【手続補正書】
【提出日】平成15年11月18日(2003.11.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組成物であって、以下：
（ａ）ポリ核酸塩基鎖；および
（ｂ）組み合わせオリゴマーであって、第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックを含み、該ブロックは、各々独立して、ペプチド核酸、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーである、組み合わせオリゴマー；
を含有し、ここで、該第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックは、少なくとも３原子長のリンカーによって互いに共有結合しており、そして該第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックは、該ポリ核酸塩基鎖における連続する核酸塩基の標的配列に配列特異的にハイブリダイズし、これによって、二本鎖標的配列／組み合わせオリゴマー複合体を形成する、組成物。
【請求項２】
第３のオリゴマーブロックをさらに含有する、請求項１に記載の組成物であって、該第３のオリゴマーブロックは、少なくとも３原子長の第２のリンカーによって、前記第１のオリゴマーブロックまたは第２のオリゴマーブロックに共有結合しており、その結果、該第２のリンカーは、前記第１のリンカーと同じ種類であるか、または異なる種類である、組成物。
【請求項３】
前記第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックが、ペプチド核酸である、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記リンカーが、１つのアミノ酸残基、２つのアミノ酸残基、３つのアミノ酸残基、１つのＥ−リンカー残基、２つのＥ−リンカー残基、１つのＯ−リンカー残基、２つのＯ−リンカー残基、１つのＸ−リンカー残基、および２つのＸ−リンカー残基からなる群より選択される、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
前記リンカーが、アミノ酸グリシン、アミノ酸ダイマーｇｌｙ−ｇｌｙ、アミノ酸ダイマーｇｌｙ−ｌｙｓ、アミノ酸ダイマーｌｙｓ−ｇｌｙ、アミノ酸ダイマーｇｌｕ−ｇｌｙ、アミノ酸ダイマーｇｌｙ−ｃｙｓ、アミノ酸ダイマーｃｙｓ−ｇｌｙ、およびアミノ酸ダイマーａｓｐ−ｇｌｙからなる群より選択される、請求項４に記載の組成物。
【請求項６】
前記組み合わせオリゴマーが、少なくとも１つのエネルギー移動セットの標識をさらに含み、その結果、該エネルギー移動セットの少なくとも１つのアクセプター部分が、該組み合わせオリゴマーの結合したオリゴマーブロックのうちの１つに結合し、一方で該エネルギー移動セットの少なくとも１つのドナー部分が、該組み合わせオリゴマーの結合したオリゴマーブロックのうちの別のものに結合し、ここで、該セットの標識は、該組み合わせオリゴマーが非ハイブリダイズ状態にある場合と比較して、該組み合わせオリゴマーが前記標的配列にハイブリダイズする場合に、少なくとも１つの標識の検出可能なシグナルの変化を容易にする位置で、該オリゴマーブロックに結合している、請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
前記エネルギー移動セットが、単一のドナー部分および単一のアクセプター部分を含む、請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
前記ドナー部分が、ドナー発蛍光団であり、そして前記アクセプターが、非蛍光性クエンチャー部分である、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
前記組み合わせオリゴマーが、１つ以上のレポーター部分をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１０】
前記レポーター部分が、各々独立して、発色団、蛍光色素、クエンチャー、スピン標識、放射性同位体、酵素、ハプテンおよび化学発光化合物からなる群より選択される、請求項９に記載の組成物。
【請求項１１】
前記リンカーが、酵素に対する切断部位を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
前記組成物が、支持体に結合されている、請求項１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記組成物が、アレイの独特の位置に存在する、請求項１に記載の組成物。
【請求項１４】
前記標的配列が、核酸増幅プロセスによって増幅された核酸のポリ核酸塩基鎖の部分配列である、請求項１に記載の組成物。
