【手続補正書】
【提出日】令和3年1月25日(2021.1.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
動物において生理学的プロセスまたは病理プロセスをモデリングする方法であって、
（ａ）前記動物における前記生理学的プロセスまたは病理プロセスの酵母類似物において同定される候補酵母遺伝子のセットを提供するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子を含む酵母遺伝子間の相互作用を提供するステップと、
（ｃ）前記動物における遺伝子間の相互作用を提供するステップと、
（ｄ）候補酵母遺伝子の前記セットに対して相同な、前記動物における遺伝子のセットを決定するステップと、
（ｅ）ステップ（ｂ）の前記相互作用に基づいて予測される遺伝子相互作用を用いて、ステップ（ｄ）において得られた前記動物における遺伝子の前記セット間の相互作用を増大することによって、前記動物における前記生理学的プロセスまたは病理プロセスのモデルを作出するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子の前記セットが、
（ｉ）前記生理学的プロセスまたは病理プロセスの酵母類似物である条件下で、酵母遺伝子によってコードされるタンパク質の発現または活性が増大または減少するように修飾された酵母細胞を提供するステップと、
（ｉｉ）前記修飾が、前記条件に対する前記酵母細胞の応答を調節するか否かを決定するステップと、
（ｉｉｉ）前記酵母細胞の応答が調節される場合に、前記酵母遺伝子を候補酵母遺伝子として同定するステップと
を含む方法によって得られた、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記条件が、１種または複数の遺伝子の異常な発現を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記１種または複数の遺伝子が、非内因性遺伝子を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
ステップ（ｉｉ）の酵母細胞の応答の前記調節が、少なくとも１つの表現型の変化、少なくとも１種の遺伝子の発現の変化、少なくとも１種のタンパク質の活性の変化または細胞生存力の変化を含む、請求項２から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
ステップ（ｉｉｉ）の候補酵母遺伝子の前記同定が、少なくとも１つの表現型の変化、少なくとも１種の遺伝子の発現の変化、少なくとも１種のタンパク質の活性の変化または細胞生存力の変化の同定を含む、請求項２から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記酵母細胞の応答が、細胞生存力の変化である、請求項２から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子の前記セットが、酵母遺伝子のゲノムワイドスクリーンから得られた、請求項２から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記ゲノムワイドスクリーンが、酵母ゲノムの欠失または過剰発現スクリーンを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ステップ（ｂ）および／または（ｃ）が、賞金収集Ｓｔｅｉｎｅｒ森（Ｐｒｉｚｅ−Ｃｏｌｌｅｃｔｉｎｇ  Ｓｔｅｉｎｅｒ  Ｆｏｒｅｓｔ）（ＰＣＳＦ）アルゴリズムを使用して、ネットワークを得るためのコストを最小にしながら、１つまたは複数の精選されたデータベースからの遺伝子相互作用、物理的相互作用およびアノテートされた経路を介して、遺伝子またはタンパク質ノードを接続することを含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ステップ（ｂ）および／または（ｃ）が、多様なアルゴリズムパラメータを用いる前記ＰＣＳＦアルゴリズムを使用して、マルチプルネットワークを生成することおよび最大全域木アルゴリズムを用いて前記マルチプルネットワークから代表的ネットワークを作出することをさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
ステップ（ｂ）の前記相互作用が、ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子の前記セット中に含まれない予測された遺伝子またはタンパク質ノードを含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記予測された遺伝子またはタンパク質ノードが、ドラッガブルな標的を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ステップ（ｄ）が、前記候補酵母遺伝子と前記動物遺伝子間の核酸配列、ポリペプチド配列、タンパク質構造または分子的相互作用のうち少なくとも１つを比較することを含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
ステップ（ｄ）が、
（ｉ）前記動物遺伝子と前記候補酵母遺伝子間の配列類似性を決定することと、
（ｉｉ）前記動物遺伝子と前記候補酵母遺伝子間の進化的類似性および構造類似性を決定することと、
（ｉｉｉ）前記動物遺伝子および前記候補酵母遺伝子間の分子的相互作用類似性を決定することと、
（ｉｖ）拡散成分解析を使用してステップ（ｉ）から（ｉｉｉ）における前記類似性を統合することによって、候補酵母遺伝子の前記セットに対して相同な、前記動物における遺伝子のセットを決定することと
を含む、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
ステップ（ｉ）が、ＢＬＯＳＵＭ６２置換マトリックスおよび／またはＤＩＯＰＴを用いてＮＣＢＩタンパク質ＢＬＡＳＴを利用することを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
ステップ（ｉｉ）が、ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴを利用して、マルチプル配列アラインメントを構築し、プロファイル隠れマルコフモデルを築いて、リモート進化信号をコードし、それに続いてＨＨｐｒｅｄを行うことを含む、請求項１５または１６に記載の方法。
【請求項１８】
ステップ（ｉｉｉ）が、遺伝子の機能解析のためのマルチ−ネットワークトポロジーのコンパクト統合（Ｃｏｍｐａｃｔ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｍｕｌｔｉ−Ｎｅｔｗｏｒｋ  Ｔｏｐｏｌｏｇｙ  ｆｏｒ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ
Ｇｅｎｅｓ）（Ｍａｓｈｕｐ）を利用することを含む、請求項１５から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
ステップ（ｅ）が、前記賞金収集Ｓｔｅｉｎｅｒ森（ＰＣＳＦ）アルゴリズムを使用して、ネットワークを得るためのコストを最小にしながら、精選されたデータベースからの遺伝子相互作用、物理的相互作用およびアノテートされた経路を介して、遺伝子またはタンパク質ノードを接続することを含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
ステップ（ｅ）が、多様なアルゴリズムパラメータを用いる前記ＰＣＳＦアルゴリズムを使用して、マルチプルネットワークを生成するステップおよび最大全域木アルゴリズムを用いて前記マルチプルネットワークから代表的ネットワークを作出することをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
ステップ（ｅ）の前記生理学的プロセスまたは病理プロセスの前記モデルが、ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子の前記セット中に含まれない予測された遺伝子またはタンパク質ノードを含む、請求項１から２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記予測された遺伝子またはタンパク質ノードが、ドラッガブルな標的を含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記生理学的プロセスまたは病理プロセスが、神経変性疾患である、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記生理学的プロセスまたは病理プロセスが、神経変性タンパク質症である、請求項１から２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記生理学的プロセスまたは病理プロセスが、シヌクレイン症、アルツハイマー病、前頭側頭変性症、脊髄小脳失調症、ハンチントン病または筋萎縮性側索硬化症である、請求項１から２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記動物がヒトである、請求項１から２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記モデルを一時的でないコンピュータ可読媒体に記憶するステップをさらに含む、請求項１から２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
細胞を生成する方法であって、
（ａ）請求項１から２７のいずれか一項に記載の方法に従って生成された生理学的プロセスまたは病理プロセスのモデルを得るステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）において得られた前記モデルにおいて遺伝子ノードを同定するステップと、
（ｃ）前記遺伝子ノードの発現の変更または前記遺伝子ノードの遺伝子産物の活性の変更を有する細胞を生成するステップと
を含む、方法。
【請求項２９】
前記細胞が、哺乳動物細胞である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記細胞が、ヒト細胞である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記細胞が、人工多能性幹細胞または人工多能性幹細胞に由来する細胞である、請求項２８から３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
ステップ（ｃ）が、細胞のゲノムに付加、欠失、破壊または突然変異を導入するステップを含む、請求項２８から３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
生理学的プロセスまたは病理プロセスのモジュレーターについてスクリーニングする方法であって、請求項２８から３２のいずれか一項に記載の方法に従って生成された細胞を得るステップおよび前記細胞を使用して、前記生理学的プロセスまたは病理プロセスのモジュレーターについて化合物をスクリーニングするステップを含む、方法。
