【手続補正書】
【提出日】令和3年7月20日(2021.7.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ウイルス遺伝子療法のレシピエントにおいて免疫応答の回避における使用のための免疫回避組成物であって、
ウイルス遺伝子療法は、生物学的に活性なポリペプチドをコードするウイルスベクターをレシピエントに投与することを含み、
免疫回避組成物は、生物学的に活性なポリペプチドのオルソログであるオルソログポリペプチド、又はオルソログポリペプチドをコードする第2のウイルスベクターを含み、
免疫回避組成物は、免疫回避組成物の投与に際してレシピエントにおける免疫交差反応性を回避するのに十分な量で、ウイルス遺伝子療法の前又は後に投与され、かつ
免疫回避組成物は、動脈内、心臓内、髄腔内、脳室下、硬膜外、脳内、脳室内、網膜下、硝子体内、関節内、眼内、子宮内、皮内、経皮、経粘膜、又は吸入での送達用に製剤化されている、免疫回避組成物。
【請求項２】
ウイルスベクター及び第2のウイルスベクターがアデノ随伴ウイルス（AAV）ベクターであり、かつウイルスベクター及び第2のウイルスベクターが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAVDJ、及びそれらの変異体からなるAAVセロタイプの群から独立に選択される、請求項１に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項３】
ウイルスベクター及び第2のウイルスベクターが異なるAAVセロタイプのものである、請求項１または請求項２に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項４】
ウイルスベクター及び第2のウイルスベクターが同じAAVセロタイプのものである、請求項１または請求項２に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項５】
a.ウイルス遺伝子療法を動物モデルに適用すること；
b.免疫回避組成物を動物モデルに投与すること；
c.動物モデルから得られる血清の酵素結合免疫吸着法（ELISA）を用いて全抗体反応を測定すること；及び
d.ウイルス遺伝子療法組成物を2回投与された同等の動物モデルと比較して、免疫回避組成物に対する全抗体反応の減少を検出すること
によって決定した場合に、ウイルス遺伝子療法及び免疫回避組成物の投与後のレシピエントの免疫応答が、ウイルス遺伝子療法のレシピエントへの2回の連続した適用と比べて、少なくとも1倍低下している、請求項１〜４のいずれか一項に記載に使用のための免疫回避組成物。
【請求項６】
抗体反応がB細胞応答を含む、請求項５に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項７】
レシピエントが疾患、障害、又は状態を有する、請求項１〜６のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項８】
疾患、障害、又は状態が、色覚異常、アデノシンデアミナーゼ(ADA)欠損症、アルファ-1-アンチトリプシン欠損症、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、芳香族アミノ酸脱炭酸酵素欠損症、Batten病、コロイデレミア、Crigler Najjar症候群、嚢胞性線維症、脆弱X症候群、血友病、B型肝炎、C型肝炎、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、ハンチントン病、Leber先天黒内障、黄斑変性症、メープルシロップ尿症(MSUD)、ムコ多糖症(I-LX)、多発性硬化症、筋ジストロフィー、筋緊張性ジストロフィー、神経線維腫症1型、オルニチントランスカルバミラーゼ欠損症、先天性爪肥厚症、パーキンソン病、フェニルケトン尿症、多発性嚢胞腎疾患、Pompe病、網膜変性症、Rett症候群、くる病、脊髄性筋萎縮症、重症複合免疫不全症、鎌状赤血球症、Smith-Lemli-Opitz症候群、Y連鎖性非閉塞性精子形成不全、サラセミア、Tay-Sachs病、Wilson病、心血管疾患、代謝症候群、疼痛管理、及びX連鎖性網膜分離症からなる群から選択される、請求項７に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項９】
免疫回避組成物がウイルス遺伝子療法の少なくとも3週間後に投与される、請求項１〜８のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項１０】
免疫回避組成物がウイルス遺伝子療法の少なくとも6週間後に投与される、請求項９に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項１１】
