【手続補正書】
【提出日】令和3年3月29日(2021.3.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号１、２もしくは３としてまたは表４で参照されるアミノ酸配列をコードする核酸分子であって、前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含む、核酸分子；
（ｂ）高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で（ａ）の前記核酸にハイブリダイズし、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの１つまたは複数をコードする核酸配列を含む核酸分子；
（ｃ）ループＡ（配列番号５）および／またはループＢ（配列番号６）のコンセンサス配列を含むアミノ酸配列をコードする核酸分子であって、前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含む、核酸分子；ならびに
（ｄ）（ａ）または（ｂ）に相補的な核酸分子
から選択される単離された核酸分子であって、
前記１つまたは複数のアミノ酸置換以外の前記アミノ酸配列が、必要に応じて、配列番号１、２もしくは３でまたは表４で参照されるアミノ酸配列と少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％もしくは９９％の配列同一性を有するか、またはこれと同一であり、前記アミノ酸配列が、必要に応じて、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６個を含む、
核酸分子。
【請求項２】
請求項１に記載の核酸分子を含有するベクターであって、前記ベクターは必要に応じて発現ベクターであり、前記ベクターは必要に応じて二本鎖ＤＮＡを含む、ベクター。
【請求項３】
ａ）配列番号１、２もしくは３としてまたは表４で参照されるアミノ酸配列であって、前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含む、アミノ酸配列、
ｂ）ループＡ（配列番号５）および／またはループＢ（配列番号６）のコンセンサスアミノ酸配列、
ｃ）配列番号１、２もしくは３としてまたは表４で参照されるアミノ酸配列であって、前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含み、前記１つまたは複数のアミノ酸置換以外の前記アミノ酸配列が、配列番号１、２もしくは３としてまたは表４で参照されるアミノ酸配列と少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％もしくは９９％の配列同一性を有するか、またはこれと同一であり、必要に応じて前記アミノ酸配列が、１〜１００個のアミノ酸位置における保存的アミノ酸置換をさらに含み、前記位置が、表１、２および／または３で示される前記１つまたは複数のアミノ酸置換以外であり、アミノ酸配列
を含む単離されたポリペプチドであって、
必要に応じて、
ｉ）前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示される前記１つまたは複数のアミノ酸置換以外に、親配列と比較して２〜３００個のアミノ酸位置で改変を含まず、前記位置が、配列番号１、２もしくは３としてまたは表４で参照される前記アミノ酸配列のうちの２、３、４または５つと同一である位置から選択される、
ｉｉ）表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６個を含む、
ｉｉｉ）前記ポリペプチドが、アルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする、ｉｖ）３−ヒドロキシブチリルＣｏＡを３−ヒドロキシブチルアルデヒドにまたは４−ヒドロキシブチリルＣｏＡを４−ヒドロキシブチルアルデヒドに転換し得る、ｖ）親ポリペプチドと比べてより高い活性を有する、ｖｉ）３−ヒドロキシ−（Ｓ）−ブチリルＣｏＡよりも３−ヒドロキシ−（Ｒ）−ブチリルＣｏＡについてより高い活性を有する、ｖｉｉ）アセチルＣｏＡよりも３−ヒドロキシブチリルＣｏＡについてより高い特異性を有する、ｉｘ）アセチルＣｏＡよりも４−ヒドロキシブチリルＣｏＡについてより高い特異性を有する、ｘ）細胞または細胞抽出物における副産物の生成を低減し、必要に応じて、前記副産物が、エタノールまたは４−ヒドロキシ−２−ブタノンである、あるいは
ｘｉ）親ポリペプチドと比べてより高いｋｃａｔを有する、
単離されたポリペプチド。
【請求項４】
細胞であって、
ａ）請求項２に記載のベクターを含む、
ｂ）請求項１に記載の核酸を含み、必要に応じて、前記核酸分子が、前記細胞の染色体に組み込まれており、さらに必要に応じて、前記組込みが、部位特異的である、または
ｃ）請求項３に記載のポリペプチドを含み、
前記細胞は必要に応じて、
ｉ）微生物体であり、必要に応じて、前記微生物体は、細菌、酵母または真菌である、
ｉｉ）単離された真核細胞である、
ｉｉｉ）３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／もしくは１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成する経路を含む、
ｉｖ）４−ヒドロキシブチルアルデヒド（４−ＨＢａｌ）および／もしくは１，４−ブタンジオール（１，４−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成する経路を含む、
ｖ）発酵することができる、または
ｖｉ）前記ポリペプチドについての少なくとも１つの基質をさらに含み、必要に応じて前記基質が、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡ、３−ヒドロキシ−（Ｒ）−ブチリルＣｏＡまたは４−ヒドロキシブチリルＣｏＡであり、さらに必要に応じて前記細胞は３−ヒドロキシ−（Ｓ）−ブチリルＣｏＡよりも３−ヒドロキシ−（Ｒ）−ブチリルＣｏＡについてより高い活性を有する、
