【手続補正書】
【提出日】令和3年8月17日(2021.8.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行うステップと、
前記真菌核酸配列のうち少なくとも１種の内で、
前記生合成遺伝子クラスターの産物の生合成に要求されることも関与することもなく、
前記クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
哺乳動物核酸配列と相同である
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）配列を同定するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
前記ＥＴａＧ配列が、前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と同時調節される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＥＴａＧ配列が、前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にある、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
生合成遺伝子クラスターを含む核酸配列が、前記生合成遺伝子クラスターの前記生合成遺伝子に対する前記近接ゾーンの核酸配列、および前記生合成遺伝子クラスターの核酸配列以外の配列を含有しない、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
近接ゾーンが、前記クラスターにおける生合成遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００ｋｂ以下上流または下流である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記哺乳動物核酸配列が、ヒト核酸配列である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
埋め込まれた標的遺伝子配列は、その塩基配列またはその部分が、哺乳動物核酸配列のものと少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％同一であるという点において、発現される哺乳動物核酸配列と相同である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記配列またはその部分が、少なくとも５０、１００、１５０または２００塩基対の長さである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
埋め込まれた標的遺伝子配列が、埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質が、哺乳動物核酸配列またはその部分のものと相同であるという点において、発現される哺乳動物核酸配列と相同である、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされる前記タンパク質が、哺乳動物核酸配列またはその部分によってコードされるタンパク質と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％類似性のものである、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質が、埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質に結合する小分子が、哺乳動物核酸配列またはその部分によってコードされるタンパク質にも結合するという点において、哺乳動物核酸配列によってコードされるタンパク質と同様の三次元構造を有する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記埋め込まれた標的遺伝子またはそれらの部分によってコードされるタンパク質および前記哺乳動物核酸配列またはそれらの部分によってコードされるタンパク質への前記小分子の結合が、１００μＭ、５０μＭ、１０μＭ、５μＭまたは１μＭ以下のＫｄを有する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記小分子が、生合成遺伝子クラスターの生合成産物である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
埋め込まれた標的遺伝子によってコードされるタンパク質の部分が、発現される哺乳動物核酸配列によってコードされるタンパク質の部分と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％類似性のものであり、前記タンパク質の前記部分が、タンパク質ドメインである、請求項６に記載の方法。
【請求項１５】
前記埋め込まれた標的遺伝子が、異なる真菌株に由来し、かつ相同なまたは同一の生合成遺伝子クラスターを含む前記セットにおける全真菌核酸配列の８０％、９０％、９５％または１００％に存在しない、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記セットが、少なくとも１００、５００、１，０００、５，０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２２，０００、２５，０００または３０，０００種の別個の真菌株由来の核酸配列を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも１種の被験化合物を、真菌核酸配列の埋め込まれた標的遺伝子によってコードされる遺伝子産物と接触させるステップであって、前記埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）が、
生合成遺伝子クラスターの産物の生合成に要求されることも関与することもなく、
前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
哺乳動物核酸配列と相同である
ことを特徴とする、ステップと、
前記被験化合物が存在しない場合と比較して、前記被験化合物が存在する場合に前記遺伝子産物のレベルもしくは活性が変更される、または
前記遺伝子産物のレベルもしくは活性が、前記レベルもしくは活性に公知の効果を有する参照薬剤が存在する場合に観察されるものに匹敵する
ことを決定するステップと
を含む、方法。
【請求項１８】
