【手続補正書】
【提出日】令和3年11月4日(2021.11.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
1種または複数種の抗癌剤に応答性の対象を同定する方法であって、処置前の対象から採取した第一の生体試料および該1種または複数種の抗癌剤で処置された該対象から採取した第二の生体試料において、循環細胞外小胞PD-L1および／またはインターフェロンγ（IFNγ）のレベルを検出する工程を含み、該第一の生体試料と比較して、該第二の生体試料において細胞外小胞PD-L1および／またはIFNγのレベルが増加している場合に、該対象が該1種または複数種の抗癌剤での処置に応答性であると同定される、方法。
【請求項２】
1種または複数種の抗癌剤が、PD-1/PD-L1に指向しており、かつペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、PD-1/PD-L1を免疫学的に特異的に標的とする抗体、および癌治療のためにPD-1/PD-L1を特異的に標的とする低分子からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項３】
対象が、黒色腫、肺癌、肝臓癌、前立腺癌、結腸癌、腎臓癌、乳癌、頭頚部癌、膀胱癌、胃癌、食道癌、鼻咽頭癌、リンパ腫、メルケル細胞癌、ミスマッチ修復欠損を有する癌、または抗PD1/PDL1療法で治療され得るその他の癌のうち1つまたは複数に対する療法を受けている、請求項1または2記載の方法。
【請求項４】
1種または複数種の抗癌剤が、PD-1経路またはPD-L1経路を標的とし、かつ前記第二の生体試料が、該1種または複数種の抗癌剤での処置後3〜9週間の間に採集したものであり、前記方法が、処置前の血中細胞外小胞PD-L1タンパク質レベルと処置後の血中細胞外小胞PD-L1タンパク質レベルの比率を決定する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
前記1種または複数種の抗癌剤での処置前のIFNγレベルと処置後のIFNγレベルの比率を決定する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項６】
前記1種または複数種の抗癌剤での処置の前および後に、PD-L1レベルとIFNγレベルの比率が決定される、請求項4記載の方法。
【請求項７】
癌患者から取得した生体試料における、PD-L1エクソソーム、細胞外放出（shedding）小胞、エクトソーム、アポトーシス小体、およびオンコソームからなる群より選択される癌細胞由来PD-L1含有小胞を検出する方法であって、以下の工程を含む方法；
i）該試料を、PD-L1に特異的に結合する1つまたは複数の試薬と接触させる工程；および
ii）該癌由来PD-L1含有小胞に結合した該1つまたは複数の試薬を含む結合複合体の形成を検出する工程。
【請求項８】
前記結合複合体から前記PD-L1含有小胞を単離する工程をさらに含む、請求項7記載の方法。
【請求項９】
前記第一の生体試料と比較して、前記第二の生体試料においてエクソソームPD-L1および／またはIFNγレベルの比率が増加している場合に、対象が1種または複数種の抗癌剤での処置に応答性であると同定される、請求項1記載の方法。
【請求項１０】
前記生体試料が、末梢血、血清、血漿、痰、尿、唾液、腹水、または涙から選択される、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
前記PD-L1試薬が、フローサイトメトリー、免疫電子顕微鏡法、酵素結合免疫吸着測定法、または光散乱式ナノ粒子トラッキング解析法（NTA）によって検出される、請求項7記載の方法。
【請求項１２】
前記1つまたは複数のPD-L1試薬が、支持体に直接的または間接的に結合して検出される、請求項7記載の方法。
【請求項１３】
前記PD-L1試薬が、抗体を介して支持体に間接的に結合している、請求項7記載の方法。
【請求項１４】
前記試薬が単量体、二量体、または四量体の抗体である、請求項7記載の方法。
【請求項１５】
検出剤が抗PD-L1抗体である、請求項7記載の方法。
【請求項１６】
