【誤訳訂正書】
【提出日】令和3年11月2日(2021.11.2)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１２６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１２６】
実施例８−実施形態の例
以下に記載される実施例は、ある特定の実施形態を例示し、技術を限定しない。
実施形態１．核酸ライブラリを生成する方法であって、
５’リン酸化核酸と、様々な長さおよびヌクレオチド配列の相補性領域を含むオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプールと、相補性領域同定配列とを、オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドが、配列に相補的であるオーバーハング領域を有する５’リン酸化核酸の核酸にハイブリダイズし、オリゴヌクレオチドの相補性領域に対して対応する長さを有する条件下で組み合わせることを含む、方法。
実施形態２．組み合わせの前に、核酸試料から核酸の５’末端をリン酸化することによって、５’リン酸化核酸を生成することを含む、実施形態１に記載の方法。
実施形態３．組み合わせの後に、ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドおよび核酸を連結することを含む、実施形態１または実施形態２に記載の方法。
実施形態４．組み合わせの間に、オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドが、オリゴヌクレオチドと、相補性領域に隣接するオリゴヌクレオチドの領域にハイブリダイズした核酸鎖と、を含む、二本鎖として存在する、実施形態１〜３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５．相補性領域に隣接するオリゴヌクレオチドの領域は、相補性領域同定配列のすべてまたは一部を含む、実施形態４に記載の方法。
実施形態６．二本鎖が、核酸とハイブリダイズする末端とは反対側の二本鎖の末端にオーバーハングを含み、組み合わせの後に、二本鎖によって形成されるオーバーハングを埋めることを含む、実施形態４または実施形態５に記載の方法。
実施形態７．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、相補性領域および相補性領域同定配列以外の一部を含む、実施形態１〜６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８．相補性領域および相補性領域同定配列以外の一部は、核酸結合ドメインを含む、実施形態７に記載の方法。
実施形態９．核酸結合ドメインは、プライマー結合ドメインである、実施形態８に記載の方法。
実施形態１０．相補性領域および相補性領域同定配列以外の一部は、配列決定アダプターのすべてまたは一部を含む、実施形態８または実施形態９に記載の方法。
実施形態１１．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドの相補性領域の様々なヌクレオチド配列は、ランダムである、実施形態１〜１０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１２．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、１つ以上の非天然ヌクレオチドを含む、実施形態１〜１１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１３．オリゴヌクレオチドの相補性領域の１つ以上のヌクレオチドは、非天然ヌクレオチドである、実施形態１２に記載の方法。
実施形態１４．オリゴヌクレオチドの相補性領域の各ヌクレオチドは、非天然ヌクレオチドである、実施形態１３に記載の方法。
実施形態１５．非天然ヌクレオチドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチドである、実施形態１２〜１４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１６．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、リン酸化されていない、実施形態１〜１５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１７．５’リン酸化核酸は、５’リン酸化デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）である、実施形態１〜１６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１８．５’リン酸化ＤＮＡは、５’リン酸化ゲノムＤＮＡである、実施形態１７に記載の方法。
実施形態１９．５’リン酸化核酸は、５’リン酸化リボ核酸（ＲＮＡ）である、実施形態１〜１６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０．５’リン酸化核酸は、動物から得られた核酸試料から調製される、実施形態１〜１９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２１．動物は、絶滅動物である、実施形態２０に記載の方法。
実施形態２２．動物は、哺乳動物である、実施形態２０または実施形態２１に記載の方法。
実施形態２３．動物は、ヒト属からのものである、実施形態２２に記載の方法。
実施形態２４．５’リン酸化核酸は、無細胞核酸から生成される、実施形態１〜２３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２５．無細胞核酸は、全血、血漿、血清、羊水、唾液、尿、胸水、気管支洗浄液、気管支吸引液、母乳、初乳、涙液、精液、腹水、胸水、および大便からなる群から選択される、体液試料から得られる、実施形態２４に記載の方法。
実施形態２６．無細胞核酸は、無細胞胎児ＤＮＡである、実施形態２４または実施形態２５に記載の方法。
実施形態２７．無細胞核酸は、循環腫瘍ＤＮＡである、実施形態２４または実施形態２５に記載の方法。
実施形態２８．ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドおよび核酸を配列決定することをさらに含む、実施形態１〜２７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２９．配列決定の前に、ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドおよび核酸を連結することを含む、実施形態２８に記載の方法。
実施形態３０．５’リン酸化核酸の核酸にハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドの様々な相補性領域に対応する相補性領域同定配列を含む配列決定リードの数に基づいて５’リン酸化核酸のオーバーハング含量を決定することを含む、実施形態２８または２９に記載の方法。
実施形態３１．オーバーハング含量に基づいて、５’リン酸化核酸が生成された核酸試料の供給源を同定することを含む、実施形態３０に記載の方法。
実施形態３２．様々な長さおよびヌクレオチド配列の相補性領域を含むオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプールと、相補性領域同定配列と、を含む、組成物。
実施形態３３．組成物は、容器中に存在する、実施形態３２に記載の組成物。
実施形態３４．組成物は、液体組成物である、実施形態３２または実施形態３３に記載の組成物。
実施形態３５．組成物は、凍結乾燥組成物である、実施形態３２または実施形態３３に記載の組成物。
実施形態３６．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドと、相補性領域に隣接するオリゴヌクレオチドの領域にハイブリダイズした核酸鎖と、を含む、二本鎖として存在する、実施形態３２〜３５のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態３７．相補性領域に隣接するオリゴヌクレオチドの領域は、相補性領域同定配列のすべてまたは一部を含む、実施形態３６に記載の組成物。
実施形態３８．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、相補性領域および相補性領域同定配列以外の一部を含む、実施形態３２〜３７のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態３９．相補性領域および相補性領域同定配列以外の一部は、核酸結合ドメインを含む、実施形態３８に記載の組成物。
実施形態４０．核酸結合ドメインは、プライマー結合ドメインである、実施形態３９に記載の組成物。
実施形態４１．相補性領域および相補性領域同定配列以外の一部は、配列決定アダプターのすべてまたは一部を含む、実施形態３９または実施形態４０に記載の組成物。
実施形態４２．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドの相補性領域の様々なヌクレオチド配列は、ランダムである、実施形態３２〜４１のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態４３．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、１つ以上の非天然ヌクレオチドを含む、実施形態３２〜４２のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態４４．オリゴヌクレオチドの相補性領域の１つ以上は、非天然ヌクレオチドである、実施形態４３に記載の組成物。
実施形態４５．オリゴヌクレオチドの相補性領域の各ヌクレオチドは、非天然ヌクレオチドである、実施形態４４に記載の組成物。
