【手続補正書】
【提出日】令和3年10月8日(2021.10.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つ以上のサイクルを含む、オリゴヌクレオチドを調製する方法であって、前記サイクルの各々は、独立に、以下のステップ：
（１）カップリングステップ；
（２）修飾前キャッピングステップ；
（３）修飾ステップ；
（４）修飾後キャッピングステップ；及び
（５）脱ブロック化ステップ
を備えることを特徴とする方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法において、前記修飾前キャッピングステップと前記修飾後キャッピングステップとの間に修飾ステップ以外のステップがなく、修飾後キャッピングステップは、酸素でない原子に結合された結合リンを各々が独立に含む複数の修飾生成物オリゴヌクレオチドを含む修飾生成物組成物を接触させるステップを備えることを特徴とする方法。
【請求項３】
請求項２に記載の方法において、前記修飾前キャッピングステップは、カップリング生成物組成物を修飾前キャッピング試薬系と接触させるステップを備え、前記修飾前キャッピング試薬系は、複数のカップリング生成物オリゴヌクレオチドの複数の非ヒドロキシル基をキャッピングし、及び前記修飾ステップは、硫化を備え、前記硫化は、Ｐ＝Ｓ部分を各々が独立に含む複数の修飾生成物オリゴヌクレオチドを含む修飾生成物組成物を提供することを特徴とする方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法において、当該方法が、キラル中心を含み、且つ同じ組成を有する修飾生成物組成物中の少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％のオリゴマー化合物が前記キラル中心において同じ立体化学配置を共有する点でキラル制御された少なくとも１つのキラル中心を含む結合を各々が独立に含む複数の修飾生成物オリゴヌクレオチドを含む修飾生成物組成物を接触させるステップを備える修飾後キャッピングステップを備えることを特徴とする方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法において、当該方法が、修飾後キャッピングステップと、キラルホスホロアミダイトを含むカップリング試薬系とを備え、前記ホスホロアミダイトは、リン原子又は糖炭素原子でないキラル中心を含むことを特徴とする方法。
【請求項６】
請求項３に記載の方法において、当該方法が、カップリングステップ、修飾ステップ及び前記カップリングステップと前記修飾ステップとの間の１つ以上の修飾前キャッピングステップを備え、前記カップリングステップと前記修飾ステップとの間の各修飾前キャッピングステップについて、前記修飾前キャッピングステップは、ヒドロキシル基よりもアミノ基を選択的にキャッピングすることを特徴とする方法。
【請求項７】
オリゴヌクレオチドを調製する方法であって、
ヌクレオシド単位内にないキラル中心に結合されるキラルな結合リン原子を含むオリゴヌクレオチド中間体を提供するステップ；及び
修飾ステップ後、但し次の脱ブロック化ステップ又は次のカップリングステップ前の修飾後キャッピングステップ
を備えることを特徴とする方法；又は
オリゴヌクレオチドを調製する方法であって、
リン原子又は糖炭素原子でないキラル原子を含むキラルヌクレオシドホスホロアミダイトを提供するステップ；及び
修飾ステップ後、但し次の脱ブロック化ステップ又は次のカップリングステップ前の修飾後キャッピングステップ
を備えることを特徴とする方法；又は
オリゴヌクレオチド合成の方法であって、カップリングステップ後且つ次の修飾ステップ前の１つ以上の修飾前キャッピングステップを備え、カップリングステップ後且つ次の修飾ステップ前の各修飾前キャッピングステップのキャッピング条件は、独立に、エステル化よりもアミド化に選択的又は特異的であることを特徴とする方法；又は
オリゴヌクレオチド合成の方法であって、カップリングステップ後且つ次の修飾ステップ前の１つ以上の修飾前キャッピングステップを備え、カップリングステップ後且つ次の修飾ステップ前の各修飾前キャッピングステップは、独立に、強求核剤を含まないか、又はそれが１つ以上の強求核剤を含む場合、前記１つ以上の強求核剤の各々のレベルは、独立に、前記オリゴヌクレオチドの最初に取り込まれるヌクレオシドに対して約０．０１、０．０２、０．０５、０．１、０．２、０．５又は１当量以下であることを特徴とする方法；又は
オリゴヌクレオチド合成の方法であって、カップリングステップ後且つ次の修飾ステップ前の１つ以上の修飾前キャッピングステップを備え、カップリングステップ後且つ次の修飾ステップ前の各修飾前キャッピングステップは、独立に、エステル化触媒を含まないか、又はそれが１つ以上のエステル化触媒を含む場合、前記１つ以上のエステル化触媒の各々のレベルは、独立に、適切な参照キャッピング条件と比較して低減されることを特徴とする方法；又は
