【手続補正書】
【提出日】令和3年9月10日(2021.9.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
哺乳類細胞において遺伝子編集を実行するためのコンストラクトであって、
細胞表面マーカーと結合するターゲティング部分を含み、前記ターゲティング部分は、前記細胞のゲノムDNA内の標的配列にハイブリダイズする対応するCRISPR/CasガイドRNAと複合体を形成したクラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼを含むリボ核タンパク質複合体に取り付けられている、コンストラクト。
【請求項２】
前記ターゲティング部分が、抗体、DNA/RNA又はペプチドアプタマー、アンチカリン、レクチン、及びDARPINからなる群から選択される、請求項1に記載のコンストラクト。
【請求項３】
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、II型CRISPR/Casエンドヌクレアーゼである、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAである、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAであり、前記Cas9タンパク質が、ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9タンパク質(spCas9)若しくはその機能的部分、スタフィロコッカス・アウレウスCas9タンパク質(saCas9)若しくはその機能的部分、ストレプトコッカス・サーモフィラスCas9タンパク質(stCas9)若しくは又はその機能的部分、髄膜炎菌Cas9タンパク質(nmCas9)若しくはその機能的部分、及びトレポネーマ・デンティコラCas9タンパク質(tdCas9)若しくはその機能的部分からなる群から選択される、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAであり、前記Cas9タンパク質が、ストレプトコッカス・ピオゲネスCas9タンパク質(spCas9)を含む、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAであり、前記Cas9タンパク質が、スタフィロコッカス・アウレウスCas9タンパク質(saCas9)を含む、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAであり、前記Cas9タンパク質が、ストレプトコッカス・サーモフィラスCas9タンパク質を含む、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAであり、前記Cas9タンパク質が、髄膜炎菌Cas9タンパク質(nmCas9)を含む、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAであり、前記Cas9タンパク質が、トレポネーマ・デンティコラCas9タンパク質(tdCas9)を含む、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、高忠実度(HiFi)変異Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAである、又は
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、高忠実度(HiFi)変異Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAであり、前記変異cas9が、Alt-R(登録商標)CRISPR-Cas9を含む、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、高忠実度(HiFi)変異Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAであり、前記変異cas9が、R691A Cas9変異体を含む、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、高忠実度(HiFi)変異Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAであり、前記変異cas9が、1、2、若しくは3つの核局在化シグナル(NLS)で強化されたCas9を含む、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、高忠実度(HiFi)変異Cas9ポリペプチドであり、前記対応するCRISPR/CasガイドRNAが、Cas9ガイドRNAであり、前記変異cas9が、1、2、若しくは3つの核局在化シグナル(NLS)で強化されたCas9を含み、前記NLSが、SV40 