【請求項１５】
標的配列を含有するポリ核酸塩基鎖を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該ポリ核酸塩基鎖を、組み合わせオリゴマーと、適切なハイブリダイゼーション条件下で接触させ、それによって請求項１に記載の組成物を形成する工程：および
（ｂ）該組成物を決定し、これによって、該標的配列を決定する、工程、
を包含する、方法。
【請求項１６】
前記標的配列が、核酸増幅プロセスによって増幅された核酸の部分配列である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記核酸増幅プロセスが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写介在増幅（ＴＭＡ）、Ｑ−βレプリカーゼ増幅（Ｑ−β）およびローリングサークル増幅（ＲＣＡ）からなる群より選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記組み合わせオリゴマーが、第３のオリゴマーブロックをさらに含有し、該第３のオリゴマーは、少なくとも３原子長の第２のリンカーによって、前記第１のオリゴマーブロックまたは第２のオリゴマーブロックに共有結合しており、その結果、該第２のリンカーは、前記第１のリンカーと同じ種類であるか、または異なる種類である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
前記第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックが、ペプチド核酸である、請求項１５に記載の方法。
【請求項２０】
前記リンカーが、１つのアミノ酸残基、２つのアミノ酸残基、３つのアミノ酸残基、１つのＥ−リンカー残基、２つのＥ−リンカー残基、１つのＯ−リンカー残基、２つのＯ−リンカー残基、１つのＸ−リンカー残基、および２つのＸ−リンカー残基からなる群より選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項２１】
前記リンカーが、アミノ酸グリシン、アミノ酸ダイマーｇｌｙ−ｇｌｙ、アミノ酸ダイマーｇｌｙ−ｌｙｓ、アミノ酸ダイマーｌｙｓ−ｇｌｙ、アミノ酸ダイマーｇｌｕ−ｇｌｙ、アミノ酸ダイマーｇｌｙ−ｃｙｓ、アミノ酸ダイマーｃｙｓ−ｇｌｙ、およびアミノ酸ダイマーａｓｐ−ｇｌｙからなる群より選択される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記組み合わせオリゴマーが、少なくとも１つのエネルギー移動セットの標識をさらに含み、その結果、該エネルギー移動セットの少なくとも１つのアクセプター部分が、該組み合わせオリゴマーの結合したオリゴマーブロックのうちの１つに結合し、一方で該エネルギー移動セットの少なくとも１つのドナー部分が、該組み合わせオリゴマーの結合したオリゴマーブロックのうちの別のものに結合し、ここで、該セットの標識は、該組み合わせオリゴマーが非ハイブリダイズ状態にある場合と比較して、該組み合わせオリゴマーが前記標的配列にハイブリダイズする場合に、少なくとも１つの標識の検出可能なシグナルの変化を容易にする位置で、該オリゴマーブロックに結合している、請求項１５に記載の方法。
【請求項２３】
前記エネルギー移動セットが、単一のドナー部分および単一のアクセプター部分を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記ドナー部分が、ドナー発蛍光団であり、そして前記アクセプターが、非蛍光性クエンチャー部分である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記組み合わせオリゴマーが、１つ以上のレポーター部分をさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項２６】
前記レポーター部分が、発色団、蛍光色素、クエンチャー、スピン標識、放射性同位体、酵素、ハプテンおよび化学発光化合物からなる群より選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記標的配列が、レポーター部分で標識されている、請求項１５に記載の方法。
【請求項２８】
前記標的配列および組み合わせオリゴマーのいずれも、レポーター部分で標識されておらず、そして前記複合体が、該複合体に特異的に結合する標識された抗体を使用して決定される、請求項１５に記載の方法。
【請求項２９】
前記リンカーが、酵素に対する切断部位を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項３０】
前記組み合わせオリゴマーが、支持体に結合されている、請求項１５に記載の方法。
