【手続補正書】
【提出日】令和3年5月27日(2021.5.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する葉の耐性に対応する改善された表現型を植物に付与する染色体１１の量的形質遺伝子座ＱＴＬ３をホモ接合でゲノム中に含む、ソヌラム・リコペルシカム植物であって、前記ＱＴＬ３が、種子ＨＡＺＴＢＲＦＶＲＥＳ１  ＮＣＩＭＢ受託番号４２７５８の植物のゲノム中に存在する、ソヌラム・リコペルシカム植物。
【請求項２】
トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する果実の耐性に対応する改善された表現型を植物に付与する量的形質遺伝子座（ＱＴＬ）である染色体９上のＱＴＬ２をゲノムにホモ接合でゲノム中に含む、ソヌラム・リコペルシカム植物であって、前記ＱＴＬ２が、種子ＨＡＺＴＢＲＦＶＲＥＳ１  ＮＣＩＭＢ受託番号４２７５８の植物のゲノム中に存在する、ソヌラム・リコペルシカム植物。
【請求項３】
前記ＱＴＬが、ＱＴＬ２について、ＴＯ−０１８０９５５（配列番号３）およびＴＯ−０１９６１０９（配列番号６）で区切られた染色体領域内の染色体９上に見出され、ＱＴＬ３について、ＴＯ−０１２２２５２（配列番号７）およびＴＯ−０１６２４２７（配列番号１８）により区切られた染色体領域内の染色体１１上に見出される、請求項１または２に記載のソヌラム・リコペルシカム植物。
【請求項４】
前記ＱＴＬが、以下の遺伝子座：
・染色体９上のＴＯ−０１８０９５５（配列番号３）を含む遺伝子座、
・染色体９上のＴＯ−０１９６７２４（配列番号４）を含む遺伝子座、
・染色体９上のＴＯ−０１４５１２５（配列番号５）を含む遺伝子座、
・染色体９上のＴＯ−０１９６１０９（配列番号６）を含む遺伝子座、
・染色体１１上のＴＯ−０１８２２７６（配列番号７）を含む遺伝子座、
・染色体１１上のＴＯ−０１２２２５２（配列番号８）を含む遺伝子座、
・染色体１１上のＴＯ−０１４４３１７（配列番号９）を含む遺伝子座、
・染色体１１上のＴＯ−０１４２２９４（配列番号１０）を含む遺伝子座、
・染色体１１上のＴＯ−０１４２３０３（配列番号１１）を含む遺伝子座、
・染色体１１上のＴＯ−０１４２３０６（配列番号１２）を含む遺伝子座、
・染色体１１上のＴＯ−０１８２２７６（配列番号１３）を含む遺伝子座
・染色体１１上のＴＯ−０１８１０４０（配列番号１４）を含む遺伝子座
・染色体１１上のＴＯ−０１２３０５７（配列番号１５）を含む遺伝子座、
・染色体１１上のＴＯ−０１２５５２８（配列番号１６）を含む遺伝子座
・染色体１１上のＴＯ−０１６２４３２（配列番号１７）を含む遺伝子座、および
・染色体１１上のＴＯ−０１６２４２７（配列番号１８）を含む遺伝子座
のうちの１つ以上で見出され、前記ＱＴＬが、種子ＨＡＺＴＢＲＦＶＲＥＳ１  ＮＣＩＭＢ受託番号４２７５８の植物のゲノム中に存在する、請求項１または２に記載のＳ．リコペルシカム植物。
【請求項５】
以下の対立遺伝子：
・ＱＴＬ２の存在についての、ＴＯ−０１８０９５５の対立遺伝子Ｇおよび／または
・ＴＯ−０１９６７２４の対立遺伝子Ｃおよび／または
・ＴＯ−０１４５１２５の対立遺伝子Ｇおよび／または
・ＴＯ−０１９６１０９の対立遺伝子Ｇ、
・ＱＴＬ３の存在についての、ＴＯ−０１２２２５２の対立遺伝子Ｔおよび／または
・ＴＯ−０１４４３１７の対立遺伝子Ｃおよび／または
・ＴＯ−０１４２２７０の対立遺伝子Ｔおよび／または
・ＴＯ−０１４２２９４の対立遺伝子Ｇおよび／または
・ＴＯ−０１４２３０３の対立遺伝子Ａおよび／または
・ＴＯ−０１４２３０６の対立遺伝子Ａおよび／または
・ＴＯ−０１８２２７６の対立遺伝子Ｇおよび／または
・ＴＯ−０１８１０４０の対立遺伝子Ｇおよび／または
・ＴＯ−０１２３０５７の対立遺伝子Ｇおよび／または
・ＴＯ−０１２５５２８および／または
・ＴＯ−０１６２４３２および／または
・ＴＯ−０１６２４２７
のうちの少なくとも１つが前記Ｓ．リコペルシカム植物のゲノム中に存在することを特徴とする、請求項１〜４のいずれか一項に記載の植物。
【請求項６】
前記植物が、種子ＨＡＺＴＢＲＦＶＲＥＳ１（ＮＣＩＭＢ受託番号４２７５８）の子孫である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の植物。
【請求項７】
ＴＢＲＦウイルスに対する果実または葉の耐性に対応する改善された表現型を付与する、前記染色体９上のＱＴＬ２、および／または前記染色体１１上のＱＴＬ３をゲノム中に含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載のＳ．リコペルシカム植物の細胞。
【請求項８】
