【事件の表示】
　特許第６６４３０８３号発明「組み換え代謝微生物およびその使用」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。
【結　論】
　特許第６６４３０８３号の特許請求の範囲を訂正請求書に添付された訂正特許請求の範囲のとおり訂正後の請求項〔１〜１０〕について訂正することを認める。
　特許第６６４３０８３号の請求項１，２，４〜１０に係る特許を維持する。
【理　由】
第１　手続の経緯 
　特許第６６４３０８３号の請求項１〜１０に係る特許についての出願は、平成２５年６月４日（優先権主張　平成２４年６月１日　米国）を国際出願日として出願され、令和２年１月８日にその特許権の設定登録がされ、同年２月１２日に特許掲載公報が発行された。
　本件特許異議の申立ての経緯は概ね次のとおりである。
令和　２年　８月　５日　　　特許異議申立人 森　收平　による
　　　　　　　　　　　　　　請求項１，２，４〜１０に係る特許に対する
　　　　　　　　　　　　　　特許異議の申立て
令和　２年１０月２９日付け　取消理由通知書 
令和　３年　１月２８日　　　特許権者による訂正請求書及び意見書の提出
令和　３年　２月１０日付け　訂正請求があった旨の通知書 
　　　　　　　　　　　　　　（特許法第１２０条の５第５項）
令和　３年　６月２４日付け　取消理由通知書（決定の予告）
令和　３年　７月２６日　　　特許権者による訂正請求書及び意見書の提出
　なお、令和３年２月１０日付け通知書に対し、特許異議申立人森　收平は意見書を提出しなかった。
　令和３年１月２８日の訂正請求に対してはすでに特許異議申立人に意見書の提出の機会が与えられており、令和３年７月２６日の訂正請求は、令和３年１月２８日の訂正請求による訂正事項を含み、さらに限定する訂正であるから、令和３年７月２６日の訂正請求について、訂正請求があった旨の通知はしなかった。
第２　訂正の適否についての判断
１．訂正の内容
　令和３年７月２６日の訂正請求（以下、「本件訂正請求」という。）の内容は、次のとおりである。
（１）訂正事項１
　特許請求の範囲の請求項１において、
　「前記培養物を発酵して気体状の物質からテルペンまたはその前駆体を産生することとを含み」から、「前記培養物を発酵して前記気体状の物質からテルペンまたはその前駆体を産生することとを含み」に訂正する。
（２）訂正事項２
　特許請求の範囲の請求項１の末尾の「選択される、
前記方法。」を、「選択され、
 (i)前記細菌が、ＤＸＳ経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有するか、又は(ii)前記細菌が、メバロン酸経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有し、イソペンテニル二リン酸Δイソメラーゼをコードする核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がイソプレンである場合、前記細菌はイソプレンシンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）又はファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がファルネセンである場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸及びファルネセンシンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸及びヘプタプレニル二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がオクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸、ヘプタプレニル二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸、及びオクタプレニル−二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸を含む、
前記方法。」に訂正する。
２．訂正の目的の適否、新規事項の有無、及び特許請求の範囲の拡張・変更の存否 
（１）訂正事項１
　訂正事項１は、請求項１に記載される２つの「気体状の物質」のうち後者の「気体状の物質」が前者の「気体状の物質」であることを明確にするものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものに該当する。そして、訂正事項１は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であると認められ、実質上特許請求の範囲を拡張又は変更するものでもない。
（２）訂正事項２
　訂正事項２は、請求項１に「(i)前記細菌が、ＤＸＳ経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有するか、又は(ii)前記細菌が、メバロン酸経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有し、イソペンテニル二リン酸Δイソメラーゼをコードする核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がイソプレンである場合、前記細菌はイソプレンシンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）又はファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がファルネセンである場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸及びファルネセンシンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸及びヘプタプレニル二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がオクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸、ヘプタプレニル二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸、及びオクタプレニル−二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸を含む、
