【手続補正書】
【提出日】令和3年11月5日(2021.11.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
方法であって、該方法は、
リードペア配列情報を配列スキャホールド上へマッピングする工程；および
そのようにマッピングされた複数のリード・ペア・シンボルの密度の局所的変異を識別する工程
を含む方法。
【請求項２】
密度の局所的変異を、対応する構造配置特徴に割り当てる工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
密度の局所的変異が減少するように配列スキャホールドを再構成する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
リードペア配列情報を配列スキャホールド上へマッピングする工程は、リードペアを示すシンボルを位置決めする工程を含み、これにより、配列スキャホールドを表す軸からのシンボルの距離が、配列スキャホールド上のリードペアの第１のリードのマッピング位置から、配列スキャホールド上のリードペアの第２のリードのマッピング位置までの距離を示し、かつ、配列スキャホールドを表す軸に対するシンボルの位置は、リードペアの第１のリードペアのマッピング位置と、リードペアの第２のリードのマッピング位置との平均を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも一部のコンティグを再び順序付ける、または再配向する工程を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも１つのコンティグへ区切りを導入する工程を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
配列スキャホールドを再構成する工程は、第１のコンティグの部分を第２のコンティグの内部領域へと転座させる工程を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項８】
リードペア配列情報を配列スキャホールド上へマッピングする工程は、リードペア情報を複数のビンに割り当てる工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
密度の局所的変異を識別する工程は、シンボルの密度が局所的に低い領域を識別する工程、またはシンボルの密度が局所的に高い領域を識別する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
密度の局所的変異を識別する工程は、第１の位置の密度、および第２の位置の密度を識別する工程を含み、第１の位置の密度および第２の位置の密度は、大きく異なっている、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
密度の局所的変異を識別する工程は、第１の位置の予測密度、および第１の位置の観察密度を得る工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
サンプルの倍数性に等しい整数値の分画の局所的密度変異は、サンプルの倍数性補体の比率における事象を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
配列スキャホールドは癌細胞ゲノム、トランスジェニック細胞ゲノム、または遺伝子編集されたゲノムを表す、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
配列スキャホールドは、再構成後に少なくとも２０％を超えるＮ５０を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項１５】
方法であって、該方法は、
配列スキャホールド情報を含むスキャホールドを得る工程；
ペアリード情報を得る工程；
少なくとも一部のリードペア情報を表すことで、スキャホールドに対するリードペアの各リードの位置を示し、かつスキャホールドにマッピングされるようなリード間の距離を示すように、ペアリード情報を展開する工程；および
展開時のペアリード情報の密度の局所的変異を識別する工程
を含む、方法。
【請求項１６】
密度の局所的変異を、対応する構造配置特徴に割り当てる工程を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
局所的変異を減少させるようにスキャホールドを再構成する工程を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
配列スキャホールド情報を含むスキャホールドを得る工程は、核酸サンプルを配列決定する工程を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
展開されたリードペア情報に対して予測された密度分布を得る工程を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項２０】
局所的変異を識別する工程は、密度ピークが直角の頂点にある密度摂動を識別する工程を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項２１】
ペアエンドリード情報を得る工程は、未抽出の核酸を架橋する工程、クロマチンにおいて結合された核酸を架橋する工程、および／または核酸を核酸結合部分に結合させる工程を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項２２】
