【手続補正書】
【提出日】令和3年8月10日(2021.8.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３９８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３９８】
本明細書で使用される場合、全ての見出しは単に組織化のためのものであり、いかなる方法でも開示を制限することを意図するものではない。個々のセクションの内容は、全てのセクションに等しく適用され得る。
本発明の例示的な態様を以下に記載する。
＜１＞
細菌混合物を含む医薬組成物であって、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株が、表５に記載の操作的分類単位（ＯＴＵ）のいずれか１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、細菌混合物を含む医薬組成物。
＜２＞
細菌混合物を含む医薬組成物であって、前記細菌混合物中の少なくとも１種類の細菌株が、表６に記載される属のいずれか１つの操作的分類単位（ＯＴＵ）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、細菌混合物を含む医薬組成物。
＜３＞
前記細菌混合物中の前記少なくとも１種類の細菌株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列が、表５に記載のＯＴＵのいずれか１つ又は表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９８％超の同一性を有する、＜１＞又は＜２＞に記載の医薬組成物。
＜４＞
前記細菌混合物中の前記少なくとも１種類の細菌株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列が、表５に記載のＯＴＵのいずれか１つ又は表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９９％超の同一性を有する、＜１＞〜＜３＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５＞
前記細菌混合物中の前記少なくとも１種類の細菌株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列が、表５に記載のＯＴＵのいずれか１つ又は表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９９．５％超の同一性を有する、＜１＞〜＜４＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６＞
前記細菌混合物中の前記少なくとも１種類の細菌株の１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列が、表５に記載のＯＴＵのいずれか１つ又は表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列と同一である、＜１＞〜＜５＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜７＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、共生細菌株である、＜１＞〜＜６＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜８＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、１人又は複数人のヒトから得られる、＜１＞〜＜７＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜９＞
前記１人又は複数人のヒトが健康なヒトである、及び／又は、少なくとも１つの選択基準を満たす、＜８＞に記載の医薬組成物。
＜１０＞
前記少なくとも１種類の細菌株が１人のヒトから得られる、＜８＞又は＜９＞に記載の医薬組成物。
＜１１＞
前記少なくとも１種類の細菌株が複数人のヒトから得られる、＜８＞又は＜９＞に記載の医薬組成物。
＜１２＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前にその由来材料から単離及び／又は純化される、＜１＞〜＜１１＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜１３＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前に培養される、＜１＞〜＜１２＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜１４＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前に培養されない、＜１＞〜＜１２＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜１５＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前にその由来材料から単離及び／又は純化されない、＜１＞〜＜１１＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜１６＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前に培養されない、＜１５＞に記載の医薬組成物。
＜１７＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、実験用ストック又は細菌細胞バンクから取得される、＜１＞〜＜７＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜１８＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前にその由来材料から単離及び／又は純化される、＜１７＞に記載の医薬組成物。
＜１９＞
前記少なくとも１種類の細菌株が、前記細菌混合物を形成する前に培養される、＜１７＞又は＜１８＞に記載の医薬組成物。
＜２０＞
前記細菌混合物が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む細菌株を２種類以上含む、＜１＞〜＜１９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜２１＞
前記細菌混合物が約５種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２０＞に記載の医薬組成物。
＜２２＞
前記細菌混合物が約１０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２１＞に記載の医薬組成物。
＜２３＞
前記細菌混合物が約２０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２２＞に記載の医薬組成物。
＜２４＞
前記細菌混合物が約３０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２３＞に記載の医薬組成物。
＜２５＞
前記細菌混合物が約４０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２４＞に記載の医薬組成物。
＜２６＞
前記細菌混合物が約５０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２５＞に記載の医薬組成物。
＜２７＞
前記細菌混合物が２種類以上の細菌株を含み、前記細菌混合物中の各細菌株が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜２６＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜２８＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約５種類〜約１００種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜２６＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜２９＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約１０種類〜約７５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２８＞に記載の医薬組成物。
