【手続補正書】
【提出日】令和3年10月26日(2021.10.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む、扁平上皮病変を鑑別する方法：
対象由来の試料を質量分析に供すること、
前記試料から試料質量分析プロファイルを取得すること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常試料、組織異常試料、がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルと比較すること、および
前記試料質量分析プロファイルと、既知のプロファイル、組織異常プロファイル、がん腫試料プロファイル、またはそれらの組み合わせとの前記比較に基づいて、前記病変をがん腫または組織異常として識別すること。
【請求項２】
以下を含む、がん腫または組織異常を識別する方法：
対象由来の試料を質量分析に供すること、
前記試料から試料質量分析プロファイルを取得すること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常試料、組織異常試料、がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルと比較すること、および
前記試料質量分析プロファイルと、既知のプロファイル、組織異常プロファイル、がん腫試料プロファイル、またはそれらの組み合わせとの前記比較に基づいて、病変をがん腫または組織異常として識別すること。
【請求項３】
前記試料が、皮膚病変試料、胃腸管病変試料、筋肉病変試料、または骨病変試料である、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記試料が、メラニン形成細胞成分、間質成分、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記組織異常が脂漏性角化症または尋常性疣贅である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記がん腫が、基底細胞がん、扁平上皮がん、腎細胞がん、非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん、または腺がんである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記組織異常が自己免疫異常の結果として顕在化する、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記自己免疫異常が、乾癬、乾癬性関節炎、クローン病、関節リウマチ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記試料質量分析プロファイルからの１個以上のピークが、前記既知の正常試料、前記組織異常試料、前記がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルについての１個以上のピークと比較される、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記試料質量分析プロファイルからの最大２０個のピークが、前記既知の正常試料、前記組織異常試料、前記がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルについての最大２０個のピークと比較される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記質量分析プロファイルが複数の分子を含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記分子が、少なくとも１つのタンパク質、少なくとも１つのペプチド、少なくとも１つの脂質、少なくとも１つの代謝産物、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
質量分析が、二次イオン質量分析、レーザ脱離質量分析、マトリックス支援レーザ脱離／イオン化質量分析、エレクトロスプレー質量分析、または脱離エレクトロスプレーイオン化法を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記試料に対して組織学的分析を実行するかまたは実行済みであること
をさらに含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記組織学的分析から１つ以上の関心領域を識別するかまたは識別済みであることをさらに含み、前記質量分析プロファイルが、１つ以上の関心領域から取得される、
請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記識別に基づいて前記対象の生存期間を決定するかまたは決定済みであることをさらに含む、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記比較に基づいて、有効な抗がん剤が示される、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法によってがん腫または組織異常を有すると同定された対象に投与されるように用いられることを特徴とする、抗がん剤を含む、がんを治療するための医薬。
【請求項１９】
抗がん剤が、化学療法剤、免疫療法剤、毒素療法剤、標的療法剤、放射線療法、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１８に記載の医薬。
【請求項２０】
免疫療法剤が、インターフェロン、インターロイキン−２、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブを含む、請求項１９に記載の医薬。
【請求項２１】
