【手続補正書】
【提出日】令和3年4月30日(2021.4.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
シークエンシング分析を実施するように取得される強度値の正規化を実施するための方法（１００）であって、前記方法（１００）は、
複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する複数の画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）を受信するステップ（１１０）であって、各画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）は、個別のチャネル（ａ−ｄ）に関して、前記複数の画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）の画像の全ての位置にわたる強度分布を記述する、ステップと、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関するパラメータ化分布を取得するための前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する全ての位置にわたる前記強度分布のパラメータ化のステップ（１２０）であって、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記パラメータ化分布は、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する全ての位置にわたる前記強度値の平均を使用して記述される、ステップと、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の全てに関する共通分布を取得するように、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記パラメータ化分布を組み合わせるステップ（１３０）であって、前記共通分布は、前記複数のチャネルの全てのパラメータ化分布の平均を表す、ステップと、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の各々に関して、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に関する個別の伝達関数が、対応する強度分布を前記共通分布にマップするように、伝達関数を決定するステップ（１４０）と
を含む、方法（１００）。
【請求項２】
前記パラメータ化のステップ（１２０）および決定するステップ（１４０）は、それぞれが特異的ヌクレオチドに属する４つのチャネル（ａ−ｄ）に関して実施される、かつ／または
前記パラメータ化のステップ（１２０）および決定するステップ（１４０）は、それぞれ、４つの特異的ヌクレオチドをマークする４つの明確に異なる蛍光染料のうちの１つを決定するようにフィルタ処理される４つのチャネル（ａ−ｄ）に関して実施される、
請求項１に記載の方法（１００）。
【請求項３】
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）内の各位置は、その独自の配列および／またはその独自のＤＮＡ配列に属する、請求項１または２に記載の方法（１００）。
【請求項４】
パラメータ化のステップ（１２０）は、最尤推定のサブステップ、最大事後推定のサブステップ、１つ以上のチャネルまたは全てのチャネル（ａ−ｄ）に関する要約統計を決定する（１４０）サブステップ、または１つ以上のチャネルまたは全てのチャネル（ａ−ｄ）の強度分布を記述する規定パラメータセットを決定する（１４０）サブステップを使用して、実施される、請求項１−３のうちの１項に記載の方法（１００）。
【請求項５】
前記個別の伝達関数は、前記共通分布への前記対応する強度分布の線形変換を可能にする、請求項１−４のうちの１項に記載の方法（１００）。
【請求項６】
前記個別の伝達関数は、前記共通分布への前記対応する強度分布の非線形変換を可能にする、請求項１−５のうちの１項に記載の方法（１００）。
【請求項７】
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）のうちの１つ以上のものまたは全てに関する前記強度分布は、明確に異なる平均および明確に異なる標準偏差を伴うガウス分布によって記述される、請求項１−６のうちの１項に記載の方法（１００）。
【請求項８】
前記ガウス分布によって記述される前記個別のチャネル（１１ａ−１１ｄ）に関する前記個別の伝達関数は、前記対応する強度分布から平均を減算する数学演算および／または前記対応する強度分布を標準偏差で除算する数学演算を含む、請求項７に記載の方法（１００）。
【請求項９】
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）のうちの１つに関する、またはより多くに関する、または全てに関する、前記強度分布は、非正規分布によって記述される、請求項６に記載の方法（１００）。
【請求項１０】
前記個別の伝達関数は、対数変換、平方根変換、ボックス・コックス変換、またはＹｅｏ−Ｊｏｈｎｓｏｎ変換を可能にする、請求項９に記載の方法（１００）。
【請求項１１】
前記パラメータ化のステップ（１２０）、組み合わせるステップ（１３０）、および決定するステップ（１４０）は、複数のサイクルの各々に対して個別に実施される、請求項１−１０のうちの１項に記載の方法（１００）。
【請求項１２】
前記パラメータ化のステップ（１２０）、組み合わせるステップ（１３０）、および決定するステップ（１４０）は、複数のサイクル（１１−１５）または全てのサイクル（１１−１５）に関して実施される、請求項１−１０のうちの１項に記載の方法（１００）。
【請求項１３】
前記伝達関数を決定するステップ（１４０）は、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記個別の伝達関数が平滑化関数を含むように実施され、
前記平滑化関数は、サイクル（１１−１５）の数にわたる前記強度値の最大変化を記述する、かつ／または、前記平滑化関数は、前記強度値がサイクル（１１−１５）の数にわたって平滑化されるように決定される（１４０）、
請求項１２に記載の方法（１００）。
【請求項１４】
各個別の伝達関数は、正規化関数を含み、
前記正規化関数は、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の強度値が、全てのチャネル（ａ−ｄ）に関してサイクル（１１−１５）の数にわたって正規化されるように、決定される（１４０）、請求項１２または１３に記載の方法（１００）。
【請求項１５】
前記個別の正規化関数は、サイクル（１１−１５）の数にわたる１つ以上のチャネル（ａ−ｄ）の動向が検出されない場合に、決定される（１４０）、請求項１４に記載の方法（１００）。
