【手続補正書】
【提出日】令和3年4月7日(2021.4.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
第ＩＸ因子タンパク質をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、該第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７）の核酸配列と少なくとも９７％同一である核酸配列を含む、前記核酸組成物。
【請求項２】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７）の核酸配列と少なくとも９９％同一である核酸配列を含む、請求項１に記載の核酸組成物。
【請求項３】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する、請求項１または２に記載の核酸組成物。
【請求項４】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する、請求項１または２に記載の核酸組成物。
【請求項５】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１７）の核酸配列を含む、請求項１に記載の核酸組成物。
【請求項６】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、全長野生型第ＩＸ因子ポリペプチド（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）の残基３８４に対応するアミノ酸位置においてロイシンをコードする、請求項１〜５のいずれか１項に記載の核酸組成物。
【請求項７】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドによってコードされる前記第ＩＸ因子タンパク質が、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２）と比較して１〜１０個のアミノ酸置換を有する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の核酸組成物。
【請求項８】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドによってコードされる前記第ＩＸ因子タンパク質が、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１２）のアミノ酸配列を有する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の核酸組成物。
【請求項９】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、プレプロリーダーペプチドをコードするプレプロリーダーポリヌクレオチドをさらに含み、該プレプロリーダーペプチドがＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３６）のアミノ酸配列を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の核酸組成物。
【請求項１０】
前記プレプロリーダーポリヌクレオチドがＣＳ０６−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２３）の核酸配列を有する、請求項９に記載の核酸組成物。
【請求項１１】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９）の核酸配列と少なくとも９９％同一である核酸配列を有する、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の核酸組成物。
【請求項１２】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９）の核酸配列を有する、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の核酸組成物。
【請求項１３】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドに機能的に連結された肝臓特異的プロモーターエレメントをさらに含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の核酸組成物。
【請求項１４】
前記肝臓特異的プロモーターエレメントがプロモーターポリヌクレオチドのコピーを１つ含み、該プロモーターポリヌクレオチドがＣＲＭ８（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３９）と少なくとも９５％同一である核酸配列を含む、請求項１３に記載の核酸組成物。
【請求項１５】
前記肝臓特異的プロモーターエレメントがプロモーターポリヌクレオチドのコピーを３つ含み、該プロモーターポリヌクレオチドがＣＲＭ８（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３９）と少なくとも９５％同一である核酸配列を含む、請求項１３に記載の核酸組成物。
【請求項１６】
前記プロモーターポリヌクレオチドがＣＲＭ８（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３９）の核酸配列を含む、請求項１４または１５に記載の核酸組成物。
【請求項１７】
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドに機能的に連結されたイントロンをさらに含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の核酸組成物。
【請求項１８】
前記イントロンが、ＭＶＭＩ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３）と少なくとも９５％同一である核酸配列を含むＭＶＭイントロンポリヌクレオチドを含む、請求項１７に記載の核酸組成物。
【請求項１９】
前記ＭＶＭイントロンポリヌクレオチドがＭＶＭＩ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５３）の核酸配列を含む、請求項１８に記載の核酸組成物。
【請求項２０】
前記イントロンが、プロモーターエレメントと、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の翻訳開始部位との間に位置する、請求項１７〜１９のいずれか一項に記載の核酸組成物。
【請求項２１】
ＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４０）の核酸配列を含む、請求項１に記載の核酸組成物。
【請求項２２】
哺乳動物遺伝子治療ベクターを含む、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の核酸組成物。
【請求項２３】
前記哺乳動物遺伝子治療ベクターがアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターである、請求項２２に記載の核酸組成物。
【請求項２４】
前記アデノ随伴ウイルスベクターが血清型８アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ−８）ベクターである、請求項２３に記載の核酸組成物。
【請求項２５】
前記哺乳動物遺伝子治療ベクターが、前記第ＩＸ因子タンパク質をコードする一本鎖ポリヌクレオチドを含む、請求項２２〜２４のいずれか１項に記載の核酸組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
一態様では、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子を作製する方法を記載する。この方法は、本明細書に記載の核酸組成物（例えば、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド構築物）（例えば、ＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、またはＣＳ０６第ＩＸ因子コード配列に対して高い配列同一性を有するポリヌクレオチド）を哺乳動物宿主細胞に導入することを含み、その場合、該ポリヌクレオチドは哺乳動物宿主細胞中で複製する能力がある状態である。
[本発明1001]
第ＩＸ因子タンパク質をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、該第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ06−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：17）の核酸配列と少なくとも97％同一である核酸配列を含む、前記核酸組成物。
[本発明1002]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ06−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：17）の核酸配列と少なくとも99％同一である核酸配列を含む、本発明1001の核酸組成物。
[本発明1003]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが10個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する、本発明1001または1002の核酸組成物。
[本発明1004]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが3個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する、本発明1001または1002の核酸組成物。
[本発明1005]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ06−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：17）の核酸配列を含む、本発明1001の核酸組成物。
[本発明1006]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1）を基準として、ヌクレオチド位置1150〜1152においてロイシンをコードする、本発明1001〜1005のいずれかの核酸組成物。
