【手続補正書】
【提出日】令和3年5月28日(2021.5.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単一の真菌胞子に由来するクローン集団を単離するための方法であって、
（ａ）複数の反応領域を含む基材中の個々の反応領域に、真菌株に由来する複数の真菌胞子を含む別々の体積の液状懸濁液を分散するステップであって、前記複数の反応領域中の各反応領域は、増殖培地を含み、前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも７５％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、ステップ；
（ｂ）増殖培地を含む前記反応領域中の分散された前記単一の生存可能な真菌胞子を培養するステップ；および
（ｃ）前記反応領域中で増殖するクローン集団を選択することによって、単一の真菌胞子に由来するクローン集団を単離するステップ
を含む、方法。
【請求項２】
前記別々の体積中の単一の真菌胞子の存在または非存在について、前記別々の体積をスクリーニングするステップをさらに含み、ステップ（ａ）のために、単一の真菌胞子を含有する前記別々の体積のみが選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記分散により、前記個々の反応領域の実質的にすべてが、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項５】
前記別々の体積をスクリーニングするステップが、前記別々の体積中の単一の真菌胞子の存在または非存在を光学的に区別することを伴う、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記スクリーニングが、前記別々の体積中の単一の真菌胞子の存在または非存在を光学的に区別することが可能なマイクロフルイディックデバイスを使用して実行される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
単一の真菌胞子に由来するクローン集団を単離するための方法であって、
（ａ）真菌株に由来する複数の真菌胞子を含む液状懸濁液を希釈するステップであって、前記希釈が限界希釈である、ステップ；
（ｂ）複数の反応領域を含む基材中の個々の反応領域に、別々の体積の希釈物を分散するステップであって、前記複数の反応領域中の各反応領域は、増殖培地を含み、前記限界希釈により、各反応領域に分散された前記別々の体積の希釈物が１つの生存可能な胞子を含有するかまたは生存可能な胞子を含有しないかのいずれかであることが、前記複数の反応領域中の前記反応領域の９０％より多くが生存可能な胞子を含有せず、１つまたは複数の生存可能な胞子を含有する反応領域の９０％より多くが単一の生存可能な胞子のみを含有するポアソン分布に従う確率がもたらされる、ステップ；
（ｃ）増殖培地を含む前記反応領域中の分散された前記単一の生存可能な真菌胞子を培養するステップ；および
（ｄ）前記反応領域中で増殖するクローン集団を選択することによって、単一の真菌胞子に由来するクローン集団を単離するステップ
を含む、方法。
【請求項８】
前記反応領域が、マイクロタイタープレート中に存在する、請求項１または７に記載の方法。
【請求項９】
前記マイクロタイタープレートが、９６ウェル、３８４ウェルまたは１５３６ウェルを含有する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記真菌株が、糸状菌株である、請求項１または７に記載の方法。
【請求項１１】
前記糸状菌株が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記糸状菌株が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒまたはそのテレオモルフもしくはアナモルフである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記糸状菌株が、菌糸体ではないペレット状の形態を有する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記糸状菌株が、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのｓｌｎ１遺伝子のＡ．ｎｉｇｅｒオルソログの変異形態を発現する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのｓｌｎ１遺伝子の前記Ａ．ｎｉｇｅｒオルソログの前記変異形態の核酸配列が、配列番号１３である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのｓｌｎ１遺伝子の前記Ａ．ｎｉｇｅｒオルソログの前記変異形態が、配列番号１または２から選択されるプロモーター配列に作動可能に連結されている、請求項１４または１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記ステップのそれぞれが自動化される、請求項１または７に記載の方法。
【請求項１８】
前記ステップのそれぞれが、自動化されたロボットシステムを使用して実行される、請求項１または７に記載の方法。
【請求項１９】
前記自動化されたロボットシステムが、システム内の１つまたは複数のプロセッサーと通信しており、前記１つまたは複数のプロセッサーが、それぞれ１つまたは複数のメモリーと通信している、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記１つまたは複数のプロセッサーに、前記１つまたは複数のプロセッサーによって実行されるときに、ステップ（ａ）〜（ｃ）を実行するためのシステムを行わせる命令が記憶されている、請求項１９に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０７３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０７３５】
さらに、以下の特定の出願が参照によって本明細書に組み込まれる：２００１６年１２月３０日に出願された米国特許出願第１５／３９６，２３０号（米国特許出願公開第ＵＳ２０１７／０１５９０４５号Ａ１）；２０１６年１２月０７日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０６５４６５（ＷＯ２０１７／１００３７７Ａ１）；２０１６年４月２７日に出願された米国特許出願第１５／１４０，２９６号（ＵＳ２０１７／０３１６３５３Ａ１）；２０１７年４月２６日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１７／０２９７２５（ＷＯ２０１７／１８９７８４Ａ１）；２０１６年１２月０７日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０６５４６４（ＷＯ２０１７／１００３７６Ａ２）；２０１６年１２月０７日に出願された米国仮出願第６２／４３１，４０９号；２０１５年１２月０７日に出願された米国仮出願第６２／２６４，２３２号；および２０１６年７月２９日に出願された米国仮出願第６２／３６８，７８６号。さらに、以下の特定の出願が、参照によって本明細書に組み込まれる：２０１７年１２月２９日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１７／０６９０８６；および２０１６年１２月３０日に出願された米国仮出願第６２／４４１，０４０号。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
糸状菌株を産生するための方法であって、
ａ．）複数のプロトプラストを提供するステップであって、前記プロトプラストは、糸状菌細胞の培養物から調製されたものである、ステップ；
ｂ．）前記複数のプロトプラストを第１のコンストラクトおよび第２のコンストラクトで形質転換するステップであって、前記第１のコンストラクトは、前記プロトプラストのゲノム中の第１の遺伝子座に相同なヌクレオチドが両側に隣接している第１のポリヌクレオチドを含み、前記第２のコンストラクトは、前記プロトプラストのゲノム中の第２の遺伝子座に相同なヌクレオチドが両側に隣接している第２のポリヌクレオチドを含み、形質転換により、相同組換えによって前記第１の遺伝子座に前記第１のコンストラクトが組み込まれ、前記第２の遺伝子座に前記第２のコンストラクトが組み込まれ、少なくとも前記第２の遺伝子座は、前記プロトプラストのゲノム中の第１の選択可能なマーカー遺伝子であり、前記第１のポリヌクレオチドは、変異および／または遺伝子制御エレメントを含む、ステップ；
ｃ．）選択および対抗選択を実行することによって、同核共存体の形質転換体を精製するステップ；および
ｄ．）前記糸状菌細胞の再生を助長する培地中で、精製した形質転換体を増殖させるステップ
を含む、方法。
（項目２）
前記第１のコンストラクトが、コンストラクトＡおよびコンストラクトＢに分割され、コンストラクトＡは、前記第１のポリヌクレオチドの第１の部分と、前記第１のポリヌクレオチドの前記第１の部分の５’側に前記第１の遺伝子座に相同なヌクレオチドとを含み、コンストラクトＢは、前記第１のポリヌクレオチドの第２の部分と、前記第１のポリヌクレオチドの前記第２の部分の３’側に前記第１の遺伝子座に相同なヌクレオチドを含み、前記第１のポリヌクレオチドの前記第１の部分および前記第２の部分は、オーバーラップする相補的配列を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記第２のコンストラクトが、コンストラクトＡおよびコンストラクトＢに分割され、コンストラクトＡが、前記第２のポリヌクレオチドの第１の部分と、前記第２のポリヌクレオチドの前記第１の部分の５’側に前記第１の遺伝子座に相同なヌクレオチドとを含み、コンストラクトＢが、前記第２のポリヌクレオチドの第２の部分と、前記第２のポリヌクレオチドの前記第２の部分の３’側に前記第１の遺伝子座に相同なヌクレオチドを含み、前記第２のポリヌクレオチドの前記第１の部分および前記第２の部分が、オーバーラップする相補的配列を含む、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記複数のプロトプラストからの各プロトプラストが、複数の第１のコンストラクトからの単一の第１のコンストラクトおよび複数の第２のコンストラクトからの単一の第２のコンストラクトで形質転換され、前記複数の第１のコンストラクトからの各第１のコンストラクト中の前記第１のポリヌクレオチドが、異なる変異および／または遺伝子制御エレメントを含み、前記複数の第２のコンストラクトからの各第２のコンストラクト中の前記第２のポリヌクレオチドが同一である、項目１に記載の方法。
（項目５）
ステップａ〜ｄを繰り返して、糸状菌細胞のライブラリーを生成するステップをさらに含み、前記ライブラリー中の各糸状菌細胞は、異なる変異および／または遺伝子制御エレメントを有する第１のポリヌクレオチドを含む、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記第１のポリヌクレオチドが、標的糸状菌遺伝子または異種遺伝子をコードする、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記変異が、一塩基多型である、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記遺伝子制御が、プロモーター配列および／またはターミネーター配列である、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記遺伝子制御エレメントが、プロモーター配列であり、前記プロモーター配列は、表１に列挙したプロモーター配列から選択される、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記複数のプロトプラストが、マイクロタイタープレートのウェルに分配される、項目１に記載の方法。
