【手続補正書】
【提出日】令和3年10月13日(2021.10.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細菌Ｉ型ＳＰａｓｅ、細菌Ｉ型ＳＰａｓｅ相同体、または細菌Ｉ型ＳＰａｓｅリジン相同体のリジン残基に共有結合を有するシグナルペプチダーゼ（ＳＰａｓｅ）阻害剤を含む、阻害ペプチダーゼにおいて、前記阻害ペプチダーゼは、領域Ｂ、領域Ｃ、領域Ｃ’、および領域Ｄを含み、
Ｂは、アミノ酸配列ＰＳＸＳＭＸＰＴＬＸ（配列番号１）を含み、
Ｃは、アミノ酸配列ＤＸＩＸＶＸＫＸＸ（配列番号２）を含み、
Ｃ’は、アミノ酸配列ＲＧＤＸＸＶＦＸＸＰ（配列番号３）を含み、
Ｄは、アミノ酸配列Ｙ／Ｆ，Ｉ／Ｖ，ＫＲＸＸＧＸＸＧＤ（配列番号４）を含み、
Ｘは、任意の天然ｓまたは任意の非天然アミノ酸残基であり、
前記共有結合は、前記阻害ペプチダーゼの領域Ｄにあり、
前記阻害ペプチダーゼは、構造式（Ｉ）を有し：
【化１】
2020536072.tif 000001
式中、
Ｘ１は＝Ｏまたは＝ＮＨであり、
ｎ１は０〜４の整数であり、
ｍ１およびｖ１は独立して１または２であり、ｚ１は、１〜４の整数であり、
ｚ２は０または１であり、
Ｒ１およびＲ９は、独立して、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｗは、置換または非置換線状ペプチド、あるいは置換または非置換環状ペプチドであり、前記ペプチドは、天然アミノ酸残基、非天然アミノ酸残基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも３つを含み、
Ｌ１は、結合、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｌ２は、結合、−Ｏ−、−ＮＲ９−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｙは、−ＳＯｎ１Ｒ１Ａ、−ＳＯｖ１ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＲ１Ａ、−ＮＲ１ＢＳＯ２Ｒ１Ａ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＯＲ１Ｄ、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリール、疎水性尾部、あるいは細菌タンパク質、またはその断片もしくは相同体であり、
Ｒ１Ａ、Ｒ１Ｂ、Ｒ１Ｃ、およびＲ１Ｄは、独立して、水素、−ＣＦ３、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＩ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、同じ窒素原子に結合したＲ１ＢおよびＲ１Ｃ置換基は、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、あるいは置換または非置換ヘテロアリールを形成するために、オプションとして結合され得、
2020536072.tif 000002
は、前記阻害ペプチダーゼと前記阻害剤との間の結合点を示す、阻害ペプチダーゼ。
【請求項２】
前記結合は、前記阻害剤上の求電子性受容体部分の一部と前記阻害ペプチダーゼの前記アミノ酸残基の一部との間に形成され、
前記阻害剤上の前記求電子性受容体部分は、−Ｃ≡Ｎ基である、請求項１に記載の阻害ペプチダーゼ。
【請求項３】
前記阻害ペプチダーゼは、構造式（Ｉ−Ａ）を有し：
【化２】
2020536072.tif 000003
式中、
Ｘ１は＝Ｏまたは＝ＮＨであり、
ｎ１は０〜４の整数であり、
ｍ１およびｖ１は独立して１または２であり、
ｚ１は、１〜４の整数であり、
ｚ２は０または１であり、
Ｒ１およびＲ９は、独立して、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｒ２は独立して水素、ハロゲン、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＦ３、−ＣＩ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＣｌ３、−ＯＣＦ３、−ＯＣＢｒ３、−ＯＣＩ３、−ＯＣＨＣｌ２、−ＯＣＨＢｒ２、−ＯＣＨＩ２、−ＯＣＨＦ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｗは、置換または非置換線状ペプチド、あるいは置換または非置換環状ペプチドであり、前記ペプチドは、天然アミノ酸残基、非天然アミノ酸残基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも３つを含み、
Ｌ２は、結合、−Ｏ−、−ＮＲ９−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｙは、−ＳＯｎ１Ｒ１Ａ、−ＳＯｖ１ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＲ１Ａ、−ＮＲ１ＢＳＯ２Ｒ１Ａ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＯＲ１Ｄ、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリール、疎水性尾部、あるいは細菌タンパク質、またはその断片もしくは相同体であり、
Ｒ１Ａ、Ｒ１Ｂ、Ｒ１Ｃ、およびＲ１Ｄは、独立して、水素、−ＣＦ３、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＩ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、同じ窒素原子に結合されたＲ１ＢおよびＲ１Ｃ置換基は、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、あるいは置換または非置換ヘテロアリールを形成するために、オプションとして結合され得、