【請求項３１】
前記組み合わせオリゴマーが、アレイの独特の位置に存在する、請求項１５に記載の方法。
【請求項３２】
一塩基多型（ＳＮＰ）に対する核酸の接合生殖性を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）核酸サンプルを、少なくとも２つの独立して検出可能な組み合わせオリゴマーと接触させる工程であって、ここで、
（ｉ）各独立して検出可能な組み合わせオリゴマーは、第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックを含み、該オリゴマーブロックは、各々独立して、ペプチド核酸、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーであり、そして少なくとも３原子長のリンカーによって、互いに共有結合しており；そして
（ｉｉ）該第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックは、一緒になって、プロービング核酸塩基配列をコードし、該プロービング核酸塩基配列は、ポリ核酸塩基鎖における連続する核酸塩基の標的配列に配列特異的にハイブリダイズし、これによって、二本鎖標的配列／独立して検出可能な組み合わせオリゴマー複合体を形成するように設計されており、そして各独立して検出可能な組み合わせオリゴマーにおける該プロービング核酸塩基配列は、少なくとも１つの核酸塩基が他方と異なる、工程；
（ｂ）該核酸サンプルおよび組み合わせオリゴマーを、該サンプル中に存在する核酸を増幅する核酸増幅反応を実施するために適切な１つ以上の試薬と接触させる工程；
（ｃ）該核酸、該組み合わせオリゴマー、および該試薬の存在下で、該核酸増幅を実施する工程；
（ｄ）各々独立して検出可能な組み合わせオリゴマー／標的配列複合体についての複合体形成を決定する工程であって、これによって、該核酸が特定のＳＮＰに対して異型接合であるか、同型接合であるかを決定する、工程、
を包含する、方法。
【請求項３３】
前記各々独立して検出可能な組み合わせオリゴマーが、独立して検出可能なエネルギー移動セットの標識を含み、その結果、該セットの少なくとも１つのアクセプター部分が、該組み合わせオリゴマーの結合したオリゴマーブロックのうちの１つに結合し、一方で該セットの少なくとも１つのドナー部分が、該組み合わせオリゴマーの結合したオリゴマーブロックのうちの別のものに結合し、これによって、各組み合わせオリゴマーが、連続した核酸塩基のその標的配列に配列特異的にハイブリダイズする場合に、該組み合わせオリゴマーがハイブリダイズしていない状態である場合と比較して、少なくとも１つの標識の検出可能なシグナルの変化を生じる、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記核酸増幅プロセスが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写介在増幅（ＴＭＡ）、Ｑ−βレプリカーゼ増幅（Ｑ−β）およびローリングサークル増幅（ＲＣＡ）からなる群より選択される、請求項３２または３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記少なくとも１つの組み合わせオリゴマーが、第３のオリゴマーブロックをさらに含有し、該第３のオリゴマーブロックは、少なくとも３原子長の第２のリンカーによって、前記第１のオリゴマーブロックまたは第２のオリゴマーブロックに共有結合しており、その結果、該第２のリンカーは、前記第１のリンカーと同じ種類であるか、または異なる種類である、請求項３２または３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
前記第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックが、ペプチド核酸である、請求項３２または３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
前記各々の組み合わせオリゴマーの前記リンカーが、１つのアミノ酸残基、２つのアミノ酸残基、３つのアミノ酸残基、１つのＥ−リンカー残基、２つのＥ−リンカー残基、１つのＯ−リンカー残基、２つのＯ−リンカー残基、１つのＸ−リンカー残基、および２つのＸ−リンカー残基からなる群より選択される、請求項３２または３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
