【手続補正書】
【提出日】平成16年11月16日(2004.11.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  以下の段階を含む、試料中の生体分子を検出する方法：
少なくとも2層のメンブレンの積み重ねを提供する段階；
積み重ねの多層のメンブレンの中を生体分子が移動可能であり、メンブレン上で生体分子の少なくとも一部が直接捕獲される条件下で、試料を積み重ねに適用する段階；および
一つまたは複数の多数のメンブレン上で生体分子を検出する段階。
【請求項２】  積み重ねが、それぞれ厚さ30ミクロン未満の複数の多孔性基板を含む、請求項１記載の方法。
【請求項３】  一つまたは複数の基板が、生体分子に対するメンブレンの親和性を増加させる材料を含む、請求項２記載の方法。
【請求項４】  材料が一つまたは複数のメンブレンにコーティングされる、請求項３記載の方法。
【請求項５】  多孔性基板が、ポリカーボネート、酢酸セルロース、およびその混合物からなる群より選択される材料を含む、請求項2記載の方法。
【請求項６】  多孔性基板が、ポリカーボネート基板を含む、請求項５記載の方法。
【請求項７】  親和性を増加させる材料が、ニトロセルロース、ポリ-L-リジン、およびその混合物からなる群より選択される、請求項５記載の方法。
【請求項８】  親和性を増加させる材料が、生体分子特異的リガンドである、請求項５記載の方法。
【請求項９】  多孔性基板がポリカーボネート基板を含み、親和性を増加させる材料がニトロセルロースを含む、請求項５記載の方法。
【請求項１０】  試料が組織切片である、請求項１記載の方法。
【請求項１１】  生体分子を検出する段階が、一つまたは複数のメンブレンを積み重ねから分離する段階、および一つまたは複数の分離されたメンブレン上で生体分子を検出する段階を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１２】  多数のメンブレンの中に生体分子を移動させる条件が、層状のメンブレンの中に移動液体を通過させることを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１３】  一つまたは複数のメンブレンの中に生体分子を移動させる条件が、層状のメンブレンの積み重ねの中の所望の移動方向への生体分子の移動を促進するウィックを提供することを含む、請求項1記載の方法。
【請求項１４】  層状のメンブレンの積み重ねが、5個またはそれ以上のメンブレンを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１５】  層状のメンブレンの積み重ねが、20個またはそれ以上のメンブレンを含む、請求項14記載の方法。
【請求項１６】  層状のメンブレンの積み重ねが、50個またはそれ以上のメンブレンを含む、請求項14記載の方法。
【請求項１７】  試料が、核酸、蛋白質、脂質、糖質、またはその組み合わせもしくは混合物を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１８】  試料が実質的に二次元の試料である、請求項１記載の方法。
【請求項１９】  実質的に二次元の試料が、組織切片、組織マイクロアレイ、LCM採取試料、「一次元」電気泳動ゲル、「二次元」電気泳動ゲル、構造的に変形した試料、またはその二つもしくはそれ以上の組み合わせからなる群より選択される、請求項18記載の方法。
【請求項２０】  一つまたは複数のメンブレン上で検出された生体分子を試料の生物学的特徴に相関させる段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項２１】  以下の段階を含む、生体試料の多数の実質的なコピーを作製する方法：
メンブレンによって、積み重ねに適用された生体分子が複数のメンブレンの中を移動することができ、その間に多数のメンブレン上で生体分子の少なくとも一部を直接捕獲する、層状のメンブレンの積み重ねを提供する段階；および
