【手続補正書】
【提出日】令和3年2月22日(2021.2.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（Ａ）
（１）
配列番号２の１〜７３６の予測アミノ酸配列をコードする核酸配列からの発現によって産生されるｖｐ１タンパク質、配列番号１から産生されるｖｐ１タンパク質、もしくは配列番号２の１〜７３６の予測アミノ酸配列をコードし配列番号１と少なくとも７０％同一である核酸配列から産生されるｖｐ１タンパク質から選択される、ＡＡＶｈｕ６８  ｖｐ１タンパク質の異種集団、
配列番号２の少なくとも約アミノ酸１３８〜７３６の予測アミノ酸配列をコードする核酸配列からの発現によって産生されるｖｐ２タンパク質、配列番号１の少なくともヌクレオチド４１２〜２２１１を含む配列から産生されるｖｐ２タンパク質、もしくは配列番号２の少なくとも約アミノ酸１３８〜７３６の予測アミノ酸配列をコードし配列番号１の少なくともヌクレオチド４１２〜２２１１と少なくとも７０％同一である核酸配列から産生されるｖｐ２タンパク質から選択される、ＡＡＶｈｕ６８  ｖｐ２タンパク質の異種集団、
配列番号２の少なくとも約アミノ酸２０３〜７３６の予測アミノ酸配列をコードする核酸配列からの発現によって産生されるｖｐ３、配列番号１の少なくともヌクレオチド６０７〜２２１１を含む配列から産生されるｖｐ３タンパク質、もしくは配列番号２の少なくとも約アミノ酸２０３〜７３６の予測アミノ酸配列をコードし配列番号１の少なくともヌクレオチド６０７〜２２１１と少なくとも７０％同一である核酸配列から産生されるｖｐ３タンパク質から選択される、ＡＡＶｈｕ６８  ｖｐ３タンパク質の異種集団
を含む、ＡＡＶｈｕ６８カプシドタンパク質；及び／または
（２）ｖｐ１タンパク質の異種集団、位置１５７に任意にバリンを含んでいるｖｐ２タンパク質の異種集団、及びｖｐ３タンパク質の異種集団を含み、少なくとも前記ｖｐ１及びｖｐ２タンパク質の亜集団が、配列番号２の前記ｖｐ１カプシドの付番に基づく位置１５７にバリンを含むものでありかつ任意にさらに位置６７にグルタミン酸を含むものである、ＡＡＶカプシドタンパク質；及び／または
（３）配列番号２のアミノ酸配列をコードする核酸配列の産物であるｖｐ１タンパク質の異種集団、配列番号２の少なくとも約アミノ酸１３８〜７３６のアミノ酸配列をコードする核酸配列の産物であるｖｐ２タンパク質の異種集団、及び配列番号２の少なくともアミノ酸２０３〜７３６をコードする核酸配列の産物であるｖｐ３タンパク質の異種集団
のうち、１つ以上を含み、前記ｖｐ１、ｖｐ２及びｖｐ３タンパク質が、配列番号２のアスパラギン−グリシン対において少なくとも２つの高度に脱アミド化されたアスパラギン（Ｎ）を含むアミノ酸修飾を有する亜集団を含有するものでありかつ任意に他の脱アミド化アミノ酸を含む亜集団をさらに含むものであり、前記脱アミド化がアミノ酸変化をもたらしている、ＡＡＶｈｕ６８カプシド；ならびに
（Ｂ）前記ＡＡＶｈｕ６８カプシド内のベクターゲノムであって、ＡＡＶ末端逆位反復配列と、産物をコードしており宿主における前記産物の発現を促す配列に機能可能に繋げられている非ＡＡＶ核酸配列とを含む核酸分子を含んでいる前記ベクターゲノム
を含む、組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）。
【請求項２】
（ｉ）前記脱アミド化アスパラギンが、脱アミド化されてアスパラギン酸、イソアスパラギン酸、相互変換されるアスパラギン酸／イソアスパラギン酸対、またはそれらの組み合わせとなったものであり；及び／または
（ｉｉ）前記カプシドがさらに、脱アミド化されて（α）−グルタミン酸、γ−グルタミン酸、相互変換される（α）−グルタミン酸／γ−グルタミン酸対、またはそれらの組み合わせとなった脱アミド化グルタミン（複数可）を含む、
請求項１に記載のｒＡＡＶ。
【請求項３】
前記ＡＡＶｈｕ６８カプシドが、
（ｉ）（ａ）配列番号２の付番に基づいて前記ｖｐ１タンパク質の位置５７に位置するアスパラギン−グリシン対のアスパラギン（Ｎ）の少なくとも６５％が脱アミド化されていること；
