【手続補正書】
【提出日】令和3年1月5日(2021.1.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
方法であって、
（ａ）部位特異的ヌクレアーゼと接触させた細胞または組織から得られたゲノムＤＮＡ試料を、トランスポゾンの５’末端に第１の検出配列を含む前記トランスポゾンと、前記トランスポゾンが前記ゲノムＤＮＡ試料に挿入され、かつ前記ゲノムＤＮＡ試料が断片化されて、複数のタグメンテーションされた二本鎖核酸断片であって、前記核酸断片の５’末端に付着された前記トランスポゾンを含む二本鎖核酸断片になる条件下で接触させることと；
（ｂ）
（ｉ）前記ゲノムＤＮＡ内のあらかじめ決定された位置に相補的なヌクレオチド配列を含み、かつその５’末端に第２の検出配列を含む第１の固定のプライマーと、
（ｉｉ）前記第１の検出配列の少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む第２の選択的プライマーと
を使用して、前記タグメンテーションされた核酸断片を増幅させて、前記第１の検出配列、前記核酸断片の前記５’末端に付着された前記トランスポゾン、および前記第２の検出配列を含む、増幅された核酸断片を形成させることと；
（ｃ）前記増幅された核酸断片を配列決定することと
を含む方法。
【請求項２】
前記第１の検出配列が、第１の配列決定タグを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ステップ（ｃ）が、前記増幅された核酸断片を、前記第１の配列決定タグとハイブリッド形成する第１の配列決定プライマーと接触させることを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記第２の検出配列が、第２の配列決定タグを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
ステップ（ｃ）が、前記増幅された核酸断片を、前記第２の配列決定タグとハイブリッド形成する第２の配列決定プライマーと接触させることを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記ゲノムＤＮＡ試料が、単一の細胞から得られる、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
ステップ（ｂ）が、それぞれが前記ゲノムＤＮＡ内の異なるあらかじめ決定された位置に相補的なヌクレオチド配列を含む、複数の第１の固定プライマーを使用することを含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
ステップ（ｂ）が、それぞれの反応が異なる第１の固定プライマーを使用する、複数の増幅反応を実施することを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記複数の第１の固定プライマーのそれぞれが、（ｉ）同じ配列決定タグと（ｉｉ）固有のバーコードとを含む検出配列を含む、請求項７または８に記載の方法。
【請求項１０】
前記二本鎖核酸断片が、約５００〜約５０００ｂｐを含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記部位特異的ヌクレアーゼが、Ｃａｓ９である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記部位特異的ヌクレアーゼが、Ｃｐｆ１である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
方法であって、
（ａ）細胞または組織から得られたゲノムＤＮＡ試料を、ＲＮＡガイド型ヌクレアーゼと、前記ヌクレアーゼによる前記ゲノムＤＮＡの切断に好都合な条件下で接触させることと；
（ｂ）前記切断されたゲノムＤＮＡを、トランスポゾンの５’末端に第１の検出配列を含む前記トランスポゾンと、前記切断されたゲノムＤＮＡに前記トランスポゾンが挿入され、かつ前記切断されたゲノムＤＮＡが断片化されて、複数のタグメンテーションされた二本鎖核酸断片であって、前記核酸断片の５’末端に付着された前記トランスポゾンを含む二本鎖核酸断片になる条件下で接触させることと；
（ｃ）
（ｉ）前記ゲノムＤＮＡ内のあらかじめ決定された位置に相補的なヌクレオチド配列を含み、かつその５’末端に第２の検出配列を含む第１の固定プライマーと、
（ｉｉ）前記第１の検出配列の少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む第２の選択的プライマーと
を使用して、前記タグメンテーションされた核酸断片を増幅させて、前記第１の検出配列、前記核酸断片の前記５’末端に付着された前記トランスポゾン、および前記第２の検出配列を含む、増幅された核酸断片を形成させることと；
（ｄ）増幅された核酸断片を配列決定することと
を含む方法。
【請求項１４】
前記第１の検出配列が、第１の配列決定タグを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
ステップ（ｄ）が、前記増幅された核酸断片を、前記第１の配列決定タグとハイブリッド形成する第１の配列決定プライマーと接触させることを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記第２の検出配列が、第２の配列決定タグを含む、請求項１３〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ステップ（ｄ）が、前記増幅された核酸断片を、前記第２の配列決定タグとハイブリッド形成する第２の配列決定プライマーと接触させることを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記ゲノムＤＮＡ試料が、単一の細胞から得られる、請求項１３〜１７いずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
ステップ（ｃ）が、それぞれが前記ゲノムＤＮＡ内の異なるあらかじめ決定された位置に相補的なヌクレオチド配列を含む、複数の第１の固定プライマーを使用することを含む、請求項１３〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
ステップ（ｃ）が、それぞれの反応が異なる第１の固定プライマーを使用する、複数の増幅反応を実施することを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記複数の第１の固定プライマーのそれぞれが、（ｉ）同じ配列決定タグと（ｉｉ）固有のバーコードとを含む検出配列を含む、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記二本鎖核酸断片が、約５００〜約５０００ｂｐを含む、請求項１３〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＲＮＡガイド型ヌクレアーゼが、Ｃａｓ９である、請求項１３〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＲＮＡガイド型ヌクレアーゼが、Ｃｐｆ１である、請求項１３〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
