【手続補正書】
【提出日】令和3年4月7日(2021.4.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）配列番号１に示されるアミノ酸配列；又は
ｂ）配列番号１に示される配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列
を含むポリペプチドであって、前記アミノ酸配列は、位置６１にグルタミン酸を、そして以下の１つ以上：
１）位置６６にプロリン；
２）位置９５にプロリン；
３）位置９６にグリシン；及び
４）位置９７にバリン
を含み、
指定したアミノ酸残基が、配列番号１内の位置に相当する位置にあり、前記ポリペプチドは、配列番号２の位置９のリシン残基と、配列番号３の位置１７のアスパラギン残基との間でのイソペプチド結合の形成を促進することができる、ポリペプチド。
【請求項２】
前記ポリペプチドが、配列番号１に示される配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記アミノ酸配列が、位置６１にグルタミン酸を、そして以下の２つ以上：
１）位置６６にプロリン；
２）位置９５にプロリン；
３）位置９６にグリシン；及び
４）位置９７にバリン
を含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
前記ポリペプチドが、配列番号１に示される配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記アミノ酸配列が、位置６１にグルタミン酸を、そして以下の３つ以上：
１）位置６６にプロリン；
２）位置９５にプロリン；
３）位置９６にグリシン；及び
４）位置９７にバリン
を含む、請求項１又は２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
前記ポリペプチドが、配列番号１に示される配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記アミノ酸配列が、位置６１にグルタミン酸を、そして以下の全て：
１）位置６６にプロリン；
２）位置９５にプロリン；
３）位置９６にグリシン；及び
４）位置９７にバリン
を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項５】
前記ポリペプチドが、位置１００にトレオニンを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項６】
配列番号２又は配列番号３に示されるアミノ酸配列を含むペプチドタグ。
【請求項７】
前記ポリペプチド又は前記ペプチドタグが、核酸分子、タンパク質、ペプチド、小分子有機化合物、フルオロフォア、金属−リガンド複合体、多糖、ナノ粒子、ナノチューブ、ポリマー、細胞、ウイルス、ウイルス様粒子、又はそれらの組合せにコンジュゲートされる、請求項１〜５のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項６に記載のペプチドタグ。
【請求項８】
前記ポリペプチド又は前記ペプチドタグが、固体基質上に固定される、請求項１〜５のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項６に記載のペプチドタグ。
【請求項９】
請求項１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチド又はペプチドタグをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子。
【請求項１０】
請求項９に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項１１】
請求項９に記載の核酸又は請求項１０に記載のベクターを含む細胞。
【請求項１２】
請求項１〜８のいずれか一項に記載のポリペプチド及び／又はペプチドタグを生成又は発現するプロセスであって：
ａ）請求項１０で定義されるベクターで宿主細胞を形質転換又は宿主細胞に形質移入する工程と；
ｂ）前記ポリペプチド及び／又は前記ペプチドタグの発現を可能にする条件下で前記宿主細胞を培養する工程と；場合によっては
ｃ）前記ポリペプチド及び／又は前記ペプチドタグを単離する工程と
を含むプロセス。
【請求項１３】
請求項１〜５、７、及び８のいずれか一項で定義されるポリペプチドの：
（１）イソペプチド結合を介して２つの分子若しくは構成要素をコンジュゲートさせるため；又は
（２）３つの分子若しくは構成要素間で複合体を生成するため
の使用であって、前記複合体中の前記分子又は前記構成要素の２つは、イソペプチド結合を介してコンジュゲートし、
イソペプチド結合を介してコンジュゲートする前記分子又は前記構成要素は：
ａ）：
（ｉ）配列番号２に示されるアミノ酸配列；又は
（ｉｉ）配列番号２に示される配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列
を含み、前記アミノ酸配列は、配列番号２の位置９と相当する位置にリシン残基を含むペプチドタグを含む第１の分子又は構成要素；及び
ｂ）：
（ｉ）配列番号３に示されるアミノ酸配列；又は
（ｉｉ）配列番号３に示される配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列
を含み、前記アミノ酸配列は、配列番号３の位置１７と相当する位置にアスパラギン残基を含むペプチドタグを含む第２の分子
を含み、
（２）における前記複合体中の第３の分子又は構成要素は、請求項１〜５、７、及び８のいずれか一項で定義されるポリペプチドを含む、使用。
【請求項１４】
前記第１の分子は、核酸分子、タンパク質、ペプチド、小分子有機化合物、フルオロフォア、金属−リガンド複合体、多糖、ナノ粒子、ナノチューブ、ポリマー、細胞、ウイルス、ウイルス様粒子、又はそれらの組合せにコンジュゲートした、ａ）で定義されるペプチドタグを含む、請求項１３に記載の使用。
