【手続補正書】
【提出日】平成16年4月22日(2004.4.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
感染性海綿状脳症（ＴＳＥ）または該ＴＳＥを患っている疑いのある被験者においてその可能性の診断方法は、
前記被験者から取り出した体液のサンプルを質量分析にかけて、それにより該サンプルにおけるポリペプチドのテスト量を決定し、
前記テスト量が前記ＴＳＥの診断に対応するか否かを判断することを備え、
前記ポリペプチドは、ＴＳＥ感染被験者と非感染被験者の前記体液で相違して含まれており、約４７８０、約６７００、約８６００、約１３３７５、約３９７０、約３９９０、約４２９４、約４４７８、約１００７５、約１１７３０、約１４０４３、約１７８３９、約７７００、約３２９５、約４３１５、約４４３６、約６２００、約８９３６、約９１０７、約９１４５、約９１８５、約９４５４、約１３５５０、約７５７４、約７９３０、約７９７５、約８０２０、または約１０２２０Ｄａの分子量を有する。
【請求項２】
前記ポリペプチドは、ＴＳＥ感染被験者の体液に存在し、非ＴＳＥ感染被験者の体液には存在せず、これにより体液サンプル中の前記ポリペプチドの存在がＴＳＥであることを示す請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ポリペプチドは、ＴＳＥ感染被験者の体液に存在せず、非ＴＳＥ感染被験者の体液には存在し、これにより体液サンプル中の前記ポリペプチドの非存在がＴＳＥであることを示す請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記質量分析は、レーザー脱離／イオン化質量分析である請求項１から３のうちいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記サンプルは、固定化金属親和性捕獲（ＩＭＡＣ）、該ポリペプチドと結合する疎水性、強アニオン性、または弱カチオン性交換表面を有するプロープで吸収される請求項１から４のうちいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記ポリペプチドは、表面増幅レーザー脱離／イオン化（ＳＥＬＤＩ）及び飛行時間型質量分析法（ＴＯＦ−ＭＳ）によって決定される請求項１から５のうちいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記体液は、脳脊髄液、血漿、血清、血液、または涙である請求項１から６のうちいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
複数の前記ポリペプチドは前記サンプル内で決定される請求項１から７のうちいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記ＴＳＥは、クロイツフェルト・ヤコブ病（ＣＪＤ）である請求項１から８のうちいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
約４７８０、約６７００、約８６００、または約１３３７５の分子量を有する１またはそれより多くのそれぞれのポリペプチドが決定され、そのようなポリペプチドの１つまたはそれより多い存在がＣＪＤであることを示す請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
約３９７０、約３９９０、約４２９４、約４４７８、約１００７５、約１１７３０、約１４０４３、または約１７８３９の分子量をそれぞれ有する１つまたはそれより多いポリペプチドが決定され、そのようなポリペプチドの１つまたはそれより多い不存在がＣＪＤを示す請求項９、または１０に記載の方法。
【請求項１２】
約７７００の分子量を有するポリペプチドが決定され、そのようなポリペプチドの存在がＣＪＤであることを示す請求項９から１１のうちいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
約３２９５、約４３１５、約４４３６、約６２００、約８９３６、約９１０７、約９１４５、約９１８５、約９４５４、または約１３５５０Ｄａの分子量を有するポリペプチドが決定され、そのようなポリペプチドの１つ以上の不存在または減少量がＣＪＤであることを示す請求項９から１２のうちいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