抗PD-L1抗体が、非天然の量子ドットまたは蛍光色素で標識されている、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
癌タンパク質含有エクソソームまたは癌タンパク質含有細胞外小胞を生体液試料から単離するための方法であって、
i）患者から取得した試料を、該癌タンパク質に特異的に結合する試薬とともにインキュベートする工程、および
ii）該試薬を単離し、それによって癌タンパク質含有エクソソームを該試料から単離する工程
を含み、該癌タンパク質が、PD-L1、BRAF、NRAS、KRAS、KIT、TP53、PTEN、EGFR、HER2、ALK、AKT1、MET、RET、RHOA、ARID1A、PIK3CA、APC、MLL2、MLL3、RB1、NF1、MALAT、KEAP1、IDH1、ATRX、PDGFRA、NAV3、FBXW7、VHL、mTOR、BAP1、PBRM1、SETD2、およびCDH1、Wnt5A、MAPK1、HSP70、TRAP1、HSP90、セルピンH1、VEGFC、R-RAS、HLA-G5、および癌に関連したそれらの変異タンパク質からなる群より選択され、該エクソソームまたは該細胞外小胞中の該癌タンパク質の存在が癌を示す、前記方法。
【請求項１８】
試料を、CD63またはCD274に特異的に結合する試薬とともにインキュベートする工程をさらに含む、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
前記試薬が、磁気ビーズまたは固相支持体に付着している、請求項17記載の方法。
【請求項２０】
前記処置に対する対象の応答を予測するために前記比率が用いられる、請求項4または9記載の方法。
【請求項２１】
血中PD-L1と特異的な結合対を形成する作用物質を含む、異常な循環PD-L1レベルと関連する転移性癌を治療するための薬学的組成物であって、作用物質が患者から取得した生体試料と接触することによって結合複合体が形成され、該試料から該結合複合体が除去されることによってエクソソームまたは細胞外小胞の中に存在するPD-1/PD-L1の血中レベルが激減することを特徴とする、薬学的組成物。
【請求項２２】
前記試料が血液であり、前記接触および除去が血漿交換中に起きることを特徴とする、請求項21記載の薬学的組成物。
【請求項２３】
ろ過された血液が患者に再注入されることを特徴とする、請求項22記載の薬学的組成物。
【請求項２４】
前記癌が、黒色腫、肺癌、肝臓癌、前立腺癌、結腸癌、腎臓癌、乳癌、頭頚部癌、膀胱癌、胃癌、食道癌、鼻咽頭癌、リンパ腫、メルケル細胞癌、ミスマッチ修復欠損を有する癌、または抗PD1/PDL1療法で治療され得るその他の癌からなる群より選択される、請求項21記載の薬学的組成物。
【請求項２５】
癌患者から取得した生体試料における、免疫細胞由来タンパク質含有エクソソーム、細胞外放出小胞、エクトソーム、アポトーシス小体、およびオンコソームからなる群より選択される免疫細胞由来タンパク質含有小胞を検出する方法であって、
i）該試料を、該免疫細胞由来タンパク質に特異的に結合する1つまたは複数の試薬に接触させる工程；および
ii）該免疫細胞由来タンパク質含有小胞に結合した該1つまたは複数の試薬を含む結合複合体の形成を検出する工程
を含み、該免疫細胞由来タンパク質が、CD109、CD151、CD276、CD44、CD46、CD47、CD55、CD58、CD59、CD70、CD9、CD95、CD97、CD99、およびB7H4からなる群より選択される、前記方法。
【請求項２６】
CD63およびCD81を含むエクソソームの単離をさらに含む、請求項25記載の方法。
【請求項２７】
Akt、Wnt5A、MAPK1、HSP70、TRAP1、HSP90、セルピンH1、VEGFC、R-RAS、およびHLA-G5のうち1つまたは複数、またはそれらの変異体を含むエクソソームの単離をさらに含み、該エクソソームが、前記1種または複数種の抗癌剤での処置の前および後に単離される、請求項4記載の方法。
【請求項２８】
BRAF、NRAS、KIT、TP53、PTEN、EGFR、HER2、ALK、AKT1、KRAS、MET、RET、RHOA、ARID1A、CDH1、またはそれらの変異体を含むエクソソームの単離をさらに含み、該エクソソームが、前記1種または複数種の抗癌剤での処置の前および後に単離される、請求項4記載の方法。