（項目１１）
ステップａ〜ｄが、マイクロタイタープレートのウェルで実行される、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記マイクロタイタープレートが、９６ウェル、３８４ウェルまたは１５３６ウェルのマイクロタイタープレートである、項目１０または１１に記載の方法。
（項目１３）
前記糸状菌細胞が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフ、アナモルフ、シノニムもしくは分類学的均等物由来である、項目１に記載の方法。
（項目１４）
前記糸状菌細胞が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ由来である、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記糸状菌細胞が、菌糸体を形成しない表現型を有する、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記糸状菌細胞が、非機能的な非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路を有する、項目１に記載の方法。
（項目１７）
前記非機能的なＮＨＥＪ経路が、前記細胞を、抗体、化学的阻害剤、タンパク質阻害剤、物理的阻害剤、ペプチド阻害剤、または前記ＮＨＥＪ経路のコンポーネントに指向させたアンチセンスもしくはＲＮＡｉ分子に曝露することに起因する、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記化学的阻害剤が、Ｗ−７である、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記第１の遺伝子座が、標的糸状菌遺伝子のためのものである、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記第１の遺伝子座が、前記プロトプラストのゲノム中の第２の選択可能なマーカー遺伝子のためのものである、項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記第２の選択可能なマーカー遺伝子が、栄養要求性マーカー遺伝子、発色性マーカー遺伝子、または指向性マーカー遺伝子である、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記第１の選択可能なマーカー遺伝子が、栄養要求性マーカー遺伝子、発色性マーカー遺伝子、または指向性マーカー遺伝子である、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記第２のポリヌクレオチドが、栄養要求性マーカー遺伝子、指向性マーカー遺伝子、または抗生物質耐性遺伝子である、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記発色性マーカー遺伝子が、ａｙｇＡ遺伝子である、項目２１または２２に記載の方法。
（項目２５）
前記栄養要求性マーカー遺伝子が、ａｒｇＢ遺伝子、ｔｒｐＣ遺伝子、ｐｙｒＧ遺伝子、またはｍｅｔ３遺伝子である、項目２１または２２に記載の方法。
（項目２６）
前記指向性マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ（ａｍｄＳ）遺伝子、硝酸レダクターゼ遺伝子（ｎｉａＤ）、または硫酸パーミアーゼ（ＳｕｔＢ）遺伝子である、項目２１または２２に記載の方法。
（項目２７）
前記抗生物質耐性遺伝子が、ｂｌｅ遺伝子であり、前記ｂｌｅ遺伝子は、フレオマイシンに対する耐性を付与する、項目２３に記載の方法。
（項目２８）
前記第１の選択可能なマーカー遺伝子が、ａｙｇＡ遺伝子であり、前記第２のポリヌクレオチドが、ｐｙｒＧ遺伝子である、項目１に記載の方法。
（項目２９）
前記第１の選択可能なマーカー遺伝子が、ｍｅｔ３遺伝子であり、前記第２の選択可能なマーカー遺伝子が、ａｙｇＡ遺伝子であり、前記第２のポリヌクレオチドが、ｐｙｒＧ遺伝子である、項目２０に記載の方法。
（項目３０）
前記複数のプロトプラストが、前記糸状菌細胞の培養物中の前記糸状菌細胞から細胞壁を除去すること；前記複数のプロトプラストを単離すること；および
単離された前記複数のプロトプラストを、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を含む混合物中に再懸濁することによって調製され、ＤＭＳＯの最終濃度は、７％ｖ／ｖまたはそれ未満である、項目１に記載の方法。
（項目３１）
前記混合物が、ステップａ〜ｄを実行する前に、少なくとも−２０℃または−８０℃で貯蔵される、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
前記培養物が、少なくとも１リットルの体積である、項目３０に記載の方法。
（項目３３）
前記培養物が、前記プロトプラストの調製の前に、少なくとも１２時間増殖される、項目３０に記載の方法。
（項目３４）
前記プロトプラストの少なくとも７０％がより小さくなり、より少ない核を含有するような条件下で、真菌培養物が増殖される、項目３０に記載の方法。
（項目３５）
前記細胞壁を除去することが、酵素消化によって実行される、項目３０に記載の方法。
（項目３６）
前記酵素消化が、ベータ−グルカナーゼおよびポリガラクツロナーゼを含む酵素の混合物を用いて実行される、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記プロトプラストを貯蔵する前に、前記ＤＭＳＯを含む混合物に、４０％ｖ／ｖのポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を添加することをさらに含む、項目３０に記載の方法。
（項目３８）
前記ＰＥＧが、８％ｖ／ｖまたはそれ未満の最終濃度まで添加される、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
ステップａ〜ｄが、自動化されている、項目１に記載の方法。
（項目４０）
貯蔵のための糸状菌細胞を調製するための方法であって、
糸状菌細胞を含む真菌培養物からプロトプラストを調製するステップであって、前記真菌培養物中の前記糸状菌細胞から細胞壁を除去することを含む、ステップ；
前記プロトプラストを単離するステップ；および
単離された前記プロトプラストを、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を７％ｖ／ｖまたはそれ未満の最終濃度で含む混合物中に再懸濁するステップ
を含む、方法。
（項目４１）
前記混合物が、少なくとも−２０℃または−８０℃で貯蔵される、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記真菌培養物が、少なくとも１リットルの体積である、項目４０に記載の方法。
（項目４３）
前記真菌培養物が、前記プロトプラストの調製の前に、少なくとも１２時間増殖される、項目４０に記載の方法。
（項目４４）
前記プロトプラストの少なくとも７０％がより小さくなり、より少ない核を有するような条件下で、前記真菌培養物が増殖される、項目４０に記載の方法。
（項目４５）
前記細胞壁を除去することが、酵素消化によって実行される、項目４０に記載の方法。
（項目４６）
前記酵素消化が、ベータ−グルカナーゼおよびポリガラクツロナーゼを含む酵素の混合物を用いて実行される、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記プロトプラストを貯蔵する前に、前記ＤＭＳＯを含む混合物に、４０％ｖ／ｖのポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を添加することをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目４８）
前記ＰＥＧが、８％ｖ／ｖまたはそれ未満の最終濃度まで添加される、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記プロトプラストを貯蔵する前に、前記プロトプラストをマイクロタイタープレートに分配するステップをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目５０）
前記真菌培養物中の前記糸状菌細胞が、菌糸体を形成しない表現型を有する、項目４０に記載の方法。
（項目５１）
前記真菌培養物中の前記糸状菌細胞が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目４０に記載の方法。
（項目５２）
前記真菌培養物中の前記糸状菌細胞が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒまたはそのテレオモルフもしくはアナモルフである、項目５０に記載の方法。
（項目５３）
真菌産生株を生成するためのシステムであって、
１つまたは複数のプロセッサー；および
前記１つまたは複数のプロセッサーの少なくとも１つに作動可能にカップリングされている１つまたは複数のメモリーであって、前記１つまたは複数のプロセッサーの少なくとも１つによって実行されるときに、前記システムに、
ａ．）糸状菌細胞の培養物から得られた複数のプロトプラストを第１のコンストラクトおよび第２のコンストラクトで形質転換するステップであって、前記第１のコンストラクトは、前記プロトプラストのゲノム中の第１の遺伝子座に相同なヌクレオチドが両側に隣接している第１のポリヌクレオチドを含み、前記第２のコンストラクトは、前記プロトプラストのゲノム中の第２の遺伝子座に相同なヌクレオチドが両側に隣接している第２のポリヌクレオチドを含み、形質転換により、相同組換えによって前記第１の遺伝子座に前記第１のコンストラクトが組み込まれ、前記第２の遺伝子座に第２のコンストラクトが組み込まれ、少なくとも前記第２の遺伝子座は、前記プロトプラストのゲノム中の第１の選択可能なマーカー遺伝子であり、前記第１のポリヌクレオチドは、変異および／または遺伝子制御エレメントを含む、ステップ；
ｂ．）選択および対抗選択を実行することによって、同核共存体の形質転換体を精製するステップ；および
ｃ．）前記糸状菌細胞の再生を助長する培地中で、精製した形質転換体を増殖させるステップ
を行わせる命令が記憶されている、メモリー
を含む、システム。
（項目５４）
