【手続補正書】
【提出日】令和3年5月13日(2021.5.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を検出する方法であって、試料についてメチル化配列を得ること、前記メチル化配列における少なくとも１つのＣｐＧアイランド（ＣＧＩ）を同定すること、前記同定されたＣｐＧアイランドについての一致してメチル化されたリードの比率（ＰＭＲ）を算出すること、および前記ＰＭＲを、正常組織またはエピブラストの対照バックグラウンドと比較することを含み、前記試料の前記ＰＭＲが、前記対照バックグラウンドより大きい場合、ｃｔＤＮＡの存在が、前記試料中で検出される、方法。
【請求項２】
前記試料が、血漿、尿、糞便、経血、またはリンパ液を含む群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記試料が無細胞ＤＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
０．０１％〜１％のｃｔＤＮＡが、前記試料中で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
０．０１％のｃｔＤＮＡが、前記試料中で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
ｃｔＤＮＡの存在が、８０％より高い感度で、前記試料中で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
ｃｔＤＮＡの存在が、７５％より高い特異度で、前記試料中で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
ｃｔＤＮＡの存在が、１００％の感度および９５％の特異度で、前記試料中で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
ｃｔＤＮＡの存在が、がんの存在を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記試料が、がんと診断されたか、がんを患っているか、がんを発症するリスクがあるか、またはがんを有することが疑われる個体から得られている、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記がんが、膀胱尿路上皮癌、乳房浸潤癌、結腸腺癌、結腸直腸腺癌、食道癌、頭頸部扁平上皮癌、腎明細胞癌、腎乳頭細胞癌、肝細胞癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、前立腺腺癌、胃および食道の癌、甲状腺癌、子宮体子宮内膜癌、および慢性リンパ性白血病を含む群から選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
ｃｔＤＮＡの存在が腫瘍の存在を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
ｃｔＤＮＡの存在をがんの指標とする方法であって、前記方法は、試料の一致してメチル化されたリードの比率（ＰＭＲ）を使用して、前記試料中のｃｔＤＮＡを検出することを含み、ｃｔＤＮＡの存在が、被験体ががんを有することを示す、方法。
【請求項１４】
ｃｔＤＮＡの存在をがんの処置を必要とする被験体におけるがんの指標とする方法であって、
試料の一致してメチル化されたリードの比率（ＰＭＲ）を使用して、前記試料中のｃｔＤＮＡを検出することであって、ｃｔＤＮＡの存在が、前記被験体ががんを有することを示す、検出することを含み、
前記被験体が、がんについて処置されるべきであることが示される、方法。
【請求項１５】
被験体ががん処置を受ける前に得られた第１の試料から得られたｃｔＤＮＡの量および被験体ががん処置を受けた後に得られた第２の試料から得られたｃｔＤＮＡの量の比較をがん処置に対する被験体の応答の指標とする方法であって、
ａ．被験体ががん処置を受ける前に得られた前記第１の試料の一致してメチル化されたリードの比率（ＰＭＲ）を使用して、前記第１の試料中のｃｔＤＮＡの前記量を検出すること；
ｂ．被験体ががん処置を受けた後に得られた前記第２の試料の一致してメチル化されたリードの比率（ＰＭＲ）を使用して、前記第２の試料中のｃｔＤＮＡの前記量を検出すること；ならびに
ｃ．前記第１の試料から得られたｃｔＤＮＡの前記量および前記第２の試料から得られたｃｔＤＮＡの前記量を比較すること
を含み、
ｄ．ｃｔＤＮＡの増加が、がん処置に対する被験体の陰性応答を示し、ｃｔＤＮＡの減少が、がん処置に対する被験体の陽性応答を示す、方法。
【請求項１６】
ｃｆＤＮＡ中のｃｔＤＮＡの量の変化を被験体におけるがんの進行または改善の指標とする方法であって、前記方法は、一致してメチル化されたリードの比率を使用して前記被験体のｃｆＤＮＡからｃｔＤＮＡを同定することであって、ｃｔＤＮＡの存在は、前記被験体はがんを発症するリスクがあることを示す、こと、および経時的に前記ｃｆＤＮＡ中のｃｔＤＮＡの量をモニターすることであって、前記ｃｆＤＮＡ中のｃｔＤＮＡの前記量の変化が状態の進行または改善を示す、ことを含む、方法。
【請求項１７】
ｃｔＤＮＡの存在を被験体におけるがんの指標とする方法であって、前記方法は、一致してメチル化されたリードの比率を使用して前記被験体のｃｆＤＮＡからｃｔＤＮＡの存在を同定することを含み、ｃｔＤＮＡの存在は、前記被験体ががんを有するか、またはがんを発症するリスクがあることを示す、方法。
【請求項１８】
ＰＲＣ２の発現を低減させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法。
【請求項１９】
Ｅｅｄの発現を低減させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法。
【請求項２０】
Ｅｅｄの発現が、ゲノム改変により低減される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記ゲノム改変が、ＣＲＩＳＰＲである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２２】
Ｄｎｍｔｌ、Ｄｎｍｔ３ｌ、またはＤｎｍｔ３ｂの発現を低減させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法。
【請求項２３】
Ｄｎｍｔｌ、Ｄｎｍｔ３ｌ、またはＤｎｍｔ３ｂの発現が、ゲノム改変により低減される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記ゲノム改変が、ＣＲＩＳＰＲである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
