【手続補正書】
【提出日】令和3年7月26日(2021.7.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号４中のＬ４８Ｒ、Ｄ７０Ｒ、Ｙ９２Ａ、およびＨ２２５Ａ変異に対応する、野生型ＳＥＡに対する４つの変異を含む、弱毒化黄色ブドウ球菌由来スーパー抗原（ＳＡｇ）ＳＥＡトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体であって、配列番号３を含むＳＥＡトキソイドよりもスーパー抗原活性が低くかつ／またはビルレンスが低いが、免疫原性を維持している、前記弱毒化黄色ブドウ球菌由来スーパー抗原（ＳＡｇ）ＳＥＡトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体。
【請求項２】
配列番号４と少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の弱毒化ＳＥＡトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体。
【請求項３】
配列番号４を含む、請求項１に記載の弱毒化ＳＥＡトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体。
【請求項４】
配列番号３を含むＳＥＡトキソイドのスーパー抗原活性の５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満、５％未満、３％未満、２％未満、または１％未満を有する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の弱毒化ＳＥＡトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体。
【請求項５】
任意の順序で配置された２つ以上の弱毒化黄色ブドウ球菌由来スーパー抗原（ＳＡｇ）トキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体からなる融合体を含む多価オリゴペプチドであって、該ＳＡｇトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体が同じでも、または異なってもよく、かつ該ＳＡｇトキソイドの少なくとも１つが請求項１〜４のいずれか１項に記載のＳＥＡトキソイドである、前記多価オリゴペプチド。
【請求項６】
配列番号５を含むＳＡｇ融合タンパク質よりもスーパー抗原活性が低くかつ／またはビルレンスが低い、請求項５に記載のオリゴペプチド。
【請求項７】
配列番号５を含むＳＡｇ融合タンパク質のスーパー抗原活性の５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満、５％未満、３％未満、２％未満、または１％未満を有する、請求項５または６に記載のオリゴペプチド。
【請求項８】
完全に弱毒化されている、請求項５〜７のいずれか１項に記載のオリゴペプチド。
【請求項９】
３つ以上のＳＡｇトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体を含む、請求項５〜８のいずれか１項に記載のオリゴペプチド。
【請求項１０】
ブドウ球菌毒素性ショック症候群毒素−１（ＴＳＳＴ−１）弱毒化トキソイド；ブドウ球菌エンテロトキシンＢ（ＳＥＢ）弱毒化トキソイド；またはその任意の組み合わせのうちの１つまたは複数を含む、請求項５〜９のいずれか１項に記載のオリゴペプチド。
【請求項１１】
ＴＳＳＴ−１弱毒化トキソイドが、配列番号１中のＬ３０Ｒ、Ｄ２７Ａ、およびＩ４６Ａ変異に対応する、野生型ＴＳＳＴ−１に対する３つの変異、ならびに配列番号１と少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含み；ＳＥＢ弱毒化トキソイドが、配列番号２中のＬ４５Ｒ、Ｙ８９Ａ、およびＹ９４Ａ変異に対応する、野生型ＳＥＢに対する３つの変異、ならびに配列番号２と少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含み；かつＳＥＡ弱毒化トキソイドが、配列番号４中のＬ４８Ｒ、Ｄ７０Ｒ、Ｙ９２Ａ、およびＨ２２５Ａ変異に対応する、野生型ＳＥＡに対する４つの変異、ならびに配列番号４と少なくとも９０％同一なアミノ酸配列を含む、請求項１０に記載のオリゴペプチド。