【請求項３４】
生理学的プロセスまたは病理プロセスを有する動物において療法の標的を決定する方法であって、
（ａ）請求項１から２７のいずれか一項に記載の方法に従って生成された生理学的プロセスまたは病理プロセスのモデルを得るステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）において得られた前記モデルの１種または複数の遺伝子またはタンパク質ノードを同定するステップと、
（ｃ）前記動物が、ステップ（ｂ）において同定された前記遺伝子またはタンパク質ノードのいずれかにおける突然変異、発現の変更または活性の変更を有するか否かを決定するステップと
を含む、方法。
【請求項３５】
動物において病理プロセスを処置するための化合物についてスクリーニングする方法であって、
（ａ）請求項１から２７のいずれか一項に記載の方法によって前記動物における生理学的プロセスまたは病理プロセスをモデリングするステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）のモデルの遺伝子またはタンパク質ノードを同定するステップと、
（ｃ）化合物をスクリーニングして前記同定された遺伝子またはタンパク質ノードのモジュレーターを同定するステップと
を含む、方法。
【請求項３６】
請求項１から２７のいずれか一項に記載の方法を容易にするように構成されたシステムであって、実行された場合に、コンピュータシステムにステップ（ａ）〜（ｅ）のうち少なくとも１つを実施させる１つまたは複数のコンピュータにより実行可能な命令を実行するようにプログラムされた１つまたは複数のプロセッサを含む前記コンピュータシステムを含む、システム。
【請求項３７】
請求項１から２７のいずれか一項に記載の方法を容易にするように構成されたシステムであって、実行された場合に、コンピュータシステムに、候補酵母遺伝子の前記セットに対して相同な、前記動物における遺伝子のセットを決定させる、および／またはステップ（ｂ）の前記相互作用に基づいて予測される遺伝子相互作用を用いてステップ（ｄ）の得られた前記動物における遺伝子の前記セット間の相互作用を増大することによって前記動物における前記生理学的プロセスもしくは病理プロセスのモデルを作出させる１つまたは複数のコンピュータにより実行可能な命令を実行するようにプログラムされた１つまたは複数のプロセッサを含む前記コンピュータシステムを含む、システム。
【請求項３８】
前記モデルをディスプレイするためのスクリーンをさらに含む、請求項３６または３７に記載のシステム。
【請求項３９】
酵母における生理学的プロセスまたは病理プロセスをモデリングする方法であって、
（ａ）前記生理学的プロセスまたは病理プロセスの酵母類似物において同定される酵母遺伝子のセットを提供するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）の酵母遺伝子の前記セットを含む酵母遺伝子間の相互作用を得るステップと、
（ｃ）酵母遺伝子の前記セットを使用して前記生理学的プロセスまたは病理プロセスのモデルを作出するステップと
を含み、ステップ（ｂ）の前記相互作用が、賞金収集Ｓｔｅｉｎｅｒ森（ＰＣＳＦ）アルゴリズムを使用して、ネットワークを得るためのコストを最小にしながら、精選されたデータベースからの遺伝子相互作用、物理的相互作用およびアノテートされた経路を介して、遺伝子またはタンパク質ノードを接続することによって得られる、方法。
【請求項４０】
ステップ（ａ）の酵母遺伝子の前記セットが、
（ｉ）前記生理学的プロセスまたは病理プロセスに対する酵母類似物の条件下で、酵母遺伝子によってコードされるタンパク質の発現または活性が増大または減少するように修飾された酵母細胞を提供するステップと、
（ｉｉ）前記修飾が、前記条件に対する前記酵母細胞の応答を調節するか否かを決定するステップと、
（ｉｉｉ）前記酵母細胞の応答が調節される場合に、前記酵母遺伝子を候補酵母遺伝子として同定するステップと
を含む方法によって得られた、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記条件が、１種または複数の遺伝子の異常な発現を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記１種または複数の遺伝子が、非内因性遺伝子を含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
ステップ（ｉｉ）の酵母細胞の応答の前記調節が、少なくとも１つの表現型の変化、少なくとも１種の遺伝子の発現の変化、少なくとも１種のタンパク質の活性の変化または細胞生存力の変化を含む、請求項４０から４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
ステップ（ｉｉｉ）の候補酵母遺伝子の前記同定が、少なくとも１つの表現型の変化、少なくとも１種の遺伝子の発現の変化、少なくとも１種のタンパク質の活性の変化または細胞生存力の変化の同定を含む、請求項４０から４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記酵母細胞の応答が、細胞生存力の変化である、請求項４０から４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子の前記セットが、酵母遺伝子のゲノムワイドスクリーンから得られた、請求項４０から４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記ゲノムワイドスクリーンが、酵母ゲノムの欠失または過剰発現スクリーンを含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
ステップ（ｂ）が、多様なアルゴリズムパラメータを用いる前記ＰＣＳＦアルゴリズムを使用して、マルチプルネットワークを生成することおよび最大全域木アルゴリズムを用いて前記マルチプルネットワークから代表的ネットワークを作出することをさらに含む、請求項４０から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
ステップ（ｂ）の前記相互作用が、ステップ（ａ）の真核生物遺伝子のセット中に含まれない予測された遺伝子またはタンパク質ノードを含む、請求項４０から４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
前記予測された遺伝子またはタンパク質ノードが、ドラッガブルな標的を含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記真核生物が、酵母である、請求項４０から５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
前記モデルを一時的でないコンピュータ可読媒体に記憶するステップをさらに含む、請求項４０から５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
請求項４０から５２のいずれか一項に記載の方法を容易にするように構成されたシステムであって、実行された場合に、コンピュータシステムにステップ（ａ）〜（ｅ）のうち少なくとも１つを実施させる１つまたは複数のコンピュータにより実行可能な命令を実行するようにプログラムされた１つまたは複数のプロセッサを含む前記コンピュータシステムを含む、システム。
【請求項５４】
請求項４０から５２のいずれか一項に記載の方法を容易にするように構成されたシステムであって、実行された場合に、コンピュータシステムに、候補酵母遺伝子の前記セットに対して相同な、前記動物における遺伝子のセットを決定させる、および／またはステップ（ｂ）の前記相互作用に基づいて予測される遺伝子相互作用を用いてステップ（ｄ）の得られた前記動物における遺伝子の前記セット間の相互作用を増大することによって前記動物における前記生理学的プロセスもしくは病理プロセスのモデルを作出させる１つまたは複数のコンピュータにより実行可能な命令を実行するようにプログラムされた１つまたは複数のプロセッサを含む前記コンピュータシステムを含む、システム。
【請求項５５】
前記モデルをディスプレイするためのスクリーンをさらに含む、請求項５３または５４に記載のシステム。
【請求項５６】
真核生物において病理プロセスを処置するために化合物についてスクリーニングする方法であって、
（ａ）請求項４０から５２のいずれか一項に記載の方法によって前記真核生物における生理学的プロセスまたは病理プロセスをモデリングするステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）のモデルの遺伝子またはタンパク質ノードを同定するステップと、
（ｃ）化合物をスクリーニングして前記同定された遺伝子またはタンパク質ノードのモジュレーターを同定するステップと
を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４２】
本発明のこれらおよび他の特徴は、次の詳細な説明を添付の図面と併せて参照することにより、さらに十分に理解されるであろう。特許または出願ファイルは、カラーで作成された少なくとも１枚の図面を含有する。カラー図面入りの本特許または特許出願公開のコピーは、依頼および必要料金の支払いにより、担当省庁によって提供されるであろう。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
動物において生理学的プロセスまたは病理プロセスをモデリングする方法であって、
（ａ）前記動物における前記生理学的プロセスまたは病理プロセスの酵母類似物において同定される候補酵母遺伝子のセットを提供するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子を含む酵母遺伝子間の相互作用を提供するステップと、
（ｃ）前記動物における遺伝子間の相互作用を提供するステップと、
（ｄ）候補酵母遺伝子の前記セットに対して相同な、前記動物における遺伝子のセットを決定するステップと、
（ｅ）ステップ（ｂ）の前記相互作用に基づいて予測される遺伝子相互作用を用いて、ステップ（ｄ）において得られた前記動物における遺伝子の前記セット間の相互作用を増大することによって、前記動物における前記生理学的プロセスまたは病理プロセスのモデルを作出するステップと
を含む、方法。
(項目２)
ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子の前記セットが、
（ｉ）前記生理学的プロセスまたは病理プロセスの酵母類似物である条件下で、酵母遺伝子によってコードされるタンパク質の発現または活性が増大または減少するように修飾された酵母細胞を提供するステップと、
（ｉｉ）前記修飾が、前記条件に対する前記酵母細胞の応答を調節するか否かを決定するステップと、
（ｉｉｉ）前記酵母細胞の応答が調節される場合に、前記酵母遺伝子を候補酵母遺伝子として同定するステップと
を含む方法によって得られた、項目１に記載の方法。
(項目３)
前記条件が、１種または複数の遺伝子の異常な発現を含む、項目２に記載の方法。