細胞。
【請求項５】
生物触媒としての、請求項３に記載のポリペプチドの使用。
【請求項６】
請求項３に記載のポリペプチドおよび前記ポリペプチドについての少なくとも１つの基質を含む組成物であって、必要に応じて、前記ポリペプチドが、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ条件下で前記基質と反応することができる、さらに必要に応じて、前記基質が、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡ、３−ヒドロキシ−（Ｒ）−ブチリルＣｏＡまたは４−ヒドロキシブチリルＣｏＡである、組成物。
【請求項７】
請求項２に記載のベクターを、発酵することができる細胞に導入する工程を含む、宿主株を構築する方法。
【請求項８】
方法であって、
ａ）３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／もしくは１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成するための方法であり、請求項４に記載の細胞を培養して、３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたはそのエステルもしくはアミドあるいは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯまたはそのエステルもしくはアミドを生成する工程を含み、必要に応じて、
ｉ）前記細胞が、実質的に嫌気性の培地中にある、
ｉｉ）前記方法が、前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯもしくは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ、またはそのエステルもしくはアミドを単離または精製する工程をさらに含み、必要に応じて、前記単離または精製する工程が、蒸留を含む、
ｂ）４−ヒドロキシブチルアルデヒド（４−ＨＢａｌ）および／もしくは１，４−ブタンジオール（１，４−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成するための方法であり、請求項４に記載の細胞を培養して、３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたはそのエステルもしくはアミドあるいは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯまたはそのエステルもしくはアミドを生成する工程を含み、必要に応じて、
ｉ）前記細胞が、実質的に嫌気性の培地中にある、
ｉｉ）前記方法が、前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯもしくは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ、またはそのエステルもしくはアミドを単離または精製する工程をさらに含み、必要に応じて、前記単離または精製する工程が、蒸留を含む、
ｃ）３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／もしくは１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成するための方法であり、基質を請求項３に記載のポリペプチドに提供する工程と、前記基質を３−ＨＢａｌおよび／または１，３−ＢＤＯに転換する工程とを含み、前記基質が、１，３−ヒドロキシブチリルＣｏＡのラセミ混合物であり、前記３−ＨＢａｌおよび／または１，３−ＢＤＯは、必要に応じて、Ｒ形態のエナンチオマー的が富化されており、必要に応じて、前記ポリペプチドが、細胞中、細胞溶解物中に存在するか、または細胞もしくは細胞溶解物から単離される、
ｄ）４−ヒドロキシブチルアルデヒド（４−ＨＢａｌ）および／もしくは１，４−ブタンジオール（１，４−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成するための方法であり、基質を請求項３に記載のポリペプチドに提供する工程と、前記基質を４−ＨＢａｌおよび／または１，４−ＢＤＯに転換する工程とを含み、前記基質が、１，４−ヒドロキシブチリルＣｏＡであり、必要に応じて、前記ポリペプチドが、細胞中、細胞溶解物中に存在するか、または細胞もしくは細胞溶解物から単離される、あるいは
ｅ）３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを生成するための方法であり、請求項４に記載の細胞の溶解物をインキュベートして、３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを生成する工程を含み、必要に応じて、前記細胞溶解物が、第２の細胞溶解物と混合され、前記第２の細胞溶解物が、請求項３に記載のポリペプチドの基質、または３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯもしくは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯの下流生成物を生成する酵素活性を含む、
方法。
【請求項９】
培地であって、
ａ）請求項４に記載の細胞またはその細胞溶解物もしくは培養上清を含む、または
ｂ）生物由来３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを含み、前記生物由来３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯが、大気二酸化炭素取り込み供給源を反映する炭素−１２、炭素−１３および炭素−１４の同位体比を有し、前記生物由来３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯが、請求項４に記載の細胞または請求項８に記載の方法によって生成され、必要に応じて、前記培地は前記細胞から分離されている、
