【手続補正書】
【提出日】令和3年3月9日(2021.3.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ターゲットポリマー結合についてテスト化学組成物をスクリーニングするためのコンピュータシステムであって、
少なくとも１つのプロセッサと、
前記少なくとも１つのプロセッサによってアドレス指定可能な非一過性メモリであって、前記非一過性メモリが、前記少なくとも１つのプロセッサによる実行のための１つ以上のプログラムを記憶し、前記１つ以上のプログラムが、
（Ａ）前記テスト化学組成物の記述を入手することと、
（Ｂ）第１の複数のターゲットポリマーのそれぞれの各ターゲットポリマーのために、第１の手順を実行することであって、前記第１の手順が、
（ｉ）前記それぞれのターゲットポリマーに対する前記テスト化学組成物の前記記述を提示し、それによって、
複数の異なるポーズの各ポーズの前記それぞれのターゲットポリマーで前記テスト化学組成物をモデル化し、それによって複数のボクセルマップを作成することであって、前記複数のボクセルマップのそれぞれの各ボクセルマップが、前記複数の異なるポーズのそれぞれのポーズの前記テスト化学組成物を備える、前記作成することと、
前記複数のボクセルマップの各ボクセルマップを、対応する第１の分類子入力ベクトルに展開し、それによって複数の第１の分類子入力ベクトルを作成することであって、前記複数の第１の分類子入力ベクトルの各第１の分類子入力ベクトルが同じサイズである、前記作成することと
を含む第２の手順により、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の相互作用の記述のための対応するスコアを入手することと、
（ｉｉ）前記複数の第１の分類子入力ベクトルのそれぞれの各第１の分類子入力ベクトルを第１の分類子に入力することで、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用の前記記述を前記第１の分類子に入力し、それによって前記第１の分類子から、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための対応する複数のスコアを入手することであって、前記対応する複数のスコアのそれぞれの各スコアが、前記複数の第１の分類子入力ベクトルの第１の分類子入力ベクトルの前記第１の分類子への前記入力に対応する、前記入手することと、
（ｉｉｉ）前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための前記対応するスコアを、前記対応する複数のスコアの代表値または加重平均として入手することであって、
前記代表値または加重平均が所定の閾値または所定の閾値範囲を満たすとき、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用の前記記述のための前記対応するスコアが、第１の分類であると見なされ、
前記代表値または加重平均が前記所定の閾値または前記所定の閾値範囲を満たすことができないとき、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用の前記記述のための前記対応するスコアが、第２の分類であると見なされる、前記入手することと
を含み、
前記テスト化学組成物と前記第１の複数のターゲットポリマー全体でのそれぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための対応する各スコアが、前記テスト化学組成物のためのテストベクトルを形成する、
前記第１の手順を実行することと、
（Ｃ）前記テスト化学組成物のための前記テストベクトルを第２の分類子に入力し、それによって前記第２の分類子から出力として前記テストベクトルのための変換を入手することであって、前記変換が、前記第１の複数のターゲットポリマーの単一のターゲットポリマーの表示を提供し、それによってターゲットポリマー結合について前記テスト化学組成物をスクリーニングし、
前記第２の分類子が、複数の訓練ベクトルに関して訓練され、
前記複数の訓練ベクトルのそれぞれの各訓練ベクトルが、前記第１の手順に従ってテスト化学組成物として第１の複数の訓練化合物の対応する訓練化合物を入力した後の前記第１の分類子からの前記出力であり、
前記第１の複数の訓練化学組成物の第１の部分集合のそれぞれの各訓練化学組成物が、前記第１の分類子によって、前記第１の複数のターゲットポリマーの対応するターゲットポリマーに結合し、かつ、前記第１の複数のターゲットポリマーの他のターゲットポリマーに結合しないと見なされ、
前記第１の複数の訓練化学組成物の第２の部分集合のそれぞれの各訓練化学組成物が、前記第１の分類子によって、前記第１の複数のターゲットポリマーのいずれのターゲットポリマーにも結合しないと見なされる、
前記入手すること
のための命令を含む、前記非一過性メモリと
