【事件の表示】
　特許第６７０１４５９号発明「核酸分子の製造方法」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。
【結　論】
　特許第６７０１４５９号の請求項１ないし６に係る特許を維持する。
【理　由】
第１　手続の経緯
　特許第６７０１４５９号の請求項１〜６に係る特許についての出願は、平成３１年２月４日（優先権主張　平成３０年２月９日）を国際出願日とする出願であって、令和２年５月８日にその特許権の設定登録がされ、同年５月２７日に特許掲載公報が発行された。その後、その請求項１〜６に係る特許について、同年１１月２６日に特許異議申立人　加藤純子により特許異議の申立てがされたものである。
第２　本件特許発明
　特許第６７０１４５９号の請求項１〜６の特許に係る発明（以下、「本件特許発明１〜６」という。）は、その特許請求の範囲の請求項１〜６に記載された次の事項により特定されるとおりのものである。
「【請求項１】
　５’末端にリン酸基を有する第１の一本鎖ＲＮＡと３’末端に水酸基を有する第２の一本鎖ＲＮＡに、国際生化学連合が酵素番号として定めるＥＣ６．５．１．３に分類され、二本鎖ニック修復活性を有するＲＮＡリガーゼを作用させ、前記第１の一本鎖ＲＮＡと前記第２の一本鎖ＲＮＡとを連結する工程を含む一本鎖ＲＮＡの製造方法であって、以下のａ）〜ｇ）の特徴を有する製造方法：
　ａ）前記第１の一本鎖ＲＮＡが、５’末端側から順に、Ｘ１領域およびＺ領域からなる一本鎖ＲＮＡであり；
　ｂ）前記第２の一本鎖ＲＮＡが、５’末端側から順に、Ｘ２領域、Ｙ２領域、Ｌｙリンカー領域およびＹ１領域からなる一本鎖であり；
　ｃ）前記Ｘ１領域と前記Ｘ２領域とが、互いに相補的な、１１以上の同数のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり；
　ｄ）前記Ｙ１領域と前記Ｙ２領域とが、互いに相補的な、２以上の同数のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり；
　ｅ）前記Ｚ領域が、任意のヌクレオチド数のヌクレオチド配列を含む領域であり、
　前記Ｚ領域が、５’末端側から順に、Ｚ１領域、Ｌｚリンカー領域及びＺ２領域からなる領域であり、
前記Ｌｚリンカー領域が、下記式（Ｉ’）で表される二価の基であり、
前記Ｚ１領域と前記Ｚ２領域とが、互いに相補的なヌクレオチド配列を含み；
　ｆ）Ｌｙリンカー領域が、下記式（Ｉ）で表される二価の基であり；
　ｇ）前記第１の一本鎖ＲＮＡと前記第２の一本鎖ＲＮＡとの連結により生成する一本鎖ＲＮＡが、５’末端側から順に、前記Ｘ２領域、前記Ｙ２領域、前記Ｌｙリンカー領域、前記Ｙ１領域、前記Ｘ１領域、前記Ｚ１領域、前記Ｌｚリンカー領域および前記Ｚ２領域からなる連結一本鎖ＲＮＡである。
（式中、Ｙ１１及びＹ２１は、それぞれ独立して、炭素数１〜２０のアルキレン基を表し、Ｙ１２及びＹ２２は、それぞれ独立して、水素原子もしくはアミノ基で置換されていてもよいアルキル基を表すか、或いはＹ１２とＹ２２とがその末端で互いに結合して炭素数３〜４のアルキレン基を表し、
　Ｙ１１に結合している末端の酸素原子は、前記Ｙ１領域および前記Ｙ２領域のいずれか一方の領域の末端ヌクレオチドのリン酸エステルのリン原子と結合しており、
　Ｙ２１に結合している末端の酸素原子は、前記Ｙ２領域および前記Ｙ１領域のＹ１１とは結合していない他方の領域の末端ヌクレオチドのリン酸エステルのリン原子と結合している。）
（式中、Ｙ’１１及びＹ’２１は、それぞれ独立して、炭素数１〜２０のアルキレン基を表し、Ｙ’１２及びＹ’２２は、それぞれ独立して、水素原子もしくはアミノ基で置換されていてもよいアルキル基を表すか、或いはＹ’１２とＹ’２２とがその末端で互いに結合し炭素数３〜４のアルキレン基を表し、
　Ｙ’１１に結合している末端の酸素原子は、前記Ｚ１領域および前記Ｚ２領域のいずれか一方の領域の末端ヌクレオチドのリン酸エステルのリン原子と結合しており、
　Ｙ’２１に結合している末端の酸素原子は、前記Ｚ２領域および前記Ｚ１領域のＹ’１１とは結合していない他方の領域の末端ヌクレオチドのリン酸エステルのリン原子と結合している。）
【請求項２】
　前記Ｌｙリンカー領域および前記Ｌｚリンカー領域は、それぞれ独立して、下記式（ＩＩ−Ａ）または（ＩＩ−Ｂ）で表される構造の二価の基である、請求項１に記載の製造方法。
（式中、ｎおよびｍは、それぞれ独立して、１から２０の何れかの整数を表す。）
【請求項３】
　前記Ｘ１領域、前記Ｙ１領域および前記Ｚ領域からなるＷ１領域、および前記Ｘ２領域および前記Ｙ２領域からなるＷ２領域の少なくとも一方に、ＲＮＡ干渉法の標的となる遺伝子の発現を抑制するヌクレオチド配列を含む、請求項１または２に記載の製造方法。
【請求項４】
　前記ＲＮＡリガーゼが、Ｔ４バクテリオファージ由来のＴ４　ＲＮＡリガーゼ２、ＫＶＰ４０由来のリガーゼ２、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ　ｂｒｕｃｅｉ　ＲＮＡリガーゼ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　ＲＮＡリガーゼ、またはＬｅｉｓｈｍａｎｉａ　ｔａｒｅｎｔｏｌａｅ　ＲＮＡリガーゼである、請求項１から３の何れか一項に記載の製造方法。
【請求項５】
　前記ＲＮＡリガーゼが、配列番号２１、２２、または２３に記載のアミノ酸配列と９５％以上の同一性を有するアミノ酸配列からなるＲＮＡリガーゼである、請求項１から４の何れか一項に記載の製造方法。
【請求項６】
　前記ＲＮＡリガーゼが、Ｔ４バクテリオファージ由来のＴ４　ＲＮＡリガーゼ２またはＫＶＰ４０由来のＲＮＡリガーゼ２である、請求項１から３の何れか一項に記載の製造方法。」
第３　申立理由の概要及び証拠方法
　特許異議申立人が請求項１〜６に係る特許に対して申し立てた特許異議申立理由の概要及び証拠方法は、次のとおりである。
１　申立理由の概要
（１）理由１：特許法第３６条第６項第１号（サポート要件違反）
　リンカーに関し、実施例２〜６には、いずれもプロリン誘導体（国際公開第２０１２／０１７９１９号の実施例Ａ３に記載のプロリンアミダイト（Ｉｂ））が用いられたことが記載されているが（本件明細書の段落【００７７】）、甲第４号証（国際公開第２０１２／０１７９１９号）の実施例Ａ３の段落（段落［０２２５］〜［０２３３］）のどこを見ても「プロリンアミダイト（Ｉｂ）」なるものは記載されていないので、具体的にどのような化合物が用いられているのか判断できない。
　仮に、これが本件発明の範囲に含まれる何らかのプロリン誘導体であるとしても、この実施例で用いられているのは、そのプロリン誘導体のみであって他の例については一切記載がないので、本件発明１のｅ）、ｆ）に規定するＬｚリンカー及びＬｙリンカーの範囲はもちろん、これよりも限定された本件発明２の式（ＩＩ−Ａ）、（ＩＩ−Ｂ）で表されるリンカーについても、サポートされているとは認められない。特に、式（ＩＩ−Ｂ）で表されるリジン誘導体のサポートとなるようなデータは全く示されていない。さらに、式（ＩＩ−Ａ）、（ＩＩ−Ｂ）について、「式中、ｎおよびｍは、それぞれ独立して、１から２０の何れかの整数を表す。」とされているが、そのすべてについて本件発明の課題を解決し得ると認識できる根拠となる記載は本件明細書には存在しないから、サポート要件を充足しない。
