(57)【要約】      （修正有）【課題】脳腫瘍血管形成のより良好な理解を得るために、脳内皮細胞（EC）を単離するため、および遺伝子発現パターンを評価するための新しい技術を開発する。【解決手段】正常および悪性の結腸直腸組織から誘導された脳ECからの転写物が非内皮細胞からの転写物と比較された場合、内皮中で優勢に発現する遺伝子が同定された。正常な内皮と腫瘍由来の内皮との間の比較は、腫瘍関連脳内皮において特異的に上昇した遺伝子を示した。これらの結果は、ヒト脳における新生物内皮および正常な内皮が分子レベルで識別可能であること、および将来において抗血管形成治療の開発のための顕著な意味を有する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
神経膠腫を診断するのを補助するための方法であって、以下の工程を含む方法：
新生物であることが疑われる第1の脳組織試料における少なくとも1種の遺伝子の発現産物を検出する工程であって、該少なくとも1種の遺伝子が、
シグナル配列レセプター、δ（トランスロコン結合タンパク質δ）；DC2タンパク質；KIAA0404タンパク質；シンプレキン；Huntingtin相互作用タンパク質I；原形質膜小胞結合タンパク質；KIAA0726遺伝子産物；ラテキシンタンパク質；トランスフォーミング成長因子、β1；仮想タンパク質FLJ22215；Rag Cタンパク質；仮想タンパク質FLJ23471；N-ミリストイルトランスフェラーゼ1；仮想タンパク質dJ1181N3.1；リボソームタンパク質L27；分泌タンパク質、酸性、システインリッチ（オステオネクチン）；Hs 111988；Hs 112238；ラミニン、α5；β-ガラクトシダーゼの保護タンパク質（ガラクトシアリドーシス）；メラノーマ関連遺伝子；メラノーマ関連遺伝子；E3ユビキチンリガーゼSMURF1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；インスリン様増殖因子結合タンパク質7；完全コード配列を有するcDNAから推定される遺伝子；Thy-1細胞表面抗原；Hs 127824；GTP結合タンパク質2；ホモサピエンス(Homo sapiens) mRNA；cDNA DKFZp586D0918（クローンDKFZp586D0918由来）；皮膚T細胞リンパ腫関連腫瘍抗原se20-4；差次的に発現される核小体TGF-β1標的タンパク質（DENTT）；ジスフェリン、肢帯筋ジストロフィー2B（常染色体劣性）；スムーズリン；インテグリン、α5（フィブロネクチンレセプター、αポリペプチド）；推定の翻訳開始因子；レチノイン酸誘導14；マトリックスメタロプロテイナーゼ9（ゼラチナーゼB、92kDゼラチナーゼ、92kD IV型コラゲナーゼ）；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；スタニオカルシン2；核因子（赤血球由来2）様2；タンパク質チロシンホスファターゼ、非レセプター型1；インテグリン、α10；コラーゲン、VI型、α2；第21染色体オープンリーディングフレーム25；CDC37（細胞分裂周期37、出芽酵母(S. cerevisiae)、ホモログ）；Hs 16450；Rhoグアニンヌクレオチド交換因子（GEF）7；クレアチンキナーゼ、脳；仮想タンパク質FLJ10297；仮想タンパク質FLJ10350；TNF誘導タンパク質；腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリー、メンバー12（転座鎖結合膜タンパク質）；コフィリン1（非筋肉）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト(tract)結合タンパク質関連）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；v-etsニワトリ赤芽球症ウイルスE26オンコジーンホモログ1；プロテアーゼ、システイン、1（レグマイン）；リボソームタンパク質L13；第22染色体オープンリーディングフレーム5；ジンクフィンガータンパク質144（Mel-18）；変性精母細胞（ショウジョウバエ(Drosophila)ホモログ；脂質デサチュラーゼ）；真核生物翻訳開始因子2C、2；ミトコンドリアリボソームタンパク質L45；前立腺腫瘍過剰発現遺伝子1；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）1αサブ複合体、7（14.5kD、B14.5a）；神経膠腫内皮マーカー1前駆体；NS1-結合タンパク質；リボソームタンパク質L38；タフテリン相互作用タンパク質；HLAクラスII領域発現遺伝子KE2；ミトコンドリア内膜のトランスロカーゼ17ホモログA（酵母）；sudD（bimD6のサプレッサー、偽巣性コウジ菌(Aspergillus nidulans)）ホモログ；ヘパラン硫酸プロテオグリカン2（パーレカン）；SEC24（S. cerevisiae）関連遺伝子ファミリー、メンバーA；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質7（20kD）（NADH-コエンザイムQ還元酵素）；X染色体およびY染色体（固有）155発現配列上のDNAセグメント；アネキシンA2；Homo sapiensクローン24670 mRNA配列；仮想タンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ10（ストロメライシン2）；KIAA1049タンパク質；Gタンパク質共役レセプター；仮想タンパク質FLJ20401；マトリックスメタロプロテイナーゼ14（膜挿入）；KIAA0470遺伝子産物；溶質担体ファミリー29（ヌクレオシドトランスポーター）、メンバー1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；アポリポタンパク質C-I；グルタチオンペルオキシダーゼ4（リン脂質ヒドロペルオキシダーゼ）；Hs 272106；IGHMエンハンサー3に結合する転写因子；仮想タンパク質DKFZp762A227；仮想タンパク質FLJ22362；CD59抗原p18-20（モノクローナル抗体16.3A5、EJ16、EJ30、EL32、およびG344によって同定された抗原）；PRO0628タンパク質；細胞傷害性Tリンパ球によって認識されるメラノーマ関連抗原；LOC88745；Homo sapiens β-1,3-ガラクトシルトランスフェラーゼ-6（B3GALT6）mRNA、完全cds；新芽（Drosophila）ホモログ4；新芽（Drosophila）ホモログ4；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp434E1515（クローンDKFZp434E1515由来）；コアクトシン様タンパク質；仮想タンパク質FLJ21865；Hs296234；KIAA0685遺伝子産物；仮想タンパク質FLJ10980；リボソームタンパク質L10；リボソームタンパク質S19；Hs 299251；Huntingtin相互作用タンパク質K；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 50374；Hs 311780；Hs 212191；v-aktマウス胸腺腫ウイルスオンコジーンホモログ2；Hs 328774；スプリット2のトランスデューシン様エンハンサー、Drosophila E(sp1)のホモログ；KIAA1870タンパク質；リボソームタンパク質L10a；ペプチジルプロリルイソメラーゼA（サイクロフィリンA）；Hs 344224；仮想タンパク質FLJ23239；仮想タンパク質DKFZp761H221；KIAA1887タンパク質；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 701679；Homo sapiens cDNA FLJ30634 fis、クローンCTONG2002453；Homo sapiens cDNA FLJ32203 fis、クローンPLACE6003038、ジンクフィンガータンパク質84に少し類似する；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1035904；仮想タンパク質LOC57333；ミオシンID；プレキシンB2；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、8（ガレクチン8）；ダブルリングフィンガー(double ring-finger)タンパク質、Dorfin；DKFZP434B168タンパク質；LIMドメイン結合2；インテグリンβ4結合タンパク質；シナプトポジン；Hs 54828；インスリン誘導性遺伝子1；アセチルLDLレセプター；SREC；除去修復交差相補(cross-complementing)齧歯類修復欠損、相補群1（重複アンチセンス配列を含む）；仮想タンパク質FLJ22329；シュワノミン(Schwannomin)相互作用タンパク質1；PTEN誘導性推定キナーゼ1；ミオシンX；Homo sapiens cDNA FLJ32424 fis、クローンSKMUS2000954、Homo sapiens F-ボックスタンパク質Fbx25（FBX25）97に中程度に類似する；ゴルジホスホタンパク質1；スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ6；ラミニン、γ3；システインリッチタンパク質2；U6 snRNA関連Sm様タンパク質LSm7；仮想タンパク質FLJ10707；Homo sapiens、RIKEN cDNA 2310012N15遺伝子に類似、クローンIMAGE:3342825、mRNA、部分cds；マクロファージ移動阻害因子（グリコシル化阻害因子）；ユビキノール-シトクロムc還元酵素ヒンジタンパク質；ギャップ結合タンパク質、α1、43kD（コネキシン43）；ジヒドロピリミジナー���様-3；アクアポリン1（チャンネル形成内在性タンパク質、28kD）；甲状腺において発現されるタンパク質；マクロファージミリストイル化アラニンリッチCキナーゼ基質；プロコラーゲン-リジン、2-オキソグルタル酸 5-ジオキシゲナーゼ（リジンヒドロキシラーゼ、VI型エーラース-ダンロー(Ehlers-Danlos)症候群）；プロテアーゼ、セリン、11（IGF結合）；24-デヒドロコレステロール還元酵素；コラーゲン、IV型、α2；プロフィリン1；アポリポタンパク質D；ヒアルロノグルコサミニダーゼ2；仮想タンパク質FLJ22678；クイエシンQ6；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ；インスリン様増殖因子結合タンパク質3；ウリジンホスホリラーゼ；KIAA0638タンパク質；B7ホモログ3；ラミンA/C；ラミンA/C；ラミンA/C；Gタンパク質シグナル伝達のレギュレーター12；プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）26Sサブユニット、非ATPase、8；Homo sapiens、RIKEN cDNA 5730528L13遺伝子に類似、クローンMGC:17337 IMAGE:4213591、mRNA、完全cds；プロサポシン（異型ゴーシェ病および異型異染性白質萎縮症）；ラミニン、α4；転写伸長因子A（SII）、1；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、3結合タンパク質；リボソームタンパク質S16；グリコホリンC（Gerbich血液型）；B型エンドセリンレセプター；セリン（またはシステイン）プロテイナーゼインヒビター、クレードE（ネキシン、プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1型）、メンバー1；ビグリカン；核内低分子リボヌクレオタンパク質ポリペプチドB"；膜貫通4スーパーファミリーメンバー2；TAF11 RNAポリメラーゼII、TATAボックス結合タンパク質（TBP）関連因子、28kD；リシルオキシダーゼ様2；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SOX4 SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；アクチン関連タンパク質2/3複合体、サブユニット2（34kD）；Homo sapiens cDNA:FLJ23507 fis、クローンLNG03128；仮想タンパク質FLJ12442；Fas（TNFRSF6）、デスドメインを介して結合；マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ11；TEKチロシンキナーゼ、内皮性（静脈形成異常、複数の皮膚性および粘膜性）；インスリンレセプター；細胞膜糖タンパク質、110000M(r)（表面抗原）；Homo sapiens cDNA FLJ11863 fis、クローンHEMBA1006926；ジャグド(jagged)1（Alagille症候群）；KIAA0304遺伝子産物；プレB細胞白血病転写因子2；Homo sapiens cDNA FLJ31238 fis、クローンKIDNE2004864；p53誘導タンパク質；補体成分1、q小成分、レセプター1；補体成分1、q小成分、レセプター1；アポリポタンパク質E；ケモカイン(C-Cモチーフ)リガンド3；凝固因子II（トロンビン）レセプター様3；凝固因子III（トロンボプラスチン、組織因子）；コラーゲン、I型、α1；コラーゲン、III型、α1（IV型エーラース-ダンロー症候群、常染色体優性）；C型（カルシウム依存性、炭水化物認識ドメイン）レクチン、スーパーファミリーメンバー9；シスタチンC（アミロイド血管障害および脳出血）；小胞体結合タンパク質140kDa；EST；EST；EST、仮想タンパク質FLJ10350に高度に類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、ITB1_HUMANインテグリンβ-1前駆体（フィブロネクチンレセプターβサブユニット）（CD29）（インテグリンVLA-4βサブユニット）に高度に類似する[H.sapiens]；EST、仮想タンパク質FLJ20489に少し類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、T17346仮想タンパク質DKFZp586O1624.1-ヒト（断片）に少し類似する[H.sapiens]；EST、T21371仮想タンパク質F25H8.3-線虫(Caenorhabditis elegans)に少し類似する[C.elegans]；真核生物翻訳開始因子4A、アイソフォーム1；ヘムオキシゲナーゼ（デサイクリング）1；ヘルマンスキー-パドラック(Hermansky-Pudlak)症候群4；Homo sapiens cDNA FLJ34888 fis、クローンNT2NE2017332；Homo sapiens cDNA FLJ39848 fis、クローンSPLEN2014669；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1977059；Homo sapiens、クローン IMAGE:4845226、mRNA；仮想タンパク質FLJ22329；仮想タンパク質FLJ32205；仮想タンパク質MGC4677；インヒビン、βB（アクチビンABβポリペプチド）；インスリン様増殖因子結合タンパク質5；ジャンクションプラコグロビン；KIAA0620タンパク質；KIAA0943タンパク質；ラット液胞膜タンパク質1の可能性のあるオルソログ；リソソーム結合マルチスパニング膜タンパク質-5；主要組織適合複合体、クラスI、B；主要組織適合複合体、クラスI、C；マトリックスGlaタンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ1（間質性コラゲナーゼ）；微小管結合タンパク質1軽鎖3β；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；リボソームタンパク質S9；リングフィンガータンパク質40；S100カルシウム結合タンパク質、β（神経性）；セマドメイン、膜貫通ドメイン（TM）、および細胞質ドメイン、（セマホリン）6B；SPARC様1（マスト9、ヘビン(hevin)）；腫瘍壊死因子、α誘導タンパク質3；UDP-Gal:βGlcNAcβ1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペ
プチド3；UDP-GlcNAc:βGalβ-1,3-N-アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ5；フォン・ウィルブランド因子；v-aktマウス胸腺腫ウイルスオンコジーンホモログ2；サイクリン依存性キナーゼ（cdc2様）10；オルソログマウス筋細胞誘導/分化オリジネーター；脳特異的血管形成インヒビター1；EGF-TM7ラトロフィリン(latrophilin)関連タンパク質；セマドメイン；インテグリン、α5；マウスフィブロネクチンIII型の可能性のあるオルソログ；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；SSR4、TRAPD；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；インスリン様増殖因子結合タンパク質；白血病阻害因子；タンパク質チロシンホスファターゼ、I型非レセプター；およびHomo sapiens、クローンIMAGE:3908182、mRNA、部分cdsからなる群より選択される工程；ならびに
第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現を、正常である第2の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現と比較する工程であって、第2の組織試料に対する第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現の増加により、第1の脳組織試料が、新生物の可能性があると同定される工程。
【請求項２】
第2の組織試料に対する第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現の増加が少なくとも2倍の高さである、請求項1記載の方法。
【請求項３】
第2の組織試料に対する第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現の増加が少なくとも5倍の高さである、請求項1記載の方法。
【請求項４】
第2の組織試料に対する第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現の増加が少なくとも10倍の高さである、請求項1記載の方法。
【請求項５】
発現産物がRNAである、請求項1記載の方法。
【請求項６】
発現産物がタンパク質である、請求項1記載の方法。
【請求項７】
第1の組織試料および第2の組織試料がヒト由来である、請求項1記載の方法。
【請求項８】
第1の組織試料および第2の組織試料が同じヒト由来である、請求項1記載の方法。
【請求項９】
検出する工程がウェスタンブロットを使用して実行される、請求項6記載の方法。
【請求項１０】
検出する工程がイムノアッセイを使用して実行される、請求項6記載の方法。
【請求項１１】
検出する工程が免疫組織化学アッセイを使用して実行される、請求項6記載の方法。
【請求項１２】
検出する工程がSAGEを使用して実行される、請求項5記載の方法。
【請求項１３】
検出する工程がマイクロアッセイに対するハイブリダイゼーションを使用して実行される、請求項5記載の方法。
【請求項１４】
神経膠腫を治療する方法であって、神経膠腫の細胞を抗体と接触させる工程を包含し、
ここで、該抗体が、原形質膜小胞結合タンパク質；KIAA0726遺伝子産物；オステオネクチン；ラミニン、α5；コラーゲン、IV型、α1；インスリン様増殖因子結合タンパク質7；Thy-1細胞表面抗原；ジスフェリン、肢帯筋ジストロフィー2B；インテグリン、α5；マトリックスメタロプロテイナーゼ9；Lutheran血液型；インテグリンk、α10；コラーゲン、VI型、α2；神経膠腫内皮マーカー1前駆体；ミトコンドリア内膜のトランスロカーゼ17ホモログA；ヘパラン硫酸プロテオグリカン2；アネキシンA2；マトリックスメタロプロテイナーゼ10；Gタンパク質共役レセプター；マトリックスメタロプロテイナーゼ14；溶質担体ファミリー29、メンバー1；CD59抗原p18-20；KIAA1870タンパク質；プレキシンB2；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、8；インテグリンβ4結合タンパク質；アセチルLDLレセプター；ラミニン、γ3；マクロファージ移動阻害因子；ギャップ結合タンパク質、α1、43kD；アクアポリン1；プロテアーゼ、セリン、11；コラーゲン、IV型、α2；アポリポタンパク質D；プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ；インスリン様増殖因子結合タンパク質3；Gタンパク質シグナル伝達のレギュレーター12；プロサポシン；ラミニン、α4；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、3結合タンパク質；グリコホリンC；B型エンドセリンレセプター；ビグリカン；膜貫通4スーパーファミリーメンバー2；リシルオキシダーゼ様2；TEKチロシンキナーゼ、内皮；インスリンレセプター；細胞膜糖タンパク質、110000M(r)；ジャグド1；原形質膜小胞結合タンパク質；TEM13、Thy-1細胞表面抗原；凝固因子II（トロンビン）レセプター様3；ジスフェリン、肢帯筋ジストロフィー2B（常染色体劣性）；セマドメイン、膜貫通ドメイン（TM）、および細胞質ドメイン、（セマホリン）6B；インテグリン、α5（フィブロネクチンレセプター、αポリペプチド）；ラット液胞膜タンパク質1の可能性のあるオルソログ；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；変性精母細胞ホモログ、脂質デサチュラーゼ(Drosophila)；TEM1、エンドシアリン；ヘムオキシゲナーゼ（デサイクリング）1；Gタンパク質共役レセプター；C型（カルシウム依存性、炭水化物認識ドメイン）レクチン、スーパーファミリーメンバー9；マトリックスメタロプロテイナーゼ14（膜挿入）；溶質担体ファミリー29（ヌクレオシドトランスポーター）、メンバー1；マウス胚性上皮遺伝子1の可能性のあるオルソログ；主要組織適合複合体、クラスI、C；マウスフィブロネクチンIII型反復含有タンパク質1の可能性のあるオルソログ；新芽ホモログ4（Drosophila）；KIAA0620タンパク質；凝固因子III（トロンボプラスチン、組織因子）；アクアポリン1（チャンネル形成内在性タンパク質、28kD）；主要組織適合複合体、クラスI、B；リソソーム結合マルチスパニング膜タンパク質-5；B型エンドセリンレセプター；インスリンレセプター；補体成分1、q小成分、レセプター1；脳特異的血管形成インヒビター1；EGF-TM7ラトロフィリン関連タンパク質；セマドメイン；インテグリン、α5；マウスフィブロネクチンIII型の可能性のあるオルソログ；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；SSR4、TRAPD；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；補体成分1、q小成分、レセプター1；
からなる群より選択されるタンパク質の細胞外エピトープに特異的に結合し；それによって該神経膠腫の細胞の免疫破壊が引き起こされる、
方法。
【請求項１５】
抗体が診断用薬剤または治療用薬剤である、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
神経膠腫が多剤耐性感受性である、請求項14記載の方法。
【請求項１７】
薬剤が化学療法剤である、請求項15記載の方法。
【請求項１８】
薬剤が細胞毒である、請求項15記載の方法。
【請求項１９】
薬剤が非放射活性標識である、請求項15記載の方法。
【請求項２０】
薬剤が放射活性化合物である、請求項15記載の方法。
【請求項２１】
神経膠腫がヒトにおけるものである、請求項14記載の方法。
【請求項２２】
試験化合物を潜在的な抗癌剤または抗神経膠腫剤として同定する方法であって、
