【手続補正書】
【提出日】令和2年11月19日(2020.11.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象から得られた試料中に、少なくとも1つの融合遺伝子が存在することを決定すること、次いで、抗新生物作用を達成するために、対象の1個以上の細胞内の該融合遺伝子を標的化するゲノム編集技術を実施することを含み、対象が前立腺がんを有しない、対象を処置する方法。
【請求項２】
対象から得られた試料中に、少なくとも1つの融合遺伝子が存在することを決定すること、次いで、抗がん作用を達成するために、対象のがんの1個以上の細胞内の該融合遺伝子を標的化するゲノム編集技術を実施することを含み、対象が前立腺がんを有しない、がんを有する対象を処置する方法。
【請求項３】
融合遺伝子が、PTEN-NOLC1、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
対象が前がん状態または新生物状態を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
対象ががんを有する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、肉腫、急性および慢性リンパ球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、または食道腺癌である、請求項２または５に記載の方法。
【請求項７】
融合遺伝子が、FISH分析によって検出される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項８】
融合遺伝子が、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応によって検出される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項９】
融合遺伝子が、MAN2A1-FERである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１０】
融合遺伝子が、TMEM135-CCDC67である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１１】
融合遺伝子が、PTEN-NOLC1である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１２】
ゲノム編集技術がCRISPR/Casシステムを使用する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１３】
CRISPR/Casシステムが、細胞死を誘導するために、融合遺伝子ゲノム配列内の配列を切断して、融合遺伝子内に核酸を挿入する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
CRISPR/Casシステムが、Casl、CaslB、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9 (CsnlまたはCsxl2としても知られる)、CaslO、Csyl 、Csy2、Csy3、Csel、Cse2、Cscl、Csc2、Csa5、Csn2、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmrl、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csbl、Csb2、Csb3、Csxl7、Csxl4、CsxlO、Csxl6、CsaX、Csx3、Csxl、CsxlS、Csfl、Csf2、CsO、Csf4、Cpfl、c2cl、c2c3、Cas9HiFiおよびその組合せからなる群から選択されるCasエンドヌクレアーゼを使用する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
CasエンドヌクレアーゼがCas9である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
ゲノム編集技術が、1個以上の細胞またはがん細胞に、(i)Casタンパク質と2個のガイドRNA(gRNA)とをコードする核酸を含むベクターおよび(ii)ドナー核酸と、1個以上のターゲティング配列とを含むベクターを形質導入することを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項１７】
一方のgRNAが融合遺伝子の1個の遺伝子内の領域と相補的であり、他方のgRNAが融合遺伝子の第2の遺伝子内の領域と相補的である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
ドナー核酸がHSV-1チミジンキナーゼをコードする、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
方法が、対象に、治療有効量のガンシクロビルまたはバルガンシクロビルを投与することをさらに含む、請求項１６または１８に記載の方法。
【請求項２０】
一方のgRNAがMAN2A1-FER融合遺伝子のMAN2A1遺伝子内の領域と相補的であり、他方のgRNAがFER遺伝子内の領域と相補的であってよい、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
一方のgRNAがTMEM135-CCDC67融合遺伝子のTMEM135遺伝子内の領域と相補的であり、他方のgRNAがCCDC67遺伝子内の領域と相補的であってよい、請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
