【手続補正書】
【提出日】令和2年12月21日(2020.12.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
画像取得システムと1つまたは複数のプロセッサとメモリとを含む核酸シーケンサーによって、ベースコールサイクルの間に、取得された画像データからの補正された色値を決定する方法であって、以下の工程:
（a）核酸塩基が読み取られる複数の部位を含む基板の画像を取得する工程であって、該部位が、核酸塩基のタイプを表す色を示す、工程;
（b）該基板の画像から該複数の部位の色値を測定する工程;
（c）該色値をシーケンサーの1つまたは複数のプロセッサのプロセッサバッファに格納する工程;
（d）該複数の部位の部分的に位相補正された色値を取り出す工程であって、該部分的に位相補正された色値が、直前のベースコールサイクルの間にシーケンサーのメモリに格納されたものである、工程;
（e）該直前のベースコールサイクルの間に格納された該部分的に位相補正された色値と
前記プロセッサバッファに格納された色値と
から、プレフェージング補正を決定する工程;および
（f）該プロセッサバッファ内の色値と
該直前のサイクルの間に格納された該部分的に位相補正された値と
該プレフェージング補正と
から、補正された色値を決定する工程
を含む、前記方法。
【請求項２】
前記複数の部位のベースコールを行うために前記補正された色値を使用する工程をさらに含む、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
直後のベースコールサイクルのためのフェージング補正を決定する工程をさらに含む、請求項1〜2のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４】
直後のベースコールサイクルのためのフェージング補正を決定する工程が、
前記シーケンサーのメモリに格納された前記部分的に位相補正された色値と
前記プロセッサバッファに格納された前記色値と
を解析することを含む、
請求項3に記載の方法。
【請求項５】
前記シーケンサーのメモリに格納された前記複数の部位の色値に前記フェージング補正を適用することによって前記直後のベースコールサイクルのための部分的に位相補正された色値を生成する工程、および
前記直後のベースコールサイクルのための前記部分的に位相補正された色値を前記シーケンサーのメモリに格納する工程
をさらに含む、請求項3に記載の方法。
【請求項６】
前記色値が前記シーケンサーの2つのチャネルのみから決定される、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記色値が前記シーケンサーの4つのチャネルから取得される、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記基板がフローセルを含み、該フローセルはタイルに論理的に分割され、各タイルは部位のサブセットを含む該フローセルの領域を表し、該サブセットは前記画像取得システムからの単一の画像に取り込まれる、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
動作（d）において、部分的に位相補正された色値が前記シーケンサーのメモリのタイルバッファに格納されたものであり、該タイルバッファは前記基板上の個々のタイルの画像を表すデータを格納するために指定される、請求項8に記載の方法。
【請求項１０】
動作（a）の前に、フローセルに試薬を提供し、ベースコールサイクルの間に核酸塩基のタイプを表す色を示すように該試薬を部位と相互作用させる工程をさらに含む、請求項8に記載の方法。
【請求項１１】
前記プロセッサバッファと
（f）で補正された色値を決定するために使用される第2のプロセッサバッファと
を割り振る工程をさらに含む、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
画像取得システムと
メモリと
1つまたは複数のプロセッサと
を含む、核酸シーケンサーであって、
該1つまたは複数のプロセッサが、
（a）核酸塩基が読み取られる複数の部位であって核酸塩基のタイプを表す色を示す該部位を含む基板の画像を表すデータを取得し、
（b）該基板の画像から該複数の部位の色値を取得し、
（c）該色値をプロセッサバッファに格納し、
（d）ベースコールサイクルについて該複数の部位の部分的に位相補正された色値であって直前のベースコールサイクルの間に前記メモリに格納された該部分的に位相補正された色値を取り出し、
（e）該直前のベースコールサイクルの間に格納された該部分的に位相補正された値と
前記プロセッサバッファに格納された色値と
から、プレフェージング補正を決定し、
（f）該プロセッサバッファ内の色値と
該直前のサイクルの間に格納された該部分的に位相補正された値と
該プレフェージング補正と
から、補正された色値を決定する
ように設計または構成されている、
前記核酸シーケンサー。
【請求項１３】
