【手続補正書】
【提出日】令和3年8月10日(2021.8.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３７６】
本明細書で使用される場合、全ての見出しは単に組織化のためのものであり、いかなる方法でも開示を制限することを意図するものではない。個々のセクションの内容は、全てのセクションに等しく適用され得る。
本発明の例示的な態様を以下に記載する。
＜１＞
細菌混合物を含む医薬組成物であって、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株が、表５に記載の操作的分類単位（ＯＴＵ）のいずれか１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、細菌混合物を含む医薬組成物。
＜２＞
細菌混合物を含む医薬組成物であって、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株が、表６に記載される属のいずれか１つの操作的分類単位（ＯＴＵ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、細菌混合物を含む医薬組成物。
＜３＞
前記細菌混合物中の前記少なくとも１種類の細菌株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列が、表５に記載のＯＴＵのいずれか１つ又は表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９８％超の同一性を有する、＜１＞又は＜２＞に記載の医薬組成物。
＜４＞
前記細菌混合物中の前記少なくとも１種類の細菌株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列が、表５に記載のＯＴＵのいずれか１つ又は表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９９％超の同一性を有する、＜１＞〜＜３＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５＞
前記細菌混合物中の前記少なくとも１種類の細菌株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列が、表５に記載のＯＴＵのいずれか１つ又は表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９９．５％超の同一性を有する、＜１＞〜＜４＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６＞
前記細菌混合物中の前記少なくとも１種類の細菌株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列が、表５に記載のＯＴＵのいずれか１つ又は表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列と同一である、＜１＞〜＜５＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜７＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、共生細菌株である、＜１＞〜＜６＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜８＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、１人又は複数人のヒトから得られる、＜１＞〜＜７＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜９＞
前記１人又は複数人のヒトが健康なヒトである、及び／又は、少なくとも１つの選択基準を満たす、＜８＞に記載の医薬組成物。
＜１０＞
前記少なくとも１種類の細菌株が１人のヒトから得られる、＜８＞又は＜９＞に記載の医薬組成物。
＜１１＞
前記少なくとも１種類の細菌株が複数人のヒトから得られる、＜８＞又は＜９＞に記載の医薬組成物。
＜１２＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前にその由来材料から単離及び／又は純化される、＜１＞〜＜１１＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜１３＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前に培養される、＜１＞〜＜１２＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜１４＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前に培養されない、＜１＞〜＜１２＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜１５＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前にその由来材料から単離及び／又は純化されない、＜１＞〜＜１１＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜１６＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前に培養されない、＜１５＞に記載の医薬組成物。
＜１７＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、実験用ストック又は細菌細胞バンクから取得される、＜１＞〜＜７＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜１８＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前にその由来材料から単離及び／又は純化される、＜１７＞に記載の医薬組成物。
＜１９＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前に培養される、＜１７＞又は＜１８＞に記載の医薬組成物。
＜２０＞
前記細菌混合物が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む細菌株を２種類以上含む、＜１＞〜＜１９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜２１＞
前記細菌混合物が約５種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２０＞に記載の医薬組成物。
＜２２＞
前記細菌混合物が約１０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２１＞に記載の医薬組成物。
＜２３＞
前記細菌混合物が約２０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２２＞に記載の医薬組成物。
＜２４＞
前記細菌混合物が約３０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２３＞に記載の医薬組成物。
＜２５＞
前記細菌混合物が約４０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２４＞に記載の医薬組成物。
