【手続補正書】
【提出日】令和3年9月3日(2021.9.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
集団における遺伝的バリアントを、前記集団の近縁性を活用することによってフェージングする方法であって、
サンプルの１つ以上のそれぞれについて祖先スーパークラスの指定を確立すること、
祖先スーパークラス内での被験者の第１の同祖性推定を生成すること、
被験者の祖先スーパークラスから独立した被験者の第２の同祖性推定を生成すること、
前記第２の同祖性推定の１つ以上に基づいて被験者を第１の第一度家族ネットワークにクラスタリングすること、
第１の第一度家族ネットワーク内での被験者の第３の同祖性推定を生成すること、
第１の同祖性推定と第３の同祖性推定とを統合して、統合同祖性推定を取得すること、
統合同祖性推定に基づいて被験者の第２の第一度家族ネットワークを構築すること、ならびに
バリアントを、統合同祖性推定及び第２の第一度家族ネットワークに応じて、複合ヘテロ接合性変異（ＣＨＭ）であるかもしくはＣＨＭではないものとしてフェージングする、またはバリアントを、統合同祖性推定及び第２の第一度家族ネットワークに応じて、ｄｅ  ｎｏｖｏ変異（ＤＮＭ）として同定することを含む、前記方法。
【請求項２】
第１の同祖性推定と第３の同祖性推定とを統合することは、前記第３の同祖性推定に特有のペアワイズ同祖性推定を補って、前記第１の同祖性推定を増強することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
バリアントを複合ヘテロ接合性変異（ＣＨＭ）としてフェージングすることは、
集団アレル頻度に応じてバリアントをフェージングすること、
ハーディ・ワインベルグ平衡（ＨＷＥ）から外れたバリアント、もしくは同じサンプル内の別のバリアントの１０塩基対内のバリアント、またはその両方を除去すること、及びクオリティバイデプス（ｑｕａｌｉｔｙ  ｂｙ  ｄｅｐｔｈ）（ＱＤ）が約２以下、またはリードデプス（ＤＰ）が約５未満、または代替アレルバランス（ＡＢ）が約１０％以下、またはこれらの組み合わせのＳＮＰを除去すること、及びＱＤが約２以下、またはＤＰが約５未満、またはＡＢが約１０％以下、またはこれらの組み合わせの挿入または欠失（ＩＮＤＥＬ）を除去すること、
同じサンプル内及び同じ遺伝子内に１つ以上のバリアントの対が存在する潜在複合ヘテロ接合性変異（ｐＣＨＭ）として残りのバリアントを選択すること、ならびに
ｐＣＨＭをシスｐＣＨＭまたはトランスｐＣＨＭとしてフェージングし、次いでトランスｐＣＨＭとしてフェージングされた前記ｐＣＨＭをＣＨＭとして分類することを含む、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
バリアントを複合ヘテロ接合性変異としてフェージングすることは、
ハーディ・ワインベルグ平衡（ＨＷＥ）から外れたバリアント、もしくは同じサンプル内の別のバリアントの１０塩基対内のバリアント、またはその両方を除去すること、及びクオリティバイデプス（ｑｕａｌｉｔｙ  ｂｙ  ｄｅｐｔｈ）（ＱＤ）が約３以下、またはリードデプス（ＤＰ）が約７未満、または代替アレルバランス（ＡＢ）が約１５％以下、またはこれらの組み合わせのＳＮＰを除去すること、及びＱＤが約５以下、またはＤＰが約１０未満、またはＡＢが約２０％以下、またはこれらの組み合わせの挿入または欠失（ＩＮＤＥＬ）を除去することを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
表現型の重症度に応じてＣＨＭにスコアを付与すること、及び
サンプル当たりの遺伝子ごとに最も高い表現型重症度スコアを有するＣＨＭを選択し、前記ヒトが同一遺伝子内に複数のＣＨＭを有する場合に、タンパク質機能抑制をもたらす可能性が最も高い前記ＣＨＭが同定されるようにすることをさらに含む、請求項３または請求項４に記載の方法。
【請求項６】
バリアントをｄｅ  ｎｏｖｏ変異としてフェージングすることは、
第２の第一度家族ネットワーク及びそのトリオのサンプルの中のバリアントを同定すること、
遺伝子型尤度スコアを、トリオ内の親サンプル及び対応する子サンプルのバリアントに割り当て、前記バリアントがｄｅ  ｎｏｖｏ変異である確率を計算し、計算した前記確率が統計的に有意な場合に、前記バリアントを推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異として同定すること、
トリオの子サンプルのバリアントを同定し、前記トリオのどちらの親サンプルにも前記バリアントが存在しない場合に、前記バリアントを推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異として同定すること、
前記子サンプルに約３５未満の遺伝子型クオリティ（ＧＱ）アノテーションを有する推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異、または前記サンプル全体にわたって１０以上の代替アレルカウント（ＡＣ）を有する推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異、または前記子サンプルに、約７未満のリードデプス（ＤＰ）と約４未満の代替ＤＰとを有する推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異、またはどちらか一方の前記親サンプルに約２％を超えるアレルバランス（ＡＢ）を有する推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異、または前記子サンプルに約１５％未満のアレルバランス（ＡＢ）を有する推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異、または前記子サンプルに約９０％を超えるＡＢを有する推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異、またはどちらか一方の前記親サンプルに代替アレルホモ接合性を有する推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異、またはこれらの組み合わせの推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異を除去することによって同定される推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異をフィルタ処理すること、ならびに
