【手続補正書】
【提出日】平成16年9月7日(2004.9.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  以下の段階を含む標的核酸を検出する方法：
a)  一本鎖または部分的一本鎖の標的核酸を捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブにハイブリダイズして、該プローブと標的核酸との間に二本鎖ハイブリッドを形成する段階であり、捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブは標的核酸内の重複しない領域にハイブリダイズすることができ、かつ相互にハイブリダイズしない段階；
b)  ハイブリダイゼーション反応にブロッカープローブを加える段階であり、該ブロッカープローブはハイブリダイズされていない過剰の捕捉配列プローブにハイブリダイズする段階；
c)  二本鎖ハイブリッドを固相に結合して、結合ハイブリッドを形成する段階；および
d)  結合ハイブリッドを検出する段階。
【請求項２】  以下の段階を含む標的核酸を検出する方法：
a)  一本鎖または部分的一本鎖の標的核酸を固定化捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブにハイブリダイズして、該プローブと標的核酸との間に結合二本鎖ハイブリッドを形成する段階であり、捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブは標的核酸内の重複しない領域にハイブリダイズし、かつ相互にハイブリダイズしない段階；
b)  ハイブリダイゼーション反応にブロッカープローブを加える段階であり、該ブロッカープローブはハイブリダイズされていない過剰の捕捉配列プローブにハイブリダイズする段階；および
c)  結合ハイブリッドを検出する段階。
【請求項３】  シグナル配列プローブが一本鎖である、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項４】  捕捉配列プローブが少なくとも1つのリガンドで修飾されている、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項５】  リガンドがビオチンである、請求項4記載の方法。
【請求項６】  捕捉配列プローブが5'末端および3'末端を有する線状であり、その5'末端および3'末端の両方がビオチン化されている、請求項5記載の方法。
【請求項７】  捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブが標的核酸の領域にハイブリダイズし、その領域の隔たりが3キロベース未満である、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項８】  捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブが標的核酸の領域にハイブリダイズし、その領域の隔たりが500ベース未満である、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項９】  捕捉配列プローブが、標的核酸の異なる領域または異なる標的分子に相補的な2つまたはそれ以上の配列の融合体である、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項１０】  形成される二本鎖ハイブリッドがDNA/RNAハイブリッドである、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項１１】  ハイブリダイゼーション段階の前に一本鎖または部分的一本鎖の標的核酸を形成する段階をさらに含む、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項１２】  捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブの標的核酸へのハイブリダイゼーションが連続的に行われる、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項１３】  段階a)および段階b)が同時に行われる、請求項1記載の方法。
【請求項１４】  段階a)および段階c)が同時に行われる、請求項1記載の方法。
【請求項１５】  段階a)、段階b)および段階c)が同時に行われる、請求項1記載の方法。
【請求項１６】  段階a)および段階b)が同時に行われる、請求項2記載の方法。
【請求項１７】  ブロッカープローブが捕捉配列プローブの融解温度より低い融解温度を有する、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項１８】  ハイブリッドが固相上へ捕捉される、請求項1記載の方法。
【請求項１９】  固相がストレプトアビジンでコーティングされている、請求項17記載の方法。
【請求項２０】  固相がマイクロプレートである、請求項17記載の方法。
【請求項２１】  段階c)が室温で実行される、請求項1記載の方法。
【請求項２２】  結合ハイブリッドがそのハイブリッドを認識する抗体を使用して検出される、請求項1または請求項2記載の方法。
【請求項２３】  ハイブリッドがDNA/RNAハイブリッドである、請求項22記載の方法。
【請求項２４】  DNA/RNAハイブリッドを認識する抗体がアルカリホスファターゼで標識されている、請求項22記載の方法。
【請求項２５】  以下の段階を含む標的核酸を検出する方法：
