【手続補正書】
【提出日】令和2年12月11日(2020.12.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組成物であって、前記組成物は、
検出分子およびアンチセンスオリゴマーであって、前記検出分子が、ｉ）試料中の標的分子に結合するリガンド；およびｉｉ）前記リガンドに連結されている一本鎖核酸を含み、前記一本鎖核酸が、前記アンチセンスオリゴマーにハイブリダイズされて、前記一本鎖核酸または前記アンチセンスオリゴマー中の１または複数の不対合ヌクレオチドを含むオーバーハングを有する二本鎖核酸を形成することができる、検出分子およびアンチセンスオリゴマー、ならびに
第１の検出標識および第２の検出標識を含む複数の検出標識であって、前記第１の検出標識が、前記二本鎖核酸の前記オーバーハングに相補的なオーバーハングを含み、前記第２の検出標識が、前記複数の検出標識からの検出標識のオーバーハングに相補的なオーバーハングを含む、複数の検出標識
を含み、
前記検出標識のうちの少なくとも１個は、検出標識とのハイブリダイゼーションのために構成されたオーバーハングを有する多方向分枝を含む、組成物。
【請求項２】
前記第１の検出標識が、第２のオーバーハングをさらに含み、前記第２のオーバーハングが、前記第２の検出標識中のオーバーハングと相補的でかつハイブリダイズすることができる配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記リガンドが抗体であるか、または前記標的分子がタンパク質である、請求項１または請求項２に記載の組成物。
【請求項４】
前記オーバーハングが、少なくとも５、１０、１５、２０、２５または３０個のヌクレオチドを含む、請求項１または請求項２に記載の組成物。
【請求項５】
前記組成物が、複数の前記検出分子を含み、必要に応じて、前記複数の検出分子のそれぞれが、異なる標的分子に結合する、請求項１または請求項２に記載の組成物。
【請求項６】
前記検出標識のうちの少なくとも１個が、検出タグを含む、請求項１または請求項２に記載の組成物。
【請求項７】
前記検出タグが、フルオロフォアを含む、請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
前記多方向分枝が、前記オーバーハングを含み、前記オーバーハングのそれぞれが前記検出標識のうちの少なくとも１個にハイブリダイズすることができる、請求項１に記載の組成物。
【請求項９】
前記多方向分枝が、３方向分枝または４方向分枝である、請求項１に記載の組成物。
【請求項１０】
前記多方向分枝が３個のオーバーハングを有するＴ字構造または４個のオーバーハングを有する十字構造を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項１１】
前記多方向分枝および検出標識が、サイクリングによってハイブリダイズされる、請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
前記サイクルの数は、２〜１０である、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記標的分子は細胞表面タンパク質である、請求項１または請求項２に記載の組成物。
【請求項１４】
キットであって、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の前記検出分子、前記アンチセンスオリゴマーおよび前記複数の検出標識を含み、前記検出標識のうちの少なくとも１個は、検出標識とのハイブリダイゼーションのために構成されたオーバーハングを有する多方向分枝を含む、キット。
【請求項１５】
方法であって、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の前記標的分子を前記検出分子、前記アンチセンスオリゴマーおよび前記検出標識のうちの少なくとも１個と接触させることを含み、前記検出標識のうちの少なくとも１個は、検出標識とのハイブリダイゼーションのために構成されたオーバーハングを有する多方向分枝を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３８】
本開示の追加的な態様および利点は、当業者であれば、本開示の単なる説明的な実施形態が示され記載されている、次の詳細な説明から容易に明らかになるであろう。理解できるであろうが、本開示は、他のおよび異なる実施形態が可能であり、そのいくつかの詳細は、様々な明らかな観点から修正が可能であり、これらは全て、本開示から逸脱するものではない。したがって、図面および記載は、本質的に制限的ではなく説明的として考慮されるべきである。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
試料中の標的分子を検出カプレットと接触させるステップを含む方法であって、前記検出カプレットが、第１の核酸および第２の核酸を含み、各核酸が、標的認識領域および自己ハイブリダイゼーション領域を有し、前記第１の核酸の前記標的認識領域が、前記標的分子の第１の領域に結合し、前記第２の核酸の前記標的認識領域が、前記標的分子の第２の領域に結合し、前記第１の核酸の前記自己ハイブリダイゼーション領域および前記第２の核酸の前記自己ハイブリダイゼーション領域がハイブリダイズされて、二本鎖核酸標識を形成する、方法。
（項目２）
前記二本鎖核酸標識が、少なくとも３個の連続した塩基対を有する、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記二本鎖核酸標識が、オーバーハングを有する、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記標的分子が、ｍＲＮＡ分子である、項目１〜３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５）