(項目４)
前記条件が、１種または複数の遺伝子の過剰発現を含む、項目２または３に記載の方法。
(項目５)
前記条件が、１種または複数の遺伝子の発現の低減または消失を含む、項目２から４のいずれか一項に記載の方法。
(項目６)
前記１種または複数の遺伝子が、非内因性遺伝子を含む、項目３または４に記載の方法。
(項目７)
ステップ（ｉｉ）の酵母細胞の応答の前記調節が、少なくとも１つの表現型の変化、少なくとも１種の遺伝子の発現の変化、少なくとも１種のタンパク質の活性の変化または細胞生存力の変化を含む、項目２から６のいずれか一項に記載の方法。
(項目８)
ステップ（ｉｉｉ）の候補酵母遺伝子の前記同定が、少なくとも１つの表現型の変化、少なくとも１種の遺伝子の発現の変化、少なくとも１種のタンパク質の活性の変化または細胞生存力の変化の同定を含む、項目２から７のいずれか一項に記載の方法。
(項目９)
前記酵母細胞の応答が、細胞生存力の変化である、項目２から７のいずれか一項に記載の方法。
(項目１０)
ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子の前記セットが、酵母遺伝子のゲノムワイドスクリーンから得られた、項目２から９のいずれか一項に記載の方法。
(項目１１)
前記ゲノムワイドスクリーンが、酵母ゲノムの欠失または過剰発現スクリーンを含む、項目１０に記載の方法。
(項目１２)
ステップ（ｂ）および／または（ｃ）が、賞金収集Ｓｔｅｉｎｅｒ森（Ｐｒｉｚｅ−Ｃｏｌｌｅｃｔｉｎｇ  Ｓｔｅｉｎｅｒ  Ｆｏｒｅｓｔ）（ＰＣＳＦ）アルゴリズムを使用して、ネットワークを得るためのコストを最小にしながら、１つまたは複数の精選されたデータベースからの遺伝子相互作用、物理的相互作用およびアノテートされた経路を介して、遺伝子またはタンパク質ノードを接続することを含む、項目１から１１のいずれか一項に記載の方法。
(項目１３)
ステップ（ｂ）および／または（ｃ）が、多様なアルゴリズムパラメータを用いる前記ＰＣＳＦアルゴリズムを使用して、マルチプルネットワークを生成することおよび最大全域木アルゴリズムを用いて前記マルチプルネットワークから代表的ネットワークを作出することをさらに含む、項目１２に記載の方法。
(項目１４)
ステップ（ｂ）の前記相互作用が、ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子の前記セット中に含まれない予測された遺伝子またはタンパク質ノードを含む、項目１から１３のいずれか一項に記載の方法。
(項目１５)
前記予測された遺伝子またはタンパク質ノードが、ドラッガブルな標的を含む、項目１４に記載の方法。
(項目１６)
ステップ（ｄ）が、前記候補酵母遺伝子と前記動物遺伝子間の核酸配列、ポリペプチド配列、タンパク質構造または分子的相互作用のうち少なくとも１つを比較することを含む、項目１から１５のいずれか一項に記載の方法。
(項目１７)
ステップ（ｄ）が、
（ｉ）前記動物遺伝子と前記候補酵母遺伝子間の配列類似性を決定することと、
（ｉｉ）前記動物遺伝子と前記候補酵母遺伝子間の進化的類似性および構造類似性を決定することと、
（ｉｉｉ）前記動物遺伝子および前記候補酵母遺伝子間の分子的相互作用類似性を決定することと、
（ｉｖ）拡散成分解析を使用してステップ（ｉ）から（ｉｉｉ）における前記類似性を統合することによって、候補酵母遺伝子の前記セットに対して相同な、前記動物における遺伝子のセットを決定することと
を含む、項目１から１６のいずれか一項に記載の方法。
(項目１８)
ステップ（ｉ）が、ＢＬＯＳＵＭ６２置換マトリックスおよび／またはＤＩＯＰＴを用いてＮＣＢＩタンパク質ＢＬＡＳＴを利用することを含む、項目１７に記載の方法。
(項目１９)
ステップ（ｉｉ）が、ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴを利用して、マルチプル配列アラインメントを構築し、プロファイル隠れマルコフモデルを築いて、リモート進化信号をコードし、それに続いてＨＨｐｒｅｄを行うことを含む、項目１７または１８に記載の方法。
(項目２０)
ステップ（ｉｉｉ）が、遺伝子の機能解析のためのマルチ−ネットワークトポロジーのコンパクト統合（Ｃｏｍｐａｃｔ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｍｕｌｔｉ−Ｎｅｔｗｏｒｋ  Ｔｏｐｏｌｏｇｙ  ｆｏｒ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ
Ｇｅｎｅｓ）（Ｍａｓｈｕｐ）を利用することを含む、項目１７から１９のいずれか一項に記載の方法。
(項目２１)
ステップ（ｅ）が、前記賞金収集Ｓｔｅｉｎｅｒ森（ＰＣＳＦ）アルゴリズムを使用して、ネットワークを得るためのコストを最小にしながら、精選されたデータベースからの遺伝子相互作用、物理的相互作用およびアノテートされた経路を介して、遺伝子またはタンパク質ノードを接続することを含む、項目１から２０のいずれか一項に記載の方法。
(項目２２)
ステップ（ｅ）が、多様なアルゴリズムパラメータを用いる前記ＰＣＳＦアルゴリズムを使用して、マルチプルネットワークを生成するステップおよび最大全域木アルゴリズムを用いて前記マルチプルネットワークから代表的ネットワークを作出することをさらに含む、項目２１に記載の方法。
(項目２３)
ステップ（ｅ）の前記生理学的プロセスまたは病理プロセスの前記モデルが、ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子の前記セット中に含まれない予測された遺伝子またはタンパク質ノードを含む、項目１から２２のいずれか一項に記載の方法。
(項目２４)
前記予測された遺伝子またはタンパク質ノードが、ドラッガブルな標的を含む、項目２３に記載の方法。
(項目２５)
前記生理学的プロセスまたは病理プロセスが、神経変性疾患である、項目１から２４のいずれか一項に記載の方法。
(項目２６)
前記生理学的プロセスまたは病理プロセスが、神経変性タンパク質症である、項目１から２５のいずれか一項に記載の方法。
(項目２７)
前記生理学的プロセスまたは病理プロセスが、シヌクレイン症、アルツハイマー病、前頭側頭変性症、脊髄小脳失調症、ハンチントン病または筋萎縮性側索硬化症である、項目１から２５のいずれか一項に記載の方法。
(項目２８)
前記シヌクレイン症が、パーキンソン病である、項目２７に記載の方法。
(項目２９)
前記動物がヒトである、項目１から２８のいずれか一項に記載の方法。
(項目３０)
前記モデルを一時的でないコンピュータ可読媒体に記憶するステップをさらに含む、項目１から２９のいずれか一項に記載の方法。
(項目３１)
細胞を生成する方法であって、
（ａ）項目１から３０のいずれか一項に記載の方法に従って生成された生理学的プロセスまたは病理プロセスのモデルを得るステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）において得られた前記モデルにおいて遺伝子ノードを同定するステップと、
（ｃ）前記遺伝子ノードの発現の変更または前記遺伝子ノードの遺伝子産物の活性の変更を有する細胞を生成するステップと
を含む、方法。
(項目３２)
前記細胞が、哺乳動物細胞である、項目３１に記載の方法。
(項目３３)
前記細胞が、ヒト細胞である、項目３２に記載の方法。
(項目３４)
前記細胞が、人工多能性幹細胞または人工多能性幹細胞に由来する細胞である、項目３１から３３のいずれか一項に記載の方法。
(項目３５)
ステップ（ｃ）が、細胞のゲノムに付加、欠失、破壊または突然変異を導入するステップを含む、項目３１から３４のいずれか一項に記載の方法。
(項目３６)
生理学的プロセスまたは病理プロセスのモジュレーターについてスクリーニングする方法であって、項目３１から３５のいずれか一項に記載の方法に従って生成された細胞を得るステップおよび前記細胞を使用して、前記生理学的プロセスまたは病理プロセスのモジュレーターについて化合物をスクリーニングするステップを含む、方法。
(項目３７)
生理学的プロセスまたは病理プロセスを有する動物において療法の標的を決定する方法であって、
（ａ）項目１から３０のいずれか一項に記載の方法に従って生成された生理学的プロセスまたは病理プロセスのモデルを得るステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）において得られた前記モデルの１種または複数の遺伝子またはタンパク質ノードを同定するステップと、
（ｃ）前記動物が、ステップ（ｂ）において同定された前記遺伝子またはタンパク質ノードのいずれかにおける突然変異、発現の変更または活性の変更を有するか否かを決定するステップと
を含む、方法。
(項目３８)
動物において病理プロセスを処置するための化合物についてスクリーニングする方法であって、
（ａ）項目１から３０のいずれか一項に記載の方法によって前記動物における生理学的プロセスまたは病理プロセスをモデリングするステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）のモデルの遺伝子またはタンパク質ノードを同定するステップと、
（ｃ）化合物をスクリーニングして前記同定された遺伝子またはタンパク質ノードのモジュレーターを同定するステップと
を含む、方法。
(項目３９)
項目１から３０のいずれか一項に記載の方法を容易にするように構成されたシステムであって、実行された場合に、コンピュータシステムにステップ（ａ）〜（ｅ）のうち少なくとも１つを実施させる１つまたは複数のコンピュータにより実行可能な命令を実行するようにプログラムされた１つまたは複数のプロセッサを含む前記コンピュータシステムを含む、システム。
(項目４０)
項目１から３０のいずれか一項に記載の方法を容易にするように構成されたシステムであって、実行された場合に、コンピュータシステムに、候補酵母遺伝子の前記セットに対して相同な、前記動物における遺伝子のセットを決定させる、および／またはステップ（ｂ）の前記相互作用に基づいて予測される遺伝子相互作用を用いてステップ（ｄ）の得られた前記動物における遺伝子の前記セット間の相互作用を増大することによって前記動物における前記生理学的プロセスもしくは病理プロセスのモデルを作出させる１つまたは複数のコンピュータにより実行可能な命令を実行するようにプログラムされた１つまたは複数のプロセッサを含む前記コンピュータシステムを含む、システム。
(項目４１)
前記モデルをディスプレイするためのスクリーンをさらに含む、項目３９または４０に記載のシステム。
(項目４２)
酵母における生理学的プロセスまたは病理プロセスをモデリングする方法であって、
（ａ）前記生理学的プロセスまたは病理プロセスの酵母類似物において同定される酵母遺伝子のセットを提供するステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）の酵母遺伝子の前記セットを含む酵母遺伝子間の相互作用を得るステップと、
（ｃ）酵母遺伝子の前記セットを使用して前記生理学的プロセスまたは病理プロセスのモデルを作出するステップと