培地。
【請求項１０】
３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／もしくは１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）または４−ヒドロキシブチルアルデヒド（４−ＨＢａｌ）および／もしくは１，４−ブタンジオール（１，４−ＢＤＯ）であって、
ａ）大気二酸化炭素取り込み供給源を反映する炭素−１２、炭素−１３および炭素−１４の同位体比を有し、請求項４に記載の細胞または請求項８に記載の方法によって生成され、必要に応じて、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９８％のＦｍ値を有する、あるいは
ｂ）請求項４に記載の細胞または請求項８に記載の方法によって生成される、
３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ。
【請求項１１】
大気二酸化炭素取り込み供給源を反映する炭素−１２、炭素−１３および炭素−１４の同位体比を必要に応じて有する、３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／または１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）あるいは４−ヒドロキシブチルアルデヒド（４−ＨＢａｌ）および／または１，４−ブタンジオール（１，４−ＢＤＯ）であって、請求項４に記載の細胞または請求項８に記載の方法によって生成され、Ｒ形態のエナンチオマーが富化されており、必要に応じて、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９８％のＦｍ値を有し、必要に応じて、前記Ｒ形態が、前記３−ＨＢａｌおよび／または１，３−ＢＤＯあるいは前記４−ＨＢａｌおよび／または１，４−ＢＤＯの９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％を超える、３−ＨＢａｌおよび／または１，３−ＢＤＯあるいは４−ＨＢａｌおよび／または１，４−ＢＤＯ。
【請求項１２】
組成物であって、
ａ）請求項１１に記載の３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ、ならびにそれぞれ、前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌもしくは１，４−ＢＤＯ以外の化合物を含み、必要に応じて、前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ以外の前記化合物が、それぞれ、前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯもしくは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを生成するか、または請求項３に記載のポリペプチドを発現する細胞の部分である、または
ｂ）請求項１０から１１のいずれか一項に記載の３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯもしくは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ、または前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯもしくは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを生成する細胞の細胞溶解物もしくは培養上清を含む、
組成物。
【請求項１３】
請求項１０から１１のいずれか一項に記載の３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを含む製品であって、プラスチック、弾性繊維、ポリウレタン、ポリエステル、ポリヒドロキシアルカノエート、ポリ−４−ヒドロキシブチレート（Ｐ４ＨＢ）またはそのコポリマー、ポリ（テトラメチレンエーテル）グリコール（ＰＴＭＥＧ）、ポリブチレンテレフタレート（ＰＢＴ）、ポリウレタン−ポリ尿素コポリマー、ナイロン、有機溶媒、ポリウレタン樹脂、ポリエステル樹脂、血糖低下剤、ブタジエンまたはブタジエンベースであり、必要に応じて、前記製品は、成型製品、化粧品または食品添加物であり、前記製品は、必要に応じて、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％または少なくとも５０％の生物由来３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは生物由来４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを含む、および／または前記製品は、必要に応じて、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％または少なくとも５０％の生物由来３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは生物由来４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを含む、および／または前記製品は、必要に応じて、繰返し単位として、生成された３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは生成された４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯの部分を含む、製品。
【請求項１４】
請求項１３に記載の製品を生成するためのプロセスであって、前記製品を生成する反応において、前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを、それ自体または別の化合物と化学反応させる工程を含むプロセス。
