【手続補正書】
【提出日】令和3年3月19日(2021.3.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｔｒａｃｒとｃｒＲＮＡとを含むｇＲＮＡ分子であって、前記ｃｒＲＮＡが、ＴＥＴ２イントロンまたはＴＥＴ２イントロン−エクソン接合部における標的配列と相補的なターゲティングドメインを含む、ｇＲＮＡ分子。
【請求項２】
前記ターゲティングドメインが、ｃｈｒ４：１０５１４６９８０−１０５１９０３５９；ｃｈｒ４：１０５１９０５０６−１０５２３３８９６；ｃｈｒ４：１０５２３７３５２−１０５２４１３３８；ｃｈｒ４：１０５２４１４３０−１０５２４２８３３；ｃｈｒ４：１０５２４２９２８−１０５２４３５６９；ｃｈｒ４：１０５２４３７７９−１０５２５９６１８；ｃｈｒ４：１０５２５９７７０−１０５２６１７５８；ｃｈｒ４：１０５２６１８４９−１０５２６９６０９；ｃｈｒ４：１０５２６９７４８−１０５２７２５６３；およびｃｈｒ４：１０５２７２９１９−１０５２７５０４７から選択されるゲノム領域内の標的配列と相補的であり、任意選択で、前記標的配列はｃｈｒ４：１０５２７０６２４−１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０−１０５２７０６４９；ｃｈｒ４：１０５２７１８６３−１０５２７１８８３；ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１２０４−１０５２７１２２３；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；ｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５；ｃｈｒ４：１０５２７１３８７−１０５２７１４０７；ｃｈｒ４：１０５２７２４３６−１０５２７２４５６；ｃｈｒ４：１０５２７１９２４−１０５２７１９４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２３−１０５２７２３４３；ｃｈｒ４：１０５２７２０５７−１０５２７２０７７；ｃｈｒ４：１０５２７２３０９−１０５２７２３２９；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７１１８４−１０５２７１２０４；ｃｈｒ４：１０５２７１１９０−１０５２７１２１０；ｃｈｒ４：１０５２７１２９５−１０５２７１３１５；ｃｈｒ４：１０５２７１２９２−１０５２７１３１２；ｃｈｒ４：１０５２７１４５８−１０５２７１４７８；ｃｈｒ４：１０５２７０６３５−１０５２７０６５５；ｃｈｒ４：１０５２７１１７３−１０５２７１１９２；ｃｈｒ４：１０５２７１２３２−１０５２７１２５２；ｃｈｒ４：１０５２７１８４５−１０５２７１８６５；ｃｈｒ４：１０５２７１８４９−１０５２７１８６９；およびｃｈｒ４：１０５２７１０５６−１０５２７１０７６から選択されるゲノム領域内にあり、前記ゲノム領域が、ヒト基準ゲノムであるｈｇ３８に従い、前記ターゲティングドメインが、配列番号１０００〜配列番号１０５１５のうちのいずれか１つ、またはこの断片を含むか、またはこれらからなる、請求項１に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項３】
前記ターゲティングドメインが、配列番号１０１０２〜配列番号１０３２４のうちのいずれか１つ、またはこれらの断片を含む、請求項１または２に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項４】
前記ターゲティングドメインが、配列番号１０１４８、配列番号１０１８４、配列番号１０１８５、配列番号１０１８８、配列番号１０２０９、配列番号１０２１２、配列番号１０３１７、配列番号１０３１８、配列番号１０１８７、配列番号１０２２４、配列番号１０２９２、配列番号１０１４９、配列番号１０１７７、配列番号１０１５１、配列番号１０２２５、配列番号１０５０９、配列番号１０２０６、配列番号１０１９１、配列番号１０５１５、配列番号１０２０３、配列番号１０２５９、配列番号１０１３６、配列番号１０３１４、配列番号１０２３４、配列番号１０２９０、配列番号１０２３３、配列番号１０２８１、配列番号１０２９９または配列番号１０３０１のうちのいずれか１つを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項５】
前記ターゲティングドメインが、配列番号１０１４８、１０１４９、および１０２０６のうちのいずれか１つを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項６】
前記ターゲティングドメインが、列挙されたターゲティングドメイン配列のうちのいずれか１つの、１７、１８、１９、または２０の連続ヌクレオチドを含み、任意選択で、前記１７、１８、１９、または２０の連続ヌクレオチドが、列挙されたターゲティングドメイン配列の３’末端部または５’末端部に配置されている、請求項２または３に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項７】
前記ｃｒＲＮＡの部分と、前記ｔｒａｃｒの部分とが、ハイブリダイズして、配列番号５０または配列番号５１を含むフラッグポールを形成し、任意選択で、前記フラッグポールが、前記フラッグポールの前記ｃｒＲＮＡ部分に対して３’側に位置する、第１のフラッグポール伸長部および／または第２のフラッグポール伸長部をさらに含み、前記第１のフラッグポール伸長部が、配列番号５５を含み、前記第２のフラッグポール伸長部が、配列番号５７を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項８】
前記ｔｒａｃｒが、
（ａ）任意選択で、３’末端部において、さらなる１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのウラシル（Ｕ）ヌクレオチドをさらに含む配列番号８７；
（ｂ）配列番号６５；または
（ｃ）配列番号８４
を含み、前記ｇＲＮＡ分子がフラッグポールを含み、前記フラッグポールのｃｒＲＮＡ部分が、配列番号７９または配列番号８０を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項９】
前記ｔｒａｃｒが、配列番号５３または配列番号５４と、第１のフラッグポール伸長部が存在する場合、配列番号５３または配列番号５４に対して５’側に配置された、配列番号５６を含む第１のｔｒａｃｒ伸長部とを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項１０】
前記ｃｒＲＮＡが、５’から３’へと、［ターゲティングドメイン］−：
（ａ）配列番号５０；
（ｂ）配列番号５１；
（ｃ）配列番号７７；
（ｄ）配列番号７８；
（ｅ）配列番号７９；
（ｆ）配列番号８０；もしくは
（ｇ）配列番号８１；を含み、および／または
前記ｔｒａｃｒが、
（ｈ）配列番号５３；
（ｉ）配列番号５４；
（ｊ）配列番号８２；
（ｋ）配列番号８３；
（ｌ）配列番号６５；
（ｍ）配列番号８４；
（ｎ）配列番号８７；
（ｏ）配列番号７６；
（ｐ）配列番号８５；
（ｑ）配列番号８６；
（ｒ）３’末端部において、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのウラシル（Ｕ）ヌクレオチドをさらに含む、上記のｈ）〜ｑ）のうちのいずれか１つ；
（ｓ）３’末端部において、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのアデニン（Ａ）ヌクレオチドをさらに含む、上記のｈ）〜ｑ）のうちのいずれか１つ；または
（ｔ）５’末端部において、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのアデニン（Ａ）ヌクレオチドをさらに含む、上記のｈ）〜ｓ）のうちのいずれか１つ
を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項１１】
（ａ）前記ターゲティングドメインと、前記ｔｒａｃｒとが、別個の核酸分子上に配置され、前記ターゲティングドメインを含む前記核酸分子が配列番号７９を含み、配列番号７９が、任意選択で、前記ターゲティングドメインに対してすぐ３’側に配置され、前記ｔｒａｃｒを含む前記核酸分子が、配列番号６５を含む、または
（ｂ）前記ターゲティングドメインと、前記ｔｒａｃｒとが、単一の核酸分子上に配置され、前記ｇＲＮＡ分子が、前記ターゲティングドメインに対して３’側に配置され、かつ、前記ｔｒａｃｒに対して５’側に配置されたループを含み、前記ループが、任意選択で配列番号５２を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項１２】
５’から３’へと、［ターゲティングドメイン］−：
（ａ）配列番号７１；
（ｂ）配列番号７２；
（ｃ）配列番号７３；
（ｄ）配列番号７４；
（ｅ）配列番号７５；または
（ｆ）３’末端部において、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのウラシル（Ｕ）ヌクレオチドをさらに含む、上記の(ａ）〜（ｅ）のうちのいずれか１つ
を含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項１３】
（ａ）前記１つまたは複数の核酸分子の３’末端部における、１つまたは複数のホスホロチオエート修飾；
（ｂ）前記１つまたは複数の核酸分子の５’末端部における、１つまたは複数のホスホロチオエート修飾；
（ｃ）前記１つまたは複数の核酸分子の３’末端部における、１つまたは複数の２’−Ｏ−メチル修飾；
（ｄ）前記１つまたは複数の核酸分子の５’末端部における、１つまたは複数の２’−Ｏ−メチル修飾；
（ｅ）前記１つまたは複数の核酸分子の、末端に対して４つ目、末端に対して３つ目、および末端に対して２つ目の３’残基の各々における２’−Ｏ−メチル修飾；または
（ｆ）これらの任意の組合せ
を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項１４】
（ａ）前記ｇＲＮＡ分子を含むＣＲＩＳＰＲ系を、細胞集団へと導入すると、前記集団の前記細胞のうちの少なくとも約５％で、前記ｇＲＮＡ分子の前記ターゲティングドメインと相補的な前記標的配列において、またはこの近傍において、インデルが形成され、前記インデルが、１０ヌクレオチドを超える欠失を含み；および／または
（ｂ）前記ｇＲＮＡ分子を含むＣＲＩＳＰＲ系を、細胞集団へと導入すると、前記集団の前記細胞のうちの少なくとも約４０％で、前記ｇＲＮＡ分子の前記ターゲティングドメインと相補的な前記標的配列において、またはこの近傍において、インデルが形成される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項１５】
前記ｇＲＮＡ分子を含むＣＲＩＳＰＲ系を、細胞へと導入すると、ＴＥＴ２の少なくとも１つのアイソフォームの発現、ＴＥＴ２の機能、またはＴＥＴ２の触媒機能が、前記細胞内で低減または消失する、請求項１〜１４のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項１６】
前記ｇＲＮＡ分子を含むＣＲＩＳＰＲ系を、細胞集団へと導入すると、前記集団の前記細胞のうちの約５％以下でオフターゲットインデルが検出される、請求項１４または１５に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項１７】
請求項１〜１６のいずれか一項に記載の第１のｇＲＮＡ分子と、Ｃａｓ９分子またはＣａｓ９分子をコードする核酸とを含む組成物。
【請求項１８】
鋳型核酸をさらに含む、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
前記鋳型核酸がベクター内に存在し、前記ベクターが、レンチウイルスベクター、ＡＡＶベクター、ＡＡＶ６ベクター、アデノウイルスベクター、プラスミド、ミニサークル、またはナノプラスミドである、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２０】
前記鋳型核酸が、５’相同性アームおよび／または３’相同性アームを含み、前記相同性アームの少なくとも１つが、ＴＥＴ２イントロンの配列と相同な配列を含み、前記鋳型核酸が、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする核酸配列をさらに含む、請求項１８または１９に記載の組成物。
【請求項２１】
前記鋳型核酸が、前記ＣＡＲをコードする核酸配列に作動可能に連結したプロモーターを含み、前記プロモーターは、任意選択で、ＥＦ１アルファプロモーターであり、前記鋳型核酸配列が、配列番号１２４を含む第１の相同性アームと、配列番号１２５を含む第２の相同性アームとを含み；前記ｇＲＮＡ分子が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８〜１０５２７２５６３、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３、ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９、またはｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３から選択されるゲノム領域（ｈｇ３８に従う）内の標的配列と相補的なターゲティングドメインを含む、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
前記鋳型核酸配列が、ＡＡＶ６ベクター内にあり、前記鋳型核酸配列が、ＣＤ１９  ＣＡＲ、ＢＣＭＡ  ＣＡＲ、およびＣＤ２２  ＣＡＲから選択されるＣＡＲをコードする核酸配列を含み；前記鋳型核酸配列が、配列番号１２４を含む第１の相同性アームと、配列番号１２５を含む第２の相同性アームとを含み、前記ｇＲＮＡ分子が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８〜１０５２７２５６３、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３、ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９、またはｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３から選択されるゲノム領域（ｈｇ３８に従う）内の標的配列と相補的なターゲティングドメインを含み、または、前記ｇＲＮＡ分子が、配列番号１０１４８、配列番号１０１４９、または配列番号１０２０６を含むターゲティングドメインを含む、請求項１８〜２１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２３】
