【手続補正書】
【提出日】令和3年11月1日(2021.11.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
固体支持体上に固定化された巨大分子分析物を解析するためのキットであって、
（ａ）前記巨大分子分析物と直接または間接的に付随するように構成されている１つまたは複数の核酸記録タグと、
（ｂ）（ｉ）前記固体支持体上に固定化された前記巨大分子分析物に結合することが可能な結合性部分と、（ｉｉ）前記結合性部分に付着され、前記結合性部分に関する識別情報を含むバーコード配列を含む核酸コーディングタグとを各々が含む、１つもしくは複数の結合性物質、
を含み、前記１つまたは複数の核酸記録タグおよび前記１つまたは複数の核酸コーディングタグが、各結合性物質と前記固体支持体に固定化された前記巨大分子分析物との結合時に、ライゲーションまたはプライマー伸長によって、前記核酸記録タグと前記核酸コーディングタグとの間で結合性部分に関する前記識別情報の移行を可能にするように構成される、キット。
【請求項２】
固体支持体をさらに含み、前記１つまたは複数の核酸記録タグが、前記固体支持体に直接または間接的に共有結合により固定化される、または前記固体支持体上に固定化された前記巨大分子分析物に付随するように構成される、請求項１に記載のキット。
【請求項３】
前記固体支持体が、前記固体支持体上に固定化された複数のＤＮＡヘアピンを含み、前記巨大分子分析物に付随する前記１つまたは複数の核酸記録タグを、ハイブリダイゼーションによって補足するように構成される、請求項２に記載のキット。
【請求項４】
２つまたは複数の異なる結合性物質を含み、各結合性物質が前記付随する結合性部分に関する識別情報を含むバーコード配列を含む核酸コーディングタグを含む、請求項１に記載のキット。
【請求項５】
３つまたは複数の異なる結合性物質を含み、各結合性物質が前記付随する結合性部分に関する識別情報を含むバーコード配列を含む核酸コーディングタグを含む、請求項４に記載のキット。
【請求項６】
前記１つまたは複数の結合性物質と前記巨大分子分析物との結合時に、ライゲーションまたはプライマー伸長によって、前記１つまたは複数の核酸コーディングタグと前記１つまたは複数の核酸記録タグとの間で、前記結合性部分に関する前記識別情報の移行をさせるための試薬をさらに含む、請求項１に記載のキット。
【請求項７】
前記巨大分子分析物が、ポリペプチド、タンパク質またはポリペプチド鎖もしくはその断片、脂質、炭水化物、あるいは大環状分子、あるいはこれらの組合せもしくは複合体を含む、請求項１に記載のキット。
【請求項８】
前記巨大分子分析物がポリペプチド分析物を含み、１つまたは複数の結合性物質の前記結合性部分が、前記ポリペプチド分析物の１つもしくは複数のＮ末端もしくはＣ末端アミノ酸に結合することができる、または官能化試薬により修飾された前記１つもしくは複数のＮ末端もしくはＣ末端アミノ酸に結合することが可能である、請求項１に記載のキット。
【請求項９】
前記ポリペプチド分析物のＮ末端アミノ酸（ＮＴＡＡ）またはＣ末端アミノ酸（ＣＴＡＡ）を修飾して、前記ポリペプチド分析物の官能化ＮＴＡＡまたは官能化ＣＴＡＡを生成することができる、前記官能化試薬をさらに含む、請求項８に記載のキット。
【請求項１０】
前記ポリペプチドのＮ末端もしくはＣ末端アミノ酸を除去する、または前記官能化試薬によって修飾されるＮ末端もしくはＣ末端アミノ酸を除去するための消去試薬をさらに含む、請求項８に記載のキット。
【請求項１１】
前記キットをハイスループット巨大分子解析において使用するための説明書をさらに含む、請求項１に記載のキット。
【請求項１２】
前記キットが前記固体支持体上に固定化された複数の巨大分子分析物の解析のためのものであり、前記キットが複数の結合性物質のセットを含み、結合性物質の各セットが、（ｉ）前記固体支持体上に固定化された前記複数の巨大分子分析物由来の同種巨大分子分析物に結合することができる結合性部分、および（ｉｉ）前記結合性部分に付着され、前記結合性部分に関する識別情報を含むバーコード配列を含む、核酸コーディングタグを各々が含む、１つまたは複数の結合性物質を含み、前記核酸コーディングタグおよび前記１つまたは複数の核酸記録タグが、前記複数の結合性物質のセット由来の各結合性物質と前記固体支持体上に固定化された前記同種巨大分子分析物との結合時に、ライゲーションまたはプライマー伸長によって、前記核酸コーディングタグと前記核酸記録タグとの間で前記結合性部分に関する前記識別情報の移行を可能にするように構成される、請求項１に記載のキット。
【請求項１３】
前記固体支持体上に固定化された前記複数のＤＮＡヘアピンが、隣接するＤＮＡヘアピン間または３つ以上の隣接するＤＮＡヘアピン間と少なくとも５０ｎｍ空間的に分離している、請求項３に記載のキット。
【請求項１４】
固体支持体上に固定化されたポリペプチド分析物を解析するためのキットであって、
（ａ）前記ポリペプチド分析物のＮ末端アミノ酸（ＮＴＡＡ）を修飾して、前記ポリペプチド分析物の官能化ＮＴＡＡを生成することができる官能化試薬；
（ｂ）前記固体支持体上に固定化された前記ポリペプチド分析物の前記官能化ＮＴＡＡに結合することができる結合性部分、および（ｉｉ）前記結合性部分に付着され、前記結合性部分に関する識別情報を含むバーコード配列を含む核酸コーディングタグを各々が含む、１つまたは複数の結合性物質；および
（ｃ）前記ポリペプチド分析物に直接または間接的に付随するように構成される、１つまたは複数の核酸記録タグ
を含み、前記１つまたは複数の核酸記録タグおよび前記１つまたは複数の核酸コーディングタグが、各結合性物質と前記固体支持体上に固定化された前記ポリペプチド分析物との結合時に、ライゲーションまたはプライマー伸長によって、前記核酸記録タグと前記核酸コーディングタグとの間で前記結合性部分に関する前記識別情報の移行を可能にするように構成される、キット。
【請求項１５】
前記官能化ＮＴＡＡを除去して、直接隣接しているアミノ酸残基を第２のＮＴＡＡとして露出させるための消去試薬をさらに含む、請求項１４に記載のキット。
【請求項１６】
３つまたは複数の異なる結合性物質を含み、各結合性物質が前記付随する結合性部分に関する識別情報を含むバーコード配列を含む核酸コーディングタグを含む、請求項１５に記載のキット。
【請求項１７】
前記ポリペプチドの翻訳後修飾に結合する少なくとも１つの結合性物質をさらに含み、前記少なくとも１つの結合性物質が、前記付随する結合性部分に関する識別情報を含むバーコード配列を含む核酸コーディングタグを含む、請求項１５に記載のキット。
【請求項１８】
ライゲーションまたはプライマー伸長によって、前記１つまたは複数の核酸コーディングタグと前記１つまたは複数の核酸記録タグとの間で、前記結合性部分に関する前記識別情報の移行をさせるための試薬をさらに含む、請求項１５に記載のキット。
【請求項１９】
２０または複数の異なる結合性物質を含み、各結合性物質が前記付随する結合性部分に関する識別情報を含むバーコード配列を含む核酸コーディングタグを含む、請求項１５に記載のキット。
【請求項２０】
前記２０または複数の異なる結合性物質由来の２つまたは複数の結合性物質が、同じ結合性部分を有し、前記核酸コーディングタグに位置する異なる結合サイクル特異的配列を有する、請求項１９に記載のキット。
【請求項２１】
前記キットをハイスループットポリペプチド解析において使用するための説明書をさらに含む、請求項１５に記載のキット。
【請求項２２】
前記固体支持体をさらに含み、前記１つまたは複数の核酸記録タグが、前記固体支持体に直接または間接的に共有結合により固定化される、または前記固体支持体上に固定化された前記ポリペプチド分析物に付随するように構成される、請求項１５に記載のキット。
【請求項２３】
前記固体支持体が、前記固体支持体上に固定化された複数のＤＮＡヘアピンを含み、前記ポリペプチド分析物に付随した前記１つまたは複数の核酸記録タグを、ハイブリダイゼーションによって補足するように構成される、請求項２２に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０８１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０８１２】
本開示の非限定的実施形態は、添付の図面に関連して例として説明されることになるが、これらの図は、概略図であり、正確な縮尺率で描かれるように意図されたものではない。この説明では、必ずしもすべての図中のすべての構成要素に表示が付けられておらず、説明しなくても当業者が本開示を理解できる場合は必ずしも本発明の各実施形態のすべての構成要素が示されていない。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
巨大分子を解析するための方法であって、
（ａ）固体支持体に接合した巨大分子および付随する記録ポリマーを提供するステップと；
（ｂ）前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第１の結合性物質と接触させるステップであって、前記第１の結合性物質が、前記第１の結合性物質に関する識別情報を有する第１のコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｃ）前記第１のコーディングポリマーの情報を前記記録ポリマーに移行させて、一次伸長記録ポリマーを生成するステップと；
（ｄ）前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第２の結合性物質と接触させるステップであって、前記第２の結合性物質が、前記第２の結合性物質に関する識別情報を有する第２のコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｅ）前記第２のコーディングポリマーの情報を前記一次伸長記録ポリマーに移行させて、二次伸長記録ポリマーを生成するステップと；
