【手続補正書】
【提出日】令和3年5月24日(2021.5.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の抗体又は抗体断片をコードする高多様性核酸ライブラリーを作製する方法であって、
（１）ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリー、（２）複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリー、及び（３）ＶＬサブライブラリーを作製又は提供する工程であって、前記サブライブラリー（１）〜（３）の各々が複数のメンバーを含み；
前記サブライブラリーの各メンバーが、複数の縮重塩基位置を有する少なくとも１つのランダムカセットを含む工程であって、前記ランダムカセットが、配列番号１〜配列番号２５から選択されるオリゴヌクレオチドを使用して作製される工程；及び
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリー、前記複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリー、及び前記ＶＬサブライブラリーの少なくとも２つのメンバーの少なくとも一部を組み換えて、発現ライブラリー中の発現ライブラリーメンバーを形成する工程であって、前記発現ライブラリーが、複数の発現ライブラリーメンバーを含み、各発現ライブラリーメンバーが、別個の抗体又は抗体断片をコードする工程を含む、方法。
【請求項２】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ１の一部及びＶＨ  ＣＤＲ２の一部のうちの少なくとも１つに相当するランダムカセットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ１の少なくとも一部及びＶＨ  ＣＤＲ２の一部に相当する複数のランダムカセットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ２の少なくとも一部に相当する複数のランダムカセットを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記ＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ３の少なくとも一部に相当するランダムカセットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーのメンバーの少なくとも２つのランダムカセットが、異なる長さを有するペプチドをコードする、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記ペプチドが、１０〜２０個のアミノ酸の範囲の長さを有する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記ＶＬサブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＬ  ＣＤＲ３の一部でランダムカセットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記サブライブラリーの複数のメンバーが、共通の配列を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記発現ライブラリーメンバーの各々が、複数の前記ランダムカセットを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
組み換える工程が、前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーのメンバーの少なくとも一部及び前記複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーの１つを単離し、合わせて融合して、ＶＨドメインライブラリーにおけるＶＨドメインライブラリーメンバーを形成する工程を含み、前記ＶＨドメインライブラリーが、複数のＶＨドメインライブラリーメンバーを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＶＬサブライブラリーのメンバーの少なくとも一部を単離し、前記ＶＬサブライブラリーのメンバーの一部を前記ＶＨドメインライブラリーメンバーの１つと融合して、前記発現ライブラリーメンバーを形成する工程をさらに含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＶＬサブライブラリーのメンバーの一部が、リンカーをコードする配列を介して結合される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記リンカーが、グリシンリッチペプチドである、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
組み換える工程が、前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーのメンバーの少なくとも一部及び前記複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーの１つを単離し、合わせて融合して、発現ライブラリーメンバーの第１の群を形成する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
発現ライブラリーメンバーの第２の群であって、前記第２の群が、前記ＶＬサブライブラリーのメンバーの少なくとも一部を含む前記第２の群をさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記別個の抗体又は抗体断片が、ｓｃＦｖを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記発現ライブラリーメンバーをサブクローニングして、前記ｓｃＦｖを有するＩｇＧ１を構築する工程をさらに含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記第１の群及び第２の群の各々からそれぞれ１つのメンバーをサブクローニングして、組換えＶＨ及びＶＬドメインを有するＩｇＧ１を形成する工程をさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
以下：リガンドに対する親和性、ｐＨ感受性、及び種間交差反応性のうちの少なくとも１つに基づいて前記発現ライブラリーメンバーのサブセットを選択する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
５０ｎＭ未満のＫｄで前記リガンドに結合するｓｃＦｖをコードする前記発現ライブラリーメンバーのサブセットを選択する工程をさらに含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記発現ライブラリーメンバーをｍＲＮＡ断片に転写する工程；及び
前記ｍＲＮＡ断片の３’末端でピューロマイシン分子を結合する工程
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
（１）ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリー、（２）複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリー、及び（３）ＶＬサブライブラリーを含む複数の核酸ライブラリーを有する組成物であって；
前記サブライブラリー（１）〜（３）の各々が、複数のメンバーを含み；
前記サブライブラリーの各メンバーが、複数の縮重塩基位置を有する少なくとも１つのランダムカセットを含み、且つ
前記ランダムカセットが、配列番号１〜配列番号２５から選択されるオリゴヌクレオチドを使用して作製される、組成物。
【請求項２４】
フレキシブルペプチドリンカーをコードする核酸配列をさらに含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