生物学的に活性なポリペプチドとオルソログポリペプチドとが、5個より多い連続したアミノ酸を共有しない、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項１２】
生物学的に活性なポリペプチドとオルソログポリペプチドとが、実質的に同等な生物学的活性を含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項１３】
生物学的に活性なポリペプチド及びオルソログポリペプチドが、独立に、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（CRISPR）システム、CRISPRエンドヌクレアーゼ、CRISPR結合タンパク質（Cas）タンパク質、又はその任意の組合せに由来する、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項１４】
生物学的に活性なポリペプチド及びオルソログポリペプチドが、CRISPRシステムに由来し、独立に、CRISPR結合タンパク質9（Cas 9）又はその改変型を含む、請求項１３に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項１５】
生物学的に活性なポリペプチド及びオルソログポリペプチドが、独立に、化膿レンサ球菌Cas9（spCas9）、黄色ブドウ球菌Cas9（saCas9）、B・ロングムCas9、A・ムイシニフィリアCas9、及びO・ラネウスCas9からなる群から選択されるCas9ポリペプチドである、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項１６】
生物学的に活性なポリペプチド又はオルソログポリペプチドが、独立に、表１から選択される配列に対して少なくとも70％の配列相同性を有する配列を含む、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項１７】
(i)ガイドRNA（gRNA）、
(ii)gRNAをコードするベクター、
(iii)導入遺伝子、又は
(iv)その任意の組合せ
をさらに含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項１８】
gRNA、又はgRNAをコードするベクターをさらに含み、gRNAが表２又は表３から選択される配列に対して少なくとも70％の同一性を有する、請求項１７に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項１９】
ウイルスベクター又は第2のウイルスベクターの少なくとも１つが、器官又は組織特異的プロモーターを含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項２０】
免疫回避組成物がオルソログポリペプチドをコードする第2のウイルスベクターを含み、
第2のウイルスベクターはガイドRNA（gRNA）をさらにコードし、
gRNAは表２又は表３から選択される配列に対して少なくとも95％の同一性を有し、
ウイルスベクター及び第2のウイルスベクターはAAV5ベクターであり、
生物学的に活性なポリペプチド及びオルソログポリペプチドが、独立に、化膿レンサ球菌Cas9（spCas9）、黄色ブドウ球菌Cas9（saCas9）、B・ロングムCas9、A・ムイシニフィリアCas9、及びO・ラネウスCas9からなる群から選択され、かつ
レシピエントが、筋ジストロフフィー、Rett症候群、又はオルニチントランスカルバミラーゼ欠損症からなる群から選択される疾患、状態、又は障害を有する、請求項１、２、又は４〜１９のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項２１】
免疫回避組成物がオルソログポリペプチドをコードする第2のウイルスベクターを含み、
第2のウイルスベクターはガイドRNA（gRNA）をさらにコードし、
gRNAは表２又は表３から選択される配列に対して少なくとも95％の同一性を有し、
ウイルスベクター及び第2のウイルスベクターはAAV9ベクターであり、
生物学的に活性なポリペプチド及びオルソログポリペプチドが、独立に、化膿レンサ球菌Cas9（spCas9）、黄色ブドウ球菌Cas9（saCas9）、B・ロングムCas9、A・ムイシニフィリアCas9、及びO・ラネウスCas9からなる群から選択され、かつ
レシピエントが、筋ジストロフフィー、Rett症候群、又はオルニチントランスカルバミラーゼ欠損症からなる群から選択される疾患、状態、又は障害を有する、請求項１、２、又は４〜１９のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項２２】
免疫回避組成物が、
a.オルソログポリペプチドをコードする第2のウイルスベクター、及び
b.ガイドRNA（gRNA）をコードする第3のウイルスベクター
を含み、
gRNAは表２又は表３から選択される配列に対して少なくとも95％の同一性を有し、
