【手続補正書】
【提出日】令和2年12月7日(2020.12.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、５’末端修飾と、
ａ．上部ステム領域、
ｂ．ヘアピン１領域、および
ｃ．ヘアピン２領域のうちの１つまたは複数中の１つまたは複数の修飾と、を含み、
前記５’末端修飾が、５’終端の５’末端における最初の７個のヌクレオチドの中に少なくとも２つのホスホロチオエート（ＰＳ）連結を含み、
任意選択で、少なくとも１つの修飾が、２’−Ｏ−メチル（２’−Ｏ−Ｍｅ）修飾ヌクレオチド、２’−フルオロ（２’−Ｆ）修飾ヌクレオチド、およびヌクレオチド間のホスホロチオエート（ＰＳ）結合の１つまたは複数を含む、ｓｇＲＮＡ。
【請求項２】
前記上部ステム領域中に１つまたは複数の修飾を含み、任意選択で、それがＵＳ１〜ＵＳ１２における修飾である、請求項１に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項３】
前記ヘアピン１領域中に１つまたは複数の修飾を含み、任意選択で、ｓｇＲＮＡがＨ１−１において修飾を含む、請求項１または２に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項４】
前記ヘアピン２領域中に１つまたは複数の修飾を含み、任意選択で、ｓｇＲＮＡがＨ２−１において修飾を含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項５】
Ｈ１−１〜Ｈ１−１２、またはＨ２−１〜Ｈ２−１５において修飾を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項６】
修飾を含む下部ステム領域をさらに含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項７】
修飾を含む３’終端領域をさらに含み、任意選択で、前記３’終端領域中の修飾が３’末端修飾である、請求項１〜６のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項８】
前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドのうちの少なくとも２つが修飾されており、任意選択で、２’−Ｏ−Ｍｅ、２’−Ｆ、または２’−Ｏ−ｍｏｅ修飾で修飾されている、請求項７に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項９】
前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドのうちの１つまたは複数の間にホスホロチオエート（ＰＳ）結合をさらに含む、請求項７または８に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項１０】
修飾を含むバルジ領域または修飾を含むネクサス領域をさらに含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項１１】
少なくとも、前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチド、および前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドが修飾されている、請求項１〜１０のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項１２】
前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチド、および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドがホスホロチオエート（ＰＳ）結合により連結されており、任意選択で、前記末端修飾が２’−Ｏ−Ｍｅまたは２’−Ｆ修飾を含む、請求項１〜１１のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項１３】
前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されており、かつ前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項１４】
前記５’終端における最初の４個のヌクレオチドおよび前記３’終端における最後の４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されており、かつ前記５’終端における最初の３個のヌクレオチドおよび前記３’終端における最後の３個のヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅ、２’−Ｆ、または２’−Ｏ−ｍｏｅ修飾の１つまたは複数を含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項１５】
（１）ＬＳ１、ＬＳ６、ＬＳ７、ＬＳ８、ＬＳ１１、またはＬＳ１２の１つまたは複数が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている；（２）前記バルジ領域中の前記ヌクレオチドのそれぞれが２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている；または（３）前記バルジ領域中の前記ヌクレオチドの少なくとも５０％が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、請求項１〜１４のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項１６】
前記上部ステム領域中の前記ヌクレオチドのそれぞれが２’−Ｏ−Ｍｅ修飾で修飾されている、請求項１〜１５のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項１７】
前記ネクサス領域中のＮ１６、Ｎ１７、またはＮ１８の１つまたは複数が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、または、前記ネクサス領域中のＮ１５、Ｎ１６、Ｎ１７、またはＮ１８の１つまたは複数が修飾されている、請求項１〜１６のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項１８】
前記ネクサス領域中の前記修飾が２’−Ｏ−Ｍｅおよび２’Ｆから選択される、請求項１７に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項１９】
前記ヘアピン１領域または前記ヘアピン２領域の１つまたは両方中の前記ヌクレオチドのそれぞれが２’−Ｏ−Ｍｅ修飾で修飾されている、請求項１〜１８のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項２０】
ａ．５’終端の５’末端における最初の３ヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．Ｈ１−１〜Ｈ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．Ｈ２−１〜Ｈ２−１５における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含む、請求項１に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項２１】
前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、請求項２０に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項２２】
前記５’終端の前記５’末端における最初の７個のヌクレオチド内に少なくとも１つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合をさらに含む、請求項２０に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項２３】
表４の修飾を含む、配列番号２３５〜２４０、２６５〜２８５、および３０９〜３２９のうちのいずれかを含む、請求項１に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項２４】
表４の修飾を含む配列番号２４２または配列番号３５８を含む、請求項１に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項２５】
Ｓ．ピオゲネス（S. Pyogenes）のＣａｓ９とリボ核タンパク質複合体を形成する、請求項１〜２４のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項２６】
上部ステム領域中の各ヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、請求項１に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項２７】
以下のヌクレオチド：ＵＳ１、ＵＳ２、ＵＳ３、ＵＳ４、ＵＳ５、ＵＳ６、ＵＳ７、ＵＳ８、ＵＳ９、ＵＳ１０、ＵＳ１１、およびＵＳ１２のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１個において２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、請求項１に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項２８】
ヘアピン１領域およびヘアピン２領域中のヌクレオチドの５０％またはそれより多くにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、請求項１に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項２９】
上部ステム領域中の各ヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含み、かつヘアピン１領域およびヘアピン２領域中のヌクレオチドの５０％またはそれより多くにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、請求項１に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項３０】
