【手続補正書】
【提出日】平成15年8月26日(2003.8.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ゲノムが、誘導性の組織特異的プロモーター/エンハンサーに実施可能なように（operably）連結された、ヒトのステロイド・生体異物（xenobiotic）受容体（SXR）のポリペプチドをコードする遺伝子を含む導入遺伝子を含む、非ヒトトランスジェニック動物であって、
ヒトのSXRポリペプチドが、非ヒトトランスジェニック動物で組織特異的に誘導的に発現され、
ヒトのSXRポリペプチドが、ステロイド/甲状腺ホルモンスーパーファミリーのメンバーであり、かつレチノイドX受容体とヘテロ二量体を形成し、
ヘテロ二量体が、0個から15個のヌクレオチドのスペーサーで隔てられた半部位（half site）RGBNNMを少なくとも2個含む、直接反復応答配列または逆向き反復応答配列に結合し、ここで：
RがAまたはGから選択され；
BがG、C、またはTから選択され；
各Nが、A、T、C、またはGから独立に選択され；かつ
MがAまたはCから選択され；
ただし、RGBNNM配列の少なくとも4ヌクレオチドが、配列AGTTCAの対応する位置におけるヌクレオチドと同一であることを条件とし；ならびに
ヒトのSXRポリペプチドが、さまざまな天然ステロイドホルモンおよび合成ステロイドホルモン、分解酵素を誘導する化合物、ステロイド受容体の作動薬および拮抗薬、ならびに生理活性をもつ（bioactive）食事性（dietary）化合物に反応して、シトクロムP450応答配列の制御下にある遺伝子の転写を活性化させる、非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項２】
非ヒトトランスジェニック動物におけるヒトのSXRポリペプチドの発現が、野生型動物では観察されない表現型の発現を提供する、請求項1記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項３】
発現が、さまざまな天然ステロイドホルモンおよび合成ステロイドホルモンに対する反応を引き起こすシトクロムP450（CYP）遺伝子の調節を含み、反応が非ヒトトランスジェニック動物におけるヒトのSXRポリペプチドの発現に起因する、請求項2記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項４】
ヒトのSXRポリペプチドが、配列番号：2と実質的に同じアミノ酸配列、またはその保存的な変異（variation）を含む、請求項1記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項５】
ヒトのSXRポリペプチドが、以下からなる群より選択されるポリヌクレオチドにコードされる、請求項1記載の非ヒトトランスジェニック動物：
（a）配列番号：1、またはTがUでもありうる配列番号：1、またはそれらと相補的な配列と、実質的に同じ配列を有するポリヌクレオチド；ならびに
（b）ストリンジェントな条件下で、配列番号：1の配列またはそれと相補的な配列とハイブリダイズする、少なくとも20個の連続した塩基を有するポリヌクレオチド。
【請求項６】
ゲノムが、誘導性の組織特異的プロモーター/エンハンサーに、実施可能なように連結されたヒトのステロイド・生体異物受容体（SXR）ポリペプチドの、機能性断片をコードする遺伝子を含む導入遺伝子を含む、非ヒトトランスジェニック動物であって、
機能性断片がヒトのSXRのリガンド結合特性を有し、
導入遺伝子が、非ヒトトランスジェニック動物で組織特異的に誘導的に発現され、
ヒトのSXRポリペプチドが、ステロイド/甲状腺ホルモンスーパーファミリーのメンバーであり、かつレチノイドX受容体とヘテロ二量体を形成し、
ヘテロ二量体が、0個から15個のヌクレオチドのスペーサーで隔てられた半部位RGBNNMを少なくとも2個含む、直接反復応答配列または逆向き反復応答配列に結合し、ここで：
RがAまたはGから選択され；
BがG、C、またはTから選択され；
各NがA、T、C、またはGから独立に選択され；かつ
MがAまたはCから選択され；
ただし、RGBNNM配列の少なくとも4個のヌクレオチドが、配列AGTTCAの対応する位置におけるヌクレオチドと同一であることを条件とし；ならびに
ヒトのSXRポリペプチドが、さまざまな天然ステロイドホルモンおよび合成ステロイドホルモン、分解酵素を誘導する化合物、ステロイド受容体の作動薬および拮抗薬、ならびに生理活性をもつ食事性化合物に反応して、シトクロムP450応答配列の制御下にある遺伝子の転写を活性化させる、非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項７】
導入遺伝子が、ヒトのSXRポリペプチドのリガンド結合特性をもつ機能性断片および酵母のGAL4に由来するDNA結合領域配列を含む、請求項6記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項８】
誘導性の組織特異的プロモーター/エンハンサーが、アルブミンプロモーター/エンハンサーである、請求項1記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項９】
ゲノムが、構成的に活性である組織特異的プロモーター/エンハンサーに、実施可能なように連結されたヒトのステロイド・生体異物受容体（SXR）ポリペプチドをコードする遺伝子を含む導入遺伝子を含む、非ヒトトランスジェニック動物であって、
ヒトのSXRポリペプチドが、非ヒトトランスジェニック動物で組織特異的に構成的に発現され、
ヒトのSXRポリペプチドが、ステロイド/甲状腺ホルモンスーパーファミリーのメンバーであり、かつレチノイドX受容体とヘテロ二量体を形成し、
ヘテロ二量体が、0個から15個のヌクレオチドのスペーサーで隔てられた半部位RGBNNMを少なくとも2個含む、直接反復応答配列または逆向き反復応答配列に結合し、ここで：
RがAまたはGから選択され；
BがG、C、またはTから選択され；
各Nが、A、T、C、またはGから独立に選択され；かつ
MがAまたはCから選択され：
ただし、RGBNNM配列の少なくとも4個のヌクレオチドが、配列AGTTCAの対応する位置におけるヌクレオチドと同一であることを条件とし；ならびに
ヒトのSXRポリペプチドが、さまざまな天然ステロイドホルモンおよび合成ステロイドホルモン、分解酵素を誘導する化合物、ステロイド受容体の作動薬および拮抗薬、ならびに生理活性をもつ食事性化合物に反応して、シトクロムP450応答配列の制御下にある遺伝子の転写を活性化させる、非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項１０】
非ヒトトランスジェニック動物におけるヒトのSXRポリペプチドの発現が、野生型動物では観察されない表現型の発現を提供する、請求項9記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項１１】
