【手続補正書】
【提出日】令和3年11月12日(2021.11.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸試料中の複数の核酸配列を増幅するための方法であって、
各々が一対の増幅プライマーを含む少なくとも５つの異なるアッセイを使用して、各々が複数の核酸配列を含む試料源由来の一定分量を含む少なくとも５つの増幅反応混合物を形成することであって、前記アッセイが表１におけるアッセイの群から選択される、形成することと、
各増幅反応混合物を反応容器に適用することと、
前記反応容器上で複数の増幅反応を行うことと、
前記複数の増幅反応中に前記反応容器上の１つ以上の場所内の標的核酸配列に対応する増幅産物を検出することと、を含む、方法。
【請求項２】
前記反応を増幅産物検出システムで利用することと、
前記増幅産物検出システムを動作させて、
任意に関連表を使用して、前記反応容器上の前記増幅反応混合物の場所を、前記増幅反応混合物で利用されるアッセイＩＤのうちの１つ以上と関連付けることと、をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記反応容器が、複数のウェルを有するプレートである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記反応容器がアレイである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
前記反応容器がオープンアレイプレートである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項６】
前記反応容器がチップマイクロアレイである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項７】
表１におけるアッセイの群から選択される少なくとも１０個の異なるアッセイを使用して、各々が複数の核酸配列を含む試料源由来の一定分量を含む少なくとも１０個の増幅反応混合物を形成する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
表１におけるアッセイの群から選択される少なくとも１５個の異なるアッセイを使用して、各々が複数の核酸配列を含む試料源由来の一定分量を含む少なくとも１５個の増幅反応混合物を形成する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
表１におけるアッセイのうちの１７個を使用して、各々が複数の核酸配列を含む試料源由来の一定分量を含む反応混合物を形成する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
生物学的試料中の少なくとも１つの標的核酸の存在または不在を決定するための組成物であって、
少なくとも５つの異なる増幅プライマー対であって、前記対の前記プライマーが各々、表１における標的微生物の核酸配列の領域の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイゼーション領域を含み、好適な条件下で前記プライマー対がアンプリコンを生成する、少なくとも５つの異なる増幅プライマー対と、
前記プライマー対によって生成された前記アンプリコンの領域の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズするように構成された少なくとも５つの検出プローブと、を備える、組成物。
【請求項１１】
複数の異なる標的核酸配列を含む対照核酸分子をさらに備え、前記複数の標的核酸配列が表１における少なくとも５つの遺伝子に特異的である、請求項１０に記載の組成物。
【請求項１２】
前記組成物が、アッセイのパネルまたはコレクションである、請求項１０又は１１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記アッセイのパネルまたはコレクションが、ＴａｑＭａｎアッセイのパネルまたはコレクションを含む、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１４】
前記少なくとも１つの標的核酸が、尿路感染症に関連する微生物のバイオマーカーである、請求項１０〜１３のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１５】
核酸増幅のためのアレイであって、
複数の反応部位を含む支持体であって、前記複数の反応部位が前記支持体内または前記支持体上に位置する、支持体を含み、
前記複数の反応部位が各々、
（ｉ）複数の異なる標的配列を含む対照核酸分子と、
（ｉｉ）対応する標的配列を増幅するように構成された増幅プライマー対と、
（ｉｉｉ）前記対の前記増幅プライマーのうちの少なくとも１つの伸長によって生成された核酸配列にハイブリダイズするように構成された検出可能な標識プローブと、を含む、アレイ。
【請求項１６】
前記異なる標的配列のうちの少なくとも２つが、表１から選択される遺伝子またはその対応するｃＤＮＡの少なくとも５６ヌクレオチド部分を含む、請求項１５に記載のアレイ。
【請求項１７】
前記反応部位のうちの少なくとも１つが増幅産物を含む、請求項１５又は１６に記載のアレイ。
【請求項１８】
前記支持体が、異なる増幅産物を含む１０〜１０，０００個の反応部位を含む、請求項１５〜１７のいずれか１項に記載のアレイ。
【請求項１９】
前記反応部位のうちの少なくとも２つが各々、異なる対応する標的配列を増幅するように構成された増幅プライマー対を含む、請求項１５〜１８のいずれか１項に記載のアレイ。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９４】
まとめると、このデータは、本明細書に提示されるＵＴＭ  ＴａｑＭアッセイを使用したＯｐｅｎＡｒｒａｙ（商標）ｑＰＣＲが「ゴールドスタンダード」培養データと比較して感度が高く、正確であることを示す。
本発明のまた別の態様は、以下のとおりであってもよい。
〔１〕核酸試料中の複数の核酸配列を増幅するための方法であって、
各々が一対の増幅プライマーを含む少なくとも５つの異なるアッセイを使用して、各々が複数の核酸配列を含む試料源由来の一定分量を含む少なくとも５つの増幅反応混合物を形成することであって、前記アッセイが表１におけるアッセイの群から選択される、形成することと、
各増幅反応混合物を反応容器に適用することと、
前記反応容器上で複数の増幅反応を行うことと、
前記複数の増幅反応中に前記反応容器上の１つ以上の場所内の標的核酸配列に対応する増幅産物を検出することと、を含む、方法。
〔２〕前記反応を増幅産物検出システムで利用することと、
前記増幅産物検出システムを動作させて、
任意に関連表を使用して、前記反応容器上の前記増幅反応混合物の場所を、前記増幅反応混合物で利用されるアッセイＩＤのうちの１つ以上と関連付けることと、をさらに含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔３〕前記反応容器が、複数のウェルを有するプレートである、前記〔１〕に記載の方法。
〔４〕前記反応容器がアレイである、前記〔１〕に記載の方法。
〔５〕前記反応容器がオープンアレイプレートである、前記〔１〕に記載の方法。
〔６〕前記反応容器がチップマイクロアレイである、前記〔１〕に記載の方法。
〔７〕表１におけるアッセイの群から選択される少なくとも１０個の異なるアッセイを使用して、各々が複数の核酸配列を含む試料源由来の一定分量を含む少なくとも１０個の増幅反応混合物を形成する、前記〔１〕に記載の方法。
〔８〕表１におけるアッセイの群から選択される少なくとも１５個の異なるアッセイを使用して、各々が複数の核酸配列を含む試料源由来の一定分量を含む少なくとも１５個の増幅反応混合物を形成する、前記〔１〕に記載の方法。
〔９〕表１におけるアッセイのうちの１７個を使用して、各々が複数の核酸配列を含む試料源由来の一定分量を含む反応混合物を形成する、前記〔１〕に記載の方法。
〔１０〕前記試料源が尿検体である、前記〔１〕に記載の方法。
〔１１〕前記増幅産物が、５６〜１０５ヌクレオチド長のアンプリコンを有する前記核酸試料の標的アンプリコンを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔１２〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０８４＿ｓ１が、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉの遺伝子の注釈を付けられていない領域の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔１３〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０８８＿ｓ１が、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉのクピンスーパーファミリー遺伝子であるシュウ酸デカルボキシラーゼ／古細菌ホスホグルコースイソメラーゼＣＯＧ２１４０の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔１４〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０８０＿ｓ１が、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ（別名、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）のピリドキサールリン酸依存性ヒスチジンデカルボキシラーゼ（ｈｄｃ）遺伝子の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔１５〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０８７＿ｓ１が、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの遺伝子の仮説タンパク質の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔１６〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４６４６２４７＿ｓ１が、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓのアミノトランスフェラーゼクラスＶ遺伝子の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔１７〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０８６＿ｓ１が、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍのＰｈｎＢ−ＭｅｒＲファミリー転写調節因子遺伝子の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔１８〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４６４６２４２＿ｓ１が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉのＣＯＧ０７８９  