【手続補正書】
【提出日】令和3年10月26日(2021.10.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
疾患を有する対象において疾患状態に特徴的なT細胞集団を同定する方法であって、該方法が、
（ａ）対象からのT細胞を含む試料を得る段階と、
（ｂ）前記疾患を有する対象からのT細胞において、1つまたは複数のT細胞系統特異的マーカーまたはT細胞系統特異的マーカーの組み合わせ、および1つまたは複数のTEX特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの組み合わせ、を含むマーカーのパネルの発現を測定する段階と、
（ｃ）該マーカーのパネルの発現を、T細胞を含む対照試料におけるマーカーの同じパネルの発現と比較する段階と、
（ｄ）疾患に特徴的な1つまたは複数のT細胞集団を同定する段階であって、該疾患に特徴的なT細胞集団が、T細胞を含む対照試料において同じ1つまたは複数のマーカーを発現するT細胞の数と比較して、疾患を有する対象からのT細胞におけるパネルにおける1つまたは複数のマーカーの発現が上方制御または下方制御されている、より多数のT細胞を含む、段階と、
を含む、方法。
【請求項２】
前記疾患状態に特徴的なT細胞集団が疲弊したT細胞（TEX）集団である、請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記対象からのT細胞を含む試料が、血液、腹水、胸水、リンパ液、粘液、気管支肺胞洗浄液、または組織を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記対象からのＴ細胞を含む試料が、ＣＤ８＋Ｔ細胞、腫瘍関連リンパ球（ＴＡＬ）、または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記T細胞系統特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの1つまたは複数の組み合わせが、2、3、4、または5のT細胞系統特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記疾患状態に特徴的なT細胞集団が疲弊したT細胞（TEX）集団であり、前記1つまたは複数のT細胞系統特異的マーカーまたはT細胞系統特異的マーカーの組み合わせ、および1つまたは複数のTEX特異的マーカーまたはマーカーの組み合わせが、CD45RA+、PD-1-/CD127-、Tim-3MMI、LAG-3MMI、TCF1MMI、CCR7+、CD45RA+/CD27+、CD73+、CD27+、CD28+、CD26+、CD7MMI、CD127+、PD-1-/CD127+、Helios+、CD16+、Perforin+、CD57+、Granzyme B+(GzmB+)、T-bet+、Granzyme K+(GzmK+)、PD-1+/CXCR5+、CXCR5+、CD160+、TIGIT+、Eomesodermin+(Eomes+)、2B4+、KLRG1+、Granzyme M+(GzmM+)、PD-1+/2B4+/CD160+、PD-1+/2B4+、PD-1+/Eomes+、CD45RO+、PD-1+、PD-1+/CD127-、PD-1+/CD127+、CD200RMMI、CD103+、CTLA-4+、PD-1+/CTLA-4+、CD38+/CD39+、Ki67+、PD-1+/CD39+、HLA-DRMMI、CD38+、TOXMMI、CD39+、CD36+、およびPtger2MMIからなる群から選択され、かつ、前記マーカーまたはマーカーの組み合わせの発現が、発現の増加を示す（＋）および発現の減少を示す（−）を用いる手動のゲーティングにより、または中央金属強度（median metal intensity）（MMI）により評価される、請求項２、３、４、または５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記疾患状態に特徴的なT細胞集団が疲弊したT細胞（TEX）集団であり、前記１つまたは複数のＴ細胞系統特異的マーカーまたはＴ細胞系統特異的マーカーの組み合わせが、CD27+、CD45RA+、CCR7+、およびCD103+からなる群から選択され、かつ、前記1つまたは複数のTEX特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの組み合わせが、CTLA-4+、CD7+、CD73-、CD127-、CD39+、GzmK+、XCL1+、Helios+、PD-1+、CCR7-、IL-21+、TCF1-、CXCL10+、Eomes+、Amphiregulin+(Areg+)、CD38+、TOX+、TIGIT+、CXCR5+、2B4+、IL-10+、LAG-3+、およびPtger2+からなる群から選択され、かつ、前記マーカーまたはマーカーの組み合わせの発現が、発現の増加を示す（+）および発現の減少を示す（-）を用いる手動のゲーティングにより評価される、請求項２、３、４、または５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記パネルが、2B4、CCR7、CD103、CD127、CD16、CD160、CD200R、CD26、CD27、CD28、CD36、CD38、CD45RA、CD57、CD7、CD73、CTLA-4、CXCR5、Eomes、GzmB、GzmK、GzmM、Helios、HLA-DR、Ki67、KLRG1、LAG-3、PD-1、Perforin、PTGER2、T-bet、TCF-1、TIGIT、TIM-3、TOX、2B4/CD160/TIGIT、CD160/TIGIT、CD38/39、CD45RA/CD27、PD-1/CD127、PD-1/CD39、およびPD-1/Eomesからなる群から選択される少なくとも３つのマーカーまたはマーカーの組み合わせを含む、請求項５に記載の疾患状態に特徴的なT細胞集団を同定する方法。
【請求項９】
前記パネルが、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10のマーカーまたはマーカーの組み合わせを含む、または、前記パネルが、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、または少なくとも20のマーカーまたはマーカーの組み合わせを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記マーカーのパネルが、
（ａ）PD-1+/CD39+、CD38+/CD39+、GzmK+、TIGIT+、TCF1+、2B4+、CD160+、CD7、Helios、CD103、Ptger2+、CTLA-4+、Tim-3+、LAG-3+;
（ｂ）PD-1+、CD160+、TIGIT+、2B4+、CXCR5+、GzmK+、CD27+、TCF1+;
（ｃ）CD38+/CD39+、CD16+、CXCR5+、Helios+、PD-1+/CD39+、CTLA-4-、2B4-、TIGIT-、CD160-、CD7+、Ptger2+;
（ｄ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、CD16+、Perforin+、CD57+、CD38+/CD39-、T-bet+、GzmK-;