方法であって、
（ａ）細胞または組織から得られたゲノムＤＮＡ試料を、トランスポゾンの５’末端に第１の検出配列を含む前記トランスポゾンと、前記トランスポゾンが前記ゲノムＤＮＡに挿入され、かつ前記ゲノムＤＮＡが断片化されて、複数のタグメンテーションされた二本鎖核酸断片であって、前記核酸断片の５’末端に付着された前記トランスポゾンを含む二本鎖核酸断片になる条件下で接触させることであって、前記ゲノムＤＮＡは、部位特異的ヌクレアーゼによって切断された少なくとも１つの部位に組み込まれた二本鎖オリゴヌクレオチドを含む、ことと；
（ｂ）
（ｉ）前記二本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、かつその５’末端に第２の検出配列を含む第１の固定プライマーと、
（ｉｉ）前記第１の検出配列の少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む第２の選択的プライマーと
を使用して、前記タグメンテーションされた核酸断片を増幅させて、前記第１の検出配列、前記核酸断片の前記５’末端に付着された前記トランスポゾン、および前記第２の検出配列を含む、増幅された核酸断片を形成させることと；
（ｃ）前記増幅された核酸断片を配列決定することと
を含む方法。
【請求項２６】
前記部位特異的ヌクレアーゼが、Ｃａｓ９である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２７】
前記部位特異的ヌクレアーゼが、Ｃｐｆ１である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２８】
（ａ）細胞または組織から得られたゲノムＤＮＡ試料を、ヌクレアーゼによるゲノムＤＮＡの切断、および二本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも１つの切断部位への組み込みに好都合な条件下で、前記ＲＮＡガイド型ヌクレアーゼおよび前記二本鎖オリゴヌクレオチドと接触させることであって、それによって、前記組み込まれた二本鎖オリゴヌクレオチドを含むタグ付けされたゲノムＤＮＡが産生される、ことと；
（ｂ）前記タグ付けされたゲノムＤＮＡを、トランスポゾンの５’末端に第１の検出配列を含む前記トランスポゾンと、前記タグ付けされたゲノムＤＮＡに前記トランスポゾンが挿入され、かつ前記タグ付けされたゲノムＤＮＡが断片化されて、複数のタグメンテーションされた二本鎖核酸断片であって、前記核酸断片の５’末端に付着された前記トランスポゾンを含む二本鎖核酸断片になる条件下で接触させることと；
（ｃ）
（ｉ）前記二本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、かつその５’末端に第２の検出配列を含む第１の固定プライマーと、
（ｉｉ）前記第１の検出配列の少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む第２の選択的プライマーと
を使用して、前記タグメンテーションされた核酸断片を増幅させて、前記第１の検出配列、前記核酸断片の前記５’末端に付着された前記トランスポゾン、および前記第２の検出配列を含む、増幅された核酸断片を形成させることと；
（ｄ）前記増幅された核酸断片を配列決定することと
を含む方法。
【請求項２９】
前記ＲＮＡガイド型ヌクレアーゼが、Ｃａｓ９である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記ＲＮＡガイド型ヌクレアーゼが、Ｃｐｆ１である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記二本鎖オリゴヌクレオチドのどちらの鎖も、前記ゲノムＤＮＡに対してオルソロガスである、請求項２５〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記二本鎖オリゴヌクレオチドの各５’末端が、リン酸基を含む、請求項２５〜３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記二本鎖オリゴヌクレオチドの各３’末端が、ホスホロチオエート結合を含む、請求項２５〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記二本鎖オリゴヌクレオチドの各５’末端が、ホスホロチオエート結合を含む、請求項２５〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記二本鎖オリゴヌクレオチドが、３０〜３５個のヌクレオチドまたは６０〜６５個のヌクレオチドを含む、請求項２５〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記二本鎖オリゴヌクレオチドが、平滑末端化される、請求項２５〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記二本鎖オリゴヌクレオチドが、１、２、３、または４塩基の突出ヌクレオチドを有する５’末端を含む、請求項２５〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記第１の検出配列が、第１の配列決定タグを含む、請求項２５〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
配列決定することが、前記増幅された核酸断片を、前記第１の配列決定タグとハイブリッド形成する第１の配列決定プライマーと接触させることを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記第２の検出配列が、第２の配列決定タグを含む、請求項２５〜３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
配列決定することが、前記増幅された核酸断片を、前記第２の配列決定タグとハイブリッド形成する第２の配列決定プライマーと接触させることを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記二本鎖核酸断片が、約５００〜約５０００ｂｐを含む、請求項２０〜４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記配列決定された核酸断片が、参照ゲノムＤＮＡ試料に対する転座を含む、請求項１〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記ゲノムＤＮＡ試料が、ウイルスによって導入された配列を含む、請求項１〜４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記ゲノムＤＮＡ、前記切断されたゲノムＤＮＡ、または前記タグ付けされたゲノムＤＮＡを前記トランスポゾンと接触させる前に、ウイルスベクターを使用して、配列を前記ゲノムＤＮＡに導入するステップをさらに含む、請求項１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記配列決定された核酸断片を前記参照ゲノムＤＮＡ試料と比較することをさらに含む、請求項１〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
