【手続補正書】
【提出日】令和3年5月7日(2021.5.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
急速に進化する生物学的実体に関連する疾患について対象を処置する方法であって、
（ａ）前記急速に進化する生物学的実体を標的とする治療用核酸を前記対象に投与すること；
（ｂ）前記対象が治療反応を示すか否かを判断すること；及び
（ｃ）前記対象が治療反応を示すことができない場合：
（ｉ）前記急速に進化する生物学的実体を含む対象からの試料を取得すること；
（ｉｉ）前記急速に進化する生物学的実体を標的とする新しい治療用核酸を特定するためのスクリーニングアッセイを実施すること；
（ｉｉｉ）新しい治療用核酸を対象に投与すること、
を包含する方法。
【請求項２】
前記対象が治療反応を示す場合、ステップ（ｃ）が治療用核酸を投与し続けることをさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
(1)前記急速に進化する生物学的実体に関連する疾患が処置されるまで、又は(2)前記急速に進化する生物学的実体が前記対象から排除されるまで、ステップ（ｂ）〜（ｃ）が繰り返される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
ステップ（ａ）の前に、以下のステップ：
（１）急速に進化する生物学的実体を含む対象からの試料を取得すること；及び
（２）治療用核酸を特定するためのスクリーニングアッセイを行うこと、
をさらに包含する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
ステップ（ａ）の前に、前記急速に進化する生物学的実体の分析を行うことをさらに包含し、場合により前記急速に進化する生物学的実体の分析が、核酸配列決定分析、プロテオーム分析、表面マーカー発現分析、細胞周期分析、メタボロミクス分析、または核酸の直接選択による分析を、前記実体の遺伝子型及び／または表現型の先験的知識なしで含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
急速に進化する生物学的実体に関連する疾患について対象を処置する方法であって、
（ａ）前記急速に進化する生物学的実体を標的とする治療用核酸を対象に投与すること；
（ｂ）一定期間後、急速に進化する生物学的実体を含む対象からの試料を取得すること；
（ｃ）前記急速に進化する生物学的実体を標的とする新しい治療用核酸を特定するためのスクリーニングアッセイを実施すること；
（ｄ）新しい治療用核酸を対象に投与すること、
を包含する方法。
【請求項７】
ステップ（ｂ）の期間が、前記急速に進化する生物学的実体が、治療用核酸に対する耐性を獲得するのに又は複製サイクルを完了するのに必要な期間以下であり、好ましくは急速に進化する生物学的実体に関連する疾患が処置されるまで、ステップ（ｂ）〜（ｄ）が繰り返される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
ステップ（ａ）の前に、以下のステップ：
（１）急速に進化する生物学的実体を含む対象からの試料を取得すること；
（２）治療用核酸を特定するためのスクリーニングアッセイを行うこと；
（３）急速に進化する生物学的実体の分析を行うこと、
の少なくとも１つを行うことをさらに包含し、場合により前記急速に進化する生物学的実体の分析が、核酸配列決定分析、プロテオーム分析、表面マーカー発現分析、細胞周期分析、メタボロミクス分析、または核酸の直接選択による分析を、前記実体の遺伝子型及び／または表現型の先験的知識なしで含む、請求項６〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記急速に進化する生物学的実体が細菌であり、場合により前記細菌が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ｂｒｕｇｉａ、Ｃａｎｄｉｄａ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｏｃｃｉｄｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｉｒｏｆｉｌａｒｉａ、Ｇｏｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ、Ｐａｒａｍｅｃｉｕｍ、Ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ、Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、ＴｏｘｏｐｌａｓｍａまたはＶｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅの属のものであり、場合により前記細菌が、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｇｒｏｕｐ  Ｂ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｍｉｃｒｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ａｄｌｅｒｉ、Ｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ  ｃｏｎｇｏｌｅｎｓｉｓ、Ｄｉｐｌｏｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ａｍｐｈｏｒｉｆｏｒｍｅ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈａｅｍｏｆｅｌｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｙｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｙｏｒｈｉｎｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｈｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｇｒａｎｕｌｏｍａ  ｉｎｇｕｉｎａｌｅ、Ｌｙｍｐｈｏｐａｔｈｉａ  ｖｅｎｅｒｅｕｍ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ａｂｏｒｔｕｓ．  Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｓｕｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｃａｎｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｅｔｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｅｔｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ  ｐｏｍｏｎａ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎａｅｒｏｂｉｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｏｖｉｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｓｉｔｔａｃｉ、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ  ｆｏｅｔｕｓ、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｅｑｕｕｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ａｂｏｒｔｕｓ  ｏｖｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ａｂｏｒｔｕｓ  ｅｑｕｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｑｕｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｇａｌｌｏｒａｌｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｉａ  ｒａｍｏｓａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｃｉｌｕｓ  ｓｅｍｉｎｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｂｏｖｉｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｂｓｉｄｉａ  ｒａｍｏｓａ、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ  ｅｑｕｉｐｅｒｄｕｍ、Ｂａｂｅｓｉａ  ｃａｂａｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉまたはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍの種のものである、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記急速に進化する生物学的実体がウイルスであり、場合により前記ウイルスが、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ＨＢＶ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ−１、ＨＩＶ−２）、水痘ウイルス、ヘルペスウイルス、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）、おたふく風邪ウイルス、風疹ウイルス、狂犬病ウイルス、麻疹ウイルス、ウイルス性肝炎、ウイルス性髄膜炎、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、ＨＳＶ−１、ＨＳＶ−２、またはインフルエンザウイルスから選択される、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