前記ＥＴａＧが、前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と同時調節されることを特徴とする、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＥＴａＧが、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、請求項１７または１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記哺乳動物核酸配列が、ヒトＲａｓ配列である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記生合成遺伝子クラスターが、図１〜図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、請求項１７または１８に記載の方法。
【請求項２２】
前記被験化合物が、前記生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログである、請求項１７または１８に記載の方法。
【請求項２３】
少なくとも１種の被験化合物を、発現される哺乳動物核酸配列によってコードされる遺伝子産物と接触させるステップであって、前記配列が、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の埋め込まれた標的遺伝子配列と相同である発現される哺乳動物核酸配列である、ステップ
を含む、方法。
【請求項２４】
前記哺乳動物核酸配列が、ヒトＲａｓ配列である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＥＴａＧが、図１〜図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記生合成遺伝子クラスターが、図１〜図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
前記被験化合物が、前記生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあるＥＴａＧのヒトホモログを同定するステップを含む、方法。
【請求項２９】
前記ヒトホモログに対する、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物または前記産物のアナログの効果をアッセイするステップを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記ＥＴａＧが、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、請求項２８または２９に記載の方法。
【請求項３１】
ヒト標的のモジュレーターを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、前記産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、前記生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内に、
前記ヒト標的、または前記ヒト標的をコードする核酸配列と相同である
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む、方法。
【請求項３２】
前記ＥＴａｇが前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と同時調節される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＥＴａＧが、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、請求項３１または３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記ヒト標的が、Ｒａｓタンパク質である、請求項３１または３２に記載の方法。
【請求項３５】
前記ＥＴａＧが、図１〜図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、請求項３１または３２に記載の方法。
【請求項３６】
前記生合成遺伝子クラスターが、図１〜図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、請求項３１または３２に記載の方法。
【請求項３７】
ヒト標的をモジュレートするための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、前記産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、前記生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
前記ヒト標的、または前記ヒト標的をコードする核酸配列と相同である
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む、方法。
【請求項３８】
前記ＥＴａＧが前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と同時調節される、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記ヒト標的が、Ｒａｓタンパク質である、請求項３７または３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記ＥＴａＧが、図１〜図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、請求項３７または３８に記載の方法。
【請求項４１】
前記生合成遺伝子クラスターが、図１〜図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、請求項３７または３８に記載の方法。
【請求項４２】
前記ＥＴａＧが、請求項１〜１５のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、請求項３７または３８に記載の方法。
【請求項４３】
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセット
を含むデータベースであって、
核酸配列の前記セットが、コンピュータ可読媒体において具現化されている、データベース。
【請求項４４】
請求項１〜４２のいずれか一項に記載の１種または複数の埋め込まれた標的遺伝子が、インデックス化されている、請求項４３に記載のデータベース。
【請求項４５】
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットを表すデータを記憶する、１個または複数の非一過性機械可読記憶媒体
を含むシステム。
【請求項４６】
それぞれＥＴａＧ配列であるか、またはＥＴａＧ配列を含む、核酸配列のセットを表すデータを記憶する、１個または複数の非一過性機械可読記憶媒体
