【手続補正書】
【提出日】令和3年2月5日(2021.2.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核の遺伝子発現のプロファイリング方法であって、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織試料を、組織試料中の少なくとも１つの細胞型の核に特有の核酸転写物またはタンパク質に結合する親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料由来の少なくとも１つの核を標識することであって、前記核酸転写物またはタンパク質が、表１９〜２４から選択される遺伝子によりコードされること、
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製すること、および
（ｄ）前記標識された核に対する核酸転写物および／またはタンパク質発現データを収集し、それにより、前記核の遺伝子発現をプロファイリングすること
を含む、方法。
【請求項２】
前記細胞型が、
（ｉ）小脳組織に起源を持ち、顆粒細胞、プルキンエ細胞、グリア、バーグマングリア、バスケット／星状細胞、星状膠細胞、脳幹運動ニューロン、乏突起膠細胞、上位運動ニューロン、下位運動ニューロン、および小脳深部核からなる群より選択され、任意に、前記タンパク質が、前記核内に局在化した転写因子であるか、
（ｉｉ）大脳基底核組織に起源を持ち、線条体黒質系中型有棘ニューロン（ＭＳＮ）、線条体淡蒼球系ＭＳＮ、線条体コリン作動性介在ニューロン、視床下核、ドーパミン作動性神経、および分界条床核（ＢＮＳＴ）ニューロンからなる群より選択されるか、
（ｉｉｉ）視床組織に起源を持ち、視床皮質ニューロン、視床線条体ニューロン、および視床網様核ニューロンからなる群より選択されるか、
（ｉｖ）皮質組織に起源を持ち、皮質線条体ニューロン、嗅内皮質層２／３ニューロン、高速発火型皮質介在ニューロン、および前頭前野皮質組織由来の層２／３錐体細胞からなる群より選択されるか、
（ｖ）松果体の内側手綱組織由来コリン作動神経系投射ニューロンであるか、
（ｖｉ）海馬組織に起源を持ち、アンモン角領域１（ＣＡ１）、アンモン角領域２（ＣＡ２）、アンモン角領域３（ＣＡ３）、および歯状回細胞からなる群より選択されるか、または、
（ｖｉｉ）脳組織、脳幹組織、および脊髄組織からなる群より選択される少なくとも１つの組織に起源を持つ、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記（ｉ）において、前記少なくとも１つの標識された核が、Ｏｌｉｇ２によりコードされる核酸転写物を含まない、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
細胞を単離する方法であって、前記細胞は、
（ｉ）顆粒細胞であって、前記方法は、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織試料を、遺伝子Ｉｔｐｒ、ＮｅｕＮ、Ｃｄｈ１５、Ｃａｌｂ２、Ｒｂｆｏｘ３、Ｎｅｕｒｏｄ１、およびＲｅｌｎの内の１つによりコードされる、核酸転写物またはタンパク質に結合する少なくとも１つの親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離することであって、前記核酸転写物またはタンパク質は、前記顆粒細胞の核に特有であること、および
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製すること
を含む、方法であるか、
（ｉｉ）プルキンエ細胞であって、前記方法は、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織試料を、遺伝子Ｐｃｐ２、Ｐｖａｌｂ、Ｃａｌｂ１、およびＩｔｐｒ１の内の１つによりコードされる、核酸転写物またはタンパク質に結合する親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離すること、および
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製すること
を含む、方法であるか、
（ｉｉｉ）プルキンエ細胞であって、前記方法は、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織試料を、遺伝子Ｌｙｐｄ６、Ｐｖａｌｂ、Ｋｉｔ、ＮｅｕＮ、Ｉｔｐｒ、およびＳｏｒｃｓ３の内の１つによりコードされる、核酸転写物またはタンパク質に結合する親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離すること、および
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製すること
を含む、方法であるか、
（ｉｖ）星状膠細胞および乏突起膠細胞であって、前記方法は、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織試料を、遺伝子Ｏｌｉｇ２、Ｐｄｇａ、Ｃｓｐｇ４、Ｍａｇ、Ｍｂｐ、およびＭｏｇの内の１つによりコードされる、核酸転写物またはタンパク質に結合する親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離すること、および
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製すること
