【手続補正書】
【提出日】令和3年11月12日(2021.11.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における免疫障害の処置に使用する免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む医薬組成物。
【請求項２】
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株であり、場合により前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株であり、前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）であり、前記医薬組成物は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細胞外小胞（ＥＶ）と、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌とを含み、前記医薬組成物中の前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌粒子の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶであり、前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌粒子の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌であり、前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶタンパク質であり、前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質であり、前記医薬組成物中の前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌脂質の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ脂質であり、前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質であり、前記医薬組成物は、ＥＶから単離された免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含み、前記免疫障害は、アレルギー反応、炎症性疾患、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、遅延型過敏症、自己免疫性心筋炎、肉芽腫、末梢神経障害、橋本甲状腺炎、結腸の炎症、大腸炎、顕微鏡的大腸炎、コラーゲン大腸炎、空置大腸炎、化学的大腸炎、虚血性大腸炎、不確定大腸炎、非定型大腸炎、多発性硬化症、橋本病、アレルギー性疾患、食物アレルギー、花粉症、喘息、感染性疾患、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）による感染、炎症性疾患、ＴＮＦにより媒介される炎症性疾患、胃腸管の炎症性疾患、嚢炎、心血管の炎症状態、アテローム性動脈硬化症、炎症性肺疾患、慢性の閉塞性肺疾患、関節炎、変形性関節症、関節リウマチ、乾癬性関節炎、強直性脊椎炎、急性及び慢性の感染性関節炎、痛風及び偽痛風と関連する関節炎、若年性特発性関節炎、腱炎、滑膜炎、腱鞘炎、滑液包炎、結合織炎、線維筋痛症、上顆炎、筋炎、及び骨炎、パジェット病、恥骨骨炎、嚢胞性線維性骨炎、眼の免疫異常、眼瞼炎、眼瞼皮膚弛緩症、結膜炎、涙腺炎、角膜炎、乾性角結膜炎（ドライアイ）、強膜炎、睫毛乱生症、ぶどう膜炎、神経系免疫、脳炎、ギラン・バレー症候���、髄膜炎、神経性筋強直症、ナルコレプシー、多発性硬化症、脊髄炎、統合失調症、脈管構造及びリンパ系の炎症、関節硬化症、関節炎、静脈炎、血管炎、リンパ管炎、消化器系の免疫障害、胆道炎、胆嚢炎、腸炎（ｅｎｔｅｒｉｔｉｓ）、腸炎（ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｓ）、胃炎、胃腸炎、回腸炎、直腸炎、過敏性腸症候群、顕微鏡的大腸炎、リンパ球プラズマ細胞性腸炎（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ−ｐｌａｓｍｏｃｙｔｉｃ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｓ）、セリアック病、コラーゲン大腸炎、リンパ球性大腸炎、好酸球性腸炎、不確定大腸炎、偽膜性大腸炎（壊死性大腸炎）、虚血性炎症性腸疾患、ベーチェット病、サルコイドーシス、強皮症、ＩＢＤ関連の異形成、異形成関連の腫瘤又は病変、原発性硬化性胆管炎、生殖系の免疫障害、子宮頸管炎、絨毛羊膜炎、子宮内膜炎、精巣上体炎、臍炎、卵巣炎、精巣炎、卵管炎、卵管卵巣膿瘍、尿道炎、腟炎、外陰炎、外陰部痛、自己免疫性状態、急性汎発性全身性脱毛症（ａｃｕｔｅ  ｄｉｓｓｅｍｉｎａｔｅｄ  ａｌｏｐｅｃｉａ  ｕｎｉｖｅｒｓａｌｉｓｅ）、ベーチェット病、シャーガス病、慢性疲労症候群、自律神経障害、脳脊髄炎、強直性脊椎炎、再生不良性貧血、化膿性汗腺炎、自己免疫性肝炎、自己免疫性卵巣炎、セリアック病、１型糖尿病、巨細胞性動脈炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、川崎病、紅斑性狼瘡、顕微鏡的大腸炎、顕微鏡的多発動脈炎、混合性結合組織病、マックル・ウェルズ症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、眼球クローヌス・ミオクローヌス運動失調、視神経炎、オード甲状腺炎（ｏｒｄ’ｓ  ｔｈｙｒｏｉｄｉｔｉｓ）、天疱瘡、結節性多発動脈炎、多発性筋痛、関節リウマチ、ライター症候群、シェーグレン症候群、側頭動脈炎、ウェゲナー肉芽腫症、温式自己免疫性溶血性貧血、間質性膀胱炎、ライム病、モルフェア、乾癬、サルコイドーシス、強皮症、潰瘍性大腸炎、白斑、Ｔ細胞により媒介される過敏性疾患、接触過敏症、接触性皮膚炎、じんま疹、皮膚アレルギー、呼吸アレルギー、枯草熱、アレルギー性鼻炎、チリダニアレルギー、グルテン過敏性腸症、セリアック病、虫垂炎、皮膚炎、皮膚筋炎、心内膜炎、結合織炎、歯肉炎、舌炎、肝炎、化膿性汗腺炎、虹彩炎、喉頭炎、乳腺炎、心筋炎、腎炎、耳炎、膵炎、耳下腺炎、心膜炎、腹膜炎、咽頭炎、胸膜炎、間質性肺炎、前立腺炎（ｐｒｏ
