【手続補正書】
【提出日】令和3年9月17日(2021.9.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸バリアントの体細胞または生殖細胞系統起源を無細胞デオキシリボ核酸（ｃｆＤＮＡ）分子のサンプルから識別するコンピュータ実装方法であって、
（ａ）前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウント（Ａ）および総分子カウント（Ｂ）を前記ｃｆＤＮＡ分子のサンプルから判定するステップと、
（ｂ）前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域内の少なくとも１個の生殖細胞系統ヘテロ接合型一塩基多型（ＳＮＰ）を識別するステップと、
（ｃ）前記少なくとも１個の生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの総分子カウント（ｙ）および突然変異対立遺伝子カウントを判定するステップと、
（ｄ）
（ｉ）μｂｉｎおよびρの推定値をベータ二項分布から判定するステップであって、
（ｘ，ｙ）〜ベータ二項（μｂｉｎ，ρ）
式中、
ｙ＝前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの総分子カウントのベクトルであって、（ｂ）において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰ毎に１つのエントリを伴い、
ｘ＝ｍｉｎ（前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウント、ｙ−前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウント）のベクトルであって、（ｂ）において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰ毎に１つのエントリを伴い、
μｂｉｎ＝あるビン内の生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、前記ビンは、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、
ρ＝分散パラメータの推定値である、
ステップと、
（ｉｉ）両側ｐ値を下記の方程式から計算するステップであって、
ｐ値＝２＊ｍｉｎ（Ｐｒｂｂ（ｘ’＞Ａ｜μｂｉｎ，ρ，Ｂ），Ｐｒｂｂ（ｘ’＜Ａ｜μｂｉｎ，ρ，Ｂ））
式中、
Ｐｒｂｂ＝ベータ二項の確率であって、
ｘ’＝前記ベータ二項分布を伴って分散される無作為変数であって、
Ａ＝前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントであって、
Ｂ＝前記核酸バリアントの総分子カウントである、
ステップと、
によって、前記核酸バリアントに関する確率値（ｐ値）を計算するステップと、
（ｅ）前記核酸バリアントを、（ｉ）前記ｐ値が、所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または（ｉｉ）前記ｐ値が、前記所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
を含む、方法。
【請求項２】
ρは、過去のサンプルセットからのρ値の少なくとも１つのセットの中央値を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ρは、局所ゲノムコンテキストのＧＣ含量の関数としてモデル化され、必要に応じて、前記関数は、過去のサンプルセットから推定される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
μｂｉｎの最大尤度推定値を判定するステップを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
μｂｉｎの平均値推定値を判定するステップを含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
ρの最大尤度推定値を判定するステップを含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
ρの分散推定値を判定するステップを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記方法は、前記サンプル中の核酸に関する予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントのベータ二項モデルを使用して、閾値を生成するステップを含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記方法は、複数の核酸バリアントの前記体細胞または生殖細胞系統起源を前記核酸サンプル中の複数のゲノム遺伝子座から分類するステップを含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記方法は、シーケンス情報をシーケンシングによって対象由来の前記サンプル由来の前記ｃｆＤＮＡ分子から取得するステップをさらに含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
シーケンシングに先立ってシーケンスが富化される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記ｃｆＤＮＡ分子がサンプルインデックスおよび／または分子バーコードでタグ付けされる、請求項１０または１１に記載の方法。
【請求項１３】