Ｄｎａ結合転写調節因子ＭｅｒＲファミリー（Ｚｎｔｒ）遺伝子の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔１９〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０７９＿ｓ１が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａのｐａｒＣ（ＤＮＡトポイソメラーゼＩＶサブユニットＡ）遺伝子の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔２０〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０８３＿ｓ１が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅのａｃｔ様タンパク質遺伝子の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔２１〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０７８＿ｓ１が、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉのＦｅ２＋輸送系タンパク質ＦｅｏＡ遺伝子ＣＯＧ１９１８の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔２２〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０７６＿ｓ１が、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓのｕｒｅＲ遺伝子であるａｒａＣの核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔２３〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０７７＿ｓ１が、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｖｕｌｇａｒｉｓのＳＵＭＦ１遺伝子の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔２４〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０８２＿ｓ１が、ラジカルＳＡＭスーパーファミリー、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｓｔｕａｒｔｉｉの推定鉄硫黄修飾タンパク質遺伝子であるスルファターゼ成熟酵素ＡｓｌＢ  ＣＯＧ０６４１の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔２５〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０８１＿ｓ１が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａのヘリックスターンヘリックスドメインタンパク質遺伝子であるＮ２９６＿１７６０の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔２６〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４９３２０８５＿ｓ１が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓのｃｄａＲ遺伝子の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔２７〕アッセイＩＤ  Ｂａ０４６４６２７６＿ｓ１が、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅのＳＩＰ遺伝子の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔２８〕アッセイＩＤ  Ｆｎ０４６４６２３３＿ｓ１が、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓのＩＰＴ１遺伝子の核酸配列の一部を標的とする一対のプライマーを含む、前記〔１〕に記載の方法。
〔２９〕核酸試料中の複数の核酸配列を増幅するための方法であって、
各々が複数の核酸配列を含む試料源由来の一定分量を含む複数の増幅反応混合物を形成することであって、前記試料源が尿検体である、形成することと、
前記複数の増幅反応混合物を反応容器に適用することであって、前記反応容器が、各々が表１における対応する標的領域位置および対応する標的領域サイズを有する異なる遺伝子を標的とする少なくとも５つのアッセイで構成されており、各アッセイが一対の増幅プライマーを含む、適用することと、
前記反応容器上で複数の増幅反応を行うことと、
前記複数の増幅反応中に前記反応容器上の場所内の標的核酸配列に対応する増幅産物を検出することと、を含む、方法。
〔３０〕前記反応容器を増幅産物検出システムで利用することと、
前記増幅産物検出システムを動作させて、
任意に関連表を使用して、前記反応容器上の前記増幅反応混合物の場所を、前記反応容器上で利用される前記アッセイのうちの１つ以上と関連付けることと、をさらに含む、前記〔２９〕に記載の方法。
〔３１〕前記反応容器が、複数のウェルを有するプレートである、前記〔２９〕に記載の方法。
〔３２〕前記反応容器がアレイである、前記〔２９〕に記載の方法。
〔３３〕前記反応容器がオープンアレイプレートである、前記〔２９〕に記載の方法。
〔３４〕前記反応容器がチップマイクロアレイである、前記〔２９〕に記載の方法。
〔３５〕前記反応容器が、各々が表１に列記される異なる遺伝子を標的とする少なくとも１０個のアッセイで構成されている、前記〔２９〕に記載の方法。
〔３６〕前記反応容器が、各々が表１に列記される異なる遺伝子を標的とする少なくとも１５個のアッセイで構成されている、前記〔２９〕に記載の方法。
〔３７〕前記反応容器が、表１に列記される遺伝子の各々を標的とするアッセイで構成されている、前記〔２９〕に記載の方法。
〔３８〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉにおける注釈を付けられていない領域に対応する遺伝子の９３であるアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔３９〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉにおけるクピンスーパーファミリーであるシュウ酸デカルボキシラーゼ／古細菌ホスホグルコースイソメラーゼＣＯＧ２１４０に対応する遺伝子の１０３ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔４０〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ（別名、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）におけるピリドキサールリン酸依存性ヒスチジンデカルボキシラーゼ（ｈｄｃ）に対応する遺伝子の９８サイズのアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔４１〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅにおける仮説タンパク質に対応する遺伝子の８８ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔４２〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓにおけるアミノトランスフェラーゼクラスＶに対応する遺伝子の９５ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔４３〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍにおけるＰｈｎＢ−ＭｅｒＲファミリー転写調節因子に対応する遺伝子の９８ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔４４〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉにおけるＣＯＧ０７８９  Ｄｎａ結合転写調節因子ＭｅｒＲファミリー（Ｚｎｔｒ）に対応する遺伝子の６３ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔４５〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａにおけるｐａｒＣ（ＤＮＡトポイソメラーゼＩＶサブユニットＡ）に対応する遺伝子の９３ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔４６〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅにおけるａｃｔ様タンパク質に対応する遺伝子の５６ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔４７〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉにおけるＦｅ２＋輸送系タンパク質ＦｅｏＡ  