（ｅ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、GzmK+;
（ｆ）PD-1+、PD-1+/CD39+、CD39+、Ki67+、CD38+/CD39+、CTLA-4+、CD103+、CD200R+、Tim-3+、Lag-3+、CD28+;
（ｇ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、CD38+、GzmK+、Ki67+、HLA-DR+、CXCR5+、PD-1+/CD39+;
（ｈ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、GzmK-;
（ｉ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Helios+、CD16+、Perforin+、CD57+、PD-1++、Ki67;
（ｊ）TIGIT+、Eomes+、GzmB-、CD160+、2B4+、T-bet+、Toxint; および
（ｋ）TIGIT+、Eomes+、GzmB+、CD160+、2B4+、T-bet+、Tox+、CD16+、CD57+、Perforin+
からなる群から選択されるマーカーのセットを含み、
該マーカーまたはマーカーの組み合わせの発現が、増加した発現を示す（+）、（++）、または（+++）、中間の発現を示す（int）、および、減少した発現を示す（-）を用いる手動のゲーティングによって評価される、請求項６または９に記載の方法。
【請求項１１】
前記疾患状態に特徴的なT細胞集団が疲弊したT細胞（TEX）集団であり、かつ、前記方法が疾患を有する対象において疾患の進行を監視するための方法であり、該方法が、
（ｅ）段階（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）を1つまたは複数の後続の時点で繰り返す段階と、
（ｆ）前記対象からのT細胞を含む第２の試料または後の試料が、該対象からのT細胞を含む第１の試料または前の試料よりも、前記疾患に特徴的なTEX集団において、より多数の細胞を含む場合に、疾患が進行していると決定する段階と、
（ｇ）前記対象からのT細胞を含む第２の試料または後の試料が、該対象からのT細胞を含む第１の試料または前の試料よりも、前記疾患に特徴的なTEX集団において、より少数の細胞を含む場合に、疾患が進行していないと決定する段階と、
をさらに含む、請求項２、３、または４に記載の方法。
【請求項１２】
前記疾患が、急性ウイルス感染症または慢性ウイルス感染症であり、好ましくは、前記疾患が、急性ウイルス感染症であり、より好ましくは、前記急性ウイルス感染症が、インフルエンザウイルスによる感染症を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記疾患が、慢性ウイルス感染症であり、好ましくは、前記慢性ウイルス感染症が、サイトメガロウイルス（CMV）またはヒト免疫不全ウイルス（HIV）感染による感染症を含み、より好ましくは、前記慢性ウイルス感染症が、HIVによるものであり、前記対象が抗レトロウイルス療法（ART）で処置中である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記感染症が、インフルエンザウイルスによる感染症を含む急性ウイルス感染症である請求項１２に記載の方法、または前記慢性ウイルス感染症がHIVによるものであり、かつ前記対象が抗レトロウイルス療法（ART）で処置中である請求項１３に記載の方法であって、前記マーカーのパネルが、少なくとも1セットの、
（ａ）PD-1+/CD39+、CD38+/CD39+、GzmK+、TIGIT+、TCF1+、2B4+、CD160+、CD7+、Helios+、CD103+、Ptger2+、CTLA-4+、Tim-3+、およびLAG-3+;
（ｂ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、CD16+、Perforin+、CD57+、CD38+/CD39-、T-bet+、およびGzmK-;
（ｃ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Helios+、CD16+、Perforin+、CD57+、PD-1++、Ki67;
（ｄ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、CD38+、GzmK+、Ki67+、HLA-DR+、CXCR5+、およびPD-1+/CD39+
からなる群から選択される、TEX細胞の1つまたは複数の疾患関連集団（DAT）に特徴的な、T細胞系統特異的マーカーまたはT細胞系統特異的マーカーの組み合わせ、および、TEX特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの組み合わせ、を含み、かつ、
前記マーカーのパネルが、少なくとも1セットの、
（ｅ）TIGIT+、Eomes+、GzmB+、CD160+、2B4+、T-bet+、Tox+、CD16+、CD57+、Perforin+;
（ｆ）PD-1+、CD160+、TIGIT+、2B4+、CXCR5+、GzmK+、CD27+、TCF1+; および
（ｇ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、GzmK+
からなる群から選択される、TEX細胞の1つまたは複数の健康関連集団（HAT）に特徴的な、T細胞系統特異的マーカーまたはT細胞系統特異的マーカーの組み合わせ、および、TEX特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの組み合わせ、をさらに含む、
方法。
【請求項１５】
ＨＡＴに対するＤＡＴの比率を計算する段階をさらに含み、好ましくは、ＨＡＴに対するＤＡＴの比率が、対象からのＴ細胞を含む第２の試料または後の試料において増加する場合に、疾患が進行しており、ＨＡＴに対するＤＡＴの比率が、対象からのT細胞を含む第２の試料または後の試料において減少する場合に、疾患が進行していない、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
対象のT細胞の疲弊状態を決定する方法であって、該方法が、
（ａ）対象からのT細胞を含む試料を得る段階と、
（ｂ）該T細胞を刺激または活性化する段階と、
（ｃ）T細胞による、IFNγ、TNFα、IL-2、IL-10、IL-21、CCL3、CCL4、XCL1、およびアンフィレギュリンからなる群から選択される１つまたは複数のサイトカインおよび1つまたは複数のケモカインの生産を測定する段階と、
（ｄ）次式：
FES=[(2×(%IFN+TNF-)-(%IFN-TNF+)-(%IL-2+))×(%CCL3/4+)]
（式中、「%IFN+TNF-」は、TNFαではなくIFNγを産生するT細胞の割合（％）を示し、「%IFN-TNF+」は、IFNγではなくTNFαを産生するT細胞の割合（％）を示し、「%IL-2+」は、IL-2を産生するT細胞の割合（％）を示し、「%CCL3/4+」は、CCL3および／またはCCL4を産生する細胞の割合（％）を示す）
のとおり機能疲弊スコア（FES）を計算する段階と、
（ｅ）対象のT細胞の疲弊状態を決定する段階であって、FES> 0は対象のT細胞が疲弊していることを示し、FESが高いほど対象のT細胞の疲弊の程度が増加していることを示す、段階と、
