【手続補正書】
【提出日】令和2年12月28日(2020.12.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの２つもしくはそれよりも多い単離された立体構造先端ドメインまたは該立体構造先端ドメインのうちの１つもしくは複数の断片もしくは生物学的等価物、ならびに必要に応じて１つまたは複数のリンカーポリペプチドを含む組換えポリペプチド。
【請求項２】
前記立体構造先端ドメインが線形または分岐形ポリペプチドを含む、請求項１に記載の組換えポリペプチド。
【請求項３】
検出可能な標識および／または精製標識をさらに含む、請求項１または２に記載の組換えポリペプチド。
【請求項４】
前記先端ドメインが、
【化１６】
2020513838.tif 000001
（配列番号１３）を含むポリペプチドもしくは
【化２０】
2020513838.tif 000002
（配列番号１７）を含むポリペプチド、またはそれらに少なくとも９０％の配列同一性を有するそれらのそれぞれの等価物から選択される、請求項１から３のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
【請求項５】
前記先端ドメインが、
【化１６】
2020513838.tif 000003
（配列番号１３）を含むポリペプチドおよび
【化２０】
2020513838.tif 000004
（配列番号１７）を含むポリペプチド、またはそれらに少なくとも９０％の配列同一性を有するそれらのそれぞれの等価物を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
【請求項６】
前記先端ドメインが、
【化１６】
2020513838.tif 000005
（配列番号１３）を含むポリペプチドもしくは
【化２０】
2020513838.tif 000006
（配列番号１７）を含むポリペプチドから選択される、請求項１から３のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
【請求項７】
前記先端ドメインが、
【化１６】
2020513838.tif 000007
（配列番号１３）を含むポリペプチドおよび
【化２０】
2020513838.tif 000008
（配列番号１７）を含むポリペプチドを含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
【請求項８】
２つの前記先端ドメインおよびリンカーが、
【化４５】
2020513838.tif 000009
（配列番号５０）を含む、請求項１に記載の組換えポリペプチド。
【請求項９】
請求項１から８のいずれか一項に記載の組換えポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチド。
【請求項１０】
前記ポリヌクレオチドが、ｍＲＮＡである、請求項９に記載の組換えポリヌクレオチド。
【請求項１１】
１つまたは複数の調節エレメントをさらに含む、請求項９または１０に記載の組換えポリヌクレオチド。
【請求項１２】
検出可能な標識および／または精製標識をさらに含む、請求項９から１１のいずれかに記載の組換えポリヌクレオチド。
【請求項１３】
ａ．請求項１から８のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド；
ｂ．請求項９から１２のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチド；および／または
ｃ．請求項９から１２のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチドを含むベクター
のうちの１つまたは複数を含む単離された宿主細胞。
【請求項１４】
請求項１から８のいずれか一項に記載の組換えポリペプチドに結合する抗体または該抗体の抗原結合性断片。
【請求項１５】
前記抗原結合性断片が、Ｆｖ抗体断片またはＦａｂ抗体断片から選択される、請求項１４に記載の抗体断片。
【請求項１６】
請求項１４または１５に記載の抗体または抗原結合性断片をコードするポリヌクレオチド。
【請求項１７】
ａ．請求項１４もしくは１５に記載の抗体；
ｂ．請求項１６に記載のポリヌクレオチド；ならびに／または
ｃ．請求項１６に記載のポリヌクレオチドを含むベクター；
のうちの１つまたは複数を含む単離された宿主細胞。
【請求項１８】
キャリアならびに
ａ．請求項１から８のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド；
ｂ．請求項９から１２および１６のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド；
ｃ．請求項９から１２および１６のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むベクター；
ｄ．請求項１４もしくは１５に記載の抗体もしくは抗原結合性断片；
ならびに／または
ｅ．請求項１３もしくは１７に記載の宿主細胞
のうちの１つまたは複数、ならびに必要に応じて保存剤および／または安定化剤を含む組成物。