発現が、さまざまな天然ステロイドホルモンおよび合成ステロイドホルモンに対する反応を引き起こす、シトクロムP450（CYP）遺伝子の調節を含み、該反応が非ヒトトランスジェニック動物におけるヒトのSXRポリペプチドの発現に起因する、請求項10記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項１２】
ヒトのSXRポリペプチドが、配列番号：2と実質的に同じアミノ酸配列、またはその保存的な変異を含む、請求項9記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項１３】
ヒトのSXRポリペプチドが、以下からなる群より選択されるポリヌクレオチドにコードされる、請求項9記載の非ヒトトランスジェニック動物
（a）配列番号：1、またはTがUでもありうる配列番号：1、またはそれらの相補的な配列と、実質的に同じ配列を有するポリヌクレオチド；および
（b）ストリンジェントな条件下で配列番号：1の配列またはその相補的な配列とハイブリダイズする、少なくとも20個の連続した塩基を有するポリヌクレオチド。
【請求項１４】
ゲノムが、構成的に活性である組織特異的プロモーター/エンハンサーに、実施可能なように連結されたヒトのステロイド・生体異物受容体（SXR）ポリペプチドの機能性断片をコードする遺伝子を含む導入遺伝子を含む、非ヒトトランスジェニック動物であって、
機能性断片が、ヒトのSXRのリガンド結合特性を有し、
導入遺伝子が、非ヒトトランスジェニック動物で組織特異的に誘導的に発現され、
ヒトのSXRポリペプチドが、ステロイド/甲状腺ホルモンスーパーファミリーのメンバーであり、かつレチノイドX受容体とヘテロ二量体を形成し、
ヘテロ二量体が、0個から15個のヌクレオチドのスペーサーで隔てられた半部位RGBNNMを少なくとも2個含む、直接反復応答配列または逆向き反復応答配列に結合し、ここで：
RがAまたはGから選択され；
BがG、C、またはTから選択され；
各NがA、T、C、またはGから独立に選択され；かつ
MがAまたはCから選択され；
ただし、RGBNNM配列の少なくとも4個のヌクレオチドが、配列AGTTCAの対応する位置におけるヌクレオチドと同一であることを条件とし；ならびに
ヒトのSXRポリペプチドが、さまざまな天然ステロイドホルモンおよび合成ステロイドホルモン、分解酵素を誘導する化合物、ステロイド受容体の作動薬および拮抗薬、ならびに生理活性をもつ食事性化合物に反応して、シトクロムP450応答配列の制御下にある遺伝子の転写を活性化させる、非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項１５】
導入遺伝子が、ヒトのSXRポリペプチドのリガンド結合特性を有する機能性断片および酵母のGAL4に由来するDNA結合領域配列を含む、請求項14記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項１６】
構成的に活性であるプロモーター/エンハンサーがVP16のプロモーター/エンハンサーである、請求項9記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項１７】
ヒトのSXRポリペプチドが、少なくとも肝臓組織で構成的に発現されて、非ヒトトランスジェニック動物において成長遅延および肝腫大を引き起こす、請求項16記載の非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項１８】
ゲノムが、誘導性のまたは構成的に活性な組織特異的プロモーター/エンハンサーに、実施可能なように連結されたヒトのSXRポリペプチドをコードする遺伝子を含む導入遺伝子を含む、非ヒトトランスジェニック動物に由来する細胞。
【請求項１９】
以下を含むベクターによってさらにトランスフェクトされる、請求項18記載の細胞：
（a）細胞で実施可能なプロモーター、
（b）応答配列、および
（c）タンパク質をコードするDNA
であって、
DNAが、該DNAの転写のために作用するように（operatively）プロモーターに連結され、かつ
プロモーターが、その活性化のために作用するように、応答配列に連結された細胞。
【請求項２０】
タンパク質がレポーターである、請求項19記載の細胞。
【請求項２１】
タンパク質が哺乳類のシトクロムp450である、請求項19記載の細胞。
【請求項２２】
ゲノムが内在性SXRポリペプチド遺伝子中にホモ接合の破壊
（homozygous disruption）を含み、該ホモ接合の破壊が内在性SXRポリペプチドの挿入、欠失、または点突然変異を含み、該破壊が野生型動物と比較して非ヒトトランスジェニックノックアウト動物において、ステロイドおよび生体異物に対して異なる反応を生じる、非ヒトトランスジェニックノックアウト動物。
【請求項２３】
以下の段階を含む、非ヒトトランスジェニック動物を作製する方法：
誘導性のまたは構成的に活性な組織特異的プロモーター/エンハンサーに、実施可能なように連結させた、ヒトのステロイド・生体異物受容体（SXR）ポリペプチドをコードする遺伝子を含む導入遺伝子を、1細胞接合体に注入する段階であって、
ヒトのSXRポリペプチドが、非ヒトトランスジェニック動物で組織特異的に、誘導的にまたは構成的に発現され、
ヒトのSXRポリペプチドが、ステロイド/甲状腺ホルモンスーパーファミリーのメンバーであり、レチノイドX受容体とヘテロ二量体を形成し、
ヘテロ二量体が、0個から15個のヌクレオチドのスペーサーで隔てられた半部位RGBNNMを少なくとも2個含む、直接反復応答配列または逆向き反復応答配列に結合し、ここで：
RがAまたはGから選択され；
BがG、C、またはTから選択され；
各NがA、T、C、またはGから独立に選択され；かつ
MがAまたはCから選択され；
ただし、RGBNNM配列の少なくとも4ヌクレオチドが、配列AGTTCAの対応する位置におけるヌクレオチドと同一であることを条件とし、
ヒトのSXRポリペプチドが、さまざまな天然ステロイドホルモンおよび合成ステロイドホルモン、分解酵素を誘導する化合物、ステロイド受容体の作動薬および拮抗薬、ならびに生理活性をもつ食事性化合物に反応して、シトクロムP450応答配列の制御下にある遺伝子の転写を活性化する段階、ならびに
接合体から非ヒトトランスジェニック動物を得る段階であって、導入遺伝子が非ヒトトランスジェニック動物のゲノムに組み込まれ、かつ非ヒトトランスジェニック動物がヒトのSXRポリペプチドを発現する段階。
【請求項２４】
非ヒトトランスジェニック動物におけるヒトのSXRポリペプチドの発現が、野生型の動物では観察されない表現型の発現を提供し、表現型の発現が、さまざまな天然ステロイドホルモンおよび合成ステロイドホルモンに対する反応を引き起こすシトクロムP450（CYP）遺伝子の調節を含み、該反応が非ヒトトランスジェニック動物におけるヒトのSXRポリペプチドの発現に起因する、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
ヒトのSXRポリペプチドをコードする遺伝子が、誘導性の組織特異的プロモーター/エンハンサーに実施可能なように連結され、誘導性の組織特異的プロモーター/エンハンサーがアルブミンのプロモーター/エンハンサーである、請求項23記載の方法。
