【手続補正書】
【提出日】令和3年11月1日(2021.11.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物学的標的のセットと、結合性物質のライブラリーとの相互作用をアッセイするための方法であって、
（ａ）
（ｉ）前記生物学的標的のセットであって、前記生物学的標的のセット由来の各生物学的標的に、記録タグが直接または間接的に付随している、前記生物学的標的のセットを、
（ｉｉ）固体支持体に固定化された前記結合性物質のライブラリーであって、前記結合性物質のライブラリー由来の各固定化された前記結合性物質に、コーディングタグが直接または間接的に付随しており、ポリペプチド、多糖、またはアプタマーを含み；前記記録タグおよび前記コーディングタグが、それぞれ付随する生物学的標的および結合性物質に関する識別情報を含む、一意の分子識別子（ＵＭＩ）、またはバーコード配列を含む、前記結合性物質のライブラリーと
接触させるステップと；
（ｂ）生物学的標的と結合性物質との結合時に、プライマー伸長またはライゲーションによって、
（ｉ）前記結合性物質の１つと直接的に結合する各生物学的標的に付随する前記記録タグと、
（ｉｉ）前記１つの結合性物質に付着したコーディングタグと
の間の識別情報の移行を可能にするステップであって、
前記識別情報の移行により、伸長記録タグおよび／または伸長コーディングタグが生成する、ステップと；
（ｃ）核酸配列決定によって、前記伸長記録タグおよび／または前記伸長コーディングタグを解析し、前記結合性物質に関する前記識別情報、および前記生物学的標的に関する前記識別情報を得て、
それにより、前記生物学的標的のセットと前記結合性物質のライブラリーとの間の相互作用をアッセイし、少なくとも１０２のサイズを有する生物学的標的−作用物質結合マトリックスを創出するステップと
を含む方法。
【請求項２】
別々の固体支持体のそれぞれにおいて、同じ結合性物質の複数の分子および同じコーディングタグの複数の分子が固定化されている、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
別々の固体支持体のそれぞれにおいて、異なる結合性物質の複数の分子、および前記固体支持体に固定化された付随するコーディングタグが、少なくとも５０ｎｍ空間的に分離している、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記結合性物質のライブラリー由来の結合性物質が、リボソームまたはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡディスプレイ形式を使用することによってコーディングタグに付随し、各結合性物質について、ＵＭＩまたはバーコード配列を含むコーディングタグを含む領域を有するｍＲＮＡ／ｃＤＮＡコーディング配列が、前記結合性物質に付着される、請求項１から３までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記生物学的標的のセット由来の生物学的標的が、リボソームまたはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡディスプレイ形式を使用することによって前記記録タグに付随し、各生物学的標的について、ＵＭＩまたはバーコード配列を含む記録タグを含む領域を有するｍＲＮＡ／ｃＤＮＡコーディング配列が、前記生物学的標的に付着される、請求項１から４までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
制限酵素についての切断部位が、前記ｍＲＮＡ／ｃＤＮＡコーディング配列と、前記付随する結合性物質または生物学的標的にそれぞれ付着したコーディングタグまたは記録タグとの間に存在する、請求項４または５に記載の方法。
【請求項７】
前記制限酵素により前記切断部位を切断し、それにより、前記ｍＲＮＡ／ｃＤＮＡコーディング配列を除去し、前記付随する結合性物質または生物学的標的にそれぞれ付着したコーディングタグまたは記録タグを生成するステップをさらに含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記生物学的標的のセットが、生物学的試料由来の免疫グロブリン分子を含み、前記結合性物質のライブラリーが、ポリペプチド抗原を含む、請求項１から７までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記伸長記録タグおよび／または前記伸長コーディングタグを解析するステップが、生物学的試料由来の免疫グロブリン分子の、少なくとも１つのポリペプチド抗原に対する結合についての情報を得るための、前記伸長記録タグおよび／または前記伸長コーディングタグのハイスループット配列決定を含み、前記生物学的標的のセットと前記結合性物質のライブラリーとの相互作用をアッセイするステップが、前記少なくとも１つのポリペプチド抗原に結合することができる前記免疫グロブリン分子を含む前記生物学的試料を識別することを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記マトリックスのサイズが、少なくとも１０３である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