　また、ライゲーション部位を近接させるためには、Ｘ１領域とＸ２領域並びに、Ｙ１領域及びＹ２領域の双方が重要な役割を果たすと考えられるところ、通常、相補配列を用いて異なる分子を近接させる場合、該相補配列にはある程度の長さが必要となることが本願出願時の技術常識であるが、上記実施例２〜６では、Ｘ１領域及びＹ１領域の合計が２４ヌクレオチドであり、これよりも少ない場合であっても、本件発明の技術的課題が解決し得る実験例は開示されていないから、これよりも遙かに短い場合を含む「前記Ｘ１領域と前記Ｘ２領域とが、互いに相補的な、１１以上の同数のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり」、「前記Ｙ１領域と前記Ｙ２領域とが、互いに相補的な、２以上の同数のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり」という特定は、その全範囲にわたり本件発明の技術的課題を解決し得るとは認められない。
　したがって、本件特許発明１〜６は、発明の詳細な説明に記載されたものではないから、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものである。
（２）理由２：特許法第３６条第４項第１号（実施可能要件違反）
　本件明細書の実施例ではどのようなリンカーを用いているのか判然せず、仮に何らかのプロリン誘導体を用いていることを認識できたとしても、本件発明１、２に規定するリンカーの構造毎にどのような条件を設定すれば、本件発明の技術的課題を解決し得るように反応が進行するのか判然としない。その上、Ｘ１領域とＸ２領域並びに、Ｙ１領域及びＹ２領域のヌクレオチド数が少ない場合、特にリンカーに近接するＹ１及びＹ２については、特にリンカー部分の炭化水素鎖が長い場合に、リンカーの近傍ほどヌクレオチド同士が物理的に遠ざかり、アニール反応がうまく行かないことで反応部位を近接させることができず、ライゲーション反応に支障を来すことが容易に予測できるから、当業者に期待し得る程度を超える試行錯誤や複雑高度な実験を行う必要があると認められる。
　したがって、本件発明の詳細な説明は、当業者が、本件特許発明１〜６の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されたものではないから、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものである。
（３）理由３：特許法第２９条第２項（甲第１号証を主引用例とする進歩性違反）
　本件特許発明１〜６は、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項並びに甲第３〜８号証に記載されている周知技術に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、本件特許発明１〜６は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
（４）理由４：特許法第２９条第２項（甲第２号証を主引用例とする進歩性違反）
　本件特許発明１〜６は、甲第２号証に記載された発明及び甲第１号証に記載された事項並びに甲第３〜８号証に記載されている周知技術に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、本件特許発明１〜６は、特許法第２９条第２項の規定に違反して特許されたものである。
２　証拠方法
（１）甲第１号証：国際公開第２０１３／１０３１４６号
（２）甲第２号証：博士学位論文「環状化ＲＮＡのＲＮＡ干渉効果および翻訳鋳型としての性質」北海道大学，２０１５年３月
（３）甲第３号証：国際公開第２０１１／０５２０１３号の再公表特許
（４）甲第４号証：国際公開第２０１２／０１７９１９号
（５）甲第５号証：柴忠義著「バイオテクノロジーテキストシリーズ　遺伝子工学」株式会社講談社，１９９８年３月，ｐ．１９〜２１、４７〜４８
（６）甲第６号証：野島博著「遺伝子工学の基礎」株式会社東京化学同人，２００４年１０月，ｐ．２１１、２３６〜２４１
（７）甲第７号証：米国特許出願公開第２０１８／００２３１２２号明細書
（８）甲第８号証：国際公開第２０１２／００５３６８号
（９）甲第９号証：国際公開第２０１９／１８９５９１号
（１０）甲第１０号証：国際出願ＰＣＴ／ＪＰ２０１９／０１３６３１号の国際調査機関の見解書
第４　甲号証の記載
　甲第１号証〜甲第３号証、甲第７号証〜甲第８号証には、以下の事項が記載されている（英語で記載されている証拠は、日本語訳で摘記する。）。
１　甲第１号証：国際公開第２０１３／１０３１４６号
（甲１−１）「［請求項１］標的遺伝子の発現を抑制する発現抑制配列を含む
一本鎖核酸分子
領域（Ｘ）、リンカー領域（Ｌｘ）および領域（Ｘｃ）を含み
前記領域（Ｘ）と前記領域（Ｘｃ）との間に、前記リンカー領域（Ｌｘ）が連結され
前記領域（Ｘｃ）が、前記領域（Ｘ）と相補的であり
前記領域（Ｘ）および前記領域（Ｘｃ）の少なくとも一方が、前記発現抑制配列を含み、
前記リンカー領域（Ｌｘ）が、アミノ酸から誘導される原子団を含む
・・・・・・・・・・・・
［請求項１０］さらに、
領域（Ｙ）および領域（Ｙｃ）を有し
前記領域（Ｙｃ）が、前記領域（Ｙ）と相補的であり
前記領域（Ｘ）と前記領域（Ｙ）とが連結して、内部領域（Ｚ）を形成している
［請求項１１］さらに、
リンカー領域（Ｌｙ）を有し
前記領域（Ｙ）と前記領域（Ｙｃ）との間に、前記リンカー（Ｌｙ）が連結している
（甲１−２）「技術分野
［０００１］　本発明は、遺伝子発現を抑制する一本鎖核酸分子に関し、より詳細には、アミノ酸骨格を有する一本鎖核酸分子、それを含む組成物およびその用途に関する。」（［０００１］）
（甲１−３）「図面の簡単な説明
［００１７］［図１］本発明の一本鎖核酸分子の一例を示す模式図である。
［図２］本発明の一本鎖核酸分子のその他の例を示す模式図である。
・・・・・・・・・・・・
［図５］図５は、参考例で使用したｓｓＲＮＡを示す図である。
・・・・・・・・・・・・」（［００１７］）
（甲１−４）「［００１９］
１．ｓｓＰＮ分子
　本発明の一本鎖核酸分子は、前述のように、標的遺伝子の発現を抑制する発現抑制配列を含む一本鎖核酸分子であって、
領域（Ｘ）、リンカー領域（Ｌｘ）および領域（Ｘｃ）を含み、前記領域（Ｘ）と前記領域（Ｘｃ）との間に、前記リンカー領域（Ｌｘ）が連結され、前記領域（Ｘｃ）が、前記領域（Ｘ）と相補的であり、前記領域（Ｘ）および前記領域（Ｘｃ）の少なくとも一方が、前記発現抑制配列を含み、前記リンカー領域（Ｌｘ）が、アミノ酸から誘導される原子団を含む
（甲１−５）「［００３２］　本発明のｓｓＰＮ分子において、前記リンカー領域は、例えば、下記式（Ｉ）で表わされる。
［００３３］　前記式（Ｉ）中、例えば、
Ｘ１およびＸ２は、それぞれ独立して、Ｈ２、Ｏ、ＳまたはＮＨであり；
Ｙ１およびＹ２は、それぞれ独立して、単結合、ＣＨ２、ＮＨ、ＯまたはＳであり；
Ｌ１は、ｎ個の炭素原子を有するアルキレン鎖であり、アルキレン炭素原子上の水素原子は、ＯＨ、ＯＲａ、ＮＨ２、ＮＨＲａ、ＮＲａＲｂ、ＳＨ、もしくはＳＲａで置換されても置換されていなくてもよく、または、
Ｌ１は、前記アルキレン鎖の一つ以上の炭素原子が、酸素原子で置換されたポリエーテル鎖であり、
ただし、Ｙ１が、ＮＨ、ＯまたはＳの場合、Ｙ１に結合するＬ１の原子は炭素であり、ＯＲ１に結合するＬ１の原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接せず；
Ｌ２は、ｍ個の炭素原子を有するアルキレン鎖であり、アルキレン炭素原子上の水素原子は、ＯＨ、ＯＲｃ、ＮＨ２、ＮＨＲｃ、ＮＲｃＲｄ、ＳＨもしくはＳＲｃで置換されても置換されていなくてもよく、または、
Ｌ２は、前記アルキレン鎖の一つ以上の炭素原子が、酸素原子で置換されたポリエーテル鎖であり、
ただし、Ｙ２が、ＮＨ、ＯまたはＳの場合、Ｙ２に結合するＬ２の原子は炭素であり、ＯＲ２に結合するＬ２の原子は炭素であり、酸素原子同士は隣接せず；
Ｒａ、Ｒｂ、ＲｃおよびＲｄは、それぞれ独立して、置換基または保護基であり；
