【手続補正書】
【提出日】平成16年3月30日(2004.3.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】発明の名称
【補正方法】変更
【補正の内容】
【発明の名称】ヌクレオチド等の配列情報の記録方法及び装置、前記配列情報の供給方法、並びに前記配列情報を記録した記録媒体


【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
一列のヌクレオチドの配列情報を前記一列のヌクレオチドの配列に対応するテキストデータよりも少ないデータ量で記録する配列情報の記録方法であって、
前記一列のヌクレオチドの配列に対応するテキストデータを、前記ヌクレオチドの配列方向に複数行で、かつ前記配列方向に交差する非配列方向に複数列の部分テキストデータに分割し、
前記部分テキストデータを、それぞれ複数種類のヌクレオチドに対して互いに異なる６ビット以下の数値データを割り当てることによって変換データに変換し、
複数行の前記変換データに各行毎に前記非配列方向に第１の演算を施して各行の配列情報に対応する第１組のシンドローム情報を求めるとともに、
複数列の前記変換データに各列毎に前記配列方向に第２の演算を施して各列の配列情報に対応する第２組のシンドローム情報を求め、
前記第１組及び第２組のシンドローム情報で前記一列のヌクレオチドの配列を表すことを特徴とするヌクレオチドの配列情報の記録方法。
【請求項２】
請求項２記載の記録方法であって、
複数行の前記変換データの各行の変換データをそれぞれ前記非配列方向に交互に第１群の変換データ及び第２群の変換データに分けたとき、
前記第１の演算は、所定の整数Ｋを用いて前記第１群の変換データ、及び前記第２群の変換データのそれぞれの法Ｋのもとの和を求める演算であり、
前記第２の演算は、複数列の前記変換データの各列の変換データに対する法Ｋのもとの和を求める演算であることを特徴とするヌクレオチドの配列情報の記録方法。
【請求項３】
請求項１又は２記載の記録方法であって、
前記一列のヌクレオチドの配列を基準配列として、該基準配列の２組の前記シンドローム情報に対応させて、検査対象の一列のヌクレオチドの配列の２組のシンドローム情報を求め、
前記４組のシンドローム情報より前記基準配列に対する前記検査対象の一列のヌクレオチドの配列の相違部を求めることを特徴とするヌクレオチドの配列情報の記録方法。
【請求項４】
請求項１〜３の何れか一項記載の記録方法であって、
前記一列のヌクレオチドは遺伝子の少なくとも一部であることを特徴とするヌクレオチドの配列情報の記録方法。
【請求項５】
一列のヌクレオチドの配列情報の記録装置であって、
一つの核酸の少なくとも一部に含まれる一列のヌクレオチドの配列情報を読み取る配列読み取り装置と、
該配列読み取り装置で読み取られた配列の情報をテキストデータとして第１ファイルに記録する第１記録手段と、
前記第１ファイルのテキストデータよりも少ないデータ量で、前記配列読み取り装置で読み取られた配列の情報を表し、該配列の情報を第２ファイルに記録する第２記録手段とを有し、
前記第２記録手段は、前記配列読み取り装置で読み取られた一列のヌクレオチドの配列に対応するテキストデータを、前記ヌクレオチドの配列方向に複数行で、かつ前記配列方向に交差する非配列方向に複数列の部分テキストデータに分割し、
前記部分テキストデータを、それぞれ複数種類のヌクレオチドに対して互いに異なる６ビット以下の数値データを割り当てることによって変換データに変換し、
複数行の前記変換データに各行毎に前記非配列方向に第１の演算を施して各行の配列情報に対応する第１組のシンドローム情報を求めるとともに、
複数列の前記変換データに各列毎に前記配列方向に第２の演算を施して各列の配列情報に対応する第２組のシンドローム情報を求め、
前記第１組及び第２組のシンドローム情報を前記第２ファイルに記録することを特徴とするヌクレオチドの配列情報の記録装置。
【請求項６】
請求項５記載の記録装置であって、
前記第２記録手段は、
前記一列のヌクレオチドの配列を基準配列として、該基準配列の２組の前記シンドローム情報に対応させて、検査対象の一列のヌクレオチドの配列の２組のシンドローム情報を求め、
前記４組のシンドローム情報より前記基準配列に対する前記検査対象の一列のヌクレオチドの配列の相違部を求めることを特徴とするヌクレオチドの配列情報の記録装置。
【請求項７】
