【手続補正書】
【提出日】令和3年8月19日(2021.8.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の配列コンテキストにおいて所望のペプチドエピトープに結合する親和性試薬を選択するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
複数の配列コンテキストを含むペプチドライブラリーを得る工程であって、各ペプチドは、配列αＸβを有し、Ｘは所望のペプチドエピトープであり、隣接配列αおよびβの少なくとも1つが１つのアミノ酸を含む、工程；
ペプチドライブラリーに対して一つ以上の親和性試薬をスクリーニングして、前記複数の配列コンテキスト中の所望のエピトープXに結合する試薬を同定する工程。
【請求項２】
前記隣接配列αおよびβが前記ペプチドライブラリー中の複数の配列コンテキストにおいて異なる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
αおよびβのそれぞれが１アミノ酸からなる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
αおよびβのうち少なくとも１つがリンカーを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
αおよびβのうち少なくとも１つがさらに、N末端修飾、C末端修飾、正に荷電した基、負に荷電した基、疎水基および糖からなる群から選択される修飾を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
αおよびβのそれぞれが１〜３アミノ酸からなる、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
所望のペプチドエピトープＸが２〜７アミノ酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
選択される親和性試薬が、抗体、アプタマー、ペプタマー、ペプチド、およびＦａｂ断片からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
以下の工程をさらに含む、請求項１記載の方法：
選択される親和性試薬を、所望のエピトープと同じ長さの複数のペプチドに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬の結合を特徴付けする工程。
【請求項１０】
所望のエピトープと同じ長さの複数のペプチドが、所望のエピトープと同じ長さのペプチドの、可能性のあるすべてのバリエーションの９０％に相当する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
以下の工程をさらに含む、請求項１に記載の方法：
選択される親和性試薬を、複数のペプチドに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬の結合を特徴付けする工程であって、該複数のペプチドの各ペプチドは、所望のエピトープと、１つまたは複数の隣接残基とを含む、工程。
【請求項１２】
以下の工程をさらに含む、請求項９に記載の方法：
選択される親和性試薬を、第二の複数のペプチドに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬の結合を特徴付けする工程であって、該複数のペプチドの各ペプチドは、第二のエピトープと、１つまたは複数の隣接残基とを含む、工程。
【請求項１３】
以下の工程をさらに含む、請求項１に記載の方法：
選択される親和性試薬を、所望のエピトープより短い複数のペプチドの複数のサブセットに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬の結合を特徴付けする工程。
【請求項１４】
選択される親和性試薬を、所望のエピトープを含むタンパク質のパネルに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬を特徴付けする工程
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約１０％超に結合する場合に、保持される、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
選択される親和性試薬を、Xエピトープを含まないタンパク質のパネルに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬を特徴付けする工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約１５％未満に結合する場合に、保持される、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
選択される親和性試薬が、２アミノ酸〜１０アミノ酸の長さを有する無作為なペプチドのライブラリーに対してスクリーニングされ、かつ以下の工程をさらに含む、請求項１に記載の方法：
選択される親和性試薬によって結合されるペプチドを、同定する工程；および
選択される親和性試薬を、
１）それが、２０個未満の異なるエピトープに結合し、かつ
２）それが、該エピトープを含む５アミノ酸より長いすべてのペプチドの少なくとも１０％に結合する場合に、保持する工程。
【請求項１９】
選択される親和性試薬が、それが、エピトープを含む５アミノ酸より長いすべてのペプチドの少なくとも１５％に結合しない限り、保持されない、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
以下の工程をさらに含む、請求項１に記載の方法：