【請求項２６】
ヒトのポリペプチドをコードする遺伝子が、構成的に活性な組織特異的プロモーター/エンハンサーに実施可能なように連結され、構成的に活性なプロモーター/エンハンサーがVP16のプロモーター/エンハンサーである、請求項23記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３９】
本発明の方法の実施における使用に適した応答配列の例は、以下のものから選択しうる：
2003516135.tif 000001
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４０】
当業者は、反復される半部位の間に3、4、5または6ヌクレオチドのスペーサー（すなわち、配列番号：43、44、45、22または23におけるNｎ）を構成するには、ヌクレオチドの任意の組み合わせを用いうることを認識すると考えられる。


【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２１】
実施例4
DNA結合分析
電気泳動移動度シフトアッセイ法を、インビトロ転写、翻訳タンパク質（TNT、Promega）を用いて行った。タンパク質（各 1 μl）を100,000 cpmのクレノウ標識プローブとともに10 mM Tris pH 8, 100 mM KCl、6％ グリセロール、0.05％ NP-40、1 mMジチオスレイトール（DTT）、100 ng/μl ポリdI：dC （Pharmacia、ニュージャージー州ピスカタウェイ）中で20分間室温でインキュベートした後に、0.5×TBE （45 mM Tris-base、45 mM ホウ酸、1 mM エチレンジアミン四酢酸（EDTA）を溶媒とする5％ ポリアクリルアミドゲルを用いて室温で電気泳動を行った。競合結合用として、タンパク質＋未標識オリゴヌクレオチドを、モル比で5倍または50倍過剰として、10分間氷上でプレインキュベートした後に、標識プローブを添加して20分間室温でインキュベートした。電気泳動は上述の通りに実施した。試験したIRシリーズのオリゴヌクレオチドの配列を以下に示す：
2003516135.tif 000002
IR-Mヌクレオチド配列上の変異は、ヘテロ二量体と応答配列との結合を妨げる。
試験したCYP3オリゴヌクレオチドの配列を以下に示す：
2003516135.tif 000003
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４９】
本発明には、その趣旨および範囲から離れることなく種々の変更がなされうること、またそのために本明細書で具体的に説明された態様に加えて、添付の特許請求の範囲において限定した以外に本発明が複数の態様を取りうることは、当業者には明らかと考えられる。
【配列表】
SEQUENCE LISTING
<110> THE SALK INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STUDIES
<120> NOVEL STEROID-ACTIVATED NUCLEAR RECEPTORS AND USES THEREFOR
<140> JP   2001-543587
<141> 2000-12-08
<150> US   09/458,366
<151> 1999-12-09
<160> 45
<170> PatentIn Ver. 2.1
<210> 1
<211> 2068
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<220>
<221> CDS
<222> (583)..(1884)
<220>
<221> modified_base
<222> (1263)
<223> N is selected from A, C, T or G
<400> 1
ggcacgagga gatctaggtt caaattaatg ttgcccctag tggtaaagga cagagaccct 60
cagactgatg aaatgcgctc agaattactt agacaaagcg gatatttgcc actctcttcc 120
ccttttcctg tgtttttgta gtgaagagac ctgaaagaaa aaagtaggga gaacataatg 180
agaacaaata cggtaatctc ttcatttgct agttcaagtg ctggacttgg gacttaggag 240
gggcaatgga gccgcttagt gcctacatct gacttggact gaaatatagg tgagagacaa 300
gattgtctca tatccgggga aatcataacc tatgactagg acgggaagag gaagcactgc 360
ctttacttca gtgggaatct cggcctcagc ctgcaagcca agtgttcaca gtgagaaaag 420
caagagaata agctaatact cctgtcctga acaaggcagc ggctccttgg taaagctact 480
ccttgatcga tcctttgcac cgaattgttc aaagtggacc ccaggggaga agtcggagca 540
aagaacttac caccaagcag tccaagaggc ccagaagcaa ac ctg gag gtg aga    594
Leu Glu Val Arg
1
ccc aaa gaa agc tgg aac cat gct gac ttt gta cac tgt gag gac aca   642
Pro Lys Glu Ser Trp Asn His Ala Asp Phe Val His Cys Glu Asp Thr
5                  10                  15                  20
gag tct gtt cct gga aag ccc agt gtc aac gca gat gag gaa gtc gga   690
Glu Ser Val Pro Gly Lys Pro Ser Val Asn Ala Asp Glu Glu Val Gly
25                  30                  35
ggt ccc caa atc tgc cgt gta tgt ggg gac aag gcc act ggc tat cac   738
Gly Pro Gln Ile Cys Arg Val Cys Gly Asp Lys Ala Thr Gly Tyr His
40                  45                  50
ttc aat gtc atg aca tgt gaa gga tgc aag ggc ttt ttc agg agg gcc   786
Phe Asn Val Met Thr Cys Glu Gly Cys Lys Gly Phe Phe Arg Arg Ala
55                  60                  65