【請求項１９】
有効量の請求項１から９のいずれか一項に記載の組換えポリペプチドならびに薬学的に許容されるキャリアおよび、必要に応じて、保存剤および／または安定化剤、さらに必要に応じて、少なくとも１つの抗生物質または追加の活性成分、ならびに必要に応じてさらにアジュバントを含む、ワクチン組成物。
【請求項２０】
前記組成物が小児投与のために製剤化される、請求項１９に記載のワクチン組成物。
【請求項２１】
産業プロセスに関連するバイオフィルムの形成を予防するまたはこれを破壊する方法であって、バイオフィルムに感受性であるまたはバイオフィルムを含有する表面を、該バイオフィルムを有効量の、請求項１４また１５に記載の組換えポリペプチド、抗体、および／または抗原結合性断片のうちの１つまたは複数と接触させることにより処置することを含む、方法。
【請求項２２】
抗体、抗原結合性断片、抗体断片から選択される組換えポリヌクレオチドを調製する方法であって、請求項１７に記載の宿主細胞を培養することを含み、該宿主細胞が必要に応じて哺乳動物細胞である、方法。
【請求項２３】
ＩＨＦタンパク質に免疫反応性である抗体を入手するまたはＩＨＦタンパク質に免疫反応性である抗体を分泌するＢ細胞を生成する方法における使用のための組成物であって、該組成物は、請求項１から８のいずれか一項に記載の組換えポリペプチドを含み、該方法は、対象に該組成物を投与し、該対象から該抗体を回収するまたは該Ｂ細胞を回収することを含むことを特徴とする、組成物。
【請求項２４】
前記方法が、ＩＨＦタンパク質に対して高親和性を有する抗体の分泌について前記対象から回収した前記Ｂ細胞をスクリーニングし、このようにしてＩＨＦに免疫反応性である抗体を分泌するＢ細胞を同定し；必要に応じて、該細胞から該抗体をコードするＤＮＡまたはｍＲＮＡを単離することをさらに含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
バイオフィルムの破壊またはこれの形成の予防を必要とする対象においてバイオフィルムを破壊するまたはこれの形成を予防する方法における使用のための組成物であって、該組成物は、請求項１から８のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド、請求項１４または１５に記載の抗体および／または抗原結合性断片のうちの１つまたは複数を含む、組成物。
【請求項２６】
バイオフィルムの破壊またはこれの形成の予防を必要とする対象においてバイオフィルムを破壊するまたはこれの形成を予防するための、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２７】
バイオフィルムに関連する状態の処置を必要とする対象においてバイオフィルムに関連する状態を処置する方法における使用のための組成物であって、請求項１から８のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド、請求項１９または２０に記載の抗体および／または抗原結合性断片のうちの１つまたは複数を含む、組成物。
【請求項２８】
バイオフィルムに関連する状態の処置を必要とする対象においてバイオフィルムに関連する状態を処置するための、請求項１９または２０に記載の組成物。
【請求項２９】
前記組成物の投与に先立って、前記対象においてバイオフィルムの存在が検出されることを特徴とする、請求項２７または２８に記載の組成物。
【請求項３０】
前記検出されることが、前記バイオフィルムを含有すると疑われる患者から単離した試料を、該バイオフィルムの構成成分を認識して結合する抗体と接触させ、該試料中の該バイオフィルムと該抗体の間で形成されるいかなる複合体でも検出することを含む方法による、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３１】
前記状態が、静脈性潰瘍および糖尿病性足部潰瘍、耳感染症、副鼻腔感染症、尿路感染症、肺感染症、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺疾患、カテーテル関連感染症、植え込まれたプロテーゼに関連する感染症、ならびに歯周病を含む、慢性非治癒創傷からなる群から選択される、請求項２７または２８に記載の組成物。
【請求項３２】
請求項１から８、１４および１５のいずれかに記載の組成物、組換えポリペプチド、単離された抗体、および／または抗原結合性断片のうちの１つまたは複数で被覆された非生理的表面であって、必要に応じて、該表面が産業環境にある、非生理的表面。
【請求項３３】
バイオフィルムを破壊するのに有効な抗血清を入手する方法における使用のための組成物であって、請求項１から８のいずれか一項に記載の組換えポリペプチドを含み、該方法は、対象を該組成物で免疫し、該対象から抗血清を回収し、必要に応じて、該対象からポリクローナル抗血清またはモノクローナル抗体を単離することを含む、組成物。
【請求項３４】
対象においてバイオフィルムを処置するおよび／もしくは破壊するまたはバイオフィルム関連状態を処置する方法における使用のための組成物であって、請求項３３に記載の前記抗血清を含む、組成物。
【請求項３５】
