【手続補正書】
【提出日】令和2年12月8日(2020.12.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１つのコード配列を含んでおり、
上記コード配列は、肝細胞核因子４α（HNF4A）、またはこれらのペプチドもしくはタンパク質のうちいずれかの断片もしくはバリアントから選択される少なくとも１つのペプチドまたはタンパク質をコードする、肝疾患の処置または予防における使用のための、ＲＮＡ。
【請求項２】
上記ＲＮＡは、ｍＲＮＡ、ウイルスＲＮＡまたはレプリコンＲＮＡである、請求項１に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項３】
上記ＲＮＡ、好ましくは上記コード配列は、化学修飾された糖、化学修飾された骨格または化学修飾された核酸塩基を含んでおらず、
上記ＲＮＡは、化学修飾されたヌクレオシドまたはヌクレオチドを、好ましくは含んでおらず、かつ／または、
上記ＲＮＡは、好ましくは化学修飾されていない、請求項１または２に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項４】
上記肝疾患は、肝線維症、肝硬変および肝がんからなる群から選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項５】
上記ペプチドまたはタンパク質は、肝細胞核因子４α（HNF4A）、またはその断片もしくはバリアントを含んでいる、請求項１〜４のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項６】
上記ペプチドまたはタンパク質は、配列番号１４から選択されるアミノ酸配列、または当該アミノ酸配列のいずれか１つの断片もしくはバリアントを含んでいる、請求項５に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項７】
上記ＲＮＡの上記少なくとも１つのコード配列は、配列番号４４および４５からなる群から選択される核酸配列、または当該核酸配列のいずれか１つの断片もしくはバリアントを含んでいる、請求項１〜６のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項８】
上記ＲＮＡは、モノシストロン性、ビシストロン性、またはマルチシストロン性である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項９】
ＲＮＡは、修飾ＲＮＡ、好ましくは安定化ＲＮＡであり、
上記ＲＮＡの上記少なくとも１つのコード配列のＧ／Ｃ含量は、対応する野生型ＲＮＡの対応するコード配列のＧ／Ｃ含量と比べて好ましくは多く、
上記ＲＮＡの上記少なくとも１つのコード配列のＣ含量は、対応する野生型ＲＮＡの対応するコード配列のＣ含量と比べて好ましくは多く、かつ／または、
上記ＲＮＡの上記少なくとも１つのコード配列の少なくとも１つのコドンは、ヒトのコドン使用頻度に好ましくは適合されており、コドン適合指数（CAI）は、好ましくは上記ＲＮＡの上記少なくとも１つのコード配列において増大されているか、または最大化されており、
上記ＲＮＡによってコードされる上記アミノ酸配列は、より好ましくは対応する野生型ＲＮＡによってコードされているアミノ酸配列と比べて改変されていない、請求項１〜８のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項１０】
上記少なくとも１つのコード配列は、配列番号８５、１１３、１４１、１６９、１９７、２２５、２５３、２８１、３０９、３３７、３６５、および３９３からなる群から選択される核酸配列を含んでいる、請求項９に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項１１】
５’−キャップ構造を含んでおり、かつ／または、
１０〜２００、１０〜１００、４０〜８０または５０〜７０のアデノシンヌクレオチドを好ましく含んでいるポリ（Ａ）配列および／または１０〜２００、１０〜１００、２０〜７０、２０〜６０または１０〜４０のシチジンヌクレオチドを好ましく含んでいるポリ（Ｃ）配列を、含んでおり、かつ／もしくは、
少なくとも１つのヒストンステムループを含んでおり、
上記少なくとも１つのヒストンステムループが、以下の式（Ｉ）または（ＩＩ）：