対象の1個以上の細胞が、PTEN-NOLC1、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、ならびに1個以上の細胞が融合遺伝子を含有する場合、対象の1個以上の細胞内に存在する該融合遺伝子を標的とするゲノム編集技術を実施することを含み、対象が前立腺がんを有しない、対象を処置する方法。
【請求項２３】
対象の1個以上の細胞が、PTEN-NOLC1、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、ならびに1個以上の細胞が融合遺伝子を含有する場合、対象の1個以上の細胞内に存在する該融合遺伝子を標的とするゲノム編集技術を実施することを含み、対象が前立腺がんを有しない、前がん状態または新生物状態を有する対象を処置する方法。
【請求項２４】
対象の1個以上の細胞が、がん細胞である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
がん細胞が、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、肉腫、急性および慢性リンパ球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、または食道腺癌の細胞である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
がんが、肺腺癌、多形膠芽腫または肝細胞癌ではない、請求項２〜３、５〜２１および２４〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
細胞内に存在する融合遺伝子を標的とするゲノム編集技術を実施するためのキットであって、細胞が前立腺がん細胞ではなく、キットが、(i)Casタンパク質と1個以上のガイドRNA(gRNA)とをコードする核酸を含むベクターおよび(ii)ドナー核酸と1個以上のターゲティング配列とを含むベクターを含む、前記キット。
【請求項２８】
一方のgRNAが融合遺伝子の1個の遺伝子内の領域と相補的であり、他方のgRNAが融合遺伝子の第2の遺伝子内の領域と相補的である、請求項２７に記載のキット。
【請求項２９】
ドナー核酸がHSV-1チミジンキナーゼをコードする、請求項２７に記載のキット。
【請求項３０】
キットがガンシクロビルおよび/またはバルガンシクロビルをさらに含む、請求項２７、２８または２９のいずれか一項に記載のキット。
【請求項３１】
融合遺伝子が、PTEN-NOLC1、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される、請求項２７に記載のキット。
【請求項３２】
PTEN-NOLC1、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、CCNH-C5orf30、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、MTOR-TP53BP、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1またはPCMTD1-SNTG11からなる群から選択される1個以上の融合遺伝子のPCR分析のための核酸プライマーをさらに含む、請求項２７に記載のキット。
【請求項３３】
PTEN-NOLC1、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、CCNH-C5orf30、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、MTOR-TP53BP1、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1およびPCMTD1-SNTG1からなる群から選択される1個以上の融合遺伝子のFISH分析のための核酸プローブをさらに含む、請求項２７に記載のキット。
【請求項３４】
細胞が、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、肉腫、急性および慢性リンパ球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、または食道腺癌に由来する細胞である、請求項２７に記載のキット。
【請求項３５】
細胞が、新生物細胞および/または前がん細胞である、請求項２７に記載のキット。
【請求項３６】
Casタンパク質がCas9またはCas9D10Aである、請求項２７に記載のキット。
【請求項３７】
細胞が、肺腺癌、多形膠芽腫または肝細胞癌に由来する細胞ではない、請求項２７に記載のキット。
【請求項３８】
対象におけるがんを処置または防止するための方法における使用のための標的ゲノム編集を可能とする薬剤であって、該方法が、(i)対象の試料が融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること；および(ii)試料が1個以上の融合遺伝子を含有する場合、前記薬剤を用いてゲノム編集手順を実施して、対象内の1個以上のがん細胞中の該融合遺伝子を標的化することを含み、がんが前立腺がんではない、前記薬剤。
【請求項３９】
対象を処置するための方法における使用のための標的ゲノム編集を可能とする薬剤であって、該方法が、(i)対象の試料が融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること；および(ii)試料が1個以上の融合遺伝子を含有する場合、前記薬剤を用いてゲノム編集手順を実施して、対象内の1個以上の細胞中の該融合遺伝子を標的化することを含み、対象が前立腺がんを有しない、前記薬剤。
