【手続補正書】
【提出日】令和3年8月2日(2021.8.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
疾病を診断する為にコンピュータによって実行される方法であって、
（ａ）第１患者サンプルからの第１バイオマーカーの一つ以上の濃度値による第１集合を受理するステップであって、前記第１患者サンプルが非疾病診断から成るステップと、
（ｂ）第２患者サンプルからの前記第１バイオマーカーの一つ以上の濃度値による第２集合を受理するステップであって、前記第２患者サンプルが疾病診断から成るステップと、
（ｃ）濃度値の前記第１集合からの第１近接スコア集合と濃度値の前記第２集合からの第２近接スコア集合とを計算するステップと、
（ｄ）濃度値の前記第１集合及び濃度値の前記第２集合と前記第１近接スコア集合及び前記第２近接スコア値集合とから前記第１マーカーと疾病診断との相関性を計算するステップであって、前記相関性が、単純回帰、ＲＯＣ曲線面積最大化、トポロジー安定化、又は空間的近接性分析のうち一つであるステップと、
を含む方法。
【請求項２】
ステップ（ａ）〜（ｄ）が５個までのバイオマーカーについて反復され、あるいは、前記関連性が、前記単純回帰、前記ＲＯＣ曲線面積最大化、前記トポロジー安定化、又は前記空間的近接性分析のうち二つ以上を組み合わせたものである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１患者サンプル及び前記第２患者サンプルが、血液サンプル、尿サンプル、又は組織サンプルのうち少なくとも一つを含み、あるいは、診断される前記疾病が、前立腺がん、乳がん、肺がん、又は卵巣がんのうち一つである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
診断される前記疾病が、グリソンスコアに基づく、前記前立腺がん、乳がん、肺がん、又は卵巣がんのステージである、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記第１患者サンプル及び前記第２患者サンプルが、がんステージデータを包含し、前記がんステージデータが複数の二値グループに分類される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記二値グループの各々がスコアリングされる、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記バイオマーカーが、サイトカインの官能基から選択され、前記サイトカインの前記官能基が、炎症誘発性、抗炎症性、抗腫瘍発生性、細胞アポトーシス、及び血管新生のうち少なくとも三つであり、あるいは、前記第１バイオマーカーが、ＶＥＧＦである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
（ａ）第１患者サンプルからの第１バイオマーカーの一つ以上の濃度値による第１集合を受理することであって、前記第１患者サンプルが非疾病診断から成ることと、
（ｂ）第２患者サンプルからの前記第１バイオマーカーの一つ以上の濃度値による第２集合を受理することであって、前記第２患者サンプルが疾病診断から成ることと、
（ｃ）濃度値の前記第１集合からの第１近接スコア集合と濃度値の前記第２集合からの第２近接スコア集合とを計算することと、
（ｄ）濃度値の前記第１集合及び濃度値の前記第２集合と前記第１近接スコア集合及び前記第２近接スコア値集合とから前記第１マーカーと疾病診断との相関性を計算することであって、前記相関性が、単純回帰、ＲＯＣ曲線面積最大化、トポロジー安定化、又は空間的近接性分析のうち一つであることと、
を含むするプロセスをコンピュータに実行させるためのプログラムを記憶する非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項９】
ステップ（ａ）〜（ｄ）が５個までのバイオマーカーについて反復され、あるいは、  前記相関性が、前記単純回帰と、前記ＲＯＣ曲線面積最大化と、前記トポロジー安定化と、前記空間的近接性分析のうち二つ以上を組み合わせたものである、請求項８に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１０】
前記第１患者サンプル及び前記第２患者サンプルが、血液サンプル、尿サンプル、又は組織サンプルのうち少なくとも一つを含み、診断される前記疾病が、前立腺がん、乳がん、肺がん、又は卵巣がんのうち一つである、請求項８に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１１】
診断される前記疾病が、グリソンスコアに基づく、前記前立腺がん、乳がん、肺がん、又は卵巣がんのステージである、請求項１０に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１２】
前記第１患者サンプル及び前記第２患者サンプルが、がんステージデータを包含し、前記がんステージデータが複数の二値グループに分類される、請求項１１に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１３】
前記二値グループの各々がスコアリングされる、請求項１２に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１４】
前記バイオマーカーが、サイトカインの官能基から選択され、前記サイトカインの前記官能基が、炎症誘発性、抗炎症性、抗腫瘍発生性、細胞アポトーシス、及び血管新生のうち少なくとも三つであり、あるいは、前記第１バイオマーカーが、ＶＥＧＦである、請求項８に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２９】
