【手続補正書】
【提出日】令和3年11月1日(2021.11.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体がどの程度免疫応答性であるかを決定するためのプロセスであって、
（ｉ）以下の表１．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４およびｇ４に示されるいずれか１０個のプローブ配列、または
（ii）以下の表１３．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４、ｇ４、ｈ４およびｉ４に示されるいずれか１０個のプローブ配列、または
（iii）以下の表１６．ｄに示されるいずれか１０個のプローブ配列
に対応する少なくとも１０個の染色体相互作用の存在または非存在を検出することを含むプロセス。
【表１】
2021501592.tif 000001
2021501592.tif 000002
2021501592.tif 000003
【表２】
2021501592.tif 000004
2021501592.tif 000005
2021501592.tif 000006
【表３】
2021501592.tif 000007
2021501592.tif 000008
2021501592.tif 000009
【表４】
2021501592.tif 000010
2021501592.tif 000011
2021501592.tif 000012
2021501592.tif 000013
【表５】
2021501592.tif 000014
2021501592.tif 000015
2021501592.tif 000016
【表６】
2021501592.tif 000017
2021501592.tif 000018
2021501592.tif 000019
【表７】
2021501592.tif 000020
2021501592.tif 000021
2021501592.tif 000022
【表８】
2021501592.tif 000023
2021501592.tif 000024
【表９】
2021501592.tif 000025
2021501592.tif 000026
【表１０】
2021501592.tif 000027
2021501592.tif 000028
2021501592.tif 000029
【表１１】
2021501592.tif 000030
2021501592.tif 000031
【表１２】
2021501592.tif 000032
2021501592.tif 000033
2021501592.tif 000034
【表１３】
2021501592.tif 000035
2021501592.tif 000036
2021501592.tif 000037
【表１４】
2021501592.tif 000038
2021501592.tif 000039
【表１５】
2021501592.tif 000040
2021501592.tif 000041
【表１６】
2021501592.tif 000042
【表１７】
2021501592.tif 000043
2021501592.tif 000044
2021501592.tif 000045
【請求項２】
表１に示される２０８番目のマーカーであるプローブ配列ＡＧＴＧＣＴＧＧＧＴＴＣＣＡＣＡＣＣＴＣＴＣＡＧＣＴＣＴＴＣＧＡＣＣＴＣＣＡＧＧＴＣＣＣＣＣＧＣＣＡＣＴＴＣＣＡＣＧＧＣに対応する染色体相互作用、ＯＲＦ７１２＿９＿１２０８８８３６６＿１２０８９３３２０＿１２０９１３５４６＿１２０９１９７１０＿ＲＲの存在または非存在を検出することを含む請求項１記載のプロセス。
【請求項３】
表１．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４およびｇ４のプローブ配列、表１３．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４、ｇ４、ｈ４およびｉ４のプローブ配列、または表１６．ｄのプローブ配列に対応する少なくとも２０、３０または４０個の染色体相互作用の存在または非存在が決定される請求項１記載のプロセス。
【請求項４】
染色体相互作用が、
−染色体相互作用の部位でのＤＮＡループの存在または非存在を検出することにより、および／または
−染色体コンフォメーションに集められる染色体の遠位領域の存在または非存在を検出することにより、および／または
−分類のあいだに生成され、その配列が、染色体相互作用に集められる染色体の領域に各々対応する２つの領域を含むライゲーションされた核酸の存在を検出することであって、ライゲーションされた核酸の検出が、好ましくは、
（ｉ）表１．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４およびｇ４に記載される特異的プローブ配列のいずれかに少なくとも７０％の同一性を有するプローブ、および／または（ii）以下の表４．ｈおよびｉに記載されるいずれかのプライマーペアと少なくとも７０％の同一性を有するプライマーペア；または
（ａ）表１３．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４、ｇ４、ｈ４およびｉ４に記載される特異的プローブ配列のいずれかに少なくとも７０％の同一性を有するプローブ、および／または（ｂ）表１３．ａ６、ａ７、ｂ６、ｂ７、ｃ６、ｃ７、ｄ６、ｄ７、ｅ６、ｅ７、ｆ６、ｆ７、ｇ６、ｇ７、ｈ６、ｈ７、ｉ６およびｉ７に記載されるいずれかのプライマーペアと少なくとも７０％の同一性を有するプライマーペア；または
