【手続補正書】
【提出日】令和2年12月17日(2020.12.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヨーネ菌（Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis；MAP）感染を診断または監視する方法であって、前記方法は対象由来のサンプル中のIS900のプラス鎖によってコードされるポリペプチド（MAP P900）またはその断片の存在を検出することを含み、MAP P900またはその断片はMAP P900に結合する抗体またはその抗原結合断片を用いて検出され、前記抗体またはその抗原結合断片が、配列番号１のアミノ酸24〜71または329〜386によって規定されるMAP P900の領域に結合するものである、前記方法。
【請求項２】
前記抗体またはその抗原結合断片が、
配列番号１のアミノ酸26〜71；
配列番号１のアミノ酸329〜385；
配列番号１のアミノ酸26〜39；
配列番号１のアミノ酸52〜68；
配列番号１のアミノ酸345〜359または350〜359；
配列番号１のアミノ酸26〜71、但しセリン37はリン酸化されている；
配列番号１のアミノ酸345〜359または350〜359、但しセリン357はリン酸化されている、かつ／またはセリン358はリン酸化されている；
によって規定されるMAP P900の領域に結合するものである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
２つ以上の前記抗体またはその抗原結合断片がMAP P900を検出するために使用される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記方法が、
配列番号１のアミノ酸26〜71によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つの抗体、および配列番号１のアミノ酸329〜385によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つのさらなる抗体；
配列番号１のアミノ酸26〜39によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つの抗体、および配列番号１のアミノ酸52〜68によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つのさらなる抗体；
配列番号１のアミノ酸52〜68によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つの抗体、および配列番号１のアミノ酸345〜359または350〜359によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つのさらなる抗体；
配列番号１のアミノ酸26〜71、但しセリン37は場合によりリン酸化されている、によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つの抗体、および配列番号１のアミノ酸345〜359または350〜359、但しセリン357および／またはセリン358は場合によりリン酸化されている、によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つのさらなる抗体；
を使用する、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、配列番号１のアミノ酸273〜406の間のMAP P900の領域またはそのいずれかの断片が、膜結合型MAP P900から切断されているかどうかを決定することを含み、場合により、切断されたMAP P900の領域またはその断片が、膜結合型MAP P900を含有する微生物細胞および／または宿主細胞から拡散しているかどうかを決定することを含む、前記方法。
【請求項６】
アミノ酸24〜71によって規定されるMAP P900の領域に結合する抗体が、アミノ酸配列MVINDDAQRLLSQR、AAVTTLADGGEVTWAIDもしくはMVINDDAQRLL[pS]QRに結合するものであり、かつ／あるいは、配列番号１のアミノ酸329〜386によって規定されるMAP P900の領域に結合する抗体が、アミノ酸配列YLSALVSIRTDPSSRもしくはNLKRPRRYDRRLLRAに、または１つ以上のセリン残基がリン酸化されているアミノ酸配列YLSALVSIRTDPSSRに結合するものである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
非リン酸化MAP P900配列に特異的に結合する少なくとも１つの抗体、およびリン酸化MAP P900配列に特異的に結合する少なくとも１つのさらなる抗体を使用する、請求項３〜６のいずれか一項に記載の方法であって、場合により、非リン酸化MAP P900配列がMVINDDAQRLLSQRであり、かつリン酸化MAP P900配列がMVINDDAQRLL[pS]QRである、または、非リン酸化MAP P900配列がYLSALVSIRTDPSSRもしくはVSIRTDPSSRであり、かつリン酸化MAP P900配列がYLSALVSIRTDPS[pS]R、YLSALVSIRTDP[pS]SR、YLSALVSIRTDP[pS][pS]R、VSIRTDPS[pS]R、VSIRTDP[pS]SRもしくはVSIRTDP[pS][pS]Rである、前記方法。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法であって、
