【手続補正書】
【提出日】令和2年12月11日(2020.12.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の同一でないオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドのライブラリであって、個々の前記オリゴヌクレオチドが、
ａ）ヘリックスドメインを含む第１の配列と、
ｂ）第１のヘアピンドメインを含む第２の配列と、
ｃ）第２のヘアピンドメインを含む第３の配列と、を含み、
前記ヘリックスドメイン、第１のヘアピンドメイン、及び第２のヘアピンドメインが、リガンド結合ドメインを含むオリゴヌクレオチド接合部を形成し、
前記ライブラリが、複数の同一でないリガンド結合ドメインを含む、前記オリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項２】
複数の同一でないオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドのライブラリであって、個々の前記オリゴヌクレオチドが、
ａ）ヘリックスドメインを含む第１の配列と、
ｂ）第１のヘアピンドメインを含む第２の配列と、
ｃ）第２のヘアピンドメインを含む第３の配列と、を含み、
前記ヘリックスドメイン、前記第１のヘアピンドメイン、及び前記第２のヘアピンドメインが、事前選択されたリガンド結合ドメインを含むオリゴヌクレオチド接合部を形成し、
前記ライブラリが、複数の同一でないリガンド結合ドメインを含む、前記オリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項３】
各ヘリックスドメインが独立して、不適正塩基対、Ｇ・Ｕゆらぎ塩基対、及びバルジからなる群から選択される１つ以上の不安定化ヌクレオチドを任意選択で含む、完全に相補的なヘリックスである、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項４】
各ヘリックスドメインが、完全に相補的なヘリックスである、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項５】
各第１のヘアピンドメインが独立して、不適正塩基対、Ｇ・Ｕゆらぎ塩基対、及びバルジからなる群から選択される１つ以上の不安定化ヌクレオチドを含む、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項６】
各第２のヘアピンドメインが独立して、不適正塩基対、Ｇ・Ｕゆらぎ塩基対、及びバルジからなる群から選択される１つ以上の不安定化ヌクレオチドを含む、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項７】
前記ヘリックスドメインが、少なくとも４〜１０塩基対の長さである、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項８】
前記ヘリックスドメインが、少なくとも１０塩基対の長さである、請求項７に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項９】
前記オリゴヌクレオチドが、オリゴリボヌクレオチドである、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項１０】
個々の前記オリゴヌクレオチドが、式Ｉに従う一連の連結配列を有する配列を含み、
（Ｉ）
Ｐ１−Ｊ１／２−Ｐ２−Ｌ２−Ｐ２’−Ｊ２／３−Ｐ３−Ｌ３−Ｐ３’−Ｊ３／１−Ｐ１’
式中、
−が、結合を表し、
Ｐ１及びＰ１’が、前記ヘリックスを形成し、
Ｐ２、Ｌ２、及びＰ２’が、前記第１のヘアピンを形成し、
Ｐ３、Ｌ３、及びＰ３’が、前記第２のヘアピンを形成し、
Ｊ１／２、Ｊ２／３、及びＪ３／１が一緒に、前記オリゴヌクレオチド接合部を形成する、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項１１】
Ｊ２／３が、Ｔループモチーフを含む、請求項１０に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項１２】
前記Ｔループモチーフが、配列ＵＵＧＡＡを含む、請求項１１に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項１３】
前記Ｔループのグアノシンが、Ｊ３／１においてシチジンとワトソン・クリック塩基対を形成する、請求項１２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項１４】
前記ヘリックスドメインが、第１の端部及び第２の端部を有し、前記第１の端部が、前記オリゴヌクレオチド接合部の近位にあり、前記第２の端部が、オリゴヌクレオチドに基づく読み取りモジュールに連結されている、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項１５】
前記オリゴヌクレオチドに基づく読み取りモジュールが、蛍光発生またはスイッチに基づく読み取りモジュールである、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項１６】
前記蛍光発生モジュールが、ブロッコリーフルオロフォア結合アプタマーである、請求項１５に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項１７】
前記スイッチに基づくモジュールが、ｐｂｕＥスイッチである、請求項１５に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項１８】
前記オリゴヌクレオチドに基づく読み取りモジュールが、オリゴリボヌクレオチドに基づく読み取りモジュールである、請求項１４に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項１９】