前記サブライブラリー（１）〜（３）の少なくとも１つが、フレキシブルペプチドリンカーをコードする核酸配列を含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２６】
第１の前記複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーが、第２の前記複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーとは異なる長さを有する、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２７】
前記複数の縮重塩基位置が、少なくとも２つの縮重塩基位置である、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２８】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ１の一部及びＶＨ  ＣＤＲ２の一部のうちの少なくとも１つに相当するランダムカセットを含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２９】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ１の少なくとも一部及びＶＨ  ＣＤＲ２の一部に相当する複数のランダムカセットを含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項３０】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ２の少なくとも一部に相当する複数のランダムカセットを含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項３１】
前記ＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ３の少なくとも一部に相当するランダムカセットを含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項３２】
前記ＶＬサブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＬ  ＣＤＲ３の一部でランダムカセットを含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項３３】
前記ＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーのメンバーの少なくとも２つのランダムカセットが、異なる長さを有するペプチドをコードする、請求項２３に記載の組成物。
【請求項３４】
前記ペプチドが、１０〜２０個のアミノ酸の範囲の長さを有する、請求項３３に記載の組成物。
【請求項３５】
前記サブライブラリーの複数のメンバーが、コンセンサス配列を含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項３６】
複数のＶＨドメインライブラリーメンバーを有するＶＨドメインをさらに含み、前記ＶＨドメインライブラリーメンバーの各々が、前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーのメンバーの少なくとも一部及び前記ＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーの１つのメンバーの少なくとも一部を含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項３７】
高多様性核酸ライブラリーを作製するための請求項２３〜３６のいずれか一項に記載の組成物の使用。
【請求項３８】
各ライブラリーメンバーが、
それぞれ複数の縮重塩基位置を有する複数のランダムカセットを含む組換え核酸を含み、前記ランダムカセットが、配列番号１〜配列番号２５から選択されるオリゴヌクレオチドを使用して作製され；
前記複数のランダムカセットが、以下：（１）ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリー、（２）複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリー、及び（３）ＶＬサブライブラリーからの２つのライブラリーのいずれかから少なくとも２つのメンバーに由来し；且つ
前記サブライブラリーの各々が、複数のメンバーを含む、複数のライブラリーメンバーを有する高多様性核酸ライブラリー組成物。
【請求項３９】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ１の一部及びＶＨ  ＣＤＲ２の一部のうちの少なくとも１つに相当するランダムカセットを含む、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４０】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ２の少なくとも一部に相当する複数のランダムカセットを含む、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４１】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ２の少なくとも一部に相当する複数のランダムカセットを含む、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４２】
前記ＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ３の少なくとも一部に相当するランダムカセットを含む、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４３】
前記ＶＬサブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＬ  ＣＤＲ３の一部でランダムカセットを含む、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４４】
前記ＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーのメンバーの少なくとも２つのランダムカセットが、異なる長さを有するペプチドをコードする、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４５】
前記ペプチドが、１０〜２０個のアミノ酸の範囲の長さを有する、請求項４４に記載の組成物。
【請求項４６】
前記サブライブラリーの複数のメンバーが、コンセンサス配列を含む、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４７】
前記複数のライブラリーメンバーが、前記複数のランダムカセットの２つの間にリンカーを含む、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４８】
各ライブラリーメンバーが、別個の抗体又は抗体断片をコードする、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４９】
前記複数のライブラリーメンバーが、以下：リガンドに対する親和性、ｐＨ感受性、及び種間交差反応性のうちの少なくとも１つに基づいて分類される、請求項３８に記載の組成物。
【請求項５０】
前記ライブラリーメンバーのサブセットが、５０ｎＭ未満のＫｄで前記リガンドに結合するｓｃＦｖをコードする、請求項３８に記載の組成物。
【請求項５１】
前記ライブラリーメンバーが、ｍＲＮＡ断片であり、各々が３’末端でピューロマイシンと結合される、請求項３８に記載の組成物。
【請求項５２】
癌ネオエピトープに対する治療用組換え抗体を作製するための請求項３８〜５１のいずれか一項に記載の組成物の使用。
【請求項５３】
