【手続補正書】
【提出日】令和3年10月6日(2021.10.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプルの次世代シークエンシングにおいて利用されるアッセイの少なくとも１つのプライマを識別するためのコンピュータ実行方法であって、
１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導された複数の配列リードを、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータから生成するステップと、
前記コンピュータサーバによって、ゲノムデータベース内の前記複数の配列リード内で各配列リードの探索を行うことによって複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を生成するステップと、
前記コンピュータサーバによって、対応する前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチド、および、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを識別するために、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、前記次世代シークエンシングデバイスから受信された前記ゲノムデータと比較するステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を複数のグループにグループ化するステップであって、各グループが、同じＶ−Ｊ素性を有するＶ−Ｊ遺伝子断片を含む、ステップと、
前記複数のグループの各グループについて、
前記コンピュータサーバによって、前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある個々の第２の数のヌクレオチドを整列させるステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある個々の第１の数のヌクレオチドを整列させるステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある前記整列後の個々の第１の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある前記整列後の個々の第２の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、リバースプライマのコンセンサス配列を生成するために、前記コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記次世代シークエンシングアッセイの前記フォワードプライマとして複数のフォワードプライマのコンセンサス配列を識別するステップ、および前記次世代シークエンシングアッセイの前記リバースプライマとして複数のリバースプライマのコンセンサス配列を識別するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
被験者から取得された生体サンプル内の少なくとも１つのクローンＶ−Ｊ遺伝子断片を検出するためのコンピュータ実行方法であって、
１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、被験者から取得されたサンプルと関連付けられた複数の配列リードを次世代シークエンシングデバイスから受信するステップであって、各配列リードが、コーディング遺伝子断片または非コーディング遺伝子断片のうちの少なくとも１つを表す、ステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードの各配列リードについて、対応するトリム後配列リードを生成するために、個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列を取り除くステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードから生成されたトリム後配列リードから、トリム後配列リードの複数のグループを識別するステップであって、各グループが、同じ配列素性のトリム後配列リードを含む、ステップと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセットを形成するために、前記複数のグループのそれぞれから１つのトリム後配列リードを選択するステップと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記選択されたセット内の各トリム後配列リードについて、前記トリム後配列リードを、ヌクレオチド配列とＶ−Ｊ素性との間の関連付けを含むヒトゲノムデータベースと比較することによって、Ｖ−Ｊ素性を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループのグループに対応する各Ｖ−Ｊ素性について、前記グループに含まれるトリム後配列リードの数に基づいて、前記Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループの第１のグループに対応する前記Ｖ−Ｊ素性の前記個々の出現率に基づいて、クローン検出ポリシに基づく前記Ｖ−Ｊ素性の少なくとも１つのクローンを識別するステップと
を含む、方法。
【請求項３】
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片のうちの少なくとも１つまたは複数が、多様性（Ｄ）領域をさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記生体サンプルが、ＤＮＡおよびＲＮＡからなるグループから選択された核酸を含む、請求項１から３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記核酸が、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、記憶Ｔ細胞、ガンマデルタＴ細胞、および制御性Ｔ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＴリンパ球から誘導される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記核酸が、形質細胞、記憶Ｂ細胞、濾胞Ｂ細胞、辺縁帯Ｂ細胞、および制御性Ｂ細胞からなるグループから選択された１つまたは複数のＢリンパ球から誘導される、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記生体サンプルが、リンパ増殖性疾患であると診断された患者、リンパ増殖性疾患を患っていると疑われている患者、または、リンパ増殖性疾患にかかるリスクがある患者から取得される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記リンパ増殖性疾患が、白血病、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、毛様細胞性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、ウィスコット−オールドリッチ症候群、リンパ球変異型過好酸球増加症、移植後リンパ増殖性疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群（ＡＬＰＳ）、またはリンパ球性間質性肺炎である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記サンプルの次世代シークエンシングにおいて利用される前記アッセイが、ＩＧＨ  