を含む、方法。
【請求項１７】
前記対象からのＴ細胞を含む試料が、血液、腹水、胸水、リンパ液、粘液、気管支肺胞洗浄液、または組織を含み、好ましくは、前記対象からのＴ細胞を含む試料が、ＣＤ８＋Ｔ細胞、腫瘍関連リンパ球、または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
疾患を有する対象において疾患の進行を監視する方法であって、該方法が、
（ａ）前記対象からのT細胞を含む試料を得る段階と、
（ｂ）請求項１６に記載の方法により該対象のT細胞の疲弊状態を決定する段階と、
（ｃ）段階（ａ）および（ｂ）を1つまたは複数の後続の時点で繰り返す段階と、
（ｄ）前記対象からのT細胞を含む第２の試料または後の試料が、該対象からのT細胞を含む第１の試料または前の試料と比較して増加したFESを含む場合に、疾患が進行していると決定する段階、または
（ｅ）前記対象からのT細胞を含む第２の試料または後の試料が、該対象からのT細胞を含む第１の試料または前の試料と比較して減少したFESを含む場合に、疾患が進行していないと決定する段階と、
を含む、方法。
【請求項１９】
前記疾患が、癌、ウイルス感染症、細菌感染症、および寄生体感染症からなる群から選択され、好ましくは、前記疾患がウイルス感染症であり、より好ましくは、前記ウイルス感染症が、肝炎ウイルス、ヘルペスウイルス、ポリオーマウイルス、アネロウイルス、アデノウイルス、レトロウイルス、およびインフルエンザウイルスからなる群から選択されるウイルスによるものである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記ウイルスが、
（ｉ）A型肝炎ウイルス（HAV）、B型肝炎ウイルス（HBV）、C型肝炎ウイルス（HCV）、D型肝炎ウイルス（HDV）、E型肝炎ウイルス（HEV）、GB肝炎ウイルスA（GBV-A）、GB肝炎ウイルスB（GBV-B）、およびGB肝炎ウイルスC（GBV-C）からなる群から選択される肝炎ウイルスである、
（ｉｉ）アルファヘルペスウイルス、単純ヘルペスウイルス1型（HSV1）、単純ヘルペスウイルス2型（HSV2）、水痘帯状疱疹ウイルス（VZV）、ベータヘルペスウイルス、サイトメガロウイルス（CMV）、ヒトヘルペスウイルス6、ヒトヘルペスウイルス7、ガンマヘルペスウイルス、エプスタインバーウイルス（EBV）、およびヒトヘルペスウイルス8からなる群から選択されるヘルペスウイルスである、
（ｉｉｉ）BKウイルス（BKV）、JCウイルス（JCV）、KIポリオーマウイルス（KIPyV）、WUウイルス（WUPyV）、メルケル細胞ポリオーマウイルス（MCPyV）、ヒトポリオーマウイルス6（HPyV6）、ヒトポリオーマウイルス7（HPyV7）、毛髪異形成棘状ウイルス（trichodysplasia spinulosa virus：TSPyV）、ヒトポリオーマウイルス9（HPyV9）、およびMWウイルス（MWPyV）からなる群から選択されるポリオーマウイルスである、
（ｉｖ）アデノウイルス血清型A、アデノウイルス血清型B、アデノウイルス血清型C、アデノウイルス血清型D、アデノウイルス血清型E、アデノウイルス血清型F、およびアデノウイルス血清型Gからなる群から選択されるアデノウイルスである、
（ｖ）アルファレトロウイルス、ベータレトロウイルス、ガンマレトロウイルス、デルタレトロウイルス、イプシロンレトロウイルス、レンチウイルス、およびスプマウイルスからなる群から選択されるレトロウイルスである、好ましくは、前記レトロウイルスが、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）およびウマ伝染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）からなる群から選択されるレンチウイルスであるか、または、
（ｖｉ）インフルエンザウイルスA、インフルエンザウイルスB、インフルエンザウイルスC、およびインフルエンザウイルスDからなる群から選択されるインフルエンザウイルスである、
請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記疾患が、
（ｉ）結核菌（Mycobacterium tuberculosis；ＭＴＢ）、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）、化膿連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）、ボツリヌス菌（Clostridium botulinum）、カンピロバクター・ジェジュニ（Campylobacter jejuni）、大腸菌（Escherichia coli）、リステリア菌（Listeria monocytogenes）、サルモネラ・エンテリカ（Salmonella enterica）、サルモネラ・ボンゴリ（Salmonella bongori）、およびコレラ菌（Vibrio cholerae）からなる群から選択される細菌感染症であるまたは、
（ｉｉ）原生動物および蠕虫からなる群から選択される寄生体感染症である、好ましくは、前記原生動物が、アカントアメーバ種（Acanthamoeba spp.）、バラムチア・マンドリラリス（Balamuthia mandrillaris）、ブラストシスチス種（Blastocystis spp.）、クリプトスポリジウム種（Cryptosporidium spp.）、二核アメーバ（Dientamoeba fragilis）、エントアメーバ・ヒストリチカ（Entamoeba histolytica）、ジアルジア・ランブリア（Giardia lamblia）、リーシュマニア種（Leishmania spp.）、ネグレリア・フォーレリ（Naegleria fowleri）、熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）、三日熱マラリア原虫（Plasmodium vivax）、卵形マラリア原虫（Plasmodium ovale）、四日熱マラリア原虫（Plasmodium malariae）、二日熱マラリア原虫（Plasmodium knowlesi）、トキソプラズマ・ゴンディ（Toxoplasma gondii）、トリコモナス・ヴァギナリス（Trichomonas vaginalis）、トリパノソーマ・ブルセイ（Trypanosoma bruceii）、およびトリパノソーマ・クルジ（Trypanosoma cruzi）からなる群から選択され、前記蠕虫が、条虫、吸虫、および回虫からなる群から選択される、
請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記疾患が癌であり、好ましくは、前記癌が、免疫チェックポイント阻害剤での治療に対して応答性である、または、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）を示す、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
前記免疫チェックポイント阻害剤での治療に対して応答性の癌が、切除不能な黒色腫、転移性黒色腫、ステージIII黒色腫、転移性非小細胞肺癌（NSCLC）、NSCLC、頭頸部の再発性扁平上皮がん（SCCHN）、転移性腎細胞がん（RCC）、尿路上皮がん、肝細胞がん（HCC）、膀胱がん、結腸直腸がん、卵巣がん、および内皮がんからなる群から選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
