【手続補正書】
【提出日】令和3年4月23日(2021.4.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対応する野生型ＮａｎＢノイラミニダーゼタンパク質と比較して少なくとも１つのアミノ酸変異を有する、触媒不活性ＮａｎＢノイラミニダーゼタンパク質又はその断片を含むシアル酸認識親和性試薬であって、前記変異は、
（ａ）前記ＮａｎＢタンパク質のノイラミニダーゼ活性を低減又は排除し、且つ
（ｂ）シアル酸結合親和性又は結合特異性に影響を及ぼし、
前記親和性試薬は、グリカンのシアル酸成分に結合する、シアル酸認識親和性試薬。
【請求項２】
前記ＮａｎＢ断片は、前記ＮａｎＢタンパク質の炭水化物結合性分子（ＣＢＭ）ドメイン及び前記ＮａｎＢタンパク質のグリコシルヒドロリアーゼ（ＧＨ）ドメインの少なくとも１つを含む、請求項１に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項３】
シアル酸に対してｐａｎ特異的である、請求項１又は２に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項４】
α２，３結合で隣接サッカリドモノマーに結合されたＮｅｕ５Ａｃ、α２，６結合で隣接サッカリドモノマーに結合されたＮｅｕ５Ａｃ及びα２，８結合で隣接サッカリドモノマーに結合されたＮｅｕ５Ａｃに結合する、請求項３に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項５】
Ｎｅｕ５Ａｃの少なくとも１つのバリアントに結合する、請求項３に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項６】
前記変異は、配列番号１又は配列番号４において表されるＹ６５３、Ｄ２７０及びＥ５４１からなる群から選択される部位におけるものである、請求項３に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項７】
前記変異は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＮａｎＢ（配列番号１若しくは配列番号４）又はその断片或いは相同的ＮａｎＢ配列での対応する位置におけるものである、請求項６に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項８】
前記変異は、Ｙ６５３Ｆ、Ｄ２７０Ａ、Ｄ２７０Ｎ、Ｅ５４１Ａ及びＥ５４１Ｑからなる群から選択される、請求項６に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項９】
前記変異は、Ｙ６５３Ｆである、請求項８に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項１０】
Ｓｉａ−ＰＳ１、Ｓｉａ−ＰＳ２、Ｓｉａ−ＰＳ３、Ｓｉａ−ＰＳ４及びＳｉａ−ＰＳ５からなる群から選択される、請求項８に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項１１】
Ｓｉａ−ＰＳ１である、請求項１０に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項１２】
対応する野生型ＮａｎＢノイラミニダーゼタンパク質と比較して複数のアミノ酸変異を有する、請求項１に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項１３】
前記複数の変異は、
（ａ）前記ＮａｎＢタンパク質の触媒活性を低減又は排除する少なくとも１つの第１変異、及び
（ｂ）結合親和性又は結合特異性に影響を及ぼす少なくとも１つの第２変異
を含む、請求項１２に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項１４】
α２，３結合で隣接サッカリドモノマーに結合されているＮｅｕ５Ａｃに対して特異的である、請求項１２に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項１５】
前記複数の変異は、配列番号１又は配列番号４において表されるＲ１９３、Ｄ２７０、Ａ５３８、Ｅ５４１、Ｐ６６０、Ｓ６７３、Ｄ３２７及びＮ６８３からなる群から選択される部位におけるものである、請求項１２に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項１６】
前記複数の変異は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＮａｎＢ（配列番号１若しくは配列番号４）又はその断片或いは相同的ＮａｎＢ配列での対応する位置におけるものである、請求項１５に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項１７】
前記複数の変異は、Ｒ１９３Ａ、Ｄ２７０Ｑ、Ｄ２７０Ｇ、Ｄ２７０Ｈ、Ｄ２７０Ｉ、Ａ５３８Ｖ、Ａ５３８Ｗ、Ａ５３８Ｆ、Ａ５３８Ｈ、Ａ５３８Ｍ、Ａ５３８Ｉ、Ｅ５４１Ｄ、Ｅ５４１Ａ、Ｅ５４１Ｉ、Ｅ５４１Ｓ、Ｐ６６０Ｑ、Ｓ６７３Ａ、Ｓ６７３Ｑ、Ｄ３２７Ｅ、Ｄ３２７Ｖ及びＮ６８３Ｓからなる群から選択される、請求項１５に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項１８】
前記複数の変異は、Ｒ１９３Ａ、Ｄ２７０Ｑ、Ａ５３８Ｖ及びＥ５４１Ｄを含む、請求項１７に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項１９】
Ｓｉａ−３Ｓ１、Ｓｉａ−３Ｓ２、Ｓｉａ−３Ｓ３、Ｓｉａ−３Ｓ５、Ｓｉａ−３Ｓ６、Ｓｉａ−３Ｓ７、Ｓｉａ−３Ｓ７＊、Ｓｉａ−３Ｓ８及びＳｉａ−３Ｓ９からなる群から選択される、請求項１７に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項２０】
