【手続補正書】
【提出日】令和3年9月3日(2021.9.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
早期発症型炎症性腸疾患を発症するリスクを有するヒト対象を特定する試験管内の方法であって、
前記方法が、前記対象から得られた試料にて
配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンを有し、且つ配列番号９に係る２１５位に相当する位置にて切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質；及び／または
配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンを有し、且つ配列番号９に係る２１５位に相当する位置にて切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする核酸分子の存在または非存在を検出することを含み、
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質及び／または前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする前記核酸分子の存在は、前記対象が早期発症型炎症性腸疾患を発症するリスクを有することを示す、方法。
【請求項２】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９に係る１８６位〜２０９位及び２１１位〜２１５位に相当する位置のいずれか１つで野生型ＳＩＧＩＲＲタンパク質と比べて異なるアミノ酸を含む請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が配列番号９に係る１８６位〜２１５位に相当する位置にて配列番号１１のアミノ酸配列を含む請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記試料における前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする前記核酸分子の存在または非存在が、前記核酸分子において、配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンをコードするコドンを生じるフレームシフト突然変異があるかどうかを判定することによって検出される請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記検出するステップが、ＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする前記核酸分子の少なくとも一部を配列決定することを含み、前記配列決定される核酸分子が配列番号９に係る２１５位に相当する位置にて切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
配列決定される前記核酸分子の前記一部が配列番号９に係る１８６位に相当する位置をコードするコドンを包含する複数の位置を含む請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記検出するステップが、前記ＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする前記核酸分子全体を配列決定することを含む請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
前記検出するステップが、
ＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする前記核酸分子の少なくとも一部を増幅することであって、前記増幅される核酸分子が配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてアミノ酸をコードするコドンを包含する、前記増幅することと；
前記増幅された核酸分子を検出可能な標識で標識することと；
プローブを含む支持体に前記標識された核酸分子を接触させることであって、前記プローブが配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンをコードするコドンを包含する核酸配列とストリンジェントな条件下特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む、前記接触させることと；
前記検出可能な標識を検出することとを含む請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記試料における前記核酸分子がｍＲＮＡであり、前記検出するステップがさらに、前記増幅するステップに先立ってｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することを含む請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記検出するステップが、
検出可能な標識を含むプローブにＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする核酸分子を接触させることであって、前記プローブが配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンをコードするコドンを包含する核酸配列とストリンジェントな条件下で特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む、接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することとを含む、
請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記ヒト対象が、クローン病を発症するリスクを有すると特定される請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
ヒト単一免疫グロブリンインターロイキン−１受容体関連（ＳＩＧＩＲＲ）タンパク質をコードする核酸配列または前記核酸配列の相補体を含む単離された核酸分子であって、前記タンパク質が配列番号９に係る２１５位に相当する位置にて切り詰められる、単離された核酸分子。
【請求項１３】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンを含む請求項１２に記載の単離された核酸分子。
【請求項１４】
前記核酸分子がｃＤＮＡである請求項１２または１３に記載の単離された核酸分子。
【請求項１５】
前記核酸分子がゲノムＤＮＡであり、且つ配列番号２に係る９９６２位に相当する位置にてグアニンを含む請求項１２または１３に記載の単離された核酸分子。
【請求項１６】
前記核酸分子が配列番号２を含む請求項１５に記載の単離された核酸分子。
【請求項１７】
前記核酸分子がｍＲＮＡであり、且つ配列番号４に係る５５７位に相当する位置にてグアニンを含む請求項１２または１３に記載の単離された核酸分子。
【請求項１８】
前記核酸分子がｍＲＮＡであり、且つ配列番号４に係る５５３位〜５５５位及び５５６位〜５５８位に相当する位置にてそれぞれコドンＣＵＡ及びＡＧＣを含む請求項１２、１３及び１７のいずれか１項に記載の単離された核酸分子。
【請求項１９】
前記核酸分子が配列番号４を含む請求項１７に記載の単離された核酸分子。
【請求項２０】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９に係る１８６位〜２０９位及び２１１位〜２１５位に相当する位置のいずれか１つにて野生型ＳＩＧＩＲＲタンパク質と比べて異なるアミノ酸を含む請求項１２〜１９のいずれか１項に記載の単離された核酸分子。
【請求項２１】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９に係る１８６位〜２１５位に相当する位置にて配列番号１１のアミノ酸配列を含む請求項１２〜２０のいずれか１項に記載の単離された核酸分子。
【請求項２２】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９のアミノ酸配列、または配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、且つ配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンを含むアミノ酸配列を含む請求項１２〜２１のいずれか１項に記載の単離された核酸分子。
