【手続補正書】
【提出日】令和3年6月29日(2021.6.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞、生物、またはウイルスからの核酸の増幅によって得られた定量的データを正規化する方法であって、前記方法が以下：
（i）
-第1の遺伝子からのゲノムDNAおよび第1の遺伝子から転写されたRNAの増幅からの、および
-細胞、生物、またはウイルスの非転写DNAの配列の増幅からの、
定量的データを取得すること；ならびに
（ii）定量的データを使用して、前記増幅の前に核酸サンプル内に存在する
-第1の遺伝子の前記ゲノムDNAおよびRNA転写産物、の
-転写されていない前記ゲノムDNA、に対する、
相対量を表す正規化値（nV）を導き出すこと、
を含み、
第1の遺伝子からの前記ゲノムDNAおよび第1の遺伝子から転写されたRNA、ならびに前記非転写DNAの配列が、同じ反応で共増幅される、
方法。
【請求項２】
定量的データがアンプリコンコピー数であって、ならびに方法が以下：
(i)
-第1の遺伝子の前記ゲノムDNAおよびRNA転写産物の増幅から生成された総アンプリコン数を表す値A（vA）、および非転写DNAの配列から生成された総アンプリコン数を表す値B（vB）を取得すること；
-式：
vA/vB=nV
またはその等価形を使用して正規化値（nV）を計算すること、ならびに／あるいは
（ii）
-第1の遺伝子からのゲノムDNAおよびRNA転写産物の増幅、ならびに少なくとも1つのさらなる遺伝子からのゲノムDNAおよびRNA転写産物の増幅から生成された総アンプリコン数を表す値X（vX）を取得すること；
-非転写DNAの配列から生成された総アンプリコン数を表す値B（vB）を取得すること、
-式：
vX/（vB x（X+1））=nV
（式中Xは前記さらなる遺伝子（複数可）の数である）またはその等価形を使用して正規化値（nV）を計算すること
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
定量的データが閾値（Ct）であり、ならびに方法が以下：
（i）
-第1の遺伝子の前記ゲノムDNAおよびRNA転写産物の増幅からサイクル閾値CtAを取得すること、
-非転写DNAの配列の増幅からサイクル閾値CtBを取得すること；および
-式：
2CtB - CtA=nV
またはその等価形を使用して正規化値（nV）を計算すること、ならびに／あるいは
（ii）
-第1の遺伝子の前記ゲノムDNAおよびRNA転写産物の増幅、および少なくとも1つのさらなる遺伝子からのゲノムDNAおよびRNA転写産物の増幅
からのサイクル閾値CtXを取得すること；
-非転写DNAの配列の増幅からサイクル閾値CtBを取得すること；および
-式：
2CtB - CtX/(X+1)=nV
（式中Xは前記さらなる遺伝子（複数可）の数である）またはその等価形を使用して正規化値（nV）を計算すること
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
（i）細胞、生物、またはウイルスからの核酸が全核酸の抽出物である、および／あるいは
（ii）正規化値（nV）を使用して細胞、生物、またはウイルスにおける転写活性のレベルを評価することをさらに含む、および／あるいは
（iii）任意の前記増幅が、以下：ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）、鎖置換増幅（SDA）、ループ介在等温増幅（LAMP）、ローリングサークル増幅（RCA）、リコンビナーゼポリメラーゼ増幅（RPA）、ヘリカーゼ依存性増幅（HDA）、鎖侵入ベース増幅（SIBA）、転写媒介増幅（TMA）、自家持続配列複製（3SR）、核酸配列ベース増幅（NASBA）、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（qPCR）、デジタルポリメラーゼ連鎖反応（dPCR）、またはそれらの任意の組み合わせ：を使用して実施される、
請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
（i）  正規化値（nV）を使用して細胞、生物、またはウイルスにおける転写活性のレベルを評価すること；ならびに／あるいは
（ii）
-転写活性を有しないことが知られている細胞、生物、またはウイルスの集団の個々から得られた一連の前記正規化値（nV）を使用して生成された転写陰性の正規化値（nV-）を取得すること;および
-細胞、生物、またはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）を、転写陰性の正規化値（nV-）と比較して、それにより細胞、生物、またはウイルスにおける転写活性のレベルを評価すること、
をさらに含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
以下：
（i）
-転写陰性の正規化値（nV-）が、細胞、生物またはウイルスにおける転写活性の有無を評価するための基本値として使用され；そして
-転写活性の欠如が、細胞、生物、もしくはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）が転写陰性の正規化値（nV-）以下である場合に示され；または