【請求項４０】
前がん状態または新生物状態を有する対象を処置するための方法における使用のための標的ゲノム編集を可能とする薬剤であって、該方法が、(i)対象の試料が融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること；および(ii)試料が1個以上の融合遺伝子を含有する場合、前記薬剤を用いてゲノム編集手順を実施して、対象内の1個以上の細胞中の該融合遺伝子を標的化することを含み、対象が前立腺がんを有しない、前記薬剤。
【請求項４１】
薬剤が、Cas9タンパク質である、請求項３８、３９または４０のいずれか一項に記載の薬剤。
【請求項４２】
Cas9タンパク質が、Cas9D10Aである、請求項４１に記載の薬剤。
【請求項４３】
がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、肉腫、急性および慢性リンパ球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、または食道腺癌である、請求項３８に記載の薬剤。
【請求項４４】
がんが、肺腺癌、多形膠芽腫または肝細胞癌ではない、請求項３８に記載の薬剤。
【請求項４５】
PTEN-NOLC1、TMEM135-CCDC67、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される1個以上の融合遺伝子を含有する1個以上の細胞を有する対象を処置するのに使用するための組成物であって、1個以上の細胞内に存在する該1個以上の融合遺伝子を標的とするゲノム編集技術における使用のための1種以上の薬剤を含み、対象が前立腺がんを有しない、前記組成物。
【請求項４６】
ゲノム編集技術における使用のための1種以上の薬剤が、1個以上のgRNAとエンドヌクレアーゼとを含む、請求項４５に記載の組成物。
【請求項４７】
エンドヌクレアーゼがCas9である、請求項４６に記載の組成物。
【請求項４８】
1個以上のガイドRNAが、該融合遺伝子の1個の遺伝子内の領域と相補的な1個のgRNAと、該融合遺伝子の第2の遺伝子内の領域と相補的な第2のgRNAとを含む、請求項４５〜４７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４９】
1個以上のガイドRNAが、該1個以上の融合遺伝子の染色体切断点内の特定の配列と相補的な1個のgRNAを含む、請求項４５〜４７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５０】
1個以上の融合遺伝子を含有する1個以上の細胞を有する対象のための処置を決定する方法であって、
i)対象に由来する試料を提供すること；
ii)対象の1個以上の細胞が、PTEN-NOLC1、TMEM135-CCDC67、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される1個以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること；ならびに
iii)1個以上の融合遺伝子が1個以上の細胞中で検出された場合、1個以上の細胞中で検出された該1個以上の該融合遺伝子を標的とするゲノム編集技術を実施することを指示すること
を含み、対象が前立腺がんを有しない、前記方法。
【請求項５１】
ゲノム編集技術が、CRISPR/Cas9システムを用いて実施される、請求項５０に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１３】
様々な参考文献が本明細書で引用され、それらはその全体が参照により本明細書に組み入れられるものとする。   
本開示は以下の実施形態を包含する。   
[１]  対象から得られた試料中に、少なくとも1つの融合遺伝子が存在することを決定すること、次いで、抗新生物作用を達成するために、対象の1個以上の細胞内の該融合遺伝子を標的化するゲノム編集技術を実施することを含み、対象が前立腺がんを有しない、対象を処置する方法。   
[２]  対象から得られた試料中に、少なくとも1つの融合遺伝子が存在することを決定すること、次いで、抗がん作用を達成するために、対象のがんの1個以上の細胞内の該融合遺伝子を標的化するゲノム編集技術を実施することを含み、対象が前立腺がんを有しない、がんを有する対象を処置する方法。   
[３]  融合遺伝子が、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される、実施形態１または２に記載の方法。   
[４]  対象が前がん状態または新生物状態を有する、実施形態１に記載の方法。   
[５]  対象ががんを有する、実施形態１に記載の方法。   
[６]  がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、肉腫、急性および慢性リンパ球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、または食道腺癌である、実施形態２または５に記載の方法。   
[７]  融合遺伝子が、FISH分析によって検出される、実施形態１または２に記載の方法。   
[８]  融合遺伝子が、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応によって検出される、実施形態１または２に記載の方法。   
[９]  融合遺伝子が、MAN2A1-FERである、実施形態１または２に記載の方法。   