異なるｃｆＤＮＡ分子が少なくとも１つのバーコードと組み合わせてその内因性シーケンス情報に基づいて区別され得るように、前記ｃｆＤＮＡ分子が限定数のバーコードで非一意的にタグ付けされる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記サンプルは、血漿または血清である、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記方法はさらに、体細胞または生殖細胞系統起源のいずれかである、前記核酸バリアントの分類のインジケーションを提供する、電子および／または紙フォーマットにおける報告を生成するステップを含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２８】
本開示の付加的側面および利点は、本開示の例証的実施形態のみが示され、説明される、以下の発明を実施するための形態から、当業者に容易に明白となるであろう。認識されるであろうように、本開示は、他の異なる実施形態が可能であり、そのいくつかの詳細は、全て本開示から逸脱することなく、種々の明白な点で修正が可能である。故に、図面および説明は、制限的ではなくて本質的に例証的と見なされるものである。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
核酸バリアントの体細胞または生殖細胞系統起源を無細胞デオキシリボ核酸（ｃｆＤＮＡ）分子のサンプルから識別する方法であって、
（ａ）前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値を前記ｃｆＤＮＡサンプルから判定するステップであって、前記複数の定量測定値は、前記核酸バリアントに関する総対立遺伝子カウントおよびマイナー対立遺伝子カウントを含む、ステップと、
（ｂ）前記核酸バリアントの関連付けられた変数を前記ｃｆＤＮＡ分子のサンプルから識別するステップと、
（ｃ）前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値を判定するステップと、（ｄ）前記核酸バリアントのあるゲノム遺伝子座において予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデルを生成するステップと、
（ｅ）少なくとも部分的に、前記予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデル、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値、および前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値のうちの少なくとも１つに基づいて、前記核酸バリアントに関する確率値（ｐ値）を生成するステップと、
（ｆ）前記核酸バリアントを、（ｉ）前記核酸バリアントに関するｐ値が所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または（ｉｉ）前記核酸バリアントに関するｐ値が前記所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
を含む、方法。
（項目２）
前記ｃｆＤＮＡ分子のサンプルを対象から取得するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ｃｆＤＮＡサンプルから生成されたシーケンシング情報を受信するステップをさらに含み、前記シーケンシング情報は、前記核酸バリアントおよび前記核酸バリアントの関連付けられた変数を含む、ｃｆＤＮＡシーケンシングリードを含み、関連付けられた変数は、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域内の少なくとも１個のヘテロ接合型一塩基多型（ｈｅｔ  ＳＮＰ）を含む、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
シーケンシング情報を生成するために、核酸を前記ｃｆＤＮＡサンプルからシーケンシングするステップをさらに含み、前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値および前記関連付けられた変数に関する定量値は、前記シーケンシング情報から判定される、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目５）
前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値を判定するステップと、前記核酸バリアントの関連付けられた変数を識別するステップと、前記関連付けられた変数に関する定量値を前記ｃｆＤＮＡ分子のサンプルから生成されたシーケンシング情報から判定するステップとをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目６）
前記ｃｆＤＮＡ分子のサンプルの核酸に関する予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントのベータ二項モデルを使用して、前記所定の閾値を生成するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目７）
前記複数の核酸バリアントの体細胞または生殖細胞系統起源を前記ｃｆＤＮＡ分子のサンプル内の複数のゲノム遺伝子座から分類するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目８）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも１個のヘテロ接合型一塩基多型（ｈｅｔ  ＳＮＰ）を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目９）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも２個のｈｅｔ  ＳＮＰを含む、項目８に記載の方法。
