【手続補正書】
【提出日】令和3年6月2日(2021.6.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的核酸を含む細胞中の１つまたは複数の核酸の存在を決定するための方法であって、
細胞中の１つまたは複数の核酸と標的核酸との間で近接接合を生成するステップであって、前記細胞が、混合細胞集団を含む試料中に存在する、ステップ；
前記１つまたは複数の核酸と前記標的核酸との間での前記近接接合を捕捉するステップであって、前記近接接合を、前記標的核酸に対して相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることを含み、必要に応じて前記標的核酸に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、固体基材に結合される、ステップ；および
前記標的核酸に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズした前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を分析するステップであって、それによって、前記標的核酸を含む前記細胞中の前記１つまたは複数の核酸の存在を決定する、ステップ
を含む、方法。
【請求項２】
１つまたは複数の核酸と前記標的核酸との間での前記近接接合の生成が、
（ｉ）前記細胞を含む前記試料を、架橋剤と共にインキュベートするステップであって、前記架橋剤が、前記細胞中においてタンパク質および前記１つまたは複数の核酸を前記標的核酸と架橋させ、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記標的核酸との間で複合体を生成し、必要に応じて前記架橋剤がホルムアルデヒドを含む、ステップ；
（ｉｉ）前記細胞を、１つまたは複数のアニオン性界面活性剤および１つまたは複数の非イオン性界面活性剤の組合せを含む溶解緩衝液中で溶解させるステップ；
（ｉｉｉ）前記１つまたは複数の核酸と前記標的核酸との間での前記複合体内の核酸を消化するステップであって、それによって、遊離核酸末端を生成し、必要に応じてエンドヌクレアーゼにより実施され、必要に応じて前記エンドヌクレアーゼが、制限エンドヌクレアーゼ、ＤＮａｓｅまたはＭＮａｓｅである、ステップ；
（ｉｖ）消化された核酸をライゲーションするステップ；ならびに
（ｖ）架橋されたタンパク質から、１つまたは複数の近接接合を放出させるステップであって、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記標的核酸との間で前記近接接合を生成し、必要に応じて前記架橋されたタンパク質を、プロテアーゼ、熱またはそれらの組合せから選択される作用因子で処理することによって、架橋を逆転させること、または前記複合体を断片化することを含む、ステップ
を含み、必要に応じて前記複合体を架橋クエンチャーと共にインキュベートするステップをさらに含み、必要に応じて前記架橋クエンチャーがグリシンである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記標的核酸に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、５’末端に付着した部分をさらに含み、必要に応じて前記部分がビオチンである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記固体基材が、ビーズ、マルチウェルプレート中のウェル、またはスライドの表面から選択され、必要に応じて前記ビーズが磁性ビーズである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記遊離核酸末端を、ステップ（ｖ）の前にビオチンで標識するステップをさらに含み、それによって、ステップ（ｖ）後に生成される前記近接接合が、ビオチン標識され、必要に応じてビオチン標識された前記近接接合が、前記近接接合を捕捉するステップの前に、精製ステップに供され、前記精製ステップが、ビオチンを、固体基材に付着したアビジンまたはストレプトアビジンと結合させることを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記捕捉するステップが、前記標的核酸を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記標的核酸に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）試薬を添加することによって、ＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、１つまたは複数のさらなる標的核酸に対して相補的な配列を含み、必要に応じて前記オリゴヌクレオチド、およびプライマーの前記セット中の各プライマーが、次世代配列決定（ＮＧＳ）システムと適合性を有するアダプター配列をさらに含み、前記分析するステップが、前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を配列決定することを含む、
または
前記捕捉するステップが、前記標的核酸を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記標的核酸に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびＰＣＲ試薬を添加することによってＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、ランダム配列を含み、必要に応じて前記オリゴヌクレオチド、およびプライマーの前記セット中の各プライマーが、次世代配列決定（ＮＧＳ）システムと適合性を有するアダプター配列をさらに含み、前記分析するステップが、前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を配列決定することを含む、