前記鋳型核酸がキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする核酸配列を含み、前記ＣＡＲが、
（ａ）配列番号１６０〜配列番号１７２または配列番号１７５のうちのいずれか１つを含む抗原結合性ドメインを含むＣＤ１９  ＣＡＲ；
（ｂ）配列番号１８５〜配列番号１９７のうちのいずれか１つを含むＣＤ１９  ＣＡＲ；
（ｃ）配列番号２３９〜配列番号２５３、配列番号２６９〜配列番号２９８、配列番号３２９〜配列番号３４９もしくは配列番号３７１〜配列番号４１２のうちのいずれか１つを含む抗原結合性ドメイン、または、配列番号２５４〜配列番号２６８もしくは配列番号３５０〜配列番号３７０のうちのいずれか１つによりコードされる抗原結合性ドメインを含むＢＣＭＡ  ＣＡＲ；または
（ｄ）配列番号８４９〜配列番号８６３または配列番号８７９〜配列番号８９９のうちのいずれか１つを含むＢＣＭＡ  ＣＡＲ
である、請求項１８〜２２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２４】
前記鋳型核酸がＡＡＶ６ベクター内にあり、前記鋳型核酸配列が配列番号１２６を含み、前記ｇＲＮＡ分子が、配列番号１０１４８、配列番号１０１４９、または配列番号１０２０６を含むターゲティングドメインを含む、請求項１８〜２３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２５】
少なくとも１つのさらなるｇＲＮＡ分子をさらに含み、前記少なくとも１つのさらなるｇＲＮＡ分子が、阻害性分子、ＰＤＣＤ１、Ｔ細胞受容体の構成要素、ＴＲＡＣ、ＴＲＢＣ、Ｂ２Ｍ、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＲ、ＨＬＡ−ＤＱ、ＨＬＡ−ＤＰ、ＣＩＩＴＡ、ＲＦＸＡＮＫ、ＲＦＸＡＰ、ＲＦＸ１、ＲＦＸ５、ＮＦ−ＹＡ、ＮＦ−ＹＢ、ＮＦ−ＹＣ、Ｘ２ＢＰ、ＯＣＡＢ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＮＬＲＣ５、ＣＤ２４７、ＣＤ３、ＣＤ３Ｄ、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｇ、ＤＣＫ、ＣＤ５２、ＦＫＢＰ１Ａ、またはＮＲ３Ｃ１内の標的配列と相補的なターゲティングドメインを含む、請求項１７〜２４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２６】
電気穿孔に適する培地中で製剤化された、請求項１７〜２５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２７】
前記第１のｇＲＮＡ分子および前記少なくとも１つのさらなるｇＲＮＡ分子の各々が、Ｃａｓ９分子と共に、リボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体内にあり、前記各ＲＮＰ複合体の濃度が約１０μＭ未満である、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２８】
請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子をコードする核酸。
【請求項２９】
請求項２８に記載の核酸を含み、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）ベクター、プラスミド、ミニサークル、ナノプラスミド、およびＲＮＡベクターからなる群から選択される、ベクター。
【請求項３０】
細胞の標的配列を変更する方法であって、前記細胞を、
（ａ）請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子、およびＣａｓ９分子；
（ｂ）請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子、およびＣａｓ９分子をコードする核酸；
（ｃ）請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子をコードする核酸、およびＣａｓ９分子；
（ｄ）請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子をコードする核酸、およびＣａｓ９分子をコードする核酸；
（ｅ）上記の（ａ）〜（ｄ）のうちのいずれか１つ、およびＣＡＲをコードする鋳型核酸；
（ｆ）請求項１７〜２７のいずれか一項に記載の組成物；または
（ｇ）請求項２９に記載のベクター
と接触させるステップを含み、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子、または請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子をコードする核酸と、前記Ｃａｓ９分子または前記Ｃａｓ９分子をコードする核酸とが、任意選択で単一の組成物中に製剤化されている、方法。
【請求項３１】
前記鋳型核酸が、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子または請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子をコードする核酸と、Ｃａｓ９分子またはＣａｓ９分子をコードする核酸とを含む前記組成物とは別個の組成物中に製剤化されている、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子または請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子をコードする核酸と、Ｃａｓ９分子またはＣａｓ９分子をコードする核酸とを含む前記組成物と、これとは別個の前記鋳型核酸を含む組成物とが逐次的に送達される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記鋳型核酸の少なくとも一部の、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子のターゲティングドメインと相補的な標的配列における、またはこの近傍における挿入を結果としてもたらし、前記挿入が、１つまたは両方の対立遺伝子で生じる、請求項３０〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するように細胞を操作する方法であって、
（ａ）前記細胞へと、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子、または請求項１７に記載の組成物を含むＣＲＩＳＰＲ系を導入するステップと；
（ｂ）前記細胞へと、ＣＡＲをコードする核酸配列を含む鋳型核酸を導入するステップと
を含み、ＣＡＲをコードする前記核酸配列が、ゲノムへと組み込まれ、前記方法が、前記細胞へと、阻害性分子、Ｔ細胞受容体の構成要素、Ｂ２Ｍ、および／またはＣＩＩＴＡの標的配列と相補的な１または複数のｇＲＮＡ分子を含む、１または複数のＣＲＩＳＰＲ系を導入するステップを任意選択でさらに含む、方法。
【請求項３５】
請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子、または請求項１７に記載の組成物を含む前記ＣＲＩＳＰＲ系と、前記鋳型核酸とが逐次的に送達される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記細胞が、免疫エフェクター細胞、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＣＤ４＋  Ｔ細胞、またはＣＤ８＋  Ｔ細胞であり、前記細胞が、前記細胞を投与される患者に関して自家または同種異系である、請求項３０〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記鋳型核酸がベクター内にあり、前記ベクターが、任意選択でＡＡＶベクターである、請求項３０〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記鋳型核酸が、前記ＣＡＲをコードする核酸配列に作動可能に連結したプロモーターを含み、前記プロモーターは任意選択で、ＥＦ１アルファプロモーターであり、前記鋳型核酸配列が、５’相同性アームおよび／または３’相同性アームを含み、前記相同性アームの少なくとも１つが、ＴＥＴ２イントロンの配列と相同な配列を含み、前記５’相同性アームが、任意選択で配列番号１２４を含み、前記３’相同性アームが、任意選択で配列番号１２５を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記鋳型核酸がＡＡＶ６ベクター内にあり、前記鋳型核酸配列が、ＣＤ１９  ＣＡＲ、ＢＣＭＡ  ＣＡＲ、およびＣＤ２２  ＣＡＲから選択されるＣＡＲをコードする核酸配列を含み、前記鋳型核酸配列が、配列番号１２４と、配列番号１２５とを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記鋳型核酸がＣＡＲをコードする核酸配列を含み、前記ＣＡＲが、
（ａ）配列番号１６０〜配列番号１７２または配列番号１７５のうちのいずれか１つを含む抗原結合性ドメインを含むＣＤ１９  ＣＡＲ；
（ｂ）配列番号１８５〜配列番号１９７のうちのいずれか１つを含むＣＤ１９  ＣＡＲ；
（ｃ）配列番号２３９〜配列番号２５３、配列番号２６９〜配列番号２９８、配列番号３２９〜配列番号３４９もしくは配列番号３７１〜配列番号４１２のうちのいずれか１つを含む抗原結合性ドメイン、または、配列番号２５４〜配列番号２６８もしくは配列番号３５０〜配列番号３７０のうちのいずれか１つによりコードされる抗原結合性ドメインを含むＢＣＭＡ  ＣＡＲ；または
（ｄ）配列番号８４９〜配列番号８６３もしくは配列番号８７９〜配列番号８９９のうちのいずれか１つを含むＢＣＭＡ  ＣＡＲ
である、請求項３０〜３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
前記鋳型核酸がＡＡＶ６ベクター内にあり、前記鋳型核酸配列が配列番号１２６の配列を含む、請求項３０〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
請求項３０〜４１のいずれか一項に記載の方法により変更された、または、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の第１のｇＲＮＡ分子、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の第１のｇＲＮＡ分子とＣａｓ９分子もしくはＣａｓ９分子をコードする核酸、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子の標的配列における、またはこの近傍におけるインデル、請求項１７〜２７のいずれか一項に記載の組成物、請求項２８に記載の核酸、または請求項２９に記載のベクターを含む細胞。
【請求項４３】
免疫エフェクター細胞、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＣＤ４＋  Ｔ細胞、またはＣＤ８＋  Ｔ細胞であり、前記細胞を投与される患者に関して自家または同種異系である、請求項４２に記載の細胞。
【請求項４４】
阻害性分子、Ｔ細胞受容体の構成要素、ＴＲＡＣ、ＴＲＢＣ１、ＴＲＢＣ２、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｄ、ＣＤ３Ｇ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、またはこれらの組合せの発現が、同じ種類の非改変細胞と比べて低減または消失している、および／または、ＴＥＴ２もしくは少なくとも１つのＴＥＴ２アイソフォームの発現が、同じ細胞種の非変更細胞と比べて低減もしくは消失している、および／または、ＴＥＴ２の１または複数の機能が同じ細胞種の非変更細胞と比べて低減もしくは消失している、請求項４２または４３に記載の細胞。
【請求項４５】
ＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部、任意選択で、ＴＥＴ２のイントロン９〜１０、エクソン９およびイントロン９〜１０のイントロン−エクソン接合部、またはエクソン１０およびイントロン９〜１０のイントロン−エクソン接合部でゲノムに組み込まれた、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする核酸配列を含む、請求項４２〜４４のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項４６】
Ｔ細胞であり、
（ａ）類似の種類の非変更細胞と比べて増強された増殖能；
（ｂ）類似の種類の非変更細胞と比べて増強された細胞傷害作用；
（ｃ）類似の種類の非変更細胞と比べて発現が低減した阻害性分子、ＰＤ１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＰＤ−Ｌ１、またはこれらの組合せ；または
（ｄ）Ｔｓｃｍの表現型
を呈示し、Ｔｓｃｍの表現型を呈示するＴ細胞は、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ２７およびＣＤ９５を発現する、請求項４２〜４５のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項４７】
