【手続補正書】
【提出日】令和2年11月19日(2020.11.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象を治療する方法であって、少なくとも1つの融合遺伝子が対象から得られた試料中に存在することを決定すること、並びに次いで、凍結療法、放射線療法、化学療法、ホルモン療法、高密度焦点式超音波及び頻繁なモニタリングの1つ以上を行って対象において抗新生物効果を達成することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。
【請求項２】
融合遺伝子が、MAN2A1-FER、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
対象が前悪性又は新生物性状態を有する、請求項1に記載の方法。
【請求項４】
対象ががんを有する、請求項1に記載の方法。
【請求項５】
対象が、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌であるがんを有する、請求項4に記載の方法。
【請求項６】
がんが肺腺癌、多形膠芽腫及び肝細胞癌のいずれでもない、請求項4に記載の方法。
【請求項７】
1つ以上の融合遺伝子がFISH分析により検出される、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
【請求項８】
1つ以上の融合遺伝子が逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により検出される、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
【請求項９】
融合遺伝子がMAN2A1-FER融合遺伝子である、請求項1に記載の方法。
【請求項１０】
対象を治療する方法であって、(i)対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、及び(ii)1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、1つ以上の細胞内に含有される1つ以上の融合遺伝子に特異的な治療有効量の阻害剤を投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。
【請求項１１】
対象を治療する方法であって、(i)対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、及び(ii)1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、1つ以上の細胞内に含有される1つ以上の融合遺伝子の産物を阻害する治療有効量の作用剤を投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。
【請求項１２】
対象を治療する方法であって、(i)対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、及び(ii)1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、1つ以上の細胞内に含有される1つ以上の融合遺伝子を標的化する治療有効量のsiRNAを投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。
【請求項１３】
がんを有する対象を治療する方法であって、(i)対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、及び(ii)1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、治療有効量の抗がん剤を対象に投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。
【請求項１４】
前悪性又は新生物性状態を有する対象を治療する方法であって、(i)対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、及び(ii)1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、1つ以上の細胞内に含有される1つ以上の融合遺伝子の産物を阻害して抗新生物効果を生じさせる治療有効量の作用剤を対象に投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。
【請求項１５】
1つ以上の融合遺伝子が、MAN2A1-FER、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される、請求項10〜14のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６】
対象ががんを有する、請求項10〜12のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１７】
がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌である、請求項16に記載の方法。
【請求項１８】
がんが肺腺癌、多形膠芽腫及び肝細胞癌のいずれでもない、請求項16に記載の方法。
【請求項１９】
対象が前悪性又は新生物性状態を有する、請求項10〜12のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２０】
1つ以上の融合遺伝子がFISH分析により検出される、請求項10〜19のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２１】
1つ以上の融合遺伝子が逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により検出される、請求項10〜19のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２２】
1つ以上の融合遺伝子がMAN2A1-FER融合遺伝子である、請求項10〜21のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２３】
