【手続補正書】
【提出日】令和3年6月1日(2021.6.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＣｓｇＦのＣ末端ヘッドドメインおよびネックドメインの少なくとも一部を欠く切断ＣｓｇＦペプチドであって、ＣｓｇＧ結合領域を含み、修飾ＣｓｇＦペプチドと、ＣｓｇＧおよび前記切断ＣｓｇＦペプチドを含む細孔内に収縮部を形成する領域とを含む、切断ＣｓｇＦペプチド。
【請求項２】
２５〜５０アミノ酸の長さを有する、請求項１に記載のＣｓｇＦペプチド。
【請求項３】
（ｉ）配列番号６の残基１から配列番号６の残基２８〜４５のうちいずれか一つまでのアミノ酸配列、または配列番号６と少なくとも８０％の配列同一性を有するその相同体またはその変異体、
（ｉｉ）配列番号３９（配列番号６の残基１〜２９）、または配列番号６と少なくとも８０％の配列同一性を有するその相同体またはその変異体、
（ｉｉｉ）配列番号１５（配列番号６の残基１〜３４）、または配列番号６と少なくとも８０％の配列同一性を有するその相同体またはその変異体
（ｉｖ）配列番号５４（配列番号６の残基１〜３０）、または配列番号６と少なくとも８０％の配列同一性を有するその相同体またはその変異体、
（ｖ）配列番号４０（配列番号６の残基１〜４５）、または配列番号６と少なくとも８０％の配列同一性を有するその相同体またはその変異体、または
（ｖｉ）配列番号５５（配列番号６の残基１〜３５）、または配列番号６と少なくとも８０％の配列同一性を有するその相同体またはその変異体
を含む、請求項１または２に記載のＣｓｇＦペプチド。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれか一項に記載のＣｓｇＦペプチドであって、配列番号６の残基１と残基２８〜４５との間の領域、配列番号１５、配列番号３９、配列番号４０、配列番号５４または配列番号５５（残基１〜３５）にある一つ以上の残基が修飾され、任意に前記修飾が以下の位置  Ｇ１、Ｔ４、Ｆ５、Ｒ８、Ｎ９、Ｎ１１、Ｆ１２、Ａ２６およびＱ２９のうちの一つ以上における修飾であり、前記修飾が、システイン、疎水性アミノ酸、荷電アミノ酸、非ネイティブ反応性アミノ酸、または光反応性アミノ酸の導入である、ＣｓｇＦペプチド。
【請求項５】
以下の位置  Ｎ１５、Ｎ１７、Ａ２０、Ｎ２４、Ａ２８およびＤ３４のうちの一つ以上における修飾を含み、以下の置換  Ｎ１５Ｓ／Ａ／Ｔ／Ｑ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ｎ１７Ｓ／Ａ／Ｔ／Ｑ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ａ２０Ｓ／Ｔ／Ｑ／Ｎ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ｎ２４Ｓ／Ｔ／Ｑ／Ａ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ａ２８Ｓ／Ｔ／Ｑ／Ｎ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、およびＤ３４Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｎ／Ｑ／Ｃのうちの一つ以上を含む、請求項４に記載のＣｓｇＦペプチド。
【請求項６】
以下の置換  Ｇ１Ｃ、Ｔ４Ｃ、Ｎ１７Ｓ、およびＤ３４ＹまたはＤ３４Ｎのうちの一つ以上を含む、請求項４または５に記載のＣｓｇＦペプチド。
【請求項７】
前記Ｃ末端に酵素切断部位のすべてまたは一部および／またはシグナルペプチドをさらに含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載のＣｓｇＦペプチド。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の切断ＣｓｇＦペプチドを含む細孔であって、前記切断ＣｓｇＦペプチドがＣｓｇＧに結合され、前記細孔内に収縮部を形成する、細孔。