多数のメンブレンが試料から生体分子を直接捕獲することができ、生体試料の多数の実質的なコピーを作製可能な条件下で、生体試料を積み重ねに適用し、それによって生体試料の多数の実質的なコピーを作製する段階。
【請求項２２】  生体試料が、核酸、蛋白質、脂質、糖質、またはその組み合わせもしくは混合物を含む、請求項21記載の方法。
【請求項２３】  生体試料が、組織切片、組織マイクロアレイ、LCM採取試料、「一次元」電気泳動ゲル、「二次元」電気泳動ゲル、構造的に変形した試料、またはその二つもしくはそれ以上の組み合わせからなる群より選択される、請求項21記載の方法。
【請求項２４】  多数の実質的なコピーの少なくとも一つの上で対象となる一つまたは複数の生体分子を検出する段階をさらに含む、請求項21記載の方法。
【請求項２５】  対象となる生体試料を検出する段階が、複数の多数のメンブレンを少なくとも一つの検出子分子に曝露する段階を含む、請求項24記載の方法。
【請求項２６】  生体試料が、層状のメンブレンの積み重ね上に配置される組織標本であって、組織標本からの生体分子が多数のメンブレンの中を移動する際に、組織標本からの生体分子が層状のメンブレンによって直接捕獲される、請求項24記載の方法。
【請求項２７】  対象となる生体分子を検出する前に多数のメンブレンを分離する段階をさらに含む、請求項24記載の方法。
【請求項２８】  積み重ねに適用された生体分子そのものが、分析される生体標本に曝露される検出子を含み、生体標本を検出子によって分析可能な条件下で、多数のメンブレンの一つまたは複数を生体標本に曝露する段階をさらに含む、請求項24記載の方法。
【請求項２９】  多数のメンブレン上の対象となる少なくとも一つの生体分子が核酸分子であって、対象となる生体分子を検出する段階が、メンブレン上の核酸分子と、生体標本における核酸分子とのハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、分析される生体標本に、多数のメンブレン上の核酸分子を曝露する段階を含む、請求項28記載の方法。
【請求項３０】  以下の段階を含む、一組のマイクロアレイコピーを作製する方法：
層状のメンブレンの積み重ねを提供する段階；および
層状のメンブレンの積み重ねが、複数の基板中をプローブまたは核酸が移動して、プローブまたは抗体の一部が一つまたは複数の基板によって直接捕獲される複数の基板を含む、複数のDNAプローブ、抗体、またはその組み合わせを層状のメンブレンの積み重ねに適用する段階。
【請求項３１】  基板のそれぞれの対応する位置において、複数のDNAプローブ、抗体、またはその組み合わせを有する対応する基板を提供するために基板を分離する段階をさらに含む、請求項30記載の方法。
【請求項３２】  複数のDNAプローブ、抗体、またはその組み合わせを適用する段階が、それぞれ異なるDNAプローブまたは抗体を含む複数のウェルを有するプレートから積み重ねに適用され、DNAプローブまたは抗体が、実質的に複製物のマイクロアレイの組を作製するように、ウェルから積み重ねに移動する、請求項30記載の方法。
【請求項３３】  以下の段階を含む、組織試料中の生体分子を分析する方法：
少なくとも一つのメンブレンを提供する段階；
少なくとも一つのメンブレンを組織試料に接して配置する段階；
組織試料に熱および／または圧力を適用し、それによって生体分子が組織試料から少なくとも一つのメンブレン上に移動する段階；および
少なくとも一つのメンブレン上で生体分子を分析する段階。
【請求項３４】  組織試料が、保管された組織試料、凍結保存された組織試料、新鮮な組織試料、LCM採取組織試料、または組織マイクロアレイである、請求項33記載の方法。
【請求項３５】  複数のメンブレンを提供する段階を含み、および二つまたはそれ以上の複数のメンブレン上で生体分子を分析する段階をさらに含む、請求項33記載の方法。
【請求項３６】  メンブレンが、コア基板およびコーティングを含む、厚さ30ミクロン以下の多孔性のメンブレンである、請求項33記載の方法。