対象を治療する方法であって、(i)対象の細胞中のMAN2A1-FER遺伝子の存在を決定すること、及び(ii)MAN2A1-FER融合遺伝子が細胞中に存在する場合、細胞内に含有されるMAN2A1-FER融合遺伝子に特異的な治療有効量の1つ以上の阻害剤を投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。
【請求項２４】
対象が前悪性又は新生物性状態を有する、請求項23に記載の方法。
【請求項２５】
1つ以上の阻害剤がカネルチニブとクリゾチニブとの組合せを含む、請求項23に記載の方法。
【請求項２６】
がんを有する対象を治療する方法であって、(i)対象のがん細胞中のMAN2A1-FER融合遺伝子の存在を決定すること、及び(ii)MAN2A1-FER融合遺伝子ががん細胞中に存在する場合、治療有効量のFER阻害剤を投与することを含み、がんが前立腺がんではない、方法。
【請求項２７】
がんを有する対象を治療する方法であって、(i)対象のがん細胞中のMAN2A1-FER融合遺伝子の存在を決定すること、及び(ii)MAN2A1-FER融合遺伝子ががん細胞中に存在する場合、治療有効量のEGFR阻害剤を投与することを含み、がんが前立腺がんではない、方法。
【請求項２８】
がんを有する対象を治療する方法であって、(i)対象のがん細胞中のMAN2A1-FER融合遺伝子の存在を決定すること、並びに(ii)MAN2A1-FER融合遺伝子ががん細胞中に存在する場合、治療有効量のFER阻害剤及びEGFR阻害剤を投与することを含み、がんが前立腺がんではない、方法。
【請求項２９】
対象を治療する方法であって、(i)対象の細胞中のMAN2A1-FER融合遺伝子の存在を決定すること、並びに(ii)MAN2A1-FER融合遺伝子が細胞中に存在する場合、治療有効量のFER阻害剤及びEGFR阻害剤を投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。
【請求項３０】
EGFR阻害剤がカネルチニブである、請求項27、28又は29に記載の方法。
【請求項３１】
FER阻害剤がクリゾチニブである、請求項26、28又は29に記載の方法。
【請求項３２】
がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、非小細胞肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌である、請求項26、27又は28に記載の方法。
【請求項３３】
がんが肺腺癌、多形膠芽腫及び肝細胞癌のいずれでもない、請求項26、27又は28に記載の方法。
【請求項３４】
融合遺伝子がFISH分析により検出される、請求項23〜33のいずれか1項に記載の方法。
【請求項３５】
融合遺伝子が逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により検出される、請求項23〜33のいずれか1項に記載の方法。
【請求項３６】
FISH分析により1つ以上の融合遺伝子を検出するために好適な1つ以上のプローブを含む、請求項1〜35に記載の方法のいずれかを行うためのキット。
【請求項３７】
PCR分析により1つ以上の融合遺伝子を検出するために好適な1つ以上のプライマー対を含む、請求項1〜35に記載の方法のいずれかを行うためのキット。
【請求項３８】
MAN2A1-FER、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子のPCR分析用の核酸プライマーを含む、1つ以上の融合遺伝子を含有する細胞を有する対象を治療するためのキットであって、対象が前立腺がんを有しない、キット。
【請求項３９】
MAN2A1-FER、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子のPCR分析用の核酸プライマーを含む、1つ以上の融合遺伝子を含有するがんを有する対象を治療するためのキットであって、がんが前立腺がんではない、キット。
【請求項４０】
MAN2A1-FER、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子のFISH分析用の核酸プローブを含む、1つ以上の融合遺伝子を含有するがんを有する対象を治療するためのキットであって、がんが前立腺がんではない、キット。
【請求項４１】
がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌である、請求項39又は40に記載のキット。
【請求項４２】
融合遺伝子がMAN2A1-FER融合遺伝子である、請求項39、40又は41に記載のキット。
【請求項４３】
1つ以上の融合遺伝子を含有する細胞を有する対象の治療において使用するための、FER阻害剤及びEGFR阻害剤並びに薬学的に許容される担体を含む医薬組成物であって、対象が前立腺がんを有しない、医薬組成物。
【請求項４４】
FER阻害剤がクリゾチニブである、請求項43に記載の医薬組成物。
【請求項４５】
EGFR阻害剤がカネルチニブである、請求項43又は44に記載の医薬組成物。
【請求項４６】
1つ以上の融合遺伝子を含有する1つ以上の細胞を有する対象のための治療を決定する方法であって、
i)対象からの試料を用意すること、
ii)対象の1つ以上の細胞が、MAN2A1-FER、TMEM135-CCDC67、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、KDM4B-AC011523.2、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、並びに
iii)1つ以上の融合遺伝子が対象の1つ以上の細胞中に検出された場合、検出された1つ以上の融合遺伝子に特異的な治療有効量の1つ以上の阻害剤の投与を指示すること
を含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。
【請求項４７】
融合遺伝子がMAN2A1-FER融合遺伝子である、請求項46に記載の方法。
【請求項４８】