少なくとも１つの配列決定された核酸が、前記参照ゲノムＤＮＡ試料に対する転座を含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記配列決定された核酸の１％未満が、前記参照ゲノムＤＮＡ試料に対する転座を含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記ゲノムＤＮＡ試料が、生きている細胞または組織を含有しない試料から得られる、請求項１〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
前記ゲノムＤＮＡ試料が、痕跡量の細胞および／または組織を含有する試料から得られる、請求項１〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
前記ゲノムＤＮＡ試料が、真核細胞から得られる、請求項１〜４８または５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
前記ゲノムＤＮＡ試料が、原核細胞から得られる、請求項１〜４８または５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
前記ゲノムＤＮＡ試料が、１つまたは複数の微生物叢から得られる、請求項１〜４８、５０、または５２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
１つまたは複数の処理装置によって実施される方法であって、
複数の実体についてのヌクレオチド配列を含むデータセットであって、次世代配列決定データを含むデータセットを受け取ることと；
前記データセットから第１のデータを得るために前記データセットを逆多重化することであって、前記第１のデータは、前記複数の実体の中のある実体から得られるヌクレオチド配列を含み、前記ヌクレオチド配列は、前記実体を特定するバーコードを含み、前記ヌクレオチド配列はまた、１つまたは複数の識別子を含み、前記１つまたは複数の識別子は、前記ヌクレオチド配列上で実施される遺伝子編集事象に基づいている、ことと；
前記第１のデータに基づいて、第２のデータによって表される参照アンプリコンに対して、前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を整列させることであって、前記参照アンプリコンは、変異、欠失、挿入、インデル、転座、逆位、および／または重複を含む１つまたは複数の予測される遺伝子編集事象の提示を含む参照ヌクレオチド配列を含む、ことと；前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部に含有される、前記識別子の数を決定することと；
識別子の前記数に基づいて、前記遺伝子編集事象の結果を評価することと
を含む方法。
【請求項５５】
前記１つまたは複数の識別子が、前記ヌクレオチド配列上で実施される複数の遺伝子編集事象に基づいており；かつ
評価することが、識別子の前記数に基づく前記複数の遺伝子編集事象の結果を評価することを含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部を、前記参照アンプリコンに対して整列させることが、前記ヌクレオチド配列のヌクレオチドを、前記参照アンプリコンのヌクレオチドと適合させることを含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５７】
バーコードを含む前記ヌクレオチド配列が、前記バーコード中の前記ヌクレオチドの１つを除いてすべてが適合するならば、前記実体を特定する、請求項５４に記載の方法。
【請求項５８】
整列の前に、前記ヌクレオチド配列から１つまたは複数のアダプターを取り除くことをさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５９】
１つまたは複数の表示装置を与えるために、前記遺伝子編集事象の精度を代表する画像データを作成することと；
前記１つまたは複数の表示装置上に、前記画像データに基づいて、１つまたは複数の画像を与えることと
をさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項６０】
前記参照アンプリコンが、１つまたは複数のベクター配列または１つまたは複数のプラスミド配列を含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項６１】
前記１つまたは複数の識別子が、固有分子インデックス（ＵＭＩ）を含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項６２】
前記１つまたは複数の識別子が、１つまたは複数の予測される遺伝子編集事象を示すものである、請求項５４に記載の方法。
【請求項６３】
前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部における前記識別子の前記数を決定することが、予測される遺伝子編集事象に対して整列される識別子の数を計数することを含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項６４】
前記データセットが、ＵＤｉＴａＳライブラリに基づいている、請求項５４に記載の方法。
【請求項６５】
前記バーコードが、前記ヌクレオチド配列に対して固有であり、その結果、前記ヌクレオチド配列に由来する配列決定ライブラリのすべてのメンバーが、同じバーコードを含むようになる、請求項５４に記載の方法。
【請求項６６】
前記遺伝子編集事象の精度に基づいて、遺伝子編集プロセスを選択すること
をさらに含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項６７】
１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体であって、
複数の実体についてのヌクレオチド配列を含むデータセットであって、次世代配列決定データを含むデータセットを受け取ることと；
前記データセットから第１のデータを得るために前記データセットを逆多重化することであって、前記第１のデータは、前記複数の実体の中のある実体から得られるヌクレオチド配列を含み、前記ヌクレオチド配列は、前記実体を特定するバーコードを含み、前記ヌクレオチド配列はまた、１つまたは複数の識別子を含み、前記１つまたは複数の識別子は、前記ヌクレオチド配列上で実施される遺伝子編集事象に基づいている、ことと；