前記第１のコンストラクトが、コンストラクトＡおよびコンストラクトＢに分割され、コンストラクトＡは、前記第１のポリヌクレオチドの第１の部分と、前記第１のポリヌクレオチドの前記第１の部分の５’側に前記第１の遺伝子座に相同なヌクレオチドとを含み、コンストラクトＢは、前記第１のポリヌクレオチドの第２の部分と、前記第１のポリヌクレオチドの前記第２の部分の３’側に前記第１の遺伝子座に相同なヌクレオチドとを含み、前記第１のポリヌクレオチドの前記第１の部分および前記第２の部分は、オーバーラップする相補的配列を含む、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記第２のコンストラクトが、コンストラクトＡおよびコンストラクトＢに分割され、コンストラクトＡは、前記第２のポリヌクレオチドの第１の部分と、前記第２のポリヌクレオチドの前記第１の部分の５’側に前記第１の遺伝子座に相同なヌクレオチドを含み、コンストラクトＢが、前記第２のポリヌクレオチドの第２の部分と、前記第２のポリヌクレオチドの前記第２の部分の３’側に前記第１の遺伝子座に相同なヌクレオチドを含み、前記第２のポリヌクレオチドの前記第１の部分および前記第２の部分が、オーバーラップする相補的配列を含む、項目５３または５４に記載の方法。
（項目５６）
前記複数のプロトプラストからの各プロトプラストが、複数の第１のコンストラクトからの単一の第１のコンストラクトおよび複数の第２のコンストラクトからの単一の第２のコンストラクトで形質転換され、前記複数の第１のコンストラクトからの各第１のコンストラクト中の前記第１のポリヌクレオチドが、異なる変異および／または遺伝子制御エレメントを含み、前記複数の第２のコンストラクトからの各第２のコンストラクト中の前記第２のポリヌクレオチドが同一である、項目５３に記載のシステム。
（項目５７）
ステップａ〜ｃを繰り返して、糸状菌細胞のライブラリーを生成する命令をさらに含み、前記ライブラリー中の各糸状菌細胞は、異なる変異および／または遺伝子制御エレメントを有する第１のポリヌクレオチドを含む、項目５３に記載のシステム。
（項目５８）
前記変異が、一塩基多型である、項目５３に記載のシステム。
（項目５９）
前記遺伝子制御エレメントが、プロモーター配列および／またはターミネーター配列である、項目５３に記載のシステム。
（項目６０）
前記遺伝子制御エレメントが、プロモーター配列であり、前記プロモーター配列は、表１に列挙したプロモーター配列から選択される、項目５３に記載のシステム。
（項目６１）
ステップａ〜ｃが、マイクロタイタープレートのウェルで実行される、項目５３に記載のシステム。
（項目６２）
前記マイクロタイタープレートが、９６ウェル、３８４ウェルまたは１５３６ウェルのマイクロタイタープレートである、項目６１に記載のシステム。
（項目６３）
前記糸状菌細胞が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目５３に記載のシステム。
（項目６４）
前記糸状菌細胞が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒである、項目５３に記載のシステム。
（項目６５）
前記糸状菌細胞が、菌糸体を形成しない表現型を有する、項目５３に記載のシステム。
（項目６６）
前記糸状菌細胞が、非機能的な非相同末端結合経路を有する、項目５３に記載のシステム。
（項目６７）
前記細胞を、抗体、化学的阻害剤、タンパク質阻害剤、物理的阻害剤、ペプチド阻害剤、または前記ＮＨＥＪ経路のコンポーネントに指向させたアンチセンスもしくはＲＮＡｉ分子に曝露することによって、前記ＮＨＥＪ経路が非機能的になる、項目６６に記載のシステム。
（項目６８）
前記化学的阻害剤が、Ｗ−７である、項目６７に記載のシステム。
（項目６９）
前記第１の遺伝子座が、標的糸状菌遺伝子のためのものである、項目５３に記載のシステム。
（項目７０）
前記第１の遺伝子座が、前記プロトプラストのゲノム中の第２の選択可能なマーカー遺伝子のためのものである、項目５３に記載のシステム。
（項目７１）
前記第２の選択可能なマーカー遺伝子が、栄養要求性マーカー遺伝子、発色性マーカー遺伝子または指向性マーカー遺伝子から選択される、項目７０に記載のシステム。
（項目７２）
前記第１の選択可能なマーカー遺伝子が、栄養要求性マーカー遺伝子、発色性マーカー遺伝子または指向性マーカー遺伝子から選択される、項目５３に記載のシステム。
（項目７３）
前記第２のポリヌクレオチドが、栄養要求性マーカー遺伝子、指向性マーカー遺伝子または抗生物質耐性遺伝子から選択される、項目５３に記載のシステム。
（項目７４）
前記発色性マーカー遺伝子が、ａｙｇＡ遺伝子である、項目７１または７２に記載のシステム。
（項目７５）
前記栄養要求性マーカー遺伝子が、ａｒｇＢ遺伝子、ｔｒｐＣ遺伝子、ｐｙｒＧ遺伝子、またはｍｅｔ３遺伝子から選択される、項目７１または７２に記載のシステム。
（項目７６）
前記指向性マーカー遺伝子が、アセトアミダーゼ（ａｍｄＳ）遺伝子、硝酸レダクターゼ遺伝子（ｎｌａＤ）、または硫酸パーミアーゼ（ＳｕｔＢ）遺伝子から選択される、項目７１または７２に記載のシステム。
（項目７７）
前記抗生物質耐性遺伝子が、ｂｌｅ遺伝子であり、前記ｂｌｅ遺伝子は、フレオマイシンに対する耐性を付与する、項目７３に記載のシステム。
（項目７８）
前記第１の選択可能なマーカー遺伝子が、ａｙｇＡ遺伝子であり、前記第２のポリヌクレオチドが、ｐｙｒＧ遺伝子である、項目５３に記載のシステム。
（項目７９）
前記第１の選択可能なマーカー遺伝子が、ｍｅｔ３遺伝子であり、前記第２の選択可能なマーカー遺伝子が、ａｙｇＡ遺伝子であり、前記第２のポリヌクレオチドが、ｐｙｒＧ遺伝子である、項目７０に記載のシステム。
（項目８０）
前記複数のプロトプラストが、前記糸状菌細胞の培養物中の前記糸状菌細胞から細胞壁を除去すること；前記複数のプロトプラストを単離すること；および
単離された前記複数のプロトプラストを、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を７％ｖ／ｖまたはそれ未満の最終濃度で含む混合物中に再懸濁すること
によって調製される、項目５３に記載のシステム。
（項目８１）
前記混合物が、ステップａ〜ｃを実行する前に、少なくとも−２０℃または−８０℃で貯蔵される、項目８０に記載のシステム。
（項目８２）
前記培養物が、少なくとも１リットルの体積である、項目８０または８１に記載のシステム。
（項目８３）
前記培養物が、前記プロトプラストの調製の前に、少なくとも１２時間増殖される、項目８０に記載のシステム。
（項目８４）
前記プロトプラストの少なくとも７０％がより小さくなり、より少ない核を有するような条件下で、真菌培養物が増殖される、項目８０に記載のシステム。
（項目８５）
前記細胞壁を除去することが、酵素消化によって実行される、項目８０に記載のシステム。
（項目８６）
前記酵素消化が、ベータ−グルカナーゼおよびポリガラクツロナーゼを含む酵素の混合物を用いて実行される、項目８５に記載のシステム。
（項目８７）
前記プロトプラストを貯蔵する前に、前記ＤＭＳＯを含む混合物に、４０％ｖ／ｖのポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を添加することをさらに含む、項目５３に記載のシステム。
（項目８８）
前記ＰＥＧが、８％ｖ／ｖまたはそれ未満の最終濃度まで添加される、項目８７に記載のシステム。
（項目８９）
所望の表現型を獲得するために糸状菌を進化させるゲノム操作のハイスループット（ＨＴＰ）方法であって、
ａ．同じゲノム株バックグラウンドを有する最初の複数の糸状菌微生物のゲノムを撹乱することによって、ユニークな遺伝的バリエーションを有する個々の糸状菌株を含む最初のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーを生み出すステップ；
ｂ．前記最初のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーの個々の株を、前記所望の表現型についてスクリーニングおよび選択するステップ；
ｃ．それぞれ遺伝的バリエーションのユニークな組合せを含む後続の複数の糸状菌微生物を提供することによって、後続のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーを生み出すステップであって、前記遺伝的バリエーションは、先行するステップにおいてスクリーニングされた少なくとも２つの個々の糸状菌株に存在する前記遺伝的バリエーションから選択される、ステップ；
ｄ．前記後続のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーの個々の糸状菌株を、前記所望の表現型についてスクリーニングおよび選択するステップ；および
ｅ．糸状菌微生物が前記所望の表現型を獲得するまで、線形または非線形様式でステップｃ）〜ｄ）を１回または複数回繰り返すステップであって、各後続の反復により、先行するＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーの少なくとも２つの個々の糸状菌株の中から選択される遺伝的バリエーションの組合せであるユニークな遺伝的バリエーションを内包する個々の糸状菌株を含む新しいＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーが創製される、ステップ
を含む、方法。
（項目９０）
前記最初のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーが、プロモータースワップ微生物株ライブラリー、ＳＮＰスワップ微生物株ライブラリー、開始／停止コドン微生物株ライブラリー、最適化配列微生物株ライブラリー、ターミネータースワップ微生物株ライブラリー、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される少なくとも１つのライブラリーを含む、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目９１）
前記最初のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーが、プロモータースワップ微生物株ライブラリーを含む、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目９２）
前記最初のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーが、少なくとも１つのバイシストロン設計（ＢＣＤ）調節配列を含有するプロモータースワップ微生物株ライブラリーを含む、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目９３）
前記最初のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーが、ＳＮＰスワップ微生物株ライブラリーを含む、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目９４）
前記最初のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーが、
ａ．キメラ生合成酵素をコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドであって、前記キメラ生合成酵素は、
ｉ．糸状菌において調節経路に関与する酵素を含み；
ｉｉ．ＤＮＡ結合部位に結合することができるＤＮＡ結合ドメインに翻訳により融合される、
少なくとも１つのポリヌクレオチド；および
ｂ．前記キメラ生合成酵素の前記ＤＮＡ結合ドメインに対応する前記ＤＮＡ結合部位を含む少なくとも１つのＤＮＡ足場配列
を含む微生物株ライブラリーを含む、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目９５）
