【手続補正書】
【提出日】令和3年4月27日(2021.4.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
システムであって、
（ａ）通信ネットワークを経由して、核酸シーケンシング装置によって生成された遺伝子シーケンスリードを受信する通信インターフェースと、
（ｂ）前記通信インターフェースと通信するコンピュータと
を含み、
前記コンピュータは、１つまたは複数のコンピュータプロセッサと、前記１つまたは複数のコンピュータプロセッサによる実行に応じて、
ｉ．前記通信ネットワークを経由して、前記核酸シーケンシング装置によって生成された前記遺伝子シーケンスリードを受信することと、
ｉｉ．前記遺伝子シーケンスリードを処理し、処理されたシーケンスリードを生成することと、
ｉｉｉ．前記処理されたシーケンスリードを参照シーケンスにマッピングすることと、
ｉｖ．前記処理されたシーケンスリードをファミリーにグルーピングすることであって、各ファミリーは、サンプル中の同一ポリヌクレオチド分子から生じる一意のシーケンスリードを含み、前記サンプルは、無細胞ＤＮＡを含む、ことと、
ｖ．前記ファミリーの少なくとも一部を融合クラスタにグルーピングすることであって、各融合クラスタは、分割リードを含み、各分割リードは、第１の遺伝子座にマッピングされる第１の切断点に隣接する第１のサブシーケンスと、第２の別個の遺伝子座にマッピングされる第２の切断点に隣接する第２のサブシーケンスとを含み、前記第１の切断点および前記第２の切断点は、切断点ペアを形成する、ことと、
ｖｉ．融合クラスタを挿入および／または欠失を含むとしてコールすることであって、切断点ペアは、同一染色体にマッピングされ、前記切断点ペア内の前記第１の切断点と前記第２の切断点との間の距離は、前記参照シーケンス上の所定の最大距離未満であり、サブシーケンスは、同一５´−３´配向にある、ことと
を含む方法を実装する機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体とを含む、システム。
【請求項２】
融合クラスタを、（ｖｉ）における前述の基準のうちの少なくとも１つが満たされない融合を有するとしてコールすることをさらに含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記挿入、欠失、および／または融合を含む前記ポリヌクレオチド分子のインジケーションを提供する電子報告を生成することをさらに含む、請求項１または２に記載のシステム。
【請求項４】
前記参照シーケンス上に同一の開始−停止位置を有する前記処理されたシーケンスリードは、ファミリーにグルーピングされる、請求項１〜３のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項５】
前記遺伝子シーケンスリードは、対合端シーケンスリードを含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項６】
重複領域を伴う前記対合端シーケンスリードは、マージされ、マージされたリードを含む処理されたリードを生成し、随意に、
（ａ）少なくとも７０％の同一性、少なくとも８０％の同一性、または、少なくとも９０％の同一性を有する重複領域を伴う前記対合端シーケンスリードは、マージされる、または、
（ｂ）少なくとも１３個の塩基、少なくとも１５個の塩基、少なくとも１７個の塩基、または、少なくとも１９個の塩基の重複を伴う前記対合端シーケンスリードは、マージされる、請求項５に記載のシステム。
【請求項７】
重複領域を伴う前記対合端シーケンスリードは、マージされ、マージされたリードを形成し、前記マージされたシーケンスリードは、さらに処理され、代表のマージされた一意のリードを含む処理されたリードを生成する、請求項５に記載のシステム。
【請求項８】
前記ファミリーの少なくとも一部は、複数の分割リードを含み、随意に、前記複数の分割リードを含むファミリー毎に、コンセンサスシーケンスを生成することをさらに含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項９】
前記融合クラスタ内の分割リードの第１の切断点間の距離は、相互からヌクレオチド１０個未満であり、前記融合クラスタ内の分割リードの第２の切断点間の距離は、相互からヌクレオチド１０個未満である、請求項１〜８のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項１０】
前記分割リードは、ファミリーのコンセンサスシーケンスである、請求項１〜９のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項１１】
