(57)【要約】      （修正有）【課題】膜結合タンパク質とレセプター、分泌タンパク質などの新規ポリペプチド及びこれらポリペプチドをコードする核酸分子の提供。【解決手段】特定の核酸配列を含んでなるベクター及びＣＨＯ細胞、酵母細胞、大腸菌などの宿主細胞、エピトープタグ配列、免疫グロブリンのＦｃ領域などの異種ポリペプチド配列に融合した該ポリペプチドを含んでなるキメラポリペプチド分子、該ポリペプチドと結合する抗体、及び該ポリペプチドの製造方法。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
図２（配列番号：２）、図４（配列番号：９）、図６（配列番号：１１）、図８（配列番号：１６）、図１０（配列番号：１８）、図１２（配列番号：２３）、図１４（配列番号：２９）、図１６（配列番号：３５）、図１８（配列番号：４０）、図２０（配列番号：４５）、図２２（配列番号：５０）、図２４（配列番号：５２）、図２６（配列番号：５７）、図２８（配列番号：５９）、図３０（配列番号：６１）、図３２（配列番号：６３）、図３４（配列番号：６５）、図３６（配列番号：６７）、図３８（配列番号：７２）、図４０（配列番号：７４）、図４２（配列番号：７６）、図４４（配列番号７８）及び図４６（配列番号８０）に示すアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも８０％の核酸配列同一性を有する単離された核酸。
【請求項２】
図１（配列番号：１）、図３（配列番号：８）、図５（配列番号：１０）、図７（配列番号：１５）、図９（配列番号：１７）、図１１（配列番号：２２）、図１３（配列番号：２８）、図１５（配列番号：３４）、図１７（配列番号：３９）、図１９（配列番号：４４）、図２１（配列番号：４９）、図２３（配列番号：５１）、図２５（配列番号：５６）、図２７（配列番号：５８）、図２９（配列番号：６０）、図３１（配列番号：６２）、図３３（配列番号：６４）、図３５（配列番号：６６）、図３７（配列番号：７１）、図３９（配列番号：７３）、図４１（配列番号：７５）、図４３（配列番号：７７）及び図４５（配列番号：７９）に示すヌクレオチド配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して、少なくとも８０％の核酸配列同一性を有する単離された核酸。
【請求項３】
図１（配列番号：１）、図３（配列番号：８）、図５（配列番号：１０）、図７（配列番号：１５）、図９（配列番号：１７）、図１１（配列番号：２２）、図１３（配列番号：２８）、図１５（配列番号：３４）、図１７（配列番号：３９）、図１９（配列番号：４４）、図２１（配列番号：４９）、図２３（配列番号：５１）、図２５（配列番号：５６）、図２７（配列番号：５８）、図２９（配列番号：６０）、図３１（配列番号：６２）、図３３（配列番号：６４）、図３５（配列番号：６６）、図３７（配列番号：７１）、図３９（配列番号：７３）、図４１（配列番号：７５）、図４３（配列番号：７７）及び図４５（配列番号：７９）に示すヌクレオチド配列の全長コード化配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して、少なくとも８０％の核酸配列同一性を有する単離された核酸。
【請求項４】
表７に示すいずれのATCC登録番号の下で寄託されたDNAの全長コード化配列に対して、少なくとも８０％の核酸配列同一性を有する単離された核酸。
【請求項５】
請求項１ないし４のいずか１項に記載の核酸を含んでなるベクター。
【請求項６】
ベクターで形質転換された宿主細胞によって認識されるコントロール配列に作用可能に結合した請求項５に記載のベクター。
【請求項７】
請求項５に記載のベクターを含んでなる宿主細胞。
【請求項８】
前記細胞がCHO細胞である、請求項７に記載の宿主細胞。
【請求項９】
前記細胞が大腸菌である、請求項７に記載の宿主細胞。
【請求項１０】
前記細胞が酵母細胞である、請求項７に記載の宿主細胞。
【請求項１１】
請求項７に記載の宿主細胞をＰＲＯポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、細胞培養物から前記ＰＲＯポリペプチドを回収することを含んでなるＰＲＯポリペプチドの製造方法。
【請求項１２】
図２（配列番号：２）、図４（配列番号：９）、図６（配列番号：１１）、図８（配列番号：１６）、図１０（配列番号：１８）、図１２（配列番号：２３）、図１４（配列番号：２９）、図１６（配列番号：３５）、図１８（配列番号：４０）、図２０（配列番号：４５）、図２２（配列番号：５０）、図２４（配列番号：５２）、図２６（配列番号：５７）、図２８（配列番号：５９）、図３０（配列番号：６１）、図３２（配列番号：６３）、図３４（配列番号：６５）、図３６（配列番号：６７）、図３８（配列番号：７２）、図４０（配列番号：７４）、図４２（配列番号：７６）、図４４（配列番号：７８）及び図４６（配列番号：８０）に示すアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％のアミノ酸配列同一性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項１３】
図２（配列番号：２）、図４（配列番号：９）、図６（配列番号：１１）、図８（配列番号：１６）、図１０（配列番号：１８）、図１２（配列番号：２３）、図１４（配列番号：２９）、図１６（配列番号：３５）、図１８（配列番号：４０）、図２０（配列番号：４５）、図２２（配列番号：５０）、図２４（配列番号：５２）、図２６（配列番号：５７）、図２８（配列番号：５９）、図３０（配列番号：６１）、図３２（配列番号：６３）、図３４（配列番号：６５）、図３６（配列番号：６７）、図３８（配列番号：７２）、図４０（配列番号：７４）、図４２（配列番号：７６）、図４４（配列番号：７８）及び図４６（配列番号：８０）に示すアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列と比較し、少なくとも８０％のポジティブのスコアを示す単離されたポリペプチド。
【請求項１４】
表７に示すいずれのATCC登録番号の下で寄託されたDNAの全長コード化配列によってコードされるアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％のアミノ酸配列同一性を有する単離されたポリペプチド。
【請求項１５】
異種アミノ酸配列に融合した請求項１２ないし１４のいずれか１項に記載のポリペプチドを含んでなるキメラ分子。
【請求項１６】
前記異種アミノ酸配列がエピトープタグ配列である、請求項１５に記載のキメラ分子。
【請求項１７】
前記異種アミノ酸配列が免疫グロブリンのFc領域である、請求項１５に記載のキメラ分子。
【請求項１８】
請求項１２から１４のいずれか１項に記載のポリペプチドへ特異的に結合する抗体。
【請求項１９】
前記抗体がモノクローナル抗体、ヒト化抗体又は単鎖抗体である、請求項１８に記載の抗体。
【請求項２０】
（ａ）図２（配列番号：２）、図４（配列番号：９）、図６（配列番号：１１）、図８（配列番号：１６）、図１０（配列番号：１８）、図１２（配列番号：２３）、図１４（配列番号：２９）、図１６（配列番号：３５）、図１８（配列番号：４０）、図２０（配列番号：４５）、図２２（配列番号：５０）、図２４（配列番号：５２）、図２６（配列番号：５７）、図２８（配列番号：５９）、図３０（配列番号：６１）、図３２（配列番号：６３）図３４（配列番号：６５）、図３６（配列番号：６７）、図３８（配列番号：７２）、図４０（配列番号：７４）、図４２（配列番号：７６）、図４４（配列番号７８）又は図４６（配列番号８０）に示すポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、それに結合するシグナルペプチドを欠くもの；  
（ｂ）図２（配列番号：２）、図４（配列番号：９）、図６（配列番号：１１）、図８（配列番号：１６）、図１０（配列番号：１８）、図１２（配列番号：２３）、図１４（配列番号：２９）、図１６（配列番号：３５）、図１８（配列番号：４０）、図２０（配列番号：４５）、図２２（配列番号：５０）、図２４（配列番号：５２）、図２６（配列番号：５７）、図２８（配列番号：５９）、図３０（配列番号：６１）、図３２（配列番号：６３）及び図３４（配列番号：６５）、図３６（配列番号：６７）、図３８（配列番号：７２）、図４０（配列番号：７４）、図４２（配列番号：７６）、図４４（配列番号７８）又は図４６（配列番号８０）に示すポリペプチドの細胞外ドメインをコードするヌクレオチド配列であって、それに結合するシグナルペプチドを含むもの；又は
（ｃ）図２（配列番号：２）、図４（配列番号：９）、図６（配列番号：１１）、図８（配列番号：１６）、図１０（配列番号：１８）、図１２（配列番号：２３）、図１４（配列番号：２９）、図１６（配列番号：３５）、図１８（配列番号：４０）、図２０（配列番号：４５）、図２２（配列番号：５０）、図２４（配列番号：５２）、図２６（配列番号：５７）、図２８（配列番号：５９）、図３０（配列番号：６１）、図３２（配列番号：６３）、図３４（配列番号：６５）、図３６（配列番号：６７）、図３８（配列番号：７２）、図４０（配列番号：７４）、図４２（配列番号：７６）、図４４（配列番号７８）又は図４６（配列番号８０）に示すポリペプチドの細胞外ドメインをコードするヌクレオチド配列であって、それに結合するシグナルペプチドを欠くものに対して少なくとも８０％の核酸配列同一性を有する単離された核酸。
【請求項２１】
（ａ）図２（配列番号：２）、図４（配列番号：９）、図６（配列番号：１１）、図８（配列番号：１６）、図１０（配列番号：１８）、図１２（配列番号：２３）、図１４（配列番号：２９）、図１６（配列番号：３５）、図１８（配列番号：４０）、図２０（配列番号：４５）、図２２（配列番号：５０）、図２４（配列番号：５２）、図２６（配列番号：５７）、図２８（配列番号：５９）、図３０（配列番号：６１）、図３２（配列番号：６３）、図３４（配列番号：６５）、図３６（配列番号：６７）、図３８（配列番号：７２）、図４０（配列番号：７４）、図４２（配列番号：７６）、図４４（配列番号７８）又は図４６（配列番号８０）に示すポリペプチドであって、それに結合するシグナルペプチドを欠くもの；
（ｂ）図２（配列番号：２）、図４（配列番号：９）、図６（配列番号：１１）、図８（配列番号：１６）、図１０（配列番号：１８）、図１２（配列番号：２３）、図１４（配列番号：２９）、図１６（配列番号：３５）、図１８（配列番号：４０）、図２０（配列番号：４５）、図２２（配列番号：５０）、図２４（配列番号：５２）、図２６（配列番号：５７）、図２８（配列番号：５９）、図３０（配列番号：６１）、図３２（配列番号：６３）、図３４（配列番号：６５）、図３６（配列番号：６７）、図３８（配列番号：７２）、図４０（配列番号：７４）、図４２（配列番号：７６）、図４４（配列番号７８）又は図４６（配列番号８０）に示すポリペプチドの細胞外ドメインであって、それに結合するシグナルペプチドを有するもの；又は
（ｃ）図２（配列番号：２）、図４（配列番号：９）、図６（配列番号：１１）、図８（配列番号：１６）、図１０（配列番号：１８）、図１２（配列番号：２３）、図１４（配列番号：２９）、図１６（配列番号：３５）、図１８（配列番号：４０）、図２０（配列番号：４５）、図２２（配列番号：５０）、図２４（配列番号：５２）、図２６（配列番号：５７）、図２８（配列番号：５９）、図３０（配列番号：６１）、図３２（配列番号：６３）、図３４（配列番号：６５）、図３６（配列番号：６７）、図３８（配列番号：７２）、図４０（配列番号：７４）、図４２（配列番号：７６）、図４４（配列番号７８）又は図４６（配列番号８０）に示すポリペプチドの細胞外ドメインであって、それに結合するシグナルペプチドを欠くものに対して少なくとも８０％のアミノ酸配列同一性を有する単離されたポリペプチド。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
(発明の分野)
本発明は一般に新規なＤＮＡの同定と単離及び新規なポリペプチドの組換え生産に関する。
【０００２】
(発明の背景)
細胞外タンパク質は、特に、多細胞生物の形成、分化及び維持において重要な役割を担っている。多くの個々の細胞の運命、例えば増殖、遊走、分化又は他の細胞との相互作用は、典型的には、他の細胞及び／又は直近の環境から受け取る情報に支配される。この情報は、しばしば分泌ポリペプチド(例えば、分裂促進因子、生存因子、細胞障害性因子、分化因子、神経ペプチド、及びホルモン)により伝達され、これが、今度は多様な細胞レセプター又は膜結合タンパク質により受け取られ解釈される。これらの分泌ポリペプチド又はシグナル分子は、通常は細胞分泌経路を通過し、細胞外環境におけるその作用部位に到達する。
分泌タンパク質は、製薬、診断、バイオセンサー及びバイオリアクターを含む、様々な産業上の利用性を有している。血栓溶解剤、インターフェロン、インターロイキン、エリスロポエチン、コロニー刺激因子、及び種々の他のサイトカインのような、現在入手可能な大抵のタンパク質薬物は分泌タンパク質である。膜タンパク質であるそのレセプターもまた治療又は診断用薬剤としての可能性を有している。新規な未変性の分泌タンパク質を同定する努力が産業界と学術界の両方によってなされている。多くの努力が新規な分泌タンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えDNAライブラリのスクリーニングに注がれている。スクリーニング方法及び技術の例は文献に記載されている[例えば、Kleinら, Proc. Natl. Acad. Sci. 93;7108-7113(1996); 米国特許第5,536,637号を参照されたい]。
【０００３】
膜結合タンパク質とレセプターは、とりわけ、多細胞生物の形成、分化及び維持において重要な役割を担っている。多くの個々の細胞の運命、例えば増殖、遊走、分化又は他の細胞との相互作用は、典型的には他の細胞及び／又は直近の環境から受け取る情報に支配される。この情報は、しばしば分泌ポリペプチド(例えば、分裂促進因子、生存因子、細胞障害性因子、分化因子、神経ペプチド、及びホルモン)により伝達され、これが次に多様な細胞レセプター又は膜結合タンパク質により受け取られ解釈される。このような膜結合タンパク質と細胞レセプターは、これらに限定されるものではないが、サイトカインレセプター、レセプターキナーゼ、レセプターホスファターゼ、細胞-細胞間相互作用に関与するレセプター、及びセレクチン及びインテグリンのような細胞接着分子を含む。例えば、細胞の増殖及び分化を調節するシグナルの伝達は、様々な細胞タンパク質のリン酸化により部分的に調節される。そのプロセスを触媒する酵素であるプロテインチロシンキナーゼはまた成長因子レセプターとしても作用しうる。具体例には、繊維芽細胞増殖因子及び神経成長因子レセプターが含まれる。
膜結合タンパク質とレセプター分子は、製薬及び診断薬を含む、様々な産業上の利用性を有している。例えば、レセプターイムノアドヘシンはレセプター-リガンド間相互作用を阻止する治療薬として使用することができる。膜結合タンパク質はまた、関連するレセプター／リガンド間相互作用の可能性のあるペプチド又は小分子インヒビターをスクリーニングするために使用することもできる。
新規な未変性のレセプター又は膜結合タンパク質を同定するための努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くの努力が、新規なレセプター又は膜結合タンパク質のコード配列を同定するために、哺乳動物の組換えDNAライブラリのスクリーニングに注がれている。
【０００４】
１．ＰＲＯ１４８４
脂質分化は、細胞形態の変化、細胞内脂質の劇的な蓄積及び遺伝子発現の特異的プログラムの活性化を伴う（Liang 等., J. Biol. Chem. 271:10697-10703(1996)）。脂質補体関連タンパク質は、その発現が含脂質細胞分化において高頻度で誘導され、そして補体因子C1q、コラーゲンアルファー１(ｘ）及び脳特異的因子セレベリンのサブユニットと顕著な相同性を共有する（Scherer 等., J. Biol. Chem. 270: 26746-26749(1995)）。含脂肪細胞補体関連タンパク質の機能は現時点では不明であるが、その組織特異的発現は、このタンパク質が脂質組織において新規なシグナリング分子として機能していることを示唆している。従って、含脂質細胞補体関連タンパク質と相同性を有する新規なポリペプチドを同定及び特徴付けることは、重要な関心事である。本出願において、我々は、ここにおいてＰＲＯ１４８４ポリペプチドと命名された含脂質細胞補体関連タンパク質と相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴付けについて記載する。
【０００５】
２．ＰＲＯ４３３４
形質細胞膜グリコプロテインPC-1が対象である。PC-1のクローニングは、当該技術が記載されている、すなわち、Buckley, 等., J. Biol. Chem., 265(29): 17506-11(1990)及びWO9519570-Aを参照のこと。WO9519570-Aには、ヒトインシュリン受容体チロシンキナーゼ阻害剤PC-1について記載されている。WO9519570-Aには、PC-1が、インシュリン非依存性賦形剤（mellitus)のような不適切なインシュリンレセプターチロシンキナーゼ阻害剤の発現が関与する疾患の診断及び治療に有用であることが報告されている。従って、PC-1と相同性を有するタンパク質が対象である。
【０００６】
３．ＰＲＯ１１２２
サイトカイン、インターロイキン１７(IL-17)は上皮、内皮、及び線維芽細胞を刺激し、IL-6、IL-8のようなサイトカイン、及び顆粒球コロニー刺激因子、並びにプロスタグランジンＥ２を分泌することが報告されている。更に、IL-17の存在下で培養したとき線維芽細胞が好中球へのCD34+優先成熟の増殖を維持しうることが示されている。従って、IL-17はＴ細胞依存性炎症反応の初期イニシエーター及び／又は免疫系を造血へ橋渡しするサイトカインネットワークの要素を構成していることが示唆されている。Yaoら, J.Immunol., 155(12):5483-5486 (1995); Fossiezら, J.Exp.Med., 183(6):2593-2603 (1996); Kennedyら, J.Interferon Cytokine Res., 16(8):611-617 (1996)を参照されたい。従って、IL-17と間違えられたCTLA-8を含むIL-17に関連したタンパク質（Kennedy, 上掲を参照のこと）が対象である。
【０００７】
４．ＰＲＯ１８８９
E48抗原は、ヒトタンパク質のLY-6ファミリーに属するシステイン高含有GPI-固着化膜タンパク質（GPI-anchored membrane protein)である（例えば、WO96/35808を参照のこと）。E48抗原は、細胞−細胞／細胞−マトリックス接着の生物活性を示す扁平細胞のマーカーとして貢献し、抗体を基本とする免疫療法の標的である。以前、E48抗原のアミノ酸配列は、頭部と首の癌の扁平細胞から得られたcDNAクローンから推定された。従って、E48抗原は、扁平細胞癌の治療のための潜在的な標的として貢献する。
本出願において、我々は、ここにおいてＰＲＯ１８８９ポリペプチドと命名されたE48抗原タンパク質と相同性を有する新規ポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【０００８】
５．ＰＲＯ１８９０
レクチンによる炭水化物の認識は、真核生物生理の様々な側面において重要な役割を担うことがわかった。多数の異なる動物及び植物レクチンファミリーが存在するが、最近最も注目を集めているのはカルシウム依存性、又はＣ型のレクチンである。例えば、セレクチンファミリーのカルシウム依存性レクチンによる、内皮細胞又は白血球上の炭水化物残基の認識は、白血球の炎症部位への輸送が極めて重要であることがわかった。Lasky, L.,  Ann. Rev. Biochem., 64, 113-139 (1995)。これらの接着性相互作用の生物物理学的分析は、この場合に生じたレクチン−炭水化物結合が、脈管構造の高い剪断条件下での白血球と内皮との接着を可能にすることを示唆した。よって、そのようなレクチンによる迅速な炭水化物認識は、血流の高い剪断したで必要なリガンドの迅速な獲得を可能にする。この場合のＣ型レクチンの生理学的用途は、急性炎症の部位で起こる事が観察された白血球のローリング現象に必要な、これらの相互作用の比較的低い親和性によっても支持される。マンノース結合タンパク質（Weisら, Science 254, 1608-1615 [1991]; Weisら, Nature 360 127-134 [1992]）及びＥ-セレクチン（Gravesら, Nature 367(6463), 532-538 [1994]）の結晶構造は、種々の突然変異誘発分析（Erbeら, J. Cell. Biol. 119(1), 215-227 [1992]; Drickamer, Nature 360, 183-186 [1992]; Iobstら, J. Biol. Chem., 169(22), 15505-15511 [1994]; Koganら, J. Biol. Chem.270(23), 14047-14055 [1995]）と共に、Ｃ型レクチンが、一般的に、クラスター形成した炭水化物の迅速な認識に関連するという仮定に一致する。また、これらのデータは、Ｃ型レクチンが、炭水化物の迅速で比較的低親和性の認識を通して重要な生理学的現象を行うことを示唆した。
多くの生物学的プロセスにおけるレクチンタンパク質の明らかな重要性が与えられたので、新規なレクチンタンパク質又はレクチンタンパク質と配列相同性を持つタンパク質を作る努力が現在なされている。本出願において我々は、ここにおいてＰＲＯ１８９０ポリペプチドと命名する、レクチンタンパク質に相同性を持つ新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【０００９】
６．ＰＲＯ１８８７
酵素タンパク質は食物の消化、巨大分子の生合成、化学エネルギーの利用及び放出の制御、及び生命維持に必要な他のプロセスに関与する化学反応において重要な役割を担っている。また、酵素は種々の病気及び疾患に抗するという、重要な役割を担っていることも示されている。例えば、肝臓のカルボキシルエステラーゼは、ガンのプロドラッグに対するヒト腫瘍細胞の感作を助成することが報告されている。Danksらは、Rh30ヒト横紋筋肉腫細胞においてカルボキシルエステラーゼをコードするcDNAが安定して発現していると、CPT-11ガンプロドラッグに対する細胞の敏感度が8.1倍増加すると報告している。Cancer Res. (1998)58(1):20-22。著者は、このプロドラッグ／酵素複合体を、ガンシクロビル／単純疱疹ウイルスチミジンキナーゼと5-フルオロシトシン／シトシンデアミナーゼの組合せを用いた研究下で現在なされているアプローチに類似した形で治療用に利用可能であると提案している。van Peltらは、55kDのヒト肝臓カルボキシルエステラーゼが、培養中の主要なヒト肝細胞へのプラスモジウム・ファルシパルム(Plasmodium falciparum)マラリアスポロゾイトの侵入を阻害することを示している。J Hepatol(1997)27(4):688-698。
また、カルボキシルエステラーゼは、薬剤、農薬及び他の生体異物の解毒に重要であることが見出されている。精製されたヒト肝臓カルボキシルエステラーゼは、コカインやヘロインを含む、種々の薬剤の代謝に関与していることが示されている。Prindelらは、コカイン及びヘロインの加水分解を触媒し、ヒト組織におけるこれらの薬剤の分解において重要な役割を担っている、広い基質特異性のヒト肝臓カルボキシルエステラーゼのクローニング及び精製について記載している。J.Biol.Chem.(1997)6:272(23):14769-14775。Brzenzinskiらはカルボキシルエステラーゼにより代謝される環境エステル又は薬剤の同定に使用される分光光度競合阻害アッセイについて記載している。Drug Metab Dispos(1997)25(9):1089-1096。
カルボキシルエステラーゼの補足的参考資料として、Kroetzら.（Biochemistry, (1993) 32(43):11606-17）は、ヒト肝カルボキシルエステラーゼのcDNAクローニング及び特徴付けを報告している。Aida等.（Biochem Biophys Acta(1993)1174(1):72-4）は、マウス肝カルボキシルエステラーゼ中のオス優性カルボキシルエステラーゼのcDNAクローニングと特徴付けについて報告している。
カルボキシルエステラーゼによりなされる重要な生理学的役割に鑑みて、新規な未変性カルボキシルエステラーゼ相同体を同定するための努力が、産業界及び学術界の両方でなされている。我々は、本出願において、カルボキシルエステラーゼに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定及び特徴づけについて記載する。
【００１０】
７．ＰＲＯ１７８５
抗酸化酵素は、固有宿主の組織中の移動において、寄生虫である住血吸虫マンソンの生存にとって重要な役割を担うと考えられている。最近、抗酸化酵素の一つであるグルタチオンぺルオキシダーゼがクローン化された。Roche, 等., Gene, 138:149-152(1994)、信託番号GSHC SCHMA。グルタチオンぺルオキシダーゼは、FR2689906-Aに記載されている。従って、グルタチオンぺルオキシダーゼ及びこれをコードする核酸は、診断試薬、ワクチンとして、及び抗酸化酵素の修飾因子の発見のためのアッセイにおいて有用である。
【００１１】
８．ＰＲＯ４３５３
セマホリンは、発生において軸索誘導に関与している大きなタンパク質ファミリーを構成する。セマホリンＹは、末梢神経の成長の阻害に利用できる可能性がある。セマホリンＺは、中枢神経伸張の阻害剤として有用である。セマホリンＺ中枢神経再生のプロモーターとして使用できる。従って、セマホリン及びその調節因子は、大きな興味の対象である。Kikuchi, 等., Brain Res Mol Brain Res., 51(1-2):229-37(1997)；Shoji, 等., Development, 125(7):1275-83(1998)。
【００１２】
９．ＰＲＯ４３５７
新規な未変性の分泌タンパク質を同定する努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くのそれらの努力が、新規な分泌タンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えDNAライブラリーのスクリーニングに注がれている。我々は本出願において、ここにおいてＰＲＯ４３５７ポリペプチドと命名された新規分泌ポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【００１３】
１０．ＰＲＯ４４０５
新規な未変性の膜貫通レセプタータンパク質を同定する努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くのそれらの努力が、新規な膜貫通受容体タンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えDNAライブラリーのスクリーニングに注がれている。我々は本出願において、ここにおいてＰＲＯ４４０５ポリペプチドと命名された新規膜貫通レセプターポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【００１４】
１１．ＰＲＯ４３５６
グリコシルホスファチジルイノシトール(GPI)固着プロテオグリカンは一般的に細胞表面に局在化し、よって多くの成長因子、細胞接着分子及び細胞外マトリクス成分に対する細胞の反応の調節に含まれることが知られている。転移関連GPI固着タンパク質（MAGPIAP）は、これらの細胞表面タンパク質の一つであり転移に含まれることがわかっている。転移は、形質転換された又は悪性の細胞が移動し、癌を一方の部位から他方へ拡げる癌の形態である。従って、転移及びMAGPIAPに関連するポリペプチドの同定は興味の対象である。
【００１５】
１２．ＰＲＯ４３５２
カドヘリンは大きなファミリーの膜貫通タンパク質である。カドヘリンには、事実上、多細胞生物の全ての固体組織において細胞-細胞接着を媒介するように機能するカルシウム依存性糖タンパク質のファミリーが含まれる。少なくともカドヘリン1-13並びにB、E、EP、M、N、P及びR型が同定され、特徴づけられている。幾つかの例外はあるが、カドヘリンの機能の中でも、カドヘリンが細胞凝集に関与しており、細胞-細胞接着部位に付随していることが知られている。最近、全てのカドヘリンが、細胞外ドメインの折り畳みに対応すると考えられているカドヘリン特異的モチーフの多重反復を分かち持つが、カドヘリンスーパーファミリーのメンバーは多様な構造、及びおそらくは機能を有していることが報告されている。特に、カドヘリンスーパーファミリーのメンバーはシグナル伝達に関連していることが報告されている。Suzuki, J. Cell. Biochem., 61(4):531-542(1996)を参照のこと。カドヘリンはさらに、Taniharaら, J. Cell Sci., 107(6):1697-1704(1994)、Aberleら, J. Cell. Biochem., 61(4):514-523(1996)、Obataら，Cell Adhes. Commun.,6(4):323-33(1998)及びTaniharaら, Cell Adhes. Commun., 2(1):15-26(1994)にも記載されている。
プロトカドヘリンは脳内に高度に発現されるカドヘリンスーパーファミリーのメンバーである。ある研究では、プロトカドヘリンは細胞接着活性を示した。Sanoら,EMBO J., 12(6):2249-2256 (1993)を参照されたい。しかしながら、研究では、ある種のプロトカドヘリン、例えばプロトカドヘリン３(Pcdh3又はpc3とも称される)が強いカルシウム依存性凝集活性を示さないことも示されている。この研究とPcdh3の更なる特徴についてはSagoら, Genomics, 29(3):631-640 (1995)を参照されたい。従って、pc3に関連する分子は極めて興味深い。さらに興味深いのは、Koch,ら., Differentiation, 47(1):29-36(1991)に記載されている接着斑（デスモソームマル）カドヘリンのサブタイプである。
特に興味深いのは、Amagai, 等., Cell, 67(5): 869-77(1991)に記載のタンパク質と相同的な配列を有するタンパク質である。この研究は、細胞接着の疾患である天疱瘡の新規上皮カドヘリンに対する抗体について記載している。さらに興味の対象は、全長カドヘリンである。さらには、新規カドヘリンである脂肪腫瘍抑制遺伝子と相同性を有するたんぱ質が対象である。
【００１６】
１３．ＰＲＯ４３８０
新規な未変性の分泌タンパク質を同定する努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くのそれらの努力が、新規な分泌タンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えDNAライブラリーのスクリーニングに注がれている。我々は本出願において、ここにおいてＰＲＯ４３８０ポリペプチドと命名された新規分泌ポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【００１７】
１４．ＰＲＯ４３５４
新規な未変性の分泌タンパク質を同定する努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くのそれらの努力が、新規な分泌タンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えDNAライブラリーのスクリーニングに注がれている。我々は本出願において、ここにおいてＰＲＯ４３５４ポリペプチドと命名された新規分泌ポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【００１８】
１５．ＰＲＯ４４０８
新規な未変性の分泌タンパク質を同定する努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くのそれらの努力が、新規な分泌タンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えDNAライブラリーのスクリーニングに注がれている。我々は本出願において、ここにおいてＰＲＯ４４０８ポリペプチドと命名された新規分泌ポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【００１９】
１６．ＰＲＯ５７３７
インターロイキン−１は、炎症反応の初期において主役を担う二つのタンパク質（IL-1α及びIL-1β）に相当する（参考として、Dinarello, Blood, 87: 2095-2147(1996)及びこの中の参考文献）。両タンパク質は、生物学的に活性な成熟カルボキシル末端17kDa断片を産出するために分泌時に切断される細胞内前駆体タンパク質として生成される。IL-1βの場合、この切断は、不活性前駆体から活性断片を遊離するのに必要なICEとして知られている細胞内システインプロテアーゼを伴う。IL-1αの前駆体は、活性である。
これら二つのタンパク質は、殆ど全ての細胞型に見られる細胞表層レセプターへ結合し、単独或いは他の分泌因子との協力で一連の反応を誘発することによって作用する。これらの反応は、増殖（例えば繊維芽細胞、T-細胞）、アポトーシス（例えばA375黒色腫細胞）、サイトカイン誘発（例えばTNF, IL-1, IL-8の）、レセプター活性化（例えばE-セクレチン）、エイコサノイド生産（例えばPGE2）、及び分解酵素（例えばコラゲナーゼ）の分泌への影響へ及ぶ。これらの効果を達成するために、IL-1はNF-KB及びAP-1などの転写因子を活性化する。標的細胞へのIL-1作用の活性の幾つかは、ストレスによって活性化するMAPキナーゼJNK/SAPK及びp38のような細胞ストレスにも関連しているキナーゼ（リン酸化酵素）カスケードの活性化を通して媒体されると考えられている。
IL-1ファミリーの三番目のメンバーはその後発見され、IL-1レセプターへ結合するが、細胞内シグナル又は生物反応を伝達しないことによってIL-1α及びIL-1βの天然アンタゴニストとして作用する。このタンパク質は、IL-1Ra（IL-1アンタゴニストレセプターを意味する）又はIRAP（IL-1レセプターアンタゴニストタンパク質を意味する）と呼ばれる。少なくとも、IL-Raの三つの選択的スプライス型が存在する：一つは分泌タンパク質をコードし、他の二つは細胞内タンパク質をコードする。IL-1α、IL-1β及びIL-1Raは、互いにおよそ25-30%の配列同一性を示し、内部三重繰り返し構造モチーフを伴う、β−バレルへ折り畳まれている１２本のβ−ストランドから成る類似の三次元構造を共有する。
【００２０】
三つの既知のIL-1レセプターサブユニットがある。活性受容体複合体は、Ｉ型レセプター及びIL-1付属タンパク質（IL-1RAcP）から成る。Ｉ型レセプターは、IL-1α、IL-1β及びIL-1Raリガンドの結合を担い、IL-1RAcPの不在の下において結合することが可能である。しかし、シグナル伝達は、IL-1α又はIL-1βとIL-1RAcPの相互作用を必要とする。IL-1RaはIL-1RAcPと相互作用せず、それ故にシグナル伝達を誘導することができない。三番目のレセプターサブユニット、II型レセプターは、IL-1α及びIL-1βと結合するが、その細胞内ドメインの欠損によってシグナルを伝達することができない。それ代わって、II型レセプターは、その膜結合形態によっておとりとして、或いは加工、分泌形態によってIL-1アンタゴニストとして作用し、それによってIL-1活性を阻害する。II型レセプターIL-1Raへ弱く結合する。
IL-1Ra、Ｉ型IL-1レセプターの細胞外ドメインから派生した可溶性IL-1R、IL-1α又はIL-1βへの抗体、及びこれらの遺伝子のためのトランスジェニックノックアウトマウスを用いた研究は、IL-1が幾つかの病理生理学的役割を担うことを示している（参考として、Dinarello, Blood, 87: 2095-2147(1996)を参照のこと）。例えば、IL-1Raは、敗血性ショック、リウマチ様関節炎、移植片対宿主病（GVHD）、脳梗塞、心臓虚血、乾癬、炎症性腸疾患、及び喘息の動物モデルに効果があることが示されている。さらに、IL-1Raは、リウマチ様関節炎及びGVHDの臨床試験において効果を示し、炎症性腸疾患、喘息及び乾癬の臨床試験においても同様である。
さらに最近では、インターロイキン18（IL-18）がIL-1ファミリーに位置付けられた（参考として、Dinarello ら, J. Leukocyte Biol., 63:658-664(1998)を参照のこと）。IL-18は、β−プリーツ、IL-1α及びIL-1βのバレル様形状を共有する。さらには、IL-18は、IL-1R関連タンパク質（IL-1Rrp）（現在、IL-18レセプター(IL-18R)として知られている）として以前知られていたIL-1レセプターファミリーメンバーの天然リガンドである。IL-18は、活性細胞でのTNF生産を含む、リンパ球及びNK細胞の構成性IL-18レセプターの誘発による末梢血単核球（PBMCs）の混合集団の炎症サイトカインカスケードを惹起することが示されている。TNFは、次々とCD14+細胞のIL-1及びIL-8の生産を刺激する。IL-18のTNF、IL-1、及びC-CとC-X-Cケモカイン(炎症性細胞遊走因子）を誘導する能力のため、そしてIL-18が核因子6B(NF-6B）の核移行と同様にFasリガンドを誘導することから、IL-18は、他の炎症促進サイトカインと供に全身及び局所性炎症への寄与因子ようであると位置付けられている。
【００２１】
１７．ＰＲＯ４４２５
新規な未変性の分泌タンパク質を同定する努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くのそれらの努力が、新規な分泌タンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えDNAライブラリーのスクリーニングに注がれている。我々は本出願において、ここにおいてＰＲＯ４４２５ポリペプチドと命名された新規分泌ポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【００２２】
１８．ＰＲＯ５９９０
セクレトグラニンタンパク質（secretogranin proteins）（例えばsecretogranin I及びII）は、種々の内分泌細胞と神経細胞の分泌顆粒に見出されている。Schimmel, A ら, FEBS Lett. 314(3):375-80(1992)；Gerdes, H.H.ら, J.Biol.Chem.264(20):12009-15。セクレトグラニンタンパク質の潜在的機能としては、調節ペプチドを含む分泌産物のパッケージングである。Chanat, E.ら, FEBS Lett. 351(2):225-30(1994)；Rosa, P.等., J.Cell.Biol.101(5):1999-2011(1985)；Gorr, S.U.ら, Am.J.Physiol.257(2):E247-54(1989)。セクレトグラニンは、多くの状況において生物マーカーとして成功裏に使用されてきた。例えば、セクレトグラニンIIは、内分泌系腫瘍のための免疫組織化学的なマーカーとして重要性を得ている。Fischer-Colbrie, R.ら, J.Biol.Chem. 265(16): 9208-13(1990)を参照のこと。Ederらは、患者集団中のセクレトグラニンIIのクロモグラニンに対する比率が著しく一定であることを見出し、この比率が神経ペプチドのような他のペプチドのCSFレベルを標準化するためのパラメーターとして使用できることを示唆している。Eder, U.,ら, J.Neural Transm., 105(1):39-51(1998)。
我々は本出願において、ここにおいてＰＲＯ５９９０ポリペプチドと命名されたセクレトグラニンと配列類似性を有する新規ポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【００２３】
１９．ＰＲＯ６０３０
新規な未変性の膜貫通レセプタータンパク質を同定する努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くのそれらの努力が、新規な膜貫通レセプタータンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えDNAライブラリーのスクリーニングに注がれている。我々は本出願において、ここにおいてＰＲＯ６０３０ポリペプチドと命名された新規膜貫通レセプターポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【００２４】
２０．ＰＲＯ４４２４
新規な未変性の分泌タンパク質を同定する努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くのそれらの努力が、新規な分泌タンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えDNAライブラリーのスクリーニングに注がれている。我々は本出願において、ここにおいてＰＲＯ４４２４ポリペプチドと命名された新規分泌ポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【００２５】
２１．ＰＲＯ４４２２
リゾチームは、乳、涙及び唾液を含む分泌液及び幾つかのヒトの組織に幅広く分布しているタンパク質である。それは、Ｎ-アセチルグルコサミン間の結合を加水分解することが証明されている。毒性酸素フリーラジカルの生成及び走化性のインヒビターであることが証明されており、また石灰化プロセスにおいてある役割を有している。このように、リゾチームに対して相同性を有する新規なポリペプチドの同定にはかなりの関心がある。Nakano及びGraf, Biochem. Biophys Acta, 1090(2):273-6(1991)。
【００２６】
２２．ＰＲＯ４４３０
新規な未変性の分泌タンパク質を同定する努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くのそれらの努力が、新規な分泌タンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えDNAライブラリーのスクリーニングに注がれている。我々は本出願において、ここにおいてＰＲＯ４４３０ポリペプチドと命名された新規分泌ポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【００２７】
２３．ＰＲＯ４４９９
新規な未変性の膜貫通レセプタータンパク質を同定する努力が産業界と学術界の双方によってなされている。多くのそれらの努力が、新規な膜貫通レセプタータンパク質のコード配列を同定するために哺乳類組換えDNAライブラリーのスクリーニングに注がれている。我々は本出願において、ここにおいてＰＲＯ４４９９ポリペプチドと命名された新規膜貫通レセプターポリペプチドの同定と特徴付けについて記載する。
【００２８】
（発明の要約）
１．ＰＲＯ１４８４
本出願において「ＰＲＯ１４８４」と命名され、新規ポリペプチドをコードし、脂肪細胞補体関連タンパク質をコードする核酸と相同性を有するcDNAクローン（DNA4486-1653）が同定された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ１４８４ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図２（配列番号：２）を含めたアミノ酸残基の約1又は約23から約246の配列を有するＰＲＯ１４８４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図１（配列番号：１）を含めた、約ヌクレオチド77又は約143と約814の間の核酸の補体とハイブリダイズするDNAを含んでなるＰＲＯ１４８４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203581（DNA44686-1653）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203581（DNA44686-1653）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００２９】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図２（配列番号：２）を含めたアミノ酸残基の1又は約23から約246の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも600ヌクレオチドを有し、試験DNA分子を（ａ）図２（配列番号：２）を含めたアミノ酸残基の1又は約23から約246の配列を有するＰＲＯ１４８４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることで製造される単離された核酸分子、及びDNA分子が、（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することで製造される単離された核酸分子に関する。
特別な側面においては、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴う又は伴わないＰＲＯ１４８４ポリペプチドをコードするDNA分子を含んでなる単離された核酸分子を提供し、又はそのようなコード化核酸分子と相補的である。シグナルペプチドは、図２（配列番号：２）の配列のおおよそアミノ酸位置１からおおよそアミノ酸位置22へ伸張すると仮にに同定されている。
【００３０】
その他の側面では、本発明は、（ａ）図２（配列番号：２）を含めたアミノ酸配列の1又は約23から約246の配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含む単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ１４８４ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さ、及び図１（配列番号：１）に示されているヌクレオチド配列から由来しうる。
その他の実施態様では、本発明は、上述において同定された単離された核酸分子の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ１４８４ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、ある実施態様では、本発明は、図２（配列番号：２）の残基１又は約23から約246を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ１４８４ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図２（配列番号：２）を含めたアミノ酸残基1又は約23から約246の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１４８４ポリペプチドに関する。
【００３１】
さらなる側面では、本発明は、図２（配列番号：２）を含めたアミノ酸配列の残基1又は約23から約246のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１４８４ポリペプチドに関する。
さらにその他の側面では、本発明は、図２（配列番号：２）を含めたアミノ酸配列の残基1又は約23から約246のアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１４８４ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ１４８４抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ１４８４ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１４８４断片は、天然ＰＲＯ１４８４ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
よりさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図２（配列番号：２）を含めたアミノ酸残基約1又は約23から約246の配列を有するＰＲＯ１４８４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子とを緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることによって製造されたポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することによって製造されるポリペプチドを提供する。
【００３２】
２．ＰＲＯ４３３４
cDNAクローン（DNA59608-2577）は、PC-1に対して相同性を有する新規ポリペプチドをコードするとして同定され、本出願において「ＰＲＯ４３３４」と命名された。
一実施態様においては、本出願は、ＰＲＯ４３３４ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図４（配列番号：９）を含めたアミノ酸残基の1又は約23から約440の配列を有するＰＲＯ４３３４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図３（配列番号：８）を含めた約150と約1403の間の核酸の補体とハイブリダイズするDNAを含んでなるＰＲＯ４３３４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203870（DNA59608-2577）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203870（DNA59608-2577）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００３３】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図４（配列番号：９）を含めたアミノ酸残基の約23から約440の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNA分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有し、試験DNA分子を（ａ）図４（配列番号：９）を含めたアミノ酸残基の約23から約246の配列を有するＰＲＯ４３３４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造される単離された核酸分子、及びDNA分子が、（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することにより製造される単離された核酸分子関する。
その他の側面においては、本発明は、（ａ）図４（配列番号：９）を含めたアミノ酸配列の残基23から約440のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４３３４ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上述において同定された単離された核酸分子の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４３３４ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図４（配列番号：９）の残基23から440を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４３３４ポリペプチドを提供する。
【００３４】
その他の側面では、本発明は、図４（配列番号：９）を含めたアミノ酸残基23から約440の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３３４ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、図４（配列番号：９）を含めたアミノ酸残基23から約440のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアを示すアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯ４３３４ポリペプチドに関する。
さらにその他の側面では、本発明は、図４（配列番号：９）を含めたアミノ酸配列の残基23から約440のアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３３４ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４３３４抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４３３４ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４３３４断片は、天然ＰＲＯ４３３４ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
よりさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図４（配列番号：９）を含めたアミノ酸残基約23から約440の配列を有するＰＲＯ４３３４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００３５】
３．ＰＲＯ１１２２
本出願において「ＰＲＯ１１２２」と命名され、新規ポリペプチドをコードするCTLA-8と配列同一性を有するcDNAクローン（DNA62377-1381）が同定された。
一実施態様においては、本出願は、ＰＲＯ１１２２ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図６（配列番号：１１）を含めたアミノ酸残基の1又は約19から約197の配列を有するＰＲＯ１１２２ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図５（配列番号：１０）を含めた、約104と約640の間の核酸の補体とハイブッリド形成するDNAを含んでなるＰＲＯ１１２２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203552（DNA62377-1381）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203552（DNA62377-1381）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００３６】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図６（配列番号：１１）を含めたアミノ酸残基の約19から約197の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNA分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、試験DNA分子を（ａ）図６（配列番号：１１）を含めたアミノ酸残基の約19から約197の配列を有するＰＲＯ１１２２ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにり製造される単離された核酸分子、及びDNA分子が、（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することにより製造される単離された核酸分子に関する。
その他の側面においては、本発明は、（ａ）図６（配列番号：１１）を含めたアミノ酸配列の残基19から約197のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様においては、本発明は、本上文において定義された単離された核酸の何れかによってコードされる単離されたＰＲＯ１１２２ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、一実施態様において、図６（配列番号：１１）の残基19から197を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離されたＰＲＯ１１２２ポリペプチドを提供する。
【００３７】
その他の側面では、本発明は、図６（配列番号：１１）を含めたアミノ酸残基19から約197の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１１２２ポリペプチドに関する。
さらなる側面においては、本発明は、（ａ）図６（配列番号：１１）の残基19から約197のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
よりさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図６（配列番号：１１）を含めたアミノ酸残基約19から約197の配列を有するＰＲＯ１１２２ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子を緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することによって生産されるポリペプチドを提供する。
【００３８】
４．ＰＲＯ１８８９
本出願において「ＰＲＯ１８８９」と命名され、新規ポリペプチドをコードし、E48抗原タンパク質をコードする核酸と相同性を有するcDNAクローン（DNA77623-2524）が同定された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ１８８９ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図８（配列番号：１６）を含めたアミノ酸残基の約1又は約21から約97の配列を有するＰＲＯ１８８９４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図７（配列番号：１５）を含めた、約ヌクレオチド39又は約99と約329の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含むＰＲＯ１８８９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203546（DNA77623-2524）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203546（DNA77623-2524）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００３９】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図８（配列番号：１６）を含めたアミノ酸残基の1又は約21から約97の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも315ヌクレオチドを有し、試験DNA分子を（ａ）図８（配列番号：１６）を含めたアミノ酸残基の１又は約２１から約９７の配列を有するＰＲＯ１８８９ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造される単離された核酸分子、及びDNA分子が、（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合、試験DNA分子を単離することより製造される単離された核酸分子に関する。
特別な側面においては、本発明は、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴う又は伴わないＰＲＯ１８８９ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供、又はそのようなコード化核酸分子と相補的である。シグナルペプチドは、図８（配列番号：１６）の配列の約アミノ酸位置1から約アミノ酸位置20へ伸張するとして仮に同定されている。
【００４０】
その他の側面では、本発明は、（ａ）図８（配列番号：１６）を含めた残基1又は約21から約97のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ１８８９ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さであり、図７（配列番号：１５）に示されているヌクレオチド配列から誘導されうる。
その他の実施態様では、本発明は、上述において同定された単離された核酸分子の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ１８８９ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図８（配列番号：１６）の残基1又は約21から約97を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ１８８９ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図８（配列番号：１６）を含めたアミノ酸残基1又は約21から約97の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１８８９ポリペプチドに関する。
【００４１】
さらなる側面では、本発明は、図８（配列番号：１６）を含めた残基1又は約21から約97のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１８８９ポリペプチドに関する。
さらにその他の側面では、本発明は、図８（配列番号：１６）を含めたアミノ酸残基１又は約21から約97の配列を含む単離されたＰＲＯ１８８９ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ１８８９抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ１８８９ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１８８９断片は、天然ＰＲＯ１８８９ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
よりさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図８（配列番号：１６）を含めたアミノ酸残基約1又は約21から約97の配列を有するＰＲＯ１８８９ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）培養細胞からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００４２】
その他の実施態様においては、本発明は、抗-ＰＲＯ１８８９抗体に対するポリペプチドを含むとみられる細胞を曝露し、細胞への抗体の結合を確定することを含んでなるＰＲＯ１８８９ポリペプチドの存在を確定する方法に関する。
さらにその他の実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ１８８９ポリペプチドをコードする遺伝子の試験サンプル中での高発現レベルが哺乳類における癌細胞の存在、特に扁平上皮癌細胞を示す場合に、（ａ）哺乳類から得た組織細胞の試験サンプル、及び（ｂ）同じような細胞型の既知の通常組織細胞の対照サンプル、からＰＲＯ１８８９ポリペプチドをコードする遺伝子の発現のレベルを検出することを含んでなる哺乳類における癌細胞の存在を診断する方法に関連する。
さらなる実施態様では、ＰＲＯ１８８９ポリペプチドと候補化合物が相互作用することを可能にする条件下と十分な時間で、候補化合物とＰＲＯ１８８９ポリペプチドを接触せしめることによる、ＰＲＯ１８８９ポリペプチドの発現及び／又は活性を阻害することができる化合物を同定する方法である。特別な側面においては、候補化合物又はＰＲＯ１８８９ポリペプチドのどちらかが、固定担体に固定化されている。その他の側面においては、非固定化成分は、検出可能なラベルを有する。
さらなる実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ１８８９ポリペプチドをコードする遺伝子の試験サンプル中での高発現レベルが、試験組織細胞が得られた哺乳類における癌細胞の存在を示す場合に、（ａ）哺乳類から得た組織細胞の試験サンプル、及び（ｂ）同じような細胞型の既知の通常組織細胞の対照サンプル、からＰＲＯ１８８９ポリペプチドをコードする遺伝子の発現のレベルを検出することを含んでなる哺乳類における癌細胞の存在を診断する方法を提供する。
【００４３】
その他の実施態様においては、本発明は、（ａ）抗-ＰＲＯ１８８９抗体と哺乳類から得られた組織細胞の試験サンプルを接触せしめること、及び（ｂ）試験サンプルにおいて、抗-ＰＲＯ１８８９とＰＲＯ１８８９ポリペプチド間の複合体形成を検出すること，を含んでなる哺乳類における腫瘍の診断方法を提供する。この検出は、定性的又は定量的であろうし、同じ細胞型の既知の正常組織細胞の対照サンプル中の複合体形成をモニターすることと比較することによっておこなわれるであろう。試験サンプル中に形成される多量の複合体は、試験組織細胞が得られた哺乳類における腫瘍の存在を示す。抗体は，好ましくは検出可能なラベルを有する。複合体の形成は、例えば、光学顕微鏡、フローサイトメトリー、蛍光定量、又は当該分野において知られている他の技術によってモニターが可能である。好ましくは、試験サンプルは、腫瘍細胞の成長や増殖が疑われる個々の哺乳類（例えば癌細胞）から得られる。