前記第１のデータに基づいて、第２のデータによって表される参照アンプリコンに対して、前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を整列させることであって、前記参照アンプリコンは、１つまたは複数のオンターゲット遺伝子編集事象、１つまたは複数のオフターゲット遺伝子編集事象、または１つまたは複数のオンターゲット遺伝子編集事象と１つまたは複数のオフターゲット遺伝子編集事象との両方の提示を含む参照ヌクレオチド配列を含む、ことと；
前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部に含有される、前記識別子の数を決定することと；
識別子の前記数に基づいて、前記遺伝子編集事象の結果を評価することと
を含む、動作を実施するための１つまたは複数の処理装置によって実行可能である、命令を保存する１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項６８】
前記１つまたは複数の識別子が、前記ヌクレオチド配列上で実施される複数の遺伝子編集事象に基づいており；かつ
評価することが、識別子の前記数に基づく前記複数の遺伝子編集事象の結果を評価することを含む、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項６９】
前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を、前記参照アンプリコンに対して整列させることが、前記ヌクレオチド配列のヌクレオチドを、前記参照アンプリコンのヌクレオチドと適合させることを含む、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項７０】
前記バーコードを含む前記ヌクレオチド配列が、前記バーコード中の前記ヌクレオチドの１つを除いてすべてが適合するならば、前記実体を特定する、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項７１】
前記動作が、
整列の前に、前記ヌクレオチド配列から１つまたは複数のアダプターを取り除くことを含む、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項７２】
前記動作が、
１つまたは複数の表示装置を与えるために、前記遺伝子編集事象の精度を代表する画像データを作成することと；
前記１つまたは複数の表示装置上に、前記画像データに基づいて、１つまたは複数の画像を与えることと
を含む、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項７３】
前記参照アンプリコンが、１つまたは複数のベクター配列または１つまたは複数のプラスミド配列を含む、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項７４】
前記１つまたは複数の識別子が、固有分子インデックス（ＵＭＩ）を含む、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項７５】
前記１つまたは複数の識別子が、１つまたは複数の予測される遺伝子編集事象を示すものである、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項７６】
前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部における前記識別子の前記数を決定することが、予測される遺伝子編集事象に対して整列される識別子の数を計数することを含む、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項７７】
前記データセットが、ＵＤｉＴａＳライブラリに基づいている、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項７８】
前記バーコードが、前記ヌクレオチド配列に対して固有であり、その結果、前記ヌクレオチド配列に由来する配列決定ライブラリのすべてのメンバーが、同じバーコードを含むようになる、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項７９】
前記遺伝子編集事象の精度に基づいて、遺伝子編集プロセスを選択すること
をさらに含む、請求項６７に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
【請求項８０】
システムであって、
実行可能である命令を保存する非一過性の機械可読ストレージと；
複数の実体についてのヌクレオチド配列を含むデータセットであって、次世代配列決定データを含むデータセットを受け取ることと；
前記データセットから第１のデータを得るために前記データセットを逆多重化することであって、前記第１のデータは、前記複数の実体の中のある実体から得られるヌクレオチド配列を含み、前記ヌクレオチド配列は、前記実体を特定するバーコードを含み、前記ヌクレオチド配列はまた、１つまたは複数の識別子を含み、前記１つまたは複数の識別子は、前記ヌクレオチド配列上で実施される遺伝子編集事象に基づいている、ことと；
前記第１のデータに基づいて、第２のデータによって表される参照アンプリコンに対して、前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を整列させることであって、前記参照アンプリコンは、１つまたは複数のオンターゲット遺伝子編集事象、１つまたは複数のオフターゲット遺伝子編集事象、または１つまたは複数のオンターゲット遺伝子編集事象と１つまたは複数のオフターゲット遺伝子編集事象との両方の提示を含む参照ヌクレオチド配列を含む、ことと；
前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部に含有される、前記識別子の数を決定することと；
識別子の前記数に基づいて、前記遺伝子編集事象の結果を評価することと
を含む動作を実施するための前記命令を遂行するための１つまたは複数の処理装置と
を含むシステム。
【請求項８１】
前記１つまたは複数の識別子が、前記ヌクレオチド配列上で実施される複数の遺伝子編集事象に基づいており；かつ
評価することが、識別子の前記数に基づく前記複数の遺伝子編集事象の結果を評価することを含む、請求項８０に記載のシステム。
【請求項８２】
前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部を、前記参照アンプリコンに対して整列させることが、前記ヌクレオチド配列のヌクレオチドを、前記参照アンプリコンのヌクレオチドと適合させることを含む、請求項８０に記載のシステム。
【請求項８３】
バーコードを含む前記ヌクレオチド配列が、前記バーコード中の前記ヌクレオチドの１つを除いてすべてが適合するならば、前記実体を特定する、請求項８０に記載のシステム。