前記所定の最大距離は、ヌクレオチド５，０００個未満である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項１２】
前記所定の最大距離は、３，５００個未満である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項１３】
前記ファミリーはさらに、
（ａ）同一開始位置および同一短縮停止シーケンスを有し、かつ／または
（ｂ）同一停止位置および同一短縮開始シーケンスを有する、
処理されたリードを含み、
随意に、前記短縮開始／停止シーケンスは、一意のシーケンスリードの全体を短縮し、ホモポリマー中の重複ヌクレオチドを除去することによって、生成される、請求項１〜１２のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項１４】
前記融合クラスタは、前記第１および第２のサブシーケンスが、前記参照シーケンスと比較して、正常ゲノム順序にある場合、欠失とコールされる、請求項１〜１３のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項１５】
前記融合クラスタは、前記第１および第２のサブシーケンスが、前記参照シーケンスと比較して、逆ゲノム順序にある場合、挿入とコールされる、請求項１〜１３のいずれか一項に記載のシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３８】
本開示の付加的側面および利点は、本開示の例証的実施形態のみが示され、説明される、以下の発明を実施するための形態から、当業者に容易に明白となるであろう。認識されるであろうように、本開示は、他の異なる実施形態が可能であり、そのいくつかの詳細は、全て本開示から逸脱することなく、種々の明白な点で修正が可能である。故に、図面および説明は、制限的ではなくて本質的に例証的と見なされるものである。
本発明は、例えば、以下を提供する。
（項目１）
システムであって、
（ａ）通信ネットワークを経由して、核酸シーケンシング装置によって生成された遺伝子シーケンスリードを受信する、通信インターフェースと、
（ｂ）前記通信インターフェースと通信する、コンピュータであって、１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサと、前記１つまたはそれを上回るコンピュータプロセッサによる実行に応じて、
ｉ．前記通信ネットワークを経由して、前記核酸シーケンシング装置によって生成された前記遺伝子シーケンスリードを受信するステップと、
ｉｉ．前記遺伝子シーケンスリードを処理するステップであって、処理されたシーケンスリードを生成するステップと、
ｉｉｉ．前記処理されたシーケンスリードを参照シーケンスにマッピングするステップと、
ｉｖ．前記処理されたシーケンスリードをファミリーにグルーピングするステップであって、各ファミリーは、サンプル中の同一ポリヌクレオチド分子から生じる一意のシーケンスリードを含む、ステップと、
ｖ．前記ファミリーの少なくとも一部を融合クラスタにグルーピングするステップであって、各融合クラスタは、分割リードを含み、各分割リードは、第１の遺伝子座にマッピングされる第１の切断点に隣接する第１のサブシーケンスと、第２の別個の遺伝子座にマッピングされる第２の切断点に隣接する第２のサブシーケンスとを含み、前記第１の切断点および前記第２の切断点は、切断点ペアを形成する、ステップと、
ｖｉ．融合クラスタを挿入および／または欠失を含むとしてコールするステップであって、切断点ペアは、同一染色体にマッピングされ、前記切断点ペア内の前記第１の切断点と前記第２の切断点との間の距離は、前記参照シーケンス上の所定の最大距離未満であって、サブシーケンスは、同一５´−３´配向にある、ステップと、
を含む、方法を実装する、機械実行可能コードを含む、コンピュータ可読媒体とを含む、コンピュータと、
を含む、システム。
（項目２）
融合クラスタを、（ｖｉ）における前述の基準のうちの少なくとも１つが満たされない、融合を有するとしてコールするステップをさらに含む、項目１に記載のシステム。
（項目３）
前記挿入、欠失、および／または融合を含む、前記ポリヌクレオチド分子のインジケーションを提供する、電子報告を生成するステップをさらに含む、項目１または２に記載のシステム。
（項目４）
前記参照シーケンス上に同一の開始−停止位置を有する前記処理されたシーケンスリードは、ファミリーにグルーピングされる、項目１に記載のシステム。
（項目５）
前記遺伝子シーケンスリードは、対合端シーケンスリードを含む、項目１に記載のシステム。
（項目６）