を備える、前記コンピュータシステム。
【請求項２】
前記複数の第１の分類子入力ベクトルの各第１の分類子入力ベクトルが、一次元であり、前記複数の異なるポーズが２つ以上のポーズ、１０以上のポーズ、１００以上のポーズ、または１０００以上のポーズを備える、請求項１に記載のコンピュータシステム。
【請求項３】
前記複数の異なるポーズが、マルコフチェーンモンテカルロサンプリング、焼き鈍し法、ラマルク遺伝的アルゴリズム、遺伝的アルゴリズム、または深層畳み込みニューラルネットサンプリングのうちの１つでドッキングスコアリング関数を使用し、入手される、請求項１に記載のコンピュータシステム。
【請求項４】
前記複数の異なるポーズが、欲張りアルゴリズムを使用し、インクリメンタルサーチによって入手される、請求項１に記載のコンピュータシステム。
【請求項５】
それぞれの各ターゲットポリマーが、タンパク質、ポリペプチド、ポリ核酸、ポリリボ核酸、多糖、またはその任意の組み合わせのアセンブリである、請求項１に記載のコンピュータシステム。
【請求項６】
前記それぞれのターゲットポリマーに対する前記テスト化学組成物の前記記述を前記提示することが、２．５Å以上の分解能で分解された前記ターゲットポリマーの結晶構造または３．３Å以上の分解能で分解された前記ポリマーの結晶構造の三次元座標｛ｘ１、．．．、ｘＮ｝の集合の形で前記それぞれのターゲットポリマーのための空間座標に対する前記テスト化学組成物の前記記述を提示すること、または、核磁気共鳴、中性子回折、または低温電子顕微鏡法によって決定される前記ポリマーのための三次元座標のアンサンブルの形で前記それぞれのターゲットポリマーのための空間座標に対する前記テスト化学組成物の前記記述を提示することを含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項７】
前記第１の分類が、ＩＣ５０、ＥＣ５０、Ｋｄ、ＫＩ、または第１の結合値を超える前記それぞれのターゲットポリマーに関する前記テスト化学組成物のための阻害パーセントであり、
前記第２の分類が、ＩＣ５０、ＥＣ５０、Ｋｄ、ＫＩ、または前記第１の結合値未満である前記それぞれのターゲットポリマーに関する前記テスト化学組成物のための阻害パーセントである、
請求項１に記載のコンピュータシステム。
【請求項８】
前記第１の結合値が１マイクロモルまたは１０マイクロモルである、請求項７に記載のコンピュータシステム。
【請求項９】
前記第１の複数のターゲットポリマーの各ターゲットポリマーが、活性部位を有するポリマーであり、
前記複数の異なるポーズの各ポーズの前記それぞれのターゲットポリマーで前記テスト化学組成物を前記モデル化することが、前記それぞれのターゲットポリマーの原子表示に結び付けられた前記テスト化学組成物の原子表示の分子動力学ランを実行し、それによって経時的にともに前記テスト化学組成物及び前記それぞれのターゲットポリマーの軌跡を形成することを含み、
前記複数の異なるポーズの少なくとも１つの部分集合が、ある期間にわたり前記軌跡のスナップショットを撮ることによって入手される、
請求項１に記載のコンピュータシステム。
【請求項１０】
前記第１の分類子が複数の重みを備え、前記方法が、さらに、（Ａ）を前記入手する前に、
（ａ）訓練データセットを取得することであって、前記訓練データセットが、
第２の複数の訓練化合物と、
第２の複数のターゲットポリマーと、
複数の実験的に決定したスコアであって、前記複数の実験的に決定したスコアのそれぞれの各実験的に決定したスコアが、前記第２の複数の訓練化合物の対応する訓練化合物と、前記第２の複数のターゲットポリマーの対応するターゲットポリマーとの間の相互作用のためである、前記複数の実験で決定したスコアと
を備える、前記取得することと、
（ｂ）前記第２の複数の訓練化合物のそれぞれの各訓練化合物のために、
（ｉ）前記第２の複数のターゲットポリマーの対応するターゲットポリマーに対する前記それぞれの訓練化合物の記述を提示し、それによって前記訓練化学組成物と前記対応するターゲットポリマーとの間の相互作用の記述を入手することと、
（ｉｉ）前記それぞれの訓練化合物と前記対応するターゲットポリマーとの間の前記相互作用の前記記述を前記第１の分類子に入力し、それによって前記第１の分類子から前記訓練化合物と前記対応するターゲットポリマーとの間の前記相互作用の対応するスコアを入手することと、
（ｉｉｉ）（１）前記それぞれの訓練化合物と前記対応するターゲットポリマーとの間の前記相互作用の前記記述のための前記第１の分類子からの前記対応するスコアと、（２）前記それぞれの訓練化合物と前記訓練データセットからの前記対応するターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための前記実験的に決定したスコアとの間の差異を決定することと、
（ｉｖ）前記複数の重みに前記差異を適用することと
を含む第２の手順を実行することと