（項目１０）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、前記核酸バリアントを含むゲノム遺伝子座に連鎖するゲノム遺伝子座を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する１つまたはそれを上回る突然変異対立遺伝子カウントの平均値および／または分散値を判定するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１２）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する平均定量値を判定するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１３）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、ヘテロ接合型一塩基多型（ｈｅｔ  ＳＮＰ）、ＧＣ含量測定値、プローブ特有のバイアス測定値、断片長値、シーケンシング統計測定値、コピー数切断点、および対象に関する臨床データのうちの１つまたはそれを上回るものを含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数の平均値および／または分散値を判定するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１５）
前記核酸バリアントに関する局所生殖細胞系統折畳突然変異対立遺伝子割合（ＭＡＦ）、μｂｉｎを判定するステップをさらに含み、ｂｉｎは、前記核酸バリアントを含む、遺伝子または別の規定されたゲノム領域であって、折畳ＭＡＦは、ｍｉｎ（ＭＡＦ，１−ＭＡＦ）である、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１６）
前記規定されたゲノム領域は、前記核酸バリアントの約１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、または１０１０個の塩基対内の領域である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約０．００１を上回る集団対立遺伝子頻度（ＡＦ）を含む、少なくとも１個の一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも１個の非発癌性一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１９）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約０．９未満の突然変異対立遺伝子割合（ＭＡＦ）を含む、少なくとも１個の一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２０）
前記関連付けられた変数は、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域内の少なくとも１個のヘテロ接合型一塩基多型（ＳＮＰ）を含み、前記方法はさらに、以下を使用して、ベータ二項分布パラメータを推定するステップを含み、
（ｘ，ｙ）〜ベータ二項（μｂｉｎ，ρ）
式中、
ｙ＝前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの総分子カウントのベクトルであって、（ｂ）において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰ毎に１つのエントリを伴い、
ｘ＝ｍｉｎ（前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウント、ｙ−前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウント）のベクトルであって、（ｂ）において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰ毎に１つのエントリを伴い、
μｂｉｎ＝あるビン内のヘテロ接合型ＳＮＰの平均値突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、前記ビンは、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、ρ＝分散パラメータの推定値である、
前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２１）
以下を使用して、前記核酸バリアントに関する両側ｐ値を計算するステップをさらに含み、
ｐ値＝２＊ｍｉｎ（Ｐｒｂｂ（ｘ’＞Ａ｜μｂｉｎ，ρ，Ｂ），Ｐｒｂｂ（ｘ’＜Ａ｜μｂｉｎ，ρ，Ｂ））
式中、
Ｐｒｂｂ＝ベータ二項の確率であって、
ｘ’＝前記ベータ二項を伴って分散される無作為変数であって、
Ａ＝前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントであって、
Ｂ＝前記核酸バリアントの総分子カウントである、
項目２０に記載の方法。
（項目２２）
ρは、過去のサンプルセットからのρ値の少なくとも１つのセットの中央値を含む、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
前記中央値ρパラメータを核酸バリアントのＧＣ含量の関数と置換するステップをさらに含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
μｂｉｎの最大尤度推定値を判定するステップをさらに含む、項目２０に記載の方法。
（項目２５）
μｂｉｎの平均値推定値を判定するステップをさらに含む、項目２０に記載の方法。
（項目２６）