＜３０＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約１５種類〜約５０種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜２９＞に記載の医薬組成物。
＜３１＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約２０種類〜約４５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３０＞に記載の医薬組成物。
＜３２＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約２５種類〜約４０種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３１＞に記載の医薬組成物。
＜３３＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約３０種類〜約３５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３２＞に記載の医薬組成物。
＜３４＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約５種類〜約１００種類の細菌株を含み、各細菌株が、表５に記載のＯＴＵのうち１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜２１＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜３５＞
前記細菌混合物が、単一のドナーからの実質的に完全な糞便微生物叢調製物を含む、＜１＞〜＜２７＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜３６＞
前記細菌混合物が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む細菌株を２種類以上含む、＜１＞〜＜１９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜３７＞
前記細菌混合物が約５種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３６＞記載の医薬組成物。
＜３８＞
前記細菌混合物が約１０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３７＞記載の医薬組成物。
＜３９＞
前記細菌混合物が約２０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３８＞記載の医薬組成物。
＜４０＞
前記細菌混合物が約３０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜３９＞記載の医薬組成物。
＜４１＞
前記細菌混合物が約４０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４０＞記載の医薬組成物。
＜４２＞
前記細菌混合物が約５０種類以上の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４１＞記載の医薬組成物。
＜４３＞
前記細菌混合物が２種類以上の細菌株を含み、前記細菌混合物中の各細菌株が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜１９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜４４＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約５種類〜約１００種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜１９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜４５＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約１０種類〜約７５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４４＞に記載の医薬組成物。
＜４６＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約１５種類〜約５０種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４５＞に記載の医薬組成物。
＜４７＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約２０種類〜約４５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４６＞に記載の医薬組成物。
＜４８＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約２５種類〜約４０種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４７＞に記載の医薬組成物。
＜４９＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約３０種類〜約３５種類の細菌株を含み、前記細菌株のうち複数種類が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜４８＞に記載の医薬組成物。
＜５０＞
前記細菌混合物が、前記細菌混合物中に約５種類〜約１００種類の細菌株を含み、各細菌株が、表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して約９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、＜１＞〜＜１９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５１＞
前記細菌混合物が、単一のドナーからの実質的に完全な糞便微生物叢調製物を含む、＜３６＞〜＜４３＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５２＞
少なくとも１種類の細菌株が、分泌物の産生を通じて抗生物質耐性菌（ＡＲＢ）を直接阻害する能力を有しているため、並びに／又は、生態的地位及び／若しくは栄養素のために前記ＡＲＢと直接競合する能力を有しているため、前記細菌混合物に含まれる、＜１＞〜＜５１＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５３＞
複数種類の細菌株が、分泌物の産生を通じてＡＲＢを直接阻害する能力を有しているため、並びに／又は、生態的地位及び／若しくは栄養素のために前記ＡＲＢと直接競合する能力を有しているため、前記細菌混合物に含まれる、＜５２＞に記載の医薬組成物。
＜５４＞
医薬的に許容される添加剤をさらに含む、＜１＞〜＜５３＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５５＞
前記医薬組成物は、経口投与用及び／又は前記細菌混合物の腸への送達用に製剤化されるか、女性生殖器系への送達用に製剤化される、＜１＞〜＜５４＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜５６＞
前記腸が小腸又は大腸を含む、＜５５＞に記載の医薬組成物。
＜５７＞
前記腸が小腸及び大腸を含む、＜５６＞に記載の医薬組成物。
＜５８＞
前記腸が大腸を含む、＜５６＞に記載の医薬組成物。
＜５９＞
前記大腸が盲腸を含む、＜５６＞〜＜５８＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６０＞