実施形態４６．非天然ヌクレオチドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチドである、実施形態４３〜４５のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態４７．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、リン酸化されていない、実施形態３２〜４６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態４８．５’リン酸化核酸を含む、実施形態３２〜４７のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態４９．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドが、配列に相補的であるオーバーハング領域を有する５’リン酸化核酸の核酸にハイブリダイズし、オリゴヌクレオチドの相補性領域に対して対応する長さを有する、実施形態４８に記載の組成物。
実施形態５０．５’リン酸化核酸は、５’リン酸化デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）である、実施形態４８または実施形態４９に記載の組成物。
実施形態５１．５’リン酸化ＤＮＡは、５’リン酸化ゲノムＤＮＡである、実施形態５０に記載の組成物。
実施形態５２．５’リン酸化核酸は、５’リン酸化リボ核酸（ＲＮＡ）である、実施形態４８または実施形態４９に記載の組成物。
実施形態５３．５’リン酸化核酸は、動物から得られた核酸試料から調製される、実施形態４８〜５２のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態５４．動物は、絶滅動物である、実施形態５３に記載の組成物。
実施形態５５．動物は、哺乳動物である、実施形態５３または実施形態５４に記載の組成物。
実施形態５６．動物は、ヒト属からのものである、実施形態５５に記載の組成物。
実施形態５７．５’リン酸化核酸は、無細胞核酸から産生される、実施形態４８〜５６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態５８．無細胞核酸は、全血、血漿、血清、羊水、唾液、尿、胸水、気管支洗浄液、気管支吸引液、母乳、初乳、涙液、精液、腹水、胸水、および大便からなる群から選択される、体液試料から得られる、実施形態５７に記載の組成物。
実施形態５９．無細胞核酸は、無細胞胎児ＤＮＡである、実施形態５７または実施形態５８に記載の組成物。
実施形態６０．無細胞核酸は、循環腫瘍ＤＮＡである、実施形態５７または実施形態５８に記載の組成物。
実施形態６１．請求項３２〜４７のいずれか１つに記載の組成物と、核酸ライブラリを生成するために組成物を使用するための指示と、を含む、キット。
実施形態６２．核酸試料の５’リン酸化核酸に適合したキナーゼをさらに含む、実施形態６１に記載のキット。
実施形態６３．キナーゼは、ポリヌクレオチドキナーゼ（ＰＮＫ）である、実施形態６２に記載のキット。
実施形態６４．ＤＮＡリガーゼをさらに含む、実施形態６１〜６３のいずれか１つに記載のキット。
Ａ１．核酸ライブラリを生成するための方法であって、標的核酸を含む核酸組成物であって、標的核酸の一部またはすべてがオーバーハングを含む、核酸組成物と、オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプールであって、オリゴヌクレオチドの一部またはすべてが、（ｉ）標的核酸中のオーバーハングにハイブリダイズすることができる相補性領域と、（ｉｉ）相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含み、相補性領域を含むプール中のオリゴヌクレオチドが、異なる長さの相補性領域を含み、相補性領域同定ポリヌクレオチドは、相補性領域の１つ以上の特徴に特異的であり、１つ以上の特徴が、相補性領域の長さを含む、オリゴヌクレオチドプールとを、オリゴヌクレオチド中の相補性領域が、対応する長さを有する標的核酸中のオーバーハングにハイブリダイズする条件下で組み合わせ、それによって核酸ライブラリのためのハイブリダイゼーション生成物を形成することを含む、方法。
実施形態Ａ１．１ 相補性領域の１つ以上の特徴は、（ｉ）５’オーバーハング、（ｉｉ）３’オーバーハング、（ｉｉｉ）特定の配列、（ｉｖ）（ｉ）と（ｉｉｉ）の組み合わせ  、または（ｖ）（ｉｉ）と（ｉｉｉ）の組み合わせ、をさらに含む、実施形態Ａ１に記載の方法。
実施形態Ａ１．２ 標的核酸の一部は、オーバーハングを含まない、実施形態Ａ１またはＡ１．１に記載の方法。
実施形態Ａ１．３ オリゴヌクレオチド一部は、相補性領域を含まず、かつ相補性領域が無いことに特異的な同定ポリヌクレオチドを含む、実施形態Ａ１、Ａ１．１、またはＡ１．２に記載の方法。
実施形態Ａ２．オーバーハングを含む標的核酸は、二本鎖部分および一本鎖オーバーハングを含む、実施形態Ａ１〜Ａ１．３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ３．オーバーハングを含む各標的核酸が、一方の末端にオーバーハングまたは両方の末端にオーバーハングを含む、実施形態Ａ１〜Ａ２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ４．オーバーハングを含む各標的核酸の一方の末端または両方の末端が、独立して５’オーバーハングまたは３’オーバーハングを含む、実施形態Ａ１〜Ａ３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ５．標的核酸は、リボ核酸（ＲＮＡ）である、またはリボ核酸（ＲＮＡ）から産生される、実施形態Ａ１〜Ａ４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ５．１ ＲＮＡは、細胞から採取される、実施形態Ａ５に記載の方法。
実施形態Ａ６．標的核酸は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）である、またはデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）から産生される、実施形態Ａ１〜Ａ４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ７．ＤＮＡは、細胞から採取される、実施形態Ａ６に記載の方法。
実施形態Ａ８．ＤＮＡは、ゲノムＤＮＡである、またはゲノムＤＮＡから産生される、実施形態Ａ７に記載の方法。
実施形態Ａ９．標的核酸は、動物からの試料から採取される、実施形態Ａ１〜Ａ８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ１０．動物は、絶滅動物である、実施形態Ａ９に記載の方法。
実施形態Ａ１１．動物は、哺乳動物である、実施形態Ａ９またはＡ１０に記載の方法。
実施形態Ａ１２．動物は、ヒト属からのものである、実施形態Ａ１１に記載の方法。
実施形態Ａ１３．標的核酸は、無細胞核酸である、または無細胞核酸から産生される、実施形態Ａ１〜Ａ５、Ａ６、およびＡ９〜Ａ１２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ１４．無細胞核酸は、全血、血漿、血清、羊水、唾液、尿、胸水、気管支洗浄液、気管支吸引液、母乳、初乳、涙液、精液、腹水、胸水、および大便から選択される、体液試料から得られる、実施形態Ａ１３に記載の方法。
実施形態Ａ１５．無細胞核酸は、無細胞胎児ＤＮＡを含む、実施形態Ａ１３またはＡ１４に記載の方法。
実施形態Ａ１６．無細胞核酸は、循環癌ＤＮＡを含む、実施形態Ａ１３またはＡ１４に記載の方法。
実施形態Ａ１７．無細胞核酸は、循環腫瘍ＤＮＡを含む、実施形態Ａ１６に記載の方法。
実施形態Ａ１８．無細胞核酸は、宿主ＤＮＡおよび非宿主ＤＮＡを含む、実施形態Ａ１３またはＡ１４に記載の方法。
実施形態Ａ１９．非宿主ＤＮＡは、感染性病原体からのものである、実施形態Ａ１８に記載の方法。
実施形態Ａ２０．非宿主ＤＮＡは、移植片からのものである、実施形態Ａ１８に記載の方法。
実施形態Ａ２１．標的核酸中のオーバーハングは、天然のオーバーハングである、実施形態Ａ１〜Ａ２０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ２２．標的核酸は、プールと組み合わせる前に、長さが改変されていない、実施形態Ａ１〜Ａ２１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ２３．組成物をプールと組み合わせる前に、試料から核酸を単離し、それによって核酸組成物を生成することから本質的になるプロセスによって、核酸組成物を調製することを含む、実施形態Ａ１〜Ａ２２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ２４．核酸組成物をプールと組み合わせる前に、試料から核酸を単離し、それによって単離された核酸を生成することと、単離された核酸の一方または両方の末端をリン酸部分または化学的反応性の部分で修飾し、それによって核酸組成物を生成することと、から本質的になるプロセスによって、核酸組成物を調製することを含む、実施形態Ａ１〜Ａ２２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ２５．標的核酸は、プールと組み合わせたときに溶液中にある、実施形態Ａ１〜Ａ２４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ２６．標的核酸は、固定細胞試料中に存在しない、実施形態Ａ１〜Ａ２５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ａ２７．標的核酸は、固定細胞試料中に存在しない、実施形態Ａ１〜Ａ２５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ１．オリゴヌクレオチドプールは、オーバーハングを含むオリゴヌクレオチドを含む、実施形態Ａ１〜Ａ２７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ２．プール中のすべてのオリゴヌクレオチドは、オーバーハングを含む、実施形態Ｂ１に記載の方法。
実施形態Ｂ３．オーバーハングを含むオリゴヌクレオチドは、二本鎖部分および一本鎖オーバーハングを含む、実施形態Ｂ１またはＢ２に記載の方法。
