【手続補正書】
【提出日】平成16年11月12日(2004.11.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
識別対象となる微生物を識別する微生物識別方法であって、
複数のプライマーを準備し、前記複数のプライマーの各々を用いて、識別対象となる微生物のＤＮＡに対し、熱変成工程、プライマーのアニーリング工程およびポリメラーゼによる伸長反応工程をこの順序で繰り返し行うポリメラーゼ連鎖反応法を一度に適用することにより、前記識別対象となる微生物のＤＮＡのＤＮＡ断片を増幅するステップと、
前記複数のプライマーの各々を用いて増幅されたＤＮＡ断片に対して電気泳動法を適用し、各プライマーに対応する出力信号を得るステップと、
前記出力信号に基づいて各プライマーに対応する波形データを求めるステップと、
照合対象となる微生物についての複数のプライマーに対応する出力信号に関する情報が予め記憶されたデータベースを検索し、前記データベースに記憶された情報に基づいて前記照合対象となる微生物についての複数のプライマーに対応する波形データを求め、前記識別対象となる微生物について求められた前記波形データと前記照合対象となる微生物について求められた前記波形データとの相関関係を求めるステップと、
前記相関関係に基づいて前記識別対象となる微生物を識別するステップとを備えたことを特徴とする微生物識別方法。
【請求項２】
前記出力信号に関する情報は、前記出力信号の強度を示す波形データであることを特徴とする請求項１記載の微生物識別方法。
【請求項３】
前記出力信号に関する情報は、前記出力信号の強度におけるピークの位置およびピークの高さまたは面積を示すデータであり、
前記相関関係を求めるステップは、前記出力信号の強度におけるピークの位置およびピークの高さまたは面積を示すデータに基づいて出力信号の強度を示す波形データを求めるステップを含むことを特徴とする請求項１記載の微生物識別方法。
【請求項４】
前記相関関係を求めるステップは、前記出力信号の強度を示すデータに基づいて出力信号の強度を示す波形データを求めるステップを含むことを特徴とする請求項１記載の微生物識別方法。
【請求項５】
既知の塩基配列を有する参照用プライマーを用いて、前記参照用プライマーの塩基配列に相補な塩基配列を有する参照用ＤＮＡに対し、前記ポリメラーゼ連鎖反応法を適用することにより、前記参照用ＤＮＡのＤＮＡ断片を増幅するステップと、
前記参照用プライマーを用いて増幅された前記参照用ＤＮＡのＤＮＡ断片に対して電気泳動法を適用し、前記参照用ＤＮＡに対応する出力信号を得るステップと、
前記参照用ＤＮＡに対応する出力信号に基づいて前記識別対象となる微生物に対応する出力信号を補正するステップとをさらに備えたことを特徴とする請求項１〜４のいずれかに記載の微生物識別方法。
【請求項６】
ＤＮＡサイズマーカの出力信号を得るステップと、
前記出力信号に基づいてＤＮＡサイズマーカに対応する出力信号の強度を示す波形データを求めるステップと、
前記ＤＮＡサイズマーカに対応する波形データに基づいて前記識別対象となる微生物に対応する波形データを補正するステップとをさらに備えたことを特徴とする請求項１〜５のいずれかに記載の微生物識別方法。
【請求項７】
前記データベースには複数種類の微生物についての前記出力信号に関する情報が記憶されたことを特徴とする請求項１〜６のいずれかに記載の微生物識別方法。
【請求項８】
前記相関関係を求めるステップは、前記識別対象となる微生物について求められた前記波形データと前記照合対象となる微生物について求められた前記波形データとの相関係数ＮＣを次式により算出するステップを含み、
【数１】
2002325586.tif 000001
式（１）において、Ｓｉは前記識別対象となる微生物の波形データのｉ番目の点における信号出力値、ａｉは前記照合対象となる微生物の波形データのｉ番目の点における信号出力値であり、ｎは各波形データにおける点数であり、
前記識別するステップは、前記相関係数ＮＣに基づいて前記識別対象となる微生物が前記照合対象となる微生物であるか否かを判定するステップを含むことを特徴とする請求項１〜７のいずれかに記載の微生物識別方法。
【請求項９】
前記相関関係を求めるステップは、
前記識別対象となる微生物について求められた前記波形データの各点における信号出力値および前記照合対象となる微生物について求められた前記波形データの対応する各点における信号出力値のうち低い方の信号出力値を選択することによりクリッピング信号ＣＳを求めるステップと、
前記クリッピング信号と前記照合対象となる微生物について求められた前記波形データとの相関係数ＣＣを次式により算出するステップとを含み、
【数２】
2002325586.tif 000002
式（２）において、ＣＳｉは前記クリッピング信号ＣＳのｉ番目の点における信号出力値、ａｉは前記照合対象となる微生物の波形データのｉ番目の点における信号出力値であり、ｎは各波形データにおける点数であり、
前記識別するステップは、前記相関係数ＣＣに基づいて前記識別対象となる微生物が前記照合対象となる微生物であるか否かを判定するステップを含むことを特徴とする請求項１〜７のいずれかに記載の微生物識別方法。
【請求項１０】