腸への前記細菌混合物の送達が、直腸より前で実質的に完了する、＜５６＞〜＜５９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６１＞
前記医薬組成物がカプセル又は膣坐剤として製剤化される、＜５６＞〜＜６０＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６２＞
前記カプセルが遅延放出コーティングを含む、＜６１＞に記載の医薬組成物。
＜６３＞
前記細菌混合物中の前記細菌株のうち複数種類が、生きている栄養細胞、及び／又は凍結乾燥細胞である、＜１＞〜＜６２＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６４＞
前記細菌混合物中の前記細菌株のうち複数種類が胞子である、＜１＞〜＜６３＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６５＞
前記細菌混合物中の前記細菌株のうち複数種類が非病原性細菌である、＜１＞〜＜６４＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６６＞
前記細菌混合物中の各細菌株が非病原性細菌である、＜１＞〜＜６５＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６７＞
前記医薬組成物は、対象の消化管、対象の尿生殖器管、及び／又は対象の血流中の病原体を除菌（ｄｅｃｏｌｏｎｉｚｅ）及び／又は根絶することができる、＜１＞〜＜６６＞のいずれか一項に記載の医薬組成物。
＜６８＞
前記対象がヒトである、＜６７＞に記載の医薬組成物。
＜６９＞
前記病原体が抗生物質耐性菌（ＡＲＢ）である、＜６７＞又は＜６８＞に記載の医薬組成物。
＜７０＞
有効量の＜１＞〜＜６９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物を、投与を必要とする対象に投与することを含む、１種類又は複数種類の病原体による感染を治療する方法。
＜７１＞
前記１種類又は複数種類の病原体が、前記対象の消化管、前記対象の尿生殖器管、及び／又は前記対象の血流に感染している、＜７０＞に記載の方法。
＜７２＞
前記１種類又は複数種類の病原体が、前記対象の消化管、前記対象の尿生殖器管、及び／又は前記対象の血流に定着している、＜７０＞又は＜７１＞に記載の方法。
＜７３＞
有効量の前記医薬組成物を投与することにより、前記１種類又は複数種類の病原体を除菌（ｄｅｃｏｌｏｎｉｚｅ）し、且つ／又は前記１種類又は複数種類の病原体を根絶する、＜７０＞〜＜７２＞のいずれか一項に記載の方法。
＜７４＞
前記１種類又は複数種類の病原体は、エロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）などのバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）、クロストリディオイデス・ディフィシル（Ｃ．  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、カンピロバクター・フェタス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｅｔｕｓ）及びカンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ）などのカンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、クラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）、クラミドフィラ属（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ）、クロストリジウム・ボツリヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、及びクロストリジウム・パーフリンジェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）などのクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、カルバペネム耐性腸内細菌（Ｃａｒｂａｐｅｎｅｍ−ｒｅｓｉｓｔｅｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＣＲＥ）及び基質特異性拡張型βラクタマーゼ産生腸内細菌（Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍ  Ｂｅｔａ−Ｌａｃｔａｍａｓｅ  ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＥＳＢＬ−Ｅ）などの腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フルオロキノロン耐性腸内細菌（ｆｌｕｏｒｏｑｕｉｎｏｌｏｎｅ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、バンコマイシン耐性腸球属菌（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、基質特異性拡張型βラクタマーゼ耐性腸球菌（ｅｘｔｅｎｄｅｄ  ｓｐｅｃｔｒｕｍ  ｂｅｔａ−ｌａｃｔａｍ  ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ、ＥＳＢＬ）、及びバンコマイシン耐性腸球菌（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ、ＶＲＥ）などの腸球菌属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸管凝集性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏａｇｇｒｅｇａｔｉｖｅ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、腸管出血性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｈｅｍｏｒｒｈａｇｉｃ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、腸管侵入性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｉｎｖａｓｉｖｅ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、腸管病原性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ  Ｅ．  ｃｏｌｉ）、毒素原性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｇｅｎｉｃ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（限定されるものではないがＬＴ及び／又はＳＴなど））、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７：Ｈ７）、及び多剤耐性大腸菌などのエシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）、ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌ��ｓ）、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ）などのヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、クレブシエラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）及び多剤耐性クレブシエラ菌などのクレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、レジオネラ属（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｙｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）などのリステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）、モルガネラ属（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ）、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、マイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、オリエンティア属（Ｏｒｉｅｎｔｉａ）、プレシオモナス・シゲロイデス（Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ  ｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ）、抗生物質耐性プロテオバクテリア属（Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、パラチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｐａｒａｔｙｐｈｉ）、サルモネラ属菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、及びチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ）などのサルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ）などのシゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）及びスタフィロコッカス属菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）などのスタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ）、腸炎ビブリオ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ビブリオ属菌（Ｖｉｂｒｉｏ  ｓｐｐ．）、及びビブリオ・バルニフィカス（Ｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ）などのビブリオ属（Ｖｉｂｒｉｏ）、及びエルシニア・エンテロコリチカ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）などのエルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）のうちの１種類又は複数種類を含む、＜７０＞〜＜７３＞のいずれか一項に記載の方法。
＜７５＞
前記１種類又は複数種類の病原体の少なくとも１つが抗生物質耐性菌（ＡＲＢ）である、＜７０＞〜＜７４＞のいずれか一項に記載の方法。
＜７６＞
前記ＡＲＢが抗生物質耐性プロテオバクテリア（Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ  Ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、ＶＲＥ）、カルバペネム耐性腸内細菌（Ｃａｒｂａｐｅｎｅｍ  Ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＣＲＥ）、フルオロキノロン耐性腸内細菌（ｆｌｕｏｒｏｑｕｉｎｏｌｏｎｅ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、又は基質特異性拡張型βラクタマーゼ産生腸内細菌（Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍ  Ｂｅｔａ−Ｌａｃｔａｍａｓｅ  ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＥＳＢＬ−Ｅ）である、＜７５＞に記載の方法。
＜７７＞
前記対象が、抗がん治療薬及び／又は抗がん療法を受けた又は受けている、＜７０＞〜＜７６＞のいずれか一項に記載の方法。
＜７８＞
前記抗がん療法が、手術、放射線療法、化学療法、及び／又は標的療法を含む、＜７７＞に記載の方法。
＜７９＞
前記化学療法がホルモン療法である又は前記標的療法が免疫療法である、＜７８＞に記載の方法。
＜８０＞
前記対象が、腸内細菌叢異常によって引き起こされる抗がん療法の副作用を患っている、＜７７＞〜＜７９＞のいずれか一項に記載の方法。
＜８１＞
前記細菌混合物が、前記抗がん治療薬の副作用及び／又は抗がん療法の副作用を低減、治療、又は予防する、＜８０＞に記載の方法。
＜８２＞
有効量の＜１＞〜＜６９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物を、投与を必要とする対象に投与することを含む、１種類又は複数種類の病原体による感染を予防する方法。
＜８３＞
前記１種類又は複数種類の病原体は、前記対象の消化管、前記対象の尿生殖器管、及び／又は前記対象の血流にはまだ感染してない、＜８２＞に記載の方法。
＜８４＞
有効量の前記医薬組成物を投与することにより感染が予防される、＜８２＞又は＜８３＞に記載の方法。
＜８５＞
有効量の前記医薬組成物を投与することにより、前記１種類又は複数種類の病原体の定着が防止される、＜８２＞〜＜８４＞のいずれか一項に記載の方法。
＜８６＞
前記１種類又は複数種類の病原体は、前記対象の消化管に感染しているが、前記対象の尿生殖器管及び／又は前記対象の血流にはまだ感染していない、＜８２＞に記載の方法。
＜８７＞
前記１種類又は複数種類の病原体が、前記対象の消化管に定着しているが、前記対象の尿生殖器管及び／又は前記対象の血流にはまだ定着していない、＜８６＞に記載の方法。
＜８８＞
有効量の前記医薬組成物を投与することにより、前記１種類又は複数種類の病原体による感染を予防し、且つ／又は前記１種類又は複数種類の病原体の定着を防止する、＜８６＞又は＜８７＞に記載の方法。
＜８９＞
前記対象が、前記１種類又は複数種類の病原体が感染又は定着している対象と直接的又は間接的に接触している、＜８２＞〜＜８８＞のいずれか一項に記載の方法。
＜９０＞
前記１種類又は複数種類の病原体は、エロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）などのバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、バークホルデリア属（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）、クロストリディオイデス・ディフィシル（Ｃ．  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、カンピロバクター・フェタス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｅｔｕｓ）及びカンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ）などのカンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、クラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）、クラミドフィラ属（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ）、クロストリジウム・ボツリヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、及びクロストリジウム・パーフリンジェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）などのクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ）、エーリキア属（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ）、カルバペネム耐性腸内細菌（Ｃａｒｂａｐｅｎｅｍ−ｒｅｓｉｓｔｅｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＣＲＥ）及び基質特異性拡張型βラクタマーゼ産生腸内細菌（Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍ  Ｂｅｔａ−Ｌａｃｔａｍａｓｅ  ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＥＳＢＬ−Ｅ）などの腸内細菌（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フルオロキノロン耐性腸内細菌（ｆｌｕｏｒｏｑｕｉｎｏｌｏｎｅ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、バンコマイシン耐性腸球属菌（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、基質特異性拡張型βラクタマーゼ耐性腸球菌（ｅｘｔｅｎｄｅｄ  ｓｐｅｃｔｒｕｍ  ｂｅｔａ−ｌａｃｔａｍ  ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ、ＥＳＢＬ）、及びバンコマイシン耐性腸球菌（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｉ、ＶＲＥ）などの腸球菌属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、腸管凝集性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏａｇｇｒｅｇａｔｉｖｅ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、腸管出血性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｈｅｍｏｒｒｈａｇｉｃ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、腸管侵入性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｉｎｖａｓｉｖｅ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、腸管病原性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｐａｔｈｏｇｅｎｉｃ  Ｅ．  ｃｏｌｉ）、毒素原性大腸菌（ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｇｅｎｉｃ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（限定されるものではないがＬＴ及び／又はＳＴなど））、大腸菌Ｏ１５７：Ｈ７（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７：Ｈ７）、及び多剤耐性大腸菌などのエシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）、ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌ��ｓ）、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ）などのヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、クレブシエラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）及び多剤耐性クレブシエラ菌などのクレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、レジオネラ属（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）、レプトスピラ属（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｙｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）などのリステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）、モルガネラ属（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ）、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、マイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、オリエンティア属（Ｏｒｉｅｎｔｉａ）、プレシオモナス・シゲロイデス（Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ  ｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ）、抗生物質耐性プロテオバクテリア属（Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、パラチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｐａｒａｔｙｐｈｉ）、サルモネラ属菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、及びチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ）などのサルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ）などのシゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）及びスタフィロコッカス属菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）などのスタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ）、腸炎ビブリオ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ビブリオ属菌（Ｖｉｂｒｉｏ  ｓｐｐ．）、及びビブリオ・バルニフィカス（Ｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ）などのビブリオ属（Ｖｉｂｒｉｏ）、及びエルシニア・エンテロコリチカ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）などのエルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）のうちの１種類又は複数種類を含む、＜８２＞〜＜８９＞のいずれか一項に記載の方法。
＜９１＞
前記１種類又は複数種類の病原体の１つ以上が抗生物質耐性菌（ＡＲＢ）である、＜８２＞〜＜９０＞のいずれか一項に記載の方法。
＜９２＞
前記ＡＲＢが抗生物質耐性プロテオバクテリア（Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、バンコマイシン耐性腸球菌（Ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ  Ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、ＶＲＥ）、カルバペネム耐性腸内細菌（Ｃａｒｂａｐｅｎｅｍ  Ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＣＲＥ）、フルオロキノロン耐性腸内細菌（ｆｌｕｏｒｏｑｕｉｎｏｌｏｎｅ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、又は基質特異性拡張型βラクタマーゼ産生腸内細菌（Ｅｘｔｅｎｄｅｄ  Ｓｐｅｃｔｒｕｍ  Ｂｅｔａ−Ｌａｃｔａｍａｓｅ  ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ  Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、ＥＳＢＬ−Ｅ）である、＜９１＞に記載の方法。
