【手続補正書】
【提出日】令和2年11月25日(2020.11.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
本発明の他の目的は、乳がん患者の予後予測に必要な情報を提供するために、下記段階:
(a)乳がん患者から得た生物学的試料からUBE2C(Ubiquitin-conjugating enzyme E2C)、TOP2A(Topoisomerase 2 alpha)、RRM2(ribonucleotide reductase M2)、FOXM1(Forkhead box M1)、MKI67(Marker of proliferation Ki-67)及びBTN3A2(Butyrophilin subfamily 3 member A2)のmRNA発現レベルを測定する段階;
(b)前記遺伝子のmRNA発現レベルを標準化する段階;
(c)前記乳がん患者の腫瘍の大きさやpN-ステージを評価する段階;
(d)前記(b)段階における標準化の値、並びに前記(c)段階での腫瘍の大きさ及びpN-ステージを下記の[式1]と[式2]に代入し数値を計算する段階
[式1]
Unscaled BCT score(U-BS)=a*△Ct_UBE2C+b*△Ct_TOP2A+c*△Ct_RRM2+d*△Ct_FOXM1+e*△Ct_MKI67+f*△Ct_BTN3A2+g*Tumor_size(cm)+h*pN(0 or 1)
[式2]
BCT score=0 if 0.8*Unscaled BCT score(U-BS)-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
(予後遺伝子の値は標準遺伝子を用いて計算された標準化されたmRNA発現値であり、Tumor_sizeは腫瘍の長軸の長さ、pNはリンパ節転移の病理学的判断によって判定される値を示す。
前記aは0.16乃至1.09、bは0乃至0.71、cは0乃至0.53、dは0乃至0.57、eは0乃至0.35、fは-1.02乃至0、gは0.25乃至1.52及びhは0.19乃至2.25である);及び
(e)前記(d)段階で計算された数値が大きいほど予後が悪いものと予後を予測する段階
を含む、乳がんの予後の予測方法を提供するものである。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
本発明の他の目的を達成するために、本発明は、乳がん患者の予後予測に必要な情報を提供するために、下記の段階:
(a)乳がん患者から得た生物学的試料からUBE2C(Ubiquitin-conjugating enzyme E2C)、TOP2A(Topoisomerase 2 alpha)、RRM2(ribonucleotide reductase M2)、FOXM1(Forkhead box M1)、MKI67(Marker of proliferation Ki-67)及びBTN3A2(Butyrophilin subfamily 3 member A2)のmRNA発現レベルを測定する段階;
(b)前記遺伝子のmRNA発現水準を標準化する段階;
(c)前記の乳がん患者の腫瘍の大きさ及びpN-ステージを評価する段階;
(d)前記(b)段階における標準化の値、並びに前記(c)段階での腫瘍の大きさ及びpN-ステージを下記の[式1]と[式2]に代入して数値を計算する段階
[式1]
Unscaled BCT score(U-BS)=a*△Ct_UBE2C+b*△Ct_TOP2A+c*△Ct_RRM2+ d*△Ct_FOXM1+e*△Ct_MKI67+f*△Ct_BTN3A2+g*Tumor_size(cm)+h*pN(0 or 1)
[式2]
BCT score=0 if 0.8*Unscaled BCT score(U-BS)-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
(予後遺伝子の値は、標準遺伝子を用いて計算され標準化されたmRNA発現値であり、Tumor_sizeは腫瘍の長軸の長さ、pNはリンパ節の転移の病理学的判断によって判定される値を示す。
前記aは0.16乃至1.09、bは0乃至0.71、cは0乃至0.53、dは0乃至0.57、eは0乃至0.35、fは-1.02乃至0、gは0.25乃至1.52及びhは0.19乃至2.25である);及び
(e)前記(d)段階で計算された数値が大きいほど予後が悪いものと予後を予測する段階
を含む乳がんの予後の予測方法を提供する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３８】
本発明において、前記乳がんは、好ましくは、早期乳がんであり、より好ましくは、pN0又はpN1ステージに該当する乳がんであり、最も好ましくは、TNMの病期による１期又は２期の乳がんに分類されるが、これに制限されることではない。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６２】
本発明は、乳がん患者の予後の予測に必要な情報を提供するために、下記段階を含む乳がんの予後の予測方法を提供する:
(a)乳がんの患者から生物学的試料を得る段階;