【請求項８４】
前記動作が、
整列の前に、前記ヌクレオチド配列から１つまたは複数のアダプターを取り除くことを含む、請求項８０に記載のシステム。
【請求項８５】
前記動作が、
１つまたは複数の表示装置を与えるために、前記遺伝子編集事象の精度を代表する画像データを作成することと；
前記１つまたは複数の表示装置上に、前記画像データに基づいて、１つまたは複数の画像を与えることと
を含む、請求項８０に記載のシステム。
【請求項８６】
前記参照アンプリコンが、１つまたは複数のベクター配列または１つまたは複数のプラスミド配列を含む、請求項８０に記載のシステム。
【請求項８７】
前記１つまたは複数の識別子が、固有分子インデックス（ＵＭＩ）を含む、請求項８０に記載のシステム。
【請求項８８】
前記１つまたは複数の識別子が、１つまたは複数の予測される遺伝子編集事象を示すものである、請求項８０に記載のシステム。
【請求項８９】
前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部における前記識別子の前記数を決定することが、予測される遺伝子編集事象に対して整列される識別子の前記数を計数することを含む、請求項８０に記載のシステム。
【請求項９０】
前記データセットが、ＵＤｉＴａＳライブラリに基づいている、請求項８０に記載のシステム。
【請求項９１】
前記バーコードが、前記ヌクレオチド配列に対して固有であり、その結果、前記ヌクレオチド配列に由来する配列決定ライブラリのすべてのメンバーが、同じバーコードを含むようになる、請求項８０に記載のシステム。
【請求項９２】
前記命令が、前記遺伝子編集事象の精度に基づいて、遺伝子編集プロセスを選択することをさらに含む、請求項８０に記載のシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２２３】
等価物
本発明を、その詳細な説明と共に記載してきたが、前述の説明は、添付の特許請求の範囲の範囲によって定義される本発明の範囲を例示することが意図され、本発明の範囲を限定しないことが理解されよう。他の態様、利点、および改変は、以下の特許請求の範囲の範囲内である。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
方法であって、
（ａ）部位特異的ヌクレアーゼと接触させた細胞または組織から得られたゲノムＤＮＡ試料を、トランスポゾンの５’末端に第１の検出配列を含む前記トランスポゾンと、前記トランスポゾンが前記ゲノムＤＮＡ試料に挿入され、かつ前記ゲノムＤＮＡ試料が断片化されて、複数のタグメンテーションされた二本鎖核酸断片であって、前記核酸断片の５’末端に付着された前記トランスポゾンを含む二本鎖核酸断片になる条件下で接触させることと；
（ｂ）
（ｉ）前記ゲノムＤＮＡ内のあらかじめ決定された位置に相補的なヌクレオチド配列を含み、かつその５’末端に第２の検出配列を含む第１の固定のプライマーと、
（ｉｉ）前記第１の検出配列の少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む第２の選択的プライマーと
を使用して、前記タグメンテーションされた核酸断片を増幅させて、前記第１の検出配列、前記核酸断片の前記５’末端に付着された前記トランスポゾン、および前記第２の検出配列を含む、増幅された核酸断片を形成させることと；
（ｃ）前記増幅された核酸断片を配列決定することと
を含む方法。
(項目２)
前記第１の検出配列が、第１の配列決定タグを含む、項目１に記載の方法。
(項目３)
ステップ（ｃ）が、前記増幅された核酸断片を、前記第１の配列決定タグとハイブリッド形成する第１の配列決定プライマーと接触させることを含む、項目２に記載の方法。
(項目４)
前記第２の検出配列が、第２の配列決定タグを含む、項目１〜３のいずれか一項に記載の方法。
(項目５)
ステップ（ｃ）が、前記増幅された核酸断片を、前記第２の配列決定タグとハイブリッド形成する第２の配列決定プライマーと接触させることを含む、項目４に記載の方法。
(項目６)
前記ゲノムＤＮＡ試料が、単一の細胞から得られる、項目１〜５のいずれか一項に記載の方法。
(項目７)
ステップ（ｂ）が、それぞれが前記ゲノムＤＮＡ内の異なるあらかじめ決定された位置に相補的なヌクレオチド配列を含む、複数の第１の固定プライマーを使用することを含む、項目１〜６のいずれか一項に記載の方法。
(項目８)
ステップ（ｂ）が、それぞれの反応が異なる第１の固定プライマーを使用する、複数の増幅反応を実施することを含む、項目７に記載の方法。
(項目９)
前記複数の第１の固定プライマーのそれぞれが、（ｉ）同じ配列決定タグと（ｉｉ）固有のバーコードとを含む検出配列を含む、項目７または８に記載の方法。
(項目１０)
前記二本鎖核酸断片が、約５００〜約５０００ｂｐを含む、項目１〜９のいずれか一項に記載の方法。
(項目１１)
前記部位特異的ヌクレアーゼが、Ｃａｓ９である、項目１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
(項目１２)
方法であって、
（ａ）細胞または組織から得られたゲノムＤＮＡ試料を、ＲＮＡガイド型ヌクレアーゼと、前記ヌクレアーゼによる前記ゲノムＤＮＡの切断に好都合な条件下で接触させることと；
（ｂ）前記切断されたゲノムＤＮＡを、トランスポゾンの５’末端に第１の検出配列を含む前記トランスポゾンと、前記切断されたゲノムＤＮＡに前記トランスポゾンが挿入され、かつ前記切断されたゲノムＤＮＡが断片化されて、複数のタグメンテーションされた二本鎖核酸断片であって、前記核酸断片の５’末端に付着された前記トランスポゾンを含む二本鎖核酸断片になる条件下で接触させることと；
（ｃ）
（ｉ）前記ゲノムＤＮＡ内のあらかじめ決定された位置に相補的なヌクレオチド配列を含み、かつその５’末端に第２の検出配列を含む第１の固定プライマーと、
（ｉｉ）前記第１の検出配列の少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む第２の選択的プライマーと
を使用して、前記タグメンテーションされた核酸断片を増幅させて、前記第１の検出配列、前記核酸断片の前記５’末端に付着された前記トランスポゾン、および前記第２の検出配列を含む、増幅された核酸断片を形成させることと；
（ｄ）増幅された核酸断片を配列決定することと
を含む方法。
(項目１３)
前記第１の検出配列が、第１の配列決定タグを含む、項目１２に記載の方法。
(項目１４)
ステップ（ｄ）が、前記増幅された核酸断片を、前記第１の配列決定タグとハイブリッド形成する第１の配列決定プライマーと接触させることを含む、項目１３に記載の方法。
(項目１５)
前記第２の検出配列が、第２の配列決定タグを含む、項目１２〜１４のいずれか一項に記載の方法。
(項目１６)
ステップ（ｄ）が、前記増幅された核酸断片を、前記第２の配列決定タグとハイブリッド形成する第２の配列決定プライマーと接触させることを含む、項目１５に記載の方法。
(項目１７)