atg aaa cgc aac gcc cgg ctg agg tgc ccc ttc cgg aag ggc gcc tgc   834
Met Lys Arg Asn Ala Arg Leu Arg Cys Pro Phe Arg Lys Gly Ala Cys
70                  75                  80
gag atc acc cgg aag acc cgg cga cag tgc cag gcc tgc cgc ctg cgc   882
Glu Ile Thr Arg Lys Thr Arg Arg Gln Cys Gln Ala Cys Arg Leu Arg
85                  90                  95                 100
aag tgc ctg gag agc ggc atg aag aag gag atg atc atg tcc gac gag   930
Lys Cys Leu Glu Ser Gly Met Lys Lys Glu Met Ile Met Ser Asp Glu
105                 110                 115
gcc gtg gag gag agg cgg gcc ttg atc aag cgg aag aaa agt gaa cgg   978
Ala Val Glu Glu Arg Arg Ala Leu Ile Lys Arg Lys Lys Ser Glu Arg
120                 125                 130
aca ggg act cag cca ctg gga gtg cag ggg ctg aca gag gag cag cgg   1026
Thr Gly Thr Gln Pro Leu Gly Val Gln Gly Leu Thr Glu Glu Gln Arg
135                 140                 145
atg atg atc agg gag ctg atg gac gct cag atg aaa acc ttt gac act   1074
Met Met Ile Arg Glu Leu Met Asp Ala Gln Met Lys Thr Phe Asp Thr
150                 155                 160
acc ttc tcc cat ttc aag aat ttc cgg ctg cca ggg gtg ctt agc agt   1122
Thr Phe Ser His Phe Lys Asn Phe Arg Leu Pro Gly Val Leu Ser Ser
165                 170                 175                 180
ggc tgc gag ttg cca gag cct ctg cag gcc cca tcg agg gaa gaa gct   1170
Gly Cys Glu Leu Pro Glu Pro Leu Gln Ala Pro Ser Arg Glu Glu Ala
185                 190                 195
gcc aag tgg agc cag gtc cgg aaa gat ctg tgc tct ttg aag gtc tct   1218
Ala Lys Trp Ser Gln Val Arg Lys Asp Leu Cys Ser Leu Lys Val Ser
200                 205                 210
ctg caa gct gcg ggg gga gga tgg cag tgt ctg gaa cta caa acn ccc   1266
Leu Gln Ala Ala Gly Gly Gly Trp Gln Cys Leu Glu Leu Gln Xaa Pro
215                 220                 225
agc cga cag tgg cgg aaa gag atc ttc tcc ctg ctg ccc cac atg gct   1314
Ser Arg Gln Trp Arg Lys Glu Ile Phe Ser Leu Leu Pro His Met Ala
230                 235                 240
gac atg tca acc tac atg ttc aaa ggc atc atc agc ttt gcc aaa gtc   1362
Asp Met Ser Thr Tyr Met Phe Lys Gly Ile Ile Ser Phe Ala Lys Val
245                 250                 255                 260
atc tcc tac ttc agg gac ttg ccc atc gag gac cag atc tcc ctg ctg   1410
Ile Ser Tyr Phe Arg Asp Leu Pro Ile Glu Asp Gln Ile Ser Leu Leu
265                 270                 275
aag ggg gcc gct ttc gag ctg tgt caa ctg aga ttc aac aca gtg ttc   1458
Lys Gly Ala Ala Phe Glu Leu Cys Gln Leu Arg Phe Asn Thr Val Phe
280                 285                 290
aac gcg gag act gga acc tgg gag tgt ggc cgg ctg tcc tac tgc ttg   1506
Asn Ala Glu Thr Gly Thr Trp Glu Cys Gly Arg Leu Ser Tyr Cys Leu
295                 300                 305
gaa gac act gca ggt ggc ttc cag caa ctt cta ctg gag ccc atg ctg   1554
Glu Asp Thr Ala Gly Gly Phe Gln Gln Leu Leu Leu Glu Pro Met Leu
310                 315                 320
aaa ttc cac tac atg ctg aag aag ctg cag ctg cat gag gag gag tat   1602
Lys Phe His Tyr Met Leu Lys Lys Leu Gln Leu His Glu Glu Glu Tyr
325                 330                 335                 340
gtg ctg atg cag gcc atc tcc ctc ttc tcc cca gac cgc cca ggt gtg   1650
