【手続補正書】
【提出日】令和3年6月29日(2021.6.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒトミルクオリゴ糖（ＨＭＯ）の産生方法であって、オリゴ糖を含有する培養培地中で微生物を培養すること、及び、前記ヒトミルクオリゴ糖（ＨＭＯ）を含有する目的の産物を回収することを含む、前記方法、
ここで前記微生物は、
ｉ）親微生物中のＳＮＦ３活性と比較して、前記微生物中のＳＮＦ３の活性を低減させる遺伝子改変、
ｉｉ）親微生物中のＲＧＴ２活性と比較して、前記微生物中のＲＧＴ２の活性を低減させる遺伝子改変、
ｉｉｉ）親微生物中のＰＭＡ１活性と比較して、前記微生物中のＰＭＡ１の活性を増加させる遺伝子改変、及び
ｉｖ）親微生物中のＧＰＲ１活性と比較して、前記微生物中のＧＰＲ１の活性を低減させる遺伝子改変、
から選択される１つ以上の遺伝子改変を含む、前記産生方法。
【請求項２】
前記オリゴ糖がラクトース又はスクロースである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記微生物が、糸状菌または酵母である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記微生物が、Ｓａｃｈｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓ．ｐａｓｔｏｒｉａｎｕｓ、Ｓ．ｂｅｔｉｃｕｓ、Ｓ．ｆｅｒｍｅｎｔａｔｉ、Ｓ．ｐａｒａｄｏｘｕｓ、Ｓ．ｕｖａｒｕｍ、Ｓ．ｂａｙ  ａｎｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ、Ｓ．ｊａｐｏｎｉｃｕｓ、Ｓ．ｏｃｔｏｓｐｏｒｕｓ、Ｓ．ｃｒｙｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｏｒｕｌａｓｐｏｒａ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｍａｒｘｉａｎｕｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｓｔｉｐｉｔｉｓ、Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｐ．ａｎｇｕｓｔａ、Ｚｙｇｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｂａｉｌｉｉ、Ｂｒｅｔｔａｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｎｔｅｒ  ｍｅｄｉｕｓ、Ｂ．ｂｒｕｘｅｌｌｅｎｓｉｓ、Ｂ．ａｎｏｍａｌｕｓ、Ｂ．ｃｕｓｔｅｒｓｉａｎｕｓ、Ｂ．ｎａａｒｄｅｎｅｎｓｉｓ、Ｂ．ｎａｎｕｓ、Ｄｅｋｋｅｒａ  ｂｒｕｘｅｌｌｅｎｓｉｓ、Ｄ．ａｎｏｍａｌａ、Ｍｅｔｓｃｈｍｋｏｗｉａ種、Ｉｓｓａｔｃｈｅｎｋｉａ  ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ、Ｋｌｏｅｃｋｅｒａ  ａｐｉｃｕｌａｔｅ、またはＡｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ  ｐｕｌｌｕｌａｎｓである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
ヒトミルクオリゴ糖（ＨＭＯ）を培地から回収する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
ヒトミルクオリゴ糖（ＨＭＯ）が２’−フコシルラクトース（２’−ＦＬ）又はラクト−Ｎ−テトラオース（ＬＮＴ）である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
ヒトミルクオリゴ糖（ＨＭＯ）が微生物から分泌され、ヒトミルクオリゴ糖（ＨＭＯ）を培地から回収する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記微生物が、親微生物と比較して、ラクトースを２’−ＦＬに変換するより高い能力を有する、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
微生物がさらにＧＤＰ−Ｌ−フコース生合成経路を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
微生物がさらに外因性α−１，２フコシルトランスフェラーゼを含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
ヒトミルクオリゴ糖（ＨＭＯ）がラクト−Ｎ−テトラオース（ＬＮＴ）である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記微生物が、親微生物と比較して、ラクトースをヒトミルクオリゴ糖（ＨＭＯ）に変換するより高い能力を有する、請求項２〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
ＰＭＡ１の活性を増加させる前記遺伝子改変が、ａ）内因性プロモーターと、前記内因性ｐｍａ１に機能的に連結される外因性プロモーターとの置換え、ｂ）染色体外遺伝物質を介するｐｍａ１の発現、ｃ）前記微生物のゲノム中への１つ以上のｐｍａ１のコピーの組込み、ｄ）構成的活性ＰＭＡ１もしくは非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１をコードする改変ｐｍａ１を生成するための、前記内因性ｐｍａ１に対する改変、並びに前記改変ａ）〜ｄ）の任意の組合せのうちの１以上である、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
ＰＭＡ１の活性を増加させる前記遺伝子改変が、
