【手続補正書】
【提出日】平成15年8月21日(2003.8.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸を含む試料から核酸を抽出する方法であって、
第1のpHにおいて、イオン化可能な基を含みかつ前記第1のpHにおいて正電荷を有する物質と、試料とを接触させることにより、前記物質に核酸を結合させる工程と、
物質上の電荷が負、中性またはより小さい正電荷となる第2のより高いpHで前記核酸を
遊離させる工程
とを含み、核酸の遊離が温和な条件下で起こり、イオン化可能な基が、
生物学的緩衝液、
ポリヒドロキシル化されたアミン、
洗剤または界面活性剤、
炭水化物、
核酸塩基、
複素環式含窒素化合物、
モノアミン、
生体色素または
pKaが約3.0〜7.0である負のイオン化可能な基、および前記第1のpHにおいて、また任意に前記第2のpHにおいても正に荷電している金属酸化物により供給される方法。
【請求項２】
温和な条件が、前記核酸が変性されず、かつ/または分解されず、かつ/または脱プリン化されない条件および/または実質的に生理学的条件である請求項1に記載の方法。
【請求項３】
遊離工程が約pH10.5以下、好ましくは約pH9.0以下で行われる請求項1または2に記載の
方法。
【請求項４】
遊離工程が約500mM以下、好ましくは約100mM以下のイオン強度で行われる請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
遊離工程が約70℃以下、好ましくは約50℃以下の温度で行われる請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
遊離工程がほぼ室温で行われる請求項5に記載の方法。
【請求項７】
遊離工程が遊離された核酸の保存またはさらなる処理に適した緩衝液で核酸を溶離することを含む請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
緩衝液がPCRに適した緩衝液である請求項1から7のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記イオン化可能な基のpKaが約3.0〜9.0、好ましくは約4.0〜9.0である請求項1から8
のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
物質が正のイオン化可能な基を含み、そのpKaが約5.0〜8.0、好ましくは6.0〜7.0であ
る請求項9に記載の方法。
【請求項１１】
前記物質が弱塩基を含む請求項10に記載の方法。
【請求項１２】
前記物質が、正のイオン化可能な窒素原子、およびその正のイオン化可能な窒素原子のpKaを低下させることができる一以上の電気陰性基を含む請求項10に記載の方法。
【請求項１３】
前記イオン化可能な基が、
N-2-アセトアミド-2-アミノエタンスルホン酸(ACES)、
N-2-アセトアミド-2-イミノ二酢酸(ADA)、
アミノメチルプロパンジオール(AMP)、
3-1,1-ジメチル-2-ヒドロキシエチルアミノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(AMPSO)
、
N,N-ビス2-ヒドロキシエチル-2-アミノエタンスルホン酸(BES)、
N,N-ビス-2-ヒドロキシエチルグリシン(BICINE)、
ビス-2-ヒドロキシエチルイミノトリスヒドロキシメチルメタン(ビス-トリス)、
1,3-ビストリスヒドロキシメチルメチルアミノプロパン(ビス-トリスプロパン)、
4-シクロヘキシルアミノ-1-ブタンスルホン酸(CABS)、
3-シクロヘキシルアミノ-1-プロパンスルホン酸(CAPS)、
3-シクロヘキシルアミノ-2-ヒドロキシ-1-プロパンスルホン酸(CAPSO)、
2-N-シクロヘキシルアミノエタンスルホン酸(CHES)、
3-N,N-ビス-2-ヒドロキシエチルアミノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(DIPSO)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-3-プロパンスルホン酸(EPPS)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-4-ブタンスルホン酸(HEPBS)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-2-エタンスルホン酸(HEPES)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-2-プロパンスルホン酸(HEPPSO)、
2-N-モルホリノエタンスルホン酸(MES)、
4-N-モルホリノブタンスルホン酸(MOBS)、
3-N-モルホリノプロパンスルホン酸(MOPS)、
3-N-モルホリノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(MOPSO)、
ピペラジン-N-N-ビス-2-エタンスルホン酸(PIPES)、
ピペラジン-N-N-ビス-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(POPSO)、
N-トリスヒドロキシメチル-メチル-4-アミノブタンスルホン酸(TABS)、
N-トリスヒドロキシメチル-メチル-3-アミノプロパンスルホン酸(TAPS)、
3-N-トリスヒドロキシメチル-メチルアミノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(TAPSO)
、
N-トリスヒドロキシメチル-メチル-2-アミノエタンスルホン酸(TES)、
N-トリスヒドロキシメチルメチルグリシン(TRICINE)、