ｓｔａｔｉｓｔｉｓ）、腎盂腎炎、口内炎（ｓｔｏｍａｔｉｓｉ）、移植拒絶反応、急性膵炎、慢性膵炎、急性呼吸促迫症候群、セザール症候群（Ｓｅｘａｒｙ’ｓ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、先天性副腎過形成（ｃｏｎｇｅｎｉｔａｌ  ａｄｒｅｎａｌ  ｈｙｐｅｒｐｌａｓｉｓ）、非化膿性甲状腺炎、癌と関連する高カルシウム血症、天疱瘡、水疱性ヘルペス状皮膚炎（ｂｕｌｌｏｕｓ  ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ  ｈｅｒｐｅｔｉｆｏｒｍｉｓ）、重度の多形性紅斑、剥離性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、季節性又は通年性のアレルギー性鼻炎、気管支喘息、接触性皮膚炎、アトピー性皮膚炎、薬物過敏症反応、アレルギー性結膜炎、角膜炎、眼部帯状疱疹、虹彩炎及び虹彩毛様体炎（ｏｉｒｉｄｏｃｙｃｌｉｔｉｓ）、脈絡網膜炎、視神経炎、症候性サルコイドーシス、劇症性又は播種性の肺結核化学療法、成人の特発性血小板減少性紫斑病、成人の続発性血小板減少症、後天性（自己免疫性）溶血性貧血、成人の白血病及びリンパ腫、小児の急性白血病、局所性腸炎、自己免疫性血管炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、固形臓器移植拒絶反応、敗血症、関節リウマチ、乾癬性関節炎、多発性硬化症、１型糖尿病、喘息、炎症性腸疾患、全身性紅斑性狼瘡、乾癬、慢性閉塞性肺疾患、感染状態を伴う炎症、並びに敗血症から選択され、前記免疫障害は、遅延型過敏症、アレルギー性接触性皮膚炎、自己免疫性心筋炎、１型糖尿病、肉芽腫、末梢神経障害、橋本甲状腺炎、多発性硬化症、関節リウマチ、結腸の炎症、大腸炎、潰瘍性大腸炎、顕微鏡的大腸炎、コラーゲン大腸炎、便流変更性大腸炎、化学的大腸炎、虚血性大腸炎、不確定大腸炎、非定型大腸炎、消化器系疾患、クローン病、又は炎症性腸疾患であり、前記医薬組成物は経口投与されるか、直腸投与されるか、静脈内投与されるか、腫瘍内投与されるか、又は皮下投与される、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
前記医薬組成物中の細菌の少なくとも５０％、少なくとも９０％、又は実質的に全ては免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株であり、前記医薬組成物は少なくとも１×１０６、少なくとも１×１０７、又は少なくとも１×１０８コロニー形成単位（ＣＦＵ）の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、請求項１又は２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含み、場合により前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まず、及び／又は前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含み、且つ表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まない、請求項１〜３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５】
前記医薬組成物が２つ以上の用量で投与され、場合により前記２つ以上の用量の前記対象への投与は少なくとも１日離れており、又は前記２つ以上の用量の投与は少なくとも１週間離れており、前記医薬組成物は生細菌、弱毒化細菌、死滅細菌、放射線を照射された細菌、及び／又はガンマ線を照射された細菌を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６】
前記医薬組成物の投与は前記免疫障害を処置し、場合により前記医薬組成物の投与は免疫反応を誘発する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項７】
前記処置は、追加の治療薬を前記対象に投与することをさらに含み、場合により前記追加の治療薬は、免疫抑制剤、ＤＭＡＲＤ、疼痛制御剤、ステロイド、非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、サイトカイン拮抗薬、シクロスポリン、レチノイド、副腎皮質ステロイド、プロピオン酸誘導体、酢酸誘導体、エノール酸誘導体、フェナム酸誘導体、Ｃｏｘ−２阻害剤、ルミラコキシブ、イブプロフェン、サリチル酸コリンマグネシウム、フェノプロフェン、サルサラート、ジフニサル、トルメチン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、オキサプロジン、インドメタシン、スリンダク、エトドラク、ケトロラック、ナブメトン、ナプロキセン、バルデコキシブ、エトリコキシブ、ＭＫ０９６６；ロフェコキシブ、アセトアミノフェン、セレコキシブ、ジクロフェナク、トラマドール、ピロキシカム、メロキシカム、テノキシカム、ドロキシカム、ロルノキシカム、イソキシカム、メフェナム酸、メクロフェナム酸、フルフェナム酸、トルフェナム酸、バルデコキシブ、パレコキシブ、エトドラク、インドメタシン、アスピリン、イブプロフェン、フィロコキシブ、メトトレキサート（ＭＴＸ）、抗マラリア剤、ヒドロキシクロロキン、クロロキン、スルファサラジン、レフルノミド、アザチオプリン、シクロスポリン、金塩、ミノサイクリン、シクロホスファミド、Ｄ−ペニシラミン、ミノサイクリン、オーラノフィン、タクロリムス、ミオクリシン、クロラムブシル、ＴＮＦアルファ拮抗薬、ＴＮＦアルファ拮抗薬、ＴＮＦアルファレセプター拮抗薬、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、エタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標）；ＴＡ−６５０）、セルトリズマブペゴル（Ｃｉｍｚｉａ（登録商標）；ＣＤＰ８７０）、ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｍ（登録商標）；ＣＮＴＯ  １４８）、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）；ＭａｂＴｈｅｒａ（登録商標））、アバタセプト（Ｏｒｅｎｃｉａ（登録商標））、トシリズマブ（ＲｏＡｃｔｅｍｒａ／Ａｃｔｅｍｒａ（登録商標））、インテグリン拮抗薬、ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標）（ナタリズマブ）、ＩＬ−１拮抗薬、ＡＣＺ８８５（イラリス）、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標）））、ＣＤ４拮抗薬、ＩＬ−２３拮抗薬、ＩＬ−２０拮抗薬、ＩＬ−６拮抗薬、ＢＬｙＳ拮抗薬、アタシセプト、Ｂｅｎｌｙｓｔａ（登録商標）／ＬｙｍｐｈｏＳｔａｔ−Ｂ（登録商標）（ベリムマブ））、ｐ３８阻害剤、ＣＤ２０拮抗薬、オクレリズマブ、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標）））、インターフェロンガンマ拮抗薬、フォントリズマブ、プレドニゾロン、プレドニゾン、デキサメタゾン、コルチゾール、コルチゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、ベタメタゾン、トリアムシノロン、ベクロメタゾン、フルドロコルチゾン、デオキシコルチコステロン、アルドステロン、ドキシサイクリン、バンコマイシン、ピオグリタゾン、ＳＢＩ−０８７、ＳＣＩＯ−４６９、Ｃｕｒａ−１００、オンコキシン＋ビウシド、ＴｗＨＦ、メトキサレン、ビタミンＤ−エルゴカルシフェロール、ミルナシプラン、パクリタキセル、ロージング���ゾン、タクロリムス、Ｐｒｏｇｒａｆ（登録商標）、ＲＡＤＯＯｌ、ラパミューン、ラパマイシン、フォスタマチニブ、フェンタニル、ＸＯＭＡ  ０５２、フォスタマチニブ二ナトリウム、ロシグリタゾン、クルクミン、Ｌｏｎｇｖｉｄａ（商標）、ロスバスタチン、マラビロク、ラミピニル、ミルナシプラン、コビプロストン、ソマトロピン、ｔｇＡＡＣ９４遺伝子治療用ベクター、ＭＫ０３５９、ＧＷ８５６５５３、エソメプラゾール、エベロリムス、トラスツズマブ、ＪＡＫｌ阻害剤及びＪＡＫ２阻害剤、パンＪＡＫ阻害剤、例えば、四環系ピリドン６（Ｐ６）、３２５、ＰＦ−９５６９８０、デノスマブ、ＩＬ−６拮抗薬、ＣＤ２０拮抗薬、ＣＴＬＡ４拮抗薬、ＩＬ−８拮抗薬、ＩＬ−２１拮抗薬、ＩＬ−２２拮抗薬、インテグリン拮抗薬、Ｔｙｓａｒｂｒｉ（登録商標）（ナタリズマブ）、ＶＧＥＦ拮抗薬、ＣＸＣＬ拮抗薬、ＭＭＰ拮抗薬、デフェンシン拮抗薬、ＩＬ−１拮抗薬、ＩＬ−１ベータ拮抗薬、ＩＬ−２３拮抗薬、レセプターデコイ、拮抗性抗体、副腎皮質ステロイド、メサラジン、メサラミン、スルファサラジン、スルファサラジン誘導体、免疫抑制薬、シクロスポリンＡ、メルカプトプリン、アザチオプリン、プレドニゾン、メトトレキサート、抗ヒスタミン薬、グルココルチコイド、エピネフリン、テオフィリン、クロモグリク酸ナトリウム、抗ロイコトリエン、鼻炎用の抗コリン薬、ＴＬＲ拮抗薬、インフラマソーム阻害剤、抗コリン性うっ血除去薬、肥満細胞安定化薬、モノクローナル抗ＩｇＥ抗体、ワクチン、サイトカイン阻害剤、抗ＩＬ−６抗体、ＴＮＦ阻害剤、インフリキシマブ、アダリムマブ、セルトリズマブペゴル、ゴリムマブ、並びにエタネルセプトからなる群から選択され、又は場合により前記追加の治療薬は抗生物質であり、前記抗生物質が、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリドノン、ペニシリン、ポリペプチド抗生物質、キノロン、フルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、抗マイコバクテリア化合物、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１〜６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項８】
前記処置は、第２の治療用細菌及び／又はプレバイオティックを前記対象に投与することをさらに含み、前記プレバイオティックは、フルクトオリゴ糖、ガラクトオリゴ糖、トランス−ガラクトオリゴ糖、キシロオリゴ糖、キトオリゴ糖、大豆オリゴ糖、ゲンチオオリゴ糖、イソマルトオリゴ糖、マンノオリゴ糖、マルトオリゴ糖、マンナンオリゴ糖、ラクツロース、ラクトスクロース、パラチノース、グリコシルスクロース、グアーガム、アラビアゴム、タガロース（ｔａｇａｌｏｓｅ）、アミロース、アミロペクチン、ペクチン、キシラン、又はシクロデキストリンである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項９】
前記対象はヒト又は非ヒト哺乳動物であり、前記非ヒト哺乳動物が、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ブタ、ロバ、ヤギ、ラクダ、マウス、ラット、モルモット、ヒツジ、ラマ、サル、ゴリラ、及びチンパンジーからなる群から選択され、前記処置は第２の細菌を生態学的コンソーシアムの一部として投与することを含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
【請求項１１】
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株であり、前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株であり、及び／又は前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）である、請求項１０に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
前記医薬組成物は、経口投与用に、直腸投与用に、静脈内投与用に、腫瘍内投与用に、又は皮下投与用に製剤化されており、場合により前記医薬組成物中の細菌の少なくとも５０％、少なくとも９０％、及び／又は実質的に全ては免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株であり、前記医薬組成物は少なくとも１×１０６、少なくとも１×１０７、又は少なくとも１×１０８コロニー形成単位（ＣＦＵ）の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含み、前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含み、場合により前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まず、及び／又は前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含み、且つ表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まず、前記医薬組成物は生細菌、弱毒化細菌、死滅細菌、放射線を照射された細菌、及び／又はガンマ線を照射された細菌を含み、前記医薬組成物の投与は免疫障害を処置し、及び／又は免疫反応を誘発し、場合により前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は腸溶コーティング又はマイクロカプセル化で製剤化されており、前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表４で列挙された１種若しくは複数種のタンパク質、及び／又は表４で列挙されたタンパク質で作られたＥＰＳを含まない、請求項１０又は１１に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
単離された免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細胞外小胞（ＥＶ）、又は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細胞外小胞（ＥＶ）及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌、又はＥＶから単離された免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む医薬組成物であって、前記医薬組成物中のラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌粒子の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶであり、前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌粒子の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌であり、前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％��２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶタンパク質であり、前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質であり、前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌脂質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ脂質であり、前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏ��ｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質であり、前記医薬組成物は菌体外多糖を実質的に含まないものであり、前記医薬組成物は、経口投与用に、直腸投与用に、静脈内投与用に、腫瘍内投与用に、又は皮下投与用に製剤化されており、前記医薬組成物は生細菌、弱毒化細菌、及び／又は死滅細菌を含み、前記医薬組成物の投与は免疫障害を処置し、及び／又は免疫反応を誘発し、及び／又は前記ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは腸溶コーティング又はマイクロカプセル化で製剤化されている、前記医薬組成物。