(i) サンプルが体液のサンプルまたは組織サンプルであり、場合により、体液が血液、精液、羊水、脳脊髄液、滑液もしくは母乳であるか、または組織が皮膚サンプル、消化管、甲状腺、リンパ節、脳もしくは尿生殖路であり；ならびに／または
(ii) 対象がクローン病、乾癬、甲状腺炎、パーキンソン病、1型糖尿病、関節炎、強直性脊椎炎、もしくは過敏性腸症候群を有するか、または対象が動物である、
前記方法。
【請求項９】
(i) 配列番号１のアミノ酸26〜71によって規定されるMAP P900の領域；
(ii) 配列番号１のアミノ酸26〜71もしくは345〜371によって規定されるMAP P900の領域内のリン酸化配列；または
(iii) 配列番号１のアミノ酸329〜360によって規定されるMAP P900の領域内のアミノ酸配列YLSALVSIRTDPSSRもしくはNLKRPRRYDRRLLRAまたはそのいずれかのリン酸化型
に特異的に結合する、抗体またはその抗原結合断片。
【請求項１０】
抗体が、
(i) アミノ酸配列MVINDDAQRLLSQR、AAVTTLADGGEVTWAIDもしくはMVINDDAQRLL[pS]QR；または
(ii) １つ以上のセリン残基がリン酸化されている場合にアミノ酸配列MVINDDAQRLLSQRまたはYLSALVSIRTDPSSR
に結合するものである、請求項９に記載の抗体またはその抗原結合断片。
【請求項１１】
(i) モノクローナル抗体、キメラ抗体、組換え抗体、合成抗体または単一ドメイン抗体である、および／または
(ii) 標識抗体である
請求項９または１０に記載の抗体。
【請求項１２】
(i) MAP感染を診断または監視するエクスビボの方法における；
(ii) MAP感染の治療、またはクローン病、潰瘍性大腸炎、乾癬、甲状腺炎、サルコイドーシス、パーキンソン病、多発性硬化症、1型糖尿病、関節炎、強直性脊椎炎および過敏性腸症候群を有する対象の治療を監視するエクスビボの方法における；
(iii) 食品中のMAPを検出するための、ここで、場合により、食品は乳もしくは他の乳製品または肉製品である；
(iv) 環境サンプル中のMAPを検出するための方法における、ここで、場合により、環境サンプルは地表水、河川水、水処理施設の水、家庭用水またはエアロゾル、土壌もしくは堆積物のサンプルである；または
(v) 質量分析（MS）評価のためにペプチドを捕捉するための、
MAP P900に結合する抗体またはその抗原結合断片の使用であって、前記抗体またはその抗原結合断片が、配列番号１のアミノ酸24〜71または329〜386によって規定されるMAP P900の領域に結合するものである、前記使用。
【請求項１３】
以下の配列：MVINDDAQRLLSQRもしくはMVINDDAQRLL[pS]QR；VTTLADGGEVTWAID；およびYLSALVSIRTDPSSR、YLSALVSIRTDPS[pS]R、YLSALVSIRTDP[pS]SR、YLSALVSIRTDP[pS][pS]R、VSIRTDPS[pS]R、VSIRTDP[pS]SRもしくはVSIRTDP[pS][pS]Rのうち１つ以上を含む最大40アミノ酸のMAP P900のペプチド断片であって、場合により、ペプチドが、N末端および／もしくはC末端で改変されており、ならびに／または担体分子にコンジュゲートされている、もしくは結合しているものである、前記ペプチド断片。
【請求項１４】
MAP P900に特異的に結合する抗体を作製する方法であって、
請求項１３に記載のペプチドを実験動物に投与して免疫反応を生じること、およびその動物から抗体を単離することを含み、
場合により、抗体が請求項１３に記載のペプチドに結合するかどうか、および抗体が関連生物由来の相同なペプチドに結合するかどうかを決定することによって、MAP P900への特異的結合について、単離された抗体をスクリーニングすることをさらに含み、ここで、ペプチドは、請求項１３に記載のペプチドに結合するが関連生物由来の相同なペプチドには結合しない場合に、MAP P900に特異的である、前記方法。
【請求項１５】
活性成分として、配列番号１のアミノ酸24〜71または329〜386によって規定されるMAP P900の領域に結合する抗体またはその抗原結合断片を含む、MAP感染の治療剤または予防剤。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６４】
それを必要とする対象においてMAP感染を治療または予防する方法もまた本発明によって提供され、その方法は対象に治療上または予防上有効量の本発明の抗体または抗原結合抗体断片を投与することを含む。対象は、以下の疾患のいずれも有していないもの、以下の疾患の１つ以上を有するものであってもよい：クローン病、乾癬、甲状腺炎、パーキンソン病、１型糖尿病、関節炎、強直性脊椎炎、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患、アルツハイマー病、多発性硬化症、サルコイドーシス、特発性肺線維症および/または慢性疲労症候群。
