【手続補正書】
【提出日】令和3年6月28日(2021.6.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
前立腺癌（ＰＣａ）遺伝的亜集団（ＰＣａＧＳ）に属する個体におけるＰＣａの存在または不存在を示す方法であって、下記工程：
ａ）ＰＣａ遺伝的亜集団（ＰＣａＧＳ）に関連する一塩基多型（ＳＮＰ）の１つまたは複数の定義されたリスク対立遺伝子の存在または不存在を決定することを含む、前記個体から得られた生物学的試料の遺伝子解析を実施する工程、ここで、前記ＳＮＰの１つまたは複数の定義されたリスク対立遺伝子が前記試料中に存在する場合、前記個体はＰＣａＧＳに属すると決定され、そして前記ＳＮＰの１つまたは複数の定義されたリスク対立遺伝子が前記試料中に存在しない場合、前記個体はＰＣａＧＳに属さないと決定され、ＰＣａＧＳに関連する前記ＳＮＰが、ｒｓ１６９０１９７９、ｒｓ７８１８５５６、ｒｓ１２７９３７５９およびｒｓ１３８２１３１９７からなる群より選択される；
ｂ）工程ａ）において前記個体がＰＣａＧＳに属すると決定された場合、前記ＰＣａＧＳ個体における１つまたは複数のさらなるＰＣａ関連パラメーターを決定し、特徴付けして、前記ＰＣａＧＳ個体におけるＰＣａの存在または不存在を示す工程、ここで、前記固体における１つまたは複数の追加の前記ＰＣａ関連パラメーターを決定し、特徴付けすることが、前記個体の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）値を測定すること、および、前記測定されたＰＳＡ値を、前記ＰＣａＧＳ個体におけるＰＣａの存在または不存在を示すためのＰＳＡカットオフ値と比較することを含む；
を含む、方法。
【請求項２】
ＰＣａＧＳ個体におけるＰＣａの存在を示すＰＳＡカットオフ値が、ＰＣａの存在を示す標準的な一般母集団のＰＳＡカットオフ値よりも有意に低い、例えば標準的カットオフ値よりも少なくとも約１０％、例えば１０％、２０％、３０％、４０％またはさらには５０％低い、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＰＣａＧＳ個体におけるＰＣａの存在を示すＰＳＡカットオフ値が、それぞれ感度および特異性に関して、ＰＣａを検出するための一般母集団に用いられる約３ｎｇ/ｍＬのＰＳＡのパフォーマンスに匹敵する、約１．９から約２．１ｎｇ/ｍＬ（１．８±０．１）または約１．３から約１．５ｎｇ/ｍＬ（１．４±０．１）である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
工程ａ）において、個体が少なくとも１つのリスク対立遺伝子ｒｓ１３８２１３１９７を保有する場合、前記個体はＰＣａＧＳに属すると決定される、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＰＣａＧＳ個体におけるＰＣａの存在を示すＰＳＡカットオフ値が、ＰＣａの存在を示すための標準的な一般母集団のＰＳＡカットオフ値よりも有意に低い、例えば標準的カットオフ値よりも少なくとも約１０％、例えば１０％、２０％、３０％、４０％またはさらには５０％低い、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記ＰＣａＧＳ個体におけるＰＣａの存在を示すＰＳＡカットオフ値が、それぞれ感度および特異性に関して、ＰＣａを検出するための一般母集団に用いられる約３ｎｇ/ｍＬのＰＳＡのパフォーマンスに匹敵する、約１．５から約１．７ｎｇ/ｍＬまたは約１．１から約１．３ｎｇ/ｍＬである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
個体における前立腺癌（ＰＣａ）の存在または不存在を示す方法であって、
ａ）ＰＣａ遺伝的亜集団（ＰＣａＧＳ）に関連する一塩基多型（ＳＮＰ）の１つまたは複数の定義されたリスク対立遺伝子の存在または不存在を決定することを含む、前記個体から得られた生物学的試料の遺伝子解析を実施する工程、ここで、前記ＳＮＰの１つまたは複数の定義されたリスク対立遺伝子が前記試料中に存在する場合、前記個体はＰＣａＧＳに属すると決定され、そして前記ＳＮＰの１つまたは複数の定義されたリスク対立遺伝子が前記試料中に存在しない場合、前記個体はＰＣａＧＳに属さないと決定され、ＰＣａＧＳに関連する前記ＳＮＰが、ｒｓ１６９０１９７９、ｒｓ７８１８５５６、ｒｓ１２７９３７５９およびｒｓ１３８２１３１９７からなる群より選択される；