ｍは、０〜３０の範囲の整数であり；
ｎは、０〜３０の範囲の整数であり；
前記領域（Ｘｃ）および前記領域（Ｘ）は、それぞれ、−ＯＲ１−または−ＯＲ２−を介して、前記リンカー領域（Ｌｘ）に結合し、
ここで、Ｒ１およびＲ２は、存在しても存在しなくてもよく、存在する場合、Ｒ１およびＲ２は、それぞれ独立して、ヌクレオチド残基または前記構造（Ｉ）であり、
Ａは、任意の原子団であり、ただし、下記式（Ｉａ）は、前記アミノ酸であり、かつ、下記式（Ｉａ）は、ペプチド以外のアミノ酸である。
・・・・・・・・・・・・
［００３８］　Ｌ１のｎおよびＬ２のｍは、特に制限されず、それぞれ、下限は、例えば、０であり、上限も、特に制限されない。ｎおよびｍは、例えば、前記リンカー領域（Ｌｘ）の所望の長さに応じて、適宜設定できる。
ｎおよびｍは、例えば、製造コストおよび収率等の点から、それぞれ、０〜３０が好ましく、より好ましくは０〜２０であり、さらに好ましくは０〜１５である
（甲１−６）「［００４９］　前記ピロリジン骨格を含む非ヌクレオチド構造または前記ピペリジン骨格を含む非ヌクレオチド構造は、例えば、下記式（Ｉｂ）で表わされる構造が挙げられる。本発明のｓｓＰＮ分子において、前記リンカー領域（Ｌｘ）および後述のリンカー領域（Ｌｙ）は、例えば、ピロリジン骨格を含む非ヌクレオチド構造およびピペリジン骨格を含む非ヌクレオチド構造を、いずれも含まない。
［００５０］　前記式（Ｉｂ）中、例えば、Ｘ１、Ｘ２、Ｙ１、Ｙ２、Ｌ１、Ｌ２、Ｒ１およびＲ２は、前記式（Ｉ）と同様である。
　Ｒ３は、環Ａ上のＣ−３、Ｃ−４、Ｃ−５またはＣ−６に結合する水素原子または置換基である。Ｒ３が前記置換基の場合、置換基Ｒ３は、１でも複数でも、存在しなくてもよく、複数の場合、同一でも異なってもよい。置換基Ｒ３は、例えば、ハロゲン、ＯＨ、ＯＲ４、ＮＨ２、ＮＨＲ４、ＮＲ４Ｒ５、ＳＨ、ＳＲ４またはオキソ基（＝Ｏ）等である。Ｒ４およびＲ５は、例えば、それぞれ独立して、置換基または保護基であり、同一でも異なってもよい。
　ｌは、１または２であり；ｌ＝１の場合、環Ａは、５員環であり、例えば、前記ピロリジン骨格である。前記ピロリジン骨格は、例えば、プロリン骨格、プロリノール骨格等があげられ、これらの二価の構造が例示できる。ｌ＝２の場合、環Ａは、６員環であり、例えば、前記ピペリジン骨格である。環Ａは、環Ａ上のＣ−２以外の１個の炭素原子が、窒素、酸素または硫黄で置換されてもよい。また、環Ａは、環Ａ内に、炭素−炭素二重結合または炭素−窒素二重結合を含んでもよい。環Ａは、例えば、Ｌ型およびＤ型のいずれでもよい。環Ａは、前記環Ａ上のＣ−２以外の１個の炭素原子が、窒素、酸素、硫黄で置換されてもよく、前記環Ａ内に、炭素−炭素二重結合または炭素−窒素二重結合を含んでもよい。
［００５１］
前記式（Ｉ）の構造は、例えば、下記式（Ｉ−１）〜（Ｉ−４）が例示でき
」（［００４９］〜［００５１］）
（甲１−７）「［００７０］　（２）第２のｓｓＰＮ分子
　前記第２のｓｓＰＮ分子は、例えば、前記領域（Ｘ）、前記リンカー領域（Ｌｘ）および前記領域（Ｘｃ）の他に、
さらに、領域（Ｙ）および前記領域（Ｙ）に相補的な領域（Ｙｃ）を有する分子である
特に示さない限り、前記第２のｓｓＰＮ分子は、前記第１のｓｓＰＮ分子の記載を援用できる
［００７１］　
前記第２のｓｓＰＮ分子は、例えば、５’側から３’側にかけて、前記領域（Ｘｃ）、前記リンカー領域（Ｌｘ）、前記領域（Ｘ）、前記領域（Ｙ）および前記領域（Ｙｃ）を、前記順序で有してもよい
３’側から５’側にかけて、前記領域（Ｘｃ）、前記リンカー領域（Ｌｘ）、前記領域（Ｘ）、前記領域（Ｙ）および前記領域（Ｙｃ）を、前記順序で有してもよい
（甲１−８）「［００７７］　前記第２のｓｓＰＮ分子において、
前記領域（Ｙｃ）と前記領域（Ｙ）とは、例えば、直接連結してもよいし、間接的に連結してもよい
後者の場合、例えば、前記領域（Ｙｃ）と前記領域（Ｙ）との間に、リンカー領域（Ｌｙ）を有し、前記リンカー領域（Ｌｙ）を介して、前記領域（Ｙｃ）と前記領域（Ｙ）とが連結している形態等があげられる
［００７８］　前記第２のｓｓＰＮ分子が前記リンカー領域（Ｌｙ）を有する場合、
前記リンカー領域（Ｌｙ）は、例えば、前記ヌクレオチド残基からなるリンカーでもよいし、前述した、ピロリジン骨格およびピペリジン骨格の少なくとも一方を含む非ヌクレオチド構造を有するリンカーでもよい。後者の場合、前記リンカー領域（Ｌｙ）は、例えば、前記式（Ｉ）で表わすことができ、前記リンカー領域（Ｌｘ）における前記式（Ｉ）の説明を全て援用できる
（甲１−９）「［００９７］　
前記領域（Ｘｃ）の塩基数は、例えば、１〜２９塩基であり
［００９８］　前記領域（Ｘｃ）が前記発現抑制配列を含む場合、前記領域（Ｘｃ）は、例えば、前記発現抑制配列のみから構成される領域でもよいし、前記発現抑制配列を含む領域でもよい。前記発現抑制配列の長さは、例えば、前述の通りである。前記領域（Ｘｃ）が前記発現抑制配列を含む場合、前記発現抑制配列の５’側および／または３’側に、さらに付加配列を有してもよい。前記付加配列の塩基数は、例えば、１〜１１塩基であり、好ましくは、１〜７塩基である。
［００９９］　
前記領域（Ｙｃ）の塩基数は、例えば、１〜２９塩基であり
（甲１−１０）「［０１０５］　本発明のｓｓＰＮ分子は、前述のように、前記リンカー領域（Ｌｘ）が、前記非ヌクレオチド構造を有していればよく、その他の構成単位は、特に制限されない。前記構成単位は、例えば、ヌクレオチド残基等があげられる。前記ヌクレオチド残基は、例えば、リボヌクレオチド残基およびデオキシリボヌクレオチド残基等があげられる。前記ヌクレオチド残基は、例えば、修飾されていない非修飾ヌクレオチド残基および修飾された修飾ヌクレオチド残基等があげられる。本発明のｓｓＰＮ分子は、例えば、前記修飾ヌクレオチド残基を含むことによって、ヌクレアーゼ耐性を向上し、安定性を向上可能である。また、本発明のｓｓＰＮ分子は、例えば、前記ヌクレオチド残基の他に、さらに、非ヌクレオチド残基を含んでもよい。」（［０１０５］）
（甲１−１１）「［０１５６］
３．本発明のｓｓＰＮ分子の合成方法
　
本発明のｓｓＰＮ分子の合成方法は、特に制限されず、従来公知の方法が採用できる
遺伝子工学的手法による合成法
（甲１−１２）「［０２１８］（実施例Ｂ１）ＲＮＡの固相合成
　本発明のリンカーを有するＲＮＡ（本発明の一本鎖核酸分子）を合成した。ＲＮＡは、ホスホロアミダイト法に基づき、核酸合成機（商品名ＡＢＩ　Ｅｘｐｅｄｉｔｅ（登録商標）　８９０９　Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄ　Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ　Ｓｙｓｔｅｍ、アプライドバイオシステムズ）により、３’側から５’側に向かって合成した。前記合成には、ＲＮＡアミダイトとして、ＲＮＡ　Ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅｓ（２’−Ｏ−ＴＢＤＭＳｉ、商品名、三千里製薬）を用いた（以下、同様）。前記アミダイトの脱保護は、定法に従い、合成したＲＮＡは、ＨＰＬＣにより精製した。以下の実施例において、ＲＮＡの合成は、特に示さない限り、同様に行った。
［０２１９］　具体的には、前記スキーム５の前記化合物（６）を本発明のモノマーとして用い、本実施例のＲＮＡ（Ｅｘ）として、リンカー領域（Ｌｘ）および（Ｌｙ）の構造が、それぞれ下記化学式Ｌｇで表される一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）を合成した。
（Ｌｇ［ＬｘまたはＬｙの構造］）
−Ｏ（ＣＨ２）１１ＣＯ−Ｇｌｙ−ＮＨ（ＣＨ２）１２Ｏ−
