【手続補正書】
【提出日】令和3年5月10日(2021.5.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
光応答性要素（light-responsive element）を含むポリペプチドであって、
前記ポリペプチドに特定波長の光を照射することにより、前記光応答性要素の立体配置を切り替えることができ、
前記立体配置の切り替えが、リガンドへの前記ポリペプチドの結合活性を変化させ、そして
前記光応答性要素が、官能基Ｒ−Ｎ＝Ｎ−Ｒ′を有する化合物を含み、ここで、ＲまたはＲ′は、ヒドロカルビル基であり、前記ヒドロカルビル基は、親水性または極性置換基、例えば−ＣＯＯＨ、−ＳＯ3Ｈ、−Ｂ(ＯＨ)2、−ＣＯＮＨ2、−ＣＯＮＲ″Ｒ′″、−ＮＨ2、−ＮＲ″Ｒ′″を有し、ここでＲ、Ｒ′、Ｒ″及びＲ′″は、アリールまたはアルキルである、ポリペプチド。
【請求項２】
前記光応答性要素が
(i) ３′−カルボキシフェニルアゾフェニルアラニンもしくはその誘導体；または
(ii) ４′−カルボキシフェニルアゾフェニルアラニンもしくはその誘導体
を含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
前記光応答性要素が光切替可能アミノ酸側鎖を含む、請求項１または２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
目的の分子を単離および／または精製するための、請求項１〜３のいずれか一項に記載の光応答性要素を含むポリペプチドの使用。
【請求項５】
前記光応答性要素を含むポリペプチドが固相の一部であり、ここで前記固相が親水性である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の光応答性要素を含むポリペプチド、または請求項４に記載の使用。
【請求項６】
目的の分子の単離および／または精製方法であって、以下の工程：
(i) 目的の分子を含む液相を、請求項１〜３または５のいずれか一項に記載の光応答性要素を含むポリペプチドと接触させ、ここで前記光応答性要素を含むポリペプチドが固相の一部であり、ここで前記固相が親水性であり、そして前記光応答性要素が、前記ポリペプチドが目的の分子に対して高い親和性を有するような第一の立体配置状態にある工程、ここで、工程(i)の前および／または最中に、前記ポリペプチドに４００〜５００ nmの波長を有する可視光を照射してもよい；および
(ii) 前記光応答性要素を含むポリペプチドに、前記ポリペプチドが工程(i)の親和性に比較して目的の分子に対する親和性が減少するような第二の立体配置へと前記光応答性要素を変化させる波長の光を照射し、そして前記目的の分子を溶出させる工程、ここで、工程（ii）の間に、前記ポリペプチドに３００〜３９０ nmの波長を有するUV光が照射してもよい、
を含む方法。
【請求項７】
前記光応答性要素を含むポリペプチドが、光応答性要素を含むストレプトアビジンまたはそれの変異体もしくは突然変異タンパク質である、および／または
前記光応答性要素を含むポリペプチドが
(i) 配列番号２のアミノ酸配列；
(ii) 配列番号４のアミノ酸配列；
(iii) 配列番号６のアミノ酸配列；
(iv) 配列番号８６のアミノ酸配列；
(v) 配列番号２０のアミノ酸配列であって、配列番号２０の第１２位の残基が光応答性要素により置き換えられているアミノ酸配列；
(vi) 配列番号６１のアミノ酸配列であって、配列番号６１の第１３位の残基が光応答性要素により置き換えられているアミノ酸配列；または
(vii) (i)〜(vi)のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列
を含むまたはそれから成り、
ここで前記ポリペプチドが光応答性要素を含み、前記光応答性要素の立体配置を、前記ポリペプチドに特定波長の光を照射することにより切り替えることができ、そして前記立体配置の切り替えが、リガンドへの前記ポリペプチドの結合活性を変化させる、
請求項１〜３もしくは５に記載の光応答性要素を含むポリペプチド、請求項４または５に記載の使用、または請求項６に記載の方法。
【請求項８】
(i) 前記光応答性要素が、前記ポリペプチドのリガンド結合ポケットもしくは部位の中にまたはその付近にある;
(ii) 前記光応答性要素が、前記ポリペプチドへのリガンドの結合に関与する；および／または
(iii) 前記光応答性要素が
(a) 配列番号２、４、８および１０のいずれか１つのアミノ酸位置９６；
(b) 配列番号６および１２のいずれか１つの位置１３２；
(c) 配列番号２０の位置１２；
(d) 配列番号６１および８６のいずれか１つの位置１３；
(e) 配列番号２、４、８または１０のいずれか１つのアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列中、配列番号２、４、８または１０それぞれのアミノ酸位置９６に相同であるアミノ酸位置；
(f) 配列番号６または１２のいずれか１つのアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列中、配列番号６または１２それぞれのアミノ酸位置１３２に相同であるアミノ酸位置；
(g) 配列番号２０のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列中、配列番号２０のアミノ酸位置１２に相同であるアミノ酸位置；または
(h) 配列番号６１および８６のいずれか１つのアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列中、配列番号６１のアミノ酸位置１３に相同であるアミノ酸位置、
にある、
請求項１から３、５または７のいずれか一項に記載の光応答性要素を含むポリペプチド、請求項４、５または７のいずれか一項に記載の使用、または請求項６または７に記載の方法。
【請求項９】
(i) 第一の立体配置の前記光応答性要素を含むポリペプチドが、第二の立体配置の前記光応答性要素を含むポリペプチドに比較して、リガンドに対してより高い親和性を有する；および／または
(ii) 第一の立体配置の前記光応答性要素を含むポリペプチドがリガンドに対する高親和性を有し、そして第二の立体配置の前記光応答性要素を含むポリペプチドが前記リガンドに対して低親和性を有する、