MAN2A1-FER、TMEM135-CCDC67、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、KDM4B-AC011523.2、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子を含有する1つ以上の細胞を有する対象を治療するためのEGFR阻害剤であって、対象が前立腺がんを有しない、EGFR阻害剤。
【請求項４９】
MAN2A1-FER、TMEM135-CCDC67、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、KDM4B-AC011523.2、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子を含有する1つ以上の細胞を有する対象を治療するためのFER阻害剤であって、対象が前立腺がんを有しない、FER阻害剤。
【請求項５０】
MAN2A1-FER融合遺伝子を含有する1つ以上の細胞を有する対象を治療するための阻害剤であって、対象が前立腺がんを有しない、阻害剤。
【請求項５１】
がんを発症するリスクのある対象を同定する方法であって、対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定することを含み、1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、対象はがんを発症するリスクがあり、がんが前立腺がんではない、方法。
【請求項５２】
がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌である、請求項51に記載の方法。
【請求項５３】
がんが肺腺癌、多形膠芽腫及び肝細胞癌のいずれでもない、請求項51に記載の方法。
【請求項５４】
融合遺伝子がFISH分析により検出される、請求項51〜53のいずれか1項に記載の方法。
【請求項５５】
融合遺伝子が逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により検出される、請求項51〜53のいずれか1項に記載の方法。
【請求項５６】
融合遺伝子がMAN2A1-FERである、請求項51〜55のいずれか1項に記載の方法。
【請求項５７】
前悪性状態を有する対象を診断する方法であって、対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定することを含み、1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、対象は前悪性状態を有し、対象が前立腺がんを有しない、方法。
【請求項５８】
がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌である、請求項57に記載の方法。
【請求項５９】
がんが肺腺癌、多形膠芽腫及び肝細胞癌のいずれでもない、請求項57に記載の方法。
【請求項６０】
融合遺伝子がFISH分析により検出される、請求項57〜59のいずれか1項に記載の方法。
【請求項６１】
融合遺伝子が逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により検出される、請求項57〜59のいずれか1項に記載の方法。
【請求項６２】
融合遺伝子がMAN2A1-FERである、請求項57〜61のいずれか1項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２７】
【表１１】
2020512286.tif 000001
2020512286.tif 000002
本開示は以下の実施形態を包含する。   
[１]  対象を治療する方法であって、少なくとも1つの融合遺伝子が対象から得られた試料中に存在することを決定すること、並びに次いで、凍結療法、放射線療法、化学療法、ホルモン療法、高密度焦点式超音波及び頻繁なモニタリングの1つ以上を行って対象において抗新生物効果を達成することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。   
[２]  融合遺伝子が、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態1に記載の方法。   
[３]  対象が前悪性又は新生物性状態を有する、実施形態1に記載の方法。   
[４]  対象ががんを有する、実施形態1に記載の方法。   
[５]  対象が、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌であるがんを有する、実施形態4に記載の方法。   
[６]  がんが肺腺癌、多形膠芽腫及び肝細胞癌のいずれでもない、実施形態4に記載の方法。   
[７]  1つ以上の融合遺伝子がFISH分析により検出される、実施形態1〜6のいずれかに記載の方法。   
[８]  1つ以上の融合遺伝子が逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により検出される、実施形態1〜6のいずれかに記載の方法。   
[９]  融合遺伝子がMAN2A1-FER融合遺伝子である、実施形態1に記載の方法。   
[１０]  対象を治療する方法であって、(i)対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、及び(ii)1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、1つ以上の細胞内に含有される1つ以上の融合遺伝子に特異的な治療有効量の阻害剤を投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。   
[１１]  対象を治療する方法であって、(i)対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、及び(ii)1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、1つ以上の細胞内に含有される1つ以上の融合遺伝子の産物を阻害する治療有効量の作用剤を投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。   