ペアリード情報を展開する工程は、リードペア情報を複数のビンに割り当てる工程を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項２３】
配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも一部のコンティグを再び順序付ける、または再配向する工程を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２４】
配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも１つのコンティグへ区切りを導入する工程、および／または第１のコンティグの部分を第２のコンティグの内部領域へと転座させる工程を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２５】
スキャホールドは癌細胞ゲノム、トランスジェニック細胞ゲノム、または遺伝子編集されたゲノムを表す、請求項１５に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
本明細書に提供される方法は、以下を含む：リードペア配列情報を配列スキャホールド上へマッピングする工程；およびそのようにマッピングされた複数のリード・ペア・シンボルの密度の局所的変異を識別する工程。場合によっては、方法は、密度の局所的変異を対応する構造配置特徴に割り当てる工程を含む。多くの場合、方法は、密度の局所的変異が減少するように配列スキャホールドを再構成する工程を含む。時折、リードペア配列情報を配列スキャホールド上へマッピングする工程は、リードペアを示すシンボルを位置決めする工程を含み、これにより、配列スキャホールドを表す軸からのシンボルの距離が、配列スキャホールド上のリードペアの第１のリードのマッピング位置から、配列スキャホールド上のリードペアの第２のリードのマッピング位置までの距離を示し、かつ、配列スキャホールドを表す軸に対するシンボルの位置は、リードペアの第１のリードペアのマッピング位置と、リードペアの第２のリードのマッピング位置との平均を示す。時折、配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも一部のコンティグを再び順序付ける工程を含む。代替的に、または組み合わせにおいて、配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも１つのコンティグを再配向する工程を含む。多くの場合、配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも１つのコンティグへ区切りを導入する工程を含む。時折、方法はさらに、区切りの一端に存在する配列を区切りの他端に導入する工程を含む。場合によっては、配列スキャホールドを再構成する工程は、第１のコンティグの部分を第２のコンティグの内部領域へと転座させる工程を含む。時折、リードペア配列情報を配列スキャホールド上へマッピングする工程は、リードペア情報を複数のビンに割り当てる工程を含む。多くの場合、密度の局所的変異を識別する工程は、シンボルの密度が局所的に低い領域を識別する工程を含む。代替的に、密度の局所的変異を識別する工程は、シンボルの密度が局所的に高い領域を識別する工程を含む。時折、密度の局所的変異を識別する工程は、第１の位置の密度、および第２の位置の密度を識別する工程を含み、第１の位置の密度および第２の位置の密度は、大きく異なっている。場合によっては、第１の位置と第２の位置は隣接している。多くの場合、第１の位置および第２の位置は、配列スキャホールドから等距離にある。時折、密度の局所的変異を識別する工程は、第１の位置の予測密度、および第１の位置の観察密度を得る工程を含む。多くの場合、第１の位置の予測密度は、配列スキャホールドを表す軸からの距離の増加に応じて単調的に減少する密度勾配により予測された密度である。随意に、サンプルの倍数性に等しい整数値の分画の局所的密度変異は、サンプルの倍数性補体の比率における事象を示す。場合によっては、スキャホールドは癌細胞ゲノムを表す。代替的に、または組み合わせにおいて、スキャホールドはトランスジェニック細胞ゲノムを表す。随意に、スキャホールドは遺伝子編集されたゲノムを表す。多くの場合、スキャホールドは、再構成後に少なくとも２０％を超えるＮ５０を有する。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１０】