【請求項１６】
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の全てに関する前記共通分布は、各チャネルに対して共通分布関数を含む関数のセットによって記述され、前記共通分布関数のうちの少なくとも２つは、相互と異なり、
各個別の伝達関数は、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記個別の伝達関数が、前記対応する強度分布を対応する共通分布関数にマップするように、決定される（１４０）、
請求項１２に記載の方法（１００）。
【請求項１７】
前記複数の共通分布関数は、サイクル（１１−１５）の数にわたる１つ以上のチャネル（ａ−ｄ）の動向が検出される場合に、決定される（１４０）、請求項１５に記載の方法（１００）。
【請求項１８】
各伝達関数は、平滑化関数を含み、前記平滑化関数は、サイクル（１１−１５）の数にわたる前記強度値の最大変化を記述する、かつ／または、前記平滑化関数は、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に使用される前記強度値がサイクル（１１−１５）の数にわたって平滑化されるように決定される（１４０）、請求項１６または１７に記載の方法（１００）。
【請求項１９】
全ての位置にわたる前記強度分布および／または前記パラメータ化分布は、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）のうちの個別のチャネルに関する個別の強度値に相関してカウント数を記述する、かつ／または
少なくとも２つの、全ての関連する、または全てのチャネル（ａ−ｄ）に関する前記共通分布は、前記複数のチャネルの少なくとも２つの、全ての関連する、または全てのパラメータ化分布の平均を表し、かつ／または、少なくとも２つの、全ての関連する、または全てのチャネルに関する前記共通分布は、少なくとも２つの、全ての関連する、または全てのチャネル（ａ−ｄ）に関する平均強度値に相関して平均カウント数を記述する、
請求項１−１８のうちの１項に記載の方法（１００）。
【請求項２０】
コンピュータプログラムをその上に記憶しているコンピュータ可読デジタル記憶媒体であって、前記コンピュータプログラムは、プログラムコードを有し、前記プログラムコードは、コンピュータ上で起動するときに、請求項１−１９のうちの１項に記載の方法（２００）を実施する、コンピュータ可読デジタル記憶媒体。
【請求項２１】
シークエンシング分析を実施するように取得される強度値の正規化を実施するための方法（１００、２００）の正規化を実施するための装置であって、
複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する複数の画像データ（１５ａ−１５ｄ）を受信するためのインターフェースであって、各画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）は、個別のチャネル（ａ−ｄ）に関して、前記複数の画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）の画像の全ての位置にわたる強度分布を記述する、インターフェースと、
プロセッサであって、前記プロセッサは、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する全ての位置にわたる前記強度分布をパラメータ化し、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関するパラメータ化分布を取得するように構成され、かつ、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記パラメータ化分布を組み合わせ、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の全てに関する共通分布を取得するように構成され、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記パラメータ化分布は、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する全ての位置にわたる前記強度値の平均を使用して記述され、前記共通分布は、前記複数のチャネルの全てのパラメータ化分布の平均を表す、プロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の各々に関して、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に関する個別の伝達関数が、対応する強度分布を前記共通分布にマップするように、伝達関数を決定する（１４０）ように構成される、装置。
【請求項２２】
シークエンシング分析を実施するように取得される強度値の正規化を実施するための方法（１００）であって、前記方法（１００）は、
複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する複数の画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）を受信するステップ（１１０）であって、各画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）は、個別のチャネル（ａ−ｄ）に関して、前記複数の画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）の画像の全ての位置にわたる強度分布を記述する、ステップと、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関するパラメータ化分布を取得するための前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する全ての位置にわたる前記強度分布のパラメータ化のステップ（１２０）と、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の全てに関する共通分布を取得するように、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記パラメータ化分布を組み合わせるステップ（１３０）と、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の各々に関して、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に関する個別の伝達関数が、対応する強度分布を前記共通分布にマップするように、伝達関数を決定するステップ（１４０）と
を含む、方法（１００）。
【請求項２３】
シークエンシング分析を実施するように取得される強度値の正規化を実施するための方法（１００）であって、前記方法（１００）は、