【請求項１４】
対象における免疫障害の処置に使用する請求項１０〜１３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の細菌を含むバイオリアクタであって、場合により前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａのヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株であり、前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａのヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株であり、前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂのヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株であり、及び／又は前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂのヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、前記バイオリアクタ。
【請求項１６】
バイオリアクタ中で細菌を培養する方法であって、
請求項１５に記載のバイオリアクタを準備すること、及び
一定期間にわたり前記細菌を発酵させること
を含む、前記方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
いくつかの実施形態では、対象は哺乳類である。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象は非ヒト哺乳類（例えば、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ブタ、ロバ、ヤギ、ラクダ、マウス、ラット、モルモット、ヒツジ、ラマ、サル、ゴリラ、又はチンパンジー）である。
本発明はまた、以下に関する。
［項目１］
対象の免疫障害を処置する方法であって、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む細菌組成物を前記対象に投与することを含む方法。
［項目２］
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、項目１に記載の方法。
［項目３］
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、項目１に記載の方法。
［項目４］
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）である、項目１に記載の方法。
［項目５］
前記細菌組成物は、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細胞外小胞（ＥＶ）と、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌とを含む、項目４に記載の方法。
［項目６］
前記医薬組成物中の前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌粒子の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶである、項目５に記載の方法。
［項目７］
前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌粒子の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌である、項目５に記載の方法。
［項目８］
前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶタンパク質である、項目５に記載の方法。
［項目９］
前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質である、項目５に記載の方法。
［項目１０］
前記医薬組成物中の前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌脂質の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ脂質である、項目５に記載の方法。
［項目１１］
前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質である、項目５に記載の方法、項目１０３に記載の細菌組成物。
［項目１２］
前記細菌組成物は、ＥＶから単離された免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む、項目１に記載の方法。
［項目１３］
前記免疫障害は、アレルギー反応、炎症性疾患、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、遅延型過敏症、自己免疫性心筋炎、肉芽腫、末梢神経障害、橋本甲状腺炎、結腸の炎症、大腸炎、顕微鏡的大腸炎、コラーゲン大腸炎、空置大腸炎、化学的大腸炎、虚血性大腸炎、不確定大腸炎、非定型大腸炎、多発性硬化症、橋本病、アレルギー性疾患、食物アレルギー、花粉症、喘息、感染性疾患、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）による感染、炎症性疾患、ＴＮＦにより媒介される炎症性疾患、胃腸管の炎症性疾患、嚢炎、心血管の炎症状態、アテローム性動脈硬化症、炎症性肺疾患、慢性の閉塞性肺疾患、関節炎、変形性関節症、関節リウマチ、乾癬性関節炎、強直性脊椎炎、急性及び慢性の感染性関節炎、痛風及び偽痛風と関連する関節炎、若年性特発性関節炎、腱炎、滑膜炎、腱鞘炎、滑液包炎、結合織炎、線維筋痛症、上顆炎、筋炎、及び骨炎、パジェット病、恥骨骨炎、嚢胞性線維性骨炎、眼の免疫異常、眼瞼炎、眼瞼皮膚弛緩症、結膜炎、涙腺炎、角膜炎、乾性角結膜炎（ドライアイ）、強膜炎、睫毛乱生症、ぶどう膜炎、神経系免疫、脳炎、ギラン・バレー症候群、髄膜炎、神経性筋強直症、ナルコレプシー、多発性硬化症、脊髄炎、統合失調症、脈管構造及びリンパ系の炎症、関節硬化症、関節炎、静脈炎、血管炎、リンパ管炎、消化器系の免疫障害、胆道炎、胆嚢炎、腸炎（ｅｎｔｅｒｉｔｉｓ）、腸炎（ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｓ）、胃炎、胃腸炎、回腸炎、直腸炎、過敏性腸症候群、顕微鏡的大腸炎、リンパ球プラズマ細胞性腸炎（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ−ｐｌａｓｍｏｃｙｔｉｃ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｓ）、セリアック病、コラーゲン大腸炎、リンパ球性大腸炎、好酸球性腸炎、不確定大腸炎、偽膜性大腸炎（壊死性大腸炎）、虚血性炎症性腸疾患、ベーチェット病、サルコイドーシス、強皮症、ＩＢＤ関連の異形成、異形成関連の腫瘤又は病変、原発性硬化性胆管炎、生殖系の免疫障害、子宮頸管炎、絨毛羊膜炎、子宮内膜炎、精巣上体炎、臍炎、卵巣炎、精巣炎、卵管炎、卵管卵巣膿瘍、尿道炎、腟炎、外陰炎、外陰部痛、自己免疫性状態、急性汎発性全身性脱毛症（ａｃｕｔｅ  