Ｈ２−１またはＨ２−２に始まり３’終端の最後のヌクレオチドまでの各ヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含むまたはそれからなる、請求項１に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項３１】
配列番号３５７のヌクレオチド配列を含む、請求項１〜３０のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項３２】
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドと、
ｂ．上部ステム領域中の各ヌクレオチドと、
ｃ．ヘアピン１領域中の各ヌクレオチドと、
ｄ．ヘアピン１とヘアピン２との間のヌクレオチドと、
ｅ．ヘアピン２領域中の各ヌクレオチドと、
ｆ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドと、において２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドを含む、請求項１に記載のｓｇＲＮＡ。
【請求項３３】
脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と会合した請求項１〜３２のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡを含む、組成物。
【請求項３４】
請求項１〜３２のいずれか１項に記載の前記ｓｇＲＮＡ、または請求項３３に記載の前記組成物を含み、ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするｍＲＮＡをさらに含み、任意選択で、前記ヌクレアーゼがＣａｓタンパク質であり、任意選択で、前記Ｃａｓタンパク質がＣａｓ９（任意選択で、Ｓ．ピオゲネス（S. Pyogenes）のＣａｓ９）であり、または、任意選択で、前記ヌクレアーゼがニッカーゼまたは改変されたヌクレアーゼであり、任意選択で、前記改変されたヌクレアーゼが核局在シグナル（ＮＬＳ）を含む、組成物。
【請求項３５】
請求項１〜３２のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ、または請求項３３または３４に記載の組成物と、薬学的に許容される担体と、を含む、医薬製剤。
【請求項３６】
標的ＤＮＡを改変するｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法であって、
Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードする核酸と、以下：
ａ．請求項１〜３２のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ；
ｂ．請求項３３または３４に記載の組成物；または
ｃ．請求項３５に記載の医薬製剤のうちのいずれか１つまたは複数と、を細胞に送達することを含む、方法。
【請求項３７】
疾患または障害の治療において使用するための、請求項１〜３２のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡを含む組成物、請求項３３または３４に記載の組成物、または請求項３５に記載の医薬製剤。
【請求項３８】
細胞における標的ＤＮＡを修飾するのに使用するための、請求項１〜３２のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡを含む組成物、請求項３３または３４に記載の組成物、または請求項３５に記載の医薬製剤。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
一部の実施形態では、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＬＳ１〜ＬＳ６における２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．Ｈ１−１〜Ｈ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．ヘアピン１とヘアピン２との間の２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｆ．Ｈ２−１〜Ｈ２−１５における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｇ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含み、かつ任意選択で、
５’終端の５’終末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含んで、ｓｇＲＮＡが包含される。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２９３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２９３】
別のｉｎ  ｖｉｖｏ研究では、マウスＴＴＲ遺伝子中のＧ０００２８２と同じ配列を標的化する１３個の追加のｓｇＲＮＡを試験した。比較目的のためにＧ０００２８２も研究に含めた。マウス（群当たりｎ＝５）に１ｍｇ／ｋｇの単回投与のＬＮＰを投与した。この研究において使用したＬＮＰは、上述のＬＮＰ配合手順Ｃを使用して配合した。この研究において使用したＣａｓ９  ｍＲＮＡは配列番号３５９の配列を有した。投与の４時間後に血清サイトカイン分析のために血液を採取した。投与の７日後の解剖において、肝臓および血液をそれぞれ編集効率のＮＧＳ測定および血清ＴＴＲの分析のために採取した。この研究において、ｓｇＲＮＡのそれぞれはＴＴＲ遺伝子中の同じ配列を標的化した。試験したｓｇＲＮＡは、ｓｇＲＮＡの５’終端、３’終端、ヘアピン１、ヘアピン２、および上部ステム中に追加の２’−ＯＭｅおよびＰＳ修飾を含んだ。編集％（図２３Ａ）、編集の平均％（図２３Ｂ）、および血清ＴＴＲレベル（図２３Ｃ）を含むこの研究の結果を図２３Ａ〜２３Ｃに示す。
以下の態様を包含し得る。
［１］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、５’末端修飾と、
ａ．上部ステム領域、
ｂ．ヘアピン１領域、および
ｃ．ヘアピン２領域のうちの１つまたは複数中の１つまたは複数の修飾と、を含み、
前記５’末端修飾が、５’終端の５’末端における最初の７個のヌクレオチドの中に少なくとも２つのホスホロチオエート（ＰＳ）連結を含む、ｓｇＲＮＡ。
［２］  少なくとも１つの修飾が２’−Ｏ−メチル（２’−Ｏ−Ｍｅ）修飾ヌクレオチドを含む、上記［１］に記載のｓｇＲＮＡ。
［３］  少なくとも１つの修飾が２’−フルオロ（２’−Ｆ）修飾ヌクレオチドを含む、上記［１］または上記［２］に記載のｓｇＲＮＡ。
［４］  少なくとも１つの修飾がヌクレオチド間のホスホロチオエート（ＰＳ）結合を含む、上記［１］〜［３］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［５］  前記上部ステム領域中に１つまたは複数の修飾を含む、上記［１］〜［４］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［６］  ＵＳ１〜ＵＳ１２において修飾を含む、上記［５］に記載のｓｇＲＮＡ。
［７］  前記ヘアピン１領域中に１つまたは複数の修飾を含む、上記［１］〜［６］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［８］  Ｈ１−１において修飾を含む、上記［７］に記載のｓｇＲＮＡ。
［９］  前記ヘアピン２領域中に１つまたは複数の修飾を含む、上記［１］〜［８］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［１０］  Ｈ２−１において修飾を含む、上記［９］に記載のｓｇＲＮＡ。
［１１］  Ｈ１−１〜Ｈ１−１２において修飾を含む、上記［１］〜［１０］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［１２］  Ｈ２−１〜Ｈ２−１５において修飾を含む、上記［１］〜［１１］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［１３］  前記上部ステム領域、前記ヘアピン１領域、および前記ヘアピン２領域のそれぞれの中に１つまたは複数の修飾を含む、上記［１］〜［１２］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［１４］  ヘアピン１領域とヘアピン２領域との間に修飾ヌクレオチドを含む、上記［１］〜［１３］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［１５］  修飾を含む下部ステム領域をさらに含む、上記［１］〜［１４］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［１６］  修飾を含む３’終端領域をさらに含む、上記［１］〜［１５］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［１７］  前記３’終端中に３’末端修飾をさらに含む、上記［１６］に記載のｓｇＲＮＡ。
［１８］  前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドのうちの少なくとも２つが修飾されている、上記［１７］に記載のｓｇＲＮＡ。
［１９］  前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドのうちの少なくとも２つが２’−Ｏ−Ｍｅ、２’−Ｆ、または２’−Ｏ−ｍｏｅで修飾されている、上記［１７］に記載のｓｇＲＮＡ。
