【手続補正書】
【提出日】令和3年2月12日(2021.2.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ゲノム編集によって、細胞内のプロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）遺伝子を編集するための方法における使用のための組成物であって、前記組成物は、１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを含み、必要に応じて前記１つまたは複数のＤＮＡエンドヌクレアーゼは、１つまたは複数のＣａｓ９エンドヌクレアーゼであり、前記方法は、前記細胞へと、前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、前記ＰＣＳＫ９遺伝子またはＰＣＳＫ９調節エレメント内またはその近傍に、１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）であって、前記ＰＣＳＫ９遺伝子内またはその近傍に、少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的な挿入、欠失、または突然変異を生じるＳＳＢまたはＤＳＢをもたらし、それによって、ＰＣＳＫ９遺伝子産物の発現または機能を低減または排除するステップを含む、組成物。
【請求項２】
ＰＣＳＫ９関連の状態または障害を有する患者を処置するためのｅｘ  ｖｉｖｏ方法における使用のための組成物であって、前記組成物は、１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを含み、必要に応じて前記１つまたは複数のＤＮＡエンドヌクレアーゼは、１つまたは複数のＣａｓ９エンドヌクレアーゼであり、前記方法は、
（ａ）細胞を、患者から単離するステップと、
（ｂ）前記組成物を使用することにより前記細胞のプロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）遺伝子またはＰＣＳＫ９遺伝子の調節エレメントをコードする他のＤＮＡ配列内またはその近傍で編集するステップであって、前記編集するステップは、前記細胞へと、前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、前記ＰＣＳＫ９遺伝子またはＰＣＳＫ９調節エレメント内またはその近傍に、１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）であって、前記ＰＣＳＫ９遺伝子内またはその近傍に、少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的な挿入、欠失、または突然変異を生じるＳＳＢまたはＤＳＢをもたらし、それによって、ＰＣＳＫ９遺伝子産物の発現または機能を低減または排除することを含むステップと、
（ｃ）前記ゲノム編集した細胞を、前記患者へと植え込むステップと
を含む、組成物。
【請求項３】
ＰＣＳＫ９関連の障害を有する患者を処置するためのｉｎ  ｖｉｖｏ方法における使用のための組成物であって、前記組成物は、１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを含み、必要に応じて前記１つまたは複数のＤＮＡエンドヌクレアーゼは、１つまたは複数のＣａｓ９エンドヌクレアーゼであり、前記方法は、前記組成物を使用することにより、前記患者の細胞内のプロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）遺伝子を編集するステップを含み、前記編集するステップは、前記細胞へと、前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、前記ＰＣＳＫ９遺伝子またはＰＣＳＫ９調節エレメント内またはその近傍に、１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）であって、前記ＰＣＳＫ９遺伝子内またはその近傍に、少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的な挿入、欠失、または突然変異を生じるＳＳＢまたはＤＳＢをもたらし、それによって、ＰＣＳＫ９遺伝子産物の発現または機能を低減または排除することを含む、組成物。
【請求項４】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、局所注射、全身注入、またはこれらの組合せによって、前記細胞へと送達されることを特徴とする、請求項１、２または３に記載の組成物。
【請求項５】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、配列番号１〜６２０に列挙されるもののうちのいずれか、および配列番号１〜６２０に列挙されるもののうちのいずれかに対して少なくとも７０％の相同性を有する変異体から選択される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、
（ｉ）１つまたは複数のタンパク質またはポリペプチド、
（ｉｉ）前記１つまたは複数のＤＮＡエンドヌクレアーゼをコードする１つまたは複数のポリヌクレオチド、あるいは
（ｉｉｉ）前記１つまたは複数のＤＮＡエンドヌクレアーゼをコードする１つまたは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）
