモカイン（Ｃモチーフ）受容体１（登録番号：ＮＭ＿００５２８３）
（Ｄ−４８）細胞分裂のデディケーター９（登録番号：ＥＮＳＧ００００００８８３８７）
（Ｄ−４９）リングフィンガータンパク質３９（登録番号：ＡＦ２３８３１７）及び
（Ｄ−５０）クロモゾーム１７オープンリーディングフレーム２８（登録番号：ＡＬ１３７５５６）。
【請求項９】
２型糖尿病患者における治療効果の有無を判定する方法であって、
（Ａ）被験糖尿病患者の治療開始前と治療開始後に採取したヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルを得る工程、
（Ｂ）工程（Ａ）で測定された治療開始前の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと治療開始後の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルとを比較する工程、及び
（Ｃ）治療開始後の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルが治療開始前の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと有意に異なり、糖尿病であることを示す発現プロファイルの特徴が消失又は低減した場合に治療効果があったと判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群に含まれていることを特徴とする方法。
【請求項１０】
ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群が、ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（登録商標）においてこれらのパスウェイに属する下記８２種の遺伝子群に含まれている、請求項９に記載の方法：
Ａｆｆ．  ＩＤ  Ｎｏｓ．  ２０９６６６＿ｓ＿ａｔ、１５５４３１９＿ａｔ、２０９３４１＿ｓ＿ａｔ、１５５２６３１＿ａ＿ａｔ、１５７０４３９＿ａｔ、２１１４５９＿ａｔ、１５５９２９５＿ａｔ、２０６１０６＿ａｔ、２０３０９６＿ｓ＿ａｔ、２０９９５１＿ｓ＿ａｔ、２０３５１４＿ａｔ、１５７００７６＿ａｔ、２０５０２７＿ｓ＿ａｔ、２０２４２４＿ａｔ、２０２６７０＿ａｔ、２０３２１８＿ａｔ、２０３０８４＿ａｔ、２０２５３０＿ａｔ、２０１７６３＿ｓ＿ａｔ、２０１８９５＿ａｔ、１５５５１４６＿ａｔ、２１５０７５＿ｓ＿ａｔ、２０１４６４＿ｘ＿ａｔ、２０８４０３＿ｘ＿ａｔ、１５５８９８４＿ａｔ、２０６３６２＿ｘ＿ａｔ、２０２４３１＿ｓ＿ａｔ、１５６５７７２＿ａｔ、１５５９０５２＿ｓ＿ａｔ、１５５２２６３＿ａｔ、２０７１２１＿ｓ＿ａｔ、２０７２９２＿ｓ＿ａｔ、２１０４７７＿ｘ＿ａｔ、２０６０４０＿ｓ＿ａｔ、２０４８１３＿ａｔ、２１００５８＿ａｔ、２０７６６７＿ｓ＿ａｔ、２０４７５６＿ａｔ、２０５６９８＿ｓ＿ａｔ、１５５７６７５＿ａｔ、２０３３７９＿ａｔ、１５５６３４０＿ａｔ、２０３２６５＿ｓ＿ａｔ、２０１４６９＿ｓ＿ａｔ、２０４１７１＿ａｔ、２０６８５３＿ｓ＿ａｔ、２１８３１１＿ａｔ、２１２８７１＿ａｔ、１５６０７２０＿ａｔ、１７２９＿ａｔ、２０４６３２＿ａｔ、２０３７７７＿ｓ＿ａｔ、２０５１９２＿ａｔ、２０９２３９＿ａｔ、２０６０４４＿ｓ＿ａｔ、２０４０３９＿ａｔ、２１３９２６＿ｓ＿ａｔ、２０４９３６＿ａｔ、２０６９４３＿ａｔ、１５６０８６８＿ｓ＿ａｔ、２０３６１７＿ｘ＿ａｔ、２０９１８９＿ａｔ、２１２９８３＿ａｔ、２０８３２８＿ｓ＿ａｔ、２０３８３６＿ｓ＿ａｔ、２０３５５２＿ａｔ、１５６５１３０＿ａｔ、１５６７４５７＿ａｔ、２０６２９６＿ｘ＿ａｔ、２００８８７＿ｓ＿ａｔ、２０３０９７＿ｓ＿ａｔ、２１８２０５＿ｓ＿ａｔ、２１８１８１＿ｓ＿ａｔ、２０１５０２＿ｓ＿ａｔ、１５５７９７０＿ｓ＿ａｔ、２０４４１３＿ａｔ、２０１４６０＿ａｔ、２１２０４６＿ｘ＿ａｔ、２０２７８７＿ｓ＿ａｔ、２０４７０７＿ｓ＿ａｔ、２１４７８６＿ａｔ及び１５５３６８５＿ｓ＿ａｔ。
【請求項１１】
ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群が、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒにおいてこれらのパスウェイに属する下記（Ｅ−１）乃至（Ｅ−２９）の遺伝子群に含まれている、請求項９に記載の方法：
（Ｅ−１）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ１１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５８９８４＿ａｔ）
（Ｅ−２）ＣＲＥＢ結合タンパク質（ルビンシュタイン−タイビ症候群）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５９２９５＿ａｔ）
（Ｅ−３）ｐ２１／Ｃｄｃ４２／Ｒａｃ１活性化キナーゼ１（ＳＴＥ２０ホモログ，酵母）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６５７７２＿ａｔ）
（Ｅ−４）ＴＮＦＲＳＦ１Ａ関連ビアデスドメイン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １７２９＿ａｔ）
（Ｅ−５）転写１のシグナルトランスデユーサー及びアクチベーター，９１キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２００８８７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−６）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１４６０＿ａｔ）
（Ｅ−７）ｖ−ｊｕｎ肉腫ウイルス１７癌遺伝子ホモログ（鳥類）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１４６４＿ｘ＿ａｔ）
（Ｅ−８）ｖ−ｒａｆネズミ肉腫３６１１ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１８９５＿ａｔ）
（Ｅ−９）ｖ−ｍｙｃ骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子ホモログ（鳥類）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２４３１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−１０）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２７８７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−１１）変換成長因子，β１（カムラチ−エンゲルマン病）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３０８４＿ａｔ）
（Ｅ−１２）Ｒａｐグアニンヌクレオチド交換因子（ＧＥＦ）２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３０９７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−１３）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ４（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３２６５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−１４）リボソームタンパク質Ｓ６キナーゼ，９０キロダルトン，ポリペプチド１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３３７９＿ａｔ）
（Ｅ−１５）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３５１４＿ａｔ）
（Ｅ−１６）ＥＬＫ１，ＥＴＳ癌遺伝子ファミリーのメンバー（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３６１７＿ｘ＿ａｔ）
（Ｅ−１７）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ４（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４７０７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−１８）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ１０（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４８１３＿ａｔ）
（Ｅ−１９）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ１０（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０６３６２＿ｘ＿ａｔ）
（Ｅ−２０）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ７（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０７２９２＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−２１）ｖ−ｆｏｓＦＢＪネズミ骨肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９１８９＿ａｔ）
（Ｅ−２２）Ｂ細胞中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の抑制剤，キナーゼβ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９３４１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−２３）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ１３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１００５８＿ａｔ）
（Ｅ−２４）ｖ−Ｈａ−ｒａｓハーベイラット肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１２９８３＿ａｔ）
（Ｅ−２５）成長因子受容体結合タンパク質２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１５０７５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−２６）ＭＡＰキナーゼ相互作用セリン／トレオニンキナーゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８２０５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−２７）高移動性群ヌクレオソーム結合ドメイン１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２００９４３＿ａｔ）
（Ｅ−２８）ＤＮＡ損傷誘導性転写３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９３８３＿ａｔ）及び
（Ｅ−２９）グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質），ｑポリペプチド（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２６１５＿ａｔ）。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ヒト白血球における遺伝子の発現量を解析することによる、（１）被験者が糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定する方法及び（２）２型糖尿病患者における治療効果の有無を判定する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
最新の医療統計によると、日本国内おける糖尿病患者数は、糖尿病が強く疑われる人だけでも７４０万人、糖尿病である可能性を否定できない人を合わせると１，６２０万人であると考えられている。また、糖尿病にかかわる医療費は、直接的な費用だけでも年間１兆１，１５５億円と推定されており、間接的な経済損失を加味すると３兆円に達するといわれている。しかるに、糖尿病であるか否かの診断に有用な生化学的検査としては、血液及び尿中の糖検査とグリコヘモグロビン（ＨｂＡ１ｃ）の測定しか知られていない。また、これらの検査結果からは、糖尿病の最も大きな問題点である動脈硬化や、網膜の損傷による失明や糖尿性腎症等の合併症の評価や予測が十分には行ない得ないことがわかっている。そして、国内外における多数の研究にもかかわらず、従来の生化学的・免疫学的手法による糖尿病の診断等に有用な方法は開発されていない。【０００３】
また、糖尿病を確実に治療できる薬物も依然開発途上にあり、従って、糖尿病の診断等に有用な方法は、そのような薬物の有効性の判定のためにも必要である。【０００４】
一方、多種類の遺伝子の発現を同時に解析するためのツールとして、ＤＮＡマイクロ・アレイ（ＤＮＡチップ）が知られており、これらを使用した遺伝子解析結果から、糖尿病を診断しようという試みも知られている。【０００５】
特許文献１には、ＤＮＡマイクロ・アレイやＤＮＡチップで遺伝子の発現データを得、それらのデータを多変量解析することにより、異なる２条件間で発現が有意に異なる複数の遺伝子を選抜することや、そのようにして選抜された複数の遺伝子の発現データから、ある疾患に罹患しているか否か、又は、治療によって疾患が改善しているか否かを判断する方法が記載されている。【０００６】
特許文献１の実施例１には、糖尿病治療薬であるメトホルミンを投与したことによる、糖尿病モデルマウスの肝臓における遺伝子発現の変動の解析結果が記載されており、メトホルミンの薬効と相関した発現変動を示す遺伝子として、２５プローブ（２３遺伝子）が特定されている。また、実施例４には、代謝パスウェイ単位でメトホルミン投与によって影響を受ける遺伝子群の探索を行った結果、１２のパスウェイにおいて、各パスウェイに属する遺伝子群の発現が影響を受けたことが記載されている。実施例４も、検体は糖尿病モデルマウスの肝臓である。さらに、実施例５には、前記１２のパスウェイ中の複数のパスウェイに含まれるＡＬＤＨ２遺伝子に着目し、統計的手法での解析結果に基づき、この遺伝子がメトホルミンの薬効と相関した発現変動が顕著な重要な遺伝子であると推測している。【０００７】
前掲のように、特許文献１に記載された実施例は、すべて糖尿病モデルモマウスの肝臓を用いて行われたものである。特許文献１に記載の発明中ヒトに関連する発明は、マウスのデータをそのままヒトに置き換えることができるという前提が成立して初めて成り立つのであるが、この前提の正否は全く検証されていない。このように、特許文献１において特定されている遺伝子は、ヒトの糖尿病の検査に有用であるか否かが明らかではない。【０００８】
特許文献２及び３には、白血球における所定遺伝子の発現解析によって２型糖尿病を診断する方法が記載されている。また、２型糖尿病の診断に有用な遺伝子も開示されている。しかし、その実施例には、２型糖尿病に類似した症状を示す自然発症糖尿病モデル動物であるＯＬＥＴＦラットと、糖尿病を発症しないコントロール動物であるＬＥＴＯラットを用いた実験方法及び結果が記載されているのみである。特許文献２には、ラットの白血球、肝臓及び筋肉における遺伝子発現レベルを解析した結果、ＯＬＥＴＦラットとＬＥＴＯラットにおいて、ＣＡＰＮ１０遺伝子とＩＲＳ−１遺伝子の発現に有意差が見られた旨が記載されており、また、特許文献３においては、ラットの白血球における遺伝子発現レベルをｃＤＮＡマイクロ・アレイを用いて網羅的に解析するという手法によって２型糖尿病の診断に有用な遺伝子として選択されたものが、ヒトの２型糖尿病の診断に有用な遺伝子として特定されている。【０００９】
しかし、特許文献２の場合も特許文献３の場合も、実施例はすべてモデル動物から得られた試料を用いた実験に関するものであり、従って、得られたデータが真にヒトの糖尿病を代表するという保証はなく、又その検証もされていない。【００１０】
さらに、特許文献３の段落番号０１６４には、ここで使用したマイクロ・アレイにスポットされている遺伝子は糖尿病診断に最適化されたものではない旨が記載されている。従って、段落番号０１６４には「今回見出された遺伝子は糖尿病遺伝子発現診断用により最適化されたマイクロ・アレイを構築するための候補遺伝子として使用することができる」旨の記載もあるが、逆に、ここで使用したマイクロ・アレイにスポットされていない遺伝子に糖尿病診断に適するものが存在する可能性を示唆しているともいえる。【００１１】
上記の如く、特許文献１乃至３では、モデル動物を用いた実験によって得られたデータに基づき、ヒトの糖尿病の診断等に有用な遺伝子を特定している。ラットの遺伝子はヒトの遺伝子に似ていると言われてはいるが、その機能のヒトとの同一性、パスウェイ内での挙動のヒトとの同一性は、保証されていないと考えるのが妥当である。ヒトに適用される診断マーカー遺伝子は、ヒトの患者における遺伝子の発現を調べてはじめて確定されるべきものである。【００１２】
【特許文献１】特開２００５−３２３５７３
【特許文献２】国際公開ＷＯ２００４／０４０３０１
【特許文献３】特開２００５−２５３４３４
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１３】
糖尿病の主要病態である高血糖、肥満及びインスリン抵抗性は、酸化ストレスを引き起こすことが知られている。また、糖尿病患者においては、肝臓、脂肪組織及び骨格筋をはじめとする臓器が、サイトカインやホルモン等の生理活性物質、及び糖、脂肪酸等の栄養物を産生・分泌し、これらの因子を介したネットワークにより全身の病態が形成されている可能性があることが、種々の証拠によって次々と示されてきている。そこで、本発明者等は、このような酸化ストレス、生理活性物質、栄養物にさらされて、遺伝子発現をダイナミックに変化させている組織における遺伝子発現を解析すれば、糖尿病を初めとする種々の疾病と遺伝子発現の変動との関係に関する知見を得られると考えた。そして、そのような組織として、白血球に着目した。【００１４】