前記方法。」という発明特定事項を付加するものであり、そして、訂正前の請求項１に係る発明と訂正後の請求項１に係る発明とは、産業上の利用分野及び解決しようとする課題が同一であるから、訂正事項２は特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。
　また、訂正事項２における、(i)に特定されるＤＸＳ経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有することに関して、特許明細書の段落【０１１６】には、「ＤＸＳ経路」がピルビン酸およびＤ−グリセルアルデヒド−３−リン酸からＤＭＡＰＰまたはＩＰＰすなわちイソペンテニルニリン酸（同段落【０２６８】参照）への酵素的経路であることが記載され、(ii)に特定されるメバロン酸経路によりイソペンテニル二リン酸を産生し、イソペンテニル二リン酸Δイソメラーゼをコードする核酸を含むことに関して、同段落【０１１７】には、「メバロン酸（ＭＶＡ）経路」は、アセチルＣｏａからＩＰＰまでの酵素的経路であること、同段落【００２６】には、微生物中で発現する時微生物がＣＯを含む基質の発酵により１つ以上のテルペン類および／またはその前駆体を産生することを可能にする、１つ以上の酵素をコードする核酸を提供すること、同段落【００５２】〜【００５３】、【００８１】には、当該核酸が、イソペンテニル−二リン酸Δ−イソメラーゼ（ｉｄｉ）であること、同段落【０２６８】〜【０２７１】には、ＤＭＡＰＰ（ジメチルアリル二リン酸）およびＩＰＰ（イソペンテニル二リン酸）間の変換のためのイソペンテニル−二リン酸Δ−イソメラーゼを、微生物に発現させたことが、それぞれ記載されている。
　さらに、合成される各テルペンまたはその前駆体に応じて特定の外来性核酸を含む点に関して、特許明細書の段落【００３１】には、「さらなる実施形態では、核酸は、発現または過剰発現されてテルペン化合物またはその前駆体の産生をもたらす１つ以上のさらなる外来性または内在性酵素をコードし、発現する外来性核酸または過剰発現する内在性核酸は、ａ） ゲラニルトランストランスフェラーゼ Ｆｐｓ（ＥＣ：２．５．１．１０）、ｂ） ヘプタプレニル二リン酸シンターゼ（ＥＣ：２．５．１．１０）、ｃ） オクタプレニル−二リン酸シンターゼ（ＥＣ：２．５．１．９０）、ｄ） イソプレンシンターゼ（ＥＣ ４．２．３．２７）、ｅ） イソペンテニル−二リン酸Δ−イソメラーゼ（ＥＣ ５．３．３．２）、ｆ） ファルネセンシンターゼ（ＥＣ ４．２．３．４６ ／ ＥＣ ４．２．３．４７）、およびｇ） 機能的に等価であるそれらのいずれかの変異体からなる群から選択される酵素をコードする。」と記載され、図１に示されるテルペンまたはその前駆体の産生の経路図には、イソプレンがＤＭＡＰＰからイソプレンシンターゼによって合成されること、ゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）又はファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）がＩＰＰ及びＤＭＡＰＰからゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓにより合成されること、ファルネセンがＩＰＰ及びＤＭＡＰＰからゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓ及びファルネセンシンターゼによって合成されること、ヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）がＩＰＰ及びＤＭＡＰＰからゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓ及びヘプタプレニル二リン酸シンターゼによって合成されること、オクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）がＩＰＰ及びＤＭＡＰＰからゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓ、ヘプタプレニル二リン酸シンターゼ、及びオクタプレニル−二リン酸シンターゼによって合成されることが、それぞれ記載されている。
　よって、訂正事項２は新規事項の追加に該当せず、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものでもない。
３．独立特許要件
　訂正された請求項３は、元の請求項３の「気体状の物質」を「前記気体状の物質」に訂正し、イソペンテニル二リン酸（ＩＰＰ）を産生する方法において、「(i)前記細菌が、ＤＸＳ経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有するか、又は(ii)前記細菌が、メバロン酸経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有し、イソペンテニル二リン酸Δイソメラーゼをコードする核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がイソプレンである場合、前記細菌はイソプレンシンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）又はファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がファルネセンである場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸及びファルネセンシンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸及びヘプタプレニル二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がオクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸、ヘプタプレニル二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸、及びオクタプレニル−二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸を含む、