【請求項２９】
癌患者から取得した生体試料における、免疫細胞由来タンパク質含有エクソソーム、細胞外放出小胞、エクトソーム、アポトーシス小体、およびオンコソームからなる群より選択される免疫細胞由来タンパク質含有小胞を検出する方法であって、
i）該試料を、該免疫細胞由来タンパク質に特異的に結合する1つまたは複数の試薬に接触させる工程；および
ii）該免疫細胞由来タンパク質含有小胞に結合した該1つまたは複数の試薬を含む結合複合体の形成を検出する工程
を含み、該免疫細胞由来タンパク質が、CD3、CD4、CD8、CD11、CD14、CD16、CD19、CD20、CD24、CD25、CD27、CD38  CD45、CD68、CD80、CD86、CD138、CD152、CD160、CD223、CD244、CD274、CD276、およびCD366からなる群より選択され、該エクソソームまたは該細胞外小胞中の該免疫細胞タンパク質の存在が、該免疫細胞の種類または機能状態を示す、前記方法。
【請求項３０】
前記試料を、CD9、CD63、およびCD81に特異的に結合する試薬とともにインキュベートする工程をさらに含む、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
癌患者から取得した生体試料における、免疫細胞由来タンパク質含有エクソソーム、細胞外放出小胞、エクトソーム、アポトーシス小体、およびオンコソームからなる群より選択される免疫細胞由来タンパク質含有小胞を検出する方法であって、
i）該試料を、該免疫細胞由来タンパク質に特異的に結合する1つまたは複数の試薬に接触させる工程；および
ii）該免疫細胞由来タンパク質含有小胞に結合した該1つまたは複数の試薬を含む結合複合体の形成を検出する工程
を含み、該免疫細胞由来タンパク質が、CD3、CD4、CD8、CD11、CD14、CD16、CD19、CD20、CD24、CD25、CD27、CD38  CD45、CD68、CD80、CD86、CD138、CD152、CD160、CD223、CD244、CD274、CD276、およびCD366からなる群より選択される、前記方法。
【請求項３２】
請求項1〜31いずれか一項記載の方法を実施するためのキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１７】
さらに別の態様において、上記の方法いずれかを実施するためのキットが提供される。
[本発明1001]
抗癌療法に応答性の対象を同定する方法であって、以下の工程を含む方法：
i）処置前に対象から採取される第一の生体試料を取得する工程、
ii）1種または複数種の抗癌剤を該対象に投与し、かつ該1種または複数種の抗癌剤で処置された該対象から第二の生体試料を採取する工程、
iii）該第一および第二の生体試料において、循環細胞外小胞PD-L1および／またはインターフェロンγ（IFNγ）のレベルを検出する工程、ならびに
iv）該第一の生体試料と比較して、該第二の生体試料において細胞外小胞PD-L1および／またはIFNγのレベルが増加している場合に、該対象が処置に応答性であると同定する工程。
[本発明1002]
抗癌療法が、PD-1/PD-L1に指向しており、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、PD-1/PD-L1を免疫学的に特異的に標的とする抗体、および癌治療のためにPD-1/PD-L1を特異的に標的とする低分子からなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1003]
対象が、黒色腫、肺癌、肝臓癌、前立腺癌、結腸癌、腎臓癌、乳癌、頭頚部癌、膀胱癌、胃癌、食道癌、鼻咽頭癌、リンパ腫、メルケル細胞癌、ミスマッチ修復欠損を有する癌、または抗PD1/PDL1療法で治療され得るその他の癌のうち1つまたは複数に対する療法を受けている、本発明1001または1002の方法。
[本発明1004]
抗癌療法が、PD-1経路またはPD-L1経路を標的とし、かつ前記第二の生体試料が、該療法後3〜9週間の間に採集され、前記方法が、処置前の血中細胞外小胞PD-L1タンパク質レベルと処置後の血中細胞外小胞PD-L1タンパク質レベルの比率を決定する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1005]