2020536072.tif 000004
は、前記阻害ペプチダーゼと前記阻害剤との間の結合点を示す、請求項１に記載の阻害ペプチダーゼ。
【請求項４】
前記阻害ペプチダーゼは、
【化３−１】
2020536072.tif 000005
【化３−２】
2020536072.tif 000006
である、請求項３に記載の阻害ペプチダーゼ。
【請求項５】
前記阻害ペプチダーゼは、構造式（ＩＩＩ）を有し：
【化４】
2020536072.tif 000007
式中、
Ｘ１は＝Ｏまたは＝ＮＨであり、
ｎ１は０〜４の整数であり、
ｍ１およびｖ１は独立して１または２であり、ｚ１は、１〜４の整数であり、
ｚ４およびｚ５は、独立して、０〜４の整数であり、
Ｒ１およびＲ９は、独立して、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｒ４およびＲ１０は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＦ３、−ＣＩ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＣｌ３、−ＯＣＦ３、−ＯＣＢｒ３、−ＯＣＩ３、−ＯＣＨＣｌ２、−ＯＣＨＢｒ２、−ＯＣＨＩ２、−ＯＣＨＦ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｒ３、Ｒ５、およびＲ７は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＦ３、−ＣＩ３、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＳＨ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＯＣＣｌ３、−ＯＣＦ３、−ＯＣＢｒ３、−ＯＣＩ３、−ＯＣＨＣｌ２、−ＯＣＨＢｒ２、−ＯＣＨＩ２、−ＯＣＨＦ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｒ８は、水素、−ＮＨ２、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＳＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｃ（Ｏ）ＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＲ８ＤＲ８Ｅ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＲ８ＡＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＲ８ＡＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｏ−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＣＮ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＲ８ＡＣ（Ｏ）Ｒ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｃ（Ｏ）ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）ヘテロアルキル−ＣＯ２Ｈ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｓ（Ｏ）（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）ＣＨ＝ＮＨ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｃ（ＮＨ２）＝ＮＨ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）Ｓ（Ｏ）２ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）Ｓ（Ｏ）２（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（Ｏ）ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルＣ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）［オプションとして置換された（Ｃ２〜Ｃ６）アルキル］−ＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルＮ（Ｈ）Ｃ（Ｏ）（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルＣ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）ヘテロシクロアルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルＣ（Ｏ）ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（Ｏ）−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルＣ（Ｏ）ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ヘテロシクロアルキル、オプションとして置換された−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）ヘテロシクロアルキル、または−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ヘテロアリールであり、
