【手続補正書】
【提出日】令和3年5月28日(2021.5.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
マルチプレックスアッセイ組成物であって、
Ａ．少なくとも１つのＡＬＫ融合遺伝子を特異的に増幅および検出する少なくとも１つのプライマーセットおよびプローブと、
Ｂ．少なくとも１つのＲＥＴ融合遺伝子を特異的に増幅および検出する少なくとも１つのプライマーセットおよびプローブと、
Ｃ．内部標準を特異的に増幅および検出するプライマーセットおよびプローブと、
を含むマルチプレックスアッセイ組成物。
【請求項２】
さらに、
Ｄ．少なくとも１つのＲＯＳ１融合遺伝子を特異的に増幅および検出する少なくとも１つのプライマーセットおよびプローブ、
を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記少なくとも１つのＡＬＫ融合遺伝子が、ＥＭＬ４エクソン１３−ＡＬＫエクソン２０、ＥＭＬ４エクソン２０−ＡＬＫエクソン２０、ＥＭＬ４エクソン６ａ／ｂ−ＡＬＫエクソン２０、ＥＭＬ４エクソン２−ＡＬＫエクソン２０、ＥＭＬ４エクソン１８−ＡＬＫエクソン２０、ＫＩＦ５Ｂエクソン１７−ＡＬＫエクソン２０、およびＫＩＦ５Ｂエクソン２４−ＡＬＫエクソン２０からなる群から選択される、請求項１または２に記載の組成物。
【請求項４】
Ａが、２つ以上のＡＬＫ融合遺伝子を増幅および検出する少なくとも１つのプライマーセットおよびプローブを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５】
Ａが、ＥＭＬ４エクソン１３−ＡＬＫエクソン２０、ＥＭＬ４エクソン２０−ＡＬＫエクソン２０、ＥＭＬ４エクソン６ａ／ｂ−ＡＬＫエクソン２０、ＥＭＬ４エクソン２−ＡＬＫエクソン２０、ＥＭＬ４エクソン１８−ＡＬＫエクソン２０、ＫＩＦ５Ｂエクソン１７−ＡＬＫエクソン２０、およびＫＩＦ５Ｂエクソン２４−ＡＬＫエクソン２０を増幅および検出する少なくとも１つのプライマーセットおよびプローブを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６】
前記少なくとも１つのＲＥＴ融合遺伝子が、ＫＩＦ５Ｂエクソン１５−ＲＥＴエクソン１２、ＫＩＦ５Ｂエクソン１６−ＲＥＴエクソン１２、ＫＩＦ５Ｂエクソン２２−ＲＥＴエクソン１２、ＫＩＦ５Ｂエクソン２３−ＲＥＴエクソン１２、ＣＣＤＣ６エクソン１−ＲＥＴエクソン１２、およびＮＣＯＡ４エクソン６−ＲＥＴエクソン１２からなる群から選択される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７】
Ｂが、２つ以上のＲＥＴ融合遺伝子を増幅および検出する少なくとも１つのプライマーセットおよびプローブを含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８】
Ｂが、ＫＩＦ５Ｂエクソン１５−ＲＥＴエクソン１２、ＫＩＦ５Ｂエクソン１６−ＲＥＴエクソン１２、ＫＩＦ５Ｂエクソン２２−ＲＥＴエクソン１２、ＫＩＦ５Ｂエクソン２３−ＲＥＴエクソン１２、ＣＣＤＣ６エクソン１−ＲＥＴエクソン１２、およびＮＣＯＡ４エクソン６−ＲＥＴエクソン１２を増幅および検出する少なくとも１つのプライマーセットおよびプローブを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９】
前記少なくとも１つのＲＯＳ１融合遺伝子が、ＣＤ７４エクソン６−ＲＯＳ１エクソン３４、ＣＤ７４エクソン６−ＲＯＳ１エクソン３２、ＥＺＲエクソン１０−ＲＯＳ１エクソン３４、ＴＰＭ３エクソン８−ＲＯＳ１エクソン３５、ＳＤＣ４エクソン４−ＲＯＳ１エクソン３４、ＳＤＣ４エクソン２−ＲＯＳ１エクソン３４、ＳＤＣ４エクソン２−ＲＯＳ１エクソン３２、ＳＤＣ４エクソン４−ＲＯＳ１エクソン３２、ＳＬＣ３４Ａ２エクソン１３−ＲＯＳ１エクソン３４、ＳＬＣ３４Ａ２エクソン１３−ＲＯＳ１エクソン３２ｖ２、ＳＬＣ３４Ａ２エクソン４−ＲＯＳ１エクソン３２、ＳＬＣ３４Ａ２エクソン４−ＲＯＳ１エクソン３５、およびＬＲＩＧ３エクソン１６−ＲＯＳ１エクソン３５からなる群から選択される、請求項２〜８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１０】