ＴＥＴ２の発現および／または機能が、低減または消失しており、ＴＥＴ２イントロン内の部位に組み込まれた、異種核酸配列を含み、ＴＥＴ２イントロン内の前記部位が、任意選択で、ｃｈｒ４：１０５１４６９８０−１０５１９０３５９；ｃｈｒ４：１０５１９０５０６−１０５２３３８９６；ｃｈｒ４：１０５２３７３５２−１０５２４１３３８；ｃｈｒ４：１０５２４１４３０−１０５２４２８３３；ｃｈｒ４：１０５２４２９２８−１０５２４３５６９；ｃｈｒ４：１０５２４３７７９−１０５２５９６１８；ｃｈｒ４：１０５２５９７７０−１０５２６１７５８；ｃｈｒ４：１０５２６１８４９−１０５２６９６０９；ｃｈｒ４：１０５２６９７４８−１０５２７２５６３；ｃｈｒ４：１０５２７２９１９−１０５２７５０４７；ｃｈｒ４：１０５２７０６２４−１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０−１０５２７０６４９；ｃｈｒ４：１０５２７１８６３−１０５２７１８８３；ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１２０４−１０５２７１２２３；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；ｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５；ｃｈｒ４：１０５２７１３８７−１０５２７１４０７；ｃｈｒ４：１０５２７２４３６−１０５２７２４５６；ｃｈｒ４：１０５２７１９２４−１０５２７１９４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２３−１０５２７２３４３；ｃｈｒ４：１０５２７２０５７−１０５２７２０７７；ｃｈｒ４：１０５２７２３０９−１０５２７２３２９；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７１１８４−１０５２７１２０４；ｃｈｒ４：１０５２７１１９０−１０５２７１２１０；ｃｈｒ４：１０５２７１２９５−１０５２７１３１５；ｃｈｒ４：１０５２７１２９２−１０５２７１３１２；ｃｈｒ４：１０５２７１４５８−１０５２７１４７８；ｃｈｒ４：１０５２７０６３５−１０５２７０６５５；ｃｈｒ４：１０５２７１１７３−１０５２７１１９２；ｃｈｒ４：１０５２７１２３２−１０５２７１２５２；ｃｈｒ４：１０５２７１８４５−１０５２７１８６５；ｃｈｒ４：１０５２７１８４９−１０５２７１８６９；およびｃｈｒ４：１０５２７１０５６−１０５２７１０７６のうちのいずれか１つから選択される、改変細胞。
【請求項４８】
前記異種核酸配列がＣＡＲをコードし、前記ＣＡＲが、
（ａ）配列番号１６０〜配列番号１７２または配列番号１７５のうちのいずれか１つを含む抗原結合性ドメインを含むＣＤ１９  ＣＡＲ；
（ｂ）配列番号１８５〜配列番号１９７のうちのいずれか１つを含むＣＤ１９  ＣＡＲ；
（ｃ）配列番号２３９〜配列番号２５３、配列番号２６９〜配列番号２９８、配列番号３２９〜配列番号３４９もしくは配列番号３７１〜配列番号４１２のうちのいずれか１つを含む抗原結合性ドメイン、または、配列番号２５４〜配列番号２６８もしくは配列番号３５０〜配列番号３７０のうちのいずれか１つによりコードされる抗原結合性ドメインを含むＢＣＭＡ  ＣＡＲ；または
（ｄ）配列番号８４９〜配列番号８６３もしくは配列番号８７９〜配列番号８９９のうちのいずれか１つを含むＢＣＭＡ  ＣＡＲ
である、請求項４７に記載の改変細胞。
【請求項４９】
Ｔ細胞受容体の構成要素、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、またはこれらの組合せの発現および／または機能が、同じ種類の非改変細胞と比べて低減または消失している、請求項４２〜４８のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項５０】
増殖性疾患、前がん性状態、がん、または腫瘍抗原の発現と関連する非がん関連適応症を有する対象を処置するための、請求項４２〜４９のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項５１】
前記対象が、結腸がん、直腸がん、腎細胞癌、肝臓がん、肺非小細胞癌、小腸がん、食道がん、黒色腫、骨がん、膵臓がん、皮膚がん、頭頚部がん、皮膚または眼内悪性黒色腫、子宮がん、卵巣がん、直腸がん、肛門領域がん、胃がん、精巣がん、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頚癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、内分泌系がん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、軟組織肉腫、尿道がん、陰茎がん、小児充実性腫瘍、膀胱がん、腎または尿管がん、腎盂癌、中枢神経系（ＣＮＳ）新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮がん、扁平上皮がん、Ｔ細胞リンパ腫、環境誘導性がん、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性白血病、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、小児急性リンパ性白血病、Ｂ細胞性急性リンパ性白血病（Ｂ−ＡＬＬ）、Ｔ細胞性急性リンパ性白血病（Ｔ−ＡＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、毛様細胞白血病、小細胞または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成および骨髄異形成症候群、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンシュトロームマクログロブリン血症、前白血病、前記がんの組合せ、および前記がんの転移性病変から選択されるがんを有する、請求項５０に記載の細胞。
【請求項５２】
前記対象ががんを有し、前記処置が
（ａ）化学療法剤を投与すること、および／または
（ｂ）前記対象に請求項３５〜４２のいずれか一項に記載の細胞を投与する前に、リンパ球枯渇剤または免疫抑制薬を投与すること
をさらに含み、前記化学療法剤が、任意選択でシクロホスファミド、フルダラビン、またはシクロホスファミドおよびフルダラビンである、請求項５０または５１に記載の細胞。
【請求項５３】
ＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部の配列に結合する遺伝子編集系。
【請求項５４】
ＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部の前記配列が、ｃｈｒ４：１０５１４６９８０−１０５１９０３５９；ｃｈｒ４：１０５１９０５０６−１０５２３３８９６；ｃｈｒ４：１０５２３７３５２−１０５２４１３３８；ｃｈｒ４：１０５２４１４３０−１０５２４２８３３；ｃｈｒ４：１０５２４２９２８−１０５２４３５６９；ｃｈｒ４：１０５２４３７７９−１０５２５９６１８；ｃｈｒ４：１０５２５９７７０−１０５２６１７５８；ｃｈｒ４：１０５２６１８４９−１０５２６９６０９；ｃｈｒ４：１０５２６９７４８−１０５２７２５６３；およびｃｈｒ４：１０５２７２９１９−１０５２７５０４７のうちのいずれか１つから選択されるゲノム領域内、任意選択で、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４−１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０−１０５２７０６４９；ｃｈｒ４：１０５２７１８６３−１０５２７１８８３；ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１２０４−１０５２７１２２３；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；ｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５；ｃｈｒ４：１０５２７１３８７−１０５２７１４０７；ｃｈｒ４：１０５２７２４３６−１０５２７２４５６；ｃｈｒ４：１０５２７１９２４−１０５２７１９４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２３−１０５２７２３４３；ｃｈｒ４：１０５２７２０５７−１０５２７２０７７；ｃｈｒ４：１０５２７２３０９−１０５２７２３２９；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７１１８４−１０５２７１２０４；ｃｈｒ４：１０５２７１１９０−１０５２７１２１０；ｃｈｒ４：１０５２７１２９５−１０５２７１３１５；ｃｈｒ４：１０５２７１２９２−１０５２７１３１２；ｃｈｒ４：１０５２７１４５８−１０５２７１４７８；ｃｈｒ４：１０５２７０６３５−１０５２７０６５５；ｃｈｒ４：１０５２７１１７３−１０５２７１１９２；ｃｈｒ４：１０５２７１２３２−１０５２７１２５２；ｃｈｒ４：１０５２７１８４５−１０５２７１８６５；ｃｈｒ４：１０５２７１８４９−１０５２７１８６９；およびｃｈｒ４：１０５２７１０５６−１０５２７１０７６から選択されるゲノム領域内の配列であり、前記ゲノム領域が、ヒト基準ゲノムであるｈｇ３８に従う、請求項５３に記載の遺伝子編集系。
【請求項５５】
前記遺伝子編集系が、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）遺伝子編集系、ＴＡＬＥＮ遺伝子編集系、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集系、またはメガヌクレアーゼ遺伝子編集系である、請求項５３または５４に記載の遺伝子編集系。
【請求項５６】
前記遺伝子編集系が、鋳型核酸をさらに含み、前記鋳型核酸が、ＣＡＲをコードする核酸配列を含む、請求項５３〜５５のいずれか一項に記載の遺伝子編集系。
【請求項５７】
中皮腫、腺癌、神経膠芽腫、結腸がん、直腸がん、腎細胞癌、肝臓がん、肺非小細胞癌、小腸がん、食道がん、黒色腫、骨がん、膵臓がん、皮膚がん、頭頚部がん、皮膚または眼内悪性黒色腫、子宮がん、卵巣がん、直腸がん、肛門領域がん、胃がん、精巣がん、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頚癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、内分泌系がん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、軟組織肉腫、尿道がん、陰茎がん、小児充実性腫瘍、膀胱がん、腎または尿管がん、腎盂癌、中枢神経系（ＣＮＳ）新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮がん、扁平上皮がん、Ｔ細胞リンパ腫、環境誘導性がん、前記がんの組合せ、および前記がんの転移性病変からなる群から選択されるがんなどのがんの処置における使用のための、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子、請求項１７〜２７のいずれか一項に記載の組成物、請求項２８に記載の核酸、請求項２９に記載のベクター、請求項４２〜４９のいずれか一項に記載の細胞、または請求項５３〜５６のいずれか一項に記載の遺伝子編集系。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】１３７３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【１３７３】
配列表と、本明細書内で列挙される任意の配列との間に、齟齬が見られる範囲においては、本明細書内で列挙される配列が正確な配列とみなされるものとする。そうでないことが指し示されない限りにおいて、全てのゲノム位置は、ｈｇ３８に従う。
また、本発明は以下を提供する。
［１］
ｔｒａｃｒとｃｒＲＮＡとを含むｇＲＮＡ分子であって、前記ｃｒＲＮＡが、ＴＥＴ２イントロンおよびＴＥＴ２イントロン−エクソン接合部から選択される標的配列と相補的なターゲティングドメインを含む、ｇＲＮＡ分子。
［２］
前記ターゲティングドメインが、ｃｈｒ４：１０５１４６９８０−１０５１９０３５９；ｃｈｒ４：１０５１９０５０６−１０５２３３８９６；ｃｈｒ４：１０５２３７３５２−１０５２４１３３８；ｃｈｒ４：１０５２４１４３０−１０５２４２８３３；ｃｈｒ４：１０５２４２９２８−１０５２４３５６９；ｃｈｒ４：１０５２４３７７９−１０５２５９６１８；ｃｈｒ４：１０５２５９７７０−１０５２６１７５８；ｃｈｒ４：１０５２６１８４９−１０５２６９６０９；ｃｈｒ４：１０５２６９７４８−１０５２７２５６３；およびｃｈｒ４：１０５２７２９１９−１０５２７５０４７から選択されるゲノム領域内の配列と相補的であり、前記ゲノム領域が、ヒト基準ゲノムであるｈｇ３８に従う、［１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［３］
前記ゲノム領域が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８−１０５２７２５６３である、［２］に記載のｇＲＮＡ分子。
［４］
前記ターゲティングドメインが、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４−１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０−１０５２７０６４９；ｃｈｒ４：１０５２７１８６３−１０５２７１８８３；ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１２０４−１０５２７１２２３；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；ｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５；ｃｈｒ４：１０５２７１３８７−１０５２７１４０７；ｃｈｒ４：１０５２７２４３６−１０５２７２４５６；ｃｈｒ４：１０５２７１９２４−１０５２７１９４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２３−１０５２７２３４３；ｃｈｒ４：１０５２７２０５７−１０５２７２０７７；ｃｈｒ４：１０５２７２３０９−１０５２７２３２９；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７１１８４−１０５２７１２０４；ｃｈｒ４：１０５２７１１９０−１０５２７１２１０；ｃｈｒ４：１０５２７１２９５−１０５２７１３１５；ｃｈｒ４：１０５２７１２９２−１０５２７１３１２；ｃｈｒ４：１０５２７１４５８−１０５２７１４７８；ｃｈｒ４：１０５２７０６３５−１０５２７０６５５；ｃｈｒ４：１０５２７１１７３−１０５２７１１９２；ｃｈｒ４：１０５２７１２３２−１０５２７１２５２；ｃｈｒ４：１０５２７１８４５−１０５２７１８６５；ｃｈｒ４：１０５２７１８４９−１０５２７１８６９；およびｃｈｒ４：１０５２７１０５６−１０５２７１０７６から選択されるゲノム領域内の配列と相補的である、［１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［５］