一列のヌクレオチドの配列情報が前記一列のヌクレオチドの配列に対応するテキストデータよりも少ないデータ量で記録されたコンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、
前記一列のヌクレオチドの配列に対応するテキストデータを、前記ヌクレオチドの配列方向に複数行で、かつ前記配列方向に交差する非配列方向に複数列の部分テキストデータに分割し、
前記部分テキストデータを、それぞれ複数種類のヌクレオチドに対して互いに異なる６ビット以下の数値データを割り当てることによって変換データに変換し、
複数行の前記変換データに各行毎に前記非配列方向に第１の演算を施して各行の配列情報に対応する第１組のシンドローム情報を求めるとともに、
複数列の前記変換データに各列毎に前記配列方向に第２の演算を施して各列の配列情報に対応する第２組のシンドローム情報を求めておき、
前記一列のヌクレオチドの配列情報が、前記第１組及び第２組のシンドローム情報として前記記録媒体に記録されたことを特徴とするコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項８】
一列のヌクレオチドの配列情報の供給方法であって、
前記一列のヌクレオチドの配列に対応するテキストデータ、又は複数種類のヌクレオチドに対して互いに異なる６ビット以下の数値データを割り当てることによって前記テキストデータを変換して得られる数値データを保持する供給者が、
前記一列のヌクレオチドの配列に対応するテキストデータ、又はこれに対応する前記数値データを第１ファイルに記録して保持し、
前記テキストデータ、又は前記数値データを、前記ヌクレオチドの配列方向に複数行で、かつ前記配列方向に交差する非配列方向に複数列の部分データに分割し、
前記部分データを、それぞれ複数種類のヌクレオチドに対して互いに異なる６ビット以下の数値データを割り当てることによって変換データに変換し、
複数行の前記変換データに各行毎に前記非配列方向に第１の演算を施して各行の配列情報に対応する第１組のシンドローム情報を求めるとともに、
複数列の前記変換データに各列毎に前記配列方向に第２の演算を施して各列の配列情報に対応する第２組のシンドローム情報を求め、
前記第１組及び第２組のシンドローム情報を第２ファイルに記録して保持する第１工程と、
前記供給者が、前記一列のヌクレオチドの配列の長さの情報、及び前記配列を表すテキストデータ又は前記数値データの数学的な要約値の情報を通信回線を介して閲覧可能な状態にする第２工程と、
前記通信回線を介して前記配列の長さの情報及び前記数学的な要約値の情報を閲覧したユーザより、前記テキストデータ又は前記数値データの少なくとも一部の情報に対する取得要求が前記供給者に届いた後に、
前記供給者が前記ユーザに前記テキストデータ又は前記数値データの少なくとも一部の情報を供給する第３工程とを有することを特徴とするヌクレオチドの配列情報の供給方法。
【請求項９】
請求項８記載の供給方法であって、
前記第３工程において、
第１段階として前記ユーザは、前記供給者より前記第２ファイルに記録されている２組のシンドローム情報を受け取り、
前記２組のシンドローム情報に基づいて検査対象の一列のヌクレオチドの配列の内の前記供給者の一列のヌクレオチドの配列との相違部を特定し、
該相違部の配列の復元ができない場合に、第２段階として前記ユーザは前記供給者より前記第１ファイルに記録されている前記テキストデータ、又は前記数値データの内の前記配列の復元ができない部分の情報の提供を要求することを特徴とするヌクレオチドの配列情報の供給方法。
【請求項１０】
一列のアミノ酸の配列情報を前記一列のアミノ酸の配列に対応するテキストデータよりも少ないデータ量で記録する配列情報の記録方法であって、
前記一列のアミノ酸の配列に対応するテキストデータを、前記アミノ酸の配列方向に複数行で、かつ前記配列方向に交差する非配列方向に複数列の部分テキストデータに分割し、
前記部分テキストデータを、それぞれ複数種類のアミノ酸に対して互いに異なる８ビット以下の数値データを割り当てることによって変換データに変換し、
複数行の前記変換データに各行毎に前記非配列方向に第１の演算を施して各行の配列情報に対応する第１組のシンドローム情報を求めるとともに、
複数列の前記変換データに各列毎に前記配列方向に第２の演算を施して各列の配列情報に対応する第２組のシンドローム情報を求め、
前記第１組及び第２組のシンドローム情報で前記一列のアミノ酸の配列を表すことを特徴とするアミノ酸の配列情報の記録方法。
