【手続補正書】
【提出日】令和3年3月1日(2021.3.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリペプチドの断片が特定のヒト被験者に対して免疫原性であると同定する、又は、ポリペプチド又はポリペプチドの断片が特定のヒト被験者に対して免疫原性であるかどうかを予測する方法であって、
（ｉ）該ポリペプチドが
（ａ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列；又は
（ｂ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列、
を含むかどうかを決定する工程；及び
（ｉｉ）（Ｉ）前記配列を、該被験者に対して免疫原性であるポリペプチドの断片として同定する工程；又は
（ＩＩ）Ａ．該ポリペプチドが工程（ｉ）の要件を満たす少なくとも１つの配列を含む場合には、該ポリペプチドは該被験者に対して免疫原性であること；又は
Ｂ．該ポリペプチチドが工程（ｉ）の要件を満たす少なくとも１つの配列を含まない場合には、該ポリペプチドは該被験者に対して免疫原性ではないことを予測する工程、
を含む方法。
【請求項２】
（ａ）Ｔ細胞エピトープが該被験者の少なくとも２個のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができ、該ポリペプチドの９個の連続するアミノ酸からなる、
（ｂ）Ｔ細胞エピトープが該被験者の少なくとも２個のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができ、該ポリペプチドの１５個の連続するアミノ酸からなる、及び／又は、
（ｃ）工程（ｉ）が、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列をポリペプチドが含むことを決定する、及び、該被験者の少なくとも１つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの断片を同定する工程をさらに含み、該ＨＬＡクラスＩＩ結合エピトープがＨＬＡクラスＩ結合Ｔ細胞エピトープのアミノ酸配列を含む、
請求項１に記載の方法。
【請求項３】
該ポリペプチドが、
（ａ）病原生物、ウイルス、若しくはがん細胞により発現されるか、自己免疫疾患に関連するか、又はアレルゲンであるか、又は医薬組成物の成分である、
（ｂ）表２から６に列挙された抗原から選択される、
（ｃ）がん細胞により発現される抗原又はネオアンチゲンであり、任意選択で該がん細胞、抗原又はネオアンチゲンは該被験者から採取された試料中に存在する、
（ｄ）変異性のネオアンチゲンであり、任意選択で、
Ａ．該ネオアンチゲンは該被験者から得られた試料中に存在し；及び／又は
Ｂ．該免疫原性の断片がネオアンチゲンに特異的な変異を含む、又は
（ｅ）該被験者における自己免疫疾患又は自己免疫応答と関連するか若しくは関連すると疑われ、該ポリペプチドが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含むと決定することにより、該ポリペプチド及び／又は断片が該被験者において、免疫原性であるか又は自己免疫疾患若しくは自己免疫応答に関連していると同定する、
請求項１又は請求項２に記載の方法。
【請求項４】
少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの全ての断片、及び／又は、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの全ての断片が同定される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法であって、任意選択で該方法が、特定の医薬組成物の有効成分である各ポリペプチドに対して繰り返される、方法。
【請求項５】
１つ以上のポリペプチド、又は有効成分として1つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物若しくはキットの投与に対して、該被験者が細胞傷害性Ｔ細胞応答又はヘルパーＴ細胞応答を示すかどうかを予測する工程をさらに含み、
Ａ．該ポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列を含む場合には、細胞傷害性Ｔ細胞応答が予測され；
Ｂ．該ポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも１つのアミノ酸配列を含む場合には、ヘルパーＴ細胞応答が予測され；
Ｃ．該ポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである如何なるアミノ酸配列も含まない場合には、細胞傷害性Ｔ細胞応答が予測されない；又は、
Ｄ．該ポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである如何なるアミノ酸配列も含まない場合には、ヘルパーＴ細胞応答が予測されない、
先行する請求項のいずれか１項に記載の方法であって、
任意選択で、
（Ｉ）該被験者は細胞傷害性Ｔ細胞応答及び／又はヘルパーＴ細胞応答を示すと予測され、該方法は、該被験者で発現するポリペプチド抗原を標的とする、細胞傷害性Ｔ細胞応答及び／又はヘルパーＴ細胞応答を該被験者が示すであろう可能性を決定する工程をさらに含み、
