【手続補正書】
【提出日】令和3年6月17日(2021.6.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
移植対象からの試料を評価する方法であって、
（ａ）対象からの試料中のドナー特異的セルフリーＤＮＡ(DS cf-DNA)の量を決定すること、ここで、対象が、細胞性拒絶グレード（例えば、CR1、CR2以下、CR1以上、もしくはCR2以上）を有するか、またはこれを有することが疑われる；ならびに
（ｂ）DS cf-DNAの量を報告および/または記録すること
を含み、任意に、方法がさらに、
（ｃ）DS cf-DNAの量を、閾値DS cf-DNAもしくは少なくとも1つの前のDS cf-DNA値と比較すること；および/または
（ｄ）閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、対象へ細胞性拒絶グレードを当てはめるか、もしくはそのリスクが増大しているものとして当てはめること
を含む、前記方法。
【請求項２】
移植対象を評価する方法であって、
（ａ）対象からの試料中のドナー特異的セルフリーＤＮＡ(DS cf-DNA)の量を得ること、ここで、対象が、細胞性拒絶グレード（例えば、CR1、CR2以下、CR1以上、もしくはCR2以上）を有するか、またはこれを有することが疑われる；
（ｂ）DS cf-DNAの量を、閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較すること；ならびに
（ｃ）閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、対象への処置またはモニタリングレジメンを決定すること
を含み、任意に、方法がさらに、
閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、細胞性拒絶グレードを対象に当てはめることを含む、前記方法。
【請求項３】
（ｉ）対象が、細胞性拒絶グレード（CR0もしくはCR1などの、またはCR2もしくはCR3などの）有するか、またはこれを有することが疑われる；および/または
（ii）対象が、細胞性拒絶グレード（例えば、CR1、CR2以下、CR1以上、もしくはCR2以上）を有することが決定されている；および/または
（iii）対象が、細胞性拒絶グレード（CR0もしくはCR1などの、またはCR2もしくはCR3などの）を有することが決定されている；および/または
（iv）対象における移植拒絶を評価するため前に適用された1以上のさらなる検査により、対象が細胞性拒絶グレードを有することが決定されたか、もしくは、方法が、対象における移植拒絶を評価するため1以上のさらなる検査を行うことをさらに含む；および/または
（ｖ）閾値が0.2である；および/または
（vi）閾値が0.3である；および/または
（vii）閾値が0.8である；および/または
（viii）DS cf-DNAの量が0.14未満、0.15未満、もしくは0.2未満である場合、CR0の細胞性拒絶グレードを対象に当てはめる；および/または
（ix）DS cf-DNAの量が、0.14より、0.15より、もしくは0.2より高いか、または0.14〜0.8、0.15〜0.8、もしくは0.2〜0.8である場合、CR1の細胞性拒絶グレードを対象に当てはめる；および/または
（ｘ）DS cf-DNAの量が夫々、0.8もしくは0.8より高い場合、CR2もしくはCR2より高い細胞性拒絶グレードを対象に当てはめる；および/または
（xi）DS cf-DNAの量が、0.14〜0.5、0.15〜0.5、0.2〜0.5、もしくは0.3〜0.5である場合、1以上のさらなる検査が示される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
移植対象からの試料を評価する方法であって、
（ａ）対象からの試料中のドナー特異的セルフリーＤＮＡ(DS cf-DNA)の量を決定すること、ここで、対象が、移植された臓器の状態または疾患を有するか、これを有することが疑われるか、またはこれを有するリスクがある；ならびに
（ｂ）DS cf-DNAの量を報告および/または記録すること
を含み、任意に、方法がさらに、
（ｃ）DS cf-DNAの量を閾値DS cf-DNAの値または少なくとも1つの前のDS cf-DNA値と比較することを含むか、および/または
閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、状態もしくは疾患が示されるか、または対象が増大したリスクを有する、前記方法。
【請求項５】
移植対象を評価する方法であって、
（ａ）対象からの試料中のドナー特異的セルフリーＤＮＡ(DS cf-DNA)の量を得ること、ここで、対象が、移植された臓器の状態または疾患を有するか、これを有することが疑われるか、またはこれを有するリスクがある；
（ｂ）DS cf-DNAの量を、閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較すること；ならびに
（ｃ）閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、対象のための処置またはモニタリングのレジメンを決定すること
を含み、任意に、
閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、状態もしくは疾患が示されるか、または対象が増大したリスクを有する、前記方法。
