【手続補正書】
【提出日】令和3年1月21日(2021.1.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を、複数のタンパク質標的を含む複数の細胞と接触させる工程、ここで前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の各々は、ポリ（Ａ）テールと、前記オリゴヌクレオチドと結合された前記タンパク質結合性試薬のためのユニーク識別子とを含むタンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドを有するタンパク質結合性試薬を含み、且つ、前記タンパク質結合性試薬は前記複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することができる、
（ｂ）前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬と結合された複数の細胞を複数の区画に分離する工程、ここで、前記複数の区画の区画は、前記オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬と結合された前記複数の細胞からの１つの細胞を含む、
（ｃ）前記１つの細胞を含む前記区画において、バーコーディング粒子を前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドと接触させる工程、ここで、前記バーコーディング粒子は複数のオリゴヌクレオチドプローブを含み、各オリゴヌクレオチドプローブは、ポリ（Ｔ）領域と、様々なセットのユニークバーコード配列から選択されるバーコード配列とを含む、
（ｄ）前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドの前記ポリ（Ａ）テールと前記オリゴヌクレオチドプローブの前記ポリ（Ｔ）領域との間でのハイブリダイゼーションを介して、前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドにハイブリダイズした前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長させて、複数の標識核酸を生成する工程、ここで、前記標識核酸の各々は、ユニーク識別子又はその相補的な配列と、バーコード配列とを含む、及び
（ｅ）前記複数の標識核酸又はその一部の配列情報を得て、前記複数の細胞の１つ以上における前記複数のタンパク質標的の１つ以上の量を決定する工程
を含む、細胞におけるタンパク質発現の測定方法。
【請求項２】
（ｉ）工程（ａ）の後に、前記複数の細胞とは結合していないオリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を除去する工程、
（ｉｉ）前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドを前記タンパク質結合性試薬から脱離させる工程、
或いはその両方、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記複数の細胞を分離する工程が、前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬と結合された前記複数の細胞と、前記バーコーディング粒子を含む複数のバーコーディング粒子を、前記複数の区画に分離することを含み、ここで、前記複数の区画の区画が、オリゴヌクレオチドが結合されたタンパク質結合性試薬と結合された複数の細胞からの１つの細胞と、前記バーコーディング粒子とを含む、
請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記複数の標識核酸又はその一部の配列情報を得る工程（ｅ）が、前記標識核酸を増幅及びシーケンシングに付すことを含む、
請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
（ａ）複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を、複数のタンパク質標的及び複数のｍＲＮＡ標的分子を含む複数の細胞と接触させる工程、ここで、前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の各々は、ポリ（Ａ）テールと、前記オリゴヌクレオチドと結合された前記タンパク質結合性試薬のためのユニーク識別子とを含む、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を含み、且つ前記タンパク質結合性試薬は、前記複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することができる、
（ｂ）前記オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬と結合された前記複数の細胞を複数の区画に分離する工程、ここで、前記複数の区画の区画は、前記オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬と結合された前記複数の細胞からの１つの細胞を含む、
（ｃ）前記１つの細胞を含む前記区画において、バーコーディング粒子を前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドと接触させる工程、ここで、前記バーコーディング粒子は、複数のオリゴヌクレオチドプローブを含み、複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々は、ポリ（Ｔ）領域と、様々なセットのユニークバーコード配列から選択されるバーコード配列とを含む、
（ｄ）前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドの前記ポリ（Ａ）テール及び前記ｍＲＮＡ標的分子のそれぞれと、前記オリゴヌクレオチドプローブの前記ポリ（Ｔ）領域との間のハイブリダイゼーションを介して、前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチド及び前記ｍＲＮＡ標的分子にハイブリダイズした前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長させて、複数の標識核酸を生成する工程、ここで、前記標識核酸の各々は、ユニーク識別子或いはｍＲＮＡ標的分子の配列又はそれらの相補的な配列のそれぞれとバーコード配列とを含む、及び
（ｅ）前記複数の標識核酸又はその一部の配列情報を得て、前記複数の細胞の１つ以上における、前記複数のタンパク質標的の１つ以上の量及び前記複数のｍＲＮＡ標的分子の１つ以上の量を決定すること、
を含む、細胞におけるタンパク質及び遺伝子発現の同時測定方法。
【請求項６】
前記タンパク質結合性試薬が抗体であり、任意に前記抗体がヒト抗体又はマウス抗体であってもよく、更に任意に前記抗体が下記からなる群：
ＣＤ２１、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ８、ＣＤ３４、ＡＤＡＭ１０、ＣＤ１５６ｃ、ＡＮＯ６、ＡＴＰ１Ｂ２、ＡＴＰ１Ｂ３、ＢＳＧ、ＣＤ１４７、ＣＤ１０９、ＣＤ２３０、ＣＤ２９、ＣＤ２９８、ＡＴＰ１Ｂ３、ＣＤ４４、ＣＤ４５、ＣＤ４７、ＣＤ５１、ＣＤ５９、ＣＤ６３、ＣＤ９７、ＣＤ９８、ＳＬＣ３Ａ２、ＣＬＤＮＤ１、ＨＬＡ−ＡＢＣ、ＩＣＡＭ１、ＩＴＦＧ３、ＭＰＺＬ１、ＮＡ Ｋ ＡＴＰアーゼα１、ＡＴＰ１Ａ１、ＮＰＴＮ、ＰＭＣＡ ＡＴＰアーゼ、ＡＴＰ２Ｂ１、ＳＬＣ１Ａ５、ＳＬＣ２９Ａ１、ＳＬＣ２Ａ１、及びＳＬＣ４４Ａ２
から選択されるタンパク質標的に特異的に結合することのできる抗体であってもよい、
請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドが、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン及びそれらの組み合わせからなる群から選択される化学基を介して、前記タンパク質結合性試薬に結合している、
請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞内タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター又はそれらの組み合わせを含む、
請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記オリゴヌクレオチドプローブの各々が、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、増幅アダプター、シーケンシングアダプター、又はそれらの組み合わせを含む、
請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記タンパク質結合性試薬特異的なオリゴヌクレオチドが、分子標識、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、増幅アダプター、シーケンシングアダプター、又はこれらの組み合わせを含む、
請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記バーコーディング粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、又はヒドロゲルビーズである、
請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記１つの細胞を、前記１つの細胞を含む前記区画内で溶解することを含む、
請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記区画が、ウェル又はドロップレットである、
請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数の細胞が、Ｔ細胞、Ｂ細胞、腫瘍細胞、骨髄細胞、血液細胞、正常細胞、胎児細胞、母体細胞、又はこれらの混合物を含む、
請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を含む、組成物であって、
複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の各々は、タンパク質結合性試薬に特異的なオリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬を含み、
前記タンパク質結合性試薬に特異的な前記オリゴヌクレオチドは、標的配列のための結合部位、前記オリゴヌクレオチドと結合されるタンパク質結合性試薬のためのユニーク識別子配列、及びユニバーサルプライマーのための結合部位を含み、
前記タンパク質結合性試薬は、複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することができ、且つ
前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の少なくとも２０個は、異なるタンパク質結合性試薬を含む、
前記組成物。
【請求項１６】
標的配列のための前記結合部位が、前記タンパク質結合性試薬に特異的な前記オリゴヌクレオチドの３’領域にある、
請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
前記ユニーク識別子配列が、２５〜４５ヌクレオチド長である、
請求項１５又は１６に記載の組成物。
【請求項１８】
前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の少なくとも２０個が、異なるタンパク質結合性試薬、異なるユニーク識別子配列、又はその両方を含む、
請求項１５〜１７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１９】
前記タンパク質結合性試薬に特異的な前記オリゴヌクレオチドが、
（１）リンカーを介して前記タンパク質結合性試薬に結合されているか、
（２）前記タンパク質結合性試薬に可逆的に結合されているか、或いは
（３）ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン又はその組み合わせからなる群から選択される化学基を介して、前記タンパク質結合性試薬と結合されている、
請求項１５〜１８のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２０】
前記タンパク質結合性試薬に特異的な前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ（Ａ）配列、分子標識配列、細胞標識配列、増幅アダプター、シーケンシングアダプター、ランダムマルチマー配列、又はその組み合わせを含む、
請求項１５〜１９のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２１】
前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬の少なくとも１０個の前記オリゴヌクレオチドが、それぞれ、異なるバーコード配列を含む、
請求項１５〜２０のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２２】
オリゴヌクレオチドと結合していない１個以上の第２のタンパク質結合性試薬をさらに含み、且つ、任意に、前記複数の、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合性試薬におけるオリゴヌクレオチドと結合されている前記タンパク質結合性試薬の１個以上が、前記第２のタンパク質結合性試薬の１個以上と同じであってもよい、
請求項１５〜２１のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２３】
前記標的配列が、オリゴヌクレオチドプローブ、ポリ（Ｔ）領域、又はそれらの組み合わせを含むか、
標的配列のための結合部位がポリ（Ａ）配列を含むか、
或いはその両方である、
請求項１５〜２２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２４】
前記タンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞内タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、又はそれらのあらゆる組み合わせである、
請求項１５〜２３のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２５】
前記ユニバーサルプライマーのための結合部位が、高スループットシークエンシングプラットフォームに関連付けられるシーケンシングプライマーのための結合部位、又はＰＣＲプライマーのための結合部位である、
請求項１５〜２４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２６】
前記タンパク質結合性試薬が抗体であり、任意に、前記抗体はヒト抗体又はマウス抗体であってもよく、且つ更に任意に、前記抗体は、下記からなる群：
ＣＤ２１、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ８、ＣＤ３４、ＡＤＡＭ１０、ＣＤ１５６ｃ、ＡＮＯ６、ＡＴＰ１Ｂ２、ＡＴＰ１Ｂ３、ＢＳＧ、ＣＤ１４７、ＣＤ１０９、ＣＤ２３０、ＣＤ２９、ＣＤ２９８、ＡＴＰ１Ｂ３、ＣＤ４４、ＣＤ４５、ＣＤ４７、ＣＤ５１、ＣＤ５９、ＣＤ６３、ＣＤ９７、ＣＤ９８、ＳＬＣ３Ａ２、ＣＬＤＮＤ１、ＨＬＡ−ＡＢＣ、ＩＣＡＭ１、ＩＴＦＧ３、ＭＰＺＬ１、ＮＡ Ｋ ＡＴＰアーゼα１、ＡＴＰ１Ａ１、ＮＰＴＮ、ＰＭＣＡ ＡＴＰアーゼ、ＡＴＰ２Ｂ１、ＳＬＣ１Ａ５、ＳＬＣ２９Ａ１、ＳＬＣ２Ａ１、及びＳＬＣ４４Ａ２
から選択されるタンパク質標的に特異的に結合することのできる抗体であってもよい、
請求項１５〜２５のいずれか１項に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２３５】
一意識別子は、サンプルのゲノム配列に対して相同でないことがある。サンプルは、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せでありうる。サンプルは、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せでありうる。オリゴヌクレオチドは、バーコード配列（たとえば分子標識配列）、ポリ（Ａ）テール、またはそれらの組合せを含みうる。
なお、本発明としては、以下の態様も好ましい。
〔１〕
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物。
〔２〕
前記一意識別子が、２５〜４５ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔１〕に記載の複数の組成物。
〔３〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔１〕または〔２〕に記載の複数の組成物。
〔４〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔３〕に記載の複数の組成物。
〔５〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔３〕に記載の複数の組成物。
〔６〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔３〕に記載の複数の組成物。
〔７〕
複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔１〕〜〔６〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔８〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔１〕〜〔７〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔９〕
前記リンカーが化学基を含む、〔８〕に記載の複数の組成物。
〔１０〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔８〕に記載の複数の組成物。
〔１１〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔９〕または〔１０〕に記載の複数の組成物。
〔１２〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔８〕〜〔１１〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔１３〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔１〕〜〔１２〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔１４〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔１３〕に記載の複数の組成物。
〔１５〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔１３〕または〔１４〕に記載の複数の組成物。
〔１６〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ（Ａ）テール、またはそれらの組合せを含む、〔１〕〜〔１５〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔１７〕
少なくとも１００の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔１〕〜〔１６〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔１８〕
少なくとも１，０００の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔１〕〜〔１６〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔１９〕
少なくとも１０，０００の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔１〜１６のいずれか一項に複数の組成物。
〔２０〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも１０の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも１つのバーコード配列を含む１つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔１７〕〜〔１９〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔２１〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも１００の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも１つのバーコード配列を含む１つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔１７〕〜〔１９〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔２２〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも１，０００の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも１つのバーコード配列を含む１つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔１７〕〜〔１９〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔２３〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない１つ以上の第２のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔１〕〜〔２２〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔２４〕
前記タンパク質結合試薬および前記１つ以上の第２のタンパク質結合試薬が同じである、〔２３〕に記載の複数の組成物。
〔２５〕
複数のタンパク質標的に特異的に結合することが可能である、〔１〕〜〔２４〕のいずれか一項に複数の組成物。
〔２６〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔２５〕に記載の複数の組成物。
〔２７〕
前記複数のタンパク質標的が、１０〜４００の異なるタンパク質標的を含む、〔２５〕に記載の複数の組成物。
〔２８〕
サンプル中の複数のタンパク質標的の定量分析の方法であって、
複数のタンパク質標的を含むサンプルを提供する工程と；
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能である、複数の組成物を提供する工程と；
前記複数のタンパク質標的との特異的結合のために、前記複数の組成物を前記サンプルと接触させる工程と；
結合されていない組成物を除去する工程と；
複数のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程であって、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する工程と；
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブを、前記複数の組成物の前記オリゴヌクレオチドと接触させる工程と；
前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長して、複数の標識核酸を生成する工程であって、前記標識核酸の各々が、一意識別子およびバーコード配列を含む工程と；
各一意識別子のためのユニークバーコード配列の数を決定し、
それによって、前記サンプル中の各タンパク質標的の量が決定される工程と、
を含む、方法。
〔２９〕
前記一意識別子が、２５〜４５ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔２８〕に記載の方法。
〔３０〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔２８〕または〔２９〕に記載の方法。
〔３１〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔３０〕に記載の方法。
〔３２〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔３０〕に記載の方法。
〔３３〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔３０〕に記載の方法。
〔３４〕
前記複数の組成物が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔２８〕〜〔３３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３５〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔２８〕〜〔３４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３６〕
前記リンカーが化学基を含む、〔３５〕に記載の方法。
〔３７〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔３５〕に記載の方法。
〔３８〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔３６〕または〔３７〕に記載の方法。
〔３９〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔３５〕〜〔３８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４０〕
前記サンプルが単一細胞を含む、〔２８〕〜〔３９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４１〕
前記複数のタンパク質標的が、前記単一細胞の表面上で発現される、〔４０〕に記載の方法。
〔４２〕
前記結合されていない組成物を除去する工程が、前記単一細胞を洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔４０〕または〔４１〕に記載の方法。
〔４３〕
前記単一細胞を溶解する工程を含む、〔４２〕に記載の方法。
〔４４〕
前記タンパク質結合試薬から前記オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔２８〕〜〔４３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４５〕
前記オリゴヌクレオチドが、ＵＶ光切断、化学的処理（ジチオスレイトール）、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記タンパク質結合試薬から切り離される、〔４４〕に記載の方法。
〔４６〕
前記オリゴヌクレオチドプローブの各々が、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔２８〕〜〔４５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４７〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）を含む、〔２８〕〜〔４６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４８〕
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブが、固体担体上に固定される、〔２８〕〜〔４７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４９〕
前記固体担体がビーズである、〔４８〕に記載の方法。
〔５０〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数の標識核酸を増幅する工程をさらに含む、〔２８〕〜〔４９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５１〕
前記増幅が、前記バーコード配列の少なくとも一部、および前記一意識別子の少なくとも一部のＰＣＲ増幅を含む、〔５０〕に記載の方法。
〔５２〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも１００のユニークバーコード配列を含む、〔２８〕〜〔５１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５３〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも１，０００のユニークバーコード配列を含む、〔２８〕〜〔５１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５４〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも１０，０００のユニークバーコード配列を含む、〔２８〕〜〔５１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５５〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない１つ以上の第２のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔２８〕〜〔５４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５６〕
前記タンパク質結合試薬および前記１つ以上の第２のタンパク質結合試薬が同じである、〔５５〕に記載の方法。
〔５７〕
前記複数のアンプリコンをシーケンシングする工程をさらに含む、〔５０〕〜〔５４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５８〕
前記シーケンシングが、前記バーコード配列の少なくとも一部、および前記一意識別子の少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔５７〕に記載の方法。
〔５９〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析の方法であって、
複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子を含むサンプルを提供する工程と；
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能である、複数の組成物を提供する工程と；
前記複数のタンパク質標的との特異的結合のために、前記複数の組成物を前記サンプルと接触させる工程と；
結合されていない組成物を除去する工程と；
複数のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程であって、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する工程と；
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブを、ハイブリダイゼーションのために、前記組成物の前記オリゴヌクレオチドおよび前記複数の核酸標的分子と接触させる工程と；
前記オリゴヌクレオチドおよび核酸標的分子にハイブリダイズされた前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長して、複数の標識核酸を生成する工程であって、前記標識核酸の各々が、一意識別子または核酸標的分子、およびバーコード配列を含む工程と；
各一意識別子および各核酸標的分子のためのユニークバーコード配列の数を決定し、
それによって、前記サンプル中の各タンパク質標的および各核酸標的分子の量が決定される工程と、
を含む、方法。
〔６０〕
前記一意識別子が、２５〜４５ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔５９〕に記載の方法。
〔６１〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔５９〕または〔６０〕に記載の方法。
〔６２〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔６１〕に記載の方法。
〔６３〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔６１〕に記載の方法。
〔６４〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔６１〕に記載の方法。
〔６５〕
前記複数の組成物が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔５９〕〜〔６４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６６〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔５９〕〜〔６５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６７〕
前記リンカーが化学基を含む、〔６６〕に記載の方法。
〔６８〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔６６〕に記載の方法。
〔６９〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔６７〕または〔６８〕に記載の方法。
〔７０〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔６７〕〜〔６９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７１〕
前記サンプルが単一細胞を含む、〔５９〕〜〔７０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７２〕
前記複数のタンパク質標的が、前記単一細胞の表面上で発現される、〔７１〕に記載の方法。
〔７３〕
前記結合されていない組成物を除去する工程が、前記単一細胞を洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔７１〕または〔７２〕に記載の方法。
〔７４〕
前記単一細胞を溶解する工程を含む、〔７３〕に記載の方法。
〔７５〕
前記タンパク質結合試薬から前記オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔５９〕〜〔７４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７６〕
前記オリゴヌクレオチドが、ＵＶ光切断、化学的処理（ジチオスレイトール）、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記タンパク質結合試薬から切り離される、〔７５〕に記載の方法。
〔７７〕
前記オリゴヌクレオチドプローブの各々が、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔５９〕〜〔７６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７８〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）を含む、〔５９〕〜〔７７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７９〕
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブが、固体担体上に固定される、〔５９〕〜〔７８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８０〕
前記固体担体がビーズである、〔７９〕に記載の方法。
〔８１〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数の標識核酸を増幅する工程をさらに含む、〔５９〕〜〔８０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８２〕
前記増幅が、前記バーコード配列の少なくとも一部、前記一意識別子の少なくとも一部、および前記核酸標的分子の少なくとも一部のＰＣＲ増幅を含む、〔８１〕に記載の方法。
〔８３〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも１００のユニークバーコード配列を含む、〔５９〕〜〔８２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８４〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも１，０００のユニークバーコード配列を含む、〔５９〕〜〔８２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８５〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも１０，０００のユニークバーコード配列を含む、〔５９〕〜〔８２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８６〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない１つ以上の第２のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔５９〕〜〔８５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８７〕
前記タンパク質結合試薬および前記１つ以上の第２のタンパク質結合試薬が同じである、〔８６〕に記載の方法。
〔８８〕
前記複数のアンプリコンをシーケンシングする工程をさらに含む、〔８１〕〜〔８７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８９〕
前記シーケンシングが、前記バーコード配列の少なくとも一部、前記一意識別子の少なくとも一部、および前記核酸標的分子の少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔８８〕に記載の方法。
〔９０〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析のためのキットであって、オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物と、複数のオリゴヌクレオチドプローブと、を含み、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する、キット。
〔９１〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析のためのキットであって、オリゴヌクレオチドと各々が結合された２つ以上のタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記２つ以上のタンパク質結合試薬のうちの１つのための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物と、複数のオリゴヌクレオチドプローブと、を含み、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する、キット。
〔９２〕
サンプル中の複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子の同時の定量分析のためのキットであって、オリゴヌクレオチドと各々が結合された２つ以上のタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、タンパク質標的に特異的に結合することが可能である、複数の組成物と、複数のオリゴヌクレオチドプローブと、を含み、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する、キット。
