【手続補正書】
【提出日】平成16年9月27日(2004.9.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  ラクチルCoA脱水酵素活性および3-ヒドロキシプロピオニルCoA脱水酵素活性を含む細胞。
【請求項２】  (a) 配列番号：1、9、17、25、33、34、36、38、40、42、129、140、142、162、もしくは163に定められる配列；または
(2)配列番号：1、9、17、25、33、34、36、38、40、42、129、140、142、162、または163に定められる配列と少なくとも65パーセントの配列の同一性を持つ核酸配列、
を含む外因性核酸を含む、請求項1記載の細胞。
【請求項３】  ポリヒドロキシ酸合成酵素活性を含む、請求項1記載の細胞。
【請求項４】  CoA合成酵素活性、ラクチルCoA脱水酵素活性、およびポリヒドロキシ酸合成酵素活性を含む細胞。
【請求項５】  重合アクリレートを生産する、請求項4記載の細胞。
【請求項６】  CoA転移酵素活性、ラクチルCoA脱水酵素活性、および脂肪分解酵素活性を含む細胞。
【請求項７】  E1活性化因子活性、E2α活性、およびE2β活性からなる群から選択される活性を含む、請求項1、4、または6記載の細胞。
【請求項８】  アクリル酸のエステルを生産する、請求項6記載の細胞。
【請求項９】  (a) 配列番号：2、10、18、26、35、37、39、41、141、160、または161に定められる配列；
(b) 配列番号：2、10、18、26、35、37、39、41、141、160、または161に定められる配列の少なくとも10の連続するアミノ酸残基を持つ配列；
(c) 配列番号：2、10、18、26、35、37、39、41、141、160、または161に定められる配列と少なくとも65％の配列の同一性を持つ配列；
(d) 配列番号：2、10、18、26、35、37、39、41、141、160、または161に定められる配列の少なくとも10の連続するアミノ酸残基と少なくとも65％の配列の同一性を持つ配列；および
(e) 少なくとも1つの保存的置換を含む配列番号：2、10、18、26、35、37、39、41、141、160、または161に定められる配列、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を持つポリペプチド。
【請求項１０】  請求項9記載のポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸分子。
【請求項１１】  請求項9記載のポリペプチドをコードする核酸配列を含む外因性核酸分子を少なくとも1つ含む形質転換細胞。
【請求項１２】  3-HPを生産する請求項1または11記載の細胞。
【請求項１３】  外因性核酸分子がラクチルCoA脱水酵素活性を持つ酵素のE2αポリペプチド、ラクチルCoA脱水酵素活性を持つ酵素のE2βポリペプチド、3-ヒドロキシプロピオニルCoA脱水酵素活性を持つポリペプチドまたはCoA転移酵素活性を持つポリペプチドをコードする、請求項11記載の細胞。
【請求項１４】  脂肪分解酵素活性を含む、請求項1または11記載の細胞。
【請求項１５】  3-HPのエステルを生産する、請求項1または11記載の細胞。
【請求項１６】  エステルがメチル3-ヒドロキシプロピオネート、エチル3-ヒドロキシプロピオネート、プロピル3-ヒドロキシプロピオネート、ブチル3-ヒドロキシプロピオネート、および2-エチルヘキシル3-ヒドロキシプロピオネートからなる群より選択される、請求項15記載の細胞。
【請求項１７】  CoA合成酵素活性を含む、請求項1または11記載の細胞。
【請求項１８】  重合3-HPを生産する、請求項1または11記載の細胞。
【請求項１９】  原核細胞である、請求項1、4、6、または11記載の細胞。
【請求項２０】  酵母、乳酸桿菌、ラクトコッカス、バチルス、および大腸菌細胞からなる群より選択される、請求項1、4、6、または11記載の細胞。
【請求項２１】  請求項9記載のポリペプチドに特異的に結合する、特異的結合剤。
【請求項２２】  (a) 配列番号：1、9、17、25、33、34、36、38、40、42、129、140、142、162、または163に定められる配列；
(b)配列番号：1、9、17、25、33、34、36、38、40、42、129、140、142、162、または163に定められる配列の少なくとも10の連続するヌクレオチドを持つ配列；