【請求項１２】
ＴＳＳＴ−１トキソイドが配列番号１のアミノ酸配列を含み；ＳＥＢトキソイドが配列番号２のアミノ酸配列を含み；かつＳＥＡ弱毒化トキソイドが配列番号４のアミノ酸配列を含む、請求項１０または請求項１１に記載のオリゴペプチド。
【請求項１３】
配列番号６のアミノ酸配列を含む、請求項５〜１２のいずれか１項に記載のオリゴペプチド。
【請求項１４】
異種ポリペプチドをさらに含む、請求項５〜１３のいずれか１項に記載のオリゴペプチド。
【請求項１５】
請求項１〜４のいずれか１項に記載の弱毒化ＳＥＡトキソイドポリペプチドまたは請求項５〜１４のいずれか１項に記載の多価オリゴペプチドをコードする核酸を含む、単離ポリヌクレオチド。
【請求項１６】
請求項１５に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項１７】
請求項１６に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項１８】
細菌、昆虫細胞、哺乳動物細胞、または植物細胞である、請求項１７に記載の宿主細胞。
【請求項１９】
前記細菌が大腸菌である、請求項１８に記載の宿主細胞。
【請求項２０】
多価オリゴペプチドを生産する方法であって、請求項１７〜１９のいずれか１項に記載の宿主細胞を培養する工程と、該オリゴペプチドを回収する工程とを含む、前記方法。
【請求項２１】
請求項１〜４のいずれか１項に記載の弱毒化ＳＥＡトキソイド、請求項５〜１４のいずれか１項に記載のオリゴペプチド、またはそれらの任意の組み合わせと、担体とを含む、組成物。
【請求項２２】
アジュバントをさらに含む、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
追加の免疫原をさらに含む、請求項２１または２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記追加の免疫原が、膜孔形成毒素、スーパー抗原、細胞表面タンパク質、前記細菌抗原のいずれかの断片、および前記細菌抗原の２つ以上の組み合わせからなる群から選択される、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
黄色ブドウ球菌に対する宿主免疫応答を誘導するための、請求項２１〜２４のいずれか１項に記載の組成物の有効量を含む、医薬。
【請求項２６】
対象においてブドウ球菌疾患または感染症を予防または処置するための、請求項２１〜２４のいずれか１項に記載の組成物を含む、医薬。
【請求項２７】
前記感染症が、皮膚、軟部組織、血液、または器官の限局性または全身性感染症であるか、または自己免疫性である、請求項２６に記載の医薬。
【請求項２８】
前記疾患が呼吸器疾患である、請求項２６に記載の医薬。
【請求項２９】
前記呼吸器疾患が肺炎である、請求項２８に記載の医薬。
【請求項３０】
前記疾患が敗血症である、請求項２６に記載の医薬。
【請求項３１】
前記哺乳動物がヒトである、請求項２５〜３０のいずれか１項に記載の医薬。
【請求項３２】
前記組成物を、筋肉内注射、皮内注射、腹腔内注射、皮下注射、静脈内注射、経口投与、粘膜投与、鼻腔内投与、または経肺投与によって投与する、請求項２５〜３１のいずれか１項に記載の医薬。
【請求項３３】
対象において黄色ブドウ球菌に対する宿主免疫応答を誘導する際に使用するための、請求項２１〜２４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項３４】
対象においてブドウ球菌疾患または感染症を予防または処置する際に使用するための、請求項２１〜２４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項３５】
請求項１〜４のいずれか１項に記載の弱毒化ＳＥＡトキソイド、請求項５〜１４のいずれか１項に記載の多価オリゴペプチド、またはそれらの任意の組み合わせを単離する工程と；前記トキソイド、オリゴペプチド、またはそれらの任意の組み合わせをアジュバントと組み合わせる工程とを含む、黄色ブドウ球菌感染症に対するワクチンを生産する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