(b)前記(a)段階の試料から、UBE2C(Ubiquitin-conjugating enzyme E2C)、TOP2A(Topoisomerase 2 alpha)、RRM2(ribonucleotide reductase M2)、FOXM1(Forkhead box M1)、 MKI67(Marker of proliferation Ki-67)及びBTN3A2(Butyrophilin subfamily 3 member A2)からなる予後予測用遺伝子及びCTBP1(C-terminal-binding protein 1)、CUL1(cullin 1)及びUBQLN1(Ubiquilin-1)からなる標準遺伝子のmRNA発現レベルを測定する段階;
(c)前記標準遺伝子を利用して、前記予後予測用遺伝子のmRNA発現レベルを標準化する段階;
(d)前記乳がん患者の腫瘍の大きさ及びpN-ステージを評価する段階;
(e)前記(c)段階における標準化の値、並びに前記(d)段階での腫瘍の大きさ及びpN-ステージを下記の[式1]と[式2]に代入して数値を計算する段階
[式1]
Unscaled BCT score(U-BS)=a*△Ct_UBE2C+b*△Ct_TOP2A+c*△Ct_RRM2+ d*△Ct_FOXM1+e*△Ct_MKI67+f*△Ct_BTN3A2+g*Tumor_size(cm)+h*pN(0 or 1)
[式2]
BCT score=0 if 0.8*Unscaled BCT score(U-BS)-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
(予後遺伝子の値は標準遺伝子を用いて計算された標準化されたmRNA発現値であり、tumor_sizeは腫瘍の長軸の長さ、pNはリンパ節転移の病理学的判断によって判定される値を示す。
前記aは0.16乃至1.09、bは0乃至0.71、cは0乃至0.53、dは0乃至0.57、eは0乃至0.35、fは-1.02乃至0、gは0.25乃至1.52及びhは0.19乃至2.25であること);及び
(f)前記(e)段階で計算された数値が大きいほど予後が悪いものと予測する段階。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７４】
[式2](BCT score計算式)
BCT score=0 if 0.8*Unscaled BCT score(U-BS)-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３５】
[BCT score(BS)計算式]
BCT score=0 if 0.8*U-BS-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
【手続補正７】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
乳がん患者の予後の予測に必要な情報を提供するための乳がんの予後の予測方法であって、下記段階:
(a)乳がん患者から得た生物学的試料からUBE2C(Ubiquitin-conjugating enzyme E2C)、TOP2A(Topoisomerase 2 alpha)、RRM2(ribonucleotide reductase M2)、FOXM1(Forkhead box M1)及びMKI67(Marker of proliferation Ki-67)からなる群から選択される一つ以上の増殖関連遺伝子及びBTN3A2(Butyrophilin subfamily 3 member A2)免疫関連遺伝子のmRNA発現レベルを測定する段階;
(b)前記(a)段階で測定されたmRNAの発現レベルを標準化する段階;及び
(c)前記(b)段階で標準化された一つ以上の増殖関連遺伝子及び免疫関連遺伝子の組み合わせにより乳がん患者の予後を予測する段階であって、前記増殖関連遺伝子が過発現した場合、予後が悪いものとして、及び前記免疫関連遺伝子が過発現した場合、予後が良いものとして予測する段階
を含む、方法。
【請求項２】
前記乳がんの予後は、再発、転移及び転移性再発からなる群から選択される一つ以上であることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記乳がんは、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、又はエストロゲン受容体及びプロゲステロン受容体が陽性でありながら、HER2が陰性である乳がんであることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項４】
前記乳がんは、がん転移分類(Tumor Node Metastasis: TNM)システムによって、１期又は２期に分類される初期乳がんであることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項５】
前記(a)段階以降に、腫瘍の大きさ、及びpN-ステージを評価する段階をさらに含み、前記(c)段階において、腫瘍の大きさが大きいほど、及びpN-ステージが高いほど、予後が悪いものと予後予測の値を計算することを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項６】