抗炎症性サイトカイン応答を誘導する方法における使用のための組成物であって、請求項１から８のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド、請求項１４または１５に記載の抗体および／または抗原結合性断片のうちの１つまたは複数を含む、組成物。
【請求項３６】
前記対象が、静脈性潰瘍および糖尿病性足部潰瘍、耳感染症、副鼻腔感染症、尿路感染症、肺感染症、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺疾患、カテーテル関連感染症、植え込まれたプロテーゼに伴う感染症、ならびに歯周病を含む、慢性非治癒創傷の群の状態を患っている、請求項３５に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３７１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３７１】
その他の実施形態を以下の特許請求の範囲内に記載する。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの２つもしくはそれよりも多い単離された立体構造先端ドメインまたは該立体構造先端ドメインのうちの１つもしくは複数の断片もしくは生物学的等価物を含む組換えポリペプチド。
（項目２）
１つまたは複数のリンカーポリペプチドをさらに含む、項目１に記載の組換えポリペプチド。
（項目３）
前記ポリペプチドが２つの立体構造先端ドメインを含む、項目１または２に記載の組換えポリペプチド。
（項目４）
前記ポリペプチドが３つの立体構造先端ドメインを含む、項目１または２に記載の組換えポリペプチド。
（項目５）
前記リンカーポリペプチドが２つまたはそれよりも多いアミノ酸を含む、項目２から４のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
（項目６）
前記立体構造先端ドメインが線形または分岐形ポリペプチドを含む、項目１から５のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
（項目７）
検出可能な標識および／または精製標識をさらに含む、項目１から６のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド。
（項目８）
項目１から７のいずれか一項に記載の組換えポリペプチドをコードする組換えポリヌクレオチド。
（項目９）
１つまたは複数の調節エレメントをさらに含む、項目８に記載の組換えポリヌクレオチド。
（項目１０）
検出可能な標識および／または精製標識をさらに含む、項目７または８に記載の組換えポリヌクレオチド。
（項目１１）
必要に応じて調節エレメントに作動可能に連結されている項目８から１０のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチドを含むベクター。
（項目１２）
ａ．項目１から７のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド；
ｂ．項目８から１０のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチド；および／または
ｃ．項目１１に記載のベクター
のうちの１つまたは複数を含む単離された宿主細胞。
（項目１３）
項目１から７のいずれか一項に記載の組換えポリペプチドに結合する抗体または該抗体の抗原結合性断片。
（項目１４）
ＤＮＡＢＩＩポリペプチドに結合する項目１３に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目１５）
バイオフィルムの形成を予防し、またはバイオフィルムを破壊する、項目１３または１４に記載の抗体。
（項目１６）
モノクローナル抗体、単離されたポリクローナル抗体、二重特異性抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体または霊長類化抗体の群から選択される、項目１３から１５のいずれか一項に記載の抗体。
（項目１７）
単離されたポリクローナル抗体が単離された哺乳動物ポリクローナル抗体である、項目１３から１５のいずれか一項に記載の抗体。
（項目１８）
前記単離された哺乳動物ポリクローナル抗体が、ウサギポリクローナル抗体、マウスポリクローナル抗体、ヒツジポリクローナル抗体、イヌポリクローナル抗体、またはヒトポリクローナル抗体の群から選択される、項目１７に記載の単離されたポリクローナル抗体。
（項目１９）
前記抗原結合性断片が、Ｆｖ抗体断片またはＦａｂ抗体断片から選択される、項目１３から１８のいずれか一項に記載の抗体断片。
（項目２０）
前記抗体または前記抗原結合性断片が、細菌種にまたがって保存されているＤＮＡＢＩＩタンパク質上のエピトープに結合する；および／または必要に応じて、該抗体または該抗原結合性断片が、グラム陽性種とグラム陰性種の両方を含む少なくとも２つの細菌種由来のバイオフィルムを予防するまたは破壊する、項目１３から１８のいずれか一項に記載の抗体または抗体断片。
（項目２１）