生物学的標的のセットと、結合性物質のライブラリーとの相互作用をアッセイするための方法であって、
（ａ）
（ｉ）固体支持体に固定化された前記生物学的標的のセットであって、前記生物学的標的のセット由来の各固定化された前記生物学的標的に、記録タグが直接または間接的に付随している、前記生物学的標的のセットを
（ｉｉ）前記結合性物質のライブラリーであって、前記結合性物質のライブラリー由来の各結合性物質にコーディングタグが直接または間接的に付随しており、ポリペプチド、多糖、またはアプタマーを含み；前記記録タグおよび前記コーディングタグが、それぞれ付随する生物学的標的および結合性物質に関する識別情報を含む、一意の分子識別子（ＵＭＩ）、またはバーコード配列を含む、前記作用物質のライブラリー
と
接触させるステップと；
（ｂ）生物学的標的と結合性物質との結合時に、プライマー伸長またはライゲーションによって、
（ｉ）前記結合性物質の１つと直接的に結合する各生物学的標的に付随する前記記録タグと、
（ｉｉ）前記１つの結合性物質に付着したコーディングタグと
の間の識別情報の移行を可能にするステップであって、
前記識別情報の移行により、伸長記録タグおよび／または伸長コーディングタグが生成する、ステップと；
（ｃ）核酸配列決定によって、前記伸長記録タグおよび／または前記伸長コーディングタグを解析し、前記結合性物質に関する前記識別情報、および前記生物学的標的に関する前記識別情報を得て、
それにより、前記生物学的標的のセットと前記結合性物質のライブラリーとの間の相互作用をアッセイし、少なくとも１０２のサイズを有する生物学的標的−作用物質結合マトリックスを創出するステップと
を含む方法。
【請求項１２】
ステップ（ｂ）の後、およびステップ（ｃ）の前に、以下：
（ｉ）前記生物学的標的のセットを、第２の結合性物質のライブラリーと接触させるステップであって、前記第２の結合性物質のライブラリー由来の各結合性物質が、前記結合性物質に関する識別情報を提供する第２のコーディングタグに直接または間接的に付着され、前記第２の結合性物質のライブラリーが、ポリペプチド、多糖、またはアプタマーを含み、前記第２のコーディングタグが、一意の分子識別子（ＵＭＩ）、またはバーコード配列を含む、ステップ；および
（ｉｉ）前記結合性物質に付着した前記第２のコーディングタグから、前記結合性物質に結合する生物学的標的に付随する前記記録タグへの情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行が、伸長記録タグを生成するステップをさらに含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
別々の固体支持体のそれぞれにおいて、同じ生物学的標的の複数の分子、および同じ記録タグの複数の分子のいずれかが固定化される、または前記固体支持体に固定された異なる生物学的標的の複数の分子、および付随する記録タグが、少なくとも５０ｎｍ空間的に分離している、請求項１１または請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記結合性物質のライブラリーが、リボソームまたはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡディスプレイ形式を使用することによってコーディングタグに付随し、各結合性物質について、ＵＭＩまたはバーコード配列を含む記録タグを含む領域を有するｍＲＮＡ／ｃＤＮＡコーディング配列が、前記結合性物質に付着される、請求項１１から１３までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記生物学的標的のセットが、生物学的試料由来の免疫グロブリン分子を含み、前記結合性物質のライブラリーが、ポリペプチド抗原を含む、請求項１１から１４までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記マトリックスのサイズが、少なくとも１０３である、請求項１１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１８】
これらの図面に示されている例のいずれにおいても、エンコーディングタグおよび／または記録タグ（および／または該当する場合は、ジタグ、コンパートメントタグ、もしくは分配タグ）またはそれらの任意の部分（例えば、ユニバーサルプライマー、スペーサー、ＵＭＩ、記録タグバーコード、エンコーダー配列、結合サイクル特異的バーコードなど）は、非核酸配列決定可能なポリマーなどの配列決定可能なポリマーを含んでもよく、または置き換えられてもよい。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
（ａ）
（ｉ）生物学的標的（例えば、タンパク質またはポリペプチド）のセットであって、各生物学的標的に、前記生物学的標的を識別するエンコーディングバーコードを必要に応じて含む記録タグが直接または間接的に付随している、生物学的標的（例えば、タンパク質またはポリペプチド）のセットを、
（ｉｉ）作用物質のライブラリーであって、各作用物質が、少なくとも１つの別々の支持体に固定化されており、別々の支持体のそれぞれが、前記支持体に固定化された前記作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグをさらに含む、作用物質のライブラリーと
