【手続補正書】
【提出日】令和3年4月9日(2021.4.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２１、配列番号１〜配列番号２０および配列番号２２〜配列番号２６８からなる群から選択される、アミノ酸配列を含んでなるペプチド、またはその薬学的に許容可能な塩であって、前記ペプチドが１６アミノ酸までの全長を有するペプチド、または
配列番号２１、配列番号１〜配列番号２０および配列番号２２〜配列番号２６８からなる群から選択される、アミノ酸配列を含んでなるペプチド、またはその薬学的に許容可能な塩であって、前記ペプチドが１６アミノ酸までの全長を有し、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力を有し、前記ＭＨＣに結合した際に、ＣＤ４および／またはＣＤ８Ｔ細胞によって認識されることができるようになるペプチド。
【請求項２】
前記ペプチドが、配列番号２１、配列番号１〜配列番号２０および配列番号２２〜配列番号２６８のいずれかに記載のアミノ酸配列からなる、請求項１に記載のペプチドまたはその薬学的に許容可能な塩。
【請求項３】
請求項１もしくは請求項２に記載のペプチドが、修飾され、および／または非ペプチド結合を含む、ペプチド。
【請求項４】
ＨＬＡ−ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸および請求項１または２に記載のペプチドを含んでなる、融合タンパク質。
【請求項５】
ＭＨＣ分子と結合した際に、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩を特異的に認識する、または請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩を特異的に認識する、可溶性抗体もしくは膜結合抗体またはその断片。
【請求項６】
前記抗体は、
（i）モノクローナル抗体および／もしくはヒト化抗体および／もしくはキメラ抗体、またはその断片である、または
（ii）ＭＨＣ分子と結合した際に、請求項１または２に記載のペプチドを認識し、二重特異性抗体またはその断片である、
請求項５に記載の抗体。
【請求項７】
ＭＨＣ分子と結合した際に、請求項１もしくは２に記載のペプチドであるＨＬＡリガンドと反応する、または請求項１もしくは２記載のペプチドであるＨＬＡリガンドと反応する、可溶性Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、膜結合性Ｔ細胞受容体、またはその断片、または
ＭＨＣ分子と結合した際に、請求項１もしくは２に記載のペプチドであるＨＬＡリガンドと反応する、または請求項１もしくは２記載のペプチドであるＨＬＡリガンドと反応する、可溶性Ｔ細胞受容体、膜結合性Ｔ細胞受容体またはその断片であって、前記Ｔ細胞受容体またはその断片が、可溶性分子として提供され、免疫刺激ドメインもしくは毒素を含むさらなるエフェクター機能を保有する、Ｔ細胞受容体またはその断片。
【請求項８】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、または請求項７に記載のＴ細胞受容体もしくはその断片をコードする核酸、または
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、または請求項７に記載のＴ細胞受容体もしくはその断片をコードする核酸であって、異種プロモーター配列に連結している、核酸。
【請求項９】
請求項８に記載の核酸を含んでなる、発現ベクター。
【請求項１０】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、請求項７に記載のＴ細胞受容体もしくはその断片、請求項８に記載の核酸、または請求項９に記載の発現ベクターを含んでなる、組換え宿主細胞、または
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、請求項７に記載のＴ細胞受容体もしくはその断片、請求項８に記載の核酸、または請求項９に記載の発現ベクターを含んでなる、組換え宿主細胞であって、前記宿主細胞が、樹状細胞、Ｔ細胞またはＮＫ細胞を含む抗原提示細胞である、組換え宿主細胞。
【請求項１１】
請求項１０に記載の組換え宿主細胞を培養するステップと、前記宿主細胞および／またはその培養液から、ペプチド、抗体もしくはその断片、またはＴ細胞受容体もしくはその断片を単離するステップとを含んでなる、請求項１もしくは２に記載のペプチド、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、または請求項７に記載のＴ細胞受容体またはその断片を製造する方法。
【請求項１２】
Ｔ細胞を、適切な抗原提示細胞の表面または抗原提示細胞を模倣する人工コンストラクトの表面に発現される抗原負荷ヒトクラスＩまたはＩＩ  ＭＨＣ分子に、前記Ｔ細胞を抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり、生体外で接触させるステップを含んでなり、前記抗原が、請求項１または２に記載のペプチドである、活性化Ｔリンパ球を製造するインビトロ法。
【請求項１３】
請求項１または２に記載のペプチドを提示する細胞を選択的に認識する、請求項１２に記載の方法によって製造される活性化Ｔリンパ球。
【請求項１４】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドまたはその薬学的に許容可能な塩、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、請求項７に記載のＴ細胞受容体またはその断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の組換え宿主細胞、または請求項１３に記載の活性化Ｔリンパ球からなる群から選択される、少なくとも１つの活性成分と、薬学的に許容可能な担体および／または賦形剤を含んでなる医薬組成物。
【請求項１５】
医薬品で使用するため、またはがんの治療および／または診断で使用するための請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドもしくは薬学的に許容可能な塩、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、請求項７に記載のＴ細胞受容体もしくはその断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の組換え宿主細胞、請求項１３に記載の活性化Ｔリンパ球、または請求項１４に記載の医薬組成物を含んでなる、医薬、または
