【手続補正書】
【提出日】令和3年4月12日(2021.4.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中の標的の有無を判定する方法であって、
反応混合物を準備することであって、
ポリヌクレオチドＡ（ＰＡ）の集団およびポリヌクレオチドＢ（ＰＢ）の集団であって、
各ＰＡポリヌクレオチドが、触媒核酸Ａと触媒核酸基質Ａとを含み、
各ＰＢポリヌクレオチドが、触媒核酸Ｂと触媒核酸基質Ｂとを含み、
前記触媒核酸Ａが、前記触媒核酸基質Ｂを触媒的に修飾することが可能であり、かつ触媒核酸基質Ａを触媒的に修飾することが不可能であり、
前記触媒核酸Ｂが、前記触媒核酸基質Ａを触媒的に修飾することが可能であり、かつ触媒核酸基質Ｂを触媒的に修飾することが不可能である、
ポリヌクレオチドＡ（ＰＡ）の集団およびポリヌクレオチドＢ（ＰＢ）の集団と、
前記ＰＡと前記ＰＢとを物理的に分離することが可能であり、前記ＰＡおよび前記ＰＢが透過することができず、前記ＰＡおよび／または前記ＰＢが、前記反応混合物中で可動性である、選択的透過バリアと、
（ｉ）２つのオリゴヌクレオチドであって、それぞれＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａと特異的にハイブリダイズし、少なくとも一方が前記標的と特異的にハイブリダイズし、それにより、前記ＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａを切断することが可能な触媒核酸Ｃを形成することが可能な２つのオリゴヌクレオチドまたは
（ｉｉ）前記標的と前記ＰＡとのハイブリダイゼーションにより形成された核酸二本鎖の１つもしくは複数の鎖を切断することが可能な触媒酵素Ｄと
を含む、反応混合物を準備することと、
（ｉ）前記ＰＡ、前記ＰＢおよび前記オリゴヌクレオチド（１つまたは複数）と前記試料とを接触させ、前記選択的透過バリアを用いて前記ＰＡと前記ＰＢとを分離し、
前記試料中に前記標的が存在する場合、前記２つのオリゴヌクレオチドがそれぞれＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａとハイブリダイズし、少なくとも一方がさらに前記標的とハイブリダイズし、それにより前記触媒核酸Ｃを形成し、それが前記ＰＡポリヌクレオチドを切断し、それにより前記ＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸Ａが遊離し、その結果、前記透過性バリアを通過することが可能になること、または
（ｉｉ）前記ＰＡ、前記ＰＢおよび前記触媒酵素Ｄと前記試料とを接触させ、前記選択的透過バリアを用いて前記ＰＡと前記ＰＢとを分離し、
前記試料中に前記標的が存在する場合、前記標的がＰＡポリヌクレオチドとハイブリダイズして、前記触媒酵素Ｄの認識／切断部位を含む前記核酸二本鎖を形成し、
前記触媒酵素Ｄの前記切断部位が前記触媒核酸Ａ内に存在せず、
前記触媒酵素Ｄが前記核酸二本鎖の前記切断部位に結合して切断し、前記ＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸Ａが遊離し、その結果、前記透過性バリアを通過することが可能になることと
を含み、
遊離した前記触媒核酸Ａが前記透過性バリアを通過し、ＰＢポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ｂとハイブリダイズし、前記ＰＢポリヌクレオチドを切断し、それにより前記ＰＢポリヌクレオチドの前記触媒核酸Ｂが遊離し、その結果、前記透過性バリアを通過することが可能になり、
遊離した前記触媒核酸Ｂが前記透過性バリアを通過し、第二のＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａとハイブリダイズし、前記第二のＰＡポリヌクレオチドを切断し、それにより前記第二のＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸Ａが遊離し、その結果、前記透過性バリアを通過することが可能になり、
前記ＰＡポリヌクレオチドおよび／または前記ＰＢポリヌクレオチドの切断の検出が、前記試料中の標的の存在を示す、
方法。
【請求項２】