重複領域を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされ、マージされたリードを含む、処理されたリードを生成する、項目５に記載のシステム。
（項目７）
少なくとも７０％の同一性を有する重複領域を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目６に記載のシステム。
（項目８）
少なくとも８０％の同一性を有する重複領域を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目６に記載のシステム。
（項目９）
少なくとも９０％の同一性を有する重複領域を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目６に記載のシステム。
（項目１０）
少なくとも１３個の塩基の重複を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目６に記載のシステム。
（項目１１）
少なくとも１５個の塩基の重複を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目６に記載のシステム。
（項目１２）
少なくとも１７個の塩基の重複を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目６に記載のシステム。
（項目１３）
少なくとも１９個の塩基の重複を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目６に記載のシステム。
（項目１４）
重複領域を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされ、マージされたリードを形成し、前記マージされたシーケンスリードは、さらに処理され、代表のマージされた一意のリードを含む、処理されたリードを生成する、項目５に記載のシステム。
（項目１５）
前記ファミリーの少なくとも一部は、複数の分割リードを含む、項目１に記載のシステム。
（項目１６）
前記複数の分割リードを含むファミリー毎に、コンセンサスシーケンスを生成するステップをさらに含む、項目１５に記載のシステム。
（項目１７）
前記分割リードは、各ファミリーから生成されたコンセンサスシーケンスである、項目１に記載のシステム。
（項目１８）
前記融合クラスタ内の分割リードの第１の切断点間の距離は、相互からヌクレオチド１０個を上回り、前記融合クラスタ内の分割リードの第２の切断点間の距離は、相互からヌクレオチド１０個未満である、項目１に記載のシステム。
（項目１９）
前記分割リードは、ファミリーのコンセンサスシーケンスである、項目１に記載のシステム。
（項目２０）
前記所定の最大距離は、ヌクレオチド５，０００個未満である、項目１に記載のシステム。
（項目２１）
前記所定の最大距離は、３，５００個未満である、項目１に記載のシステム。
（項目２２）
前記ファミリーはさらに、
（ａ）同一の開始位置および同一短縮停止シーケンスを有するか、または
（ｂ）同一停止位置および同一短縮開始シーケンスを有する、
処理されたリードを含む、項目１に記載のシステム。
（項目２３）
前記短縮開始／停止シーケンスは、一意のシーケンスリードの全体を短縮し、ホモポリマー中の重複ヌクレオチドを除去することによって生成される、項目２２に記載のシステム。
（項目２４）
前記ホモポリマーは、ポリ（ｄＡ）またはポリ（ｄＴ）を含む、項目２３に記載のシステム。
（項目２５）
前記ホモポリマーは、ポリ（ｄＧ）またはポリ（ｄＣ）を含む、項目２３に記載のシステム。
（項目２６）
前記サンプルは、無細胞ＤＮＡを含む、項目１に記載のシステム。
（項目２７）
前記参照シーケンスは、ヒト参照シーケンスである、項目１に記載のシステム。
（項目２８）
前記核酸シーケンシング装置は、次世代シーケンシング装置である、項目１に記載のシステム。
（項目２９）
前記対合端シーケンスリードは、品質スコアを生成するために、品質に関して査定される、項目５に記載のシステム。
（項目３０）
前記コンピュータ可読媒体は、メモリ、ハードドライブ、またはコンピュータサーバを含む、項目１に記載のシステム。
（項目３１）
前記通信ネットワークは、電気通信ネットワーク、インターネット、エクストラネット、またはイントラネットを含む、項目１に記載のシステム。
（項目３２）
前記通信ネットワークは、分散型コンピューティングに対応可能な１つまたはそれを上回るコンピュータサーバを含む、項目１に記載のシステム。
（項目３３）
分散型コンピューティングは、クラウドコンピューティングである、項目３２に記載のシステム。
（項目３４）
前記通信ネットワークは、前記遺伝子シーケンスリードを含む、記憶デバイスを含む、項目１に記載のシステム。