接触させるステップと；
（ｂ）
（ｉ）前記作用物質の１つまたは複数と（直接または間接的に）結合および／または（直接または間接的に）反応する各生物学的標的に付随する前記記録タグと、
（ｉｉ）前記１つまたは複数の作用物質のコーディングタグと
の間の情報の移行を可能にするステップであって、
前記情報の移行により、伸長記録タグおよび／または伸長コーディングタグが生成する、ステップと；
（ｃ）前記伸長記録タグおよび／または前記伸長コーディングタグを解析し、それにより、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用（複数可）をアッセイするステップと
を含む方法。
（項目２）
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ作用物質の複数の分子および／または同じコーディングタグの複数の分子が固定化されている、項目１に記載の方法。
（項目３）
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された作用物質と前記固定化されたコーディングタグが、コンジュゲートまたは複合体を形成している、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記固定化された作用物質および／または前記固定化されたコーディングタグが、前記支持体に直接固定化されている、項目３に記載の方法。
（項目５）
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された作用物質および前記固定化されたコーディングタグが、前記支持体に（直接または間接的に）独立に固定化されている、項目１または２に記載の方法。
（項目６）
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された作用物質と前記固定化されたコーディングタグがリンカーによって（直接または間接的に、共有結合によりまたは非共有結合により）接続されており、前記リンカーが前記支持体に（直接または間接的に）固定化されている、項目１または２に記載の方法。
（項目７）
前記作用物質のライブラリーが、小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物（例えば、ペプトイド、β−ペプチド、またはＤ−ペプチドのペプチド模倣物）、多糖、またはアプタマー（例えば、ＤＮＡアプタマーなどの核酸アプタマー、またはペプチドアプタマー）、またはこれらの任意の組合せを含む、項目１から６までのいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記コーディングタグの固定化された分子の密度が、前記作用物質の固定化された分子の密度と等しいまたはそれよりも大きい、項目１から７までのいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記コーディングタグの固定化された分子の密度が、前記作用物質の固定化された分子の密度の少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約７倍、少なくとも約８倍、少なくとも約９倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約１００倍、またはそれよりも大きい、項目８に記載の方法。
（項目１０）
少なくとも１つのコーディングタグから少なくとも１つの記録タグに情報が移行され、それにより、少なくとも１つの伸長記録タグを生成する、項目１から９までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
少なくとも１つの記録タグから少なくとも１つのコーディングタグに情報が移行され、それにより、少なくとも１つの伸長コーディングタグを生成する、項目１から９までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記コーディングタグからの情報と前記記録タグからの情報とを含む少なくとも１つのジタグ構築物が生成される、項目１から１１までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記生物学的標的の少なくとも１つが、前記作用物質の２つまたはそれよりも多くと結合および／または反応する、項目１から１２までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記伸長記録タグまたは前記伸長コーディングタグが、前記２つまたはそれよりも多くの作用物質に関する識別情報を含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記生物学的標的の少なくとも１つに２つまたはそれよりも多くの記録タグが付随しており、前記２つまたはそれよりも多くの記録タグが同じであっても異なってもよい、項目１から１４までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