標的療法剤が、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、トラメトリニブ、およびコジメチニブ、イマチニブ、およびニロチニブを含む、請求項１９に記載の医薬。
【請求項２２】
化学療法剤が、ダカルバジン、テモゾロミド、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１９に記載の医薬。
【請求項２３】
以下を含む、病変を鑑別する方法：
対象由来の試料を質量分析に供すること、
前記試料から試料質量分析プロファイルを取得すること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常試料、組織異常試料、ｔ細胞リンパ腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルと比較すること、および
前記試料質量分析プロファイルと、既知のプロファイル、組織異常プロファイル、ｔ細胞リンパ腫試料プロファイル、またはそれらの組み合わせとの前記比較に基づいて、前記病変をｔ細胞リンパ腫または組織異常として識別すること。
【請求項２４】
前記組織異常が乾癬または湿疹を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記ｔ細胞リンパ腫が、菌状息肉症、セザリー症候群、原発性皮膚未分化大細胞リンパ腫、リンパ腫様丘疹症、肉芽腫性弛緩性皮膚病、パジェット様網状赤血球症、皮下脂肪織炎様Ｔ細胞リンパ腫、またはそれらの組み合わせを含む、請求項２３または２４に記載の方法。
【請求項２６】
以下を含む、がん腫のリスクがある対象におけるがん腫分子シグネチャーの存在についてスクリーニングする方法：
前記対象由来の組織試料について試料質量分析プロファイルを取得するかまたは取得済みであること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常分子シグネチャー、組織異常分子シグネチャー、がん腫分子シグネチャー、またはそれらの組み合わせと比較するかまたは比較済みであること、および
前記試料質量分析プロファイルが、前記正常分子シグネチャー、前記組織異常分子シグネチャー、またはそれらの組み合わせよりも前記がん腫分子シグネチャーに類似している分子シグネチャーを含む場合、前記試料質量分析プロファイルにおける前記がん腫分子シグネチャーの存在を同定するかまたは同定済みであること。
【請求項２７】
前記がん腫分子シグネチャーが、ｍ／ｚ  １１６７．７付近、１６２８．９付近、１８７８．７付近、または２２０７．１付近のピークのうちの１つまたはそれらの組み合わせを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記組織異常が脂漏性角化症または尋常性疣贅である、請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記がん腫が、基底細胞がん、扁平上皮がん、腎細胞がん、非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん、または腺がんである、請求項２６〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記組織異常が自己免疫異常の結果として顕在化する、請求項２６〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記自己免疫異常が、乾癬、乾癬性関節炎、クローン病、関節リウマチ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記質量分析プロファイルが複数の分子を含む、請求項２６〜３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記分子が、少なくとも１つのタンパク質、少なくとも１つのペプチド、少なくとも１つの脂質、少なくとも１つの代謝産物、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記試料質量分析プロファイルが、二次イオン質量分析、レーザ脱離質量分析、マトリックス支援レーザ脱離／イオン化質量分析、エレクトロスプレー質量分析、または脱離エレクトロスプレーイオン化法によって取得される、請求項２６〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記試料に対して組織学的分析を実行するかまたは実行済みであること
をさらに含む、請求項２６〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記組織学的分析から１つ以上の関心領域を識別するかまたは識別済みであることをさらに含み、前記試料質量分析プロファイルが、１つ以上の関心領域から取得される、
請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記同定に基づいて前記対象の生存期間を決定するかまたは決定済みであることをさらに含む、請求項２６〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
請求項２６〜３７のいずれか一項に記載の方法によってがん腫分子シグネチャーを試料中に有することが同定された対象に投与されるように用いられることを特徴とする、抗がん剤を含む、がんを治療するための医薬。
【請求項３９】
抗がん剤が、化学療法剤、免疫療法剤、毒素療法剤、標的療法剤、放射線療法、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３８に記載の医薬。
【請求項４０】
免疫療法剤が、インターフェロン、インターロイキン−２、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブを含む、請求項３９に記載の医薬。
【請求項４１】
標的療法剤が、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、トラメトリニブ、およびコジメチニブ、イマチニブ、およびニロチニブを含む、請求項３９に記載の医薬。
