【手続補正書】
【提出日】令和3年7月15日(2021.7.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
必要とする対象において形質細胞疾患を検出する方法であって、
前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと；
ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること；
各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること；
前記スコアを所定のカットオフ値と比較すること；及び
前記スコアが前記所定のカットオフ値以上の場合に、前記対象の形質細胞疾患の存在を特定すること、又は前記スコアが前記所定のカットオフ値未満の場合に、前記対象に形質細胞疾患が存在しないことを特定することであり、ここで前記所定のカットオフ値は０〜１００の段階で２０であること、
を含む、前記方法。
【請求項２】
形質細胞疾患を有すると特定された前記対象は、薬物療法で治療可能である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
対象における形質細胞疾患が安定性であるか進行性であるかを判定する方法であって、
前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと；
ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること；
各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること；
前記スコアを所定のカットオフ値と比較すること；及び
前記スコアが前記所定のカットオフ値以上の場合に、前記形質細胞疾患が進行性であることを特定すること、又は前記スコアが前記所定のカットオフ値未満の場合に、前記形質細胞疾患が安定性であることを特定することであり、ここで前記所定のカットオフ値は０〜１００の段階で４０であること、
を含む、前記方法。
【請求項４】
形質細胞疾患を有する対象の疾患再発のリスクを判定する方法であって、
治療後の前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと；
ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること；
各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること；
前記スコアを所定のカットオフ値と比較すること；及び
前記スコアが前記所定のカットオフ値以上の場合に、前記対象は疾患再発のリスクが高いことを特定すること、又は前記スコアが前記所定のカットオフ値未満の場合に、前記対象は疾患再発のリスクは低いことを特定することであり、ここで前記所定のカットオフ値は０〜１００の段階で４０であること、
を含む、前記方法。
【請求項５】
形質細胞疾患を有する対象による治療に対する反応を判定する方法であって、
第一の時点で前記対象の第一の試験サンプルから、前記第一の試験サンプルを少なくとも３１個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３１個のバイオマーカーの第一の発現レベルを決定すること、前記少なくとも３１個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１を含むこと；
第二の時点で前記対象の第二の試験サンプルから、前記第二の試験サンプルを前記少なくとも３１個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３１個のバイオマーカーの第二の発現レベルを決定すること、前記第二の時点は、前記第一の時点後であり、前記対象への前記治療の実施後であること；
前記第一の発現レベルを前記第二の発現レベルと比較すること；及び
前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に低下した場合、前記対象が前記治療に反応性を有することを特定すること、
を含む、前記方法。
【請求項６】
前記第一の時点が、前記対象への前記治療の実施前である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記第一の時点が、前記対象への前記治療の実施後である、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記治療が標的療法を含む、請求項５から７の何れか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記標的療法がプロテアソーム阻害剤を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも２５％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している、請求項５から９の何れか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記形質細胞疾患が、意義不明の単クローン性γグロブリン血症（ＭＧＵＳ）又は骨髄腫である、請求項１から１０の何れか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子は、ＡＬＧ９、ＳＥＰＮ、ＹＷＨＡＱ、ＶＰＳ３７Ａ、ＰＲＲＣ２Ｂ、ＤＯＰＥＹ２、ＮＤＵＦＢ１１、ＮＤ４、ＭＲＰＬ１９、ＰＳＭＣ４、ＳＦ３Ａ１、ＰＵＭ１、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤ、ＧＵＳＢ、ＲＰＬＰ０、ＴＦＲＣ、ＭＯＲＦ４Ｌ１、１８Ｓ、ＰＰＩＡ、ＰＧＫ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｂ２Ｍ、ＹＷＨＡＺ、ＳＤＨＡ、ＨＰＲＴ１、ＴＯＸ４、及びＴＰＴ１からなる群から選択される、請求項請求項１から４の何れか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子は、ＴＰＴ１である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
９０％を超える感度を有する、請求項１から１３の何れか一項に記載の方法。
【請求項１５】
９０％を超える特異性を有する、請求項１から１４の何れか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記少なくとも３２個のバイオマーカーのうちの少なくとも１個がＲＮＡ、ｃＤＮＡ、又はタンパク質である、請求項１から１５の何れか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記バイオマーカーがＲＮＡである場合、前記ＲＮＡが逆転写されてｃＤＮＡが生成され、前記生成されたｃＤＮＡの発現レベルが検出される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記バイオマーカーと標識プローブ又はプライマーとの複合体を形成することにより、前記バイオマーカーの発現レベルが検出される、請求項１から１７の何れか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記バイオマーカーがタンパク質である場合、前記タンパク質と標識抗体との複合体を形成することにより、前記タンパク質が検出される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記バイオマーカーがＲＮＡ又はｃＤＮＡである場合、前記ＲＮＡ又はｃＤＮＡと標識核酸プローブ又はプライマーとの複合体を形成することにより、前記ＲＮＡ又はｃＤＮＡが検出される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＲＮＡ又はｃＤＮＡと前記標識核酸プローブ又はプライマーとの前記複合体がハイブリダイゼーション複合体である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記試験サンプルが血液、血清、血漿、又は新生物組織（neoplastic tissue)である、請求項１から２１の何れか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記所定のカットオフ値が、腫瘍性疾患のない対象から得られた複数の参照サンプルに由来する、請求項１から４の何れか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記参照サンプルが血液、血清、血漿、又は非新生物組織である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
治療を必要とする前記対象が、形質細胞疾患と診断された対象、少なくとも１つの形質細胞疾患の症状を有する対象、又は形質細胞疾患を発症する素因や家族歴を有する対象である、請求項１から２４の何れか一項に記載の方法。
【請求項２６】
対象がヒトである、請求項１から２５の何れか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記アルゴリズムが、ＸＧＢ、ＲＦ、ｇｌｍｎｅｔ、ｃｆｏｒｅｓｔ、ＣＡＲＴ、ｔｒｅｅｂａｇ、ｋｎｎ、ｎｎｅｔ、ＳＶＭ−ｒａｄｉａｌ、ＳＶＭ−ｌｉｎｅａｒ、ＮＢ、ＮＮＥＴ、ｍｌｐ、又はロジスティック回帰モデリングである、請求項１から４の何れか一項に記載の方法。