（ｆ）前記二次伸長記録ポリマーを解析するステップと
を含む方法。
（項目２）
接触させるステップ（ｂ）および（ｄ）を逐次的に実施する、項目１に記載の方法。
（項目３）
接触させるステップ（ｂ）および（ｄ）を同時に実施する、項目１に記載の方法。
（項目４）
ステップ（ｅ）と（ｆ）の間に、（ｘ）前記第２の結合性物質を、前記巨大分子に結合することが可能な第３の（またはより高次の）結合性物質に置き換えることにより、ステップ（ｄ）および（ｅ）を１回または複数回繰り返すステップであって、前記第３の（またはより高次の）結合性物質が、前記第３の（またはより高次の）結合性物質に関する識別情報を有する第３の（またはより高次の）コーディングポリマーを含む、ステップ（ｄ）および（ｅ）を１回または複数回繰り返すステップと；（ｙ）前記第３の（またはより高次の）コーディングポリマーの情報を前記第２の（またはより高次の）伸長記録ポリマーに移行させて、第３の（またはより高次の）伸長記録ポリマーを生成するステップとをさらに含み、
ステップ（ｆ）において前記第３の（またはより高次の）伸長記録ポリマーを解析する、項目１に記載の方法。
（項目５）
巨大分子を解析するための方法であって、
（ａ）固体支持体に接合した巨大分子、付随する第１の記録ポリマーおよび付随する第２の記録ポリマーを提供するステップと；
（ｂ）前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第１の結合性物質と接触させるステップであって、前記第１の結合性物質が、前記第１の結合性物質に関する識別情報を有する第１のコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｃ）前記第１のコーディングポリマーの情報を前記第１の記録ポリマーに移行させて、第１の伸長記録ポリマーを生成するステップと；
（ｄ）前記巨大分子を、前記巨大分子に結合することが可能な第２の結合性物質と接触させるステップであって、前記第２の結合性物質が、前記第２の結合性物質に関する識別情報を有する第２のコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｅ）前記第２のコーディングポリマーの情報を前記第２の記録ポリマーに移行させて、第２の伸長記録ポリマーを生成するステップと；
（ｆ）前記第１および第２の伸長記録ポリマーを解析するステップと
を含む方法。
（項目６）
接触させるステップ（ｂ）および（ｄ）を逐次的に実施する、項目５に記載の方法。
（項目７）
接触させるステップ（ｂ）および（ｄ）を同時に実施する、項目５に記載の方法。
（項目８）
ステップ（ａ）が、前記固体支持体に接合した付随する第３の（またはより高次の）記録ポリマーを提供するステップをさらに含む、項目５に記載の方法。
（項目９）
ステップ（ｅ）と（ｆ）の間に、
（ｘ）前記第２の結合性物質を、前記巨大分子に結合することが可能な第３の（またはより高次の）結合性物質に置き換えることにより、ステップ（ｄ）および（ｅ）を１回または複数回繰り返すステップであって、前記第３の（またはより高次の）結合性物質が、前記第３の（またはより高次の）結合性物質に関する識別情報を有する第３の（またはより高次の）コーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｙ）前記第３の（またはより高次の）コーディングポリマーの情報を前記第３の（またはより高次の）記録ポリマーに移行させて、第３の（またはより高次の）伸長記録ポリマーを生成するステップと
をさらに含み、
ステップ（ｆ）において前記第１、第２または第３の（またはより高次の）伸長記録ポリマーを解析する、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記第１のコーディングポリマー、第２のコーディングポリマー、および任意のより高次のコーディングポリマーが、結合サイクル特異的スペーサーポリマー配列を含む、項目５〜９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
ペプチドを解析するための方法であって、
（ａ）固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録ポリマーを提供するステップと；
（ｂ）前記ペプチドのＮ末端アミノ酸（ＮＴＡＡ）を化学薬剤で修飾するステップと；
（ｃ）前記ペプチドを、修飾された前記ＮＴＡＡに結合することが可能な第１の結合性物質と接触させるステップであって、前記第１の結合性物質が、前記第１の結合性物質に関する識別情報を有する第１のコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｄ）前記第１のコーディングポリマーの情報を前記記録ポリマーに移行させて、伸長記録ポリマーを生成するステップと；
（ｅ）前記伸長記録ポリマーを解析するステップと
を含む方法。
（項目１２）
ステップ（ｃ）が、前記ペプチドを、第２の（またはより高次の）結合性物質に関する識別情報を有する第２の（またはより高次の）コーディングポリマーを含む第２の（またはより高次の）結合性物質と接触させることをさらに含み、第２の（またはより高次の）結合性物質が、ステップ（ｂ）の前記修飾されたＮＴＡＡ以外の修飾されたＮＴＡＡに結合することが可能である、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記ペプチドの前記第２の（またはより高次の）結合性物質との接触を、前記ペプチドの前記第１の結合性物質との接触後に逐次的に行う、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記ペプチドの前記第２の（またはより高次の）結合性物質との接触を、前記ペプチドの前記第１の結合性物質との接触と同時に行う、項目１２に記載の方法。
（項目１５）
前記化学薬剤が、イソチオシアネート誘導体、２，４−ジニトロベンゼンスルホン酸（ＤＮＢＳ）、４−スルホニル−２−ニトロフルオロベンゼン（ＳＮＦＢ）１−フルオロ−２，４−ジニトロベンゼン、ダンシルクロリド、７−メトキシクマリン酢酸、チオアシル化試薬、チオアセチル化試薬、またはチオベンジル化試薬である、項目１１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
ペプチドを解析するための方法であって、
（ａ）固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録ポリマーを提供するステップと；
（ｂ）前記ペプチドのＮ末端アミノ酸（ＮＴＡＡ）を化学薬剤で修飾して修飾ＮＴＡＡを得るステップと；
（ｃ）前記ペプチドを、前記修飾ＮＴＡＡに結合することが可能な第１の結合性物質と接触させるステップであって、前記第１の結合性物質が、前記第１の結合性物質に関する識別情報を有する第１のコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｄ）前記第１のコーディングポリマーの情報を前記記録ポリマーに移行させて、第１の伸長記録ポリマーを生成するステップと；
（ｅ）前記修飾ＮＴＡＡを除去して新しいＮＴＡＡを露出させるステップと；
（ｆ）前記ペプチドの前記新しいＮＴＡＡを化学薬剤で修飾して新しく修飾されたＮＴＡＡを得るステップと；
（ｇ）前記ペプチドを、前記新しく修飾されたＮＴＡＡに結合することが可能な第２の結合性物質と接触させるステップであって、前記第２の結合性物質が、前記第２の結合性物質に関する識別情報を有する第２のコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｈ）前記第２のコーディングポリマーの情報を前記第１の伸長記録ポリマーに移行させて、第２の伸長記録ポリマーを生成するステップと；
（ｉ）前記第２の伸長記録ポリマーを解析するステップと
を含む方法。
（項目１７）
ペプチドを解析するための方法であって、
（ａ）固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録ポリマーを提供するステップと；
（ｂ）前記ペプチドを、前記ペプチドのＮ末端アミノ酸（ＮＴＡＡ）に結合することが可能な第１の結合性物質と接触させるステップであって、前記第１の結合性物質が、前記第１の結合性物質に関する識別情報を有する第１のコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｃ）前記第１のコーディングポリマーの情報を前記記録ポリマーに移行させて、伸長記録ポリマーを生成するステップと；
（ｄ）前記伸長記録ポリマーを解析するステップと
を含む方法。
（項目１８）
ステップ（ｂ）が、前記ペプチドを、第２の（またはより高次の）結合性物質に関する識別情報を有する第２の（またはより高次の）コーディングポリマーを含む第２の（またはより高次の）結合性物質と接触させることをさらに含み、前記第２の（またはより高次の）結合性物質が、前記ペプチドの前記ＮＴＡＡ以外のＮＴＡＡに結合することが可能である、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記ペプチドの前記第２の（またはより高次の）結合性物質との接触を、前記ペプチドの前記第１の結合性物質との接触後に逐次的に行う、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記ペプチドの前記第２の（またはより高次の）結合性物質との接触を、前記ペプチドの前記第１の結合性物質との接触と同時に行う、項目１８に記載の方法。
（項目２１）
ペプチドを解析するための方法であって、
（ａ）固体支持体に接合したペプチドおよび付随する記録ポリマーを提供するステップと；