（ｉ）（ａ）該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；かつ
（ｂ）該ポリペプチドのアミノ酸配列に含まれる
アミノ酸配列を含む１つ以上のポリペプチド抗原を同定する工程、及び
（ｉｉ）工程（ｉ）で同定された1つ以上のポリペプチド抗原についての集団発現頻度のデータを用いて、該被験者で発現するポリペプチド抗原を標的とする細胞傷害性Ｔ細胞応答及び／又はヘルパーＴ細胞応答を、該被験者が示すであろう可能性を決定する工程、
を含む、又は、
（ＩＩ）該ポリペプチドが医薬組成物の成分であり、該方法は、該ポリペプチドの投与後に該被験者が抗薬物抗体（ＡＤＡ）を発生させるであろう可能性を決定する工程であって、予測されたヘルパーＴ細胞応答はＡＤＡのより高い可能性に相当し、予測されないヘルパーＴ細胞応答はＡＤＡのより低い可能性に対応する、工程を含む、さらに任意選択で、該ポリペプチドがチェックポイント阻害剤である、
方法。
【請求項６】
（Ｉ）有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して、該被験者が臨床応答を示すかどうかを予測する工程をさらに含み、１つ以上の有効成分のポリペプチドが、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、少なくとも２つの異なるアミノ酸配列を共に含むかどうかを決定する工程；及び
Ａ．１個以上の有効成分のポリペプチドが、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、少なくとも２つの異なる配列を共に含む場合には、該被験者は、該医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して臨床応答を示すこと；又は
Ｂ．１つ以上の有効成分のポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである１個以下の配列を共に含む場合には、該被験者は、該医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して臨床応答を示さないこと
を予測する工程を含み、
任意選択で、
少なくとも２つの異なるアミノ酸配列が、有効成分のポリペプチドにより標的化される２つの異なるポリペプチド抗原のアミノ酸配列に含まれる、及び／又は、
（ＩＩ）特定のヒト被験者が、有効成分として１つ以上のポリペプチドを含む医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して臨床応答を示すであろう可能性を決定する工程をさらに含み、
（１）１つ以上の下記の因子；
（ａ）有効成分のポリペプチドにおける、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、より多数のアミノ酸配列及び／又は異なるアミノ酸配列の存在；
（ｂ）Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び、
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、より多数の標的ポリペプチド抗原であって、任意選択で該標的ポリペプチド抗原は該被験者で発現され、さらに任意選択で該標的ポリペプチド抗原が該被験者から得られた1つ以上の試料中に存在する、標的ポリペプチド抗原、
（ｃ）該被験者が標的ポリペプチド抗原を発現するより高い確率であって、任意選択で該標的ポリペプチド抗原の閾値の数であり、及び／又は任意選択で
Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された標的ポリペプチド抗原である、確率；及び／又は、
（ｄ）該被験者が発現すると予測されるより多数の標的ポリペプチド抗原、任意選択で該患者が閾値確率で発現するより多数の標的ポリペプチド抗原、及び／又は、任意選択で
Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された標的ポリペプチド抗原、
が臨床応答のより高い可能性に対応する、及び／又は、
（２）前記方法は、
（ｉ）有効成分のポリペプチドによって標的化されるどのポリペプチド抗原が、
Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者であるアミノ酸配列を含むかを同定する工程、
（ｉｉ）工程（ｉ）において同定された各抗原についての集団発現頻度のデータを用いて、該被験者が、工程（ｉ）の少なくとも２つの異なるアミノ酸配列を共に含む、工程（ｉ）で同定された１つ以上の抗原を発現する確率を決定する工程；
任意選択で、工程（ｉ）において同定された各抗原についての集団発現頻度のデータを用いて、該被験者が、工程（ｉ）の少なくとも２つの異なるアミノ酸配列を共に含む、工程（ｉ）で同定された２つ以上の抗原を発現する確率を決定する工程；さらに任意選択で、該少なくとも２つの異なるアミノ酸配列が前記有効成分のポリペプチドによって標的とされる２つの異なるポリペプチド抗原のアミノ酸配列に含まれる；及び