【請求項４２】
化学療法剤が、ダカルバジン、テモゾロミド、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３９に記載の医薬。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１０】
[本発明1001]
以下を含む、扁平上皮病変を鑑別する方法：
対象由来の試料を質量分析に供すること、
前記試料から試料質量分析プロファイルを取得すること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常試料、組織異常試料、がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルと比較すること、および
前記試料質量分析プロファイルと、既知のプロファイル、組織異常プロファイル、がん腫試料プロファイル、またはそれらの組み合わせとの前記比較に基づいて、前記病変をがん腫または組織異常として識別すること。
[本発明1002]
以下を含む、がん腫または組織異常を識別する方法：
対象由来の試料を質量分析に供すること、
前記試料から試料質量分析プロファイルを取得すること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常試料、組織異常試料、がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルと比較すること、および
前記試料質量分析プロファイルと、既知のプロファイル、組織異常プロファイル、がん腫試料プロファイル、またはそれらの組み合わせとの前記比較に基づいて、病変をがん腫または組織異常として識別すること。
[本発明1003]
前記試料が、皮膚病変試料、胃腸管病変試料、筋肉病変試料、または骨病変試料である、本発明1001または本発明1002の方法。
[本発明1004]
前記試料が、メラニン形成細胞成分、間質成分、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1003の方法。
[本発明1005]
前記組織異常が脂漏性角化症または尋常性疣贅である、本発明1001または1002の方法。
[本発明1006]
前記がん腫が、基底細胞がん、扁平上皮がん、腎細胞がん、非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん、または腺がんである、本発明1001または1002の方法。
[本発明1007]
前記組織異常が自己免疫異常の結果として顕在化する、本発明1001または1002の方法。
[本発明1008]
前記自己免疫異常が、乾癬、乾癬性関節炎、クローン病、関節リウマチ、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1007の方法。
[本発明1009]
前記試料質量分析プロファイルからの1個以上のピークが、前記既知の正常試料、前記組織異常試料、前記がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルについての1個以上のピークと比較される、本発明1001または1002の方法。
[本発明1010]
前記試料質量分析プロファイルからの最大20個のピークが、前記既知の正常試料、前記組織異常試料、前記がん腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルについての最大20個のピークと比較される、本発明1009の方法。
[本発明1011]
前記質量分析プロファイルが複数の分子を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1012]
前記分子が、少なくとも1つのタンパク質、少なくとも1つのペプチド、少なくとも1つの脂質、少なくとも1つの代謝産物、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1011の方法。
[本発明1013]
質量分析が、二次イオン質量分析、レーザ脱離質量分析、マトリックス支援レーザ脱離／イオン化質量分析、エレクトロスプレー質量分析、または脱離エレクトロスプレーイオン化法を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1014]
前記対象から前記試料を取得するかまたは取得済みであること
をさらに含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1015]
前記試料に対して組織学的分析を実行するかまたは実行済みであること
をさらに含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1016]
前記組織学的分析から1つ以上の関心領域を識別するかまたは識別済みであることをさらに含み、前記質量分析プロファイルが、1つ以上の関心領域から取得される、
本発明1015の方法。
[本発明1017]
前記識別に基づいて前記対象の生存期間を決定するかまたは決定済みであることをさらに含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1018]
有効な抗がん剤を選択することをさらに含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1019]
前記対象に有効量の抗がん剤を投与するかまたは投与済みであることをさらに含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1020]
前記抗がん剤が、化学療法、免疫療法、毒素療法、標的療法、放射線療法、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1019の方法。
[本発明1021]