（ｂ）前記ペプチドを、前記ペプチドのＮ末端アミノ酸（ＮＴＡＡ）に結合することが可能な第１の結合性物質と接触させるステップであって、前記第１の結合性物質が、前記第１の結合性物質に関する識別情報を有する第１のコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｃ）前記第１のコーディングポリマーの情報を前記記録ポリマーに移行させて、第１の伸長記録ポリマーを生成するステップと；
（ｄ）前記ＮＴＡＡを除去して前記ペプチドの新しいＮＴＡＡを露出させるステップと；
（ｅ）前記ペプチドを、前記新しいＮＴＡＡに結合することが可能な第２の結合性物質と接触させるステップであって、前記第２の結合性物質が、前記第２の結合性物質に関する識別情報を有する第２のコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｈ）前記第２のコーディングポリマーの情報を前記第１の伸長記録ポリマーに移行させて、第２の伸長記録ポリマーを生成するステップと；
（ｉ）前記第２の伸長記録ポリマーを解析するステップと
を含む方法。
（項目２２）
前記巨大分子が、タンパク質、ポリペプチドまたはペプチドである、項目１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記巨大分子がペプチドである、項目１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
前記ペプチドが、生体試料由来のタンパク質を断片化することにより得られる、項目１１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
前記巨大分子が、脂質、炭水化物、または大環状分子である、項目１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６）
前記記録ポリマーが、ＤＮＡ分子、偽相補的塩基を有するＤＮＡ、ＲＮＡ分子、ＢＮＡ分子、ＸＮＡ分子、ＬＮＡ分子、ＰＮＡ分子、γＰＮＡ分子、非核酸の配列決定可能なポリマー、例えば、多糖、ポリペプチド、ペプチドもしくはポリアミド、またはこれらの組合せを含む、項目１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７）
前記記録ポリマーが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
前記ユニバーサルプライミング部位が、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記記録ポリマーが、一意の分子識別子（ＵＭＩ）を含む、項目１〜２８に記載の方法。
（項目３０）
前記記録ポリマーが、バーコードを含む、項目１〜２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１）
前記記録ポリマーが、その３’末端にスペーサーポリマーを含む、項目１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記巨大分子および前記付随する記録ポリマーが、前記固体支持体に共有結合により接合されている、項目１〜３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
前記固体支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、フィルター、膜、ナイロン、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、マイクロタイターウェル、ＥＬＩＳＡプレート、スピン干渉ディスク、ニトロセルロース膜、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子、またはマイクロスフェアである、項目１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記固体支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズである、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
複数の巨大分子および付随する記録ポリマーが、固体支持体に接合されている、項目１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記複数の巨大分子の間に前記固体支持体上で平均距離＞５０ｎｍの間隔をあける、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記結合性物質が、ポリペプチドまたはタンパク質である、項目１〜３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記結合性物質が、修飾アミノペプチダーゼ、修飾アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素、修飾アンチカリン、または修飾ＣｌｐＳである、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記結合性物質が、前記巨大分子に選択的に結合することが可能である、項目１〜３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目４０）
前記コーディングポリマーが、ＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、ＢＮＡ分子、ＸＮＡ分子、ＬＮＡ分子、ＰＮＡ分子、γＰＮＡ分子、非核酸の配列決定可能なポリマー、例えば、多糖、ポリペプチド、ペプチドもしくはポリアミド、またはこれらの組合せを含む、項目１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
前記コーディングポリマーが、エンコーダー配列を含む、項目１〜４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
前記コーディングポリマーが、スペーサーポリマー、結合サイクル特異的配列、一意の分子識別子、ユニバーサルプライミング部位、またはこれらの任意の組合せをさらに含む、項目１〜４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
前記結合性物質および前記コーディングポリマーが、リンカーによって接合されている、項目１〜４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記結合性物質と前記コーディングポリマーが、ＳｐｙＴａｇ／ＳｐｙＣａｔｃｈｅｒまたはＳｎｏｏｐＴａｇ／ＳｎｏｏｐＣａｔｃｈｅｒペプチド−タンパク質対によって接合されている、項目１〜４２に記載の方法。
（項目４５）
前記コーディングポリマーの情報の前記記録ポリマーへの移行が、ＤＮＡリガーゼによって媒介される、項目１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
前記コーディングポリマーの情報の前記記録ポリマーへの移行が、ＤＮＡポリメラーゼによって媒介される、項目１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４７）
前記コーディングポリマーの情報の前記記録ポリマーへの移行が、化学的ライゲーションによって媒介される、項目１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４８）
前記伸長記録ポリマーの解析が、核酸配列決定法を含む、項目１〜４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目４９）
前記核酸配列決定法が、合成による配列決定、ライゲーションによる配列決定、ハイブリダイゼーションによる配列決定、ポロニーシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、またはパイロシーケンシングである、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記核酸配列決定法が、単一分子リアルタイムシーケンシング、ナノポアに基づく配列決定、または先端顕微鏡を使用したＤＮＡのダイレクトイメージングである、項目４８に記載の方法。
（項目５１）
前記伸長記録ポリマーが、解析前に増幅される、項目１〜５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目５２）
前記伸長記録ポリマーに含有されるコーディングポリマー情報の順序が、前記結合性物質による前記巨大分子への結合の順序に関する情報を提供する、項目１〜５１に記載の方法。
（項目５３）
前記伸長記録ポリマーに含有される前記コーディングポリマー情報の頻度が、前記結合性物質による前記巨大分子への結合の頻度に関する情報を提供する、項目１〜５２に記載の方法。
（項目５４）
複数の巨大分子を表す複数の伸長記録ポリマーが、並行して解析される、項目１〜５３に記載の方法。
（項目５５）
複数の巨大分子を表す前記複数の伸長記録ポリマーが、多重化アッセイで解析される、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
前記複数の伸長記録ポリマーが、解析前に標的濃縮アッセイされる、項目１〜５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
前記複数の伸長記録ポリマーが、解析前にサブトラクションアッセイされる、項目１〜５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目５８）