Ｄが、２つ以上のＲＯＳ１融合遺伝子を増幅および検出する少なくとも１つのプライマーセットおよびプローブを含む、請求項２〜９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１】
Ｄが、ＣＤ７４エクソン６−ＲＯＳ１エクソン３４、ＣＤ７４エクソン６−ＲＯＳ１エクソン３２、ＥＺＲエクソン１０−ＲＯＳ１エクソン３４、ＴＰＭ３エクソン８−ＲＯＳ１エクソン３５、ＳＤＣ４エクソン４−ＲＯＳ１エクソン３４、ＳＤＣ４エクソン２−ＲＯＳ１エクソン３２ｖ２、ＳＤＣ４エクソン２−ＲＯＳ１エクソン３２、ＳＬＣ３４Ａ２エクソン１３−ＲＯＳ１エクソン３４、ＳＬＣ３４Ａ２エクソン１３−ＲＯＳ１エクソン３２ｖ２、ＳＬＣ３４Ａ２エクソン４−ＲＯＳ１エクソン３２、ＳＬＣ３４Ａ２エクソン４−ＲＯＳ１エクソン３５、およびＬＲＩＧ３エクソン１６−ＲＯＳ１エクソン３５を増幅および検出する少なくとも１つのプライマーセットおよびプローブを含む、請求項２〜１０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１２】
熱安定性ＤＮＡポリメラーゼをさらに含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１３】
逆転写酵素をさらに含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１４】
個体に由来する生体試料をさらに含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１５】
前記生体試料が、血漿に由来するＲＮＡを含む、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】
がんを有する個体を同定する方法であって、
（ａ）前記個体に由来する生体試料を、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の組成物と接触させるステップと、
（ｂ）前記生体試料中の少なくとも１つの融合遺伝子の存在下において、増幅産物の形成及び検出が可能な条件下で増幅および検出を行うステップと、
（ｃ）融合遺伝子がステップ（ｂ）で検出された場合に、少なくとも１つの融合遺伝子が存在することを判定するステップと、
（ｄ）それによって、少なくとも１つの融合遺伝子が存在する場合、前記個体の試料中の少なくとも１つの融合遺伝子の存在はキナーゼ阻害剤療法に対する前記個体の感受性を示すステップと、を含む、方法。
【請求項１７】
がんを有する個体のキナーゼ阻害剤療法に対する反応の可能性を判定する方法であって、
（ａ）前記個体に由来する生体試料を、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の組成物と接触させるステップと、
（ｂ）前記生体試料中の少なくとも１つの融合遺伝子の存在下において、増幅産物の形成及び検出が可能な条件下で増幅および検出を行うステップと、
（ｃ）融合遺伝子がステップ（ｂ）で検出された場合に、少なくとも１つの融合遺伝子が存在することを判定するステップ、および
（ｄ）前記個体が前記キナーゼ阻害剤療法に反応しそうであることを判定するステップと、を含む、方法。
【請求項１８】
がんを有する個体に由来する生体試料中の少なくとも１つの融合遺伝子の存在を判定する方法であって、
（ａ）前記個体に由来する生体試料を、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の組成物と接触させるステップと、
（ｂ）前記生体試料中の少なくとも１つの融合遺伝子の存在下において、増幅産物の形成及び検出が可能な条件下で増幅および検出を行うステップと、
（ｃ）融合遺伝子がステップ（ｂ）で検出された場合に、少なくとも１つの融合遺伝子の存在を判定するステップと、を含む、方法。
【請求項１９】
前記生体試料が、ＤＮＡまたはＲＮＡを含む、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記生体試料が、前記個体の血漿に由来するＲＮＡである、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記増幅および検出が、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を用いて行われる、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の方法。