ウイルスベクター、第2のウイルスベクター、及び第3のウイルスベクターは、AAV5ベクターであり、かつ
レシピエントはヒト対象であり、筋ジストロフフィー、Rett症候群、又はオルニチントランスカルバミラーゼ欠損症からなる群から選択される疾患、状態、又は障害を有する、請求項１、２、又は４〜２０のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項２３】
免疫回避組成物が、
a.オルソログポリペプチドをコードする第2のウイルスベクター、及び
b.ガイドRNA（gRNA）をコードする第3のウイルスベクター
を含み、
gRNAは表２又は表３から選択される配列に対して少なくとも95％の同一性を有し、
ウイルスベクター、第2のウイルスベクター、及び第3のウイルスベクターは、AAV9ベクターであり、かつ
レシピエントはヒト対象であり、筋ジストロフフィー、Rett症候群、又はオルニチントランスカルバミラーゼ欠損症からなる群から選択される疾患、状態、又は障害を有する、請求項１、２、４〜１９、又は２１のいずれか一項に記載の使用のための免疫回避組成物。
【請求項２４】
a.クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（CRISPR）結合タンパク質9（Cas9）ポリペプチドをコードするウイルスベクターであって、Cas9ポリペプチドが化膿レンサ球菌Cas9（spCas9）、黄色ブドウ球菌Cas9（saCas9）、B・ロングムCas9、A・ムイシニフィリアCas9、及びO・ラネウスCas9からなる群から選択される、ウイルスベクター、並びに
b.ガイドRNA（gRNA）をコードする第2のウイルスベクターであって、gRNAが表２又は表３における配列に対して少なくとも70％の同一性を有する配列を含む、第2のウイルスベクター
を含むキットであって、
(i)ウイルスベクターを動物モデルに投与すること；
(ii)第2のウイルスベクターを動物モデルに投与すること；
(iii)動物モデルから得られる血清の酵素結合免疫吸着法（ELISA）を用いて全抗体反応を測定すること；及び
(iv)ウイルスベクターを2回投与された同等の動物モデルと比較して、第2のウイルスベクターに対する全抗体反応の減少を検出すること
によって決定した場合に、第2のウイルスベクターの投与後のウイルスベクターのレシピエントの免疫応答が、ウイルスベクターのレシピエントへの2回の連続した投与と比べて、少なくとも1倍低下している、キット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
非限定的な例示的態様は、Cas9が必要なレジメンを投与されている対象における免疫応答を回避する方法、及び/又は対象における遺伝子編集若しくは遺伝子制御の方法、及び/又は遺伝子編集若しくは遺伝子制御を必要とする対象を治療する方法であって、免疫直交の2つ以上のCas9タンパク質を順次対象に投与するステップを含む方法に関する。一部の実施形態において、免疫直交のCas9タンパク質は、5つ超の連続したアミノ酸のアミノ酸配列を共有しない。一部の実施形態において、免疫直交のCas9タンパク質は、主要組織適合性複合体(MHC)に対する親和性を共有しない。一部の実施形態において、免疫直交のCas9タンパク質3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、8つ以上、9つ以上、又は10以上が順次投与される。一部の実施形態において、免疫直交の各Cas9タンパク質は、別個の種の細菌由来のCas9である。一部の実施形態において、免疫直交のCas9タンパク質は、化膿レンサ球菌Cas9(spCas9)、黄色ブドウ球菌Cas9(saCas9)、B・ロングムCas9、A・ムイシニフィリアCas9、又はO・ラネウスCas9から選択される。一部の実施形態において、免疫直交のCas9タンパク質はspCas9及びsaCas9を含む。一部の実施形態において、2つ以上のCas9タンパク質のうち少なくとも1つは、対象に投与した際の免疫原性が低下するように改変される。一部の実施形態において、2つ以上のCas9タンパク質のうち少なくとも1つは、上記に開示される方法に従って改変される。一部の実施形態において、2つ以上のCas9タンパク質又は前記Cas9タンパク質をコードするポリヌクレオチドのうち少なくとも1つはAAVベクターに含まれる。一部の実施形態において、AAVベクターはAAV5ベクターである。一部の実施形態において、AAVベクターはAAVカプシドに含まれる。一部の実施形態において、2つ以上のCas9タンパク質又は前記Cas9タンパク質をコードするポリヌクレオチドがAAVベクターに含まれる。一部の実施形態において、各AAVベクターはAAVカプシドに含まれ、任意にAAVカプシドは互いに免疫直交である。一部の実施形態において、方法は1つ以上のガイドRNAを対象に投与するステップをさらに含む。