【手続補正書】
【提出日】令和3年3月9日(2021.3.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の腫瘍がＫＲＡＳ変異により駆動されている（ＫＲＡＳ+ ）か否かを判定する方法であって、
ＫＲＡＳ+ であることが疑われる腫瘍の試料を得ることと、
ＥＲＫホスホアイソフォームに関してのナノ流体プロテオーム免疫アッセイ（ＮＩＡ）、ならびに、ｍ／ｚ領域約７００〜１０００及び／またはｍ／ｚ約２００〜４００の領域における脂質種に関しての脱離エレクトロスプレーイオン化質量分析イメージング（ＤＥＳＩ−ＭＳＩ）のうち一方または両方を行うことと、
ＫＲＡＳ+ 腫瘍は、ＫＲＡＳ- 腫瘍または正常組織と比べて変化したＥＲＫ１アイソフォーム及び／または変化した脂質種を示しており、前記試料が、ＫＲＡＳ- 腫瘍または正常組織と比べて変化したＥＲＫ１アイソフォーム及び／または変化した脂質種を示しているか否かを判定することと、
前記患者に判定結果を提供することと
を含む、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法で得られた前記判定結果を医学的に利用する、方法。
【請求項３】
前記腫瘍は、肺腺癌である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記試料は、バイオプシー試料である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記バイオプシー試料は、１００，０００個未満の細胞の腫瘍細胞試料である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記バイオプシー試料は、微細針吸引試料である、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
対照組織は、同一組織から異なる時点で採取された試料である、請求項４に記載の方法。
【請求項８】
単一の腫瘍で複数の時点を比較する、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
細胞試料は、事前に凍結されていたものである、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記ＮＩＡは、ＫＲＡＳ+ 腫瘍に関して、合計ＥＲＫタンパク質レベルと比較した場合にｐｐＥＲＫ１レベル及びｐＥＲＫ１レベルの顕著な上昇を検出する、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＤＥＳＩ−ＭＳＩは、ＫＲＡＳ+ 腫瘍に関して、複合グリセロリン脂質レベル及び遊離脂肪酸レベルの顕著な上昇を検出する、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
脂肪酸シンターゼ（ＦＡＳＮ）の阻害剤が使用される、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
前記阻害剤は、第二の使用レジメンと併用して使用される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＦＡＳＮの阻害剤は、セルレニンである、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１５】
さらに、ＫＲＡＳ駆動型腫瘍形成を示すマーカーに関して使用の有効性を判定するために、前記患者から得た試料が、使用過程にわたり２つ以上の時点で、ＫＲＡＳ- 腫瘍または正常組織に比べて変化したＥＲＫ１アイソフォーム及び／または変化した脂質種を示しているか否かを判定することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１６】
ＫＲＡＳ+ 癌を持つ対象を同定する方法であって、
対象から得られた臨床試料でナノ流体プロテオーム免疫アッセイ（ＮＩＡ）及び／または脱離エレクトロスプレーイオン化質量分析イメージング（ＤＥＳＩ−ＭＳＩ）を行うことと、
前記臨床試料中のＥＲＫ１ホスホアイソフォーム及び／または脂質種を測定することと
を含む、方法。
【請求項１７】
前記臨床試料は、合計ＥＲＫタンパク質レベルと比較した場合に、ｐｐＥＲＫ１レベル及びｐＥＲＫ１レベルが顕著に上昇している、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記臨床試料は、正常組織試料またはＫＲＡＳ- 癌と比較した場合に、ｐｐＥＲＫ１レベル及びｐＥＲＫ１レベルが顕著に上昇している、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＤＥＳＩ−ＭＳＩを行うことは、ｍ／ｚ領域約７００〜１０００及び／またはｍ／ｚ約２００〜４００の範囲の領域で脂質種を検出することを含む、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記臨床試料は、正常組織試料またはＫＲＡＳ- 癌と比べて変化した脂質種を示す、請求項１６〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記臨床試料は、ｍ／ｚ７４５．５０３４、ＰＧ（１８：１／１６：１）、ｍ／ｚ７４７．５１９０、ＰＧとして（１８：１／１６：０）、ｍ／ｚ７９３．５０２３、ＰＧ（１８：２／２０：４）、及びｍ／ｚ８６５．５０３４、ＰＧ（２２：６／２２：６）の相対及び／または合計存在量が増加している、請求項１６〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＤＥＳＩ−ＭＳＩは、ＫＲＡＳ+ 腫瘍に関して、複合グリセロリン脂質及び遊離脂肪酸のレベルの顕著な上昇を検出する、請求項１６〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記臨床試料は、血液試料である、請求項１６〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記臨床試料は、バイオプシー試料である、請求項１６〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記バイオプシー試料は、腫瘍から得られる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記臨床試料は、１００，０００個未満の細胞を含む、請求項１６〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記臨床試料は、１，０００個未満の細胞を含む、請求項１６〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記臨床試料は、１００個未満の細胞を含む、請求項１６〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記臨床試料は、微細針吸引により得られる、請求項１６〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記臨床試料は、ｉｎ  ｖｉｖｏで採取された微細針吸引試料（ＦＮＡ）である、請求項１６〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記ＦＮＡを、隣接する非腫瘍組織と比較することを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記対象は、肺腺癌と診断される、請求項１６〜３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記対象は、腎臓癌と診断される、請求項１６〜３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