【請求項１５】
請求項３に記載のポリペプチドを生成するための方法であって、細胞において前記ポリペプチドを発現する工程または請求項１に記載の核酸または請求項２に記載のベクターをｉｎ  ｖｉｔｒｏで転写および翻訳して、前記ポリペプチドを生成する工程を含む方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００７】
本発明は、アルデヒドデヒドロゲナーゼバリアントのポリペプチドおよびコード核酸を提供する。本発明はまた、アルデヒドデヒドロゲナーゼバリアントを発現する細胞も提供する。本発明は、３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／もしくは１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成するための方法であって、アルデヒドデヒドロゲナーゼバリアントを発現する細胞を培養する工程、またはそのような細胞の溶解物を使用する工程を含む方法をさらに提供する。本発明は、４−ヒドロキシブチルアルデヒド（４−ＨＢａｌ）および／もしくは１，４−ブタンジオール（１，４−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成するための方法であって、アルデヒドデヒドロゲナーゼバリアントを発現する細胞を培養する工程、またはそのような細胞の溶解物を使用する工程を含む方法をさらに提供する。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
（ａ）配列番号１、２もしくは３としてまたは表４で参照されるアミノ酸配列をコードする核酸分子であって、前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含む、核酸分子；
（ｂ）高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で（ａ）の前記核酸にハイブリダイズし、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの１つまたは複数をコードする核酸配列を含む核酸分子；
（ｃ）ループＡ（配列番号５）および／またはループＢ（配列番号６）のコンセンサス配列を含むアミノ酸配列をコードする核酸分子であって、前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含む、核酸分子；ならびに
（ｄ）（ａ）または（ｂ）に相補的な核酸分子
から選択される単離された核酸分子。
（項目２）
前記１つまたは複数のアミノ酸置換以外の前記アミノ酸配列が、配列番号１、２もしくは３でまたは表４で参照されるアミノ酸配列と少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％もしくは９９％の配列同一性を有するか、またはこれと同一である、項目１に記載の単離された核酸分子。
（項目３）
前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６個を含む、項目１または２に記載の核酸。
（項目４）
項目１から３のいずれか一項に記載の核酸分子を含有するベクター。
（項目５）
発現ベクターである、項目４に記載のベクター。
（項目６）
二本鎖ＤＮＡを含む、項目４または５に記載のベクター。
（項目７）
配列番号１、２もしくは３としてまたは表４で参照されるアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチドであって、前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含む、単離されたポリペプチド。
（項目８）
ループＡ（配列番号５）および／またはループＢ（配列番号６）のコンセンサスアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
（項目９）
配列番号１、２もしくは３としてまたは表４で参照されるアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチドであって、前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの１つまたは複数を含み、前記１つまたは複数のアミノ酸置換以外の前記アミノ酸配列が、配列番号１、２もしくは３としてまたは表４で参照されるアミノ酸配列と少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％もしくは９９％の配列同一性を有するか、またはこれと同一である、単離されたポリペプチド。
（項目１０）
前記アミノ酸配列が、１〜１００個のアミノ酸位置における保存的アミノ酸置換をさらに含み、前記位置が、表１、２および／または３で示される前記１つまたは複数のアミノ酸置換以外である、項目９に記載の単離されたポリペプチド。
（項目１１）
前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示される前記１つまたは複数のアミノ酸置換以外に、親配列と比較して２〜３００個のアミノ酸位置で改変を含まず、前記位置が、配列番号１、２もしくは３としてまたは表４で参照される前記アミノ酸配列のうちの２、３、４または５つと同一である位置から選択される、項目７から１０のいずれか一項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目１２）
前記アミノ酸配列が、表１、２および／または３で示されるアミノ酸置換のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５または１６個を含む、項目７から１１のいずれか一項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目１３）