＜２６＞
前記細菌混合物が約５０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２５＞に記載の医薬組成物。
＜２７＞
前記細菌混合物が２種類以上の細菌株を含み、前記細菌混合物中の各細菌株が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜２６＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜２８＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約５種類〜約１００種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜２６＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜２９＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約１０種類〜約７５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２８＞に記載の医薬組成物。
＜３０＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約１５種類〜約５０種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２９＞に記載の医薬組成物。
＜３１＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約２０種類〜約４５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３０＞に記載の医薬組成物。
＜３２＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約２５種類〜約４０種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３１＞に記載の医薬組成物。
＜３３＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約３０種類〜約３５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３２＞に記載の医薬組成物。
＜３４＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約５種類〜約１００種類の細菌株を含み、各細菌株が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜２１＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜３５＞
前記細菌混合物が、単一のドナーからの実質的に完全な糞便微生物叢調製物を含む、＜１＞〜＜２７＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜３６＞
前記細菌混合物が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む細菌株を２種類以上含む、＜１＞〜＜１９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜３７＞
前記細菌混合物が約５種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３６＞記載の医薬組成物。
＜３８＞
前記細菌混合物が約１０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３７＞記載の医薬組成物。
＜３９＞
前記細菌混合物が約２０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３８＞記載の医薬組成物。
＜４０＞
前記細菌混合物が約３０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３９＞記載の医薬組成物。
＜４１＞
前記細菌混合物が約４０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４０＞記載の医薬組成物。
＜４２＞
前記細菌混合物が約５０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４１＞記載の医薬組成物。
＜４３＞
前記細菌混合物が２種類以上の細菌株を含み、前記細菌混合物中の各細菌株が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜１９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜４４＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約５種類〜約１００種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜１９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜４５＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約１０種類〜約７５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４４＞に記載の医薬組成物。
＜４６＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約１５種類〜約５０種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４５＞に記載の医薬組成物。
＜４７＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約２０種類〜約４５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４６＞に記載の医薬組成物。
＜４８＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約２５種類〜約４０種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４７＞に記載の医薬組成物。
＜４９＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約３０種類〜約３５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４８＞に記載の医薬組成物。
＜５０＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約５種類〜約１００種類の細菌株を含み、各細菌株が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜１９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５１＞
前記細菌混合物が、単一のドナーからの実質的に完全な糞便微生物叢調製物を含む、＜３６＞〜＜４３＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５２＞