前記第１の核酸および前記第２の核酸が、一本鎖ＤＮＡである、項目１〜４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
前記標的分子の前記第１の領域および前記第２の領域が、２〜１５ヌクレオチド離れている、項目１〜５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
クロスリンカーを使用して、前記検出カプレットを前記試料に固定するステップをさらに含む、項目１〜６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記第１の核酸または前記第２の核酸が、遊離アミン（−ＮＨ２）修飾を有する、項目１〜７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記検出カプレットを固定するステップが、前記検出カプレットをアミン特異的クロスリンカーと接触させるステップを含む、項目７または８に記載の方法。
（項目１０）
前記オーバーハングが、１個のヌクレオチドを含む、項目３〜９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記オーバーハングが、複数のヌクレオチドを含む、項目３〜１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記オーバーハングが、少なくとも５、１０、１５、２０、２５または３０個のヌクレオチドを含む、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記二本鎖核酸標識をＤＮＡリガーゼと接触させるステップをさらに含む、項目１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記二本鎖核酸標識を少なくとも１個の検出標識と接触させるステップをさらに含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記少なくとも１個の検出標識が、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに相補的なオーバーハングを有する二本鎖核酸である、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記少なくとも１個の検出標識が、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに相補的な一本鎖核酸である、項目１４に記載の方法。
（項目１７）
前記少なくとも１個の検出標識が、複数の検出標識を含む、項目１４〜１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記二本鎖核酸標識および前記少なくとも１個の検出標識が、前記ＤＮＡリガーゼを使用してライゲーションされる、項目１４または１５に記載の方法。
（項目１９）
前記少なくとも１個の検出標識が、少なくとも５、１０、１５、２０、２５または３０個の検出標識を含む、項目１４〜１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記少なくとも１個の検出標識が、切断可能なリンカーを含む、項目１４〜１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記少なくとも１個の検出標識が、検出タグを含む、項目１４〜２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記少なくとも１個の検出標識が、複数の検出タグを含む、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記検出タグが、量子ドットを含む、項目２１または２２に記載の方法。
（項目２４）
前記検出タグが、フルオロフォアを含む、項目２１または２２に記載の方法。
（項目２５）
前記フルオロフォアが、クマリン、ローダミン、キサンテン、フルオレセインまたはシアニンを含む、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記検出タグを検出し、これにより、前記試料中の前記標的分子の存在を検出するステップを含む、項目２１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７）
前記標的分子を複数の検出カプレットと接触させるステップを含む、項目１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
前記複数の検出カプレットのそれぞれが、異なる標的分子に結合する、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記試料が、インタクトな組織試料である、項目１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
前記インタクトな組織試料が、２０〜１０００ｎｍの間の厚さの切片にスライスされ得るように、樹脂に前記インタクトな組織試料を包埋するステップを含む、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記試料中の前記標的分子の存在に関連する状態または疾患を診断するステップを含む、項目２６〜３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