【請求項６】
（ｉ）対象が、心臓同種移植片脈管障害を有するか、これを有することが疑われるか、もしくはこれを有するリスクがある；および/または
（ii）対象が、心停止を既に有しているか、もしくはこれを有するリスクがある；および/または
（iii）対象が、心臓同種移植片脈管障害を有することが決定されているか、もしくは心停止を既に有している；および/または
（iv）対象を評価するために前に適用された1以上のさらなる検査により、対象が、心臓同種移植片脈管障害を有することが決定されたか、もしくは、方法が、対象を評価するため1以上のさらなる検査を行うことをさらに含む；および/または
（ｖ）閾値が、0.2もしくは0.3である；および/または
（vi）DS cf-DNAの量が0.2もしくは0.3と等しいかまたはこれより高い場合、心臓移植片脈管障害または心停止のリスクが示される、
請求項４または５に記載の方法。
【請求項７】
移植対象からの試料を評価する方法であって、
（ａ）対象からの試料中のドナー特異的セルフリーＤＮＡ(DS cf-DNA)の量を決定すること、ここで、対象は、抗体媒介性拒絶を有するか、またはこれを有することが疑われる；ならびに
（ｂ）DS cf-DNAの量を報告および/または記録すること
を含み、任意に、方法がさらに、
（ｃ）DS cf-DNAの量を閾値DS cf-DNAの値または少なくとも1つの前のDS cf-DNA値と比較すること；および/または
（ｄ）閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、対象を、抗体媒介性拒絶を有するか、もしくはそのリスクが増大しているものとして分類すること
を含む、前記方法。
【請求項８】
移植対象を評価する方法であって、
（ａ）対象からの試料中のドナー特異的セルフリーＤＮＡ(DS cf-DNA)の量を得ること、ここで、対象は、抗体媒介性拒絶を有するか、またはこれを有することが疑われる；
（ｂ）DS cf-DNAの量を、閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較すること；ならびに
（ｃ）閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、対象のための処置またはモニタリングレジメンを決定すること
を含み、任意に、方法がさらに、
閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、対象を、抗体媒介性拒絶を有するか、またはそのリスクが増大しているものとして分類すること
を含む、前記方法。
【請求項９】
（ｉ）対象が、抗体媒介性拒絶を有することが決定されている；および/または
（ii）対象における移植拒絶を評価するため前に適用された1以上のさらなる検査により、対象が、抗体媒介性拒絶を有することが決定されたか、もしくは方法が、対象を評価するため1以上のさらなる検査を行うことをさらに含む；および/または
（iii）閾値が0.2である；および/または
（iv）DS cf-DNAの量が0.2よりも高い場合、対象が抗体媒介性拒絶を有する、
請求項７または８に記載の方法。
【請求項１０】
移植対象からの試料を評価する方法であって、
（ａ）対象からの試料中のドナー特異的セルフリーＤＮＡ(DS cf-DNA)の量を決定すること、ここで、対象が、移植臓器傷害を有するか、またはこれを有することが疑われる、ならびに
（ｂ）DS cf-DNAの量を報告および/または記録すること
を含み、任意に、方法がさらに、
（ｃ）DS cf-DNAの量を閾値DS cf-DNAの値もしくは少なくとも1つの前のDS cf-DNA値と比較すること、および/または
（ｄ）閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、対象が、移植臓器傷害を有するかを決定するか、またはそのリスクが増大しているものとして決定すること
を含む、前記方法。
【請求項１１】
移植対象を評価する方法であって、
（ａ）対象からの試料中のドナー特異的セルフリーＤＮＡ(DS cf-DNA)の量を得ること、ここで、対象が、移植臓器傷害を有するか、またはこれを有することが疑われる；
（ｂ）DS cf-DNAの量を、閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較すること；ならびに
（ｃ）閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、対象のための処置またはモニタリングのレジメンを決定すること
を含み、任意に、方法がさらに、
閾値DS cf-DNAの値および/または少なくとも1つの前のDS cf-DNA量と比較して決定されたDS cf-DNAの量に基づき、対象が、移植臓器傷害を有するかを決定するか、またはそのリスクが増大しているものとして決定すること
を含む、前記方法。
【請求項１２】
（ｉ）対象が24歳未満、任意に16歳未満である；および/または
（ii）対象が体重30kg未満、任意に20kg未満である；および/または
（iii）少なくとも1つの量が、移植臓器に対する傷害の1分後、5分後、10分後、もしくは15分後に、対象から採取された試料において決定される、
請求項１０または１１に記載の方法。
【請求項１３】
（ｉ）1以上のさらなる検査が、生検を含み、任意に生検が、心内膜心筋生検(EMB)である；および/または