ｄｉｓｓｅｍｉｎａｔｅｄ  ａｌｏｐｅｃｉａ  ｕｎｉｖｅｒｓａｌｉｓｅ）、ベーチェット病、シャーガス病、慢性疲労症候群、自律神経障害、脳脊髄炎、強直性脊椎炎、再生不良性貧血、化膿性汗腺炎、自己免疫性肝炎、自己免疫性卵巣炎、セリアック病、１型糖尿病、巨細胞性動脈炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、川崎病、紅斑性狼瘡、顕微鏡的大腸炎、顕微鏡的多発動脈炎、混合性結合組織病、マックル・ウェルズ症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、眼球クローヌス・ミオクローヌス運動失調、視神経炎、オード甲状腺炎（ｏｒｄ’ｓ  ｔｈｙｒｏｉｄｉｔｉｓ）、天疱瘡、結節性多発動脈炎、多発性筋痛、関節リウマチ、ライター症候群、シェーグレン症候群、側頭動脈炎、ウェゲナー肉芽腫症、温式自己免疫性溶血性貧血、間質性膀胱炎、ライム病、モルフェア、乾癬、サルコイドーシス、強皮症、潰瘍性大腸炎、白斑、Ｔ細胞により媒介される過敏性疾患、接触過敏症、接触性皮膚炎、じんま疹、皮膚アレルギー、呼吸アレルギー、枯草熱、アレルギー性鼻炎、チリダニアレルギー、グルテン過敏性腸症、セリアック病、虫垂炎、皮膚炎、皮膚筋炎、心内膜炎、結合織炎、歯肉炎、舌炎、肝炎、化膿性汗腺炎、虹彩炎、喉頭炎、乳腺炎、心筋炎、腎炎、耳炎、膵炎、耳下腺炎、心膜炎、腹膜炎、咽頭炎、胸膜炎、間質性肺炎、前立腺炎（ｐｒｏｓｔａｔｉｓｔｉｓ）、腎盂腎炎、口内炎（ｓｔｏｍａｔｉｓｉ）、移植拒絶反応、急性膵炎、慢性膵炎、急性呼吸促迫症候群、セザール症候群（Ｓｅｘａｒｙ’ｓ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、先天性副腎過形成（ｃｏｎｇｅｎｉｔａｌ  ａｄｒｅｎａｌ  ｈｙｐｅｒｐｌａｓｉｓ）、非化膿性甲状腺炎、癌と関連する高カルシウム血症、天疱瘡、水疱性ヘルペス状皮膚炎（ｂｕｌｌｏｕｓ  ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ  ｈｅｒｐｅｔｉｆｏｒｍｉｓ）、重度の多形性紅斑、剥離性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、季節性又は通年性のアレルギー性鼻炎、気管支喘息、接触性皮膚炎、アトピー性皮膚炎、薬物過敏症反応、アレルギー性結膜炎、角膜炎、眼部帯状疱疹、虹彩炎及び虹彩毛様体炎（ｏｉｒｉｄｏｃｙｃｌｉｔｉｓ）、脈絡網膜炎、視神経炎、症候性サルコイドーシス、劇症性又は播種性の肺結核化学療法、成人の特発性血小板減少性紫斑病、成人の続発性血小板減少症、後天性（自己免疫性）溶血性貧血、成人の白血病及びリンパ腫、小児の急性白血病、局所性腸炎、自己免疫性血管炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、固形臓器移植拒絶反応、敗血症、関節リウマチ、乾癬性関節炎、多発性硬化症、１型糖尿病、喘息、炎症性腸疾患、全身性紅斑性狼瘡、乾癬、慢性閉塞性肺疾患、感染状態を伴う炎症、並びに敗血症から選択される、項目１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
［項目１４］
前記免疫障害は、遅延型過敏症、アレルギー性接触性皮膚炎、自己免疫性心筋炎、１型糖尿病、肉芽腫、末梢神経障害、橋本甲状腺炎、多発性硬化症、関節リウマチ、結腸の炎症、大腸炎、潰瘍性大腸炎、顕微鏡的大腸炎、コラーゲン大腸炎、便流変更性大腸炎、化学的大腸炎、虚血性大腸炎、不確定大腸炎、非定型大腸炎、消化器系疾患、クローン病、又は炎症性腸疾患である、項目１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
［項目１５］
前記細菌組成物を経口投与するか、直腸投与するか、静脈内投与するか、腫瘍内投与するか、又は皮下投与する、項目１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
［項目１６］
前記細菌組成物中の細菌の少なくとも５０％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、項目１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
［項目１７］
前記細菌組成物中の細菌の少なくとも９０％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、項目１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
［項目１８］
前記細菌組成物中の細菌の実質的に全ては免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、項目１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
［項目１９］
前記細菌組成物は少なくとも１×１０６コロニー形成単位（ＣＦＵ）の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、項目１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
［項目２０］
前記細菌組成物は少なくとも１×１０７ＣＦＵの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、項目１９に記載の方法。
［項目２１］
前記細菌組成物は少なくとも１×１０８ＣＦＵの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、項目１に記載の方法。
［項目２２］
前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含む、項目１に記載の方法。
［項目２３］
前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まない、項目１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
［項目２４］
前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含み、且つ表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まない、項目２２又は２３に記載の方法組成物。
