【手続補正書】
【提出日】令和2年12月11日(2020.12.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中のＣ型肝炎ウイルス核酸を検出する方法であって、
前記試料を１つ以上の捕獲オリゴマーおよび初期増幅オリゴマーと接触させ、それによって少なくとも１つの捕獲オリゴマーおよび増幅オリゴマーを、存在する場合、ＨＣＶ核酸と会合させことと、
前記ＨＣＶ核酸と会合していない初期増幅オリゴマーを除去することと、
存在する場合、ＨＣＶ核酸と会合した初期増幅オリゴマーを伸長する伸長反応を実施することと、
存在する場合、伸長した初期増幅オリゴマーを鋳型として用いて増幅反応を実施し、それによってアンプリコンを産生することと、
プローブオリゴマーを用いて前記アンプリコンの有無を検出することと、を含み、
前記初期増幅オリゴマーは、配列番号６のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含み、
前記プローブオリゴマーは、配列番号１３のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含み、存在する場合、前記アンプリコンに特異的にハイブリダイズするように構成され、
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーはそれぞれ、Ｃ型肝炎ウイルス配列のうちの少なくとも約１４個の連続したヌクレオチドを含み、
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーは、ＨＣＶ核酸中の少なくとも１つの共通の位置にアニールする、方法。
【請求項２】
前記増幅反応を実施することが、（ｉ）前記プローブオリゴマーの上流で前記鋳型またはアンプリコンにアニールする前記第１および第２の増幅オリゴマーのうちの少なくとも一方、および（ｉｉ）前記プローブオリゴマーの下流で前記鋳型またはアンプリコンに特異的にハイブリダイズするように構成された第３の増幅オリゴマーを付加することと、
前記鋳型が存在する場合、前記第１および第２の増幅オリゴマーを伸長させることと、を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の増幅オリゴマーが、配列番号２のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記第２の増幅オリゴマーが、配列番号３のうちの少なくとも１０個の連続したヌクレオチドを含む、請求項２〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記第３の増幅オリゴマーが、少なくとも１つのＨＣＶ型において１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、または１５０位から選択されるＨＣＶゲノム位置の下流でアニールしない、請求項２〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つのＨＣＶ型が、ＨＣＶ型１ａ、１ｂ、２ｂ、３ｂ、４ｂ、５ａ、および６ａのうちの１つ以上を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記第３の増幅オリゴマーが、ＨＣＶゲノム８０〜１１９位のうちの少なくとも１つを含む部位に特異的にハイブリダイズするように構成されている、請求項２〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記第３の増幅オリゴマーが配列番号７の配列を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記第３の増幅オリゴマーが、配列番号４２〜４７のうちの少なくとも１、２、３