一部の実施形態において、ガイドRNAは、色覚異常、アデノシンデアミナーゼ(ADA)欠損症、アルファ-1-アンチトリプシン欠損症、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、芳香族アミノ酸脱炭酸酵素欠損症、Batten病、コロイデレミア、Crigler Najjar症候群、嚢胞性線維症、脆弱X症候群、血友病、B型肝炎、C型肝炎、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、Huntington病、Leber先天黒内障、黄斑変性症、メープルシロップ尿症(MSUD)、ムコ多糖症(I-IX)、多発性硬化症、筋ジストロフィー、筋緊張性ジストロフィー、神経線維腫症1型、オルニチントランスカルバミラーゼ欠損症、先天性爪肥厚症、パーキンソン病、フェニルケトン尿症、多発性嚢胞腎疾患、Pompe病、網膜変性症、Rett症候群、くる病、脊髄性筋萎縮症、重症複合免疫不全症、鎌状赤血球症、Smith-Lemli-Opitz症候群、Y連鎖性非閉塞性精子形成不全、サラセミア、Tay-Sachs病、Wilson病、心血管疾患、代謝症候群、疼痛管理、及びX連鎖性網膜分離症の群から選択される疾患、障害、又は状態を治療するために選択される。
本発明はまた、以下に関する。
［項目１］
タンパク質を生成する方法であって、
主要組織適合性複合体(MHC)に対する親和性を有するタンパク質の1つ以上の領域を特定するステップ、及び
改変領域がMHCに対する親和性を有しないように、1つ以上のアミノ酸置換によって、MHCに対する親和性を有するタンパク質の1つ以上の領域を改変するステップ
を含み、
改変タンパク質又は改変タンパク質をコードするポリヌクレオチドを対象に投与した際、生じる改変タンパク質が免疫サイレントである、
方法。
［項目２］
MHCに対する親和性が高親和性である、項目1に記載の方法。
［項目３］
少なくとも1つの置換アミノ酸が、MHCタンパク質コア残基として機能しないアミノ酸である、項目1又は2に記載の方法。
［項目４］
タンパク質が、シチジンデアミナーゼ、アデノシンデアミナーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ、Cas9、又はAAVカプシドタンパク質の群から選択される、項目1から3のいずれか一項に記載の方法。
［項目５］
タンパク質がCas9である、項目4に記載の方法。
［項目６］
Cas9がSpCas9である、項目5に記載の方法。
［項目７］
項目1から6のいずれか一項に記載の方法に従って産生される改変Cas9タンパク質。
［項目８］
表1で提供されるアミノ酸改変のうち1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、8つ以上、9つ以上、10以上、15以上、又は20以上を含む改変Cas9タンパク質。
［項目９］
項目7又は8に記載の改変Cas9タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチド。
［項目１０］
項目9に記載の単離されたポリヌクレオチドを含むベクター。
［項目１１］
ベクターがAAVベクターであり、任意にAAVベクターがAAV5である、項目10に記載のベクター。
［項目１２］
項目11に記載のベクターを含むAAVカプシド。
［項目１３］
AAVカプシドタンパク質のうち1つ以上が、項目1から4のいずれか一項に記載の方法に従って改変されている、項目12に記載のAAVカプシド。
［項目１４］
Cas9が必要なレジメンを投与されている対象における免疫応答を回避する方法であって、免疫直交の2つ以上のCas9タンパク質を順次対象に投与するステップを含む方法。
［項目１５］
対象における遺伝子編集又は遺伝子制御の方法であって、免疫直交の2つ以上のCas9タンパク質を順次対象に投与するステップを含む方法。
［項目１６］
遺伝子編集又は遺伝子制御を必要とする対象を治療する方法であって、免疫直交の2つ以上のCas9タンパク質、又は前記Cas9タンパク質をコードするポリヌクレオチドを順次対象に投与するステップを含む方法。
［項目１７］
免疫直交のCas9タンパク質が、5つ超の連続したアミノ酸のアミノ酸配列を共有しない、項目14から16のいずれか一項に記載の方法。
［項目１８］
免疫直交のCas9タンパク質が、主要組織適合性複合体(MHC)に対する親和性を共有しない、項目14から17のいずれか一項に記載の方法。
［項目１９］
3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、8つ以上、9つ以上、又は10以上の免疫直交のCas9タンパク質が順次投与される、項目14から18のいずれか一項に記載の方法。
［項目２０］
免疫直交の各Cas9タンパク質が、別個の種の細菌由来のCas9である、項目14から19のいずれか一項に記載の方法。
［項目２１］
