【手続補正書】
【提出日】令和3年7月13日(2021.7.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
動物である対象の生体試料を分析する方法であって、前記生体試料が、前記対象のゲノムおよび１つ以上の他のゲノムからの無細胞ＤＮＡ分子の混合物を含み、前記方法は、
前記生体試料からの複数の無細胞ＤＮＡ分子を分析することであって、前記複数の無細胞ＤＮＡ分子のうちの１つを分析することが、
特定のウイルスゲノムにおける前記無細胞ＤＮＡ分子の位置を特定することと、
前記無細胞ＤＮＡ分子が、前記特定のウイルスゲノムの１つ以上の部位においてメチル化されているかどうかを前記位置に基づいて決定することと、を含む、分析することと、
前記特定のウイルスゲノムの１つ以上の部位のセットにおいてメチル化された前記複数の無細胞ＤＮＡ分子のうちの１つ以上の量に基づいて１つ以上の混合物メチル化レベルを測定することと、
前記１つ以上の混合物メチル化レベルを、他の対象の少なくとも２つのコホートから決定された１つ以上の参照メチル化レベルと比較することであって、前記少なくとも２つのコホートが、前記特定のウイルスゲノムに関連した異なる分類を有し、前記異なる分類が第１の病態を含む、比較することと、
前記比較に基づいて、前記対象が前記第１の病態を有するかどうかの第１の分類を決定することと、を含む、方法。
【請求項２】
前記少なくとも２つのコホートの前記異なる分類が第２の病態をさらに含み、前記方法が、
前記比較に基づいて、前記対象が前記第２の病態を有するかどうかの第２の分類を決定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記１つ以上の参照メチル化レベルが複数の参照メチル化レベルであり、前記１つ以上の混合物メチル化レベルが、第１の参照メチル化レベルおよび第２の参照メチル化レベルを含む前記複数の参照メチル化レベルと比較され、前記第１の参照メチル化レベルは、前記対象が前記第１の病態を有するかどうかの前記第１の分類を決定するために使用され、前記第２の参照メチル化レベルは、前記対象が前記第２の病態を有するかどうかの前記第２の分類を決定するために使用される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記特定のウイルスゲノムがエプスタイン・バーウイルスのものであり、前記対象がヒトであり、前記第１の病態が鼻咽頭癌であり、前記第２の病態が伝染性単核球症である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記第１の分類は、前記対象が前記第１の病態を有していないことである、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記第１の分類を決定することは、前記第１の病態のレベルを決定することを含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記特定のウイルスゲノムが、エプスタイン・バーウイルスのものであり、前記対象がヒトであり、前記第１の病態が鼻咽頭癌である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記１つ以上の部位のセットが、少なくとも２つの部位を含み、前記１つ以上の混合物メチル化レベルが、前記少なくとも２つの部位にわたって決定される１つの混合物メチル化レベルである、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記１つ以上の混合物メチル化レベルが、Ｎ個の混合物メチル化レベルを含み、Ｎは１より大きい整数であり、前記１つ以上の部位のセットが、少なくとも２つの部位を含み、前記比較が、
前記Ｎ個の混合物メチル化レベルとＮ個の参照メチル化レベルとの差を測定することと、
前記差を使用して、前記対象が、前記少なくとも２つのコホートのうちの１つに属するかどうかを決定することと、を含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記差を使用して、前記対象が、前記少なくとも２つのコホートのうちの１つに属するかどうかを決定することが、階層的クラスタリング分析を実行することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記Ｎ個の混合物メチル化レベルの各々が、複数の所定の領域のうちの１つについて測定される、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数の所定の領域が同じサイズのものであり、前記特定のウイルスゲノムにまたがり、前記同じサイズが５０塩基〜１，０００塩基である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数の所定の領域の各々が、（１）同じコホートの複数の対象間のメチル化レベルの差、および／または（２）あるコホートの対象と別のコホートの対象との間のメチル化レベルの差を含む１つ以上の基準を満たす、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記１つ以上の部位のセットが、（１）同じコホートの複数の対象間のメチル化レベルの差、および／または（２）あるコホートの対象と別のコホートの対象との間のメチル化レベルの差を含む１つ以上の基準をそれぞれ満たす複数の領域に存在する、請求項１〜７、９および１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記１つ以上の部位のセットが、（１）同じコホートの複数の対象間のメチル化レベルの差、および／または（２）あるコホートの対象と別のコホートの対象との間のメチル化レベルの差を含む１つ以上の基準を満たす、請求項１〜７、９および１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記１つ以上の混合物メチル化レベルを、前記他の対象の少なくとも２つのコホートから決定された前記１つ以上の参照メチル化レベルと比較することが、
