【手続補正書】
【提出日】平成17年2月16日(2005.2.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組成物であって、以下：
ａ）図２（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）のタンパク質の状態を調節する物質、またはｂ）図２のタンパク質によって調節され、それによって図２のタンパク質を発現する細胞の状態が調節される分子
を含む、組成物。
【請求項２】
生理学的に受容可能なキャリアをさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
ヒト単位用量形態で請求項１に記載の組成物を含む、薬学的組成物。
【請求項４】
前記物質が、図２のタンパク質に関するタンパク質に特異的に結合する抗体またはそのフラグメントを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
モノクローナルである、請求項４に記載の抗体またはそのフラグメント。
【請求項６】
ヒト抗体、ヒト化抗体またはキメラ抗体である、請求項４に記載の抗体。
【請求項７】
請求項４に記載の抗体を産生する、非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項８】
請求項５に記載の抗体を産生する、ハイブリドーマ。
【請求項９】
図２（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）のタンパク質を発現する細胞に細胞傷害性薬剤または診断剤を送達するための組成物であって、該組成物は：
請求項４に記載の抗体またはそのフラグメントに結合体化した該細胞傷害性薬剤または該診断剤を含有する、組成物。
【請求項１０】
前記物質が、抗体またはそのフラグメントをコードするポリヌクレオチドを含み、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、図２のタンパク質に免疫特異的に結合する、請求項１に記載の組成物。
【請求項１１】
前記物質が、図２のタンパク質に関するタンパク質を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
図２（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）に示されるアミノ酸配列全体に対して少なくとも９０％相同である、請求項１１に記載のタンパク質。
【請求項１３】
請求項１に記載の組成物であって、前記物質が以下：
ａ）図２のタンパク質のうちの８個、９個、１０個または１１個連続したアミノ酸のペプチド；
ｂ）表Ｖ〜表ＸＶＩＩＩ（配列番号３、５、７、９）に記載のペプチド；
ｃ）表ＸＸＩＩ〜表ＸＬＶＩＩ（配列番号３、５、７、９）に記載のペプチド；または
ｄ）表ＸＬＶＩＩＩ〜表ＬＩ（配列番号３、５、７、９）に記載のペプチド
を含む、組成物。
【請求項１４】
前記物質が、図２（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）のタンパク質のアミノ酸配列由来のＣＴＬポリペプチドまたはそのアナログを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１５】
請求項１４に記載の組成物であって、ただし、エピトープは、図２（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）のアミノ酸配列全体ではない、組成物。
【請求項１６】
前記物質が、表Ｖ〜表ＸＶＩＩＩ（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）に記載されるＣＴＬポリペプチドを含む、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１７】
請求項１６に記載の組成物であって、ただし、前記ポリペプチドは、図２（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）のタンパク質のアミノ酸配列全体ではない、組成物。
【請求項１８】
前記物質が、図２（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）のアミノ酸配列由来の抗体ポリペプチドエピトープを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１９】
請求項１８に記載の組成物であって、ただし、前記エピトープは、図２（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）のアミノ酸配列全体ではない、組成物。
【請求項２０】
前記抗体エピトープが、前記ペプチドの末端まで任意の整数で増える、図２（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）のうちの少なくとも５アミノ酸のペプチド領域を含み、ここで該エピトープが、以下：
ａ）図５の親水性プロファイルにおいて０．５よりも大きい値を有するアミノ酸位置；
ｂ）図６のヒドロパシープロファイルにおいて０．５よりも小さい値を有するアミノ酸位置；
ｃ）図７の接近可能残基の％のプロファイルにおいて０．５よりも大きい値を有するアミノ酸位置；
ｄ）図８の平均可橈性プロファイルにおいて０．５よりも大きい値を有するアミノ酸位置；
ｅ）図９のβ−ターンプロファイルにおいて０．５よりも大きい値を有するアミノ酸位置；
ｆ）ａ）〜ｅ）のうちの少なくとも２つの組み合わせ；
ｇ）ａ）〜ｅ）のうちの少なくとも３つの組み合わせ；
ｈ）ａ）〜ｅ）のうちの少なくとも４つの組み合わせ；または
ｉ）ａ）〜ｅ）のうちの５つの組み合わせ；
から選択されるアミノ酸位置を含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２１】
請求項２０に記載の組成物であって、ただし、前記エピトープは、図２（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）のアミノ酸配列全体ではない、組成物。
【請求項２２】
請求項１１に記載のタンパク質をコードする、ポリヌクレオチド。
【請求項２３】
図２に記載の核酸分子を含む、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２４】
請求項２２に記載のポリヌクレオチドであって、ただし、前記コードされたタンパク質は、図２（配列番号３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５）のアミノ酸配列全体ではない、ポリヌクレオチド。
【請求項２５】
ＴがＵで置換されている、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２６】
前記物質が、図２（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４）の核酸配列のコード配列を含むポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項２７】
請求項１１に記載のさらなるタンパク質をコードするさらなるヌクレオチド配列をさらに含む、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２８】
請求項２２に記載のポリヌクレオチドに対して完全に相補的であるポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項２９】
請求項２５に記載のポリヌクレオチドに完全に相補的であるポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項３０】
請求項２７に記載のポリヌクレオチドに完全に相補的であるポリヌクレオチドを含む、組成物。
【請求項３１】
前記物質が、ａ）ＳＴＥＡＰ−１コード配列を有するポリヌクレオチドを切断するリボザイム、またはｂ）該リボザイムをコードする核酸分子；および生理学的に受容可能なキャリアを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３２】
前記物質がヒトＴ細胞を含み、該Ｔ細胞が、特定のＨＬＡ分子の状況においてＳＴＥＡＰ−１ペプチド部分配列を特異的に認識する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３３】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項１に記載の組成物。
