【手続補正書】
【提出日】令和3年11月8日(2021.11.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
プライマー含有の組成物であって、前記プライマーが、以下：
（ａ）標的特異的セクションと、アダプターセクションと、ステム形成セクションとを含むループ可能プライマーであって、前記ステム形成セクションが、ステム構造を形成するために、前記標的特異的セクションの一部分に対しハイブリダイズ可能である、前記ループ可能プライマー、または
（ｂ）第１の標的特異的セクションと、第２の標的特異的セクションと、前記第１の標的特異的セクションと前記第２の標的特異的セクションとの間に位置するアダプターセクションとを備える、スプリットプライマー、または
（ｃ）第１の標的特異的セクションと、第２の標的特異的セクションと、前記第１の標的特異的セクションと前記第２の標的特異的セクションとの間に位置するステム形成セクションと、アダプターセクションとを含むか、または、第１のアダプターセクションと、第２のアダプターセクションと、前記第１のアダプターセクションと前記第２のアダプターセクションとの間に位置するステム形成セクションと、標的特異的セクションとを備える、スプリットループ可能プライマー、
のうちのいずれかのプライマーである、組成物。
【請求項２】
前記プライマーがループ可能プライマーであり、
ここで任意により、前記組成物が少なくとも、増幅用の同じ対象の遺伝子座を標的とした、順方向スプリットループ可能プライマー及び逆方向スプリットループ可能プライマーとを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記アダプターセクションが、前記標的特異的セクションと前記ステム形成セクションとの間に位置し、前記ステム形成セクションと前記標的特異的セクションの一部分との間のハイブリダイゼーションによって、前記アダプターセクションを含むループが形成され、
ここで任意により、前記アダプターセクションが、前記標的特異的セクションの５’側および前記ステム形成セクションの３’側に位置する、請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
前記プライマーが、分子インデクシング配列含有の分子インデクシングセクションを更に含み、
ここで任意により、前記分子インデクシングセクションが、前記標的特異的セクションと前記アダプターセクションとの間に位置し、
ここで任意により、前記分子インデクシングセクションが、前記標的特異的セクションの５’側および前記アダプターセクションの３’側に位置し、前記ステム形成セクションと前記標的特異的セクションの前記一部分との間のハイブリダイゼーションによって、前記アダプターセクションと前記分子インデクシングセクションとを含むループが形成される、請求項２に記載の組成物。
【請求項５】
前記標的特異的セクションが５’部分と３’部分とを含み、前記ステム形成セクションが、前記標的特異的セクションの前記３’部分に対しハイブリダイズ可能であり、
ここで任意により、前記ステム形成セクションと前記標的特異的セクションの前記３’部分との間のハイブリダイゼーションによって、前記アダプターセクションと前記標的特異的セクションの前記５’部分とを含むループが形成され、
ここで任意により、前記ループ可能プライマーが、前記標的特異的セクションの３’末端に、１つ以上の不適合ヌクレオチドで、前記ステム形成セクションに対しハイブリダイズ不可能なものを更に含む、請求項２に記載の組成物。
【請求項６】
前記標的特異的セクションが５’部分と３’部分とを含み、前記ステム形成セクションが、前記標的特異的セクションの５’部分に対しハイブリダイズ可能であり、
ここで任意により、前記ステム形成セクションと前記標的特異的セクションの前記５’部分との間のハイブリダイゼーションによって、前記アダプターセクションを含み但し前記標的特異的セクションの前記３’端部分を含まないループが形成される
ここで任意により、前記ループ可能プライマーが、前記標的特異的セクションの前記５’側に位置する１つ以上のＧまたはＣヌクレオチドを更に含み、任意で、前記ステム形成セクションの前記３’側に位置する１つ以上の相補的なＧまたはＣヌクレオチドにより前記ステム構造を安定化させる、請求項２に記載の組成物。
【請求項７】
前記プライマーがスプリットプライマーであり、
ここで任意により、前記組成物が少なくとも、増幅用の同じ対象の遺伝子座を標的とした、順方向スプリットループ可能プライマー及び逆方向スプリットループ可能プライマーとを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項８】
前記プライマーが、分子インデクシング配列含有の分子インデクシングセクションを更に含み、
ここで任意により、前記分子インデクシングセクションが、前記アダプターセクションと前記標的特異的セクションのうちの１つとの間に位置し、
ここで任意により、前記分子インデクシングセクションが、前記アダプターセクションの３’側に位置する、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
前記プライマーが、第１の標的特異的セクションと、第２の標的特異的セクションと、前記第１の標的特異的セクションと前記第２の標的特異的セクションとの間に位置するステム形成セクションと、アダプターセクションとを備える、スプリットループ可能プライマーであり、
ここで任意により、前記組成物が少なくとも、増幅用の同じ対象の遺伝子座を標的とした、順方向スプリットループ可能プライマー及び逆方向スプリットループ可能プライマーとを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１０】
前記アダプターセクションが、前記ステム形成セクションと前記第２の標的特異的セクションとの間に位置し、前記ステム形成セクションと前記第２の標的特異的セクションの一部分との間のハイブリダイゼーションによって、前記アダプターセクションを含むループが形成され、
ここで任意により、前記アダプターセクションが、前記第２の標的特異的セクションの５’側および前記ステム形成セクションの３’側に位置し、
ここで任意により、前記スプリットループ可能プライマーが、前記第２の標的特異的セクションの３’末端に、１つ以上の不適合ヌクレオチドで、前記ステム形成セクションに対しハイブリダイズ不可能なものを更に含む、請求項９に記載の組成物。
【請求項１１】
前記スプリットループ可能プライマーが、分子インデクシング配列含有の分子インデクシングセクションを更に含み、