その他の実施態様においては、本発明は、抗-ＰＲＯ１８８９抗体及び適切な包装容器中の担体（例えば緩衝液）を含んでなる癌診断キットを提供する。キットは、好ましくはＰＲＯ１８８９ポリペプチドの検出に抗体を使用するための取扱説明書を含む。
さらにその他の実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ１８８９ポリペプチドを過剰発現する細胞をＰＲＯ１８８９ポリペプチドの発現及び／又は活性を阻害する薬剤の有効量へ曝露することを含んでなる腫瘍細胞の成長を阻害する方法を提供する。薬剤は，好ましくは、抗-ＰＲＯ１８８９ポリペプチド、小有機及び無機ペプチド、ホスホペプチド、アンチセンス又はリボザイム分子、又は三重螺旋分子である。特別な側面では、薬剤、例えば抗-ＰＲＯ１８８９抗体は、細胞死を誘導する。さらなる側面では、腫瘍細胞は、さらに放射線処理及び／又は細胞毒性又は化学療法薬剤に曝露される。  
またさらなる実施態様では、本発明は、
容器；
容器上のラベル、及び
容器内に含まれる活性剤を含有する組成物含んでなる製造物品に関し、ここで組成物は、腫瘍細胞の増殖を阻止するのに有効であり、容器上のラベルには、組成物がＰＲＯ１８８９ポリペプチドの過剰発現により特徴づけられる症状を治療するために使用でき、組成物中の活性剤は、ＰＲＯ１８８９ポリペプチドの発現及び／又は活性を阻害する薬剤であることが示される。好適な側面では、活性剤は、抗ＰＲＯ１８８９抗体である。
【００４４】
５．ＰＲＯ１８９０
本出願において「ＰＲＯ１８９０」と命名され、新規ポリペプチドをコードし、レクチンタンパク質をコードする核酸と相同性を有するcDNAクローン（DNA79230-2525）が同定された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ１８９０ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図１０（配列番号：１８）を含めたアミノ酸残基の約1又は約22から約273の配列を有するＰＲＯ１８８９４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図９（配列番号：１７）を含めた、約ヌクレオチド378又は約441と約1196の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ１８８９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203549（DNA79230-2525）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203549（DNA79230-2525）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００４５】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図１０（配列番号：１８）を含めたアミノ酸残基1又は約22から約273の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも475ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図１０（配列番号：１８）を含めたアミノ酸残基1又は約22から約273の配列を有するＰＲＯ１８９０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
特別な側面においては、本発明は、ＰＲＯ１８９０ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子で、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴う又は伴わない、及びその可溶性、例えば膜貫通ドメイン欠損又は不活性化変異体を提供、又はそのようなコード化核酸分子と相補的である。シグナルペプチドは、図１０（配列番号：１８）の配列の約アミノ酸位置1から約アミノ酸位置21へ伸張するとして仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１８９０アミノ酸配列（図１０、配列番号：１８）のアミノ酸位置214からアミノ酸位置235へ伸張するとして仮に同定されている。
【００４６】
その他の側面では、本発明は、（ａ）図１０（配列番号：１８）を含めた残基1又は約22から約273のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ１８９０ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さであり、図９（配列番号：１７）に示されているヌクレオチド配列から誘導されうる。
その他の実施態様では、本発明は、上述において同定された単離された核酸分子の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ１８９０ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図１０（配列番号：１８）の残基1又は約22から約273を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ１８９０ポリペプチドを提供する。
【００４７】
その他の側面では、本発明は、図１０（配列番号：１８）を含めたアミノ酸残基1又は約22から約273の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１８９０ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）図１０（配列番号：１８）を含めた残基１又は約22から約273のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図１０（配列番号：１８）を含めたアミノ酸残基1又は約22から約273の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１８８９ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ１８８９抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ１８８９ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１８９０断片は、天然ＰＲＯ１８９０ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図１０（配列番号：１８）を含めたアミノ酸残基約1又は約22から約273の配列を有するＰＲＯ１８９０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００４８】
６．ＰＲＯ１８８７
本出願において、cDNAクローン（DNA79862-2522）が、カルボキシエステラーゼと相同性を有する新規ポリペプチドをコードすると同定され、そして「ＰＲＯ１８８７」と命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ１８８７ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図１２（配列番号：２３）を含めたアミノ酸残基約1又は約28から約571の配列を有するＰＲＯ１８８７ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図１１（配列番号：２２）を含めた、約ヌクレオチド87と約1718の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ１８８７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203550（DNA79862-2522）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203550（DNA79862-2522）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００４９】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図１２（配列番号：２３）を含めたアミノ酸残基約28から約571の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図１２（配列番号：２３）を含めたアミノ酸残基約28から約571の配列を有するＰＲＯ１８８７ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
特別な側面においては、本発明は、ＰＲＯ１８８７ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子で、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴う又は伴わない、及びその可溶性、例えば膜貫通ドメイン欠損又は不活性化変異体を提供、又はそのようなコード化核酸分子と相補的である。シグナルペプチドは、図１２（配列番号：２３）の配列の約アミノ酸位置1から約アミノ酸位置27へ伸張するとして仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１８８７アミノ酸配列（図１２、配列番号：２３）のアミノ酸位置226からアミノ酸位置245へ伸張するとして仮に同定されている。
【００５０】
その他の側面では、本発明は、（ａ）図１２（配列番号：２３）を含めた残基28から約571のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ１８８７ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上述において同定された単離された核酸分子の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ１８８７ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図１２（配列番号：２３）の残基28から約571を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ１８８７ポリペプチドを提供する。
【００５１】
その他の側面では、本発明は、図１２（配列番号：２３）を含めたアミノ酸残基28から571の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１８８７ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）図１２（配列番号：２３）を含めた残基28から571のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図１２（配列番号：２３）を含めたアミノ酸残基28から約571の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１８８９ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ１８８７抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ１８８７ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１８８７断片は、天然ＰＲＯ１８８７ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図１２（配列番号：２３）を含めたアミノ酸残基約28から約571の配列を有するＰＲＯ１８８７ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００５２】
７．ＰＲＯ１７８５
本出願において、cDNAクローン（DNA80136-2503）が、ペルオキシダーゼと相同性を有する新規ポリペプチドをコードすると同定され、そして「ＰＲＯ１７８５」と命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ１７８５ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図１４（配列番号：２９）を含めたアミノ酸残基約1又は約32から約209の配列を有するＰＲＯ１７８５ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図１３（配列番号：２８）を含めた、約残基95と約628の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ１７８５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203541（DNA80136-2503）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203541（DNA80136-2503）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００５３】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図１４（配列番号：２９）を含めたアミノ酸残基約32から約209の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図１４（配列番号：２９）を含めたアミノ酸残基約32から約209の配列を有するＰＲＯ１７８５ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
特別な側面においては、本発明は、ＰＲＯ１７８５ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子で、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴う又は伴わない、及びその可溶性、例えば膜貫通ドメイン欠損又は不活性化変異体を提供、又はそのようなコード化核酸分子と相補的である。シグナルペプチドは、図１４（配列番号：２９）の配列の約アミノ酸位置1から約アミノ酸位置31へ伸張するとして仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ１７８５アミノ酸配列（図１４、配列番号：２９）のアミノ酸位置18からアミノ酸位置37へ伸張するとして仮に同定されている。
【００５４】
その他の側面では、本発明は、（ａ）図１４（配列番号：２９）を含めた残基32から約209のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ１７８５ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上述において同定された単離された核酸分子の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ１７８５ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図１４（配列番号：２９）の残基32から約209を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ１７８５ポリペプチドを提供する。
【００５５】
その他の側面では、本発明は、図１４（配列番号：２９）を含めたアミノ酸残基32から209の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１７８５ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）図１４（配列番号：２９）を含めた残基32から209のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１７８５ポリペプチドに関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図１４（配列番号：２９）を含めたアミノ酸残基32から約209の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ１７８５ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ１７８５抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ１７８５ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ１７８５断片は、天然ＰＲＯ１７８５ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図１４（配列番号：２９）を含めたアミノ酸残基約32から約209の配列を有するＰＲＯ１７８５ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）培養細胞からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００５６】
８．ＰＲＯ４３５３
本出願において、cDNAクローン（DNA80145-2594）が、ペルオキシダーゼと相同性を有する新規ポリペプチドをコードすると同定され、そして「ＰＲＯ４３５３」と命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４３５３ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図１６（配列番号：３５）を含めたアミノ酸残基1又は約26から約888の配列を有するＰＲＯ４３５３ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図１５（配列番号：３４）を含めた、約残基94と約2682の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４３５３ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号204-PTA（DNA80145-2594）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号204-PTA（DNA80145-2594）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００５７】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図１６（配列番号：３５）を含めたアミノ酸残基約26から約888の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図１６（配列番号：３５）を含めたアミノ酸残基約26から約888の配列を有するＰＲＯ４３５３ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
特別な側面においては、本発明は、ＰＲＯ４３５３ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子で、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴う又は伴わない、及びその可溶性変異体（例えば膜貫通ドメイン欠損又は不活性化変異体）を提供、又はそのようなコード化核酸分子と相補的である。シグナルペプチドは、図１６（配列番号：３５）の配列の約アミノ酸位置1から約アミノ酸位置25へ伸張するとして仮に同定されている。膜貫通ドメインは、約アミノ酸位置318-339及び598-617へ伸張するとして仮に同定されている（図１６、配列番号：３５）。
【００５８】
その他の側面では、本発明は、（ａ）図１６（配列番号：３５）を含めた残基26から約888のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４３５３ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上述において同定された単離された核酸分子の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４３５３ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図１６（配列番号：３５）の残基26から約888を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４３５３ポリペプチドを提供する。
【００５９】
その他の側面では、本発明は、図１６（配列番号：３５）を含めたアミノ酸残基26から888の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５３ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、図１６（配列番号：３５）の残基26から888のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５３ポリペプチドに関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図１６（配列番号：３５）を含めたアミノ酸残基26から約888の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５３ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４３５３抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４３５３ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４３５３断片は、天然ＰＲＯ４３５３ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図１６（配列番号：３５）を含めたアミノ酸残基約26から約888の配列を有するＰＲＯ４３５３ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００６０】
９．ＰＲＯ４３５７
本出願において、cDNAクローン（DNA84917-2597）が、「BK158_1」と相同性を有する新規ポリペプチドをコードすると同定され、そして「ＰＲＯ４３５７」と命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４３５７ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図１８（配列番号：４０）を含めたアミノ酸残基1又は約18から約502の配列を有するＰＲＯ４３５７ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図１７（配列番号：３９）を含めた、約残基337と約1791の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４３５７ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203863（DNA84917-2597）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203863（DNA84917-2597）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００６１】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図１８（配列番号：４０）を含めたアミノ酸残基約18から約502の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図１８（配列番号：４０）を含めたアミノ酸残基約18から約502の配列を有するＰＲＯ４３５７ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
その他の側面では、本発明は、（ａ）図１８（配列番号：４０）を含めた残基18から約502のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４３５７ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上述において同定された単離された核酸分子の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４３５７ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図１８（配列番号：４０）の残基18から502を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４３５７ポリペプチドを提供する。
【００６２】
その他の側面では、本発明は、図１８（配列番号：４０）を含めたアミノ酸残基18から約502の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５７ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、図１８（配列番号：４０）の残基18から502のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５７ポリペプチドに関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図１８（配列番号：４０）を含めたアミノ酸残基18から約502の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５７ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４３５７抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４３５７ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４３５７断片は、天然ＰＲＯ４３５７ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図１８（配列番号：４０）を含めたアミノ酸残基約18から約502の配列を有するＰＲＯ４３５７ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）培養細胞からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００６３】
１０．ＰＲＯ４４０５
cDNAクローン（DNA84920-2614）が、本出願において「ＰＲＯ４４０５」と命名された新規ポリペプチドをコードするものとして同定さた。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４４０５ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図２０（配列番号：４５）を含めたアミノ酸残基1又は約35から約310の配列を有するＰＲＯ４４０５ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図１９（配列番号：４４）を含めた、約残基181と約1008の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４４０５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203966（DNA84920-2614）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203966（DNA84920-2614）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００６４】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図２０（配列番号：４５）を含めたアミノ酸残基約35から約310の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図２０（配列番号：４５）を含めたアミノ酸残基約35から約310の配列を有するＰＲＯ４４０５ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
特別な側面においては、本発明は、ＰＲＯ４４０５ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子で、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴う又は伴わない、及びその可溶性変異体（例えば膜貫通ドメイン欠損又は不活性化変異体）を提供し、又はそのようなコード化核酸分子と相補的である。シグナルペプチドは、図２０（配列番号：４５）の配列のアミノ酸位置1から約アミノ酸位置34へ伸張するとして仮に同定されている。膜貫通ドメインは、約アミノ酸位置58からアミノ酸位置76へ伸張するとして仮に同定され（図２０、配列番号：４５）、おそらくII型膜貫通ドメインである。
【００６５】
その他の側面では、本発明は、（ａ）図２０（配列番号：４５）を含めた残基35から約310のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４４０５ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上述において同定された単離された核酸分子の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４４０５ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図２０（配列番号：４５）の残基35から約310を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４４０５ポリペプチドを提供する。
【００６６】
その他の側面では、本発明は、図２０（配列番号：４５）を含めたアミノ酸残基35から310の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４０５ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、図２０（配列番号：４５）の残基35から310のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４０５ポリペプチドに関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図２０（配列番号：４５）を含めたアミノ酸残基35から約310の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４０５ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４４０５抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４４０５ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４４０５断片は、天然ＰＲＯ４４０５ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図２０（配列番号：４５）を含めたアミノ酸残基約35から約310の配列を有するＰＲＯ４４０５ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００６７】
１１．ＰＲＯ４３５６
cDNAクローン（DNA86576-2595）が、MAGPIAPと相同性を有する新規ポリペプチドをコードすると同定され、そして本出願において「ＰＲＯ４３５６」と命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４３５６ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図２２（配列番号：５０）を含めたアミノ酸残基1又は約20から約251の配列を有するＰＲＯ４３５６ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図２１（配列番号：４９）を含めた、約残基112と約807の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４３５６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203868（DNA86576-2595）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203868（DNA86576-2595）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００６８】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図２２（配列番号：５０）を含めたアミノ酸残基約20から約251の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図２２（配列番号：５０）を含めたアミノ酸残基約20から約251の配列を有するＰＲＯ４３５６ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
特別な側面においては、本発明は、ＰＲＯ４３５６ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子で、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴う又は伴わない、及びその可溶性変異体（例えば膜貫通ドメイン欠損又は不活性化変異体）を提供し、又はそのようなコード化核酸分子と相補的である。シグナルペプチドは、図２２（配列番号：５０）の配列のアミノ酸位置1から約アミノ酸位置19へ伸張するとして仮に同定されている。膜貫通ドメインは、約アミノ酸位置223からアミノ酸位置251へ伸張するとして仮に同定された（図２２、配列番号：５０）。
【００６９】
その他の側面では、本発明は、（ａ）図２２（配列番号：５０）を含めた残基20から約251のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４３５６ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上述において同定された単離された核酸分子の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４３５６ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図２２（配列番号：５０）の残基20から約251を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４３５６ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図２２（配列番号：５０）を含めたアミノ酸残基20から251の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５６ポリペプチドに関する。
【００７０】
さらなる側面では、本発明は、図２２（配列番号：５０）の残基20から251のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５６ポリペプチドに関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図２２（配列番号：５０）を含めたアミノ酸残基20から約251の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５６ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４３５６抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４３５６ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４３５６断片は、天然ＰＲＯ４３５６ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図２２（配列番号：５０）を含めたアミノ酸残基約20から約251の配列を有するＰＲＯ４３５６ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００７１】
１２．ＰＲＯ４３５２  
cDNAクローン（DNA87976-2593）は、本出願において「ＰＲＯ４３５２」と命名され、プロトカドヘリンpc3と相同性を有する新規ポリペプチドをコードすると同定された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４３５２ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図２４（配列番号：５２）を含めたアミノ酸残基1又は約27から約800の配列を有するＰＲＯ４３５２ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図２３（配列番号：５１）を含めた、約残基257と約2578の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４３５６ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203888（DNA87976-2593）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203888（DNA87976-2593）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００７２】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図２４（配列番号：５２）を含めたアミノ酸残基約27から約800の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図２４（配列番号：５２）を含めたアミノ酸残基約27から約800の配列を有するＰＲＯ４３５２ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
特別な側面においては、本発明は、ＰＲＯ４３５２ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子で、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴う又は伴わない、及びその可溶性変異体（例えば膜貫通ドメイン欠損又は不活性化変異体）を提供し、又はそのようなコード化核酸分子と相補的である。シグナルペプチドは、図２４（配列番号：５２）の配列のアミノ酸位置1から約アミノ酸位置26へ伸張するとして仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ４３５２アミノ酸配列（図２４、配列番号：５２）中において約アミノ酸位置687からアミノ酸位置711へ伸張するとして仮に同定された。
【００７３】
その他の側面では、本発明は、（ａ）図２４（配列番号：５２）を含めた残基27から約800のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４３５２ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上記において定義された単離された核酸分子配列の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４３５２ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図２４（配列番号：５２）の残基27から約800を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４３５２ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図２４（配列番号：５２）を含めたアミノ酸残基27から約800の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５２ポリペプチドに関する。
【００７４】
さらなる側面では、本発明は、図２４（配列番号：５２）の残基27から800のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５２ポリペプチドに関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図２４（配列番号：５２）を含めたアミノ酸残基27から約800の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５２ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４３５２抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４３５２ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４３５２断片は、天然ＰＲＯ４３５２ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図２４（配列番号：５２）を含めたアミノ酸残基約27から約800の配列を有するＰＲＯ４３５２ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００７５】
１３．ＰＲＯ４３８０
cDNAクローン（DNA92234-2602）は、「ＰＲＯ４３８０」と本出願において命名され、新規ポリペプチドをコードすると同定された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４３８０ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図２６（配列番号：５７）を含めたアミノ酸残基１又は約27から約507の配列を有するＰＲＯ４３８０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図２５（配列番号：５６）を含めた、約残基２７９と約１７２１の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４３８０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203948（DNA92234-2602）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203948（DNA92234-2602）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００７６】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図２６（配列番号：５７）を含めたアミノ酸残基約27から約507の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図２６（配列番号：５７）を含めたアミノ酸残基約27から約507の配列を有するＰＲＯ４３８０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
特別な側面においては、本発明は、ＰＲＯ４３８０ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子で、Ｎ−末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴う又は伴わない、及びその可溶性変異体（例えば膜貫通ドメイン欠損又は不活性化変異体）を提供し、又はそのようなコード化核酸分子と相補的である。シグナルペプチドは、図２６（配列番号：５７）の配列のアミノ酸位置1から約アミノ酸位置26へ伸張するとして仮に同定されている。膜貫通ドメインは、ＰＲＯ４３８０アミノ酸配列（図２６、配列番号：５７）中において約アミノ酸位置273からアミノ酸位置292へ伸張するとして仮に同定された。
【００７７】
その他の側面では、本発明は、（ａ）図２６（配列番号：５７）を含めた残基27から約507のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４３８０ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上記において定義された単離された核酸分子配列の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４３８０ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図２６（配列番号：５７）の残基27から約507を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４３８０ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図２６（配列番号：５７）を含めたアミノ酸残基27から約507の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３８０ポリペプチドに関する。
【００７８】
さらなる側面では、本発明は、図２６（配列番号：５７）の残基27から507のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３８０ポリペプチドに関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図２６（配列番号：５７）を含めたアミノ酸残基27から約507の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３８０ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４３８０抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４３８０ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４３８０断片は、天然ＰＲＯ４３８０ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図２６（配列番号：５７）を含めたアミノ酸残基約27から約507の配列を有するＰＲＯ４３８０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００７９】
１４．ＰＲＯ４３５４
cDNAクローン（DNA92256-2596）は、「ＰＲＯ４３５４」と本出願において命名され、新規ポリペプチドをコードすると同定された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４３５４ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図２８（配列番号：５９）を含めたアミノ酸残基１又は約22から約248の配列を有するＰＲＯ４３５４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図２７（配列番号：５８）を含めた、約残基171と約851の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４３５４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203891（DNA92256-2596）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203891（DNA92256-2596）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００８０】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図２８（配列番号：５９）を含めたアミノ酸残基約22から約248の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図２８（配列番号：５９）を含めたアミノ酸残基約22から約248の配列を有するＰＲＯ４３５４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
その他の側面では、本発明は、（ａ）図２８（配列番号：５９）を含めた残基22から約248のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４３５４ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
【００８１】
その他の実施態様では、本発明は、上記において定義された単離された核酸分子配列の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４３５４ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図２８（配列番号：５９）の残基22から約248を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４３５４ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図２８（配列番号：５９）を含めたアミノ酸残基22から約248の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５４ポリペプチドに関する。
【００８２】
さらなる側面では、本発明は、図２８（配列番号：５９）の残基22から248のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５４ポリペプチドに関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図２８（配列番号：５９）を含めたアミノ酸残基22から約248の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４３５４ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４３５４抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４３５４ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４３５４断片は、天然ＰＲＯ４３５４ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図２８（配列番号：５９）を含めたアミノ酸残基約22から約248の配列を有するＰＲＯ４３５４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００８３】
１５．ＰＲＯ４４０８
cDNAクローン（DNA92274-2617）は、「ＰＲＯ４４０８」と本出願において命名され、新規ポリペプチドをコードすると同定された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４４０８ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図３０（配列番号：６１）を含めたアミノ酸残基1又は約23から約223の配列を有するＰＲＯ４４０８ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図２９（配列番号：６０）を含めた、約残基155と約757の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４４０８ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203971（DNA92274-2617）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203971（DNA92274-2617）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００８４】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図３０（配列番号：６１）を含めたアミノ酸残基約23から約223の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図３０（配列番号：６１）を含めたアミノ酸残基約２３から約２２３の配列を有するＰＲＯ４４０８ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
その他の側面では、本発明は、（ａ）図３０（配列番号：６１）を含めた残基23から約223のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４４０８ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである
その他の実施態様では、本発明は、上記において定義された単離された核酸配列の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４４０８ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図３０（配列番号：６１）の残基23から約223を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４４０８ポリペプチドを提供する。
【００８５】
その他の側面では、本発明は、図３０（配列番号：６１）を含めたアミノ酸残基23から約223の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４０８ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、図３０（配列番号：６１）の残基23から223のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４０８ポリペプチドに関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図３０（配列番号：６１）を含めたアミノ酸残基23から約223の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４０８ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４４０８抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４４０８ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４４０８断片は、天然ＰＲＯ４４０８ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図３０（配列番号：６１）を含めたアミノ酸残基約23から約223の配列を有するＰＲＯ４４０８ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００８６】
１６．ＰＲＯ５７３７
ｃDNAクローン（DNA92929-2534）は、IL-1と相同性を有する新規ポリペプチドをコードすると同定され、「ＰＲＯ５７３７」と本出願において命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ５７３７ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図３２（配列番号：６３）を含めたアミノ酸残基１又は約１８から約１３４の配列を有するＰＲＯ５７５３ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図３１（配列番号：６２）を含めた、約残基96又は約147と約497の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ５７５３ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203586（DNA92929-2534）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203586（DNA92929-2534）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００８７】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図３２（配列番号：６３）を含めたアミノ酸残基約18から約134の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図３２（配列番号：６３）を含めたアミノ酸残基約18から約134の配列を有するＰＲＯ５７３７ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
その他の側面では、本発明は、（ａ）図３２（配列番号：６３）を含めた残基18から約134のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ５７３７ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである
その他の実施態様では、本発明は、上記において定義された核酸配列の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ５７３７ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図３２（配列番号：６３）の残基18から約134を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ５７３７ポリペプチドを提供する。
【００８８】
その他の側面では、本発明は、図３２（配列番号：６３）を含めたアミノ酸残基18から約134の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ５７３７ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、図３２（配列番号：６３）の残基１８から１３４のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ５７３７ポリペプチドに関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図３２（配列番号：６３）を含めたアミノ酸残基18から約134の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ５７３７ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ５７３７抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ５７３７ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ５７３７断片は、天然ＰＲＯ５７３７ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図３２（配列番号：６３）を含めたアミノ酸残基約18から約134の配列を有するＰＲＯ５７３７ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００８９】
１７．ＰＲＯ４４２５
cDNAクローン（DNA93011-2637）は、GenBankのタンパク質、HGS_RE925、と相同性を有する新規ポリペプチドをコードすると同定され、「ＰＲＯ４４２５」と本出願において命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４４２５ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図３４（配列番号：６５）を含めたアミノ酸残基1又は約20から約136の配列を有するＰＲＯ４４２５ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図３３（配列番号：６４）を含めた、約残基84と約434の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４４２５ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号20-PTA（DNA93011-2637）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号20-PTA（DNA93011-2637）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【００９０】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図３４（配列番号：６５）を含めたアミノ酸残基約20から約136の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図３４（配列番号：６５）を含めたアミノ酸残基約20から約136の配列を有するＰＲＯ４４２５ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
その他の側面では、本発明は、（ａ）図３４（配列番号：６５）を含めた残基20から約136のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA、又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４４２５ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである
その他の実施態様では、本発明は、上記において定義された核酸配列の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４４２５ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図３４（配列番号：６５）の残基20から約136を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４４２５ポリペプチドを提供する。
【００９１】
その他の側面では、本発明は、図３４（配列番号：６５）を含めたアミノ酸残基20から約136の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４２５ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、図３４（配列番号：６５）の残基20から136のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４２５ポリペプチドに関する。
よりさらなる側面では、本発明は、図３４（配列番号：６５）を含めたアミノ酸残基20から約136の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４２５ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４４２５抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４４２５ポリペプチドの断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４４２５断片は、天然ＰＲＯ４４２５ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図３４（配列番号：６５）を含めたアミノ酸残基約20から約136の配列を有するＰＲＯ４４２５ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【００９２】
１８．ＰＲＯ５９９０
cDNAクローン（ここにおいてDNA96042-2682と命名された）は、セクレトグラニン(secretogranin)を及び新規ポリペプチドコードする核酸と相同性を有すると同定され、本出願において「ＰＲＯ５９９０」と命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ５９９０ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図３６（配列番号：６７）を含めたアミノ酸残基１又は約２２から約４６８の配列を有するＰＲＯ５９９０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
その他の側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図３６（配列番号：６７）を含めたアミノ酸残基約1又は約22から約468の配列を有するＰＲＯ５９９０ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体を含む。