さらに、対象において黄色ブドウ球菌に対する宿主免疫応答を誘導する際に使用するための組成物を提供する。さらに、対象においてブドウ球菌疾患または感染症を予防または処置する際に使用するための組成物を提供する。さらに、黄色ブドウ球菌感染症に対するワクチンを生産する方法を提供する。ある特定の態様では、前記方法は、本明細書の他の箇所に記載されている弱毒化ＳＥＡトキソイド、本明細書の他の箇所に記載されている多価オリゴペプチド、またはそれらの任意の組み合わせを単離する工程と；トキソイド、オリゴペプチド、またはそれらの任意の組み合わせをアジュバントと組み合わせる工程とを含む。
[本発明1001]
配列番号4中のＬ48Ｒ、Ｄ70Ｒ、Ｙ92Ａ、およびＨ225Ａ変異に対応する、野生型ＳＥＡに対する4つの変異を含む、弱毒化黄色ブドウ球菌由来スーパー抗原（ＳＡｇ）ＳＥＡトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体であって、配列番号3を含むＳＥＡトキソイドよりもスーパー抗原活性が低くかつ／またはビルレンスが低いが、免疫原性を維持している、前記弱毒化黄色ブドウ球菌由来スーパー抗原（ＳＡｇ）ＳＥＡトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体。
[本発明1002]
配列番号4と少なくとも90％同一なアミノ酸配列を含む、本発明1001の弱毒化ＳＥＡトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体。
[本発明1003]
配列番号4を含む、本発明1001の弱毒化ＳＥＡトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体。
[本発明1004]
配列番号3を含むＳＥＡトキソイドのスーパー抗原活性の50％未満、40％未満、30％未満、20％未満、10％未満、5％未満、3％未満、2％未満、または1％未満を有する、本発明1001〜1003のいずれかの弱毒化ＳＥＡトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体。
[本発明1005]
任意の順序で配置された2つ以上の弱毒化黄色ブドウ球菌由来スーパー抗原（ＳＡｇ）トキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体からなる融合体を含む多価オリゴペプチドであって、該ＳＡｇトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体が同じでも、または異なってもよく、かつ該ＳＡｇトキソイドの少なくとも1つが本発明1001〜1004のいずれかのＳＥＡトキソイドである、前記多価オリゴペプチド。
[本発明1006]
配列番号5を含むＳＡｇ融合タンパク質よりもスーパー抗原活性が低くかつ／またはビルレンスが低い、本発明1005のオリゴペプチド。
[本発明1007]
配列番号5を含む前記ＳＡｇ融合タンパク質の免疫原性を維持している、本発明1005または本発明1006のオリゴペプチド。
[本発明1008]
配列番号5を含むＳＡｇ融合タンパク質のスーパー抗原活性の50％未満、40％未満、30％未満、20％未満、10％未満、5％未満、3％未満、2％未満、または1％未満を有する、本発明1005〜1007のいずれかのオリゴペプチド。
[本発明1009]
完全に弱毒化されている、本発明1005〜1008のいずれかのオリゴペプチド。
[本発明1010]
3つ以上のＳＡｇトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体を含む、本発明1005〜1009のいずれかのオリゴペプチド。
[本発明1011]
ブドウ球菌毒素性ショック症候群毒素−1（ＴＳＳＴ−1）弱毒化トキソイド；ブドウ球菌エンテロトキシンＢ（ＳＥＢ）弱毒化トキソイド；またはその任意の組み合わせのうちの1つまたは複数を含む、本発明1005〜1010のいずれかのオリゴペプチド。
[本発明1012]