本発明は以下の態様も提供する。
［１］  ヨーネ菌（Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis；MAP）感染を診断または監視する方法であって、前記方法は対象由来のサンプル中のIS900のプラス鎖によってコードされるポリペプチド（MAP P900）またはその断片の存在を検出することを含み、MAP P900またはその断片はMAP P900に結合する抗体またはその抗原結合断片を用いて検出される、前記方法。
［２］  前記抗体またはその抗原結合断片が、配列番号１のアミノ酸24〜71または329〜386によって規定されるMAP P900の領域に結合するものである、［１］に記載の方法。
［３］  前記抗体またはその抗原結合断片が、
配列番号１のアミノ酸26〜71；
配列番号１のアミノ酸329〜385；
配列番号１のアミノ酸26〜39；
配列番号１のアミノ酸52〜68；
配列番号１のアミノ酸345〜359または350〜359；
配列番号１のアミノ酸26〜71、但しセリン37はリン酸化されている；
配列番号１のアミノ酸345〜359または350〜359、但しセリン357はリン酸化されている、かつ／またはセリン358はリン酸化されている；
によって規定されるMAP P900の領域に結合するものである、［１］または[２]に記載の方法。
［４］  ２つ以上の前記抗体またはその抗原結合断片がMAP P900を検出するために使用される、［１］〜[３]のいずれか一に記載の方法。
［５］  前記方法が、
配列番号１のアミノ酸26〜71によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つの抗体、および配列番号１のアミノ酸329〜385によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つのさらなる抗体；
配列番号１のアミノ酸26〜39によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つの抗体、および配列番号１のアミノ酸52〜68によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つのさらなる抗体；
配列番号１のアミノ酸52〜68によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つの抗体、および配列番号１のアミノ酸345〜359または350〜359によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つのさらなる抗体；
配列番号１のアミノ酸26〜71、但しセリン37は場合によりリン酸化されている、によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つの抗体、および配列番号１のアミノ酸345〜359または350〜359、但しセリン357および／またはセリン358は場合によりリン酸化されている、によって規定されるMAP P900の領域に結合する少なくとも１つのさらなる抗体；
を使用する、［４］に記載の方法。
［６］  配列番号１のアミノ酸273〜406の間のMAP P900の領域またはそのいずれかの断片が、膜結合型MAP P900から切断されているかどうかを決定することを含む、［５］に記載の方法。
［７］  MAP P900の切断された領域またはその断片が、膜結合型MAP P900を含有する微生物細胞および／または宿主細胞から拡散しているかどうかを決定することを含む、［６］に記載の方法。
［８］  アミノ酸24〜71によって規定されるMAP P900の領域に結合する抗体が、アミノ酸配列MVINDDAQRLLSQR、AAVTTLADGGEVTWAIDもしくはMVINDDAQRLL[pS]QRに結合するものであり、かつ／あるいは、配列番号１のアミノ酸329〜386によって規定されるMAP P900の領域に結合する抗体が、アミノ酸配列YLSALVSIRTDPSSRもしくはNLKRPRRYDRRLLRAに、または１つ以上のセリン残基がリン酸化されているアミノ酸配列YLSALVSIRTDPSSRに結合するものである、［２］〜[６]のいずれか一に記載の方法。
［９］  非リン酸化MAP P900配列に特異的に結合する少なくとも１つの抗体、およびリン酸化MAP P900配列に特異的に結合する少なくとも１つのさらなる抗体を使用する、［４］〜[８]のいずれか一に記載の方法。
［１０］  非リン酸化MAP P900配列がMVINDDAQRLLSQRであり、かつリン酸化MAP P900配列がMVINDDAQRLL[pS]QRである、または、非リン酸化MAP P900配列がYLSALVSIRTDPSSRもしくはVSIRTDPSSRであり、かつリン酸化MAP P900配列がYLSALVSIRTDPS[pS]R、YLSALVSIRTDP[pS]SR、VSIRTDP[pS][pS]R、VSIRTDP[pS]SRもしくはVSIRTDP[pS][pS]Rである、［９］に記載の方法。
［１１］  サンプルが体液のサンプルまたは組織サンプルである、［１］〜[１０]のいずれか一に記載の方法。
［１２］  体液が血液、精液、羊水、脳脊髄液、滑液もしくは母乳であるか、または組織が皮膚サンプル、消化管、甲状腺、リンパ節、脳もしくは尿生殖路である、［１１］に記載の方法。