［２０］  前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドのうちの１つまたは複数の間にホスホロチオエート（ＰＳ）結合をさらに含む、上記［１７］〜［１９］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［２１］  修飾を含むバルジ領域をさらに含む、上記［１］〜［２０］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［２２］  修飾を含むネクサス領域をさらに含む、上記［１］〜［２１］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［２３］  少なくとも、前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチド、および前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドが修飾されている、上記［１］〜［２２］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［２４］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチド、および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドがホスホロチオエート（ＰＳ）結合により連結されている、上記［１］〜［２３］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［２５］  前記末端修飾が２’−Ｏ−Ｍｅを含む、上記［２４］に記載のｓｇＲＮＡ。
［２６］  前記末端修飾が２’−Ｆを含む、上記［２４］に記載のｓｇＲＮＡ。
［２７］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されており、かつ前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、上記［１］〜［２６］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［２８］  前記５’終端における最初の４個のヌクレオチドおよび前記３’終端における最後の４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されており、かつ前記５’終端における最初の３個のヌクレオチドおよび前記３’終端における最後の３個のヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅ、２’−Ｆ、および／または２’−Ｏ−ｍｏｅ修飾を含む、上記［１］〜［２６］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［２９］  ＬＳ１、ＬＳ６、ＬＳ７、ＬＳ８、ＬＳ１１、および／またはＬＳ１２が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１］〜［２８］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［３０］  前記バルジ領域中の前記ヌクレオチドのそれぞれが２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１］〜［２９］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［３１］  前記バルジ領域中の前記ヌクレオチドの少なくとも５０％が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１］〜［２９］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［３２］  前記上部ステム領域中の前記ヌクレオチドのそれぞれが２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１］〜［３１］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［３３］  前記ネクサス領域中のＮ１６、Ｎ１７、および／またはＮ１８が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１］〜［３２］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［３４］  ネクサス領域中のＮ１５、Ｎ１６、Ｎ１７、および／またはＮ１８が修飾されている、上記［１］〜［３２］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［３５］  前記ネクサス領域中の前記修飾が２’−Ｏ−Ｍｅおよび２’Ｆから選択される、上記［３３］または上記［３４］に記載のｓｇＲＮＡ。
［３６］  Ｎ１６、Ｎ１７、およびＮ１８がＰＳ結合で連結されている、上記［３２］〜［３５］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［３７］  前記ヘアピン１領域中の前記ヌクレオチドのそれぞれが２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１］〜［３６］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［３８］  前記ヘアピン２領域中の前記ヌクレオチドのそれぞれが２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１］〜［３７］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［３９］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドを以下の位置：
ａ．５’ 終端の５’末端における最初の３ヌクレオチドと、
ｂ．下部ステム領域中のＬＳ１、ＬＳ６、ＬＳ７、ＬＳ８、ＬＳ１１、および／またはＬＳ１２と、
ｃ．バルジ領域中のＢ１および／またはＢ２と；
ｄ．上部ステム領域中の各ヌクレオチドと、
ｅ．ネクサス領域中のＮ１６、Ｎ１７、および／またはＮ１８と、
ｆ．ヘアピン１領域中の各ヌクレオチドと、
ｇ．ヘアピン２領域中の各ヌクレオチドと、
ｈ．３’終端における最後の４個のヌクレオチドと、において含む、ｓｇＲＮＡ。
［４０］  Ｂ３〜Ｂ６が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［３９］に記載のｓｇＲＮＡ。
［４１］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［３９］に記載のｓｇＲＮＡ。
［４２］  ＬＳ９およびＬＳ１０が、例えば、２’−Ｆまたは２’−ＯＭｅで修飾されている、先行する上記［１］〜［４１］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［４３］  Ｎ１５、Ｎ１６、Ｎ１７、およびＮ１８が、例えば、２’−Ｆまたは２’−ＯＭｅで修飾されている、上記［１］〜［４２］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［４４］  Ｈ２−９、Ｈ２−１０、Ｈ２−１１、Ｈ２−１２、Ｈ２−１３、Ｈ２−１４、およびＨ２−１５が２’−Ｆで修飾されている、上記［１］〜［４３］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［４５］  前記３’終端における最後から２つ目、最後から３つ目、および最後から４つ目のヌクレオチドが２’−Ｆで修飾されている、上記［１］〜［４４］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［４６］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、２’−Ｆ修飾ヌクレオチドを以下の位置：
ａ．下部ステム領域中のＬＳ９およびＬＳ１０と、
ｂ．ネクサス領域中のＮ１５、Ｎ１６、Ｎ１７、およびＮ１８と、
ｃ．ヘアピン２領域中のＨ２−９、Ｈ２−１０、Ｈ２−１１、Ｈ２−１２、Ｈ２−１３、Ｈ２−１４、およびＨ２−１５と、において含む、ｓｇＲＮＡ。
［４７］  ３’終端における最後から２つ目、最後から３つ目、および最後から４つ目のヌクレオチドにおいて２’−Ｆ修飾ヌクレオチドをさらに含む、上記［４６］に記載のｓｇＲＮＡ。
［４８］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［４６］または上記［４７］に記載のｓｇＲＮＡ。
［４９］  前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅまたは２’−Ｆ修飾ヌクレオチドをさらに含み、かつ前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドの３つにおいて２’−Ｏ−Ｍｅまたは２’−Ｆ修飾ヌクレオチドをさらに含む、上記［４６］〜［４８］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［５０］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３ヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．Ｈ１−１〜Ｈ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．Ｈ２−１〜Ｈ２−１５における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含む、ｓｇＲＮＡ。
［５１］  ＬＳ１および／またはＬＳ６において２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドをさらに含む、上記［５０］に記載のｓｇＲＮＡ。
［５２］  ヘアピン１とヘアピン２との間に２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドをさらに含む、上記［５０］または上記［５１］に記載のｓｇＲＮＡ。
［５３］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＬＳ１〜ＬＳ６における２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．Ｈ１−１〜Ｈ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．ヘアピン１とヘアピン２との間の２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｆ．Ｈ２−１〜Ｈ２−１５における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｇ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含む、ｓｇＲＮＡ。
