【手続補正書】
【提出日】令和3年8月6日(2021.8.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数のがんのそれぞれの存在について対象を評価する方法であって、
（ａ）ＮＲＡＳ、ＣＴＮＮＢ１、ＰＩＫ３ＣＡ、ＦＢＸＷ７、ＡＰＣ、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＡＫＴ１、ＴＰ５３、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、またはＧＮＡＳから選択される複数のドライバー遺伝子のそれぞれにおける１つまたは複数のドライバー遺伝子変異の存在について対象から採取した生体試料を評価すること、ここで、それぞれのドライバー遺伝子は、複数のがんのうち１つのがんの存在に関連し、そして、評価することは、シークエンシングされたアンプリコンの数を増加させても複数のがんにおけるそれぞれのがんの検出の感度が増加されないように、複数のドライバー遺伝子を含む複数のアンプリコンをシークエンシングすることを含む；
（ｂ）対象から採取した生体試料において、ＣＡ１９−９、ＣＥＡ、ＨＧＦ、ＯＰＮ、ＣＡ１２５、ＡＦＰ、プロラクチン、ＴＩＭＰ−１、またはＣＡ１５−３のタンパク質バイオマーカーの１つまたは複数のレベルを評価すること；
ここで、１つまたは複数のドライバー遺伝子変異の存在および１つまたは複数のタンパク質バイオマーカーのレベルが検出される場合、対象において複数のがんのうち１つのがんの存在が同定される、
それによって複数のがんのそれぞれの存在について対象を評価すること、
を含む、方法。
【請求項２】
アンプリコンの数を閾値レベル超に増加させると、より多くのがんを実質的に検出することはなくなるが、偽陽性結果の確率が上昇することになる；および／または
ドライバー遺伝子からの５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、または７０のアンプリコンがシークエンスされる；および／または
それぞれのアンプリコンは約１５ｂｐ〜約１０００ｂｐ、所望により約３３ｂｐを含む；および／または
複数のがんは、４、５、６、７または８つのがんを含む；および／または
複数のがんは、肝臓癌、卵巣癌、食道癌、胃癌、膵臓癌、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、または、前立腺癌から選択されるがんを含む、
請求項１に記載の方法。
【請求項３】
（ｉ）対象が複数のがんのうち１つのがんを有することをまだ決定されていない；
（ｉｉ）対象ががん細胞を有することがまだ決定されていない、または
（ｉｉｉ）対象が複数のがんのうち１つのがんに関連する症候を呈示しない、または呈示していない、
請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
複数のドライバー遺伝子が、ＮＲＡＳ、ＣＴＮＮＢ１、ＰＩＫ３ＣＡ、ＦＢＸＷ７、ＡＰＣ、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＡＫＴ１、ＴＰ５３、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、およびＧＮＡＳのうちの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または全てを含む；および／または
１つまたは複数のタンパク質バイオマーカーが、ＣＡ１９−９、ＣＥＡ、ＨＧＦ、ＯＰＮ、ＣＡ１２５、ＡＦＰ、プロラクチン、ＴＩＭＰ−１、およびＣＡ１５−３のうちの１つまたは複数、所望により２、３、４、５、６、７、８または全てを含む、
請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
生体試料が、１つまたは複数の
（ｉ）腫瘍試料、循環腫瘍ＤＮＡ試料、固形腫瘍生検標本試料、または固体腫瘍試料、
（ｉｉ）血液試料、
（ｉｉｉ）アフェレーシス（ａｐｈｅｒｅｓｉｓ）試料、
（ｉｖ）無細胞ＤＮＡ試料、または
（ｖ）タンパク質試料
を含む、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
１つまたは複数のドライバー遺伝子変異の存在を検出することが、
ａ．前記試料中に存在する複数のＤＮＡ鋳型分子のそれぞれに固有識別子（ＵＩＤ）を割り当てること、
ｂ．それぞれ固有にタグ付けしたＤＮＡ鋳型分子を増幅してＵＩＤファミリーを作製すること、及び
ｃ．前記増幅産物を重複してシークエンシングすること、
を含む、請求項１から５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