本明細書には、配列スキャホールド情報を含むスキャホールドを得る工程を含む方法が提供される。そのような方法の一部は、ペアリード情報を得る工程；少なくとも一部のリードペア情報を表すことで、スキャホールドに対するリードペアの各リードの位置を示し、かつスキャホールドにマッピングされるようなリード間の距離を示すように、ペアリード情報を展開する工程；および展開時のペアリード情報の密度の局所的変異を識別する工程を含む。場合によっては、方法は、密度の局所的変異を対応する構造配置特徴に割り当てる工程を含む。時折、方法は、局所的変異を減らすようにスキャホールドを再構成する工程を含む。多くの場合、配列スキャホールド情報を含むスキャホールドを得る工程は、核酸サンプルを配列決定する工程を含む。代替的に、または組み合わせにおいて、配列スキャホールド情報を含むスキャホールドを得る工程は、核酸サンプルを表すデジタル情報を受信する工程を含む。時折、方法は、展開されたリードペア情報に対して予測された密度分布を得る工程を含む。多くの場合、識別する工程は、予測された密度分布と、表されたリードペア情報密度との有意差を識別する工程を含む。代替的に、または組み合わせにおいて、局所的変異を識別する工程は、密度ピークが直角の頂点にある密度摂動を識別する工程を含む。場合によっては、直角の頂点はスキャホールドを表す軸を指す。多くの場合、ペアエンドリード情報を得る工程は、未抽出の核酸を架橋する工程を含む。時折、ペアエンドリード情報を得る工程は、クロマチンにおいて結合された核酸を架橋する工程を含む。多くの場合、クロマチンはネイティブクロマチンである。代替的に、または組み合わせにおいて、ペアエンドリード情報を得る工程は、核酸を核酸結合部分に結合させる工程を含む。場合によっては、ペアエンドリード情報を得る工程は、再構成されたクロマチンを生成する工程を含む。多くの場合、ペアリード情報を展開する工程は、リードペア情報を複数のビンに割り当てる工程を含む。時折、配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも一部のコンティグを再び順序付ける工程を含む。代替的に、または組み合わせにおいて、配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも１つのコンティグを再配向する工程を含む。時折、配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも１つのコンティグへ区切りを導入する工程を含む。多くの場合、方法は、区切りの一端にする配列を区切りの他端に導入する工程を含む。時折、配列スキャホールドを再構成する工程は、第１のコンティグの部分を第２のコンティグの内部領域へと転座させる工程を含む。場合によっては、スキャホールドは癌細胞ゲノムを表す。時折、スキャホールドはトランスジェニック細胞ゲノムを表す。代替的に、または組み合わせにおいて、スキャホールドは遺伝子編集された細胞ゲノムを表す。多くの場合、スキャホールドは、再構成後に少なくとも２０％を超えるＮ５０を有する。時折、サンプルの倍数性に等しい整数値の分画の局所的密度変異は、サンプルの倍数性補体の比率における事象を示す。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２５３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２５３】
本開示に関連する番号付きの実施形態
本開示はさらに、以下の番号付きの実施形態への言及を通じて明確にされ、この実施形態は数的順序で提示されるが、以下の数により示される相互関係に加えて、互いに、かつ本明細書の残部と容易に相関付けられる。番号付き実施形態は、本開示をさらに明確にし、かつ実施形態の発明特定事項を詳述する請求項を支持するために提示される。１．核酸構造変異検出の方法であって、該方法は、ａ）リードペア情報を基準核酸スキャホールド上にマッピングする工程；ｂ）リードペアの中点が第１のビン核酸位置範囲内にあり、かつリードペア分離が第１のビン分離範囲内にあるように、リードペア位置を第１のビンに割り当てる工程；およびｃ）第１ビンのマッピング可能性値に基づいてコピー数変異を推定する工程を含む、方法。２．コピー数変異を標準化する工程をさらに含む、実施形態１に記載の方法。３．２つのサンプルのマッピングされたリード密度を互いに対してプロットすることにより、マッピング可能性を視覚化する工程をさらに含む、実施形態１に記載の方法。４．核酸構造変異検出の方法であって、該方法は、ａ）リードペア情報を基準核酸スキャホールド上にマッピングする工程；ｂ）リードペアの中点が第１のビン核酸位置範囲内にあり、かつリードペア分離が第１のビン分離範囲内にあるように、リードペア位置を第１のビンに割り当てる工程；ｃ）リードペア情報の二次元画像を精製する工程であって、各ピクセルはビンを表す、工程；ｄ）画像中の共通の角を共有する４つのピクセルの少なくとも１つの群に対してｚスコアを算出する工程であって、ｚスコアは隣接するピクセル間の対比によって表される、工程；およびｅ）ｚスコアが閾値を超えたときに候補ヒットを識別する工程を含む、方法。５．基準核酸スキャホールドはゲノムである、実施形態１乃至４の何れか１つに記載の方法。６．各データセットは、異なるペアエンドリード方向から得られる、実施形態１乃至４の何れか１つに記載の方法。７．候補ヒットは転座である、実施形態１乃至４の何れか１つに記載の方法。８．候補ヒットは逆位である、実施形態１乃至４の何れか１つに記載の方法。９．候補ヒットは欠失である、実施形態１乃至４の何れか１つに記載の方法。１０．候補ヒットは重複である、実施形態１乃至４の何れか１つに記載の方法。１１．候補ヒットは、染色体間の構造変異である、実施形態１乃至４の何れか１つに記載の方法。１２．サンプル中の対立遺伝子変異の混合物をモデル化するためのシステムであって、該システムは、重み付きゲノム・スキャホールド・モデルのセットであって、各ゲノム・スキャホールド・モデルは重み付き染色体のセットを含み、各染色体はゲノムスキャホールドにおけるビンの線形グラフである、セット；およびライブラリーによりサンプリングされたリードペアがビンの中にあるかを予測するために少なくとも２つのゲノム・スキャホールド・モデルの対数尤度の比率を算出するためのモジュールを含む、システム。