【請求項９】
前記切断ＣｓｇＦペプチドが前記ＣｓｇＧ細孔の内腔に挿入される、請求項８に記載の細孔。
【請求項１０】
前記ＣｓｇＧ細孔が６〜１０個のＣｓｇＧモノマーを含む、請求項８または９に記載の細孔。
【請求項１１】
前記細孔内の前記ＣｓｇＧモノマー：切断ＣｓｇＦペプチドの比が１：１である、請求項８〜１０のいずれか一項に記載の細孔。
【請求項１２】
前記ＣｓｇＦペプチドと前記ＣｓｇＧ細孔が共有結合されている請求項８〜１１のいずれか一項に記載の細孔であって、前記共有結合が、
（ｉ）  配列番号３またはその相同体の１３２、１３３、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、２０１、２０３、２０５、２０７または２０９に対応する位置にあるシステイン残基、または
（ｉｉ）  配列番号３またはその相同体の１３２、１３３、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、２０１、２０３、２０５、２０７または２０９に対応する位置にある非ネイティブ反応性または光反応性アミノ酸、
を介する細孔。
【請求項１３】
前記ＣｓｇＧ細孔が、配列番号３の以下の修飾
（ｉ）      位置Ｙ５１、Ｎ５５およびＦ５６の一つ以上での修飾、および任意にＹ５１Ａ／Ｉ／Ｖ／Ｓ／Ｔ、Ｎ５５Ａ／Ｉ／Ｖ／Ｓ／ＴおよびＦ５６／Ａ／Ｉ／Ｖ／Ｓ／Ｔ／Ｑから選択される少なくとも一つの置換、
（ｉｉ）    Ｒ９７ＷまたはＲ９７ＹおよびＲ９３ＷまたはＲ９３Ｙから選択される少なくとも一つの置換、
（ｉｉｉ）  配列番号３のＶ１０５、Ａ１０６、およびＩ１０７の欠失、
（ｉｖ）    配列番号３の位置Ｒ１９２、Ｆ１９３、Ｉ１９４、Ｄ１９５、Ｙ１９６、Ｑ１９７、Ｒ１９８、Ｌ１９９、およびＥ２０１のうちの一つ以上の欠失または配列番号３のＤ１９５、Ｙ１９６、Ｑ１９７、Ｒ１９８、およびＬ１９９の欠失、
（ｖ）      Ｋ９４Ｎ／Ｑ／Ｒ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｌ／Ｓ、Ｄ４３Ｓ、Ｅ４４Ｓ、Ｆ４８Ｓ／Ｎ／Ｑ／Ｙ／Ｗ／Ｉ／Ｖ／Ｈ／Ｒ／Ｋ、Ｑ８７Ｎ／Ｒ／Ｋ、Ｎ９１Ｋ／Ｒ、Ｒ９７Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｖ／Ｉ／Ｋ／Ｓ／Ｑ／Ｈ、Ｅ１０１Ｉ／Ｌ／Ａ／Ｈ、Ｎ１０２Ｋ／Ｑ／Ｌ／Ｉ／Ｖ／Ｓ／Ｈ、Ｒ１１０Ｆ／Ｇ／Ｎ、Ｑ１１４Ｒ／Ｋ、Ｒ１４２Ｑ／Ｓ、Ｔ１５０Ｙ／Ａ／Ｖ／Ｌ／Ｓ／Ｑ／Ｎから選択される少なくとも一つの置換、
（ｖｉ）    位置Ｉ４１、Ｒ９３、Ａ９８、Ｑ１００、Ｇ１０３、Ｔ１０４、Ａ１０６、Ｉ１０７、Ｎ１０８、Ｌ１１３、Ｓ１１５、Ｔ１１７、Ｙ１３０、Ｋ１３５、Ｅ１７０、Ｓ２０８、Ｄ２３３、Ｄ２３８、Ｅ２４４、Ｑ４２、Ｅ４４、Ｌ９０、Ｎ９１、Ｉ９５、Ａ９９、Ｅ１０１およびＱ１１４のうち一つ以上での修飾、
（ｖｉｉ）  Ｖ１０５、Ａ１０６およびＩ１０７の欠失、
（ｖｉｉｉ）Ｑ４２ＫまたはＱ４２Ｒ、Ｅ４４ＮまたはＥ４４Ｑ、Ｌ９０ＲまたはＬ９０Ｋ、Ｎ９１ＲまたはＮ９１Ｋ、Ｉ９５ＲまたはＩ９５Ｋ、Ａ９９ＲまたはＡ９９Ｋ、Ｅ１０１Ｈ、Ｅ１０１Ｋ、Ｅ１０１Ｎ、Ｅ１０１ＱまたはＥ１０１Ｔ、および／またはＱ１１４Ｋから選択される少なくとも一つの置換、および／または
（ｘ）    置換Ｎ５５Ｖ
に対応する一つ以上の修飾を含む少なくとも一つのモノマーを含む、請求項８〜１２のいずれか一項に記載の細孔。
【請求項１４】
前記ＣｓｇＧ細孔が、配列番号３のＲ１９２に対応する位置に、ＲまたはＫを含む少なくとも一つのモノマーを含む、請求項８〜１３のいずれか一項に記載の細孔。
【請求項１５】
