【手続補正書】
【提出日】令和3年11月5日(2021.11.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式Ｉ又は式ＩＩを含む融合タンパク質であって、
式Ｉは、Ｎ−（Ｌ）ｎ−Ｃであり、
式ＩＩは、Ｃ−（Ｌ）ｎ−Ｎであり、
前記式中、Ｎは、シングルドメイン抗体（ｓｄＡｂ）又はその機能的変異体であり、Ｌはペプチドリンカーであり、ｎは０〜５０であり、Ｃは、シトシンデアミナーゼ（ＣＤ）タンパク質又はその機能的変異体である融合タンパク質。
【請求項２】
ｎが０、１又は２である請求項１に記載の融合タンパク質。
【請求項３】
前記ｓｄＡｂ又はその機能的変異体が標的に結合し、前記標的が、腫瘍関連抗原又は腫瘍特異的抗原である請求項１に記載の融合タンパク質。
【請求項４】
前記標的が、ＥＧＦＲ、５Ｔ４、Ａ３３、ＡＦＰ、β−カテニン、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、Ｃ２４２、ＣＣＲ４、ＣＤ１５２、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２００、ＣＤ２２、ＣＤ２２１、ＣＤ２３、ＣＤ３０、ＣＤ３、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ４４、ＣＤ５、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ６４、ＣＤ７４、ＣＤ８０、ＣＤＣＰ１、ｃ−ＫＩＴ、ＣＯＸ−２、ｃＭＥＴ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＬＡ−４、ＥＧＦ２、ＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＬＴ３、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＩＦ−Ｉａ、ＨＬＡ−ＤＲ、ＩＧＦ−ＩＲ、ｍＴＯＲ、ＮＰＣ−１Ｃ、Ｐ５３、ＰＤＧＦＲα、ＰＤＧＦＲβ、ＰＬＧＦ、ＰＳＡ、ＲＧＭａ、ＲｏＮ、ＴＮＦ、ＴＰ５３、ＴＰＤ５２、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、ＣＡ−ＩＸ、αｖβ３、α５β１、ＦＡＰ、糖タンパク質７５、ＴＡＧ−７２、ＭＵＣ１６、ＮＲ−ＬＵ−１３、ＳＬＡＭＦ７、ＥＧＰ４０、ＢＡＦＦ、ＰＲＬ−３、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、前立腺特異的膜抗原、ＭＡＲＴ−１、ｇｐ１００、癌精巣（ＣＴ）抗原（例えばＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ１）、ｈＴＥＲＴ、メソテリン、ＭＣＣ、Ｍｕｍ−１、ＥＲＢＢ２ＩＰ、ＥｐＣＡＭ、ＴｆＲ、インテグリンα６β４、ＨＧＦＲ、ＰＴＰ−ＬＡＲ、ＣＤ１４７、ＣＤＣＰ１、ＣＥＡＣＡＭ６、ＪＡＭ１、インテグリンα３β１、インテグリンαｖβ３、ＰＤ−Ｌ１、ＡＸＬ、ＣＤＨ６、ＤＬＬ３、ＥＤＮＲＢ、ＥＦＮＡ４、ＮＥＰＰ３、ＥＰＨＡ２、ＦＯＬＲ１、ＬｅｗｉｓＹ、ＧＰＮＭＢ、ＧＵＣＹ２Ｃ、ＨＡＶＣＲ１、インテグリンα、ＬＹＰＤ３、ＭＵＣ１、ＮＥＣＴＩＮ４、ＮＯＴＣＨ３、ＰＴＫ７、ＳＬＣ３４Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ６、ＳＬＣ４４Ａ４、ＳＬＩＴＲＫ６、ＳＴＥＡＰ１、ＴＡＣＳＴＤ２、ＴＰＢＧ、ＴＩＭ−１、ＧＤ２、及びニコチン性アセチルコリン受容体（ｎＡＣｈＲ）からなる群から選択される請求項３に記載の融合タンパク質。