【請求項３４】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項３３に記載の組成物であって、該組成物が、抗体またはそのフラグメントを含有し、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが、ＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質に特異的に結合する、組成物。
【請求項３５】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項３３に記載の組成物であって、該組成物は、ＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質を含有する、組成物。
【請求項３６】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項３３に記載の組成物であって、該組成物は、ＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質のコード配列を含むポリヌクレオチド、またはＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質のコード配列に相補的であるポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを含有する、組成物。
【請求項３７】
図２のタンパク質を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項３３に記載の組成物であって、該組成物は、図２のタンパク質をコードするポリヌクレオチドを切断するリボザイムを含有する、組成物。
【請求項３８】
図２のタンパク質および特定のＨＬＡ分子を発現する癌細胞の増殖を阻害するための請求項３３に記載の組成物であって、該組成物は、ヒトＴ細胞を含み、ここで、該Ｔ細胞が図２のタンパク質のペプチド部分配列を特異的に認識する一方で、該部分配列が特定のＨＬＡ分子の状況にある、組成物。
【請求項３９】
請求項３３に記載の組成物であって、該組成物が：
単鎖モノクローナル抗体をコードするヌクレオチドを送達するベクターを含み、それにより、該コードされた単鎖抗体が、図２のタンパク質を発現する癌細胞内で細胞内発現される、組成物。
【請求項４０】
図２のタンパク質に対する哺乳動物免疫応答を生じるための組成物であって、該組成物は：
ａ）ＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質および／または
ｂ）該タンパク質をコードするヌクレオチド配列
を含み、それにより、該タンパク質に対する免疫応答が生じる、組成物。
【請求項４１】
請求項４０に記載の免疫応答を生じるための組成物であって、該組成物は：
少なくとも１つのＴ細胞エピトープまたは少なくとも１つのＢ細胞エピトープを含むＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質を含有し、
ここで、該エプトープは、哺乳動物免疫系のＴ細胞またはＢ細胞とそれぞれ接触され、それによって該Ｔ細胞またはＢ細胞が活性化される、組成物。
【請求項４２】
前記免疫系細胞がＢ細胞であり、それによって誘導されたＢ細胞が前記ＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質に特異的に結合する抗体を産生する、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４３】
前記免疫系細胞が、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）であるＴ細胞であり、それによって活性化された該ＣＴＬが、前記ＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質を発現する自己細胞を殺傷する、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４４】
前記免疫系細胞が、ヘルパーＴ細胞（ＨＴＬ）であるＴ細胞であり、それによって前記活性化された該ＨＴＬが、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の細胞傷害活性またはＢ細胞の抗体産生活性を促進するサイトカインを分泌する、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４５】
サンプル中のＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質またはＳＴＥＡＰ−１関連ポリヌクレオチドの存在を検出するための方法であって、該方法は：
該サンプルを、ＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質またはＳＴＥＡＰ−１関連ポリヌクレオチドとそれぞれ特異的に結合する請求項１に記載の物質と接触させる工程；および
該物質と該ＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質との複合体、または該物質と該ＳＴＥＡＰ−１関連ポリヌクレオチドとの複合体がそれぞれ存在するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４６】
サンプル中のＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質の存在を検出するための請求項４５に記載の方法であって、該方法は：
該サンプルを、抗体またはそのフラグメントと接触させる工程であって、該抗体またはそのフラグメントのいずれかが該ＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質と特異的に結合する、工程；および
該抗体またはそのフラグメントと該ＳＴＥＡＰ−１関連タンパク質との複合体が存在するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４７】
癌を有しているかまたは癌を有する疑いのある患者からサンプルを採取する工程をさらに包含する、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
サンプル中の図２のタンパク質のｍＲＮＡの存在を検出するための請求項４５に記載の方法であって、該方法は：
少なくとも１つのプライマーを用いた逆転写によって該サンプルからｃＤＮＡを生成する工程；
ＳＴＥＡＰ−１ポリヌクレオチドをセンスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして使用してこのように生成されたｃＤＮＡを増幅させる工程であって、該センスプライマーおよび該アンチセンスプライマーとして使用された該ＳＴＥＡＰ−１ポリヌクレオチドが、ＳＴＥＡＰ−１  ｃＤＮＡを増幅させるために役立つ、工程；ならびに
該増幅されたＳＴＥＡＰ−１  ｃＤＮＡの存在を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項４９】
癌を有しているかまたは癌を有する疑いのある患者由来の生物学的サンプルにおいて１つ以上のＳＴＥＡＰ−１遺伝子産物をモニタリングするための請求項４５に記載の方法であって、該方法は：
個体由来の組織サンプル中の細胞によって発現される１つ以上のＳＴＥＡＰ−１遺伝子産物の状態を決定する工程；
このように決定された状態を、対応する正常なサンプルにおける１つ以上のＳＴＥＡＰ−１遺伝子産物の状態と比較する工程；および
該正常なサンプルに対する該サンプル中のＳＴＥＡＰ−１の１つ以上の異常な遺伝子産物の存在を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項５０】
ＳＴＥＡＰ−１  ｍＲＮＡまたはＳＴＥＡＰ−１タンパク質の１つ以上の上昇した遺伝子産物が存在するか否かを決定する工程をさらに包含し、それによって前記正常な組織サンプルと比較した前記試験サンプル中の１つ以上の上昇した遺伝子産物の存在が、癌の存在または状態を示す、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記癌が、表Ｉに記載の組織中で生じる、請求項５０に記載の方法。