前記ターゲティングドメインが、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４−１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０−１０５２７０６４９；ｃｈｒ４：１０５２７１３８７−１０５２７１４０７；ｃｈｒ４：１０５２７１９２４−１０５２７１９４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２３−１０５２７２３４３；ｃｈｒ４：１０５２７２０５７−１０５２７２０７７；ｃｈｒ４：１０５２７２３０９−１０５２７２３２９；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７１１８４−１０５２７１２０４；ｃｈｒ４：１０５２７１１９０−１０５２７１２１０；ｃｈｒ４：１０５２７１２９５−１０５２７１３１５；ｃｈｒ４：１０５２７１２９２−１０５２７１３１２；ｃｈｒ４：１０５２７１４５８−１０５２７１４７８；ｃｈｒ４：１０５２７０６３５−１０５２７０６５５；ｃｈｒ４：１０５２７１１７３−１０５２７１１９２；ｃｈｒ４：１０５２７１２３２−１０５２７１２５２；およびｃｈｒ４：１０５２７１０５６−１０５２７１０７６から選択されるゲノム領域内の配列と相補的である、［１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［６］
前記ターゲティングドメインが、ｃｈｒ４：１０５２７１８６３−１０５２７１８８３；ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１２０４−１０５２７１２２３；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；およびｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５から選択されるゲノム領域内の配列と相補的である、［１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［７］
前記ターゲティングドメインが、ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；およびｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５から選択されるゲノム領域内の配列と相補的である、［１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［８］
前記ターゲティングドメインが、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９；およびｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３から選択されるゲノム領域内の配列と相補的である、［１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［９］
前記ターゲティングドメインが、例えば、表１または表２の、配列番号１０００〜配列番号１０５１４のうちのいずれか１つ、またはこの断片を含むか、またはこれらからなる、［１］から［２］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［１０］
前記ターゲティングドメインが、配列番号１０１０２〜配列番号１０３２４のうちのいずれか１つ、またはこれらの断片を含む、［１］から［８］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［１１］
前記ターゲティングドメインが、表２に列挙されたターゲティングドメイン配列、またはこれらの断片を含む、［１］から［９］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［１２］
前記ターゲティングドメインが、配列番号１０１４８、配列番号１０１８４、配列番号１０１８５、配列番号１０１８８、配列番号１０２０９、配列番号１０２１２、配列番号１０３１７、配列番号１０３１８、配列番号１０１８７、配列番号１０２２４、配列番号１０２９２、配列番号１０１４９、配列番号１０１７７、配列番号１０１５１、配列番号１０２２５または配列番号１０５０９のうちのいずれか１つを含む、［１］から［１１］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［１３］
前記ターゲティングドメインが、配列番号１０１４８、１０１４９、１０２０６、１０１９１、１０５１５、１０２０３、１０２５９、１０１３６、１０３１４、１０２３４、１０２９０、１０２３３、１０２０９、１０２２４、１０２１２、１０３１７、１０３１８、１０２２５、１０１８４、１０１８５、１０１８８、１０１８７、１０２９２、１０１５１、１０５０９、１０２８１、１０２９９、１０３０１、］または［１０１７７のうちのいずれか１つを含む、［１］から［１１］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［１４］
前記ターゲティングドメインが、配列番号１０１４８、１０１４９、１０２９０、１０２０９、１０２２４、１０２１２、１０３１７、１０３１８、１０２２５、１０１８４、１０１８５、１０１８８、１０１８７、１０２９２、１０１５１、１０５０９、１０２８１、］または［１０１７７のうちのいずれか１つを含む、［１］から［１１］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［１５］
前記ターゲティングドメインが、配列番号１０２０６、１０１９１、１０５１５、１０２０３、１０２５９、１０１３６、１０３１４、］または［１０２３４のうちのいずれか１つを含む、［１］から［１１］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［１６］
前記ターゲティングドメインが、配列番号１０１９１、１０２０３、１０２５９、１０１３６、１０３１４、］または［１０２３４のうちのいずれか１つを含む、［１］から［１１］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［１７］
前記ターゲティングドメインが、配列番号１０１４８、１０１４９、および１０２０６のうちのいずれか１つを含む、［１］から［１１］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［１８］
前記ターゲティングドメインが、列挙されたターゲティングドメイン配列のうちのいずれか１つの、１７、１８、１９、または２０の連続核酸を含む、［１］から［１７］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［１９］
前記ターゲティングドメインが、列挙されたターゲティングドメイン配列のうちのいずれか１つの、１７、１８、１９、または２０の連続核酸からなる、［１］から［１７］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［２０］
前記列挙されたターゲティングドメイン配列のうちのいずれか１つの、１７、１８、１９、または２０の連続核酸が、列挙されたターゲティングドメイン配列の３’末端部に配置された、１７、１８、１９、または２０の連続核酸である、［１８］または［１９］に記載のｇＲＮＡ分子。
［２１］
前記列挙されたターゲティングドメイン配列のうちのいずれか１つの、１７、１８、１９、または２０の連続核酸が、列挙されたターゲティングドメイン配列の５’末端部に配置された、１７、１８、１９、または２０の連続核酸である、［１８］または［１９］に記載のｇＲＮＡ分子。
［２２］
前記列挙されたターゲティングドメイン配列のうちのいずれか１つの、１７、１８、１９、または２０の連続核酸が、列挙されたターゲティングドメイン配列の５’または３’核酸を含まない、［１８］または［１９］に記載のｇＲＮＡ分子。
［２３］
前記ターゲティングドメインが、列挙されたターゲティングドメイン配列からなる、［１］から［１７］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［２４］
前記ｃｒＲＮＡの部分と、前記ｔｒａｃｒの部分とが、ハイブリダイズして、配列番号５０または配列番号５１を含むフラッグポールを形成する、先行する項のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［２５］
前記フラッグポールが、前記フラッグポールの前記ｃｒＲＮＡ部分に対して３’側に位置する、第１のフラッグポール伸長部をさらに含み、前記第１のフラッグポール伸長部が、配列番号５５を含む、［２４］に記載のｇＲＮＡ分子。
［２６］
前記フラッグポールが、前記フラッグポールの前記ｃｒＲＮＡ部分と、存在する場合、前記第１のフラッグポール伸長部とに対して３’側に位置する、第２のフラッグポール伸長部をさらに含み、前記第２のフラッグポール伸長部が、配列番号５７を含む、［２４］または［２５］に記載のｇＲＮＡ分子。
［２７］
前記ｔｒａｃｒが、
（ａ）任意選択で、３’末端部において、さらなる１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのウラシル（Ｕ）ヌクレオチドをさらに含む配列番号７８２０；
（ｂ）配列番号６５；または
（ｃ）配列番号８４
を含む、［１］から［２６］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［２８］
前記フラッグポールの前記ｃｒＲＮＡ部分が、配列番号７９または配列番号８０を含む、［２７］に記載のｇＲＮＡ分子。
［２９］
前記ｔｒａｃｒが、配列番号５３または配列番号５４と、任意選択で、第１のフラッグポール伸長部が存在する場合、配列番号５３または配列番号５４に対して５’側に配置された、第１のｔｒａｃｒ伸長部とを含み、前記第１のｔｒａｃｒ伸長部が、配列番号５６を含む、［１］から［２６］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［３０］
前記ターゲティングドメインと、前記ｔｒａｃｒとが、別個の核酸分子上に配置された、［１９］から［２０］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［３１］
前記ｃｒＲＮＡが、５’から３’へと、［ターゲティングドメイン］−：
（ａ）配列番号５０；
（ｂ）配列番号５１；
（ｃ）配列番号７７；
（ｄ）配列番号７８；
（ｅ）配列番号７９；
（ｆ）配列番号８０；または
（ｇ）配列番号８１
を含む、［１］から［２３］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［３２］
前記ｔｒａｃｒが、５’から３’へと：
（ａ）配列番号５３；
（ｂ）配列番号５４；
（ｃ）配列番号８２；
（ｄ）配列番号８３；
（ｅ）配列番号６５；
（ｆ）配列番号８４；
（ｇ）配列番号８７；
（ｈ）配列番号７６；
（ｉ）配列番号８５；
（ｊ）配列番号８６；
（ｋ）３’末端部において、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのウラシル（Ｕ）ヌクレオチド、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのウラシル（Ｕ）ヌクレオチドをさらに含む、上記のａ）〜ｊ）のうちのいずれか；
（ｌ）３’末端部において、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのアデニン（Ａ）ヌクレオチド、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのアデニン（Ａ）ヌクレオチドをさらに含む、上記のａ）〜ｋ）のうちのいずれか；または
（ｍ）５’末端部（例えば、５’末端）において、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのアデニン（Ａ）ヌクレオチド、例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのアデニン（Ａ）ヌクレオチドをさらに含む、上記のa）〜l）のうちのいずれか
を含む、［１］から［２３］または［３１］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［３３］
前記ターゲティングドメインと、前記ｔｒａｃｒとが、別個の核酸分子上に配置され、前記ターゲティングドメインを含む前記核酸分子が、任意選択で、前記ターゲティングドメインに対してすぐ３’側に配置された配列番号７９を含み、前記ｔｒａｃｒを含む前記核酸分子が、配列番号６５を含む、［１］から［２３］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［３４］
前記ターゲティングドメインと、前記ｔｒａｃｒとが、単一の核酸分子上に配置され、前記ｔｒａｃｒが、前記ターゲティングドメインに対して３’側に配置された、［２７］から［２８］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［３５］
