【手続補正書】
【提出日】令和3年5月19日(2021.5.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
任意選択の介在性リンカーを伴って、操作されたバリアントデアミナーゼ  ｈＡＩＤ、
ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｂ、ｈ
ＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈＡＰＯＢＥＣ３
Ｈに連結されたＣａｓ９様ニッカーゼ（ｎＣａｓ９）を含む融合タンパク質であって、
ノンカノニカルモチーフ（non-canonical motif）において前記デアミナーゼを作用さ
せる前記デアミナーゼの基質配列モチーフ中に、下記表７、８および／または９に示される１つまたは複数の変異を含み、
融合タンパク質は、任意選択で、ウラシルグリコシラーゼインヒビター（ＵＧＩ）をさ
らに含む、
融合タンパク質。
【表１】
2020521454.tif 000001
【表２】
2020521454.tif 000002
【表３】
2020521454.tif 000003
【請求項２】
ノンコグネート配列モチーフを認識する、表１または表２に列挙されたデアミナーゼド
メインの操作されたバリアントを含む、請求項１に記載の融合タンパク質。
【請求項３】
ｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、ｈＡＰＯＢ
ＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈＡ
ＰＯＢＥＣ３Ｈの前記操作されたバリアントが、表７または８に示される１つまたは複数
の変異を含む、請求項１に記載の融合タンパク質。
【請求項４】
ｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、ｈＡＰＯＢ
ＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈＡ
ＰＯＢＥＣ３Ｈの前記操作されたバリアントが、（ｉ）表７および／または８に示される
１つまたは複数の変異ならびに（ｉｉ）表９に示される１つまたは複数の変異を含む、請
求項１に記載の融合タンパク質。
【請求項５】
ｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、ｈＡＰＯＢ
ＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３ＧまたはｈＡＰ
ＯＢＥＣ３Ｈの前記操作されたバリアントが、Ｎ５７；Ｋ６０および／もしくはＹ１３０
のうち１つもしくは複数における変異を有するｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ；またはＮ５７、Ｋ６
０もしくはＹ１３０に対応する変異を有するｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢ
ＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥ
Ｃ３Ｇ、もしくはｈＡＰＯＢＥＣ３Ｈを含む、請求項１に記載の融合タンパク質。
【請求項６】
前記操作されたバリアントが、Ｎ５７およびＹ１３０における変異を有するｈＡＰＯＢ
ＥＣ３Ａを含む、請求項１に記載の融合タンパク質。
【請求項７】
Ｎ５７ＧもしくはＮ５７Ｑ変異；Ｋ６０ＡもしくはＫ６０Ｄ変異；および／またはＹ１
３０Ｆ変異のうち１つまたは複数を有するｈＡＰＯＢＥＣ３Ａを含む、請求項５または６
に記載の融合タンパク質。
【請求項８】
前記操作されたバリアントが、Ｎ５７、Ｋ６０に対応する変異、および／またはＹ１３
０に対応する変異を有するｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯ
ＢＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈ
ＡＰＯＢＥＣ３Ｈを含む、請求項５に記載の融合タンパク質。
【請求項９】
Ｎ５７Ｇ；Ｋ６０Ｄ；またはＹ１３０Ｆに対応する変異のうち１つまたは複数を有する
ｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥ
Ｃ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈＡＰＯＢＥＣ３Ｈを含む、
請求項５または７に記載の融合タンパク質。
【請求項１０】
ｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、ｈＡＰＯＢ
ＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈＡ
ＰＯＢＥＣ３Ｈの前記操作されたバリアントが、Ａ７１および／もしくはＩ９６における
変異を有するｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、またはＡ７１および／もしくはＩ９６に対応する変異