（項目３５）
前記コンピュータは、前記核酸シーケンシング装置から遠隔にある、コンピュータサーバ上に位置する、項目１に記載のシステム。
（項目３６）
ネットワークを経由して前記コンピュータと通信する電子ディスプレイをさらに含み、前記電子ディスプレイは、（ｉ）−（ｖｉ）を実装することに応じた結果を表示するためのユーザインターフェースを含む、項目１に記載のシステム。
（項目３７）
前記ユーザインターフェースは、グラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）またはウェブベースのユーザインターフェースである、項目３６に記載のシステム。
（項目３８）
前記電子ディスプレイは、パーソナルコンピュータ内にある、項目３６に記載のシステム。
（項目３９）
前記電子ディスプレイは、インターネット対応コンピュータ内にある、項目３６に記載のシステム。
（項目４０）
前記インターネット対応コンピュータは、前記コンピュータから遠隔場所に位置する、項目３９に記載のシステム。
（項目４１）
前記融合クラスタは、前記第１および第２のサブシーケンスが、前記参照シーケンスと比較して、正常ゲノム順序にある場合、欠失とコールされる、項目１に記載のシステム。
（項目４２）
前記融合クラスタは、前記第１および第２のサブシーケンスが、前記参照シーケンスと比較して、逆ゲノム順序にある場合、挿入とコールされる、項目１に記載のシステム。
（項目４３）
遺伝子シーケンスリード内の挿入および／または欠失を検出するためのコンピュータ実装方法であって、
（ａ）コンピュータプロセッサを用いて、核酸シーケンシング装置から生成されたポリヌクレオチド分子の遺伝子シーケンスリードを受信するステップと、
（ｂ）前記コンピュータプロセッサを用いて、前記遺伝子シーケンスリードを処理するステップであって、処理されたシーケンスリードを生成するステップと、
（ｃ）前記コンピュータプロセッサを用いて、前記処理されたシーケンスリードを参照シーケンスにマッピングするステップと、
（ｄ）前記コンピュータプロセッサによって、前記処理されたシーケンスリードをファミリーにグルーピングするステップであって、各ファミリーは、サンプル中の同一ポリヌクレオチド分子から生じる一意のシーケンスリードを含む、ステップと、
（ｅ）前記コンピュータプロセッサによって、前記ファミリーの少なくとも一部を融合クラスタにグルーピングするステップであって、各融合クラスタは、分割リードを含み、各分割リードは、第１の遺伝子座にマッピングされる第１の切断点に隣接する第１のサブシーケンスと、第２の別個の遺伝子座にマッピングされる第２の切断点に隣接する第２のサブシーケンスとを含み、前記第１の切断点および前記第２の切断点は、切断点ペアを形成する、ステップと、
（ｆ）前記コンピュータプロセッサによって、融合クラスタを挿入および／または欠失を含むとしてコールするステップであって、
ｉ．切断点ペアは、前記参照シーケンスの同一染色体上に位置し、
ｉｉ．前記切断点ペア内の前記第１の切断点と前記第２の切断点との間の距離は、前記参照シーケンス上の所定の最大距離未満であって、
ｉｉｉ．サブシーケンスは、同一５´−３´配向にある、
ステップと、
を含む、方法。
（項目４４）
（ｇ）前記コンピュータプロセッサによって、融合クラスタを、（ｆ）内の前記基準のうちの少なくとも１つが満たされない、融合を含むとしてコールするステップをさらに含む、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
前記シーケンスリードは、対合端シーケンスリードのセットを含む、項目４３に記載の方法。
（項目４６）
ｉ．前記処理するステップは、前記対合端シーケンスリードをマージすることであって、マージされたリードを形成することを含む、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記処理するステップはさらに、
ｉｉ．同じバーコードおよび同一の内部シーケンスを有するマージされたリードの集合を一意のセットにグルーピングするステップと、
ｉｉｉ．一意のセット毎に、処理されたシーケンスリードを生成するステップと、
を含む、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
重複領域を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされ、マージされたシーケンスリードを形成する、項目４５に記載の方法。
（項目４９）
少なくとも６０％の同一性を有する重複領域を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