オリゴヌクレオチド合成の方法であって、カップリングステップ後且つ次の修飾ステップ前の１つ以上の修飾前キャッピングステップを備え、カップリングステップ後且つ次の修飾ステップ前の各修飾前キャッピングステップは、独立に、エステル化触媒を含まないか、又はそれが１つ以上のエステル化触媒を含む場合、前記１つ以上のエステル化触媒の各々のレベルは、独立に、前記オリゴヌクレオチドの最初に取り込まれるヌクレオシドに対して約０．０１、０．０２、０．０５、０．１、０．２、０．５又は１当量以下であることを特徴とする方法。
【請求項８】
請求項７に記載の方法において、当該方法が、修飾後キャッピングステップを備えることを特徴とする方法。
【請求項９】
請求項８に記載の方法において、当該方法が、複数の前記脱ブロック化されたオリゴヌクレオチド又はヌクレオシドが支持体に負荷されるカップリングステップを備えることを特徴とする方法。
【請求項１０】
請求項７乃至９の何れか１項に記載の方法において、当該方法が、複数のカップリング生成物オリゴヌクレオチドを含むカップリング生成物組成物を提供するカップリングステップを備え、前記複数のオリゴヌクレオチドを含む前記カップリング生成物組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、同じ組成を共有し；及び
前記複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み、前記インターヌクレオチド結合は、前記複数のオリゴヌクレオチドが前記インターヌクレオチド結合のキラルな結合リンにおいて同じ立体化学配置を共有する点でキラル制御されており；
前記カップリング生成物組成物中の同じ塩基配列を共有する全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも（（ＤＳ）Ｎｃ×１００）％は、前記複数のオリゴヌクレオチドであり、式中、ＤＳは、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり、及びＮｃは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の数であることを特徴とする方法。
【請求項１１】
請求項７乃至１０の何れか１項に記載の方法において、当該方法が、アシル化剤と塩基とを含む修飾前キャッピング試薬系を利用する修飾前キャッピングステップを備えることを特徴とする方法。
【請求項１２】
請求項１１に記載の方法において、修飾前キャッピングステップは、エステル化よりもアミド化に選択的であることを特徴とする方法。
【請求項１３】
請求項１１に記載の方法において、遊離ヒドロキシル基の１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％以下は、−Ｏ−Ｃ（Ｏ）Ｒに変換されることを特徴とする方法。
【請求項１４】
請求項１１に記載の方法において、修飾前キャッピングステップは、カップリング生成物組成物の遊離第一級及び第二級アミノ基の少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％をキャッピングすることを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項１０乃至１４の何れか１項に記載の方法において、当該方法が、硫化を備える修飾ステップを備え、前記硫化は、−Ｐ（−）−結合リン原子を−Ｐ（＝Ｓ）（−）−結合リン原子に変換するステップを備えることを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項１０乃至１４の何れか１項に記載の方法において、当該方法が、複数のヒドロキシル基をキャッピングする修飾後キャッピングステップを備えることを特徴とする方法。
【請求項１７】
請求項１５又は１６に記載の方法において、当該方法が、
複数のオリゴヌクレオチドを１つ以上の切断／脱保護試薬系と接触させるステップ
を備える切断／脱保護ステップを備え；
前記切断／脱保護ステップは、複数の最終生成物オリゴヌクレオチドを含む最終生成物組成物を提供し、
複数の最終生成物オリゴヌクレオチドを含む最終生成物組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、同じ組成を共有し；及び
前記複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み、前記インターヌクレオチド結合は、前記複数のオリゴヌクレオチドが前記インターヌクレオチド結合のキラルな結合リンにおいて同じ立体化学配置を共有する点でキラル制御されており；