前記後続のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーが、前記最初のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーにおける前記遺伝的バリエーションに由来する完全コンビナトリアル株ライブラリーである、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目９６）
前記後続のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーが、前記最初のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーにおける前記遺伝的バリエーションに由来する完全コンビナトリアル株ライブラリーのサブセットである、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目９７）
前記後続のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーが、先行するＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーにおける前記遺伝的バリエーションに由来する完全コンビナトリアル株ライブラリーである、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目９８）
前記後続のＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーが、先行するＨＴＰ遺伝子設計糸状菌株ライブラリーにおける前記遺伝的バリエーションに由来する完全コンビナトリアル株ライブラリーのサブセットである、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目９９）
前記ゲノムを撹乱することが、ランダム変異誘発、標的とした配列挿入、標的とした配列欠失、標的とした配列置き換え、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される少なくとも１つの方法を利用することを含む、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目１００）
前記最初の複数の糸状菌微生物が、工業生産糸状菌株に由来するユニークな遺伝的バリエーションを含む、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目１０１）
前記最初の複数の糸状菌微生物が、Ｓ１Ｇｅｎ１で表される工業生産株微生物およびＳｎＧｅｎｎで表されるこれらに由来する後続の任意の数の微生物世代を含む、項目８９に記載のゲノム操作のＨＴＰ方法。
（項目１０２）
前記糸状菌が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目８９に記載のＨＴＰ方法。
（項目１０３）
前記糸状菌が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒである、項目８９に記載のＨＴＰ方法。
（項目１０４）
ＳＮＰスワップ糸状菌株ライブラリーを生成するための方法であって、
ａ．参照糸状菌株および第２の糸状菌株を提供するステップであって、前記第２の糸状菌株は、前記参照糸状菌株内に存在しない一塩基多型、ＤＮＡ挿入、およびＤＮＡ欠失から選択される複数の同定された遺伝的バリエーションを含む、ステップ；および
ｂ．前記参照糸状菌株または前記第２の糸状菌株のいずれかのゲノムを撹乱することによって、複数の個々の株の各株内で見出されたユニークな遺伝的バリエーションを有する前記複数の個々の糸状菌株を含む最初のＳＮＰスワップ糸状菌株ライブラリーを生み出すステップであって、前記ユニークな遺伝的バリエーションのそれぞれは、前記参照糸状菌株と前記第２の糸状菌株との間の前記複数の同定された遺伝的バリエーションから選択される単一の遺伝的バリエーションに対応する、ステップ
を含む、方法。
（項目１０５）
前記参照糸状菌株の前記ゲノムが撹乱されて、前記第２の糸状菌株内に見出される同定された一塩基多型、ＤＮＡ挿入、またはＤＮＡ欠失の１つまたは複数が付加される、項目１０４に記載のＳＮＰスワップ糸状菌株ライブラリーを生成するための方法。
（項目１０６）
前記第２の糸状菌株の前記ゲノムが撹乱されて、前記参照糸状菌株内に見出されない同定された一塩基多型、ＤＮＡ挿入、またはＤＮＡ欠失の１つまたは複数が除去される、項目１０４に記載のＳＮＰスワップ糸状菌株ライブラリーを生成するための方法。
（項目１０７）
結果として生じるユニークな遺伝的バリエーションを有する複数の個々の糸状菌株が、前記参照糸状菌株と前記第２の糸状菌株との間のすべての同定された前記遺伝的バリエーションの完全コンビナトリアルライブラリーを一緒に含む、項目１０４に記載のＳＮＰスワップ糸状菌株ライブラリーを生成するための方法。
（項目１０８）
結果として生じるユニークな遺伝的バリエーションを有する複数の個々の糸状菌株が、前記参照糸状菌株と前記第２の糸状菌株との間のすべての前記同定された遺伝的バリエーションの完全コンビナトリアルライブラリーのサブセットを一緒に含む、項目１０４に記載のＳＮＰスワップ糸状菌株ライブラリーを生成するための方法。
（項目１０９）
前記糸状菌が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目１０４に記載のＳＮＰスワップ糸状菌株ライブラリーを生成するための方法。
（項目１１０）
前記糸状菌が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒである、項目１０４に記載のＳＮＰスワップ糸状菌株ライブラリーを生成するための方法。
（項目１１１）
産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法であって、
ａ．親系統糸状菌株およびそれに由来する産生糸状菌株を提供するステップであって、前記産生糸状菌株は、前記親系統株内に存在しない一塩基多型、ＤＮＡ挿入、およびＤＮＡ欠失から選択される複数の同定された遺伝的バリエーションを含む、ステップ；
ｂ．前記親系統糸状菌株または前記産生糸状菌株のいずれかのゲノムを撹乱して、最初の糸状菌株のライブラリーを生み出すステップであって、前記最初のライブラリーにおける各株は、前記親系統糸状菌株と前記産生糸状菌株との間の前記複数の同定された遺伝的バリエーションからのユニークな遺伝的バリエーションを含む、ステップ；
ｃ．参照糸状菌株に対する表現型性能改善について前記最初のライブラリーの個々の株をスクリーニングおよび選択することによって、表現型性能改善をもたらすユニークな遺伝的バリエーションを同定するステップ；
ｄ．先行するステップにおいてスクリーニングされた少なくとも２つの個々の糸状菌株に存在する前記遺伝的バリエーションからのユニークな遺伝的バリエーションの組合せをそれぞれ含む後続の複数の糸状菌微生物を提供することによって、後続の糸状菌株のライブラリーを生み出すステップ；
ｅ．前記参照糸状菌株に対する表現型性能改善について前記後続ライブラリーの個々の株をスクリーニングおよび選択することによって、追加の表現型性能改善をもたらす遺伝的バリエーションのユニークな組合せを同定するステップ；および
ｆ．前記産生糸状菌株の前記表現型性能と比較して、糸状菌株が、所望のレベルの表現型性能の改善を呈するまで、線形または非線形様式でステップｄ）〜ｅ）を１回または複数回繰り返すステップであって、各後続の反復により、新しい微生物株のライブラリーが創製され、前記新しいライブラリーにおける各株は、先行するライブラリーの少なくとも２つの個々の糸状菌株の中から選択される遺伝的バリエーションの組合せである遺伝的バリエーションを含む、ステップ
を含む、方法。
（項目１１２）
前記最初の糸状菌株のライブラリーが、前記親系統糸状菌株と前記産生糸状菌株との間の前記同定された遺伝的バリエーションのすべてを含む完全コンビナトリアルライブラリーである、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１１３）
前記最初の糸状菌株のライブラリーが、前記親系統糸状菌株と前記産生糸状菌株との間の前記同定された遺伝的バリエーションのサブセットを含む完全コンビナトリアルライブラリーのサブセットである、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１１４）
前記後続の糸状菌株のライブラリーが、前記最初のライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーである、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１１５）
前記後続の糸状菌株のライブラリーが、前記最初のライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーのサブセットである、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１１６）
前記後続の糸状菌株のライブラリーが、先行するライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーである、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１１７）
前記後続の糸状菌株のライブラリーが、先行するライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーのサブセットである、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１１８）
前記親系統糸状菌株の前記ゲノムが撹乱されて、前記産生糸状菌株内に見出される同定された一塩基多型、ＤＮＡ挿入、またはＤＮＡ欠失の１つまたは複数が付加される、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１１９）
前記産生糸状菌株の前記ゲノムが撹乱されて、前記親系統糸状菌株内に見出されない同定された一塩基多型、ＤＮＡ挿入、またはＤＮＡ欠失の１つまたは複数が除去される、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１２０）
前記ゲノムを撹乱することが、ランダム変異誘発、標的とした配列挿入、標的とした配列欠失、標的とした配列置き換え、およびこれらの組合せからなる群から選択される少なくとも１つの方法を利用することを含む、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１２１）
後続ライブラリーの糸状菌株の前記表現型性能が、前記産生糸状菌株の前記表現型性能と比較して、測定された表現型変数の少なくとも１０％の増大を呈するまで、ステップｄ）〜ｅ）を繰り返す、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１２２）
後続ライブラリーの糸状菌株の前記表現型性能が、前記産生糸状菌株の前記表現型性能と比較して、測定された表現型変数の少なくとも１倍の増大を呈するまで、ステップｄ）〜ｅ）を繰り返す、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１２３）
ステップｆ）の表現型性能の改善が、目的の産物の体積生産性、目的の産物の比生産性、目的の産物の収率、目的の産物の力価、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１２４）