（ｉｉｉ）該被験者が、該医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して臨床応答を示すであろう可能性を決定する工程であって、工程（ｉｉ）で決定されたより高い確率が臨床応答の可能性がより高いことに対応する、工程、
を含む、及び／又は
（３）１つ以上の下記の因子：
（ａ）有効成分のポリペプチドにおける、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、より多数のアミノ酸配列及び／又は異なるアミノ酸配列の存在；
（ｂ）Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、より多数の標的ポリペプチド抗原であって、任意選択で該標的ポリペプチド抗原は該被験者で発現され、任意選択で該標的ポリペプチド抗原は該被験者から得られた1つ以上の試料中に存在する、標的ポリペプチド抗原；
（ｃ）ｉ．Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列、及び
ｉｉ．Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列、
を含む、より多数の標的ポリペプチド抗原；
（ｄ）該被験者が
Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び、
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を１つ含むと決定された標的ポリペプチド抗原を発現するより高い確率、任意選択で該標的ポリペプチド抗原の閾値の数；
（ｅ）該被験者が
ｉ．Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列、及び
ｉｉ．Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された標的ポリヌクレオチド抗原を発現するより高い確率、任意選択で該標的ポリペプチド抗原の閾値の数；
（ｆ）該被験者が発現すると予測されるより多数の標的ポリペプチド抗原、任意選択で該被験者が閾値確率で発現し、かつ
Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された、より多数の標的ポリペプチド抗原；及び／又は、
（ｇ）該被験者が発現すると予測されるより多数の標的ポリペプチド抗原、任意選択で該被験者が閾値確率で発現し、かつ
ｉ．Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列、及び
ｉｉ．Ａ．有効成分ポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両者である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された、より多数の標的ポリヌクレオチド抗原；
が、臨床応答のより高い可能性にさらに対応する、
請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
（Ｉ）１つ以上のさらなる医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルに対して前記方法を繰り返す工程、及び、該組成物、キット又はポリペプチドのパネルを、該被験者において臨床応答を誘導する可能性によりランク付けする工程、及び／又は
（ＩＩ）該ポリペプチド、医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与が該被験者において有害な免疫応答を誘導するかどうかを予測する工程をさらに含み、
（ａ）該ポリペプチドが、
ｉ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができる；及び
ｉｉ．健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する、
少なくとも１つのアミノ酸配列を含み、
かつ有害な免疫応答が予測される；又は
（ｂ）該ポリペプチドが、
Ａ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができる；及び
Ｂ．健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する、
如何なるアミノ酸配列も含まず、かつ有害な免疫応答が予測されない、
請求項６に記載の方法。
【請求項８】
該被験者が、がんを治療するためにチェックポイント阻害剤の投与に対して臨床応答を示すかどうかを予測する工程をさらに含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法であって、
１つ以上のがん関連抗原が、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも２つの異なるアミノ酸配列を共に含むかどうかを決定する工程、及び
Ａ．１つ以上のがん関連抗原が、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、少なくとも２つの異なる配列を共に含む場合には、該被験者はチェックポイント阻害剤の投与に対して臨床応答を示すこと；又は、