試料中の標的分子を検出分子およびアンチセンスオリゴマーと接触させるステップを含む方法であって、前記検出分子が、前記標的分子に結合する少なくとも１個のリガンドを含み、前記少なくとも１個のリガンドが、一本鎖核酸に連結されており、前記一本鎖核酸が前記アンチセンスオリゴマーとハイブリダイズされて、オーバーハングを有する二本鎖核酸標識を形成する、方法。
（項目３３）
前記リガンドが、抗体である、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記標的分子が、タンパク質である、項目３２または３３に記載の方法。
（項目３５）
前記オーバーハングが、１個のヌクレオチドを含む、項目３２〜３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記オーバーハングが、複数のヌクレオチドを含む、項目３３〜３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記オーバーハングが、少なくとも５、１０、１５、２０、２５または３０個のヌクレオチドを含む、項目３３〜３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記二本鎖核酸標識をＤＮＡリガーゼと接触させるステップをさらに含む、項目３２〜３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
前記二本鎖核酸標識を少なくとも１個の検出標識と接触させるステップをさらに含む、項目３２〜３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目４０）
前記少なくとも１個の検出標識が、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに相補的なオーバーハングを有する二本鎖核酸である、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記少なくとも１個の検出標識が、複数の検出標識である、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記少なくとも１個の検出標識が、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに相補的な一本鎖核酸である、項目４０に記載の方法。
（項目４３）
前記少なくとも１個の検出標識が、複数の検出標識を含む、項目４１〜４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記少なくとも１個の検出標識が、少なくとも５、１０、１５、２０、２５または３０個の検出標識を含む、項目３９〜４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４５）
前記少なくとも１個の検出標識が、切断可能なリンカーを含む、項目３２〜４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
前記少なくとも１個の検出標識が、切断可能なリンカーを含まない、項目３２〜４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４７）
前記少なくとも１個の検出標識が、検出タグを含む、項目３２〜４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目４８）
前記検出タグが、フルオロフォアを含む、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記フルオロフォアが、クマリン、ローダミン、キサンテン、フルオレセインまたはシアニンを含む、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記検出タグを検出し、これにより、前記試料中の前記標的分子の存在を検出するステップを含む、項目４７〜４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
前記試料を複数の検出分子と接触させるステップを含む、項目３２〜５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目５２）
前記複数の検出分子のそれぞれが、異なる標的分子に結合する、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記試料が、インタクトな組織試料である、項目３２〜５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
前記インタクトな組織試料が、２０〜１０００ｎｍの間の厚さの切片にスライスされ得るように、樹脂に前記インタクトな組織試料を包埋するステップを含む、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記インタクトな組織試料が、骨髄組織試料、胃腸管組織試料、肺組織試料、肝臓組織試料、前立腺組織試料、神経系組織試料、泌尿生殖器系組織試料、脳組織試料、乳房組織試料、筋肉組織試料または皮膚組織試料である、項目２９または５３に記載の方法。
（項目５６）
前記試料中の前記標的分子の存在に関連する状態または疾患を診断するステップを含む、項目２６または５０に記載の方法。
（項目５７）
前記状態または疾患が、腎臓疾患、感染性疾患、代謝性疾患、前がん性状態、がん性状態または脳障害である、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
