【手続補正書】
【提出日】令和3年9月16日(2021.9.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
デジタルアッセイを行う方法であって、前記方法は、
複数の区画化された体積を提供することであって、
前記複数の区画化された体積における各区画化された体積がプローブを含み、各プローブが、コード化粒子と、標的分子または前記標的分子の存在と相関している分子に結合することができる結合領域とを含み、前記コード化粒子が、３ｎｍを超える少なくとも１つの寸法を有し、
前記複数の区画化された体積における前記区画化された体積のうちの少なくともいくつかが前記標的分子を含む、提供することと、
前記標的分子を増幅することと、
前記区画化された体積中のコード化粒子によって放出された光学的に検出可能なコードを検出することであって、前記光学的に検出可能なコードの前記検出が、前記標的分子が前記区画化された体積中に存在することを示す、検出することと、を含む、方法。
【請求項２】
デジタルアッセイを行う方法であって、前記方法は、
複数の区画化された体積を提供することであって、
前記複数の区画化された体積における各区画化された体積がプローブを含み、各プローブが、コード化粒子と、標的分子または前記標的分子の存在と相関している分子に結合することができる結合領域とを含み、前記コード化粒子が、３ｎｍを超える少なくとも１つの寸法を有し、
前記複数の区画化された体積における前記区画化された体積のうちの少なくともいくつかが前記標的分子を含む、提供することと、
前記標的分子の存在と相関している分子を増幅することと、
前記区画化された体積中のコード化粒子によって放出された光学的に検出可能なコードを検出することであって、前記光学的に検出可能なコードの前記検出が、前記標的分子が前記区画化された体積中に存在することを示す、検出することと、を含む、方法。
【請求項３】
前記光学的に検出可能なコードが、（ｉ）発光ピーク波長、（ｉｉ）所与の波長での発光ピーク強度、（ｉｉｉ）発光ピークスペクトル強度、（ｉｖ）発光寿命、および（ｖ）吸光度ピーク波長のうちの少なくとも１つを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記区画化された体積が、前記複数の区画化された体積中に存在する少なくとも１つの他のコード化粒子とは別個の光学的に検出可能なコードを含む少なくとも１つのコード化粒子を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記複数の区画化された体積が、複数のプローブを含み、
各区画化された体積が、少なくとも１つのプローブを含み、
前記複数のプローブの第１の別個のプローブが、前記複数のプローブの第２の別個のプローブの結合領域とは別個の結合領域を含み、
前記複数のプローブの前記第１の別個のプローブが、前記複数のプローブの前記第２の別個のプローブの光学的に検出可能なコードとは別個の光学的に検出可能なコードを放出することができるコード化粒子を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
各別個のプローブの前記光学的に検出可能なコードが、発光ピークスペクトル強度、発光ピーク波長、吸収ピーク波長、励起ピーク波長、発光寿命、またはそれらの組み合わせの特有の組を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
プローブがクエンチャーをさらに含み、前記クエンチャーが、前記標的分子の不在下で、または前記標的分子の増幅前に、前記光学的に検出可能なコードの強度を低減する、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記クエンチャーが、前記プローブの結合領域に連結される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記クエンチャーが、前記プローブの結合領域に結合することができる、請求項７または請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記増幅中または前記増幅後に前記コード化粒子と前記クエンチャーとの間の距離を増加させることをさらに含む、請求項７〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記増幅することが、前記プローブの前記結合領域を切断することを含むか、またはそれを伴う、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記増幅することが、前記標的分子の存在と相関している前記分子の複数のコピーを生成することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数の区画化された体積における各区画化された体積が、複数のプローブを含み、少なくとも１つのプローブが、
前記区画化された体積中の少なくとも１つの他のプローブと同じ別個の標的分子または同じ別個の標的分子の存在と相関している前記分子に結合するように構成された結合領域と、