を含む、請求項１に記載のコンピュータシステム。
【請求項１１】
前記第２の複数のターゲットポリマーが前記第１の複数のターゲットポリマーと同じであるか、または、前記第２の複数のターゲットポリマーと前記第１の複数のターゲットポリマーの間に部分的な重複しかないか、または、前記第２の複数のターゲットポリマーと前記第１の複数のターゲットポリマーとの間に重複がないか、または、前記第１の複数のターゲットポリマーが前記第２の複数のターゲットポリマーの部分集合である、請求項１０に記載のコンピュータシステム。
【請求項１２】
前記第２の複数のターゲットポリマーが、５０以上のターゲットポリマー、１００以上のターゲットポリマー、または２５０以上のターゲットポリマーである、請求項１０に記載のコンピュータシステム。
【請求項１３】
前記第１の複数の訓練化学組成物が、前記第２の複数の訓練化学組成物と同じである、請求項１０に記載のコンピュータシステム。
【請求項１４】
前記第１の複数の訓練化学組成物が、前記第２の複数の訓練化学組成物と異なる、請求項１０に記載のコンピュータシステム。
【請求項１５】
前記第１の複数の訓練化学組成物の前記第１の部分集合が、１０００の訓練化学組成物を備え、
前記第１の複数のターゲットポリマーが、１００のターゲットポリマーを備え、
前記第１の複数のターゲットポリマーのそれぞれの各ターゲットポリマーのために、前記第１の複数の訓練化学組成物の前記第１の部分集合が、前記それぞれのターゲットポリマーと一意に関連付けられる少なくとも５つの訓練化学組成物を含み、
前記第１の複数の訓練化学組成物の前記第２の部分集合が、１００００の訓練化学組成物を備える、
請求項１〜１４のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項１６】
前記第１の複数の訓練化学組成物のそれぞれの各訓練化学組成物が、前記それぞれの訓練化学組成物と同じターゲットポリマーと一意に関連付けられていない前記第１の複数の訓練化学組成物の任意の訓練化学組成物の分子指紋に似ていない対応する前記分子指紋を有する化合物である、請求項１〜１５のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項１７】
前記対応する分子指紋が、前記それぞれの訓練化学組成物のＤａｙｌｉｇｈｔフィンガープリント、ＢＣＩフィンガープリント、ＥＣＦＰフィンガープリント、ＥＣＦＣフィンガープリント、ＭＤＬフィンガープリント、ＡＰＦＰフィンガープリント、ＴＴＦＰフィンガープリント、またはＵＮＩＴＹ  ２Ｄフィンガープリントである、請求項１６に記載のコンピュータシステム。
【請求項１８】
前記それぞれの訓練化学組成物の前記対応する分子指紋が、前記それぞれの訓練化学組成物と他の訓練化学組成物の前記分子指紋との間のタニモト係数が０．７０未満、または０．５０未満であるとき、前記第１の複数の訓練化学組成物の別の訓練化学組成物の前記分子指紋に似ていないと見なされる、請求項１６に記載のコンピュータシステム。
【請求項１９】
前記第１の分類子が、ニューラルネットワークまたはサポートベクトルマシンを備え、前記第２の分類子が、ロジスティック回帰アルゴリズム、ランダムフォレスト、非線形回帰モデル、線形回帰アルゴリズム、カーネル法、決定木、多次元スプライン（ＭＡＲＳ）、または多重相加的回帰木を備える、請求項１〜１８のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項２０】
前記テスト化学組成物が、２０００ダルトン未満の分子量を有するか、またはリピンスキーのルールオブファイブ基準を満たす、請求項１〜１９のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項２１】
前記テスト化学組成物の前記記述が、前記化学組成物のためのモデル化された原子座標を備える、請求項１〜２０のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項２２】
前記それぞれのターゲットポリマーが結合ポケットを含み、
前記それぞれのターゲットポリマーに対する前記テスト化学組成物の前記記述を前記提示することが、前記テスト化学組成物のためのモデル化された原子座標を前記結合ポケットのための原子座標にドッキングすることを含む、
請求項１〜２１のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項２３】
前記テスト化学組成物と前記第１の分類子からの前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための前記対応するスコアが、数値スコアである、請求項１〜２２のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項２４】