【請求項３７】  コア基板がポリカーボネートを含む、請求項36記載の方法。
【請求項３８】  コーティングがニトロセルロースを含む、請求項36記載の方法。
【請求項３９】  以下の段階を含む、組織マイクロアレイの生体分子内容物を複製する方法：
組織マイクロアレイを提供する段階；および
組織マイクロアレイの生体分子内容物の少なくとも一つの複製物を作製するために、生体分子を組織マイクロアレイから複数のメンブレン上に移動させる段階。
【請求項４０】  生体分子を移動させる段階が以下の段階を含む、請求項39記載の方法：
複数のメンブレンを組織マイクロアレイに接して配置する段階；および
組織マイクロアレイに熱および／または圧力を適用し、それによって生体分子が、組織マイクロアレイから複数のメンブレンの少なくとも一つのメンブレン上に移動する段階。
【請求項４１】  以下の段階を含む、LCM転写フィルムに抱埋された細胞材料を分析する方法：
一つまたは複数のメンブレンを提供する段階；
一つまたは複数のメンブレンをLCM転写フィルムに隣接して配置する段階；
生体分子を細胞材料から一つまたは複数のメンブレンに移動させる段階；および
メンブレン上の生体分子を検出する段階。
【請求項４２】  生体分子を移動させる段階が以下の段階を含む、請求項41記載の方法：
メンブレンおよび／またはLCM転写フィルムに熱および／または圧力を適用し、それによって、生体分子がLCM転写フィルムから一つまたは複数のメンブレン上に移動する段階。
【請求項４３】  以下の段階を含む、生体試料のプロテオームを分析する方法：
生体試料中に存在するもう一つの蛋白質から少なくとも一つの蛋白質を分離する段階；
分離した蛋白質の一部を積み重ねた形状の複数のメンブレンに移動させる段階；
分離した蛋白質と、そのような蛋白質に結合することができるリガンドとを結合させるために十分な条件下で、メンブレンのそれぞれを、一つまたは複数の種の既定のリガンド分子の存在下でインキュベートする段階；および
蛋白質と任意の種の既定のリガンド分子との結合の発生を決定することによってプロテオームを分析する段階。
【請求項４４】  試料中に存在する他の蛋白質から少なくとも一つの蛋白質を分離する段階が電気泳動を含む、請求項43記載の方法。
【請求項４５】  電気泳動が二次元電気泳動である、請求項44記載の方法。
【請求項４６】  試料が哺乳類細胞または組織から得られる、請求項43記載の方法。
【請求項４７】  哺乳類がヒトである、請求項46記載の方法。
【請求項４８】  分離された蛋白質の一部を移動する段階がゲル移動を含む、請求項43記載の方法。
【請求項４９】  分離された蛋白質の一部を移動する段階が、接触移動を含む、請求項43記載の方法。
【請求項５０】  哺乳類細胞または組織がヒト細胞または組織である、請求項43記載の方法。
【請求項５１】  分離された蛋白質が、ヒト遺伝子の産物である、請求項43記載の方法。
【請求項５２】  少なくとも一つの種のリガンドが、抗体、抗体断片、一本鎖抗体、受容体蛋白質、可溶化受容体誘導体、受容体リガンド、金属イオン、ウイルス、ウイルス蛋白質、酵素基質、毒素、毒素候補、薬物、および薬物候補からなる群より選択される、請求項43記載の方法。
【請求項５３】  少なくとも一つの種のリガンドが、抗体または抗体断片である、請求項52記載の方法。
【請求項５４】  少なくとも一つの種のリガンドが、受容体蛋白質、可溶化受容体誘導体、または受容体リガンドである、請求項52記載の方法。
【請求項５５】  少なくとも一つの種のリガンドが、薬物または薬物候補である、請求項52記載の方法。
【請求項５６】  少なくとも一つの種のリガンドの結合が、分離された蛋白質の構造に依存する、請求項52記載の方法。
【請求項５７】  少なくとも一つの種のリガンドの結合が、分離された蛋白質の生物学的機能に依存する、請求項52記載の方法。
【請求項５８】  少なくとも一つのメンブレンが一つより多くの種のリガンドと共にインキュベートされる、請求項43記載の方法。
