【手続補正書】
【提出日】令和3年10月26日(2021.10.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的核酸と、
（ａ）Ｃａｓ12ｃポリペプチド、
（ｂ）前記標的核酸の標的配列にハイブリダイズするガイド配列及び前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドに結合する領域を含む、Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ、ならびに
（ｃ）Ｃａｓ12ｃトランス活性化非コードＲＮＡ（ｔｒａｎｃＲＮＡ）
を含む、操作された及び／または非天然型の複合体とを、接触させること
を含む方法。
【請求項２】
前記標的核酸の修飾、前記標的核酸からの転写の調節、または標的核酸に関連するポリペプチドの修飾をもたらす、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
前記標的核酸が、切断されることによって修飾される、請求項2に記載の方法。
【請求項４】
前記標的核酸が、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、ＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、及び染色体外ＤＮＡから選択される、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
【請求項５】
前記ガイド配列と、前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドに結合する前記領域とが、互いに異種である、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
【請求項６】
前記接触が、ゲノム編集をもたらす、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
【請求項７】
前記接触が、細菌細胞の外部、及び古細菌細胞の外部で起きる、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
【請求項８】
前記接触が、細胞の外部でインビトロで起きる、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
【請求項９】
前記接触が、標的細胞の内部で起きる、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１０】
前記接触が、
（ａ）前記Ｃａｓ12ｃポリペプチド、または前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドをコードする核酸、
（ｂ）前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ、または前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする核酸、及び
（ｃ）Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡ、またはＣａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡをコードする核酸
のうちの少なくとも1つを前記標的細胞に導入することを含む、請求項9に記載の方法。
【請求項１１】
前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドをコードする前記核酸が、前記標的細胞における発現のためにコドン最適化された非天然型配列である、請求項10に記載の方法。
【請求項１２】
前記標的細胞が、真核細胞である、請求項9〜11のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１３】
前記標的細胞が、インビトロで培養される、請求項9〜12のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１４】
前記標的細胞が、エクスビボである、請求項9〜12のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１５】
前記真核細胞が、植物細胞、真菌細胞、単細胞真核生物、哺乳動物細胞、爬虫類細胞、昆虫細胞、鳥類細胞、魚類細胞、寄生虫細胞、節足動物細胞、無脊椎動物の細胞、脊椎動物の細胞、齧歯類細胞、マウス細胞、ラット細胞、霊長類細胞、非ヒト霊長類細胞、及びヒト細胞からなる群より選択される、請求項12に記載の方法。
【請求項１６】
前記接触が、ＤＮＡドナー鋳型を前記標的細胞に導入することをさらに含む、請求項9〜15のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ｔｒａｎｃＲＮＡが、
2021501611.tif 000001
と70％以上の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項1〜16のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１８】
操作された及び／または天然には存在しない複合体を含む、組成物であって、
（ａ）Ｃａｓ12ｃポリペプチド、または前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドをコードする核酸、
（ｂ）Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ、または前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする核酸であって、   ここで、前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡが、標的核酸の標的配列に対して相補的なガイド配列を含み、かつ前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドに結合し得る領域を含む、   前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ、または前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする核酸、及び
（ｃ）Ｃａｓ12ｃトランス活性化非コードＲＮＡ（ｔｒａｎｃＲＮＡ）、または前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡをコードする核酸
を含む、前記組成物。
【請求項１９】
操作された及び／または天然には存在しない複合体を含む、キットであって、
（ａ）Ｃａｓ12ｃポリペプチド、または前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドをコードする核酸、
（ｂ）Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ、または前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする核酸であって、   ここで、前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡが、標的核酸の標的配列に対して相補的なガイド配列を含み、かつ前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドに結合し得る領域を含む、   前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ、または前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする核酸、及び
（ｃ）Ｃａｓ12ｃトランス活性化非コードＲＮＡ（ｔｒａｎｃＲＮＡ）、または前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡをコードする核酸
を含む、前記キット。
【請求項２０】
遺伝子修飾された真核細胞であって、
（ａ）Ｃａｓ12ｃポリペプチド、または前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドをコードする核酸、
（ｂ）Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ、または前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする核酸であって、   ここで、前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡが、標的核酸の標的配列に対して相補的なガイド配列を含み、かつ前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドに結合し得る領域を含む、   前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ、または前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする核酸、及び