実施形態Ｂ４．オーバーハングを含むオリゴヌクレオチドのそれぞれは、一方の末端にオーバーハングまたは両方の末端にオーバーハングを含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ５．オーバーハングを含むオリゴヌクレオチドのそれぞれの一方の末端または両方の末端は、独立して５’オーバーハングまたは３’オーバーハングを含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ５．１ 一方の末端で、オーバーハングは、相補性領域を含む、実施形態Ｂ５に記載の方法。
実施形態Ｂ５．２ 相補性領域同定ポリヌクレオチドは、相補性領域を含むオーバーハングが５’オーバーハングまたは３’オーバーハングのいずれであるかに対して特異的である、実施形態Ｂ５に記載の方法。
実施形態Ｂ６．オリゴヌクレオチドプールは、第１の鎖および第２の鎖を含むオリゴヌクレオチドを含み、第１の鎖は、第１のポリヌクレオチドを含み、第２の鎖は、第１のポリヌクレオチドに相補的な第２のポリヌクレオチドを含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ５．２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ６．１ オリゴヌクレオチドプールは、それぞれが第１の鎖および第２の鎖から本質的になるオリゴヌクレオチドを含み、第１の鎖は、第１のポリヌクレオチドを含み、第２の鎖は、第１のポリヌクレオチドに相補的な第２のポリヌクレオチドを含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ５．２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ７．オリゴヌクレオチドプールは、ヘアピン構造をとることができる一本鎖を含むオリゴヌクレオチドを含み、一本鎖は、第１のポリヌクレオチドおよび第２のポリヌクレオチドを含み、第１のポリヌクレオチドの一部は第２のポリヌクレオチドの一部に相補的である、実施形態Ｂ１〜Ｂ５．２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ７．１ オリゴヌクレオチドプールは、それぞれがヘアピン構造をとることができる一本鎖から本質的になるオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドは、第１のポリヌクレオチドおよび第２のポリヌクレオチドを含み、第１のポリヌクレオチドの一部は、第２のポリヌクレオチドの一部に相補的である、実施形態Ｂ１〜Ｂ５．２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ８．プールは、３つ以上のヌクレオチド塩基のオーバーハングを含むオリゴヌクレオチドを含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ７．１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ９．プール中のオリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９もしくは２０ヌクレオチド長、またはそれらの組み合わせであるオーバーハングを含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ１０．プールは、
標的核酸中の１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の６ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の７ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の８ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の９ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１０ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、または
これらの組み合わせを含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ１１．プールは、
（ｉ）標的核酸中の１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の６ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の６ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の７ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の７ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の８ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の８ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の９ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の９ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１０ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１０ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、および
（ｉ）標的核酸中の１５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、または
それらの一部を含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ１０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ１２．プールは、
標的核酸中の１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の６ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の７ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の８ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の９ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１０ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット。
標的核酸中の１３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、または
これらの組み合わせを含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ１１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ１３．プールは、
（ｉ）標的核酸中の１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の６ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の６ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の７ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の７ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の８ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の８ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の９ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の９ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１０ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１０ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、および
（ｉ）標的核酸中の１５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、または
それらの一部を含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ１２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ１４．プールのオリゴヌクレオチド中のオーバーハングは、標的核酸中の塩基と特異的に塩基対合することができるヌクレオチドを含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ１３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ１５．プールのオリゴヌクレオチド中のオーバーハングは、アデニン、グアニン、シトシン、チミジンおよびウラシルのうちの２つ以上を含むヌクレオチドを含む、実施形態Ｂ１４に記載の方法。
実施形態Ｂ１６．オリゴヌクレオチドプールは、特定のオーバーハング長に対して、異なる複数のオーバーハングポリヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを含む、実施形態Ｂ１４または実施形態Ｂ１５に記載の方法。
実施形態Ｂ１７．オリゴヌクレオチドプールは、特定のオーバーハング長に対してすべての可能性があるオーバーハングポリヌクレオチドの組み合わせを含むオリゴヌクレオチドを含む、実施形態Ｂ１６に記載の方法。