少なくとも７０％の同一性を有する重複領域を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目４８に記載の方法。
（項目５１）
少なくとも８０％の同一性を有する重複領域を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目４８に記載の方法。
（項目５２）
少なくとも９０％の同一性を有する重複領域を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目４８に記載の方法。
（項目５３）
少なくとも１３個の塩基の重複を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目４８に記載の方法。
（項目５４）
少なくとも１５個の塩基の重複を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目４８に記載の方法。
（項目５５）
少なくとも１７個の塩基の重複を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目４８に記載の方法。
（項目５６）
少なくとも１９個の塩基の重複を伴う、前記対合端シーケンスリードは、マージされる、項目４８に記載の方法。
（項目５７）
前記融合クラスタ内の分割リードの第１の切断点間の距離は、相互からヌクレオチド１０個未満であって、前記融合クラスタ内の分割リードの第２の切断点間の距離は、相互からヌクレオチド１０個未満である、項目４３に記載の方法。
（項目５８）
前記所定の最大距離は、ヌクレオチド５，０００個未満である、項目４３に記載の方法。
（項目５９）
前記所定の最大距離は、ヌクレオチド３，０００個未満である、項目４３に記載の方法。
（項目６０）
前記処理されたシーケンスリードは、同一対の分子バーコードを有することに基づいて、ファミリーにグルーピングされる、項目４３に記載の方法。
（項目６１）
前記処理されたシーケンスリードは、前記参照シーケンス上の同一場所へのマッピングに基づいて、ファミリーにグルーピングされる、項目４３または６０に記載の方法。
（項目６２）
前記ファミリー内の処理されたシーケンスリードは、
（ａ）同一の開始位置および同一短縮停止シーケンスを有するか、または
（ｂ）同一停止位置および同一短縮開始シーケンスを有する、
シーケンスリードを含む、項目４３または６０に記載の方法。
（項目６３）
前記短縮開始または停止シーケンスは、前記処理されたシーケンスリードの一部を短縮し、ホモポリマー中の重複ヌクレオチドを除去することによって生成される、項目６２に記載の方法。
（項目６４）
前記ホモポリマーは、ポリ（ｄＡ）またはポリ（ｄＴ）を含む、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
前記ホモポリマーは、ポリ（ｄＧ）またはポリ（ｄＣ）を含む、項目６３に記載の方法。
（項目６６）
前記ファミリーは、相互から所定の切断点距離内の第１の切断点および相互から所定の切断点距離内の第２の切断点を有する、前記ファミリー内の分割リードに基づいて、融合クラスタにグルーピングされる、項目４３に記載の方法。
（項目６７）
前記第１および第２の所定の切断点距離は、ヌクレオチド２５個未満である、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
前記第１および第２の所定の切断点距離は、ヌクレオチド１０個未満である、項目６６に記載の方法。
（項目６９）
前記分割リードは、前記分割リードを含むファミリー毎に生成されたコンセンサスシーケンスである、項目４３に記載の方法。
（項目７０）
前記コンセンサスシーケンスは、相互から所定の切断点距離内の切断点を有する、分割リードに基づいて、融合クラスタにグルーピングされる、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記所定の切断点距離は、ヌクレオチド２５個未満である、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
前記所定の切断点距離は、ヌクレオチド１０個未満である、項目７０に記載の方法。
（項目７３）
前記参照シーケンスは、ヒト参照シーケンスである、項目４３に記載の方法。
（項目７４）
前記核酸シーケンシング装置は、次世代シーケンシング装置である、項目４３に記載の方法。
（項目７５）
前記サンプルは、対象から取得された体液である、項目４３に記載の方法。
（項目７６）
前記体液は、血液、血漿、血清、尿、唾液、粘膜分泌液、喀痰、糞便、および涙液から成る群から選択される、項目７５に記載の方法。
（項目７７）