T抗原(PKKKRKV(配列番号32))、SV40 Vp3(KKKRK(配列番号33))、アデノウイルスEla(KRPRP(配列番号34))、ヒトc-myc(PAAKRVKLD(配列番号35)、RQRRNELKRSP(配列番号36))、ヌクレオプラスミン(KRPAATKKAGQAKKKK(配列番号37))、アフリカツメガエルN1(VRKKRKTEEESPLKDKDAKKSKQE(配列番号38))、マウスFGF3(RLRRDAGGRGGVYEHLGGAPRRRK(配列番号39));PARP(KRKGDEVDGVDECAKKSKK(配列番号40))、M9ペプチド、NQSSNFGPMKGGNFGGRSSGPYGGGGQYFAKPRNQGGY(配列番号41)、及びそれらの誘導体からなる群から選択されるNLSを含む、
請求項1又は2に記載のコンストラクト。
【請求項４】
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、V型若しくはVI型CRISPR/Casエンドヌクレアーゼである、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、V型若しくはVI型CRISPR/Casエンドヌクレアーゼであり、前記クラス2のCRISPR/Casポリペプチドが、Cpf1ポリペプチド若しくはその機能的部分、C2c1ポリペプチド若しくはその機能的部分、C2c3ポリペプチド若しくはその機能的部分、及びC2c2ポリペプチド若しくはその機能的部分からなる群から選択される、又は、
前記クラス2のCRISPR/Casエンドヌクレアーゼが、V型若しくはVI型CRISPR/Casエンドヌクレアーゼであり、前記クラス2のCRISPR/Casポリペプチドが、Cpf1ポリペプチドを含む、
請求項1又は2に記載のコンストラクト。
【請求項５】
前記ガイドRNAが、1つ若しくは複数の架橋化核酸を含む、又は、
前記ガイドRNAが、1つ若しくは複数の架橋化核酸を含み、前記架橋化核酸が、1つ又は複数のN-メチル置換BNA(2',4'-BNANC[N-Me])を含む、又は、
前記ガイドRNAが、1つ若しくは複数のロックド核酸(LNA)を含む、
請求項1から4のいずれか一項に記載のコンストラクト。
【請求項６】
前記ターゲティング部分が、内在化受容体に結合する、又は、
前記ターゲティング部分が、CD45、CD3、erbB2、Her2、CD22、CD74、CD19、CD20、CD33、CD40、MUC1、IL-15R、HLA-DR、EGP-1、EGP-2、G250、前立腺特異膜抗原(PSMA)、前立腺特異抗原(PSA)、前立腺性酸性ホスファターゼ(PAP)、及び胎盤性アルカリホスファターゼからなる群から選択される受容体に結合する、又は、
前記ターゲティング部分が、CD45に結合する、又は、
前記ターゲティング部分が、CD33に結合する、又は、
前記ターゲティング部分が、CD3に結合する、
請求項1から5のいずれか一項に記載のコンストラクト。
【請求項７】
前記ターゲティング部分が、抗体を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、内在化抗体を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、抗CD3抗体を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、OKT3、m291、フォラルマブ、及びCA-3からなる群から選択される抗体を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、全長免疫グロブリンである抗体を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、Fv、Fab、(Fab')2、(Fab')3、IgGΔCH2、ユニボディ、及びミニボディからなる群から選択される抗体を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、単鎖抗体を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、scFvを含む、又は、
前記ターゲティング部分が、ヒト抗体を含む、
請求項1から6のいずれか一項に記載のコンストラクト。
【請求項８】
前記ターゲティング部分が、非共有結合の相互作用によって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられている、又は、
前記ターゲティング部分が、ビオチン/アビジン相互作用を含む非共有結合の相互作用によって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられている、又は、