【００９３】
他の側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図３５（配列番号：６６）を含めたヌクレオチド約265又は約328から約1668の配列を有するDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
その他の側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図３５（配列番号：６６）を含めた約265又は約328から約1668のヌクレオチド配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体を含む。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号382-PTA(DNA96042-2682)のATCCの下へ1999年7月20日に寄託されたヒトタンパク質cDNAによってコードされている同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様においては、単離された核酸分子は、（ａ）ATCC寄託番号382-PTA(DNA96042-2682)のATCCの下へ1999年7月20日に寄託されたヒトタンパク質cDNAによってコードされている同じ成熟ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体を含む。
【００９４】
その他の側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号382-PTA(DNA96042-2682)のATCCの下へ1999年7月20日に寄託されたヒトタンパク質cDNAの全長ポリペプチドコード化配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様においては、単離された核酸分子は、（ａ）ATCC寄託番号382-PTA(DNA96042-2682)のATCCの下へ1999年7月20日に寄託されたヒトタンパク質cDNAの全長ポリペプチドコード化配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体を含む。
その他の側面では、本発明は、図３６（配列番号：６７）を含めた、アミノ酸1又は約22から約468をコードする核酸配列の補体とハイブリダイゼーションをするヌクレオチド配列を含んでなる、下記に示すような活性ＰＲＯ５９９０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなるその他の側面では、本発明は、図３５（配列番号：６６）を含めた、ヌクレオチド265又は約328から約1668の間の核酸配列の補体とハイブリダイゼーションをするヌクレオチド配列を含んでなる、下記に示すような活性ＰＲＯ５９９０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
【００９５】
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約1301ヌクレオチドを有する単離された核酸分子、及び試験DNA分子を（ａ）図３６（配列番号：６７）を含めたアミノ酸残基約1又は約22から約468の配列を有するＰＲＯ５９９０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下においてハイブリダイゼーションさせることにより製造される単離された核酸分子、試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有する場合には、試験DNA分子を単離することにより製造された単離された核酸分子に関する。
その他の側面では、本発明は、図３６（配列番号：６７）を含めた残基約1又は約22から約468のアミノ酸配列と比較した際に、（ａ）少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約81％のポジティブ、より好ましくは少なくとも約82％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約83％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約84％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約86％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約87％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約88％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約89％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約91％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約92％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約93％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約94％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約95％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約96％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約97％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約98％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約99％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
【００９６】
特定の側面では、本発明は、Ｎ末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持たないＰＲＯ５９９０ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離核酸分子を提供し、或いはそのようなコード核酸分子に相補的であるものを提供する。シグナルペプチドは、（ａ）図３６（配列番号：６７）の配列のアミノ酸位置約1からアミノ酸位置約21まで伸展するものとして試験的に同定された。しかし、シグナルペプチドのＣ末端の境界は変化するが、最も可能性があるのはここで最初に同定されたようなシグナルペプチドのＣ末端の境界の何れかの側の僅か約5のアミノ酸に過ぎないことに留意すべきであり、ここで、シグナルペプチドのＣ末端の境界は当該分野で常套的に使用されている基準に従って同定することができる。Nielsenら, Prot. Engin. 10:1-6 (1997), von Heinjeら, Nucl. Acids Res. 14:4683-4690 (1986)。更に、ある場合には、分泌されたポリペプチドからのシグナル配列の切断は完全には一様ではなく、一以上の分泌種を生じることもまた認識される。これらのポリペプチド、及びそれをコードするポリヌクレオチドは本発明によって考慮される。従って、本出願の目的に対して、図３６（配列番号：６７）に示したＰＲＯ５９９０ポリペプチドのシグナルペプチドは、アミノ酸1からXまで延び、ここでXは（ａ）図３６（配列番号：６７）の15から25の任意のアミノ酸である。それ故に、本発明において包含されるＰＲＯ５９９０ポリペプチドの成熟型は、図３６（配列番号：６７）のアミノ酸Xから468を含んでなり、ここでＸは図３６（配列番号：６７）の16から36の任意のアミノ酸及び下記に記載のその変異体である。これらポリペプチドをコードする単離された核酸分子も考慮される。
【００９７】
その他の実施態様は、例えば、ハイブリダイゼーションプローブ、又は抗-ＰＲＯ５９９０ポリペプチド抗体の結合部位を含んでなるポリペプチドを選択的にコードしうるＰＲＯ５９９０ポリペプチドのコード化断片としての使用が見出されうるＰＲＯ５９９０ポリペプチドコード化配列の断片へ向けられている。そのような核酸断片は、通常少なくとも約20ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約50ヌクレオチドの長さ、さらによりより好ましくは少なくとも約60ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約70ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約80ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約90ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約110ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約120ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約130ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約140ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約150ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約160ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約170ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約180ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約190ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約200ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約250ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約300ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約350ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約400ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約450ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約500ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約600ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約700ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約800ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約900ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約1000ヌクレオチドの長さで、ここの文脈中の「約」という語句は、その参照長さのプラス又はマイナス10％の参照ヌクレオチド配列長さを意味する。好ましい実施態様は、ヌクレオチド配列断片は、図３５（配列番号：６６）に示されているヌクレオチド配列の任意の領域から派生している。ＰＲＯ５９９０ポリペプチドコード化ヌクレオチド配列の新規断片は、多数の良く知られたアライメントプログラムの何れかを使用して、ＰＲＯ５９９０ポリペプチドコード化配列と他の既知のヌクレオチド配列を並べ、どのＰＲＯ５９９０ポリペプチドコード化配列断片が新規であるかを決定する常套的手法により決定が可能である。全てのそのようなＰＲＯ５９９０ポリペプチドコード化ヌクレオチド配列は、ここにおいて考慮され、過度の実験を行わずに決定できる。また、考慮されるのは、これらヌクレオチド分子断片によってコードされているＰＲＯ５９９０ポリペプチド断片であり、好ましくは抗-ＰＲＯ５９９０抗体の結合部位を含むこれらＰＲＯポリペプチド断片である。
【００９８】
その他の実施態様では、本発明は、上記において同定された単離された核酸の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ５９９０ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図３６（配列番号：６７）の残基約1又は約22から約468を含んでなるアミノ酸配列を含む単離された天然配列ＰＲＯ５９９０ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図３６（配列番号：６７）を含めたアミノ酸残基約1又は約22から約468の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ５９９０ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号382-PTA(DNA96042-2682)のATCCの下へ1999年7月20日に寄託されたヒトタンパク質cDNAによってコードされているアミノ酸配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ５９９０ポリペプチドに関する。好ましい実施態様においては、単離されたＰＲＯ５９９０ポリペプチドは、ATCC寄託番号382-PTA(DNA96042-2682)のATCCの下へ1999年7月20日に寄託されたヒトタンパク質cDNAによってコードされたアミノ酸配列を含む。
【００９９】
さらなる側面では、本発明は、図３６（配列番号：６７）を含めた残基約1又は約22から約468のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約81％のポジティブ、より好ましくは少なくとも約82％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約83％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約84％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約86％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約87％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約88％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約89％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約91％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約92％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約93％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約94％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約95％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約96％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約97％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約98％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約99％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ５９９０ポリペプチドに関する。
特定の側面では、本発明は、Ｎ末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持たない単離されたＰＲＯ５９９０ポリペプチドを提供し、単離されたＰＲＯ５９９０ポリペプチドは、ここの前記において記載されたようなアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列よってコードされている。これと同じものを製造するプロセスは、また、ここにおいて記載され、その点においてそのようなプロセスは、ＰＲＯ５９９０ポリペプチドの発現にとって適した条件下において適切なコード化核酸分子を含むベクターを含んでなる宿主細胞を培養し、細胞培養からＰＲＯ５９９０ポリペプチドを回収することを含む。
さらなるその他の側面では、本発明は、図３６（配列番号：６７）を含めたアミノ酸残基約１又は約２２から約４６８の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ５９９０ポリペプチド、又は生物学的に活性或いは抗-ＰＲＯ５９９０抗体の結合部位を提供するのに十分な単離されたＰＲＯ５９９０ポリペプチドの断片に関し、生物学的に活性或いは抗-ＰＲＯ５９９０抗体の結合部位を提供するＰＲＯ５９９０ポリペプチドの断片の同定は、当該分野において良く知られた技術を用いた常套的方法によって完遂が可能である。好ましくは、ＰＲＯ５９９０断片は、天然ＰＲＯ５９９０ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
【０１００】
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図３６（配列番号：６７）を含めたアミノ酸残基約１又は約22から約468の配列を有するＰＲＯ５９９０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションによって製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
本発明のその他の実施態様は、ＰＲＯ５９９０ポリペプチド、そのアゴニスト又はアンタゴニスト又は抗-ＰＲＯ５９９０抗体に対して反応する症状の治療に有用な薬の調製のための、ＰＲＯ５９９０ポリペプチド、又はここにおいて記載されているようなＰＲＯ５９９０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの使用に向けられている。
【０１０１】
１９．ＰＲＯ６０３０
cDNAクローン（ここにおいてDNA96850-2705と命名された）は、セクレトグラニン(secretogranin)を及び新規ポリペプチドコードする核酸と相同性を有すると同定され、本出願において「ＰＲＯ６０３０」と命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ６０３０ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図３８（配列番号：７２）を含めたアミノ酸残基約１又は約27から約322の配列を有するＰＲＯ６０３０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
その他の側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図３８（配列番号：７２）を含めたアミノ酸残基約1又は約27から約322の配列を有するＰＲＯ６０３０ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体を含む。
【０１０２】
他の側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図３７（配列番号：７１）を含めたヌクレオチド約60又は約138から約1025の配列を有するDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
その他の側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図３７（配列番号：７１）を含めた約60又は約138から約1025のヌクレオチド配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体を含む。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号479-PTA(DNA96850-2705)のATCCの下へ1999年8月3日に寄託されたヒトタンパク質cDNAによってコードされている同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様においては、単離された核酸分子は、（ａ）ATCC寄託番号479-PTA(DNA96850-2705)のATCCの下へ1999年8月3日に寄託されたヒトタンパク質cDNAによってコードされている同じ成熟ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体を含む。
【０１０３】
その他の側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号479-PTA(DNA96850-2705)のATCCの下へ1999年8月3日に寄託されたヒトタンパク質cDNAの全長ポリペプチドコード化配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様においては、単離された核酸分子は、（ａ）ATCC寄託番号479-PTA(DNA96850-2705)のATCCの下へ1999年8月3日に寄託されたヒトタンパク質cDNAの全長ポリペプチドコード化配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体を含む。
その他の側面では、本発明は、図３８（配列番号：７２）を含めた、アミノ酸1又は約27から約322をコードする核酸配列の補体とハイブリダイゼーションをするヌクレオチド配列を含んでなる、下記に示すような活性ＰＲＯ６０３０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなるその他の側面では、本発明は、図３７（配列番号：７１）を含めた、ヌクレオチド60又は約138と約1025の間の核酸配列の補体とハイブリダイゼーションをするヌクレオチド配列を含んでなる、下記に示すような活性ＰＲＯ６０３０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。    
【０１０４】
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約528ヌクレオチドを有する単離された核酸分子、及び試験DNA分子を（ａ）図３８（配列番号：７２）を含めたアミノ酸残基約1又は約27から約322の配列を有するＰＲＯ６０３０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下においてハイブリダイゼーションさせることにより製造される単離された核酸分子、試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有する場合には、試験DNA分子を単離することにより製造される単離された核酸分子に関する。
その他の側面では、本発明は、図３８（配列番号：７２）を含めた残基約1又は約27から約322のアミノ酸配列と比較した際に、（ａ）少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約81％のポジティブ、より好ましくは少なくとも約82％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約83％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約84％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約86％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約87％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約88％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約89％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約91％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約92％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約93％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約94％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約95％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約96％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約97％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約98％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約99％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、又は（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
【０１０５】
特定の側面では、本発明は、Ｎ末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持たないＰＲＯ６０３０ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離核酸分子を提供し、或いはそのようなコード核酸分子に相補的であるものを提供する。シグナルペプチドは、（ａ）図３８（配列番号：７２）の配列のアミノ酸位置約1からアミノ酸位置約26まで伸展するものとして試験的に同定された。しかし、シグナルペプチドのＣ末端の境界は変化するが、最も可能性があるのはここで最初に同定されたようなシグナルペプチドのＣ末端の境界の何れかの側の僅か約5のアミノ酸に過ぎないことに留意すべきであり、ここで、シグナルペプチドのＣ末端の境界は当該分野で常套的に使用されている基準に従って同定することができる。Nielsenら, Prot. Engin. 10:1-6 (1997), von Heinjeら, Nucl. Acids Res. 14:4683-4690 (1986)。更に、ある場合には、分泌されたポリペプチドからのシグナル配列の切断は完全には一様ではなく、一以上の分泌種を生じることもまた認識される。これらのポリペプチド、及びそれをコードするポリヌクレオチドは本発明によって考慮される。従って、本出願の目的に対して、図３８（配列番号：７２）に示したＰＲＯ６０３０ポリペプチドのシグナルペプチドは、アミノ酸１からＸまで延び、ここでＸは（ａ）図３８（配列番号：７２）の21から31の任意のアミノ酸である。それ故に、本発明において包含されるＰＲＯ６０３０ポリペプチドの成熟型は、図３８（配列番号：７２）のアミノ酸Ｘから322を含んでなり、ここでＸは図３８（配列番号：７２）の21から31の任意のアミノ酸及び下記に記載のその変異体である。これらポリペプチドをコードする単離された核酸分子も考慮される。
その他の側面では、本発明は、膜貫通ドメイン欠損、又は膜貫通ドメイン不活性であるＰＲＯポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子、或いはＰＲＯ６０３０ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の補体である単離された核酸分子を提供し、膜貫通ドメインは、図３８（配列番号：７２）の配列中の約142のアミノ酸位置から約158のアミノ酸位置まで伸展していると試験的に特定されている。従って、ここにおいて記載されるＰＲＯ６０３０ポリペプチドの可溶性細胞外ドメインが考慮されている。
【０１０６】
この点について、本発明のその他の側面は、（ａ）Ｘが図３８（配列番号：７２）のアミノ酸137から147の任意のアミノ酸である、図３８（配列番号：７２）のアミノ酸1からXをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子に向けられている。特別な側面では、単離された核酸分子は、（ａ）Xが図３８（配列番号：７２）の137から147の任意のアミノ酸である、図３８（配列番号：７２）のアミノ酸1からXをコードする、或いは（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体であるヌクレオチド配列を含む。
本発明のその他の側面では、単離された核酸分子は、（ａ）Ｘが図３８（配列番号：７２）の137から147の任意のアミノ酸である、図３８（配列番号：７２）の残基約１からＸのアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約81％のポジティブ、より好ましくは少なくとも約82％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約83％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約84％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約86％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約87％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約88％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約89％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約91％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約92％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約93％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約94％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約95％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約96％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約97％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約98％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約99％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードする、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体である。
【０１０７】
その他の実施態様は、例えば、ハイブリダイゼーションプローブ、又は抗-ＰＲＯ６０３０ポリペプチド抗体の結合部位を含んでなるポリペプチドを選択的にコードしうるＰＲＯ６０３０ポリペプチドのコード化断片としての使用が見出されうるＰＲＯ６０３０ポリペプチドコード化配列の断片へ向けられている。そのような核酸断片は、通常少なくとも約20ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約50ヌクレオチドの長さ、さらによりより好ましくは少なくとも約60ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約70ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約80ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約90ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約110ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約120ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約130ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約140ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約150ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約160ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約170ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約180ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約190ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約200ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約250ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約300ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約350ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約400ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約450ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約500ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約600ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約700ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約800ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約900ヌクレオチドの長さ、さらにより好ましくは少なくとも約1000ヌクレオチドの長さで、ここの文脈中の「約」という語句は、その参照長さのプラス又はマイナス10％の参照ヌクレオチド配列長さを意味する。好ましい実施態様は、ヌクレオチド配列断片は、図３７（配列番号：７１）に示されているヌクレオチド配列の任意の領域から派生している。ＰＲＯ６０３０ポリペプチドコード化ヌクレオチド配列の新規断片は、多数の良く知られたアライメントプログラムの何れかを使用して、ＰＲＯ６０３０ポリペプチドコード化配列と他の既知のヌクレオチド配列を並べ、どのＰＲＯ６０３０ポリペプチドコード化配列断片が新規であるかを決定する常套的手法により決定が可能である。全てのそのようなＰＲＯ６０３０ポリペプチドコード化ヌクレオチド配列は、ここにおいて考慮され、過度の実験を行わずに決定できる。また、考慮されるのは、これらヌクレオチド分子断片によってコードされているＰＲＯ６０３０ポリペプチド断片であり、好ましくは抗-ＰＲＯ６０３０抗体の結合部位を含むこれらＰＲＯポリペプチド断片である。
【０１０８】
その他の実施態様では、本発明は、上記において同定された単離された核酸の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ６０３０ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図３８（配列番号：７２）の残基約1又は約27から約322を含んでなるアミノ酸配列を含む単離された天然配列ＰＲＯ６０３０ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図３８（配列番号：７２）を含めたアミノ酸残基約１又は約27から約322の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ６０３０ポリペプチドに関する。
【０１０９】
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号479-PTA(DNA96850-2705)のATCCの下へ1999年8月3日に寄託されたヒトタンパク質cDNAによってコードされているアミノ酸配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ６０３０ポリペプチドに関する。好ましい実施態様においては、単離されたＰＲＯ６０３０ポリペプチドは、ATCC寄託番号479-PTA(DNA96850-2705)のATCCの下へ1999年8月3日に寄託されたヒトタンパク質cDNAによってコードされたアミノ酸配列を含む。
さらなる側面では、本発明は、図３８（配列番号：７２）を含めた残基約１又は約２７から約３２２のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約81％のポジティブ、より好ましくは少なくとも約82％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約83％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約84％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約86％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約87％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約88％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約89％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約91％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約92％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約93％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約94％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約95％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約96％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約97％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約98％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約99％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ６０３０ポリペプチドに関する。
【０１１０】
特定の側面では、本発明は、Ｎ末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持たない単離されたＰＲＯ６０３０ポリペプチドを提供し、それは上述したそのようなアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列によりコードされる。これを生産する方法もまたここに記載され、ここで、これらの方法はＰＲＯ６０３０ポリペプチドの発現に適した条件下で適当なコード化核酸分子を含むベクターを含んでなる宿主細胞を培養し、細胞培養からＰＲＯ６０３０ポリペプチドを回収することを含んでなる。
本発明の他の側面は、膜貫通ドメインが欠失されたか膜貫通ドメインが不活性化された単離されたＰＲＯ６０３０ポリペプチドを提供する。これを生産する方法もまたここに記載され、ここで、これらの方法は、ＰＲＯ６０３０ポリペプチドの発現に適した条件下で適当なコード化核酸分子を含むベクターを含んでなる宿主細胞を培養し、細胞培養からＰＲＯ６０３０ポリペプチドを回収することを含んでなる。
従って、本発明の一側面は、Xが図３８（配列番号：７２）の137から147の任意のアミノ酸である、図３８（配列番号：７２）のアミノ酸１からＸに対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む単離された可溶性ＰＲＯ６０３０ポリペプチドに向けられている。好ましい側面では、単離された可溶性ＰＲＯ６０３０ポリペプチドは、Ｘが図３８（配列番号：７２）の137から147の任意のアミノ酸である、図３８（配列番号：７２）のアミノ酸1からXを含む。
【０１１１】
本発明のさらなるその他の側面では、単離された可溶性ＰＲＯ６０３０ポリペプチドは、図３８（配列番号：７２）の残基約１からＸのアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約81％のポジティブ、より好ましくは少なくとも約82％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約83％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約84％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約86％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約87％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約88％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約89％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約91％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約92％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約93％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約94％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約95％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約96％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約97％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約98％のポジティブ、さらにより好ましくは少なくとも約99％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含む。
さらなるその他の側面では、本発明は、図３８（配列番号：７２）を含めたアミノ酸残基約1又は約27から約322の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ６０３０ポリペプチド、又は生物学的に活性或いは抗-ＰＲＯ６０３０抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ６０３０ポリペプチドの断片に関し、生物学的に活性或いは抗-ＰＲＯ６０３０抗体の結合部位を提供するＰＲＯ６０３０ポリペプチドの断片の同定は、当該分野において良く知られた技術を用いた常套的方法によって完遂が可能である。好ましくは、ＰＲＯ６０３０断片は、天然ＰＲＯ６０３０ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
【０１１２】
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図３８（配列番号：７２）を含めたアミノ酸残基約１又は約27から約322の配列を有するＰＲＯ６０３０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションによって製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約81％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約82％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約83％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約84％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約86％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約87％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約88％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約89％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約91％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約92％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約93％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約94％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約95％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約96％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約97％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約98％の配列同一性、さらにより好ましくは少なくとも約99％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
さらにさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯ６０３０ポリペプチド、又はここに記載されたＰＲＯ６０３０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニスト、又は抗ＰＲＯ６０３０抗体を担体とともに含んでなる物質の組成物に関する。場合によっては、担体は製薬的に許容される担体である。
本発明のその他の実施態様は、ＰＲＯ６０３０ポリペプチド、そのアゴニスト又はアンタゴニスト又は抗-ＰＲＯ６０３０抗体に対して反応する症状の治療に有用な医薬の調製のための、ＰＲＯ６０３０ポリペプチド、又はここにおいて記載されているようなＰＲＯ６０３０ポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの使用に向けられている。
【０１１３】
２０．ＰＲＯ４４２４
cDNAクローン（DNA96857-2636）は、GenBankのタンパク質、寄託番号HGS_A135、と相同性を有する新規ポリペプチドをコードすると同定され、「ＰＲＯ４４２４」と本出願において命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４４２４ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図４０（配列番号：７４）を含めたアミノ酸残基1又は約29から約221の配列を有するＰＲＯ４４２４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図３９（配列番号：７３）を含めた、約残基136と約714の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４４２４ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号17-PTA（DNA96857-2636）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号17-PTA（DNA96857-2636）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【０１１４】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図４０（配列番号：７４）を含めたアミノ酸残基約29から約221の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図４０（配列番号：７４）を含めたアミノ酸残基約２９から約２２１の配列を有するＰＲＯ４４２４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
その他の側面では、本発明は、図４０（配列番号：７４）を含めた、残基29から221のアミノ酸配列と比較した際に、（ａ）少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA，又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
【０１１５】
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４４２４ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上記において定義された核酸配列の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４４２４ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図４０（配列番号：７４）の残基２９から約２２１を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４４２４ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図４０（配列番号：７４）を含めたアミノ酸残基29から約221の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４２４ポリペプチドに関する。
【０１１６】
さらなる側面では、本発明は、図４０（配列番号：７４）の残基29から221のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４２４ポリペプチドに関する。
さらなる他の側面では、本発明は、図４０（配列番号：７４）を含めたアミノ酸残基２９から約２２１の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４２４ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４４２４抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４４２４ポリペプチド断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４４２４断片は、天然ＰＲＯ４４２４ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図４０（配列番号：７４）を含めたアミノ酸残基約29から約221の配列を有するＰＲＯ４４２４ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【０１１７】
２１．ＰＲＯ４４２２
cDNAクローン（DNA96867-2620）は、リゾチームｇと相同性を有する新規ポリペプチドをコードすると同定され、「ＰＲＯ４４２２」と本出願において命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４４２２ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図４２（配列番号：７６）を含めたアミノ酸残基１又は約20から約194の配列を有するＰＲＯ４４２２ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図４１（配列番号：７５）を含めた、約残基375と約899の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４４２２ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号203972（DNA96867-2620）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号203972（DNA96867-2620）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【０１１８】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図４２（配列番号：７６）を含めたアミノ酸残基約20から約194の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図４２（配列番号：７６）を含めたアミノ酸残基約20から約194の配列を有するＰＲＯ４４２２ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
その他の側面では、本発明は、図４２（配列番号：７６）を含めた、残基20から約194のアミノ酸配列と比較した際に、（ａ）少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA，又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
【０１１９】
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４４２２ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上記において定義された核酸配列の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４４２２ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図４２（配列番号：７６）の残基20から約194を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４４２２ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図４２（配列番号：７６）を含めたアミノ酸残基20から約194の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４２２ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、図４２（配列番号：７６）の残基20から194のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４２２ポリペプチドに関する。
【０１２０】
さらなる他の側面では、本発明は、図４２（配列番号：７６）を含めたアミノ酸残基20から約194の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４２２ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４４２２抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４４２２ポリペプチド断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４４２２断片は、天然ＰＲＯ４４２２ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図４２（配列番号：７６）を含めたアミノ酸残基約20から約194の配列を有するＰＲＯ４４２２ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【０１２１】
２２．ＰＲＯ４４３０
cDNAクローン（DNA96878-2626）は、GenBankのタンパク質、寄託番号MMHC213L3_9、と相同性を有する新規ポリペプチドをコードすると同定され、「ＰＲＯ４４３０」と本出願において命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４４３０ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図４４（配列番号：７８）を含めたアミノ酸残基１又は約19から約125の配列を有するＰＲＯ４４３０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図４３（配列番号：７７）を含めた、約残基110と約430の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４４３０ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号23-PTA（DNA96878-2626）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号23-PTA（DNA96878-2626）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【０１２２】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図４４（配列番号：７８）を含めたアミノ酸残基約19から約125の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図４４（配列番号：７８）を含めたアミノ酸残基約19から約125の配列を有するＰＲＯ４４３０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
その他の側面では、本発明は、図４４（配列番号：７８）を含めた、残基19から125のアミノ酸配列と比較した際に、（ａ）少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA，又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
【０１２３】
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４４３０ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上記において定義された核酸配列の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４４３０ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図４４（配列番号：７８）の残基19から約125を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４４３０ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図４４（配列番号：７８）を含めたアミノ酸残基19から約125の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４３０ポリペプチドに関する。
【０１２４】
さらなる側面では、本発明は、図４４（配列番号：７８）の残基19から125のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４３０ポリペプチドに関する。
さらなる他の側面では、本発明は、図４４（配列番号：７８）を含めたアミノ酸残基19から約125の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４３０ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４４３０抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４４３０ポリペプチド断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４４３０断片は、天然ＰＲＯ４４３０ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図４４（配列番号：７８）を含めたアミノ酸残基約19から約125の配列を有するＰＲＯ４４３０ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【０１２５】
２３．ＰＲＯ４４９９
cDNAクローン（DNA96889-2641）は、新規ポリペプチドをコードすると同定され、「ＰＲＯ４４９９」と本出願において命名された。
一実施態様においては、本発明は、ＰＲＯ４４９９ポリペプチドをコードするDNAを含んでなる単離された核酸分子を提供する。
一側面では、単離された核酸分子は、（ａ）図４６（配列番号：８０）を含めたアミノ酸残基1又は約31から約339の配列を有するＰＲＯ４４９９ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、より好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含む。
その他の側面では、本発明は、図４５（配列番号：７９）を含めた、約残基275と約1201の間の核酸の補体とハイブリダイゼーションするDNAを含んでなるＰＲＯ４４９９ポリペプチドをコードする単離された核酸分子に関する。好ましくは、ハイブリダゼーションは、緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で起こる。
さらなる側面では、本発明は、（ａ）ATCC寄託番号119-PTA（DNA96889-2641）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）の核酸分子の補体と、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するDNAを含んでなる単離された核酸分子に関する。好ましい実施態様では、この核酸は、ATCC寄託番号119-PTA（DNA96889-2641）のヒトタンパク質cDNAによってコードされているのと同じ成熟ポリペプチドをコードするDNAを含む。
【０１２６】
よりさらなる側面では、本発明は、（ａ）図４６（配列番号：８０）を含めたアミノ酸残基約31から約339の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するポリペプチドをコードするDNA、又は（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
さらなる側面では、本発明は、少なくとも約50ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約100ヌクレオチドを有する単離された核酸分子で、試験DNA分子を（ａ）図４６（配列番号：８０）を含めたアミノ酸残基約３１から約３３９の配列を有するＰＲＯ４４９９ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、緊縮性条件下でハイブリダイゼーションすることにより製造されるもの、及びDNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、試験DNA分子を単離することより製造されるものに関する。