【請求項５】
前記標的がＶＥＧＦＲ２、ＥＧＦＲ、ＣＥＡ、ＨＥＲ２、又はＨＥＲ３である請求項４に記載の融合タンパク質。
【請求項６】
前記ｓｄＡｂ又はその機能的変異体が、
（ａ）配列番号２８、配列番号３１及び配列番号３４からなる群から選択される相補性決定領域１（ＣＤＲ１）、配列番号２９、配列番号３２及び配列番号３５からなる群から選択されるＣＤＲ２、並びに配列番号３０、配列番号３３及び配列番号３６からなる群から選択されるＣＤＲ３、又は
（ｂ）配列番号３７及び配列番号４０からなる群から選択されるＣＤＲ１、配列番号３８及び配列番号４１からなる群から選択されるＣＤＲ２、並びに配列番号３９及び配列番号４２からなる群から選択されるＣＤＲ３、又は
（ｃ）配列番号１９９、配列番号２０２及び配列番号２０５からなる群から選択されるＣＤＲ１、配列番号２００、配列番号２０３及び配列番号２０６からなる群から選択されるＣＤＲ２、並びに配列番号２０１、配列番号２０４及び配列番号２０７からなる群から選択されるＣＤＲ３、又は
（ｄ）配列番号２０８からなる群から選択されるＣＤＲ１、配列番号２０９からなる群から選択されるＣＤＲ２、及び配列番号２１０からなる群から選択されるＣＤＲ３、又は
（ｅ）配列番号２１１及び配列番号２１４からなる群から選択されるＣＤＲ１、配列番号２１２及び配列番号２１５からなる群から選択されるＣＤＲ２、並びに配列番号２１３及び配列番号２１６からなる群から選択されるＣＤＲ３
を含む請求項５に記載の融合タンパク質。
【請求項７】
前記ｓｄＡｂ又はその機能的変異体が、配列番号２３（３ＶＧＲ１９）、配列番号２４（４ＶＧＲ１７）、配列番号２５（４ＶＧＲ３８）、配列番号２６（ＶＨＨ１２２）、配列番号２７（７Ｄ１２）、配列番号６９（２Ｄ３）配列番号７０（５Ｆ７）、配列番号７１（４７Ｄ５）、配列番号７５（ＢＣＤ０９０−Ｍ２）、配列番号７７（ＡＢＳ２９５４４．１）、又は配列番号７９（ＮｂＣＥＡ５）のアミノ酸配列を含む請求項６に記載の融合タンパク質。
【請求項８】
少なくとも１つのペプチドリンカーが、配列番号１、配列番号４、配列番号５、又は配列番号１８８のアミノ酸配列を含む請求項１に記載の融合タンパク質。
【請求項９】
前記ＣＤタンパク質又はその機能的変異体が、（ｉ）細菌性ＣＤタンパク質若しくはその機能的変異体、又は（ｉｉ）酵母由来ＣＤ若しくはその機能的変異体である請求項１から請求項８のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項１０】
前記ＣＤタンパク質又はその機能的変異体が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１８６及び配列番号１８７からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％同一、少なくとも９１％同一、少なくとも９２％同一、少なくとも９３％同一、少なくとも９４％同一、少なくとも９５％同一、少なくとも９６％同一、少なくとも９７％同一、少なくとも９８％同一、少なくとも９９％同一、又は１００％同一であるアミノ酸配列を含む請求項９に記載の融合タンパク質。
【請求項１１】