ＣＯＧ１９１８に対応する遺伝子の９１ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔４８〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓにおけるｕｒｅＲであるａｒａＣに対応する遺伝子の１００ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔４９〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｖｕｌｇａｒｉｓにおけるＳＵＭＦ１に対応する遺伝子の７６ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔５０〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、ラジカルＳＡＭスーパーファミリー、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｓｔｕａｒｔｉｉにおける推定鉄硫黄修飾タンパク質であるスルファターゼ成熟酵素ＡｓｌＢ  ＣＯＧ０６４１に対応する遺伝子の１００ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔５１〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａにおけるヘリックスターンヘリックスドメインタンパク質であるＮ２９６＿１７６０に対応する遺伝子の７０ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔５２〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓにおけるｃｄａＲに対応する遺伝子の８５ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔５３〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅにおけるＳＩＰに対応する遺伝子の６６ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔５４〕前記少なくとも５つのアッセイのうちの１つのアッセイが、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓにおけるＩＰＴ１に対応する遺伝子の１０５ヌクレオチド長のアンプリコンを増幅する、前記〔２９〕に記載の方法。
〔５５〕生物学的試料中の少なくとも１つの標的核酸の存在または不在を決定するための組成物であって、
少なくとも５つの異なる増幅プライマー対であって、前記対の前記プライマーが各々、表１における標的微生物の核酸配列の領域の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイゼーション領域を含み、好適な条件下で前記プライマー対がアンプリコンを生成する、少なくとも５つの異なる増幅プライマー対と、
前記プライマー対によって生成された前記アンプリコンの領域の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズするように構成された少なくとも５つの検出プローブと、を含む、組成物。
〔５６〕複数の異なる標的核酸配列を含む対照核酸分子をさらに含み、前記複数の標的核酸配列が表１における少なくとも５つの遺伝子に特異的である、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔５７〕前記組成物が、アッセイのパネルまたはコレクションである、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔５８〕前記アッセイのパネルまたはコレクションが、ＴａｑＭａｎアッセイのパネルまたはコレクションを含む、前記〔５７〕に記載の組成物。
〔５９〕前記少なくとも１つの標的核酸が、尿路感染症に関連する微生物のバイオマーカーである、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔６０〕前記組成物が固体支持体を含む、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔６１〕前記少なくとも５つの増幅プライマー対が前記固体支持体上の場所によって分離されている、前記〔６０〕に記載の組成物。
〔６２〕前記組成物が、少なくとも１０個の異なる増幅プライマー対を含み、前記対の前記プライマーが各々、表１における標的微生物の核酸配列の領域の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイゼーション領域を含み、好適な条件下で前記プライマー対がアンプリコンを生成する、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔６３〕前記組成物が、少なくとも１５個の異なる増幅プライマー対を含み、前記対の前記プライマーが各々、表１における標的微生物の核酸配列の領域の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイゼーション領域を含み、好適な条件下で前記プライマー対がアンプリコンを生成する、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔６４〕前記組成物が、少なくとも１７個の異なる増幅プライマー対を含み、前記対の前記プライマーが各々、表１における標的微生物の核酸配列の領域の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイゼーション領域を含み、好適な条件下で前記プライマー対がアンプリコンを生成する、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔６５〕Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド２０２１００〜２０２８００に対応する領域内に位置する受入番号ＮＺ＿ＧＧ７０４５７４．１における７０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔６６〕Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１３７４００〜１３８２００に対応する領域内に位置する受入番号ＮＺ＿ＡＮＡＶ０１０００００４．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔６７〕Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ（別名、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）の標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１１５８６００〜１１５９４００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ０１４７４８．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔６８〕Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド３２７４０００〜３２７４８００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ００８８２３．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔６９〕Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１７６９１００〜１７６９９００に対応する領域内に位置する受入番号ＨＦ５５８５３０．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔７０〕Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１７３００〜１８１００に対応する領域内に位置する受入番号ＮＺ＿ＧＬ４７６１３１．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔７１〕Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド４３３６０００〜４３３６７００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ０１５８４３．２における７０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔７２〕Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド２８５１７００〜２８５２６００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ０２０３５８．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔７３〕Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド２０９０００〜２０９０８００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ００７７２７．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔７４〕Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド３７５８００〜３７６６００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ００４３４５．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔７５〕Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド５８０２００〜５８１０００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ０１７０８２．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔７６〕Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｖｕｌｇａｒｉｓの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１０２００〜１０２８００に対応する領域内に位置する受入番号ＪＰＩＸ０１０００００６．