(57)【要約】【課題】溶媒和自由エネルギーが静電的寄与を表わす静電項と非静電的寄与を表わす非静電項との和として表わされる場合に、非静電項の計算コストを削減する。【解決手段】溶媒効果計算装置は、一般化ボルン法から得られる有効ボルン半径を計算する有効ボルン半径計算部と、有効ボルン半径計算部で計算された有効ボルン半径の関数として、溶媒和自由エネルギーの非静電的寄与を計算する非静電的寄与計算部と、を有する。【選択図】図２
2010182077.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
一般化ボルン法から得られる有効ボルン半径を計算する有効ボルン半径計算部と、
前記有効ボルン半径計算部で計算された有効ボルン半径の関数として、溶媒和自由エネルギーの非静電的寄与を計算する非静電的寄与計算部と、
を備える溶媒効果計算装置。
【請求項２】
溶媒和自由エネルギーにおける静電的寄与を計算する静電的寄与計算部と、
前記静電的寄与と前記非静電的寄与との和として溶媒和自由エネルギーを計算する溶媒和自由エネルギー計算部と、
をさらに備える請求項１に記載の溶媒効果計算装置。
【請求項３】
前記静電的寄与計算部が、前記有効ボルン半径計算部での計算過程で算出される有効ボルン半径を前記静電的寄与とする、請求項２に記載の溶媒効果計算装置。
【請求項４】
前記静電的寄与計算部が、ポアソン‐ボルツマン法を用いて前記静電的寄与を求める請求項２に記載の溶媒効果計算装置。
【請求項５】
前記有効ボルン半径計算部が、式(1)
【数１】
2010182077.tif 000007
を用いて前記有効ボルン半径を計算する、請求項１乃至４のいずれか一項に記載の溶媒効果計算装置。
【請求項６】
前記有効ボルン半径計算部は、溶媒和自由エネルギーにおける静電的寄与を一般化ボルン法によって計算するＧＢ計算部と、前記ＧＢ計算部の計算過程で算出される有効ボルン半径を記憶する有効ボルン半径記憶部とを有し
前記非静電的寄与計算部は、前記有効ボルン半径記憶部に記憶された有効ボルン半径の関数として、前記非静電的寄与を計算し、
さらに、
前記静電的寄与と前記非静電的寄与との和として溶媒和自由エネルギーを計算する溶媒和自由エネルギー計算部を備える、請求項１乃至５のいずれか一項に記載の溶媒効果計算装置。
【請求項７】
前記有効ボルン半径の関数は、前記有効ボルン半径に比例する関数である、請求項１乃至６のいずれか一項に記載の溶媒効果計算装置。
【請求項８】
一般化ボルン法によって有効ボルン半径を計算する工程と、
前記有効ボルン半径の関数として、溶媒和自由エネルギーの非静電的寄与を計算する工程と、
を有する溶媒効果計算方法。
【請求項９】
溶媒和自由エネルギーにおける静電的寄与を計算する工程と、
前記静電的寄与と前記非静電的寄与との和として溶媒和自由エネルギーを計算する工程と、
をさらに備える請求項８に記載の溶媒効果計算方法。
【請求項１０】
前記有効ボルン半径を前記静電的寄与とする、請求項９に記載の溶媒効果計算方法。
【請求項１１】
ポアソン−ボルツマン法を用いて前記静電的寄与を求める請求項９に記載の溶媒効果計算方法。
【請求項１２】
式(2)
【数２】
2010182077.tif 000008
を用いて前記有効ボルン半径を計算する、請求項８乃至１１のいずれか一項に記載の溶媒効果計算方法。
【請求項１３】
前記有効ボルン半径に比例する関数として前記非静電的寄与を表す、請求項８乃至１２のいずれか一項に記載の溶媒効果計算方法。
【請求項１４】
コンピュータに、
一般化ボルン法から得られる有効ボルン半径を計算する処理と、
溶媒和自由エネルギーの非静電的寄与を前記有効ボルン半径の関数として計算する処理と、
を実行させる溶媒効果計算プログラム。
【請求項１５】
前記コンピュータに、
溶媒和自由エネルギーにおける静電的寄与を計算する処理と、
前記静電的寄与と前記非静電的寄与との和として溶媒和自由エネルギーを計算する処理と、
をさらに実行させる、請求項１４に記載の溶媒効果計算プログラム。
【請求項１６】
前記コンピュータに、前記非静電的寄与を前記有効ボルン半径に比例する関数として計算する処理を実行させる、請求項１５に記載の溶媒効果計算プログラム。
【請求項１７】
前記コンピュータに、ポアソン−ボルツマン法を用いて前記静電的寄与を計算する処理を実行させる、請求項１５に記載の溶媒効果