１３．ゲノム・スキャホールド・モデルに対する候補修飾を提示する、少なくとも１つの特徴検出器モジュールを更に含む、実施形態１乃至１２の何れか１つに記載のシステム。１４．少なくとも１つの特徴検出器モジュールは、配列変異のビン境界を決定する、実施形態１乃至１３の何れか１つに記載のシステム。１５．配列変異は転座である、実施形態１乃至１４の何れか１つに記載のシステム。１６．配列変異は逆位である、実施形態１乃至１４の何れか１つに記載のシステム。１７．配列変異は欠失である、実施形態１乃至１４の何れか１つに記載のシステム。１８．配列変異は重複である、実施形態１乃至１４の何れか１つに記載のシステム。１９．少なくとも１つの特徴検出器モジュールからの入力に基づいて代替的なモデルを生成するモジュールをさらに含む、実施形態１乃至１２の何れか１つに記載のシステム。２０．サンプル中の対立遺伝子変異をモデル化する方法であって、該方法は、ａ）重み付きゲノム・スキャホールド・モデルのセットを生成する工程であって、各ゲノム・スキャホールド・モデルは重み付き染色体のセットを含み、各染色体はゲノムスキャホールドにおけるビンの線形グラフである、工程；ｂ）基準配列上にマッピングされたリードペア配列決定情報を説明するモデルの能力に基づいてスコアを算出する工程であって、より高いスコア値はより多くの予測モデルを示す、工程；およびｃ）スコア値を最大限にするために付加的なモデルを反復して加える工程を含む、方法。２１．リードペア配列決定情報は逆位を含む、実施形態１乃至２０の何れか１つに記載の方法。２２．リードペア配列決定情報は転座を含む、実施形態１乃至２０の何れか１つに記載の方法。２３．リードペア配列決定情報は重複を含む、実施形態１乃至２０の何れか１つに記載の方法。２４．リードペア配列決定情報は欠失を含む、実施形態１乃至２０の何れか１つに記載の方法。２５．特徴を検出する工程をさらに含み、該工程は、スコア値を増大させるためにモデル中のビンを結合または分離することを含む、実施形態１乃至２１の何れか１つに記載の方法。２６．サンプルは癌細胞である、実施形態１乃至２０の何れか１つに記載の方法。２７．核酸構造変異検出の方法であって、該方法は、ａ）リードペア情報を、予測された核酸スキャホールド上にマッピングする工程；ｂ）リードペアの中点が第１のビン核酸位置範囲内にあり、かつリードペア分離が第１のビン分離範囲内にあるように、リードペア位置を第１のビンに割り当てる工程；ｃ）リードペア情報の二次元画像を精製する工程であって、各ピクセルはビンを表す、工程；およびｄ）共通の結合配列フラグメントにより接続される２つの配列フラグメントに対応する二次元画像中の少なくとも１つの特徴を識別する工程を含む、方法。２８．正確な順序で共通の結合配列フラグメントにより接続される２つの配列フラグメントをアセンブルする工程を含む、実施形態１乃至２７の何れか１つに記載の方法。２９．偽陽性に対応する特徴を切り捨てる工程を含む、実施形態１乃至２７の何れか１つに記載の方法。３０．方法であって、該方法は、リードペア配列情報を配列スキャホールド上へマッピングする工程；およびそのようにマッピングされた複数のリード・ペア・シンボルの密度の局所的変異を識別する工程、を含む方法。３１．密度の局所的変異を、対応する構造配置特徴に割り当てる工程を含む、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。３２．密度の局所的変異が減少するように配列スキャホールドを再構成する工程を含む、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。３３．リードペア配列情報を配列スキャホールド上へマッピングする工程は、リードペアを示すシンボルを位置決めする工程を含み、これにより、配列スキャホールドを表す軸からのシンボルの距離が、配列スキャホールド上のリードペアの第１のリードのマッピング位置から、配列スキャホールド上のリードペアの第２のリードのマッピング位置までの距離を示し、かつ、配列スキャホールドを表す軸に対するシンボルの位置は、リードペアの第１のリードペアのマッピング位置と、リードペアの第２のリードのマッピング位置との平均を示す、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。３４．配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも一部のコンティグを再び順序付ける工程を含む、実施形態１乃至３１の何れか１つに記載の方法。３５．配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも１つのコンティグを再配向する工程を含む、実施形態１乃至３１の何れか１つに記載の方法。３６．配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも１つのコンティグへ区切りを導入する工程を含む、実施形態１乃至３１の何れか１つに記載の方法。３７．区切りの一端に存在する配列を区切りの他端に導入する工程を含む、実施形態１乃至３６の何れか１つに記載の方法。３８．配列スキャホールドを再構成する工程は、第１のコンティグの部分を第２のコンティグの内部領域へと転座させる工程を含む、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。３９．