、４、または５つの配列を含む、請求項２〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記第３の増幅オリゴマーが配列番号５の配列を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記第１の増幅オリゴマーが配列番号２の配列を含む、請求項２〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記第２の増幅オリゴマーが配列番号３の配列を含む、請求項２〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記第１および第２の増幅オリゴマーが、約８．５：１．５〜約１．５：８．５の範囲の相対モル量（第１：第２）で存在する、請求項２〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記第１および第２の増幅オリゴマーが、約６：４〜約１．５：８．５の範囲の相対モル量（第１：第２）で存在する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記初期増幅オリゴマーが配列番号６の配列を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記初期増幅オリゴマーが配列番号４の配列を含む、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記プローブオリゴマーが、配列番号４８または４９の配列を含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記プローブオリゴマーが、その５’末端に第１の自己相補的領域およびその３’末端に第２の自己相補的領域を含む、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記自己相補的領域がハイブリダイズして、約５個のワトソン−クリック塩基対またはゆらぎ塩基対を形成し得る、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記プローブオリゴマーが配列番号１２の配列を含む、請求項１７〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記プローブオリゴマーが、配列番号１３の配列を含む標的ハイブリダイズ配列を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記プローブオリゴマーが蛍光標識または消光剤を含む、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記１つまたはそれより多くの捕獲オリゴマーが、配列番号５４の配列を含む第１の捕獲オリゴマーを含む、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記１つまたはそれより多くの捕獲オリゴマーが、配列番号５５の配列を含む第２の捕獲オリゴマーを含む、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記少なくとも１つの増幅オリゴマーが、プロモーター−プライマーである、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記初期増幅オリゴマーおよびプローブオリゴマーがそれぞれ、ＨＣＶゲノムまたはその相補体における８６〜９５位のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、または９個にアニールする、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記組成物がＨＣＶ核酸をさらに含む、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の組成物または方法。