請求項１〜６のいずれか一項に記載のＳ．リコペルシカム植物の植物部分、特に、種子、外植片、生殖材料、接ぎ穂、挿し木、種子、果実、根、台木、花粉、胚珠、胚、プロトプラスト、葉、葯、茎、葉柄、または花であって、前記植物部分が請求項７に記載の細胞を含む、Ｓ．リコペルシカム植物の植物部分。
【請求項９】
請求項１〜６のいずれか一項に記載の植物に成長する、Ｓ．リコペルシカム植物の種子。
【請求項１０】
請求項１〜６のいずれか一項に記載の植物の再生可能細胞の組織培養物であって、前記再生可能細胞は、胚、プロトプラスト、分裂組織細胞、カルス、花粉、葉、葯、茎、葉柄、根、根先、種子、花、子葉、および／または胚軸に由来し、ＴＢＲＦウイルスに対する果実または葉の耐性に対応する改善された表現型を付与する、前記染色体９上のＱＴＬ２、および／または前記染色体１１上のＱＴＬ３をゲノム中に含む、植物の再生可能細胞の組織培養物。
【請求項１１】
種子ＨＡＺＴＢＲＦＶＲＥＳ１（ＮＣＩＭＢ受託番号４２７５８）のゲノム中に見出される染色体１１上の１つのＱＴＬを有するＳ．リコペルシカム植物を検出および／または選択する方法であって、前記ＱＴＬは、トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する葉の耐性に対応する改善された表現型を付与し、前記方法は、選択される前記植物の遺伝物質試料中に、以下のマーカー、ＴＯ−０１２２２５２の対立遺伝子Ｔ、ＴＯ−０１４４３１７の対立遺伝子Ｃ、ＴＯ−０１４２２７０の対立遺伝子Ｔ、ＴＯ−０１４２２９４の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１４２３０３の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１４２３０６の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１８２２７６の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１８１０４０の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２３０５７の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２５５２８の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１６２４３２の対立遺伝子Ｃ、およびＴＯ−０１６２４２７の対立遺伝子Ｔのうちの少なくとも１つを検出することを含む、方法。
【請求項１２】
トマトゲノム中のＱＴＬを同定するためのマーカーの使用であって、前記ＱＴＬは、トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する果実の耐性を付与し、前記マーカーは、
ＴＯ−０１８０９５５およびＴＯ−０１９６１０９により染色体９上で区切られた染色体領域内に位置するか、または
ＴＯ−０１８０９５５、ＴＯ−０１９６７２４、ＴＯ−０１４５１２５、もしくはＴＯ−０１９６１０９の遺伝子座から２メガベース単位未満に位置し
前記マーカーは、０．０５以下のｐ値で、以下のＳＮＰ対立遺伝子：ＴＯ−０１８０９５５の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１９６７２４の対立遺伝子Ｃ、ＴＯ−０１４５１２５の対立遺伝子Ｇ、およびＴＯ−０１９６１０９の対立遺伝子Ｇのうちの少なくとも１つと関連する、使用。
【請求項１３】
トマト褐色縮葉フルーツウイルスに対する葉の耐性を付与するトマトゲノム中のＱＴＬを同定するためのマーカーの使用であって、前記マーカーは、
ＴＯ−０１２２２５２およびＴＯ−０１６２４２７により、もしくはＴＯ−０１４２２７０およびＴＯ−０１２５５２８により染色体１１上で区切られた染色体領域に位置するか、または
ＴＯ−０１２２２５２、ＴＯ−０１４４３１７、ＴＯ−０１４２２７０、ＴＯ−０１４２２９４、ＴＯ−０１４２３０３、ＴＯ−０１４２３０６、ＴＯ−０１８２２７６、ＴＯ−０１８１０４０、ＴＯ−０１２３０５７、ＴＯ−０１２５５２８、ＴＯ−０１６２４３２およびＴＯ−０１６２４２７の遺伝子座から２メガベース単位未満に位置し、