［項目２５］
前記細菌組成物を２つ以上の用量で投与する、項目１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
［項目２６］
前記２つ以上の用量の前記対象への投与は少なくとも１日離れている、項目２５に記載の方法。
［項目２７］
前記２つ以上の用量の投与は少なくとも１週間離れている、項目２６に記載の方法。
［項目２８］
前記細菌組成物は生細菌を含む、項目１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
［項目２９］
前記細菌組成物は弱毒化細菌を含む、項目１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
［項目３０］
前記細菌組成物は死滅細菌を含む、項目１〜２９のいずれか一項に記載の方法。
［項目３１］
前記細菌組成物は放射線を照射された細菌を含む、項目３０に記載の方法。
［項目３２］
前記細菌組成物はガンマ線を照射された細菌を含む、項目３０に記載の方法。
［項目３３］
前記細菌組成物の投与により前記免疫障害を処置する、項目１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
［項目３４］
前記細菌組成物の投与により免疫反応を誘発する、項目１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
［項目３５］
前記方法は、追加の治療薬を前記対象に投与することをさらに含む、項目１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
［項目３６］
前記追加の治療薬は、免疫抑制剤、ＤＭＡＲＤ、疼痛制御剤、ステロイド、非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、サイトカイン拮抗薬、シクロスポリン、レチノイド、副腎皮質ステロイド、プロピオン酸誘導体、酢酸誘導体、エノール酸誘導体、フェナム酸誘導体、Ｃｏｘ−２阻害剤、ルミラコキシブ、イブプロフェン、サリチル酸コリンマグネシウム、フェノプロフェン、サルサラート、ジフニサル、トルメチン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、オキサプロジン、インドメタシン、スリンダク、エトドラク、ケトロラック、ナブメトン、ナプロキセン、バルデコキシブ、エトリコキシブ、ＭＫ０９６６；ロフェコキシブ、アセトアミノフェン、セレコキシブ、ジクロフェナク、トラマドール、ピロキシカム、メロキシカム、テノキシカム、ドロキシカム、ロルノキシカム、イソキシカム、メフェナム酸、メクロフェナム酸、フルフェナム酸、トルフェナム酸、バルデコキシブ、パレコキシブ、エトドラク、インドメタシン、アスピリン、イブプロフェン、フィロコキシブ、メトトレキサート（ＭＴＸ）、抗マラリア剤、ヒドロキシクロロキン、クロロキン、スルファサラジン、レフルノミド、アザチオプリン、シクロスポリン、金塩、ミノサイクリン、シクロホスファミド、Ｄ−ペニシラミン、ミノサイクリン、オーラノフィン、タクロリムス、ミオクリシン、クロラムブシル、ＴＮＦアルファ拮抗薬、ＴＮＦアルファ拮抗薬、ＴＮＦアルファレセプター拮抗薬、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、エタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標）；ＴＡ−６５０）、セルトリズマブペゴル（Ｃｉｍｚｉａ（登録商標）；ＣＤＰ８７０）、ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｍ（登録商標）；ＣＮＴＯ  １４８）、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）；ＭａｂＴｈｅｒａ（登録商標））、アバタセプト（Ｏｒｅｎｃｉａ（登録商標））、トシリズマブ（ＲｏＡｃｔｅｍｒａ／Ａｃｔｅｍｒａ（登録商標））、インテグリン拮抗薬、ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標）（ナタリズマブ）、ＩＬ−１拮抗薬、ＡＣＺ８８５（イラリス）、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標）））、ＣＤ４拮抗薬、ＩＬ−２３拮抗薬、ＩＬ−２０拮抗薬、ＩＬ−６拮抗薬、ＢＬｙＳ拮抗薬、アタシセプト、Ｂｅｎｌｙｓｔａ（登録商標）／ＬｙｍｐｈｏＳｔａｔ−Ｂ（登録商標）（ベリムマブ））、ｐ３８阻害剤、ＣＤ２０拮抗薬、オクレリズマブ、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標）））、インターフェロンガンマ拮抗薬、フォントリズマブ、プレドニゾロン、プレドニゾン、デキサメタゾン、コルチゾール、コルチゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、ベタメタゾン、トリアムシノロン、ベクロメタゾン、フルドロコルチゾン、デオキシコルチコステロン、アルドステロン、ドキシサイクリン、バンコマイシン、ピオグリタゾン、ＳＢＩ−０８７、ＳＣＩＯ−４６９、Ｃｕｒａ−１００、オンコキシン＋ビウシド、ＴｗＨＦ、メトキサレン、ビタミンＤ−エルゴカルシフェロール、ミルナシプラン、パクリタキセル、ロージングタゾン、タクロリムス、Ｐｒｏｇｒａｆ（登録商標）、ＲＡＤＯＯｌ、ラパミュ���ン、ラパマイシン、フォスタマチニブ、フェンタニル、ＸＯＭＡ  ０５２、フォスタマチニブ二ナトリウム、ロシグリタゾン、クルクミン、Ｌｏｎｇｖｉｄａ（商標）、ロスバスタチン、マラビロク、ラミピニル、ミルナシプラン、コビプロストン、ソマトロピン、ｔｇＡＡＣ９４遺伝子治療用ベクター、ＭＫ０３５９、ＧＷ８５６５５３、エソメプラゾール、エベロリムス、トラスツズマブ、ＪＡＫｌ阻害剤及びＪＡＫ２阻害剤、パンＪＡＫ阻害剤、例えば、四環系ピリドン６（Ｐ６）、３２５、ＰＦ−９５６９８０、デノスマブ、ＩＬ−６拮抗薬、ＣＤ２０拮抗薬、ＣＴＬＡ４拮抗薬、ＩＬ−８拮抗薬、ＩＬ−２１拮抗薬、ＩＬ−２２拮抗薬、インテグリン拮抗薬、Ｔｙｓａｒｂｒｉ（登録商標）（ナタリズマブ）、ＶＧＥＦ拮抗薬、ＣＸＣＬ拮抗薬、ＭＭＰ拮抗薬、デフェンシン拮抗薬、ＩＬ−１拮抗薬、ＩＬ−１ベータ拮抗薬、ＩＬ−２３拮抗薬、レセプターデコイ、拮抗性抗体、副腎皮質ステロイド、メサラジン、メサラミン、スルファサラジン、スルファサラジン誘導体、免疫抑制薬、シクロスポリンＡ、メルカプトプリン、アザチオプリン、プレドニゾン、メトトレキサート、抗ヒスタミン薬、グルココルチコイド、エピネフリン、テオフィリン、クロモグリク酸ナトリウム、抗ロイコトリエン、鼻炎用の抗コリン薬、ＴＬＲ拮抗薬、インフラマソーム阻害剤、抗コリン性うっ血除去薬、肥満細胞安定化薬、モノクローナル抗ＩｇＥ抗体、ワクチン、サイトカイン阻害剤、抗ＩＬ−６抗体、ＴＮＦ阻害剤、インフリキシマブ、アダリムマブ、セルトリズマブペゴル、ゴリムマブ、並びにエタネルセプトからなる群から選択される、項目３５に記載の方法。
［項目３７］
前記追加の治療薬は抗生物質である、項目３５又は３６に記載の方法。
［項目３８］