前記触媒核酸Ｃが、前記ＰＢポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ｂを切断することができない、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記反応混合物ポリヌクレオチド中で可動性である前記ＰＡおよび／または前記ＰＢのいずれかが、前記ポリヌクレオチドの前記選択的透過バリアの透過を防ぐ、
結合成分および／または
二次構造をもたらす自己相補性領域および／または
荷電部分
を含み、
および任意に：
前記触媒核酸基質Ａの切断により、前記ＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸Ａから前記結合成分または前記自己相補性領域が遊離し、その結果、前記透過性バリアを通過することが可能になり、かつ／または
前記触媒核酸基質Ｂの切断により、前記ＰＢポリヌクレオチドの前記触媒核酸Ｂから前記結合成分または前記自己相補性領域が遊離し、その結果、前記透過性バリアを通過することが可能になる、
請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記触媒核酸Ａおよび／または前記触媒核酸Ｂが、ＤＮＡｚｙｍｅまたはリボザイムである、または
前記触媒核酸Ａと前記触媒核酸Ｂが、それぞれ異なる種類のＤＮＡｚｙｍｅである、
請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
（ｉ）前記触媒核酸Ａが１０−２３  ＤＮＡｚｙｍｅであり、前記触媒核酸Ｂが８−１７  ＤＮＡｚｙｍｅであり、かつ
前記触媒核酸基質Ａが８−１７  ＤＮＡｚｙｍｅ基質であり、前記触媒核酸基質Ｂが１０−２３  ＤＮＡｚｙｍｅ基質であるか、または
（ｉｉ）前記触媒核酸Ａが８−１７  ＤＮＡｚｙｍｅであり、前記触媒核酸Ｂが１０−２３  ＤＮＡｚｙｍｅであり、かつ
前記触媒核酸基質Ａが１０−２３  ＤＮＡｚｙｍｅ基質であり、前記触媒核酸基質Ｂが８−１７  ＤＮＡｚｙｍｅ基質である、
請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法であって、
前記２つのオリゴヌクレオチドであって、それぞれＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａと特異的にハイブリダイズし、少なくとも一方が前記標的と特異的にハイブリダイズし、それにより、前記ＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａを切断することが可能な前記触媒核酸Ｃを形成することが可能な２つのオリゴヌクレオチドを準備し、
前記標的が、タンパク質、分析物、糖タンパク質、脂質、リポタンパク質、細胞、ウイルス、細菌、古細菌、真菌、抗体、代謝産物、病原体、毒素、汚染物質、毒物、小分子、ポリマー、金属イオン、金属塩、プリオンまたはその任意の誘導体、一部分もしくは組合せを含むか、これよりなるものであり、
前記触媒核酸Ｃが、前記標的と結合することが可能なアプタマーを含み、
前記方法が、前記試料と、前記アプタマーとハイブリダイズする阻害剤とを接触させ、それにより触媒核酸Ｃを不活性にすることをさらに含み、
前記阻害剤が、前記アプタマー部分に対して前記標的より低い結合親和性を示し、
前記試料中に前記標的が存在する場合、前記標的が前記アプタマーと結合して前記阻害剤と置き換わり、前記触媒核酸Ｃを活性にし、それにより、前記ＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａの切断を促進する、
方法。
【請求項７】
前記触媒核酸Ｃが多成分核酸酵素（ＭＮＡｚｙｍｅ）であり、
前記２つのオリゴヌクレオチドが、前記標的の存在下でのみ自己会合して前記ＭＮＡｚｙｍｅを形成することが可能な２つのパートザイムオリゴヌクレオチドであり、
そして任意に：
前記標的が、ポリヌクレオチドを含むか、これよりなるものであり、および
前記２つのパートザイムオリゴヌクレオチドが、自己会合時にそれぞれ前記ポリヌクレオチドとハイブリダイズして前記ＭＮＡｚｙｍｅを形成する
請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記標的がポリヌクレオチドであり、
前記触媒酵素Ｄがエンドヌクレアーゼまたはエキソヌクレアーゼである、
請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記検出が、
遊離した前記触媒核酸Ａおよび／または遊離した前記触媒核酸Ｂを前記反応混合物から単離することと、