〔９３〕
前記オリゴヌクレオチドプローブの各々が、細胞標識、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔９０〕〜〔９２〕のいずれか一項に記載のキット。
〔９４〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）を含む、〔９０〕〜〔９３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔９５〕
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブが、固体担体上に固定される、〔９０〕〜〔９４〕のいずれか一項に記載のキット。
〔９６〕
前記固体担体がビーズである、〔９５〕に記載のキット。
〔９７〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも１００のユニークバーコード配列を含む、〔９０〕〜〔９６〕のいずれか一項に記載のキット。
〔９８〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも１，０００のユニークバーコード配列を含む、〔９０〕〜〔９６〕のいずれか一項に記載のキット。
〔９９〕
ユニークバーコード配列の前記多様なセットが、少なくとも１０，０００のユニークバーコード配列を含む、〔９０〕〜〔９６〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１００〕
少なくとも１，０００のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔９０〕〜〔９９〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１０１〕
少なくとも１０，０００のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔９０〕〜〔９９〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１０２〕
少なくとも１００，０００のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔９０〕〜〔９９〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１０３〕
少なくとも１，０００，０００のオリゴヌクレオチドプローブを含む、〔９０〕〜〔９９〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１０４〕
前記一意識別子が、２５〜４５のヌクレオチドを含む、〔９０〕〜〔１０３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１０５〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔９０〕〜〔１０４〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１０６〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔１０５〕に記載のキット。
〔１０７〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔１０５〕に記載のキット。
〔１０８〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔１０５〕に記載のキット。
〔１０９〕
前記複数の組成物が、前記オリゴヌクレオチドと結合されない１つ以上の第２のタンパク質結合試薬をさらに含む、〔９０〕〜〔１０８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１１０〕
前記タンパク質結合試薬および前記１つ以上の第２のタンパク質結合試薬が同じである、〔１０９〕に記載のキット。
〔１１１〕
前記複数の組成物が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔９０〕〜〔１１０〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１１２〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔９０〕〜〔１１１〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１１３〕
前記リンカーが化学基を含む、〔１１２〕に記載のキット。
〔１１４〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔１１２〕に記載のキット。
〔１１５〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔１１３〕または〔１１４〕に記載のキット。
〔１１６〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔１１２〕〜〔１１５〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１１７〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔９０〕〜〔１１６〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１１８〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔１１７〕に記載のキット。
〔１１９〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔１１７〕または〔１１８〕に記載のキット。
〔１２０〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ（Ａ）テール、またはそれらの組合せを含む、〔９０〕〜〔１１９〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１２１〕
少なくとも１００の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔９０〕〜〔１２０〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１２２〕
少なくとも１，０００の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔９０〕〜〔１２０〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１２３〕
少なくとも１０，０００の異なるタンパク質結合試薬を含む、〔９０〕〜〔１２０〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１２４〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも１０の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも１つのバーコード配列を含む１つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔１２１〕〜〔１２３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１２５〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも１００の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも１つのバーコード配列を含む１つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔１２１〕〜〔１２３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１２６〕
各タンパク質結合試薬が、少なくとも１，０００の異なるバーコード配列のセットから選択される少なくとも１つのバーコード配列を含む１つ以上のオリゴヌクレオチドと結合される、〔１２１〕〜〔１２３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１２７〕
複数のタンパク質標的に特異的に結合することが可能である、〔９０〕〜〔１２６〕のいずれか一項に記載のキット。
〔１２８〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１２７〕に記載のキット。
〔１２９〕
前記複数のタンパク質標的が、１０〜４００の異なるタンパク質標的を含む、〔１２７〕に記載のキット。
〔１３０〕
サンプル中のバイオマーカーを同定する方法であって、
複数のタンパク質標的および複数の核酸標的分子を含むサンプルを提供する工程と；
オリゴヌクレオチドと結合されたタンパク質結合試薬を各々含む複数の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能である、複数の組成物を提供する工程と；
前記複数のタンパク質標的との特異的結合のために、前記複数の組成物を前記サンプルと接触させる工程と；
結合されていない組成物を除去する工程と；
複数のオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程であって、前記複数のオリゴヌクレオチドプローブの各々が、標的結合領域およびバーコード配列を含み、前記バーコード配列が、ユニークバーコード配列の多様なセットに由来する工程と；
前記複数のオリゴヌクレオチドプローブを、ハイブリダイゼーションのために、前記組成物の前記オリゴヌクレオチドおよび前記複数の核酸標的分子と接触させる工程と；
前記オリゴヌクレオチドおよび核酸標的分子にハイブリダイズされた前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長して、複数の標識核酸を生成する工程であって、前記標識核酸の各々が、一意識別子または核酸標的分子、およびバーコード配列を含む工程と；
各一意識別子および各核酸標的分子のためのユニークバーコード配列の数を決定する工程と；
タンパク質標的の量または核酸標的分子の量を用いて、バイオマーカーを同定する工程と、
を含む、方法。
〔１３１〕
少なくとも１つのタンパク質標的および少なくとも１つの核酸標的分子の量を決定する工程を含む、〔１３０〕に記載の方法。
〔１３２〕
少なくとも１つのタンパク質標的およびその対応する核酸標的分子の量を比較する工程を含む、〔１３０〕に記載の方法。
〔１３３〕
タンパク質標的の量が、その対応する核酸標的分子より多い場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔１３２〕に記載の方法。
〔１３４〕
タンパク質標的の量が、その対応する核酸標的分子より少なくとも１０倍多い場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔１３２〕に記載の方法。
〔１３５〕
タンパク質標的の対応する核酸標的分子の量が１０未満である場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔１３２〕に記載の方法。
〔１３６〕
タンパク質標的の対応する核酸標的分子の量が０である場合、バイオマーカーを同定する工程を含む、〔１３２〕に記載の方法。
〔１３７〕
コントロール粒子に関連付けられた複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドを含むコントロール粒子組成物であって、
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの各々が、コントロールバーコード配列およびポリ（ｄＡ）領域を含む、コントロール粒子組成物。
〔１３８〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも２つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔１３７〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１３９〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも６ヌクレオチド長である、〔１３７〕〜〔１３８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１４０〕
前記コントロールバーコード配列が、２５〜４５ヌクレオチド長である、〔１３７〕〜〔１３８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１４１〕
前記コントロールバーコード配列が、約１２８ヌクレオチド長である、〔１３７〕〜〔１３８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１４２〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも１２８ヌクレオチド長である、〔１３７〕〜〔１３８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１４３〕
前記コントロールバーコード配列が、約２００〜５００ヌクレオチド長である、〔１３７〕〜〔１３８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１４４〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約５０ヌクレオチド長である、〔１３７〕〜〔１４０〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１４５〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約１００ヌクレオチド長である、〔１３７〕〜〔１４０〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１４６〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約２００ヌクレオチド長である、〔１３７〕〜〔１４２〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１４７〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、少なくとも２００ヌクレオチド長である、〔１３７〕〜〔１４２〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１４８〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約２００〜３００ヌクレオチド長未満である、〔１３７〕〜〔１４３〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１４９〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約５００ヌクレオチド長である、〔１３７〕〜〔１４３〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１５０〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも５つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔１３７〕〜〔１４９〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１５１〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔１３７〕〜〔１４９〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１５２〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔１３７〕〜〔１４９〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１５３〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔１３７〕〜〔１４９〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１５４〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも３つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔１３７〕〜〔１５３〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１５５〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも５つが、異なる配列を含む、〔１３７〕〜〔１５３〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１５６〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１０個が、異なる配列を含む、〔１３７〕〜〔１５３〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１５７〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１００個が、異なる配列を含む、〔１３７〕〜〔１５３〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１５８〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、
第１のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
第２のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
を含み、
前記第１のコントロールバーコード配列および前記第２のコントロールバーコード配列が、異なる配列を有する、〔１３７〕〜〔１５７〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１５９〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数がほぼ同じである、〔１５８〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１６０〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が異なる、〔１５８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１６１〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも２倍多い、〔１６０〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１６２〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも１０倍多い、〔１６０〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１６３〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より約１００倍多い、〔１６０〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１６４〕
前記コントロールバーコード配列が、１つの種のゲノム配列に対して相同でない、〔１３７〕〜〔１６３〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１６５〕
前記コントロールバーコード配列が、１つの種のゲノム配列に対して相同である、〔１３７〕〜〔１６３〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１６６〕
前記種が非哺乳動物種である、〔１６５〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１６７〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔１６６〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１６８〕
前記ファージ種が、Ｔ７ファージ、ＰｈｉＸファージ、またはそれらの組合せである、〔１６７〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１６９〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔１３７〕〜〔１６８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１７０〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔１３７〕〜〔１６９〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１７１〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１つが、リンカーを介して前記コントロール粒子に関連付けられる、〔１３７〕〜〔１７０〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１７２〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１つが、前記リンカーを含む、〔１７１〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１７３〕
前記リンカーが化学基を含む、〔１７１〕〜〔１７２〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１７４〕
前記化学基が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１つに可逆的に結合される、〔１７３〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１７５〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１７３〕〜〔１７４〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１７６〕
前記コントロール粒子の直径が、約１〜１０００マイクロメートルである、〔１３７〕〜〔１７５〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１７７〕
前記コントロール粒子の直径が、約１０〜１００マイクロメートルである、〔１３７〕〜〔１７５〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１７８〕
前記コントロール粒子の直径が、約７．５マイクロメートルである、〔１３７〕〜〔１７５〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１７９〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に固定される、〔１３７〕〜〔１７８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１８０〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に部分的に固定される、〔１３７〕〜〔１７８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１８１〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に封入される、〔１３７〕〜〔１７８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１８２〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に部分的に封入される、〔１３７〕〜〔１７８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１８３〕
前記コントロール粒子が崩壊性である、〔１３７〕〜〔１８２〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１８４〕
前記コントロール粒子が、ビーズを含む、〔１３７〕〜〔１８３〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１８５〕
前記コントロール粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１３７〕〜〔１８４〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１８６〕
前記コントロール粒子が、ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔１３７〕〜〔１８５〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１８７〕
前記コントロール粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔１３７〕〜〔１８６〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１８８〕
前記コントロール粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔１３７〕〜〔１８７〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１８９〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔１３７〕〜〔１８８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１９０〕
前記コントロール粒子が、複数の第１のタンパク質結合試薬に関連付けられ、
前記複数の第１のタンパク質結合試薬の少なくとも１つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの１つに関連付けられる、〔１３７〕〜〔１８９〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１９１〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、第１の抗体を含む、〔１９０〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１９２〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第１のタンパク質結合試薬に結合される、〔１９０〕〜〔１９１〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１９３〕
前記第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔１９２〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１９４〕
前記リンカーが化学基を含む、〔１９２〕〜〔１９３〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１９５〕
前記化学基が、前記第１のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔１９４〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔１９６〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１９４〕〜〔１９５〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１９７〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの２つ以上に関連付けられる、〔１９０〕〜〔１９６〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１９８〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、異なるコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの２つ以上に関連付けられる、〔１９０〕〜〔１９７〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔１９９〕
前記複数の第１のタンパク質結合試薬の少なくとも１つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのいずれかに関連付けられない、〔１９０〕〜〔１９８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔２００〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた前記第１のタンパク質結合試薬およびいずれのコントロール粒子オリゴヌクレオチドにも関連付けられない前記第１のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔１９９〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔２０１〕
前記コントロール粒子が、複数の第２のタンパク質結合試薬に関連付けられる、〔１９０〕〜〔２００〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔２０２〕
前記複数の第２のタンパク質結合試薬の少なくとも１つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの１つに関連付けられる、〔２０１〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔２０３〕
前記第１のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドおよび前記第２のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔２０２〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔２０４〕
前記第１のタンパク質結合試薬および前記第２のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔２０２〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔２０５〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、パートナー結合試薬に関連付けられ、前記第１のタンパク質結合試薬が、前記パートナー結合試薬を用いて前記コントロール粒子に関連付けられる、〔１９０〕〜〔２０４〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔２０６〕
前記パートナー結合試薬が、パートナー抗体を含む、〔２０５〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔２０７〕
前記パートナー抗体が、抗ネコ抗体、抗ニワトリ抗体、抗ウシ抗体、抗イヌ抗体、抗ロバ抗体、抗ヤギ抗体、抗モルモット抗体、抗ハムスター抗体、抗ウマ抗体、抗ヒト抗体、抗ラマ抗体、抗サル抗体、抗マウス抗体、抗ブタ抗体、抗ウサギ抗体、抗ラット抗体、抗ヒツジ抗体、またはそれらの組合せを含む、〔２０６〕に記載のコントロール粒子組成物。
〔２０８〕
前記パートナー抗体が、免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）、Ｆ（ａｂ’）フラグメント、Ｆ（ａｂ’）2フラグメント、それらの組合せ、またはそれらのフラグメントを含む、〔２０６〕〜〔２０７〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔２０９〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔１９０〕〜〔２０８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔２１０〕
前記第２のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔１９０〕〜〔２０９〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔２１１〕
標的の数を決定するための方法であって、
複数のバーコードを用いて、複数の細胞のうちの１つの細胞の複数の標的および複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き標的および複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含み、
コントロール粒子組成物が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられたコントロール粒子を含み、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの各々が、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも１つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と；
前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と；
前記シーケンシングデータ中の前記コントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と；
前記複数の標的の少なくとも１つの標的について：
前記シーケンシングデータ中の前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と；
前記標的の数を推定する工程であって、推定された前記標的の数が、カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数および前記コントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数と相関する工程と、
を含む、方法。
〔２１２〕
前記擬似標的領域が、ポリ（ｄＡ）領域を含む、〔２１１〕に記載の方法。
〔２１３〕
前記擬似標的領域が、前記標的の部分配列を含む、〔２１１〕〜〔２１２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２１４〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも６ヌクレオチド長である、〔２１１〕〜〔２１３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２１５〕
前記コントロールバーコード配列が、２５〜４５ヌクレオチド長である、〔２１１〕〜〔２１３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２１６〕
前記コントロールバーコード配列が、約１２８ヌクレオチド長である、〔２１１〕〜〔２１３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２１７〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも１２８ヌクレオチド長である、〔２１１〕〜〔２１３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２１８〕
前記コントロールバーコード配列が、約２００〜５００ヌクレオチド長である、〔２１１〕〜〔２１３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２１９〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約５０ヌクレオチド長である、〔２１１〕〜〔２１５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２２０〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約１００ヌクレオチド長である、〔２１１〕〜〔２１５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２２１〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約２００ヌクレオチド長である、〔２１１〕〜〔２１７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２２２〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、少なくとも２００ヌクレオチド長である、〔２１１〕〜〔２１７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２２３〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約２００〜３００ヌクレオチド長未満である、〔２１１〕〜〔２１８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２２４〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約５００ヌクレオチド長である、〔２１１〕〜〔２１８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２２５〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも５つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔２１１〕〜〔２２４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２２６〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔２１１〕〜〔２２４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２２７〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔２１１〕〜〔２２４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２２８〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔２１１〕〜〔２２４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２２９〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも３つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔２１１〕〜〔２２８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２３０〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも５つが、異なる配列を含む、〔２１１〕〜〔２２８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２３１〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１０個が、異なる配列を含む、〔２１１〕〜〔２２８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２３２〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１００個が、異なる配列を含む、〔２１１〕〜〔２２８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２３３〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、
