【手続補正書】
【提出日】令和3年6月1日(2021.6.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）ＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ分子により発現および提示される１つまたは複数の候補抗原をコードする外因性核酸、
ｂ）グランザイムＢ（ＧｚＢ）活性の分子レポーター、ならびに
ｃ）カスパーゼ活性化デオキシリボヌクレアーゼ（ＣＡＤ）媒介ＤＮＡ分解、ＣＡＤノックアウト、またはカスパーゼノックアウトの外因性阻害剤
を含む抗原提示細胞（ＡＰＣ）。
【請求項２】
前記外因性核酸が、任意選択で、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはトランスポゾンを介して、前記ＡＰＣのゲノム中に安定的に導入されている、
および／または前記外因性核酸の両側に、所定のプライマー認識配列が隣接している、
および／または前記ＧｚＢ活性の分子レポーターが、検出分子に連結したＧｚＢ切断部位（ＶＧＰＤ、配列番号１）を含む融合ポリペプチドを含み、好ましくは前記分子レポーターが、改変された赤外蛍光タンパク質、膜係留ＣＲＥリコンビナーゼ、抗体ベースのＧｚＢ活性のレポーター、ＥＲ保持ベースのＧｚＢ活性のレポーター、細胞表面検出可能ベースのＧｚＢ活性のレポーター、またはこれらの組合せを含む、
および／または前記分子レポーターが、膜係留ＣＲＥリコンビナーゼを含み、前記ＡＰＣが、ＬｏｘＰ部位が両側に隣接している逆位ＣＲＥレポーターをさらに含み、任意選択で、前記外因性核酸が、ＣＲＥ活性化プライマー認識配列の近位に位置する、
および／または前記ＣＡＤ媒介ＤＮＡ分解の外因性阻害剤が、発現可能な形態でカスパーゼ活性化デオキシリボヌクレアーゼ阻害剤（ＩＣＡＤ）遺伝子をコードする核酸、ＣＡＤもしくはカスパーゼ３を標的とする阻害性核酸、カスパーゼ３の低分子阻害剤、化学的ＤＮＡｓｅ阻害剤、またはカスパーゼ３のペプチドもしくはタンパク質阻害剤であるか、または前記カスパーゼノックアウトが、カスパーゼ３ノックアウトである、
および／またはｉ）内因性ＭＨＣ分子を発現せず、外因性ＭＨＣ分子を発現するように操作されており、ならびに／またはｉｉ）Ｋ  ５６２細胞、ＨＥＫ  ２９３細胞、ＨＥＫ  ２９３  Ｔ細胞、Ｕ２ＯＳ細胞、ＭｅｌＪｕｓｏ細胞、ＭＤＡ−ＭＢ２３１細胞、ＭＣＦ７細胞、ＮＴＥＲＡ２細胞、ＬＮ２２９細胞、樹状細胞、および一次自己Ｂ細胞からなる群から選択される、
および／または前記候補抗原が、８、９、１０、１１、２０、３０、５０、１００、２００、または３００アミノ酸長未満であるかまたはそれに等しい、または前記候補抗原が、３００アミノ酸長を超える、
および／または候補抗原をコードする前記外因性核酸が、感染性生物またはヒトのＤＮＡに由来し、好ましくは、前記ヒトＤＮＡが、がん細胞から得られ、好ましくは、前記感染性生物が、ウイルス、細菌、真菌、プロトゾア、および多細胞寄生生物からなる群から選択される、
請求項１に記載のＡＰＣ。
【請求項３】
各ＡＰＣが、候補抗原をコードし、それによって、ＭＨＣクラスＩおよび／またはＭＨＣクラスＩＩ分子により発現および提示される候補抗原のライブラリーを表す、様々な外因性核酸を含む、請求項１から２のいずれか一項に記載のＡＰＣのライブラリー。
【請求項４】
前記外因性核酸が、感染因子またはヒトＤＮＡに由来する、および／または前記ライブラリーが、約１０２から約１０１４個の個々の候補抗原を含む、請求項３に記載のライブラリー。
【請求項５】
検出分子に連結したＧｚＢ切断部位（ＶＧＰＤ、配列番号１）を含む融合ポリペプチドを含む、グランザイムＢ活性の分子レポーター。
【請求項６】