（１）ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリー、（２）複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリー、及び（３）ＶＬサブライブラリーを作製又は提供する工程であって、前記サブライブラリー（１）〜（３）の各々が複数のメンバーを含み；
前記サブライブラリーの各メンバーが、複数の縮重塩基位置を有する少なくとも１つのランダムカセットを含む工程；
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリー、前記複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリー、及び前記ＶＬサブライブラリーの少なくとも２つのメンバーの少なくとも一部を組換えて、発現ライブラリー中の発現ライブラリーメンバーを形成する工程であって、前記発現ライブラリーが、複数の発現ライブラリーメンバーを含み、各発現ライブラリーメンバーが、別個の抗体又は抗体断片をコードする工程；及び
前記発現ライブラリーメンバーを用いて前記組換え抗体又はその断片の作製する工程
を含み、且つ
前記ランダムカセットが、配列番号１〜配列番号２５から選択されるオリゴヌクレオチドを使用して作製される、組換え抗体を作製する方法。
【請求項５４】
前記組換え抗体又はその断片が、前記発現ライブラリーメンバーを抗体ベクターにサブクローニングすることによって作製される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記抗体又はその断片が、
（ａ）完全免疫グロブリン分子；
（ｂ）ｓｃＦｖ；
（ｃ）モノクローナル抗体；
（ｄ）ヒト抗体；
（ｅ）ヒト化抗体；
（ｆ）キメラ抗体；
（ｇ）Ｆａｂ断片；
（ｈ）Ｆａｂ’断片；
（ｉ）Ｆ（ａｂ’）２；
（ｊ）Ｆｖ；及び
（ｋ）ジスルフィド結合Ｆｖ
からなる群から選択される、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
前記抗体ベクターが、
（ｂ）ヒトＩｇＧ１定常ドメイン；
（ｃ）ヒトＩｇＧ２定常ドメイン；
（ｄ）ヒトＩｇＧ３定常ドメイン；
（ｅ）ヒトＩｇＧ４定常ドメイン；及び
（ｆ）ヒトＩｇＡ定常ドメイン
からなる群から選択される重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５７】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ１の一部及びＶＨ  ＣＤＲ２の一部のうちの少なくとも１つに相当するランダムカセットを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５８】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ１の少なくとも一部及びＶＨ  ＣＤＲ２の一部に相当する複数のランダムカセットを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５９】
前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ２の少なくとも一部に相当する複数のランダムカセットを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６０】
前記ＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＨ  ＣＤＲ３の少なくとも一部に相当するランダムカセットを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６１】
前記ＶＬサブライブラリーの複数のメンバーが、ＶＬ  ＣＤＲ３の一部でランダムカセットを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６２】
前記ＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーのメンバーの少なくとも２つのランダムカセットが、異なる長さを有するペプチドをコードする、請求項５３に記載の方法。
【請求項６３】
前記ペプチドが、１０〜２０個のアミノ酸の範囲の長さを有する、請求項５３に記載の方法。
【請求項６４】
前記サブライブラリーの複数のメンバーが、コンセンサス配列を含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６５】
前記発現ライブラリーメンバーの各々が、複数の前記ランダムカセットを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６６】
組み換える工程が、前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーのメンバーの少なくとも一部及び前記複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーの１つを単離し、合わせて融合して、ＶＨドメインライブラリーにおけるＶＨドメインライブラリーメンバーを形成する工程を含み、前記ＶＨドメインライブラリーが、複数のＶＨドメインライブラリーメンバーを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６７】
前記ＶＬサブライブラリーのメンバーの少なくとも一部を単離し、前記ＶＬサブライブラリーのメンバーの一部を前記ＶＨドメインライブラリーの１つと融合して、前記発現ライブラリーメンバーを形成する工程をさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６８】
前記ＶＬサブライブラリーのメンバーの一部が、リンカーと結合される、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記リンカーが、グリシンリッチペプチドである、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
組み換える工程が、前記ＶＨ−ＣＤＲ１／２サブライブラリーのメンバーの少なくとも一部及び前記複数のＶＨ−ＣＤＲ３サブライブラリーの１つを単離し、合わせて融合して、発現ライブラリーメンバーの第１の群を形成する工程を含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項７１】
発現ライブラリーメンバーの第２の群であって、前記第２の群が、前記ＶＬサブライブラリーのメンバーの少なくとも一部を含む前記第２の群をさらに含む、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記第１の群及び第２の群の各々からそれぞれ１つのメンバーをサブクローニングして、組換えＶＨ及びＶＬドメインを有するＩｇＧ１を形成する工程をさらに含む、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
以下：リガンドに対する親和性、ｐＨ感受性、及び種間交差反応性のうちの少なくとも１つに基づいて前記発現ライブラリーメンバーのサブセットを選択する工程をさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項７４】
５０ｎＭ未満のＫｄで前記リガンドに結合するｓｃＦｖをコードする前記発現ライブラリーメンバーのサブセットを選択する工程をさらに含む、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
抗原に対して１００ｎＭ以下の親和性を有する高親和性バインダーを単離する方法であって、
請求項１〜２２又は請求項５３〜７４のいずれか一項に記載の方法によって構築された組成物に前記抗原を接触させる工程を含む、方法。
【請求項７６】
配列番号１〜配列番号２５から選択されるオリゴヌクレオチドを使用して作製される組換え核酸断片。
【請求項７７】
配列番号１〜配列番号２５から選択される核酸配列を有する合成核酸混合物。