(c)配列番号：1、9、17、25、33、34、36、38、40、42、129、140、142、162、または163に定められる配列と少なくとも65％配列の同一性を持つ配列；
(d)配列番号：1、9、17、25、33、34、36、38、40、42、129、140、142、162、または163に定められる配列の少なくとも10の連続するヌクレオチドと少なくとも65％の配列の同一性を持つ配列；
(e)配列番号：1、9、17、25、33、34、36、38、40、42、129、140、142、162、または163に定められる配列に、中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列、
からなる群より選択される、核酸配列を含む単離された核酸分子。
【請求項２３】  生産細胞にとって外因性である、請求項22記載の単離された核酸分子を含む、生産細胞。
【請求項２４】  単離された核酸分子が、CoA転移酵素活性、ラクチルCoA脱水酵素活性、CoA合成酵素活性、CoA脱水酵素活性、脱水素酵素活性、マロニルCoA還元酵素活性、およびヒドロキシプロピオニルCoA脱水酵素活性からなる群より選択される酵素活性を持つポリペプチドをコードする、請求項23記載の細胞。
【請求項２５】  細胞がポリペプチドを生産できる条件下で請求項23記載の細胞を培養し、ポリペプチドが生産される段階を含む、ポリペプチドを生産する方法。
【請求項２６】  3-HPが生産される条件下で、PEPから3-HPを生産する能力のある少なくとも1つのポリペプチドをコードする少なくとも1つの外因性核酸分子を含む少なくとも1つの細胞を培養する段階を含む、3-HPの生産方法。
【請求項２７】  3-HPがβアラニン中間体、アセチルCoA中間体、マロニルCoA中間体またはラクテート中間体を用いる生合成経路によって生産される、請求項26記載の方法。
【請求項２８】  3-HPが生産される条件下で、ラクテートから3-HPを生産する能力のある少なくとも1つのポリペプチドをコードする少なくとも1つの外因性核酸分子を含む少なくとも1つの細胞を培養する段階を含む、3-HPの生産方法。
【請求項２９】  ラクチルCoA脱水酵素活性および3-ヒドロキシプロピオニルCoA脱水酵素活性を含む細胞が3-HPを生産する条件下で、少なくとも1つの細胞を培養する段階を含む、3-HPの生産方法。
【請求項３０】  CoA転移酵素活性を持つ第1のポリペプチドをラクテートに接触させてラクチルCoAを形成する段階；
ラクチルCoAにラクチルCoA脱水酵素活性を持つ第2のポリペプチドを接触させてアクリリルCoAを形成する段階；
アクリリルCoAに3-ヒドロキシプロピオニルCoA脱水酵素活性を持つ第3のポリペプチドを接触させて3-HP-CoAを形成する段階；および
3-HP-CoAに第1のポリペプチドを接触させて3-HPを形成する、または3-ヒドロキシプロピオニルCoA加水分解酵素活性もしくは3-ヒドロキシイソブトリルCoA加水分解酵素活性を持つ第4のポリペプチドを接触させて該3-HPを形成する段階
を含む、3-HPの生産方法。
【請求項３１】  ラクチルCoA加水分解酵素活性および3-ヒドロキシプロピオニルCoA脱水酵素活性を含む細胞を、該細胞が重合3-HPを生産する条件下で培養する段階を含む、重合3-HPの生産方法。
【請求項３２】  細胞がCoA合成酵素活性を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３３】  CoA合成酵素活性を持つ第1のポリペプチドをラクテートに接触させてラクチルCoAを形成する段階；
ラクチルCoAにラクチルCoA脱水酵素活性を持つ第2のポリペプチドを接触させてアクリリルCoAを形成する段階；
アクリリルCoAに3-ヒドロキシプロピオニルCoA脱水酵素活性を持つ第3のポリペプチドを接触させて3-ヒドロキシプロピオン酸CoAを形成する段階；および
3-ヒドロキシプロピオン酸CoAにポリヒドロキシ酸合成酵素活性を持つ第4のポリペプチドを接触させて重合3-HPを形成する段階、
を含む、重合3-HPの生産方法。
【請求項３４】  ラクチルCoA脱水酵素活性および3-ヒドロキシプロピオニルCoA脱水酵素活性を含む細胞を、細胞がエステルを生産する条件下で培養する段階を含む、3-HPのエステルの生産方法。
【請求項３５】  細胞がCoA転移酵素活性、3-ヒドロキシプロピオニルCoA加水分解酵素活性または3-ヒドロキシイソブトリルCoA加水分解酵素活性を含む、請求項29または34記載の方法。
【請求項３６】   CoA転移酵素活性を持つ第1のポリペプチドをラクテートに接触させてラクチルCoAを形成する段階；