【請求項２８】
前記組成物が少なくとも１つの逆転写酵素をさらに含む、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも１つの増幅オリゴマーが伸長される線形増幅を実施することをさらに含む、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記線形増幅の前に、前記増幅オリゴマーがＨＣＶ核酸と捕獲オリゴマーとの複合体と会合し、前記複合体が固体支持体と会合し、前記方法が前記固体支持体を洗浄することを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
洗浄ステップに続いて、前記方法が、ＨＣＶ核酸と捕獲オリゴマーとの複合体と会合した増幅オリゴマーに対して反対向きの１つ以上のさらなる増幅オリゴマーを付加することを含む、請求項２９〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
１つ以上の反対向きのさらなる増幅オリゴマーがプロモーター−プライマーである、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記線形増幅に続いて指数関数的増幅を実施することをさらに含む、請求項２９〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記方法によって産生された少なくとも１つのアンプリコンを定量することをさらに含む、請求項１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５１】
【図１】ＨＣＶ配列のアラインメントを示し、増幅およびプローブオリゴマーにより結合された領域を示す。これ以降のアラインメントにおいて、点は参照配列（ここではＨＣＶ  １ａ転写物（配列番号２６９））との一致を示し、ダッシュはギャップを示し、キャレットは相補的位置を示し、そしてミスマッチはミスマッチ塩基として示される。楕円は、遺伝子型１ａと比較して特定のミスマッチを強調している。左のボックスは、列挙された遺伝子型（１ａ、２ｂ、３ａ、３ｂ、４ｈ、５ａ、および６ａ（それぞれ、配列番号２６９、２７０、２７１、２７２、２７３、２７４および２７５））においてミスマッチが観察されなかった領域を示す。右側のボックスはＧ＋Ｃが豊富な領域を示す。
【図２−１】図２は、３つの濃度での様々なＨＣＶ遺伝子型についての増幅動態を示す。これらの実験において、遺伝子型１ａは３つの濃度について痕跡の明確なグループ分けを示したが、最低濃度（１０２コピー／ｍｌ）では、他の遺伝子型は増幅できず（２ａ）または不均一出現時間を示した（３ｂ、４ｈ、３ａ、５ａ、６ａ）。
【図２−２】図２は、３つの濃度での様々なＨＣＶ遺伝子型についての増幅動態を示す。これらの実験において、遺伝子型１ａは３つの濃度について痕跡の明確なグループ分けを示したが、最低濃度（１０２コピー／ｍｌ）では、他の遺伝子型は増幅できず（２ａ）または不均一出現時間を示した（３ｂ、４ｈ、３ａ、５ａ、６ａ）。
【図２−３】図２は、３つの濃度での様々なＨＣＶ遺伝子型についての増幅動態を示す。これらの実験において、遺伝子型１ａは３つの濃度について痕跡の明確なグループ分けを示したが、最低濃度（１０２コピー／ｍｌ）では、他の遺伝子型は増幅できず（２ａ）または不均一出現時間を示した（３ｂ、４ｈ、３ａ、５ａ、６ａ）。
【図２−４】図２は、３つの濃度での様々なＨＣＶ遺伝子型についての増幅動態を示す。これらの実験において、遺伝子型１ａは３つの濃度について痕跡の明確なグループ分けを示したが、最低濃度（１０２コピー／ｍｌ）では、他の遺伝子型は増幅できず（２ａ）または不均一出現時間を示した（３ｂ、４ｈ、３ａ、５ａ、６ａ）。