を含み、ステップ（ｂ）の前記相互作用が、賞金収集Ｓｔｅｉｎｅｒ森（ＰＣＳＦ）アルゴリズムを使用して、ネットワークを得るためのコストを最小にしながら、精選されたデータベースからの遺伝子相互作用、物理的相互作用およびアノテートされた経路を介して、遺伝子またはタンパク質ノードを接続することによって得られる、方法。
(項目４３)
ステップ（ａ）の酵母遺伝子の前記セットが、
（ｉ）前記生理学的プロセスまたは病理プロセスに対する酵母類似物の条件下で、酵母遺伝子によってコードされるタンパク質の発現または活性が増大または減少するように修飾された酵母細胞を提供するステップと、
（ｉｉ）前記修飾が、前記条件に対する前記酵母細胞の応答を調節するか否かを決定するステップと、
（ｉｉｉ）前記酵母細胞の応答が調節される場合に、前記酵母遺伝子を候補酵母遺伝子として同定するステップと
を含む方法によって得られた、項目４２に記載の方法。
(項目４４)
前記条件が、１種または複数の遺伝子の異常な発現を含む、項目４３に記載の方法。
(項目４５)
前記条件が、１種または複数の遺伝子の過剰発現を含む、項目４３または４４に記載の方法。
(項目４６)
前記条件が、１種または複数の遺伝子の発現の低減または消失を含む、項目４３または４４に記載の方法。
(項目４７)
前記１種または複数の遺伝子が、非内因性遺伝子を含む、項目４４または４５に記載の方法。
(項目４８)
ステップ（ｉｉ）の酵母細胞の応答の前記調節が、少なくとも１つの表現型の変化、少なくとも１種の遺伝子の発現の変化、少なくとも１種のタンパク質の活性の変化または細胞生存力の変化を含む、項目４３から４７のいずれか一項に記載の方法。
(項目４９)
ステップ（ｉｉｉ）の候補酵母遺伝子の前記同定が、少なくとも１つの表現型の変化、少なくとも１種の遺伝子の発現の変化、少なくとも１種のタンパク質の活性の変化または細胞生存力の変化の同定を含む、項目４３から４８のいずれか一項に記載の方法。
(項目５０)
前記酵母細胞の応答が、細胞生存力の変化である、項目４３から４８のいずれか一項に記載の方法。
(項目５１)
ステップ（ａ）の候補酵母遺伝子の前記セットが、酵母遺伝子のゲノムワイドスクリーンから得られた、項目４３から４９のいずれか一項に記載の方法。
(項目５２)
前記ゲノムワイドスクリーンが、酵母ゲノムの欠失または過剰発現スクリーンを含む、項目５１に記載の方法。
(項目５３)
ステップ（ｂ）が、多様なアルゴリズムパラメータを用いる前記ＰＣＳＦアルゴリズムを使用して、マルチプルネットワークを生成することおよび最大全域木アルゴリズムを用いて前記マルチプルネットワークから代表的ネットワークを作出することをさらに含む、項目４３から５２のいずれか一項に記載の方法。
(項目５４)
ステップ（ｂ）の前記相互作用が、ステップ（ａ）の真核生物遺伝子のセット中に含まれない予測された遺伝子またはタンパク質ノードを含む、項目４３から５３のいずれか一項に記載の方法。
(項目５５)
前記予測された遺伝子またはタンパク質ノードが、ドラッガブルな標的を含む、項目５４に記載の方法。
(項目５６)
前記真核生物が、酵母である、項目４３から５５のいずれか一項に記載の方法。
(項目５７)
前記モデルを一時的でないコンピュータ可読媒体に記憶するステップをさらに含む、項目４３から５６のいずれか一項に記載の方法。
(項目５８)
項目４３から５７のいずれか一項に記載の方法を容易にするように構成されたシステムであって、実行された場合に、コンピュータシステムにステップ（ａ）〜（ｅ）のうち少なくとも１つを実施させる１つまたは複数のコンピュータにより実行可能な命令を実行するようにプログラムされた１つまたは複数のプロセッサを含む前記コンピュータシステムを含む、システム。
(項目５９)
項目４３から５７のいずれか一項に記載の方法を容易にするように構成されたシステムであって、実行された場合に、コンピュータシステムに、候補酵母遺伝子の前記セットに対して相同な、前記動物における遺伝子のセットを決定させる、および／またはステップ（ｂ）の前記相互作用に基づいて予測される遺伝子相互作用を用いてステップ（ｄ）の得られた前記動物における遺伝子の前記セット間の相互作用を増大することによって前記動物における前記生理学的プロセスもしくは病理プロセスのモデルを作出させる１つまたは複数のコンピュータにより実行可能な命令を実行するようにプログラムされた１つまたは複数のプロセッサを含む前記コンピュータシステムを含む、システム。
(項目６０)
前記モデルをディスプレイするためのスクリーンをさらに含む、項目５８または５９に記載のシステム。
(項目６１)
真核生物において病理プロセスを処置するために化合物についてスクリーニングする方法であって、
（ａ）項目４３から５７のいずれか一項に記載の方法によって前記真核生物における生理学的プロセスまたは病理プロセスをモデリングするステップと、
（ｂ）ステップ（ａ）のモデルの遺伝子またはタンパク質ノードを同定するステップと、
（ｃ）化合物をスクリーニングして前記同定された遺伝子またはタンパク質ノードのモジュレーターを同定するステップと
を含む、方法。
(項目６２)
ヒトα−シヌクレインタンパク質を含むポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む発現構築物を含む細胞であって、表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のうちいずれか１つもしくは複数において列挙される酵母遺伝子によってコードされるタンパク質の発現もしくは活性が増大もしくは減少するように修飾されているか、または同一種類の修飾されていない細胞と比較して、このような酵母遺伝子の哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現もしくは活性が増大もしくは減少するように修飾されている、細胞。
(項目６３)
ヒトα−シヌクレインタンパク質を含むポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む前記発現構築物が、前記細胞のゲノム中に組み込まれる、項目６２に記載の細胞。
(項目６４)
ヒトα−シヌクレインタンパク質を含むポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結された前記プロモーターが、誘導性プロモーターである、項目６２に記載の細胞。
(項目６５)
表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のうちいずれか１つもしくは複数において列挙される酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む発現構築物を含む、項目６２から６４のいずれかに記載の細胞。
(項目６６)
表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のうちいずれか１つもしくは複数において列挙される酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む前記発現構築物が、前記細胞のゲノム中に組み込まれる、項目６５に記載の細胞。
(項目６７)
表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のうちいずれか１つもしくは複数において列挙される酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結された前記プロモーターが、誘導性プロモーターである、項目６６に記載の細胞。
(項目６８)
酵母細胞である、項目６２から６７のいずれかに記載の細胞。
(項目６９)
哺乳動物細胞である、項目６２から６７のいずれかに記載の細胞。
(項目７０)
表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のうちいずれか１つもしくは複数において列挙される遺伝子において欠失、破壊もしくは突然変異を有する酵母細胞である、またはこのような遺伝子の哺乳動物相同体において欠失、破壊もしくは突然変異を有する哺乳動物細胞である、項目６２から６４のいずれかに記載の細胞。
(項目７１)
前記α−シヌクレインタンパク質が、突然変異体α−シヌクレインタンパク質であり、必要に応じて、前記突然変異体α−シヌクレインタンパク質が、Ａ３０Ｐ、Ｅ４６Ｋ、Ａ５３Ｔ、Ｈ５０Ｑ、Ｇ５１Ｄ、Ａ１８ＴまたはＡ２９Ｓを含む、項目６２から７０のいずれかに記載の細胞。
(項目７２)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとα−シヌクレイン媒介毒性を抑制する、項目６２から７１のいずれかに記載の細胞。
(項目７３)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとα−シヌクレイン媒介毒性を増強する、項目６２から７１のいずれかに記載の細胞。
(項目７４)
前記酵母遺伝子の欠失が、α−シヌクレイン媒介毒性を増強する、項目６２から７１のいずれかに記載の細胞。
(項目７５)
前記酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体が、α−シヌクレイン毒性ネットワークにおける隠れたノードである、項目６２から７１のいずれかに記載の細胞。
(項目７６)
同一種類の修飾されていない細胞と比較して、表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のうちいずれかにおいて列挙される酵母遺伝子の相同体である哺乳動物遺伝子によってコードされる哺乳動物タンパク質の発現または活性が増大または減少するように修飾されている哺乳動物細胞。
(項目７７)
前記哺乳動物遺伝子が、表Ｓ９、表Ｓ１０および／または表Ｓ１１において列挙される、項目７６に記載の細胞。
(項目７８)
前記哺乳動物遺伝子によってコードされる、または前記哺乳動物遺伝子において欠失、破壊もしくは突然変異を有するタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む発現構築物を含む、項目７６または７７に記載の細胞。
(項目７９)
前記プロモーターが、誘導性プロモーターである、項目７８に記載の細胞。
(項目８０)
シヌクレイン症を患う、またはシヌクレイン症と関連する遺伝的変動を有する対象に由来するヒト細胞である、項目７６から７９のいずれかに記載の細胞。
(項目８１)
同一種類の正常哺乳動物細胞と比較して、アルファ−シヌクレインの発現が増大しており、または突然変異体α−シヌクレインタンパク質を発現し、必要に応じて、前記突然変異体α−シヌクレインタンパク質が、Ａ３０Ｐ、Ｅ４６Ｋ、Ａ５３Ｔ、Ｈ５０Ｑ、Ｇ５１Ｄ、Ａ１８ＴもしくはＡ２９Ｓを含む、項目７６から８０のいずれかに記載の細胞。
(項目８２)
ヒト細胞である、項目７６から８１のいずれかに記載の細胞。
(項目８３)
神経細胞またはグリア細胞である、項目７６から８２のいずれかに記載の細胞。
(項目８４)