＜９３＞
前記投与を必要とする対象が、抗がん治療薬及び／又は抗がん療法を受けた、受けている、又は将来受ける、＜８２＞〜＜９１＞のいずれか一項に記載の方法。
＜９４＞
前記抗がん療法が、手術、放射線療法、化学療法、及び／又は標的療法を含む、＜９３＞に記載の方法。
＜９５＞
前記化学療法がホルモン療法である、又は、前記標的療法が免疫療法である、＜９４＞に記載の方法。
＜９６＞
前記投与を必要とする対象が、腸内細菌叢異常によって引き起こされる抗がん療法の副作用を患っている、＜９３＞〜＜９５＞のいずれか一項に記載の方法。
＜９７＞
前記細菌混合物が、前記抗がん治療薬の副作用及び／又は抗がん療法の副作用を低減、治療、又は予防する、＜９６＞に記載の方法。
＜９８＞
前記対象が慢性腎臓病若しくはがんを有し、且つ／又は臓器移植を受けた、＜７０＞〜＜９２＞のいずれか一項に記載の方法。
＜９９＞
前記対象が、外来患者である、入院している、及び／又は長期介護施設にいる、＜７０＞〜＜９３＞のいずれか一項に記載の方法。
＜１００＞
前記投与を必要とする対象が、血流感染（ＢＳＩ）、カテーテル又は血管内ライン感染（例えば、中心静脈カテーテル感染）、慢性炎症性疾患、髄膜炎、呼吸器関連肺炎などの肺炎、皮膚及び軟部組織の感染、手術部位感染、尿路感染（例えば、抗生物質耐性尿路感染又はカテーテル関連尿路感染）、創傷感染、及び／又はその他の公知の感染（抗生物質耐性感染症でも抗生物質感受性感染症でもよい）を有するか、又はそのリスクを有する、＜７０＞〜＜９４＞のいずれか一項に記載の方法。
＜１０１＞
有効量の＜１＞〜＜６９＞のいずれか一項に記載の医薬組成物を、投与を必要とする対象に投与することを含む、抗がん治療薬及び／又は抗がん療法の有効性を高める方法。
＜１０２＞
前記抗がん療法が、手術、放射線療法、化学療法、及び／又は標的療法を含む、＜１０１＞に記載の方法。
＜１０３＞
前記医薬組成物が、前記抗がん治療薬及び／又は前記抗がん療法の後に投与される、＜１０１＞又は＜１０２＞に記載の方法。
＜１０４＞
前記医薬組成物が、前記抗がん治療薬及び／又は前記抗がん療法の前に投与される、＜１０１＞又は＜１０２＞に記載の方法。
＜１０５＞
前記医薬組成物が、前記抗がん治療薬及び／又は前記抗がん療法と同時に投与される、＜１０１＞又は＜１０２＞に記載の方法。
＜１０６＞
前記抗がん療法がチェックポイント分子を指向した標的療法であり、前記対象が前記チェックポイント分子を指向した前記治療に不応性及び／又は非応答性である、＜１０２＞〜＜１０５＞のいずれか一項に記載の方法。
＜１０７＞
前記チェックポイント分子を指向した前記治療が、キイトルーダ（ペンブロリズマブ）、オプジーボ（ニボルマブ）、ヤーボイ（イピリムマブ）、テセントリク（アテゾリズマブ）、バベンチオ（アベルマブ）、又はイミフィンジ（デュルバルマブ）の投与を含む、＜１０６＞に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
消化管疾患を処置するための医薬組成物に組み込むための細菌株を選択すること、ここで前記細菌株はヒトドナーの糞便に由来する細菌株であり、前記細菌株は前記消化管疾患を有する一人又はそれ以上の患者に投与された場合に治療上有効な結果をもたらした微生物組成物における前記細菌株の存在に基づいて選択される；及び
前記細菌株を前記医薬組成物に組み込むこと、
を含む医薬組成物の製造方法。
【請求項２】
前記微生物組成物が、前記ヒトドナーの糞便に由来する糞便細菌を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記投与より前に回収された前記一人又はそれ以上の患者の糞便に較べ、前記ヒトドナーの糞便において、前記細菌株が豊富である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ヒトドナーの糞便において前記細菌株が５倍以上豊富である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
第二の患者の糞便よりも前記ヒトドナーの糞便において前記細菌株が豊富であり、
前記第二の患者の糞便に由来する糞便細菌を含む第二の微生物組成物を前記一人又はそれ以上の患者に投与しても前記治療上有効な結果はもたらされない、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ヒトドナーの糞便において前記細菌株が５倍以上豊富である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記消化管疾患を処置する分泌産物の、前記細菌株による産生に基づいて、前記細菌株がさらに選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記分泌産物が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記ＳＣＦＡがギ酸、酢酸、プロピオン酸、酪酸、イソ酪酸、吉草酸、イソ吉草酸、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記細菌株がOdoribacter、Faecalibacterium、Alistipes、Bacteroides、Eubacterium、Roseburia、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される属のメンバーである、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記細菌株を前記医薬組成物に組み込むことが、前記細菌株をカプセル化することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記消化管疾患が炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記細菌株が、表５に記載の操作的分類単位（ＯＴＵ）のいずれか１つ及び／又は表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
消化管疾患を処置するための医薬組成物に組み込むための細菌株を選択すること、ここで前記細菌株はヒトドナーの糞便に由来する細菌株であり、前記細菌株は、前記細菌株を含む微生物組成物を投与された一人又はそれ以上の患者の腸において前記細菌株が豊富となることに基づいて選択される；及び
前記細菌株を前記医薬組成物に組み込むこと、
を含む医薬組成物の製造方法。
【請求項１５】
前記微生物組成物が、前記ヒトドナーの糞便に由来する糞便細菌を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記消化管疾患を処置する分泌産物の、前記細菌株による産生に基づいて、前記細菌株がさらに選択される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記分泌産物が短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記細菌株がOdoribacter、Faecalibacterium、Alistipes、Bacteroides、Eubacterium、Roseburia、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される属のメンバーである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
前記消化管疾患が炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である、請求項１４に記載の方法。
【請求項２０】
前記細菌株が、表５に記載の操作的分類単位（ＯＴＵ）のいずれか１つ及び／又は表６に記載される属のいずれか１つのＯＴＵの１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列に対して９７％超の同一性を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列を含む、請求項１４に記載の方法。