【手続補正書】
【提出日】令和3年6月23日(2021.6.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３２】
参考文献
【化１】
2020524809.tif 000001
2020524809.tif 000002
2020524809.tif 000003
本件出願は、以下の態様の発明を提供する。
（態様１）
前立腺がんの腫瘍関連抗原(TAA)を同定する方法であって、a)前立腺がんを有する患者の群及び健康な患者の群を選択すること、b)該群内の患者由来の試料中の抗原に対する自己抗体のレベルをアッセイすること、c)該群内の該患者又は該前立腺がんを有する患者の群由来の該自己抗体のレベルと該健康な患者の群における該自己抗体のレベルを比較すること、d)該抗原に対する該自己抗体のレベルが該前立腺がんを有する患者の群と該健康な患者の群の間で統計学的に異なる場合、該抗原が前立腺がんのTAAであると決定することを含む、前記方法。
（態様２）
前記抗原が、表1に列挙されている遺伝子によってコードされる抗原である、態様1記載の方法。
（態様３）
前記TAAが、表2に列挙されている遺伝子によってコードされる、態様1又は2に記載の方法。
（態様４）
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、態様1から3までのいずれか一項記載の方法。
（態様５）
前記固体支持体がビーズである、態様4記載の方法。
（態様６）
前記ビーズがマイクロスフェアである、態様5記載の方法。
（態様７）
腫瘍関連抗原(TAA)を前立腺がんワクチン接種応答のマーカーとして同定する方法であって、a)前立腺がん抗原に対する免疫応答を誘導するために有効なワクチンを用いたワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者の群、及び該ワクチンを用いたワクチン接種を受けていない前立腺がんを有する患者の群を選択すること、b)該ワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者のそれぞれ由来の試料中の該抗原に対する自己抗体のレベルをアッセイすること、c)該ワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者のそれぞれにおける該抗原に対する該自己抗体のレベルと該ワクチン接種を受けていない前立腺がんを有する患者のそれぞれにおける該自己抗体のレベルを比較すること、並びにd)該抗原に対する該自己抗体のレベルが該ワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者の群と該ワクチン接種を受けていない前立腺がんを有する患者の群の間で統計学的に異なる場合、該抗原が前立腺がんワクチン接種応答のTAAマーカーであると決定することを含む、前記方法。
（態様８）
前記抗原が、表3に列挙されている遺伝子によってコードされる、態様7記載の方法。
（態様９）
前記前立腺がんのTAAマーカーが、表3に列挙されている遺伝子によってコードされる、態様7又は8に記載の方法。
（態様１０）
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、態様7から9までのいずれか一項記載の方法。
（態様１１）
前記固体支持体がビーズである、態様10記載の方法。
（態様１２）
前記ビーズがマイクロスフェアである、態様11記載の方法。
（態様１３）
前立腺がん患者を、PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種のために同定し、治療する方法であって、a)r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすること、c)該1つ以上の抗原のレベルを、PROSTVAC療法を受けていない前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、並びにd)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、該PROSTVAC療法、イピリムマブ、及び/又は前立腺抗原を用いた該ワクチン接種を施行することを含む、前記方法。
（態様１４）
前記1つ以上の抗原の数が、2を超える、態様13記載の方法。
（態様１５）
前記患者が、前記前立腺がんを有する患者の群におけるレベルと比較して、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルの低下をさらに有する、態様13又は14に記載の方法。
（態様１６）
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、態様13から15までのいずれか一項記載の方法。
（態様１７）
前記固体支持体がビーズである、態様16記載の方法。
（態様１８）
前記ビーズがマイクロスフェアである、態様17記載の方法。
（態様１９）
前立腺がん患者を、PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種のために同定し、治療する方法であって、a)r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすること、c)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びd)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、該PROSTVAC療法、イピリムマブ、及び/又は前立腺抗原を用いた該ワクチン接種を施行することを含む、前記方法。
（態様２０）
前記1つ以上の抗原の数が、2を超える、態様19記載の方法。
（態様２１）
前記患者が、前記前立腺がんを有する患者の群におけるレベルと比較して、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルの上昇をさらに有する、態様19又は20に記載の方法。
（態様２２）
前記アッセイすることが、前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、態様19から21までのいずれか一項記載の方法。
（態様２３）
前記固体支持体がビーズである、態様22記載の方法。
（態様２４）
前記ビーズがマイクロスフェアである、態様23記載の方法。
（態様２５）
PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者における療法の効果をモニタリングする方法であって、
a)前立腺がん患者由来の試料をアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、
b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及び
c)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、該PROSTVAC療法が有効であると決定すること
を含む、前記方法。
（態様２６）
PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者における療法の効果をモニタリングする方法であって、
a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、