[１２]  対象を治療する方法であって、(i)対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、及び(ii)1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、1つ以上の細胞内に含有される1つ以上の融合遺伝子を標的化する治療有効量のsiRNAを投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。   
[１３]  がんを有する対象を治療する方法であって、(i)対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、及び(ii)1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、治療有効量の抗がん剤を対象に投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。   
[１４]  前悪性又は新生物性状態を有する対象を治療する方法であって、(i)対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、及び(ii)1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、1つ以上の細胞内に含有される1つ以上の融合遺伝子の産物を阻害して抗新生物効果を生じさせる治療有効量の作用剤を対象に投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。   
[１５]  1つ以上の融合遺伝子が、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される、実施形態10〜14のいずれかに記載の方法。   
[１６]  対象ががんを有する、実施形態10〜12のいずれかに記載の方法。   
[１７]  がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌である、実施形態16に記載の方法。   
[１８]  がんが肺腺癌、多形膠芽腫及び肝細胞癌のいずれでもない、実施形態16に記載の方法。   
[１９]  対象が前悪性又は新生物性状態を有する、実施形態10〜12のいずれかに記載の方法。   
[２０]  1つ以上の融合遺伝子がFISH分析により検出される、実施形態10〜19のいずれかに記載の方法。   
[２１]  1つ以上の融合遺伝子が逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により検出される、実施形態10〜19のいずれかに記載の方法。   
[２２]  1つ以上の融合遺伝子がMAN2A1-FER融合遺伝子である、実施形態10〜21のいずれかに記載の方法。   
[２３]  対象を治療する方法であって、(i)対象の細胞中のMAN2A1-FER遺伝子の存在を決定すること、及び(ii)MAN2A1-FER融合遺伝子が細胞中に存在する場合、細胞内に含有されるMAN2A1-FER融合遺伝子に特異的な治療有効量の1つ以上の阻害剤を投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。   
[２４]  対象が前悪性又は新生物性状態を有する、実施形態23に記載の方法。   
[２５]  1つ以上の阻害剤がカネルチニブとクリゾチニブとの組合せを含む、実施形態23に記載の方法。   
[２６]  がんを有する対象を治療する方法であって、(i)対象のがん細胞中のMAN2A1-FER融合遺伝子の存在を決定すること、及び(ii)MAN2A1-FER融合遺伝子ががん細胞中に存在する場合、治療有効量のFER阻害剤を投与することを含み、がんが前立腺がんではない、方法。   
[２７]  がんを有する対象を治療する方法であって、(i)対象のがん細胞中のMAN2A1-FER融合遺伝子の存在を決定すること、及び(ii)MAN2A1-FER融合遺伝子ががん細胞中に存在する場合、治療有効量のEGFR阻害剤を投与することを含み、がんが前立腺がんではない、方法。   
[２８]  がんを有する対象を治療する方法であって、(i)対象のがん細胞中のMAN2A1-FER融合遺伝子の存在を決定すること、並びに(ii)MAN2A1-FER融合遺伝子ががん細胞中に存在する場合、治療有効量のFER阻害剤及びEGFR阻害剤を投与することを含み、がんが前立腺がんではない、方法。   
[２９]  対象を治療する方法であって、(i)対象の細胞中のMAN2A1-FER融合遺伝子の存在を決定すること、並びに(ii)MAN2A1-FER融合遺伝子が細胞中に存在する場合、治療有効量のFER阻害剤及びEGFR阻害剤を投与することを含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。   
[３０]  EGFR阻害剤がカネルチニブである、実施形態27、28又は29に記載の方法。   
[３１]  FER阻害剤がクリゾチニブである、実施形態26、28又は29に記載の方法。   
[３２]  がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、非小細胞肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌である、実施形態26、27又は28に記載の方法。   
[３３]  がんが肺腺癌、多形膠芽腫及び肝細胞癌のいずれでもない、実施形態26、27又は28に記載の方法。   
[３４]  融合遺伝子がFISH分析により検出される、実施形態23〜33のいずれかに記載の方法。   
[３５]  融合遺伝子が逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により検出される、実施形態23〜33のいずれかに記載の方法。   
[３６]  FISH分析により1つ以上の融合遺伝子を検出するために好適な1つ以上のプローブを含む、実施形態1〜35に記載の方法のいずれかを行うためのキット。   