さらに、異なる時点で同一腫瘍から第二ＮＩＡ及び／または第二ＤＥＳＩ−ＭＳＩを行うことを含む、請求項１６〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記臨床試料は、事前に凍結されていたものである、請求項１６〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記臨床試料は、前記ＮＩＡ及び／または前記ＤＥＳＩ−ＭＳＩを行う前に、３０分間超、氷上に事前に維持されていたものである、請求項１６〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
対象のＫＲＡＳ+ 癌に関して医学的に利用される方法であって、
前記対象のある部位から得られた臨床試料でナノ流体プロテオーム免疫アッセイ（ＮＩＡ）及び／または脱離エレクトロスプレーイオン化質量分析イメージング（ＤＥＳＩ−ＭＳＩ）を行うことと、
第一の時点で、前記臨床試料中のＥＲＫ１ホスホアイソフォーム及び／または脂質種を測定することと、
前記対象が有効量の抗がん剤で治療を受けた後、前記対象のほぼ同一の部位から得られた臨床試料で、第二のＮＩＡ及び／または第二のＤＥＳＩ−ＭＳＩを行うことと、
前記対象が有効量の抗がん剤で治療を受けた後、第二の時点で、前記対象のほぼ同一の部位から得られた前記臨床試料中のＥＲＫ１ホスホアイソフォーム及び／または脂質種を測定することと
を含む、方法。
【請求項３８】
前記抗がん剤は、脂肪酸シンターゼ阻害剤である、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記抗がん剤は、脂質生合成酵素阻害剤である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
さらに、前記対象に使用レジメンを受けさせることを含み、前記使用レジメンは、少なくとも１ヶ月間、有効量の抗がん治療薬を使用することを含む、請求項３７〜３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
さらに、前記対象が前記抗がん剤で治療を受けた後、前記対象のほぼ同一の部位から得られた前記臨床試料中の、前記ＥＲＫ１ホスホアイソフォーム及び／または前記脂質種に基づき、使用レジメンを維持、調整、または中止することを含み、前記ＥＲＫ１ホスホアイソフォーム及び／または前記脂質種の変化は、前記使用レジメンに対する反応を示すものである、請求項３７〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
前記臨床試料は、前記第一の時点の合計ＥＲＫタンパク質レベルと比較した場合に、ｐｐＥＲＫ１レベル及びｐＥＲＫ１レベルが顕著に上昇している、請求項３７〜４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記臨床試料は、前記第一の時点で、正常組織試料またはＫＲＡＳ- 癌と比較した場合に、ｐｐＥＲＫ１レベル及びｐＥＲＫ１レベルが顕著に上昇している、請求項３７〜４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
ｐｐＥＲＫ１レベル及びｐＥＲＫ１レベルは、前記第一の時点で、前記第二の時点よりも高い、請求項３７〜４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記ＤＥＳＩ−ＭＳＩを行うことは、ｍ／ｚ領域約７００〜１０００及び／またはｍ／ｚ約２００〜４００の範囲の領域で脂質種を検出することを含む、請求項３７〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記臨床試料は、前記第一の時点で、正常組織試料またはＫＲＡＳ- 癌と比べて変化した脂質種を示す、請求項３７〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記臨床試料は、前記第一の時点で、ｍ／ｚ７４５．５０３４、ＰＧ（１８：１／１６：１）、ｍ／ｚ７４７．５１９０、ＰＧとして（１８：１／１６：０）、ｍ／ｚ７９３．５０２３、ＰＧ（１８：２／２０：４）、及びｍ／ｚ８６５．５０３４、ＰＧ（２２：６／２２：６）の相対及び／または合計存在量が増加している、請求項３７〜４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
前記ＤＥＳＩ−ＭＳＩは、前記第一の時点で、ＫＲＡＳ+ 腫瘍に関して複合グリセロリン脂質及び遊離脂肪酸のレベルの顕著な上昇を検出する、請求項３７〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
複合グリセロリン脂質レベル及び遊離脂肪酸レベルは、前記第一の時点で、前記第二の時点よりも高い、請求項３７〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
前記臨床試料は、血液試料である、請求項３７〜４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
前記臨床試料は、バイオプシー試料である、請求項３７〜４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
前記バイオプシー試料は、腫瘍から得られる、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記臨床試料は、１００，０００個未満の細胞を含む、請求項３７〜５２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
前記臨床試料は、１，０００個未満の細胞を含む、請求項３７〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
前記臨床試料は、１００個未満の細胞を含む、請求項３７〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５６】