Val Leu Met Gln Ala Ile Ser Leu Phe Ser Pro Asp Arg Pro Gly Val
345                 350                 355
ctg cag cac cgc gtg gtg gac cag gtg cag gag caa ttc gcc att act   1698
Leu Gln His Arg Val Val Asp Gln Val Gln Glu Gln Phe Ala Ile Thr
360                 365                 370
ctg aag tcc tac att gaa tgc aat cgg ccc cag cct gct cat agg ttc   1746
Leu Lys Ser Tyr Ile Glu Cys Asn Arg Pro Gln Pro Ala His Arg Phe
375                 380                 385
ttg ttc ctg aag atc atg gct atg ctc acc gag ctc cgc agc atc aat   1794
Leu Phe Leu Lys Ile Met Ala Met Leu Thr Glu Leu Arg Ser Ile Asn
390                 395                 400
gct cag cac acc cag cgg ctg ctg cgc atc cag gac ata cac ccc ttt   1842
Ala Gln His Thr Gln Arg Leu Leu Arg Ile Gln Asp Ile His Pro Phe
405                 410                 415                 420
gct acg ccc ctc atg cag gag ttg ttc ggc atc aca ggt agc           1884
Ala Thr Pro Leu Met Gln Glu Leu Phe Gly Ile Thr Gly Ser
425                 430
tgagcggctg ccttgggtga caccttcgag aggcagccag acccagagcc ctctgagccg 1944
gcactcccgg gccaagacag atggacactg ccaagagccg acaatgccct gctggcctgt 2004
ctccctaggg aattcctgct atgacagctg gctagcattc ctcaggaagg acatggggtg 2064
cccc                                                              2068
<210> 2
<211> 434
<212> PRT
<213> Homo sapiens
<220>
<221> MOD_RES
<222> (227)
<223> Threonine
<400> 2
Leu Glu Val Arg Pro Lys Glu Ser Trp Asn His Ala Asp Phe Val His
1               5                  10                  15
Cys Glu Asp Thr Glu Ser Val Pro Gly Lys Pro Ser Val Asn Ala Asp
20                  25                  30
Glu Glu Val Gly Gly Pro Gln Ile Cys Arg Val Cys Gly Asp Lys Ala
35                  40                  45
Thr Gly Tyr His Phe Asn Val Met Thr Cys Glu Gly Cys Lys Gly Phe
50                  55                  60
Phe Arg Arg Ala Met Lys Arg Asn Ala Arg Leu Arg Cys Pro Phe Arg
65                  70                  75                  80
Lys Gly Ala Cys Glu Ile Thr Arg Lys Thr Arg Arg Gln Cys Gln Ala
85                  90                  95
Cys Arg Leu Arg Lys Cys Leu Glu Ser Gly Met Lys Lys Glu Met Ile
100                 105                 110
Met Ser Asp Glu Ala Val Glu Glu Arg Arg Ala Leu Ile Lys Arg Lys
115                 120                 125
Lys Ser Glu Arg Thr Gly Thr Gln Pro Leu Gly Val Gln Gly Leu Thr
130                 135                 140
Glu Glu Gln Arg Met Met Ile Arg Glu Leu Met Asp Ala Gln Met Lys
145                 150                 155                 160
Thr Phe Asp Thr Thr Phe Ser His Phe Lys Asn Phe Arg Leu Pro Gly
165                 170                 175
Val Leu Ser Ser Gly Cys Glu Leu Pro Glu Pro Leu Gln Ala Pro Ser
180                 185                 190
Arg Glu Glu Ala Ala Lys Trp Ser Gln Val Arg Lys Asp Leu Cys Ser
195                 200                 205
Leu Lys Val Ser Leu Gln Ala Ala Gly Gly Gly Trp Gln Cys Leu Glu
210                 215                 220
Leu Gln Xaa Pro Ser Arg Gln Trp Arg Lys Glu Ile Phe Ser Leu Leu
225                 230                 235                 240
Pro His Met Ala Asp Met Ser Thr Tyr Met Phe Lys Gly Ile Ile Ser