前記方法。」という発明特定事項を付加するものである。そして、訂正後の請求項３に異議申立理由はなく、訂正後の請求項３に係る発明は、独立して特許を受けることができるものである。
　したがって、請求項３に係る訂正は、特許法第１２０条の５第９号において「特許異議の申立てがされていない請求項に係る第１項ただし書第１号又は第２号」と読み替えて準用する同法第１２６条第７項の規定に適合するものである。
４．小括
　以上のとおりであるから、本件訂正請求による訂正は、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号又は第３号に掲げる事項を目的とするものであり、かつ、同条第９項において準用する同法第１２６条第５項乃至第７項の規定に適合する
　したがって、特許請求の範囲を訂正請求書に添付された訂正特許請求の範囲のとおり訂正後の請求項〔１−１０〕について訂正することを認める。
第３　訂正後の本件発明
　本件訂正請求により訂正された請求項１〜１０に係る発明（以下「本件発明１」などという。）は、訂正特許請求の範囲の請求項１〜１０に記載された次の事項により特定されるとおりのものである。
【請求項１】
　テルペンまたはその前駆体を産生する方法であって、
　遺伝的に改変された、酸化炭素栄養性の、酢酸産生細菌を含む培養物にＣＯを含む気体状の物質を提供することと、前記培養物を発酵して前記気体状の物質からテルペンまたはその前駆体を産生することとを含み、前記テルペンまたはその前駆体が、メバロン酸、イソペンテニル二リン酸（ＩＰＰ）、ジメチルアリル二リン酸（ＤＭＡＰＰ）、イソプレン、ゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）、ファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）、ファルネセン、ヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）、およびオクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）からなる群から選択され、
　前記細菌が、
　チオラーゼ（ＥＣ　２．３．１．９）、ＨＭＧ−ＣｏＡシンターゼ（ＥＣ　２．３．３．１０）、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ（ＥＣ　１．１．１．８８）、メバロン酸キナーゼ（ＥＣ　２．７．１．３６）、ホスホメバロン酸キナーゼ（ＥＣ　２．７．４．２）、およびジホスホメバロン酸デカルボキシラーゼ（ＥＣ　４．１．１．３３）をコードする外来性核酸を含み、
　前記細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｌｊｕｎｇｄａｈｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｒａｇｓｄａｌｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｃａｒｂｏｘｉｄｉｖｏｒａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｄｒａｋｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｓｃａｔｏｌｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ａｃｅｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｆｏｒｍｉｃｏａｃｅｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｍａｇｎｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｗｏｏｄｉｉ、Ａｌｋａｌｉｂａｃｕｌｕｍ　ｂａｃｃｈｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａ　ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｍｏｏｒｅｌｌａ　ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｉｃａ、Ｍｏｏｒｅｌｌａ　ｔｈｅｒｍａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｏｖａｔａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｓｉｌｖａｃｅｔｉｃａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ、Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ　ｐｆｅｎｎｉｇｉｉ、およびＴｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｋｉｕｖｉからなる群から選択され、
　(i)前記細菌が、ＤＸＳ経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有するか、又は(ii)前記細菌が、メバロン酸経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有し、イソペンテニル二リン酸Δイソメラーゼをコードする核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がイソプレンである場合、前記細菌はイソプレンシンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）又はファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がファルネセンである場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸及びファルネセンシンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸及びヘプタプレニル二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がオクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸、ヘプタプレニル二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸、及びオクタプレニル−二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸を含む、