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔７７〕Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｓｔｕａｒｔｉｉの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド４９３０００〜４９３８００に対応する領域内に位置する受入番号ＮＺ＿ＤＳ６０７６６３．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔７８〕Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１８５７６００〜１８５８４００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ００６８３１．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔７９〕Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド２００４００〜２０１０００に対応する領域内に位置する受入番号ＡＰ００８９３４．１における６０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔８０〕Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド４１０００〜４１６００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ０１０３１９．１における６０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔８１〕Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド８００〜１５００に対応する領域内に位置する受入番号ＡＹ８８４２０３．１における７０１の核酸配列内にある、前記〔５５〕に記載の組成物。
〔８２〕複数の増幅反応を評価するための核酸構築物であって、
複数の異なる標的核酸配列を含む対照核酸分子を含み、前記複数の標的核酸配列が、ＤＮＡプラスミドに挿入された表１における少なくとも５つの遺伝子に指向される、核酸構築物。
〔８３〕前記複数の標的核酸配列が、前記ＤＮＡプラスミド中の表１における遺伝子のうちの少なくとも１０個に指向される、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔８４〕前記複数の標的核酸配列が、前記ＤＮＡプラスミド中の表１における遺伝子のうちの少なくとも１５個に指向される、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔８５〕前記複数の標的核酸配列が、前記ＤＮＡプラスミド中の表１における遺伝子の各々に指向される、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔８６〕Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド２０２１００〜２０２８００に対応する領域内に位置する受入番号ＮＺ＿ＧＧ７０４５７４．１における７０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔８７〕Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１３７４００〜１３８２００に対応する領域内に位置する受入番号ＮＺ＿ＡＮＡＶ０１０００００４．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔８８〕Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ（別名、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）の標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１１５８６００〜１１５９４００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ０１４７４８．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔８９〕Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド３２７４０００〜３２７４８００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ００８８２３．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔９０〕Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１７６９１００〜１７６９９００に対応する領域内に位置する受入番号ＨＦ５５８５３０．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔９１〕Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１７３００〜１８１００に対応する領域内に位置する受入番号ＮＺ＿ＧＬ４７６１３１．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔９２〕Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド４３３６０００〜４３３６７００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ０１５８４３．２における７０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔９３〕Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド２８５１７００〜２８５２６００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ０２０３５８．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔９４〕Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド２０９０００〜２０９０８００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ００７７２７．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔９５〕Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド３７５８００〜３７６６００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ００４３４５．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔９６〕Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド５８０２００〜５８１０００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ０１７０８２．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔９７〕Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｖｕｌｇａｒｉｓの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１０２００〜１０２８００に対応する領域内に位置する受入番号ＪＰＩＸ０１０００００６．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔９８〕Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｓｔｕａｒｔｉｉの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド４９３０００〜４９３８００に対応する領域内に位置する受入番号ＮＺ＿ＤＳ６０７６６３．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔９９〕Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド１８５７６００〜１８５８４００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ００６８３１．１における８０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔１００〕Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド２００４００〜２０１０００に対応する領域内に位置する受入番号ＡＰ００８９３４．１における６０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔１０１〕Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド４１０００〜４１６００に対応する領域内に位置する受入番号ＣＰ０１０３１９．１における６０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔１０２〕Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓの標的核酸配列が、ゲノムのヌクレオチド８００〜１５００に対応する領域内に位置する受入番号ＡＹ８８４２０３．１における７０１の核酸配列内にある、前記〔８２〕に記載の核酸構築物。
〔１０３〕核酸試料中の複数の核酸配列を増幅するための方法であって、
複数の増幅反応を行うことであって、前記増幅反応が各々、核酸試料の一部と、各々が表１に記載の生物、ならびに対応するアンプリコンサイズ、領域、および受入番号に関連する標的核酸配列の群からの異なる標的核酸配列に対応する増幅産物を産生するように構成された一対の増幅プライマーとを含む、行うことと、