【図３】異なるＮＴ７プライマーを用いた遺伝子型１ａおよび３ａについての検量線を示す。
【図４Ａ】図４Ａ、４Ｂ、および４Ｃは、異なるＮＴ７プライマー（図４Ａの遺伝子型１ａ配列と一致するＨＣＶ５２〜７８、図４Ｂの遺伝子型３ａ配列と一致するＨＣＶ５２〜７８ｔｇ、または図４ＣのＨＣＶ５２〜７８とＨＣＶ５２〜７８ｔｇの５０：５０混合物）を用いた遺伝子型定量化を示す。矢印は、図４Ａおよび４Ｂにおける遺伝子型１Ａについての曲線を示す。図４Ｃでは、遺伝子型１ａおよび３ａの曲線は実質的に重なっていた。
【図４Ｂ】図４Ａ、４Ｂ、および４Ｃは、異なるＮＴ７プライマー（図４Ａの遺伝子型１ａ配列と一致するＨＣＶ５２〜７８、図４Ｂの遺伝子型３ａ配列と一致するＨＣＶ５２〜７８ｔｇ、または図４ＣのＨＣＶ５２〜７８とＨＣＶ５２〜７８ｔｇの５０：５０混合物）を用いた遺伝子型定量化を示す。矢印は、図４Ａおよび４Ｂにおける遺伝子型１Ａについての曲線を示す。図４Ｃでは、遺伝子型１ａおよび３ａの曲線は実質的に重なっていた。
【図４Ｃ】図４Ａ、４Ｂ、および４Ｃは、異なるＮＴ７プライマー（図４Ａの遺伝子型１ａ配列と一致するＨＣＶ５２〜７８、図４Ｂの遺伝子型３ａ配列と一致するＨＣＶ５２〜７８ｔｇ、または図４ＣのＨＣＶ５２〜７８とＨＣＶ５２〜７８ｔｇの５０：５０混合物）を用いた遺伝子型定量化を示す。矢印は、図４Ａおよび４Ｂにおける遺伝子型１Ａについての曲線を示す。図４Ｃでは、遺伝子型１ａおよび３ａの曲線は実質的に重なっていた。
【図５Ａ】図５Ａおよび５Ｂは、非Ｔ７プライマー５２〜７８ｔのみ（図５Ａ、矢印は遺伝子型３ａを示す）および５２〜７８ｔｇのみ（図５Ｂ）についての複数のＨＣＶ遺伝子型にわたる結果を示す。
【図５Ｂ】図５Ａおよび５Ｂは、非Ｔ７プライマー５２〜７８ｔのみ（図５Ａ、矢印は遺伝子型３ａを示す）および５２〜７８ｔｇのみ（図５Ｂ）についての複数のＨＣＶ遺伝子型にわたる結果を示す。
【図６】様々な遺伝子型を用いた定量アッセイについて、標的との対数差（ＬｏｇＤｉｆｆ）を示す。遺伝子型は、左から右に１ａ、２ｂ、３ａ、３ｂ、４ｈ、５ａ、６ａの順序で提示され、各遺伝子型は１０４（左）および１０７（右）コピー／ｍｌの条件を反映する２本のバーを有する。
【図７−１】図７は、１０２、１０４、および１０７コピー／ｍｌの示された遺伝子型を用いるＨＣＶトーチ６８〜８６対ＨＣＶトーチ８０〜９８  ５ｓｔ  ａの対照比較を示す。矢印は１０２コピー／ｍｌの状態についての痕跡を示す。
【図７−２】図７は、１０２、１０４、および１０７コピー／ｍｌの示された遺伝子型を用いるＨＣＶトーチ６８〜８６対ＨＣＶトーチ８０〜９８  ５ｓｔ  ａの対照比較を示す。矢印は１０２コピー／ｍｌの状態についての痕跡を示す。
【図８】異なるＨＣＶトーチおよびＴ７オリゴマーを用いた検量線を示す。直線の矢印は、遺伝子型３ａ、Ｔ７  ９５〜１１９、トーチ６８〜８６の曲線を示す。曲線の矢印は、遺伝子型１ａ、Ｔ７  ９５〜１１９、トーチ６８〜８６の曲線を示す。
【図９】ＨＣＶトーチ８１〜９６、８１〜９７、および８０〜９８の検量線を示す。
【図１０】最高から最低の曲線の順に図に記載されている、異なるＴ７プライマーを用いた検量線が示されている。
【図１１】ＨＣＶ遺伝子型に対するＴ７プライマーのアラインメントを示す。上から下の順で、アラインメントされた配列は、配列番号１００、２、１２、５、２２２、２２３、２２４、２２５、２２６、２２７、２２８、２２９、２３０および２２５である。
【図１２Ａ】図１２Ａ、１２Ｂ、１２Ｃ、および１２Ｄは、遺伝子型１ａの配列（１２Ａ−Ｄの一番上の行）と一致するかまたはイノシンを含有する（１２Ａ−Ｄのそれぞれの下の２行）、３つのＴ７  ９３〜１１９初期増幅オリゴマーについての遺伝子型１ａ、２ｂ、３ａ、３ｂ、４ｈ、５ａ、および６ａを有する３コピーレベルの一連の出現曲線を示す。各プロットは１００、１００００、および１００００００コピー／ｍｌの痕跡を示す。矢印（図１２Ｂ〜図１２Ｄ）は、イノシン塩基をＴ７オリゴマーに使用したときの痕跡の崩壊を示す。
