【手続補正書】
【提出日】令和3年5月20日(2021.5.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
黒色腫の検出を必要とする対象の黒色腫を検出する方法であって、テストサンプルを少なくとも２９個のＲＮＡバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記対象からのテストサンプルから前記少なくとも２９個のＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで、前記少なくとも２９個のＲＮＡバイオマーカーは、ＡＴＬ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ、Ｃ１ＯＲＦ２１、ＣＦＬＡＲ、ＣＦＬＡＲ−ＡＳ１、ＣＨＰ１、ＤＤＸ５５、ＤＭＤ、ＤＮＡＪＣ９、ＥＮＯＳＦ１、ＦＡＮＣＬ、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＮＲＮＰＡ３Ｐ１、ＩＬ２３Ａ、ＩＱＧＡＰ１、ＬＯＣ４９４１２７、ＬＯＣ６４６４７１、ＬＯＨ１２ＣＲ、ＰＢＸＩＰ１、ＲＮＦ５、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ３５Ｇ５、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＤＲＤ７、ＴＸＫ、ＹＹ２、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含み；
ＡＴＬ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ、Ｃ１ＯＲＦ２１、ＣＦＬＡＲ、ＣＦＬＡＲ−ＡＳ１、ＣＨＰ１、ＤＤＸ５５、ＤＭＤ、ＤＮＡＪＣ９、ＥＮＯＳＦ１、ＦＡＮＣＬ、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＮＲＮＰＡ３Ｐ１、ＩＬ２３Ａ、ＩＱＧＡＰ１、ＬＯＣ４９４１２７、ＬＯＣ６４６４７１、ＬＯＨ１２ＣＲ、ＰＢＸＩＰ１、ＲＮＦ５、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ３５Ｇ５、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＤＲＤ７、ＴＸＫ、及びＹＹ２のそれぞれの発現レベルを少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子に対し正規化し、それによって、ＡＴＬ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ、Ｃ１ＯＲＦ２１、ＣＦＬＡＲ、ＣＦＬＡＲ−ＡＳ１、ＣＨＰ１、ＤＤＸ５５、ＤＭＤ、ＤＮＡＪＣ９、ＥＮＯＳＦ１、ＦＡＮＣＬ、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＮＲＮＰＡ３Ｐ１、ＩＬ２３Ａ、ＩＱＧＡＰ１、ＬＯＣ４９４１２７、ＬＯＣ６４６４７１、ＬＯＨ１２ＣＲ、ＰＢＸＩＰ１、ＲＮＦ５、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ３５Ｇ５、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＤＲＤ７、ＴＸＫ、及びＹＹ２のそれぞれの正規化された発現レベルを取得し；
正規化されたそれぞれの発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成し；
前記スコアを所定のカットオフ値と比較し； 及び
前記スコアが、前記所定のカットオフ値以上の場合、前記対象における黒色腫の存在を識別し、又は前記スコアが前記所定のカットオフ値未満の場合、前記対象の黒色腫の非存在を識別し、ここで、前記所定のカットオフ値は、０〜１００のスケールで２０である、を含む方法。
【請求項２】
黒色腫を有する対象の外科的切除の程度を評価する方法であって、
テストサンプルを少なくとも２９個のＲＮＡバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記外科的切除後の対象のテストサンプルから前記少なくとも２９個のＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを決定し、ここで、前記少なくとも２９個のＲＮＡバイオマーカーは、ＡＴＬ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ、Ｃ１ＯＲＦ２１、ＣＦＬＡＲ、ＣＦＬＡＲ−ＡＳ１、ＣＨＰ１、ＤＤＸ５５、ＤＭＤ、ＤＮＡＪＣ９、ＥＮＯＳＦ１、ＦＡＮＣＬ、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＮＲＮＰＡ３Ｐ１、ＩＬ２３Ａ、ＩＱＧＡＰ１、ＬＯＣ４９４１２７、ＬＯＣ６４６４７１、ＬＯＨ１２ＣＲ、ＰＢＸＩＰ１、ＲＮＦ５、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ３５Ｇ５、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＤＲＤ７、ＴＸＫ、ＹＹ２、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含み；