または
前記分析するステップが、前記近接接合中に存在する前記１つまたは複数の核酸を標識することを含み、必要に応じて前記標識された１つまたは複数の核酸が、マイクロアレイにハイブリダイズされる、
または
前記標的核酸が、抗生物質耐性遺伝子である、もしくは前記混合細胞集団を含む前記試料が、個体における感染の部位に由来する、もしくは前記混合細胞集団を含む前記試料が、農業的試料に由来し、必要に応じて前記農業的試料が、ウシルーメンまたは厩肥であり、必要に応じて前記標的核酸および／もしくは前記１つまたは複数の核酸の各々が、プラスミド、ウイルスまたはゲノムＤＮＡ中に存在する、
または
前記標的核酸が、癌遺伝子または腫瘍抑制遺伝子であり、必要に応じて前記混合集団を含む前記試料が、腫瘍試料である、
請求項１に記載の方法。
【請求項７】
抗生物質耐性遺伝子と関連する１つまたは複数の核酸を検出するための方法であって、
細胞中の１つまたは複数の核酸と抗生物質耐性遺伝子との間で近接接合を生成するステップであって、前記細胞が、混合細胞集団を含む試料中に存在する、ステップ；
前記１つまたは複数の核酸と前記抗生物質耐性遺伝子との間での前記近接接合を捕捉するステップであって、前記近接接合を、前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることを含む、ステップ；および
前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズした前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を分析するステップであって、それによって、前記抗生物質耐性遺伝子を含む前記細胞中の前記１つまたは複数の核酸の存在を決定する、ステップ
を含み、必要に応じて前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、５’末端に付着した部分をさらに含み、必要に応じて前記部分がビオチンである、
または
必要に応じて前記分析するステップが、前記近接接合中に存在する前記１つまたは複数の核酸を標識することを含み、必要に応じて標識された１つまたは複数の核酸が、マイクロアレイにハイブリダイズされる、
または
必要に応じて前記抗生物質耐性遺伝子が、プラスミドまたは前記細胞のゲノム中に存在する、
または
必要に応じて前記１つまたは複数の核酸の各々が、プラスミドまたは前記細胞のゲノム中に存在する、
または
必要に応じて前記試料が、個体における感染の部位に由来する、
または
必要に応じて前記試料が、農業的試料に由来し、必要に応じて前記農業的試料が、ウシルーメンまたは厩肥である、方法。
【請求項８】
１つまたは複数の核酸と前記抗生物質耐性遺伝子との間での前記近接接合の生成が、
ｉ）前記細胞を含む前記試料を、架橋剤と共にインキュベートするステップであって、前記架橋剤が、前記細胞中においてタンパク質および前記１つまたは複数の核酸を前記抗生物質耐性遺伝子と架橋させ、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記抗生物質耐性遺伝子との間で複合体を生成し、必要に応じて前記架橋試薬が、ホルムアルデヒドを含む、ステップ；
ｉｉ）前記細胞を、１つまたは複数のアニオン性界面活性剤および１つまたは複数の非イオン性界面活性剤の組合せを含む溶解緩衝液中で溶解させるステップ；
ｉｉｉ）前記１つまたは複数の核酸と癌遺伝子との間での前記複合体内の核酸を消化するステップであって、それによって、遊離核酸末端を生成し、必要に応じてエンドヌクレアーゼにより実施され、必要に応じて前記エンドヌクレアーゼが、制限エンドヌクレアーゼ、ＤＮａｓｅまたはＭＮａｓｅである、ステップ；
ｉｖ）消化された核酸をライゲーションするステップ；ならびに
ｖ）架橋されたタンパク質から、１つまたは複数の近接接合を放出させるステップであって、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記抗生物質耐性遺伝子との間で前記近接接合を生成し、必要に応じて前記架橋されたタンパク質を、プロテアーゼ、熱またはそれらの組合せから選択される作用因子で処理することによって、架橋を逆転させること、または前記複合体を断片化することを含む、ステップ
を含み、
必要に応じて
前記遊離核酸末端を、ステップｖ）の前にビオチンで標識するステップをさらに含み、それによって、ステップｖ）後に生成される前記近接接合が、ビオチン標識され、必要に応じてビオチン標識された前記近接接合が、前記近接接合を捕捉するステップの前に、精製ステップに供され、前記精製ステップが、ビオチンを、固体基材に付着したアビジンまたはストレプトアビジンと結合させることを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記複合体を架橋クエンチャーと共にインキュベートするステップをさらに含み、必要に応じて前記架橋クエンチャーがグリシンである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、固体基材に結合され、必要に応じて前記固体基材が、ビーズ、マルチウェルプレート中のウェル、またはスライドの表面から選択され、必要に応じて前記ビーズが磁性ビーズである、請求項７から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記捕捉するステップが、前記抗生物質耐性遺伝子を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）試薬を添加することによって、ＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、１つまたは複数のさらなる標的核酸に対して相補的な配列を含み、必要に応じて前記オリゴヌクレオチド、およびプライマーの前記セット中の各プライマーが、次世代配列決定（ＮＧＳ）システムと適合性を有するアダプター配列をさらに含む、
または