245                 250                 255
Phe Ala Lys Val Ile Ser Tyr Phe Arg Asp Leu Pro Ile Glu Asp Gln
260                 265                 270
Ile Ser Leu Leu Lys Gly Ala Ala Phe Glu Leu Cys Gln Leu Arg Phe
275                 280                 285
Asn Thr Val Phe Asn Ala Glu Thr Gly Thr Trp Glu Cys Gly Arg Leu
290                 295                 300
Ser Tyr Cys Leu Glu Asp Thr Ala Gly Gly Phe Gln Gln Leu Leu Leu
305                 310                 315                 320
Glu Pro Met Leu Lys Phe His Tyr Met Leu Lys Lys Leu Gln Leu His
325                 330                 335
Glu Glu Glu Tyr Val Leu Met Gln Ala Ile Ser Leu Phe Ser Pro Asp
340                 345                 350
Arg Pro Gly Val Leu Gln His Arg Val Val Asp Gln Val Gln Glu Gln
355                 360                 365
Phe Ala Ile Thr Leu Lys Ser Tyr Ile Glu Cys Asn Arg Pro Gln Pro
370                 375                 380
Ala His Arg Phe Leu Phe Leu Lys Ile Met Ala Met Leu Thr Glu Leu
385                 390                 395                 400
Arg Ser Ile Asn Ala Gln His Thr Gln Arg Leu Leu Arg Ile Gln Asp
405                 410                 415
Ile His Pro Phe Ala Thr Pro Leu Met Gln Glu Leu Phe Gly Ile Thr
420                 425                 430
Gly Ser
<210> 3
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  putative SXR
response element from the steroid hydroxylase,
rCYP3A1
<400> 3
tagacagttc atgaagttca tctac                                       25
<210> 4
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  putative SXR
response element from the steroid hydroxylase,
rCYP3A2
<400> 4
taagcagttc ataaagttca tctac                                       25
<210> 5
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  putative SXR
response element from the steroid hydroxylase,
rUGT1A6
<400> 5
actgtagttc ataaagttca catgg                                       25
<210> 6
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  putative SXR
response element from the steroid hydroxylase,
rbCYP2C1
<400> 6
caatcagttc aacagggttc accaat                                      26
<210> 7
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  putative SXR
response element from the steroid hydroxylase,
rP450R
<400> 7
cacaggtgag ctgaggccag cagcaggtcg aaa                              33
<210> 8
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  putative SXR
response element from the steroid hydroxylase,
rCYP2A1
<400> 8
gtgcaggttc aactggaggt caacatg                                     27
<210> 9
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   putative SXR
response element from the steroid hydroxylase,
rCYP2A2
<400> 9
gtgctggttc aactggaggt cagtatg                                     27
<210> 10
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   putative SXR
response element from the steroid hydroxylase,
rCYP2C6
<400> 10
agtctagttc agtgggggtt cagtctt                                     27
<210> 11
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   putative SXR
response element from the steroid hydroxylase,
hCYP2E1
<400> 11
gagatggttc aaggaagggt cattaac                                     27