を有するｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｂ、ｈＡ
ＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、もしくはｈＡＰＯＢＥＣ３
Ｈ（例えば、表１０に示される通り）を含む、請求項１から９のいずれかに記載の融合タ
ンパク質。
【請求項１１】
ベータサラセミア変異ＨＢＢ−２８（Ａ＞Ｇ）を有する対象を処置する方法に用いるための組成物であって、
前記方法が、請求項１から１０のいずれかに記載の融合タンパク質の治療有効量を送達するステップを含み、
デアミナーゼが、Ｎ５７ＧもしくはＮ５７ＡもしくはＮ５７ＱまたはＫ６０ＡもしくはＫ６０ＤまたはＹ１３０Ｆにおける変異を含むＡＰＯ３Ａを含み、好ましくは、前記融合タンパク質が、ｓｓＤＮＡニック導入性Ｃａｓ９または触媒的に不活性なＣａｓ９を含む、組成物。
【請求項１２】
前記融合タンパク質が、ＲＮＰ、ｍＲＮＡまたはプラスミドとして送達される、請求項
１１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記方法が、変異体の脱アミノ化に十分な条件下で、前記対象から収集されたＣＤ３４＋造血幹細胞および／または前駆体細胞を含む細胞の集団に、前記融合タンパク質をｅｘ  ｖｉｖｏで送達するステップ、ならびに前記細胞を、前記対象に、再注入により戻すステップを含む、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１４】
核酸中の選択されたシチジンを脱アミノ化する方法に用いるための組成物であって、前記方法が、前記核酸を、請求項１から１０のいずれかに記載の融合タンパク質または塩基編集システムと接触させるステップを含む、組成物。
【請求項１５】
請求項１から１０のいずれかに記載の精製された融合タンパク質または塩基編集システ
ムを含む組成物。
【請求項１６】
１つまたは複数のリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体を含む、請求項１５に記載の組成
物。
【請求項１７】
請求項１から１０のいずれかに記載の融合タンパク質または塩基編集システムをコード
する核酸。
【請求項１８】
請求項１７に記載の核酸を含むベクター。
【請求項１９】
請求項１８に記載の核酸を含む、単離された宿主細胞。
【請求項２０】
幹細胞である、請求項１９に記載の宿主細胞。
【請求項２１】
造血幹細胞である、請求項１９に記載の宿主細胞。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４３】
他の実施形態
本発明は、その詳細な説明と併せて記載されてきたが、上述の説明は、本発明の範囲を
限定するのではなく例示する意図であり、本発明は、添付の特許請求の範囲によって規定
されることを理解すべきである。他の態様、利点および改変は、以下の特許請求の範囲内
である。
本発明は、下記の態様を含む。
＜１＞
任意選択の介在性リンカーを伴って、操作されたバリアントデアミナーゼ  ｈＡＩＤ、
ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｂ、ｈ
ＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈＡＰＯＢＥＣ３
Ｈに連結されたＣａｓ９様ニッカーゼ（ｎＣａｓ９）を含む融合タンパク質であって、
ノンカノニカルモチーフ（non-canonical motif）において前記デアミナーゼを作用さ
せる前記デアミナーゼの基質配列モチーフ中に、表７、８および／または９に示される１
つまたは複数の変異を含み、
融合タンパク質は、任意選択で、ウラシルグリコシラーゼインヒビター（ＵＧＩ）をさ
らに含む、
融合タンパク質。
＜２＞
ノンコグネート配列モチーフを認識する、表１または表２に列挙されたデアミナーゼド
メインの操作されたバリアントを含む、＜１＞に記載の融合タンパク質。
＜３＞
ｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、ｈＡＰＯＢ
ＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈＡ
ＰＯＢＥＣ３Ｈの前記操作されたバリアントが、表７または８に示される１つまたは複数
の変異を含む、＜１＞に記載の融合タンパク質。
＜４＞
ｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、ｈＡＰＯＢ
ＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈＡ
ＰＯＢＥＣ３Ｈの前記操作されたバリアントが、（ｉ）表７および／または８に示される
１つまたは複数の変異ならびに（ｉｉ）表９に示される１つまたは複数の変異を含む、＜１＞に記載の融合タンパク質。
＜５＞
ｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、ｈＡＰＯＢ
ＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３ＧまたはｈＡＰ
ＯＢＥＣ３Ｈの前記操作されたバリアントが、Ｎ５７；Ｋ６０および／もしくはＹ１３０
のうち１つもしくは複数における変異を有するｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ；またはＮ５７、Ｋ６
０もしくはＹ１３０に対応する変異を有するｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢ
ＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥ
Ｃ３Ｇ、もしくはｈＡＰＯＢＥＣ３Ｈを含む、＜１＞に記載の融合タンパク質。
＜６＞
前記操作されたバリアントが、Ｎ５７およびＹ１３０における変異を有するｈＡＰＯＢ
ＥＣ３Ａを含む、＜１＞に記載の融合タンパク質。
＜７＞
Ｎ５７ＧもしくはＮ５７Ｑ変異；Ｋ６０ＡもしくはＫ６０Ｄ変異；および／またはＹ１
３０Ｆ変異のうち１つまたは複数を有するｈＡＰＯＢＥＣ３Ａを含む、＜５＞または＜６＞に記載の融合タンパク質。
＜８＞
前記操作されたバリアントが、Ｎ５７、Ｋ６０に対応する変異、および／またはＹ１３
０に対応する変異を有するｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯ
ＢＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈ
ＡＰＯＢＥＣ３Ｈを含む、＜５＞に記載の融合タンパク質。
＜９＞
Ｎ５７Ｇ；Ｋ６０Ｄ；またはＹ１３０Ｆに対応する変異のうち１つまたは複数を有する
ｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥ
Ｃ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈＡＰＯＢＥＣ３Ｈを含む、
＜５＞または＜７＞に記載の融合タンパク質。
＜１０＞
ｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、ｈＡＰＯＢ
ＥＣ３Ｂ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、またはｈＡ
ＰＯＢＥＣ３Ｈの前記操作されたバリアントが、Ａ７１および／もしくはＩ９６における
変異を有するｈＡＰＯＢＥＣ３Ａ、またはＡ７１および／もしくはＩ９６に対応する変異
を有するｈＡＩＤ、ｒＡＰＯＢＥＣ１＊、ｍＡＰＯＢＥＣ３、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｂ、ｈＡ
ＰＯＢＥＣ３Ｃ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｆ、ｈＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、もしくはｈＡＰＯＢＥＣ３
Ｈ（例えば、表１０に示される通り）を含む、＜１＞から＜９＞のいずれかに記載の融合タンパク質。
＜１１＞
ベータサラセミア変異ＨＢＢ−２８（Ａ＞Ｇ）を有する対象を処置する方法であって、
＜１＞から＜１０＞のいずれかに記載の融合タンパク質の治療有効量を送達するステップを含み、デアミナーゼが、Ｎ５７ＧもしくはＮ５７ＡもしくはＮ５７ＱまたはＫ６０ＡもしくはＫ６０ＤまたはＹ１３０Ｆにおける変異を含むＡＰＯ３Ａを含み、好ましくは、前記融合タンパク質が、ｓｓＤＮＡニック導入性Ｃａｓ９または触媒的に不活性なＣａｓ９を含む、方法。
＜１２＞
前記融合タンパク質が、ＲＮＰ、ｍＲＮＡまたはプラスミドとして送達される、＜１１＞に記載の方法。
＜１３＞
変異体の脱アミノ化に十分な条件下で、前記対象から収集されたＣＤ３４＋造血幹細胞
および／または前駆体細胞を含む細胞の集団に、前記融合タンパク質をｅｘ  ｖｉｖｏで
送達するステップ、ならびに前記細胞を、前記対象に、再注入により戻すステップを含む
、＜１１＞に記載の方法。
＜１４＞
核酸中の選択されたシチジンを脱アミノ化する方法であって、前記核酸を、＜１＞から＜１０＞のいずれかに記載の融合タンパク質または塩基編集システムと接触させるステップを含む方法。
＜１５＞
＜１＞から＜１０＞のいずれかに記載の精製された融合タンパク質または塩基編集システムを含む組成物。
＜１６＞
１つまたは複数のリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体を含む、＜１５＞に記載の組成物。
＜１７＞
＜１＞から＜１０＞のいずれかに記載の融合タンパク質または塩基編集システムをコードする核酸。
＜１８＞
＜１７＞に記載の核酸を含むベクター。
＜１９＞
＜１８＞に記載の核酸を含む、単離された宿主細胞。
＜２０＞
幹細胞である、＜１９＞に記載の宿主細胞。
＜２１＞
造血幹細胞である、＜１９＞に記載の宿主細胞。