［５４］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＬＳ２〜ＬＳ５における２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．ＬＳ１およびＬＳ６における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．Ｈ１−１〜Ｈ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｆ．ヘアピン１とヘアピン２との間の２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｇ．Ｈ２−１〜Ｈ２−１５における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｈ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含む、ｓｇＲＮＡ。
［５５］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．ＬＳ７、ＬＳ８、ＬＳ１１、およびＬＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．Ｈ１−１〜Ｈ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．ヘアピン１とヘアピン２との間の２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｆ．Ｈ２−１〜Ｈ２−１５における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｇ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含む、ｓｇＲＮＡ。
［５６］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．ＬＳ７、ＬＳ８、ＬＳ１１、およびＬＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．ＬＳ９およびＬＳ１０における２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．Ｈ１−１〜Ｈ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｆ．ヘアピン１とヘアピン２との間の２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｇ．Ｈ２−１〜Ｈ２−１５における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｈ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含む、ｓｇＲＮＡ。
［５７］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．ＬＳ８、ＬＳ１０、およびＬＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．ＬＳ７、ＬＳ９、およびＬＳ１１における２’−Ｏ−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．Ｈ１−１〜Ｈ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｆ．ヘアピン１とヘアピン２との間の２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｇ．Ｈ２−１〜Ｈ２−１５における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｈ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含む、ｓｇＲＮＡ。
［５８］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＬＳ１、ＬＳ６、ＬＳ７、ＬＳ８、ＬＳ１１、およびＬＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．Ｈ１−１〜Ｈ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．ヘアピン１とヘアピン２との間の２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｆ．Ｈ２−１〜Ｈ２−１５における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｇ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含む、ｓｇＲＮＡ。
［５９］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＬＳ１、ＬＳ６、ＬＳ７、ＬＳ８、ＬＳ１１、およびＬＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．ＬＳ９およびＬＳ１０における２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．Ｈ１−１〜Ｈ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｆ．ヘアピン１とヘアピン２との間の２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｇ．Ｈ２−１〜Ｈ２−１５における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｈ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含む、ｓｇＲＮＡ。
［６０］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’個の端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．Ｈ１−１〜Ｈ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．ヘアピン１とヘアピン２との間の２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．Ｈ２−１〜Ｈ２−８における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｆ．Ｈ２−９〜Ｈ２−１５における２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｇ．３’終端における最後から２つ目、最後から３つ目、および最後から４つ目のヌクレオチドにおける２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｈ．３’終端の３’末端における最後のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含む、ｓｇＲＮＡ。
［６１］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．ＵＳ１〜ＵＳ１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｃ．Ｈ１−２、Ｈ１−４、Ｈ１−６、Ｈ１−８、Ｈ１−１０、およびＨ１−１２における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｄ．Ｈ１−１、Ｈ１−３、Ｈ１−５、Ｈ１−７、Ｈ１−９、およびＨ１−１１における２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｅ．ヘアピン１とヘアピン２との間の２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｆ．Ｈ２−２、Ｈ２−４、Ｈ２−６、Ｈ２−８、Ｈ２−１０、Ｈ２−１２；およびＨ２−１４における２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｇ．Ｈ２−１、Ｈ２−３、Ｈ２−５、Ｈ２−７、Ｈ２−９、Ｈ２−１１；Ｈ２−１３、およびＨ２−１５における２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｈ．３’終端における最後から２つ目、および最後から４つ目のヌクレオチドにおける２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、
ｉ．３’終端の３’末端における最後から３つ目、および最後のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、を含む、ｓｇＲＮＡ。
［６２］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［５０］〜［６１］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［６３］  前記５’終端の前記５’末端における最初の７個のヌクレオチド内に少なくとも１つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合をさらに含む、上記［５０］〜［６１］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［６４］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドＬＳ８、ＬＳ１０、ＬＳ１２、Ｈ１−２、Ｈ１−４、Ｈ１−６、Ｈ１−８、Ｈ１−１０、Ｈ１−１２、Ｈ２−１、Ｈ２−３、Ｈ２−５、Ｈ２−７、Ｈ２−９、Ｈ２−１１、Ｈ２−１３、およびＨ２−１５と、
ｂ．ＬＳ７、ＬＳ９、ＬＳ１１；Ｈ１−１、Ｈ１−３、Ｈ１−５、Ｈ１−７、Ｈ１−９、Ｈ１−１１、Ｈ１−１３、Ｈ２−２、Ｈ２−４、Ｈ２−６、Ｈ２−８、Ｈ２−１０、Ｈ２−１２、およびＨ２−１４における２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、を含む、ｓｇＲＮＡ。
［６５］  ５’終端の５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［６４］に記載のｓｇＲＮＡ。
［６６］  ａ．３’終端の３’末端における最後および最後から３つ目のヌクレオチドにおける２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドと、
ｂ．３’終端の３’末端における最後から２つ目および最後から４つ目のヌクレオチドにおける２’−Ｆ修飾ヌクレオチドと、をさらに含む、上記［６４］または上記［６５］に記載のｓｇＲＮＡ。