ρの最大尤度推定値を判定するステップをさらに含む、項目２０に記載の方法。
（項目２７）
ρの分散推定値を判定するステップをさらに含む、項目２０に記載の方法。
（項目２８）
前記ｐ値に関する上界および下界を計算するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目２９）
少なくとも１つの電子プロセッサによって実行される場合に、
（ａ）核酸バリアントに関する複数の定量測定値を無細胞デオキシリボ核酸（ｃｆＤＮＡ）サンプルから生成されたシークエンシング情報から判定するステップであって、前記複数の定量測定値は、前記核酸バリアントに関する総対立遺伝子カウントおよびマイナー対立遺伝子カウントを含む、ステップと、
（ｂ）前記核酸バリアントの関連付けられた変数を前記シークエンシング情報から識別するステップと、
（ｃ）前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値を判定するステップと、（ｄ）前記核酸バリアントのあるゲノム遺伝子座において予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデルを生成するステップと、
（ｅ）少なくとも部分的に、前記予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデル、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値、および前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値のうちの少なくとも１つに基づいて、前記核酸バリアントに関する確率値（ｐ値）を生成するステップと、
（ｆ）前記核酸バリアントを、（ｉ）前記核酸バリアントに関するｐ値が所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または（ｉｉ）前記核酸バリアントに関するｐ値が前記所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
を含む、方法を実施する、コンピュータ実行可能命令を含む非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目３０）
前記所定の閾値は、前記ｃｆＤＮＡサンプルの核酸に関する予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントのベータ二項モデルを使用して生成される、項目２９に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目３１）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも１個のヘテロ接合型一塩基多型（ｈｅｔ  ＳＮＰ）を含む、項目２９−３０のいずれか１項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目３２）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも２個のｈｅｔ  ＳＮＰを含む、項目３１に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目３３）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、前記核酸バリアントを含むゲノム遺伝子座に連鎖するゲノム遺伝子座を含む、項目２９−３２のいずれか１項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目３４）
１つまたはそれを上回る突然変異対立遺伝子カウントの平均値および／または分散値が、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関して判定される、項目２９−３３のいずれか１項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目３５）
前記複数の定量測定値のうちの少なくとも１つは、前記核酸バリアントを含む、前記ｃｆＤＮＡサンプルの核酸分子の数を含む、項目２９−３４のいずれか１項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目３６）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、ヘテロ接合型一塩基多型（ｈｅｔ  ＳＮＰ）、ＧＣ含量測定値、プローブ特有のバイアス測定値、断片長値、シーケンシング統計測定値、コピー数切断点、および対象に関する臨床データのうちの１つまたはそれを上回るものを含む、項目２９〜３５のいずれか１項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目３７）
局所生殖細胞系統折畳突然変異対立遺伝子割合（ＭＡＦ）、μｂｉｎが、前記核酸バリアントに関して判定され、ｂｉｎは、前記核酸バリアントを含む、遺伝子または別の規定されたゲノム領域であって、折畳ＭＡＦは、ｍｉｎ（ＭＡＦ，１−ＭＡＦ）である、項目２９〜３６のいずれか１項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目３８）
前記規定されたゲノム領域は、前記核酸バリアントの約１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、または１０１０個の塩基対内の領域である、項目３７に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目３９）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約０．００１を上回る集団対立遺伝子頻度（ＡＦ）を含む、少なくとも１個の一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、項目２９〜３８のいずれか１項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目４０）