b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及び
c)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、該療法が有効であると決定すること
を含む、前記方法。
（態様２７）
前記1つ以上の抗原の数が2を超える、態様25又は26に記載の方法。
（態様２８）
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、態様25から27までのいずれか一項記載の方法。
（態様２９）
前記固体支持体がビーズである、態様28記載の方法。
（態様３０）
前記ビーズがマイクロスフェアである、態様29記載の方法。
（態様３１）
PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者を同定し、治療する方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を施行することであって、該療法が、イピリムマブ投与、前立腺抗原によるワクチン接種、及びPROSTVAC療法のうちの1つ以上を含む、該施行することを含む、前記方法。
（態様３２）
前記1つ以上の抗原の数が、2を超える、態様31記載の方法。
（態様３３）
前記患者が、前記前立腺がんを有する患者の群におけるレベルと比較して、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルの低下をさらに有する、態様31又は32に記載の方法。
（態様３４）
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、態様31から33までのいずれか一項記載の方法。
（態様３５）
前記固体支持体がビーズである、態様34記載の方法。
（態様３６）
前記ビーズがマイクロスフェアである、態様35記載の方法。
（態様３７）
PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者を同定し、治療する方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、療法を施行することであって、該療法が、イピリムマブ投与、前立腺抗原によるワクチン接種、及びPROSTVAC療法のうちの1つ以上を含む、該施行することを含む、前記方法。
（態様３８）
前記1つ以上の抗原の数が、2を超える、態様37記載の方法。
（態様３９）
前記患者が、前記前立腺がんを有する患者の群におけるレベルと比較して、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルの上昇をさらに有する、態様37又は態様38に記載の方法。
（態様４０）
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、態様37から39までのいずれか一項記載の方法。
（態様４１）
前記固体支持体がビーズである、態様40記載の方法。
（態様４２）
前記ビーズがマイクロスフェアである、態様41記載の方法。
（態様４３）
PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVAC療法の効果をモニタリングする方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、該PROSTVAC療法が有効であると決定することを含む、前記方法。
（態様４４）
PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVAC療法の効果をモニタリングする方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、該PROSTVAC療法が有効であると決定することを含む、前記方法。
（態様４５）
前記1つ以上の抗原の数が、2を超える、態様43又は44に記載の方法。
（態様４６）
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、態様43から45までのいずれか一項記載の方法。
（態様４７）
前記固体支持体がビーズである、態様46記載の方法。
（態様４８）
前記ビーズがマイクロスフェアである、態様47記載の方法。
（態様４９）
PROSTVACを用いた治療を受けた患者の全生存を評価する方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Overall Survivalに関して正の値を有する表5に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、及びb)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較することを含む、前記方法。
（態様５０）
PROSTVACとイピリムマブの併用療法を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVACとイピリムマブの併用療法の効果をモニタリングする方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r-value Study.Dayについて正の値を有する表6に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、該PROSTVACとイピリムマブの併用療法が有効であると決定することを含む、前記方法。
（態様５１）
PROSTVACとイピリムマブの併用療法を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVACとイピリムマブの併用療法の効果をモニタリングする方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_prostvac_ipi_Best.Responseに関して正の値を有する表7に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、該PROSTVACとイピリムマブの併用療法が有効であると決定することを含む、前記方法。
（態様５２）
PROSTVAC及びイピリムマブを用いた治療を受けた患者の全生存を評価する方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_prostvac_ipi_Overall.Survivalに関して正の値を有する表8に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、及びb)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較することを含む、前記方法。
（態様５３）
PROSTVACとイピリムマブの併用療法を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者においてPROSTVACとイピリムマブの併用療法により生じる免疫関連有害事象をモニタリングする方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、ピアソンのrに関して正の値を有する表9に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、PROSTVACとイピリムマブの併用療法により生じる免疫関連有害事象のリスクがあると決定することを含む、前記方法。