フィルタ処理済みの同定された推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異を組み合わせて、それによって推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異データセットを形成することを含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異データセット内の推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異を、前記推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異のアレルバランスが、前記子サンプルで約０．１５以上、かつ各前記親サンプルで約０．０２以下の場合、及び前記推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異のマッピングクオリティが約４０未満ではない場合、及び前記推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異のクオリティバイデプス（ｑｕａｌｉｔｙ  ｂｙ  ｄｅｐｔｈ）（ＱＤ）の値が約２未満ではない場合、及び前記推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異のＭＡＣが前記サンプル全体にわたって約２０未満の場合、及び前記推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異のソフトクリップリードが、前記推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異のキャリアにおける前記バリアントサイトで約３以下の場合、及び前記推定ｄｅ  ｎｏｖｏ変異が、約４を超えるモノポリマーランを持つＩＮＤＥＬではない場合に、中信頼度ｄｅ  ｎｏｖｏ変異として分類することをさらに含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
中信頼度ｄｅ  ｎｏｖｏ変異を、前記中信頼度ｄｅ  ｎｏｖｏ変異が、前記親サンプルにおいて約９０以上の遺伝子型クオリティアノテーションを有する場合、及び前記中信頼度ｄｅ  ｎｏｖｏ変異が、各前記親サンプルにおいて約１０以上のリードデプスを有する場合、及び前記中信頼度ｄｅ  ｎｏｖｏ変異が、前記子サンプルにおいて約７以上の代替リードデプスを有する場合、及び前記中信頼度ｄｅ  ｎｏｖｏ変異が、約３より大きいＱＤのＳＮＰを有する場合、及び前記中信頼度ｄｅ  ｎｏｖｏ変異が、約５より大きいＱＤのＩＮＤＥＬを有する場合に、高信頼度ｄｅ  ｎｏｖｏ変異として分類することをさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
低クオリティサンプルを前記データセットから除去することをさらに含み、前記低クオリティサンプルは、Ｄ−ｓｔａｔが０．１２を超えるか、もしくは２０ｘのリードカバレッジが７５％未満であるか、またはその両方であるサンプルである、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
データプロセッサ、前記データプロセッサに結合されたメモリ、及び前記メモリに格納されたプログラムを備え、前記プログラムが、
複数のヒト被験者由来のＤＮＡ配列サンプルの中のバリアントを同定すること、
同定されたバリアントに基づいて被験者の祖先スーパークラスの指定を確立すること、
祖先スーパークラス内での被験者の第１の同祖性推定を生成すること、
被験者の祖先スーパークラスから独立した被験者の第２の同祖性推定を生成すること、
前記第２の同祖性推定の１つ以上に基づいて被験者を第１の第一度家族ネットワークにクラスタリングすること、
第１の第一度家族ネットワーク内での被験者の第３の同祖性推定を生成すること、
第１の同祖性推定と第３の同祖性推定とを統合して、統合同祖性推定を取得すること、
統合同祖性推定に基づいて第２の第一度家族ネットワークを構築すること、
集団アレル頻度に応じて、サンプルの中のバリアントをフェージングすること、
フェージングされたバリアントを、同じ被験者及び遺伝子における２つ以上のバリアントの存在に基づいて潜在ＣＨＭとして分類すること、ならびに
潜在ＣＨＭを、同じ被験者及び遺伝子における別バリアントとシスであるまたはトランスであるとしてフェージングし、次いでトランスであるとしてフェージングされた前記潜在ＣＨＭをＣＨＭとして分類するための命令を含む、システム。
【請求項１１】
前記プログラムは、被験者の祖先スーパークラスの指定が確立される前に、同定されたバリアントをフィルタ処理するための命令を含む、請求項１０に記載のシステム。
【請求項１２】
前記プログラムは、被験者の第２の同祖性推定が生成される前に、同定されたバリアントをフィルタ処理するための命令を含む、請求項１０または請求項１１に記載のシステム。
【請求項１３】
バリアントをフィルタ処理することは、複数の前記ヒト被験者由来の前記サンプル全体にわたって約１０％を超える代替アレル頻度を有するバリアントを除去すること、またはｐ値が約１０−６超である、ハーディ・ワインベルグ平衡（ＨＷＥ）に反するバリアントを除去すること、または複数の前記ヒト被験者由来の前記サンプルの約５％超でコールが欠損するバリアントを除去すること、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１０〜１２のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項１４】
前記プログラムは、同定されたバリアントがフィルタ処理された後に、低クオリティサンプルを除去するための命令を含む、請求項１１〜１３のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項１５】
低クオリティサンプルは、Ｄ−ｓｔａｔが０．１２を超えるか、もしくは２０ｘのリードカバレッジが７５％未満であるか、またはその両方であるサンプルである、請求項１４に記載のシステム。