であり、必要に応じて、前記１つまたは複数のポリヌクレオチドあるいは１つまたは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）が、コドン最適化されているか、あるいは前記１つまたは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）が、１つまたは複数の化学修飾されたＲＮＡである、請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
前記１つもしくは複数のポリヌクレオチドまたは１つもしくは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）が、コドン最適化されている、請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
前記方法が、前記細胞へと、１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡを導入することをさらに含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９】
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが、前記ＰＣＳＫ９遺伝子内またはその近傍のＤＮＡ配列あるいは前記ＰＣＳＫ９遺伝子に隣接する配列または前記ＰＣＳＫ９遺伝子の調節エレメントをコードする他の配列に相補的であるスペーサー配列を含む、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
前記１つまたは複数のｓｇＲＮＡは、配列番号１４，２３７、１４，３１８、７，９０５、７，８８７、１４，２３４、１４，２５７、８，５１４、７，８８８、１３，４９５、８，５８１、７，８８２、１４，２３５、１３，６７１、８，５８２、１４，１９７、７，９２８、８，６０２、７，９８０、８，０４０、１３，６０３、１３，５６３、７，９７９、７，８７３、１３，５５５、７，８９２、１３，５２５、７，９０４、７，９７０、１３，４８３、８，０２８、１４，２３９、１３，５８６、７，９８９、８，０１８、８，５４９、７，９２７、１３，４７７、７，９４２、７，９８３、１３，５７０、１４，２６３、８，０２３、１３，６６７、１３，５３０、１３，７１１、１３，４８７、７，９８６、７，９６４、１３，５１０、８，５４７、１３，６８８、１３，６１５、７，９７６、１３，５８９、１３，４７３、１３，６１４、８，５１７、１３，７０９、１３，５７２、１３，４７６、１３，５３９、１３，４９１、１３，４７５、１３，６４８、１３，７１０、７，９２５、７，８９５、１３，６７９、１３，６５４、７，９８８、７，９２２、１３，５２６、７，９０２、７，８８３、１３，５６０、１３，５４２、７，９２０、１３，５４１、１３，６０２、１３，５７１、１３，６７０、１３，６８６、１３，６７７、８，５３７、１３，４９４、７，９２３、１３，６４６、７，８７７、７，９７７、１３，５４６、８，０３５、７，９６６、１３，６４３、７，９７５、７，８８０、７，９６３、１４，２６０、１３，６６９、８，５８３、１３，５６７、１３，５０９、１３，４７４、７，９２１、１３，５８７、１３，５６２、７，９０６、１３，６４７、７，８８５、７，９７２、１４，１９６、８，０３７、１４，２５０、８，０２６、８，５１１、１３，６８７、８，０２９、１３，６５０、１３，７１２、７，９４３、１３，６４２、１３，５１５、１３，５８４、１３，６８９、１３，６９５、７，９２６、１３，６３６、８，４７５、１３，６０５、１３，５７４、８，４７９、１３，４８９、７，９６１、７，９００、７，９８２、１３，５５７、１３，４８６、７，８８１、１３，５９４、１３，６０１、７，９３２、１３，６０６、７，９４７、１３，５７５、１３，６７６、８，５１８、１３，５４８、１３，５５０、８，５１９、７，８７８、８，５２９、７，９０１、１３，６４５、７，９０３、１３，４７９、１３，６４９、７，９８７、１３，５８５、１３，６０８、１５，７１０、１５，７１１、１５，７８０、１５，７８４、１６，８１２、１６，８１３、１６，８１５、１６，８１７、１１，２５０、１１，００９、１１，００８、１１，００４、１０，０９４、１０，０３１および１０，０３０のうちのいずれか１つまたは複数に対応する１つまたは複数のｓｇＲＮＡである、請求項８または９に記載の組成物。
【請求項１１】
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが、化学修飾されている、請求項８〜１０のいずれかに記載の組成物。
【請求項１２】
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが、前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼとあらかじめ複合体化されており、必要に応じて、前記あらかじめ複合体化させることが、前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡの、前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼへの共有結合を含む、請求項８〜１１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１３】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、リポソームまたは脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項５〜１２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１４】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡも含むリポソームまたは脂質ナノ粒子中に製剤化される、請求項８〜１２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１５】