前記増幅反応から複数の異なる増幅産物を形成することと、
前記複数の異なる増幅産物のうちの少なくとも１つの存在または不在を決定することと、を含む、方法。
〔１０４〕前記複数の増幅反応を行うことであって、前記増幅反応のうちの少なくとも１０個が、核酸試料の一部と、各々が表１に記載の生物、ならびに対応するアンプリコンサイズ、領域、および／または受入番号に関連する標的核酸配列の前記群からの異なる標的核酸配列に対応する増幅産物を産生するように構成された一対の増幅プライマーを含む、行うことをさらに含む、前記〔１０３〕に記載の方法。
〔１０５〕前記複数の増幅反応を行うことであって、前記増幅反応のうちの少なくとも１５個が、核酸試料の一部と、各々が表１に記載の生物、ならびに対応するアンプリコンサイズ、領域、および／または受入番号に関連する標的核酸配列の前記群からの異なる標的核酸配列に対応する増幅産物を産生するように構成された一対の増幅プライマーを含む、行うことをさらに含む、前記〔１０３〕に記載の方法。
〔１０６〕前記複数の増幅反応を行うことであって、前記増幅反応の全てが、陰性対照を除いて、核酸試料の一部と、各々が表１に記載の生物、ならびに対応するアンプリコンサイズ、領域、および／または受入番号に関連する標的核酸配列の前記群からの異なる標的核酸配列に対応する増幅産物を産生するように構成された一対の増幅プライマーを含む、行うことをさらに含む、前記〔１０３〕に記載の方法。
〔１０７〕核酸試料中の複数の核酸配列を増幅するための方法であって、
（ａ）複数の増幅反応を行うことであって、前記増幅反応のうちの少なくとも５つが、核酸試料の一部と、前記標的核酸配列に対応する増幅産物を産生するように構成された一対の増幅プライマーとを含み、各標的核酸配列が、表１に記載の異なる遺伝子の増幅産物である、行うことと、
（ｂ）複数の異なる増幅産物を形成することと、
（ｃ）前記複数の異なる増幅産物のうちの少なくとも１つの存在または不在を決定することと、を含む、方法。
〔１０８〕前記増幅反応のうちの少なくとも５つが、表１に列記されるアッセイＩＤから選択される一対の増幅プライマーを含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１０９〕前記増幅反応のうちの少なくとも１０個が、表１に列記されるアッセイＩＤから選択される一対の増幅プライマーを含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１１０〕前記増幅反応のうちの少なくとも１５個が、表１に列記されるアッセイＩＤから選択される一対の増幅プライマーを含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１１１〕前記増幅反応のうちの１７個が、表１に列記されるアッセイＩＤから選択される一対の増幅プライマーを含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１１２〕複数の増幅反応を行い、前記増幅反応のうちの少なくとも１０個が、核酸試料の一部と、前記標的核酸配列に対応する増幅産物を産生するように構成された一対の増幅プライマーとを含み、前記標的核酸配列が、表１に列記される遺伝子の一部の増幅産物である、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１１３〕複数の増幅反応を行い、前記増幅反応のうちの少なくとも１５個が、核酸試料の一部と、前記標的核酸配列に対応する増幅産物を産生するように構成された一対の増幅プライマーとを含み、各前記標的核酸配列が、表１に記載の異なる遺伝子の増幅産物である、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１１４〕前記複数の増幅反応を行い、前記増幅反応のうちの１７個が、陰性対照を除いて、核酸試料の一部と、前記標的核酸配列に対応する増幅産物を産生するように構成された一対の増幅プライマーとを含み、各前記標的核酸配列が、表１に記載の異なる遺伝子の増幅産物である、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１１５〕前記増幅産物が５６〜１０５ヌクレオチド長である、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１１６〕増幅産物を産生するように構成された前記増幅プライマーの少なくとも１つの対が、前記対応する標的核酸配列の一部に相補的なまたはそれと同一の核酸配列を含むプライマーを含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１１７〕前記増幅プライマーの少なくとも１つの対の前記対応する標的核酸配列が、ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、無細胞ＤＮＡ、循環ＤＮＡ、またはｃＤＮＡ中に存在する核酸配列と同一のまたはそれに相補的な核酸配列を含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１１８〕前記対応する標的核酸配列が、標的微生物のゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、無細胞ＤＮＡ、循環ＤＮＡ、またはｃＤＮＡ中に存在するか、またはそれに由来する、前記〔１１７〕に記載の方法。
〔１１９〕前記標的微生物が表１に列記される微生物である、前記〔１１８〕に記載の方法。
〔１２０〕前記形成することが、１０〜１０，０００個の異なる増幅産物を並行して形成することを含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１２１〕前記複数の増幅反応のうちの少なくとも２つが各々、異なる対応する標的核酸配列を増幅するように構成された一対の増幅プライマーを含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１２２〕前記対応する標的核酸配列が、表１に列記される遺伝子またはその対応するｃＤＮＡの核酸配列の一部を含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１２３〕前記遺伝子が、表１に列記される微生物中に存在する、前記〔１２２〕に記載の方法。
〔１２４〕前記複数の増幅反応が各々、５６〜１０５ヌクレオチド長の増幅産物を産生するように構成された一組の増幅プライマーを含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１２５〕前記形成することが、表１に列記される遺伝子の一部に相補的なまたはそれと同一の核酸配列を含む１つ以上の増幅産物を形成することを含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１２６〕前記形成することが、表１に列記される微生物に由来する核酸試料を使用して、表１に列記される全ての遺伝子毎に別個の増幅産物を形成することを含む、前記〔１２５〕に記載の方法。
〔１２７〕前記形成することが、表１に列記される全ての微生物遺伝子毎に別個の増幅産物を形成することを含む、前記〔１２５〕に記載の方法。
〔１２８〕前記形成することが、表１に列記される微生物遺伝子のうちの少なくとも２つの任意の組み合わせ毎に別個の増幅産物を形成することを含む、前記〔１２５〕に記載の方法。
〔１２９〕前記複数の増幅反応のうちの１つ以上が、前記対応する標的核酸配列の一部と同一のまたはそれに相補的な配列を含む検出可能な標識プローブをさらに含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１３０〕少なくとも１つの増幅反応の前記検出可能な標識プローブが、５’エキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼによる切断を受けるように構成されている、前記〔１２９〕に記載の方法。
〔１３１〕少なくとも１つの増幅反応の前記検出可能な標識プローブが、その５’末端に蛍光標識およびその３’末端にクエンチャーを含む、前記〔１２９〕に記載の方法。
〔１３２〕前記検出可能な標識プローブが副溝結合剤（ＭＧＢ）部分をさらに含む、前記〔１２９〕に記載の方法。
〔１３３〕前記増幅反応のうちの少なくとも１つが、支持体内または支持体上に存在する個別の反応部位で生じ、前記支持体が１つ以上の個別の反応部位を含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１３４〕前記支持体が、マルチウェルプレート、マイクロ流体カード、および複数の貫通孔反応部位を含むプレートから選択される、前記〔１３３〕に記載の方法。
〔１３５〕前記個別の反応部位が、前記増幅プライマーのうちの１つ以上を含み、前記増幅することが、前記核酸試料の一部を前記個別の反応部位に分配することをさらに含む、前記〔１３３〕に記載の方法。
〔１３６〕前記個別の反応部位が、一対の増幅プライマーおよび核酸プローブを含有する溶液の乾燥堆積物を含み、前記プライマーも前記プローブもいずれも、表１に列記される遺伝子に由来する核酸配列を増幅するように構成されている、前記〔１３３〕に記載の方法。
〔１３７〕前記個別の反応部位が、前記核酸試料の前記一部が前記反応部位に分配される前または分配された後のいずれかに前記反応部位に分配されるポリメラーゼおよび／またはヌクレオチドをさらに含む、前記〔１３５〕に記載の方法。
〔１３８〕前記核酸試料が尿検体から調製される、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１３９〕前記複数の増幅反応を前記行うことの前に前記核酸試料を尿検体から調製することを含む、前記〔１０７〕に記載の方法。
〔１４０〕試料中の微生物核酸の存在を検出するための方法であって、
（ａ）核酸試料の一部を支持体内に位置する個別の反応チャンバに分配することと、
（ｂ）並行増幅反応を行い、少なくとも５つの増幅産物を各々個別の反応チャンバ内に形成することであって、各増幅反応が、微生物のゲノム中に存在するか、またはそれに由来する標的核酸配列に対応する増幅産物を産生するように構成された一対の増幅プライマーを含み、前記対応する標的核酸配列が、表１に列記される遺伝子またはその対応するｃＤＮＡの核酸配列の一部を含む、形成することと、
（ｃ）前記増幅産物が前記個別の反応チャンバのうちの１つ以上内に形成されたかを決定することと、を含む、方法。
