【手続補正書】
【提出日】令和3年6月21日(2021.6.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
移植対象からの試料を評価する方法であって、
（ａ）各々異なる時点において対象から採取された少なくとも２つの試料中のドナー特異的セルフリーＤＮＡ（ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡ）および／または全ｃｆ−ＤＮＡの量を決定すること、ここで、少なくとも１つの試料は、移植の８日以内に採取される；ならびに
（ｂ）ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量を報告および／または記録すること
を含む、前記方法。
【請求項２】
（ｃ）ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量を、閾値および／または１つ以上の前の時点からの量と比較すること
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
移植対象からの試料を評価する方法であって、
（ａ）各々異なる時点において対象から採取された少なくとも２つの試料中のドナー特異的セルフリーＤＮＡ（ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡ）および／または全ｃｆ−ＤＮＡの量を得ること、ここで、少なくとも１つの試料が、移植の８日以内に採取される；ならびに
（ｂ）ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡに対するＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量を、閾値および／または１つ以上の前の時点からの量と比較すること；ならびに
（ｃ）閾値および／または１つ以上の時点からの量と比較した、ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量に基づいて、対象のための処置またはモニタリングのレジメンを決定すること
を含む、前記方法。
【請求項４】
（ｉ）少なくとも１つの試料が、移植の７、６、５または４日以内に採取され、任意にここで、少なくとも１つの試料が、移植の直後に採取され、および任意にここで、少なくとも１つの試料が、クロスクランプ除去の直後に採取される；および／または
（ｉｉ）少なくとも１つの試料が、クロスクランプ除去の時点から３６時間以内に採取される；および／または
（ｉｉｉ）他の試料がまた、移植の８日以内、任意にここで、移植の７、６、５または４日以内に採取される；および／または
（ｉｖ）試料が、移植後の最初の４、５、６、７または８日にわたり毎日採取される；および／または
（ｖ）１つ以上のさらなるＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量が、各々が対象から異なる時点において採取された試料から得られ、任意にここで、１つ以上のさらなるＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量が、異なる時点においてであるが少なくとも２つの試料の後で対象から採取された試料から各々得られる、および／または、１つ以上のさらなるＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量が、対象から１ヵ月ごとまたは２ヵ月ごとに採取された試料から得られる；および／または
（ｖｉ）対象が、６ヵ月まで、８ヵ月まで、１０ヵ月まで、または１年までにわたり評価される；および／または
（ｖｉｉ）方法が、以下：
（ｄ）ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量の、閾値および／または１つ以上の前の時点からの量との比較に基づいて、対象にとってのリスクを決定および／または評価すること
をさらに含む、
請求項１または３に記載の方法。
【請求項５】
ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡの量が、移植後の各１日に、例えば最初の８日以内に、少なくとも０．９８％低下しない場合、リスクは、より高いかまたは増大中である、および／または全ｃｆ−ＤＮＡの量が、移植後の各１日に、例えば最初の８日以内に、少なくとも７％低下しない場合、リスクは、より高いかまたは増大中である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
拒絶のために処置された移植対象からの試料を評価する方法であって、
（ａ）各々異なる時点において対象から採取された少なくとも２つの試料中のドナー特異的セルフリーＤＮＡ（ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡ）および／または全ｃｆ−ＤＮＡの量を決定すること、ここで、少なくとも１つの試料は、拒絶処置の前に採取され、他方は処置後に採取される、
任意にここで：
（ｉ）方法が、（ｂ）対象におけるリスクを評価するために量を比較することをさらに含む、および／または、方法が、（ｃ）ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量を報告および／または記録することをさらに含む；および／または
（ｉｉ）少なくとも１つの試料が、処置の３日以内に採取される；および／または
（ｉｉｉ）少なくとも１つの試料が、処置の前、例えば処置の直前に採取される；および／または
（ｉｖ）試料が、毎日、例えば処置の最初の３日にわたり採取される；および／または
（ｖ）１つ以上のさらなるＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量が、異なる時点、例えば拒絶のための処置の間の異なる時点において対象から採取された試料から各々決定され、任意にここで、１つ以上のさらなるＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量が、異なる時点においてであるが少なくとも２つの試料の後に対象から採取された試料から、各々決定される；および／または
（ｖｉ）方法が、以下：
（ｄ）ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量を、閾値および／または１つ以上の前の時点からの量と比較すること