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼならびに／あるいは１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが、配列番号４，７３４〜５，３０２および表２に列挙されるもののうちのいずれかからなる群から選択されるＡＡＶベクター粒子においてコードされる、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１６】
前記細胞が、肝細胞、間葉幹細胞、または患者特異的な誘導多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）であり、必要に応じて、前記ゲノム編集された間葉幹細胞またはｉＰＳＣが、移植の前に肝細胞へと分化されている、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７】
配列番号５，３０５〜２８，６９６のうちのいずれかに対応するＲＮＡ配列であるスペーサー配列を少なくとも含む、単一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項１８】
配列番号１４，２３７、１４，３１８、７，９０５、７，８８７、１４，２３４、１４，２５７、８，５１４、７，８８８、１３，４９５、８，５８１、７，８８２、１４，２３５、１３，６７１、８，５８２、１４，１９７、７，９２８、８，６０２、７，９８０、８，０４０、１３，６０３、１３，５６３、７，９７９、７，８７３、１３，５５５、７，８９２、１３，５２５、７，９０４、７，９７０、１３，４８３、８，０２８、１４，２３９、１３，５８６、７，９８９、８，０１８、８，５４９、７，９２７、１３，４７７、７，９４２、７，９８３、１３，５７０、１４，２６３、８，０２３、１３，６６７、１３，５３０、１３，７１１、１３，４８７、７，９８６、７，９６４、１３，５１０、８，５４７、１３，６８８、１３，６１５、７，９７６、１３，５８９、１３，４７３、１３，６１４、８，５１７、１３，７０９、１３，５７２、１３，４７６、１３，５３９、１３，４９１、１３，４７５、１３，６４８、１３，７１０、７，９２５、７，８９５、１３，６７９、１３，６５４、７，９８８、７，９２２、１３，５２６、７，９０２、７，８８３、１３，５６０、１３，５４２、７，９２０、１３，５４１、１３，６０２、１３，５７１、１３，６７０、１３，６８６、１３，６７７、８，５３７、１３，４９４、７，９２３、１３，６４６、７，８７７、７，９７７、１３，５４６、８，０３５、７，９６６、１３，６４３、７，９７５、７，８８０、７，９６３、１４，２６０、１３，６６９、８，５８３、１３，５６７、１３，５０９、１３，４７４、７，９２１、１３，５８７、１３，５６２、７，９０６、１３，６４７、７，８８５、７，９７２、１４，１９６、８，０３７、１４，２５０、８，０２６、８，５１１、１３，６８７、８，０２９、１３，６５０、１３，７１２、７，９４３、１３，６４２、１３，５１５、１３，５８４、１３，６８９、１３，６９５、７，９２６、１３，６３６、８，４７５、１３，６０５、１３，５７４、８，４７９、１３，４８９、７，９６１、７，９００、７，９８２、１３，５５７、１３，４８６、７，８８１、１３，５９４、１３，６０１、７，９３２、１３，６０６、７，９４７、１３，５７５、１３，６７６、８，５１８、１３，５４８、１３，５５０、８，５１９、７，８７８、８，５２９、７，９０１、１３，６４５、７，９０３、１３，４７９、１３，６４９、７，９８７、１３，５８５、１３，６０８、１５，７１０、１５，７１１、１５，７８０、１５，７８４、１６，８１２、１６，８１３、１６，８１５、１６，８１７、１１，２５０、１１，００９、１１，００８、１１，００４、１０，０９４、１０，０３１および１０，０３０のうちのいずれか１つに対応するＲＮＡ配列であるスペーサー配列を含む、請求項１７に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項１９】
前記単一分子ガイドＲＮＡが、スペーサー伸長領域をさらに含む、請求項１７または１８に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項２０】
前記単一分子ガイドＲＮＡが、ｔｒａｃｒＲＮＡ伸長領域をさらに含む、請求項１７〜１９のいずれか一項に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項２１】
前記単一分子ガイドＲＮＡが、化学修飾されている、請求項１７〜２０のいずれか一項に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項２２】
ＤＮＡエンドヌクレアーゼとあらかじめ複合体化されており、前記ＤＮＡエンドヌクレアーゼが、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼである、請求項１７〜２１のいずれか一項に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項２３】
前記Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼが、１つまたは複数の核局在化シグナル（ＮＬＳ）を含み、必要に応じて、少なくとも１つのＮＬＳが、前記Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼのアミノ末端にあるかまたはアミノ末端から５０アミノ酸以内にある、および／または少なくとも１つのＮＬＳが、前記Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼのカルボキシ末端にあるかまたはカルボキシ末端から５０アミノ酸以内にある、請求項２２に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項２４】