を含むシステム。
【請求項４７】
請求項１〜４２のいずれか一項に記載の１種または複数の埋め込まれた標的遺伝子が、インデックス化されている、請求項４６に記載のシステム。
【請求項４８】
請求項１〜４２のいずれか一項に記載の方法を実行するように適応されたコンピュータシステム、または請求項３９〜４４のいずれか一項に記載のデータベースにアクセスするように適応されたコンピュータシステム。
【請求項４９】
例示的実施形態１〜１０８のいずれか一つに記載の方法、データベースまたはシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２８２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２８２】
様々な実施形態について本明細書で記載および説明してきたが、当業者であれば、機能を実行するため、および／または結果および／または本開示に記載されている利点のうち１種もしくは複数を得るための、種々の他の手段および／または構造を容易に想定するであろう、また、斯かる変種および／または改変のそれぞれが含まれるものと思われる。より一般には、当業者であれば、本明細書に記載されているあらゆるパラメータ、寸法、材料および構成が、一例であることを意味し、実際のパラメータ、寸法、材料および／または構成が、本開示の教示が使用される特異的な応用（単数または複数）に依存するであろうことを容易に認めるであろう。当業者であれば、本開示に記載されている本開示の特異的実施形態の多くの均等を認識するであろう、または慣用的な実験法に過ぎないものを使用して確かめることができるであろう。したがって、前述の実施形態が、単なる例として提示されており、請求されるべき技術を含む提供される技術が、特に記載および請求されている仕方以外で実施され得ることを理解されたい。加えて、２種またはそれよりも多い特色、システム、物品、材料、キットおよび／または方法のいずれかの組合せは、斯かる特色、システム、物品、材料、キットおよび／または方法が相互に矛盾しないのであれば、本開示の範囲内に含まれる。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットへの問い合わせを行うステップと、
前記真菌核酸配列のうち少なくとも１種の内で、
前記生合成遺伝子クラスターの産物の生合成に要求されることも関与することもなく、
前記クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
哺乳動物核酸配列と相同であり、
前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）配列を同定するステップと
を含む、方法。
(項目２)
前記ＥＴａＧ配列が、前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にある、項目１に記載の方法。
(項目３)
生合成遺伝子クラスターを含む核酸配列が、前記生合成遺伝子クラスターの前記生合成遺伝子に対する前記近接ゾーンの核酸配列、および前記生合成遺伝子クラスターの核酸配列以外の配列を含有しない、項目２に記載の方法。
(項目４)
近接ゾーンが、前記クラスターにおける生合成遺伝子の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００ｋｂ以下上流または下流である、項目３に記載の方法。
(項目５)
前記哺乳動物核酸配列が、ヒト核酸配列である、項目４に記載の方法。
(項目６)
埋め込まれた標的遺伝子配列は、その塩基配列またはその部分が、哺乳動物核酸配列のものと少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％同一であるという点において、発現される哺乳動物核酸配列と相同である、項目５に記載の方法。
(項目７)
前記配列またはその部分が、少なくとも５０、１００、１５０または２００塩基対の長さである、項目６に記載の方法。
(項目８)
埋め込まれた標的遺伝子配列が、埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質が、哺乳動物核酸配列またはその部分のものと相同であるという点において、発現される哺乳動物核酸配列と相同である、項目５に記載の方法。
(項目９)
埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされる前記タンパク質が、哺乳動物核酸配列またはその部分によってコードされるタンパク質と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％類似性のものである、項目８に記載の方法。
(項目１０)
埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質が、埋め込まれた標的遺伝子またはその部分によってコードされるタンパク質に結合する小分子が、哺乳動物核酸配列またはその部分によってコードされるタンパク質にも結合するという点において、哺乳動物核酸配列によってコードされるタンパク質と同様の三次元構造を有する、項目９に記載の方法。
(項目１１)
前記埋め込まれた標的遺伝子またはそれらの部分によってコードされるタンパク質および前記哺乳動物核酸配列またはそれらの部分によってコードされるタンパク質への前記小分子の結合が、１００μＭ、５０μＭ、１０μＭ、５μＭまたは１μＭ以下のＫｄを有する、項目１０に記載の方法。
(項目１２)
前記小分子が、生合成遺伝子クラスターの生合成産物である、項目１０に記載の方法。
(項目１３)
埋め込まれた標的遺伝子によってコードされるタンパク質の部分が、発現される哺乳動物核酸配列によってコードされるタンパク質の部分と少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％類似性のものであり、前記タンパク質の前記部分が、タンパク質ドメインである、項目５に記載の方法。
(項目１４)
前記埋め込まれた標的遺伝子が、異なる真菌株に由来し、かつ相同なまたは同一の生合成遺伝子クラスターを含む前記セットにおける全真菌核酸配列の８０％、９０％、９５％または１００％に存在しない、先行する項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目１５)
前記セットが、少なくとも１００、５００、１，０００、５，０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２２，０００、２５，０００または３０，０００種の別個の真菌株由来の核酸配列を含む、項目１４に記載の方法。
(項目１６)
少なくとも１種の被験化合物を、真菌核酸配列の埋め込まれた標的遺伝子によってコードされる遺伝子産物と接触させるステップであって、前記埋め込まれた標的遺伝子（ＥＴａＧ）が、
