【手続補正書】
【提出日】令和2年12月1日(2020.12.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程を含む、複数種のペプチドの特徴を決定するための方法：
(a)1種または複数種の流体を基材に適用する工程であって、結合されたペプチドがそれぞれ光学的に解像可能な固有の空間的アドレスを有するように、該複数種のペプチドの少なくとも一部分が該基材に結合されており、かつ該1種または複数種の流体が、一連のn種の親和性試薬を含み、該n種の親和性試薬のうちの1種または複数種の親和性試薬が、該複数種のペプチドの該少なくとも一部分の1種または複数種のエピトープに結合するように構成されており、かつ該n種の親和性試薬のうちの1種または複数種の親和性試薬が、同定可能なタグに連結されている、工程；
(b)1つまたは複数のシグナルを有する該基材の1つまたは複数の固有の空間的アドレスを同定する工程であって、該1つまたは複数のシグナルが、該複数種のペプチドの該少なくとも一部分の該1種または複数種のエピトープに結合した親和性試薬に連結されている該同定可能なタグに由来する、工程；および
(c)同定された固有の空間的アドレスを有する該複数種のペプチドの該少なくとも一部分の特徴を決定する工程であって、同定された固有の空間的アドレスを有する該複数種のペプチドの該少なくとも一部分が、該1つまたは複数のシグナルを有する同定可能なタグに連結されている親和性試薬に結合した1種または複数種のエピトープを含む、工程。
【請求項２】
n種の親和性試薬のそれぞれが、個々のタンパク質に対して、または個々のタンパク質ファミリーに対して特異的である、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
n種の親和性試薬のそれぞれが、2種以上のペプチド中に存在する1種または複数種のエピトープのファミリーを認識する、請求項1または2に記載の方法。
【請求項４】
複数種のペプチドの一部分のエピトープが立体構造をとるかまたは直線状である、請求項1〜3のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
n種の親和性試薬が、対応するエピトープに特異的な、連続的なまたは非連続的なアミノ酸を含む、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
複数種のペプチドの一部分のアイデンティティを、該一部分の中の決定された1種または複数種のエピトープに基づいて、正確度閾値に応じて決定する工程
をさらに含む、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
n種の親和性試薬が、100種超の親和性試薬を含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
ただ1つのタンパク質またはただ1つのタンパク質アイソフォームに結合する少なくとも1種の親和性試薬の使用をさらに含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
複数種のペプチドの一部分のアイデンティティを、親和性試薬の結合のパターンに基づいて、正確度閾値に応じて決定する工程
をさらに含む、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
基材がフローセルである、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
複数種のペプチドの一部分が、光活性化リンカーを用いて基材に連結されている、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
複数種のペプチドの一部分が、光切断性リンカーを用いて基材に連結されている、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
n種の親和性試薬の少なくとも1種が、同定可能なタグにコンジュゲートされるよう修飾されている、請求項1〜12のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
同定可能なタグが蛍光タグである、請求項13に記載の方法。
【請求項１５】
同定可能なタグが核酸バーコードである、請求項13に記載の方法。
【請求項１６】
ペプチドの同定される一部分によって占有される、固有の空間的アドレスの数が、試料中のそのペプチドのレベルを定量化するために計数される、請求項1〜15のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
複数種のペプチドの一部分のアイデンティティが、デコンボリューションソフトウェアを用いて決定される、請求項1〜16のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
複数種のペプチドの一部分を、固有の空間的アドレスに関連付けられたエピトープの組み合わせをデコーディングすることによって決定する工程をさらに含む、請求項1〜17のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