前記ｓｇＲＮＡが、ヒト、サルまたはブタの細胞に対して交差反応的な切断効率を有する、請求項１７〜２３のいずれか一項に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
【請求項２５】
請求項１７〜２０または２４のいずれか一項に記載の単一分子ガイドＲＮＡをコードする、ＤＮＡ。
【請求項２６】
医薬組成物であって、配列番号１４，２３７、１４，３１８、７，９０５、７，８８７、１４，２３４、１４，２５７、８，５１４、７，８８８、１３，４９５、８，５８１、７，８８２、１４，２３５、１３，６７１、８，５８２、１４，１９７、７，９２８、８，６０２、７，９８０、８，０４０、１３，６０３、１３，５６３、７，９７９、７，８７３、１３，５５５、７，８９２、１３，５２５、７，９０４、７，９７０、１３，４８３、８，０２８、１４，２３９、１３，５８６、７，９８９、８，０１８、８，５４９、７，９２７、１３，４７７、７，９４２、７，９８３、１３，５７０、１４，２６３、８，０２３、１３，６６７、１３，５３０、１３，７１１、１３，４８７、７，９８６、７，９６４、１３，５１０、８，５４７、１３，６８８、１３，６１５、７，９７６、１３，５８９、１３，４７３、１３，６１４、８，５１７、１３，７０９、１３，５７２、１３，４７６、１３，５３９、１３，４９１、１３，４７５、１３，６４８、１３，７１０、７，９２５、７，８９５、１３，６７９、１３，６５４、７，９８８、７，９２２、１３，５２６、７，９０２、７，８８３、１３，５６０、１３，５４２、７，９２０、１３，５４１、１３，６０２、１３，５７１、１３，６７０、１３，６８６、１３，６７７、８，５３７、１３，４９４、７，９２３、１３，６４６、７，８７７、７，９７７、１３，５４６、８，０３５、７，９６６、１３，６４３、７，９７５、７，８８０、７，９６３、１４，２６０、１３，６６９、８，５８３、１３，５６７、１３，５０９、１３，４７４、７，９２１、１３，５８７、１３，５６２、７，９０６、１３，６４７、７，８８５、７，９７２、１４，１９６、８，０３７、１４，２５０、８，０２６、８，５１１、１３，６８７、８，０２９、１３，６５０、１３，７１２、７，９４３、１３，６４２、１３，５１５、１３，５８４、１３，６８９、１３，６９５、７，９２６、１３，６３６、８，４７５、１３，６０５、１３，５７４、８，４７９、１３，４８９、７，９６１、７，９００、７，９８２、１３，５５７、１３，４８６、７，８８１、１３，５９４、１３，６０１、７，９３２、１３，６０６、７，９４７、１３，５７５、１３，６７６、８，５１８、１３，５４８、１３，５５０、８，５１９、７，８７８、８，５２９、７，９０１、１３，６４５、７，９０３、１３，４７９、１３，６４９、７，９８７、１３，５８５、１３，６０８、１５，７１０、１５，７１１、１５，７８０、１５，７８４、１６，８１２、１６，８１３、１６，８１５、１６，８１７、１１，２５０、１１，００９、１１，００８、１１，００４、１０，０９４、１０，０３１または１０，０３０のうちのいずれかに対応するＲＮＡ配列である少なくとも１つのスペーサー配列を含む単一分子ガイドＲＮＡを含む、医薬組成物。
【請求項２７】
ＰＣＳＫ９関連の障害を有する患者を処置する際に使用するための組成物であって、配列番号１４，２３７、１４，３１８、７，９０５、７，８８７、１４，２３４、１４，２５７、８，５１４、７，８８８、１３，４９５、８，５８１、７，８８２、１４，２３５、１３，６７１、８，５８２、１４，１９７、７，９２８、８，６０２、７，９８０、８，０４０、１３，６０３、１３，５６３、７，９７９、７，８７３、１３，５５５、７，８９２、１３，５２５、７，９０４、７，９７０、１３，４８３、８，０２８、１４，２３９、１３，５８６、７，９８９、８，０１８、８，５４９、７，９２７、１３，４７７、７，９４２、７，９８３、１３，５７０、１４，２６３、８，０２３、１３，６６７、１３，５３０、１３，７１１、１３，４８７、７，９８６、７，９６４、１３，５１０、８，５４７、１３，６８８、１３，６１５、７，９７６、１３，５８９、１３，４７３、１３，６１４、８，５１７、１３，７０９、１３，５７２、１３，４７６、１３，５３９、１３，４９１、１３，４７５、１３，６４８、１３，７１０、７，９２５、７，８９５、１３，６７９、１３，６５４、７，９８８、７，９２２、１３，５２６、７，９０２、７，８８３、１３，５６０、１３，５４２、７，９２０、１３，５４１、１３，６０２、１３，５７１、１３，６７０、１３，６８６、１３，６７７、８，５３７、１３，４９４、７，９２３、１３，６４６、７，８７７、７，９７７、１３，５４６、８，０３５、７，９６６、１３，６４３、７，９７５、７，８８０、７，９６３、１４，２６０、１３，６６９、８，５８３、１３，５６７、１３，５０９、１３，４７４、７，９２１、１３，５８７、１３，５６２、７，９０６、１３，６４７、７，８８５、７，９７２、１４，１９６、８，０３７、１４，２５０、８，０２６、８，５１１、１３，６８７、８，０２９、１３，６５０、１３，７１２、７，９４３、１３，６４２、１３，５１５、１３，５８４、１３，６８９、１３，６９５、７，９２６、１３，６３６、８，４７５、１３，６０５、１３，５７４、８，４７９、１３，４８９、７，９６１、７，９００、７，９８２、１３，５５７、１３，４８６、７，８８１、１３，５９４、１３，６０１、７，９３２、１３，６０６、７，９４７、１３，５７５、１３，６７６、８，５１８、１３，５４８、１３，５５０、８，５１９、７，８７８、８，５２９、７，９０１、１３，６４５、７，９０３、１３，４７９、１３，６４９、７，９８７、１３，５８５、１３，６０８、１５，７１０、１５，７１１、１５，７８０、１５，７８４、１６，８１２、１６，８１３、１６，８１５、１６，８１７、１１，２５０、１１，００９、１１，００８、１１，００４、１０，０９４、１０，０３１および１０，０３０のうちのいずれかに対応するＲＮＡ配列である少なくとも１つのスペーサー配列を含む単一分子ガイドＲＮＡを含む、組成物。