（ｂ）配列番号２のアミノ酸配列の残基付番に基づいて前記ｖｐ１、ｖ２及びｖｐ３タンパク質の位置３２９にあるアスパラギン−グリシン対のＮの少なくとも７５％が脱アミド化されていること、
（ｃ）配列番号２のアミノ酸配列の残基付番に基づいて前記ｖｐ１、ｖ２及びｖｐ３タンパク質の位置４５２にあるアスパラギン−グリシン対のＮの少なくとも５０％が脱アミド化されていること；及び／または
（ｄ）配列番号２のアミノ酸配列の残基付番に基づいて前記ｖｐ１、ｖ２及びｖｐ３タンパク質の位置５１２にあるアスパラギン−グリシン対のＮの少なくとも７５％が脱アミド化されていること
のうちの１つ以上を有する亜集団を含むか；
（ｉｉ）質量分析を用いて決定した場合に前記ｖｐ１タンパク質の位置５７にある前記Ｎの７５〜１００％が脱アミド化されているｖｐ１の亜集団を含むか；
（ｉｉｉ）質量分析を用いて決定した場合に配列番号２の付番に基づく位置３２９にある前記Ｎの７５〜１００％が脱アミド化されているｖｐ１タンパク質、ｖｐ２タンパク質及び／またはｖｐ３タンパク質の亜集団を含むか；
（ｉｖ）質量分析を用いて決定した場合に配列番号２の付番に基づく位置４５２にある前記Ｎの７５〜１００％が脱アミド化されているｖｐ１タンパク質、ｖｐ２タンパク質及び／またはｖｐ３タンパク質の亜集団を含むか；
（ｖ）配列番号２の付番に基づく位置５１２にある前記Ｎの７５〜１００％が脱アミド化されているｖｐ１タンパク質、ｖｐ２タンパク質及び／またはｖｐ３タンパク質の亜集団を含むか；
（ｖｉ）（ａ）位置Ｎ９４、Ｎ１１３、Ｎ２５２、Ｎ２５３、Ｑ２５９、Ｎ２７０、Ｎ３０３、Ｎ３０４、Ｎ３０５、Ｎ３１９、Ｎ３２８、Ｎ３３６、Ｎ４０９、Ｎ４１０、Ｎ４７７、Ｎ５１５、Ｎ５９８、Ｑ５９９、Ｎ６２８、Ｎ６５１、Ｎ６６３、Ｎ７０９またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つ以上における１％〜約４０％の脱アミド化；または
（ｂ）アセチル化リジン、リン酸化セリン及び／またはスレオニン、異性化アスパラギン酸、酸化トリプトファン及び／またはメチオニン、またはアミド化アミノ酸のうちの１つ以上における１つ以上の修飾から選択される１つ以上の修飾
をさらに含む、ｖｐ１、ｖｐ２及び／またはｖｐ３タンパク質の亜集団を含むか；及び／または
（ｖｉｉ）Ｎ５７、３２９、４５２、５１２またはそれらの組み合わせのうちの１つ以上から選択される少なくとも４つの位置における少なくとも約５０〜１００％の脱アミド化を含む配列番号２からのアミノ酸修飾を有している、ｖｐ１、ｖｐ２及び／またはｖｐ３タンパク質の少なくとも亜集団をさらに含む、
請求項１または２に記載のｒＡＡＶ。
【請求項４】
前記タンパク質をコードする前記核酸配列が、
配列番号１、または
配列番号２のアミノ酸配列をコードし配列番号１と少なくとも８０％〜少なくとも９９％同一である配列
である、請求項１〜３のいずれか１項に記載のｒＡＡＶ。
【請求項５】
組換えアデノ随伴ウイルスｈｕ６８（ｒＡＡＶｈｕ６８）の混合集団を含み、前記ｒＡＡＶｈｕ６８の各々が独立して請求項１〜４のいずれか１項に記載のｒＡＡＶから選択される、組成物。
【請求項６】
ｒＡＡＶまたは平均的なｒＡＡＶｈｕ６８が、ｖｐ１対ｖｐ２対ｖｐ３タンパク質の約１対約１〜１．５対３〜１０の比で；任意にｖｐ１対ｖｐ２対ｖｐ３タンパク質の約１対約１対３〜６の比で、合計約６０個のカプシドタンパク質を含む、請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
前記ＡＡＶのＩＴＲ配列がＡＡＶｈｕ６８以外のＡＡＶ源からの５’ＩＴＲ及び３’ＩＴＲである、請求項５または６に記載の組成物。
【請求項８】
前記組成物が
（ｉ）クモ膜下腔内送達のために製剤化され、且つ、前記ベクターゲノムが、中枢神経系への送達のための産物をコードする核酸配列を含むか；
（ｉｉ）静脈内送達のために製剤化されるか；または
（ｉｉｉ）鼻腔内または筋肉内送達のために製剤化される
請求項５〜７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項９】
