【手続補正書】
【提出日】令和3年6月4日(2021.6.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２１】
実施形態では、第２の遺伝子セットは、第１の遺伝子セットが存在する少なくとも１つの微生物株とは異なる少なくとも１つの微生物株内に存在する。これらの実施形態などでは、第１の表現型性能データは、少なくとも１つの微生物株により産生される第１の産物の１つまたはそれを超える特徴に関連し、第２の予測表現型性能は、第１の産物とは異なる第２産物であって、同じ株、または共通の特徴を共有する別の株により産生される第２産物の１つまたはそれを超える特徴に関連し得る。実施形態では、第２の産物は、共通の特徴、例えば、第１の産物に密接に関連する（含有量または最も近い共通前駆体への距離による）代謝経路から生じる構成原子の数、構造、原子含有量などを共有し得る。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
少なくとも１つの微生物株内の遺伝子に適用して表現型性能を改善するための改変を決定するためのコンピュータ実行方法であって、
少なくとも１つの微生物株中の第１の遺伝子セットに行われた第１の遺伝子改変に少なくとも部分的に基づいて、第１の表現型性能データにアクセスすること；
コンピューティングデバイスを使用して、前記第１の表現型性能データと、前記第１の遺伝子改変および前記第２の遺伝子改変に共通する少なくとも１つの改変特徴とに少なくとも部分的に基づいて、第２の遺伝子改変の第２の表現型性能を予測すること；ならびに
コンピューティングデバイスを使用して、前記第２の表現型性能に少なくとも部分的に基づいて、第２の遺伝子セットに適用すべき前記第２の遺伝子改変を優先順位付けすること
を含み、
前記優先順位付けに少なくとも部分的に基づいて、前記第２の遺伝子改変の少なくともサブセットが少なくとも１つの微生物株内の遺伝子に適用され得る、コンピュータ実行方法。
（項目２）
前記少なくとも１つの改変特徴がオントロジークラスを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記少なくとも１つの改変特徴が遺伝子改変タイプを含む、項目１または２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４）
前記改変タイプがプロモータースワップを含む、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記改変タイプがプロモータースワップのプロモーター強度を含む、項目３に記載の方法。
（項目６）
前記予測することが、強プロモーターまたは弱プロモーターよりも中強度プロモーターを重く重み付けする、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記予測することが、強プロモーターおよび中強度プロモーターよりも弱プロモーターを軽く重み付けする、項目５に記載の方法。
（項目８）
前記改変タイプがＳＮＰスワップである、項目３に記載の方法。
（項目９）
前記少なくとも１つの改変特徴が、前記少なくとも１つの株中の少なくとも２つの遺伝子への１つまたはそれを超えるタイプの改変を含む、項目１または２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記予測することが、ポジティブエピスタシス効果をもたらす１つまたはそれを超えるタイプの改変をより重く重み付けする、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記第２の遺伝子セットが、前記第１の遺伝子セット内の遺伝子を含まない、項目１または２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記第２の遺伝子セット内の遺伝子のサブセット内の遺伝子がそれぞれ複数のクラスのメンバーであり、第２の表現型性能の予測が、各遺伝子が属する各クラスの予測表現型性能の組み合わせに基づいて、複合的な第２の表現型性能を予測することを含む、項目２に記載の方法。
（項目１３）
前記第２の遺伝子セット内の遺伝子が少なくとも１つの共通クラス中のメンバーシップを共有し、前記共通クラスが、このような遺伝子が属する唯一のクラスである場合、予測が、前記同じ第２の表現型性能を共通クラス内のすべての遺伝子に割り当てることを含む、項目２または１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記第２の遺伝子セット内の遺伝子がそれぞれ単一のクラスのみのメンバーである、項目２に記載の方法。