【請求項２８】
前記患者におけるＰＣＳＫ９遺伝子産物の前記発現または機能が、低減または排除される、請求項２７に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２７】
単一分子ガイドポリヌクレオチドをコードするＤＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を含む、ベクターもまた、本明細書に提示される。一部の態様では、ベクターは、プラスミドである。一部の態様では、ベクターは、ＡＡＶベクター粒子であり、ここで、ＡＡＶベクターの血清型は、配列番号４，７３４〜５，３０２および表２に列挙されるものから選択される。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
ゲノム編集によって、細胞内のプロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）遺伝子を編集するための方法であって、前記細胞へと、１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、前記ＰＣＳＫ９遺伝子またはＰＣＳＫ９調節エレメント内またはその近傍に、１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）であって、前記ＰＣＳＫ９遺伝子内またはその近傍に、少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的な挿入、欠失、または突然変異を生じるＳＳＢまたはＤＳＢをもたらし、それによって、ＰＣＳＫ９遺伝子産物の発現または機能を低減または排除するステップを含む、方法。
（項目２）
ＰＣＳＫ９関連の状態または障害を有する患者を処置するためのｅｘ  ｖｉｖｏ方法であって、
（ａ）肝細胞を、患者から単離するステップと、
（ｂ）前記肝細胞のプロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）遺伝子またはＰＣＳＫ９遺伝子の調節エレメントをコードする他のＤＮＡ配列内またはその近傍で編集するステップと、
（ｃ）前記ゲノム編集した肝細胞を、前記患者へと植え込むステップと
を含む、方法。
（項目３）
前記編集するステップが、前記肝細胞へと、１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、前記ＰＣＳＫ９遺伝子またはＰＣＳＫ９調節エレメント内またはその近傍に、１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）であって、前記ＰＣＳＫ９遺伝子内またはその近傍に、少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的な挿入、欠失、または突然変異を生じるＳＳＢまたはＤＳＢをもたらし、それによって、ＰＣＳＫ９遺伝子産物の発現または機能を低減または排除することを含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
ＰＣＳＫ９関連の状態または障害を有する患者を処置するためのｅｘ  ｖｉｖｏ方法であって、
（ａ）患者特異的な誘導多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）を創出するステップと、
（ｂ）前記ｉＰＳＣのプロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）遺伝子またはＰＣＳＫ９遺伝子の調節エレメントをコードする他のＤＮＡ配列内またはその近傍で編集するステップと、
（ｃ）前記ゲノム編集したｉＰＳＣを、肝細胞へと分化させるステップと、
（ｄ）前記肝細胞を、前記患者へと植え込むステップと
を含む、方法。
（項目５）
前記編集するステップが、前記ｉＰＳＣへと、１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、ＰＣＳＫ９遺伝子またはＰＣＳＫ９調節エレメント内またはその近傍に、１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）であって、前記ＰＣＳＫ９遺伝子内またはその近傍に、少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的な挿入、欠失、または突然変異を生じるＳＳＢまたはＤＳＢをもたらし、それによって、ＰＣＳＫ９遺伝子産物の発現または機能を低減または排除することを含む、項目４に記載の方法。
（項目６）
ＰＣＳＫ９関連の状態または障害を有する患者を処置するためのｅｘ  ｖｉｖｏ方法であって、
（ａ）間葉幹細胞を、前記患者から単離するステップと、
（ｂ）前記間葉幹細胞のプロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）遺伝子またはＰＣＳＫ９遺伝子の調節エレメントをコードする他のＤＮＡ配列内またはその近傍で編集するステップと、
（ｃ）前記ゲノム編集した間葉幹細胞を、肝細胞へと分化させるステップと、
（ｄ）前記肝細胞を、前記患者へと植え込むステップと
を含む、方法。
（項目７）