(i) PMA1タンパク質のC末端から少なくとも２〜約30アミノ酸を欠失した切断型PMAl、
(ii)配列番号１の９１１位に対応するセリンのアスパラギン酸への置換、及び
(iii) 配列番号１の９１２位に対応するトレオニンのアスパラギン酸への置換、
からなる群より選択されるPMA1タンパク質をコードする改変されたpma1遺伝子を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１の活性を低減させる前記遺伝子改変が、ａ）ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１のプロモーターの変異であって、前記変異したプロモーターが、前記親微生物中の対応するタンパク質の発現と比較してＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１の減少した発現を引き起こす、前記変異、ｂ）ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１からの内因性プロモーターと、前記内因性ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１のコード領域に機能的に連結される外因性プロモーターとの置換えであって、前記外因性プロモーターが、前記親微生物中の対応するタンパク質の発現と比較してＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１を全く発現しない、または減少した発現を引き起こす、前記置換え、ｃ）前記ａ）及びｂ）の任意の組合せのうち１つ以上を含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／又はＧＰＲ１の活性を低減させる遺伝子改変が、ａ）ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／又はＧＰＲ１のコード領域の完全なまたは部分的な欠失、ｂ）ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／又はＧＰＲ１のコード領域内でのフレームシフト変異の導入、ｃ）ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１の活性を妨害するような１つ以上のヌクレオチドの挿入、ｄ）ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／又はＧＰＲ１のコード領域中への終止コドンの導入、あるいはｅ）ａ）〜ｄ）の任意の組合せのうち１つ以上を含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
遺伝子操作された微生物であって、
ＧＤＰ−Ｌ−フコース生合成経路、並びに、
ｉ）親微生物中のＰＭＡ１活性と比較して、前記微生物中のＰＭＡ１の活性を増加させる遺伝子改変、
ｉｉ）親微生物中のＳＮＦ３活性と比較して、前記微生物中のＳＮＦ３の活性を低減させる遺伝子改変、
ｉｉｉ）親微生物中のＲＧＴ２活性と比較して、前記微生物中のＲＧＴ２の活性を低減させる遺伝子改変、及び
ｉｖ）親微生物中のＧＰＲ１活性と比較して、前記微生物中のＧＰＲ１の活性を低減させる遺伝子改変、
の１以上を含み、ここで前記微生物は外部から供給されたオリゴ糖をヒトミルクオリゴ糖（ＨＭＯ）へと変換することができる、前記微生物。
【請求項１８】
遺伝子操作された微生物が、親微生物と比較して、オリゴ糖を利用してヒトミルクオリゴ糖（ＨＭＯ）を産生する能力が増大している、請求項１７に記載の遺伝子操作された微生物。
【請求項１９】
オリゴ糖がラクトース又はスクロースである、請求項１８に記載の遺伝子操作された微生物。
【請求項２０】
さらに異種α−１，２フコシルトランスフェラーゼを含むを含む、請求項１７〜１９のいずれか１項に記載の遺伝子操作された微生物。
【請求項２１】
前記微生物が、糸状菌または酵母である、請求項１７〜２０のいずれか１項に記載の遺伝子操作された微生物。
【請求項２２】
前記微生物が、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓ．  ｐａｓｔｏｒｉａｎｕｓ、Ｓ．  ｂｅｔｉｃｕｓ、Ｓ．  ｆｅｒｍｅｎｔａｔｉ、Ｓ．  ｐａｒａｄｏｘｕｓ、Ｓ．  ｕｖａｒｕｍ、Ｓ．  ｂａｙ  ａｎｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ、Ｓ．  ｊａｐｏｎｉｃｕｓ、Ｓ．  ｏｃｔｏｓｐｏｒｕｓ、Ｓ．  ｃｒｙｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｏｒｕｌａｓｐｏｒａ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｍａｒｘｉａｎｕｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｓｔｉｐｉｔｉｓ、Ｐ．  ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｐ．  ａｎｇｕｓｔａ、Ｚｙｇｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｂａｉｌｉｉ、Ｂｒｅｔｔａｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｎｔｅｒ  ｍｅｄｉｕｓ、Ｂ．  ｂｒｕｘｅｌｌｅｎｓｉｓ、Ｂ．  ａｎｏｍａｌｕｓ、Ｂ．  ｃｕｓｔｅｒｓｉａｎｕｓ、Ｂ．  ｎａａｒｄｅｎｅｎｓｉｓ、Ｂ．  ｎａｎｕｓ、Ｄｅｋｋｅｒａ  ｂｒｕｘｅｌｌｅｎｓｉｓ、Ｄ．  ａｎｏｍａｌａ、Ｍｅｔｓｃｈｍｋｏｗｉａ  ｓｐｐ．、Ｉｓｓａｔｃｈｅｎｋｉａ  ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ、Ｋｌｏｅｃｋｅｒａ  ａｐｉｃｕｌａｔｅ、及び  Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ  ｐｕｌｌｕｌａｎからなる群より選択される、請求項１７〜２１のいずれか１項に記載の遺伝子操作された微生物。