処置前のIFNγレベルと処置後のIFNγレベルの比率を決定する工程をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1006]
処置の前および後に、PD-L1レベルとIFNγレベルの比率が決定される、本発明1004の方法。
[本発明1007]
癌患者から取得した生体試料における、PD-L1エクソソーム、細胞外放出（shedding）小胞、エクトソーム、アポトーシス小体、およびオンコソームからなる群より選択される癌細胞由来PD-L1含有小胞を検出する方法であって、以下の工程を含む方法；
i）該試料を、PD-L1に特異的に結合する1つまたは複数の試薬と接触させる工程；および
ii）該癌由来PD-L1含有小胞に結合した該1つまたは複数の試薬を含む結合複合体の形成を検出する工程。
[本発明1008]
前記結合複合体から前記PD-L1含有小胞を単離する工程をさらに含む、本発明1007の方法。
[本発明1009]
前記第一の生体試料と比較して、前記第二の生体試料においてエクソソームPD-L1および／またはIFNγレベルの比率が増加している場合に、対象が処置に応答性であると同定する工程を含む、本発明1001の方法。
[本発明1010]
前記生体試料が、末梢血、血清、血漿、痰、尿、唾液、腹水、または涙から選択される、本発明1001の方法。
[本発明1011]
前記PD-L1試薬が、フローサイトメトリー、免疫電子顕微鏡法、酵素結合免疫吸着測定法、または光散乱式ナノ粒子トラッキング解析法（NTA）によって検出される、本発明1007の方法。
[本発明1012]
前記1つまたは複数のPD-L1試薬が、支持体に直接的または間接的に結合して検出される、本発明1007の方法。
[本発明1013]
前記PD-L1試薬が、抗体を介して支持体に間接的に結合している、本発明1007の方法。
[本発明1014]
前記試薬が単量体、二量体、または四量体の抗体である、本発明1007の方法。
[本発明1015]
検出剤が抗PD-L1抗体である、本発明1007の方法。
[本発明1016]
抗PD-L1抗体が、非天然の量子ドットまたは蛍光色素で標識されている、本発明1007の方法。
[本発明1017]
癌タンパク質含有エクソソームまたは癌タンパク質含有細胞外小胞を生体液試料から単離するための方法であって、
i）患者から試料を取得する工程、
ii）該試料を、該癌タンパク質に特異的に結合する試薬とともにインキュベートする工程、および
iii）該試薬を単離し、それによって癌タンパク質含有エクソソームを該試料から単離する工程
を含み、該癌タンパク質が、PD-L1、BRAF、NRAS、KRAS、KIT、TP53、PTEN、EGFR、HER2、ALK、AKT1、MET、RET、RHOA、ARID1A、PIK3CA、APC、MLL2、MLL3、RB1、NF1、MALAT、KEAP1、IDH1、ATRX、PDGFRA、NAV3、FBXW7、VHL、mTOR、BAP1、PBRM1、SETD2、およびCDH1、Wnt5A、MAPK1、HSP70、TRAP1、HSP90、セルピンH1、VEGFC、R-RAS、HLA-G5、および癌に関連したそれらの変異タンパク質からなる群より選択され、該エクソソームまたは該細胞外小胞中の該癌タンパク質の存在が癌を示す、前記方法。
[本発明1018]
試料を、CD63またはCD274に特異的に結合する試薬とともにインキュベートする工程をさらに含む、本発明1017の方法。
[本発明1019]
前記試薬が、磁気ビーズまたは固相支持体に付着している、本発明1017の方法。
[本発明1020]
処置に対する患者の応答を予測するために前記比率が用いられる、本発明1004または1009の方法。
[本発明1021]
異常な循環PD-L1レベルと関連する転移性癌を治療するための方法であって、以下の工程を含む方法：
a）患者から生体試料を取得する工程；
b）該試料を、血中PD-L1と特異的な結合対を形成する作用物質に接触させ、それによって結合複合体を形成させる工程であって、このPD-1/PD-L1が、エクソソームまたは細胞外小胞の中に存在する、工程；
c）該試料から該結合複合体を除去し、それによってPD-1/PD-L1の血中レベルを激減させる工程。