前記標準化は、CTBP1(C-terminal-binding protein 1)、CUL1(cullin 1)及びUBQLN1(Ubiquilin-1)からなる群から選択される一つ以上の標準遺伝子の平均発現量に対する比を算出することによって行われることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項７】
前記試料は、患者のがん細胞を含む組織のホルマリン固定パラフィン包埋(formalin-fixed paraffin-embedded、FFPE)試料、新鮮組織(fresh tissue)及び凍結組織からなる群から選択されることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項８】
前記遺伝子の発現量を測定するための方法は、マイクロアレイ、PCR(polymerase chain reaction)、RT-PCR、定量RT-PCR(qRT-PCR)、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応(real-time PCR)、ノーザンブロット(northern blot)、DNAチップ及びRNAチップからなる群から選択されるいずれか一つの方法であることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項９】
乳がん患者の予後の予測に必要な情報を提供するための乳がんの予後の予測方法であって、下記段階:
(a)乳がん患者から得た生物学的試料から、UBE2C(Ubiquitin-conjugating enzyme E2C)、TOP2A(Topoisomerase 2 alpha)、RRM2(ribonucleotide reductase M2)、FOXM1(Forkhead box M1)、MKI67(Marker of proliferation Ki-67)、及びBTN3A2(Butyrophilin subfamily 3 member A2)のmRNA発現レベルを測定する段階;
(b)前記遺伝子のmRNA発現水準を標準化する段階;
(c)前記の乳がん患者の腫瘍の大きさ及びpN-ステージを評価する段階;
(d)前記(b)段階における標準化の値、並びに前記(c)段階での腫瘍の大きさ及びpN-ステージを、下記[式1]と[式2]に代入して数値を計算する段階:
[式1]
Unscaled BCT score(U-BS)=a*△Ct_UBE2C+b*△Ct_TOP2A+c*△Ct_RRM2+ d*△Ct_FOXM1+e*△Ct_MKI67+f*△Ct_BTN3A2+g*Tumor_size(cm)+h*pN(0 or 1)
[式2]
BCT score=0 if 0.8*Unscaled BCT score(U-BS)-13.71<0
BCT score=0.8*U-BS-13.71 if 0≦0.8*U-BS-13.71≦10
BCT score=10 if 0.8*U-BS-13.71>10
(予後遺伝子の値は、標準遺伝子を用いて計算された標準化されたmRNA発現値であり、Tumor_sizeは腫瘍の長軸の長さ、pNはリンパ節転移の病理学的判断によって判定される値を示す。
前記aは0.16乃至1.09、bは0乃至0.71、cは0乃至0.53、dは0乃至0.57、eは0乃至0.35、fは-1.02乃至0、gは0.25乃至1.52及びhは0.19乃至2.25である。);及び
(e)前記(d)段階で計算された数値が大きいほど予後が悪いものと予後予測する段階を含む、方法。
【請求項１０】
前記(d)段階での数値が4以上の場合、予後が悪いものと、4未満の場合、予後が良いものと予測することを特徴とする請求項９記載の方法。
【請求項１１】
UBE2C、TOP2A、RRM2、FOXM1、MKI67及びBTN3A2遺伝子の発現量を測定する製剤を含む、乳がん患者の予後の予測用組成物。
【請求項１２】
前記組成物は、CTBP1、CUL1及びUBQLN1遺伝子の発現量を測定する製剤をさらに含むことを特徴とする請求項１１記載の組成物。
【請求項１３】
前記発現量を測定する製剤は、UBE2C、TOP2A、RRM2、FOXM1、MKI67及びBTN3A2遺伝子に特異的に結合するプライマー対であることを特徴とする請求項１２記載の組成物。
【請求項１４】
前記プライマー対は、配列番号1乃至12の配列からなることを特徴とする請求項１３記載の組成物。
【請求項１５】
UBE2C、TOP2A、RRM2、FOXM1、MKI67及びBTN3A2遺伝子の発現量を測定する製剤を含む乳がん患者の予後の予測用キット。
【請求項１６】
前記キットは、CTBP1、CUL1及びUBQLN1遺伝子の発現量を測定する製剤をさらに含むことを特徴とする請求項１５記載のキット。
【請求項１７】
乳がん患者の予後の予測用製剤を製造するための、UBE2C、TOP2A、RRM2、FOXM1、MKI67及びBTN3A2遺伝子の発現量を測定する製剤の使用。
【請求項１８】
前記発現量を測定する製剤は、CTBP1、CUL1及びUBQLN1遺伝子の発現量を測定する製剤をさらに含むことを特徴とする請求項１７記載の製剤の使用。