［０２２０］　まず、下記配列番号１に示す配列のＲＮＡを合成した。そして、前記ＲＮＡの５’末端に、前記化合物６を連結した。つぎに、前記配列番号１に示すＲＮＡの５’側に、前記化合物６を介して、下記配列番号２に示す配列のＲＮＡを連結した。さらに、前記配列番号２に示すＲＮＡの５’末端に、前記化合物６を連結した。さらに、前記配列番号２に示すＲＮＡの５’側に、前記化合物６を介して、下記配列番号３に示す配列のＲＮＡを連結し、実施例のｓｓＲＮＡを合成した。
　　5’-GAA-3’（配列番号１）
　　5’-GGCUGUUGUCAUACUUCUCAUGGUUC-3’（配列番号２）
　　5’-CAUGAGAAGUAUGACAACAGCC-3’（配列番号３）
［０２２１］　上記のようにして合成した実施例のｓｓＲＮＡを、以下、ＰＫ−００５４という。
前記ＰＫ−００５４は、下記配列番号４に示すように、５’側から、前記配列番号３のＲＮＡ、前記配列番号２のＲＮＡ、および前記配列番号１のＲＮＡが前記順序で配列され、前記配列番号３のＲＮＡ（Ｘｃに該当する）と前記配列番号２のＲＮＡ（内部領域Ｚに該当する）とがリンカーＬｘ（前記構造Ｌｇ）を介して連結され、前記配列番号２のＲＮＡ（内部領域Ｚに該当する）と前記配列番号１のＲＮＡ（Ｙｃに該当する）とがリンカーＬｙ（前記構造Ｌｇ）を介して連結されている構造である
ＰＫ−００５４の発現抑制領域（配列番号５）
　　5’-GUUGUCAUACUUCUCAUGG-3’
」（［０２１８］〜［０２２１］）
（甲１−１３）「［０２４５］（実施例Ｂ３）ＲＮＡの固相合成
　前記スキーム５の前記化合物（６）に代えて前記スキーム７の前記化合物（１８）を本発明のモノマーとして用いること、前記配列番号１のＲＮＡに代えてグアノシンを用いること、前記配列番号２のＲＮＡに代えて下記配列番号６３のＲＮＡを用いること、および、前記配列番号３のＲＮＡに代えて下記配列番号６４のＲＮＡを用いること以外は前記実施例Ｂ１と同様にして本実施例のＲＮＡの固相合成を行った。なお、このようにして合成した本実施例のＲＮＡは、リンカー領域（Ｌｘ）および（Ｌｙ）の構造が、それぞれ下記化学式Ｌｌで表される一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）である。なお、本実施例のＲＮＡにおけるリンカー領域（Ｌｘ）（下記化学式Ｌｌで表される）を、以下において、前記実施例Ｂ１におけるリンカー領域（Ｌｘ）（前記化学式Ｌｇで表される）と区別するために「Ｌｘ’」という。同様に、本実施例のＲＮＡにおけるリンカー領域（Ｌｙ）（下記化学式Ｌｌで表される）を、以下において、前記実施例Ｂ１におけるリンカー領域（Ｌｙ）（前記化学式Ｌｇで表される）と区別するために「Ｌｙ’」という。
 
　　5’-GGAAUCGAAGUACUCAGCGUAAGUUC-3’（配列番号６３）
　　5’-ACUUACGCUGAGUACUUCGAUUCC-3’（配列番号６４）
 
（Ｌｌ［Ｌｘ’またはＬｙ’の構造］）
−Ｏ（ＣＨ２）５ＣＯ−Ｌｙｓ−ＮＨ（ＣＨ２）４Ｏ−
［０２４６］　なお、前記リンカーの構造Ｌ１中、「Ｌｙｓ」は、下記化学式で表される構造である。
　よって、前記リンカーの構造Ｌ１は、下記化学式で表される。
［０２４７］　上記のようにして合成した実施例のｓｓＲＮＡを、以下、ＰＫ−０１００という。前記ＰＫ−０１００は、下記配列番号６５に示すように、５’側から、前記配列番号６４のＲＮＡ、前記配列番号６３のＲＮＡ、およびグアノシンが前記順序で配列され、前記配列番号６４のＲＮＡ（Ｘｃに該当する）と前記配列番号６３のＲＮＡ（内部領域Ｚに該当する）とがリンカーＬｘ’（前記構造Ｌｌ）を介して連結され、前記配列番号６３のＲＮＡ（内部領域Ｚに該当する）とグアノシン（Ｙｃに該当する）とがリンカーＬｙ’（前記構造Ｌｌ）を介して連結されている構造である。また、下記配列に示すように、前記配列番号６３のＲＮＡ配列と、グアノシンおよび前記配列番号６４のＲＮＡ配列は、相補的な配列を有している。このため、前記ＰＫ−０１００は、下記式に示すように、自己アニーリングしてステム構造をとっている。
」（［０２４５］〜［０２４７］）
（甲１−１４）「［０２６２］（参考例Ｂ１）ＲＮＡの固相合成
　前記スキーム５の前記化合物６（本発明のモノマー）に代えて前記化合物１２２を用い、リンカー領域（Ｌｘ）および（Ｌｙ）に相当する部分の構造を、前記Ｌｇに代えて下記Ｌｐとする以外は前記実施例Ｂ１のＰＫ―００５４と同様にして、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）を合成した。
［０２６３］　上記のようにして合成したｓｓＲＮＡを、以下、ＰＫ−０００４という。前記ＰＫ−０００４は、下記配列番号９に示すように、５’側から、前記配列番号３のＲＮＡ、前記配列番号２のＲＮＡ、および前記配列番号１のＲＮＡが前記順序で配列され、各ＲＮＡが、前記構造Ｌｐを介して連結されている構造である。また、前記実施例Ｂ１でも説明したように、前記配列番号２のＲＮＡ配列と、前記配列番号１および３のＲＮＡ配列は、相補的な配列を有している。このため、前記ＰＫ−０００４は、下記式に示すように、自己アニーリングしてステム構造をとっている。なお、前記ＰＫ−００５４と同じく、下線部GUUGUCAUACUUCUCAUGG（配列番号５）が、ＧＡＰＤＨ遺伝子の発現抑制に関与する領域である。
 
　　5’-GAA-3’（配列番号１）
　　5’-GGCUGUUGUCAUACUUCUCAUGGUUC-3’（配列番号２）
　　5’-CAUGAGAAGUAUGACAACAGCC-3’（配列番号３）
 
Ｅｘ：ＰＫ−０００４（配列番号９）
　　5’-CAUGAGAAGUAUGACAACAGCC-Lp-GGCUGUUGUCAUACUUCUCAUGGUUC-Lp-GAA-3’
 
ＰＫ−０００４の発現抑制領域（配列番号５）
　　5’-GUUGUCAUACUUCUCAUGG-3’
」（［０２６２］〜［０２６３］）
（甲１−１５）「
」（図２）
（甲１−１６）「
」（図５）
２　甲第２号証：博士学位論文「環状化ＲＮＡのＲＮＡ干渉効果および翻訳鋳型として性質」
（甲２−１）「ダンベル型ＤＮＡに関する研究から、血清中においては一本鎖ループ部位から先に分解されることが報告されている６０。また、ダンベル型ＤＮＡで、一本鎖ＤＮＡからなるループ部位を非ヌクレオチド鎖等で置換するとその生体内安定性が向上することが報告されている６７。そこで本研究においても、本章第１節でその設計・合成について述べ、
第４節でその細胞内での高いＲＮＡ干渉効果が明らかにされたダンベル型ＲＮＡ　Ｄｂ−２３　について、その一本鎖ＲＮＡからなるループ領域を生体親和性が高く分解抵抗性の構造で置換することととした
二つめのデザインとして、ループ部位を非核酸鎖のヘキサエチレングリコール鎖（ｈｅｘａｅｔｈｙｌｅｎｅ　ｇｌｙｃｏｌ；ＨＥＧ）で置換することとした
これらのループ部修飾ダンベル型ＲＮＡは、第１節で示した未修飾ダンベル型ＲＮＡと同様の方法で合成した。すなわち、一本鎖からなる環状ダンベル型ＲＮＡ分子を２本のＲＮＡ鎖に分け、それぞれの鎖を化学的に合成した後、Ｔ４ＲＮＡリガーゼを用いて連結した
Ｔ４ＲＮＡリガーゼはオリゴヌクレオチドの５’リン酸化末端と、オリゴヌクレオチドの３’水酸化末端を結合させる酵素である
そのために連結部位はループ配列中の一本鎖領域に設定することを第一選択とし、それが不可能な場合にステム部位に設定した（なお、ＲＮＡの二本鎖形成部位に連結部位を設定する場合には、二本鎖ＲＮＡ特異的リガーゼであるＴ４ＲＮＡリガーゼ２を用いると効率よく連結反応が進行する
（甲２−２）「
」（図２９）
（甲２−３）「
」（図３０）
３　甲第３号証：国際公開第２０１１／０５２０１３号の再公表特許
（甲３−１）「【請求項１】第一の核酸鎖の３’ヒドロシル基と、第二の核酸鎖の５’リン酸基とを結合する方法であって、