また、疾病の研究において、モデル動物を用いた研究はもちろん重要であるが、モデル動物で得られた知見がヒトには当てはまらない場合も多い。従って、検体としてヒトの白血球を用い、疾病と遺伝子発現の変動との関係を明らかにすることが必要であると考えた。【００１５】
本発明の目的は、ヒト白血球に由来するある遺伝子又は遺伝子群（例えば特定のパスウェイに属する遺伝子群）の発現プロファイルを得ることにより、（１）被験者が糖尿病患者又はその予備軍であるか否か、又は（２）２型糖尿病患者における治療効果の有無を判定する方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【００１６】
本発明者は、上記課題を解決するために鋭意検討し、本発明を完成させた。【００１７】
即ち第一の発明（その１）は、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定する方法であって、
(ａ)被験者ｘに由来するヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｘを得る工程、
（ｂ）工程（ａ）で得られた発現プロファイルｘを、非糖尿病の被験者ｙに由来するヒト白血球における遺伝子群又はその同等物中の工程（ａ）と同一の特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｙと比較する工程、及び
（ｃ）工程（ｂ）で、発現プロファイルｘが発現プロファイルｙと有意に異なる場合に、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であると判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、下記（Ａ−１）乃至（Ａ−５０）の遺伝子群に含まれていることを特徴とする方法に関する：
（Ａ−１）仮想タンパク質ＬＯＣ５４１０３（登録番号：ＡＬ０７９２７７）
（Ａ−２）ロイシンリッチ繰返し神経単位３（登録番号：ＡＢ０６０９６７）
（Ａ−３）１３キロダルトンの分化関連タンパク質（登録番号：ＢＣ００５９３６）
（Ａ−４）エモパミル結合関連タンパク質，Δ８−Δ７ステロールイソメラーゼ関連タンパク質（登録番号：ＡＦ２４３４３３）
（Ａ−５）グリコシルトランスフェラーゼＡＤ−０１７（登録番号：ＮＭ＿０１８４４６）
（Ａ−６）過酸化レドキシン３（登録番号：ＮＭ＿００６７９３）
（Ａ−７）ＩｇＥのＦｃフラグメント，高親和性Ｉ，α−ポリペプチドの受容体（登録番号：ＮＭ＿００２００１）
（Ａ−８）シグナルペプチダーゼ１２キロダルトン（登録番号：ＥＮＳＧ０００００１１４９０２）
（Ａ−９）オクタマー結合含有非ＰＯＵドメイン（登録番号：Ｌ３２５５８）
（Ａ−１０）ＮＰ２２０核タンパク質（登録番号：ＡＦ２７３０４９）
（Ａ−１１）仮想タンパク質ＦＬＪ１０６５２（登録番号：ＮＭ＿０１８１６９）
（Ａ−１２）クロモゾーム１４のオープンリーディングフレーム１０９（登録番号：ＡＬ０８０１１８）
（Ａ−１３）アポトーシス関連タンパク質３（登録番号：ＮＭ＿００４６３２）
（Ａ−１４）ＡＵＴ様１システインエンドペプチダーゼ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（登録番号：ＥＮＳＧ０００００１２５７０３）
（Ａ−１５）組換えタンパク質ＲＥＣ１４（登録番号：ＡＦ３０９５５３）
（Ａ−１６）エステラーゼＤ／ホルミルグルタチオンヒドロラーゼ（登録番号：ＡＦ１１２２１９）
（Ａ−１７）膜貫通タンパク質１４Ｂ（登録番号：ＮＭ＿０３０９６９）
（Ａ−１８）Ｍｙｃ関連タンパク質（登録番号：ＡＦ０８３２４４）
（Ａ−１９）真核細胞の翻訳開始因子（ｅｌＦ）２Ａ（登録番号：ＡＦ２１２２４１）
（Ａ−２０）Ｂ細胞リンカー（登録番号：ＥＮＳＧ００００００９５５８５）
（Ａ−２１）リンパ球抗原８６（登録番号：ＮＭ＿００４２７１）
（Ａ−２２）リンゴ酸デヒドロゲナーゼ１，ＮＡＤ（可溶性）（登録番号：ＥＮＳＧ００００００１４６４１）
（Ａ−２３）推定される膜タンパク質（登録番号：ＡＦ０７０６２６）
（Ａ−２４）Ｅ１Ａで誘導された遺伝子の細胞性リプレッサ（登録番号：ＮＭ＿００３８５１）
（Ａ−２５）エクスポーチン１（ＣＲＭ１ホモログ，酵母）（登録番号：ＮＭ＿００３４００）
（Ａ−２６）グルタミルプロリルｔＲＮＡシンセターゼ（登録番号：ＮＭ_００４４４６）
（Ａ−２７）ソーティングネキシン１３（登録番号：ＡＬ３５３９４３）
（Ａ−２８）仮想ＤＫＦＺｐ４５１Ｊ１７１９（登録番号：ＡＦ１１６６０８）
（Ａ−２９）ＡＣＮ９ホモログ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）（登録番号：ＡＦ２０１９３３）
（Ａ−３０）アナプラスチックリンフォーマキナーゼ（Ｋｉ−１）（登録番号：Ｄ４５９１５）
（Ａ−３１）中心体タンパク質１（登録番号：ＮＭ＿００７０１８）
（Ａ−３２）リガチン（登録番号：ＡＦ２２０４１７）
（Ａ−３３）エイティーピーアーゼ，水素輸送，リソソーム付属タンパク質２（登録番号：ＡＦ２４８９６６）
（Ａ−３４）膜内タンパク質，ミトコンドリア性（ミトフィリン）（登録番号：ＮＭ＿００６８３９）
（Ａ−３５）タンパク質チロシンフォスファターゼ，非受容体タイプ１２（登録番号：ＮＭ＿００２８３５）
（Ａ−３６）ピルビン酸デヒドロゲナーゼ（リポアミド）β（登録番号：Ｍ３４４７９）
（Ａ−３７）ｕｎｃ−５０ホモログ（Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ）（登録番号：ＡＦ０７７０３８）
（Ａ−３８）仮想タンパク質ＦＬＪ２０００３（登録番号：ＮＭ＿０１７６１５）
（Ａ−３９）仮想タンパク質ＫＩＡＡ１１０９（登録番号：ＡＢ０２９０３２）
（Ａ−４０）タビー様タンパク質３（登録番号：ＮＭ＿００３３２４）
（Ａ−４１）二重特異性ホスファターゼ５（登録番号：ＮＭ＿００４４１９）
（Ａ−４２）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ７（登録番号：ＢＣ００５３６５）
（Ａ−４３）Ｂ細胞抑制因子α中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の核因子（登録番号：ＮＭ＿０２０５２９）
（Ａ−４４）ぞうげ質マトリクス酸性リンタンパク質（登録番号：ＮＭ＿００４４０７）
（Ａ−４５）クルッペル様因子５（腸）（登録番号：ＮＭ＿００１７３０）
（Ａ−４６）イヅロネート２−スルファターゼ（ハンター症候群）（登録番号：ＮＭ＿００６１２３）
（Ａ−４７）ＣＤ８３抗原（活性化されたＢリンパ球，免疫グロブリンのスーパーファミリー）（登録番号：ＮＭ＿００４２３３）
（Ａ−４８）リングフィンガータンパク質１２１（登録番号：ＮＭ＿０１８３２０）
（Ａ−４９）コアプロモーター因子結合タンパク質（登録番号：ＮＭ＿００１３００）及び
（Ａ−５０）血清／糖質コルチコイドで調節されたキナーゼ（登録番号：ＮＭ＿００５６２７）。【００１８】
第一の発明（その２）は、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定する方法であって、
(ａ)被験者ｘに由来するヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｘを得る工程、
（ｂ）工程（ａ）で得られた発現プロファイルｘを、非糖尿病の被験者ｙに由来するヒト白血球における遺伝子群又はその同等物中の工程（ａ）と同一の特定の遺伝子又は遺伝子群についての発現プロファイルｙと比較する工程、及び
（ｃ）工程（ｂ）で、発現プロファイルｘが発現プロファイルｙと有意に異なる場合に、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であると判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群（以下、「ＭＡＰＫ遺伝子群」ということがある）に含まれていることを特徴とする方法に関する。【００１９】
ＭＡＰＫ遺伝子群に属する遺伝子とは、当技術分野においてＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイに属する遺伝子とｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子のすべてを包含する。【００２０】
第一の発明（その２）の実施に際して使用する前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（登録商標）においてＭＡＰＫ遺伝子群に属するとして特定されている遺伝子中、表７に記載の８２種の遺伝子群から選択してもよい。【００２１】
第一の方法（その２）の実施に際して使用する前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒにおいてＭＡＰＫ遺伝子群に属するとして特定されている遺伝子中の下記（Ｂ−１）乃至（Ｂ−３１）の遺伝子群から選択してもよい：
（Ｂ−１）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ６（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ  １５５２６３１＿ａ＿ａｔ）
（Ｂ−２）リボソームタンパク質Ｓ６キナーゼ，９０キロダルトン，ポリペプチド２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５７９７０＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−３）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６５１３０＿ａｔ）
（Ｂ−４）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１４６０＿ａｔ）
（Ｂ−５）ｖ−ｊｕｎ肉腫ウイルス１７癌遺伝子ホモログ（鳥類）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１４６４＿ｘ＿ａｔ）
（Ｂ−６）Ｂ細胞抑制因子α中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の核因子（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１５０２＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−７）ｖ−ｒａｆネズミ肉腫３６１１ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１８９５＿ａｔ）
（Ｂ−８）Ｒａｐグアニンヌクレオチド交換因子（ＧＥＦ）２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３０９６＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−９）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３５１４＿ａｔ）
（Ｂ−１０）ＥＬＫ１，ＥＴＳ癌遺伝子ファミリーのメンバー（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３６１７＿ｘ＿ａｔ ）
（Ｂ−１１）ＣＣＡＡＴ／増強剤結合タンパク質（Ｃ／ＥＢＰ），α（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４０３９＿ａｔ）
（Ｂ−１２）ＴＮＦ受容体関連因子２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４４１３＿ａｔ）
（Ｂ−１３）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ４（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４７０７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−１４）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ５（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４７５６＿ａｔ）
（Ｂ−１５）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ１４（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０５１９２＿ａｔ）
（Ｂ−１６）ｖ−ｒａｆネズミ肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログＢ１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０６０４４＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−１７）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ１０（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０６３６２＿ｘ＿ａｔ）
（Ｂ−１８）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ６（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０７１２１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−１９）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０７６６７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−２０）ＭＡＤＳボックス転写増強剤因子２，ポリペプチドＡ（ミオサイト増強剤因子２Ａ）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０８３２８＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−２１）ｖ−ｆｏｓＦＢＪネズミ骨肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９１８９＿ａｔ）
（Ｂ−２２）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ７（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９９５１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−２３）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ１３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１００５８＿ａｔ）
（Ｂ−２４）ｖ−Ｈａ−ｒａｓハーベイラット肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１２９８３＿ａｔ）
（Ｂ−２５）成長因子受容体結合タンパク質２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１５０７５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−２６）ＭＡＰキナーゼ相互作用セリン／トレオニンキナーゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８２０５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｂ−２７）細胞分裂サイクル４２（ＧＴＰ結合タンパク質，２５キロダルトン）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５６９３１＿ａｔ）
（Ｂ−２８）ホスフォリパーゼＡ２，ＶＩ群（細胞質ゾル，カルシウム非依存性）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４６９１＿ｘ＿ａｔ）
（Ｂ−２９）ＤＮＡ損傷誘導性転写３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９３８３＿ａｔ）
（Ｂ−３０）早期成長応答１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１６９３＿ｓ＿ａｔ）及び
（Ｂ−３１）神経成長因子，βポリペプチド（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０６８１４＿ａｔ）。【００２２】
第一の発明（その３）は、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定する方法であって、
(ａ)被験者ｘに由来するヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｘを得る工程、
（ｂ）工程（ａ）で得られた発現プロファイルｘを、非糖尿病の被験者ｙに由来するヒト白血球における遺伝子群又はその同等物中の工程（ａ）と同一の特定の遺伝子又は遺伝子群についての発現プロファイルｙと比較する工程、及び
（ｃ）工程（ｂ）で、発現プロファイルｘが発現プロファイルｙと有意に異なる場合に、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であると判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ユビキノン生合成系及びＡＴＰ合成系に属する遺伝子群（以下、「ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群」ということがある）に含まれていることを特徴とする方法に関する。【００２３】
ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群に属する遺伝子とは、当技術分野においてユビキノン生合成系に属する遺伝子とＡＴＰ合成系に属する遺伝子のすべてを包含する。【００２４】