特定の側面では、本発明は、Ｎ末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを伴うか伴わない、ＰＲＯ４４９９ポリペプチドをコードしているDNAを含んでなる単離核酸分子、及びその可溶性変異体（すなわち膜貫通ドメイン欠失又は不活性化）又はそのようなコード化核酸分子に相補的なものを提供する。シグナルペプチドは、図４６(配列番号：８０)の配列において1のアミノ酸位置から約30のアミノ酸位置まで伸展していると試験的に特定された。膜貫通ドメインはＰＲＯ４４９９アミノ酸配列において約171のアミノ酸位置から約190のアミノ酸位置まで伸展していると試験的に特定された(図４６、配列番号：８０)。
その他の側面では、本発明は、図４６（配列番号：８０）を含めた、残基31から約339のアミノ酸配列と比較した際に、（ａ）少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするポリペプチドをコードするDNA，又は（ｂ）（ａ）のDNAの補体を含んでなる単離された核酸分子に関する。
【０１２７】
その他の実施態様は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用が見出されうる配列をコードするＰＲＯ４４９９ポリペプチドの断片へ向けられている。そのような核酸断片は、約20から約80ヌクレオチドの長さ、好ましくは約20から約60ヌクレオチドの長さ、さらに好ましくは約20から約50ヌクレオチドの長さ、及び最も好ましくは約20から約40ヌクレオチドの長さである。
その他の実施態様では、本発明は、上記において定義された核酸配列の何れかによってコードされている単離されたＰＲＯ４４９９ポリペプチドを提供する。
特別な側面では、本発明は、ある実施態様において、図４６（配列番号：８０）の残基３１から約３３９を含んでなるアミノ酸配列を包含する単離された天然配列ＰＲＯ４４９９ポリペプチドを提供する。
その他の側面では、本発明は、図４６（配列番号：８０）を含めたアミノ酸残基３１から約３３９の配列に対して、少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４９９ポリペプチドに関する。
さらなる側面では、本発明は、図４６（配列番号：８０）の残基31から339のアミノ酸配列と比較した際に、少なくとも約80％のポジティブ、好ましくは少なくとも約85％のポジティブ、さらに好ましくは少なくとも約90％のポジティブ、最も好ましくは少なくとも約95％のポジティブをスコアするアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４９９ポリペプチドに関する。
【０１２８】
さらなる他の側面では、本発明は、図４６（配列番号：８０）を含めたアミノ酸残基３１から約３３９の配列を含んでなる単離されたＰＲＯ４４９９ポリペプチド、又は抗-ＰＲＯ４４９９抗体の結合部位を提供するために十分な単離されたＰＲＯ４４９９ポリペプチド断片に関する。好ましくは、ＰＲＯ４４９９断片は、天然ＰＲＯ４４９９ポリペプチドの質的な生物活性を保持する。
さらにさらなる側面では、本発明は、（i）（ａ）図４６（配列番号：８０）を含めたアミノ酸残基約31から約339の配列を有するＰＲＯ４４９９ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体と、試験DNA分子との緊縮性条件下でのハイブリダイゼーションにより製造されるポリペプチド、及び試験DNA分子が（ａ）又は（ｂ）に対して少なくとも約80％の配列同一性、好ましくは少なくとも約85％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも約90％の配列同一性、最も好ましくは少なくとも約95％の配列同一性を有する場合に、（ii）試験DNA分子を含む宿主細胞をポリペプチドの発現に適した条件下で培養し、（iii）細胞培養からポリペプチドを回収することにより製造されるポリペプチドを提供する。
【０１２９】
２４．更なる実施態様
本発明の他の実施態様では、本発明はここに記載したポリペプチドの任意のものをコードするDNAを含んでなるベクターを提供する。そのようなベクターを含んでなる宿主細胞もまた提供される。例を挙げると、宿主細胞はCHO細胞、大腸菌、又は酵母でありうる。ここに記載のポリペプチドの任意のものを生産するための方法が更に提供され、これは、所望のポリペプチドの発現に適した条件下で宿主細胞を培養し、細胞培養から所望のポリペプチドを回収することを含んでなる。
他の実施態様では、本発明は、異種性ポリぺプチド又はアミノ酸配列に融合したここに記載のポリペプチドの任意のものを含んでなるキメラ分子を提供する。そのようなキメラ分子の例は、免疫グロブリンのFc領域又はエピトープタグ配列に融合したここに記載のポリペプチドの任意のものが含まれる。
他の実施態様では、本発明は上述の又は下記のポリペプチドの任意のものに特異的に結合する抗体を提供する。場合によっては、抗体はモノクローナル抗体、ヒト化抗体、抗体断片又は一本鎖抗体である。
さらに他の実施態様では、本発明は、ゲノム及びcDNAヌクレオチド配列を単離するために有用なオリゴヌクレオチドプローブ、又はこれをアンチセンスプローブとして提供し、ここでこれらプローブは上述の又は下記のヌクレオチド配列の任意のものから誘導されうる。
他の実施態様では、本発明はＰＲＯポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子を提供する。
【０１３０】
一態様では、単離された核酸分子は、（ａ）ここに開示された全長アミノ酸配列、ここに開示されたシグナルペプチドを欠くアミノ酸配列、又はシグナルペプチドを伴う又は伴わないここに開示した膜貫通タンパク質の細胞外ドメインを有するＰＲＯポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、あるいは少なくとも約81％の配列同一性、あるいは少なくとも約82％の配列同一性、あるいは少なくとも約83％の配列同一性、あるいは少なくとも約84％の配列同一性、あるいは少なくとも約85％の配列同一性、あるいは少なくとも約86％の配列同一性、あるいは少なくとも約87％の配列同一性、あるいは少なくとも約88％の配列同一性、あるいは少なくとも約89％の配列同一性、あるいは少なくとも約90％の酸配列同一性、あるいは少なくとも約91％の配列同一性、あるいは少なくとも約92％の配列同一性、あるいは少なくとも約93％の配列同一性、あるいは少なくとも約94％の配列同一性、あるいは少なくとも約95％の配列同一性、あるいは少なくとも約96％の配列同一性、あるいは少なくとも約97％の配列同一性、あるいは少なくとも約98％の配列同一性及びあるいは少なくとも約99％の配列同一性を有しているヌクレオチド配列を含んでなる。
他の態様では、単離された核酸分子は、（ａ）ここに開示された全長ＰＲＯポリペプチドcDNAのコード化配列、ここに開示されたシグナルペプチドを欠くＰＲＯポリペプチドcDNAのコード化配列、又はシグナルペプチドを伴う又は伴わないここに開示した膜貫通ＰＲＯポリペプチドの細胞外ドメインのコード化配列、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、あるいは少なくとも約81％の配列同一性、あるいは少なくとも約82％の配列同一性、あるいは少なくとも約83％の配列同一性、あるいは少なくとも約84％の配列同一性、あるいは少なくとも約85％の配列同一性、あるいは少なくとも約86％の配列同一性、あるいは少なくとも約87％の配列同一性、あるいは少なくとも約88％の配列同一性、あるいは少なくとも約89％の配列同一性、あるいは少なくとも約90％の酸配列同一性、あるいは少なくとも約91％の配列同一性、あるいは少なくとも約92％の配列同一性、あるいは少なくとも約93％の配列同一性、あるいは少なくとも約94％の配列同一性、あるいは少なくとも約95％の配列同一性、あるいは少なくとも約96％の配列同一性、あるいは少なくとも約97％の配列同一性、あるいは少なくとも約98％の配列同一性、あるいは少なくとも約99％の配列同一性を有しているヌクレオチド配列を含んでなる。
【０１３１】
更なる態様では、本発明は、（ａ）ここに開示されたATTCに寄託されたヒトタンパク質cDNAの任意のものによりコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするDNA分子、又は（ｂ）（ａ）のDNA分子の補体に対して、少なくとも約80％の配列同一性、あるいは少なくとも約81％の配列同一性、あるいは少なくとも約82％の配列同一性、あるいは少なくとも約83％の配列同一性、あるいは少なくとも約84％の配列同一性、あるいは少なくとも約85％の配列同一性、あるいは少なくとも約86％の配列同一性、あるいは少なくとも約87％の配列同一性、あるいは少なくとも約88％の配列同一性、あるいは少なくとも約89％の配列同一性、あるいは少なくとも約90％の酸配列同一性、あるいは少なくとも約91％の配列同一性、あるいは少なくとも約92％の配列同一性、あるいは少なくとも約93％の配列同一性、あるいは少なくとも約94％の配列同一性、あるいは少なくとも約95％の配列同一性、あるいは少なくとも約96％の配列同一性、あるいは少なくとも約97％の配列同一性、あるいは少なくとも約98％の配列同一性及びあるいは少なくとも約99％の配列同一性を有しているヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子に関する。
本発明の他の態様は、膜貫通ドメイン欠損又は膜貫通ドメイン不活性化のＰＲＯポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子を提供し、またはそのようなコード化ヌクレオチド配列に相補的であり、ここでそのようなポリペプチドの膜貫通ドメインがここに開示される。従って、ここに記載されたＰＲＯポリペプチドの可溶性細胞外ドメインが考慮される。
【０１３２】
他の実施態様は、例えば、場合によっては抗-ＰＲＯ抗体の結合部位を含んでなるポリペプチドをコードするＰＲＯポリペプチドのコード化断片のためのハイブリダイゼーションプローブ、又ははアンチセンスオリゴヌクレオチドプローブとしての利用を見出しうるＰＲＯポリペプチドコード化配列断片或いはその補体に向けられている。そのような核酸断片は通常少なくとも約20のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約30のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約40のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約50のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約60のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約70のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約80のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約90のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約100のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約110のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約120のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約130のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約140のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約150のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約160のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約170のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約180のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約190のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約200のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約250のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約300のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約350のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約400のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約450のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約500のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約600のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約700のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約800のヌクレオチド長さ、あるいは少なくとも約900のヌクレオチド長さ及びあるいは少なくとも約1000のヌクレオチド長さであり、ここで、「約」という用語は、その参照長さのプラス又はマイナス10％の参照ヌクレオチド配列長さを意味する。ＰＲＯポリペプチドコード化ヌクレオチド配列の新規な断片は、多くのよく知られた配列アラインメントプログラムの任意のものを使用してＰＲＯポリペプチドコードヌクレオチド配列を他の既知のヌクレオチド配列にアラインメントさせ、どのＰＲＯポリペプチドコード化ヌクレオチド配列断片が新規であるかを決定することにより常套的に決定することができることに留意される。そのようなＰＲＯポリペプチドコード化ヌクレオチド配列の全てがここで考慮される。また考慮されるものは、これらのヌクレオチド分子断片によりコードされるＰＲＯポリペプチド断片、好ましくは抗-ＰＲＯ抗体に対する結合部位を含んでなるＰＲＯポリペプチド断片である。
他の実施態様では、本発明は上記において特定した単離核酸配列の任意のものによりコードされる単離されたＰＲＯポリペプチドを提供する。
【０１３３】
ある側面では、本発明は、ここに開示された全長アミノ酸配列、ここに開示されたシグナルペプチドを欠く全長アミノ酸配列、又はシグナルペプチドを有する又は有しないのここに開示した膜貫通タンパク質の細胞外ドメインを有するＰＲＯポリペプチドに対して、少なくとも約80％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約81％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約82％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約83％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約84％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約85％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約86％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約87％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約88％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約89％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約90％の酸アミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約91％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約92％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約93％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約94％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約95％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約96％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約97％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約98％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約99％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたＰＲＯポリペプチドに関する。
更なる側面では、本発明は、ここに開示されたATTCに寄託されたヒトタンパク質ｃDNAの任意のものによりコードされるアミノ酸配列に対して、少なくとも約80％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約81％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約82％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約83％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約84％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約85％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約86％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約87％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約88％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約89％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約90％の酸アミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約91％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約92％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約93％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約94％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約95％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約96％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約97％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約98％のアミノ酸配列同一性及びあるいは少なくとも約99％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯポリペプチドに関する。
【０１３４】
さらなる態様では、本発明は、ここに開示された全長アミノ酸配列、ここに開示されたシグナルペプチドを欠くアミノ酸配列、又はシグナルペプチド有する又は有しないここに開示された膜貫通タンパク質の細胞外ドメイン、又はここに開示された全長アミノ酸配列の任意の特に定義された断片を有するＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列と比較したとき、少なくとも約80％のポジティブ、あるいは少なくとも約81％のポジティブ、あるいは少なくとも約82％のポジティブ、あるいは少なくとも約83％のポジティブ、あるいは少なくとも約84％のポジティブ、あるいは少なくとも約85％のポジティブ、あるいは少なくとも約86％のポジティブ、あるいは少なくとも約87％のポジティブ、あるいは少なくとも約88％のポジティブ、あるいは少なくとも約89％のポジティブ、あるいは少なくとも約90％のポジティブ、あるいは少なくとも約91％のポジティブ、あるいは少なくとも約92％のポジティブ、あるいは少なくとも約93％のポジティブ、あるいは少なくとも約94％のポジティブ、あるいは少なくとも約95％のポジティブ、あるいは少なくとも約96％のポジティブ、あるいは少なくとも約97％のポジティブ、あるいは少なくとも約98％のポジティブ、及びあるいは少なくとも約99％のポジティブのスコアを示すアミノ酸配列を含んでなる単離されたＰＲＯポリペプチドに関する。
特定の態様では、本発明は、Ｎ末端シグナル配列及び／又は開始メチオニンを持たない単離されたＰＲＯポリペプチドを提供し、それは上述したそのようなアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列によりコードされる。これを生産する方法もまたここに記載され、ここで、これらの方法はＰＲＯポリペプチドの発現に適した条件下で適切なコード化核酸分子を含むベクターを含んでなる宿主細胞を培養し、細胞培地からＰＲＯポリペプチドを回収することを含んでなる。
【０１３５】
本発明の他の側面は、膜貫通ドメイン欠損或いは膜貫通ドメイン不活性化の単離されたＰＲＯポリペプチドを提供する。これを生産する方法もまたここに記載され、ここで、これらの方法はＰＲＯポリペプチドの発現に適した条件下で適当なコード化核酸分子を含むベクターを含んでなる宿主細胞を培養し、細胞培地からＰＲＯポリペプチドを回収することを含んでなる。
さらに他の実施態様では、本発明は、ここで特定した天然ＰＲＯポリペプチドのアゴニスト及びアンタゴニストに関する。特別な実施態様では、アゴニスト又はアンタゴニストは、抗-ＰＲＯ抗体又は小分子である。
さらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯポリペプチドを候補分子と接触させ、前記ＰＲＯポリペプチドによって媒介される生物学的活性を監視することを含んでなる、ＰＲＯ
ポリペプチドに対するアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法に関する。
またさらなる実施態様では、本発明は、ＰＲＯポリペプチド、又はここに記載のアゴニスト又はアンタゴニスト、又は抗-ＰＲＯ抗体を担体とともに含んでなる物質の組成物に関する。場合によっては、担体は製薬的に許容される担体である。
本発明の他の実施態様は、上述のＰＲＯポリペプチド、そのアゴニスト又はアンタゴニスト又は抗-ＰＲＯ抗体に応答性である症状の治療に有用な医薬の調製のための、ＰＲＯポリペプチド、またはそのアゴニスト又はアンタゴニスト又は抗-ＰＲＯ抗体の使用に関する。
【０１３６】
（好適な実施態様の詳細な説明）
Ｉ．定義
ここで使用される際の「ＰＲＯポリペプチド」及び「ＰＲＯ」又は「ＵＣＰ］という用語は、直後に数値符号がある場合に種々のポリペプチドを指し、完全な符号（例えば、ＰＲＯ／数字）は、ここに記載する特定のポリペプチド配列を意味する。ここで使用される「ＰＲＯ／数字ポリペプチド」及び「ＰＲＯ／数字」であって、「数字」がここで使用される実際の数値符号として与えられる用語は、天然配列ポリペプチド及び変異体（ここで更に詳細に定義する）を含む。ここに記載されるＰＲＯポリペプチドは、ヒト組織型又は他の供給源といった種々の供給源から単離してもよく、組換え又は合成方法によって調製してもよい。
「天然配列ＰＲＯポリペプチド」は、天然由来の対応するＰＲＯポリペプチドと同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含んでいる。このような天然配列ＰＲＯポリペプチドは、自然から単離することもできるし、組換え又は合成手段により生産することもできる。「天然配列ＰＲＯポリペプチド」という用語には、特に、特定のＰＲＯポリペプチドの自然に生じる切断又は分泌形態(例えば、細胞外ドメイン配列)、自然に生じる変異形態(例えば、選択的にスプライシングされた形態)及びそのポリペプチドの自然に生じる対立遺伝子変異体が含まれる。本発明の種々の実施態様において、天然配列ＰＲＯポリペプチドは、添付の図面に示される全長アミノ酸配列を含む成熟又は全長天然配列ポリペプチドである。開始及び停止コドンは、図において太字又は下線で示した。しかし、添付の図面に開示したＰＲＯポリペプチドは、図面におけるアミノ酸１としてここに命名されるメチオニン残基で始まるように示されているが、図面におけるアミノ酸位置1の上流又は下流に位置する他のメチオニン残基をＰＲＯポリペプチドの開始アミノ酸残基として用いることも考えられるし可能でもある。
ＰＲＯポリペプチド「細胞外ドメイン」又は「ECD」は、膜貫通及び細胞質ドメインを実質的に有しないＰＲＯポリペプチドの形態を意味する。通常、ＰＲＯポリペプチドECDは、それらの膜貫通及び／又は細胞質ドメインを1％未満、好ましくはそのようなドメインを0.5％未満しか持たない。本発明のＰＲＯポリペプチドについて同定された任意の膜貫通ドメインは、疎水性ドメインのその型を同定するために当該分野において常套的に使用される基準に従い同定されることが理解されるであろう。膜貫通ドメインの厳密な境界は変わり得るが、最初に同定されたドメインのいずれかの末端から約5アミノ酸を越えない可能性が高い。従って、ＰＲＯポリペプチド細胞外ドメインは、場合によっては、実施例又は明細書で同定されるように膜貫通ドメイン及び／又は細胞外ドメインの境界のいずれかの側から約5を越えないアミノ酸を含んでもよく、シグナルペプチドを伴う又は伴わない、それらのポリペプチド及びそれらをコードする核酸は、本発明で考慮される。
【０１３７】
ここに開示する種々のＰＲＯポリペプチドの「シグナルペプチド」の適切な位置は、添付の図面に示す。しかし、注記するように、シグナルペプチドのＣ-末端境界は変化しうるが、ここで最初に定義したようにシグナルペプチドＣ-末端境界のいずれかの側で約５アミノ酸未満である可能性が最も高く、シグナルペプチドのＣ-末端境界は、そのような型のアミノ酸配列成分を同定するのに常套的に使用される基準に従って同定しうる（例えば、Nielsenら, Prot. Eng. 10: 1-6 (1997)及びvon Heinjeら, Nucl. Acids. Res. 14: 4683-4690 (1986)）。さらに、幾つかの場合には、分泌ポリペプチドからのシグナルペプチドの切断は完全に均一ではなく、一以上の分泌種をもたらすことも認められる。シグナルペプチドがここに定義されるシグナルペプチドのＣ-末端境界の何れかの側の約５アミノ酸未満内で切断されるこれらの成熟ポリペプチド、及びそれらをコードするポリヌクレオチドは、本発明で考慮される。
「ＰＲＯポリペプチド変異体」とは、上記又は下記に定義されるように、ここに開示される全長天然配列ＰＲＯポリペプチド、ここに開示されたシグナルペプチドを欠く全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、シグナルペプチド有無のここに開示されたＰＲＯの細胞外ドメイン又はここに開示された全長ＰＲＯポリペプチドの他の断片と、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する活性ＰＲＯポリペプチドを意味する。このようなＰＲＯポリペプチド変異体には、例えば、全長天然アミノ酸配列のＮ-又はＣ-末端において一又は複数のアミノ酸残基が付加、もしくは欠失されたＰＲＯポリペプチドが含まれる。通常、ＰＲＯポリペプチド変異体は、ここに開示される全長天然アミノ酸配列、ここに開示されたシグナルペプチドを欠く全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、シグナルペプチド有無のここに開示されたＰＲＯの細胞外ドメイン又はここに開示された全長ＰＲＯポリペプチドの他の断片と、少なくとも約80％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約81％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約82％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約83％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約84％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約85％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約86％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約87％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約88％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約89％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約90％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約91％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約92％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約93％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約94％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約95％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約96％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約97％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約98％のアミノ酸配列同一性、そして、あるいは少なくとも約99％のアミノ酸配列同一性を有している。通常は、ＰＲＯ変異体ポリペプチドは、少なくとも約10アミノ酸長、あるいは少なくとも約20アミノ酸長、あるいは少なくとも約30アミノ酸長、あるいは少なくとも約40アミノ酸長、あるいは少なくとも約50アミノ酸長、あるいは少なくとも約60アミノ酸長、あるいは少なくとも約70アミノ酸長、あるいは少なくとも約80アミノ酸長、あるいは少なくとも約90アミノ酸長、あるいは少なくとも約100アミノ酸長、あるいは少なくとも約150アミノ酸長、あるいは少なくとも約200アミノ酸長、あるいは少なくとも約300アミノ酸長、又はそれ以上である。
【０１３８】
ここに定義されるＰＲＯポリペプチドに対してここで同定されている「パーセント(％)アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、如何なる保存的置換も配列同一性の一部と考えないとした、ＰＲＯポリペプチドのアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の技量の範囲にある種々の方法、例えばBLAST、BLAST-2、ALIGN又はMegalign(DNASTAR)ソフトウエアのような公に入手可能なコンピュータソフトウエアを使用することにより達成可能である。当業者であれば、比較される配列の全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アラインメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。しかし、ここでの目的のためには、％アミノ酸配列同一性値は、配列比較コンピュータプログラムALIGN-2を用いて得られ、ALIGN-2プログラムのコンピューターソースコードは下記の表１に提供されている。ALIGN-2配列比較コンピュータプログラムはジェネンテク社によって作成され、下記の表１に示したソースコードは米国著作権事務所, Washington D.C., 20559へ使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号TXU510087の下で登録されている。ALIGN-2はジェネンテク社、South San Francisco, Californiaから公に入手可能であり、また下記の表１に提供されているソースコードからコンパイルしてもよい。ALIGN-2プログラムは、UNIXオペレーティングシステム、好ましくはデジタルUNIX V4.0Dでの使用のためにコンパイルされる。全ての配列比較パラメータは、ALIGN-2プログラムによって設定され変動しない。
【０１３９】
アミノ酸配列比較にALIGN-2が用いれれる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムALIGN-2のＡ及びＢのアラインメントによって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。この方法を用いた％アミノ酸配列同一性の計算の例として、表２及び３は、「比較タンパク質」と称されるアミノ酸配列の「ＰＲＯ」と称されるアミノ酸配列に対する％アミノ酸配列同一性の計算方法を示し、この時には「ＰＲＯ」が対象となる仮説的ＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列を表し、「比較タンパク質」が対象となる「比較」タンパク質が比較されているアミノ酸配列を表し、そして「Ｘ」、「Ｙ」及び「Ｚ」の各々が異なった仮説的アミノ酸残基を表す。
【０１４０】
特に断らない限り、ここで使用される全ての％アミノ酸配列同一性値は、ALIGN-2コンピュータプログラムを使用してすぐ前の段落に記載したようにして得られる。しかし、％アミノ酸配列同一性は、WU-BLAST-2コンピュータプログラム（Altschulら, Methods in Enzymology 266:460-480 (1996)）を用いて以下に記載されているようにして得ることもまたできる。WU-BLAST-2検索パラメータの殆どはデフォルト値に設定される。デフォルト値に設定されないもの、すなわち調節できるパラメータは、次の値に設定される：オーバーラップスパン＝1、オーバーラップフラクション＝0.125、ワード閾値（T）＝11、及びスコアリングマトリックス＝BLOSUM62。WU-BLAST-2を用いる場合、％アミノ酸配列同一性値は、（ａ）WU-BLAST-2によって決定された、天然ＰＲＯポリペプチドから誘導される配列を有する対象のＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列と対象の比較アミノ酸配列（すなわち、ＰＲＯ変異体ポリペプチドであってもよい対象のＰＲＯポリペプチドが比較されている配列）の間の合致する同一のアミノ酸残基の数を、（ｂ）対象のＰＲＯポリペプチドのアミノ酸残基の全数により割ることにより決定される。例えば、「アミノ酸配列Ｂと少なくとも80％のアミノ酸配列同一性を有する又は有しているアミノ酸配列Ａを含むポリペプチド」という記載において、アミノ酸配列Ａは対象の比較アミノ酸配列であり、アミノ酸配列Ｂは対象のＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列である。
また、％アミノ酸配列同一性は、配列比較プログラムNCBI-BLAST2（Altschulら, Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402 (1997)）を用いて決定してもよい。NCBI-BLAST2配列比較プログラムは、http://ww.ncbi.nlm.nih.govからダウンロードできる。NCBI-BLAST2は幾つかの検索パラメータを使用し、それら検索パラメータの全ては初期値に設定され、例えば、unmask＝可、鎖＝全て、予測される発生＝10、最小低複合長＝15/5、マルチパスｅ-値＝0.01、マルチパスの定数＝25、最終ギャップアラインメントのドロップオフ＝25、及びスコアリングマトリクス＝BLOSUM62を含む。
アミノ酸配列比較にNCBI-BLAST2が用いれれる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムNCBI-BLAST2のＡ及びＢのアラインメントによって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。
【０１４１】
「ＰＲＯ変異体ポリヌクレオチド」又は「ＰＲＯ変異体核酸配列」とは、下記に定義されるように、活性ＰＲＯポリペプチドをコードする核酸分子であり、ここに開示する全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチドを欠いた全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、シグナルペプチド有無のここに開示するＰＲＯポリペプチドの細胞外ドメイン、又はここに開示する全長ＰＲＯポリペプチド配列の他の任意の断片をコードする核酸配列と少なくとも80％の配列同一性を有する。通常は、ＰＲＯ変異体ポリペプチドヌクレオチドは、ここに開示する全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、ここに開示するシグナルペプチドを欠いた全長天然配列ＰＲＯポリペプチド配列、シグナルペプチド伴う又は伴わないここに開示するＰＲＯポリペプチドの細胞外ドメイン、又はここに開示する全長ＰＲＯポリペプチドの他の任意の断片をコードする核酸配列と、少なくとも約80％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約81％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約82％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約83％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約84％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約85％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約86％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約87％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約88％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約89％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約90％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約91％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約92％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約93％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約94％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約95％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約96％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約97％の核酸配列同一性、あるいは少なくとも約98％の核酸配列同一性、そして、あるいは少なくとも約99％の核酸配列同一性を有している。変異体は、天然ヌクレオチド配列を含まない。
通常は、ＰＲＯ変異体ポリヌクレオチドは、少なくとも約30ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約60ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約90ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約120ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約150ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約180ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約210ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約240ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約270ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約300ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約450ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約600ヌクレオチド長、あるいは少なくとも約900ヌクレオチド長、又はそれ以上である。
【０１４２】
ここで同定されるＰＲＯコード化核酸配列に対する「パーセント(％)核酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、ＰＲＯ配列のヌクレオチドと同一である候補配列中のヌクレオチドのパーセントとして定義される。パーセント核酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の知る範囲にある種々の方法、例えばBLAST、BLAST-2、ALIGN又はMegalign(DNASTAR)ソフトウエアのような公に入手可能なコンピュータソフトウエアを使用することにより達成可能である。しかし、ここでの目的のために、％核酸配列同一性の値はコンピュータプログラムALIGN-2を用いて計算され、ALIGN-2コンピュータプログラムのコンピューターソースコードは表１に提供されている。ALIGN-2配列比較コンピュータプログラムはジェネンテク社によって作成され、下記の表１に示したソースコードは米国著作権事務所, Washington D.C., 20559へ使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号TXU510087の下で登録されている。ALIGN-2はジェネンテク社、South San Francisco, Californiaから公に入手可能であり、また下記の表１に提供されているソースコードからコンパイルしてもよい。ALIGN-2プログラムは、UNIXオペレーティングシステム、好ましくはデジタルUNIX V4.0Dでの使用のためにコンパイルされる。全ての配列比較パラメータは、ALIGN-2プログラムによって設定され変動しない。
【０１４３】
核酸配列比較にALIGN-2が用いれれる状況では、与えられた核酸配列Ｃの、与えられた核酸配列Ｄとの、又はそれに対する％核酸配列同一性（あるいは、与えられた核酸配列Ｄと、又はそれに対して或る程度の％核酸配列同一性を持つ又は含む与えられた核酸配列Ｃと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｗ／Ｚの１００倍
ここで、Ｗは配列アラインメントプログラムALIGN-2のＣ及びＤのアラインメントによって同一であると一致したスコアのヌクレオチドの数であり、ＺはＤの全ヌクレオチド数である。核酸配列Ｃの長さが核酸配列Ｄの長さと異なる場合、ＣのＤに対する％核酸配列同一性は、ＤのＣに対する％核酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。％核酸配列同一性の計算の例として、表４及び５は、「比較DNA」と称される核酸配列の「ＰＲＯ-ＤＮＡ」と称される核酸配列に対する％核酸配列同一性の計算方法を示し、この時には「ＰＲＯ−ＤＮＡ」が対象となる仮説的ＰＲＯコード化核酸配列を表し、「比較DNA」が対象となる「ＰＲＯ−ＤＮＡ」核酸分子が比較されている核酸配列を表し、そして「N」、「L」及び「V」の各々が異なった仮説的アミノ酸残基を表す。
【０１４４】
特に断らない限り、ここで使用される全ての％核酸配列同一性値は、ALIGN-2コンピュータプログラムを使用してすぐ前の段落に記載したようにして得られる。しかし、％核酸配列同一性は、WU-BLAST-2コンピュータプログラム（Altschulら, Methods in Enzymology 266:460-480 (1996)）を用いて以下に記載されているようにして得ることもまたできる。WU-BLAST-2検索パラメータの殆どはデフォルト値に設定される。デフォルト値に設定されないもの、すなわち調節できるパラメータは、次の値に設定される：オーバーラップスパン＝1、オーバーラップフラクション＝0.125、ワード閾値（T）＝11、及びスコアリングマトリックス＝BLOSUM62。WU-BLAST-2を用いる場合、％核酸配列同一性値は、（ａ）WU-BLAST-2によって決定された、天然配列ＰＲＯポリペプチドコード化核酸から誘導される配列を有する対象のＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子と対象の比較核酸分子（すなわち、変異体ＰＲＯポリヌクレオチドであってもよい対象のＰＲＯポリペプチド-コード化核酸分子が比較されている配列）の間の合致する同一のヌクレオチドの数を、（ｂ）対象のＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子のヌクレオチドの全数により割ることにより決定される。例えば、「核酸配列Ｂと少なくとも８０％の核酸配列同一性を有する又は有している核酸配列Ａを含む単離された核酸分子」という記載において、核酸配列Ａは対象の比較核酸配列であり、核酸配列Ｂは対象のＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子の核酸配列である。
また、％核酸配列同一性は、配列比較プログラムNCBI-BLAST2（Altschulら, Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402 (1997)）を用いて決定してもよい。NCBI-BLAST2配列比較プログラムは、http://www.ncbi.nlm.nih.govからダウンロードできる。NCBI-BLAST2は幾つかの検索パラメータを使用し、それら検索パラメータの全ては初期値に設定され、例えば、unmask＝可、鎖＝全て、予測される発生＝10、最小低複合長＝15/5、マルチパスｅ-値＝0.01、マルチパスの定数＝25、最終ギャップアラインメントのドロップオフ＝25、及びスコアリングマトリクス＝BLOSUM62を含む。
【０１４５】
核酸配列比較にNCBI-BLAST2が用いれれる状況では、与えられた核酸配列Ｃの、与えられた核酸配列Ｄとの、又はそれに対する％核酸配列同一性（あるいは、与えられた核酸配列Ｄと、又はそれに対して或る程度の％核酸配列同一性を持つ又は含む与えられた核酸配列Ｃと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｗ／Ｚの１００倍
ここで、Ｗは配列アラインメントプログラムNCBI-BLAST2のＣ及びＤのアラインメントによって同一であると一致したスコアの核酸残基の数であり、ＺはＤの全核酸残基数である。核酸配列Ｃの長さが核酸配列Ｄの長さと異なる場合、ＣのＤに対する％核酸配列同一性は、ＤのＣに対する％核酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。
他の実施態様では、ＰＲＯ変異体ポリペプチドヌクレオチドは、活性ＰＲＯポリペプチドをコードし、好ましくは緊縮性ハイブリダイゼーション及び洗浄条件下で、ここに開示する全長ＰＲＯポリペプチドをコードするヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションする核酸分子である。ＰＲＯ変異体ポリペプチドは、ＰＲＯ変異体ポリヌクレオチドにコードされるものであってもよい。
【０１４６】
「陽性（ポジティブ）」という用語は、上記のように実施された配列比較の中で、比較された配列において同一ではないが類似の特性を有している残基（例えば、保存的置換の結果として、下記の表１参照）を含む。ここでの目的のために、陽性の％値は、（ａ）天然ＰＲＯポリペプチドから誘導された配列を有する対象とするＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列と、対象とする比較アミノ酸配列（即ち、ＰＲＯポリペプチド配列が比較されるアミノ酸配列）との間の、WU-BLAST-2のBLOSUM62マトリクス内でポジティブな値が付けられたアミノ酸残基の数を、（ｂ）対象とするＰＲＯポリペプチドのアミノ酸残基の総数で除した商によって決定される。
特に断らない限り、陽性の％値は、直上のパラグラフに記載したようにして計算される。WU-BLAST-2コンピュータプログラムを用いて得られる。しかしながら、ALIGN-2及びNCBI-BLAST2について上記したように実施されるアミノ酸配列同一性には、同一のみならず類似した特性をもつ配列におけるアミノ酸残基を含む。対象とするアミノ酸残基に対して陽性とされたアミノ酸残基は、対象とするアミノ酸残基と同一であるか、又は対象とするアミノ酸残基の好ましい置換（下記の表１に定義）であるものである。
ALIGN-2又はNCBI-BLAST2を用いたアミノ酸配列比較では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する陽性の％値（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して或る程度の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムALIGN-2又はNCBI-BLAST2のＡ及びＢのアラインメントによって陽性であるとされたスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、ＡのＢに対する％陽性は、ＢのＡに対する％陽性とは異なることが理解されるであろう。
【０１４７】
「単離された」とは、ここで開示された種々のポリペプチドを記述するために使用するときは、その自然環境の成分から同定され分離され及び／又は回収されたポリペプチドを意味する。その自然環境の汚染成分とは、そのポリペプチドの診断又は治療への使用を典型的には妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質が含まれる。好ましい実施態様において、ポリペプチドは、(１)スピニングカップシークエネーターを使用することにより、少なくとも15残基のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列を得るのに充分なほど、あるいは、(２)クーマシーブルーあるいは好ましくは銀染色を用いた非還元あるいは還元条件下でのSDS-PAGEによる均一性まで精製される。単離されたポリペプチドには、ＰＲＯポリペプチドの自然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞内のインサイツのタンパク質が含まれる。しかしながら、通常は、単離されたポリペプチドは少なくとも１つの精製プロセスにより調製される。
「単離された」ＰＲＯポリペプチドコード化核酸は、同定され、ＰＲＯポリペプチドをコードする核酸の天然源に通常付随している少なくとも１つの汚染核酸分子から分離された核酸分子である。単離されたＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子は、天然に見出される形態あるいは設定以外のものである。ゆえに、単離されたＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子は、天然の細胞中に存在するＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子とは区別される。しかし、単離されたＰＲＯポリペプチドコード化核酸分子は、例えば、核酸分子が天然細胞のものとは異なった染色体位置にあるＰＲＯポリペプチドを通常発現する細胞に含まれるＰＲＯポリペプチド核酸分子を含む。
「コントロール配列」という表現は、特定の宿主生物において作用可能に結合したコード配列を発現するために必要なDNA配列を指す。例えば原核生物に好適なコントロール配列は、プロモーター、場合によってはオペレータ配列、及びリボソーム結合部位を含む。真核生物の細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナル及びエンハンサーを利用することが知られている。
【０１４８】
核酸は、他の核酸配列と機能的な関係にあるときに「作用可能に結合し」ている。例えば、プレ配列あるいは分泌リーダーのDNAは、ポリペプチドの分泌に参画するプレタンパク質として発現されているなら、そのポリペプチドのDNAに作用可能に結合している；プロモーター又はエンハンサーは、配列の転写に影響を及ぼすならば、コード配列に作用可能に結合している；又はリボソーム結合部位は、もしそれが翻訳を容易にするような位置にあるなら、コード配列と作用可能に結合している。一般的に、「作用可能に結合している」とは、結合したDNA配列が近接しており、分泌リーダーの場合には近接していて読みフェーズにあることを意味する。しかし、エンハンサーは必ずしも近接している必要はない。結合は簡便な制限部位でのライゲーションにより達成される。そのような部位が存在しない場合は、従来の手法に従って、合成オリゴヌクレオチドアダプターあるいはリンカーが使用される。
「抗体」という用語は最も広い意味において使用され、例えば、単一の抗-ＰＲＯポリペプチドモノクローナル抗体(アゴニスト、アンタゴニスト、及び中和抗体を含む)、多エピトープ特異性を持つ抗-ＰＲＯ抗体組成物、一本鎖抗-ＰＲＯ抗体、及び抗-ＰＲＯ抗体の断片を包含している（下記参照）。ここで使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団、すなわち、構成する個々の抗体が、少量存在しうる自然に生じる可能性のある突然変異を除いて同一である集団から得られる抗体を称する。
【０１４９】
ハイブリダイゼーション反応の「緊縮性」は、当業者によって容易に決定され、一般的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングのための温度が高くなり、プローブが短くなると温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは、一般的に、相補的鎖がその融点に近いがそれより低い環境に存在する場合における変性DNAの再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイゼーション可能な配列との間の所望の相同性の程度が高くなると、使用できる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をより緊縮性にするが、低い温度は緊縮性を低下させる。さらに、緊縮性は塩濃度に逆比例する。ハイブリダイゼーション反応の緊縮性の更なる詳細及び説明は、Ausubelら, Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)を参照のこと。
ここで定義される「緊縮性条件」又は「高度の緊縮性条件」は、（１）洗浄のために低イオン強度及び高温度、例えば、50℃において0.015Mの塩化ナトリウム／0.0015Mのクエン酸ナトリウム／0.1%のドデシル硫酸ナトリウムを用いるもの；（２）ハイブリダイゼーション中にホルムアミド等の変性剤、例えば、42℃において50%（v/v）ホルムアミドと0.1％ウシ血清アルブミン／0.1％フィコール／0.1％のポリビニルピロリドン／50mMのpH6.5のリン酸ナトリウムバッファー、及び750mMの塩化ナトリウム、75mMクエン酸ナトリウムを用いるもの；（３）42℃における50％ホルムアミド、5ｘSSC（0.75MのNaCl、0.075Mのクエン酸ナトリウム）、50mMのリン酸ナトリウム（pH6.8）、0.1％のピロリン酸ナトリウム、5Xデンハード液、超音波処理サケ精子DNA（50μg/ml）、0.1％SDS、及び10％のデキストラン硫酸と、42℃における0.2ｘSSC（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中の洗浄及び55℃での50％ホルムアミド、次いで55℃におけるEDTAを含む0.1ｘSSCからなる高緊縮性洗浄を用いるものによって同定される。
「中程度の緊縮性条件」は、Sambrookら, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989に記載されているように同定され、上記の緊縮性より低い洗浄溶液及びハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、イオン強度及び％SDS）の使用を含む。中程度の緊縮性条件は、20％ホルムアミド、5ｘSSC（150mMのNaCl、15mMのクエン酸三ナトリウム）、50mMリン酸ナトリウム（pH7.6）、5ｘデンハード液、10％デキストラン硫酸、及び20mg/mLの変性剪断サケ精子DNAを含む溶液中の37℃での終夜インキュベーション、次いで1ｘSSC中37-50℃でのフィルターの洗浄といった条件である。当業者であれば、プローブ長などの因子に適合させる必要に応じて、どのようにして温度、イオン強度等を調節するかを認識するであろう。
【０１５０】
「エピトープタグ」なる用語は、ここで用いられるときは、「タグポリペプチド」に融合したＰＲＯポリペプチド、又はそれらのドメイン配列を含んでなるキメラポリペプチドを指す。タグポリペプチドは、その抗体が産生され得るエピトープ、又は幾つかの他の試薬によって同定できるエピトープを提供するに十分な数の残基を有しているが、その長さは対象とするＰＲＯポリペプチドの活性を阻害しないよう充分に短い。また、タグポリペプチドは、好ましくは、抗体が他のエピトープと実質的に交差反応をしないようにかなり独特である。適切なタグポリペプチドは、一般に、少なくとも6のアミノ酸残基、通常は約8〜約50のアミノ酸残基(好ましくは約10〜約20の残基)を有する。
ここで用いられる「イムノアドヘシン」なる用語は、異種タンパク質（「アドヘシン」）の結合特異性と免疫グロブリン定常ドメインとを結合した抗体様分子を指す。構造的には、イムノアドヘシンは、所望の結合特異性を持ち、抗体の抗原認識及び結合部位以外である（即ち「異種の」）アミノ酸配列と、免疫グロブリン定常ドメイン配列との融合物を含む。イムノアドヘシン分子のアドへシン部分は、典型的には少なくともレセプター又はリガンドの結合部位を含む隣接アミノ酸配列である。イムノアドヘシンの免疫グロブリン定常ドメイン配列は、IgG-1、IgG-2、IgG-3又はIgG-4サブタイプ、IgA（IgA-1及びIgA-2を含む）、IgE、IgD又はIgMなどの任意の免疫グロブリンから得ることができる。
ここで意図している「活性な」及び「活性」とは、天然又は天然発生ＰＲＯポリペプチドの生物学的及び／又は免疫学的活性を保持するＰＲＯの形態を意味し、「生物学的」活性とは、天然又は天然発生ＰＲＯによって生ずる（阻害性又は刺激性の）生物学的機能であって、天然又は天然発生ＰＲＯが有する抗原性エピトープに対して抗体を生成する能力を除くものを意味し、「免疫学的」活性とは、天然又は天然発生ＰＲＯが有する抗原性エピトープに対して抗体を生成する能力を意味する。
「アンタゴニスト」なる用語は最も広い意味で用いられ、ここに開示した天然ＰＲＯポリペプチドの生物学的活性を阻止、阻害、又は中和する任意の分子を指す。同様に「アゴニスト」なる用語は最も広い意味で用いられ、ここに開示した天然ＰＲＯポリペプチドの生物学的活性を模倣する任意の分子を指す。好適なアゴニスト又はアンタゴニスト分子は特に、アゴニスト又はアンタゴニスト抗体又は抗体断片、天然ＰＲＯポリペプチドの断片又はアミノ酸配列変異体、ペプチド、有機小分子、などを含む。ＰＲＯポリペプチドのアゴニスト又はアンタゴニストの同定方法は、ＰＲＯポリペプチドを候補アンタゴニスト又はアゴニストと接触させ、ＰＲＯポリペプチドに通常付随する一又は複数の生物学的活性の変化を測定することを含みうる。
【０１５１】
ここで使用される「治療」とは、治癒的処置、予防的療法及び防止的療法の両方を意味し、患者は標的とする病理学的状態又はしっかんを防止又は低下（減少）させられる。治療が必要なものとは、既に疾患に罹っているもの、並びに疾患に罹りやすいもの又は疾患が防止されているものを含む。
「慢性」投与とは、急性様式とは異なり連続的な様式での薬剤を投与し、初期の治療効果（活性）を長時間に渡って維持することを意味する。「間欠」投与とは、中断無く連続的になされるのではなく、むしろ本質的に周期的になされる処理である。
治療の対象のための「哺乳動物」は、ヒト、家庭及び農業用動物、動物園、スポーツ、又はペット動物、例えばイヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ、ウサギなどを含む哺乳類に分類される任意の動物を意味する。好ましくは、哺乳動物はヒトである。
一又は複数の治療薬と「組み合わせた」投与とは、同時（同時期）及び任意の順序での連続した投与を含む。
ここで用いられる「担体」は、製薬的に許容されうる担体、賦形剤、又は安定化剤を含み、用いられる用量及び濃度でそれらに暴露される細胞又は哺乳動物に対して非毒性である。生理学的に許容されうる担体は、水性pH緩衝溶液であることが多い。生理学的に許容されうる担体の例は、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸塩のバッファー；アスコルビン酸を含む酸化防止剤；低分子量（約10残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン；疎水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン又はリシン；グルコース、マンノース又はデキストランを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物；EDTA等のキレート剤；マンニトール又は祖ルビトール等の糖アルコール；ナトリウム等の塩形成対イオン；及び／又は非イオン性界面活性剤、例えばTWEEN(商品名)、ポリエチレングリコール（PEG）、及びPLURONICS(商品名)を含む。
【０１５２】
「抗体断片」は、無傷の抗体の一部、好ましくは無傷の抗体の抗原結合又は可変領域を含む。抗体断片の例は、Fab、Fab'、F（ab'）2、及びFv断片；ダイアボディ(disbodies)；直鎖状抗体（Zapataら, Protein Eng. 8(10): 1057-1062 [1995]）；一本鎖抗体分子；及び抗体断片から形成された多重特異性抗体を含む。
抗体のパパイン消化は、「Fab」断片と呼ばれる２つの同一の抗体結合断片を生成し、その各々は単一の抗原結合部位を持ち、残りは容易に結晶化する能力を反映して「Fc」断片と命名される。ペプシン処理はF(ab')2断片を生じ、それは２つの抗原結合部位を持ち、抗原を交差結合することができる。
「Fv」は、完全な抗原認識及び結合部位を含む最小の抗体断片である。この領域は、密接に非共有結合した１本の重鎖と１本の軽鎖の可変領域の二量体からなる。この配置において各ドメインの３つのCDRが相互作用してVH-VLに量体の表面に抗原結合部位を決定する。正しくは、６つのCDRsが抗体にたいする抗原結合特異性を持つ。しかしながら、単一の可変ドメイン（又は抗原に特異的な３つのCDRのみを含んでなるFvの半分）でさえ、結合部位全体よりは低い親和性であるが、抗原を認識し結合する能力を持つ。
またFab断片は、軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第１の定常ドメイン（CH1）も含む。Fab断片は、抗体ヒンジ領域からの一又は複数のシステインを含む重鎖CH１ドメインのカルボキシ末端に幾つかの残基が付加されていることによりFab断片と相違する。ここで、Fab'-SHは、定常ドメインのシステイン残基が遊離のチオール基を持つFab'を表す。F(ab')2抗体断片は、最初はFab' 断片の対として生成され、それらの間にヒンジシステインを有する。抗体断片の他の化学的結合も知られている。
任意の脊椎動物種からの抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ及びラムダと呼ばれる二つの明らかに異なる型の一方に分類される。
それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に依存して、免疫グロブリンは異なるクラスに分類できる。免疫グロブリンの五つの主要なクラス：IgA、IgD、IgE、IgG及びIgMがあり、それらの幾つかは更にサブクラス（アイソタイプ）、例えばIgG1、IgG2、IgG3，IgG4、IgA及びIgA2に分類される。
【０１５３】
「一本鎖Fv」又は「sFv」抗体断片は、抗体のVH及びVLドメインを含む抗体断片を含み、これらのドメインは単一のポリペプチド鎖に存在する。好ましくは、FvポリペプチドはVH及びVＬドメイン間にポリペプチドリンカーを更に含み、それはsFVが抗原結合に望まれる構造を形成するのを可能にする。scFvの概説については、The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg及びMoore編, Springer-Verlag, New York, pp. 269-315 (1994)のPluckthunを参照のこと。
用語「ダイアボディ(diabodies)」は、二つの抗原結合部位を持つ小型の抗体断片を指し、その断片は同じポリペプチド鎖（VH-VL）内で軽鎖可変ドメイン（VL）に結合した重鎖可変ドメイン（VH）を含む。同じ鎖の二つのドメイン間に対形成するには短すぎるリンカーを用いることにより、ドメインは強制的に他の鎖の相補的ドメインと対形成して二つの抗原結合部位を生成する。ダイアボディは、例えば、EP 404,097; WO 93/11161; 及びHollingerら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90: 6444-6448 (1993)により十分に記載されている。
「単離された」抗体は、その自然環境の成分から同定され分離及び／又は回収されたものである。その自然環境の汚染成分とは、その抗体の診断又は治療への使用を妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質が含まれる。好ましい実施態様において、抗体は、（１）ローリ法(Lowry method)で測定した場合95％を越える抗体、最も好ましくは99重量％を越えるまで、(２)スピニングカップシークエネーターを使用することにより、少なくとも１５残基のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列を得るのに充分なほど、あるいは、(３)クーマシーブルーあるいは好ましくは銀染色を用いた非還元あるいは還元条件下でのSDS-PAGEによる均一性まで精製される。単離された抗体には、抗体の自然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞内のインサイツの抗体が含まれる。しかしながら、通常は、単離された抗体は少なくとも１つの精製プロセスにより調製される。
【０１５４】
「標識」なる語は、ここで用いられる場合、抗体に直接又は間接的に抱合して「標識」抗体を生成する検出可能な化合物又は組成物を意味する。標識は、それ自身検出可能でもよく（例えば、放射性標識又は蛍光標識）、又は酵素標識の場合、検出可能な基質化合物又は組成物の化学変換を触媒してもよい。
「固相」とは、本発明の抗体がそれに付着することのできる非水性マトリクスを意味する。ここに意図する固相の例は、部分的又は全体的に、ガラス（例えば、孔制御ガラス）、多糖類（例えばアガロース）、ポリアクリルアミド、ポリスチレン、ポリビニルアルコール及びシリコーンから形成されたものを含む。或る種の実施態様では、内容に応じて、固相はアッセイプレートのウェルを構成することができ；その他では精製カラム（例えばアフィニティクロマトグラフィーカラム）とすることもできる。また、この用語は、米国特許第4,275,149号に記載されたような、別個の粒子の不連続な固相も包含する。
「リポソーム」は、種々の型の脂質、リン脂質及び／又は界面活性剤からなる小型の小胞であり、哺乳動物への薬物（ＰＲＯポリペプチド又はその抗体など）の輸送に有用である。リポソームの成分は、通常は生体膜の脂質配列に類似する二層形式に配列させる。
「小分子」とは、ここで、約500ダルトン未満の分子量を持つと定義される。
【０１５５】
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【０１５６】
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【０１５７】
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【０１５８】
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【０１５９】
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【０１６０】
ＩＩ.  本発明の組成物と方法
Ａ．全長ＰＲＯポリペプチド
本発明は、本出願でＰＲＯポリペプチドと命名されるポリペプチドをコードする新規に同定され単離された核酸配列を提供する。特に下記の実施例でさらに詳細に説明するように、種々のＰＲＯポリペプチドをコードするcDNAが同定され単離された。別々の発現ラウンドで生成されたタンパク質には異なるＰＲＯ番号が与えられるが、ＵＮＱ番号は全ての与えられたDNA及びコード化タンパク質に独特であり、変わることはないことを記しておく。しかしながら、単純化のために、本明細書において、ここに開示した全長天然核酸分子にコードされるタンパク質並びに上記のＰＲＯの定義に含まれるさらなる天然相同体及び変異体は、それらの起源又は調製形式に関わらず、「ＰＲＯ／番号」で呼称する。
下記の実施例に開示するように、種々のcDNAクローンがATCCに寄託されている。これらのクローンの正確なヌクレオチド配列は、この分野で常套的な方法を用いて寄託されたクローンを配列決定することにより容易に決定することができる。予測されるアミノ酸配列は、ヌクレオチド配列から常套的技量を用いて決定できる。ここに記載したＰＲＯポリペプチド及びコード化核酸について、本出願人は、現時点で入手可能な配列情報と最も良く一致するリーディングフレームであると考えられるものを同定した。
【０１６１】
１．全長ＰＲＯ１４８４ポリペプチド
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１４８４（図２及び配列番号：２に示されている）が、マウス脂肪細胞補体タンパク質（ACR3_MOUSE）の一部と或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１４８４が新規に同定された脂肪細胞補体関連タンパク質相同体であり、このタンパク質の典型的な活性有をすると考えられている。
２．全長ＰＲＯ４３３４ポリペプチド
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ４３３４（図４及び配列番号：９に示されている）が、PC-1と或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ４３３４が新規に同定されたPC-1ファミリーのメンバーであり、類似のメカニズムを有すると考えられている。
３．全長ＰＲＯ１１２２ポリペプチド
本発明は、本出願においてＰＲＯ１１２２と称されるポリペプチドをコードする、新規に同定され単離されたヌクレオチド配列を提供する。特に、本出願人は、以下の実施例で更に詳細に開示するような、ＰＲＯ１１２２ポリペプチドをコードするcDNAを同定し単離した。BLAST及びFastA配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、本出願人は、全長天然配列ＰＲＯ１１２２がCTLA-8と配列同一性を有していることを見出した。特に、アミノ酸配列は、IL-17と配列同一性を有する領域を示した。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１１２２ポリペプチドは新規なサイトカインであり、それ故に炎症反応に関与しうると考えられている。
【０１６２】
４．全長ＰＲＯ１８８９ポリペプチド
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１８８９（図８及び配列番号：１６に示されている）が、ヒトE48抗原タンパク質（HSE48ATGN_1）の一部と或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１８８９が新規に同定されたE48相同体であり、E48タンパク質の典型的な活性又は特性を有しうると考えられている。
５．全長ＰＲＯ１８９０ポリペプチド
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１８９０（図１０及び配列番号：１８に示されている）が、レイリンタンパク質（layilin protein）（AF093673_1）の一部と或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。
６．全長ＰＲＯ１８８７ポリペプチド      
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１８８７（図１２及び配列番号：２３に示されている）が、「ESTM_MOUSE」というDayhoff databaseで同定されたマウス肝カルボキシエステラーゼ前駆体と或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１８８７が新規に同定されたカルボキシエステラーゼファミリーのメンバーであり、カルボキシエステラーゼの典型的な酵素活性を有しうると考えられている。
【０１６３】
７．全長ＰＲＯ１７８５ポリペプチド
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ１７８５（図１４及び配列番号：２９に示されている）が、グルタチオンペルオキシダーゼと或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ１７８５が新規に同定されたペルオキシダーゼファミリーのメンバーであり、抗酸化活性を有しうると考えられている。抗酸化活性の制御は、癌及び老化の治療の対象である。
８．全長ＰＲＯ４３５３ポリペプチド
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ４３５３（図１６及び配列番号：３５に示されている）が、セマホリンＺと或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ４３５３が新規に同定されたセマホリンＺファミリーのメンバーであり、神経成長の阻害に関与していると考えられている。ＰＲＯ４３５３は、セマホリンＺのモジュレーター、特に中枢神経再生を促進する阻害剤の同定のためのアッセイに使用が可能である。
９．全長ＰＲＯ４３５７ポリペプチド
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ４３５７（図１８及び配列番号：４０に示されている）が、受託番号P_W48804の２８９個のアミノ酸と或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。しかし、ＰＲＯ４３５７は、Ｎ−末端に、さらに２１３個のアミノ酸を有している。
【０１６４】
１０．全長ＰＲＯ４４０５ポリペプチド
知られている限り、ＤＮＡ８４９２０−２６１４配列は、ここでＰＲＯ４４０５と命名される新規な因子をコードする。WU-BLAST-2配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と限られた配列同一性を持つことが明らかになった。
１１．全長ＰＲＯ４３５６ポリペプチド
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ４３５６（図２２及び配列番号：５０に示されている）が、転移関連ＧＰＩ固着タンパク質と或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ４３５６が新規に同定されたこのファミリーのメンバーであり、類似のメカニズムを有していると考えられている。
１２．全長ＰＲＯ４３５２ポリペプチド
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ４３５２（図２４及び配列番号：５２に示されている）が、プロトカドヘリンpc3及びプロトカドヘリンpc4と或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、ＰＲＯ４３５２が細胞接着に関与し、分化疾患、細胞接着、神経レセプター又は皮膚疾患に関する治療に使用できると考えられている。さらには、ＰＲＯ４３５２は、これら疾患に対するアゴニスト及びアンタゴニストを同定するためのスクリーンへ使用することができる。
【０１６５】
１３．全長ＰＲＯ４３８０ポリペプチド
知られている限り、ＤＮＡ９２２３４−２６０２配列は、ここでＰＲＯ４３８０と命名される新規な因子をコードする。WU-BLAST-2配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と限られた配列同一性を持つことが明らかになった。
１４．全長ＰＲＯ４３５４ポリペプチド
知られている限り、ＤＮＡ９２２５６−２５９６配列は、ここでＰＲＯ４３５４と命名される新規な因子をコードする。WU-BLAST-2配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と限られた配列同一性を持つことが明らかになった。
１５．全長ＰＲＯ４４０８ポリペプチド
知られている限り、ＤＮＡ９２２７４−２６１７配列は、ここでＰＲＯ４４０８と命名される新規な因子をコードする。WU-BLAST-2配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と限られた配列同一性を持つことが明らかになった。
１６．全長ＰＲＯ５７３７ポリペプチド  
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ５７３７（図３２及び配列番号：６３に示されている）が、IL-1及びIL-1Raと或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ５７３７が新規に同定されたこのファミリーのメンバーであり、類似のメカニズムを有していると考えられている。
【０１６６】
１７．全長ＰＲＯ４４２５ポリペプチド  
知られている限り、ＤＮＡ９３０１１−２６３７配列は、ここでＰＲＯ４４２５と命名される新規な因子をコードする。WU-BLAST-2配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、ＰＲＯ４４２５は、同一ではないが、GenBankのタンパク質、受託番号HGS_RE295と相同性を示した。
１８．全長ＰＲＯ５９９０ポリペプチド
ALIGN-2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ５９９０（図３６及び配列番号：６７に示されている）が、セクレトグラニンＩＩ（Secretogranin II）（Dayhoff番号GEN14673）と或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ５９９０が新規に同定されたセクレトグラニンタンパク質ファミリーのメンバーであり、一つ又はそれ以上の生物学的及び／又は免疫学的活性、或いはそのタンパク質ファミリーに典型的な性質を有しうると考えられている。
１９．全長ＰＲＯ６０３０ポリペプチド
ＤＮＡ９６８５０−２７０５クローンは、下記の実施例に記載のようにヒトライブラリーから単離された。知られている限り、ＤＮＡ９６８５０−２７０５配列は、ここでＰＲＯ６０３０と命名される新規な因子をコードする。ALIGN-2配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、任意の公知のタンパク質と顕著な配列同一性が無いということが明らかになった。
【０１６７】
２０．全長ＰＲＯ４４２４ポリペプチド
知られている限り、ＤＮＡ９６８５７−２６３６配列は、ここでＰＲＯ４４２４と命名される新規な因子をコードする。WU-BLAST-2配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、ＰＲＯ４４２４は、同一ではないが、GenBankのタンパク質、受託番号HGS_A135と相同性を示した。
２１．全長ＰＲＯ４４２２ポリペプチド
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ４４２２（図４２及び配列番号：７６に示されている）が、リゾチームｇと或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ４４２２が新規に同定されたこのファミリーのメンバーであり、リゾチーム活性を有しうると考えられている。
２２．全長ＰＲＯ４４３０ポリペプチド
WU-BLAST2配列アラインメントプログラムを用いて、全長天然配列ＰＲＯ４４３０（図４４及び配列番号：７８に示されている）が、GenBankのタンパク質、受託番号MMHC213_9と或る程度のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。従って、現在では、本出願で開示されるＰＲＯ４４３０がGenBankタンパク質と関連し、少なくとも一つの類似のメカニズムを共有しうると考えられている。
２３．全長ＰＲＯ４４９９ポリペプチド
知られている限り、ＤＮＡ９６８８９−２６４１配列は、ここでＰＲＯ４４９９と命名される新規な因子をコードする。WU-BLAST-2配列アラインメントコンピュータプログラムを用いて、公知のタンパク質と限られた配列同一性を持つことが明らかになった。
【０１６８】
Ｂ．ＰＲＯポリペプチド変異体
ここに記載した全長天然配列ＰＲＯポリペプチドに加えて、ＰＲＯ変異体も調製できると考えられる。ＰＲＯ変異体は、ＰＲＯポリペプチドDNAに適当なヌクレオチド変化を導入することにより、あるいは所望のＰＲＯポリペプチドを合成することにより調製できる。当業者は、グリコシル化部位の数又は位置の変化あるいは膜固着特性の変化などのアミノ酸変化がＰＲＯポリペプチドの翻訳後プロセスを変えうることを理解するであろう。
天然全長配列ＰＲＯ又はここに記載したＰＲＯポリペプチドの種々のドメインにおける変異は、例えば、米国特許第5,364,934号に記載されている保存的及び非保存的変異についての任意の技術及び指針を用いてなすことができる。変異は、結果として天然配列ＰＲＯと比較してＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列が変化するＰＲＯポリペプチドをコードする一又は複数のコドンの置換、欠失又は挿入であってよい。場合によっては、変異は少なくとも１つのアミノ酸のＰＲＯポリペプチドの一又は複数のドメインの任意の他のアミノ酸による置換である。いずれのアミノ酸残基が所望の活性に悪影響を与えることなく挿入、置換又は欠失されるかの指針は、ＰＲＯポリペプチドの配列を相同性の知られたタンパク質分子の配列と比較し、相同性の高い領域内でなされるアミノ酸配列変化を最小にすることによって見出される。アミノ酸置換は、一のアミノ酸の類似した構造及び／又は化学特性を持つ他のアミノ酸での置換、例えばロイシンのセリンでの置換、即ち保存的アミノ酸置換の結果とすることができる。挿入及び欠失は、場合によっては1から5のアミノ酸の範囲内とすることができる。許容される変異は、配列においてアミノ酸の挿入、欠失又は置換を系統的に作成し、得られた変異体を下記の実施例に記載するインビトロアッセイの任意のもので活性について試験することにより決定される。
【０１６９】
ＰＲＯポリペプチド断片がここに提供される。このような断片は、例えば、全長天然タンパク質と比較した際に、Ｎ-末端又はＣ-末端で切断されてもよく、又は内部残基を欠いていてもよい。或る種の断片は、ＰＲＯポリペプチドの所望の生物学的活性に必須ではないアミノ酸残基を欠いている。
ＰＲＯ断片は、多くの従来技術の任意のものによって調製してよい。所望のペプチド断片は化学合成してもよい。代替的方法は、酵素的消化、例えば特定のアミノ酸残基によって決定される部位のタンパク質を切断することが知られた酵素でタンパク質を処理することにより、あるいは適当な制限酵素でDNAを消化して所望の断片を単離することによるＰＲＯ断片の生成を含む。さらに他の好適な技術は、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）により、所望のポリペプチド断片をコードするDNA断片を単離し増幅することを含む。DNA断片の所望の末端を決定するオリゴヌクレオチドは、PCRの5' 及び3' プライマーで用いられる。好ましくは、ＰＲＯポリペプチド断片は、ここに開示した天然ＰＲＯポリペプチドと少なくとも１つの生物学的及び／又は免疫学的活性を共有する。
特別の実施態様では、対象とする保存的置換を、好ましい置換を先頭にして表１に示す。このような置換が生物学的活性の変化をもたらす場合、表１に例示的置換と名前を付けた又は以下にアミノ酸分類でさらに記載するように、より置換的な変化が導入され生成物がスクリーニングされる。
【０１７０】
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【０１７１】
ＰＲＯポリペプチドの機能及び免疫学的同一性の置換的修飾は、（ａ）置換領域のポリペプチド骨格の構造、例えばシート又は螺旋配置、（ｂ）標的部位の電荷又は疎水性、又は（ｃ）側鎖の嵩を維持しながら、それらの効果において実質的に異なる置換基を選択することにより達成される。天然発生残基は共通の側鎖特性に基づいてグループに分けることができる：
（１）疎水性：ノルロイシン, met, ala, val, leu, ile;
（２）中性の親水性：cys, ser, thr;
（３）酸性：asp, glu;
（４）塩基性：asn, gln, his, lys, arg;
（５）鎖配向に影響する残基：gly, pro; 及び
（６）芳香族：trp, tyr, phe。
非保存的置換は、これらの分類の一つのメンバーを他の分類に交換することを必要とするであろう。また、そのように置換された残基は、保存的置換部位、好ましくは残された（非保存）部位に導入されうる。
変異は、オリゴヌクレオチド媒介（部位特異的）突然変異誘発、アラニンスキャンニング、及びPCR突然変異誘発［Carterら, Nucl. Acids Res., 13: 4331 (1986); Zollerら, Nucl. Acids Res., 10: 6487 (1987)］、カセット突然変異誘発［Wellsら, Gene, 34: 315 (1985)］、制限的選択突然変異誘発［Wellsら, Philos. Trans. R. Soc. London SerA, 317: 415 (1986)］等のこの分野で知られた方法を用いてなすことができ、又は他の知られた技術をクローニングしたDNAに実施してＰＲＯ変異体DNAを作成することもできる。
また、隣接配列に沿って一又は複数のアミノ酸を同定するのにスキャンニングアミノ酸分析を用いることができる。好ましいスキャンニングアミノ酸は比較的小さく、中性のアミノ酸である。そのようなアミノ酸は、アラニン、グリシン、セリン、及びシステインを含む。アラニンは、ベータ炭素を越える側鎖を排除し変異体の主鎖構造を変化させにくいので、この群の中で典型的に好ましいスキャンニングアミノ酸である［Cuningham及びWells, Science, 244: 1081-1085 (1989)］。また、アラニンは最もありふれたアミノ酸であるため典型的には好ましい。さらに、それは埋もれた及び露出した位置の両方に見られることが多い［Creighton, The Proteins, (W.H. Freeman & Co., N.Y.); Chothia, J. Mol. Biol., 150: 1 (1976)］。アラニン置換が十分な量の変異体を生じない場合は、アイソテリック(isoteric)アミノ酸を用いることができる。
【０１７２】
Ｃ．ＰＲＯの修飾
ＰＲＯポリペプチドの共有結合的修飾は本発明の範囲内に含まれる。共有結合的修飾の一型は、ＰＲＯポリペプチドの標的とするアミノ酸残基を、ＰＲＯポリペプチドの選択された側鎖又はＮ又はＣ末端残基と反応できる有機誘導体化試薬と反応させることである。二官能性試薬での誘導体化が、例えばＰＲＯを水不溶性支持体マトリクスあるいは抗-ＰＲＯ抗体の精製方法又はその逆で用いるための表面に架橋させるのに有用である。通常用いられる架橋剤は、例えば、1,1-ビス（ジアゾアセチル）-2-フェニルエタン、グルタルアルデヒド、Ｎ-ヒドロキシスクシンイミドエステル、例えば4-アジドサリチル酸、3,3'-ジチオビス（スクシンイミジルプロピオネート）等のジスクシンイミジルエステルを含むホモ二官能性イミドエステル、ビス-Ｎ-マレイミド-1,8-オクタン等の二官能性マレイミド、及びメチル-3-[(p-アジドフェニル)-ジチオ］プロピオイミダート等の試薬を含む。
他の修飾は、グルタミニル及びアスパラギニル残基の各々対応するグルタミル及びアスパルチルへの脱アミノ化、プロリン及びリシンのヒドロキシル化、セリル又はトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リシン、アルギニン、及びヒスチジン側鎖のα-アミノ基のメチル化[T.E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties, W.H. Freeman & Co., San Francisco, pp.79-86 (1983)]、Ｎ末端アミンのアセチル化、及び任意のＣ末端カルボキシル基のアミド化を含む。
【０１７３】
本発明の範囲内に含まれるＰＲＯポリペプチドの共有結合的修飾の他の型は、ポリペプチドの天然グリコシル化パターンの変更を含む。「天然グリコシル化パターンの変更」とは、ここで意図されるのは、天然配列ＰＲＯに見られる１又は複数の炭水化物部分の欠失（存在するグリコシル化部位の除去又は化学的及び／又は酵素的手段によるグリコシル化の削除のいずれかによる）、及び／又は天然配列ＰＲＯに存在しない１又は複数のグリコシル化部位の付加を意味する。さらに、この文節は、存在する種々の炭水化物部分の性質及び特性の変化を含む、天然タンパク質のグリコシル化における定性的変化を含む。
ＰＲＯポリペプチドへのグリコシル化部位の付加はアミノ酸配列の変更を伴ってもよい。この変更は、例えば、１又は複数のセリン又はトレオニン残基の天然配列ＰＲＯ（Ｏ-結合グリコシル化部位）への付加、又は置換によってなされてもよい。ＰＲＯアミノ酸配列は、場合によっては、DNAレベルでの変化、特に、ＰＲＯポリペプチドをコードするDNAを予め選択された塩基において変異させ、所望のアミノ酸に翻訳されるコドンを生成させることを通して変更されてもよい。
【０１７４】
ＰＲＯポリペプチド上に炭水化物部分の数を増加させる他の手段は、グリコシドのポリペプチドへの化学的又は酵素的結合による。このような方法は、この技術分野において、例えば、1987年9月11日に発行されたWO 87/05330、及びAplin及びWriston, CRC Crit. Rev. Biochem., pp. 259-306 (1981)に記載されている。
ＰＲＯポリペプチド上に存在する炭水化物部分の除去は、化学的又は酵素的に、あるいはグルコシル化の標的として提示されたアミノ酸残基をコードするコドンの変異的置換によってなすことができる。化学的脱グリコシル化技術は、この分野で知られており、例えば、Hakimuddinら, Arch. Biochem. Biophys., 259:52 (1987)により、及びEdgeら, Anal. Biochem., 118: 131 (1981)により記載されている。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断は、Thotakuraら, Meth. Enzymol. 138:350 (1987)に記載されているように、種々のエンド及びエキソグリコシダーゼを用いることにより達成される。
本発明のＰＲＯの共有結合的修飾の他の型は、ＰＲＯポリぺプチドの、種々の非タンパク質様ポリマー、例えばポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、又はポリオキシアルキレンの一つへの、米国特許第4,640,835号；第4,496,689号；第4,301,144号；第4,670,417号；第4,791,192号又は第4,179,337号に記載された方法での結合を含む。
【０１７５】
また、本発明のＰＲＯポリペプチドは、他の異種ポリペプチド又はアミノ酸配列に融合したＰＲＯポリペプチドを含むキメラ分子を形成する方法で修飾してもよい。
一実施態様では、このようなキメラ分子は、抗タグ抗体が選択的に結合できるエピトープを提供するタグポリペプチドとＰＲＯポリペプチドとの融合を含む。エピトープタグは、一般的にはＰＲＯポリペプチドのアミノ又はカルボキシル末端に位置する。このようなＰＲＯポリペプチドのエピトープタグ形態の存在は、タグポリペプチドに対する抗体を用いて検出することができる。また、エピトープタグの提供は、抗タグ抗体又はエピトープタグに結合する他の型の親和性マトリクスを用いたアフィニティ精製によってＰＲＯポリペプチドを容易に精製できるようにする。種々のタグポリペプチド及びそれら各々の抗体はこの分野で良く知られている。例としては、ポリ−ヒスチジン（ポリ-his）又はポリ−ヒスチジン−グリシン（ポリ-his-gly）タグ；flu HAタグポリペプチド及びその抗体12CA5［Fieldら, Mol. Cell. Biol., 8:2159-2165 (1988)］；c-mycタグ及びそれに対する8F9、3C7、6E10、G4、B7及び9E10抗体［Evanら, Molecular and Cellular Biology, 5:3610-3616 (1985)］；及び単純ヘルペスウイルス糖タンパク質Ｄ（gD）タグ及びその抗体［Paborskyら, Protein Engineering, 3(6):547-553 (1990)］を含む。他のタグポリペプチドは、フラッグペプチド［Hoppら, BioTechnology, 6:1204-1210 (1988)］；KT3エピトープペプチド［Martinら, Science, 255:192-194 (1992)］；α-チューブリンエピトープペプチド［Skinnerら, J. Biol. Chem., 266:15163-15166 (1991)］；及びT7遺伝子10タンパク質ペプチドタグ［Lutz-Freyermuthら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6393-6397 (1990)］を含む。
それに換わる実施態様では、キメラ分子はＰＲＯの免疫グロブリン又は免疫グロブリンの特定領域との融合体を含んでもよい。キメラ分子の二価形態（「イムノアドヘシン」とも呼ばれる）については、そのような融合体はIgG分子のFc領域であり得る。Ig融合体は、好ましくはIg分子内の少なくとも１つの可変領域に換えてＰＲＯポリペプチドの可溶化（膜貫通ドメイン欠失又は不活性化）形態を含む。特に好ましい実施態様では、免疫グロブリン融合体は、IgG分子のヒンジ、CH2及びCH3、又はヒンジ、CH1、CH2及びCH3領域を含む。免疫グロブリン融合体の製造については、1995年6月27日発行の米国特許第5,428,130号を参照のこと。
【０１７６】
Ｄ．ＰＲＯの調製
以下の説明は、主として、ＰＲＯ核酸を含むベクターで形質転換又は形質移入された細胞を培養することによりＰＲＯを生産する方法に関する。もちろん、当該分野においてよく知られている他の方法を用いてＰＲＯを調製することができると考えられる。例えば、ＰＲＯ配列、又はその一部は、固相技術を用いた直接ペプチド合成によって生産してもよい［例えば、Stewartら, Solid-Phase Peptide Synthesis, W.H. Freeman Co., San Francisco, CA (1969)；Merrifield, J. Am. Chem. Soc., 85:2149-2154 (1963)参照］。手動技術又は自動によるインビトロタンパク質合成を行ってもよい。自動合成は、例えば、アプライド・バイオシステムズ・ペプチド合成機（Foster City, CA）を用いて、製造者の指示により実施してもよい。ＰＲＯの種々の部分は、別々に化学的に合成され、化学的又は酵素的方法を用いて結合させて全長ＰＲＯを生産してもよい。
【０１７７】
１．ＰＲＯをコードするDNAの単離
ＰＲＯをコードするDNAは、ＰＲＯｍＲＮＡを保有していてそれを検出可能なレベルで発現すると考えられる組織から調製されたcDNAライブラリから得ることができる。従って、ヒトＰＲＯ ＤＮＡは、実施例に記載されるように、ヒトの組織から調製されたcDNAライブラリから簡便に得ることができる。またＰＲＯ-コード化遺伝子は、ゲノムライブラリから又は公知の合成方法（例えば、自動化核酸合成）により得ることもできる。
ライブラリは、対象となる遺伝子あるいはその遺伝子によりコードされるタンパク質を同定するために設計されたプローブ(ＰＲＯに対する抗体又は少なくとも約20-80塩基のオリゴヌクレオチド等)によってスクリーニングできる。選択されたプローブによるcDNA又はゲノムライブラリのスクリーニングは、例えばSambrookら, Molecular Cloning: A Laboratory Manual(New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989)に記載されている標準的な手順を使用して実施することができる。所望のＰＲＯポリペプチドをコードする遺伝子を単離する他の方法はPCR法を使用するものである［Sambrookら,上掲；Dieffenbachら, PCR Primer：A Laboratory Manual(Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1995)］。
【０１７８】
下記の実施例には、cDNAライブラリのスクリーニング技術を記載している。プローブとして選択されたオリゴヌクレオチド配列は、充分な長さで、疑陽性が最小化されるよう充分に明瞭でなければならない。オリゴヌクレオチドは、スクリーニングされるライブラリ内のDNAとのハイブリダイゼーション時に検出可能であるように標識されていることが好ましい。標識化の方法は当該分野において良く知られており、32Ｐ標識されたＡＴＰのような放射線標識、ビオチン化あるいは酵素標識の使用が含まれる。中程度の厳密性及び高度の厳密性を含むハイブリダイゼーション条件は、上掲のSambrookらに与えられている。
このようなライブラリースクリーニング法において同定された配列は、Genbank等の公共データベース又は個人の配列データベースに寄託され公衆に利用可能とされている周知の配列と比較及びアラインメントすることができる。分子の決定された領域内又は全長に渡っての（アミノ酸又は核酸レベルのいずれかでの）配列同一性は、この分野で知られた、そしてここに記載した方法を用いて決定することができる。
タンパク質コード化配列を有する核酸は、初めてここで開示された推定アミノ酸配列を使用し、また必要ならば、cDNAに逆転写されなかったmRNAの生成中間体及び先駆物質を検出する上掲のSambrook等に記述されているような従来のプライマー伸展法を使用し、選択されたcDNA又はゲノムライブラリをスクリーニングすることにより得られる。
【０１７９】
２．宿主細胞の選択及び形質転換
宿主細胞を、ここに記載したＰＲＯ生産のための発現又はクローニングベクターで形質移入又は形質転換し、プロモーターを誘導し、形質転換体を選択し、又は所望の配列をコードする遺伝子を増幅するために適当に変性された常套的栄養培地で培養する。培養条件、例えば培地、温度、pH等々は、過度の実験をすることなく当業者が選ぶことができる。一般に、細胞培養の生産性を最大にするための原理、プロトコール、及び実用技術は、Mammalian Cell Biotechnology: a Practical Approach, M.Butler編 (IRL Press, 1991)及びSambrookら, 上掲に見出すことができる。
原核生物細胞形質移入及び真核生物細胞形質移入の方法、例えば、CaCl2、CaPO4、リポソーム媒介及びエレクトロポレーションは当業者に知られている。用いられる宿主細胞に応じて、その細胞に対して適した標準的な方法を用いて形質転換はなされる。前掲のSambrook等に記載された塩化カルシウムを用いるカルシウム処理又はエレクトロポレーションが、一般的に原核生物に対して用いられる。アグロバクテリウム・トゥメファシエンスによる感染が、Shawら, Gene, 23:315 (1983)及び1989年6月29日公開のWO 89/05859に記載されているように、或る種の植物細胞の形質転換に用いられる。このような細胞壁のない哺乳動物の細胞に対しては、Graham及びvan der Eb, Virology, 52:456-457 (1978)のリン酸カルシウム沈降法が好ましい。哺乳動物細胞の宿主系形質転換の一般的な態様は米国特許第4,399,216号に記載されている。酵母菌中への形質転換は、典型的には、Van solingenら, J. Bact., 130:946 (1977)及びHsiaoら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 76:3829 (1979)の方法に従って実施される。しかしながら、DNAを細胞中に導入する他の方法、例えば、核マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、無傷の細胞、又はポリカチオン、例えばポリブレン、ポリオルニチン等を用いる細菌プロトプラスト融合もまた用いることもできる。哺乳動物細胞を形質転換するための種々の技術については、Keownら, Methods in Enzymology, 185:527-537 (1990)及び Mansourら, Nature, 336:348-352 (1988)を参照のこと。
【０１８０】
ここに記載のベクターにDNAをクローニングあるいは発現するために適切な宿主細胞は、原核生物、酵母菌、又は高等真核生物細胞である。適切な原核生物は、限定するものではないが、真正細菌、例えばグラム陰性又はグラム陽性生物体、例えば大腸菌のような腸内細菌科を含む。種々の大腸菌株が公衆に利用可能であり、例えば、大腸菌K12株MM294（ATCC31,446）；大腸菌X1776（ATCC31,537）；大腸菌株W3110（ATCC27,325）及びK5772（ATCC53,635）である。他の好ましい原核動物宿主細胞は、大腸菌、例えば、E. coli、エンテロバクター、エルビニア(Erwinia)、クレブシエラ(Klebsiella)、プロテウス(Proteus)、サルモネラ、例えば、ネズミチフス菌、セラチア、例えば、セラチアマルセサンス(Serratia marcescans) 、及び赤痢菌、並びに桿菌、例えばバシリスブチリス(B. subtilis)及びバシリリチェニフォルミス(B.licheniformis)（例えば、1989年4月12日発行のDD 266,710に記載されたバシリリチェニフォルミス41P）、シュードモナス、例えば緑膿筋及びストレプトマイセスなどの腸内細菌科を含む。これらの例は限定ではなく例示である。株W3110は、組換えDNA生産発行のための共通の宿主株であるので一つの特に好ましい宿主又は親宿主である。好ましくは、宿主細胞は最小量のタンパク質分解酵素を分泌する。例えば、株W3110は、細胞に外来のタンパク質をコードする遺伝子における遺伝子変異をするように修飾してもよく、そのような宿主の例としては、完全な遺伝子型tonAを有する大腸菌W3110株1A2；完全な遺伝子型tonA ptr3を有する大腸菌W3110株9E4；完全な遺伝子型tonA prt3 phoA E15 (argF-lac)169 degP ompTkanを有する大腸菌W3110株27C7（ATCC 55,244）；完全な遺伝子型tonA ptr3 phoA E15  (algF-lac)169  degP ompT rbs7ilvGkanを有する大腸菌W3110株37D6；非カナマイシン耐性degP欠失変異を持つ37D6株である大腸菌W3110株40B4；及び1990年8月7日発行の米国特許第4,946,783号に開示された変異周辺質プロテアーゼを有する大腸菌株を含む。あるいは、クローニングのインビトロ法、例えばPCR又は他の核酸ポリメラーゼ反応が好ましい。
【０１８１】
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母菌のような真核微生物は、ＰＲＯポリペプチドコード化ベクターのための適切なクローニング又は発現宿主である。サッカロミセス・セレヴィシアは、通常用いられる下等真核生物宿主微生物である。他に、シゾサッカロミセスプロンブ(Schizosaccharomyces prombe)（Beach及びNurse, Nature, 290: 140 [1981]; 1985年5月2日発行のEP 139,383）；クルベロミセスホスツ(Kluveromyces hosts)（米国特許第4,943,529号; Fleerら, Bio/Technology, 9: 968-975 (1991)）、例えばケーラクチス(K. lactis)（MW98-8C, CBS683, CBS4574; Louvencourtら, J. Bacteriol. 737 [1983]）、ケーフラギリス(K. fragilis)（ATCC 12,424）、ケーブルガリクス(K. bulgaricus)（ATCC 16,045）、ケーウィケラミイ(K. wickeramii)（ATCC 24,178）、ケーワルチイ(K. waltii)（ATCC 56,500）、ケードロソフィラルム(K. drosophilarum)（ATCC 36,906; Van den Bergら, Bio/Technology, 8: 135 (1990)）、ケーテモトレランス(K.themotolerans)及びケーマルキシアナス(K. marxianus)；ヤロウィア(yarrowia)（EP 402,226）；ピッチャパストリス(Pichia pastoris)（EP 183,070; Sheekrishnaら, J. Basic Microbiol, 28: 265-278 [1988]）；カンジダ；トリコデルマレーシア(reesia)（EP 244,234）；アカパンカビ（Caseら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 76: 5259-5263 [1979]）；シュワニオマイセス(schwanniomyces)、例えばシュワニオマイセスオクシデンタリス(occidentalis)（1990年10月31日発行のEP 394,538）；及び糸状真菌、例えば、ニューロスポラ、ペニシリウム、トリポクラジウム(Tolypocladium)（1991年1月10日発行のWO 91/00357）；及びコウジ菌、例えば偽巣性コウジ菌（Ballanceら, Biochem. Biophys. Res. Commun., 112: 284-289 [1983]; Tilburnら, Gene, 26: 205-221 [1983]; Yeltonら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81: 1470-1474 [1984]）及びクロカビ（Kelly及びHynes, EMBO J., 4: 475-479 [1985]）が含まれる。ここで好ましいメチロトロピック(methylotropic)酵母は、これらに限られないが、ハンセヌラ(Hansenula)、カンジダ、クロエケラ(Kloeckera)、ピチア(Pichia)、サッカロミセス、トルロプシス(Torulopsis)、及びロドトルラ(Rhodotorula)からなる属から選択されるメタノールで成長可能な酵母を含む。この酵母の分類の例示である特定の種のリストは、C. Anthony, The Biochemistry of Methylotrophs, 269 (1982)に記載されている。
【０１８２】
グリコシル化ＰＲＯの発現に適切な宿主細胞は、多細胞生物から誘導される。無脊椎動物細胞の例としては、ショウジョウバエS2及びスポドスペラSf9等の昆虫細胞並びに植物細胞が含まれる。有用な哺乳動物宿主株化細胞の例は、チャイニーズハムスター卵巣（CHO）及びCOS細胞を含む。より詳細な例は、SV40によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株 (COS-7, ATCC CRL 1651);ヒト胚腎臓株（293又は懸濁培養での増殖のためにサブクローン化された293細胞、Grahamら, J. Gen Virol., 36:59 (1977)）;チャイニーズハムスター卵巣細胞／-DHFR(CHO, Urlaub及びChasin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77:4216 (1980));マウスのセルトリ細胞（TM4, Mather, Biol. Reprod., 23:243-251 (1980)）ヒト肺細胞 (W138, ATCC CCL 75); ヒト肝細胞 (Hep G2, HB 8065); 及びマウス乳房腫瘍細胞 (MMT 060562, ATTC CCL51)を含む。適切な宿主細胞の選択は、この分野の技術常識内にある。
【０１８３】
３．複製可能なベクターの選択及び使用
ＰＲＯをコードする核酸(例えば、cDNA又はゲノムDNA)は、クローニング(DNAの増幅)又は発現のために複製可能なベクター内に挿入される。様々なベクターが公的に入手可能である。ベクターは、例えば、プラスミド、コスミド、ウイルス粒子、又はファージの形態とすることができる。適切な核酸配列が、種々の手法によってベクターに挿入される。一般に、DNAはこの分野で周知の技術を用いて適当な制限エンドヌクレアーゼ部位に挿入される。ベクター成分としては、一般に、これらに制限されるものではないが、一又は複数のシグナル配列、複製開始点、一又は複数のマーカー遺伝子、エンハンサーエレメント、プロモーター、及び転写終結配列を含む。これらの成分の一又は複数を含む適当なベクターの作成には、当業者に知られた標準的なライゲーション技術を用いる。
ＰＲＯは直接的に組換え手法によって生産されるだけではなく、シグナル配列あるいは成熟タンパク質あるいはポリペプチドのＮ-末端に特異的切断部位を有する他のポリペプチドである異種性ポリペプチドとの融合ペプチドとしても生産される。一般に、シグナル配列はベクターの成分であるか、ベクターに挿入されるＰＲＯ-コード化DNAの一部である。シグナル配列は、例えばアルカリフォスファターゼ、ペニシリナーゼ、lppあるいは熱安定性エンテロトキシンIIリーダーの群から選択される原核生物シグナル配列であってよい。酵母の分泌に関しては、シグナル配列は、酵母インベルターゼリーダー、アルファ因子リーダー(酵母菌属(Saccharomyces)及びクルイベロマイシス(Kluyveromyces)α因子リーダーを含み、後者は米国特許第5,010,182号に記載されている)、又は酸ホスフォターゼリーダー、白体(C.albicans)グルコアミラーゼリーダー(1990年4月4日発行のEP362179)、又は1990年11月15日に公開されたWO 90/13646に記載されているシグナルであり得る。哺乳動物細胞の発現においては、哺乳動物シグナル配列は、同一あるいは関連ある種の分泌ポリペプチド由来のシグナル配列並びにウイルス分泌リーダーのようなタンパク質の直接分泌に使用してもよい。
【０１８４】
発現及びクローニングベクターは共に一又は複数の選択された宿主細胞においてベクターの複製を可能にする核酸配列を含む。そのような配列は多くの細菌、酵母及びウイルスに対してよく知られている。プラスミドpBR322に由来する複製開始点は大部分のグラム陰性細菌に好適であり、２μプラスミド開始点は酵母に適しており、様々なウイルス開始点(SV40、ポリオーマ、アデノウイルス、VSV又はBPV)は哺乳動物細胞におけるクローニングベクターに有用である。
発現及びクローニングベクターは、典型的には、選べるマーカーとも称される選択遺伝子を含む。典型的な選択遺伝子は、(a)アンピシリン、ネオマイシン、メトトレキセートあるいはテトラサイクリンのような抗生物質あるいは他の毒素に耐性を与え、(b)栄養要求性欠陥を補い、又は(c)例えばバシリに対する遺伝子コードＤ-アラニンラセマーゼのような、複合培地から得られない重要な栄養素を供給するタンパク質をコードする。
哺乳動物細胞に適切な選べるマーカーの例は、DHFRあるいはチミジンキナーゼのように、ＰＲＯ-コード化核酸を取り込むことのできる細胞成分を同定することのできるものである。野生型DHFRを用いた場合の好適な宿主細胞は、Urlaub らにより, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77:4216 (1980)に記載されているようにして調製され増殖されたDHFR活性に欠陥のあるCHO株化細胞である。酵母菌中での使用に好適な選択遺伝子は酵母プラスミドYRp7に存在するtrp1遺伝子である［Stinchcombら, Nature, 282：39(1979)；Kingmanら, Gene, 7：141(1979)；Tschemperら, Gene, 10：157(1980)］。trp1遺伝子は、例えば、ATCC番号44076あるいはPEP4-1のようなトリプトファン内で成長する能力を欠く酵母菌の突然変異株に対する選択マーカーを提供する［Jones, Genetics, 85:12 (1977)］。
【０１８５】
クローニングベクターは、通常、ＰＲＯ-コード化核酸配列に作用可能に結合し、mRNA合成を制御するプロモーターを含む。種々の可能な宿主細胞により認識される好適なプロモーターが知られている。原核生物宿主での使用に好適なプロモーターはβ-ラクタマーゼ及びラクトースプロモーター系［Cahngら, Nature, 275:615 (1978)； Goeddelら, Nature, 281:544 (1979)］、アルカリフォスファターゼ、トリプトファン(trp)プロモーター系［Goeddel, Nucleic Acids Res., 8:4057 (1980); EP 36,776］、及びハイブリッドプロモーター、例えばtacプロモーター［deBoer ら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 80:21-25 (1983)］を含む。細菌系で使用するプロモータもまたＰＲＯをコードするDNAと作用可能に結合したシャイン・ダルガーノ(S.D.)配列を有する。
酵母宿主と共に用いて好適なプロモーター配列の例としては、３-ホスホグリセラートキナーゼ［Hitzeman ら, J. Biol. Chem., 255:2073 (1980)］又は他の糖分解酵素［Hess ら, J. Adv. Enzyme Reg., 7:149 (1968)；Holland, Biochemistry, 17：4900(1987)］、例えばエノラーゼ、グリセルアルデヒド-３-リン酸デヒドロゲナーゼ、ヘキソキナーゼ、ピルビン酸デカルボキシラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、グルコース-６-リン酸イソメラーゼ、３-ホスホグリセレートムターゼ、ピルビン酸キナーゼ、トリオセリン酸イソメラーゼ、ホスホグルコースイソメラーゼ、及びグルコキナーゼが含まれる。
他の酵母プロモーターとしては、成長条件によって転写が制御される付加的効果を有する誘発的プロモーターであり、アルコールデヒドロゲナーゼ２、イソチトクロムＣ、酸フォスファターゼ、窒素代謝と関連する分解性酵素、メタロチオネイン、グリセルアルデヒド-３-リン酸デヒドロゲナーゼ、及びマルトース及びガラクトースの利用を支配する酵素のプロモーター領域がある。酵母菌での発現に好適に用いられるベクターとプロモータはEP 73,657に更に記載されている。
【０１８６】
哺乳動物の宿主細胞におけるベクターからのＰＲＯ転写は、例えば、ポリオーマウィルス、伝染性上皮腫ウィルス(1989年7月5日公開のUK 2,211,504)、アデノウィルス(例えばアデノウィルス２)、ウシ乳頭腫ウィルス、トリ肉腫ウィルス、サイトメガロウィルス、レトロウィルス、Ｂ型肝炎ウィルス及びサルウィルス40(SV40)のようなウィルスのゲノムから得られるプロモーター、異種性哺乳動物プロモーター、例えばアクチンプロモーター又は免疫グロブリンプロモーター、及び熱衝撃プロモーターから得られるプロモーターによって、このようなプロモーターが宿主細胞系に適合し得る限り制御される。
より高等の真核生物による所望のＰＲＯをコードするDNAの転写は、ベクター中にエンハンサー配列を挿入することによって増強され得る。エンハンサーは、通常は約10から300塩基対で、プロモーターに作用してその転写を増強するDNAのシス作動要素である。哺乳動物遺伝子由来の多くのエンハンサー配列が現在知られている(グロビン、エラスターゼ、アルブミン、α-フェトプロテイン及びインスリン)。しかしながら、典型的には、真核細胞ウィルス由来のエンハンサーが用いられるであろう。例としては、複製起点の後期側のSV40エンハンサー(100-270塩基対)、サイトメガロウィルス初期プロモーターエンハンサー、複製起点の後期側のポリオーマエンハンサー及びアデノウィルスエンハンサーが含まれる。エンハンサーは、ＰＲＯコード化配列の5' 又は3' 位でベクター中にスプライシングされ得るが、好ましくはプロモーターから5' 位に位置している。
また真核生物宿主細胞(酵母、真菌、昆虫、植物、動物、ヒト、又は他の多細胞生物由来の有核細胞)に用いられる発現ベクターは、転写の終結及びmRNAの安定化に必要な配列も含む。このような配列は、真核生物又はウィルスのDNA又はcDNAの通常は5' 、時には3' の非翻訳領域から取得できる。これらの領域は、ＰＲＯをコードするmRNAの非翻訳部分にポリアデニル化断片として転写されるヌクレオチドセグメントを含む。
組換え脊椎動物細胞培養でのＰＲＯの合成に適応化するのに適切な他の方法、ベクター及び宿主細胞は、Gethingら, Nature, 293:620-625 (1981); Manteiら, Nature, 281:40-46 (1979); EP 117,060; 及びEP 117,058に記載されている。
【０１８７】
４．遺伝子増幅／発現の検出
遺伝子の増幅及び／又は発現は、ここで提供された配列に基づき、適切に標識されたプローブを用い、例えば、従来よりのサザンブロット法、mRNAの転写を定量化するノーザンブロット法［Thomas, Proc. Natl. Acad. Sci. USA,77:5201-5205 (1980)］、ドットブロット法(DNA分析)、又はインサイツハイブリダイゼーション法によって、直接的に試料中で測定することができる。あるいは、DNA二本鎖、RNA二本鎖及びDNA−RNAハイブリッド二本鎖又はDNA-タンパク二本鎖を含む、特異的二本鎖を認識することができる抗体を用いることもできる。次いで、抗体を標識し、アッセイを実施することができ、ここで二本鎖は表面に結合しており、その結果二本鎖の表面での形成の時点でその二本鎖に結合した抗体の存在を検出することができる。
あるいは、遺伝子の発現は、遺伝子産物の発現を直接的に定量する免疫学的な方法、例えば細胞又は組織切片の免疫組織化学的染色及び細胞培養又は体液のアッセイによって、測定することもできる。試料液の免疫組織化学的染色及び／又はアッセイに有用な抗体は、モノクローナルでもポリクローナルでもよく、任意の哺乳動物で調製することができる。簡便には、抗体は、天然配列ＰＲＯポリペプチドに対して、又はここで提供されるDNA配列をベースとした合成ペプチドに対して、又はＰＲＯ ＤＮＡに融合し特異的抗体エピトープをコードする外因性配列に対して調製され得る。
【０１８８】
５．ポリペプチドの精製
ＰＲＯの形態は、培地又は宿主細胞の溶菌液から回収することができる。膜結合性であるならば、適切な洗浄液(例えばトリトン-X100)又は酵素的切断を用いて膜から引き離すことができる。ＰＲＯの発現に用いられる細胞は、凍結融解サイクル、超音波処理、機械的破壊、又は細胞溶解剤などの種々の化学的又は物理的手段によって破壊することができる。
ＰＲＯを、組換え細胞タンパク又はポリペプチドから精製することが望ましい。適切な精製手順の例である次の手順により精製される：すなわち、イオン交換カラムでの分画；エタノール沈殿；逆相HPLC；シリカ又はカチオン交換樹脂、例えばDEAEによるクロマトグラフィー；クロマトフォーカシング；SDS-PAGE；硫酸アンモニウム沈殿；例えばセファデックスG-75を用いるゲル濾過;IgGのような汚染物を除くプロテインＡセファロースカラム；及びＰＲＯポリペプチドのエピトープタグ形態を結合させる金属キレート化カラムである。この分野で知られ、例えば、Deutcher, Methodes in Enzymology, 182 (1990)；Scopes, Protein Purification: Principles and Practice, Springer-Verlag, New York (1982)に記載された多くのタンパク質精製方法を用いることができる。選ばれる精製過程は、例えば、用いられる生産方法及び特に生産される特定のＰＲＯの性質に依存する。
【０１８９】
Ｅ．ＰＲＯの用途
ＰＲＯをコードする核酸配列（又はそれらの補体）は、ハイブリダイゼーションプローブとしての使用を含む分子生物学の分野において、染色体及び遺伝子マッピングにおいて、及びアンチセンスRNA及びDNAの生成において種々の用途を有している。また、ＰＲＯ核酸も、ここに記載される組換え技術によるＰＲＯポリペプチドの調製に有用であろう。
全長天然配列ＰＲＯ遺伝子又はその一部は、全長ＰＲＯｃＤＮＡの単離又はここに開示したＰＲＯ配列に対して所望の配列同一性を持つ更に他の遺伝子（例えば、ＰＲＯの天然発生変異体又は他の種からのＰＲＯをコードするもの）の単離のためのcDNAライブラリ用のハイブリダイゼーションプローブとして使用できる。場合によっては、プローブの長さは約20〜約50塩基である。ハイブリダイゼーションプローブは、少なくとも部分的に全長天然ヌクレオチド配列の新規な領域から誘導してもよく、それらの領域は、過度の実験をすることなく、天然配列ＰＲＯのプロモーター、エンハンサー成分及びイントロンを含むゲノム配列から誘導され得る。例えば、スクリーニング法は、ＰＲＯポリペプチド遺伝子のコード化領域を周知のDNA配列を用いて単離して約40塩基の選択されたプローブを合成することを含む。ハイブリダイゼーションプローブは、32P又は35S等の放射性ヌクレオチド、又はアビジン／ビオチン共役系を介してプローブに結合したアルカリフォスファターゼ等の酵素標識を含む種々の標識で標識されうる。本発明のＰＲＯポリペプチド遺伝子に相補的な配列を有する標識されたプローブは、ヒトcDNA、ゲノムDNA又はmRNAのライブラリーをスクリーニングし、そのライブラリーの何れのメンバーがプローブにハイブリダイゼーションするかを決定するのに使用できる。ハイブリダイゼーション技術は、以下の実施例において更に詳細に記載する。
【０１９０】
本出願で開示する任意のESTはプローブと同様に、ここに記載した方法で用いることができる。
ＰＲＯ核酸の他の有用な断片は、標的ＰＲＯｍＲＮＡ（センス）又はＰＲＯ ＤＮＡ（アンチセンス）配列に結合できる一本鎖核酸配列（RNA又はDNAのいずれか）を含むアンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドを含む、アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドは、本発明によると、ＰＲＯ ＤＮＡのコード化領域の断片を含む。このような断片は、一般的には少なくとも約１４ヌクレオチド、好ましくは約１４から３０ヌクレオチドを含む。与えられたタンパク質をコードするcDNA配列に基づく、アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドを制御する可能性は、例えば、Stein及びCohen（CancerRes. 48: 2659: 1988）及び van der Krolら（BioTechniques 6: 958, 1988）に記載されている。
アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドの標的核酸配列への結合は二重鎖の形成をもたらし、それは、二重鎖の分解の促進、転写又は翻訳の期外停止を含む幾つかの方法の一つ、又は他の方法により、標的配列の転写又は翻訳を阻止する。よって、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＰＲＯタンパク質の発現を阻止するのに用いられる。アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドは、修飾糖−ホスホジエステル骨格（又は他の糖結合、WO 91/06629に記載のもの等）を有するオリゴヌクレオチドをさらに含み、そのような糖結合は内因性ヌクレアーゼ耐性である。そのような耐性糖結合を持つオリゴヌクレオチドは、インビボで安定であるが（即ち、酵素分解に耐えうるが）、標的ヌクレオチド配列に結合できる配列特異性は保持している。
【０１９１】
センス又はアンチセンスオリゴヌクレオチドの他の例は、WO 90/10048に記載されているもののような、有機部分、及びオリゴヌクレオチドの標的核酸配列への親和性を向上させる他の部分、例えばポリ-(L-リジン)に共有結合したオリゴヌクレオチドを含む。さらにまた、エリプチシン等の挿入剤、アルキル化剤又は金属作体をセンス又はアンチセンスオリゴヌクレオチドに結合させ、アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドの標的ヌクレオチド配列への結合特異性を改変してもよい。
アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、CaPO4-媒介DNA形質移入、エレクトロポレーションを含む任意の遺伝子転換方法により、又はエプスタイン-バーウイルスなどの遺伝子転換ベクターを用いることにより、標的核酸配列を含む細胞に導入される。好ましい方法では、アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドは、適切なレトロウイルスベクターに挿入される。標的核酸配列を含む細胞は、インビボ又はエキソビボで組換えレトロウイルスベクターに接触させる。好適なレトロウイルスベクターは、これらに限られないが、マウスレトロウイルスM-MuLVから誘導されるもの、N2（M-MuLVから誘導されたレトロウイルス）、又はDCT5A、DCT5B及びDCT5Cと命名されたダブルコピーベクター（WO 90/13641参照）を含む。
【０１９２】
また、センス又はアンチセンスオリゴヌクレオチドは、WO 91/04753に記載されているように、リガンド結合分子との複合体の形成により標的配列を含む細胞に導入してもよい。適切なリガンド結合分子は、これらに限られないが、細胞表面レセプター、成長因子、他のサイトカイン、又は細胞表面レセプターに結合する他のリガンドを含む。好ましくは、リガンド結合分子の複合体形成は、リガンド結合分子がその対応する分子又はレセプターに結合する、あるいはセンス又はアンチセンスオリゴヌクレオチド又はその複合体の細胞への侵入を阻止する能力を実質的に阻害しない。
あるいは、センス又はアンチセンスオリゴヌクレオチドは、WO 90/10448に記載されたように、オリゴヌクレオチド−脂質複合体の形成により標的核酸配列を含む細胞に導入してもよい。センス又はアンチセンスオリゴヌクレオチド−脂質複合体は、好ましくは内因性リパーゼにより細胞内で分解される。
アンチセンスRNA又はＤＮＡ分子は一般に少なくとも約5塩基長、約10塩基長、約15塩基長、約20塩基長、約25塩基長、約30塩基長、約35塩基長、約40塩基長、約45塩基長、約50塩基長、約55塩基長、約60塩基長、約65塩基長、約70塩基長、約75塩基長、約80塩基長、約85塩基長、約90塩基長、約95塩基長、約100塩基長、あるいはそれ以上である。
【０１９３】
また、プローブは、PCR技術に用いて、密接に関連したＰＲＯコード化配列の同定のための配列のプールを作成することができる。
また、ＰＲＯをコードするヌクレオチド配列は、そのＰＲＯをコードする遺伝子のマッピングのため、及び遺伝子疾患を持つ個体の遺伝子分析のためのハイブリダイゼーションプローブの作成にも用いることができる。ここに提供されるヌクレオチド配列は、インサイツハイブリダイゼーション、既知の染色体マーカーに対する結合分析、及びライブラリーでのハイブリダイゼーションスクリーニング等の周知の技術を用いて、染色体及び染色体の特定領域にマッピングすることができる。
ＰＲＯのコード化配列が他のタンパク質に結合するタンパク質をコードする場合（例えば、ＰＲＯがレセプターである場合）、ＰＲＯは、そのリガンドを同定するアッセイに用いることができる。このような方法により、レセプター／リガンド結合性相互作用の阻害剤を同定することができる。このような結合性相互作用に含まれるタンパク質も、ペプチド又は小分子阻害剤又は結合性相互作用のアゴニストのスクリーニングに用いることができる。また、レセプターＰＲＯは関連するリガンドの単離にも使用できる。スクリーニングアッセイは、天然ＰＲＯ又はＰＲＯのレセプターの生物学的活性に似たリード化合物の発見のために設計される。このようなスクリーニングアッセイは、化学的ライブラリーの高スループットスクリーニングにも用いられ、小分子候補薬剤の同定に特に適したものとする。考慮される小分子は、合成有機又は無機化合物を含む。アッセイは、この分野で良く知られ特徴付けられているタンパク質−タンパク質結合アッセイ、生物学的スクリーニングアッセイ、免疫検定及び細胞ベースのアッセイを含む種々の型式で実施される。
