【手続補正書】
【提出日】平成16年2月5日(2004.2.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）１つまたはそれより多くの樹状細胞からmRNAを単離する工程；および
ｂ）少なくとも１つの刺激特異的遺伝子の遺伝子発現を測定する工程
を含み、ここで、刺激特異的遺伝子の発現は、該刺激特異的遺伝子が特異的である病原体による感染を示す、病原体の同定方法。
【請求項２】
刺激特異的遺伝子発現が増大する、請求項１記載の方法。
【請求項３】
刺激特異的遺伝子発現が減少する、請求項１記載の方法。
【請求項４】
刺激特異的遺伝子が発現されない、請求項１記載の方法。
【請求項５】
ａ）未熟樹状細胞と病原体またはその免疫原性成分とを接触させる工程；
ｂ）該樹状細胞からmRNAを単離し、標識する工程；
ｃ）遺伝子プロフィールが作製されるように該樹状細胞由来の標識mRNAを検出する工程；および
ｄ）遺伝子プロフィールを、少なくとも１つの刺激特異的遺伝子が同定されるように１つまたはそれより多くのリファレンス遺伝子プロフィールと比較して解析し、それにより刺激特異的遺伝子が特異的である病原体を同定する工程
を含む病原体の同定方法。
【請求項６】
ｂ）哺乳動物中の１つまたはそれより多くの樹状細胞からmRNAを単離する工程；
ｂ）該mRNAと少なくとも１つの刺激応答性遺伝子プローブとを接触させる工程、ここで該mRNAへの刺激応答性プローブのハイブリダイゼーションは、該哺乳動物における感染症を示す、
を含む哺乳動物における感染症の診断方法。
【請求項７】
刺激応答性プローブが刺激特異的プローブである、請求項６記載の方法。
【請求項８】
刺激応答性プローブが共通刺激応答性プローブである、請求項６記載の方法。
【請求項９】
ａ）哺乳動物中の１つまたはそれより多くの樹状細胞からmRNAを単離する工程；
ｂ）少なくとも１つの刺激特異的遺伝子の遺伝子発現を測定する工程、ここで該刺激特異的遺伝子の発現は、刺激特異的遺伝子が特異的である病原体による感染を示す、
を含む哺乳動物における病原体による感染症の診断方法。
【請求項１０】
刺激特異的遺伝子発現が増大する、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
刺激特異的遺伝子発現が減少する、請求項９記載の方法。
【請求項１２】
ａ）刺激応答性遺伝子の遺伝子プロフィールを解析する工程、ここで遺伝子プロフィールは臨床予後と相関する、
を含む、感染した個体の予後を予測する方法。
【請求項１３】
刺激応答性遺伝子が刺激特異的である、請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
刺激応答性遺伝子が共通刺激応答性遺伝子である、請求項１２記載の方法。
【請求項１５】
ａ）病原体を同定する工程；および
ｂ）それにしたがって治療養生法を処方する工程
を含む治療養生法を処方する方法。
【請求項１６】
病原体について患者を繰り返し評価し、治療養生法を処方する工程をさらに含む、請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
ａ）１つまたはそれより多くの未熟樹状細胞と試験ワクチンとを接触させる工程；
ｂ）該樹状細胞からmRNAを単離する工程；
ｃ）該樹状細胞中の遺伝子プロフィールを決定する工程；および
ｄ）至適化されたワクチンを示す遺伝子プロフィールを誘発する試験ワクチンを選択する工程、
を含むワクチンを至適化する方法。 
【請求項１８】
１つまたはそれより多くの樹状細胞と刺激とを接触させる工程；
ｂ）該樹状細胞からmRNAを単離する工程；および
ｃ）免疫応答を示す少なくとも１つの刺激応答性遺伝子が同定されるように遺伝子プロフィールを決定する工程