試験化合物を、シグナル配列レセプター、δ（トランスロコン結合タンパク質δ）；DC2タンパク質；KIAA0404タンパク質；シンプレキン；Huntingtin相互作用タンパク質I；原形質膜小胞結合タンパク質；KIAA0726遺伝子産物；ラテキシンタンパク質；トランスフォーミング成長因子、β1；仮想タンパク質FLJ22215；Rag Cタンパク質；仮想タンパク質FLJ23471；N-ミリストイルトランスフェラーゼ1；仮想タンパク質dJ1181N3.1；リボソームタンパク質L27；分泌タンパク質、酸性、システインリッチ（オステオネクチン）；Hs 111988；Hs 112238；ラミニン、α5；β-ガラクトシダーゼの保護タンパク質（ガラクトシアリドーシス）；メラノーマ関連遺伝子；メラノーマ関連遺伝子；E3ユビキチンリガーゼSMURF1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；インスリン様増殖因子結合タンパク質7；完全コード配列を有するcDNAから推定される遺伝子；Thy-1細胞表面抗原；Hs 127824；GTP結合タンパク質2；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp586D0918（クローンDKFZp586D0918より）；皮膚T細胞リンパ腫関連腫瘍抗原se20-4；差次的に発現される核小体TGF-β1標的タンパク質（DENTT）；ジスフェリン、肢帯筋ジストロフィー2B（常染色体劣性）；スムーズリン；インテグリン、α5（フィブロネクチンレセプター、αポリペプチド）；推定の翻訳開始因子；レチノイン酸誘導14；マトリックスメタロプロテイナーゼ9（ゼラチナーゼB、92kDゼラチナーゼ、92kD IV型コラゲナーゼ）；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；スタニオカルシン2；核因子（赤血球由来2）様2；タンパク質チロシンホスファターゼ、非レセプター型1；インテグリン、α10；コラーゲン、VI型、α2；第21染色体オープンリーディングフレーム25；CDC37（細胞分裂周期37、出芽酵母(S. cerevisiae)、ホモログ）；Hs 16450；Rhoグアニンヌクレオチド交換因子（GEF）7；クレアチンキナーゼ、脳；仮想タンパク質FLJ10297；仮想タンパク質FLJ10350；TNF誘導タンパク質；腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリー、メンバー12（転座鎖結合膜タンパク質）；コフィリン1（非筋肉）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；v-etsニワトリ赤芽球症ウイルスE26オンコジーンホモログ1；プロテアーゼ、システイン、1（レグマイン）；リボソームタンパク質L13；第22染色体オープンリーディングフレーム5；ジンクフィンガータンパク質144（Mel-18）；変性精母細胞（ショウジョウバエ(Drosophila)ホモログ；脂質デサチュラーゼ）；真核生物翻訳開始因子2C、2；ミトコンドリアリボソームタンパク質L45；前立腺腫瘍過剰発現遺伝子1；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）1αサブ複合体、7（14.5kD、B14.5a）；神経膠腫内皮マーカー1前駆体；NS1-結合タンパク質；リボソームタンパク質L38；タフテリン相互作用タンパク質；HLAクラスII領域発現遺伝子KE2；ミトコンドリア内膜のトランスロカーゼ17ホモログA（酵母）；sudD（bimD6のサプレッサー、偽巣性コウジ菌(Aspergillus nidulans)）ホモログ；ヘパラン硫酸プロテオグリカン2（パーレカン）；SEC24（S. cerevisiae）関連遺伝子ファミリー、メンバーA；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質7（20kD）（NADH-コエンザイムQ還元酵素）；X染色体およびY染��体（固有）155発現配列上のDNAセグメント；アネキシンA2；Homo sapiensクローン24670 mRNA配列；仮想タンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ10（ストロメライシン2）；KIAA1049タンパク質；Gタンパク質共役レセプター；仮想タンパク質FLJ20401；マトリックスメタロプロテイナーゼ14（膜挿入）；KIAA0470遺伝子産物；溶質担体ファミリー29（ヌクレオシドトランスポーター）、メンバー1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；アポリポタンパク質C-I；グルタチオンペルオキシダーゼ4（リン脂質ヒドロペルオキシダーゼ）；Hs 272106；IGHMエンハンサー3に結合する転写因子；仮想タンパク質DKFZp762A227；仮想タンパク質FLJ22362；CD59抗原p18-20（モノクローナル抗体16.3A5、EJ16、EJ30、EL32、およびG344によって同定された抗原）；PRO0628タンパク質；細胞傷害性Tリンパ球によって認識されるメラノーマ関連抗原；LOC88745；Homo sapiens β-1,3-ガラクトシルトランスフェラーゼ-6（B3GALT6）mRNA、完全cds；新芽（Drosophila）ホモログ4；新芽（Drosophila）ホモログ4；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp434E1515（クローンDKFZp434E1515由来）；コアクトシン様タンパク質；仮想タンパク質FLJ21865；Hs296234；KIAA0685遺伝子産物；仮想タンパク質FLJ10980；リボソームタンパク質L10；リボソームタンパク質S19；Hs 299251；Huntingtin相互作用タンパク質K；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 50374；Hs 311780；Hs 212191；v-aktマウス胸腺腫ウイルスオンコジーンホモログ2；Hs 328774；スプリット2のトランスデューシン様エンハンサー、Drosophila E(sp1)のホモログ；KIAA1870タンパク質；リボソームタンパク質L10a；ペプチジルプロリルイソメラーゼA（サイクロフィリンA）；Hs 344224；仮想タンパク質FLJ23239；仮想タンパク質DKFZp761H221；KIAA1887タンパク質；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 701679；Homo sapiens cDNA FLJ30634 fis、クローンCTONG2002453；Homo sapiens cDNA FLJ32203 fis、クローンPLACE6003038、ジンクフィンガータンパク質84に少し類似する；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1035904；仮想タンパク質LOC57333；ミオシンID；プレキシンB2；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、8（ガレクチン8）；ダブルリングフィンガータンパク質、Dorfin；DKFZP434B168タンパク質；LIMドメイン結合2；インテグリンβ4結合タンパク質；シナプトポジン；Hs 54828；インスリン誘導性遺伝子1；アセチルLDLレセプター；SREC；除去修復交差相補齧歯類修復欠損、相補群1（重複アンチセンス配列を含む）；仮想タンパク質FLJ22329；シュワノミン相互作用タンパク質1；PTEN誘導性推定キナーゼ1；ミオシンX；Homo sapiens cDNA FLJ32424 fis、クローンSKMUS2000954、Homo sapiens F-ボックスタンパク質Fbx25（FBX25）97に中程度に類似する；ゴルジホスホタンパク質1；スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ6；ラミニン、γ3；システインリッチタンパク質2；U6 snRNA関連Sm様タンパク質LSm7；仮想タンパク質FLJ10707；Homo sapiens、RIKEN cDNA 2310012N15遺伝子に類似、クローンIMAGE:3342825、mRNA、部分cds；マクロファージ移動阻害因子（グリコシル化阻害因子）；ユビキノール-シトクロムc還元酵素ヒンジタンパク質；ギャップ結合タンパク質、α1、43kD（コネキシン43）；ジヒドロピリミジナーゼ様-3；アクアポリン1（チャンネル形成内在性���ンパク質、28kD）；甲状腺において発現されるタンパク質；マクロファージミリストイル化アラニンリッチCキナーゼ基質；プロコラーゲン-リジン、2-オキソグルタル酸 5-ジオキシゲナーゼ（リジンヒドロキシラーゼ、VI型エーラース-ダンロー症候群）；プロテアーゼ、セリン、11（IGF結合）；24-デヒドロコレステロール還元酵素；コラーゲン、IV型、α2；プロフィリン1；アポリポタンパク質D；ヒアルロノグルコサミニダーゼ2；仮想タンパク質FLJ22678；クイエシンQ6；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ；インスリン様増殖因子結合タンパク質3；ウリジンホスホリラーゼ；KIAA0638タンパク質；B7ホモログ3；ラミンA/C；ラミンA/C；ラミンA/C；Gタンパク質シグナル伝達のレギュレーター12；プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）26Sサブユニット、非ATPase、8；Homo sapiens、RIKEN cDNA 5730528L13遺伝子に類似、クローンMGC:17337 IMAGE:4213591、mRNA、完全cds；プロサポシン（異型ゴーシェ病および異型異染性白質萎縮症）；ラミニン、α4；転写伸長因子A（SII）、1；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、3結合タンパク質；リボソームタンパク質S16；グリコホリンC（Gerbich血液型）；B型エンドセリンレセプター；セリン（またはシステイン）プロテイナーゼインヒビター、クレードE（ネキシン、プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1型）、メンバー1；ビグリカン；核内低分子リボヌクレオタンパク質ポリペプチドB"；膜貫通4スーパーファミリーメンバー2；TAF11 RNAポリメラーゼII、TATAボックス結合タンパク質（TBP）関連因子、28kD；リシルオキシダーゼ様2；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SOX4 SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；アクチン関連タンパク質2/3複合体、サブユニット2（34kD）；Homo sapiens cDNA:FLJ23507 fis、クローンLNG03128；仮想タンパク質FLJ12442；Fas（TNFRSF6）、デスドメインを介して結合；マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ11；TEKチロシンキナーゼ、内皮性（静脈形成異常、複数の皮膚性および粘膜性）；インスリンレセプター；細胞膜糖タンパク質、110000M(r)（表面抗原）；Homo sapiens cDNA FLJ11863 fis、クローンHEMBA1006926；ジャグド1（Alagille症候群）；KIAA0304遺伝子産物；プレB細胞白血病転写因子2；Homo sapiens cDNA FLJ31238 fis、クローンKIDNE2004864；p53誘導タンパク質；補体成分1、q小成分、レセプター1；補体成分1、q小成分、レセプター1；アポリポタンパク質E；ケモカイン(C-Cモチーフ)リガンド3；凝固因子II（トロンビン）レセプター様3；凝固因子III（トロンボプラスチン、組織因子）；コラーゲン、I型、α1；コラーゲン、III型、α1（IV型エーラース-ダンロー症候群、常染色体優性）；C型（カルシウム依存性、炭水化物認識ドメイン）レクチン、スーパーファミリーメンバー9；シスタチンC（アミロイド血管障害および脳出血）；小胞体結合タンパク質140kDa；EST；EST；EST、仮想タンパク質FLJ10350に高度に類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、ITB1_HUMANインテグリンβ-1前駆体（フィブロネクチンレセプターβサブユニット）（CD29）（インテグリンVLA-4βサブユニット）に高度に類似する[H.sapiens]；EST、仮想タンパク質FLJ20489に少し類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、T17346仮想タンパク質DKFZp586O1624.1-ヒト（断片）に少し類似する[H.sapiens]；EST、T21371仮想タンパク質F25H8.3-Caenorhabditis elegansに少し類似する[C.elegans]；真核生物翻訳開始因子4A、アイソフォーム1；ヘムオキシゲナーゼ（デサイクリング）1；ヘルマンスキー-パドラック症候群4型；Homo sapiens cDNA FLJ34888 fis、クローンNT2NE2017332；Homo sapiens cDNA FLJ39848 fis、クローンSPLEN2014669；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1977059；Homo sapiens、クローン IMAGE:4845226、mRNA；仮想タンパク質FLJ22329；仮想タンパク質FLJ32205；仮想タンパク質MGC4677；インヒビン、β B（アクチビンABβポリペプチド）；インスリン様増殖因子結合タンパク質5；ジャンクションプラコグロビン；KIAA0620タンパク質；KIAA0943タンパク質；ラット液胞膜タンパク質1の可能性のあるオルソログ；リソソーム結合マルチスパニング膜タンパク質-5；主要組織適合複合体、クラスI、B；主要組織適合複合体、クラスI、C；マトリックスGlaタンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ1（間質性コラゲナーゼ）；微小管結合タンパク質1軽鎖3β；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；リボソームタンパク質S9；リングフィンガータンパク質40；S100カルシウム結合タンパク質、β（神経性）；セマドメイン、膜貫通ドメイン（TM）、および細胞質ドメイン、（セマホリン）6B；SPARC様1（マスト9、ヘビン）；腫瘍壊死因子、α誘導タンパク質3；UDP-Gal:βGlcNAcβ1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド3；UDP-GlcNAc:βGalβ-1,3-N-アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ5；フォン・ウィルブランド因子；v-aktマ
ウスウイルス胸腺腫バイアル（vial）オンコジーンホモログ2；サイクリン依存性キナーゼ（cdc2様）10；オルソログマウス筋細胞誘導/分化オリジネーター；脳特異的血管形成インヒビター1；EGF-TM7ラトロフィリン関連タンパク質；セマドメイン；インテグリン、α5；マウスフィブロネクチンIII型の可能性のあるオルソログ；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；SSR4、TRAPD；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；インスリン様増殖因子結合タンパク質；白血病阻害因子；タンパク質チロシンホスファターゼ、I型非レセプター；およびHomo sapiens、クローンIMAGE:3908182、mRNA、部分cds；
からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子を発現する細胞と接触させる工程；
少なくとも1種の遺伝子の発現産物をモニターする工程；ならびに
試験化合物を、それが少なくとも1種の遺伝子の発現を減少させた場合に潜在的な抗癌剤として同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２３】
細胞がヒト細胞である、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
細胞が神経膠腫細胞である、請求項22記載の方法。
【請求項２５】
細胞がヒト神経膠腫細胞である、請求項22記載の方法。
【請求項２６】
発現産物がRNAである、請求項22記載の方法。
【請求項２７】
発現産物がタンパク質である、請求項22記載の方法。
【請求項２８】
細胞が同じ組織の正常細胞と比較して少なくとも1種の遺伝子を過剰発現する、請求項22記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも2種の遺伝子の発現がモニターされる、請求項22記載の方法。
【請求項３０】
少なくとも3種の遺伝子の発現がモニターされる、請求項22記載の方法。
【請求項３１】
少なくとも4種の遺伝子の発現がモニターされる、請求項22記載の方法。
【請求項３２】
試験化合物が、発現の減少が少なくとも50％である場合に同定される、請求項22記載の方法。
【請求項３３】
試験化合物が、発現の減少が少なくとも80％である場合に同定される、請求項22記載の方法。
【請求項３４】
発現の減少が少なくとも90％である、請求項22記載の方法。
【請求項３５】
試験化合物が抗神経膠腫剤として同定される、請求項22記載の方法。
【請求項３６】
神経膠腫を診断する際に補助するための方法であって、
新生物であると疑われる第1の脳組織試料中で少なくとも1種の遺伝子のmRNAを検出する工程であって、ここで、該少なくとも1種の遺伝子が配列番号:1〜32からなる群より選択されるタグによって同定される、工程；および
該第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現を、正常である第2の脳組織試料中の少なくとも1種の発現と比較する工程であって、ここで、該第2の脳組織試料と比較して該第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現の増加が、該第1の脳組織試料を新生物である可能性があると同定する、工程、
を包含する、方法。
【請求項３７】
第2の組織試料と比較した第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現の増加が少なくとも2倍の高さである、請求項36記載の方法。
【請求項３８】
第2の組織試料と比較した第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現の増加が少なくとも5倍の高さである、請求項36記載の方法。
【請求項３９】
第2の組織試料と比較した第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現の増加が少なくとも10倍の高さである、請求項36記載の方法。
【請求項４０】
第1の組織試料および第2の組織試料がヒト由来である、請求項36記載の方法。
【請求項４１】
第1の組織試料および第2の組織試料が同じヒト由来である、請求項36記載の方法。
【請求項４２】
検出する工程がウェスタンブロットを使用して実行される、請求項36記載の方法。
【請求項４３】
検出する工程がイムノアッセイを使用して実行される、請求項36記載の方法。
【請求項４４】
検出する工程が免疫組織化学アッセイを使用して実行される、請求項36記載の方法。
【請求項４５】
検出する工程がSAGEを使用して実行される、請求項36記載の方法。
【請求項４６】
検出する工程がマイクロアレイに対するハイブリダイゼーションを使用して実行される、請求項36記載の方法。
【請求項４７】
試験化合物を潜在的な抗癌剤または抗神経膠腫剤として同定する方法であって、
試験化合物を、配列番号:1〜32からなる群より選択されるタグによって同定された少なくとも1種の遺伝子のmRNAを発現する細胞と接触させる工程；
少なくとも1種の遺伝子のmRNAをモニターする工程；および
試験化合物を、それが少なくとも1種の遺伝子の発現を減少させる場合に潜在的な抗癌剤として同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項４８】
細胞がヒト細胞である、請求項47記載の方法。
【請求項４９】
細胞が神経膠腫細胞である、請求項47記載の方法。
【請求項５０】
細胞がヒト神経膠腫細胞である、請求項47記載の方法。
【請求項５１】
発現産物がRNAである、請求項47記載の方法。
【請求項５２】
発現産物がタンパク質である、請求項47記載の方法。
【請求項５３】
細胞が同じ組織の正常細胞と比較して少なくとも1種の遺伝子を過剰発現する、請求項47記載の方法。
【請求項５４】
少なくとも2種の遺伝子の発現がモニターされる、請求項47記載の方法。
【請求項５５】
少なくとも3種の遺伝子の発現がモニターされる、請求項47記載の方法。
【請求項５６】
少なくとも4種の遺伝子の発現がモニターされる、請求項47記載の方法。
【請求項５７】
試験化合物が、発現の減少が少なくとも50％である場合に同定される、請求項47記載の方法。
【請求項５８】
試験化合物が、発現の減少が少なくとも80％である場合に同定される、請求項47記載の方法。
【請求項５９】
発現の減少が少なくとも90％である、請求項47記載の方法。
【請求項６０】
試験化合物が抗神経膠腫剤として同定される、請求項47記載の方法。
【請求項６１】
神経膠腫に対して免疫応答を誘導するための方法であって、哺乳動物に、シグナル配列レセプター、δ（トランスロコン結合タンパク質δ）；DC2タンパク質；KIAA0404タンパク質；シンプレキン；Huntingtin相互作用タンパク質I；原形質膜小胞結合タンパク質；KIAA0726遺伝子産物；ラテキシンタンパク質；トランスフォーミング成長因子、β1；仮想タンパク質FLJ22215；Rag Cタンパク質；仮想タンパク質FLJ23471；N-ミリストイルトランスフェラーゼ1；仮想タンパク質dJ1181N3.1；リボソームタンパク質L27；分泌タンパク質、酸性、システインリッチ（オステオネクチン）；Hs 111988；Hs 112238；ラミニン、α5；β-ガラクトシダーゼの保護タンパク質（ガラクトシアリドーシス）；メラノーマ関連遺伝子；メラノーマ関連遺伝子；E3ユビキチンリガーゼSMURF1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；インスリン様増殖因子結合タンパク質7；完全コード配列を有するcDNAから推定される遺伝子；Thy-1細胞表面抗原；Hs 127824；GTP結合タンパク質2；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp586D0918（クローンDKFZp586D0918より）；皮膚T細胞リンパ腫関連腫瘍抗原se20-4；差次的に発現される核小体TGF-β1標的タンパク質（DENTT）；ジスフェリン、肢帯筋ジストロフィー2B（常染色体劣性）；スムーズリン；インテグリン、α5（フィブロネクチンレセプター、αポリペプチド）；推定の翻訳開始因子；レチノイン酸誘導14；マトリックスメタロプロテイナーゼ9（ゼラチナーゼB、92kDゼラチナーゼ、92kD IV型コラゲナーゼ）；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；スタニオカルシン2；核因子（赤血球由来2）様2；タンパク質チロシンホスファターゼ、非レセプター型1；インテグリン、α10；コラーゲン、VI型、α2；第21染色体オープンリーディングフレーム25；CDC37（細胞分裂周期37、出芽酵母(S. cerevisiae)、ホモログ）；Hs 16450；Rhoグアニンヌクレオチド交換因子（GEF）7；クレアチンキナーゼ、脳；仮想タンパク質FLJ10297；仮想タンパク質FLJ10350；TNF誘導タンパク質；腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリー、メンバー12（転座鎖結合膜タンパク質）；コフィリン1（非筋肉）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；v-etsニワトリ赤芽球症ウイルスE26オンコジーンホモログ1；プロテアーゼ、システイン、1（レグマイン）；リボソームタンパク質L13；第22染色体オープンリーディングフレーム5；ジンクフィンガータンパク質144（Mel-18）；変性精母細胞（ショウジョウバエ(Drosophila)ホモログ；脂質デサチュラーゼ）；真核生物翻訳開始因子2C、2；ミトコンドリアリボソームタンパク質L45；前立腺腫瘍過剰発現遺伝子1；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）1αサブ複合体、7（14.5kD、B14.5a）；神経膠腫内皮マーカー1前駆体；NS1-結合タンパク質；リボソームタンパク質L38；タフテリン相互作用タンパク質；HLAクラスII領域発現遺伝子KE2；ミトコンドリア内膜のトランスロカーゼ17ホモログA（酵母）；sudD（bimD6のサプレッサー、偽巣性コウジ菌(Aspergillus nidulans)）ホモログ；ヘパラン硫酸プロテオグリカン2（パーレカン）；SEC24（S. cerevisiae）関連遺伝子ファミリー、メンバーA；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質7��20kD）（NADH-コエンザイムQ還元酵素）；X染色体およびY染色体（固有）155発現配列上のDNAセグメント；アネキシンA2；Homo sapiensクローン24670 mRNA配列；仮想タンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ10（ストロメライシン2）；KIAA1049タンパク質；Gタンパク質共役レセプター；仮想タンパク質FLJ20401；マトリックスメタロプロテイナーゼ14（膜挿入）；KIAA0470遺伝子産物；溶質担体ファミリー29（ヌクレオシドトランスポーター）、メンバー1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；アポリポタンパク質C-I；グルタチオンペルオキシダーゼ4（リン脂質ヒドロペルオキシダーゼ）；Hs 272106；IGHMエンハンサー3に結合する転写因子；仮想タンパク質DKFZp762A227；仮想タンパク質FLJ22362；CD59抗原p18-20（モノクローナル抗体16.3A5、EJ16、EJ30、EL32、およびG344によって同定された抗原）；PRO0628タンパク質；細胞傷害性Tリンパ球によって認識されるメラノーマ関連抗原；LOC88745；Homo sapiens β-1,3-ガラクトシルトランスフェラーゼ-6（B3GALT6）mRNA、完全cds；新芽（Drosophila）ホモログ4；新芽（Drosophila）ホモログ4；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp434E1515（クローンDKFZp434E1515由来）；コアクトシン様タンパク質；仮想タンパク質FLJ21865；Hs296234；KIAA0685遺伝子産物；仮想タンパク質FLJ10980；リボソームタンパク質L10；リボソームタンパク質S19；Hs 299251；Huntingtin相互作用タンパク質K；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 50374；Hs 311780；Hs 212191；v-aktマウス胸腺腫ウイルスオンコジーンホモログ2；Hs 328774；スプリット2のトランスデューシン様エンハンサー、Drosophila E(sp1)のホモログ；KIAA1870タンパク質；リボソームタンパク質L10a；ペプチジルプロリルイソメラーゼA（サイクロフィリンA）；Hs 344224；仮想タンパク質FLJ23239；仮想タンパク質DKFZp761H221；KIAA1887タンパク質；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 701679；Homo sapiens cDNA FLJ30634 fis、クローンCTONG2002453；Homo sapiens cDNA FLJ32203 fis、クローンPLACE6003038、ジンクフィンガータンパク質84に少し類似する；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1035904；仮想タンパク質LOC57333；ミオシンID；プレキシンB2；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、8（ガレクチン8）；ダブルリングフィンガータンパク質、Dorfin；DKFZP434B168タンパク質；LIMドメイン結合2；インテグリンβ4結合タンパク質；シナプトポジン；Hs 