前記各々の組み合わせオリゴマーの前記リンカーが、アミノ酸グリシン、アミノ酸ダイマーｇｌｙ−ｇｌｙ、アミノ酸ダイマーｇｌｙ−ｌｙｓ、アミノ酸ダイマーｌｙｓ−ｇｌｙ、アミノ酸ダイマーｇｌｕ−ｇｌｙ、アミノ酸ダイマーｇｌｙ−ｃｙｓ、アミノ酸ダイマーｃｙｓ−ｇｌｙ、およびアミノ酸ダイマーａｓｐ−ｇｌｙからなる群より選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記各々のエネルギー移動セットが、単一のドナー部分および単一のアクセプター部分を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４０】
前記ドナー部分が、ドナー発蛍光団であり、そして前記アクセプターが、非蛍光性クエンチャー部分である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記標的配列／独立して検出可能な組み合わせオリゴマー複合体の１つ以上が、支持体に結合されている、請求項３２または３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
前記独立して検出可能な組み合わせオリゴマーの各々が、発色団、蛍光色素、スピン標識、放射性同位体、酵素、ハプテンおよび化学発光化合物からなる群より独立して選択されるレポーター部分を含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項４３】
オリゴマーブロックから組み合わせオリゴマーを形成するための方法であって、該方法は、第１のオリゴマーブロック、第２のオリゴマーブロック、および必要に応じて縮合試薬を、縮合条件下で反応させる工程であって、これによって、該第１のオリゴマーブロックを該第２のオリゴマーブロックに共有結合させる、少なくとも３原子長のリンカーを有する組み合わせオリゴマーを形成する、工程を包含し；ここで、
（ｉ）第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックは、各々独立して、ペプチド核酸オリゴマー、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーであり；
（ｉｉ）該第１のオリゴマーブロックも第２のオリゴマーブロックも、支持体に結合されておらず；そして
（ｉｉｉ）該組み合わせオリゴマーが、テンプレートの非存在下で形成する、
方法。
【請求項４４】
オリゴマーブロックから組み合わせオリゴマーを形成するための方法であって、該方法は、第１のオリゴマーブロック、第２のオリゴマーブロック、および必要に応じて縮合試薬を、縮合条件下で反応させる工程であって、これによって、該第１のオリゴマーブロックを該第２のオリゴマーブロックに共有結合させる、少なくとも３原子長のリンカーを有する組み合わせオリゴマーを形成する、工程を包含し；ここで、
（ｉ）第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックは、各々独立して、ペプチド核酸オリゴマー、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーであり；
（ｉｉ）１つ、２つまたは全てのオリゴマーブロックが、核酸塩基保護基を含まず；そして
（ｉｉｉ）該組み合わせオリゴマーが、テンプレートの非存在下で形成する、
方法。
【請求項４５】
請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法であって、前記組み合わせオリゴマーが、形成されるにつれて、さらに伸長され；そして該方法が、さらに、以下：
（ｉｖ）必要に応じて、先に形成した前記組み合わせオリゴマーを脱保護する工程；ならびに
（ｖ）該組み合わせオリゴマーを、第３のオリゴマーブロック、および必要に応じて、縮合試薬と、縮合条件下で反応させる工程であって、これによって、少なくとも３原子長の共有結合を有する伸長した組み合わせオリゴマーを形成し、該共有結合は、該第３のオリゴマーブロックを、該組み合わせオリゴマーに共有結合させ、ここで、該伸長した組み合わせオリゴマーが、テンプレートの非存在下で形成する、工程、
を包含する、方法。
【請求項４６】
前記組み合わせオリゴマーが所望の長さになるまで、工程（ｉｖ）〜（ｖ）が繰り返される、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記組み合わせオリゴマーが、５０％より高い収率で形成する、請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４８】
前記オリゴマーブロックの少なくとも１つが、定常核酸塩基配列の少なくとも１つの領域および可変核酸塩基配列を含む少なくとも１つの領域を含む、請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４９】
前記２つのオリゴマーブロックのうちの１つが、Ｃ末端アミドおよび保護されていないＮ末端天然アミノ酸を有するペプチド核酸である、請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５０】
