【手続補正書】
【提出日】平成17年4月12日(2005.4.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたM. tuberculosisペプチドまたはそのフラグメントもしくは改変体もしくは誘導体を含む、マイコバクテリア感染の治療剤であって、該ペプチドが、遺伝子によってコードされ、該遺伝子の発現が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下で、M. tuberculosisの培養中に誘導またはアップレギュレートされ、該ペプチドが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、および１３７からなる群より選択される、治療剤。
【請求項２】
マイコバクテリア遺伝子を同定する方法であって、該遺伝子の発現が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下でのマイコバクテリアの培養中に誘導またはアップレギュレートされ、該方法が、以下の工程：
３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下で、第１のマイコバクテリアを培養する工程；
３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下で、第２のマイコバクテリアを培養する工程；
該第１および第２のマイコバクテリアから、第１および第２のｍＲＮＡ集団をそれぞれ得る工程；
該第１および第２のｍＲＮＡ集団から、第１および第２のｃＤＮＡ集団をそれぞれ調製する工程であって、該ｃＤＮＡ調製中に、検出可能な標識が、該第１および第２のｃＤＮＡ集団のｃＤＮＡ分子に導入される、工程；
該第１および第２のｃＤＮＡ集団から、対応する第１および第２のｃＤＮＡ分子をそれぞれ単離する工程；
該単離された第１および第２のｃＤＮＡ分子に存在する標識から放出される標識または対応するシグナルの相対量を比較する工程；
該単離された第２のｃＤＮＡ分子によって提供されるよりも多い量の該単離された第１のｃＤＮＡ分子によって提供される標識またはシグナルを同定する工程；および
該第１のｃＤＮＡ、および３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下でのマイコバクテリアの培養中に誘導またはアップレギュレートされる対応するマイコバクテリア遺伝子を同定する工程；
を包含する、方法。
【請求項３】
前記対応する第１および第２のｃＤＮＡ分子が、マイコバクテリアゲノムＤＮＡから生成され、増幅されて固定化されたＤＮＡ配列を含むアレイプレートへのハイブリダイゼーションによって、それぞれ前記第１および第２のｃＤＮＡ集団から単離され、ここで、該固定化された配列が、該マイコバクテリアゲノムの各公知の遺伝子を代表し、そして各代表的な配列が、該プレート上の同定された位置に固定化されている、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記第２のマイコバクテリアが、該第２のマイコバクテリアを実質的にビルレンスに誘導しない連続培養条件下で培養される、請求項２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記培養条件が、前記マイコバクテリアの増殖のために、酸素以外の利用可能な栄養の点で制限されず、そして増殖因子、温度、およびｐＨの点で制限されていない、請求項２から４のいずれかの項に記載の方法。
【請求項６】
前記第１のマイコバクテリアが、前記溶存酸素圧を除いて、実質的に前記第２のマイコバクテリアについての条件と実質的に同一の連続培養条件下で培養される、請求項２から５のいずれかの項に記載の方法。
【請求項７】
相対誘導またはアップレギュレーションが、前記単離された第１のｃＤＮＡ分子によって提供される標識またはシグナルの量において、前記単離された第２のｃＤＮＡ分子によって提供されるより、相対的に３倍、好ましくは相対的に４倍の増加によって同定される、請求項２から６のいずれかの項に記載の方法。
【請求項８】
M. tuberculosisペプチドに対するインヒビターであって、該ペプチドが、遺伝子によってコードされ、該遺伝子の発現が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下で、M. tuberculosisの培養中に誘導またはアップレギュレートされ、そして該インヒビターが、該M. tuberculosisペプチドが本来有する生物学的効果を発揮することを抑制または阻害し得、該ペプチドが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、および１３７からなる群より選択される、インヒビター。
【請求項９】
前記インヒビターが、アシルキャリアタンパク質、モノオキシゲナーゼ、マイコバクチン合成タンパク質、転写レギュレーター、酸化還元酵素、アシルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、エステラーゼ／アセチルヒドロラーゼ、シトクロムＤ、メチルトランスフェラーゼ、トランスアミナーゼ、ＰＰＥタンパク質、バリル−ｔＲＮＡシンセターゼ、グアニル酸キナーゼ、ケトール酸レダクトイソメラーゼ、ＡＢＣトランスポーター、ＡＴＰ−結合タンパク質、プロトポルフィリノーゲンオキシダーゼ、σ因子、ピルビン酸キナーゼ、熱ショックタンパク質、およびアミノトランスフェラーゼからなる群より選択されるタンパク質を阻害し得る、請求項８に記載のインヒビター。
【請求項１０】
前記誘導またはアップレギュレートされたM. tuberculosis遺伝子またはその遺伝子産物をターゲティングし得る抗生物質；および該誘導可能またはアップレギュレート可能な遺伝子の少なくとも一部に相補的であるアンチセンスまたは三重鎖形成核酸配列からなる群より選択される、請求項８に記載のインヒビター。
【請求項１１】
遺伝子によってコードされるペプチド、または該ペプチドのフラグメントもしくは改変体もしくは誘導体に結合する抗体であって、該遺伝子の発現が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下でのM. tuberculosisの培養中に誘導またはアップレギュレートされ、該ペプチドが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、および１３７からなる群より選択される、抗体。