前記検出分子が、酵素、検出可能な標識、抗体結合性抗原、またはアフィニティータグである、請求項５に記載の分子レポーター。
【請求項７】
前記検出可能な標識が、赤外蛍光タンパク質（ＩＦＰ）、核酸増幅標的、抗体によって認識される組成物、ＥＲから放出される組成物、および細胞表面に存在する組成物からなる群から選択される、ＧｚＢ切断後に検出可能なものであり、
好ましくは前記ＩＦＰが、前記ＧｚＢ切断部位によって機能的に分離したＮ断片（Ｎ−ＩＦＰ）およびＣ断片（Ｃ−ＩＦＰ）を含み、さらに、Ｃ−ＩＦＰのＮ末端側に位置する緑色蛍光タンパク質のＮ断片（Ｎ−ＧＦＰ）と、Ｎ−ＩＦＰのＣ末端側に位置する緑色蛍光タンパク質のＣ断片（Ｃ−ＧＦＰ）が両側に隣接し、その結果、前記Ｎ−ＧＦＰとＣ−ＧＦＰは構成的に活性である、
または前記酵素が、ＣＲＥリコンビナーゼであり、前記融合ポリペプチドが、前記ＧｚＢ切断部位によって分離された原形質膜付着ペプチドに機能的に連結した前記ＣＲＥリコンビナーゼを含む、
またはアフィニティータグが、前記ＧｚＢ切断部位のＣ末端側に位置するＦｌａｇエピトープであり、その結果、前記エピトープが、前記ＧｚＢ部位が切断されるとＭ１  Ｆｌａｇ抗体によってのみ認識され、任意選択で、前記ｆｌａｇエピトープのＣ末端側に位置するＧＦＰをさらに含む、
請求項６に記載の分子レポーター。
【請求項８】
小胞体（ＥＲ）保持シグナルおよび抗体結合原形質膜タンパク質を含み、前記ＧｚＢ部位の切断によって、前記ＥＲ保持シグナルが除去され、任意選択で、前記抗原が、ＣＤ４０、ＣＤ４、ＣＤ１９、ＣＤ２０、またはタグ付けされたタンパク質であり、任意選択で、前記タグが、Ｍｙｃタグ、Ｆｌａｇタグ、ＨＡタグ、またはヒスチジンタグである、請求項６に記載の分子レポーター。
【請求項９】
請求項５から８のいずれか一項に記載の分子レポーターをコードする核酸。
【請求項１０】
抗原提示細胞におけるグランザイムＢ活性の検出のためのシステムであって、
ａ）原形質膜付着ペプチドに機能的に連結したＣＲＥリコンビナーゼを含む融合ポリペプチドであり、前記ＣＲＥリコンビナーゼと膜付着ペプチドがＧｚＢ切断部位によって分離されている、融合ポリペプチド、
ｂ）ヘッドトゥヘッド方向でＧＦＰおよびＲＦＰをコードし、ＬｏｘＰ部位が両側に隣接している核酸配列を含むＣＲＥ活性のレポーター、ならびに／または
ｃ）ＬｏｘＰ部位が両側に隣接している不活性プライマーを含むＣＲＥ活性プライマー認識配列の近位に位置する、発現可能な形態の候補抗原をコードする核酸配列であって、前記ＬｏｘＰ部位のＣＲＥ誘導転位によって、機能的プライマー認識配列が生じる、核酸配列
を含む、システム。
【請求項１１】
細胞傷害性リンパ球またはＮＫ細胞に対する抗原提示細胞によって認識された抗原提示の検出のためのシステムであって、
ａ）
ｉ．細胞傷害性リンパ球および／またはＮＫ細胞に対して、ＭＨＣクラスＩおよび／またはＭＨＣクラスＩＩ分子により発現および提示される候補抗原をコードする外因性核酸、
ｉｉ．請求項５から９のいずれか一項に記載のグランザイムＢ（ＧｚＢ）の活性の分子レポーターまたは請求項１０に記載のグランザイムＢの活性を検出するためのシステム、および
ｉｉｉ．ＣＡＤ媒介分解の阻害剤
を含む抗原提示細胞（ＡＰＣ）、ならびに
ｂ）細胞傷害性リンパ球および／またはＮＫ細胞を含む、システム。
【請求項１２】
前記ＣＡＤ媒介分解の阻害剤が、ＣＡＤ媒介ＤＮＡ分解の外因性阻害剤、ＣＡＤノックアウト、またはカスパーゼノックアウトであり、任意選択で、前記カスパーゼノックアウトが、カスパーゼ３ノックアウトであるか、またはＣＡＤ媒介ＤＮＡ分解の前記外因性阻害剤が、発現可能な形態でカスパーゼ活性化デオキシリボヌクレアーゼ阻害剤（ＩＣＡＤ）遺伝子をコードする核酸、ＣＡＤもしくはカスパーゼ３を標的とする阻害性核酸、カスパーゼ３の低分子阻害剤、またはカスパーゼ３のペプチドもしくはタンパク質阻害剤であり、