ＤＮＡＢＩＩタンパク質が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ＤＮＡＢＩＩまたはその断片であり、必要に応じて、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ  ＤＮＡＢＩＩの該断片が、ベータヘアピンまたはそのそれぞれの生物学的等価物を含む、項目１２から１９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目２２）
前記少なくとも２つの細菌種が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａおよびＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａから選択される、項目２０に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目２３）
検出可能な標識および／または精製標識をさらに含む、項目１３から２２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片。
（項目２４）
項目１３から２３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合性断片をコードするポリヌクレオチド。
（項目２５）
検出可能な標識および／または精製標識をさらに含む、項目２４に記載のポリヌクレオチド。
（項目２６）
１つまたは複数の調節エレメントをさらに含む、項目２４および２５に記載の組換えポリヌクレオチドを含むベクター。
（項目２７）
ａ．項目１から７のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド；
ｂ．項目８から１０、２４および２５のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド；ならびに／または
ｃ．項目１１もしくは２６に記載のベクター；
のうちの１つまたは複数を含む単離された宿主細胞。
（項目２８）
キャリアならびに
ａ．項目１から７のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド；
ｂ．項目８から１０、２４および２５のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド；
ｃ．項目１１もしくは２６に記載のベクター；
ｄ．項目１３から２３のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合性断片；
ならびに／または
ｅ．項目２７に記載の宿主細胞
のうちの１つまたは複数を含む組成物。
（項目２９）
項目１から７のいずれか一項に記載の２つまたはそれよりも多い異なる組換えポリペプチドを含む、項目２８に記載の組成物。
（項目３０）
保存剤および／または安定化剤をさらに含む、項目２８または２９に記載の組成物。
（項目３１）
有効量の項目１から７のいずれか一項に記載の組換えポリペプチドならびに薬学的に許容されるキャリアおよび、必要に応じて、保存剤および／または安定化剤、さらに必要に応じて、少なくとも１つの抗生物質または追加の活性成分を含む、ワクチン組成物。
（項目３２）
有効量の項目１から７のいずれか一項に記載の２つまたはそれよりも多い異なる組換えポリペプチドならびに薬学的に許容されるキャリアおよび、必要に応じて、保存剤および／または安定化剤、さらに必要に応じて、少なくとも１つの抗生物質または追加の活性成分を含む、ワクチン組成物。
（項目３３）
アジュバントをさらに含む、項目３１または３２に記載のワクチン組成物。
（項目３４）
前記組成物が小児投与のために製剤化される、項目３０から３３のいずれか一項に記載のワクチン組成物。
（項目３５）
項目１３から２３のいずれか一項に記載の２つまたはそれよりも多い抗原結合性断片を含む組成物であって、該２つまたはそれよりも多い抗原結合性断片が互いに異なっている、組成物。
（項目３６）
キャリア、必要に応じて、薬学的に許容されるキャリアおよび、必要に応じて、少なくとも１つの抗生物質または追加の活性成分をさらに含む、項目３５に記載の組成物。
（項目３７）
保存剤および／または安定化剤、ならびに必要に応じて、少なくとも１つの抗生物質または追加の活性成分をさらに含む、項目３５または３６に記載の組成物。
（項目３８）
産業プロセスに関連するバイオフィルムの形成を予防するまたはこれを破壊する方法であって、バイオフィルムに感受性であるまたはバイオフィルムを含有する表面を、該バイオフィルムを有効量の、項目１から７および１３から２３のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド、抗体、および／または抗原結合性断片のうちの１つまたは複数と接触させることにより処置することを含む、方法。
（項目３９）
抗体、抗原結合性断片、抗体断片から選択される組換えポリヌクレオチドを調製する方法であって、項目１２または２７のいずれか一項に記載の宿主細胞を培養することを含み、該宿主細胞が必要に応じて哺乳動物細胞である、方法。
（項目４０）