［６７］  表４の修飾を含む、配列番号２２８〜３３２のうちのいずれかを含む、ｓｇＲＮＡ。
［６８］  表４の修飾を含む、配列番号２３５〜２４０、２６５〜２８５、および３０９〜３２９のうちのいずれかを含む、ｓｇＲＮＡ。
［６９］  配列番号２４０を含む、ｓｇＲＮＡ。
［７０］  表４の修飾を含む配列番号２４０を含む、ｓｇＲＮＡ。
［７１］  表４の修飾を含む配列番号２４２を含む、ｓｇＲＮＡ。
［７２］  表４に描写されるように、配列番号２４２の修飾を含む、ｓｇＲＮＡ。
［７３］  配列番号３５８を含む、ｓｇＲＮＡ。
［７４］  配列番号２３５〜２４０、２６５〜２８５、および３０９〜３２９のうちのいずれか１つの核酸に対して少なくとも９９、９８、９７、９６、９５、９４、９３、９２、９１、９０、８５、８０、７５、または７０％の同一性を有する核酸を含み、表４における参照配列識別子のヌクレオチドに対応するｓｇＲＮＡの各ヌクレオチドにおける修飾が、表４における参照配列識別子に示される修飾と同一または同等である、ｓｇＲＮＡ。
［７５］  前記５’終端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および前記３’終端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［６６］〜［７４］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［７５］  前記ヘアピン１領域中の前記ヌクレオチドを連結する少なくとも３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［１］〜［７４］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［７６］  前記ヘアピン２領域中の前記ヌクレオチドを連結する少なくとも３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［１］〜［７５］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［７７］  前記上部ステム領域中の前記ヌクレオチドを連結する少なくとも３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［１］〜［７６］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［７８］  Ｓ．ピオゲネス（S. Pyogenes）のＣａｓ９とリボ核タンパク質複合体を形成する、上記［１］〜［７７］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［７９］  上部ステム領域中の各ヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、ガイドＲＮＡ。
［８０］  以下のヌクレオチド：ＵＳ１、ＵＳ２、ＵＳ３、ＵＳ４、ＵＳ５、ＵＳ６、ＵＳ７、ＵＳ８、ＵＳ９、ＵＳ１０、ＵＳ１１、およびＵＳ１２のうちの１、２、３、または４、５、６、７、８、９、１０、または１１個において２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、ガイドＲＮＡ。
［８１］  ヘアピン１領域およびヘアピン２領域中のヌクレオチドの５０％またはそれより多くにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、ガイドＲＮＡ。
［８２］  上部ステム領域中の各ヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含み、かつヘアピン１領域およびヘアピン２領域中のヌクレオチドの５０％またはそれより多くにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、ガイドＲＮＡ。
［８３］  Ｈ２−１またはＨ２−２に始まり３’終端の最後のヌクレオチドまでの各ヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含むまたはそれからなる、ガイドＲＮＡ。
［８４］  ＬＳ１および／またはＬＳ６において２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含みまたはそれからなり、かつＬＳ２〜ＬＳ５において修飾を含まない、ガイドＲＮＡ。
［８５］  ＬＳ８、ＬＳ９、ＬＳ１０、ＬＳ１１、および／またはＬＳ１２のうちの２つまたはそれより多くにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドを含む、ガイドＲＮＡ。
［８６］  少なくともＬＳ８およびＬＳ１０が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［８５］に記載のガイドＲＮＡ。
［８７］  ネクサス領域中の前記ヌクレオチドの５０％またはそれより多くにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾をさらに含む、上記［７９］〜［８６］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［８８］  前記ネクサス領域中の前記ヌクレオチドの少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［８７］に記載のガイドＲＮＡ。
［８９］  ネクサス領域中のヌクレオチドの最大５０％において２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、ガイドＲＮＡ。
［９０］  ネクサス領域中の４つまたはそれより多くのヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、ガイドＲＮＡ。
［９１］  前記ネクサス領域中のヌクレオチドＮ２〜Ｎ６のうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、または５つが２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［９０］に記載のガイドＲＮＡ。
［９２］  ネクサス領域中の１０個またはそれより多くのヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドを含む、ガイドＲＮＡ。
［９３］  少なくともＮ２〜Ｎ６が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［９２］に記載のガイドＲＮＡ。
［９４］  バルジ領域中のヌクレオチドの５０％またはそれより多くにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、ガイドＲＮＡ。
［９５］  前記バルジ領域中の前記ヌクレオチドの少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［９４］に記載のガイドＲＮＡ。
［９６］  Ｂ２、Ｂ３、および／またはＢ４が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［９４］に記載のガイドＲＮＡ。
［９７］  バルジ領域中の３つまたはそれより多くのヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドを含む、ガイドＲＮＡ。
［９８］  Ｂ２、Ｂ３、および／またはＢ４が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［９７］に記載のガイドＲＮＡ。
［９９］  上記［１］〜［９８］のいずれか１項に記載の前記ガイドＲＮＡの前記修飾パターンを有する配列番号３５７の前記ヌクレオチドを含む、ガイドＲＮＡ。
［１００］  上記［１］〜［９９］のいずれか１項に記載の前記ガイドＲＮＡの前記修飾パターンを有する配列番号３５６の前記ヌクレオチドを含む、ガイドＲＮＡ。
［１０１］  前記５’終端領域の前記５’末端における最初の３個、４個、または５個のヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾をさらに含む、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１０２］  前記３’終端領域の前記３’末端における最後の３個、最後の４個、または最後の５個のヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅ修飾をさらに含む、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１０３］  前記３’終端領域の前記３’末端における最後のヌクレオチドが修飾されていない、上記［１０２］に記載のガイドＲＮＡ。
［１０４］  前記３’終端領域の前記３’末端における最後から２つ目および最後から３つ目のヌクレオチドのみが修飾されている、上記［１０２］に記載のガイドＲＮＡ。
［１０５］  前記３’終端領域中の最後から２つ目、最後から３つ目、および最後から４つ目のヌクレオチドのみが修飾されている、上記［１０２］に記載のガイドＲＮＡ。
［１０６］  前記５’終端の前記５’末端における最初の３個、４個、または５個のヌクレオチドの間にＰＳ結合をさらに含む、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１０７］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されている、上記［１０６］に記載のガイドＲＮＡ。
［１０８］  前記３’終端の前記３’末端における最後の３個、４個、または５個のヌクレオチドの間にＰＳ結合をさらに含む、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１０９］  前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されている、上記［１０８］に記載のガイドＲＮＡ。