前記ターゲティングドメインに対して３’側に配置され、かつ、前記ｔｒａｃｒに対して５’側に配置されたループをさらに含む、［３４］に記載のｇＲＮＡ分子。
［３６］
前記ループが、配列番号５２を含む、［３５］に記載のｇＲＮＡ分子。
［３７］
５’から３’へと、［ターゲティングドメイン］−：
（ａ）配列番号７１；
（ｂ）配列番号７２；
（ｃ）配列番号７３；
（ｄ）配列番号７４；
（ｅ）配列番号７５；または
（ｆ）３’末端部において、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、もしくは７つのウラシル（Ｕ）ヌクレオチドをさらに含む、上記の(ａ）〜（ｅ）のうちのいずれか
を含む、［１］から［３３］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［３８］
前記ターゲティングドメインと、前記ｔｒａｃｒとが、単一の核酸分子上に配置され、前記核酸分子が、前記ターゲティングドメインと、任意選択で、前記ターゲティングドメインに対してすぐ３’側に配置された配列番号７１とを含む、［１］から［２３］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［３９］
前記ターゲティングドメインと、前記ｔｒａｃｒとが、単一の核酸分子上に配置され、前記核酸分子が、前記ターゲティングドメインと、任意選択で、前記ターゲティングドメインに対してすぐ３’側に配置された配列番号７５とを含む、［１］から［２３］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［４０］
前記ｇＲＮＡ分子を含む前記核酸分子のうちの、１つの核酸分子、または、任意選択で、１つを超える核酸分子が、
（ａ）前記１つまたは複数の核酸分子の３’末端部における、ある、例えば３つのホスホロチオエート修飾；
（ｂ）前記１つまたは複数の核酸分子の５’末端部における、ある、例えば３つのホスホロチオエート修飾；
（ｃ）前記１つまたは複数の核酸分子の３’末端部における、ある、例えば３つの２’−Ｏ−メチル修飾；
（ｄ）前記１つまたは複数の核酸分子の５’末端部における、ある、例えば３つの２’−Ｏ−メチル修飾；
（ｅ）前記１つまたは複数の核酸分子の、末端に対して４つ目、末端に対して３つ目、および末端に対して２つ目の３’残基の各々における２’−Ｏ−メチル修飾；または
（ｆ）これらの任意の組合せ
を含む、［１］から［３９］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［４１］
前記ｇＲＮＡ分子を含むＣＲＩＳＰＲ系（例えば、本明細書で記載されるＲＮＰ）を、細胞へと導入すると、前記ｇＲＮＡ分子の前記ターゲティングドメインと相補的な前記標的配列において、またはこの近傍において、インデルが形成される、［１］から［４０］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［４２］
前記インデルが、１０ヌクレオチドを超える欠失、例えば、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５ヌクレオチドの欠失を含む、［４１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［４３］
前記ｇＲＮＡ分子を含むＣＲＩＳＰＲ系（例えば、本明細書で記載されるＲＮＰ）を、細胞集団へと導入すると、前記集団の前記細胞のうちの少なくとも約４０％、例えば、少なくとも約５０％、例えば、少なくとも約６０％、例えば、少なくとも約７０％、例えば、少なくとも約８０％、例えば、少なくとも約９０％、例えば、少なくとも約９５％、例えば、少なくとも約９６％、例えば、少なくとも約９７％、例えば、少なくとも約９８％、例えば、少なくとも約９９％の中の、前記ｇＲＮＡ分子の前記ターゲティングドメインと相補的な前記標的配列において、またはこの近傍において、インデルが形成される、［１］から［４２］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［４４］
１０ヌクレオチドを超える欠失、例えば、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５ヌクレオチドの欠失を含む前記インデルが、前記集団の前記細胞のうちの少なくとも約５％、例えば、少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％またはこれを超える細胞内で検出される、［４２］に記載のｇＲＮＡ分子。
［４５］
前記インデルが、表２２中のインデルから選択される、［４１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［４６］
前記インデルが、表２３中のインデル頻度から選択されるインデル頻度で形成される、［４１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［４７］
前記インデルが、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）により測定されるものである、［４１］から［４６］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［４８］
前記ｇＲＮＡ分子を含むＣＲＩＳＰＲ系（例えば、本明細書で記載されるＲＮＰ）を、細胞へと導入すると、ＴＥＴ２の少なくとも１つのアイソフォームの発現が、前記細胞内で低減または消失する、［１］から［４７］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［４９］
前記ｇＲＮＡ分子を含むＣＲＩＳＰＲ系（例えば、本明細書で記載されるＲＮＰ）を、細胞へと導入すると、ＴＥＴ２の機能、例えば、触媒機能が、前記細胞内で低減または消失する、［１］から［４８］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［５０］
前記細胞内で、ＴＥＴ２の前記機能、例えば、前記触媒機能が、例えば、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、または５０％低減されるが、前記機能、例えば、前記触媒機能が、約８０％を超えて低減されない、例えば、消失しない、［４９］に記載のｇＲＮＡ分子。
［５１］
前記ｇＲＮＡ分子を含むＣＲＩＳＰＲ系（例えば、本明細書で記載されるＲＮＰ）を、細胞へと導入すると、ＴＥＴ２の発現、例えば、少なくとも１つのＴＥＴ２アイソフォームの発現、および／または少なくとも１つのＴＥＴ２の機能が、同じ種類であるが、前記ＣＲＩＳＰＲ系を導入していない細胞（例えば、同じ種類の非変更細胞）内の発現および／または機能のレベルと比べて変更されない、［１］から［５１］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［５２］
前記ｇＲＮＡ分子を含むＣＲＩＳＰＲ系（例えば、本明細書で記載されるＲＮＰ）を、細胞へと導入すると、前記細胞内で、例えば、次世代シーケンシングおよび／またはヌクレオチド挿入アッセイにより検出可能なオフターゲットインデルが形成されない、［４３］から［５１］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［５３］
前記ｇＲＮＡ分子を含むＣＲＩＳＰＲ系（例えば、本明細書で記載されるＲＮＰ）を、細胞集団へと導入すると、例えば、次世代シーケンシングおよび／またはヌクレオチド挿入アッセイにより検出可能なオフターゲットインデルが、前記細胞集団の前記細胞のうちの約５％以下、例えば、約１％以下、例えば、約０．１％以下、例えば、約０．０１％以下の中で検出される、［４３］から［５１］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子。
［５４］
［１］から［５３］のいずれかに記載の第１のｇＲＮＡ分子を含む組成物。
［５５］
Ｃａｓ９分子をさらに含む、［５４］に記載の組成物。
［５６］
前記Ｃａｓ９分子が、配列番号９０、配列番号１１１〜配列番号１２１または配列番号１２３のうちのいずれか１つを含む、［５５］に記載の組成物。
［５７］
前記Ｃａｓ９分子が、活性または不活性の化膿連鎖球菌（S. pyogenes）Ｃａｓ９である、［５５］に記載の組成物。
［５８］
前記第１のｇＲＮＡ分子およびＣａｓ９分子が、リボ核タンパク質複合体（ＲＮＰ）内に存在する、［５５］から［５７］のいずれかに記載の組成物。
［５９］
鋳型核酸をさらに含む、［５４］から［５８］のいずれかに記載の組成物。
［６０］
前記鋳型核酸が、二本鎖または一本鎖である、［５９］に記載の組成物。
［６１］
前記鋳型核酸が、ベクターであるか、またはこの中に含まれる、［５９］から［６０］のいずれかに記載の組成物。
［６２］
前記ベクターが、レンチウイルスベクター、ＡＡＶベクター、アデノウイルスベクター、プラスミド、ミニサークル、またはナノプラスミドである、［６１］に記載の組成物。
［６３］
前記ベクターが、ＡＡＶベクターである、［６２］に記載の組成物。
［６４］
前記ＡＡＶベクターが、ＡＡＶ６ベクターである、［６３］に記載の組成物。
［６５］
前記鋳型核酸が、少なくとも１つの（例えば、少なくとも５’または少なくとも３’）相同性アームを含み、前記相同性アームが、ＴＥＴ２イントロンの配列と相同な配列を含む、［５９］から［８４］のいずれかに記載の組成物。
［６６］
前記鋳型核酸が、５’および３’相同性アームの両方を含み、前記相同性アームのうちの少なくとも１つが、ＴＥＴ２イントロンの配列と相同な配列を含む、［６５］に記載の組成物。
［６７］
前記鋳型核酸が、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする核酸を含む、［５９］から［６６］のいずれかに記載の組成物。
［６８］
前記ＣＡＲが、
（ａ）例えば、本明細書で記載されるＣＤ１９  ＣＡＲ；または
（ｂ）例えば、本明細書で記載されるＢＣＭＡ  ＣＡＲ
である、［６７］に記載の組成物。
［６９］
前記ＣＡＲが、配列番号１６０〜配列番号１７２または配列番号１７５のうちのいずれか１つを含む抗原結合性ドメインを含むＣＤ１９  ＣＡＲである、［６８］に記載の組成物。
［７０］
前記ＣＡＲが、ＣＤ１９  ＣＡＲであり、配列番号１８５〜配列番号１９７のうちのいずれか１つを含む、［６８］から［６９］のいずれかに記載の組成物。
［７１］
前記ＣＡＲが、配列番号２３９〜配列番号４１２のうちのいずれか１つを含む抗原結合性ドメインを含むＢＣＭＡ  ＣＡＲである、［６８］に記載の組成物。
［７２］
前記ＣＡＲが、ＢＣＭＡ  ＣＡＲであり、配列番号８４９〜配列番号８６３または配列番号８７９〜配列番号８９９のうちのいずれか１つを含む、例えば、配列番号８５９を含む、［６８］および［７１］のいずれかに記載の組成物。
［７３］
前記鋳型核酸が、前記ＣＡＲをコードする核酸配列に作動可能に連結したプロモーター、例えば、ＥＦ１アルファプロモーターを含む、［６７］から［７２］のいずれかに記載の組成物。
［７４］
前記鋳型核酸配列が、ＣＤ１９  ＣＡＲ、ＢＣＭＡ  ＣＡＲ、およびＣＤ２２  ＣＡＲから選択されるＣＡＲをコードする核酸配列を含み；前記鋳型核酸配列が、配列番号１２４を含む第１の相同性アームと、配列番号１２５を含む第２の相同性アームとをさらに含み；前記ｇＲＮＡ分子が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８〜１０５２７２５６３、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３、ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９、またはｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３のゲノム領域（ｈｇ３８に従う）内の配列と相補的なターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［７５］
前記鋳型核酸配列が、配列番号１２４を含む第１の相同性アームと、配列番号１２５を含む第２の相同性アームとを含み；前記ｇＲＮＡ分子が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８〜１０５２７２５６３、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３、ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９、またはｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３のゲノム領域（ｈｇ３８に従う）内の配列と相補的なターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［７６］
前記鋳型核酸配列が、ＣＤ１９  ＣＡＲ、ＢＣＭＡ  ＣＡＲ、およびＣＤ２２  ＣＡＲから選択されるＣＡＲをコードする核酸配列を含み；前記ｇＲＮＡ分子が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８〜１０５２７２５６３、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３、ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９、またはｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３のゲノム領域（ｈｇ３８に従う）内の配列と相補的なターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［７７］