【図１２Ｂ】図１２Ａ、１２Ｂ、１２Ｃ、および１２Ｄは、遺伝子型１ａの配列（１２Ａ−Ｄの一番上の行）と一致するかまたはイノシンを含有する（１２Ａ−Ｄのそれぞれの下の２行）、３つのＴ７  ９３〜１１９初期増幅オリゴマーについての遺伝子型１ａ、２ｂ、３ａ、３ｂ、４ｈ、５ａ、および６ａを有する３コピーレベルの一連の出現曲線を示す。各プロットは１００、１００００、および１００００００コピー／ｍｌの痕跡を示す。矢印（図１２Ｂ〜図１２Ｄ）は、イノシン塩基をＴ７オリゴマーに使用したときの痕跡の崩壊を示す。
【図１２Ｃ】図１２Ａ、１２Ｂ、１２Ｃ、および１２Ｄは、遺伝子型１ａの配列（１２Ａ−Ｄの一番上の行）と一致するかまたはイノシンを含有する（１２Ａ−Ｄのそれぞれの下の２行）、３つのＴ７  ９３〜１１９初期増幅オリゴマーについての遺伝子型１ａ、２ｂ、３ａ、３ｂ、４ｈ、５ａ、および６ａを有する３コピーレベルの一連の出現曲線を示す。各プロットは１００、１００００、および１００００００コピー／ｍｌの痕跡を示す。矢印（図１２Ｂ〜図１２Ｄ）は、イノシン塩基をＴ７オリゴマーに使用したときの痕跡の崩壊を示す。
【図１２Ｄ】図１２Ａ、１２Ｂ、１２Ｃ、および１２Ｄは、遺伝子型１ａの配列（１２Ａ−Ｄの一番上の行）と一致するかまたはイノシンを含有する（１２Ａ−Ｄのそれぞれの下の２行）、３つのＴ７  ９３〜１１９初期増幅オリゴマーについての遺伝子型１ａ、２ｂ、３ａ、３ｂ、４ｈ、５ａ、および６ａを有する３コピーレベルの一連の出現曲線を示す。各プロットは１００、１００００、および１００００００コピー／ｍｌの痕跡を示す。矢印（図１２Ｂ〜図１２Ｄ）は、イノシン塩基をＴ７オリゴマーに使用したときの痕跡の崩壊を示す。
【図１３Ａ】図１３Ａ、１３Ｂ、および１３Ｃは、１０２、１０４、および１０６コピー／ｍｌにおける遺伝子型１ａ、２ｂ、および５ａに対する対照Ｔ７  ９３〜１１９（１３Ａ）、Ｔ７  ８９〜１１９（１３Ｂ）、および８０−１１９（１３Ｃ）プライマーを用いた出現曲線を示し、遺伝子型間でより高い一貫性およびＴ７８９−１１９とＴ７  ８０−１１９の異なる濃度で曲線の分離を示す。
【図１３Ｂ】図１３Ａ、１３Ｂ、および１３Ｃは、１０２、１０４、および１０６コピー／ｍｌにおける遺伝子型１ａ、２ｂ、および５ａに対する対照Ｔ７  ９３〜１１９（１３Ａ）、Ｔ７  ８９〜１１９（１３Ｂ）、および８０−１１９（１３Ｃ）プライマーを用いた出現曲線を示し、遺伝子型間でより高い一貫性およびＴ７８９−１１９とＴ７  ８０−１１９の異なる濃度で曲線の分離を示す。
【図１３Ｃ】図１３Ａ、１３Ｂ、および１３Ｃは、１０２、１０４、および１０６コピー／ｍｌにおける遺伝子型１ａ、２ｂ、および５ａに対する対照Ｔ７  ９３〜１１９（１３Ａ）、Ｔ７  ８９〜１１９（１３Ｂ）、および８０−１１９（１３Ｃ）プライマーを用いた出現曲線を示し、遺伝子型間でより高い一貫性およびＴ７８９−１１９とＴ７  ８０−１１９の異なる濃度で曲線の分離を示す。
【図１４】Ｔ７  ９３〜１１９、Ｔ７  ８９〜１１９、およびＴ７  ８０〜１１９初期増幅オリゴマーを使用した場合の、２．３、４．３、および６．３ｌｏｇコピー／ｍｌでの、異なるＨＣＶ遺伝子型についての対数差（ＬｏｇＤｉｆｆ）対ＨＣＶ  １ａを示す。
【図１５Ａ】図１５Ａ、１５Ｂ、および１５Ｃは、初期増幅オリゴマーがＴ７  ９３−１１９（１５Ａ）、Ｔ７  ８９−１１９（１５Ｂ）、またはＴ７  ８０−１１９（１５Ｃ）の場合の、遺伝子型１ａ、２ｂ、３ａ、３ｂ、４ｈ、５ａ、および６ａの検量線を示す。図１５Ａの矢印は、遺伝子型５ａの曲線を示し、これは、Ｔ７  ９３−１１９を用いた場合には他の遺伝子型の曲線から明らかに区別されたが、より長い初期増幅オリゴマーを用いた場合には他の曲線の間に現れた。