検出カプレットを含む組成物であって、前記検出カプレットが、第１の核酸および第２の核酸を含み、各核酸が、標的認識領域および自己ハイブリダイゼーション領域を有し、前記第１の核酸の前記標的認識領域が、標的分子の領域に結合し、前記第２の核酸の前記標的認識領域が、前記標的分子の第２の領域に結合し、前記第１の核酸の前記自己ハイブリダイゼーション領域および前記第２の核酸の前記自己ハイブリダイゼーション領域がハイブリダイズされて、二本鎖核酸標識を形成する、組成物。
（項目５９）
前記二本鎖核酸標識が、少なくとも３個の連続した塩基対を有する、項目５８に記載の組成物。
（項目６０）
前記二本鎖核酸標識が、オーバーハングを有する、項目５８または５９に記載の組成物。
（項目６１）
前記オーバーハングが、１個のヌクレオチドを含む、項目６０に記載の組成物。
（項目６２）
前記オーバーハングが、複数のヌクレオチドを含む、項目６０に記載の組成物。
（項目６３）
前記オーバーハングが、少なくとも５、１０、１５、２０、２５または３０個のヌクレオチドを含む、項目６０に記載の組成物。
（項目６４）
前記標的分子が、ｍＲＮＡ分子である、項目５８〜６３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６５）
前記第１の核酸および前記第２の核酸が、一本鎖ＤＮＡである、項目５８〜６４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６６）
前記第１の核酸および前記第２の核酸のそれぞれが、遊離アミン（−ＮＨ２）修飾を有する、項目５８〜６５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６７）
ＤＮＡリガーゼをさらに含む、項目５８〜６６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６８）
少なくとも１個の検出標識をさらに含む、項目５８〜６７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６９）
前記少なくとも１個の検出標識が、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに相補的なオーバーハングを有する二本鎖核酸である、項目６８に記載の組成物。
（項目７０）
前記少なくとも１個の検出標識が、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに相補的な一本鎖核酸である、項目６８に記載の組成物。
（項目７１）
前記少なくとも１個の検出標識が、複数の検出標識を含む、項目６８または７０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７２）
前記少なくとも１個の検出標識が、少なくとも５、１０、１５、２０、２５または３０個の検出標識を含む、項目６９または７０に記載の組成物。
（項目７３）
前記少なくとも１個の検出標識が、切断可能なリンカーを含む、項目６８〜７２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７４）
前記少なくとも１個の検出標識が、検出タグを含む、項目６８〜７３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７５）
前記少なくとも１個の検出標識が、複数の検出タグを含む、項目７４に記載の組成物。
（項目７６）
前記検出タグが、量子ドットを含む、項目７４または７５に記載の組成物。
（項目７７）
前記検出タグが、フルオロフォアを含む、項目７４または７５に記載の組成物。
（項目７８）
前記フルオロフォアが、クマリン、ローダミン、キサンテン、フルオレセインまたはシアニンを含む、項目７７に記載の組成物。
（項目７９）
検出分子およびアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、前記検出分子が、標的分子に結合する少なくとも１個のリガンドを含み、前記少なくとも１個のリガンドが、一本鎖核酸に連結されており、前記一本鎖核酸が前記アンチセンスオリゴマーにハイブリダイズされて、オーバーハングを有する二本鎖核酸標識を形成する、組成物。
（項目８０）
前記リガンドが、抗体である、項目７９に記載の組成物。
（項目８１）
前記標的分子が、タンパク質である、項目７９または８０に記載の組成物。
（項目８２）
前記オーバーハングが、１個のヌクレオチドを含む、項目７９〜８１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目８３）
前記オーバーハングが、複数のヌクレオチドを含む、項目７９〜８１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目８４）
前記オーバーハングが、少なくとも５、１０、１５、２０、２５または３０個のヌクレオチドを含む、項目７９〜８１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目８５）
ＤＮＡリガーゼをさらに含む、項目７９〜８４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目８６）
少なくとも１個の検出標識をさらに含む、項目７９〜８５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目８７）
前記少なくとも１個の検出標識が、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに相補的なオーバーハングを有する二本鎖核酸である、項目８６に記載の組成物。
（項目８８）