（ａ）は第１の生体試料において評価され、および（ｂ）は第２の生体試料において評価され、所望により第１および第２の生体試料は同一である、請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
タンパク質バイオマーカーが、所望によりマルチプレックス免疫アッセイ、酵素結合免疫吸着検定法、タンパク質免疫沈殿法、免疫電気泳動法、ウエスタンブロット法、またはタンパク質免疫染色法から選択される、抗体依存式方法；所望により高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）または液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ／ＭＳ）から選択される、スペクトル測定法；またはアプタマー依存式方法から選択される方法を使用して検出される、請求項１から７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
対象は、以下の治療介入：外科手術、アジュバント化学療法、ネオアジュバント化学療法、放射線療法、免疫療法、標的化療法、または、免疫チェックポイント阻害薬、のうちの１つまたは複数に適しているとして同定される、請求項１から８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
プライマー対の集団を含むキットであって、各プライマー対は第１のプライマーおよび第２のプライマーを含み、第１および第２のプライマーのそれぞれはＮＲＡＳ、ＣＴＮＮＢ１、ＰＩＫ３ＣＡ、ＦＢＸＷ７、ＡＰＣ、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＦＧＦＲ２、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＡＫＴ１、ＴＰ５３、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、またはＧＮＡＳの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６（全て）から選択される遺伝子または遺伝子部分に相補的な部分を含み；および
キットは、１つまたは複数のタンパク質バイオマーカーの存在を評価する手段をさらに含み、
所望により、タンパク質バイオマーカーは、ＣＡ１９−９、ＣＥＡ、ＨＧＦ、ＯＰＮ、ＣＡ１２５、ＡＦＰ、プロラクチン、ＴＩＭＰ−１、またはＣＡ１５−３から選択され、および／または
タンパク質を検出する手段は、抗体依存式方法（例えば、マルチプレックス免疫アッセイ、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、タンパク質免疫沈殿法、免疫電気泳動法、ウエスタンブロット法、またはタンパク質免疫染色法）；スペクトル測定法（例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）または液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ／ＭＳ））；またはアプタマー依存式方法から選択される、
キット。
【請求項１１】
複数のがんの存在について対象を評価することことにおける使用のための請求項１０に記載のキットであって、所望により複数のがんは、少なくとも２、３、４、５、６、７、または８つのがんタイプを含み、所望により複数のがんは、肝臓癌、卵巣癌、食道癌、胃癌、膵臓癌、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、または、前立腺癌から選択される１つのがんを含む、キット。
【請求項１２】
複数のがんの存在を評価するために十分な数の塩基のシークエンスを可能にする、請求項１０または請求項１１に記載のキット。
【請求項１３】
８種のがんのそれぞれにおける少なくとも１つのドライバー遺伝子の検出するために、最小限の数のアンプリコンのシークエンシングを可能とする、請求項１０から１２のいずれかに記載のキットであって、所望によりアンプリコンの数を閾値レベル超に増加させると、より多くのがんを実質的に検出することはなくなるが、偽陽性結果の確率が上昇することになる、キット。
【請求項１４】
遺伝子または遺伝子部分に相補的な第１および第２のプライマー対の部分は、１０〜１００ヌクレオチドを含み；および／または
第１のプライマー対は、第３のプライマーへのハイブリダイゼーションのための部位を含む第２の部分を含み；および／または
第２のプライマーは、第４のプライマーへのハイブリダイゼーションのための部位を含む第２の部分を含み、所望により第２のプライマーの第１の部分と第２の部分の間に挿入されるのは、固有識別子（ＵＩＤ）を形成する２〜４０００のヌクレオチドからなる第３の部分である、
請求項１０から１３のいずれかに記載のキット。