少なくとも１つの別々の支持体が、同じ作用物質についての２つまたはそれよりも多くのコーディングタグを含み、前記２つまたはそれよりも多くのコーディングタグが同じであっても異なってもよい、項目１から１５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記情報の移行が、ライゲーション（例えば、酵素的もしくは化学的ライゲーション、副子ライゲーション、粘着末端ライゲーション、ｓｓＤＮＡライゲーションなどの一本鎖（ｓｓ）ライゲーション、またはこれらの任意の組合せ）、ポリメラーゼ媒介性反応（例えば、一本鎖核酸または二本鎖核酸のプライマー伸長）、またはこれらの任意の組合せによって達成される、項目１から１６までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記生物学的標的のセットが、プロテオームまたはそのサブセットを含み、
必要に応じて、タンパク質のセットが、ゲノムもしくはそのサブセットのｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写／翻訳、その後のｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳を使用して作製される、またはトランスクリプトームもしくはそのサブセットのｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳を使用して作製される、項目１から１７までのいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記プロテオームのサブセットが、カイノーム；セクレトーム；レセプトーム（例えば、ＧＰＣＲｏｍｅ）；免疫プロテオーム；栄養プロテオーム；翻訳後修飾（例えば、リン酸化、ユビキチン化、メチル化、アセチル化、グリコシル化、酸化、脂質付加、および／またはニトロシル化）によって規定されるプロテオームサブセット、例えば、リン酸化プロテオーム（例えば、ホスホチロシン−プロテオーム、チロシン−カイノーム、およびチロシン−ホスファトーム）、グリコプロテオームなど；組織もしくは臓器、発生段階、または生理的もしくは病的状態に関連するプロテオームサブセット；細胞周期、分化（または脱分化）、細胞死、老化、細胞遊走、形質転換、または転移などの細胞プロセスに関連するプロテオームサブセット；あるいはこれらの任意の組合せを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記生物学的標的のセットが、ヒトなどの哺乳動物、非ヒト動物、魚、無脊椎動物、節足動物、昆虫、または植物、例えば、酵母、細菌、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、ウイルス、例えば、ＨＩＶもしくはＨＣＶ、またはこれらの組合せに由来する、項目１から１９までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記生物学的標的のセットが、タンパク質複合体またはそのサブユニットを含む、項目１から２０までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記記録タグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、ＤＮＡ分子、偽相補的塩基を有するＤＮＡ、ＲＮＡ分子、ＢＮＡ分子、ＸＮＡ分子、ＬＮＡ分子、ＰＮＡ分子、γＰＮＡ分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目１から２１までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記記録タグが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目１から２２までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
前記記録タグが、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含み、例えば、前記ユニバーサルプライミング部位が、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含む、項目１から２３までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
前記記録タグが、一意の分子識別子（ＵＭＩ）を含む、項目１から２４までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２６）
前記記録タグが、前記生物学的標的を識別するエンコーディングバーコード、試料バーコード、コンパートメントバーコード、分配バーコード、エラー訂正バーコード、またはこれらの任意の組合せなどのバーコードを含む、項目１から２５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２７）
前記記録タグが、その３’末端にスペーサーを含む、項目１から２６までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