少なくとも１種類の細菌株が、血流感染（ＢＳＩ）を発症した対象の糞便中の当該細菌株の量と比較して、ＢＳＩを発症しなかった対象の糞便中の当該細菌株の量が多量であるために前記細菌混合物に含まれる、＜１＞〜＜５１＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５３＞
少なくとも１種類の細菌株が、血流感染（ＢＳＩ）を発症した化学療法を受けている対象の糞便中の当該細菌株の量と比較して、ＢＳＩを発症しなかった化学療法を受けている対象の糞便中の当該細菌株の量が多量であるために前記細菌混合物に含まれる、＜１＞〜＜５１＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５４＞
前記多量が２倍以上である、＜５３＞に記載の医薬組成物。
＜５５＞
少なくとも１種類の細菌株が、グラム陰性菌により生じる血流感染（ＢＳＩ）を発症した対象の糞便中の当該細菌株の量と比較して、グラム陰性菌により生じるＢＳＩを発症しなかった対象の糞便中の当該細菌株の量が多量であるために前記細菌混合物に含まれる、＜１＞〜＜５１＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５６＞
少なくとも１種類の細菌株が、当該細菌株が、分泌産物の産生を通じて病原性細菌を直接阻害することにより、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）を活性化することにより、結腸上皮粘液の肥厚を誘発することにより、ＩｇＡ産生の増加を誘導することにより、抗菌ペプチド産生の増加を誘導することにより、改善されたタイトジャンクションの完全性（ｉｎｔｅｇｒｉｔｙ）を誘導することにより、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生することにより、ＳＣＦＡの産生を強化することにより、結腸細胞の健康を維持することにより、ＩｇＡ産生を誘導することにより、腸内の酪酸レベルを増加させることにより、一酸化窒素合成酵素活性を阻害することにより、及び／又は腸内における宿主由来の硝酸塩濃度を下げることにより、腸管バリアの維持及び／又は修復を助ける能力を有するために前記細菌混合物に含まれる、＜１＞〜＜５５＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５７＞
複数の細菌株が、当該細菌株が、分泌産物の産生を通じて病原性細菌を直接阻害することにより、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）を活性化することにより、結腸上皮粘液の肥厚を誘導することにより、ＩｇＡ産生の増加を誘導することにより、抗菌ペプチド産生の増加を誘導することにより、改善されたタイトジャンクションの完全性を誘導することにより、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を産生することにより、ＳＣＦＡの産生を強化することにより、結腸細胞の健康を維持することにより、ＩｇＡ産生を誘導することにより、腸内の酪酸レベルを増加させることにより、一酸化窒素合成酵素活性を阻害することにより、及び／又は腸内における宿主由来の硝酸塩濃度を下げることにより、腸管バリアの維持及び／又は修復を助ける能力があるために前記細菌混合物に含まれる、＜５６＞に記載の医薬組成物。
＜５８＞
ＴＬＲを活性化すると、抗菌ペプチドの産生が調節される、＜５６＞又は＜５７＞に記載の医薬組成物。
＜５９＞
前記病原性細菌は抗生物質耐性菌（ＡＲＢ）である、＜５６＞〜＜５８＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６０＞
医薬的に許容される添加剤をさらに含む、＜１＞〜＜５９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６１＞
前記医薬組成物は、経口投与用及び／又は前記細菌混合物の腸への送達用に製剤化される、＜１＞〜＜６０＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６２＞
前記腸が小腸又は大腸を含む、＜６１＞に記載の医薬組成物。
＜６３＞
前記腸が小腸及び大腸を含む、＜６２＞に記載の医薬組成物。
＜６４＞
前記腸が大腸を含む、＜６２＞に記載の医薬組成物。
＜６５＞
前記大腸が盲腸を含む、＜６２＞〜＜６４＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６６＞
送達が、直腸より前で実質的に完了する、＜６１＞〜＜６５＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６７＞
前記医薬組成物がカプセルとして製剤化される、＜６１＞〜＜６６＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６８＞
前記カプセルが遅延放出コーティングを含む、＜６７＞に記載の医薬組成物。
＜６９＞
前記細菌混合物中の前記細菌株のうち複数種類が、生きている栄養細胞、及び／又は凍結乾燥細胞である、＜１＞〜＜６８＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜７０＞
前記細菌混合物中の前記細菌株のうち複数種類が胞子である、＜１＞〜＜６９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜７１＞
前記細菌混合物中の前記細菌株のうち複数種類が非病原性細菌である、＜１＞〜＜７０＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜７２＞
前記細菌混合物中の各細菌株が非病原性細菌である、＜１＞〜＜７１＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜７３＞
前記医薬組成物は、対象における健康な腸バリアを維持及び／又は回復することができる、＜１＞〜＜７２＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜７４＞
前記対象がヒトである、＜７３＞に記載の医薬組成物。
＜７５＞
前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるバルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｃｅａｅ）科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含み、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるＳ２４−７科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含み、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるＭｏｇｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含み、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるクリステンセネラ（Ｃｈｒｉｓｓｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含み、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるラクノスピラ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含み、及び／又は前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜７４＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜７６＞