好ましくは、前記抗原提示細胞が、Ｋ  ５６２細胞、ＨＥＫ  ２９３細胞、ＨＥＫ  ２９３  Ｔ細胞、Ｕ２ＯＳ細胞、ＭｅｌＪｕｓｏ細胞、ＭＤＡ−ＭＢ２３１細胞、ＭＣＦ７細胞、ＮＴＥＲＡ２ａ細胞、樹状細胞、および一次自己Ｂ細胞からなる群から選択される、
または前記細胞傷害性リンパ球が、細胞傷害性ＣＤ４  Ｔ細胞および細胞傷害性ＣＤ８  Ｔ細胞からなる群から選択される、および／または
前記細胞傷害性リンパ球および／またはＮＫ細胞が、目的の抗原受容体を発現するように改変されており、
好ましくは、前記細胞傷害性リンパ球および／またはＮＫ細胞が、非細胞傷害性ＣＤ４  Ｔ細胞からＴ細胞受容体を発現するように改変された細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞である、
請求項１１に記載のシステム。
【請求項１３】
細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞によって認識される抗原を特定するための方法であって、
ａ）請求項１から４のいずれか一項に記載の抗原提示細胞（ＡＰＣ）またはＡＰＣのライブラリーを、抗原認識に適した条件下で、１つまたは複数の細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）および／またはＮＫ細胞と接触させるステップと、
ｂ）前記ＡＰＣにおけるグランザイムＢ活性をアッセイすることによって、認識された抗原を発現するＡＰＣを特定するステップであって、適切な対照と比較したグランザイムＢ活性の増加が、前記ＡＰＣが前記細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞によって認識された抗原を発現することを示す、ステップと、
ｃ）ステップｂ）で特定された前記ＡＰＣから、前記認識された抗原をコードする核酸を単離するステップと
を含む方法。
【請求項１４】
細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞によって認識される抗原を特定するための方法であって、
ａ）請求項１から４のいずれか一項に記載の抗原提示細胞（ＡＰＣ）またはＡＰＣのライブラリーを、抗原認識に適した条件下で、１つまたは複数のＣＴＬと接触させるステップであって、前記ＧｚＢ部位の切断によって、前記ＥＲ保持シグナルが取り除かれ、前記原形質膜への輸送のために前記ＥＲから前記原形質膜タンパク質を放出させる、ステップと、
ｂ）前記ＡＰＣを、前記原形質膜タンパク質に結合する抗体と接触させることによって、認識された抗原を発現するＡＰＣを単離し、抗体が結合したＡＰＣを精製するステップと、
ｃ）ステップｂ）で単離された前記ＡＰＣから、前記認識された抗原をコードする核酸を単離するステップと
を含む方法。
【請求項１５】
ステップｃ）で単離された前記核酸をシークエンシングするステップをさらに含む、および／または前記細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞が、対象の生体試料から得られ、
好ましくは、前記生体試料が、血液、腫瘍、健康な組織、腹水液、自己免疫の位置、腫瘍浸潤、ウイルス感染部位、病変、口腔粘膜、および皮膚からなる群から選択され、好ましくは、前記生体試料が、前記対象における感染部位または自己免疫反応性部位から得られ、