【請求項２３】
ＰＭＡ１の活性を増加させる前記遺伝子改変が、ａ）内因性プロモーターと、前記内因性ｐｍａ１に機能的に連結される外因性プロモーターとの置換え、ｂ）染色体外遺伝物質を介するｐｍａ１の発現、ｃ）前記微生物のゲノム中への１つ以上のｐｍａ１のコピーの組込み、ｄ）構成的活性ＰＭＡ１もしくは非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１をコードする改変ｐｍａ１を生成するための、前記内因性ｐｍａ１に対する改変、並びに前記改変ａ）〜ｄ）の任意の組合せのうちの１以上を含む、請求項１７〜２２のいずれか１項に記載の遺伝子操作された微生物。
【請求項２４】
ＰＭＡ１の活性を増加させる前記遺伝子改変が、
(i) PMA1タンパク質のC末端からの少なくとも２〜約30アミノ酸の欠失、
(ii)配列番号１の９１１位に対応するセリンのアスパラギン酸への置換、及び
(iii) 配列番号１の９１２位に対応するトレオニンのアスパラギン酸への置換、
からなる群より選択される、PMA1タンパク質をコードする改変されたpma1遺伝子を含む、請求項１７〜２３のいずれか１項に記載の遺伝子操作された微生物。
【請求項２５】
ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１の活性を低減させる前記遺伝子改変が、ａ）ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１のプロモーターの変異であって、前記変異したプロモーターが、前記親微生物中の対応するタンパク質の発現と比較してＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１の低減された発現を引き起こす、前記変異、ｂ）ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１からの内因性プロモーターと、前記内因性ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１のコード領域に機能的に連結される外因性プロモーターとの置換えであって、前記外因性プロモーターが、前記親微生物中の対応するタンパク質の発現と比較してＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１を全く発現しない、または低減された発現を引き起こす、前記置換え、ｃ）前記ａ）及びｂ）の任意の組合せ、の１つ以上を含む、請求項１７〜２４のいずれか１項に記載の遺伝子操作された微生物。
【請求項２６】
ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／又はＧＰＲ１の活性を低減させる遺伝子改変が、ａ）ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／又はＧＰＲ１のコード領域の完全なまたは部分的な欠失、ｂ）ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／又はＧＰＲ１のコード領域内でのフレームシフト変異の導入、ｃ）ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１の活性を妨害するような１つ以上のヌクレオチドの挿入、ｄ）ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／又はＧＰＲ１のコード領域中への終止コドンの導入、あるいはｅ）ａ）〜ｄ）の任意の組合せのうち１つ以上を含む、請求項１７〜２５のいずれか１項に記載の遺伝子操作された微生物。
【請求項２７】
前記微生物が、親微生物と比較して、ラクトースを２’−ＦＬに変換するより高い能力を有する、請求項１７〜２６のいずれか１項に記載の遺伝子操作された微生物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９８】
均等論
当業者は、単に日常的な実験を使用して、本明細書に記載される本発明の特定の実施形態について多くの等価物を認識する、または確認することができることになる。そのような等価物は、以下の特許請求の範囲によって包含されることを意図する。   
本開示は以下の実施形態を包含する。   
[１]  微生物であって、
ｉ）親微生物中のＰＭＡ１活性と比較して、前記微生物中のＰＭＡ１の活性を増加させる遺伝子改変、
ｉｉ）前記親微生物中のＳＮＦ３活性と比較して、前記微生物中のＳＮＦ３の活性を低減させる遺伝子改変、
ｉｉｉ）前記親微生物中のＲＧＴ２活性と比較して、前記微生物中のＲＧＴ２の活性を低減させる遺伝子改変、及び
ｉｖ）前記親微生物中のＧＰＲ１活性と比較して、前記微生物中のＧＰＲ１の活性を低減させる遺伝子改変
から選択される１つ以上の遺伝子改変を含む、前記微生物。    
[２]  ｉ）ＰＭＡ１の前記活性を増加させる前記遺伝子改変が、原形質膜ＡＴＰａｓｅ遺伝子（ｐｍａ１）に対する遺伝子改変である、
ｉｉ）ＳＮＦ３の活性を低減させる前記遺伝子改変が、スクロース非発酵遺伝子（ｓｎｆ３）に対する遺伝子改変である、
ｉｉｉ）ＲＧＴ２の活性を低減させる前記遺伝子改変が、グルコース輸送回復遺伝子（ｒｇｔ２）に対する遺伝子改変である、かつ
ｉｖ）ＧＰＲ１の活性を低減させる前記遺伝子改変が、Ｇタンパク質共役受容体１遺伝子（ｇｐｒ１）に対する遺伝子改変である、実施形態１に記載の微生物。    