前記保護されていないＮ末端アミノ酸が、グリシン、リジン、シスチン、グルタミン酸およびアスパラギン酸からなる群より選択される、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記２つのオリゴマーブロックのうちの１つが、Ｃ末端天然アミノ酸部分およびキャップされたかまたは保護されたＮ末端を有するペプチド核酸である、請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５２】
前記Ｃ末端天然アミノ酸が、グリシン、リジン、シスチン、グルタミン酸およびアスパラギン酸からなる群より選択される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記縮合が、水溶性カルボジイミドを縮合試薬として使用して、水溶液中で実施される、請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
前記縮合が、活性化試薬の存在下で実施される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックが、ペプチド核酸である、請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５６】
前記２つのオリゴマーブロックの各々が、エネルギー移動セットの標識の少なくとも１つの標識を含み、ここで、該セットの標識は、ライゲーション反応によって形成される組み合わせオリゴマーが非ハイブリダイズ状態にある場合と比較して、該組み合わせオリゴマーが標的配列にハイブリダイズする場合に、少なくとも１つの標識の検出可能なシグナルの変化を容易にする位置で、該オリゴマーブロックに結合している、請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５７】
前記エネルギー移動セットが、単一のドナー部分および単一のアクセプター部分を含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記ドナー部分が、ドナー発蛍光団であり、そして前記アクセプターが、非蛍光性クエンチャー部分である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記組み合わせオリゴマーが、１つ以上のレポーター部分をさらに含む、請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
前記レポーター部分が、発色団、蛍光色素、クエンチャー、放射性同位体およびハプテンからなる群より選択される、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記リンカーが、酵素に対する切断部位を含む、請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６２】
前記組み合わせオリゴマーが、形成される場合、支持体に結合されている、請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６３】
前記組み合わせオリゴマーが、形成される場合、アレイの独特の位置に存在する、請求項４３または４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６４】
組み合わせオリゴマーが可能な結合パートナーに結合するか否かを決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該組み合わせオリゴマーおよび該可能な結合パートナーを、適切な結合条件下で接触させる工程であって、これによって、組み合わせオリゴマー／結合パートナー複合体をおそらく形成し；ここで、該組み合わせオリゴマーが、式：
Ａ−Ｗ−Ｃ
のセグメントを含むポリマーであり；ここで、
ＡおよびＣは、各々独立して、ペプチド核酸、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーであるオリゴマーブロックであり、そして必要に応じて、他の部分に結合されており；そして
Ｗは、少なくとも３原子長のリンカーであり、該リンカーは：
（ｉ）オリゴマーブロックＡをオリゴマーブロックＣに共有結合させ；そして
（ｉｉ）酵素に対する切断部位である、工程；
（ｂ）工程（ａ）の生成物を、該切断部位を切断するために適切な酵素で、適切な酵素切断条件下で処理する工程；ならびに
（ｃ）該組み合わせオリゴマーが、該酵素の活性によって切断されたか否かを決定する工程であって、これによって、該組み合わせオリゴマー／結合パートナー複合体が形成されたか否かを決定する、工程、
を包含する、方法。
【請求項６５】