ステップｆ）の表現型性能の改善が、目的の産物の増大したまたはより効率的な産生であり、前記目的の産物は、低分子、酵素、ペプチド、アミノ酸、有機酸、合成化合物、燃料、アルコール、一次細胞外代謝産物、二次細胞外代謝産物、細胞内コンポーネント分子、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１２５）
前記同定された遺伝的バリエーションが、プロモータースワップライブラリー由来の人工プロモータースワップ遺伝的バリエーションをさらに含む、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１２６）
前記最初の糸状菌株のライブラリー、または
後続の糸状菌株のライブラリー
のいずれかの少なくとも１つの微生物株のゲノムを、内在性糸状菌標的遺伝子に作動可能に連結したプロモーターラダー由来の１つまたは複数のプロモーターを含むように操作するステップ
をさらに含む、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１２７）
前記糸状菌が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１２８）
前記糸状菌が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒである、項目１１１に記載の産生糸状菌株の表現型性能を再建および改善するための方法。
（項目１２９）
プロモータースワップ糸状菌株ライブラリーを生成するための方法であって、
ａ．基準糸状菌株に内在する複数の標的遺伝子、およびプロモーターラダーを提供するステップであって、前記プロモーターラダーは、前記基準糸状菌株において異なる発現プロファイルを呈する複数のプロモーターを含む、ステップ；および
ｂ．前記基準糸状菌株のゲノムを操作することによって、複数の個々の糸状菌株の各株内で見出されたユニークな遺伝的バリエーションを有する前記複数の個々の糸状菌株を含む最初のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーを生み出すステップであって、前記ユニークな遺伝的バリエーションのそれぞれは、前記基準糸状菌株に内在する前記標的遺伝子の１つに作動可能に連結した前記プロモーターラダー由来のプロモーターの１つまたは複数を含む、ステップ
を含む、方法。
（項目１３０）
前記糸状菌株が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目１２９に記載の方法。
（項目１３１）
前記糸状菌株が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ株である、項目１２９に記載の方法。
（項目１３２）
産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのプロモータースワップ方法であって、
ａ．基準糸状菌株に内在する複数の標的遺伝子、およびプロモーターラダーを提供するステップであって、前記プロモーターラダーは、前記基準糸状菌株において異なる発現プロファイルを呈する複数のプロモーターを含む、ステップ；
ｂ．前記基準糸状菌株のゲノムを操作することによって、複数の個々の糸状菌株の各株内で見出されたユニークな遺伝的バリエーションを有する前記複数の個々の糸状菌株を含む最初のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーを生み出すステップであって、前記ユニークな遺伝的バリエーションのそれぞれは、前記基準糸状菌株に内在する前記標的遺伝子の１つに作動可能に連結した前記プロモーターラダー由来のプロモーターの１つまたは複数を含む、ステップ；
ｃ．参照糸状菌株に対する表現型性能改善について前記最初のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーの個々の糸状菌株をスクリーニングおよび選択することによって、表現型性能改善をもたらすユニークな遺伝的バリエーションを同定するステップ；
ｄ．先行するステップにおいてスクリーニングされた少なくとも２つの個々の糸状菌株に存在する前記遺伝的バリエーションからのユニークな遺伝的バリエーションの組合せをそれぞれ含む後続の複数の糸状菌微生物を提供することによって、後続のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーを生み出すステップ；
ｅ．前記参照糸状菌株に対する表現型性能改善について前記後続のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーの個々の糸状菌株をスクリーニングおよび選択することによって、追加の表現型性能改善をもたらす遺伝的バリエーションのユニークな組合せを同定するステップ；および
ｆ．前記産生糸状菌株の前記表現型性能と比較して、糸状菌株が、所望のレベルの表現型性能の改善を呈するまで、線形または非線形様式でステップｄ）〜ｅ）を１回または複数回繰り返すステップであって、各後続の反復により、新しい微生物株のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーが創製され、前記新しいライブラリーにおける各株は、先行するライブラリーの少なくとも２つの個々の糸状菌株の中から選択される遺伝的バリエーションの組合せである遺伝的バリエーションを含む、ステップ
を含む、方法。
（項目１３３）
前記後続のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーが、前記最初のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーである、項目１３２に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのプロモータースワップ方法。
（項目１３４）
前記後続のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーが、前記最初のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーのサブセットである、項目１３２に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのプロモータースワップ方法。
（項目１３５）
前記後続のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーが、先行するプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーである、項目１３２に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのプロモータースワップ方法。
（項目１３６）
前記後続のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーが、先行するプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーのサブセットである、項目１３２に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのプロモータースワップ方法。
（項目１３７）
後続のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーの糸状菌株の前記表現型性能が、前記産生糸状菌株の前記表現型性能と比較して、測定された表現型変数の少なくとも１０％の増大を呈するまで、ステップｄ）〜ｅ）を繰り返す、項目１３２に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのプロモータースワップ方法。
（項目１３８）
後続のプロモータースワップ糸状菌株ライブラリーの糸状菌株の前記表現型性能が、前記産生糸状菌株の前記表現型性能と比較して、測定された表現型変数の少なくとも１倍の増大を呈するまで、ステップｄ）〜ｅ）を繰り返す、項目１３２に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのプロモータースワップ方法。
（項目１３９）
ステップｆ）の表現型性能の改善が、目的の産物の体積生産性、目的の産物の比生産性、目的の産物の収率、目的の産物の力価、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目１３２に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのプロモータースワップ方法。
（項目１４０）
ステップｆ）の表現型性能の改善が、目的の産物の増大したまたはより効率的な産生であり、前記目的の産物は、低分子、酵素、ペプチド、アミノ酸、有機酸、合成化合物、燃料、アルコール、一次細胞外代謝産物、二次細胞外代謝産物、細胞内コンポーネント分子、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目１３２に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのプロモータースワップ方法。
（項目１４１）
前記糸状菌株が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目１３２に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのプロモータースワップ方法。
（項目１４２）
前記糸状菌株が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ株である、項目１３２に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのプロモータースワップ方法。
（項目１４３）
ターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーを生成するための方法であって、
ａ．基準糸状菌株に内在する複数の標的遺伝子、およびターミネーターラダーを提供するステップであって、前記ターミネーターラダーは、前記基準糸状菌株において異なる発現プロファイルを呈する複数のターミネーターを含む、ステップ；および
ｂ．前記基準糸状菌株のゲノムを操作することによって、複数の個々の糸状菌株の各株内で見出されたユニークな遺伝的バリエーションを有する前記複数の個々の糸状菌株を含む最初のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーを生み出すステップであって、前記ユニークな遺伝的バリエーションのそれぞれは、前記基準糸状菌株に内在する前記標的遺伝子の１つに作動可能に連結した前記ターミネーターラダー由来のターミネーターの１つまたは複数を含む、ステップ
を含む、方法。
（項目１４４）
前記糸状菌株が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記糸状菌株が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ株である、項目１４３に記載の方法。
（項目１４６）
産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのターミネータースワップ方法であって、