[３]  ｉ）ＰＭＡ１が、配列番号１の配列または配列番号１と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有する、
ｉｉ）ＳＮＦ３が、配列番号２の配列または配列番号２と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有する、
ｉｉｉ）ＲＧＴ２が、配列番号３の配列または配列番号３と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有する、
ｉｖ）ＧＰＲ１が、配列番号４の配列または配列番号４と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有する、実施形態１または２に記載の微生物。    
[４]  前記親微生物中のＰＭＡ１活性と比較して、前記微生物中のＰＭＡ１の活性を増加させるｐｍａ１の前記遺伝子改変が、ａ）内因性プロモーターと、前記内因性ｐｍａ１に機能的に連結される外因性プロモーターとの置換え、ｂ）染色体外遺伝物質を介するｐｍａ１の発現、ｃ）前記微生物のゲノム中への１つ以上のｐｍａ１のコピーの組込み、ｄ）構成的活性ＰＭＡ１もしくは非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１をコードする改変ｐｍａ１を生成するための、前記内因性ｐｍａ１に対する改変、ｅ）前記微生物中への、構成的活性ＰＭＡ１もしくは対応する野生型ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１をコードするｐｍａ１を含む染色体外遺伝物質の導入、またはｆ）前記微生物のゲノム中への、構成的活性ＰＭＡ１もしくは対応する野生型ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１をコードする１つ以上のｐｍａ１のコピーの組込み、あるいは前記改変ａ）〜ｆ）の任意の組合せのうち１つ以上である、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[５]  ｐｍａ１の前記内因性プロモーターが、前記内因性プロモーターよりも高いレベルでｐｍａ１の発現を誘導する外因性プロモーターで置き換えられる、実施形態４に記載の微生物。    
[６]  前記外因性プロモーターが、前記内因性プロモーターが前記外因性プロモーターと置き換えられている前記微生物に特異的である、実施形態５に記載の微生物。    
[７]  前記内因性ｐｍａ１に対する前記改変によって構成的活性ＰＭＡ１をコードする改変ｐｍａ１が生成され、このＰＭＡ１が、対応する野生型ＰＭＡ１と比較した場合、Ｃ末端から少なくとも２〜約３０アミノ酸を欠いているＰＭＡ１である、実施形態４に記載の微生物。    
[８]  前記微生物が、配列番号１のＰＭＡ１をコードする内因性ｐｍａ１を有するＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅであり、これが配列番号１の前記Ｃ末端から少なくとも２〜約３０アミノ酸を欠いている切断型ＰＭＡ１をコードする改変ｐｍａ１を生成するように遺伝子改変される、実施形態７に記載の微生物。    
[９]  ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１の活性を低減させる前記遺伝子改変が、ａ）ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１の不活性化であって、前記不活性化したｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１が、ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１をコードしない、前記不活性化、ｂ）ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１の変異であって、前記変異したｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１が、前記親微生物中の対応するタンパク質の活性と比較して全く活性のない、または減少した活性を有する前記ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１についてコードする、前記変異、ｃ）ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１のプロモーターの変異であって、前記変異したプロモーターが、前記親微生物中の対応するタンパク質の発現と比較してＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１の減少した発現を引き起こす、前記変異、ｄ）ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１からの内因性プロモーターと、前記内因性ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１のコード領域に機能的に連結される外因性プロモーターとの置換えであって、前記外因性プロモーターが、前記親微生物中の対応するタンパク質の発現と比較してＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１を全く発現しない、または減少した発現を引き起こす、前記置換え、ｅ）前記ａ）〜ｄ）の任意の組合せのうち１つ以上を含む、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[１０]  ｓｎｆ３、ｒｇｔ２、及び／またはｇｐｒ１の前記不活性化が、ａ）コード領域の完全なまたは部分的な欠失、ｂ）コード領域内でのフレームシフト変異の導入、ｃ）ＳＮＦ３、ＲＧＴ２、及び／またはＧＰＲ１の活性を妨害するような１つ以上のヌクレオチドの挿入、ｄ）コード領域中への終止コドンの導入、あるいはｅ）ａ）〜ｄ）の任意の組合せのうち１つ以上によって達成される、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[１１]  以下に列挙される遺伝子改変または遺伝子改変の組合せを含む、先行実施形態のいずれかに記載の微生物：