リードペア配列情報を配列スキャホールド上へマッピングする工程は、リードペア情報を複数のビンに割り当てる工程を含む、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。４０．密度の局所的変異を識別する工程は、シンボルの密度が局所的に低い領域を識別する工程を含む、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。４１．密度の局所的変異を識別する工程は、シンボルの密度が局所的に高い領域を識別する工程を含む、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。４２．密度の局所的変異を識別する工程は、第１の位置の密度、および第２の位置の密度を識別する工程を含み、第１の位置の密度および第２の位置の密度は、大きく異なっている、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。４３．第１の位置および第２の位置は隣接している、実施形態１乃至４２の何れか１つに記載の方法。４４．第１の位置および第２の位置は、配列スキャホールドから等距離にある、実施形態１乃至４２の何れか１つに記載の方法。４５．密度の局所的変異を識別する工程は、第１の位置の予測密度、および第１の位置の観察密度を得る工程を含む、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。４６．第１の位置の予測密度は、配列スキャホールドを表す軸からの距離の増加に応じて単調的に減少する密度勾配により予測された密度である、実施形態１乃至４５の何れか１つに記載の方法。４７．サンプルの倍数性に等しい整数値の分画の局所的密度変異は、サンプルの倍数性補体の比率における事象を示す、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。４８．スキャホールドは癌細胞ゲノムを表す、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。４９．スキャホールドはトランスジェニック細胞ゲノムを表す、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。５０．スキャホールドは遺伝子編集されたゲノムを表す、実施形態１乃至３０の何れか１つに記載の方法。５１．スキャホールドは、再構成後に少なくとも２０％を超えるＮ５０を有する、実施形態１乃至３２の何れか１つに記載の方法。５２．方法であって、該方法は、配列スキャホールド情報を含むスキャホールドを得る工程；ペアリード情報を得る工程；少なくとも一部のリードペア情報を表すことで、スキャホールドに対するリードペアの各リードの位置を示し、かつスキャホールドにマッピングされるようなリード間の距離を示すように、ペアリード情報を展開する工程；および展開時のペアリード情報の密度の局所的変異を識別する工程を含む、方法。５３．密度の局所的変異を、対応する構造配置特徴に割り当てる工程を含む、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。５４．局所的変異を減少させるようにスキャホールドを再構成する工程を含む、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。５５．配列スキャホールド情報を含むスキャホールドを得る工程は、核酸サンプルを配列決定する工程を含む、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。５６．配列スキャホールド情報を含むスキャホールドを得る工程は、核酸サンプルを表すデジタル情報を受信する工程を含む、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。５７．展開されたリードペア情報に対して予測された密度分布を得る工程を含む、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。５８．識別する工程は、予測された密度分布と、表されたリードペア情報密度との有意差を識別する工程を含む、実施形態１乃至５７の何れか１つに記載の方法。５９．局所的変異を識別する工程は、密度ピークが直角の頂点にある密度摂動を識別する工程を含む、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。６０．直角の頂点はスキャホールドを表す軸を指す、実施形態１乃至５９の何れか１つに記載の方法。６１．ペアエンドリード情報を得る工程は、未抽出の核酸を架橋する工程を含む、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。６２．ペアエンドリード情報を得る工程は、クロマチンにおいて結合された核酸を架橋する工程を含む、実施形態１乃至５２の何れ