前記1つまたは複数のプロセッサが、前記複数の部位のベースコールを行うために前記補正された色値を使用するようにさらに設計または構成されている、請求項12に記載の核酸シーケンサー。
【請求項１４】
前記1つまたは複数のプロセッサが、直後のベースコールサイクルのためのフェージング補正を決定するようにさらに設計または構成されている、請求項12〜13のいずれか一項に記載の核酸シーケンサー。
【請求項１５】
前記1つまたは複数のプロセッサが、
前記メモリに格納された前記部分的に位相補正された色値と
前記プロセッサバッファに格納された前記色値と
を解析することによって前記直後のベースコールサイクルのための前記フェージング補正を決定するように設計または構成されている、
請求項14に記載の核酸シーケンサー。
【請求項１６】
前記1つまたは複数のプロセッサが、
前記メモリに格納された前記複数の部位の色値に前記フェージング補正を適用することによって前記直後のベースコールサイクルのための部分的に位相補正された色値を生成し、
該直後のベースコールサイクルのための該部分的に位相補正された色値を前記メモリに格納する
ようにさらに設計または構成されている、
請求項14に記載の核酸シーケンサー。
【請求項１７】
前記1つまたは複数のプロセッサが、2つのチャネルのみから前記色値を取得するように設計または構成されている、請求項12〜16のいずれか一項に記載の核酸シーケンサー。
【請求項１８】
前記1つまたは複数のプロセッサが、4つのチャネルから前記色値を取得するように設計または構成されている、請求項12〜16のいずれか一項に記載の核酸シーケンサー。
【請求項１９】
前記基板がフローセルを含み、該フローセルはタイルに論理的に分割され、各タイルは部位のサブセットを含む該フローセルの領域を表し、該サブセットは前記画像取得システムからの単一の画像に取り込まれる、請求項12〜18のいずれか一項に記載の核酸シーケンサー。
【請求項２０】
前記1つまたは複数のプロセッサが、動作（a）の前に、フローセルに試薬を提供し、ベースコールサイクルの間に核酸塩基のタイプを表す色を示すように該試薬を部位と相互作用させるようにさらに設計または構成されている、請求項19に記載の核酸シーケンサー。
【請求項２１】
前記1つまたは複数のプロセッサが、動作（f）の後に、
新たに準備した試薬をフローセルに提供し、次のベースコールサイクルについて核酸塩基のタイプを表す色を示すように該新たに準備した試薬を前記部位と相互作用させ、
次のベースコールサイクルについて動作（a）〜（e）を繰り返す
ようにさらに設計または構成されている、
請求項20に記載の核酸シーケンサー。
【請求項２２】
前記1つまたは複数のプロセッサが、前記プロセッサバッファと、（f）で補正された色値を決定するための第2のプロセッサバッファとを割り振るようにさらに設計または構成されている、請求項12〜21のいずれか一項に記載の核酸シーケンサー。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
［本発明１００１］
画像取得システムと1つまたは複数のプロセッサとメモリとを含む核酸シーケンサーによって、ベースコールサイクルの間に、取得された画像データからの補正された色値を決定する方法であって、以下の工程:
（a）核酸塩基が読み取られる複数の部位を含む基板の画像を取得する工程であって、該部位が、核酸塩基のタイプを表す色を示す、工程;
（b）該基板の画像から該複数の部位の色値を測定する工程;
（c）該色値をシーケンサーの1つまたは複数のプロセッサのプロセッサバッファに格納する工程;
（d）該複数の部位の部分的に位相補正された色値を取り出す工程であって、該部分的に位相補正された色値が、直前のベースコールサイクルの間にシーケンサーのメモリに格納されたものである、工程;
（e）該直前のベースコールサイクルの間に格納された該部分的に位相補正された色値と
前記プロセッサバッファに格納された色値と
から、プレフェージング補正を決定する工程;および
（f）該プロセッサバッファ内の色値と
該直前のサイクルの間に格納された該部分的に位相補正された値と
該プレフェージング補正と
から、補正された色値を決定する工程
を含む、前記方法。
［本発明１００２］
前記複数の部位のベースコールを行うために前記補正された色値を使用する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
［本発明１００３］
プレフェージング補正が重みを含み、補正された色値を決定する工程が、該重みを基板の画像から測定された前記複数の部位の前記色値で乗算することを含む、本発明1001または1002の方法。
［本発明１００４］
直後のベースコールサイクルのためのフェージング補正を決定する工程をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
［本発明１００５］
直後のベースコールサイクルのためのフェージング補正を決定する工程が、