生合成遺伝子クラスターの産物の生合成に要求されることも関与することもなく、
前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあり、
哺乳動物核酸配列と相同であり、
前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ことを特徴とする、ステップと、
前記被験化合物が存在しない場合と比較して、前記被験化合物が存在する場合に前記遺伝子産物のレベルもしくは活性が変更される、または
前記遺伝子産物のレベルもしくは活性が、前記レベルもしくは活性に公知の効果を有する参照薬剤が存在する場合に観察されるものに匹敵する
ことを決定するステップと
を含む、方法。
(項目１７)
前記ＥＴａＧが、項目１〜１５のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、項目１６に記載の方法。
(項目１８)
前記哺乳動物核酸配列が、ヒトＲａｓ配列である、項目１７に記載の方法。
(項目１９)
前記生合成遺伝子クラスターが、図１〜図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、項目１６に記載の方法。
(項目２０)
前記被験化合物が、前記生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログである、項目１６に記載の方法。
(項目２１)
少なくとも１種の被験化合物を、発現される哺乳動物核酸配列によってコードされる遺伝子産物と接触させるステップであって、前記配列が、項目１〜１５のいずれか一項に記載の埋め込まれた標的遺伝子配列と相同である発現される哺乳動物核酸配列である、ステップ
を含む、方法。
(項目２２)
前記哺乳動物核酸配列が、ヒトＲａｓ配列である、項目２１に記載の方法。
(項目２３)
前記ＥＴａＧが、図１〜図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、項目２１に記載の方法。
(項目２４)
前記生合成遺伝子クラスターが、図１〜図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、項目２１に記載の方法。
(項目２５)
前記被験化合物が、前記生合成遺伝子クラスターの生合成産物またはそのアナログである、項目２１に記載の方法。
(項目２６)
生合成遺伝子クラスターの少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内にあるＥＴａＧのヒトホモログを同定するステップと、
前記ヒトホモログに対する、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生される産物または前記産物のアナログの効果を必要に応じてアッセイするステップと
を含む、方法。
(項目２７)
前記ＥＴａＧが、項目１〜１５のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、項目２６に記載の方法。
(項目２８)
ヒト標的のモジュレーターを同定するおよび／または特徴付けるための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、前記産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、前記生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の遺伝子に対する近接ゾーン内に、
前記ヒト標的、または前記ヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む、方法。
(項目２９)
前記ＥＴａＧが、項目１〜１５のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、項目２８に記載の方法。
(項目３０)
前記ヒト標的が、Ｒａｓタンパク質である、項目２８に記載の方法。
(項目３１)
前記ＥＴａＧが、図１〜図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、項目２８に記載の方法。
(項目３２)
前記生合成遺伝子クラスターが、図１〜図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、項目２８に記載の方法。
(項目３３)
ヒト標的をモジュレートするための方法であって、
産物またはそのアナログを提供するステップであって、前記産物が、生合成遺伝子クラスターによってコードされる酵素によって産生され、前記生合成遺伝子クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子に対する近接ゾーン内に、
前記ヒト標的、または前記ヒト標的をコードする核酸配列と相同であり、
前記クラスターにおける少なくとも１種の生合成遺伝子と、必要に応じて同時調節される
ＥＴａＧが存在する、ステップ
を含む、方法。
(項目３４)
前記ヒト標的が、Ｒａｓタンパク質である、項目３３に記載の方法。
(項目３５)
前記ＥＴａＧが、図１〜図３９のうち１つにおけるＥＴａＧである、項目３３に記載の方法。
(項目３６)
前記生合成遺伝子クラスターが、図１〜図３９のうち１つにおける生合成遺伝子クラスターである、項目３３に記載の方法。
(項目３７)
前記ＥＴａＧが、項目１〜１５のいずれか一項に記載のＥＴａＧである、項目３３に記載の方法。
(項目３８)
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセット
を含むデータベースであって、
核酸配列の前記セットが、コンピュータ可読媒体において具現化されている、データベース。
(項目３９)
項目１〜３７のいずれか一項に記載の１種または複数の埋め込まれた標的遺伝子が、インデックス化されている、項目３８に記載のデータベース。
(項目４０)
それぞれ真菌株において見出され、かつ生合成遺伝子クラスターを含む、核酸配列のセットを表すデータを記憶する、１個または複数の非一過性機械可読記憶媒体
を含むシステム。
(項目４１)
それぞれＥＴａＧ配列であるか、またはＥＴａＧ配列を含む、核酸配列のセットを表すデータを記憶する、１個または複数の非一過性機械可読記憶媒体
を含むシステム。
(項目４２)
項目１〜３７のいずれか一項に記載の１種または複数の埋め込まれた標的遺伝子が、インデックス化されている、項目４１に記載のシステム。
(項目４３)
項目１〜３７のいずれか一項に記載の方法を実行するように適応されたコンピュータシステム、または項目３４〜３９のいずれか一項に記載のデータベースにアクセスするように適応されたコンピュータシステム。
(項目４４)
例示的実施形態１〜１０８のいずれか一つに記載の方法、データベースまたはシステム。