１）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変及びｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
２）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変及びｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
３）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
４）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
５）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
６）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
７）ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変及びｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
８）ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
９）ｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
１０）ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、ｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
１１）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、ｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
１２）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または配列番号１の配列もしくは配列番号１と少なくとも９０％、好ましくは、少なくとも９５％の配列同一性を有するそのホモログを有するＰＭＡ１の前記Ｃ末端に、少なくとも２〜約３０、特に少なくとも３〜約３０アミノ酸の切断を有する構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
１３）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または配列番号１の配列もしくは配列番号１と少なくとも９０％、好ましくは、少なくとも９５％の配列同一性を有するそのホモログを有するＰＭＡ１の前記Ｃ末端に、少なくとも２〜約３０、特に少なくとも３〜約３０アミノ酸の切断を有する構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
１４）前記対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または配列番号１の配列もしくは配列番号１と少なくとも９０％、好ましくは、少なくとも９５％の配列同一性を有するそのホモログを有するＰＭＡ１の前記Ｃ末端に、少なくとも２〜約３０、特に少なくとも３〜約３０アミノ酸の切断を有する構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
１５）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または配列番号１の配列もしくは配列番号１と少なくとも９０％、好ましくは、少なくとも９５％の配列同一性を有するそのホモログを有するＰＭＡ１の前記Ｃ末端に、少なくとも２〜約３０、特に少なくとも３〜約３０アミノ酸の切断を有する構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、ｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
１６）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または配列番号１の配列もしくは配列番号１と少なくとも９０％、好ましくは、少なくとも９５％の配列同一性を有するそのホモログを有するＰＭＡ１の前記Ｃ末端に、２もしくは３アミノ酸の切断を有する構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
１７）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または配列番号１の配列もしくは配列番号１と少なくとも９０％、好ましくは、少なくとも９５％の配列同一性を有するそのホモログを有するＰＭＡ１の前記Ｃ末端に、少なくとも２もしくは３アミノ酸の切断を有する構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