前記捕捉するステップが、前記抗生物質耐性遺伝子を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびＰＣＲ試薬を添加することによってＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、ランダム配列を含み、必要に応じて前記オリゴヌクレオチド、およびプライマーの前記セット中の各プライマーが、次世代配列決定（ＮＧＳ）システムと適合性を有するアダプター配列をさらに含み、前記分析するステップが、前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を配列決定することを含む、
請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
癌遺伝子または腫瘍抑制遺伝子と関連する１つまたは複数の核酸を検出するための方法であって、
細胞中の１つまたは複数の核酸と癌遺伝子または腫瘍抑制遺伝子との間で近接接合を生成するステップであって、前記細胞が、個体に由来する混合細胞集団を含む試料中に存在する、ステップ；
前記１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子との間での前記近接接合を捕捉するステップであって、前記近接接合を、前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子に対して相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることを含む、ステップ；および
前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズした前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を分析するステップであって、それによって、前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子を含む前記細胞中の前記１つまたは複数の核酸の存在を決定し、必要に応じて前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、５’末端に付着した部分をさらに含み、必要に応じて前記部分がビオチンである、または
必要に応じて前記分析するステップが、前記近接接合中に存在する前記１つまたは複数の核酸を標識することを含み、必要に応じて標識された１つまたは複数の核酸が、マイクロアレイにハイブリダイズされる、ステップ
を含み、
または
前記混合集団を含む前記試料が、腫瘍試料である、方法。
【請求項１３】
１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子との間での前記近接接合の生成が、
ｉ）前記試料を、架橋剤と共にインキュベートするステップであって、前記架橋剤が、前記細胞中においてタンパク質および前記１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子とを架橋させ、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子との間で複合体を生成し、必要に応じて前記架橋試薬が、ホルムアルデヒドを含む、ステップ；
ｉｉ）前記細胞を、１つまたは複数のアニオン性界面活性剤および１つまたは複数の非イオン性界面活性剤の組合せを含む溶解緩衝液中で溶解させるステップ；
ｉｉｉ）前記１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子との間での前記複合体内の核酸を消化するステップであって、それによって、遊離核酸末端を生成し、必要に応じてエンドヌクレアーゼにより実施され、必要に応じて前記エンドヌクレアーゼが、制限エンドヌクレアーゼ、ＤＮａｓｅまたはＭＮａｓｅである、ステップ；
ｉｖ）消化された核酸をライゲーションするステップ；ならびに
ｖ）架橋されたタンパク質から、１つまたは複数の近接接合を放出させるステップであって、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子との間で前記近接接合を生成する、ステップ
を含み、必要に応じて前記放出させるステップが、前記架橋されたタンパク質を、プロテアーゼまたは熱から選択される作用因子で処理することによって、架橋を逆転させることを含む、または前記複合体を断片化することを含み、
必要に応じて前記複合体を架橋クエンチャーと共にインキュベートするステップをさらに含み、必要に応じて前記架橋クエンチャーがグリシンである、
または必要に応じて前記遊離核酸末端を、ステップｖ）の前にビオチンで標識するステップをさらに含み、それによって、ステップｖ）後に生成される前記近接接合が、ビオチン標識され、必要に応じてビオチン標識された前記近接接合が、前記近接接合を捕捉するステップの前に、精製ステップに供され、前記精製ステップが、ビオチンを、固体基材に付着したアビジンまたはストレプトアビジンと結合させることを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、固体基材に結合され、
必要に応じて前記固体基材が、ビーズ、マルチウェルプレート中のウェル、またはスライドの表面から選択され、必要に応じて前記ビーズが磁性ビーズである、請求項１２から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記捕捉するステップが、前記癌遺伝子を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記癌遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）試薬を添加することによって、ＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、１つまたは複数のさらなる標的核酸に対して相補的な配列を含み、必要に応じて前記オリゴヌクレオチド、およびプライマーの前記セット中の各プライマーが、次世代配列決定（ＮＧＳ）システムと適合性を有するアダプター配列をさらに含み、前記分析するステップが、前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を配列決定することを含む、
