【事件の表示】
　特許第６６９４４２９号発明「上皮細胞増殖因子受容体キナーゼドメインにおける変異」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。
【結　論】
　特許第６６９４４２９号の請求項１ないし１０に係る特許を維持する。
【理　由】
第１　手続の経緯
　特許第６６９４４２９号の請求項１〜１０に係る特許（以下、「本件特許」ということがある。）についての出願は、平成２７年１０月　２日（優先権主張　平成２６年１０月　９日　米国）を国際出願日とする出願であって、令和　２年　４月２１日にその特許権の設定登録がなされ、同年　５月１３日に特許掲載公報が発行され、その後の令和　２年１１月１３日に、その特許について、特許異議申立人　南沢　和美（以下、「申立人」という。）により特許異議の申立てがなされたものである。
第２　本件特許発明
　本件特許の請求項１〜１０に係る発明は、特許請求の範囲の請求項１〜１０に記載された事項により特定される、次のとおりのものである（以下、本件特許の請求項１〜１０に係る発明を、その請求項に付された番号順に、「本件特許発明１」等ということがある。また、これらをまとめて「本件特許発明」ということがある。）。
【請求項１】
　上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）遺伝子に変異を伴う細胞を抱える可能性のある肺癌を有する患者を同定する方法であって、配列番号１における、変異２２５７−２２６２  ｄｅｌと変異２２６６−２２７７  ｄｅｌとの組合せとしての変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣにより特徴付けられる、変異されたＥＧＦＲ遺伝子の存在について患者の試料を試験することを含み；これにより、該患者の試料中の変異の存在は、該患者が、ＥＧＦＲ阻害剤化合物に対し感受性があることを示す、方法。
【請求項２】
　前記ＥＧＦＲ阻害剤化合物が、セツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブである、請求項１記載の方法。
【請求項３】
　変異Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｋ７４５−Ａ７５０  ｄｅｌ  Ｋ  ｉｎｓ、Ｅ７４６Ｖ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６−Ｒ７４８  ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｓ７５２  ｄｅｌ  Ｖ  ｉｎｓ、Ｌ７４７−  Ｅ７４９  ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ａ７５０  ｄｅｌ  Ｐ  ｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｔ７５１  ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｔ７５１  ｄｅｌ  Ｐ  ｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｐ７５３  ｄｅｌ  Ｓ  ｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｓ７５２  ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３  ｄｅｌ、Ｔ７５１−Ｉ７５９  ｄｅｌ  Ｔ  ｉｎｓ、Ｓ７５２−Ｉ７５９  ｄｅｌ、Ｐ７５３−  Ｋ７５７  ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７  ｄｅｌ  ＡＩ  ｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９  ｄｅｌ  ＳＶＡ  ｉｎｓ、Ｇ７７９Ｓ、Ｐ８４８Ｌ、Ｇ８５７Ｖ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ、Ｌ８８３Ｓ、Ｄ８９６Ｙ、２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０  ＴＴ＞ＣＣ、２２６４  Ｃ＞Ａ及びＥ７４６−Ａ７５０  ｄｅｌ  ＡＰ  ｉｎｓの１又は複数により特徴付けられる、変異されたＥＧＦＲ遺伝子の存在について、患者の試料を試験すること；並びに、
　もし１又は複数の変異が存在するならば、チロシンキナーゼ阻害剤による治療が成功する見込みがあることを決定すること、
を更に含む、請求項１又は２記載の方法。
【請求項４】
　チロシンキナーゼ阻害剤療法に対する肺癌患者の反応の尤度を決定する方法であって、
　（ａ）患者の試料中の、ＥＧＦＲ遺伝子の、変異２２５７−２２６２  ｄｅｌと変異２２６６−２２７７  ｄｅｌとの組合せとしての変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣに関して、患者の試料を試験すること、並びに、もし変異が存在するならば、
　（ｂ）患者が、チロシンキナーゼ阻害剤療法に対し反応する見込みがあることを決定すること、
を含む、方法。
【請求項５】