前記シーケンサーのメモリに格納された前記部分的に位相補正された色値と
前記プロセッサバッファに格納された前記色値と
を解析することを含む、
本発明1004の方法。
［本発明１００６］
前記シーケンサーのメモリに格納された前記複数の部位の色値に前記フェージング補正を適用することによって前記直後のベースコールサイクルのための部分的に位相補正された色値を生成する工程、および
前記直後のベースコールサイクルのための前記部分的に位相補正された色値を前記シーケンサーのメモリに格納する工程
をさらに含む、本発明1004の方法。
［本発明１００７］
前記直後のベースコールサイクルのための前記部分的に位相補正された色値を生成する工程が、
前記複数の部位の前記フェージング補正された色値と
（b）で測定された、基板の画像からの複数の部位の色値と
を合計することをさらに含む、
本発明1006の方法。
［本発明１００８］
前記直後のベースコールサイクルのための前記部分的に位相補正された色値を格納する工程が、前記部分的に補正された色値を前記シーケンサーのメモリのタイルバッファに格納する、本発明1006の方法。
［本発明１００９］
前記核酸シーケンサーによって配列リードの取得中にリアルタイムで行われる、前記本発明のいずれかの方法。
［本発明１０１０］
前記核酸シーケンサーが前記複数の部位で核酸を合成する、前記本発明のいずれかの方法。
［本発明１０１１］
前記色値が前記シーケンサーの2つのチャネルのみから決定される、前記本発明のいずれかの方法。
［本発明１０１２］
前記色値が前記シーケンサーの4つのチャネルから取得される、本発明1001〜1010のいずれかの方法。
［本発明１０１３］
前記基板がフローセルを含み、該フローセルはタイルに論理的に分割され、各タイルは部位のサブセットを含む該フローセルの領域を表し、該サブセットは前記画像取得システムからの単一の画像に取り込まれる、前記本発明のいずれかの方法。
［本発明１０１４］
動作（d）において、部分的に位相補正された色値が前記シーケンサーのメモリのタイルバッファに格納されたものであり、該タイルバッファは前記基板上の個々のタイルの画像を表すデータを格納するために指定される、本発明1013の方法。
［本発明１０１５］
前記メモリが約512ギガバイト以下の記憶容量を有する、本発明1014の方法。
［本発明１０１６］
動作（a）の前に、フローセルに試薬を提供し、ベースコールサイクルの間に核酸塩基のタイプを表す色を示すように該試薬を部位と相互作用させる工程をさらに含む、本発明1013の方法。
［本発明１０１７］
動作（f）の後に、
新たに準備した試薬をフローセルに提供し、次のベースコールサイクルについて核酸塩基のタイプを表す色を示すように該新たに準備した試薬を前記部位と相互作用させる工程、および
次のベースコールサイクルについて動作（a）〜（e）を繰り返す工程
をさらに含む、本発明1016の方法。
［本発明１０１８］
前記ベースコールサイクルについて動作（a）〜（f）を行うための第1のプロセッサスレッドを作成する工程、および次のベースコールサイクルについて動作（a）〜（f）を行うための第2のプロセッサスレッドを作成する工程をさらに含む、本発明1017の方法。
［本発明１０１９］
前記プロセッサバッファと
（f）で補正された色値を決定するために使用される第2のプロセッサバッファと
を割り振る工程をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
［本発明１０２０］
画像取得システムと
メモリと
1つまたは複数のプロセッサと
を含む、核酸シーケンサーであって、
該1つまたは複数のプロセッサが、
（a）核酸塩基が読み取られる複数の部位であって核酸塩基のタイプを表す色を示す該部位を含む基板の画像を表すデータを取得し、
（b）該基板の画像から該複数の部位の色値を取得し、
（c）該色値をプロセッサバッファに格納し、
（d）ベースコールサイクルについて該複数の部位の部分的に位相補正された色値であって直前のベースコールサイクルの間に前記メモリに格納された該部分的に位相補正された色値を取り出し、
（e）該直前のベースコールサイクルの間に格納された該部分的に位相補正された値と
前記プロセッサバッファに格納された色値と
から、プレフェージング補正を決定し、
（f）該プロセッサバッファ内の色値と
該直前のサイクルの間に格納された該部分的に位相補正された値と
該プレフェージング補正と
から、補正された色値を決定する
ように設計または構成されている、
前記核酸シーケンサー。
［本発明１０２１］
前記メモリが複数のタイルバッファに分割され、各タイルバッファは前記基板上のタイルの単一の画像を表すデータを格納するように指定されている、本発明1020の核酸シーケンサー。
［本発明１０２２］
前記メモリが約512ギガバイト以下の記憶容量を有する、本発明1020または1021の核酸シーケンサー。
［本発明１０２３］
前記1つまたは複数のプロセッサが、前記複数の部位のベースコールを行うために前記補正された色値を使用するようにさらに設計または構成されている、本発明1020〜1022のいずれかの核酸シーケンサー。
