【手続補正書】
【提出日】平成16年7月29日(2004.7.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプル中に存在する標的核酸分子の相対的なコピー数を決定する方法であって、１）ＰＣＲ混合物中で第１のＰＣＲを実行する工程であり、ここで、この混合物は、標的核酸分子の群および第１のＰＣＲプライマー対のセットを含み、ここで、各プライマー対は、標的核酸分子の群における１つの標的核酸分子の領域を増幅するように設計され、ここで、第１のＰＣＲは、標的核酸産物の第１のセットを産生する工程、２）ＰＣＲ混合物中で第２のＰＣＲを実行する工程であり、ここで、この混合物は、ＰＣＲ産物の第１群の一部分および標的核酸産物の１つを増幅するように設計される第２のＰＣＲプライマー対を含み、ここで、第２のＰＣＲは、標的核酸分子の１つに関連する第２の標的核酸ＰＣＲ産物を産生する工程、３）標的核酸分子を含むサンプル中に存在する第２の標的核酸産物のコピー数を定量する工程、を包含する方法。
【請求項２】
サンプル中の標的核酸の群のコピー数を定量する方法であって、１）第１のＰＣＲ混合物中で第１のＰＣＲを実行する工程であり、ここで、このＰＣＲは、少なくとも２つの異なるプライマー対で実行され、ここで、各プライマー対は、異なる標的遺伝子の発現転写に特異的である工程、２）各標的核酸に対して第２のＰＣＲを実行する工程であり、ここで、この第２のＰＣＲは、第２のプライマー対を含み、ここで、この第２のＰＣＲは、第１のＰＣＲ混合物の一部分を含む工程、３）各標的核酸についてそれぞれ第２のＰＣＲの開始物質の量を比較する工程、を包含する方法。
【請求項３】
サンプル中の標的核酸の群のコピー数を定量する方法であって、１）第１のＰＣＲ産物のセットを産生する第１のＰＣＲプライマー対のセットを含む第１のＰＣＲを実行する工程、２）第２のＰＣＲ産物を産生する標的核酸の１つおよび第１のＰＣＲ産物のセットの一部分に特異的な第２のプライマー対を含む第２のＰＣＲを実行する工程、３）第２のＰＣＲ中に存在する各標的核酸のコピー数を比較する工程、を包含する方法。
【請求項４】
サンプル中の標的核酸の群のコピー数を定量する方法であって、第１のＰＣＲ産物のセットを産生する第１のＰＣＲプライマー対のセットを含む第１のＰＣＲを実行する工程、２）第２のＰＣＲ産物を産生する第２のプライマー対および第１のＰＣＲ産物のセットの一部分を含む第２のＰＣＲを実行する工程、３）標準曲線に対する第２のＰＣＲの閾値サイクルを比較する工程であって、ここで、この標準曲線は、閾値サイクル  対  ＤＮＡのコピー数をプロットする工程、を包含する方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、ここで、それぞれの第１のＰＣＲプライマー対は、１つのフォワードプライマーおよび１つのリバースプライマーを含む、方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法であって、ここで、このフォワードプライマーおよびリバースプライマーがおよそ等モルである、方法。
【請求項７】
請求項４に記載の方法であって、ここで、それぞれの第１のＰＣＲプライマー対が、第１のＰＣＲプライマー対のセットにおけるそれぞれの他の第１のＰＣＲプライマー対と大よそ等モルである、方法。
【請求項８】
請求項４に記載の方法であって、ここで、それぞれの第１のＰＣＲプライマー対が、約５０％のＧＣ含量を有する、方法。
【請求項９】
請求項４に記載の方法であって、ここで、前記第１のＰＣＲがホットスタートによって開始される、方法。
【請求項１０】
請求項４に記載の方法であって、ここで、前記第１のＰＣＲが１５サイクル未満またはそれと同等なサイクルの間実行される、方法。
【請求項１１】
請求項４に記載の方法であって、ここで、標的核酸分子から産生される産物は、１００〜１０００ヌクレオチドの間の長さである、方法。
【請求項１２】
請求項４に記載の方法であって、ここで、標的核酸分子から産生される産物は、２０〜１５００ヌクレオチドの間の長さである、方法。
【請求項１３】
請求項４に記載の方法であって、ここで、標的核酸分子から産生される産物は、１７７〜２３７ヌクレオチドの間の長さである、方法。
【請求項１４】
請求項４に記載の方法であって、ここで、第１の標的核酸産物が２５０ヌクレオチド未満の長さである、方法。
【請求項１５】
請求項４に記載の方法であって、ここで、それぞれの第１の標的核酸産物が２５０ヌクレオチド未満の長さである、方法。
【請求項１６】