　前記第一の核酸鎖の少なくとも一部と前記第二の核酸鎖の少なくとも一部とに相補的に結合する第三の核酸鎖の存在下において、少なくとも１以上のリボヌクレオチドを３’末端に有する前記第一の核酸鎖と前記第三の核酸鎖との塩基対形成、および前記第二の核酸鎖と前記第三の核酸鎖との塩基対形成を、同時にまたは別々に行う工程と、その工程で得られた前記第一の核酸鎖、前記第二の核酸鎖、前記第三の核酸鎖の三者の核酸鎖の混合物に、ＥＣ６．５．１．３に分類され且つ二本鎖核酸ニック修復活性を有するＲＮＡリガーゼを添加する工程を有し、
　前記第三の核酸鎖は、前記第一の核酸鎖の３’末端の塩基を含む少なくとも１以上の連続する塩基配列と相補的な塩基配列を有し、また前記第三の核酸鎖は、前記第二の核酸鎖の５’末端の塩基を含む少なくとも１以上の連続する塩基配列と相補的な塩基配列を有し、且つ前記第二の核酸鎖に対して相補的となる前記第三の核酸鎖における塩基配列が、前記第二の核酸鎖の鎖長の１／２未満となるものであることを特徴とする方法。」（請求項１）
（甲３−２）「【００１２】このような構成によれば、第一の核酸鎖と第二の核酸鎖との結合について簡便な方法を提供することができる。また、本発明によれば、ＲＮＡ同士の結合において、従来のＴ４　ＲＮＡリガーゼ１を用いて行う方法のような、一方のＲＮＡ鎖の３’末端を保護することによって当該ＲＮＡ鎖の自己環状化を防ぐような処理をする必要がなくなる。さらに、本発明によれば、Ｔ４　ＤＮＡリガーゼを用いてＲＮＡ同士の結合を行う場合の欠点、すなわち、多量の酵素を使用しなければならず、また、長い反応時間を要し、さらには、収率が低い、という欠点を解消することができる。」（【００１２】）
（甲３−３）「【００３３】本発明に用いるＥＣ６．５．１．３に分類され且つ二本鎖核酸ニック修復活性を有するＲＮＡリガーゼとは、国際生化学分子生物学連合が制定するＥＣ番号でＥＣ６．５．１．３に分類される酵素であり、ＡＴＰ＋（ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）ｎ＋（ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）ｍ＝ＡＭＰ＋ｄｉｐｈｏｓｐｈａｔｅ＋（ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）ｎ＋ｍの反応を触媒する酵素であって、二本鎖核酸におけるニックを修復する活性を有するものである。また、本発明に係るＲＮＡリガーゼは、好ましくは、Ｔ４　バクテリオファージ由来のＴ４　ＲＮＡリガーゼ２である。さらに、本発明に係るＲＮＡリガーゼは、Ｔ４バクテリオファージ由来のＴ４　ＲＮＡリガーゼ２、ビブリオファージ（ｖｉｂｒｉｏｐｈａｇｅ）ＫＶＰ４０由来のリガーゼ２、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ　ｂｒｕｃｅｉ　ＲＮＡリガーゼ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ　ＲＮＡリガーゼ、若しくはＬｅｉｓｈｍａｎｉａ　ｔａｒｅｎｔｏｌａｅ　ＲＮＡリガーゼであっても良く、ＥＣ６．５．１．３に分類されるＲＮＡリガーゼであって二本鎖核酸ニック修復活性を有するものであればこれらのリガーゼに制限されることはない。」（【００３３】）
４　甲第７号証：米国特許出願公開第２０１８／００２３１２２号明細書
（甲７−１）「本発明の技術分野
［０００２］本発明は、療法において使用されるものなどの、化学的に改変されたオリゴヌクレオチドの産生における使用に適しているオリゴヌクレオチドの産生のための新規プロセスに関する。
発明の背景
［０００３］ホスホロアミダイト化学によるオリゴヌクレオチドおよび改変オリゴヌクレオチドの化学合成は確立されており、数十年にわたってこれらの規定の配列のバイオポリマーを合成するための選択法であった。合成プロセスは通常、単一のヌクレオチドが各ヌクレオチドの付加と共に連続的に付加される固相合成として実行され、その後のステップのための調製において成長するオリゴヌクレオチド（「オリゴ」）を付加し、脱保護するために数サイクルの化学的ステップを必要とする。ヌクレオチドの連続的付加の終わりに、オリゴは固相支持体から遊離し、さらに脱保護が起こり、次いで、未精製のオリゴヌクレオチドは、カラムクロマトグラフィーによってさらに精製される。
［０００４］この方法は日常的であると考えられ、自動化することができるが、特に、目標がオリゴヌクレオチド治療剤にとって必要とされるように大規模でオリゴヌクレオチドを調製することである場合、この方法にはいくつかの欠点がある。これらの欠点としては、限定されるものではないが、以下のものが挙げられる：
［０００５］１）大量のオリゴヌクレオチドを精製するには不適なものにするクロマトグラフィーの使用に付いて回る実用的な限界。大規模なクロマトグラフィーの使用は高価であり、カラムのサイズおよび性能に関する限界のため、達成するのが難しい。
［０００６］２）エラー数が、合成されるオリゴヌクレオチドの長さと共に蓄積する。したがって、現在のプロセスの直線的で連続的な性質は、収率の幾何的低下をもたらす。例えば、ヌクレオチド付加の各サイクルに関する収率が９９％である場合、２０マーの収率は８３％であろう。
［０００７］３）合成オリゴヌクレオチド合成装置ならびに下流の精製および単離装備に関する規模の限界：現在、単一バッチで製造することができる生成物の最大量は、１０ｋｇの規模である。
・・・・・・・・・
［００１６］本発明はさらに、少なくとも１個の改変ヌクレオチド残基を有する一本鎖オリゴヌクレオチド生成物を産生するためのプロセスであって、ａ）鋳型が生成物からの分離を可能にする特性を有する、生成物の配列と相補的な鋳型オリゴヌクレオチド（Ｉ）を提供すること；ｂ）少なくとも１個のセグメントが少なくとも１個の改変ヌクレオチド残基を含有する、生成物配列のセグメントであるオリゴヌクレオチドを含有するオリゴヌクレオチド（ＩＩ）のプールを提供すること；ｃ）アニーリングを可能にする条件で（Ｉ）と（ＩＩ）とを接触させること；ｄ）セグメントオリゴヌクレオチドを連結して、生成物を形成させること；　ｅ）アニーリングした鋳型と不純物オリゴヌクレオチド鎖とを変性させること、および不純物を分離することを含む、任意の不純物を分離するために条件を変化させること；ならびに　ｆ）アニーリングした鋳型と生成物オリゴヌクレオチド鎖とを変性させること、および生成物を分離することを含む、生成物を分離するために条件を変化させることを含む、前記プロセスを提供する。
・・・・・・・・・
［００２３］本発明はまた、そのような方法により作製された改変オリゴヌクレオチドおよびそのような方法における使用のためのリガーゼも包含する。
・・・・・・・・・
［００８１］本発明の実施形態においては、プロセスは、治療用オリゴヌクレオチドを産生するためのプロセスである。本発明の実施形態においては、プロセスは、一本鎖治療用オリゴヌクレオチドを産生するためのプロセスである。本発明の実施形態においては、プロセスは、二本鎖治療用オリゴヌクレオチドを産生するためのプロセスである。」（［０００２］〜［００８１］）
５　甲第８号証：国際公開第２０１２／００５３６８号
（甲８−１）「［０１３０］
４．本発明のｓｓＮｃ分子の合成方法
  本発明のｓｓＮｃ分子の合成方法は、特に制限されず、従来公知の方法が採用できる。前記合成方法は、例えば、遺伝子工学的手法による合成法、化学合成法等があげられる。遺伝子工学的手法は、例えば、インビトロ転写合成法、ベクターを用いる方法、ＰＣＲカセットによる方法があげられる。前記ベクターは、特に制限されず、プラスミド等の非ウイルスベクター、ウイルスベクター等があげられる。」（［０１３０］）