実施形態Ｂ１８．オリゴヌクレオチドプールは、各オーバーハング長についてすべての可能性のあるオーバーハングポリヌクレオチドの組み合わせを含むオリゴヌクレオチドを含む、実施形態Ｂ１７に記載の方法。
実施形態Ｂ１９．プールのオリゴヌクレオチド中のオーバーハングポリヌクレオチドは、ランダムである、実施形態Ｂ１４〜Ｂ１８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ２０．プールのオリゴヌクレオチド中のオーバーハングは、標的核酸中の塩基と非特異的に塩基対合することができるヌクレオチドを含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ１９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ２１．プールのオリゴヌクレオチド中のオーバーハングは、ニトロインドール、デオキシイノシン、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態Ｂ２０に記載の方法。
実施形態Ｂ２２．ニトロインドールは、５−ニトロインドールである、実施形態Ｂ２１に記載の方法。
実施形態Ｂ２３．デオキシイノシンは、２−デオキシイノシンである、実施形態Ｂ２１または実施形態Ｂ２２に記載の方法。
実施形態Ｂ２４．オリゴヌクレオチドの末端は、オリゴヌクレオチドがハイブリダイゼーション生成物中でハイブリダイズする標的核酸の末端に共有結合することができる、実施形態Ｂ１〜Ｂ２３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ２５．オリゴヌクレオチド鎖の３’末端は、オリゴヌクレオチドがハイブリダイゼーション生成物中でハイブリダイズする標的核酸中の鎖の５’末端に共有結合することができる、実施形態Ｂ２４に記載の方法。
実施形態Ｂ２６．相補性領域に隣接するオリゴヌクレオチドの領域は、相補性領域同定ポリヌクレオチドのすべてまたは一部を含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ２５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ２７．プール中のオリゴヌクレオチドは、標的核酸とハイブリダイズするオーバーハングを有する末端とは反対側の末端に、反対向きのオーバーハングを含む、実施形態Ｂ２６に記載の方法。
実施形態Ｂ２８．組み合わせの後に、反対向きのオーバーハングを埋めることを含む、実施形態Ｂ２７に記載の方法。
実施形態Ｂ２９．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、相補性領域および相補性領域同定ポリヌクレオチド以外の一部を含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ２８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ３０．相補性領域および相補性領域同定ポリヌクレオチド以外の一部は、核酸結合ドメインを含む、実施形態Ｂ２９に記載の方法。
実施形態Ｂ３１．核酸結合ドメインは、プライマー結合ドメインである、実施形態Ｂ３０に記載の方法。
実施形態Ｂ３２．相補性領域および相補性領域同定ポリヌクレオチド以外の一部は、配列決定アダプターのすべてまたは一部を含む、実施形態Ｂ３０またはＢ３１に記載の方法。
実施形態Ｂ３３．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、１つ以上の非天然ヌクレオチドを含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ３２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ３４．オリゴヌクレオチドの相補性領域の１つ以上のヌクレオチドは、非天然ヌクレオチドである、実施形態Ｂ３３に記載の方法。
実施形態Ｂ３５．オリゴヌクレオチドの相補性領域の各ヌクレオチドは、非天然ヌクレオチドである、実施形態Ｂ３４に記載の方法。
実施形態Ｂ３６．非天然ヌクレオチドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチドである、実施形態Ｂ３３〜Ｂ３５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｂ３７．オリゴヌクレオチドは、１つ以上の骨格修飾を含む、実施形態Ｂ１〜Ｂ３６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ１．標的核酸の末端がそれがハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの末端に連結される条件下でハイブリダイゼーション生成物を曝露することを含む、実施形態Ａ１〜Ａ２７およびＢ１〜Ｂ３７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ２．組成物中の標的核酸は、５’リン酸化されている、実施形態Ａ１〜Ａ２７、Ｂ１〜Ｂ３７、およびＣ１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ３．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、リン酸化されていない、実施形態Ａ１〜Ａ２７、Ｂ１〜Ｂ３７、およびＣ１またはＣ２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ４．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、リン酸化されている、実施形態Ａ１〜Ａ２７、Ｂ１〜Ｂ３７、およびＣ１〜Ｃ３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ５．核酸組成物をオリゴヌクレオチドプールと組み合わせる前に、５’リン酸が標的核酸の５’末端に付加される条件下で、組成物中の標的核酸を、ホスホリル転移活性を含む薬剤と接触させることを含む、実施形態Ａ１〜Ａ２７、Ｂ１〜Ｂ３７、およびＣ１〜Ｃ４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ６．核酸組成物をオリゴヌクレオチドプールと組み合わせる前に、組成物中の標的核酸をホスホリル転移活性を含む薬剤と接触させることを含む、実施形態Ａ１〜Ａ２７、Ｂ１〜Ｂ３７、およびＣ１〜Ｃ４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ７．核酸組成物をオリゴヌクレオチドプールと組み合わせる前に、プール中のオリゴヌクレオチドをホスホリル転移活性を含まない薬剤と接触させることを含む、実施形態Ａ１〜Ａ２７、Ｂ１〜Ｂ３７、およびＣ１〜Ｃ６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ８．標的核酸の末端は、標的核酸がハイブリダイズするオリゴヌクレオチドの末端に共有結合している条件下で、ハイブリダイゼーション生成物を、リガーゼ活性を含む薬剤と接触させることを含む、実施形態Ｃ１〜Ｃ７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ９．ハイブリダイゼーション生成物は、第１のリガーゼ活性を含む第１の薬剤、および第１のリガーゼ活性とは異なる第２のリガーゼ活性を含む第２の薬剤に接触させられる、実施形態Ｃ８に記載の方法。
実施形態Ｃ１０．第１のリガーゼ活性および第２のリガーゼ活性は、独立して、平滑末端リガーゼ活性、ニックシーリングリガーゼ活性、粘着末端リガーゼ活性、環状化リガーゼ活性、および凝集末端リガーゼ活性から選択される、実施形態Ｃ９に記載の方法。
実施形態Ｃ１１．オリゴヌクレオチドのそれぞれの末端は、第１の化学的反応性の部分を含み、標的核酸のそれぞれの末端は、第２の化学的反応性の部分を含み、第１の化学的反応性の部分は、第２の化学的反応性の部分と反応し、オリゴヌクレオチドと、オリゴヌクレオチドがハイブリダイズする標的核酸との間に共有結合を形成することができる、実施形態Ａ１〜Ａ２７、Ｂ１〜Ｂ３７、およびＣ１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ１２．核酸組成物をオリゴヌクレオチドプールと組み合わせる前に、第２の化学的反応性の部分が標的核酸のそれぞれの末端に組み込まれる条件下で、組成物中の標的核酸を、１つ以上の化学物質と接触させることを含む、実施形態Ｃ１１に記載の方法。
実施形態Ｃ１３．第１の化学的反応性の部分が第２の化学的反応性の部分と反応して、オリゴヌクレオチドと、オリゴヌクレオチドがハイブリダイズする標的核酸との間に共有結合を形成する条件下で、ハイブリダイゼーション生成物を、１つ以上の化学物質に曝露することを含む、実施形態Ｃ１１またはＣ１２に記載の方法。
実施形態Ｃ１４．第１の化学的反応性の部分は、第２の化学的反応性の部分と反応して、オリゴヌクレオチドと、オリゴヌクレオチドがハイブリダイズする標的核酸との間に１，２，３−トリアゾールを形成することができる、実施形態Ｃ１１〜Ｃ１３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ１５．第１の化学的反応性の部分は、銅を含む条件下で、第２の化学的反応性の部分と反応することができる、実施形態Ｃ１１〜Ｃ１４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ１６．第１の化学的反応性の部分は、アジド含有部分および５−オクタジイニルデオキシウラシルから選択され、第２の化学的反応性の部分は、独立して、アジド含有部分、ヘキシニル、および５−オクタジイニルデオキシウラシルから選択される、実施形態Ｃ１１〜Ｃ１５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｃ１７．アジド含有部分は、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）エステル−アジドである、実施形態Ｃ１６に記載の方法。