前記マーカーは、０．０５以下のｐ値で、以下のＳＮＰ対立遺伝子：ＴＯ−０１２２２５２の対立遺伝子Ｔ、ＴＯ−０１４４３１７の対立遺伝子Ｃ、ＴＯ−０１４２２７０の対立遺伝子Ｔ、ＴＯ−０１４２２９４の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１４２３０３の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１４２３０６の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１８２２７６の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１８１０４０の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２３０５７の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２５５２８の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１６２４３２の対立遺伝子Ｃ、および／またはＴＯ−０１６２４２７の対立遺伝子Ｔのうちの少なくとも１つに関連と関連する、使用。
【請求項１４】
ＴＢＲＦウイルスに対する果実の耐性を付与するＱＴＬに関連する分子マーカーを同定する方法であって、
ＴＯ−０１８０９５５（配列番号３）およびＴＯ−０１９６１０９（配列番号６）により染色体９上で区切られた染色体領域にあるか、またはＴＯ−０１８０９５５、ＴＯ−０１９６７２４、ＴＯ−０１４５１２５、またはＴＯ−０１９６１０９の遺伝子座から２メガベース単位未満にある、分子マーカーを同定することと、
前記分子マーカーの対立遺伝子または状態が、ＴＢＲＦウイルスに対する果実耐性を示す植物から生じた分離集団におけるＴＢＲＦウイルスに対する果実耐性の表現型に関連するかどうかを決定することと、を含む、方法。
【請求項１５】
ＴＢＲＦウイルスに対する葉の耐性を付与するＱＴＬに関連する分子マーカーを同定する方法であって、
ＴＯ−０１２２２５２およびＴＯ−０１６２４２７によりもしくはＴＯ−０１４２２７０およびＴＯ−０１２５５２８により染色体６上で区切られた染色体領域にあるか、またはＴＯ−０１８０９５５（配列番号３）およびＴＯ−０１９６１０９（配列番号６）により染色体１１上で区切られた染色体領域、またはＴＯ−０１２２２５２、ＴＯ−０１４４３１７、ＴＯ−０１４２２７０、ＴＯ−０１４２２９４、ＴＯ−０１４２３０３、ＴＯ−０１４２３０６、ＴＯ−０１８２２７６、ＴＯ−０１８１０４０、ＴＯ−０１２３０５７、ＴＯ−０１２５５２８、ＴＯ−０１６２４３２、もしくはＴＯ−０１６２４２７の遺伝子座からの２メガベース単位未満にある、分子マーカーを同定することと、
前記分子マーカーの対立遺伝子または状態が、ＴＢＲＦウイルスに対する葉耐性を示す植物から生じた分離集団におけるＴＢＲＦウイルスに対する葉耐性の表現型に関連するかどうかを決定することと、を含む、方法。
【請求項１６】
前記分離集団が、ＴＯ−０１８０９５５の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１９６７２４の対立遺伝子Ｃ、ＴＯ−０１４５１２５の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１９６１０９の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２２２５２の対立遺伝子Ｔ、ＴＯ−０１４４３１７の対立遺伝子Ｃ、ＴＯ−０１４２２７０の対立遺伝子Ｔ、ＴＯ−０１４２２９４の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１４２３０３の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１４２３０６の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１８２２７６の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１８１０４０の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２３０５７の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２５５２８の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１６２４３２の対立遺伝子ＣおよびＴＯ−０１６２４２７の対立遺伝子Ｔのうちの少なくとも１つを含むＴＢＲＦウイルスに対して耐性である植物から生じる、請求項１４または１５に記載の方法。
【請求項１７】
Ｓ．リコペルシカム植物、好ましくはＴＢＲＦＶに易感染性のＳ．リコペルシカム植物に対する耐性および／または抵抗性を付与するための育種プログラムにおける育種パートナーとしての、ＴＢＲＦＶ感染に対する耐性または抵抗性を付与するＱＴＬをホモ接合で有する、受託番号ＮＣＩＭＢ４２７５８でＮＣＩＭＢに寄託されたＳ．リコペルシカムの植物もしくは種子またはそれらの子孫の使用。