［１１０］  前記５’終端の前記５’末端における最初の３個または４個のヌクレオチド、および前記３’終端の前記３’末端における最後の３個または４個のヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１１１］  前記５’終端の前記５’末端における最初の３個または４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されており、かつ前記３’終端の前記３’末端における最後の３個または４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されている、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１１２］  前記５’終端の前記５’末端における最初の３個または４個のヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含み、かつＰＳ結合により連結されており、また前記３’終端の前記３’末端における最後の３個または４個のヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含み、かつＰＳ結合により連結されている、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１１３］  ヌクレオチドＬＳ８、ＬＳ９、ＬＳ１０、ＬＳ１１、およびＬＳ１２のうちの少なくとも２つが２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１１４］  少なくともＬＳ８およびＬＳ１０が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１１５］  前記ネクサス領域中の前記ヌクレオチドの少なくとも５０％が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１１６］  前記ネクサス領域中の前記ヌクレオチドの少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１１５］に記載のガイドＲＮＡ。
［１１７］  少なくともＮ２〜Ｎ６が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１１５］に記載のガイドＲＮＡ。
［１１８］  前記ネクサス領域中の前記ヌクレオチドのうちの少なくとも１０個が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１１９］  少なくともＮ２〜Ｎ６が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１１５］に記載のガイドＲＮＡ。
［１２０］  前記バルジ領域中の前記ヌクレオチドの少なくとも５０％が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１２１］  前記バルジ領域中の前記ヌクレオチドの少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１２０］に記載のガイドＲＮＡ。
［１２２］  Ｂ２、Ｂ３、および／またはＢ４が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１２１］に記載のガイドＲＮＡ。
［１２３］  前記バルジ領域中の前記ヌクレオチドのうちの少なくとも３つが２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［７９］〜［１００］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１２４］  Ｂ２、Ｂ３、および／またはＢ４が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１２３］に記載のガイドＲＮＡ。
［１２５］  ｓｇＲＮＡである、上記［７９］〜［１２４］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１２６］  ｄｇＲＮＡである、上記［７９］〜［１２５］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１２７］  前記ヘアピン１領域および前記ヘアピン２領域中の前記ヌクレオチドの少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％が２’−ＯＭｅで修飾されている、上記［８１］または［８２］に記載のガイドＲＮＡ。
［１２８］  Ｓ．ピオゲネス（S. Pyogenes）のＣａｓ９とリボ核タンパク質複合体を形成する、上記［７９］〜［１２７］のいずれか１項に記載のガイドＲＮＡ。
［１２９］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個のヌクレオチドと、
ｂ．上部ステム領域中の各ヌクレオチドと、
ｃ．ヘアピン１領域中の各ヌクレオチドと、
ｄ．ヘアピン１とヘアピン２との間のヌクレオチドと、
ｅ．ヘアピン２領域中の各ヌクレオチドと、
ｆ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドと、において２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、ｓｇＲＮＡ。
［１３０］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結するＰＳ結合および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結するＰＳ結合をさらに含む、上記［１２９］に記載のｓｇＲＮＡ。
［１３１］  表４に描写される配列番号３５０、３５１、３５２、または３５３に示される修飾パターンを有する、ｓｇＲＮＡ。
［１３２］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個、４個、５個、または７個のヌクレオチドと、
ｂ．上部ステム領域中の各ヌクレオチドと、
ｃ．ヘアピン１領域中の各ヌクレオチドと、
ｄ．ヘアピン１とヘアピン２との間のヌクレオチドと、
ｅ．ヘアピン２領域中の各ヌクレオチドと、
ｆ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドと、において２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、ｓｇＲＮＡ。
［１３３］  シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であって、
ａ．５’終端の５’末端における最初の３個、４個、５個、または７個のヌクレオチドと、
ｂ．ヌクレオチドＵＳ１、ＵＳ２、ＵＳ３、ＵＳ４、ＵＳ５、ＵＳ６、ＵＳ７、ＵＳ８、ＵＳ９、ＵＳ１０、ＵＳ１１およびＵＳ１２のそれぞれと、
ｃ．ヌクレオチドＨ１−１、Ｈ１−２、Ｈ１−３、Ｈ１−４、Ｈ１−５、Ｈ１−６、Ｈ１−７、Ｈ１−８、Ｈ１−９、Ｈ１−１０、Ｈ１−１１、およびＨ１−１２のそれぞれと、
ｄ．ヘアピン１とヘアピン２との間のヌクレオチドと、
ｅ．ヌクレオチドＨ２−１、Ｈ２−２、Ｈ２−３、Ｈ２−４、Ｈ２−５、Ｈ２−６、Ｈ２−７、Ｈ２−８、Ｈ２−９、Ｈ２−１０、Ｈ２−１１、Ｈ２−１２、Ｈ２−１３、Ｈ２−１４、およびＨ２−１５のそれぞれと、
ｆ．３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドと、において２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドを含むまたはそれからなる、ｓｇＲＮＡ。
［１３４］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結するＰＳ結合および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結するＰＳ結合をさらに含む、上記［１２９］〜［１３３］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［１３５］  表４に示されるような配列番号３５０、３５１、３５２、または３５３の修飾パターンを有する、ｓｇＲＮＡ。
［１３６］  Ｓ．ピオゲネス（S. Pyogenes）のＣａｓ９とリボ核タンパク質複合体を形成する、上記［１２９］〜［１３５］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［１３７］  ｃｒｉｓｐｒ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）であって、
以下の領域、すなわち、
ａ．５’終端の５’末端における最初の５個のヌクレオチドと、
ｂ．下部ステム領域と、
ｃ．バルジ領域と、
ｄ．上部ステム領域；および
ｅ．前記ｃｒＲＮＡの３’末端における最後の５個のヌクレオチドと、のうちの１つまたは複数の領域内に１つまたは複数の修飾を含む、ｃｒＲＮＡ。
［１３８］  ５’末端修飾をさらに含み、前記５’末端修飾が前記５’終端の前記５’末端における最初の７個のヌクレオチド内に１つまたは複数のホスホロチオエート連結を含む、上記［１３６］に記載のｃｒＲＮＡ。
［１３９］  ５’末端修飾をさらに含み、前記５’末端修飾が前記５’終端の前記５’末端における最初の７個のヌクレオチド内に少なくとも２つのホスホロチオエート連結を含む、上記［１３６］に記載のｃｒＲＮＡ。
［１４０］  少なくとも１つの修飾が２’−Ｏ−メチル（２’−Ｏ−Ｍｅ）修飾ヌクレオチドを含む、上記［１３７］〜［１３９］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１４１］  少なくとも１つの修飾が２’−フルオロ（２’−Ｆ）修飾ヌクレオチドを含む、上記［１３７］〜［１４０］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１４２］  少なくとも１つの修飾がヌクレオチド間のホスホロチオエート（ＰＳ）結合を含む、上記［１３７］〜［１４１］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１４３］  前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドが修飾されている、上記［１３７］〜［１４２］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１４４］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチド、および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドがホスホロチオエート（ＰＳ）結合により連結されている、上記［１３７］〜［１４３］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１４５］  前記修飾が２’−Ｏ−Ｍｅを含む、上記［１４３］に記載のｃｒＲＮＡ。
