【手続補正書】
【提出日】令和2年12月11日(2020.12.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
マルチパラメータ・データセットを可視化する方法であって、
プロセッサが、前記マルチパラメータ・データセットの散布図を第１及び第２の軸にわたって生成するステップを含み、前記データセットが複数のデータ項目を含み、各データ項目が、複数のパラメータに関連付けられ、関連付けられた前記パラメータの各々に対するデータ値を呈示し、前記第１及び第２の軸が前記データセット内のユーザ選択パラメータであり、前記散布図が複数のドットを含み、各ドットが、前記データセットからのデータ項目に対応し、第１及び第２の軸に沿って該軸に対応する前記パラメータに対する前記データ値に対応する場所にある位置において前記散布図上に配置されることを特徴とする方法。
【請求項２】
前記マルチパラメータ・データセットが細胞遺伝子発現データを含み、前記データ項目が複数の細胞を含み、前記パラメータが複数の遺伝子を含み、ここで前記データ値が、各細胞内の対応する遺伝子の発現に対するカウントを示すデータを含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記散布図が細胞ビュー散布図を含むことを特徴とする請求項１〜請求項２のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
前記生成するステップは、プロセッサが、前記細胞ビュー散布図のための軸パラメータとしての少なくとも１つの遺伝子セットのユーザ規格に基づいて、前記細胞遺伝子発現データから前記細胞ビュー散布図を生成することを含むことを特徴とする請求項３に記載の方法。
【請求項５】
プロセッサが、細胞集団を定義するために前記細胞ビュー散布図内のドットのグループをゲーティングするステップと、
プロセッサが、定義された前記細胞集団を代表するデータオブジェクトをワークスペース内で作成するステップと
をさらに含むことを特徴とする請求項３〜請求項４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
プロセッサが、前記ゲーティングするステップ及び作成するステップを繰り返して、複数の細胞集団を表す複数のデータオブジェクトを前記ワークスペース内で作成することを特徴とする請求項５に記載の方法。
【請求項７】
プロセッサが、複数の細胞集団をブール演算に従って組み合わせて、前記ワークスペース内のデータオブジェクトとして含めるための新たな細胞集団を生成するステップをさらに含むことを特徴とする請求項５〜請求項６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記細胞ビュー散布図を変更して、ゼロに対応するドットを前記散布図の定義されたゼロスペースにわたって展開するステップをさらに含むことを特徴とする請求項３〜請求項７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
プロセッサが、前記細胞ビュー散布図から、複数の異なる遺伝子を複数の細胞集団にわたってプロットする遺伝子ビュー散布図にピボットするステップをさらに含むことを特徴とする請求項３〜請求項８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
プロセッサが、遺伝子セットを定義するために遺伝子ビュー散布図内のドットのグループをゲーティングするステップと、
プロセッサが、定義された前記遺伝子セットを代表する合成パラメータ・データオブジェクトをワークスペース内で作成するステップと
をさらに含むことを特徴とする請求項９に記載の方法
【請求項１１】
プロセッサが、前記細胞遺伝子発現データを、前記細胞遺伝子発現データ内の細胞に関連付けられた合成パラメータとしての前記定義された遺伝子セットで増補するステップをさらに含むことを特徴とする請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
プロセッサが、前記定義された遺伝子セットが軸パラメータの１つとして選択された細胞ビュー散布図を生成するステップをさらに含むことを特徴とする請求項１０〜請求項１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
プロセッサが、前記定義された遺伝子セットに基づいて前記細胞ビュー散布図内のドットのグループをゲーティングして、別の細胞集団を定義するステップと、
プロセッサが、前記定義された別の細胞集団の代表であるデータオブジェクトを前記ワークスペース内で作成するステップと
をさらに含むことを特徴とする請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
プロセッサが、複数の遺伝子セットをブール演算に従って組み合わせて、前記ワークスペース内のデータオブジェクトとして含めるための新たな遺伝子セットを生成するステップをさらに含むことを特徴とする請求項１０〜請求項１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
前記散布図が、前記細胞遺伝子発現データからの遺伝子ビュー散布図を含み、前記生成するステップは、プロセッサが、複数の細胞集団のユーザ規格に基づいて遺伝子ビュー散布図を生成することを含むことを特徴とする請求項２〜請求項１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
プロセッサが、複数の細胞集団の前記ユーザ規格に応答して、前記細胞遺伝子発現データの細胞ビュー散布図から遺伝子ビュー散布図にピボットするステップをさらに含むことを特徴とする請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
プロセッサが、前記遺伝子ビュー散布図内の複数の遺伝子をゲーティングすることによって遺伝子セットを生成することをさらに含むことを特徴とする請求項１５〜請求項１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
プロセッサが、前記細胞ビュー散布図における軸パラメータとして使用するための遺伝子セットのユーザ規格に基づいて、前記遺伝子ビュー散布図から細胞ビュー散布図にピボットするステップをさらに含むことを特徴とする請求項１６〜請求項１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
プロセッサが、細胞遺伝子発現データの細胞ビュー散布図の領域をゲーティングして細胞集団を作成するステップであって、前記細胞遺伝子発現データが、複数のパラメータに対する複数のデータ値を含み、前記細胞ビュー散布図が、前記細胞遺伝子発現データの第１のパラメータ及び第２のパラメータに対応する第１及び第２の軸を含む、ステップと、
プロセッサが、前記細胞遺伝子発現データの遺伝子ビュー散布図にピボットするステップであって、前記遺伝子ビュー散布図が、作成された前記細胞集団に対応する少なくとも１つの軸を含む、ステップと、
プロセッサが、遺伝子セットを作成するために、前記細胞遺伝子発現データの前記遺伝子ビュー散布図の領域をゲーティングするステップと
を含むことを特徴とする方法。
【請求項２０】
プロセッサが、作成された前記遺伝子セットが前記細胞遺伝子発現データの合成パラメータとして利用可能となるように、作成された前記遺伝子セットで前記細胞遺伝子発現データを増補するステップをさらに含むことを特徴とする請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
プロセッサが、作成された前記遺伝子セットに対応する少なくとも１つの軸を含む、前記細胞遺伝子発現データの別の細胞ビュー散布図にピボットするステップをさらに含むことを特徴とする請求項１９〜請求項２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
マルチパラメータ・データセットを格納するように構成されたメモリと、
請求項１〜請求項２１のいずれかに記載の方法を行うように構成された、前記メモリと協働するためのプロセッサと、
を含むことを特徴とする装置。
【請求項２３】
請求項１〜請求項２１のいずれかに記載の散布図をユーザに図形的に提示するための、前記プロセッサと協働するディスプレイをさらに含むことを特徴とする請求項２２に記載の装置。
【請求項２４】
非一時的なコンピュータ可読ストレージ媒体上に常駐する複数のプロセッサ実行可能命令を含み、前記命令が、プロセッサによって実行されると、請求項１〜請求項２１のいずれかに記載の方法を前記プロセッサに実行させることを特徴とするコンピュータプログラム製品。
【請求項２５】
前記命令が、前記プロセッサによって実行されると、請求項１〜請求項２１のいずれかに記載の散布図をユーザに図形的に提示するようディスプレイに命令するようにさらに構成されることを特徴とする請求項２４に記載のコンピュータプログラム製品。