ＩＨＦタンパク質に免疫反応性である抗体を入手するまたはＩＨＦタンパク質に免疫反応性である抗体を分泌するＢ細胞を生成する方法であって、対象に項目１から７のいずれか一項に記載の組換えポリペプチドを投与し、該対象から抗体を回収するまたはＢ細胞を回収することを含む、方法。
（項目４１）
ＩＨＦタンパク質に対して高親和性を有する抗体の分泌について前記対象から回収した前記Ｂ細胞をスクリーニングし、このようにしてＩＨＦに免疫反応性である抗体を分泌するＢ細胞を同定し；必要に応じて、該細胞から該抗体をコードするＤＮＡまたはｍＲＮＡを単離することをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
バイオフィルムの破壊またはこれの形成の予防を必要とする対象においてバイオフィルムを破壊するまたはこれの形成を予防する方法であって、有効量の、項目１から７および１３から２３のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド、抗体、および／または抗原結合性断片のうちの１つまたは複数を該対象に投与することを含む、方法。
（項目４３）
バイオフィルムの破壊またはこれの形成の予防を必要とする対象においてバイオフィルムを破壊するまたはこれの形成を予防する方法であって、有効量の、項目３１から３７のいずれか一項に記載の組成物のうちの１つまたは複数を該対象に投与することを含む、方法。
（項目４４）
バイオフィルムに関連する状態の処置を必要とする対象においてバイオフィルムに関連する状態を処置する方法であって、有効量の、項目１から７および１３から２３のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド、抗体、および／または抗原結合性断片のうちの１つまたは複数を該対象に投与することを含む、方法。
（項目４５）
バイオフィルムに関連する状態の処置を必要とする対象においてバイオフィルムに関連する状態を処置する方法であって、有効量の、項目３１から３７のいずれか一項に記載の組成物のうちの１つまたは複数を該対象に投与することを含む、方法。
（項目４６）
前記組成物、前記組換えポリペプチド、前記抗体、および／または前記抗原結合性断片の投与に先立って、前記対象においてバイオフィルムの存在を検出することをさらに含む、項目４４または４５に記載の方法。
（項目４７）
前記検出することが、前記バイオフィルムを含有すると疑われる患者から単離した試料を、該バイオフィルムの構成成分を認識して結合する抗体と接触させ、該試料中の該バイオフィルムと該抗体の間で形成されるいかなる複合体でも検出することを含む方法による、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記状態が、静脈性潰瘍および糖尿病性足部潰瘍、耳感染症、副鼻腔感染症、尿路感染症、肺感染症、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺疾患、カテーテル関連感染症、植え込まれたプロテーゼに関連する感染症、ならびに歯周病を含む、慢性非治癒創傷からなる群から選択される、項目４４または４５に記載の方法。
（項目４９）
項目１から７および１３から２３のいずれかに記載の組成物、組換えポリペプチド、単離された抗体、および／または抗原結合性断片のうちの１つまたは複数で被覆された非生理的表面であって、必要に応じて、該表面が産業環境にある、非生理的表面。
（項目５０）
バイオフィルムを破壊するのに有効な抗血清を入手する方法であって、対象を項目１から７のいずれか一項に記載の組換えポリペプチドで免疫し、該対象から抗血清を回収し、必要に応じて、該対象からポリクローナル抗血清またはモノクローナル抗体を単離することを含む、方法。
（項目５１）
対象においてバイオフィルムを処置するおよび／もしくは破壊するまたはバイオフィルム関連状態を処置する方法であって、該対象に有効量の項目５０に記載の前記抗血清を投与することを含む、方法。
（項目５２）
抗炎症性サイトカイン応答を誘導する方法であって、項目１から７および１３から２３のいずれか一項に記載の組換えポリペプチド、抗体、および／または抗原結合性断片のうちの１つまたは複数を対象に投与することを含む、方法。
（項目５３）
前記抗炎症性サイトカイン応答が、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、またはＩＬ−１３の産生を誘導するまたは増強することのうちの１つまたは複数を含む、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
投与に先立ってまたはこれに続いて抗炎症性サイトカインのレベルについてアッセイすることをさらに含む、項目５１または５３に記載の方法。
（項目５５）
前記対象が、静脈性潰瘍および糖尿病性足部潰瘍、耳感染症、副鼻腔感染症、尿路感染症、肺感染症、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺疾患、カテーテル関連感染症、植え込まれたプロテーゼに伴う感染症、ならびに歯周病を含む、慢性非治癒創傷の群の状態を患っている、項目５２から５４のいずれか一項に記載の方法。