前記少なくとも１個の検出標識が、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに相補的な一本鎖核酸である、項目８６に記載の組成物。
（項目８９）
前記少なくとも１個の検出標識が、複数の検出標識を含む、項目８６〜８８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９０）
前記少なくとも１個の検出標識が、少なくとも５、１０、１５、２０、２５または３０個の検出標識を含む、項目８６〜８９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９１）
前記少なくとも１個の検出標識が、切断可能なリンカーを含む、項目８６〜９０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９２）
前記少なくとも１個の検出標識が、切断可能なリンカーを含まない、項目８６〜９０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９３）
前記少なくとも１個の検出標識が、検出タグを含む、項目８６〜９２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９４）
前記少なくとも１個の検出標識が、複数の検出タグを含む、項目９３に記載の組成物。
（項目９５）
前記検出タグが、量子ドットを含む、項目９３または９４に記載の組成物。
（項目９６）
前記検出タグが、フルオロフォアを含む、項目９３または９４に記載の組成物。
（項目９７）
前記フルオロフォアが、クマリン、ローダミン、キサンテン、フルオレセインまたはシアニンを含む、項目９６に記載の組成物。
（項目９８）
複数の検出分子を含む、項目７９〜９７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９９）
前記複数の検出分子のそれぞれが、異なる標的分子に結合する、項目９８に記載の組成物。
（項目１００）
項目１〜３１のいずれか一項に記載の方法における使用のためのキットであって、前記キットは、以下：
第１の核酸および第２の核酸を含む検出カプレットであって、各核酸が、標的認識領域および自己ハイブリダイゼーション領域を有し、前記第１の核酸の前記標的認識領域が、標的分子の第１の領域に結合し、前記第２の核酸の前記標的認識領域が、前記標的分子の第２の領域に結合し、前記第１の核酸の前記自己ハイブリダイゼーション領域および前記第２の核酸の前記自己ハイブリダイゼーション領域がハイブリダイズされて、二本鎖核酸標識を形成する、検出カプレットと、
前記検出カプレットを前記標的分子と接触させる際に使用するための第１の試薬と
を含む、キット。
（項目１０１）
前記二本鎖核酸標識が、オーバーハングを有する、項目１００に記載のキット。
（項目１０２）
項目３２〜５７のいずれか一項に記載の方法における使用のためのキットであって、前記キットは、以下：
検出分子およびアンチセンスオリゴマーであって、前記検出分子が、標的分子に結合する少なくとも１個のリガンドを含み、前記少なくとも１個のリガンドが、一本鎖核酸に連結されており、前記一本鎖核酸が前記アンチセンスオリゴマーにハイブリダイズされて、オーバーハングを有する二本鎖核酸標識を形成する、検出分子およびアンチセンスオリゴマーと、
検出カプレットを前記標的分子と接触させる際に使用するための第１の試薬と
を含む、キット。
（項目１０３）
前記標的分子の検出における使用のための第２の試薬をさらに含む、項目１００〜１０２のいずれか一項に記載のキット。
（項目１０４）
前記標的分子が、遺伝子編集アッセイにおける構成成分を含む、項目１または３２に記載の方法。
（項目１０５）
前記遺伝子編集アッセイが、ＣＲＩＳＰＲアッセイである、項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
前記構成成分が、Ｃａｓヌクレアーゼ、標的ＤＮＡ、ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、トランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）、ドナー修復鋳型、またはこれらのいずれかの組み合わせを含む、項目１０４または１０５に記載の方法。
（項目１０７）
前記構成成分が、Ｃａｓ９ヌクレアーゼを含む、項目１０６に記載の方法。
（項目１０８）
前記遺伝子編集アッセイが、ＮｇＡｇｏアッセイである、項目１０４に記載の方法。
（項目１０９）
前記標的分子が、細胞分子である、項目１または３２に記載の方法。
（項目１１０）
前記標的分子が、細胞表面分子である、項目１または３２に記載の方法。
（項目１１１）
前記標的分子が、炭水化物、脂質、タンパク質または核酸である、項目１０９または１１０に記載の方法。
（項目１１２）
前記標的分子が、タンパク質を含む、項目１１１に記載の方法。
（項目１１３）
前記タンパク質が、細胞骨格タンパク質、細胞外マトリクスタンパク質、血漿タンパク質、凝固因子、急性期タンパク質、血液タンパク質、細胞接着、膜貫通輸送タンパク質、イオンチャネル、シンポート／アンチポートタンパク質、ホルモン、増殖因子、受容体、ＤＮＡ結合タンパク質、ＲＮＡ結合タンパク質、転写調節タンパク質、免疫系タンパク質、栄養素貯蔵もしくは輸送タンパク質、シャペロンタンパク質、酵素、またはこれらのいずれかの組み合わせを含む、項目１１２に記載の方法。
（項目１１４）
前記標的分子が、核酸を含む、項目１１１に記載の方法。
（項目１１５）
前記核酸が、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、非コードＲＮＡ分子、またはこれらのいずれかの組み合わせを含む、項目１１４に記載の方法。