ＦＲ１アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ２アッセイ、ＩＧＨ  ＦＲ３アッセイ、ＩＧＨＶリーダ体細胞超突然変異アッセイ、ＴＲＧアッセイ、およびＩＧＫアッセイからなるグループから選択される、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記リバースプライマが、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記フォワードプライマが、長さが２０〜３０の間の塩基対である、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記リバースプライマおよび前記フォワードプライマが、ＮＧＳ互換アダプタ配列をさらに含む、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＮＧＳ互換アダプタ配列が、Ｐ５アダプタ、Ｐ７アダプタ、Ｐ１アダプタ、Ａアダプタ、またはＩｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプタである、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記リバースプライマが、前記フォワードプライマとは別個のアダプタ配列を含む、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、前記次世代シークエンシングデバイスから受信された前記ゲノムデータと比較するステップが、前記コンピュータサーバによって、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、生体サンプルから誘導された前記複数の配列リードと比較するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記コンピュータサーバによって、通信チャネルで、前記ゲノムデータベース内の前記複数の配列リードの中で各配列リードの前記探索を行うために、前記ゲノムデータベースにアクセスするステップ
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記コンピュータサーバによって、メモリ内の第１のアレイデータ構造に、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある前記第１の数のヌクレオチドを格納するステップであって、前記第１のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、ステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記第１のアレイデータ構造の前記１次元に沿った各位置において、前記コンセンサスポリシに対応する前記ヌクレオチド素性を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記第１のアレイデータ構造の前記１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定された前記ヌクレオチド素性に基づいて、前記フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するステップと
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記コンピュータサーバによって、メモリ内の第２のアレイデータ構造に、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある前記第２の数のヌクレオチドを格納するステップであって、前記第２のアレイデータ構造の１次元が、ヌクレオチドの配列部位にインデックスを付けられる、ステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記第２のアレイデータ構造の前記１次元に沿った各位置において、前記コンセンサスポリシに対応する前記ヌクレオチド素性を判定するステップと、
前記コンピュータサーバによって、前記第２のアレイデータ構造の前記１次元に沿った少なくとも２つの位置に対して判定された前記ヌクレオチド素性に基づいて、前記リバースプライマのコンセンサス配列を生成するステップと
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
１つまたは複数のプロセッサと、
前記１つまたは複数のプロセッサに連結されたメモリであって、前記１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、
次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導された複数の配列リードを、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータから生成すること、
ゲノムデータベース内の前記複数の配列リード内で各配列リードの探索を行うことによって複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を生成すること、
対応する前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチド、および、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを識別するために、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、前記次世代シークエンシングデバイスから受信された前記ゲノムデータと比較すること、
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を複数のグループにグループ化することであって、各グループが、同じＶ−Ｊ素性を有するＶ−Ｊ遺伝子断片を含む、グループ化すること、
前記複数のグループの各グループについて、
前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある個々の第２の数のヌクレオチドを整列させること、
前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある個々の第１の数のヌクレオチドを整列させること、
前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある前記整列後の個々の第１の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定すること、
前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある前記整列後の個々の第２の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、リバースプライマのコンセンサス配列を生成するために、前記コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定すること、ならびに
前記次世代シークエンシングアッセイの前記フォワードプライマとして複数のフォワードプライマのコンセンサス配列を識別すること、および前記次世代シークエンシングアッセイの前記リバースプライマとして複数のリバースプライマのコンセンサス配列を識別すること
を前記１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する、メモリと
を備える、システム。
【請求項２０】
前記少なくとも１つのプロセッサによって実行されると、