第５　当審の判断
１　理由１：特許法第３６条第６項第１号（サポート要件違反）
　本件明細書の実施例２には、「【００７７】前記一本鎖ＲＮＡは、ホスホロアミダイト法に基づき、核酸合成機（商品名ＮＴＳ　Ｍ−４ＭＸ−Ｅ、日本テクノサービス株式会社）を用いて合成した。前記合成には、ＲＮＡアミダイトとして、国際公開第２０１３／０２７８４３号の実施例２に記載のウリジンＥＭＭアミダイト、実施例３に記載のシチジンＥＭＭアミダイト、実施例４に記載のアデノシンＥＭＭアミダイト及び実施例５に記載のグアノシンＥＭＭアミダイト、および、国際公開第２０１２／０１７９１９号の実施例Ａ３に記載のプロリンアミダイト（Ｉｂ）を用いた。」と記載されている（【００７７】）。
　一方、国際公開第２０１２／０１７９１９号（甲第４号証）の実施例Ａ３には、「プロリンアミダイト（Ｉｂ）」という表現はないものの、「（実施例Ａ３）プロリンジアミドアミダイトの合成」として、「プロリン骨格を有するリンカーを含む本発明の核酸分子を生成するため、前記スキーム３により、Ｌ−プロリンジアミドアミダイトおよびＤ−プロリンジアミドアミダイトを合成した。」と記載されており（［０２２５］、［０２１７］）、そして、「ＤＭＴｒ−ジアミド−Ｌ−プロリンアミダイト（化合物１０）」（［０２２９］）、「ＤＭＴｒ−ジアミド−Ｄ−プロリンアミダイト（化合物９）」（［０２３３］）の「プロリンアミダイト」を合成したことが具体的に記載されているから、本件明細書の実施例２に記載されているプロリンアミダイトが、国際公開第２０１２／０１７９１９号の実施例Ａ３に化合物１０、化合物９として記載されている上記プロリンアミダイトを示していることを当業者は容易に理解することができる。
　また、本件明細書には、上記実施例２の記載以外にも、Ｌｙリンカー領域、Ｌｚリンカー領域について、「【００５４】またＬｙリンカー領域、Ｌｚリンカー領域については、下記構造式（ＩＩＩ―ｂに示されるプロリン骨格を有するアミダイトを国際公開第２０１２／０１７９１９号の実施例Ａ４の方法にて使用することができる。また、下記構造式（ＩＩＩ―ｃ）、（ＩＩＩ―ｄ）および（ＩＩＩ−ｅ）のいずれかで表されるアミダイト（国際公開第２０１３／１０３１４６号の実施例Ａ１〜Ａ３参照）を使用することにより、同様に核酸合成機にて調製できる。
・・・・・・・・・・・・
【００５８】
・・・・・・・・・・・・
【００６１】
」と記載されており（【００５４】〜【００６１】）、プロリン誘導体（【００５８】の式（ＩＩＩ―ｂ）で表される化合物）、リシン誘導体（【００６１】の式（ＩＩＩ−ｅ）で表される化合物）、等の化合物をＬｙリンカー領域、Ｌｚリンカー領域に使用することができることが記載されている。
　本件特許発明２の式（ＩＩ−Ａ）で表されるリンカーは、本件明細書の実施例２に記載されているプロリンアミダイト、本件明細書の【００５８】に記載されている式（ＩＩＩ―ｂ）で表されるアミダイトに該当し、本件特許発明２の式（ＩＩ−Ｂ）で表されるリンカーは、本件明細書の【００６１】に記載されている式（ＩＩＩ−ｅ）で表されるアミダイトに該当するものであるから、本件特許発明２の式（ＩＩ−Ａ）、（ＩＩ−Ｂ）で表されるリンカーは、本件発明の詳細な説明に具体的に記載されているといえる。また、本件明細書には、プロリン誘導体、リシン誘導体以外のアミノ酸誘導体をＬｙリンカー領域、Ｌｚリンカー領域に使用することができることが記載されている（【００５４】〜【００６１】）から、本件特許発明１の式（Ｉ）で表されるＬｙリンカー領域、式（Ｉ’）で表されるＬｚリンカー領域も、本件発明の詳細な説明に具体的に記載されているといえる。
　そして、本件明細書に、「【００２３】連結一本鎖ＲＮＡは、分子内において相補性のある配列部分が並び、分子内で部分的に二重鎖を形成しうる。連結一本鎖ＲＮＡ分子は、図２に示すように、Ｘ１領域とＸ２領域が互いに相補性を有するヌクレオチド配列を含み、さらにＹ１領域とＹ２領域が互いに相補性を有するヌクレオチド配列を含み、これらの相補性を有する配列との間で、二重鎖が形成され、ＬｙおよびＬｚのリンカー領域が、その長さに応じてループ構造をとる。図２及び図４は、あくまでも、前記領域の連結順序および二重鎖部を形成する各領域の位置関係を示すものであり、例えば、各領域の長さ、リンカー領域（ＬｙおよびＬｚ）の形状等は、これらに限定されない。」（【００２３】）、「【００３３】連結一本鎖ＲＮＡにおいて、ＬｙおよびＬｚのリンカー領域の長さは、特に制限されない。これらのリンカー領域は、例えば、Ｘ１領域とＸ２領域とが二重鎖を形成可能な長さ、あるいはＹ１領域とＹ２領域とが二重鎖を形成可能な長さであることが好ましい。ＬｙおよびＬｚの各リンカー領域は、アミノ酸から誘導される原子団を有する領域である。これらのリンカー領域（Ｌｙ、Ｌｚ）は、通常、非ヌクレオチドのリンカー領域である。」（【００３３】）と記載されているように、Ｌｙリンカー領域、Ｌｚリンカー領域の両端に結合しているヌクレオチド配列が二本鎖を形成できる長さであって、アミノ酸誘導体を含む非ヌクレオチドのリンカー領域であれば、アミノ酸の種類によらず、Ｌｙリンカー領域、Ｌｚリンカー領域がループ構造をとることができることを当業者は容易に理解することができるから、本件発明の詳細な説明の記載及び本願出願時の技術常識から、本件明細書の実施例２〜６において実際に使用することができたプロリンアミダイトの実験結果から、当該プロリンアミダイト以外のアミノ酸誘導体及び炭素数１〜２０のアルキレン基を包含する本件特許発明１の式（Ｉ）で表されるＬｙリンカー領域、式（Ｉ’）で表されるＬｚリンカー領域についても、同様の結果が得られることを当業者が容易に理解することができる程度に本件発明の詳細な説明の記載は記載されているといえる。
　また、本件明細書の実施例２〜６には、Ｘ１領域及びＸ２領域が１２塩基のヌクレオチド配列からなるもの（実施例２）、Ｙ１領域及びＹ２領域が２塩基のヌクレオチド配列からなるもの（実施例６）が記載されており（【００８４】の表２）、本件特許発明１の「前記Ｘ１領域と前記Ｘ２領域とが、互いに相補的な、１１以上の同数のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であ」るもの、「前記Ｙ１領域と前記Ｙ２領域とが、互いに相補的な、２以上の同数のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であ」るものが、本件発明の詳細な説明に具体的に記載されているといえる。そして、１３塩基以上の長さであればヌクレオチド配列が二本鎖を形成するのに十分な長さであることは本願出願時の技術常識であるから、本件明細書の実施例２〜６において実際に使用することができたＸ１領域及びＹ１領域の合計が２４塩基のものの実験結果から、Ｘ１領域及びＹ１領域の合計が２４塩基よりも短いものであっても、１３塩基以上の長さのヌクレオチド配列を有するものであれば、同様の結果が得られることを当業者が容易に理解することができる程度に本件発明の詳細な説明の記載は記載されているといえる。
　したがって、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
２　理由２：特許法第３６条第４項第１号（実施可能要件違反）
　上記１で述べたように、本件明細書の実施例２に記載されているプロリンアミダイトが、国際公開第２０１２／０１７９１９号の実施例Ａ３に化合物１０、化合物９として記載されている上記プロリンアミダイトを示していることを当業者は容易に理解することができ、また、本件明細書の実施例２〜６において実際に使用することができたプロリンアミダイトの実験結果から、当該プロリンアミダイト以外のアミノ酸誘導体及び炭素数１〜２０のアルキレン基を包含する本件特許発明１の式（Ｉ）で表されるＬｙリンカー領域、式（Ｉ’）で表されるＬｚリンカー領域についても、同様の結果が得られることを当業者が容易に理解することができる程度に本件発明の詳細な説明の記載は記載されているといえる。