前記鋳型核酸配列が、ＡＡＶ６ベクター内にあり；前記鋳型核酸配列が、ＣＤ１９  ＣＡＲ、ＢＣＭＡ  ＣＡＲ、およびＣＤ２２  ＣＡＲから選択されるＣＡＲをコードする核酸配列を含み；前記鋳型核酸配列が、配列番号１２４を含む第１の相同性アームと、配列番号１２５を含む第２の相同性アームとをさらに含み；前記ｇＲＮＡ分子が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８〜１０５２７２５６３、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３、ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９、またはｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３のゲノム領域（ｈｇ３８に従う）内の配列と相補的なターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［７８］
前記鋳型核酸配列が、ＡＡＶ６ベクター上に提供され；前記鋳型核酸配列が、配列番号１２４を含む第１の相同性アームと、配列番号１２５を含む第２の相同性アームとを含み；前記ｇＲＮＡ分子が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８〜１０５２７２５６３、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３、ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９、またはｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３のゲノム領域（ｈｇ３８に従う）内の配列と相補的なターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［７９］
前記鋳型核酸配列が、ＡＡＶ６ベクター上に提供され；前記鋳型核酸配列が、ＣＤ１９  ＣＡＲ、ＢＣＭＡ  ＣＡＲ、およびＣＤ２２  ＣＡＲから選択されるＣＡＲをコードする核酸配列を含み；前記ｇＲＮＡ分子が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８〜１０５２７２５６３、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３、ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９、ｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３のゲノム領域（ｈｇ３８に従う）内の配列と相補的なターゲティングドメインを含むｇＲＮＡから選択される、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［８０］
前記鋳型核酸配列が、ＡＡＶ６ベクター上に提供され；前記ｇＲＮＡ分子が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８〜１０５２７２５６３、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３、ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９、またはｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３のゲノム領域（ｈｇ３８に従う）内の配列と相補的なターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［８１］
前記鋳型核酸配列が、ＣＤ１９  ＣＡＲ、ＢＣＭＡ  ＣＡＲ、およびＣＤ２２  ＣＡＲから選択されるＣＡＲをコードする核酸配列を含み；前記鋳型核酸配列が、配列番号１２４を含む第１の相同性アームと、配列番号１２５を含む第２の相同性アームとをさらに含み；前記ｇＲＮＡ分子が、表１中または表２中の配列、配列番号１０１４８、配列番号１０１４９、または配列番号１０２０６のうちのいずれかのターゲティングドメインを含むｇＲＮＡから選択される、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［８２］
前記鋳型核酸配列が、配列番号１２４を含む第１の相同性アームと、配列番号１２５を含む第２の相同性アームとを含み；前記ｇＲＮＡ分子が、表１中または表２中の配列、配列番号１０１４８、配列番号１０１４９、または配列番号１０２０６のうちのいずれかのターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［８３］
前記鋳型核酸配列が、ＣＤ１９  ＣＡＲ、ＢＣＭＡ  ＣＡＲ、およびＣＤ２２  ＣＡＲから選択されるＣＡＲをコードする核酸配列を含み；前記ｇＲＮＡ分子が、表１中または表２中の配列、配列番号１０１４８、配列番号１０１４９、または配列番号１０２０６のうちのいずれかのターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［８４］
前記鋳型核酸配列が、ＡＡＶ６ベクター上に提供され；前記鋳型核酸配列が、ＣＤ１９  ＣＡＲ、ＢＣＭＡ  ＣＡＲ、およびＣＤ２２  ＣＡＲから選択されるＣＡＲをコードする核酸配列を含み；前記鋳型核酸配列が、配列番号１２４を含む第１の相同性アームと、配列番号１２５を含む第２の相同性アームとをさらに含み；前記ｇＲＮＡ分子が、表１中または表２中の配列、配列番号１０１４８、配列番号１０１４９、または配列番号１０２０６のうちのいずれかのターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［８５］
前記鋳型核酸配列が、ＡＡＶ６ベクター上に提供され；前記鋳型核酸配列が、配列番号１２４を含む第１の相同性アームと、配列番号１２５を含む第２の相同性アームとを含み；前記ｇＲＮＡ分子が、表１中または表２中の配列、配列番号１０１４８、配列番号１０１４９、または配列番号１０２０６のうちのいずれかのターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［８６］
前記鋳型核酸配列が、ＡＡＶ６ベクター上に提供され；前記鋳型核酸配列が、ＣＤ１９  ＣＡＲ、ＢＣＭＡ  ＣＡＲ、およびＣＤ２２  ＣＡＲから選択されるＣＡＲをコードする核酸配列を含み；前記ｇＲＮＡ分子が、表１中または表２中の配列、配列番号１０１４８、配列番号１０１４９、または配列番号１０２０６のうちのいずれかのターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［８７］
前記鋳型核酸配列が、ＡＡＶ６ベクター上に提供され；前記ｇＲＮＡ分子が、表１中または表２中の配列、配列番号１０１４８、配列番号１０１４９、または配列番号１０２０６のうちのいずれかのターゲティングドメインを含むｇＲＮＡである、［５９］から［７３］のいずれかに記載の組成物。
［８８］
少なくとも１つのさらなるｇＲＮＡ分子をさらに含み、前記組成物の各ｇＲＮＡ分子が、異なる標的配列と相補的である、［５４］から［８７］のいずれかに記載の組成物。
［８９］
前記第１のｇＲＮＡ分子と、前記少なくとも１つのさらなるｇＲＮＡ分子とが、同じＴＥＴ２イントロン内の標的配列と相補的である、［８８］に記載の組成物。
［９０］
前記第１のｇＲＮＡ分子と、前記少なくとも１つのさらなるｇＲＮＡ分子とが、異なる遺伝子内の標的配列と相補的である、［８８］に記載の組成物。
［９１］
前記第１のｇＲＮＡ分子が、［１］から［５３］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子であり、前記さらなるｇＲＮＡ分子のうちの少なくとも１つが、阻害性分子（例えば、ＰＤＣＤ１）、Ｔ細胞受容体の構成要素（例えば、ＴＲＡＣまたはＴＲＢＣ）、Ｂ２Ｍ、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＲ、ＨＬＡ−ＤＱ、ＨＬＡ−ＤＰ、ＣＩＩＴＡ、ＲＦＸＡＮＫ、ＲＦＸＡＰ、ＲＦＸ１、ＲＦＸ５、ＮＦ−ＹＡ、ＮＦ−ＹＢ、ＮＦ−ＹＣ、Ｘ２ＢＰ、ＯＣＡＢ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＮＬＲＣ５、ＣＤ２４７、ＣＤ３、ＣＤ３Ｄ、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｇ、ＤＣＫ、ＣＤ５２、ＦＫＢＰ１Ａ、またはＮＲ３Ｃ１の標的配列と相補的なターゲティングドメインを含む、［９０］に記載の組成物。
［９２］
電気穿孔に適する培地中で製剤化された、［５４］から［９１］のいずれかに記載の組成物。
［９３］
前記ｇＲＮＡ分子の各々が、本明細書で記載されるＣａｓ９分子と共に、ＲＮＰ複合体内にあり、前記ＲＮＰ複合体の各々が、約１０ｕＭ未満、例えば、約３ｕＭ未満、例えば、約１ｕＭ未満、例えば、約０．５ｕＭ未満、例えば、約０．３ｕＭ未満、例えば、約０．１ｕＭ未満の濃度である、［５４］から［９２］のいずれかに記載の組成物。
［９４］
［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、または［５５］から［９３］のいずれかに記載の組成物のある、例えば全ての構成要素をコードする核酸配列。
［９５］
［９４］に記載の核酸を含むベクター。
［９６］
レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）ベクター、プラスミド、ミニサークル、ナノプラスミド、およびＲＮＡベクターからなる群から選択される、［９５］に記載のベクター。
［９７］
細胞の標的配列を変更する、例えば、その構造、例えば配列を変更する方法であって、前記細胞を、
（ａ）［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、例えば、１つを超えるｇＲＮＡ分子、およびＣａｓ９分子；
（ｂ）［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、例えば、１つを超えるｇＲＮＡ分子、およびＣａｓ９分子をコードする核酸；
（ｃ）［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、例えば、１つを超えるｇＲＮＡ分子をコードする核酸、およびＣａｓ９分子；
（ｄ）［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、例えば、１つを超えるｇＲＮＡ分子をコードする核酸、およびＣａｓ９分子をコードする核酸；
（ｅ）上記のａ）〜ｄ）のうちのいずれか、および鋳型核酸、例えば、［６０］から［８７］のいずれかに記載の鋳型核酸；
（ｆ）［５５］から［９３］のいずれかに記載の組成物；または
（ｇ）［９５］から［９６］のいずれかに記載のベクター
と接触させるステップを含む方法。
［９８］
［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、または［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子をコードする核酸と、前記Ｃａｓ９分子または前記Ｃａｓ９分子をコードする核酸とを、単一の組成物中に製剤化する、［９７］に記載の方法。
［９９］
前記組成物が、鋳型核酸、例えば、［６０］から［８７］のいずれかに記載の鋳型核酸を含み、前記鋳型核酸を、［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、または［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子をコードする核酸と、前記Ｃａｓ９分子または前記Ｃａｓ９分子をコードする核酸とは別個の組成物中に製剤化する、［９７］または［９８］に記載の方法。
［１００］
前記１つを超える組成物を、逐次的に送達する、［９９］に記載の方法。
［１０１］
前記１つを超える組成物を、同時に送達する、［９９］に記載の方法。
［１０２］
前記鋳型核酸の少なくとも一部の、［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子の標的配列における、またはこの近傍における挿入を結果としてもたらす、［９７］から［１０１］のいずれかに記載の方法。
［１０３］
前記挿入が、１つの対立遺伝子だけで生じる、［１０２］に記載の方法。
［１０４］
前記挿入が、両方の対立遺伝子で生じる、［１０２］に記載の方法。
［１０５］
キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するように細胞を操作する方法であって、
（ａ）前記細胞へと、［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、または［５５］から［５８］のいずれかに記載の組成物を含むＣＲＩＳＰＲ系を導入するステップと；
（ｂ）前記細胞へと、ＣＡＲをコードする核酸配列を含む鋳型核酸を導入するステップと
を含み、ＣＡＲをコードする前記核酸配列を、ゲノムへと、例えば、任意選択で、前記ｇＲＮＡ分子の標的配列における、またはこの近傍における、ゲノムの単一の対立遺伝子だけに組み込む、方法。
［１０６］
前記細胞へと、阻害性分子、Ｔ細胞受容体の構成要素、Ｂ２Ｍ、および／またはＣＩＩＴＡの標的配列と相補的な１または複数のｇＲＮＡ分子を含む、１または複数のＣＲＩＳＰＲ系を導入するステップをさらに含む、［１０５］に記載の方法。
［１０７］
前記細胞が、動物細胞である、［９７］から［１０６］のいずれかに記載の方法。
［１０８］
前記細胞が、哺乳動物、霊長類、またはヒト細胞である、［９７］から［１０７］のいずれかに記載の方法。
［１０９］
前記細胞が、免疫エフェクター細胞（例えば、免疫エフェクター細胞の集団）である、［１０８］に記載の方法。
［１１０］
前記免疫エフェクター細胞が、Ｔ細胞またはＮＫ細胞、例えば、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４＋  Ｔ細胞、ＣＤ８＋  Ｔ細胞、またはこれらの組合せである、［１０９］に記載の方法。
［１１１］
前記ＣＡＲが、
（ａ）例えば、本明細書で記載されるＣＤ１９  ＣＡＲ；または
（ｂ）例えば、本明細書で記載されるＢＣＭＡ  ＣＡＲ
である、［１０５］から［１０６］のいずれかに記載の方法。
［１１２］
前記ＣＡＲが、配列番号１６０〜配列番号１７２または配列番号１７５のうちのいずれか１つを含む抗原結合性ドメインを含むＣＤ１９  ＣＡＲである、［１１１］に記載の方法。
［１１３］
前記ＣＡＲが、ＣＤ１９  ＣＡＲであり、配列番号１８５〜配列番号１９７のうちのいずれか１つを含む、［１１１］から［１１２］のいずれかに記載の方法。