〔１４１〕前記増幅反応のうちの少なくとも５つが、表１に列記されるアッセイＩＤから選択される一対の増幅プライマーを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１４２〕前記増幅反応のうちの少なくとも１０個が、表１に列記されるアッセイＩＤから選択される一対の増幅プライマーを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１４３〕前記増幅反応のうちの少なくとも１５個が、表１に列記されるアッセイＩＤから選択される一対の増幅プライマーを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１４４〕前記増幅反応のうちの１７個が、表１に列記されるアッセイＩＤから選択される一対の増幅プライマーを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１４５〕少なくとも１０個の増幅産物が前記並行増幅反応中に形成される、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１４６〕少なくとも１５個の増幅産物が前記並行増幅反応中に形成される、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１４７〕少なくとも１７個の増幅産物が前記並行増幅反応中に形成される、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１４８〕前記増幅産物が５６〜１０５ヌクレオチド長である、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１４９〕前記決定することが、任意にリアルタイムで、検出可能な標識プローブの前記増幅産物へのハイブリダイゼーションを検出することを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１５０〕前記標的核酸配列に対応する増幅産物を産生するように構成された前記増幅プライマーの少なくとも１つの対が、前記対応する標的核酸配列の一部に相補的なまたはそれと同一の核酸配列を含むプライマーを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１５１〕前記増幅プライマーの少なくとも１つの対の前記対応する標的核酸配列が、ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、無細胞ＤＮＡ、循環ＤＮＡ、またはｃＤＮＡ中に存在する核酸配列と同一のまたはそれに相補的な核酸配列を含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１５２〕前記対応する標的核酸配列が、標的微生物のゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、無細胞ＤＮＡ、循環ＤＮＡまたはｃＤＮＡ中に存在するか、またはそれに由来する、前記〔１５１〕に記載の方法。
〔１５３〕前記微生物が表１に列記される微生物である、前記〔１５２〕に記載の方法。
〔１５４〕前記形成することが、１０〜１０，０００個の異なる増幅産物を並行して形成することを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１５５〕前記増幅反応のうちの少なくとも２つが各々、異なる対応する標的核酸配列を増幅するように構成された一対の増幅プライマーを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１５６〕前記遺伝子が、表１に列記される微生物中に存在する、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１５７〕前記増幅反応が各々、表１に列記される遺伝子の少なくとも一部を増幅するように構成された増幅プライマーを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１５８〕前記形成することが、表１に列記される遺伝子の一部に相補的なまたはそれと同一の核酸配列を含む１つ以上の増幅産物を形成することを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１５９〕前記複数の増幅反応が各々、５６〜１０５ヌクレオチド長の増幅産物を産生するように構成された一組の増幅プライマーを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１６０〕前記形成することが、表１に列記される微生物に由来する核酸試料を使用して、表１に列記される全ての遺伝子毎に別個の増幅産物を形成することを含む、前記〔１５８〕に記載の方法。
〔１６１〕前記形成することが、表１に列記される全ての微生物遺伝子毎に別個の増幅産物を形成することを含む、前記〔１５８〕に記載の方法。
〔１６２〕前記形成することが、表１に列記される微生物遺伝子のうちの少なくとも２つの任意の組み合わせ毎に別個の増幅産物を形成することを含む、前記〔１５８〕に記載の方法。
〔１６３〕前記複数の前記増幅反応のうちの１つ以上が、対応する標的核酸配列の一部と同一のまたはそれに相補的な配列を含む検出可能な標識プローブをさらに含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１６４〕少なくとも１つの増幅反応の前記検出可能な標識プローブが、５’エキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼによる切断を受けるように構成されている、前記〔１６３〕に記載の方法。
〔１６５〕少なくとも１つの増幅反応の前記検出可能な標識プローブが、その５’末端に蛍光標識およびその３’末端にクエンチャーを含む、前記〔１６３〕に記載の方法。
〔１６６〕前記検出可能な標識プローブが副溝結合剤（ＭＧＢ）部分をさらに含む、前記〔１６３〕に記載の方法。
〔１６７〕前記増幅反応のうちの少なくとも１つが、支持体内または支持体上に存在する個別の反応部位で生じ、前記支持体が１つ以上の個別の反応部位を含む、前記〔１４０〕の態様に記載の方法。
〔１６８〕前記支持体が、マルチウェルプレート、マイクロ流体カード、および複数の貫通孔反応部位を含むプレートから選択される、前記〔１６７〕に記載の方法。
〔１６９〕前記個別の反応部位が、前記増幅プライマーのうちの１つ以上を含み、前記増幅することが、前記核酸試料の一部を前記個別の反応部位に分配することをさらに含む、態様前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１７０〕前記個別の反応チャンバが、一対の増幅プライマーおよび核酸プローブを含有する溶液の乾燥堆積物を含み、前記プライマーも前記プローブもいずれも、表１に列記される遺伝子に由来する核酸配列を増幅するように構成されている、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１７１〕前記個別の反応チャンバが、前記核酸試料の前記一部が前記反応部位に分配される前または分配された後のいずれかに前記個別の反応チャンバに分配されるポリメラーゼおよび／またはヌクレオチドをさらに含む、前記〔１７０〕に記載の方法。
〔１７２〕前記核酸試料が尿検体から調製される、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１７３〕前記分配することの前に前記核酸試料を尿検体から調製することを含む、前記〔１４０〕に記載の方法。
〔１７４〕核酸増幅のための支持体であって、
複数の反応部位を含む支持体であって、前記複数の反応部位が前記支持体内または前記支持体の表面上に位置する、支持体と、
前記反応部位のうちの少なくとも５つと、を含み、前記反応部位が、
（１）標的核酸配列に対応する増幅産物を産生するように構成された増幅プライマー対であって、前記増幅産物が表１における微生物に対応する、増幅プライマー対と、
（２）前記増幅産物にハイブリダイズするように構成された検出可能な標識プローブと、を含み、
前記少なくとも５つの前記反応部位が各々、異なる増幅プライマー対を対応する検出可能な標識プローブとともに含む、支持体。
〔１７５〕少なくとも１０個の前記反応部位を含み、前記少なくとも１０個の前記反応部位が各々、異なる増幅プライマー対を対応する検出可能な標識プローブとともに含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１７６〕少なくとも１５個の前記反応部位を含み、前記少なくとも１５個の前記反応部位が各々、異なる増幅プライマー対を対応する検出可能な標識プローブとともに含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１７７〕少なくとも１７個の前記反応部位を含み、前記少なくとも１７個の前記反応部位が各々、異なる増幅プライマー対を対応する検出可能な標識プローブとともに含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１７８〕前記増幅産物が５６〜１０５ヌクレオチド長である、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１７９〕前記反応部位が各々、表１から選択される遺伝子の少なくとも一部または表１に列記される遺伝子の核酸誘導体を増幅するように構成された一対の増幅プライマーおよびプローブを含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１８０〕前記反応部位が各々、表１に列記されるアッセイＩＤから選択される一対の増幅プライマーおよびプローブを含む、前記〔１７９〕に記載の支持体。
〔１８１〕少なくとも１つの反応部位の増幅プライマー対が、前記対応する標的核酸配列の一部に相補的なまたはそれと同一の核酸配列を含むプライマーを含む、前記〔１７９〕に記載の支持体。
〔１８２〕前記対応する標的核酸配列が、ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、無細胞ＤＮＡ、循環ＤＮＡ、またはｃＤＮＡ中に存在する核酸配列と同一のまたはそれに相補的な核酸配列を含む、前記〔１８１〕に記載の支持体。
〔１８３〕前記対応する標的核酸配列が、標的微生物に由来するゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｍＲＮＡ、無細胞ＤＮＡ、循環ＤＮＡまたはｃＤＮＡ中に存在するか、またはそれに由来する、前記〔１８２〕に記載の支持体。
〔１８４〕前記標的微生物が表１から選択される、前記〔１８３〕に記載の支持体。