一つ以上のＣｓｇＧモノマーおよびＣｓｇＦペプチドを宿主細胞内で共発現し、それによって前記細胞内の膜貫通細孔複合体形成を許容する工程、または一つ以上の精製されたＣｓｇＧモノマーを修飾ＣｓｇＦペプチドと接触させて、それによって前記細孔のｉｎ  ｖｉｔｒｏ形成を許容する工程を含む、請求項８〜１４のいずれか一項に記載の細孔を生成する方法。
【請求項１６】
前記ＣｓｇＦペプチドの切断がＣｓｇＧ結合領域と前記細孔内に収縮部を形成する領域とを含む切断ＣｓｇＦペプチドを生成するように位置付けられた酵素切断部位を含む、修飾ＣｓｇＦペプチドを発現する工程を含み、前記ＣｓｇＦペプチドを切断する工程を含む、請求項１５に記載の細孔を生成する方法。
【請求項１７】
標的分析物の存在、不在または一つ以上の特性を決定するための方法であって、
（ｉ）    前記標的分析物が前記細孔複合体内に移動するように、請求項８〜１４のいずれか一項に記載の細孔に前記標的分析物を接触させる工程と、
（ｉｉ）  前記分析物が前記細孔複合体を通って移動する時に、一つ以上の測定値を取り、それによって前記分析物の存在、不在または一つ以上の特性を決定する工程とを含む、方法。
【請求項１８】
請求項８〜１４のいずれか(ａ)項に記載の細孔と、（ｂ）膜の構成要素とを含む、標的分析物を特徴付けるためのキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４５４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４５４】
配列番号８８は、ｃｕｒｌｉ生産組立／輸送構成要素ＣｓｇＧ  ［Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃ
ｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｎｉｍｅｎｓｅ  Ｇ３１１］のＣＥＪ７０２２２．１：２９−２６
２のアミノ酸配列を示し、これは配列番号３と５０％同一である。
本発明の様々な実施形態を以下に示す。
１．ＣｓｇＧ細孔および修飾ＣｓｇＦペプチドを含む細孔であって、前記修飾ＣｓｇＦペプチドがＣｓｇＧに結合され、前記細孔内に収縮部を形成する、細孔。
２．前記ＣｓｇＦペプチドが、ＣｓｇＦのＣ末端ヘッドドメインおよびＣｓｇＦのネックドメインの少なくとも一部とを欠く、切断ＣｓｇＦペプチドである、請求項１に記載の細孔。
３．前記ＣｓｇＦペプチドが、２５〜５０アミノ酸の長さを有する、請求項１または２に記載の細孔。
４．前記ＣｓｇＦペプチドが、配列番号６の残基１から配列番号６の残基２８〜４５のいずれか一つ、または配列番号６の相同体またはそのいずれかの変異体の対応する残基までのアミノ酸配列を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の細孔。
５．前記ＣｓｇＦペプチドが、配列番号３９（配列番号６の残基１〜２９）またはその相同体または変異体を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の細孔。
６．前記ＣｓｇＦペプチドが、配列番号１５（配列番号６の残基１〜３４）、配列番号４０（配列番号６の残基１〜４５）、配列番号５４（配列番号６の残基１〜３０）、または配列番号５５（配列番号６の残基１〜３５）またはその相同体または変異体を含む、請求項５に記載の細孔。
７．請求項６に記載の細孔であって、前記ＣｓｇＦペプチド内において、配列番号  １５、配列番号  ３９、配列番号  ４０、配列番号５４、または配列番号５５のうち一つ以上の残基が修飾される、細孔。
８．前記ＣｓｇＦペプチドが、以下の位置  Ｇ１、Ｔ４、Ｆ５、Ｒ８、Ｎ９、Ｎ１１、Ｆ１２、Ａ２６およびＱ２９のうちの一つ以上に修飾を含む、請求項７に記載の細孔。