前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるバルネシエラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｃｅａｅ）科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含み、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるＳ２４−７科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含み、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるＭｏｇｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含み、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるクリステンセネラ（Ｃｈｒｉｓｓｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含み、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるラクノスピラ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含み、及び前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株は、表５又は表６に記載されるルミノコッカス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）科由来のＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜７５＞に記載の医薬組成物。
＜７７＞
有効量の＜１＞〜＜７６＞のいずれか一項に記載の医薬組成物を、投与を必要とする対象に投与することを含む、１種類又は複数種類の病原性細菌が腸バリアを越えて移動するのを防ぐ方法。
＜７８＞
前記１種類又は複数種類の病原性細菌は、まだ腸バリアを越えて移動して対象の血流に入ることはしていない、＜７７＞に記載の方法。
＜７９＞
前記１種類又は複数種類の病原性細菌は、腸バリアを越えて移動して対象の血流に既に入っている、＜７７＞に記載の方法。
＜８０＞
有効量の前記医薬組成物の投与は、腸バリアを超える前記１種類又は複数種類の病原性細菌のさらなる移動及び対象の血流への進入を防ぐ、＜７９＞に記載の方法。
＜８１＞
前記１種類又は複数種類の病原性細菌による血流への進入は、血流感染（ＢＳＩ）、カテーテル又は血管内ライン感染、肝障害、例えば血液透析に関連した慢性炎症、慢性炎症性疾患、化学療法による細胞毒性、凝固亢進、腸から離れた部位での感染、例えば潰瘍性大腸炎やクローン病などの炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、例えばＩＩ型糖尿病を含むインスリン抵抗性などの代謝性疾患、その他の公知の抗生物質耐性感染、関節リウマチ、例えば抗生物質耐性尿路感染及びカテーテル関連尿路感染などの尿路感染（ＵＴＩ）、及び創傷感染から選択される疾患を引き起こす、＜７７＞〜＜８０＞のいずれか一項に記載の方法。
＜８２＞
前記１種類又は複数種類の病原性細菌は、エロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）などのバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）、クロストリディオイデス・ディフィシル（Ｃ．  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、カンピロバクター・フェタス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｅｔｕｓ）及びカンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ）などのカンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、クラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）、クラミドフィラ属（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ）、クロストリジウム・ボツリヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、及びクロストリジウム・パーフリンジェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）などのクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、カルバペネム耐性腸内細菌（Ｃａｒｂａｐｅｎｅｍ−ｒｅｓｉｓｔｅｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＣＲＥ）フルオロキノロン耐性腸内細菌（ｆｌｕｏｒｏｑｕｉｎｏｌｏｎｅ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、及び基質特異性拡張型βラクタマーゼ産生腸内細菌（Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍ  Ｂｅｔａ−Ｌａｃｔａｍａｓｅ  ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＥＳＢＬ−Ｅ）などの腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、バンコマイシン耐性腸球属菌（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、基質特異性拡張型βラクタマーゼ耐性腸球菌（ｅｘｔｅｎｄｅｄ  ｓｐｅｃｔｒｕｍ  ｂｅｔａ−ｌａｃｔａｍ  ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ、ＥＳＢＬ）、及びバンコマイシン耐性腸球菌（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ、ＶＲＥ）などの腸球菌属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸管凝集性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏａｇｇｒｅｇａｔｉｖｅ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、腸管出血性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｈｅｍｏｒｒｈａｇｉｃ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、腸管侵入性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｉｎｖａｓｉｖｅ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、腸管病原性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ  Ｅ．  