（ii）量が、レポートにおいて提供され、任意に、レポートにおいて量が提供され、レポートがまた、対象からの試料中のものであったDS-cfDNAの少なくとも1つの前の量を含む；および/または
（iii）量が、データベースにおいて記録され、任意に、データベースがまた、対象からの試料中のものであったDS cf-DNAの少なくとも1つの前の量を含む、
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
DS cf-DNAの量が、
（ａ）複数の単一ヌクレオチドバリアント(SNV)標的に対して、試料またはその一部に対して、少なくとも2組のプライマーペアにより、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)定量アッセイなどの増幅ベースの定量アッセイを行うこと、ここで、各々のプライマーペアは、フォワードプライマーおよびリバースプライマーを含み、ここで、少なくとも2組のプライマーペアの一方は、SNV標的の一方のアレルと比較して、プライマー中に3'の最後から2番目にミスマッチを含むが、SNV標的の他方のアレルと比較して3'の二重のミスマッチは含まず、SNV標的の一方のアレルを特異的に増幅し、少なくとも2組のプライマーペアの他方は、SNV標的の他方のアレルを特異的に増幅する、ならびに
（ｂ）結果に基づいてDS cf-DNAの量を評価すること
により決定されるかまたは得られる；あるいは
DS cf-DNAの量が、
（ａ）複数の遺伝子座の各々のアレルを決定すること；
（ｂ）アレルの決定に基づいて、複数の遺伝子座から少なくとも1つのインフォーマティブな遺伝子座を選択すること；
（ｃ）複数の遺伝子座、対象の第1の核酸および対象にとってネイティブではない第2の核酸を含む核酸を同定すること；
（ｄ）統計学的分布を用いて、少なくとも1つのインフォーマティブな遺伝子座における第1のアレルの推定アレル頻度を計算すること；ならびに
（ｅ）推定アレル頻度に基づいて、DS cf-DNAの量を決定すること
により決定されるかまたは得られ、
任意に、ドナーの遺伝子型が、既知であるか、または不明である、
請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
（ｉ）少なくとも1つの量が、臓器移植の4、5、6、7もしくは8日後に対象から採取される試料において決定される；
（ii）閾値より高いか、および/またはより早い時点からの量と比較して増大したDS cf-DNAの量が、増大したかまたは増大中のリスクを表す；および/または
（iii）閾値より低いか、および/またはより早い時点からの量と比較して低下したDS cf-DNAの量が、低下したかまたは低下中のリスクを表す；および/または
（iv）モニタリングレジメンを決定することが、対象において経時的にもしくはその後の時点においてDS cf-DNAの量を決定すること、またはかかるモニタリングを対象に提案すること；任意に、対象が、毎日もしくは毎週、または毎月もしくは隔月に評価される；および/または
（ｖ）対象が、6ヵ月まで、8ヵ月まで、10ヵ月まで、または1年までにわたり評価される；および/または
（vi）DS cf-DNAの量が、閾値もしくはより早い時点からの量と比較して高い場合、試料採取の間の時間が短縮される；および/または
（vii）DS cf-DNAのさらなる量が記録もしくは報告され、任意に、さらなる量が、レポートにおいて提供されるか、および/またはデータベースにおいて記録される；および/または
（viii）モニタリングレジメンを決定することが、対象における移植拒絶を評価するため1以上のさらなる検査を用いること、もしくはこの使用を提案することを含み、任意に1以上のさらなる検査が生検を含み、任意に生検が心内膜心筋生検(EMB)である；および/または
（ix）DS cf-DNAの量が、本明細書において提供される閾値のいずれか1つと等しいかもしくはこれより高い場合、1以上のさらなる検査が示される；および/または
（ｘ）処置レジメンを決定することが、対象のための処置を選択または示唆することを含む；および/または
（xi）処置レジメンを決定することが、対象を処置することを含む；および/または
（xii）処置が、抗拒絶療法を含む；および/または
（xiii）処置が、心臓同種移植片脈管障害のための処置、例えば、再移植、経皮的冠動脈形成術(PCI)、冠動脈バイパス移植術(CABG)、経心筋レーザー血行再建術、もしくはヘパリン誘導型/媒介型体外LDLプラスマフェレーシス(HELP)を含む；および/または
（xiv）心臓同種移植片脈管障害が示される場合、処置が、スタチン、降圧剤、もしくは抗サイトメガロウイルス(抗CMV)剤による処置を含み、任意に降圧剤がカルシウムチャネル遮断薬である；および/または
（xv）心停止のリスクの増大が示される場合、処置が、経皮的冠動脈形成術(冠動脈形成術)、冠動脈バイパス移植術、もしくは植込み型除細動器(ICD)の付加などの心停止のための処置を含む；および/または
（xvi）心停止のリスクの増大が示される場合、処置が、抗不整脈剤、不随意神経系遮断薬、もしくは血圧の医薬を含む；および/または
（xvii）処置レジメンを決定することが、処置についての情報を対象に提供することを含む；および/または
（xviii）試料が、血液、血漿、もしくは血性試料であり、任意に血液試料が血漿試料である；および/または
（xix）移植対象が心臓移植対象である、
請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。