前記ゲノムＤＮＡ試料が、単一の細胞から得られる、項目１２〜１６のいずれか一項に記載の方法。
(項目１８)
ステップ（ｃ）が、それぞれが前記ゲノムＤＮＡ内の異なるあらかじめ決定された位置に相補的なヌクレオチド配列を含む、複数の第１の固定プライマーを使用することを含む、項目１２〜１７のいずれか一項に記載の方法。
(項目１９)
ステップ（ｃ）が、それぞれの反応が異なる第１の固定プライマーを使用する、複数の増幅反応を実施することを含む、項目１８に記載の方法。
(項目２０)
前記複数の第１の固定プライマーのそれぞれが、（ｉ）同じ配列決定タグと（ｉｉ）固有のバーコードとを含む検出配列を含む、項目１８または１９に記載の方法。
(項目２１)
前記二本鎖核酸断片が、約５００〜約５０００ｂｐを含む、項目１２〜２０のいずれか一項に記載の方法。
(項目２２)
前記ＲＮＡガイド型ヌクレアーゼが、Ｃａｓ９である、項目１２〜２１のいずれか一項に記載の方法。
(項目２３)
方法であって、
（ａ）細胞または組織から得られたゲノムＤＮＡ試料を、トランスポゾンの５’末端に第１の検出配列を含む前記トランスポゾンと、前記トランスポゾンが前記ゲノムＤＮＡに挿入され、かつ前記ゲノムＤＮＡが断片化されて、複数のタグメンテーションされた二本鎖核酸断片であって、前記核酸断片の５’末端に付着された前記トランスポゾンを含む二本鎖核酸断片になる条件下で接触させることであって、前記ゲノムＤＮＡは、部位特異的ヌクレアーゼによって切断された少なくとも１つの部位に組み込まれた二本鎖オリゴヌクレオチドを含む、ことと；
（ｂ）
（ｉ）前記二本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、かつその５’末端に第２の検出配列を含む第１の固定プライマーと、
（ｉｉ）前記第１の検出配列の少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む第２の選択的プライマーと
を使用して、前記タグメンテーションされた核酸断片を増幅させて、前記第１の検出配列、前記核酸断片の前記５’末端に付着された前記トランスポゾン、および前記第２の検出配列を含む、増幅された核酸断片を形成させることと；
（ｃ）前記増幅された核酸断片を配列決定することと
を含む方法。
(項目２４)
前記部位特異的ヌクレアーゼが、Ｃａｓ９である、項目１９に記載の方法。
(項目２５)
（ａ）細胞または組織から得られたゲノムＤＮＡ試料を、ヌクレアーゼによるゲノムＤＮＡの切断、および二本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも１つの切断部位への組み込みに好都合な条件下で、前記ＲＮＡガイド型ヌクレアーゼおよび前記二本鎖オリゴヌクレオチドと接触させることであって、それによって、前記組み込まれた二本鎖オリゴヌクレオチドを含むタグ付けされたゲノムＤＮＡが産生される、ことと；
（ｂ）前記タグ付けされたゲノムＤＮＡを、トランスポゾンの５’末端に第１の検出配列を含む前記トランスポゾンと、前記タグ付けされたゲノムＤＮＡに前記トランスポゾンが挿入され、かつ前記タグ付けされたゲノムＤＮＡが断片化されて、複数のタグメンテーションされた二本鎖核酸断片であって、前記核酸断片の５’末端に付着された前記トランスポゾンを含む二本鎖核酸断片になる条件下で接触させることと；
（ｃ）
（ｉ）前記二本鎖オリゴヌクレオチドの少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、かつその５’末端に第２の検出配列を含む第１の固定プライマーと、
（ｉｉ）前記第１の検出配列の少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む第２の選択的プライマーと
を使用して、前記タグメンテーションされた核酸断片を増幅させて、前記第１の検出配列、前記核酸断片の前記５’末端に付着された前記トランスポゾン、および前記第２の検出配列を含む、増幅された核酸断片を形成させることと；
（ｄ）前記増幅された核酸断片を配列決定することと
を含む方法。
(項目２６)
前記ＲＮＡガイド型ヌクレアーゼが、Ｃａｓ９である、項目２５に記載の方法。
(項目２７)
前記二本鎖オリゴヌクレオチドのどちらの鎖も、前記ゲノムＤＮＡに対してオルソロガスである、項目２３〜２６のいずれか一項に記載の方法。
(項目２８)
前記二本鎖オリゴヌクレオチドの各５’末端が、リン酸基を含む、項目２３〜２７のいずれか一項に記載の方法。
(項目２９)
前記二本鎖オリゴヌクレオチドの各３’末端が、ホスホロチオエート結合を含む、項目２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
(項目３０)
前記二本鎖オリゴヌクレオチドの各５’末端が、ホスホロチオエート結合を含む、項目２３〜２９のいずれか一項に記載の方法。
(項目３１)
前記二本鎖オリゴヌクレオチドが、３０〜３５個のヌクレオチドまたは６０〜６５個のヌクレオチドを含む、項目２３〜３０のいずれか一項に記載の方法。
(項目３２)
前記二本鎖オリゴヌクレオチドが、平滑末端化される、項目２３〜３１のいずれか一項に記載の方法。
(項目３３)
前記二本鎖オリゴヌクレオチドが、１、２、３、または４塩基の突出ヌクレオチドを有する５’末端を含む、項目２３〜３１のいずれか一項に記載の方法。
(項目３４)
前記第１の検出配列が、第１の配列決定タグを含む、項目２３〜３３のいずれか一項に記載の方法。
(項目３５)
配列決定することが、前記増幅された核酸断片を、前記第１の配列決定タグとハイブリッド形成する第１の配列決定プライマーと接触させることを含む、項目３４に記載の方法。
(項目３６)
前記第２の検出配列が、第２の配列決定タグを含む、項目２３〜３５のいずれか一項に記載の方法。
(項目３７)
配列決定することが、前記増幅された核酸断片を、前記第２の配列決定タグとハイブリッド形成する第２の配列決定プライマーと接触させることを含む、項目３６に記載の方法。
(項目３８)
前記二本鎖核酸断片が、約５００〜約５０００ｂｐを含む、項目１９〜３７のいずれか一項に記載の方法。
(項目３９)
前記配列決定された核酸断片が、参照ゲノムＤＮＡ試料に対する転座を含む、項目１〜３８のいずれか一項に記載の方法。
(項目４０)
前記ゲノムＤＮＡ試料が、ウイルスによって導入された配列を含む、項目１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
(項目４１)
前記ゲノムＤＮＡ、前記切断されたゲノムＤＮＡ、または前記タグ付けされたゲノムＤＮＡを前記トランスポゾンと接触させる前に、ウイルスベクターを使用して、配列を前記ゲノムＤＮＡに導入するステップをさらに含む、項目１〜４０のいずれか一項に記載の方法。
(項目４２)
前記配列決定された核酸断片を前記参照ゲノムＤＮＡ試料と比較することをさらに含む、項目１〜４１のいずれか一項に記載の方法。
(項目４３)
少なくとも１つの配列決定された核酸が、前記参照ゲノムＤＮＡ試料に対する転座を含む、項目４２に記載の方法。
