【手続補正書】
【提出日】令和2年12月28日(2020.12.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の遺伝子疾患についての個別化ブーリアン・モデルを生成するコンピュータにより実施される方法であって、
前記患者についての遺伝子発現データから取得される２値測定値の仕様を定義する仕様データを記憶することと、
前記疾患についての遺伝子相互作用をモデル化する参照モデルを定義する参照モデル・データを記憶することであって、前記参照モデルは、ブール回路と、前記ブール回路に接続されると共に遺伝子を表す複数の遺伝子ノードと、前記参照モデルについての入力刺激を表す２値入力値を受信するための複数の入力とを含み、複数の前記遺伝子ノードの内の各遺伝子ノードは、当該遺伝子ノードを前記参照モデルに接続する第１の入力および出力と、２値変異値を受信するための第２の入力と、前記出力への前記第１の入力および第２の入力の一方の選択的接続を制御する２値セレクタ値を受信するための制御入力とを有するマルチプレクサを備え、前記遺伝子ノードの出力と前記参照モデルの入力との間のフィードバック・ループはラッチを含む、前記参照モデル・データを記憶することと、
モデル・チェッカを使用して前記仕様データおよび前記参照モデル・データを処理し、経路内のマルチプレクサについての前記セレクタ値が前記第２の入力を前記マルチプレクサの前記出力に恒久的に接続するように選択可能である前記経路を介して前記仕様が前記参照モデルにおいて到達可能であるかどうか判定することと、
前記仕様が到達可能である場合、前記仕様に到達する前記経路内の前記出力に接続された前記第２の入力を有する各マルチプレクサを特定して前記患者についての変異データを取得し、前記変異データおよび前記参照モデルに基づいて前記患者のための個別化ブーリアン・モデルを生成することと、
前記個別化ブーリアン・モデルを定義するパーソナル・モデル・データを出力することとを含む方法。
【請求項２】
前記患者についての複数の非２値測定値を含む遺伝子発現データを受信することと、
それぞれの前記非２値測定値を離散化して前記２値測定値を作り出すことによって前記仕様データを生成することと
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子相互作用をモデル化するとともに前記複数の遺伝子ノード、前記ブール回路、および前記複数の入力を備えるブーリアン・モデルを定義するブーリアン・モデル・データを受信することと、
各前記マルチプレクサおよび各前記ラッチを前記ブーリアン・モデルに挿入することによって、前記参照モデルが前記ブーリアン・モデルから適合されるように、前記ブーリアン・モデル・データから前記参照モデル・データを生成することと
をさらに含む、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
１つ以上の前記マルチプレクサの各々について、前記マルチプレクサについて前記モデル・チェッカによって使用するために前記２値変異値を特定することをさらに含む、請求項１から請求項３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
１つ以上の前記マルチプレクサの各々について、前記モデル・チェッカによって選択可能であるように前記マルチプレクサについての前記２値変異値を定めることをさらに含む、請求項１から請求項３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記変異データは、前記仕様に到達する際に前記出力に接続された第２の入力を有する前記マルチプレクサごとに前記モデル・チェッカによって選択される前記２値変異値を示す、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記参照モデル・データを生成するための予備動作を実行することをさらに含み、前記予備動作は、
全ての前記遺伝子ノードに前記マルチプレクサを有する前記参照モデルに対応する予備モデルを定義する予備モデル・データを記憶することと、
前記２値測定値の前記仕様の論理否定として逆仕様を定義する逆仕様データを前記仕様データから生成することと、
補間ベースのモデル・チェッカを用いて前記逆仕様データおよび前記予備モデル・データを処理することにより、各マルチプレクサの前記第１の入力が前記出力に接続された前記予備モデルにおける前記逆仕様の到達可能性の証明を生成することであって、前記証明は、前記逆仕様が到達可能である各前記マルチプレクサを示す、前記証明を生成することと、
前記参照モデルにおける前記複数の遺伝子ノードが、前記逆仕様が到達可能である各前記マルチプレクサに対応する前記遺伝子ノードを備えるように、前記予備モデル・データから前記参照モデル・データを生成することと
を含む、請求項１から請求項６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
各前記マルチプレクサおよび各前記ラッチの前記ブーリアン・モデルに挿入することによって前記予備モデルが前記ブーリアン・モデルから適合するように、前記ブーリアン・モデル・データから前記予備モデル・データを生成することと
をさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記モデル・チェッカが使用するための前記２値入力値のうちの１つまたは複数を特定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記２値入力値は、前記モデル・チェッカによって選択可能である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記患者についての遺伝子発現測定を行って複数の非２値測定値を含む遺伝子発現データを取得することと、
前記遺伝子発現データを使用して前記患者についての前記個別化ブーリアン・モデルを定める前記パーソナル・モデル・データを取得することと
をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１２】
前記患者についての遺伝子発現測定を行って複数の非２値測定値を含む遺伝子発現データを取得することと、
前記遺伝子発現データを使用して前記患者についての前記個別化ブーリアン・モデルを定める前記パーソナル・モデル・データを取得することと、
前記個別化ブーリアン・モデルを使用して前記患者の治療プランを決定することと
をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
患者の遺伝子疾患についての個別化ブーリアン・モデルを生成するコンピュータ・プログラムであって、請求項１から請求項１２のいずれか一項に記載の方法における各ステップをコンピュータに実行させる、コンピュータ・プログラム。
【請求項１４】
患者の遺伝子疾患についての個別化ブーリアン・モデルを生成するコンピュータ・システムであって、
前記患者についての遺伝子発現データから取得される２値測定値の仕様を定める仕様データと、前記疾患についての遺伝子相互作用をモデル化する参照モデルを定義する参照モデル・データとを記憶するメモリであって、前記参照モデルは、ブール回路と、前記ブール回路に接続されると共に遺伝子を表す複数の遺伝子ノードと、前記参照モデルについての入力刺激を表す２値入力値を受信するための複数の入力とを含み、複数の前記遺伝子ノードの内の各遺伝子ノードは、前記遺伝子ノードを前記参照モデルに接続する第１の入力および出力と、２値変異値を受信するための第２の入力と、前記出力への前記第１の入力および第２の入力の一方の選択的接続を制御する２値セレクタ値を受信するための制御入力とを有するマルチプレクサを備え、前記遺伝子ノードの出力と前記参照モデルの入力との間のフィードバック・ループは、ラッチを含む、前記メモリと、
前記仕様データおよび前記参照モデル・データを処理して、経路内のマルチプレクサについての前記セレクタ値が、前記第２の入力を前記マルチプレクサの前記出力に恒久的に接続するように選択可能である前記経路を介して前記仕様が前記参照モデルにおいて到達可能であるかどうか判定するように構成されたモデル・チェッカ論理と、
前記仕様が到達可能である場合、前記仕様に到達する前記経路内の前記出力に接続された前記第２の入力を有する各マルチプレクサを特定して前記患者についての変異データを取得し、前記変異データおよび前記参照モデルに基づいて前記患者のための個別化ブーリアン・モデルを生成し、前記個別化ブーリアン・モデルを定義するパーソナル・モデル・データを出力するように構成された論理と
を備えるシステム。