次世代シークエンシングアッセイのフォワードプライマおよびリバースプライマで処理された生体サンプルから誘導された複数の配列リードを、次世代シークエンシングデバイスから受信されたゲノムデータから生成することと、
ゲノムデータベース内の前記複数の配列リード内で各配列リードの探索を行うことによって複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を生成することと、
対応する前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の上流にある第１の数のヌクレオチド、および、前記対応するＶ−Ｊ遺伝子断片の下流にある第２の数のヌクレオチドを識別するために、前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片の各Ｖ−Ｊ遺伝子断片を、前記次世代シークエンシングデバイスから受信された前記ゲノムデータと比較することと、
前記複数のＶ−Ｊ遺伝子断片を複数のグループにグループ化することであって、各グループが、同じＶ−Ｊ素性を有するＶ−Ｊ遺伝子断片を含む、グループ化することと、
前記複数のグループの各グループについて、
前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある個々の第２の数のヌクレオチドを整列させることと、
前記グループ内の前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片について、前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある個々の第１の数のヌクレオチドを整列させることと、
前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の上流にある前記整列後の個々の第１の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、フォワードプライマのコンセンサス配列を生成するために、コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、
前記Ｖ−Ｊ遺伝子断片の下流にある前記整列後の個々の第２の数のヌクレオチドについて、各ヌクレオチド配列部位において、リバースプライマのコンセンサス配列を生成するために、前記コンセンサスポリシに対応するヌクレオチド素性を判定することと、
前記次世代シークエンシングアッセイの前記フォワードプライマとして複数のフォワードプライマのコンセンサス配列を識別すること、および前記次世代シークエンシングアッセイの前記リバースプライマとして複数のリバースプライマのコンセンサス配列を識別することと
を前記少なくとも１つのプロセッサに行わせるプロセッサ実行可能命令を格納するコンピュータ可読ストレージ媒体。
【請求項２１】
１つまたは複数のプロセッサと、
前記１つまたは複数のプロセッサに連結されたメモリであって、前記１つまたは複数のプロセッサによって実行されると、
１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、被験者から取得されたサンプルと関連付けられた複数の配列リードを次世代シークエンシングデバイスから受信することであって、各配列リードが、コーディング遺伝子断片または非コーディング遺伝子断片のうちの少なくとも１つを表す、受信すること、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードの各配列リードについて、対応するトリム後配列リードを生成するために、個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列を取り除くこと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードから生成されたトリム後配列リードから、トリム後配列リードの複数のグループを識別することであって、各グループが、同じ配列素性のトリム後配列リードを含む、識別すること、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセットを形成するために、前記複数のグループのそれぞれから１つのトリム後配列リードを選択すること、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記選択されたセット内の各トリム後配列リードについて、前記トリム後配列リードを、ヌクレオチド配列とＶ−Ｊ素性との間の関連付けを含むヒトゲノムデータベースと比較することによって、Ｖ−Ｊ素性を判定すること、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループのグループに対応する各Ｖ−Ｊ素性について、前記グループに含まれるトリム後配列リードの数に基づいて、前記Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率を判定すること、ならびに
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループの第１のグループに対応する前記Ｖ−Ｊ素性の前記個々の出現率に基づいて、クローン検出ポリシに基づく前記Ｖ−Ｊ素性の少なくとも１つのクローンを識別すること
を前記１つまたは複数のプロセッサに行わせるコンピュータ実行可能命令を格納する、メモリと
を備える、システム。
【請求項２２】
前記少なくとも１つのプロセッサによって実行されると、
１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータサーバによって、被験者から取得されたサンプルと関連付けられた複数の配列リードを次世代シークエンシングデバイスから受信することであって、各配列リードが、コーディング遺伝子断片または非コーディング遺伝子断片のうちの少なくとも１つを表す、受信することと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードの各配列リードについて、対応するトリム後配列リードを生成するために、個々のフォワードプライマ配列および個々のリバースプライマ配列を取り除くことと、
前記コンピュータサーバによって、前記複数の配列リードから生成されたトリム後配列リードから、トリム後配列リードの複数のグループを識別することであって、各グループが、同じ配列素性のトリム後配列リードを含む、識別することと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの選択されたセットを形成するために、前記複数のグループのそれぞれから１つのトリム後配列リードを選択することと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記選択されたセット内の各トリム後配列リードについて、前記トリム後配列リードを、ヌクレオチド配列とＶ−Ｊ素性との間の関連付けを含むヒトゲノムデータベースと比較することによって、Ｖ−Ｊ素性を判定することと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループのグループに対応する各Ｖ−Ｊ素性について、前記グループに含まれるトリム後配列リードの数に基づいて、前記Ｖ−Ｊ素性の個々の出現率を判定することと、
前記コンピュータサーバによって、トリム後配列リードの前記複数のグループの第１のグループに対応する前記Ｖ−Ｊ素性の前記個々の出現率に基づいて、クローン検出ポリシに基づく前記Ｖ−Ｊ素性の少なくとも１つのクローンを識別することと
を前記少なくとも１つのプロセッサに行わせるプロセッサ実行可能命令を格納するコンピュータ可読ストレージ媒体。