前記組み合わせオリゴマーの実質的な酵素切断が、該組み合わせオリゴマーが前記結合パートナーに結合していない場合にのみ起こる、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記結合パートナーが、標的配列であり、そして結合する場合、前記組み合わせオリゴマーの結合したオリゴマーブロックが、連続した核酸塩基の標的配列に結合する、請求項６４に記載の方法。
【請求項６７】
前記オリゴマーブロックＡおよびオリゴマーブロックＣが、ペプチド核酸である、請求項６４に記載の方法。
【請求項６８】
前記組み合わせオリゴマーが、エネルギー移動セットの標識を含む自己指示組み合わせオリゴマーであり、その結果、該エネルギー移動セットの少なくとも１つのアクセプター部分が、該組み合わせオリゴマーの結合したオリゴマーブロックのうちの１つに結合し、一方で該エネルギー移動セットの少なくとも１つのドナー部分が、該組み合わせオリゴマーの結合したオリゴマーブロックのうちの別のものに結合し、ここで、該セットの標識は、該組み合わせオリゴマーが非ハイブリダイズ状態にある場合と比較して、該組み合わせオリゴマーが標的配列にハイブリダイズする場合に、少なくとも１つの標識の検出可能なシグナルの変化を容易にする位置で、該オリゴマーブロックに結合している、請求項６４に記載の方法。
【請求項６９】
前記組み合わせオリゴマーが、１つ以上のレポーター部分をさらに含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項７０】
前記組み合わせオリゴマーが、支持体に結合されている、請求項６４に記載の方法。
【請求項７１】
キットであって、以下：
（ａ）２つ以上の独立して検出可能な組み合わせオリゴマーであって、ここで、
（ｉ）該組み合わせオリゴマーの各々は、第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックを含み、該オリゴマーブロックは、各々独立して、ペプチド核酸、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーであり、そして少なくとも３原子長のリンカーによって、互いに共有結合しており；
（ｉｉ）各独立して検出可能な組み合わせオリゴマーにおいて、該第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックは、一緒になって、プロービング核酸塩基配列をコードし、該プロービング核酸塩基配列は、連続する核酸塩基の標的配列に配列特異的にハイブリダイズし、これによって、二本鎖標的配列／組み合わせオリゴマー複合体を形成するように設計されており、そして各独立して検出可能な組み合わせオリゴマーにおける該プロービング核酸塩基配列は、少なくとも１つの核酸塩基が、独立して検出可能な組み合わせオリゴマーの他方のプロービング核酸塩基配列と異なり；そして
（ｉｉｉ）各独立して検出可能な組み合わせオリゴマーは、少なくとも１つの独立して検出可能な標識を含む、組み合わせオリゴマー；
（ｂ）必要に応じて、１つ以上のオリゴヌクレオチド；
（ｃ）必要に応じて、１つ以上の緩衝剤；
（ｄ）必要に応じて、１つ以上のヌクレオチド三リン酸；
（ｅ）必要に応じて、核酸増幅マスターミックス；ならびに
（ｆ）必要に応じて、１つ以上のポリメラーゼ酵素、
を備える、キット。
【請求項７２】
２つ以上のオリゴヌクレオチドプライマーを備える、請求項７１に記載のキット。
【請求項７３】
各組み合わせオリゴマーの前記オリゴマーブロックが、ペプチド核酸である、請求項７１に記載のキット。
【請求項７４】
前記組み合わせオリゴマーの少なくとも１つが、少なくとも１つのエネルギー移動セットの標識をさらに含み、その結果、該エネルギー移動セットの少なくとも１つのアクセプター部分が、該組み合わせオリゴマーの結合したオリゴマーブロックのうちの１つに結合し、一方で該エネルギー移動セットの少なくとも１つのドナー部分が、該組み合わせの結合したオリゴマーブロックのうちの別のものに結合し、ここで、該セットの標識は、該組み合わせオリゴマーが非ハイブリダイズ状態にある場合と比較して、該組み合わせオリゴマーが標的配列にハイブリダイズする場合に、少なくとも１つの標識の検出可能なシグナルの変化を容易にする位置で、該オリゴマーブロックに結合している、請求項７１に記載のキット。
【請求項７５】
前記組み合わせオリゴマーの全てが、エネルギー移動セットを含み、そして該組み合わせオリゴマーの各々が、独立して検出可能な自己指示組み合わせオリゴマーである、請求項７１に記載のキット。
【請求項７６】
２つ以上の独立して検出可能な組み合わせオリゴマーのセットを備える請求項７１に記載のキットであって、ここで、
