【手続補正書】
【提出日】令和3年2月2日(2021.2.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）前記がん患者から事前に採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、前記ＰＢＰの値を記録すること、ならびに
（Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
【請求項２】
前記免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ、または、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ、請求項１−３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、請求項１−４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、請求項１−４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、請求項１−６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、請求項１−６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、請求項１−８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記がん患者が、非小細胞肺がん患者である、請求項１−８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料が前記がん患者から事前に採取され、前記方法は、
前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
前記選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
前記選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する前記拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
前記空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および前記第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前記第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
前記第六のマスクの総面積を前記第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
前記ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）前記空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）前記空間的近接スコアが前記第一の値の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、（２）前記空間的近接スコアが前記第二の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
【請求項１２】
前記所定因子が１０４である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、請求項１１または請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、請求項１１または請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、請求項１１−１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、請求項１１−１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料が事前に前記がん患者から採取され、前記方法は、
前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
前記選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
前記選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する前記拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
前記空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および前記第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前記第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
前記第六のマスクの総面積を前記第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
前記ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）前記空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）前記空間的近接スコアが前記第一の値の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、（２）前記空間的近接スコアが前記第二の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
【請求項１８】
前記所定の因子が１０４である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、請求項１７または請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、請求項１７または請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
前記第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、請求項１７−２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、請求項１７−２０のいずれか一項に記載の方法。