【手続補正書】
【提出日】平成15年12月24日(2003.12.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的ポリペプチドを含むと考えられるサンプル中の１つ以上の標的ポリペプチドの存在または非存在を決定するための方法であって、以下の工程：
クラス特異的試薬および１つ以上の電気泳動プローブを提供する工程であって、該クラス特異的試薬は、切断誘導部分および第１の結合因子を有し、該切断誘導部分が、有効な近接を有し、該第１の結合因子が、該１つ以上の標的ポリペプチドにおける翻訳後修飾について特異的であり、そして該１つ以上の電気泳動プローブは、各々、結合部分および１つ以上の電気泳動タグを有し、該結合部分が、標的ポリペプチドに対して特異的であり、該１つ以上の電気泳動タグが、各々、切断可能な結合によって該電気泳動プローブに結合される、工程；
該サンプル、該クラス特異的試薬、および該１つ以上の電気泳動プローブを混合する工程であって、その結果、該クラス特異的試薬および該１つ以上の電気泳動プローブが、該１つ以上の標的ポリペプチドに結合し、そして該１つ以上の電気泳動プローブの少なくとも１つの切断可能な結合が、該１つ以上の電気泳動タグが放出されるように切断誘導部分の有効な近接の範囲内である、工程；
該放出された電気泳動タグを電気泳動的に分離する、工程；ならびに
該放出された電気泳動タグの存在または非存在に基づいて、該１つ以上の標的ポリペプチドの存在または非存在を決定する、工程；
を包含する方法。
【請求項２】
前記１つ以上の標的ポリペプチドが、複数の標的ポリペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記切断誘導部分が、活性種を生成する増感剤である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法であって、前記増感剤が、光増感剤であり、前記切断可能な結合が、酸化に不安定な結合であり、そして前記活性種が、過酸化水素、ヒドロキシルラジカル、スーパーオキシドアニオン、フェノキシラジカル、および一重項酸素からなる群より選択される、方法。
【請求項５】
前記活性種が、一重項酸素である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法であって、前記クラス特異的試薬の結合因子が、抗体、タンパク質レセプター、タンパク質レセプターのリガンド、レクチン、ビオチン含有部分、ボロン酸含有部分、アプタマー、酵素基質、酵素補因子、および酵素サブユニットからなる群より選択され、そして前記電気泳動プローブの前記結合部分が、抗体または抗体結合成分である、方法。
【請求項７】
請求項５に記載の方法であって、前記翻訳後修飾が、リン酸化、グリコシル化、リボシル化、アセチル化、アシル化、メチル化、リピド化、イソプレニル化およびユビキチン化からなる群より選択される、方法。
【請求項８】
前記複数の標的ポリペプチドが、２〜１００の範囲内である、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
前記複数の標的ポリペプチドが、５〜５０の範囲内である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記光増感剤が、ポルフィリン、フタロシアニン、フルオレセイン色素のハロゲン化誘導体、ローダミン色素のハロゲン化誘導体、およびナフタロシアニンからなる群より選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項１１】
前記切断可能な結合が、オレフィン、チオエーテル、セレノエーテル、チアゾール、オキサゾール、またはイミダゾールを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項１２】
請求項５に記載の方法であって、前記電気泳動プローブが、以下の式：
Ｔ−（Ｌ−Ｅ）ｋ
によって定義される方法であって、ここで：Ｔが、標的ポリペプチドに対して特異的な結合部分であり、Ｌが、酸化に不安定な結合であり、Ｅが、電気泳動タグであり、そしてｋが、１以上の整数である、方法。
【請求項１３】
Ｌが、オレフィン、チオエーテル、セレノエーテル、チアゾール、オキサゾール、およびイミダゾールからなる群より選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
Ｅが、蛍光性の水溶性有機化合物であり、該化合物が、約１５０〜２５００ダルトンの範囲内の分子量を有する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
請求項１３に記載の方法であって、Ｅが、形態（Ｍ，Ｄ）を有し、ここで、Ｄが、蛍光性色素であり、そしてＭが、移動度調節部分であり、該移動度調節部分は、結合、または炭素、酸素、窒素、リン、ホウ素、および硫黄からなる群より選択される、水素以外に１００原子までを有する有機分子である、方法。
【請求項１６】
請求項１２に記載の方法であって、前記電気泳動タグＥが、以下の式：
Ａ−Ｍ−Ｄ
によって定義される方法であって、ここで：