実施形態Ｄ１．オリゴヌクレオチドは、ヘアピン構造をとることができる一本鎖を含み、一本鎖が、第１のポリヌクレオチド、第２のポリヌクレオチド、および切断条件下で切断することができる１つ以上の切断部位を含む、実施形態Ａ１〜Ａ２７、Ｂ７〜Ｂ３７、およびＣ１〜Ｃ１７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｄ１．１ オリゴヌクレオチドは、ヘアピン構造をとることができる一本鎖を含み、一本鎖が、第１のポリヌクレオチド、第２のポリヌクレオチド、および切断条件下で切断することができる１つ以上の切断部位を含む、実施形態Ａ１〜Ａ２７、Ｂ７〜Ｂ３７、およびＣ１〜Ｃ１７に記載の方法。
実施形態Ｄ１．２ 第１のポリヌクレオチドは、第２のポリヌクレオチド中の第１の領域に相補的な第１の領域を含み、第１のポリヌクレオチドは、第２のポリヌクレオチド中の第２の領域に相補的でない第２の領域を含む、実施形態Ｄ１またはＤ１．１に記載の方法。
実施形態Ｄ２．１つ以上の切断部位は、第１のポリヌクレオチドと第２のポリヌクレオチドとの間に位置する、実施形態Ｄ１、Ｄ１．１、またはＤ１．２に記載の方法。
実施形態Ｄ３．１つ以上の切断部位は、ウラシルおよび／またはデオキシウリジンヌクレオチドを含む、実施形態Ｄ１〜Ｄ２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｄ４．１つ以上の切断部位は、ジオールを含む、実施形態Ｄ１〜Ｄ２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｄ４．１ジオールは、５’から５’への結合で組み込まれた隣接ジオールである、実施形態Ｄ４に記載の方法。
実施形態Ｄ５．１つ以上の切断部位は、制限酵素認識部位を含む、実施形態Ｄ１〜Ｄ２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｄ５．１ 制限酵素認識部位は、レアカッター制限酵素認識部位である、実施形態Ｄ５に記載の方法。
実施形態Ｄ６．組み合わせの後に、切断条件に１つ以上の切断部位を曝露し、それによってオリゴヌクレオチドを切断することを含む、実施形態Ｄ１〜Ｄ５．１のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｄ７．オリゴヌクレオチドが、５’から３’方向において、５’相補性領域同定ポリヌクレオチドと、第１のポリヌクレオチドと、
１つ以上の切断部位と、第２のポリヌクレオチドと、５’相補性領域同定ポリヌクレオチドに相補的な３’相補性領域同定ポリヌクレオチドと、相補性領域と、を含む、実施形態Ｄ１〜Ｄ６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｄ８．オリゴヌクレオチドが、５’から３’方向において、相補性領域と、５’相補性領域同定ポリヌクレオチドと、第１のポリヌクレオチドと、１つ以上の切断部位と、第２のポリヌクレオチドと、５’相補性領域同定ポリヌクレオチドに相補的な３’相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、実施形態Ｄ１〜Ｄ６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｄ９．オリゴヌクレオチドが、
（ｉ）５’から３’方向において、
５’相補性領域同定ポリヌクレオチドと、
第１のポリヌクレオチドと、
１つ以上の切断部位と、
第２のポリヌクレオチドと、
５’相補性領域同定ポリヌクレオチドに相補的な３’相補性領域同定ポリヌクレオチドと、
相補領域を含む、５’相補性領域同定ポリヌクレオチドに相補的な３’相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドと、
（ｉｉ）５’から３’方向において、
相補性領域と、
５’相補性領域同定ポリヌクレオチドと、
第１のポリヌクレオチドと、
１つ以上の切断部位と、
第２のポリヌクレオチドと、
５’相補性領域同定ポリヌクレオチドに相補的な３’相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドと、の混合物を含む、実施形態Ｄ１〜Ｄ６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｅ１．組み合わせの後に、相補性領域同定ポリヌクレオチドを、結合ポリヌクレオチドおよび相補性領域同定ポリヌクレオチドはハイブリダイズする条件下で、相補性領域同定ポリヌクレオチドに相補的な結合ポリヌクレオチドを含む結合剤と接触させ、それによって、結合複合体および結合剤に結合していない核酸を生成することを含む、実施形態Ａ１〜Ａ２７、Ｂ１〜Ｂ３７、Ｃ１〜Ｃ１７、およびＤ１〜Ｄ９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｅ２．結合剤は、固相を含む、実施形態Ｅ１に記載の方法。
実施形態Ｅ３．結合剤は、リンカーを含み、リンカーは、固相に結合しているか、または結合することができる、実施形態Ｅ１に記載の方法。
実施形態Ｅ４．結合複合体を、結合剤に結合していない核酸から分離することを含む、実施形態Ｅ１〜Ｅ３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｆ１．標的核酸を配列決定するための方法であって、
実施形態Ａ１〜Ａ２７、Ｂ１〜Ｂ３７、Ｃ１〜Ｃ１７、Ｄ１〜Ｄ９、およびＥ１〜Ｅ４のいずれか１つに記載の方法を実施し、それによって核酸ライブラリを生成することと、
核酸ライブラリを配列決定プロセスに曝露することと、を含む、方法。
実施形態Ｆ２．オリゴヌクレオチド中の相補性領域および相補性領域同定ポリヌクレオチド以外の一部は、配列決定アダプターのすべてまたは一部を含む、実施形態Ｆ１に記載の方法。
実施形態Ｆ３．
（ｉ）核酸組成物をオリゴヌクレオチドプールと組み合わせ、それによってハイブリダイゼーション生成物を形成することと、
（ｉｉ）ハイブリダイゼーション生成物中のオリゴヌクレオチドに標的核酸を連結し、それによって複合体を生成することと、
（ｉｉｉ）複合体中のオリゴヌクレオチドを修飾し、それによって核酸ライブラリを生成することと、
（ｉｖ）核酸ライブラリを配列決定プロセスに曝露することと、から本質的になる、実施形態Ｆ１またはＦ２に記載の方法。
実施形態Ｆ４．
（ｉ）核酸組成物をオリゴヌクレオチドプールと組み合わせ、それによってハイブリダイゼーション生成物を形成することと、
（ｉｉ）ハイブリダイゼーション生成物中のオリゴヌクレオチドに標的核酸を連結し、それによって複合体を生成することと、
（ｉｉｉ）特定の相補性領域同定ポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズする１つ以上の結合剤と複合体を会合させ、それによって濃縮複合体を生成することと、
（ｉｖ）濃縮複合体中のオリゴヌクレオチドを修飾し、それによって核酸ライブラリを生成することと、
（ｖ）核酸ライブラリを配列決定プロセスに曝露することと、から本質的になる、実施形態Ｆ１またはＦ２に記載の方法。
実施形態Ｆ５．オリゴヌクレオチドを修飾することは、オリゴヌクレオチド中の１つ以上の切断部位を切断することを含む、実施形態Ｆ３またはＦ４に記載の方法。
実施形態Ｆ６．オリゴヌクレオチドを修飾することは、標的核酸中のオーバーハングと相互作用するオリゴヌクレオチド中のオーバーハングと反対側にオリゴヌクレオチド中のオーバーハングを埋めることを含む、実施形態Ｆ３またはＦ４に記載の方法。
実施形態Ｆ７．配列決定プロセスは、高度に多重化された配列決定プロセスである、実施形態Ｆ１〜Ｆ６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｆ８．配列決定プロセスは、配列決定リードを生成する、実施形態Ｆ１〜Ｆ７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｆ９．配列決定リードに基づいて、標的核酸についてのオーバーハングの配列を決定することを含む、実施形態Ｆ８に記載の方法。
実施形態Ｆ１０．配列決定リードに基づいて、相補性領域同定ポリヌクレオチドの配列を決定することを含む、実施形態Ｆ８またはＦ９に記載の方法。
実施形態Ｆ１１．標的核酸についてのオーバーハングの長さを決定することを含む、実施形態Ｆ８〜Ｆ１０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｇ１．核酸組成物中の特定のオーバーハングを分析するための方法であって、
実施形態Ｆ１〜Ｆ１１のいずれか１つに記載の方法に従って、核酸の配列決定することと、
標的核酸中のオーバーハングの量を定量化し、それによってオーバーハングの定量化を生じることと、を含む、方法。
実施形態Ｇ２．オーバーハングの定量化は、（ｉ）５’オーバーハング、（ｉｉ）３’オーバーハング、（ｉｉｉ）特定の配列、（ｉｖ）特定の長さ、または（ｖ）（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、および（ｉｖ）のうちの２つ、３つ、または４つの組み合わせとして特徴付けられる、オーバーハングについてのものである、実施形態Ｇ１に記載の方法。
実施形態Ｇ３．オーバーハングの定量化は、（ｉ）５’オーバーハングまたは３’オーバーハング、および（ｉｉ）特定の長さとして特徴付けられる、オーバーハングについてのものである、実施形態Ｇ１またはＧ２に記載の方法。
実施形態Ｇ４．標的核酸組成物がオーバーハングの定量化に基づいて発生した、核酸試料中の標的核酸の供給源を同定することを含む、実施形態Ｇ１〜Ｇ３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｇ５．方法は、法医学分析のために行われる、実施形態Ｇ１〜Ｇ４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｇ６．方法は、診断的分析のために行われる、実施形態Ｇ１〜Ｇ４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態Ｈ１．オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプールを含む、組成物であって、
オリゴヌクレオチドの一部またはすべては、（ｉ）核酸組成物の標的核酸中のオーバーハングにハイブリダイズすることができる相補性領域と、（ｉｉ）相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含み、
相補性領域を含むプール中のオリゴヌクレオチドは、異なる長さの相補性領域を含み、