前記関連付けられた変数は、少なくとも１個の非発癌性一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、項目２９〜３９のいずれか１項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目４１）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約０．９未満の突然変異対立遺伝子割合（ＭＡＦ）を含む、少なくとも１個の一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、項目２９〜４０のいずれか１項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目４２）
前記関連付けられた変数は、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域内の少なくとも１個のヘテロ接合型一塩基多型（ＳＮＰ）を含み、ベータ二項分布パラメータが、以下を使用して推定される、
（ｘ，ｙ）〜ベータ二項（μｂｉｎ，ρ）
式中、
ｙ＝前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの総分子カウントのベクトルであって、（ｂ）において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰに１つのエントリを伴い、
ｘ＝ｍｉｎ（前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウント、ｙ−前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウント）のベクトルであって、（ｂ）において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰ毎に１つのエントリを伴い、
μｂｉｎ＝あるビン内のヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、前記ビンは、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、
ρ＝分散パラメータの推定値である、
項目２９〜４１のいずれか一項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目４３）
前記ｐ値に関する上界および下界が、計算される、項目２９〜４２のいずれか１項に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目４４）
前記核酸バリアントに関する両側ｐ値が、以下を使用して計算される、
ｐ値＝２＊ｍｉｎ（Ｐｒｂｂ（ｘ’＞ｘ｜μｂｉｎ，ρ，Ｂ），Ｐｒｂｂ（ｘ’＜ｘ｜μｂｉｎ，ρ，Ｂ））
式中、
Ｐｒｂｂ＝ベータ二項の確率であって、
ｘ’＝前記ベータ二項を伴って分散される無作為変数であって、
Ａ＝前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントであって、
Ｂ＝前記核酸バリアントの総分子カウントである、
項目４３に記載の非一過性コンピュータ可読媒体。
（項目４５）
少なくとも１つの電子プロセッサによって実行される場合に、
（ａ）核酸バリアントに関する複数の定量測定値を無細胞デオキシリボ核酸（ｃｆＤＮＡ）サンプルから生成されたシークエンシング情報から判定するステップであって、前記複数の定量測定値は、前記核酸バリアントに関する総対立遺伝子カウントおよびマイナー対立遺伝子カウントを含む、ステップと、
（ｂ）前記核酸バリアントの関連付けられた変数を前記シークエンシング情報から識別するステップと、
（ｃ）前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値を判定するステップと、（ｄ）前記核酸バリアントのあるゲノム遺伝子座において予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデルを生成するステップと、
（ｅ）少なくとも部分的に、前記予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデル、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値、および前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値のうちの少なくとも１つに基づいて、前記核酸バリアントに関する確率値（ｐ値）を生成するステップと、
（ｆ）前記核酸バリアントを、（ｉ）前記核酸バリアントに関するｐ値が所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または（ｉｉ）前記核酸バリアントに関するｐ値が前記所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
を含む、方法を実行する、コンピュータ実行可能命令を含む非一過性コンピュータ可読媒体を備えるか、またはこれにアクセス可能なコントローラを備えるシステム。
（項目４６）
前記コントローラに動作可能に接続される、核酸シーケンシング装置を備え、前記核酸シーケンシング装置は、前記ｃｆＤＮＡサンプルの核酸からのシーケンシング情報を提供するように構成される、項目４５に記載のシステム。
（項目４７）