Ａが、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒであり、ここで、Ｒが、１〜８個の炭素原子、ならびにＯ、ＳおよびＮからなる群より選択される０〜４個のヘテロ原子を有する、脂肪族、芳香族、脂環式または複素環式；−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＨ−ＣＨＯ；−ＳＯ２Ｈ；−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−ＣＨＯ；−Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ−（ＣＨ２）ｎ−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（＝Ｏ）−（Ｃ６Ｈ５）であり、ｎが、２〜１２の範囲内であり；
Ｄが、蛍光性色素であり；そして
Ｍが、結合、または炭素、酸素、窒素、リン、ホウ素、および硫黄からなる群より選択される、水素以外に１００原子までを有する有機分子であり、ただし、Ｅの全分子量が、約１５０〜約５０００ダルトンの範囲内である、方法。
【請求項１７】
Ｄが、フルオレセイン色素である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
サンプル中の複数の標的ポリペプチドの存在または非存在を検出するためのキットであって、以下：
クラス特異的試薬であって、切断誘導部分および第１の結合因子を有し、該第１の結合因子が、該１つ以上の標的ポリペプチドに対する翻訳後修飾について特異的である、クラス特異的試薬；および
１つ以上の電気泳動プローブであって、各々、結合部分および１つ以上の電気泳動タグを有し、該結合部分が、標的ポリペプチドに対して特異的であり、該電気泳動タグが、切断可能な結合によって結合される、１つ以上の電気泳動プローブ、
を含む、キット。
【請求項１９】
前記切断誘導部分が、光増感剤であり、そして前記切断可能な結合が、酸化に不安定な結合である、請求項１８に記載のキット。
【請求項２０】
請求項１９に記載のキットであって、前記第１の結合因子が、抗体結合成分、タンパク質レセプター、タンパク質レセプターのリガンド、レクチン、ビオチン含有部分、ボロン酸含有部分、アプタマー、酵素基質、酵素補因子、および酵素サブユニットからなる群より選択される、キット。
【請求項２１】
前記１つ以上の電気泳動プローブの前記結合部分が、抗体結合成分である、請求項２０に記載のキット。
【請求項２２】
前記１つ以上の電気泳動プローブが、２〜５０の範囲内で複数である、請求項２１に記載のキット。
【請求項２３】
各々異なる電気泳動プローブが、異なる標的ポリペプチドに対して特異的である、請求項２２に記載のキット。
【請求項２４】
請求項２３に記載のキットであって、前記１つ以上の電気泳動プローブの各々が、以下の式：
Ｔ−（Ｌ−Ｅ）ｋ
によって定義されるキットであって、ここで：Ｔが、標的ポリペプチドに対して特異的な前記結合部分であり、Ｌが、前記酸化に不安定な結合であり、Ｅが、電気泳動タグであり、そしてｋが、１以上の整数である、キット。
【請求項２５】
１つ以上の標的ポリペプチドを検出するための組成物であって、該組成物が、以下の式：
Ｔ−（Ｌ−Ｅ）ｋ
によって定義される複数の電気泳動プローブを含み、
ここで：複数の各々異なるＴが、異なるＥに結合されるように、そして複数の各々のＥが、複数の他の全てのＥのものと異なる光学特性および／または電気泳動移動度を有するように、Ｔが、標的ポリペプチドに対して特異的な結合部分であり、Ｌが、切断可能な結合であり、Ｅが、電気泳動タグであり、そしてｋが、１以上の整数である、組成物。
【請求項２６】
Ｌが、酸化に不安定な結合であり、前記複数が、２〜５００の範囲内であり、そしてＥが、１５０〜１０，０００ダルトンの範囲内の分子量を有する、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】
請求項２６に記載の組成物であって、前記電気泳動プローブが、以下の式：
Ｔ−（Ｌ−（Ｍ，Ｄ））ｋ
によって定義され、ここで、Ｔ、Ｌ、およびｋが、上記のように定義され；Ｄが、検出部分であり；そしてＭが、結合、または炭素、酸素、窒素、リン、ホウ素、および硫黄からなる群より選択される、水素を含めずに１〜１００原子からなる水溶性有機化合物である、組成物。
【請求項２８】
Ｄが、蛍光性標識、発色性標識、または電気化学的標識である、請求項２７に記載の組成物。
【請求項２９】
Ｍが、ポリエーテル、ポリエステル、ポリペプチド、オリゴサッカリド、ポリウレタン、ポリアミド、ポリスルホンアミド、ポリスルホキシド、ポリホスホネート、およびこれらのブロックコポリマーのいずれか１つから選択されるポリマーである、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３０】
Ｄが、フルオレセインである、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３１】