54828；インスリン誘導性遺伝子1；アセチルLDLレセプター；SREC；除去修復交差相補齧歯類修復欠損、相補群1（重複アンチセンス配列を含む）；仮想タンパク質FLJ22329；シュワノミン相互作用タンパク質1；PTEN誘導性推定キナーゼ1；ミオシンX；Homo sapiens cDNA FLJ32424 fis、クローンSKMUS2000954、Homo sapiens F-ボックスタンパク質Fbx25（FBX25）97に中程度に類似する；ゴルジホスホタンパク質1；スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ6；ラミニン、γ3；システインリッチタンパク質2；U6 snRNA関連Sm様タンパク質LSm7；仮想タンパク質FLJ10707；Homo sapiens、RIKEN cDNA 2310012N15遺伝子に類似、クローンIMAGE:3342825、mRNA、部分cds；マクロファージ移動阻害因子（グリコシル化阻害因子）；ユビキノール-シトクロムc還元酵素ヒンジタンパク質；ギャップ結合タンパク質、α1、43kD（コネキシン43）；ジヒドロピ���ミジナーゼ様-3；アクアポリン1（チャンネル形成内在性タンパク質、28kD）；甲状腺において発現されるタンパク質；マクロファージミリストイル化アラニンリッチCキナーゼ基質；プロコラーゲン-リジン、2-オキソグルタル酸 5-ジオキシゲナーゼ（リジンヒドロキシラーゼ、VI型エーラース-ダンロー症候群）；プロテアーゼ、セリン、11（IGF結合）；24-デヒドロコレステロール還元酵素；コラーゲン、IV型、α2；プロフィリン1；アポリポタンパク質D；ヒアルロノグルコサミニダーゼ2；仮想タンパク質FLJ22678；クイエシンQ6；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ；インスリン様増殖因子結合タンパク質3；ウリジンホスホリラーゼ；KIAA0638タンパク質；B7ホモログ3；ラミンA/C；ラミンA/C；ラミンA/C；Gタンパク質シグナル伝達のレギュレーター12；プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）26Sサブユニット、非ATPase、8；Homo sapiens、RIKEN cDNA 5730528L13遺伝子に類似、クローンMGC:17337 IMAGE:4213591、mRNA、完全cds；プロサポシン（異型ゴーシェ病および異型異染性白質萎縮症）；ラミニン、α4；転写伸長因子A（SII）、1；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、3結合タンパク質；リボソームタンパク質S16；グリコホリンC（Gerbich血液型）；B型エンドセリンレセプター；セリン（またはシステイン）プロテイナーゼインヒビター、クレードE（ネキシン、プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1型）、メンバー1；ビグリカン；核内低分子リボヌクレオタンパク質ポリペプチドB"；膜貫通4スーパーファミリーメンバー2；TAF11 RNAポリメラーゼII、TATAボックス結合タンパク質（TBP）関連因子、28kD；リシルオキシダーゼ様2；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SOX4 SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；アクチン関連タンパク質2/3複合体、サブユニット2（34kD）；Homo sapiens cDNA:FLJ23507 fis、クローンLNG03128；仮想タンパク質FLJ12442；Fas（TNFRSF6）、デスドメインを介して結合；マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ11；TEKチロシンキナーゼ、内皮性（静脈形成異常、複数の皮膚性および粘膜性）；インスリンレセプター；細胞膜糖タンパク質、110000M(r)（表面抗原）；Homo sapiens cDNA FLJ11863 fis、クローンHEMBA1006926；ジャグド1（Alagille症候群）；KIAA0304遺伝子産物；プレB細胞白血病転写因子2；Homo sapiens cDNA FLJ31238 fis、クローンKIDNE2004864；p53誘導タンパク質；補体成分1、q小成分、レセプター1；補体成分1、q小成分、レセプター1；アポリポタンパク質E；ケモカイン(C-Cモチーフ)リガンド3；凝固因子II（トロンビン）レセプター様3；凝固因子III（トロンボプラスチン、組織因子）；コラーゲン、I型、α1；コラーゲン、III型、α1（IV型エーラース-ダンロー症候群、常染色体優性）；C型（カルシウム依存性、炭水化物認識ドメイン）レクチン、スーパーファミリーメンバー9；シスタチンC（アミロイド血管障害および脳出血）；小胞体結合タンパク質140kDa；EST；EST；EST、仮想タンパク質FLJ10350に高度に類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、ITB1_HUMANインテグリンβ-1前駆体（フィブロネクチンレセプターβサブユニット）（CD29）（インテグリンVLA-4βサブユニット）に高度に類似する[H.sapiens]；EST、仮想タンパク質FLJ20489に少し類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、T17346仮想タンパク質DKFZp586O1624.1-ヒト（断片）に少し類似する[H.sapiens]；EST、T21371仮想タンパク質F25H8.3-Caenorhabditis elegansに少し類似する[C.elegans]；真核生物翻訳開始因子4A、アイソフォーム1；ヘムオキシゲナーゼ（デサイクリング）1；ヘルマンスキー-パドラック症候群4型；Homo sapiens cDNA FLJ34888 fis、クローンNT2NE2017332；Homo sapiens cDNA FLJ39848 fis、クローンSPLEN2014669；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1977059；Homo sapiens、クローン IMAGE:4845226、mRNA；仮想タンパク質FLJ22329；仮想タンパク質FLJ32205；仮想タンパク質MGC4677；インヒビン、β B（アクチビンABβポリペプチド）；インスリン様増殖因子結合タンパク質5；ジャンクションプラコグロビン；KIAA0620タンパク質；KIAA0943タンパク質；ラット液胞膜タンパク質1の可能性のあるオルソログ；リソソーム結合マルチスパニング膜タンパク質-5；主要組織適合複合体、クラスI、B；主要組織適合複合体、クラスI、C；マトリックスGlaタンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ1（間質性コラゲナーゼ）；微小管結合タンパク質1軽鎖3β；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；リボソームタンパク質S9；リングフィンガータンパク質40；S100カルシウム結合タンパク質、β（神経性）；セマドメイン、膜貫通ドメイン（TM）、および細胞質ドメイン、（セマホリン）6B；SPARC様1（マスト9、ヘビン）；腫瘍壊死因子、α誘導タンパク質3；UDP-Gal:βGlcNAcβ1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド3；UDP-GlcNAc:βGalβ-1,3-N-アセチルグルコサミニルトラ
ンスフェラーゼ5；フォン・ウィルブランド因子；v-aktマウスウイルス胸腺腫バイアル（vial）オンコジーンホモログ2；サイクリン依存性キナーゼ（cdc2様）10；オルソログマウス筋細胞誘導/分化オリジネーター；脳特異的血管形成インヒビター1；EGF-TM7ラトロフィリン関連タンパク質；セマドメイン；インテグリン、α5；マウスフィブロネクチンIII型の可能性のあるオルソログ；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；SSR4、TRAPD；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；インスリン様増殖因子結合タンパク質；白血病阻害因子；タンパク質チロシンホスファターゼ、I型非レセプター；およびHomo sapiens、クローンIMAGE:3908182、mRNA、部分cds；
からなる群より選択されるタンパク質またはタンパク質をコードする核酸を投与する工程を包含し、それによって該タンパク質に対する免疫応答が誘導される、方法。
【請求項６２】
タンパク質が投与される、請求項61記載の方法。
【請求項６３】
核酸が投与される、請求項61記載の方法。
【請求項６４】
核酸が筋肉内に投与される、請求項63記載の方法。
【請求項６５】
哺乳動物に免疫アジュバントを投与する工程をさらに包含する、請求項62記載の方法。
【請求項６６】
哺乳動物が神経膠腫を有する、請求項61記載の方法。
【請求項６７】
哺乳動物が神経膠腫を外科的に除去されている、請求項61記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願は、2002年8月15日に出願された仮出願シリアル番号第60/403,390号および2003年4月1日に出願された同第60/458,978号の利益を主張する。各々の開示は明白に本明細書中に組み入れられる。
【０００２】
本発明は、血管形成および抗血管形成の分野に関する。詳細には、本発明は脳神経膠腫の内皮細胞中で特徴的に発現される遺伝子に関する。
【背景技術】
【０００３】
脳腫瘍は、最近30年間にわたって生存度の改善がほとんど見られていない、まれであるが癌の致死的な型を表す。腫瘍の切除とそれに続く旧態依然とした細胞毒および放射線治療に頼っている治療は、不可避的に生活の質の減少を生じる。神経膠腫は、神経膠腫を知られている中で最も攻撃的な腫瘍の1つとして規定する、より高度な血管性かつ侵襲性の特性を有する、最も一般的な脳の新生物を表す。神経膠腫の分類は、細胞起源と攻撃性の段階の両方に由来する。星状細胞または稀突起神経膠細胞のいずれかに由来して、神経膠星状細胞腫および乏突起神経膠腫は最も一般的な型の神経膠腫を構成する。他の腫瘍型の分類に対して共通であるように、神経膠腫は、疾患の第I段階から第III段階まで攻撃性を増大させ、第IV段階、多形神経膠腫では最も攻撃的である。さらに、神経膠腫腫瘍は、知られている最も血管性の腫瘍の1つを構成する。
【０００４】
脳内での血管の透過性は他の器官と比較して限られている。同様に、免疫監視に対する脳の悪性腫瘍の接近可能性は同様に制限されていると考えられていたが、より最近の証拠は、脳が全体としては免疫学的に特別扱いされていないことを示唆している。このいわゆる血液脳関門は、主として、脳特異的な毛細血管輸送系および星状細胞によって調節される内皮細胞に基づく血管系とのクロストークとの組み合わせに由来すると考えられている（総説としては、Bart, J., Groen, H.J., Hendrikse, N.H., van der Graaf, W. T., Vaalburg, W.およびde Vries, E. G. (2000)、The blood-brain barrier and oncology: new insights into function and modulation（血液脳関門および腫瘍学：機能および調節への新しい洞察）. Cancer Treat Rev 26, 449-62(非特許文献１)を参照されたい）。密着結合の存在および観察された高い電気的抵抗の両方が、血管を横切る分子交換の制限に寄与する。治療的に不浸透性の血管構造の存在は、脳の悪性腫瘍および他のCNS疾患において介在することを目的とする比較的限られた量の研究を生じてきた。正常な脳または疾患を有する脳のいずれかの内皮細胞で優先的に発現されたタンパク質を規定することは、CNS治療レジメンを拡張することが期待できる。
【０００５】
神経膠腫中の血管の微環境は、主として、形態学的な、循環の、および灌流に基づく実験を通して研究されてきた（概説としては、Vajkoczy, P.およびMenger, M.D.(2000). Vascular microenvironment in gliomas（神経膠腫における血管の微環境）.J Neurooncol 50, 99-108(非特許文献２); およびBart, J., Groen, H.J., Hendrikse, N.H., Van der Graaf, W.T., Vaalburg, W. およびde Vries, E. G. (2000)、The blood-brain barrier and oncology: new insights into function and modulation.（血液脳関門および腫瘍学：機能および調節への新しい洞察） Cancer Treat Rev 26, 449-62(非特許文献１)を参照されたい）。これらの研究は、腫瘍の進行と関連する血管系構造の著しい変化を実証する。開窓術の増加、灌流の不良、過剰な透過性、および白血球-EC相互作用の減少はすべて、神経膠腫の微環境と関連した表現型的な観察である（Bernsen, H.J., Rijken, P.F., Oostendorp, T., およびvan der Kogel, A.J. (1995) Vascularity and perfusion of human gliomas xenografted in the athymic nude mouse. Br J Cancer 71, 721-6（胸腺欠損マウスにおいて異種移植されたヒト神経膠腫の血管分布および灌流）(非特許文献３)；Vick, N.A.およびBigner, D.D. (1972) Microvascular abnormalities in virally-induced canine brain tumors. Structural bases for altered blood-brain barrier function.（ウイルス誘導されたイヌ脳腫瘍における微小血管異常。変化した血液脳関門機能についての構造的基礎）J Neurol Sci 17, 29-39(非特許文献４); ならびにHobbs, S. K., Monskey, W.L., Yuan, F., Roberts, W.G., Griffith, L., Torchilin, V.P., およびJain, R.K. (1998) Regulation of transport pathways in tumor vessels: role of tumor type and microenvironment.（腫瘍血管中の輸送経路の調節：腫瘍型および微環境の役割）Proc Natl Acad Sci U S A 95, 4607-12）(非特許文献５)。より初期の段階の神経膠腫が血管増殖を進行させるために主として出芽および吸収することの両方を利用するのとは異なり、より高度な程度の神経膠腫は、はるかにより大きな程度までの重積的な毛細血管増殖を利用することもまた示唆されている。Vajkoczy, P., Schilling, L., Ullrich, A., Schmiedek, P., およびMenger, M.D. (1998) Characteraization of angiogenesis and microcirculation of high-grade glioma: an intravital multifluorescence microscopic approach in the athymic nude mouse.（高度な程度の神経膠腫の血管形成および微小循環の特徴付け：胸腺欠損マウスにおける生体内複数の蛍光顕微鏡的アプローチ）J Cereb Blood Flow Metab 18, 510-20(非特許文献６)。神経膠腫ECの分子的特徴付けは、これまでに一般的な増殖因子または以前に規定された脳のECトランスポーターの評価に限定されてきた。Holash, J., Maisonpierre, P. C., Compton, D., Boland, P., Alexander, C.R., Zagzag, D., Yancopoulos, G.D.およびWiegand, S.J. (1999) Vessel cooption, regression, and growth in tumors mediated by angiopoietins and VEGF.（アンジオポエチンおよびVEGFによって媒介される、腫瘍における血管の吸収、退化、および増殖）Science 284, 1994-8(非特許文献７); Guerin, C., Wolff, J.E., Laterra, J., Drewes, L.R., Brem, H.およびGoldstein, G.W. (1992). Vascular differentiation and glucose transporter expression in rat gliomas: effect of steroids.（ラット神経膠腫における血管分化およびグルコーストランスポーター発現：ステロイドの効果） Ann Neurol 31, 481-7(非特許文献８)。
【０００６】
現在まで、内皮細胞特異的集団からの全体的な遺伝子発現プロフィールは、正常なおよび腫瘍形成性の結腸組織に限られている。St Croix, B., Rago, C., Velculescu, V., Traverso, G., Romans, K.E., Montgomery, E., Lal, A., Riggins, G.J., Lengauer, C., Vogelstein, B., およびKinzler, K.W. (2000). Genes expressed in human tumor endothelium.（ヒト腫瘍内皮において発現される遺伝子）Science 289, 1197-202(非特許文献９)。結腸でない腫瘍についての診断および治療が開発され得るように、当該分野において他の組織からの内皮細胞の分析のための必要性が存在している。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Bart, J., Groen, H.J., Hendrikse, N.H., van der Graaf, W. T., Vaalburg, W.およびde Vries, E. G. (2000)、The blood-brain barrier and oncology: new insights into function and modulation（血液脳関門および腫瘍学：機能および調節への新しい洞察）. Cancer Treat Rev 26, 449-62
【非特許文献２】Vajkoczy, P.およびMenger, M.D.(2000). Vascular microenvironment in gliomas（神経膠腫における血管の微環境）.J Neurooncol 50, 99-108
【非特許文献３】Bernsen, H.J., Rijken, P.F., Oostendorp, T., およびvan der Kogel, A.J. (1995) Vascularity and perfusion of human gliomas xenografted in the athymic nude mouse. Br J Cancer 71, 721-6（胸腺欠損マウスにおいて異種移植されたヒト神経膠腫の血管分布および灌流）
【非特許文献４】Vick, N.A.およびBigner, D.D. (1972) Microvascular abnormalities in virally-induced canine brain tumors. Structural bases for altered blood-brain barrier function.（ウイルス誘導されたイヌ脳腫瘍における微小血管異常。変化した血液脳関門機能についての構造的基礎）J Neurol Sci 17, 29-39
【非特許文献５】Hobbs, S. K., Monskey, W.L., Yuan, F., Roberts, W.G., Griffith, L., Torchilin, V.P., およびJain, R.K. (1998) Regulation of transport pathways in tumor vessels: role of tumor type and microenvironment.（腫瘍血管中の輸送経路の調節：腫瘍型および微環境の役割）Proc Natl Acad Sci U S A 95, 4607-12）
【非特許文献６】Vajkoczy, P., Schilling, L., Ullrich, A., Schmiedek, P., およびMenger, M.D. (1998) Characteraization of angiogenesis and microcirculation of high-grade glioma: an intravital multifluorescence microscopic approach in the athymic nude mouse.（高度な程度の神経膠腫の血管形成および微小循環の特徴付け：胸腺欠損マウスにおける生体内複数の蛍光顕微鏡的アプローチ）J Cereb Blood Flow Metab 18, 510-20
【非特許文献７】Holash, J., Maisonpierre, P. C., Compton, D., Boland, P., Alexander, C.R., Zagzag, D., Yancopoulos, G.D.およびWiegand, S.J. (1999) Vessel cooption, regression, and growth in tumors mediated by angiopoietins and VEGF.（アンジオポエチンおよびVEGFによって媒介される、腫瘍における血管の吸収、退化、および増殖）Science 284, 1994-8
【非特許文献８】Guerin, C., Wolff, J.E., Laterra, J., Drewes, L.R., Brem, H.およびGoldstein, G.W. (1992). Vascular differentiation and glucose transporter expression in rat gliomas: effect of steroids.（ラット神経膠腫における血管分化およびグルコーストランスポーター発現：ステロイドの効果） Ann Neurol 31, 481-7
【非特許文献９】St Croix, B., Rago, C., Velculescu, V., Traverso, G., Romans, K.E., Montgomery, E., Lal, A., Riggins, G.J., Lengauer, C., Vogelstein, B., およびKinzler, K.W. (2000). Genes expressed in human tumor endothelium.（ヒト腫瘍内皮において発現される遺伝子）Science 289, 1197-202
【発明の概要】
【０００８】
（発明の要旨）