ａ．基準糸状菌株に内在する複数の標的遺伝子、およびターミネーターラダーを提供するステップであって、前記ターミネーターラダーは、前記基準糸状菌株において異なる発現プロファイルを呈する複数のターミネーターを含む、ステップ；
ｂ．前記基準糸状菌株のゲノムを操作することによって、複数の個々の糸状菌株の各株内で見出されたユニークな遺伝的バリエーションを有する前記複数の個々の糸状菌株を含む最初のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーを生み出すステップであって、前記ユニークな遺伝的バリエーションのそれぞれは、前記基準糸状菌株に内在する前記標的遺伝子の１つに作動可能に連結した前記ターミネーターラダー由来のターミネーターの１つまたは複数を含む、ステップ；
ｃ．参照糸状菌株に対する表現型性能改善について前記最初のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーの個々の糸状菌株をスクリーニングおよび選択することによって、表現型性能改善をもたらすユニークな遺伝的バリエーションを同定するステップ；
ｄ．先行するステップにおいてスクリーニングされた少なくとも２つの個々の糸状菌株に存在する前記遺伝的バリエーションからのユニークな遺伝的バリエーションの組合せをそれぞれ含む後続の複数の糸状菌微生物を提供することによって、後続のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーを生み出すステップ；
ｅ．前記参照糸状菌株に対する表現型性能改善について前記後続のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーの個々の糸状菌株をスクリーニングおよび選択することによって、追加の表現型性能改善をもたらす遺伝的バリエーションのユニークな組合せを同定するステップ；および
ｆ．前記産生糸状菌株の前記表現型性能と比較して、糸状菌株が、所望のレベルの表現型性能の改善を呈するまで、線形または非線形様式でステップｄ）〜ｅ）を１回または複数回繰り返すステップであって、各後続の反復により、新しい微生物株のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーが創製され、前記新しいライブラリーにおける各株は、先行するライブラリーの少なくとも２つの個々の糸状菌株の中から選択される遺伝的バリエーションの組合せである遺伝的バリエーションを含む、ステップ
を含む、方法。
（項目１４７）
前記後続のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーが、前記最初のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーである、項目１４６に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのターミネータースワップ方法。
（項目１４８）
前記後続のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーが、前記最初のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーのサブセットである、項目１４６に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのターミネータースワップ方法。
（項目１４９）
前記後続のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーが、先行するターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーである、項目１４６に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのターミネータースワップ方法。
（項目１５０）
前記後続のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーが、先行するターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーの完全コンビナトリアルライブラリーのサブセットである、項目１４６に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのターミネータースワップ方法。
（項目１５１）
後続のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーの糸状菌株の前記表現型性能が、前記産生糸状菌株の前記表現型性能と比較して、測定された表現型変数の少なくとも１０％の増大を呈するまで、ステップｄ）〜ｅ）を繰り返す、項目１４６に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのターミネータースワップ方法。
（項目１５２）
後続のターミネータースワップ糸状菌株ライブラリーの糸状菌株の前記表現型性能が、前記産生糸状菌株の前記表現型性能と比較して、測定された表現型変数の少なくとも１倍の増大を呈するまで、ステップｄ）〜ｅ）を繰り返す、項目１４６に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのターミネータースワップ方法。
（項目１５３）
ステップｆ）の表現型性能の改善が、目的の産物の体積生産性、目的の産物の比生産性、目的の産物の収率、目的の産物の力価、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目１４６に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのターミネータースワップ方法。
（項目１５４）
ステップｆ）の表現型性能の改善が、目的の産物の増大したまたはより効率的な産生であり、前記目的の産物は、低分子、酵素、ペプチド、アミノ酸、有機酸、合成化合物、燃料、アルコール、一次細胞外代謝産物、二次細胞外代謝産物、細胞内コンポーネント分子、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目１４６に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのターミネータースワップ方法。
（項目１５５）
前記糸状菌株が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目１４６に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのターミネータースワップ方法。
（項目１５６）
前記糸状菌株が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ株である、項目１４６に記載の産生糸状菌株の表現型性能を改善するためのターミネータースワップ方法。
（項目１５７）
糸状菌宿主細胞の内在性遺伝子に作動可能に連結したプロモーターを含む糸状菌宿主細胞であって、前記プロモーターは、前記内在性遺伝子にとって異種であり、前記プロモーターは、配列番号１〜４からなる群から選択される配列を有する、糸状菌宿主細胞。
（項目１５８）
前記内在性遺伝子に作動可能に連結した前記プロモーターを有さない参照糸状菌株の表現型性能と比較して、所望のレベルの表現型性能の改善を有する、項目１５７に記載の糸状菌宿主細胞。
（項目１５９）
Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目１５７に記載の糸状菌宿主細胞。
（項目１６０）
Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒである、項目１５７に記載の糸状菌宿主細胞。
（項目１６１）
糸状菌株ライブラリーであって、前記ライブラリー中の各糸状菌株は、宿主細胞の内在性遺伝子に作動可能に連結したプロモーターを含み、前記プロモーターは、前記内在性遺伝子にとって異種であり、前記プロモーターは、配列番号１〜４からなる群から選択される配列を有する、糸状菌株ライブラリー。
（項目１６２）
前記糸状菌株が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目１６１に記載の糸状菌株ライブラリー。
（項目１６３）
前記糸状菌株が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒである、項目１６１に記載の糸状菌株ライブラリー。
（項目１６４）
単一の真菌胞子に由来するクローン集団を単離するための方法であって、
（ａ）複数の真菌胞子を液状懸濁液において提供するステップであって、前記複数の真菌胞子は、真菌株から得たものである、ステップ；
（ｂ）複数の反応領域を含む基材中の個々の反応領域に、別々の体積の前記液状懸濁液を分散するステップであって、前記複数の反応領域中の各反応領域は、増殖培地を含み、前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも７５％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、ステップ；
（ｃ）増殖培地を含む前記反応領域中の分散された前記単一の生存可能な真菌胞子を培養するステップ；および
（ｄ）前記反応領域中で増殖するクローン集団を選択することによって、単一の真菌胞子に由来するクローン集団を単離するステップ
を含む、方法。
（項目１６５）
前記別々の体積中の単一の真菌胞子の存在または非存在について、前記別々の体積をスクリーニングするステップをさらに含み、ステップ（ｂ）のために、単一の真菌胞子を含有する前記別々の体積のみが選択される、項目１６４に記載の方法。
（項目１６６）
前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも８０％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、項目１６５に記載の方法。
（項目１６７）
前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも９０％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、項目１６５に記載の方法。
（項目１６８）
前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも９５％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、項目１６５に記載の方法。
（項目１６９）
前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも９９％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、項目１６５に記載の方法。
（項目１７０）
前記分配により、前記個々の反応領域の実質的にすべてが、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、項目１６５に記載の方法。
（項目１７１）
前記別々の体積をスクリーニングするステップが、前記別々の体積中の単一の真菌胞子の存在または非存在を光学的に区別することを伴う、項目１６５に記載の方法。
（項目１７２）
前記スクリーニングが、前記別々の体積中の単一の真菌胞子の存在または非存在を光学的に区別することが可能なマイクロフルイディックデバイスを使用して実行される、項目１７１に記載の方法。
（項目１７３）