請求項３０に記載の組成物であり、ここで前記フルオレセインが、５−カルボキシフルオレセインおよび６−カルボキシフルオレセイン、５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセイン、２’，７’−ジメトキシ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび２’，７’−ジメトキシ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセイン、２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−５−カルボキシフルオレセインおよび２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシフルオレセイン、２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセイン、１’，２’，７’，８’−ジベンゾ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび１’，２’，７’，８’−ジベンゾ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセイン、１’，２’，７’，８’−ジベンゾ−４’，５’−ジクロロ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび１’，２’，７’，８’−ジベンゾ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセイン、２’，７’−ジクロロ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび２’，７’−ジクロロ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインならびに２’，４’，５’，７’−テトラクロロ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび２’，４’，５’，７’−テトラクロロ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインからなる群より選択される、組成物。
【請求項３２】
Ｌが、オレフィン、チオエーテル、セレノエーテル、チアゾール、オキサゾール、およびイミダゾールからなる群より選択される、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３３】
請求項２７に記載の組成物であって、ここで、Ｄが、Ｄ１−ｇ−Ｄ２であり、Ｄ１およびＤ２の一方が、エネルギー移動アクセプター分子であり、そしてＤ１およびＤ２の他方が、エネルギー移動ドナー分子であり、そしてｇは、エネルギー移動がＤ１とＤ２との間で生じるように選択される長さを有する剛直なリンカーである、組成物。
【請求項３４】
Ｄ１およびＤ２が、ローダミン、フルオレセイン、およびこれらのハロゲン化誘導体からなる群より選択される、請求項３３に記載の組成物。
【請求項３５】
Ｔが、抗体結合成分である、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３６】
Ｔが、抗体である、請求項３５に記載の組成物。
【請求項３７】
請求項２７に記載の組成物であって、ここで、Ｍが、ジメトキシトリチル保護ヘキサエチレングリコールホスホロアミダイト、６−（４−モノメトキシトリチルアミノ）ヘキシル−（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）−ホスホロアミダイト、１２−（４−モノメトキシトリチルアミノ）ドデシル−（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）−ホスホロアミダイト、２−［２−（４−モノメトキシトリチル）アミノエトキシ］エチル−（２−シアノエチル），Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）−ホスホロアミダイト、（Ｓ−トリチル−６−メルカプトヘキシル）−（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）−ホスホロアミダイト、９−Ｏ−ジメトキシトリチル−トリエチレングリコール、１−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、３（４，４’ジメトキシトリチルオキシ）プロピル−１−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、５’−Ｏ−ジメトキシトリチル−１’，２’−ジデオキシリボース−３’−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、１８−Ｏジメトキシトリチルヘキサエチレングリコール、１−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、１２−（４，４’−ジメトキシトリチルオキシ）ドデシル−１−