本発明の1つの態様に従って、神経膠腫を診断する際に補助するための方法が提供される。新生物であると疑われる第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現産物が検出される。少なくとも1種の遺伝子は以下からなる群より選択される：シグナル配列レセプター、δ（トランスロコン結合タンパク質δ）；DC2タンパク質；KIAA0404タンパク質；シンプレキン；Huntingtin相互作用タンパク質I；原形質膜小胞結合タンパク質；KIAA0726遺伝子産物；ラテキシンタンパク質；トランスフォーミング成長因子、β1；仮想タンパク質FLJ22215；Rag Cタンパク質；仮想タンパク質FLJ23471；N-ミリストイルトランスフェラーゼ1；仮想タンパク質dJ1181N3.1；リボソームタンパク質L27；分泌タンパク質、酸性、システインリッチ（オステオネクチン）；Hs 111988；Hs 112238；ラミニン、α5；β-ガラクトシダーゼの保護タンパク質（ガラクトシアリドーシス）；メラノーマ関連遺伝子；メラノーマ関連遺伝子；E3ユビキチンリガーゼSMURF1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；インスリン様増殖因子結合タンパク質7；完全コード配列を有するcDNAから推定される遺伝子；Thy-1細胞表面抗原；Hs 127824；GTP結合タンパク質2；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp586D0918（クローンDKFZp586D0918より）；皮膚T細胞リンパ腫関連腫瘍抗原se20-4；差次的に発現される核小体TGF-β1標的タンパク質（DENTT）；ジスフェリン、肢帯筋ジストロフィー2B（常染色体劣性）；スムーズリン；インテグリン、α5（フィブロネクチンレセプター、αポリペプチド）；推定の翻訳開始因子；レチノイン酸誘導14；マトリックスメタロプロテイナーゼ9（ゼラチナーゼB、92kDゼラチナーゼ、92kD IV型コラゲナーゼ）；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；スタニオカルシン2；核因子（赤血球由来2）様2；タンパク質チロシンホスファターゼ、非レセプター型1；インテグリン、α10；コラーゲン、VI型、α2；第21染色体オープンリーディングフレーム25；CDC37（細胞分裂周期37、出芽酵母(S. cerevisiae)、ホモログ）；Hs 16450；Rhoグアニンヌクレオチド交換因子（GEF）7；クレアチンキナーゼ、脳；仮想タンパク質FLJ10297；仮想タンパク質FLJ10350；TNF誘導タンパク質；腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリー、メンバー12（転座鎖結合膜タンパク質）；コフィリン1（非筋肉）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；v-etsニワトリ赤芽球症ウイルスE26オンコジーンホモログ1；プロテアーゼ、システイン、1（レグマイン）；リボソームタンパク質L13；第22染色体オープンリーディングフレーム5；ジンクフィンガータンパク質144（Mel-18）；変性精母細胞（ショウジョウバエ(Drosophila)ホモログ；脂質デサチュラーゼ）；真核生物翻訳開始因子2C、2；ミトコンドリアリボソームタンパク質L45；前立腺腫瘍過剰発現遺伝子1；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）1αサブ複合体、7（14.5kD、B14.5a）；神経膠腫内皮マーカー1前駆体；NS1-結合タンパク質；リボソームタンパク質L38；タフテリン相互作用タンパク質；HLAクラスII領域発現遺伝子KE2；ミトコンドリア内膜のトランスロカーゼ17ホモログA（酵母）；sudD（bimD6のサプレッサー、偽巣性コウジ菌(Aspergillus nidulans)）ホモログ；ヘパラン硫酸プロテオグリカン2（パーレカン）；SEC24（S. cerevisiae）関連遺伝子ファミリー、メンバーA；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質7（20kD）（NADH-コエンザイムQ還元酵素）；X染色体およびY染色体（固有）155発現配列上のDNAセグメント；アネキシンA2；Homo sapiensクローン24670 mRNA配列；仮想タンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ10（ストロメライシン2）；KIAA1049タンパク質；Gタンパク質共役レセプター；仮想タンパク質FLJ20401；マトリックスメタロプロテイナーゼ14（膜挿入）；KIAA0470遺伝子産物；溶質担体ファミリー29（ヌクレオシドトランスポーター）、メンバー1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；アポリポタンパク質C-I；グルタチオンペルオキシダーゼ4（リン脂質ヒドロペルオキシダーゼ）；Hs 272106；IGHMエンハンサー3に結合する転写因子；仮想タンパク質DKFZp762A227；仮想タンパク質FLJ22362；CD59抗原p18-20（モノクローナル抗体16.3A5、EJ16、EJ30、EL32、およびG344によって同定された抗原）；PRO0628タンパク質；細胞傷害性Tリンパ球によって認識されるメラノーマ関連抗原；LOC88745；Homo sapiens β-1,3-ガラクトシルトランスフェラーゼ-6（B3GALT6）mRNA、完全cds；新芽（Drosophila）ホモログ4；新芽（Drosophila）ホモログ4；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp434E1515（クローンDKFZp434E1515由来）；コアクトシン様タンパク質；仮想タンパク質FLJ21865；Hs296234；KIAA0685遺伝子産物；仮想タンパク質FLJ10980；リボソームタンパク質L10；リボソームタンパク質S19；Hs 299251；Huntingtin相互作用タンパク質K；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 50374；Hs 311780；Hs 212191；v-aktマウス胸腺腫ウイルスオンコジーンホモログ2；Hs 328774；スプリット2のトランスデューシン様エンハンサー、Drosophila E(sp1)のホモログ；KIAA1870タンパク質；リボソームタンパク質L10a；ペプチジルプロリルイソメラーゼA（サイクロフィリンA）；Hs 344224；仮想タンパク質FLJ23239；仮想タンパク質DKFZp761H221；KIAA1887タンパク質；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 701679；Homo sapiens cDNA FLJ30634 fis、クローンCTONG2002453；Homo sapiens cDNA FLJ32203 fis、クローンPLACE6003038、ジンクフィンガータンパク質84に少し類似する；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1035904；仮想タンパク質LOC57333；ミオシンID；プレキシンB2；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、8（ガレクチン8）；ダブルリングフィンガータンパク質、Dorfin；DKFZP434B168タンパク質；LIMドメイン結合2；インテグリンβ4結合タンパク質；シナプトポジン；Hs 54828；インスリン誘導性遺伝子1；アセチルLDLレセプター；SREC；除去修復交差相補齧歯類修復欠損、相補群1（重複アンチセンス配列を含む）；仮想タンパク質FLJ22329；シュワノミン相互作用タンパク質1；PTEN誘導性推定キナーゼ1；ミオシンX；Homo sapiens cDNA FLJ32424 fis、クローンSKMUS2000954、Homo sapiens F-ボックスタンパク質Fbx25（FBX25）97に中程度に類似する；ゴルジホスホタンパク質1；スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ6；ラミニン、γ3；システインリッチタンパク質2；U6 snRNA関連Sm様タンパク質LSm7；仮想タンパク質FLJ10707；Homo sapiens、RIKEN cDNA 2310012N15遺伝子に類似、クローンIMAGE:3342825、mRNA、部分cds；マクロ��ァージ移動阻害因子（グリコシル化阻害因子）；ユビキノール-シトクロムc還元酵素ヒンジタンパク質；ギャップ結合タンパク質、α1、43kD（コネキシン43）；ジヒドロピリミジナーゼ様-3；アクアポリン1（チャンネル形成内在性タンパク質、28kD）；甲状腺において発現されるタンパク質；マクロファージミリストイル化アラニンリッチCキナーゼ基質；プロコラーゲン-リジン、2-オキソグルタル酸 5-ジオキシゲナーゼ（リジンヒドロキシラーゼ、VI型エーラース-ダンロー症候群）；プロテアーゼ、セリン、11（IGF結合）；24-デヒドロコレステロール還元酵素；コラーゲン、IV型、α2；プロフィリン1；アポリポタンパク質D；ヒアルロノグルコサミニダーゼ2；仮想タンパク質FLJ22678；クイエシンQ6；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ；インスリン様増殖因子結合タンパク質3；ウリジンホスホリラーゼ；KIAA0638タンパク質；B7ホモログ3；ラミンA/C；ラミンA/C；ラミンA/C；Gタンパク質シグナル伝達のレギュレーター12；プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）26Sサブユニット、非ATPase、8；Homo sapiens、RIKEN cDNA 5730528L13遺伝子に類似、クローンMGC:17337 IMAGE:4213591、mRNA、完全cds；プロサポシン（異型ゴーシェ病および異型異染性白質萎縮症）；ラミニン、α4；転写伸長因子A（SII）、1；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、3結合タンパク質；リボソームタンパク質S16；グリコホリンC（Gerbich血液型）；B型エンドセリンレセプター；セリン（またはシステイン）プロテイナーゼインヒビター、クレードE（ネキシン、プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1型）、メンバー1；ビグリカン；核内低分子リボヌクレオタンパク質ポリペプチドB"；膜貫通4スーパーファミリーメンバー2；TAF11 RNAポリメラーゼII、TATAボックス結合タンパク質（TBP）関連因子、28kD；リシルオキシダーゼ様2；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SOX4 SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；アクチン関連タンパク質2/3複合体、サブユニット2（34kD）；Homo sapiens cDNA:FLJ23507 fis、クローンLNG03128；仮想タンパク質FLJ12442；Fas（TNFRSF6）、デスドメインを介して結合；マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ11；TEKチロシンキナーゼ、内皮性（静脈形成異常、複数の皮膚性および粘膜性）；インスリンレセプター；細胞膜糖タンパク質、110000M(r)（表面抗原）；Homo sapiens cDNA FLJ11863 fis、クローンHEMBA1006926；ジャグド1（Alagille症候群）；KIAA0304遺伝子産物；プレB細胞白血病転写因子2；Homo sapiens cDNA FLJ31238 fis、クローンKIDNE2004864；p53誘導タンパク質；補体成分1、q小成分、レセプター1；補体成分1、q小成分、レセプター1；アポリポタンパク質E；ケモカイン(C-Cモチーフ)リガンド3；凝固因子II（トロンビン）レセプター様3；凝固因子III（トロンボプラスチン、組織因子）；コラーゲン、I型、α1；コラーゲン、III型、α1（IV型エーラース-ダンロー症候群、常染色体優性）；C型（カルシウム依存性、炭水化物認識ドメイン）レクチン、スーパーファミリーメンバー9；シスタチンC（アミロイド血管障害および脳出血）；小胞体結合タンパク質140kDa；EST；EST；EST、仮想タンパク質FLJ10350に高度に類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、ITB1_HUMANインテグリンβ-1前駆体（フィブロネクチンレセプターβサブユニット）（CD29）（インテグリンVLA-4βサブユニット）に高度に類似する[H.sapiens]；EST、仮想タンパク質FLJ20489に少し類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、T17346仮想タンパク質DKFZp586O1624.1-ヒト（断片）に少し類似する[H.sapiens]；EST、T21371仮想タンパク質F25H8.3-Caenorhabditis elegansに少し類似する[C.elegans]；真核生物翻訳開始因子4A、アイソフォーム1；ヘムオキシゲナーゼ（デサイクリング）1；ヘルマンスキー-パドラック症候群4型；Homo sapiens cDNA FLJ34888 fis、クローンNT2NE2017332；Homo sapiens cDNA FLJ39848 fis、クローンSPLEN2014669；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1977059；Homo sapiens、クローン IMAGE:4845226、mRNA；仮想タンパク質FLJ22329；仮想タンパク質FLJ32205；仮想タンパク質MGC4677；インヒビン、βB（アクチビンABβポリペプチド）；インスリン様増殖因子結合タンパク質5；ジャンクションプラコグロビン；KIAA0620タンパク質；KIAA0943タンパク質；ラット液胞膜タンパク質1の可能性のあるオルソログ；リソソーム結合マルチスパニング膜タンパク質-5；主要組織適合複合体、クラスI、B；主要組織適合複合体、クラスI、C；マトリックスGlaタンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ1（間質性コラゲナーゼ）；微小管結合タンパク質1軽鎖3β；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；リボソームタンパク質S9；リングフィンガータンパク質40；S100カルシウム結合タンパク質、β（神経性）；セマドメイン、膜貫通ドメイン（TM）、および細胞質ドメイン、（セマホリン）6B；SPARC様1（マスト9、ヘビン）；
腫瘍壊死因子、α誘導タンパク質3；UDP-Gal:βGlcNAcβ1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド3；UDP-GlcNAc:βGalβ-1,3-N-アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ5；フォン・ウィルブランド因子；v-aktマウスウイルス胸腺腫バイアル（vial）オンコジーンホモログ2；サイクリン依存性キナーゼ（cdc2様）10；オルソログマウス筋細胞誘導/分化オリジネーター；脳特異的血管形成インヒビター1；EGF-TM7ラトロフィリン関連タンパク質；セマドメイン；インテグリン、α5；マウスフィブロネクチンIII型の可能性のあるオルソログ；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；SSR4、TRAPD；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；インスリン様増殖因子結合タンパク質；白血病阻害因子；タンパク質チロシンホスファターゼ、I型非レセプター；およびHomo sapiens、クローンIMAGE:3908182、mRNA、部分cds。第1の脳組織試料における少なくとも1種の遺伝子の発現が、正常である第2の脳組織試料における少なくとも1種の遺伝子の発現と比較される。第2の組織試料と比較した、第1の脳組織試料中での少なくとも1種の遺伝子の発現の増加が、第1の脳組織試料を新生物である可能性があるとして同定する。
【０００９】
本発明の別の態様に従って、神経膠腫を治療する方法が提供される。神経膠腫の細胞は抗体と接触される。この抗体は、以下からなる群より選択されるタンパク質の細胞外エピトープに結合する：原形質膜結合タンパク質；KIAA0726遺伝子産物；オステオネクチン；ラミニン、α5；コラーゲン、IV型、α1；インスリン様増殖因子結合タンパク質7；Thy-1細胞表面抗原；ジスフェリン、肢帯筋ジストロフィー2B；インテグリン、α5；マトリックスメタロプロテイナーゼ9；Lutheran血液型；インテグリンク、α10；コラーゲン、VI型、α2；神経膠腫内皮マーカー1前駆体；ミトコンドリア内膜のトランスロカーゼ17ホモログA；ヘパラン硫酸プロテオグリカン2；アネキシンA2；マトリックスメタロプロテイナーゼ10；Gタンパク質共役レセプター；マトリックスメタロプロテイナーゼ14；溶質担体ファミリー29、メンバー1；CD59抗原p18-20；KIAA1870タンパク質；プレキシンB2；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、8；インテグリンβ4結合タンパク質；アセチルLDLレセプター；ラミニン、γ3；マクロファージ移動阻害因子；ギャップ結合タンパク質、α1、43kD；アクアポリン1；プロテアーゼ、セリン、11；コラーゲン、IV型、α2；アポリポタンパク質D；プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ；インスリン様増殖因子結合タンパク質3；Gタンパク質シグナル伝達のレギュレーター12；プロサポシン；ラミニン、α4；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、3結合タンパク質；グリコホリンC；B型エンドセリンレセプター；ビグリカン；膜貫通4スーパーファミリーメンバー2；リシルオキシダーゼ様2；TEKチロシンキナーゼ、内皮；インスリンレセプター；細胞膜糖タンパク質、110000M(r)；ジャグド1；原形質膜小胞結合タンパク質；TEM13、Thy-1細胞表面抗原；凝固因子II（トロンビン）レセプター様3；ジスフェリン、肢帯筋ジストロフィー2B（常染色体劣性）；セマドメイン膜貫通ドメイン（TM）、および細胞質ドメイン、（セマホリン）6B；インテグリン、α5（フィブロネクチンレセプター、αポリペプチド）；ラット液胞膜タンパク質1の可能性のあるオルソログ；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；変性精母細胞ホモログ、脂質デサチュラーゼ(Drosophila)；TEM1、エンドシアリン；ヘムオキシゲナーゼ（デサイクリング）1；Gタンパク質共役レセプター；C型（カルシウム依存性、炭水化物認識ドメイン）レクチン、スーパーファミリーメンバー9；マトリックスメタロプロテイナーゼ14（膜挿入）；溶質担体ファミリー29（ヌクレオシドトランスポーター）、メンバー1；マウス胚性上皮遺伝子1の可能性のあるオルソログ；主要組織適合複合体、クラスI、C；マウスフィブロネクチンIII型反復含有タンパク質1の可能性のあるオルソログ；新芽（Drosophila）ホモログ4；KIAA0620タンパク質；凝固因子III（トロンボプラスチン、組織因子）；アクアポリン1（チャンネル形成内在性タンパク質、28kD）；主要組織適合複合体、クラスI、B；リソソーム結合マルチスパニング膜タンパク質-5；B型エンドセリンレセプター；インスリンレセプター；補体成分1、q小成分、レセプター1；脳特異的血管形成インヒビター1；EGF-TM7ラトロフィリン関連タンパク質；セマドメイン；インテグリン、α5；マウスフィブロネクチンIII型の可能性のあるオルソログ；Lutheran血��型（Auberger b抗原含有）；SSR4、TRAPD；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；補体成分1、q小成分、レセプター1。神経膠腫の細胞の免疫破壊がそれによって引き起こされる。
【００１０】
本発明のなお別の態様に従って、試験化合物を潜在的な抗癌剤または抗神経膠腫剤として同定する方法が提供される。試験化合物は、以下からなる群より選択される少なくとも1種の遺伝子を発現する細胞と接触される：シグナル配列レセプター、δ（トランスロコン結合タンパク質δ）；DC2タンパク質；KIAA0404タンパク質；シンプレキン；Huntingtin相互作用タンパク質I；原形質膜小胞結合タンパク質；KIAA0726遺伝子産物；ラテキシンタンパク質；トランスフォーミング成長因子、β1；仮想タンパク質FLJ22215；Rag Cタンパク質；仮想タンパク質FLJ23471；N-ミリストイルトランスフェラーゼ1；仮想タンパク質dJ1181N3.1；リボソームタンパク質L27；分泌タンパク質、酸性、システインリッチ（オステオネクチン）；Hs 111988；Hs 112238；ラミニン、α5；β-ガラクトシダーゼの保護タンパク質（ガラクトシアリドーシス）；メラノーマ関連遺伝子；メラノーマ関連遺伝子；E3ユビキチンリガーゼSMURF1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；インスリン様増殖因子結合タンパク質7；完全コード配列を有するcDNAから推定される遺伝子；Thy-1細胞表面抗原；Hs 127824；GTP結合タンパク質2；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp586D0918（クローンDKFZp586D0918より）；皮膚T細胞リンパ腫関連腫瘍抗原se20-4；差次的に発現される核小体TGF-β1標的タンパク質（DENTT）；ジスフェリン、肢帯筋ジストロフィー2B（常染色体劣性）；スムーズリン；インテグリン、α5（フィブロネクチンレセプター、αポリペプチド）；推定の翻訳開始因子；レチノイン酸誘導14；マトリックスメタロプロテイナーゼ9（ゼラチナーゼB、92kDゼラチナーゼ、92kD IV型コラゲナーゼ）；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；スタニオカルシン2；核因子（赤血球由来2）様2；タンパク質チロシンホスファターゼ、非レセプター型1；インテグリン、α10；コラーゲン、VI型、α2；第21染色体オープンリーディングフレーム25；CDC37（細胞分裂周期37、出芽酵母(S. cerevisiae)、ホモログ）；Hs 16450；Rhoグアニンヌクレオチド交換因子（GEF）7；クレアチンキナーゼ、脳；仮想タンパク質FLJ10297；仮想タンパク質FLJ10350；TNF誘導タンパク質；腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリー、メンバー12（転座鎖結合膜タンパク質）；コフィリン1（非筋肉）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；v-etsニワトリ赤芽球症ウイルスE26オンコジーンホモログ1；プロテアーゼ、システイン、1（レグマイン）；リボソームタンパク質L13；第22染色体オープンリーディングフレーム5；ジンクフィンガータンパク質144（Mel-18）；変性精母細胞（ショウジョウバエ(Drosophila)ホモログ；脂質デサチュラーゼ）；真核生物翻訳開始因子2C、2；ミトコンドリアリボソームタンパク質L45；前立腺腫瘍過剰発現遺伝子1；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）1αサブ複合体、7（14.5kD、B14.5a）；神経膠腫内皮マーカー1前駆体；NS1-結合タンパク質；リボソームタンパク質L38；タフテリン相互作用タンパク質；HLAクラスII領域発現遺伝子KE2；ミトコンドリア内膜のトランスロカーゼ17ホモログA（酵母）；sudD（bimD6のサプレッサー、偽巣性コウジ菌(Aspergillus nidulans)）ホモログ；ヘパラン硫酸プロテオグリカン2（パーレカン）；SEC24（S. cerevisiae）関連遺伝子ファミリー、メンバーA；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質7（20kD）（NADH-コエンザイムQ還元酵素）；X染色体およびY染色体（固有）155発現配列上のDNAセグメント；アネキシンA2；Homo sapiensクローン24670 mRNA配列；仮想タンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ10（ストロメライシン2）；KIAA1049タンパク質；Gタンパク質共役レセプター；仮想タンパク質FLJ20401；マトリックスメタロプロテイナーゼ14（膜挿入）；KIAA0470遺伝子産物；溶質担体ファミリー29（ヌクレオシドトランスポーター）、メンバー1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；アポリポタンパク質C-I；グルタチオンペルオキシダーゼ4（リン脂質ヒドロペルオキシダーゼ）；Hs 272106；IGHMエンハンサー3に結合する転写因子；仮想タンパク質DKFZp762A227；仮想タンパク質FLJ22362；CD59抗原p18-20（モノクローナル抗体16.3A5、EJ16、EJ30、EL32、およびG344によって同定された抗原）；PRO0628タンパク質；細胞傷害性Tリンパ球によって認識されるメラノーマ関連抗原；LOC88745；Homo sapiens β-1,3-ガラクトシルトランスフェラーゼ-6（B3GALT6）mRNA、完全cds；新芽（Drosophila）ホモログ4；新芽（Drosophila）ホモログ4；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp434E1515（クローンDKFZp434E1515由来）；コアクトシン様タンパク質；仮想タンパク質FLJ21865；Hs296234；KIAA0685遺伝子産物；仮想タンパク質FLJ10980；リボソームタンパク質L10；リボソームタンパク質S19；Hs 299251；Huntingtin相互作用タンパク質K；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 50374；Hs 311780；Hs 212191；v-aktマウス胸腺腫ウイルスオンコジーンホモログ2；Hs 328774；スプリット2のトランスデューシン様エンハンサー、Drosophila E(sp1)のホモログ；KIAA1870タンパク質；リボソームタンパク質L10a；ペプチジルプロリルイソメラーゼA（サイクロフィリンA）；Hs 344224；仮想タンパク質FLJ23239；仮想タンパク質DKFZp761H221；KIAA1887タンパク質；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 701679；Homo sapiens cDNA FLJ30634 fis、クローンCTONG2002453；Homo sapiens cDNA FLJ32203 fis、クローンPLACE6003038、ジンクフィンガータンパク質84に少し類似する；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1035904；仮想タンパク質LOC57333；ミオシンID；プレキシンB2；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、8（ガレクチン8）；ダブルリングフィンガータンパク質、Dorfin；DKFZP434B168タンパク質；LIMドメイン結合2；インテグリンβ4結合タンパク質；シナプトポジン；Hs 54828；インスリン誘導性遺伝子1；アセチルLDLレセプター；SREC；除去修復交差相補齧歯類修復欠損、相補群1（重複アンチセンス配列を含む）；仮想タンパク質FLJ22329；シュワノミン相互作用タンパク質1；PTEN誘導性推定キナーゼ1；ミオシンX；Homo sapiens cDNA FLJ32424 fis、クローンSKMUS2000954、Homo sapiens F-ボックスタンパク質Fbx25（FBX25）97に中程度に類似する；ゴルジホスホタンパク質1；スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ6；ラミニン、γ3；システインリッチタンパク質2；U6 snRNA関連Sm様タンパク質LSm7；仮想タンパク質FLJ10707；Homo sapiens、RIKEN cDNA 2310012N15遺伝子に類似、クローンIMAGE:3342825、mRNA、部分cds；マクロファージ移動阻害因子（��リコシル化阻害因子）；ユビキノール-シトクロムc還元酵素ヒンジタンパク質；ギャップ結合タンパク質、α1、43kD（コネキシン43）；ジヒドロピリミジナーゼ様-3；アクアポリン1（チャンネル形成内在性タンパク質、28kD）；甲状腺において発現されるタンパク質；マクロファージミリストイル化アラニンリッチCキナーゼ基質；プロコラーゲン-リジン、2-オキソグルタル酸 5-ジオキシゲナーゼ（リジンヒドロキシラーゼ、VI型エーラース-ダンロー症候群）；プロテアーゼ、セリン、11（IGF結合）；24-デヒドロコレステロール還元酵素；コラーゲン、IV型、α2；プロフィリン1；アポリポタンパク質D；ヒアルロノグルコサミニダーゼ2；仮想タンパク質FLJ22678；クイエシンQ6；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ；インスリン様増殖因子結合タンパク質3；ウリジンホスホリラーゼ；KIAA0638タンパク質；B7ホモログ3；ラミンA/C；ラミンA/C；ラミンA/C；Gタンパク質シグナル伝達のレギュレーター12；プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）26Sサブユニット、非ATPase、8；Homo