Ｒ１１は、水素、ハロゲン、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＦ３、−ＣＩ３、−ＣＮ、−ＯＲ２Ａ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＣｌ３、−ＯＣＦ３、−ＯＣＢｒ３、−ＯＣＩ３、−ＯＣＨＣｌ２、−ＯＣＨＢｒ２、−ＯＣＨＩ２、−ＯＣＨＦ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｒ１２は、水素、ハロゲン、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＦ３、−ＣＩ３、−ＣＮ、−ＯＲ３Ａ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＣｌ３、−ＯＣＦ３、−ＯＣＢｒ３、−ＯＣＩ３、−ＯＣＨＣｌ２、−ＯＣＨＢｒ２、−ＯＣＨＩ２、−ＯＣＨＦ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、結合、−Ｏ−、−ＮＲ９−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｙは、−ＳＯｎ１Ｒ１Ａ、−ＳＯｖ１ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＲ１Ａ、−ＮＲ１ＢＳＯ２Ｒ１Ａ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＯＲ１Ｄ、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリール、疎水性尾部、あるいは細菌タンパク質、またはその断片もしくは相同体であり、
Ｒ１Ａ、Ｒ１Ｂ、Ｒ１Ｃ、Ｒ１Ｄ、Ｒ２Ａ、およびＲ３Ａは、独立して、水素、−ＣＦ３、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＩ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、同じ窒素原子に結合したＲ１ＢおよびＲ１Ｃ置換基は、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、あるいは置換または非置換ヘテロアリールを形成するために、オプションとして結合され得、
Ｒ８Ａは、独立して、水素、または−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルであり、
Ｒ８ＢおよびＲ８Ｃは、独立して、水素、もしくはオプションとして置換された−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルであり、または、Ｒ８ＢおよびＲ８Ｃ、ならびにそれらが結合している窒素原子は、オプションとしてヘテロシクロアルキル環を形成し、
Ｒ８ＤおよびＲ８Ｅは、独立して、水素、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）ヘテロアルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＣＯ２Ｈ、−Ｃ（Ｏ）（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−Ｃ（Ｏ）Ｏ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−Ｃ（Ｏ）Ｏ（Ｃ１〜Ｃ６）ハロアルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）Ｎ（Ｒ１４）２、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１４）２、もしくは−ＳＯ２Ｎ（Ｒ１４）２であり、または、Ｒ８ＤおよびＲ８Ｅ、ならびにそれらが結合している窒素原子は、オプションとしてヘテロシクロアルキル環を形成し、
Ｒ１４は、独立して、水素、もしくは−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルであり、または、２つのＲ１４基およびそれらが結合している窒素原子は、オプションとしてヘテロシクロアルキル環を形成し、
2020536072.tif 000008
は、前記阻害ペプチダーゼと前記阻害剤との間の結合点を示す、請求項１に記載の阻害ペプチダーゼ。
【請求項６】
前記リジン残基は、大腸菌のＬｙｓ１４６である、請求項１から５のいずれか一項に記載の阻害ペプチダーゼ。
【請求項７】
（ａ）前記シグナルペプチダーゼは、グラム陽性シグナルペプチダーゼまたはグラム陰性シグナルペプチダーゼであるか、
（ｂ）前記シグナルペプチダーゼは、グラム陰性シグナルペプチダーゼであるか、あるいは、
（ｃ）前記シグナルペプチダーゼは、ＬｅｐＢである、請求項１から５のいずれか一項に記載の阻害ペプチダーゼ。
【請求項８】
細菌ペプチダーゼを阻害するｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法において、
細菌細胞を、構造式（ＩＶ）：
【化５】
2020536072.tif 000009
の化合物、またはその薬学的に許容される塩と接触させることを含み、
式中、
ｎ１は０〜４の整数であり、
ｍ１およびｖ１は独立して１または２であり、
ｚ１は、１〜４の整数であり、
ｚ２は０または１であり、
Ｒ１およびＲ９は、独立して、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｗは、置換または非置換線状ペプチド、あるいは置換または非置換環状ペプチドであり、前記ペプチドは、天然アミノ酸残基、非天然アミノ酸残基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも３つを含み、
Ｌ１は、結合、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｌ２は、結合、−Ｏ−、−ＮＲ９−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｙは、−ＳＯｎ１Ｒ１Ａ、−ＳＯｖ１ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＲ１Ａ、−ＮＲ１ＢＳＯ２Ｒ１Ａ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＯＲ１Ｄ、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリール、疎水性尾部、あるいは細菌タンパク質、またはその断片もしくは相同体であり、