前記複数の伸長記録ポリマーが、極めて豊富な種を低減させるために解析前に正規化アッセイされる、項目１〜５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目５９）
前記ＮＴＡＡが、修飾アミノペプチダーゼ、修飾アミノ酸ｔＲＮＡ合成酵素、穏やかなエドマン分解、エドマナーゼ酵素、または無水ＴＦＡによって除去される、項目１〜５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
少なくとも１つの結合性物質が、末端アミノ酸残基に結合する、項目１〜５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目６１）
少なくとも１つの結合性物質が、翻訳後修飾されたアミノ酸に結合する、項目１〜６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
複数のタンパク質複合体、タンパク質またはポリペプチドを含む試料由来の１つまたは複数のペプチドを解析するための方法であって、
（ａ）前記試料中の前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを複数のコンパートメントに分配するステップであって、各コンパートメントが、必要に応じて固体支持体に接合した複数のコンパートメントタグ（例えば、非核酸の配列決定可能なポリマーの形態のもの）を含み、前記複数のコンパートメントタグが、個々のコンパートメント内では同じであり、他のコンパートメントのコンパートメントタグとは異なる、ステップと；
（ｂ）前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、および／またはポリペプチドを複数のペプチドに断片化するステップと；
（ｃ）前記複数のペプチドと前記複数のコンパートメント内の前記複数のコンパートメントタグとのアニーリングまたは接合を可能にするのに十分な条件下で前記複数のペプチドを前記複数のコンパートメントタグと接触させることによって複数のコンパートメントタグ付きペプチドを生成するステップと；
（ｄ）前記コンパートメントタグ付きペプチドを前記複数のコンパートメントから収集するステップと；
（ｅ）１つまたは複数のコンパートメントタグ付きペプチドを、項目１〜２１および２６〜６１のいずれか一項に記載の方法に従って解析するステップと
を含む方法。
（項目６３）
前記コンパートメントが、マイクロ流体液滴である、項目６２に記載の方法。
（項目６４）
前記コンパートメントが、マイクロウェルである、項目６２に記載の方法。
（項目６５）
前記コンパートメントが、表面上の分離された領域である、項目６２に記載の方法。
（項目６６）
各コンパートメントが、平均して単一の細胞を含む、項目６２〜６５のいずれか一項に記載の方法。
（項目６７）
複数のタンパク質複合体、タンパク質またはポリペプチドを含む試料由来の１つまたは複数のペプチドを解析するための方法であって、
（ａ）前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを複数のユニバーサルＤＮＡタグで標識するステップと；
（ｂ）前記試料中の前記複数の標識されたタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを複数のコンパートメントに分配するステップであって、各コンパートメントが、複数のコンパートメントタグ（例えば、非核酸の配列決定可能なポリマーの形態のもの）を含み、前記複数のコンパートメントタグが、個々のコンパートメント内では同じであり、他のコンパートメントのコンパートメントタグとは異なる、ステップと；
（ｃ）前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドと前記複数のコンパートメント内の前記複数のコンパートメントタグとのアニーリングまたは接合を可能にするのに十分な条件下で前記複数のタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを前記複数のコンパートメントタグと接触させることによって複数のコンパートメントタグ付きタンパク質複合体、タンパク質またはポリペプチドを生成するステップと；
（ｄ）前記コンパートメントタグ付きタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドを前記複数のコンパートメントから収集するステップと；
（ｅ）必要に応じて前記コンパートメントタグ付きタンパク質複合体、タンパク質、またはポリペプチドをコンパートメントタグ付きペプチドに断片化するステップと；
（ｆ）１つまたは複数のコンパートメントタグ付きペプチドを、項目１〜２１および２６〜６１のいずれか一項に記載の方法に従って解析するステップと
を含む方法。
（項目６８）
コンパートメントタグ情報が、ペプチドに付随する記録ポリマーに、プライマー伸長またはライゲーションによって移行される、項目６２〜６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６９）
前記固体支持体が、ビーズを含む、項目６２〜６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
前記ビーズが、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズである、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記コンパートメントタグが、一本鎖または二本鎖核酸分子を含む、項目６２〜７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記コンパートメントタグが、バーコードおよび必要に応じてＵＭＩを含む、項目６２〜７１のいずれか一項に記載の方法。
（項目７３）
前記固体支持体がビーズであり、前記コンパートメントタグがバーコードを含み、さらに、前記複数のコンパートメントタグが接合されているビーズが、スプリット・アンド・プール合成により形成される、項目７２に記載の方法。
（項目７４）
前記固体支持体がビーズであり、前記コンパートメントタグがバーコードを含み、さらに、複数のコンパートメントタグが接合されているビーズが、個々の合成または固定化により形成される、項目７２に記載の方法。
（項目７５）
前記コンパートメントタグが、記録ポリマーの成分であり、前記記録ポリマーが、必要に応じて、スペーサーポリマー、一意の分子識別子、ユニバーサルプライミング部位、またはこれらの任意の組合せをさらに含む、項目６２〜７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目７６）
前記コンパートメントタグが、前記複数のタンパク質複合体、タンパク質またはポリペプチドの内部アミノ酸またはＮ末端アミノ酸と反応することができる機能的部分をさらに含む、項目６２〜７５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７７）
前記機能的部分が、ＮＨＳ基である、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
前記機能的部分が、アルデヒド基である、項目７６に記載の方法。
（項目７９）
前記複数のコンパートメントタグが、前記コンパートメントタグを前記コンパートメントに印刷、スポッティング、インク噴射すること、またはその組合せにより形成される、項目６２〜７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８０）
前記コンパートメントタグが、ペプチドをさらに含む、項目６２〜７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
前記コンパートメントタグペプチドが、タンパク質リガーゼ認識配列を含む、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
前記タンパク質リガーゼが、ブテラーゼＩまたはそのホモログである、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
前記複数のポリペプチドが、プロテアーゼで断片化される、項目６２〜８２のいずれか一項に記載の方法。
（項目８４）
前記プロテアーゼが、メタロプロテアーゼである、項目８３に記載の方法。
（項目８５）
前記メタロプロテアーゼの活性が、金属カチオンの光活性化放出によりモジュレートされる、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
前記複数のポリペプチドを前記複数のコンパートメントに分配する前に１つまたは複数の豊富なタンパク質を前記試料からサブトラクションすることをさらに含む、項目６２〜８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８７）
前記複数のペプチドと前記コンパートメントタグを接合させる前に前記コンパートメントタグを前記固体支持体から遊離させることをさらに含む、項目６２〜８６に記載の方法。
（項目８８）
ステップ（ｄ）の後に、前記コンパートメントタグ付きペプチドを固体支持体に記録ポリマーを伴って接合させることをさらに含む、項目６２に記載の方法。
（項目８９）
前記コンパートメントタグ付きペプチド上の前記コンパートメントタグの情報を前記付随する記録ポリマーに移行させることをさらに含む、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
ステップ（ｅ）の前に前記コンパートメントタグを前記コンパートメントタグ付きペプチドから除去することをさらに含む、項目８９に記載の方法。
（項目９１）
解析されるペプチドが由来する前記単一の細胞の同一性を前記解析されるペプチドのコンパートメントタグ配列に基づいて決定することをさらに含む、項目６２〜９０のいずれか一項に記載の方法。