【請求項２３】
請求項１２〜２２のいずれか１項に記載の単離された核酸分子を含むベクター。
【請求項２４】
請求項１２〜２２のいずれか１項に記載の単離された核酸分子を含む宿主細胞。
【請求項２５】
請求項２３に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項２６】
前記核酸配列が前記宿主細胞にて活性があるプロモーターに操作可能に連結されている請求項２４または２５に記載の宿主細胞。
【請求項２７】
ＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする核酸配列を含むｃＤＮＡであって、前記タンパク質が配列番号９に係る２１５位に相当する位置にて切り詰められている、ｃＤＮＡ。
【請求項２８】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンを含む請求項２７に記載のｃＤＮＡ。
【請求項２９】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９に係る１８６位〜２０９位及び２１１位〜２１５位に相当する位置のいずれかにて野生型ＳＩＧＩＲＲタンパク質と比べて異なるアミノ酸を含む請求項２７または２８に記載のｃＤＮＡ。
【請求項３０】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９に係る１８６位〜２１５位に相当する位置にて配列番号１１のアミノ酸配列を含む請求項２７〜２９のいずれか１項に記載のｃＤＮＡ。
【請求項３１】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９のアミノ酸配列、または配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、且つ配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンを含むアミノ酸配列を含む請求項２７〜３０のいずれか１項に記載のｃＤＮＡ。
【請求項３２】
前記ｃＤＮＡが配列番号６に係る５５７位に相当する位置にてグアニンを含む請求項２７〜３１のいずれか１項に記載のｃＤＮＡ。
【請求項３３】
前記ｃＤＮＡが、配列番号６に係るそれぞれ５５３位〜５５５位及び５５６位〜５５８位に相当する位置にてそれぞれコドンＣＴＡ及びＡＧＣを含む請求項２７〜３２のいずれか１項に記載のｃＤＮＡ。
【請求項３４】
前記ｃＤＮＡが配列番号６を含む請求項２７〜３３のいずれか１項に記載のｃＤＮＡ。
【請求項３５】
請求項２７〜３４のいずれか１項に記載のｃＤＮＡを含むベクター。
【請求項３６】
請求項２７〜３４のいずれか１項に記載のｃＤＮＡを含む宿主細胞。
【請求項３７】
請求項３５に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項３８】
前記ｃＤＮＡが前記宿主細胞にて活性があるプロモーターに操作可能に連結されている請求項３６または３７に記載の宿主細胞。
【請求項３９】
切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質を含む単離されたまたは組換えのポリペプチドであって、前記タンパク質が配列番号９に係る２１５位に相当する位置にて切り詰められている、単離されたまたは組換えのポリペプチド。
【請求項４０】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンを含む請求項３９に記載の単離されたまたは組換えのポリペプチド。
【請求項４１】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９に係る１８６位〜２０９位及び２１１位〜２１５位に相当する位置のいずれか１つにて野生型ＳＩＧＩＲＲタンパク質と比べて異なるアミノ酸を含む請求項３９または４０に記載の単離されたまたは組換えのポリペプチド。
【請求項４２】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９に係る１８６位〜２１５位に相当する位置にて配列番号１１のアミノ酸配列を含む請求項３９〜４１のいずれか１項に記載の単離されたまたは組換えのポリペプチド。
【請求項４３】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンを含む請求項２４または２５に記載の単離されたまたは組換えのポリペプチド。
【請求項４４】
前記切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質が、配列番号９のアミノ酸配列、または配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性を有し、且つ配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンを含むアミノ酸配列を含む請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の単離されたまたは組換えのポリペプチド。
【請求項４５】
前記ポリペプチドが異種ポリペプチドに融合される請求項３９〜４４のいずれか１項に記載の単離されたまたは組換えのポリペプチド。
【請求項４６】
前記異種ポリペプチドが、ペプチド精製タグ、蛍光タンパク質、またはペプチド精製タグと蛍光タンパク質の双方を含む請求項４５に記載の単離されたまたは組換えのポリペプチド。
【請求項４７】
請求項３９〜４６のいずれか１項に記載の単離されたまたは組換えのポリペプチドと担体とを含む組成物。
【請求項４８】
少なくとも約１５のヌクレオチドを含む核酸配列を含むプローブまたはプライマーであって、配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンを有し、且つ配列番号９に係る２１５位に相当する位置にて切り詰められるヒトＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする核酸配列を有する核酸分子と特異的にハイブリッド形成する、または前記切り詰められたヒトＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする前記核酸配列の相補体と特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む、プローブまたはプライマー。
【請求項４９】
前記プローブまたはプライマーが、配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンをコードするコドンを包含する核酸分子の一部と特異的にハイブリッド形成する請求項４８に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項５０】
前記プローブまたはプライマーが、ストリンジェントな条件下で、切り詰められたヒトＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする前記核酸配列またはその相補体と特異的にハイブリッド形成する請求項４８または４９に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項５１】
前記プローブまたはプライマーが標識を含む請求項４８〜５０のいずれか１項に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項５２】
請求項４８〜５０のいずれか１項に記載のプローブが連結された基材を含む支持体。
【請求項５３】
前記支持体がマイクロアレイである請求項５２に記載の支持体。
【請求項５４】
変異特異的なプローブまたはプライマーであって、配列番号９に係る２１５位に相当する位置にて切り詰められたＳＩＧＩＲＲタンパク質をコードする核酸分子の核酸配列と相補性である核酸配列を含み、前記変異特異的なプローブまたはプライマーが配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンをコードするコドンを包含する核酸分子の一部と相補性である核酸配列を含む、変異特異的なプローブまたはプライマー。
【請求項５５】
前記変異特異的なプローブまたはプライマーが少なくとも約１５のヌクレオチドを含む請求項５４に記載の変異特異的なプローブまたはプライマー。