（ｉ）該組み合わせオリゴマーの各々が、第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックを含み、該オリゴマーブロックは、各々独立して、ペプチド核酸、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーであり、そして少なくとも３原子長のリンカーによって互いに共有結合しており、
（ｉｉ）各独立して検出可能な組み合わせオリゴマーにおいて、該第１のオリゴマーブロックおよび第２のオリゴマーブロックは、一緒になって、プロービング核酸塩基配列をコードし、該プロービング核酸塩基配列は、連続する核酸塩基の標的配列に配列特異的にハイブリダイズし、これによって、二本鎖標的配列／組み合わせオリゴマー複合体を形成するように設計されており、そして各独立して検出可能な組み合わせオリゴマーにおける該プロービング核酸塩基配列は、少なくとも１つの核酸塩基が、該セットの独立して検出可能な組み合わせオリゴマーの他方のプロービング核酸塩基配列と異なり；そして
（ｉｉｉ）各独立して検出可能な組み合わせオリゴマーは、少なくとも１つの独立して検出可能な標識を含む、
キット。
【請求項７７】
各独立して検出可能な組み合わせオリゴマーが、少なくとも１つのエネルギー移動セットの標識を含み、その結果、該エネルギー移動セットの少なくとも１つのアクセプター部分が、該組み合わせオリゴマーの結合したオリゴマーブロックのうちの１つに結合し、一方で該エネルギー移動セットの少なくとも１つのドナー部分が、該組み合わせの結合したオリゴマーブロックのうちの別のものに結合し、ここで、該セットの標識は、該組み合わせオリゴマーが非ハイブリダイズ状態にある場合と比較して、該組み合わせオリゴマーが標的配列にハイブリダイズする場合に、少なくとも１つの標識の検出可能なシグナルの変化を容易にする位置で、該オリゴマーブロックに結合している、請求項７６に記載のキット。
【請求項７８】
異なる保護基の除去によって、末端オリゴマーブロックおよび縮合オリゴマーブロックの両方を生成するのに適切な、オリゴマーブロックの二官能性単一セットを含む化合物ライブラリーであって、ここで、該二官能性セットのオリゴマーブロックの全てが、ペプチド核酸オリゴマー、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーであるが、ただし；
（ａ）該オリゴマーブロックは、少なくとも３原子長のリンカーを形成する官能性部分を含むように選択され、該リンカーは、末端オリゴマーブロックが縮合オリゴマーブロックと縮合される場合に、２つの該オリゴマーブロックを共有結合し；
（ｂ）該オリゴマーブロックが、支持体に結合しておらず；そして
（ｃ）該オリゴマーブロックが、核酸塩基保護基を含まない、
化合物ライブラリー。
【請求項７９】
請求項７８に記載の二官能性単一セットのライブラリーから、末端オリゴマーブロックおよび縮合オリゴマーブロックを生成するための方法であって、該方法は、以下；
（ａ）少なくとも２つのオリゴマーブロックを含む二官能性単一セットのライブラリーを提供する工程；
（ｂ）該二官能性単一セットのライブラリーのオリゴマーブロックを処理し、それによって、１つ以上の保護基を除去し、末端オリゴマーブロックを生成する、工程；および
（ｃ）工程（ｂ）と比較して、該二官能性単一セットのライブラリーのオリゴマーブロックを処理して１つ以上の異なる保護基を除去し、それによって縮合オリゴマーブロックを生成する工程、
を包含し、ここで、
（ｉ）末端オリゴマーブロックが縮合オリゴマーブロックと縮合される場合に、該官能性部分は、少なくとも３原子長のリンカーを形成し；そして
（ｉｉ）該オリゴマーブロックが、支持体に結合しておらず、かつ該オリゴマーブロックが、核酸塩基保護基を含まない、
方法。
【請求項８０】
末端オリゴマーブロックの少なくとも１つのセットおよび縮合オリゴマーブロックの少なくとも１つのセットを含む化合物ライブラリーであって、ここでブロックのセットの各々が、２つ以上の異なるオリゴマーを含み、該オリゴマーブロックが、ペプチド核酸オリゴマー、ＰＮＡキメラおよびＰＮＡ組み合わせオリゴマーからなる群から選択されるが、ただし；
（ａ）該オリゴマーブロックは、末端オリゴマーブロックが縮合オリゴマーブロックと縮合される場合に、少なくとも３原子長のリンカーを形成する官能性部分を含むように選択され；
（ｂ）該オリゴマーブロックは、支持体に結合しておらず；そして
（ｃ）該オリゴマーブロックは、核酸塩基保護基を含まない、
化合物ライブラリー。
【請求項８１】
末端オリゴマーブロックの少なくとも１つのセットおよび縮合オリゴマーブロックの少なくとも２つのセットを含む化合物ライブラリーであって、ここで、
（ａ）オリゴマーブロックのセットの各々が、２つ以上の異なるオリゴマーを含み；
（ｂ）該各セットのオリゴマーブロックが、独立して、ペプチド核酸オリゴマー、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーのいずれかであり；