第一の発明（その３）の実施に際して使用する前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（登録商標）においてＯＸＰＨＯＳ遺伝子群に属するとして特定されている遺伝子中、表８に記載の７０種の遺伝子群から選択してもよい。【００２５】
第一の発明（その３）の実施に際して使用する前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒにおいてＯＸＰＨＯＳ遺伝子群に属するとして特定されている遺伝子中の下記（Ｃ−１）乃至（Ｃ−４２）の遺伝子群から選択してもよい：
（Ｃ−１）無機ピロホスファターゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５４４９９＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−２）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Ｆｅ−Ｓタンパク質４，１８キロダルトン（ＮＡＤＨコエンザイムＱリダクターゼ）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５５０５７＿ａｔ）
（Ｃ−３）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｄ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５５９９８＿ａｔ）
（Ｃ−４）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ１複合体，Ｏサブユニット（オリゴマイシン感受性付与タンパク質）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６４４８２＿ａｔ）
（Ｃ−５）ＢＣＬ２様１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６９０６７＿ａｔ）
（Ｃ−６）１含有ＴａｔＤ  ディーエヌアーゼドメイン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６９２３０＿ａｔ）
（Ｃ−７）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ１複合体，αサブユニット，イソフォーム１，心筋（オリゴマイシン感受性付与タンパク質）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６９８９１＿at）
（Ｃ−８）ＡＴＰアーゼ，水素輸送，リソソーム９キロダルトン，Ｖ０サブユニットｅ／／／ＡＴＰアーゼ，水素輸送，リソソーム９キロダルトン，Ｖ０サブユニットｅ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０００９６＿s＿at）
（Ｃ−９）スーパーオキシドディスムーターゼ１，可溶性（アミオトロフィック・ラテラル・スクレロシス１（大人））（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２００６４２＿ａｔ）
（Ｃ−１０）ユビキノール−チトクロームｃリダクターゼコアタンパク質ＩＩ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２００８８３＿ａｔ）
（Ｃ−１１）チトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶＩａポリペプチド１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２００９２５＿ａｔ）
（Ｃ−１２）チトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶＩＩｃ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１１３４＿ｘ＿ａｔ）
（Ｃ−１３）チトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶＩｃ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１７５４＿ａｔ）
（Ｃ−１４）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Ｆｅ−Ｓタンパク質２，４９キロダルトン（ＮＡＤＨコエンザイムＱリダクターゼ）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１９６６＿ａｔ）
（Ｃ−１５）ユビキノール−チトクロームｃリダクターゼヒンジタンパク質（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２２３３＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−１６）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットＦ６（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２３２５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−１７）ＡＴＰアーゼ，水素輸送，リソソーム４２キロダルトン，Ｖ１サブユニットＣ，イソフォーム１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２８７２＿ａｔ）
（Ｃ−１８）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１βサブコンプレックス，３，１２キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３３７１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−１９）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１，サブコンプレックス不明，１，６キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３４７８＿ａｔ）
（Ｃ−２０）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１βサブコンプレックス，５，１６キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３６２１＿ａｔ）
（Ｃ−２１）チトクロームｃオキシダーゼサブユニットＶａ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３６６３＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−２２）ＣＯＸ１０ホモログ，チトクロームｃオキシダーゼアッセンブリータンパク質，ヘムＡ：ファーネシルトランスフェラーゼ（酵母）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３８５８＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−２３）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１αサブコンプレックス，アッセンブリー因子１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４１２５＿ａｔ）
（Ｃ−２４）プログラムされた細胞死８（アポトーシス誘導因子）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０５５１２＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−２５）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ１複合体，γポリペプチド１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０５７１１＿ｘ＿ａｔ）
（Ｃ−２６）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｃ（サブユニット９）イソフォーム３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０７５０７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−２７）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｃ（サブユニット９）イソフォーム２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０７５５２＿ａｔ）
（Ｃ−２８）ＡＴＰアーゼ，水素輸送，リソソーム３４キロダルトン，Ｖ１サブユニットＤ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０８８９８＿ａｔ）
（Ｃ−２９）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｃ（サブユニット９）イソフォーム１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０８９７２＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３０）非カップリングタンパク質２（ミトコンドリア，プロトンキャリア）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０８９９７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３１）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Ｆｅ−Ｓタンパク質７，２０キロダルトン（ＮＡＤＨコエンザイムＱリダクターゼ）／／／ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Ｆｅ−Ｓタンパク質７，２０キロダルトン（ＮＡＤＨコエンザイムＱリダクターゼ）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１１７５２＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３２）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｂ，イソフォーム１／／／ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｂ，イソフォーム１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１１７５５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３３）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ１複合体，Ｏサブユニット（オリゴマイシン感受性付与タンパク質）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１６９５４＿ｘ＿ａｔ）
（Ｃ−３４）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ１複合体，εサブユニット（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１７８０１＿ａｔ）
（Ｃ−３５）ピロホスファターゼ（無機）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１７８４８＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３６）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１，サブコンプレックス不明，２，１４．５キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８１０１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３７）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１  αサブコンプレックス，８，１９キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８１６０＿ａｔ）
（Ｃ−３８）ユビキノール−チトクロームｃリダクターゼ複合体（７．２キロダルトン）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８１９０＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−３９）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１，βサブコンプレックス，２，８キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８２００＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−４０）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１，βサブコンプレックス，４，１５キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８２２６＿ｓ＿ａｔ）
（Ｃ−４１）無機ピロホスファターゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２２０７４１＿ｓ＿ａｔ）及び
（Ｃ−４２）ＫＩＡＡ１３８７タンパク質／／／ＫＩＡＡ１３８７タンパク質（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２２４４７４＿ｘ＿ａｔ）。【００２６】
第二の発明（その１）は、２型糖尿病患者における治療効果の有無を判定する方法であって、
（Ａ）被験糖尿病患者の治療開始前と治療開始後に採取したヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルを得る工程、
（Ｂ）工程（Ａ）で測定された治療開始前の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと治療開始後の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルとを比較する工程、及び
（Ｃ）治療開始後の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルが治療開始前の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと有意に異なり、糖尿病であることを示す発現プロファイルの特徴が消失又は低減した場合に治療効果があったと判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、下記（Ｄ−１）乃至（Ｄ−５０）の遺伝子群に含まれていることを特徴とする方法に関する：
（Ｄ−１）フォークヘッドボックスＰ１（登録番号：ＮＭ＿０１６４７７）
（Ｄ−２）ＣＤ２４抗原（小細胞肺癌クラスター４抗原）（登録番号：ＮＭ＿０１３２３０）
（Ｄ−３）リボソームタンパク質Ｌ２９（登録番号：ＮＭ＿０００９９２）
（Ｄ−４）真核細胞翻訳延長因子１Δ（グアニンヌクレオチド交換タンパク質）（登録番号：ＮＭ＿０３２３７８）
（Ｄ−５）ＥＬＫ３，ＥＴＳ−ドメインタンパク質（ＳＲＦ付属タンパク質２）（登録番号：ＮＭ＿００５２３０）
（Ｄ−６）核受容体サブファミリー３，Ｃ群，メンバー１（糖質コルチコイド受容体）（登録番号：ＮＭ＿０００１７６）
（Ｄ−７）ニューロテンシン受容体１（高親和性）（登録番号：ＮＭ＿００２５３１）
（Ｄ−８）内在性膜タンパク質２Ａ（登録番号：ＮＭ＿００４８６７）
（Ｄ−９）真正小歯ホモログ２（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）（登録番号：ＮＭ＿０２１７２８）
（Ｄ−１０）エステラーゼ２Ａ（登録番号：ＮＭ＿０３３４４０）
（Ｄ−１１）外部ミトコンドリア膜トランスロカーゼ２２ホモログ（酵母）（登録番号：ＮＭ＿０２０２４３）
（Ｄ−１２）エンドスルフィンα（登録番号：ＮＭ＿００４４３６）
（Ｄ−１３）ＣＤ２２６抗原（登録番号：ＮＭ＿００６５６６）
（Ｄ−１４）一時受容体ポテンシャル陽イオンチャンネル，サブファミリーＶ，メンバー４（登録番号：ＮＭ＿０２１６２５）
（Ｄ−１５）ＡＤＰ−リボシレーション因子相互作用タンパク質２（アーファプチン２）（登録番号：ＮＭ＿０１２４０２）
（Ｄ−１６）ブラジキニン受容体Ｂ２（登録番号：ＮＭ＿０００６２３）
（Ｄ−１７）リボソームタンパク質Ｓ３（登録番号：ＮＭ＿００１００５）
（Ｄ−１８）コンタクチン関連タンパク質様２（登録番号：ＮＭ＿０１４１４１）
（Ｄ−１９）ミオシン，光ポリペプチドキナーゼ（登録番号：ＮＭ＿００５９６５）
（Ｄ−２０）ジペプチダーゼ１（腎性）（登録番号：ＮＭ＿００４４１３）
（Ｄ−２１）卵黄黄斑ジストロフィー（ベスト病，ｂｅｓｔｒｏｐｈｉｎ）（登録番号：ＡＦ０５７１７０）
（Ｄ−２２）ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド５（登録番号：ＮＭ＿００２９８５）
（Ｄ−２３）１−アシルグリセロール−３−ホスフェート  Ｏ−アシルトランスフェラーゼ１（リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼα）（登録番号：ＮＭ＿０３２７４１）
（Ｄ−２４）ジンクフィンガータンパク質，サブファミリー１Ａ，４（Ｅｏｓ）（登録番号：ＮＭ＿０２２４６５）
（Ｄ−２５）ベンゾジアゼピン受容体（周囲）（登録番号：ＮＭ＿０００７１４）
（Ｄ−２６）ＫＩＡＡ０１７４遺伝子産物（登録番号：ＮＭ＿０１４７６１）
（Ｄ−２７）死亡率因子４様２（登録番号：ＮＭ＿０１２２８６）
（Ｄ−２８）セリン（又はシステイン）プロテイナーゼ阻害因子，クレードＢ（オボアルブミン），メンバー１３（登録番号：ＮＭ＿０１２３９７）
