【手続補正書】
【提出日】令和3年8月5日(2021.8.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
固形担体に核酸プローブを固定する方法であって、
・末端アンカー鎖部分とキャプチャー部分とを含むように前記核酸プローブを提供することと、
・前記固形担体の表面上に前記核酸プローブを適用することと、
・ＵＶ光に暴露することにより前記固形担体に前記核酸プローブのアンカー鎖部分をアンカーすることと、を含み、
前記核酸プローブの末端アンカー鎖部分が、塩基タイプシトシン（Ｃ）の中間ヌクレオチドと任意選択的に塩基タイプグアニン（Ｇ）の１ヌクレオチドとを伴う塩基タイプＸのヌクレオチドのストレッチで構成されたＮ個のヌクレオチドの配列又はそれに対して少なくとも９０％の類似性を有する配列を含み、前記塩基タイプＸのヌクレオチドのストレッチが、互いに独立して１〜５ヌクレオチドを含み、Ｎが少なくとも１８であり、且つ各塩基タイプＸが、互いに独立して塩基タイプチミン（Ｔ）又は塩基タイプウラシル（Ｕ）を表し、
好ましくは、
前記核酸プローブの末端アンカー鎖部分が、塩基タイプシトシン（Ｃ）の中間ヌクレオチドを伴う塩基タイプＸのヌクレオチドのストレッチで構成されたＮ個のヌクレオチドの前記配列を含む、方法。
【請求項２】
前記Ｎ個のヌクレオチドの配列が、プリン核酸塩基を有するヌクレオチドを５％未満、たとえば、プリン核酸塩基を有するヌクレオチドを１又は０個含み、
好ましくは、
前記Ｎ個のヌクレオチドの配列が、ピリミジン核酸塩基を有するヌクレオチドを排他的に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記核酸プローブの末端アンカー鎖部分が、塩基タイプＣの中間ヌクレオチドを伴う塩基タイプＸの２〜５ヌクレオチドのストレッチで構成された少なくともＮ個のヌクレオチドの配列を含み、
Ｎが少なくとも２０、たとえば少なくとも２６、たとえば少なくとも３０、たとえば少なくとも３４、たとえば少なくとも３８、たとえば少なくとも４０である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記Ｎ個のヌクレオチドの配列が、式
（−（Ｘ）Ｙ−（Ｃ）Ｚ−）Ｍ
で示される塩基タイプのヌクレオチドの繰返しサブ配列を含み、
式中、Ｙは１〜５の整数であり、Ｚは１〜５の整数であり、Ｙ≧Ｚであり、且つＭは４〜２０の整数であり、
好ましくは、
Ｙが２〜５の整数であり、Ｚが１〜４の整数であり、Ｙ＞Ｚであり、且つＭが４〜２０の整数である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
Ｚ＝１もしくは２であり、
Ｙ＝２且つＭ≧１０、たとえばＭ≧１２、たとえばＭ≧１４であるか、
又は
Ｙ＝３且つＭ≧６、たとえばＭ≧８、たとえばＭ≧１０であるか、
又は
Ｙ＝４且つＭ≧４、たとえばＭ≧６、たとえばＭ≧８である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記Ｎ個のヌクレオチドの配列が、式
（−（Ｘ）Ｙ２−（Ｃ）Ｚ−（Ｘ）Ｙ２−）Ｍ
で示される塩基タイプのヌクレオチドの繰返しサブ配列を含み、
式中、Ｙ２は１〜４の整数であり、Ｚは１〜４の整数であり、且つＭは４〜２０の整数であり、
好ましくは、
Ｙ２が２〜３の整数であり、且つＺが１〜３の整数である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
Ｙ２≧Ｚ、好ましくは、
Ｙ２＝２且つＭ≧１０、たとえばＭ≧１２、たとえばＭ≧１４であるか
又は
Ｙ２＝３且つＭ≧４、たとえばＭ≧６、たとえばＭ≧８である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記キャプチャー部分が、プライマー、及び／又はハイブリダイゼーション鎖部分を含み、
前記ハイブリダイゼーション鎖部分が、標的核酸プローブの相補的領域にハイブリダイズするように適合化された及び／又はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）アッセイを実施するように適合化されたヌクレオチドの配列などのヌクレオチドの配列を含み、
好ましくは、