１８）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または配列番号１の配列もしくは配列番号１と少なくとも９０％、好ましくは、少なくとも９５％の配列同一性を有するそのホモログを有するＰＭＡ１の前記Ｃ末端に、少なくとも２もしくは３アミノ酸の切断を有する構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
１９）対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または配列番号１の配列もしくは配列番号１と少なくとも９０％、好ましくは、少なくとも９５％の配列同一性を有するそのホモログを有するＰＭＡ１の前記Ｃ末端に、少なくとも２もしくは３アミノ酸の切断を有する構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、ｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
２０）前記対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または配列番号１の配列もしくは配列番号１と少なくとも９０％、好ましくは、少なくとも９５％の配列同一性を有するそのホモログを有するＰＭＡ１の前記Ｃ末端に、少なくとも２もしくは３アミノ酸の切断を有する構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｓｎｆ３の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
２１）前記対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または配列番号１の配列もしくは配列番号１と少なくとも９０％、好ましくは、少なくとも９５％の配列同一性を有するそのホモログを有するＰＭＡ１の前記Ｃ末端に、少なくとも２もしくは３アミノ酸の切断を有する構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、ｒｇｔ２の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
２２）前記対応する非改変ＰＭＡ１と比較して増加した活性を有するＰＭＡ１または配列番号１の配列もしくは配列番号１と少なくとも９０％、好ましくは、少なくとも９５％の配列同一性を有するそのホモログを有するＰＭＡ１の前記Ｃ末端に、少なくとも２〜約３０、特に少なくとも３〜約３０アミノ酸の切断を有する構成的活性ＰＭＡ１を産生する遺伝子改変、及びｇｐｒ１の不活性化を引き起こす遺伝子改変、
あるいは遺伝子改変の組合せを含む、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[１２]  ｉ）親微生物中のＳＮＦ３活性と比較して、前記微生物中のＳＮＦ３の活性を低減させる遺伝子改変、
ｉｉ）親微生物中のＲＧＴ２活性と比較して、前記微生物中のＲＧＴ２の活性を低減させる遺伝子改変
を含む、実施形態１〜１１のいずれかに記載の微生物。    
[１３]  ｉ）ＳＮＦ３の活性を低減させる前記遺伝子改変が、スクロース非発酵遺伝子（ｓｎｆ３）に対する遺伝子改変であり、かつ
ｉｉ）ＲＧＴ２の活性を低減させる前記遺伝子改変が、グルコース輸送回復遺伝子（ｒｇｔ２）に対する遺伝子改変である、実施形態１２に記載の微生物。    
[１４]  ｉ）ＳＮＦ３が、配列番号２の前記配列または配列番号２と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有し、かつ
ｉｉ）ＲＧＴ２が、配列番号３の前記配列または配列番号３と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有する、実施形態１２または１３に記載の微生物。    
[１５]  ＳＮＦ３、及び／またはＲＧＴ２の活性を低減させる前記遺伝子改変が、ａ）ｓｎｆ３、及び／またはｒｇｔ２の不活性化であって、前記不活性化したｓｎｆ３、及び／またはｒｇｔ２が、ＳＮＦ３、及び／またはＲＧＴ２をコードしない、前記不活性化、ｂ）ｓｎｆ３、及び／またはｒｇｔ２の変異であって、前記変異したｓｎｆ３、及び／またはｒｇｔ２が、親微生物中の対応するタンパク質の活性と比較して全く活性のない、または減少した活性を有する前記ＳＮＦ３、及び／またはＲＧＴ２についてコードする、前記変異、ｃ）ｓｎｆ３、及び／またはｒｇｔ２の前記プロモーターの変異であって、前記変異したプロモーターが、親微生物中の対応するタンパク質の発現と比較してＳＮＦ３、及び／またはＲＧＴ２の減少した発現を引き起こす、前記変異、ｄ）ｓｎｆ３、及び／またはｒｇｔ２からの内因性プロモーターと、前記内因性ｓｎｆ３、及び／またはｒｇｔ２のコード領域に機能的に連結される外因性プロモーターとの置換えであって、前記外因性プロモーターが、親微生物中の対応するタンパク質の発現と比較してＳＮＦ３、及び／またはＲＧＴ２を全く発現しない、または減少した発現を引き起こす、前記置換え、ｅ）前記ａ）〜ｄ）の任意の組合せのうち１つ以上を含む、実施形態１２〜１４のいずれかに記載の微生物。    
[１６]  ｓｎｆ３、及び／またはｒｇｔ２の前記不活性化が、ａ）コード領域の完全なまたは部分的な欠失、ｂ）コード領域内でのフレームシフト変異の導入、ｃ）ＳＮＦ３、及び／またはＲＧＴ２の活性を妨害するような１つ以上のヌクレオチドの挿入、ｄ）コード領域中への終止コドンの導入、あるいはｅ）ａ）〜ｄ）の任意の組合せのうち１つ以上によって達成される、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[１７]  親微生物中のＰＭＡ１活性と比較して、前記微生物中のＰＭＡ１の活性を増加させる遺伝子改変をさらに含む、実施形態１２〜１６のいずれかに記載の微生物。    