および／または前記細胞傷害性Ｔ細胞が、ＣＤ４またはＣＤ８細胞であり、好ましくは、前記細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞が、目的の抗原受容体を発現するように改変されており、好ましくは前記細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞が、非細胞傷害性ＣＤ４  Ｔ細胞からＴ細胞受容体を発現するように改変されており、
および／または前記特定するステップｂ）が、対照のものと比較して、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも２５倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも１０００倍またはそれを超えて増加する、前記ＡＰＣにおける蛍光シグナルの検出によるものである、
および／または前記特定するステップｂ）が、フローサイトメトリーまたはアフィニティー精製によるものである、
および／または前記特定するステップｂ）が、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）またはアフィニティー精製によるものである、
および／または前記単離するステップｃ）が、ＰＣＲ増幅によるものである、
および／または前記シークエンシングが、パイロシークエンシングまたは次世代シークエンシングによるものである、
および／または前記ＡＰＣのライブラリーが、少なくとも５，０００種の異なる候補抗原を含む、
請求項１３または１４に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１４】
本明細書に開示の本出願の実施形態は、本出願の実施形態の原則の例証であることを理解するべきである。用いることができる他の修正は、本出願の範囲内にあり得る。よって、例として、限定するものではないが、本出願の実施形態の代替の構成を、本明細書の教示に従って利用することができる。したがって、本出願の実施形態は、正確に示され、記載されたものに限定されない。
本発明の様々な実施形態を以下に示す。
１．ａ）ＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩ分子により発現および提示される１つまたは複数の候補抗原をコードする外因性核酸、
ｂ）グランザイムＢ（ＧｚＢ）活性の分子レポーター、ならびに
ｃ）カスパーゼ活性化デオキシリボヌクレアーゼ（ＣＡＤ）媒介ＤＮＡ分解、ＣＡＤノックアウト、またはカスパーゼノックアウトの外因性阻害剤
を含む抗原提示細胞（ＡＰＣ）。
２．前記外因性核酸が、任意選択で、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、またはトランスポゾンを介して、前記ＡＰＣのゲノム中に安定的に導入されている、上記１に記載のＡＰＣ。
３．前記外因性核酸の両側に、所定のプライマー認識配列が隣接している、上記１または２に記載のＡＰＣ。
４．前記ＧｚＢ活性の分子レポーターが、検出分子に連結したＧｚＢ切断部位（ＶＧＰＤ、配列番号１）を含む融合ポリペプチドを含む、上記１から３のいずれかに記載のＡＰＣ。
５．前記分子レポーターが、改変された赤外蛍光タンパク質、膜係留ＣＲＥリコンビナーゼ、抗体ベースのＧｚＢ活性のレポーター、ＥＲ保持ベースのＧｚＢ活性のレポーター、細胞表面検出可能ベースのＧｚＢ活性のレポーター、またはこれらの組合せを含む、上記４に記載のＡＰＣ。
６．前記分子レポーターが、膜係留ＣＲＥリコンビナーゼを含み、前記ＡＰＣが、ＬｏｘＰ部位が両側に隣接している逆位ＣＲＥレポーターをさらに含み、任意選択で、前記外因性核酸が、ＣＲＥ活性化プライマー認識配列の近位に位置する、上記４または５に記載のＡＰＣ。