疲弊したT細胞のエピジェネティックなフットプリント特性を同定するための方法であって、該方法が、
（ａ）疲弊したT細胞（TEX）を含む試料および活化された（invigorated）（すなわち、正常な、疲弊していない）T細胞を含む対照試料を得る段階と、
（ｂ）両方の試料においてオープンクロマチン領域（OCR）を同定する段階と、
（ｃ）TEXにおいて同定されたOCRを、活化されたT細胞において同定されたOCRと比較する段階と、
を含み、前記TEXのエピジェネティックなフットプリント特性が、TEXに存在し対照T細胞には存在しない１つまたは複数のOCRを含む、方法。
【請求項２５】
前記OCRが、（ａ）ATAC-seqライブラリーを作製し、（ｂ）qPCRを実行し、そして、（ｃ）配列決定すること、によって同定される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
患者において疲弊したＴ細胞を検出するための方法であって、該方法が、OCRフットプリントを検出する段階を含み、該OCRフットプリントが、疲弊したＴ細胞と相関する、方法。
【請求項２７】
前記患者からのT細胞における前記OCRフットプリントが、該患者からの前記T細胞の集団からのクロマチンライブラリーに対して定量的PCR（qPCR）を行うことを含む方法によって決定され、該方法が、好ましくは、前記qPCRの増幅産物に対してハイスループットアレイベースの試験を行う段階をさらに含む、または多遺伝子座qPCR試験を行う段階をさらに含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
患者において疾患を治療するための方法における使用のための、再活化された、先の請求項のいずれか一項に記載の方法により患者において検出された疲弊したT細胞。
【請求項２９】
前記Ｔ細胞が、患者またはＴ細胞に薬物を投与することにより、または、Ｔ細胞のゲノム操作により、再活化される、請求項２８に記載の方法の使用のための再活化された疲弊したT細胞。
【請求項３０】
（ａ）前記薬物が5-アザシチジン（Aza）、ゼブラリン、DNMT1阻害剤、たとえば、RG108、BETファミリータンパク質阻害剤、たとえば、I-BET726（BET726の阻害剤）、ヒストンアセチラーゼ（HAT）阻害剤、たとえば、クルクミン、ガルシノール、もしくはアナカルジアック酸、PCAFおよびp300を阻害するイソチオゾロン、Lys-CoA、C464、ヒストンメチル化阻害剤、たとえば、3-デアゼパノクリンA（DZNep）、HDAC阻害剤、たとえば、アミノスベロイルヒドロキサム酸、スベラニロヒドロキサム酸（SAHA、商品名Vorinostat）、またはACY-1215（HDAC6の阻害剤）である、または
（ｂ）前記ゲノム操作が、エピジェネティック経路における遺伝子をノックアウトすること、エピジェネティック経路における遺伝子をノックインすること、エピジェネティック経路におけるタンパク質コード遺伝子の機能を改変すること、エピジェネティックレギュレーターの発現を制御する位置における非コーディングゲノムを標的とすること、を含み、好ましくは、前記ゲノム編集が、CRISPR/Cas9ターゲティングを介して行われる、
請求項２９に記載の使用のための再活化された疲弊したT細胞。
【請求項３１】
患者において疾患を治療するための方法における使用のための、操作されたＴ細胞であって、該方法が、請求項２６〜２７のいずれか一項に記載の方法により患者における疲弊したＴ細胞を同定する段階を含み、ここで、高優先度のエピジェネティック経路が同定され、Ｔ細胞が操作され、ここで、該高優先度のエピジェネティック経路が標的とされ、そして、該操作されたT細胞が患者に投与されるものである、該操作されたＴ細胞。
【請求項３２】
患者において疲弊したＴ細胞を検出するための方法であって、該方法が、OCRパネルを含むオープンクロマチン領域（OCR）アッセイを用いて、対照T細胞と比較して疲弊したT細胞に特有のOCRフットプリントを同定する段階を含み、好ましくは、前記疲弊したT細胞に特有のOCRフットプリントが、患者からの疲弊したT細胞からのクロマチンライブラリーに対してqPCRを行うこと、および、対照細胞からのクロマチンライブラリーに対してqPCRを行うことを含む方法により決定される、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２３】
患者において疲弊したＴ細胞を検出するための方法も供する。その方法は、OCRフットプリントを検出する段階を含み、ここで、該OCRフットプリントは、疲弊したＴ細胞と相関する。
[本発明1001]
疾患を有する対象において疾患状態に特徴的な疲弊したT細胞（TEX）集団を同定する方法であって、該方法が、
（ａ）対象からのT細胞を含む試料を得る段階と、
（ｂ）前記疾患を有する対象からのT細胞において、1つまたは複数のT細胞系統特異的マーカーまたはT細胞系統特異的マーカーの組み合わせ、および1つまたは複数のT細胞疲弊特異的（TEX）マーカーまたはTEX特異的マーカーの組み合わせ、を含むマーカーのパネルの発現を測定する段階と、
（ｃ）該マーカーのパネルの発現を、T細胞を含む対照試料におけるマーカーの同じパネルの発現と比較する段階と、
（ｄ）前記疾患に特徴的な1つまたは複数のTEX集団を同定する段階であって、該疾患に特徴的なTEX集団が、T細胞を含む対照試料中のマーカーのパネルにおける同じ1つまたは複数のマーカーを発現するTEX細胞の数と比較して、前記疾患を有する対象からのT細胞におけるマーカーのパネルにおける1つまたは複数のマーカーの発現が上方制御または下方制御されている、より多数のTEX細胞を含む、段階と、
を含む、方法。
[本発明1002]
前記対象からのT細胞を含む試料が、血液、腹水、胸水、リンパ液、粘液、気管支肺胞洗浄液、または組織を含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記対象からのＴ細胞を含む試料が、ＣＤ8＋Ｔ細胞、腫瘍関連リンパ球（ＴＡＬ）、または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を含む、本発明1002の方法。
[本発明1004]
前記T細胞系統特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの1つまたは複数の組み合わせが、2、3、4、または5のT細胞系統特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーを含む、本発明1001〜1003のいずれかの方法。
[本発明1005]