(項目４４)
前記配列決定された核酸の１％未満が、前記参照ゲノムＤＮＡ試料に対する転座を含む、項目４３に記載の方法。
(項目４５)
前記ゲノムＤＮＡ試料が、生きている細胞または組織を含有しない試料から得られる、項目１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
(項目４６)
前記ゲノムＤＮＡ試料が、痕跡量の細胞および／または組織を含有する試料から得られる、項目１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
(項目４７)
前記ゲノムＤＮＡ試料が、真核細胞から得られる、項目１〜４４または４６のいずれか一項に記載の方法。
(項目４８)
前記ゲノムＤＮＡ試料が、原核細胞から得られる、項目１〜４４または４６のいずれか一項に記載の方法。
(項目４９)
前記ゲノムＤＮＡ試料が、１つまたは複数の微生物叢から得られる、項目１〜４４、４６、または４８のいずれか一項に記載の方法。
(項目５０)
１つまたは複数の処理装置によって実施される方法であって、
複数の実体についてのヌクレオチド配列を含むデータセットであって、次世代配列決定データを含むデータセットを受け取ることと；
前記データセットから第１のデータを得るために前記データセットを逆多重化することであって、前記第１のデータは、前記複数の実体の中のある実体から得られるヌクレオチド配列を含み、前記ヌクレオチド配列は、前記実体を特定するバーコードを含み、前記ヌクレオチド配列はまた、１つまたは複数の識別子を含み、前記１つまたは複数の識別子は、前記ヌクレオチド配列上で実施される遺伝子編集事象に基づいている、ことと；
前記第１のデータに基づいて、第２のデータによって表される参照アンプリコンに対して、前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を整列させることであって、前記参照アンプリコンは、変異、欠失、挿入、インデル、転座、逆位、および／または重複を含む１つまたは複数の予測される遺伝子編集事象の提示を含む参照ヌクレオチド配列を含む、ことと；前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部に含有される、前記識別子の数を決定することと；
識別子の前記数に基づいて、前記遺伝子編集事象の結果を評価することと
を含む方法。
(項目５１)
前記１つまたは複数の識別子が、前記ヌクレオチド配列上で実施される複数の遺伝子編集事象に基づいており；かつ
評価することが、識別子の前記数に基づく前記複数の遺伝子編集事象の結果を評価することを含む、項目５０に記載の方法。
(項目５２)
前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部を、前記参照アンプリコンに対して整列させることが、前記ヌクレオチド配列のヌクレオチドを、前記参照アンプリコンのヌクレオチドと適合させることを含む、項目５０に記載の方法。
(項目５３)
バーコードを含む前記ヌクレオチド配列が、前記バーコード中の前記ヌクレオチドの１つを除いてすべてが適合するならば、前記実体を特定する、項目５０に記載の方法。
(項目５４)
整列の前に、前記ヌクレオチド配列から１つまたは複数のアダプターを取り除くことをさらに含む、項目５０に記載の方法。
(項目５５)
１つまたは複数の表示装置を与えるために、前記遺伝子編集事象の精度を代表する画像データを作成することと；
前記１つまたは複数の表示装置上に、前記画像データに基づいて、１つまたは複数の画像を与えることと
をさらに含む、項目５０に記載の方法。
(項目５６)
前記参照アンプリコンが、１つまたは複数のベクター配列または１つまたは複数のプラスミド配列を含む、項目５０に記載の方法。
(項目５７)
前記１つまたは複数の識別子が、固有分子インデックス（ＵＭＩ）を含む、項目５０に記載の方法。
(項目５８)
前記１つまたは複数の識別子が、１つまたは複数の予測される遺伝子編集事象を示すものである、項目５０に記載の方法。
(項目５９)
前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部における前記識別子の前記数を決定することが、予測される遺伝子編集事象に対して整列される識別子の数を計数することを含む、項目５０に記載の方法。
(項目６０)
前記データセットが、ＵＤｉＴａＳライブラリに基づいている、項目５０に記載の方法。
(項目６１)
前記バーコードが、前記ヌクレオチド配列に対して固有であり、その結果、前記ヌクレオチド配列に由来する配列決定ライブラリのすべてのメンバーが、同じバーコードを含むようになる、項目５０に記載の方法。
(項目６２)
前記遺伝子編集事象の精度に基づいて、遺伝子編集プロセスを選択すること
をさらに含む、項目５０に記載の方法。
(項目６３)
１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体であって、
複数の実体についてのヌクレオチド配列を含むデータセットであって、次世代配列決定データを含むデータセットを受け取ることと；
前記データセットから第１のデータを得るために前記データセットを逆多重化することであって、前記第１のデータは、前記複数の実体の中のある実体から得られるヌクレオチド配列を含み、前記ヌクレオチド配列は、前記実体を特定するバーコードを含み、前記ヌクレオチド配列はまた、１つまたは複数の識別子を含み、前記１つまたは複数の識別子は、前記ヌクレオチド配列上で実施される遺伝子編集事象に基づいている、ことと；
前記第１のデータに基づいて、第２のデータによって表される参照アンプリコンに対して、前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を整列させることであって、前記参照アンプリコンは、１つまたは複数のオンターゲット遺伝子編集事象、１つまたは複数のオフターゲット遺伝子編集事象、または１つまたは複数のオンターゲット遺伝子編集事象と１つまたは複数のオフターゲット遺伝子編集事象との両方の提示を含む参照ヌクレオチド配列を含む、ことと；
前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部に含有される、前記識別子の数を決定することと；
識別子の前記数に基づいて、前記遺伝子編集事象の結果を評価することと
を含む、動作を実施するための１つまたは複数の処理装置によって実行可能である、命令を保存する１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目６４)
前記１つまたは複数の識別子が、前記ヌクレオチド配列上で実施される複数の遺伝子編集事象に基づいており；かつ
評価することが、識別子の前記数に基づく前記複数の遺伝子編集事象の結果を評価することを含む、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目６５)