７．前記ＣＡＤ媒介ＤＮＡ分解の外因性阻害剤が、発現可能な形態でカスパーゼ活性化デオキシリボヌクレアーゼ阻害剤（ＩＣＡＤ）遺伝子をコードする核酸、ＣＡＤもしくはカスパーゼ３を標的とする阻害性核酸、カスパーゼ３の低分子阻害剤、化学的ＤＮＡｓｅ阻害剤、またはカスパーゼ３のペプチドもしくはタンパク質阻害剤であるか、または前記カスパーゼノックアウトが、カスパーゼ３ノックアウトである、上記１から６のいずれかに記載のＡＰＣ。
８．ｉ）内因性ＭＨＣ分子を発現せず、外因性ＭＨＣ分子を発現するように操作されており、ならびに／またはｉｉ）Ｋ  ５６２細胞、ＨＥＫ  ２９３細胞、ＨＥＫ  ２９３  Ｔ細胞、Ｕ２ＯＳ細胞、ＭｅｌＪｕｓｏ細胞、ＭＤＡ−ＭＢ２３１細胞、ＭＣＦ７細胞、ＮＴＥＲＡ２細胞、ＬＮ２２９細胞、樹状細胞、および一次自己Ｂ細胞からなる群から選択される、上記１から７のいずれかに記載のＡＰＣ。
９．前記候補抗原が、８、９、１０、１１、２０、３０、５０、１００、２００、または３００アミノ酸長未満であるかまたはそれに等しい、上記１から８のいずれかに記載のＡＰＣ。
１０．前記候補抗原が、３００アミノ酸長を超える、上記１から８のいずれかに記載のＡＰＣ。
１１．候補抗原をコードする前記外因性核酸が、感染性生物またはヒトのＤＮＡに由来する、上記１から１０のいずれかに記載のＡＰＣ。
１２．前記ヒトＤＮＡが、がん細胞から得られる、上記１１に記載のＡＰＣ。
１３．前記感染性生物が、ウイルス、細菌、真菌、プロトゾア、および多細胞寄生生物からなる群から選択される、上記１１に記載のＡＰＣ。
１４．各ＡＰＣが、候補抗原をコードし、それによって、ＭＨＣクラスＩおよび／またはＭＨＣクラスＩＩ分子により発現および提示される候補抗原のライブラリーを表す、様々な外因性核酸を含む、上記１から１３のいずれかに記載のＡＰＣのライブラリー。
１５．前記外因性核酸が、感染因子またはヒトＤＮＡに由来する、上記１４に記載のライブラリー。
１６．約１０２から約１０１４個の個々の候補抗原を含む、上記１４または１５に記載のライブラリー。
１７．検出分子に連結したＧｚＢ切断部位（ＶＧＰＤ、配列番号１）を含む融合ポリペプチドを含む、グランザイムＢ活性の分子レポーター。
１８．前記検出分子が、酵素、検出可能な標識、抗体結合性抗原、またはアフィニティータグである、上記１７に記載の分子レポーター。
１９．前記検出可能な標識が、赤外蛍光タンパク質（ＩＦＰ）、核酸増幅標的、抗体によって認識される組成物、ＥＲから放出される組成物、および細胞表面に存在する組成物からなる群から選択される、ＧｚＢ切断後に検出可能なものである、上記１８に記載の分子レポーター。
２０．前記ＩＦＰが、前記ＧｚＢ切断部位によって機能的に分離したＮ断片（Ｎ−ＩＦＰ）およびＣ断片（Ｃ−ＩＦＰ）を含み、さらに、Ｃ−ＩＦＰのＮ末端側に位置する緑色蛍光タンパク質のＮ断片（Ｎ−ＧＦＰ）と、Ｎ−ＩＦＰのＣ末端側に位置する緑色蛍光タンパク質のＣ断片（Ｃ−ＧＦＰ）が両側に隣接し、その結果、前記Ｎ−ＧＦＰとＣ−ＧＦＰは構成的に活性である、上記１３に記載の分子レポーター。
２１．前記酵素が、ＣＲＥリコンビナーゼであり、前記融合ポリペプチドが、前記ＧｚＢ切断部位によって分離された原形質膜付着ペプチドに機能的に連結した前記ＣＲＥリコンビナーゼを含む、上記１８に記載の分子レポーター。
２２．アフィニティータグが、前記ＧｚＢ切断部位のＣ末端側に位置するＦｌａｇエピトープであり、その結果、前記エピトープが、前記ＧｚＢ部位が切断されるとＭ１  Ｆｌａｇ抗体によってのみ認識され、任意選択で、前記ｆｌａｇエピトープのＣ末端側に位置するＧＦＰをさらに含む、上記１７に記載の分子レポーター。
２３．小胞体（ＥＲ）保持シグナルおよび抗体結合原形質膜タンパク質を含み、前記ＧｚＢ部位の切断によって、前記ＥＲ保持シグナルが除去され、任意選択で、前記抗原が、ＣＤ４０、ＣＤ４、ＣＤ１９、ＣＤ２０、またはタグ付けされたタンパク質であり、任意選択で、前記タグが、Ｍｙｃタグ、Ｆｌａｇタグ、ＨＡタグ、またはヒスチジンタグである、上記１８に記載の分子レポーター。