（項目９２）
解析されるペプチドが由来する前記タンパク質またはタンパク質複合体の同一性を前記解析されるペプチドのコンパートメントタグ配列に基づいて決定することをさらに含む、項目６２〜９０のいずれか一項に記載の方法。
（項目９３）
複数の巨大分子を解析するための方法であって、
（ａ）固体支持体に接合した複数の巨大分子および付随する記録ポリマーを提供するステップと；
（ｂ）前記複数の巨大分子を、前記複数の巨大分子に結合することが可能な複数の結合性物質と接触させるステップであって、各結合性物質が前記結合性物質に関する識別情報を有するコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｃ）（ｉ）前記巨大分子に付随する記録ポリマーの情報を、前記巨大分子に結合している前記結合性物質の前記コーディングポリマーに移行させて、伸長コーディングポリマーを生成するステップ；または（ｉｉ）巨大分子に付随する記録ポリマーおよび前記巨大分子に結合している前記結合性物質のコーディングポリマーの情報をジタグ構築物に移行するステップと；
（ｄ）前記伸長コーディングポリマーまたはジタグ構築物を収集するステップと；
（ｅ）必要に応じてステップ（ｂ）〜（ｄ）を１回または複数回の結合サイクルにわたって繰り返すステップと；
（ｆ）伸長コーディングポリマーまたはジタグ構築物の収集物を解析するステップと
を含む方法。
（項目９４）
前記巨大分子が、タンパク質である、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記巨大分子が、ペプチドである、項目９３に記載の方法。
（項目９６）
前記ペプチドが、生体試料由来のタンパク質を断片化することにより得られる、項目９５に記載の方法。
（項目９７）
前記記録ポリマーが、ＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、ＰＮＡ分子、ＢＮＡ分子、ＸＮＡ、分子、ＬＮＡ分子、γＰＮＡ分子、非核酸の配列決定可能なポリマー、例えば、多糖、ポリペプチド、ペプチドもしくはポリアミド、またはこれらの組合せを含む、項目９３〜９６のいずれか一項に記載の方法。
（項目９８）
前記記録ポリマーが、一意の分子識別子（ＵＭＩ）（例えば、非核酸の配列決定可能なポリマーの形態のもの）を含む、項目９３〜９７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９９）
前記記録ポリマーが、コンパートメントタグ（例えば、非核酸の配列決定可能なポリマーの形態のもの）を含む、項目９３〜９８に記載の方法。
（項目１００）
前記記録ポリマーが、ユニバーサルプライミング部位（例えば、非核酸の配列決定可能なポリマーの形態のもの）を含む、項目９３〜９９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０１）
前記記録ポリマーが、その３’末端にスペーサーポリマーを、例えば、非核酸の配列決定可能なポリマーの形態で含む、項目９３〜１００のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０２）
前記記録ポリマーの３’末端が、ポリメラーゼによる前記記録ポリマーの伸長を防止するためにブロッキングされ、巨大分子に付随する記録ポリマーおよび前記巨大分子に結合している前記結合性物質のコーディングポリマーの情報が、ジタグ構築物（例えば、非核酸の配列決定可能なポリマーの形態のもの）に移行される、項目９３〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０３）
前記コーディングポリマーが、エンコーダー配列を含む、項目９３〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０４）
前記コーディングポリマーが、ＵＭＩを含む、項目９３〜１０３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０５）
前記コーディングポリマーが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目９３〜１０４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０６）
前記コーディングポリマーが、その３’末端にスペーサーポリマーを含む、項目９３〜１０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０７）
前記コーディングポリマーが、結合サイクル特異的配列を含む、項目９３〜１０６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０８）
前記結合性物質および前記コーディングポリマーが、リンカーによって接合されている、項目９３〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０９）
前記記録ポリマーの情報の前記コーディングポリマーへの移行が、プライマー伸長により果たされる、項目９３〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１０）
前記記録ポリマーの情報の前記コーディングポリマーへの移行が、ライゲーションによって果たされる、項目９３〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１１）
前記ジタグ構築物が、ギャップ充填、プライマー伸長、またはその両方により生成される、項目９３〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１２）
前記ジタグ分子が、前記記録ポリマーに由来するユニバーサルプライミング部位、前記記録ポリマーに由来するコンパートメントタグ、前記記録ポリマーに由来する一意の分子識別子、前記記録ポリマーに由来する必要に応じたスペーサーポリマー、前記コーディングポリマーに由来するエンコーダー配列、前記コーディングポリマーに由来する一意の分子識別子、前記コーディングポリマーに由来する必要に応じたスペーサーポリマー、および前記コーディングポリマーに由来するユニバーサルプライミング部位を含む、項目９３〜９７、１０７、１０８および１１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１３）
前記巨大分子および前記付随する記録ポリマーが、前記固体支持体に共有結合により接合されている、項目９３〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１４）
前記固体支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、フィルター、膜、ナイロン、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、マイクロタイターウェル、ＥＬＩＳＡプレート、スピン干渉ディスク、ニトロセルロース膜、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子、またはマイクロスフェアである、項目１１３に記載の方法。
（項目１１５）
前記固体支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズである、項目１１４に記載の方法。
（項目１１６）
前記結合性物質が、ポリペプチドまたはタンパク質である、項目９３〜１１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１７）
前記結合性物質が、修飾アミノペプチダーゼ、修飾アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素、修飾アンチカリン、または抗体もしくはその結合断片である、項目１１６に記載の方法。
（項目１１８）
前記結合性物質が、単一のアミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチドまたは前記ペプチドの翻訳後修飾に結合する、項目９５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１９）
前記結合性物質が、Ｎ末端アミノ酸残基、Ｃ末端アミノ酸残基、または内部アミノ酸残基に結合する、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
前記結合性物質が、Ｎ末端ペプチド、Ｃ末端ペプチド、または内部ペプチドに結合する、項目１１８に記載の方法。
（項目１２１）
前記結合性物質が、前記Ｎ末端アミノ酸残基に結合し、前記Ｎ末端アミノ酸残基が、各結合サイクル後に切断される、項目１１９に記載の方法。
（項目１２２）
前記結合性物質が、前記Ｃ末端アミノ酸残基に結合し、前記Ｃ末端アミノ酸残基が、各結合サイクル後に切断される、項目１１９に記載の方法。
（項目１２３）
前記Ｎ末端アミノ酸残基が、エドマン分解によって切断される、項目１２１に記載の方法。
（項目１２４）
前記結合性物質が、アミノ酸または翻訳後修飾の部位特異的な共有結合性標識である、項目９３に記載の方法。
（項目１２５）
ステップ（ｂ）の後に、前記巨大分子と付随する結合性物質とを含む複合体が、前記固体支持体から解離され、液滴またはマイクロ流体液滴のエマルジョン中に分配される、項目９３〜１２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２６）
各マイクロ流体液滴が、平均して、前記巨大分子と前記結合性物質とを含む複合体を１つ含む、項目１２５に記載の方法。
（項目１２７）
前記記録ポリマーが、伸長コーディングポリマーまたはジタグ構築物の生成前に増幅される、項目１２５または１２６に記載の方法。