請求項４に記載の方法であって、ここで、前記第１のＰＣＲが少なくとも１９ＰＣＲプライマー対で実行される、方法。
【請求項１７】
請求項４に記載の方法であって、ここで、第２のＰＣＲが１つのＰＣＲプライマー対で実行される、方法。
【請求項１８】
請求項４に記載の方法であって、ここで、ステップ２におけるプライマー対が、ステップ１における任意のプライマー対とは異なる、方法。
【請求項１９】
請求項４に記載の方法であって、ここで、第２のＰＣＲプライマー対が、第１のＰＣＲプライマー対のセットにおいて存在するプライマー対である、方法。
【請求項２０】
請求項４に記載の方法であって、ここで、第２のＰＣＲプライマー対が、第１のＰＣＲプライマー対と同じ領域の標的核酸を増幅する、方法。
【請求項２１】
請求項４に記載の方法であって、ここで、ステップ２におけるプライマー対が普遍プライマー配列を含む、方法。
【請求項２２】
請求項４に記載の方法であって、ここで、第１のＰＣＲ産物のセットが、少なくとも５個の異なる標的核酸分子に由来する、方法。
【請求項２３】
請求項４に記載の方法であって、ここで、第１のＰＣＲ産物のセットが、少なくとも１５個の異なる標的核酸分子に由来する、方法。
【請求項２４】
請求項４に記載の方法であって、ここで、第２のＰＣＲプライマー対に由来するプライマーの１つが蛍光検出と関連する配列を含む、方法。
【請求項２５】
請求項２４に記載の方法であって、ここで、この蛍光検出が、ＳＹＢＲグリーン、Ｔａｑｍａｎプローブ、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｅａｃｏｎ、Ｓｃｏｒｐｉｏｎ  Ｐｒｉｍｅｒ、Ｓｕｎｒｉｓｅ  Ｐｒｉｍｅｒ、およびＥｃｌｉｓｐｅ  Ｐｒｏｂｅからなる群から選択される蛍光レポータープローブの使用を含む、方法。
【請求項２６】
請求項２４に記載の方法であって、ここで、蛍光レポータープローブがクエンチャーと結合する、方法。
【請求項２７】
請求項４に記載の方法であって、さらに第１のＰＣＲを実行する以前の標的核酸分子と関連するｃＤＮＡを産生する工程を包含する方法。
【請求項２８】
請求項２７に記載の方法であって、さらにｃＤＮＡを産生する前にＲＮＡを産生する工程を包含する方法。
【請求項２９】
被験体がアルツハイマー病になるおそれがあるか否かを決定するための指標を提供する方法であって、被験体からのサンプルに関して請求項１、２６、または２８に記載の方法を実行し、そして被験体における標的核酸の群のコピー数と、コントロールにおける標的核酸の群を比較する工程を包含する、方法。
【請求項３０】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットがＡＰ１８０、ＰＰ２ＣＢ、Ｄｙｎａｍｉｎ、Ｓｙｎｔａｘｉｎ、ＰＡＲＧ、ＣＡＭＫＧ、およびＩＣＡＭ５からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子に特異的な対を包含する、方法。
【請求項３１】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットがＡＰ１８０、ＰＰ２ＣＢ、Ｄｙｎａｍｉｎ、Ｓｙｎｔａｘｉｎ、ＰＡＲＧ、ＣＡＭＫＧ、およびＩＣＡＭ５からなる群から選択される少なくとも２つの遺伝子に特異的な対を包含する、方法。
【請求項３２】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットがＡＰ１８０、ＰＰ２ＣＢ、Ｄｙｎａｍｉｎ、Ｓｙｎｔａｘｉｎ、ＰＡＲＧ、ＣＡＭＫＧ、およびＩＣＡＭ５からなる群から選択される少なくとも３つの遺伝子に特異的な対を包含する、方法。
【請求項３３】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットがＡＰ１８０、ＰＰ２ＣＢ、Ｄｙｎａｍｉｎ、Ｓｙｎｔａｘｉｎ、ＰＡＲＧ、ＣＡＭＫＧ、およびＩＣＡＭ５からなる群から選択される少なくとも４つの遺伝子に特異的な対を包含する、方法。
【請求項３４】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットがＡＰ１８０、ＰＰ２ＣＢ、Ｄｙｎａｍｉｎ、Ｓｙｎｔａｘｉｎ、ＰＡＲＧ、ＣＡＭＫＧ、およびＩＣＡＭ５からなる群から選択される少なくとも５つの遺伝子に特異的な対を包含する、方法。
【請求項３５】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットがＡＰ１８０、ＰＰ２ＣＢ、Ｄｙｎａｍｉｎ、Ｓｙｎｔａｘｉｎ、ＰＡＲＧ、ＣＡＭＫＧ、およびＩＣＡＭ５からなる群から選択される少なくとも６つの遺伝子に特異的な対を包含する、方法。