α−シヌクレイン媒介毒性を阻害する化合物を同定する方法であって、（ａ）項目６２から８３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７に列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現または活性を調節する薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がアルファ−シヌクレイン媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてアルファ−シヌクレイン媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのアルファ−シヌクレイン毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がアルファ−シヌクレイン媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップとを含む、方法。
(項目８５)
シヌクレイン症の処置のための候補薬剤を同定する方法であって、（ａ）項目６２から８３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を、表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７に列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現または活性を調節する薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がシヌクレイン症の処置のための候補薬剤として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてアルファ−シヌクレイン媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのアルファ−シヌクレイン毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がシヌクレイン症の処置のための候補薬剤として同定されるステップとを含む、方法。
(項目８６)
前記遺伝子が、過剰発現されるとアルファ−シヌクレイン毒性を抑制するものであるか、またはその欠失が、アルファ−シヌクレイン毒性を増強するものであり、前記薬剤が、前記タンパク質の発現または活性を増強する、項目８４または８５に記載の方法。
(項目８７)
前記遺伝子が、過剰発現されるとアルファ−シヌクレイン毒性を増強するものであるか、または欠失されるとその欠失がアルファ−シヌクレイン毒性を抑制するものであり、前記薬剤が、前記タンパク質の発現または活性を阻害する、項目８４または８５に記載の方法。
(項目８８)
アルファ−シヌクレイン媒介毒性を阻害する化合物を同定する方法であって、（ａ）項目６２から８３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を試験薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記試験薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がアルファ−シヌクレイン媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてアルファ−シヌクレイン媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのアルファ−シヌクレイン毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がアルファ−シヌクレイン媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップとを含む、方法。
(項目８９)
シヌクレイン症の処置のための候補薬剤を同定する方法であって、（ａ）項目６２から８３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を、試験薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記試験薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がシヌクレイン症の処置のための候補薬剤として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてアルファ−シヌクレイン媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのアルファ−シヌクレイン毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がシヌクレイン症の処置のための候補薬剤として同定されるステップとを含む、方法。
(項目９０)
アルファシヌクレイン媒介毒性を阻害する化合物を同定する方法であって、表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のいずれか１つまたは複数に列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現または活性を調節する薬剤を同定するためにスクリーニングするステップと、前記細胞の生存力を低減するアルファシヌクレインの量を発現する細胞を提供するステップと、前記細胞を前記薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がアルファシヌクレイン媒介毒性を阻害する化合物として同定される、方法。
(項目９１)
前記スクリーニングが、表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のいずれか１つまたは複数において列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質を発現する細胞を提供するステップと、前記細胞を薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下での前記タンパク質の発現を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の発現と比較した前記薬剤の存在下での前記タンパク質の発現の増大から、前記薬剤が前記タンパク質の発現を増大する化合物として同定され、前記薬剤の不在下でのリポータータンパク質の発現と比較した前記薬剤の存在下での前記リポータータンパク質の発現の減少から、前記薬剤が前記タンパク質の発現を減少させる化合物として同定される、項目９０に記載の方法。
(項目９２)
前記スクリーニングが、（ｉ）表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のうちいずれか１種または複数において列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体のプロモーター配列および（ｉｉ）リポータータンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むリポーター構築物を含む細胞を提供するステップと、前記細胞を薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下で前記リポータータンパク質の発現を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の発現と比較した前記薬剤の存在下での前記リポータータンパク質の発現の増大から、前記薬剤が前記タンパク質の発現を増大する化合物として同定され、前記薬剤の不在下での前記リポータータンパク質の発現と比較した前記薬剤の存在下での前記リポータータンパク質の発現の減少から、前記薬剤が前記タンパク質の発現を減少させる化合物として同定される、項目９０に記載の方法。
(項目９３)
前記スクリーニングが、表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のうちいずれか１種または複数において列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質を提供するステップと、前記タンパク質を薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下で前記タンパク質の活性を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の活性と比較した前記薬剤の存在下での前記タンパク質の活性の増大から、前記薬剤が前記タンパク質の活性を増大する化合物として同定され、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の活性と比較した前記薬剤の存在下での前記タンパク質の活性の低下から、前記薬剤が前記タンパク質の活性を低下させる化合物として同定される、項目９０に記載の方法。
(項目９４)
ヒト細胞または対象においてアルファ−シヌクレイン媒介毒性を阻害する方法であって、前記細胞または対象において表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のいずれか１つまたは複数において列挙される酵母遺伝子によってコードされる酵母タンパク質の相同体であるヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップを含む、方法。
(項目９５)
シヌクレイン症を処置する方法であって、シヌクレイン症の処置を必要とする対象において、表Ｓ３：第１列、表Ｓ５、表Ｓ６または表Ｓ７のいずれか１つまたは複数において列挙される酵母遺伝子によってコードされる酵母タンパク質の相同体であるヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップを含む、方法。
(項目９６)
前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を増強することを含む、項目９４または項目９５に記載の方法。
(項目９７)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとアルファ−シヌクレイン媒介毒性のサプレッサーであるか、または欠失されるとアルファ−シヌクレイン媒介毒性のエンハンサーであり、前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を増強することを含む、項目９４または項目９５に記載の方法。
(項目９８)
前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を阻害することを含む、項目９４または項目９５に記載の方法。
(項目９９)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとアルファ−シヌクレイン媒介毒性のエンハンサーであるか、または欠失されるとアルファ−シヌクレイン媒介毒性のサプレッサーであり、前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を阻害することを含む、項目９４または項目９５に記載の方法。
(項目１００)