［１１４］
前記ＣＡＲが、配列番号２３９〜配列番号４１２のうちのいずれか１つを含む抗原結合性ドメインを含むＢＣＭＡ  ＣＡＲである、［１１１］に記載の方法。
［１１５］
前記ＣＡＲが、ＢＣＭＡ  ＣＡＲであり、配列番号８４９〜配列番号８６３または配列番号８７９〜配列番号８９９のうちのいずれか１つを含み、例えば、配列番号８５９を含む、［１１１］および［１１４］のいずれかに記載の方法。
［１１６］
前記細胞が、前記細胞を投与される患者に関して自家または同種異系である、［９７］から［１１５］のいずれかに記載の方法。
［１１７］
［９７］から［１１６］のいずれかに記載の方法により変更された細胞。
［１１８］
［１］から［５４］のいずれかに記載の第１のｇＲＮＡ分子、または［５５］から［９３］のいずれかに記載の組成物、［９４］に記載の核酸、または［９５］から［９６］のいずれかに記載のベクターを含む細胞。
［１１９］
動物細胞、例えば、哺乳動物、霊長類、またはヒト細胞である、［１１７］から［１１８］のいずれかに記載の細胞。
［１２０］
免疫エフェクター細胞（例えば、免疫エフェクター細胞の集団）、例えば、Ｔ細胞もしくはＮＫ細胞、例えば、Ｔ細胞、例えば、ＣＤ４＋  Ｔ細胞、ＣＤ８＋  Ｔ細胞、またはこれらの組合せである、［１１９］に記載の細胞。
［１２１］
阻害性分子、Ｔ細胞受容体の構成要素（例えば、ＴＲＡＣ、ＴＲＢＣ１、ＴＲＢＣ２、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｄ、またはＣＤ３Ｇ）、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、またはこれらの組合せの発現が、例えば、同じ種類の非改変細胞と比べて低減または消失している、［１１７］から［１２０］のいずれかに記載の細胞。
［１２２］
ゲノムへと、ＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部に組み込まれた、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする核酸配列を含む、［１１７］から［１２１］のいずれかに記載の細胞。
［１２３］
ゲノムへと、ＴＥＴ２のイントロン９〜１０、またはエクソン９およびイントロン９〜１０におけるイントロン−エクソン接合部、またはエクソン１０およびイントロン９〜１０におけるイントロン−エクソン接合部に組み込まれた、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする核酸配列を含む、［１１７］から［１２２］のいずれかに記載の細胞。
［１２４］
同じ細胞型の非変更細胞の発現および／または機能のレベルと比べて、低減もしくは消失したＴＥＴ２の発現、例えば、少なくとも１つのＴＥＴ２アイソフォームの発現、および／または低減もしくは消失したＴＥＴ２の機能、例えば、ＴＥＴ２の少なくとも１つの機能、例えば、ＴＥＴ２の触媒機能を含む、［１１７］から［１２３］のいずれかに記載の細胞。
［１２５］
Ｔ細胞であり、類似の種類の非変更細胞と比べて、
（ａ）増強された増殖能；
（ｂ）増強された細胞傷害作用；
（ｃ）低枯渇性表現型（例えば、阻害性分子、例えば、ＰＤ１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＰＤ−Ｌ１、またはこれらの組合せの発現の低減）；または
（ｄ）Ｔｓｃｍの表現型（例えば、ＣＤ４５ＲＡ＋  ＣＤ６２Ｌ＋  ＣＤ２７＋  ＣＤ９５＋である）
を呈示する、［１１７］から［１２４］のいずれかに記載の細胞。
［１２６］
前記細胞を投与される患者に関して自家である、［１１７］から［１２５］のいずれかに記載の細胞。
［１２７］
前記細胞を投与される患者に関して同種異系である、［１１７］から［１２５］のいずれかに記載の細胞。
［１２８］
ＴＥＴ２の発現および／または機能が、低減または消失しており、ＴＥＴ２イントロン内の部位に組み込まれた、異種核酸配列（例えば、キメラ抗原受容体をコードする核酸配列）を含む、改変細胞。
［１２９］
ＴＥＴ２イントロン内の前記部位が、ｃｈｒ４：１０５１４６９８０−１０５１９０３５９；ｃｈｒ４：１０５１９０５０６−１０５２３３８９６；ｃｈｒ４：１０５２３７３５２−１０５２４１３３８；ｃｈｒ４：１０５２４１４３０−１０５２４２８３３；ｃｈｒ４：１０５２４２９２８−１０５２４３５６９；ｃｈｒ４：１０５２４３７７９−１０５２５９６１８；ｃｈｒ４：１０５２５９７７０−１０５２６１７５８；ｃｈｒ４：１０５２６１８４９−１０５２６９６０９；ｃｈｒ４：１０５２６９７４８−１０５２７２５６３；およびｃｈｒ４：１０５２７２９１９−１０５２７５０４７のうちのいずれか１つから選択され、前記ゲノム領域が、ヒト基準ゲノムであるｈｇ３８に従う、［１２８］に記載の改変細胞。
［１３０］
前記異種核酸配列が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８〜１０５２７２５６３から選択されるＴＥＴ２イントロン内の部位に組み込まれる、［１２８］または［１２９］に記載の改変細胞。
［１３１］
前記異種核酸配列が、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４−１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０−１０５２７０６４９；ｃｈｒ４：１０５２７１８６３−１０５２７１８８３；ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１２０４−１０５２７１２２３；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；ｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５；ｃｈｒ４：１０５２７１３８７−１０５２７１４０７；ｃｈｒ４：１０５２７２４３６−１０５２７２４５６；ｃｈｒ４：１０５２７１９２４−１０５２７１９４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２３−１０５２７２３４３；ｃｈｒ４：１０５２７２０５７−１０５２７２０７７；ｃｈｒ４：１０５２７２３０９−１０５２７２３２９；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７１１８４−１０５２７１２０４；ｃｈｒ４：１０５２７１１９０−１０５２７１２１０；ｃｈｒ４：１０５２７１２９５−１０５２７１３１５；ｃｈｒ４：１０５２７１２９２−１０５２７１３１２；ｃｈｒ４：１０５２７１４５８−１０５２７１４７８；ｃｈｒ４：１０５２７０６３５−１０５２７０６５５；ｃｈｒ４：１０５２７１１７３−１０５２７１１９２；ｃｈｒ４：１０５２７１２３２−１０５２７１２５２；ｃｈｒ４：１０５２７１８４５−１０５２７１８６５；ｃｈｒ４：１０５２７１８４９−１０５２７１８６９；およびｃｈｒ４：１０５２７１０５６−１０５２７１０７６から選択されるＴＥＴ２イントロン内の部位に組み込まれる、［１２８］または［１２９］に記載の改変細胞。
［１３２］
前記異種核酸配列が、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４−１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０−１０５２７０６４９；ｃｈｒ４：１０５２７１３８７−１０５２７１４０７；ｃｈｒ４：１０５２７１９２４−１０５２７１９４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２３−１０５２７２３４３；ｃｈｒ４：１０５２７２０５７−１０５２７２０７７；ｃｈｒ４：１０５２７２３０９−１０５２７２３２９；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７１１８４−１０５２７１２０４；ｃｈｒ４：１０５２７１１９０−１０５２７１２１０；ｃｈｒ４：１０５２７１２９５−１０５２７１３１５；ｃｈｒ４：１０５２７１２９２−１０５２７１３１２；ｃｈｒ４：１０５２７１４５８−１０５２７１４７８；ｃｈｒ４：１０５２７０６３５−１０５２７０６５５；ｃｈｒ４：１０５２７１１７３−１０５２７１１９２；ｃｈｒ４：１０５２７１２３２−１０５２７１２５２；およびｃｈｒ４：１０５２７１０５６−１０５２７１０７６から選択されるＴＥＴ２イントロン内の部位に組み込まれる、［１２８］または［１２９］に記載の改変細胞。
［１３３］
前記異種核酸配列が、ｃｈｒ４：１０５２７１８６３−１０５２７１８８３；ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１２０４−１０５２７１２２３；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；およびｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５から選択されるＴＥＴ２イントロン内の部位に組み込まれる、［１２８］または［１２９］に記載の改変細胞。
［１３４］
前記異種核酸配列が、ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；およびｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５から選択されるＴＥＴ２イントロン内の部位に組み込まれる、［１２８］または［１２９］に記載の改変細胞。
［１３５］
前記異種核酸配列が、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９；およびｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３から選択されるＴＥＴ２イントロン内の部位に組み込まれる、［１２８］または［１２９］に記載の改変細胞。
［１３６］
Ｔ細胞受容体の構成要素、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、またはこれらの組合せの発現および／または機能が、同じ種類の非改変細胞と比べて低減または消失している、［１２８］から［１３５］のいずれか一項に記載の細胞。
［１３７］
対象において抗腫瘍免疫をもたらす方法であって、前記対象へと、有効量の、［１１７］から［１３６］のいずれかに記載の細胞を投与するステップを含む方法。
［１３８］
腫瘍抗原の発現と関連する疾患、例えば、増殖性疾患、前がん性状態、がん、および前記腫瘍抗原の発現と関連する非がん関連適応症を有する対象を処置する方法であって、前記対象へと、有効量の、［１１７］から［１３６］のいずれかに記載の細胞を投与するステップを含む方法。
［１３９］
前記腫瘍抗原の発現と関連する疾患が、がんまたは非がん関連適応症である、［１３８］に記載の方法。
［１４０］
前記疾患が、結腸がん、直腸がん、腎細胞癌、肝臓がん、肺非小細胞癌、小腸がん、食道がん、黒色腫、骨がん、膵臓がん、皮膚がん、頭頚部がん、皮膚または眼内悪性黒色腫、子宮がん、卵巣がん、直腸がん、肛門領域がん、胃がん、精巣がん、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頚癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、内分泌系がん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、軟組織肉腫、尿道がん、陰茎がん、小児充実性腫瘍、膀胱がん、腎または尿管がん、腎盂癌、中枢神経系（ＣＮＳ）新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮がん、扁平上皮がん、Ｔ細胞リンパ腫、環境誘導性がん、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性白血病、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、小児急性リンパ性白血病、Ｂ細胞性急性リンパ性白血病（Ｂ−ＡＬＬ）、Ｔ細胞性急性リンパ性白血病（Ｔ−ＡＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、毛様細胞白血病、小細胞または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成および骨髄異形成症候群、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンシュトロームマクログロブリン血症、および前白血病、前記がんの組合せ、および前記がんの転移性病変から選択されるがんである、［１３９］に記載の方法。
［１４１］
前記がんが、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）である、［１４０］に記載の方法。
［１４２］
前記がんが、小児ＡＬＬである、［１４０］に記載の方法。
［１４３］
前記がんが、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫である、［１４０］に記載の方法。
［１４４］
前記がんが、慢性リンパ球性白血病である、［１４０］に記載の方法。
［１４５］
前記がんが、濾胞性リンパ腫である、［１４０］に記載の方法。
［１４６］
前記がんが、ホジキンリンパ腫である、［１４０］に記載の方法。
［１４７］
前記がんが、非ホジキンリンパ腫である、［１４０］に記載の方法。
［１４８］
化学療法剤を投与するステップをさらに含む、［１３６］から［１４７］のいずれかに記載の方法。
［１４９］
前記化学療法剤が、シクロホスファミド、フルダラビン、またはシクロホスファミドおよびフルダラビンである、［１４８］に記載の方法。
［１５０］
前記対象へと、有効量の、［１１７］から［１３６］のいずれかに記載の細胞を投与するステップの前に、リンパ球枯渇剤または免疫抑制薬を投与するステップを含む、［１３６］から［１４９］のいずれかに記載の方法。
［１５１］
［１１７］から［１３６］のいずれかに記載の細胞を含む細胞集団であって、前記細胞のうちの少なくとも約３０％、例えば、前記細胞のうちの少なくとも約４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％が、［１１７］から［１３６］のいずれかに記載の細胞である、細胞集団。