【化１】
2020501545.tif 000001
にしたがう核酸配列を、好ましくは含んでおり、
ステム１またはステム２の境界エレメントＮ１−６は、１〜６、好ましくは２〜６、より好ましくは２〜５、より一層好ましくは３〜５、最も好ましくは４〜５または５のＮの連続する配列であり、Ｎのそれぞれは、他のＮから独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、ＧおよびＣから選択されるヌクレオチド、またはそのヌクレオチド類似物から選択され；
ステム１［Ｎ０−２ＧＮ３−５］は、ステム２のエレメントと逆相補的または部分的に逆相補的であり、かつ５〜７のヌクレオチドの間の連続する配列であり；
Ｎ０−２は、０〜２、好ましくは０〜１、より好ましくは１のＮの連続する配列であり、Ｎのそれぞれは、他のＮから独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、ＧおよびＣから選択されるヌクレオチド、またはそのヌクレオチド類似物から選択され；
Ｎ３−５は、３〜５、好ましくは４〜５、より好ましくは４のＮの連続する配列であり、Ｎのそれぞれは、他のＮから独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、ＧおよびＣから選択されるヌクレオチド、またはそのヌクレオチド類似物から選択され、
Ｇは、グアノシンまたはその類似物であり、ステム２におけるその相補的なシチジンヌクレオチドがグアノシンによって置き換えられている条件のもとに、シチジンまたはその類似物に任意に置き換えられ得；
ループ配列［Ｎ０−４（Ｕ／Ｔ）Ｎ０−４）］は、ステム１およびステム２のエレメントの間に配置されており、３〜５のヌクレオチド、より好ましくは４のヌクレオチドの連続する配列であり；
Ｎ０−４のそれぞれは、他のＮから独立して、０〜４、好ましくは１〜３、より好ましくは１〜２のＮの連続する配列であり、Ｎのそれぞれは、他のＮから独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、ＧおよびＣから選択されるヌクレオチド、またはそのヌクレオチド類似物から選択され；
Ｕ／Ｔは、ウリジン、または任意にチミジンを表しており；
ステム２［Ｎ３−５ＣＮ０−２］は、ステム１のエレメントと逆相補的または部分的に逆相補的であり、５〜７のヌクレオチドの間の連続する配列であり；
Ｎ３−５は、３〜５、好ましくは４〜５、より好ましくは４のＮの連続する配列であり、Ｎのそれぞれは、他のＮから独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、ＧおよびＣから選択されるヌクレオチド、またはそのヌクレオチド類似物から選択され；
Ｎ０−２は、０〜２、好ましくは０〜１、より好ましくは１のＮの連続する配列であり、Ｎのそれぞれは、他のＮから独立して、Ａ、Ｕ、Ｔ、ＧおよびＣから選択されるヌクレオチド、またはそのヌクレオチド類似物から選択され；
Ｃは、シチジンまたはその類似物であり、ステム１におけるその相補的なグアノシンヌクレオチドがシチジンに置き換えられている条件のもとに、グアノシンまたはその類似物に任意に置き換えられ得；
ステム１およびステム２は、互いに塩基対形成可能であり、塩基対形成がステム１およびステム２の間に生じ得る逆相補性配列を形成しているか、または不完全な塩基対形成がステム１およびステム２の間に生じ得る部分的な逆相補性配列を形成しているか、
または、
上記少なくとも１つのヒストンステムループは、以下の式（Ｉａ）または（ＩＩａ）：
【化２】
2020501545.tif 000002
にしたがう核酸配列を好ましくは含んでおり、
上記少なくとも１つのヒストンステムループは、配列番号１４５１にしたがう核酸配列、最も好ましくは配列番号１４５２にしたがうＲＮＡ配列をより好ましくは含んでいる、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項１２】
上記ＲＮＡは、少なくとも１つの３’−非翻訳領域エレメント（３’−ＵＴＲエレメント）を含んでおり、
３’−ＵＴＲエレメントは、好ましくは安定なｍＲＮＡをコードする、遺伝子の３’−ＵＴＲ、または当該遺伝子の相同物、断片もしくはバリアントに由来する核酸配列を好ましくは含んでおり、