（項目１２８）
エマルジョン融合ＰＣＲが、前記記録ポリマーの情報を前記コーディングポリマーに移行させるためにまたはジタグ構築物の集団を創出するために使用される、項目１２５〜１２７に記載の方法。
（項目１２９）
伸長コーディングポリマーまたはジタグ構築物の収集物が、解析前に増幅される、項目９３〜１２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３０）
伸長コーディングポリマーまたはジタグ構築物の前記収集物の解析が、核酸配列決定法を含む、項目９３〜１２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３１）
前記核酸配列決定法が、合成による配列決定、ライゲーションによる配列決定、ハイブリダイゼーションによる配列決定、ポロニーシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、またはパイロシーケンシングである、項目１３０に記載の方法。
（項目１３２）
前記核酸配列決定法が、単一分子リアルタイムシーケンシング、ナノポアに基づく配列決定、または先端顕微鏡を使用したＤＮＡのダイレクトイメージングである、項目１３０に記載の方法。
（項目１３３）
前記巨大分子の部分的組成が、一意のコンパートメントタグおよび必要に応じてＵＭＩを使用する複数の伸長コーディングポリマーまたはジタグ構築物の解析により決定される、項目１３０に記載の方法。
（項目１３４）
前記解析ステップが、塩基当たりのエラー率が＞５％、＞１０％、＞１５％、＞２０％、＞２５％、または＞３０％である配列決定法を用いて実施される、項目１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３５）
コーディングポリマー、記録ポリマー、またはその両方の識別成分が、エラー訂正コードを含む、項目１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３６）
前記識別成分が、エンコーダー配列、バーコード、ＵＭＩ、コンパートメントタグ、サイクル特異的配列、またはこれらの任意の組合せから選択される、項目１３５に記載の方法。
（項目１３７）
前記エラー訂正コードが、Ｈａｍｍｉｎｇコード、Ｌｅｅ距離コード、非対称Ｌｅｅ距離コード、Ｒｅｅｄ−Ｓｏｌｏｍｏｎコード、およびＬｅｖｅｎｓｈｔｅｉｎ−Ｔｅｎｅｎｇｏｌｔｓコードから選択される、項目１３５または１３６に記載の方法。
（項目１３８）
コーディングポリマー、記録ポリマー、またはその両方の識別成分が、一意の電流またはイオンフラックスまたは光学的シグネチャを生成することができ、前記解析ステップが、前記識別成分を識別するための前記一意の電流またはイオンフラックスまたは光学的シグネチャの検出を含む、項目１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３９）
前記識別成分が、エンコーダー配列、バーコード、ＵＭＩ、コンパートメントタグ、サイクル特異的配列、またはこれらの任意の組合せから選択される、項目１３８に記載の方法。
（項目１４０）
複数の巨大分子を解析するための方法であって、
（ａ）固体支持体に接合した複数の巨大分子および付随する記録ポリマーを提供するステップと；
（ｂ）前記複数の巨大分子を、同類の巨大分子に結合することが可能な複数の結合性物質と接触させるステップであって、各結合性物質が前記結合性物質に関する識別情報を有するコーディングポリマーを含む、ステップと；
（ｃ）第１の結合性物質の第１のコーディングポリマーの情報を第１の巨大分子に付随する第１の記録ポリマーに移行させて、一次伸長記録ポリマーを生成するステップであって、前記第１の結合性物質が前記第１の巨大分子に結合するステップと；
（ｄ）前記複数の巨大分子を、同類の巨大分子に結合することが可能な前記複数の結合性物質と接触させるステップと；
（ｅ）第２の結合性物質の第２のコーディングポリマーの情報を前記一次伸長記録ポリマーに移行させて、二次伸長記録ポリマーを生成するステップであって、前記第２の結合性物質が前記第１の巨大分子に結合するステップと；
（ｆ）必要に応じてステップ（ｄ）〜（ｅ）を「ｎ」回の結合サイクルにわたって繰り返すステップであって、前記第１の巨大分子に結合する各結合性物質の各コーディングポリマーの情報を前の結合サイクルで生成した伸長記録ポリマーに移行させて、前記第１の巨大分子を表すｎ次伸長記録ポリマーを生成するステップと；
（ｇ）前記ｎ次伸長記録ポリマーを解析するステップと
を含む方法。
（項目１４１）
複数の巨大分子を表す複数のｎ次伸長記録ポリマーが生成され、解析される、項目１４０に記載の方法。
（項目１４２）
前記巨大分子が、タンパク質である、項目１４０または１４１に記載の方法。
（項目１４３）
前記巨大分子が、ペプチドである、項目１４２に記載の方法。
（項目１４４）
前記ペプチドが、生体試料由来のタンパク質を断片化することにより得られる、項目１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記複数の巨大分子が、多数のプールされた試料由来の巨大分子を含む、項目１４０〜１４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４６）
前記記録ポリマーが、ＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子、ＰＮＡ分子、ＢＮＡ分子、ＸＮＡ、分子、ＬＮＡ分子、γＰＮＡ分子、非核酸の配列決定可能なポリマー、例えば、多糖、ポリペプチド、ペプチドもしくはポリアミド、またはこれらの組合せを含む、項目１４０〜１４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４７）
前記記録ポリマーが、一意の分子識別子（ＵＭＩ）を含む、項目１４０〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４８）
前記記録ポリマーが、コンパートメントタグを含む、項目１４０〜１４７に記載の方法。
（項目１４９）
前記記録ポリマーが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目１４０〜１４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５０）
前記記録ポリマーが、その３’末端にスペーサーポリマーを含む、項目１４０〜１４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５１）
前記コーディングポリマーが、エンコーダー配列を含む、項目１４０〜１５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５２）
前記コーディングポリマーが、ＵＭＩを含む、項目１４０〜１５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５３）
前記コーディングポリマーが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目１４０〜１５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５４）
前記コーディングポリマーが、その３’末端にスペーサーポリマーを含む、項目１４０〜１５３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５５）
前記コーディングポリマーが、結合サイクル特異的配列を含む、項目１４０〜１５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５６）
前記コーディングポリマーが、一意の分子識別子を含む、項目１４０〜１５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５７）
前記結合性物質および前記コーディングポリマーが、リンカーによって接合されている、項目１４０〜１５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５８）
前記記録ポリマーの情報の前記コーディングポリマーへの移行が、プライマー伸長によって媒介される、項目１４０〜１５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５９）
前記記録ポリマーの情報の前記コーディングポリマーへの移行が、ライゲーションによって媒介される、項目１４０〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６０）
前記複数の巨大分子、前記付随する記録ポリマー、またはその両方が、前記固体支持体に共有結合により接合されている、項目１４０〜１５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６１）
前記固体支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、フィルター、膜、ナイロン、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、マイクロタイターウェル、ＥＬＩＳＡプレート、スピン干渉ディスク、ニトロセルロース膜、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子、またはマイクロスフェアである、項目１４０〜１６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６２）
前記固体支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズである、項目１６１に記載の方法。
（項目１６３）