第１のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
第２のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
を含み、
前記第１のコントロールバーコード配列および前記第２のコントロールバーコード配列が、異なる配列を有する、〔２１１〕〜〔２３２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２３４〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数がほぼ同じである、〔２３３〕に記載の方法。
〔２３５〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が異なる、〔２３３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２３６〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも２倍多い、〔２３５〕に記載の方法。
〔２３７〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも１０倍多い、〔２３５〕に記載の方法。
〔２３８〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも１００倍多い、〔２３５〕に記載の方法。
〔２３９〕
前記シーケンシングデータ中の前記コントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記第１のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と；
前記シーケンシングデータ中の前記第２のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数をカウントする工程と、
を含む、〔２３３〕〜〔２３８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２４０〕
推定された前記標的の数が、
カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、
前記第１のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、および
前記第２のコントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数と相関する、〔２３９〕に記載の方法。
〔２４１〕
推定された前記標的の数が、
カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、
前記コントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、および
前記コントロールバーコード配列を含む前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数と相関する、〔２１１〕〜〔２３２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２４２〕
推定された前記標的の数が、
カウントされた前記標的に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数、ならびに
前記コントロールバーコード配列を含む前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数、および
前記コントロールバーコード配列に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列の数
の比率と相関する、〔２４１〕に記載の方法。
〔２４３〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記細胞のゲノム配列に対して相同でない、〔２１１〕〜〔２４２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２４４〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記種のゲノム配列に対して相同でない、〔２１１〕〜〔２４２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２４５〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、１つの種のゲノム配列に対して相同である、〔２１１〕〜〔２４２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２４６〕
前記種が非哺乳動物種である、〔２４５〕に記載の方法。
〔２４７〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔２４６〕に記載の方法。
〔２４８〕
前記ファージ種が、Ｔ７ファージ、ＰｈｉＸファージ、またはそれらの組合せである、〔２４７〕に記載の方法。
〔２４９〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記コントロール粒子に結合される、〔２１１〕〜〔２４８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２５０〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１つが、リンカーを介して前記コントロール粒子に関連付けられる、〔２４９〕に記載の方法。
〔２５１〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１つが、前記リンカーを含む、〔２４９〕〜〔２５０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２５２〕
前記化学基が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１つに可逆的に結合される、〔２５１〕に記載の方法。
〔２５３〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔２５１〕〜〔２５２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２５４〕
前記コントロール粒子の直径が、約１〜１０００マイクロメートルである、〔２１１〕〜〔２５３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２５５〕
前記コントロール粒子の直径が、約１０〜１００マイクロメートルである、〔２１１〕〜〔２５３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２５６〕
前記コントロール粒子の直径が、約７．５マイクロメートルである、〔２１１〕〜〔２５３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２５７〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に固定される、〔２１１〕〜〔２５６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２５８〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に部分的に固定される、〔２１１〕〜〔２５６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２５９〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に封入される、〔２１１〕〜〔２５６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２６０〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に部分的に封入される、〔２１１〕〜〔２５６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２６１〕
前記複数の標的および前記コントロール粒子および前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記コントロール粒子から前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１つを放出する工程を含む、〔２１１〕〜〔２６０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２６２〕
前記コントロール粒子が崩壊性である、〔２１１〕〜〔２６１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２６３〕
前記コントロール粒子が、コントロール粒子ビーズを含む、〔２１１〕〜〔２６２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２６４〕
前記コントロール粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔２１１〕〜〔２６３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２６５〕
前記コントロール粒子が、ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔２１１〕〜〔２６４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２６６〕
前記コントロール粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔２１１〕〜〔２６５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２６７〕
前記コントロール粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔２１１〕〜〔２６６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２６８〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔２１１〕〜〔２６７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２６９〕
前記コントロール粒子が、複数の第１のタンパク質結合試薬に関連付けられ、
前記複数の第１のタンパク質結合試薬の少なくとも１つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの１つに関連付けられる、〔２１１〕〜〔２６８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２７０〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、第１の抗体を含む、〔２６９〕に記載の方法。
〔２７１〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第１のタンパク質結合試薬に結合される、〔２６９〕〜〔２７０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２７２〕
前記第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔２７１〕に記載の方法。
〔２７３〕
前記リンカーが化学基を含む、〔２７１〕〜〔２７２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２７４〕
前記化学基が、前記第１のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔２７３〕に記載の方法。
〔２７５〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔２７３〕〜〔２７４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２７６〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの２つ以上に関連付けられる、〔２６９〕〜〔２７５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２７７〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、異なるコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの２つ以上に関連付けられる、〔２６９〕〜〔２７６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２７８〕
前記複数の第１のタンパク質結合試薬の少なくとも１つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのいずれかに関連付けられない、〔２６９〕〜〔２７７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２７９〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた前記第１のタンパク質結合試薬およびいずれのコントロール粒子オリゴヌクレオチドにも関連付けられない前記第１のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔２７８〕に記載の方法。
〔２８０〕
前記コントロール粒子が、複数の第２のタンパク質結合試薬に関連付けられる、〔２７８〕〜〔２７９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２８１〕
前記複数の第２のタンパク質結合試薬の少なくとも１つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの１つに関連付けられる、〔２８０〕に記載の方法。
〔２８２〕
前記第１のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドおよび前記第２のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔２８１〕に記載の方法。
〔２８３〕
前記第１のタンパク質結合試薬および前記第２のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔２８１〕に記載の方法。
〔２８４〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、パートナー結合試薬に関連付けられ、前記第１のタンパク質結合試薬が、前記パートナー結合試薬を用いて前記コントロール粒子に関連付けられる、〔２６９〕〜〔２８３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２８５〕
前記パートナー結合試薬が、パートナー抗体を含む、〔２８４〕に記載の方法。
〔２８６〕
前記パートナー抗体が、抗ネコ抗体、抗ニワトリ抗体、抗ウシ抗体、抗イヌ抗体、抗ロバ抗体、抗ヤギ抗体、抗モルモット抗体、抗ハムスター抗体、抗ウマ抗体、抗ヒト抗体、抗ラマ抗体、抗サル抗体、抗マウス抗体、抗ブタ抗体、抗ウサギ抗体、抗ラット抗体、抗ヒツジ抗体、またはそれらの組合せを含む、〔２８５〕に記載の方法。
〔２８７〕
前記パートナー抗体が、免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）、Ｆ（ａｂ’）フラグメント、Ｆ（ａｂ’）2フラグメント、それらの組合せ、またはそれらのフラグメントを含む、〔２８５〕〜〔２８６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２８８〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔２６９〕〜〔２８７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２８９〕
前記第２のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔２６９〕〜〔２８８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２９０〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔２１１〕〜〔２８７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２９１〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）領域を含む、〔２１１〕〜〔２９０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２９２〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔２１１〕〜〔２９１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２９３〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔２９２〕に記載の方法。
〔２９４〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔２９２〕に記載の方法。
〔２９５〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔２９２〕に記載の方法。
〔２９６〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔２９２〕に記載の方法。
〔２９７〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔２９２〕〜〔２９６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２９８〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔２９２〕〜〔２９７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔２９９〕
前記バーコーディングビーズが、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔２９２〕〜〔２９８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３００〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔２９２〕〜〔２９９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３０１〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔２９２〕〜〔３００〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３０２〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも１０００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔２９２〕〜〔３０１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３０３〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも１００００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔２９２〕〜〔３０２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３０４〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔２９２〕〜〔３０３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３０５〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも１００００のバーコードを含む、〔２９２〕〜〔３０４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３０６〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数の標的および前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数の標的の標的および前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのコントロール粒子オリゴヌクレオチドと接触させて、前記標的および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と；
前記標的および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔２１１〕〜〔３０５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３０７〕
前記バーコードを伸長する工程が、ＤＮＡポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔３０６〕に記載の方法。
〔３０８〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔２１１〕〜〔３０７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３０９〕
前記複数のバーコード付き標的および前記複数のバーコード付きコントロール粒子オリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）を用いて、
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部または
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部
を増幅する工程を含む、〔３０８〕に記載の方法。
〔３１０〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔３０８〕〜〔３０９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔３１１〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部、または
前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも一部
をシーケンシングする工程を含む、〔３１０〕に記載の方法。
〔３１２〕
コントロール粒子に関連付けられた複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドを含むコントロール粒子組成物を含むキットであって、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの各々が、コントロールバーコード配列およびポリ（ｄＡ）領域を含む、キット。
〔３１３〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも２つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔３１２〕に記載のキット。
〔３１４〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも６ヌクレオチド長である、〔３１２〕〜〔３１３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３１５〕
前記コントロールバーコード配列が、２５〜４５ヌクレオチド長である、〔３１２〕〜〔３１３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３１６〕
前記コントロールバーコード配列が、約１２８ヌクレオチド長である、〔３１２〕〜〔３１３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３１７〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも１２８ヌクレオチド長である、〔３１２〕〜〔３１３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３１８〕
前記コントロールバーコード配列が、約２００〜５００ヌクレオチド長である、〔３１２〕〜〔３１３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３１９〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約５０ヌクレオチド長である、〔３１２〕〜〔３１５〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３２０〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約１００ヌクレオチド長である、〔３１２〕〜〔３１５〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３２１〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約２００ヌクレオチド長である、〔３１２〕〜〔３１７〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３２２〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、少なくとも２００ヌクレオチド長である、〔３１２〕〜〔３１７〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３２３〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約２００〜３００ヌクレオチド長未満である、〔３１２〕〜〔３１８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３２４〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、約５００ヌクレオチド長である、〔３１２〕〜〔３１８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３２５〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも５つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔３１２〕〜〔３２４〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３２６〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔３１２〕〜〔３２４〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３２７〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔３１２〕〜〔３２４〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３２８〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔３１２〕〜〔３２４〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３２９〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも３つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔３１２〕〜〔３２８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３３０〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも５つが、異なる配列を含む、〔３１２〕〜〔３２８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３３１〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１０個が、異なる配列を含む、〔３１２〕〜〔３２８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３３２〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１００個が、異なる配列を含む、〔３１２〕〜〔３２８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３３３〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、
第１のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと、
第２のコントロールバーコード配列を各々含む複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドと
を含み、
前記第１のコントロールバーコード配列および前記第２のコントロールバーコード配列が、異なる配列を有する、〔３１２〕〜〔３３２〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３３４〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数がほぼ同じである、〔３３３〕に記載のキット。
〔３３５〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数および前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が異なる、〔３３３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３３６〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも２倍多い、〔３３５〕に記載のキット。
〔３３７〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より少なくとも１０倍多い、〔３３５〕に記載のキット。
〔３３８〕
前記複数の第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数が、前記複数の第２のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの数より約１００倍多い、〔３３５〕に記載のキット。
〔３３９〕
前記コントロールバーコード配列が、１つの種のゲノム配列に対して相同でない、〔３１２〕〜〔３３８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３４０〕
前記コントロールバーコード配列が、１つの種のゲノム配列に対して相同である、〔３１２〕〜〔３３８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３４１〕
前記種が非哺乳動物種である、〔３４０〕に記載のキット。
〔３４２〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔３４１〕に記載のキット。
〔３４３〕
前記ファージ種が、Ｔ７ファージ、ＰｈｉＸファージ、またはそれらの組合せである、〔３４２〕に記載のキット。
〔３４４〕
前記第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔３１２〕〜〔３４３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３４５〕
前記第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔３１２〕〜〔３４４〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３４６〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１つが、リンカーを介して前記コントロール粒子に関連付けられる、〔３１２〕〜〔３４５〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３４７〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１つが、前記リンカーを含む、〔３４６〕に記載のキット。
〔３４８〕
前記リンカーが化学基を含む、〔３４６〕〜〔３４７〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３４９〕
前記化学基が、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１つに可逆的に結合される、〔３４８〕に記載のキット。
〔３５０〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔３４８〕〜〔３４９〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３５１〕
前記コントロール粒子の直径が、約１〜１０００マイクロメートルである、〔３１２〕〜〔３５０〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３５２〕
前記コントロール粒子の直径が、約１０〜１００マイクロメートルである、〔３１２〕〜〔３５０〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３５３〕
前記コントロール粒子の直径が、約７．５マイクロメートルである、〔３１２〕〜〔３５０〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３５４〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に固定される、〔３１２〕〜〔３５３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３５５〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子上に部分的に固定される、〔３１２〕〜〔３５３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３５６〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に封入される、〔３１２〕〜〔３５３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３５７〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記コントロール粒子に部分的に封入される、〔３１２〕〜〔３５３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３５８〕
前記コントロール粒子が崩壊性である、〔３１２〕〜〔３５７〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３５９〕
前記コントロール粒子が、ビーズを含む、〔３１２〕〜〔３５８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３６０〕
前記ビーズが、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔３５９〕に記載のキット。
〔３６１〕
前記コントロール粒子が、ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔３１２〕〜〔３６０〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３６２〕
前記コントロール粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔３１２〕〜〔３６１〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３６３〕
前記コントロール粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔３１２〕〜〔３６２〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３６４〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔３１２〕〜〔３６３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３６５〕
前記コントロール粒子が、複数の第１のタンパク質結合試薬に関連付けられ、
前記複数の第１のタンパク質結合試薬の少なくとも１つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの１つに関連付けられる、〔３１２〕〜〔３６４〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３６６〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、第１の抗体を含む、〔３６５〕に記載のキット。
〔３６７〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記第１のタンパク質結合試薬に結合される、〔３６５〕〜〔３６６〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３６８〕
前記第１のコントロール粒子オリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔３６７〕に記載のキット。
〔３６９〕
前記リンカーが化学基を含む、〔３６７〕〜〔３６８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３７０〕
前記化学基が、前記第１のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔３６９〕に記載のキット。