　前記チロシンキナーゼ阻害剤療法が、セツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブを含む、請求項４記載の方法。
【請求項６】
　（ａ）ＥＧＦＲ遺伝子の変異Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｋ７４５−Ａ７５０  ｄｅｌ  Ｋ  ｉｎｓ、Ｅ７４６Ｖ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６−Ｒ７４８  ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｓ７５２  ｄｅｌ  Ｖ  ｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｅ７４９  ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ａ７５０  ｄｅｌ  Ｐ  ｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｔ７５１  ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｔ７５１  ｄｅｌ  Ｐ  ｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｐ７５３  ｄｅｌ  Ｓ  ｉｎｓ、Ｌ７４７−Ｓ７５２  ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３  ｄｅｌ、Ｔ７５１−Ｉ７５９  ｄｅｌ  Ｔ  ｉｎｓ、Ｓ７５２−Ｉ７５９  ｄｅｌ、Ｐ７５３−Ｋ７５７  ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７  ｄｅｌ  ＡＩ  ｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９  ｄｅｌ  ＳＶＡ  ｉｎｓ、Ｇ７７９Ｓ、Ｐ８４８Ｌ、Ｇ８５７Ｖ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８６１Ｑ、Ｌ８８３Ｓ、Ｄ８９６Ｙ、２２３６＿２２４８＞ＡＣＣＣ、２２３７＿２２４４＞ＣＧＣＣＣ、２２５２＿２２７７＞ＡＣ、２２４０−２２６４＞ＣＧＡＡＡＧＡ、２２３９＿２２４０  ＴＴ＞ＣＣ、２２６４  Ｃ＞Ａ及びＥ７４６−Ａ７５０  ｄｅｌ  ＡＰ  ｉｎｓの１又は複数について、患者の試料を更に試験する工程；並びに
　（ｂ）もし変異のいずれかが存在すると報告されたならば、患者は、チロシンキナーゼ阻害剤療法に対し反応する見込みがあるであろうと決定する工程、
を更に含む、請求項４又は５記載の方法。
【請求項７】
　前記１又は複数の変異が、アレル特異的検出法によるか又はＤＮＡシークエンシングにより検出される、請求項１〜６のいずれか一項記載の方法。
【請求項８】
　変異−特異的オリゴヌクレオチドにより、ヒトＥＧＦＲ遺伝子の、変異２２５７−２２６２  ｄｅｌと変異２２６６−２２７７  ｄｅｌとの組合せとしての変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣを検出する方法。
【請求項９】
　前記オリゴヌクレオチドが、増幅プライマー又は検出プローブである、請求項８記載の方法。
【請求項１０】
　前記１又は複数の変異が、アレル特異的検出法によるか又はＤＮＡシークエンシングにより検出される、請求項８記載の方法。
第３　申立理由の概要及び提出した証拠 
１　申立理由の概要
　申立人は、甲第１〜４号証を提出し、本件特許は、以下の理由１〜４により、取り消されるべきものである旨主張している。 
（１）申立理由１（発明該当性）
　本件特許発明１〜１０は、「産業上利用することができる発明」ではないので、特許法第２９条第１項柱書に違反するものであり、同法第１１３条第２号に該当する。
（２）申立理由２（進歩性）
　本件特許発明１〜１０は、甲第３号証に記載の発明から当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定に違反するものであり、同法第１１３条第２号に該当する。
（３）申立理由３（サポート要件）
　本件特許発明１〜１０は、本件特許明細書の発明の詳細な説明に記載されたものではないから、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしておらず、同法第１１３条第４号に該当する。
（４）申立理由４（実施可能要件）
　本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載は、本件特許発明１〜１０に記載の発明を当業者がその実施することができる程度に明確かつ十分に記載されたものではないから、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしておらず、同法第１１３条第４号に該当する。
２　証拠方法
（１）甲第１号証：「肺癌患者におけるＥＧＦＲ遺伝子変異検査の手引き　第２．１版」２０１４年４月１４日、日本肺癌学会　バイオマーカー委員会　光冨徹哉　外、ｐ．１〜２９
（２）甲第２号証：本件特許第６６９４４２９号の審査段階において本件特許権者が特許庁に令和１年１０月１１日付けで提出した意見書
（３）甲第３号証：特表２００８−５０４８０９号公報