<210> 12
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  direct repeat
with spacer of 0 nucleotides
<400> 12
catagtcagg tcaaggtcag atcaac                                      26
<210> 13
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 1  nucleotides
<400> 13
catagtcagg tcataggtca gatcaac                                     27
<210> 14
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 2  nucleotides
<400> 14
catagtcagg tcaataggtc agatcaac                                    28
<210> 15
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 3  nucleotides
<400> 15
catagtcagg tcatataggt cagatcaac                                   29
<210> 16
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 4  nucleotides
<400> 16
catagtcagg tcatataagg tcagatcaac                                  30
<210> 17
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 5  nucleotides
<400> 17
catagtcagg tcatatatag gtcagatcaa c                                31
<210> 18
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 6  nucleotides
<400> 18
catagtcagg tcatatataa ggtcaagatc aac                              33
<210> 19
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 7  nucleotides
<400> 19
catagtcagg tcatatatat aggtcagatc aac                              33
<210> 20
<211> 36
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 10  nucleotides
<400> 20
catagtcagg tcatatatat ataaggtcag atcaac                           36
<210> 21
<211> 41
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 15  nucleotides
<400> 21
catagtcagg tcatagtagt agtagtagag gtcagatcaa c                     41
<210> 22
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  example of a
response element suitable for practice of the
invention method
<220>
<221> modified_base
<222> (7)..(11)
<223> This region may encompass 5, 4, or 3 nucleotides,
independently selected from A, T, C or G
<400> 22
agttcannnn ntgaact                                                    17
<210> 23
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  example of a
response element suitable for practice of the
invention method
<220>
<221> modified_base
<222> (7)..(12)
<223> N is selected from A, T, C or G
<400> 23
tgaactnnnn nnaggtca                                               18
<210> 24
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  Synthetic
oligonucleotide
<400> 24
tgaactcaaa ggaggtca                                               18
<210> 25
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   inverted
repeat response element with spacer of 0
nucleotides
<400> 25
agcttaggtc atgaccta                                               18
<210> 26
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  inverted
repeat response element with spacer of 1
nucleotide
<400> 26
agcttaggtc agtgaccta                                              19
<210> 27
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  inverted
repeat response element with spacer of 2
nucleotides
<400> 27
agcttaggtc acgtgaccta                                             20
<210> 28
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  inverted
repeat response element with spacer of 3
