【手続補正書】
【提出日】令和3年8月6日(2021.8.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ファージの集団を産生する方法であって、ファージが、第1の細菌の種又は株の細胞(宿主細胞)に、前記種又は株の細菌に含まれる細胞表面レセプターに結合することによって、感染することが可能である第1の型のものであり、前記方法が、
(a)その表面にレセプターを含み、第1の種又は株とは異なる第2の種又は株のものである第2の細菌細胞の集団を準備する工程と、
(b)第2の細胞を、前記第1の型のファージに感染させる工程と、
(c)第2の細胞においてファージを増殖させ、それによって、ファージの集団を産生する工程と、を含み、
(d)前記集団のファージを単離する工程
をさらに含んでいてもよく、
ここで、ファージが、1つ又は複数のプロトスペーサーヌクレオチド配列を標的とすることが可能である活性CRISPR/Casシステムを形成するために、前記第1の細菌の種又は菌株細胞の細菌におけるCasとともに作動可能であるcrRNA(又はシングルガイドRNA)をコードするヌクレオチド配列を含み、各標的配列が、前記第1の細菌の種又は菌株細胞のゲノムに含まれ、それによって、crRNA(又はgRNA)が第1の細菌の種又は菌株細胞のCasをガイドして標的配列を修飾し(ここで修飾は切断であってよい)、それによって、第1の細菌の種又は菌株細胞を死滅させるか又は第1の細菌の種又は菌株細胞集団の成長を低減し、および
各第2の細菌細胞のゲノムが、前記標的配列を含まない、方法。
【請求項２】
ファージのコートタンパク質によってパッケージングされた核酸を含む形質導入粒子の集団を産生する方法であって、粒子が、第1の細菌の種又は株の細胞(宿主細胞)に、前記種又は株の細菌に含まれる細胞表面レセプターに結合することによって、感染することが可能であり、それによって、宿主細胞が核酸により形質導入され、前記方法が、
(a)その表面にレセプターを含み、第1の種又は株とは異なる第2の種又は株のものであ
り、前記核酸の複製を生成することが可能であるDNAを含む第2の細菌細胞の集団を準備する工程と、
(b)第2の細胞を、第2の細菌細胞に含まれるレセプターにファージを結合させることによって、ファージに感染させる工程と、
(c)第2の細胞においてファージを増殖させる行程であって、前記核酸の複製をパッケージングするファージのコートタンパク質が産生され、それによって、粒子の集団を産生する工程と、を含み、
(d)前記集団の粒子を単離する工程
をさらに含んでいてもよく、
ここで、粒子が、1つ又は複数のプロトスペーサーヌクレオチド配列を標的とすることが可能である活性CRISPR/Casシステムを形成するために、前記第1の細菌の種又は菌株細胞の細菌におけるCasとともに作動可能であるcrRNA(又はシングルガイドRNA)をコードするヌクレオチド配列を含み、各標的配列が、前記第1の細菌の種又は菌株細胞のゲノムに含まれ、それによって、crRNA(又はgRNA)が第1の細菌の種又は菌株細胞のCasをガイドして標的配列を修飾し(ここで修飾は切断であってよい)、それによって、第1の細菌の種又は菌株細胞を死滅させるか又は第1の細菌の種又は菌株細胞集団の成長を低減し、および
各第2の細菌細胞のゲノムが、前記標的配列を含まない、方法。
【請求項３】
粒子が、非複製型形質導入粒子又はファージである、請求項2に記載の方法。
【請求項４】
ファージが感染した場合に、第2の細胞が前記活性CRISPR/Casシステムを含まない、および／または
(a)前記第2の細胞のCas(ここでCasは、Cas3、9、cpf1及び/又はCASCADE Casであってよい)が、前記crRNA(又はgRNA)とともに作動可能ではなく、
(b)前記第2の細胞のtracrRNAが、前記crRNAとともに作動可能ではなく、及び/又は