９．前記修飾が、システイン、疎水性アミノ酸、荷電アミノ酸、非ネイティブ反応性アミノ酸、または光反応性アミノ酸の導入である、請求項７または８に記載の細孔。
１０．前記ＣｓｇＦペプチドが、以下の位置  Ｎ１５、Ｎ１７、Ａ２０、Ｎ２４、Ａ２８およびＤ３４のうちの一つ以上に修飾を含む、請求項７〜９のいずれか一項に記載の細孔。
１１．前記ＣｓｇＦペプチドが、以下の置換  Ｎ１５Ｓ／Ａ／Ｔ／Ｑ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ｎ１７Ｓ／Ａ／Ｔ／Ｑ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ａ２０Ｓ／Ｔ／Ｑ／Ｎ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ｎ２４Ｓ／Ｔ／Ｑ／Ａ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ａ２８Ｓ／Ｔ／Ｑ／Ｎ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、およびＤ３４Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｎ／Ｑ／Ｃのうちの一つ以上を含む、請求項１０に記載の細孔。
１２．前記ＣｓｇＦペプチドが、以下の置換  Ｇ１Ｃ、Ｔ４Ｃ、Ｎ１７Ｓ、およびＤ３４ＹまたはＤ３４Ｎのうちの一つ以上を含む、請求項７〜１１のいずれか一項に記載の細孔。
１３．前記ＣｓｇＦペプチドが、前記Ｃ末端に酵素切断部位のすべてまたは一部をさらに含む、請求項７〜１２のいずれか一項に記載の細孔。
１４．前記切断ＣｓｇＦペプチドが前記ＣｓｇＧ細孔の内腔に挿入される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の細孔。
１５．前記ＣｓｇＧ細孔が６〜１０個のＣｓｇＧモノマーを含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の細孔。
１６．前記細孔内の前記ＣｓｇＧモノマー：切断ＣｓｇＦペプチドの比が１：１である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の細孔。
１７．前記ＣｓｇＦペプチドと前記ＣｓｇＧ細孔が共有結合されている、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の細孔。
１８．請求項１７に記載の細孔であって、前記共有結合が、
（ｉ）    配列番号３またはその相同体の１３２、１３３、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、２０１、２０３、２０５、２０７または２０９に対応する位置にあるシステイン残基、
（ｉｉ）  配列番号３またはその相同体の１３２、１３３、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、２０１、２０３、２０５、２０７または２０９に対応する位置にある非ネイティブ反応性または光反応性アミノ酸、を介する細孔。
１９．前記ＣｓｇＦペプチドおよび前記ＣｓｇＧ細孔が、それぞれ配列番号６および配列番号３の１と１５３、４と１３３、５と１３６、８と１８７、８と２０３、９と２０３、１１と１４２、１１と２０１、１２と１４９、１２と２０３、２６と１９１、および２９と１４４位置の対のうち一つ以上に対応する位置にある残基を介して、共有結合されている、請求項１７または１８に記載の細孔。
２０．前記共有結合性がジスルフィド結合、またはクリックケミストリーである、請求項１７〜１９のいずれか一項に記載の細孔。