を含む、方法であるか、
（ｖ）星状膠細胞であって、前記方法は、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織試料を、遺伝子Ａｌｄｈ１ａ１、Ｇｆａｐ、Ｓ１１０ｂ、およびＳｌｃ１ａ３の内の１つによりコードされる、核酸転写物またはタンパク質に結合する親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離すること、および
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製すること
を含む、方法であるか、
（ｖｉ）バスケット細胞であって、前記方法は、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織試料を、Ｓｏｒｃｓ３、およびＮｅｕＮによりコードされる、核酸転写物またはタンパク質に結合する少なくとも１つの親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離することであって、Ｓｏｒｃｓ３によりコードされる前記核酸転写物またはタンパク質の組み合わせが、前記バスケット細胞の核に特有であること、および
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製すること
を含む、方法であるか、
（ｖｉｉ）ドーパミン作動性神経であって、前記方法は、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織試料を、ＦｏｘＡ１、Ｓｌｃ６ａ３、ＴＨ、ＦｏｘＡ２、またはＤｒｄ２によりコードされる、核酸転写物またはタンパク質に結合する少なくとも１つの親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離することであって、核酸転写物またはタンパク質が、前記ドーパミン作動性神経の核に特有であること、および
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製すること
を含む、方法であるか、または、
（ｖｉｉｉ）脳幹運動ニューロンであって、前記方法は、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織試料を、ＶａＣｈＴまたはＥｒｒＢによりコードされる、核酸転写物またはタンパク質に結合する少なくとも１つの親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離することであって、核酸転写物またはタンパク質が、前記脳幹運動ニューロンの核に特有であること、および
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製すること
を含む、方法である、
細胞を単離する方法。
【請求項５】
前記親和標識が、抗体、ＲＮＡプローブ、およびＤＮＡプローブからなる群より選択される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
（ｄ）前記標識された核に対する核酸転写物および／またはタンパク質転写物データを収集し、それにより、前記核の遺伝子発現をプロファイリングすること、をさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
（ｅ）前記核の遺伝子発現と、
（ｉ）異なる組織試料由来の細胞型、または
（ｉｉ）異なる細胞型
の少なくとも１つの核中の遺伝子発現とを比較して、遺伝子発現の変化を特定することにより薬物標的を得ることをさらに含む、請求項１〜２または６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記親和標識が、蛍光タグをさらに含み、任意に、蛍光標識細胞分取（ＦＡＣＳ）を使用して、前記核が精製される、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
（ｉ）前記組織試料または前記異なる組織試料が、前記核の単離の前に凍結されたか、
（ｉｉ）前記組織試料または前記異なる組織試料が、前記核の単離の前に新しいか、
（ｉｉｉ）前記組織試料または前記異なる組織試料が、雌由来であり、任意に、前記膜タンパク質が、前記小胞体中で合成され、任意に、前記タンパク質が、前記小胞体中に局在化しているか、
（ｉｖ）前記組織試料または前記異なる組織試料が、雄由来であるか、
（ｖ）前記組織試料または前記異なる組織試料が、病気の対象由来であり、
任意に、前記病気の対象が、疾患表現型を発現しているかまたは発現しておらず、または、前記病気の対象が、運動失調、パーキンソン病、アルツハイマー病、および筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、ならびにハンチントン病からなる群より選択される少なくとも１つの状態に罹患しており、任意に前記細胞型が、
（ａ）運動失調に関連し、プルキンエ細胞、顆粒細胞、バーグマングリア、バスケット／星状細胞、星状膠細胞、乏突起膠細胞、および小脳深部核からなる群より選択されるか、
（ｂ）パーキンソン病に関連し、黒質およびＶＴＡドーパミン作動性神経からなる群より選択されるか、
（ｃ）アルツハイマー病に関連し、層２／３嗅内皮質、ＣＡ１海馬、およびＣＡ２／３海馬から選択されるか、
（ｄ）ＡＬＳに関連し、脳幹、皮質運動ニューロン、および脊髄運動ニューロンからなる群より選択される、病気の対象由来であるか、