[１８]  親微生物中のＧＰＲ１活性と比較して、前記微生物中のＧＰＲ１の活性を低減させる遺伝子改変をさらに含む、実施形態１２〜１７のいずれかに記載の微生物。    
[１９]  前記微生物が、シャペロニンをコードする外因性ヌクレオチド配列をさらに含む、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[２０]  前記シャペロニンがＧｒｏＥＳＬである、実施形態１９に記載の微生物。    
[２１]  前記微生物が、細菌または真菌である、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[２２]  前記真菌が、糸状菌または酵母である、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[２３]  前記微生物が、Ｓａｃｈｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓ．ｐａｓｔｏｒｉａｎｕｓ、Ｓ．ｂｅｔｉｃｕｓ、Ｓ．ｆｅｒｍｅｎｔａｔｉ、Ｓ．ｐａｒａｄｏｘｕｓ、Ｓ．ｕｖａｒｕｍ、Ｓ．ｂａｙ  ａｎｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ、Ｓ．ｊａｐｏｎｉｃｕｓ、Ｓ．ｏｃｔｏｓｐｏｒｕｓ、Ｓ．ｃｒｙｏｐｈｉｌｕｓ、Ｔｏｒｕｌａｓｐｏｒａ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｍａｒｘｉａｎｕｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｓｔｉｐｉｔｉｓ、Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｐ．ａｎｇｕｓｔａ、Ｚｙｇｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｂａｉｌｉｉ、Ｂｒｅｔｔａｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｎｔｅｒ  ｍｅｄｉｕｓ、Ｂ．ｂｒｕｘｅｌｌｅｎｓｉｓ、Ｂ．ａｎｏｍａｌｕｓ、Ｂ．ｃｕｓｔｅｒｓｉａｎｕｓ、Ｂ．ｎａａｒｄｅｎｅｎｓｉｓ、Ｂ．ｎａｎｕｓ、Ｄｅｋｋｅｒａ  ｂｒｕｘｅｌｌｅｎｓｉｓ、Ｄ．ａｎｏｍａｌａ、Ｍｅｔｓｃｈｍｋｏｗｉａ種、Ｉｓｓａｔｃｈｅｎｋｉａ  ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ、Ｋｌｏｅｃｋｅｒａ  ａｐｉｃｕｌａｔｅ、またはＡｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ  ｐｕｌｌｕｌａｎｓである、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[２４]  前記微生物が、親微生物と比較して、スクロース、ラクトース、マルトース、イソマルトース、イソマルツロース、トレハロース、トレハルロース、セロトリオース、セロテトラオース、セロペンタオース、またはセロヘキサオースを利用するより高い能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[２５]  前記微生物が、親微生物と比較して、ラクトースを２’−ＦＬに変換するより高い能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[２６]  前記微生物が、親微生物と比較して、ラクトースをタガトースに変換するより高い能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[２７]  前記微生物が、親微生物と比較して、スクロースをプシコースに変換するより高い能力を有する、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[２８]  前記遺伝子改変前の内因性ＰＭＡ１が、配列番号１の配列または配列番号１と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有する配列を有する、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[２９]  前記遺伝子改変前の内因性ＳＮＦ３が、配列番号２の配列または配列番号２と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有する配列を有する、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[３０]  前記遺伝子改変前の内因性ＲＧＴ２が、配列番号３の配列または配列番号３と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有する配列を有する、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[３１]  前記遺伝子改変前の内因性ＧＰＲ１が、配列番号４の配列または配列番号４と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有する配列を有する、先行実施形態のいずれかに記載の微生物。    
[３２]  目的の産物の産生方法であって、オリゴ糖を含有する培養培地中で先行実施形態のいずれかに記載の微生物を培養することと、前記目的の産物を回収することとを含む、前記方法。    
[３３]  前記目的の産物がタガトースであり、前記オリゴ糖がラクトースである、実施形態３２に記載の方法。    
[３４]  前記目的の産物が２’−ＦＬであり、前記オリゴ糖がラクトースである、実施形態３２に記載の方法。    
[３５]  前記目的の産物がプシコースであり、前記オリゴ糖がスクロースである、実施形態３２に記載の方法。