（項目１１６）
前記標的分子が、遺伝子編集アッセイにおける構成成分を含む、項目５８または７９に記載の組成物。
（項目１１７）
前記遺伝子編集アッセイが、ＣＲＩＳＰＲアッセイである、項目１１６に記載の組成物。
（項目１１８）
前記構成成分が、Ｃａｓヌクレアーゼ、標的ＤＮＡ、ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、トランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）、ドナー修復鋳型、またはこれらのいずれかの組み合わせを含む、項目１１６または１１７に記載の組成物。
（項目１１９）
前記構成成分が、Ｃａｓ９ヌクレアーゼを含む、項目１１８に記載の組成物。
（項目１２０）
前記遺伝子編集アッセイが、ＮｇＡｇｏアッセイである、項目１１６に記載の組成物。
（項目１２１）
前記標的分子が、細胞分子である、項目５８または７９に記載の組成物。
（項目１２２）
前記標的分子が、細胞表面分子である、項目５８または７９に記載の組成物。
（項目１２３）
前記標的分子が、炭水化物、脂質、タンパク質または核酸である、項目１２１または１２２に記載の組成物。
（項目１２４）
前記標的分子が、タンパク質を含む、項目１２３に記載の組成物。
（項目１２５）
前記タンパク質が、細胞骨格タンパク質、細胞外マトリクスタンパク質、血漿タンパク質、凝固因子、急性期タンパク質、血液タンパク質、細胞接着、膜貫通輸送タンパク質、イオンチャネル、シンポート／アンチポートタンパク質、ホルモン、増殖因子、受容体、ＤＮＡ結合タンパク質、ＲＮＡ結合タンパク質、転写調節タンパク質、免疫系タンパク質、栄養素貯蔵もしくは輸送タンパク質、シャペロンタンパク質、酵素、またはこれらのいずれかの組み合わせを含む、項目１２４に記載の組成物。
（項目１２６）
前記標的分子が、核酸を含む、項目１２３に記載の組成物。
（項目１２７）
前記核酸が、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、非コードＲＮＡ分子、またはこれらのいずれかの組み合わせを含む、項目１２６に記載の組成物。
（項目１２８）
前記標的分子が、遺伝子編集アッセイにおける構成成分を含む、項目１００または１０２に記載のキット。
（項目１２９）
前記遺伝子編集アッセイが、ＣＲＩＳＰＲアッセイである、項目１２８に記載のキット。
（項目１３０）
前記構成成分が、Ｃａｓヌクレアーゼ、標的ＤＮＡ、ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、トランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）、ドナー修復鋳型、またはこれらのいずれかの組み合わせを含む、項目１２８または１２９に記載のキット。
（項目１３１）
前記構成成分が、Ｃａｓ９ヌクレアーゼを含む、項目１３０に記載のキット。
（項目１３２）
前記遺伝子編集アッセイが、ＮｇＡｇｏアッセイである、項目１２８に記載のキット。
（項目１３３）
前記標的分子が、細胞分子である、項目１００または１０２に記載のキット。
（項目１３４）
前記標的分子が、細胞表面分子である、項目１００または１０２に記載のキット。
（項目１３５）
前記標的分子が、炭水化物、脂質、タンパク質または核酸である、項目１３３または１３４に記載のキット。
（項目１３６）
前記標的分子が、タンパク質を含む、項目１３５に記載のキット。
（項目１３７）
前記タンパク質が、細胞骨格タンパク質、細胞外マトリクスタンパク質、血漿タンパク質、凝固因子、急性期タンパク質、血液タンパク質、細胞接着、膜貫通輸送タンパク質、イオンチャネル、シンポート／アンチポートタンパク質、ホルモン、増殖因子、受容体、ＤＮＡ結合タンパク質、ＲＮＡ結合タンパク質、転写調節タンパク質、免疫系タンパク質、栄養素貯蔵もしくは輸送タンパク質、シャペロンタンパク質、酵素、またはこれらのいずれかの組み合わせを含む、項目１３６に記載のキット。
（項目１３８）
前記標的分子が、核酸を含む、項目１３５に記載のキット。
（項目１３９）
前記核酸が、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、非コードＲＮＡ分子、またはこれらのいずれかの組み合わせを含む、項目１３８に記載のキット。
（項目１４０）
前記二本鎖核酸標識を第３の核酸と接触させるステップをさらに含み、前記第３の核酸が、前記第１の核酸の配列、前記第２の核酸の配列またはその両方に相補的な配列を含む、項目１〜３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４１）
前記第３の核酸が、前記第１の核酸の前記配列、前記第２の核酸の前記配列またはその両方に結合する、項目１４０に記載の方法。
（項目１４２）
前記第３の核酸が、前記第１の核酸の前記配列および前記第２の核酸の前記配列に結合し、これにより、３方向分枝を作り出す、項目１４１に記載の方法。
（項目１４３）
前記３方向分枝が、少なくとも２個のオーバーハングを含む、項目１４２に記載の方法。
（項目１４４）
前記第３の核酸を第４の核酸と接触させるステップをさらに含み、前記第４の核酸が、前記第１の核酸の配列、前記第２の核酸の配列、前記第３の核酸の配列、またはこれらのいずれかの組み合わせに相補的な配列を含む、項目１４０に記載の方法。
（項目１４５）
前記第４の核酸が、前記第３の核酸の前記配列および前記第１の核酸の前記配列または前記第２の核酸の前記配列に結合し、これにより、４方向分枝を作り出す、項目１４４に記載の方法。
（項目１４６）