上記３’−ＵＴＲエレメントは、アルブミン遺伝子、α−グロビン遺伝子、β−グロビン遺伝子、チロシンヒドロキシラーゼ遺伝子、リポキシゲナーゼ遺伝子およびコラーゲンアルファ遺伝子からなる群から選択される遺伝子の３’−ＵＴＲ、またはその相同物、断片もしくはバリアントから選択される核酸配列を、より好ましくは含んでおり、
上記３’−ＵＴＲエレメントは、好ましくは配列番号１４４４にしたがう核酸配列を含んでいる、α−グロビン遺伝子、その相同物、断片またはバリアントの３’−ＵＴＲに由来する核酸配列を、最も好ましくは含んでいる、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項１３】
上記ＲＮＡは、以下の要素：
a)５’−キャップ構造、好ましくはm7GpppN、
b)請求項１０に規定されている通りの、少なくとも１つのコード配列、
c)好ましくは配列番号１４４４にしたがう核酸配列を含んでいる、α−グロビン遺伝子、その相同物、断片もしくはバリアントを含んでいる、３’−ＵＴＲエレメント、
d)好ましくは１０〜２００、１０〜１００、４０〜８０または５０〜７０のアデノシンヌクレオチドからなる、ポリ（Ａ）テイル、
e)好ましくは１０〜２００、１０〜１００、２０〜７０、２０〜６０または１０〜４０のシチジンヌクレオチドからなる、ポリ（Ｃ）テイル、ならびに
f)好ましくは配列番号１４５２にしたがう核酸配列を含んでいる、ヒストンステムループ
を、好ましくは５’から３’方向に、含んでいる、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項１４】
上記ＲＮＡは、配列番号４２０、４２１、４５８、４８３、５１１、５３６、５６１、５８６、６１１、６３６、６６１、６８６、７１１、および７３６からなる群から選択される核酸配列、または当該核酸配列のいずれか１つの断片もしくはバリアントを含んでいる、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項１５】
上記少なくとも１つの３’−ＵＴＲエレメントは、脊椎動物アルブミン遺伝子の３’−ＵＴＲまたはそのバリアント、好ましくは哺乳動物アルブミン遺伝子の３’−ＵＴＲまたはそのバリアント、より好ましくはヒトアルブミン遺伝子の３’−ＵＴＲまたはそのバリアント、より一層好ましくはGenBank Acceession番号NM_000477．5にしたがうヒトアルブミン遺伝子の３’−ＵＴＲまたはその断片もしくはバリアントに由来する核酸配列を含んでおり、
上記３’−ＵＴＲエレメントは、配列番号１４４８または１４５０にしたがう核酸配列、またはその相同物、断片またはバリアントを、好ましくは含んでいる、請求項１２に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項１６】
上記ＲＮＡは、５’−ＵＴＲエレメントを含んでおり、
上記５’−ＵＴＲエレメントは、TOP遺伝子の５’−ＵＴＲ、好ましくは対応するＲＮＡ配列、または好ましくは５’−TOPモチーフを欠いている、その相同物、断片もしくはバリアントに由来する核酸配列を、好ましくは含んでおり、
上記５’−ＵＴＲエレメントは、リボソームタンパク質をコードするTOP遺伝子の５’−ＵＴＲ、好ましくは対応するＲＮＡ配列、または好ましくは５’−TOPモチーフを欠いている、その相同物、断片またはバリアントに由来する核酸配列をより好ましくは含んでおり、
上記５’−ＵＴＲエレメントは、リボソーム巨大タンパク質（RPL）をコードするTOP遺伝子の５’−ＵＴＲ、または好ましくは５’−TOPモチーフを欠いている、その相同物、断片またはバリアントに由来する核酸配列をさらに好ましくは含んでおり、
上記５’−ＵＴＲエレメントは、配列番号１４３２にしたがう核酸配列、またはその相同物、断片またはバリアントを最も好ましくは含んでいる、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項１７】
上記ＲＮＡは、以下の要素：
a)５’−キャップ構造、好ましくはm7GpppN、
b)好ましくは配列番号１４３２に記載の核酸配列を含んでいる、TOP遺伝子の５’−ＵＴＲ、またはその相同体、断片もしくはバリアントを含んでいる核酸配列を含んでいる、または当該核酸配列からなる５’−ＵＴＲエレメント、
c)請求項１０に規定されている通りの少なくとも１つのコード配列、