〔３７１〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔３６９〕〜〔３７０〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３７２〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの２つ以上に関連付けられる、〔３６５〕〜〔３７１〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３７３〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、異なるコントロールバーコード配列を有する前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの２つ以上に関連付けられる、〔３６５〕〜〔３７２〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３７４〕
前記複数の第１のタンパク質結合試薬の少なくとも１つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドのいずれかに関連付けられない、〔３６５〕〜〔３７３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３７５〕
前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドに関連付けられた前記第１のタンパク質結合試薬およびいずれのコントロール粒子オリゴヌクレオチドにも関連付けられない前記第１のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔３７４〕に記載のキット。
〔３７６〕
前記コントロール粒子が、複数の第２のタンパク質結合試薬に関連付けられる、〔３６５〕〜〔３７５〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３７７〕
前記複数の第２のタンパク質結合試薬の少なくとも１つが、前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの１つに関連付けられる、〔３７６〕に記載のキット。
〔３７８〕
前記第１のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドおよび前記第２のタンパク質結合試薬に関連付けられた前記コントロール粒子オリゴヌクレオチドが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔３７７〕に記載のキット。
〔３７９〕
前記第１のタンパク質結合試薬および前記第２のタンパク質結合試薬が、同一のタンパク質結合試薬である、〔３７７〕に記載のキット。
〔３８０〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、パートナー結合試薬に関連付けられ、前記第１のタンパク質結合試薬が、前記パートナー結合試薬を用いて前記コントロール粒子に関連付けられる、〔３６５〕〜〔３７５〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３８１〕
前記パートナータンパク質結合試薬が、パートナー抗体を含む、〔３８０〕に記載のキット。
〔３８２〕
前記パートナー抗体が、抗ネコ抗体、抗ニワトリ抗体、抗ウシ抗体、抗イヌ抗体、抗ロバ抗体、抗ヤギ抗体、抗モルモット抗体、抗ハムスター抗体、抗ウマ抗体、抗ヒト抗体、抗ラマ抗体、抗サル抗体、抗マウス抗体、抗ブタ抗体、抗ウサギ抗体、抗ラット抗体、抗ヒツジ抗体、またはそれらの組合せを含む、〔３８１〕に記載のキット。
〔３８３〕
前記第２の抗体が、免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）、Ｆ（ａｂ’）フラグメント、Ｆ（ａｂ’）2フラグメント、それらの組合せ、またはそれらのフラグメントを含む、〔３８１〕〜〔３８２〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３８４〕
前記第１のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔３１２〕〜〔３８３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３８５〕
前記第２のタンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔３１２〕〜〔３８４〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３８６〕
複数のバーコードを含む、〔３１２〕〜〔３８３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３８７〕
前記複数のバーコードのバーコードが、標的結合領域およびバーコード配列を含み、
前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードのバーコード配列が、異なる分子標識配列を含む、〔３８６〕に記載のキット。
〔３８８〕
前記バーコードが、細胞標識配列、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔３８７〕に記載のキット。
〔３８９〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）領域を含む、〔３８７〕〜〔３８８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３９０〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔３８６〕〜〔３８９〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３９１〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔３９０〕に記載のキット。
〔３９２〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔３９０〕に記載のキット。
〔３９３〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔３９０〕に記載のキット。
〔３９４〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔３９０〕に記載のキット。
〔３９５〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔３９０〕〜〔３９４〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３９６〕
前記バーコーディング粒子が、第２のビーズを含む、〔３９０〕〜〔３９５〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３９７〕
前記バーコーディング粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔３９０〕〜〔３９６〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３９８〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔３９０〕〜〔３９７〕のいずれか一項に記載のキット。
〔３９９〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔３９０〕〜〔３９８〕のいずれか一項に記載のキット。
〔４００〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも１０００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔３９０〕〜〔３９９〕のいずれか一項に記載のキット。
〔４０１〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも１００００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔３９０〕〜〔４００〕のいずれか一項に記載のキット。
〔４０２〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔３９０〕〜〔４０１〕のいずれか一項に記載のキット。
〔４０３〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも１００００のバーコードを含む、〔３９０〕〜〔４０２〕のいずれか一項に記載のキット。
〔４０４〕
ＤＮＡポリメラーゼを含む、〔３０６〕〜〔４０３〕のいずれか一項に記載のキット。
〔４０５〕
ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）用の試薬を含む、〔３０６〕〜〔４０４〕のいずれか一項に記載のキット。
〔４０６〕
シーケンシングコントロールのための方法であって、
複数の細胞の１つ以上の細胞を、複数のコントロール組成物のうちの１つのコントロール組成物と接触させる工程であって、
前記複数の細胞のうちの１つの細胞が、複数の標的および複数のタンパク質標的を含み、
前記複数のコントロール組成物の各々が、コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能であり、前記コントロールオリゴヌクレオチドが、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも１つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と；
複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と；
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と；
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの特性を用いて、前記１つ以上の細胞の少なくとも１つの特性を決定する工程と、
を含む、方法。
〔４０７〕
前記擬似標的領域が、ポリ（ｄＡ）領域を含む、〔４０６〕に記載の方法。
〔４０８〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも６ヌクレオチド長である、〔４０６〕〜〔４０７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４０９〕
前記コントロールバーコード配列が、２５〜４５ヌクレオチド長である、〔４０６〕〜〔４０７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４１０〕
前記コントロールバーコード配列が、約１２８ヌクレオチド長である、〔４０６〕〜〔４０７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４１１〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも１２８ヌクレオチド長である、〔４０６〕〜〔４０７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４１２〕
前記コントロールバーコード配列が、約２００〜５００ヌクレオチド長である、〔４０６〕〜〔４０７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４１３〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約５０ヌクレオチド長である、〔４０６〕〜〔４０９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４１４〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約１００ヌクレオチド長である、〔４０６〕〜〔４０９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４１５〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約２００ヌクレオチド長である、〔４０６〕〜〔４１１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４１６〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、少なくとも２００ヌクレオチド長である、〔４０６〕〜〔４１１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４１７〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約２００〜３００ヌクレオチド長未満である、〔４０６〕〜〔４１２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４１８〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約５００ヌクレオチド長である、〔４０６〕〜〔４１２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４１９〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも２つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔４０６〕〜〔４１８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４２０〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔４０６〕〜〔４１８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４２１〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔４０６〕〜〔４１８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４２２〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔４０６〕〜〔４１８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４２３〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも２つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔４０６〕〜〔４２２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４２４〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１０個が、異なる配列を含む、〔４０６〕〜〔４２２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４２５〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１００個が、異なる配列を含む、〔４０６〕〜〔４２２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４２６〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１０００個が、異なる配列を含む、〔４０６〕〜〔４２２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４２７〕
前記１つ以上の細胞の前記少なくとも１つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を決定する工程と；
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を用いて、前記１つ以上の細胞の数を決定する工程と
を含む、〔４０６〕〜〔４２６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４２８〕
決定された前記１つ以上の細胞の数に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔４２７〕に記載の方法。
〔４２９〕
決定された前記１つ以上の細胞の数および前記複数の細胞の数の比率に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔４２７〕に記載の方法。
〔４３０〕
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドの前記特性を用いて、前記１つ以上の細胞の前記少なくとも１つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程と；
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記１つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔４０６〕〜〔４２６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４３１〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程を含む、〔４３０〕に記載の方法。
〔４３２〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記１つ以上の細胞の数を決定する工程が、
最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数に関連付けられた前記シーケンシングデータ中の細胞標識の数を用いて、最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数のプロットを作成する工程と；
前記１つ以上の細胞の数として前記プロットにおけるカットオフを決定する工程と、
を含む、〔４３１〕に記載の方法。
〔４３３〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記複数の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔４０６〕〜〔４３２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４３４〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、１つの種のゲノム配列に対して相同である、〔４０６〕〜〔４３３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４３５〕
前記種が非哺乳動物種である、〔４３４〕に記載の方法。
〔４３６〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔４３５〕に記載の方法。
〔４３７〕
前記ファージ種が、Ｔ７ファージ、ＰｈｉＸファージ、またはそれらの組合せである、〔４３６〕に記載の方法。
〔４３８〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記タンパク質結合試薬から前記コントロールオリゴヌクレオチドを放出する工程を含む、〔４０６〕〜〔４３３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４３９〕
前記複数のコントロール組成物の結合されていないコントロール組成物を除去する工程を含む、〔４０６〕〜〔４３８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４４０〕
前記結合されていないコントロール組成物を除去する工程が、前記複数の細胞の前記１つ以上の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔４３９〕に記載の方法。
〔４４１〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記コントロール組成物の少なくとも１つのタンパク質結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔４３９〕に記載の方法。
〔４４２〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも１つが、細胞表面上にある、〔４０６〕〜〔４３８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４４３〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも１つが、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔４０６〕〜〔４４２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４４４〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体を含む、〔４０６〕〜〔４４３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４４５〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔４０６〕〜〔４４４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４４６〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔４４５〕に記載の方法。
〔４４７〕
前記リンカーが化学基を含む、〔４４５〕〜〔４４６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４４８〕
前記化学基が、前記第１のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔４４７〕に記載の方法。
〔４４９〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔４４７〕〜〔４４８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４５０〕
前記タンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する２つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔４０６〕〜〔４４９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４５１〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる同一のコントロールバーコード配列を有する２つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔４０６〕〜〔４４９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４５２〕
前記複数のコントロール組成物の第２のタンパク質結合試薬は、前記コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられない、〔４０６〕〜〔４５１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４５３〕
前記タンパク質結合試薬および前記第２のタンパク質結合試薬が同一である、〔４５２〕に記載の方法。
〔４５４〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔４０６〕〜〔４５３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４５５〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）領域を含む、〔４０６〕〜〔４５４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４５６〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔４０６〕〜〔４５４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４５７〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔４５６〕に記載の方法。
〔４５８〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔４５６〕に記載の方法。
〔４５９〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔４５６〕に記載の方法。
〔４６０〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔４５６〕に記載の方法。
〔４６１〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔４５６〕〜〔４６０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４６２〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔４５６〕〜〔４６１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４６３〕
前記バーコーディングビーズが、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔４５６〕〜〔４６２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４６４〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔４５６〕〜〔４６３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４６５〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔４５６〕〜〔４６４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４６６〕
前記バーコーディング粒子が、光学的部分に関連付けられる、〔４５６〕〜〔４６５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４６７〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、光学的部分に関連付けられる、〔４５６〕〜〔４６６〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔４６８〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも１０００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔４５６〕〜〔４６７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４６９〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも１００００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔４５６〕〜〔４６８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４７０〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔４５６〕〜〔４６９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４７１〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも１００００のバーコードを含む、〔４５６〕〜〔４７０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４７２〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔４０６〕〜〔４７１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４７３〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数のコントロール組成物のコントロールオリゴヌクレオチドと接触させて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と；
前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔４０６〕〜〔４７２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４７４〕
前記バーコードを伸長する工程が、ＤＮＡポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔４７３〕に記載の方法。
〔４７５〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔４０６〕〜〔４７４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４７６〕
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔４７５〕に記載の方法。
〔４７７〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔４７５〕〜〔４７６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４７８〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔４７７〕に記載の方法。
〔４７９〕
シーケンシングコントロールのための方法であって、
複数の細胞の１つ以上の細胞を、複数のコントロール組成物のうちの１つのコントロール組成物と接触させる工程であって、
前記複数の細胞のうちの１つの細胞が、複数の標的および複数の結合標的を含み、
前記複数のコントロール組成物の各々が、コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた細胞成分結合試薬を含み、前記細胞成分結合試薬が、前記複数の結合標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能であり、前記コントロールオリゴヌクレオチドが、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも１つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と；
複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と；
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と；
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの特性を用いて、前記１つ以上の細胞の少なくとも１つの特性を決定する工程と、
を含む、方法。
〔４８０〕
前記擬似標的領域が、ポリ（ｄＡ）領域を含む、〔４７９〕に記載の方法。
〔４８１〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも６ヌクレオチド長である、〔４７９〕〜〔４８０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４８２〕
前記コントロールバーコード配列が、２５〜４５ヌクレオチド長である、〔４７９〕〜〔４８０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４８３〕
前記コントロールバーコード配列が、約１２８ヌクレオチド長である、〔４７９〕〜〔４８０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４８４〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも１２８ヌクレオチド長である、〔４７９〕〜〔４８０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４８５〕
前記コントロールバーコード配列が、約２００〜５００ヌクレオチド長である、〔４７９〕〜〔４８０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４８６〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約５０ヌクレオチド長である、〔４７９〕〜〔４８２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４８７〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約１００ヌクレオチド長である、〔４７９〕〜〔４８２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４８８〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約２００ヌクレオチド長である、〔４７９〕〜〔４８４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４８９〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、少なくとも２００ヌクレオチド長である、〔４７９〕〜〔４８４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４９０〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約２００〜３００ヌクレオチド長未満である、〔４７９〕〜〔４８５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４９１〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約５００ヌクレオチド長である、〔４７９〕〜〔４８５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４９２〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも２つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔４７９〕〜〔４９１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４９３〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔４７９〕〜〔４９１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４９４〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔４７９〕〜〔４９１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４９５〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔４７９〕〜〔４９１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４９６〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも２つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔４７９〕〜〔４９５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４９７〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１０個が、異なる配列を含む、〔４７９〕〜〔４９５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４９８〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１００個が、異なる配列を含む、〔４７９〕〜〔４９５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔４９９〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１０００個が、異なる配列を含む、〔４７９〕〜〔４９５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５００〕
前記１つ以上の細胞の前記少なくとも１つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を決定する工程と；
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を用いて、前記１つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔４７９〕〜〔４９９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５０１〕
決定された前記１つ以上の細胞の数に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔５００〕に記載の方法。
〔５０２〕
決定された前記１つ以上の細胞の数および前記複数の細胞の数の比率に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔５００〕に記載の方法。
〔５０３〕
前記１つ以上の細胞の前記少なくとも１つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程と；
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記１つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔４７９〕〜〔４９９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５０４〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程を含む、〔５０３〕に記載の方法。
〔５０５〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記１つ以上の細胞の数を決定する工程が、
最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数に関連付けられた前記シーケンシングデータ中の細胞標識の数を用いて、最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数のプロットを作成する工程と；
前記１つ以上の細胞の数として前記プロットにおけるカットオフを決定する工程と、
を含む、〔５０４〕に記載の方法。
〔５０６〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記複数の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔４７９〕〜〔５０５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５０７〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、１つの種のゲノム配列に対して相同である、〔４７９〕〜〔５０６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５０８〕
前記種が非哺乳動物種である、〔５０７〕に記載の方法。
〔５０９〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔５０８〕に記載の方法。