前記他の対象の前記少なくとも２つのコホートから決定された前記１つ以上の参照メチル化レベルを使用してトレーニングされた機械学習モデルに、前記１つ以上の混合物メチル化レベルを入力することを含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記１つ以上の部位のセットの各部位について、
前記部位においてメチル化されるそれぞれのＤＮＡ分子の数を決定し、それにより前記特定のウイルスゲノムの前記１つ以上の部位のセットにおいてメチル化された前記複数の無細胞ＤＮＡ分子のうちの前記１つ以上の量を決定することをさらに含む、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記複数の無細胞ＤＮＡ分子のメチル化認識配列決定を実行して、配列リードを取得することと、
前記配列リードを前記特定のウイルスゲノムに整列させ、前記１つ以上の部位のセットの各部位においてメチル化される前記それぞれのＤＮＡ分子の数を決定することと、をさらに含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記複数の無細胞ＤＮＡ分子の位置、および前記複数の無細胞ＤＮＡ分子が前記１つ以上の部位のセットにおいてメチル化されているかどうかを決定する一環として、前記複数の無細胞ＤＮＡ分子のメチル化認識アッセイを実行することをさらに含む、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記無細胞ＤＮＡ分子の前記位置を特定することが、前記位置が前記１つ以上の部位のセットのうちの１つに対応することを決定することを含む、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記複数の無細胞ＤＮＡ分子のグループを集合的に分析して、前記特定のウイルスゲノムの前記１つ以上の部位のセットにおいてメチル化された前記複数の無細胞ＤＮＡ分子のうちの前記１つ以上の量を決定する、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記複数の無細胞ＤＮＡ分子が、前記特定のウイルスゲノムに位置する少なくとも１０個の無細胞ＤＮＡ分子を含む、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記特定のウイルスゲノムが、エプスタイン・バーウイルス、ヒトパピローマウイルス、またはＢ型肝炎ウイルスに対応する、請求項１〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
試料中の無細胞ＤＮＡ分子のセットの各々について、
前記無細胞ＤＮＡ分子のサイズを測定して、
前記特定のウイルスゲノムにおける前記無細胞ＤＮＡ分子の位置を特定することであって、前記無細胞ＤＮＡ分子のセットの前記サイズがサイズ分布を形成し、前記試料が前記生体試料であるか、または前記対象のゲノムおよび前記１つ以上の他のゲノムから無細胞ＤＮＡ分子の混合物を含む異なる試料である、特定することと、
前記サイズ分布の統計値を決定することと、
前記統計値を、前記他の対象の前記少なくとも２つのコホートから決定された参照サイズ値と比較することと、
前記統計値と前記参照サイズ値との前記比較に基づいて、前記対象が前記第１の病態を有するかどうかの第２の分類を決定することと、
前記第１の分類および前記第２の分類を使用して最終分類を決定することと、をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
試料中の前記特定のウイルスゲノムに由来する無細胞ＤＮＡ分子の量を決定することであって、前記試料が前記生体試料であるか、または前記対象の前記ゲノムおよび前記１つ以上の他のゲノムからの無細胞ＤＮＡ分子の混合物を含む異なる試料である、決定することと、
前記量を、前記他の対象の前記少なくとも２つのコホートから決定された参照値と比較することと、
前記量と前記参照値との前記比較に基づいて、前記対象が前記第１の病態を有するかどうかの第２の分類を決定することと、
前記第１の分類および前記第２の分類を使用して最終分類を決定することと、をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記第１の病態が癌であり、前記特定のウイルスゲノムが癌を引き起こすウイルスである、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記対象がヒトである、請求項１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法を実行するようにコンピューターシステムを制御するための複数の命令を記憶するコンピューター可読媒体。
【請求項２９】
システムであって、
請求項２８に記載のコンピューター可読媒体と、
前記コンピューター可読媒体上に記憶された命令を実行するための１つ以上のプロセッサと、を備える、システム。
【請求項３０】
請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法を実行するための手段を備えるシステム。
【請求項３１】
請求項１〜２７のいずれか１項に記載の方法を実行するように構成されたシステム。