単一の真菌胞子に由来するクローン集団を単離するための方法であって、
（ａ）複数の真菌胞子を液状懸濁液において提供するステップであって、前記複数の真菌胞子は、真菌株から得たものである、ステップ；
（ｂ）前記液状懸濁液を希釈するステップであって、前記希釈が限界希釈である、ステップ；
（ｃ）複数の反応領域を含む基材中の個々の反応領域に、別々の体積の希釈物を分散するステップであって、前記複数の反応領域中の各反応領域は、増殖培地を含み、前記限界希釈により、各反応領域に分散された前記別々の体積の希釈物が１つの生存可能な胞子を含有するかまたは生存可能な胞子を含有しないかのいずれかであることが、前記複数の反応領域中の前記反応領域の９０％より多くが生存可能な胞子を含有せず、１つまたは複数の生存可能な胞子を含有する反応領域の９０％より多くが単一の生存可能な胞子のみを含有するポアソン分布に従う確率がもたらされる、ステップ；
（ｄ）増殖培地を含む前記反応領域中の分散された前記単一の生存可能な真菌胞子を培養するステップ；および
（ｅ）前記反応領域中で増殖するクローン集団を選択することによって、単一の真菌胞子に由来するクローン集団を単離するステップ
を含む、方法。
（項目１７４）
前記反応領域が、マイクロタイタープレート中に存在する、項目１６４または１７３に記載の方法。
（項目１７５）
前記マイクロタイタープレートが、９６ウェル、３８４ウェルまたは１５３６ウェルを含有する、項目１７４に記載の方法。
（項目１７６）
前記真菌株が、糸状菌株である、項目１６４または１７３に記載の方法。
（項目１７７）
前記糸状菌株が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目１７６に記載の方法。
（項目１７８）
前記糸状菌株が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒまたはそのテレオモルフもしくはアナモルフである、項目１７７に記載の方法。
（項目１７９）
前記糸状菌株が、菌糸体ではないペレット状の形態を有する、項目１７８に記載の方法。
（項目１８０）
前記糸状菌株が、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＳＬＮ１遺伝子のＡ．ｎｉｇｅｒオルソログの変異形態を発現する、項目１７９に記載の方法。
（項目１８１）
前記Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＳＬＮ１遺伝子の前記Ａ．ｎｉｇｅｒオルソログの前記変異形態の核酸配列が、配列番号１３である、項目１８０に記載の方法。
（項目１８２）
前記Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＳＬＮ１遺伝子の前記Ａ．ｎｉｇｅｒオルソログの前記変異形態が、配列番号１または２から選択されるプロモーター配列に作動可能に連結されている、項目１７９または１８０に記載の方法。
（項目１８３）
前記真菌株が、遺伝子撹乱を有する、項目１６４または１７３に記載の方法。
（項目１８４）
前記遺伝子撹乱が、一塩基多型、ＤＮＡ挿入、ＤＮＡ欠失またはこれらの任意の組合せから選択される、項目１８３に記載の方法。
（項目１８５）
前記遺伝子撹乱が、前記真菌株に由来するプロトプラストをリボ核タンパク質複合体（ＲＮＰ複合体）で形質転換することによって前記プロトプラストに導入される、項目１８３に記載の方法。
（項目１８６）
前記ＲＮＰ複合体が、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）と複合体化したＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼを含む、項目１８５に記載の方法。
（項目１８７）
前記ＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼが、クラス２のＣＲＩＳＰＲ−ＣａｓシステムのＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼである、項目１８６に記載の方法。
（項目１８８）
前記クラス２のＣＲＩＳＰＲ−ＣａｓシステムのＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼが、タイプＩＩ、タイプＶまたはタイプＶＩのＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼである、項目１８７に記載の方法。
（項目１８９）
前記クラス２のＣＲＩＳＰＲ−ＣａｓシステムのＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼが、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃａｓ１２ｄ、Ｃａｓ１２ｅ、Ｃａｓ１３ａ、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃまたはこれらの相同体、オルソログ、変異体、バリアントもしくは改変されたバージョンから選択される、項目１８７に記載の方法。
（項目１９０）
前記クラス２のＣＲＩＳＰＲ−ＣａｓシステムのＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼが、Ｃａｓ９またはこれらの相同体、オルソログもしくはパラログである、項目１８９に記載の方法。
（項目１９１）
前記ｇＲＮＡが、単独の、またはトランス活性化ＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）にアニールした、ＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）である、項目１８６に記載の方法。
（項目１９２）
前記ｇＲＮＡが、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびｃｒＲＮＡを含む単一のガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）である、項目１８６に記載の方法。
（項目１９３）
前記ｃｒＲＮＡが、前記真菌株のゲノム内の標的遺伝子に相補的なガイド配列を含み、前記プロトプラストへの前記ＲＮＰ複合体の導入は、前記標的遺伝子への前記遺伝子撹乱の導入を促進する、項目１９１または１９２に記載の方法。
（項目１９４）
前記標的遺伝子の前記遺伝子撹乱が、前記ＲＮＰ複合体により前記標的遺伝子が切断されて、前記標的遺伝子にＤＮＡ末端が生成し、続いて非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路により前記標的遺伝子中の前記ＤＮＡ末端が非相同末端結合することによって促進される、項目１９３に記載の方法。
（項目１９５）
前記標的遺伝子の変異したバージョンを含むドナーＤＮＡを共形質転換することをさらに含み、前記標的遺伝子の前記変異したバージョンは、標的遺伝子座に相同なヌクレオチドが両側に隣接している、項目１９３に記載の方法。
（項目１９６）
前記標的遺伝子の前記遺伝子撹乱が、前記ＲＮＰ複合体により前記標的遺伝子が切断されて、前記標的遺伝子にＤＮＡ末端が生成し、続いて前記標的遺伝子が相同組換えを介して前記ドナーＤＮＡで置き換えられることによって促進される、項目１９５に記載の方法。
（項目１９７）
ステップ（ｂ）が、選択可能なマーカーを含むベクターを共形質転換することをさらに含む、項目１８５に記載の方法。
（項目１９８）
前記選択可能なマーカーが、ステップ（ｄ）において、形質転換能を有する真菌株に由来するクローン集団を選択するために使用される、項目１９７に記載の方法。
（項目１９９）
前記遺伝子撹乱が、複数のプロトプラストを第１のコンストラクトおよび第２のコンストラクトで形質転換することによって前記真菌株に由来するプロトプラストに導入され、前記第１のコンストラクトは、前記プロトプラストのゲノム中の第１の遺伝子座に相同なヌクレオチドが両側に隣接している第１のポリヌクレオチドを含み、前記第２のコンストラクトは、前記プロトプラストのゲノム中の第２の遺伝子座に相同なヌクレオチドが両側に隣接している第２のポリヌクレオチドを含み、前記形質転換により、相同組換えによって前記第１の遺伝子座に前記第１のコンストラクトが組み込まれ、前記第２の遺伝子座に前記第２のコンストラクトが組み込まれ、少なくとも前記第２の遺伝子座は、前記プロトプラストのゲノム中の第１の選択可能なマーカー遺伝子であり、前記第１のポリヌクレオチドは、前記遺伝子撹乱を含む、項目１８３または１８４に記載の方法。
（項目２００）
前記選択可能なマーカー遺伝子が、ステップ（ｄ）において、前記遺伝子撹乱を含む真菌株に由来するクローン集団の選択を促進するために使用される、項目１９９に記載の方法。
（項目２０１）
前記真菌株が、非機能的な非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路を有する、項目１９５に記載の方法。
（項目２０２）
前記真菌株を、抗体、化学的阻害剤、タンパク質阻害剤、物理的阻害剤、ペプチド阻害剤、または前記ＮＨＥＪ経路のコンポーネントに指向させたアンチセンスもしくはＲＮＡｉ分子に曝露することによって、前記ＮＨＥＪ経路が非機能的になる、項目２０１に記載の方法。
（項目２０３）
前記化学的阻害剤が、Ｗ−７である、項目２０２に記載の方法。
（項目２０４）
糸状菌株を産生するための方法であって、
ａ．）複数のプロトプラストを提供するステップであって、前記複数のプロトプラストは、親糸状菌株の培養物から調製されたものである、ステップ；
ｂ．）前記複数のプロトプラストからの各プロトプラストをリボ核タンパク質複合体（ＲＮＰ複合体）で形質転換するステップ；および
ｃ．）前記親糸状菌株に対する表現型性能改善について形質転換された前記プロトプラストに由来する個々の糸状菌株を選択およびスクリーニングして、表現型性能改善をもたらす選択された前記個々の糸状菌株のゲノムにおける遺伝子撹乱を同定するステップ
を含む、方法。
（項目２０５）
前記遺伝子撹乱が、一塩基多型、ＤＮＡ挿入、ＤＮＡ欠失またはこれらの任意の組合せから選択される、項目２０４に記載の方法。
（項目２０６）
前記ＲＮＰ複合体が、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）と複合体化したＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼを含む、項目２０４に記載の方法。
（項目２０７）
前記ＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼが、クラス２のＣＲＩＳＰＲ−ＣａｓシステムのＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼである、項目２０６に記載の方法。
（項目２０８）
前記クラス２のＣＲＩＳＰＲ−ＣａｓシステムのＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼが、タイプＩＩ、タイプＶまたはタイプＶＩのＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼである、項目２０７に記載の方法。
（項目２０９）