前記コントローラに動作可能に接続される、サンプル調製構成要素を備え、前記サンプル調製構成要素は、核酸シーケンシング装置によってシーケンシングされるべき前記ｃｆＤＮＡサンプルの核酸を調製するように構成される、項目４５または４６に記載のシステム。
（項目４８）
前記コントローラに動作可能に接続される、核酸増幅構成要素を備え、前記核酸増幅構成要素は、前記ｃｆＤＮＡサンプルの核酸を増幅させるように構成される、項目４５〜４７のいずれか１項に記載のシステム。
（項目４９）
前記コントローラに動作可能に接続される、材料輸送構成要素を備え、前記材料輸送構成要素は、１つまたはそれを上回る材料を核酸シーケンシング装置とサンプル調製構成要素との間で輸送させるように構成される、項目４５〜４８のいずれか１項に記載のシステム。
（項目５０）
前記所定の閾値は、前記ｃｆＤＮＡサンプルの核酸に関する予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントのベータ二項モデルを使用して生成される、項目４５〜４９のいずれか１項に記載のシステム。
（項目５１）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも１個のヘテロ接合型一塩基多型（ｈｅｔ  ＳＮＰ）を含む、項目４５−５０のいずれか１項に記載のシステム。
（項目５２）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも２個のｈｅｔ  ＳＮＰを含む、項目５１に記載のシステム。
（項目５３）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、前記核酸バリアントを含むゲノム遺伝子座に連鎖するゲノム遺伝子座を含む、項目４５〜５２のいずれか１項に記載のシステム。
（項目５４）
１つまたはそれを上回る突然変異対立遺伝子カウントの平均値および／または分散値が、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関して判定される、項目４５〜５３のいずれか１項に記載のシステム。
（項目５５）
前記ｐ値は、前記核酸バリアントを分類するために使用される、項目４５〜５４のいずれか１項に記載のシステム。
（項目５６）
前記複数の定量測定値のうちの少なくとも１つは、前記核酸バリアントを含む、前記ｃｆＤＮＡサンプルの核酸分子の数を含む、項目４５〜５５のいずれか１項に記載のシステム。
（項目５７）
前記関連付けられた変数は、ヘテロ接合型一塩基多型（ｈｅｔ  ＳＮＰ）、ＧＣ含量測定値、プローブ特有のバイアス測定値、断片長値、シーケンシング統計測定値、コピー数切断点、および対象に関する臨床データのうちの１つまたはそれを上回るものを含む、項目４５〜５６のいずれか１項に記載のシステム。
（項目５８）
局所生殖細胞系統折畳突然変異対立遺伝子割合（ＭＡＦ）、μｂｉｎが、前記核酸バリアントに関して判定され、ｂｉｎは、前記核酸バリアントを含む、遺伝子または別の規定されたゲノム領域であって、折畳ＭＡＦは、ｍｉｎ（ＭＡＦ，１−ＭＡＦ）である、項目４５〜５７のいずれか１項に記載のシステム。
（項目５９）
前記規定されたゲノム領域は、前記核酸バリアントの約１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、または１０１０個の塩基対内の領域である、項目４５〜５８のいずれか１項に記載のシステム。
（項目６０）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約０．００１を上回る集団対立遺伝子頻度（ＡＦ）を含む、少なくとも１個の一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、項目４５〜５９のいずれか１項に記載のシステム。
（項目６１）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、少なくとも１個の非発癌性一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、項目４５〜６０のいずれか１項に記載のシステム。
（項目６２）
前記核酸バリアントの関連付けられた変数は、約０．９未満の突然変異対立遺伝子割合（ＭＡＦ）を含む、少なくとも１個の一塩基多型（ＳＮＰ）を含む、項目４５〜６１のいずれか１項に記載のシステム。
（項目６３）
前記関連付けられた変数は、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域内の少なくとも１個のヘテロ接合型ＳＮＰを含み、ベータ二項分布パラメータが、以下を使用して推定され、
（ｘ，ｙ）〜ベータ二項（μｂｉｎ，ρ）
式中、
ｙ＝前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの総分子カウントのベクトルであって、（ｂ）において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰ毎に１つのエントリを伴い、
ｘ＝ｍｉｎ（前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウント、ｙ−前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウント）のベクトルであって、（ｂ）において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰ毎に１つのエントリを伴い、
μｂｉｎ＝あるビン内の前記ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、前記ビンは、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、
ρ＝分散パラメータの推定値である、
項目４５〜６２のいずれか一項に記載のシステム。