（４）甲第４号証：「肺癌患者におけるＥＧＦＲ遺伝子変異検査の手引き　第４．３版」２０２０年３月３１日、日本肺癌学会　バイオマーカー委員会　西野和美　外、ｐ．１〜４０
　（以下、「甲第１号証」ないし「甲第４号証」をそれぞれ「甲１」ないし「甲４」ともいう。）
第４　甲号証の記載事項
　甲１〜甲３には、それぞれ以下の記載がある。下線は合議体が付与した。また、レファレンスは省略した。
１　甲１
甲１記載事項−１
「結果の解釈・・・すべての変異が
ＥＧＦＲ−ＴＫＩの効果
　●　
感受性をあげる遺伝子変異（もっとも良い適応）
　　　
エクソン１９欠失変異
　●　感受性をあげるが上記よりはやや奏効率は劣ると考えられるもの
　　　Ｇ７１９Ｘ、エクソン１９挿入変異、Ａ７６３＿Ｙ７６４ｉｎｓＦＱＥＡ，Ｌ８６１Ｑ
　●　薬剤抵抗性をもたらす変異
　　　エクソン２０挿入変異、Ｄ７６１Ｙ、Ｌ７４７Ｓ（Ｌ７４７Ｓ変異ではゲフィニチブ耐性，エルロチニブ感受性と報告されている）
　●　意義不明の変異　多数あるがまれ」（ｐ．６下から第１０行〜下から第２行）
甲１記載事項−２
「
５．ＥＧＦＲ変異の種類とＥＧＦＲ−ＴＫＩの奏効
　
変異の種類によってもＥＧＦＲ−ＴＫＩの有効性が異なる。
エクソン１９の欠失変異の奏効率は８１％であるの対して、Ｌ８５８Ｒは７１％であり、Ｇ７１９Ｘは５６％である。特記すべきは７例のエクソン２０の挿入変異を有する症例では奏効例がないことである。
上述のように奏効率はエクソン１９欠失変異に高い傾向がある。
２　甲２
甲２記載事項−１
「ＣｌｉｎＶａｒは、一般に入手可能なデータベース（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/）であり、ゲノム変異及びゲノム変異とヒトの健康との関係に関する情報を集めたものです。」（第３頁第９〜１１行）
甲２記載事項−２
「
」（ｐ．４）
３　甲３
甲３記載事項−１
「【特許請求の範囲】
【請求項１】
　ヒト患者において治療に対して感受性である腫瘍を同定する方法において、上記腫瘍の試料中の突然変異したＥＧＦＲ遺伝子又は突然変異したＥＧＦＲタンパク質の存在を決定することを含み、上記突然変異がＥＧＦＲのエキソン１８−２１に位置しており、Ｔ７９０Ｍ以外の突然変異ＥＧＦＲ遺伝子又は突然変異ＥＧＦＲタンパク質の存在が、腫瘍が治療に対して感受性であることを示す方法。
【請求項２】
　上記治療が化学療法剤である請求項１に記載の方法。
【請求項３】
　上記化学療法剤が、シタラビン、フルダラビン、５-フルオロ-２'-デオキシウリジン、ゲムシタビン、ヒドロキシウレア、メトトレキセート；ブレオマイシン、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ミトキサントロン；カンプトセシン、トポテカン；テニポシド；コルセミド、コルヒチン、パクリタキセル、ビンブラスチン、ビンクリスチン又はタモキシフェンの一又は複数である請求項２に記載の方法。
【請求項４】
　上記化学療法剤がカルボプラチン及び／又はパクリタキセルである請求項２に記載の方法。
【請求項５】
　上記治療がＥＧＦＲ阻害剤である請求項１に記載の方法。
【請求項６】
　上記ＥＧＦＲ阻害剤がセツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブの一又は複数である請求項５に記載の方法。
【請求項７】
　上記ＥＧＦＲ阻害剤がエルロチニブである請求項５に記載の方法。
【請求項８】
　上記突然変異がＥＧＦＲのキナーゼドメインに位置している請求項１に記載の方法。」
甲３記載事項−２
「【００１０】
　Ｔｒｉｂｕｔｅと称される無作為化二重盲式フェーズＩＩＩ臨床試験に参加したおよそ２５０名の患者の試料について配列決定し、ＥＧＦＲのエキソン１８−２１に生じる突然変異を調べた。Ｔｒｉｂｕｔｅは、前に化学療法を受けていない組織学的に確認されたＮＳＣＬＣに罹患している合衆国の約１５０箇所のセンターにおける１０７９名の患者を研究し、エルロチニブ＋化学療法（カルボプラチン／パクリタキセル）を化学療法単独と比較した。患者には、エルロチニブ（１００ｍｇ／日の経口投与で、耐性のある患者では１５０ｍｇ／日まで増大）を伴うか伴わないで、パクリタキセル（２００ｍｇ／ｍ２を３時間、静脈内注入）と、続くカルボプラチン(ＡＵＣ＝カルバート処方を使用して６ｍｇ／ｍｌ×分の１５−３０分の注入) を投与した。Ｔｒｉｂｕｔｅ治験から収集したおよそ２５０名の患者の、ホルマリン固定パラフィン包埋ブロック又は汚れのないスライドの腫瘍試料を、レーザ捕獲顕微解剖と続くＤＮＡ抽出によって腫瘍細胞について濃縮した。エキソン１８−２１をネステッドＰＣＲによって増幅させ、蛍光染料−ターミネーター化学を使用して各ＰＣＲ産物から両方向配列を得た。配列決定から発見された突然変異を表１に示す。
【００１１】
　突然変異に対するヌクレオチド番号付けは図２ａ−２ｄに示した参照配列に基づいている。」
甲３記載事項−３
「【００１２】
　ＥＧＦＲ突然変異及び野生型ＥＧＦＲを有する腫瘍の患者の臨床結果を、奏効（完全＋部分）利点（奏効＋安定）及び進行に応じて分析した。病巣は固形癌の効果判定(RECIST)規準を使用して評価したが、これによれば、「完全奏効」（ＣＲ）は全ての標的病巣の消失として定義され；「部分奏効」（ＰＲ）は、ベースライン最長径和を規準として、標的病巣の長径和の少なくとも３０％の減少として定義され；「進行（ＰＤ）」は、治療開始又は一又は複数の病巣の出現時から記録された最小の長径和を規準とした、標的病巣の長径和の少なくとも２０％の増加として定義され、「安定」（ＳＤ）は、治療開始からの最小の長径和を規準として、部分奏効として認定されるのに十分な縮小でも進行として認定されるのに十分な増大でもないものとして定義される。