Ｒ１Ａ、Ｒ１Ｂ、Ｒ１Ｃ、およびＲ１Ｄは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＩ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、同じ窒素原子に結合したＲ１ＢおよびＲ１Ｃ置換基は、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、あるいは置換または非置換ヘテロアリールを形成するために、オプションとして結合され得る、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項９】
阻害ペプチドにおいて、
セリン−リジン触媒ダイアドまたはセリン−セリンリジン触媒トライアドと、
リジンのアミノ基に結合を有するペプチド阻害剤と、を含み、
前記阻害ペプチドは、構造式（Ｉ）を有し：
【化６】
2020536072.tif 000010
式中、
Ｘ１は＝Ｏまたは＝ＮＨであり、
ｎ１は０〜４の整数であり、
ｍ１およびｖ１は独立して１または２であり、
ｚ１は、１〜４の整数であり、
ｚ２は０または１であり、
Ｒ１およびＲ９は、独立して、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｗは、置換または非置換線状ペプチド、あるいは置換または非置換環状ペプチドであり、前記ペプチドは、天然アミノ酸残基、非天然アミノ酸残基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも３つを含み、
Ｌ１は、結合、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｌ２は、結合、−Ｏ−、−ＮＲ９−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｙは、−ＳＯｎ１Ｒ１Ａ、−ＳＯｖ１ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＲ１Ａ、−ＮＲ１ＢＳＯ２Ｒ１Ａ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＯＲ１Ｄ、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリール、疎水性尾部、あるいは細菌タンパク質、またはその断片もしくは相同体であり、
Ｒ１Ａ、Ｒ１Ｂ、Ｒ１Ｃ、およびＲ１Ｄは、独立して、水素、−ＣＦ３、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＩ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、同じ窒素原子に結合したＲ１ＢおよびＲ１Ｃ置換基は、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、あるいは置換または非置換ヘテロアリールを形成するために、オプションとして結合され得、
2020536072.tif 000011
は、前記阻害ペプチドと前記ペプチド阻害剤との間の結合点を示す、阻害ペプチド。
【請求項１０】
前記阻害ペプチドは、細菌性ＵｍｕＤ、細菌性ＬｅｘＡ、細菌性Ｌｏｎプロテアーゼ、細菌性シグナルペプチダーゼ、細菌性ペニシリン結合タンパク質Ｖ、細菌性ペニシリン結合タンパク質１ａ、細菌性ペニシリン結合タンパク質１ｂ、細菌性ペニシリン結合タンパク質２；細菌性ペニシリン結合タンパク質３；哺乳類ラクトフェリン；哺乳類ミトコンドリアシグナルペプチダーゼ；Ｎ末端セリンまたはトレオニンプロテアーゼ；細菌性ペニシリンＧアシラーゼ前駆体；哺乳類グリコシルアスパラギナーゼ前駆体、および大腸菌ＰＢＰ１ａ、１ｂ、２、３、４、５または６と相同な細菌性ペニシリン結合タンパク質から選択される、請求項９に記載の阻害ペプチド。
【請求項１１】
前記阻害ペプチドは、構造式（Ｉ−Ａ）を有し：
【化７】
2020536072.tif 000012
式中、
Ｘ１は＝Ｏまたは＝ＮＨであり、
ｎ１は０〜４の整数であり、
ｍ１およびｖ１は独立して１または２であり、
ｚ１は、１〜４の整数であり、
ｚ２は０または１であり、
Ｒ１およびＲ９は、独立して、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｒ２は独立して水素、ハロゲン、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＦ３、−ＣＩ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＣｌ３、−ＯＣＦ３、−ＯＣＢｒ３、−ＯＣＩ３、−ＯＣＨＣｌ２、−ＯＣＨＢｒ２、−ＯＣＨＩ２、−ＯＣＨＦ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｗは、置換または非置換線状ペプチド、あるいは置換または非置換環状ペプチドであり、前記ペプチドは、天然アミノ酸残基、非天然アミノ酸残基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも３つを含み、
Ｌ２は、結合、−Ｏ−、−ＮＲ９−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｙは、−ＳＯｎ１Ｒ１Ａ、−ＳＯｖ１ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＲ１Ａ、−ＮＲ１ＢＳＯ２Ｒ１Ａ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＯＲ１Ｄ、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリール、疎水性尾部、あるいは細菌タンパク質、またはその断片もしくは相同体であり、