[１０]  融合遺伝子が、TMEM135-CCDC67である、実施形態１または２に記載の方法。   
[１１]  融合遺伝子が、PTEN-NOLC1である、実施形態１または２に記載の方法。   
[１２]  ゲノム編集技術がCRISPR/Casシステムを使用する、実施形態１または２に記載の方法。   
[１３]  CRISPR/Casシステムが、細胞死を誘導するために、融合遺伝子ゲノム配列内の配列を切断して、融合遺伝子内に核酸を挿入する、実施形態１２に記載の方法。   
[１４]  CRISPR/Casシステムが、Casl、CaslB、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9 (CsnlまたはCsxl2としても知られる)、CaslO、Csyl 、Csy2、Csy3、Csel、Cse2、Cscl、Csc2、Csa5、Csn2、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmrl、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csbl、Csb2、Csb3、Csxl7、Csxl4、CsxlO、Csxl6、CsaX、Csx3、Csxl、CsxlS、Csfl、Csf2、CsO、Csf4、Cpfl、c2cl、c2c3、Cas9HiFiおよびその組合せからなる群から選択されるCasエンドヌクレアーゼを使用する、実施形態１２に記載の方法。   
[１５]  CasエンドヌクレアーゼがCas9である、実施形態１４に記載の方法。   
[１６]  ゲノム編集技術が、1個以上の細胞またはがん細胞に、(i)Casタンパク質と2個のガイドRNA(gRNA)とをコードする核酸を含むベクターおよび(ii)ドナー核酸と、1個以上のターゲティング配列とを含むベクターを形質導入することを含む、実施形態１または２に記載の方法。   
[１７]  一方のgRNAが融合遺伝子の1個の遺伝子内の領域と相補的であり、他方のgRNAが融合遺伝子の第2の遺伝子内の領域と相補的である、実施形態１６に記載の方法。   
[１８]  ドナー核酸がHSV-1チミジンキナーゼをコードする、実施形態１６に記載の方法。   
[１９]  方法が、対象に、治療有効量のガンシクロビルまたはバルガンシクロビルを投与することをさらに含む、実施形態１６または１８に記載の方法。   
[２０]  一方のgRNAがMAN2A1-FER融合遺伝子のMAN2A1遺伝子内の領域と相補的であり、他方のgRNAがFER遺伝子内の領域と相補的であってよい、実施形態１６に記載の方法。   
[２１]  一方のgRNAがTMEM135-CCDC67融合遺伝子のTMEM135遺伝子内の領域と相補的であり、他方のgRNAがCCDC67遺伝子内の領域と相補的であってよい、実施形態１６に記載の方法。   
[２２]  対象の1個以上の細胞が、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、ならびに1個以上の細胞が融合遺伝子を含有する場合、対象の1個以上の細胞内に存在する該融合遺伝子を標的とするゲノム編集技術を実施することを含み、対象が前立腺がんを有しない、対象を処置する方法。   
[２３]  対象の1個以上の細胞が、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、ならびに1個以上の細胞が融合遺伝子を含有する場合、対象の1個以上の細胞内に存在する該融合遺伝子を標的とするゲノム編集技術を実施することを含み、対象が前立腺がんを有しない、前がん状態または新生物状態を有する対象を処置する方法。   
[２４]  対象の1個以上の細胞が、がん細胞である、実施形態２１に記載の方法。   
[２５]  がん細胞が、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、肉腫、急性および慢性リンパ球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、または食道腺癌の細胞である、実施形態２４に記載の方法。   
[２６]  がんが、肺腺癌、多形膠芽腫または肝細胞癌ではない、実施形態２〜３、５〜２１および２４〜２５のいずれかに記載の方法。   
[２７]  細胞内に存在する融合遺伝子を標的とするゲノム編集技術を実施するためのキットであって、細胞が前立腺がん細胞ではなく、キットが、(i)Casタンパク質と1個以上のガイドRNA(gRNA)とをコードする核酸を含むベクターおよび(ii)ドナー核酸と1個以上のターゲティング配列とを含むベクターを含む、前記キット。   
[２８]  一方のgRNAが融合遺伝子の1個の遺伝子内の領域と相補的であり、他方のgRNAが融合遺伝子の第2の遺伝子内の領域と相補的である、実施形態２７に記載のキット。   
[２９]  ドナー核酸がHSV-1チミジンキナーゼをコードする、実施形態２７に記載のキット。   
[３０]  キットがガンシクロビルおよび/またはバルガンシクロビルをさらに含む、実施形態２７、２８または２９のいずれかに記載のキット。   
[３１]  融合遺伝子が、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される、実施形態２７に記載のキット。   
[３２]  TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、MTOR-TP53BP、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1またはPCMTD1-SNTG11からなる群から選択される1個以上の融合遺伝子のPCR分析のための核酸プライマーをさらに含む、実施形態２７に記載のキット。   