（α）表１６．ｄに記載される特異的プローブ配列のいずれかに少なくとも７０％の同一性を有するプローブ、および／または（β）以下の表１７．ａおよびｂに記載されるいずれかのプライマーペアと少なくとも７０％の同一性を有するプライマーペア
のいずれかを用いるものである、ライゲーションされた核酸の存在を検出することにより
分類される請求項１〜３のいずれか１項に記載のプロセス。
【表１８】
2021501592.tif 000046
【表１９】
2021501592.tif 000047
【表２０】
2021501592.tif 000048
2021501592.tif 000049
【表２１】
2021501592.tif 000050
2021501592.tif 000051
【表２２】
2021501592.tif 000052
2021501592.tif 000053
【表２３】
2021501592.tif 000054
2021501592.tif 000055
【表２４】
2021501592.tif 000056
2021501592.tif 000057
【表２５】
2021501592.tif 000058
2021501592.tif 000059
【表２６】
2021501592.tif 000060
2021501592.tif 000061
【表２７】
2021501592.tif 000062
2021501592.tif 000063
【表２８】
2021501592.tif 000064
2021501592.tif 000065
【表２９】
2021501592.tif 000066
2021501592.tif 000067
【表３０】
2021501592.tif 000068
2021501592.tif 000069
【表３１】
2021501592.tif 000070
2021501592.tif 000071
【表３２】
2021501592.tif 000072
【表３３】
2021501592.tif 000073
【表３４】
2021501592.tif 000074
2021501592.tif 000075
【表３５】
2021501592.tif 000076
2021501592.tif 000077
【表３６】
2021501592.tif 000078
【表３７】
2021501592.tif 000079
【表３８】
2021501592.tif 000080
2021501592.tif 000081
【表３９】
2021501592.tif 000082
2021501592.tif 000083
【請求項５】
−プロセスが医学的治療に対して個体を選択するために実施される；および／または
−免疫応答性が免疫療法または免疫チェックポイント療法に対する応答性である；および／または
−免疫応用性ががん免疫療法に対する応答性である；および／または
−プロセスが、少なくとも１つの定義された時点での免疫応答性を決定するために行なわれる
請求項１〜４のいずれか１項に記載のプロセス。
【請求項６】
少なくとも１つの時点が治療経過中である請求項５記載のプロセス。
【請求項７】
−個体が免疫療法を受けるかどうかを選択するために行われ、ここで免疫療法は、好ましくは低分子免疫療法、抗体免疫療法または細胞免疫療法を含む
請求項１〜６のいずれか１項に記載のプロセス。
【請求項８】
分類または検出が、ライゲーション産物を増幅可能なプライマーおよびＰＣＲ反応中にライゲーション部位に結合するプローブを用いる定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）によるライゲーション産物の特異的な検出を含み、前記プローブが染色体相互作用に集まっている各染色体領域由来の配列に相補的な配列を含み、好ましくは、前記プローブは、
前記ライゲーション産物に特異的に結合するオリゴヌクレオチド、および／または
オリゴヌクレオチドの５’末端に共有結合される蛍光団、および／または
オリゴヌクレオチドの３’末端に共有結合される消光団
を含む請求項４記載のプロセス。
【請求項９】
前記蛍光団がＨＥＸ、テキサスレッドおよびＦＡＭから選択され；および／または
前記プローブが１０〜４０ヌクレオチド塩基長、好ましくは２０〜３０ヌクレオチド塩基長の核酸配列を含む請求項８記載のプロセス。
【請求項１０】
免疫応答性がＰＤ−１阻害剤またはＰＤ−Ｌ１阻害剤に対するものである請求項１〜９のいずれか１項に記載のプロセス。
【請求項１１】
免疫応答性が、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１に特異的な抗体に対するものである請求項１〜１０のいずれか１項に記載のプロセス。
【請求項１２】
染色体相互作用の存在または非存在が、
（ｉ）個体のＤＮＡに存在する染色体相互作用を架橋する工程；
（ii）前記架橋したＤＮＡを、架橋され切断されたＤＮＡ端を生成するために切断させる工程；
（iii）前記架橋され切断されたＤＮＡ端をライゲーションする工程；および
（iv）得られたライゲートされたＤＮＡの存在または非存在を同定して特定の染色体相互作用の存在または非存在を同定する工程
を含む方法により決定される請求項１〜１１のいずれか１項に記載のプロセス。