または
前記捕捉するステップが、前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびＰＣＲ試薬を添加することによってＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、ランダム配列を含み、必要に応じて前記オリゴヌクレオチド、およびプライマーの前記セット中の各プライマーが、次世代配列決定（ＮＧＳ）システムと適合性を有するアダプター配列をさらに含み、前記分析するステップが、前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を配列決定することを含む、請求項１２に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７６】
これらおよび他の変化は、上に詳述した説明に照らして、実施形態に対してなされ得る。一般に、以下の特許請求の範囲において、使用される用語は、本明細書および特許請求の範囲に開示される具体的な実施形態に特許請求の範囲を限定すると解釈すべきではないが、そのような特許請求の範囲が権利を有する等価物の全範囲と共に、全ての可能な実施形態を含むと解釈すべきである。したがって、特許請求の範囲は、本開示によって限定されない。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
標的核酸を含む細胞中の１つまたは複数の核酸の存在を決定するための方法であって、
細胞中の１つまたは複数の核酸と標的核酸との間で近接接合を生成するステップであって、前記細胞が、混合細胞集団を含む試料中に存在する、ステップ；
前記１つまたは複数の核酸と前記標的核酸との間での前記近接接合を捕捉するステップであって、前記近接接合を、前記標的核酸に対して相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることを含む、ステップ；および
前記標的核酸に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズした前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を分析するステップであって、それによって、前記標的核酸を含む前記細胞中の前記１つまたは複数の核酸の存在を決定する、ステップ
を含む、方法。
（項目２）
１つまたは複数の核酸と前記標的核酸との間での前記近接接合の生成が、
ｉ．）前記細胞を含む前記試料を、架橋剤と共にインキュベートするステップであって、前記架橋剤が、前記細胞中においてタンパク質および前記１つまたは複数の核酸を前記標的核酸と架橋させ、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記標的核酸との間で複合体を生成する、ステップ；
ｉｉ．）前記細胞を、１つまたは複数のアニオン性界面活性剤および１つまたは複数の非イオン性界面活性剤の組合せを含む溶解緩衝液中で溶解させるステップ；
ｉｉｉ．）前記１つまたは複数の核酸と前記標的核酸との間での前記複合体内の核酸を消化するステップであって、それによって、遊離核酸末端を生成する、ステップ；
ｉｖ．）消化された核酸をライゲーションするステップ；ならびに
ｖ．）架橋されたタンパク質から、１つまたは複数の近接接合を放出させるステップであって、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記標的核酸との間で前記近接接合を生成する、ステップ
を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記架橋試薬が、ホルムアルデヒドを含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記複合体を架橋クエンチャーと共にインキュベートするステップをさらに含む、項目２に記載の方法。
（項目５）
前記架橋クエンチャーがグリシンである、項目４に記載の方法。
（項目６）
エンドヌクレアーゼが、制限エンドヌクレアーゼである、項目２に記載の方法。
（項目７）
エンドヌクレアーゼがＤＮａｓｅである、項目２に記載の方法。
（項目８）
エンドヌクレアーゼがＭＮａｓｅである、項目２に記載の方法。
（項目９）
前記放出させるステップが、前記架橋されたタンパク質を、プロテアーゼ、熱またはそれらの組合せから選択される作用因子で処理することによって、架橋を逆転させることを含む、項目２に記載の方法。
（項目１０）
前記放出させるステップが、前記複合体を断片化することを含む、項目２に記載の方法。
（項目１１）
前記標的核酸に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、５’末端に付着した部分をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記部分がビオチンである、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記標的核酸に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、固体基材に結合される、上記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
前記固体基材が、ビーズ、マルチウェルプレート中のウェル、またはスライドの表面から選択される、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記ビーズが磁性ビーズである、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記遊離核酸末端を、ステップｖ．）の前にビオチンで標識するステップをさらに含み、それによって、ステップｖ．）後に生成される前記近接接合が、ビオチン標識される、項目２に記載の方法。