〔１８５〕前記反応部位のうちの２つ以上が同じ核酸試料の一部を含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１８６〕前記核酸試料が尿検体に由来する、前記〔１８５〕に記載の支持体。
〔１８７〕前記反応部位のうちの少なくとも１つが増幅産物を含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１８８〕反応部位の前記増幅産物が、表１に列記される遺伝子の一部に相補的なまたはそれと同一の核酸配列を含む、前記〔１８７〕に記載の支持体。
〔１８９〕前記支持体が、異なる増幅産物を含む１０〜１０，０００個の反応部位を含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１９０〕前記支持体が、表１に列記される全ての遺伝子と同一のまたはそれに相補的な増幅産物を含む反応部位を含む、前記〔１８９〕に記載の支持体。
〔１９１〕前記反応部位のうちの少なくとも２つが各々、異なる対応する標的核酸配列を増幅するように構成された一対の増幅プライマーを含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１９２〕前記対応する標的核酸配列が、表１に列記される遺伝子またはその対応するｃＤＮＡの核酸配列の一部を含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１９３〕前記複数の反応部位が、表１に列記される微生物に由来する核酸試料を使用した表１に列記される全ての遺伝子の増幅産物を含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１９４〕前記複数の反応部位が、表１に列記される少なくとも２つの微生物に由来する核酸試料を使用した表１に列記される遺伝子のうちの少なくとも２つの任意の組み合わせの増幅産物を含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１９５〕前記反応部位のうちの少なくとも１つの前記検出可能な標識プローブが、５’エキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼによる切断を受けるように構成されている、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１９６〕少なくとも１つの前記反応部位の前記検出可能な標識プローブが、その５’末端に蛍光標識およびその３’末端にクエンチャーを含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１９７〕前記検出可能な標識プローブが副溝結合剤（ＭＧＢ）部分をさらに含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１９８〕前記支持体が、マルチウェルプレート、マイクロ流体カード、および複数の貫通孔反応部位を含むプレートから選択される、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔１９９〕前記個別の反応部位のうちの１つ以上が、前記一対の増幅プライマーおよび前記検出可能な標識プローブを含有する溶液の乾燥堆積物を含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔２００〕前記個別の反応部位がポリメラーゼおよび／またはヌクレオチドをさらに含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔２０１〕前記個別の反応部位のうちの１つ以上が、前記一対の増幅プライマー、前記検出可能な標識プローブ、ポリメラーゼ、およびヌクレオチドを含む凍結乾燥組成物を含む、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔２０２〕前記増幅プライマー対および前記検出可能な標識プローブが、表１に列記されるアッセイのうちの１つに由来する、前記〔１７４〕に記載の支持体。
〔２０３〕生物学的試料中の表１に列記される微生物のうちの１つ以上由来の少なくとも１つの標的核酸の存在または不在を決定するための組成物であって、
（ａ）少なくとも１つの増幅プライマー対であって、前記対の前記プライマーが各々、前記標的核酸の領域の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズするように構成された標的ハイブリダイゼーション領域を含み、好適な条件下で前記プライマー対が表１における遺伝子からアンプリコンを生成する、少なくとも１つの増幅プライマー対と、
（ｂ）前記プライマー対によって生成された前記アンプリコンの領域の全てまたは一部に特異的にハイブリダイズするように構成された少なくとも１つの検出プローブと、を含む、組成物。
〔２０４〕前記アンプリコンが５６〜１０５ヌクレオチド長である、前記〔２０３〕に記載の組成物。
〔２０５〕表１に列記される少なくとも１つのアッセイを含む、前記〔２０３〕に記載の組成物。
〔２０６〕バイオマーカーのパネルを検出するための一組のヌクレオチドプローブを含み、前記プローブがある遺伝子群のＤＮＡおよび／またはＲＮＡ配列に相補的であり、前記遺伝子群が表１に列記される遺伝子の任意の組み合わせから選択されることを特徴とする、前記〔２０３〕に記載の組成物。
〔２０７〕前記一組のプローブが１〜１７個の異なるプローブからなる、前記〔２０６〕に記載の組成物。
〔２０８〕前記遺伝子群が、表１に列記される遺伝子から選択される５つの異なる遺伝子からなる、前記〔２０６〕に記載の組成物。
〔２０９〕試料中の少なくとも５つの異なる標的核酸が増幅および検出され、前記標的核酸が表１に列記される５つの異なる微生物由来である、前記〔２０３〕に記載の組成物。
〔２１０〕前記５つの標的核酸が、表１に列記される前記５つの異なる微生物の各々について列記されたアッセイを使用して増幅および検出される、前記〔２０９〕に記載の組成物。
〔２１１〕前記遺伝子群が、表１に列記される遺伝子から選択される１０個の異なる遺伝子からなる、前記〔２０６〕に記載の組成物。
〔２１２〕試料中の少なくとも１０個の異なる標的核酸が増幅および検出され、前記標的核酸が表１に列記される１０個の異なる微生物由来である、前記〔２１１〕に記載の組成物。
〔２１３〕前記１０個の標的核酸が、表１に列記される前記１０個の異なる微生物の各々について列記されたアッセイを使用して増幅および検出される、前記〔２１２〕に記載の組成物。
〔２１４〕前記遺伝子群が、表１に列記される遺伝子から選択される１５個の異なる遺伝子からなる、前記〔２０６〕に記載の組成物。
〔２１５〕試料中の少なくとも１５個の異なる標的核酸が増幅および検出され、前記標的核酸が表１に列記される１５個の異なる微生物由来である、前記〔２１４〕に記載の組成物。
〔２１６〕前記１５個の標的核酸が、表１に列記される前記１５個の異なる微生物の各々について列記されたアッセイを使用して増幅および検出される、前記〔２１５〕に記載の組成物。
〔２１７〕前記遺伝子群が、表１に列記される遺伝子から選択される１７個の異なる遺伝子からなる、前記〔２０６〕に記載の組成物。
〔２１８〕試料中の少なくとも１７個の異なる標的核酸が増幅および検出され、前記標的核酸が表１に列記される１７個の異なる微生物由来である、前記〔２１７〕に記載の組成物。
〔２１９〕前記１７個の標的核酸が、表１に列記される前記１７個の異なる微生物の各々について列記されたアッセイを使用して増幅および検出される、前記〔２１８〕に記載の組成物。
〔２２０〕生物学的試料に関連するバイオマーカーのパネルをプロファイリングする方法であって、
（ａ）対象から前記生物学的試料を得ることと、
（ｂ）前記試料の少なくともいくらかの部分を少なくとも５つの個別の増幅反応と接触させることであって、前記個別の反応が各々、標的特異的プライマーセットおよびポリメラーゼを含む、接触させることと、
（ｃ）増幅産物を産生することができる増幅条件下で個別の反応あたり少なくとも１つの標的配列を増幅することと、
（ｃ）前記複数の個別の反応の各々を、前記標的特異的プライマーによって産生された前記増幅産物に特異的な検出可能な標識プローブと接触させることと、
（ｄ）前記複数の個別の増幅反応の各々における前記増幅産物の存在または不在を決定して、前記生物学的試料のバイオマーカープロファイルに達することであって、前記バイオマーカーが表１に列記される遺伝子に関連する、達することと、を含む、方法。
〔２２１〕少なくとも１０個の個別の増幅反応が、前記試料の前記少なくともいくらかの部分によって接触される、前記〔２２０〕に記載の方法。
〔２２２〕少なくとも１５個の個別の増幅反応が、前記試料の前記少なくともいくらかの部分によって接触される、前記〔２２０〕に記載の方法。
〔２２３〕少なくとも１７個の個別の増幅反応が、前記試料の前記少なくともいくらかの部分によって接触される、前記〔２２０〕に記載の方法。
〔２２４〕前記バイオマーカーが泌尿生殖器感染症および／または微生物叢に関連する、前記〔２２０〕に記載の方法。
〔２２５〕前記パネルが、１〜１７個の異なるバイオマーカーセットを含む、前記〔２２０〕に記載の方法。
〔２２６〕前記複数の個別の増幅反応が固体支持体上にある、前記〔２２０〕に記載の方法。
〔２２７〕前記複数の個別の増幅反応が各々、表１から選択される単一のアッセイを含む、前記〔２２０〕に記載の方法。
〔２２８〕対照核酸分子を含む試料中の複数の標的核酸配列を増幅するための方法であって、
複数の増幅反応を並行して行うことであって、前記複数の増幅反応が各々、前記試料の一部と、前記対照核酸分子中の対応する標的配列を増幅するように構成された増幅プライマー対とを含み、前記対照核酸分子が複数の異なる標的配列を含む、行うことと、
前記対照核酸分子中の少なくとも２つの異なる標的配列に対応する複数の異なる増幅産物を形成することと、
前記増幅反応における少なくとも２つの異なる増幅産物の存在を決定することと、を含む、方法。
〔２２９〕前記対照核酸分子が、表１に記載の異なる微生物由来の少なくとも５つの異なる標的配列を含む、前記〔２２８〕に記載の方法。
〔２３０〕前記対照核酸分子が、表１に記載の異なる微生物由来の少なくとも１０個の異なる標的配列を含む、前記〔２２９〕に記載の方法。
〔２３１〕前記対照核酸分子が、表１に記載の異なる微生物由来の少なくとも１５個の異なる標的配列を含む、前記〔２３０〕に記載の方法。
〔２３２〕前記対照核酸分子が、表１に記載の異なる微生物由来の全ての異なる標的配列を含む、前記〔２２８〕に記載の方法。
〔２３３〕前記複数の異なる標的配列が、表１に記載の異なる微生物のゲノム配列またはトランスクリプトーム配列に由来する、前記〔２２８〕に記載の方法。