（Ｄ−２９）ＩＫサイトカイン，ＨＬＡ  ＩＩのダウンレギュレーター（登録番号：ＡＬ０５０２９６）
（Ｄ−３０）リポ多糖誘導ＴＮＦ因子（登録番号：ＮＭ＿００４８６２）
（Ｄ−３１）ＡＲＦ結合タンパク質１含有ゴルジ関連γアダプチンイーヤ（登録番号：ＮＭ＿０１３３６５）
（Ｄ−３２）一時受容体ポテンシャル陽イオンチャンネル，サブファミリーＭ，メンバー５（登録番号：ＮＭ＿０１４５５５）
（Ｄ−３３）高移動性群ヌクレオソーム結合ドメイン１（登録番号：ＮＭ＿００４９６５）
（Ｄ−３４）サイクリンＴ１（登録番号：ＮＭ＿００１２４０）
（Ｄ−３５）ｖ−ｍａｆ筋腱膜繊維肉腫癌遺伝子ホモログ（鳥類）（登録番号：ＮＭ＿００５３６０）
（Ｄ−３６）配列相同性１８，メンバーＢを伴うファミリー（登録番号：ＡＦ２２３４６７）
（Ｄ−３７）ＤＮＡ結合２の阻害因子，優性陰性ヘリックス−ループ−ヘリックスタンパク質（登録番号：ＮＭ＿００２１６６）
（Ｄ−３８）ＴＡＦ１１  ＲＮＡポリメラーゼＩＩ，ＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）関連因子，２８キロダルトン（登録番号：ＥＮＳＧ００００００６４９９５）
（Ｄ−３９）カドヘリン１１，２型，ＯＢ−カドヘリン（骨芽細胞）（登録番号：Ｄ２１２５５）
（Ｄ−４０）甲状腺ホルモン受容体，α（赤芽球症白血病ウイルス（ｖ−ｅｒｂ−ａ）癌遺伝子ホモログ，鳥類）（登録番号：Ｘ５５００５）
（Ｄ−４１）ジンクフィンガータンパク質１６０（登録番号：Ｘ７８９２８）
（Ｄ−４２）ホスフォリパーゼＡ２，Ｘ群（登録番号：ＥＮＳＧ００００００６９７６４）
（Ｄ−４３）仮想タンパク質ＦＬＪ２３１２０（登録番号：ＡＫ０２６７７３）
（Ｄ−４４）ホスフォイノシチド−３−キナーゼ，クラス２，γポリペプチド（登録番号：ＡＪ０００００８）
（Ｄ−４５）仮想タンパク質ＩＭＡＧＥ：４２１５３３９（登録番号：ＡＣ００５３２８）
（Ｄ−４６）カテプシンＥ（登録番号：ＡＪ２５０７１６）
（Ｄ−４７）ケモカイン（Ｃモチーフ）受容体１（登録番号：ＮＭ＿００５２８３）
（Ｄ−４８）細胞分裂のデディケーター９（登録番号：ＥＮＳＧ００００００８８３８７）
（Ｄ−４９）リングフィンガータンパク質３９（登録番号：ＡＦ２３８３１７）及び
（Ｄ−５０）クロモゾーム１７オープンリーディングフレーム２８（登録番号：ＡＬ１３７５５６）。【００２７】
第二の発明（その２）は、２型糖尿病患者における治療効果の有無を判定する方法であって、
（Ａ）被験糖尿病患者の治療開始前と治療開始後に採取したヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルを得る工程、
（Ｂ）工程（Ａ）で測定された治療開始前の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと治療開始後の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルとを比較する工程、及び
（Ｃ）治療開始後の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルが治療開始前の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと有意に異なり、糖尿病であることを示す発現プロファイルの特徴が消失又は低減した場合に治療効果があったと判定する工程
を含み、ここにおいて、前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群（以下、「ＭＡＰＫ遺伝子群」ということがある）に含まれていることを特徴とする方法に関する。【００２８】
第二の発明（その２）の実施に際して使用する前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（登録商標）においてＭＡＰＫ遺伝子群に属するとして特定されている遺伝子中、表７に記載の８２種の遺伝子群から選択してもよい。【００２９】
第二の発明（その３）の実施に際して使用する前記特定の遺伝子又は遺伝子群は、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒにおいてＭＡＰＫ遺伝子群に属するとして特定されている遺伝子中の下記（Ｅ−１）乃至（Ｅ−２９）の遺伝子群から選択してもよい：
（Ｅ−１）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ１１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５８９８４＿ａｔ）
（Ｅ−２）ＣＲＥＢ結合タンパク質（ルビンシュタイン−タイビ症候群）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５５９２９５＿ａｔ）
（Ｅ−３）ｐ２１／Ｃｄｃ４２／Ｒａｃ１活性化キナーゼ１（ＳＴＥ２０ホモログ，酵母）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １５６５７７２＿ａｔ）
（Ｅ−４）ＴＮＦＲＳＦ１Ａ関連ビアデスドメイン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ １７２９＿ａｔ）
（Ｅ−５）転写１のシグナルトランスデユーサー及びアクチベーター，９１キロダルトン（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２００８８７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−６）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１４６０＿ａｔ）
（Ｅ−７）ｖ−ｊｕｎ肉腫ウイルス１７癌遺伝子ホモログ（鳥類）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１４６４＿ｘ＿ａｔ）
（Ｅ−８）ｖ−ｒａｆネズミ肉腫３６１１ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０１８９５＿ａｔ）
（Ｅ−９）ｖ−ｍｙｃ骨髄球腫症ウイルス性癌遺伝子ホモログ（鳥類）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２４３１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−１０）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２７８７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−１１）変換成長因子，β１（カムラチ−エンゲルマン病）（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３０８４＿ａｔ）
（Ｅ−１２）Ｒａｐグアニンヌクレオチド交換因子（ＧＥＦ）２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３０９７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−１３）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ４（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３２６５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−１４）リボソームタンパク質Ｓ６キナーゼ，９０キロダルトン，ポリペプチド１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３３７９＿ａｔ）
（Ｅ−１５）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３５１４＿ａｔ）
（Ｅ−１６）ＥＬＫ１，ＥＴＳ癌遺伝子ファミリーのメンバー（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０３６１７＿ｘ＿ａｔ）
（Ｅ−１７）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ４（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４７０７＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−１８）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ１０（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０４８１３＿ａｔ）
（Ｅ−１９）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ１０（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０６３６２＿ｘ＿ａｔ）
（Ｅ−２０）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ７（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０７２９２＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−２１）ｖ−ｆｏｓＦＢＪネズミ骨肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９１８９＿ａｔ）
（Ｅ−２２）Ｂ細胞中のΚ光ペプチド遺伝子増強剤の抑制剤，キナーゼβ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９３４１＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−２３）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼ１３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１００５８＿ａｔ）
（Ｅ−２４）ｖ−Ｈａ−ｒａｓハーベイラット肉腫ウイルス性癌遺伝子ホモログ（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１２９８３＿ａｔ）
（Ｅ−２５）成長因子受容体結合タンパク質２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１５０７５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−２６）ＭＡＰキナーゼ相互作用セリン／トレオニンキナーゼ２（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２１８２０５＿ｓ＿ａｔ）
（Ｅ−２７）高移動性群ヌクレオソーム結合ドメイン１（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２００９４３＿ａｔ）
（Ｅ−２８）ＤＮＡ損傷誘導性転写３（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０９３８３＿ａｔ）及び
（Ｅ−２９）グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質），ｑポリペプチド（登録番号：Ａｆｆ． ＩＤ ２０２６１５＿ａｔ）。【００３０】
本件明細書等において、「登録番号」とは、ＧｅｎＢａｎｋの登録番号、Ｅｎｓｅｍｂｌｅデータベース登録番号、アフィメトリクス（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）のＩＤ番号等の、遺伝子を特定するために一般的に使用されている符号、番号、それらの組合せをいう。これらの符号、番号等により、各遺伝子の塩基配列が登録されている。
【発明の効果】
【００３１】
本発明により、ヒト白血球を用いて、被験者が糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定する方法と、２型糖尿病患者における治療効果の有無を判定する方法とが提供される。ヒト白血球は、末梢血中に含有されており、採血という容易に行い得る手段で入手できるので、本発明により、被験者は、採血という小さな負担のみで、糖尿病に罹患しているか否か、治療効果が上がっているか否か、予後はどのようになるのかといった判定を受けることが可能となる。
【図面の簡単な説明】
【００３２】
【図１】表３に示された５０種の遺伝子について、糖尿病患者検体と健常者検体における発現量を測定したマイクロ・チップをスキャンし数値化した結果を示す写真である。
【図２】表５に示された５０種の遺伝子について、糖尿病の治療前後の検体における発現量を測定したマイクロ・チップをスキャンし数値化した結果を示す写真である。
【図３】ＭＡＰキナーゼ経路に属する遺伝子それぞれの、糖尿病患者検体の発現量と健常者検体の発現量との有意差の有無を示す図である。
【図４】ＭＡＰキナーゼ経路に属する遺伝子それぞれの、糖尿病の治療（血糖コントロール）前後における発現量の有意差の有無を示す図である。
【図５】ミトコンドリアＯＸＰＨＯＳ経路に属する遺伝子それぞれの、糖尿病患者検体の発現量と健常者検体の発現量との有意差の有無を示す図である。
【図６】ミトコンドリアＯＸＰＨＯＳ経路に属する遺伝子それぞれの、糖尿病の治療（血糖コントロール）前後における発現量の有意差の有無を示す図である。
【図７】症例（糖尿病患者、健常者、治療前の糖尿病患者及び治療後の糖尿病患者）ごとの、ＭＡＰＫ平均セントロイドとＯＸＰＨＯＳ平均セントロイドとを示すグラフである。
【図８】検体ごとのＭＡＰＫ平均セントロイドと血中グリコヘモグロビン量（％）とをプロットしたグラフである。
【図９】検体ごとのＯＸＰＨＯＳ平均セントロイドと血中グリコヘモグロビン量（％）とをプロットしたグラフである。
【図１０】ＭＡＰキナーゼ経路に属する３７種の遺伝子について、糖尿病患者検体と健常者検体における発現量を測定したマイクロ・チップをスキャンし数値化した結果を示す写真である。
【図１１】ＭＡＰキナーゼ経路に属する４０種の遺伝子について、糖尿病の治療前後の検体における発現量を測定したマイクロ・チップをスキャンし数値化した結果を示す写真である。
【図１２】ミトコンドリアＯＸＰＨＯＳ経路に属する４９種の遺伝子について、糖尿病患者検体と健常者検体における発現量を測定したマイクロ・チップをスキャンし数値化した結果を示す写真である。
【発明を実施するための最良の形態】
【００３３】
以下に、本発明を、その実施のための最良の形態に基づいて説明する。【００３４】
本発明においては、ヒト白血球由来のＲＮＡが、発現量、発現強度、発現頻度等を測定される対象である。白血球には、好中球、好酸球、好塩基球、リンパ球及び単球が含まれる。【００３５】
血液からの白血球ＲＮＡの採取方法は、特に限定されないが、例えば、フィコール比重遠心法や、次の方法がある。パクスジーンＲＮＡ採血管（日本ベクトン・ディッキンソン株式会社製）に血液を採った後、製造者の指示するプロトコールに従い、白血球を分離することなしに直接ＲＮＡを入手することができる。また、全血をフィコール比重遠心法で処理して白血球を濃縮した後、ＲＮＡ抽出を行う。【００３６】
本発明においては、ヒト白血球に由来する遺伝子群又はその同等物中の、特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルを得て、各種判定を行う。ここで、「ヒト白血球に由来する遺伝子群の同等物」とは、第一の発明において非糖尿病の被験者（好ましくは健常者）の白血球に由来する遺伝子群の代わりに、使用することができるものであり、具体的には、例えば、健常者のｍＲＮＡと同等の組成を有する人工ＲＮＡの混合物である。また、「遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイル」とは、遺伝子の発現レベルに関する情報をいう。従って、遺伝子の発現量そのもの、発現強度、発現頻度、２種以上の遺伝子群の全体としての発現挙動（例えば、複数の遺伝子群の発現強度を特定の式に代入して計算した値から判定したり、複数の遺伝子群の発現強度を示す画像から判定する）、２種以上の遺伝子群の発現比率等の、遺伝子の発現状態を判定できる情報すべてを包含する。【００３７】
「遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイル」を得るために、通常は、遺伝子の転写産物（ｍＲＮＡ）や翻訳産物（タンパク質）を測定する。【００３８】
ｍＲＮＡの測定方法は、特に限定されない。公知の遺伝子解析技術によって測定すればよい。測定方法の例を挙げると、ハイブリダイゼーション技術を利用したもの（例えば、ノーザン・ハイブリダイゼーション法、ドット・ブロット法、マイクロ・アレイ（マイクロ・チップ）法等）や、遺伝子増幅技術を利用したもの（例えば、ＲＴ−ＰＣＲ法、リアルタイムＰＣＲ法、ＡＴＡＣ−ＰＣＲ法（Ｋａｔｏ Ｋ．， ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， ２５， ４６９４-４６９６， １９９７）、Ｔａｑｍａｎ  ＰＣＲ法（Ｓｃｈｍｉｔｔｇｅｎ ＴＤ， Ｍｅｔｈｏｄｓ ２５, ３８３‐３８５， ２００１）、Ｂｏｄｙ  Ｍａｐ法（Ｇｅｎｅ，１７４， １５１‐１５８，１９９６）、ＳＡＧＥ（ｓｅｒｉａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）法（特開２００１−１５５０３５、特開２００１−１４５，４９５、欧州特許公開第０７６１８２２号、ＷＯ９７／１０３６３）、ＭＡＧＥ（ｍｉｃｒｏａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）法（特開２０００−２３２８８８）等）がある。これらの公知の方法を利用して、遺伝子の全部又は一部から転写されたｍＲＮＡの量を測定することができる。なお、ｍＲＮＡの量の測定に際しては、当該ｍＲＮＡにハイブリダイズするヌクレオチド・プローブ又はプライマーを利用することができる。当該ヌクレオチド・プローブ又はプライマーの塩基長は、１０乃至６０ｂｐ程度であり、１５乃至３０ｂｐが好ましい。【００３９】
ここで、遺伝子発現量の検出のためのｍＲＮＡ量の測定方法について、例を挙げて更に詳しく述べる。【００４０】