【００１３】
　分析の結果を表２にまとめる。
【００１４】
　臨床結果の分析により、ＥＧＦＲのエキソン１８−２１に突然変異を発現する腫瘍の患者は野生型ＥＧＦＲを発現する腫瘍の患者よりも良好な予後を有していることが明らかになった。突然変異ＥＧＦＲの患者は化学療法又は化学療法＋エルロチニブで治療した場合、より大なる奏効率、利益率及び生存期間を示した。これらの結果は、腫瘍がエキソン１８から２１の何れか又は全てにＥＧＦＲ突然変異を有する患者が、腫瘍がそのような突然変異を持たない患者よりもより好ましい予後を有しているような結果を予測するのに有用である。」
第５　判断
１　申立理由２（進歩性）について
（１）本件特許発明１について
ア　甲３発明
　上記甲３記載事項−３の表２は、化学療法剤単独による治療者と化学療法剤とエルロニチブ併用による治療者との区別なく、総合的にその結果を示しているところ、当該表２は、甲３記載事項−２の【００１０】、【００１１】及び甲３記載事項−３の【００１４】にあるとおり、ＮＳＣＬＣ（非小細胞肺癌）患者に対する化学療法剤単独（パクリタキセル、カルボプラチン）の腫瘍治療、又は、それらの化学療法剤とエルロチニブ（ＥＧＦＲ阻害剤）併用の腫瘍治療において、表１記載のＥＧＦＲのエキソン１８−２１の突然変異を有する者の群が、有しない者の群よりも、上記腫瘍治療（化学療法剤単独、又は、化学療法剤とエルロチニブ併用）に対して感受性があることを示すものである。
　したがって、甲３記載事項−１〜３の記載を踏まえると、甲３には、
「非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者において化学療法剤単独又は化学療法剤とＥＧＦＲ阻害剤併用剤治療に対して感受性である腫瘍を同定する方法において、上記腫瘍の試料中の突然変異したＥＧＦＲ遺伝子の存在を決定することを含み、上記突然変異がＥＧＦＲのエキソン１８−２１に位置する、表１（Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌを含む）に記載の突然変異の１又は複数であり、Ｔ７９０Ｍ以外の上記突然変異ＥＧＦＲ遺伝子の存在が、腫瘍が化学療法剤単独又は化学療法剤とＥＧＦＲ阻害剤併用の治療に対して感受性であることを示す方法」
に係る発明が記載されていると認められる（以下、上記括弧内を「甲３発明」という）。
イ　本件特許発明１と甲３発明との対比
　甲３発明の「化学療法剤単独又は化学療法剤とＥＧＦＲ阻害剤併用の治療」も、また、本件特許発明１の「ＥＧＦＲ阻害剤化合物」の治療も、いずれも「抗腫瘍薬剤治療」である。
　そして、甲３発明の、
「非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者において」抗腫瘍薬剤「治療に対して感受性である腫瘍を同定する方法において、上記腫瘍の試料中の突然変異したＥＧＦＲ遺伝子の存在を決定することを含み、」「上記突然変異がＥＧＦＲのエキソン」「の突然変異の１又は複数であり、」「上記突然変異ＥＧＦＲ遺伝子の存在が、」抗腫瘍薬剤「治療に対して感受性であることを示す方法」は、
本件特許発明１の、
「上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）遺伝子に変異を伴う細胞を抱える可能性のある肺癌を有する患者を同定する方法であって、」「変異されたＥＧＦＲ遺伝子の存在について患者の試料を試験することを含み；これにより、該患者の試料中の変異の存在は、該患者が、」抗腫瘍薬剤治療「に対し感受性があることを示す、方法」
に相当する。
　そうすると、本件特許発明１と甲３発明は、
「上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）遺伝子に変異を伴う細胞を抱える可能性のある肺癌を有する患者を同定する方法であって、変異されたＥＧＦＲ遺伝子の存在について患者の試料を試験することを含み；これにより、該患者の試料中の変異の存在は、該患者が、抗腫瘍薬剤治療に対し感受性があることを示す、方法。」である点で一致し、以下の２点で相違する。
＜相違点１＞
　ＥＧＦＲ遺伝子の変異が、本件特許発明１は、「変異２２５７−２２６２  ｄｅｌと変異２２６６−２２７７  ｄｅｌとの組合せとしての２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」であるのに対し、甲３発明は、「エキソン１８−２１に位置する表１（Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌを含む）に記載の突然変異の１又は複数」である点。
＜相違点２＞
　抗腫瘍薬剤の治療において、ＥＧＦＲ遺伝子の所定の変異の存在が、本件特許発明１は、「ＥＧＦＲ阻害剤の治療に対する感受性があることを示す」のに対し、甲３発明は、「化学療法剤単独又は化学療法剤とＥＧＦＲ阻害剤併用の治療に対して感受性であること」を示す点。
ウ　相違点１についての検討