前記1つまたは複数のT細胞系統特異的マーカーまたはT細胞系統特異的マーカーの組み合わせ、および1つまたは複数のTEX特異的マーカーまたはマーカーの組み合わせが、CD45RA+、PD-1-/CD127-、Tim-3MMI、LAG-3MMI、TCF1MMI、CCR7+、CD45RA+/CD27+、CD73+、CD27+、CD28+、CD26+、CD7MMI、CD127+、PD-1-/CD127+、Helios+、CD16+、Perforin+、CD57+、Granzyme B+(GzmB+)、T-bet+、Granzyme K+(GzmK+)、PD-1+/CXCR5+、CXCR5+、CD160+、TIGIT+、Eomesodermin+(Eomes+)、2B4+、KLRG1+、Granzyme M+(GzmM+)、PD-1+/2B4+/CD160+、PD-1+/2B4+、PD-1+/Eomes+、CD45RO+、PD-1+、PD-1+/CD127-、PD-1+/CD127+、CD200RMMI、CD103+、CTLA-4+、PD-1+/CTLA-4+、CD38+/CD39+、Ki67+、PD-1+/CD39+、HLA-DRMMI、CD38+、TOXMMI、CD39+、CD36+、およびPtger2MMIからなる群から選択され、かつ、前記マーカーまたはマーカーの組み合わせの発現が、発現の増加を示す（＋）および発現の減少を示す（−）を用いる手動のゲーティングにより、または中央金属強度（median metal intensity）（MMI）により評価される、本発明1001、1002、1003、または1004のいずれかの方法。
[本発明1006]
前記1つまたは複数のＴ細胞系統特異的マーカーまたはＴ細胞系統特異的マーカーの組み合わせが、CD27+、CD45RA+、CCR7+、およびCD103+からなる群から選択され、かつ、前記1つまたは複数のTEX特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの組み合わせが、CTLA-4+、CD7+、CD73-、CD127-、CD39+、GzmK+、XCL1+、Helios+、PD-1+、CCR7-、IL-21+、TCF1-、CXCL10+、Eomes+、Amphiregulin+(Areg+)、CD38+、TOX+、TIGIT+、CXCR5+、2B4+、IL-10+、LAG-3+、およびPtger2+からなる群から選択され、かつ、前記マーカーまたはマーカーの組み合わせの発現が、発現の増加を示す（+）および発現の減少を示す（-）を用いる手動のゲーティングにより評価される、本発明1001、1002、1003、または1004のいずれかの方法。
[本発明1007]
1つまたは複数のT細胞系統特異的マーカーまたはT細胞系統特異的マーカーの組み合わせおよび1つまたは複数のTEX特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの組み合わせを含む前記マーカーのパネルが、
（ａ）PD-1+/CD39+、CD38+/CD39+、GzmK+、TIGIT+、TCF1+、2B4+、CD160+、CD7、Helios、CD103、Ptger2+、CTLA-4+、Tim-3+、LAG-3+;
（ｂ）PD-1+、CD160+、TIGIT+、2B4+、CXCR5+、GzmK+、CD27+、TCF1+;
（ｃ）CD38+/CD39+、CD16+、CXCR5+、Helios+、PD-1+/CD39+、CTLA-4-、2B4-、TIGIT-、CD160-、CD7+、Ptger2+;
（ｄ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、CD16+、Perforin+、CD57+、CD38+/CD39-、T-bet+、GzmK-;
（ｅ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、GzmK+;
（ｆ）PD-1+、PD-1+/CD39+、CD39+、Ki67+、CD38+/CD39+、CTLA-4+、CD103+、CD200R+、Tim-3+、Lag-3+、CD28+;
（ｇ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、CD38+、GzmK+、Ki67+、HLA-DR+、CXCR5+、PD-1+/CD39+;
（ｈ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、GzmK-;
（ｉ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Helios+、CD16+、Perforin+、CD57+、PD-1++、Ki67;
（ｊ）TIGIT+、Eomes+、GzmB-、CD160+、2B4+、T-bet+、Toxint; および
（ｋ）TIGIT+、Eomes+、GzmB+、CD160+、2B4+、T-bet+、Tox+、CD16+、CD57+、Perforin+
からなる群から選択されるマーカーのセットを含み、かつ、
該マーカーまたはマーカーの組み合わせの発現が、増加した発現を示す（+）、（++）、または（+++）、中間の発現を示す（int）、および、減少した発現を示す（-）を用いる手動のゲーティングによって評価される、本発明1005の方法。
[本発明1008]
疾患を有する対象において疾患状態に特徴的なT細胞集団を同定する方法であって、該方法が、
（ａ）対象からのT細胞を含む試料を得る段階と、
（ｂ）前記疾患を有する対象からのT細胞において、1つまたは複数のT細胞系統特異的マーカーまたはT細胞系統特異的マーカーの組み合わせ、および1つまたは複数のTEX特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの組み合わせ、を含むマーカーのパネルの発現を測定する段階と、
（ｃ）該マーカーのパネルの発現を、T細胞を含む対照試料におけるマーカーの同じパネルの発現と比較する段階と、
（ｄ）疾患に特徴的な1つまたは複数のT細胞集団を同定する段階であって、該疾患に特徴的なT細胞集団が、T細胞を含む対照試料において同じ1つまたは複数のマーカーを発現するT細胞の数と比較して、疾患を有する対象からのT細胞におけるパネルにおける1つまたは複数のマーカーの発現が上方制御または下方制御されている、より多数のT細胞を含む、段階と、
を含む、方法。
[本発明1009]
前記対象からのT細胞を含む試料が、血液、腹水、胸水、リンパ液、粘液、気管支肺胞洗浄液、または組織を含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
前記対象からのT細胞を含む試料が、ＣＤ8＋Ｔ細胞、腫瘍関連リンパ球（ＴＡＬ）、または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を含む、本発明1009の方法。
[本発明1011]
前記T細胞系統特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの1つまたは複数の組み合わせが、2、3、4、または5のT細胞系統特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーを含む、本発明1008〜1010のいずれかの方法。
[本発明1012]
前記パネルが、2B4、CCR7、CD103、CD127、CD16、CD160、CD200R、CD26、CD27、CD28、CD36、CD38、CD45RA、CD57、CD7、CD73、CTLA-4、CXCR5、Eomes、GzmB、GzmK、GzmM、Helios、HLA-DR、Ki67、KLRG1、LAG-3、PD-1、Perforin、PTGER2、T-bet、TCF-1、TIGIT、TIM-3、TOX、2B4/CD160/TIGIT、CD160/TIGIT、CD38/39、CD45RA/CD27、PD-1/CD127、PD-1/CD39、およびPD-1/Eomesからなる群から選択される少なくとも3つのマーカーまたはマーカーの組み合わせを含む、本発明1011の方法。