-転写活性が、細胞、生物、もしくはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）が転写陰性の正規化値（nV-）を上回る場合に示される、ならびに／あるいは
（ii）  前記転写陰性の正規化値（nV-）が、以下：
-転写活性を有しないことが知られている細胞、生物、もしくはウイルスの集団の個々からの前記一連の正規化値（nV）に統計的変動を組み込む；および/または
-前記転写陰性の正規化値（nV-）が、細胞、生物もしくはウイルスにおける転写活性の有無を予測する信頼区間を伴い提供される、
請求項５に記載の方法。
【請求項７】
以下：
-転写活性を有することが知られている細胞、生物、またはウイルスの集団の個々から得られた一連の前記正規化値（nV）を使用して生成された転写陽性の正規化値（nV+）を取得すること;および
-細胞、生物、またはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）を転写陽性の正規化値（nV+）と比較して、それにより細胞、生物、またはウイルスにおける転写活性レベルを評価すること
をさらに含み；
好ましくは、以下：
（i）-転写陽性の正規化値（nV+）は、細胞、生物、またはウイルスにおける転写活性の基本値として使用され；および
-転写活性の欠乏（lack）もしくは欠如（absence）が、細胞、生物、またはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）が転写陽性の正規化値（nV+）を下回る場合に示され；または
-転写活性が、細胞、生物、もしくはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）が転写陽性の正規化値（nV+）以上の場合に示される；ならびに／あるいは
（ii）  前記転写陽性の正規化値（nV+）が、以下：
-転写活性を有することが知られている細胞、生物、もしくはウイルスの集団の個々からの前記一連の正規化値（nV）に統計的変動を組み込む；および/または
-前記転写陽性の正規化値（nV+）が、細胞、生物もしくはウイルスにおける転写活性の有無を予測する信頼区間を伴い提供される、
請求項５または６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
以下：
-転写活性を有さないことが知られている細胞、生物、またはウイルスの集団の個々から得られた一連の前記正規化値（nV）を使用して生成された、転写陰性の正規化値（nV-）を取得すること;
-転写活性を有することが知られている細胞、生物、またはウイルスの集団の個々から得られた一連の前記正規化値（nV）を使用して生成された、転写陽性の正規化値（nV+）を取得すること；ならびに
-細胞、生物、またはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）を、以下：
（i）転写陰性の正規化値（nV-）および転写陽性の正規化値（nV+）、または
（ii）転写陰性の正規化値（nV-）および転写陽性の正規化値（nV+）の中間にある合算された転写正規化値（nV±）、
と比較し、
それにより、細胞、生物、またはウイルスにおける転写活性のレベルを評価すること
をさらに含み、好ましくは：
（i）  合算された転写正規化値（nV±）が、
式：
（nV+）+（nV-）/2=（nV±）
またはその等価形を使用して計算される、ならびに／または
（ii）  前記合算された転写正規化値（nV±）が、以下：
-前記一連の転写陰性の正規化値（nV-）および/または前記転写陽性の正規化値（nV+）に統計的変動を組み込む;および/または
-前記合算された転写正規化値（nV±）が、細胞、生物、またはウイルスにおける転写活性の有無を予測する信頼区間を伴い提供される、
請求項５に記載の方法。
【請求項９】
細胞、生物、またはウイルスにおける転写活性のレベルが、以下
-試験細胞または試験生物の生存率;
-試験細胞、生物またはウイルスの生死；
-試験細胞、生物、またはウイルス内の転写の摂動
のいずれか１以上を決定する目的で評価される、請求項５〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
（i）  正規化値（nV）を使用して細胞、生物、またはウイルスにおける薬剤耐性または薬剤感受性のレベルを評価し、以下：
-前記細胞、生物、またはウイルスが、核酸の前記増幅の前に薬剤で処理されており、および
-前記正規化値（nV）が、以下：
（i）薬剤耐性；または
（ii）薬剤感受性、
であることが知られている細胞、生物、またはウイルスの集団の個々から得られた一連の前記正規化値（nV）を使用して生成されたコントロールの正規化値（cnV）と比較され、
それにより、細胞、生物、またはウイルスにおける薬剤耐性または薬剤感受性のレベルを評価すること；ならびに／または
（ii）  以下：
-薬剤感受性があることが知られている細胞、生物、またはウイルスの集団の個々から得られた一連の前記正規化値（nV）を使用して生成された薬剤感受性の正規化値（dsV）を取得すること；および
-細胞、生物、またはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）を薬剤感受性の正規化値（dsV）と比較して、それにより薬剤耐性または薬剤感受性の、もしくは細胞、生物、またはウイルスにおけるレベルを評価し、細胞、生物、またはウイルスが、核酸の前記増幅の前に薬剤で処理されていること