前記テスト化学組成物と前記第１の分類子からの前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための前記対応するスコアが、ゼロと１の間の数値スコアである、請求項１〜２２のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項２５】
前記第１の複数のターゲットポリマーが、１００のターゲットポリマーを備え、前記テスト化学組成物のための前記テストベクトルが、１００の要素を含み、各要素が、前記テスト化学組成物と、前記第１の分類子からの前記第１の複数のターゲットポリマーのそれぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための前記スコア用である、請求項１〜２４のいずれか１項に記載のコンピュータシステム。
【請求項２６】
ターゲットポリマー結合についてテスト化学組成物をスクリーニングするための方法であって、
（Ａ）前記テスト化学組成物の記述を入手することと、
（Ｂ）第１の複数のターゲットポリマーのそれぞれの各ターゲットポリマーのために、第１の手順を実行することであって、前記第１の手順が、
（ｉ）前記それぞれのターゲットポリマーに対する前記テスト化学組成物の前記記述を提示し、それによって、
複数の異なるポーズの各ポーズの前記それぞれのターゲットポリマーで前記化学組成物をモデル化し、それによって複数のボクセルマップを作成することであって、前記複数のボクセルマップのそれぞれの各ボクセルマップが、前記複数の異なるポーズのそれぞれのポーズの前記化学組成物を備える、前記作成することと、
前記複数のボクセルマップの各ボクセルマップを、対応する第１の分類子入力ベクトルに展開し、それによって複数の第１の分類子入力ベクトルを作成することであって、前記複数の第１の分類子入力ベクトルの各第１の分類子入力ベクトルが同じサイズである、前記作成することと
を含む第２の手順により、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の相互作用の記述のための対応するスコアを入手することと、
（ｉｉ）前記複数の第１の分類子入力ベクトルのそれぞれの各第１の分類子入力ベクトルを第１の分類子に入力することで、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用の前記記述を前記第１の分類子に入力し、それによって前記第１の分類子から、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための対応する複数のスコアを入手することであって、前記対応する複数のスコアのそれぞれの各スコアが、前記複数の第１の分類子入力ベクトルの第１の分類子入力ベクトルの前記第１の分類子への前記入力に対応する、前記入手することと、
（ｉｉｉ）前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための前記対応するスコアを、前記対応する複数のスコアの代表値または加重平均として入手することであって、
前記代表値または加重平均が所定の閾値または所定の閾値範囲を満たすとき、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用の前記記述のための前記対応するスコアが、第１の分類であると見なされ、
前記代表値または加重平均が前記所定の閾値または前記所定の閾値範囲を満たすことができないとき、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用の前記記述のための前記対応するスコアが、第２の分類であると見なされる、前記入手することと
を含み、
前記テスト化学組成物と前記第１の複数のターゲットポリマー全体でのそれぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための対応する各スコアが、前記テスト化学組成物のためのテストベクトルを形成する、
前記第１の手順を実行することと、
（Ｃ）前記テスト化学組成物のための前記テストベクトルを第２の分類子に入力し、それによって前記第２の分類子から出力として前記テストベクトルのための変換を入手することであって、前記変換が、前記第１の複数のターゲットポリマーの単一のターゲットポリマーの表示を提供し、それによってターゲットポリマー結合について前記テスト化学組成物をスクリーニングし、
前記第２の分類子が、複数の訓練ベクトルに関して訓練され、
前記複数の訓練ベクトルのそれぞれの各訓練ベクトルが、前記第１の手順に従ってテスト化学組成物として第１の複数の訓練化合物の対応する訓練化合物を入力した後の前記第１の分類子からの前記出力であり、
前記第１の複数の訓練化学組成物の第１の部分集合のそれぞれの各訓練化学組成物が、前記第１の分類子によって、前記第１の複数のターゲットポリマーの対応するターゲットポリマーに結合し、かつ、前記第１の複数のターゲットポリマーの他のターゲットポリマーに結合しないと見なされ、
