【手続補正書】
【提出日】令和3年6月21日(2021.6.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１以上のネオペプチドをコードする組換えポックスウイルスを含んでなる、個別化癌ワクチンであって、
いくつかのネオペプチドは２〜１５個のネオペプチドの１以上の融合体の形態で、前記組換えポックスウイルスにより発現され、
前記融合体は、いずれのＴＭセグメントも含まず、かつ、０．１以下のハイドロパシースコアを示す、前記個別化癌ワクチン。
【請求項２】
前記組換えポックスウイルスが、ワクシニアウイルスである、請求項１に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項３】
前記組換えワクシニアウイルスが、改変ウイルスアンカラ（ＭＶＡ）ウイルスである、請求項２に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項４】
前記組換えポックスウイルスによりコードされる前記１以上のネオペプチドの各々が、１以上の腫瘍特異的突然変異を含んでなる、請求項１〜３のいずれか一項に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項５】
前記ネオペプチドの少なくとも６０％が、ミスセンスまたはフレームシフト突然変異を含んでなる、請求項４に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項６】
ミスセンス突然変異を含んでなる前記ネオペプチドが、１８〜２９残基の長さを有し、かつ、フレームシフト突然変異を含んでなる前記ネオペプチドが、３０〜８０アミノ酸残基の長さを有する、請求項５に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項７】
ミスセンス突然変異を有するネオペプチドの少なくとも８０％が、中心の位置で置換アミノ酸を有する、請求項５または６に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項８】
前記１以上のネオペプチドが、１６〜９０アミノ酸残基の長さを有する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項９】
前記融合体が、疎水性に対して負のスコアをとる、請求項１〜８のいずれか一項に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項１０】
前記組換えポックスウイルスが、２または３個の融合体をコードし、ここで、
各融合体が、５〜１０個のネオペプチドを含んでなり；
各融合体が、第１のネオペプチドのＮ末端に、および各ネオペプチドの間に、リンカーを含んでなり；
各融合体が、前記融合体のＮ末端にシグナルペプチドを含んでなり；かつ
各融合体が、
負のグローバル疎水性スコアおよび／または０．１以下のグローバルハイドロパシースコアを示し、かつ
いずれの潜在的なＴＭセグメントも含まない、請求項１〜９のいずれか一項に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項１１】
各融合体が前記融合体のＣ末端にタグをさらに含んでなる、請求項１０に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項１２】
前記組換えウイルスが、１〜３個のカセットであって、各々が、ｐ１１ｋ７．５、ｐＨ５Ｒ、ｐ７．５Ｋ、およびｐＢ２Ｒからなる群から選択されるワクシニアプロモーターの転写制御下にある５〜１０個のネオペプチドの融合体の発現のためのカセットである前記１〜３個のカセットを含んでなる組換えＭＶＡである、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項１３】
前記組換えポックスウイルスが、１以上の治療遺伝子をさらにコードする、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項１４】
前記１以上の治療遺伝子が、自殺遺伝子および免疫賦活遺伝子からなる群から選択される、請求項１３に記載の個別化癌ワクチン。
【請求項１５】
組換えポックスウイルスによりコードされるのに好適な１以上のネオペプチドを同定する工程を含んでなる、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の個別化癌ワクチンを調製する方法であって、前記１以上のネオペプチドが、１以上の腫瘍特異的突然変異を含んでなる、前記方法。
【請求項１６】
前記方法が、同定工程を含んでなり、
前記同定工程が、以下のサブ工程ａ）〜ｄ）：
ａ）腫瘍サンプルおよび非腫瘍サンプルからＤＮＡを抽出する工程、
ｂ）標的領域を選択する工程、
ｃ）前記抽出ＤＮＡから前記標的領域を配列決定する工程、ならびに
ｄ）前記腫瘍サンプルおよび前記非腫瘍サンプルから得られるＤＮＡ配列を比較することにより、１以上の腫瘍特異的突然変異を同定すること、
を含んでなる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記標的領域が、ゲノムの全コード領域である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記腫瘍サンプルが、腫瘍生検であり、かつ、前記非腫瘍サンプルが、生体液、細胞学的材料または生検である、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記同定工程が、以下のさらなるサブ工程ｅ）〜ｉ）：
ｅ）ｍＲＮＡ転写レベル、またはタンパク質翻訳レベルのいずれかで、腫瘍中の発現レベル別に潜在的なネオペプチドをランク付けする工程；
ｆ）非自己発現腫瘍特異的突然変異を選択する工程；
ｇ）前記ネオペプチドに含まれるネオエピトープの免疫能を予測する工程；