をさらに含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
以下：
（a）-薬剤感受性の正規化値（dsV）が、細胞、生物、またはウイルスにおける薬剤耐性または薬剤感受性の有無を評価するための基本値として使用され；および
-薬剤耐性が、細胞、生物もしくはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）が薬剤感受性の正規化値（dsV）を上回る場合に示され；または
-薬剤感受性が、細胞、生物もしくはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）が薬剤感受性の正規化値（dsV）以下である場合に示される、ならびに／あるいは；
（b）  前記薬剤感受性の正規化値（dsV)が、以下:
-薬剤感受性があることが知られている細胞、生物、またはウイルスの集団の個々からの前記一連の正規化値（nV）に統計的変動を組み込む；および/または
-前記薬剤感受性の正規化値（dsV）が以下：
（i）細胞、生物もしくはウイルスにおける薬剤耐性;または
（ii）細胞、生物もしくはウイルスにおける薬剤感受性
の有無を予測する信頼区間を伴い提供される、
請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
以下：
-薬剤耐性があることが知られている細胞、生物、またはウイルスの集団の個々から得られた一連の前記正規化値（nV）を使用して生成された薬剤耐性の正規化値（drV）を取得すること；および
-細胞、生物、またはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）を薬剤耐性の正規化値（drV）と比較して、それにより薬剤耐性もしくは薬剤感受性、または細胞、生物、もしくはウイルスにおけるレベルを評価し、細胞、生物、またはウイルスが核酸の前記増幅の前に薬剤で処理されていること
をさらに含む、請求項１〜４または１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
以下：
（a）-薬剤耐性の正規化値（drV）が、細胞、生物、もしくはウイルスにおける薬剤耐性または薬剤感受性の有無を評価するための基本値として使用され；および
-薬剤耐性が、細胞、生物、もしくはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）が薬剤耐性の正規化値（drV）以上である場合に示され；または
-薬剤感受性が、細胞、生物、もしくはウイルスからの核酸の前記増幅によって得られた正規化値（nV）が薬剤耐性の正規化値（drV）を下回る場合に示される、ならびに／あるいは
（b）  前記薬剤耐性の正規化値（drV）が、以下：
-薬剤耐性があることが知られている細胞、生物、もしくはウイルスの集団の個々からの前記一連の正規化値（nV）に統計的変動を組み込む；および/あるいは
-前記薬剤耐性の正規化値（drV）が以下：
（i）細胞、生物もしくはウイルスにおける薬剤耐性;または
（ii）細胞、生物もしくはウイルスにおける薬剤感受性
の有無を予測する信頼区間を伴い提供される、
請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
正規化値（nV）を使用して細胞、生物、またはウイルスにおける薬剤耐性または薬剤感受性のレベルを評価することをさらに含み、以下：
-核酸の前記増幅の前に薬剤で処理されている前記細胞、生物、またはウイルスの第1の集団を使用して、第1の前記正規化値（nV）を生成し、
-核酸の前記増幅の前に薬剤で処理されていない前記細胞、生物、またはウイルスの第2の集団を使用して、第2の前記正規化値（nV）を生成し、
-前記第1の正規化値（nV）と前記第2の正規化値（nV）を比較して、薬剤処理の有りもしくはなしでの、細胞、生物、またはウイルスにおける転写活性のレベルを評価し、それにより細胞、生物、またはウイルスにおける薬剤耐性または薬剤感受性のレベルを評価し、
場合により、前記薬剤感受性が、前記第１の正規化値（nV）が前記第２の正規化値（nV）よりも低い場合に示される、
請求項１〜４の一項に記載の方法。
【請求項１５】
（i）薬剤が、抗菌剤、好ましくはアミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、マクロライドペニシリン、モノバクタム、ポリペプチド、キノロン、スルホンアミド、テトラサイクリンから選択されるクラスの抗菌剤である；および／あるいは
（ii）薬剤が、シプロフロキサシン、アジスロマイシン、リファンピシン、またはドキシサイクリンである；および／あるいは
（iii）第１の遺伝子が、クラミジア種（例えば、クラミジア・トラコマチス）、ゴノレア種、またはマイコプラズマ種（例えば、マイコプラズマ・ゲニタリウム）由来の遺伝子である；および／あるいは
（iv）細胞が哺乳動物細胞、ヒト細胞、動物細胞、植物細胞、細菌細胞、ウイルスに感染した宿主細胞、または細菌に感染した宿主細胞である；および／あるいは
（v）生物が、哺乳動物、ヒト、植物、細菌、ウイルス、真菌、藻類、古細菌または原生動物である、
請求項１０〜１４のいずれか一項に記載の方法。