前記方法。
【請求項２】
　前記テルペンまたはその前駆体がイソプレンである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
　前記テルペンまたはその前駆体がイソペンテニル二リン酸（ＩＰＰ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
　前記気体状の物質が少なくとも２０％のＣＯを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
　前記気体状の物質がＣＯ２をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
　前記気体状の物質がＨ２をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
　前記気体状の物質が鉄金属製品の製造、非鉄製品の製造、石油精製、石炭の気化、電力産生、カーボンブラック産生、アンモニア産生、メタノール産生、およびコークの製造からなる群から選択される工業工程に由来する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
　前記気体状の物質が合成ガスである、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
　前記細菌がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｒａｇｓｄａｌｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｃａｒｂｏｘｉｄｉｖｏｒａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｄｒａｋｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｓｃａｔｏｌｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ａｃｅｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｆｏｒｍｉｃｏａｃｅｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｍａｇｎｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｗｏｏｄｉｉ、Ａｌｋａｌｉｂａｃｕｌｕｍ　ｂａｃｃｈｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａ　ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｍｏｏｒｅｌｌａ　ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｉｃａ、Ｍｏｏｒｅｌｌａ　ｔｈｅｒｍａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｏｖａｔａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｓｉｌｖａｃｅｔｉｃａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ、Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ　ｐｆｅｎｎｉｇｉｉ、およびＴｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｋｉｕｖｉからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
　前記細菌がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍである、請求項１に記載の方法。
第４　取消理由通知に記載した取消理由について
１．取消理由の概要 
　訂正前の請求項１〜１０に係る特許に対して、当審が特許権者に通知した取消理由（令和２年１０月２９日付け、及び令和３年６月２４日付け）の概要は、次のとおりである。
（１）（サポート要件）本件発明１，２，４〜１０は、特許法第３６条第６項第１号の規定に違反して特許されたものである。
（２）（明確性）本件発明１，２，４〜１０は、特許法第３６条第６項第２号の規定に違反して特許されたものである。
２．サポート要件について 
　本件発明１の解決しようとする課題は、テルペンまたはその前駆体を産生できる方法の提供であると認められる。
　そして、特許図面の図１には、テルペンまたはその前駆体の産生の経路図が記載されており、図１から、本件発明１に記載のテルペンまたはその前駆体の産生に必要な酵素は、図１右下部に記載される番号で記載すると、下記のとおりであると認められる。
ａ）メバロン酸：「１４」、「１５」、「１６」
ｂ）イソペンテニル二リン酸（ＩＰＰ）：「１４」、「１５」、「１６」、「１７」、「１８」及び「１９」、又はＤＸＳ経路の酵素（「１」、「２」、「３」、「４」、「５」、「６」及び「７」） 
ｃ）ジメチルアリル二リン酸（ＤＭＡＰＰ）：「１４」、「１５」、「１６」、「１７」、「１８」、「１９」及び「１２」、又はＤＸＳ経路の酵素（「１」、「２」、「３」、「４」、「５」、「６」及び「７」）
ｄ）イソプレン：ＤＭＡＰＰ合成に必要な「１４」等の酵素又はＤＸＳ経路の酵素に加え「１１」