（ｃ）Ｃａｓ12ｃトランス活性化非コードＲＮＡ（ｔｒａｎｃＲＮＡ）、または前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡをコードする核酸
のうちの少なくとも1つを含む、前記真核細胞。
【請求項２１】
請求項18〜20のいずれか1項に記載の組成物、キットまたは真核生物細胞であって、
（ａ）前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドをコードする前記核酸が、
（ｉ）前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドをコードし、かつ（ｉｉ）異種プロモーターと動作可能に連結している、ヌクレオチド配列
を含むこと、
（ｂ）前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする前記核酸が、
（ｉ）前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードし、かつ（ｉｉ）異種プロモーターと動作可能に連結している、ヌクレオチド配列
を含むこと、及び
（ｃ）前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡをコードする前記核酸が、
（ｉ）前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡをコードし、かつ（ｉｉ）異種プロモーターと動作可能に連結している、ヌクレオチド配列
を含むこと
のうちの少なくとも1つを特徴とする、前記組成物、キット、または真核細胞。
【請求項２２】
患者の治療処置の方法における使用のための、請求項18〜21のいずれか1項に記載の組成物、キット、または真核細胞。
【請求項２３】
（ｉ）前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドをコードする前記核酸、前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする前記核酸、及び前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡをコードする前記核酸のうちの少なくとも1つが、組み換え発現ベクターである、
（ｉｉ）前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ及び／もしくは前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡが、修飾核酸塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間結合、修飾糖部分、ロックド核酸、ペプチド核酸、及びデオキシリボヌクレオチドのうちの1つ以上を含む、かつ／または
（ｉｉｉ）前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ12ｃタンパク質と比較して減少したヌクレアーゼ活性を有するバリアントＣａｓ12ｃポリペプチドである、
請求項1〜17のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２４】
前記Ｃａｓ12ｃポリペプチド、前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドをコードする前記核酸、前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ、前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする前記核酸、前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡ、及び前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡをコードする前記核酸、のうちの少なくとも1つが、異種部分とコンジュゲートされる、請求項1〜17及び23のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２５】
前記異種部分が、異種ポリペプチドである、請求項24に記載の方法。
【請求項２６】
前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ12ｃタンパク質と比較して減少したヌクレアーゼ活性を有し、かつ異種ポリペプチドと融合されている、請求項1〜17及び23〜25のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２７】
前記異種ポリペプチドが、（ｉ）ＤＮＡ修飾活性を有する、（ｉｉ）転写を増加もしくは減少させる能力を示す、及び／または（ｉｉｉ）ＤＮＡに関連するポリペプチドを修飾する酵素活性を有する、請求項26に記載の方法。
【請求項２８】
（ｉ）前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドが、SEQ ID NO: 1〜8に示すアミノ酸配列のＣａｓ12ｃタンパク質と70％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含む、かつ／または
（ｉｉ）前記ガイド配列と、前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドに結合する前記領域とが、互いに異種である、
請求項1〜17及び23〜27のいずれか1項に記載の方法。
【請求項２９】
（ｉ）前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドをコードする前記核酸、前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする前記核酸、及び前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡをコードする前記核酸のうちの少なくとも1つが、組み換え発現ベクターである、
（ｉｉ）前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ及び／もしくは前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡが、修飾核酸塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間結合、修飾糖部分、ロックド核酸、ペプチド核酸、及びデオキシリボヌクレオチドのうちの1つ以上を含む、かつ／または
（ｉｉｉ）前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ12ｃタンパク質と比較して減少したヌクレアーゼ活性を有するバリアントＣａｓ12ｃポリペプチドである、
請求項18〜22のいずれか1項に記載の組成物、キット、または真核細胞。
【請求項３０】
前記Ｃａｓ12ｃポリペプチド、前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドをコードする前記核酸、前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡ、前記Ｃａｓ12ｃガイドＲＮＡをコードする前記核酸、前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡ、及び前記Ｃａｓ12ｃ  ｔｒａｎｃＲＮＡをコードする前記核酸、のうちの少なくとも1つが、異種部分とコンジュゲートされる、請求項18〜22及び29のいずれか1項に記載の組成物、キット、または真核細胞。
【請求項３１】
前記異種部分が、異種ポリペプチドである、請求項30に記載の組成物、キット、または真核細胞。
【請求項３２】
前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ12ｃタンパク質と比較して減少したヌクレアーゼ活性を有し、かつ異種ポリペプチドと融合されている、請求項18〜22及び29〜31のいずれか1項に記載の組成物、キット、または真核細胞。
【請求項３３】
前記異種ポリペプチドが、（ｉ）ＤＮＡ修飾活性を有する、（ｉｉ）転写を増加もしくは減少させる能力を示す、及び／または（ｉｉｉ）ＤＮＡに関連するポリペプチドを修飾する酵素活性を有する、請求項32に記載の組成物、キット、または真核細胞。
【請求項３４】
（ｉ）前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドが、SEQ ID NO: 1〜8に示すアミノ酸配列のＣａｓ12ｃタンパク質と70％以上の同一性を有するアミノ酸配列を含む、かつ／または
（ｉｉ）前記ガイド配列と、前記Ｃａｓ12ｃポリペプチドに結合する前記領域とが、互いに異種である、
請求項18〜22及び29〜33のいずれか1項に記載の組成物、キット、または真核細胞。