　甲３の表２は、甲３の表１に記載のＥＧＦＲの突然変異のいずれかを有する者の群が、それらのいずれをも有しない者の群と比べて薬剤感受性であることを示したものにすぎず、表１には２５種類もの変異が記載されているため、そのいずれの変異が薬剤感受性に資するものであるかを特定できない。そうすると、当該２５種類の変異の中の一つにすぎないＳ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌが、薬剤感受性に寄与するか否かは不明である。
　加えて本件特許発明１の変異である２２５７−２２７７＞ＧＣＣは、甲３表１に記載のＳ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌとは、下記表１に示すとおり異なる変異である。すなわち後者は、２４個の塩基が欠失して、連続するＳＰＫＡＮＫＥＩで表される８個のアミノ酸残基がまるごと抜けたものとなっているのに対し、前者の本件特許発明１は、中央部のＧＣＣコドン（アミノ酸のＡに対応）が欠失せずに残り、当該ＧＣＣを挟む１８個の塩基が欠失しており、Ａの前のＰＫで表される２個のアミノ酸残基と、Ａの後のＮＫＥＩで表される４個のアミノ酸残基が抜けて、Ａが残った形の特異な変異となっている。このような、欠失部位の中に一つのアミノ酸に対応するコドンを残すような特異な変異を検出対象とすることは、甲３のＳ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌの変異に係る記載からであっても当業者が容易に想到し得たものということはできない。そうすると、甲３のＳ７５２−Ｉ７５９とも異なる本件特許発明１の変異が薬剤感受性に寄与すると想到することは、当業者であっても困難であったといえる。
　
エ　相違点２についての検討
　また甲３表２の結果は、化学療法剤単独又は化学療法剤とＥＧＦＲ阻害剤併用剤治療の総合的な結果を示すものであるから、甲３表１記載の変異がＥＧＦＲ阻害剤の感受性に寄与しているのか化学療法剤の感受性に寄与しているのかも不明である。そうすると、表１に挙げられてもいない本件特許発明１の変異がＥＧＦＲ阻害剤の感受性に寄与すると想到することは、当業者であっても困難であったといえる。
オ　本件特許発明１についての結論
　したがって、本件特許発明１は、甲３発明及び甲３に記載の事項から当業者が容易に発明をすることができたものであるとすることはできない。
（２）本件特許発明２、３について
　本件特許発明２、３は、本件特許発明１をさらに限定した発明であるから、同様に、甲３発明及び甲３に記載の事項から当業者が容易に発明をすることができたものであるとすることはできない。
（３）本件特許発明４について
　本件特許発明４における、「チロシンキナーゼ阻害剤療法に対する肺癌患者の反応の尤度を決定する方法」であって、「変異が存在するならば、患者が、チロシンキナーゼ阻害剤療法に対し反応する見込みがあることを決定することを含む、方法」は、
本件特許発明１における、「上皮細胞増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）遺伝子に変異を伴う細胞を抱える可能性のある肺癌を有する患者を同定する方法」であって、「変異の存在は、該患者が、ＥＧＦＲ阻害剤化合物に対し感受性があることを示す、方法」と、
ＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）の感受性（治療に対する反応見込み）を肺癌患者のＥＧＦＲ遺伝子の変異の検出により行う点で技術的に同じ発明であるから、結局、本件特許発明４と甲３記載の発明との相違点も、本件特許発明１の場合と同様に、（１）に掲げた相違点１及び２である。
　そして上記（１）に示したとおり、これらの相違点があることにより、本件特許発明１は、甲３に記載の事項から当業者が容易に発明をすることができたものであるとすることはできないものであるから、同じ相違点１、２を有する本件特許発明４も同様に、甲３に記載の事項から当業者が容易に発明をすることができたものであるとすることはできない。
（４）本件特許発明５〜７について
　本件特許発明５〜７は、本件特許発明１又は４をさらに限定した発明であるから、同様に、甲３に記載の事項から当業者が容易に発明をすることができたものであるとすることはできない。
（５）本件特許発明８について
　本件特許発明８は、「変異−特異的オリゴヌクレオチドにより、ヒトＥＧＦＲ遺伝子の、変異２２５７−２２６２  ｄｅｌと変異２２６６−２２７７  ｄｅｌとの組合せとしての変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣを検出する方法。」であり、上記の相違点１により、甲３に記載の発明と相違している。
　当該相違点については、（１）ウで述べたとおり、本件特許発明８の変異である２２５７−２２７７＞ＧＣＣが、甲３に記載のＳ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌと比較して、後者が、連続する８個のアミノ酸残基がまるごと抜けたものとなっているのに対し、前者は、中央部のＧＣＣコドン（アミノ酸のＡに対応）が欠失せずに残り、Ａの前のＰＫで表される２個のアミノ酸残基と、Ａの後のＮＫＥＩで表される４個のアミノ酸残基が抜けて、Ａが残った形の特異な変異となっているところ、このような、欠失部位の中に一つのアミノ酸に対応するコドンを残すような特異な変異を検出対象とすることは、甲３のＳ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌの変異に係る記載から当業者が容易に想到し得たとすることはできないものである。