【請求項１８】
前記コンピュータに、
式(3)
【数３】
2010182077.tif 000009
を用いて前記有効ボルン半径を計算する処理を実行させる、請求項１４乃至１７のいずれか一項に記載のプログラム。
【請求項１９】
前記コンピュータに、前記非静電的寄与を有効ボルン半径に比例する関数として計算させる、請求項１４乃至１８のいずれか一項に記載のプログラム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、分子シミュレーションの際に溶媒効果を計算する溶媒効果計算装置及び計算方法と、そのような溶媒効果の計算の実行に用いられるプログラムとに関する。
【背景技術】
【０００２】
分子動力学（ＭＤ；Molecular Dynamics）や分子軌道法、ドッキングシミュレーションなどの手法を用いて、生体分子などの各種の分子の例えば構造や物性、ふるまい、結合状態などを計算によって求める分子シミュレーションは、特定疾患に有効な薬剤の探索、有用酵素などの分子設計などを行う際に有効な手段として用いられるようになってきている。
【０００３】
溶液中に存在する分子についての分子シミュレーションを行う場合には、シミュレーション対象となる分子の周囲に存在する溶媒による影響、すなわち溶媒効果を考慮する必要がある。水溶液中に存在する生体分子の分子シミュレーションを行う場合には、具体的には、その生体分子の周りに数万個程度の水分子が顕わに分布しているものとしてシミュレーションの計算を実行する必要がある。しかしながら溶媒効果を含めて計算を行う場合には、計算すべき相互作用の数が膨大となって、大きな計算コストを要するようになる。特に、分子動力学計算のような時間発展のシミュレーションを行う場合には、計算コストの面で、そのような計算の実行が困難になることもあり得る。
【０００４】
そこで、計算コストを減らすために、溶媒を誘電体と近似するアプローチ、すなわち連続体近似が一般的に用いられている。連続体近似においては、溶媒の寄与を表す溶媒和自由エネルギーＧsolは、静電的寄与Ｇelと非静電的寄与Ｇnpの和（Ｇsol＝Ｇel＋Ｇnp）として表される。
【０００５】
静電的寄与Ｇelの計算方法としては、ポアソン−ボルツマン(Poisson-Boltzmann)法や一般化ボルン（ＧＢ；Generalized Born）法などが挙げられる。静電的寄与Ｇelの計算方法の一例であるＧＢ法は、Stillらの非特許文献１に詳細に記述されている。ＧＢ法において、溶媒和による静電的なエネルギーは、次の式で表される。
【０００６】
【数１】
2010182077.tif 000003
【０００７】
ここでεwとεpは、それぞれ溶媒と分子の誘電率であり、ｑiとｑjはそれぞれ原子ｉと原子ｊの電荷であり、ｒijは原子ｉと原子ｊとの間の距離であり、ＲiとＲjはそれぞれ原子ｉと原子ｊの有効ボルン半径を表わしている。図１は有効ボルン半径の概念を示している。有効ボルン半径は、分子を構成する各原子ごとに定められ、その原子からその分子の溶媒接触表面までのおおよその距離とみなすことができる。
【０００８】
一方、非静電的寄与Ｇnpの計算方法の一例として、溶媒露出表面積（ＡＳＡ；accessible surface area）に比例する関数として表す方法が挙げられる。しかしながら、ＡＳＡの計算には大きな計算コストがかかる。このような問題を回避するための一例として、非特許文献２には、非静電的寄与Ｇnpを原子の局所的な埋もれ度合い(buriedness)の関数によって表す方法が示されている。原子の局所的な埋もれ度合いは、局所的な充填度合い(local density)の関数によって表される。これは、溶媒中の疎水的な原子は、エントロピー的寄与によって会合するという物理現象に由来し、その結果として、水溶液中において疎水的な原子は分子内部に埋もれ、親水的な原子は分子表面に現れるという現象を再現できるようになる。
【０００９】
以上のような近似された溶媒和自由エネルギーの関数型の一次微分から力の計算を行うことによって、分子動力学計算も高速化される。しかしながら、高速化に対する要求に限りがあるわけではない。したがって、さらなる高速化を達成するための近似法の開発は、重要な課題である。
【００１０】