アルデヒドデヒドロゲナーゼをコードする、項目７から１２のいずれか一項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目１４）
３−ヒドロキシブチリルＣｏＡを３−ヒドロキシブチルアルデヒドに転換し得る、項目７から１３のいずれか一項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目１５）
４−ヒドロキシブチリルＣｏＡを４−ヒドロキシブチルアルデヒドに転換し得る、項目７から１３のいずれか一項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目１６）
親ポリペプチドと比べてより高い活性を有する、項目７から１５のいずれか一項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目１７）
３−ヒドロキシ−（Ｓ）−ブチリルＣｏＡよりも３−ヒドロキシ−（Ｒ）−ブチリルＣｏＡについてより高い活性を有する、項目７から１４のいずれか一項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目１８）
アセチルＣｏＡよりも３−ヒドロキシブチリルＣｏＡについてより高い特異性を有する、項目７から１４のいずれか一項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目１９）
アセチルＣｏＡよりも４−ヒドロキシブチリルＣｏＡについてより高い特異性を有する、項目７から１３または１５のいずれか一項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目２０）
細胞または細胞抽出物における副産物の生成を低減する、項目７から１５のいずれか一項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目２１）
前記副産物が、エタノールまたは４−ヒドロキシ−２−ブタノンである、項目２０に記載の単離されたポリペプチド。
（項目２２）
親ポリペプチドと比べてより高いｋｃａｔを有する、項目７から１５のいずれか一項に記載の単離されたポリペプチド。
（項目２３）
項目４から６のいずれか一項に記載のベクターを含む細胞。
（項目２４）
項目１から３のいずれか一項に記載の核酸を含む細胞。
（項目２５）
前記核酸分子が、前記細胞の染色体に組み込まれている、項目２４に記載の細胞。
（項目２６）
前記組込みが、部位特異的である、項目２５に記載の細胞。
（項目２７）
前記核酸分子が発現される、項目２３から２６のいずれか一項に記載の細胞。
（項目２８）
項目７から２２のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む細胞。
（項目２９）
微生物体である、項目２３から２８のいずれか一項に記載の細胞。
（項目３０）
前記微生物体が、細菌、酵母または真菌である、項目２９に記載の細胞。
（項目３１）
単離された真核細胞である、項目２３から２８のいずれか一項に記載の細胞。
（項目３２）
３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／もしくは１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成する経路を含む、項目２３から３１のいずれか一項に記載の細胞。
（項目３３）
４−ヒドロキシブチルアルデヒド（４−ＨＢａｌ）および／もしくは１，４−ブタンジオール（１，４−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成する経路を含む、項目２３から３１のいずれか一項に記載の細胞。
（項目３４）
発酵することができる、項目２３から３３のいずれか一項に記載の細胞。
（項目３５）
前記ポリペプチドについての少なくとも１つの基質をさらに含む、項目２３から３４のいずれか一項に記載の細胞。
（項目３６）
前記基質が、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡである、項目３５に記載の細胞。
（項目３７）
前記基質が、３−ヒドロキシ−（Ｒ）−ブチリルＣｏＡである、項目３６に記載の細胞。
（項目３８）
３−ヒドロキシ−（Ｓ）−ブチリルＣｏＡよりも３−ヒドロキシ−（Ｒ）−ブチリルＣｏＡについてより高い活性を有する、項目３６または３７に記載の細胞。
（項目３９）
前記基質が、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡである、項目３５に記載の細胞。
（項目４０）
生物触媒としての、項目７から２２のいずれか一項に記載のポリペプチドの使用。
（項目４１）
項目７から２２のいずれか一項に記載のポリペプチドおよび前記ポリペプチドについての少なくとも１つの基質を含む組成物。
（項目４２）
前記ポリペプチドが、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ条件下で前記基質と反応することができる、項目４１に記載の組成物。
（項目４３）
前記基質が、３−ヒドロキシブチリルＣｏＡである、項目４１または４２に記載の組成物。
（項目４４）
前記基質が、３−ヒドロキシ−（Ｒ）−ブチリルＣｏＡである、項目４３に記載の組成物。
（項目４５）
前記基質が、４−ヒドロキシブチリルＣｏＡである、項目４１または４２に記載の組成物。
（項目４６）
項目２３から３９のいずれか一項に記載の細胞を含む培地。
（項目４７）
項目４から６のいずれか一項に記載のベクターを、発酵することができる細胞に導入する工程を含む、宿主株を構築する方法。
（項目４８）
３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／もしくは１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成するための方法であって、項目２３から３９のいずれか一項に記載の細胞を培養して、３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたはそのエステルもしくはアミドを生成する工程を含む方法。