ｅ）ゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）：ＤＭＡＰＰ合成に必要な「１４」等の酵素又はＤＸＳ経路の酵素に加え「８」
ｆ）ファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）：ＤＭＡＰＰ合成に必要な「１４」等の酵素又はＤＸＳ経路の酵素に加え「８」
ｇ）ファルネセン：ＤＭＡＰＰ合成に必要な「１４」等の酵素又はＤＸＳ経路の酵素に加え「８」及び「１３」
ｈ）ヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）：ＤＭＡＰＰ合成に必要な「１４」等の酵素又はＤＸＳ経路の酵素に加え「８」及び「９」
ｉ）オクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）：ＤＭＡＰＰ合成に必要な「１４」等の酵素又はＤＸＳ経路の酵素に加え「８」、「９」及び「１０」
　
　また、本件特許明細書の実施例１には、ポプラのイソプレンシンターゼ（ＥＣ ４．２．３．２７）（特許図面の図１の「１１」に相当する。以下酵素を「１１」等と図１で付された番号でいうこともある。また、「イソプレン合成酵素」ともいう。）遺伝子をＣＯからイソプレンを産生するように酸化炭素栄養性酢酸産生菌Ｃ．ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍに導入し、その発現を確認したことが記載され、実施例２には、イソペンテニル−二リン酸Δ−イソメラーゼ（図１の「１２」に相当する。）発現プラスミドを構築し、「１２」の遺伝子及び「１１」の遺伝子を含むプラスミドをＣ．ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍへ形質転換し、両遺伝子の発現を確認したことが記載されている。
　実施例３には、「１２」の遺伝子及び「１１」の遺伝子を含むプラスミドに１−デオキシ−Ｄ−キシルロース−５−リン酸シンターゼ（（図１の「１」に相当する。また、「ＤＸＳ」ともいう。）を組み込み、当該酵素を過剰発現するプラスミドを構築し、Ｃ．ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍに導入し、その発現を確認したことが記載されている。
　実施例４には、メバロン産経路にかかる酵素を導入したプラスミドとして、チオラーゼ（図１の「１４」に相当する。）、ＨＭＧ−ＣｏＡシンターゼ（図１の「１５」に相当する。）、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ（図１の「１６」に相当する。）、メバロン酸キナーゼ（図１の「１７」に相当する。）、ホスホメバロン酸キナーゼ（図１の「１８」に相当する。）、ジホスホメバロン酸デカルボキシラーゼ（図１の「１９」に相当する。）、「１２」および「１１」を含むイソプレン発現プラスミドを作製したことが記載されている。
　実施例５には、上流のメバロン酸経路を持たないファルネセン発現プラスミドとして、ゲラニルトランストランスフェラーゼ（図１の「８」に相当する。）及びαファルネセンシンターゼ（図１の「１３」に相当する。）と、「１７」〜「１９」及び「１２」の遺伝子を含むプラスミドを構築し、Ｃ．ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍへ形質転換して「１７」〜「１９」、「１２」、「８」及び「１３」の発現を確認したこと、及び当該形質転換体を、唯一の炭素およびエネルギー供給源としてＲｅａｌ　Ｍｉｌｌ　Ｇａｓ（４４％　ＣＯ、３２％　Ｎ２、２２％　ＣＯ２、２％Ｈ２）を用いて培地中で増殖させ、上記形質転換物を、メバロン酸を追加した培地で培養してメバロン酸からファルネセンが産生されたことを検出したことが記載されている。
　テルペン産生の経路について、段落【０２６８】には、「前駆体ＤＭＡＰＰ（ジメチルアリル二リン酸）およびＩＰＰ（イソペンテニル二リン酸）の利用可能性および均衡は、テルペン類の産生に重要である。ＤＸＳ経路はＩＰＰおよびＤＭＡＰＰを等しく合成するのに対し、メバロン酸経路ではＩＰＰのみが産生される。イソプレンの産生では、イソプレンシンターゼとともに存在する前駆体ＤＭＡＰＰのみを必要とし」と記載されている。段落【００２６】には、「第２の態様では、本発明は、微生物中で発現する時微生物がＣＯを含む基質の発酵により１つ以上のテルペン類および／またはその前駆体を産生することを可能にする、１つ以上の酵素をコードする核酸を提供する。」、段落【００３１】には、「さらなる実施形態では、核酸は、発現または過剰発現されてテルペン化合物またはその前駆体の産生をもたらす１つ以上のさらなる外来性または内在性酵素をコードし、発現する外来性核酸または過剰発現する内在性核酸は、ａ） ゲラニルトランストランスフェラーゼ Ｆｐｓ（ＥＣ：２．５．１．１０）、ｂ） ヘプタプレニル二リン酸シンターゼ（ＥＣ：２．５．１．１０）、ｃ） オクタプレニル−二リン酸シンターゼ（ＥＣ：２．５．１．９０）、ｄ） イソプレンシンターゼ（ＥＣ ４．２．３．２７）、ｅ） イソペンテニル−二リン酸Δ−イソメラーゼ（ＥＣ ５．３．３．２）、ｆ） ファルネセンシンターゼ（ＥＣ ４．２．３．４６ ／ ＥＣ ４．２．３．４７）、およびｇ） 機能的に等価であるそれらのいずれかの変異体からなる群から選択される酵素をコードする。」と記載されている。
