【手続補正書】
【提出日】令和2年12月18日(2020.12.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２８３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２８３】
したがって、H0メチニコビア属種は、以下の遺伝子: ACT1、ARO8、ARO10、GPD1、GXF1、GXF2、GXS1、HXT19、HXT2.6、HXT5、PGK1、QUP2、RPB1、RPB2、TEF1、TPI1、XKS1、XYL1、XYL2、XYT1、TAL1、及びTKL1に対する独特の核酸配列、並びに以下のタンパク質: Aro10、Gxf2、Hgt19、Hxt5、Tef1、Xks1、Xyl1、Tal1、及びTkl1に対する独特のアミノ酸配列を有する。
本件出願は、以下の態様の発明を提供する。
（態様１）
好気的な条件下及び30℃で3日間、4％キシロースを含む液体酵母抽出物ペプトン(YEP)培地中で培養したとき、少なくとも0.1g/L/hのキシリトールをキシロースから生産する単離されたメチニコビア種。
（態様２）
好気的な条件下及び30℃で3日間、4％キシロースを含む液体酵母窒素塩基(YNB)培地中で培養したとき、少なくとも1g/Lのキシリトールをキシロースから生産する単離されたメチニコビア種。
（態様３）
好気的な条件下及び30℃で2日間、2％キシロース及び2％グルコースを含む液体酵母窒素塩基(YNB)培地中で培養したとき、少なくとも1g/Lのキシリトールをキシロースから生産する単離されたメチニコビア種。
（態様４）
好気的な条件下で3日間、4％キシロースを含む液体酵母抽出物ペプトン(YEP)培地中で培養したとき、約0.11g/L/hのキシリトール、約6.8E-05g/L/hのn-ブタノール、約2.5E-04g/L/hのイソブタノール、約2.4E-04g/L/hのイソプロパノール、約2.64E-04g/L/hのエタノール、及び約3.73E-06g/L/hの2-フェニルエチルアルコールを生産する単離されたメチニコビア種。
（態様５）
好気的な条件下で3日間、4％キシロースを含む液体酵母抽出物ペプトン(YEP)培地中で培養したとき、化合物のキシリトール、n-ブタノール、イソブタノール、イソプロパノール、エタノール、及び2-フェニルエチルアルコールを、約8,000mg/Lのキシリトール、約4.85mg/Lのn-ブタノール、約18.06mg/Lのイソブタノール、約17.5mg/Lのイソプロパノール、約19.7mg/Lのエタノール、及び約0.269mg/Lの2-フェニルエチルアルコールの濃度で生産する単離されたメチニコビア種。
（態様６）
好気的な条件下で3日間、4％キシロースを含む液体酵母抽出物ペプトン(YEP)培地中で培養したとき、化合物のキシリトール、n-ブタノール、イソブタノール、イソプロパノール、エタノール、及び2-フェニルエチルアルコールを、99.26％のキシリトール、0.061％のn-ブタノール、0.223％のイソブタノール、0.217％のイソプロパノール、0.236％のエタノール、及び0.003％の2-フェニルエチルアルコールの相対比で生産する単離されたメチニコビア種。
（態様７）
(1)配列番号1と少なくとも96.8％同一である核酸配列;(2)配列番号2のコンセンサス配列内の核酸配列;又は(3)その中に4以下のヌクレオチド置換を有する配列番号2の残基1〜153、178〜434、及び453〜499を含む核酸配列、並びに配列番号37、40、42、44、49、51、52、55、及び56からなる群から選択されるアミノ酸配列をコードする少なくとも1つの核酸配列:を含むD1/D2ドメイン配列を含む単離されたメチニコビア種。
（態様８）
(1)配列番号1と少なくとも96.8％同一である核酸配列;又は(2)配列番号2のコンセンサス配列内の核酸配列;又は(3)その中に4以下のヌクレオチド置換を有する配列番号2の残基1〜153、178〜434、及び453〜499を含む核酸配列、並びに配列番号57〜78からなる群から選択される少なくとも1つのコード核酸配列:を含むD1/D2ドメイン配列を含む単離されたメチニコビア種。
（態様９）
単離されたメチニコビア種であって:(1)配列番号1と少なくとも96.8％同一であるD1/D2ドメイン配列;及び(2)配列番号68のコード核酸配列を含み、ここで、該単離されたメチニコビア種が、2％キシロースを唯一の炭素源として含む酵母抽出物ペプトン(YEP)培地中で培養してから41時間以内に、約25のOD600にまで成長する、前記単離されたメチニコビア種。