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、１，３−ビス−［５−（４，４’−ジメトキシトリチルオキシ）ペンチルアミド］プロピル−２−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、１−［５−（４，４’−ジメトキシトリチルオキシ）ペンチルアミド］−３−［５−フルオレノメトキシカルボニルオキシペンチルアミド］−プロピル−２−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、トリス−２，２，２−［３−（４，４’−ジメトキシトリチルオキシ）プロピルオキシメチル］エチル−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、スクシンイミジルｔｒａｎｓ−４−（マレイミジルメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート、スクシンイミジル３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート、スクシンイミジルアセチルチオアセテート、スクシンイミジル４−（ｐ−マレイミドフェニル）ブチレート；Ｎ−γ−マレイミドブチリル−オキシスクシンイミドエステル；ｐ−ニトロフェニルヨードアセテート；および４−（４−Ｎ−マレイミドフェニル）酪酸ヒドラジドからなる群より選択される化合物の２〜１０の複数のカップリングによって製造される、組成物。
【請求項３８】
前記電気泳動プローブの前記複数が、５〜１００の範囲内である、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３９】
前記電気泳動プローブの前記複数が、１０〜３０の範囲内である、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４０】
サンプル中の標的分子の存在または非存在を決定するための組成物であって、該組成物が、以下の式：
Ａ−Ｍ−Ｄ
によって定義される複数の電気泳動タグを含み、ここで：
Ａが、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒであり、Ｒが、１〜８個の炭素原子、およびＯ、ＳおよびＮからなる群より選択される０〜４個のヘテロ原子を有する、脂肪族、芳香族、脂環式または複素環式；−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＨ−ＣＨＯ；−ＳＯ２Ｈ；−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−ＣＨＯ；−Ｃ（＝Ｏ）ＮＨ−（ＣＨ２）ｎ−ＮＨ−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（＝Ｏ）−（Ｃ６Ｈ５）であり、ｎが、２〜１２の範囲内であり；
Ｄが、検出部分であり；そして
Ｍが、結合または炭素、酸素、窒素、リン、ホウ素、および硫黄からなる群より選択される、水素以外の１００原子までを有する有機分子であり、ただし、Ａ−Ｍ−Ｄの全分子量が、約１５０〜約５０００ダルトンの範囲内である、組成物。
【請求項４１】
Ｄが、蛍光性標識、発色性標識、または電気化学的標識である、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４２】
Ｄが、蛍光性標識である、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４３】
Ｄが、フルオレセインである、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４４】
請求項４２に記載の組成物であって、ここで、Ｄが、Ｄ１−ｇ−Ｄ２であり、Ｄ１およびＤ２の一方が、エネルギー移動アクセプター分子であり、そしてＤ１およびＤ２の他方が、エネルギー移動ドナー分子であり、そしてｇは、エネルギー移動がＤ１とＤ２との間で生じるように選択される長さを有する剛直なリンカーである、組成物。
【請求項４５】
Ｄ１およびＤ２が、ローダミン、フルオレセイン、およびこれらのハロゲン化誘導体からなる群より選択される、請求項４４に記載の組成物。
【請求項４６】
Ｄが、蛍光性標識であり、ここで、前記複数の前記電気泳動タグが、５〜１００の範囲内である、請求項４０に記載の組成物。
【請求項４７】
請求項４６に記載の組成物であり、前記複数の各々の電気泳動タグは、各々の電気泳動タグが電気泳動的分離の際に検出可能なピークを形成するように、異なる電荷−質量比または異なる光学特性を有する、組成物。
【請求項４８】
請求項４７に記載の組成物であって、Ｄが、前記複数の各々の電気泳動タグについて同一であり、そして該複数の各々の電気泳動タグは、各々の電気泳動タグが電気泳動的分離の際に異なるピークを形成するように、異なる電荷−質量比を有する、組成物。
【請求項４９】
請求項４０に記載の組成物であって、Ｍが、ポリエーテル、ポリエステル、ポリペプチド、オリゴサッカリド、ポリウレタン、ポリアミド、ポリスルホンアミド、ポリスルホキシド、ポリホスホネート、およびこれらのブロックコポリマーのいずれかから選択されるポリマーである、組成物。