（項目６４）
前記核酸バリアントに関する両側ｐ値が、以下を使用して計算される、
ｐ値＝２＊ｍｉｎ（Ｐｒｂｂ（ｘ’＞Ａ｜μｂｉｎ，ρ，Ｂ），Ｐｒｂｂ（ｘ’＜Ａ｜μｂｉｎ，ρ，Ｂ））
式中、
Ｐｒｂｂ＝ベータ二項の確率であって、
ｘ’＝前記ベータ二項を伴って分散される無作為変数であって、
Ａ＝前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントであって、
Ｂ＝前記核酸バリアントの総分子カウントである、
項目６３に記載のシステム。
（項目６５）
前記ｐ値に関する上界および下界が、計算される、項目４５〜６４のいずれか１項に記載のシステム。
（項目６６）
核酸バリアントの体細胞または生殖細胞系統起源を無細胞デオキシリボ核酸（ｃｆＤＮＡ）分子のサンプルから識別する方法であって、
（ａ）前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウント（Ａ）および総分子カウント（Ｂ）を前記ｃｆＤＮＡ分子のサンプルから判定するステップと、
（ｂ）前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域内の少なくとも１個の生殖細胞系統ヘテロ接合型一塩基多型（ＳＮＰ）を識別するステップと、
（ｃ）前記少なくとも１個の生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの総分子カウント（ｙ）および突然変異対立遺伝子カウントを判定するステップと、
（ｄ）
（ｉ）μｂｉｎおよびρの推定値をベータ二項分布から判定するステップであって、
（ｘ，ｙ）〜ベータ二項（μｂｉｎ，ρ）
式中、
ｙ＝前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの総分子カウントのベクトルであって、（ｂ）において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰ毎に１つのエントリを伴い、
ｘ＝ｍｉｎ（前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウント、ｙ−前記生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウント）のベクトルであって、（ｂ）において識別された生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰ毎に１つのエントリを伴い、
μｂｉｎ＝あるビン内の生殖細胞系統ヘテロ接合型ＳＮＰの突然変異対立遺伝子カウントの推定値であって、前記ビンは、前記核酸バリアントに対して規定されたゲノム領域であって、
ρ＝分散パラメータの推定値である、
ステップと、
（ｉｉ）両側ｐ値を下記の方程式から計算するステップであって、
ｐ値＝２＊ｍｉｎ（Ｐｒｂｂ（ｘ’＞Ａ｜μｂｉｎ，ρ，Ｂ），Ｐｒｂｂ（ｘ’＜Ａ｜μｂｉｎ，ρ，Ｂ））
式中、
Ｐｒｂｂ＝ベータ二項の確率であって、
ｘ’＝前記ベータ二項分布を伴って分散される無作為変数であって、
Ａ＝前記核酸バリアントの突然変異対立遺伝子カウントであって、
Ｂ＝前記核酸バリアントの総分子カウントである、
ステップと、
によって、前記核酸バリアントに関する確率値（ｐ値）を計算するステップと、
（ｅ）前記核酸バリアントを、（ｉ）前記ｐ値が、所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または（ｉｉ）前記ｐ値が、前記所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
を含む、方法。
（項目６７）
ρは、過去のサンプルセットからのρ値の少なくとも１つのセットの中央値を含む、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
μｂｉｎの最大尤度推定値を判定するステップを含む、項目６６または６７に記載の方法。
（項目６９）
μｂｉｎの平均値推定値を判定するステップを含む、項目６６〜６８のいずれか１項に記載の方法。
（項目７０）
ρの最大尤度推定値を判定するステップを含む、項目６６〜６９のいずれか１項に記載の方法。
（項目７１）
ρの分散推定値を判定するステップを含む、項目６６〜７０のいずれか１項に記載の方法。
（項目７２）
通信ネットワーク上で、無細胞デオキシリボ核酸（ｃｆＤＮＡ）サンプルの核酸から生成されたシークエンシング情報を得る通信インターフェース、および
前記通信インターフェースと通信するコンピュータであって、前記コンピュータは、少なくとも１つのコンピュータプロセッサおよび機械実行可能コードを含む非一過性コンピュータ可読媒体を備える、コンピュータ
を備えるシステムであって、
前記機械実行可能コードは、少なくとも１つのコンピュータプロセッサによって実行されると、
（ａ）核酸バリアントに関する複数の定量測定値を前記シークエンシング情報から判定するステップであって、前記複数の定量測定値は、前記核酸バリアントに関する総対立遺伝子カウントおよびマイナー対立遺伝子カウントを含む、ステップと、
（ｂ）前記核酸バリアントの関連付けられた変数を前記シークエンシング情報から識別するステップと、
（ｃ）前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値を判定するステップと、（ｄ）前記核酸バリアントのあるゲノム遺伝子座において予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデルを生成するステップと、
（ｅ）少なくとも部分的に、前記予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデル、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値、および前記核酸バリアントに関する複数の定量測定値のうちの少なくとも１つに基づいて、前記核酸バリアントに関する確率値（ｐ値）を生成するステップと、