前記区画化された体積中の前記少なくとも１つの他のプローブと同じ光学的に検出可能なコードを放出することができるコード化粒子と、を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数の区画化された体積における各区画化された体積が、複数のプローブを含み、各プローブが、
前記区画化された体積中の少なくとも１つの他のプローブとは異なる別個の標的分子または異なる別個の標的分子の存在と相関している前記分子に結合するように構成された結合領域と、
前記区画化された体積中の前記少なくとも１つの他のプローブとは異なる光学的に検出可能なコードを放出することができるコード化粒子と、を含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
プローブの第１の結合領域を伸長することをさらに含み、前記第１の結合領域を伸長することは、前記プローブが同じプローブの第２の結合領域にハイブリダイズすることを可能にする、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記複数の区画化された体積の各区画化された体積が、前記標的分子または前記標的分子の存在と相関している前記分子に結合することができる領域を含む環状化核酸を含み、
前記クエンチャーが、前記環状化核酸の増幅産物とハイブリダイズすることができる、請求項７〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
デジタルアッセイシステムであって、前記デジタルアッセイシステムは、
複数の区画化された体積であって、
前記複数の区画化された体積における各区画化された体積が、
増幅試薬と、
コード化粒子と、標的分子または前記標的分子の存在と相関している分子に結合することができる結合領域とを含むプローブであって、前記コード化粒子が、３ｎｍを超える少なくとも１つの寸法を有し、
前記複数の区画化された体積における前記区画化された体積のうちの少なくともいくつかが前記標的分子を含む、プローブと、を含む、複数の区画化された体積と、
１つ以上の区画化された体積中の前記コード化粒子によって生成された光学的に検出可能なコードを光学的に検出するように構成された検出器と、
プロセッサと、実行可能命令が記憶されたメモリデバイスとを備えるコンピュータであって、前記命令が、実行されると、前記プロセッサに、
前記検出器を動作させて、前記光学的に検出可能なコードを測定させ、
前記測定された光学的に検出可能なコードを記憶させ、かつ
前記測定された光学的に検出可能なコードを分析させる、コンピュータと、を備える、デジタルアッセイシステム。
【請求項１８】
デジタル融解曲線アッセイを行う方法であって、前記方法は、
複数の容器内に分布した複数の区画化された体積を提供することであって、前記複数の前記区画化された体積における前記区画化された体積のうちの少なくともいくつかが標的分子を含む、提供することと、
熱エネルギー勾配を前記複数の区画化された体積に適用して、面積とともに変化する複数のアッセイ温度をもたらすことと、
前記標的分子または前記標的分子の存在と相関している分子の融解温度を、温度勾配の存在下で前記標的分子または前記標的分子の存在と相関している前記分子の前記デジタル融解曲線アッセイを行うことによって決定することと、を含む、方法。
【請求項１９】
デジタル融解曲線アッセイを行う方法であって、前記方法は、
複数の区画化された体積を提供することであって、
前記複数の区画化された体積における各区画化された体積が、標的分子または前記標的分子の存在と相関している分子にハイブリダイズすることができる核酸を含み、
前記複数の前記区画化された体積における前記区画化された体積のうちの少なくともいくつかが前記標的分子を含む、提供することと、
前記標的分子を増幅して、増幅された分子を生成することと、
熱エネルギー勾配を前記複数の区画化された体積に適用して、面積とともに変化する複数のアッセイ温度をもたらすことであって、それにより、各区画化された体積における前記アッセイ温度が、
標的分子または増幅された分子の融解温度未満である場合、前記標的分子または前記増幅された分子の少なくとも５０％がハイブリダイズされ、
前記標的分子または前記増幅された分子の融解温度を超える場合、前記標的分子または前記増幅された分子の５０％未満がハイブリダイズされるようになる、もたらすことと、
前記ハイブリダイズされた標的分子または前記増幅された分子と会合している発色団によって生成された光学的に検出可能なシグナルを検出することであって、前記発色団が前記ハイブリダイズされた標的分子または前記増幅された分子と会合しているときに前記光学的に検出可能なシグナルが検出される、検出することと、
前記複数のアッセイ温度の前記アッセイ温度の各々での前記光学的に検出可能なシグナルの存在または不在または規模に基づいて前記標的分子または前記増幅された分子の融解温度を決定することと、を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年１１月３日に出願された米国仮出願第６２／５８１，４２９号の利益を主張する、２０１８年１１月１日に出願された国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０５８８０３の国内段階への移行であり、全ての目的のために参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。