親和性試薬を、ペプチドのライブラリーに対してスクリーニングすることによって、親和性試薬の結合を特徴付けする工程であって、ペプチドのライブラリーが、所望のエピトープより短いペプチド、所望のエピトープと同じ長さのペプチド、および所望のエピトープより長いペプチドを含む、工程；ならびに
結合されたペプチドの配列を同定する工程であって、それにより、親和性試薬の結合を特徴付けする工程。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２０９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２０９】
本発明の好ましい態様は本明細書において示されかつ記載されているが、そのような態様が、単なる例として提供されていることは、当業者には明らかである。本発明が、本明細書中に提供される特定の例によって限定されることを目的としているわけではない。本発明は上述の明細書を参照して記載されているが、本明細書における態様の説明および図面は、制限的な意味に解釈されるべきではない。無数の変更、改変、および置き換えが、本発明から逸脱することなく、今や当業者に想起されるであろう。さらに、本発明のすべての局面は、多様な条件および変数に左右される、本明細書において説明される特定の描写、構成、または相対的比率に限定されないことが、理解されるべきである。本明細書において記載される本発明の態様のさまざまな代替物が、本発明を実践する際に採用され得ることが、理解されるべきである。したがって、本発明はまた、任意のそのような代替物、修正形態、変更形態、または等価物を包含することが、企図される。添付の特許請求の範囲は、本発明の範囲を定義し、かつこれらの特許請求の範囲の範囲内の方法および構成、ならびにそれらの等価物がそれにより包含されることを、意図する。
本発明は一態様において以下を提供する。
[項目１]
複数の配列コンテキストにおいて所望のペプチドエピトープに結合する親和性試薬を選択するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
ペプチドライブラリーを得る工程であって、各ペプチドは、配列αＸβおよび長さｋを有し、Ｘは、長さｍの所望のペプチドエピトープである、工程；
ペプチドライブラリーを、複数の特定の親和性試薬に曝露する工程、
ペプチドライブラリー中のどのペプチドが、該特定の親和性試薬によって結合されるのかを決定する工程；ならびに
該特定の親和性試薬が、ペプチドライブラリー中の、閾値より多い数のペプチドに結合する場合に、該特定の親和性試薬を選択するために、ペプチドライブラリーを用いる工程。
[項目２]
ペプチドライブラリーが少なくとも５０個のペプチドを含む、項目１に記載の方法。
[項目３]
ペプチドライブラリーが少なくとも１００個のペプチドを含む、項目１に記載の方法。
[項目４]
ペプチドライブラリーが少なくとも１，０００個のペプチドを含む、項目１に記載の方法。
[項目５]
長さｋが、５、６、７、および８アミノ酸残基からなる群より選択される、項目１に記載の方法。
[項目６]
長さｍが、２、３、および４アミノ酸残基からなる群より選択される、項目１に記載の方
法。
[項目７]
長さｋが長さｍと等しい、項目１に記載の方法。
[項目８]
αおよびβのそれぞれが少なくとも１アミノ酸を含む、項目１に記載の方法。
[項目９]
ペプチドライブラリー中の各ペプチドが、長さｍの、独特な所望のペプチドエピトープ
を含む、項目１に記載の方法。
[項目１０]
複数の配列コンテキストにおいて所望のペプチドエピトープに結合する親和性試薬を選択するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
ペプチドライブラリーを得る工程であって、各ペプチドは配列αＸβを有し、Ｘは所望のペプチドエピトープであり、かつαおよびβのそれぞれはアミノ酸を含む、工程；ならびに
親和性試薬を選択するために、ペプチドライブラリーを用いる工程。
[項目１１]
αおよびβのそれぞれが１アミノ酸からなる、項目１０に記載の方法。
[項目１２]
αおよびβのうち少なくとも１つがリンカーを含む、項目１０に記載の方法。
[項目１３]
αおよびβのうち少なくとも１つが修飾を含む、項目１０に記載の方法。
[項目１４]
αおよびβのそれぞれが１〜３アミノ酸からなる、項目１０に記載の方法。
[項目１５]
複数の親和性試薬が、項目１に記載の方法を用いて選択される、項目１０に記載の方
法。
[項目１６]
所望のペプチドエピトープＸが２〜７アミノ酸である、項目１０に記載の方法。
[項目１７]
選択される親和性試薬が、抗体、アプタマー、ペプタマー、ペプチド、およびＦａｂ断片
からなる群より選択される、項目１０に記載の方法。
[項目１８]
選択される親和性試薬が、デジタル抗体、デジタルアプタマー、デジタルペプタマー、デジタルペプチド、およびデジタルＦａｂ断片からなる群より選択される、項目１０に記載
の方法。
[項目１９]
以下の工程をさらに含む、項目１０記載の方法：
選択される親和性試薬を、所望のエピトープと同じ長さの複数のペプチドに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬の結合を特徴付けする工程。
[項目２０]
所望のエピトープと同じ長さの複数のペプチドが、所望のエピトープと同じ長さのペプチドの、可能性のあるすべてのバリエーションの９０％に相当する、項目１９に記載の方法
。
[項目２１]
以下の工程をさらに含む、項目１０に記載の方法：
選択される親和性試薬を、複数のペプチドに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬の結合を特徴付けする工程であって、該複数のペプチドの各ペプチドは、所望のエピトープと、１つまたは複数の隣接残基とを含む、工程。
[項目２２]
以下の工程をさらに含む、項目１８に記載の方法：