単離した前記触媒核酸（１つまたは複数）を前記触媒核酸による前記触媒核酸基質の切断に適した条件下で、触媒核酸基質Ａおよび／または触媒核酸基質Ｂを含む第二の反応混合物に加えることと、
前記触媒核酸による前記触媒核酸基質の切断を検出することと
を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
試料中の標的の有無を判定する方法であって、
（ａ）反応混合物を準備することであって、
（ｉ）ポリヌクレオチドＡ（ＰＡ）の集団、ポリヌクレオチドＢ（ＰＢ）の集団およびポリヌクレオチドＣ（ＰＣ）の集団であって、
各ＰＡポリヌクレオチドが、触媒核酸Ａと触媒核酸基質Ａとを含み、
各ＰＢポリヌクレオチドが、パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１と触媒核酸基質Ｂとを含み、
各ＰＣポリヌクレオチドが、パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２を含み、
前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１の基質アームが、前記触媒核酸基質Ａとハイブリダイズすることが可能であり、
前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２の基質アームが、前記触媒核酸基質Ａとハイブリダイズすることが可能であり、
前記触媒核酸Ａが、前記触媒核酸基質Ｂを触媒的に修飾することが可能であり、かつ前記触媒核酸基質Ａを触媒的に修飾することが不可能である、
ポリヌクレオチドＡ（ＰＡ）の集団、ポリヌクレオチドＢ（ＰＢ）の集団およびポリヌクレオチドＣ（ＰＣ）の集団と、
（ｉｉ）パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１のセンサーアームおよびパートザイムオリゴヌクレオチドＢ２のセンサーアームとハイブリダイズすることが可能な会合促進オリゴヌクレオチドと、
（ｉｉｉ）前記ＰＡと前記ＰＢとを物理的に分離することが可能な選択的透過バリアであって、前記ＰＡおよび前記ＰＢが、前記選択的透過バリアを透過することができず、前記ＰＡ、前記ＰＢおよび前記ＰＣが、前記反応混合物中で可動性である選択的透過バリアと、
（ｉｖ）２つのパートザイムオリゴヌクレオチドＣ１およびＣ２であって、それぞれＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａと特異的にハイブリダイズし、少なくとも一方が前記標的と特異的にハイブリダイズし、それにより、前記ＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａを切断することが可能な触媒核酸Ｃを形成することが可能な２つのパートザイムオリゴヌクレオチドＣ１およびＣ２、または
（ｖ）前記標的と前記ＰＡとのハイブリダイゼーションにより形成された核酸二本鎖の１つもしくは複数の鎖を切断することが可能な触媒酵素Ｄ
のうちのいずれか１つと
を含む、反応混合物を準備することと、
（ｂ）（ｉ）前記パートザイムオリゴヌクレオチドＣ１およびＣ２と前記試料とを接触させ、前記選択的透過バリアを用いて前記ＰＢと前記ＰＡとを分離し、
前記試料中に前記標的が存在する場合、前記パートザイムオリゴヌクレオチドＣ１およびＣ２それぞれの基質アームが、ＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａとハイブリダイズし、パートザイムオリゴヌクレオチドＣ１およびＣ２のうち少なくとも一方が、前記標的とハイブリダイズして前記触媒核酸Ｃを形成し、それが前記ＰＡポリヌクレオチドを切断し、それにより、前記ＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸Ａが遊離し、その結果、前記透過性バリアを通過することが可能になること、または
（ｉｉ）前記触媒酵素Ｄと前記試料とを接触させ、前記選択的透過バリアを用いて前記ＰＢと前記ＰＡとを分離し、
前記試料中に前記標的が存在する場合、前記標的がＰＡポリヌクレオチドとハイブリダイズして、前記触媒酵素Ｄの認識／切断部位を含む前記核酸二本鎖を形成し、
前記触媒酵素Ｄの前記切断部位が前記触媒核酸Ａ内に存在せず、
前記触媒酵素Ｄが前記核酸二本鎖の前記切断部位に結合して切断し、前記ＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸Ａが遊離し、その結果、前記透過性バリアを通過することが可能になることと