前記臨床試料は、微細針吸引により得られる、請求項３７〜５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５７】
前記臨床試料は、ｉｎ  ｖｉｖｏで採取された微細針吸引試料（ＦＮＡ）である、請求項３７〜５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
さらに、前記ＦＮＡを、隣接する非腫瘍組織と比較することを含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記対象は、肺腺癌と診断される、請求項３７〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
前記対象は、腎臓癌と診断される、請求項３７〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
前記臨床試料は、事前に凍結されていたものである、請求項３７〜６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
前記臨床試料は、前記ＮＩＡ及び／または前記ＤＥＳＩ−ＭＳＩを行う前に、３０分間超、氷上に事前に維持されていたものである、請求項３７〜６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
前記対象は、ヒトである、請求項３７〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
前記対象は、動物である、請求項３７〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
前記動物は、マウスである、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
さらに、がん細胞を前記動物に移植することを含む、請求項６４または６５に記載の方法。
【請求項６７】
対象の疾患または障害に関して医学的に利用される方法であって、
抗がん剤の使用は、前記対象から得られた臨床試料中のｐｐＥＲＫ１レベル及びｐＥＲＫ１レベル、及び／または複合グリセロリン脂質レベル及び遊離脂肪酸レベルに基づき、かつ前記ｐｐＥＲＫ１レベル及びｐＥＲＫ１レベル、及び／または前記複合グリセロリン脂質レベル及び遊離脂肪酸レベルは、参照レベルに比べて上昇している、方法。
【請求項６８】
前記ｐｐＥＲＫ１レベル及びｐＥＲＫ１レベルは、ナノ流体プロテオーム免疫アッセイ（ＮＩＡ）により測定される、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記複合グリセロリン脂質レベル及び遊離脂肪酸レベルは、脱離エレクトロスプレーイオン化質量分析イメージング（ＤＥＳＩ−ＭＳＩ）により測定され、前記ＤＥＳＩ−ＭＳＩは、ｍ／ｚ領域約７００〜１０００及び／またはｍ／ｚ約２００〜４００の範囲の領域で脂質種を検出することを含む、請求項６７または６８に記載の方法。
【請求項７０】
前記疾患または障害は、ＫＲＡＳ+ 癌である、請求項６７〜６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７１】
前記ＫＲＡＳ+ 癌は、肺癌である、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記ＫＲＡＳ+ 癌は、腎臓癌である、請求項７０に記載の方法。
【請求項７３】
前記抗がん剤は、脂肪酸シンターゼ阻害剤である、請求項６７〜７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
前記抗がん剤は、脂質生合成酵素阻害剤である、請求項６７〜７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
前記参照レベルは、ＫＲＡＳ- 腫瘍または正常組織中のｐｐＥＲＫ１レベル及びｐＥＲＫ１レベル、及び／または複合グリセロリン脂質レベル及び遊離脂肪酸レベルである、請求項６７〜７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
前記臨床試料は、血液試料である、請求項６７〜７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
前記臨床試料は、バイオプシー試料である、請求項６７〜７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
前記バイオプシー試料は、腫瘍から得られる、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記臨床試料は、１００，０００個未満の細胞を含む、請求項６７〜７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
前記臨床試料は、１，０００個未満の細胞を含む、請求項６７〜７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８１】
前記臨床試料は、１００個未満の細胞を含む、請求項６７〜７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８２】
前記臨床試料は、微細針吸引により得られる、請求項６７〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８３】
前記臨床試料は、事前に凍結されていたものである、請求項６７〜８２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８４】
前記臨床試料は、前記ＮＩＡ及び／または前記ＤＥＳＩ−ＭＳＩを行う前に、３０分間超、氷上に事前に維持されていたものである、請求項６７〜８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８５】
対象のＫＲＡＳ+ 癌に関して医学的に利用される方法であって、
がん細胞を動物のある部位に移植することと、
前記部位から前記がん細胞の一部を取り出すことと、
ｅｘ  ｖｉｖｏで前記一部を有効量の抗がん剤で処理し、処理部位を作成することと、
前記処理部位で、ナノ流体プロテオーム免疫アッセイ（ＮＩＡ）及び／または脱離エレクトロスプレーイオン化質量分析イメージング（ＤＥＳＩ−ＭＳＩ）を行うことと、
前記部位のＥＲＫ１ホスホアイソフォーム及び／または脂質種を測定することと
を含む、方法。
【請求項８６】
前記動物は、マウスである、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
さらに、前記部位でナノ流体プロテオーム免疫アッセイ（ＮＩＡ）及び／または脱離エレクトロスプレーイオン化質量分析イメージング（ＤＥＳＩ−ＭＳＩ）を行うことと、前記抗がん剤で処理する前に、前記部位でＥＲＫ１ホスホアイソフォーム及び／または脂質種を測定することとを含む、請求項８５または８６に記載の方法。