選択される親和性試薬を、第二の複数のペプチドに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬の結合を特徴付けする工程であって、該複数のペプチドの各ペプチドは、項目９の特徴付けする工程において同定される第二のエピトープと、１つまたは複数の隣接残基とを含む、工程。
[項目２３]
以下の工程をさらに含む、項目１０に記載の方法：
選択される親和性試薬を、所望のエピトープより短い複数のペプチドの複数のサブセットに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬の結合を特徴付けする工程。
[項目２４]
選択される親和性試薬を、所望のエピトープを含むタンパク質のパネルに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬を特徴付けする工程
をさらに含む、項目１０に記載の方法。
[項目２５]
選択される親和性試薬を、所望のエピトープを含むペプチドのパネルに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬を特徴付けする工程
をさらに含む、項目１０に記載の方法。
[項目２６]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約１０％超に結合する場合に、保持される
、項目２５に記載の方法。さらなる請求項を序列の下位の段に追加
[項目２７]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約２０％超に結合する場合に、保持される、項目２５に記載の方法。
[項目２８]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約３０％超に結合する場合に、保持される、項目２５に記載の方法。
[項目２９]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約４０％超に結合する場合に、保持される、項目２５に記載の方法。
[項目３０]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約５０％超に結合する場合に、保持される、項目２５に記載の方法。
[項目３１]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約７５％超に結合する場合に、保持される、項目２５に記載の方法。
[項目３２]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約９０％超に結合する場合に、保持される、項目２５に記載の方法。
[項目３３]
選択される親和性試薬を、３アミノ酸エピトープを含まないタンパク質のパネルに対してスクリーニングすることによって、選択される親和性試薬を特徴付けする工程
をさらに含む、項目１０に記載の方法。
[項目３４]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約１５％未満に結合する場合に、保持される、項目３３に記載の方法。
[項目３５]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約１０％未満に結合する場合に、保持される、項目３３に記載の方法。
[項目３６]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約５％未満に結合する場合に、保持される、項目３３に記載の方法。
[項目３７]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約１％未満に結合する場合に、保持される、項目３３に記載の方法。
[項目３８]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約０．１％未満に結合する場合に、保持される、項目３３に記載の方法。
[項目３９]
選択される親和性試薬が、それがタンパク質の約０．０１％未満に結合する場合に、保持される、項目３３に記載の方法。
[項目４０]
あるアミノ酸エピトープに特異的に結合し、
ｋが中心エピトープの長さである数式  ２０  ＊  （ｋ−２）  によって決定されるより多い数の他のアミノ酸エピトープには結合せず、かつ、
Ｘが所望のエピトープでありかつαおよびβが任意のアミノ酸残基であるαＸβの形式の配列の少なくとも１０％に結合する、
親和性試薬。
[項目４１]
αＸβの形式の配列の少なくとも１５％に結合する、項目４０に記載の親和性試薬。
[項目４２]
αＸβの形式の配列の少なくとも２０％に結合する、項目４０に記載の親和性試薬。
[項目４３]
αＸβの形式の配列の少なくとも３０％に結合する、項目４０に記載の親和性試薬。
[項目４４]
αＸβの形式の配列の少なくとも４０％に結合する、項目４０に記載の親和性試薬。
[項目４５]
αＸβの形式の配列の少なくとも５０％に結合する、項目４０に記載の親和性試薬。
[項目４６]
αＸβの形式の配列の少なくとも７５％に結合する、項目４０に記載の親和性試薬。
[項目４７]
αＸβの形式の配列の少なくとも９０％に結合する、項目４０に記載の親和性試薬。
[項目４８]
ある３アミノ酸エピトープに特異的に結合し、
いかなる他の３アミノ酸エピトープにも結合せず、かつ、
所望のエピトープの周囲の隣接配列にかかわらず実質的に類似の親和性で所望のエピトープに結合する、
親和性試薬。
[項目４９]
エピトープのサブセットに結合しない、前記請求項のいずれか一項に記載の親和性試薬。
[項目５０]
選択される親和性試薬が、２アミノ酸〜１０アミノ酸の長さを有する無作為なペプチドの
ライブラリーに対してスクリーニングされ、かつ以下の工程をさらに含む、項目１０に記載の方法：
選択される親和性試薬によって結合されるペプチドを、同定する工程；および
選択される親和性試薬を、