（ｆ）前記核酸バリアントを、（ｉ）前記核酸バリアントに関するｐ値が所定の閾値を下回るとき、体細胞起源である、または（ｉｉ）前記核酸バリアントに関するｐ値が前記所定の閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
を含む、方法を実装する、システム。
（項目７３）
前記シーケンシング情報は、核酸シーケンシング装置によって提供される、項目７２に記載のシステム。
（項目７４）
前記核酸シーケンシング装置は、前記核酸のパイロシーケンシング、単分子シーケンシング、ナノ細孔シーケンシング、半導体シーケンシング、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング、またはハイブリダイゼーションによるシーケンシングを実施し、前記シーケンシング情報を生成する、項目７３に記載のシステム。
（項目７５）
前記核酸シーケンシング装置は、シーケンシングライブラリから導出されるクローン単分子アレイを使用して、前記シーケンシング情報を生成する、項目７３に記載のシステム。
（項目７６）
前記核酸シーケンシング装置は、シーケンシングライブラリをシーケンシングし、前記シーケンシング情報を生成するためのマイクロウェルのアレイを有する、チップを備える、項目７３に記載のシステム。
（項目７７）
前記非一過性コンピュータ可読媒体は、メモリ、ハードドライブ、またはコンピュータサーバのメモリもしくはハードドライブを備える、項目７２〜７６のいずれか１項に記載のシステム。
（項目７８）
前記通信ネットワークは、分散されるコンピューティングが可能な１つまたはそれを上回るコンピュータサーバを備える、項目７２〜７６のいずれか１項に記載のシステム。
（項目７９）
前記分散型コンピューティングは、クラウドコンピューティングである、項目７８に記載のシステム。
（項目８０）
前記コンピュータは、前記核酸シーケンシング装置から遠隔の場所に位置する、コンピュータサーバの一部である、項目７２〜７９のいずれか１項に記載のシステム。
（項目８１）
ネットワークを経由して前記コンピュータと通信する電子ディスプレイをさらに含み、前記電子ディスプレイは、（ａ）−（ｆ）の少なくとも一部を実装することに応じた結果を表示するためのユーザインターフェースを含む、項目７２〜８０のいずれか１項に記載のシステム。
（項目８２）
前記ユーザインターフェースは、グラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）またはウェブベースのユーザインターフェースである、項目８１に記載のシステム。
（項目８３）
前記電子ディスプレイは、パーソナルコンピュータの部分である、項目８１に記載のシステム。
（項目８４）
前記電子ディスプレイは、インターネット対応コンピュータの部分である、項目８１に記載のシステム。
（項目８５）
前記インターネット対応コンピュータは、前記コンピュータから遠隔場所に位置する、項目８４に記載のシステム。
（項目８６）
前記非一過性コンピュータ可読媒体は、メモリ、ハードドライブ、またはコンピュータサーバのメモリもしくはハードドライブを備える、項目７２〜８５のいずれか１項に記載のシステム。
（項目８７）
前記通信ネットワークは、電気通信ネットワーク、インターネット、エクストラネット、またはイントラネットを含む、項目７２〜８６のいずれか１項に記載のシステム。
（項目８８）
前記方法はさらに、体細胞または生殖細胞系統起源のいずれかである、前記核酸バリアントの分類のインジケーションを提供する、電子および／または紙フォーマットにおける報告を生成するステップを含む、項目１または項目６６に記載の方法。
（項目８９）
対象における疾患を処置する方法であって、前記方法は、１つまたはそれを上回るカスタマイズされた療法を前記対象に投与し、それによって、前記対象における前記疾患を処置するステップを含み、前記カスタマイズされた療法は、
（ａ）核酸バリアントに関する１つまたはそれを上回る定量測定値を無細胞デオキシリボ核酸（ｃｆＤＮＡ）分子のサンプルから判定するステップであって、前記定量測定値は、前記核酸バリアントに関する総対立遺伝子カウントおよびマイナー対立遺伝子カウントを含む、ステップと、
（ｂ）前記核酸バリアントの少なくとも１つの関連付けられた変数を前記ｃｆＤＮＡ分子のサンプルから識別するステップと、
（ｃ）前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値を判定するステップと、（ｄ）前記核酸バリアントのゲノム遺伝子座における予期される生殖細胞系統突然変異対立遺伝子カウントに関する統計モデルを生成するステップと、
（ｅ）予期される生殖細胞系統対立遺伝子カウントに関する統計モデル、前記核酸バリアントの関連付けられた変数に関する定量値、および前記核酸バリアントに関する前記定量測定値のうちの少なくとも１つに基づいて、前記核酸バリアントに関する確率値（ｐ値）を生成するステップと、
（ｆ）前記核酸バリアントを、（ｉ）前記核酸バリアントのｐ値が、閾値を下回るとき、体細胞起源である、または（ｉｉ）前記核酸バリアントのｐ値が、前記閾値である、またはそれを上回るとき、生殖細胞系統起源であると分類するステップと、
（ｇ）前記分類された核酸バリアントと１つまたはそれを上回る療法で索引化された１つまたはそれを上回る比較器結果を比較するステップと、
（ｈ）実質的合致が、前記分類された核酸バリアントと前記比較器結果との間に存在するとき、前記対象における疾患を処置するための１つまたはそれを上回るカスタマイズされた療法を識別するステップと、
によって識別されている、方法。
（項目９０）
前記疾患は、癌である、項目８９に記載の方法。