【請求項１８】
ＴＢＲＦＶに対する耐性をＳ．リコペルシカム植物に付与する方法であって、
ａ）ＴＢＲＦＶ耐性を付与するＱＴＬ２、および／またはＱＴＬ３を有する寄託された種子ＮＣＩＭＢ４２７５８またはその子孫から成長させた植物と、好ましくは前記ＱＴＬを欠いた最初のＳ．リコペルシカム植物とを交配するステップと、
ｂ）このようにして得られた子孫において、ＱＴＬ２、および／またはＱＴＬ３のうちの１つ、または２つを有する植物を選択するステップと、
ｃ）任意選択により、ステップｂ）で得られた前記植物を１回以上自家受粉し、このようにして得られた前記子孫において、ＴＢＲＦＶに対する耐性を有する植物を選択するステップと、を含む、方法。
【請求項１９】
ＴＢＲＦＶに対する耐性をＳ．リコペルシカム植物に付与する方法であって、
ａ）ＴＢＲＦＶ耐性を付与するＱＴＬ２、および／またはＱＴＬ３を有する寄託された種子ＮＣＩＭＢ４２７５８またはその子孫から成長させた植物と、好ましくは前記ＱＴＬを欠いた最初のＳ．リコペルシカム植物とを交配し、それによりＦ１集団を生成するステップと、
ａ２）Ｆ１交雑種を自殖して、Ｆ２集団を生成するステップと、
ｂ）このようにして得られた子孫において、ＴＢＲＦＶに対する耐性を有する個体を選択するステップと、を含む、方法。
【請求項２０】
ＳＮＰマーカーが、ＴＢＲＦＶ耐性を付与するＱＴＬ２、および／またはＱＴＬ３を有する植物を選択するためにステップｂ）および／またはｃ）で使用される、請求項１８または１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記選択が、以下の対立遺伝子：ＴＯ−０１８０９５５の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１９６７２４の対立遺伝子Ｃ、ＴＯ−０１４５１２５の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１９６１０９の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２２２５２の対立遺伝子Ｔ、ＴＯ−０１４４３１７の対立遺伝子Ｃ、ＴＯ−０１４２２７０の対立遺伝子Ｔ、ＴＯ−０１４２２９４の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１４２３０３の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１４２３０６の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１８２２７６の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１８１０４０の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２３０５７の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２５５２８の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１６２４３２の対立遺伝子Ｃ、およびＴＯ−０１６２４２７の対立遺伝子Ｔのうちの少なくとも１つの検出により行われる、請求項１８〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
ＴＢＲＦＶに対する耐性を有するＳ．リコペルシカム植物を育種する方法であって、ＴＢＲＦＶ耐性を付与するＱＴＬ２、および／またはＱＴＬ３を有する寄託された種子ＮＣＩＭＢ４２７５８またはその子孫から成長した植物を、前記ＱＴＬを欠失した最初のＳ．リコペルシカム植物と交配するステップを含む、方法。
【請求項２３】
請求項１８〜２２のいずれか一項に記載の方法により得られるＳ．リコペルシカム植物。
【請求項２４】
ＴＢＲＦＶに対する葉の抵抗性をＳ．リコペルシカム植物に付与する染色体１１上のＱＴＬと関連するＳＮＰマーカーＴＯ−０１２２２５２、ＴＯ−０１４４３１７、ＴＯ−０１４２２７０、ＴＯ−０１４２２９４、ＴＯ−０１４２３０３、ＴＯ−０１４２３０６、ＴＯ−０１８２２７６、ＴＯ−０１８１０４０、ＴＯ−０１２３０５７、ＴＯ−０１２５５２８、ＴＯ−０１６２４３２、およびＴＯ−０１６２４２７のうちの少なくとも１つの、前記ＱＴＬと関連する代替分子マーカーを同定するための使用であって、前記代替分子マーカーが、ＴＯ−０１２２２５２およびＴＯ−０１６２４２７もしくはＴＯ−０１４２２７０およびＴＯ−０１２５５２８により染色体１１上で区切られた染色体領域にあるか、またはＴＯ−０１２２２５２、ＴＯ−０１４４３１７、ＴＯ−０１４２２７０、ＴＯ−０１４２２９４、ＴＯ−０１４２３０３、ＴＯ−０１４２３０６、ＴＯ−０１８２２７６、ＴＯ−０１８１０４０、ＴＯ−０１２３０５７、ＴＯ−０１２５５２８、ＴＯ−０１６２４３２、もしくはＴＯ−０１６２４２７の遺伝子座から２メガベース単位未満にある、使用。