【請求項１１】
請求項１０記載の記録方法であって、
複数行の前記変換データの各行の変換データをそれぞれ前記非配列方向に交互に第１群の変換データ及び第２群の変換データに分けたとき、
前記第１の演算は、所定の整数Ｋを用いて前記第１群の変換データ、及び前記第２群の変換データのそれぞれの法Ｋのもとの和を求める演算であり、
前記第２の演算は、複数列の前記変換データの各列の変換データに対する法Ｋのもとの和を求める演算であることを特徴とするアミノ酸の配列情報の記録方法。
【請求項１２】
一列のアミノ酸の配列情報の供給方法であって、
前記一列のアミノ酸の配列に対応するテキストデータ、又は複数種類のアミノ酸に対して互いに異なる８ビット以下の数値データを割り当てることによって前記テキストデータを変換して得られる数値データを保持する供給者が、
前記一列のアミノ酸の配列に対応するテキストデータ、又はこれに対応する前記数値データを第１ファイルに記録して保持し、
前記テキストデータ、又は前記数値データを、前記アミノ酸の配列方向に複数行で、かつ前記配列方向に交差する非配列方向に複数列の部分データに分割し、
前記部分データを、それぞれ複数種類のアミノ酸に対して互いに異なる８ビット以下の数値データを割り当てることによって変換データに変換し、
複数行の前記変換データに各行毎に前記非配列方向に第１の演算を施して各行の配列情報に対応する第１組のシンドローム情報を求めるとともに、
複数列の前記変換データに各列毎に前記配列方向に第２の演算を施して各列の配列情報に対応する第２組のシンドローム情報を求め、
前記第１組及び第２組のシンドローム情報を第２ファイルに記録して保持する第１工程と、
前記供給者が、前記一列のアミノ酸の配列の長さの情報、及び前記配列を表すテキストデータ又は前記数値データの数学的な要約値の情報を通信回線を介して閲覧可能な状態にしておく第２工程と、
前記通信回線を介して前記配列の長さの情報及び前記数学的な要約値の情報を閲覧したユーザより、前記テキストデータ又は前記数値データの少なくとも一部の情報に対する取得要求が前記供給者に届いた後に、
前記供給者が前記ユーザに前記テキストデータ又は前記数値データの少なくとも一部の情報を供給する第３工程とを有することを特徴とするアミノ酸の配列情報の供給方法。
【請求項１３】
請求項１２記載の供給方法であって、
前記第３工程において、
第１段階として前記ユーザは、前記供給者より前記第２ファイルに記録されている２組のシンドローム情報を受け取り、
前記２組のシンドローム情報に基づいて検査対象の一列のアミノ酸の配列の内の前記供給者の一列のアミノ酸の配列との相違部を特定し、
該相違部の配列の復元ができない場合に、第２段階として前記ユーザは前記供給者より前記第１ファイルに記録されている前記テキストデータ、又は前記数値データの情報の提供を前記供給者に要求することを特徴とするアミノ酸の配列情報の供給方法。
【請求項１４】
一列のヌクレオチドの配列情報を前記一列のヌクレオチドの配列に対応するテキストデータよりも少ないデータ量で記録する配列情報の記録方法であって、
前記一列のヌクレオチドは、４種類のヌクレオチドよりなるとともに、一つのＤＮＡを構成する１対の重合体の鎖の内の１本の鎖の全部又は一部であり、
前記４種類のヌクレオチド中の互いに相補的な２対のヌクレオチドを、それぞれ互いにビット反転の関係にある１対の２ビット以上で６ビット以下のデータ（ただし、アデニンを含むヌクレオチド、チミンを含むヌクレオチド、グアニンを含むヌクレオチド、及びシトシンを含むヌクレオチドをそれぞれ２ビットのデータ（００）、（１１）、（０１）、及び（１０）で表す場合を除く。）で表すことを特徴とするヌクレオチドの配列情報の記録方法。
【請求項１５】
請求項１４記載の記録方法であって、
前記４種類のヌクレオチドを互いに異なる３ビット以上で６ビット以下のデータで表すことを特徴とするヌクレオチドの配列情報の記録方法。
【請求項１６】
一列のアミノ酸の配列情報を前記一列のアミノ酸の配列に対応するテキストデータよりも少ないデータ量で記録する配列情報の記録方法であって、
前記一列のアミノ酸は、一つのタンパク質を構成する１本のアミノ酸の鎖の全部又は一部であり、
前記一列のアミノ酸の配列に対応するテキストデータを、２０種類のアミノ酸に対して互いに異なる６ビット以下のデータを割り当てることによって変換して記録することを特徴とするアミノ酸の配列情報の記録方法。