［本発明１０２４］
前記プレフェージング補正が重みを含み、前記1つまたは複数のプロセッサが、該重みを前記基板の画像から測定された前記複数の部位の前記色値で乗算することによって前記補正された色値を決定するように設計または構成されている、本発明1020〜1023のいずれかの核酸シーケンサー。
［本発明１０２５］
前記1つまたは複数のプロセッサが、直後のベースコールサイクルのためのフェージング補正を決定するようにさらに設計または構成されている、本発明1020〜1024のいずれかの核酸シーケンサー。
［本発明１０２６］
前記1つまたは複数のプロセッサが、
前記メモリに格納された前記部分的に位相補正された色値と
前記プロセッサバッファに格納された前記色値と
を解析することによって前記直後のベースコールサイクルのための前記フェージング補正を決定するように設計または構成されている、
本発明1025の核酸シーケンサー。
［本発明１０２７］
前記1つまたは複数のプロセッサが、
前記メモリに格納された前記複数の部位の色値に前記フェージング補正を適用することによって前記直後のベースコールサイクルのための部分的に位相補正された色値を生成し、
該直後のベースコールサイクルのための該部分的に位相補正された色値を前記メモリに格納する
ようにさらに設計または構成されている、
本発明1025の核酸シーケンサー。
［本発明１０２８］
前記1つまたは複数のプロセッサが、
前記複数の部位の前記フェージング補正された色値と
（b）で測定された、基板の画像からの複数の部位の色値と
を合計することによって前記直後のベースコールサイクルのための前記部分的に位相補正された色値を生成するように設計または構成されている、
本発明1027の核酸シーケンサー。
［本発明１０２９］
前記1つまたは複数のプロセッサが、前記直後のベースコールサイクルのための前記部分的に位相補正された色値を、該部分的に補正された色値を前記メモリのタイルバッファに格納することによって格納するように設計または構成されている、本発明1027の核酸シーケンサー。
［本発明１０３０］
前記1つまたは複数のプロセッサが、ベースコールの間にリアルタイムで（a）〜（f）を行うように設計または構成されている、本発明1020〜1029のいずれかの核酸シーケンサー。
［本発明１０３１］
前記複数の部位で核酸を合成するためのシステムをさらに含む、本発明1020〜1030のいずれかの核酸シーケンサー。
［本発明１０３２］
前記1つまたは複数のプロセッサが、2つのチャネルのみから前記色値を取得するように設計または構成されている、本発明1020〜1031のいずれかの核酸シーケンサー。
［本発明１０３３］
前記1つまたは複数のプロセッサが、4つのチャネルから前記色値を取得するように設計または構成されている、本発明1020〜1031のいずれかの核酸シーケンサー。
［本発明１０３４］
前記基板がフローセルを含み、該フローセルはタイルに論理的に分割され、各タイルは部位のサブセットを含む該フローセルの領域を表し、該サブセットは前記画像取得システムからの単一の画像に取り込まれる、本発明1020〜1033のいずれかの核酸シーケンサー。
［本発明１０３５］
動作（d）において、部分的に位相補正された色値が前記シーケンサーのメモリのタイルバッファに格納されたものであり、該タイルバッファは前記基板上の個々のタイルの画像を表すデータを格納するために指定される、本発明1034の核酸シーケンサー。
［本発明１０３６］
前記1つまたは複数のプロセッサが、動作（a）の前に、フローセルに試薬を提供し、ベースコールサイクルの間に核酸塩基のタイプを表す色を示すように該試薬を部位と相互作用させるようにさらに設計または構成されている、本発明1034の核酸シーケンサー。
［本発明１０３７］
前記1つまたは複数のプロセッサが、動作（f）の後に、
新たに準備した試薬をフローセルに提供し、次のベースコールサイクルについて核酸塩基のタイプを表す色を示すように該新たに準備した試薬を前記部位と相互作用させ、
次のベースコールサイクルについて動作（a）〜（e）を繰り返す
ようにさらに設計または構成されている、
本発明1036の核酸シーケンサー。
［本発明１０３８］
前記1つまたは複数のプロセッサが、
前記ベースコールサイクルについて動作（a）〜（f）を行うための第1のプロセッサスレッドを作成し、
次のベースコールサイクルについて動作（a）〜（f）を行うための第2のプロセッサスレッドを作成する
ようにさらに設計または構成されている、
本発明1037の核酸シーケンサー。
［本発明１０３９］
前記1つまたは複数のプロセッサが、前記プロセッサバッファと、（f）で補正された色値を決定するための第2のプロセッサバッファとを割り振るようにさらに設計または構成されている、本発明1020〜1038のいずれかの核酸シーケンサー。
本開示の上記その他の特徴を、関連付けられた図面を参照して、以下でさらに詳細に提示する。