（項目４９）
４−ヒドロキシブチルアルデヒド（４−ＨＢａｌ）および／もしくは１，４−ブタンジオール（１，４−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成するための方法であって、項目２３から３９のいずれか一項に記載の細胞を培養して、４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯまたはそのエステルもしくはアミドを生成する工程を含む方法。
（項目５０）
前記細胞が、実質的に嫌気性の培地中にある、項目４８または４９に記載の方法。
（項目５１）
前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯもしくは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ、またはそのエステルもしくはアミドを単離または精製する工程をさらに含む、項目４８から５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目５２）
前記単離または精製する工程が、蒸留を含む、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
生物由来３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを含む培地であって、前記生物由来３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯが、大気二酸化炭素取り込み供給源を反映する炭素−１２、炭素−１３および炭素−１４の同位体比を有し、前記生物由来３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯが、項目２３から３９のいずれか一項に記載の細胞または項目４８から５２のいずれか一項に記載の方法によって生成される、培地。
（項目５４）
前記細胞から分離されている、項目５３に記載の培地。
（項目５５）
大気二酸化炭素取り込み供給源を反映する炭素−１２、炭素−１３および炭素−１４の同位体比を有する、３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／もしくは１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）または４−ヒドロキシブチルアルデヒド（４−ＨＢａｌ）および／もしくは１，４−ブタンジオール（１，４−ＢＤＯ）であって、項目２３から３９のいずれか一項に記載の細胞または項目４８から５２のいずれか一項に記載の方法によって生成される、３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ。
（項目５６）
少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９８％のＦｍ値を有する、項目５５に記載の３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ。
（項目５７）
項目２３から３９のいずれか一項に記載の細胞または項目４８から５２のいずれか一項に記載の方法によって生成された３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／もしくは１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）または４−ヒドロキシブチルアルデヒド（４−ＨＢａｌ）および／もしくは１，４−ブタンジオール（１，４−ＢＤＯ）。
（項目５８）
大気二酸化炭素取り込み供給源を反映する炭素−１２、炭素−１３および炭素−１４の同位体比を有する３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／または１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）であって、項目２３から３９のいずれか一項に記載の細胞または項目４８から５２のいずれか一項に記載の方法によって生成され、Ｒ形態のエナンチオマーが富化されている３−ＨＢａｌおよび／または１，３−ＢＤＯ。
（項目５９）
少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９８％のＦｍ値を有する、項目５８に記載の３−ＨＢａｌおよび／または１，３−ＢＤＯ。
（項目６０）
項目２３から３９のいずれか一項に記載の細胞または項目４８から５２のいずれか一項に記載の方法によって生成された３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／または１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）であって、Ｒ形態のエナンチオマーが富化されている３−ＨＢａｌおよび／または１，３−ＢＤＯ。
（項目６１）
前記Ｒ形態が、前記３−ＨＢａｌおよび／または１，３−ＢＤＯの９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％を超える、項目６０に記載の３−ＨＢａｌおよび／または１，３−ＢＤＯ。
（項目６２）
項目５８から６１のいずれか一項に記載の３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ、ならびにそれぞれ、前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌもしくは１，４−ＢＤＯ以外の化合物を含む組成物。
（項目６３）
前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ以外の前記化合物が、それぞれ、前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯもしくは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを生成するか、または項目７から２２のいずれか一項に記載のポリペプチドを発現する細胞の部分である、項目６２に記載の組成物。