〔２３４〕前記複数の異なる標的配列が、表１から選択される任意の数の微生物遺伝子に由来する、前記〔２２８〕に記載の方法。
〔２３５〕前記形成することが、５〜１００個の異なる増幅産物を並行して形成することを含む、前記〔２２８〕に記載の方法。
〔２３６〕前記形成することが、１０〜５０個の異なる増幅産物を並行して形成することを含む、前記〔２３５〕に記載の方法。
〔２３７〕対応する標的配列を増幅するように構成された少なくとも１つの増幅プライマー対が、前記対応する標的配列の一部に相補的なまたはそれと同一の核酸配列を含むプライマーを含む、前記〔２２８〕に記載の方法。
〔２３８〕前記複数の増幅反応のうちの少なくとも２つが各々、異なる対応する標的配列を増幅するように構成された増幅プライマー対を含む、前記〔２２８〕に記載の方法。
〔２３９〕前記複数の増幅反応のうちの１つ以上の増幅反応が、前記対応する標的配列の一部と同一のまたはそれに相補的な配列を含む検出可能な標識プローブをさらに含む、前記〔２２８〕に記載の方法。
〔２４０〕少なくとも１つの増幅反応の前記検出可能な標識プローブが、５’エキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼによる切断を受けるように構成されている、前記〔２３９〕に記載の方法。
〔２４１〕少なくとも１つの増幅反応の前記検出可能な標識プローブが、その５’末端に蛍光標識およびその３’末端にクエンチャーを含む、前記〔１７〕に記載の方法。
〔２４２〕前記対照核酸分子がＤＮＡプラスミドである、前記〔２２８〕に記載の方法。
〔２４３〕前記ＤＮＡプラスミドが線状である、前記〔２４２〕に記載の方法。
〔２４４〕前記増幅反応を行うことの前に前記対照核酸分子を含む前記試料を細胞から調製することをさらに含む、前記〔２２８〕に記載の方法。
〔２４５〕対照核酸分子を含む試料中の複数の標的核酸配列を増幅するための方法であって、
前記試料を複数の反応体積に分配することであって、前記対照核酸分子が複数の異なる標的配列を含み、前記反応体積が、前記対照核酸分子中の対応する標的配列を増幅するように構成された少なくとも２つの異なる増幅プライマー対を含む、分配することと、
前記反応体積中で増幅反応を行い、前記対照核酸分子中の少なくとも２つの異なる標的配列に対応する複数の異なる増幅産物を形成することと、
前記増幅反応における少なくとも２つの異なる増幅産物の存在を決定することと、を含む、方法。
〔２４６〕複数の増幅反応を評価するための方法であって、
核酸試料の一部を支持体内または支持体上に位置する個別の反応チャンバに分配することであって、前記核酸試料が対照核酸分子を含み、前記対照核酸分子が複数の異なる標的配列を含む、分配することと、
複数の並行増幅反応を行い、前記対照核酸分子中の少なくとも２つの異なる標的配列に対応する複数の異なる標的増幅産物を前記個別の反応チャンバ内で形成することであって、
各増幅反応が、前記対照核酸分子中に存在する対応する標的配列を増幅するように構成された増幅プライマー対を含み、前記増幅反応のうちの少なくとも２つが、前記対照核酸分子中に存在する異なる対応する標的配列を増幅するように構成された増幅プライマーを含む、形成することと、
前記個別の反応チャンバのうちの少なくとも２つ内で形成された少なくとも２つの異なる標的増幅産物を定量化することと、を含む、方法。
〔２４７〕前記方法が、前記対照核酸分子の連続希釈液である一組の試料を使用して行われる、前記〔２４６〕に記載の方法。
〔２４８〕前記連続希釈された対照核酸分子由来の前記定量化された標的増幅産物に基づいて、前記対照核酸分子の標的配列のうちの少なくとも１つの検出限界を決定することをさらに含む、前記〔２４７〕に記載の方法。
〔２４９〕前記連続希釈された対照核酸分子由来の前記定量化された標的増幅産物に基づいて、前記対照核酸分子の標的配列のうちの少なくとも１つのダイナミックレンジを決定することをさらに含む、前記〔２４７〕に記載の方法。
〔２５０〕前記定量化することが、任意にリアルタイムで、検出可能な標識プローブの前記増幅産物へのハイブリダイゼーションを検出することを含む、前記〔２４６〕に記載の方法。
〔２５１〕前記対照核酸分子が、表１に記載の微生物由来の少なくとも５つの異なる標的配列を含む、前記〔２４６〕に記載の方法。
〔２５２〕前記対照核酸分子が、表１に記載の微生物由来の少なくとも１０個の異なる標的配列を含む、前記〔２５１〕に記載の方法。
〔２５３〕前記対照核酸分子が、表１に記載の微生物由来の少なくとも１５個の異なる標的配列を含む、前記〔２５２〕に記載の方法。
〔２５４〕前記対照核酸分子が、表１に記載の微生物由来のほぼ全ての異なる標的配列を含む、前記〔２４６〕に記載の方法。
〔２５５〕前記複数の標的配列が、表１における異なる微生物のゲノム配列に由来する、前記〔２４６〕に記載の方法。
〔２５６〕前記形成することが、５〜１００個の異なる増幅産物を形成することを含む、前記〔２４６〕に記載の方法。
〔２５７〕前記形成することが、１〜１７個の異なる増幅産物を形成することを含む、前記〔２５６〕に記載の方法。
〔２５８〕前記複数の増幅反応のうちの１つ以上の増幅反応が、前記対応する標的配列の一部と同一のまたはそれに相補的な配列を含む検出可能な標識プローブをさらに含む、前記〔２４６〕に記載の方法。
〔２５９〕少なくとも１つの増幅反応の前記検出可能な標識プローブが、５’エキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼによる切断を受けるように構成されている、前記〔２５８〕に記載の方法。
〔２６０〕少なくとも１つの増幅反応の前記検出可能な標識プローブが、その５’末端に蛍光標識およびその３’末端にクエンチャーを含む、前記〔２５９〕に記載の方法。
〔２６１〕前記個別の反応チャンバが、前記試料の前記一部が前記反応チャンバに分配される前または分配された後のいずれかに前記個別の反応チャンバに分配されるポリメラーゼおよび／またはヌクレオチドをさらに含む、前記〔２６０〕に記載の方法。
〔２６２〕前記対照核酸分子がＤＮＡプラスミドである、前記〔２４６〕に記載の方法。
〔２６３〕前記ＤＮＡプラスミドが線状である、前記〔２６２〕に記載の方法。
〔２６４〕複数の異なる増幅標的配列を含む核酸構築物であって、前記増幅標的配列のうちの少なくとも２つが、表１から選択される遺伝子またはその対応するｃＤＮＡの少なくとも５６ヌクレオチド部分を含む、核酸構築物。
〔２６５〕複数の異なる増幅標的配列を含む核酸構築物であって、前記増幅標的配列のうちの少なくとも２つが、表１から選択される少なくとも２つの異なる微生物または微生物遺伝子に由来する、核酸構築物。
〔２６６〕核酸増幅のためのアレイであって、
複数の反応部位を含む支持体であって、前記複数の反応部位が前記支持体内または前記支持体上に位置する、支持体を含み、
前記複数の反応部位が各々、
（ｉ）複数の異なる標的配列を含む対照核酸分子と、
（ｉｉ）対応する標的配列を増幅するように構成された増幅プライマー対と、
（ｉｉｉ）前記対の前記増幅プライマーのうちの少なくとも１つの伸長によって生成された核酸配列にハイブリダイズするように構成された検出可能な標識プローブと、を含む、アレイ。
〔２６７〕前記異なる標的配列のうちの少なくとも２つが、表１から選択される遺伝子またはその対応するｃＤＮＡの少なくとも５６ヌクレオチド部分を含む、前記〔２６６〕に記載のアレイ。
〔２６８〕前記対照核酸分子が、表１に記載の微生物由来の少なくとも５つの異なる標的配列を含む、前記〔２６６〕に記載のアレイ。
〔２６９〕前記対照核酸分子が、表１に記載の微生物由来の少なくとも１０個の異なる標的配列を含む、前記〔２６８〕に記載のアレイ。
〔２７０〕前記対照核酸分子が、表１に記載の微生物由来の少なくとも１５個の異なる標的配列を含む、前記〔２６９〕に記載のアレイ。
〔２７１〕前記対照核酸分子が、表１に記載の微生物由来の全ての異なる標的配列を含む、前記〔２７０〕に記載のアレイ。
〔２７２〕前記対照核酸分子がプラスミドである、前記〔２６６〕に記載のアレイ。
〔２７３〕前記プラスミドが線状である、前記〔２７２〕に記載のアレイ。
〔２７４〕前記反応部位のうちの少なくとも１つが増幅産物を含む、前記〔２６６〕に記載のアレイ。
〔２７５〕前記支持体が、異なる増幅産物を含む１０〜１０，０００個の反応部位を含む、前記〔２６６〕に記載のアレイ。
〔２７６〕前記反応部位のうちの少なくとも２つが各々、異なる対応する標的配列を増幅するように構成された増幅プライマー対を含む、前記〔２６６〕に記載のアレイ。
〔２７７〕少なくとも１つの反応部位の前記検出可能な標識プローブが、５’エキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼによる切断を受けるように構成されている、前記〔２６６〕に記載のアレイ。
〔２７８〕少なくとも１つの反応部位の前記検出可能な標識プローブが、その５’末端に蛍光標識およびその３’末端にクエンチャーを含む、前記〔２６６〕に記載のアレイ。
〔２７９〕前記検出可能な標識プローブが副溝結合剤部分をさらに含む、前記〔２６６〕に記載のアレイ。
〔２８０〕前記支持体が、マルチウェルプレート、マイクロ流体カード、および複数の貫通孔反応部位を含むプレートから選択される、前記〔２６６〕に記載のアレイ。
〔２８１〕前記複数の反応部位がポリメラーゼおよび／またはヌクレオチドをさらに含む、前記〔２６６〕に記載のアレイ。
〔２８２〕複数の標的核酸配列を増幅するための方法であって、
対照核酸分子および試験核酸試料の両方を複数の反応体積に分配することであって、前記対照核酸分子が複数の異なる標的配列を含み、前記試験核酸試料が１つ以上の試験核酸分子を含む、分配することと、
前記反応体積を核酸増幅条件に供し、前記対照核酸分子中の異なる標的配列を増幅するために各々使用される増幅プライマー対を使用して前記反応体積中の前記対照核酸分子の少なくとも２つの異なる標的配列を増幅することと、
前記反応体積中の少なくとも２つの異なる増幅された標的配列の存在を検出することと、を含む、方法。
〔２８３〕前記対照核酸分子が環状である、前記〔２８２〕に記載の方法。
〔２８４〕前記対照核酸分子が線状である、前記〔２８３〕に記載の方法。
〔２８５〕前記対照核酸分子および前記試験核酸試料由来の試験核酸分子を異なる反応体積に分配することをさらに含む、前記〔２８２〕に記載の方法。
〔２８６〕前記試験核酸試料が、異なる標的配列を各々含む２つ以上の異なる標的核酸分子も含む、前記〔２８２〕に記載の方法。
〔２８７〕前記標的核酸試料中の異なる標的配列を増幅するために各々使用される増幅プライマー対を使用して前記反応体積中の前記試験核酸試料の少なくとも２つの異なる標的配列を増幅することをさらに含む、前記〔２８６〕に記載の方法。