２１．前記ＣｓｇＦペプチドと前記ＣｓｇＧ細孔との間の相互作用が、それぞれ配列番号６および配列番号３の１と１５３、４と１３３、５と１３６、８と１８７、８と２０３、９と２０３、１１と１４２、１１と２０１、１２と１４９、１２と２０３、２６と１９１、および２９と１４４の位置の対のうち一つ以上に対応する位置での疎水性相互作用、または静電気的相互作用または共有結合相互作用により安定化される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の細孔。
２２．前記ＣｓｇＧ細孔が、配列番号３の以下の修飾
（ｉ）      位置Ｙ５１、Ｎ５５およびＦ５６の一つ以上での修飾、
（ｉｉ）    Ｒ９７ＷまたはＲ９７ＹおよびＲ９３ＷまたはＲ９３Ｙから選択される少なくとも一つの置換、
（ｉｉｉ）  配列番号３のＶ１０５、Ａ１０６、およびＩ１０７の欠失、
（ｉｖ）    配列番号３の位置Ｒ１９２、Ｆ１９３、Ｉ１９４、Ｄ１０５、Ｙ１９６、Ｑ１９７、Ｒ１９８、Ｌ１９９、およびＥ２０１のうちの一つ以上の欠失、
（ｖ）      Ｋ９４Ｎ／Ｑ／Ｒ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｌ／Ｓ、Ｄ４３Ｓ、Ｅ４４Ｓ、Ｆ４８Ｓ／Ｎ／Ｑ／Ｙ／Ｗ／Ｉ／Ｖ／Ｈ／Ｒ／Ｋ、Ｑ８７Ｎ／Ｒ／Ｋ、Ｎ９１Ｋ／Ｒ、Ｒ９７Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｖ／Ｉ／Ｋ／Ｓ／Ｑ／Ｈ、Ｅ１０１Ｉ／Ｌ／Ａ／Ｈ、Ｎ１０２Ｋ／Ｑ／Ｌ／Ｉ／Ｖ／Ｓ／Ｈ、Ｒ１１０Ｆ／Ｇ／Ｎ、Ｑ１１４Ｒ／Ｋ、Ｒ１４２Ｑ／Ｓ、Ｔ１５０Ｙ／Ａ／Ｖ／Ｌ／Ｓ／Ｑ／Ｎから選択される少なくとも一つの置換、および／または
（ｖｉ）    位置Ｉ４１、Ｒ９３、Ａ９８、Ｑ１００、Ｇ１０３、Ｔ１０４、Ａ１０６、Ｉ１０７、Ｎ１０８、Ｌ１１３、Ｓ１１５、Ｔ１１７、Ｙ１３０、Ｋ１３５、Ｅ１７０、Ｓ２０８、Ｄ２３３、Ｄ２３８、Ｅ２４４、Ｑ４２、Ｅ４４、Ｌ９０、Ｎ９１、Ｉ９５、Ａ９９、Ｅ１０１およびＱ１１４のうち一つ以上での修飾、に対応する一つ以上の修飾を含む少なくとも一つのモノマーを含む、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の細孔。
２３．前記ＣｓｇＧ細孔が、配列番号３の以下の修飾
（ｉ）      Ｙ５１Ａ／Ｉ／Ｖ／Ｓ／Ｔ、Ｎ５５Ａ／Ｉ／Ｖ／Ｓ／ＴおよびＦ５６／Ａ／Ｉ／Ｖ／Ｓ／Ｔ／Ｑから選択される少なくとも一つの置換、
（ｉｉ）    前記置換Ｒ９７Ｗ、
（ｉｉｉ）  Ｆ１９３、Ｉ１９４、Ｄ１９５、Ｙ１９６、Ｑ１９７、Ｒ１９８およびＬ１９９の欠失、またはＤ１９５、Ｙ１９６、Ｑ１９７、Ｒ１９８およびＬ１９９の欠失、
（ｉｖ）    Ｖ１０５、Ａ１０６およびＩ１０７の欠失、
（ｖ）      Ｋ９４ＱおよびＫ９４Ｎから選択される置換、
（ｖｉ）    Ｑ４２ＫまたはＱ４２Ｒ、Ｅ４４ＮまたはＥ４４Ｑ、Ｌ９０ＲまたはＬ９０Ｋ、Ｎ９１ＲまたはＮ９１Ｋ、Ｉ９５ＲまたはＩ９５Ｋ、Ａ９９ＲまたはＡ９９Ｋ、Ｅ１０１Ｈ、Ｅ１０１Ｋ、Ｅ１０１Ｎ、Ｅ１０１ＱまたはＥ１０１Ｔ、および／またはＱ１１４Ｋから選択される少なくとも一つの置換、および／または
（ｖｉｉ）  前記置換Ｎ５５Ｖ、に対応する一つ以上の修飾を含む少なくとも一つのモノマーを含む、請求項２２に記載の細孔。
２４．前記ＣｓｇＧ細孔が、配列番号３のＲ１９２に対応する位置に、ＲまたはＫを含む少なくとも一つのモノマーを含む、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の細孔。
２５．二つのＣｓｇＧ細孔を含む二重細孔であり、前記ＣｓｇＦペプチドが前記ＣｓｇＧ細孔のうちの少なくとも一つの内腔に挿入される、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の細孔。
２６．膜内に含まれる、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の細孔。