（項目１７）
ビオチン標識された前記近接接合が、前記近接接合を捕捉するステップの前に、精製ステップに供され、前記精製ステップが、ビオチンを、固体基材に付着したアビジンまたはストレプトアビジンと結合させることを含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記捕捉するステップが、前記標的核酸を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記標的核酸に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）試薬を添加することによって、ＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、１つまたは複数のさらなる標的核酸に対して相補的な配列を含む、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記捕捉するステップが、前記標的核酸を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記標的核酸に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびＰＣＲ試薬を添加することによってＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、ランダム配列を含む、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記オリゴヌクレオチド、およびプライマーの前記セット中の各プライマーが、次世代配列決定（ＮＧＳ）システムと適合性を有するアダプター配列をさらに含む、項目１８または１９に記載の方法。
（項目２１）
前記分析するステップが、前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を配列決定することを含む、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記分析するステップが、前記近接接合中に存在する前記１つまたは複数の核酸を標識することを含む、項目１に記載の方法。
（項目２３）
標識された１つまたは複数の核酸が、マイクロアレイにハイブリダイズされる、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記標的核酸が、抗生物質耐性遺伝子である、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記混合細胞集団を含む前記試料が、個体における感染の部位に由来する、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記混合細胞集団を含む前記試料が、農業的試料に由来する、項目２４に記載の方法。
（項目２７）
前記農業的試料が、ウシルーメンまたは厩肥である、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記標的核酸が、プラスミド、ウイルスまたはゲノムＤＮＡ中に存在する、項目２４から２７のいずれかに記載の方法。
（項目２９）
前記１つまたは複数の核酸の各々が、プラスミド、ウイルスまたはゲノムＤＮＡ中に存在する、項目２４から２７のいずれかに記載の方法。
（項目３０）
前記標的核酸が、癌遺伝子または腫瘍抑制遺伝子である、項目１に記載の方法。
（項目３１）
前記混合集団を含む前記試料が、腫瘍試料である、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
抗生物質耐性遺伝子と関連する１つまたは複数の核酸を検出するための方法であって、
細胞中の１つまたは複数の核酸と抗生物質耐性遺伝子との間で近接接合を生成するステップであって、前記細胞が、混合細胞集団を含む試料中に存在する、ステップ；
前記１つまたは複数の核酸と前記抗生物質耐性遺伝子との間での前記近接接合を捕捉するステップであって、前記近接接合を、前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることを含む、ステップ；および
前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズした前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を分析するステップであって、それによって、前記抗生物質耐性遺伝子を含む前記細胞中の前記１つまたは複数の核酸の存在を決定する、ステップ
を含む、方法。
（項目３３）
１つまたは複数の核酸と前記抗生物質耐性遺伝子との間での前記近接接合の生成が、
ｉ．）前記細胞を含む前記試料を、架橋剤と共にインキュベートするステップであって、前記架橋剤が、前記細胞中においてタンパク質および前記１つまたは複数の核酸を前記抗生物質耐性遺伝子と架橋させ、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記抗生物質耐性遺伝子との間で複合体を生成する、ステップ；
ｉｉ．）前記細胞を、１つまたは複数のアニオン性界面活性剤および１つまたは複数の非イオン性界面活性剤の組合せを含む溶解緩衝液中で溶解させるステップ；
ｉｉｉ．）前記１つまたは複数の核酸と癌遺伝子との間での前記複合体内の核酸を消化するステップであって、それによって、遊離核酸末端を生成する、ステップ；
ｉｖ．）消化された核酸をライゲーションするステップ；ならびに
ｖ．）架橋されたタンパク質から、１つまたは複数の近接接合を放出させるステップであって、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記抗生物質耐性遺伝子との間で前記近接接合を生成する、ステップ