前記ＣＤタンパク質又はその機能的変異体が、配列番号２１、配列番号２２、配列番号１８６及び配列番号１８７からなる群から選択される開始アミノ酸配列を含み、前記開始アミノ酸配列が配列番号２１又は配列番号２２である場合に、前記機能的変異体が、Ｙ８４Ａ、Ｙ８４Ｈ、Ｔ８５Ｄ、Ｔ８６Ｅ、Ｍ９２Ｎ、Ｍ９２Ａ、Ｍ９２Ｋ、Ｍ９２Ｑ、Ｖ１２８Ａ、Ｖ１２８Ｔ、Ｖ１２９Ａ、Ｖ１２９Ｌ、Ｖ１２９Ｉ、Ｖ１２９Ｔ、Ｖ１３０Ａ、及びＶ１３０Ｔからなる群から選択される少なくとも１つの変異を含み、前記開始アミノ酸配列が配列番号１８６又は配列番号１８７である場合に、前記機能的変異体が、Ｙ８５Ａ、Ｙ８５Ｈ、Ｔ８６Ｄ、Ｔ８７Ｅ、Ｍ９３Ｎ、Ｍ９３Ａ、Ｍ９３Ｋ、Ｍ９３Ｑ、Ｖ１２９Ａ、Ｖ１２９Ｔ、Ｖ１３０Ａ、Ｖ１３０Ｌ、Ｖ１３０Ｉ、Ｖ１３０Ｔ、Ｖ１３１Ａ、及びＶ１３１Ｔからなる群から選択される少なくとも１つの変異を含む請求項１０に記載の融合タンパク質。
【請求項１２】
抗ＶＥＧＦＲ２  ｓｄＡｂ、抗ＥＧＦＲ  ｓｄＡｂ又はそれらの機能的変異体と、ＣＤタンパク質又はその機能的変異体とを含む請求項１から請求項１１のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項１３】
（ｉ）配列番号７、
（ｉｉ）配列番号７のアミノ酸１〜２９７、
（ｉｉｉ）配列番号９、
（ｉｖ）配列番号９のアミノ酸１〜２９７、
（ｖ）配列番号１１、
（ｖｉ）配列番号１１のアミノ酸１〜２９７、
（ｖｉｉ）配列番号１３、
（ｖｉｉｉ）配列番号１３のアミノ酸１〜２９７、
（ｉｘ）配列番号１５、
（ｘ）配列番号１５のアミノ酸１〜２９７、
（ｘｉ）配列番号１７、及び
（ｘｉｉ）配列番号１９
からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む請求項１２に記載の融合タンパク質。
【請求項１４】
前記融合タンパク質が、少なくとも１つのＴ細胞エピトープに少なくとも１つの脱免疫変異を含み、前記少なくとも１つのＴ細胞エピトープが、エピトープ１（配列番号６３）、エピトープ２（配列番号６４）、エピトープ３（配列番号６５）、エピトープ４（配列番号６６）、エピトープ５（配列番号６７）、及びエピトープ６（配列番号６８）からなる群から選択される請求項１から請求項１３のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項１５】
実質的に、配列番号１７、配列番号１９、配列番号９３〜配列番号１８５のいずれか１つのアミノ酸配列、又は配列番号９３〜配列番号１８１のいずれか１つのアミノ酸１〜２９７からなる請求項１に記載の融合タンパク質。
【請求項１６】
実質的に、配列番号１９、配列番号１８２、配列番号１８３、配列番号１８４、及び配列番号１８５からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる請求項１５に記載の融合タンパク質。
【請求項１７】
有効量の請求項１から請求項１６のいずれか一項に記載の少なくとも１種の融合タンパク質と、少なくとも１種の薬学的に許容できる担体又は賦形剤とを含む医薬組成物。
【請求項１８】
必要とする対象において癌を処置するための請求項１７に記載の医薬組成物。
【請求項１９】
請求項１から請求項１６のいずれか一項に記載の融合タンパク質をコードする核酸配列を含む核酸分子であって、任意に、コドン最適化核酸配列を含む核酸分子。
【請求項２０】
請求項１９に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項２１】
請求項２０に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項２２】
ジスルフィド結合形成のための細胞質内環境を提供する大腸菌株である請求項２１に記載の宿主細胞。
【請求項２３】
融合タンパク質の製造方法であって、宿主細胞において請求項１９に記載の核酸分子を発現する工程を備える方法。