[３７]  PCR分析により1つ以上の融合遺伝子を検出するために好適な1つ以上のプライマー対を含む、実施形態1〜35に記載の方法のいずれかを行うためのキット。   
[３８]  TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子のPCR分析用の核酸プライマーを含む、1つ以上の融合遺伝子を含有する細胞を有する対象を治療するためのキットであって、対象が前立腺がんを有しない、キット。   
[３９]  TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子のPCR分析用の核酸プライマーを含む、1つ以上の融合遺伝子を含有するがんを有する対象を治療するためのキットであって、がんが前立腺がんではない、キット。   
[４０]  TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、TMEM135-CCDC67、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子のFISH分析用の核酸プローブを含む、1つ以上の融合遺伝子を含有するがんを有する対象を治療するためのキットであって、がんが前立腺がんではない、キット。   
[４１]  がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌である、実施形態39又は40に記載のキット。   
[４２]  融合遺伝子がMAN2A1-FER融合遺伝子である、実施形態39、40又は41に記載のキット。   
[４３]  1つ以上の融合遺伝子を含有する細胞を有する対象の治療において使用するための、FER阻害剤及びEGFR阻害剤並びに薬学的に許容される担体を含む医薬組成物であって、対象が前立腺がんを有しない、医薬組成物。   
[４４]  FER阻害剤がクリゾチニブである、実施形態43に記載の医薬組成物。   
[４５]  EGFR阻害剤がカネルチニブである、実施形態43又は44に記載の医薬組成物。   
[４６]  1つ以上の融合遺伝子を含有する1つ以上の細胞を有する対象のための治療を決定する方法であって、
i)対象からの試料を用意すること、
ii)対象の1つ以上の細胞が、TMEM135-CCDC67、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定すること、並びに
iii)1つ以上の融合遺伝子が対象の1つ以上の細胞中に検出された場合、検出された1つ以上の融合遺伝子に特異的な治療有効量の1つ以上の阻害剤の投与を指示すること
を含み、対象が前立腺がんを有しない、方法。   
[４７]  融合遺伝子がMAN2A1-FER融合遺伝子である、実施形態46に記載の方法。   
[４８]  TMEM135-CCDC67、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子を含有する1つ以上の細胞を有する対象を治療するためのEGFR阻害剤であって、対象が前立腺がんを有しない、EGFR阻害剤。   
[４９]  TMEM135-CCDC67、TRMT11-GRIK2、SLC45A2-AMACR、MTOR-TP53BP1、LRRC59-FLJ60017、KDM4B-AC011523.2、MAN2A1-FER、PTEN-NOLC1、CCNH-C5orf30、ZMPSTE24-ZMYM4、CLTC-ETV1、ACPP-SEC13、DOCK7-OLR1、PCMTD1-SNTG1及びこれらの組合せからなる群から選択される1つ以上の融合遺伝子を含有する1つ以上の細胞を有する対象を治療するためのFER阻害剤であって、対象が前立腺がんを有しない、FER阻害剤。   
[５０]  MAN2A1-FER融合遺伝子を含有する1つ以上の細胞を有する対象を治療するための阻害剤であって、対象が前立腺がんを有しない、阻害剤。   
[５１]  がんを発症するリスクのある対象を同定する方法であって、対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定することを含み、1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、対象はがんを発症するリスクがあり、がんが前立腺がんではない、方法。   
[５２]  がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌である、実施形態51に記載の方法。   
[５３]  がんが肺腺癌、多形膠芽腫及び肝細胞癌のいずれでもない、実施形態51に記載の方法。   
[５４]  融合遺伝子がFISH分析により検出される、実施形態51〜53のいずれかに記載の方法。   
[５５]  融合遺伝子が逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により検出される、実施形態51〜53のいずれかに記載の方法。   
[５６]  融合遺伝子がMAN2A1-FERである、実施形態51〜55のいずれかに記載の方法。   
[５７]  前悪性状態を有する対象を診断する方法であって、対象から得られた1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有するかどうかを決定することを含み、1つ以上の細胞が1つ以上の融合遺伝子を含有する場合、対象は前悪性状態を有し、対象が前立腺がんを有しない、方法。   
[５８]  がんが、乳がん、肝臓がん、肺がん、子宮頸がん、子宮内膜がん、膵臓がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、多形膠芽腫、結腸直腸がん、肉腫、びまん性大B細胞リンパ腫、又は食道腺癌である、実施形態57に記載の方法。   
[５９]  がんが肺腺癌、多形膠芽腫及び肝細胞癌のいずれでもない、実施形態57に記載の方法。   
[６０]  融合遺伝子がFISH分析により検出される、実施形態57〜59のいずれかに記載の方法。   
[６１]  融合遺伝子が逆転写ポリメラーゼ連鎖反応により検出される、実施形態57〜59のいずれかに記載の方法。   
[６２]  融合遺伝子がMAN2A1-FERである、実施形態57〜61のいずれかに記載の方法。