sapiens、RIKEN cDNA 5730528L13遺伝子に類似、クローンMGC:17337 IMAGE:4213591、mRNA、完全cds；プロサポシン（異型ゴーシェ病および異型異染性白質萎縮症）；ラミニン、α4；転写伸長因子A（SII）、1；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、3結合タンパク質；リボソームタンパク質S16；グリコホリンC（Gerbich血液型）；B型エンドセリンレセプター；セリン（またはシステイン）プロテイナーゼインヒビター、クレードE（ネキシン、プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1型）、メンバー1；ビグリカン；核内低分子リボヌクレオタンパク質ポリペプチドB"；膜貫通4スーパーファミリーメンバー2；TAF11 RNAポリメラーゼII、TATAボックス結合タンパク質（TBP）関連因子、28kD；リシルオキシダーゼ様2；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SOX4 SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；アクチン関連タンパク質2/3複合体、サブユニット2（34kD）；Homo sapiens cDNA:FLJ23507 fis、クローンLNG03128；仮想タンパク質FLJ12442；Fas（TNFRSF6）、デスドメインを介して結合；マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ11；TEKチロシンキナーゼ、内皮性（静脈形成異常、複数の皮膚性および粘膜性）；インスリンレセプター；細胞膜糖タンパク質、110000M(r)（表面抗原）；Homo sapiens cDNA FLJ11863 fis、クローンHEMBA1006926；ジャグド1（Alagille症候群）；KIAA0304遺伝子産物；プレB細胞白血病転写因子2；Homo sapiens cDNA FLJ31238 fis、クローンKIDNE2004864；p53誘導タンパク質；補体成分1、q小成分、レセプター1；補体成分1、q小成分、レセプター1；アポリポタンパク質E；ケモカイン(C-Cモチーフ)リガンド3；凝固因子II（トロンビン）レセプター様3；凝固因子III（トロンボプラスチン、組織因子）；コラーゲン、I型、α1；コラーゲン、III型、α1（IV型エーラース-ダンロー症候群、常染色体優性）；C型（カルシウム依存性、炭水化物認識ドメイン）レクチン、スーパーファミリーメンバー9；シスタチンC（アミロイド血管障害および脳出血）；小胞体結合タンパク質140kDa；EST；EST；EST、仮想タンパク質FLJ10350に高度に類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、ITB1_HUMANインテグリンβ-1前駆体（フィブロネクチンレセプターβサブユニット）（CD29）（インテグリンVLA-4βサブユニット）に高度に類似する[H.sapiens]；EST、仮想タンパク質FLJ20489に少し類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、T17346仮想タンパク質DKFZp586O1624.1-ヒト（断片）に少し類似する[H.sapiens]；EST、T21371仮想タンパク質F25H8.3-Caenorhabditis elegansに少し類似する[C.elegans]；真核生物翻訳開始因子4A、アイソフォーム1；ヘムオキシゲナーゼ（デサイクリング）1；ヘルマンスキー-パドラック症候群4型；Homo sapiens cDNA FLJ34888 fis、クローンNT2NE2017332；Homo sapiens cDNA FLJ39848 fis、クローンSPLEN2014669；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1977059；Homo sapiens、クローン IMAGE:4845226、mRNA；仮想タンパク質FLJ22329；仮想タンパク質FLJ32205；仮想タンパク質MGC4677；インヒビン、βB（アクチビンABβポリペプチド）；インスリン様増殖因子結合タンパク質5；ジャンクションプラコグロビン；KIAA0620タンパク質；KIAA0943タンパク質；ラット液胞膜タンパク質1の可能性のあるオルソログ；リソソーム結合マルチスパニング膜タンパク質-5；主要組織適合複合体、クラスI、B；主要組織適合複合体、クラスI、C；マトリックスGlaタンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ1（間質性コラゲナーゼ）；微小管結合タンパク質1軽鎖3β；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；リボソームタンパク質S9；リングフィンガータンパク質40；S100カルシウム結合タンパク質、β（神経性）；セマドメイン、膜貫通ドメイン（TM）、および細胞質ドメイン、（セマホリン）6B；SPARC様1（マスト9、ヘビン）；腫瘍壊死因子、α誘導タン
パク質3；UDP-Gal:βGlcNAcβ1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド3；UDP-GlcNAc:βGalβ-1,3-N-アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ5；フォン・ウィルブランド因子；v-aktマウスウイルス胸腺腫バイアル（vial）オンコジーンホモログ2；サイクリン依存性キナーゼ（cdc2様）10；オルソログマウス筋細胞誘導/分化オリジネーター；脳特異的血管形成インヒビター1；EGF-TM7ラトロフィリン関連タンパク質；セマドメイン；インテグリン、α5；マウスフィブロネクチンIII型の可能性のあるオルソログ；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；SSR4、TRAPD；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；インスリン様増殖因子結合タンパク質；白血病阻害因子；タンパク質チロシンホスファターゼ、I型非レセプター；およびHomo sapiens、クローンIMAGE:3908182、mRNA、部分cds。少なくとも1種の遺伝子の発現産物がモニターされる。試験化合物は、それが少なくとも1種の遺伝子の発現を減少させる場合に潜在的な抗癌剤として同定される。
【００１１】
本発明のさらに別の態様に従って、神経膠腫を診断する際に補助するための方法が提供される。新生物であると疑われる第1の脳組織試料中で少なくとも1種の遺伝子のmRNAが検出される。この少なくとも1種の遺伝子は、配列番号:1〜32からなる群より選択されるタグによって同定される。第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現は、正常である第2の脳組織中の少なくとも1種の発現と比較される。第2の脳組織試料と比較した第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現の増加が見い出された場合に、第1の脳組織試料を新生物である可能性があると同定する。
【００１２】
本発明の別の態様は、試験化合物を潜在的な抗癌剤または抗神経膠腫剤として同定する方法である。試験化合物は細胞と接触される。この細胞は、配列番号:1〜32からなる群より選択されるタグによって同定された少なくとも1種の遺伝子のmRNAを発現する。少なくとも1種の遺伝子のmRNAがモニターされる。試験化合物は、それが少なくとも1種の遺伝子の発現を減少させる場合に潜在的な抗癌剤として同定される。
【００１３】
本発明のなお別の態様は、神経膠腫に対して免疫応答を誘導するための方法である。タンパク質またはタンパク質をコードする核酸が、哺乳動物、好ましくはヒトに投与される。このタンパク質は、以下からなる群より選択される：シグナル配列レセプター、δ（トランスロコン結合タンパク質δ）；DC2タンパク質；KIAA0404タンパク質；シンプレキン；Huntingtin相互作用タンパク質I；原形質膜小胞結合タンパク質；KIAA0726遺伝子産物；ラテキシンタンパク質；トランスフォーミング成長因子、β1；仮想タンパク質FLJ22215；Rag Cタンパク質；仮想タンパク質FLJ23471；N-ミリストイルトランスフェラーゼ1；仮想タンパク質dJ1181N3.1；リボソームタンパク質L27；分泌タンパク質、酸性、システインリッチ（オステオネクチン）；Hs 111988；Hs 112238；ラミニン、α5；β-ガラクトシダーゼの保護タンパク質（ガラクトシアリドーシス）；メラノーマ関連遺伝子；メラノーマ関連遺伝子；E3ユビキチンリガーゼSMURF1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；インスリン様増殖因子結合タンパク質7；完全コード配列を有するcDNAから推定される遺伝子；Thy-1細胞表面抗原；Hs 127824；GTP結合タンパク質2；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp586D0918（クローンDKFZp586D0918より）；皮膚T細胞リンパ腫関連腫瘍抗原se20-4；差次的に発現される核小体TGF-β1標的タンパク質（DENTT）；ジスフェリン、肢帯筋ジストロフィー2B（常染色体劣性）；スムーズリン；インテグリン、α5（フィブロネクチンレセプター、αポリペプチド）；推定の翻訳開始因子；レチノイン酸誘導14；マトリックスメタロプロテイナーゼ9（ゼラチナーゼB、92kDゼラチナーゼ、92kD IV型コラゲナーゼ）；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；スタニオカルシン2；核因子（赤血球由来2）様2；タンパク質チロシンホスファターゼ、非レセプター型1；インテグリン、α10；コラーゲン、VI型、α2；第21染色体オープンリーディングフレーム25；CDC37（細胞分裂周期37、出芽酵母(S. cerevisiae)、ホモログ）；Hs 16450；Rhoグアニンヌクレオチド交換因子（GEF）7；クレアチンキナーゼ、脳；仮想タンパク質FLJ10297；仮想タンパク質FLJ10350；TNF誘導タンパク質；腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリー、メンバー12（転座鎖結合膜タンパク質）；コフィリン1（非筋肉）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；v-etsニワトリ赤芽球症ウイルスE26オンコジーンホモログ1；プロテアーゼ、システイン、1（レグマイン）；リボソームタンパク質L13；第22染色体オープンリーディングフレーム5；ジンクフィンガータンパク質144（Mel-18）；変性精母細胞（ショウジョウバエ(Drosophila)ホモログ；脂質デサチュラーゼ）；真核生物翻訳開始因子2C、2；ミトコンドリアリボソームタンパク質L45；前立腺腫瘍過剰発現遺伝子1；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）1αサブ複合体、7（14.5kD、B14.5a）；神経膠腫内皮マーカー1前駆体；NS1-結合タンパク質；リボソームタンパク質L38；タフテリン相互作用タンパク質；HLAクラスII領域発現遺伝子KE2；ミトコンドリア内膜のトランスロカーゼ17ホモログA（酵母）；sudD（bimD6のサプレッサー、偽巣性コウジ菌(Aspergillus nidulans)）ホモログ���ヘパラン硫酸プロテオグリカン2（パーレカン）；SEC24（S. cerevisiae）関連遺伝子ファミリー、メンバーA；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質7（20kD）（NADH-コエンザイムQ還元酵素）；X染色体およびY染色体（固有）155発現配列上のDNAセグメント；アネキシンA2；Homo sapiensクローン24670 mRNA配列；仮想タンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ10（ストロメライシン2）；KIAA1049タンパク質；Gタンパク質共役レセプター；仮想タンパク質FLJ20401；マトリックスメタロプロテイナーゼ14（膜挿入）；KIAA0470遺伝子産物；溶質担体ファミリー29（ヌクレオシドトランスポーター）、メンバー1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；アポリポタンパク質C-I；グルタチオンペルオキシダーゼ4（リン脂質ヒドロペルオキシダーゼ）；Hs 272106；IGHMエンハンサー3に結合する転写因子；仮想タンパク質DKFZp762A227；仮想タンパク質FLJ22362；CD59抗原p18-20（モノクローナル抗体16.3A5、EJ16、EJ30、EL32、およびG344によって同定された抗原）；PRO0628タンパク質；細胞傷害性Tリンパ球によって認識されるメラノーマ関連抗原；LOC88745；Homo sapiens β-1,3-ガラクトシルトランスフェラーゼ-6（B3GALT6）mRNA、完全cds；新芽（Drosophila）ホモログ4；新芽（Drosophila）ホモログ4；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp434E1515（クローンDKFZp434E1515由来）；コアクトシン様タンパク質；仮想タンパク質FLJ21865；Hs296234；KIAA0685遺伝子産物；仮想タンパク質FLJ10980；リボソームタンパク質L10；リボソームタンパク質S19；Hs 299251；Huntingtin相互作用タンパク質K；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 50374；Hs 311780；Hs 212191；v-aktマウス胸腺腫ウイルスオンコジーンホモログ2；Hs 328774；スプリット2のトランスデューシン様エンハンサー、Drosophila E(sp1)のホモログ；KIAA1870タンパク質；リボソームタンパク質L10a；ペプチジルプロリルイソメラーゼA（サイクロフィリンA）；Hs 344224；仮想タンパク質FLJ23239；仮想タンパク質DKFZp761H221；KIAA1887タンパク質；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 701679；Homo sapiens cDNA FLJ30634 fis、クローンCTONG2002453；Homo sapiens cDNA FLJ32203 fis、クローンPLACE6003038、ジンクフィンガータンパク質84に少し類似する；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1035904；仮想タンパク質LOC57333；ミオシンID；プレキシンB2；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、8（ガレクチン8）；ダブルリングフィンガータンパク質、Dorfin；DKFZP434B168タンパク質；LIMドメイン結合2；インテグリンβ4結合タンパク質；シナプトポジン；Hs 54828；インスリン誘導性遺伝子1；アセチルLDLレセプター；SREC；除去修復交差相補齧歯類修復欠損、相補群1（重複アンチセンス配列を含む）；仮想タンパク質FLJ22329；シュワノミン相互作用タンパク質1；PTEN誘導性推定キナーゼ1；ミオシンX；Homo sapiens cDNA FLJ32424 fis、クローンSKMUS2000954、Homo sapiens F-ボックスタンパク質Fbx25（FBX25）97に中程度に類似する；ゴルジホスホタンパク質1；スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ6；ラミニン、γ3；システインリッチタンパク質2；U6 snRNA関連Sm様タンパク質LSm7；仮想タンパク質FLJ10707；Homo sapiens、RIKEN cDNA 2310012N15遺伝子に類似、クローンIMAGE:3342825、mRNA、部分cds；マクロファージ移動阻害因子（グリコシル化阻害因子）；ユビキノール-シトクロムc還元酵素ヒンジタンパク質；ギャップ結合タンパク質、α1、43kD（コネキシン43）；ジヒドロピリミジナーゼ様-3；アクアポリン1（チャンネル形成内在性タンパク質、28kD）；甲状腺において発現されるタンパク質；マクロファージミリストイル化アラニンリッチCキナーゼ基質；プロコラーゲン-リジン、2-オキソグルタル酸 5-ジオキシゲナーゼ（リジンヒドロキシラーゼ、VI型エーラース-ダンロー症候群）；プロテアーゼ、セリン、11（IGF結合）；24-デヒドロコレステロール還元酵素；コラーゲン、IV型、α2；プロフィリン1；アポリポタンパク質D；ヒアルロノグルコサミニダーゼ2；仮想タンパク質FLJ22678；クイエシンQ6；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ；インスリン様増殖因子結合タンパク質3；ウリジンホスホリラーゼ；KIAA0638タンパク質；B7ホモログ3；ラミンA/C；ラミンA/C；ラミンA/C；Gタンパク質シグナル伝達のレギュレーター12；プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）26Sサブユニット、非ATPase、8；Homo sapiens、RIKEN cDNA 5730528L13遺伝子に類似、クローンMGC:17337 IMAGE:4213591、mRNA、完全cds；プロサポシン（異型ゴーシェ病および異型異染性白質萎縮症）；ラミニン、α4；転写伸長因子A（SII）、1；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、3結合タンパク質；リボソームタンパク質S16；グリコホリンC（Gerbich血液型）；B型エンドセリンレセプター；セリン（またはシステイン）プロテイナーゼインヒビター、クレードE（ネキシン、プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1型）、メンバー1；ビグリカン；核内低分子リボヌクレオタンパク質ポリペプチドB"；膜貫通4スーパーファミリーメンバー2；TAF11 RNAポリメラーゼII、TATAボックス結合タンパク質（TBP）関連因子、28kD；リシルオキシダーゼ様2；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SOX4 SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；アクチン関連タンパク質2/3複合体、サブユニット2（34kD）；Homo sapiens cDNA:FLJ23507 fis、クローンLNG03128；仮想タンパク質FLJ12442；Fas（TNFRSF6）、デスドメインを介して結合；マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ11；TEKチロシンキナーゼ、内皮性（静脈形成異常、複数の皮膚性および粘膜性）；インスリンレセプター；細胞膜糖タンパク質、110000M(r)（表面抗原）；Homo sapiens cDNA FLJ11863 fis、クローンHEMBA1006926；ジャグド1（Alagille症候群）；KIAA0304遺伝子産物；プレB細胞白血病転写因子2；Homo sapiens cDNA FLJ31238 fis、クローンKIDNE2004864；p53誘導タンパク質；補体成分1、q小成分、レセプター1；補体成分1、q小成分、レセプター1；アポリポタンパク質E；ケモカイン(C-Cモチーフ)リガンド3；凝固因子II（トロンビン）レセプター様3；凝固因子III（トロンボプラスチン、組織因子）；コラーゲン、I型、α1；コラーゲン、III型、α1（IV型エーラース-ダンロー症候群、常染色体優性）；C型（カルシウム依存性、炭水化物認識ドメイン）レクチン、スーパーファミリーメンバー9；シスタチンC（アミロイド血管障害および脳出血）；小胞体結合タンパク質140kDa；EST；EST；EST、仮想タンパク質FLJ10350に高度に類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、ITB1_HUMANインテグリンβ-1前駆体（フィブロネクチ���レセプターβサブユニット）（CD29）（インテグリンVLA-4βサブユニット）に高度に類似する[H.sapiens]；EST、仮想タンパク質FLJ20489に少し類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、T17346仮想タンパク質DKFZp586O1624.1-ヒト（断片）に少し類似する[H.sapiens]；EST、T21371仮想タンパク質F25H8.3-Caenorhabditis elegansに少し類似する[C.elegans]；真核生物翻訳開始因子4A、アイソフォーム1；ヘムオキシゲナーゼ（デサイクリング）1；ヘルマンスキー-パドラック症候群4型；Homo sapiens cDNA FLJ34888 fis、クローンNT2NE2017332；Homo sapiens cDNA FLJ39848 fis、クローンSPLEN2014669；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1977059；Homo sapiens、クローン IMAGE:4845226、mRNA；仮想タンパク質FLJ22329；仮想タンパク質FLJ32205；仮想タンパク質MGC4677；インヒビン、βB（アクチビンABβポリペプチド）；インスリン様増殖因子結合タンパク質5；ジャンクションプラコグロビン；KIAA0620タンパク質；KIAA0943タンパク質；ラット液胞膜タンパク質1の可能性のあるオルソログ；リソソーム結合マルチスパニング膜タンパク質-5；主要組織適合複合体、クラスI、B；主要組織適合複合体、クラスI、C；マトリックスGlaタンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ1（間質性コラゲナーゼ）；微小管結合タンパク質1軽鎖3β；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；リボソームタンパク質S9；リングフィンガータンパク質40；S100カルシウム結合タンパク質、β（神経性）；セマドメイン、膜貫通ドメイン（TM）、および細胞質ドメイン、（セマホリン）6B；SPARC様1（マスト9、ヘビン）；腫瘍壊死因子
、α誘導タンパク質3；UDP-Gal:βGlcNAcβ1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペプチド3；UDP-GlcNAc:βGalβ-1,3-N-アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ5；フォン・ウィルブランド因子；v-aktマウスウイルス胸腺腫バイアル（vial）オンコジーンホモログ2；サイクリン依存性キナーゼ（cdc2様）10；オルソログマウス筋細胞誘導/分化オリジネーター；脳特異的血管形成インヒビター1；EGF-TM7ラトロフィリン関連タンパク質；セマドメイン；インテグリン、α5；マウスフィブロネクチンIII型の可能性のあるオルソログ；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；SSR4、TRAPD；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；インスリン様増殖因子結合タンパク質；白血病阻害因子；タンパク質チロシンホスファターゼ、I型非レセプター；およびHomo sapiens、クローンIMAGE:3908182、mRNA、部分cds。それによってタンパク質に対する免疫応答が誘導される。
【００１４】
従って、本発明は、神経膠腫および他の脳腫瘍を診断および治療する方法を当該分野に提供する。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
（発明の詳細な説明）
SAGE（Serial Analysis of Gene Expression、遺伝子発現の連続的分析）プロファイリングを使用して、本研究は、増殖しない内皮細胞と病的な内皮細胞との間を区別する以前には認識されていなかった血管形成特異的マーカーを同定することができた。本発明者らは、正常な脳内皮におけるよりも脳腫瘍内皮中で有意に高いレベルで発現された255個のヒト遺伝子を同定した。表1を参照されたい。本発明者らは、これらのマーカーをGEM（glioma endothelial marker、神経膠腫内皮マーカー）と名付けた。いずれかの表に開示されているいくつかのGEMは、当業者の裁量に従って本発明の方法において使用され得る。
【００１６】
ECは、正常組織または腫瘍組織中での全体の細胞のマイナーな画分のみを表し、より高いレベルで発現されたEC転写物のみが分画されていない組織から構築されたライブラリー中で表されることが期待される。それゆえに、現在の研究において記載される遺伝子は、未来におけるヒト脳血管形成の基礎的および臨床的な研究のための価値ある資源を提供する。正常脳内皮細胞におけるよりも神経膠腫内皮細胞においてより多く発現されると同定された遺伝子（GEM）には、配列番号:1〜32において示されるタグに相当するものが含まれる。これらのタグは、アンカー酵素として使用された制限酵素NlaIIIについての最も3'の制限エンドヌクレアーゼ部位の3'であるcDNAのセグメントに相当する。示されるタグはmRNAと同じ鎖である。他のこのような遺伝子は表1および2に列挙される。
【００１７】
（表１）
2010284161.tif 000002
2010284161.tif 000003
2010284161.tif 000004
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2010284161.tif 000009
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【００１８】