Ｓｉａ−ＰＳ１である、請求項１９に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項２１】
前記グリカンは、グリコシル化生体分子の構成成分である、請求項１に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項２２】
前記グリコシル化生体分子は、糖タンパク質、グリコペプチド、糖脂質、グリコリポタンパク質又はグリコリポペプチドを含む、請求項２１に記載のシアル酸認識親和性試薬。
【請求項２３】
第２成分に共有結合されている、請求項１に記載のシアル酸認識親和性試薬を含む第１成分を含むコンジュゲート。
【請求項２４】
前記第２成分は、タンパク質性成分である、請求項２３に記載のコンジュゲート。
【請求項２５】
前記第２成分は、非タンパク質性成分である、請求項２３に記載のコンジュゲート。
【請求項２６】
前記第２成分は、治療薬又は診断薬である、請求項２３に記載のコンジュゲート。
【請求項２７】
請求項１に記載のシアル酸認識親和性試薬を含む融合タンパク質。
【請求項２８】
請求項１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質を含む親和性マトリックス。
【請求項２９】
固体担体、表面、カラム、樹脂、ビーズ、マイクロアレイ、粒子及びナノ粒子からなる群から選択される、請求項２８に記載の親和性マトリックス。
【請求項３０】
請求項１〜２９のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート、融合タンパク質又は親和性マトリックスと、使用説明書とを含むキット。
【請求項３１】
請求項１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質をコードする単離ポリヌクレオチド。
【請求項３２】
請求項３１に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項３３】
発現ベクターである、請求項３２に記載のベクター。
【請求項３４】
請求項３２又は３３に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項３５】
細菌細胞である、請求項３４に記載の宿主細胞。
【請求項３６】
請求項１〜２４のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬若しくはコンジュゲート又は請求項２７に記載の融合タンパク質を製造する方法であって、宿主細胞において前記親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質を発現することを含む方法。
【請求項３７】
グリカンのシアル酸成分を検出する方法であって、生体試料又は実験試料を、請求項１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質と、シアル酸への前記親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質の結合を可能にする条件下で接触させる工程と、前記シアル酸を検出する工程とを含む方法。
【請求項３８】
前記生体試料又は実験試料は、組換え抗体を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記グリカンは、バイオマーカーである、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
前記バイオマーカーは、癌バイオマーカーである、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
シアル酸含有グリカンをエンリッチ、単離又は精製する方法であって、請求項１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質を、シアル酸への前記親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質の結合を可能にする条件下で接触させて、エンリッチ、単離又は精製されたシアル酸含有グリカンをもたらすことを含む方法。
【請求項４２】
請求項１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質を含む診断用又は治療用組成物。
【請求項４３】
前記シアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質は、検出可能に標識化される、請求項４２に記載の診断用又は治療用組成物。
【請求項４４】
検出可能な標識は、放射性標識、蛍光標識、リン光性標識、比色定量標識、酵素的標識、免疫学的標識、磁気標識、常磁性標識、反磁性標識又は電磁標識を含む、請求項４３に記載の診断用又は治療用組成物。
【請求項４５】
治療薬としての使用のための、請求項１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質を含む組成物。
【請求項４６】
診断薬としての使用のための、請求項１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質を含む組成物。
【請求項４７】
標的化薬物送達のための、請求項１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質を含む組成物。
【請求項４８】
生体試料又は実験試料中のシアル酸の存在又は量を検出するための、請求項１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質の使用。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４６】
