【手続補正書】
【提出日】令和3年9月17日(2021.9.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
触媒的に不活性なＣａｓ１３エフェクタータンパク質（ｄＣａｓ１３）、または前記触媒的に不活性なＣａｓ１３エフェクタータンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、エンジニアリングされた天然に存在しない系。
【請求項２】
前記ｄＣａｓ１３タンパク質が、Ｃ末端、Ｎ末端、または両方で短縮される、請求項１に記載の系。
【請求項３】
前記ｄＣａｓ１３が、前記Ｃ末端上の少なくとも２０、少なくとも４０、少なくとも６０、少なくとも８０、少なくとも１００、少なくとも１２０、少なくとも１４０、少なくとも１６０、少なくとも１８０、少なくとも２００、少なくとも２２０、少なくとも２４０、少なくとも２６０、または少なくとも３００アミノ酸短縮されるか、または、
前記ｄＣａｓ１３が、前記Ｎ末端上の少なくとも２０、少なくとも４０、少なくとも６０、少なくとも８０、少なくとも１００、少なくとも１２０、少なくとも１４０、少なくとも１６０、少なくとも１８０、少なくとも２００、少なくとも２２０、少なくとも２４０、少なくとも２６０、または少なくとも３００アミノ酸短縮される、
請求項２に記載の系。
【請求項４】
前記Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質の短縮型が、Ｃ末端Δ９８４−１０９０、Ｃ末端Δ１０２６−１０９０、Ｃ末端Δ１０５３−１０９０、Ｃ末端Δ９３４−１０９０、Ｃ末端Δ８８４−１０９０、Ｃ末端Δ８３４−１０９０、Ｃ末端Δ７８４−１０９０、またはＣ末端Δ７３４−１０９０で短縮されており、前記短縮のアミノ酸位置が、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．Ｐ５−１２５  Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応するか、または
前記Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質の短縮型が、Ｃ末端Δ７９５−１０９５で短縮されており、前記短縮のアミノ酸位置が、Ｒｉｅｍｅｒｅｌｌａ  ａｎａｔｉｐｅｓｔｉｆｅｒ  Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応するか、または、
前記Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質の短縮型が、Ｃ末端Δ８７５−１１７５、Ｃ末端Δ８９５−１１７５、Ｃ末端Δ９１５−１１７５、Ｃ末端Δ９３５−１１７５、Ｃ末端Δ９５５−１１７５、Ｃ末端Δ９７５−１１７５、Ｃ末端Δ９９５−１１７５、Ｃ末端Δ１０１５−１１７５、Ｃ末端Δ１０３５−１１７５、Ｃ末端Δ１０５５−１１７５、Ｃ末端Δ１０７５−１１７５、Ｃ末端Δ１０９５−１１７５、Ｃ末端Δ１１１５−１１７５、Ｃ末端Δ１１３５−１１７５、Ｃ末端Δ１１５５−１１７５で短縮されており、アミノ酸位置が、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｕｌａｅ  Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応するか、または
前記Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質の短縮型が、Ｎ末端Δ１−１２５、Ｎ末端Δ１−８８、またはＮ末端Δ１−７２で短縮されており、前記短縮のアミノ酸位置が、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．Ｐ５−１２５  Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応する、
請求項２に記載の系。
【請求項５】
前記ｄＣａｓ１３が、前記Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質のＨＥＰＮドメインで、Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質の短縮型を含む、請求項１に記載の系。
【請求項６】
前記Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質が、Ｃａｓ１３ａ、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃまたはＣａｓ１３ｄである、請求項１に記載の系。