相補性領域同定ポリヌクレオチドは、相補性領域の１つ以上の特徴に特異的であり、１つ以上の特徴は、相補性領域の長さを含む、組成物。
実施形態Ｈ．１．１ 相補性領域の１つ以上の特徴は、（ｉ）５’オーバーハング、（ｉｉ）３’オーバーハング、（ｉｉｉ）特定の配列、（ｉｖ）（ｉ）と（ｉｉｉ）の組み合わせ、または（ｖ）（ｉｉ）と（ｉｉｉ）の組み合わせ、をさらに含む、実施形態Ｈ１に記載の組成物。
実施形態Ｈ１．２ オリゴヌクレオチドの一部は、相補性領域を含まず、かつ相補的領域が無いことに特異的な同定ポリヌクレオチドを含む、実施形態Ｈ１またはＨ１．１に記載の組成物。
実施形態Ｈ２．組成物は、容器中に存在する、実施形態Ｈ１〜Ｈ１．２のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ３．組成物は、液体組成物である、実施形態Ｈ１〜Ｈ２のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ４．組成物は、凍結乾燥組成物である、実施形態Ｈ１〜Ｈ２のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ５．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション生成物中の標的核酸にハイブリダイズする、実施形態Ｈ１〜Ｈ４のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ６．オリゴヌクレオチドプールは、オーバーハングを含むオリゴヌクレオチドを含む、実施形態Ｈ１〜Ｈ５のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ７．プール中のすべてのオリゴヌクレオチドは、オーバーハングを含む、実施形態Ｈ１〜Ｈ６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ８．オーバーハングを含むオリゴヌクレオチドは、二本鎖部分および一本鎖オーバーハングを含む、実施形態Ｈ６またはＨ７に記載の組成物。
実施形態Ｈ９．オーバーハングを含むオリゴヌクレオチドのそれぞれは、一方の末端にオーバーハングまたは両方の末端にオーバーハングを含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ８のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ１０．オーバーハングを含むオリゴヌクレオチドのそれぞれの一方の末端または両方の末端は、独立して５’オーバーハングまたは３’オーバーハングを含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ９のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ１０．１ 一方の末端で、オーバーハングは、相補性領域を含む、実施形態Ｈ１０に記載の組成物。
実施形態Ｈ１０．２ 相補性領域同定ポリヌクレオチドは、相補性領域を含むオーバーハングが５’オーバーハングまたは３’オーバーハングのいずれかに特異的である、実施形態Ｈ１０．１に記載の組成物。
実施形態Ｈ１１．
オリゴヌクレオチドプールは、それぞれが第１の鎖および第２の鎖から本質的になるオリゴヌクレオチドを含み、
第１の鎖は、第１のポリヌクレオチドを含み、第２の鎖は、第１のポリヌクレオチドに相補的な第２のポリヌクレオチドを含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ１０．２のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ１２．
オリゴヌクレオチドプールは、それぞれがヘアピン構造をとることができる一本鎖から本質的になるオリゴヌクレオチドを含み、
オリゴヌクレオチドは、第１のポリヌクレオチドと、第１のポリヌクレオチドに相補的な第２のポリヌクレオチドと、を含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ１０のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ１３．プールは、３つ以上のヌクレオチド塩基のオーバーハングを含むオリゴヌクレオチドを含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ１２のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ１４．プール中のオリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０ヌクレオチド長、またはそれらの組み合わせであるオーバーハングを含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ１３のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ１５．プールは、
標的核酸中の１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の６ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の７ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の８ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の９ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１０ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、または
これらの組み合わせを含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ１４のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ１６．プールは、
（ｉ）標的核酸中の１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の６ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の６ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の７ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の７ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の８ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の８ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の９ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の９ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１０ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１０ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１１ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１２ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１３ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１４ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、および
（ｉ）標的核酸中の１５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１５ヌクレオチド長の５’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、または
それらの一部を含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ１５のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ１７．プールは、
標的核酸中の１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の６ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の７ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の８ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の９ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１０ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、
標的核酸中の１５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域を含むオリゴヌクレオチドのサブセット、または
これらの組み合わせを含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ１６のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ１８．プールは、