Ｒ１Ａ、Ｒ１Ｂ、Ｒ１Ｃ、およびＲ１Ｄは、独立して、水素、−ＣＦ３、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＩ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、同じ窒素原子に結合したＲ１ＢおよびＲ１Ｃ置換基は、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、あるいは置換または非置換ヘテロアリールを形成するために、オプションとして結合され得、
2020536072.tif 000013
は、前記阻害ペプチドと前記ペプチド阻害剤との間の結合点を示す、請求項９または１０に記載の阻害ペプチド。
【請求項１２】
前記阻害ペプチドは、構造式（ＩＩＩ）を有し：
【化８】
2020536072.tif 000014
式中、
Ｘ１は＝Ｏまたは＝ＮＨであり、
ｎ１は０〜４の整数であり、
ｍ１およびｖ１は独立して１または２であり、
ｚ１は、１〜４の整数であり、
ｚ４およびｚ５は、独立して、０〜４の整数であり、
Ｒ１およびＲ９は、独立して、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｒ４およびＲ１０は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＦ３、−ＣＩ３、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＣｌ３、−ＯＣＦ３、−ＯＣＢｒ３、−ＯＣＩ３、−ＯＣＨＣｌ２、−ＯＣＨＢｒ２、−ＯＣＨＩ２、−ＯＣＨＦ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｒ３、Ｒ５、およびＲ７は、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＦ３、−ＣＩ３、−ＯＨ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＳＨ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＯＣＣｌ３、−ＯＣＦ３、−ＯＣＢｒ３、−ＯＣＩ３、−ＯＣＨＣｌ２、−ＯＣＨＢｒ２、−ＯＣＨＩ２、−ＯＣＨＦ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｒ８は、水素、−ＮＨ２、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＳＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｃ（Ｏ）ＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＲ８ＤＲ８Ｅ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＲ８ＡＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＲ８ＡＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｏ−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＣＮ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＲ８ＡＣ（Ｏ）Ｒ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｃ（Ｏ）ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）ヘテロアルキル−ＣＯ２Ｈ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｓ（Ｏ）（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）ＣＨ＝ＮＨ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｃ（ＮＨ２）＝ＮＨ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）Ｓ（Ｏ）２ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）Ｓ（Ｏ）２（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（Ｏ）ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルＣ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）［オプションとして置換された（Ｃ２〜Ｃ６）アルキル］−ＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルＮ（Ｈ）Ｃ（Ｏ）（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＯＲ８Ａ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルＣ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）ヘテロシクロアルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルＣ（Ｏ）ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（Ｏ）−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルＣ（Ｏ）ＮＲ８ＢＲ８Ｃ、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ヘテロシクロアルキル、オプションとして置換された−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−Ｎ（Ｈ）ヘテロシクロアルキル、または−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ヘテロアリールであり、