【請求項７】
機能性成分をさらに含む、または前記ヌクレオチド配列が、前記機能性成分をさらにコードする、請求項１に記載の系。
【請求項８】
前記機能性成分が、塩基編集成分である、請求項７に記載の系。
【請求項９】
前記塩基編集成分が、アデノシンデアミナーゼ、シチジンデアミナーゼ、またはその触媒ドメインを含む、請求項８に記載の系。
【請求項１０】
前記アデノシンデアミナーゼ、前記シチジンデアミナーゼ、またはその前記触媒ドメインが、前記ｄＣａｓ１３に融合される、請求項９に記載の系。
【請求項１１】
前記アデノシンデアミナーゼ、前記シチジンデアミナーゼ、またはその前記触媒ドメインが、リンカーによって、前記ｄＣａｓ１３に融合される、請求項１０に記載の系。
【請求項１２】
前記アデノシンデアミナーゼ、前記シチジンデアミナーゼ、またはその前記触媒ドメインが、前記ｄＣａｓ１３の内部ループに挿入される、請求項９に記載の系。
【請求項１３】
前記アデノシンデアミナーゼ、前記シチジンデアミナーゼ、またはその前記触媒ドメインが、アダプタータンパク質に連結される、請求項９に記載の系。
【請求項１４】
前記アダプタータンパク質が、ＭＳ２、ＰＰ７、Ｑβ、Ｆ２、ＧＡ、ｆｒ、ＪＰ５０１、Ｍ１２、Ｒ１７、ＢＺ１３、ＪＰ３４、ＪＰ５００、ＫＵ１、Ｍ１１、ＭＸ１、ＴＷ１８、ＶＫ、ＳＰ、ＦＩ、ＩＤ２、ＮＬ９５、ＴＷ１９、ＡＰ２０５、φＣｂ５、φＣｂ８ｒ、φＣｂ１２ｒ、φＣｂ２３ｒ、７ｓ及びＰＲＲ１から選択される、請求項１３に記載の系。
【請求項１５】
前記アデノシンデアミナーゼ、前記シチジンデアミナーゼ、またはその前記触媒ドメインが、ヒト、頭足類、またはＤｒｏｓｏｐｈｉｌａタンパク質である、請求項９に記載の系。
【請求項１６】
前記ｄＣａｓ１３が、スプリットＣａｓ１３エフェクタータンパク質である、請求項１に記載の系。
【請求項１７】
前記スプリットＣａｓ１３エフェクタータンパク質が、第１のスプリットＣａｓ１３エフェクタータンパク質であり、第２のスプリットＣａｓ１３エフェクタータンパク質に融合して、触媒的に活性なＣａｓ１３エフェクタータンパク質を形成することができる、請求項１６に記載の系。
【請求項１８】
前記第１及び前記第２のＣａｓ１３エフェクタータンパク質の融合が、誘導性である、請求項１７に記載の系。
【請求項１９】
前記機能性成分が、転写因子またはその活性ドメインである、請求項７に記載の系。
【請求項２０】
前記ｄＣａｓ１３が、前記転写因子またはその前記活性ドメインと融合される、請求項１９に記載の系。
【請求項２１】
ガイド配列をさらに含む、請求項１に記載の系。
【請求項２２】
請求項１〜２１のいずれか１項に記載のｄＣａｓ１３をコードする１つ以上のベクターを含む、ベクター系。
【請求項２３】
請求項１〜２１のいずれか１項に記載の系を含む、インビトロまたはエキソビボの宿主細胞もしくはその子孫または細胞株もしくはその子孫。
【請求項２４】
請求項１〜２１のいずれか１項に記載の系を細胞に送達することを含む、標的配列のプログラム可能なかつ標的化された塩基編集の方法、ただし、ヒトの治療方法は除く。
【請求項２５】
目的の前記標的配列を決定すること、及び前記標的配列に存在するアデニンまたはシチジンを最も効率的に脱アミノ化するアデノシンデアミナーゼ、シチジンデアミナーゼ、またはその触媒ドメインを選択することをさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記脱アミノ化が、病原性Ｔ（Ｕ）→Ｃ、Ａ→Ｇ、Ｇ→Ａ、またはＣ→Ｔ点突然変異を含む転写物によって引き起こされる疾患を治す、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
標的遺伝子座での核酸の改変方法であって、
（１）請求項１〜２１のいずれか１項に記載の系であって、前記ｄＣａｓ１３は、第１のスプリットＣａｓ１３エフェクタータンパク質である、前記系、及び（２）第２のスプリットＣａｓ１３エフェクタータンパク質であって、前記第１及び前記第２のスプリットＣａｓ１３エフェクタータンパク質は、触媒的に活性なＣａｓ１３エフェクタータンパク質を形成することができる、前記第２のスプリットＣａｓ１３エフェクタータンパク質、を送達することを含む、前記方法、ただし、ヒトの治療方法は除く。
【請求項２８】
細胞中の標的遺伝子の調節方法であって、
請求項１〜２１のいずれか１項に記載の系を送達することを含み、前記ｄＣａｓ１３は、転写因子またはその活性ドメインに融合される、前記方法、ただし、ヒトの治療方法は除く。