急速に進化する生物学的実体ががん細胞であり、場合により前記がん細胞が、巨細胞及び紡錘細胞癌；小細胞癌；乳頭癌；扁平上皮癌；リンパ上皮癌；基底細胞癌；毛細血管癌；移行上皮癌；乳頭状移行上皮癌；腺癌；ガストリノーマ、悪性；胆管癌；肝細胞癌；肝細胞癌と胆管癌の組み合わせ；小柱腺癌；腺様嚢胞癌；腺腫性ポリープの腺癌；腺癌；家族性大腸ポリポーシス；固形癌；カルチノイド腫瘍、悪性；分枝肺胞腺癌；乳頭腺癌；嫌色素性癌；好酸性癌；好酸性腺癌；好塩基性癌；明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾胞性腺癌；乳頭及び濾胞性腺癌；非被包性硬化癌；副腎皮質癌；子宮内膜癌；皮膚付属器癌；アポクリン腺癌；皮脂腺癌；耳垢腺癌；粘表皮癌；嚢胞腺癌；乳頭嚢胞腺癌；乳頭漿液性嚢胞腺癌；ムチン性嚢細胞癌；ムチン性腺癌；印環細胞癌；浸潤管癌；髄様癌；小葉癌；炎症性癌；ページェット病、乳腺；腺房細胞癌；腺扁平上皮癌；扁平上皮化生随伴腺癌；胸腺腫、悪性；卵巣間質腫瘍、悪性；莢膜腫、悪性；顆粒膜細胞腫瘍、悪性；及び芽球腫、悪性；セルトリ細胞癌；ライディッヒ細胞腫瘍、悪性；脂質細胞腫瘍、悪性；傍神経節腫、悪性；乳腺外傍神経節腫、悪性；褐色細胞腫；グロマン肉腫；悪性黒色腫；メラニン欠乏性黒色腫；表在拡大型黒色腫；悪性黒色腫巨大色素性母斑；類上皮細胞黒色腫；青母斑、悪性；肉腫；線維肉腫；線維性組織球腫、悪性；粘液肉腫；脂肪肉腫；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；胚性横紋筋肉腫；肺胞性横紋筋肉腫；間質肉腫；混合腫瘍、悪性；ミュラー混合腫瘍；腎芽腫；肝芽腫；癌肉腫；間葉腫、悪性；ブレンナー腫瘍、悪性；葉状腫瘍、悪性；滑膜肉腫；中皮腫、悪性；発芽細胞腫；胎児性癌；奇形腫、悪性；卵巣甲状腺腫、悪性；絨毛腫；中腎腫、悪性；血管肉腫；血管内皮腫、悪性；カポジ肉腫；血管周囲細胞腫、悪性；リンパ管肉腫；骨肉腫；傍皮質骨肉腫；軟骨肉腫；軟骨芽細胞腫、悪性；間葉性軟骨肉腫；骨の巨大細胞腫瘍；ユーイング肉腫；歯原性腫瘍、悪性；エナメル上皮歯牙肉腫；エナメル上皮腫、悪性；エナメル芽細胞性線維肉腫；松果体腫、悪性；脊索腫；神経膠腫、悪性；上衣細胞腫；星状細胞腫；原形質星細胞腫；線維性星状細胞腫；星状芽細胞腫；グリア芽細胞腫；乏突起細胞腫；乏突起膠腫；原始神経外胚葉；小脳肉腫；神経節芽細胞腫；神経芽腫；網膜芽腫；嗅神経原性腫瘍；髄膜腫、悪性；神経線維肉腫；神経鞘腫、悪性；顆粒細胞腫瘍、悪性；悪性リンパ腫；ホジキン病；ホジキンリンパ腫；傍肉芽腫；悪性リンパ腫、小リンパ球；悪性リンパ腫、大細胞、びまん性；悪性リンパ腫、濾胞；菌状息肉腫；その他の特定の非ホジキンリンパ腫；悪性組織球症；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免疫増殖性小腸疾患；白血病；リンパ性白血病；形質細胞白血病；赤白血病；リンパ肉腫細胞白血病；骨髄性白血病；好塩基球性白血病；好酸球性白血病；単球性白血病；肥満細胞性白血病；巨核球性白血病；骨髄肉腫；及びヘアリー細胞白血病から選択される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記治療用核酸が、干渉ＲＮＡである、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記治療用核酸が核酸アプタマーであり、場合により前記アプタマーがモノクローナルアプタマー又はポリクローナルアプタマーである、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法であって、前記スクリーニングアッセイが以下：
（１）表面に固定された複数のアプタマークラスターを、試料由来の急速に進化する生物学的実体と接触させること；及び
（２）前記急速に進化する生物学的実体に特異的に結合する及び／又は急速に進化する生物学的実体の特性を調節する、固定されたアプタマークラスターを特定すること
を包含し、場合により前記調節される前記急速に進化する生物学的実体の特性が、細胞生存率、細胞増殖、遺伝子発現、細胞形態、細胞活性化、リン酸化、カルシウム動員、脱顆粒または細胞移動、細胞分化であり、
場合により、さらに以下のステップ：
（ａ）表面上のアプタマーライブラリーから複数のアプタマーを固定すること；