（ｖｉ）前記組織試料または前記異なる組織試料が、健康な対象由来であるか、または、
（ｖｉｉ）前記薬物標的は、表１９〜２４から選択された遺伝子によりコードされる、
請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
（ｉ）前記核が小胞体に隣接しているか、
（ｉｉ）前記タンパク質が膜タンパク質であるか、または
（ｉｉｉ）前記組織試料は、死後のものである、
請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
請求項１〜３または請求項４（ｉ）〜（ｉｉ）に記載の方法において、前記核酸転写物が、前記核中に局在化している、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
（ｉ）前記ＲＮＡプローブが、染色体関連転写物（ＣＡＴ）またはポリＡ転写物に特異的に結合するか、
（ｉｉ）前記ＤＮＡプローブが、トランスポーター遺伝子に特異的に結合するか、
（ｉｉｉ）前記親和標識が、２つ以上の抗体、ＲＮＡプローブ、またはＤＮＡプローブであり、任意に、各親和標識が、異なる因子に結合するか、または
（ｉｖ）前記２つ以上の抗体、ＲＮＡプローブ、またはＤＮＡプローブが、同じ因子に結合する、請求項５に記載の方法。
【請求項１３】
（ｉ）病気の対象由来の組織試料と、健康な対象由来の組織試料のプロファイリングを比較すること、または、少なくとも２人の異なる健康な対象由来の組織試料のプロファイリングを比較することをさらに含むか、または、
（ｉｉ）前記遺伝子発現のプロファイリングが、単一細胞型由来の複数の核に対し実施されるか、異なる細胞型由来の複数の核に対し実施される、
請求項１〜２または６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
（ｅ）疾患表現型を発現している病気の対象由来の組織試料のプロファイリングと、疾患表現型を発現していない病気の対象由来の組織試料のプロファイリングとを比較することにより、疾患ステージ間の変化を特定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記（ｉ）において、
（ｅ）２つ以上の、異なる対象由来の組織試料のプロファイリングを比較することにより、異なる対象間の変化を特定することをさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１６】
核のエピジェネティックな発現のプロファイリング方法であって、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織を、少なくとも１つの細胞型に特有の因子に結合する親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離することであって、前記親和標識が抗体、ＲＮＡプローブ、およびＤＮＡプローブからなる群より選択されること、
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製すること、および
（ｄ）ヒストン修飾、転写因子の結合、および前記核に対するＤＮＡ修飾に関する情報を収集して、それにより、前記エピジェネティックな発現をプロファイリングすること
を含む、方法。
【請求項１７】
核の核構造のプロファイリング方法であって、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織を、少なくとも１つの細胞型に特有の因子に結合する親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離することであって、前記親和標識が抗体、ＲＮＡプローブ、およびＤＮＡプローブからなる群より選択されること、
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製すること、および
（ｄ）前記標識された核に対する染色体構造に関する情報を収集し、それにより、前記核構造をプロファイリングすること
を含む、方法。
【請求項１８】
核の核構造のプロファイリング方法であって、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織を、少なくとも１つの細胞型に特有の因子に結合する親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離することであって、前記親和標識が抗体であること、
（ｃ）前記核からｇＤＮＡを単離すること、
（ｄ）酸化的亜硫酸水素塩配列決定法を実施すること、
（ｅ）前記標識された核に対する染色体構造を収集し、それにより、前記核構造をプロファイリングすること
を含む、方法。
【請求項１９】
単一細胞型から核を単離する方法であって、
（ａ）複数の細胞型を含む組織試料を処理して核を露出させること、
（ｂ）前記処理組織試料を、核酸転写物および／またはタンパク質の前記細胞型に対する特有の組み合わせに特異的な３つ以上の親和標識と接触させることにより、前記処理組織試料から核を単離することであって、各親和標識が、配列番号１〜２８，８１５から選択される配列を含む核酸転写物に特異的に結合すること、または前記親和標識が、配列番号２８，８１６〜３８，６４３から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質に特異的に結合すること；および
（ｃ）少なくとも１つの標識された核を精製することにより、前記細胞型由来の前記核を単離すること
を含む、方法。