Ｂ．１つ以上のがん関連抗原が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、１つ以下の配列を共に含む場合には、該被験者はチェックポイント阻害剤の投与に対して臨床応答を有さないこと、
を予測する工程を含み、
任意選択で、該被験者ががんを治療するためのチェックポイント阻害剤の投与に対して臨床応答を示すであろう可能性を決定する工程をさらに含み、
（ｉ）該被験者のがんの種類に関連する複数のポリペプチド抗原を選択する工程；
（ｉｉ）前記がん関連抗原のどれが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含むかを同定する工程；及び
（ｉｉｉ）工程で同定された各がん関連抗原についての集団発現データを用いて、がんを治療するためのチェックポイント阻害剤の投与に対して該被験者が臨床応答を示すであろう可能性を決定する工程であって、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである少なくとも２つのアミノ酸配列を共に含む、工程（ｉｉ）で同定された１つ以上のがん関連抗原を該被験者が発現する高い確率が、該被験者が臨床応答の可能性がより高いこと対応する、工程、
を含む、方法。
【請求項９】
治療を必要とするヒト被験者のがんを治療するための医薬の製造に使用するためのチェックポイント阻害剤であって、該被験者にチェックポイント阻害剤を投与する工程を含み、該被験者がチェックポイント阻害剤の投与に対して応答するか又は応答する可能性が高いと請求項８に記載の方法により予測されている、チェックポイント阻害剤。
【請求項１０】
特定のヒト被験者の治療方法における、任意選択で予防的治療方法における、使用のための、該ヒト被験者に特異的な医薬組成物又はキット又はポリペプチドのパネルを設計又は調製する方法であって、
（ｉ）ポリペプチドの断片を選択する工程であって、断片は請求項１〜８のいずれか１項の方法により該被験者に対して免疫原性であると同定されている、工程；
（ｉｉ）工程（ｉ）で選択された断片がＨＬＡクラスＩ結合エピトープである場合、任意選択で該ポリペプチドのより長い断片を選択する工程であって、
より長い断片は、
ａ．工程（ｉ）で選択された断片を含み；及び
ｂ．該被験者のＨＬＡクラスＩＩ分子の少なくとも３つ又は最も可能性の高いＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、工程；
（ｉｉｉ）該ポリペプチドの最大５０個の連続するアミノ酸の第１の配列を選択する工程であって、連続するアミノ酸は工程（ｉ）において選択された断片か、工程（ｉｉ）で選択されたより長い断片かのアミノ酸配列を含む、工程；
（ｉｖ）工程（ｉ）から（ｉｉｉ）を繰り返し、第１のアミノ酸配列と同一又は異なるポリペプチドの、最大５０個の連続するアミノ酸の第２のアミノ酸配列を選択する工程；
（ｖ）任意選択で工程（ｉ）から（ｉｉｉ）をさらに繰り返し、第１と第２のアミノ酸配列と同一又は異なるポリペプチドの、最大５０個の連続するアミノ酸配列の１つ以上の追加のアミノ酸配列を選択する工程；及び
（ｖｉ）先行する工程で選択された全てのアミノ酸配列を共に有する、１つ以上のポリペプチドを有効成分として有する、被験者に特異的な医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルを設計又は調製する工程であって、任意選択で１つ以上又は各配列が、該ポリペプチドの配列の一部ではない追加のアミノ酸によりＮ末端及び／又はＣ末端に隣接している、工程
を含む、方法。
【請求項１１】
（ａ）各ポリペプチドが、選択されたアミノ酸配列の１つからなるか、又は単一のペプチド内で端と端とを並べて配置された若しくは重複して配置された２つ以上の選択されたアミノ酸配列を含むか若しくは２つ以上の選択されたアミノ酸配列からなるかのいずれかであり、
任意選択で、単一のポリペプチド内で端と端とを並べて配置された、選択されたアミノ酸配列の任意の２つの間の接合部で形成された全てのネオエピト−プが、
（ｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
（ｉｉ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は
（ｉｉｉ）（ｉ）と（ｉｉ）の両方の要件を満たす、
ネオエピト−プのアミノ酸配列を含むポリペプチドを除去するためにスクリーニングされる、及び／又は、
（ｂ）（ｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；又は
（ｉｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当し、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、
アミノ酸配列を含むポリペプチドを除去するために１つ以上のポリペプチドがスクリーニングされる、
請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