a)  一本鎖または部分的一本鎖の標的核酸を捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブにハイブリダイズする段階であり、捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブは標的核酸内の重複しない領域にハイブリダイズし、かつ相互にハイブリダイズせず、該ハイブリダイゼーションにより該シグナル配列プローブと標的核酸との間にRNA/DNAハイブリッドが形成される段階；および
b)  RNA/DNAハイブリッドが、そのRNA/DNAハイブリッドを認識する抗体を該ハイブリッドに結合することにより検出される段階であり、該抗体は検出可能に標識されている段階。
【請求項２６】  段階a)において形成されるハイブリッドを固相に結合して、結合ハイブリッドを形成する段階をさらに含む、請求項25記載の方法。
【請求項２７】  シグナル配列プローブが一本鎖である、請求項25記載の方法。
【請求項２８】  捕捉配列プローブが少なくとも1つのリガンドで修飾されている、請求項25記載の方法。
【請求項２９】  捕捉配列プローブがビオチン化されている、請求項28記載の方法。
【請求項３０】  捕捉配列プローブが5'末端および3'末端を有する線状であり、その5'末端および3'末端の両方がビオチン化されている、請求項29記載の方法。
【請求項３１】  捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブが標的核酸の領域にハイブリダイズし、その領域の隔たりが3キロベース未満である、請求項25記載の方法。
【請求項３２】  捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブが標的核酸の領域にハイブリダイズし、その領域の隔たりが500ベース未満である、請求項25記載の方法。
【請求項３３】  ハイブリダイゼーション段階の前に一本鎖の標的核酸を形成する段階をさらに含む、請求項25記載の方法。
【請求項３４】  捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブの標的核酸へのハイブリダイゼーションが連続的に行われる、請求項25記載の方法。
【請求項３５】  段階a)において形成されるハイブリッドを固相上へ結合して、結合ハイブリッドを形成する、請求項25記載の方法。
【請求項３６】  結合ハイブリッドが室温で形成される、請求項35記載の方法。
【請求項３７】  固相がストレプトアビジンでコーティングされている、請求項35記載の方法。
【請求項３８】  固相がマイクロプレートである、請求項35記載の方法。
【請求項３９】  抗体がアルカリホスファターゼで標識されている、請求項25記載の方法。
【請求項４０】  ブロッカープローブをハイブリダイゼーション段階に加える段階をさらに含み、該ブロッカープローブはハイブリダイズされていない過剰の捕捉配列プローブにハイブリダイズする、請求項25記載の方法。
【請求項４１】  ブロッカープローブが、捕捉配列プローブの標的核酸へのハイブリダイゼーションに続いてハイブリダイゼーション反応に加えられる、請求項40記載の方法。
【請求項４２】  ブロッカープローブが捕捉配列プローブの融解温度より低い融解温度を有する、請求項40記載の方法。
【請求項４３】  以下の段階を含む標的核酸を検出する方法：
a)  一本鎖または部分的一本鎖の標的核酸を捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブにハイブリダイズする段階であり、捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブは標的核酸内の重複しない領域にハイブリダイズし、かつ相互にハイブリダイズせず、シグナル配列プローブはDNA/RNAハイブリッド領域を含み、該ハイブリダイゼーションにより複合体が形成される段階；および
b)  該複合体を検出する段階。
【請求項４４】  シグナル配列プローブが少なくとも40塩基対の長さを含む、請求項43記載の方法。
【請求項４５】  捕捉配列プローブが少なくとも6塩基対の長さを含む、請求項43記載の方法。
【請求項４６】  捕捉配列プローブが固相上に固定化されている、請求項45記載の方法。
【請求項４７】  複合体が、DNA/RNAハイブリッド領域を認識する抗体を該領域に結合することにより検出され、その抗体が検出可能に標識されている、請求項43記載の方法。
【請求項４８】  捕捉配列プローブが少なくとも1つのリガンドで修飾されている、請求項43記載の方法。
【請求項４９】  リガンドがビオチンである、請求項48記載の方法。
【請求項５０】  捕捉配列プローブが5'末端および3'末端を有する線状であり、その5'末端および3'末端の両方がビオチン化されている、請求項49記載の方法。
【請求項５１】  ブロッカープローブをハイブリダイゼーション段階後に加える段階をさらに含み、該ブロッカープローブはハイブリダイズされていない過剰の捕捉配列プローブにハイブリダイズする、請求項43記載の方法。
【請求項５２】  ブロッカープローブが捕捉配列プローブの長さより4塩基対〜10塩基対短い長さを含む、請求項51記載の方法。
【請求項５３】  配列番号：1から配列番号：160までからなる群より選択される配列からなる核酸プローブ。
【請求項５４】  シグナル配列プローブがDNA/RNA二重鎖構造を有する第一の領域と一本鎖の核酸配列を有する第二の領域とを含む、請求項1記載の方法。
【請求項５５】  DNA/RNA二重鎖がM13 DNA-M13 RNA二重鎖である、請求項54記載の方法。
【請求項５６】  以下の段階を含む標的核酸を検出する方法：
a)  一本鎖または部分的一本鎖の標的核酸を捕捉配列プローブ、架橋プローブおよびシグナル配列プローブにハイブリダイズして、二本鎖ハイブリッドを形成する段階であり、捕捉配列プローブおよび架橋プローブは標的核酸内の重複しない領域にハイブリダイズし、かつ相互にハイブリダイズせず、ならびにシグナル配列プローブは架橋プローブにハイブリダイズし、かつ標的核酸および捕捉配列プローブにハイブリダイズしない段階；