か１つに記載の方法。６３．クロマチンはネイティブクロマチンである、実施形態１乃至６２の何れか１つに記載の方法。６４．ペアエンドリード情報を得る工程は、核酸を核酸結合部分に結合させる工程を含む、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。６５．ペアエンドリード情報を得る工程は、再構成されたクロマチンを生成する工程を含む、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。６６．ペアリード情報を展開する工程は、リードペア情報を複数のビンに割り当てる工程を含む、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。６７．配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも一部のコンティグを再び順序付ける工程を含む、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。６８．配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも１つのコンティグを再配向する工程を含む、実施形態１乃至５４の何れか１つに記載の方法。６９．配列スキャホールドを再構成する工程は、配列スキャホールドの少なくとも１つのコンティグへ区切りを導入する工程を含む、実施形態１乃至５４の何れか１つに記載の方法。７０．区切りの一端にする配列を区切りの他端に導入する工程を含む、実施形態１乃至６９の何れか１つに記載の方法。７１．配列スキャホールドを再構成する工程は、第１のコンティグの部分を第２のコンティグの内部領域へと転座させる工程を含む、実施形態１乃至５４の何れか１つに記載の方法。７２．スキャホールドは癌細胞ゲノムを表す、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。７３．スキャホールドはトランスジェニック細胞ゲノムを表す、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。７４．スキャホールドは遺伝子編集されたゲノムを表す、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。７５．スキャホールドは、再構成後に少なくとも２０％を超えるＮ５０を有する、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。７６．サンプルの倍数性に等しい整数値の分画の局所的密度変異は、サンプルの倍数性補体の比率における事象を示す、実施形態１乃至５２の何れか１つに記載の方法。７７．配列スキャホールドに対する、サンプル中の構造再配置を識別する方法であって、該方法は、リードペア配列情報を配列スキャホールド上にマッピングする工程；配列スキャホールドに対応するとともに直角縁部を二分する線に沿って左右対称である軸を指す直角縁部を持つ、局所的密度変異を識別する工程；および局所的密度変異のマッピングされたリードが最も遠くにある限り、転座ポイントからの長さの部分を含む配列スキャホールドに対して単純な転座を有するものとして、サンプルを分類する工程を含む、方法。７８．サンプル中の構造再配置を識別する方法であって、該方法は、リードペア情報を配列スキャホールド上にマッピングする工程；配列スキャホールドに対応する軸を指す直角縁部を有する局所的密度変異を識別する工程；直角縁部を二分する線に沿って左右対称に分裂する局所的密度変異のサブ領域を識別する工程；および対称性を修復するリードペアの集団がマッピングされる配列を欠く部分を含む配列スキャホールドに対して転座を有すると、サンプルを分類する工程を含む、方法。７９．配列スキャホールドに対する、サンプル中の構造再配置を識別する方法であって、該方法は、リードペア配列情報を配列スキャホールド上にマッピングする工程；配列スキャホールドに対応する軸を指す直角縁部を有する局所的密度変異を識別する工程；予想されるリードペア密度分布曲線を得る工程；局所的密度変異を含むリードペアがマッピングされるスキャホールド部分を識別する工程；局所的密度変異を含むリードペアが、局所的密度変異の密度を持つと予測されたリードペア密度分布曲線により示される領域にマッピングされるように、スキャホールド部分を再び位置決めする工程を含む、方法。８０．実施形態１乃至７９の何れか１つに記載の方法の結果を表示するよう構成される、コンピューターモニター。８１．実施形態１乃至７９の何れか１つに記載の方法の計算工程を実行するよう構成される、コンピューターシステム。８２．実施形態１乃至７９の何れか１つに記載のマッピングされたリードペアデータの視覚表示。８３．核酸構造変異検出の方法であって、該方法は、リードペア情報を、予測された核酸スキャホールド上にマッピングする工程；構造変異仮定を得る工程；構造変異仮定がリードペア情報と一貫している尤度パラメーターを算出する工程；および仮定に対する尤度パラメーターが、第２の仮定に対する第２の尤度パラメーターより大きい場合に、核酸サンプルを、構造変異仮定を持つものと分類する工程を含み、リードペア情報を予測された核酸スキャホールド上にマッピングする工程は、リードペアをリードペア位置に割り当てる工程を含み、これにより、リードペアは、１つの軸上の予測された核酸スキャホールド上の中点に割り当てられ、および、リードペアは、第２の軸上のリードペア分離に対応する値に割り当てられる、方法。８４．前記リードペアは、核酸分子の第１の領域にマッピングされる第１の部分、および核酸分子の第２の領域にマッピングされる第２の部分を含み、第１の部分および第２の部分は、隣接しておらず、共通のフェーズを共有する、実施形態１乃至８３の何れか１つに記載の方法。８５．リードペアの中点が第１のビン核酸位置範囲内にあり、かつリードペア分離が第１のビン分離範囲内にある場合、リードペア位置は第１のビンに割り当てられる、実施形態１乃至８３の何れか１つに記載の方法。８６．