　また、上記１で述べたように、本件明細書の実施例２〜６において実際に使用することができたＸ１領域及びＹ１領域の合計が２４塩基のものの実験結果から、Ｘ１領域及びＹ１領域の合計が２４塩基よりも短いものであっても、１３塩基以上の長さのヌクレオチド配列を有するものであれば、同様の結果が得られることを当業者が容易に理解することができる程度に本件発明の詳細な説明の記載は記載されているといえる。
　したがって、本件発明の詳細な説明の記載及び本願出願時の技術常識を考慮すると、本件発明１〜６について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえる。
３　理由３：特許法第２９条第２項（甲第１号証を主引用例とする進歩性違反）
（１）甲第１号証に記載された発明
　上記第４の１の記載事項（甲１−１）〜（甲１−１０）、（甲１−１２）〜（甲１−１６）から、甲第１号証には、「５’末端側から順に、Ｘｃ領域、Ｌｘリンカー領域、Ｘ領域、Ｙ領域、Ｌｙリンカー領域及びＹｃ領域からなる一本鎖ＲＮＡの製造方法であって、
　前記Ｘ領域と前記Ｘｃ領域とが、互いに相補的な、１〜２９塩基からなるヌクレオチド配列であり、
　前記Ｙ領域と前記Ｙｃ領域とが、互いに相補的な、１〜２９塩基からなるヌクレオチド配列であり、
　前記Ｌｘリンカー領域が、アミノ酸から誘導される原子団及びアルキレン基を含む二価の基であり、
　前記Ｌｙリンカー領域が、アミノ酸から誘導される原子団及びアルキレン基を含む二価の基である、
一本鎖ＲＮＡの製造方法。」の発明が記載されていると認められる。
（２）対比
　甲第１号証に記載された発明の「Ｘｃ領域」は、本件特許発明１の「Ｘ２領域」及び「Ｙ２領域」に相当し、甲第１号証に記載された発明の「Ｌｘリンカー領域」は、本件特許発明１の「Ｌｙリンカー領域」に相当し、甲第１号証に記載された発明の「Ｘ領域」は、本件特許発明１の「Ｙ１領域」及び「Ｘ１領域」に相当し、甲第１号証に記載された発明の「Ｙ領域」は、本件特許発明１の「Ｚ１領域」に相当し、甲第１号証に記載された発明の「Ｌｙリンカー領域」は、本件特許発明１の「Ｌｚリンカー領域」に相当し、甲第１号証に記載された発明の「Ｙｃ領域」は、本件特許発明１の「Ｚ２領域」に相当する。
　また、甲第１号証の上記記載事項（甲１−５）から、甲第１号証に記載された発明の「アミノ酸から誘導される原子団及びアルキレン基を含む二価の基」は、本件特許発明１の「式（Ｉ）で表される二価の基」、「式（Ｉ’）で表される二価の基」に相当する。
　本件特許発明１と甲第１号証に記載された発明とを対比すると、両者は、「５’末端側から順に、Ｘ２領域、Ｙ２領域、Ｌｙリンカー領域、Ｙ１領域、Ｘ１領域、Ｚ１領域、Ｌｚリンカー領域及びＺ２領域からなる一本鎖ＲＮＡの製造方法であって、
　前記Ｘ１領域と前記Ｘ２領域とが、互いに相補的な、１１以上の同数のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり、
　前記Ｙ１領域と前記Ｙ２領域とが、互いに相補的な、２以上の同数のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり、
　前記Ｚ１領域と前記Ｚ２領域とが、互いに相補的なヌクレオチド配列を含み、
　前記Ｚ領域が、任意のヌクレオチド数のヌクレオチド配列を含む領域であり、
　前記Ｌｙリンカー領域が、下記式（Ｉ）で表される二価の基であり、
（式中、Ｙ１１及びＹ２１は、それぞれ独立して、炭素数１〜２０のアルキレン基を表し、Ｙ１２及びＹ２２は、それぞれ独立して、水素原子もしくはアミノ基で置換されていてもよいアルキル基を表すか、或いはＹ１２とＹ２２とがその末端で互いに結合して炭素数３〜４のアルキレン基を表し、
　Ｙ１１に結合している末端の酸素原子は、前記Ｙ１領域および前記Ｙ２領域のいずれか一方の領域の末端ヌクレオチドのリン酸エステルのリン原子と結合しており、
　Ｙ２１に結合している末端の酸素原子は、前記Ｙ２領域および前記Ｙ１領域のＹ１１とは結合していない他方の領域の末端ヌクレオチドのリン酸エステルのリン原子と結合している。）
　前記Ｌｚリンカー領域が、下記式（Ｉ’）で表される二価の基である、
（式中、Ｙ’１１及びＹ’２１は、それぞれ独立して、炭素数１〜２０のアルキレン基を表し、Ｙ’１２及びＹ’２２は、それぞれ独立して、水素原子もしくはアミノ基で置換されていてもよいアルキル基を表すか、或いはＹ’１２とＹ’２２とがその末端で互いに結合し炭素数３〜４のアルキレン基を表し、
　Ｙ’１１に結合している末端の酸素原子は、前記Ｚ１領域および前記Ｚ２領域のいずれか一方の領域の末端ヌクレオチドのリン酸エステルのリン原子と結合しており、
　Ｙ’２１に結合している末端の酸素原子は、前記Ｚ２領域および前記Ｚ１領域のＹ’１１とは結合していない他方の領域の末端ヌクレオチドのリン酸エステルのリン原子と結合している。）
一本鎖ＲＮＡの製造方法。」に係る発明である点で一致し、以下の点で相違する。
　相違点：本件特許発明１では、５’末端側から順に、Ｘ１領域およびＺ領域からなり、５’末端にリン酸基を有する第１の一本鎖ＲＮＡと、５’末端側から順に、Ｘ２領域、Ｙ２領域、Ｌｙリンカー領域およびＹ１領域からなり、３’末端に水酸基を有する第２の一本鎖ＲＮＡに、国際生化学連合が酵素番号として定めるＥＣ６．５．１．３に分類され、二本鎖ニック修復活性を有するＲＮＡリガーゼを作用させ、前記第１の一本鎖ＲＮＡと前記第２の一本鎖ＲＮＡとを連結することにより一本鎖ＲＮＡとするのに対し、甲第１号証に記載された発明では、そのようなことは特定されていない点。
（３）相違点についての判断
相違点について検討する。
　甲第１号証には、「
本発明のｓｓＰＮ分子の合成方法は、特に制限されず、従来公知の方法が採用できる
遺伝子工学的手法による合成法
　一方、上記第４の２の記載事項（甲２−１）〜（甲２−３）から、甲第２号証には、「５’末端にリン酸基を有する第１の一本鎖ＲＮＡと３’末端に水酸基を有する第２の一本鎖ＲＮＡに、ＲＮＡリガーゼを作用させ、前記第１の一本鎖ＲＮＡと前記第２の一本鎖ＲＮＡとを連結する工程を含む一本鎖ＲＮＡの製造方法。」の発明が記載されていると認められるものの、甲第２号証は、２箇所で連結し、環状の一本鎖ＲＮＡを合成する方法が記載されているにすぎない。
　また、甲第５号証、甲第６号証は、遺伝子工学分野において、ＤＮＡリガーゼが使用されていることが記載されているにすぎず、また、甲第７号証は、オリゴヌクレオチドの製造におけるリガーゼの使用に関する記載があるだけである。
　甲第３号証には、ＥＣ６．５．１．３に分類され且つ二本鎖核酸ニック修復活性を有するＲＮＡリガーゼを用いて、第三の核酸鎖の存在下、第一の核酸鎖と第二の核酸鎖を結合させる方法が記載されているものの、甲第３号証に記載の方法は、第三の核酸鎖の存在を必要とする方法である。