（ｂ）表面上の複数の固定されたアプタマーを局所的に増幅して、複数の固定されたアプタマークラスターを形成することであり、好ましくは、前記増幅がブリッジＰＣＲ増幅またはローリングサークル増幅を介して行われる；
（ｃ）一本鎖の固定されたアプタマークラスターを提供するために、固定されたアプタマークラスターから相補鎖を除去すること；
（ｄ）ステップ（１）の後に洗浄ステップを実行して、表面から未結合の急速に進化する生物学的実体を除去すること、
の少なくとも１つを包含し、場合により前記固定されたアプタマークラスターが、ステップ（１）の前に配列決定される、前記方法。
【請求項１５】
アプタマーライブラリーからのアプタマーを表面にプリントすることにより、複数の固定されたアプタマークラスターを生成することをさらに包含する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも１０８個の異なるアプタマーが表面に固定されている、及び／又は各アプタマークラスターが少なくとも５０個の同一のアプタマーを含む、請求項１４〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記表面がフローセル表面である、請求項１４〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記固定されたアプタマーのそれぞれが、式ＩＩまたは式ＩＩＩによる配列：
Ｐ１−Ｓ１−Ｌ１−Ｓ１＊−Ｓ２−Ｌ２−Ｓ２＊−Ｐ２（ＩＩ）、または
Ｐ１−Ｓ１−Ｌ１−Ｓ２−Ｌ２−Ｓ２＊−Ｌ１−Ｓ１＊−Ｐ２（ＩＩＩ）、
を有し、ここで：
Ｐ１は５’プライマー部位配列であり；
Ｐ２は３’プライマー部位配列であり；
Ｓ１及びＳ２は、それぞれ独立して、少なくとも１つの塩基のステム領域配列であり；  Ｓ１＊はＳ１に対する相補配列であり；
Ｓ２＊はＳ２に対する相補配列であり；そして
Ｌ１及びＬ２は、それぞれ独立して、少なくとも１つの塩基のループ領域配列である、請求項１３〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記急速に進化する生物学的実体が、前記アプタマーと接触させる前又は後に検出可能に標識されており、場合により前記検出可能な標識が、活性化関連マーカー、酸化ストレスレポーター、血管新生マーカー、アポトーシスマーカー、オートファジーマーカー、細胞生存マーカー、またはイオン濃度マーカーであり、場合により前記急速に進化する生物学的実体が、蛍光標識抗体またはその抗原結合フラグメント、アネキシンＶ、蛍光標識融合タンパク質、蛍光標識糖、または蛍光標識レクチンで標識されている、請求項１４〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記検出可能な標識が蛍光色素であり、場合により前記蛍光色素が、カルシウム感受性色素、細胞トレーサー色素、親油性色素、細胞増殖色素、細胞周期色素、代謝産物感受性色素、ｐＨ感受性色素、膜電位感受性色素、ミトコンドリア膜電位感受性色素、または酸化還元電位色素から選択される、請求項１９に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４３】
等価物
当業者は、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多くの等価物を認識するか、または慣用的な実験以下を使用して確認することができるであろう。そのような等価物は、添付の特許請求の範囲に包含されることが意図されている。
例えば、本発明は以下の実施形態を包含する：
［実施形態１］急速に進化する生物学的実体に関連する疾患について対象を処置する方法であって、
（ａ）前記急速に進化する生物学的実体を標的とする治療用核酸を前記対象に投与すること；
（ｂ）前記対象が治療反応を示すか否かを判断すること；及び
（ｃ）前記対象が治療反応を示すことができない場合：
（ｉ）前記急速に進化する生物学的実体を含む対象から試料を取得すること；
（ｉｉ）前記急速に進化する生物学的実体を標的とする新しい治療用核酸を特定するためのスクリーニングアッセイを実施すること；
（ｉｉｉ）新しい治療用核酸を対象に投与すること、
を包含する方法。
［実施形態２］前記対象が治療反応を示す場合、ステップ（ｃ）が治療用核酸を投与し続けることをさらに包含する、実施形態１に記載の方法。
［実施形態３］ステップ（ｂ）〜（ｃ）が繰り返される、実施形態２に記載の方法。
［実施形態４］前記急速に進化する生物学的実体が前記対象から排除されるまで、ステップ（ｂ）〜（ｃ）が繰り返される、実施形態２に記載の方法。
［実施形態５］前記急速に進化する生物学的実体に関連する疾患が処置されるまで、ステップ（ｂ）〜（ｃ）が繰り返される、実施形態２に記載の方法。
［実施形態６］ステップ（ａ）の前に、以下のステップ：
（１）急速に進化する生物学的実体を含む対象から試料を取得すること；及び
（２）治療用核酸を特定するためのスクリーニングアッセイを行うこと、
をさらに包含する、実施形態１〜５のいずれかに記載の方法。