　さらに、訂正前の請求項１には、細菌について、「１４」〜「１９」をコードする外来性核酸を含むことが特定されているところ、訂正によって、さらに、 (i)ＤＸＳ経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有するか、又は(ii)メバロン酸経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有し、「１２」をコードする核酸を含むこと、及びイソプレンを産生する方法においては「１１」をコードする外来性核酸を含み、ゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）又はファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）を産生する方法においては「８」をコードする外来性核酸を含み、ファルネセンを産生する方法においては「８」及び「１３」をコードする外来性核酸を含み、ヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）を産生する方法においては「８」及び「９」をコードする外来性核酸を含み、オクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）を産生する方法においては「８」〜「１０」をコードする外来性核酸を含むことが追加されたから、本件発明１のテルペンまたはその前駆体を産生する方法で特定された細菌は、メバロン酸及びＩＰＰのみならず、ジメチルアリル二リン酸（ＤＭＡＰＰ）、イソプレン、ゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）、ファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）、ファルネセン、ヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）、オクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）を産生するための代謝系を構成する複数の酵素をコードする複数の核酸が導入された細菌であると認められる。
　そして、微生物による化合物産生の分野において、基質が当該微生物内に存在し、代謝系を構成する複数の酵素をコードする複数の核酸もベクターに組み込まれる等して当該微生物内に存在する場合、一般的には、当該酵素が発現して活性を発揮し、所望の生成物が産生されることが、本願出願時の技術常識である。
　さらに、上記のとおり、実施例３には「１２」、「１１」及び「１」を含むＤＸＳ過剰発現プラスミドを作製し、ＤＸＳの発現を確認したことが記載されていること、実施例４には「１４」〜「１９」、「１２」及び「１１」を含むイソプレン発現プラスミドを作製したことが記載されていること、実施例５には「１７」〜「１９」、「１２」、「８」及び「１３」含むプラスミドを導入されたＣ．ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍが、メバロン酸を追加した培地での培養でファルネセンを産生したことが具体的に示されていること、及び本件発明１で産生するテルペンまたはその前駆体に応じて特定された各酵素がＣ．ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍに共存した場合、生育し得ない又はこれらの酵素が活性を発揮し得ないとの特段の事情も認められないことを踏まえると、「１４」〜「１９」をコードする外来性核酸を含むことに加え、(i)ＤＸＳ経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有するか、又は(ii)メバロン酸経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有し、かつ「１２」をコードする核酸を含み、さらに、「１１」をコードする外来性核酸を含むか、「８」をコードする外来性核酸を含むか、「８」及び「１３」をコードする外来性核酸を含むか、「８」及び「９」をコードする外来性核酸を含むか、「８」〜「１０」をコードする外来性核酸を含む細菌において、各酵素が活性を発揮し、メバロン酸、ＩＰＰ、ジメチルアリル二リン酸（ＤＭＡＰＰ）、イソプレン、ゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）、ファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）、ファルネセン、ヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）、又はオクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）が産生されると認められる。このことは、実施例４，５において、代謝系を構成する複数の酵素をコードする複数の核酸を導入した微生物がファルネセンを産生したことに裏付けられる。
　よって、明細書及び図面の記載事項に加え、出願時の技術常識を考慮すると、本件発明１のテルペンまたはその前駆体を産生する方法によって、ＣＯを含む気体基質から、メバロン酸、ＩＰＰ、ジメチルアリル二リン酸（ＤＭＡＰＰ）、イソプレン、ゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）、ファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）、ファルネセン、ヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）、又はオクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）を産生することを、合理的に理解できる。
　すなわち、本件特許明細書の発明の詳細な説明において、本件発明１で特定されるテルペンまたはその前駆体を産生する方法により本件発明１の課題が解決できることが、具体的に示されていることから、本件発明１は、発明の詳細な説明に記載したものである。
　また、本件発明２，４〜１０も同様である。
　したがって、本件発明１，２，４〜１０が特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満足しないとはいえない。
３．明確性要件について
　訂正前の請求項１には、「遺伝的に改変された、酸化炭素栄養性の、酢酸産生細菌を含む培養物にＣＯを含む気体状の物質を提供する」なる記載と「前記培養物を発酵して気体状の物質からテルペンまたはその前駆体を産生する」なる記載が存在するが、後者の「気体状の物質」が前者の「気体状の物質」であることは特定されていないから、後者の「気体状の物質」がいかなる物質であるのかが明らかでなかったところ、訂正によって、後者の「気体状の物質」が「前記気体状の物質」に訂正されたため、後者の「気体状の物質」が前記の「気体状の物質」であることが明らかとなった。
　よって、本件発明１は明確である。