複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する複数の画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）を受信するステップ（１１０）であって、各画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）は、個別のチャネル（ａ−ｄ）に関して、前記複数の画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）の画像の全ての位置にわたる強度分布を記述する、ステップと、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関するパラメータ化分布を取得するための前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する全ての位置にわたる前記強度分布のパラメータ化のステップ（１２０）であって、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記パラメータ化分布は、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する全ての位置にわたる前記強度値の平均、または、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）のうちの個別のチャネルの挙動を記述するパラメータセット、または、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する要約統計、または、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する最尤推定、または、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する事後推定を使用して、記述される、ステップと、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の全てに関する共通分布を取得するように、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記パラメータ化分布を組み合わせるステップ（１３０）であって、前記共通分布は、前記複数のチャネルの全てのパラメータ化分布の平均を表す、ステップと、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の各々に関して、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に関する個別の伝達関数が、対応する強度分布を前記共通分布にマップするように、伝達関数を決定するステップ（１４０）と
を含む、方法（１００）。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１７】
別の実施形態によると、シークエンシング分析を実施するように取得される強度値の正規化を実施するための装置が、提供される。ここでは、装置は、インターフェースと、プロセッサとを備える。インターフェースは、複数の画像データを受信し、プロセッサは、パラメータ化、組み合わせ、および伝達関数の決定を実施する。
本発明は、例えば、以下を提供する。
（項目１）
シークエンシング分析を実施するように取得される強度値の正規化を実施するための方法（１００）であって、前記方法（１００）は、
複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する複数の画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）を受信するステップ（１１０）であって、各画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）は、個別のチャネル（ａ−ｄ）に関して、前記複数の画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）の画像の全ての位置にわたる強度分布を記述する、ステップと、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関するパラメータ化分布を取得するための前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する全ての位置にわたる前記強度分布のパラメータ化（１２０）と、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の全てに関する共通分布を取得するように、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記パラメータ化分布を組み合わせるステップ（１３０）と、
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の各々に関して、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に関する個別の伝達関数が、対応する強度分布を前記共通分布にマップするように、伝達関数を決定するステップ（１４０）と
を含む、方法（１００）。
（項目２）
前記パラメータ化（１２０）および決定するステップ（１４０）は、それぞれが特異的ヌクレオチドに属する４つのチャネル（ａ−ｄ）に関して実施される、かつ／または
前記パラメータ化（１２０）および決定するステップ（１４０）は、それぞれ、４つの特異的ヌクレオチドをマークする４つの明確に異なる蛍光染料のうちの１つを決定するようにフィルタ処理される４つのチャネル（ａ−ｄ）に関して実施される、
項目１に記載の方法（１００）。
（項目３）
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）内の各位置は、その独自の配列および／またはその独自のＤＮＡ配列に属する、項目１または２に記載の方法（１００）。
（項目４）
パラメータ化（１２０）のステップは、最尤推定、最大事後推定、１つ以上のチャネルまたは全てのチャネル（ａ−ｄ）に関する要約統計を決定する（１４０）サブステップ、または１つ以上のチャネルまたは全てのチャネル（ａ−ｄ）の強度分布を記述する規定パラメータセットを決定する（１４０）サブステップを使用して、実施される、前記項目のうちの１項に記載の方法（１００）。
（項目５）
前記個別の伝達関数は、前記共通分布への前記対応する強度分布の線形変換を可能にする、前記項目のうちの１項に記載の方法（１００）。
（項目６）
前記個別の伝達関数は、前記共通分布への前記対応する強度分布の非線形変換を可能にする、項目１−５のうちの１項に記載の方法（１００）。
（項目７）