［実施形態７］ステップ（ａ）の前に、前記急速に進化する生物学的実体の分析を行うことをさらに包含する、実施形態１〜６のいずれかに記載の方法。
［実施形態８］前記急速に進化する生物学的実体の分析が、核酸配列決定分析、プロテオーム分析、表面マーカー発現分析、細胞周期分析、メタボロミクス分析、または核酸の直接選択による分析を、前記実体の遺伝子型及び／または表現型の先験的知識なしで含む、実施形態７に記載の方法。
［実施形態９］急速に進化する生物学的実体に関連する疾患について対象を処置する方法であって、
（ａ）前記急速に進化する生物学的実体を標的とする治療用核酸を対象に投与すること；
（ｂ）一定期間後、急速に進化する生物学的実体を含む対象から試料を取得すること；
（ｃ）前記急速に進化する生物学的実体を標的とする新しい治療用核酸を特定するためのスクリーニングアッセイを実施すること；
（ｄ）新しい治療用核酸を対象に投与すること、
を包含する方法。
［実施形態１０］ステップ（ｂ）の期間が、前記急速に進化する生物学的実体が治療用核酸に対する耐性を獲得するのに必要な期間以下である、実施形態９に記載の方法。
［実施形態１１］ステップ（ｂ）の期間が、急速に進化する生物学的実体が複製サイクルを完了するのに必要な期間以下である、実施形態９に記載の方法。
［実施形態１２］急速に進化する生物学的実体に関連する疾患が処置されるまで、ステップ（ｂ）〜（ｄ）が繰り返される、実施形態７または８に記載の方法。
［実施形態１３］ステップ（ａ）の前に、以下のステップ：
（１）急速に進化する生物学的実体を含む対象から試料を取得すること；
（２）治療用核酸を特定するためのスクリーニングアッセイを行うこと、
を行うことをさらに包含する、実施形態９〜１２のいずれかに記載の方法。
［実施形態１４］ステップ（ａ）の前に、急速に進化する生物学的実体の分析を行うことをさらに包含する、実施形態９〜１３のいずれかに記載の方法。
［実施形態１５］前記急速に進化する生物学的実体の分析が、核酸配列決定分析、プロテオーム分析、表面マーカー発現分析、細胞周期分析、メタボロミクス分析、または核酸の直接選択による分析を、前記実体の遺伝子型及び／または表現型の先験的知識なしで含む、実施形態１１に記載の方法。
［実施形態１６］前記急速に進化する生物学的実体が細菌である、実施形態１〜１２のいずれかに記載の方法。
［実施形態１７］実施形態１６に記載の方法であって、前記細菌が、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ｂｒｕｇｉａ、Ｃａｎｄｉｄａ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｏｃｃｉｄｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｉｒｏｆｉｌａｒｉａ、Ｇｏｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ、Ｐａｒａｍｅｃｉｕｍ、Ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ、Ｐｎｅｕｍｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、ＴｏｘｏｐｌａｓｍａまたはＶｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅの属のものである、前記方法。
［実施形態１８］実施形態１６に記載の方法であって、前記細菌が、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｇｒｏｕｐ  Ｂ  Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．、Ｍｉｃｒｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ａｄｌｅｒｉ、Ｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌｕｓ  ｃｏｎｇｏｌｅｎｓｉｓ、Ｄｉｐｌｏｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ａｍｐｈｏｒｉｆｏｒｍｅ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈａｅｍｏｆｅｌｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｙｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｙｏｒｈｉｎｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｈｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｇｒａｎｕｌｏｍａ  ｉｎｇｕｉｎａｌｅ、Ｌｙｍｐｈｏｐａｔｈｉａ  ｖｅｎｅｒｅｕｍ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ａｂｏｒｔｕｓ．  Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｓｕｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｃａｎｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｅｔｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｅｔｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ  ｐｏｍｏｎａ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎａｅｒｏｂｉｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｏｖｉｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｓｉｔｔａｃｉ、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ  ｆｏｅｔｕｓ、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｅｑｕｕｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ａｂｏｒｔｕｓ  ｏｖｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ａｂｏｒｔｕｓ  ｅｑｕｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｑｕｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｇａｌｌｏｒａｌｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｐａｓｔｅｕｒｉａ  ｒａｍｏｓａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｃｉｌｕｓ  ｓｅｍｉｎｉｓ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｂｏｖｉｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ、Ａｂｓｉｄｉａ  ｒａｍｏｓａ、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ  ｅｑｕｉｐｅｒｄｕｍ、Ｂａｂｅｓｉａ  ｃａｂａｌｌｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉまたはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍの種のものであ��、前記方法。
［実施形態１９］前記急速に進化する生物学的実体がウイルスである、実施形態１〜１５のいずれかに記載の方法。
［実施形態２０］前記ウイルスが、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ＨＢＶ、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ−１、ＨＩＶ−２）、水痘ウイルス、ヘルペスウイルス、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）、おたふく風邪ウイルス、風疹ウイルス、狂犬病ウイルス、麻疹ウイルス、ウイルス性肝炎、ウイルス性髄膜炎、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、ＨＳＶ−１、ＨＳＶ−２、またはインフルエンザウイルスである、実施形態１９に記載の方法。
［実施形態２１］急速に進化する生物学的実体ががん細胞である、実施形態１〜１５のいずれかに記載の方法。
［実施形態２２］実施形態２１に記載の方法であって、前記癌が、巨細胞及び紡錘細胞癌；小細胞癌；乳頭癌；扁平上皮癌；リンパ上皮癌；基底細胞癌；毛細血管癌；移行上皮癌；乳頭状移行上皮癌；腺癌；ガストリノーマ、悪性；胆管癌；肝細胞癌；肝細胞癌と胆管癌の組み合わせ；小柱腺癌；腺様嚢胞癌；腺腫性ポリープの腺癌；腺癌；家族性大腸ポリポーシス；固形癌；カルチノイド腫瘍、悪性；分枝肺胞腺癌；乳頭腺癌；嫌色素性癌；好酸性癌；好酸性腺癌；好塩基性癌；明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾胞性腺癌；乳頭及び濾胞性腺癌；非被包性硬化癌；副腎皮質癌；子宮内膜癌；皮膚付属器癌；アポクリン腺癌；皮脂腺癌；耳垢腺癌；粘表皮癌；嚢胞腺