２４．上記１７から２３のいずれかに記載の分子レポーターをコードする核酸。
２５．抗原提示細胞におけるグランザイムＢ活性の検出のためのシステムであって、
ａ）原形質膜付着ペプチドに機能的に連結したＣＲＥリコンビナーゼを含む融合ポリペプチドであり、前記ＣＲＥリコンビナーゼと膜付着ペプチドがＧｚＢ切断部位によって分離されている、融合ポリペプチド、
ｂ）ヘッドトゥヘッド方向でＧＦＰおよびＲＦＰをコードし、ＬｏｘＰ部位が両側に隣接している核酸配列を含むＣＲＥ活性のレポーター、ならびに／または
ｃ）ＬｏｘＰ部位が両側に隣接している不活性プライマーを含むＣＲＥ活性プライマー認識配列の近位に位置する、発現可能な形態の候補抗原をコードする核酸配列であって、前記ＬｏｘＰ部位のＣＲＥ誘導転位によって、機能的プライマー認識配列が生じる、核酸配列
を含む、システム。
２６．細胞傷害性リンパ球またはＮＫ細胞に対する抗原提示細胞によって認識された抗原提示の検出のためのシステムであって、
ａ）
ｉ．細胞傷害性リンパ球および／またはＮＫ細胞に対して、ＭＨＣクラスＩおよび／またはＭＨＣクラスＩＩ分子により発現および提示される候補抗原をコードする外因性核酸、
ｉｉ．上記１７から２４のいずれかに記載のグランザイムＢ（ＧｚＢ）の活性の分子レポーターまたは上記２５に記載のグランザイムＢの活性を検出するためのシステム、および
ｉｉｉ．ＣＡＤ媒介分解の阻害剤
を含む抗原提示細胞（ＡＰＣ）、ならびに
ｂ）細胞傷害性リンパ球および／またはＮＫ細胞を含む、システム。
２７．前記ＣＡＤ媒介分解の阻害剤が、ＣＡＤ媒介ＤＮＡ分解の外因性阻害剤、ＣＡＤノックアウト、またはカスパーゼノックアウトであり、任意選択で、前記カスパーゼノックアウトが、カスパーゼ３ノックアウトであるか、またはＣＡＤ媒介ＤＮＡ分解の前記外因性阻害剤が、発現可能な形態でカスパーゼ活性化デオキシリボヌクレアーゼ阻害剤（ＩＣＡＤ）遺伝子をコードする核酸、ＣＡＤもしくはカスパーゼ３を標的とする阻害性核酸、カスパーゼ３の低分子阻害剤、またはカスパーゼ３のペプチドもしくはタンパク質阻害剤である、上記２６に記載のシステム。
２８．前記抗原提示細胞が、Ｋ  ５６２細胞、ＨＥＫ  ２９３細胞、ＨＥＫ  ２９３  Ｔ細胞、Ｕ２ＯＳ細胞、ＭｅｌＪｕｓｏ細胞、ＭＤＡ−ＭＢ２３１細胞、ＭＣＦ７細胞、ＮＴＥＲＡ２ａ細胞、樹状細胞、および一次自己Ｂ細胞からなる群から選択される、上記２７に記載のシステム。
２９．前記細胞傷害性リンパ球が、細胞傷害性ＣＤ４  Ｔ細胞および細胞傷害性ＣＤ８  Ｔ細胞からなる群から選択される、上記２６に記載のシステム。
３０．前記細胞傷害性リンパ球および／またはＮＫ細胞が、目的の抗原受容体を発現するように改変されている、上記２６から２９のいずれかに記載のシステム。
３１．前記細胞傷害性リンパ球および／またはＮＫ細胞が、非細胞傷害性ＣＤ４  Ｔ細胞からＴ細胞受容体を発現するように改変された細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞である、上記３０に記載のシステム。
３２．細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞によって認識される抗原を特定するための方法であって、
ａ）上記１から１６のいずれかに記載の抗原提示細胞（ＡＰＣ）またはＡＰＣのライブラリーを、抗原認識に適した条件下で、１つまたは複数の細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）および／またはＮＫ細胞と接触させるステップと、