米国特許第５，４２０，８０５号明細書（特許文献１）には、有効ボルン半径を使用して分子構造を設計する技術が開示されている。特開２００３−２６３４２２号（特許文献２）には、タンパク質複合体と溶媒との間のファンデルワールス相互作用を、回帰分析法によって求められたパラメータを用いて溶媒接触面積から近似的に計算する方法が開示されている。特開２００７−３２３０９９号公報（米国特許公開第2007/0288175号）（特許文献３）には、分子シミュレーションに用いるパラメータを決定するに際し、分子の溶媒和自由エネルギーの実験値と計算値との比較に基づいて原子パラメータを更新することが開示されている。特表２００８−５１８３６９号公報（WO2006/099178）（特許文献４）には、リガンド原子とレセプタ原子との間の疎水性相互作用のスコア（採点）を計算する際に、リガンド原子とレセプタ原子との間の疎水性−疎水性接触の表面積の関数として変化する表面積スコア成分を計算することを開示している。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１１】
【特許文献１】米国特許第５，４２０，８０５号明細書
【特許文献２】特開２００３−２６３４２２号
【特許文献３】特開２００７−３２３０９９号公報
【特許文献４】特表２００８−５１８３６９号公報
【非特許文献】
【００１２】
【非特許文献１】W. C. Still, A. Tempczyk, R. C. Hawley, T. Hendrickson, J. Am. Chem. Soc., 112, 6127 (1990)
【非特許文献２】Shoji Takada, J. Chem. Phys., 110, 11616-11629 (1999)
【非特許文献３】Doree Sitkoff, et al., J. Phys. Chem., 98, 1978-1988 (1994)
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１３】
局所的な埋もれ度合いの関数を用いる方法は、依然として大きな計算コストを必要とする。その理由は、注目する原子に関しその注目原子の周囲にある各原子ごとに注目原子との相互作用エネルギーを計算する必要があるからである。つまり、分子を構成する原子数をＮとし、各原子ｉの周囲に存在する原子数をＭ(ｉ)とした場合、Ｎ×Ｍ(ｉ)回の計算が必要となる。また分子動力学計算による分子シミュレーションを行う場合には、時間ステップ数に応じて、同様の繰り返し計算を行わなければならない。
【００１４】
本発明の目的は、溶媒和自由エネルギーが静電的寄与を表わす静電項と非静電的寄与を表わす非静電項との和として表わされる場合に、計算速度を向上させて計算コストを削減することができる溶媒効果計算装置を提供することにある。
【００１５】
本発明の別の目的は、溶媒和自由エネルギーが静電的寄与を表わす静電項と非静電的寄与を表わす非静電項との和として表わされる場合に、計算速度を向上させて計算コストを削減することができる溶媒効果計算方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【００１６】
本発明の溶媒効果計算装置は、一般化ボルン法から得られる有効ボルン半径を計算する有効ボルン半径計算部と、有効ボルン半径計算部で計算された有効ボルン半径の関数として、溶媒和自由エネルギーの非静電的寄与を計算する非静電的寄与計算部と、を備える。
【００１７】
本発明の溶媒効果計算方法は、一般化ボルン法によって有効ボルン半径を計算する工程と、有効ボルン半径の関数として、溶媒和自由エネルギーの非静電的寄与を計算する工程と、を有する。
【発明の効果】
【００１８】
本発明では、溶媒和自由エネルギーの非静電的寄与を一般化ボルン法から得られる有効ボルン半径の関数として表す。有効ボルン半径の概念を示す図１から分かるように、注目する原子の有効ボルン半径は、大局的にその原子が分子内部か分子表面にあるかを近似的に表しており、大局的な埋もれ度合いを表している。このような有効ボルン半径の関数によって非静電的寄与を表す場合、各原子ごとの局所的な環境を考慮することなく溶媒和自由エネルギーにおける非静電的寄与を計算できることになるので、溶媒効果計算における非静電的寄与の計算の計算速度を向上させて計算コストを低減することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１９】