[本発明1022]
前記試料が血液であり、前記接触および除去が血漿交換中に起きる、本発明1021の方法。
[本発明1023]
ろ過された血液が対象に再注入される、本発明1022の方法。
[本発明1024]
前記癌が、黒色腫、肺癌、肝臓癌、前立腺癌、結腸癌、腎臓癌、乳癌、頭頚部癌、膀胱癌、胃癌、食道癌、鼻咽頭癌、リンパ腫、メルケル細胞癌、ミスマッチ修復欠損を有する癌、または抗PD1/PDL1療法で治療され得るその他の癌からなる群より選択される、本発明1021の方法。
[本発明1025]
癌患者から取得した生体試料における、免疫細胞由来タンパク質含有エクソソーム、細胞外放出小胞、エクトソーム、アポトーシス小体、およびオンコソームからなる群より選択される免疫細胞由来タンパク質含有小胞を検出する方法であって、
i）該試料を、該免疫細胞由来タンパク質に特異的に結合する1つまたは複数の試薬に接触させる工程；および
ii）該免疫細胞由来タンパク質含有小胞に結合した該1つまたは複数の試薬を含む結合複合体の形成を検出する工程
を含み、該免疫細胞由来タンパク質が、CD109、CD151、CD276、CD44、CD46、CD47、CD55、CD58、CD59、CD70、CD9、CD95、CD97、CD99、およびB7H4からなる群より選択される、前記方法。
[本発明1026]
CD63およびCD81を含むエクソソームの単離をさらに含む、本発明1025の方法。
[本発明1027]
Akt、Wnt5A、MAPK1、HSP70、TRAP1、HSP90、セルピンH1、VEGFC、R-RAS、およびHLA-G5のうち1つまたは複数、またはそれらの変異体を含むエクソソームの単離をさらに含み、該エクソソームが、抗癌療法の前および後に単離される、本発明1004の方法。
[本発明1028]
BRAF、NRAS、KIT、TP53、PTEN、EGFR、HER2、ALK、AKT1、KRAS、MET、RET、RHOA、ARID1A、CDH1、またはそれらの変異体を含むエクソソームの単離をさらに含み、該エクソソームが、抗癌療法の前および後に単離される、本発明1004の方法。
[本発明1029]
癌患者から取得した生体試料における、免疫細胞由来タンパク質含有エクソソーム、細胞外放出小胞、エクトソーム、アポトーシス小体、およびオンコソームからなる群より選択される免疫細胞由来タンパク質含有小胞を検出する方法であって、
i）該試料を、該免疫細胞由来タンパク質に特異的に結合する1つまたは複数の試薬に接触させる工程；および
ii）該免疫細胞由来タンパク質含有小胞に結合した該1つまたは複数の試薬を含む結合複合体の形成を検出する工程
を含み、該免疫細胞由来タンパク質が、CD3、CD4、CD8、CD11、CD14、CD16、CD19、CD20、CD24、CD25、CD27、CD38  CD45、CD68、CD80、CD86、CD138、CD152、CD160、CD223、CD244、CD274、CD276、およびCD366からなる群より選択され、該エクソソームまたは該細胞外小胞中の該免疫細胞タンパク質の存在が、該免疫細胞の種類または機能状態を示す、前記方法。
[本発明1030]
前記試料を、CD9、CD63、およびCD81に特異的に結合する試薬とともにインキュベートする工程をさらに含む、本発明1029の方法。
[本発明1031]
癌患者から取得した生体試料における、免疫細胞由来タンパク質含有エクソソーム、細胞外放出小胞、エクトソーム、アポトーシス小体、およびオンコソームからなる群より選択される免疫細胞由来タンパク質含有小胞を検出する方法であって、
i）該試料を、該免疫細胞由来タンパク質に特異的に結合する1つまたは複数の試薬に接触させる工程；および
ii）該免疫細胞由来タンパク質含有小胞に結合した該1つまたは複数の試薬を含む結合複合体の形成を検出する工程
を含み、該免疫細胞由来タンパク質が、CD3、CD4、CD8、CD11、CD14、CD16、CD19、CD20、CD24、CD25、CD27、CD38  CD45、CD68、CD80、CD86、CD138、CD152、CD160、CD223、CD244、CD274、CD276、およびCD366からなる群より選択される、前記方法。
[本発明1031]
前記本発明いずれかの方法を実施するためのキット。