b)  ブロッカープローブをハイブリダイゼーション反応に加える段階であり、該ブロッカープローブはハイブリダイズされていない過剰の捕捉配列プローブにハイブリダイズする段階；
c)  ハイブリッドを固相に結合して、結合ハイブリッドを形成する段階；および
d)  結合ハイブリッドを検出する段階。
【請求項５７】  シグナル配列プローブがDNA/RNA二重鎖構造を有する第一の領域および一本鎖の核酸を有する第二の領域を含む、請求項56記載の方法。
【請求項５８】  DNA/RNA二重鎖がM13 DNA-M13 RNA二重鎖である、請求項57記載の方法。
【請求項５９】  DNA/RNA二重鎖がシグナル配列プローブ内の反復配列とその反復配列に相補的な配列を有する核酸分子との間に形成されるハイブリッドである、請求項57記載の方法。
【請求項６０】  架橋プローブがポリ(A)テールをさらに含む、請求項56記載の方法。
【請求項６１】  シグナル配列プローブが、架橋プローブのポリ(A)テールにハイブリダイズする一本鎖ポリ(dT)DNA配列、およびシグナル配列プローブのポリ(dT)配列とポリ(A)配列を有する核酸分子との間に形成されるDNA/RNA二重鎖を含む、請求項60記載の方法。
【請求項６２】  以下の段階：
a)  一本鎖または部分的一本鎖の標的核酸を捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブにハイブリダイズして、該プローブと標的核酸との間に二本鎖ハイブリッドを形成する段階；
b)  ハイブリッドを固相に結合して、結合ハイブリッドを形成する段階；および
c)  結合ハイブリッドを検出する段階、
を含む標的核酸を検出する方法であり、捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブは標的核酸内の重複しない領域にハイブリダイズし、かつ相互にハイブリダイズしない方法。
【請求項６３】  捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブの標的核酸へのハイブリダイゼーションが連続的に行われる、請求項62記載の方法。
【請求項６４】  段階a)および段階b)が同時に行われる、請求項62記載の方法。
【請求項６５】  ブロッカープローブを加える段階をさらに含み、該ブロッカープローブはハイブリダイズされていない過剰の捕捉配列プローブにハイブリダイズする、請求項62記載の方法。
【請求項６６】  ブロッカープローブの添加およびハイブリダイゼーション段階が同時に行われる、請求項65記載の方法。
【請求項６７】  ブロッカープローブの添加および結合段階が同時に行われる、請求項65記載の方法。
【請求項６８】  シグナル配列プローブが一本鎖である、請求項62記載の方法。
【請求項６９】  捕捉配列プローブが少なくとも1つのリガンドで修飾されている、請求項62記載の方法。
【請求項７０】  リガンドがビオチンである、請求項62記載の方法。
【請求項７１】  捕捉配列プローブが5'末端および3'末端を有する線状であり、その5'末端および3'末端の両方がビオチン化されている、請求項70記載の方法。
【請求項７２】  捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブが標的核酸の領域にハイブリダイズし、その領域の隔たりが3キロベース未満である、請求項62記載の方法。
【請求項７３】  捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブが標的核酸の領域にハイブリダイズし、その領域の隔たりが500ベース未満である、請求項62記載の方法。
【請求項７４】  捕捉配列プローブが、標的核酸の異なる領域または異なる標的分子に相補的な2つまたはそれ以上の配列の融合体である、請求項62記載の方法。
【請求項７５】  形成される二本鎖ハイブリッドがDNA/RNAハイブリッドである、請求項62記載の方法。
【請求項７６】  ハイブリダイゼーション段階の前に一本鎖DNAを形成する段階をさらに含む、請求項62記載の方法。
【請求項７７】  捕捉配列プローブおよびシグナル配列プローブの標的核酸へのハイブリダイゼーションが連続的に行われる、請求項62記載の方法。
【請求項７８】  段階a)および段階b)が同時に行われる、請求項62記載の方法。
【請求項７９】  ブロッカープローブが捕捉配列プローブの融解温度より低い融解温度を有する、請求項63記載の方法。
【請求項８０】  固相がストレプトアビジンでコーティングされている、請求項63記載の方法。
【請求項８１】  固相がマイクロプレートである、請求項73記載の方法。
【請求項８２】  段階b)が約20℃〜90℃で実行される、請求項62記載の方法。
【請求項８３】  捕捉配列プローブが少なくとも6ベースの長さを含む、請求項82記載の方法。
【請求項８４】  段階b)が室温で実行される、請求項62記載の方法。
【請求項８５】  結合ハイブリッドが、ハイブリッドを認識する抗体を使用して検出される、請求項62記載の方法。
【請求項８６】  シグナル配列プローブが欠失した捕捉配列プローブ領域を含み、かつ標的核酸に相補的である、請求項60記載の方法。
【請求項８７】  標的核酸が一塩基多型である、請求項60記載の方法。
【請求項８８】  ハイブリッドの固相への結合の特異性が、室温より高い温度によって調節される、請求項87記載の方法。
【請求項８９】  ハイブリッドの固相への結合の特異性が、ブロッカープローブの添加によって調節される、請求項87記載の方法。
【請求項９０】  ハイブリッドの固相への結合の特異性が、室温より高い温度およびブロッカープローブの添加によって調節される、請求項87記載の方法。