　本件発明２，４〜１０も同様である。
　したがって、本件発明１，２，４〜１０が特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満足しないとはいえない。
第５　取消理由で採用しなかった特許異議申立人が主張する取消理由について
１．特許異議申立人の取消理由
　取消理由で採用しなかった特許異議申立人が主張する取消理由は概ね次のとおりである。
（実施可能要件）本件発明１，２，４〜１０は、特許法第３６条第４項第１号の規定に違反して特許されたものである。
２．本件発明１，２，４〜１０の実施可能要件違反について
　上記第４の「２．サポート要件について」に記載したとおり、明細書及び図面の記載事項に加え、本願出願時の技術常識を考慮すると、テルペンまたその前駆体を産生する方法において、細菌が、「１４」〜「１９」をコードする外来性核酸を含むことに加え、(i)ＤＸＳ経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有するか、又は(ii)メバロン酸経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有し、かつ「１２」をコードする核酸を含み、さらに、イソプレンを産生する方法においては、「１１」をコードする外来性核酸を含み、ゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）又はファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）を産生する方法においては、「８」をコードする外来性核酸を含み、ファルネセンを産生する方法においては、「８」及び「１３」をコードする外来性核酸を含み、ヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）を産生する方法においては、「８」及び「９」をコードする外来性核酸を含み、そして、オクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）を産生する方法においては、「８」〜「１０」をコードする外来性核酸を含むことが特定されており、そのような細菌によっては、メバロン酸、ＩＰＰ、ジメチルアリル二リン酸（ＤＭＡＰＰ）、イソプレン、ゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）、ファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）、ファルネセン、ヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）、又はオクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）を産生可能であるといえる。
　よって、この出願の発明の詳細な説明は、当業者が請求項１に係る発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されている。
　請求項１を引用する請求項２，４〜１０も同様である。
　したがって、本件特許発明１，２，４〜１０が特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満足しないとはいえない。
第６　むすび
　以上のとおりであるから、取消理由通知に記載した取消理由及び特許異議申立書に記載された特許異議申立理由によっては、本件請求項１〜１０に係る特許を取り消すことはできない。
　また、他に本件請求項１，２，４〜１０に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。 
　よって、特許法第１１４条第４項の規定により、本件請求項１，２，４〜１０に係る特許について結論のとおり決定する。
【異議決定日】
令和３年９月２１日（２０２１．９．２１）
【訂正の要旨】
審決（決定）の【理由】欄参照。
（５７）【特許請求の範囲】
　【請求項１】
　テルペンまたはその前駆体を産生する方法であって、
　遺伝的に改変された、酸化炭素栄養性の、酢酸産生細菌を含む培養物にＣＯを含む気体状の物質を提供することと、前記培養物を発酵して
前記
　前記細菌が、
　チオラーゼ（ＥＣ　２．３．１．９）、ＨＭＧ−ＣｏＡシンターゼ（ＥＣ　２．３．３．１０）、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼ（ＥＣ　１．１．１．８８）、メバロン酸キナーゼ（ＥＣ　２．７．１．３６）、ホスホメバロン酸キナーゼ（ＥＣ　２．７．４．２）、およびジホスホメバロン酸デカルボキシラーゼ（ＥＣ　４．１．１．３３）をコードする外来性核酸を含み、
　前記細菌が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｌｊｕｎｇｄａｈｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｒａｇｓｄａｌｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｃａｒｂｏｘｉｄｉｖｏｒａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｄｒａｋｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｓｃａｔｏｌｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ａｃｅｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｆｏｒｍｉｃｏａｃｅｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｍａｇｎｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｗｏｏｄｉｉ、Ａｌｋａｌｉｂａｃｕｌｕｍ　ｂａｃｃｈｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａ　ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｍｏｏｒｅｌｌａ　ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｉｃａ、Ｍｏｏｒｅｌｌａ　ｔｈｅｒｍａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｏｖａｔａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｓｉｌｖａｃｅｔｉｃａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ、Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ　ｐｆｅｎｎｉｇｉｉ、およびＴｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｋｉｕｖｉからなる群から選択され、
　（ｉ）前記細菌が、ＤＸＳ経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有するか、又は（ｉｉ）前記細菌が、メバロン酸経路によりイソペンテニル二リン酸を産生する能力を有し、イソペンテニル二リン酸Δイソメラーゼをコードする核酸を含
み
　
前記テルペンまたはその前駆体がイソプレンである場合、前記細菌はイソプレンシンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がゲラニルピロリン酸（ＧＰＰ）又はファルネシルピロリン酸（ＦＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がファルネセンである場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸及びファルネセンシンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がヘプタプレニル二リン酸（ＨＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸及びヘプタプレニル二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸を含み、
　前記テルペンまたはその前駆体がオクタプレニル二リン酸（ＯＰＰ）である場合、前記細菌はゲラニルトランストランスフェラーゼ　Ｆｐｓをコードする外来性核酸、ヘプタプレニル二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸、及びオクタプレニル−二リン酸シンターゼをコードする外来性核酸を含む、
前記方法。
　【請求項２】
　前記テルペンまたはその前駆体がイソプレンである、請求項１に記載の方法。
　【請求項３】
　前記テルペンまたはその前駆体がイソペンテニル二リン酸（ＩＰＰ）である、請求項１に記載の方法。
　【請求項４】
　前記気体状の物質が少なくとも２０％のＣＯを含む、請求項１に記載の方法。
　【請求項５】
　前記気体状の物質がＣＯ２をさらに含む、請求項１に記載の方法。
　【請求項６】
　前記気体状の物質がＨ２をさらに含む、請求項１に記載の方法。
　【請求項７】
　前記気体状の物質が鉄金属製品の製造、非鉄製品の製造、石油精製、石炭の気化、電力産生、カーボンブラック産生、アンモニア産生、メタノール産生、およびコークの製造からなる群から選択される工業工程に由来する、請求項１に記載の方法。
　【請求項８】
　前記気体状の物質が合成ガスである、請求項１に記載の方法。
　【請求項９】
　前記細菌がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｒａｇｓｄａｌｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｃａｒｂｏｘｉｄｉｖｏｒａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｄｒａｋｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｓｃａｔｏｌｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ａｃｅｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｆｏｒｍｉｃｏａｃｅｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ｍａｇｎｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｗｏｏｄｉｉ、Ａｌｋａｌｉｂａｃｕｌｕｍ　ｂａｃｃｈｉｉ、Ｂｌａｕｔｉａ　ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｍｏｏｒｅｌｌａ　ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｉｃａ、Ｍｏｏｒｅｌｌａ　ｔｈｅｒｍａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｏｖａｔａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｓｉｌｖａｃｅｔｉｃａ、Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ　ｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ、Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ　ｐｆｅｎｎｉｇｉｉ、およびＴｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ　ｋｉｕｖｉからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
　【請求項１０】
　前記細菌がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ　ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍである、請求項１に記載の方法。