[本発明1013]
前記パネルが、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、または少なくとも10のマーカーまたはマーカーの組み合わせを含む、本発明1012の方法。
[本発明1014]
前記パネルが、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、または少なくとも20のマーカーまたはマーカーの組み合わせを含む、本発明1012の方法。
[本発明1015]
前記マーカーのパネルが、
（ａ）PD-1+/CD39+、CD38+/CD39+、GzmK+、TIGIT+、TCF1+、2B4+、CD160+、CD7、Helios、CD103、Ptger2+、CTLA-4+、Tim-3+、LAG-3+;
（ｂ）PD-1+、CD160+、TIGIT+、2B4+、CXCR5+、GzmK+、CD27+、TCF1+;
（ｃ）CD38+/CD39+、CD16+、CXCR5+、Helios+、PD-1+/CD39+、CTLA-4-、2B4-、TIGIT-、CD160-、CD7+、Ptger2+;
（ｄ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、CD16+、Perforin+、CD57+、CD38+/CD39-、T-bet+、GzmK-;
（ｅ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、GzmK+;
（ｆ）PD-1+、PD-1+/CD39+、CD39+、Ki67+、CD38+/CD39+、CTLA-4+、CD103+、CD200R+、Tim-3+、Lag-3+、CD28+;
（ｇ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、CD38+、GzmK+、Ki67+、HLA-DR+、CXCR5+、PD-1+/CD39+;
（ｈ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、GzmK-;
（ｉ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Helios+、CD16+、Perforin+、CD57+、PD-1++、Ki67;
（ｊ）TIGIT+、Eomes+、GzmB-、CD160+、2B4+、T-bet+、Toxint; および
（ｋ）TIGIT+、Eomes+、GzmB+、CD160+、2B4+、T-bet+、Tox+、CD16+、CD57+、Perforin+
からなる群から選択されるマーカーのセットを含み、かつ、
該マーカーまたはマーカーの組み合わせの発現が、増加した発現を示す（+）、（++）、または（+++）、中間の発現を示す（int）、および、減少した発現を示す（-）を用いる手動のゲーティングによって評価される、本発明1013または1014の方法。
[本発明1016]
疾患を有する対象において疾患の進行を監視する方法であって、該方法が、
（ａ）対象からのT細胞を含む試料を得る段階と、
（ｂ）前記疾患を有する対象からのT細胞において、1つまたは複数のT細胞系統特異的マーカーまたはT細胞系統特異的マーカーの組み合わせ、および、1つまたは複数のT細胞疲弊特異的（TEX）マーカーまたはTEX特異的マーカーの組み合わせ、を含むマーカーのパネルの発現を測定する段階と、
（ｃ）該マーカーのパネルの発現を、T細胞を含む対照試料におけるマーカーの同じパネルの発現と比較する段階と、
（ｄ）前記疾患に特徴的な1つまたは複数のTEX集団を同定する段階であって、該疾患に特徴的なTEX集団が、T細胞を含む対照試料中のマーカーのパネルにおける同じ1つまたは複数のマーカーを発現するTEX細胞の数と比較して、前記疾患を有する対象からのT細胞におけるマーカーのパネルにおける1つまたは複数のマーカーの発現が上方制御または下方制御されている、より多数のTEX細胞を含む、段階と、
（ｅ）段階（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）を1つまたは複数の後続の時点で繰り返す段階と、
（ｆ）前記対象からのT細胞を含む第2の試料または後の試料が、該対象からのT細胞を含む第1の試料または前の試料よりも、前記疾患に特徴的なTEX集団において、より多数の細胞を含む場合に、疾患が進行していると決定する段階と、
（ｇ）前記対象からのT細胞を含む第2の試料または後の試料が、該対象からのT細胞を含む第1の試料または前の試料よりも、前記疾患に特徴的なTEX集団において、より少数の細胞を含む場合に、疾患が進行していないと決定する段階と、
を含む、方法。
[本発明1017]
前記対象からのＴ細胞を含む試料が、血液、腹水、胸水、リンパ液、粘液、気管支肺胞洗浄液、または組織を含む、本発明1016の方法。
[本発明1018]
前記対象からのT細胞を含む試料が、ＣＤ8＋Ｔ細胞、腫瘍関連リンパ球、または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を含む、本発明1017の方法。
[本発明1019]
前記疾患が、急性ウイルス感染症または慢性ウイルス感染症である、本発明1016、1017、または1018のいずれかの方法。
[本発明1020]
前記疾患が、急性ウイルス感染症である、本発明1019の方法。
[本発明1021]
前記急性ウイルス感染症が、インフルエンザウイルスによる感染症を含む、本発明1020の方法。
[本発明1022]
前記疾患が、慢性ウイルス感染症である、本発明1019の方法。
[本発明1023]
前記慢性ウイルス感染症が、サイトメガロウイルス（CMV）またはヒト免疫不全ウイルス（HIV）感染による感染症を含む、本発明1022の方法。
[本発明1024]
前記慢性ウイルス感染症が、HIVによるものであり、前記対象が抗レトロウイルス療法（ART）で処置中である、本発明1023の方法。
[本発明1025]
前記マーカーのパネルが、少なくとも1セットの、
（ａ）PD-1+/CD39+、CD38+/CD39+、GzmK+、TIGIT+、TCF1+、2B4+、CD160+、CD7+、Helios+、CD103+、Ptger2+、CTLA-4+、Tim-3+、およびLAG-3+;
（ｂ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、CD16+、Perforin+、CD57+、CD38+/CD39-、T-bet+、およびGzmK-;
（ｃ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Helios+、CD16+、Perforin+、CD57+、PD-1++、Ki67;
（ｄ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、CD38+、GzmK+、Ki67+、HLA-DR+、CXCR5+、およびPD-1+/CD39+
からなる群から選択される、TEX細胞の1つまたは複数の疾患関連集団（DAT）に特徴的な、T細胞系統特異的マーカーまたはT細胞系統特異的マーカーの組み合わせ、および、TEX特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの組み合わせ、を含み、かつ、