ｃｏｌｉ）、毒素原性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｇｅｎｉｃ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（限定されるものではないがＬＴ及び／又はＳＴなど））、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７：Ｈ７）、及び多剤耐性大腸菌などのエシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）、ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈ��ｌｕｓ）、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ）などのヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、クレブシエラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）及び多剤耐性クレブシエラ菌などのクレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、レジオネラ属（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｙｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）などのリステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）、モルガネラ属（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ）、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、マイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、オリエンティア属（Ｏｒｉｅｎｔｉａ）、プレシオモナス・シゲロイデス（Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ  ｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ）、抗生物質耐性プロテオバクテリア属（Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、パラチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｐａｒａｔｙｐｈｉ）、サルモネラ属菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、及びチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ）などのサルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ）などのシゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）及びスタフィロコッカス属菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）などのスタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ）、腸炎ビブリオ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ビブリオ属菌（Ｖｉｂｒｉｏ  ｓｐｐ．）、及びビブリオ・バルニフィカス（Ｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ）などのビブリオ属（Ｖｉｂｒｉｏ）、及びエルシニア・エンテロコリチカ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）などのエルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）のうちの１種類又は複数種類を含む、＜７７＞〜＜８１＞のいずれか一項に記載の方法。
＜８３＞
前記１種類又は複数種類の病原性細菌の少なくとも１つが抗生物質耐性菌（ＡＲＢ）である、＜７７＞〜＜８２＞のいずれか一項に記載の方法。
＜８４＞
前記ＡＲＢが抗生物質耐性プロテオバクテリア（Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ  Ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、ＶＲＥ）、カルバペネム耐性腸内細菌（Ｃａｒｂａｐｅｎｅｍ  Ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＣＲＥ）、フルオロキノロン耐性腸内細菌（ｆｌｕｏｒｏｑｕｉｎｏｌｏｎｅ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、又は基質特異性拡張型βラクタマーゼ産生腸内細菌（Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍ  Ｂｅｔａ−Ｌａｃｔａｍａｓｅ  ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＥＳＢＬ−Ｅ）である、＜８３＞に記載の方法。
＜８５＞
前記投与を必要とする対象が慢性腎臓病を有する、がんを有する、及び／又は臓器移植を受けた、＜７７＞〜＜８４＞のいずれか一項に記載の方法。
＜８６＞
前記投与を必要とする対象が、外来患者である、入院している、及び／又は長期介護施設にいる、＜７７＞〜＜８５＞のいずれか一項に記載の方法。
＜８７＞
前記投与を必要とする対象が、血流感染（ＢＳＩ）、カテーテル又は血管内ライン感染、肝障害、例えば血液透析に関連した慢性炎症、慢性炎症性疾患、髄膜炎、例えば人工呼吸器関連肺炎などの肺炎、皮膚及び軟部組織の感染、手術部位感染、化学療法による細胞毒性、凝固亢進、腸から離れた部位での感染、例えば潰瘍性大腸炎やクローン病などの炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、例えばＩＩ型糖尿病を含むインスリン抵抗性などの代謝性疾患、その他の公知の抗生物質耐性感染、その他の公知の抗生物質耐性感染、関節リウマチ、例えば抗生物質耐性尿路感染及びカテーテル関連尿路感染などの尿路感染（ＵＴＩ）、及び創傷感染から選択される疾患を有するか、又はそのリスクを有する、＜７７＞〜＜８６＞のいずれか一項に記載の方法。
＜８８＞
前記対象が、抗がん治療薬及び／又は抗がん療法を受けた又は受けている、＜７７＞〜＜８７＞のいずれか一項に記載の方法。
＜８９＞
前記抗がん療法が、手術、放射線療法、化学療法、及び／又は標的療法を含む、＜８８＞に記載の方法。
＜９０＞
前記化学療法がホルモン療法である又は前記標的療法が免疫療法である、＜８９＞に記載の方法。