免疫直交のCas9タンパク質が、化膿レンサ球菌Cas9(spCas9)、黄色ブドウ球菌Cas9(saCas9)、B・ロングムCas9、A・ムイシニフィリアCas9、又はO・ラネウスCas9から選択される、項目20に記載の方法。
［項目２２］
免疫直交のCas9タンパク質がspCas9及びsaCas9を含む、項目21に記載の方法。
［項目２３］
2つ以上のCas9タンパク質のうち少なくとも1つが、対象に投与した際の免疫原性が低下するように改変される、項目14から22のいずれか一項に記載の方法。
［項目２４］
2つ以上のCas9タンパク質のうち少なくとも1つが、項目1から6のいずれか一項に記載の方法に従って改変される、項目23に記載の方法。
［項目２５］
2つ以上のCas9タンパク質又は前記Cas9タンパク質をコードするポリヌクレオチドのうち少なくとも1つがAAVベクターに含まれる、項目14から24のいずれか一項に記載の方法。
［項目２６］
AAVベクターがAAV5ベクターである、項目25に記載の方法。
［項目２７］
AAVベクターがAAVカプシドに含まれる、項目25又は26に記載の方法。
［項目２８］
2つ以上のCas9タンパク質又は前記Cas9タンパク質をコードするポリヌクレオチドがAAVベクターに含まれる、項目25から27のいずれか一項に記載の方法。
［項目２９］
各AAVベクターがAAVカプシドに含まれ、任意にAAVカプシドが互いに免疫直交である、項目28に記載の方法。
［項目３０］
1つ以上のガイドRNAを対象に投与するステップをさらに含む、項目14から29のいずれか一項に記載の方法。
［項目３１］
ガイドRNAが、色覚異常、アデノシンデアミナーゼ(ADA)欠損症、アルファ-1-アンチトリプシン欠損症、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、芳香族アミノ酸脱炭酸酵素欠損症、Batten病、コロイデレミア、Crigler Najjar症候群、嚢胞性線維症、脆弱X症候群、血友病、B型肝炎、C型肝炎、ホモ接合性家族性高コレステロール血症、Huntington病、Leber先天黒内障、黄斑変性症、メープルシロップ尿症(MSUD)、ムコ多糖症(I-IX)、多発性硬化症、筋ジストロフィー、筋緊張性ジストロフィー、神経線維腫症1型、オルニチントランスカルバミラーゼ欠損症、先天性爪肥厚症、パーキンソン病、フェニルケトン尿症、多発性嚢胞腎疾患、Pompe病、網膜変性症、Rett症候群、くる病、脊髄性筋萎縮症、重症複合免疫不全症、鎌状赤血球症、Smith-Lemli-Opitz症候群、Y連鎖性非閉塞性精子形成不全、サラセミア、Tay-Sachs病、Wilson病、心血管疾患、代謝症候群、疼痛管理、及びX連鎖性網膜分離症の群から選択される疾患、障害、又は状態を治療するために選択される、項目30に記載の方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４２】
2020513814.tif 000001
2020513814.tif 000002
2020513814.tif 000003
2020513814.tif 000004
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2020513814.tif 000009
2020513814.tif 000010
2020513814.tif 000011
2020513814.tif 000012
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１８】
2020513814.tif 000013
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２５２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２５２】
【表１】
2020513814.tif 000014
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２５３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２５３】
【表２】
2020513814.tif 000015
2020513814.tif 000016
2020513814.tif 000017
2020513814.tif 000018
2020513814.tif 000019
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２５４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２５４】
【表３】
2020513814.tif 000020
2020513814.tif 000021
2020513814.tif 000022
2020513814.tif 000023