を含み、
遊離した前記触媒核酸Ａが、前記透過性バリアを通過し、ＰＢポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ｂとハイブリダイズし、前記ＰＢポリヌクレオチドを切断し、それにより前記ＰＢポリヌクレオチドの前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１が遊離し、その結果、前記透過性バリアを通過することが可能になり、
遊離した前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１が前記透過性バリアを通過し、パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１およびＢ２それぞれの前記センサーアームが前記会合促進オリゴヌクレオチドとハイブリダイズし、パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１およびＢ２それぞれの前記基質アームが第二のＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａとハイブリダイズし、それにより触媒核酸Ｂを形成し、それが前記第二のＰＡポリヌクレオチドを切断し、それにより前記第二のＰＡポリヌクレオチドの前記触媒核酸Ａが遊離し、その結果、前記透過性バリアを通過することが可能になり、
前記ＰＡポリヌクレオチドおよび／または前記ＰＢポリヌクレオチドの切断の検出が、前記試料中の前記標的の存在を示す、
方法。
【請求項１１】
各ＰＣポリヌクレオチドが、パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２と、触媒核酸Ａによって切断可能な触媒核酸基質Ｂとを含み、
遊離した前記触媒核酸Ａが、前記ＰＣポリヌクレオチドを切断し、それにより前記ＰＣポリヌクレオチドの前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２を遊離させ、
ＰＣポリヌクレオチドの切断の検出が、前記試料中の前記標的の存在を示し、または
各ＰＣポリヌクレオチドがパートザイムオリゴヌクレオチドＢ２と触媒核酸基質Ａとを含み、
前記試料中に前記標的が存在する場合、前記パートザイムオリゴヌクレオチドＣ１およびＣ２それぞれの前記基質アームが、前記ＰＣポリヌクレオチドの前記触媒核酸基質Ａとハイブリダイズし、前記パートザイムオリゴヌクレオチドＣ１およびＣ２のうち少なくとも一方が前記標的とハイブリダイズして前記触媒核酸Ｃを形成し、それが前記ＰＣポリヌクレオチドを切断し、それにより、前記ＰＣポリヌクレオチドの前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２が遊離する；または
前記試料中に前記標的が存在する場合、前記標的がＰＣポリヌクレオチドとハイブリダイズして、前記触媒酵素Ｄの認識／切断部位を含む前記核酸二本鎖を形成し、
前記触媒酵素Ｄの前記切断部位が前記ＰＣポリヌクレオチドの前記触媒核酸Ａ内に存在せず、
前記触媒酵素Ｄが、前記核酸二本鎖と前記切断部位に結合して切断し、それにより、前記ＰＣポリヌクレオチドの前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２が遊離する、
請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記触媒核酸Ｃが多成分核酸酵素（ＭＮＡｚｙｍｅ）であり、
前記２つのオリゴヌクレオチドが、前記標的の存在下でのみ自己会合して前記ＭＮＡｚｙｍｅを形成することが可能な２つのパートザイムオリゴヌクレオチドである、
請求項１０または１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記標的が、ポリヌクレオチドを含むか、これよりなるものであり、
前記２つのパートザイムオリゴヌクレオチドが、自己会合時にそれぞれ前記ポリヌクレオチドとハイブリダイズして前記ＭＮＡｚｙｍｅを形成する、または
前記標的が、タンパク質、分析物、糖タンパク質、脂質、リポタンパク質、細胞、ウイルス、細菌、古細菌、真菌、抗体、代謝産物、病原体、毒素、汚染物質、毒物、小分子、ポリマー、金属イオン、金属塩、プリオンまたはその任意の誘導体、一部分もしくは組合せを含むか、これよりなるものであり、