ｂ）前記ＡＰＣにおけるグランザイムＢ活性をアッセイすることによって、認識された抗原を発現するＡＰＣを特定するステップであって、適切な対照と比較したグランザイムＢ活性の増加が、前記ＡＰＣが前記細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞によって認識された抗原を発現することを示す、ステップと、
ｃ）ステップｂ）で特定された前記ＡＰＣから、前記認識された抗原をコードする核酸を単離するステップと
を含む方法。
３３．細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞によって認識される抗原を特定するための方法であって、
ａ）上記２３に記載の抗原提示細胞（ＡＰＣ）またはＡＰＣのライブラリーを、抗原認識に適した条件下で、１つまたは複数のＣＴＬと接触させるステップであって、前記ＧｚＢ部位の切断によって、前記ＥＲ保持シグナルが取り除かれ、前記原形質膜への輸送のために前記ＥＲから前記原形質膜タンパク質を放出させる、ステップと、
ｂ）前記ＡＰＣを、前記原形質膜タンパク質に結合する抗体と接触させることによって、認識された抗原を発現するＡＰＣを単離し、抗体が結合したＡＰＣを精製するステップと、
ｃ）ステップｂ）で単離された前記ＡＰＣから、前記認識された抗原をコードする核酸を単離するステップと
を含む方法。
３４．ステップｃ）で単離された前記核酸をシークエンシングするステップをさらに含む、上記３２または３３に記載の方法。
３５．前記細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞が、対象の生体試料から得られる、上記３２から３４のいずれかに記載の方法。
３６．前記生体試料が、血液、腫瘍、健康な組織、腹水液、自己免疫の位置、腫瘍浸潤、ウイルス感染部位、病変、口腔粘膜、および皮膚からなる群から選択される、上記３５に記載の方法。
３７．前記生体試料が、前記対象における感染部位または自己免疫反応性部位から得られる、上記３５または３６に記載の方法。
３８．前記細胞傷害性Ｔ細胞が、ＣＤ４またはＣＤ８細胞である、上記３０から３７のいずれかに記載の方法。
３９．前記細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞が、目的の抗原受容体を発現するように改変されている、上記３８に記載の方法。
４０．前記細胞傷害性Ｔ細胞および／またはＮＫ細胞が、非細胞傷害性ＣＤ４  Ｔ細胞からＴ細胞受容体を発現するように改変されている、上記３９に記載の方法。
４１．前記特定するステップｂ）が、対照のものと比較して、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも２５倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも１０００倍またはそれを超えて増加する、前記ＡＰＣにおける蛍光シグナルの検出によるものである、上記３２から４０に記載の方法。
４２．前記特定するステップｂ）が、フローサイトメトリーまたはアフィニティー精製によるものである、上記３２から４１に記載の方法。
４３．前記特定するステップｂ）が、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）またはアフィニティー精製によるものである、上記３２から４２に記載の方法。
４４．前記単離するステップｃ）が、ＰＣＲ増幅によるものである、上記３２から４３に記載の方法。
４５．前記シークエンシングが、パイロシークエンシングまたは次世代シークエンシングによるものである、上記３３から４４に記載の方法。
４６．前記ＡＰＣのライブラリーが、少なくとも５，０００種の異なる候補抗原を含む、上記３２から４５に記載の方法。