【手続補正書】
【提出日】平成17年5月2日(2005.5.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
エネルギー転移色素であって、キサンテンドナー色素、シアニンアクセプター色素、フタロシアニンアクセプター色素、またはスクアラインアクセプター色素、および該ドナー色素を該アクセプター色素に連結するリンカーを含み、ここで、該アクセプター色素は、該ドナー色素よりも、６００ｎｍ大きい放射極大および／または少なくとも約１００ｎｍ大きい吸収極大を有する、エネルギー転移色素。
【請求項２】
前記アクセプター色素が６００ｎｍよりも大きい放射極大を有する、請求項１に記載のエネルギー転移色素。
【請求項３】
前記ドナー色素が、フルオレセイン色素である、請求項１に記載のエネルギー転移色素。
【請求項４】
前記アクセプター色素が、シアニン色素である、請求項１に記載のエネルギー転移色素。
【請求項５】
前記アクセプター色素がＣｙ５である、請求項１に記載のエネルギー転移色素。
【請求項６】
前記アクセプター色素が、フタロシアニン色素である、請求項１に記載のエネルギー転移色素。
【請求項７】
前記アクセプター色素がスクアライン色素である、請求項１に記載のエネルギー転移色素。
【請求項８】
前記リンカーが前記キサンテン環構造の環における４’位で前記ドナー色素に結合している、請求項１に記載のエネルギー転移色素。
【請求項９】
前記リンカーが、式−Ｒ３Ｘ−の群を含み、ここで、Ｒ３は、前記キサンテン環構造の環における４’位に結合している−（ＣＨ２）１−５−であり、かつ、Ｘは、ＮＨ、ＯまたはＳである、請求項１に記載のエネルギー転移色素。
【請求項１０】
試薬および請求項１〜９のいずれか１項に記載のエネルギー転移色素を含む、蛍光標識試薬。
【請求項１１】
請求項１０に記載の蛍光標識試薬であって、ここで、前記試薬が、タンパク質、ポリペプチド、ポリサッカリド、ヌクレオシドまたはヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドアナログ、脂質、固体支持体ならびに有機ポリマーおよび無機ポリマーから選択される、蛍光標識試薬。
【請求項１２】
前記試薬が、ヌクレオシドまたはヌクレオチドである、請求項１１に記載の蛍光標識試薬。
【請求項１３】
前記エネルギー転移色素が、前記ヌクレオシドまたはヌクレオチドの核酸塩基に結合している、請求項１２に記載の蛍光標識試薬。
【請求項１４】
前記核酸塩基とエネルギー転移色素とを連結する結合が、アセチルアミド結合またはアルケンアミド結合を含む、請求項１３に記載の蛍光標識試薬。
【請求項１５】
請求項１４に記載の蛍光標識試薬であって、ここで、前記アセチレン性アミド結合またはアルケン性アミド結合が、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、３−アミノ−１−プロピン−１−イル、−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ２）５−Ｃ（Ｏ）−、−Ｃ≡ＣＨ−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−（ＣＨ２）５−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ≡Ｃ−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−ＣＨ２−ＮＲ−から選択され、ここで、Ｒは、水素、保護基またはアルキルである、蛍光標識試薬。
【請求項１６】
前記ヌクレオシドまたはヌクレオチドが、２’−デオキシリボヌクレオチドである、請求項１２〜１６のいずれか１項に記載の蛍光標識試薬。
【請求項１７】
前記ヌクレオシドまたはヌクレオチドが、２’−デオキシリボヌクレオシド−５’−トリホスフェートである、請求項１２〜１６のいずれか１項に記載の蛍光標識試薬。
【請求項１８】
前記ヌクレオシド／ヌクレオチドが、終止ヌクレオチドである、請求項１２〜１６のいずれか１項に記載の蛍光標識試薬。
【請求項１９】
前記終止ヌクレオチドが、２’，３’−ジデオキシリボヌクレオチド−５’−トリホスフェートである、請求項１８に記載の蛍光標識試薬。
【請求項２０】
前記試薬が、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドアナログである、請求項１１に記載の蛍光標識試薬。
【請求項２１】
前記エネルギー転移色素が、前記オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドアナログの５’末端に結合している、請求項２０に記載の蛍光標識試薬。
【請求項２２】
前記エネルギー転移色素が、前記オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドアナログの３’末端に結合している、請求項１１に記載の蛍光標識試薬。
【請求項２３】
前記エネルギー転移色素が、前記オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドアナログの前記核酸塩基に結合している、請求項２０に記載の蛍光標識試薬。
【請求項２４】
核酸を分析するためのキットであって、