前記編集するステップが、前記間葉幹細胞へと、１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、ＰＣＳＫ９遺伝子またはＰＣＳＫ９調節エレメント内またはその近傍に、１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）であって、前記ＰＣＳＫ９遺伝子内またはその近傍に、少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的な挿入、欠失、または突然変異を生じるＳＳＢまたはＤＳＢをもたらし、それによって、ＰＣＳＫ９遺伝子産物の発現または機能を低減または排除することを含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
ＰＣＳＫ９関連の障害を有する患者を処置するためのｉｎ  ｖｉｖｏ方法であって、前記患者の細胞内のプロタンパク質転換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）遺伝子を編集するステップを含む、方法。
（項目９）
前記編集するステップが、前記細胞へと、１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼを導入して、ＰＣＳＫ９遺伝子またはＰＣＳＫ９調節エレメント内またはその近傍に、１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）であって、前記ＰＣＳＫ９遺伝子内またはその近傍に、少なくとも１つのヌクレオチドの１つまたは複数の恒久的な挿入、欠失、または突然変異を生じるＳＳＢまたはＤＳＢをもたらし、それによって、ＰＣＳＫ９遺伝子産物の発現または機能を低減または排除することを含む、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記細胞が、肝細胞である、項目８〜９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、局所注射、全身注入、またはこれらの組合せによって、前記肝細胞へと送達される、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
細胞内のＰＣＳＫ９遺伝子の連続的なゲノム配列を変更する方法であって、前記細胞を、１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼと接触させて、１つまたは複数の一本鎖切断（ＳＳＢ）または二本鎖切断（ＤＳＢ）をもたらすことを含む、方法。
（項目１３）
前記連続的なゲノム配列の前記変更が、前記ＰＣＳＫ９遺伝子の１つまたは複数のエクソンにおいて生じる、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、配列番号１〜６２０に列挙されるもののうちのいずれか、および配列番号１〜６２０に列挙されるもののうちのいずれかに対して少なくとも７０％の相同性を有する変異体から選択される、項目１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、１つまたは複数のタンパク質またはポリペプチドである、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、前記１つまたは複数のＤＮＡエンドヌクレアーゼをコードする１つまたは複数のポリヌクレオチドである、項目１４に記載の方法。
（項目１７）
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、前記１つまたは複数のＤＮＡエンドヌクレアーゼをコードする１つまたは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）である、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記１つまたは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）が、１つまたは複数の化学修飾されたＲＮＡである、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記１つまたは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）が、コーディング領域において化学修飾されている、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記１つもしくは複数のポリヌクレオチドまたは１つもしくは複数のリボ核酸（ＲＮＡ）が、コドン最適化されている、項目１６〜１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記方法が、前記細胞へと、１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡを導入することをさらに含む、項目１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが、前記ＰＣＳＫ９遺伝子内またはその近傍のＤＮＡ配列に相補的であるスペーサー配列を含む、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが、前記ＰＣＳＫ９遺伝子に隣接する配列または前記ＰＣＳＫ９遺伝子の調節エレメントをコードする他の配列に相補的であるスペーサー配列を含む、項目２１に記載の方法。
（項目２４）
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが、化学修飾されている、項目２１〜２３のいずれかに記載の方法。