【請求項２５】
ＴＢＲＦＶに外寄生された環境でのトマト植物の収量を改善する方法であって、前記植物にＴＢＲＦＶに対する抵抗性または耐性を付与する染色体９のＱＴＬ２、および／または染色体１１のＱＴＬ３をホモ接合でゲノム中に含むトマト植物を成長させることを含み、前記ＱＴＬが、種子ＨＡＺＴＢＲＦＶＲＥＳ１  ＮＣＩＭＢ受託番号４２７５８の植物のゲノム中に存在する、方法。
【請求項２６】
ＴＢＲＦＶに外寄生された環境でのトマト植物の収量を改善する方法であって、前記植物にＴＢＲＦＶに対する抵抗性または耐性を付与する染色体１１のＱＴＬをホモ接合でゲノム中に含むトマト植物を成長させることを含み、前記ＱＴＬが、種子ＨＡＺＴＢＲＦＶＲＥＳ１  ＮＣＩＭＢ受託番号４２７５８の植物のゲノム中に存在する、方法。
【請求項２７】
ＴＢＲＦＶ外寄生の状態におけるトマト生産の損失を低減する方法であって、前記植物にＴＢＲＦＶに対する抵抗性または耐性を付与する染色体９のＱＴＬ２、および／または染色体１１のＱＴＬ３をホモ接合でゲノム中に含むトマト植物を成長させることを含み、前記ＱＴＬが、種子ＨＡＺＴＢＲＦＶＲＥＳ１  ＮＣＩＭＢ受託番号４２７５８の植物のゲノム中に存在する、方法。
【請求項２８】
前記植物にＴＢＲＦＶに対する葉の耐性を付与する染色体１１のＱＴＬ３をそのゲノム中に含むＴＢＲＦＶに耐性であるトマト植物を同定することであって、前記ＱＴＬが、種子ＨＡＺＴＢＲＦＶＲＥＳ１  ＮＣＩＭＢ受託番号４２７５８の植物のゲノム中に存在する、同定することと、
ＴＢＲＦＶに外寄生された環境またはＴＢＲＦＶ外寄生の状態で前記植物を成長させることと、を含む、請求項２５〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
トマト植物の畑、通路、または温室をＴＢＲＦＶ外寄生から保護する方法であって、前記植物にＴＢＲＦＶに対する抵抗性または耐性を付与する染色体９のＱＴＬ２、および／または染色体１１のＱＴＬ３をホモ接合でゲノム中に含む抵抗性または耐性トマト植物を成長させることを含み、前記ＱＴＬが、種子ＨＡＺＴＢＲＦＶＲＥＳ１  ＮＣＩＭＢ受託番号４２７５８の植物のゲノム中に存在する、方法。
【請求項３０】
畑、通路、または温室のＴＢＲＦＶ外寄生を制御するためのＴＢＲＦＶに耐性であるトマト植物の使用であって、前記トマト植物は、前記植物にＴＢＲＦＶに対する耐性を付与する染色体９のＱＴＬ２、および／または染色体１１のＱＴＬ３をホモ接合でゲノム中に含み、前記ＱＴＬが、種子ＨＡＺＴＢＲＦＶＲＥＳ１  ＮＣＩＭＢ受託番号４２７５８の植物のゲノム中に存在する、方法。
【請求項３１】
ＴＢＲＦＶ感染に対する耐性に関連する少なくとも１つの遺伝子マーカーの存在についてＳ．リコペルシカム植物またはトマト生殖質の遺伝子型解析をする方法であって、検査される前記植物または生殖質のゲノム中において、ＴＯ−０１８０９５５の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１９６７２４の対立遺伝子Ｃ、ＴＯ−０１４５１２５の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１９６１０９の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２２２５２の対立遺伝子Ｔ、ＴＯ−０１４４３１７の対立遺伝子Ｃ、ＴＯ−０１４２２７０の対立遺伝子Ｔ、ＴＯ−０１４２２９４の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１４２３０３の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１４２３０６の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１８２２７６の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１８１０４０の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２３０５７の対立遺伝子Ｇ、ＴＯ−０１２５５２８の対立遺伝子Ａ、ＴＯ−０１６２４３２の対立遺伝子Ｃ、および／またはＴＯ−０１６２４２７の対立遺伝子Ｔのうちの少なくとも１つを含む核酸を決定または検出するステップを含む、方法。