【手続補正書】
【提出日】令和3年3月22日(2021.3.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）を有すると疑われる対象、またはＡＳＤ関連症状を示すか、もしくは示す可能性を有する対象、のエピジェネティックデータ及び／またはマイクロバイオームデータを、１人または複数人の定型発達（ＴＤ）対照対象または発達遅延（ＤＤ）対照対象、あるいは一群のＴＤ対照対象及び／またはＤＤ対照対象と比較する方法であって、それぞれの健康な対照対象が、ＡＳＤを有さないか、またはＡＳＤの症状を有さないことが判明しており、前記方法が、
対象から採取された生物学的サンプルにおける１つもしくは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）のリード数、及び／またはＲＮＡ配列（微生物）によって同定される１つもしくは複数の微生物のリード数を決定すること、
前記対象のエピジェネティックデータ及び／またはマイクロバイオーム遺伝子配列データを正規化してサンプル間の数の変動を考慮することであって、１つまたは複数の不変ｍｉＲＮＡを使用して数を正規化することで、データを、その相対存在量に比例させて示す、前記考慮すること、
前記生物学的サンプルが採取された時刻を決定すること、
前記時刻を使用することによって、前記数が正規化されたｍｉＲＮＡデータ及びマイクロバイオームデータに対して時刻正規化を適用することで、前記対象のｍｉＲＮＡデータ及びマイクロバイオームデータを時刻に対してさらに正規化すること、ならびに
前記１つまたは複数のｍｉＲＮＡ及び／または微生物の、前記数及び時刻が正規化された存在量レベルを、１人もしくは複数人のＴＤ対照対象もしくはＤＤ対照対象、または一群のＴＤ対照対象もしくはＤＤ対照対象に由来する１つもしくは複数の対照ｍｉＲＮＡ及び／または１つもしくは複数の対照微生物の前記数及び時刻が正規化されたレベルと比較すること、
を含み、
前記対象のｍｉＲＮＡ及び／または微生物の前記１つまたは複数の前記レベルを、１人もしくは複数人のＴＤ対照対象もしくはＤＤ対照対象、または一群のＴＤ対照対象もしくはＤＤ対照対象に由来する同一の１つまたは複数のｍｉＲＮＡ及び／または微生物と比較したときの、前記レベルの増加または減少によって、前記対象がＡＳＤを有し得るか、またはＡＳＤ関連症状を示すか、もしくは示す可能性を有することが示される、前記方法。
【請求項２】
自閉症スペクトラム障害（「ＡＳＤ」）を検出または診断するための方法であって、前記方法が、
（ａ）ヒト対象から採取された唾液サンプルにおける１つまたは複数のマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）の存在量レベルまたは濃度レベル（複数可）を決定すること、及び
（ｂ）前記１つまたは複数のｍｉＲＮＡの前記決定された存在量レベルまたは濃度レベル（複数可）を、同一の１つまたは複数のｍｉＲＮＡの正常レベル（複数可）と比較することであって、前記正常（または対照）レベルが、１人の非ＡＳＤ対象に見られるもの、２人以上の非ＡＳＤ対象に由来する平均値、またはＡＳＤの１つもしくは複数の症状が現れる前に前記対象において決定された濃度レベル（複数可）である、前記比較すること、及び
（ｃ）前記１つまたは複数のｍｉＲＮＡの異常レベルを有する対象を、ＡＳＤを有するか、またはＡＳＤを有するリスクがより高いとして選択すること、
を含み、
前記１つまたは複数のｍｉＲＮＡが、ｈｓａ−ｍｉＲ−１５１ａ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１８３−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０５、ｈｓａ−ｍｉＲ−１９３ａ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１４９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２１−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６６５、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２５ａ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−５０２−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２５−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２２１−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−３０ｅ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２５ｂ−２−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１４６ａ−３ｐ、ｍｉＲ−５０２、ｍｉＲ−５０２−３ｐ、ｍｉＲ−５０２−５ｐ、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１４９−５ｐ、ｍｉＲ−１４９、ｍｉＲ−１４９−３ｐ、ｍｉＲ−１９３、ｍｉＲ−１９３−３ｐ、ｍｉＲ−４７０５−３ｐ、ｍｉＲ−４７０５−５ｐ、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−９９ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−９９ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−３４０−５ｐ、ｍｉＲ−３４０、ｍｉＲ−３４０−３ｐ、ｍｉＲ−１８３、ｍｉＲ−１８３−