複数種のペプチドの一部分を基材に連結させる前に、該複数種のペプチドを変性させる工程をさらに含む、請求項1〜18のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
基材に連結された複数種のペプチドの一部分が、複数のタンパク質の複合混合物中に存在する、請求項1〜19のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
(a)〜(c)を繰り返す工程をさらに含む、請求項1〜20のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
複数のタンパク質を同定する工程を含む、請求項1〜21のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
以下の工程を含む、タンパク質を同定する方法：
そのいずれもがただ1つのタンパク質に特異的であることもただ1つのタンパク質ファミリーに特異的であることもない、抗体のパネルを入手する工程、
該パネル中の該抗体の結合特性を決定する工程、
タンパク質を該抗体のパネルに反復的に曝露する工程、
該タンパク質に結合する抗体のセットを決定する工程、および
該抗体のセットをタンパク質の配列と照合するために、該抗体の既知の結合特性に基づく1つまたは複数のデコンボリューション方法を用いる工程であって、それにより該タンパク質のアイデンティティを決定する、工程。
【請求項２４】
同定されるべきタンパク質が、複数の異なるタンパク質を含む試料中で同定される、請求項23に記載の方法。
【請求項２５】
単一試料中で複数のタンパク質を同時に同定する工程を含む、請求項23または24に記載の方法。
【請求項２６】
以下の工程を含む、タンパク質を同定する方法：
抗体のパネルを入手する工程であって、該抗体のいずれもがただ1つのタンパク質に特異的であることもただ1つのタンパク質ファミリーに特異的であることもない、工程；
該パネル中の該抗体の結合特性を決定する工程；
タンパク質を該抗体のパネルに反復的に曝露する工程；
該タンパク質に結合しない抗体のセットを決定する工程；および
該抗体のセットをタンパク質の配列と照合するために、該抗体の既知の結合特性に基づく1つまたは複数のデコンボリューション方法を用いる工程であって、それにより該タンパク質のアイデンティティを決定する、工程。
【請求項２７】
m種の親和性試薬を用いて、タンパク質の混合物中のn種のタンパク質を一意的に同定しかつ定量化する方法であって、nはmより大きく、かつnおよびmは1より大きい正の整数であり、かつ該タンパク質は本来備わっている特性によって分離されていない、方法。
【請求項２８】
nがmよりもおよそ5倍大きい、請求項27に記載の方法。
【請求項２９】
nがmよりもおよそ10倍大きい、請求項27に記載の方法。
【請求項３０】
nがmよりもおよそ20倍大きい、請求項27に記載の方法。
【請求項３１】
タンパク質が、サイズに基づく分離方法でも電荷に基づく分離方法でも分離されていない、請求項27〜30のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２６】
参照による組み入れ
本明細書において言及されるすべての刊行物、特許、および特許出願は、個々の刊行物、特許、または特許出願がそれぞれ、参照により組み入れられるように具体的にかつ個々に示された場合と同程度に、参照により本明細書に組み入れられる。
[本発明1001]
以下の工程を含む、タンパク質の特徴を決定する方法：
基材を得る工程であって、（分子レベルで）個々のタンパク質一部分がそれぞれ、光学的に解像可能な固有の空間的アドレスを有するように、1種または複数種のタンパク質の一部分が該基材にコンジュゲートされている、工程；
1種または複数種の親和性試薬の第1〜（順序づけられた）第nのセットを含む流体を該基材に適用する工程であって、該1種または複数種の親和性試薬のそれぞれは、該1種または複数種のタンパク質の一部分のエピトープ（連続的なまたは非連続的なアミノ酸配列）1種に特異的であり、かつ1種または複数種の親和性試薬の第1〜第nのセットの各親和性試薬は同定可能なタグに連結されている、工程；
1種または複数種の親和性試薬の第1およびそれに続く第nまでのセットの該基材への各適用の後で、以下の工程を実施する工程：
該同定可能なタグを観察する工程；
1つまたは複数の観察シグナルを有する、該基材の1つまたは複数の固有の空間的アドレスを同定する工程；
同定された固有の空間的アドレスを有する該1種または複数種のタンパク質の一部分がそれぞれ、該1つまたは複数の観察シグナルに関連付けられる1種または複数種のエピトープを含むことを決定する工程；および
タンパク質一部分それぞれの特徴を、該1種または複数種のエピトープに基づいて決定する工程。
[本発明1002]
1種または複数種の親和性試薬の第1〜第nのセットの各親和性試薬が、個々のタンパク質に対して特異的であることも個々のタンパク質ファミリーに対して特異的であることもないが、1種または複数種の個々の識別可能なタンパク質の一部分に対して特異的である、本発明1001の方法。