前記別々の支持体が、剛性固体支持体、可撓性固体支持体、または軟性固体支持体などの固体支持体であり、多孔質支持体または非多孔質支持体を含む、項目１から２７までのいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記別々の支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、表面、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、スライド、フィルター、ナイロン、チップ、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、ウェル、マイクロタイターウェル、プレート、ＥＬＩＳＡプレート、ディスク、スピン干渉ディスク、膜、ニトロセルロース膜、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子（例えば、磁気ナノ粒子（Ｆｅ３Ｏ４）、金ナノ粒子、および／または銀ナノ粒子などの金属を含む）、量子ドット、ナノシェル、ナノケージ、マイクロスフェア、またはこれらの任意の組合せを含む、項目１から２８までのいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
前記支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズ、またはこれらの任意の組合せを含む、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
生物学的標的−作用物質結合マトリックスを創出するために、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用を並行解析するための、項目１から４２までのいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記マトリックスのサイズが、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３、約１０１４、またはそれよりも大きい、例えば、約２×１０１３である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記コーディングタグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、ＤＮＡ分子、偽相補的塩基を有するＤＮＡ、ＲＮＡ分子、ＢＮＡ分子、ＸＮＡ分子、ＬＮＡ分子、ＰＮＡ分子、γＰＮＡ分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目１から３２までのいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記コーディングタグが、前記作用物質を識別するエンコーダー配列を含む、項目１から３３までのいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
前記コーディングタグが、スペーサー、一意の分子識別子（ＵＭＩ）、ユニバーサルプライミング部位、またはこれらの任意の組合せを含む、項目１から３４までのいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記作用物質と前記コーディングタグが、リンカーまたは結合対によって接合されている、項目１から３５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記作用物質と前記コーディングタグが、前記別々の支持体上に共局在している、項目１から３５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ作用物質の複数の分子および／または同じコーディングタグの複数の分子が固定化されており、前記分子が、共局在していてよく、互いに低密度に間隔をあける必要はない、項目１から３７までのいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
（ａ）
（ｉ）生物学的標的（例えば、タンパク質またはポリペプチド）のセットであって、各生物学的標的が、少なくとも１つの別々の支持体に固定化されており、別々の支持体のそれぞれが、前記支持体に固定化された前記生物学的標的に関する識別情報を含む記録タグをさらに含む、生物学的標的（例えば、タンパク質またはポリペプチド）のセットを
（ｉｉ）作用物質のライブラリーであって、各作用物質に作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグが直接または間接的に付随している、作用物質のライブラリー
と
接触させるステップと；
（ｂ）
（ｉ）前記作用物質の１つまたは複数と（直接または間接的に）結合および／または（直接または間接的に）反応する各生物学的標的に付随する前記記録タグと、
（ｉｉ）前記１つまたは複数の作用物質のコーディングタグと
の間の情報の移行を可能にするステップであって、
前記情報の移行により、伸長記録タグおよび／または伸長コーディングタグが生成する、ステップと；
（ｃ）前記伸長記録タグおよび／または前記伸長コーディングタグを解析し、それにより、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用（複数可）をアッセイするステップと
を含む方法。
（項目４０）