２７．前記方法が、一つ以上のＣｓｇＧモノマーおよびＣｓｇＦペプチドを宿主細胞内で共発現し、それによって前記細胞内の膜貫通細孔複合体形成を許容する工程を含む、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の細孔を生成する方法。
２８．前記方法が、一つ以上の精製されたＣｓｇＧモノマーを修飾ＣｓｇＦペプチドと接触させて、それによって前記細孔のｉｎ  ｖｉｔｒｏ形成を許容する工程を含む、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の細孔を生成するための方法。
２９．前記修飾ＣｓｇＦペプチドが切断される、請求項２７または２８に記載の細孔を生成する方法。
３０．前記方法が、前記ＣｓｇＦペプチドの切断がＣｓｇＧ結合領域と前記細孔内に収縮部を形成する領域とを含む切断ＣｓｇＦペプチドを生成するように位置付けられた酵素切断部位を含む、修飾ＣｓｇＦペプチドを発現する工程を含み、前記方法が、前記ＣｓｇＦペプチドを切断する工程を含む、請求項２７または２８に記載の細孔を生成する方法。
３１．前記修飾ＣｓｇＦペプチドが配列番号１５または配列番号１６またはその相同体もしくは突然変異体を含む、請求項２７〜３０のいずれか一項に記載の方法。
３２．標的分析物の存在、不在または一つ以上の特性を決定するための方法であって、
（ｉ）    前記標的分析物が前記細孔複合体内に移動するように、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の細孔に前記標的分析物を接触させる工程と、
（ｉｉ）  前記分析物が前記細孔複合体を通って移動する時に、一つ以上の測定値を取り、それによって前記分析物の存在、不在または一つ以上の特性を決定する工程とを含む、方法。
３３．前記分析物が、（ポリ）ペプチド、多糖類、小さな有機化合物または無機化合物（薬理学的活性化合物、有毒化合物および汚染物質など）である、請求項３２に記載の方法。
３４．前記分析物がポリヌクレオチドである、請求項３２に記載の方法。
３５．前記ポリヌクレオチドが少なくとも１つのホモポリマー領域を含む、請求項３４に記載の方法。
３６．（ｉ）前記ポリヌクレオチドの長さ、（ｉｉ）前記ポリヌクレオチドの同一性、（ｉｉｉ）前記ポリヌクレオチドの配列、（ｉｖ）前記ポリヌクレオチドの二次構造および（ｖ）前記ポリヌクレオチドが修飾されているかどうかのうち一つ以上の特性を決定する工程を含む、請求項３４または３５に記載の方法。
３７．請求項１〜２６のいずれか一項に記載の細孔を使用してポリヌクレオチドまたは（ポリ）ペプチドを特徴付ける方法。
３８．標的分析物の存在、不在または一つ以上の特性を決定するための、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の細孔の使用。
３９．請求項１〜２６のいずれか(ａ)項に記載の細孔と、（ｂ）膜の構成要素とを含む標的分析物を特徴付けるためのキット。
４０．ＣｓｇＧ結合領域を含む修飾ＣｓｇＦペプチドと、細孔内に収縮部を形成する領域とを含む、ＣｓｇＦペプチド。
４１．ＣｓｇＦのＣ末端ヘッドドメインを欠く切断ＣｓｇＦペプチドである、請求項４０に記載のＣｓｇＦペプチド。
４２．ＣｓｇＦの前記ネックドメインの少なくとも一部を欠く、請求項４１に記載のＣｓｇＦペプチド。
４３．前記ＣｓｇＦのＣ末端ヘッドドメイン、および前記ＣｓｇＦのネックドメインを欠く、請求項４２に記載のＣｓｇＦペプチド。
４４．２５〜５０アミノ酸の長さを有する、請求項４０〜４３のいずれか一項に記載のＣｓｇＦペプチド。
４５．配列番号６の残基１から配列番号６または相同体またはその変異体の残基２８〜４５のうちいずれか一つまでのアミノ酸配列を含む、請求項４０〜４４のいずれか一項に記載のＣｓｇＦペプチド。