（ｉ）標的核酸中の１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）前記標的核酸中の１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の６ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の６ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の７ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の７ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の８ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の８ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の９ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の９ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１０ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１０ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１１ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１２ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１３ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、
（ｉ）標的核酸中の１４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１４ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、および
（ｉ）標的核酸中の１５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域と、（ｉｉ）標的核酸中の１５ヌクレオチド長の３’オーバーハングにハイブリダイズする相補性領域に特異的な相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含む、オリゴヌクレオチドのサブセット、または
それらの一部を含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ１７のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ１９．プールのオリゴヌクレオチド中のオーバーハングは、標的核酸中の塩基と特異的に塩基対合することができるヌクレオチドを含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ１８のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ２０．プールのオリゴヌクレオチド中のオーバーハングは、アデニン、グアニン、シトシン、チミジン、およびウラシルのうちの２つ以上を含むヌクレオチドを含む、実施形態Ｈ１９に記載の組成物。
実施形態Ｈ２１．オリゴヌクレオチドプールは、特定のオーバーハング長に対して、異なる複数のオーバーハングポリヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを含む、実施形態Ｈ１９またはＨ２０に記載の組成物。
実施形態Ｈ２２．オリゴヌクレオチドプールは、特定のオーバーハング長に対してすべての可能性のあるオーバーハングポリヌクレオチドの組み合わせを含むオリゴヌクレオチドを含む、実施形態Ｈ２１に記載の組成物。
実施形態Ｈ２３．オリゴヌクレオチドプールは、各オーバーハング長についてすべての可能性のあるオーバーハングポリヌクレオチドの組み合わせを含むオリゴヌクレオチドを含む、実施形態Ｈ２２に記載の組成物。
実施形態Ｈ２４．プールのオリゴヌクレオチド中のオーバーハングポリヌクレオチドは、ランダムである、実施形態Ｈ１９〜Ｈ２３のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ２５．プールのオリゴヌクレオチド中のオーバーハングは、標的核酸中の塩基と特異的に塩基対合することができるヌクレオチドを含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ２４のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ２６．プールのオリゴヌクレオチド中のオーバーハングは、ニトロインドール、デオキシイノシン、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ２５のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ２７．ニトロインドールは、５−ニトロインドールである、実施形態Ｈ２６に記載の組成物。
実施形態Ｈ２８．デオキシイノシンは、２−デオキシイノシンである、実施形態Ｈ２６またはＨ２７に記載の組成物。
実施形態Ｈ２９．オリゴヌクレオチドの末端は、オリゴヌクレオチドがハイブリダイゼーション生成物中でハイブリダイズする標的核酸の末端に共有結合することができる、実施形態Ｈ６〜Ｈ２８のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ３０．オリゴヌクレオチド鎖の３’末端は、オリゴヌクレオチドがハイブリダイゼーション生成物中でハイブリダイズする標的核酸の鎖の５’末端に共有結合することができる、実施形態Ｈ６〜Ｈ２９のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ３１．相補性領域に隣接するオリゴヌクレオチドの領域は、相補性領域同定ポリヌクレオチドのすべてまたは一部を含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ３０のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ３２．プール中のオリゴヌクレオチドは、標的核酸とハイブリダイズするオーバーハングを有する末端とは反対側の末端に、反対向きのオーバーハングを含む、実施形態Ｈ３１に記載の組成物。
実施形態Ｈ３３．組み合わせの後に、反対向きのオーバーハングを埋めることを含む、実施形態Ｈ３２に記載の組成物。
実施形態Ｈ３４．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、相補性領域および相補性領域同定ポリヌクレオチド以外の一部を含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ３３のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ３５．相補性領域および相補性領域同定ポリヌクレオチド以外の一部は、核酸結合ドメインを含む、実施形態Ｈ３４に記載の組成物。
実施形態Ｈ３６．核酸結合ドメインは、プライマー結合ドメインである、実施形態Ｈ３５に記載の組成物。
実施形態Ｈ３７．相補性領域および相補性領域同定ポリヌクレオチド以外の一部は、配列決定アダプターのすべてまたは一部を含む、実施形態Ｈ３５またはＨ３６に記載の組成物。
実施形態Ｈ３８．オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドは、１つ以上の非天然ヌクレオチドを含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ３７のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ３９．オリゴヌクレオチドの相補性領域の１つ以上のヌクレオチドは、非天然ヌクレオチドである、実施形態Ｈ３８に記載の組成物。
実施形態Ｈ４０．オリゴヌクレオチドの相補性領域の各ヌクレオチドは、非天然ヌクレオチドである、実施形態Ｈ３９に記載の組成物。
実施形態Ｈ４１．非天然ヌクレオチドは、ロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチドである、実施形態Ｈ３８〜Ｈ４０のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ４２．オリゴヌクレオチドは、１つ以上の骨格修飾を含む、実施形態Ｈ６〜Ｈ４１のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ４３．オーバーハングを含む標的核酸のそれぞれは、二本鎖部分および一本鎖オーバーハングを含む、実施形態Ｈ１〜Ｈ４２のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ４４．オーバーハングを含む標的核酸のそれぞれは、一方の末端にオーバーハングまたは両方の末端にオーバーハングを含む、実施形態Ｈ４３に記載の組成物。
実施形態Ｈ４５．オーバーハングを含む標的核酸のそれぞれの一方の末端または両方の末端は、独立して５’オーバーハングまたは３’オーバーハングを含む、実施形態Ｈ４３またはＨ４４に記載の組成物。
実施形態Ｈ４６．標的核酸は、リボ核酸（ＲＮＡ）である、またはリボ核酸（ＲＮＡ）から産生される、実施形態Ｈ１〜Ｈ４５のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ４６．１ ＲＮＡは、細胞から採取される、実施形態Ｈ４６に記載の組成物。
実施形態Ｈ４７．標的核酸は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）である、またはデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）から産生される、実施形態Ｈ１〜Ｈ４５のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ４８．ＤＮＡは、細胞から採取される、実施形態Ｈ４７に記載の組成物。
実施形態Ｈ４９．ＤＮＡは、ゲノムＤＮＡである、またはゲノムＤＮＡから産生される、実施形態Ｈ４８に記載の組成物。
実施形態Ｈ５０．標的核酸は、動物からの試料から採取される、実施形態Ｈ１〜Ｈ４９のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ５１．動物は、絶滅動物である、実施形態Ｈ５０に記載の組成物。
実施形態Ｈ５２．動物は、哺乳動物である、実施形態Ｈ５０またはＨ５１に記載の組成物。
実施形態Ｈ５３．動物は、ヒト属からのものである、実施形態Ｈ５０、Ｈ５１、またはＨ５２に記載の組成物。