【請求項５９】  複数のメンブレンが少なくとも二つのメンブレンを含む、請求項43記載の方法。
【請求項６０】  複数のメンブレンが少なくとも10個のメンブレンを含む、請求項59記載の方法。
【請求項６１】  複数のメンブレンが少なくとも20個のメンブレンを含む、請求項59記載の方法。
【請求項６２】  一つまたは複数のリガンド種が少なくとも二つのリガンド種を含む、請求項43記載の方法。
【請求項６３】  一つまたは複数のリガンド種が少なくとも10個のリガンド種を含む、請求項62記載の方法。
【請求項６４】  一つまたは複数のリガンド種が少なくとも20個のリガンド種を含む、請求項62記載の方法。
【請求項６５】  メンブレンのそれぞれをインキュベートする段階が、少なくとも一つの蛋白質を分離する前に行われる、請求項43記載の方法。
【請求項６６】  以下の段階を含む、生体試料中に存在する場合に、所望の既定の蛋白質を独自に可視化する方法；
試料中に存在する蛋白質を互いに分離する段階；
試料の分離した蛋白質の一部を、積み重ねた形状の複数のメンブレンに移動させる段階；
所望の既定の蛋白質と、そのような蛋白質に結合可能なリガンドとを結合させるために十分な条件下で、一つまたは複数の種の既定のリガンド分子の存在下で、メンブレンのそれぞれをインキュベートする段階；および
蛋白質と任意の種の既定のリガンド分子との任意の結合を可視化する段階。
【請求項６７】  以下の段階を含む、固相支持体上で分離された生体分子を同定する方法：
分離された生体分子を含む固相支持体にメンブレンの積み重ねを接触させる段階；
生体分子を固相支持体から積み重ねの多数のメンブレンに移動させる段階；
積み重ねからメンブレンを分離する段階；および
少なくとも一つのメンブレンに移動した一つまたは複数の生体分子を同定する段階。
【請求項６８】  蛋白質を同定する方法であって、生体分子が蛋白質を含む、請求項67記載の方法。
【請求項６９】  メンブレンが、少なくとも一つのクラスの生体分子に対して高親和性を有するが、低い保持能を有する、請求項67記載の方法。
【請求項７０】  メンブレンが、蛋白質に対して高親和性を有するが、低い保持能を有する、請求項68記載の方法。
【請求項７１】  少なくともいくつかの生体分子が積み重ねのそれぞれのメンブレンに移動する、請求項67記載の方法。
【請求項７２】  生体分子を支持体から積み重ねの多数のメンブレンに移動させる段階によって、多数の複製メンブレンが作製される、請求項67記載の方法。
【請求項７３】  生体分子がゲル上で分離される、請求項67記載の方法。
【請求項７４】  分離が電気泳動を含む、請求項73記載の方法。
【請求項７５】  電気泳動がSDS PAGEである、請求項74記載の方法。
【請求項７６】  30マイクログラムより多くの蛋白質がゲルのウェルにローディングされる、請求項75記載の方法。
【請求項７７】  約50〜約100マイクログラムの蛋白質がゲルのウェルにローディングされる、請求項76記載の方法。
【請求項７８】  メンブレンがポリカーボネートを含む、請求項70記載の方法。
【請求項７９】  メンブレンがセルロース誘導体を含む、請求項70記載の方法。
【請求項８０】  セルロース誘導体が酢酸セルロースである、請求項79記載の方法。
【請求項８１】  メンブレンがポリオレフィンを含む、請求項67記載の方法。
【請求項８２】  積み重ねが少なくとも５個のメンブレンを含む、請求項67記載の方法。
【請求項８３】  積み重ねが少なくとも10個のメンブレンを含む、請求項82記載の方法。
【請求項８４】  それぞれのメンブレンの厚さが約30ミクロン未満である、請求項67記載の方法。
【請求項８５】  それぞれのメンブレンの厚さが約８〜10ミクロンである、請求項84記載の方法。
【請求項８６】  メンブレンの少なくとも片面が、蛋白質の特異的結合を増加させるように処置される、請求項70記載の方法。