（表２）
2010284161.tif 000011
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【００１９】
本発明に従う単離および精製された核酸は、それらがヒトゲノム中で連結された遺伝子には連結されていない核酸である。さらに、それらは、別個の遺伝子から区別される多数の配列を含むライブラリーのような混合物中には存在しない。しかし、それらは、それらが天然には隣接しないベクター配列または他の遺伝子の配列のような他の遺伝子に連結され得る。本明細書中に開始されたタグは、それらが作製された方法のために、SAGEタグを生成するために使用されたタグ酵素についての3'の大部分の制限酵素認識部位の3'である配列を表す。この場合において、タグはmRNAに相当するcDNA分子中の最も3'の大部分のNlaIII部位の3'である。タグに対応する核酸は、例えば、RNA、cDNA、またはゲノムDNAであり得る。このような対応する核酸は、配列同一性を決定するための配列データベースに対する比較によって決定され得る。配列比較は、National Library of Medicine, National Center for Biotechnology Informationから利用可能なBLASTのような任意の利用可能な技術を使用して行われ得る。タグはまた、それらが由来する遺伝子を同定するためにゲノムまたはcDNAのライブラリーに対するハイブリダイゼーションプローブとして使用され得る。従って、配列比較またはクローニング、またはこれらの方法の組み合わせを使用して、当業者は、全長核酸配列を入手し得る。タグに対応する遺伝子は、コード配列または3'非翻訳領域（UTR）の3'末端、タグを作製するために使用された制限エンドヌクレアーゼについてのcDNA中の最も3'の認識部位の3'でタグの配列を含む。核酸配列は、センス鎖またはアンチセンス鎖のいずれかを表し得る。核酸およびタンパク質は特定の配列を伴って本明細書中で開示されたが、単一の個体に由来し得る。ヒトの集団中に存在する対立遺伝子改変体は、このような核酸およびタンパク質の範囲内に含まれる。当業者は、同じ遺伝子またはタンパク質であるとして対立遺伝子改変体を十分に同定することができる。核酸が与えられれば、当業者は容易に存在するオープンリーディングフレームを、および結果的にそのオープンリーディングフレームによってコードされるポリペプチドの配列を決定することができ、そして当該分野において周知の技術を使用して、適切な宿主中でこのようなタンパク質を発現することができる。このようなポリペプチドを含むタンパク質は、天然に存在するタンパク質、ヒトまたは他の種由来の他の遺伝子からの外因性配列を含む融合タンパク質、エピトープタグ化ポリペプチドなどであり得る。単離および精製されたタンパク質は細胞中になく、核酸、脂質などのような通常の細胞構成成分から分離されている。代表的には、タンパク質は、それがタンパク質の優勢な種を含むような程度まで、例えば、存在するタンパク質の50%、60%、70%、80%、90%、または95%さえよりも高くまで精製される。
【００２０】
本発明に従うタンパク質を使用して、当業者は、タンパク質に特異的に結合する抗体を容易に産生し得る。このような抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルであり得る。これらは、キメラ抗体、ヒト化抗体、または全体としてヒト抗体であり得る。Fab、Fab'、Fab2、Fab'2、および単鎖可変領域を含む、抗体の任意の機能的フラグメントまたは誘導体が使用され得る。フラグメントまたは誘導体が内皮マーカータンパク質についての結合の特異性を保持する限り、それは使用され得る。抗体は、所定の一連の条件下での関連性のない抗原または抗原の混合物への結合に対して適切な抗原への結合を比較することによって結合の特異性について試験され得る。抗体が、関連性のない抗原または抗原の混合物よりも適切な抗原に少なくとも2倍、5倍、7倍、および好ましくは10倍結合するならば、これは特異的であると見なされる。
【００２１】
このような部分的なヒト抗体から完全なヒト抗体までを作製するための技術は当該分野において公知であり、任意のそのような技術が使用され得る。1つの特に好ましい態様に従って、完全なヒト抗体配列は、ヒト重鎖抗体遺伝子およびヒト軽鎖抗体遺伝子を発現するように操作されたトランスジェニックマウスにおいて作製される。異なるクラスの抗体を産生し得るこのようなトランスジェニックマウスの複数の系統が作製され得る。所望の抗体を産生するトランスジェニックマウスからのB細胞は、所望の抗体の継続的な産生のためのハイブリドーマ細胞株を作製するために融合され得る。例えば、以下を参照されたい：
2010284161.tif 000018
2010284161.tif 000019
2010284161.tif 000020
【００２２】
抗体はまた、ファージディスプレイ技術を使用して作製され得る。このような技術は最初の抗体を単離するために、または変化した特異性または結合活性特性を有する改変体を生成するために使用され得る。単鎖Fvもまた、好都合に使用され得る。これらは、所望される場合、ワクチン投与されたトランスジェニックマウスから作製され得る。抗体は、細胞培養、ファージ、または種々の動物（雌ウシ、ウサギ、ヤギ、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ヒツジ、イヌ、ネコ、サル、チンパンジー、類人猿を含むがこれらに限定されない）中で産生され得る。
【００２３】
抗体は、放射性原子、発色団、蛍光団などのような検出可能な部分で標識され得る。このような標識された抗体は、インビボまたは単離された試験試料のいずれかにおいて、診断的技術のために使用され得る。抗体はまた、例えば、化学療法剤または毒素のような薬学的剤に結合体化され得る。これらは、サイトカイン、リガンド、別の抗体に結合され得る。抗腫瘍効果を達成するために抗体に結合するための適切な薬剤には、インターロイキン2（IL-2）および腫瘍壊死因子（TNF）のようなサイトカイン；光線力学的治療における使用のための光増感剤（アルミニウム(III)フタロシアニンテトラスルホネート、ヘマトポルフィリン、およびフタロシアニンを含む）；ヨウ素-131（131I）、イットリウム-90（90Y）、ビスマス-212（212Bi）、ビスマス-213（213Bi）、テクネチウム-99m（99mTc）、レニウム-186（186Re）、およびレニウム-188（188Re）のような放射性核種；ドキソルビシン、アドリアマイシン、ダウノルビシン、メトトレキサート、ダウノマイシン、ネオカルチノスタチン、およびカルボプラチンのような抗生物質；ジフテリア毒素、pseudomonas外毒素A、staphylococcalエンテロトキシンA、abrin-A毒素、リシンA（脱グリコシル化リシンAおよび未変性リシンA）、TGFα毒素、チャイニーズコブラ（naja naja atra）由来のサイトトキシン、およびゲロニン（植物毒素）のような細菌、植物、および他の毒素；レストリクトシン（Aspergillus restrictusによって産生されるリボソーム不活性化タンパク質）、サポリン（Saponaria officinalisからのリボソーム不活性化タンパク質）、およびRNaseのような植物、細菌、および真菌からのリボソーム不活性化タンパク質；チロシンキナーゼインヒビター；ly207702（2フッ素化プリンヌクレオチド）；抗腫瘍剤を含むリポソーム（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、毒素、メトトレキサートなどをコードするプラスミド）；および他の抗体または抗体フラグメント（例えば、F(ab)）が含まれる。
【００２４】
当業者は、それらが当該分野において周知であるので、このような抗体誘導体を容易に理解しかつ作製することができる。この抗体は、それら自体上で細胞傷害性であり得、またはこれらは身体の特定の位置に細胞傷害性薬剤を送達するために使用され得る。抗体は、受動免疫の形態としての必要に応じて個体に投与され得る。
【００２５】
タンパク質配列からの細胞表面についての細胞外領域および分泌タンパク質の特徴付けは、シグナル配列、膜貫通ドメイン、および機能的ドメインの予測に基づく。抗体は、好ましくは、膜結合タンパク質と免疫反応性であり、特にそのようなタンパク質の細胞外ドメインに、または分泌タンパク質に対してであり得る。このような標的は、細胞または核の内部への接近を代表的には有しない抗体に対して容易に接近可能である。しかし、いくつかの適用において、細胞内タンパク質に指向された抗体が同様に有用であり得る。さらに、診断目的のために、細胞内タンパク質は等しく良好な標的であり得る。なぜなら、細胞溶解物が全細胞アッセイよりもむしろ使用され得るからである。
【００２６】
コンピュータプログラムが、その配列が未知であるタンパク質の細胞外ドメインを同定するために使用され得る。そのようなプログラムには、SMARTソフトウェア（Schultzら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 : 5857-5864, 1998)および Pfamソフトウェア（BaGEManら、Nucleic acids Res. 28 : 263-266,2000) ならびにPSORTIIが含まれる。代表的には、そのようなプログラムは膜貫通ドメインを同定し；細胞外ドメインは膜貫通ドメインにじかに隣接すると同定される。細胞外ドメインおよびシグナル切断部位の予測は近似的にすぎない。これは、+5残基または-5残基の誤差の限界を有し得る。シグナル配列は、より高い正確さのために3つの異なる方法を使用して予測され得る（Nielsenら、Protein Engineering 10: 1-6,1997、 Jaglaら、Bioinformatics 16: 245-250,2000, Nakai, KおよびHorton, P. Trends in Biochem. Sci. 24: 34-35,1999)。同様に、膜貫通（TM）ドメインは複数の予測方法によって同定され得る（Pasquierら、Protein Eng. 12: 381-385,1999, Sonnhammerら、Proc. of Sixth Int. Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology, 175-182頁, J. Glasgow, T. Littlejohn, F. Major, R. Lathrop, D. Sankoff, and C. Sensen Menlo Park, CA編: AAAI Press, 1998, Kleinら、Biochim. Biophys. Acta, 815: 468,1985, NakaiおよびKanehisa Genomics, 14: 897-911,1992）。不明瞭な場合において、十分に特徴付けられたタンパク質中の機能的ドメインの位置が、細胞局在化を割り当てるためのガイドとして使用される。
【００２７】
新規なタンパク質の推定の機能または機能ドメインは、BLAST検索 (Altschulら、Nucleic Acid Res. 25: 3389-3402,1997) によって、ならびに/またはPfam(BaGEManら、Nucleic Acids Res. 27: 260-262 1999) 、BLOCKS (Henikoffら、Nucl. Acids Res. 28: 228- 230,2000)、およびSMART (Pontingら、Nucleic Acid Res. 27,229-232, 1999) のような保存性ドメインデータベースから、同定されたデータベース中の相同領域から推測され得る。細胞外ドメインには、単一の膜貫通ドメインタンパク質（アウト-インまたはI型クラス）中の膜貫通ドメインに隣接する領域が含まれる。複数の膜貫通ドメインタンパク質について、細胞外ドメインはまた、2つの隣接する膜貫通ドメイン（イン-アウトおよびアウト-イン）の間の領域を含む。N末端領域が細胞質性であるII型膜貫通ドメインについては、膜貫通ドメインの後の領域は一般的に細胞外である。他方、分泌されたタンパク質は膜貫通ドメインを有さず、それゆえに、全体のタンパク質が細胞外と見なされる。
【００２８】
膜結合タンパク質は膜貫通ドメインを欠失するように操作され得、従って、リガンドに結合し得る細胞外部分を遊離させる。このような可溶性型の膜貫通レセプタータンパク質は、リガンドへの結合のための天然型と競合させるために使用され得る。従って、このような可溶性型はインヒビターとして機能し、抗血管形成剤として治療的に、天然のリガンドの定量のための診断ツールとして、およびGEM:リガンド複合体の活性を調節または模倣する低分子の同定のためのアッセイにおいて使用され得る。
【００２９】
代替的には、内皮マーカーそれ自体がワクチン投与された動物またはヒトにおける免疫応答を惹起するためのワクチンとして使用され得る。このような使用のために、関心対象の細胞内、細胞外、または分泌性のGEMに対応するタンパク質またはこのようなタンパク質の免疫原性フラグメントが被験体に投与される。免疫原性薬剤は精製された調製物として、または適切に発現された細胞中で提供され得る。投与は、被験体に対する免疫原性薬剤の送達によって直接的であり得るか、または、被験体中で関心対象の免疫原性薬剤の発現を生じる条件下での免疫原性薬剤をコードする核酸の送達を通して間接的であり得る。関心対象のGEMは、神経膠腫内皮細胞の精製された集団または融合された神経膠腫内皮細胞および樹状細胞の集団のような発現細胞中で送達され得る。関心対象のGEMをコードする核酸はウイルス性または非ウイルス性の送達ベクターまたはビヒクル中で送達され得る。関心対象のヒトGEMまたは他の哺乳動物ホモログをコードする非ヒト配列が、ヒト被験体中の所望の免疫応答を誘導するために使用され得る。本発明のGEMのいくつかについては、マウス、ラット、または他のオルソログ配列が本明細書中で記載されるか、または、文献からもしくは当該分野に十分にある技術を使用して入手され得る。
【００３０】
内皮細胞特異的であると本明細書に開示されているマーカーを使用して内皮細胞が同定され得る。これらには、配列番号:1-510によって同定されるヒトマーカーが含まれる。これらのマーカーに対して特異的な抗体は、抗体をいくつかの内皮細胞を含む細胞の集団と接触させることによって、このような細胞を同定するために使用され得る。抗体と交差反応性の物質の存在は、特定の細胞を内皮性であると同定する。同様に、細胞の溶解物は、交差反応性物質の存在について試験され得る。交差反応性物質を検出するための任意の公知の様式または技術が使用され得、これには、イムノブロット、ラジオイムノアッセイ、ELISA、免疫沈降、および免疫組織化学が含まれる。さらに、これらのマーカーのための核酸プローブもまた、内皮細胞を同定するために使用され得る。ノーザンブロッティング、RT-PCR、マイクロアッセイ、ハイブリダイゼーション、およびインサイチューハイブリダイゼーションを含む、当該分野において公知のハイブリダイゼーション技術が使用され得る。
【００３１】
1種または複数のGEMを含むことが疑われる細胞を試験して、診断目的のために神経膠腫内皮細胞を同定し得る。被験体の組織と身体の両方を試験し得る。例えば、細胞内および膜結合GEMの証明のため、ならびに分泌されたGEMのために、患者の血液を試験し得る。細胞内および/または膜結合GEMは、これらの因子の高レベル発現の結果として、および/またはGEMを発現する細胞の溶解を通して、体液中に存在し得る。
【００３２】
種々の型の内皮細胞の集団がまた、本発明の内皮マーカーに対する抗体を使用して作製され得る。この抗体は、蛍光活性化セルソーティングを含むがこれに限定されない、当該分野で公知の任意の技術に従って細胞集団を精製するために使用され得る。このような技術は、正常、腫瘍、または汎内皮的であるかに関わらず、少なくとも50%、60%、70%、80%、90%、92%、95%、96%、97%、98%、および99%でさえの所望される内皮細胞である集団の単離を可能にする。抗体は、このような集団をポジティブに選択するのとネガティブに選択するのの両方のために使用され得る。好ましくは、適切なマーカーの少なくとも1%、5%、10%、15%、20%、または25%が内皮細胞集団によって発現される。
【００３３】
本明細書中に記載されるように作製された内皮細胞の集団は、腫瘍の血管構造の増殖を阻害することによって、腫瘍の増殖を阻害することに適切な因子を同定するための薬物をスクリーニングするために使用され得る。
【００３４】
本明細書中に記載されるように作製された内皮細胞の集団は、腫瘍の血管系の増殖を阻害することによって、腫瘍もしくは他の望ましくない血管構造の増殖を阻害すること、または代替的には、内皮細胞の増殖を促進し、および従って、新規なもしくはさらなる大きな血管もしくは微小血管構造を刺激することのような、血管形成を調節することに適切なものを同定するための候補薬物をスクリーニングするために使用され得る。
【００３５】
内皮細胞の増殖を阻害することは、対照系と比較した場合に、すでに存在している血管構造の退化、または処理した系における新規な血管新生の発生の遅延化もしくは非存在のいずれかを意味する。内皮細胞の増殖を刺激することによって、新規な血管構造の発生（新血管形成）またはさらなる血管構造の発生（血管再生）に影響を与え得る。所定の候補薬物の血管形成特性および/または抗血管形成特性を試験するための種々のモデルスクリーニング系が利用可能である。典型的な試験には、増殖、移動、分化、および/または所定の候補薬物の細胞内相互作用のような内皮細胞応答を測定するアッセイが含まれる。このような試験によって、試験刺激のシグナルおよび効果を研究し得る。いくつかの一般的なスクリーニングには、ヘパラナーゼの阻害の測定、Matrigel上での内皮管形成、内皮細胞の引っ掻き傷誘導性運動性、血小板由来成長因子によって駆動される血管平滑筋細胞の増殖、および大動脈環アッセイ（これは1種のみの細胞型よりも毛細血管形成の利点を提供する）の測定が含まれる。
【００３６】
薬物は、腫瘍内皮細胞および/または内皮細胞の増殖を、模倣または調節、阻害または刺激する能力についてスクリーニングし得る。薬物は、腫瘍内皮増殖を阻害するが正常な内皮の増殖または生存を阻害しない能力についてスクリーニングされ得る。同様に、ヒト細胞集団、例えば、正常な内皮集団または神経膠腫内皮細胞集団が、試験物質と接触され得、神経膠腫内皮マーカーおよび/または正常な内皮マーカーの発現が決定される。神経膠腫内皮マーカー（GEM）の発現を減少させる試験物質は、血管形成および腫瘍の増殖を阻害するための候補である。GEMの活性が既知である場合において、薬剤は活性を減少または増加させるそれらの能力についてスクリーニングされ得る。
【００３７】
膜貫通領域を含むと同定された神経膠腫内皮マーカーについて、細胞表面で見い出されたGEMレセプターに結合することができる薬物候補を同定することが所望される。いくつかの応用のために、そのネイティブなリガンドからのGEMレセプターをブロックすることができる薬物候補の同定が所望される。いくつかの応用のために、GEMレセプターに結合することができる薬物候補の同定は、治療薬剤または診断薬剤を送達するための手段として使用され得る。他の応用のために、ネイティブなリガンドの活性を模倣することができる薬物候補の同定が所望される。従って、膜貫通GEMレセプター:リガンド複合体の結合を操作することによって、さらなる内皮細胞の発生、およびそれゆえに血管新生を促進または阻害することができ得る。
【００３８】
分泌タンパク質であると同定された神経膠腫内皮マーカーについては、分泌されたGEMタンパク質に結合することができる薬物候補を同定することが所望される。いくつかの応用のために、分泌されたGEMの結合を妨害することができる薬物候補の同定は、ネイティブなレセプターである。他の適用のために、ネイティブなレセプターの活性を模倣することができる薬物候補の同定が所望される。従って、分泌されたGEM:レセプター複合体の結合を操作することによって、内皮細胞のさらなる発生、およびそれゆえに血管新生を促進または阻害することができ得る。
【００３９】
任意の便利な方法に従って発現がモニターされ得る。タンパク質またはmRNAがモニターされ得る。特定の遺伝子発現をモニターするために当該分野において公知の任意の技術が使用され得、これらには、ELISA、SAGE、マイクロアレイハイブリダイゼーション、ウェスタンブロットが含まれるがこれらに限定されない。単一のマーカーの発現の変化は、潜在的な血管形成促進性、抗血管形成性、または抗腫瘍剤として有意な効果のための判断基準として使用され得る。しかし、少なくとも5、10、15、または20の関連するマーカーの発現を調節することができる試験物質（例えば、腫瘍内皮マーカーまたは正常な内皮マーカー）をスクリーニングすることもまた所望され得る。GEMタンパク質活性の阻害はまた、薬物スクリーニングとして使用され得る。ヒトおよびマウスのGEMがこの目的のために使用され得る。
【００４０】
スクリーニングのための試験物質は任意の供給源由来であり得る。これらは、天然産物のライブラリー、コンビナトリアル化学ライブラリー、組換えライブラリーによって作製された生物学的生成物などであり得る。試験物質の供給源は本発明に対して決定的ではない、本発明は、他のスクリーニングスキームにおいて以前に見落とされていたかもしれない化合物および組成物をスクリーニングするための手段を提供する。本発明の核酸および対応するコードされるタンパク質は種々の様式で治療的に使用され得る。GEMは、血管構造の増殖を刺激するために例えば、創傷治癒のために、またはブロックされた血管を回避するために使用され得る。核酸およびコードされたタンパク質は、当該分野で公知の任意の方法によって投与され得る。そのような方法には、リポソーム、ナノスフェア、ウイルスベクター、ポリカチオンを含む非ウイルスベクターなどを使用することが含まれる。適切なウイルスベクターには、アデノウイルス、レトロウイルス、およびシンドビスウイルスが含まれる。投与様式は当該分野において任意の公知のものであり得、非経口、静脈内、筋肉内、腹腔内、局所的、鼻内、直腸内、気管支内などが含まれる。
【００４１】
GEMの特異的生物学的アンタゴニストはまた、治療的利益をのために使用され得る。例えば、抗体、GEMに特異的なT細胞、GEMに対するアンチセンス、およびGEMに特異的なリボザイムが、腫瘍または他の異常なまたは望ましくない血管系増殖を制限、阻害、減少、および/または減退させるために使用され得る。このようなアンタゴニストは、一般的にこれらのアンタゴニストのクラスについて当該分野において知られているように投与され得る。抗血管形成薬物および薬剤は、腫瘍増殖を阻害するために、ならびに、糖尿病性網膜症、慢性関節リウマチ、乾癬、腎多嚢胞病（PKD）、およびそれらの病理のための血管形成を必要とする他の疾患を治療するために使用され得る。
【００４２】
ヒトGEMに対するマウス対応物は、マウス癌モデルにおいて、または細胞株において、またはインビトロにおいて、潜在的な抗血管形成性または抗腫瘍性の化合物または治療剤を評価するために使用され得る。これらの発現は、効果の指標としてモニターされ得る。マウスGEMは、マウス腫瘍モデルにおいて試験され得る抗体を惹起させるための抗原として使用され得る。膜貫通ドメインを有するマウスGEMは、この目的のために特に好ましい。マウスGEMはまた、ヒトオルソログに対して、ヒトにおける免疫応答を惹起させるためのワクチンとして使用され得る。
【００４３】
上記の開示は一般的に本発明を記載する。本明細書中で開示されるすべての参考文献は、明白に参照として組み入れられる。より完全な理解は、例証のみの目的のために提供され、本明細書の範囲を制限することを意図しない、以下の特定の実施例への参照によって得られ得る。
【実施例】
【００４４】
（実施例1）
本研究において、本発明者らは、正常な脳組織および新生物脳組織からの転写物を誘導するためにSAGE転写プロファイリングを利用する。さらに、本発明者らは、SAGEの新規なバージョンであるロングSAGEを利用した。これは、21bpSAGEタグの誘導を可能にする。これらのより長いタグは、ゲノムDNAの直接的な取り調べを可能にし、細胞特異的な転写の独特な位置を同定する。正常な脳および異なる段階の神経膠腫からの内皮細胞を発現プロファイルし、互いにおよび結腸内皮細胞のデータと比較した。遺伝子の識別可能なセットは、全体的な腫瘍および正常な内皮細胞マーカーを規定し、ならびに神経膠腫特異的内皮マーカーを規定する。この拡張された腫瘍内皮細胞データベースは、腫瘍血管形成を支配する複雑な調節メカニズムにおそらくさらなる洞察を提供する。
【００４５】
（実施例2）
組織の調達および内皮細胞の単離。以前に記載されたプロトコールに対するわずかな修飾を用いて、5つの別個の脳組織試料（表1）を切除し、すぐに内皮細胞単離に供した。St Croix, B., Rago, C. , Velculescu, V., Traverso, G., Romans, K. E., Montgomery, E., Lal, A., Riggins, G.J., Lengauer, C., Vogelstein, B., およびKinzler, K. W. (2000). Genes expressed in human tumor endothelium. Science 289, 1197-202。
【００４６】
手短に述べると、試料を外科的に切除し、DMEM中に浸した。試料を2センチメートル角にミンチし、コラゲナーゼカクテルを用いる組織消化に供した。試料を溶解するまで37℃で混合した。細胞を遠心分離し、PBS/BSAで2回洗浄し、そして250、100、および40ミクロンのナイロンメッシュフィルターに連続して通して濾過した。試料をPBS/BSA中に再懸濁し、30%パーコール勾配遠心分離に800g、15分間適用した。パーコール勾配の上端5mlを50ml DMEM中で希釈し、細胞をペレット化し、PBSで洗浄し、そして3mlのPBS/BSA中に再懸濁した。細胞をファルコンブルートップフィルターチューブを通して濾過し、遠心分離し、そして1mlのPBS/BSA中に再懸濁した。あらかじめ洗浄した100μlの抗CD45磁気ビーズ（Dynal）を加え、溶液を10分間、穏やかに混合した。ビーズに結合した細胞を廃棄し、上清を新鮮な微量遠心チューブに移した。10μlのP1H12 mAB (1:100)（Brain N1, T1, およびT2試料）またはUEA-Iレクチン（Brain N2およびT3試料）を加え、試料を穏やかに4℃で45分間混合した。細胞をペレット化し、PBS/BSA中で3回洗浄し、そして500μlのPBS/BSA中に再懸濁した。あらかじめ洗浄したヤギ抗マウスM450ダイナビーズを各チューブに加え、4℃で15分間混合させた。ビーズに結合した細胞をPBS/BSAで8回洗浄し、最終容量500μlのPBS中に再懸濁した。細胞を計数し、RNA抽出の前に-70℃で凍結させた。
【００４７】
（実施例3）