前記マーカーのパネルが、少なくとも1セットの、
（ｅ）TIGIT+、Eomes+、GzmB+、CD160+、2B4+、T-bet+、Tox+、CD16+、CD57+、Perforin+;
（ｆ）PD-1+、CD160+、TIGIT+、2B4+、CXCR5+、GzmK+、CD27+、TCF1+; および
（ｇ）PD-1+/Eomes+、2B4+/CD160+/TIGIT+、GzmB+、Tox+、GzmK+
からなる群から選択される、TEX細胞の1つまたは複数の健康関連集団（HAT）に特徴的な、T細胞系統特異的マーカーまたはT細胞系統特異的マーカーの組み合わせ、および、TEX特異的マーカーまたはTEX特異的マーカーの組み合わせ、をさらに含む、本発明1020または1024の方法。
[本発明1026]
ＨＡＴに対するＤＡＴの比率を計算する段階をさらに含む、本発明1025の方法。
[本発明1027]
ＨＡＴに対するＤＡＴの比率が、対象からのＴ細胞を含む第2の試料または後の試料において増加する場合に、疾患が進行しており、ＨＡＴに対するＤＡＴの比率が、対象からのT細胞を含む第2の試料または後の試料において減少する場合に、疾患が進行していない、本発明1026の方法。
[本発明1028]
対象のT細胞の疲弊状態を決定する方法であって、該方法が、
（ａ）対象からのT細胞を含む試料を得る段階と、
（ｂ）該T細胞を刺激または活性化する段階と、
（ｃ）T細胞による、IFNγ、TNFα、IL-2、IL-10、IL-21、CCL3、CCL4、XCL1、およびアンフィレギュリンからなる群から選択される1つまたは複数のサイトカインおよび1つまたは複数のケモカインの生産を測定する段階と、
（ｄ）次式：
FES=[(2×(%IFN+TNF-)-(%IFN-TNF+)-(%IL-2+))×(%CCL3/4+)]
（式中、「%IFN+TNF-」は、TNFαではなくIFNγを産生するT細胞の割合（％）を示し、「%IFN-TNF+」は、IFNγではなくTNFαを産生するT細胞の割合（％）を示し、「%IL-2+」は、IL-2を産生するT細胞の割合（％）を示し、「%CCL3/4+」は、CCL3および／またはCCL4を産生する細胞の割合（％）を示す）
のとおり機能疲弊スコア（FES）を計算する段階と、
（ｅ）対象のT細胞の疲弊状態を決定する段階であって、FES> 0は対象のT細胞が疲弊していることを示し、FESが高いほど対象のT細胞の疲弊の程度が増加していることを示す、段階と、
を含む、方法。
[本発明1029]
前記対象からのＴ細胞を含む試料が、血液、腹水、胸水、リンパ液、粘液、気管支肺胞洗浄液、または組織を含む、本発明1028の方法。
[本発明1030]
前記対象からのＴ細胞を含む試料が、ＣＤ8＋Ｔ細胞、腫瘍関連リンパ球、または腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を含む、本発明1029の方法。
[本発明1031]
疾患を有する対象において疾患の進行を監視する方法であって、該方法が、
（ａ）前記対象からのT細胞を含む試料を得る段階と、
（ｂ）本発明1028の方法により該対象のT細胞の疲弊状態を決定する段階と、
（ｃ）段階（ａ）および（ｂ）を1つまたは複数の後続の時点で繰り返す段階と、
（ｄ）前記対象からのT細胞を含む第2の試料または後の試料が、該対象からのT細胞を含む第1の試料または前の試料と比較して増加したFESを含む場合に、疾患が進行していると決定する段階、または
（ｅ）前記対象からのT細胞を含む第2の試料または後の試料が、該対象からのT細胞を含む第1の試料または前の試料と比較して減少したFESを含む場合に、疾患が進行していないと決定する段階と、
を含む、方法。
[本発明1032]
前記疾患が、癌、ウイルス感染症、細菌感染症、および寄生体感染症からなる群から選択される、本発明1031の方法。
[本発明1033]
前記疾患がウイルス感染症である、本発明1032の方法。
[本発明1034]
前記ウイルス感染症が、肝炎ウイルス、ヘルペスウイルス、ポリオーマウイルス、アネロウイルス、アデノウイルス、レトロウイルス、およびインフルエンザウイルスからなる群から選択されるウイルスによるものである、本発明1033の方法。
[本発明1035]
前記ウイルスが、A型肝炎ウイルス（HAV）、B型肝炎ウイルス（HBV）、C型肝炎ウイルス（HCV）、D型肝炎ウイルス（HDV）、E型肝炎ウイルス（HEV）、GB肝炎ウイルスA（GBV-A）、GB肝炎ウイルスB（GBV-B）、およびGB肝炎ウイルスC（GBV-C）からなる群から選択される肝炎ウイルスである、本発明1034の方法。
[本発明1036]
前記ウイルスが、アルファヘルペスウイルス、単純ヘルペスウイルス1型（HSV1）、単純ヘルペスウイルス2型（HSV2）、水痘帯状疱疹ウイルス（VZV）、ベータヘルペスウイルス、サイトメガロウイルス（CMV）、ヒトヘルペスウイルス6、ヒトヘルペスウイルス7、ガンマヘルペスウイルス、エプスタインバーウイルス（EBV）、およびヒトヘルペスウイルス8からなる群から選択されるヘルペスウイルスである、本発明1034の方法。
[本発明1037]
前記ウイルスが、BKウイルス（BKV）、JCウイルス（JCV）、KIポリオーマウイルス（KIPyV）、WUウイルス（WUPyV）、メルケル細胞ポリオーマウイルス（MCPyV）、ヒトポリオーマウイルス6（HPyV6）、ヒトポリオーマウイルス7（HPyV7）、毛髪異形成棘状ウイルス（trichodysplasia spinulosa virus：TSPyV）、ヒトポリオーマウイルス9（HPyV9）、およびMWウイルス（MWPyV）からなる群から選択されるポリオーマウイルスである、本発明1034の方法。
[本発明1038]
前記ウイルスが、アデノウイルス血清型A、アデノウイルス血清型B、アデノウイルス血清型C、アデノウイルス血清型D、アデノウイルス血清型E、アデノウイルス血清型F、およびアデノウイルス血清型Gからなる群から選択されるアデノウイルスである、本発明1034の方法。
[本発明1039]
前記ウイルスが、アルファレトロウイルス、ベータレトロウイルス、ガンマレトロウイルス、デルタレトロウイルス、イプシロンレトロウイルス、レンチウイルス、およびスプマウイルスからなる群から選択されるレトロウイルスである、本発明1034の方法。
[本発明1040]
前記レトロウイルスが、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）およびウマ伝染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）からなる群から選択されるレンチウイルスである、本発明1039の方法。
[本発明1041]
前記ウイルスが、インフルエンザウイルスA、インフルエンザウイルスB、インフルエンザウイルスC、およびインフルエンザウイルスDからなる群から選択されるインフルエンザウイルスである、本発明1034の方法。
[本発明1042]