を含む、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記架橋試薬が、ホルムアルデヒドを含む、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記複合体を架橋クエンチャーと共にインキュベートするステップをさらに含む、項目３３に記載の方法。
（項目３６）
前記架橋クエンチャーがグリシンである、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
エンドヌクレアーゼが、制限エンドヌクレアーゼである、項目３３に記載の方法。
（項目３８）
エンドヌクレアーゼがＤＮａｓｅである、項目３３に記載の方法。
（項目３９）
エンドヌクレアーゼがＭＮａｓｅである、項目３３に記載の方法。
（項目４０）
前記放出させるステップが、前記架橋されたタンパク質を、プロテアーゼ、熱またはそれらの組合せから選択される作用因子で処理することによって、架橋を逆転させることを含む、項目３３に記載の方法。
（項目４１）
前記放出させるステップが、前記複合体を断片化することを含む、項目３３に記載の方法。
（項目４２）
前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、５’末端に付着した部分をさらに含む、項目３２に記載の方法。
（項目４３）
前記部分がビオチンである、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、固体基材に結合される、項目３２から４３のいずれかに記載の方法。
（項目４５）
前記固体基材が、ビーズ、マルチウェルプレート中のウェル、またはスライドの表面から選択される、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記ビーズが磁性ビーズである、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記遊離核酸末端を、ステップｖ．）の前にビオチンで標識するステップをさらに含み、それによって、ステップｖ．）後に生成される前記近接接合が、ビオチン標識される、項目３３に記載の方法。
（項目４８）
ビオチン標識された前記近接接合が、前記近接接合を捕捉するステップの前に、精製ステップに供され、前記精製ステップが、ビオチンを、固体基材に付着したアビジンまたはストレプトアビジンと結合させることを含む、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記捕捉するステップが、前記抗生物質耐性遺伝子を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）試薬を添加することによって、ＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、１つまたは複数のさらなる標的核酸に対して相補的な配列を含む、項目３２に記載の方法。
（項目５０）
前記捕捉するステップが、前記抗生物質耐性遺伝子を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびＰＣＲ試薬を添加することによってＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、ランダム配列を含む、項目３２に記載の方法。
（項目５１）
前記オリゴヌクレオチド、およびプライマーの前記セット中の各プライマーが、次世代配列決定（ＮＧＳ）システムと適合性を有するアダプター配列をさらに含む、項目４９または５０に記載の方法。
（項目５２）
前記分析するステップが、前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を配列決定することを含む、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記分析するステップが、前記近接接合中に存在する前記１つまたは複数の核酸を標識することを含む、項目３２に記載の方法。
（項目５４）
標識された１つまたは複数の核酸が、マイクロアレイにハイブリダイズされる、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記抗生物質耐性遺伝子が、プラスミドまたは前記細胞のゲノム中に存在する、項目３２に記載の方法。
（項目５６）
前記１つまたは複数の核酸の各々が、プラスミドまたは前記細胞のゲノム中に存在する、項目３２に記載の方法。
（項目５７）
前記試料が、個体における感染の部位に由来する、項目３２に記載の方法。
（項目５８）
前記試料が、農業的試料に由来する、項目３２に記載の方法。
（項目５９）
前記農業的試料が、ウシルーメンまたは厩肥である、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
癌遺伝子または腫瘍抑制遺伝子と関連する１つまたは複数の核酸を検出するための方法であって、
細胞中の１つまたは複数の核酸と癌遺伝子または腫瘍抑制遺伝子との間で近接接合を生成するステップであって、前記細胞が、個体に由来する混合細胞集団を含む試料中に存在する、ステップ；
前記１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子との間での前記近接接合を捕捉するステップであって、前記近接接合を、前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子に対して相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることを含む、ステップ；および
前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズした前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を分析するステップであって、それによって、前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子を含む前記細胞中の前記１つまたは複数の核酸の存在を決定する、ステップ