〔５１０〕
前記ファージ種が、Ｔ７ファージ、ＰｈｉＸファージ、またはそれらの組合せである、〔５０９〕に記載の方法。
〔５１１〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記細胞成分結合試薬から前記コントロールオリゴヌクレオチドを放出する工程を含む、〔４７９〕〜〔５０６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５１２〕
前記複数の結合標的の少なくとも１つが、細胞表面上で発現される、〔４７９〕〜〔５１１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５１３〕
前記複数の結合標的の少なくとも１つが、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔４７９〕〜〔５１２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５１４〕
前記細胞成分結合試薬が、細胞表面結合試薬、抗体、四量体、アプタマー、タンパク質骨格、浸潤、またはそれらの組合せを含む、〔４７９〕〜〔５１３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５１５〕
前記細胞成分結合試薬の結合標的が、１０〜１００の異なる結合標的を含む群から選択される、〔４７９〕〜〔５１４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５１６〕
前記細胞成分結合試薬の結合標的が、炭水化物、脂質、タンパク質、細胞外タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、細胞内タンパク質、またはそれらの任意の組合せを含む、〔５１５〕に記載の方法。
〔５１７〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記細胞成分結合試薬に結合される、〔４７９〕〜〔５１６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５１８〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔５１７〕に記載の方法。
〔５１９〕
前記リンカーが化学基を含む、〔５１７〕〜〔５１８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５２０〕
前記化学基が、前記第１の細胞成分結合試薬に可逆的に結合される、〔５１９〕に記載の方法。
〔５２１〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔５１９〕〜〔５２０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５２２〕
前記細胞成分結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する２つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔４７９〕〜〔５２１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５２３〕
前記細胞成分結合試薬が、異なる同一のコントロールバーコード配列を有する２つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔４７９〕〜〔５２１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５２４〕
前記複数のコントロール組成物の第２の細胞成分結合試薬は、前記コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられない、〔４７９〕〜〔５２３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５２５〕
前記細胞成分結合試薬および前記第２の細胞成分結合試薬が同一である、〔５２４〕に記載の方法。
〔５２６〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔４７９〕〜〔５２５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５２７〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）領域を含む、〔４７９〕〜〔５２６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５２８〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔４７９〕〜〔５２７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５２９〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔５２８〕に記載の方法。
〔５３０〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔５２８〕に記載の方法。
〔５３１〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔５２８〕に記載の方法。
〔５３２〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔５２８〕に記載の方法。
〔５３３〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔５２９〕〜〔５３２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５３４〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔５２８〕〜〔５３３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５３５〕
前記バーコーディング粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔５２８〕〜〔５３４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５３６〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔５２８〕〜〔５３５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５３７〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔５２８〕〜〔５３６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５３８〕
前記バーコーディング粒子が、光学的部分に関連付けられる、〔５２８〕〜〔５３７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５３９〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、光学的部分に関連付けられる、〔５２８〕〜〔５３８〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔５４０〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも１０００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔５２８〕〜〔５３６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５４１〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも１００００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔５２８〕〜〔５４０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５４２〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔５２８〕〜〔５４１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５４３〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも１００００のバーコードを含む、〔５２８〕〜〔５４２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５４４〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔４７９〕〜〔５４３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５４５〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数のコントロール組成物のコントロールオリゴヌクレオチドと接触させて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と；
前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔４７９〕〜〔５４４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５４６〕
前記バーコードを伸長する工程が、ＤＮＡポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔５４５〕に記載の方法。
〔５４７〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔４７９〕〜〔５４６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５４８〕
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔５４７〕に記載の方法。
〔５４９〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔５４７〕〜〔５４８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５５０〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔５４９〕に記載の方法。
〔５５１〕
シーケンシングコントロールのための方法であって、
複数の細胞の１つ以上の細胞を、複数のコントロール組成物のうちの１つのコントロール組成物と接触させる工程であって、
前記複数の細胞のうちの１つの細胞が、複数の標的および複数のタンパク質標的を含み、
前記複数のコントロール組成物の各々が、コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能であり、前記コントロールオリゴヌクレオチドが、コントロールバーコード配列、および前記複数のバーコードの少なくとも１つの前記標的結合領域に実質的に相補的な配列を含む擬似標的領域を含む工程と；
前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの特性を用いて、前記１つ以上の細胞の少なくとも１つの特性を決定する工程と、
を含む、方法。
〔５５２〕
前記擬似標的領域が、ポリ（ｄＡ）領域を含む、〔５５１〕に記載の方法。
〔５５３〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも６ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５５４〕
前記コントロールバーコード配列が、２５〜４５ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５５５〕
前記コントロールバーコード配列が、約１２８ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５５６〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも１２８ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５５７〕
前記コントロールバーコード配列が、約２００〜５００ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５５８〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約５０ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５５９〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約１００ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５６０〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約２００ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５６１〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、少なくとも２００ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５６２〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約２００〜３００ヌクレオチド長未満である、〔５５１〕〜〔５５７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５６３〕
前記コントロールバーコードオリゴヌクレオチドが、約５００ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５６４〕
前記コントロールバーコード配列が、２５〜４５ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５６３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５６５〕
前記コントロールバーコード配列が、約１２８ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５６６〕
前記コントロールバーコード配列が、少なくとも１２８ヌクレオチド長である、〔５５１〕〜〔５５２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５６７〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも２つの前記コントロールバーコード配列が同一である、〔５５１〕〜〔５６６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５６８〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔５５１〕〜〔５６６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５６９〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔５５１〕〜〔５６６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５７０〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの約１０００の前記コントロールバーコード配列が同一である、〔５５１〕〜〔５６６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５７１〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも２つが、異なるコントロールバーコード配列を含む、〔５５１〕〜〔５７０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５７２〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１０個が、異なる配列を含む、〔５５１〕〜〔５７０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５７３〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１００個が、異なる配列を含む、〔５５１〕〜〔５７０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５７４〕
前記複数のコントロール粒子オリゴヌクレオチドの少なくとも１０００個が、異なる配列を含む、〔５５１〕〜〔５７０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５７５〕
前記１つ以上の細胞の前記少なくとも１つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を決定する工程と；
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられた識別可能な配列を有する細胞標識配列の数を用いて、前記１つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔５５１〕〜〔５７４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５７６〕
決定された前記１つ以上の細胞の数に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔５７５〕に記載の方法。
〔５７７〕
決定された前記１つ以上の細胞の数および前記複数の細胞の数の比率に基づいて、単一細胞捕捉効率を決定する工程を含む、〔５７５〕に記載の方法。
〔５７８〕
前記１つ以上の細胞の前記少なくとも１つの特性を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程と；
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記１つ以上の細胞の数を決定する工程と、
を含む、〔５５１〕〜〔５７４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５７９〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程が、
前記シーケンシングデータ中の各細胞標識について、前記細胞標識に関連付けられた最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を決定する工程を含む、〔５７８〕に記載の方法。
〔５８０〕
前記細胞標識に関連付けられた識別可能な配列を有するバーコード配列および前記コントロールバーコード配列の数を用いて、前記１つ以上の細胞の数を決定する工程が、
最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数に関連付けられた前記シーケンシングデータ中の細胞標識の数を用いて、最高数の識別可能な配列を有するバーコード配列の数のプロットを作成する工程と；
前記１つ以上の細胞の数として前記プロットにおけるカットオフを決定する工程と、
を含む、〔５７９〕に記載の方法。
〔５８１〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記複数の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔５５１〕〜〔５８０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５８２〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、１つの種のゲノム配列に対して相同である、〔５５１〕〜〔５８１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５８３〕
前記種が非哺乳動物種である、〔５８２〕に記載の方法。
〔５８４〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔５８３〕に記載の方法。
〔５８５〕
前記ファージ種が、Ｔ７ファージ、ＰｈｉＸファージ、またはそれらの組合せである、〔５８４〕に記載の方法。
〔５８６〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける前に、前記タンパク質結合試薬から前記コントロールオリゴヌクレオチドを放出する工程を含む、〔５５１〕〜〔５８５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５８７〕
前記複数のコントロール組成物の結合されていないコントロール組成物を除去する工程を含む、〔５５１〕〜〔５８６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５８８〕
前記結合されていないコントロール組成物を除去する工程が、前記複数の細胞の前記１つ以上の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔５８７〕に記載の方法。
〔５８９〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記コントロール組成物の少なくとも１つのタンパク質結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔５８８〕に記載の方法。
〔５９０〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも１つが、細胞表面上で発現される、〔５５１〕〜〔５８９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５９１〕
前記複数のタンパク質標的の少なくとも１つが、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔５５１〕〜〔５９０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５９２〕
前記タンパク質結合試薬が、炭水化物、脂質、タンパク質、細胞外タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、細胞内タンパク質またはそれらの任意の組合せを含む、〔５５１〕〜〔５９１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５９３〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔５９２〕に記載の方法。
〔５９４〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、前記リンカーを含む、〔５９３〕に記載の方法。
〔５９５〕
前記リンカーが化学基を含む、〔５９３〕〜〔５９４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５９６〕
前記化学基が、前記第１のタンパク質結合試薬に可逆的に結合される、〔５９５〕に記載の方法。
〔５９７〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔５９５〕〜〔５９６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５９８〕
前記タンパク質結合試薬が、同一のコントロールバーコード配列を有する２つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔５５１〕〜〔５９７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔５９９〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる同一のコントロールバーコード配列を有する２つ以上のコントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔５５１〕〜〔５９７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６００〕
前記複数のコントロール組成物の第２のタンパク質結合試薬は、前記コントロールオリゴヌクレオチドに関連付けられない、〔５５１〕〜〔５９９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６０１〕
前記タンパク質結合試薬および前記第２のタンパク質結合試薬が同一である、〔６００〕に記載の方法。
〔６０２〕
前記バーコードが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔５５１〕〜〔６０１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６０３〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）領域を含む、〔５５１〕〜〔６０２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６０４〕
前記複数のバーコードが、バーコーディング粒子に関連付けられる、〔５５１〕〜〔６０２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６０５〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に固定される、〔６０４〕に記載の方法。
〔６０６〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子上に部分的に固定される、〔６０４〕に記載の方法。
〔６０７〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に封入される、〔６０４〕に記載の方法。
〔６０８〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記バーコーディング粒子に部分的に封入される、〔６０４〕に記載の方法。
〔６０９〕
前記バーコーディング粒子が崩壊性である、〔６０４〕〜〔６０８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６１０〕
前記バーコーディング粒子が、バーコーディングビーズを含む、〔６０４〕〜〔６０９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６１１〕
前記バーコーディング粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔６０４〕〜〔６１０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６１２〕
前記バーコーディング粒子が、ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、またはそれらの任意の組合せの材料を含む、〔６０４〕〜〔６１１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６１３〕
前記バーコーディング粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔６０４〕〜〔６１２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６１４〕
前記バーコーディング粒子が、光学的部分に関連付けられる、〔６０４〕〜〔６１３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６１５〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドが、光学的部分に関連付けられる、〔６０４〕〜〔６１４〕のいずれか一項に記載のコントロール粒子組成物。
〔６１６〕
複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程であって、前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と；
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と；
を含む、〔６０４〕〜〔６１５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６１７〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも１０００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔６１６〕〜〔６１２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６１８〕
前記バーコーディング粒子の前記バーコードが、少なくとも１００００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔６１６〕〜〔６１７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６１９〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔６１６〕〜〔６１８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６２０〕
前記バーコーディング粒子が、少なくとも１００００のバーコードを含む、〔６１６〕〜〔６１９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６２１〕
前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、複数のバーコードを用いて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔６１６〕〜〔６２０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６２２〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数のコントロールオリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記複数のコントロール組成物のコントロールオリゴヌクレオチドと接触させて、前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と；
前記コントロールオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔６１６〕〜〔６２１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６２３〕
前記バーコードを伸長する工程が、ＤＮＡポリメラーゼ、逆転写酵素、またはそれらの組合せを用いて、前記バーコードを伸長する工程を含む、〔６２２〕に記載の方法。
〔６２４〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔６１６〕〜〔６２３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６２５〕
前記複数のバーコード付きのコントロールオリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔６２４〕に記載の方法。
〔６２６〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔６２４〕〜〔６２５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６２７〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記コントロールオリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔６２６〕に記載の方法。
〔６２８〕
細胞同定のための方法であって、
第１の複数の細胞および第２の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の２つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第１の複数の細胞の各々および前記第２の複数の細胞の各々が、１つ以上のタンパク質標的を含み、前記２つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記１つ以上のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記２つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と；
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と；
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と；
得られた前記シーケンシングデータ中の２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた１つ以上の細胞標識配列を同定する工程と；
得られた前記シーケンシングデータから、２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記１つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除去する工程と、
を含む、方法。
〔６２９〕
多重同定のための方法であって、
第１の複数の細胞および第２の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の２つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第１の複数の細胞の各々および前記第２の複数の細胞の各々が、１つ以上のタンパク質標的を含み、前記２つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられたタンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記１つ以上のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記２つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と；
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と；
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と；
得られた前記シーケンシングデータ中の２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた１つ以上の多細胞標識配列を同定する工程と、
を含む、方法。
〔６３０〕
細胞同定のための方法であって、
第１の複数の細胞および第２の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の２つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第１の複数の細胞の各々および前記第２の複数の細胞の各々が、１つ以上の細胞成分標的を含み、前記２つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた細胞成分結合試薬を含み、前記細胞成分結合試薬が、前記１つ以上の細胞成分標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記２つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と；
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と；
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と；
得られた前記シーケンシングデータ中の２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた１つ以上の細胞標識配列を同定する工程と；
得られた前記シーケンシングデータから、２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記１つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除去する工程と、
を含む、方法。
〔６３１〕
多重同定のための方法であって、
第１の複数の細胞および第２の複数の細胞を、それぞれ複数の細胞同定組成物の２つの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第１の複数の細胞の各々および前記第２の複数の細胞の各々が、１つ以上の細胞成分標的を含み、前記２つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた細胞成分結合試薬を含み、前記細胞成分結合試薬が、前記１つ以上の細胞成分標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記２つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と；
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と；
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と；
前記シーケンシングデータ中の２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた１つ以上の多細胞標識配列を同定する工程と、
を含む、方法。
〔６３２〕
前記細胞成分結合試薬が、タンパク質結合試薬を含み、前記タンパク質結合試薬が、前記細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられ、前記１つ以上の細胞成分標的が、１つ以上のタンパク質標的を含む、〔６３０〕〜〔６３１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６３３〕
前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞を、前記２つの細胞同定組成物のそれぞれと接触させる工程が、
前記第１の複数の細胞を、前記２つの細胞同定組成物の第１の細胞同定組成物と接触させる工程と；
前記第１の複数の細胞を、前記２つの細胞同定組成物の第２の細胞同定組成物と接触させる工程と、
を含む、〔６２８〕〜〔６３２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６３４〕
前記細胞同定配列が、少なくとも６ヌクレオチド長である、〔６２８〕〜〔６３３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６３５〕
前記細胞同定配列が、２５〜６０ヌクレオチド長である、〔６２８〕〜〔６３４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６３６〕
前記細胞同定配列が、約４５ヌクレオチド長である、〔６２８〕〜〔６３５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６３７〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約５０ヌクレオチド長である、〔６２８〕〜〔６３５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６３８〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約１００ヌクレオチド長である、〔６２８〕〜〔６３４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６３９〕