前記対象は、癌を有する、項目７５または７６に記載の方法。
（項目７８）
前記融合クラスタは、前記第１および第２のサブシーケンスが、前記参照シーケンスと比較して、正常ゲノム順序にある場合、欠失としてコールされる、項目４３に記載の方法。
（項目７９）
前記融合クラスタは、前記第１および第２のサブシーケンスが、前記参照シーケンスと比較して、逆ゲノム順序にある場合、挿入としてコールされる、項目４３に記載の方法。
（項目８０）
前記サンプルは、無細胞ＤＮＡ分子を含む、項目７５〜７７に記載の方法。
（項目８１）
方法であって、
（ａ）ポリヌクレオチド分子の遺伝子シーケンスリードを参照シーケンスにマッピングするステップと、
（ｂ）分割リードを含む、遺伝子シーケンスリードを識別するステップであって、各分割リードは、第１の遺伝子座にマッピングされる第１の切断点に隣接する第１のサブシーケンスと、第２の別個の遺伝子座にマッピングされる第２の切断点に隣接する第２のサブシーケンスとを含み、前記第１の切断点および前記第２の切断点は、切断点ペアを形成する、ステップと、
（ｂ）前記分割リードをファミリーにグルーピングするステップであって、各ファミリーは、サンプル中の同一ポリヌクレオチド分子から生じるシーケンスリードを含む、ステップと、
（ｄ）ファミリー毎に、コンセンサス分割リードシーケンスを生成するステップと、
（ｅ）ファミリー毎のコンセンサス分割リードシーケンスを融合クラスタにグルーピングするステップであって、前記融合クラスタ内のコンセンサスシーケンスは、類似切断点ペアを有する、ステップと、
（ｆ）融合クラスタを挿入および／または欠失を含むとしてコールするステップであって、
ｉ．切断点ペアは、前記参照シーケンスの同一染色体上に位置し、
ｉｉ．前記切断点ペア内の前記第１の切断点と前記第２の切断点との間の距離は、前記参照シーケンス上の所定の最大距離未満であって、
ｉｉｉ．サブシーケンスは、同一５´−３´配向にある、
ステップと、
を含む、方法。
（項目８２）
（ｇ）融合クラスタを、（ｆ）内の前記基準のうちの少なくとも１つが満たされない、融合を含むとしてコールするステップをさらに含む、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
各融合クラスタ内のコンセンサスシーケンスは、相互間の第１の所定の切断点距離内にある、第１の切断点と、相互間の第２の所定の切断点距離内にある、第２の切断点とを有する、分割リードを含む、項目８１に記載の方法。
（項目８４）
前記第１および第２の所定の切断点距離は、ヌクレオチド２５個未満である、項目８３に記載の方法。
（項目８５）
前記第１および第２の所定の切断点距離は、ヌクレオチド１０個未満である、項目８３に記載の方法。
（項目８６）
方法であって、
（ａ）ポリヌクレオチド分子の遺伝子シーケンスリードを参照シーケンスにマッピングするステップと、
（ｂ）前記遺伝子シーケンスリードをファミリーにグルーピングするステップであって、各ファミリーは、サンプル中の同一ポリヌクレオチド分子から生じる一意のシーケンスリードを含む、ステップと、
（ｃ）ファミリーの一意のシーケンスリードを融合クラスタにグルーピングするステップであって、各融合クラスタは、分割リードを含み、各分割リードは、サブシーケンス：第１の遺伝子座にマッピングされる第１の切断点に隣接する第１のサブシーケンスと、第２の別個の遺伝子座にマッピングされる第２の切断点に隣接する第２のサブシーケンスとによって特徴付けられ、前記第１の切断点および前記第２の切断点は、切断点ペアを形成する、ステップと、
（ｄ）融合クラスタの一意のシーケンスリードを挿入および／または欠失を含むとしてコールするステップであって、
ｉ．切断点ペアは、同一染色体にマッピングされ、
ｉｉ．前記切断点ペア内の前記第１の切断点と前記第２の切断点との間の距離は、前記参照シーケンス上の所定の最大距離未満であって、
ｉｉｉ．サブシーケンスは、同一５´−３´配向にある、
ステップと、
を含む、方法。
（項目８７）
（ｅ）融合クラスタの一意のシーケンスリードを、（ｄ）内の前記基準のうちの少なくとも１つが満たされない、融合を含むとしてコールするステップをさらに含む、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記遺伝子シーケンスリードは、核酸シーケンシング装置によって生成される、項目８６に記載の方法。
（項目８９）
挿入および／または欠失ならびに／もしくは融合を検出するためのコンピュータ実装方法であって、