を含む、刺激に対する免疫応答を測定する方法。
【請求項１９】
ａ）樹状細胞と刺激とを接触させる工程；
ｂ）該樹状細胞からmRNAを単離し、標識する工程；
ｃ）DNA マクロアレイと該樹状細胞由来の標識されたmRNAとを接触させる工程；および
ｄ）免疫応答を示す少なくとも１つの刺激応答性遺伝子が同定されるように対照刺激と比較して遺伝子プロフィールを測定し、解析する工程
を含む、刺激に対する免疫応答を測定する方法。
【請求項２０】
樹状細胞が末梢血から得られる、請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
刺激が、細菌、真菌、ウイルス、またはそれらの成分からなる群より選ばれるものである、請求項１９記載の方法。
【請求項２２】
刺激が、エスケリチア・コリ（Escherichia coli）、スタフィロコッカス・オウレウス（Staphylococcus aurens）、インフルエンザウイルス、カンジダ・アルビカンス（Candida albicans）、多糖（LPS ）、ポリＩ：Ｃ、および酵母マンナンからなる群より選ばれるものである、請求項１９記載の方法。
【請求項２３】
刺激が、物理的、化学的、または電気的からなる群より選ばれるものである、請求項１９記載の方法。
【請求項２４】
刺激が、無機化学物質および有機化学物質からなる群より選ばれるものである、請求項１９記載の方法。
【請求項２５】
刺激が、無機化学物質および有機化学物質からなる群より選ばれる組み合わせを含む、請求項１９記載の方法。
【請求項２６】
DNA マイクロアレイが、AffymetrixHU 6800 である、請求項１９記載の方法。
【請求項２７】
刺激応答性遺伝子の発現が刺激に応答して増大する、請求項１９記載の方法。
【請求項２８】
刺激応答性遺伝子の発現が刺激に応答して減少する、請求項１９記載の方法。
【請求項２９】
刺激応答性遺伝子が刺激特異的である、請求項１９記載の方法。
【請求項３０】
ａ）未熟樹状細胞と刺激とを接触させる工程；
ｂ）該樹状細胞からmRNAを単離し、標識する工程；
ｃ）DNA マイクロアレイと該樹状細胞由来の標識mRNAとを接触させる工程；および
ｄ）少なくとも１つの刺激応答性遺伝子が同定されるように対照刺激と比較して遺伝子プロフィールを測定し、解析する工程
を含む、刺激に応答する樹状細胞における遺伝子プロフィールを測定する方法。
【請求項３１】
樹状細胞が末梢血から得られる、請求項３０記載の方法。
【請求項３２】
刺激が、細菌、真菌、ウイルス、またはそれらの成分からなる群より選ばれるものである、請求項３０記載の方法。
【請求項３３】
刺激が、エスケリチア・コリ（Escherichia coli）、スタフィロコッカス・オウレウス（Staphylococcus aurens）、インフルエンザウイルス、カンジダ・アルビカンス（Candida albicans）、多糖（LPS ）、ポリＩ：Ｃ、および酵母マンナンからなる群より選ばれるものである、請求項３０記載の方法。
【請求項３４】
刺激が、物理的、化学的、または電気的からなる群より選ばれるものである、請求項３０記載の方法。
【請求項３５】
刺激が、無機化学物質および有機化学物質からなる群より選ばれるものである、請求項３０記載の方法。
【請求項３６】
刺激が、無機化学物質および有機化学物質からなる群より選ばれる組み合わせを含む、請求項３０記載の方法。
【請求項３７】
DNA マイクロアレイがAffymetrixHU6800である、請求項３０記載の方法。
【請求項３８】
刺激応答性遺伝子の発現が刺激に応答して増大する、請求項３０記載の方法。
【請求項３９】
刺激応答性遺伝子の発現が刺激に応答して減少する、請求項３０記載の方法。