【０１９４】
また、ＰＲＯ又はその任意の修飾型をコードする核酸は、トランスジェニック動物又は「ノックアウト」動物を産生するのにも使用でき、これらは治療的に有用な試薬の開発やスクリーニングに有用である。トランスジェニック動物(例えばマウス又はラット)とは、出生前、例えば胚段階で、その動物又はその動物の祖先に導入された導入遺伝子を含む細胞を有する動物である。導入遺伝子とは、トランスジェニック動物が発生する細胞のゲノムに組み込まれたDNAである。一実施形態では、ＰＲＯをコードするcDNAは、確立された技術によりＰＲＯをコードするゲノムDNAをクローン化するために使用することができ、ゲノム配列を、ＰＲＯをコードするDNAを発現する細胞を有するトランスジェニック動物を産生するために使用することができる。トランスジェニック動物、特にマウス又はラット等の特定の動物を産生する方法は当該分野において常套的になっており、例えば米国特許第4,736,866号や第4,870,009号に記述されている。典型的には、特定の細胞を組織特異的エンハンサーでのＰＲＯ導入遺伝子の導入の標的にする。胚段階で動物の生殖系列に導入されたＰＲＯコード化導入遺伝子のコピーを含むトランスジェニック動物はＰＲＯをコードするDNAの増大した発現の影響を調べるために使用できる。このような動物は、例えばその過剰発現を伴う病理学的状態に対して保護をもたらすと思われる試薬のテスター動物として使用できる。本発明のこの態様においては、動物を試薬で治療し、導入遺伝子を有する未治療の動物に比べ病理学的状態の発症率が低ければ、病理学的状態に対する治療的処置の可能性が示される。
【０１９５】
あるいは、ＰＲＯの非ヒト相同体は、動物の胚性細胞に導入されたＰＲＯをコードする変更ゲノムDNAと、ＰＲＯをコードする内在性遺伝子との間の相同的組換えによって、ＰＲＯをコードする欠陥又は変更遺伝子を有するＰＲＯ「ノックアウト」動物を作成するために使用できる。例えば、ＰＲＯをコードするcDNAは、確立された技術に従い、ＰＲＯをコードするゲノムDNAのクローニングに使用できる。ＰＲＯをコードするゲノムDNAの一部を欠失したり、組み込みを監視するために使用する選択可能なマーカーをコードする遺伝子等の他の遺伝子で置換することができる。典型的には、ベクターは無変化のフランキングDNA(5' と3' 末端の両方)を数キロベース含む［例えば、相同的組換えベクターについてはThomas及びCapecchi, Cell, 51:503(1987)を参照のこと］。ベクターは胚性幹細胞に(例えばエレクトロポレーションによって)導入し、導入されたDNAが内在性DNAと相同的に組換えられた細胞が選択される［例えば、Liら, Cell, 69:915(1992)参照］。選択された細胞は次に動物(例えばマウス又はラット)の胚盤胞内に注入されて集合キメラを形成する［例えば、Bradley, Teratocarcinomas and Embryonic Stem Cells: A Practical Approach, E. J. Robertson, ed. (IRL, Oxford, 1987), pp. 113-152参照］。その後、キメラ性胚を適切な偽妊娠の雌性乳母に移植し、期間をおいて「ノックアウト」動物をつくり出す。胚細胞に相同的に組換えられたDNAを有する子孫は標準的な技術により同定され、それらを利用して動物の全細胞が相同的に組換えられたDNAを含む動物を繁殖させることができる。ノックアウト動物は、ＰＲＯポリペプチドが不在であることによるある種の病理的状態及びその病理的状態の進行に対する防御能力によって特徴付けられる。
【０１９６】
また、ＰＲＯポリペプチドをコードする核酸は遺伝子治療にも使用できる。遺伝子治療用途においては、例えば欠陥遺伝子を置換するため、治療的有効量の遺伝子産物のインビボ合成を達成するために遺伝子が導入される。「遺伝子治療」とは、１回の処理により継続的効果が達成される従来の遺伝子治療と、治療的に有効なDNA又はmRNAの１回又は繰り返し投与を含む遺伝子治療薬の投与の両方を含む。アンチセンスRNA及びDNAは、ある種の遺伝子のインビボ発現を阻止する治療薬として用いることができる。短いアンチセンスオリゴヌクレオチドを、細胞膜による制限された取り込みに起因する低い細胞内濃度にもかかわらず、それが阻害剤として作用する細胞中に移入できることは既に示されている（Zamecnikら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83: 4143-4146 [1986]）。オリゴヌクレオチドは、それらの負に荷電したリン酸ジエステル基を非荷電基で置換することによって取り込みを促進するように修飾してもよい。
生存可能な細胞に核酸を導入するための種々の技術が存在する。これらの技術は、核酸が細胞培養にインビトロで、あるいは意図する宿主の細胞においてインビボで移入されるかに応じて変わる。核酸を哺乳動物細胞にインビトロで移入するのに適した方法は、リポソーム、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、細胞融合、DEAE-デキストラン、リン酸カルシウム沈殿法などを含む。現在好ましいインビボ遺伝子移入技術は、ウイルス（典型的にはレトロウイルス）ベクターでの形質移入及びウイルス被覆タンパク質-リポソーム媒介形質移入である（Dzauら, Trends, in Biotechnology 11, 205-210(1993)）。幾つかの状況では、核酸供給源を、細胞表面膜タンパク質又は標的細胞に特異的な抗体、標的細胞上のレセプターに対するリガンド等の標的細胞を標的化する薬剤とともに提供するのが望ましい。リポソームを用いる場合、エンドサイトーシスを伴って細胞表面膜タンパク質に結合するタンパク質、例えば、特定の細胞型向性のキャプシドタンパク質又はその断片、サイクルにおいて内部移行を受けるタンパク質に対する抗体、細胞内局在化を標的とし細胞内半減期を向上させるタンパク質が、標的化及び／又は取り込みの促進のために用いられる。レセプター媒介エンドサイトーシスは、例えば、Wuら, J. Biol. Chem. 262, 4429-4432 (1987); 及びWagnerら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 3410-3414 (1990)によって記述されている。遺伝子作成及び遺伝子治療のプロトコールの概説については、Andersonら, Science 256, 808-813 (1992)を参照のこと。
【０１９７】
ここに記載したＰＲＯポリペプチドは、タンパク質電気泳動目的の分子量マーカーとして用いてもよいし、単離された核酸配列は、これらマーカーの組み換え体による発現として使用してよい。
ここに記載したＰＲＯポリペプチド又はその断片をコードする核酸分子は染色体同定に有用である。この点において、実際の配列に基づく染色体マーキング試薬は殆ど利用可能ではないため、新規な染色体マーカーの同定の必要性が存在している。本発明の各ＰＲＯ核酸分子は染色体マーカーとして使用できる。
また本発明のＰＲＯポリペプチド及び核酸分子は組織タイピングに使用でき、本発明のＰＲＯポリペプチドは一方の組織で他方に比較して異なる発現をする。ＰＲＯ核酸分子は、PCR、ノーザン分析、サザン分析及びウェスタン分析のプローブ生成のための用途が見出されるであろう。
ここに記載したＰＲＯポリペプチドは治療薬として用いてもよい。本発明のＰＲＯポリペプチドは、製薬的に有用な組成物を調製するのに知られた方法に従って製剤され、それにより、このＰＲＯ生成物は製薬的に許容される担体媒体と混合される。治療用製剤は、凍結乾燥された製剤又は水性溶液の形態で、任意的な製薬上許容可能なキャリア、賦形剤又は安定剤と、所望の精製度を有する活性成分とを混合することにより(Remington's Pharmaceutical Sciences, 16th edition, A. Osol, Ed., [1980])、調製され保管される。許容される担体、賦形剤又は安定剤は、用いる投与量及び濃度ではレシピエントに対して無毒性であり、リン酸、クエン酸及び他の有機酸等の緩衝液；アスコルビン酸を含む抗酸化剤；低分子量(残基数10個未満)ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン又は免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性重合体；グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン又はリシン等のアミノ酸；グルコース、マンノース又はデキストリン等の単糖類、二糖類又は他の炭水化物、EDTA等のキレート剤、マンニトール又はソルビトール等の糖類、ナトリウム等の塩形成対イオン；及び／又はTWEEN(商品名)、PLURONICS(商品名)又はポリエチレングリコール(PEG)等の非イオン性界面活性剤を含む。
【０１９８】
インビボ投与に使用される製剤は滅菌されていなくてはならない。これは、凍結乾燥及び再構成の前又は後に、滅菌フィルター膜を通す濾過により容易に達成される。
ここで、本発明の製薬組成物は一般に、無菌のアクセスポートを具備する容器、例えば、皮下注射針で貫通可能なストッパーを持つ静脈内バッグ又はバイアル内に配される。
投与経路は周知の方法、例えば、静脈内、腹膜内、脳内、筋肉内、眼内、動脈内又は病巣内経路での注射又は注入、局所投与、又は徐放系による。
本発明の製薬組成物の用量及び望ましい薬物濃度は、意図する特定の用途に応じて変化する。適切な用量又は投与経路の決定は、通常の内科医の技量の範囲内である。動物実験は、ヒト治療のための有効量の決定についての信頼できるガイダンスを提供する。有効量の種間スケーリングは、Toxicokinetics and New Drug Development, Yacobiら, 編, Pergamon Press, New York 1989, pp. 42-96のMordenti, J. 及びChappell, W. 「The use of interspecies scaling in toxicokinetics」に記載された原理に従って実施できる。
ＰＲＯポリペプチド又はそのアゴニスト又はアンタゴニストのインビボ投与が用いられる場合、正常な投与量は、投与経路に応じて、哺乳動物の体重当たり１日に約10ng/kgから100mg/kgまで、好ましくは約1μg/kg/日から10mg/kg/日である。特定の用量及び輸送方法の指針は文献に与えられている；例えば、米国特許第4,657,760号、第5,206,344号、又は第5,225,212号参照。異なる製剤が異なる治療用化合物及び異なる疾患に有効であること、例えば一つの器官又な組織を標的とする投与には他の器官又は組織とは異なる方式で輸送することは必要であることが予想される。
【０１９９】
ＰＲＯポリペプチドの投与を必要とする任意の疾患又は疾病の治療に適した放出特性を持つ製剤でＰＲＯポリペプチドの持続放出が望まれる場合、ＰＲＯポリペプチドのマイクロカプセル化が考えられる。持続放出のための組換えタンパク質のマイクロカプセル化は、ヒト成長ホルモン（rhGH）、インターフェロン-（rhIFN-）、インターロイキン-２、及びMNrgp120で成功裏に実施されている。Johnsonら, Nat. Med., 2: 795-799 (1996); Yasuda, Biomed. Ther., 27: 1221-1223 (1993); Horaら, Bio/Technology, 8: 755-758 (1990); Cleland, 「Design and Production of Single Immunization Vaccines Using polyactide polyglycolide Microsphere Systems」Vaccine Design: The Subunit and Adjuvant Approach, Powell 及び Newman編, (Plenum Press: New York, 1995), p. 439-462; WO 97/03692, WO 96/40072, WO 96/07399; 及び米国特許第5,564,010号。
これらのタンパク質の持続放出製剤は、ポリ-乳酸-コグリコール酸（PLGA）ポリマーを用い、その生体適合性及び広範囲の生分解特性に基づいて開発された。ＰＬＧＡの分解生成物である乳酸及びグリコール酸は、ヒト身体内で即座にクリアされる。さらに、このポリマーの分解性は、分子量及び組成に依存して数ヶ月から数年まで調節できる。Lewis, 「Controlled release of bioactive agents from lactide/glycolide polymer」: M. Chasin及び R. Langer (編), Biodegradable polymers as Drug Delivery Systems (Marcel Dekker: New York, 1990), pp. 1-41。
【０２００】
本発明は、ＰＲＯポリペプチドに類似する（アゴニスト）又はＰＲＯポリペプチドの効果を阻害する（アンタゴニスト）ものを同定するための化合物のスクリーニング方法も包含する。アンタゴニスト候補薬のスクリーニングアッセイは、ここに同定した遺伝子にコードされるＰＲＯポリペプチドと結合又は複合体形成する化合物、又は他にコード化ポリペプチドの他の細胞性タンパク質との相互作用を阻害する化合物を同定するために設計される。このようなスクリーニングアッセイは、それを特に小分子候補薬の同定に適したものにする、化学的ライブラリの高スループットスクリーニングに適用可能なアッセイを含む。
該アッセイは、タンパク質−タンパク質結合アッセイ、生化学的スクリーニングアッセイ、イムノアッセイ、及び細胞ベースのアッセイで、この分野で知られたものを含む種々の方式で実施される。
アンタゴニストについての全てのアッセイは、それらが候補薬をここで同定された核酸にコードされるＰＲＯポリペプチドと、これら２つの成分が相互作用するのに十分な条件下及び時間で接触させることを必要とすることにおいて共通する。
【０２０１】
結合アッセイにおいて、相互作用は結合であり、形成された複合体は単離されるか、又は反応混合物中で検出される。特別な実施態様では、ここに同定された遺伝子にコードされるＰＲＯポリペプチド又は候補薬が、共有又は非共有結合により固相、例えばミクロタイタープレートに固定化される。非共有結合は、一般的に固体表面をポリペプチドの溶液で被覆し乾燥させることにより達成される。あるいは、固定化されるＰＲＯポリペプチドに特異的な固定化抗体、例えばモノクローナル抗体を、それを固体表面に固着させるために用いることができる。アッセイは、固定化成分、例えば固着成分を含む被覆表面に、検出可能な標識で標識されていてもよい非固定化成分を添加することにより実施される。反応が完了したとき、未反応成分を例えば洗浄により除去し、固体表面に固着した複合体を検出する。最初の非固定化成分が検出可能な標識を有している場合、表面に固定化された標識の検出は複合体形成が起こったことを示す。最初の非固定化成分が標識を持たない場合は、複合体形成は、例えば、固定化された複合体に特異的に結合する標識抗体によって検出できる。
【０２０２】
候補化合物が相互作用するがここに同定した遺伝子にコードされる特定のＰＲＯポリペプチに結合しない場合、そのポリペプチドとの相互作用は、タンパク質−タンパク質相互作用を検出するために良く知られた方法によってアッセイすることができる。そのようなアッセイは、架橋、同時免疫沈降、及び勾配又はクロマトグラフィカラムを通す同時精製などの伝統的な手法を含む。さらに、タンパク質−タンパク質相互作用は、Fields及び共同研究者ら［Fiels及びSong, Nature(London) 340, 245-246 (1989); Chienら, Proc.Natl. Acad. Sci. USA 88, 9578-9582 (1991)］に記載された酵母菌ベースの遺伝子系を用いることにより、Chevray及びNathans［Proc.Natl. Acad. Sci. USA 89, 5789-5793 (1991)］に開示されている酵母菌ベースの系を用いて監視することができる。酵母菌GAL4などの多くの転写活性化剤は、２つの物理的に別個のモジュラードメインからなり、一方はDNA結合ドメインとして作用し、他方は転写活性化ドメインとして機能する。以前の文献に記載された酵母菌発現系（一般に「２-ハイブリッド系」と呼ばれる）は、この特性の長所を利用して、２つのハイブリッドタンパク質を用い、一方では標的タンパク質がGAL4のDNA結合ドメインに融合し、他方では、候補となる活性化タンパク質が活性化ドメインに融合している。GAL1-lacZリポーター遺伝子のGAL4活性化プロモーターの制御下での発現は、タンパク質-タンパク質相互作用を介したGAL4活性の再構成に依存する。相互作用するポリペプチドを含むコロニーは、β-ガラクトシダーゼに対する色素生産性物質で検出される。２-ハイブリッド技術を用いた２つの特定なタンパク質間のタンパク質-タンパク質相互作用を同定するための完全なキット（MATCHMAKER(商品名)）は、Clontechから商業的に入手可能である。この系は、特定のタンパク質相互作用に含まれるタンパク質ドメインのマッピング、並びにこの相互作用にとって重要なアミノ酸残基の特定にも拡張することができる。
【０２０３】
ここで同定されたＰＲＯポリペプチドをコードする遺伝子と細胞内又は細胞外成分との相互作用を阻害する化合物は、次のように試験できる：通常は反応混合物は、遺伝子産物と細胞外又は細胞内成分を、それら２つの生成物が相互作用及び結合する条件下及び時間で含むように調製される。候補化合物が結合を阻害する能力を試験するために、反応は試験化合物の不存在及び存在下で実施される。さらに、プラシーボを第３の反応混合物に添加してポジティブ対照を提供してもよい。混合物中に存在する試験化合物と細胞内又は細胞外成分との結合（複合体形成）は上記のように監視される。試験化合物を含有する反応混合物ではなく対照反応における複合体の形成は、試験化合物が試験化合物とその結合パートナーとの相互作用を阻害することを示す。
アンタゴニストを検定するために、ＰＲＯポリペプチドを特定の活性についてスクリーニングする化合物とともに添加してよく、ＰＲＯポリペプチド存在下での対象とする活性を阻害する化合物の能力が化合物がＰＲＯポリペプチドのアンタゴニストであることを示す。あるいは、アンタゴニストは、ＰＲＯポリペプチド及び膜結合ＰＲＯポリペプチドレセプター又は組換えレセプターを持つ潜在的アンタゴニストを、競合的阻害アッセイに適した条件下で結合させることにより検出してもよい。ＰＲＯポリペプチドは、放射活性等で標識でき、レセプターに結合したＰＲＯポリペプチドの数を潜在的アンタゴニストの有効性を決定するのに使用できる。レセプターをコードする遺伝子は、当業者に知られた多くの方法、例えばリガンドパンニング及びFACSソートにより同定できる。Coliganら, Current Protocols in Immun., 1(2): Chapter 5 (1991)。好ましくは、発現クローニングが用いられ、ポリアデニル化RNAがＰＲＯポリペプチドに反応性の細胞から調製され、このRNAから生成されたcDNAライブラリがプールに分配され、COS細胞又はＰＲＯポリペプチド反応性でない他の細胞の形質移入に使用される。スライドガラスで成長させた形質移入細胞を標識したＰＲＯポリペプチドに暴露する。ＰＲＯポリペプチドは、ヨウ素化又は部位特異的タンパク質キナーゼの認識部位の包含を含む種々の手段で標識できる。固定及びインキュベーションの後、スライドにオートラジオグラフィ分析を施す。ポジティブプールを同定し、相互作用サブプール化及び再スクリーニングプロセスを用いてサブプールを調製して再形質移入し、結果的に推定レセプターをコードする単一のクローンを生成する。
【０２０４】
レセプター同定の代替的方法として、標識下ＰＲＯポリペプチドをレセプター分子を発現する細胞膜又は抽出調製物に光親和性結合させることができる。架橋材料はPAGEに溶解させ、Ｘ線フィルムに暴露する。レセプターを含む標識複合体を励起し、ペプチド断片に分離し、タンパク質マイクロ配列決定を施すことができる。マイクロ配列決定から得たアミノ酸配列は、推定レセプターをコードする遺伝子を同定するcDNAライブラリをスクリーニングする分解性オリゴヌクレオチドプローブの組の設計に用いられる。
アンタゴニストの他の検定では、レセプターを発現する哺乳動物細胞又は膜調製物を、候補化合物の存在下で標識ＰＲＯポリペプチドとともにインキュベートする。次いで、この相互作用を促進又は阻止する化合物の能力を測定する。
潜在的なアンタゴニストのより特別な例は、免疫グロブリンとＰＲＯポリペプチドとの融合体に結合するオリゴヌクレオチド、特に、限られないが、ポリペプチド-及びモノクローナル抗体及び抗体断片、一本鎖抗体、抗-イディオタイプ抗体、及びこれらの抗体又は断片のキメラ又はヒト化形態、並びにヒト抗体及び抗体断片を含む抗体を含んでいる。あるいは、潜在的アンタゴニストは、密接に関連したタンパク質、例えば、レセプターを認識するが効果を与えず、従ってＰＲＯポリペプチドの作用を競合的に阻害するＰＲＯポリペプチドの変異形態であってもよい。
【０２０５】
他の潜在的なＰＲＯポリペプチドアンタゴニストは、アンチセンス技術を用いて調製されたアンチセンスRNA又はDNA作成物であり、例えば、アンチセンスRNA又はDNAは、標的mRNAにハイブリダイゼーションしてタンパク質翻訳を妨害することによりmRNAの翻訳を直接阻止するように作用する。アンチセンス技術は、トリプルへリックス形成又はアンチセンスDNA又はRNAを通して遺伝子発現を制御するのに使用でき、それらの方法はともに、ポリペプチドヌクレオチドのDNA又はRNAへの結合に基づく。例えば、ここでの成熟ＰＲＯポリペプチドをコードするポリペプチドヌクレオチド配列の5'コード化部分は、約10から40塩基対長のアンチセンスRNAオリゴヌクレオチドの設計に使用される。DNAオリゴヌクレオチドは、転写に含まれる遺伝子の領域に相補的であるように設計され（トリプルへリックス−Leeら, Nucl, Acid Res., 6: 3073 (1979); Cooneyら, Science, 241: 456 (1988); Dervanら, Science, 251: 1360 (1991)参照）、それによりＰＲＯポリペプチドの転写及び生成を防止する。アンチセンスRNAオリゴヌクレオチドはインビボでmRNAにハイブリダイゼーションをし、mRNA分子のＰＲＯポリペプチドへの翻訳を阻止する（アンチセンス−Okano, Neurochem., 56: 560 (1991); Oligodeoxynucleotides as Antisense Inhibitors of Gene Expression (SRS Press: Boca Raton, FL, 1988)）。上記のオリゴヌクレオチドは、細胞に輸送され、アンチセンスRNA又はDNAをインビボで発現させて、ＰＲＯポリペプチドの生産を阻害することもできる。アンチセンスDNAが用いられる場合、翻訳開始部位、例えば標的遺伝子ヌクレオチド配列の-10から+10位置の間から誘導されるオリゴデオキシリボヌクレオチドが好ましい。
潜在的アンタゴニストは、ＰＲＯポリペプチドの活性部位、レセプター結合部位、又は成長因子又は他の関連結合部位に結合し、それによりＰＲＯポリペプチドの正常な生物学的活性を阻止する小分子を含む。小分子の例は、これらに限られないが、小型ペプチド又はペプチド様分子、好ましくは可溶性ペプチド、及び合成非ペプチド有機又は無機化合物を含む。
【０２０６】
リボザイムは、RNAの特異的切断を触媒できる酵素的RNA分子である。リボザイムは、相補的標的RNAへの配列特異的ハイブリダイゼーション、次いでヌクレオチド鎖切断的切断により作用する。潜在的RNA標的内の特異的リボザイム切断部位は、既知の技術で同定できる。更なる詳細は、例えば、Rossi, Current Biology 4: 469-471 (1994)及びPCT公報、番号WO 97/33551（1997年9月18日公開）を参照。
転写阻害に用いられるトリプルヘリックス形成における核酸分子は一本鎖でデオキシヌクレオチドからなる。これらのオリゴヌクレオチドの基本組成は、フーグスチン塩基対則を介するトリプルヘリックス形成を促進するように設計され、それは一般に二重鎖の一方の鎖上のプリン又はピリミジンのサイズ変更可能な伸展を必要とする。さらなる詳細は、例えば、PCT公報、番号WO 97/33551, 上掲を参照。
これらの小分子は、上記で検討したスクリーニングアッセイの一又は複数の任意のものにより及び／又は当業者に良く知られた他の任意のスクリーニング技術により同定できる。
また、ここに開示された分子の使用は、下記に開示及び記載されている陽性機能アッセイヒットに基づいてよい。
【０２０７】
Ｆ．抗-ＰＲＯ抗体
本発明は、さらに抗-ＰＲＯ抗体を提供するものである。抗体の例としては、ポリクローナル、モノクローナル、ヒト化、二重特異性及びヘテロ抱合体抗体が含まれる。
１．ポリクローナル抗体
抗-ＰＲＯ抗体はポリクローナル抗体を含む。ポリクローナル抗体の調製方法は当業者に知られている。哺乳動物においてポリクローナル抗体は、例えば免疫化剤、及び所望するのであればアジュバントを、一又は複数回注射することで発生させることができる。典型的には、免疫化剤及び／又はアジュバントを複数回皮下又は腹腔内注射により、哺乳動物に注射する。免疫化剤は、ＰＲＯポリペプチド又はその融合タンパク質を含みうる。免疫化剤を免疫化された哺乳動物において免疫原性が知られているタンパク質に抱合させるのが有用である。このような免疫原タンパク質の例は、これらに限られないが、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン及び大豆トリプシンインヒビターが含まれる。使用され得るアジュバントの例には、フロイント完全アジュバント及びMPL-TDMアジュバント(モノホスホリル脂質Ａ、合成トレハロースジコリノミコラート)が含まれる。免疫化プロトコールは、過度の実験なく当業者により選択されるであろう。
【０２０８】
２．モノクローナル抗体
あるいは、抗-ＰＲＯ抗体はモノクローナル抗体であってもよい。モノクローナル抗体は、Kohler及びMilstein, Nature, 256:495 (1975)に記載されているようなハイブリドーマ法を使用することで調製することができる。ハイブリドーマ法では、マウス、ハムスター又は他の適切な宿主動物を典型的には免疫化剤により免疫化することで、免疫化剤に特異的に結合する抗体を生成するかあるいは生成可能なリンパ球を誘発する。また、リンパ球をインビトロで免疫化することもできる。
免疫化剤は、典型的には対象とするＰＲＯポリペプチド又はその融合タンパク質を含む。一般にヒト由来の細胞が望まれる場合には末梢血リンパ球(「PBLs」)が使用され、あるいは非ヒト哺乳動物源が望まれている場合は、脾臓細胞又はリンパ節細胞が使用される。次いで、ポリエチレングリコール等の適当な融合剤を用いてリンパ球を不死化株化細胞と融合させ、ハイブリドーマ細胞を形成する［Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, Academic Press, (1986) pp. 59-103］。不死化株化細胞は、通常は、形質転換した哺乳動物細胞、特に齧歯動物、ウシ、及びヒト由来の骨髄腫細胞である。通常、ラット又はマウスの骨髄腫株化細胞が使用される。ハイブリドーマ細胞は、好ましくは、未融合の不死化細胞の生存又は成長を阻害する一又は複数の物質を含有する適切な培地で培養される。例えば、親細胞が、酵素のヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(HGPRT又はHPRT)を欠いていると、ハイブリドーマの培地は、典型的には、ヒポキサチン、アミノプチリン及びチミジンを含み(「HAT培地」)、この物質がHGPRT欠乏性細胞の増殖を阻止する。
好ましい不死化株化細胞は、効率的に融合し、選択された抗体生成細胞による安定した高レベルの抗体発現を支援し、HAT培地のような培地に対して感受性である。より好ましい不死化株化細胞はマウス骨髄腫株であり、これは例えばカリフォルニア州サンディエゴのSalk Institute Cell Distribution Centerやメリーランド州ロックビルのアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクションより入手可能である。ヒトモノクローナル抗体を生成するためのヒト骨髄腫及びマウス-ヒト異種骨髄腫株化細胞も開示されている［Kozbor, J. Immunol., 133:3001 (1984)、Brodeurら, Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, Marcel Dekker, Inc., New York, (1987) pp. 51-63］。
次いでハイブリドーマ細胞が培養される培養培地を、ＰＲＯに対するモノクローナル抗体の存在について検定する。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって生成されたモノクローナル抗体の結合特異性は免疫沈降又はラジオイムノアッセイ(RIA)や酵素結合免疫測定法(ELISA)等のインビトロ結合検定法によって測定する。このような技術及びアッセイは、当該分野において公知である。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えばMunson及びPollard, Anal. Biochem., 107:220 (1980)によるスキャッチャード分析法によって測定することができる。
【０２０９】
所望のハイブリドーマ細胞が同定された後、クローンを制限希釈プロセスによりサブクローニングし、標準的な方法で成長させることができる［Goding, 上掲］。この目的のための適当な培地には、例えば、ダルベッコの改変イーグル培地及びRPMI-1640倍地が含まれる。あるいは、ハイブリドーマ細胞は哺乳動物においてインビボで腹水として成長させることもできる。
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、例えばプロテインＡ−セファロース法、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー法、ゲル電気泳動法、透析法又はアフィニティークロマトグラフィー等の従来の免疫グロブリン精製方法によって培養培地又は腹水液から単離又は精製される。
また、モノクローナル抗体は、組換えDNA法、例えば米国特許第4,816,567号に記載された方法により作成することができる。本発明のモノクローナル抗体をコードするDNAは、常套的な方法を用いて(例えば、マウス抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合可能なオリゴヌクレオチドプローブを使用して)、容易に単離し配列決定することができる。本発明のハイブリドーマ細胞はそのようなDNAの好ましい供給源となる。ひとたび単離されたら、DNAは発現ベクター内に配することができ、これが宿主細胞、例えばサルCOS細胞、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、あるいは免疫グロブリンタンパク質を生成等しない骨髄腫細胞内に形質移入され、組換え宿主細胞内でモノクローナル抗体の合成をすることができる。また、DNAは、例えば相同マウス配列に換えてヒト重鎖及び軽鎖定常ドメインのコード配列を置換することにより［米国特許第4,816,567号；Morrisonら, 上掲］、又は免疫グロブリンコード配列に非免疫グロブリンポリペプチドのコード配列の一部又は全部を共有結合することにより修飾することができる。このような非免疫グロブリンポリペプチドは、本発明の抗体の定常ドメインに置換でき、あるいは本発明の抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメインに置換でき、キメラ性二価抗体を生成する。
抗体は一価抗体であってもよい。一価抗体の調製方法は当該分野においてよく知られてる。例えば、一つの方法は免疫グロブリン軽鎖と修飾重鎖の組換え発現を含む。重鎖は一般的に、重鎖の架橋を防止するようにFc領域の任意の点で切断される。あるいは、関連するシステイン残基を他のアミノ酸残基で置換するか欠失させて架橋を防止する。
一価抗体の調製にはインビトロ法がまた適している。抗体の消化による、その断片、特にFab断片の生成は、当該分野において知られている慣用的技術を使用して達成できる。
【０２１０】
３．ヒト及びヒト化抗体
本発明の抗-ＰＲＯ抗体は、さらにヒト化抗体又はヒト抗体を含む。非ヒト(例えばマウス)抗体のヒト化形とは、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖あるいはその断片(例えばFv、Fab、Fab'、F(ab')2あるいは抗体の他の抗原結合サブ配列)であって、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むものである。ヒト化抗体はレシピエントの相補性決定領域(CDR)の残基が、マウス、ラット又はウサギのような所望の特異性、親和性及び能力を有する非ヒト種(ドナー抗体)のCDRの残基によって置換されたヒト免疫グロブリン(レシピエント抗体)を含む。幾つかの例では、ヒト免疫グロブリンのFvフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基によって置換されている。また、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも、移入されたCDRもしくはフレームワーク配列にも見出されない残基を含んでいてもよい。一般に、ヒト化抗体は、全てあるいはほとんど全てのCDR領域が非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、全てあるいはほとんど全てのFR領域がヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体は、最適には免疫グロブリン定常領域(Fc)、典型的にはヒトの免疫グロブリンの定常領域の少なくとも一部を含んでなる［Jonesら, Nature, 321:522-525 (1986); Riechmannら, Nature, 332:323-329 (1988); 及びPresta, Curr. Op Struct. Biol., 2:593-596 (1992)］。
非ヒト抗体をヒト化する方法はこの分野でよく知られている。一般的に、ヒト化抗体には非ヒト由来の一又は複数のアミノ酸残基が導入される。これら非ヒトアミノ酸残基は、しばしば、典型的には「移入」可変ドメインから得られる「移入」残基と称される。ヒト化は基本的に齧歯動物のCDR又はCDR配列でヒト抗体の該当する配列を置換することによりウィンター(winter)及び共同研究者［Jonesら, Nature, 321:522-525 (1986)；Riechmannら, Nature, 332:323-327 (1988)；Verhoeyenら, Science, 239:1534-1536 (1988)］の方法に従って、齧歯類CDR又はCDR配列をヒト抗体の対応する配列に置換することにより実施される。よって、このような「ヒト化」抗体は、無傷のヒト可変ドメインより実質的に少ない分が非ヒト種由来の対応する配列で置換されたキメラ抗体(米国特許第4,816,567号)である。実際には、ヒト化抗体は典型的には幾つかのCDR残基及び場合によっては幾つかのFR残基が齧歯類抗体の類似する部位からの残基によって置換されたヒト抗体である。
また、ヒト抗体は、ファージ表示ライブラリ［Hoogenboom及びWinter, J. Mol. Biol., 227:381 (1992)；Marksら, J. Mol. Biol., 222:581 (1991)］を含むこの分野で知られた種々の方法を用いて作成することもできる。また、Coleら及びBoernerらの方法も、ヒトモノクローナル抗体の調製に利用することができる［Coleら, Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss. p.77(1985)及びBoernerら, J. Immunol., 147(1)：86-95(1991) ］。同様に、ヒト抗体はヒト免疫グロブリン座位をトランスジェニック動物、例えば内在性免疫グロブリン遺伝子は部分的又は完全に不活性化されたマウスに導入することにより産生することができる。投与の際に、遺伝子再配列、組立、及び抗体レパートリーを含むあらゆる観点においてヒトに見られるものに非常に類似しているヒト抗体の生産が観察される。このアプローチは、例えば米国特許第5,545,807号；同第5,545,806号；同第5,569,825号；同第5,625,126号；同第5,633,425号；同第5,661,016号、及び次の科学文献：Marksら, Bio/Technology 10, 779-783 (1992); Lonbergら, Nature 368 856-859 (1994); Morrison, Nature 368, 812-13 (1994); Fishwildら, Nature Biotechnology 14, 845-51 (1996); Neuberger, Nature Biotechnology 14, 826 (1996); Lonberg及びHuszar, Intern. Rev. Immunol. 13 65-93 (1995)に記載されている。
【０２１１】
４．二重特異性抗体
二重特異性抗体は、少なくとも２つの異なる抗原に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体、好ましくはヒトもしくはヒト化抗体である。本発明の場合において、結合特異性の一方はＰＲＯに対してであり、他方は任意の他の抗原、好ましくは細胞表面タンパク質又はレセプター又はレセプターサブユニットに対してである。
二重特異性抗体を作成する方法は当該技術分野において周知である。伝統的には、二重特異性抗体の組換え生産は、二つの重鎖が異なる特異性を持つ二つの免疫グロブリン重鎖／軽鎖対の同時発現に基づく［Milstein及びCuello, Nature, 305:537-539 (1983)］。免疫グロブリンの重鎖と軽鎖を無作為に取り揃えるため、これらハイブリドーマ(クアドローマ)は10種の異なる抗体分子の潜在的混合物を生成し、その内一種のみが正しい二重特異性構造を有する。正しい分子の精製は、アフィニティークロマトグラフィープロセスによって通常達成される。同様の手順が1993年5月13日公開のWO93/08829、及びTrauneckerら, EMBO J.,10:3655-3656 (1991)に開示されている。
所望の結合特異性(抗体-抗原結合部位)を有する抗体可変ドメインを免疫グロブリン定常ドメイン配列に融合できる。融合は、好ましくは少なくともヒンジ部、CH2及びCH3領域の一部を含む免疫グロブリン重鎖定常ドメインとのものである。少なくとも一つの融合には軽鎖結合に必要な部位を含む第一の重鎖定常領域(CH1)が存在することが望ましい。免疫グロブリン重鎖融合をコードするDNA、及び望むのであれば免疫グロブリン軽鎖を、別々の発現ベクターに挿入し、適当な宿主生物に同時形質移入する。二重特異性抗体を作成するための更なる詳細については、例えばSureshら, Methods in Enzymology, 121:210(1986)を参照されたい。
【０２１２】
WO 96/27011に記載された他の方法によれば、一対の抗体分子間の界面を操作して組換え細胞培養から回収される異種二量体の割合を最大にすることができる。好適な界面は抗体定常ドメインのCH3領域の少なくとも一部を含む。この方法では、第１抗体分子の界面からの一又は複数の小さいアミノ酸側鎖がより大きな側鎖(例えばチロシン又はトリプトファン)と置き換えられる。大きな側鎖と同じ又は類似のサイズの相補的「キャビティ」を、大きなアミノ酸側鎖を小さいもの(例えばアラニン又はスレオニン)と置き換えることにより第２の抗体分子の界面に作り出す。これにより、ホモダイマーのような不要の他の最終産物に対してヘテロダイマーの収量を増大させるメカニズムが提供される。
二重特異性抗体は、全長抗体又は抗体断片（例えば、F(ab')2二重特異性抗体）として調製できる。抗体断片から二重特異性抗体を産生する技術もまた文献に記載されている。例えば、化学結合を使用して二重特異性抗体を調製することができる。Brennanら, Science, 229:81 (1985) は無傷の抗体をタンパク分解性に切断してF(ab')２断片を産生する手順を記述している。これらの断片は、ジチオール錯体形成剤亜砒酸ナトリウムの存在下で還元して近接ジチオールを安定化させ、分子間ジスルフィド形成を防止する。産生されたFab' 断片はついでチオニトロベンゾアート(TNB)誘導体に転換される。Fab'-TNB誘導体の一つをついでメルカプトエチルアミンでの還元によりFab'-チオールに再転換し、他のFab'-TNB誘導体の等モル量と混合して二重特異性抗体を形成する。作られた二重特異性抗体は酵素の選択的固定化用の薬剤として使用することができる。
大腸菌からFab'フラグメントを直接回収でき、これは化学的に結合して二重特異性抗体を形成することができる。Shalabyら, J. Exp. Med., 175:217-225 (1992)は完全にヒト化された二重特異性抗体F(ab')2分子の製造を記述している。各Fab'フラグメントは大腸菌から別個に分泌され、インビトロで定方向化学共役を受けて二重特異性抗体を形成する。このようにして形成された二重特異性抗体は、正常なヒトＴ細胞及びErbB2レセプターを過剰発現する細胞に結合可能で、ヒト乳房腫瘍標的に対するヒト細胞障害性リンパ球の細胞溶解活性の誘因となる。
【０２１３】
組換え細胞培養から直接的に二重特異性抗体断片を作成し分離する様々な方法もまた記述されている。例えば、二重特異性抗体はロイシンジッパーを使用して生産されている。Kostelnyら, J.Immunol. 148(5):1547-1553 (1992)。Fos及びJunタンパク質からのロイシンジッパーペプチドを遺伝子融合により二つの異なった抗体のFab'部分に結合させる。抗体ホモダイマーをヒンジ領域で還元してモノマーを形成し、ついで再酸化して抗体ヘテロダイマーを形成する。この方法はまた抗体ホモダイマーの生産に対して使用することができる。Hollingerら, Proc.Natl.Acad.Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)により記述された「ダイアボディ」技術は二重特異性抗体断片を作成する別のメカニズムを提供した。断片は、同一鎖上の２つのドメイン間の対形成を可能にするには十分に短いリンカーにより軽鎖可変ドメイン(VL)に重鎖可変ドメイン(VH)を結合してなる。従って、一つの断片のVH及びVLドメインは他の断片の相補的ＶＬ及びVHドメインと強制的に対形成させられ、２つの抗原結合部位を形成する。単鎖Fv(sFv)ダイマーの使用により二重特異性抗体断片を製造する他の方策もまた報告されている。Gruberら, J.Immunol. 152:5368 (1994)を参照されたい。
二価より多い抗体も考えられる。例えば、三重特異性抗体を調製することができる。Tuttら J.Immunol. 147:60(1991)。
例示的な二重特異性抗体は、ここに与えられたＰＲＯポリペプチドの２つの異なるエピトープに結合しうる。あるいは、抗-ＰＲＯポリペプチドのアームは、特定のＰＲＯポリペプチド発現細胞に細胞防御メカニズムを集中させるように、Ｔ細胞レセプター分子(例えばCD2、CD3、CD28、又はB7)等の白血球上のトリガー分子又はFcγRI(CD64)、FcγRII(CD32)及びFcγRIII(CD16)等のIgG(FcγR)に対するFcレセプターに結合するアームと結合しうる。また、二重特異性抗体は特定のＰＲＯポリペプチドを発現する細胞に細胞毒性薬を局在化させるためにも使用されうる。これらの抗体はＰＲＯ結合アーム及び細胞毒性薬又は放射性キレート化剤、例えばEOTUBE、DPTA、DOTA、又はTETAと結合するアームを有する。興味の対象となる他の二重特異性抗体はＰＲＯポリペプチドに結合し、そしてさらに組織因子（TF）に結合する。
【０２１４】
５．ヘテロ抱合体抗体
ヘテロ抱合抗体もまた本発明の範囲に入る。ヘテロ抱合抗体は、２つの共有結合した抗体からなる。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不要な細胞に対してターゲティングさせるため［米国特許第4,676,980号］及びHIV感染の治療のために［WO 91/00360; WO 92/200373; EP 03089］提案されている。この抗体は、架橋剤に関連したものを含む合成タンパク化学における既知の方法を使用して、インビトロで調製することができると考えられる。例えば、ジスルフィド交換反応を使用するか又はチオエーテル結合を形成することにより、免疫毒素を作成することができる。この目的に対して好適な試薬の例には、イミノチオレート及びメチル-4-メルカプトブチリミデート、及び例えば米国特許第4,670,980号に開示されているものが含まれる。
６．エフェクター機能の加工
本発明の抗体をエフェクター機能について改変し、例えば癌治療における抗体の有効性を向上させるのが望ましい。例えば、システイン残基をFc領域に導入し、それにより、この領域に鎖間ジスルフィド結合を形成させるようにしてもよい。そのようにして生成された同種二量体抗体は、向上した内部移行能力及び／又は増加した補体媒介細胞殺傷及び抗体-依存性細胞性細胞毒性（ADCC）を有しうる。Caronら, J. Exp. Med. 176: 1191-1195 (1992)及びShopes, B. J. Immunol. 148: 2918-2922 (1992)参照。向上した抗腫瘍活性を持つ同種二量体抗体はまた、Wolffら, Cancer research 53: 2560-2565 (1993)に記載されたような異種二官能性架橋を用いても調製しうる。あるいは、抗体は、２つのFc領域を有するように加工して、それにより補体溶解及びADCC能力を向上させることもできる。Stevensonら, Anti-Cancer Drug Design 3: 219-230 (1989)参照。
【０２１５】
７．免疫複合体
本発明はまた、化学治療薬、毒素（例えば、細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素、又はその断片）などの細胞毒性薬、あるいは放射性同位体（即ち、放射性抱合）に抱合された抗体を含む免疫複合体にも関する。
このような免疫複合体の生成に有用な化学治療薬は上記した。用いることのできる酵素活性毒素及びその断片は、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、（緑膿菌からの）外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデクシン(modeccin)Ａ鎖、アルファ-サルシン、アレウリテス・フォーディ(Aleurites fordii)タンパク質、ジアンチン(dianthin)タンパク質、フィトラカ・アメリカーナ(Phytolaca americana)タンパク質（PAPI、PAPII、及びPAP-S）、モモルディカ・チャランチア(momordica charantia)インヒビター、クルシン(curcin)、クロチン(crotin)、サパオナリア・オフィシナリス(sapaonaria oficinalis)インヒビター、ゲロニン(gelonin)、ミトゲリン(mitogellin)、レストリクトシン(restrictocin)、フェノマイシン(phenomycin)、エノマイシン(enomycin)及びトリコテセン(tricothecene)を含む。様々な放射性ヌクレオチドが放射性抱合抗体の生成に利用可能である。例として、212Bi、131I、131In、90Y及び186Reを含む。
抗体及び細胞毒性薬の複合体は、種々の二官能性タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ-スクシンイミジル-3-(2-ピリジルジチオール)プロピオネート（SPDP）、イミノチオラン（IT）、イミドエステルの二官能性誘導体（ジメチルアジピミデートHCL等）、活性エステル（ジスクシンイミジルスベレート等）、アルデヒド（グルタルアルデヒド等）、ビス-アジド化合物（ビス(p-アジドベンゾイル)ヘキサンジアミン等）、ビス-ジアゾニウム誘導体（ビス-(p-ジアゾニウムベンゾイル)-エチレンジアミン等）、ジイソシアネート（トリエン2,6-ジイソシアネート等）、及びビス-活性フッ素化合物（1,5-ジフルオロ-2,4-ジニトロベンゼン等）を用いて作成できる。例えば、リシン免疫毒素は、Vitettaら, Science 238: 1098 (1987)に記載されたように調製することができる。カーボン-14-標識1--イソチオシアナトベンジル-3-メチルジエチレントリアミン五酢酸（MX-DTPA）は、放射性ヌクレオチドの抗体への抱合のためのキレート剤の例である。WO 94/11026参照。
他の実施態様では、腫瘍の予備標的化で使用するために、抗体は「レセプター」（ストレプトアビジン等）に抱合されてもよく、抗体-レセプター複合体は患者に投与され、次いで清澄化剤を用いて未結合複合体を循環から除去し、次に細胞毒性薬（例えば、放射性ヌクレオチド等）に抱合された「リガンド」（アビジン等）を投与する。
【０２１６】
８．免疫リポソーム
また、ここに開示する抗体は、免疫リポソームとして調製してもよい。抗体を含むリポソームは、Epsteinら, Proc. Natl. acad. Sci. USA, 82: 3688 (1985); Hwangら, Proc. natl. Acad. Sci. USA, 77: 4030 (1980); 及び米国特許第4,485,045号及び第4,544,545号に記載されたような、この分野で知られた方法で調製される。向上した循環時間を持つリポソームは、米国特許第5,013,556号に開示されている。
特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール及びＰＥＧ-誘導ホスファチジルエタノールアミン（PEG-PE）を含む脂質組成物での逆相蒸発法によって生成される。リポソームは、所定サイズのフィルターを通して押し出され、所望の径を有するリポソームが生成される。本発明の抗体のFab' 断片は、Martinら, J. Biol. Chem. 257: 286-288 (1982)に記載されているように、ジスルフィド交換反応を介してリポソームに抱合され得る。化学治療薬（ドキソルビシン等）は、場合によってはリポソーム内に包含される。Gabizonら, J. National Cancer Inst. 81(19) 1484 (1989)参照。
【０２１７】
９．抗体の製薬組成物
ここで同定されるＰＲＯポリペプチドに特異的に結合する抗体、並びに上記に開示したスクリーニングアッセイで同定された他の分子は、種々の疾患の治療のために、製薬組成物の形態で投与することができる。
ＰＲＯポリペプチドが細胞内であり、全抗体が阻害剤として用いられる場合、内在化抗体が好ましい。しかし、リポフェクション又はリポソームも抗体、又は抗体断片を細胞に導入するのに使用できる。抗体断片が用いられる場合、標的タンパク質の結合ドメインに特異的に結合する最小阻害断片が好ましい。例えば、抗体の可変領域配列に基づいて、標的タンパク質配列に結合する能力を保持したペプチド分子が設計できる。このようなペプチドは、化学的に合成でき、又は組換えDNA技術によって生成できる。例えば、Marascoら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 7889-7893 (1993)参照。
ここでの製剤は、治療すべき特定の徴候に必要な場合に１以上の活性化合物、好ましくは互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を持つものも含んでよい。あるいは、又はそれに加えて、組成物は、細胞毒性薬、サイトカイン又は成長阻害剤を含んでもよい。これらの分子は、適切には、意図する目的に有効な量の組み合わせで存在する。
また、活性成分は、例えばコアセルベーション技術により又は界面重合により調製されたマイクロカプセル、例えば、各々ヒドロキシメチルセルロース又はゼラチン-マイクロカプセル及びポリ（メタクリル酸メチル）マイクロカプセル中、コロイド状薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミン小球、マイクロエマルション、ナノ粒子及びナノカプセル）中、又はマイクロエマルション中に包括されていてもよい。これらの技術は、 上掲のRemington's Pharmaceutical Scienceに開示されている。
インビボ投与に使用される製剤は無菌でなけらばならない。これは、滅菌濾過膜を通した濾過により容易に達成される。
徐放性製剤を調製してもよい。徐放性製剤の好適な例は、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、このマトリクスは成形された物品、例えばフィルム、又はマイクロカプセルの形状である。除放性マトリクスの例は、ポリエステルヒドロゲル（例えば、ポリ(2-ヒドロキシエチル-メタクリレート)又はポリ(ビニルアルコール））、ポリアクチド（米国特許第3,773,919号）、L-グルタミン酸及びγ-エチル-L-グルタメート、非分解性エチレン-酢酸ビニル、LUPRON DEPOT(商品名)（乳酸-グリコール酸コポリマーと酢酸リュープロリドの注射可能な小球）などの分解性乳酸-グリコール酸コポリマー、ポリ-(D)-3-ヒドロキシブチル酸を含む。エチレン-酢酸ビニル及び乳酸-グリコール酸などのポリマーは分子を100日に渡って放出することができるが、ある種のヒドロゲルはより短時間でタンパク質を放出してしまう。カプセル化された抗体が身体内に長時間残ると、それらは37℃の水分に露出されることにより変性又は凝集し、その結果、生物学的活性の低下及び起こりうる免疫原性の変化をもたらす。合理的な方法は、含まれる機構に依存する安定化について工夫することができる。例えば、凝集機構がチオ−ジスルフィド交換を通した分子間S-S結合形成であると発見された場合、安定化はスルフヒドリル残基の修飾、酸性溶液からの凍結乾燥、水分含有量の制御、適切な添加剤の付加、及び特異的ポリマーマトリクス組成物の開発によって達成されうる。
【０２１８】
Ｇ．抗-ＰＲＯ抗体の用途
本発明の抗-ＰＲＯ抗体は様々な有用性を有している。例えば、抗-ＰＲＯ抗体は、ＰＲＯの診断アッセイ、例えばその特定細胞、組織、又は血清での発現の検出に用いられる。競合的結合アッセイ、直接又は間接サンドウィッチアッセイ及び不均一又は均一相で行われる免疫沈降アッセイ［Zola, Monoclonal Antibodies: A Manual of Techniques, CRC Press, Inc. (1987) pp. 147-158］等のこの分野で知られた種々の診断アッセイ技術が使用される。診断アッセイで用いられる抗体は、検出可能な部位で標識される。検出可能な部位は、直接又は間接に、検出可能なシグナルを発生しなければならない。例えば、検出可能な部位は、3H、14C、32P、35S又は125I等の放射性同位体、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン又はルシフェリン等の蛍光又は化学発光化合物、あるいはアルカリホスファターゼ、β-ガラクトシダーゼ又はセイヨウワサビペルオキシダーゼ等の酵素であってよい。抗体に検出可能な部位を抱合させるためにこの分野で知られた任意の方法が用いられ、それにはHunterら Nature, 144:945 (1962)；Davidら, Biochemistry, 13: 1014 (1974)；Painら, J. Immunol. Meth., 40:219 (1981) ;及びNygren, J. Histochem. and Cytochem., 30:407 (1982)に記載された方法が含まれる。
また、抗-ＰＲＯ抗体は組換え細胞培養又は天然供給源からのＰＲＯのアフィニティー精製にも有用である。この方法においては、ＰＲＯに対する抗体を、当該分野でよく知られている方法を使用して、セファデックス樹脂や濾紙のような適当な支持体に固定化する。次に、固定化された抗体を、精製するＰＲＯを含む試料と接触させた後、固定化された抗体に結合したＰＲＯ以外の試料中の物質を実質的に全て除去する適当な溶媒で支持体を洗浄する。最後に、ＰＲＯを抗体から脱離させる他の適当な溶媒で支持体を洗浄する。
以下の実施例は例示するためにのみ提供されるものであって、本発明の範囲を決して限定することを意図するものではない。
本明細書で引用した全ての特許及び参考文献の全体を、出典明示によりここに取り込む。
【０２１９】
（実施例）
実施例で言及されている全ての市販試薬は、特に示さない限りは製造者の使用説明に従い使用した。ATCC登録番号により以下の実施例及び明細書全体を通して特定されている細胞の供給源はアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション、マナサス、バージニアである。
【０２２０】
実施例１：新規なポリペプチド及びそれをコードするcDNAを同定するための細胞外ドメイン相同性スクリーニング
Swiss-Prot公的データベースからの約950の既知の分泌タンパク質からの細胞外ドメイン（ECD）配列（あれば、分泌シグナル配列を含む）を、ESTデータベースの検索に使用した。ESTデータベースは、公的データベース（例えば、Dayhoff、GenBank）及び企業のデータベース（例えば、LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む。検索は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST-2（Altschulら, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて、ECDタンパク質配列のEST配列の6フレーム翻訳との比較として実施した。既知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア70（90の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, WA）で集団化してコンセンサスＤＮＡ配列に構築した。
この細胞外ドメイン相同性スクリーニングを用いて、phrapを用いて他の同定されたEST配列に対してコンセンサスDNA配列を構築した。さらに、得られたコンセンサスDNA配列を、しばしば（常にではない）BLAST又はBLAST-2及びphrapの繰り返しサイクルを用いて伸長し、コンセンサス配列を上で議論したEST配列の供給源を用いて可能な限り伸長させた。
上記のように得られたコンセンサス配列に基づいて、次いでオリゴヌクレオチドを合成し、PCRにより対象とする配列を含むcDNAライブラリを同定するため、及びＰＲＯポリペプチドの全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして用いるために使用した。正方向及び逆方向PCRプライマーは一般的に20から30ヌクレオチドの範囲であり、しばしば約100-1000bp長のPCR産物を与えるために設計される。プローブ配列は、典型的に40-55bp長である。或る場合には、コンセンサス配列が約1-1.5kbpより大きいときに付加的なオリゴヌクレオチドが合成される。全長クローンについて幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのDNAを、Ausubelら, Current Protocols in Molecular Biology, のように、PCRプライマー対でのPCRによりスクリーニングした。ポジティブライブラリを、次いで、プローブオリゴヌクレオチド及びプライマー対の一方を用いて対象とする遺伝子をコードするクローンの単離するのに使用した。
cDNAクローンの単離に用いたcDNAライブラリは、Invitrogen, San Diego, CAからのもの等の市販試薬を用いて標準的な方法によって作成した。cDNAは、NotI部位を含むオリゴdTでプライムし、平滑末端でSalIヘミキナーゼアダプターに結合させ、NotIで切断し、ゲル電気泳動でおよそのサイズ分類し、そして適切なクローニングベクター（pRKB又はpRKD等；pRK5BはSfiI部位を含まないpRK5Dの前駆体である；Holmesら, Science, 253: 1278-1280 (1991)参照）に、独特のXhoI及びNotI部位において、所定の方向でクローニングした。
【０２２１】
実施例２：アミラーゼスクリーニングによるｃＤＮＡクローンの単離
１．オリゴdTプライムcDNAライブラリの調製
mRNAを対象とするヒト組織からInvitrogen, San Diego, CAからの試薬及びプロトコールを用いて単離した（Fast Track 2）。このRNAを、Life Technologies, Gaithersburg, MD (Super Script Plasmid system)からの試薬及びプロトコールを用いるベクターpRK5DにおけるオリゴdTプライムしたcDNAの生成に使用した。この方法において、二本鎖cDNAは1000bpを越えるサイズ分類し、SalI/NotI結合cDNAをXhoI/NotI切断ベクターにクローニングした。pRK5Dを、sp6転写開始部位、それに続くSfiI制限酵素部位、さらにXhiI/NotI cDNAクローニング部位を持つベクターにクローニングした。
２．ランダムプライムcDNAライブラリの調製
一次cDNAクローンの5' 末端を好ましく表現するために二次cDNAライブラリを作成した。Sp6 RNAを（上記の）一次ライブラリから生成し、このRNAを、ベクターpSST-AMY.0におけるLife Technologies (上で参照したSuper Script Plasmid System)からの試薬及びプロ値コールを用いたランダムプライムしたcDNAライブラリの生成に使用した。この方法において、二本鎖cDNAを500-1000bpにサイズ分類し、平滑末端でNotIアダプターに結合させ、SfiI部位で切断し、そしてSfiI/NotI切断ベクターにクローニングした。pSST-AMY.0は、cDNAクローニング部位の前に酵母アルコールデヒドロゲナーゼプロモータ、及びクローニング部位の後にマウスアミラーゼ配列（分泌シグナルを持たない成熟配列）に次いでアルコールデヒドロゲナーゼ転写終結区を有するクローニングベクターである。即ち、アミラーゼ配列でフレームに融合するこのベクターにクローニングされたcDNAは、適当に形質移入された酵母コロニーからのアミラーゼの分泌を導くであろう。
【０２２２】
３．形質転換及び検出
上記２パラグラフに記載したライブラリからのDNAを氷上で冷却し、それにエレクトロコンピテントDH10B細菌（Life Technoligies、20ml）を添加した。細菌及びベクターの混合物は、次いで製造者に推奨されているように電気穿孔た。次いで、SOC培地（Life Technplogies、1ml）を添加し、この号物を37℃で30分間インキュベートした。形質転換体は、次いでアンピシリンを含む20標準150mmLBプレートに蒔き、16時間インキュベートした（37℃）。ポジティブコロニーをプレートから廃棄し、細菌ペレットから標準的な方法、例えばCsCl-勾配を用いてDNAを単離した。精製DNAは、次いで以下の酵母プロトコールにのせた。
酵母方法は３つの範疇に分けられる：（１）酵母のプラスミド／cDNA結合ベクターでの形質転換；（２）アミラーゼを分泌する酵母クローンの検出及び単離；及び（３）酵母コロニーから直接的な挿入物のPCR増幅及び配列決定及びさらなる分析のためのＤＮＡの精製。
用いた酵母菌株はHD56-5A（ATCC-90785）であった。この株は以下の遺伝子型：MATアルファ、ura3-52、leu2-3、leu2-112、his3-11、his3-15、MAL＋、SUC＋、GAL＋を有する。好ましくは、不完全な翻訳後経路を持つ酵母変異体を用いることができるが、。このような変異体は、sec71、sec72、sec62に転位不全対立遺伝子を持つが、切断されたsec71が最も好ましい。あるいは、これらの遺伝子の正常な操作を阻害するアンタゴニスト（アンチセンスヌクレオチド及び／又はリガンドを含む）、この翻訳後経路に含まれる他のタンパク質（例えば、SEC61p、SEC72p、SEC62p、SEC63p、TDJ1p、SSA1p-4p）又はこれらのタンパク質の複合体形成も、アミラーゼ発現酵母と組み合わせて好ましく用いられる。
形質転換は、Gietzら, Nucl. Acid. Res., 20: 1425 (1992)に概略が記されたプロトコールに基づいて実施された。形質転換細胞は、次いで寒天からYEPD複合培地ブロス（100ml）に播種し、30℃で終夜成長させた。YEPDブロスは、Kaiserら, Methods in Yeast Genetics, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY, p. 207 (1994)に記載されているように調製した。終夜培地は、次いで新鮮なYEPDブロス（500ml）中におよそ2ｘ106細胞/ml（約OD600＝0.1）に希釈し、１ｘ１０７細胞/ml（約OD600＝0.4-0.5）まで再成長させた。