[本発明1007]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドによってコードされる前記第ＩＸ因子タンパク質が、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：12）と比較して1〜10個のアミノ酸置換を有する、本発明1001〜1006のいずれかの核酸組成物。
[本発明1008]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドによってコードされる前記第ＩＸ因子タンパク質が、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：12）のアミノ酸配列を有する、本発明1001〜1006のいずれかの核酸組成物。
[本発明1009]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、プレプロリーダーペプチドをコードするプレプロリーダーポリヌクレオチドをさらに含み、該プレプロリーダーペプチドがＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：36）のアミノ酸配列を含む、本発明1001〜1008のいずれかの核酸組成物。
[本発明1010]
前記プレプロリーダーポリヌクレオチドがＣＳ06−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：23）の核酸配列を有する、本発明1009の核酸組成物。
[本発明1011]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ06−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：9）の核酸配列と少なくとも99％同一である核酸配列を有する、本発明1001〜1010のいずれかの核酸組成物。
[本発明1012]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ06−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：9）の核酸配列を有する、本発明1001〜1010のいずれかの核酸組成物。
[本発明1013]
第ＩＸ因子タンパク質をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、該第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ02−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：13）の核酸配列と少なくとも95％同一である核酸配列を含む、前記核酸組成物。
[本発明1014]
第ＩＸ因子タンパク質をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、該第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ03−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：14）の核酸配列と少なくとも98％同一である核酸配列を含む、前記核酸組成物。
[本発明1015]
第ＩＸ因子タンパク質をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、該第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ04−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：15）の核酸配列と少なくとも99％同一である核酸配列を含む、前記核酸組成物。
[本発明1016]
第ＩＸ因子タンパク質をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、該第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ05−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：16）の核酸配列と少なくとも98％同一である核酸配列を含む、前記核酸組成物。
[本発明1017]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが10個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する、本発明1013〜1016のいずれかの核酸組成物。
[本発明1018]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが3個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する、本発明1013〜1016のいずれかの核酸組成物。
[本発明1019]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：1）を基準として、ヌクレオチド位置1150〜1152においてロイシンをコードする、本発明1013〜1016のいずれかの核酸組成物。
[本発明1020]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドによってコードされる前記第ＩＸ因子タンパク質が、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：12）と比較して1〜10個のアミノ酸置換を有する、本発明1013〜1019のいずれかの核酸組成物。
[本発明1021]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドによってコードされる前記第ＩＸ因子タンパク質が、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：12）のアミノ酸配列を有する、本発明1013〜1019のいずれかの核酸組成物。
[本発明1022]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、プレプロリーダーペプチドをコードするプレプロリーダーポリヌクレオチドをさらに含み、該プレプロリーダーペプチドがＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：36）のアミノ酸配列を含む、本発明1013〜1021のいずれかの核酸組成物。
[本発明1023]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドに機能的に連結された肝臓特異的プロモーターエレメントをさらに含む、本発明1001〜1022のいずれかの核酸組成物。
[本発明1024]
前記肝臓特異的プロモーターエレメントがプロモーターポリヌクレオチドのコピーを1つ含み、該プロモーターポリヌクレオチドがＣＲＭ8（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：39）と少なくとも95％同一である核酸配列を含む、本発明1023の核酸組成物。
[本発明1025]
前記肝臓特異的プロモーターエレメントがプロモーターポリヌクレオチドのコピーを3つ含み、該プロモーターポリヌクレオチドがＣＲＭ8（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：39）と少なくとも95％同一である核酸配列を含む、本発明1023の核酸組成物。
[本発明1026]
前記プロモーターポリヌクレオチドがＣＲＭ8（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：39）の核酸配列を含む、本発明1024または1025の核酸組成物。
[本発明1027]
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドに機能的に連結されたイントロンをさらに含む、本発明1001〜1022のいずれかの核酸組成物。
[本発明1028]
前記イントロンが、ＭＶＭＩ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：53）と少なくとも95％同一である核酸配列を含むＭＶＭイントロンポリヌクレオチドを含む、本発明1027の核酸組成物。
[本発明1029]
前記ＭＶＭイントロンポリヌクレオチドがＭＶＭＩ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：53）の核酸配列を含む、本発明1028の核酸組成物。
[本発明1030]
前記イントロンが、プロモーターエレメントと、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の翻訳開始部位との間に位置する、本発明1027〜1029のいずれかの核酸組成物。
[本発明1031]
ＣＳ06−ＣＲＭ8．3−ｓｓＶ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：40）の核酸配列を含む、本発明1001の核酸組成物。
[本発明1032]
哺乳動物遺伝子治療ベクターを含む、本発明1001〜1031のいずれかの核酸組成物。
[本発明1033]
前記哺乳動物遺伝子治療ベクターがアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターである、本発明1032の核酸組成物。
[本発明1034]
前記アデノ随伴ウイルスベクターが血清型8アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ−8）ベクターである、本発明1033の核酸組成物。
[本発明1035]
前記哺乳動物遺伝子治療ベクターが、前記第ＩＸ因子タンパク質をコードする一本鎖ポリヌクレオチドを含む、本発明1032〜1034のいずれかの核酸組成物。
[本発明1036]
本発明1001〜1035のいずれかの核酸組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、血友病Ｂを治療するための方法。
[本発明1037]
血友病Ｂを治療するための、本発明1001〜1035のいずれかの核酸組成物。
[本発明1038]
血友病Ｂの治療用薬剤の製造のための、本発明1001〜1035のいずれかの核酸組成物の使用。
[本発明1039]
本発明1001〜1035のいずれかの核酸組成物を哺乳動物宿主細胞に導入することを含む、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子を作製するための方法であって、該核酸組成物が、該哺乳動物宿主細胞において複製する能力がある、前記方法。