前記第１の複数の訓練化学組成物の第２の部分集合のそれぞれの各訓練化学組成物が、前記第１の分類子によって、前記第１の複数のターゲットポリマーのいずれのターゲットポリマーにも結合しないと見なされる、
前記入手すること
を含む、前記方法。
【請求項２７】
非一過性のコンピュータ可読記憶媒体であって、命令を前記非一過性のコンピュータ可読記憶媒体に記憶しており、前記命令が、ターゲットポリマー結合についてテスト化学組成物をスクリーニングするためにシステムのプロセッサによって実行されるときに、前記プロセッサに、
（Ａ）前記テスト化学組成物の記述を入手することと、
（Ｂ）第１の複数のターゲットポリマーのそれぞれの各ターゲットポリマーのために、第１の手順を実行することであって、前記第１の手順が、
（ｉ）前記それぞれのターゲットポリマーに対する前記テスト化学組成物の前記記述を提示し、それによって、
複数の異なるポーズの各ポーズの前記それぞれのターゲットポリマーで前記テスト化学組成物をモデル化し、それによって複数のボクセルマップを作成することであって、前記複数のボクセルマップのそれぞれの各ボクセルマップが、前記複数の異なるポーズのそれぞれのポーズの前記テスト化学組成物を備える、前記作成することと、
前記複数のボクセルマップの各ボクセルマップを、対応する第１の分類子入力ベクトルに展開し、それによって複数の第１の分類子入力ベクトルを作成することであって、前記複数の第１の分類子入力ベクトルの各第１の分類子入力ベクトルが同じサイズである、前記作成することと
を含む第２の手順により、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の相互作用の記述のための対応するスコアを入手することと、
（ｉｉ）前記複数の第１の分類子入力ベクトルのそれぞれの各第１の分類子入力ベクトルを第１の分類子に入力することで、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用の前記記述を前記第１の分類子に入力し、それによって前記第１の分類子から、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための対応する複数のスコアを入手することであって、前記対応する複数のスコアのそれぞれの各スコアが、前記複数の第１の分類子入力ベクトルの第１の分類子入力ベクトルの前記第１の分類子への前記入力に対応する、前記入手することと、
（ｉｉｉ）前記テスト化学組成物と前記それぞれのポリマーとの間の前記相互作用のための前記対応するスコアを、前記対応する複数のスコアの代表値または加重平均として入手することであって、
前記代表値または加重平均が所定の閾値または所定の閾値範囲を満たすとき、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用の前記記述のための前記対応するスコアが、第１の分類であると見なされ、
前記代表値または加重平均が前記所定の閾値または前記所定の閾値範囲を満たすことができないとき、前記テスト化学組成物と前記それぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用の前記記述のための前記対応するスコアが、第２の分類であると見なされる、前記入手することと
を含み、
前記テスト化学組成物と前記第１の複数のターゲットポリマー全体でのそれぞれのターゲットポリマーとの間の前記相互作用のための対応する各スコアが、前記テスト化学組成物のためのテストベクトルを形成する、
前記第１の手順を実行することと、
（Ｃ）前記テスト化学組成物のための前記テストベクトルを第２の分類子に入力し、それによって前記第２の分類子から出力として前記テストベクトルのための変換を入手することであって、前記変換が、前記第１の複数のターゲットポリマーの単一のターゲットポリマーの表示を提供し、それによってターゲットポリマー結合について前記テスト化学組成物をスクリーニングし、
前記第２の分類子が、複数の訓練ベクトルに関して訓練され、
前記複数の訓練ベクトルのそれぞれの各訓練ベクトルが、前記第１の手順に従ってテスト化学組成物として第１の複数の訓練化合物の対応する訓練化合物を入力した後の前記第１の分類子からの前記出力であり、
前記第１の複数の訓練化学組成物の第１の部分集合のそれぞれの各訓練化学組成物が、前記第１の分類子によって、前記第１の複数のターゲットポリマーの対応するターゲットポリマーに結合し、かつ、前記第１の複数のターゲットポリマーの他のターゲットポリマーに結合しないと見なされ、
前記第１の複数の訓練化学組成物の第２の部分集合のそれぞれの各訓練化学組成物が、前記第１の分類子によって、前記第１の複数のターゲットポリマーのいずれのターゲットポリマーにも結合しないと見なされる、
前記入手すること
の動作を実行させる、前記非一過性コンピュータ可読記憶媒体。