前記ターゲティング部分が、抗体結合ペプチドと前記ターゲティング部分との間の相互作用を含む非共有結合の相互作用によって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられている、又は、
前記ターゲティング部分が、非共有結合の相互作用によって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられており、前記非共有結合の相互作用が、前記ターゲティング部分と、プロテインA、プロテインG、プロテインL、プロテインZ、プロテインLG、プロテインLA、及びプロテインAGからなる群から選択される抗体結合タンパク質との間の相互作用を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、非共有結合の相互作用によって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられており、前記非共有結合の相互作用が、前記ターゲティング部分と、PAM、D-PAM、D-PAM-θ、TWKTSRISIF(配列番号4)、FGRLVSSIRY(配列番号5、Fc-III、EPIHRSTLTALL、HWRGWV(配列番号7)、HYFKFD(配列番号8)、HFRRHL(配列番号9)、NKFRGKYK(配列番号10)、NARKFYKG(配列番号11)、KHRFNKD(配列番号12)からなる群から選択される結合部分との間の相互作用を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、非共有結合の相互作用によって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられており、前記非共有結合の相互作用が、前記ターゲティング部分と、FcB6.1ペプチドとの間の相互作用を含む、
請求項1から7のいずれか一項に記載のコンストラクト。
【請求項９】
前記コンジュゲート部分が、切断可能なリンカーを介して前記Casエンドヌクレアーゼに化学的にコンジュゲートされている、又は、
前記コンジュゲート部分が、ジスルフィドリンカー若しくは酸不安定性のリンカーを介して前記Casエンドヌクレアーゼに化学的にコンジュゲートされている、又は、
前記コンジュゲート部分が、ヒドラゾン、アセタール、cis-アコニット酸様アミド、シリルエーテルからなる群から選択される部分を含む酸標識リンカーを介して前記Casエンドヌクレアーゼに化学的にコンジュゲートされている、又は、
前記コンジュゲート部分が、Phe-Lys若しくはVal-Citを含む酸標識リンカーを介して前記Casエンドヌクレアーゼに化学的にコンジュゲートされている、又は、
前記ターゲティング部分が、切断不可能なリンカーを介して前記Casエンドヌクレアーゼに化学的にコンジュゲートされている、又は、
前記ターゲティング部分が、Table 2(表2)に示される非アミノ酸非ペプチドリンカーを介して前記Casエンドヌクレアーゼに化学的にコンジュゲートされている、又は、
前記ターゲティング部分が、ポリペプチドを含み、前記ターゲティング部分及びCasエンドヌクレアーゼが、融合タンパク質を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、ポリペプチドを含み、前記ターゲティング部分及びCasエンドヌクレアーゼが、融合タンパク質を含み、前記融合タンパク質が、前記Casエンドヌクレアーゼに直接取り付けられた前記ターゲティング部分を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、ポリペプチドを含み、前記ターゲティング部分及びCasエンドヌクレアーゼが、融合タンパク質を含み、前記融合タンパク質が、アミノ酸によって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられた前記ターゲティング部分を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、ポリペプチドを含み、前記ターゲティング部分及びCasエンドヌクレアーゼが、融合タンパク質を含み、前記融合タンパク質が、ペプチドリンカーによって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられた前記ターゲティング部分を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、ポリペプチドを含み、前記ターゲティング部分及びCasエンドヌクレアーゼが、融合タンパク質を含み、前記融合タンパク質が、プロテアーゼによって切断可能なアミノ酸配列を含むペプチドリンカーによって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられた前記ターゲティング部分を