(c)前記第2の細胞が、前記crRNAをコードするヌクレオチド配列から前記crRNAを生成するのに作動可能ではなく(又は前記gRNAをコードするヌクレオチド配列から前記gRNAを生成するのに作動可能ではない)、および／または
crRNA(又はgRNA)が、第2の細胞のCas(ここでCasは、第2の細胞のCas3、9、cpf1及び/又はCASCADE Casであってよい)とともに作動可能ではないリピート配列を含む、および／または
前記ヌクレオチド配列が、前記第1の種又は株の細菌におけるcrRNA(又はgRNA)の転写のためのプロモーターであって、前記第2の種又は株におけるcrRNA(又はgRNA)の転写のためのものではないプロモーターに作動可能に接続している、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
(a)ファージ又は粒子が、1つ又は複数のプロトスペーサーヌクレオチド配列を標的とすることが可能である活性CRISPR/Casシステムを形成するために、前記第1の細胞の株又は種の細菌のCasとともに作動可能であるcrRNA(又はシングルガイドRNA)をコードするヌクレオチド配列を含み、各標的配列が、前記第1の細菌の種又は株の細胞のゲノムに含まれ、それによって、crRNA(又はgRNA)が第1の細菌の種又は株の細胞のCasをガイドして標的配列を修飾し(ここで修飾は切断であってよい)、それによって、第1の細菌の種又は株の細胞を死滅させるか又は第1の細菌の種又は株の細胞集団の成長を低減し、
(b)第1の細胞と第2の細胞が、同じ種(ここで種は大腸菌株であってよい)のものであり、
(c)各第2の細菌細胞のゲノムが、前記標的配列を含まず、第1及び第2の細胞が、同じ種の異なる株である、請求項1から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記第1の細菌の種又は株の細菌が、第１の細菌に感染する前記第1の型のファージ又は粒子を死滅させるか又はその増殖を低減するのに活性であるCRISPR/Casシステムを含み、第2の細菌が、前記システムを含まない、および／または
方法がさらに第2の細菌細胞を遺伝子操作してレセプターを生成し、前記第2の種又は株の野生型細菌が前記レセプターを生成しない、および／または
ファージ又は粒子が、前記第2の細胞において及び前記第1の種又は株の細胞において作動可能である複製起点を含む、および／または
第2の細胞が、大腸菌細胞である、および／または
第1及び第2の細胞が、同じ種(ここで種は大腸菌株であってよい)のものであり、
ここで第1の細胞の株がヒト病原性株でってよく、第2の細胞株がヒト病原性株ではなくてよい、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
第2の細胞が、第1の種又は株(ここでハザードカテゴリーはハザードグループ3又は4であってよい)の細胞と比較して、より低いハザードカテゴリー(ここでハザードカテゴリーはハザードグループ1又は2であってよい)の細胞である、および／または
レセプターが、リポ多糖、タイコ酸(ManNAc残基のC4ヒドロキシルに付着した1から3個のグリセロールホスフェートを有し、それにグリセロール-又はリビトールホスフェートリピートの長鎖が続くManNAc(β1→4)GlcNAc二糖であってよい)、タンパク質及び鞭毛から選択される、
および／または
レセプターが、第1の細胞のO-抗原を含む、
および／または
ファージ又は粒子が、第2の細胞において、エンドリシン又はホリンを発現するのに作動可能であり、これはファージ又は粒子が第2の細胞において複製する場合であってよい、請求項1から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