ここで任意により、前記分子インデクシングセクションが、前記アダプターセクションと前記第２の標的特異的セクションとの間に位置し、
ここで任意により、前記分子インデクシングセクションが、前記第２の標的特異的セクションの５’側および前記アダプターセクションの３’側に位置し、前記ステム形成セクションと前記第２の標的特異的セクションの一部分との間のハイブリダイゼーションによって、前記アダプターセクションと前記分子インデクシングセクションとを含むループが形成される、請求項９に記載の組成物。
【請求項１２】
前記プライマーが、第１のアダプターセクションと、第２のアダプターセクションと、前記第１のアダプターセクションと前記第２のアダプターセクションとの間に位置するステム形成セクションと、標的特異的セクションとを備える、スプリットループ可能プライマーであり、
ここで任意により、前記組成物が少なくとも、増幅用の同じ対象の遺伝子座を標的とした、順方向スプリットループ可能プライマー及び逆方向スプリットループ可能プライマーとを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記第２のアダプターセクションが、前記ステム形成セクションと前記標的特異的セクションとの間に位置し、前記ステム形成セクションと前記標的特異的セクションの一部分との間のハイブリダイゼーションによって、前記第２のアダプターセクションを含むループが形成され、
ここで任意により、前記第２のアダプターセクションが、前記標的特異的セクションの５’側および前記ステム形成セクションの３’側に位置する、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１４】
前記スプリットループ可能プライマーが、分子インデクシング配列含有の分子インデクシングセクションを更に含み、
ここで任意により、前記分子インデクシングセクションが、前記第２のアダプターセクションと前記標的特異的セクションとの間に位置し、また、
ここで任意により、前記分子インデクシングセクションが、前記標的特異的セクションの５’側および前記第２のアダプターセクションの３’側に位置し、前記ステム形成セクションと前記標的特異的セクションの一部分との間のハイブリダイゼーションによって、前記第２のアダプターセクションと前記分子インデクシングセクションとを含むループが形成される、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１５】
前記標的特異的セクションが５’部分と３’部分とを含み、前記ステム形成セクションが、前記標的特異的セクションの前記３’部分に対しハイブリダイズ可能であって、前記ステム形成セクションと前記標的特異的セクションの前記３’部分との間のハイブリダイゼーションによって、前記第２のアダプターセクションと前記標的特異的セクションの前記５’部分とを含むループが形成され、
ここで任意により、前記スプリットループ可能プライマーが、前記標的特異的セクションの３’末端に、１つ以上の不適合ヌクレオチドで、前記ステム形成セクションに対しハイブリダイズ不可能なものを更に含む、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１６】
前記アダプターセクションがＰＣＲ増幅および／または配列決定用の、ユニバーサルアダプター配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１７】
少なくとも５０個の異なるプライマーを含み、前記プライマーの各々が異なるステム形成セクション及び／又は異なる分子インデクシング配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１８】
少なくとも２，５００個の異なるプライマーを含み、前記プライマーの各々が前記ステム形成セクションと前記分子インデクシング配列との異なる組み合わせを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１９】
少なくとも２回の予備増幅サイクルを含む、鋳型ＤＮＡから対象の標的遺伝子座を増幅する方法であって、その際、以下：
（ａ）標的特異的セクションと、アダプターセクションと、ステム形成セクションとを備えるループ可能プライマーであって、前記ステム形成セクションが、ステム構造を形成するために前記標的特異的セクションの一部分に対しハイブリダイズ可能である、前記ループ可能プライマー、または
（ｂ）第１の標的特異的セクションと、第２の標的特異的セクションと、前記第１の標的特異的セクションと前記第２の標的特異的セクションとの間に位置するアダプターセクションとを備える、スプリットプライマー、または
（ｃ）第１の標的特異的セクションと、第２の標的特異的セクションと、前記第１の標的特異的セクションと前記第２の標的特異的セクションとの間に位置するステム形成セクションとを含むか、または、第１のアダプターセクションと、第２のアダプターセクションと、前記第１のアダプターセクションと前記第２のアダプターセクションとの間に位置するステム形成セクションとを備える、スプリットループ可能プライマー、
のうちのいずれかのプライマーを使用する、前記方法において、
各予備増幅サイクルが、前記プライマーを前記鋳型ＤＮＡまたはその予備増幅産物にアニーリングし、前記アニーリングされたプライマーを伸長することを含む、増幅方法。
【請求項２０】
対象の標的遺伝子座を増幅するためのキットであって、以下のプライマー：
（ａ）標的特異的セクションと、アダプターセクションと、ステム形成セクションとを備える、ループ可能プライマーであって、前記ステム形成セクションが、ステム構造を形成するために、前記標的特異的セクションの一部分に対しハイブリダイズ可能である、前記ループ可能プライマー、または
（ｂ）第１の標的特異的セクションと、第２の標的特異的セクションと、前記第１の標的特異的セクションと前記第２の標的特異的セクションとの間に位置するアダプターセクションとを備える、スプリットプライマー、または
（ｃ）第１の標的特異的セクションと、第２の標的特異的セクションと、前記第１の標的特異的セクションと前記第２の標的特異的セクションとの間に位置するステム形成セクションとを含むか、または、第１のアダプターセクションと、第２のアダプターセクションと、前記第１のアダプターセクションと前記第２のアダプターセクションとの間に位置するステム形成セクションとを備える、スプリットループ可能プライマー、
のうちのいずれかのプライマーを具備する、キット。