次いで細胞を収穫し、5,000rpmで5分間のSorval GS3 ローターのGS3ローターボトルに移し、上清を捨て、次いで無菌水に再懸濁することにより形質転換のために調製し、そして50mlのファルコン管内で、Beckman GS-6KR遠心機において3,500rpmで再度遠心分離した。上清を捨て、細胞をLiAc/TE（10ml, 10mMのトリス-HCl, 1mMのEDTA  pH7.5, 100mMのLi2OOCCH3）で続けて洗浄し、LiAc/TE（2.5ml）中に再懸濁させた。
【０２２３】
形質転換は、マイクロチューブ内で、調製した細胞（100μl）を新鮮な変性一本鎖サケ精子ＤＮＡ（Lofstrand Labs, Gaitherburg, MD）及び形質転換ＤＮＡ（1μg vol. ＜10μl）と混合することにより起こした。混合物はボルテックスにより簡単に混合し、次いで40%PEG/TE（600μl, 40%のポリエチレングリコール-4000, 10mMのトリス-HCl, 1mMのEDTA, 100mMのLi2OOCCH3, pH 7.5）を添加した。この混合物を緩く撹拌し、30℃で撹拌しながら30分間インキュベートした。次いで細胞に42℃で15分間熱衝撃を与え、反応容器をミクロチューブ内で12,000rpmで5-10秒間遠心分離し、デカント及びＴＥ（500μl, 10mMのトリス-HCl, 1mMのEDTA pH 7.5）への再懸濁に次いで遠心分離した。
次いで、細胞をTE（1ml）中に希釈し、アリコート（200μl）を150mm成長プレート（VWR）に予め調製した選択培地に拡げた。
あるいは、複数の少量反応ではなく、形質転換を１回の大規模反応で実施したが、しやくの量はしかるべくスケールアップした。
用いた選択培地は、Kaiserら, Methods in Yeast Genetics, Cold Spring Harbor press, Cold Spring Harbor, NY, p. 208-210 (1994)に記載されているように調製したウラシルを欠く合成完全デキストロース寒天（SCD-Ura）であった。形質転換体は30℃で2-3日成長させた。
アミラーゼを分泌するコロニーの検出は、選択成長培地における赤色デンプンの包含により実施した。Bielyら, Anal. Biochem., 172: 176-179 (1988)に記載された方法に従って、デンプンを赤色染料（反応性 Red-120, Sigma）に結合させた。結合したデンプンをSCD-Ura寒天プレートに最終濃度0.15%（w/v）で導入し、リン酸カリウムでpH7.0に緩衝した（最終濃度50-100mM）。
ポジティブコロニーを拾って新鮮な選択培地（150mmプレート）に画線し、良好に単離され同定可能な単一コロニーを得た。アミラーゼ分泌についてポジティブな良好に単離されたコロニーは、緩衝SCD-Ura寒天への赤色団分の直接導入により検出した。ポジティブコロニーは、デンプンを分解して、ポジティブコロニーの周囲に直接目視できる暈を形成する能力により決定した。
【０２２４】
４．ＰＣＲ増幅によるＤＮＡの単離
ポジティブコロニーが単離された場合、その一部を楊枝で拾い、96ウェルプレートにおいて無菌水（30μl）に希釈した。この時点で、ポジティブコロニーは凍結して次の分析のために保存するか、即座に増幅するかのいずれかである。細胞のアリコート（5μl）を、0.5μlのKlentaq（Clontech, Palo Alto, CA）; 4.0μlの10mM dNTP（Perkin Elmer-Cetus）; 2.5μlのKentaqバッファー(Clontech); 0.25μlの正方向オリゴ１；0.25μlの逆方向オリゴ２；12.5μlの蒸留水を含有する25μl容量におけるＰＣＲ反応のテンプレートとして使用した。正方向オリゴヌクレオチド１の配列は：
5'- TGTAAAACGACGGCCAGTTAAATAGACCTGCAATTATTAATCT -3'（配列番号：3）
であった。
逆方向オリゴヌクレオチド２の配列は：
5'- CAGGAAACAGCTATGACCACCTGCACACCTGCAAATCCATT -3'（配列番号：4）
であった。
次いで、ＰＣＲは以下の通り実施した：
ａ．                  変性           92℃、  5分間
ｂ．次の３サイクル    変性           92℃、30秒間
アニール       59℃、30秒間
伸長           72℃、60秒間
ｃ．次の３サイクル    変性           92℃、30秒間
アニール       57℃、30秒間
伸長           72℃、60秒間
ｄ．次の２５サイクル  変性           92℃、30秒間
アニール       55℃、30秒間
伸長           72℃、60秒間
ｅ．                  保持           4℃
下線を施した領域は、各々ADHプロモーター領域及びアミラーゼ領域にアニーリングされ、挿入物が存在しない場合はベクターpSST-AMY.0からの307bp領域を増幅する。典型的には、これらのオリゴヌクレオチドの5'末端の最初の18ヌクレオチドは、配列プライマーのアニーリング部位を含んでいた。即ち、空のベクターからのＰＣＲ反応の全生成物は343bpであった。しかしながら、シグナル配列融合cDNAは、かなり長いヌクレオチド配列をもたらした。
ＰＣＲに続いて、反応のアリコート（5μl）を、上掲のSambrook等に記載されたように1%アガロースゲル中でトリス-ホウ酸塩-EDTA（TBE）緩衝系を用いたアガローススゲル電気泳動により試験した。400bpより大きな単一で強いＰＣＲ産物をもたらすクローンを、96 Qiaquick PCR 清浄化カラム（Quagen Inc., Charsworth, CA）での精製の後にＤＮＡ配列によりさらに分析した。
【０２２５】
実施例３：シグナルアルゴリズム分析を用いたcDNAクローンの単離
種々のポリペプチド-コード化核酸配列は、ジェネンテク，インク（South San Francisco, CA）によって開発された独自の配列発見アルゴリズムを、公的（例えば、GenBank）及び／又は個人的（LIFESEQ(登録商標), Incyte Pharmaceuticals, Inc., Palo Alto, CA）データベースからのESTｓ並びに同データーベースから集団化及び組み立てられたEST断片へ適用することにより同定した。シグナル配列アルゴリズムは、考慮している配列又は配列断片の5'-末端の第１の、場合によっては第２のメチオニンコドン（ATG）を取り囲むDNAヌクレオチドの文字に基づく分泌シグナルスコアを計算する。第１のATGに続くヌクレオチドは、停止コドンを持たない少なくとも35の不明瞭でないアミノ酸をコードしなければならない。第１のATGが必要なアミノ酸を有する場合、第２のものは試験しない。何れも要件を満たさない場合、候補配列にスコアをつけなかった。EST配列が真正のシグナル配列を含むか否かを決定するために、ATGコドンを取り囲むDNA及び対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られた７つのセンサー（評価パラメータ）の組を用いてスコアをつけた。ころアルゴリズムの使用により、多くのポリペプチド-コード化核酸配列の同定がなされた。
【０２２６】
実施例４：ヒトＰＲＯ１４８４をコードするcDNAクローンの単離
上記実施例１に記載したように、phrapを用いて他のESTに対してコンセンサスDNA配列が構築された。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ３９６１６と命名する。ＤＮＡ３９６１６コンセンサス配列に基づいて、１）ＰＣＲにより対象とする配列を含むcDNAライブラリを同定するため、及び２）ＰＲＯ１４８４の全長コード化配列のクローンを単離するプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドを合成した。
PCRプライマー（正及び逆方向）が合成された：
正方向ＰＣＲプライマー（39616.f1）5'-GCAACAATGGAGCCACTGGTCATG -3'
（配列番号：5）
逆方向ＰＣＲプライマー（39616.r1）5'-GCAAAGGTGGAGAAGCGTTGGTGG-3'
（配列番号：6）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブが、下記のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３９６１６配列から構築された。
ハイブリダイゼーションプローブ（39616.p1）
5'-CCCACTTCAGCAATCAGAACAGTGGGATTATCTTTCAGCAGTGTTTGAGACC-3'
（配列番号：7）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリをスクリーニングするために、ライブラリからのDNAを上記で同定したPCRプライマー対でPCR増幅した。次いで、ポジティブライブラリを、プローブオリゴヌクレオチド及びＰＣＲプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１４８４遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。cDNAライブラリー作成のためのRNAはヒト胎児腎臓組織から単離した。
上記のように単離したクローンのＤＮＡ配列決定によって、ＰＲＯ１４８４（ＤＮＡ４４６８６−１６５３とここにおいて命名[図１、配列番号：１]；（ＵＮＱ７５３））の全長DNA配列及びＰＲＯ１４８４の誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ４４６８６−１６５３の全コード配列を図１（配列番号：１）に示す。クローンＤＮＡ４４６８６−１６５３は、ヌクレオチド位置77-79の見かけの翻訳開始部位及びヌクレオチド位置815-817の停止コドンを伴うヌクレオチド位置77-79に単一のオープンリーディングフレームを含む（図１）。予測されるポリペプチド前駆体は246アミノ酸長である（図２）。図２に示されている全長ＰＲＯ１４８４タンパク質は、26,994 daltons見積もり分子量と約6.43のpIを有する。図２（配列番号：２）に示されている全長ＰＲＯ１４８４配列の分析は、次の存在を明らかにしている：約アミノ酸1から約アミノ酸22のシグナルペプチド、約アミノ酸137から約アミノ酸167のC1qドメイン及び図２に示されているようなC1qドメイン含有タンパク質に対して相同性を有する種々のアミノ酸ブロック。クローンＤＮＡ４４６８６−１６５３は、1999年1月12日にATCCへ寄託され、ATCC寄託番号203581が与えられた。
図２（配列番号：２）に示した全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント分析法を使用しての、Dayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析により、ＰＲＯ１４８４アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：P_W09108, CA1A_HUMAN, C1QC_HUMAN, HUMC1QB2_1, COLE_LEPMA, MMU32107_1, CAS4_EPHMU, A57131, A41207及びCERL_RATとの間の顕著な相同性が明らかになった。
【０２２７】
実施例５：ヒトＰＲＯ４３３４をコードするcDNAクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用は、IncyteデータベースからのESTクラスター配列の同定を可能にした。次いでこのESTクラスター配列を、公的データベース（例えば、GenBank）及び独自に開発したEST DNAデータベース（LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む種々の発現配列タグ（EST）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul及びGish, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア70（90の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化してコンセンサスDNA配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６４２１と命名する。
ＤＮＡ５６４２１コンセンサス配列とIncyteのESTクローン番号3347532に含まれるEST配列との間の観察された配列相同性に鑑みて、Incyteクローンを購入し、cDNA挿入物を得て配列決定した。このcDNA挿入物の配列を図３に示し、ここでＤＮＡ５９６０８−２５７７と命名する。
図３に示されている全長クローンは、ヌクレオチド位置83-85の見かけの翻訳開始部位とヌクレオチド位置1404-1406の停止コドンを伴う単一のオープンリーディングフレームを含む（図３；配列番号：８）。予測されるポリペプチド前駆体は（図４，配列番号：９）440アミノ酸長である。ＰＲＯ４３３４は、約50,211の計算上の分子量及び約8.29のｐＩを有する。
図４（配列番号：９）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析により、ＰＲＯ４３３４アミノ酸配列及びここに具体化した以下のDayhoff配列：AB020686_1, PC1_HUMAN, P_R79148, PC1_MOUSE, RNU78788_1, RATPDIB_1, P_W75859, AC005587_1, P_R86595及びPPD1_BOVINとの間の相同性を明らかにした。
クローンＤＮＡ５９６０８−２５７７は、1999年3月23日にATCCへ寄託され、ATCC寄託番号203870を与えられた。
【０２２８】
実施例６：ヒトＰＲＯ１１２２をコードするcDNAクローンの単離
発現された配列タグ（EST）DNAデータベース（LIFESEQ（商品名）、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を検索して、ESTを同定した。ESTは、ここにおいてＤＮＡ４９６６５とも呼ばれるIncyte1347523であった。ＤＮＡ４９６６５に基づいて、：1)対象となる配列を含むcDNAライブラリーのPCRによる同定、及び2)ＰＲＯ１１２２の全長コード化配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するために、オリゴヌクレオチドが合成された。
PCRプライマーの対（正及び逆）を合成した：
正方向PCRプライマー  5'-ATCCACAGAAGCTGGCCTTCGCCG-3'（配列番号：12）
逆方向PCRプライマー  5'-GGGACGTGGATGAACTCGGTGTGG-3'（配列番号：13）
さらに、次の核酸配列から合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを作成した。
ハイブリダイゼーションプローブ  
5'-TATCCACAGAAGCTGGCCTTCGCCGAGTGCCTGTGCAGAG-3'（配列番号：14）
全長クローンの供給源について幾つかのライブラリーをスクリーニングするために、ライブラリーからのDNAを上で同定したPCRプライマー対でPCR増幅した。次いで、ポジティブライブラリーを、プローブオリゴヌクレオチド及びPCRプライマー対の一方を用いてＰＲＯ１１２２遺伝子をコードするクローンを単離するのに使用した。cDNAライブラリー作成のためのRNAは、ヒト胎児腎臓組織（LIB228）から単離した。
上記のように単離したクローンのDNA配列は、ＰＲＯ１１２２の全長DNA配列［ここで、ＤＮＡ６２３７７−１３８１）と命名される］（配列番号：１０）及びＰＲＯ１１２２の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ６２３７７−１３８１の全核酸配列を図５（配列番号：１０）に示す。クローンＤＮＡ６２３７７−１３８１は、単一のオープンリーディングフレームを含み、配列番号10のヌクレオチド位置50-52に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置641-643の停止コドンで終端する（図５）。予測されるポリペプチド前駆体は１９７アミノ酸長である（図６）。図６に示した全長ＰＲＯ１１２２タンパク質は、約21,765ダルトンの見積もり分子量及び約8.53のpIを有する。クローンＤＮＡ６２３７７−１３８１は、1998年12月22日にATCCに寄託された。寄託されたクローンが真の核酸配列を有し、そしてここに提供されたその配列が既知のシーケンシング技術に基づいていることは理解されている。
全長ＰＲＯ１１２２ポリペプチドのアミノ酸配列の分析は、それがCTLA_8及びIL-17類似性を有することを示唆し、それによりＰＲＯ１１２２が新規なサイトカインとなりうることが示されている。より詳細には、Dayhoffデータベース（version 35.45 SwissProt 35）は、ＰＲＯ１１２２アミノ酸配列と以下のDayhoff配列、P-W13651, VG13_HSVSA，及びCEF25D1_1との間の有意な相同性を明らかにした。
【０２２９】
実施例７：ヒトＰＲＯ１８８９をコードするcDNAクローンの単離
上記実施例１に記載したphrapを使用してコンセンサス配列が他のEST配列に対して構築された。このコンセンサス配列をここでＤＮＡ４９３１０と命名する。ＤＮＡ４９３１０コンセンサス配列とIncyte ESTクローン番号2779436内に含まれるEST配列との間の観察された配列類似性を基にして、Incyte ESTクローン番号2779436を購入し、その挿入断片を得て、配列決定した。その挿入断片の配列を図７に示し、ここでＤＮＡ７７６２３−２５２４と命名する。
ＤＮＡ７７６２３−２５２４の全ヌクレオチド配列は図７（配列番号：１５）に示される。クローンＤＮＡ７７６２３−２５２４は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置39-41に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置330-332の見かけの停止コドンで終端する（図７）。予測されるポリペプチド前駆体は97アミノ酸長である（図８）。図８に示した全長ＰＲＯ１８８９タンパク質は約10,160ダルトンの推定分子量及び約6.56のpIを有する。図８（配列番号：１６）に示す全長ＰＲＯ１８８９配列の分析により次のものの存在が証明される：約アミノ酸1から約アミノ酸20のシグナルペプチド、約アミノ酸6から約アミノ酸11及び約アミノ酸33から約アミノ酸38の潜在的なＮ−ミリストイル化部位及び約アミノ酸24から約アミノ酸34及び約アミノ酸78から約アミノ酸88の原核生物膜リポタンパク質付着部位。クローンＤＮＡ７７６２３−２５２４は1998年12月22日にATCCに寄託され、ATCC寄託番号203546が付与された。
図８（配列番号：１６）に示した全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント分析法を使用しての、Dayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析により、ＰＲＯ１８８９アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：HSE48ATGN_1, P_W06292, AB012293_1, THYB_MOUSE, P_R70984, CHKSCA2A_1, P_W61628, I48639, BMBUNGKP4_1及びUPAR_HUMANとの間の有意な相同性が証明された。
【０２３０】
実施例８：ヒトＰＲＯ１８９０をコードするcDNAの単離
コンセンサスDNA配列が、実施例１に記載したようにBLAST及びプログラム「phrap」の繰り返しサイクルを用いて他のEST配列に対して構築された。このコンセンサス配列を、ここで「ＤＮＡ５２１６２」と命名する。ＤＮＡ５２１６２コンセンサス配列に基づいて、オリゴヌクレオチドが：１）対象となる配列を含んだcDNAライブラリーをPCRによって同定するため、及び２）ＰＲＯ１８９０のための全長コード化配列のクローンを同定するためのプローブとして利用するために合成された。
PCRプライマー（正及び逆方向）が合成された：
正方向PCRプライマー（52162.f1)
5'-CACCAACCAACTGCCAATCCTGGC-3'（配列番号：19）
逆方向PCRプライマー(52162.r1）
5'-ACCACATTCTGATGGGTGTCTCCTGG-3'（配列番号：20）
さらには、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ５２１６２配列から構築された。
ハイブリダイゼーションプローブ（52162.p1）
5'-GGGTCCCTACCTTTACCAGTGGAATGATGACAGGTGTAACATGAAGCAC-3'
（配列番号：21）
cDNAライブラリーの構築のためのRNAは、ヒト胎児腎組織から単離された。
上記に記載の単離されたクローンのDNAシーケンシングは、ＰＲＯ１８９０（ここにおいてＤＮＡ７９２３０−２５２５［図９，配列番号：１７］；（ＵＮＱ８７２））のための全長DNA配列及びＰＲＯ１８９０の誘導タンパク質配列を与えた。      
ＤＮＡ７９２３０−２５２５の全ヌクレオチド配列は図９（配列番号：１７）に示される。クローンＤＮＡ７９２３０−２５２５は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置378−380に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置1197-1199の見かけの停止コドンで終端する（図９）。予測されるポリペプチド前駆体は273アミノ酸長である（図１０）。図１０に示した全長ＰＲＯ１８９０タンパク質は約30,431ダルトンの推定分子量及び約6.79のpIを有する。図１０（配列番号：１８）に示す全長ＰＲＯ１８９０配列の分析により次のものの存在が証明される：約アミノ酸1から約アミノ酸21のシグナルペプチド、約アミノ酸214から約アミノ酸235の膜貫通ドメイン、約アミノ酸86から約アミノ酸89及び約アミノ酸255から約アミノ酸258の潜在的なＮ−グリコシル化部位、約アミノ酸266から約アミノ酸269のｃＡＭＰ-及びｃＧＭＰ-依存性プロテインキナーゼリン酸化部位及び約アミノ酸27から約アミノ酸32、約アミノ酸66から約アミノ酸71、約アミノ酸91から約アミノ酸96、約アミノ酸93から約アミノ酸98、約アミノ酸140から約アミノ酸145、及び約アミノ酸212から約アミノ酸217の潜在的なＮ−ミリストイル化部位。クローンＤＮＡ７９２３０−２５２５は1998年12月22日にATCCに寄託され、ATCC寄託番号203549が付与された。
図１０（配列番号：１８）に示した全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント分析法を使用しての、Dayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析により、ＰＲＯ１８９０アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：AF093673_1, P_W44118, AB014609_1, AC005254_1, AF026547_1, LEC2_MEGRO, PGCV_HUMAN, GEN12667,  P_R06331及びCELF52E1_9との間の有意な相同性が証明された。
【０２３１】
実施例９：ヒトＰＲＯ１８８７をコードするcDNAクローンの単離
コンセンサスDNA配列が、実施例１に記載したようにphrapを用いて他のEST配列に対して構築された。このコンセンサス配列を、ここで「ＤＮＡ４３０４１」と命名する。このコンセンサス配列に基づいて、オリゴヌクレオチドが：１）対象となる配列を含んだcDNAライブラリーをPCRによって同定するため、及び２）ＰＲＯ１８８７のための全長コード化配列のクローンを同定するためのプローブとして利用するために合成された。
PCRプライマー（正及び逆方向）が合成された：
正方向PCRプライマー：5'-GCAAAGCTCTGCCTCCTTGGCC-3'（配列番号：24）；
及び
逆方向PCRプライマー：5'-GGGTGGACTGTGCTCTAATGGACGC-3'（配列番号：25）、及び 5'-CGTGGCACTGGGTTGATC-3'（配列番号：26）。
さらには、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ４３０４１配列から構築された。
ハイブリダイゼーションプローブ：
5'-GATGCAGTTCTGGTCAGAGACGCTCCCCAGCAAGATACAACAGTG-3'（配列番号：27）
全長クローンの源のための幾つかのライブラリーをスクリーンするために、ライブラリーからのDNAは、上記に同定されたPCRプライマー対を伴うPCR増幅によってスクリーンされた。そして、陽性ライブラリーは、プローブオリゴヌクレオチド及びPCRプライマーのひとつを使用したＰＲＯ１８８７遺伝子をコードするクローンを単離するために使用された。cDNAライブラリーの構築のためのRNAは、ヒト骨髄から単離された。
上記に記載されたような単離されたクローンのDNAシーケンシングは、ここにおいて「ＤＮＡ７９８６２−２５２２」（図１１；配列番号：２２）と命名されたＰＲＯ１８８７のための全長DNA配列及びＰＲＯ１８８７の誘導タンパク質配列を与えた。
ＤＮＡ７９８６２−２５２２の全ヌクレオチド配列は図１１（配列番号：２２）に示される。クローンＤＮＡ７９８６２−２５２２は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置6-8に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置1719-1721の見かけの停止コドンで終端する。予測されるポリペプチド前駆体は571アミノ酸長である。図１２に示した全長ＰＲＯ１８８７タンパク質は約62,282ダルトンの推定分子量及び約5.56のpIを有する。ＰＲＯ１８８７タンパク質の付加的特徴は、約アミノ酸1から約アミノ酸27のシグナルペプチド；約アミノ酸226から約アミノ酸245の膜貫通ドメイン；約アミノ酸105から約アミノ酸108の潜在的なＮ−グリコシル化部位；約アミノ酸10-15、49-54、62-67、86-91、150-155、155-160、162-167、217-222、227-232、228-233、232-237、262-267、257-362、及び461-466のＮ−ミリストイル化部位；約アミノ酸12-22の原核生物膜リポタンパク質脂質付着部位；及び約アミノ酸216-231のカルボキシエステラーゼＢ型セリン活性化部位、を含む。
図１２（配列番号：２３）に示した全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント分析法を使用しての、Dayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析により、ＰＲＯ１８８７アミノ酸配列とDayhoff配列ESTM_MOUSEの間に有意な相同性を明らかにした。相同性は、ＰＲＯ１８８７アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：D50579_1, I61085, EST1_HUMAN, GEN12405, P_W39078, GEN13248, P_R58980, A31800_1, 及びP_R45189との間にも見出された。
クローンＤＮＡ７９８６２−２５２２は1998年12月22日にATCCに寄託され、ATCC寄託番号203550が付与された。
【０２３２】
実施例１０：ヒトＰＲＯ１７８５をコードするcDNAクローンの単離
コンセンサスDNA配列が、実施例１に記載したようにphrapを用いて他のEST配列に対して構築された。このコンセンサス配列を、ここで「ＤＮＡ３５７１８」と命名する。このコンセンサス配列に基づいて、オリゴヌクレオチドが：１）対象となる配列を含んだcDNAライブラリーをPCRによって同定するため、及び２）ＰＲＯ１７８５のための全長コード化配列のクローンを同定するためのプローブとして利用するために合成された。
PCRプライマー（正及び逆方向）が合成された：
正方向PCRプライマー：5'-ATCCTCCAACATGGAGCCTCTTGC-3'（配列番号：30）；正方向PCRプライマー：5'-GTATCTTGTCAACCCTGAGG-3' （配列番号：31）；及び
逆方向PCRプライマー：5'-TAACCAGAGCTGCTATGTCAGGCC-3'（配列番号：32）；
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３５７１８配列から構築された。
ハイブリダイゼーションプローブ：
5'-AGGCAAAGTTTCACTAGTTGTAAACGTGGCCAGTGACTGCCAACTCACAG-3'
（配列番号：33）
全長クローンの源のための幾つかのライブラリーをスクリーンするために、ライブラリーからのDNAは、上記に同定されたPCRプライマー対を伴うPCR増幅によってスクリーンされた。そして、陽性ライブラリーは、プローブオリゴヌクレオチド及びPCRプライマーのひとつを使用したＰＲＯ１７８５遺伝子をコードするクローンを単離するために使用された。cDNAライブラリーの構築のためのRNAは、大動脈内皮細胞から単離された。
上記に記載されたような単離されたクローンのDNAシーケンシングは、ＰＲＯ１７８５のための全長DNA配列（ここにおいてＤＮＡ８０１３６−２５０３と命名された［図１３、配列番号：２８］）とＰＲＯ１７８５の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ１７８５の全長コード化配列は、配列は図１３（配列番号：２８）に示される。クローンＤＮＡ８０１３６−２５０３は、単一のオープンリーディングフレームを含み、配列番号：28のヌクレオチド位置2-4に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置629-631に見かけの停止コドンで終端する。予測されるポリペプチド前駆体は209アミノ酸長である。配列番号２９の約アミノ酸1から約アミノ酸31のシグナルペプチド、約アミノ酸18から約アミノ酸37の膜貫通ドメイン及び約アミノ酸104から約アミノ酸111のグルタチオンペルオキシダーゼシグネチャーが存在する。クローンＤＮＡ８０１３６−２５０３はATCCに寄託され、ATCC寄託番号203541を与えられた。図１４に示した全長ＰＲＯ１７８５タンパク質は約23,909ダルトンの推定分子量及び約9.68のpIを有する。
図１４（配列番号：２９）に示した全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント分析法を使用しての、Dayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析により、ＰＲＯ１７８５アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：GSHC_SCHMA, P_R44988, AB012395_1,GSHH_HUMAN,AC004151_3,BTUE_ECOLI,GSHC_HUMAN, P_R89910,PWU88907_1, 及びD37916_1との間に配列同一性が見出された。
【０２３３】
実施例１１：ヒトＰＲＯ４３５３をコードするcDNAクローンの単離
コンセンサスDNA配列が、実施例１に記載したようにBLAST及びプログラム「phrap」の繰り返しサイクルを用いて他のEST配列に関連して構築された。このコンセンサス配列を、ここで「ＤＮＡ３９４８２」と命名する。ＤＮＡ３９４８２コンセンサス配列に基づいて、オリゴヌクレオチドが：１）対象となる配列を含んだcDNAライブラリーをPCRによって同定するため、及び２）ＰＲＯ４３５３のための全長コード化配列のクローンを同定するためのプローブとして利用するために合成された。
PCRプライマー（正及び逆方向）が合成された：
正方向PCRプライマー：5'-GAGGACCTACCGGCCGGACAG-3'（配列番号：36）及び
逆方向PCRプライマー：5'-ATACACCCCGAGTACTGCTGGCAG-3'（配列番号：37）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３９４８２配列から構築された：
ハイブリダイゼーションプローブ：
5'-AGACAGGGCAGCGGCTGCTGAGCTTGGAGCTGGACGCAGCTT-3'（配列番号：38）
全長クローンの源のための幾つかのライブラリーをスクリーンするために、ライブラリーからのDNAは、上記に同定されたPCRプライマー対を伴うPCR増幅によってスクリーンされた。そして、陽性ライブラリーは、プローブオリゴヌクレオチド及びPCRプライマーのひとつを使用したＰＲＯ４３５３遺伝子をコードするクローンを単離するために使用された。cDNAライブラリーの構築のためのRNAは、大動脈内皮細胞から単離された。
上記に記載されたような単離されたクローンのDNAシーケンシングは、ＰＲＯ４３５３のための全長DNA配列（ここにおいてＤＮＡ８０１４５−２５９４と命名された［図１５、配列番号：３４］）とＰＲＯ４３５３の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ４３５３の全コード化配列は図１５（配列番号：３４）に示される。クローンＤＮＡ８０１４５−２５９４は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置19-21に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置2683-2685の見かけの停止コドンで終端する。予測されるポリペプチド前駆体は888アミノ酸長である。クローンＤＮＡ８０１４５−２５９４はATCCに寄託され、ATCC寄託番号204-PTAが付与された。図１６に示した全長ＰＲＯ４３５３タンパク質は約95,285ダルトンの推定分子量及び約8.89のpIを有する。
図１６（配列番号：３４）に示した全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント分析法を使用しての、Dayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４３５３アミノ酸配列と以下のDayhoff配列（ここにおいて取り入れられた配列と文字）P_W19857,AB000776_1,P_W57260,JH0798,P_R71382,CEY54E5B_1,I48747, MUSC1_1, P_R71383及びP_W63748との間の相同性を明らかにした。  
【０２３４】
実施例１２：ヒトＰＲＯ４３５７をコードしているcDNAクローンの単離
コンセンサスDNA配列が、実施例１に記載したようなphrapを用いて他のEST配列に関連して構築された。このコンセンサス配列を、ここで「ＤＮＡ８０１１５」と命名する。ＤＮＡ８０１５５コンセンサス配列に基づいて、オリゴヌクレオチドが：１）対象となる配列を含んだcDNAライブラリーをPCRによって同定するため、及び２）ＰＲＯ４３５７のための全長コード化配列のクローンを同定するためのプローブとして利用するために合成された。
PCRプライマー（正及び逆方向）が合成された：
正方向PCRプライマー：5'-GAAGGTGGAAATTAAATTCAAGGGC-3'（配列番号：41）及び  
逆方向PCRプライマー：5'-CGATAAGCTGCTACAGTGCCATCG-3'（配列番号：42）
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ８０１５５配列から構築された：
ハイブリダイゼーションプローブ：
5'-GTGACTGTCCTCTGCAAGATAGTGCAGCCTGGCTACGGGA-3'（配列番号：43）
全長クローンの源のための幾つかのライブラリーをスクリーンするために、ライブラリーからのDNAは、上記に同定されたPCRプライマー対を伴うPCR増幅によってスクリーンされた。そして、陽性ライブラリーは、プローブオリゴヌクレオチド及びPCRプライマーのひとつを使用したＰＲＯ４３５７遺伝子をコードするクローンを単離するために使用された。cDNAライブラリーの構築のためのRNAは、大動脈内皮細胞から単離された。
上記に記載されたような単離されたクローンのDNAシーケンシングは、ＰＲＯ４３５７のための全長DNA配列とＰＲＯ４３５７の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ４３５７の全コード化配列は図１７（配列番号：３９）に示される。クローンＤＮＡ８４９１７−２５９７は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置286-288に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置1792-1794の見かけの停止コドンで終端する。予測されるポリペプチド前駆体は502アミノ酸長である。クローンＤＮＡ８４９１７−２５９７はATCCに寄託され、ATCC寄託番号203863が付与された。図１８に示した全長ＰＲＯ４３５７タンパク質は約58,043ダルトンの推定分子量及び約7.94のpIを有する。
図１８（配列番号：４０）に示した全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント分析法を使用しての、Dayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４３５３アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：P_W48804, AF003534_66,  ATAC00466519, LPSA_BACNO, GELA_DICDI, EHU70560_1, AF089841_1, ABP2_HMAN, P_W19349及びA49551との間の相同性を明らかにした。
【０２３５】
実施例１３：ヒトＰＲＯ４４０５をコードするcDNAクローンの単離
コンセンサスDNA配列が、BLAST及びプログラム「phrap」の繰り返しサイクルを用いて他のEST配列に関連して構築された。このコンセンサス配列を、ここで「ＤＮＡ８０１７０」と命名する。ＤＮＡ８０１７０コンセンサス配列に基づいて、オリゴヌクレオチドが：１）対象となる配列を含んだcDNAライブラリーをPCRによって同定するため、及び２）ＰＲＯ４４０５のための全長コード化配列のクローンを同定するためのプローブとして利用するために合成された。
PCRプライマー（正及び逆方向）が合成された：
正方向PCRプライマー：5'-CGGGACTTTCGCTACCTGTTGC-3'（配列番号：46）及び
逆方向PCRプライマー：5'-CATCATATTCCACAAAATGCTTTGGG-3'（配列番号：47)
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサス配列から構築された：
ハイブリダイゼーションプローブ：
5'-CCTTCGGGGATTCTTCCCGGCTCCCGTTCGTTCCTCTG-3'（配列番号：48）
全長クローンの源のための幾つかのライブラリーをスクリーンするために、ライブラリーからのDNAは、上記に同定されたPCRプライマー対を伴うPCR増幅によってスクリーンされた。そして、陽性ライブラリーは、プローブオリゴヌクレオチド及びPCRプライマーのひとつを使用したＰＲＯ４４０５遺伝子をコードするクローンを単離するために使用された。cDNAライブラリーの構築のためのRNAは、ヒト胎児腎臓から単離された。
上記に記載されたような単離されたクローンのDNAシーケンシングは、ＰＲＯ４４０５のための全長DNA配列（ここにおいてＤＮＡ８４９２０−２６１４と命名された［図１９、配列番号：４４］）とＰＲＯ４４０５の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ４４０５の全コード化配列は図１９（配列番号：４４）に示される。クローンＤＮＡ８４９２０−２６１４は単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置79-81に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置1009-1011の見かけの停止コドンで終端する。予測されるポリペプチド前駆体は310アミノ酸長である。クローンＤＮＡ８４９２０−２６１４はATCCに寄託され、ATCC寄託番号203966が付与された。図２０に示した全長ＰＲＯ４４０５タンパク質は約33,875ダルトンの推定分子量及び約7.08のpIを有する。
図２０（配列番号：４５）に示した全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント分析法を使用しての、Dayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４４０５アミノ酸配列と以下のDayhoff配列（ここにおいて包含する配列と関連文）：YA93_SCHPO, S62432, YJG_YEAST, AC004472_3, AB004539_7, S64782, CELC27A12_8, AF109219_1, AF086791_10, 及びP_W75859との間の相同性を明らかにした。
【０２３６】
実施例１４：ヒトＰＲＯ４３５６をコードするcDNAの単離
コンセンサス配列が、上記実施例１に記載したようにphrapを使用して他のEST配列に関連して構築された。このコンセンサス配列をここで「ＤＮＡ８０２００」と命名する。ＤＮＡ８０２００コンセンサス配列とMerck ESTクローン番号248287内に含まれるEST配列との間の観察された配列類似性を基にして、Merck ESTクローン番号248287を購入し、その挿入断片を得てシーケンシングをし、それによってＤＮＡ８６５７６−２５９５を提供した。
ＰＲＯ４３５６の全ヌクレオチド配列は図２１（配列番号：４９）に示される。クローンＤＮＡ８６５７６−２５９５は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置55-57に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置808-810の見かけの停止コドンで終端する。予測されるポリペプチド前駆体は251アミノ酸長である。クローンＤＮＡ８６５７６−２５９４はATCCに寄託され、ATCC寄託番号203868が付与された。図２２に示した全長ＰＲＯ４３５６タンパク質は約26,935ダルトンの推定分子量及び約7.42のpIを有する。
図２２（配列番号：５０）に示した全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント分析法を使用しての、Dayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４３５６アミノ酸配列と以下のここに取り入れられたDayhoff配列：RNMAGPIAN_1, UPAR_BOVIN, S42152, AF007789_1, UPAR_RAT, UPAR_MOUSE, P_W31165, P_44423 及びP_W26359 との間の相同性が明らかした。
【０２３７】
実施例１５：ヒトＰＲＯ４３５２をコードするcDNAクローンの単離
コンセンサスDNA配列が、実施例１に記載したようなphrapを用いて他のEST配列に関連して構築された。このコンセンサス配列を、ここで「ＤＮＡ８３３９７」と命名する。ＤＮＡ８３３９７コンセンサス配列に基づいて、オリゴヌクレオチドが：１）対象となる配列を含んだcDNAライブラリーをPCRによって同定するため、及び２）ＰＲＯ４３５２のための全長コード化配列のクローンを同定するためのプローブとして利用するために合成された。
PCRプライマー（正及び逆方向）が合成された：
正方向PCRプライマー：5'-CTGGGGAGTGTCCTTGGCAGGTTc-3'（配列番号：53）及び
逆方向PCRプライマー：5'-CAGCATACAGGGCTCTTTAGGGCACAC-3'（配列番号：54）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ８３３９７配列から構築された：
ハイブリダイゼーションプローブ：
5'-CGGTGACTGAGGAAACAGAGAAAGGATCCTTTGTGGTCAATCTGGC-3'（配列番号：55）
全長クローンの源のための幾つかのライブラリーをスクリーンするために、ライブラリーからのDNAは、上記に同定されたPCRプライマー対を伴うPCR増幅によってスクリーンされた。そして、陽性ライブラリーは、プローブオリゴヌクレオチド及びPCRプライマーのひとつを使用したＰＲＯ４３５２遺伝子をコードするクローンを単離するために使用された。cDNAライブラリーの構築のためのRNAは、ヒト胎児脳から単離された。
上記に記載されたような単離されたクローンのDNAシーケンシングは、ＰＲＯ４３５２のための全長DNA配列（ＤＮＡ８７９７６−２５９３［図２３、配列番号：５１］）とＰＲＯ４３５２の誘導タンパク質配列を与えた。
ＰＲＯ４３５２の全コード化配列は図２３（配列番号：５１）に示される。クローンＤＮＡ８７９７６−２５９３は、ヌクレオチド位置179-181に見かけの翻訳開始部位を伴う単一のオープンリーディングフレームを含み、そして配列番号５１のヌクレオチド位置2579-2581の見かけの停止コドンで終端する。予測されるポリペプチド前駆体は800アミノ酸長である。クローンＤＮＡ８７９７６−２５９３はATCCに寄託され、ATCC寄託番号203888が付与された。図２４に示した全長ＰＲＯ４３５２タンパク質は約87,621ダルトンの推定分子量及び約4.77のpIを有する。
図２４（配列番号：５２）に示した全長配列のWU-BLAST2配列アラインメント分析法を使用しての、Dayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４３５２アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：P_R86865, P_R86866, RATPCDH_1, AB011160_1, MMU88549_1, D86917_1, AB008179_1, P_R58907, HSHFATPRO_1, 及びAF031572_1との間の相同性を明らかにした。
【０２３８】
実施例１６：ヒトＰＲＯ４３８０をコードするcDNAクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用は、IncyteデータベースからのESTクラスター配列の同定を可能にした。次いでこのESTクラスター配列を、公的データベース（例えば、GenBank）及び独自に開発したEST DNAデータベース（LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む種々の発現配列タグ（EST）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul及びGish, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア70（90の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化してコンセンサスDNA配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ７９１３２と命名する。ＤＮＡ７９１３２を鑑みて、ＤＮＡ９２２３４−２６０２が同定された。
図２５に示された全長クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置201-203に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置1722-1724の停止コドンで終端する（図２５；配列番号：５６）。予測されるポリペプチド前駆体（図２６、配列番号：５７）は507アミノ酸長である。全長ＰＲＯ４３８０タンパク質は、約56,692の計算上の分子量及び約5.22のpIを有する。
図２６（配列番号：５７）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４３８０アミノ酸配列と以下のDayhoff配列（ここにおいて包含する配列と関連文）：CER11H6_1, S56299, D89150_1, G70870, S43914, LMO34616_5, LLU78036_1, AF055904_2, P_W79066及びARGE_ECOLIとの間の相同性を明らかにした。
クローンＤＮＡ９２２３４−２６０２はATCCに寄託され、ATCC寄託番号203948が付与されている。
【０２３９】
実施例１７：ヒトＰＲＯ４３５４をコードするcDNAクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用は、ここにおいてＤＮＡ１０１９５と命名されたESTクラスター（92909）配列の同定を可能にした。
次いでこのESTクラスター配列を、公的データベース（例えば、GenBank）及び独自に開発したEST DNAデータベース（LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む種々の発現配列タグ（EST）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschulら, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア70（90の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化してコンセンサスDNA配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ５６０６３と命名する。ＤＮＡ５６０６３を鑑みて、ＤＮＡ９２２５６−２５９６が同定された。
図２７に示された全長クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置108-110に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置852-854の停止コドンで終端する（図２７；配列番号：５８）。予測されるポリペプチド前駆体（図２８、配列番号：５９）は248アミノ酸長である。全長ＰＲＯ４３５４タンパク質は、約28,310の計算上の分子量及び約4.63のpIを有する。
図２８（配列番号：５９）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４３５４アミノ酸配列と以下のここにおいて取り入れられたDayhoff配列：HGS_RF300, CEVK04G11_2, CEC11H1_7, HSU80744_1, CEF09E8_2, RNAJ2967_1, DDICOI_1, AB020648_1, P_W33887及びA64319との間の相同性を明らかにした。
クローンＤＮＡ９２２５６−２５９６は1999年3月30日にATCCに寄託され、ATCC寄託番号203891が付与されている。
【０２４０】
実施例１８：ヒトＰＲＯ４４０８をコードするcDNAクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用は、IncyteデーターベースからのESTクラスター配列の同定を可能にした。次いでこのESTクラスター配列を、公的データベース（例えば、GenBank）及び独自に開発したEST DNAデータベース（LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む種々の発現配列タグ（EST）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschulら, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア70（90の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化してコンセンサスDNA配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ７９２９８と命名する。ＤＮＡ７９２９８を鑑みて、ＤＮＡ９２２７４−２６１７が同定された。
図２９に示された全長クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置89-91に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置758-760の停止コドンで終端する（図２９；配列番号：６０）。予測されるポリペプチド前駆体（図３０、配列番号：６１）は223アミノ酸長である。全長ＰＲＯ４４０８タンパク質は、約25,402の計算上の分子量及び約8.14のpIを有する。
図３０（配列番号：６１）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４４０８アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：P_R27897, P_R49942, PBP_RAT, CELF40A3_3, D1ONCVO, PC4214, OV16_ONCVO, P_R27718, GEN10789, 及びOBA5_DROMEとの間の相同性を明らかにした。
クローンＤＮＡ９２２７４−２６１７はATCCに寄託され、ATCC寄託番号203971が付与されている。
【０２４１】
実施例１９：ヒトＰＲＯ５７３７をコードするcDNAクローンの単離
発現配列タグ（EST）データベース（LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）をヒトインターロイキン-１レセプターアンタゴニスト（hIL-Ra）配列で検索し、ここにおいて１４３３１５６と命名され、hIL-Ra既知タンパク質と相同性を示したEST配列が同定された。ESTクローン１４３３１５６はIncyte Pharmaceuticals（Palo Alto, CA）から購入され、そしてcDNA挿入物が得られて全体の配列が決められ、ＤＮＡ９２９２９−２５４３配列を与えた。
ＤＮＡ９２９２９−２５３４の全ヌクレオチド配列は、図３１（配列番号：６２）に示され手いる。クローンＤＮＡ９２９２９−２５３４は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置96-98に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置498-500の停止コドンで終端する（図３１；配列番号：６２）。予測されるポリペプチド前駆体（hIL-1Ra2）は134アミノ酸長である。推定上のシグナル配列は、アミノ酸位置1-17から伸張する。クローンＤＮＡ９２９２９−２５３４はATCCに寄託され、ATCC寄託番号203586が付与されている。図３２に示されている全長hIL-1ra2タンパク質は、約14,927の見積もり分子量及び約4.8のpIを有する。
全長配列のBLAST及びFastA配列アライメント分析（ALIGN-2コンピュータープログラム）に基づいて、hIL-1Ra2（図３２、配列番号：６３）はhIL-1Rαβタンパク質に対して有意なアミノ酸配列同一性を示した。hIL-1Ra2は、hIL-1Rαβのスプライスバリアントであると考えられている。
【０２４２】
実施例２０：ヒトＰＲＯ４４２５のコードするcDNAクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用は、IncyteデーターベースからのESTクラスター配列の同定を可能にした。
次いでこのESTクラスター配列を、公的データベース（例えば、GenBank）及び独自に開発したEST DNAデータベース（LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む種々の発現配列タグ（EST）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschulら, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア70（90の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化してコンセンサスDNA配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ８１０９９と命名する。
ＤＮＡ８１０９９配列とESTクローンno.AA448744に含まれるEST配列に認められる配列相同性に鑑み、ESTクローンAA448744はMerckより購入され、そのcDNA挿入部は得られて配列を決められた。このcDNA挿入部の配列は、図３３に示され、ここにおいてＤＮＡ９３０１１−２６３７と命名された。
図３３に示された全長クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置27-29に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置435-437の停止コドンで終端する（図３３；配列番号：６４）。予測されるポリペプチド前駆体（図３４、配列番号：６５）は136アミノ酸長である。全長ＰＲＯ４４２５タンパク質は、約15,577の計算上の分子量及び約8.88のpIを有する。
図３４（配列番号：６５）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４４２５アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：HGS_RE295, S44655, YOJ8_CAEEL, VBR1_CLVK, P_R39520, P_R65332, P_R39388, TGL4_HUMAN, YKAB_CAEEL, 及びS71105との間の相同性を明らかにした。
クローンＤＮＡ９３０１１−２６３７はATCCに寄託され、ATCC寄託番号20-PTAが付与されている。
【０２４３】
実施例２１：ヒトＰＲＯ５９９０をコードするcDNAクローンの単離
コンセンサスDNA配列が、実施例１に記載したようにphrapを用いて他のEST配列に関連して構築された。このコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ８６６０２と命名する。ＤＮＡ８６６０２コンセンサス配列に基づいて、オリゴヌクレオチドが：１）対象となる配列を含んだｃDNAライブラリーをPCRによって同定するため、及び２）ＰＲＯ５９９０のための全長コード化配列のクローンを同定するためのプローブとして利用するために合成された。
PCRプライマー（正及び逆方向）が合成された：
正方向PCRプライマー：5'-CGTCACAGGAACTTCAGCACCC-3'（配列番号：68）及び
逆方向PCRプライマー：5'-GTCTTGGCTTCCTCCAGGTTTGG-3'（配列番号：69）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブは、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ８６６０２配列から構築された：
ハイブリダイゼーションプローブ：
5'-GGACAGCGCTCCCCTCTACCTGGAGACTTGACTCCCGC-3'（配列番号：70）
cDNAライブラリーの構築のためのRNAは、ヒト胎児脳組織から単離された。
上記に記載されたような単離されたクローンのDNAシーケンシングは、ＰＲＯ５９９０ポリペプチドのための全長DNA配列（ここにおいてＤＮＡ９６０４２−２６８２と命名された［図３５、配列番号：６６］）とＰＲＯ５９９０ポリペプチドの誘導タンパク質配列を与えた。
上記において同定された全長クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置265-267に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置1669-1671の見かけの停止コドンで終端する（図 ３５、配列番号：６６）。予測されるポリペプチド前駆体は468アミノ酸長で、約53,005ダルトンの推定分子量及び約4.98のpIを有する。図３６（配列番号：６７）に示された全長ＰＲＯ５９９０配列の分析は、図３６に示されているような種々の重要なポリペプチドドメインの存在を証明し、これら重要なポリペプチドドメインへ与えられている位置は、上記に記載のようにおおよそである。クローンＤＮＡ９６０４２−２６８２は、1999年7月20日にATCCへ寄託され、ATCC寄託番号382-PTAが付与された。
図３６（配列番号：６７）に示した全長配列のALIGN-2配列アラインメント分析法を使用してのDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ５９９０アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：SG3_MOUSE;  SG3_RAT; GEN14673; ENHMHCAX_1;  MYS2_DICDI;  NFU43192_1; US01_YEAST; A56577; PFLSA13_1; CELF12F3_3との間の配列同一性を明らかにした。  
【０２４４】
実施例２２：ヒトＰＲＯ６０３０をコードするcDNAの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用は、LIFESEQ(商品名)（Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CAIncyte）データーベースからの、ここにおいてCLU20900と命名された、ESTクラスター配列の同定を可能にした。次いでこのESTクラスター配列を、公的データベース（例えば、GenBank）及び独自に開発したEST DNAデータベース（LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む種々の発現配列タグ（EST）データベースと比較し、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschulら, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア70（90の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化してコンセンサスDNA配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ここでＤＮＡ８１２２９と命名する。
ＤＮＡ８１２２９配列とIncyte（Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CAIncyte）データーベースからのno.4020130H1に包含されるEST配列に認められる配列相同性に鑑み、クローンno.4020130H1は購入され、そのcDNA挿入部は得られて配列を決められた。ここにおいて、cDNA挿入部が全長タンパク質をコードすることが見出された。ここにおいて、cDNA挿入部が全長タンパク質をコードしていることが見出された。このcDNA挿入部の配列は、図３７に示され、ここにおいてＤＮＡ９６８５０−２７０５と命名された。
クローンＤＮＡ９６８５０−２７０５は、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置60-62に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置1026-1028の停止コドンで終端する（図３７）。予測されるポリペプチド前駆体は、322アミノ酸長である（図３８）。図３８に示されている全長ＰＲＯ６０３０タンパク質は、約34,793の見積もり分子量及び約6.34のpIを有する。図３８（配列番号：７２）に示された全長ＰＲＯ６０３０配列の分析は、図３８に示されているような種々の重要なポリペプチドドメインの存在を証明し、これら重要なポリペプチドドメインへ与えられている位置は、上記に記載のようにおおよそである。クローンＤＮＡ９６８５０−２７０５は、1999年8月3日にATCCへ寄託され、ATCC寄託番号479-PTAが付与された。
図３８（配列番号：７２）に示した全長配列のALIGN-2配列アラインメント分析法を使用しての、Dayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ６０３０アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：AF059571_1; I38346; AF035835_1; P_W83138; P_R54714; P_R65166; P_P93995; BGP1_HUMAN; P_W06873; A43165_1との間の配列同一性を明らかにした。
【０２４５】
実施例２３：ヒトＰＲＯ４４２４をコードするcDNAクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用は、IncyteデーターベースからのESTクラスター配列の同定を可能にした。次いでこのESTクラスター配列を、公的データベース（例えば、GenBank）及び独自に開発したEST DNAデータベース（LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む種々の発現配列タグ（EST）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschulら, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア70（90の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化してコンセンサスDNA配列を構築した。そこから得られた伸張コンセンサス配列を、ＤＮＡ８０８２０と命名する。ＤＮＡ８０８２０を鑑みて、ＤＮＡ９６８５７−２６３６が同定され、配列が決められた。