RNA単離およびSAGEライブラリー生成。RNAを選択された細胞から単離し、最初にRT-PCR分析に供して、特異的な、既知の内皮細胞マーカーが比較的豊富であることを決定した。マイクロSAGEプロトコール、St Croix, B., Rago, C. , Velculescu, V., Traverso, G., Romans, K. E., Montgomery, E., Lal, A., Riggins, G.J., Lengauer, C., Vogelstein, B., およびKinzler, K. W. (2000). Genes expressed in human tumor endothelium. Science 289, 1197-202（サーバーwww、ドメイン名sagenet.org, ディレクトリsage_protocol）を使用して、BsmFIの代わりにタギング酵素MmeIを使用して、高品質の長いSAGEを生成した。21塩基タグを、ABI3700およびABI3100の組み合わせを使用するキャピラリーシークエンシングによって規定した。試料の記載および配列決定の深度を表3に示す。
【００４８】
（実施例4）
データ分析。脳内皮試料由来の長いSAGEタグを、結腸SAGEデータの組み込みを可能にするために短いタグに減少させた。集めた短いタグは長いタグに由来した。1つより多くの対応する長いタグを有した任意の短いタグの総数は合計され、1つの短いタグとして表される総数であった。シークエンシングエラーおよび正当な長いタグの誘導体の両方は、複数の長いタグの生成に寄与する。転写物およびゲノムのマッピングのために、ディファレンシャルな長いタグを利用した。ディファレンシャルな遺伝子発現を以下のように評価した：2つの正常な脳試料のために、最大値または最小値のいずれかを、それぞれ、腫瘍/正常および正常/腫瘍の比率を決定するために使用した。3つの脳腫瘍試料のために、メジアン値を腫瘍/正常のために使用したのに対して、最大値を正常/腫瘍比率のために使用した。ベータ分布の2つのパラメーターファミリーを使用して、観察されたSAGEタグの豊富さにおける2倍の違いを観察する確率を評価した。Chen, H., Centola, M., Altschul, S. F., およびMetzger, H. (1998). Characterization of gene expression in resting and activated mast cells. J Exp Med 188, 1657-68。
【００４９】
（実施例5）
以下に脳内皮細胞を単離するために有用な詳細なプロトコールを提供する。すべての工程は、低温室中で4℃で、および消化なしの遠心分離で行った。
1）手術室から試料を取り、50mlコニカルチューブ中の既知量のDMEM+中に浸して、押しのけ容積によって腫瘍体積を測定した。ドライアイス上で腫瘍の2つの小さな断片を切断し、mRNA抽出/免疫組織化学/インサイチュー分析のために-70℃で保存した。
2）試料をコニカルから取り、フード中の10cm組織培養ディッシュ中の少量のDMEM+中に配置する。滅菌外科用メスを用いて試料を2mm角にミンチする。
3）小さなエーレンマイヤーフラスコにミンチした試料を移し、5×量の消化カクテルを加える。>5mlの試料容量は複数のフラスコに分けるべきである。
4）細菌シェーカー中で、または回転シェーカー上で37℃、45分間もしくは試料が溶解するまで混合する。15分毎に10mlパイパーで滴定する。一旦良好な細胞懸濁物が得られたら、取り出して50mlコニカルに移す。
残りのプロトコールは4℃で実行した。
5）1500RPM（600×g）、4℃、5分間遠心分離する。
6）PBS/BSAで2回洗浄し、再度遠心分離する。試料をプールする。
7）ナイロンメッシュ（250、100、40ミクロン）を通して濾過する。
8）遠心分離する。
9）もともとの腫瘍体積の1/2にPBS/BSA中で再懸濁する。
10）500μlアリコート中の試料をあらかじめ形成した30%パーコール勾配に適用する（必要な勾配=もともとの試料の体積）。
11）1750RPM（800g）で15分間遠心分離する。
12）各チューブから上端の5mlパーコールを取り出し、DMEMで50ml体積まで希釈する。
13）1500RPMでの遠心分離で細胞をペレット化する、ペレット化した細胞をプールする。
14）PBS/BSAで2回洗浄し、3mlのPBS/BSA中に再懸濁する。
15）Falcon Blue Top Filterチューブを通して濾過する。
16）遠心分離し、1.5ml微量遠心分離チューブ中で1mlのPBS/BSA中に再懸濁する。
17）溶液にあらかじめ洗浄した100μlの抗CD-45ビース（造血欠損）を加え、10分間、低温室でひっくり返して回転させる。［脳組織単離のために、BerEP4上皮欠損を用いるさらなるネガティブ選択は必要でない］
18）ビーズ結合した細胞を取り出し、上清を新鮮な微量遠心分離チューブに移す。ビーズ結合した試料を-70℃での凍結によって保存する。すべてのビースの完全な除去を確実にするために、抽出を反復する。
19）10μlのP1H12 mAb（1:100）を細胞に加え、45分間、低温室でひっくり返して回転させる。［代替として、UEA1レクチンを使用する選択はまた、良質の内皮細胞選択を提供する］
20）細胞をペレット化し、PBS/BSAで3回洗浄する。
21）細胞を500μlのPBS/BSA中に再懸濁する。
22）試料を4本の1.5ｍｌ微量遠心分離チューブに分け（チューブあたり125μl）、容積を800μlにする。50μlのあらかじめ洗浄したヤギ抗マウスM450ダイナビーズを各チューブに加える。
23）チューブを低温室で15分間回転させる。
24）磁気で分離し、上清を染色対照の腫瘍/脳画分として保存する。
25）PBS/BSAで8回すすぐ。
26）ビースを単一の微量遠心分離チューブにプールする。
27）最終的な細胞を500μlの通常のPBS中に再懸濁する。
28）5μlの溶液を取り、5μlのMagic DAPIと合わせ、血球計で計数する。
29）血球計の結果に基づく品質対照のための染色のために10k細胞を取り出す。
30）再度ビーズを分離し、残りをmRNA抽出のために-70℃で凍結させる。
【００５０】
（実施例6）
本実施例は、脳内皮細胞から抽出されたmRNAからのSAGEタグの調製を記載する。この調製は当該分野において公知であるような標準的なSAGEタグ調製手順に対する参照を用いて記載される。
すべてのテンプレートをPCR SAGEジタグ工程において使用した。通常、本発明者らは本発明者らのテンプレートの小さな部分のみを取り、それを希釈し、そして〜300PCR反応を実行する。これらのライブラリーのために本発明者らは本発明者らの材料のすべてを使用し、それを希釈し、そして〜1200PCR反応を実行した。
＊増幅後のPCR産物精製工程の間、本発明者らは通常、標準的な多量のフェノール/クロロホルム抽出を行い、関心対象の生成物を含む水層を取り出す。これらのライブラリーのために、本発明者らは、水層と有機層との間の物理的障壁を作り、それによって後に残る生成物の量を減少させるEppendorf's Phase Lock製品を使用した。この製品を、プロトコールの後半においてすべてのP/C抽出のために使用した。
＊関心対象のジタグを遊離させるために、増幅したPCR産物をNlaIIIを用いて消化することを通常1回の反応において行う。これらのライブラリーのために、本発明者は材料を1/3ずつに分け、より多くの放出されたジタグを産出することを期待して3回のNlaIII反応を実行した。
＊少ない量の材料に起因して、コンカテマーおよび消化したpZEROライゲーション反応に入れる際に、本発明者は、これを適応させるためにこの反応のためのレシピを修飾した。標準的な反応は、6μlのコンカテマー、2μlの5×リガーゼ緩衝液、1μlの消化したpZEROベクター、および1μlの高濃度リガーゼを必要とする。本発明者は、これを、6μlのコンカテマー、2μlの5×リガーゼ緩衝液、0.3-0.5μlの消化したpZEROベクター、1μlの高濃度リガーゼに修飾し、不足した容量を水で満たした。本発明者の意図は、pZEROライゲーション反応にpZEROを競合させることに比例して、コンカテマーがpZEROライゲーション反応に好都合にすることであった。
この手順の間の大部分のゲルは可視化のためには少ない量の生成物を示し、そしてコンカテマーゲルは肉眼を通して目に見える産物を示さなかった（本発明者らはそれにも関わらず特定の画分を切り出した）。
【００５１】
（実施例7）
マイクロアッセイ分析。606の独特な遺伝子エレメントを含む特注の50ヌクレオチドオリゴマーアレイを構築した。この606遺伝子は、結腸データと脳データの両方から誘導された腫瘍遺伝子および正常遺伝子（328遺伝子）、ならびに、文献レビューとハウスキーピング遺伝子の両方からの278遺伝子に由来した。アレイを、プラスチック、コラーゲン、フィブリン、またはMatrigel上で増殖させたHMVECを比較して、Cy3およびCy5色素交換した標識されたRNA試料を用いて問い合わせした。
【００５２】
（実施例8）
インサイチューハイブリダイゼーションおよび免疫組織化学。PVIについてのインサイチューハイブリダイゼーションにおいて、VEGFR2およびvWFを以前に記載されたように実行した（10）。PV1およびCD31の同時染色を以下のように実行した：PV1に特異的な4つの500ヌクレオチドリボプローブフラグメントを転写し、ホルマリン固定された5ミクロン組織切片をプローブするために使用した。結合したリボプローブの最終的な検出は、CD31 IHC染色後まで遅らせた。PV1ハイブリダイゼーションおよび洗浄後、組織切片を4%ホルムアルデヒド中で20分間固定した。TBS中での手短なすすぎの後、抗原の検索を、DAKO標的検索溶液（DAKO、カタログ番号S 1699）を使用して製造業者の指示書に従って実行した。TBS中での5分間の洗浄後、スライドを、TBS中20ng/mlのプロテイナーゼKで、37℃で20分間消化し、次いでブロック溶液（10%ヤギ血清/0.5%カゼイン/0.05%Tween-20/PBS）中で室温で20分間ブロックした。スライドを、ブロック溶液中1マイクログラム/スライドの最終濃度のDAKO CD31（カタログ番号M0823）とともに、室温で60分間インキュベートした。2回の室温で5分間のTBST（DAKO、カタログ番号S3306）洗浄後、PV1リボプローブおよびCD31抗体を、PV1リボプローブについて5マイクログラム/スライドでストレプトアビジン-Cy2（Jackson ImmunoResearch、カタログ番号016-220-084）を用いて、およびCD3.1について2.5マイクログラム/スライドでヤギ抗マウスCy3（Jackson ImmunoResearch、カタログ番号115-165-146）を用いて、室温で60分間検出した。TBST中での3回の洗浄後、スライドに、DAPI核対比染色液を含む抗退色性媒体を組み込み、カバーガラスを付け、そして観察するまで-20℃に保存した。DAPI、Cy2、およびCy3の画像の単一の画像を、Zeiss Axioplan上で、40倍で、Hammamatsuカメラを用いて取得し、次いで一般的な画像変形ソフトウェアを使用して複合画像を形成するために一緒に併合し、そして観察するまで-20℃に保存した。
【００５３】
（実施例9）
キャピラリー様細管形成アッセイ。キャピラリー様細管構造の形成をMatrigelコートされたマルチウェルプレート中で本質的に以前に記載されたように（12）評価した。手短に述べると、300μlのMatrigel（BD、Bedford、MA）を24ウェルプレートの各ウェルに加え、37℃で30分間重合させた。HMVEC（BioWhittaker）に、Tem.1もしくはGFP遺伝子を有するアデノウイルス、または空のベクター（EV）に67時間、300MOI（Multiplicity of Infection、感染多重度）で感染させた。次いで、細胞を、Matrigelコートしたプレート中で、補充物（BioWhittaker）を有する500μlのEGM-2培地中に、30×103細胞/ウェルの密度で播種し、37℃で24時間インキュベートし、そして位相差下のNikon Eclipse TE200顕微鏡を使用して観察しかつ写真撮影した。画像をソフトウェアScin Image（Scion Corporation, Frederick, MD）を使用して、統合的密度のモード下で分析した。
【００５４】
（実施例9）
細胞増殖アッセイ。HMVEC増殖を96ウェル細胞培養プレート中でCell Titer-Glo Luminescent Cell Viability Assay（Promega, Madison, WI）によって評価した。HMVECを、100μl培地中のウェルあたり2,000細胞で播種し、プレートを37℃で48時間インキュベートした。試薬を製造業者の指示書に従って各ウェルに加え、蛍光をMillipore CytoFluor2350を使用して測定した。
【００５５】
（実施例10）
5つの独立した内皮細胞集団を神経膠腫腫瘍組織および正常脳組織から精製した。本研究において、正常であると規定された組織は、側頭部ロベクトミーを受けたてんかんを有する患者に由来する。試料を表3に要約する。試料N1、T1、およびT2は究極的にP1H12選択され、試料N2およびT3はUEA-I選択された。SAGE分析の前に、各試料を、RT-PCRによってvWF、グリア原線維酸性タンパク質（GFAP）およびEF1のmRNAの相対的な豊富さについて評価した。vWFおよび対照ハウスキーパーEF1の豊富なレベル、ならびにグリア細胞特異的遺伝子GFAPの低いレベルは、細胞増殖が主として内皮性であったことを示唆した（データ示さず）。SAGE分析を正確に50,000タグの深さまで実行した（表3）。データ分析のために、各SAGE計画を正確に50,000タグまで標準化した。P1H12またはUEA-Iを用いて選択された腫瘍試料から誘導された発現データ間の2つ一組の比較は約80%の相関係数を示し、これは、P1H12を用いて選択された2つの腫瘍試料の両方の間の比較よりもわずかに高かった。このことは、P1H12またはUEA-Iのいずれかを用いて内皮細胞を選択することは、高度に類似の細胞集団を生じることを示唆する。さらに、本研究で示された腫瘍特異的マーカーのほぼ半分が、使用された正常試料の各々において4倍誘導され、このことは、正常試料が同様に類似の集団であることを示唆する。このことに留意して、本発明者らは、2つの正常試料についてのデータおよび3つの腫瘍試料についてのデータを組み合わせることが適切であったと考えた。
【００５６】
（表３）本研究において使用された試料
2010284161.tif 000021
【００５７】
内皮細胞に特異的な遺伝子は以前に試験した結腸内皮SAGEデータと一致した発現レベルを示した（表4）。さらに、上皮細胞、造血細胞、またはグリア細胞に特異的なマーカーは、脳内皮ライブラリーにおいて限定された発現を示すか、または発現を示さず、非内皮細胞集団からの夾雑がほとんどないことを示唆した（表4）。最終的に、本実施例で生成されたデータは、12遺伝子のEC予測クラスの誘導を可能にし、そのうちの6つが以前にEC特異的であると記載されていた（Huminiecki, L., およびBicknell,R. (2000). In silico cloning of novel endothelial-specific genes. Genome Res 10, 1796-806）（データ示さず）。これは、本研究のために使用された純粋なEC集団のさらなる証拠を提供する。
【００５８】
（表４）細胞特異的マーカー
2010284161.tif 000022
【００５９】
正常内皮細胞と反対に神経膠腫由来内皮細胞において優勢に発現された遺伝子は、血管形成依存的腫瘍増殖を調節することに潜在的に関与する。SAGEデータのソートおよびさらなる統計学的フィルターを重ねることのための特異的パラメーターは、正当なディファレンシャルに発現された遺伝子の保存的見積もりを可能にした（方法を参照されたい）。ミトコンドリアの遺伝子を除外して、131遺伝子を、4倍の誘導比に基づいて神経膠腫内皮細胞中で誘導されたことを観察した。14遺伝子のみが、さらなる統計的フィルターを適用する場合に、神経膠腫特異的であると受け入れられ得る（表5）。この場合、2倍の分布のパラメーターファミリーを使用して、少なくとも2倍の違いの値を観察する90%の確率を達成した。これらの12遺伝子のうちの1つ、アポリポタンパク質Dのみが、IV度腫瘍の少なくとも1つよりもIII度神経膠腫においてより高い発現を示す。このことは、この分析において示された高度に誘導された神経膠腫内皮遺伝子が、血管の新生の開始がすでに開始しているか、または星状細胞腫における表示を示すが乏突起細胞腫由来ECでは示さない神経膠腫型特異的である、血管形成の後期段階に関与し得ることを示唆する。より高度には誘導されない遺伝子、またはより攻撃的でない腫瘍段階において主として誘導される遺伝子は、血管形成の開始をより反映し得る。細胞外マトリックス構造を調節するいくつかの遺伝子は本研究において高度に誘導されるとして示される。HSPG2（パーレカン）、いくつかのIV型コラーゲン転写物改変体、およびマトリックスメタロプロテイナーゼ14（MMP14）はすべて、細胞外マトリックスを再構築する際に役割を果たすことが示されてきた。興味深いことに、細胞シグナル伝達または細胞-細胞コミュニケーションのいずれかにおいて役割を果たす他の遺伝子もまた、神経膠腫関連内皮細胞において独占的に高度に発現される。メラノーマ関連抗原（MG50）、エンドセリンレセプター、Gタンパク質共役レセプターRDC-1、およびインテグリンαVはすべて、シグナル伝達カスケードにおいて役割を果たすことが以前に実証された細胞表面タンパク質である。エンドセリンレセプター、RDC-1、およびインテグリンαVは血管形成を調節することが以前に示されていたが、MG50は血管形成と関連性を有しない。さらに、MG50は、まだ規定されていない機能を有するいくつかの型の腫瘍細胞と選択的に結合することが以前に示された。p53誘導性の脳特異的血管形成インヒビター（BAI-1）が有意なレベルで発現されたが、本研究において存在する初期の段階の腫瘍に制限されたことは注目に値する（データ示さず）。より後期の腫瘍段階におけるBAI-1の発現の損失は、より攻撃的な進行の血管発生に対する必要性を反映するという可能性がある。ディファレンシャルなHEYL SAGEタグの検出以外には、他の結腸内皮マーカーはIII度腫瘍において優勢的に発現されることは観察されなかった。全体として、列挙した14の腫瘍誘導性遺伝子のうちで、12が細胞表面に存在するか、または分泌されるかのいずれかである。残りの2つの遺伝子産物の局在は、これらの遺伝子が特徴付けされないままであるので、まだ決定されていない。最後に、選択したいくつかの遺伝子のみが、血管形成が強固であることが予測される胎児脳ライブラリーにおいて有意な（>2タグ）発現を示すことは注目に値する。
【００６０】
上記に規定した神経膠腫誘導性内皮細胞遺伝子の高度に偏った局在と対照的に、神経膠腫内皮細胞と比較した正常内皮細胞中で誘導される遺伝子は、根本的に異なる細胞分布を示す。21の遺伝子が正常な内皮細胞において4倍以上誘導される。転写物の豊富さが2倍より多くの違いを有することの確率が50%またはそれ以上である遺伝子をフィルターにかけると、このリストは14遺伝子まで減少する（表6）。これらの14遺伝子について予測されるタンパク質生成物は、細胞内である4遺伝子産物、内在性膜タンパク質である5、細胞外である3、および、細胞表面または核膜レセプター上のいずれかで分泌される各1の、細胞内局在の範囲を示す。これらの遺伝子のいくつかは、腫瘍サプレッサー機能または抗血管形成機能のいずれかと一致する機能を有する。これらの抗増殖性機能は、初期増殖応答遺伝子1（EGR1）、BTG2、Kruppel様因子4（KLF4）、およびセリンプロテアーゼインヒビターSPINT2に帰するとされてきたが、血管形成との関連はSPINT2に限定されている。3つの神経膠腫の腫瘍の各々におけるこれらの遺伝子のダウンレギュレーションは、これらの遺伝子が抗血管形成特性を有するタンパク質をコードするように機能し得ることを示唆する。SPINT2およびBTG2の両方は分泌され、パラクリン機構を介して作用し得る。このメタロチオネインとしての分泌タンパク質MT1Aの優勢的な発現が、隣接細胞中でDNA損傷を強力に弱める抗酸化物として働き得ることもまた注目に値する。興味深いことに、EGR1およびKLF4は転写因子をコードし、このことは、本明細書で示された抗血管形成経路のある部分がこれらの遺伝子産物によって開始され得ることを示唆する。MT1Aを例外として、上記の遺伝子のいずれもが結腸腫瘍ECにおけるディファレンシャルな発現を示さず、それゆえに神経膠腫特異的ECマーカーであり得る。
【００６１】
腫瘍ECサブタイプについての遺伝子発現の特異性は規定することが重要であり、および以前に結腸EC集団について得られたデータを組み込んだ神経膠腫ECデータを用いて扱われ得る。限られた数の遺伝子が、脳および結腸の両方の正常なEC集団中で優勢的に発現される。対照的に、16遺伝子が結腸および脳の腫瘍EC画分中で少なくとも4倍誘導された。これらの遺伝子のうちの12がまた、少なくとも2倍ディファレンシャルであることが50%より高い確率を有するという判断基準に合致した（表7）。これらの遺伝子の大多数（7）はコラーゲン転写物である。しかし、腫瘍内皮マーカー1（TEM1）、THY1、およびRDC-1はまた、異なる腫瘍のEC細胞において一貫した誘導を示す。腫瘍誘導性EC発現のこの限られた保存性は、組織供給源に依存して高度に特異的なEC発現プロフィールを示唆する。TEM1発現は、星状細胞腫からの組織スライスを有する組織アレイ上で確認された（データ示さず）。
【００６２】
特定の細胞型に対する遺伝子発現の特異性を規定することは、機能を決定すること、および治療を設計する際に補助し得る。本発明者らの非内皮細胞SAGEデータベースは、現在、255,000の独特なSAGE転写物をコードする76のライブラリーを含む。上皮細胞株は、肺、卵巣、腎臓、前立腺、胸部、結腸、膵臓に由来する。さらなる非上皮供給源には、心筋細胞、メラノサイト、神経膠芽腫、および単球が含まれる。神経膠腫ECにおける誘導を示しかつ非EC細胞においては制限された発現を実証する遺伝子は、抗血管形成治療のための理想的な標的であり得る。任意の非ECライブラリーにおける1または数個のタグを可能にすること、および神経膠腫ECにおいて少なくとも4倍の誘導は、5遺伝子のみを生じた（表8）。これらの遺伝子のいくつかは、非ECデータベース中に含まれる比較的限られた数の細胞型に起因しておそらくEC特異的でない。しかし、PV-1およびPlexin A2（PLEXNA2）の両方は、血管形成調節に対して潜在的な機能的関連性を有する興味深い遺伝子である。
【００６３】
PLXNA2を規定するSAGEタグは、最終的なエキソンの3'に存在する現在のmRNAの境界の外側に外れている。しかし、RT-PCRの結果は、SAGEを誘導するために使用された腫瘍試料中でこのタグを含むmRNAの転写を確認した。Plexinは、MET遺伝子ファミリーによってコードされるスキャッター因子/肝細胞増殖因子（SF/HGF）ファミリーのレセプターと相同性を共有する[Tamagnone, L., Artigiani, S., Chen, H., He, Z., Ming, G. I., Song, H., Chedotal, A., Winberg, M. L., Goodman, C. S., Poo, M., Tessier-Lavigne, M., およびComoglio, P. M. (1999). Plexins are a large family of receptors for transmembrane, secreted, and GPI-anchored semaphorins in vertebrates. Cell 99, 71-80.] 。より初期の結果は、SF/HGF発現と腫瘍形成能の増加との間の関連性を実証した[Bowers, D. C., Fan, S., Walter, K. A., Abounader, R., Williams, J. A., Rosen, E. M., およびLaterra, J. (2000). Scatter factor/hepatocyte growth factor protects against cytotoxic death in human glioblastoma via phosphatidylinositol 3- kinase-and AKT-dependent pathways. Cancer Res 60, 4277-83.]。さらに、SF/HGFは、血管形成における一致した刺激を伴うこの増加した腫瘍形成能を促進する [Lamszus, K., Laterra, J., Westphal, M., およびRosen, E. M. (1999). Scatter factor/hepatocyte growth factor (SF/HGF) content and function in human gliomas. Int J Dev Neurosci 17, 517-30.]。SF/HGFのインビボ標的化は、神経膠腫増殖および血管形成を阻害することが実証された[Abounader, R. , Lal, B., Luddy, C., Koe, G., Davidson, B., Rosen, E. M., およびLaterra, J. (2002). In vivo targeting of SF/HGF and c-met expression via U1snRNA/ribozymes inhibits glioma growth and angiogenesis and promotes apoptosis. Faseb J 16, 108-10.]。プレキシンはセマホリンについてのレセプターとして機能するニューロピリン1を伴うコレセプターとして機能することが知られており、次には、ニューロンの誘導および細胞結合を調節する[Tamagnone, 1999, 前出]。ニューロピリン-1およびプレキシンの結合は神経細胞増殖を誘導するためにセマホリンからのシグナルを受容するように働き得るので、プレキシン-ニューロピリン結合が、VEGF応答をシグナル伝達するKDR-ニューロピリン複合体に類似した様式で血管形成増殖を調節し得ることが考えられる。プレキシンA2は結腸ECにおいては非常に低いレベルの発現を示し、結腸腫瘍ECにおいてはディファレンシャルに誘導されない。別のプレキシンであるプレキシンB2（PLXNB2）もまた、神経膠腫EC発現において5倍の増加を示したが、表8で必要とされた統計学的な閾値を作らなかったことは注目に値する。プレキシンB2は以前に脳腫瘍においてディファレンシャルに誘導されることが示された[Shinoura, N., Shamraj, O. I., Hugenholz, H., Zhu, J. G., McBlack, P. , Warnick, R., Tew, J. J., Wani, M. A., およびMenon, A. G. (1995). Identification and partial sequence of a cDNA that is differentially expressed in human brain tumors. Cancer Lett 89, 215-21.]。神経膠腫ECにおけるプレキシンのアップレギュレーションは、それによってSF/HGFが直接的にEC移動および増殖を刺激する仮説を許容する。神経膠腫においてプレキシンA2の一貫したアップレギュレートされたレベルの新たな発見は、腫瘍のプレキシンA2レベルと、特に脳における血管形成調節との間の機能的関連のためのさらなる証拠を必要とする。