（態様１０）
(1)配列番号2のD1/D2ドメインコンセンサス配列と少なくとも97.1％同一である核酸配列;及び(2)配列番号70のコード核酸配列:を含む、単離されたメチニコビア種。
（態様１１）
前記D1/D2ドメイン配列が配列番号1及び3〜25からなる群から選択される核酸配列を含む、態様7〜10のいずれか一項記載の単離されたメチニコビア種。
（態様１２）
前記D1/D2ドメイン配列が、メチニコビア・アンダウエンシス、メチニコビア・クリソペルラエ、メチニコビア・フルクティコラ、メチニコビア・プルケリマ、メチニコビア・シャンキシエンシス、メチニコビア・シネンシス、及びメチニコビア・ジジフィコラからなる群から選択されるメチニコビア種の該D1/D2ドメイン配列を含まない、態様7〜11のいずれか一項記載の単離されたメチニコビア種。
（態様１３）
ブダペスト条約の条項の下で、2016年11月8日に、国際寄託当局であるカナダ国際寄託当局(International Depositary Authority of Canada)に寄託された、アクセッション番号081116-01に指定された単離されたメチニコビア種。
（態様１４）
キシリトールを生産する方法であって、態様1〜13のいずれか一項記載の単離されたメチニコビア種を、キシロースからキシリトールを生産するための条件下で、かつそれに十分な期間培養することを含む、前記方法。
（態様１５）
前記単離されたメチニコビア種が、少なくとも0.1g/L/h、少なくとも0.2g/L/h、少なくとも0.3g/L/h、少なくとも0.4g/L/h、少なくとも0.50g/L/h、少なくとも0.60g/L/h、少なくとも0.70g/L/h、少なくとも0.80g/L/h、少なくとも0.90g/L/h、少なくとも1.00g/L/h、少なくとも1.50g/L/h、少なくとも2.00g/L/h、少なくとも2.50g/L/h、少なくとも3.00g/L/h、少なくとも3.50g/L/h、少なくとも4.00g/L/h、少なくとも5.00g/L/h、少なくとも6.00g/L/h、少なくとも7.00g/L/h、少なくとも8.00g/L/h、少なくとも9.00g/L/h、又は少なくとも10.00g/L/hのキシリトールをキシロースから生産する、態様14記載の方法。
（態様１６）
前記条件が、前記単離されたメチニコビア種を、キシロース及びC3炭素源、C4炭素源、C5炭素源、C6炭素源、又はこれらの組合せを含む培地中で培養することを含む、態様14又は15記載の方法。
（態様１７）
前記条件が、前記単離されたメチニコビア種を、キシロース並びにセロビオース、ガラクトース、グルコース、エタノール、アセテート、アラビノース、アラビトール、ソルビトール、及びグリセロール、又はこれらの組合せからなる群から選択される共基質を含む培地中で培養することを含む、態様14又は15記載の方法。
（態様１８）
前記共基質がグルコースである、態様17記載の方法。
（態様１９）
前記培地がグルコースとキシロースとセロビオースの組合せを含む、態様17記載の方法。
（態様２０）
前記培地がグルコースとキシロースとガラクトースの組合せを含む、態様17記載の方法。
（態様２１）
前記培地がグルコースとキシロースとグリセロールの組合せを含む、態様17記載の方法。
（態様２２）
前記培養することが好気的培養条件を含む、態様14〜21のいずれか一項記載の方法。
（態様２３）
前記培養することが、回分培養、流加培養、又は連続培養を含む、態様14〜22のいずれか一項記載の方法。
（態様２４）
前記キシリトールを前記培養物中の他の成分から分離することをさらに含む、態様14〜23のいずれか一項記載の方法。
（態様２５）
前記分離することが、抽出、連続液液抽出、浸透気化、膜濾過、膜分離、逆浸透、電気透析、蒸留、結晶化、遠心分離、抽出濾過、イオン交換クロマトグラフィー、吸収クロマトグラフィー、又は限外濾過を含む、態様24記載の方法。
（態様２６）
態様14〜25のいずれか一項記載の方法によって生産される生物由来キシリトール。
（態様２７）
態様1〜13のいずれか一項記載の単離されたメチニコビア種もしくは態様26記載の生物由来キシリトール、又はその両方を含む、組成物。
（態様２８）
キシロースを含む培養培地である、態様27記載の組成物。
（態様２９）
態様1〜13のいずれか一項記載の単離されたメチニコビア種が除去されている培養培地である、態様27記載の組成物。
（態様３０）
グリセロール、アラビトール、C7糖アルコール、又はこれらの組合せを、態様14〜25のいずれか一項記載の方法からの不純物として含む、態様27記載の組成物。