nucleotides
<400> 28
agcttaggtc acagtgacct a                                           21
<210> 29
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  inverted
repeat response element with spacer of 4
nucleotides
<400> 29
agcttaggtc acatgtgacc ta                                          22
<210> 30
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  inverted
repeat response element with spacer of 5
nucleotides
<400> 30
agcttaggtc acactgtgac cta                                         23
<210> 31
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:  inverted
repeat response element with spacer of 6
nucleotides
<400> 31
agctttgaac tcaaaggagg tca                                         23
<210> 32
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: IR-M
<400> 32
agcttacgtc atgacgta                                               18
<210> 33
<211> 33
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 33
tagaatatga actcaaagga ggtcagtgag tgg                              33
<210> 34
<211> 33
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 34
tagaatatga actcaaagga ggtaagcaaa ggg                              33
<210> 35
<211> 32
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 35
tagaatatta actcaatgga ggcagtgagt gg                               32
<210> 36
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:
oligonucleotide for PCR
<400> 36
gagcaattcg ccattactct gaagt                                       25
<210> 37
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:
oligonucleotide for PCR
<400> 37
gtccttgggg tcttctacct ttctc                                       25
<210> 38
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:
oligonucleotide for PCR
<400> 38
gacgatttgg atctggacat gttgg                                       25
<210> 39
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:
oligonucleotide for PCR
<400> 39
gttttcatct gagcgtccat cagct                                       25
<210> 40
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide for PCR
<400> 40
tgaacttcat gaact                                                  15
<210> 41
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 41
tgttcttcat gttct                                                  15
<210> 42
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide
<400> 42
acaacttcat gaact                                                  15
<210> 43
<211> 15
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 3 nucleotides
<221> misc_feature
<222> (7)..(9)
<223> N is selected from A, C, T or G
<400> 43
aggtcannna ggtca                                                  15
<210> 44
<211> 16
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 4 nucleotides
<221> misc_feature
<222> (7)..(10)
<223> N is selected from A, C, T or G
<400> 44
aggtcannnn aggtca                                                  16
<210> 45
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Description of Artificial Sequence:   direct
repeat with spacer of 5 nucleotides
<221> misc_feature
<222> (7)..(11)
<223> N is selected from A, C, T or G
<400> 45
aggtcannnn naggtca                                                  17