免疫療法が、インターフェロン、インターロイキン−2、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブを含む、本発明1020の方法。
[本発明1022]
標的療法が、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、トラメトリニブ、およびコジメチニブ、イマチニブ、およびニロチニブを含む、本発明1020の方法。
[本発明1023]
化学療法が、ダカルバジン、テモゾロミド、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1020の方法。
[本発明1024]
以下を含む、病変を鑑別する方法：
対象由来の試料を質量分析に供すること、
前記試料から試料質量分析プロファイルを取得すること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常試料、組織異常試料、ｔ細胞リンパ腫試料、またはそれらの組み合わせから取得されたプロファイルと比較すること、および
前記試料質量分析プロファイルと、既知のプロファイル、組織異常プロファイル、ｔ細胞リンパ腫試料プロファイル、またはそれらの組み合わせとの前記比較に基づいて、前記病変をｔ細胞リンパ腫または組織異常として識別すること。
[本発明1025]
前記組織異常が乾癬または湿疹を含む、本発明1024の方法。
[本発明1026]
前記ｔ細胞リンパ腫が、菌状息肉症、セザリー症候群、原発性皮膚未分化大細胞リンパ腫、リンパ腫様丘疹症、肉芽腫性弛緩性皮膚病、パジェット様網状赤血球症、皮下脂肪織炎様Ｔ細胞リンパ腫、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1024の方法。
[本発明1027]
以下を含む、がん腫のリスクがある対象におけるがん腫分子シグネチャーの存在についてスクリーニングする方法：
前記対象から組織試料の試料質量分析プロファイルを取得するかまたは取得済みであること、
前記試料質量分析プロファイルを、既知の正常分子シグネチャー、組織異常分子シグネチャー、がん腫分子シグネチャー、またはそれらの組み合わせと比較するかまたは比較済みであること、および
前記試料質量分析プロファイルが、前記正常分子シグネチャー、前記組織異常分子シグネチャー、またはそれらの組み合わせよりも前記がん腫分子シグネチャーに類似している分子シグネチャーを含む場合、前記試料質量分析プロファイルにおける前記がん腫分子シグネチャーの存在を同定するかまたは同定済みであること。
[本発明1028]
前記がん腫分子シグネチャーが、ｍ／ｚ  1167．7付近、1628．9付近、1878．7付近、または2207．1付近のピークのうちの1つまたはそれらの組み合わせを含む、本発明1027の方法。
[本発明1029]
前記対象に有効量の抗がん剤を投与することをさらに含む、本発明1027の方法。
[本発明1030]
前記抗がん剤が、化学療法、免疫療法、毒素療法、標的療法、放射線療法、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1029の方法。
[本発明1031]
免疫療法が、インターフェロン、インターロイキン−2、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブを含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
標的療法が、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、トラメトリニブ、およびコジメチニブ、イマチニブ、およびニロチニブを含む、本発明1030の方法。
[本発明1033]
化学療法が、ダカルバジン、テモゾロミド、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1030の方法。
[本発明1034]
前記組織異常が脂漏性角化症または尋常性疣贅である、本発明1027の方法。
[本発明1035]
前記がん腫が、基底細胞がん、扁平上皮がん、腎細胞がん、非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん、または腺がんである、本発明1027の方法。
[本発明1036]
前記組織異常が自己免疫異常の結果として顕在化する、本発明1027の方法。
[本発明1037]
前記自己免疫異常が、乾癬、乾癬性関節炎、クローン病、関節リウマチ、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1036の方法。
[本発明1038]
前記質量分析プロファイルが複数の分子を含む、本発明1027の方法。
[本発明1039]
前記分子が、少なくとも1つのタンパク質、少なくとも1つのペプチド、少なくとも1つの脂質、少なくとも1つの代謝産物、またはそれらの組み合わせを含む、本発明1038の方法。
[本発明1040]
前記試料質量分析プロファイルが、二次イオン質量分析、レーザ脱離質量分析、マトリックス支援レーザ脱離／イオン化質量分析、エレクトロスプレー質量分析、または脱離エレクトロスプレーイオン化法によって取得される、本発明1027の方法。
[本発明1041]
前記対象から前記試料を取得するかまたは取得済みであること
をさらに含む、本発明1027の方法。
[本発明1042]
前記試料に対して組織学的分析を実行するかまたは実行済みであること
をさらに含む、本発明1027の方法。
[本発明1043]
前記組織学的分析から1つ以上の関心領域を識別するかまたは識別済みであることをさらに含み、前記試料質量分析プロファイルが、1つ以上の関心領域から取得される、
本発明1042の方法。
[本発明1044]
前記同定に基づいて前記対象の生存期間を決定するかまたは決定済みであることをさらに含む、本発明1027の方法。
本発明の他の目的および利点は、以下の記載から容易に明らかになるであろう。