特定のヒト被験者において免疫応答を誘導する方法における使用のための、請求項１０又は請求項１１に記載の方法により該被験者のために設計又は調製されたヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット、ポリペプチド又はポリペプチドのパネルであって、該組成物又はキットは、任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネル。
【請求項１３】
前記特異的なヒト被験者における免疫応答を誘導するための医薬の製造における使用のための、請求項１２に記載の、ヒト被験者に特異的な医薬組成物、キット、ポリペプチド、ポリペプチドのパネル、又は、該ポリペプチド若しくはポリペプチドのパネルをコード化する核酸。
【請求項１４】
治療を必要とする特定のヒト被験者の治療方法における使用のための、ヒト被験者に特異的な医薬組成物又はキットであって、
該治療は任意選択で予防的であり、
該医薬組成物又はキットは、
（ａ）第１及び第２のペプチド、並びに任意選択で1つ以上の追加のペプチドを有効成分として含むポリペプチドのパネル、又はポリペプチドのパネルをコード化する核酸であって、各ペプチドは、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、第１、第２及び任意の追加のペプチドのＴ細胞エピトープのアミノ酸配列は互いに異なり、かつ該医薬組成物又はキットは任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、ポリペプチドのパネル又は核酸、及び／又は
（ｂ）第１の領域及び第２の領域、並びに任意選択で１つ以上の追加の領域を含むポリペプチド又は該ポリペプチドをコード化する核酸であって、各領域は、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも２つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、第１、第２及び任意の追加の領域のＴ細胞エピトープのアミノ酸配列は互いに異なり、かつ該医薬組成物又はキットは任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、又は保存剤を含む、ポリペプチド又は核酸
を含む、医薬組成物又はキット。
【請求項１５】
請求項１４に記載のヒト被験者に特異的な医薬組成物又はキットであって、
（ａ）１つ以上の又はそれぞれのペプチド又は領域は、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）１つ以上の又はそれぞれのペプチド又は領域は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）１つ以上の又はそれぞれのペプチド又は領域は、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）１つ以上の又はそれぞれのペプチド又は領域は、該被験者の少なくとも１つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み、該ＨＬＡクラスＩＩ結合Ｔ細胞エピトープは、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む、
（ｅ）１つ以上のポリペプチドが、
（ｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；又は
（ｉｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当し、
該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、如何なるアミノ酸配列も含まない、
（ｆ）１つ以上の又はそれぞれのペプチド又は領域が、ポリペプチドの最大５０個の連続するアミノ酸の配列を含み、
Ａ．病原生物、ウイルス又はがん細胞によって発現され、自己免疫疾患に関連するか又はアレルゲンであり、該配列は、該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ又はクラスＩＩ分子に結合することができるペプチド又は領域のＴ細胞エピトープを含み、
Ｂ．１つ以上のポリペプチドが表２〜６に列挙された抗原から選択される、
Ｃ．ポリペプチドががん細胞により発現される抗原又はネオアンチゲンであり、任意選択で該がん細胞が該被験者から採取された試料中に存在する、
Ｄ．変異性のネオアンチゲンであり、任意選択で該ネオアンチゲンは該被験者から採取された試料中に存在し；及び／又は該Ｔ細胞エピトープはネオアンチゲン特異的な変異をそれぞれ含む、
任意選択で、
ｅ．最大５０個の連続するアミノ酸の１つ以上の又はそれぞれのポリペプチドの配列は、該ポリペプチドのアミノ酸配列の一部ではない追加のアミノ酸によりＮ末端及び／又はＣ末端に隣接している、
ｆ．最大５０個の連続するアミノ酸の２つ以上の又はそれぞれのポリペプチド配列が、異なるポリペプチドに由来する、
ｇ．最大５０個の連続アミノ酸の１つ以上の又はそれぞれの配列が、
（ｉ）該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含み；及び
