【手続補正書】
【提出日】令和2年12月22日(2020.12.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
微生物の抗菌薬感受性を決定する方法であって、
１種以上の微生物の懸濁液を、複数のチャンバを含むカートリッジに導入するステップであって、複数のチャンバは１種以上の抗菌剤を含む、ステップ、
初期インキュベーション期間の間、微生物成長を促進する条件下でカートリッジをインキュベートするステップ、
カートリッジチャンバの第１のサブセットにおいて、微生物成長が閾値を達成したかどうかを決定するために１つ以上のチェックポイントアッセイを実施するステップ、並びに
（ａ）閾値が達成された場合、１種以上の抗菌薬に対する微生物の感受性を決定するためにカートリッジチャンバの第２のサブセットにおいて複数の異なる成長アッセイを実施し、最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）及び／若しくは定性的感受性結果（ＱＳＲ）を得るステップ、又は
（ｂ）閾値が達成されていない場合、
（ｉ）閾値が達成され、その後、ステップ（ａ）を実施するまで、若しくは
（ｉｉ）閾値が達成されずに最大１８時間が経過し、さらなるアッセイが実施されなくなるまで、
微生物成長を促進する条件下で１回以上のさらなるインキュベーション期間を実施するステップ
を含む、方法。
【請求項２】
少なくとも１つのアッセイが、代謝プローブアッセイ、表面結合プローブアッセイ、化学プローブアッセイ、生化学プローブアッセイ、酵素生化学プローブアッセイ、ＡＴＰアッセイ、核酸プローブアッセイ、二本鎖核酸プローブアッセイ、光学密度アッセイ、視覚アッセイ及びｐＨ分子プローブアッセイからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
アッセイの各々が、代謝プローブアッセイ、表面結合プローブアッセイ、化学プローブアッセイ、生化学プローブアッセイ、酵素生化学プローブアッセイ、ＡＴＰアッセイ、核酸プローブアッセイ、二本鎖核酸プローブアッセイ、光学密度アッセイ、視覚アッセイ及びｐＨ分子プローブアッセイからなる群から選択される、請求項１〜２のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
代謝プローブが、７−ヒドロキシ−１０−オキシドフェノキサジン−１０−イウム−３−オン（レザズリン）を含む、請求項２又は請求項３に記載の方法。
【請求項５】
表面結合プローブが、ランタニドとジエチレントリアミン四酢酸又はクリプテート配位子との配位錯体を含み、及び好ましくは、表面結合プローブが、ユウロピウム、ストロンチウム、テルビウム、サマリウム及びジスプロシウム又はこれらの組合せを含む、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
表面結合プローブが、
【化１】
2020504610.tif 000001
を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
微生物成長を決定するための複数のアッセイが、（ａ）核酸増幅、（ｂ）核酸シークエンシング、（ｃ）アデノシン三リン酸の使用、（ｄ）光散乱、（ｅ）光学顕微鏡検査、又は（ｆ）微生物質量を測定することを含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
異なる成長アッセイが、（ａ）逐次的、又は（ｂ）同時に実施される、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
チェックポイントアッセイチャンバが、
（ａ）初期インキュベーション期間及び／若しくはさらなるインキュベーション期間の間に成長指標を含み、並びに／又は
（ｂ）成長指標を含まず、チェックポイントアッセイが、吸光度、比濁法、質量共鳴によって実施され、又は音響的に実施される、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
１つ以上のチェックポイントアッセイチャンバが、抗菌薬を含まない、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
閾値が、前記微生物に応じた値を含む、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
カートリッジが、９６個、３８４個又は１５３６個のチャンバを含む、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
１種以上の微生物が、臨床試料に由来し、及び、好ましくは、前記臨床試料が、エシェリキア属種（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｓｐｐ．）、エンテロコッカス属種（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、スタフィロコッカス属種（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、クレブシエラ属種（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、アシネトバクター属種（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、シュードモナス属種（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、エンテロバクター属種（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、ストレプトコッカス属種（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、プロテウス属種（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｓｐｐ．）、アエロコッカス属種（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、アクチノマイセス属種（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、バシラス属種（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、バルトネラ属種（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ボルデテラ属種（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ブルセラ属種（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、カンピロバクター属種（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、クラミジア属種（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｓｐｐ．）、クラミドフィラ属種（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ  ｓｐｐ．）、クロストリジウム属種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．）、コリネバクテリウム属種（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、エールリヒア属種（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ  ｓｐｐ．）、フランシセラ属種（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ガードネレラ属種（Ｇａｒｄｅｎｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ヘモフィルス属種（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｉｕｓ  ｓｐｐ．）、ヘリコバクター属種（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、ラクトバシラス属種（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、レジオネラ属種（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、レプトスピラ属種（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ  ｓｐｐ．）、リステリア属種（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、マイコバクテリウム属種（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）、マイコプラズマ属種（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｓｐｐ．）、ナイセリア属種（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、ノカルディア属種（Ｎｏｃａｒｄｉａ  ｓｐｐ．）、パスツレラ属種（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、リケッチア属種（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｓｐｐ．）、サルモネラ属種（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、シゲラ属種（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ステノトロホモナス属種（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｓｐｐ．）、トレポネーマ属種（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐｐ．）、ウレアプラズマ属種（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｓｐｐ．）、ビブリオ属種（Ｖｉｂｒｉｏ  ｓｐｐ．）、エルシニア属種（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｓｐｐ．）、カンジダ属種（Ｃａｎｄｉｄａ  ｓｐｐ．）、イサタケンキア属種（Ｉｓｓａｔｃｈｅｎｋｉａ  ｓｐｐ．）、ブラストミセス属種（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐｐ．）、コクシジオイデス属種（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｓｐｐ．）、アスペルギルス属種（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）、クリプトコッカス属種（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）、ヒストプラズマ属種（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ  ｓｐｐ．）、ニューモシスチス属種（Ｐｎｅｕｍｏｃｙ���ｔｉｓ  ｓｐｐ．）、スタキボトリス属種（Ｓｔａｃｈｙｂｏｔｒｙｓ  ｓｐｐ．）、スポロスリックス（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ）、エキセロハイラム（Ｅｘｓｅｒｏｈｉｌｕｍ）、クラドスポリウム（Ｃｌａｄｏｓｐｏｒｉｕｍ）、リングワーム（ｒｉｎｇｗｏｒｍ）、ムコールミセテス（ｍｕｃｏｒｍｙｃｅｔｅｓ）及びこれらの組合せからなる群から選択される微生物を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
ステップが、抗菌薬感受性試験のための自動プラットフォームにおいて実施される、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
カートリッジがマイクロプレートであり、複数のチャンバがウェルであり、並びに、１つ以上のチェックポイントアッセイのために使用されるマイクロプレートのウェルが１つ以上の抗菌剤を含まず、及び、複数の成長アッセイのために使用されない、請求項１〜１４のいずれかに記載の方法。