【手続補正書】
【提出日】令和3年10月22日(2021.10.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
妊娠中の女性の母体試料を分析して、RAB27B、PPBP、DAPP1、RGS18、CLCN3、MAP3K7CL、MOB1B、POLE2、LYPLAL1、およびTBC1D15から選択される3またはそれ以上の遺伝子を含むパネルから発現プロファイルを決定することを含む、妊娠中の女性による早産のリスクを評価する方法。
【請求項２】
母体試料が母体の血液、母体の血漿、母体の血清または尿である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
母体試料が母体の血清である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
母体試料が母体の血漿である、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
3またはそれ以上の遺伝子が、満期分娩集団におけるよりも早産集団において高い発現レベルを有する、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
パネルが、RAB27B、PPBP、およびDAPP1を含む、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
母体試料中のセルフリーRNA（cfRNA）を測定することによって発現プロファイルを決定する、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
発現プロファイルが、qPCRまたは大規模並列シーケンシングにより決定された個々の遺伝子の発現レベルを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
母体試料中のタンパク質を測定することによって発現プロファイルを決定する、および任意選択で該タンパク質を質量分析によって測定する、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
母体試料が妊娠の第二期からのものである、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
母体試料が妊娠の第三期からのものである、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
母体試料が早産の28日前より前のものであるか、早産の45日前より前のものである、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
妊娠の過程の異なる時点からの妊娠中の女性の2またはそれ以上の母体試料を分析することをさらに含む、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
妊娠中の女性による早産のリスクを評価するためにコンピュータを使用して実行され、以下を含む方法：
（a）妊娠中の女性の母体試料から1またはそれ以上の発現プロファイルを取得し、その際、1またはそれ以上の該発現プロファイルは遺伝子の第1のパネルからのセルフリーRNA（cfRNA）転写物の発現に対応し；
（b）コンピュータシステムを使用して、1またはそれ以上の該発現プロファイルを（a）早産のリスクが高い女性または（b）早産のリスクが低い女性に特徴的な、または定められた妊娠期間の女性に特徴的な1またはそれ以上の参照プロファイルと比較し、その際、1またはそれ以上の参照プロファイルは、早産または満期分娩とラベル付けされたまたは定められた妊娠期間でラベル付けされたcfRNA発現プロファイルである第1のトレーニング試料を分析する機械学習モデルを使用して決定され；ついで
（c）コンピュータシステムを使用して、以下により1またはそれ以上の参照プロファイルを更新する：
（1）第2のトレーニング試料を受け取り、その際、第2のトレーニング試料は、早産または満期分娩としてラベル付けされたまたは所定の妊娠期間でラベル付けされたcfRNA発現プロファイルであり、ついで
（2）機械学習モデルを用いて1またはそれ以上の参照プロファイルを繰り返し調整して、正しく分類される第1のトレーニング試料および第2のトレーニング試料の数を増やす；
その際、遺伝子の第1のパネルは、RAB27B、PPBP、DAPP1、RGS18、CLCN3、MAP3K7CL、MOB1B、POLE2、LYPLAL1、およびTBC1D15から選択される3またはそれ以上の遺伝子を含む。
【請求項１５】
以下を含むコンピュータシステム：
（a）1またはそれ以上の参照プロファイルを含むデータベースであって、それぞれの参照プロファイルが、（i）遺伝子の第1のパネルに対応するセルフリーRNA（cfRNA）転写物の妊娠中の女性の集団における発現レベルおよび（ii）早産のリスクを含むもの；
（b）ネットワークを介してクライアントコンピュータと交信するように、また、妊娠中の女性における遺伝子の第1のパネルに対応するcfRNA転写物の発現レベルを含む1またはそれ以上の発現プロファイルを受信するように構成されたユーザーインターフェイス；および