前記抗生物質が、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリドノン、ペニシリン、ポリペプチド抗生物質、キノロン、フルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、抗マイコバクテリア化合物、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項目３７に記載の方法。
［項目３９］
前記方法は、第２の治療用細菌を前記対象に投与することをさらに含む、項目３５〜３８のいずれか一項に記載の方法。
［項目４０］
前記方法は、前記対象にプレバイオティックを投与することをさらに含む、項目１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
［項目４１］
前記プレバイオティックは、フルクトオリゴ糖、ガラクトオリゴ糖、トランス−ガラクトオリゴ糖、キシロオリゴ糖、キトオリゴ糖、大豆オリゴ糖、ゲンチオオリゴ糖、イソマルトオリゴ糖、マンノオリゴ糖、マルトオリゴ糖、マンナンオリゴ糖、ラクツロース、ラクトスクロース、パラチノース、グリコシルスクロース、グアーガム、アラビアゴム、タガロース（ｔａｇａｌｏｓｅ）、アミロース、アミロペクチン、ペクチン、キシラン、又はシクロデキストリンである、項目４０に記載の方法。
［項目４２］
前記対象はヒトである、項目１〜４１のいずれか一項に記載の方法。
［項目４３］
前記対象が非ヒト哺乳動物である、項目１〜４１のいずれか一項に記載の方法。
［項目４４］
前記哺乳動物が、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ブタ、ロバ、ヤギ、ラクダ、マウス、ラット、モルモット、ヒツジ、ラマ、サル、ゴリラ、又はチンパンジーからなる群から選択される、項目４３に記載の方法。
［項目４５］
第２の細菌を生態学的コンソーシアムの一部として投与する、項目１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
［項目４６］
免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株と、薬学的に許容される担体とを含む細菌組成物。
［項目４７］
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、項目４６に記載の細菌組成物。
［項目４８］
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）のヌクレオチド配列に対して少なくとも９９．９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、項目４６に記載の細菌組成物。
［項目４９］
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株はラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａ（ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２５３６８）である、項目４６に記載の細菌組成物。
［項目５０］
前記細菌組成物は、経口投与用に、直腸投与用に、静脈内投与用に、腫瘍内投与用に、又は皮下投与用に製剤化されている、項目４６〜４９のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目５１］
前記細菌組成物中の細菌の少なくとも５０％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、項目４６〜５０のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目５２］
前記細菌組成物中の細菌の少なくとも９０％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、項目４６〜５０のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目５３］
前記細菌組成物中の細菌の実質的に全ては免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株である、項目４６〜５２のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目５４］
前記細菌組成物は少なくとも１×１０６コロニー形成単位（ＣＦＵ）の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、項目４６〜５３のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目５５］
前記細菌組成物は少なくとも１×１０７ＣＦＵの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、項目５４に記載の細菌組成物。
［項目５６］
前記細菌組成物は少なくとも１×１０８ＣＦＵの免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株を含む、項目５４に記載の細菌組成物。
［項目５７］
前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含む、項目５６に記載の細菌組成物。
［項目５８］
前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まない、項目４６〜５７のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目５９］
前記ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表６で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含み、且つ表５で特定されたアミノ酸配列を有するタンパク質を含まないか、又は実質的に含まない、項目５６に記載の細菌組成物。
［項目６０］
前記細菌組成物は生細菌を含む、項目４６〜５９のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目６１］
前記細菌組成物は弱毒化細菌を含む、項目４６〜６０のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目６２］
前記細菌組成物は死滅細菌を含む、項目４６〜６０のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目６３］
前記細菌組成物は放射線を照射された細菌を含む、項目４６〜６２のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目６４］
前記細菌組成物はガンマ線を照射された細菌を含む、項目６３に記載の細菌組成物。
［項目６５］
前記細菌組成物の投与により免疫障害を処置する、項目４６〜６４のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目６６］
前記細菌組成物の投与により免疫反応を誘発する、項目４６〜６５のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目６７］