　そして、甲第１号証には、そもそも、５’末端側から順に、Ｘ１領域およびＺ領域からなり、５’末端にリン酸基を有する第１の一本鎖ＲＮＡと、５’末端側から順に、Ｘ２領域、Ｙ２領域、Ｌｙリンカー領域およびＹ１領域からなり、３’末端に水酸基を有する第２の一本鎖ＲＮＡを連結することにより一本鎖ＲＮＡを合成することは記載も示唆もされておらず、ましてやその連結を特定のＲＮＡリガーゼを用いて行うことも記載も示唆もされていないから、甲第２号証、甲第５号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第３号証の記載事項を参照しても、甲第１号証に記載された発明において、５’末端側から順に、Ｘ１領域およびＺ領域からなり、５’末端にリン酸基を有する第１の一本鎖ＲＮＡと、５’末端側から順に、Ｘ２領域、Ｙ２領域、Ｌｙリンカー領域およびＹ１領域からなり、３’末端に水酸基を有する第２の一本鎖ＲＮＡに、国際生化学連合が酵素番号として定めるＥＣ６．５．１．３に分類され、二本鎖ニック修復活性を有するＲＮＡリガーゼを作用させ、前記第１の一本鎖ＲＮＡと前記第２の一本鎖ＲＮＡとを連結することにより一本鎖ＲＮＡを合成することは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　そして、本件特許発明１は、実施例２〜６において一本鎖ＲＮＡの純度及び収率が、純度９０％以上で１１％以上の収率が得られており、固相合成法のみによる方法（比較例１）で得られた純度及び収率（純度８７％、収率５％）に比べて高い純度及び収率が得られるという効果を奏するから、本件特許発明１の効果は、甲第１号証の記載から当業者が予測し得ないものである。
　したがって、本件特許発明１は、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項並びに甲第３〜８号証に記載されている周知技術に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
（４）本件特許発明２〜６について
　本件特許発明２〜６は、本件特許発明１に更なる限定を加えた発明であるから、上記（１）で述べたように、本件特許発明１が、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項並びに甲第３〜８号証に記載されている周知技術に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件特許発明２〜６も、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証に記載された事項並びに甲第３〜８号証に記載されている周知技術に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
４　理由４：特許法第２９条第２項（甲第２号証を主引用例とする進歩性違反）
（１）甲第２号証に記載された発明
　上記第４の２の記載事項（甲２−１）〜（甲２−３）から、甲第２号証には、「５’末端にリン酸基を有する第１の一本鎖ＲＮＡと３’末端に水酸基を有する第２の一本鎖ＲＮＡに、ＲＮＡリガーゼを作用させ、前記第１の一本鎖ＲＮＡと前記第２の一本鎖ＲＮＡとを連結する工程を含む一本鎖ＲＮＡの製造方法。」の発明が記載されていると認められる。
（２）対比
　本件の請求項１を引用する請求項４の記載から、甲第２号証の「Ｔ４ＲＮＡリガーゼ」は、本件特許発明１の「国際生化学連合が酵素番号として定めるＥＣ６．５．１．３に分類され、二本鎖ニック修復活性を有するＲＮＡリガーゼ」に該当することは明らかであるから、本件特許発明１と甲第２号証に記載された発明とを対比すると、両者は、「５’末端にリン酸基を有する第１の一本鎖ＲＮＡと３’末端に水酸基を有する第２の一本鎖ＲＮＡに、国際生化学連合が酵素番号として定めるＥＣ６．５．１．３に分類され、二本鎖ニック修復活性を有するＲＮＡリガーゼを作用させ、前記第１の一本鎖ＲＮＡと前記第２の一本鎖ＲＮＡとを連結する工程を含む一本鎖ＲＮＡの製造方法。」に係る発明である点で一致し、以下の点て相違する。
　相違点１：本件特許発明１では、１箇所で連結し、非環状の一本鎖ＲＮＡを合成するのに対し、甲第２号証に記載された発明では、２箇所で連結し、環状の一本鎖ＲＮＡを合成する点。
　相違点２：本件特許発明１では、第１の一本鎖ＲＮＡが、５’末端側から順に、Ｘ１領域、Ｚ１領域、Ｌｚリンカー領域およびＺ２領域からなり、第２の一本鎖ＲＮＡが、５’末端側から順に、Ｘ２領域、Ｙ２領域、Ｌｙリンカー領域およびＹ１領域からなり、５’末端にリン酸基を有する第１の一本鎖ＲＮＡと３’末端に水酸基を有する第２の一本鎖ＲＮＡとを連結するのに対し、甲第２号証に記載された発明では、第１の一本鎖ＲＮＡ、第２の一本鎖ＲＮＡの５’末端側から３’末端への各領域の順が逆である点。
　相違点３：リンカー領域が、本件特許発明１では、特定の構造を有するアミノ酸から誘導される原子団及びアルキレン基からなるのに対し、甲第２号証に記載された発明では、ヘキサエチレングリコール（ＨＥＧ）である点。
（３）相違点についての判断
相違点１について
　甲第２号証は、「環状化ＲＮＡのＲＮＡ干渉効果および翻訳鋳型として性質」という表題からも明らかであるように、「環状化ＲＮＡ」を対象としたものであり、また、甲第２号証の上記記載事項（甲２−１）〜（甲２−３）をみても、「環状化ＲＮＡ」以外の非環状の一本鎖ＲＮＡを合成することは何ら記載されていないから、甲第２号証に記載された環状の一本鎖ＲＮＡを、非環状の一本鎖ＲＮＡとすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。また、甲第３号証〜甲第８号証の記載事項を参照しても、甲第２号証に記載された環状の一本鎖ＲＮＡを、非環状の一本鎖ＲＮＡとすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
相違点２について
　甲第２号証には、甲第２号証に記載されている一本鎖ＲＮＡの５’末端から３’末端側への各領域の順を逆にする動機付けとなるような記載はないから、甲第２号証に記載されている一本鎖ＲＮＡの５’末端から３’末端側への各領域の順を逆にすることは、当業者が適宜なし得ることとはいえない。また、甲第２号証には、甲第２号証に記載されている環状の一本鎖ＲＮＡの代わりに、甲第１号証に記載されている非環状の一本鎖ＲＮＡを用いる動機付けとなるような記載はないから、甲第１号証の記載事項を参照しても、甲第２号証に記載されている一本鎖ＲＮＡの５’末端から３’末端側への各領域の順を逆にすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。また、甲第３号証〜甲第８号証の記載事項を参照しても、甲第２号証に記載されている一本鎖ＲＮＡの５’末端から３’末端側への各領域の順を逆にすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　したがって、本件特許発明１は、相違点１、相違点２の点で、甲第２号証に記載された発明及び甲第１号証に記載された事項並びに甲第３〜８号証に記載されている周知技術に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえないから、その余の相違点について検討するまでもなく、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
（４）本件特許発明２〜６について
　本件特許発明２〜６は、本件特許発明１に更なる限定を加えた発明であるから、上記（１）で述べたように、本件特許発明１が、甲第２号証に記載された発明及び甲第１号証に記載された事項並びに甲第３〜８号証に記載されている周知技術に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件特許発明２〜６も、甲第２号証に記載された発明及び甲第１号証に記載された事項並びに甲第３〜８号証に記載されている周知技術に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
第６　むすび
　以上のとおりであるから、特許異議申立の理由によっては、本件特許発明１〜６に係る特許を取り消すことはできない。また、他に本件特許発明１〜６に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。
　よって、結論のとおり決定する。
【異議決定日】
令和３年５月１８日（２０２１．５．１８）