前記細胞同定配列が、約１２８ヌクレオチド長である、〔６２８〕〜〔６３４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６４０〕
前記細胞同定配列が、少なくとも１２８ヌクレオチド長である、〔６２８〕〜〔６３４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６４１〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約２００ヌクレオチド長である、〔６２８〕〜〔６３４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６４２〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、少なくとも２００ヌクレオチド長である、〔６２８〕〜〔６３４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６４３〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約２００〜３００ヌクレオチド長未満である、〔６２８〕〜〔６３４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６４４〕
前記細胞同定配列が、約２００〜５００ヌクレオチド長である、〔６２８〕〜〔６３４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６４５〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約５００ヌクレオチド長である、〔６２８〕〜〔６３４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６４６〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも１０の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔６２８〕〜〔６４５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６４７〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも１００の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔６２８〕〜〔６４５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６４８〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも１０００の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔６２８〕〜〔６４５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６４９〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、四量体、アプタマー、タンパク質骨格、インテグリン、またはそれらの組合せを含む、〔６２８〕および〔６３２〕〜〔６４８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６５０〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記タンパク質結合試薬に結合される、〔６２８〕および〔６３２〕〜〔６４９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６５１〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔６５０〕に記載の方法。
〔６５２〕
前記リンカーが化学基を含む、〔６５０〕〜〔６５１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６５３〕
前記化学基が、前記タンパク質結合試薬に可逆的にまたは不可逆的に結合される、〔６５２〕に記載の方法。
〔６５４〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ジスルフィド結合、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合またはそれらの任意の組合せを含む、〔６５２〕〜〔６５３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６５５〕
前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞の少なくとも１つが、単一細胞を含む、〔６２８〕〜〔６５４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６５６〕
前記１つ以上のタンパク質標的の少なくとも１つが、細胞表面上にある、〔６２８〕〜〔６２９〕および〔６３２〕〜〔６５５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６５７〕
前記２つの細胞同定組成物の結合されていない細胞同定組成物を除去する工程を含む、〔６２８〕〜〔６５６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６５８〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔６５７〕に記載の方法。
〔６５９〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記２つの細胞同定組成物の少なくとも１つの細胞成分結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔６５７〕に記載の方法。
〔６６０〕
前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞の細胞を溶解する工程を含む、〔６２８〕〜〔６５９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６６１〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記タンパク質結合試薬から切り離し可能または切り離し不可能であるように構成される、〔６２８〕〜〔６２９〕および〔６３２〕〜〔６６０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６６２〕
前記タンパク質結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔６２８〕〜〔６２９〕および〔６３２〕〜〔６６１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６６３〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程が、ＵＶ光切断、化学的処理、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記タンパク質結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔６６２〕に記載の方法。
〔６６４〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記１つ以上の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔６２８〕〜〔６６３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６６５〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、１つの種のゲノム配列に対して相同である、〔６２８〕〜〔６６４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６６６〕
前記種が非哺乳動物種である、〔６６５〕に記載の方法。
〔６６７〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔６６６〕に記載の方法。
〔６６８〕
前記ファージ種が、Ｔ７ファージ、ＰｈｉＸファージ、またはそれらの組合せである、〔６６７〕に記載の方法。
〔６６９〕
前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞の少なくとも１つが、腫瘍細胞または非腫瘍細胞を含む、〔６２８〕〜〔６６８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６７０〕
前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞の少なくとも１つが、哺乳動物細胞、細菌細胞、ウイルス細胞、酵母細胞、真菌細胞、またはそれらの任意の組合せを含む、〔６２８〕〜〔６６９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６７１〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードの捕捉配列に相補的な配列を含む、〔６２８〕〜〔６７０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６７２〕
前記バーコードが、前記捕捉配列を含む標的結合領域を含む、〔６７１〕に記載の方法。
〔６７３〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）領域を含む、〔６７２〕に記載の方法。
〔６７４〕
前記バーコードの前記捕捉配列に相補的な前記細胞同定オリゴヌクレオチドの配列が、ポリ（ｄＡ）領域を含む、〔６７１〕〜〔６７３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６７５〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔６２８〕〜〔６７４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６７６〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔６２８〕〜〔６７５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６７７〕
前記タンパク質標的が、細胞外タンパク質、細胞内タンパク質、またはそれらの任意の組合せを含む、〔６２８〕〜〔６２９〕および〔６３２〕〜〔６７６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６７８〕
前記タンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、インテグリン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔６７７〕に記載の方法。
〔６７９〕
前記タンパク質標的が、脂質、炭水化物、またはそれらの任意の組合せを含む、〔６２８〕〜〔６２９〕および〔６３２〕〜〔６７８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６８０〕
前記タンパク質標的が、１０〜１００の異なるタンパク質標的を含む群から選択される、〔６２８〕〜〔６２９〕および〔６３２〕〜〔６７９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６８１〕
前記タンパク質結合試薬が、同一の配列を有する２つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔６２８〕〜〔６２９〕および〔６３２〕〜〔６８０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６８２〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる細胞同定配列を有する２つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔６２８〕〜〔６２９〕および〔６３２〕〜〔６８０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６８３〕
前記複数の細胞同定組成物の前記細胞同定組成物が、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと結合されない第２のタンパク質結合試薬を含む、〔６２８〕〜〔６２９〕および〔６３２〕〜〔６８２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６８４〕
前記タンパク質結合試薬および前記第２のタンパク質結合試薬が同一である、〔６８３〕に記載の方法。
〔６８５〕
前記タンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔６２８〕〜〔６２９〕および〔６３２〕〜〔６８４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６８６〕
前記複数のバーコードのバーコードが、標的結合領域およびバーコード配列を含み、
前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードのバーコード配列が、異なる分子標識配列を含む、〔６２８〕〜〔６８５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６８７〕
前記バーコードが、細胞標識配列、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔６８６〕に記載の方法。
〔６８８〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）領域を含む、〔６８６〕〜〔６８７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６８９〕
前記複数のバーコードが、１つの粒子に関連付けられる、〔６８６〕〜〔６８８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６９０〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記粒子上に固定される、〔６８９〕に記載の方法。
〔６９１〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記粒子上に部分的に固定される、〔６８９〕に記載の方法。
〔６９２〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記粒子に封入される、〔６８９〕に記載の方法。
〔６９３〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記粒子に部分的に封入される、〔６８９〕に記載の方法。
〔６９４〕
前記粒子が崩壊性である、〔６８９〕〜〔６９３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６９５〕
前記粒子がビーズを含む、〔６８９〕〜〔６９４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６９６〕
前記粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔６８９〕〜〔６９５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６９７〕
前記粒子が、ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔６８９〕〜〔６９６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６９８〕
前記粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔６８９〕〜〔６９７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔６９９〕
前記粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔６８９〕〜〔６９８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７００〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔６８９〕〜〔６９９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７０１〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも１０００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔６８９〕〜〔７００〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７０２〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも１００００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔６８９〕〜〔７０１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７０３〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔６８９〕〜〔７０２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７０４〕
前記粒子が、少なくとも１００００のバーコードを含む、〔６８９〕〜〔７０３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７０５〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと接触させて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と；
前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔６２８〕〜〔７０４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７０６〕
前記バーコードを伸長する工程が、ＤＮＡポリメラーゼを用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔７０５〕に記載の方法。
〔７０７〕
前記バーコードを伸長する工程が、逆転写酵素を用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔７０５〕に記載の方法。
〔７０８〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔７０５〕〜〔７０７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７０９〕
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔７０８〕に記載の方法。
〔７１０〕
複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドの前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔７０８〕〜〔７０９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７１１〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔７１０〕に記載の方法。
〔７１２〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程が、複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔６２８〕〜〔７１１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７１３〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞の複数の標的にバーコードを付けて、複数のバーコード付き標的を生成する工程であって、前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と；
前記バーコード付き標的のシーケンシングデータを取得する工程と、
を含む、〔６２８〕〜〔７１２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７１４〕
前記複数のバーコードを用いて、前記複数の標的にバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き標的を生成する工程が、
前記標的のコピーを、前記バーコードの標的結合領域と接触させる工程と；
前記複数のバーコードを用いて、前記複数の標的を逆転写して、複数の逆転写された標的を生成する工程と、
を含む、〔７１３〕に記載の方法。
〔７１５〕
前記複数のバーコード付き標的の前記シーケンシングデータを取得する前に、前記バーコード付き標的を増幅して、複数の増幅されたバーコード付き標的を生成する工程を含む、〔７１３〕〜〔７１４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７１６〕
前記バーコード付き標的を増幅して、前記複数の増幅されたバーコード付き標的を生成する工程が、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）によって前記バーコード付き標的を増幅する工程を含む、〔７１５〕に記載の方法。
〔７１７〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞の前記複数の標的にバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き標的を生成する工程が、複数のバーコードを用いて、前記細胞の前記複数の標的にバーコードを付けて、複数のバーコード付き標的を生成する工程を含む、〔７１３〕〜〔７１６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７１８〕
細胞同定のための方法であって、
第１の複数の細胞および第２の複数の細胞の各々からの１つ以上の細胞を、複数の２つの細胞同定組成物のそれぞれの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第１の複数の細胞の各々および前記第２の複数の細胞の各々が、１つ以上の抗原標的を含み、前記２つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた抗原結合試薬を含み、前記抗原結合試薬が、前記１つ以上の抗原標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記２つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と；
２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた１つ以上の細胞を同定する工程と、
を含む、方法。
〔７１９〕
多重同定のための方法であって、
第１の複数の細胞および第２の複数の細胞の各々からの１つ以上の細胞を、複数の２つの細胞同定組成物のそれぞれの細胞同定組成物と接触させる工程であって、
前記第１の複数の細胞の各々および前記第２の複数の細胞の各々が、１つ以上の抗原標的を含み、前記２つの細胞同定組成物の各々が、細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられた抗原結合試薬を含み、前記抗原結合試薬が、前記１つ以上の抗原標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能であり、
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、細胞同定配列を含み、前記２つの細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む工程と；
多細胞として２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた１つ以上の細胞を同定する工程と、
を含む、方法。
〔７２０〕
前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞を、前記２つの細胞同定組成物のそれぞれと接触させる工程が、
前記第１の複数の細胞を、前記２つの細胞同定組成物の第１の細胞同定組成物と接触させる工程と；
前記第１の複数の細胞を、前記２つの細胞同定組成物の第２の細胞同定組成物と接触させる工程と、
を含む、〔７１８〕〜〔７１９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７２１〕
前記細胞同定配列が、少なくとも６ヌクレオチド長である、〔７１８〕〜〔７２０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７２２〕
前記細胞同定配列が、２５〜６０ヌクレオチド長である、〔７１８〕〜〔７２０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７２３〕
前記細胞同定配列が、約４５ヌクレオチド長である、〔７１８〕〜〔７２０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７２４〕
前記細胞同定配列が、約１２８ヌクレオチド長である、〔７１８〕〜〔７２０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７２５〕
前記細胞同定配列が、少なくとも１２８ヌクレオチド長である、〔７１８〕〜〔７２０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７２６〕
前記細胞同定配列が、約２００〜５００ヌクレオチド長である、〔７１８〕〜〔７２０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７２７〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約５０ヌクレオチド長である、〔７１８〕〜〔７２２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７２８〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約１００ヌクレオチド長である、〔７１８〕〜〔７２２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７２９〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約２００ヌクレオチド長である、〔７１８〕〜〔７２５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７３０〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、少なくとも２００ヌクレオチド長である、〔７１８〕〜〔７２５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７３１〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約２００〜３００ヌクレオチド長未満である、〔７１８〕〜〔７２６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７３２〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、約５００ヌクレオチド長である、〔７１８〕〜〔７２６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７３３〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも１０の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔７１８〕〜〔７３２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７３４〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも１００の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔７１８〕〜〔７３２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７３５〕
前記複数の細胞同定組成物の少なくとも１０００の細胞同定組成物の細胞同定配列が、異なる配列を含む、〔７１８〕〜〔７３２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７３６〕
前記抗原結合試薬が、抗体、四量体、アプタマー、タンパク質骨格、またはそれらの組合せを含む、〔７１８〕〜〔７３５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７３７〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記抗原結合試薬に結合される、〔７１８〕〜〔７３６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７３８〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔７３７〕に記載の方法。
〔７３９〕
前記リンカーが化学基を含む、〔７３７〕〜〔７３８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７４０〕
前記化学基が、前記抗原結合試薬に可逆的にまたは不可逆的に結合される、〔７３９〕に記載の方法。
〔７４１〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ジスルフィド結合、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、ジスルフィド結合、またはそれらの任意の組合せを含む、〔７３９〕〜〔７４０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７４２〕
前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞の少なくとも１つが、単一細胞を含む、〔７１８〕〜〔７４１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７４３〕
前記１つ以上の抗原標的の少なくとも１つが、細胞表面上で発現される、〔７４２〕に記載の方法。
〔７４４〕
前記２つの細胞同定組成物の結合されていない細胞同定組成物を除去する工程を含む、〔７１８〕〜〔７４３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７４５〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞の細胞を、洗浄緩衝液で洗浄する工程を含む、〔７４４〕に記載の方法。
〔７４６〕
前記結合されていない細胞同定組成物を除去する工程が、フローサイトメトリーを用いて、前記２つの細胞同定組成物の少なくとも１つの抗原結合試薬に結合された細胞を選択する工程を含む、〔７４４〕に記載の方法。
〔７４７〕
前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞のうちの１つ以上の細胞を溶解する工程を含む、〔７１８〕〜〔７４６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７４８〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記抗原結合試薬から切り離し可能または切り離し不可能であるように構成される、〔７１８〕〜〔７４７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７４９〕
前記抗原結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔７１８〕〜〔７４８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７５０〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程が、ＵＶ光切断、化学的処理、加熱、酵素処理、またはそれらの任意の組合せによって、前記抗原結合試薬から前記細胞同定オリゴヌクレオチドを切り離す工程を含む、〔７４９〕に記載の方法。
〔７５１〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記１つ以上の細胞のいずれかのゲノム配列に対して相同でない、〔７１８〕〜〔７５０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７５２〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、１つの種のゲノム配列に対して相同である、〔７１８〕〜〔７５０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７５３〕
前記種が非哺乳動物種である、〔７５２〕に記載の方法。
〔７５４〕
前記非哺乳動物種がファージ種である、〔７５３〕に記載の方法。
〔７５５〕
前記ファージ種が、Ｔ７ファージ、ＰｈｉＸファージ、またはそれらの組合せである、〔７５４〕に記載の方法。
〔７５６〕
前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞の少なくとも１つが、腫瘍細胞または非腫瘍細胞を含む、〔７１８〕〜〔７５５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７５７〕
前記第１の複数の細胞および前記第２の複数の細胞の少なくとも１つが、哺乳動物細胞、細菌細胞、ウイルス細胞、酵母細胞、真菌細胞、またはそれらの任意の組合せを含む、〔７１８〕〜〔７５６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７５８〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、前記細胞同定オリゴヌクレオチドの前記配列を捕捉するように構成された捕捉配列に相補的な配列を含む、〔７１８〕〜〔７５７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７５９〕
前記バーコードが、前記捕捉配列を含む標的結合領域を含む、〔７５８〕に記載の方法。
〔７６０〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）領域を含む、〔７５９〕に記載の方法。
〔７６１〕
前記捕捉配列に相補的な前記細胞同定オリゴヌクレオチドの前記配列が、ポリ（ｄＡ）領域を含む、〔７５８〕〜〔７６０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７６２〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、バーコード配列を含む、〔７５８〕〜〔７６１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７６３〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、ユニバーサルプライマーのための結合部位を含む、〔７５８〕〜〔７６２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７６４〕
前記タンパク質標的が、炭水化物、脂質、タンパク質、細胞外タンパク質、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、細胞内タンパク質またはそれらの任意の組合せを含む、〔７１８〕〜〔７６３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７６５〕
前記タンパク質標的が、１０〜１００の異なるタンパク質標的を含む群から選択される、〔７１８〕〜〔７６４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７６６〕
前記タンパク質結合試薬が、同一の配列を有する２つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔７１８〕〜〔７６５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７６７〕
前記タンパク質結合試薬が、異なる細胞同定配列を有する２つ以上の細胞同定オリゴヌクレオチドに関連付けられる、〔７１８〕〜〔７６５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７６８〕
前記複数の細胞同定組成物の前記細胞同定組成物が、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと結合されない第２のタンパク質結合試薬を含む、〔７１８〕〜〔７６７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７６９〕
前記タンパク質結合試薬および前記第２のタンパク質結合試薬が同一である、〔７６８〕に記載の方法。
〔７７０〕
前記タンパク質結合試薬が、検出可能な部分に関連付けられる、〔７１８〕〜〔７６９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７７１〕
２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記１つ以上の細胞を同定する工程が、
複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程であって、
前記複数のバーコードの各々が、細胞標識配列、バーコード配列、および標的結合領域を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードの前記バーコード配列が、異なる配列を含み、前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードが、同一の細胞標識配列を含む工程と；
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドのシーケンシングデータを取得する工程と；
得られた前記シーケンシングデータ中の２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた１つ以上の細胞標識配列を同定する工程と、
を含む、〔７１８〕〜〔７７０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７７２〕
得られた前記シーケンシングデータから、２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記１つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除去する工程を含む、〔７７１〕に記載の方法。
〔７７３〕
その後の分析から、前記２つ以上の細胞同定配列に各々が関連付けられた前記１つ以上の細胞標識配列に関連付けられた前記シーケンシングデータを除外する工程を含む、〔７７１〕に記載の方法。
〔７７４〕