【図１】有効ボルン半径の概念を説明する図である。
【図２】本発明の第１の実施形態の溶媒効果計算装置の構成を示すブロック図である。
【図３】図２に示す溶媒効果計算装置での処理を説明するフローチャートである。
【図４】本発明の第２の実施形態の溶媒効果計算装置の構成を示すブロック図である。
【図５】図４に示す溶媒効果計算装置での処理を説明するフローチャートである。
【発明を実施するための形態】
【００２０】
次に、本発明を実施するための形態について、図面を参照して説明する。図２は本発明の第１の実施形態の溶媒効果計算装置の構成を示すブロック図である。
【００２１】
図２に示す溶媒効果計算装置は、キーボード等の入力装置１と、入力装置１に入力されたデータやコマンドにしたがって処理を行う処理装置２と、処理装置２における処理結果を出力するためのディスプレイ装置や印刷装置などの出力装置３とを備えている。処理装置２は、静電的寄与と非静電的寄与の和によって表される溶媒和自由エネルギーに関して、一般化ボルン（ＧＢ；Generalized Born）法から得られる有効ボルン半径の関数として非静電的寄与を計算する非静電的寄与計算部２１を含んでおり、非静電的寄与計算部２１は、対象とする分子を構成する各原子の有効ボルン半径を計算する有効ボルン半径計算部２１１を含んでいる。
【００２２】
次に、第１の実施形態の溶媒効果計算装置の動作について、図３を用いて説明する。
【００２３】
入力装置１に対して実行指示が与えられると、有効ボルン半径計算部２１１が、溶媒効果の計算対象となる分子における各原子の有効ボルン半径の計算を実行する（ステップＡ１）。有効ボルン半径の計算には、例えば、一般化ボルン法などの手法が用いられる。次に、非静電的寄与計算部２１が、溶媒和自由エネルギーの非静電的寄与を有効ボルン半径の関数として表し、非静電的寄与を計算する（ステップＡ２）。ここで非静電的寄与を表す関数としては、例えば、有効ボルン半径に比例する関数を用いることができ、あるいは、有効ボルン半径についての多項式を用いることができる。比例係数や多項式の各次の係数は、シミュレーションにより、あるいはモデル化合物について実験的に求めたりすることができる。非静電的寄与は、計算対象となる分子における各原子ごとに計算され、その後、加算されて分子全体の非静電的寄与が求められる。最後に、計算結果が、出力装置３から出力される。
【００２４】
ここで本実施形態における計算コストの削減について説明する。本実施形態では、各原子が大局的に分子内部か分子表面にあるかを近似的に表わす有効ボルン半径の関数として、溶媒和自由エネルギーの非静電的寄与を表している。有効ボルン半径の関数として非静電的寄与を表すことにより、隣接する原子間での相互作用からの非静電的寄与を個別に算出する必要がなくなり、溶媒効果計算における非静電的寄与の計算の計算速度を向上させて計算コストを低減することができる。例えば、各原子についての有効ボルン半径を求めてしまえば、分子を構成する原子数をＮとした場合、非静電的寄与をＮ回の計算で求めることができ、溶媒和自由エネルギーの計算コストを大幅に減らすことができる。これは、例えば分子動力学計算を行う場合に、時間ステップ数に応じた繰り返し計算を行う上での大きな計算コスト削減につながる。
【００２５】
また、本実施形態によれば、原子の大域的な埋もれ度合いを示す有効ボルン半径を用いているので、局所的な埋もれ度合いの関数を用いて非静電的寄与を計算する関連技術によるものと比べ、非静電的寄与を精度よく計算することができる。水溶液中においては、対象分子の疎水性原子は、物理的に、分子全体として（大局的に）より中心部に集まっていると考えられるが、局所的な埋もれ度合いの関数として非静電的寄与を表そうとした場合には、疎水性原子が分子の中心部に集まるような効果すなわち大域的な原子の埋もれて度合いを明示的に考慮することができず、その結果、疎水項すなわち非静電的寄与の項を精度よく計算できなくなる可能性がある。これに対し、本実施形態のように有効ボルン半径を用いることにより、分子における疎水性原子が分子の中心部に集まる効果を考慮して非静電的寄与の項を計算することが可能になる。生体分子を対象として溶媒効果を計算する場合、大多数の場合では溶媒は水であるから、有効ボルン半径の関数として非静電的寄与を表すことによって、局所的な埋もれ度合いの関数を用いる場合に比べ、計算精度の向上を期待することができる。