［１４６］  前記修飾が２’−Ｆを含む、上記［１４３］に記載のｃｒＲＮＡ。
［１４７］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されており、かつ前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、上記［１３７］〜［１４６］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１４８］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されており、かつ前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドが２’−Ｆ修飾を含む、上記［１３７］〜［１４６］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１４９］  ＬＳ１およびＬＳ６が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１３７］〜［１４８］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１５０］  上部ステム領域中のヌクレオチドのそれぞれが２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１３７］〜［１４９］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１５１］  ｃｒｉｓｐｒ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）であって、
ａ．下部ステム領域中のＬＳ１およびＬＳ６と、
ｂ．上部ステム領域中の各ヌクレオチドと、において２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドを含む、ｃｒＲＮＡ。
［１５２］  ５’終端の５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［１５１］に記載のｃｒＲＮＡ。
［１５３］  前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅまたは２’−Ｆ修飾ヌクレオチドをさらに含み、かつ前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅまたは２’−Ｆ修飾ヌクレオチドをさらに含む、上記［１５１］または上記［１５２］に記載のｃｒＲＮＡ。
［１５４］  ＬＳ１、ＬＳ２、およびＬＳ６が２’−Ｆで修飾されている、上記［１３７］〜［１５３］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１５５］  前記バルジ領域中の各ヌクレオチドが２’−Ｆで修飾されている、上記［１３７］〜［１５４］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１５６］  ｃｒｉｓｐｒ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）であって、
ａ．下部ステム領域中のＬＳ１、ＬＳ２、およびＬＳ６と、
ｂ．バルジ領域中の各ヌクレオチドと、において２’−Ｆ修飾ヌクレオチドを含む、ｃｒＲＮＡ。
［１５７］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［１３７］〜［１５６］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１５８］  前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅまたは２’−Ｆ修飾ヌクレオチドをさらに含み、かつ前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅまたは２’−Ｆ修飾ヌクレオチドをさらに含む、上記［１３７］〜［１５７］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１５９］  表４の修飾を含む配列番号１〜１８７のうちのいずれか１つを含む、ｃｒＲＮＡ。
［１６０］  表４の修飾を含む配列番号１９〜３１、５３〜７３、１０４〜１３０、および１６１〜１８７のうちのいずれか１つを含む、ｃｒＲＮＡ。
［１６１］  配列番号１９〜３１、５３〜７３、１０４〜１３０、および１６１〜１８７のうちのいずれか１つに対して少なくとも９９、９８、９７、９６、９５、９４、９３、９２、９１、９０、８５、８０、７５、または７０％の同一性を有する核酸を含み、表４中の参照配列識別子のヌクレオチドに対応するｃｒＲＮＡの各ヌクレオチドにおける修飾が表４における前記参照配列識別子に示される前記修飾と同一または同等である、ｃｒＲＮＡ。
［１６２］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［１５９］〜［１６１］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１６３］  ｔｒＲＮＡと組み合わさった前記ｃｒＲＮＡがＳ．ピオゲネス（S. Pyogenes）のＣａｓ９とリボ核タンパク質複合体を形成する、上記［１３７］〜［１６２］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［１６４］  ｔｒａｃｒ  ＲＮＡ（ｔｒＲＮＡ）であって、
以下の領域：
ａ．５’終端の５’末端における最初の５個のヌクレオチドと、
ｂ．上部ステム領域と、
ｃ．バルジ領域と、
ｄ．下部ステム領域と、
ｅ．ネクサス領域と、
ｆ．ヘアピン１領域と、
ｇ．ヘアピン２領域と、
ｈ．３’終端の３’末端における最後の５個のヌクレオチドと、のうちの１つまたは複数の領域内に１つまたは複数の修飾を含む、ｔｒＲＮＡ。
［１６５］  少なくとも１つの修飾が２’−Ｏ−メチル（２’−Ｏ−Ｍｅ）修飾ヌクレオチドを含む、上記［１６４］に記載のｔｒＲＮＡ。
［１６６］  少なくとも１つの修飾が２’−フルオロ（２’−Ｆ）修飾ヌクレオチドを含む、上記［１６４］または上記［１６５］に記載のｔｒＲＮＡ。
［１６７］  少なくとも１つの修飾がヌクレオチド間のホスホロチオエート（ＰＳ）結合を含む、上記［１６４］〜［１６６］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１６８］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチド、および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドがホスホロチオエート（ＰＳ）結合により連結されている、上記［１６４］〜［１６７］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１６９］  前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドが修飾されている、上記［１６４］〜［１６８］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１７０］  前記修飾が２’−Ｏ−Ｍｅを含む、上記［１６９］に記載のｔｒＲＮＡ。
［１７１］  前記修飾が２’−Ｆを含む、上記［１６９］に記載のｔｒＲＮＡ。
［１７２］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されており、かつ前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅ修飾を含む、上記［１６４］〜［１７１］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１７３］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドがＰＳ結合により連結されており、かつ前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドおよび前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドが２’−Ｆ修飾を含む、上記［１６４］〜［１７１］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１７４］  前記上部ステム領域中の各ヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１６４］〜［１７３］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１７５］  前記バルジ領域内のＢ１およびＢ２が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１６４］〜［１７４］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１７６］  前記ネクサス領域中のＮ３、Ｎ４、Ｎ５、Ｎ１５、Ｎ１６、Ｎ１７、および／またはＮ１８が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１６４］〜［１７５］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１７７］  前記ヘアピン１領域中の各ヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１６４］〜［１７６］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１７８］  前記ヘアピン２領域中の各ヌクレオチドが２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１６４］〜［１７７］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１７９］  ｔｒａｃｒ  ＲＮＡ（ｔｒＲＮＡ）であって、
ａ．上部ステム中の各ヌクレオチドと、
ｂ．バルジ領域内のＢ１および／またはＢ２と、
ｃ．ネクサス領域中のＮ３、Ｎ４、Ｎ５、Ｎ１５、Ｎ１６、Ｎ１７、および／またはＮ１８と、
ｄ．ヘアピン１領域中の各ヌクレオチドと、
ｅ．ヘアピン２領域中の各ヌクレオチドと、において２’−Ｏ−Ｍｅ修飾ヌクレオチドを含む、ｔｒＲＮＡ。
［１８０］  ５’終端の５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［１７９］に記載のｔｒＲＮＡ。
