【手続補正書】
【提出日】令和3年3月23日(2021.3.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料における真菌／酵母感染を検出する方法であって、
ａ．核酸増幅反応を行って、真菌／酵母のＩＬＶ３遺伝子を増幅するステップと、
ｂ．前記増幅産物を検出して、前記試料が真菌／酵母感染を含有するかどうかを決定するステップとを含み、
前記試料が、ヒト対象から得られた臨床試料を含む、方法。
【請求項２】
前記核酸増幅反応が、次の成分：
ｉ．カンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でカンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び
ｉｉ．アスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でアスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び／又は
ｉｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記核酸増幅反応が、次の種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
ｉｘ．アスペルギルス・フミガーツス
ｘ．アスペルギルス・ニガー
ｘｉ．アスペルギルス・フラバス
ｘｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンス
の少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１種又は全１２種のＩＬＶ３遺伝子を増幅する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
ステップが、
ｉ．カンジダ属種、アスペルギルス属種及び／又はクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーの使用；及び／又は
ｉｉ．カンジダ属種、アスペルギルス属種及び／又はクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブの使用
を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
共通のフォワード及びリバースプライマー並びに／又は共通のプローブが、次のカンジダ属種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
の少なくとも３、４、５、６、７種、好ましくは、全種のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズし；
及び／又は共通のフォワード及びリバースプライマー並びに／又はプローブが、次のアスペルギルス属種：
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
の少なくとも２種、好ましくは全３種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズする、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
別個のフォワード及びリバースプライマー並びに／又はプローブが、次のカンジダ属種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
の少なくとも３、４、５、６、７種、好ましくは、全種のそれぞれのＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズし；
及び／又は別個のフォワード及びリバースプライマー並びに／又はプローブが、次のアスペルギルス属種：
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
の少なくとも２種、好ましくは、全３種のそれぞれのＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズする、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
ステップｂが、増幅産物を識別して、感染に関与する属及び／又は種を同定するステップを含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
識別するステップが、
ｉ．融解曲線解析
ｉｉ．差別的に標識されたプライマー及び／又はプローブの使用、任意選択で
ａ）少なくとも1つのプライマー及び／又はプローブを属に従い差別的に標識して、前記試料における真菌／酵母の同定を可能にする；若しくは
ｂ）少なくとも1つのプライマー及び／又はプローブをカンジダ属及び／又はアスペルギルス属種に従い差別的に標識して、前記試料におけるカンジダ属及び／又はアスペルギルス属種の同定を可能にする；又は
ｉｉｉ．前記増幅産物のサイズを決定すること
を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
試料における酵母／真菌感染を検出するためのプライマー対のコレクションであって、
前記試料が、ヒト対象から得られた臨床試料を含み、
Ａ）ａ．次のカンジダ属種
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｂ．次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー；および
任意選択でクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー；又は
Ｂ）ａ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｂ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｃ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｄ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｅ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｆ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｇ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｈ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｊ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｋ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー；及び任意選択で
ｌ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
を含み、
任意選択で、それぞれのプライマー対における少なくとも１つのプライマーが、他のプライマー対と比較して差別的に標識される、プライマー対のコレクション。
【請求項１０】
試料における酵母／真菌感染を検出するためのプローブのコレクションであって、
前記試料が、ヒト対象から得られた臨床試料を含み、
Ａ）ａ．次のカンジダ属種
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｂ．次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；および
任意選択でクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；又は
Ｂ）ａ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｂ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｃ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｄ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｅ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｆ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｇ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｈ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｉ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｊ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｋ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び／又は
ｌ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含み、
任意選択で、前記プローブのコレクションが、それぞれのプローブが差別的に標識されている少なくとも２つのプローブを含む、プローブのコレクション。
【請求項１１】
請求項９において定義されるプライマー対のコレクション及び／又は請求項１０において定義されるプローブのコレクションを使用して行われる、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
試料における酵母／真菌感染を検出するためのキットであって、請求項９に記載のプライマー対のコレクション及び／又は請求項１０に記載のプローブのコレクションを含み、任意選択で、カンジダ属、アスペルギルス属及びクリプトコッカス・ネオフォルマンスの検出を可能にする組合せでプライマー対を含み、任意選択で、カンジダ属、アスペルギルス属及びクリプトコッカス・ネオフォルマンスの検出を可能にするプローブをさらに含み、任意選択で、血液試料からＤＮＡを抽出するための試薬をさらに含む、キット。
【請求項１３】
試料における微生物感染を検出し、同定する方法であって、
ａ．次の成分：
ｉ．グラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｉｉ．グラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｉｉｉ．少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間で少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む核酸増幅反応を行うステップと、
ｂ．前記増幅産物を検出し、識別して、前記試料がグラム陰性細菌感染、グラム陽性細菌感染及び／又は真菌／酵母感染を含有するかどうかを決定するステップと
を含み；
前記試料が、ヒト対象から得られた臨床試料を含み、
任意選択で、前記ＩＬＶ３遺伝子の前記増幅が、請求項１〜８のいずれか一項において定義される方法に従い行われ、及び／又は請求項９において定義されるプライマー対のコレクションを使用して行われ、及び／又は請求項１０において定義されるプローブのコレクションを使用して行わる、方法。
【請求項１４】
試料における微生物感染を識別するためのキットであって、
ａ．グラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｂ．グラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び
ｃ．少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間で少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む多重核酸増幅反応を行うための成分を含み、
成分ａ、ｂ及びｃそれぞれが、識別可能な増幅産物を産生し、これにより、前記試料が、グラム陰性細菌感染、グラム陽性細菌感染及び／又は真菌／酵母感染を含有するかどうかの決定を可能にする、キット。
【請求項１５】
請求項９において定義されるプライマー対のコレクション及び／又は請求項１０に記載のプローブのコレクション及び／又は請求項１２において定義されるキットを含む、請求項１４に記載のキット。
【請求項１６】
多重核酸増幅反応として行われる、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ａ）殺菌剤のような抗真菌剤を用いた処置のためのヒト対象を選択する；又は
ｂ）殺菌剤のような抗真菌剤を用いた処置に対するヒト対象の反応性を予測する方法であって、
請求項１〜８及び／又は１３に記載のいずれか一項に記載の方法を行うステップと、
ｉ）感染が検出され、任意選択でまた同定される場合、殺菌剤のような抗真菌剤を用いた処置のための前記対象を選択するステップとを含む；又は
ｉｉ）感染が検出され、任意選択でまた同定される場合、殺菌剤のような抗真菌剤を用いた処置に対する前記対象の反応性を予測するステップとを含む、方法。
【請求項１８】
感染に罹患しているヒト対象に投与するステップを含む感染を処置する方法に使用される殺菌剤のような抗真菌剤であって、
ａ）前記対象が、請求項１〜８及び／又は１３のいずれか一項に記載の方法を行うにより処置のために選択され；又は
ｂ）前記対象が、試料において、検出可能なＩＬＶ３遺伝子を示し、
前記試料が、ヒト対象から得られた臨床試料を含む、抗真菌剤。
【請求項１９】
前記試料が血液試料を含む、請求項１〜８、１１、１３または１６のいずれか一項に記載の方法、請求項９に記載のプライマー対のコレクション、請求項１０に記載のプローブのコレクション、請求項１２、１４または１５のいずれか一項に記載のキット。