（項目２５）
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが、前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼとあらかじめ複合体化されている、項目２１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６）
前記あらかじめ複合体化させることが、前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡの、前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼへの共有結合を含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、リポソームまたは脂質ナノ粒子中に製剤化される、項目１４〜２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡも含むリポソームまたは脂質ナノ粒子中に製剤化される、項目２１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、ＡＡＶベクター粒子においてコードされ、前記ＡＡＶベクターの血清型が、配列番号４，７３４〜５，３０２および表２に列挙されるもののうちのいずれかからなる群から選択される、項目１２または項目２１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡが、ＡＡＶベクター粒子においてコードされ、前記ＡＡＶベクターの血清型が、配列番号４，７３４〜５，３０２および表２に列挙されるもののうちのいずれかからなる群から選択される、項目２１〜２３のいずれかに記載の方法。
（項目３１）
前記１つまたは複数のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）エンドヌクレアーゼが、前記１つもしくは複数のｇＲＮＡまたは１つもしくは複数のｓｇＲＮＡもコードするＡＡＶベクター粒子においてコードされ、前記ＡＡＶベクターの血清型が、配列番号４，７３４〜５，３０２および表２に列挙されるもののうちのいずれかからなる群から選択される、項目２１〜２３のいずれかに記載の方法。
（項目３２）
配列番号５，３０５〜２８，６９６のうちのいずれかに対応するＲＮＡ配列であるスペーサー配列を少なくとも含む、単一分子ガイドＲＮＡ。
（項目３３）
単一分子ガイドポリヌクレオチドが、スペーサー伸長領域をさらに含む、項目３２に記載の単一分子ガイドポリヌクレオチド。
（項目３４）
単一分子ガイドポリヌクレオチドが、ｔｒａｃｒＲＮＡ伸長領域をさらに含む、項目３２に記載の単一分子ガイドポリヌクレオチド。
（項目３５）
前記単一分子ガイドポリヌクレオチドが、化学修飾されている、項目３２〜３４に記載の単一分子ガイドポリヌクレオチド。
（項目３６）
ＤＮＡエンドヌクレアーゼとあらかじめ複合体化されている、項目３２〜３５のいずれか一項に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
（項目３７）
前記ＤＮＡエンドヌクレアーゼが、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼである、項目３６に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
（項目３８）
前記Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼが、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ  Ｃａｓ９、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ  Ｃａｓ９、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ  Ｃａｓ９、Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＲＩＳＰＲ１  Ｃａｓ９、Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＲＩＳＰＲ  ３  Ｃａｓ９、Ｔ．ｄｅｎｔｉｃｏｌａ  Ｃａｓ９、Ｌ．ｂａｃｔｅｒｉｕｍ
ＮＤ２００６  Ｃｐｆ１、およびＡｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＢＶ３Ｌ６
Ｃｐｆ１、ならびにこれらの酵素に対して少なくとも７０％の相同性を有する変異体からなる群から選択される、項目３７に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
（項目３９）
前記Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼが、１つまたは複数の核局在化シグナル（ＮＬＳ）を含む、項目３８に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
（項目４０）
少なくとも１つのＮＬＳが、前記Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼのアミノ末端にあるかまたはアミノ末端から５０アミノ酸以内にある、および／または少なくとも１つのＮＬＳが、前記Ｃａｓ９またはＣｐｆ１エンドヌクレアーゼのカルボキシ末端にあるかまたはカルボキシ末端から５０アミノ酸以内にある、項目３９に記載の単一分子ガイドＲＮＡ。
（項目４１）
項目３１〜３４のいずれか一項に記載の単一分子ガイドＲＮＡをコードする、ＤＮＡ。