【図１５Ｂ】図１５Ａ、１５Ｂ、および１５Ｃは、初期増幅オリゴマーがＴ７  ９３−１１９（１５Ａ）、Ｔ７  ８９−１１９（１５Ｂ）、またはＴ７  ８０−１１９（１５Ｃ）の場合の、遺伝子型１ａ、２ｂ、３ａ、３ｂ、４ｈ、５ａ、および６ａの検量線を示す。図１５Ａの矢印は、遺伝子型５ａの曲線を示し、これは、Ｔ７  ９３−１１９を用いた場合には他の遺伝子型の曲線から明らかに区別されたが、より長い初期増幅オリゴマーを用いた場合には他の曲線の間に現れた。
【図１５Ｃ】図１５Ａ、１５Ｂ、および１５Ｃは、初期増幅オリゴマーがＴ７  ９３−１１９（１５Ａ）、Ｔ７  ８９−１１９（１５Ｂ）、またはＴ７  ８０−１１９（１５Ｃ）の場合の、遺伝子型１ａ、２ｂ、３ａ、３ｂ、４ｈ、５ａ、および６ａの検量線を示す。図１５Ａの矢印は、遺伝子型５ａの曲線を示し、これは、Ｔ７  ９３−１１９を用いた場合には他の遺伝子型の曲線から明らかに区別されたが、より長い初期増幅オリゴマーを用いた場合には他の曲線の間に現れた。
【図１６】異なる標的濃度および初期増幅オリゴマーを使用した場合の、ＨＣＶ  １ａキャリブレータと比較した、様々な遺伝子型についての定量における差異を示す。各遺伝子型について、左から右への９本のバーは、Ａ１  Ａ２  Ａ３  Ｂ１  Ｂ２  Ｂ３  Ｃ１  Ｃ２  Ｃ３として配置され、ここでＡは２００コピー／ｍｌ（ｃ／ｍｌ）、Ｂは２００００ｃ／ｍｌ、Ｃは２Ｍ  ｃ／ｍｌ、１は８０−１１９  Ｔ７ｉｐを用いたもの、２は８９−１１９  Ｔ７ｉｐを用いたもの、および３は８９−１１９  Ｔ７ｉｐを用いたものである（Ｔ７ｉｐ＝Ｔ７初期増幅オリゴマー）。
【図１７】Ｔ７初期増幅オリゴマーと選択されたＨＣＶ遺伝子型とのアラインメントを示す。上から下の順で、アラインメントされた配列は、配列番号２、１２、２３１、２３２、２３３、２３４、２３５、２３６、２３１、１０８、４、１１０、１１２、２３７、１１４、２２０および５である。
【図１８】異なるＴ７初期増幅オリゴマーを用いたＨＣＶ遺伝子型に関するＬｏｇＤｉｆｆデータの特徴付けを示す。遺伝子型と濃度は、左から右に以下のとおりである：１ａ（１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８ｃ／ｍｌ）、２ｂ（１０２、１０４、１０６ｃ／ｍｌ）、３ａ（１０２、１０４、１０６ｃ／ｍｌ）、３ｂ（１０２、１０４、１０６ｃ／ｍｌ）、４ｈ（１０２、１０４、１０６ｃ／ｍｌ）、５ａ（１０２、１０４、１０６ｃ／ｍｌ）、６ａ（１０２、１０４、１０６ｃ／ｍｌ）。各遺伝子型および濃度について、左から右への７つの隣接するバーは、以下のＴ７初期増幅オリゴマーを用いたデータを表す：８１〜１１９、８３〜１１９、８５〜１１９、８７〜１１９、８９〜１１９、９１〜１１９、９３〜１１９。
【図１９】Ｔ７初期増幅オリゴマーについてのＨＣＶ遺伝子型に関する１０Ｋパネルの結果を示す。これは、図１８サブセットのデータからの１０４ｃ／ｍｌデータのみの拡大図であり、遺伝子型およびプライマーは同じ順序である。
【図２０】例示的なオリゴマーセットを用いた、ＨＣＶ  １ａに対する様々な遺伝子型についてのＨＣＶ遺伝子型定量化を示す。
【図２１】ＨＣＶ遺伝子型配列ＨＣＶ  １からＨＣＶ  ６を有するオリゴマーのアラインメントを示す。上から下の順で、アラインメントされた配列は、配列番号２３８、２、５、２２０、１２、２３９、２４０、２４１、２４２、２４３、２４４、２４５、２４６および２４２である。
【図２２Ａ】図２２Ａおよび２２Ｂは、初期アッセイ実現可能性オリゴマーシステムで試験した全ての変異体についての対数差（図２３Ａ）および予想される標的から＞０．４ｌｏｇ  ｃ／ｍｌの逸脱を有する変異体の対数差ｃ／ｍｌ（図２３Ｂ）、によるインビトロ転写産物ＨＣＶ変異体試験を示す。