を含む、方法。
（項目６１）
１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子との間での前記近接接合の生成が、
ｉ．）前記試料を、架橋剤と共にインキュベートするステップであって、前記架橋剤が、前記細胞中においてタンパク質および前記１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子とを架橋させ、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子との間で複合体を生成する、ステップ；
ｉｉ．）前記細胞を、１つまたは複数のアニオン性界面活性剤および１つまたは複数の非イオン性界面活性剤の組合せを含む溶解緩衝液中で溶解させるステップ；
ｉｉｉ．）前記１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子との間での前記複合体内の核酸を消化するステップであって、それによって、遊離核酸末端を生成する、ステップ；
ｉｖ．）消化された核酸をライゲーションするステップ；ならびに
ｖ．）架橋されたタンパク質から、１つまたは複数の近接接合を放出させるステップであって、それによって、前記１つまたは複数の核酸と前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子との間で前記近接接合を生成する、ステップ
を含む、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記架橋試薬が、ホルムアルデヒドを含む、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
前記複合体を架橋クエンチャーと共にインキュベートするステップをさらに含む、項目６１に記載の方法。
（項目６４）
前記架橋クエンチャーがグリシンである、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
エンドヌクレアーゼが、制限エンドヌクレアーゼである、項目６１に記載の方法。
（項目６６）
エンドヌクレアーゼがＤＮａｓｅである、項目６１に記載の方法。
（項目６７）
エンドヌクレアーゼがＭＮａｓｅである、項目６１に記載の方法。
（項目６８）
前記放出させるステップが、前記架橋されたタンパク質を、プロテアーゼまたは熱から選択される作用因子で処理することによって、架橋を逆転させることを含む、項目６１に記載の方法。
（項目６９）
前記放出させるステップが、前記複合体を断片化することを含む、項目６１に記載の方法。
（項目７０）
抗生物質耐性遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、５’末端に付着した部分をさらに含む、項目６０に記載の方法。
（項目７１）
前記部分がビオチンである、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドが、固体基材に結合される、項目６０から７１のいずれかに記載の方法。
（項目７３）
前記固体基材が、ビーズ、マルチウェルプレート中のウェル、またはスライドの表面から選択される、項目７２に記載の方法。
（項目７４）
前記ビーズが磁性ビーズである、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記遊離核酸末端を、ステップｖ．）の前にビオチンで標識するステップをさらに含み、それによって、ステップｖ．）後に生成される前記近接接合が、ビオチン標識される、項目６１に記載の方法。
（項目７６）
ビオチン標識された前記近接接合が、前記近接接合を捕捉するステップの前に、精製ステップに供され、前記精製ステップが、ビオチンを、固体基材に付着したアビジンまたはストレプトアビジンと結合させることを含む、項目７５に記載の方法。
（項目７７）
前記捕捉するステップが、前記癌遺伝子を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記癌遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）試薬を添加することによって、ＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、１つまたは複数のさらなる標的核酸に対して相補的な配列を含む、項目６０に記載の方法。
（項目７８）
前記捕捉するステップが、前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子を富化することをさらに含み、前記富化することが、前記癌遺伝子または前記腫瘍抑制遺伝子に対して相補的な配列を含む前記オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした前記近接接合にプライマーのセットおよびＰＣＲ試薬を添加することによってＰＣＲを実施することを含み、プライマーの前記セット中の各プライマーが、ランダム配列を含む、項目６０に記載の方法。
（項目７９）
前記オリゴヌクレオチド、およびプライマーの前記セット中の各プライマーが、次世代配列決定（ＮＧＳ）システムと適合性を有するアダプター配列をさらに含む、項目７７または７８に記載の方法。
（項目８０）
前記分析するステップが、前記近接接合中の前記１つまたは複数の核酸を配列決定することを含む、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
前記分析するステップが、前記近接接合中に存在する前記１つまたは複数の核酸を標識することを含む、項目６０に記載の方法。
（項目８２）
標識された１つまたは複数の核酸が、マイクロアレイにハイブリダイズされる、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
前記混合集団を含む前記試料が、腫瘍試料である、項目６０に記載の方法。