前記キャプチャー部分が、約４〜約１００ヌクレオチド、たとえば約２０〜約３０ヌクレオチドを有するヌクレオチド鎖を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記核酸プローブがスポッティングにより前記固形担体の表面上に堆積され、好ましくは、前記スポッティングが、前記固形担体の表面上に溶媒中の前記核酸プローブをスポットすることを含み、たとえば、前記固形担体が、ポリスチレン（ＰＳ）、環状オレフィンコポリマー（ＣＯＣ）、ポリカーボネート（ＰＣ）、ポリメチルメタクリレート（ＰＭＭＡ）、又は上述したポリマーの１つ以上を含む混合物を含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記固形担体がポリスチレン（ＰＳ）を含むか又はポリスチレン（ＰＳ）であり、好ましくは、前記固形担体の少なくとも表面はＰＳ表面、好ましくは非発泡基材である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記固形担体表面が、アミン基、メチレン基、チオール基、エポキシ基、ジアゾ基、又はアミド基の１つ以上を本質的に含まない、好ましくは、前記担体表面が、アミン基、メチレン基、チオール基、エポキシ基、ジアゾ基、又はアミド基のすべてを本質的に含まない、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記固形担体が、チャネルを画定するチャネル表面を備えたチャネルを含むカートリッジの少なくとも一部であり、前記固形基材の表面が、前記チャネル表面の少なくとも一部を形成し、
前記チャネルが反応セクションを含み、前記方法が、前記チャネルの反応セクション内の表面に前記核酸プローブを固定することを含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記反応セクションが少なくとも１つの光学エレメントを含み、
好ましくは、
前記光学エレメントがレンズ構造及び／又は超臨界角蛍光構造体（ＳＡＦ構造体）を含み、前記ＳＡＦ構造体が好ましくはトップ表面を有し、且つ前記方法が、前記トップ表面に前記核酸プローブを固定することを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記光学エレメントが、切頭体角α、トップ表面、トップ直径Ｄ、及び高さｈを有する円錐状切頭体形状を有するＳＡＦ構造体であり、好ましくは、前記切頭体角αが、約３０°〜約７０°であり、約１．１以下のトップ直径対高さのアスペクト比Ｄ／ｈを有し、前記少なくとも１つのＳＡＦ構造体がトップ表面凹部を有する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記核酸のアンカー鎖部分が、約２５０ｎｍ〜５００ｎｍの範囲内の波長を含む、好ましくは約２５４ｎｍ、約２６５ｎｍ、及び／又は約３６５ｎｍの少なくとも１つの波長を含むＵＶ光に暴露することにより前記固形担体にアンカーされ、
好ましくは、
前記核酸のアンカー鎖部分が、約０．２ジュール／ｃｍ２〜約１５ジュール／ｃｍ２のエネルギー量を用いてＵＶ光に暴露することにより前記固形担体にアンカーされる、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
固形担体に固定するのに好適な核酸プローブであって、前記核酸プローブが末端アンカー鎖部分とキャプチャー部分とを含み、前記核酸プローブの末端アンカー鎖部分が、塩基タイプシトシン（Ｃ）の中間ヌクレオチドを伴う塩基タイプＸのヌクレオチドのストレッチで構成されたＮ個のヌクレオチドの配列又はそれに対して少なくとも９０％の類似性を有する配列を含み、前記塩基タイプＸのヌクレオチドのストレッチが互いに独立して２〜５ヌクレオチドを含み、Ｎが少なくとも１８であり、且つ各塩基タイプＸが互いに独立して塩基タイプチミン（Ｔ）又は塩基タイプウラシル（Ｕ）を表し、
好ましくは、
前記核酸プローブの末端アンカー鎖部分が、塩基タイプシトシン（Ｃ）の中間ヌクレオチドを伴う塩基タイプＸのヌクレオチドのストレッチで構成されたＮ個のヌクレオチドの前記配列を含む、核酸プローブ。
【請求項１７】
前記Ｎ個のヌクレオチドの配列が、式
（−（Ｘ）Ｙ−（Ｃ）Ｚ−）Ｍ
で示される塩基タイプのヌクレオチドの繰返しサブ配列を含み、
式中、Ｙは１〜５の整数であり、Ｚは１〜５の整数であり、Ｙ≧Ｚであり、且つＭは４〜２０の整数であり、
好ましくは、
Ｙ＝２且つＭ≧１０、たとえばＭ≧１２、たとえばＭ≧１４であるか、
又は
Ｙ＝３且つＭ≧６、たとえばＭ≧８、たとえばＭ≧１０であるか、
又は
Ｙ＝４且つＭ≧４、たとえばＭ≧６、たとえばＭ≧８である、請求項１６に記載の核酸プローブ。
【請求項１８】
前記Ｎ個のヌクレオチドの配列が、式
（−（Ｘ）Ｙ２−（Ｃ）Ｚ−（Ｘ）Ｙ２−）Ｍ
で示される塩基タイプのヌクレオチドの繰返しサブ配列を含み、
式中、Ｙ２は１〜４の整数であり、Ｚは１〜４の整数であり、且つＭは４〜２０の整数であり、
好ましくは、
Ｙ２≧Ｚであり、
Ｙ２＝２且つＭ≧１０、たとえばＭ≧１２、たとえばＭ≧１４
又は
Ｙ２＝３且つＭ≧４、たとえばＭ＞＝６、たとえばＭ≧８である、請求項１６に記載の核酸プローブ。