前記クラス２のＣＲＩＳＰＲ−ＣａｓシステムのＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼが、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃａｓ１２ｄ、Ｃａｓ１２ｅ、Ｃａｓ１３ａ、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃまたはこれらの相同体、オルソログ、変異体、バリアントもしくは改変されたバージョンから選択される、項目２０７に記載の方法。
（項目２１０）
前記クラス２のＣＲＩＳＰＲ−ＣａｓシステムのＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼが、Ｃａｓ９またはこれらの相同体、オルソログもしくはパラログである、項目２０９に記載の方法。
（項目２１１）
前記ｇＲＮＡが、単独の、またはトランス活性化ＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）にアニールした、ＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）である、項目２０６に記載の方法。
（項目２１２）
前記ｇＲＮＡが、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびｃｒＲＮＡを含む単一のガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）である、項目２０６に記載の方法。
（項目２１３）
前記ｃｒＲＮＡが、前記親糸状菌株のゲノム内の標的遺伝子に相補的なガイド配列を含み、前記ＲＮＰ複合体の導入は、前記プロトプラスト中の前記標的遺伝子を撹乱する、項目２１１または２１２に記載の方法。
（項目２１４）
前記標的遺伝子の前記撹乱が、前記ＲＮＰ複合体により前記標的遺伝子が切断されて、前記標的遺伝子にＤＮＡ末端が生成し、続いて非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路により前記標的遺伝子中の前記ＤＮＡ末端が非相同末端結合することによって促進される、項目２１３に記載の方法。
（項目２１５）
ステップ（ｂ）が、前記標的遺伝子の変異したバージョンを含むドナーＤＮＡを共形質転換することをさらに含み、前記標的遺伝子の前記変異したバージョンは、標的遺伝子座に相同なヌクレオチドが両側に隣接している、項目２１３に記載の方法。
（項目２１６）
前記標的遺伝子の前記撹乱が、前記ＲＮＰ複合体により前記標的遺伝子が切断されて、前記標的遺伝子にＤＮＡ末端が生成し、続いて前記標的遺伝子が相同組換えを介して前記ドナーＤＮＡで置き換えられることによって促進される、項目２１５に記載の方法。
（項目２１７）
ステップ（ｂ）が、選択可能なマーカーを含むベクターを共形質転換することをさらに含む、項目２０４に記載の方法。
（項目２１８）
ステップ（ｃ）において、前記親糸状菌株に対する表現型性能改善についての後続のスクリーニングのために形質転換能を有する個々の糸状菌株を選択するために、前記選択可能なマーカーが使用される、項目２１７に記載の方法。
（項目２１９）
前記親糸状菌株が、非機能的な非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路を有する、項目２１５から２１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２０）
前記細胞を、抗体、化学的阻害剤、タンパク質阻害剤、物理的阻害剤、ペプチド阻害剤、または前記ＮＨＥＪ経路のコンポーネントに指向させたアンチセンスもしくはＲＮＡｉ分子に曝露することによって、前記ＮＨＥＪ経路が非機能的になる、項目２１９に記載の方法。
（項目２２１）
前記化学的阻害剤が、Ｗ−７である、項目２２０に記載の方法。
（項目２２２）
前記糸状菌株の前記表現型性能改善が、前記親糸状菌株の前記表現型性能と比較して、目的の産物に関して測定された表現型変数の少なくとも１０％の増大を含む、項目２０４に記載の方法。
（項目２２３）
前記糸状菌株の前記表現型性能改善が、前記親糸状菌株の前記表現型性能と比較して、目的の産物に関して測定された表現型変数の少なくとも１倍の増大を含む、項目２０４に記載の方法。
（項目２２４）
前記測定された表現型変数が、前記目的の産物の体積生産性、前記目的の産物の比生産性、前記目的の産物の収率、前記目的の産物の力価、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目２２２または２２３に記載の方法。
（項目２２５）
前記測定された表現型変数が、前記目的の産物の増大したまたはより効率的な産生である、項目２２２または２２３に記載の方法。
（項目２２６）
前記目的の産物が、低分子、酵素、ペプチド、アミノ酸、有機酸、合成化合物、燃料、アルコール、一次細胞外代謝産物、二次細胞外代謝産物、細胞内コンポーネント分子、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目２２２または２２３に記載の方法。
（項目２２７）
前記親糸状菌株が、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ（例えば、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍａｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｖｏｌｖａｒｉｅｌｌａの種、またはこれらのテレオモルフもしくはアナモルフ、およびシノニムもしくは分類学的均等物から選択される、項目２０４に記載の方法。
（項目２２８）
前記糸状菌株が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒまたはそのテレオモルフもしくはアナモルフである、項目２２７に記載の方法。
（項目２２９）
前記糸状菌株が、菌糸体ではないペレット状の形態を有する、項目２２８に記載の方法。
（項目２３０）
前記糸状菌株が、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＳＬＮ１遺伝子のＡ．ｎｉｇｅｒオルソログの変異形態を発現する、項目２２９に記載の方法。
（項目２３１）
前記Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＳＬＮ１遺伝子の前記Ａ．ｎｉｇｅｒオルソログの前記変異形態の核酸配列が、配列番号１３である、項目２３０に記載の方法。
（項目２３２）
前記Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＳＬＮ１遺伝子の前記Ａ．ｎｉｇｅｒオルソログの前記変異形態が、配列番号１または２から選択されるプロモーター配列に作動可能に連結されている、項目２３０または２３１に記載の方法。
（項目２３３）
ステップ（ｃ）の前に、前記個々の糸状菌株に由来する単離されたクローン集団を生成するステップをさらに含む、項目２０４に記載の方法。
（項目２３４）
前記単離が、
（ｉ）前記形質転換されたプロトプラストが複数の真菌胞子を生じるように誘導するステップであって、前記複数からの各真菌胞子は、単一の形質転換されたプロトプラストに由来する、ステップ；
（ｉｉ）単一の形質転換されたプロトプラストに由来する前記複数の真菌胞子を液体中に再懸濁して、液状懸濁液を生成するステップ；
（ｉｉｉ）複数の反応領域を含む基材中の個々の反応領域に、別々の体積の前記液状懸濁液を分散するステップであって、前記複数の反応領域中の各反応領域は、増殖培地を含み、前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも７５％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、ステップ；および
（ｉｖ）増殖培地を含む前記反応領域中の分散された前記単一の生存可能な真菌胞子を培養することによって、前記個々の糸状菌株に由来する単離されたクローン集団を生成するステップ
を含む、項目２３３に記載の方法。
（項目２３５）
前記別々の体積中の単一の真菌胞子の存在または非存在について、前記別々の体積をスクリーニングするステップをさらに含み、ステップ（ｉｉｉ）のために、単一の真菌胞子を含有する前記別々の体積のみが選択される、項目２３４に記載の方法。
（項目２３６）
前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも８０％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、項目２３５に記載の方法。
（項目２３７）
前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも９０％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、項目２３５に記載の方法。
（項目２３８）
前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも９５％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、項目２３５に記載の方法。
（項目２３９）
前記分散により、前記個々の反応領域の少なくとも９９％が、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、項目２３５に記載の方法。
（項目２４０）
前記分散により、前記個々の反応領域の実質的にすべてが、前記複数の真菌胞子からの単一の生存可能な真菌胞子のみを含有する確率がもたらされる、項目２３５に記載の方法。
（項目２４１）
前記別々の体積をスクリーニングするステップが、前記別々の体積中の単一の真菌胞子の存在または非存在を光学的に区別することを伴う、項目２４０に記載の方法。
（項目２４２）
前記スクリーニングが、前記別々の体積中の単一の真菌胞子の存在または非存在を光学的に区別することが可能なマイクロフルイディックデバイスを使用して実行される、項目２４１に記載の方法。
（項目２４３）
前記単離が、（ｉ）前記形質転換されたプロトプラストが複数の真菌胞子を生じるように誘導するステップであって、前記複数からの各真菌胞子は、単一の形質転換されたプロトプラストに由来する、ステップ；（ｉｉ）単一の形質転換されたプロトプラストに由来する前記複数の真菌胞子を液体中に再懸濁して、液状懸濁液を生成するステップ；（ｉｉｉ）前記液状懸濁液を希釈するステップであって、前記希釈が限界希釈である、ステップ；（ｉｖ）複数の反応領域を含む基材中の個々の反応領域に、別々の体積の希釈物を分散するステップであって、前記複数の反応領域中の各反応領域は、増殖培地を含み、前記限界希釈により、各反応領域に分散された前記別々の体積の希釈物が１つの生存可能な胞子を含有するかまたは生存可能な胞子を含有しないかのいずれかであることが、前記複数の反応領域中の前記反応領域の９０％より多くが生存可能な胞子を含有せず、１つまたは複数の生存可能な胞子を含有する反応領域の９０％より多くが単一の生存可能な胞子のみを含有するポアソン分布に従う確率がもたらされる、ステップ；（ｖ）増殖培地を含む前記反応領域中の分散された前記単一の生存可能な真菌胞子を培養するステップ；および（ｖｉ）前記反応領域中で増殖するクローン集団を選択することによって、単一の真菌胞子に由来するクローン集団を単離するステップ
を含む、項目２３３に記載の方法。
（項目２４４）
前記反応領域が、マイクロタイタープレート中に存在する、項目２３４から２４３のいずれかに記載の方法。
（項目２４５）
前記マイクロタイタープレートが、９６ウェル、３８４ウェルまたは１５３６ウェルを含有する、項目２４４に記載の方法。