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ生物学的標的の複数の分子および／または同じ記録タグの複数の分子が固定化されている、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された生物学的標的と前記固定化された記録タグがコンジュゲートまたは複合体を形成している、項目３９または４０に記載の方法。
（項目４２）
前記固定化された生物学的標的および／または前記固定化された記録タグが、前記支持体に直接固定化されている、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された生物学的標的および前記固定化された記録タグが前記支持体に（直接または間接的に）独立に固定化されている、項目３９または４０に記載の方法。
（項目４４）
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された生物学的標的と前記固定化された記録タグがリンカーによって（直接または間接的に、共有結合によりまたは非共有結合により）接続されており、前記リンカーが前記支持体に（直接または間接的に）固定化されている、項目３９または４０に記載の方法。
（項目４５）
前記作用物質のライブラリーが、小分子、ペプチドもしくはペプチドの模倣物、ペプチド模倣物（例えば、ペプトイド、β−ペプチド、またはＤ−ペプチドのペプチド模倣物）、多糖、またはアプタマー（例えば、ＤＮＡアプタマーなどの核酸アプタマー、またはペプチドアプタマー）、またはこれらの任意の組合せを含む、項目３９から４４までのいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
別々の支持体のそれぞれにおいて、前記固定化された記録タグの分子の密度が、前記固定化された生物学的標的の分子の密度と等しいまたはそれよりも大きい、項目３９から４５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目４７）
前記固定化された記録タグの分子の密度が、前記固定化された生物学的標的の分子の密度の少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約７倍、少なくとも約８倍、少なくとも約９倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約５０倍、少なくとも約１００倍、またはそれよりも大きい、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
少なくとも１つのコーディングタグから少なくとも１つの記録タグに情報が移行され、それにより、少なくとも１つの伸長記録タグを生成する、項目３９から４７までのいずれか一項に記載の方法。
（項目４９）
少なくとも１つの記録タグから少なくとも１つのコーディングタグに情報が移行され、それにより、少なくとも１つの伸長コーディングタグを生成する、項目３９から４７までのいずれか一項に記載の方法。
（項目５０）
前記コーディングタグからの情報と前記記録タグからの情報とを含む少なくとも１つのジタグ構築物が生成される、項目３９から４９までのいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
前記生物学的標的の少なくとも１つが、前記作用物質の２つまたはそれよりも多くと結合および／または反応する、項目３９から５０までのいずれか一項に記載の方法。
（項目５２）
前記伸長記録タグまたは前記伸長コーディングタグが、前記２つまたはそれよりも多くの作用物質に関する識別情報を含む、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記生物学的標的の少なくとも１つに２つまたはそれよりも多くの記録タグが付随しており、前記２つまたはそれよりも多くの記録タグが同じであっても異なってもよい、項目３９から５２までのいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
少なくとも１つの別々の支持体が、同じ生物学的標的についての２つまたはそれよりも多くの記録タグを含み、前記２つまたはそれよりも多くの記録タグが同じであっても異なってもよい、項目３９から５３までのいずれか一項に記載の方法。
（項目５５）
前記情報の移行が、ライゲーション（例えば、酵素的もしくは化学的ライゲーション、副子ライゲーション、粘着末端ライゲーション、ｓｓＤＮＡライゲーションなどの一本鎖（ｓｓ）ライゲーション、またはこれらの任意の組合せ）、ポリメラーゼ媒介性反応（例えば、一本鎖核酸または二本鎖核酸のプライマー伸長）、またはこれらの任意の組合せによって達成される、項目３９から５４までのいずれか一項に記載の方法。
（項目５６）
前記生物学的標的のセットが、プロテオームまたはそのサブセットを含み、
必要に応じて、前記タンパク質のセットが、ゲノムもしくはそのサブセットのｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写／翻訳、その後のｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳を使用して作製される、またはトランスクリプトームもしくはそのサブセットのｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳を使用して作製される、項目３９から５５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