　したがって、本件特許発明８は、甲３に記載の事項から当業者が容易に発明をすることができたものであるとすることはできない。
（６）本件特許発明９、１０について
　本件特許発明９、１０は、本件特許発明８をさらに限定した発明であるから、同様に、甲３に記載の事項から当業者が容易に発明をすることができたものであるとすることはできない。
（７）小括
　よって、本件特許発明１〜１０は、甲３号証に記載の発明及び甲３号証に記載の事項から、当業者が容易に発明をすることができたものということはできないから、申立理由２には理由がない。
２　申立理由３（サポート要件）について
（１）申立人の主張
　申立人は、
「本件特許発明は、ヒトＥＧＦＲ遺伝子の、変異２２５７−２２６２　ｄｅ１と変異２２６６−２２７７　ｄｅｌとの組合せとしての変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣという欠失変異が検出された場合、当該変異を有する肺癌患者がＥＧＦＲ阻害剤或いはチロシンキナーゼ阻害剤に対して感受性があることを規定するものであるが、本件特許明細書には、当該変異を有する肺癌患者に対して、ＥＧＦＲ阻害剤やチロシンキナーゼ阻害剤が効果を発揮することを示すような試験例は一切記載されていない。
　本件特許の出願人は、本件特許の審査時の意見書（甲２）において、本件優先日当時、類似のエキソン１９欠失変異が、薬物反応における役割を果たすものとして当該分野でよく知られているから、エキソン１９欠失としての変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣがＥＧＦＲ薬物応答において重要な役割を果たす蓋然性が高いことは明らかである旨主張し、その結果、特許査定を得たが、本件特許の優先日当時、エキソン１９内に欠失変異があれば必ずＥＧＦＲ阻害剤に対して感受性を示すということが確立されていたわけではなく（甲１）、また、実際に、甲２の参考資料にあるとおり、エキソン１９内に欠失変異を有していてもＥＧＦＲ阻害剤に対して反応しない変異も存在するから、本件変異についても、実際に本件変異を有するがん患者がＥＧＦＲ阻害剤に対して感受性を示すことを裏付けるような試験例がない以上、本件明細書に接した当業者は、本件発明が課題を解決できることを認識することができない。」
旨、主張する。
（２）判断
ア　本件特許発明の課題は、本件特許明細書の【０００１】〜【０００６】等の記載から、「ＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）治療の有効性の予測に有用であるＥＧＦＲ遺伝子変異の提供」にあるものと認められる。
イ　この点につき、本件特許明細書には、ＥＧＦＲの「変異２２５７−２２６２　ｄｅ１と変異２２６６−２２７７　ｄｅｌとの組合せとしての変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」が検出される肺癌患者が、ＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）治療に対する感受性を有し、当該治療に対し反応する見込みがあることが一貫して記載されており（明細書全体）、また実施例において、当該変異が肺癌患者の試料１７５７０種の配列測定の中の９２３４種（５２．５６％）から検出されたことが確認されている（【００４３】）。
　そして検出対象の変異が定まれば、その変異を検出する方法は、そもそも周知慣用の技術であるが、本件特許明細書においても【００１４】以降に、検出を行うための手法や試料、プライマーなどの説明がなされている。
　そうすると、本件特許明細書には、上記課題における「ＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）治療の有効性の予測に有用であるＥＧＦＲ遺伝子変異」が特定して具体的に説明がなされ、それを用いた検出方法についても説明がされていることが認められるから、本件特許発明は、本件特許明細書に記載されたものである。
ウ　申立人は、当該変異を有する肺癌患者におけるＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）の効果を確認した試験例がないとしてサポート要件違反である旨を主張するが、
甲１記載事項−１の「感受性をあげる遺伝子変異（もっとも良い適応）　エクソン１９欠失変異」との記載や、
甲１記載事項−２の「５．ＥＧＦＲ変異の種類とＥＧＦＲ−ＴＫＩの奏効　変異の種類によってもＥＧＦＲ−ＴＫＩの有効性が異なる。・・・エクソン１９の欠失変異の奏効率は８１％であるの対して、Ｌ８５８Ｒは７１％であり、Ｇ７１９Ｘは５６％である。特記すべきは７例のエクソン２０の挿入変異を有する症例では奏効例がないことである。・・・上述のように奏効率はエクソン１９欠失変異に高い傾向がある。」なる記載、また、
甲２記載事項−２の本件特許発明の変異箇所とほぼ同じ個所のＥＧＦＲの欠失変異３種類、具体的には１列目の２２５１＿２２７７ｄｅｌｉｎｓＧＡＴ、４列目の２２５３＿２２７６ｄｅｌ及び５列目の２２５４＿２２７７ｄｅｌにおいてチロシンキナーゼ阻害剤が感受性であることが記載されていること