ＦＧＦ経路のメンバーを変異させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法。
【請求項２６】
ＦＧＦＲ経路のメンバーを変異させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
ＦＧＦ経路のメンバーを変異させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法もまた本明細書に開示される。ＦＧＦＲ経路のメンバーを変異させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法が本明細書においてさらに開示される。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
試料中の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を検出する方法であって、試料についてメチル化配列を得ること、前記メチル化配列における少なくとも１つのＣｐＧアイランド（ＣＧＩ）を同定すること、前記同定されたＣｐＧアイランドについての一致してメチル化されたリードの比率（ＰＭＲ）を算出すること、および前記ＰＭＲを、正常組織またはエピブラストの対照バックグラウンドと比較することを含み、前記試料の前記ＰＭＲが、前記対照バックグラウンドより大きい場合、ｃｔＤＮＡの存在が、前記試料中で検出される、方法。
（項目２）
前記試料が、血漿、尿、糞便、経血、またはリンパ液を含む群から選択される、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記試料が無細胞ＤＮＡを含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
０．０１％〜１％のｃｔＤＮＡが、前記試料中で検出される、項目１に記載の方法。
（項目５）
０．０１％のｃｔＤＮＡが、前記試料中で検出される、項目１に記載の方法。
（項目６）
ｃｔＤＮＡの存在が、８０％より高い感度で、前記試料中で検出される、項目１に記載の方法。
（項目７）
ｃｔＤＮＡの存在が、７５％より高い特異度で、前記試料中で検出される、項目１に記載の方法。
（項目８）
ｃｔＤＮＡの存在が、１００％の感度および９５％の特異度で、前記試料中で検出される、項目１に記載の方法。
（項目９）
ｃｔＤＮＡの存在が、がんの存在を示す、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記試料が、がんと診断されたか、がんを患っているか、がんを発症するリスクがあるか、またはがんを有することが疑われる個体から得られている、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記がんが、膀胱尿路上皮癌、乳房浸潤癌、結腸腺癌、結腸直腸腺癌、食道癌、頭頸部扁平上皮癌、腎明細胞癌、腎乳頭細胞癌、肝細胞癌、肺腺癌、肺扁平上皮癌、前立腺腺癌、胃および食道の癌、甲状腺癌、子宮体子宮内膜癌、および慢性リンパ性白血病を含む群から選択される、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
ｃｔＤＮＡの存在が腫瘍の存在を示す、項目１に記載の方法。
（項目１３）
がんについてスクリーニングする方法であって、試料の一致してメチル化されたリードの比率（ＰＭＲ）を使用して、前記試料中のｃｔＤＮＡを検出することを含み、ｃｔＤＮＡの存在が、被験体ががんを有することを示す、方法。
（項目１４）
がんの処置を必要とする被験体を処置する方法であって、
ａ．試料の一致してメチル化されたリードの比率（ＰＭＲ）を使用して、前記試料中のｃｔＤＮＡを検出することであって、ｃｔＤＮＡの存在が、前記被験体ががんを有することを示す、検出すること；および
ｂ．がんについて前記被験体を処置すること
を含む、方法。
（項目１５）
がん処置に対する被験体の応答をモニターする方法であって、
ａ．被験体ががん処置を受ける前に得られた第１の試料の一致してメチル化されたリードの比率（ＰＭＲ）を使用して、前記第１の試料中のｃｔＤＮＡの量を検出すること；
ｂ．被験体ががん処置を受けた後に得られた第２の試料の一致してメチル化されたリードの比率（ＰＭＲ）を使用して、前記第２の試料中のｃｔＤＮＡの量を検出すること；ならびに
ｃ．前記第１の試料から得られたｃｔＤＮＡの前記量および前記第２の試料から得られたｃｔＤＮＡの前記量を比較すること
を含み、
ｄ．ｃｔＤＮＡの増加が、がん処置に対する被験体の陰性応答を示し、ｃｔＤＮＡの減少が、がん処置に対する被験体の陽性応答を示す、方法。
（項目１６）
被験体におけるがんの進行または改善をモニターする方法であって、前記方法は、一致してメチル化されたリードの比率を使用して前記被験体のｃｆＤＮＡからｃｔＤＮＡを同定することであって、ｃｔＤＮＡが存在する場合、前記被験体はがんを発症するリスクがある、こと、および経時的に前記ｃｆＤＮＡ中のｃｔＤＮＡの量をモニターすることであって、前記ｃｆＤＮＡ中のｃｔＤＮＡの前記量の変化が状態の進行または改善を示す、ことを含む、方法。
（項目１７）
被験体におけるがんを評価する方法であって、前記方法は、一致してメチル化されたリードの比率を使用して前記被験体のｃｆＤＮＡからｃｔＤＮＡの存在を同定することを含み、ｃｔＤＮＡが存在する場合、前記被験体はがんを有するか、またはがんを発症するリスクがある、方法。
（項目１８）
ＰＲＣ２の発現を低減させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法。
（項目１９）
Ｅｅｄの発現を低減させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法。
（項目２０）
Ｅｅｄの発現が、ゲノム改変により低減される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記ゲノム改変が、ＣＲＩＳＰＲである、項目２１に記載の方法。
（項目２２）
Ｄｎｍｔｌ、Ｄｎｍｔ３ｌ、またはＤｎｍｔ３ｂの発現を低減させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法。
（項目２３）
Ｄｎｍｔｌ、Ｄｎｍｔ３ｌ、またはＤｎｍｔ３ｂの発現が、ゲノム改変により低減される、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記ゲノム改変が、ＣＲＩＳＰＲである、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
ＦＧＦ経路のメンバーを変異させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法。
（項目２６）
ＦＧＦＲ経路のメンバーを変異させることを含む、ＣｐＧアイランドのメチル化を破壊する方法。