前記４方向分枝が、少なくとも３個のオーバーハングを含む、項目１４５に記載の方法。
（項目１４７）
前記オーバーハングのうち少なくとも２個が、同じ配列または特有の配列を含む、項目１４３または１４６に記載の方法。
（項目１４８）
前記オーバーハングのうち少なくとも２個が、相補的配列を含む、項目１４３または１４６に記載の方法。
（項目１４９）
前記オーバーハングのうち少なくとも１個を検出標識と接触させるステップをさらに含む、項目１４０〜１４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５０）
前記検出標識が、３方向分枝または４方向分枝を含む、項目１４９に記載の方法。
（項目１５１）
前記検出標識が、前記オーバーハングのうち前記少なくとも１個に相補的なオーバーハングを含む、項目１４９に記載の方法。
（項目１５２）
前記検出標識が、直接的ハイブリダイゼーション、酵素的ライゲーションまたは化学的ライゲーションによって、前記オーバーハングのうち前記少なくとも１個に連結される、項目１４９〜１５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５３）
第３の核酸をさらに含み、前記第３の核酸が、前記第１の核酸の配列、前記第２の核酸の配列またはその両方に相補的な配列を含む、項目５８〜７８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５４）
前記第３の核酸が、前記第１の核酸の前記配列および前記第２の核酸の前記配列に結合し、これにより、３方向分枝を作り出す、項目１５３に記載の組成物。
（項目１５５）
前記３方向分枝が、少なくとも２個のオーバーハングを含む、項目１５４に記載の組成物。
（項目１５６）
第４の核酸をさらに含み、前記第４の核酸が、前記第１の核酸の配列、前記第２の核酸の配列、前記第３の核酸の配列、またはこれらのいずれかの組み合わせに相補的な配列を含む、項目１５５に記載の組成物。
（項目１５７）
前記第４の核酸が、前記第３の核酸の前記配列および前記第１の核酸の前記配列または前記第２の核酸の前記配列に結合し、これにより、４方向分枝を作り出す、項目１５６に記載の組成物。
（項目１５８）
前記４方向分枝が、少なくとも３個のオーバーハングを含む、項目１５７に記載の組成物。
（項目１５９）
前記オーバーハングのうち少なくとも２個が、同じ配列または特有の配列を含む、項目１５５または１５８に記載の組成物。
（項目１６０）
前記オーバーハングのうち少なくとも２個が、相補的配列を含む、項目１５５または１５８に記載の組成物。
（項目１６１）
検出標識をさらに含む、項目１５３〜１６０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６２）
前記検出標識が、３方向分枝または４方向分枝を含む、項目１６１に記載の組成物。
（項目１６３）
前記検出標識が、前記オーバーハングのうち前記少なくとも１個に相補的なオーバーハングを含む、項目１６２に記載の組成物。
（項目１６４）
前記二本鎖核酸標識を検出標識と接触させるステップをさらに含む、項目３２〜５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６５）
前記検出標識が、３方向分枝または４方向分枝を含む、項目１６４に記載の方法。
（項目１６６）
前記検出標識が、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに相補的なオーバーハングを含む、項目１６５に記載の方法。
（項目１６７）
前記検出標識が、直接的ハイブリダイゼーション、酵素的ライゲーションまたは化学的ライゲーションによって、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに連結される、項目１６４〜１６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６８）
前記検出標識を第２の検出標識と接触させるステップをさらに含む、項目１６４〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６９）
前記第２の検出標識が、３方向分枝または４方向分枝を含む、項目１６８に記載の方法。
（項目１７０）
前記第２の検出標識が、前記検出標識の前記オーバーハングに相補的なオーバーハングを含む、項目１６９に記載の方法。
（項目１７１）
前記少なくとも１個の検出標識が、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに相補的なオーバーハングを含む、項目８６に記載の組成物。
（項目１７２）
前記少なくとも１個の検出標識が、３方向分枝または４方向分枝を含む、項目１７１に記載の組成物。
（項目１７３）
前記少なくとも１個の検出標識が、直接的ハイブリダイゼーション、酵素的ライゲーションまたは化学的ライゲーションによって、前記二本鎖核酸標識の前記オーバーハングに連結される、項目１７１または１７２に記載の組成物。
（項目１７４）
第２の検出標識をさらに含む、項目１７１〜１７３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１７５）
前記第２の検出標識が、前記少なくとも１個の検出標識の前記オーバーハングに相補的なオーバーハングを含む、項目１７４に記載の組成物。
（項目１７６）
前記第２の検出標識が、３方向分枝または４方向分枝を含む、項目１７５に記載の組成物。
（項目１７７）
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を含む、項目１００〜１０３および１２８〜１３９のいずれか一項に記載のキット。