１）それが、２０個未満の異なるエピトープに結合し、かつ
２）それが、該エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも１０％に結合する場合に、保持する工程。
[項目５１]
選択される親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも１５％に結合しない限り、保持されない、項目５０に記載の方法。
[項目５２]
選択される親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも２０％に結合しない限り、保持されない、項目５０に記載の方法。
[項目５３]
選択される親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも３０％に結合しない限り、保持されない、項目５０に記載の方法。
[項目５４]
選択される親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも４０％に結合しない限り、保持されない、項目５０に記載の方法。
[項目５５]
選択される親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも５０％に結合しない限り、保持されない、項目５０に記載の方法。
[項目５６]
選択される親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも７５％に結合しない限り、保持されない、項目５０に記載の方法。
[項目５７]
選択される親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも９０％に結合しない限り、保持されない、項目５０に記載の方法。
[項目５８]
選択される親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも９５％に結合しない限り、保持されない、項目５０に記載の方法。
[項目５９]
以下の工程をさらに含む、項目１０に記載の方法：
親和性試薬を、ペプチドのライブラリーに対してスクリーニングすることによって、親和性試薬の結合を特徴付けする工程であって、ペプチドのライブラリーが、所望のエピトープより短いペプチド、所望のエピトープと同じ長さのペプチド、および所望のエピトープより長いペプチドを含む、工程；ならびに
結合されたペプチドの配列を同定する工程であって、それにより、親和性試薬の結合を特徴付けする工程。
[項目６０]
親和性試薬のセットから親和性試薬を選択する方法であって、以下の工程を含む、方法：
親和性試薬のセットを、２アミノ酸〜１０アミノ酸の長さを有する無作為なペプチドのライブラリーに対してスクリーニングする工程；
親和性試薬のセットの各親和性試薬によって結合されるペプチドを、同定する工程；および
１）  ２０個未満の異なるエピトープに結合し、かつ
２）  エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも１０％に結合する親和性試薬を選択する工程。
[項目６１]
親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも１５％に結合しない限り、選択されない、項目６０に記載の方法。
[項目６２]
親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも２０％に結合しない限り、選択されない、項目６０に記載の方法。
[項目６３]
親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも３０％に結合しない限り、選択されない、項目６０に記載の方法。
[項目６４]
親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも４０％に結合しない限り、選択されない、項目６０に記載の方法。
[項目６５]
親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも５０％に結合しない限り、選択されない、項目６０に記載の方法。
[項目６６]
親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも７５％に結合しない限り、選択されない、項目６０に記載の方法。
[項目６７]
親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも９０％に結合しない限り、選択されない、項目６０に記載の方法。
[項目６８]
親和性試薬が、それが、エピトープを含むすべてのより長いペプチドの少なくとも９５％に結合しない限り、選択されない、項目６０に記載の方法。
[項目６９]
親和性試薬が、１つまたは複数の基材に固定化されており、かつ無作為なペプチドのライブラリーが、固定化された親和性試薬を通過する、項目６０に記載の方法。
[項目７０]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の５％〜１０％に結合する、切り替え可能なアプタマー。
[項目７１]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の５％〜９５％に結合する、切り替え可能なアプタマー。
[項目７２]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の１０％〜９０％に結合する、切り替え可能なアプタマー。
[項目７３]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の２０％〜８０％に結合する、切り替え可能なアプタマー。
[項目７４]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の３０％〜７０％に結合する、切り替え可能なアプタマー。