ｂ）工程ａ）において前記個体がＰＣａＧＳに属すると決定された場合、前記ＰＣａＧＳ個体における１つまたは複数のさらなるＰＣａ関連パラメーターを決定し、特徴付けして、前記ＰＣａＧＳ個体におけるＰＣａの存在または不存在を示す工程、ここで、前記固体における１つまたは複数の追加の前記ＰＣａ関連パラメーターを決定し、特徴付けすることが、前記個体の前立腺特異抗原（ＰＳＡ）値を測定すること、および、前記測定されたＰＳＡ値を、前記個体におけるＰＣａの存在または不存在を示すためのＰＳＡカットオフ値と比較することを含む；
ｃ）工程ａ）において前記個体がＰＣａＧＳに属していないと決定された場合、
ｉ）前記個体における所定量のＰＣａ関連バイオマーカーの存在または濃度を決定し；
ｉｉ）前記個体における所定量のＰＣａに関連するＳＮＰの１つまたは複数のリスク対立遺伝子の存在または不存在を決定することにより、ＰＣａに関連する遺伝的状態を決定し；
ｉｉｉ）所定量のＰＣａ関連バイオマーカーの存在または濃度に関する前記個体からのデータを、ＰＣａに関連する遺伝的状態に関する前記個体からのデータと組み合わせて、一般的ＰＣａ母集団総合値を形成し；
ｉｖ）一般的ＰＣａ母集団総合値を、既知の一般的ＰＣａ母集団の対照試料およびＰＣａの不存在の対照試料を用いて確立された所定のカットオフ値と比較することによって、前記一般的ＰＣａ母集団総合値を、前記個体におけるＰＣａの存在または不存在と相関させる工程
を含む、方法。
【請求項８】
前記ＰＣａが悪性前立腺癌である、請求項７記載の方法。
【請求項９】
所定量のＰＣａ関連バイオマーカーが、１つまたは複数のカリクレイン様ＰＣａバイオマーカーを含み、少なくとも１つ（例えば２つ）のカリクレイン様ＰＣａバイオマーカーが、（ｉ）ＰＳＡ、（ｉｉ）全ＰＳＡ（ｔＰＳＡ）、（ｉｉｉ）遊離ＰＳＡ（ｆＰＳＡ）、および（ｉｖ）ｈＫ２からなる群より選択され、
さらなるＰＣａ関連バイオマーカーが、マクロファージ阻害サイトカイン１（ＭＩＣ−１）または他のＭＩＣ−１関連バイオマーカー、または前立腺分泌タンパク質（ＭＳＭＢ）または他のＭＳＭＢ関連バイオマーカーを任意に含んでいてもよい、請求項７または８に記載の方法。
【請求項１０】
前記方法で用いられるＰＣａに関連する所定量のＳＮＰが、少なくとも約５０ＳＮＰ（例えば少なくとも約５５、６０、６５、６０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０または３００ＳＮＰ）である、請求項７から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも３つの異なるカテゴリーのリガンドを含む、請求項７から１０のいずれか一項に記載の方法を実施するためのアッセイ装置であって、ここで、
− 第１のカテゴリーの前記リガンドは、所定量のＰＣａ関連バイオマーカーに特異的に結合し、前記ＰＣａ関連バイオマーカーのそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含み、
− 第２のカテゴリーの前記リガンドは、ＰＣａに関連する所定量のＳＮＰに特異的に結合し、前記ＳＮＰのそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含み、そして
− 第３のカテゴリーの前記リガンドは、ＰＣａ遺伝的亜集団（ＰＣａＧＳ）ＳＮＰであるｒｓ１６９０１９７９、ｒｓ７８１８５５６、ｒｓ１２７９３７５９およびｒｓ１３８２１３１９７の全てに特異的に結合する、
アッセイ装置。
【請求項１２】
それぞれ前記第１、第２および第３のカテゴリーのリガンドに結合した、ＰＣａ関連バイオマーカー、ＰＣａに関連するＳＮＰ、およびＰＣａ遺伝的亜集団（ＰＣａＧＳ）ＳＮＰを特異的に検出するための１つまたは複数の検出分子をさらに含む、請求項１１に記載のアッセイ装置を含む試験キット。
【請求項１３】
請求項７に記載の方法の少なくとも工程ｃ）ｉｉｉ）およびｃ）ｉｖ）を実行するための手段を備えるデータ処理装置。
【請求項１４】
コンピューターに含まれる処理装置上でコンピューター実行可能命令が実行されるときに、請求項７に記載の少なくとも工程ｃ）ｉｉｉ）およびｃ）ｉｖ）をコンピューターに実行させるためのコンピューター実行可能命令を含むコンピュータープログラム。
【請求項１５】
請求項１４に記載のコンピュータープログラムを具体化したコンピューター読み取り可能な記憶媒体を含むコンピュータープログラム製品。
【請求項１６】
請求項１１に記載のアッセイ装置と、請求項１５に記載のコンピュータープログラム製品とを備える装置。