d)α−グロビン遺伝子、またはその相同物、断片もしくはバリアントに由来する核酸配列、好ましくは配列番号１４４４にしたがう核酸配列を含んでいる３’−ＵＴＲエレメント；および／または
アルブミン遺伝子、またはその相同物、断片またはバリアントに由来する核酸配列、好ましくは配列番号１４４８または１４５０にしたがう核酸配列を含んでいる３’−ＵＴＲエレメント、
e)好ましくは１０〜２００、１０〜１００、４０〜８０または５０〜７０のアデノシンヌクレオチドからなる、ポリ（Ａ）テイル、
f)好ましくは１０〜２００、１０〜１００、２０〜７０、２０〜６０または１０〜４０のシトシンヌクレオチドからなる、ポリ（Ｃ）テイル、ならびに
g)好ましくは配列番号１４５２にしたがう核酸配列を含んでいる、ヒストンステムループ
を、好ましくは５’から３’の方向に、含んでいる、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項１８】
上記ＲＮＡは、配列番号７６３、７６４、８０１、８２６、８５１、８７６、９０１、９２６、９５１、９７６、１００１、１０２６、１０５１および１０７６、または配列番号２１２７、２１５２、２１７７、２２０２、２２２７、２２５２、２２７７、２３０２、２３２７、２３５２、２３７７、および２４０２からなる群から選択される核酸配列、または当該核酸配列のいずれか１つの断片もしくはバリアントを含んでいる、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項１９】
５’−ＵＴＲエレメントは、HSD17B4遺伝子、好ましくは対応するＲＮＡ配列、またはその相同物、断片もしくはバリアントに由来する核酸配列を含んでおり、
５’−ＵＴＲエレメントは、配列番号１４３６に記載の核酸配列、またはその相同物、断片もしくはバリアントを好ましくは含んでいる、請求項１６に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項２０】
以下の要素：
a)５’−キャップ構造、好ましくはm7GpppN、
b)好ましくは配列番号１４３６にしたがう核酸配列を含んでいる、HSD17B4遺伝子の５’−ＵＴＲに由来する核酸配列またはその相同物、断片もしくはバリアントを含んでいる、または当該核酸配列またはその相同物、断片もしくはバリアントからなる、５’−ＵＴＲエレメント、
c)請求項１０に規定されている通りの少なくとも１つのコード配列、
d)好ましくは配列番号１４４４にしたがう核酸配列を含んでいる、α−グロビン遺伝子またはその相同物、断片もしくはバリアントに由来する、３’−ＵＴＲエレメント
好ましくは配列番号１４４８または１４５０にしたがう核酸配列を含んでいる、アルブミン遺伝子またはその相同物、断片またはバリアントに由来する核酸配列を含んでいる、３’−ＵＴＲエレメント
e)好ましくは１０〜２００、１０〜１００、４０〜８０または５０〜７０のアデノシンヌクレオチドからなる、ポリ（Ａ）テイル
を、好ましくは５’〜３’方向に、含んでいる、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項２１】
上記ＲＮＡは、配列番号１１０３、１１０４、１１４１、１１６６、１１９１、１２１６、１２４１、１２６６、１２９１、１３１６、１３４１、１３６６、１３９１、および１４１６からなる群から選択される核酸配列、または当該核酸配列のいずれか１つの断片もしくはバリアントを含んでいるか、または、
上記ＲＮＡは、配列番号４０８〜１４３０からなる群から選択される核酸配列、または当該核酸配列のいずれか１つの断片もしくはバリアントを含んでいる、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項２２】
上記ＲＮＡは、少なくとも１つの薬学的に許容可能な担体と一緒に製剤化されている、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項２３】
上記ＲＮＡは、１つ以上の、カチオン性化合物またはポリカチオン性化合物、好ましくはカチオン性ポリマーまたはポリカチオン性ポリマー、カチオン性ペプチドもしくはポリカチオン性タンパク質またはポリカチオン性ペプチドもしくはポリカチオン性タンパク質（例えばプロタミン）、カチオン性多糖またはポリカチオン性多糖、および／またはカチオン性脂質またはポリカチオン性脂質と複合化されており、かつ／または、