[本発明1003]
1種または複数種の親和性試薬の第1〜第nのセットの各親和性試薬が、2種以上のタンパク質中に存在する1種または複数種のエピトープのファミリーを認識する、本発明1001の方法。
[本発明1004]
1種または複数種のタンパク質の一部分のエピトープが立体構造をとるかまたは直線状である、本発明1001の方法。
[本発明1005]
1種または複数種の親和性試薬が、対応するエピトープに特異的な、連続的なまたは非連続的なアミノ酸を含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
1種または複数種のタンパク質の一部分のアイデンティティを、該一部分の中の決定された1種または複数種のエピトープに基づいて、正確度閾値に応じて決定する工程
をさらに含む、本発明1005の方法。
[本発明1007]
1種または複数種の親和性試薬の第1〜第nのセットが、100種超の親和性試薬を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1008]
ただ1つのタンパク質またはただ1つのタンパク質アイソフォームに結合する親和性試薬の使用をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1009]
1種または複数種のタンパク質の一部分のアイデンティティを、親和性試薬の結合のパターンに基づいて、正確度閾値に応じて決定する工程
をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1010]
基材がフローセルである、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1011]
1種または複数種のタンパク質の一部分が、光活性化リンカーを用いて基材にコンジュゲートされている、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1012]
1種または複数種のタンパク質の一部分が、光切断性リンカーを用いて基材にコンジュゲートされている、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1013]
親和性試薬の少なくとも1つのセットの少なくとも一部分が、同定可能なタグにコンジュゲートされるよう修飾されている、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1014]
同定可能なタグが蛍光タグである、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1015]
同定可能なタグが核酸バーコードである、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1016]
タンパク質の同定される一部分によって占有される空間的アドレスの数が、試料中のそのタンパク質のレベルを定量化するために計数される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1017]
1種または複数種のタンパク質の一部分のアイデンティティが、デコンボリューションソフトウェアを用いて決定される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1018]
1種または複数種のタンパク質の一部分のアイデンティティが、固有の空間的アドレスに関連付けられたエピトープの組み合わせをデコーディングすることによって決定される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1019]
1種または複数種のタンパク質の一部分を基材にコンジュゲートさせる前に、該1種または複数種のタンパク質を変性させる工程をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1020]
基材に対する1種または複数種のタンパク質の一部分が、複数のタンパク質の複合混合物中に存在する、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1021]
複数のタンパク質を同定するために使用される、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1022]
以下の工程を含む、タンパク質を同定する方法：
そのいずれもがただ1つのタンパク質に特異的であることもただ1つのタンパク質ファミリーに特異的であることもない、抗体のパネルを入手する工程、
該パネル中の該抗体の結合特性を決定する工程、
タンパク質を該抗体のパネルに反復的に曝露する工程、
該タンパク質に結合する抗体のセットを決定する工程、および
該抗体のセットをタンパク質の配列と照合するために、該抗体の既知の結合特性に基づく1つまたは複数のデコンボリューション方法を用いる工程であって、それにより該タンパク質のアイデンティティを決定する、工程。
[本発明1023]
同定されるべきタンパク質が、複数の異なるタンパク質を含む試料中で同定される、本発明1022の方法。