ＴＳＳＴ−1弱毒化トキソイドが、配列番号1中のＬ30Ｒ、Ｄ27Ａ、およびＩ46Ａ変異に対応する、野生型ＴＳＳＴ−1に対する3つの変異、ならびに配列番号1と少なくとも90％同一なアミノ酸配列を含み；ＳＥＢ弱毒化トキソイドが、配列番号2中のＬ45Ｒ、Ｙ89Ａ、およびＹ94Ａ変異に対応する、野生型ＳＥＢに対する3つの変異、ならびに配列番号2と少なくとも90％同一なアミノ酸配列を含み；かつＳＥＡ弱毒化トキソイドが、配列番号4中のＬ48Ｒ、Ｄ70Ｒ、Ｙ92Ａ、およびＨ225Ａ変異に対応する、野生型ＳＥＡに対する4つの変異、ならびに配列番号4と少なくとも90％同一なアミノ酸配列を含む、本発明1011のオリゴペプチド。
[本発明1013]
ＴＳＳＴ−1トキソイドが配列番号1のアミノ酸配列を含み；ＳＥＢトキソイドが配列番号2のアミノ酸配列を含み；かつＳＥＡ弱毒化トキソイドが配列番号4のアミノ酸配列を含む、本発明1011または本発明1012のオリゴペプチド。
[本発明1014]
前記2つ以上のＳＡｇトキソイド、またはその断片、バリアント、もしくは誘導体が、リンカーによってそれぞれ会合している、本発明1005〜1013のいずれかのオリゴペプチド。
[本発明1015]
前記リンカーが、グリシン、セリン、アラニン、およびその組み合わせからなる群から選択される少なくとも1個、ただし50個以下のアミノ酸を含む、本発明1014のオリゴペプチド。
[本発明1016]
前記リンカーが（ＧＧＧＳ）ｎまたは（ＧＧＧＧＳ）ｎを含み、式中、ｎが1〜10の整数である、本発明1015のオリゴペプチド。
[本発明1017]
前記リンカーが（ＧＧＧＧＳ）ｎを含む、本発明1016のオリゴペプチド。
[本発明1018]
ｎが3である、本発明1017のオリゴペプチド。
[本発明1019]
配列番号6のアミノ酸配列を含む、本発明1005〜1018のいずれかのオリゴペプチド。
[本発明1020]
異種ポリペプチドをさらに含む、本発明1005〜1019のいずれかのオリゴペプチド。
[本発明1021]
前記異種ポリペプチドが、Ｈｉｓタグ、ユビキチンタグ、ＮｕｓＡタグ、キチン結合ドメイン、Ｂタグ、ＨＳＢタグ、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、カルモジュリン結合タンパク質（ＣＢＰ）、ガラクトース結合タンパク質、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、セルロース結合ドメイン（ＣＢＤ）、アビジン／ストレプトアビジン／Ｓｔｒｅｐタグ、ｔｒｐＥ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、ｌａｃＺ（β−ガラクトシダーゼ）、ＦＬＡＧ（商標）ペプチド、Ｓタグ、Ｔ7タグ、前記異種ポリペプチドのいずれかの断片、または前記異種ポリペプチドの2つ以上の組み合わせを含む、本発明1020のオリゴペプチド。
[本発明1022]
前記異種ポリペプチドが、免疫原、Ｔ細胞エピトープ、Ｂ細胞エピトープ、その断片、またはその組み合わせを含む、本発明1020または本発明1021のオリゴペプチド。
[本発明1023]
免疫原性炭水化物をさらに含む、本発明1005〜1022のいずれかのオリゴペプチド。
[本発明1024]
前記免疫原性炭水化物が糖である、本発明1023のオリゴペプチド。
[本発明1025]
前記免疫原性炭水化物が莢膜多糖または表面多糖である、本発明1024のオリゴペプチド。
[本発明1026]
前記免疫原性炭水化物が、莢膜多糖（ＣＰ）血清型5（ＣＰ5）、ＣＰ8、ポリ−Ｎ−アセチルグルコサミン（ＰＮＡＧ）、ポリ−Ｎ−スクシニルグルコサミン（ＰＮＳＧ）、壁テイコ酸（ＷＴＡ）、リポテイコ酸（ＬＴＡ）、前記免疫原性炭水化物のいずれかの断片、および前記免疫原性炭水化物の2つ以上の組み合わせからなる群から選択される、本発明1025のオリゴペプチド。
[本発明1027]
前記免疫原性炭水化物が前記オリゴペプチドにコンジュゲートしている、本発明1023〜1026のいずれかのオリゴペプチド。
[本発明1028]
本発明1001〜1004のいずれかの弱毒化ＳＥＡトキソイドポリペプチドまたは本発明1005〜1027のいずれかの多価オリゴペプチドをコードする核酸を含む、単離ポリヌクレオチド。
[本発明1029]
配列番号8のヌクレオチド配列を含む、本発明1028のポリヌクレオチド。