前記複数のバーコードのバーコードが、標的結合領域およびバーコード配列を含み、
前記複数のバーコードの少なくとも２つのバーコードのバーコード配列が、異なる分子標識配列を含む、〔７１８〕〜〔７７０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７７５〕
前記バーコードが、細胞標識配列、ユニバーサルプライマーのための結合部位、またはそれらの任意の組合せを含む、〔７７４〕に記載の方法。
〔７７６〕
前記標的結合領域が、ポリ（ｄＴ）領域を含む、〔７７１〕〜〔７７５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７７７〕
前記複数のバーコードが、１つの粒子に関連付けられる、〔７７１〕〜〔７７６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７７８〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記粒子上に固定される、〔７７７〕に記載の方法。
〔７７９〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記粒子上に部分的に固定される、〔７７７〕に記載の方法。
〔７８０〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記粒子に封入される、〔７７７〕に記載の方法。
〔７８１〕
前記複数のバーコードの少なくとも１つのバーコードが、前記粒子に部分的に封入される、〔７７７〕に記載の方法。
〔７８２〕
前記粒子が崩壊性である、〔７７７〕〜〔７８１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７８３〕
前記粒子がビーズを含む、〔７７７〕〜〔７８２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７８４〕
前記粒子が、セファロースビーズ、ストレプトアビジンビーズ、アガロースビーズ、磁気ビーズ、コンジュゲートビーズ、プロテインＡコンジュゲートビーズ、プロテインＧコンジュゲートビーズ、プロテインＡ／Ｇコンジュゲートビーズ、プロテインＬコンジュゲートビーズ、オリゴ（ｄＴ）コンジュゲートビーズ、シリカビーズ、シリカ様ビーズ、抗ビオチンマイクロビーズ、抗蛍光色素マイクロビーズ、またはそれらの任意の組合せを含む、〔７７７〕〜〔７８３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７８５〕
前記粒子が、ポリジメチルシロキサン（ＰＤＭＳ）、ポリスチレン、ガラス、ポリプロピレン、アガロース、ゼラチン、ヒドロゲル、常磁性材料、セラミック、プラスチック、ガラス、メチルスチレン、アクリルポリマー、チタン、ラテックス、セファロース、セルロース、ナイロン、シリコーン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される材料を含む、〔７７７〕〜〔７８４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７８６〕
前記粒子が、崩壊性ヒドロゲル粒子を含む、〔７７７〕〜〔７８５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７８７〕
前記粒子が、検出可能な部分に関連付けられる、〔７７７〕〜〔７８６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７８８〕
前記細胞同定オリゴヌクレオチドが、検出可能な部分に関連付けられる、〔７７７〕〜〔７８７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７８９〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも１０００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔７７７〕〜〔７８８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７９０〕
前記粒子の前記バーコードが、少なくとも１００００の異なるバーコード配列から選択されるバーコード配列を含む、〔７７７〕〜〔７８９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７９１〕
前記バーコードの前記バーコード配列が、ランダム配列を含む、〔７８９〕〜〔７９０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７９２〕
前記粒子が、少なくとも１００００のバーコードを含む、〔７７７〕〜〔７９１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７９３〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付ける工程が、
前記複数のバーコードを、前記細胞同定オリゴヌクレオチドと接触させて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされたバーコードを生成する工程と；
前記細胞同定オリゴヌクレオチドにハイブリダイズされた前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程と、
を含む、〔７７１〕〜〔７９２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７９４〕
前記バーコードを伸長する工程が、ＤＮＡポリメラーゼを用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔７９３〕に記載の方法。
〔７９５〕
前記バーコードを伸長する工程が、逆転写酵素を用いて、前記バーコードを伸長して、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔７９３〕に記載の方法。
〔７９６〕
複数のアンプリコンを生成するために、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程を含む、〔７９３〕〜〔７９５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７９７〕
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを増幅する工程が、ポリメラーゼ鎖反応（ＰＣＲ）を用いて、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部を増幅する工程を含む、〔７９６〕に記載の方法。
〔７９８〕
前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドの前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記複数のアンプリコンのシーケンシングデータを取得する工程を含む、〔７９６〕〜〔７９７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔７９９〕
前記シーケンシングデータを取得する工程が、前記バーコード配列の少なくとも一部および前記細胞同定オリゴヌクレオチドの少なくとも一部をシーケンシングする工程を含む、〔７９８〕に記載の方法。
〔８００〕
前記複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、前記複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程が、複数のバーコードを用いて、前記細胞同定オリゴヌクレオチドにバーコードを付けて、複数のバーコード付き細胞同定オリゴヌクレオチドを生成する工程を含む、〔７７１〕〜〔７９９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８０１〕
標識生体分子試薬を調製するのに使用するためのシステムであって、
標識生体分子試薬に対するリクエストを受信するための入力マネージャと；
複数の標識生体分子ストレージ識別子を含むデータセットを記憶するためのメモリと；
前記メモリに通信可能に連結され、前記標識生体分子試薬リクエストの前記構成要素に対応する前記データセットからの１つ以上の標識生体分子ストレージ識別子を同定するように構成される処理モジュールと；
前記同定された標識生体分子ストレージ識別子を提供するための出力マネージャと、
を含む、システム。
〔８０２〕
標識生体分子試薬に対する前記リクエストが、生体分子リクエストおよび標識リクエストを含む、〔８０１〕に記載のシステム。
〔８０３〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８０１〕〜〔８０２〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８０４〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡまたはＲＮＡである、〔８０３〕に記載のシステム。
〔８０５〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔８０３〕に記載のシステム。
〔８０６〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔８０５〕に記載のシステム。
〔８０７〕
前記標識と結合された前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能である、〔８０５〕に記載のシステム。
〔８０８〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８０７〕に記載のシステム。
〔８０９〕
前記複数のタンパク質標的が、１０〜４００の異なるタンパク質標的を含む、〔８０７〕に記載のシステム。
〔８１０〕
前記生体分子が、少なくとも１００の異なる生体分子から選択される、〔８０１〕〜〔８０９〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８１１〕
前記生体分子が、少なくとも１，０００の異なる生体分子から選択される、〔８０１〕〜〔８０９〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８１２〕
前記生体分子が、少なくとも１０，０００の異なる生体分子から選択される、〔８０１〕〜〔８０９〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８１３〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン（ＳＥＲＳ）タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８０１〕〜〔８１２〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８１４〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔８１３〕に記載のシステム。
〔８１５〕
前記酵素基質が、少なくとも１つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔８１４〕に記載のシステム。
〔８１６〕
前記少なくとも１つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔８１５〕に記載のシステム。
〔８１７〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔８１４〕〜〔８１６〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８１８〕
前記酵素基質が、６−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−Ｄ−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８１４〕〜〔８１７〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８１９〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔８１４〕〜〔８１８〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８２０〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔８１３〕に記載のシステム。
〔８２１〕
前記一意識別子が、２５〜４５ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔８２０〕に記載のシステム。
〔８２２〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔８２０〕〜〔８２１〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８２３〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔８２２〕に記載のシステム。
〔８２４〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔８２２〕に記載のシステム。
〔８２５〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔８２２〕に記載のシステム。
〔８２６〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔８１３〕〜〔８２５〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８２７〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔８２６〕に記載のシステム。
〔８２８〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔８２６〕または〔８２７〕に記載のシステム。
〔８２９〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ（Ａ）テール、またはそれらの組合せを含む、〔８１３〕〜〔８２８〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８３０〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１０の異なるバーコード配列から選択される、〔８１３〕〜〔８２９〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８３１〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１００の異なるバーコード配列から選択される、〔８１３〕〜〔８２９〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８３２〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１，０００の異なるバーコード配列から選択される、〔８１３〕〜〔８２９〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８３３〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔８０１〕〜〔８３２〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８３４〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔８３３〕に記載のシステム。
〔８３５〕
前記リンカーが化学基を含む、〔８３４〕に記載のシステム。
〔８３６〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔８３５〕に記載のシステム。
〔８３７〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔８３５〕〜〔８３６〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔８３８〕
標識生体分子試薬に対するリクエストを通信する工程であって、前記リクエストが、
標識生体分子リクエスト；ならびに
生体分子リクエストおよび標識リクエスト
のうちの１つ以上を含む工程と；
１つ以上の標識生体分子試薬を受信する工程であって、各標識生体分子試薬が、リンカーを介して標識に共有結合された生体分子を含む工程と、
を含む、方法。
〔８３９〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８３８〕に記載の方法。
〔８４０〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡまたはＲＮＡである、〔８３９〕に記載の方法。
〔８４１〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔８３９〕に記載の方法。
〔８４２〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔８４１〕に記載の方法。
〔８４３〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能である、〔８４１〕に記載の方法。
〔８４４〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８４３〕に記載の方法。
〔８４５〕
前記複数のタンパク質標的が、１０〜４００の異なるタンパク質標的を含む、〔８４３〕に記載の方法。
〔８４６〕
各生体分子が、少なくとも１００の異なる生体分子から選択される、〔８３８〕〜〔８４５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８４７〕
各生体分子が、少なくとも１，０００の異なる生体分子から選択される、〔８３８〕〜〔８４５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８４８〕
各生体分子が、少なくとも１０，０００の異なる分子から選択される、〔８３８〕〜〔８４５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８４９〕
前記１つ以上の標識生体分子試薬が、前記標識に共有結合されない１つ以上の第２の生体分子をさらに含む、〔８３８〕〜〔８４８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８５０〕
前記生体分子および前記１つ以上の第２の生体分子が同じである、〔８４９〕に記載の方法。
〔８５１〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン（ＳＥＲＳ）タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、およびオリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８３８〕〜〔８５０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８５２〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔８５１〕に記載の方法。
〔８５３〕
前記酵素基質が、少なくとも１つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔８５２〕に記載の方法。
〔８５４〕
前記少なくとも１つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔８５３〕に記載の方法。
〔８５５〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔８５２〕〜〔８５４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８５６〕
前記酵素基質が、６−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−Ｄ−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８５２〕〜〔８５５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８５７〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔８５２〕〜〔８５６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８５８〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔８５１〕に記載の方法。
〔８５９〕
前記一意識別子が、２５〜４５ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔８５８〕に記載の方法。
〔８６０〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔８５８〕〜〔８５９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８６１〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔８６０〕に記載の方法。
〔８６２〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔８６０〕に記載の方法。
〔８６３〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔８６０〕に記載の方法。
〔８６４〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔８５８〕〜〔８６３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８６５〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔８６４〕に記載の方法。
〔８６６〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔８６４〕または〔８６５〕に記載の方法。
〔８６７〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ（Ａ）テール、またはそれらの組合せを含む、〔８５８〕〜〔８６６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８６８〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１０の異なるバーコード配列から選択される、〔８５８〕〜〔８６７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８６９〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１００の異なるバーコード配列から選択される、〔８５８〕〜〔８６７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８７０〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１，０００の異なるバーコード配列から選択される、〔８５８〕〜〔８６７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８７１〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔８３８〕〜〔８７０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８７２〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔８７１〕に記載の方法。
〔８７３〕
前記リンカーが化学基を含む、〔８７２〕に記載の方法。
〔８７４〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔８７３〕に記載の方法。
〔８７５〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔８７３〕〜〔８７４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８７６〕
標識生体分子試薬リクエストを受信するための入力マネージャ；
複数の標識生体分子ストレージ識別子を含むデータセットを記憶するためのメモリ；
前記メモリに通信可能に連結され、前記標識生体分子試薬リクエストの前記構成要素に対応する前記データセットからの１つ以上の標識生体分子ストレージ識別子を同定するように構成される処理モジュール；および
前記同定された標識生体分子ストレージ識別子を提供するための出力マネージャ
を含むシステムに、標識生体分子試薬に対するリクエストを通信する工程と；
標識に共有結合された生体分子を含む標識生体分子試薬を受信する工程と、
を含む、方法。
〔８７７〕
標識生体分子試薬に対する前記リクエストが、生体分子リクエストおよび標識リクエストを含む、〔８７６〕に記載の方法。
〔８７８〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８７６〕〜〔８７７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８７９〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡまたはＲＮＡである、〔８７８〕に記載の方法。
〔８８０〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔８７８〕に記載の方法。
〔８８１〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔８８０〕に記載の方法。
〔８８２〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能である、〔８８０〕に記載のシステム。
〔８８３〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８８２〕に記載のシステム。
〔８８４〕
前記複数のタンパク質標的が、１０〜４００の異なるタンパク質標的を含む、〔８８２〕に記載のシステム。
〔８８５〕
前記生体分子が、少なくとも１００の異なる生体分子から選択される、〔８７６〕〜〔８８４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８８６〕
前記生体分子が、少なくとも１，０００の異なる生体分子から選択される、〔８７６〕〜〔８８４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８８７〕
前記生体分子が、少なくとも１０，０００の異なる生体分子から選択される、〔８７６〕〜〔８８４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８８８〕
前記標識生体分子試薬を受信する工程が、前記標識に共有結合された前記標識生体分子および前記標識に共有結合されない１つ以上の第２の生体分子を受信する工程を含む、〔８７６〕〜〔８８７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８８９〕
前記標識生体分子および前記１つ以上の第２の生体分子が同じである、〔８８８〕に記載の方法。
〔８９０〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン（ＳＥＲＳ）タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８７６〕〜〔８８９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８９１〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔８９０〕に記載の方法。
〔８９２〕
前記酵素基質が、少なくとも１つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔８９１〕に記載の方法。
〔８９３〕
前記少なくとも１つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔８９２〕に記載の方法。
〔８９４〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔８９１〕〜〔８９３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８９５〕
前記酵素基質が、６−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−Ｄ−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔８９１〕〜〔８９４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８９６〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔８９１〕〜〔８９５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔８９７〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔８９０〕に記載の方法。
〔８９８〕
前記一意識別子が、２５〜４５ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔８９７〕に記載の方法。
〔８９９〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔８９７〕〜〔８９８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９００〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔８９９〕に記載の方法。
〔９０１〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔８９９〕に記載の方法。
〔９０２〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔８９９〕に記載の方法。
〔９０３〕
前記オリゴヌクレオチドが、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔８９７〕〜〔９０２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９０４〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔９０３〕に記載の方法。
〔９０５〕
前記リンカーが化学基を含む、〔９０３〕に記載の方法。
〔９０６〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔９０５〕に記載の方法。
〔９０７〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔９０５〕〜〔９０６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９０８〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔８９７〕〜〔９０７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９０９〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔９０８〕に記載の方法。
〔９１０〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔９０８〕または〔９０９〕に記載の方法。
〔９１１〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ（Ａ）テール、またはそれらの組合せを含む、〔８９７〕〜〔９１０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９１２〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１０の異なるバーコード配列から選択される、〔８９７〕〜〔９１１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９１３〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１００の異なるバーコード配列から選択される、〔８９７〕〜〔９１１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９１４〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１，０００の異なるバーコード配列から選択される、〔８９７〕〜〔９１１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９１５〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔８７６〕〜〔９１４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９１６〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔９１５〕に記載の方法。
〔９１７〕
前記リンカーが化学基を含む、〔９１６〕に記載の方法。
〔９１８〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔９１７〕に記載の方法。
〔９１９〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔９１７〕〜〔９１８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９２０〕
標識生体分子試薬に対するリクエストを受信する工程であって、前記リクエストが、
標識生体分子リクエスト；ならびに
生体分子リクエストおよび標識リクエスト
のうちの１つ以上を含む工程と；
活性化生体分子を、活性化標識と接触させて、前記標識生体分子試薬を生成することによって、前記標識生体分子試薬リクエストに対応する標識生体分子試薬を調製する工程と、
を含む方法であって、
前記調製する工程が、複数の活性化生体分子および複数の活性化標識を含むストレージから、活性化生体分子および活性化標識を選択する工程を含む、方法。
〔９２１〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔９２０〕に記載の方法。
〔９２２〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡまたはＲＮＡである、〔９２１〕に記載の方法。
〔９２３〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔９２１〕に記載の方法。
〔９２４〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔９２３〕に記載の方法。
〔９２５〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能である、〔９２３〕に記載のシステム。
〔９２６〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔９２５〕に記載のシステム。
〔９２７〕
前記複数のタンパク質標的が、１０〜４００の異なるタンパク質標的を含む、〔９２５〕に記載のシステム。
〔９２８〕
前記生体分子が、少なくとも１００の異なる生体分子から選択される、〔９２０〕〜〔９２７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９２９〕
前記生体分子が、少なくとも１，０００の異なる生体分子から選択される、〔９２０〕〜〔９２７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９３０〕
前記生体分子が、少なくとも１０，０００の異なる生体分子から選択される、〔９２０〕〜〔９２７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９３１〕
前記標識生体分子を調製する工程が、前記標識生体分子試薬リクエストに対応する前記標識生体分子試薬を調製する工程と、前記標識に関連付けられない１つ以上の第２の生体分子試薬を調製する工程と、を含む、〔９２０〕〜〔９３０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９３２〕
前記生体分子および前記１つ以上の第２の生体分子が同じである、〔９３１〕に記載の方法。
〔９３３〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン（ＳＥＲＳ）タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔９２０〕〜〔９３２〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９３４〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔９３３〕に記載の方法。
〔９３５〕
前記酵素基質が、少なくとも１つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔９３４〕に記載の方法。
〔９３６〕
前記少なくとも１つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔９３５〕に記載の方法。
〔９３７〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔９３３〕〜〔９３６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９３８〕
前記酵素基質が、６−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−Ｄ−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔９３３〕〜〔９３７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９３９〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔９３３〕〜〔９３８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９４０〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔９３３〕に記載の方法。
〔９４１〕
前記一意識別子が、２５〜４５ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔９４０〕に記載の方法。
〔９４２〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔９４０〕〜〔９４１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９４３〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔９４２〕に記載の方法。
〔９４４〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔９４３〕に記載の方法。
〔９４５〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔９４３〕に記載の方法。
〔９４６〕