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、ポリペプチドを含み、前記ターゲティング部分及びCasエンドヌクレアーゼが、融合タンパク質を含み、前記融合タンパク質が、カテプシンによって切断可能なアミノ酸配列を含むペプチドリンカーによって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられた前記ターゲティング部分を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、ポリペプチドを含み、前記ターゲティング部分及びCasエンドヌクレアーゼが、融合タンパク質を含み、前記融合タンパク質が、ジペプチドであるバリン-シトルリン(Val-Cit)若しくはPhe-Lysを含むペプチドリンカーによって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられた前記ターゲティング部分を含む、又は、
前記ターゲティング部分が、ポリペプチドを含み、前記ターゲティング部分及びCasエンドヌクレアーゼが、融合タンパク質を含み、前記融合タンパク質が、Table 2(表2)に示されるペプチドリンカーによって前記Casエンドヌクレアーゼに取り付けられた前記ターゲティング部分を含む、
請求項1から7のいずれか一項に記載のコンストラクト。
【請求項１０】
請求項1から9のいずれか一項に記載のコンストラクト及び医薬的に許容される担体を含む医薬製剤。
【請求項１１】
細胞において遺伝子編集を実行する方法であって、前記細胞を、請求項1から9のいずれか一項に記載のコンストラクトと接触させることを含み、ガイドRNAが、Casエンドヌクレアーゼを、前記細胞のゲノム中の特異的な場所にガイドする、方法であり、
場合によっては、
前記細胞が、エクスビボにおける細胞である、又は、
前記細胞が、エクスビボにおける細胞であり、且つ、前記細胞が、処置しようとする対象由来の細胞である、又は、
前記細胞が、エクスビボにおける細胞であり、且つ、前記細胞が、線維芽細胞、血液細胞(例えば、赤血球、白血球)、肝臓細胞、腎臓細胞、神経細胞、並びに幹細胞(例えば、胚性幹細胞、成体幹細胞(例えば、造血幹細胞、神経幹細胞及び間葉幹細胞))、T細胞、並びに誘導多能性幹細胞(iPSC)からなる群から選択される細胞を含む、
方法。
【請求項１２】
請求項1から9のいずれか一項に記載のコンストラクトを含む、細胞において遺伝子編集を実行するための組成物であって、ガイドRNAが、Casエンドヌクレアーゼを、前記細胞のゲノム中の特異的な場所にガイドする、組成物。
【請求項１３】
前記細胞が、対象においてインビボである、又は、
前記細胞が、対象においてインビボであり、前記対象が、ヒトである、又は、
前記細胞が、対象においてインビボであり、前記対象が、非ヒト哺乳動物である、
請求項12に記載の組成物。
【請求項１４】
軟骨形成不全、色覚異常、酸性マルターゼ欠損症、アデノシンデアミナーゼ欠損症、副腎白質ジストロトフィー、アイカルディ症候群、アルファ-1アンチトリプシン欠損症、アルファ-サラセミア、アンドロゲン不感受性症候群、アペール症候群、不整脈原性右室異形成、毛細血管拡張性運動失調症、バース症候群、ベータ-サラセミア、青色ゴムまり様母斑症候群、カナバン病、慢性肉芽腫性疾患(CGD)、猫鳴き症候群、クリグラー-ナジャー症候群、嚢胞性線維症、ダーカム病、外胚葉異形成、ファンコーニ貧血、進行性骨化性線維形成異常、脆弱X症候群、ガラクトース血症、ゴーシェ病、全身性ガングリオシドーシス(例えば、GM1)、糖原病IV型、ヘモクロマトーシス、ベータ-グロビンの第6コドンにおけるヘモグロビンC変異(HbC)、血友病、ハンチントン病、ハーラー症候群、低ホスファターゼ症、クラインフェルター症候群、クラッベ病、ランガー-ギーディオン症候群、白血球接着不全症(LAD、OMIM番号116920)、白質ジストロフィー、QT延長症候群、マルファン症候群、メビウス症候群、ムコ多糖沈着症(MPS)、爪膝蓋骨症候群、腎性尿崩症、神経線維腫症、ニーマン-ピック病、骨形成不全症、ポルフィリン症、プラダー-ウィリー症候群、早老症、プロテウス症候群、網膜芽細胞腫、レット症候群、ルビンシュタイン-テイビ症候群、サンフィリッポ症候群、重症複合免疫不全(SCID)、シュワックマン症候群、鎌状赤血球症(鎌状赤血球貧血)、スミス-マゲニス症候群、スティックラー症候群、テイ-サックス病、血小板減少橈骨欠損(TAR)症候群、トリーチャー‐コリンズ症候群、トリソミー、結節性硬化症、ターナー症候群、尿素サイクル異常症、フォンヒッペル‐リンダウ病、ワーデンブルグ症候群、ウィリアムズ症候群、ウィルソン病、ウィスコット-アルドリッチ症候群、及びX連鎖リンパ増殖症候群、例えば、後天性免疫不全症、リソソーム蓄積症(例えば、ゴーシェ病、GM1、ファブリー病及びテイ-サックス病)、ムコ多糖症(例えば、ハンター病、ハーラー病)、異常ヘモグロビン症(例えば、鎌状赤血球症、HbC、α-サラセミア、β-サラセミア)、及び血友病等の他の疾患からなる群から選択される疾患の処置のための、又は、