【請求項１２】
遺伝子が改変されてマイコバクテリアが実質的に非病原性になる弱毒化M. tuberculosisマイコバクテリアであって、該遺伝子が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下でのM. tuberculosisの培養中に、その発現が誘導またはアップレギュレートされる遺伝子であり、該遺伝子が、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、および１３８からなる群の１つに対応する野生型コード配列を有する、弱毒化M. tuberculosisマイコバクテリア。
【請求項１３】
遺伝子によってコードされるペプチド、または該ペプチドのフラグメント、改変体、もしくは誘導体を含む、弱毒化微生物キャリアであって、該遺伝子の発現が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下でのM. tuberculosisの培養中に誘導またはアップレギュレートされ、該ペプチドが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、および１３７からなる群より選択される、弱毒化微生物キャリア。
【請求項１４】
前記弱毒化微生物キャリアが、弱毒化サルモネラ、弱毒化ワクシニアウイルス、弱毒化鶏痘ウイルス、または弱毒化M. bovis（例えば、ＢＣＧ株）である、請求項１３に記載の弱毒化微生物キャリア。
【請求項１５】
プロモーター、ポリアデニル化シグナル、および遺伝子のコード配列に対応するＤＮＡ配列、または該ＤＮＡ配列のフラグメントもしくは改変体もしくは誘導体含むＤＮＡプラスミドであって、該遺伝子の発現が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下での野生型のM. tuberculosisの培養中に誘導またはアップレギュレートされ、該プロモーターおよびポリアデニル化シグナルが、該ＤＮＡ配列に作動可能に連結され、該遺伝子のコード配列が、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、および１３８からなる群より選択される、ＤＮＡプラスミド。
【請求項１６】
前記プロモーターが、ＣＭＶプロモーターおよびＳＶ４０プロモーターからなる群より選択され、そして前記ポリアデニル化シグナルが、ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルおよびウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナルからなる群より選択される、請求項１５に記載のＤＮＡプラスミド。
【請求項１７】
ＤＮＡ配列または該ＤＮＡ配列のフラグメントもしくは改変体もしくは誘導体によってコードされる単離されたＲＮＡ配列であって、該ＤＮＡ配列が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下でのM. tuberculosisの培養中に誘導またはアップレギュレートされる遺伝子のコード配列に対応し、該遺伝子のコード配列が、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、および１３８からなる群より選択される、単離されたＲＮＡ配列。
【請求項１８】
請求項１７に記載のＲＮＡ配列および宿主細胞の染色体の組込み部位を含む、ＲＮＡベクター。
【請求項１９】
マイコバクテリア感染を治療または予防するための医薬品の製造における、
単離されたM. tuberculosisペプチドまたはそのフラグメントもしくは改変体もしくは誘導体であって、該ペプチドが、遺伝子によってコードされ、該遺伝子の発現が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下で、M. tuberculosisの培養中に誘導またはアップレギュレートされ、該ペプチドが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、および１３７からなる群より選択される、ペプチドまたはそのフラグメントもしくは改変体もしくは誘導体；
請求項８から１０のいずれかの項に記載のインヒビター；
請求項１１に記載の抗体；
請求項１２に記載の弱毒化マイコバクテリア；
請求項１３または１４に記載の弱毒化微生物キャリア；
遺伝子のコード配列に対応するＤＮＡ配列または該ＤＮＡ配列のフラグメントもしくは改変体もしくは誘導体であって、該遺伝子が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下でのM. tuberculosisの培養中に誘導またはアップレギュレートされ、該遺伝子のコード配列が、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、および１３８からなる群より選択される、ＤＮＡ配列または該ＤＮＡ配列のフラグメントもしくは改変体もしくは誘導体；
請求項１５または１６に記載のＤＮＡプラスミド；
請求項１７に記載のＲＮＡ配列；および／または
請求項１８に記載のＲＮＡベクター、
の使用。
【請求項２０】
マイコバクテリア感染を同定するための診断試薬の製造における、
単離されたM. tuberculosisペプチドまたはそのフラグメントもしくは改変体もしくは誘導体であって、該ペプチドが、遺伝子によってコードされ、該遺伝子の発現が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下で、M. tuberculosisの培養中に誘導またはアップレギュレートされ、該ペプチドが、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、および１３７からなる群より選択される、ペプチドまたはそのフラグメントもしくは改変体もしくは誘導体；または
請求項１１に記載の抗体；または
少なくとも８ヌクレオチドを含むポリヌクレオチドプローブであって、該プローブが、遺伝子の少なくとも一部に結合し、該遺伝子が、３７℃で測定した少なくとも４０％空気飽和の溶存酸素圧下で連続培養した場合と比較して、３７℃で測定した１０％空気飽和までの溶存酸素圧によって規定される連続培養条件下でのM. tuberculosisの培養中に誘導またはアップレギュレートされる、プローブ、
の使用。