をさらに含む、および／または、
（ｖｉｉ）方法が、以下：
（ｅ）ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量の、閾値および／または１つ以上の前の時点からの量との比較に基づいて、対象にとってのリスクを決定および／または評価すること
をさらに含む、および／または、方法が、以下：
（ｆ）閾値および／または１つ以上の時点からの量と比較した、ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量に基づいて、対象のための処置またはモニタリングのレジメンを決定すること
をさらに含む、
を含む、前記方法。
【請求項７】
１つ以上の閾値を提供することをさらに含み、任意にここで、閾値が、ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量が決定される各々の時点について提供される、請求項１〜４および６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
量および／または値が、レポートにおいて提供されるかまたは、データベースにおいて記録される、請求項１〜４、６および７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量が、
（ａ）複数の単一ヌクレオチドバリアント（ＳＮＶ）標的について、試料またはその一部に対して、少なくとも２つのプライマーペアを用いて、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）定量アッセイなどの増幅ベースの定量アッセイを行うこと、ここで、各々のプライマーペアは、フォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、ここで、少なくとも２つのプライマーペアのうちの一方は、プライマー中に、ＳＮＶ標的の１つのアレルと比較して、３’の最後から２番目のミスマッチを含むが、ＳＮＶ標的の別のアレルと比較した３’の二重ミスマッチは含まず、ＳＮＶ標的の１つのアレルを特異的に増幅し、少なくとも２つのプライマーペアの他方は、ＳＮＶ標的の別のアレルを特異的に増幅する、ならびに
（ｂ）結果に基づいて、ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量を評価すること
により決定されるかまたは得られる、請求項１〜４および６〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量が、
（ａ）複数の遺伝子座の各々のアレルを決定すること；
（ｂ）アレルの決定に基づいて、複数の遺伝子座から少なくとも１つのインフォーマティブな遺伝子座を選択すること；
（ｃ）複数の遺伝子座、対象の第１の核酸および対象にとってネイティブではない第２の核酸を含む核酸を同定すること；
（ｄ）統計学的分布を用いて、少なくとも１つのインフォーマティブな遺伝子座における第１のアレルの推定アレル頻度を計算すること；ならびに
（ｅ）推定アレル頻度に基づいて、ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡの量を決定すること
により決定されるかまたは得られる、請求項１〜４および６〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ドナーの遺伝子型が既知であるか、またはドナーの遺伝子型が不明である、請求項９または１０に記載の方法。
【請求項１２】
（ｉ）閾値が、本明細書において提供されるような任意の１つ以上の閾値を含む；および／または
（ｉｉ）閾値よりも高いか、および／またはより早い時点からの量と比較して高いかもしくは増大中のＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量が、より高いかまたは増大中のリスクを表し、閾値より低いか、および／またはより早い時点からの量と比較して低いかもしくは低下中のＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量は、より低いかまたは低下中のリスクを表す；および／または
（ｉｉｉ）モニタリングのレジメンを決定することが、経時的に、またはその後の時点において、対象におけるＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量を決定すること、またはかかるモニタリングを対象に提案することを含む；および／または
（ｉｖ）ＤＳ  ｃｆ−ＤＮＡおよび／または全ｃｆ−ＤＮＡの量が、閾値またはより早い時点からの量と比較してより高い場合、試料採取の間の時間が短縮される；および／または
（ｖ）モニタリングのレジメンを決定することが、対象を評価するためのさらなる検査を使用することまたはこれの使用を提案することを含む；および／または
（ｖｉ）処置レジメンを決定することが、対象のための処置を選択もしくは提案すること、または対象の処置を変更することもしくはかかる変更を提案することを含む；および／または
（ｖｉｉ）処置レジメンを決定することが、対象を処置することを含む；および／または
（ｖｉｉｉ）処置レジメンを決定することが、対象に対する処置についての情報を提供することを含む；および／または
（ｉｘ）試料が、血液、血漿または血清試料であり、任意にここで、血液試料が、血漿試料である；および／または
（ｘ）移植対象が、小児心臓移植対象などの心臓移植対象である；および／または
（ｘｉ）対象が、少なくとも１回、拒絶のために処置されたことがある、
請求項１〜４および６〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
対象が、本明細書において提供される対象のいずれか１つであるか、または本明細書において提供される状態のいずれか１つを有するか、もしくはこれを有することが疑われるものである、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
処置が、本明細書において提供される決定または比較に基づく処置のいずれか１つである、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
請求項１〜４および６〜８のいずれか一項に記載の量および／または値を含む、レポートまたはデータベース。