４つの異なる終止ヌクレオチドのセットを備え、そして、該終止ヌクレオチドの各々は、異なるテンプレートヌクレオチドでテンプレート依存性プライマー伸長反応を終止させ、ここで、該キットは、検出可能である空間的に分解可能な蛍光シグナルを生じ得る蛍光標識を備え、該蛍光標識のうちの少なくとも１つは、請求項１〜９のいずれか１項に記載のエネルギー転移色素を含む、
キット。
【請求項２５】
蛍光標識の各々が請求項１〜９の１いずれか１項に記載のエネルギー転移色素を含む、請求項２４に記載のキット。
【請求項２６】
エネルギー転移色素の各々が、同じドナー色素を含む、請求項２５に記載のキット。
【請求項２７】
前記終止ヌクレオチドの蛍光標識が、単一光源によって励起可能である、請求項２４に記載のキット。
【請求項２８】
請求項２４〜２７に記載のいずれか１項に記載のキットであり、テンプレート依存性プライマー伸長反応においてオリゴヌクレオチドプライマーを伸長し得る４つのヌクレオシドトリホスフェートのセットをさらに含む、キット。
【請求項２９】
ポリメラーゼをさらに含む、請求項２８に記載のキット。
【請求項３０】
蛍光標識オリゴヌクレオチドを形成するための方法であって、以下の工程：
テンプレート核酸およびヌクレオチドトリホスフェートの存在下でオリゴヌクレオチドプライマーを酵素反応的に伸長する工程を包含し、ここで、該オリゴヌクレオチドプライマーまたは該少なくとも１つのトリホスフェートが、請求項１〜９のいずれかに１項に記載の蛍光エネルギー転移色素を含む、方法。
【請求項３１】
前記オリゴヌクレオチドプライマーがエネルギー転移色素を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記少なくとも１つのヌクレオチドトリホスフェートが、エネルギー転移色素を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
核酸を分析する方法であって、以下：
複数の異なるサイズの蛍光標識伸長オリゴヌクレオチドプライマーを形成する工程；
該蛍光標識伸長オリゴヌクレオチドプライマーをそれらのサイズに基づいて分離する工程；
該蛍光標識伸長オリゴヌクレオチドプライマーをそれらの蛍光に基づいて検出する項手であって、該蛍光標識伸長オリゴヌクレオチドプライマーのうちの少なくとも１つのうちの蛍光標識が、請求項１〜９のいずれか１項に記載のエネルギー転移色素を含む、工程
を包含する、方法。
【請求項３４】
請求項３３に記載の方法であって、前記複数の異なるサイズの蛍光標識伸長オリゴヌクレオチドプライマーが、オリゴヌクレオチドプライマーを酵素的に伸長することによって形成され、該オリゴヌクレオチドプライマーは、テンプレート核酸、ヌクレオチドトリホスフェートおよび少なくとも１つの終止ヌクレオチドの存在下でエネルギー転移色素を含み、その結果、該標識されたプライマーが、該終止ヌクレオチドが該標識された伸長プライマーに取り込まれるまで、伸長される、方法。
【請求項３５】
請求項３３に記載の方法であって、ここで、前記複数の異なるサイズの蛍光標識した伸長オリゴヌクレオチドプライマーが、テンプレート核酸、ヌクレオチドトリホスフェートおよび前記エネルギー転移色素を含む少なくとも１つの終止ヌクレオチドの存在下でオリゴヌクレオチドプライマーを酵素的に伸長することによって形成され、その結果、該プライマーが、該標識された終止ヌクレオチドが該伸長プライマーに取り込まれるまで、伸長される、方法。
【請求項３６】
前記少なくとも１つ終止ヌクレオチドが、２’，３’−ジデオキシリボヌクレオチド−５−トリホスフェートである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記少なくとも１つの終止ヌクレオチドが、ｄｄＡＴＰ、ｄｄＣＴＰ、ｄｄＧＴＰおよびｄｄＴＴＰから選択される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
請求項３５に記載の方法であって、前記酵素的な伸長が、４つの異なる終止ヌクレオチドの存在下で実行され、該ヌクレオチドの各々は異なるテンプレートヌクレオチドでプライマー伸長を終止し、そして、該異なる終止ヌクレオチドの各々は、異なる空間的に分解可能な蛍光色素を含み、該異なる空間的に分解可能な蛍光色素のうちの少なくとも１つは、エネルギー転移色素である、方法。
【請求項３９】
請求項３９に記載の方法であって、ここで、異なる終止ヌクレオチドの各々は、前記エネルギー転移色素、ターミネーターごとに異なる空間的に分解可能なエネルギー転移色素を含む、方法。
【請求項４０】
エネルギー転移色素の各々は、同じドナー色素を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
終止ヌクレオチドの各々は、２’，３’−ジデオキシリボヌクレオシド−５’−トリホスフェートである、請求項３８に記載の方法。
【請求項４２】
前記終止ヌクレオチドが、ｄｄＡＴＰ、ｄｄＣＴＰ、ｄｄＧＴＰ、およびｄｄＴＴＰの混合物を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記終止ヌクレオチドトリホスフェートが、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、およびｄＴＴＰの混合物を含む、請求項３４〜４２に記載の方法。
【請求項４４】
請求項３３〜４３のいずれかの１項に記載の方法であって、前記核酸の配列を決定する工程をさらに包含する、方法。