前記最終生成物組成物中の同じ塩基配列を共有する全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも（（ＤＳ）Ｎｃ×１００）％は、前記複数のオリゴヌクレオチドであり、式中、ＤＳは、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり、及びＮｃは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の数である
ことを特徴とする方法。
【請求項１８】
請求項１乃至１７の何れか１項に記載の方法において、当該方法が、少なくとも４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％又は７５％の粗純度の最終生成物組成物を提供し、前記粗純度は、％完全長生成物であることを特徴とする方法。
【請求項１９】
複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御された粗オリゴヌクレオチド組成物であって、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列を共有し；
前記複数のオリゴヌクレオチドは、同じ骨格結合パターンを共有し；及び
前記複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み、前記インターヌクレオチド結合は、前記複数のオリゴヌクレオチドが前記インターヌクレオチド結合のキラルな結合リンにおいて同じ立体化学配置を共有する点でキラル制御されており；
前記粗組成物中の同じ塩基配列を共有する全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも（（ＤＳ）Ｎｃ×１００）％は、前記複数のオリゴヌクレオチドであり、式中、ＤＳは、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり、及びＮｃは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の数であるか；又は
複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御された粗オリゴヌクレオチド組成物において、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、同じ組成を共有し；及び
前記複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つのキラル制御されたインターヌクレオチド結合を含み、前記インターヌクレオチド結合は、前記複数のオリゴヌクレオチドが前記インターヌクレオチド結合のキラルな結合リンにおいて同じ立体化学配置を共有する点でキラル制御されており；
前記粗組成物中の同じ塩基配列を共有する全てのオリゴヌクレオチドの少なくとも（（ＤＳ）Ｎｃ×１００）％は、前記複数のオリゴヌクレオチドであり、式中、ＤＳは、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％であり、及びＮｃは、キラル制御されたインターヌクレオチド結合の数であり；
前記キラル制御された粗オリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％又は７５％の粗純度を有するか；又は
複数のオリゴヌクレオチドと試薬系の試薬とを含む組成物において、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、請求項１乃至５０の何れか１項に記載の修飾生成物組成物の複数のオリゴヌクレオチドであり；
前記試薬系は、請求項１乃至５０の何れか１項に記載の修飾前又は修飾後キャッピング試薬系であり；及び
前記修飾後キャッピング試薬系は、前記複数のオリゴヌクレオチドに接触することを特徴とする組成物。
【請求項２０】
請求項１乃至１９の何れか１項に記載の方法又は組成物において、複数のオリゴヌクレオチドは、少なくとも１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４又は２５核酸塩基の長さを有するか、又は前記最終生成物組成物は、ＷＶ−８８７、ＷＶ−８９２、ＷＶ−８９６、ＷＶ−１７１４、ＷＶ−２４４４、ＷＶ−２４４５、ＷＶ−２５２６、ＷＶ−２５２７、ＷＶ−２５２８、ＷＶ−２５３０、ＷＶ−２５３１、ＷＶ−２５７８、ＷＶ−２５８０、ＷＶ−２５８７、ＷＶ−３０４７、ＷＶ−３１５２、ＷＶ−３４７２、ＷＶ−３４７３、ＷＶ−３５０７、ＷＶ−３５０８、ＷＶ−３５０９、ＷＶ−３５１０、ＷＶ−３５１１、ＷＶ−３５１２、ＷＶ−３５１３、ＷＶ−３５１４、ＷＶ−３５１５、ＷＶ−３５４５、ＷＶ−３５４６、ＷＶ−２６０３、ＷＶ−２５９５、ＷＶ−１５１０、ＷＶ−２３７８、ＷＶ−２３８０、ＷＶ−１０９２、ＷＶ−１４９７、ＷＶ−１０８５、ＷＶ−１０８６又はＷＶ−２６２３のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であることを特徴とする方法又は組成物。