第１のビン核酸位置の範囲は、予測された核酸スキャホールドの規則的な間隔である、実施形態１乃至８５の何れか１つに記載の方法。８７．第１のビン分離範囲は、リードペア情報に対する完全な分離範囲の対数間隔である、実施形態１乃至８５の何れか１つに記載の方法。８８．第１のビンの核酸範囲は核酸スキャホールドの規則的な間隔であり、第１のビンの分離範囲はリードペア情報に対する完全な分離範囲の対数間隔である、実施形態１乃至８５の何れか１つに記載の方法。８９．リードペアの中点が第２のビン核酸位置範囲内にあり、かつリードペア分離が第２のビン分離範囲内にある場合、リードペア位置は第２のビンに割り当てられる、実施形態８５乃至８８の何れか１つに記載の方法。９０．ほぼすべてのリード情報がビニングされる、実施形態１乃至８９の何れか１つに記載の方法。９１．尤度パラメーターを算出する工程は、第１のビンに対する尤度貢献を判定する工程を含む、実施形態８５乃至９０の何れか１つに記載の方法。９２．第１のビンに対する尤度貢献は、第１のビンにマッピングされるリードペアの数に比例する第１の尤度因子を含む、実施形態１乃至９１の何れか１つに記載の方法。９３．第１のビンに対する尤度貢献は、第１のビンの区域に比例する第２の尤度因子を含む、実施形態１乃至９１の何れか１つに記載の方法。９４．第１のビンに対する尤度貢献は、第１のビンにマッピングされるリードペアの数に比例する第１の尤度因子を含み、第１のビンに対する尤度貢献は、第１のビンの領域に比例する第２の尤度因子を含む、実施形態１乃至８３の何れか１つに記載の方法。９５．領域が第１のビンと重複していない第２のビンに対する尤度貢献を決定する工程を含む、実施形態１乃至９４の何れか１つに記載の方法。９６．尤度パラメーターは、第１のビンの尤度貢献および第２のビンの尤度貢献を含む、実施形態１乃至９５の何れか１つに記載の方法。９７．尤度パラメーターは、第３のビンの尤度貢献を含む、実施形態１乃至９６の何れか１つに記載の方法。９８．尤度パラメーターは、ビニングされたほぼすべてのリードペア情報に対する尤度貢献を含む、実施形態１乃至９７の何れか１つに記載の方法。９９．仮定は、左の縁と長さを有する構造変異を含む、実施形態７８乃至９８の何れか１つに記載の方法。１００．構造変異は、欠失、逆位、直接重複、外向き逆位重複、および内向き逆位重複のうち少なくとも１つである配向を有する、実施形態１乃至９９の何れか１つに記載の方法。１０１．第２の仮定は、左の縁、長さ、および構造配向のうち少なくとも１つにおいて異なる構造変異を含む、実施形態９９乃至１００の何れか１つに記載の方法。１０２．前記核酸構造変異は、前記核酸サンプル中のホモ結合である、実施形態１乃至１０１の何れか１つに記載の方法。１０３．前記核酸構造変異は、前記核酸サンプル中のヘテロ結合である、実施形態７８乃至１０１の何れか１つに記載の方法。１０４．核酸サンプル中の推定上の構造変異を視覚化する方法であって。該方法は、配列リードの集団を番号付きのビンの集団に割り当てる工程、および前記ビンの集団の第１のビン内にある構造変異縁部を含むリードの尤度パラメーターを割り当てる工程を含み、前記第１のビンに対する前記尤度パラメーターは、第１のビンにマッピングされるリードの数を含む第１の尤度成分、および第１のビンの区域を含む第２の成分を含む、方法。１０５．ビンの数に応じて構造変異の尤度をプロットする工程を含む、実施形態１乃至１０４の何れか１つに記載の方法。１０６．前記第１のビンに対する前記尤度パラメーターは、第１のビンにマッピングされる多数のリードを含む第１の尤度成分、および第１のビンの区域を含む第２の成分を含む、実施形態１乃至１０４の何れか１つに記載の方法。１０７．前記尤度パラメーターは、第１のビンにマッピングされるリードの数に構造変異予測を関連づける尤度成分、および第１のビンの領域を含む尤度成分を含む、実施形態１乃至１０６の何れか１つに記載の方法。１０８．前記ビンの集団は、固定された核酸距離にわたる共通のビン幅を共有する、実施形態１乃至１０４の何れか１つに記載の方法。１０９．前記ビンの集団は、その員の中のビン高さに応じて変動する、実施形態１乃至１０４の何れか１つに記載の方法。１１０．ビン高さは、対数軸上でプロットされたときに一定に見える、実施形態１乃至１０９の何れか１つに記載の方法。１１１．尤度パラメーターは、配列リードの確率に関連し、これには左の縁および長さを持つ構造変異の結合、および前記第１のビンへのマッピングが含まれる、実施形態１乃至１０４の何れか１つに記載の方法。１１２．構造変異は、欠失、逆位、直接重複、外向き逆位重複、および内向き逆位重複のうち少なくとも１つである配向を有する、実施形態１乃至１１１の何れか１つに記載の方法。１１３．前記配列リードはリードペアを含む、実施形態１乃至１０４の何れか１つに記載の方法。１１４．リードペアは、核酸分子の第１の領域にマッピングされる第１の部分、および核酸分子の第２の領域にマッピングされる第２の部分を含み、第１の部分および第２の部分は、隣接しておらず、共通のフェーズを共有する、実施形態１乃至１１３の何れか１つに記載の方法。１１５．核酸サンプル中の構造を識別する方法であって、該方法は、核酸サンプルに対してマッピングされたリードペアデータを得る工程；核酸スキャホールド配列を得る工程；リードペアデータを核酸スキャホールド配列と比較する複数の構造変異仮定の各々に関する、尤度確率情報を得る工程；および構造変異種仮定中の大半の起こり得る仮定を識別する工程を含み；ここで、前記方法は、１分あたり少なくとも１０ｍｂの核酸スキャホールド配列を評価する、方法。１１６．リードペア情報を核酸スキャホールド配列上にマッピングする工程；構造変異仮定を得る工程；構造変異仮定がリードペア情報と一貫している尤度パラメーターを算出する工程；および仮定に対する尤度パラメーターが第２の仮定に対する第２の尤度パラメーターより大きい場合に、核酸サンプルを、構造変異仮定を持つと分類する工程を含む、実施形態１乃至１１５の何れか１つに記載の方法。１１７．リードペア情報を核酸スキャホールド配列上にマッピングする工程は、リードペアが１つの軸上の予測された核酸スキャホールド上の中点に割り当てられ、かつリードペアが第２の軸上のリードペア分離に対応する値に割り当てられるように、リードペアをリードペア位置に割り当てる工程を含む、実施形態１乃至１１６の何れか１つ