前記ベクターゲノムが、抗ＨＥＲ２抗体をコードする核酸配列を含む、請求項５〜８（ｉ）−（ｉｉ）のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１０】
治療に用いられるための請求項５〜９のいずれか１項に記載の組成物であって、任意に前記治療が遺伝子治療である、前記組成物。
【請求項１１】
請求項１〜４のいずれかに記載の組換えＡＡＶｈｕ６８を生産するために有用となるｒＡＡＶ産生システムであって、
（ａ）配列番号２のアミノ酸配列をコードするＡＡＶｈｕ６８カプシド核酸配列；
（ｂ）前記ＡＡＶｈｕ６８カプシド内へのパッケージングに適した核酸分子であって、少なくとも１つのＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）と、遺伝子産物をコードしており宿主細胞における前記産物の発現を促す配列に機能可能に繋げられている非ＡＡＶ核酸配列とを含む前記核酸分子；ならびに
（ｃ）組換えＡＡＶｈｕ６８カプシド内への核酸分子のパッケージングを可能にするに足るＡＡＶ  ｒｅｐ機能及びヘルパー機能
を含む、前記産生システム。
【請求項１２】
（ｉ）（ａ）の前記核酸配列が少なくとも、  配列番号１か、または配列番号２のアミノ酸配列をコードし配列番号１と少なくとも７０％〜少なくとも９９％同一である配列を含むか；及び／または
（ｉｉ）前記システムが任意にさらに、配列番号２の約ａａ２０３〜約アミノ酸７３６の前記ＡＡＶｈｕ６８  ｖｐ３をコードする配列番号１の約ｎｔ６０７〜約ｎｔ２２１１の核酸配列を含む、
請求項１１に記載のシステム。
【請求項１３】
細胞培養物がヒト胚性腎臓２９３細胞を含む、請求項１１または１２に記載のシステム。
【請求項１４】
前記ＡＡＶ  ｒｅｐが、
（ｉ）異なるＡＡＶからのものであり；任意に前記ＡＡＶ  ｒｅｐがＡＡＶ２からのものであるか；または
（ｉｉ）配列番号４のアミノ酸配列によって特徴付けられるＡＡＶｈｕ６８ｒｅｐ、またはその機能性断片であり；任意に前記ＡＡＶ  ｒｅｐが配列番号３の核酸配列によってコードされる
請求項１１〜１３のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項１５】
前記ＡＡＶ  ｒｅｐコード配列及びｃａｐ遺伝子が同じ核酸分子上にあり、任意に前記ｒｅｐ配列と前記ｃａｐ遺伝子との間にスペーサーが存在し；任意に前記スペーサーがａｔｇａｃｔｔａａａｃｃａｇｇｔ  配列番号９である、請求項１１〜１４のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項１６】
ＡＡＶｈｕ６８  ｒｅｐタンパク質またはその機能性断片をコードし宿主細胞におけるその発現を促す外来調節制御配列の制御下にある核酸配列を含み、前記ｒｅｐタンパク質が配列番号４のアミノ酸配列を有する、核酸分子。
【請求項１７】
ＡＡＶｈｕ６８カプシドの脱アミド化を減少させる方法であって、改変されたＡＡＶｈｕ６８  ｖｐコドンを含有する核酸配列からＡＡＶｈｕ６８カプシドを産生させることを含み、前記核酸配列が、
（ｉ）配列番号２の位置５８、３３０、４５３及び／または５１３に位置するアルギニン−グリシン対の１つ〜３つにおいて独立して、グリシン以外のアミノ酸をコードするような改変されたグリシンコドンを含むものであるか；または
（ｉｉ）配列番号２の位置５７、３２９、４５２及び／または５１２に位置するアルギニン−グリシン対の１つ〜３つにおいて独立して、アルギニン以外のアミノ酸をコードするような改変されたアルギニンコドンを含むものである、
前記方法。
【請求項１８】
改変された各コドンが異なるアミノ酸をコードするか；または２つ以上の改変されたコドンが同じアミノ酸をコードする、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
請求項１７または１８に記載の方法を用いて生産され、非改変型ｈｕ６８カプシドに比べて脱アミド化が減少しているｈｕ６８カプシドを含む、突然変異ｒＡＡＶｈｕ６８。