記載された実行例の或る特徴が本願に記載されるように例示されたが、多くの変形、代替物、変更、同等物が当業者には思い浮かぶだろう。故に、本発明は開示された特定の実施形態又は配置に限定されず、むしろ添付の請求項に規定される発明の範囲及び趣旨に内含されるいかなる変更、改変、又は変形も含むことが意図されている。本願に引用されるすべての引例が特許及び出願を含めてその全体が援用されることは明白である。
〔付記１〕
疾病を診断する為のコンピュータ利用方法であって、
（ａ）第１患者サンプルからの第１バイオマーカーの一つ以上の濃度値による第１集合を受理するステップであって、前記第１患者サンプルが非疾病診断から成るステップと、
（ｂ）第２患者サンプルからの前記第１バイオマーカーの一つ以上の濃度値による第２集合を受理するステップであって、前記第２患者サンプルが疾病診断から成るステップと、
（ｃ）前記第１濃度値集合からの第１近接スコア集合と前記第２濃度値集合からの第２近接スコア集合とを計算するステップと、
（ｄ）前記第１及び第２濃度値集合と前記第１及び第２近接スコア値集合とから前記第１マーカーと疾病診断との相関性を計算するステップであって、前記相関性が、単純回帰、ＲＯＣ曲線面積最大化、トポロジー安定化、又は空間的近接性分析のうち一つであるステップと、
を包含するコンピュータ利用方法。
〔付記２〕
ステップ（ａ）〜（ｄ）が５個までのバイオマーカーについて反復される、付記１に記載のコンピュータ利用方法。
〔付記３〕
前記関連性が、前記単純回帰と前記ＲＯＣ曲線面積最大化と前記トポロジー安定化と前記空間的近接性分析のうち二つ以上を組み合わせたものである、付記１に記載のコンピュータ利用方法。
〔付記４〕
前記第１及び第２患者サンプルが、血液サンプル、尿サンプル、又は組織サンプルのうち少なくとも一つを含む、付記１に記載のコンピュータ利用方法。
〔付記５〕
診断される前記疾病が、前立腺がん、乳がん、肺がん、又は卵巣がんのうち一つである、付記１に記載のコンピュータ利用方法。
〔付記６〕
診断される前記疾病が、グリソンスコアに基づく前記前立腺がん、乳がん、肺がん、又は卵巣がんのステージである、付記５に記載のコンピュータ利用方法。
〔付記７〕
前記第１及び第２患者サンプルががんステージデータを包含し、前記がんステージデータが複数の二値グループに分類される、付記６に記載のコンピュータ利用方法。
〔付記８〕
前記二値グループの各々がスコアリングされる、付記７に記載のコンピュータ利用方法。
〔付記９〕
前記バイオマーカーがサイトカインの官能基から選択され、前記サイトカインの前記官能基が、炎症誘発性、抗炎症性、抗腫瘍発生性、細胞アポトーシス、及び血管新生のうち少なくとも三つである、付記１に記載のコンピュータ利用方法。
〔付記１０〕
前記第１バイオマーカーがＶＥＧＦである、付記１に記載のコンピュータ利用方法。
〔付記１１〕
（ａ）第１患者サンプルからの第１バイオマーカーの一つ以上の濃度値による第１集合を受理することであって、前記第１患者サンプルが非疾病診断から成ることと、
（ｂ）第２患者サンプルからの前記第１バイオマーカーの一つ以上の濃度値による第２集合を受理することであって、前記第２患者サンプルが疾病診断から成ることと、
（ｃ）前記第１濃度値集合からの第１近接スコア集合と前記第２濃度値集合からの第２近接スコア集合とを計算することと、
（ｄ）前記第１及び第２濃度値集合と前記第１及び第２近接スコア値集合とから前記第１バイオマーカーと疾病診断との相関性を計算することであって、前記相関性が、単純回帰、ＲＯＣ曲線面積最大化、トポロジー安定化、空間的近接性分析のうち一つであることと、
を包含するプロセスをコンピュータに実行させるプログラムを記憶する非一時的コンピュータ可読媒体。
〔付記１２〕
ステップ（ａ）〜（ｄ）が５個までのバイオマーカーについて反復される、付記１１に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
〔付記１３〕
前記相関性が、前記単純回帰と前記ＲＯＣ曲線面積最大化と前記トポロジー安定化と前記空間的近接性分析のうち二つ以上を組み合わせたものである、付記１１に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
〔付記１４〕
前記第１及び第２患者サンプルが血液サンプル、尿サンプル、又は組織サンプルのうち少なくとも一つを含む、付記１１に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
〔付記１５〕
診断される前記疾病が前立腺がん、乳がん、肺がん、又は卵巣がんのうち一つである、付記１１に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
〔付記１６〕
診断される前記疾病が、グリソンスコアに基づく前記前立腺がん、乳がん、肺がん、又は卵巣がんのステージである、付記１５に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
〔付記１７〕
前記第１及び第２患者サンプルががんステージデータを包含し、前記がんステージデータが複数の二値グループに分類される、付記１６に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
〔付記１８〕
前記二値グループの各々がスコアリングされる、付記７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
〔付記１９〕
前記バイオマーカーがサイトカインの官能基から選択され、前記サイトカインの前記官能基が、炎症誘発性、抗炎症性、抗腫瘍発生性、細胞アポトーシス、及び血管新生のうち少なくとも三つである、付記１１に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
〔付記２０〕
前記第１バイオマーカーがＶＥＧＦである、付記１１に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。