前記結合性物質が、ポリペプチドまたはタンパク質である、項目１４０〜１６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６４）
前記結合性物質が、修飾アミノペプチダーゼ、修飾アミノアシルｔＲＮＡ合成酵素、修飾アンチカリン、または抗体もしくはその結合断片である、項目１６３に記載の方法。
（項目１６５）
前記結合性物質が、単一のアミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチドまたは前記ペプチドの翻訳後修飾に結合する、項目１４２〜１６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６６）
前記結合性物質が、Ｎ末端アミノ酸残基、Ｃ末端アミノ酸残基、または内部アミノ酸残基に結合する、項目１６５に記載の方法。
（項目１６７）
前記結合性物質が、Ｎ末端ペプチド、Ｃ末端ペプチド、または内部ペプチドに結合する、項目１６５に記載の方法。
（項目１６８）
前記結合性物質が、修飾されたＮ末端アミノ酸残基、修飾されたＣ末端アミノ酸残基または修飾された内部アミノ酸残基の化学標識に結合する、項目１４２〜１６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６９）
前記結合性物質が、前記Ｎ末端アミノ酸残基、または前記修飾されたＮ末端アミノ酸残基の前記化学標識に結合し、前記Ｎ末端アミノ酸残基が、各結合サイクル後に切断される、項目１６６または１６８に記載の方法。
（項目１７０）
前記結合性物質が、前記Ｃ末端アミノ酸残基、または前記修飾されたＣ末端アミノ酸残基の前記化学標識に結合し、前記Ｃ末端アミノ酸残基が、各結合サイクル後に切断される、項目１６６または１６８に記載の方法。
（項目１７１）
前記Ｎ末端アミノ酸残基が、エドマン分解、エドマナーゼ、修飾アミノペプチダーゼまたは修飾アシルペプチドヒドロラーゼによって切断される、項目１６９に記載の方法。
（項目１７２）
前記結合性物質が、アミノ酸または翻訳後修飾の部位特異的な共有結合性標識である、項目１６３に記載の方法。
（項目１７３）
前記複数のｎ次伸長記録ポリマーが、解析前に増幅される、項目１４０〜１７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７４）
前記ｎ次伸長記録ポリマーの解析が、核酸配列決定法を含む、項目１４０〜１７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７５）
複数の巨大分子を表す複数のｎ次伸長記録ポリマーが、並行して解析される、項目１７４に記載の方法。
（項目１７６）
前記核酸配列決定法が、合成による配列決定、ライゲーションによる配列決定、ハイブリダイゼーションによる配列決定、ポロニーシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、またはパイロシーケンシングである、項目１７４または１７５に記載の方法。
（項目１７７）
前記核酸配列決定法が、単一分子リアルタイムシーケンシング、ナノポアに基づく配列決定、または先端顕微鏡を使用したＤＮＡのダイレクトイメージングである、項目１７４または１７５に記載の方法。
（項目１７８）
（ａ）分析物と直接または間接的に会合するように構成されている記録ポリマーと、
（ｂ）（ｉ）分析物に結合することが可能な結合性部分に関する識別情報を含み、前記結合性部分と直接もしくは間接的に会合して結合性物質を形成するように構成されている、コーディングポリマー、および／または（ｉｉ）標識
を含むキットであって、
前記記録ポリマーおよび前記コーディングポリマーが、前記結合性物質と前記分析物との結合時に前記記録ポリマーと前記コーディングポリマーの間での情報の移行を可能にするように構成されているキットであり、
必要に応じて、（ｃ）前記結合性部分
を含む、キット。
（項目１７９）
少なくとも（ａ）（ｉ）解析されるポリペプチドのＮ末端アミノ酸（ＮＴＡＡ）または官能化ＮＴＡＡに結合することが可能な第１の結合性部分および（ｉｉ）前記第１の結合性部分に関する識別情報を含む第１のコーディングポリマーを含む、第１の結合性物質と、
必要に応じて（ｂ）前記ポリペプチドと直接または間接的に会合するように構成されている記録ポリマーと、
さらに必要に応じて（ｃ）第１の官能化ＮＴＡＡを生成するために前記ポリペプチドの第１のＮＴＡＡを修飾することができる官能化試薬と
を含むキットであって、
前記記録ポリマーおよび前記第１の結合性物質が、前記第１の結合性物質と前記ポリペプチドとの結合時に前記第１のコーディングポリマーと前記記録ポリマーの間の情報の移行を可能にするように構成されている、キット。
（項目１８０）
少なくとも（ａ）（ｉ）解析されるポリペプチドのＮ末端アミノ酸（ＮＴＡＡ）もしくは官能化ＮＴＡＡに結合することが可能な結合性部分と（ｉｉ）前記結合性部分に関する識別情報を含むコーディングポリマーとを各々が含む、１つもしくは複数の結合性物質、および／または
（ｂ）前記ポリペプチドと直接もしくは間接的に会合するように構成されている１つもしくは複数の記録ポリマー
を含むキットであって、
前記１つまたは複数の記録ポリマーおよび前記１つまたは複数の結合性物質が、各結合性物質と前記ポリペプチドとの結合時に前記コーディングポリマーと前記記録ポリマーの間の情報の移行を可能にするように構成され、
必要に応じて（ｃ）第１の官能化ＮＴＡＡを生成するために前記ポリペプチドの第１のＮＴＡＡを修飾することができる官能化試薬を含む、キット。
（項目１８１）
（ａ）各タンパク質に記録ポリマーが直接または間接的に付随しているタンパク質のセットを薬剤のライブラリーと接触させるステップであって、各薬剤が（ｉ）小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物（例えば、ペプトイド、β−ペプチドもしくはＤ−ペプチドペプチド模倣物）、多糖、またはアプタマー（例えば、ＤＮＡアプタマーなどの核酸アプタマー、もしくはペプチドアプタマー）、および（ｉｉ）前記小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物（例えば、ペプトイド、β−ペプチドもしくはＤ−ペプチドペプチド模倣物）、多糖またはアプタマーに関する識別情報を含むコーディングポリマーを含み、
各タンパク質および／もしくはそれに付随する記録ポリマー、または各薬剤が、支持体に直接または間接的に固定化されている、ステップと；
（ｂ）（ｉ）１つまたは複数の薬剤の前記小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物（例えば、ペプトイド、β−ペプチドもしくはＤ−ペプチドペプチド模倣物）、多糖、またはアプタマーと結合および／または反応する各タンパク質に付随する前記記録ポリマーと（ｉｉ）前記１つまたは複数の薬剤のコーディングポリマーとの間の情報の移行を可能にして、伸長記録ポリマーおよび／または伸長コーディングポリマーを生成するステップと；
（ｃ）前記伸長記録ポリマーおよび／または前記伸長コーディングポリマーを解析するステップと
を含む方法。
（項目１８２）
ポリペプチドを解析するための方法であって、
（ａ）（ｉ）各断片に記録ポリマーが直接または間接的に付随しているポリペプチドの断片のセットを、（ｉｉ）各結合性物質が結合性部分および前記結合性部分に関する識別情報を含むコーディングポリマーを含む結合性物質のライブラリーと接触させるステップであって、
前記結合性部分が、前記断片の１つもしくは複数のＮ末端、内部もしくはＣ末端アミノ酸に結合することができ、または官能化試薬により修飾された前記１つもしくは複数のＮ末端、内部もしくはＣ末端アミノ酸に結合することができ、
各断片および／もしくはそれに付随する記録ポリマー、または各結合性物質が、支持体に直接または間接的に固定化されている、ステップと；
（ｂ）（ｉ）各断片に付随する前記記録ポリマーと（ｉｉ）前記コーディングポリマーとの間の情報の移行を、前記結合性部分と前記断片の１つまたは複数のＮ末端、内部またはＣ末端アミノ酸との結合時に可能にして、伸長記録ポリマーおよび／または伸長コーディングポリマーを生成するステップと；
（ｃ）前記伸長記録ポリマーおよび／または前記伸長コーディングポリマーを解析するステップと
を含む方法。
（項目１８３）
複数のポリペプチドを解析するための方法であって、
（ａ）複数のポリペプチドの各分子を複数のユニバーサルタグで標識するステップと；
（ｂ）前記複数のポリペプチドと複数のコンパートメントタグ（例えば、非核酸の配列決定可能なポリマーの形態のもの）とを、前記複数のユニバーサルタグと前記複数のコンパートメントタグとのアニーリングまたは接合に好適な条件下で接触させることによって、前記複数のポリペプチドを複数のコンパートメント（例えば、ビーズ表面、マイクロ流体液滴、マイクロウェル、または表面上の分離された領域、またはこれらの任意の組合せ）に分配するステップであって、前記複数のコンパートメントタグが、各コンパートメント内では同じであり、他のコンパートメントのコンパートメントタグとは異なる、ステップと；
（ｃ）各コンパートメント内の前記ポリペプチドを断片化することによって、少なくとも１つのユニバーサルポリヌクレオチドタグと少なくとも１つのコンパートメントタグとを含む記録ポリマーが各々に付随しているポリペプチド断片のセットを生成するステップと；
（ｄ）前記ポリペプチド断片のセットを支持体に直接または間接的に固定化するステップと；
（ｅ）固定化されたポリペプチド断片のセットを、各結合性物質が結合性部分および前記結合性部分に関する識別情報を含むコーディングポリマーを含む結合性物質のライブラリーと接触させるステップであって、
前記結合性部分が、前記断片の１つもしくは複数のＮ末端、内部もしくはＣ末端アミノ酸に結合することが可能である、または官能化試薬により修飾された前記１つもしくは複数のＮ末端、内部もしくはＣ末端アミノ酸に結合することが可能である、ステップと；