約７５７４、約７９３０、約７９７５、または約８０２０Ｄａの分子量を有するポリペプチドが決定され、そのようなポリペプチドの１つ以上の存在または増加量がＣＪＤであることを示す請求項９から１３のうちいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＴＳＥは牛海綿状脳症（ＢＳＥ）である請求項１から８のうちいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ポリペプチドは約１０２２０の分子量を有し、該ポリペプチドの存在がＢＳＥであることを示す請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＴＳＥはスクレピーである請求項１から８のうちいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
診断、前兆、治療への適用に対して、ＴＳＥ感染被験者と非感染被験者の体液で相違して含まれるポリペプチドの使用であって、
前記ポリペプチドは、約４７８０、約６７００、約８６００、約１３３７５、約３９７０、約３９９０、約４２９４、約４４７８、約１００７５、約１１７３０、約１４０４３、約１７８３９、約７７００、約３２９５、約４３１５、約４４３６、約６２００、約８９３６、約９１０７、約９１４５、約９１８５、約９４５４、約１３５５０、約７５７４、約７９３０、約７９７５、約８０２０、または約１０２２０Ｄａの分子量を有し、質量分析により決定することができる。
【請求項１９】
診断、前兆、治療への適用に対しての材料の使用であって、
該材料は、ＴＳＥ感染被験者と非感染被験者の体液で相違して含まれるポリペプチドを認識したり、該ポリペプチドと結合したり、または該ポリペプチドと親和性を有したりし、
前ポリペプチドは、約４７８０、約６７００、約８６００、約１３３７５、約３９７０、約３９９０、約４２９４、約４４７８、約１００７５、約１１７３０、約１４０４３、約１７８３９、約７７００、約３２９５、約４３１５、約４４３６、約６２００、約８９３６、約９１０７、約９１４５、約９１８５、約９４５４、約１３５５０、約７５７４、約７９３０、約７９７５、約８０２０、または約１０２２０Ｄａの分子量を有し、質量分析により決定することができる。
【請求項２０】
前記材料は、抗体または抗体チップである請求項１９に記載の使用。
【請求項２１】
ＴＳＥの診断で使用するためのキットであって、体液のサンプルを受け取って、質量分析で配置するためのプローブからなり、
それにより該サンプルでのポリペプチドのテスト量を決定し、
該ポリペプチドはＴＳＥ感染被験者とＴＳＥ非感染の被験者との体液で相違して含まれており、
該ポリペプチドは、約４７８０、約６７００、約８６００、約１３３７５、約３９７０、約３９９０、約４２９４、約４４７８、約１００７５、約１１７３０、約１４０４３、約１７８３９、約７７００、約３２９５、約４３１５、約４４３６、約６２００、約８９３６、約９１０７、約９１４５、約９１８５、約９４５４、約１３５５０、約７５７４、約７９３０、約７９７５、約８０２０、または約１０２２０Ｄａの分子量を有する。
【請求項２２】
前記プローブは前記ポリペプチドの吸収のための吸着剤を含む請求項２１に記載のキット。
【請求項２３】
さらに、前記プローブから非結合または弱い結合の前記材料を取り除くための洗浄溶液を備える請求項２２に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２７】
図１から図４は、上述したように調製したＩＭＡＣ３タンパク質チップアレイを使用して、ＣＪＤ診断患者からのＣＳＦと標準のＣＳＦとの間で行われる比較研究の結果を示す。この研究では、我々は、ＣＪＤの影響を受けた患者からのＣＳＦにおいて、４つのピークが大きく相違する増加をすることが分かった。これらの分子量はそれぞれ、約４７８０、６７００、８６００、及び１３３７５である（質量精度は約０．１％である）。図１は、０から１００，０００Ｄａまでの２つのスペクトルビューであって、それぞれ標準（ｎｏｒｍａｌ）サンプルとＣＪＤサンプルとを示している。図２は、４７８０Ｄａのタンパク質のピークを示している。図３は、６７００と８６００Ｄａのタンパク質のピークを示している。図４は、１３３７５Ｄａのタンパク質のピークを示している。これらのデータは、約４７８０、６７００、８６００、及び１３３７５ＤａのピークはＣＳＦサンプルにおけるＣＪＤを診断するために使用することができるということを証明している。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
ＢＳＥ感染牛（ＢＳＥ＋）と非感染牛（ＢＳＥ−）からの血漿（ｐｌａｓｍａ）サンプルを使用して、実施例１を繰り返す。この結果は、図５及び図６で示される。図５は、０から５０，０００Ｄａまでのサンプルの種類ごとのスペクトルビューを示す。我々は、図６で説明したように、約１０２２０Ｄａのタンパク質は、ＢＳＥ＋血漿サンプルにおいてかなり増加していることを観察した。このことは、約１０２２０Ｄａのピークは血漿サンプルにおけるＢＳＥを診断するために使用することができるということを証明している。