３ｐ、ｍｉＲ−６６５−３ｐ、ｍｉＲ−６６５−５ｐ、ｍｉＲ３０７４、ｍｉＲ−３０７４−３ｐ、ｍｉＲ−３０７４−５ｐ、ｍｉＲ−２８−３ｐ、ｍｉＲ−１４８ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１５１ａ−３ｐ、ｍＩＲ−１２５ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１３０ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−９２ａ、ｌｅｔ−７ｄ−３ｐ、ｍｉｒ−５９８、ｍｉＲ−３７４ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−３７４ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−２９ｃ−３ｐ、ｍｉＲ−１９７２、ｍｉＲ−６７５−３ｐ、ｍｉＲ−７７０６、ｍｉＲ−５００ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３７４ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１９０ａ−５ｐ、ｌｅｔ−７ｅ−５ｐ、ｍｉＲ−６２０、ｍｉＲ−１２７７−５ｐ、ｍｉＲ−５８４−５ｐ、ｌｅｔ−７ａ−５ｐ、ｍｉｒ−９４４、及びｍｉＲ−６５５からなる群、及び／または上記のｍｉＲＮＡとシード配列を共有するｍｉＲＮＡ、から選択される少なくとも１つである、前記方法。
【請求項３】
前記ｍｉＲＮＡ発現レベルが、ＲＮＡ発現レベルが実質的に不変の１つもしくは複数のハウスキーピング遺伝子の存在量レベルもしくは平均存在量レベルに正規化され、及び／または前記ｍｉＲＮＡレベルが、前記１つもしくは複数のｍｉＲＮＡレベルの前記存在量の日内変動もしくは概日変動を補正するために正規化されるか、食物摂取もしくは心拍数を上昇させる運動に起因する前記１つもしくは複数のｍｉＲＮＡレベルの前記存在量の変動を補正するために正規化されるか、または年齢、性別、もしくは遺伝的背景の差異を補正するために調整される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
（ａ）１つまたは複数のｍｉＲＮＡの存在量または濃度の決定が、ＲＮＡシークエンシング（「ＲＮＡ−ｓｅｑ」）、ｑＰＣＲ、ｍｉＲＮＡアレイ、またはマルチプレックスｍｉＲＮＡプロファイリングによって決定される、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｈｓａ−ｍｉＲ−１５１ａ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１８３−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０５、ｈｓａ−ｍｉＲ−１９３ａ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１４９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２１−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６６５、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２５ａ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−５０２−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２５−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−２２１−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−３０ｅ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２５ｂ−２−３ｐ、及びｈｓａ−ｍｉＲ−１４６ａ−３ｐからなる群、及び／または上記のｍｉＲＮＡとシード配列を共有するｍｉＲＮＡ、から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−５０２、ｍｉＲ−５０２−３ｐ、ｍｉＲ−５０２−５ｐ、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−１２５ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１２５ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１４９−５ｐ、ｍｉＲ−１４９、ｍｉＲ−１４９−３ｐ、ｍｉＲ−１９３ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１９３、ｍｉＲ−１９３−３ｐ、ｍｉＲ−４７０５、ｍｉＲ−４７０５−３ｐ、ｍｉＲ−４７０５−５ｐ、ｍｉＲ−９９ｂ、ｍｉＲ−９９ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−９９ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−３４０−５ｐ、ｍｉＲ−３４０、ｍｉＲ−３４０−３ｐ、ｍｉＲ−１８３−５ｐ、ｍｉＲ−１８３、ｍｉＲ−１８３−３ｐ、ｍｉＲ−６６５、ｍｉＲ−６６５−３ｐ、ｍｉＲ−６６５−５ｐ、ｍｉＲ３０７４、ｍｉＲ−３０７４−３ｐ、及びｍｉＲ−３０７４−５ｐからなる群、及び／または上記のｍｉＲＮＡとシード配列を共有するｍｉＲＮＡ、から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−２８−３ｐ、ｍｉＲ−１４８ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１５１ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１４９−５ｐ、ｍｉＲ−１２５ａ−５ｐ、ｍＩＲ−１２５ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−１３０ｂ−３ｐ、ｍｉＲ−９２ａ、ｌｅｔ−７ｄ−３ｐ、ｍｉｒ−５９８、ｍｉＲ−３７４ｃ−５ｐ、ｍｉＲ−３７４ｂ−５ｐ、ｍｉＲ−２９ｃ−３ｐ、ｍｉＲ−１９７２、ｍｉＲ−６７５−３ｐ、ｍｉＲ−７７０６、ｍｉＲ−５００ａ−３ｐ、ｍｉＲ−３７４ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１９０ａ−５ｐ、及びｌｅｔ−７ｅ−５ｐからなる群、及び／または上記のｍｉＲＮＡとシード配列を共有するｍｉＲＮＡ、から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−６６５、ｍｉＲ−４７０５、ｍｉＲ−６２０、及びｍｉＲ−１２７７−５ｐからなる群、及び／または上記のｍｉＲＮＡとシード配列を共有するｍｉＲＮＡ、から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−１２５ａ、ｍｉＲ−１９３ａ−５ｐ、ｍｉＲ−２８−３ｐ、ｍｉＲ−５８４−５ｐ、ｌｅｔ−７ａ−５ｐ、ｍｉＲ−９４４、ｍｉＲ−１４８ａ−５ｐ、ｍｉＲ−１５１ａ−３ｐ、ｍｉＲ−１２５ｂ−２−３ｐ、及びｍｉＲ−７７０６からなる群、及び／または上記のｍｉＲＮＡとシード配列を共有するｍｉＲＮＡ、から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
前記唾液サンプルが、特定の時刻に前記ヒト対象から採取され、前記サンプルのｍｉＲＮＡの前記濃度レベル（複数可）が、同一の時刻にその他は同一の条件の下で採取された唾液における正常なｍｉＲＮＡ値と比較される、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記唾液サンプルが、ｍｉＲＮＡの前記正常レベル（複数可）が決定された時刻とは異なる時刻に前記ヒト対象から採取される、請求項２に記載の方法であって、前記方法が、前記唾液サンプルにおいて決定された前記ｍｉＲＮＡレベル（複数可）の前記値を調整または正規化して、ｍｉＲＮＡレベル（複数可）の日内変動または概日変動を補正することをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１２】
Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｅｓｔｉｂｕｌａｒｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ａｃｅｔｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｉｆｏｒｍａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属の１種ＨＭＳＣ０７３Ｄ０５、Ｒｏｔｈｉａ  ｄｅｎｔｏｃａｒｉｏｓａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍａｒｓｈｉｉ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌｓ属の１種ＨＭＳＣ０７３Ｄ０９、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、及びＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒからなる群、または上記微生物に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、もしくは１００％の類似性もしくは同一性を有するゲノムを有する微生物、から選択される１つまたは複数の唾液微生物に由来するＲＮＡ（複数可）の存在量レベル（複数可）を前記対象において決定すること、ならびに前記微生物ＲＮＡの前記発現レベル（複数可）を、同一の１つまたは複数の微生物ＲＮＡの正常レベル（複数可）と比較することであって、前記正常（または対照）発現レベルが、１人の非ＡＳＤ対象に見られるもの、２人以上の非ＡＳＤ対象に由来する平均値、または異常な日内リズムもしくは概日リズムと関連する状態、障害、もしくは疾患の１つもしくは複数の症状が現れる前に前記対象において決定された濃度レベル（複数可）である、前記比較すること、ならびに前記１つまたは複数の微生物ＲＮＡの異常発現レベルを有する対象を、ＡＳＤを有するか、またはＡＳＤを有するリスクがより高いとしてさらに選択すること、をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
唾液のｍｉＲＮＡレベルの決定または微生物ＲＮＡ発現レベル（複数可）の決定が、ＲＮＡシークエンシング（ＲＮＡ−ｓｅｑ）によって実施される、請求項２または請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
ｍｉＲＮＡの少なくとも１つの異常レベルを有する対象を、１つもしくは複数のｍｉＲＮＡの前記少なくとも１つの異常な唾液中レベルを低減し、及び／または１つもしくは複数の異常な微生物ＲＮＡ発現レベルを低減するレジメンで治療することをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１５】
少なくとも２つの異なる時点で前記対象から唾液サンプルを採取すること、ならびに前記第２の唾液サンプルまたはその後の唾液サンプルが、正常に近づいたｍｉＲＮＡレベル（複数可）及び／または微生物ＲＮＡ発現レベルを有するときに治療レジメンの効力を決定すること、をさらに含む、請求項１４に記載の方法。