標題は、すべて読者の便宜上記載され、且つ指定がない限り、標題に続く文章の意味を限定するために使用されるべきではない。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
対応する野生型ＮａｎＢノイラミニダーゼタンパク質と比較して少なくとも１つのアミノ酸変異を有する、触媒不活性ＮａｎＢノイラミニダーゼタンパク質又はその断片を含むシアル酸認識親和性試薬であって、前記変異は、
（ａ）前記ＮａｎＢタンパク質のノイラミニダーゼ活性を低減又は排除し、且つ
（ｂ）シアル酸結合親和性又は結合特異性に影響を及ぼし、
前記親和性試薬は、グリカンのシアル酸成分に結合する、シアル酸認識親和性試薬。
（項目２）
前記ＮａｎＢ断片は、前記ＮａｎＢタンパク質の炭水化物結合性分子（ＣＢＭ）ドメイン及び前記ＮａｎＢタンパク質のグリコシルヒドロリアーゼ（ＧＨ）ドメインの少なくとも１つを含む、項目１に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目３）
シアル酸に対してｐａｎ特異的である、項目１又は２に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目４）
α２，３結合で隣接サッカリドモノマーに結合されたＮｅｕ５Ａｃ、α２，６結合で隣接サッカリドモノマーに結合されたＮｅｕ５Ａｃ及びα２，８結合で隣接サッカリドモノマーに結合されたＮｅｕ５Ａｃに結合する、項目３に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目５）
Ｎｅｕ５Ａｃの少なくとも１つのバリアントに結合する、項目３に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目６）
前記変異は、配列番号１又は配列番号４において表されるＹ６５３、Ｄ２７０及びＥ５４１からなる群から選択される部位におけるものである、項目３に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目７）
前記変異は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＮａｎＢ（配列番号１若しくは配列番号４）又はその断片或いは相同的ＮａｎＢ配列での対応する位置におけるものである、項目６に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目８）
前記変異は、Ｙ６５３Ｆ、Ｄ２７０Ａ、Ｄ２７０Ｎ、Ｅ５４１Ａ及びＥ５４１Ｑからなる群から選択される、項目６に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目９）
前記変異は、Ｙ６５３Ｆである、項目８に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目１０）
Ｓｉａ−ＰＳ１、Ｓｉａ−ＰＳ２、Ｓｉａ−ＰＳ３、Ｓｉａ−ＰＳ４及びＳｉａ−ＰＳ５からなる群から選択される、項目８に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目１１）
Ｓｉａ−ＰＳ１である、項目１０に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目１２）
対応する野生型ＮａｎＢノイラミニダーゼタンパク質と比較して複数のアミノ酸変異を有する、項目１に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目１３）
前記複数の変異は、
（ａ）前記ＮａｎＢタンパク質の触媒活性を低減又は排除する少なくとも１つの第１変異、及び
（ｂ）結合親和性又は結合特異性に影響を及ぼす少なくとも１つの第２変異
を含む、項目１２に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目１４）
α２，３結合で隣接サッカリドモノマーに結合されているＮｅｕ５Ａｃに対して特異的である、項目１２に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目１５）
前記複数の変異は、配列番号１又は配列番号４において表されるＲ１９３、Ｄ２７０、Ａ５３８、Ｅ５４１、Ｐ６６０、Ｓ６７３、Ｄ３２７及びＮ６８３からなる群から選択される部位におけるものである、項目１２に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目１６）
前記複数の変異は、肺炎連鎖球菌（Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＮａｎＢ（配列番号１若しくは配列番号４）又はその断片或いは相同的ＮａｎＢ配列での対応する位置におけるものである、項目１５に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目１７）
前記複数の変異は、Ｒ１９３Ａ、Ｄ２７０Ｑ、Ｄ２７０Ｇ、Ｄ２７０Ｈ、Ｄ２７０Ｉ、Ａ５３８Ｖ、Ａ５３８Ｗ、Ａ５３８Ｆ、Ａ５３８Ｈ、Ａ５３８Ｍ、Ａ５３８Ｉ、Ｅ５４１Ｄ、Ｅ５４１Ａ、Ｅ５４１Ｉ、Ｅ５４１Ｓ、Ｐ６６０Ｑ、Ｓ６７３Ａ、Ｓ６７３Ｑ、Ｄ３２７Ｅ、Ｄ３２７Ｖ及びＮ６８３Ｓからなる群から選択される、項目１５に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目１８）
前記複数の変異は、Ｒ１９３Ａ、Ｄ２７０Ｑ、Ａ５３８Ｖ及びＥ５４１Ｄを含む、項目１７に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目１９）