癌；乳頭嚢胞腺癌；乳頭漿液性嚢胞腺癌；ムチン性嚢細胞癌；ムチン性腺癌；印環細胞癌；浸潤管癌；髄様癌；小葉癌；炎症性癌；ページェット病、乳腺；腺房細胞癌；腺扁平上皮癌；扁平上皮化生随伴腺癌；胸腺腫、悪性；卵巣間質腫瘍、悪性；莢膜腫、悪性；顆粒膜細胞腫瘍、悪性；及び芽球腫、悪性；セルトリ細胞癌；ライディッヒ細胞腫瘍、悪性；脂質細胞腫瘍、悪性；傍神経節腫、悪性；乳腺外傍神経節腫、悪性；褐色細胞腫；グロマン肉腫；悪性黒色腫；メラニン欠乏性黒色腫；表在拡大型黒色腫；悪性黒色腫巨大色素性母斑；類上皮細胞黒色腫；青母斑、悪性；肉腫；線維肉腫；線維性組織球腫、悪性；粘液肉腫；脂肪肉腫；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；胚性横紋筋肉腫；肺胞性横紋筋肉腫；間質肉腫；混合腫瘍、悪性；ミュラー混合腫瘍；腎芽腫；肝芽腫；癌肉腫；間葉腫、悪性；ブレンナー腫瘍、悪性；葉状腫瘍、悪性；滑膜肉腫；中皮腫、悪性；発芽細胞腫；胎児性癌；奇形腫、悪性；卵巣甲状腺腫、悪性；絨毛腫；中腎腫、悪性；血管肉腫；血管内皮腫、悪性；カポジ肉腫；血管周囲細胞腫、悪性；リンパ管肉腫；骨肉腫；傍皮質骨肉腫；軟骨肉腫；軟骨芽細胞腫、悪性；間葉性軟骨肉腫；骨の巨大細胞腫瘍；ユーイング肉腫；歯原性腫瘍、悪性；エナメル上皮歯牙肉腫；エナメル上皮腫、悪性；エナメル芽細胞性線維肉腫；松果体腫、悪性；脊索腫；神経膠腫、悪性；上衣細胞腫；星状細胞腫；原形質星細胞腫；線維性星状細胞腫；星状芽細胞腫；グリア芽細胞腫；乏突起細胞腫；乏突起膠腫；原始神経外胚葉；小脳肉腫；神経節芽細胞腫；神経芽腫；網膜芽腫；嗅神経原性腫瘍；髄膜腫、悪性；神経線維肉腫；神経鞘腫、悪性；顆粒細胞腫瘍、悪性；悪性リンパ腫；ホジキン病；ホジキンリンパ腫；傍肉芽腫；悪性リンパ腫、小リンパ球；悪性リンパ腫、大細胞、びまん性；悪性リンパ腫、濾胞；菌状息肉腫；その他の特定の非ホジキンリンパ腫；悪性組織球症；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免疫増殖性小腸疾患；白血病；リンパ性白血病；形質細胞白血病；赤白血病；リンパ肉腫細胞白血病；骨髄性白血病；好塩基球性白血病；好酸球性白血病；単球性白血病；肥満細胞性白血病；巨核球性白血病；骨髄肉腫；及びヘアリー細胞白血病である、前記方法。
［実施形態２３］前記治療用核酸が、干渉ＲＮＡまたは核酸アプタマーである、実施形態１〜２２のいずれかに記載の方法。
［実施形態２４］前記治療用核酸が核酸アプタマーである、実施形態２３に記載の方法。
［実施形態２５］前記アプタマーがモノクローナルアプタマーである、実施形態２４に記載の方法。
［実施形態２６］前記アプタマーがポリクローナルアプタマーである、実施形態２４に記載の方法。
［実施形態２７］実施形態２４から２６のいずれかに記載の方法であって、前記スクリーニングアッセイが以下：
（１）表面に固定された複数のアプタマークラスターを、試料由来の急速に進化する生物学的実体と接触させること；及び（２）前記急速に進化する生物学的実体に特異的に結合する固定されたアプタマークラスターを特定すること
を包含する、前記方法。
［実施形態２８］実施形態２７に記載の方法であって、さらに以下のステップ：
（ａ）表面上のアプタマーライブラリーから複数のアプタマーを固定すること；及び
（ｂ）表面上の複数の固定されたアプタマーを局所的に増幅して、複数の固定されたアプタマークラスターを形成すること、
を包含する、前記方法。
［実施形態２９］前記増幅が、ブリッジＰＣＲ増幅またはローリングサークル増幅を介して行われる、実施形態２８に記載の方法。
［実施形態３０］一本鎖の固定されたアプタマークラスターを提供するために、固定されたアプタマークラスターから相補鎖を除去することをさらに包含する、実施形態２８または２９に記載の方法。
［実施形態３１］前記固定されたアプタマークラスターが、ステップ（１）の前に配列決定される、実施形態２７〜３０のいずれかに記載の方法。
［実施形態３２］前記配列決定が、Ｉｌｌｕｍｉｎａ配列決定またはＰｏｌｏｎａｔｏｒ配列決定を介して行われる、実施形態３１に記載の方法。
［実施形態３３］アプタマーライブラリーからのアプタマーを表面にプリントすることにより、複数の固定されたアプタマークラスターを生成することをさらに包含する、実施形態２７に記載の方法。
［実施形態３４］少なくとも１０８個の異なるアプタマーが表面に固定されている、実施形態２７〜３３のいずれかに記載の方法。
［実施形態３５］各アプタマークラスターが少なくとも５０個の同一のアプタマーを含む、実施形態２７〜３４のいずれかに記載の方法。
［実施形態３６］前記表面がフローセル表面である、実施形態２７〜３５のいずれかに記載の方法。
［実施形態３７］前記方法が、ステップ（１）の後に洗浄ステップを実行して、表面から未結合の急速に進化する生物学的実体を除去することをさらに包含する、実施形態２７から３６のいずれかに記載の方法。
［実施形態３８］前記固定されたアプタマーのそれぞれが、式ＩＩまたは式ＩＩＩによる配列：