ＡＴＬ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ、Ｃ１ＯＲＦ２１、ＣＦＬＡＲ、ＣＦＬＡＲ−ＡＳ１、ＣＨＰ１、ＤＤＸ５５、ＤＭＤ、ＤＮＡＪＣ９、ＥＮＯＳＦ１、ＦＡＮＣＬ、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＮＲＮＰＡ３Ｐ１、ＩＬ２３Ａ、ＩＱＧＡＰ１、ＬＯＣ４９４１２７、ＬＯＣ６４６４７１、ＬＯＨ１２ＣＲ、ＰＢＸＩＰ１、ＲＮＦ５、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ３５Ｇ５、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＤＲＤ７、ＴＸＫ、及びＹＹ２のそれぞれの前記発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子に対し正規化し、それによって、ＡＴＬ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ、Ｃ１ＯＲＦ２１、ＣＦＬＡＲ、ＣＦＬＡＲ−ＡＳ１、ＣＨＰ１、ＤＤＸ５５、ＤＭＤ、ＤＮＡＪＣ９、ＥＮＯＳＦ１、ＦＡＮＣＬ、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＮＲＮＰＡ３Ｐ１、ＩＬ２３Ａ、ＩＱＧＡＰ１、ＬＯＣ４９４１２７、ＬＯＣ６４６４７１、ＬＯＨ１２ＣＲ、ＰＢＸＩＰ１、ＲＮＦ５、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ３５Ｇ５、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＤＲＤ７、ＴＸＫ、及びＹＹ２のそれぞれの正規化された発現レベルを取得し；
正規化されたそれぞれの発現レベルをアルゴリズムに入力し、スコアを生成し；
前記スコアを所定のカットオフ値と比較し； 及び
前記正規化された発現レベルが、前記所定のカットオフ値以上の場合、前記外科的切除により黒色腫全体が除去されていないことを識別し、又は前記正規化された発現レベルが、前記所定のカットオフ値未満の場合、前記外科的切除により黒色腫全体が除去されていることを識別し、ここで、前記所定のカットオフ値は、０〜１００のスケールで２０である、を含む方法。
【請求項３】
前記方法が、前記正規化された発現レベルが、前記所定のカットオフ値以上の場合、黒色腫の再発のリスクが高いことを識別すること、又は前記正規化された発現レベルが、前記所定のカットオフ値未満の場合、黒色腫の再発のリスクが低いことを識別することをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子が、ＡＬＧ９、ＳＥＰＮ、ＹＷＨＡＱ、ＶＰＳ３７Ａ、ＰＲＲＣ２Ｂ、ＤＯＰＥＹ２、ＮＤＵＦＢ１１、ＮＤ４、ＭＲＰＬ１９、ＰＳＭＣ４、ＳＦ３Ａ１、ＰＵＭ１、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤ、ＧＵＳＢ、ＲＰＬＰ０、ＴＦＲＣ、ＭＯＲＦ４Ｌ１、１８Ｓ、ＰＰＩＡ、ＰＧＫ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｂ２Ｍ、ＹＷＨＡＺ、ＳＤＨＡ、ＨＰＲＴ１、ＴＯＸ４、及びＴＰＴ１からなる群から選択される、請求項１〜３の何れか1項に記載の方法。
【請求項５】
前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子が、ＴＯＸ４及びＴＰＴ１を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記正規化された発現レベルが、以下：
ＡＴＬ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ、Ｃ１ＯＲＦ２１、ＣＦＬＡＲ、ＣＦＬＡＲ−ＡＳ１、ＣＨＰ１、ＤＤＸ５５、ＤＭＤ、ＤＮＡＪＣ９、ＥＮＯＳＦ１、ＦＡＮＣＬ、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＮＲＮＰＡ３Ｐ１、ＩＬ２３Ａ、ＩＱＧＡＰ１、ＬＯＣ４９４１２７、ＬＯＣ６４６４７１、ＬＯＨ１２ＣＲ、ＰＢＸＩＰ１、ＲＮＦ５、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ３５Ｇ５、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＤＲＤ７、ＴＸＫ、及びＹＹ２のそれぞれの発現レベルを、ＴＯＸ４の発現レベルに対して正規化し、それによって、ＡＴＬ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ、Ｃ１ＯＲＦ２１、ＣＦＬＡＲ、ＣＦＬＡＲ−ＡＳ１、ＣＨＰ１、ＤＤＸ５５、ＤＭＤ、ＤＮＡＪＣ９、ＥＮＯＳＦ１、ＦＡＮＣＬ、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＮＲＮＰＡ３Ｐ１、ＩＬ２３Ａ、ＩＱＧＡＰ１、ＬＯＣ４９４１２７、ＬＯＣ６４６４７１、ＬＯＨ１２ＣＲ、ＰＢＸＩＰ１、ＲＮＦ５、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ３５Ｇ５、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＤＲＤ７、ＴＸＫ、及びＹＹ２のそれぞれの第１の正規化された発現レベルを得；
ＡＴＬ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ、Ｃ１ＯＲＦ２１、ＣＦＬＡＲ、ＣＦＬＡＲ−ＡＳ１、ＣＨＰ１、ＤＤＸ５５、ＤＭＤ、ＤＮＡＪＣ９、ＥＮＯＳＦ１、ＦＡＮＣＬ、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＮＲＮＰＡ３Ｐ１、ＩＬ２３Ａ、ＩＱＧＡＰ１、ＬＯＣ４９４１２７、ＬＯＣ６４６４７１、ＬＯＨ１２ＣＲ、ＰＢＸＩＰ１、ＲＮＦ５、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ３５Ｇ５、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＤＲＤ７、ＴＸＫ、及びＹＹ２のそれぞれの発現レベルを、ＴＰＴ１の発現レベルに対して正規化し、それによって、ＡＴＬ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ、Ｃ１ＯＲＦ２１、ＣＦＬＡＲ、ＣＦＬＡＲ−ＡＳ１、ＣＨＰ１、ＤＤＸ５５、ＤＭＤ、ＤＮＡＪＣ９、ＥＮＯＳＦ１、ＦＡＮＣＬ、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＮＲＮＰＡ３Ｐ１、ＩＬ２３Ａ、ＩＱＧＡＰ１、ＬＯＣ４９４１２７、ＬＯＣ６４６４７１、ＬＯＨ１２ＣＲ、ＰＢＸＩＰ１、ＲＮＦ５、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ３５Ｇ５、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＤＲＤ７、ＴＸＫ、及びＹＹ２のそれぞれの第２の正規化された発現レベルを得；