前記２つのパートザイムオリゴヌクレオチドのうち少なくとも一方が、前記標的と特異的にハイブリダイズすることが可能なＤＮＡ、ＲＮＡまたはペプチドアプタマー部分を含み、
前記方法が、前記試料と、前記２つのパートザイムオリゴヌクレオチドがＭＮＡｚｙｍｅに自己会合するのを促進するＭＮＡｚｙｍｅ会合促進オリゴヌクレオチドおよび前記ＭＮＡｚｙｍｅを触媒的に不活性にする前記アプタマーとハイブリダイズする阻害剤分子とを接触させることをさらに含み、
前記阻害剤が、前記アプタマー部分に対して前記標的より低い結合親和性を示し、
前記標的が、前記アプタマー部分とハイブリダイズして前記阻害剤を除去し、前記ＭＮＡｚｙｍｅを触媒的に活性にする、
請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
試料中の標的を検出する組成物であって、
ポリヌクレオチドＡ（ＰＡ）の集団およびポリヌクレオチドＢ（ＰＢ）の集団であって、
各ＰＡポリヌクレオチドが、触媒核酸Ａと触媒核酸基質Ａとを含み、
各ＰＢポリヌクレオチドが、触媒核酸Ｂと触媒核酸基質Ｂとを含み、
前記触媒核酸Ａが、前記触媒核酸基質Ｂを触媒的に修飾することが可能であり、かつ前記触媒核酸基質Ａを触媒的に修飾することが不可能であり、
前記触媒核酸Ｂが、前記触媒核酸基質Ａを触媒的に修飾することが可能であり、かつ前記触媒核酸基質Ｂを触媒的に修飾することが不可能であり、
前記ＰＡおよび／またはＰＢが前記組成物中で可動性である、
ポリヌクレオチドＡ（ＰＡ）の集団およびポリヌクレオチドＢ（ＰＢ）の集団と、
前記ＰＡと前記ＰＢとを分離することが可能な選択的透過バリアと
を含む、組成物。
【請求項１５】
組成物であって、
（ｉ）ポリヌクレオチドＡ（ＰＡ）の集団、ポリヌクレオチドＢ（ＰＢ）の集団およびポリヌクレオチドＣ（ＰＣ）の集団であって、
各ＰＡポリヌクレオチドが、触媒核酸Ａと触媒核酸基質Ａとを含み、かつ前記組成物中で可動性であり、
各ＰＢポリヌクレオチドが、パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１と触媒核酸基質Ｂとを含み、
各ＰＣポリヌクレオチドが、パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２を含み、
前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１の基質アームが、前記触媒核酸基質Ａとハイブリダイズすることが可能であり、
前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２の基質アームが、前記触媒核酸基質Ａとハイブリダイズすることが可能であり、
前記触媒核酸Ａが、前記触媒核酸基質Ｂを触媒的に修飾することが可能であり、かつ触媒核酸基質Ａを触媒的に修飾することが不可能である、
ポリヌクレオチドＡ（ＰＡ）の集団、ポリヌクレオチドＢ（ＰＢ）の集団およびポリヌクレオチドＣ（ＰＣ）の集団と、
（ｉｉ）パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１のセンサーアームおよびパートザイムオリゴヌクレオチドＢ２のセンサーアームとハイブリダイズすることが可能な会合促進オリゴヌクレオチドと、
（ｉｉｉ）前記ＰＡと前記ＰＢとを物理的に分離することが可能であり、前記ＰＡおよび前記ＰＢが通過することができない選択的透過バリアと
を含み、
前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１の基質アームおよび前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２の基質アームと前記触媒核酸基質Ａとのハイブリダイゼーションならびに前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ１のセンサーアームと前記パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２のセンサーアームと前記会合促進因子とのハイブリダイゼーションにより、前記触媒核酸基質Ａを切断することが可能な触媒核酸Ｂを形成し、
各ＰＣポリヌクレオチドが、パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２と、触媒核酸Ａによる切断が可能な前記触媒核酸基質Ｂとを含むか、または
各ＰＣポリヌクレオチドが、パートザイムオリゴヌクレオチドＢ２と、前記触媒核酸基質Ａとを含む、
請求項１４に記載の組成物。