（c）1またはそれ以上の参照プロファイルおよび1またはそれ以上の発現プロファイルを分析するように構成された1またはそれ以上のプロセッサであって、該分析が、1またはそれ以上の参照プロファイルおよび1またはそれ以上の発現プロファイルを比較して早産のリスクを決定することを含むプロセッサ；および
（d）早産のリスクをクライアントコンピュータに送信するネットワークインターフェース；
その際、遺伝子の第1のパネルは、RAB27B、PPBP、DAPP1、RGS18、CLCN3、MAP3K7CL、MOB1B、POLE2、LYPLAL1、およびTBC1D15から選択される3またはそれ以上の遺伝子を含む。
【請求項１６】
妊娠中の女性の母体試料を分析して1またはそれ以上の胎盤遺伝子を含むパネルから発現プロファイルを決定することを含む、胎児の在胎週数または出産までの時間を推定する方法。
【請求項１７】
発現プロファイルが、3またはそれ以上の胎盤遺伝子を含むパネルからのものである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
発現プロファイルが、胎盤遺伝子のみを含むパネルからのものである、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
胎盤遺伝子が、CGA、CAPN6、CGB、ALPP、CSHL1、PLAC4、PSG7、PAPPA、およびLGALS14から選択される、請求項１６〜１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
母体試料中の胎盤タンパク質を測定することによって発現プロファイルを決定する、請求項１６〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
発現プロファイルが、qPCRまたは大規模並列シーケンシングにより決定された個々の胎盤遺伝子の発現レベルを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
母体試料が妊娠の第二期に妊娠中の女性から得られたものである、請求項１６〜２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
母体試料中の胎盤タンパク質を測定することによって発現プロファイルを決定する、請求項１６〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
第1の時点で妊娠中の女性から得られた第1の母体試料を使用して胎児の第1の在胎週数を決定し、ついで第1の時点の後に第2の時点で得られた第2の母体試料を使用して胎児の第2の在胎週数を決定することを含む方法。
【請求項２５】
以下の工程を含む、胎児の在胎週数を推定する方法：
（a）試料の母体発現プロファイルを取得し、その際、母体発現プロファイルは、（i）1またはそれ以上の胎盤遺伝子、（ii）3またはそれ以上の胎盤遺伝子、（iii）胎盤遺伝子のみ、または（iv）CGA、CAPN6、CGB、ALPP、CSHL1、PLAC4、PSG7、PAPPA、およびLGALS14から選択される胎盤遺伝子、を含む遺伝子のパネルの発現レベルを含み、ついで
（b）発現レベルを遺伝子のパネルの参照発現レベルと比較して母体発現プロファイルが閾値内の参照発現レベルと類似しているか、または異なるかを決定し、その際、参照発現レベルは満期分娩集団から得られたものである。
【請求項２６】
機械学習技術を使用して満期分娩集団から得られた1またはそれ以上の参照発現レベルが決定される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
さらに以下を含む、請求項２６に記載の方法：
それぞれ早産または満期分娩としてラベル付けされた複数のトレーニング試料を得、
複数のトレーニング試料のそれぞれについて遺伝子のパネルの1またはそれ以上の測定された発現レベルを得、
機械学習技術を使用して1またはそれ以上の参照発現レベルを繰り返し調整して、1またはそれ以上の測定された発現レベルを1またはそれ以上の参照発現レベルと比較した結果として正しく分類される複数のトレーニング試料の数を増やす。
【請求項２８】
以下を含むコンピュータシステム：
（a）参照プロファイルを含むデータベースであって、それぞれの参照プロファイルが、遺伝子の第1のパネルに対応し、定められた在胎週数に対応するセルフリーRNA（cfRNA）転写物の妊娠中の女性の集団における発現レベルを含むもの；
（b）ネットワークを介してクライアントコンピュータと交信するように、また、胎児を有する妊娠中の女性における遺伝子の第1のパネルに対応するcfRNA転写物の発現レベルを含む発現プロファイルを受信するように構成されたユーザーインターフェイス；および
（c）参照プロファイルおよび発現プロファイルを分析するように構成された1またはそれ以上のプロセッサであって、該分析が、参照プロファイルおよび発現プロファイルを比較して胎児の在胎週数を決定することを含むプロセッサ；および
（d）胎児の在胎週数をクライアントコンピュータに送信するネットワークインターフェース。