先ず、ハイブリダイゼーション技術を利用したマイクロ・アレイ法について述べる。発現量を測定する遺伝子のｍＲＮＡから、それに対応する塩基配列を有するｃＤＮＡやａＲＮＡ等のポリヌクレオチド（以下、「被検ポリヌクレオチド」という）を調製し、そのようなポリヌクレオチドとハイブリダイズするプローブが固定されたＤＮＡマイクロ・アレイ（ＤＮＡチップ）等を用いて、遺伝子の発現量を測定するのが通常である。【００４１】
先ず、被検ポリヌクレオチドと、マイクロ・アレイ上の特定の遺伝子に対応するプローブとのハイブリダイゼーションを検出するために、これらを標識する。標識には、例えば、放射性同位元素、化学発光化合物、重金属原子、分光学的マーカー、磁気マーカー、関連酵素、蛍光色素等を使用する。標識方法として、標識対象分子毎に好適な方法が知られているが、蛍光色素を使用した標識が最も好ましい。蛍光色素の例を挙げると、フルオレセイン、ジクロロフルオレセイン、ＢＯＤＩＴＹ（商標）、ＲＯＸ、ローダミン、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ５、ＩＲＤ４０がある。これらの中では、Ｃｙ３及びＣｙ５が特に好ましい。Ｃｙ３やＣｙ５によって標識するためには、ｃＤＮＡやａＲＮＡの調製の際にアミノアリルｄＵＴＰを取り込ませることが必要である。【００４２】
標識されたｃＤＮＡやａＲＮＡ試料を、それと特異的にハイブリダイズするプローブが固定されたマイクロ・アレイ上でハイブリダイズさせる。【００４３】
ＤＮＡマイクロ・アレイ（ＤＮＡチップ）は、市販のもの（例えば、日立ソフトウェアエンジニアリング社製、ＡｃｅＧｅｎｅ（登録商標） Ｈｕｍａｎ  Ｏｌｉｇｏ  Ｃｈｉｐ  ３０Ｋ）を用いてもよいし、公知の方法（Ｌｉｐｓｈｕｔｚ，  Ｒ．  Ｊ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎａｔｕｒｅ  ｇｅｎｅｔ．  ２１，  Ｓｕｐｐｌｉｍｅｎｔ，  ２０−２４（１９９９））に基づき作製してもよい。固定化するプローブは、ヒトの遺伝子の塩基配列情報をもとに作製されたプライマーを用いて逆転写酵素反応やＰＣＲを実施することにより作製されたものや、遺伝子の塩基配列情報に基づいて化学合成したオリゴヌクレオチド等である。【００４４】
ハイブリダイゼーションの条件及び方法等は公知である。一例を挙げると、ハイブリダイゼーション用緩衝液としては、５×ＳＳＣ（ｓｔａｎｄａｒｄ  ｓａｌｉｎｅ  ｃｉｔｒａｔｅ）、０．５％ＳＤＳ（ｓｏｄｉｕｍ  ｄｏｄｅｃｙｌ  ｓｕｌｆａｔｅ）溶液等が知られている。ハイブリダイゼーション条件は、例えば３５乃至６０℃、好ましくは４２乃至５０℃、さらに好ましくは４５℃近辺の温度で、２時間以上、好ましくは一晩以上である。ハイブリダイゼーション後、ＤＮＡチップを洗浄し、結合した標識分子が示すシグナルを可視化して定量する。【００４５】
標識分子が示すシグナルの強度測定は、公知の方法で行うことができる。例えば、標識として放射性同位体を用いた場合には、放射活性を、液体シンチレーションカウンター等を用いて計測する。また、標識として蛍光色素を使用した場合には、その蛍光強度を、蛍光顕微鏡、蛍光プレートリーダー、蛍光スキャナー等を用いて検出する。【００４６】
なお、シグナル強度の測定に際し、バックグラウンドの影響がある場合等には、カットオフ値を設ける等の方法により、データ処理を行ってもよい。【００４７】
次に、遺伝子増幅技術を利用した方法について述べる。プライマーを用いて被検ポリヌクレオチドを鋳型とした増幅反応を行い、その特異的増幅反応を検出することにより、遺伝子の発現量を測定することができる。【００４８】
被検ポリヌクレオチドの増幅方法としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法の原理を利用した種々の方法、例えば、ＰＣＲ法、ＲＴ−ＰＣＲ法、リアルタイムＰＣＲ法、ＡＴＡＣ−ＰＣＲ法等が挙げられる。その他、ＬＡＭＰ法、ＩＣＡＮ法、ＲＣＡ法、ＬＣＲ法、ＳＤＡ法等の方法も知られている。増幅は、増幅産物が検出可能なレベルになるまで行う。【００４９】
特異的な増幅反応が起こったか否かを判断するには、増幅反応により得られる増幅産物を特異的に認識することができる手段を用いる。例えば、アガロースゲル電気泳動法等を利用して、特定の大きさの断片が増幅されているか否かを確認する。あるいは、増幅反応の過程で取り込まれるｄＮＴＰやｄＵＴＰに、放射性同位体、蛍光色素、発光物質等の標識物質を結合させ、標識が出すシグナルを検出する。以上のようにして、特異的な増幅反応を利用して、遺伝子の発現量を測定できる。【００５０】
遺伝子発現量の測定方法のさらに他の例としては、サブトラクション法（Ｓｉｖｅ，  Ｈ．  Ｌ．  ａｎｄ  Ｊｏｈｎ，  Ｔ．  Ｓｔ．，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １６，  １０９３７（１９８８）、Ｗａｎｇ，  Ｚ．，  ａｎｄ  Ｂｒｏｗｎ，  Ｄ．  Ｄ．，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．  ８８，  １１５０５−１１５０９（１９９１））、ディファレンシャル・ディスプレイ法（Ｌｉａｎｇ，  Ｐ．，  ａｎｄ  Ｐａｒｄｅｅ，  Ａ．  Ｂ．，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５７，９６７−９７１（１９９２）、Ｌｉａｎｇ，  Ｐ．，  Ａｖｅｒｂｏｕｋｈ，  Ｌ．，  Ｋｅｙｏｍａｒｓｉ，  Ｋ．，  Ｓａｇｅｒ，  Ｒ．，  ａｎｄ  Ｐａｒｄｅｅ，  Ａ．  Ｂ．，  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５２，  ６９６６−６９６８（１９９２））、ディファレンシャル・ハイブリダイゼーション法（Ｊｏｈｎ，  Ｔ．  Ｓｔ．，  ａｎｄ  Ｄａｖｉｓ，  Ｒ．  Ｗ．，  Ｃｅｌｌ  １６，  ４４３−４５２（１９７９））、また、適当なプローブを用いたクロス・ハイブリダイゼーション法（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，  ｍａｎｉａｔｉｓ，  Ｔ．，  Ｆｒｉｔｓｃｈ，  Ｅ．  Ｆ．，  ａｎｄ  Ｓａｍｂｒｏｏｋ，  Ｊ．，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｕｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９８２））等を挙げることができる。【００５１】
また、遺伝子発現量の測定のためのタンパク質の測定方法も、特に限定されない。公知のタンパク質解析技術、例えば、ウェスタン・ブロッティング法、免疫沈降法、ＥＬＩＳＡ、質量分析計による方法等を利用することができる。【００５２】
第一の発明は、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であるか否かを判定する方法であって、(ａ)被験者ｘに由来するヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｘを得る工程、（ｂ）工程（ａ）で得られた発現プロファイルｘを、非糖尿病の被験者ｙに由来するヒト白血球における遺伝子群又はその同等物中の工程（ａ）と同一の特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｙと比較する工程、及び（ｃ）工程（ｂ）で、発現プロファイルｘが発現プロファイルｙと有意に異なる場合に、被験者ｘが糖尿病患者又はその予備軍であると判定する工程を含む方法である。【００５３】
「被験者ｘが糖尿病患者である」とは、従来の生化学的検査の結果等を参照しても糖尿病であると診断される病態であることをいい、「その予備軍である」とは、糖尿病であるという確定診断はできないが、健常者であるとはいえない状態をいう。【００５４】
工程（ａ）は、被験者ｘから採取した血液を用い、その血液中に含まれるヒト白血球に由来するＲＮＡ中、特定の遺伝子又は遺伝子群の発現量等のデータを、当該特定の遺伝子又は遺伝子群に由来するｍＲＮＡやタンパク質を測定することによって入手し、当該特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルを得る工程である。【００５５】
「特定の遺伝子の発現プロファイルを得る」とは、特定の遺伝子に由来するｍＲＮＡやタンパク質を測定し、特定の遺伝子の発現量、発現強度、発現頻度等のデータを得ることである。【００５６】
「特定の遺伝子群の発現プロファイルを得る」とは、特定の２種以上の遺伝子に由来するｍＲＮＡやタンパク質を測定し、（１）２種以上の遺伝子個々の発現量、発現強度、発現頻度、発現比率等の測定値を得ること、（２）２種以上の遺伝子の発現量等の測定値を得、次いでそれらの測定値を統計的処理に供して統計的処理後の値を得ること等をいう。【００５７】
遺伝子の発現量等の測定値は、補正した後、統計的処理に供することが好ましい。補正方法としては、（１）ある遺伝子の発現量について、例えば全測定値の平均を０、分散を１とする数値の標準化処理方法、（２）発現量が大きく変動しない遺伝子（例えばハウスキーピング遺伝子）の発現量を基準として、その測定値に基づいて被験遺伝子の測定値を補正する方法等がある。【００５８】
なお、（１）の数値の標準化処理方法の実施に際しては、前もって測定された糖尿病患者及び健常者に由来する遺伝子発現量のデータに、ここで測定された被験者の発現量データを追加して行うことができる。また、糖尿病の有無による発現量の差が小さい遺伝子としては、ｅｎｓｅｍｂｌ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ遺伝子（登録番号：ＥＮＳＧ０００００１３５５２５；ＥＮＳＧ０００００１２９９１０３；ＥＮＳＧ０００００１３０７６０；ＥＮＳＧ００００００７８１７７）、ｓｅｅｋ１  ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（登録番号：ＮＭ＿０１４０６８＿１）、ｐｒｏ１０４８遺伝子（登録番号：ＡＦ１１９８４２＿１）、ｍｄｃ  ｐｒｏｔｅｉｎ遺伝子（登録番号：Ｄ１７３９０＿１）、ｐｒｏ１８７３遺伝子（登録番号：ＡＦ１１９８５９＿１）、ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ  ｐ４５０  ｓｕｂｆａｍｉｌｙ  ｘｘｖｉｉｂ  ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ  １（登録番号：ＮＭ＿０００７８５＿１）、ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １６  ｏｐｅｎ  ｒｅａｄｉｎｇ  ｆｒａｍｅ  ７（登録番号：ＸＭ＿０１２５４５＿１）等がある。【００５９】
「統計的処理」は、２群間で有意差があるか否かを検定できる方法であれば、どのような方法であってもよい。例えば、回帰直線を求める方法、相関係数を求める方法、分散分析、ノンパラメトリック分析、「多変量解析」に属する種々の解析手法を用いることができる。ここで、「多変量解析」とは、複数の、通常は３以上の変数を同時に分析する統計的処理方法である。また、「多変量解析」に含まれる統計分析手法には、重回帰分析、判別分析、主成分分析、クラスター分析（最長法、最近隣法、メディアン法、セントロイド法等を包含する）等がある。「統計的処理」されて得られた値には、「有意差検定」の結果も包含され得る。「有意差検定」には、比較対象である２群間の平均値の差を検定する解析手法（ｔ検定、Ｆ検定など）と、そうした解析手法を変量が多い（多変量の）場合に拡張した解析手法（ＬＳ  Ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ、ＫＳ  Ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ、Ｚスコア、ウィルクスのΛなど）とがある。なお、これらの統計的処理方法の詳細は、多くの成書に記載されている。【００６０】
工程（ｂ）は、工程（ａ）で得られた、被験者ｘの遺伝子群中の特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｘを、非糖尿病の被験者ｙのヒト白血球に由来する遺伝子群又はその同等物中の、特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｙと比較する工程である。「発現プロファイルｘ」の情報と「発現プロファイルｙ」の情報を構成する遺伝子又は遺伝子群は、同一のものである。また、発現プロファイルを得るためのｍＲＮＡやタンパク質の測定手法も、通常は同一のものである。但し、「発現プロファイルｘ」と「発現プロファイルｙ」を得るために、測定値に相関がある異なる手法を用いてｍＲＮＡやタンパク質の測定を行ってもよい。【００６１】
ここで、非糖尿病の被験者ｙ（好ましくは健常者）の又は人工ＲＮＡ混合物中の、特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルｙは、前もって得られたものであってもよいし、発現プロファイルｘを得る際に同時に測定を行って得たものであってもよい。なお、発現プロファイルｙとして、前もって得られたものを用いる場合には、必要に応じ、測定目的の遺伝子に加え、例えば発現量が大きく変動しない遺伝子についても同時に測定を行い、そのような遺伝子の発現量を基準として測定値の補正を行うことが好ましい。【００６２】
「発現プロファイルｘ」と「発現プロファイルｙ」との比較は、例えば次のようにして行う。【００６３】
ある遺伝子の発現が、被験者が糖尿病に罹患していたりその予備軍であると、健常者に比べて有意に亢進又は減弱することが明らかである場合には、その遺伝子の転写産物の発現量等（発現プロファイルｘ）を、健常者におけるその遺伝子の転写産物の発現量等（発現プロファイルｙ）と比較する。【００６４】
また、２種の遺伝子群の発現プロファイルを比較する方法の一例は、以下のとおりである。例えば、被験者が糖尿病に罹患していたりその予備軍であると、健常者に比べて遺伝子ａの発現が有意に亢進し且つ遺伝子ｂの発現が有意に減弱することが明らかである場合には、遺伝子ａと遺伝子ｂの転写産物の発現量等（発現プロファイルｘ）を、健常者におけるその遺伝子の転写産物の発現量等（発現プロファイルｙ）と比較する。【００６５】
なお、遺伝子の転写産物の発現量の測定方法としては、例えばリアルタイムＰＣＲ法が挙げられる。【００６６】
３種以上の遺伝子群の発現プロファイルを比較する場合も、リアルタイムＰＣＲ法等を採用することができる。しかし、特に測定すべき遺伝子の種類が多い場合には、同時に複数種類の遺伝子を測定することができる技術、例えばマイクロ・チップを用いる方法が好ましい。マイクロ・チップを使用して遺伝子の発現量等を測定する場合には、個々の遺伝子の発現量又は発現強度が色を有する画像として表現されるようにするとよい。この場合、その画像全体が発現プロファイルとなる。また、３種以上の遺伝子の発現量を、特定の判別式に代入し、解を得るという方法もある。この場合、その解（計算値）が発現プロファイルとなる。【００６７】
工程（ｃ）は、工程（ｂ）における発現プロファイルｘと発現プロファイルｙとの比較結果から、発現プロファイルｘが発現プロファイルｙと有意に異なる場合に、被験者ｘが糖尿病又はその予備軍であると判定する工程である。【００６８】
有意差があるか否かを判定するために、例えば有意差検定を行ってもよい。「有意差検定」には、比較対象である２群間の平均値の差を検定する解析手法（ｔ検定、Ｆ検定等）と、そうした解析手法を変量が多い（多変量の）場合に拡張した解析手法（ＬＳ  Ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ、ＫＳ  Ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ、Ｚスコア、ウィルクスのΛ等）とがある。また、ニューラルネット分析を利用することもできる。なお、有意差検定の詳細は、多くの成書に記載されている。【００６９】
有意差があるか否かを判定するために、何らかの基準を設定する必要がある場合があるが、そのような基準の設定は当業者であれば適宜行うことができる。また、ｐ値のように、有意差があるか否かの基準値が設定されているものもある。【００７０】
本発明において、有意差の有無の判定は、有意差検定に限定されるわけではない。例えば以下のようにして、有意差の有無を判定することができる。【００７１】
例えば、ある遺伝子の特定の方法で測定される発現量が、被験者が糖尿病に罹患していたりその予備軍であると、健常者に比べてｘ倍以上であり且つ複数の健常者を対象とした計測の変動幅を有意に超えているときであって、健常者における発現量の平均値及び変動幅が明らかである場合には、被験者ｘの当該ある遺伝子の発現量から、被験者ｘが糖尿病又はその予備軍である、あるいは健常者である、と判定することができる。【００７２】
例えば、被験者が糖尿病に罹患していたりその予備軍であると、健常者に比べて遺伝子ａの発現がｙ％以上亢進し且つ遺伝子ｂの発現がｚ％以下に減弱することが明らかであり、その変動幅（即ちｙ％、ｚ％）が複数の健常者を対象とした計測の変動幅を有意に超えているときには、被験者ｘの遺伝子ａの発現量が健常者に比べて１００＋ｙ％以上である、被験者ｘの遺伝子ｂの発現量が健常者に比べてｚ％以下であるという二つの条件を充足する場合に、被験者ｘが糖尿病又はその予備軍であると判定する。【００７３】
また、マイクロ・チップで解析された複数の遺伝子の発現量が色を有する画像として表現されている場合には、その画像として現された遺伝子の被験者ｘにおける発現パターンが、健常者における発現パターンと有意に異なり、糖尿病患者の平均的な発現パターンに近い場合に、被験者ｘが糖尿病又はその予備軍であると判定する。【００７４】
マイクロ・チップ又はマイクロ・アレイで測定したデータの統計的処理に適する解析方法も開発されている。例えば、アメリカ合衆国の国立ガン研究所の生物測定学研究支所（ｔｈｅ  Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｂｒａｎｃｈ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）が開発したＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（登録商標）というソフトウエア（ｈｔｔｐ：／／ｌｉｎｕｓ．ｎｃｉ．ｎｉｈ.ｇｏｖ/ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ．ｈｔｍｌ）、遺伝子の発現に変化のあるパスウェイを抽出するのに有用なＧｅｎＭＡＰＰ（Ｇｅｎｅ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ Ｐａｔｈｗａｙ Ｐｒｏｆｉｌｅｒ；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｍａｐｐ．ｏｒｇ）及びＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒ（Ｓ． Ｃ． Ｄｏｎｉｇｅｒら；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｕｂｍｅｄｃｅｎｔｒａｌ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/ａｒｔｉｃｌｅｒｅｎｄｅｒ．ｆｃｇｉ？ａｒｔｉｄ＝１５１２９１）等のソフトウェアの利用も好ましい。【００７５】