前記プロテオームのサブセットが、カイノーム；セクレトーム；レセプトーム（例えば、ＧＰＣＲｏｍｅ）；免疫プロテオーム；栄養プロテオーム；翻訳後修飾（例えば、リン酸化、ユビキチン化、メチル化、アセチル化、グリコシル化、酸化、脂質付加、および／またはニトロシル化）によって規定されるプロテオームサブセット、例えば、リン酸化プロテオーム（例えば、ホスホチロシン−プロテオーム、チロシン−カイノーム、およびチロシン−ホスファトーム）、グリコプロテオームなど；組織もしくは臓器、発生段階、または生理的もしくは病的状態に関連するプロテオームサブセット；細胞周期、分化（または脱分化）、細胞死、老化、細胞遊走、形質転換、または転移などの細胞プロセスに関連するプロテオームサブセット；あるいはこれらの任意の組合せを含む、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記生物学的標的のセットが、ヒトなどの哺乳動物、非ヒト動物、魚、無脊椎動物、節足動物、昆虫、または植物、例えば、酵母、細菌、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、ウイルス、例えば、ＨＩＶもしくはＨＣＶ、またはこれらの組合せに由来する、項目３９から５７までのいずれか一項に記載の方法。
（項目５９）
前記生物学的標的のセットが、タンパク質複合体またはそのサブユニットを含む、項目３９から５８までのいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
前記記録タグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、ＤＮＡ分子、偽相補的塩基を有するＤＮＡ、ＲＮＡ分子、ＢＮＡ分子、ＸＮＡ分子、ＬＮＡ分子、ＰＮＡ分子、γＰＮＡ分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目３９から５９までのいずれか一項に記載の方法。
（項目６１）
前記記録タグが、ユニバーサルプライミング部位を含む、項目３９から６０までのいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
前記記録タグが、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含み、例えば、前記ユニバーサルプライミング部位が、増幅、配列決定、またはその両方のためのプライミング部位を含む、項目３９から６１までのいずれか一項に記載の方法。
（項目６３）
前記記録タグが、一意の分子識別子（ＵＭＩ）を含む、項目３９から６２までのいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
前記記録タグが、前記生物学的標的を識別するエンコーディングバーコード、試料バーコード、コンパートメントバーコード、分配バーコード、エラー訂正バーコード、またはこれらの任意の組合せなどのバーコードを含む、項目３９から６３までのいずれか一項に記載の方法。
（項目６５）
前記記録タグが、その３’末端にスペーサーを含む、項目３９から６４までのいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
前記別々の支持体が、剛性固体支持体、可撓性固体支持体、または軟性固体支持体などの固体支持体であり、多孔質支持体または非多孔質支持体を含む、項目３９から６５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目６７）
前記別々の支持体が、ビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、多孔質マトリックス、アレイ、表面、ガラス表面、シリコン表面、プラスチック表面、スライド、フィルター、ナイロン、チップ、シリコンウェーハチップ、フロースルーチップ、信号変換電子機器を含むバイオチップ、ウェル、マイクロタイターウェル、プレート、ＥＬＩＳＡプレート、ディスク、スピン干渉ディスク、膜、ニトロセルロース膜、ニトロセルロースに基づくポリマー表面、ナノ粒子（例えば、磁気ナノ粒子（Ｆｅ３Ｏ４）、金ナノ粒子、および／または銀ナノ粒子などの金属を含む）、量子ドット、ナノシェル、ナノケージ、マイクロスフェア、またはこれらの任意の組合せを含む、項目３９から６６までのいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記支持体が、ポリスチレンビーズ、ポリマービーズ、アガロースビーズ、アクリルアミドビーズ、固体コアビーズ、多孔質ビーズ、磁気ビーズ、常磁性ビーズ、ガラスビーズ、または制御ポアビーズ、またはこれらの任意の組合せを含む、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
生物学的標的−作用物質結合マトリックスを創出するために、前記生物学的標的のセットと前記作用物質のライブラリーとの間の相互作用を並行解析するための、項目３９から６８までのいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