［１３］  対象がクローン病、乾癬、甲状腺炎、パーキンソン病、1型糖尿病、関節炎、強直性脊椎炎、過敏性腸症候群、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患、アルツハイマー病、多発性硬化症、サルコイドーシス、特発性肺線維症、および／または慢性疲労症候群を有する、［１］〜[１２]のいずれか一に記載の方法。
［１４］  対象が動物である、［１］〜[１２]のいずれか一に記載の方法。
［１５］  配列番号１のアミノ酸26〜71によって規定されるMAP P900の領域に特異的に結合する、抗体またはその抗原結合断片。
［１６］  抗体がアミノ酸配列MVINDDAQRLLSQR、AAVTTLADGGEVTWAIDまたはMVINDDAQRLL[pS]QRに結合するものである、［１５］に記載の抗体またはその抗原結合断片。
［１７］  配列番号１のアミノ酸26〜71または345〜371によって規定されるMAP P900の領域内のリン酸化配列に特異的に結合する、抗体またはその抗原結合断片。
［１８］  抗体が、１つ以上のセリン残基がリン酸化されている場合に配列MVINDDAQRLLSQRまたはYLSALVSIRTDPSSRに結合するものである、［１７］に記載の抗体またはその抗原結合断片。
［１９］  配列番号１のアミノ酸329〜360によって規定されるMAP P900の領域内のアミノ酸配列YLSALVSIRTDPSSRもしくはNLKRPRRYDRRLLRAまたはそのいずれかのリン酸化型に特異的に結合する、抗体またはその抗原結合断片。
［２０］  モノクローナル抗体、キメラ抗体、組換え抗体、合成抗体または単一ドメイン抗体である、［１５］〜[１９]のいずれか一に記載の抗体。
［２１］  標識抗体である、［１５］〜[２０]のいずれか一に記載の抗体。
［２２］  MAP感染を診断または監視するエクスビボの方法における、［１］〜[２１]のいずれか一に規定された抗体またはその抗原結合断片の使用。
［２３］  MAP感染の治療、またはクローン病、潰瘍性大腸炎、乾癬、甲状腺炎、サルコイドーシス、パーキンソン病、多発性硬化症、1型糖尿病、関節炎、強直性脊椎炎および過敏性腸症候群、炎症性腸疾患、アルツハイマー病、多発性硬化症、特発性肺線維症および／もしくは慢性疲労症候群を有する対象の治療を監視するエクスビボの方法における、［１］〜[２１]のいずれか一に記載の抗体またはその抗原結合断片の使用。
［２４］  食品中のMAPを検出するための、［１］〜[２１]のいずれか一に記載の抗体またはその抗原結合断片の使用。
［２５］  食品が乳もしくは他の乳製品または肉製品である、［２４］に記載の使用。
［２６］  環境サンプル中のMAPを検出するための方法における、［１］〜[２１]のいずれか一に記載の抗体またはその抗原結合断片の使用。
［２７］  環境サンプルが地表水、河川水、水処理施設の水、家庭用水またはエアロゾル、土壌もしくは堆積物のサンプルである、［２６］に記載の使用。
［２８］  質量分析（MS）評価のためにペプチドを捕捉するための、［１］〜[２１]のいずれか一に規定された抗体またはその抗原結合断片の使用。
［２９］  以下の配列：MVINDDAQRLLSQR、VTTLADGGEVTWAID、NLKRPRRYDRRLLRA、VSIRTDPSSRおよびYLSALVSIRTDPSSRのうち１つ以上を含む最大40アミノ酸のMAP P900のペプチド断片であって、ペプチドが場合によりリン酸化されている、前記ペプチド断片。
［３０］  ペプチドがMAP P900アミノ酸配列の最大25アミノ酸からなる、［２９］に記載のペプチド。
［３１］  ペプチドがリン酸化されており、以下の配列：MVINDDAQRLL[pS]QRまたはYLSALVSIRTDPS[pS]R、YLSALVSIRTDP[pS]SRまたはYLSALVSIRTDP[pS][pS]Rのうちの１つを含む、［２９］または[３０]に記載のペプチド。
［３２］  ペプチドが、N末端および／もしくはC末端で改変されており、ならびに／または担体分子にコンジュゲートされている、もしくは結合しているものである、［２９］〜[３１]のいずれか一に記載のペプチド。
［３３］  MAP P900に特異的に結合する抗体を作製する方法であって、［２９］〜[３１]のいずれか一に記載のペプチドを実験動物に投与して免疫反応を生じること、およびその動物から抗体を単離することを含む、前記方法。
［３４］  抗体が［２９］〜[３１]のいずれか一に記載のペプチドに結合するかどうか、および抗体が関連生物由来の相同なペプチドに結合するかどうかを決定することによって、MAP P900への特異的結合について、単離された抗体をスクリーニングすることをさらに含む、［３３］に記載の方法であって、ここでペプチドは、［２９］〜[３１]のいずれか一に記載のペプチドに結合するが関連生物由来の相同なペプチドには結合しない場合に、MAP P900に特異的である、前記方法。
［３５］  ヒトまたは動物の体に対して行われる治療または診断方法における使用のための、［１］〜[２１]のいずれか一に規定された抗体またはその抗原結合断片。
［３６］  MAP感染を治療または予防する方法における使用のための、［１］〜[２１]のいずれか一に規定された抗体またはその抗原結合断片。