【図２２Ｂ】図２２Ａおよび２２Ｂは、初期アッセイ実現可能性オリゴマーシステムで試験した全ての変異体についての対数差（図２３Ａ）および予想される標的から＞０．４ｌｏｇ  ｃ／ｍｌの逸脱を有する変異体の対数差ｃ／ｍｌ（図２３Ｂ）、によるインビトロ転写産物ＨＣＶ変異体試験を示す。
【図２３】＞０．４ｌｏｇ  ｃ／ｍＬで過少定量化された１３個のＨＣＶ変異体との配列アラインメントを示す。上から下の順で、アラインメントされた配列は、配列番号２、２２０、なし、１２、２３９、２４７、２４８、２４９、２５０、２５１、２５２、２５３、２５４、２５５、２５６、２５７、２５８、２５９、２６０、２６１、２６２、２６３、２６４、２６５、２６６および２６７である。特に、ＨＣＶ０２９７（−）ｄＴ３ｄＡ３０標的捕獲オリゴヌクレオチド（アラインメントにおける第３の登録）についての標的ハイブリダイズ配列は、この図に表される配列の外側にある。
【図２４】例示的オリゴマーセットの配列アラインメントを示す。上から下の順で、アラインメントされた配列は、配列番号１６、１７、２、３、４、５および１２である。
【図２５Ａ−１】図２５Ａおよび２５Ｂは、例示的なオリゴマーセットについての、ＨＣＶ変異体にわたるＩＶＴ変異体検出（標的濃度：１０４ｃ／ｍｌ）（図２６Ａ）および亜型検出（図２６Ｂ）を示す。
【図２５Ａ−２】図２５Ａおよび２５Ｂは、例示的なオリゴマーセットについての、ＨＣＶ変異体にわたるＩＶＴ変異体検出（標的濃度：１０４ｃ／ｍｌ）（図２６Ａ）および亜型検出（図２６Ｂ）を示す。
【図２５Ｂ】図２５Ａおよび２５Ｂは、例示的なオリゴマーセットについての、ＨＣＶ変異体にわたるＩＶＴ変異体検出（標的濃度：１０４ｃ／ｍｌ）（図２６Ａ）および亜型検出（図２６Ｂ）を示す。
【図２６】アッセイ３０−ｌｅ９ｃ／ｍｌの直線性を示す（３０ｃ／ｍＬ、ｎ＝６０、ｌｅ２−ｌｅ９ｃ／ｍＬ、ｎ＝１２））。
【図２７Ａ】図２７Ａおよび２７Ｂは、１つの標的捕獲オリゴマー（ＴＣＯ）（０２９７；暗いバー）および２つのＴＣＯ（０２９７＋０３２７ｂ；明るいバー）条件についてのＨＣＶ遺伝子型ＩＶＴパーセント陽性の結果を示す。
【図２７Ｂ】図２７Ａおよび２７Ｂは、１つの標的捕獲オリゴマー（ＴＣＯ）（０２９７；暗いバー）および２つのＴＣＯ（０２９７＋０３２７ｂ；明るいバー）条件についてのＨＣＶ遺伝子型ＩＶＴパーセント陽性の結果を示す。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３７】
より具体的な実施形態では、捕獲プローブオリゴマーは、ＨＣＶ標的配列に相補的ではないが固定化結合パートナー（例えば、固定化プローブ）の配列に特異的にハイブリダイズするテール部分（例えば、３’テール）を含み、例えば参照により本明細書に組み込まれる、例えば米国特許第６，１１０，６７８号に既に記載されているように、それにより標的核酸を他の試料成分から分離することを可能にする部分として働く。任意の配列をテール領域に使用することができ、これは一般に長さ約５〜５０ｎｔであり、特定の実施形態は少なくとも約１０ｎｔ、例えば約１０〜４０ｎｔ（例：Ａ１０（配列番号２２の１位〜１０位）〜Ａ４０（配列番号２６８））、例えば約１４〜３３ｎｔ（例：Ａ１４（配列番号２２の１位〜１４位）〜Ａ３０（配列番号２２）またはＴ３Ａ１４（配列番号２１の１位〜１７位）〜Ｔ３Ａ３０（配列番号２１））の実質的にホモポリマーテール（「ポリ−Ｎ配列」）を含み、これは、固体支持体、例えばマトリックスまたは粒子に付着した相補的固定化配列（例えば、ポリ−Ｔ）に結合する。例えば、３’テールを含む捕獲プローブの特定の実施形態では、捕獲プローブは配列番号１６または１７から選択される配列を有する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2019531747000001.app