Ｒ１１は、水素、ハロゲン、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＦ３、−ＣＩ３、−ＣＮ、−ＯＲ２Ａ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＣｌ３、−ＯＣＦ３、−ＯＣＢｒ３、−ＯＣＩ３、−ＯＣＨＣｌ２、−ＯＣＨＢｒ２、−ＯＣＨＩ２、−ＯＣＨＦ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｒ１２は、水素、ハロゲン、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＦ３、−ＣＩ３、−ＣＮ、−ＯＲ３Ａ、−ＮＨ２、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、−ＮＯ２、−ＳＨ、−ＳＯ３Ｈ、−ＳＯ４Ｈ、−ＳＯ２ＮＨ２、−ＮＨＮＨ２、−ＯＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＨ２、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、−ＮＨＳＯ２Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）Ｈ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＯＨ、−ＮＨＯＨ、−ＯＣＣｌ３、−ＯＣＦ３、−ＯＣＢｒ３、−ＯＣＩ３、−ＯＣＨＣｌ２、−ＯＣＨＢｒ２、−ＯＣＨＩ２、−ＯＣＨＦ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、結合、−Ｏ−、−ＮＲ９−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｙは、−ＳＯｎ１Ｒ１Ａ、−ＳＯｖ１ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＲ１Ａ、−ＮＲ１ＢＳＯ２Ｒ１Ａ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＯＲ１Ｄ、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリール、疎水性尾部、あるいは細菌タンパク質、またはその断片もしくは相同体であり、
Ｒ１Ａ、Ｒ１Ｂ、Ｒ１Ｃ、Ｒ１Ｄ、Ｒ２ＡおよびＲ３Ａは、独立して、水素、−ＣＦ３、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＩ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、同じ窒素原子に結合したＲ１ＢおよびＲ１Ｃ置換基は、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、あるいは置換または非置換ヘテロアリールを形成するために、オプションとして結合され得、
Ｒ８Ａは、独立して、水素、または−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルであり、
Ｒ８ＢおよびＲ８Ｃは、独立して、水素、もしくはオプションとして置換された−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルであり、または、Ｒ８ＢおよびＲ８Ｃ、ならびにそれらが結合している窒素原子は、オプションとしてヘテロシクロアルキル環を形成し、
Ｒ８ＤおよびＲ８Ｅは、独立して、水素、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）ヘテロアルキル、−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル−ＣＯ２Ｈ、−Ｃ（Ｏ）（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−Ｃ（Ｏ）Ｏ（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−Ｃ（Ｏ）Ｏ（Ｃ１〜Ｃ６）ハロアルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、−Ｃ（＝ＮＨ）Ｎ（Ｒ１４）２、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１４）２、もしくは−ＳＯ２Ｎ（Ｒ１４）２であり、または、Ｒ８ＤおよびＲ８Ｅ、ならびにそれらが結合している窒素原子は、オプションとしてヘテロシクロアルキル環を形成し、
Ｒ１４は、独立して、水素、もしくは−（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルであり、または、２つのＲ１４基およびそれらが結合している窒素原子は、オプションとしてヘテロシクロアルキル環を形成し、
2020536072.tif 000015
は、前記阻害ペプチドと前記ペプチド阻害剤との間の結合点を示す、請求項１０に記載の阻害ペプチド。
【請求項１３】
前記阻害ペプチドは、構造式（ＩＩＩ−Ａ）を有し：
【化９】
2020536072.tif 000016
式中、
Ｒ２ＡおよびＲ３Ａは、独立して、水素、置換または非置換アルキル、あるいは置換または非置換ヘテロアルキルである、請求項１２に記載の阻害ペプチド。
【請求項１４】
ペプチドを阻害するｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法において、
セリン−リジン触媒ダイアドまたはセリン−セリンリジン触媒トライアドを含むペプチドを、構造式（ＩＶ）：