前記１つ以上の標識生体分子試薬の生体分子が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔９４０〕〜〔９４５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９４７〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔９４０〕〜〔９４６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９４８〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔９４７〕に記載の方法。
〔９４９〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔９４７〕または〔９４８〕に記載の方法。
〔９５０〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ（Ａ）テール、またはそれらの組合せを含む、〔９４０〕〜〔９４９〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９５１〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１０の異なるバーコード配列から選択される、〔９４０〕〜〔９５０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９５２〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１００の異なるバーコード配列から選択される、〔９４０〕〜〔９５０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９５３〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１，０００の異なるバーコード配列から選択される、〔９４０〕〜〔９５０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９５４〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔９２０〕〜〔９５３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９５５〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔９５４〕に記載の方法。
〔９５６〕
前記リンカーが化学基を含む、〔９５５〕に記載の方法。
〔９５７〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔９５６〕に記載の方法。
〔９５８〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔９５６〕〜〔９５７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９５９〕
標識生体分子試薬リクエストを受信する入力マネージャ；
複数の標識生体分子ストレージ識別子を含むデータセットを記憶するためのメモリ；
前記メモリに通信可能に連結され、前記標識生体分子試薬リクエストの前記構成要素に対応する前記データセットからの１つ以上の標識生体分子ストレージ識別子を同定するように構成される処理モジュール；および
出力マネージャ
を含むシステムを用いて、標識生体分子試薬に対するリクエストを受信する工程と；
前記標識生体分子試薬リクエストに対応する前記標識生体分子ストレージ識別子を同定する工程と；
前記同定された標識生体分子試薬ストレージ識別子を出力する工程と、
を含む、方法。
〔９６０〕
標識生体分子試薬に対する前記リクエストが、生体分子リクエストおよび標識リクエストを含む、〔９５９〕に記載の方法。
〔９６１〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔９５９〕〜〔９６０〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９６２〕
前記生体分子が核酸である、〔９６１〕に記載の方法。
〔９６３〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡまたはＲＮＡである、〔９６２〕に記載の方法。
〔９６４〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素、またはタンパク質結合試薬である、〔９６１〕に記載の方法。
〔９６５〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔９６４〕に記載の方法。
〔９６６〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能である、〔９６４〕に記載のシステム。
〔９６７〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔９６６〕に記載のシステム。
〔９６８〕
前記複数のタンパク質標的が、１０〜４００の異なるタンパク質標的を含む、〔９６４〕に記載のシステム。
〔９６９〕
前記生体分子が、少なくとも１００の異なる生体分子から選択される、〔９５９〕〜〔９６８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９７０〕
前記生体分子が、少なくとも１，０００の異なる生体分子から選択される、〔９５９〕〜〔９６８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９７１〕
前記生体分子が、少なくとも１０，０００の異なる生体分子から選択される、〔９５９〕〜〔９６８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９７２〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン（ＳＥＲＳ）タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、およびオリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔９５９〕〜〔９７１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９７３〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔９７２〕に記載の方法。
〔９７４〕
前記酵素基質が、少なくとも１つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔９７３〕に記載の方法。
〔９７５〕
前記少なくとも１つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔９７４〕に記載の方法。
〔９７６〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔９７３〕〜〔９７５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９７７〕
前記酵素基質が、６−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−Ｄ−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔９７３〕〜〔９７６〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９７８〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔９７３〕〜〔９７７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９７９〕
前記オリゴヌクレオチドが、前記生体分子のための一意識別子を含む、〔９７２〕に記載の方法。
〔９８０〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔９７９〕に記載の方法。
〔９８１〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔９８０〕に記載の方法。
〔９８２〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔９８０〕に記載の方法。
〔９８３〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔９８０〕に記載の方法。
〔９８４〕
前記１つ以上の標識生体分子試薬の生体分子が、複数の抗体、複数のアプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔９７９〕〜〔９８３〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９８５〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔９７９〕〜〔９８４〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９８６〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔９８５〕に記載の方法。
〔９８７〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔９８５〕または〔９８６〕に記載の方法。
〔９８８〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ（Ａ）テール、またはそれらの組合せを含む、〔９７９〕〜〔９８７〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９８９〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１０の異なるバーコード配列から選択される、〔９７９〕〜〔９８８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９９０〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１００の異なるバーコード配列から選択される、〔９７９〕〜〔９８８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９９１〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１，０００の異なるバーコード配列から選択される、〔９７９〕〜〔９８８〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９９２〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔９５９〕〜〔９９１〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９９３〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔９９２〕に記載の方法。
〔９９４〕
前記リンカーが化学基を含む、〔９９３〕に記載の方法。
〔９９５〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔９９４〕に記載の方法。
〔９９６〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔９９４〕〜〔９９５〕のいずれか一項に記載の方法。
〔９９７〕
複数の活性化タンパク質結合試薬を含む複数の活性化生体分子と；
複数の活性化標識と；
標識生体分子試薬を調製するための試薬調製装置と、
を含むシステムであって、
前記試薬調製装置が、
同定された生体分子ストレージ識別子および標識ストレージ識別子を受信し；
前記受信された生体分子ストレージ識別子および前記標識ストレージ識別子に対応する標識生体分子試薬を生成するように構成される、システム。
〔９９８〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔９９７〕に記載のシステム。
〔９９９〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡまたはＲＮＡである、〔９９８〕に記載のシステム。
〔１０００〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔９９８〕に記載のシステム。
〔１００１〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔１０００〕に記載のシステム。
〔１００２〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能である、〔１０００〕に記載のシステム。
〔１００３〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１００２〕に記載のシステム。
〔１００４〕
前記複数のタンパク質標的が、１０〜４００の異なるタンパク質標的を含む、〔１００２〕に記載のシステム。
〔１００５〕
各生体分子が、少なくとも１００の異なる生体分子から選択される、〔９９７〕〜〔１００４〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１００６〕
各生体分子が、少なくとも１，０００の異なる生体分子から選択される、〔９９７〕〜〔１００４〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１００７〕
各生体分子が、少なくとも１０，０００の異なる生体分子から選択される、〔９９７〕〜〔１００４〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１００８〕
各活性化生体分子が、反応性リンカーを含む、〔９９７〕〜〔１００７〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１００９〕
前記システムが、１００以上の異なる活性化標識を含む、〔９９７〕〜〔１００７〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０１０〕
活性化標識が、反応性リンカーを含む、〔９９７〕〜〔１００９〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０１１〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン（ＳＥＲＳ）タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔９９７〕〜〔１０１０〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０１２〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔１０１１〕に記載のシステム。
〔１０１３〕
前記酵素基質が、少なくとも１つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔１０１２〕に記載のシステム。
〔１０１４〕
前記少なくとも１つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔１０１３〕に記載のシステム。
〔１０１５〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔１０１１〕〜〔１０１４〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０１６〕
前記酵素基質が、６−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−Ｄ−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１０１１〕〜〔１０１５〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０１７〕
前記標識リクエストが、酵素リクエストおよび基質リクエストを含む、〔１０１１〕〜〔１０１６〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０１８〕
前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含む、〔１０１１〕に記載のシステム。
〔１０１９〕
前記一意識別子が、２５〜４５ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔１０１８〕に記載のシステム。
〔１０２０〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔１０１８〕〜〔１０１９〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０２１〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔１０２０〕に記載のシステム。
〔１０２２〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔１０２０〕に記載のシステム。
〔１０２３〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔１０２０〕に記載のシステム。
〔１０２４〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔１０１８〕〜〔１０２３〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０２５〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔１０２４〕に記載のシステム。
〔１０２６〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔１０２４〕または〔１０２５〕に記載のシステム。
〔１０２７〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ（Ａ）テール、またはそれらの組合せを含む、〔１０１８〕〜〔１０２６〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０２８〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１０の異なるバーコード配列から選択される配列を有する、〔１０１８〕〜〔１０２７〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０２９〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１００の異なるバーコード配列から選択される、〔１０１８〕〜〔１０２７〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０３０〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１，０００の異なるバーコード配列から選択される、〔１０１８〕〜〔１０２７〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０３１〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔９９７〕〜〔１０３０〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０３２〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔１０３１〕に記載のシステム。
〔１０３３〕
前記リンカーが化学基を含む、〔１０３２〕に記載のシステム。
〔１０３４〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔１０３３〕に記載のシステム。
〔１０３５〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔１０３３〕〜〔１０３４〕のいずれか一項に記載のシステム。
〔１０３６〕
複数の活性化生体分子；および複数の活性化標識を含む、ストレージ。
〔１０３７〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１０３６〕に記載のストレージ。
〔１０３８〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡまたはＲＮＡである、〔１０３７〕に記載のストレージ。
〔１０３９〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔１０３７〕に記載のストレージ。
〔１０４０〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔１０３９〕に記載のストレージ。
〔１０４１〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能である、〔１０３９〕に記載のストレージ。
〔１０４２〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１０４１〕に記載のストレージ。
〔１０４３〕
前記複数のタンパク質標的が、１０〜４００の異なるタンパク質標的を含む、〔１０４１〕に記載のストレージ。
〔１０４４〕
各生体分子が、少なくとも１００の異なる生体分子から選択される、〔１０３６〕〜〔１０４３〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０４５〕
各生体分子が、少なくとも１，０００の異なる生体分子から選択される、〔１０３６〕〜〔１０４３〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０４６〕
各生体分子が、少なくとも１０，０００の異なる分子から選択される、〔１０３６〕〜〔１０４３〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０４７〕
各活性化生体分子が、反応性リンカーを含む、〔１０３６〕〜〔１０４６〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０４８〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン（ＳＥＲＳ）タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、およびナノ粒子、オリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１０３６〕〜〔１０４７〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０４９〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔１０４８〕に記載のストレージ。
〔１０５０〕
前記酵素基質が、少なくとも１つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔１０４９〕に記載のストレージ。
〔１０５１〕
前記少なくとも１つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔１０５０〕に記載のストレージ。
〔１０５２〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔１０４８〕〜〔１０５１〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０５３〕
前記酵素基質が、６−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−Ｄ−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１０４８〕〜〔１０５２〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０５４〕
前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含む、〔１０４８〕に記載のストレージ。
〔１０５５〕
前記一意識別子が、２５〜４５ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔１０５４〕に記載のストレージ。
〔１０５６〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔１０５４〕〜〔１０５５〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０５７〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔１０５６〕に記載のストレージ。
〔１０５８〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔１０５６〕に記載のストレージ。
〔１０５９〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔１０５６〕に記載のストレージ。
〔１０６０〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔１０５４〕〜〔１０５９〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０６１〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔１０６０〕に記載のストレージ。
〔１０６２〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔１０６０〕または〔１０６１〕に記載のストレージ。
〔１０６３〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ（Ａ）テール、またはそれらの組合せを含む、〔１０５４〕〜〔１０６２〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０６４〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１０の異なるバーコード配列から選択される、〔１０５４〕〜〔１０６３〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０６５〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１００の異なるバーコード配列から選択される、〔１０５４〕〜〔１０６３〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０６６〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１，０００の異なるバーコード配列から選択される、〔１０５４〕〜〔１０６３〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０６７〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔１０３６〕〜〔１０６６〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０６８〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔１０６７〕に記載のストレージ。
〔１０６９〕
前記リンカーが化学基を含む、〔１０６８〕に記載のストレージ。
〔１０７０〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔１０６９〕に記載のストレージ。
〔１０７１〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔１０６９〕〜〔１０７０〕のいずれか一項に記載のストレージ。
〔１０７２〕
標識生体分子試薬に対するリクエストを受信するための入力モジュールと；
試薬調製装置と；
包装された標識生体分子を出力するための分配モジュールと、
を含む標識生体分子試薬分配システム。
〔１０７３〕
前記生体分子が、ポリペプチド、核酸、および多糖、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１０７２〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０７４〕
前記核酸が、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡまたはＲＮＡである、〔１０７３〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０７５〕
前記ポリペプチドが、タンパク質、酵素またはタンパク質結合試薬である、〔１０７３〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０７６〕
前記タンパク質結合試薬が、抗体、アプタマー、またはそれらの組合せを含む、〔１０７５〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０７７〕
前記タンパク質結合試薬が、複数のタンパク質標的の少なくとも１つに特異的に結合することが可能である、〔１０７５〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０７８〕
前記複数のタンパク質標的が、細胞表面タンパク質、細胞マーカー、Ｂ細胞レセプター、Ｔ細胞レセプター、抗体、主要組織適合性複合体、腫瘍抗原、レセプター、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１０７７〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０７９〕
前記複数のタンパク質標的が、１０〜４００の異なるタンパク質標的を含む、〔１０７７〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０８０〕
各生体分子が、少なくとも１００の異なる生体分子から選択される、〔１０７２〕〜〔１０７９〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０８１〕
各生体分子が、少なくとも１，０００の異なる生体分子から選択される、〔１０７２〕〜〔１０７９〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０８２〕
各生体分子が、少なくとも１０，０００の異なる分子から選択される、〔１０７２〕〜〔１０７９〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０８３〕
各活性化生体分子が、反応性リンカーを含む、〔１０７２〕〜〔１０８２〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０８４〕
前記標識が、フルオロフォア、発色団、ポリペプチド、タンパク質、酵素、酵素基質、触媒、酸化還元標識、放射性標識、音響標識、ラマン（ＳＥＲＳ）タグ、質量タグ、同位体タグ、磁性粒子、ミクロ粒子、ナノ粒子、およびオリゴヌクレオチド、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１０７２〕〜〔１０８３〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０８５〕
前記標識が、酵素、酵素基質、またはそれらの組合せを含み、
前記酵素が、前記酵素基質を、対応する修飾酵素基質へと修飾することが可能である、〔１０８４に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０８６〕
前記酵素基質が、少なくとも１つの官能基によって、前記対応する修飾酵素基質と異なる、〔１０８５〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０８７〕
前記少なくとも１つの官能基が、アルキル、アルケニル、アルキニル、フェニル、ベンジル、ハロ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ヒドロキシル、カルボニル、アルデヒド、ハロホルミル、炭酸エステル、カルボキシレート、カルボキシル、エステル、メトキシ、ヒドロペルオキシ、ペルオキシ、エーテル、ヘミアセタール、ヘミケタール、アセタール、ケタール、アセタール、オルトエステル、メチレンジオキシ、オルト炭酸エステル、カルボキサミド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、第四級アンモニウム、第一級ケタミン、第二級ケタミン、第一級アルジミン、第二級アルジミン、イミド、アジド、アゾ、ジイミド、シアネート、イソシアネート、ニトレート、ニトリル、イソニトリル、ニトロソオキシ、ニトロ、ニトロソ、ピリジル、スルフヒドリル、スルフィド、ジスルフィド、スルフィニル、スルホニル、スルフィノ、スルホ、チオシアネート、イソチオシアネート、カルボノチオン、カルボノチアール、ホスフィノ、ホスホノ、ホスフェート、ホスホジエステル、ボロノ、ボロネート、ボリノ、ボリネート、またはそれらの任意の組合せである、〔１０８６〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０８８〕
前記酵素が、メチルトランスフェラーゼ、グリコシドヒドロラーゼ、アガラーゼ、アミニダーゼ、アミラーゼ、ビオシダーゼ、カラギナーゼ、セルラーゼ、セラミダーゼ、キチナーゼ、キトサナーゼ、キトリナーゼ、デキストラナーゼ、デキストリナーゼ、フルクトシダーゼ、フコイダナーゼ、フコシダーゼ、フラノシダーゼ、ガラクトシダーゼ、ガラクツロナーゼ、グルカナーゼ、グルコシダーゼ、グルクロニダーゼ、グルクロノシダーゼ、グリコヒドロラーゼ、グリコシダーゼ、ヘキサオシダーゼ、ヒドロラーゼ、イズロニダーゼ、イノシダーゼ、イヌリナーゼ、ラクターゼ、レバナーゼ、リケニナーゼ、リガーゼ、リアーゼ、リゾチーム、マルトシダーゼ、マルトトリオシダーゼ、マンノビオシダーゼ、マンノシダーゼ、ムラミダーゼ、オクツロソナーゼ、オクツロソニダーゼ、プリメベロシダーゼ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ラムノシダーゼ、サミニダーゼ、シアリダーゼ、シンターゼ、トランスフェラーゼ、トレハラーゼ、ツロニダーゼ、ツロノシダーゼ、キシラナーゼ、キシロシダーゼ、またはそれらの組合せを含む、〔１０８４〕〜〔１０８７〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０８９〕
前記酵素基質が、６−メルカプトプリン、セロビオース、セロテトラオース、キシロテトラオース、イソプリメベロース、β−Ｄ−ゲンチオビオース、キシログルカンおよびマンノトリオース、アガロース、アミノ酸、デンプン、オリゴ糖、多糖、セルロース、セラミド、キチン、キトサン、デキストロース、デキストリン、フルクトース、フコイダン、フコース、フラノシド、ガラクトシド、グルカン、グルコピラノシド、グルコシド、グルクロン酸、グルクロノシド、グリコース、グリコシド、グリコサミノグリカン、ヘキソシド、イヌリン、ラクトース、レバノース、リポ多糖、マンノース、マルトシド、マルトトリオシド、マンノース、オクツロソネート、オリゴ糖、ペクテート、ペクチン、ペプチド、ポリガラクツロニド、ポリヌクレオチド、プルラン、ラムノシド、キシラン、またはそれらの任意の組合せを含む、〔１０８４〕〜〔１０８８〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０９０〕
前記オリゴヌクレオチドが、それが結合される前記タンパク質結合試薬のための一意識別子を含む、〔１０８４〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０９１〕
前記一意識別子が、２５〜４５ヌクレオチド長のヌクレオチド配列を含む、〔１０９０〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０９２〕
前記一意識別子が、一意識別子の多様なセットから選択される、〔１０９０〕〜〔１０９１〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０９３〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１００の異なる一意識別子を含む、〔１０９２〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０９４〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１，０００の異なる一意識別子を含む、〔１０９２〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０９５〕
前記一意識別子の多様なセットが、少なくとも１０，０００の異なる一意識別子を含む、〔１０９２〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０９６〕
前記一意識別子が、サンプルのゲノム配列に対して相同でない、〔１０９０〕〜〔１０９５〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム生体分子試薬分配システム。
〔１０９７〕
前記サンプルが、単一細胞、複数の細胞、組織、腫瘍サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔１０９６〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０９８〕
前記サンプルが、哺乳動物サンプル、細菌サンプル、ウイルスサンプル、酵母サンプル、真菌サンプル、またはそれらの任意の組合せである、〔１０９６〕または〔１０９７〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１０９９〕
前記オリゴヌクレオチドが、バーコード配列、ポリ（Ａ）テール、またはそれらの組合せを含む、〔１０９０〕〜〔１０９８〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１１００〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１０の異なるバーコード配列から選択される、〔１０９０〕〜〔１０９９〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１１０１〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１００の異なるバーコード配列から選択される、〔１０９０〕〜〔１０９９〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１１０２〕
前記オリゴヌクレオチドの前記バーコード配列が、少なくとも１，０００の異なるバーコード配列から選択される、〔１０９０〕〜〔１０９９〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１１０３〕
前記標識が、リンカーを介して前記生体分子に結合される、〔１０７２〕〜〔１１０２〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１１０４〕
前記オリゴヌクレオチドが前記リンカーを含む、〔１１０３〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１１０５〕
前記リンカーが化学基を含む、〔１１０４〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１１０６〕
前記化学基が、前記生体分子に可逆的に結合される、〔１１０５〕に記載の標識生体分子試薬分配システム。
〔１１０７〕
前記化学基が、ＵＶ光切断性基、ストレプトアビジン、ビオチン、アミン、およびそれらの任意の組合せからなる群から選択される、〔１１０５〕〜〔１１０６〕のいずれか一項に記載の標識生体分子試薬分配システム。