前記マトリックスのサイズが、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３、約１０１４、またはそれよりも大きい、例えば、約２×１０１３である、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記コーディングタグが、核酸、オリゴヌクレオチド、修飾されたオリゴヌクレオチド、ＤＮＡ分子、偽相補的塩基を有するＤＮＡ、ＲＮＡ分子、ＢＮＡ分子、ＸＮＡ分子、ＬＮＡ分子、ＰＮＡ分子、γＰＮＡ分子、またはモルホリノ、またはこれらの組合せを含む、項目３９から７０までのいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記コーディングタグが、前記作用物質を識別するエンコーダー配列を含む、項目３９から７１までのいずれか一項に記載の方法。
（項目７３）
前記コーディングタグが、スペーサー、一意の分子識別子（ＵＭＩ）、ユニバーサルプライミング部位、またはこれらの任意の組合せを含む、項目３９から７２までのいずれか一項に記載の方法。
（項目７４）
前記作用物質と前記コーディングタグが、リンカーまたは結合対によって接合されている、項目３９から７３までのいずれか一項に記載の方法。
（項目７５）
前記生物学的標的と前記記録タグが、前記別々の支持体上に共局在している、項目３９から７４までのいずれか一項に記載の方法。
（項目７６）
別々の支持体のそれぞれにおいて、同じ生物学的標的の複数の分子および／または同じ記録タグの複数の分子が固定化されており、前記分子が、共局在していてよく、互いに低密度に間隔をあける必要はない、項目３９から７５までのいずれか一項に記載の方法。
（項目７７）
（ａ）（ｉ）第１のユニバーサルプライマー配列を含む記録タグが直接または間接的に付随する生物学的標的（例えば、タンパク質またはポリペプチド）を、（ｉｉ）第１の支持体に固定化された作用物質と接触させるステップであって、前記第１の支持体が、前記支持体に固定化された前記作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグをさらに含む、ステップと；
（ｂ）前記生物学的標的と前記固定化された作用物質との間の結合および／または反応時に前記記録タグと前記コーディングタグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記生物学的標的に付随する伸長記録タグが生成する、ステップと；
（ｃ）前記伸長記録タグを、サイクル特異的タグおよび第２のユニバーサルプライマー配列と接触させるステップであって、サイクル特異的タグおよび第２のユニバーサルプライマー配列の両方が第２の支持体に固定化されており、前記第１のユニバーサルプライマー配列および前記第２のユニバーサルプライマー配列の全部または一部が互いと相補的である、ステップと；
（ｄ）前記固定化されたサイクル特異的タグと前記伸長記録タグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記生物学的標的に付随するさらなる伸長記録タグが生成する、ステップと；
（ｅ）前記コーディングタグおよび前記サイクル特異的タグからの情報を含む前記さらなる伸長記録タグを解析するステップと
を含み、ステップ（ｅ）の前にステップ（ａ）〜（ｄ）を複数回繰り返すことができる方法。
（項目７８）
（ａ）（ｉ）記録タグが直接または間接的に付随した生物学的標的（例えば、タンパク質またはポリペプチド）を、（ｉｉ）支持体に固定化された作用物質であって、前記支持体が、前記支持体に固定化された前記作用物質に関する識別情報を含むコーディングタグをさらに含む、作用物質と接触させるステップと；
（ｂ）前記生物学的標的と前記固定化された作用物質との間の結合および／または反応時に前記記録タグと前記コーディングタグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記支持体に固定化された伸長コーディングタグが生成する、ステップと；
（ｃ）前記伸長コーディングタグをサイクル特異的タグと接触させるステップと；
（ｄ）前記伸長コーディングタグと前記サイクル特異的タグとの間の情報の移行を可能にするステップであって、前記情報の移行により、前記支持体に固定化されたさらなる伸長コーディングタグが生成する、ステップと；
（ｅ）前記記録タグおよび前記サイクル特異的タグからの情報を含む前記さらなる伸長コーディングタを解析するステップと；
を含み、ステップ（ｅ）の前にステップ（ａ）〜（ｄ）を複数回繰り返すことができる方法。
（項目７９）
前記情報の移行が、ライゲーション（例えば、酵素的もしくは化学的ライゲーション、副子ライゲーション、粘着末端ライゲーション、ｓｓＤＮＡライゲーションなどの一本鎖（ｓｓ）ライゲーション、またはこれらの任意の組合せ）、ポリメラーゼ媒介性反応（例えば、一本鎖核酸または二本鎖核酸のプライマー伸長）、またはこれらの任意の組合せによって達成される、項目７７または７８に記載の方法。
（項目８０）
項目１から７９までのいずれかに記載の方法において開示および／もしくは使用されている任意の分子、分子複合体もしくはコンジュゲート、試薬（例えば、化学的または生物学的）、作用物質、構造（例えば、支持体、表面、粒子、またはビーズ）、反応中間体、反応産物、結合複合体、または任意の他の製造品、またはこれらの任意の組合せを含むキット。