に記載の方法。１１８．前記リードペアは、核酸分子の第１の領域にマッピングされる第１の部分、および核酸分子の第２の領域にマッピングされる第２の部分を含み、第１の部分および第２の部分は、隣接しておらず、共通のフェーズを共有する、実施形態１１６乃至１１２の何れか１つに記載の方法。１１９．リードペアの中点が第１のビン核酸位置範囲内にあり、かつリードペア分離が第１のビン分離範囲内にある場合、リードペア位置は第１のビンに割り当てられる、実施形態１乃至１１７の何れか１つに記載の方法。１２０．第１のビン核酸位置の範囲は、核酸スキャホールドの規則的な間隔である、実施形態１乃至１１９の何れか１つに記載の方法。１２１．第１のビン分離範囲は、リードペア情報に対する完全な分離範囲の対数間隔である、実施形態１乃至１１９の何れか１つに記載の方法。１２２．第１のビンの核酸位置範囲は核酸スキャホールドの規則的な間隔であり、第１のビンの分離範囲はリードペア情報に対する完全な分離範囲の対数間隔である、実施形態１乃至１１９の何れか１つに記載の方法。１２３．リードペアの中点が第２のビン核酸位置範囲内にあり、かつリードペア分離が第２のビン分離範囲内にある場合、リードペア位置は第２のビンに割り当てられる、実施形態１１９乃至１２２の何れか１つに記載の方法。１２４．ほぼすべてのリード情報がビニングされる、実施形態１乃至１２３の何れか１つに記載の方法。１２５．尤度パラメーターを算出する工程は、第１のビンに対する尤度貢献を判定する工程を含む、実施形態１１９乃至１１９の何れか１つに記載の方法。１２６．第１のビンに対する尤度貢献は、第１のビンにマッピングされるリードペアの数に比例する第１の尤度因子を含む、実施形態１乃至１２５の何れか１つに記載の方法。１２７．第１のビンに対する尤度貢献は、第１のビンの区域に比例する第２の尤度因子を含む、実施形態１乃至１２０の何れか１つに記載の方法。１２８．第１のビンに対する尤度貢献は、第１のビンにマッピングされるリードペアの数に比例する第１の尤度因子を含み、第１のビンに対する尤度貢献は、第１のビンの領域に比例する第２の尤度因子を含む、実施形態１乃至１２０の何れか１つに記載の方法。１２９．領域が第１のビンと重複していない第２のビンに対する尤度貢献を決定する工程を含む、実施形態１乃至１２３の何れか１つに記載の方法。１３０．尤度パラメーターは、第１のビンの尤度貢献および第２のビンの尤度貢献を含む、実施形態１乃至１２４の何れか１つに記載の方法。１３１．尤度パラメーターは、第３のビンの尤度貢献を含む、実施形態１乃至１３０の何れか１つに記載の方法。１３２．尤度パラメーターは、ビニングされたほぼすべてのリードペア情報に対する尤度貢献を含む、実施形態１乃至１２６の何れか１つに記載の方法。１３３．仮定は、左の縁と長さを有する構造変異を含む、実施形態１１５乃至１２７の何れか１つに記載の方法。１３４．構造変異は、欠失、逆位、直接重複、外向き逆位重複、および内向き逆位重複のうち少なくとも１つである配向を有する、実施形態１乃至１２８の何れか１つに記載の方法。１３５．第２の仮定は、左の縁、長さ、および構造配向のうち少なくとも１つにおいて異なる構造変異を含む、実施形態１３４乃至１２９の何れか１つに記載の方法。１３６．前記核酸構造変異は、前記核酸サンプル中のホモ結合である、実施形態１１１乃至１３０の何れか１つに記載の方法。１３７．前記核酸構造変異は、前記核酸サンプル中のヘテロ結合である、実施形態１１１乃至１３０の何れか１つに記載の方法。１３８．処置レジメンを選択する方法であって、該方法は、前述の実施形態の何れか１つの方法を実行する工程、再編成を識別する工程、および再編成と一致する処置レジメンを識別する工程を含む、方法。１３９．処置レジメンは薬物投与を含む、実施形態１乃至１３３の何れか１つに記載の方法。１４０．処置レジメンは組織切除を含む、実施形態１乃至１３３の何れか１つに記載の方法。１４１．処置レジメンを評価する方法であって、該方法は、最初に前述の実施形態の何れか１つの方法を実行する工程、処置レジメンを施す工程、および２回目の処置レジメンを実行する工程を含む、方法。１４２．処置レジメンを中止する工程を含む、実施形態１乃至１３６の何れか１つに記載の方法。１４３．処置レジメンの用量を増大させる工程を含む、実施形態１乃至１３６の何れか１つに記載の方法。１４４．処置レジメンの用量を減少させる工程を含む、実施形態１乃至１３６の何れか１つに記載の方法。１４５．処置レジメンを継続させる工程を含む、実施形態１乃至１３６の何れか１つに記載の方法。１４６．処置レジメンは薬物を含む、実施形態１３６乃至１４０の何れか１つに記載の方法。１４７．処置レジメンは外科的介入を含む、実施形態１３６乃至１４０の何れか１つに記載の方法。