前記相関関係を求めるステップは、前記識別対象となる微生物について求められた複数のプライマーに対応する前記波形データを連結し、かつ前記照合対象となる微生物について求められた複数のプライマーに対応する前記波形データを連結し、前記識別対象となる微生物についての連結された波形データと前記照合対象となる微生物についての連結された波形データとの相関関係を求めるステップを含むことを特徴とする請求項１〜９のいずれかに記載の微生物識別方法。
【請求項１１】
前記相関関係に基づいて前記識別対象となる微生物を識別するステップは、前記相関関係における相関係数を算出し、前記算出された相関係数に基づいて前記識別対象となる微生物が前記照合対象となる微生物であるか否かを判定するステップを含むことを特徴とする請求項１〜１０のいずれかに記載の微生物識別方法。
【請求項１２】
前記波形データを補正するステップは、前記ＤＮＡサイズマーカに対応する波形データに基づいて前記識別対象となる微生物に対応する波形データにおけるピークの位置を補正するステップを含むことを特徴とする請求項６記載の微生物識別方法。
【請求項１３】
識別対象となる微生物を識別する微生物識別装置であって、
複数のプライマーの各々を用いて、識別対象となる微生物のＤＮＡに対し、熱変成工程、プライマーのアニーリング工程およびポリメラーゼによる伸長反応工程をこの順序で繰り返し行うポリメラーゼ連鎖反応法を一度に適用することにより、前記識別対象となる微生物のＤＮＡのＤＮＡ断片を増幅する増幅手段と、
前記増幅手段により前記複数のプライマーの各々を用いて増幅されたＤＮＡ断片に対して電気泳動法を適用し、各プライマーに対応する電気泳動像を得る電気泳動手段と、
前記電気泳動手段により得られた各プライマーに対応する前記電気泳動像を画像データに変換する画像データ変換手段と、
前記画像データに基づいて各プライマーに対応する前記電気泳動像における輝
度分布を示す波形データを求める波形データ生成手段と、
照合対象となる微生物についての複数のプライマーに対応する電気泳動像に関する情報が予め記憶されたデータベースを検索し、前記データベースに記憶された情報に基づいて前記照合対象となる微生物についての複数のプライマーに対応する電気泳動像における輝度分布を示す波形データを求め、前記識別対象となる微生物について求められた前記波形データと前記照合対象となる微生物について求められた前記波形データとの相関関係を作成する相関関係作成手段と、
前記相関関係作成手段により作成された相関関係に基づいて前記識別対象となる微生物を識別する識別手段とを備えたことを特徴とする微生物識別装置。
【請求項１４】
識別対象となる微生物を識別する微生物識別装置であって、
複数のプライマーの各々を用いて、識別対象となる微生物のＤＮＡに対し、熱変成工程、プライマーのアニーリング工程およびポリメラーゼによる伸長反応工程をこの順序で繰り返し行うポリメラーゼ連鎖反応法を一度に適用することにより、前記識別対象となる微生物のＤＮＡのＤＮＡ断片を増幅する増幅手段と、
前記増幅手段により前記複数のプライマーの各々を用いて増幅されたＤＮＡ断片に対して電気泳動法を適用し、各プライマーに対応する出力信号を得る電気泳動手段と、
前記出力信号に基づいて各プライマーに対応する波形データを求める波形データ生成手段と、
照合対象となる微生物についての複数のプライマーに対応する出力信号に関する情報が予め記憶されたデータベースを検索し、前記データベースに記憶された情報に基づいて前記照合対象となる微生物についての複数のプライマーに対応する波形データを求め、前記識別対象となる微生物について求められた前記波形データと前記照合対象となる微生物について求められた前記波形データとの相関関係を作成する相関関係作成手段と、
前記相関関係作成手段により作成された相関関係に基づいて前記識別対象となる微生物を識別する識別手段とを備えたことを特徴とする微生物識別装置。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
【数３】
2002325586.tif 000003
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３９】
【数４】
2002325586.tif 000004
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６１】
【数５】
2002325586.tif 000005
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６５】
【数６】
2002325586.tif 000006
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２５６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２５６】
【数７】
2002325586.tif 000007
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２６６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２６６】
【数８】
2002325586.tif 000008