【請求項５０】
Ｄが、フルオレセインである、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５１】
請求項５０に記載の組成物であって、前記フルオレセインが、５−カルボキシフルオレセインおよび６−カルボキシフルオレセイン、５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセイン、２’，７’−ジメトキシ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび２’，７’−ジメトキシ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセイン、２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−５−カルボキシフルオレセインおよび２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシフルオレセイン、２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセイン、１’，２’，７’，８’−ジベンゾ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび１’，２’，７’，８’−ジベンゾ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセイン、１’，２’，７’，８’−ジベンゾ−４’，５’−ジクロロ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび１’，２’，７’，８’−ジベンゾ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセイン、２’，７’−ジクロロ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび２’，７’−ジクロロ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインならびに２’，４’，５’，７’−テトラクロロ−５−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインおよび２’，４’，５’，７’−テトラクロロ−６−カルボキシ−４，７−ジクロロフルオレセインからなる群より選択される、組成物。
【請求項５２】
電気泳動タグを、チオエーテルの切断可能な結合によって、結合部分に結合するための組成物であって、該組成物が、以下の式：
ＨＯＯＣ−Ｒ１−Ｓ−ＣＨ（Ｒ４）−Ｃ（＝Ｏ）−ＮＨ−Ｒ２−ＮＨ−Ｒ３
によって定義され、ここで、Ｒ１が、Ｃ１〜Ｃ１０アルキルジイルであり；Ｒ２が、Ｃ３〜Ｃ１０アルキルジイルであり；Ｒ３が、アミノ保護基であり；そしてＲ４が、フェニルまたは電気供与性に置換されたフェニルである、組成物。
【請求項５３】
前記アミノ保護基が、Ｆｍｏｃであり、Ｒ４が、フェニルである、請求項５２に記載の組成物。
【請求項５４】
組成物であって、該組成物が：
（ａ）各々が、一重項酸素と反応し得る切断可能な結合によって結合される電気泳動タグを含む、複数の電気泳動プローブ；および
（ｂ）光増感剤を含むクラス特異的試薬であって、該光増感剤が、その励起状態において、酸素の一重項状態へと酸素を活性化し得る、試薬、
を含む、組成物。
【請求項５５】
前記クラス特異的試薬が、１つ以上の光増感剤ビーズを含む、請求項５４に記載の組成物。
【請求項５６】
前記１つ以上の光増感剤ビーズが、各々、結合した第１の結合因子を有する、請求項５５に記載の組成物。
【請求項５７】
前記切断可能な結合が、オレフィン基および該オレフィン基と共役した１つ以上の電子供与性置換基を含む、請求項５４に記載の組成物。
【請求項５８】
請求項５４に記載の組成物であって、前記複数の電気泳動プローブが、以下の式：
Ｔ−（Ｌ−Ｅ）ｋ
によって定義され、ここで：該複数の各々異なるＴが、異なるＥに結合されるように、そして複数の各々のＥが、該複数の他の全てのＥのものと異なる光学特性および／または電気泳動移動度を有するように、Ｔが、標的分子に対して特異的な結合部分であり、Ｌが、切断可能な結合であり、Ｅが、電気泳動タグであり、そしてｋが、１以上の整数である、組成物。
【請求項５９】
前記クラス特異的試薬が、リン酸化したポリペプチドと特異的に結合する、請求項５４に記載の組成物。
【請求項６０】
組成物であって、以下：
（ａ）標的ポリペプチド；
（ｂ）該標的ポリペプチドに対して特異的に結合する、電気泳動プローブ；および
（ｃ）有効な近接を有する切断誘導部分を含む、クラス特異的試薬であって、該電気泳動プローブが該有効な近接の範囲内であるように、該標的ポリペプチドに特異的に結合される、クラス特異的試薬
を含有する、組成物。
【請求項６１】
前記標的ポリペプチドが、ホスホリル基を有し、そして前記クラス特異的試薬が、該ホスホリル基に対して特異的に結合される、請求項６０に記載の組成物。