また、前もって測定された糖尿病患者と健常者の発現量データに、ここで測定された被験者ｘの発現量データを加え、複合共変予測(ｃｏｍｐｏｕｎｄ ｃｏｖａｒｉａｔｅ ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ)、対角線形判別分析(ｄｉａｇｏｎａｌ ｌｉｎｅａｒ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ ａｎａｌｙｓｉｓ)、１−最近隣法(１‐ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒ)、３−最近隣法(３‐ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒｓ)、最近隣セントロイド(ｎｅａｒｅｓｔ ｃｅｎｔｒｏｉｄ)、サポート・ベクター・マシーンズ (ｓｕｐｐｏｒｔ ｖｅｃｔｏｒ ｍａｃｈｉｎｅｓ)等の各種アルゴリズムにより計算を行って被験者ｘが糖尿病またはその予備軍であるか否かを判定することにより、工程（ｂ）及び（ｃ）を行ってもよい。【００７６】
第一の発明（その１）の実施に際して発現プロファイルを得るために測定される「特定の遺伝子又は遺伝子群」は、前記した遺伝子（Ａ−１）乃至（Ａ−５０）から選択される１種以上である。これらの遺伝子は、表３にも記載されている。表３においては、遺伝子（Ａ−１）乃至（Ａ−５０）を、糖尿病患者で発現が亢進している遺伝子と発現が減弱している遺伝子とに分けて、有意差（ｔ値の絶対値）の順に並べてある。従って、「特定の遺伝子又は遺伝子群」として選択する遺伝子は、表３中の有意差が大である遺伝子であることが好ましい。また、表３に記載された遺伝子中、（Ａ−２２）リンゴ酸デヒドロゲナーゼ遺伝子、（Ａ−２６）グルタミルプロリルｔＲＮＡシンターゼ遺伝子、（Ａ−３５）タンパク質チロシンホスファターゼ遺伝子及び（Ａ−３６）ピルビン酸デヒドロゲナーゼ遺伝子以外の４６種の遺伝子から、「特定の遺伝子又は遺伝子群」を選択してもよい。さらに、「特定の遺伝子又は遺伝子群」として、発現が亢進している遺伝子のみを選択してもよいし、発現が減弱している遺伝子のみを選択してもよいし、あるいは両者を選択してもよい。加えて、「特定の遺伝子又は遺伝子群」は、遺伝子（Ａ−１）乃至（Ａ−５０）の中の１種であってもよいし、２種であってもよいし、３種以上５０種すべてまで、何れの数であってもよい。【００７７】
具体例を挙げると、「特定の遺伝子又は遺伝子群」の選択に際し、表３において、
（ｉ）ｔ値の絶対値が６以上の（Ａ−１）及び／又は（Ａ−２）を含むように、（Ａ−１）乃至（Ａ−５０）の中から遺伝子を選択する、
（ｉｉ）ｔ値の絶対値が５．５以上の（Ａ−１）乃至（Ａ−６）及び（Ａ−５０）の７遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、（Ａ−１）乃至（Ａ−５０）の中から遺伝子を選択する、もしくは
（ｉｉｉ）ｔ値の絶対値が５．０以上の（Ａ−１）乃至（Ａ−３１）及び（Ａ−４５）乃至（Ａ−５０）の３７遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、（Ａ−１）乃至（Ａ−５０）の中から遺伝子を選択することができる。【００７８】
第一の発明（その２）の実施に際して発現プロファイルを得るために測定される「特定の遺伝子又は遺伝子群」は、ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群（ＭＡＰＫ遺伝子群）の中から選択される。【００７９】
ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（登録商標）においてＭＡＰＫ遺伝子群に属するとされる遺伝子中、８２種の遺伝子を表７に記載した。第一の発明（その２）における「特定の遺伝子又は遺伝子群」を、これら８２種の遺伝子から選択してもよい。【００８０】
また、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒにおいてＭＡＰＫ遺伝子群に属するとされる遺伝子として特定されている遺伝子中、３１種の遺伝子（前記（Ｂ−１）乃至（Ｂ−３１））を表９に記載した。糖尿病においては、これら３１種の遺伝子は、健常者に比べて発現が亢進している。第一の発明（その２）における「特定の遺伝子又は遺伝子群」を、これら３１種の遺伝子から選択してもよい。また、表９に記載された遺伝子中、ｐ値が小さいものを選択することが好ましい。【００８１】
なお、第一の発明（その２）における「特定の遺伝子又は遺伝子群」は、ＭＡＰＫ遺伝子群中の１種であってもよいし、２種であってもよいし、３種以上８２種又は３１種すべてまで、何れの数であってもよい。【００８２】
具体例を挙げると、「特定の遺伝子又は遺伝子群」の選択に際し、表９において、
（ｉ）ｐ値が１×１０―３以下の（Ｂ−６）、（Ｂ−７）、（Ｂ−２２）及び（Ｂ−２９）の４遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、（Ｂ−１）乃至（Ｂ−３１）の中から遺伝子を選択する、もしくは
（ｉｉ）ｐ値が１×１０―２以下の（Ｂ−２）、（Ｂ−４）、（Ｂ−５）、（Ｂ−６）、（Ｂ−７）、（Ｂ−１１）、（Ｂ−１３）、（Ｂ−１５）、（Ｂ−１６）、（Ｂ−２１）、（Ｂ−２２）、（Ｂ−２４）、（Ｂ−２５）、（Ｂ−２６）、（Ｂ−２９）及び（Ｂ−３０）の１６遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、（Ｂ−１）乃至（Ｂ−３１）の中から遺伝子を選択することができる。【００８３】
第一の発明（その３）の実施に際して発現プロファイルを得るために測定される「特定の遺伝子又は遺伝子群」は、ユビキノン生合成系及びＡＴＰ合成系に属する遺伝子群（ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群）の中から選択される。【００８４】
ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（登録商標）においてＯＸＰＨＯＳ遺伝子群に属するとされる遺伝子中、７０種の遺伝子を表８に記載した。第一の発明（その３）における「特定の遺伝子又は遺伝子群」を、これら７０種の遺伝子から選択してもよい。糖尿病においては、これら７０種の遺伝子は、健常者に比べて発現が減弱している。【００８５】
また、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒにおいてＯＸＰＨＯＳ遺伝子群に属するとされる遺伝子中、４２種の遺伝子（前記（Ｃ−１）乃至（Ｃ−４２））を表１１に記載した。糖尿病においては、これら４２種の遺伝子は、健常者に比べて発現が減弱している。第一の発明（その３）における「特定の遺伝子又は遺伝子群」を、これら４２種の遺伝子から選択してもよい。なお、表１１においては、前記４２種の遺伝子に対応する４４種のオリゴヌクレオチドを用いて測定した、糖尿病患者と健常者における各遺伝子の発現強度が記載されている。また、表１１に記載された遺伝子中、ｐ値が小さいものを選択することが好ましい。さらに、表１１に記載された遺伝子中、ＡＴＰアーゼ遺伝子、即ち（Ｃ−８）、（Ｃ−１７）及び（Ｃ−２８）、以外の３９種の遺伝子から、「特定の遺伝子又は遺伝子群」を選択してもよい。【００８６】
なお、第一の発明（その３）における「特定の遺伝子又は遺伝子群」は、ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群中の１種であってもよいし、２種であってもよいし、３種以上７０種又は４２種すべてまで、何れの数であってもよい。【００８７】
具体例を挙げると、「特定の遺伝子又は遺伝子群」の選択に際し、表１１において、
（ｉ）ｐ値が１×１０―３以下の（Ｃ−１）、（Ｃ−６）、（Ｃ−１０）、（Ｃ−２１）、（Ｃ−２５）、（Ｃ−２６）、（Ｃ−２９）、（Ｃ−３７）、（Ｃ−３８）及び（Ｃ−３９）の１０遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、（Ｃ−１）乃至（Ｃ−４２）の中から遺伝子を選択する、もしくは
（ｉｉ）ｐ値が１×１０―２以下の（Ｃ−１）、（Ｃ−６）、（Ｃ−７）、（Ｃ−９）、（Ｃ−１０）、（Ｃ−１５）、（Ｃ−１６）、（Ｃ−１９）、（Ｃ−２０）、（Ｃ−２１）、（Ｃ−２２）、（Ｃ−２４）、（Ｃ−２５）、（Ｃ−２６）、（Ｃ−２７）、（Ｃ−２８）、（Ｃ−２９）、（Ｃ−３０）、（Ｃ−３２）、（Ｃ−３３）、（Ｃ−３４）、（Ｃ−３７）、（Ｃ−３８）、（Ｃ−３９）、（Ｃ−４０）及び（Ｃ−４１）の２６遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、（Ｃ−１）乃至（Ｃ−４２）の中から遺伝子を選択することができる。【００８８】
第二の発明は、２型糖尿病患者における治療効果の有無を判定する方法であって、（Ａ）被験糖尿病患者の治療開始前と治療開始後に採取したヒト白血球における特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルを得る工程、（Ｂ）工程（Ａ）で測定された治療開始前の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと治療開始後の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルとを比較する工程、及び（Ｃ）治療開始後の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルが治療開始前の前記特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルと有意に異なり、糖尿病であることを示す発現プロファイルの特徴が消失又は低減した場合に治療効果があったと判定する工程を含む方法である。【００８９】
工程（Ａ）は、被験糖尿病患者から、治療の開始前と開始後に採血し、それらの血液中に含まれるヒト白血球に由来するＲＮＡ中、特定の遺伝子又は遺伝子群の発現量等のデータを、当該特定の遺伝子又は遺伝子群に由来するｍＲＮＡやタンパク質を測定し、特定の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイルを得る工程である。ヒト白血球に由来するＲＮＡの採取方法、ｍＲＮＡやタンパク質の測定方法、発現プロファイルの定義については、前記したとおりである。【００９０】
工程（Ｂ）は、治療開始前の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイル（以下、「発現プロファイルｂ」という）と治療開始後の遺伝子又は遺伝子群の発現プロファイル（以下、「発現プロファイルａ」という）とを比較する工程である。この工程は、比較される対象が「発現プロファイルｂ」と「発現プロファイルａ」であることを除き、第一の発明の工程（ｂ）と同様である。【００９１】
工程（Ｃ）は、発現プロファイルａが発現プロファイルｂと有意に異なり、糖尿病であることを示す発現プロファイルの特徴が消失又は低減した場合に治療効果があったと判定する工程である。【００９２】
この工程（Ｃ）における有意差の判定は、有意差があるか否かが判断される対象が「発現プロファイルｂ」と「発現プロファイルａ」であることを除き、基本的に第一の発明の工程（ｃ）と同様である。【００９３】
また、特定の遺伝子の発現に関し、糖尿病に特有の又は特徴的なプロファイルがあるので、この工程（Ｃ）では、治療後にそのような糖尿病に特有の又は特徴的なプロファイルが消失又は低減していることも、治療効果があったと判定するための条件である。「糖尿病に特有の又は特徴的なプロファイル」とは、糖尿病に罹患していると、糖尿病ではない場合と比べて、ある遺伝子１については発現が亢進している、ある遺伝子２については発現が減弱している等の情報をいう。ここで、「糖尿病であることを示す発現プロファイルの特徴が消失又は低減した」と規定したのは、ある疾患が治癒又は軽快した状態における遺伝子の発現プロファイルが、健常者の遺伝子発現プロファイルと同様であるとは限らないからである。例えば、ある遺伝子の発現の減弱を、他の遺伝子の発現亢進によって補償している場合があるからである。【００９４】
従って、第二の発明においては、発現プロファイルｂ（治療開始前の発現プロファイル）と比較して発現プロファイルａ（治療開始後の発現プロファイル）に有意差があり、且つ、発現プロファイルａにおいては、糖尿病であることを示す発現プロファイルの特徴が消失しているか又はそのような特徴が薄らいでいる（即ち、特徴が低減している）場合に、治療効果があったと判定する。【００９５】
第二の発明（その１）の実施に際して発現プロファイルを得るために測定される「特定の遺伝子又は遺伝子群」は、前記した遺伝子（Ｄ−１）乃至（Ｄ−５０）から選択される１種以上である。これらの遺伝子は、表５にも記載されている。表５においては、遺伝子（Ｄ−１）乃至（Ｄ−５０）を、２型糖尿病の治療開始前後で発現量の差異を、治療後に発現が減弱した遺伝子と亢進した遺伝子とに分けて、有意差（ｔ値の絶対値）の順に並べてある。従って、「特定の遺伝子又は遺伝子群」として選択する遺伝子は、表５中の有意差が大である遺伝子であることが好ましい。また、表５に記載された遺伝子中、（Ｄ−２３）１−アシルグリセロール−３−ホスフェート  Ｏ−アシルトランスフェラーゼ遺伝子以外の４９種の遺伝子から、「特定の遺伝子又は遺伝子群」を選択してもよい。さらに、「特定の遺伝子又は遺伝子群」として、治療後に発現が減弱する遺伝子のみを選択してもよいし、発現が亢進する遺伝子のみを選択してもよいし、あるいは両者を選択してもよい。加えて、「特定の遺伝子又は遺伝子群」は、遺伝子（Ｄ−１）乃至（Ｄ−５０）の中の１種であってもよいし、２種であってもよいし、３種以上５０種すべてまで、何れの数であってもよい。【００９６】
具体例を挙げると、「特定の遺伝子又は遺伝子群」の選択に際し、表５において、
（ｉ）ｔ値の絶対値が７以上の（Ｄ−１）及び／又は（Ｄ−２）を含むように、（Ｄ−１）乃至（Ｄ−５０）の中から遺伝子を選択する、
（ｉｉ）ｔ値の絶対値が６．５以上の（Ｄ−１）乃至（Ｄ−１０）の１０遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、（Ｄ−１）乃至（Ｄ−５０）の中から遺伝子を選択する、もしくは
（ｉｉｉ）ｔ値の絶対値が６．０以上の（Ｄ−１）乃至（Ｄ−１８）及び（Ｄ−４４）乃至（Ｄ−５０）の２５遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、（Ｄ−１）乃至（Ｄ−５０）の中から遺伝子を選択することができる。【００９７】
第二の発明（その２）の実施に際して発現プロファイルを得るために測定される「特定の遺伝子又は遺伝子群」は、ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群（ＭＡＰＫ遺伝子群）の中から選択される。【００９８】
ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ（登録商標）においてＭＡＰＫ遺伝子群に属するとされる遺伝子中、８２種の遺伝子を表７に記載した。第二の発明（その２）における「特定の遺伝子又は遺伝子群」を、これら８２種の遺伝子から選択してもよい。これら８２種の遺伝子は、糖尿病においては健常者に比べて発現が亢進しているが、治療によって発現レベルが低下する。【００９９】
また、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒにおいてＭＡＰＫ遺伝子群に属するとされる遺伝子として特定されている遺伝子中、２９種の遺伝子（前記（Ｅ−１）乃至（Ｅ−２９））を表１０に記載した。（Ｅ−１）マイトゲン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ１１遺伝子と（Ｅ−２）ＣＲＥＢ結合タンパク質（ルビンシュタイン−タイビ症候群）遺伝子は、糖尿病の治療によって発現が亢進するが、これら以外の２７種の遺伝子は、糖尿病の治療によって発現が減弱する。第二の発明（その２）における「特定の遺伝子又は遺伝子群」を、これら２９種の遺伝子から選択してもよい。その際、糖尿病の治療によって発現が亢進する遺伝子のみを選択してもよいし、発現が減弱する遺伝子のみを選択してもよいし、あるいは両者を選択してもよい。また、表１０に記載された遺伝子中、ｐ値が小さいものを選択することが好ましい。【０１００】
なお、第二の発明（その２）における「特定の遺伝子又は遺伝子群」は、ＭＡＰＫ遺伝子群中の１種であってもよいし、２種であってもよいし、３種以上８２種又は２９種すべてまで、何れの数であってもよい。【０１０１】
具体例を挙げると、「特定の遺伝子又は遺伝子群」の選択に際し、表１０において、
（ｉ）ｐ値が１×１０―３以下の（Ｅ−６）、（Ｅ−１４）、（Ｅ−２２）、（Ｅ−２７）及び（Ｅ−２９）の５遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、（Ｅ−１）乃至（Ｅ−２９）の中から遺伝子を選択する、もしくは
（ｉｉ）ｐ値が１×１０―２以下の（Ｅ−１）、（Ｅ−６）、（Ｅ−９）、（Ｅ−１２）、（Ｅ−１３）、（Ｅ−１４）、（Ｅ−１６）、（Ｅ−１９）、（Ｅ−２０）、（Ｅ−２１）、（Ｅ−２２）、（Ｅ−２４）、（Ｅ−２５）、（Ｅ−２７）、（Ｅ−２８）及び（Ｅ−２９）の１６遺伝子中のいずれか又はすべてを含むように、（Ｅ−１）乃至（Ｃ−２９）の中から遺伝子を選択することができる。
【実施例１】
【０１０２】
糖尿病患者と健常者における、また、糖尿病の治療の前後における、遺伝子発現の変動の検討
１．対象
糖尿病患者５７名(２型糖尿病患者：４９名；１型糖尿病患者：８名)と、健常者１６名を対象とした。これらの対象者の血液の生化学検査結果を、臨床背景として表１に示す。なお、血液の生化学検査の方法は、臨床的に一般的に行われている方法を採用した。【０１０３】