（ａ）コンピュータプロセッサを用いて、核酸シーケンシング装置から収集される対合端シーケンスリードをアライメントおよびマージするステップであって、対合端シーケンスリードのセットから代表のマージされた一意のリードを生成するステップであって、各代表のマージされた一意のリードは、前記対合端シーケンスリードのマージ後、同一分子バーコードおよびシーケンスを有する、対合端シーケンスリードを代表する、ステップと、
（ｂ）前記プロセッサを用いて、前記代表のマージされた一意のリードを参照シーケンスにマッピングするステップと、
（ｃ）前記プロセッサを用いて、前記代表のマージされた一意のリードをファミリーにグルーピングするステップであって、各ファミリーは、同一のオリジナルのタグ付けされたポリヌクレオチド分子から生じる代表のマージされた一意のリードを含み、各ファミリーは、コンセンサスシーケンスによって代表される、ステップと、
（ｄ）前記プロセッサを用いて、ファミリーのコンセンサスシーケンスを融合クラスタにグルーピングするステップであって、各融合クラスタは、分割リードのファミリーからのコンセンサスシーケンスを含む、ステップであって
各分割リードは、サブシーケンスであって、第１の遺伝子座にマッピングされる第１の切断点に隣接する第１のサブシーケンスと、第２の別個の遺伝子座にマッピングされる第２の切断点に隣接する第２のサブシーケンスとによって特徴付けられ、
前記第１の切断点および前記第２の切断点は、切断点ペアを形成し、
前記融合クラスタ内のコンセンサスシーケンスは、類似切断点ペアを含む、
ステップと、
（ｅ）前記プロセッサを用いて、融合クラスタを挿入および／または欠失を有するとしてコールするステップであって、
ｉ．切断点ペアは、同一染色体にマッピングされ、
ｉｉ．切断点ペア間の距離は、所定の最大距離未満であって、
ｉｉｉ．サブシーケンスは、同一５´−３´配向にある、
ステップと、
を含む、方法。
（項目９０）
前記プロセッサによって、融合クラスタを、以下の基準：
ｉ．切断点ペアは、同一染色体にマッピングされ、
ｉｉ．切断点ペア間の距離は、所定の最大距離未満であって、
ｉｉｉ．サブシーケンスは、同一５´−３´配向にある、
ことのうちの少なくとも１つが満たされない、融合を有するとしてコールするステップをさらに含む、項目８９に記載の方法
（項目９１）
前記挿入および／または欠失ならびに／もしくは融合を有する、ポリヌクレオチド分子のインジケーションを提供する、報告を電子フォーマットで生成するステップをさらに含む、項目８９または９０に記載の方法。
（項目９２）
前記プロセッサを用いて、前記対合端シーケンスリードのシーケンシング品質を計算するステップであって、前記対合端シーケンスリードに関する品質スコアを提供するステップをさらに含む、項目８９に記載の方法。
（項目９３）
項目４３〜８０のいずれか１項に記載の方法が実施される、挿入および／または欠失ならびに／もしくは融合を検出する方法。
（項目９４）
前記方法は、コンピュータ実装方法である、項目８１または項目８６に記載の方法。
（項目９５）
前記方法はさらに、前記挿入および／または欠失ならびに／もしくは融合を有する、ポリヌクレオチド分子のインジケーションを提供する、電子フォーマットを生成するステップを含む、項目４３または項目８１または項目８６に記載の方法。
（項目９６）
癌を患う患者を処置するための方法であって、
（ａ）前記患者内の融合クラスタの存在または量に関するデータを受信するステップであって、前記データは、項目４３〜８０または項目８１〜８５または項目８６〜８８または項目８９〜９２に記載の方法のいずれかを使用して取得される、ステップと、
（ｂ）前記融合クラスタの存在または量に基づいて、前記患者に異なる処置計画を受けさせるステップと、
を含む、方法。
（項目９７）
前記融合クラスタまたはより大量の前記融合クラスタの存在を伴う患者は、前記融合クラスタを伴わないまたはより小量の前記融合クラスタを伴う患者より厳しい療法計画を受ける、項目９６に記載の方法。
（項目９８）
前記より厳しい計画は、より厳しくない計画における処置薬の用量より高い用量の処置薬によって特徴付けられる、項目９７に記載の方法。
（項目９９）
前記融合クラスタは、ＭＥＴエクソン１４スキッピング欠失としてコールされる、項目９８に記載の方法。
（項目１００）
前記処置薬は、ＭＥＴ阻害剤である、項目９９に記載の方法。
（項目１０１）
前記ＭＥＴ阻害剤は、クリゾチニブ、カボザンチニブ、カプマチニブ、テポチニブ、およびグレサチニブから成る群から選択される、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記処置計画は、化学療法、放射線療法、または免疫療法を含む、項目９６〜１０１に記載の方法。
（項目１０３）
前記データは、癌のための処置を受ける患者における前記融合クラスタの存在を示し、前記処置はそのような患者において継続される、項目９６に記載の方法。
参照による引用