（ｉｉ）該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子、又は（ｉ）のＨＬＡクラスＩ結合エピトープを含む配列に対して最も可能性の高い該被験者のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を含む、
ｈ．１つ以上の又はそれぞれのポリペプチド又はパネルのポリペプチドが、
（ｉ）ポリペプチドに由来する最大５０個の連続するアミノ酸の１つの配列のからなり、該ポリペプチドは病原生物、ウイルス又はがん細胞により発現され、自己免疫疾患に関連するか又はアレルゲンであるか；又は、
（ｉｉ）単一のペプチド内で端と端とを並べて配置された若しくは重複して配置された最大５０個の連続するアミノ酸の２つ以上の配列を含むか若しくは２つ以上の配列からなるか
のいずれかである、
さらに任意選択で、
１つ以上のペプチド又はポリペプチドが、単一のペプチド内で端と端とを並べて配置された前記アミノ酸配列の任意の２つの間の結合部にまたがり、かつ
（Ｉ）健康な細胞で発現するヒトポリペプチドの断片に相当する；
（ＩＩ）該被験者の少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；又は
（ＩＩＩ）（Ｉ）と（ＩＩ）の両方の要件を満たす
如何なるネオエピトープも含まない、
ヒト被験者に特異的な医薬組成物又はキット。
【請求項１６】
がんの治療のためのものである、及び／又は
治療が、化学療法、標的療法又はチェックポイント阻害剤と組み合わせての投与のためのものである、請求項１４又は請求項１５に記載の使用のためのヒト被験者に特異的な医薬組成物又はキット。
【請求項１７】
特定のヒト被験者において免疫応答を誘導するためのポリペプチドを設計又は調製するための方法であって、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子、又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を選択する工程、及び該選択されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを設計又は調製する工程を含む、方法。
【請求項１８】
（ａ）特定のヒト被験者において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導するためのポリペプチドを設計又は調製する方法であって、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を選択する工程、及び該選択されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを設計又は調製する工程を含む、方法；又は
（ｂ）ヘルパーＴ細胞応答を誘導するためのポリペプチドを設計又は調製する方法であって、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるアミノ酸配列を選択する工程、及び該選択されたアミノ酸配列を含むポリペプチドを設計又は調製する工程を含む、方法
である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
（ａ）被験者のクラスＩ及び／又はクラスＩＩ  ＨＬＡ遺伝子型、及び１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列を含むデータを貯蔵するように構成された貯蔵モジュール；及び
（ｂ）該被験者の複数のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができる、及び／又は該被験者の複数のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができる、１つ以上の試験ポリペプチドのアミノ酸配列を同定及び／又は定量するように構成された計算モジュールを含み、
さらに任意選択で、
（ｃ）（ｉ）１つ以上のポリペプチドが被験者に対して免疫原性であるかどうかの予測；又は該被験者に対して免疫原性であると予測された１つ以上のポリペプチドの１つ以上の断片の配列；
（ｉｉ）１つ以上のポリペプチド又は１つ以上のポリペプチドを有効成分として含む１つ以上の医薬組成物の投与に対して、個体が免疫応答を示すかどうかの予測；
（ｉｉｉ）１つ以上のポリペプチドを有効成分として含む１つ以上の医薬組成物を被験者へ投与することを含む治療方法に対して、該被験者が臨床応答を示すかどうかの予測；
（ｉｖ）１つ以上のポリペプチドを有効成分として含む１つ以上の医薬組成物の投与に対して被験者が臨床応答を示すであろう可能性；
（ｖ）１つ以上のポリペプチド又は１つ以上のポリペプチドを含む１つ以上の医薬組成物の投与が、被験者において有害な免疫応答を誘導するかどうかの予測；
（ｖｉ）１つ以上のポリペプチドが被験者における自己免疫疾患に関連していることの予測；
（ｖｉｉ）チェックポイント阻害剤の投与に対して被験者が臨床応答を示すかどうかの予測；又は
（ｖｉｉｉ）1つ以上のポリペプチド及び／又は１つ以上の医薬組成物の投与により被験者が治療されるべきか否かの推奨、
を表示するように構成された出力モジュール
をさらに含む、システム。