４６．配列番号３９（配列番号６の残基１〜２９）またはその相同体または変異体を含む、請求項４０〜４５のいずれか一項に記載のＣｓｇＦペプチド。
４７．配列番号１５（配列番号６の残基１〜３４）、配列番号５４（配列番号６の残基１〜３０）、配列番号４０（配列番号６の残基１〜４５）、または配列番号５５（配列番号６の残基１〜３５）またはその相同体または変異体を含む、請求項４６に記載のＣｓｇＦペプチド。
４８．請求項４５〜４７のいずれか一項に記載のＣｓｇＦペプチドであって、配列番号  ６、配列番号  １５、配列番号  ３９、配列番号  ４０、配列番号５４の残基１と残基２８〜４５との間の領域または配列番号５５（残基１〜３５）にある一つ以上の残基が修飾される、ＣｓｇＦペプチド。
４９．以下の位置  Ｇ１、Ｔ４、Ｆ５、Ｒ８、Ｎ９、Ｎ１１、Ｆ１２、Ａ２６およびＱ２９のうちの一つ以上における修飾を含む、請求項４８に記載のＣｓｇＦペプチド。
５０．前記修飾が、システイン、疎水性アミノ酸、荷電アミノ酸、非ネイティブ反応性アミノ酸、または光反応性アミノ酸の導入である、請求項４５に記載のＣｓｇＦペプチド。
５１．以下の位置  Ｎ１５、Ｎ１７、Ａ２０、Ｎ２４、Ａ２８およびＤ３４のうちの一つ以上における修飾を含む、請求項４８〜５０のいずれか一項に記載のＣｓｇＦペプチド。
５２．以下の置換  Ｎ１５Ｓ／Ａ／Ｔ／Ｑ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ｎ１７Ｓ／Ａ／Ｔ／Ｑ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ａ２０Ｓ／Ｔ／Ｑ／Ｎ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ｎ２４Ｓ／Ｔ／Ｑ／Ａ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、Ａ２８Ｓ／Ｔ／Ｑ／Ｎ／Ｇ／Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｄ／Ｃ、およびＤ３４Ｆ／Ｙ／Ｗ／Ｒ／Ｋ／Ｎ／Ｑ／Ｃのうちの一つ以上を含む、請求項５１に記載のＣｓｇＦペプチド。
５３．以下の置換  Ｇ１Ｃ、Ｔ４Ｃ、Ｎ１７Ｓ、およびＤ３４ＹまたはＤ３４Ｎのうちの一つ以上を含む、請求項４８〜５２のいずれか一項に記載のＣｓｇＦペプチド。
５４．前記Ｃ末端に酵素切断部位のすべてまたは一部をさらに含む、請求項４０〜５３のいずれか一項に記載のＣｓｇＦペプチド。
５５．シグナルペプチドをさらに含む、請求項４０〜５４のいずれか一項に記載のＣｓｇＦペプチド。
５６．請求項４０〜５５のいずれか一項に記載のＣｓｇＦペプチドをコードするポリヌクレオチド。
５７．細孔複合体であって、
（ｉ）    第一の開口部と、βバレルを含む中間部分と、第二の開口部と、前記第一の開口部から前記中間部分を通って前記第二の開口部に延びる内腔とを含み、前記中間部分の内腔表面がＣｓｇＧ収縮部を画定するＣｓｇＧ細孔と、
（ｉｉ）  それぞれがＣｓｇＦ収縮領域およびＣｓｇＧ結合領域を有する複数の修飾ＣｓｇＦペプチドであって、前記修飾ＣｓｇＦペプチドが、前記ＣｓｇＧ細孔内に前記βバレル内のＣｓｇＦ収縮部を形成し、前記ＣｓｇＧ収縮部および前記ＣｓｇＦ収縮部が、前記ＣｓｇＧ細孔の前記βバレル内で同軸的に間隙を介しているものとを含む、細孔複合体。
５８．前記内腔表面が前記ＣｓｇＧ収縮部を画定するＣｓｇＧモノマーの一つ以上のループ領域を含む、請求項５７に記載の細孔複合体。
５９．前記ＣｓｇＦ収縮領域および前記ＣｓｇＧ結合領域が、ＣｓｇＦ成熟ペプチドのＮ末端部分に対応する、請求項５７に記載の細孔複合体。
６０．前記細孔複合体がＣｓｇＡ、ＣｓｇＢおよびＣｓｇＥを含まない、請求項５７に記載の細孔複合体。
６１．前記ＣｓｇＦペプチドが、前記ＣｓｇＧ細孔に共有結合されている、請求項５７に記載の細孔複合体。