実施形態Ｈ５４．標的核酸は、無細胞核酸である、または無細胞核酸から産生される、実施形態Ｈ１〜Ｈ４６、Ｈ４７、およびＨ５０〜Ｈ５３のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ５５．無細胞核酸は、全血、血漿、血清、羊水、唾液、尿、胸水、気管支洗浄液、気管支吸引液、母乳、初乳、涙液、精液、腹水、胸水、および大便から選択される、体液試料から得られる、実施形態Ｈ５４に記載の組成物。
実施形態Ｈ５６．無細胞核酸は、無細胞胎児ＤＮＡを含む、実施形態Ｈ５４またはＨ５５に記載の組成物。
実施形態Ｈ５７．無細胞核酸は、循環癌ＤＮＡを含む、実施形態Ｈ５４またはＨ５５に記載の組成物。
実施形態Ｈ５８．無細胞核酸は、循環腫瘍ＤＮＡを含む、実施形態Ｈ５７に記載の組成物。
実施形態Ｈ５９．無細胞核酸は、宿主ＤＮＡおよび非宿主ＤＮＡを含む、実施形態Ｈ５４またはＨ５５に記載の組成物。
実施形態Ｈ６０．非宿主ＤＮＡは、感染性病原体からのものである、実施形態Ｈ５９に記載の組成物。
実施形態Ｈ６１．非宿主ＤＮＡは、移植片からのものである、実施形態Ｈ５９に記載の組成物。
実施形態Ｈ６２．標的核酸は、溶液中にある、実施形態Ｈ１〜Ｈ６１のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ６３．標的核酸は、固定細胞試料中に存在しない、実施形態Ｈ１〜Ｈ６２のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｈ６４．標的核酸は、固定組織試料中に存在しない、実施形態Ｈ１〜Ｈ６２のいずれか１つに記載の組成物。
実施形態Ｉ１．実施形態Ｈ１〜Ｈ６４のいずれか１つに記載の組成物と、核酸ライブラリを生成するために組成物を使用するための指示と、を含む、キット。
実施形態Ｉ２．核酸試料の５’リン酸化核酸に適合したキナーゼをさらに含む、実施形態Ｉ１に記載のキット。
実施形態Ｉ３．キナーゼは、ポリヌクレオチドキナーゼ（ＰＮＫ）である、実施形態Ｉ２に記載のキット。
実施形態Ｉ４．ＤＮＡリガーゼをさらに含む、実施形態Ｉ１〜Ｉ３のいずれか１つに記載のキット。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸ライブラリを生成するための方法であって、
５’リン酸化された標的核酸を含む核酸組成物であって、標的核酸の一部またはすべてがオーバーハングを含む、核酸組成物と、
オリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドプールであって、
前記オリゴヌクレオチドの一部またはすべてが、（ｉ）標的核酸中のオーバーハングにハイブリダイズすることができる相補性領域と、（ｉｉ）相補性領域同定ポリヌクレオチドと、を含み、
相補性領域を含む前記プール中のオリゴヌクレオチドが、異なる長さの相補性領域を含み、
前記相補性領域同定ポリヌクレオチドは、前記相補性領域の１つ以上の特徴に特異的であり、前記１つ以上の特徴が、前記相補性領域の長さを含む、オリゴヌクレオチドプールとを、
前記オリゴヌクレオチド中の相補性領域が、対応する長さを有する前記標的核酸中のオーバーハングにハイブリダイズする条件下で組み合わせ、それによって核酸ライブラリのためのハイブリダイゼーション生成物を形成することを含む、方法。
【請求項２】
前記相補性領域の前記１つ以上の特徴が、（ｉ）５’オーバーハング、（ｉｉ）３’オーバーハング、（ｉｉｉ）特定の配列、（ｉｖ）（ｉ）と（ｉｉｉ）の組み合わせ、または（ｖ）（ｉｉ）と（ｉｉｉ）の組み合わせ、をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記標的核酸の一部は、オーバーハングを含まず、前記オリゴヌクレオチドの一部は、相補性領域を含まず、かつ相補性領域が無いことに特異的な同定ポリヌクレオチドを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
オーバーハングを含む各標的核酸が、一方の末端にオーバーハングまたは両方の末端にオーバーハングを含み、オーバーハングを含む各標的核酸の一方の末端または両方の末端が、独立して５’オーバーハングまたは３’オーバーハングを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記標的核酸が、無細胞核酸である、または無細胞核酸から産生される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記無細胞核酸が、無細胞胎児ＤＮＡ、循環癌ＤＮＡ、または、宿主ＤＮＡおよび非宿主ＤＮＡを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
標的核酸中のオーバーハングが、天然のオーバーハングである、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記天然のオーバーハングは、前記プールと組み合わせる前に、埋められず、切断されず、導入もされない、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記標的核酸は、前記プールと組み合わせる前に、長さが改変されていない、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記オリゴヌクレオチドプールが、オーバーハングを含むオリゴヌクレオチドを含み、オーバーハングを含む前記オリゴヌクレオチドのそれぞれが、一方の末端にオーバーハングまたは両方の末端にオーバーハングを含み、オーバーハングを含む前記オリゴヌクレオチドのそれぞれの一方の末端または両方の末端が、独立して５’オーバーハングまたは３’オーバーハングを含み、一方の末端で、前記オーバーハングが、前記相補性領域を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記オリゴヌクレオチドプールが、特定のオーバーハング長に対して、異なる複数のオーバーハングポリヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記オリゴヌクレオチドプールが、特定のオーバーハング長に対して可能性のあるすべてのオーバーハングポリヌクレオチドの組み合わせを含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項１０または１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記オリゴヌクレオチドプールが、各オーバーハング長について可能性のあるすべてのオーバーハングポリヌクレオチドの組み合わせを含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項１０〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記プールの前記オリゴヌクレオチド中の前記オーバーハングポリヌクレオチドが、ランダムである、請求項１０〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記オリゴヌクレオチドプールの前記オリゴヌクレオチドが、前記相補性領域および前記相補性領域同定ポリヌクレオチド以外の一部を含み、
（ｉ）前記相補性領域および前記相補性領域同定ポリヌクレオチド以外の一部が、核酸結合ドメインを含むか、
（ｉｉ）前記相補性領域および前記相補性領域同定ポリヌクレオチド以外の一部が、配列決定アダプターのすべてもしくは一部を含むか、または
（ｉｉｉ）前記（ｉ）および（ｉｉ）の組合せである、
請求項１０〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記オリゴヌクレオチドプールのオリゴヌクレオチドが、リン酸化されている、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記核酸組成物を前記オリゴヌクレオチドプールと組み合わせる前に、５’リン酸が標的核酸の５’末端に付加される条件下で、前記組成物中の前記標的核酸を、ホスホリル転移活性を含む薬剤と接触させることを含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
標的核酸の末端が、前記標的核酸がハイブリダイズする前記オリゴヌクレオチドの末端に共有結合する条件下で、前記ハイブリダイゼーション生成物を、リガーゼ活性を含む薬剤と接触させることを含む、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
標的核酸の配列を決定するための方法であって、
請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法を実行し、それによって核酸ライブラリを生成することと、
前記核酸ライブラリを配列決定プロセスに曝露し、前記配列決定プロセスが、配列決定リードを生成することと、
（ａ）前記配列決定リードに基づいて、前記標的核酸の１つ以上のオーバーハングの配列を決定すること、
（ｂ）前記配列決定リードに基づいて、１つ以上の相補性領域同定ポリヌクレオチドの配列を決定すること、
（ｃ）前記標的核酸の１つ以上のオーバーハングの長さを決定すること、または
（ｄ）前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）のうちの２つもしくは３つを組み合わせて決定することと、
を含む、方法。
【請求項２０】
核酸組成物中の１つ以上の特定のオーバーハングを分析するための方法であって、
請求項１９に記載の方法に従って核酸の配列を決定することと、
標的核酸中のオーバーハングの量を定量化し、それによってオーバーハングの定量化を生じることと、を含み、
各オーバーハング定量化が、（ｉ）５’オーバーハング、（ｉｉ）３’オーバーハング、（ｉｉｉ）特定の配列、（ｉｖ）特定の長さ、または（ｖ）前記（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、および（ｉｖ）のうちの２つ、３つ、もしくは４つの組み合わせとして特徴付けられるオーバーハングについてのものである、方法。
【請求項２１】
配列決定リードを、オーバーハング含量に基づいて、起源の供給源別に分類することをさらに含む、請求項２０に記載の方法。