【請求項４０】
刺激応答性遺伝子が刺激特異的である、請求項３０記載の方法。
【請求項４１】
ａ）未熟樹状細胞と刺激とを接触させる工程；
ｂ）該樹状細胞からmRNAを単離し、標識する工程；
ｃ）DNA マイクロアレイと該樹状細胞由来の標識mRNAとを接触させる工程；および
ｄ）少なくとも１つの刺激応答性遺伝子を含むデータベースが作製されるように対照刺激と比較して遺伝子プロフィールを測定し、解析する工程
を含む刺激応答性遺伝子のデータベースを作製する方法。
【請求項４２】
ａ）未熟樹状細胞と刺激とを接触させる工程；
ｂ）該樹状細胞からmRNAを単離し、標識する工程；
ｃ）DNA マイクロアレイと該樹状細胞由来の標識mRNAとを接触させる工程；および
ｄ）少なくとも１つの刺激特異的遺伝子のデータベースが作製されるように対照刺激と比較して遺伝子プロフィールを測定し、解析する工程
を含む刺激特異的遺伝子のデータベースを作製する方法。
【請求項４３】
ａ）樹状細胞と刺激とを接触させる工程；
ｂ）該樹状細胞からmRNAを単離し、標識する工程；
ｃ）DNA マイクロアレイと該樹状細胞由来の標識mRNAとを接触させる工程；および
ｄ）少なくとも１つの共通刺激応答性遺伝子を含む共通刺激応答性遺伝子のデータベースが作製されるように対照刺激と比較して遺伝子プロフィールを測定し、解析する工程
を含む共通刺激応答性遺伝子のデータベースを作製する方法。
【請求項４４】
刺激応答性遺伝子のデータベース。
【請求項４５】
刺激特異的遺伝子のデータベース。
【請求項４６】
共通刺激応答性遺伝子のデータベース。
【請求項４７】
ａ）１つまたはそれより多くの未熟樹状細胞と刺激とを接触させる工程；
ｂ）該樹状細胞からmRNAを単離する工程；
ｃ）少なくとも１つの刺激特異的遺伝子が同定されるように遺伝子プロフィールを決定し、それにより刺激特異的遺伝子が特異的である病原体を同定する工程
を含む病原体を同定する方法。
【請求項４８】
ａ）１つまたはそれより多くの未熟樹状細胞と刺激とを接触させる工程；
ｂ）該樹状細胞からmRNAを単離し、標識する工程；
ｃ）DNA マクロアレイと該樹状細胞由来の標識mRNAとを接触させる工程
ｄ）少なくとも１つの刺激特異的遺伝子が同定されるように対照刺激と比較して遺伝子プロフィールを測定および解析し、それにより刺激特異的遺伝子が特異的である病原体を同定する工程
を含む病原体を同定する方法。
【請求項４９】
ａ）樹状細胞からmRNAを単離する工程；および
ｂ）少なくとも１つの刺激特異的遺伝子が同定されるように遺伝子プロフィールを決定し、それにより刺激特異的遺伝子が特異的である病原体を同定し、それが感染を示す工程
を含む病原体による感染を診断する方法。
【請求項５０】
ａ）樹状細胞からmRNAを単離し、標識する工程；
ｂ）DNA マクロアレイと該樹状細胞由来の標識されたmRNAとを接触させる工程；および
ｃ）少なくとも１つの刺激特異的遺伝子が同定されるように対照刺激と比較して遺伝子プロフィールを測定し、解析し、それにより刺激特異的遺伝子が特異的である病原体を同定し、それが感染を示す工程
を含む病原体による感染を診断する方法。
【請求項５１】
ａ）哺乳動物由来の１つまたはそれより多くの樹状細胞樹からタンパク質を単離する工程；
ｂ）該タンパク質と少なくとも１つの刺激特異的遺伝子とを接触させる工程
を含み、ここで、該タンパク質への刺激特異的抗体の結合が該哺乳動物における感染を示す、哺乳動物における感染の診断方法。
【請求項５２】
E.coli特異的遺伝子を含む遺伝子プロフィール。
【請求項５３】
カンジダ・アルビカン（Candida albican）特異的遺伝子を含む遺伝子プロフィール。
【請求項５４】
インフルエンザウイルス特異的遺伝子を含む遺伝子プロフィール。