【００６４】
PV-1（PLVAP、plasmallema vesicle associated protein（原形質膜小胞結合タンパク質）とも呼ばれる）は、カベオリン-1と共存することが示された最近発見されたII型内在性膜糖タンパク質である。Stan, R. V., Arden, K. C., およびPalade, G. E. (2001). cDNA and protein sequence, genomic organization, and analysis of cis regulatory elements of mouse and human PLVAP genes. Genomics 72,304-13。興味深いことに、このタンパク質は最初に小孔の隔膜および小胞内の経内皮チャンネルに局在することが示された。PV-1の特異的機能は未知である。PV-1は結腸EC中に実質的なレベルで発現されるが、正常ECと腫瘍結腸ECとの間ではディファレンシャルに発現されない。神経膠腫におけるこの小胞関連タンパク質のアップレギュレーションは、神経膠腫結合内皮細胞を特異的に標的化すること、ならびに根底にある腫瘍形成細胞に治療的送達メカニズムを潜在的に提供することのための手段を提供し得る(Marx, J. (2001). Caveolae: a once-elusive structure gets some respect. Science 294, 1862-5.)。
【００６５】
本研究から、正常組織または主要組織における機能またはディファレンシャルな発現に関わりなく、脳EC特異的遺伝子を規定する潜在能力が存在する。ECに限定された神経膠腫誘導遺伝子について適用されたのと同じ判断基準を適用して、2つの遺伝子、TNFα誘導性タンパク質3およびJUNBのみが脳EC試料における一貫した発現を示すが、非ECデータベースに厳しく制限された発現である。
【００６６】
脳毛細管内皮細胞中の血液脳関門は、非脳ECジャンクション複合体と比較して低分子および高分子の両方の制限された拡散を生じる。この結果として、脳毛細管ECは、強固に調節されるか、または触媒される輸送系を介する分子交換を容易にする。正常組織と腫瘍組織との間の触媒された膜トランスポーターの任意のディファレンシャルな発現は、腫瘍細胞に治療を選択的に送達するための手段を提供し得る。インスリンレセプター（IR）は、しばらくの期間、脳毛細管のためのマーカーであること、および薬物の送達を容易にすることが知られてきた。本研究において最も高度に誘導され、神経膠腫特異的遺伝子の1つはIRである（表8）。神経膠腫におけるIR転写物の高度な誘導は以前には認識されておらず、かつ癌細胞に対する選択的送達機構を提供し得る。これらのレセプターはまた、小胞構造中に存在することが提案されているからである[Smith, R. M., Jarret, L. (1988). Lab. Invest. 58, 613-629.]。全体として、非常にまれなトランスポーターが、それらの正常な対応物と比較した場合に神経膠腫関連EC中でディファレンシャルな誘導を示した（表9）。これは、トランスポーターの発現の変化をCNS腫瘍の組織学的変化の等級と関連付けた以前の示唆と反対である[Guerin, C., Wolff, J. E. , Laterra, J., Drewes, L. R., Brem, H., およびGoldstein, G. W. (1992). Vascular differentiation and glucose transporter expression in rat gliomas: effects of steroids. Ann Neurol 31, 481-7.]。1つのみの他の遺伝子、SLCIA5可溶性キャリアファミリー1メンバー5（中性アミノ酸トランスポーター）が、神経膠腫由来EC中で4倍より高い誘導を示した。しかし、インテグリンαVについての標準的SAGEがアクアポリンと共有されることが言及されるべきである。これらの2つの遺伝子の長いタグの誘導化は、インテグリンαVおよびアクアポリンの両方が神経膠腫ECにおいて誘導されることを示した。アクアポリンは、刺激されたVEGFに付随する小胞膨張において役割を果たし得る[Roberts, W. G. , およびPalade, G. E. (1997). Neovasculature induced by vascular endothelial growth factor is fenestrated. Cancer Res 57, 765-72.]。1つのみの膜トランスポーター、Na+/K+トランスポーティングATP1A2 ATPaseは、神経膠腫誘導されたECにおいて逆比例的に抑制された。特定のトランスポーターが不正確な機能の割り当てに起因してこの分析において見逃されたという可能性が残っている。それにも関わらず、少ない数のディファレンシャルに調節された輸送促進因子は、少ない数のこれらの遺伝子が、腫瘍増殖のために必要とされるタンパク質のいかなる必要とされる増加にも適応するように転写的に活性化される必要があることを示唆する。
【００６７】
表10は、神経膠腫内皮細胞において誘導されるが、結腸腫瘍または胸部腫瘍内皮細胞においては誘導されない遺伝子を示す。
【００６８】
表11は、神経膠腫内皮細胞において抑制されるトランスポーターをコードする遺伝子を示す。
【００６９】
表12は、脳および結腸の両方の腫瘍内皮細胞の核に局在するタンパク質をコードする遺伝子を示す。
【００７０】
表13は、脳および結腸の両方の腫瘍内皮細胞の細胞質に局在するタンパク質をコードする遺伝子を示す。
【００７１】
表14は、脳および結腸の両方の腫瘍内皮細胞から細胞外であるタンパク質をコードする遺伝子を示す。
【００７２】
表15は、脳および結腸の両方の腫瘍内皮細胞の膜に局在するタンパク質をコードする遺伝子を示す。
【００７３】
表16は、脳および結腸の両方の腫瘍内皮細胞において誘導されるタンパク質をコードする遺伝子を示す。
【００７４】
表17は、脳におけるさらなる腫瘍内皮マーカーを示す。
【００７５】
表18は、細胞質である脳における腫瘍内皮マーカーを示す。
【００７６】
表19は、核である脳における腫瘍内皮マーカーを示す。
【００７７】
表20は、膜結合である脳における腫瘍内皮マーカーを示す。
【００７８】
表21は、細胞外である脳における腫瘍内皮マーカーを示す。
【００７９】
表22は、細胞内局在に関して分類されていない脳における腫瘍内皮マーカーを示す。
【００８０】
（参考文献）
2010284161.tif 000023
2010284161.tif 000024
【００８１】
（表５）
2010284161.tif 000025
【００８２】
（表６）
2010284161.tif 000026
【００８３】
（表７）
2010284161.tif 000027
【００８４】
（表８）
2010284161.tif 000028
【００８５】
（表９）
2010284161.tif 000029
【００８６】
（表１０）
2010284161.tif 000030
2010284161.tif 000031
2010284161.tif 000032
2010284161.tif 000033
2010284161.tif 000034
【００８７】
（表１１）トランスポーターにおいて抑制される神経膠腫
2010284161.tif 000035
【００８８】
（表１２）脳および結腸の核タンパク質
2010284161.tif 000036
【００８９】
（表１３）脳/結腸の細胞質タンパク質
2010284161.tif 000037
【００９０】
（表１４）脳/結腸の細胞外タンパク質
2010284161.tif 000038
2010284161.tif 000039
【００９１】
（表１５）脳/結腸の膜タンパク質
2010284161.tif 000040
【００９２】
（表１６）脳および結腸のタンパク質
2010284161.tif 000041
2010284161.tif 000042
2010284161.tif 000043
【００９３】
（表１７）脳におけるさらなる腫瘍内皮マーカー
2010284161.tif 000044
2010284161.tif 000045
【００９４】
（表１８）細胞質GEM
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【００９５】
（表１９）核GEM
2010284161.tif 000047
【００９６】
（表２０）膜GEM
2010284161.tif 000048
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【００９７】
（表２１）細胞外GEM
2010284161.tif 000050
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【００９８】
（表２２）脳腫瘍マーカー（未分類）
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【配列表】
2010284161000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成22年7月2日(2010.7.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
神経膠腫を診断するのを補助するための方法であって、以下の工程を含む方法：
新生物であることが疑われる第1の脳組織試料における少なくとも1種の遺伝子の発現産物を検出する工程であって、該少なくとも1種の遺伝子が、
シグナル配列レセプター、δ（トランスロコン結合タンパク質δ）；DC2タンパク質；KIAA0404タンパク質；シンプレキン；Huntingtin相互作用タンパク質I；原形質膜小胞結合タンパク質；KIAA0726遺伝子産物；ラテキシンタンパク質；トランスフォーミング成長因子、β1；仮想タンパク質FLJ22215；Rag Cタンパク質；仮想タンパク質FLJ23471；N-ミリストイルトランスフェラーゼ1；仮想タンパク質dJ1181N3.1；リボソームタンパク質L27；分泌タンパク質、酸性、システインリッチ（オステオネクチン）；Hs 111988；Hs 112238；ラミニン、α5；β-ガラクトシダーゼの保護タンパク質（ガラクトシアリドーシス）；メラノーマ関連遺伝子；メラノーマ関連遺伝子；E3ユビキチンリガーゼSMURF1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；コラーゲン、IV型、α1；インスリン様増殖因子結合タンパク質7；完全コード配列を有するcDNAから推定される遺伝子；Thy-1細胞表面抗原；Hs 127824；GTP結合タンパク質2；ホモサピエンス(Homo sapiens) mRNA；cDNA DKFZp586D0918（クローンDKFZp586D0918由来）；皮膚T細胞リンパ腫関連腫瘍抗原se20-4；差次的に発現される核小体TGF-β1標的タンパク質（DENTT）；ジスフェリン、肢帯筋ジストロフィー2B（常染色体劣性）；スムーズリン；インテグリン、α5（フィブロネクチンレセプター、αポリペプチド）；推定の翻訳開始因子；レチノイン酸誘導14；マトリックスメタロプロテイナーゼ9（ゼラチナーゼB、92kDゼラチナーゼ、92kD IV型コラゲナーゼ）；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；スタニオカルシン2；核因子（赤血球由来2）様2；タンパク質チロシンホスファターゼ、非レセプター型1；インテグリン、α10；コラーゲン、VI型、α2；第21染色体オープンリーディングフレーム25；CDC37（細胞分裂周期37、出芽酵母(S. cerevisiae)、ホモログ）；Hs 16450；Rhoグアニンヌクレオチド交換因子（GEF）7；クレアチンキナーゼ、脳；仮想タンパク質FLJ10297；仮想タンパク質FLJ10350；TNF誘導タンパク質；腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリー、メンバー12（転座鎖結合膜タンパク質）；コフィリン1（非筋肉）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト(tract)結合タンパク質関連）；スプライシング因子プロリン/グルタミンリッチ（ポリピリミジントラクト結合タンパク質関連）；v-etsニワトリ赤芽球症ウイルスE26オンコジーンホモログ1；プロテアーゼ、システイン、1（レグマイン）；リボソームタンパク質L13；第22染色体オープンリーディングフレーム5；ジンクフィンガータンパク質144（Mel-18）；変性精母細胞（ショウジョウバエ(Drosophila)ホモログ；脂質デサチュラーゼ）；真核生物翻訳開始因子2C、2；ミトコンドリアリボソームタンパク質L45；前立腺腫瘍過剰発現遺伝子1；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）1αサブ複合体、7（14.5kD、B14.5a）；神経膠腫内皮マーカー1前駆体；NS1-結合タンパク質；リボソームタンパク質L38；タフテリン相互作用タンパク質；HLAクラスII領域発現遺伝子KE2；ミトコンドリア内膜のトランスロカーゼ17ホモログA（酵母）；sudD（bimD6のサプレッサー、偽巣性コウジ菌(Aspergillus nidulans)）ホモログ；ヘパラン硫酸プロテオグリカン2（パーレカン）；SEC24（S. cerevisiae）関連遺伝子ファミリー、メンバーA；NADHデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Fe-Sタンパク質7（20kD）（NADH-コエンザイムQ還元酵素）；X染色体およびY染色体（固有）155発現配列上のDNAセグメント；アネキシンA2；Homo sapiensクローン24670 mRNA配列；仮想タンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ10（ストロメライシン2）；KIAA1049タンパク質；Gタンパク質共役レセプター；仮想タンパク質FLJ20401；マトリックスメタロプロテイナーゼ14（膜挿入）；KIAA0470遺伝子産物；溶質担体ファミリー29（ヌクレオシドトランスポーター）、メンバー1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；スタニオカルシン1；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；口腔癌関連1において欠損している腫瘍サプレッサー；アポリポタンパク質C-I；グルタチオンペルオキシダーゼ4（リン脂質ヒドロペルオキシダーゼ）；Hs 272106；IGHMエンハンサー3に結合する転写因子；仮想タンパク質DKFZp762A227；仮想タンパク質FLJ22362；CD59抗原p18-20（モノクローナル抗体16.3A5、EJ16、EJ30、EL32、およびG344によって同定された抗原）；PRO0628タンパク質；細胞傷害性Tリンパ球によって認識されるメラノーマ関連抗原；LOC88745；Homo sapiens β-1,3-ガラクトシルトランスフェラーゼ-6（B3GALT6）mRNA、完全cds；新芽（Drosophila）ホモログ4；新芽（Drosophila）ホモログ4；Homo sapiens mRNA；cDNA DKFZp434E1515（クローンDKFZp434E1515由来）；コアクトシン様タンパク質；仮想タンパク質FLJ21865；Hs296234；KIAA0685遺伝子産物；仮想タンパク質FLJ10980；リボソームタンパク質L10；リボソームタンパク質S19；Hs 299251；Huntingtin相互作用タンパク質K；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 50374；Hs 311780；Hs 212191；v-aktマウス胸腺腫ウイルスオンコジーンホモログ2；Hs 328774；スプリット2のトランスデューシン様エンハンサー、Drosophila E(sp1)のホモログ；KIAA1870タンパク質；リボソームタンパク質L10a；ペプチジルプロリルイソメラーゼA（サイクロフィリンA）；Hs 344224；仮想タンパク質FLJ23239；仮想タンパク質DKFZp761H221；KIAA1887タンパク質；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 701679；Homo sapiens cDNA FLJ30634 fis、クローンCTONG2002453；Homo sapiens cDNA FLJ32203 fis、クローンPLACE6003038、ジンクフィンガータンパク質84に少し類似する；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1035904；仮想タンパク質LOC57333；ミオシンID；プレキシンB2；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、8（ガレクチン8）；ダブルリングフィンガー(double ring-finger)タンパク質、Dorfin；DKFZP434B168タンパク質；LIMドメイン結合2；インテグリンβ4結合タンパク質；シナプトポジン；Hs 54828；インスリン誘導性遺伝子1；アセチルLDLレセプター；SREC；除去修復交差相補(cross-complementing)齧歯類修復欠損、相補群1（重複アンチセンス配列を含む）；仮想タンパク質FLJ22329；シュワノミン(Schwannomin)相互作用タンパク質1；PTEN誘導性推定キナーゼ1；ミオシンX；Homo sapiens cDNA FLJ32424 fis、クローンSKMUS2000954、Homo sapiens F-ボックスタンパク質Fbx25（FBX25）97に中程度に類似する；ゴルジホスホタンパク質1；スプライシング因子、アルギニン/セリンリッチ6；ラミニン、γ3；システインリッチタンパク質2；U6 snRNA関連Sm様タンパク質LSm7；仮想タンパク質FLJ10707；Homo sapiens、RIKEN cDNA 2310012N15遺伝子に類似、クローンIMAGE:3342825、mRNA、部分cds；マクロファージ移動阻害因子（グリコシル化阻害因子）；ユビキノール-シトクロムc還元酵素ヒンジタンパク質；ギャップ結合タンパク質、α1、43kD（コネキシン43）；ジヒドロピリミジナー���様-3；アクアポリン1（チャンネル形成内在性タンパク質、28kD）；甲状腺において発現されるタンパク質；マクロファージミリストイル化アラニンリッチCキナーゼ基質；プロコラーゲン-リジン、2-オキソグルタル酸 5-ジオキシゲナーゼ（リジンヒドロキシラーゼ、VI型エーラース-ダンロー(Ehlers-Danlos)症候群）；プロテアーゼ、セリン、11（IGF結合）；24-デヒドロコレステロール還元酵素；コラーゲン、IV型、α2；プロフィリン1；アポリポタンパク質D；ヒアルロノグルコサミニダーゼ2；仮想タンパク質FLJ22678；クイエシンQ6；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；rasホモログ遺伝子ファミリー、メンバーA；プラスミノーゲン活性化因子、ウロキナーゼ；インスリン様増殖因子結合タンパク質3；ウリジンホスホリラーゼ；KIAA0638タンパク質；B7ホモログ3；ラミンA/C；ラミンA/C；ラミンA/C；Gタンパク質シグナル伝達のレギュレーター12；プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）26Sサブユニット、非ATPase、8；Homo sapiens、RIKEN cDNA 5730528L13遺伝子に類似、クローンMGC:17337 IMAGE:4213591、mRNA、完全cds；プロサポシン（異型ゴーシェ病および異型異染性白質萎縮症）；ラミニン、α4；転写伸長因子A（SII）、1；レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、3結合タンパク質；リボソームタンパク質S16；グリコホリンC（Gerbich血液型）；B型エンドセリンレセプター；セリン（またはシステイン）プロテイナーゼインヒビター、クレードE（ネキシン、プラスミノーゲン活性化因子インヒビター1型）、メンバー1；ビグリカン；核内低分子リボヌクレオタンパク質ポリペプチドB"；膜貫通4スーパーファミリーメンバー2；TAF11 RNAポリメラーゼII、TATAボックス結合タンパク質（TBP）関連因子、28kD；リシルオキシダーゼ様2；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SOX4 SRY（性決定領域Y）-ボックス4；SRY（性決定領域Y）-ボックス4；アクチン関連タンパク質2/3複合体、サブユニット2（34kD）；Homo sapiens cDNA:FLJ23507 fis、クローンLNG03128；仮想タンパク質FLJ12442；Fas（TNFRSF6）、デスドメインを介して結合；マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ11；TEKチロシンキナーゼ、内皮性（静脈形成異常、複数の皮膚性および粘膜性）；インスリンレセプター；細胞膜糖タンパク質、110000M(r)（表面抗原）；Homo sapiens cDNA FLJ11863 fis、クローンHEMBA1006926；ジャグド(jagged)1（Alagille症候群）；KIAA0304遺伝子産物；プレB細胞白血病転写因子2；Homo sapiens cDNA FLJ31238 fis、クローンKIDNE2004864；p53誘導タンパク質；補体成分1、q小成分、レセプター1；補体成分1、q小成分、レセプター1；アポリポタンパク質E；ケモカイン(C-Cモチーフ)リガンド3；凝固因子II（トロンビン）レセプター様3；凝固因子III（トロンボプラスチン、組織因子）；コラーゲン、I型、α1；コラーゲン、III型、α1（IV型エーラース-ダンロー症候群、常染色体優性）；C型（カルシウム依存性、炭水化物認識ドメイン）レクチン、スーパーファミリーメンバー9；シスタチンC（アミロイド血管障害および脳出血）；小胞体結合タンパク質140kDa；EST；EST；EST、仮想タンパク質FLJ10350に高度に類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、ITB1_HUMANインテグリンβ-1前駆体（フィブロネクチンレセプターβサブユニット）（CD29）（インテグリンVLA-4βサブユニット）に高度に類似する[H.sapiens]；EST、仮想タンパク質FLJ20489に少し類似する[Homo sapiens][H.sapiens]；EST、T17346仮想タンパク質DKFZp586O1624.1-ヒト（断片）に少し類似する[H.sapiens]；EST、T21371仮想タンパク質F25H8.3-線虫(Caenorhabditis elegans)に少し類似する[C.elegans]；真核生物翻訳開始因子4A、アイソフォーム1；ヘムオキシゲナーゼ（デサイクリング）1；ヘルマンスキー-パドラック(Hermansky-Pudlak)症候群4；Homo sapiens cDNA FLJ34888 fis、クローンNT2NE2017332；Homo sapiens cDNA FLJ39848 fis、クローンSPLEN2014669；Homo sapiens mRNA全長挿入物cDNAクローンEUROIMAGE 1977059；Homo sapiens、クローン IMAGE:4845226、mRNA；仮想タンパク質FLJ22329；仮想タンパク質FLJ32205；仮想タンパク質MGC4677；インヒビン、βB（アクチビンABβポリペプチド）；インスリン様増殖因子結合タンパク質5；ジャンクションプラコグロビン；KIAA0620タンパク質；KIAA0943タンパク質；ラット液胞膜タンパク質1の可能性のあるオルソログ；リソソーム結合マルチスパニング膜タンパク質-5；主要組織適合複合体、クラスI、B；主要組織適合複合体、クラスI、C；マトリックスGlaタンパク質；マトリックスメタロプロテイナーゼ1（間質性コラゲナーゼ）；微小管結合タンパク質1軽鎖3β；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；リボソームタンパク質S9；リングフィンガータンパク質40；S100カルシウム結合タンパク質、β（神経性）；セマドメイン、膜貫通ドメイン（TM）、および細胞質ドメイン、（セマホリン）6B；SPARC様1（マスト9、ヘビン(hevin)）；腫瘍壊死因子、α誘導タンパク質3；UDP-Gal:βGlcNAcβ1,4-ガラクトシルトランスフェラーゼ、ポリペ
プチド3；UDP-GlcNAc:βGalβ-1,3-N-アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼ5；フォン・ウィルブランド因子；v-aktマウス胸腺腫ウイルスオンコジーンホモログ2；サイクリン依存性キナーゼ（cdc2様）10；オルソログマウス筋細胞誘導/分化オリジネーター；脳特異的血管形成インヒビター1；EGF-TM7ラトロフィリン(latrophilin)関連タンパク質；セマドメイン；インテグリン、α5；マウスフィブロネクチンIII型の可能性のあるオルソログ；Lutheran血液型（Auberger b抗原含有）；SSR4、TRAPD；神経増殖因子レセプター（TNFRスーパーファミリー、メンバー16）；インスリン様増殖因子結合タンパク質；白血病阻害因子；タンパク質チロシンホスファターゼ、I型非レセプター；およびHomo sapiens、クローンIMAGE:3908182、mRNA、部分cdsからなる群より選択される工程；ならびに
第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現を、正常である第2の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現と比較する工程であって、第2の組織試料に対する第1の脳組織試料中の少なくとも1種の遺伝子の発現の増加により、第1の脳組織試料が、新生物の可能性があると同定される工程。