ｈ）ネオエピトープ自体におけるおよび／またはいくつかのネオペプチドを含んでなるネオペプチド融合体における潜在的なＴＭセグメントの存在を予測する工程；
ｉ）疎水性の程度別に潜在的なネオペプチドおよび／またはネオペプチド融合体をランク付けする工程
の１以上をさらに含んでなる、請求項１５〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記工程ｉ）が、前記ネオペプチドおよび／または前記ネオペプチド融合体が負のグローバル疎水性スコアおよび／または０．１以下のグローバルハイドロパシースコアを示すように、ネオペプチドおよび／またはネオペプチド融合体を選択する工程を含んでなる、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記方法が、前記組換えポックスウイルスを作製する工程をさらに含んでなる、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記組換えポックスウイルスのゲノムに挿入される前記１以上のネオペプチドをコードする核酸分子が、対象における発現を可能にする好適な調節エレメントの制御下で１以上の発現カセット内に配置される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記１以上のネオペプチドをコードする前記核酸分子または発現カセットが、親ポックスウイルスのゲノムに挿入されて、前記組換えポックスウイルスが作製され、前記親ポックスウイルスが、ネオペプチドをコードする核酸分子または発現カセットのために選択される挿入部位においてクローン化された蛍光レポーター遺伝子を含んでなる、請求項２１または２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記蛍光レポーターが、ＧＦＰ（緑色蛍光タンパク質）、ｅＧＦＰ（高感度緑色蛍光タンパク質）、ＡｍＣｙａｎ１蛍光タンパク質およびｍＣｈｅｒｒｙからなる群から選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記組換えポックスウイルスを作製する前記工程が、前記蛍光レポーターのヌクレオチド配列において少なくとも１つの二本鎖切断を生じることができるエンドヌクレアーゼによる切断のさらなる工程であって、前記エンドヌクレアーゼが、前記ポックスウイルスのゲノムを切断しない前記さらなる工程を含んでなる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記エンドヌクレアーゼが、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）／Ｃａｓ９ヌクレアーゼおよび蛍光レポーター遺伝子内に独特な切断部位を有する制限酵素からなる群から選択される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記組換えポックスウイルスを作製する前記工程が、２〜０．０５の間に含まれる親に対する組換えの比で、最大４週間で前記組換えポックスウイルスを作製することを可能とする、請求項２１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記方法が、製造工程をさらに含んでなり、前記製造工程が、好適なプロデューサー細胞中で好適な規模まで増幅する工程、および生産された組換えポックスウイルスを細胞培養物から回収する工程を含んでなる、請求項１５〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記製造工程が、前記回収された組換えポックスウイルスを精製する工程をさらに含んでなる、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
ａ）前記プロデューサー細胞が、ニワトリ胚線維芽細胞（ＣＥＦ）である；
ｂ）生産された組換えポックスウイルスを回収する前記工程が、前記プロデューサー細胞膜が破壊される溶解工程を含んでなる；かつ／あるいは、
ｃ）前記精製工程が、タンジェンシャルフロー濾過（ＴＦＦ）工程を含んでなる、請求項２８または２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記製造工程が、個別化癌ワクチンに関して、少なくとも１０９ｐｆｕの生産に達する、請求項２８〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
請求項１〜１４のいずれか一項に記載の、または請求項１５〜３１のいずれか一項に記載の方法に従って得られる、個別化癌ワクチンの治療上有効な量と、薬学上許容可能なビヒクルとを含んでなる組成物。
【請求項３３】
個々の用量に対する前記治療上有効な量が、およそ５×１０７ｐｆｕ〜およそ１０９ｐｆｕである、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３４】
対象において癌を治療するまたはその再発を予防するために、それを必要とする対象において使用するための、請求項３２または３３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３５】
前記癌が固形腫瘍である、請求項３４に記載の使用のための組成物。
【請求項３６】
前記固形腫瘍が、
ａ）脳癌、胚芽腫、生殖細胞腫瘍、中枢神経系非定型奇形／ラブドイド腫瘍、頭蓋咽頭腫、上衣腫、神経膠腫および膠芽腫ならびに頭頸部癌、
ｂ）肺癌、または、
ｃ）卵巣癌
から選択される、請求項３５に記載の使用のための組成物。
【請求項３７】
前記肺癌が、
ａ）ＮＳＣＬＣ、または、
ｂ）肺腺癌、肺扁平上皮癌および肺大細胞癌である、請求項３６に記載の使用のための組成物。
【請求項３８】
前記組成物が、
ａ）静脈内、皮下、筋肉内または腫瘍内注射により患者に投与される、あるいは、
ｂ）癌の治療において有用性を有する１以上のさらなる抗癌療法と併用して投与される、請求項３４〜３７のいずれか一項に記載の使用のための組成物。