【表１】
2008047824.tif 000003
【０１０４】
また、糖尿病患者５７名の中の２４名について、血糖コントロールを目的とした糖尿病の治療後（治療開始から平均３５５日後；１８〜８９６日後）にも同様に、血液の生化学検査を行った。これらの対象者の治療前後における血液の生化学検査結果と、治療方法（糖尿病の治療方法及び高血圧及び高脂血症の治療方法）を、表２に示す。血糖コントロール前後で、絶食血漿グルコースとグリコヘモグロビンは有意に低下し，脂質代謝や肝機能に有意な変化はなかった。【０１０５】
【表２】
2008047824.tif 000004
【０１０６】
２．末梢血白血球における遺伝子発現の解析
（２−１）末梢血白血球からのＲＮＡの調製
（２−１−１）Ｍｉｃｒｏ ＲＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）及びＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉ Ｓｐｉｎ Ｃｏｌｕｍｎ（ＱＩＡＧＥＮ）を用いる方法
（ｉ）採血した血液（ヘパリン添加）１０ｍｌをフィコール−ハイパーク法（密度勾配遠心分離法）に供し、末梢血白血球を分取した。【０１０７】
（ｉｉ）末梢血白血球をβ−メルカプトエタノール１．４μｌを含む変性バッファー１７０μｌに溶解し、フェノール−クロロホルム抽出を行い、水層１５０μｌを回収した。ＧｅｎｏｍｉｃＤＮＡの混入を防止するため、回収した水層を５２５μｌのバッファーＲＬＴ（グアニジンチオシアネートとβ−メルカプトエタノールを含む緩衝液）と混合し、得られた混合液に、２５０μｌ の１００%エタノールを加えた。【０１０８】
（ｉｉｉ）ＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉ Ｓｐｉｎ Ｃｏｌｕｍｎに、（ｉｉ）で得られた混合液を流し入れ、ＲＮＡを吸着させた。洗浄後、１００μｌの溶出緩衝液にてＲＮＡを溶出させた。【０１０９】
（ｉｖ）溶出液にエタノールを加えてＲＮＡを沈澱させた後、ＲＮＡを２０μｌのヌクレアーゼ不含水(ｎｕｃｌｅａｓｅ−ｆｒｅｅ ｗａｔｅｒ)に溶解させた。【０１１０】
（ｖ）ＲＮＡを含むヌクレアーゼ不含水１μｌを、Ｂｉｏ Ａｎａｌｙｚｅｒ ２０００ （Ａｇｉｌｅｎｔ）を用いて電気泳動し、常法によりＲＮＡの変性及び定量を行った。【０１１１】
（２−１−２）ＰＡＸｇｅｎｅ  Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡ  Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ；ｃａｔ#７６２１３４）を用いる方法
（ｉ）パクスジーンＲＮＡ真空採血管（ＱＩＡＧＥＮ；ｃａｔ#７６２１０５）に、全血２．５ｍｌを採取した。【０１１２】
（ｉｉ）室温にて２時間インキュベートし、その後、パクスジーンＲＮＡ真空採血管を３，０００×ｇにて１０分間遠心した。【０１１３】
（ｉｉｉ）上清をデカントし、沈澱物に５ｍｌのＲＮａｓｅフリー水を添加した。【０１１４】
（ｉｖ）ボルテックスを用い、ペレットをＲＮａｓｅフリー水に完全に懸濁させた。【０１１５】
（ｖ）懸濁液を含むパクスジーンＲＮＡ真空採血管を、３，０００×ｇにて１０分間遠心した。【０１１６】
（ｖｉ）上清を完全に除去し、次いで、バッファーＢＲ１を３６０μｌ添加した。【０１１７】
（ｖｉｉ）ボルテックスを用い、ペレットをバッファーＢＲ１に完全に懸濁させた。【０１１８】
（ｖｉｉｉ）懸濁液を２ｍｌのマイクロ遠心チューブに移した。【０１１９】
（ｉｘ）３００μｌのＢＲ２バッファーと４０μｌのプロテキンキナーゼＫを添加し、ボルテックスを用いて撹拌した。【０１２０】
（ｘ）マイクロ遠心チューブを５５℃にて１０分間インキュベートし、その後、１５, ０００ｒｐｍにて３分間遠心した。【０１２１】
（ｘｉ）上清を新しい２ｍｌマイクロ遠心チューブに移した。【０１２２】
（ｘｉｉ）１００％エタノール３５０μｌを添加し、ボルテックスを用いて撹拌した。【０１２３】
（ｘｉｉｉ）（ｘｉｉ）で得られたサンプル７００μｌを２ｍｌのチューブ上にセットしたパクスジーンカラムにアプライし、８，０００×ｇにて１分間遠心した。【０１２４】
（ｘｉｖ）残りのサンプルも同じパクスジーンカラムにアプライし、同様に遠心した。【０１２５】
（ｘｖ）同じカラムにバッファーＢＲ３を７００μｌ添加し、８，０００×ｇにて１分間遠心した。【０１２６】
（ｘｖｉ）同じカラムにバッファーＢＲ４を５００μｌ添加し、８，０００×ｇにて１分間遠心した。【０１２７】
（ｘｖｉｉ）同じカラムにバッファーＢＲ４を５００μｌ添加し、１５，０００×ｇにて３分間遠心し、カラムのメンブレンを完全に乾燥させた。【０１２８】
（ｘｖｉｉｉ）カラムを１．５ｍｌのチューブ上に置き、溶出バッファーＢＲ５を４０μｌ加え、次いで８，０００×ｇにて１分間遠心した。【０１２９】
（ｘｉｘ）工程（ｘｖｉｉｉ）を繰り返した。【０１３０】
（ｘｘ）６５℃にて５分間インキュベートし、すぐに氷冷した。【０１３１】
（ｘｘｉ）−８０℃にて保存した。【０１３２】
（２−２）ＤＮＡチップでの遺伝子発現量の解析
（株）ＤＮＡチップ研究所において作製された約３万の遺伝子に対応するオリゴヌクレオチド・プローブ（センス鎖）が搭載されたマイクロ・チップ（ＡｃｅＧｅｎｅ（登録商標）Ｈｕｍａｎ Ｏｌｉｇｏ Ｃｈｉｐ ３０Ｋ）を用い、遺伝子発現量の解析を行った。具体的には、次の手順で行った。【０１３３】
（ｉ）Ａｍｉｎｏ Ａｌｌｙｌ ＭｅｓｓａｇｅＡｍｐ（登録商標）ａＲＮＡ ｋｉｔ（＃１７５３：Ａｍｂｉｏｎ）を用い、プロトコールに従って、およそ２μｇのＲＮＡより、アミノアリルラベルａＲＮＡを調製した。なお、アミノアリル基は、ａＲＮＡの合成の際にアミノアリルＵＴＰを取り込ませることによって行った。【０１３４】
（ｉｉ）５μｇ のアミノアリルラベルａＲＮＡをカップリング・バッファーに溶解し、そこにＤＭＳＯに溶解したＣｙＤｙｅ(ＧＥヘルスケアサイエンス)を加え、４０℃にてカップリング反応を行わせた。なお、糖尿病患者と健常者の遺伝子発現強度の比較を行う場合には、糖尿病患者由来のＲＮＡにはｃｙ−５を、健常者由来のＲＮＡにはｃｙ−３を結合させた。【０１３５】
（ｉｉｉ）精製、濃縮の後、ＣｙＤｙｅが結合したａＲＮＡを含有する溶液にフラグメンテーション・バッファーを加え、９４℃で１５分間加温し（断片化）、次いでクラッシュアイスで急冷した。【０１３６】
（ｉｖ）（ｉｉｉ）の溶液にハイブリダイゼーション・バッファーと１０％ＳＤＳを加え、９５℃にて熱変性後、クラッシュアイスで急冷した。【０１３７】
（ｖ）ホルムアミドを加え、ハイブリダイゼーション液を作製し、次いで５０℃にて５分間インキュベートした。【０１３８】
（ｖｉ）マイクロ・チップにハイブリダイゼーション液を流し込み、５０℃にて１６乃至２０時間インキュベートして、マイクロ・チップ上のオリゴヌクレオチド・プローブにａＲＮＡをハイブリダイズさせた。なお、糖尿病患者と健常者の遺伝子発現強度の比較を行う場合には、ｃｙ−５を結合させたＲＮＡとｃｙ−３を結合させたＲＮＡとを等量ずつ混合して用いた。【０１３９】
（ｖｉｉ）ハイブリダイズ終了後、プロトコールに従って洗浄及び乾燥を行った。【０１４０】
（ｖｉｉｉ）スライド（マイクロ・チップ）をＳｃａｎ Ａｒｒａｙ Ｅｘｐｒｅｓｓ  (Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ)にてスキャンし、ＤＮＡＳＩＳ Ａｒｒａｙを用いて各スポット・シグナル（蛍光発色強度）の数値化と標準化とを行った。ｃｙ−５とｃｙ−３の両者を用いた場合には、これらの色素は測定波長が異なるので、各々を区別して測定した。【０１４１】
３．統計解析
２．で得られたデータ（すべての検体についての測定された全遺伝子の発現量）を用いて、発現プロファイルの類似性をもとにクラスター分類を行った。結果の詳細は示さないが、糖尿病の症例と健常者、さらには糖尿病の治療前後に大きく分類された。
【実施例２】
【０１４２】
糖尿病の有無の判定に有用な遺伝子群の選択（その１）−全遺伝子群からの選択―
実施例１で遺伝子発現量を測定した約３万種の遺伝子の発現量データを、ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓソフトウエアで解析し、糖尿病患者と健常者との間で発現に有意差（Ｐ＜０．００００１；亢進又は減弱）が見られる遺伝子（ｔ値の絶対値で上位５０番まで）を選択した。それらを表３に示す。【０１４３】
この結果より、被験者の白血球ＲＮＡ中の、表３に示した前記（Ａ−１）乃至（Ａ−５０）の遺伝子中の１種又は２種以上の発現プロファイルを得ることにより、被験者が糖尿病又はその予備軍であるか否かの判定が可能であることがわかる。【０１４４】
【表３】
2008047824.tif 000005
2008047824.tif 000006
【実施例３】
【０１４５】
糖尿病の有無の判定に有用な遺伝子群の選択の正当性の検証（診断予測確率の算出）
実施例１で測定された遺伝子発現量を用い、糖尿病患者（５７検体）と健常者（１６検体）の実施例２で選択された５０遺伝子の発現量を、各種アルゴリズム（複合共変予測(ｃｏｍｐｏｕｎｄ ｃｏｖａｒｉａｔｅ ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ)、対角線形判別分析(ｄｉａｇｏｎａｌ ｌｉｎｅａｒ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ ａｎａｌｙｓｉｓ)、１−最近隣法(１−ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒ)、３−最近隣法(３‐ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒｓ)、最近隣セントロイド(ｎｅａｒｅｓｔ Ｃｅｎｔｒｏｉｄ)、サポート・ベクター・マシーンズ (ｓｕｐｐｏｒｔ ｖｅｃｔｏｒ ｍａｃｈｉｎｅｓ)）により統計処理し、検体を２群（糖尿病である群と健常者の群）に分けた。その結果を、実際の状況（糖尿病患者か健常者か）と照らし合わせ、正解率を求めた。結果を表４に示す。これは、教師付き学習法による診断予測確率の算出に相当する。【０１４６】
表４から明らかなように、いずれも、９２％以上の高い正解率であった。【０１４７】
なお、データは示さないが、表３の遺伝子中、ｐ値の低い方から順に１０遺伝子を選択して同様な検討を行ったところ、糖尿病の有無を８９乃至９３％の高い正解率で判定することができた。【０１４８】
また、糖尿病患者（５７検体）と健常者（１６検体）について、教師付き学習法で使用した前記５０遺伝子（実施例２で選択された５０遺伝子）の発現量を、実施例１に記載の方法で測定した。スライド（マイクロ・チップ）をＳｃａｎ Ａｒｒａｙ Ｅｘｐｒｅｓｓ (Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ)にてスキャンした結果を数値化して図１に示す。この方法は教師なし学習法に相当するが、ここで測定した５０遺伝子の発現プロファイルは、糖尿病の有無で大きく異なることが明らかとなった。従って、これらの遺伝子の発現プロファイルから、糖尿病であるか否かの判定を行うことができる。【０１４９】
【表４】
2008047824.tif 000007
【実施例４】
【０１５０】
治療（血糖コントロール）の効果の有無の判定に有用な遺伝子群の選択（その１）−全遺伝子群からの選択―
実施例１で遺伝子発現量を測定した約３万種の遺伝子の発現量データを、ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓソフトウエアで解析し、糖尿病の治療（血糖コントロール）前後で有意（Ｐ＜０．００００１）に発現変動する遺伝子（ｔ値の絶対値で上位５０番まで）を選択した。それらを表５に示す。【０１５１】
この結果より、糖尿病患者の治療開始前と治療開始後に採取した血液中の白血球ＲＮＡについて、表５に示した前記（Ｄ−１）乃至（Ｄ−５０）の遺伝子中の１種又は２種以上の発現プロファイルを得ることにより、治療効果があがっているか否かの判定が可能であることがわかる。【０１５２】
【表５】
2008047824.tif 000008
2008047824.tif 000009
【実施例５】
【０１５３】
治療（血糖コントロール）の効果の有無の判定に有用な遺伝子群の選択の検証（診断予測確率の算出）
実施例１で測定された遺伝子発現量を用い、糖尿病患者の治療開始前と治療開始後の実施例４で選択された５０遺伝子の発現量を、各種アルゴリズム（複合共変予測(ｃｏｍｐｏｕｎｄ ｃｏｖａｒｉａｔｅ ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ)、対角線形判別分析(ｄｉａｇｏｎａｌ ｌｉｎｅａｒ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ ａｎａｌｙｓｉｓ)、１−最近隣法(１−ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒ)、３−最近隣法(３‐ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒｓ)、最近隣セントロイド(ｎｅａｒｅｓｔ Ｃｅｎｔｒｏｉｄ)、サポート・ベクター・マシーンズ (ｓｕｐｐｏｒｔ ｖｅｃｔｏｒ ｍａｃｈｉｎｅｓ)）により統計処理し、検体を２群（糖尿病の治療開始前の群と治療開始後の群）に分けた。その結果を、実際の状況（糖尿病の治療開始前か治療開始後か）と照らし合わせ、正解率を求めた。結果を表６に示す。これは、教師付き学習法に相当する。【０１５４】
表６から明らかなように、いずれも、９６％の高い正解率であった。【０１５５】
なお、データは示さないが、表５の遺伝子中、ｐ値の低い方から順に１０遺伝子を選択して同様な検討を行ったところ、糖尿病の治療開始前後を７７乃至８２%の高い確率で判定することができた。【０１５６】
また、糖尿病の治療開始前と治療開始後の検体（各２３検体）について、教師付き学習法で使用した前記５０遺伝子（実施例４で選択された５０遺伝子）の発現量を、実施例１に記載の方法で測定した。スライド（マイクロ・チップ）をＳｃａｎ Ａｒｒａｙ Ｅｘｐｒｅｓｓ (Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ)にてスキャンした結果を数値化して図２に示す。この方法は教師なし学習法に相当するが、ここで測定した５０遺伝子の発現プロファイルが、糖尿病の治療開始前と治療開始後とで大きく異なることが明らかとなった。従って、これらの遺伝子の発現プロファイルから、糖尿病の治療効果の有無を判定することができる。【０１５７】
【表６】
2008047824.tif 000010
【実施例６】
【０１５８】
糖尿病患者における遺伝子発現の特徴の解析−パスウェイ単位での遺伝子発現解析−
ＡｃｅＧｅｎｅ（登録商標）Ｈｕｍａｎ Ｏｌｉｇｏ Ｃｈｉｐ ３０Ｋに搭載されているオリゴヌクレオチドを有する遺伝子のそれぞれを、何れのパスウェイに属するかで分類した（ある遺伝子が、２種以上のパスウェイに属する場合もある）。なお、本発明者等が５３５のヒト遺伝子セットをスクリーニングしたところ、それらの遺伝子セットは、２８５の ＢｉｏＣａｒｔａ ｐａｔｈｗａｙｓ、１０１のＫＥＧＧ ｐａｔｈｗａｙｓ、そして１４９の遺伝子セットのひとつ又は複数に含まれていた。【０１５９】
実施例１で得られたデータから、パスウェイ毎に、当該パスウェイに属する遺伝子群の発現量に関するデータを集めた。そして、それらのデータをＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓソフトウエアで解析し、パスウェイ単位で遺伝子発現を評価した場合に糖尿病群において健常者群と比べて有意に発現変動しているパスウェイを抽出した。また、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒソフトウエアでの解析も行い、糖尿病群において健常者群と比べて有意に発現亢進又は発現減弱しているパスウェイを抽出した。【０１６０】
その結果、糖尿病群において、ＭＡＰＫカスケード（ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイ）に属する遺伝子群（ＭＡＰＫ遺伝子群）が発現亢進しており、また、ＡＴＰ産生にかかわるミトコンドリア電子伝達系機能の酸化的リン酸化（ユビキノン生合成系及びＡＴＰ合成系）を構成する遺伝子群（ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群）が発現減弱していることが明らかとなった。【０１６１】
また、同様の方法により、糖尿病の治療開始前後で有意に発現変動しているパスウェイを抽出した。【０１６２】
その結果、糖尿病の治療開始前において発現が亢進していたＭＡＰＫカスケード（ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイ）に属する遺伝子群の発現が、治療によって有意に低下することが明らかとなった。【０１６３】
なお、ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓソフトウエアでの解析において、ＭＡＰキナーゼ・シグナリング・パスウェイ及びｐ３８ＭＡＰＫシグナリング・パスウェイに属する遺伝子群として特定したものは、表７に示す８２種であり、ユビキノン生合成系及びＡＴＰ合成系に属する遺伝子群として特定したものは、表８に示す７０種であった。【０１６４】
【表７】
2008047824.tif 000011
【０１６５】
【表８】
2008047824.tif 000012
【実施例７】
【０１６６】
糖尿病患者におけるＭＡＰＫ遺伝子群及びＯＸＰＨＯＳ遺伝子群の発現解析
実施例１で得られたデータを、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒソフトウェアで解析した。【０１６７】
（１）ＭＡＰＫ遺伝子群中、糖尿病患者で発現変動している遺伝子の解析
ＭＡＰＫ遺伝子群中、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒでカバーしている遺伝子各々について、全検体のデータの平均値が０、分散が１となるようにデータを標準化した後、その標準化後の値について、糖尿病患者群と健常者群それぞれについて平均値と分散とを求め、次いで糖尿病患者群における平均値（Ｘ）を健常者群における平均値（Ｙ）で除した。【０１６８】
結果を図３及び表９に示す。【０１６９】