［１５２］
ＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部の配列に結合する遺伝子編集系。
［１５３］
ＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部の前記配列が、ｃｈｒ４：１０５１４６９８０−１０５１９０３５９；ｃｈｒ４：１０５１９０５０６−１０５２３３８９６；ｃｈｒ４：１０５２３７３５２−１０５２４１３３８；ｃｈｒ４：１０５２４１４３０−１０５２４２８３３；ｃｈｒ４：１０５２４２９２８−１０５２４３５６９；ｃｈｒ４：１０５２４３７７９−１０５２５９６１８；ｃｈｒ４：１０５２５９７７０−１０５２６１７５８；ｃｈｒ４：１０５２６１８４９−１０５２６９６０９；ｃｈｒ４：１０５２６９７４８−１０５２７２５６３；およびｃｈｒ４：１０５２７２９１９−１０５２７５０４７のうちのいずれか１つから選択されるゲノム領域内の配列であり、前記ゲノム領域が、ヒト基準ゲノムであるｈｇ３８に従う、［１５２］に記載の遺伝子編集系。
［１５４］
前記ゲノム領域が、ｃｈｒ４：１０５２６９７４８〜１０５２７２５６３である、［１５３］に記載の遺伝子編集系。
［１５５］
ＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部の前記配列が、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４−１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０−１０５２７０６４９；ｃｈｒ４：１０５２７１８６３−１０５２７１８８３；ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１２０４−１０５２７１２２３；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；ｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５；ｃｈｒ４：１０５２７１３８７−１０５２７１４０７；ｃｈｒ４：１０５２７２４３６−１０５２７２４５６；ｃｈｒ４：１０５２７１９２４−１０５２７１９４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２３−１０５２７２３４３；ｃｈｒ４：１０５２７２０５７−１０５２７２０７７；ｃｈｒ４：１０５２７２３０９−１０５２７２３２９；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７１１８４−１０５２７１２０４；ｃｈｒ４：１０５２７１１９０−１０５２７１２１０；ｃｈｒ４：１０５２７１２９５−１０５２７１３１５；ｃｈｒ４：１０５２７１２９２−１０５２７１３１２；ｃｈｒ４：１０５２７１４５８−１０５２７１４７８；ｃｈｒ４：１０５２７０６３５−１０５２７０６５５；ｃｈｒ４：１０５２７１１７３−１０５２７１１９２；ｃｈｒ４：１０５２７１２３２−１０５２７１２５２；ｃｈｒ４：１０５２７１８４５−１０５２７１８６５；ｃｈｒ４：１０５２７１８４９−１０５２７１８６９；およびｃｈｒ４：１０５２７１０５６−１０５２７１０７６から選択されるゲノム領域内の配列である、［１５２］または［１５３］に記載の遺伝子編集系。
［１５６］
ＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部の前記配列が、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４−１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０−１０５２７０６４９；ｃｈｒ４：１０５２７１３８７−１０５２７１４０７；ｃｈｒ４：１０５２７１９２４−１０５２７１９４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２３−１０５２７２３４３；ｃｈｒ４：１０５２７２０５７−１０５２７２０７７；ｃｈｒ４：１０５２７２３０９−１０５２７２３２９；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７２３２４−１０５２７２３４４；ｃｈｒ４：１０５２７１１８４−１０５２７１２０４；ｃｈｒ４：１０５２７１１９０−１０５２７１２１０；ｃｈｒ４：１０５２７１２９５−１０５２７１３１５；ｃｈｒ４：１０５２７１２９２−１０５２７１３１２；ｃｈｒ４：１０５２７１４５８−１０５２７１４７８；ｃｈｒ４：１０５２７０６３５−１０５２７０６５５；ｃｈｒ４：１０５２７１１７３−１０５２７１１９２；ｃｈｒ４：１０５２７１２３２−１０５２７１２５２；およびｃｈｒ４：１０５２７１０５６−１０５２７１０７６から選択されるゲノム領域内の配列である、［１５２］または［１５３］に記載の遺伝子編集系。
［１５７］
ＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部の前記配列が、ｃｈｒ４：１０５２７１８６３−１０５２７１８８３；ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１２０４−１０５２７１２２３；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；およびｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５から選択されるゲノム領域内の配列である、［１５２］または［１５３］に記載の遺伝子編集系。
［１５８］
ＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部の前記配列が、ｃｈｒ４：１０５２７１３４０−１０５２７１３６０；ｃｈｒ４：１０５２７１５２６−１０５２７１５４６；ｃｈｒ４：１０５２７０３５０−１０５２７０３７０；ｃｈｒ４：１０５２７０２６８−１０５２７０２８８；ｃｈｒ４：１０５２７２１８２−１０５２７２２０２；およびｃｈｒ４：１０５２７２４６５−１０５２７２４８５から選択されるゲノム領域内の配列である、［１５２］または［１５３］に記載の遺伝子編集系。
［１５９］
ＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部の前記配列が、ｃｈｒ４：１０５２７０６２４〜１０５２７０６４３；ｃｈｒ４：１０５２７０６３０〜１０５２７０６４９；およびｃｈｒ４：１０５２７１８６３〜１０５２７１８８３から選択されるゲノム領域内の配列である、［１５２］または［１５３］に記載の遺伝子編集系。
［１６０］
前記遺伝子編集系が、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）遺伝子編集系、ＴＡＬＥＮ遺伝子編集系、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集系、またはメガヌクレアーゼ遺伝子編集系である、［１５２］から［１５９］のいずれかに記載の遺伝子編集系。
［１６１］
前記遺伝子編集系が、鋳型核酸をさらに含む、［１５２］から［１６０］のいずれかに記載の遺伝子編集系。
［１６２］
前記鋳型核酸が、ＣＡＲをコードする核酸配列を含む、［１６１］に記載の遺伝子編集系。
［１６３］
前記遺伝子編集系（および／または前記遺伝子編集系の、１または複数の構成要素をコードする核酸配列）を、細胞へと導入すると、前記ＣＡＲをコードする前記核酸配列が、前記細胞のゲノムへと、前記ゲノム編集系が結合するＴＥＴ２のイントロンまたはイントロン−エクソン接合部の前記配列において、またはこの近傍において組み込まれる、［１６２］に記載の遺伝子編集系。
［１６４］
［１５２］から［１６３］のいずれかに記載の遺伝子編集系により改変された細胞。
［１６５］
［１５２］から［１６３］のいずれかに記載の遺伝子編集系を含む細胞。
［１６６］
医薬としての使用のための、［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、［５５］から［９３］のいずれかに記載の組成物、［９４］に記載の核酸、［９５］から［９６］のいずれかに記載のベクター、［１１７］から［１３６］、［１５１］、もしくは［１６４］から［１６５］のいずれかに記載の細胞（または細胞集団）、または［１５２］から［１６３］のいずれかに記載の遺伝子編集系。
［１６７］
医薬の製造における使用のための、［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、［５５］から［９３］のいずれかに記載の組成物、［９４］に記載の核酸、［９５］から［９６］のいずれかに記載のベクター、［１１７］から［１３６］、［１５１］、もしくは［１６４］から［１６５］のいずれかに記載の細胞（または細胞集団）、または［１５２］から［１６３］のいずれかに記載の遺伝子編集系。
［１６８］
疾患の処置における使用のための、［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、［５５］から［９３］のいずれかに記載の組成物、［９４］に記載の核酸、［９５］から［９６］のいずれかに記載のベクター、［１１７］から［１３６］、［１５１］、もしくは［１６４］から［１６５］のいずれかに記載の細胞（または細胞集団）、または［１５２］から［１６３］のいずれかに記載の遺伝子編集系。
［１６９］
腫瘍抗原の発現と関連する疾患、例えば、増殖性疾患、前がん性状態、がん、および腫瘍抗原の発現と関連する非がん関連適応症である疾患の処置における使用のための、［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、［５５］から［９３］のいずれかに記載の組成物、［９４］に記載の核酸、［９５］から［９６］のいずれかに記載のベクター、［１１７］から［１３６］、［１５１］、もしくは［１６４］から［１６５］のいずれかに記載の細胞（または細胞集団）、または［１５２］から［１６３］のいずれかに記載の遺伝子編集系。
［１７０］
慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性白血病、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、小児急性リンパ性白血病、Ｂ細胞性急性リンパ性白血病（Ｂ−ＡＬＬ）、Ｔ細胞性急性リンパ性白血病（Ｔ−ＡＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、毛様細胞白血病、小細胞または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンシュトロームマクログロブリン血症、および前白血病からなる群から選択される血液がんであるがんの処置における使用のための、［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、［５５］から［９３］のいずれかに記載の組成物、［９４］に記載の核酸、［９５］から［９６］のいずれかに記載のベクター、［１１７］から［１３６］、［１５１］、もしくは［１６４］から［１６５］のいずれかに記載の細胞（または細胞集団）、または［１５２］から［１６３］のいずれかに記載の遺伝子編集系。
［１７１］
疾患が、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）である、［１７０］に記載の使用のためのｇＲＮＡ分子、組成物、核酸、ベクター、細胞（または細胞集団）、または遺伝子編集系。
［１７２］
疾患が、小児ＡＬＬである、［１７０］に記載の使用のためのｇＲＮＡ分子、組成物、核酸、ベクター、細胞（または細胞集団）、または遺伝子編集系。
［１７３］
疾患が、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫である、［１７０］に記載の使用のためのｇＲＮＡ分子、組成物、核酸、ベクター、細胞（または細胞集団）、または遺伝子編集系。
［１７４］
疾患が、慢性リンパ球性白血病である、［１７０］に記載の使用のためのｇＲＮＡ分子、組成物、核酸、ベクター、細胞（または細胞集団）、または遺伝子編集系。
［１７５］
疾患が、濾胞性リンパ腫である、［１７０］に記載の使用のためのｇＲＮＡ分子、組成物、核酸、ベクター、細胞（または細胞集団）、または遺伝子編集系。
［１７６］
疾患が、ホジキンリンパ腫である、［１７０］に記載の使用のためのｇＲＮＡ分子、組成物、核酸、ベクター、細胞（または細胞集団）、または遺伝子編集系。
［１７７］
疾患が、非ホジキンリンパ腫である、［１７０］に記載の使用のためのｇＲＮＡ分子、組成物、核酸、ベクター、細胞（または細胞集団）、または遺伝子編集系。
［１７８］
がんが、中皮腫、腺癌、神経膠芽腫、結腸がん、直腸がん、腎細胞癌、肝臓がん、肺非小細胞癌、小腸がん、食道がん、黒色腫、骨がん、膵臓がん、皮膚がん、頭頚部がん、皮膚または眼内悪性黒色腫、子宮がん、卵巣がん、直腸がん、肛門領域がん、胃がん、精巣がん、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頚癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、内分泌系がん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、軟組織肉腫、尿道がん、陰茎がん、小児充実性腫瘍、膀胱がん、腎または尿管がん、腎盂癌、中枢神経系（ＣＮＳ）新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮がん、扁平上皮がん、Ｔ細胞リンパ腫、環境誘導性がん、前記がんの組合せ、および前記がんの転移性病変からなる群から選択されるがんの処置における使用のための、［１］から［５４］のいずれかに記載のｇＲＮＡ分子、［５５］から［９３］のいずれかに記載の組成物、［９４］に記載の核酸、［９５］から［９６］のいずれかに記載のベクター、［１１７］から［１３６］、［１５１］、もしくは［１６４］から［１６５］のいずれかに記載の細胞（または細胞集団）、または［１５２］から［１６３］のいずれかに記載の遺伝子編集系。