Ｐ１−Ｓ１−Ｌ１−Ｓ１＊−Ｓ２−Ｌ２−Ｓ２＊−Ｐ２（ＩＩ）、または
Ｐ１−Ｓ１−Ｌ１−Ｓ２−Ｌ２−Ｓ２＊−Ｌ１−Ｓ１＊−Ｐ２（ＩＩＩ）、
を有し、ここで：
Ｐ１は５’プライマー部位配列であり；
Ｐ２は３’プライマー部位配列であり；
Ｓ１及びＳ２は、それぞれ独立して、少なくとも１つの塩基のステム領域配列であり；
Ｓ１＊はＳ１に対する相補配列であり；
Ｓ２＊はＳ２に対する相補配列であり；そして
Ｌ１及びＬ２は、それぞれ独立して、少なくとも１つの塩基のループ領域配列である、実施形態２７〜３７のいずれかに記載の方法。
［実施形態３９］前記急速に進化する生物学的実体が検出可能に標識されている、実施形態２７〜３８のいずれかに記載の方法。
［実施形態４０］前記スクリーニングアッセイが以下：
（１）表面上に固定された複数のアプタマークラスターを、急速に進化する生物学的実体と接触させること；及び（２）急速に進化する生物学的実体の特性を調節する固定されたアプタマークラスターを特定すること、
を包含する、実施形態２４〜２６のいずれかに記載の方法。
［実施形態４１］実施形態４０に記載の方法であって、以下のステップ：
（ａ）表面上にアプタマーライブラリーからの複数のアプタマーを固定すること；及び
（ｂ）複数の固定されたアプタマーをフローセル表面で局所的に増幅して、複数の固定されたアプタマークラスターを形成すること、
をさらに包含する、前記方法。
［実施形態４２］前記増幅が、ブリッジＰＣＲ増幅またはローリングサークル増幅を介して行われる、実施形態４１に記載の方法。
［実施形態４３］一本鎖の固定されたアプタマークラスターを提供するために、前記固定されたアプタマークラスターから相補鎖を除去することをさらに包含する、実施形態４１または実施形態４２に記載の方法。
［実施形態４４］前記固定されたアプタマークラスターが、ステップ（１）の前に配列決定される、実施形態４０〜４３のいずれかに記載の方法。
［実施形態４５］前記配列決定がＩｌｌｕｍｉｎａ配列決定またはＰｏｌｏｎａｔｏｒ配列決定を介して行われる、実施形態４４に記載の方法。
［実施形態４６］アプタマーライブラリー由来のアプタマーを表面にプリントすることにより、複数の固定されたアプタマークラスターを生成することをさらに包含する、実施形態４０に記載の方法。
［実施形態４７］少なくとも１０８個の別個のアプタマーが表面に固定されている、実施形態４０〜４６のいずれかに記載の方法。
［実施形態４８］各アプタマークラスターが少なくとも５０個の同一のアプタマーを含む、実施形態４０〜４７のいずれかに記載の方法。
［実施形態４９］前記表面がフローセル表面である、実施形態４０〜４８のいずれかに記載の方法。
［実施形態５０］前記固定されたアプタマーのそれぞれが、式ＩＩまたは式ＩＩＩによる配列：
Ｐ１−Ｓ１−Ｌ１−Ｓ１＊−Ｓ２−Ｌ２−Ｓ２＊−Ｐ２（ＩＩ）、または
Ｐ１−Ｓ１−Ｌ１−Ｓ２−Ｌ２−Ｓ２＊−Ｌ１−Ｓ１＊−Ｐ２（ＩＩＩ）、
を有し、ここで：
Ｐ１が５’プライマー部位配列であり；
Ｐ２が３’プライマー部位配列であり；
Ｓ１及びＳ２が、それぞれ独立して、少なくとも１つの塩基のステム領域配列であり；
Ｓ１＊がＳ１の相補配列であり；
Ｓ２＊がＳ２の相補配列であり；そして
Ｌ１及びＬ２がそれぞれ独立して、少なくとも１つの塩基のループ領域配列である、実施形態４０〜４９のいずれかに記載の方法。
［実施形態５１］前記急速に進化する生物学的実体が、前記アプタマーを前記標的と接触させる前に検出可能な標識で標識されている、実施形態４０〜５０のいずれかに記載の方法。
［実施形態５２］前記検出可能な標識が蛍光色素である、実施形態５１に記載の方法。
［実施形態５３］前記蛍光色素が、カルシウム感受性色素、細胞トレーサー色素、親油性色素、細胞増殖色素、細胞周期色素、代謝産物感受性色素、ｐＨ感受性色素、膜電位感受性色素、ミトコンドリア膜電位感受性色素、または酸化還元電位色素である、実施形態５２に記載の方法。
［実施形態５４］前記検出可能な標識が、活性化関連マーカー、酸化ストレスレポーター、血管新生マーカー、アポトーシスマーカー、オートファジーマーカー、細胞生存マーカー、またはイオン濃度マーカーである、実施形態５１に記載の方法。
［実施形態５５］前記細胞が、蛍光標識抗体またはその抗原結合フラグメント、アネキシンＶ、蛍光標識融合タンパク質、蛍光標識糖、または蛍光標識レクチンで標識される、実施形態５１に記載の方法。
［実施形態５６］前記急速に進化する生物学的実体が、細胞へのアプタマーの曝露後に検出可能に標識される、実施形態４０〜５５のいずれかに記載の方法。
［実施形態５７］前記調節される前記急速に進化する生物学的実体の特性が、細胞生存率、細胞増殖、遺伝子発現、細胞形態、細胞活性化、リン酸化、カルシウム動員、脱顆粒または細胞移動、細胞分化である、実施形態４０〜５６のいずれかに記載の方法。
［実施形態５８］前記アプタマーライブラリーを合成することをさらに包含する、実施形態２７〜５７のいずれかに記載の方法。