【請求項８７】  メンブレンの少なくとも片面が、蛋白質または他の標的蛋白質の特異的結合を増加させるように処置される、請求項86記載の方法。
【請求項８８】  処置がニトロセルロースのコーティングを含む、請求項86記載の方法。
【請求項８９】  処置がポリ-L-リジンのコーティングを含む、請求項86記載の方法。
【請求項９０】  メンブレンがメンブレンの周囲に取り付けられているフレーム中に存在し、該フレームがメンブレンと隣接するメンブレンの中間の空間から液体または空気を通過させるためのチャンネルを定める、請求項67記載の方法。
【請求項９１】  以下の段階を含む、固相支持体上で分離された生体分子を同定する方法：
支持体が上面と下面とを有する、分離された生体分子を含む固相支持体を提供する段階；
メンブレンの第一の積み重ねを上面に、メンブレンの第二の積み重ねを下面に適用する段階；
生体分子を支持体から第一および第二のメンブレンの積み重ねに移動させる段階；
メンブレンを分離する段階；ならびに
少なくとも一つのメンブレンに移動した一つまたは複数の生体分子を同定する段階。
【請求項９２】  生体分子が蛋白質を含む、請求項91記載の方法。
【請求項９３】  以下を含むキット：
複数のメンブレンを含むアレイであって、複数のメンブレンのそれぞれが生体分子に対して実質的に同じ親和性を有する、試料中の生体分子を検出するためのメンブレンアレイ；および
それぞれのメンブレン上で捕獲された生体分子を検出するための検出子分子の容器。
【請求項９４】  検出子分子が抗体またはプローブである、請求項93記載のキット。
【請求項９５】  メンブレンが、生体分子に対する基板の親和性を増加させる材料でコーティングされたポリマー基板を含む、請求項93記載のキット。
【請求項９６】  コーティング材料がニトロセルロースを含む、請求項95記載のキット。
【請求項９７】  抗体またはプローブが、アレイの特定のメンブレン上で検出を試みる生体分子に対する特異的捕獲分子である、請求項94記載のキット。
【請求項９８】  それぞれの容器が抗体カクテルを含み、それぞれの抗体カクテルが、異なる結合特異性を有する少なくとも二つの抗体を含む、請求項97記載のキット。
【請求項９９】  複数のメンブレンが生体分子に対して低い保持能を有する、請求項93記載のキット。
【請求項１００】  複数のメンブレンの厚さがそれぞれ約30ミクロン未満である、請求項93記載のキット。
【請求項１０１】  複数のメンブレンが、ポリカーボネートを含むコア基板およびニトロセルロースを含むコーティングを含む、請求項100記載のキット。
【請求項１０２】  組織試料の分子プロフィールを比較するためのキットであって、
少なくとも一つの組織マイクロアレイ；および
組織マイクロアレイの少なくとも一つの複製物
を含むキット。
【請求項１０３】  組織マイクロアレイの少なくとも一つの複製物が、請求項39記載の方法を用いて作製される、請求項102記載のキット。
【請求項１０４】  組織試料から生体分子のパターンを複製するためのキットであって、
それぞれが標的生体分子の特異的結合を増加させるためにその上面および／または下面にコーティングを有する複数のメンブレン；
一定量の移動緩衝液；および
液体不浸透性の封入物
を含むキット。
【請求項１０５】  請求項33記載の方法を行うための説明書をさらに含む、請求項104記載のキット。
【請求項１０６】  プロテオームを分析するためのキットであって、
それぞれが少なくとも一つの蛋白質に対して親和性を有する複数のメンブレン；および
それぞれがメンブレンに結合した一つまたは複数の特異的蛋白質を検出するように適合された複数の試薬種
を含むキット。
【請求項１０７】  それぞれのメンブレンに適用される特定の群の試薬を示す説明書をさらに含む、請求項106記載のキット。
【請求項１０８】  メンブレンが、厚さが約30ミクロン未満である多孔性の基板を含む、請求項105記載のキット。
【請求項１０９】  メンブレンが、生体分子に対するメンブレンの親和性を増加させる材料でコーティングされたポリカーボネートメンブレンである、請求項108記載のキット。