上記１つ以上のカチオン性ペプチドもしくはポリカチオン性タンパク質またはポリカチオン性ペプチドもしくはポリカチオン性タンパク質に対する、上記ＲＮＡのＮ／Ｐ比率は、約０．３〜４、約０．５〜２、約０．７〜２、および約０．７〜１．５の範囲を包含している約０．１〜１０の範囲であることが好ましく、
少なくとも１つのＲＮＡは、１つ以上のカチオン性化合物またはポリカチオン性化合物と好ましくは複合化されており、少なくとも１つのＲＮＡが遊離状態にあり、
上記少なくとも１つの複合化されているＲＮＡは、上記少なくとも１つの遊離ＲＮＡと同一である、請求項２２に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項２４】
上記ＲＮＡは、１つ以上の脂質と複合化されており、それによってリポソーム、脂質ナノ粒子および／またはリポプレックスを形成している、請求項２２または２３に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項２５】
上記ＲＮＡ、または当該ＲＮＡと一緒に製剤化されている薬学的担体は、標的化基によってコンジュゲートを形成しており、
上記標的化基は、肝臓、好ましくは肝臓マクロファージ、肝星状細胞、肝細胞および／または肝臓類洞内皮細胞（LSEC）への複合体の送達を好ましくはもたらし、かつ／または、
上記標的化基は、葉酸、GalNAc、ガラクトース、マンノース、マンノース−6P、アプタマー、インテグリン受容体リガンド、ケモカイン受容体リガンド、トランスフェリン、ビオチン、セロトニン受容体リガンド、PSMA、エンドセリン、GCPII、ソマトスタチン、LDLリガンドおよびHDLリガンドからなる群から好ましくは選択される、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項２６】
上記ＲＮＡは、非経口投与、好ましくは注入によって、それを必要とする対象に投与される、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項２７】
上記処置または予防は、薬剤的に活性な、さらなる成分の投与を含んでいる、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。
【請求項２８】
請求項１〜２７のいずれか１項にしたがって規定されている通りの少なくとも１つのＲＮＡ、および任意に追加の薬学的に許容可能な担体を含んでいる、組成物。
【請求項２９】
請求項１〜２７のいずれか１項にしたがって規定されている通りの少なくとも１つのＲＮＡまたは請求項２８に記載の組成物、任意に可溶化するための液体ビヒクルならびに任意に上記ＲＮＡまたは組成物の投与および用量に関する情報を有している技術的説明書を含んでいる、キット、好ましくはキットの一部であって、
上記キットは、リンゲル−乳酸塩溶液を、一部として好ましくは含んでいる、キット、好ましくはキットの一部。
【請求項３０】
遺伝子治療における使用のための、請求項１〜２２のいずれか１項にしたがって規定されている通りのＲＮＡ、請求項２８に記載の組成物、または請求項２９に記載のキットであって、
好ましくは、肝疾患の遺伝子治療における使用のための、キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３５０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３５０】
２０．上記ＲＮＡの上記少なくとも１つのコード配列のＧ／Ｃ含量は、対応する野生型ＲＮＡの対応するコード配列のＧ／Ｃ含量と比べて多く、
上記ＲＮＡの上記少なくとも１つのコード配列のＣ含量は、対応する野生型ＲＮＡの対応するコード配列のＣ含量と比べて多く、および／または
上記ＲＮＡの上記少なくとも１つのコード配列の少なくとも１つのコドンは、ヒトのコドン使用頻度に適合されており、コドン適合指数（CAI）は、好ましくは上記ＲＮＡの上記少なくとも１つのコード配列において増大されているか、または最大化されており、
上記ＲＮＡによってコードされる上記アミノ酸配列は、好ましくは対応する野生型ＲＮＡによってコードされているアミノ酸配列と比べて改変されていない、項目１〜１９のいずれか１項に記載の使用のためのＲＮＡ。