【請求項１５】
前記第２の分子は、核酸分子、タンパク質、ペプチド、小分子有機化合物、フルオロフォア、金属−リガンド複合体、多糖、ナノ粒子、ナノチューブ、ポリマー、細胞、ウイルス、ウイルス様粒子、又はそれらの組合せにコンジュゲートした、ｂ）で定義されるペプチドタグを含む、請求項１３又は１４に記載の使用。
【請求項１６】
抗原をウイルス様粒子、ウイルス、細菌、または多量体化スカフォールドにコンジュゲートするための請求項１３に記載の使用。
【請求項１７】
イソペプチド結合を介して２つの分子又は構成要素をコンジュゲートさせるプロセスであって：
ａ）：
（ｉ）配列番号２に示されるアミノ酸配列；又は
（ｉｉ）配列番号２に示される配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列
を含み、前記アミノ酸配列は、配列番号２の位置９に相当する位置にリシン残基を含むペプチドタグを含む第１の分子又は構成要素を用意することと；
ｂ）：
（ｉ）配列番号３に示されるアミノ酸配列；又は
（ｉｉ）配列番号３に示される配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列
を含み、前記アミノ酸配列は、配列番号３の位置１７に相当する位置にアスパラギン残基を含むペプチドタグを含む第２の分子又は構成要素を用意することと；
ｃ）前記第１及び第２の分子又は構成要素を、請求項１〜５及び７のいずれか一項に記載のポリペプチドと接触させることと
を含み、好ましくは、前記ポリペプチドは、固体基質上に固定されることによって、配列番号２の位置９に相当する位置の前記リシン残基と、配列番号３の位置１７に相当する位置の前記アスパラギン残基との間のイソペプチド結合の形成を可能にする条件下で、前記第１の分子を、前記第２の分子に、イソペプチドを介してコンジュゲートさせて、複合体を形成する、プロセス。
【請求項１８】
前記ポリペプチドが固体基質上に固定されている場合、前記プロセスは、前記複合体を前記固体基質から分離する更なる工程を含み、前記工程は、前記複合体を、低いｐＨのバッファと、好ましくは４．０以下のｐＨと、接触させることを含む、請求項１７に記載のプロセス。
【請求項１９】
前記ポリペプチドが固体基質上に固定されている場合、前記プロセスは、前記複合体を前記固体基質から分離する更なる工程を含み、前記工程は、前記複合体を、好ましくは少なくとも１Ｍの濃度にて、イミダゾールを含む溶液と、接触させることを含む、請求項１７に記載のプロセス。
【請求項２０】
前記ポリペプチドが固体基質上に固定されている場合、前記プロセスは、前記複合体を前記固体基質から分離する更なる工程を含み、前記工程は、前記複合体を、配列番号３に示されるアミノ酸配列を有するペプチドにライゲートされた、配列番号２に示されるアミノ酸配列を有するペプチドを含むコンペティタ反応生成物を含む溶液と、接触させることを含む、請求項１７に記載のプロセス。
【請求項２１】
前記複合体を前記固体基質から分離する前に、前記固体基質をバッファで洗浄する工程をさらに含む、請求項１８〜２０のいずれか一項に記載のプロセス。
【請求項２２】
前記第１の分子は、核酸分子、タンパク質、ペプチド、小分子有機化合物、フルオロフォア、金属−リガンド複合体、多糖、ナノ粒子、ナノチューブ、ポリマー、細胞、ウイルス、ウイルス様粒子、又はそれらの組合せにコンジュゲートした、ａ）で定義されるアミノ酸配列を含むペプチドタグを含む、請求項１７〜２１のいずれか一項に記載のプロセス。
【請求項２３】
前記第２の分子は、核酸分子、タンパク質、ペプチド、小分子有機化合物、フルオロフォア、金属−リガンド複合体、多糖、ナノ粒子、ナノチューブ、ポリマー、細胞、ウイルス、ウイルス様粒子、又はそれらの組合せにコンジュゲートした、ｂ）で定義されるアミノ酸配列を含むペプチドタグを含む、請求項１７〜２２のいずれか一項に記載のプロセス。
【請求項２４】
好ましくは請求項１３〜１６のいずれか一項に記載の使用又は請求項１７〜２３のいずれか一項に記載のプロセスに用いられる、キットであって、前記キットは：
（ａ）請求項１〜５、７、及び８のいずれか一項で定義されるペプチドリガーゼ；並びに
（ｂ）：
（ｉ）配列番号２に示されるアミノ酸配列；
（ｉｉ）配列番号２に示される配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であって、配列番号２の位置９に相当する位置にリシン残基を含むアミノ酸配列、
（ｉｉｉ）配列番号３に示されるアミノ酸配列；若しくは
（ｉｖ）配列番号３に示される配列と少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列であって、配列番号３の位置１７に相当する位置にアスパラギン残基を含むアミノ酸配列
を含むペプチドタグであって、
分子若しくは構成要素にコンジュゲート若しくは融合するペプチドタグ；及び／又は
（ｃ）（ａ）で定義されるペプチドリガーゼをコードする核酸分子、特にベクター；並びに
（ｄ）（ｂ）で定義されるペプチドタグをコードする核酸分子、特にベクター
を含むキット。
【請求項２５】
分子又は構成要素にコンジュゲート又は融合する第２のペプチドタグをさらに含み、前記第２のペプチドタグは、イソペプチド結合の形成に適した条件下で、（ａ）のペプチドリガーゼと接触する場合に、（ｂ）における前記ペプチドタグとのイソペプチド結合を形成することができる、請求項２４に記載のキット。
【請求項２６】
前記分子又は前記構成要素は、核酸分子、タンパク質、ペプチド、小分子有機化合物、フルオロフォア、金属−リガンド複合体、多糖、ナノ粒子、ナノチューブ、ポリマー、細胞、ウイルス、ウイルス様粒子、又はそれらの組合せである、請求項２４又は２５に記載のキット。