（項目６４）
項目５５から６１のいずれか一項に記載の３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯもしくは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯ、または前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯもしくは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを生成する細胞の細胞溶解物もしくは培養上清を含む組成物。
（項目６５）
項目５５から６１のいずれか一項に記載の３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを含む製品であって、プラスチック、弾性繊維、ポリウレタン、ポリエステル、ポリヒドロキシアルカノエート、ポリ−４−ヒドロキシブチレート（Ｐ４ＨＢ）またはそのコポリマー、ポリ（テトラメチレンエーテル）グリコール（ＰＴＭＥＧ）、ポリブチレンテレフタレート（ＰＢＴ）、ポリウレタン−ポリ尿素コポリマー、ナイロン、有機溶媒、ポリウレタン樹脂、ポリエステル樹脂、血糖低下剤、ブタジエンまたはブタジエンベースの製品である製品。
（項目６６）
化粧品または食品添加物である、項目６５に記載の製品。
（項目６７）
少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％または少なくとも５０％の生物由来３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは生物由来４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを含む、項目６５または６６に記載の製品。
（項目６８）
繰返し単位として、生成された３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは生成された４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯの部分を含む、項目６５から６７のいずれか一項に記載の製品。
（項目６９）
項目６５、６７または６８のいずれか一項に記載の製品を成型することによって得られた成型製品。
（項目７０）
項目６５から６８のいずれか一項に記載の製品を生成するためのプロセスであって、前記製品を生成する反応において、前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを、それ自体または別の化合物と化学反応させる工程を含むプロセス。
（項目７１）
項目６９に記載の製品を生成するためのプロセスであって、前記製品を生成する反応において、前記３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは前記４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを、それ自体または別の化合物と化学反応させる工程を含むプロセス。
（項目７２）
３−ヒドロキシブチルアルデヒド（３−ＨＢａｌ）および／もしくは１，３−ブタンジオール（１，３−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成するための方法であって、基質を項目７から２２のいずれか一項に記載のポリペプチドに提供する工程と、前記基質を３−ＨＢａｌおよび／または１，３−ＢＤＯに転換する工程とを含み、前記基質が、１，３−ヒドロキシブチリルＣｏＡのラセミ混合物である、方法。
（項目７３）
前記３−ＨＢａｌおよび／または１，３−ＢＤＯは、Ｒ形態のエナンチオマー的が富化されている、項目７２に記載の方法。
（項目７４）
４−ヒドロキシブチルアルデヒド（４−ＨＢａｌ）および／もしくは１，４−ブタンジオール（１，４−ＢＤＯ）またはそのエステルもしくはアミドを生成するための方法であって、基質を項目７から２２のいずれか一項に記載のポリペプチドに提供する工程と、前記基質を４−ＨＢａｌおよび／または１，４−ＢＤＯに転換する工程とを含み、前記基質が、１，４−ヒドロキシブチリルＣｏＡである、方法。
（項目７５）
前記ポリペプチドが、細胞中、細胞溶解物中に存在するか、または細胞もしくは細胞溶解物から単離される、項目７２から７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目７６）
３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを生成するための方法であって、項目２３から３９のいずれか一項に記載の細胞の溶解物をインキュベートして、３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯまたは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯを生成する工程を含む方法。
（項目７７）
前記細胞溶解物が、第２の細胞溶解物と混合され、前記第２の細胞溶解物が、項目７から２２のいずれか一項に記載のポリペプチドの基質、または３−ＨＢａｌおよび／もしくは１，３−ＢＤＯもしくは４−ＨＢａｌおよび／もしくは１，４−ＢＤＯの下流生成物を生成する酵素活性を含む、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
項目７から２２のいずれか一項に記載のポリペプチドを生成するための方法であって、細胞において前記ポリペプチドを発現する工程を含む方法。
（項目７９）
項目７から２２のいずれか一項に記載のポリペプチドを生成するための方法であって、項目１から３のいずれか一項に記載の核酸または項目４から６に記載のベクターをｉｎ  ｖｉｔｒｏで転写および翻訳して、前記ポリペプチドを生成する工程を含む方法。