を併せ考慮すると、本件特許発明のＥＧＦＲのエキソン１９の欠失変異である「変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」がＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）に感受性である旨の本件特許明細書の記載は、当業者に理解し得たものと認められる。
エ　申立人は、甲２記載事項−２の２列目及び３列目のＥＧＦＲの欠失変異２種類など、エキソン１９内に欠失変異を有していてもＥＧＦＲ阻害剤への感受性が特定されていない（ｎｏｔ　ｓｐｅｃｉｆｉｅｄ）ものがある旨主張するが、当該２列目の２２５１＿２２７５ｄｅｌは、アミノ酸について（ｐ．Ｔｈｒ７５１ｆｓ）と説明されているとおり、２２５１−２２７５位の塩基が欠失することにより読み枠がずれて、７５１番目のＴｈｒ残基より後が元のＥＧＦＲとは大きく異なるアミノ酸（又は終始コドン）をコードすることになってしまったものであり、そのようなＥＧＦＲの構造が大きく異なるような変異に係る知見を、６アミノ酸残基が欠失しただけの本件特許発明の変異に適用することはできないと解される。
　また同３列目の２２５２＿２２７７ｄｅｌｉｎｓＡＡは、アミノ酸について（ｐ．Ｔｈｒ７５１＿Ｉｌｅ７５９ｄｅｌｉｎｓＬｙｓ）と説明されているとおり、変異により元々のＥＧＦＲが持っていないＬｙｓ残基が欠失部に挿入されて別異となったものであるから、そのような別異の挿入アミノ酸を持たない本件特許発明と、異なる結果となっていることに不思議はない。
オ　一方上述イのとおり、本件特許明細書は、一貫してＥＧＦＲの「変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」のＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）治療に対する感受性を説明するものであり、その説明は、上述ウの本件特許出願日当時の知見と符合するものであるから、当業者は、当該明細書の記載と本件特許出願日当時の知見に基づき、ＥＧＦＲのエキソン１９の欠失変異である「変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」の存在がＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）に感受性である（反応する見込みがある）旨の本件特許明細書の記載を理解し得たものと認められる。
　なお、申立人は甲４記載の事項からもサポート要件違反である旨を主張するが、甲４は、上記甲１の第２．１版からさらに６回もの改訂がなされて２０２０年３月３１日に発行された第４．３版のものであり、出願日が２０１５年１０月２日の本件特許出願当時の技術常識を説明するものとは認められないから、甲１に記載のない甲４の記載事項に基づく主張を採用することはできない。
（３）小括
　したがって、本件特許の請求項１〜１０に記載された発明は、本件特許明細書の発明の詳細な説明に記載されたものであると認められ、申立理由３には理由がない。
３　申立理由４（実施可能要件）について
（１）申立人の主張
　申立人は、
「本件特許明細書には、本件変異があればＥＧＦＲ遺伝子に対する感受性があることを裏付けるような試験例が記載されておらず、本件変異について技術的に意味のある特定の用途が推認できるような機能を示していないから、本件特許明細書は、本件特許発明にかかる方法を使用できるように記載されているとはいえない。
　本件特許発明は、本件変異を検出すること、本件変異が検出された場合、本件変異を有する肺癌患者がＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）に対して感受性がある（反応する見込みがある）ことを示す方法を規定するが、本件特許明細書には、本件変異を有する肺癌患者に対して、ＥＧＦＲ阻害剤やチロシンキナーゼ阻害剤が効果を発揮することを示すような試験例は記載されていない。
　本件特許の優先日当時、エクソン１９内に欠失変異があれば必ずＥＧＦＲ阻害剤に対して感受性を示すということが確立されていたわけではなく、また、実際に、エクソン１９内に欠失変異を有していてもＥＧＦＲ阻害剤に対して反応しない変異も存在していた。
　したがって、本件変異についても、実際に本件変異を有するがん患者がＥＧＦＲ阻害剤に対して感受性を示すことを裏付けるような試験例がない以上、本件明細書を見た当業者は、本件変異を検出しても、ＥＧＦＲ阻害剤化合物への感受性の有無を判断することができないから、本件変異について技術的に意味のある特定の用途が推認できるような機能を示しているとはいえない。すなわち、明細書の発明の詳細な説明が、本件特許発明の方法を使用できるように記載されていない。」
旨、主張する。
（２）判断
　上記２（２）イで述べたとおり、本件特許明細書には、ＥＧＦＲの「変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」が検出される肺癌患者が、ＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）治療に対する感受性を有し、当該治療に対し反応する見込みがあることが一貫して説明されており、また、検出対象の変異が定まれば、その変異を検出する方法はそもそも周知慣用技術である上、本件特許明細書にも説明がなされているものであるから、本件特許明細書には、当業者が本件特許発明を実施するに足りる記載が明確かつ十分に記載されていると認められる。
