【手続補正書】
【提出日】令和3年9月14日(2021.9.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式Ｉを満たす構造を有するプローブ
【化１】
2020536566.tif 000001
（式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４の各々は独立して水素または−ＯＲから選択され、各Ｒは独立して水素；酸素原子の負電荷のバランスをとる対イオン；脂肪族；ヘテロ脂肪族；芳香族；または脂肪族、ヘテロ脂肪族、もしくは芳香族の任意の組み合わせから選択される；Ｒ５は水素、脂肪族、ヘテロ脂肪族、芳香族、または脂肪族、ヘテロ脂肪族、もしくは芳香族の任意の組み合わせである；リンカーは脂肪族、ヘテロ脂肪族、芳香族、または脂肪族、ヘテロ脂肪族、もしくは芳香族の任意の組み合わせである；ＤＭは検出可能部位である；ｐＤＭは検出可能部位前駆体である；ＰＭは光活性化可能部位である；ＡＭはアンカー部位である；ｎは０〜１０の整数である；ｍは０または１から選択される整数である）。
【請求項２】
ｍが１であり、前記リンカーが−（ＣＨ２）ｐ−；
【化２】
2020536566.tif 000002
（式中、各ｐは独立して１〜１０の整数とし、各ｑは独立して０〜１０の整数である）である、請求項１に記載のプローブ。
【請求項３】
前記ＤＭ基が存在し、前記ＤＭ基がフルオロフォア、色原体、または特定の結合ペアのメンバーである、または
前記ｐＤＭ基が存在し、前記ｐＤＭ基がアルキンまたはアジドである、
請求項１または請求項２に記載のプローブ。
【請求項４】
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４の各々が独立して水素、−ＯＨ、または−Ｏ−Ｍ＋（式中、Ｍ＋はＬｉ＋、Ｋ＋、Ｎａ＋、またはＮＨ４＋から選択される対イオンである）であり、
任意に（ｉ）前記ＰＭ基が存在し、前記ＰＭ基がアジリジンまたはベンゾフェノンである、または（ｉｉ）前記ＡＭ基が存在し、前記ＡＭ基がアルキン、アジド、カルボン酸、ＮＨＳ−エステル、アミン、またはハロゲン化アルキルである、請求項１〜３のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項５】
ｍが０であり、前記ＤＭ基が存在し、前記ＤＭ基が
【化３】
2020536566.tif 000003
である、請求項１または４に記載のプローブ。
【請求項６】
ｍが１であり、及び
（ｉ）前記ＰＭ基と前記ｐＤＭ基との両方が存在する、または（ｉｉ）前記ＡＭ基と前記ｐＤＭ基との両方が存在する、
請求項１、３、または４に記載のプローブ。
【請求項７】
前記プローブが式ＩＩＡまたはＩＩＢまたは式ＩＩＩＡ〜ＩＩＩＦを満たす構造を有する、請求項１〜６のいずれか一項に記載のプローブ
【化４】
2020536566.tif 000004
【化５】
2020536566.tif 000005
2020536566.tif 000006
（式中、各ｐは独立して１〜１０の整数であり、各ｑは独立して０〜２０の整数である）。
【請求項８】
以下から選択される、請求項１〜７のいずれか一項に記載のプローブ
【化６】
2020536566.tif 000007
2020536566.tif 000008
2020536566.tif 000009
2020536566.tif 000010
2020536566.tif 000011
2020536566.tif 000012
2020536566.tif 000013
2020536566.tif 000014
2020536566.tif 000015
2020536566.tif 000016
2020536566.tif 000017
2020536566.tif 000018
2020536566.tif 000019
2020536566.tif 000020
2020536566.tif 000021
2020536566.tif 000022
2020536566.tif 000023
2020536566.tif 000024
2020536566.tif 000025
2020536566.tif 000026
2020536566.tif 000027
2020536566.tif 000028
2020536566.tif 000029
2020536566.tif 000030
2020536566.tif 000031
2020536566.tif 000032
2020536566.tif 000033
2020536566.tif 000034
2020536566.tif 000035
2020536566.tif 000036
【請求項９】
以下の工程を含む、方法：
被験体または試料を、請求項１〜８のいずれか一項に記載のプローブに、前記プローブと胆汁酸塩を加水分解することができる酵素との結合によりプローブ−酵素コンジュゲートが形成されるのに十分な時間さらす工程と；
前記プローブと前記酵素との間の反応によって生成される検出可能シグナルを識別するのに十分な検出技法を使用して、前記被験体または前記試料を分析する工程、
ここで、任意に
（ｉ）前記プローブはＤＭ基を含み、前記酵素が前記プローブに結合したときに、前記ＤＭ基が前記プローブから放出される；
（ｉｉ）前記プローブがｐＤＭ基を含み、前記方法が、前記ｐＤＭ基と反応することができるクリック可能な官能基を含む検出可能部位基に前記プローブ−酵素コンジュゲートをさらす工程をさらに含む；および／または
（ｉｉｉ）前記プローブがＰＭ基を含み、前記方法が、前記試料または前記被験体を光源にさらして前記ＰＭ基と前記酵素との結合を促進し、それによって前記プローブ−酵素コンジュゲートを形成する工程をさらに含む；
である。
【請求項１０】
前記プローブ−酵素コンジュゲートまたは前記プローブ−酵素コンジュゲートを含む微生物を使用して、ゲノムアッセイまたはプロテオミクスアッセイを行う工程をさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
以下の工程を含む、方法：
胆汁酸塩を加水分解することができる少なくとも１種の酵素を請求項１〜８のいずれか一項に記載のプローブで標識し、少なくとも１種の標識酵素を提供する工程と；
検出可能シグナルを検出することにより、試料中の前記少なくとも１種の標識酵素の存在を判定する工程と；
前記少なくとも１種の標識酵素または前記少なくとも１種の標識酵素を含む微生物をソーティングするか単離する工程と；
前記少なくとも１種の標識酵素を含む前記微生物を同定する工程と；
前記少なくとも１種の酵素の胆汁酸塩ヒドロラーゼ活性を変化させる身体環境を選択する工程と；
前記選択した身体環境を同定した微生物で富化することによって、または前記選択した身体環境において同定した微生物の量を減少させることによって、または前記選択した身体環境において胆汁酸塩ヒドロラーゼ活性を低下させることによって、またはそれらの組み合わせによって前記選択した身体環境における胆汁酸塩ヒドロラーゼ活性を変化させ、それによって疾患もしくは状態を治療する工程。
【請求項１２】
以下を含む、キット：
基板と；
式Ｉを満たす構造を有するプローブ
【化７】
2020536566.tif 000037
（式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４の各々は独立して水素または−ＯＲから選択され、各Ｒは独立して水素；酸素原子の負電荷のバランスをとる対イオン；脂肪族；ヘテロ脂肪族；芳香族；または脂肪族、ヘテロ脂肪族、もしくは芳香族の任意の組み合わせから選択される；Ｒ５は水素、脂肪族、ヘテロ脂肪族、芳香族、または脂肪族、ヘテロ脂肪族、もしくは芳香族の任意の組み合わせである；リンカーは脂肪族、ヘテロ脂肪族、芳香族、または脂肪族、ヘテロ脂肪族、もしくは芳香族の任意の組み合わせである；ＤＭは検出可能部位である；ｐＤＭは検出可能部位前駆体である；ＡＭはアンカー部位である；ｎは０〜１０の整数である；ｍは０または１から選択される整数である；前記プローブは、前記ＡＭ基を介して前記基板の表面に共有結合している）。