前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、細胞を、前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節する薬剤と接触させるまたは前記薬剤を対象に投与することを含む、項目９４から９９のいずれかに記載の方法。
(項目１０１)
前記ヒトタンパク質の発現または活性が増強され、前記薬剤が、前記ヒトタンパク質をコードする核酸または前記ヒトタンパク質をコードするＲＮＡ転写物の転写を活性化する合成転写アクチベーターを含む、項目１００に記載の方法。
(項目１０２)
前記ヒトタンパク質の発現または活性が阻害され、前記薬剤が、前記ヒトタンパク質をコードするｍＲＮＡを標的とする短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）もしくはアンチセンス核酸、前記ヒトタンパク質をコードする遺伝子の転写を抑制する合成転写レプレッサーまたは前記ヒトタンパク質と結合するアプタマー、ポリペプチドもしくは小分子である、項目１００に記載の方法。
(項目１０３)
ヒトＴＤＰ−４３タンパク質を含むポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む発現構築物を含む細胞であって、表Ｓ３：第２列において列挙される酵母遺伝子によってコードされるタンパク質の発現もしくは活性が増大もしくは減少するように修飾されているか、または同一種類の修飾されていない細胞と比較して、このような酵母遺伝子の哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現もしくは活性が増大もしくは減少するように修飾されている、細胞。
(項目１０４)
ヒトＴＤＰ−４３タンパク質を含むポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む前記発現構築物が、前記細胞のゲノム中に組み込まれる、項目１０３に記載の細胞。
(項目１０５)
ヒトＴＤＰ−４３タンパク質を含むポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結された前記プロモーターが、誘導性プロモーターである、項目１０３に記載の細胞。
(項目１０６)
表Ｓ３：第２列において列挙される酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む発現構築物を含む、項目１０３から１０５のいずれかに記載の細胞。
(項目１０７)
表Ｓ３：第２列において列挙される酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む前記発現構築物が、前記細胞のゲノム中に組み込まれる、項目１０６に記載の細胞。
(項目１０８)
表Ｓ３：第２列において列挙される酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結された前記プロモーターが、誘導性プロモーターである、項目１０７に記載の細胞。
(項目１０９)
酵母細胞である、項目１０３から１０８のいずれかに記載の細胞。
(項目１１０)
哺乳動物細胞である、項目１０３から１０８のいずれかに記載の細胞。
(項目１１１)
表Ｓ３：第２列において列挙される遺伝子において欠失、破壊もしくは突然変異を有する酵母細胞である、またはこのような遺伝子の哺乳動物相同体において欠失、破壊もしくは突然変異を有する哺乳動物細胞である、項目１０３から１０５のいずれかに記載の細胞。
(項目１１２)
前記ＴＤＰ−４３タンパク質が、突然変異体ＴＤＰ−４３タンパク質である、項目１０３から１１１のいずれかに記載の細胞。
(項目１１３)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとＴＤＰ−４３媒介毒性を抑制する、項目１０３から１１１のいずれかに記載の細胞。
(項目１１４)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとＴＤＰ−４３媒介毒性を増強する、項目１０３から１１１のいずれかに記載の細胞。
(項目１１５)
前記酵母遺伝子の欠失が、ＴＤＰ−４３媒介毒性を増強する、項目１０３から１１１のいずれかに記載の細胞。
(項目１１６)
前記酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体が、ＴＤＰ−４３毒性ネットワークにおける隠れたノードである、項目１０３から１１１のいずれかに記載の細胞。
(項目１１７)
同一種類の修飾されていない細胞と比較して、表Ｓ３：第２列において列挙される酵母遺伝子の相同体である哺乳動物遺伝子によってコードされる哺乳動物タンパク質の発現または活性が増大または減少するように修飾されている哺乳動物細胞。
(項目１１８)
前記哺乳動物遺伝子によってコードされる、または前記哺乳動物遺伝子において欠失、破壊もしくは突然変異を有するタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む発現構築物を含む、項目１１７に記載の細胞。
(項目１１９)
前記プロモーターが、誘導性プロモーターである、項目１１８に記載の細胞。
(項目１２０)
ＴＤＰ−４３関連疾患を患う、またはＴＤＰ−４３関連疾患と関連する遺伝的変動を有する対象に由来するヒト細胞である、項目１１７から１１９のいずれかに記載の細胞。
(項目１２１)
同一種類の正常哺乳動物細胞と比較して、ＴＤＰ−４３の発現が増大している、または突然変異体ＴＤＰ−４３タンパク質を発現する、項目１１７から１２０のいずれかに記載の細胞。
(項目１２２)
ヒト細胞である、項目１１７から１２１のいずれかに記載の細胞。
(項目１２３)
神経細胞またはグリア細胞である、項目１１７から１２２のいずれかに記載の細胞。
(項目１２４)
ＴＤＰ−４３媒介毒性を阻害する化合物を同定する方法であって、（ａ）項目１０３から１２３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を表Ｓ３：第２列に列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現または活性を調節する薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がＴＤＰ−４３媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてＴＤＰ−４３媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのＴＤＰ−４３毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がＴＤＰ−４３媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップとを含む、方法。
(項目１２５)
ＴＤＰ−４３関連疾患の処置のための候補薬剤を同定する方法であって、（ａ）項目１０３から１２３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を、表Ｓ３：第２列に列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現または活性を調節する薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がＴＤＰ−４３関連疾患の処置のための候補薬剤として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてＴＤＰ−４３媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのＴＤＰ−４３毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がＴＤＰ−４３関連疾患の処置のための候補薬剤として同定されるステップとを含む、方法。
(項目１２６)
前記遺伝子が、過剰発現されるとＴＤＰ−４３毒性を抑制するものであるか、またはその欠失が、ＴＤＰ−４３毒性を増強するものであり、前記薬剤が、前記タンパク質の発現または活性を増強する、項目１２４または項目１２５に記載の方法。
(項目１２７)
前記遺伝子が、過剰発現されるとＴＤＰ−４３毒性を増強するものであるか、または欠失されるとその欠失がＴＤＰ−４３毒性を抑制するものであり、前記薬剤が、前記タンパク質の発現または活性を阻害する、項目１２４または項目１２５に記載の方法。
(項目１２８)
ＴＤＰ−４３媒介毒性を阻害する化合物を同定する方法であって、（ａ）項目１０３から１２３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を試験薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記試験薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がＴＤＰ−４３媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてＴＤＰ−４３媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのＴＤＰ−４３毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がＴＤＰ−４３媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップとを含む、方法。
(項目１２９)
ＴＤＰ−４３関連疾患の処置のための候補薬剤を同定する方法であって、（ａ）項目１０３から１２３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を、試験薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記試験薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がＴＤＰ−４３関連疾患の処置のための候補薬剤として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてＴＤＰ−４３媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのＴＤＰ−４３毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がＴＤＰ−４３関連疾患の処置のための候補薬剤として同定されるステップとを含む、方法。
(項目１３０)
ＴＤＰ−４３媒介毒性を阻害する化合物を同定する方法であって、表Ｓ３：第２列に列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現または活性を増強する薬剤を同定するためにスクリーニングするステップと、前記細胞の生存力を低減するＴＤＰ−４３の量を発現する細胞を提供するステップと、前記細胞を前記薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がＴＤＰ−４３媒介毒性を阻害する化合物として同定される、方法。