（項目１５）
少なくとも１つの改変特徴が、第１の分類システムからの第１のオントロジークラスと、第２の分類システムからの第２のオントロジークラスとを含む、項目２に記載の方法。
（項目１６）
前記少なくとも１つの改変特徴が、少なくとも１つの微生物株により合成された産物の特徴を含む、項目１に記載の方法。
（項目１７）
第２の表現型性能の予測が、機械学習予測モデルのトレーニングセットとして前記第１の遺伝子セットからの遺伝子を用いる、項目１に記載の方法。
（項目１８）
第２の表現型性能の予測が、前記第１の表現型性能データに少なくとも部分的に基づいて、前記第２の遺伝子改変に関するクラスごとの強化確率を予測することを含み；ならびに
前記第２の遺伝子改変の優先順位付けが、前記予測したクラスごとの強化確率のランキングに少なくとも部分的に基づく、項目１または２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記第２の遺伝子セット内の遺伝子への前記第２の遺伝子改変の１つまたはそれを超える遺伝子改変の適用に少なくとも部分的に基づいて、アップデートされた第１の表現型性能データを取得すること；ならびに
前記アップデートされた第１の表現型性能データに少なくとも部分的に基づいて、前記第２の遺伝子改変のサブセットのアップデートされた第２の表現型性能を予測すること；ならびに
前記アップデートされた第２の表現型性能に少なくとも部分的に基づいて、前記第２の遺伝子セットのサブセットに適用すべき前記第２の遺伝子改変の前記サブセットを優先順位付けすること
をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記第２の遺伝子セット内の遺伝子への前記第２の遺伝子改変の１つまたはそれを超える遺伝子改変の繰り返し適用から取得された表現型性能データに基づいて、前記第２の遺伝子セット内の遺伝子のサブセットに適用すべき前記第２の遺伝子改変の改変のサブセットの優先順位付けを繰り返しアップデートすることを含む、項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記少なくとも１つの改変特徴が、遺伝子オントロジー分類内の異なるレベルの抽象化を含む、項目２に記載の方法。
（項目２２）
前記少なくとも１つの改変特徴が、代謝ネットワークに基づく分類を含む、項目２に記載の方法。
（項目２３）
前記少なくとも１つの改変特徴が、少なくとも１つの微生物株特徴に関連する、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記第２の遺伝子セットが、前記第１の遺伝子セットが存在する前記少なくとも１つの微生物株とは異なる少なくとも１つの微生物株内に存在する、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記第１の表現型性能データが、前記第１の遺伝子セットが存在する前記少なくとも１つの微生物株により産生された第１の産物の少なくとも１つの特徴に関連し、前記第２の表現型性能が、前記第１の産物とは異なる第２の産物の少なくとも１つの特徴に関連する、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記第２の産物が、前記第１の遺伝子セットが存在する前記少なくとも１つの微生物株とは異なる少なくとも１つの微生物株により産生される、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
項目１〜２６のいずれか一項に記載の方法により優先順位付けされた１つまたはそれを超える第２の遺伝子改変を含む、微生物株。
（項目２８）
項目１９の第１の遺伝子セット中の遺伝子に適用される第１の遺伝子改変を含む、微生物株。
（項目２９）
優先順位付け閾値よりも上に優先順位付けされ、前記第２の遺伝子セット中の少なくとも１つの遺伝子に適用される第２の遺伝子改変をさらに含む、項目２８に記載の微生物株。
（項目３０）
前記適用される遺伝子改変が、前記予測された第２の表現型性能に基づくものに応じてよりも、前記予測されアップデートされた第２の表現型性能に基づく前記優先順位付けに応じて高く優先順位付けされる、項目２９に記載の微生物株。
（項目３１）
前記少なくとも１つの改変特徴が、以下のオントロジークラス：