＜９１＞
前記対象が、腸内細菌叢異常によって引き起こされる抗がん療法の副作用を患っている、＜８８＞〜＜９０＞のいずれか一項に記載の方法。
＜９２＞
前記細菌混合物が、前記抗がん治療薬の副作用及び／又は抗がん療法の副作用を低減、治療、又は予防する、＜９１＞に記載の方法。
＜９３＞
有効量の＜１＞〜＜７６＞のいずれか一項に記載の医薬組成物を、投与を必要とする対象に投与することを含む、抗がん治療薬及び／又は抗がん療法の有効性を高める方法。
＜９４＞
前記抗がん療法が、手術、放射線療法、化学療法、及び／又は標的療法を含む、＜９３＞に記載の方法。
＜９５＞
前記医薬組成物が、前記抗がん治療薬及び／又は前記抗がん療法の後に投与される、＜９３＞又は＜９４＞に記載の方法。
＜９６＞
前記医薬組成物が、前記抗がん治療薬及び／又は前記抗がん療法の前に投与される、＜９３＞又は＜９４＞に記載の方法。
＜９７＞
前記医薬組成物が、前記抗がん治療薬及び／又は前記抗がん療法と同時に投与される、＜９３＞又は＜９４＞に記載の方法。
＜９８＞
前記抗がん療法がチェックポイント分子を指向した標的療法であり、前記対象が前記チェックポイント分子を指向した前記治療に不応性及び／又は非応答性である、＜９４＞〜＜９７＞のいずれか一項に記載の方法。
＜９９＞
前記チェックポイント分子を指向した前記治療が、キイトルーダ（ペンブロリズマブ）、オプジーボ（ニボルマブ）、ヤーボイ（イピリムマブ）、テセントリク（アテゾリズマブ）、バベンチオ（アベルマブ）、又はイミフィンジ（デュルバルマブ）の投与を含む、＜９８＞に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗がん療法を受けた、受けている、又は将来受ける対象における腸バリアを維持及び／又は回復するための医薬組成物であって、前記医薬組成物は複数種類の純化された細菌株を含み、前記細菌株の少なくとも１種類は、以前又は現在の抗がん療法によって引き起こされた腸内細菌叢異常を患っている患者に治療上有効な結果をもたらした糞便移植療法（ＦＭＴ）に使用されたヒトドナーの便における存在に基づいて、前記医薬組成物に含有されるために選択された、医薬組成物。
【請求項２】
前記抗がん療法が、手術、放射線療法、化学療法、及び標的療法から選択される、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
前記抗がん療法が化学療法である、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
前記抗がん療法が標的療法であり、ここで前記標的療法は免疫療法であってもよい、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項５】
前記医薬組成物が、前記抗がん療法の前に投与される、請求項１〜請求項４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６】
前記医薬組成物が、前記抗がん療法と同時に投与される、請求項１〜請求項５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項７】
前記医薬組成物が、前記抗がん療法の後に投与される、請求項１〜請求項６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項８】
前記腸内細菌叢異常が炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である、請求項１〜請求項７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項９】
前記ＩＢＤがクローン病、潰瘍性大腸炎、回腸嚢炎、膠原線維性大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、便流変更性大腸炎、ベーチェット症候群、感染性大腸炎、及び不確定性大腸炎からなる群より選択される、請求項８に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
前記対象が、前記抗がん療法に伴う処置による血流感染症を発症するリスクのある、請求項１〜請求項９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
前記医薬組成物を前記対象に投与することが、前記対象における炎症性腸疾患、下痢性疾患、及び自己免疫性疾患からなる群より選択される疾患を処置又は予防する、請求項１〜請求項１０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記腸内細菌叢異常を処置する分泌産物の前記細菌株による産生に基づいて、さらに選択される、請求項１〜請求項１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
前記分泌産物が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）である、請求項１２に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
前記ＳＣＦＡがギ酸、酢酸、プロピオン酸、酪酸、イソ酪酸、吉草酸、イソ吉草酸、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項１３に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
前記少なくとも１種類の細菌株が、表５又は表６に記載の操作的分類単位（ＯＴＵ）のいずれか１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して９７％以上の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１〜請求項１４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１６】
前記少なくとも１種類の細菌株が、表５又は表６に記載の操作的分類単位（ＯＴＵ）のいずれか１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して９９％以上の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１〜請求項１５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１７】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の処置を必要とする対象を処置するための、複数種類の純化された細菌株を含む医薬組成物であって、前記細菌株の少なくとも１種類は、抗がん療法によって引き起こされた炎症性腸疾患を患っている患者に治療上有効な結果をもたらした糞便移植療法（ＦＭＴ）に使用されたヒトドナーの便における存在量に基づいて、前記医薬組成物に含有されるために選択された、医薬組成物。
【請求項１８】
前記ＩＢＤがクローン病、潰瘍性大腸炎、回腸嚢炎、膠原線維性大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、便流変更性大腸炎、ベーチェット症候群、感染性大腸炎、及び不確定性大腸炎からなる群より選択される、請求項１７に記載の医薬組成物。
【請求項１９】
前記抗がん療法が、手術、放射線療法、化学療法、及び標的療法から選択される、請求項１７又は請求項１８に記載の医薬組成物。