(項目１３１)
前記スクリーニングが、表Ｓ３：第２列において列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質を発現する細胞を提供するステップと、前記細胞を薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下での前記タンパク質の発現を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の発現と比較した前記薬剤の存在下での前記タンパク質の発現の増大から、前記薬剤が前記タンパク質の発現を増大する化合物として同定され、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の発現と比較した前記薬剤の存在下での前記タンパク質の発現の減少から、前記薬剤が前記タンパク質の発現を減少させる化合物として同定される、項目１３０に記載の方法。
(項目１３２)
前記スクリーニングが、（ｉ）表Ｓ３：第２列において列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体のプロモーター配列および（ｉｉ）リポータータンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むリポーター構築物を含む細胞を提供するステップと、前記細胞を薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下で前記リポータータンパク質の発現を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の発現と比較した前記薬剤の存在下での前記リポータータンパク質の発現の増大から、前記薬剤が前記タンパク質の発現を増大する化合物として同定され、前記薬剤の不在下での前記リポータータンパク質の発現と比較した前記薬剤の存在下での前記リポータータンパク質の発現の減少から、前記薬剤が前記タンパク質の発現を減少させる化合物として同定される、項目１３０に記載の方法。
(項目１３３)
前記スクリーニングが、表Ｓ３：第２列において列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質を提供するステップと、前記タンパク質を薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下で前記タンパク質の活性を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の活性と比較した前記薬剤の存在下での前記タンパク質の活性の増大から、前記薬剤が前記タンパク質の活性を増大する化合物として同定され、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の活性と比較した前記薬剤の存在下での前記タンパク質の活性の低下から、前記薬剤が前記タンパク質の活性を低下させる化合物として同定される、項目１３０に記載の方法。
(項目１３４)
ヒト細胞または対象においてＴＤＰ−４３媒介毒性を阻害する方法であって、前記細胞または対象において表Ｓ３：第２列において列挙される酵母遺伝子によってコードされる酵母タンパク質の相同体であるヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップを含む、方法。
(項目１３５)
ＴＤＰ−４３関連疾患を処置する方法であって、ＴＤＰ−４３関連疾患の処置を必要とする対象において、表Ｓ３：第２列において列挙される酵母遺伝子によってコードされる酵母タンパク質の相同体であるヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップを含む、方法。
(項目１３６)
前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を増強することを含む、項目１３４または項目１３５に記載の方法。
(項目１３７)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとＴＤＰ−４３媒介毒性のサプレッサーであるか、または欠失されるとＴＤＰ−４３媒介毒性のエンハンサーであり、前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を増強することを含む、項目１３４または項目１３５に記載の方法。
(項目１３８)
前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を阻害することを含む、項目１３４または項目１３５に記載の方法。
(項目１３９)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとＴＤＰ−４３媒介毒性のエンハンサーであるか、または欠失されるとＴＤＰ−４３媒介毒性のサプレッサーであり、前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を阻害することを含む、項目１３４または項目１３５に記載の方法。
(項目１４０)
前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、細胞を、前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節する薬剤と接触させるまたは前記薬剤を対象に投与することを含む、項目１３５から１３９のいずれかに記載の方法。
(項目１４１)
前記ヒトタンパク質の発現または活性が増強され、前記薬剤が、前記ヒトタンパク質をコードする核酸または前記ヒトタンパク質をコードするＲＮＡ転写物の転写を活性化する合成転写アクチベーターを含む、項目１４０に記載の方法。
(項目１４２)
前記ヒトタンパク質の発現または活性が阻害され、前記薬剤が、前記ヒトタンパク質をコードするｍＲＮＡを標的とする短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）もしくはアンチセンス核酸、前記ヒトタンパク質をコードする遺伝子の転写を抑制する合成転写レプレッサーまたは前記ヒトタンパク質と結合するアプタマー、ポリペプチドもしくは小分子である、項目１４０に記載の方法。
(項目１４３)
ヒトアミロイドベータタンパク質を含むポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む発現構築物を含む細胞であって、表Ｓ３：第３列において列挙される酵母遺伝子によってコードされるタンパク質の発現もしくは活性が増大もしくは減少するように修飾されているか、または同一種類の修飾されていない細胞と比較して、このような酵母遺伝子の哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現もしくは活性が増大もしくは減少するように修飾されている、細胞。
(項目１４４)
ヒトアミロイドベータタンパク質を含むポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む前記発現構築物が、前記細胞のゲノム中に組み込まれる、項目１４３に記載の細胞。
(項目１４５)
ヒトアミロイドベータタンパク質を含むポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結された前記プロモーターが、誘導性プロモーターである、項目１４３に記載の細胞。
(項目１４６)
表Ｓ３：第３列において列挙される酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む発現構築物を含む、項目１４３から１４５のいずれかに記載の細胞。
(項目１４７)
表Ｓ３：第３列において列挙される酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む前記発現構築物が、前記細胞のゲノム中に組み込まれる、項目１４６に記載の細胞。
(項目１４８)
表Ｓ３：第３列において列挙される酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結された前記プロモーターが、誘導性プロモーターである、項目１４７に記載の細胞。
(項目１４９)
酵母細胞である、項目１４３から１４８のいずれかに記載の細胞。
(項目１５０)
哺乳動物細胞である、項目１４３から１４８のいずれかに記載の細胞。
(項目１５１)
表Ｓ３：第３列において列挙される遺伝子において欠失、破壊もしくは突然変異を有する酵母細胞である、またはこのような遺伝子の哺乳動物相同体において欠失、破壊もしくは突然変異を有する哺乳動物細胞である、項目１４３から１４５のいずれかに記載の細胞。
(項目１５２)
前記アミロイドベータタンパク質が、突然変異体アミロイドベータタンパク質である、項目１４３から１５１のいずれかに記載の細胞。
(項目１５３)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとアミロイドベータ媒介毒性を抑制する、項目１４３から１５２のいずれかに記載の細胞。
(項目１５４)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとアミロイドベータ媒介毒性を増強する、項目１４３から１５２のいずれかに記載の細胞。
(項目１５５)
前記酵母遺伝子の欠失が、アミロイドベータ媒介毒性を増強する、項目１４３から１５２のいずれかに記載の細胞。
(項目１５６)
前記酵母遺伝子またはその哺乳動物相同体が、アミロイドベータ毒性ネットワークにおける隠れたノードである、項目１４３から１５２のいずれかに記載の細胞。
(項目１５７)
同一種類の修飾されていない細胞と比較して、表Ｓ３：第３列において列挙される酵母遺伝子の相同体である哺乳動物遺伝子によってコードされる哺乳動物タンパク質の発現または活性が増大または減少するように修飾されている哺乳動物細胞。
(項目１５８)
前記哺乳動物遺伝子によってコードされる、または前記哺乳動物遺伝子において欠失、破壊もしくは突然変異を有するタンパク質をコードする核酸に作動可能に連結されたプロモーターを含む発現構築物を含む、項目１５７に記載の細胞。
(項目１５９)
前記プロモーターが、誘導性プロモーターである、項目１５８に記載の細胞。
(項目１６０)
アミロイドベータ関連疾患を患う、またはアミロイドベータ関連疾患と関連する遺伝的変動を有する対象に由来するヒト細胞である、項目１５７から１５９のいずれかに記載の細胞。
(項目１６１)
同一種類の正常哺乳動物細胞と比較して、アミロイドベータの発現が増大している、または突然変異体アミロイドベータタンパク質を発現する、項目１５７から１６０のいずれかに記載の細胞。
(項目１６２)
ヒト細胞である、項目１５７から１６１のいずれかに記載の細胞。
(項目１６３)
神経細胞またはグリア細胞である、項目１５７から１６２のいずれかに記載の細胞。
(項目１６４)