前記第１の正規化された発現レベルと前記第２の正規化された発現レベルとを平均して正規化された発現レベルを得る、
ことによって得られる、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
療法に対する黒色腫を有する対象の反応を決定する方法であって、第１のテストサンプルを少なくとも２８個のＲＮＡバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、第１の時点で前記対象からの第１のテストサンプルから前記少なくとも２８個のＲＮＡバイオマーカーの第１の発現レベルを決定し、ここで、前記２８個のＲＮＡバイオマーカーは、ＡＴＬ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ、Ｃ１ＯＲＦ２１、ＣＦＬＡＲ、ＣＦＬＡＲ−ＡＳ１、ＣＨＰ１、ＤＤＸ５５、ＤＭＤ、ＤＮＡＪＣ９、ＥＮＯＳＦ１、ＦＡＮＣＬ、ＨＪＵＲＰ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＨＮＲＮＰＡ３Ｐ１、ＩＬ２３Ａ、ＩＱＧＡＰ１、ＬＯＣ４９４１２７、ＬＯＣ６４６４７１、ＬＯＨ１２ＣＲ、ＰＢＸＩＰ１、ＲＮＦ５、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ３５Ｇ５、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＤＲＤ７、ＴＸＫ、及びＹＹ２を含み；
第２のテストサンプルを前記少なくとも２８個のＲＮＡバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、第２の時点で前記対象からの第２のテストサンプルから前記少なくとも２８個のＲＮＡバイオマーカーの第２の発現レベルを決定し、ここで、前記第２の時点は、前記第１の時点の後及び前記対象への療法の実施後であり；
前記第１の発現レベルを前記第２の発現レベルと比較し； 及び
前記第２の発現レベルが、前記第１の発現レベルと比較して有意に減少した場合、前記対象が療法に反応することを識別する、
方法。
【請求項８】
前記第１の時点が、前記対象への前記療法の実施前である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記第１の時点が、前記対象への前記療法の実施後である、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記療法が、免疫療法を含む、請求項７〜９の何れか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記療法が、標的療法を含む、請求項７〜９の何れか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記標的療法が、ＢＲＡＦ阻害剤を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
（ａ）９０％以上の感度；又は
（ｂ）９０％以上の特異性、
を有する請求項１〜１２の何れか1項に記載の方法。
【請求項１４】
黒色腫が、進行性である、請求項１〜１３の何れか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＲＮＡバイオマーカーの発現レベルが、前記バイオマーカーと標識されたプローブ又はプライマーとの間で複合体を形成することによって検出され、好ましくは、標識が、蛍光標識である、請求項１〜１４の何れか１項に記載の方法。
【請求項１６】
ＲＮＡバイオマーカーを逆転写してｃＤＮＡを産生し、次いで産生されたｃＤＮＡの発現レベルを検出し、好ましくは、前記ｃＤＮＡが、前記ｃＤＮＡと標識された核酸又はプライマーとの間で複合体を検出することによって検出され、好ましくは、標識が、蛍光標識である、請求項１〜１５の何れか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記テストサンプルが、血液、血清、血漿、又は腫瘍組織である、請求項１〜１６の何れか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記所定のカットオフ値が、腫瘍性疾患の無い対象から得られた複数のリファレンスサンプルから得られたものであり、好ましくは、各リファレンスサンプルが、血液、血清、血漿、又は腫瘍組織である、請求項１〜６の何れか１項に記載の方法。
【請求項１９】
黒色腫の検出を必要とする対象が、黒色腫と診断された対象、少なくとも1つの黒色腫の症状を有する対象、又は黒色腫を発症する素因又は家族歴を有する対象であり、好ましくは前記対象が、ヒトである、請求項１〜１８の何れか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記アルゴリズムが、ＸＧＢ、ＲＦ、ｇｌｍｎｅｔ、ｃｆｏｒｅｓｔ、ＣＡＲＴ、ｔｒｅｅｂａｇ、ｋｎｎ、ｎｎｅｔ、ＳＶＭ−ｒａｄｉａｌ、ＳＶＭ−ｌｉｎｅａｒ、ＮＢ、ＮＮＥＴ、又はｍｌｐである、請求項１〜６の何れか１項に記載の方法。