図３９に示された全長クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置52-54に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置715-717の停止コドンで終端する（図３９；配列番号：７３）。予測されるポリペプチド前駆体（図４０、配列番号：７４）は221アミノ酸長である。全長ＰＲＯ４４２４タンパク質は、約23,598の計算上の分子量及び約6.96のpIを有する。
図４０（配列番号：７４）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４４２４アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：HGS_A135, JC5105, P_R88555, JC5106, P_R88556, CELR12E2_13, DMC34F3_8, ATG13D4_7, HGS_A204, S58331との間の相同性を明らかにした。
クローンＤＮＡ９６８５７−２６３６はATCCへ寄託され、ATCC寄託番号17-PTAが付与されている。
【０２４６】
実施例２４：ヒトＰＲＯ４４２２をコードするcDNAクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用は、IncyteデーターベースからのESTクラスター配列の同定が可能にした。次いでこのESTクラスター配列を、公的データベース（例えば、GenBank）及び独自に開発したEST DNAデータベース（LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む種々の発現配列タグ（EST）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul及びGish, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア70（90の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化してコンセンサスDNA配列を構築した。そこから得られた伸張コンセンサス配列を、ＤＮＡ８０１３４と命名する。ＤＮＡ８０１３４を鑑みて、ＤＮＡ９６８６７−２６２０は、すべて同定され、配列が決められた。
図３９に示された全長クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置318-320に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置900-902の停止コドンで終端する（図４１；配列番号：７５）。予測されるポリペプチド前駆体（図４２、配列番号：７６）は194アミノ酸長である。全長ＰＲＯ４４２２タンパク質は、約21,431の計算上の分子量及び約8.57のpIを有する。
図４２（配列番号：７６）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４４２２アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：LYG_CHICK, LYG_CYGAT, LYG_ANSAN, LYG_STRCA, P_W69515, ATAC003680_7, ACCA_HAEIN, I64065, A70853及びAF074611_71との間の相同性を明らかにした。
クローンＤＮＡ９６８６７−２６２０はATCCへ寄託され、ATCC寄託番号203972が付与されている。
【０２４７】
実施例２５：ヒトＰＲＯ４４３０をコードするcDNAクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用は、IncyteデーターベースからのESTクラスター配列の同定が可能にした。次いでこのESTクラスター配列を、公的データベース（例えば、GenBank）及び独自に開発したEST DNAデータベース（LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む種々の発現配列タグ（EST）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul及びGish, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア70（90の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化してコンセンサスDNA配列を構築した。そこから得られた伸張コンセンサス配列を、ＤＮＡ８２３８０と命名する。ＤＮＡ８２３８０を鑑みて、ＤＮＡ９６８７８−２６２６は同定され、配列が決められた。
図４３に示された全長クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置56-58に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置431-433の停止コドンで終端する（図４３；配列番号：７７）。予測されるポリペプチド前駆体（図４４、配列番号：７８）は125アミノ酸長である。全長ＰＲＯ４４３０タンパク質は、約13,821の計算上の分子量及び約8.6のpIを有する。
図４４（配列番号：７８）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４４３０アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：MMHC213L3_9, A45835, D45835, UPAR_MOUSE, AF043498_1, P_W62066, LY6C_MOUSE, LY6A_MOUSE, P_R58710及びP_R86315との間の相同性を明らかにした。
クローンＤＮＡ９６８７８−２６２６はATCCへ寄託され、ATCC寄託番号23-PTAが付与されている。
【０２４８】
実施例２６：ヒトＰＲＯ４４９９をコードするcDNAクローンの単離
上記の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムの使用は、IncyteデーターベースからのESTクラスター配列の同定が可能にした。次いでこのESTクラスター配列を、公的データベース（例えば、GenBank）及び独自に開発したEST DNAデータベース（LIFESEQ(商品名)、Incyte Pharmaceuticals、Palo Alto, CA）を含む種々の発現配列タグ（EST）データベースと比較して、存在する相同性を同定した。相同体検索は、コンピュータプログラムBLAST又はBLAST2（Altschul及びGish, Methods in Enzymology 266: 460-480 (1996)）を用いて実施した。公知のタンパク質をコードせず、BLASTスコア70（90の場合もある）又はそれ以上を持つ比較物は、プログラム「phrap」（Phil Green, University of Washington, Seattle, Washington）で集団化してコンセンサスDNA配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、ＤＮＡ８１１５５と命名する。ＤＮＡ８１１５５を鑑みて、ＤＮＡ９６８８９−２６４１が同定され、配列が決められた。
図４５に示された全長クローンは、単一のオープンリーディングフレームを含み、ヌクレオチド位置185-187に見かけの翻訳開始部位を持ち、そしてヌクレオチド位置1202-1204の停止コドンで終端する（図４５；配列番号：７９）。予測されるポリペプチド前駆体（図４６、配列番号：８０）は339アミノ酸長である。全長ＰＲＯ４４９９タンパク質は、約36,975の計算上の分子量及び約7.85のpIを有する。
図４６（配列番号：８０）に示した全長配列のWU-BLAST-2配列アラインメント分析を用いたDayhoffデータベース（バージョン35.45 SwissProt 35）の分析は、ＰＲＯ４４３０アミノ酸配列と以下のDayhoff配列：CEF38B7_4, D70575, AF073993_1, PNAPA_1, AF098967_1, AF007140_1, ROA3_HUMAN, E70969, CEY53C12B_5, 及びCEY53C12B_6との間の相同性を明らかにした。
クローンＤＮＡ９６８８９−２６４１はATCCへ寄託され、ATCC寄託番号119-PTAが付与されている。
【０２４９】
実施例２７：ハイブリダイゼーションプローブとしてのＰＲＯの利用
以下の方法は、ＰＲＯをコードする核酸配列のハイブリダイゼーションプローブとしての使用を記載する。
ここに開示した全長又は成熟ＰＲＯのコード配列を含むDNAは、ヒト組織cDNAライブラリー又はヒト組織ゲノムライブラリーにおける同種DNA（ＰＲＯの自然発生変異体などをコードしている）のスクリーニングのためのプローブとして用いられる。
いずれかのライブラリーDNAを含むフィルターのハイブリダイゼーション及び洗浄は、以下の高い緊縮条件で実施した。放射標識ＰＲＯ誘導プローブのフィルターへのハイブリダイゼーションは、50％ホルムアルデヒド、5ｘSSC、0.1％SDS、0.1％ピロリン酸ナトリウム、50mMリン酸ナトリウム、pH6.8、2ｘデンハード溶液、及び10％デキストラン硫酸の溶液中で、42℃において20時間行った。フィルターの洗浄は、0.1ｘSSC及び0.1％SDSの水溶液中、42℃で行った。
次いで、全長天然配列をコードするDNAと所望の配列同一性を有するDNAは、この分野で知られた標準的な方法を用いて同定できる。
【０２５０】
実施例２８：大腸菌におけるＰＲＯの発現
この実施例は、大腸菌における組み換え発現による所望のＰＲＯの非グリコシル化形態の調製を例示する。
ＰＲＯをコードするDNA配列は、選択されたPCRプライマーを用いて最初に増幅した。プライマーは、選択された発現ベクターの制限酵素部位に対応する制限酵素部位を持たなければならない。種々の発現ベクターを用いることができる。好適なベクターの例は、pBR322（大腸菌から誘導されたもの；Bolivarら, Gene, 2:95 (1977)を参照）であり、アンピシリン及びテトラサイクリン耐性についての遺伝子を含む。ベクターは、制限酵素で消化され、脱リン酸化される。PCR増幅した配列は、次いで、ベクターに結合させる。ベクターは、好ましくは抗生物質耐性遺伝子、trpプロモーター、ポリ−hisリーダー（最初の６つのSTIIコドン、ポリ−his配列、及びエンテロキナーゼ切断部位を含む）、ＰＲＯコード化領域、ラムダ転写終結区、及びargU遺伝子を含む。
ライゲーション混合物は、次いで、上掲のSambrook等に記載された方法を用いた選択した大腸菌株の形質転換に使用される。形質転換体は、それらのLBプレートで成長する能力により同定され、次いで抗生物質耐性クローンが選択される。プラスミドDNAが単離され、制限分析及びDNA配列分析で確認される。
選択されたクローンは、抗生物質を添加したLBブロスなどの液体培地で終夜成長させることができる。終夜培養は、続いて大規模培養の播種に用いられる。次に細胞を最適光学密度まで成長させ、その間に発現プロモーターが作動する。
更に数時間の培養の後、細胞を採集して遠心分離できる。遠心分離で得られた細胞ペレットは、この分野で知られた種々の試薬を用いて可溶化され、次いで可溶化ＰＲＯタンパク質を金属キレート化カラムを用いてタンパク質を緊密に結合させる条件下で精製することができる。
【０２５１】
以下の手法を用いて、大腸菌においてポリ-Hisタグ形態でＰＲＯを発現させてもよい。ＰＲＯをコードするDNAを選択したPCRプライマーを用いて最初に増幅する。プライマーは、選択された発現ベクターの制限酵素部位に対応する制限酵素部位、及び効率的で信頼性のある翻訳開始、金属キレートカラムでの迅速な精製、及びエンテロキナーゼでのタンパク質分解的除去を与える他の有用な配列を含む。次いでPCR増幅された、ポリ-Hisタグ配列を発現ベクターに結合させ、それを株52（W3110 fuhA(tonA) lon galE rpoHts(htpRts) clpP(lacIq)）に基づく大腸菌宿主の形質転換に使用した。形質転換体は、最初に50mg/mlのカルベニシリンを含有するLB中、30℃で振盪しながら3-5のO.D.600に達するまで成長させた。ついで培養をCRAP培地（3.57gの（NH4)2SO4、0.71gのクエン酸ナトリウム・2H2O、1.07gのKCl、5.36gのDifco酵母抽出物、500mL水中の5.36gのSheffield hycase SF、並びに110mMのMPOS、pH7.3、0.55%（w/v）のグルコース及び７ｍMのMgSO4の混合で調製）中に50-100倍希釈し、30℃で振盪させながら約20-30時間成長させた。試料を取り出してSDS-PAGEにより発現を確認し、バルク培養を遠心分離して細胞をペレット化した。細胞ペレットを精製及び再折りたたみまで凍結させた。
0.5から1Lの発酵（6-10gペレット）からの大腸菌ペーストを、7Mのグアニジン、20mMのトリス、pH8バッファー中で10容量（w/v）で再懸濁させた。固体硫酸ナトリウム及びテトラチオン酸ナトリウムを添加して最終濃度を各々0.1M及び0.02Mとし、溶液を4℃で終夜撹拌した。このプロセスにより、亜硫酸によりブロックされた全てのシステイン残基を持つ変性タンパク質がもたらされた。溶液をBeckman Ultracentrifuge中で40,000rpmで30分間遠心分離した。上清を金属キレートカラムバッファー（6Mのグアニジン、20mMのトリス、pH7.4）の3-5容量で希釈し、0.22ミクロンフィルターを通して濾過して透明化した。透明化抽出物を、金属キレートカラムバッファーで平衡化させた5mlのQiagen Ni-NTA金属キレートカラムに充填した。カラムを50mMのイミダゾール（Calbiochem, Utrol grade）を含む添加バッファー、pH7.4で洗浄した。タンパク質を250mMのイミダゾールを含有するバッファーで溶離した。所望のタンパク質を含有する画分をプールし、4℃で保存した。タンパク質濃度は、そのアミノ酸配列に基づいて計算した吸光係数を用いて280nmにおけるその吸収により見積もった。
【０２５２】
試料を、20mMのトリス、pH8.6、0.3MのNaCl、2.5Mの尿素、5ｍＭのシステイン、20mMのグリシン及び1mMのEDTAからなる新たに調製した再折りたたみバッファー中に徐々に希釈することによりタンパク質を再折りたたみさせた。リフォールディング容量は、最終的なタンパク質濃度が50〜100マイクログラム/mlとなるように選択した。リフォールディング溶液を4℃で12-36時間ゆっくり撹拌した。リフォールディング反応はTFAを最終濃度0.4%（約3のpH）で添加することにより停止させた。タンパク質をさらに精製する前に、溶液を0.22ミクロンフィルターを通して濾過し、アセトニトリルを最終濃度2-10%になるまで添加した。再折りたたみされたタンパク質を、Poros R1/H逆相カラムで、0.1%TFAの移動バッファーと10〜80%のアセトニトリル勾配での溶離を用いてクロマトグラフにかけた。A280吸収を持つ画分のアリコートをSDSポリアクリルアミドゲルで分析し、相同な再折りたたみされたタンパク質を含有する画分をプールした。一般的に、殆どのタンパク質の正しく再折りたたみされた種は、これらの種が最もコンパクトであり、その疎水性内面が逆相樹脂との相互作用から遮蔽されているので、アセトニトリルの最低濃度で溶離される。凝集した種は通常、より高いアセトニトリル濃度で溶離される。タンパク質の誤って折りたたまれた形態を所望の形態から除くのに加えて、逆相プロセスは試料からエンドトキシンも除去する。
所望の折りたたまれたＰＲＯポリペプチドを含有する画分をプールし、溶液に向けた窒素の弱い気流を用いてアセトニトリルを除去した。タンパク質を、透析又は調製バッファーで平衡化したG25 Superfine（Pharmacia）樹脂でのゲル濾過及び滅菌濾過により、0.14Mの塩化ナトリウム及び4%のマンニトールを含む20mMのHepes、pH6.8に処方した。
ここに開示した多くのＰＲＯポリペプチドが上記のようにして成功裏に発現された。
【０２５３】
実施例２９：哺乳動物細胞でのＰＲＯの発現
この実施例は、哺乳動物細胞における組み換え発現による潜在的にグリコシル化した形態のＰＲＯの調製を例示する。
発現ベクターとしてベクターpRK5（1989年3月15日公開のEP 307,247参照）を用いた。場合によっては、ＰＲＯ ＤＮＡを選択した制限酵素を持つpRK5に結合させ、上掲のSambrook等に記載されたようなライゲーション方法を用いてＰＲＯ ＤＮＡを挿入させる。得られたベクターは、pRK5−ＰＲＯと呼ばれる。
一実施態様では、選択された宿主細胞は293細胞とすることができる。ヒト293細胞（ATCC CCL 1573）は、ウシ胎児血清及び場合によっては滋養成分及び／又は抗生物質を添加したDMEMなどの培地中で組織培養プレートにおいて成長させて集密化した。約10μｇのpRK5-ＰＲＯＤＮＡを約1μgのVARNA遺伝子コード化DNA［Thimmappayaら, Cell, 31:543 (1982))］と混合し、500μlの1mMトリス-HCl、0.1mM EDTA、0.227M CaCl2に溶解させた。この混合物に、滴状の、500μlの50mM HEPES（pH7.35）、280mMのNaCl、1.5mMのNaPO4を添加し、25℃で10分間析出物を形成させた。析出物を懸濁し、293細胞に加えて37℃で約4時間定着させた。培地を吸引し、2mlのＰＢＳ中20%グリセロールを30秒間添加した。293細胞は、次いで無血清培地で洗浄し、新鮮な培地を添加し、細胞を約5日間インキュベートした。
形質移入の約24時間後、培地を除去し、培地（のみ）又は200μCi/ml35S−システイン及び200μCi/ml35S−メチオニンを含む培地で置換した。12時間のインキュベーションの後、条件培地を回収し、スピンフィルターで濃縮し、15%SDSゲルに添加した。処理したゲルを乾燥させ、ＰＲＯポリペプチドの存在を現す選択された時間にわたってフィルムにさらした。形質転換した細胞を含む培地に、更なるインキュベーションを施し（無血清培地で）、培地を選択されたバイオアッセイで試験した。
これに換わる技術において、ＰＲＯは、Somparyracら, Proc. Natl. Acad. Sci., 12:7575 (1981)に記載されたデキストラン硫酸法を用いて293細胞に一過的に導入される。293細胞は、スピナーフラスコ内で最大密度まで成長させ、700μgのpRK5-ＰＲＯ ＤＮＡを添加する。細胞は、まずスピナーフラスコから遠心分離によって濃縮し、PBSで洗浄した。DNA−デキストラン沈殿物を細胞ペレット上で4時間インキュベートした。細胞を20%グリセロールで90秒間処理し、組織培地で洗浄し、組織培地、5μg/mlウシインシュリン及び0.1μg/mlウシトランスフェリンを含むスピナーフラスコに再度導入した。約4日後に、条件培地を遠心分離して濾過し、細胞及び細胞片を除去した。次いで発現されたＰＲＯを含む試料を濃縮し、透析及び／又はカラムクロマトグラフィー等の選択した方法によって精製した。
【０２５４】
他の実施態様では、ＰＲＯをCHO細胞で発現させることができる。pRK5−ＰＲＯは、CaPO4又はDEAE-デキストランなどの公知の試薬を用いてCHO細胞に形質移入することができる。上記したように、細胞培地をインキュベートし、培地を培養培地（のみ）又は35S-メチオニン等の放射性標識を含む培地に置換することができる。ＰＲＯポリペプチドの存在を同定した後、培地を無血清培地に置換してもよい。好ましくは、培地を約6日間インキュベートし、次いで条件培地を収集する。次いで、発現されたＰＲＯを含む培地を濃縮して、任意の選択した方法によって精製することができる。
また、エピトープタグＰＲＯは、宿主CHO細胞において発現させてもよい。ＰＲＯはpRK5ベクターからサブクローニングしてもよい。サブクローン挿入物は、PCRを施してバキュロウイルス発現ベクター中のポリ-hisタグ等の選択されたエピトープタグを持つ枠に融合できる。ポリ-hisタグＰＲＯ挿入物は、次いで、安定なクローンの選択のためのDHFR等の選択マーカーを含むSV40誘導ベクターにサブクローニングできる。最後に、CHO細胞をSV40誘導ベクターで（上記のように）形質移入した。発現を確認するために、上記のように標識化を行ってもよい。発現されたポリ-hisタグＰＲＯを含む培地は、次いで濃縮し、Ni2+−キレートアフィニティクロマトグラフィー等の選択された方法により精製できる。
またＰＲＯは、一過性発現法によりCHO及び／又はCOS細胞で、他の安定な発現方法によりCHO細胞で発現させてもよい。
CHO細胞における安定な発現は以下の方法を用いて実施された。タンパク質は、それぞれのタンパク質の可溶化形態のコード化配列（例えば、細胞外ドメイン）がIgG1のヒンジ、CH2及びCH2ドメインを含む定常領域配列に融合したIgG作成物（イムノアドヘシン）、又はポリ-Hisタグ形態として発現された。
PCR増幅に続いて、対応するDNAを、Ausubelら, Current Protocols of Molecular Biology, Unit 3.16, John Wiley and Sons (1997)に記載されたような標準的技術を用いてCHO発現ベクターにサブクローニングした。CHO発現ベクターは、対象とするDNAの5'及び3' に適合する制限部位を有し、cDNAの便利なシャトル化ができるように作成される。ベクターは、Lucasら, Nucl. Acids res. 24: 9, 1774-1779 (1996)に記載されたようにCHO細胞での発現を用い、対象とするcDNA及びジヒドロフォレートレダクターゼ（DHFR）の発現の制御にSV40初期プロモーター／エンハンサーを用いる。DHFR発現は、形質移入に続くプラスミドの安定な維持のための選択を可能にする。
【０２５５】
所望のプラスミドDNAの12マイクログラムを、市販の形質移入試薬Superfect(登録商標)(Quiagen), Dosper(登録商標)及びFugene(登録商標)（Boehringer Mannheim）約一千万のCHO細胞に導入する。細胞は、上掲のLucasらに記載されているように成長させた。約3x10-7細胞を、下記のような更なる成長及び生産のためにアンプル中で凍結させた。
プラスミドDNAを含むアンプルを水槽に配して解凍し、ボルテックスにより混合した。内容物を10mLの媒質を含む遠心管にピペットして、1000rpmで5分間遠心分離した。上清を吸引して細胞を10mLの選択培地（0.2μm濾過PS20、5%の0.2μm透析濾過ウシ胎児血清を添加）中に懸濁させた。次いで細胞を90mLの選択培地を含む100mlスピナーに分ける。1-2日後、細胞を150mLの選択培地を満たした250mLスピナーに移し、37℃でインキュベートする。さらに2-3日後、250mL、500mL及び2000mLのスピナーを3x105細胞/mLで播種した。細胞培地を遠心分離により新鮮培地に交換し、生産培地に再懸濁させた。任意の適切なCHO培地を用いてもよいが、実際には1992年6月16日に発行された米国特許第5,122,469号に記載された生産培地を使用した。3Lの生産スピナーを1.2ｘ106細胞/mLで播種した。0日目に、細胞数とpHを測定した。1日目に、スピナーをサンプルし、濾過空気での散布を実施した。2日目に、スピナーをサンプルし、温度を33℃に変え、500g/Lのグルコース及び0.6mLの10%消泡剤（例えば35%ポリジメチルシロキサンエマルション、Dow Corning 365 Medical Grade Emulsion）の30mLとした。生産を通して、ｐＨは7.2近傍に調節し維持した。10日後、又は生存率が70%を下回るまで、細胞培地を遠心分離で回収して0.22μmフィルターを通して濾過した。濾過物は、4℃で貯蔵するか、即座に精製用カラムに充填した。
【０２５６】
ポリ-Hisタグ作成物について、タンパク質はNi-NTAカラム(Qiagen)を用いて精製した。精製の前に、イミダゾールを条件培地に5mMの濃度まで添加した。条件培地を、0.3MのNaCl及び5mMイミダゾールを含む20mMのHepes, pH7.4バッファーで平衡化した6mlのNi-NTAカラムに4-5ml/分の流速で4℃においてポンプ供給した。充填後、カラムをさらに平衡バッファーで洗浄し、タンパク質を0.25Mイミダゾールを含む平衡バッファーで溶離した。高度に精製されたタンパク質は、続いて10mMのHepes、0.14MのNaCl及び4%のマンニトールを含む貯蔵バッファー中で25mlのG25 Superfine（Pharmacia）を用いて脱塩し、-80℃で貯蔵した。
イムノアドヘシン（Fc含有）作成物を以下のようにして条件培地から精製した。条件培地を、20mMのリン酸ナトリウムバッファー, pH6.8で平衡化した5mlのプロテインAカラム（Pharmacia）に汲み上げた。充填後、カラムを平衡バッファーで強く洗浄した後、100mMのクエン酸, pH3.5で溶離した。溶離したタンパク質は、1mlの画分を275μlの1Mトリスバッファー, pH9を含む管に回収することにより即座に中性化した。高度に精製されたタンパク質は、続いてポリ-Hisタグタンパク質について上記した貯蔵バッファー中で脱塩した。均一性はSDSポリアクリルアミドゲルで試験し、エドマン(Edman)分解によりＮ-末端アミノ酸配列決定した。
ここに開示したＰＲＯポリペプチドの多くが上記のようにして成功裏に発現された。
【０２５７】
実施例３０：酵母菌でのＰＲＯの発現
以下の方法は、酵母菌中でのＰＲＯの組換え発現を記載する。
第１に、ADH2/GAPDHプロモーターからのＰＲＯの細胞内生産又は分泌のための酵母菌発現ベクターを作成する。ＰＲＯをコードするDNA及びプロモーターを選択したプラスミドの適当な制限酵素部位に挿入してＰＲＯの細胞内発現を指示する。分泌のために、ＰＲＯをコードするDNAを選択したプラスミドに、ADH2/GAPDHプロモーターをコードするDNA、天然ＰＲＯシグナルペプチド又は他の哺乳動物シグナルペプチド、又は、例えば酵母菌アルファ因子又はインベルターゼ分泌シグナル／リーダー配列、及び（必要ならば）ＰＲＯの発現のためのリンカー配列とともにクローニングすることができる。
酵母菌株AB110等の酵母菌は、次いで上記の発現プラスミドで形質転換し、選択された発酵培地中で培養できる。形質転換した酵母菌上清は、10%トリクロロ酢酸での沈降及びSDS-PAGEによる分離で分析し、次いでクマシーブルー染色でゲルの染色をすることができる。
続いて組換えＰＲＯは、発酵培地から遠心分離により酵母菌細胞を除去し、次いで選択されたカートリッジフィルターを用いて培地を濃縮することによって単離及び精製できる。ＰＲＯを含む濃縮物は、選択されたカラムクロマトグラフィー樹脂を用いてさらに精製してもよい。
ここに開示したＰＲＯポリペプチドの多くが上記のようにして成功裏に発現された。
【０２５８】
実施例３１：バキュロウイルス感染昆虫細胞でのＰＲＯの発現
以下の方法は、バキュロウイルス感染昆虫細胞中におけるＰＲＯの組換え発現を記載する。
ＰＲＯコードする配列を、バキュロウイルス発現ベクターに含まれるエピトープタグの上流に融合させた。このようなエピトープタグは、ポリ-hisタグ及び免疫グロブリンタグ（IgGのFc領域など）を含む。pVL1393（Navogen）などの市販されているプラスミドから誘導されるプラスミドを含む種々のプラスミドを用いることができる。簡単には、ＰＲＯ又はＰＲＯコード化配列の所定部分、例えば膜貫通タンパク質の細胞外ドメインをコードする配列又はタンパク質が細胞外である場合の成熟タンパク質をコードする配列などが、5' 及び3' 領域に相補的なプライマーでのPCRにより増幅される。5' プライマーは、隣接する（選択された）制限酵素部位を包含していてもよい。生産物は、次いで、選択された制限酵素で消化され、発現ベクターにサブクローニングされる。
組換えバキュロウイルスは、上記のプラスミド及びBaculoGold(商品名)ウイルスDNA（Pharmingen）を、Spodoptera frugiperda（「Sf9」）細胞（ATCC CRL 1711）中にリポフェクチン（GIBCO-BRLから市販）を用いて同時形質移入することにより作成される。28℃で4-5日インキュベートした後、放出されたウイルスを回収し、更なる増幅に用いた。ウイルス感染及びタンパク質発現は、O'Reilleyら, Baculovirus expression vectors: A laboratory Manual, Oxford: Oxford University Press (1994)に記載されているように実施した。
次に、発現されたポリ-hisタグＰＲＯは、例えばNi2+−キレートアフィニティクロマトグラフィーにより次のように精製される。抽出は、Rupertら, Nature, 362:175-179 (1993)に記載されているように、ウイルス感染した組み換えSf9細胞から調製した。簡単には、Sf9細胞を洗浄し、超音波処理用バッファー（25mMのHepes、pH7.9；12.5mMのMgCl2；0.1mM  EDTA；10%グリセロール；0.1%のNP-40；0.4MのKCl）中に再懸濁し、氷上で2回20秒間超音波処理した。超音波処理物を遠心分離で透明化し、上清を負荷バッファー（50mMリン酸塩、300mMのNaCl、10%グリセロール、pH7.8）で50倍希釈し、0.45μmフィルターで濾過した。Ni2+-NTAアガロースカラム（Qiagenから市販）を5mLの総容積で調製し、25mLの水で洗浄し、25mLの負荷バッファーで平衡させた。濾過した細胞抽出物は、毎分0.5mLでカラムに負荷した。カラムを、分画回収が始まる点であるA280のベースラインまで負荷バッファーで洗浄した。次に、カラムを、結合タンパク質を非特異的に溶離する二次洗浄バッファー（50mMリン酸塩；300mMのNaCl、10%グリセロール、pH6.0）で洗浄した。A280のベースラインに再度到達した後、カラムを二次洗浄バッファー中で0から500mMイミダゾール勾配で展開した。1mLの分画を回収し、SDS-PAGE及び銀染色又はアルカリホスファターゼ（Qiagen）に複合したNi2+-NTAでのウェスタンブロットで分析した。溶離したHis10-タグＰＲＯを含む画分をプールして負荷バッファーで透析した。
あるいは、IgGタグ（又はFcタグ）ＰＲＯの精製は、例えば、プロテインＡ又はプロテインＧカラムクロマトグラフィーを含む公知のクロマトグラフィー技術を用いて実施できる。
ここに開示したＰＲＯポリペプチドの多くが上記のようにして成功裏に発現された。
【０２５９】
実施例３２：ＰＲＯに結合する抗体の調製
この実施例は、ＰＲＯに特異的に結合できるモノクローナル抗体の調製を例示する。
モノクローナル抗体の生産のための技術は、この分野で知られており、例えば、上掲のGodingに記載されている。用いられ得る免疫原は、精製ＰＲＯ、ＰＲＯを含む融合タンパク質、細胞表面に組換えＰＲＯを発現する細胞を含む。免疫原の選択は、当業者が過度の実験をすることなくなすことができる。
Balb/c等のマウスを、完全フロイントアジュバントに乳化して皮下又は腹腔内に1-100マイクログラムで注入したＰＲＯ免疫原で免疫化する。あるいは、免疫原をMPL-TDMアジュバント（Ribi Immunochemical Researh, Hamilton, MT）に乳化し、動物の後足蹠に注入してもよい。免疫化したマウスは、次いで10から12日後に、選択したアジュバント中に乳化した付加的免疫源で追加免疫する。その後、数週間、マウスをさらなる免疫化注射で追加免疫する。抗ＰＲＯ抗体の検出のためのELISAアッセイで試験するために、レトロオービタル出血からの血清試料をマウスから周期的に採取してもよい。
適当な抗体力価が検出された後、抗体に「ポジティブ（陽性）」な動物に、ＰＲＯ静脈内注射の最後の注入をすることができる。3から4日後、マウスを屠殺し、脾臓細胞を取り出した。次いで脾臓細胞を（35%ポリエチレングリコールを用いて）、ATCCから番号CRL1597で入手可能なP3X63AgU.1等の選択されたマウス骨髄腫株化細胞に融合させた。融合によりハイブリドーマ細胞が生成され、次いで、HAT（ヒポキサンチン、アミノプテリン、及びチミジン）培地を含む96ウェル組織培養プレートに蒔き、非融合細胞、骨髄腫ハイブリッド、及び脾臓細胞ハイブリッドの増殖を阻害した。
ハイブリドーマ細胞は、ＰＲＯに対する反応性についてのELISAでスクリーニングされる。ＰＲＯに対する所望のモノクローナル抗体を分泌する「ポジティブ（陽性）」ハイブリドーマ細胞の決定は、技術常識の範囲内である。
陽性ハイブリドーマ細胞を同系のBalb/cマウスに腹腔内注入し、抗ＰＲＯモノクローナル抗体を含む腹水を生成させる。あるいは、ハイブリドーマ細胞を、組織培養フラスコ又はローラーボトルで成長させることもできる。腹水中に生成されたモノクローナル抗体の精製は、硫酸アンモニウム沈降、それに続くゲル排除クロマトグラフィ−を用いて行うことができる。あるいは、抗体のプロテインＡ又はプロテインＧへの親和性に基づくアフィニティクロマトグラフィーを用いることもできる。
【０２６０】
実施例３３：特異的抗体を用いたＰＲＯポリペプチドの精製
天然又は組換えＰＲＯポリペプチドは、この分野の種々の標準的なタンパク質精製方法によって精製できる。例えば、プロ-ＰＲＯポリペプチド、成熟ポリペプチド、又はプレ-ＰＲＯポリペプチドは、対象とするＰＲＯポリペプチドに特異的な抗体を用いた免疫親和性クロマトグラフィーによって精製される。一般に、免疫親和性カラムは抗ＰＲＯポリペプチド抗体を活性化クロマトグラフィー樹脂に共有結合させて作成される。
ポリクローナル免疫グロブリンは、硫酸アンモニウムでの沈殿又は固定化プロテインＡ（Pharmacia LKB Biotechnology, Piscataway, N.J.）での精製のいずれかにより免疫血清から調製される。同様に、モノクローナル抗体は、硫酸アンモニウム沈殿又は固定化プロテインＡでのクロマトグラフィーによりマウス腹水液から調製される。部分的に精製された免疫グロブリンは、CnBr-活性化セファロース(商品名)（Pharmacia LKB Biotechnology）等のクロマトグラフィー樹脂に共有結合される。抗体が樹脂に結合され、樹脂がブロックされ、誘導体樹脂は製造者の指示に従って洗浄される。
このような免疫親和性カラムは、可溶化形態のＰＲＯポリペプチドを含有する細胞からの画分を調製することによるＰＲＯポリペプチドの精製において利用される。この調製物は、洗浄剤の添加又はこの分野で公知の方法により微分遠心分離を介して得られる全細胞又は細胞成分画分の可溶化により誘導される。あるいは、シグナル配列を含む可溶化ＰＲＯポリペプチドは、細胞が成長する培地中に有用な量で分泌される。
可溶化ＰＲＯポリペプチド含有調製物は、免疫親和性カラムを通され、カラムはＰＲＯポリペプチドの好ましい吸着をさせる条件下（例えば、洗浄剤存在下の高イオン強度バッファー）で洗浄される。次いで、カラムは、抗体／ＰＲＯポリペプチド結合を分解する条件下（例えば、約2-3といった低pH、高濃度の尿素又はチオシアン酸イオン等のカオトロープ）で溶離され、ＰＲＯポリペプチドが回収される。
【０２６１】
実施例３４：薬剤スクリーニング
本発明は、ＰＲＯポリペプチド又はその結合断片を種々の薬剤スクリーニング技術において使用することによる化合物のスクリーニングに特に有用である。そのような試験に用いられるＰＲＯポリペプチド又は断片は、溶液中の自由状態でも、固体支持体に固定されても、細胞表面に担持されていても、細胞内に位置していてもよい。薬剤スクリーニングの１つの方法は、ＰＲＯポリペプチド又は断片を発現する組換え核酸で安定に形質移入される真核生物又は原核生物宿主細胞を利用する。薬剤は、そのような形質移入細胞に対して、競合的結合アッセイにおいてスクリーニングされる。そのような細胞は、生存可能又は固定化形態のいずれかにおいて、標準的な結合アッセイに使用できる。例えば、ＰＲＯポリペプチド又は断片と試験される試薬の間での複合体の形成を測定してよい。あるいは、試験する試薬によって生ずるＰＲＯポリペプチドとその標的細胞との間の複合体形成における減少を試験することもできる。
しかして、本発明は、ＰＲＯポリペプチド関連疾患又は障害に影響を与えうる薬剤又は任意の他の試薬のスクリーニング方法を提供する。これらの方法は、その試薬をＰＲＯポリペプチド又は断片に接触させ、(I)試薬とＰＲＯポリペプチド又は断片との間の複合体の存在について、又は(ii)ＰＲＯポリペプチド又は断片と細胞との間の複合体の存在について検定することを含む。これらの競合結合アッセイでは、ＰＲＯポリペプチド又は断片が典型的には標識される。適切なインキュベーションの後、自由なＰＲＯポリペプチド又は断片を結合形態のものから分離し、自由又は未複合の標識の量が、特定の試薬がＰＲＯポリペプチドに結合する又はＰＲＯポリペプチド／細胞複合体を阻害する能力の尺度となる。
薬剤スクリーニングのための他の技術は、ポリペプチドに対して適当な結合親和性を持つ化合物についての高スループットスクリーニングを提供し、1984年9月13日に公開されたWO84/03564に詳細に記載されている。簡単に述べれば、多数の異なる小型ペプチド試験化合物が、プラスチックピン等の固体支持体又は幾つかの他の表面上で合成される。ＰＲＯポリペプチドに適用すると、ペプチド試験化合物はＰＲＯポリペプチドと反応して洗浄される。結合したＰＲＯポリペプチドはこの分野で良く知られた方法により検出される。精製したＰＲＯポリペプチドは、上記の薬剤スクリーニング技術に使用するためにプレート上に直接被覆することもできる。さらに、非中和抗体は、ペプチドを捕捉し、それを固体支持体上に固定化するのに使用できる。
また、本発明は、ＰＲＯポリペプチドに結合可能な中和抗体がＰＲＯポリペプチド又はその断片について試験化合物と特異的に競合する競合薬剤スクリーニングアッセイも考慮する。この方法において、抗体は、ＰＲＯポリペプチドで、一又は複数の抗原決定基を持つ任意のペプチドの存在を検出するのに使用できる。
【０２６２】
実施例３５：合理的薬剤設計
合理的薬剤設計の目的は、対象とする生物学的活性ポリペプチド（例えば、ＰＲＯポリペプチド）又はそれらが相互作用する小分子、例えばアゴニスト、アンタゴニスト、又はインヒビターの構造的類似物を製造することである。これらの例の任意のものが、ＰＲＯポリペプチドのより活性で安定な形態又はインビボでＰＲＯポリペプチドに機能を促進又は阻害する薬剤の創作に使用できる（参考、Hodgson, Bio/Technology, 9: 19-21 (1991)）。
１つの方法において、ＰＲＯポリペプチド、又はＰＲＯポリペプチド-インヒビター複合体の三次元構造が、ｘ線結晶学により、コンピュータモデル化により、最も典型的には２つの方法の組み合わせにより決定される。分子の構造を解明し活性部位を決定するためには、ＰＲＯポリペプチドの形状及び電荷の両方が確認されなければならない。数は少ないが、ＰＲＯポリペプチドの構造に関する有用な情報が相同タンパク質の構造に基づいたモデル化によって得られることもある。両方の場合において、関連する構造情報は、類似ＰＲＯポリペプチド様分子の設計又は効果的なインヒビターの同定に使用される。合理的な薬剤設計の有用な例は、Braxton及びWells, Biochemistry, 31: 7796-7801 (1992)に示されているような向上した活性又は安定性を持つ分子、又はAthaudaら, J.Biochem.,113: 742-746 (1993)に示されているような天然ペプチドのインヒビター、アゴニスト、又はアンタゴニストとして作用する分子を含む。
また、上記のような機能アッセイによって選択された標的特異的な抗体を単離しその結晶構造を解明することもできる。この方法は、原理的には、それに続く薬剤設計が基礎をおくことのできるファーマコア(pharmacore)を生成する。機能的な薬理学的に活性な抗体に対する抗-イディオタイプ抗体（抗-ids）を生成することにより、タンパク質結晶学をバイパスすることができる。鏡像の鏡像として、抗-idsの結合部位は最初のレセプターの類似物であると予測できる。抗-idは、次いで、化学的又は生物学的に製造したペプチドのバンクからペプチドを同定及び単離するのに使用できる。単離されたペプチドは、ファーマコアとして機能するであろう。
本発明により、十分な量のＰＲＯポリペプチドがＸ線結晶学などの分析実験を実施するために入手可能である。さらに、ここに提供したＰＲＯポリペプチドアミノ酸配列の知識は、Ｘ線結晶学に換える、又はそれに加えるコンピュータモデル化技術で用いられる知識を提供する。
【０２６３】
実施例３６：軟骨細胞再分化アッセイ(アッセイ110）
このアッセイは、本発明のあるペプチドが軟骨細胞の再分化を誘導し、それ故に例えば、スポーツ傷害及び関節炎などの種々の骨及び／又は軟骨組織疾患の治療に有用であると期待されることを示す。このアッセイは、以下のようにおこなわれる。ブタ軟骨細胞を、4-6ヶ月の年長雌ブタの中手指節関節の関節軟骨より一晩に渡るコラゲナーゼ消化によって単離する。そして、単離された細胞を、10％FBS及び4μg/mlゲンタマイシンを含むハムF-12へ25,000細胞/cm2の割合で接種する。培地は、3日ごとに換えられ、そして細胞を血清を含まない100μlの同じ培地へ5,000細胞/ウェルとなるよう96ウェルプレートへ接種し、100μlの試験ＰＲＯポリペプチド、5nMスタウロスポリン(正の対照）又は培地のみ(負の対照）を添加して最終容量を200μl/ウェルとする。5日間に渡る37℃のインキュベーション後、各ウェルの写真を撮り、軟骨細胞の分化段階を測定する。軟骨細胞の再分化が負の対照よりも正の対照に似ている場合には、アッセイにおいて陽性の結果が生じたとした。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ１４８４、ＰＲＯ１８９０、ＰＲＯ１８８７、ＰＲＯ４３５３、ＰＲＯ４３５７、ＰＲＯ４４０５、ＰＲＯ５７３７、及びＰＲＯ５９９０。
【０２６４】
実施例３７：骨格筋のグルコース又はFFA取り込みに影響を与えるポリペプチドの検出(アッセイ106）
このアッセイは、ＰＲＯポリペプチドが骨格筋のグルコース又はFFA取り込に影響を及ぼす能力を示すかどうかを決定するために設計されている。このアッセイにおいて陽性と評価されたＰＲＯポリペプチドは、例えば糖尿病又は高或いは低インシュリン血症を含む骨格筋によるグルコース取り込みの刺激又は阻害である疾患の治療上の処置にとって有用であると期待される。
96ウェルフォーマットにおいて、アッセイされるＰＲＯポリペプチドは初期ラット分化型骨格筋へ加えられ、そして一晩インキュベートされる。ついで、ＰＲＯポリペプチド及び+/-インシュリンを含む新鮮な培地がウェルに加えられる。その後、試料培地は、骨格筋によるグルコース又はFFA取り込みを測定するために監視される。イシュリンは、骨格筋によるグルコース又はFFA取り込みを刺激し、ＰＲＯポリペプチドを含まないインシュリンを含む培地を、陽性の基準コントロール及びスコーリング制限として使用する。試験されるＰＲＯポリペプチドがグルコース又はFFA取り込みを刺激或いは阻害した場合、インシュリンのコントロールより1.5倍より高い又は0.5倍より低いと、結果は陽性と記録される。
以下の試験ＰＲＯポリペプチドが、このアッセイにおいてグルコース及び／又はFFAの取り込みの刺激剤又は阻害剤として陽性であった：ＰＲＯ１４８４、ＰＲＯ１１２２、ＰＲＯ１８８９、ＰＲＯ４３５７、及びＰＲＯ４３８０。
【０２６５】
実施例３８：初期ラット脂肪細胞によるグルコース又はFFA取り込みに影響を与えるＰＲＯポリペプチドの検出(アッセイ94）
このアッセイは、ＰＲＯポリペプチドが脂肪細胞によるグルコース又はＦＦＡ取りみに影響を及ぼす能力を示すかどうかを決定するために設計されている。このアッセイにおいて陽性と評価されたＰＲＯポリペプチドは、例えば肥満、糖尿病又は高或いは低インシュリン血症を含む脂肪細胞によるグルコース取り込みの刺激又は阻害である疾患の治療上の処置にとって有用であると期待される。
96ウェルフォーマットにおいて、アッセイされるＰＲＯポリペプチドは初期ラット脂肪細胞へ加えられ、そして一晩インキュベートされる。4及び16時間目に、グリセロール、グルコース及びFFA取り込みのアッセイのための試料が取られる。16時間のイキュベーション後、イシュリンを培地へ加え、４時間のインキュベートをおこなう。この時、試料が取られて、グリセロール、グルコース及びＦＦＡの取り込みが測定される。ＰＲＯポリペプチドが無くインシュリンを含む培地を、陽性の基準コントロールとして使用する。試験されるＰＲＯポリペプチドがグルコース又はFFA取り込みを刺激或いは阻害した場合、インシュリンのコントロールより1.5倍より高い又は0.5倍より低いと、結果は陽性と記録される。
以下のＰＲＯポリペプチドが、このアッセイにおいてグルコース及び／又はＦＦＡの取り込みの刺激剤として陽性と評価された：ＰＲＯ１８９０、ＰＲＯ１７８５、及びＰＲＯ４４２２。
以下の試験ＰＲＯポリペプチドが、このアッセイにおいてグルコース及び／又はＦＦＡの取り込みの阻害剤として陽性であった：ＰＲＯ４３３４、ＰＲＯ４４２５、ＰＲＯ４４２４、及びＰＲＯ４４３０。
【０２６６】
実施例３９：膵臓β細胞前駆体分化の誘導（アッセイ89）
このアッセイは、本発明のあるペプチドが膵臓β細胞前駆体の分化を誘導し、それ故に糖尿病を含む哺乳類における種々のインシュリン欠乏状態の治療に有用であると期待されることを示す。このアッセイは、以下のようにおこなわれた。このアッセイは、マウス胎児膵臓細胞の一次培養を使用し、一次計測は、β細胞前駆体又は成熟β細胞のいずれかを示すマーカーの発現の変化である。マーカー発現は、実時間数量化PCR(RTQ-PCR、real time quatitative PCR）によって測定される：評価されるマーカーは、インシュリンである。
膵臓は、E14胚(CD1マウス）から解剖される。そして、膵臓はF12/DMEＭ中のコラゲナーゼ／デスパーゼ(dispase）で37℃、40-60分で消化される(コラゲナーゼ／デスパーゼ(dispase）、1.37mg/ml、べーリンガーマンハイム、#1097113）。次に、消化物を等量の5％BSAによって中和し、細胞を一度、RPMI1640で洗浄する。第1日目、細胞を12ウェルの組織培養プレート(PBS中の20μl/mlのラミニン、べーリンガーマンハイム、#124317によって,前被覆された）へ接種する。1-2の胚からの膵臓の細胞を一つのウェルに分布させる。この一次培養の為の培地は、14F/1640である。第２日目には、培地を取り除き、RPMI/1640によって付着細胞を洗浄する。試験されるタンパク質に加えて、2mlの最小培地を添加する。第4日目には、培地を取り除き、細胞よりRNAを調製し、マーカー発現を実数時間数量化逆転写PCR(real time quantitative RT-PRC）によって分析する。タンパク質は、関連するβ細胞マーカーの発現が未処理対照に比較して増加した場合、このアッセイにおいて活性があるものと考える。
14F/1640(Gibco）は、以下のものを加えたRPMI1640：
グループＡ1:1000
グループＢ1:1000
組み換えヒトインシュリン10μg/ml
アプロチニン(50μg/ml）1:2000（べーリンガーマンハイム#981532）
ウシ下垂体抽出物(BPE）60μg/ml
ゲンタマイシン100 ng/ml
グループＡ：（10 ml PBS中）
トランスフェリン、100 mg(シグマ  T2252）
上皮細胞成長因子、100μg(BRL  100004）
トリヨードチロニン、5ｘ10-6Mの10μl(シグマ  T5516）
エタノールアミン、10-1Mの100μl(シグマ  E0135）
ホスホエタノールアミン、10-1Mの100μl(シグマ  P0503）
セレニウム、4μlの10-1Mの100μl(Aesar #12574）
グループＣ：（10 ml 100％エタノール中）
ヒドロコルチゾン、2μl, 5ｘ10-3M(シグマ #H0135）
プロジェステロン、100μl, 1 x 10-3M（シグマ #P6149）
フォルスコリン、20 mMの500μl(カルバイオケム  #344270）
最小培地：
RPMI1640プラストランスフェリン(10μg/ml）、インシュリン(1μg/ml）、ゲンタマイシン（100ng/ml）、アプロチニン(50μg/ml）及びＢＰＥ(15μg/ml）。
限定培地：
RPMI1640プラストランスフェリン(10μg/ml）、インシュリン(1μg/ml）、ゲンタマイシン（100 ng/ml）及びアプロチニン(50μg/ml）。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ４３５６。
【０２６７】
実施例４０：赤芽球細胞系における胎児ヘモグロビン誘発(アッセイ107)
このアッセイは、成人のヘモグロビンから赤芽球細胞系における胎児ヘモグロビンへの切替を誘発する、ＰＲＯポリペプチドの能力をスクリーニングするのに有用である。このアッセイにおいて試験する分子がポジティブであると、種々のサラセミア等の、多様な哺乳類ヘモグロビン関連疾患を治療的に処置するのに有用であることが期待される。このアッセイは以下のようにして行われる。赤芽球細胞を標準的成長培地において、96ウェルフォーマットに1000細胞／ウェルで蒔く。0.2%又は2%の濃度でＰＲＯポリペプチドを成長培地に添加し、細胞を37℃で5日間インキュベートする。正の対照体として、細胞を100μMのヘミンで処理し、負の対照体として、細胞を処理しない。5日後、細胞溶解物を調製し、ガンマグロブリンの発現について分析した(胎児用マーカー)。このアッセイにおいてポジティブとは、ガンマグロブリンレベルが負の対照体の少なくとも2倍であることである。
以下の試験ポリペプチドがこのアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ４３５４、ＰＲＯ４４０８、ＰＲＯ６０３０及びＰＲＯ４４９９。
【０２６８】
実施例４１：マウス腎メサンギウム細胞増殖アッセイ(アッセイ92）
このアッセイは、本発明のあるペプチドが、哺乳類の腎メサンギウム細胞の増殖を誘導するように作用し、それ故にバーガー病又はシェーンライン−ヘノーホ紫斑病、セリアック病、疱疹状皮膚炎又はクローン病に関連する他の腎障害のようなメサンギウム細胞の機能低下と関連する腎疾患の治療に有用である。このアッセイは以下のようにおこなわれる。１日目、マウス腎メサンギウム細胞を、96ウェルプレート上の成長培地(ダルベッコの改変イーグル培地及びハムF12培地の3:1混合、95％ウシ胎児血清、5％14mM HEPES補充）にプレートし、一晩生育させる。２日目には、ＰＲＯポリペプチドを無血清培地で二つの濃度(1％及び0.1％）に希釈し、細胞へ添加する。対照試料は無血清培地である。４日目には、20μlのCell Titer 96 Aqueous one solution reagent(Progema)を各々のウェルへ添加し、比光分析反応を２時間に渡り継続させる。そして、吸光度を490nmで測定した。このアッセイにおける陽性は、少なくとも対照試料の示度よりも15％上の吸光度示度を与える全てのものである。
以下の試験ポリペプチドが、このアッセイでポジティブであった：ＰＲＯ４３８０、ＰＲＯ４４０８及びＰＲＯ４４２５。
【０２６９】
次の材料をアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション，１２３０１パークローンドライブ，ロックビル，メリーランド，アメリカ合州国（ATCC）に寄託した：
【０２７０】
2010075189.tif 000024
【０２７１】
この寄託は、特許手続き上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約及びその規則(ブダペスト条約)の規定に従って行われた。これは、寄託の日付から30年間、寄託の生存可能な培養が維持されることを保証するものである。寄託物はブダペスト条約の条項に従い、またジェネンテク社とATCCとの間の合意に従い、ATCCから入手することができ、これは、どれが最初であろうとも、関連した米国特許の発行時又は任意の米国又は外国特許出願の公開時に、寄託培養物の後代を永久かつ非制限的に入手可能とすることを保証し、米国特許法第122条及びそれに従う特許庁長官規則(特に参照番号886OG638の37CFR第1.14条を含む)に従って権利を有すると米国特許庁長官が決定した者に後代を入手可能とすることを保証するものである。
本出願の譲受人は、寄託した培養物が、適切な条件下で培養されていた場合に死亡もしくは損失又は破壊されたならば、材料は通知時に同一の他のもの即座に取り替えることに同意する。寄託物質の入手可能性は、特許法に従いあらゆる政府の権限下で認められた権利に違反して、本発明を実施するライセンスであるとみなされるものではない。
上記の文書による明細書は、当業者に本発明を実施できるようにするために十分であると考えられる。寄託した態様は、本発明のある側面の一つの説明として意図されており、機能的に等価なあらゆる作成物がこの発明の範囲内にあるため、寄託された作成物により、本発明の範囲が限定されるものではない。ここでの物質の寄託は、文書による説明が、そのベストモードを含む、本発明の任意の側面の実施を可能にするために不十分であることを認めるものではないし、それが表す特定の例証に対して請求の範囲を制限するものと解釈されるものでもない。実際、ここに示し記載したものに加えて、本発明を様々に改変することは、前記の記載から当業者にとっては明らかなものであり、添付の請求の範囲内に入るものである。
【図面の簡単な説明】
【０２７２】
【図１】配列番号：１がここにおいて「ＤＮＡ４４６８６−１６５３」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ１４８４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１）。
【図２】図１に示された配列番号：１のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２）。
【図３】配列番号：８がここにおいて「ＤＮＡ５９６０８−２５７７」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４３３４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：８）。
【図４】図３に示された配列番号：８のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：９）。
【図５】配列番号：１０がここにおいて「ＤＮＡ６２３７７−１３８１」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ１１２２ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１０）。
【図６】図５に示された配列番号：１０のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１１）。
【図７】配列番号：１５がここにおいて「ＤＮＡ７７６２３−２５２４」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ１８８９ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１５）。
【図８】図７に示された配列番号：１５のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１６）。
【図９】配列番号：１７がここにおいて「ＤＮＡ７９２３０−２５２５」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ１８９０ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：１７）。
【図１０】図９に示された配列番号：１７のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：１８）。
【図１１】配列番号：２２がここにおいて「ＤＮＡ７９８６２−２５２２」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ１８８７ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２２）。
【図１２】図１１に示された配列番号：２２のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２３）。
【図１３】配列番号：２８がここにおいて「ＤＮＡ８０１３６−２５０３」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ１７８５ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：２８）。
【図１４】図１３に示された配列番号：２８のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：２９）。
【図１５】配列番号：３４がここにおいて「ＤＮＡ８０１４５−２５９４」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４３５３ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３４）。
【図１６】図１５に示された配列番号：３４のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：３５）。
【図１７】配列番号：３９がここにおいて「ＤＮＡ８４９１７−２５９７」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４３５７ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：３９）。
【図１８】図１７に示された配列番号：３９のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４０）。
【図１９】配列番号：４４がここにおいて「ＤＮＡ８４９２０−２６１４」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４４０５ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４４）。
【図２０】図１９に示された配列番号：４４のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：４５）。
【図２１】配列番号：４９がここにおいて「ＤＮＡ８６５７６−２５９５」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４３５６ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：４９）。
【図２２】図２１に示された配列番号：４９のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５０）。
【図２３】配列番号：５１がここにおいて「ＤＮＡ８７９７６−２５９３」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４３５２ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５１）。
【図２４】図２３に示された配列番号：５１のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５２）。
【図２５】配列番号：５６がここにおいて「ＤＮＡ９２２３４−２６０２」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４３８０ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５６）。
【図２６】図２５に示された配列番号：５６のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５７）。
【図２７】配列番号：５８がここにおいて「ＤＮＡ９２２５６−２５９６」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４３５４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：５８）。
【図２８】図２７に示された配列番号：５８のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：５９）。
【図２９】配列番号：６０がここにおいて「ＤＮＡ９２２７４−２６１７」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４４０８ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：６０）。
【図３０】図２９に示された配列番号：６０のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：６１）。
【図３１】配列番号：６２がここにおいて「ＤＮＡ９２９２９−２５３４」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ５７３７ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：６２）。
【図３２】図３１に示された配列番号：６２のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：６３）。
【図３３】配列番号：６４がここにおいて「ＤＮＡ９３０１１−２６３７」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４４２５ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：６４）。
【図３４】図３３に示された配列番号：６４のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：６５）。
【図３５】配列番号：６６がここにおいて「ＤＮＡ９６０４２−２６８２」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ５９９０ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：６６）。
【図３６】図３５に示された配列番号：６６のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：６７）。
【図３７】配列番号：７１がここにおいて「ＤＮＡ９６８５０−２７０５」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ６０３０ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：７１）。
【図３８】図３７に示された配列番号：７１のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：７２）。
【図３９】配列番号：７３がここにおいて「ＤＮＡ９６８５７−２６３６」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４４２４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：７３）。
【図４０】図３９に示された配列番号：７３のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：７４）。
【図４１】配列番号：７５がここにおいて「ＤＮＡ９６８６７−２６２０」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４４２２ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：７５）。
【図４２】図４１に示された配列番号：７５のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：７６）。
【図４３】配列番号：７７がここにおいて「ＤＮＡ９６８７８−２６２６」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４４３０ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：７７）。
【図４４】図４３に示された配列番号：７７のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：７８）。
【図４５】配列番号：７９がここにおいて「ＤＮＡ９６８８９−２６４１」と命名されたクローンである、天然配列ＰＲＯ４４９９ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号：７９）。
【図４６】図４５に示された配列番号：７９のコード化配列より誘導されたアミノ酸配列（配列番号：８０）。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
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【図４５】
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【図４６】
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【配列表】
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