【請求項１１０】  メンブレンが、ニトロセルロースによってコーティングされる、請求項109記載のキット。
【請求項１１１】  試薬種が、抗体、抗体断片、一本鎖抗体、受容体蛋白質、可溶化受容体誘導体、受容体リガンド、金属イオン、ウイルス、ウイルス蛋白質、酵素基質、毒素、毒素候補、薬物、および薬物候補からなる群より選択される、請求項106記載のキット。
【請求項１１２】  生体試料中に存在する場合に、所望の既定の蛋白質を独自に可視化するためのキットであって、
それぞれが、少なくとも一つの蛋白質に対して特異的親和性を有する複数のメンブレン；および
メンブレンに結合する場合に、それぞれが所望の既定の蛋白質を検出するように適合された、複数の試薬種
を含むキット。
【請求項１１３】  ブロッティングのためのメンブレン単位であって、
厚さが約30ミクロン以下である少なくとも二つの多孔性のメンブレンの積み重ね；および
厚さが約300ミクロン以下である、メンブレンに取り付けられたフレーム
を含むメンブレン単位。
【請求項１１４】  単位が二つ以上のメンブレンを含む、請求項113記載のメンブレン単位。
【請求項１１５】  単位がメンブレンの周囲に取り付けられたフレームを含み、該フレームがメンブレンと隣接するメンブレンとの中間の空間から液体または空気を通過させるためのチャンネルを定める、請求項113記載のメンブレン単位。
【請求項１１６】  メンブレンが、蛋白質に対して高親和性を有するが低い保持能を有する、請求項113記載のメンブレン単位。
【請求項１１７】  メンブレンがポリカーボネートを含む、請求項116記載のメンブレン単位。
【請求項１１８】  メンブレンがセルロース誘導体を含む、請求項116記載のメンブレン単位。
【請求項１１９】  セルロース誘導体が酢酸セルロースである、請求項118記載のメンブレン単位。
【請求項１２０】  メンブレンがポリオレフィンを含む、請求項116記載のメンブレン単位。
【請求項１２１】  積み重ねが少なくとも５個のメンブレンを含む、請求項113記載のメンブレン単位。
【請求項１２２】  積み重ねが少なくとも10個のメンブレンを含む、請求項121記載のメンブレン単位。
【請求項１２３】  メンブレンの厚さが約30ミクロン未満である、請求項113記載のメンブレン単位。
【請求項１２４】  メンブレンの厚さが約８〜10ミクロンである、請求項123記載のメンブレン単位。
【請求項１２５】  メンブレンの少なくとも片面が、生体分子の特異的結合を増加させるように処置される、請求項113記載のメンブレン単位。
【請求項１２６】  メンブレンの少なくとも片面が、蛋白質または他の標的蛋白質の特異的結合を増加させるように処置される、請求項116記載のメンブレン単位。
【請求項１２７】  処置がニトロセルロースのコーティングを含む、請求項126記載のメンブレン単位。
【請求項１２８】  処置がポリ-L-リジンのコーティングを含む、請求項116記載のメンブレン単位。
【請求項１２９】  請求項113記載のメンブレン単位において用いられるメンブレン。
【請求項１３０】  メンブレンの少なくとも片面が、標的生体分子の特異的結合を増加させるように処置される、請求項129記載のメンブレン。
【請求項１３１】  コア基板およびコーティングを含む、生体分子に対して高親和性を有するが低保持能を有する多孔性メンブレンであって、厚さが約30ミクロン以下のメンブレン。
【請求項１３２】  コア基板が、ポリカーボネート、酢酸セルロース、ポリオレフィン、またはその二つもしくはそれ以上の組み合わせを含む、請求項131記載のメンブレン。
【請求項１３３】  コーティングが、ニトロセルロース、ポリ-L-リジン、またはその混合物を含む、請求項131記載のメンブレン。
【請求項１３４】  コア基板がポリカーボネートを含み、コーティングがニトロセルロースを含む、請求項131記載のメンブレン。
【請求項１３５】  メンブレンの厚さが約８〜10ミクロンである、請求項131記載のメンブレン。