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は腸溶コーティング又はマイクロカプセル化で製剤化されている、項目４６〜６６のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目６８］
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表１で列挙されている１種若しくは複数種のタンパク質を含むか、又は表３からの１種若しくは複数種のタンパク質を含まない、項目４６〜６７のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目６９］
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表２で列挙された１種又は複数種のタンパク質を含む、項目４６〜６８のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目７０］
前記免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株は、表４で列挙された１種若しくは複数種のタンパク質、及び／又は表４で列挙されたタンパク質で作られたＥＰＳを含まない、項目４６〜６９のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目７１］
単離された免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細胞外小胞（ＥＶ）を含む細菌組成物。
［項目７２］
免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細胞外小胞（ＥＶ）と、免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌とを含む細菌組成物。
［項目７３］
前記医薬組成物中のラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌粒子の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶである、項目７１に記載の細菌組成物。
［項目７４］
前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌粒子の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌である、項目７１に記載の細菌組成物。
［項目７５］
前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶタンパク質である、項目７１に記載の細菌組成物。
［項目７６］
前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌タンパク質である、項目７１に記載の細菌組成物。
［項目７７］
前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び細菌脂質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ脂質である、項目７１に記載の細菌組成物。
［項目７８］
前記医薬組成物中の免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株のＥＶ及び免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌脂質である、項目７１に記載の細菌組成物。
［項目７９］
ＥＶから単離された免疫調節性ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）株の細菌を含む細菌組成物。
［項目８０］
前記細菌組成物は菌体外多糖を実質的に含まない、項目４６〜７９のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目８１］
前記細菌組成物は、経口投与用に、直腸投与用に、静脈内投与用に、腫瘍内投与用に、又は皮下投与用に製剤化されている、項目４６〜８０のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目８２］
前記細菌組成物は生細菌を含む、項目４６〜８１のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目８３］
前記細菌組成物は弱毒化細菌を含む、項目４６〜８１のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目８４］
前記細菌組成物は死滅細菌を含む、項目４６〜８１のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目８５］
前記細菌組成物の投与により免疫障害を処置する、項目４６〜８４のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目８６］
前記細菌組成物の投与により免疫反応を誘発する、項目４６〜８５のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目８７］
前記ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａは腸溶コーティング又はマイクロカプセル化で製剤化されている、項目４６〜８６のいずれか一項に記載の細菌組成物。
［項目８８］
対象の免疫障害を処置する方法であって、項目４６〜８７のいずれか一項に記載の細菌組成物を前記対象に投与することを含む方法。
［項目８９］
ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）の細菌を含むバイオリアクタ。
［項目９０］
前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａのヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、項目８９に記載のバイオリアクタ。
［項目９１］
前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ａのヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、項目８９に記載のバイオリアクタ。
［項目９２］
前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂのヌクレオチド配列に対して少なくとも９０％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、項目８９に記載のバイオリアクタ。
［項目９３］
前記細菌は、ラクトコッカス・ラクティス・クレモリス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ）株Ｂのヌクレオチド配列に対して少なくとも９９％のゲノム配列同一性、１６Ｓ配列同一性、及び／又はＣＲＩＳＰＲ配列同一性を含む株である、項目８９に記載のバイオリアクタ。
［項目９４］
バイオリアクタ中で細菌を培養する方法であって、
項目８９〜９３のいずれか一項に記載のバイオリアクタを準備すること、
及び
一定期間にわたり前記細菌を発酵させること
を含む方法。