（態様３１）
前記C7糖アルコールがボレミトール又はその異性体である、態様30記載の組成物。
（態様３２）
グリセロールもしくはアラビトール、又はその両方の量が、態様1〜13のいずれか一項記載の単離されたメチニコビア種以外の微生物によって生産されるそれぞれのグリセロールもしくはアラビトール、又はその両方の量よりも少なくとも10％、20％、30％、又は40％多い、態様30記載の組成物。
（態様３３）
キシロースもしくは遺伝子修飾、又はその両方から生物由来化合物を生産することができる代謝経路をさらに含む、ブダペスト条約の条項の下で、2016年11月8日に、国際寄託当局であるカナダ国際寄託当局(International Depositary Authority of Canada)に寄託された、アクセッション番号081116-01に指定された単離されたメチニコビア種。
（態様３４）
前記代謝経路が該代謝経路の少なくとも1つの酵素をコードする少なくとも1つ外因性核酸配列を含む、態様33記載の単離されたメチニコビア種。
（態様３５）
前記生物由来化合物が、フェニル-エチルアルコール、2-メチル-ブタノール、及び3-メチル-ブタノールからなる群から選択される、態様33又は34記載の単離されたメチニコビア種。
（態様３６）
生物由来化合物を生産する方法であって、態様33〜35のいずれか一項記載の単離されたメチニコビア種を、該生物由来化合物を生産するための条件下で、かつそれに十分な期間培養することを含む、前記方法。
（態様３７）
前記条件が、前記単離されたメチニコビア種を、キシロース及びC3炭素源、C4炭素源、C5炭素源、C6炭素源、又はこれらの組合せを含む培地中で培養することを含む、態様36記載の方法。
（態様３８）
前記条件が、前記微生物を、キシロース並びにセロビオース、ガラクトース、グルコース、アラビトール、ソルビトール、及びグリセロール、又はこれらの組合せからなる群から選択される共基質を含む培地中で培養することを含む、態様36記載の方法。
（態様３９）
前記共基質がグルコースである、態様37記載の方法。
（態様４０）
前記培地がグルコースとキシロースとセロビオースの組合せを含む、態様37記載の方法。
（態様４１）
前記培地がグルコースとキシロースとガラクトースの組合せを含む、態様37記載の方法。
（態様４２）
前記培地がグルコースとキシロースとグリセロールの組合せを含む、態様37記載の方法。
（態様４３）
前記培養することが好気的培養条件を含む、態様36〜42のいずれか一項記載の方法。
（態様４４）
前記培養することが、回分培養、流加培養、又は連続培養を含む、態様36〜43のいずれか一項記載の方法。
（態様４５）
前記生物由来化合物を前記培養物中の他の成分から分離することをさらに含む、態様36〜44のいずれか一項記載の方法。
（態様４６）
前記分離することが、抽出、連続液液抽出、浸透気化、膜濾過、膜分離、逆浸透、電気透析、蒸留、結晶化、遠心分離、抽出濾過、イオン交換クロマトグラフィー、吸収クロマトグラフィー、又は限外濾過を含む、態様45記載の方法。
（態様４７）
態様36〜46のいずれか一項記載の方法によって生産される生物由来化合物。
（態様４８）
態様33〜35のいずれか一項記載のメチニコビア種又は態様47記載の生物由来化合物を含む、組成物。
（態様４９）
キシロースを含む培養培地である、態様48記載の組成物。
（態様５０）
態様33〜35のいずれか一項記載のメチニコビア種が除去されている培養培地である、態様48記載の組成物。
（態様５１）
グリセロール、アラビトール、C7糖アルコール、又はこれらの組合せを、態様36〜46のいずれか一項記載の方法からの不純物として含む、態様48記載の組成物。
（態様５２）
前記C7糖アルコールがボレミトール又はその異性体である、態様51記載の組成物。
（態様５３）
グリセロールもしくはアラビトール、又はその両方の量が、態様33〜35のいずれか一項記載の単離されたメチニコビア種以外の微生物によって生産されるそれぞれのグリセロールもしくはアラビトール、又はその両方の量よりも少なくとも10％、20％、30％、又は40％多い、態様51記載の組成物。
（態様５４）
配列番号37、40、42、44、49、51、52、55、及び56からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
（態様５５）
配列番号57〜78からなる群から選択される核酸配列を含む単離された核酸。
（態様５６）
態様55記載の単離された核酸配列を含むベクター。
（態様５７）
態様56記載のベクターを含む宿主細胞。