トリスヒドロキシメチルアミノメタン(トリス)、
ポリヒドロキシル化されたアミン類、
イミダゾールおよびその誘導体類(すなわちイミダゾール類)、特にヒドロキシル基を含む誘導体類、
トリエタノールアミン二量体類および重合体類、および
ジ/トリ/オリゴアミノ酸、例えば、Ala-Ala、Gly-Gly(pKa 8.2)、Ser-Ser、Gly-Gly-Gly、Ser-Gly、
デシルメチルイミダゾールまたはドデシル-ビス-トリスのような洗剤、
グルコサミン、ポリグルコサミン(例えば、キトサン)、カナマイシンまたはその誘導体のような窒素および電気陰性基を含む炭水化物、
シチジンのような核酸塩基、ならびに、
モルホリン、ピロール、ピロリジン、ピリジン、ピリジノール、ピリドン、ピロリン、ピラゾール、ピリダジン、ピラジン、ピペリドン、ピペリジンまたはピペラジン含有化合物のような脂肪族または芳香族含窒素複素環を含む単量体、二量体または重合体化合物、例えば、ポリビニルピリジン(前記環が任意に一以上の電気陰性基で置換されている)を含む物質である請求項1から12のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記生物学的緩衝液が、
トリス、
ビス-トリス、
ビス-トリスプロパン、
トリシン、
ビシンおよび
ポリヒドロキシル化されたアミンからなる群から選択される請求項1から13のいずれか
一項に記載の方法。
【請求項１５】
物質が、
pKaが約3.0〜7.0である負のイオン化可能な基
および前記第1のpHにおいて、また任意に前記第2のpHにおいても正に荷電している基を含む請求項9に記載の方法。
【請求項１６】
前記の負のイオン化可能な基がカルボキシ基である請求項15に記載の方法。
【請求項１７】
正に荷電している前記基が鉄II、III酸化物などの金属酸化物である請求項15に記載の
方法。
【請求項１８】
前記物質が、第1および第2のpHの間にある、または前記第1のpHの下約1.0pH単位以内、好ましくは約0.5pH単位以内にあるpKa値を有するイオン化可能な基を含む請求項1から17
のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記第2のpHがpKa値の約3pH単位以内、好ましくは約2pH単位以内にある請求項18に記載の方法。
【請求項２０】
2本鎖核酸から1本鎖核酸を分離するための、請求項1から19のいずれか一項に記載の方
法。
【請求項２１】
2本鎖核酸を1本鎖核酸に変換する前工程を含む、1本鎖核酸を抽出するための、請求項1から20のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記物質が固相物質である請求項1から21のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
結合工程が1M以下の濃度を有する溶液中で行われる請求項1から22のいずれか一項に記
載の方法。
【請求項２４】
生物学的緩衝液またはポリヒドロキシル化されたアミンである化学種により供給される複数の正のイオン化可能な基を含み、試料から核酸を抽出する方法に使用するための固相生成物。
【請求項２５】
生物学的緩衝液が、
N-2-アセトアミド-2-アミノエタンスルホン酸(ACES)、
N-2-アセトアミド-2-イミノ二酢酸(ADA)、
アミノメチルプロパンジオール(AMP)、
3-1,1-ジメチル-2-ヒドロキシエチルアミノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(AMPSO)
、
N,N-ビス2-ヒドロキシエチル-2-アミノエタンスルホン酸(BES)、
N,N-ビス-2-ヒドロキシエチルグリシン(BICINE)、
ビス-2-ヒドロキシエチルイミノトリスヒドロキシメチルメタン(ビス-トリス)、
1,3-ビストリスヒドロキシメチルメチルアミノプロパン(ビス-トリスプロパン)、
4-シクロヘキシルアミノ-1-ブタンスルホン酸(CABS)、
3-シクロヘキシルアミノ-1-プロパンスルホン酸(CAPS)、
3-シクロヘキシルアミノ-2-ヒドロキシ-1-プロパンスルホン酸(CAPSO)、
2-N-シクロヘキシルアミノエタンスルホン酸(CHES)、
3-N,N-ビス-2-ヒドロキシエチルアミノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(DIPSO)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-3-プロパンスルホン酸(EPPS)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-4-ブタンスルホン酸(HEPBS)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-2-エタンスルホン酸(HEPES)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-2-プロパンスルホン酸(HEPPSO)、
2-N-モルホリノエタンスルホン酸(MES)、
4-N-モルホリノブタンスルホン酸(MOBS)、
3-N-モルホリノプロパンスルホン酸(MOPS)、
3-N-モルホリノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(MOPSO)、
ピペラジン-N-N-ビス-2-エタンスルホン酸(PIPES)、
ピペラジン-N-N-ビス-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(POPSO)、
N-トリスヒドロキシメチル-メチル-4-アミノブタンスルホン酸(TABS)、
N-トリスヒドロキシメチル-メチル-3-アミノプロパンスルホン酸(TAPS)、