がんの処置のための、又は、
固形腫瘍を含むがんの処置のための、又は、
がん幹細胞を含むがんの処置のための、又は、
乳がん、前立腺がん、結腸がん、子宮頸がん、卵巣がん、膵臓がん、腎細胞(腎臓)がん、膠芽腫、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、副腎皮質癌、AIDS関連のがん(例えば、カポジ肉腫、リンパ腫)、肛門がん、虫垂がん、星細胞腫、非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍、胆管がん、肝外のがん、膀胱がん、骨がん(例えば、ユーイング肉腫、骨肉腫、悪性線維性組織球腫)、脳幹グリオーマ、脳腫瘍(例えば、星細胞腫、脳及び脊髄の腫瘍、脳幹グリオーマ、中枢神経系非定型奇形腫様/ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、中枢神経系胚細胞腫瘍、頭蓋咽頭腫、上衣細胞腫、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍(例えば、小児、消化管)、心臓腫瘍、脊索腫、慢性リンパ球性白血病(CLL)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性骨髄増殖性疾患、結腸直腸がん、頭蓋咽頭腫、皮膚T細胞リンパ腫、管がん(例えば、胆汁、肝外)、非浸潤性乳管癌(DCIS)、胚芽腫、子宮内膜がん、上衣細胞腫、食道がん、鼻腔神経芽細胞腫、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管がん、眼のがん(例えば、眼内黒色腫、網膜芽細胞腫)、骨の線維性組織球腫、悪性及び骨肉腫、胆嚢がん、胃の(胃)がん、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍(GIST)、胚細胞腫瘍(例えば、卵巣がん、睾丸がん、頭蓋外のがん、性腺外のがん、中枢神経系)、妊娠性絨毛腫瘍、脳幹がん、ヘアリーセル白血病、頭頸部がん、心臓がん、肝細胞(肝臓)がん、組織球増殖症、ランゲルハンス細胞がん、ホジキンリンパ腫、下咽頭がん、眼内黒色腫、膵島細胞腫瘍、膵内分泌腫瘍、カポジ肉腫、腎臓がん(例えば、腎細胞、ウィルムス腫瘍、及び他の腎臓腫瘍)、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭がん、白血病、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、慢性骨髄性白血病(CML)、毛様細胞、口唇口腔がん、肝臓がん(原発性)、上皮内小葉癌(LCIS)、肺がん(例えば、小児、非小細胞、小細胞)、リンパ腫(例えば、AIDS関連、バーキット(例えば、非ホジキンリンパ腫)、皮膚T細胞(例えば、菌状息肉腫、セザリー症候群)、ホジキン、非ホジキン、原発性中枢神経系(CNS))、マクログロブリン血症、ワルデンストレーム、男性乳がん、骨の悪性線維性組織球腫及び骨肉腫、黒色腫(例えば、小児、眼球内(目))、メルケル細胞癌、中皮腫、転移性頸部扁平上皮がん、正中線癌、口こうがん、多発性内分泌腺腫症候群、多発性骨髄腫/形質細胞腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、慢性骨髄性白血病(CML)、多発性骨髄腫、鼻腔及び副鼻腔がん、鼻咽頭がん、神経芽細胞腫、口腔がん、口唇及び中咽頭がん、骨肉腫、膵内分泌腫瘍(膵島細胞腫瘍)、乳頭腫症、パラガングリオーマ、副鼻腔及び鼻腔がん、副甲状腺がん、陰茎がん、咽頭がん、クロム親和性細胞腫、下垂体腫瘍、形質細胞腫、胸膜肺芽腫、原発性中枢神経系(CNS)リンパ腫、前立腺がん、直腸がん、腎盂及び尿管、移行上皮がん、横紋筋肉腫、唾液腺がん、肉腫(例えば、ユーイング、カポジ、骨肉腫、横紋筋肉腫、軟部組織、子宮)、セザリー症候群、皮膚がん(例えば、黒色腫、メルケル細胞癌、基底細胞癌、非メラノーマ性)、小腸がん、扁平上皮癌、原発不明の頸部扁平上皮がん、胃(胃の)がん、睾丸がん、咽喉がん、胸腺腫及び胸腺癌、甲状腺がん、絨毛性腫瘍、尿管及び腎盂がん、尿道がん、子宮がん、子宮内膜がん、子宮肉腫、膣がん、外陰がん、ワルデンストレームマクログロブリン血症、並びにウィルムス腫瘍からなる群から選択されるがんを含むがんの処置のための、又は、
液性がん(例えば、白血病)を含むがんの処置のための、又は、
固形腫瘍(例えば、黒色腫)を含むがんの処置のための
請求項12又は13に記載の組成物。
【請求項１５】
前記細胞が、T細胞を含む、又は、
前記組成物が、T細胞を再活性化する、又は
前記細胞が、間質細胞を含む、
請求項14に記載の組成物。