個々の前記オリゴヌクレオチドが、前記オリゴヌクレオチド接合部内に約２３の可変ヌクレオチド残基を含む、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ  ｘｐｔ−ｐｂｕＸグアニンリボスイッチ配列に対する配列対応を有する配列を含む、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項２０】
個々の前記オリゴヌクレオチドが、前記オリゴヌクレオチド接合部内に約２１の可変ヌクレオチド残基を含む、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａ  Ｖｃ２環状ジ−ＧＭＰリボスイッチ配列に対する配列対応を有する配列を含む、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項２１】
個々の前記オリゴヌクレオチドが、前記オリゴヌクレオチド接合部内に約２１の可変ヌクレオチド残基を含む、Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ  ｍａｎｓｏｎｉハンマーヘッド型リボザイム配列に対する配列対応を有する配列を含む、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項２２】
前記オリゴヌクレオチド接合部が、Ｎ方向接合部であり、Ｎが、２、３、４、または５である、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項２３】
前記オリゴヌクレオチド接合部が、Ｎ方向接合部であり、Ｎが２である、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項２４】
前記オリゴヌクレオチド接合部が、Ｎ方向接合部であり、Ｎが３である、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項２５】
前記オリゴヌクレオチド接合部が、Ｎ方向接合部であり、Ｎが４である、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項２６】
前記オリゴヌクレオチド接合部が、Ｎ方向接合部であり、Ｎが５である、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項２７】
前記ライブラリが、約４２１〜約４２３の同一でないメンバーを含む、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項２８】
事前選択された前記リガンド結合部位が、アミノ酸、ペプチド、核酸塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド、金属イオン、神経伝達物質、ホルモン、原薬、及びそれらの誘導体からなる群から選択される化合物の結合部位を含む、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項２９】
事前選択された前記リガンド結合部位が、アミノ酸、核酸塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド、神経伝達物質、ホルモン、及びそれらの誘導体からなる群から選択されるリガンドの結合部位を含む、請求項２８に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項３０】
事前選択された前記リガンド結合部位が、ヌクレオチド、神経伝達物質、ホルモン、及びそれらの誘導体からなる群から選択されるリガンドの結合部位を含む、請求項２９に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項３１】
事前選択された前記リガンド結合部位が、５−ヒドロキシ−Ｌ−トリプトファン、Ｌ−トリプトファン、セロトニン、及び５−ヒドロキシ−Ｌ−トリプトファン−メチルアミドからなる群から選択される少なくとも１つのリガンドの結合部位を含む、請求項１または２に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項３２】
前記リガンドが、５−ヒドロキシ−Ｌ−トリプトファンまたはセロトニンのうちの少なくとも１つである、請求項３１に記載のオリゴヌクレオチドのライブラリ。
【請求項３３】
複数の同一でないリガンド結合オリゴヌクレオチドの選択方法であって、
１）複数のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドのライブラリを、リガンド結合に適した条件下でリガンドと接触させるステップであって、個々のオリゴヌクレオチドが、
ａ）ヘリックスドメインを含む第１の配列と、
ｂ）第１のヘアピンドメインを含む第２の配列と、
ｃ）第２のヘアピンドメインを含む第３の配列と、を含み、
前記ヘリックスドメイン、第１のヘアピンドメイン、及び第２のヘアピンドメインが、オリゴヌクレオチド接合部を形成する、前記接触させるステップと、
２）前記複数の同一でないリガンド結合オリゴヌクレオチドが選択されるように空間的にアドレス可能に前記オリゴヌクレオチドのライブラリを分配するステップであって、前記オリゴヌクレオチド接合部を有する前記オリゴヌクレオチドが、リガンド結合ドメインを更に含み、前記オリゴヌクレオチドのライブラリの前記リガンド結合ドメインが、可変ヌクレオチド残基を含む、が選択される、前記分配するステップと、を含む、前記方法。
【請求項３４】
前記方法が、ステップ１）とステップ２）との間にステップ１ａ）を更に含み、ステップ１ａ）が、前記オリゴヌクレオチドのライブラリを遊離リガンドの溶液で競合的に分配することを含む、請求項３３に記載の方法。