医薬品で使用するため、またはがんの治療および／または診断で使用するための請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドもしくは薬学的に許容可能な塩、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、請求項７に記載のＴ細胞受容体もしくはその断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の組換え宿主細胞、請求項１３に記載の活性化Ｔリンパ球、または請求項１４に記載の医薬組成物を含んでなる医薬であって、前記がんが、請求項１または２に記載のペプチドが由来するタンパク質の過剰発現を示す、結腸直腸がん、神経膠芽腫、胃がん、肝細胞がん、腎細胞がん、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、および急性骨髄性白血病；および非ホジキンリンパ腫、移植後リンパ球増殖性疾患（ＰＴＬＤ）によって代表されるその他のリンパ系新生物；ならびに原発性骨髄線維症、本態性血小板減少症、真性赤血球増加症を含むその他の骨髄性新生物；ならびに食道がん、非小細胞肺がん、小細胞肺がん、膵臓がん、前立腺がん、黒色腫、乳がん、胆嚢がんおよび胆管がん、膀胱がん、子宮がん、頭頸部扁上皮がん、中皮腫を含むその他の新生物；およびその他の腫瘍からなる群から選択される、医薬。
【請求項１６】
請求項１３に記載の活性化Ｔリンパ球を含んでなる標的細胞死滅剤であって、前記標的細胞が、請求項１または２に記載のペプチドを提示する患者のものである、標的細胞死滅剤。
【請求項１７】
がんに対する薬剤の製造における、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、請求項７に記載のＴ細胞受容体もしくはその断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の組換え宿主細胞、請求項１３に記載の活性化Ｔリンパ球、または請求項１４に記載の医薬組成物の使用、または
がんに対する薬剤の製造における、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、請求項７に記載のＴ細胞受容体もしくはその断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の組換え宿主細胞、請求項１３に記載の活性化Ｔリンパ球、または請求項１４に記載の医薬組成物の使用であって、前記がんが、請求項１または２に記載のペプチドに由来するタンパク質の過剰発現を示す、結腸直腸がん、神経膠芽腫、胃がん、肝細胞がん、腎細胞がん、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、および急性骨髄性白血病；および非ホジキンリンパ腫、移植後リンパ球増殖性疾患（ＰＴＬＤ）によって代表されるその他のリンパ系新生物；ならびに原発性骨髄線維症、本態性血小板減少症、真性赤血球増加症を含むその他の骨髄性新生物；ならびに食道がん、非小細胞肺がん、小細胞肺がん、膵臓がん、前立腺がん、黒色腫、乳がん、胆嚢がんおよび胆管がん、膀胱がん、子宮がん、頭頸部扁上皮がん、中皮腫を含むその他の新生物；およびその他の腫瘍からなる群から選択される、使用。
【請求項１８】
（ａ）溶液または凍結乾燥形態にある、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩、請求項４に融合タンパク質、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、請求項７に記載のＴ細胞受容体もしくはその断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の組換え宿主細胞、または請求項１３記載の活性化Ｔリンパ球を含有する医薬組成物を含んでなる容器、および
（ｂ）前記凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器
を含んでなるキット、または
（ａ）溶液または凍結乾燥形態にある、請求項１〜３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩、請求項４に融合タンパク質、請求項５もしくは６に記載の抗体またはその断片、請求項７に記載のＴ細胞受容体もしくはその断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の組換え宿主細胞、または請求項１３記載の活性化Ｔリンパ球を含有する医薬組成物を含んでなる容器、および
（ｂ）前記凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器を含んでなるキットであって、（ｉ）緩衝液、（ｉｉ）希釈剤、（ｉｉｉ）フィルター、（ｉｖ）針、または（ｖ）シリンジの１つまたは複数をさらに含んでなる、キット。
【請求項１９】
ａ）前記個々の患者の腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；
ｂ）ａ）で同定された前記ペプチドを、正常組織との比較で腫瘍における免疫原性および／または過剰提示について予備選別されたペプチド貯蔵庫と比較するステップと；
ｃ）少なくとも１つのペプチドを、前記患者において同定されたＴＵＭＡＰと一致する前記貯蔵庫から選択するステップと；
ｄ）ステップｃ）に基づいて、個別化ワクチンまたは化合物ベースのまたは細胞療法を作成および／または処方するステップと
を含んでなる、個々の患者のための化合物ベースのおよび／または細胞療法のための個別化抗がんワクチンを生産する方法であって、前記貯蔵庫が配列番号２１、配列番号１〜２０、配列番号２２〜２６８からなる群から選択される配列を有するペプチドを含んでなる、方法。
【請求項２０】
以下（１）〜（４）からなる群から選択される１つまたは複数の手段を含む、請求項１９に記載の方法：
（１）前記ＴＵＭＡＰが、
ａ１）前記腫瘍サンプルからの発現データを前記腫瘍サンプルの組織型に対応する正常組織サンプルからの発現データと比較して、前記腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと
ａ２）前記発現データを、前記腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩ／またはクラスＩＩ分子と結合しているＭＨＣリガンドの配列と相関させて、前記腫瘍によって過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップと
によって同定される；
（２）結合ペプチドを前記腫瘍サンプルから単離されたＭＨＣ分子から溶出させて、前記溶出したリガンドを配列決定することで、ＭＨＣリガンドの配列が同定される；
（３）前記腫瘍サンプルの組織型に対応する前記正常組織が、前記同一の個々の患者のサンプルである；
（４）前記貯蔵庫に包含される前記ペプチドの免疫原性が、生体外免疫原性アッセイ、ＭＨＣ多量体染色、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイおよび／または細胞内サイトカイン染色を含んでなる方法によって判定される。
【請求項２１】
前記個々の患者の正常な対応する組織と比較して前記腫瘍サンプルに特有の少なくとも１つの変異を同定するステップと、前記ワクチンに包含するために、または細胞療法を作成するために、前記変異に関連があるペプチドを選択するステップとをさらに含んでなる、または
前記個々の患者の正常な対応する組織と比較して前記腫瘍サンプルに特有の少なくとも１つの変異を同定するステップと、前記ワクチンに包含するために、または細胞療法を作成するために、前記変異に関連があるペプチドを選択するステップとをさらに含んでなり、前記少なくとも１つの変異が、全ゲノム配列決定によって同定される、請求項１９または２０に記載の方法。