［１８１］  前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅまたは２’−Ｆ修飾ヌクレオチドをさらに含み、かつ前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅまたは２’−Ｆ修飾核酸をさらに含む、上記［１７９］または上記［１８０］に記載のｔｒＲＮＡ。
［１８２］  Ｎ１５、Ｎ１６、Ｎ１７、およびＮ１８が２’−Ｆで修飾されている、上記［１６４］〜［１８１］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１８３］  ＬＳ１、ＬＳ３、およびＬＳ５が２’−Ｆで修飾されており、かつＬＳ２、ＬＳ４、およびＬＳ６が２’−Ｏ−Ｍｅで修飾されている、上記［１６４］〜［１８２］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１８４］  前記５’終端の前記５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および前記３’終端の前記３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［１６４］〜［１８３］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１８５］  前記５’終端の前記５’末端における最初の３個のヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅまたは２’−Ｆ修飾ヌクレオチドをさらに含み、かつ前記３’終端の前記３’末端における最後の３個のヌクレオチドにおいて２’−Ｏ−Ｍｅまたは２’−Ｆ修飾ヌクレオチドをさらに含む、上記［１６４］〜［１８４］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１８６］  表４の修飾を含む配列番号１８８〜２２７のうちのいずれか１つを含む、ｔｒＲＮＡ。
［１８７］  配列番号１８８〜２２７のうちのいずれか１つに対して少なくとも９９、９８、９７、９６、９５、９４、９３、９２、９１、９０、８５、８０、７５、または７０％の同一性を有する核酸を含み、表４中の参照配列識別子のヌクレオチドに対応するｔｒＲＮＡの各ヌクレオチドにおける修飾が表４における参照配列識別子に示される前記修飾と同一または同等である、ｔｒＲＮＡ。
［１８８］  ５’終端の５’末端における最初の４個のヌクレオチドを連結する３つのホスホロチオエート（ＰＳ）結合および３’終端の３’末端における最後の４個のヌクレオチドを連結する３つのＰＳ結合をさらに含む、上記［１８６］〜［１８７］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１８９］  ｃｒＲＮＡと組み合わさった前記ｔｒＲＮＡがＳ．ピオゲネス（S. Pyogenes）のＣａｓ９とリボ核タンパク質複合体を形成する、上記［１６４］〜［１８８］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［１９０］  ｃｒＲＮＡおよびｔｒＲＮＡを含むデュアルガイドであって、前記ｃｒＲＮＡが表４に描写される配列番号１〜１８７のうちのいずれか１つを含み、かつ前記ｔｒＲＮＡが表４に描写される配列番号１８８〜２２７のうちのいずれか１つの核酸を含む、デュアルガイド。
［１９１］  上記［１３７］〜［１６３］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡおよび上記［１６４］〜［１８９］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡを含む、デュアルガイド。
［１９２］  上記［１３７］〜［１６３］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡおよび非修飾ｔｒＲＮＡを含む、デュアルガイド。
［１９３］  非修飾ｃｒＲＮＡおよび上記［１３７］〜［１８９］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡを含む、デュアルガイド。
［１９４］  Ｓ．ピオゲネス（S. Pyogenes）のＣａｓ９とリボ核タンパク質複合体を形成する、上記［１９０］〜［１９３］のいずれか１項に記載のデュアルガイド。
［１９５］  上記［１］〜［７８］および［１２９］〜［１３６］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡを含む、ＬＮＰ組成物。
［１９６］  上記［１］〜［１９３］のいずれか１項に記載の前記ＲＮＡを含むまたはそれからなるｇＲＮＡを含む、ＬＮＰ組成物。
［１９７］  脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と会合した上記［１］〜［７８］および［１２９］〜［１３６］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡを含む、組成物。
［１９８］  脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と会合した上記［１３７］〜［１６３］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡを含む、組成物。
［１９９］  脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）と会合した上記［１６４］〜［１８９］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡを含む、組成物。
［２００］  上記［１］〜［７８］および［１２９］〜［１３６］のいずれか１項に記載の前記ｓｇＲＮＡ、上記［７９］〜［１２８］のいずれか１項に記載の前記ｇＲＮＡ、上記［１３７］〜［１６３］のいずれか１項に記載の前記ｃｒＲＮＡ、上記［１６４］〜［１８９］のいずれか１項に記載の前記ｔｒＲＮＡ、上記［１９０］〜［１９４］のいずれか１項に記載の前記ｄｇＲＮＡ、または上記［１９５］〜［１９９］のいずれか１項に記載の前記組成物を含み、ヌクレアーゼまたは前記ヌクレアーゼをコードするｍＲＮＡをさらに含む、組成物。
［２０１］  前記ヌクレアーゼがＣａｓタンパク質である、上記［２００］に記載の組成物。
［２０２］  前記Ｃａｓタンパク質がＣａｓ９である、上記［２０１］に記載の組成物。
［２０３］  前記Ｃａｓ９がＳ．ピオゲネス（S. Pyogenes）のＣａｓ９である、上記［２０２］に記載の組成物。
［２０４］  前記ヌクレアーゼがニッカーゼである、上記［２００］〜［２０３］のいずれか１項に記載の組成物。
［２０５］  前記ヌクレアーゼが改変されている、上記［２００］〜［２０４］のいずれか１項に記載の組成物。
［２０６］  前記改変されているヌクレアーゼが核局在シグナル（ＮＬＳ）を含む、上記［２０５］に記載の組成物。
［２０７］  前記ヌクレアーゼをコードするｍＲＮＡを含む、上記［２００］〜［２０６］のいずれか１項に記載の組成物。
［２０８］  上記［１］〜［７８］および［１２９］〜［１３６］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ、上記［７９］〜［１２８］のいずれか１項に記載のｇＲＮＡ、上記［１３７］〜［１６３］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ、上記［１６４］〜［１８９］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ、上記［１９０］〜［１９４］のいずれか１項に記載のｄｇＲＮＡ、または上記［１９５］〜［２０７］のいずれか１項に記載の組成物と、薬学的に許容される担体と、を含む、医薬製剤。
［２０９］  標的ＤＮＡを改変する方法であって、
Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードする核酸と、以下：
ａ．上記［１］〜［７８］および［１２９］〜［１３６］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ；
ｂ．上記［７９］〜［１２８］のいずれか１項に記載のｇＲＮＡ；
ｃ．上記［１３７］〜［１６３］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ；
ｄ．上記［１６４］〜［１８９］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ；
ｅ．上記［１９０］〜［１９４］のいずれか１項に記載のｄｇＲＮＡ；
ｆ．上記［１９５］〜［２０７］のいずれか１項に記載の組成物；または
ｇ．上記［２０８］に記載の医薬製剤のうちのいずれか１つまたは複数と、を細胞に送達することを含む、方法。
［２１０］  遺伝子中の挿入または欠失を結果としてもたらす、上記［２０９］に記載の方法。
［２１１］  前記細胞に鋳型を送達することをさらに含み、前記鋳型の少なくとも一部が、Ｃａｓタンパク質により誘導される二本鎖切断部位においてまたはその近くにおいて標的ＤＮＡの中へと組み込まれる、上記［２０９］に記載の方法。
［２１２］  疾患または障害を治療するための薬剤の調製において使用するための、上記［１］〜［７８］および［１２９］〜［１３６］のいずれか１項に記載のｓｇＲＮＡ。
［２１３］  疾患または障害を治療するための薬剤の調製において使用するための、上記［７３７］〜［１６３］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［２１４］  疾患または障害を治療するための薬剤の調製において使用するための、上記［１６４］〜［１８９］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡ。
［２１５］  疾患または障害を治療するための薬剤の調製において使用するために、上記［１６４］〜［１８９］のいずれか１項に記載のｔｒＲＮＡと組み合わせた、上記［１３７］〜［１６３］のいずれか１項に記載のｃｒＲＮＡ。
［２１６］  疾患または障害を治療するための薬剤の調製において使用するための、上記［２０８］に記載の医薬製剤。

【手続補正４】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図２１Ａ
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図２１Ａ】
2019536464.tif 000001