前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を、前記参照アンプリコンに対して整列させることが、前記ヌクレオチド配列のヌクレオチドを、前記参照アンプリコンのヌクレオチドと適合させることを含む、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目６６)
前記バーコードを含む前記ヌクレオチド配列が、前記バーコード中の前記ヌクレオチドの１つを除いてすべてが適合するならば、前記実体を特定する、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目６７)
前記動作が、
整列の前に、前記ヌクレオチド配列から１つまたは複数のアダプターを取り除くことを含む、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目６８)
前記動作が、
１つまたは複数の表示装置を与えるために、前記遺伝子編集事象の精度を代表する画像データを作成することと；
前記１つまたは複数の表示装置上に、前記画像データに基づいて、１つまたは複数の画像を与えることと
を含む、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目６９)
前記参照アンプリコンが、１つまたは複数のベクター配列または１つまたは複数のプラスミド配列を含む、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目７０)
前記１つまたは複数の識別子が、固有分子インデックス（ＵＭＩ）を含む、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目７１)
前記１つまたは複数の識別子が、１つまたは複数の予測される遺伝子編集事象を示すものである、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目７２)
前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部における前記識別子の前記数を決定することが、予測される遺伝子編集事象に対して整列される識別子の数を計数することを含む、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目７３)
前記データセットが、ＵＤｉＴａＳライブラリに基づいている、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目７４)
前記バーコードが、前記ヌクレオチド配列に対して固有であり、その結果、前記ヌクレオチド配列に由来する配列決定ライブラリのすべてのメンバーが、同じバーコードを含むようになる、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目７５)
前記遺伝子編集事象の精度に基づいて、遺伝子編集プロセスを選択すること
をさらに含む、項目６３に記載の１つまたは複数の非一過性の機械可読記憶媒体。
(項目７６)
システムであって、
実行可能である命令を保存する非一過性の機械可読ストレージと；
複数の実体についてのヌクレオチド配列を含むデータセットであって、次世代配列決定データを含むデータセットを受け取ることと；
前記データセットから第１のデータを得るために前記データセットを逆多重化することであって、前記第１のデータは、前記複数の実体の中のある実体から得られるヌクレオチド配列を含み、前記ヌクレオチド配列は、前記実体を特定するバーコードを含み、前記ヌクレオチド配列はまた、１つまたは複数の識別子を含み、前記１つまたは複数の識別子は、前記ヌクレオチド配列上で実施される遺伝子編集事象に基づいている、ことと；
前記第１のデータに基づいて、第２のデータによって表される参照アンプリコンに対して、前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部を整列させることであって、前記参照アンプリコンは、１つまたは複数のオンターゲット遺伝子編集事象、１つまたは複数のオフターゲット遺伝子編集事象、または１つまたは複数のオンターゲット遺伝子編集事象と１つまたは複数のオフターゲット遺伝子編集事象との両方の提示を含む参照ヌクレオチド配列を含む、ことと；
前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部に含有される、前記識別子の数を決定することと；
識別子の前記数に基づいて、前記遺伝子編集事象の結果を評価することと
を含む動作を実施するための前記命令を遂行するための１つまたは複数の処理装置と
を含むシステム。
(項目７７)
前記１つまたは複数の識別子が、前記ヌクレオチド配列上で実施される複数の遺伝子編集事象に基づいており；かつ
評価することが、識別子の前記数に基づく前記複数の遺伝子編集事象の結果を評価することを含む、項目７６に記載のシステム。
(項目７８)
前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部を、前記参照アンプリコンに対して整列させることが、前記ヌクレオチド配列のヌクレオチドを、前記参照アンプリコンのヌクレオチドと適合させることを含む、項目７６に記載のシステム。
(項目７９)
バーコードを含む前記ヌクレオチド配列が、前記バーコード中の前記ヌクレオチドの１つを除いてすべてが適合するならば、前記実体を特定する、項目７６に記載のシステム。
(項目８０)
前記動作が、
整列の前に、前記ヌクレオチド配列から１つまたは複数のアダプターを取り除くことを含む、項目７６に記載のシステム。
(項目８１)
前記動作が、
１つまたは複数の表示装置を与えるために、前記遺伝子編集事象の精度を代表する画像データを作成することと；
前記１つまたは複数の表示装置上に、前記画像データに基づいて、１つまたは複数の画像を与えることと
を含む、項目７６に記載のシステム。
(項目８２)
前記参照アンプリコンが、１つまたは複数のベクター配列または１つまたは複数のプラスミド配列を含む、項目７６に記載のシステム。
(項目８３)
前記１つまたは複数の識別子が、固有分子インデックス（ＵＭＩ）を含む、項目７６に記載のシステム。
(項目８４)
前記１つまたは複数の識別子が、１つまたは複数の予測される遺伝子編集事象を示すものである、項目７６に記載のシステム。
(項目８５)
前記参照アンプリコンに対して整列される前記ヌクレオチド配列の前記少なくとも一部における前記識別子の前記数を決定することが、予測される遺伝子編集事象に対して整列される識別子の前記数を計数することを含む、項目７６に記載のシステム。
(項目８６)
前記データセットが、ＵＤｉＴａＳライブラリに基づいている、項目７６に記載のシステム。
(項目８７)
前記バーコードが、前記ヌクレオチド配列に対して固有であり、その結果、前記ヌクレオチド配列に由来する配列決定ライブラリのすべてのメンバーが、同じバーコードを含むようになる、項目７６に記載のシステム。
(項目８８)
前記遺伝子編集事象の精度に基づいて、遺伝子編集プロセスを選択すること
をさらに含む、項目７６に記載のシステム。