ファージ又は形質導入粒子を含む細胞(プロパゲーター細胞)であって、ファージ又は形質導入粒子がファージのコートタンパク質によってパッケージングされた核酸を含み、ファージ又は粒子が、第1の細菌の種又は株の細胞(宿主細胞)に、前記種又は株の細菌に含まれる細胞表面レセプターに結合することによって、感染することが可能である第1の型のものであり、プロパゲーター細胞が、その表面にレセプターを含み、第2の種又は株のものであり、第2の種又は株が、第1の種又は株と異なり、それによって、プロパゲーター細胞が、それにおけるファージ又は粒子のそれぞれの増殖のために前記第1の型のファージ又は前記粒子による感染を受けることが可能であり、
ここでファージまたは粒子が請求項１から７のいずれか一項において規定されるファージまたは粒子である、プロパゲーター細胞。
【請求項９】
レセプターが、プロパゲーター細胞のゲノムに含まれる発現可能なヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含み、プロパゲーター細胞と同じ種又は株の野生型細胞が前記発現可能なヌクレオチド配列を含まない、および／または
レセプターが、プロパゲーター細胞における1つ又は複数の酵素の作用の産物である糖部分を含み、プロパゲーター細胞のゲノムが前記1つ又は複数の酵素をコードする1つ又は複数の発現可能なヌクレオチド配列を含み、プロパゲーター細胞と同じ種又は株の野生型細胞が前記発現可能なヌクレオチド配列を含まない、および／または
レセプターが、プロパゲーター細胞における1つ又は複数の酵素の作用の産物であるタイコ酸部分を含み、プロパゲーター細胞のゲノムが前記1つ又は複数の酵素をコードする1つ又は複数の発現可能なヌクレオチド配列を含み、プロパゲーター細胞と同じ種又は株の野生型細胞が前記発現可能なヌクレオチド配列を含まず、
ここで酵素が、TarO、TarA、TarB、TarF、TarK、及びTarL(又は第１の細胞及び/又は第2の細胞によって発現されたこれらの相同体)から選択されてもよい、請求項８に記載のプロパゲーター細胞。
【請求項１０】
前記第1の型のファージ又は前記形質導入粒子と組み合わせた、請求項８または９に記載のプロパゲーター細胞であって、および／または
前記第1の型の1つ若しくは複数のプロファージ(プロパゲーター細胞の染色体に組み込まれていてもよい)、又は形質導入粒子の前記核酸の複製を生成することが可能であるDNA(プロパゲーター細胞の染色体に組み込まれていてもよい)を含む、および／または
プロパゲーター細胞がグラム陰性細菌細胞であり、第１の細胞がグラム陰性細菌細胞であってよい、または
プロパゲーター細胞がグラム陽性細菌細胞であり、第１の細胞がグラム陽性細菌細胞であってよい、プロパゲーター細胞。
【請求項１１】
発酵容器が、プロパゲーター細胞を培養し、前記第1の型のファージ又は前記形質導入粒子を増殖させるための前記プロパゲーター細胞集団を含んでいてもよい、請求項８から10のいずれか一項に記載のプロパゲーター細胞の集団。
【請求項１２】
各プロパゲーター細胞が、請求項1から７のいずれか一項に規定の第2の細胞である、請求項８から10のいずれか一項に記載のプロパゲーター細胞又は集団。
【請求項１３】
各宿主細胞が、請求項1から７のいずれか一項に規定の第１の細胞である、請求項８から10のいずれか一項に記載のプロパゲーター細胞又は集団。
【請求項１４】
ヒト又は動物対象における疾患又は状態を処置又は予防する方法であって、疾患又は状態が、対象に含まれる(対象の腸に含まれていてもよい)第1の細菌の種又は株の細胞によって媒介され、前記方法が、プロパゲーター細胞を対象に(対象の腸に生息するためであってよい)投与する工程を含み、プロパゲーター細胞が請求項８から13のいずれか一項に記載されており、プロパゲーター細胞がファージ又は形質導入粒子を産生し、ファージ又は粒子が、それぞれ、患者の(その腸にであってよい)第1の細菌の種又は株の細胞に感染し、それによって、第1の細菌の種又は株の細胞を死滅させるか又は対象の第1の細菌の種又は株の細胞の成長若しくは増殖を阻害し、それによって、疾患又は状態が処置又は予防され、
ここでプロパゲーター細胞が、ラクトバチルス菌(ラクトバチルス・ロイテリであってよい)の細胞であってよい方法。