ラクチルCoAにラクチルCoA脱水酵素活性を持つ第2のポリペプチドを接触させてアクリリルCoAを形成する段階；
アクリリルCoAに3-ヒドロキシプロピオニルCoA脱水酵素活性を持つ第3のポリペプチドを接触させて3-ヒドロキシプロピオン酸CoAを形成する段階；
3-ヒドロキシプロピオン酸CoAに第1のポリペプチドを接触させて3-HPを形成する、または3-ヒドロキシプロピオニルCoA加水分解酵素活性もしくは3-ヒドロキシイソブトリルCoA加水分解酵素活性を持つ第4のポリペプチドを接触させて3-HPを形成する段階；および
3-HPに脂肪分解酵素活性を持つ第5のポリペプチドを接触させてエステルを形成する段階、
を含む、3-HPのエステル生産方法。
【請求項３７】  CoA合成酵素活性およびラクチルCoA加水分解酵素活性を含む細胞を、該細胞が重合アクリレートを生産する条件下で培養する段階を含む、重合アクリレートの生産方法。
【請求項３８】  細胞がポリヒドロキシ酸合成酵素活性を含む、請求項31または37記載の方法。
【請求項３９】  CoA合成酵素活性を持つ第1のポリペプチドをラクテートに接触させてラクチルCoAを形成する段階；
ラクチルCoAにラクチルCoA脱水酵素活性を持つ第2のポリペプチドを接触させてアクリリルCoAを形成する段階；および
アクリリルCoAにポリヒドロキシ酸合成酵素活性を持つ第3のポリペプチドを接触させて重合アクリレートを形成する段階、
を含む、重合アクリレートの生産方法。
【請求項４０】  CoA転移酵素活性およびラクチルCoA脱水酵素活性を含む細胞を、該細胞がエステルを生産する条件下で培養する段階を含む、アクリル酸のエステルの生産方法。
【請求項４１】  細胞が脂肪分解酵素活性を含む、請求項40記載の方法。
【請求項４２】  CoA転移酵素活性を持つ第1のポリペプチドをラクテートに接触させてラクチルCoAを形成する段階；
ラクチルCoAにラクチルCoA脱水酵素活性を持つ第2のポリペプチドを接触させてアクリリルCoAを形成する段階；
アクリリルCoAに第1のポリペプチドを接触させてアクリレートを形成する段階；および
アクリレートに脂肪分解酵素活性を持つ第3のポリペプチドを接触させてエステルを形成する段階、
を含む、アクリル酸のエステル生産方法。
【請求項４３】  細胞が、酵母、乳酸桿菌、ラクトコッカス、バチルス、および大腸菌細胞からなる群より選択される、請求項26、29、31、34、37または40記載の方法。
【請求項４４】  アセチルCoAカルボキシラーゼ活性を持つ第1のポリペプチドをアセチルCoAに接触させて、マロニルCoAを形成する段階；および
マロニルCoAにマロニルCoA還元酵素活性を持つ第2のポリペプチドを接触させて3-HPを形成する段階を含む、3-HPの生産方法。
【請求項４５】  マロニルCoAにマロニルCoA還元酵素活性を持つポリペプチドを接触させて3-HPを形成する段階を含む、3-HPの生産方法。
【請求項４６】  βアラニンCoAにβアラニルCoAアンモニアリアーゼ活性を持つ第1のポリペプチドを接触させてアクリリルCoAを形成する段階；
アクリリルCoAに3-HP-CoA脱水酵素活性を持つ第2のポリペプチドを接触させて3-HP-CoAを形成する段階；
3-HP-CoAにグルタミン酸脱水素酵素活性を持つ第3のポリペプチドを接触させて3-HPを形成する段階
を含む3-HPの生産方法。
【請求項４７】  1,3-プロパンジオールを生産する、請求項1、11、または12記載の細胞。
【請求項４８】  細胞が1,3-プロパンジオールを生産する条件下で、請求項1、11、または12記載の細胞を培養する段階を含む、1,3-プロパンジオールの生産方法。
【請求項４９】  請求項26〜30または請求項45〜48のいずれか一項記載の方法を用いて3-HPを生産する段階：および
3-HPと酸化還元酵素活性を持つポリペプチド、還元酵素活性を持つポリペプチド、アルデヒド脱水素酵素活性を持つポリペプチド、および/またはアルコール脱水素酵素活性を持つポリペプチドを接触させる段階を含む、3-HPから1,3-プロパンジオールを生産する方法。
【請求項５０】  請求項1、11または12記載の細胞に、酸化還元酵素活性を持つポリペプチドをコードする核酸、還元酵素活性を持つポリペプチドをコードする核酸、アルデヒド脱水素酵素活性を持つポリペプチドをコードする核酸、および/またはアルコール脱水素酵素活性を持つポリペプチドをコードする核酸でトランスフェクトする段階；ならびに
トランスフェクトした細胞を培養し、トランスフェクトした細胞が1,3-プロパンジオールを生産可能である段階を含む、1,3-プロパンジオールを生産する方法。