[本発明1030]
異種核酸をさらに含む、本発明1028または本発明1029のポリヌクレオチド。
[本発明1031]
前記異種核酸が、前記オリゴペプチドをコードする核酸と作動可能に会合しているプロモーターを含む、本発明1030のポリヌクレオチド。
[本発明1032]
本発明1028〜1031のいずれかのポリヌクレオチドを含むベクター。
[本発明1033]
プラスミドである、本発明1032のベクター。
[本発明1034]
本発明1032または本発明1033のベクターを含む宿主細胞。
[本発明1035]
細菌、昆虫細胞、哺乳動物細胞、または植物細胞である、本発明1034の宿主細胞。
[本発明1036]
前記細菌が大腸菌である、本発明1035の宿主細胞。
[本発明1037]
多価オリゴペプチドを生産する方法であって、本発明1034〜1036のいずれかの宿主細胞を培養する工程と、該オリゴペプチドを回収する工程とを含む、前記方法。
[本発明1038]
本発明1001〜1004のいずれかの弱毒化ＳＥＡトキソイド、本発明1005〜1027のいずれかのオリゴペプチド、またはそれらの任意の組み合わせと、担体とを含む、組成物。
[本発明1039]
アジュバントをさらに含む、本発明1038の組成物。
[本発明1040]
前記アジュバントが、アラム、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、またはグルコピラノシルリピドＡベースのアジュバントである、本発明1039の組成物。
[本発明1041]
追加の免疫原をさらに含む、本発明1038〜1040のいずれかの組成物。
[本発明1042]
前記追加の免疫原が細菌抗原である、本発明1041の組成物。
[本発明1043]
前記細菌抗原が、膜孔形成毒素、スーパー抗原、細胞表面タンパク質、前記細菌抗原のいずれかの断片、および前記細菌抗原の2つ以上の組み合わせからなる群から選択される、本発明1042の組成物。
[本発明1044]
黄色ブドウ球菌に対する宿主免疫応答を誘導する方法であって、該免疫応答を必要とする対象に、本発明1038〜1043のいずれかの組成物の有効量を投与することを含む、前記方法。
[本発明1045]
前記免疫応答が、先天応答、体液性応答、抗体応答、細胞応答、および前記免疫応答の2つ以上の組み合わせからなる群から選択される、本発明1044の方法。
[本発明1046]
前記免疫応答が抗体応答である、本発明1045の方法。
[本発明1047]
対象においてブドウ球菌疾患または感染症を予防または処置する方法であって、それを必要とする対象に、本発明1038〜1043のいずれかの組成物を投与することを含む、前記方法。
[本発明1048]
前記感染症が、皮膚、軟部組織、血液、または器官の限局性または全身性感染症であるか、または自己免疫性である、本発明1047の方法。
[本発明1049]
前記疾患が呼吸器疾患である、本発明1048の方法。
[本発明1050]
前記呼吸器疾患が肺炎である、本発明1049の方法。
[本発明1051]
前記疾患が敗血症である、本発明1048の方法。
[本発明1052]
前記対象が哺乳動物である、本発明1044〜1051のいずれかの方法。
[本発明1053]
前記哺乳動物がヒトである、本発明1052の方法。
[本発明1054]
前記哺乳動物がウシまたはイヌである、本発明1052の方法。
[本発明1055]
前記組成物を、筋肉内注射、皮内注射、腹腔内注射、皮下注射、静脈内注射、経口投与、粘膜投与、鼻腔内投与、または経肺投与によって投与する、本発明1044〜1054のいずれかの方法。
[本発明1056]
対象において黄色ブドウ球菌に対する宿主免疫応答を誘導する際に使用するための、本発明1038〜1043のいずれかの組成物。
[本発明1057]
対象においてブドウ球菌疾患または感染症を予防または処置する際に使用するための、本発明1038〜1043のいずれかの組成物。
[本発明1058]
本発明1001〜1004のいずれかの弱毒化ＳＥＡトキソイド、本発明1005〜1027のいずれかの多価オリゴペプチド、またはそれらの任意の組み合わせを単離する工程と；前記トキソイド、オリゴペプチド、またはそれらの任意の組み合わせをアジュバントと組み合わせる工程とを含む、黄色ブドウ球菌感染症に対するワクチンを生産する方法。