前記疾患が、結核菌（Mycobacterium tuberculosis；ＭＴＢ）、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）、化膿連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）、ボツリヌス菌（Clostridium botulinum）、カンピロバクター・ジェジュニ（Campylobacter jejuni）、大腸菌（Escherichia coli）、リステリア菌（Listeria monocytogenes）、サルモネラ・エンテリカ（Salmonella enterica）、サルモネラ・ボンゴリ（Salmonella bongori）、およびコレラ菌（Vibrio cholerae）からなる群から選択される細菌感染症である、本発明1032の方法。
[本発明1043]
前記疾患が、原生動物および蠕虫からなる群から選択される寄生体感染症である、本発明1032の方法。
[本発明1044]
前記原生動物が、アカントアメーバ種（Acanthamoeba spp.）、バラムチア・マンドリラリス（Balamuthia mandrillaris）、ブラストシスチス種（Blastocystis spp.）、クリプトスポリジウム種（Cryptosporidium spp.）、二核アメーバ（Dientamoeba fragilis）、エントアメーバ・ヒストリチカ（Entamoeba histolytica）、ジアルジア・ランブリア（Giardia lamblia）、リーシュマニア種（Leishmania spp.）、ネグレリア・フォーレリ（Naegleria fowleri）、熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）、三日熱マラリア原虫（Plasmodium vivax）、卵形マラリア原虫（Plasmodium ovale）、四日熱マラリア原虫（Plasmodium malariae）、二日熱マラリア原虫（Plasmodium knowlesi）、トキソプラズマ・ゴンディ（Toxoplasma gondii）、トリコモナス・ヴァギナリス（Trichomonas vaginalis）、トリパノソーマ・ブルセイ（Trypanosoma bruceii）、およびトリパノソーマ・クルジ（Trypanosoma cruzi）からなる群から選択される、本発明1043の方法。
[本発明1045]
前記蠕虫が、条虫、吸虫、および回虫からなる群から選択される、本発明1043の方法。
[本発明1046]
前記疾患が癌である、本発明1032の方法。
[本発明1047]
前記癌が免疫チェックポイント阻害剤での治療に対して応答性である、本発明1046の方法。
[本発明1048]
前記免疫チェックポイント阻害剤での治療に対して応答性の癌が、切除不能な黒色腫、転移性黒色腫、ステージIII黒色腫、転移性非小細胞肺癌（NSCLC）、NSCLC、頭頸部の再発性扁平上皮がん（SCCHN）、転移性腎細胞がん（RCC）、尿路上皮がん、肝細胞がん（HCC）、膀胱がん、結腸直腸がん、卵巣がん、および内皮がんからなる群から選択される、本発明1047の方法。
[本発明1049]
前記癌が、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）を示す、本発明1046の方法。
[本発明1050]
前記疾患を治療する段階をさらに含む、本発明1032の方法。
[本発明1051]
疲弊したT細胞のエピジェネティックなフットプリント特性を同定するための方法であって、該方法が、
（ａ）疲弊したT細胞（TEX）を含む試料および活化された（invigorated）（すなわち、正常な、疲弊していない）T細胞を含む対照試料を得る段階と、
（ｂ）両方の試料においてオープンクロマチン領域（OCR）を同定する段階と、
（ｃ）TEXにおいて同定されたOCRを、活化されたT細胞において同定されたOCRと比較する段階と、
を含み、前記TEXのエピジェネティックなフットプリント特性が、TEXに存在し対照T細胞には存在しない1つまたは複数のOCRを含む、方法。
[本発明1052]
前記OCRが、（ａ）ATAC-seqライブラリーを作製し、（ｂ）qPCRを実行し、そして、（ｃ）配列決定すること、によって同定される、本発明1051の方法。
[本発明1053]
患者において疲弊したＴ細胞を検出するための方法であって、該方法が、OCRフットプリントを検出する段階を含み、該OCRフットプリントが、疲弊したＴ細胞と相関する、方法。
[本発明1054]
前記患者からのT細胞における前記OCRフットプリントが、該患者からの前記T細胞の集団からのクロマチンライブラリーに対して定量的PCR（qPCR）を行うことを含む方法によって決定される、本発明1053の方法。
[本発明1055]
前記qPCRの増幅産物に対してハイスループットアレイベースの試験を行う段階をさらに含む、本発明1054の方法。
[本発明1056]
多遺伝子座qPCR試験を行う段階をさらに含む、本発明1054の方法。
[本発明1057]
患者において疾患を治療するための方法であって、
（ｉ）先の本発明のいずれかの方法により患者において疲弊したT細胞を検出する段階と、
（ｉｉ）該疲弊したT細胞を再活化する（reinvigorating）段階と、
を含む方法。
[本発明1058]
前記Ｔ細胞が、患者またはＴ細胞に薬物を投与することにより、または、Ｔ細胞のゲノム操作により、再活化される、本発明1057の方法。
[本発明1059]
前記薬物が5-アザシチジン（Aza）、ゼブラリン、DNMT1阻害剤、たとえば、RG108、BETファミリータンパク質阻害剤、たとえば、I-BET726（BET726の阻害剤）、ヒストンアセチラーゼ（HAT）阻害剤、たとえば、クルクミン、ガルシノール、もしくはアナカルジアック酸、PCAFおよびp300を阻害するイソチオゾロン、Lys-CoA、C464、ヒストンメチル化阻害剤、たとえば、3-デアゼパノクリンA（DZNep）、HDAC阻害剤、たとえば、アミノスベロイルヒドロキサム酸、スベラニロヒドロキサム酸（SAHA、商品名Vorinostat）、またはACY-1215（HDAC6の阻害剤）である、本発明1058の方法。
[本発明1060]
前記ゲノム操作が、エピジェネティック経路における遺伝子をノックアウトすること、エピジェネティック経路における遺伝子をノックインすること、エピジェネティック経路におけるタンパク質コード遺伝子の機能を改変すること、エピジェネティックレギュレーターの発現を制御する位置における非コーディングゲノムを標的とすること、を含む、本発明1058の方法。
[本発明1061]
前記ゲノム編集が、CRISPR/Cas9ターゲティングを介して行われる、本発明1058または1060の方法。
[本発明1062]
患者において疾患を治療するための方法であって、該方法が、本発明1053〜1061のいずれかの方法により患者における疲弊したＴ細胞を同定する段階を含み、ここで、高優先度のエピジェネティック経路が同定され、Ｔ細胞が操作され、ここで、該高優先度のエピジェネティック経路が標的とされ、そして、該操作されたT細胞が患者に投与される、方法。
[本発明1063]
患者において疲弊したＴ細胞を検出するための方法であって、該方法が、OCRパネルを含むオープンクロマチン領域（OCR）アッセイを用いて、対照T細胞と比較して疲弊したT細胞に特有のOCRフットプリントを同定する段階を含む、方法。
[本発明1064]
前記疲弊したT細胞に特有のOCRフットプリントが、患者からの疲弊したT細胞からのクロマチンライブラリーに対してqPCRを行うこと、および、対照細胞からのクロマチンライブラリーに対してqPCRを行うことを含む方法により決定される、本発明1063の方法。