【請求項３６】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットがＡＰ１８０、ＰＰ２ＣＢ、Ｄｙｎａｍｉｎ、Ｓｙｎｔａｘｉｎ、ＰＡＲＧ、ＣＡＭＫＧ、およびＩＣＡＭ５に特異的な対を包含する、方法。
【請求項３７】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットが対１、対２、対３、対４、対５、対６、および対７からなる群から選択される対を含み、そして、ここで、対１が配列番号１７および３６であり、ここで、対２が配列番号１３および３２であり、ここで、対３が配列番号１９および３８であり、ここで、対４が配列番号１８および３７であり、ここで、対５が配列番号１４および３３であり、ここで、対６が配列番号１０および２９であり、そして、ここで、対７が配列番号３および２２である、方法。
【請求項３８】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットが対１、対２、対３、対４、対５、対６、および対７からなる群から選択される２対を含み、そして、ここで、対１が配列番号１７および３６であり、ここで、対２が配列番号１３および３２であり、ここで、対３が配列番号１９および３８であり、ここで、対４が配列番号１８および３７であり、ここで、対５が配列番号１４および３３であり、ここで、対６が配列番号１０および２９であり、そして、ここで、対７が配列番号３および２２である、方法。
【請求項３９】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットが対１、対２、対３、対４、対５、対６、および対７からなる群から選択される３対を含み、そして、ここで、対１が配列番号１７および３６であり、ここで、対２が配列番号１３および３２であり、ここで、対３が配列番号１９および３８であり、ここで、対４が配列番号１８および３７であり、ここで、対５が配列番号１４および３３であり、ここで、対６が配列番号１０および２９であり、そして、ここで、対７が配列番号３および２２である、方法。
【請求項４０】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第の１プライマー対のセットが対１、対２、対３、対４、対５、対６、および対７からなる群から選択される４対を含み、そして、ここで、対１が配列番号１７および３６であり、ここで、対２が配列番号１３および３２であり、ここで、対３が配列番号１９および３８であり、ここで、対４が配列番号１８および３７であり、ここで、対５が配列番号１４および３３であり、ここで、対６が配列番号１０および２９であり、そして、ここで、対７が配列番号３および２２である、方法。
【請求項４１】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットが対１、対２、対３、対４、対５、対６、および対７からなる群から選択される２対を含み、そして、ここで、対１が配列番号１７および３６であり、ここで、対２が配列番号１３および３２であり、ここで、対３が配列番号１９および３８であり、ここで、対４が配列番号１８および３７であり、ここで、対５が配列番号１４および３３であり、ここで、対６が配列番号１０および２９であり、そして、ここで、対７が配列番号３および２２である、方法。
【請求項４２】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットが対１、対２、対３、対４、対５、対６、および対７からなる群から選択される６対を含み、そして、ここで、対１が配列番号１７および３６であり、ここで、対２が配列番号１３および３２であり、ここで、対３が配列番号１９および３８であり、ここで、対４が配列番号１８および３７であり、ここで、対５が配列番号１４および３３であり、ここで、対６が配列番号１０および２９であり、そして、ここで、対７が配列番号３および２２である、方法。
【請求項４３】
請求項２９に記載の方法であって、ここで、前記第１のプライマー対のセットが対１、対２、対３、対４、対５、対６、および対７を含み、そして、ここで、対１が配列番号１７および３６であり、ここで、対２が配列番号１３および３２であり、ここで、対３が配列番号１９および３８であり、ここで、対４が配列番号１８および３７であり、ここで、対５が配列番号１４および３３であり、ここで、対６が配列番号１０および２９であり、そして、ここで、対７が配列番号３および２２である、方法。