【化１０】
2020536072.tif 000017
の化合物、またはその薬学的に許容される塩と接触させることを含み、
式中、
ｎ１は０〜４の整数であり、
ｍ１およびｖ１は独立して１または２であり、
ｚ１は１〜４の整数であり、
ｚ２は０または１であり、
Ｒ１およびＲ９は、独立して、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｗは、置換または非置換線状ペプチド、あるいは置換または非置換環状ペプチドであり、前記ペプチドは、天然アミノ酸残基、非天然アミノ酸残基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも３つを含み、
Ｌ１は、結合、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｌ２は、結合、−Ｏ−、−ＮＲ９−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｙは、−ＳＯｎ１Ｒ１Ａ、−ＳＯｖ１ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＲ１Ａ、−ＮＲ１ＢＳＯ２Ｒ１Ａ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＯＲ１Ｄ、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリール、疎水性尾部、あるいは細菌タンパク質、またはその断片もしくは相同体であり、
Ｒ１Ａ、Ｒ１Ｂ、Ｒ１Ｃ、およびＲ１Ｄは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＩ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、同じ窒素原子に結合したＲ１ＢおよびＲ１Ｃ置換基は、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、あるいは置換または非置換ヘテロアリールを形成するために、オプションとして結合され得、
式（ＩＶ）の前記化合物は、前記セリン−リジン触媒ダイアドまたは前記セリン−セリンリジン触媒トライアド中のリジンのアミノ基に結合を形成する、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法。
【請求項１５】
細菌感染を治療する方法で使用される組成物において、前記方法は、治療有効量の前記組成物を、それを必要とする被験体に投与することを含み、前記組成物は、構造式（ＩＶ）：
【化１１】
2020536072.tif 000018
の化合物、またはその薬学的に許容される塩を有し、
式中、
ｎ１は０〜４の整数であり、
ｍ１およびｖ１は独立して１または２であり、
ｚ１は１〜４の整数であり、
ｚ２は０または１であり、
Ｒ１およびＲ９は、独立して、水素、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、
Ｗは、置換または非置換線状ペプチド、あるいは置換または非置換環状ペプチドであり、前記ペプチドは、天然アミノ酸残基、非天然アミノ酸残基、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも３つを含み、
Ｌ１は、結合、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｌ２は、結合、−Ｏ−、−ＮＲ９−、−Ｓ−、−Ｃ（Ｏ）−、置換または非置換アルキレン、置換または非置換ヘテロアルキレン、置換または非置換シクロアルキレン、置換または非置換ヘテロシクロアルキレン、置換または非置換アリーレン、あるいは置換または非置換ヘテロアリーレンであり、
Ｙは、−ＳＯｎ１Ｒ１Ａ、−ＳＯｖ１ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＨＣ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ１ＢＲ１Ｃ、−ＯＲ１Ａ、−ＮＲ１ＢＳＯ２Ｒ１Ａ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）Ｒ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＣ（Ｏ）ＯＲ１Ｄ、−ＮＲ１ＢＯＲ１Ｄ、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリール、疎水性尾部、あるいは細菌タンパク質、またはその断片もしくは相同体であり、
Ｒ１Ａ、Ｒ１Ｂ、Ｒ１Ｃ、およびＲ１Ｄは、独立して、水素、ハロゲン、−ＣＦ３、−ＣＣｌ３、−ＣＢｒ３、−ＣＩ３、−ＣＯＯＨ、−ＣＯＮＨ２、置換または非置換アルキル、置換または非置換ヘテロアルキル、置換または非置換シクロアルキル、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、あるいは置換または非置換ヘテロアリールであり、同じ窒素原子に結合したＲ１ＢおよびＲ１Ｃ置換基は、置換または非置換ヘテロシクロアルキル、あるいは置換または非置換ヘテロアリールを形成するために、オプションとして結合され得、
（ｉ）前記化合物は、細菌Ｉ型ＳＰａｓｅ、細菌Ｉ型ＳＰａｓｅ相同体、または細菌Ｉ型ＳＰａｓｅリジン相同体であり、前記化合物は、領域Ｂ、領域Ｃ、領域Ｃ’、および領域Ｄを含み、
Ｂは、アミノ酸配列ＰＳＸＳＭＸＰＴＬＸ（配列番号１）を含み、
Ｃは、アミノ酸配列ＤＸＩＸＶＸＫＸＸ（配列番号２）を含み、
Ｃ’は、アミノ酸配列ＲＧＤＸＸＶＦＸＸＰ（配列番号３）を含み、
Ｄは、アミノ酸配列Ｙ／Ｆ，Ｉ／Ｖ，ＫＲＸＸＧＸＸＧＤ（配列番号４）を含み、
Ｘは、任意の天然アミノ酸残基または任意の非天然アミノ酸残基であるか、あるいは、
（ｉｉ）式（ＩＶ）の前記化合物は、ダイアドまたはトライアド中のリジンのアミノ基に共有結合を形成し、前記化合物は、セリン−リジン触媒ダイアドまたはセリン−セリンリジン触媒トライアドを含む、組成物。