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）のうちの１つ以上のものまたは全てに関する前記強度分布は、明確に異なる平均および明確に異なる標準偏差を伴うガウス分布によって記述される、前記項目のうちの１項に記載の方法（１００）。
（項目８）
前記ガウス分布によって記述される前記個別のチャネル（１１ａ−１１ｄ）に関する前記個別の伝達関数は、前記対応する強度分布から平均を減算する数学演算および／または前記対応する強度分布を標準偏差で除算する数学演算を含む、項目７に記載の方法（１００）。
（項目９）
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）のうちの１つに関する、またはより多くに関する、または全てに関する、前記強度分布は、非正規分布によって記述される、項目６に記載の方法（１００）。
（項目１０）
前記個別の伝達関数は、対数変換、平方根変換、ボックス・コックス変換、またはＹｅｏ−Ｊｏｈｎｓｏｎ変換を可能にする、項目９に記載の方法（１００）。
（項目１１）
前記パラメータ化（１２０）、組み合わせるステップ（１３０）、および決定するステップ（１４０）は、各サイクルに対して個別に実施される、前記項目のうちの１項に記載の方法（１００）。
（項目１２）
前記パラメータ化（１２０）、組み合わせるステップ（１３０）、および決定するステップ（１４０）は、複数のサイクル（１１−１５）または全てのサイクル（１１−１５）に関して実施される、項目１−１０のうちの１項に記載の方法（１００）。
（項目１３）
前記伝達関数を決定するステップ（１４０）は、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記個別の伝達関数が平滑化関数を含むように実施され、
前記平滑化関数は、サイクル（１１−１５）の数にわたる前記強度値の最大変化を記述する、かつ／または、前記平滑化関数は、前記強度値がサイクル（１１−１５）の数にわたって平滑化されるように決定される（１４０）、
項目１２に記載の方法（１００）。
（項目１４）
各個別の伝達関数は、正規化関数を含み、
前記正規化関数は、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の強度値が、全てのチャネル（ａ−ｄ）に関してサイクル（１１−１５）の数にわたって正規化されるように、決定される（１４０）、項目１２または１３に記載の方法（１００）。
（項目１５）
前記個別の正規化関数は、サイクル（１１−１５）の数にわたる１つ以上のチャネル（ａ−ｄ）の動向が検出されない場合に、決定される（１４０）、項目１４に記載の方法（１００）。
（項目１６）
前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の全てに関する前記共通分布は、各チャネルに対して共通分布関数を含む関数のセットによって記述され、前記共通分布関数のうちの少なくとも２つは、相互と異なり、
各個別の伝達関数は、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記個別の伝達関数が、前記対応する強度分布を対応する共通分布関数にマップするように、決定される（１４０）、
項目１２に記載の方法（１００）。
（項目１７）
前記複数の共通分布関数は、サイクル（１１−１５）の数にわたる１つ以上のチャネル（ａ−ｄ）の動向が検出される場合に、決定される（１４０）、項目１５に記載の方法（１００）。
（項目１８）
各伝達関数は、平滑化関数を含み、前記平滑化関数は、サイクル（１１−１５）の数にわたる前記強度値の最大変化を記述する、かつ／または、前記平滑化関数は、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に使用される前記強度値がサイクル（１１−１５）の数にわたって平滑化されるように決定される（１４０）、項目１６または１７に記載の方法（１００）。
（項目１９）
全ての位置にわたる前記強度分布および／または前記パラメータ化分布は、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）のうちの個別のチャネルに関する個別の強度値に相関してカウント数を記述する、かつ／または
少なくとも２つの、全ての関連する、または全てのチャネル（ａ−ｄ）に関する前記共通分布は、前記複数のチャネルの少なくとも２つの、全ての関連する、または全てのパラメータ化分布の平均を表し、かつ／または、少なくとも２つの、全ての関連する、または全てのチャネルに関する前記共通分布は、少なくとも２つの、全ての関連する、または全てのチャネル（ａ−ｄ）に関する平均強度値に相関して平均カウント数を記述する、
項目１−１８のうちの１項に記載の方法（１００）。
（項目２０）
コンピュータプログラムをその上に記憶しているコンピュータ可読デジタル記憶媒体であって、前記コンピュータプログラムは、プログラムコードを有し、前記プログラムコードは、コンピュータ上で起動するときに、前記項目のうちの１項に記載の方法（２００）を実施する、コンピュータ可読デジタル記憶媒体。
（項目２１）
シークエンシング分析を実施するように取得される強度値の正規化を実施するための方法（１００、２００）の正規化を実施するための装置であって、
複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する複数の画像データ（１５ａ−１５ｄ）を受信するためのインターフェースであって、各画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）は、個別のチャネル（ａ−ｄ）に関して、前記複数の画像データ（１１ａ−１１ｄ、１５ａ−１５ｄ）の画像の全ての位置にわたる強度分布を記述する、インターフェースと、
プロセッサであって、前記プロセッサは、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する全ての位置にわたる前記強度分布をパラメータ化し、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関するパラメータ化分布を取得するように構成され、かつ、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）に関する前記パラメータ化分布を組み合わせ、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の全てに関する共通分布を取得するように構成される、プロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、前記複数のチャネル（ａ−ｄ）の各々に関して、前記個別のチャネル（ａ−ｄ）に関する個別の伝達関数が、対応する強度分布を前記共通分布にマップするように、伝達関数を決定する（１４０）ように構成される、装置。