（ｃ）該オリゴマーブロックは、末端オリゴマーブロックが縮合オリゴマーブロックと縮合される場合に該オリゴマーブロックを共有結合する少なくとも３原子長のリンカーを形成する官能性部分を含むように選択され；
（ｄ）該オリゴマーブロックは、支持体に結合しておらず；
（ｅ）該オリゴマーブロックは、核酸塩基保護基を含まず；
（ｆ）該セットの縮合オリゴマーブロックのオリゴマーブロックの全てが、独立して検出可能な同じレポーター部分を含み；そして
（ｇ）該末端オリゴマーブロックの少なくとも１つのセットのオリゴマーブロックの全てが、同じクエンチャー部分を含む、
化合物ライブラリー。
【請求項８２】
各オリゴマーブロックが、３〜１５の核酸塩基含有サブユニットを含む、請求項７８、８０または８１のいずれか１項に記載の化合物ライブラリー。
【請求項８３】
前記ライブラリーのオリゴマーブロックの全てが、ペプチド核酸である、請求項７８、８０または８１のいずれか１項に記載の化合物ライブラリー。
【請求項８４】
請求項７８、８０または８１のいずれか１項に記載の化合物ライブラリーであって、前記ライブラリーのオリゴマーブロックの全てが、独立して、トリマー、テトラマー、ペンタマー、ヘキサマー、ヘプタマーまたはオクタマーのいずれかである、化合物ライブラリー。
【請求項８５】
請求項７８、８０または８１のいずれか１項に記載の化合物ライブラリーであって、全てのオリゴマーブロックが、定常核酸塩基配列の少なくとも１つの領域と、可変核酸塩基配列を含む少なくとも１つの領域とを含む、化合物ライブラリー。
【請求項８６】
請求項７８、８０または８１のいずれか１項に記載の化合物ライブラリーであって、前記セットの異なる末端オリゴマーブロックの数が、４ｎであり、ここでｎは、該セットの末端ブロック中の可変核酸塩基位置の数を表す３〜８の範囲の整数である、化合物ライブラリー。
【請求項８７】
少なくとも２つのオリゴマーのアレイであって、該オリゴマーの少なくとも１つが、以下の式を有するセグメントを含む組み合わせオリゴマーであって：
Ａ−Ｂ−Ｃ
ここで、
ＡおよびＣは、オリゴマーブロックであり、該オリゴマーブロックは、各々独立して、ペプチド核酸、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーであり、必要に応じて他の部分に連結し；そして
Ｂは、オリゴマーブロックＡをオリゴマーブロックＣに共有結合する、少なくとも３原子長のリンカーであり；
ここで、
オリゴマーブロックＡおよびＣは一緒になって、連続した核酸塩基の標的配列に配列特異的にハイブリダイズするように設計されるプローブ核酸塩基配列をコードし、それにより二本鎖標的配列／組み合わせオリゴマー複合体を形成する、
アレイ。
【請求項８８】
組み合わせオリゴマーのアレイを形成するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）アレイの固体表面上の部位で、第１のオリゴマーブロック、第２のオリゴマーブロック、および必要に応じて縮合試薬を、縮合条件下で反応させる工程であって、これにより、該第１のオリゴマーブロックを該第２のオリゴマーブロックに共有結合する少なくとも３原子長のリンカーを有する組み合わせオリゴマーを形成する、工程であって；ここで、
（ｉ）該２つのオリゴマーブロックのうち１つが、支持体に結合され；
（ｉｉ）該第１および第２のオリゴマーブロックが、各々独立して、ペプチド核酸オリゴマー、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーであり；
（ｉｉｉ）１つまたは両方のオリゴマーブロックが、核酸塩基保護基を含まず；そして
（ｉｖ）該組み合わせオリゴマーが、テンプレートの非存在下で形成される、
工程；ならびに
（ｂ）該組み合わせオリゴマーのアレイが構築されるまで、工程（ａ）を１つ以上の部位で繰り返す工程、
を包含する、方法。
【請求項８９】
組み合わせオリゴマーのアレイを形成するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）アレイの固体表面上の部位で、第１のオリゴマーブロックを第２のオリゴマーブロックに共有結合する少なくとも３原子長のリンカーを有する組み合わせオリゴマーと、表面官能基とを反応させ、それにより該組み合わせオリゴマーを該アレイの表面に結合する工程であって；ここで、
（ｉ）該第１および第２のオリゴマーブロックは、各々独立して、ペプチド核酸オリゴマー、ＰＮＡキメラまたはＰＮＡ組み合わせオリゴマーであり；
（ｉｉ）１つまたは両方のオリゴマーブロックが、核酸塩基保護基を含まない、
工程；ならびに
（ｂ）該組み合わせオリゴマーのアレイが構築されるまで、工程（ａ）を１つ以上の部位で繰り返す工程、
を包含する、方法。