図３中、遺伝子シンボルの右側に記載されている数値がＸ／Ｙの値である。これが１．２以上の場合は、糖尿病患者で発現が亢進しており、０．８以下の場合は、発現が減弱しているといえる。このように、発現が有意に変動している遺伝子については、遺伝子シンボルを黒又は灰色で塗った。但し、０．８超１．２未満であっても、分散の値を考慮して有意差があるといえる遺伝子については、遺伝子シンボルの外枠を太い黒線とした。【０１７０】
また、表９には、糖尿病で発現が亢進している遺伝子３１種を示した。この３１種の遺伝子は、先に（Ｂ−１）乃至（Ｂ−３１）として示した遺伝子である。【０１７１】
これらの結果より、図３や表９に記載された遺伝子が、被験者が糖尿病又はその予備軍であるか否かの判定に有用であることがわかる。【０１７２】
（２）ＭＡＰＫ遺伝子群中、糖尿病の治療開始前後で発現変動している遺伝子の解析
ＭＡＰＫ遺伝子群中、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒでカバーしている遺伝子各々について、全検体のデータの平均値が０、分散が１となるようにデータを標準化した後、その標準化後の値について、糖尿病の治療開始前群と治療開始後群それぞれについて平均値と分散とを求め、次いで治療開始後群における平均値を治療開始前群における平均値で除した。【０１７３】
結果を図４及び表１０に示す。【０１７４】
図４中、遺伝子シンボルの右側に記載されている数値が「治療後／治療前」の値である。この値が１．２以上又は０．８以下の場合、治療によって有意に発現変動があったといえる。このように、発現が有意に変動している遺伝子については、遺伝子シンボルを黒又は灰色でぬった。【０１７５】
また、表１０には、治療によって発現変動があった遺伝子２９種を示した。この２９種の遺伝子は、先に（Ｅ−１）乃至（Ｅ−２９）として示した遺伝子である。【０１７６】
これらの結果より、図４や表１０に記載された遺伝子が、糖尿病の治療効果があがっているか否かの判定に有用であることがわかる。【０１７７】
（３）ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群中、糖尿病患者で発現変動している遺伝子の解析
ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群中、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒでカバーしている遺伝子各々について、全検体のデータの平均値が０、分散が１となるようにデータを標準化した後、その標準化後の値について、糖尿病患者群と健常者群それぞれについて平均値と分散とを求め、次いで糖尿病患者群における平均値（Ｘ）を健常者群における平均値（Ｙ）で除した。【０１７８】
結果を図５及び表１１に示す。【０１７９】
図５中、遺伝子シンボルの右側に記載されている数値がＸ／Ｙの値である。これが１．２以上の場合は、糖尿病患者で発現が亢進しており、０．８以下の場合は、発現が減弱しているといえる。このように、発現が有意に変動している遺伝子については、遺伝子シンボルを黒又は灰色で塗った。【０１８０】
また、表１１には、糖尿病で発現が減弱している遺伝子４２種を示した。この４２種の遺伝子は、先に（Ｃ−１）乃至（Ｃ−４２）として示した遺伝子である。なお、表１１には４４の測定データが記載されているが、これは、測定系の中に、（Ｃ−２９）ＡＴＰシンターゼ，水素輸送，ミトコンドリアＦ０複合体，サブユニットｃ（サブユニット９）イソフォーム１の遺伝子及び（Ｃ−４０）ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１，βサブコンプレックス，４，１５キロダルトンの遺伝子について、測定に使用したオリゴヌクレオチド（これらの遺伝子の一部に相当するアンチセンス鎖）が、各々２種類存在したためである。【０１８１】
これらの結果より、図５や表１１に記載された遺伝子が、被験者が糖尿病又はその予備軍であるか否かの判定に有用であることがわかる。【０１８２】
（４）ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群中、糖尿病の治療開始前後で発現変動している遺伝子の解析
ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群中、ＭＡＰＰＦｉｎｄｅｒでカバーしている遺伝子各々について、全検体のデータの平均値が０、分散が１となるようにデータを標準化した後、その標準化後の値について、糖尿病の治療開始前群と治療開始後群それぞれについて平均値と分散とを求め、次いで治療開始後群における平均値を治療開始前群における平均値で除した。【０１８３】
結果を図６に示す。【０１８４】
図６中、遺伝子シンボルの右側に記載されている数値が「治療後／治療前」の値である。図６より、ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群は、糖尿病の治療効果があがっているか否かの判定には有用ではないことがわかる。【０１８５】
【表９】
2008047824.tif 000013
【０１８６】
【表１０】
2008047824.tif 000014
【０１８７】
【表１１】
2008047824.tif 000015
2008047824.tif 000016
【実施例８】
【０１８８】
ＭＡＰＫ遺伝子群とＯＸＰＨＯＳ遺伝子群の発現動態の解析
これらの経路に属する遺伝子群の発現動態をより明解にするために、ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓソフトウエアを用い、ＭＡＰＫ遺伝子群（８２遺伝子）とＯＸＰＨＯＳ遺伝子群（７０遺伝子）について、各検体における各遺伝子の発現量を標準化し、症例（糖尿病患者、健常者、治療前の糖尿病患者及び治療後の糖尿病患者）ごとに平均化したスコア（症例ごとのＭＡＰＫ平均セントロイド（ＭＡＰＫ ｍｅａｎ Ｃｅｎｔｒｏｉｄ）と、症例ごとのＯＸＰＨＯＳ平均セントロイド（ＯＸＰＨＯＳ ｍｅａｎ Ｃｅｎｔｒｏｉｄ））を求めた。【０１８９】
但し、実際の測定においては、ＭＡＰＫ遺伝子群は９９種の、ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群は７７種のオリゴヌクレオチド・プローブを使用した。より詳細には、ＭＡＰＫ遺伝子群については、測定系中に、Ａｆｆ．  ＩＤ  Ｎｏｓ．  ２０９９５１＿ｓ＿ａｔ、２０９３４１＿ｓ＿ａｔ、１５７０４３９＿ａｔ、２０３５１４＿ａｔ、２０２６７０＿ａｔ、２０３２１８＿ａｔ、２０２５３０＿ａｔ、２１５０７５＿ｓ＿ａｔ、２０８４０３＿ｘ＿ａｔ、１５５８９８４＿ａｔ、２０４８１３＿ａｔ、２０６９４３＿ａｔ、１５６７４５７＿ａｔ及び１５５３６８５＿ｓ＿ａｔについては各々２種の、Ａｆｆ．  ＩＤ  Ｎｏ．  １５５９２９５＿ａｔについては４種のオリゴヌクレオチド（これらの遺伝子の一部に相当するアンチセンス鎖）が存在したため、９９のデータが得られ、一方、ＯＸＰＨＯＳ遺伝子群については、測定系中に、Ａｆｆ．  ＩＤ  Ｎｏｓ．  ２１８１９０＿ｓ＿ａｔ、２０１３０４＿ａｔ、２０５８４９＿ｓ＿ａｔ、２１８５６３＿ａｔ、２０１０９３＿ｘ＿ａｔ、２１８２２６＿ｓ＿ａｔ及び２０８９７２＿ｓ＿ａｔについて各々２種オリゴヌクレオチド（これらの遺伝子の一部に相当するアンチセンス鎖）が存在したため、７７のデータが得られ、それらのデータすべてを使用した。【０１９０】
その結果を図７に示す。【０１９１】
図７から明らかなように、ＭＡＰＫ平均セントロイドは、糖尿病群で健常者群に比して有意に高値を示したが、血糖コントロールにより改善した。一方、ＯＸＰＨＯＳ平均セントロイドは、糖尿病群で健常者群に比し有意に低値を示し、この状態は血糖コントロールによっても変化しなかった。
【実施例９】
【０１９２】
ＭＡＰＫ遺伝子群とＯＸＰＨＯＳ遺伝子群の発現動態と、糖尿病の病態との関係について
実施例８において症例ごとのＭＡＰＫ平均セントロイドの算出に使用した、検体ごとのＭＡＰＫ平均セントロイドと、糖尿病の病態（肥満（ＢＭＩ値）、空腹時血糖値（空腹時血漿グルコース）、グリコヘモグロビン量）との相関の有無を、ピヤソンのｒによって求めた。【０１９３】
また、実施例８において症例ごとのＯＸＰＨＯＳ平均セントロイドの算出に使用した、検体ごとのＯＸＰＨＯＳ平均セントロイドと、糖尿病の病態（肥満（ＢＭＩ値）、空腹時血糖値（空腹時血漿グルコース）、グリコヘモグロビン量）との相関の有無を、ピヤソンのｒによって求めた。【０１９４】
結果を表１２に示す。また、図８には、検体ごとのＭＡＰＫ平均セントロイドと血中グリコヘモグロビン（ＨｂＡ１ｃ）量（％）とをプロットしたグラフを、図９には、検体ごとのＯＸＰＨＯＳ平均セントロイドと血中グリコヘモグロビン（ＨｂＡ１ｃ）量（％）とをプロットしたグラフを示す。【０１９５】
表１２、図８及び図９から明らかなように、ＭＡＰＫ平均セントロイドは、空腹時血糖値及びグリコヘモグロビン量と有意な正相関を示した。一方、ＯＸＰＨＯＳ平均セントロイドは、糖尿病の病態を示す何れのデータとも関連しなかった。【０１９６】
【表１２】
2008047824.tif 000017
【実施例１０】
【０１９７】
糖尿病の有無及び治療（血糖コントロール）の効果の有無の判定に有用な遺伝子群の選択（その２）−ＭＡＰＫ遺伝子群及びＯＸＰＨＯＳ遺伝子群からの選択―
（１）先に示したように、表７に示されたＭＡＰＫ遺伝子群（８２遺伝子）は、全体として、糖尿病患者と健常者とでは発現量に有意差があり、また、治療の前後でも有意差があった。一方、表８に示すＯＸＰＨＯＳ遺伝子群（７０遺伝子）は、全体として、糖尿病患者と健常者とでは発現量に有意差があった。そこで、より少ない種類の遺伝子を用いて発現プロファイルを得た場合でも、同様の有意差が見られるか否かを検討した。【０１９８】
（１−１）表９に記載されたＭＡＰＫ遺伝子群中、ｐ値が低い１０遺伝子を選択し、実施例１で測定された遺伝子発現量を用い、糖尿病患者（５７検体）と健常者（１６検体）のそれら１０遺伝子の発現量を、各種アルゴリズム（複合共変予測(ｃｏｍｐｏｕｎｄ ｃｏｖａｒｉａｔｅ ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ)、対角線形判別分析(ｄｉａｇｏｎａｌ ｌｉｎｅａｒ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ ａｎａｌｙｓｉｓ)、１−最近隣法(１−ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒ)、３−最近隣法(３‐ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒｓ)、最近隣セントロイド(ｎｅａｒｅｓｔ Ｃｅｎｔｒｏｉｄ)、サポート・ベクター・マシーンズ (ｓｕｐｐｏｒｔ ｖｅｃｔｏｒ ｍａｃｈｉｎｅｓ)）により統計処理し、検体を２群（糖尿病である群と健常者の群）に分けた。その結果を、実際の状況（糖尿病患者か健常者か）と照らし合わせ、正解率を求めた。結果を表１３に示す。【０１９９】
表１３から明らかなように、８１％以上の高い確率で、分類、即ち診断を行うことができた。【０２００】
（１−２）表１０に記載されたＭＡＰＫ遺伝子群中、ｐ値が低い１０遺伝子を選択し、実施例１で測定された遺伝子発現量を用い、糖尿病患者における治療開始前後の検体（２７検体）におけるそれら１０遺伝子の発現量を、各種アルゴリズム（複合共変予測(ｃｏｍｐｏｕｎｄ ｃｏｖａｒｉａｔｅ ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ)、対角線形判別分析(ｄｉａｇｏｎａｌ ｌｉｎｅａｒ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ ａｎａｌｙｓｉｓ)、１−最近隣法(１−ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒ)、３−最近隣法(３‐ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒｓ)、最近隣セントロイド(ｎｅａｒｅｓｔ Ｃｅｎｔｒｏｉｄ)、サポート・ベクター・マシーンズ (ｓｕｐｐｏｒｔ ｖｅｃｔｏｒ ｍａｃｈｉｎｅｓ)）により統計処理し、検体を２群（治療開始前の群と治療開始後の群）に分けた。その結果を、実際の状況（治療開始前であるか治療開始後であるか）と照らし合わせ、正解率を求めた。結果を表１４に示す。【０２０１】
表１４から明らかなように、７７％以上の高い確率で、分類を行うことができた。【０２０２】
（１−３）表１１に記載されたＯＸＰＨＯＳ遺伝子群中、ｐ値が低い１０遺伝子を選択し、実施例１で測定された遺伝子発現量を用い、糖尿病患者（５７検体）と健常者（１６検体）のそれら１０遺伝子の発現量を、各種アルゴリズム（複合共変予測(ｃｏｍｐｏｕｎｄ ｃｏｖａｒｉａｔｅ ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ)、対角線形判別分析(ｄｉａｇｏｎａｌ ｌｉｎｅａｒ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ ａｎａｌｙｓｉｓ)、１−最近隣法(１−ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒ)、３−最近隣法(３‐ｎｅａｒｅｓｔ ｎｅｉｇｈｂｏｒｓ)、最近隣セントロイド(ｎｅａｒｅｓｔ Ｃｅｎｔｒｏｉｄ)、サポート・ベクター・マシーンズ (ｓｕｐｐｏｒｔ ｖｅｃｔｏｒ ｍａｃｈｉｎｅｓ)）により統計処理し、検体を２群（糖尿病である群と健常者の群）に分けた。その結果を、実際の状況（糖尿病患者か健常者か）と照らし合わせ、正解率を求めた。結果を表１５に示す。【０２０３】
表１５から明らかなように、７７％以上の高い確率で、分類、即ち診断を行うことができた。【０２０４】
【表１３】
2008047824.tif 000018
【０２０５】
【表１４】
2008047824.tif 000019
【０２０６】
【表１５】
2008047824.tif 000020
【０２０７】
（２）ＭＡＰキナーゼ経路に属する遺伝子群の中から３７遺伝子を選択し、糖尿病患者（５７検体）と健常者（１６検体）について、実施例１に記載の方法で発現量の測定を行った。スライド（マイクロ・チップ）をＳｃａｎ Ａｒｒａｙ Ｅｘｐｒｅｓｓ (Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ)にてスキャンした結果を数値化して図１０に示す。また、ＭＡＰキナーゼ経路に属する遺伝子群の中から４０遺伝子を選択し、糖尿病患者の治療前（２４検体）と同じ患者の治療後（２４検体）について、実施例１に記載の方法で発現量の測定を行った。スライド（マイクロ・チップ）をＳｃａｎ Ａｒｒａｙ Ｅｘｐｒｅｓｓ (Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ)にてスキャンした結果を数値化して図１１に示す。さらに、ミトコンドリアＯＸＰＨＯＳ経路に属する遺伝子群の中から４９遺伝子を選択し、糖尿病患者（５７検体）と健常者（１６検体）について、実施例１に記載の方法で発現量の測定を行った。スライド（マイクロ・チップ）をＳｃａｎ Ａｒｒａｙ Ｅｘｐｒｅｓｓ (Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ)にてスキャンした結果を数値化して図１２に示す。【０２０８】
図１０及び図１２のいずれにおいても、糖尿病患者（ＤＭ）と健常者（ｎｏｎＤＭ）では、測定した遺伝子群の発現プロファイルに相違があることがわかった。【０２０９】
また、図１１より、糖尿病患者の治療前の検体と治療後の検体では、測定した遺伝子群の発現プロファイルに相違があり、且つ、治療後の遺伝子発現プロファイルは、糖尿病に典型的な発現プロファイルからは脱却していることがわかった。【０２１０】
以上より、被験者の白血球ＲＮＡに由来する図１０に示された３７遺伝子の発現をマイクロ・チップにて測定し且つ画像化したデータを、図１０と比較することにより、被験者が糖尿病又はその予備軍であるか否かを判定し得る。【０２１１】
また、被験者の白血球ＲＮＡに由来する図１２に示された４９遺伝子の発現をマイクロ・チップにて測定し且つ画像化したデータを、図１２と比較することにより、被験者が糖尿病又はその予備軍であるか否かを判定し得る。【０２１２】
さらに、糖尿病患者の治療開始前後の白血球ＲＮＡに由来する図１１に示された４０遺伝子の発現をマイクロ・チップにて測定し且つ画像化したデータを、図１１と比較することにより、治療効果があがったか否かを判定し得る。
【実施例１１】
【０２１３】
糖尿病であるか否かが不明の検体の遺伝子発現量の測定と、結果の判定
（１）ＭＡＰＫ遺伝子群の利用
実施例１に記載の方法で、被験者１名の白血球ＲＮＡに由来するＭＡＰＫ遺伝子８２種（表７に記載されたもの；但し、実施例８に記載したように、測定データは９９種である）の遺伝子発現量を測定した。次いで、実施例８におけるデータを利用して、この被験者の各遺伝子の発現量を標準化した。その標準化後のデータを用い、この被験者のＭＡＰＫ平均セントロイドを算出したところ、０．１７６であった。従って、この被験者は糖尿病であると判定した。この判定は正しかった。【０２１４】
（２）ＯＸＰＨＯＳ遺伝子の利用
実施例１に記載の方法で、上記（１）と同じ被験者の白血球に由来するＯＸＰＨＯＳ遺伝子７０種（表８に記載されたもの；但し、実施例８に記載したように、測定データは７７種である）の遺伝子発現量を測定した。次いで、実施例８におけるデータを利用して、この被験者の各遺伝子の発現量を標準化した。その標準化後のデータを用い、この被験者のＯＸＰＨＯＳ平均セントロイドを算出したところ、−０．５０７であった。従って、この被験者は糖尿病であると判定した。この判定は正しかった。
【実施例１２】
【０２１５】
血糖コントロールにより治療効果があがっているか否かが不明の検体の遺伝子発現量の測定と、結果の判定
実施例１１（１）において測定を行った被験者について、血糖をコントロールする治療を施した後、同様の方法でＭＡＰＫ平均セントロイドを算出した。その結果は、−０．３６１であった。このデータより、この被験者においては治療効果があがっていると判定された。実際、血糖値等の臨床パラメータからも、糖尿病が軽快していることが確かめられた。
【図８】
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【図９】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【国際調査報告】
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