請求項１〜３、５、７または８のいずれか一項に記載の光応答性要素を含むポリペプチド、請求項４、５、７または８のいずれか一項に記載の使用、または請求項６〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
３′−カルボキシフェニルアゾフェニルアラニンまたは４′−カルボキシフェニルアゾフェニルアラニンのトランス異性体を含むポリペプチドが、３′−カルボキシフェニルアゾフェニルアラニンまたは４′−カルボキシフェニルアゾフェニルアラニンのシス異性体を含むポリペプチドに比較して、増加したリガンドへの親和性を有する、請求項２、３、５、７〜９のいずれか一項に記載の光応答性要素を含むポリペプチド、請求項４、５、または７〜９のいずれか一項に記載の使用、または請求項６〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
(i) ４０５〜４７０ nmを有する可視光では、前記ポリペプチドの少なくとも７０％が光応答性要素のトランス異性体を含む；および／または
(ii) ３１０〜３７０ nmを有する紫外（UV）光では、前記ポリペプチドの少なくとも８５％が光応答性要素のシス異性体を含む、
請求項１〜３、５、または７〜１０のいずれか一項に記載の光応答性要素を含むポリペプチド、請求項４、５、または７〜１０のいずれか一項に記載の使用、または請求項６〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記固相がマトリックス（例えばＮ−ヒドロキシスクシンイミジル（NHS）活性化CH−セファロース）、ヒドロゲル、ビーズ、磁性ビーズ、チップ、ガラス表面、プラスチック表面、金表面、銀表面またはプレート（例えばマイクロタイターウェルプレート）であり、
ここで、前記マトリックス、ヒドロゲル、ビーズ、チップ、ガラス表面、プラスチック表面またはプレートが光透過性であってもよく；および／または
前記マトリックス、ヒドロゲルまたはビーズがアフィニティークロマトグラフィーカラムの固相であってもよい、
請求項５、または７〜１１のいずれか一項に記載の光応答性要素を含むポリペプチド、請求項５、または７〜１１のいずれか一項に記載の使用、または請求項６〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記リガンドが、ペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片、免疫グロブリンまたはその断片、酵素、ホルモン、サイトカイン、複合体、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、核酸、炭水化物、リポソーム、ナノ粒子、細胞、生体高分子、生体分子および小分子からなる群より選択された分子である、請求項１〜３、５、または７〜１２のいずれか一項に記載の光応答性要素を含むポリペプチド、請求項４、５、又は７〜１２のいずれか一項に記載の使用、または請求項６〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ペプチドリガンドが
(i) 配列番号１３のアミノ酸配列；
(ii) 配列番号１４のアミノ酸配列；または
(iii) 配列番号１３もしくは１４に対して少なくとも８０％の同一性を有し、かつストレプトアビジンまたはその突然変異体もしくは変異体に対して親和性を有するアミノ酸配列
を含むまたはそれから成り、
ここで、前記ストレプトアビジン突然変異体が、配列番号７のアミノ酸配列を有するタンパク質の四量体であってもよい、請求項１〜３、５、または７〜１３に記載の光応答性要素を含むポリペプチド、請求項４、５、または７〜１３のいずれか一項に記載の使用、または請求項６〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記方法が
(i’) 固相を適当な緩衝液で洗浄する工程、ここで、工程(i’)の間に、前記ポリペプチドに４００〜５００ nmの波長を有する可視光が照射されてもよい、
を更に含む、請求項６〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記方法が
(iii) 前記光応答性要素を含むポリペプチドを、前記目的の分子に対する親和性を有する第一のコンホメーションに再生させる工程、ここで、工程(iii)の間に、前記ポリペプチドに４００〜５００ nmを有する可視光を照射することにより、前記光応答性要素が再生されてもよく；および／または
工程(iii)の間に、前記固相が適当な緩衝液で洗浄されてもよいを更に含む、請求項６〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記目的の分子が、以下：
(i)ペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片（例えば、Fab断片、F(ab')2 断片、Fd断片、Fv断片、scFv断片、または単一ドメイン抗体）、免疫グロブリンまたはその断片、酵素、ホルモン、サイトカイン、複合体、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、核酸、炭水化物、リポソーム、ナノ粒子、細胞、生体高分子、生体分子および小分子からなる群より選択された分子；
(ii)天然タンパク質または組換え生産されたタンパク質である；および／または、
(iii)治療用タンパク質
である、請求項４、５、または７〜１６のいずれか一項に記載の使用、または請求項６〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
請求項１〜３、５、または７〜１４のいずれか一項に記載の光応答性要素を含むポリペプチドを含む、アフィニティーマトリックス。
【請求項１９】
請求項１８に記載のアフィニティーマトリックスを含むアフィニティークロマトグラフィーカラム。
【請求項２０】
(i) 請求項１９に記載のアフィニティークロマトグラフィーカラム；
(ii) 光源であって、１、２またはそれより多数の発光ダイオードLED、蛍光管、および／またはレーザーを含むかまたはそれから成ってもよい、光源、ここで、前記光源により発せられる光の波長が電気的に制御されてもよい；
(ii) ハウジング；および
(iii) 電気的インターフェース
を含む、アフィニティークロマトグラフィー装置。