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の４０％〜６０％に結合する、切り替え可能なアプタマー。
[項目７５]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の５％〜１０％に結合する、切り替え可能なアプタマーを、同定する方法。
[項目７６]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の５％〜９５％に結合する、切り替え可能なアプタマーを、同定する方法。
[項目７７]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の１０％〜９０％に結合する、切り替え可能なアプタマーを、同定する方法。
[項目７８]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の２０％〜８０％に結合する、切り替え可能なアプタマーを、同定する方法。
[項目７９]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の３０％〜７０％に結合する、切り替え可能なアプタマーを、同定する方法。
[項目８０]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の４０％〜６０％に結合する、切り替え可能なアプタマーを、同定する方法。
[項目８１]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の５％〜１０％に結合する、親和性試薬。
[項目８２]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の５％〜９５％に結合する、親和性試薬。
[項目８３]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の１０％〜９０％に結合する、親和性試薬。
[項目８４]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の２０％〜８０％に結合する、親和性試薬。
[項目８５]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の３０％〜７０％に結合する、親和性試薬。
[項目８６]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の４０％〜６０％に結合する、親和性試薬。
[項目８７]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の５％〜１０％に結合する親和性試薬を同定する方法。
[項目８８]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の５％〜９５％に結合する親和性試薬を同定する方法。
[項目８９]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の１０％〜９０％に結合する親和性試薬を同定する方法。
[項目９０]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の２０％〜８０％に結合する親和性試薬を同定する方法。
[項目９１]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の３０％〜７０％に結合する親和性試薬を同定する方法。
[項目９２]
ヒトプロテオーム中のすべてのタンパク質の４０％〜６０％に結合する親和性試薬を同定する方法。
[項目９３]
特定の長さの、複数の独特な所望のペプチドエピトープへの、親和性試薬の結合を特徴付けするための方法であって、以下の工程を含む、方法：
複数のペプチドを有するペプチドライブラリーを得る工程であって、該複数のペプチドの各ペプチドは、長さｍを有する独特な所望のペプチドエピトープ配列を含み、かつ、長ｍを有する、可能性のある別個のエピトープ配列の反復のサブセットが、ペプチドライブラリー中に表される、工程；
ペプチドライブラリーを、複数の特定の親和性試薬に曝露する工程、
ペプチドライブラリー中のどのペプチドが、該特定の親和性試薬によって結合されるのかを決定する工程；ならびに
該特定の親和性試薬が、ペプチドライブラリー中の、閾値より多い数のペプチドに結合する場合に、該特定の親和性試薬を選択するために、ペプチドライブラリーを用いる工程。
[項目９４]
前記親和性試薬を選択するために、前記ペプチドライブラリーが変性状態で使用される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目９５]
前記親和性試薬が、変性タンパク質における所望のエピトープに結合する能力に関してさらに評価され、かつ前記親和性試薬が、それが変性タンパク質において所望のエピトープに結合できる場合に、選択される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目９６]
前記親和性試薬が、折りたたまれているコンテキストまたは折りたたまれていないコンテキストのいずれかのタンパク質において、所望のエピトープに結合する能力に関してさらに評価される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目９７]
前記親和性試薬が、折りたたまれているコンテキストまたは折りたたまれていないコンテキストのいずれかのタンパク質において、所望のエピトープに結合する能力に関してさらに評価され、かつ前記親和性試薬が、それが、結合したタンパク質および未結合のタンパク質の両方において前記所望のエピトープに結合できる場合に、さらに選択される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目９８]