（ｆ）（ｉ）各断片に付随する前記記録ポリマーと（ｉｉ）前記コーディングポリマーとの間の情報の移行を、前記結合性部分と前記断片の１つまたは複数のＮ末端、内部またはＣ末端アミノ酸との結合時に可能にして、伸長記録ポリマーおよび／または伸長コーディングポリマーを生成するステップと；
（ｇ）前記伸長記録ポリマーおよび／または前記伸長コーディングポリマーを解析するステップと
を含む方法。
（項目１８４）
複数のポリペプチドを解析するための方法であって、
（ａ）各基板がコンパートメントタグを各々が含む複数の記録ポリマーを含み、必要に応じて各コンパートメントが、ビーズ、マイクロ流体液滴、マイクロウェル、もしくは表面上の分離された領域、またはこれらの任意の組合せである、複数の基板に複数のポリペプチドを固定化するステップと；
（ｂ）各基板上に固定化された前記ポリペプチドを（例えば、プロテアーゼ消化により）断片化することによって、前記基板に固定化されたポリペプチド断片のセットを生成するステップと；
（ｃ）前記固定化されたポリペプチド断片のセットを、各結合性物質が結合性部分および前記結合性部分に関する識別情報を含むコーディングポリマーを含む結合性物質のライブラリーと接触させるステップであって、
前記結合性部分が、前記断片の１つもしくは複数のＮ末端、内部もしくはＣ末端アミノ酸に結合することが可能である、または官能化試薬により修飾された前記１つもしくは複数のＮ末端、内部もしくはＣ末端アミノ酸に結合することが可能である、ステップと；
（ｄ）（ｉ）前記記録ポリマーと（ｉｉ）前記コーディングポリマーとの間の情報の移行を、前記結合性部分と各断片の前記１つまたは複数のＮ末端、内部またはＣ末端アミノ酸との結合時に可能にして、伸長記録ポリマーおよび／または伸長コーディングポリマーを生成するステップと；
（ｅ）前記伸長記録ポリマーおよび／または前記伸長コーディングポリマーを解析するステップと
を含む方法。
（項目１８５）
（ａ）各薬剤が（ｉ）小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物（例えば、ペプトイド、β−ペプチドもしくはＤ−ペプチドペプチド模倣物）、多糖および／またはアプタマーと（ｉｉ）前記小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物（例えば、ペプトイド、β−ペプチドもしくはＤ−ペプチドペプチド模倣物）、多糖またはアプタマーに関する識別情報を含むコーディングポリマーとを含む、薬剤のライブラリーと；
必要に応じて（ｂ）各タンパク質に記録ポリマーが直接または間接的に付随しているタンパク質のセットと
を含むキットであって、
各タンパク質および／もしくはそれに付随する記録ポリマー、または各薬剤が、支持体に直接または間接的に固定化されており、
前記タンパク質のセット、前記記録ポリマーおよび前記薬剤のライブラリーが、（ｉ）１つまたは複数の薬剤の前記小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物（例えば、ペプトイド、β−ペプチドもしくはＤ−ペプチドペプチド模倣物）、多糖、またはアプタマーと結合および／または反応する各タンパク質に付随する前記記録ポリマーと（ｉｉ）前記１つまたは複数の薬剤のコーディングポリマーとの間の情報の移行を可能にして、伸長記録ポリマーおよび／または伸長コーディングポリマーを生成するように構成されている、キット。
（項目１８６）
ポリペプチドを解析するためのキットであって、
（ａ）各結合性物質が、結合性部分、および前記結合性部分に関する識別情報を含むコーディングポリマーを含み、前記結合性部分が、断片の１つもしくは複数のＮ末端、内部もしくはＣ末端アミノ酸に結合することが可能である、または官能化試薬により修飾された前記１つもしくは複数のＮ末端、内部もしくはＣ末端アミノ酸に結合することが可能である、結合物質のライブラリーと；
必要に応じて、（ｂ）各断片が記録ポリマーに直接もしくは間接的に付随しているポリペプチドの断片のセット、または（ｂ’）ポリペプチドを断片化するための手段、例えばプロテアーゼと
を含み、
各断片および／もしくはそれに付随する記録ポリマー、または各結合性物質が、支持体に直接または間接的に固定化されており、
前記ポリペプチドの断片のセット、前記記録ポリマー、および前記結合性物質のライブラリーが、（ｉ）各断片に付随する前記記録ポリマーと（ｉｉ）前記コーディングポリマーとの間の情報の移行を、前記結合性部分と前記断片の１つまたは複数のＮ末端、内部またはＣ末端アミノ酸との結合時に可能にして、伸長記録ポリマーおよび／または伸長コーディングポリマーを生成するように構成されている、キット。
（項目１８７）
複数のポリペプチドを解析するキットであって、（ａ）各結合性物質が、結合性部分、および前記結合性部分に関する識別情報を含むコーディングポリマーを含み、前記結合性部分が、断片の１つもしくは複数のＮ末端、内部もしくはＣ末端アミノ酸に結合することが可能である、または官能化試薬により修飾された前記１つもしくは複数のＮ末端、内部もしくはＣ末端アミノ酸に結合することが可能である、結合性物質のライブラリーと；（ｂ）複数のポリペプチドが必要に応じて固定化されている複数の基板であって、各基板が、コンパートメントタグ（例えば、非核酸の配列決定可能なポリマーの形態のもの）を各々が含む複数の記録ポリマーを含み、必要に応じて、各コンパートメントが、ビーズ、マイクロ流体液滴、マイクロウェル、もしくは表面上の分離された領域、またはこれらの任意の組合せであり、各基板上に固定化された前記ポリペプチドが、断片化されて（例えば、プロテアーゼ切断によって）前記基板に固定化されたポリペプチド断片のセットを生成するように構成されている、複数の基板とを含む、キットであり；前記複数のポリペプチド、前記記録ポリマー、および前記結合性物質のライブラリーが、（ｉ）前記記録ポリマーと（ｉｉ）前記コーディングポリマーとの間の情報の移行を、前記結合性部分と前記各断片の１つまたは複数のＮ末端、内部またはＣ末端アミノ酸との結合時に可能にして、伸長記録ポリマーおよび／または伸長コーディングポリマーを生成するように構成されている、キット。
（項目１８８）
（ａ）分析物を、前記分析物に結合することが可能な第１の結合性物質と接触させるステップであって、前記第１の結合性物質が、前記第１の結合性物質に関する識別情報を有する第１のコーディング部分を含み、前記分析物には支持体に接合した記録部分が付随しており、前記分析物および／または前記記録部分が支持体に固定化されている、ステップと；
（ｂ）前記第１のコーディング部分の情報を前記記録部分に移行させて、一次伸長記録部分を生成するステップと；
（ｃ）前記分析物を、前記分析物に結合することが可能な第２の結合性物質と接触させるステップであって、前記第２の結合性物質が、前記第２の結合性物質に関する識別情報を有する第２のコーディング部分を含む、ステップと；
（ｄ）前記第２のコーディング部分の情報を前記一次伸長記録部分に移行させて、二次伸長記録部分を生成するステップと；
（ｅ）前記二次伸長記録部分を解析するステップと
を含む方法。
（項目１８９）
（ａ）ポリペプチドを、前記ポリペプチドの１つまたは複数のＮ末端、内部またはＣ末端アミノ酸に結合することが可能な第１の結合性物質と接触させるステップであって、前記第１の結合性物質が、前記第１の結合性物質に関する識別情報を有する第１のコーディング部分を含み、前記ポリペプチドには支持体に接合した記録部分が付随しており、前記ポリペプチドおよび／または前記記録部分が支持体に固定化されている、ステップと；
（ｂ）前記第１のコーディング部分の情報を前記記録部分に移行させて、一次伸長記録部分を生成するステップと；
（ｃ）前記分析物を、前記ポリペプチドの異なる１つまたは複数のＮ末端、内部またはＣ末端アミノ酸に結合することが可能な第２の結合性物質と接触させるステップであって、前記第２の結合性物質が、前記第２の結合性物質に関する識別情報を有する第２のコーディング部分を含む、ステップと；
（ｄ）前記第２のコーディング部分の情報を前記一次伸長記録部分に移行させて、二次伸長記録部分を生成するステップと；
（ｅ）前記二次伸長記録部分を解析するステップと
を含む方法。
（項目１９０）
（ａ）ポリペプチドを、前記ポリペプチドの１つまたは複数のＮ末端またはＣ末端アミノ酸に結合することが可能な第１の結合性物質と接触させるステップであって、前記第１の結合性物質が、前記第１の結合性物質に関する識別情報を有する第１のコーディング部分を含み、前記ポリペプチドには支持体に接合した記録部分が付随しており、前記ポリペプチドおよび／または前記記録部分が支持体に固定化されている、ステップと；
（ｂ）前記第１のコーディング部分の情報を前記記録部分に移行させて、一次伸長記録部分を生成するステップと；
（ｃ）前記ポリペプチドの１つまたは複数のＮ末端またはＣ末端アミノ酸を消去して、前記ポリペプチドの異なる１つまたは複数のＮ末端またはＣ末端アミノ酸を露出させるステップと；
（ｄ）分析物を、前記ポリペプチドの異なる１つまたは複数のＮ末端またはＣ末端アミノ酸に結合することが可能な第２の結合性物質と接触させるステップであって、前記第２の結合性物質が、前記第２の結合性物質に関する識別情報を有する第２のコーディング部分を含む、ステップと；
（ｅ）前記第２のコーディング部分の情報を前記一次伸長記録部分に移行させて、二次伸長記録部分を生成するステップと；
（ｆ）前記二次伸長記録部分を解析するステップと
を含む方法。
（項目１９１）
項目１９０に記載の方法で開示および／または使用される任意の分子、分子複合体もしくはコンジュゲート、試薬（例えば、化学的もしくは生物学的）、薬剤、構造（例えば、支持体、表面、粒子もしくはビーズ）、反応中間体、反応生成物、結合性複合体または任意の他の製造物品を含むキット。