デノボＣＴＰ生合成プロセス、
３−イソプロピルリンゴ酸デヒドラターゼ活性、
４鉄、
４硫黄クラスタ結合、
ＡＴＰ結合、
ＤＮＡ結合、
ＤＮＡトポイソメラーゼ活性、
ＤＮＡトポイソメラーゼタイプＩ活性、
ＤＮＡトポロジー変化、
ＤＮＡテンプレート、
Ｌ−アスパラギン酸：２−オキソグルタル酸アミノトランスフェラーゼ活性、
Ｌ−フェニルアラニン：２−オキソグルタル酸アミノトランスフェラーゼ活性、
ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ活性、
ＵＭＰキナーゼ活性、
アセト乳酸シンターゼ活性、
アデニル酸シクラーゼ活性、
アルコールデヒドロゲナーゼ（ＮＡＤ）活性、
アミノ酸結合、
芳香族化合物生合成プロセス、
生合成プロセス、
分岐鎖アミノ酸生合成プロセス、
ｃＡＭＰ生合成プロセス、
触媒活性、
細胞アミノ酸生合成プロセス、
細胞成分の組織化または生合成、
細胞高分子生合成プロセス、
細胞窒素化合物生合成プロセス、
細胞プロセス、
染色体組織化、
コドン特異的、
環状ヌクレオチド生合成プロセス、
複素環生合成プロセス、
細胞内シグナル伝達
イオン輸送、
鉄硫黄クラスタ結合、
イソメラーゼ活性、
キナーゼ活性、
ロイシン生合成プロセス、
リアーゼ活性、
代謝プロセス、
金属イオン結合、
ヌクレオチド結合、
ヌクレオチドリン酸化、
有機酸生合成プロセス、
酸化還元プロセス、
オキシドレダクターゼ活性、
リン−酸素リアーゼ活性、
リン酸化、
カリウムイオン輸送、
タンパク質分解、
プリン含有化合物代謝プロセス、
ピリドキサールリン酸結合、
ピリミジンヌクレオチド生合成プロセス、
ピリミジン含有化合物代謝プロセス、
細胞生合成プロセスの調節、
転写の調節、
配列特異的ＤＮＡ結合、
セリンタイプエンドペプチダーゼ活性、
シグナル伝達物質活性、
シグナル伝達、
小分子代謝プロセス、
トランスアミナーゼ活性、
転写、
転写因子活性、
トランスフェラーゼ活性、
翻訳、
翻訳放出因子活性、
翻訳終了、
輸送、
ウリジル酸キナーゼ活性、
ＤＮＡ代謝プロセス、
生合成プロセス、
細胞アミノ酸代謝プロセス、
代謝プロセス、
核酸塩基含有化合物代謝プロセス、
翻訳、または
輸送
の少なくとも１つを表す、項目１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２０４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２０４】
図１０は、本開示の実施形態のクラウドコンピューティング環境を示す。本開示の実施形態では、クラウドコンピューティングシステム１００２で優先順位付けエンジンソフトウェア１０１０を実行して、複数のユーザが、本開示の実施形態にしたがって遺伝子改変を優先順位付けすることを可能にし得る。図７に示されているクライアントコンピュータ１００６は、ネットワーク１００８、例えばインターネットを介してシステムにアクセスする。システムは、図７に示されているタイプの１つまたはそれを超えるプロセッサを使用した１つまたはそれを超えるコンピューティングシステムを用い得る。クラウドコンピューティングシステムそれ自体は、ネットワーク１００８を介してソフトウェア１０１０をクライアントコンピュータ１００６にインターフェースするネットワークインターフェース１０１２を含む。ネットワークインターフェース１０１２は、クライアントコンピュータ１００６のクライアントアプリケーションがシステムソフトウェア１０１０にアクセスすることを可能にするアプリケーションプログラミングインターフェース（ＡＰＩ）を含み得る。特に、ＡＰＩを通じて、クライアントコンピュータ１００６は、優先順位付けエンジンにアクセスし得る。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２０５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２０５】
サービス型ソフトウェア（ＳａａＳ）ソフトウェアモジュール１０１４は、クライアントコンピュータ１００６へのサービスとしてシステムソフトウェア１０１０を提供する。クラウド管理モジュール１０１６は、クライアントコンピュータ１００６によるシステム１０１０へのアクセスを管理する。クラウド管理モジュール１０１６は、マルチテナントアプリケーション、仮想化、または当技術分野で公知の他のアーキテクチャを用いるクラウドアーキテクチャが複数のユーザにサービスを提供することを可能にし得る。