3-N-トリスヒドロキシメチル-メチルアミノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(TAPSO)
、
N-トリスヒドロキシメチル-メチル-2-アミノエタンスルホン酸(TES)、
N-トリスヒドロキシメチルメチルグリシン(TRICINE)、
トリスヒドロキシメチルアミノメタン(トリス)、
ポリヒドロキシル化されたイミダゾール類、
トリエタノールアミン二量体類および重合体類、および
ジ/トリ/オリゴアミノ酸、例えば、Gly-Gly、Ser-Ser、Gly-Gly-GlyおよびSer-Glyからなる群から選択される請求項24に記載の生成物。
【請求項２６】
複数のイオン化可能な基が共有またはイオン結合により、あるいは吸着により固体担体に別個に固定化されている請求項25に記載の生成物。
【請求項２７】
複数のイオン化可能な基が重合体に別個に結合されていて、前記重合体が共有またはイオン結合により、あるいは吸着により固体担体に固定化されている請求項25に記載の生成物。
【請求項２８】
イオン化可能な基が任意に架橋剤により重合されている請求項25に記載の生成物。
【請求項２９】
重合体が共有またはイオン結合により、あるいは吸着により固体担体に固定化されている請求項28に記載の生成物。
【請求項３０】
重合体が固体である請求項28に記載の生成物。
【請求項３１】
生物学的緩衝液およびポリヒドロキシル化されたアミンから選択される化学種により供給される複数の正のイオン化可能な基を含み、試料から核酸を抽出する方法に使用するための水溶性生成物。
【請求項３２】
前記生物学的緩衝液が、
N-2-アセトアミド-2-アミノエタンスルホン酸(ACES)、
N-2-アセトアミド-2-イミノ二酢酸(ADA)、
アミノメチルプロパンジオール(AMP)、
3-1,1-ジメチル-2-ヒドロキシエチルアミノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(AMPSO)
、
N,N-ビス2-ヒドロキシエチル-2-アミノエタンスルホン酸(BES)、
N,N-ビス-2-ヒドロキシエチルグリシン(BICINE)、
ビス-2-ヒドロキシエチルイミノトリスヒドロキシメチルメタン(ビス-トリス)、
1,3-ビストリスヒドロキシメチルメチルアミノプロパン(ビス-トリスプロパン)、
4-シクロヘキシルアミノ-1-ブタンスルホン酸(CABS)、
3-シクロヘキシルアミノ-1-プロパンスルホン酸(CAPS)、
3-シクロヘキシルアミノ-2-ヒドロキシ-1-プロパンスルホン酸(CAPSO)、
2-N-シクロヘキシルアミノエタンスルホン酸(CHES)、
3-N,N-ビス-2-ヒドロキシエチルアミノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(DIPSO)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-3-プロパンスルホン酸(EPPS)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-4-ブタンスルホン酸(HEPBS)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-2-エタンスルホン酸(HEPES)、
N-2-ヒドロキシエチルピペラジン-N-2-プロパンスルホン酸(HEPPSO)、
2-N-モルホリノエタンスルホン酸(MES)、
4-N-モルホリノブタンスルホン酸(MOBS)、
3-N-モルホリノプロパンスルホン酸(MOPS)、
3-N-モルホリノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(MOPSO)、
ピペラジン-N-N-ビス-2-エタンスルホン酸(PIPES)、
ピペラジン-N-N-ビス-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(POPSO)、
N-トリスヒドロキシメチル-メチル-4-アミノブタンスルホン酸(TABS)、
N-トリスヒドロキシメチル-メチル-3-アミノプロパンスルホン酸(TAPS)、
3-N-トリスヒドロキシメチル-メチルアミノ-2-ヒドロキシプロパンスルホン酸(TAPSO)
、
N-トリスヒドロキシメチル-メチル-2-アミノエタンスルホン酸(TES)、
N-トリスヒドロキシメチルメチルグリシン(TRICINE)、
トリスヒドロキシメチルアミノメタン(トリス)、
ポリヒドロキシル化されたイミダゾール類、
トリエタノールアミン二量体類および重合体類、および
ジ/トリ/オリゴアミノ酸、例えば、Gly-Gly、Ser-Ser、Gly-Gly-GlyおよびSer-Glyからなる群から選択される請求項31に記載の生成物。
【請求項３３】
複数のイオン化可能な基が別個に重合体に結合している請求項31に記載の生成物。
【請求項３４】
イオン化可能な基が任意に架橋剤により重合されている請求項31に記載の生成物。
【請求項３５】
試料から核酸を抽出する方法に用いるための生成物であって、核酸を結合することが望まれる第1のpHと核酸を遊離させることが望まれる第2のより高いpHの両方において正電荷を有し、複数の負のイオン化可能な基を含み、前記第1のpHにおいて核酸を結合すること
ができ、前記第2のpHにおいて結合核酸が遊離されるように、前記負のイオン化可能な基
の電荷合計が前記第1のpHと前記第2のpHの間でより負になるものである、生成物。
【請求項３６】
負のイオン化可能な基が約3〜7、好ましくは約4〜7のpKaを有する請求項35に記載の生
成物。
【請求項３７】
負にイオン化可能な基がカルボキシ基である請求項35に記載の生成物。
【請求項３８】
前記正電荷が金属または金属酸化物、好ましくは鉄II、III酸化物により供給される請
求項35に記載の生成物。