[本発明1024]
単一試料中の複数のタンパク質を同時に同定することが可能である、本発明1022の方法。
[本発明1025]
以下の工程を含む、タンパク質を同定する方法：
そのいずれもがただ1つのタンパク質に特異的であることもただ1つのタンパク質ファミリーに特異的であることもない、抗体のパネルを入手する工程、
該パネル中の該抗体の結合特性を決定する工程、
タンパク質を該抗体のパネルに反復的に曝露する工程、
該タンパク質に結合しない抗体のセットを決定する工程、および
該抗体のセットをタンパク質の配列と照合するために、該抗体の既知の結合特性に基づく1つまたは複数のデコンボリューション方法を用いる工程であって、それにより該タンパク質のアイデンティティを決定する、工程。
[本発明1026]
m種の親和性試薬を用いて、タンパク質の混合物中のn種のタンパク質を一意的に同定しかつ定量化する方法であって、nはmより大きく、かつnおよびmは1より大きい正の整数であり、かつ該タンパク質は本来備わっている特性によって分離されていない、方法。
[本発明1027]
nがmよりもおよそ5倍大きい、本発明1026の方法。
[本発明1028]
nがmよりもおよそ10倍大きい、本発明1026の方法。
[本発明1029]
nがmよりもおよそ20倍大きい、本発明1026の方法。
[本発明1030]
m種の結合試薬を用いて、タンパク質の混合物中のn種のタンパク質を一意的に同定しかつ定量化する方法であって、nはmより大きく、かつ該タンパク質は無作為に配置される、方法。
[本発明1031]
タンパク質が、サイズに基づく分離方法でも電荷に基づく分離方法でも分離されていない、本発明1026の方法。
[本発明1032]
m種の親和性試薬を用いて、タンパク質分子の混合物中のn種のタンパク質単分子を一意的に同定しかつ定量化する方法であって、nはmより大きく、かつ該タンパク質単分子が基材にコンジュゲートされ、かつ個々のタンパク質分子がそれぞれ、光学的に解像可能な固有の空間的アドレスを有するように、該タンパク質単分子が空間的に分離される、方法。
[本発明1033]
親和性試薬のパネルを用いて、n種の可能性のあるタンパク質のプールからの未知のタンパク質1分子を、閾値を上回る確実性をもって同定する方法であって、該パネル中の親和性試薬の数がmであり、かつmがnの10分の1未満である、方法。
[本発明1034]
n種の可能性のあるタンパク質のプールから選択される未知のタンパク質を同定することができる、m種の親和性試薬のパネルを選択する方法であって、mがn-1未満である、方法。
[本発明1035]
n種の可能性のあるタンパク質のプールから選択される未知のタンパク質を同定することができる、m種の親和性試薬のパネルを選択する方法であって、mがnの10分の1未満である、方法。
[本発明1036]
4000種未満の親和性試薬のパネルが20,000種の異なるタンパク質のそれぞれを一意的に同定することができるように、該4000種未満の親和性試薬のパネルを選択する方法。
[本発明1037]
m種の結合試薬を用いて、タンパク質の混合物中のn種のタンパク質を一意的に同定しかつ定量化する方法であって、mはn-1未満であり、かつ各タンパク質は該m種の結合試薬のサブセットによる結合の独特なプロファイルにより同定される、方法。
[本発明1038]
以下の工程を含む、タンパク質1分子を一意的に同定する方法：
親和性試薬のパネルを得る工程；
該タンパク質1分子を、該パネル中の該親和性試薬のそれぞれに曝露する工程；
各親和性試薬が該タンパク質1分子に結合するかまたは結合しないかを決定する工程；および
該タンパク質1分子のアイデンティティを決定するために、収集された結合データを用いる工程であって、該タンパク質1分子のアイデンティティは、該親和性試薬のパネル中のいかなる個々の親和性試薬の結合データによっても決定することができない、工程。
[本発明1039]
タンパク質試料からヒトプロテオーム中のタンパク質の20%超を同定することができる方法であって、該タンパク質は処理中に実質的に破壊されない、方法。
[本発明1040]
4000種を超える親和性試薬は必要としない、本発明1039の方法。
[本発明1041]
100 mgを超えるタンパク質試料は必要としない、本発明1039の方法。
[本発明1042]
以下の工程を含む、タンパク質の特徴を決定する方法：
基材を得る工程であって、個々のタンパク質一部分がそれぞれ、光学的に解像可能な固有の空間的アドレスを有するように、1種または複数種のタンパク質の一部分が該基材にコンジュゲートされている、工程；
1種または複数種の親和性試薬の1〜n個のセットから選択された親和性試薬のセットを含む流体を、該基材に適用する工程；
1種または複数種の親和性試薬のセットの該基材への各適用の後で、以下の工程を実施する工程：
結合した親和性試薬を観察する工程；
1種または複数種の結合した親和性試薬を有する、該基材の1つまたは複数の固有の空間的アドレスを同定する工程；および
同定された固有の空間的アドレスを有する該1種または複数種のタンパク質の一部分がそれぞれ、1つまたは複数の観察シグナルに関連付けられる1種または複数種のエピトープを含むことを決定する工程。