前記親和性試薬が、マイクロフォールディング（ｍｉｃｒｏｆｏｌｄｉｎｇ）を含み得る変性タンパク質における所望のエピトープに結合する能力に関してさらに評価され、かつ前記親和性試薬が、それが、前記変性タンパク質における前記所望のエピトープに結合できる場合に、さらに選択される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目９９]
前記親和性試薬が、多くの異なる配列コンテキストにおいて所望のエピトープに結合する能力に関してさらに評価され、かつ前記親和性試薬が、それが、所望のエピトープを含むすべてのペプチドに、同様に良好に、またはほぼ同様に良好に、結合できる場合に、さらに選択される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目１００]
前記親和性試薬が、多くの異なる配列コンテキストにおいて所望のエピトープに結合する能力に関してさらに評価され、かつ前記親和性試薬が、それが、エピトープの配列コンテキストに応じて異なる親和性で前記所望のエピトープに結合する場合に、さらに選択される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目１０１]
前記親和性試薬が、多くの異なる配列コンテキストにおいて所望のエピトープに結合する能力に関してさらに評価され、かつ前記親和性試薬が、それが、前記所望のエピトープに、エピトープのすべての配列コンテキストにおいて同じ親和性で結合するわけではない場合に、さらに選択される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目１０２]
前記親和性試薬が、複数の独特なエピトープに結合する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目１０３]
前記親和性試薬が、配列コンテキストとは無関係に、複数の独特なエピトープに結合する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目１０４]
前記親和性試薬が、異なる配列コンテキストに基づいて異なる親和性で、所望のペプチドエピトープに結合する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目１０５]
前記親和性試薬が、複数の所望のペプチドエピトープに結合し、前記親和性試薬が、異なる配列コンテキストに基づいて異なる親和性で、前記複数の所望のペプチドエピトープのそれぞれに結合する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
[項目１０６]
前記親和性試薬が、以下の工程を含むプロセスを用いて同定される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法：
前記所望のペプチドエピトープを含む標的に結合するように、最初のスクリーニングを行う工程；
親和性試薬の結合を特徴付けするために、ペプチドレベルの適格性スクリーニングを行う工程；および
前記ペプチドレベルの適格性スクリーニングにおいて提供された結合の特徴付けを確認するために、タンパク質レベルのスクリーニングを行う工程。
[項目１０７]
前記タンパク質レベルのスクリーニングの少なくとも一部分が、前記ペプチドレベルの適格性スクリーニングの前に実施される、項目１０６に記載の方法。
[項目１０８]
前記親和性試薬が、以下の工程を含むプロセスを用いて同定される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法：
前記所望のペプチドエピトープを含む標的に結合するように、最初のスクリーニングを行う工程；
親和性試薬の結合を特徴付けするために、タンパク質レベルのスクリーニングを行う工程；および
前記タンパク質レベルのスクリーニングにおいて提供された結合の特徴付けを確認するために、ペプチドレベルの適格性スクリーニングを行う工程。
[項目１０９]
前記ペプチドレベルの適格性スクリーニングの少なくとも一部分が、前記タンパク質レベルのスクリーニングの前に実施される、項目１０８に記載の方法。
[項目１１０]
前記親和性試薬が、以下の工程を含むプロセスを用いて同定される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法：
前記所望のペプチドエピトープを含む標的に結合するように、最初のスクリーニングを行う工程；および
親和性試薬の結合を特徴付けするために、タンパク質レベルのスクリーニングを行う工程。
[項目１１１]
複数の配列コンテキストにおいて所望のペプチドエピトープに結合するアプタマーを選択するための方法であって、以下の工程を含む、方法：
ペプチドライブラリーを得る工程であって、各ペプチドは配列αＸβを有し、Ｘは所望のペプチドエピトープであり、かつαおよびβのそれぞれはアミノ酸を含む、工程；ならびに
指数的濃縮によるリガンドの系統進化（Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ｏｆ  ｌｉｇａｎｄｓ  ｂｙ  ｅｘｐｏｎｅｎｔｉａｌ  ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ）を用いる選択工程において、標的としてペプチドライブラリーを、該標的に結合するアプタマーを選択するために、用いる工程；
前記選択されるアプタマーを、配列αＸβのペプチドのパネルに対してスクリーニングする工程であって、Ｘは所望のペプチドエピトープであり、かつαおよびβのそれぞれはアミノ酸を含む、工程；ならびに
前記アプタマーを、それが前記ペプチド配列の少なくとも４０個に結合する場合に、保持する工程。