[３３]  TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、MTOR-TP53BP1、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1およびPCMTD1-SNTG1からなる群から選択される1個以上の融合遺伝子のFISH分析のための核酸プローブをさらに含む、実施形態２７に記載のキット。   
[３４]  細胞が、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、肉腫、急性および慢性リンパ球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、または食道腺癌に由来する細胞である、実施形態２７に記載のキット。   
[３５]  細胞が、新生物細胞および/または前がん細胞である、実施形態２７に記載のキット。   
[３６]  Casタンパク質がCas9またはCas9D10Aである、実施形態２７に記載のキット。   
[３７]  細胞が、肺腺癌、多形膠芽腫または肝細胞癌に由来する細胞ではない、実施形態２７に記載のキット。   
[３８]  対象におけるがんを処置または防止するための方法における使用のための標的ゲノム編集を可能とする薬剤であって、該方法が、(i)対象の試料が融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること；および(ii)試料が1個以上の融合遺伝子を含有する場合、前記薬剤を用いてゲノム編集手順を実施して、対象内の1個以上のがん細胞中の該融合遺伝子を標的化することを含み、がんが前立腺がんではない、前記薬剤。   
[３９]  対象を処置するための方法における使用のための標的ゲノム編集を可能とする薬剤であって、該方法が、(i)対象の試料が融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること；および(ii)試料が1個以上の融合遺伝子を含有する場合、前記薬剤を用いてゲノム編集手順を実施して、対象内の1個以上の細胞中の該融合遺伝子を標的化することを含み、対象が前立腺がんを有しない、前記薬剤。   
[４０]  前がん状態または新生物状態を有する対象を処置するための方法における使用のための標的ゲノム編集を可能とする薬剤であって、該方法が、(i)対象の試料が融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること；および(ii)試料が1個以上の融合遺伝子を含有する場合、前記薬剤を用いてゲノム編集手順を実施して、対象内の1個以上の細胞中の該融合遺伝子を標的化することを含み、対象が前立腺がんを有しない、前記薬剤。   
[４１]  薬剤が、Cas9タンパク質である、実施形態３８、３９または４０のいずれかに記載の薬剤。   
[４２]  Cas9タンパク質が、Cas9D10Aである、実施形態４１に記載の薬剤。   
[４３]  がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、肉腫、急性および慢性リンパ球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、または食道腺癌である、実施形態３８に記載の薬剤。   
[４４]  がんが、肺腺癌、多形膠芽腫または肝細胞癌ではない、実施形態３８に記載の薬剤。   
[４５]  TMEM135-CCDC67、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される1個以上の融合遺伝子を含有する1個以上の細胞を有する対象を処置するのに使用するための組成物であって、1個以上の細胞内に存在する該1個以上の融合遺伝子を標的とするゲノム編集技術における使用のための1種以上の薬剤を含み、対象が前立腺がんを有しない、前記組成物。   
[４６]  ゲノム編集技術における使用のための1種以上の薬剤が、1個以上のgRNAとエンドヌクレアーゼとを含む、実施形態４５に記載の組成物。   
[４７]  エンドヌクレアーゼがCas9である、実施形態４６に記載の組成物。   
[４８]  1個以上のガイドRNAが、該融合遺伝子の1個の遺伝子内の領域と相補的な1個のgRNAと、該融合遺伝子の第2の遺伝子内の領域と相補的な第2のgRNAとを含む、実施形態４５〜４７のいずれかに記載の組成物。   
[４９]  1個以上のガイドRNAが、該1個以上の融合遺伝子の染色体切断点内の特定の配列と相補的な1個のgRNAを含む、実施形態４５〜４７のいずれかに記載の組成物。   
[５０]  1個以上の融合遺伝子を含有する1個以上の細胞を有する対象のための処置を決定する方法であって、
i)対象に由来する試料を提供すること；
ii)対象の1個以上の細胞が、TMEM135-CCDC67、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1およびその組合せからなる群から選択される1個以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること；ならびに
iii)1個以上の融合遺伝子が1個以上の細胞中で検出された場合、1個以上の細胞中で検出された該1個以上の該融合遺伝子を標的とするゲノム編集技術を実施することを指示すること
を含み、対象が前立腺がんを有しない、前記方法。   
[５１]  ゲノム編集技術が、CRISPR/Cas9システムを用いて実施される、実施形態５０に記載の方法。