【００２６】
次に、本発明の第２の実施形態の溶媒効果計算装置について説明する。図４は第２の実施形態の溶媒効果計算装置の構成を示すブロック図である。
【００２７】
図４に示す溶媒効果計算装置は、キーボード等の入力装置１と、入力装置１に入力されたデータやコマンドにしたがって処理を行い、静電的寄与と非静電的寄与の和によって表される溶媒和自由エネルギーを計算する処理装置２と、処理装置２における処理結果を出力するためのディスプレイ装置や印刷装置などの出力装置３と、処理装置２における途中の計算結果を一時的に保持するための記憶装置４とを備えている。処理装置２は、静電的寄与を一般化ボルン（ＧＢ）法によって計算するＧＢ計算部２２と、ＧＢ計算部２２での計算結果に基づいて非静電的寄与を計算する非静電的寄与計算部２１と、ＧＢ計算部２２で得られた静電的寄与と非静電的寄与計算部２１で得られた非静電的寄与との和から溶媒和自由エネルギーを計算する溶媒和自由エネルギー計算部２３を含む。記憶装置４は、ＧＢ計算部２２で計算された各原子の有効ボルン半径を記憶する有効ボルン半径記憶部４１を含む。有効ボルン半径記憶部４１に記憶されている有効ボルン半径は、非静電的寄与計算部２１に供給されるようになっている。この構成においてＧＢ計算部２２は、溶媒和自由エネルギーにおける静電的寄与を計算する静電的寄与計算部として機能している。
【００２８】
次に、第２の実施形態の溶媒効果計算装置の動作について、図５を用いて説明する。
【００２９】
入力装置１に対して実行指示が与えられると、ＧＢ計算部２２が、溶媒効果の計算対象となる分子での溶媒和自由エネルギーにおける静電的寄与を一般化ボルン法によって計算する（ステップＢ１）。一般化ボルン法による静電的寄与の計算では、上記の式(1)に示すように、各原子ごとに有効ボルン半径が算出されるが、算出された各原子の有効ボルン半径は、ＧＢ計算部２２から記憶装置４に送られ、有効ボルン半径記憶部４１内に記憶される。次に、非静電的寄与計算部２１は、有効ボルン半径記憶部４１から各原子の有効ボルン半径を取得し、有効ボルン半径の関数として、溶媒和自由エネルギーにおける非静電的寄与を計算する（ステップＢ２）。ここで非静電的寄与を表す関数としては、上述した第１の実施形態において使用されるものと同様の関数、例えば、有効ボルン半径に比例する関数を用いることができる。非静電的寄与は、計算対象となる分子における各原子ごとに計算され、その後、加算されて分子全体の非静電的寄与が求められる。次に、溶媒和自由エネルギー計算部２３が、静電的寄与と非静電的寄与の和として溶媒和自由エネルギーを計算する（ステップＢ３）。最後に、計算結果として溶媒和自由エネルギーが出力装置３から出力される。
【００３０】
第２の実施形態では、溶媒和自由エネルギーにおける静電的寄与の計算を一般化ボルン法によって行い、この一般化ボルン法による計算過程で得られる各原子ごとの有効ボルン半径を、第１の実施形態の場合と同様に溶媒和自由エネルギーにおける非静電的寄与の計算に用いており、静電的寄与と非静電的寄与の両方に有効ボルン半径を使用していることとなって、静電的寄与と非静電的寄与とを独立して計算する場合に比べ、計算量が大幅に少なくなって計算コストを大幅に削減することができる。
【００３１】
また本実施形態においても第１の実施形態と同様に、原子の局所的な埋もれ度合いの関数として非静電的寄与を表す場合に比べ、非静電的寄与の計算精度が向上し、溶媒和自由エネルギーの計算精度も向上する。
【００３２】
なお第２の実施形態では、静電的寄与計算部として機能するＧＢ計算部２２は、一般化ボルン（ＧＢ）法によって静電的寄与を計算しているが、静電的寄与の計算方法は一般化ボルン法に限定されるものではない。例えば、ポアソン−ボルツマン法を用いて静電的寄与を求め、それとは別に、一般化ボルン法により有効ボルン半径を求めるようにしてもよい。ポアソン−ボルツマン法などを用いる場合には、ＧＢ計算部２２が静電的寄与計算部としては機能しないので、静電的寄与を計算するための静電的寄与計算部をＧＢ計算部とは別に設ける必要がある。一般化ボルン法以外の方法で静電的寄与を計算する場合であっても、有効ボルン半径の関数として非静電的寄与を表していることにより、計算速度が向上し計算コストが低減する。