Ｓｉａ−３Ｓ１、Ｓｉａ−３Ｓ２、Ｓｉａ−３Ｓ３、Ｓｉａ−３Ｓ５、Ｓｉａ−３Ｓ６、Ｓｉａ−３Ｓ７、Ｓｉａ−３Ｓ７＊、Ｓｉａ−３Ｓ８及びＳｉａ−３Ｓ９からなる群から選択される、項目１７に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目２０）
Ｓｉａ−ＰＳ１である、項目１９に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目２１）
前記グリカンは、グリコシル化生体分子の構成成分である、項目１に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目２２）
前記グリコシル化生体分子は、糖タンパク質、グリコペプチド、糖脂質、グリコリポタンパク質又はグリコリポペプチドを含む、項目２１に記載のシアル酸認識親和性試薬。
（項目２３）
第２成分に共有結合されている、項目１に記載のシアル酸認識親和性試薬を含む第１成分を含むコンジュゲート。
（項目２４）
前記第２成分は、タンパク質性成分である、項目２３に記載のコンジュゲート。
（項目２５）
前記第２成分は、非タンパク質性成分である、項目２３に記載のコンジュゲート。
（項目２６）
前記第２成分は、治療薬又は診断薬である、項目２３に記載のコンジュゲート。
（項目２７）
項目１に記載のシアル酸認識親和性試薬を含む融合タンパク質。
（項目２８）
項目１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質を含む親和性マトリックス。
（項目２９）
固体担体、表面、カラム、樹脂、ビーズ、マイクロアレイ、粒子及びナノ粒子からなる群から選択される、項目２８に記載の親和性マトリックス。
（項目３０）
項目１〜２９のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート、融合タンパク質又は親和性マトリックスと、使用説明書とを含むキット。
（項目３１）
項目１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質をコードする単離ポリヌクレオチド。
（項目３２）
項目３１に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
（項目３３）
発現ベクターである、項目３２に記載のベクター。
（項目３４）
項目３２又は３３に記載のベクターを含む宿主細胞。
（項目３５）
細菌細胞である、項目３４に記載の宿主細胞。
（項目３６）
項目１〜２４のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬若しくはコンジュゲート又は項目２７に記載の融合タンパク質を製造する方法であって、宿主細胞において前記親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質を発現することを含む方法。
（項目３７）
グリカンのシアル酸成分を検出する方法であって、生体試料又は実験試料を、項目１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質と、シアル酸への前記親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質の結合を可能にする条件下で接触させる工程と、前記シアル酸を検出する工程とを含む方法。
（項目３８）
前記生体試料又は実験試料は、組換え抗体を含む、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記グリカンは、バイオマーカーである、項目３７に記載の方法。
（項目４０）
前記バイオマーカーは、癌バイオマーカーである、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
シアル酸含有グリカンをエンリッチ、単離又は精製する方法であって、項目１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質を、シアル酸への前記親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質の結合を可能にする条件下で接触させて、エンリッチ、単離又は精製されたシアル酸含有グリカンをもたらすことを含む方法。
（項目４２）
項目１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質を含む診断用又は治療用組成物。
（項目４３）
前記シアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質は、検出可能に標識化される、項目４２に記載の診断用又は治療用組成物。
（項目４４）
検出可能な標識は、放射性標識、蛍光標識、リン光性標識、比色定量標識、酵素的標識、免疫学的標識、磁気標識、常磁性標識、反磁性標識又は電磁標識を含む、項目４３に記載の診断用又は治療用組成物。
（項目４５）
治療薬としての、項目１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質の使用。
（項目４６）
診断薬としての、項目１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質の使用。
（項目４７）
標的化薬物送達のための、項目１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質の使用。
（項目４８）
生体試料又は実験試料中のシアル酸の存在又は量を検出するための、項目１、２３又は２７のいずれか一項に記載のシアル酸認識親和性試薬、コンジュゲート又は融合タンパク質の使用。
（項目４９）
本明細書に記載される特徴の１つ又は複数を含む化合物、組成物又は方法。