アミロイドベータ媒介毒性を阻害する化合物を同定する方法であって、（ａ）項目１４３から１６３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を表Ｓ３：第３列に列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現または活性を調節する薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がアミロイドベータ媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてアミロイドベータ媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのアミロイドベータ毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がアミロイドベータ媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップとを含む、方法。
(項目１６５)
アミロイドベータ関連疾患の処置のための候補薬剤を同定する方法であって、（ａ）項目１４３から１６３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を、表Ｓ３：第３列に列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現または活性を調節する薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がアミロイドベータ関連疾患の処置のための候補薬剤として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてアミロイドベータ媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのアミロイドベータ毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がアミロイドベータ関連疾患の処置のための候補薬剤として同定されるステップとを含む、方法。
(項目１６６)
前記遺伝子が、過剰発現されるとアミロイドベータ毒性を抑制するものであるか、またはその欠失が、アミロイドベータ毒性を増強するものであり、前記薬剤が、前記タンパク質の発現または活性を増強する、項目１６４または項目１６５に記載の方法。
(項目１６７)
前記遺伝子が、過剰発現されるとアミロイドベータ毒性を増強するものであるか、または欠失されるとその欠失がアミロイドベータ毒性を抑制するものであり、前記薬剤が、前記タンパク質の発現または活性を阻害する、項目１６４または項目１６５に記載の方法。
(項目１６８)
アミロイドベータ媒介毒性を阻害する化合物を同定する方法であって、（ａ）項目１４３から１６３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を試験薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記試験薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がアミロイドベータ媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてアミロイドベータ媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのアミロイドベータ毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がアミロイドベータ媒介毒性を阻害する化合物として同定されるステップとを含む、方法。
(項目１６９)
アミロイドベータ関連疾患の処置のための候補薬剤を同定する方法であって、（ａ）項目１４３から１６３のいずれかに記載の細胞を提供するステップと、（ｂ）前記細胞を、試験薬剤と接触させるステップと、（ｃ）（ｉ）前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップであって、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記試験薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がアミロイドベータ関連疾患の処置のための候補薬剤として同定されるステップまたは（ｉｉ）前記細胞においてアミロイドベータ媒介毒性と関連する少なくとも１つの表現型を測定するステップであって、前記薬剤の不在下と比較した、前記薬剤の存在下でのアミロイドベータ毒性と関連する少なくとも１つの表現型の減少から、前記薬剤がアミロイドベータ関連疾患の処置のための候補薬剤として同定されるステップとを含む、方法。
(項目１７０)
アミロイドベータ媒介毒性を阻害する化合物を同定する方法であって、表Ｓ３：第３列に列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質の発現または活性を調節する薬剤を同定するためにスクリーニングするステップと、前記細胞の生存力を低減するアミロイドベータの量を発現する細胞を提供するステップと、前記細胞を前記薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下で細胞生存力を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での細胞生存力と比較した、前記薬剤の存在下での細胞生存力の増大から、前記薬剤がアミロイドベータ媒介毒性を阻害する化合物として同定される、方法。
(項目１７１)
前記スクリーニングが、表Ｓ３：第３列において列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質を発現する細胞を提供するステップと、前記細胞を薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下での前記タンパク質の発現を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の発現と比較した前記薬剤の存在下での前記タンパク質の発現の増大から、前記薬剤が前記タンパク質の発現を増大する化合物として同定され、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の発現と比較した前記薬剤の存在下での前記タンパク質の発現の減少から、前記薬剤が前記タンパク質の発現を減少させる化合物として同定される、項目１７０に記載の方法。
(項目１７２)
前記スクリーニングが、（ｉ）表Ｓ３：第３列において列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体のプロモーター配列および（ｉｉ）リポータータンパク質をコードするヌクレオチド配列を含むリポーター構築物を含む細胞を提供するステップと、前記細胞を薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下で前記リポータータンパク質の発現を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の発現と比較した前記薬剤の存在下での前記リポータータンパク質の発現の増大から、前記薬剤が前記タンパク質の発現を増大する化合物として同定される、項目１７０に記載の方法。
(項目１７３)
前記スクリーニングが、表Ｓ３：第３列において列挙される遺伝子またはその哺乳動物相同体によってコードされるタンパク質を提供するステップと、前記タンパク質を薬剤と接触させるステップと、前記薬剤の存在下で前記タンパク質の活性を測定するステップとを含み、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の活性と比較した前記薬剤の存在下での前記タンパク質の活性の増大から、前記薬剤が前記タンパク質の活性を増大する化合物として同定され、前記薬剤の不在下での前記タンパク質の活性と比較した前記薬剤の存在下での前記タンパク質の活性の低下から、前記薬剤が前記タンパク質の活性を低下させる化合物として同定される、項目１７０に記載の方法。
(項目１７４)
ヒト細胞または対象においてアミロイドベータ媒介毒性を阻害する方法であって、前記細胞または対象において表Ｓ３：第３列において列挙される酵母遺伝子によってコードされる酵母タンパク質の相同体であるヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップを含む、方法。
(項目１７５)
アミロイドベータ関連疾患を処置する方法であって、アミロイドベータ関連疾患の処置を必要とする対象において、表Ｓ３：第３列において列挙される酵母遺伝子によってコードされる酵母タンパク質の相同体であるヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップを含む、方法。
(項目１７６)
前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を増強することを含む、項目１７４または項目１７５に記載の方法。
(項目１７７)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとアミロイドベータ媒介毒性のサプレッサーであるか、または欠失されるとアミロイドベータ媒介毒性のエンハンサーであり、前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を増強することを含む、項目１７４または項目１７５に記載の方法。
(項目１７８)
前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を阻害することを含む、項目１７４または項目１７５に記載の方法。
(項目１７９)
前記酵母遺伝子が、過剰発現されるとアミロイドベータ媒介毒性のエンハンサーであるか、または欠失されるとアミロイドベータ媒介毒性のサプレッサーであり、前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、前記ヒトタンパク質の発現または活性を阻害することを含む、項目１７４または項目１７５に記載の方法。
(項目１８０)
前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節するステップが、細胞を、前記ヒトタンパク質の発現または活性を調節する薬剤と接触させるまたは前記薬剤を対象に投与することを含む、項目１７４から１７９のいずれかに記載の方法。
(項目１８１)
前記ヒトタンパク質の発現または活性が増強され、前記薬剤が、前記ヒトタンパク質をコードする核酸または前記ヒトタンパク質をコードするＲＮＡ転写物の転写を活性化する合成転写アクチベーターを含む、項目１８０に記載の方法。
(項目１８２)
前記ヒトタンパク質の発現または活性が阻害され、前記薬剤が、前記ヒトタンパク質をコードするｍＲＮＡを標的とする短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）またはアンチセンス核酸、前記ヒトタンパク質をコードする遺伝子転写物の転写を抑制する合成転写レプレッサーまたは前記ヒトタンパク質と結合するアプタマー、ポリペプチドもしくは小分子である、項目１８０に記載の方法。