【００３３】
以上説明した各実施形態の溶媒効果計算装置において、パーソナルコンピュータやスーパーコンピュータなどのコンピュータに上述した処理を実行させるためのプログラムを読み込ませそのプログラムを実行させるようにすることによっても処理装置を構成することができる。そのようなプログラムは、ＣＤ−ＲＯＭや磁気テープなどの記憶媒体によって、あるいはネットワークを介してコンピュータに読み込まれる。本発明の範疇には、そのようなプログラムも含まれるものである。
【００３４】
本発明の別の態様によれば、溶媒和自由エネルギーの非静電項を有効ボルン半径の関数として表す。この態様では、溶媒和自由エネルギーの静電的寄与を一般化ボルン法によって計算することにより、その計算で得られた有効ボルン半径を記憶しておき、非静電的寄与の計算で利用することができる。
【実施例】
【００３５】
次に、実施例により本発明をさらに詳しく説明する。ここでは、上述した第２の実施形態に対応する実施例を説明する。本実施例において、溶媒効果計算装置は、入力装置１としてキーボードを、中央演算装置を有する処理装置２としてパーソナルコンピュータを、記憶装置３として磁気ディスク記憶装置を、出力装置４としてディスプレイを、それぞれ備えているものとする。この実施例の目的は、ベンゼン（Ｃ6Ｈ6）の溶媒和自由エネルギーを推算することにある。
【００３６】
表１は、この実施例の溶媒効果計算装置で算出される計算データおよび実験データを示している。ベンゼンの溶媒和自由エネルギーの実験値は、−０．８７ｋｃａｌ／ｍｏｌであることが知られている（Doree Sitkoff, et al., J. Phys. Chem., 98, 1978-1988 (1994)：非特許文献３）。本実施例で算出されたＧＢ法による静電的寄与は、−１．３５ｋｃａｌ／ｍｏｌであった。また、ＧＢ法による計算過程で算出された、ベンゼンを構成する各原子の有効ボルン半径が表２に示される。本実施例では、非静電的寄与を次のように表す：
【００３７】
【数２】
2010182077.tif 000004
【００３８】
ただし、ｉは各原子に順番に振られた番号を、ａiは各原子の比例係数、Ｒiはｉ番目の原子の有効ボルン半径を表す。また、炭素原子の比例係数を０．０４８（ｋｃａｌ／ｍｏｌ・Å）とした。水素原子の比例係数は無視できるとすると、ベンゼン（Ｃ6Ｈ6）のＧnpは、０．０４８×１．７１＋０．０４８×１．７１＋０．０４８×１．７１＋０．０４８×１．７１＋０．０４８×１．７１＋０．０４８×１．７１＝０．４９２ｋｃａｌ／ｍｏｌと算出される。溶媒和自由エネルギーＧsolは、静電的寄与Ｇelと非静電的寄与Ｇnpの和として計算され、−０．８６ｋｃａｌ／ｍｏｌとなった。本実施例の計算装置によって、実験値と非常に近い溶媒和自由エネルギーの計算が可能である。また、この関数型は、一次微分（一階微分）から分子に働く力を計算することにより、分子動力学計算に用いることも可能である。
【００３９】
この例では、式(2)に示されるように、非静電的寄与Ｇnpは、各原子ごとの比例係数とその原子の有効ボルン半径との積を分子中のすべての原子にわたって加算したものとして表される。したがって、有効ボルン半径から非静電的寄与Ｇnpを算出する計算自体は計算量が極めて小さく、計算速度が向上し、したがって、分子量が大きな分子に適用した場合においても計算コストを低減することができる。
【００４０】
【表１】
2010182077.tif 000005
【００４１】
【表２】
2010182077.tif 000006
【符号の説明】
【００４２】
１    入力装置
２    処理装置
３    出力装置
４    記憶装置
２１    非静電的寄与計算部
２２    ＧＢ計算部
２３    溶媒和自由エネルギー計算部
４１    有効ボルン半径記憶部
２１１    有効ボルン半径記憶部
【図２】
2010182077.tif 000010
【図３】
2010182077.tif 000011
【図４】
2010182077.tif 000012
【図５】
2010182077.tif 000013
【図１】
2010182077.tif 000014