　申立人は、当該変異を有する肺癌患者におけるＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）の効果を確認した試験例がないとして実施可能要件違反である旨を主張するが、上記２（２）ウ〜オで述べたとおり、甲１記載事項−１や甲１記載事項−２の記載、また、甲２記載事項−２の記載を併せ考慮すると、本件特許発明のＥＧＦＲのエキソン１９の欠失変異である「変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」がＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）に感受性である旨の本件特許明細書の記載は、当業者に十分に理解し得たものと認められる。
　すなわち、本件特許明細書は、一貫してＥＧＦＲの「変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」のＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）治療に対する感受性を説明するものであり、その説明は、本件特許出願日の知見と符合するものであるから、当業者は、当該明細書の記載と本件特許出願日の知見に基づき、ＥＧＦＲのエキソン１９の欠失変異である「変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」の存在がＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）に感受性がある（反応する見込みがある）旨の本件特許明細書の記載を理解し、本件特許発明を実施することができたと認められる。
（３）小括
　したがって、本件特許明細書の発明の詳細な説明は、当業者が本件特許の請求項１〜１０に記載された発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されたものであると認められ、申立理由４には理由がない。
４　申立理由１（発明該当性）について
（１）申立人の主張
　申立人は、
「本件特許の優先日当時、ＥＧＦＲ遺伝子変異とＥＧＦＲ−ＴＫＩとの関係については、「すべての変異がＥＧＦＲ−ＴＫＩの効果を予測するものではない」との技術常識があった（甲１）。したがって、本件特許の優先日当時、ＥＧＦＲ遺伝子のある変異とＥＧＦＲ−ＴＫＩに対する感受性との関連性は、実際に試験しなくては確認できないものであった。
　しかしながら、本件特許明細書には、肺癌患者が、ＥＧＦＲのエキソン１９内の「２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」という欠失変異を有する場合に、ＥＧＦＲ阻害剤化合物に対して感受性を示すことを裏付ける試験例は記載されていない。
　そうすると、本件特許発明のＥＧＦＲ阻害剤化合物（チロシンキナーゼ阻害剤）に対し感受性があることを示す（反応する見込みがあることを決定する）方法は実現可能か否か不明であり、発明として完成していない。
　本件特許発明は、単なる遺伝子変異の発見であって、自然法則を利用した技術的思想の創作とはいえず、特許法第２条の「発明」には該当しないから、特許法第２９条第１項柱書に違反するものである。」
旨、主張する。
（２）判断
　上述２（２）及び３（２）にて述べたとおり、本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載、及び、本件特許の出願時の技術常識から、当業者は、当該明細書の記載と本件特許出願日の知見に基づき、ＥＧＦＲのエキソン１９の欠失変異である「変異２２５７−２２７７＞ＧＣＣ」がＥＧＦＲ阻害剤（チロシンキナーゼ阻害剤）に感受性がある（反応する見込みがある）旨の本件特許明細書の記載を理解し、本件特許発明を実施することができたと認められる。
　本件特許発明は、そのような知見に基づき、上記変異を有する患者を同定することにより、ＥＧＦＲ阻害剤に感受性がある者を同定する方法の発明（本件特許発明１〜３、７）、同様に当該変異の存在によりチロシンキナーゼ阻害剤に反応する見込みがあることを決定する方法の発明（本件特許発明４〜７）、これらの感受性（反応見込み）の決定に資する当該変異を検出する方法の発明（本件特許発明８〜１０）を請求項として記載するものであるから、本件特許発明は、「産業上利用することができる発明」である。
（３）小括
　したがって、本件特許の請求項１〜１０は、特許法第２９条第１項柱書が規定する「産業上利用することができる発明」と認められるから、申立理由１には理由がない。
第６　むすび 
　以上のとおりであるから、本件特許異議の申立の理由によっては、本件請求項１〜１０に係る特許を取り消すことはできない。
　また、他に本件請求項１〜１０に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。 
　よって、特許法第１１４条第４項の規定により、本件請求項１〜１０に係る特許について、結論のとおり決定する。
【異議決定日】
令和３年２月２５日（２０２１．２．２５）