(57)【要約】【課題】新型コロナウイルスＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２による感染症の診断、予防、および治療に有用な技術情報を提供する。【解決手段】コロナウイルスＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２のゲノムに相補的な配列における、ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡのオーカー遺伝子の存在を明らかにした。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験者の生体サンプルに含まれるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の発現量を測定する工程、
対照者の生体サンプルに含まれるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の発現量を測定する工程、および、
被験者における発現量が、対照者における発現量と比較して５％以上変動しているときに、新型コロナウイルスに感染していると判定する工程を含む、
新型コロナウイルス感染の判定方法。
【請求項２】
生体サンプルが、血液、鼻腔粘膜、口腔粘膜、または嗅覚上皮である、請求項１に記載の判定方法。
【請求項３】
ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）が、配列番号２と９５％以上の配列同一性を有する、請求項１または２に記載の判定方法。
【請求項４】
ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）に相補的な配列を有する核酸を含む、新型コロナウイルス用ワクチン組成物。
【請求項５】
ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）に相補的な配列を有する核酸を含む、新型コロナウイルス増殖抑制組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、新型コロナウイルスゲノムにおける新規ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）（ＴＴＡ）遺伝子の新たな知見に基づく、新型コロナウイルス感染症の診断方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
現在パンデミックを起こしている新型コロナウイルスＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２は、３０ｋｂ弱の一本鎖ゲノムをもつＲＮＡウイルスである。そのゲノム構造や感染機構は広範に研究されているが、パンデミックの収束にはさらなる検証が不可欠である。
【０００３】
一方、コンピュータプログラムを用いたゲノム解析技術とバイオインフォマティクスの進歩に伴い、ヒトを含む生物における低分子量ＲＮＡが広く研究されている。このような進歩の一つとして、細菌におけるトランスファー・メッセンジャーＲＮＡ（ｔｍＲＮＡ；ｓｓｒＡ遺伝子）の画期的な発見が挙げられる（非特許文献１〜２）。  
【０００４】
これまでに、ｔＲＮＡ遺伝子データベース、ｔＲＮＡ  ＤＢ‐ＣＥが構築されている（非特許文献３〜４）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Ushida et al. Nucleic Acids Res. 22, 3392-3396 (1994)
【非特許文献２】Komine et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 91, 9223-9227 (1994)
【非特許文献３】Abe et al. Nucleic Acids Res. 39, D210-D213 (2011)
【非特許文献４】Abe et al. Frontiers in GENETICS doi:10.3389/fgene.2014.00114 (2014)
【非特許文献５】T. M. Lowe, S. R. Eddy, tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence. Nucleic Acids Res. 25, 955-964 (1997).
【非特許文献６】D. Laslett, B. Canback, ARAGORN, a program to detect tRNA genes and tmRNA genes in nucleotide sequences. Nucleic Acids Res. 32, 11-16 (2004).
【非特許文献７】M. Kinouchi, K. Kurokawa, tRNAfinder: A software system to find all tRNA genes in the DNA sequence based on the cloverleaf secondary structure. Journal of Computer Aided Chemistry 7, 116-124. (2006).
【非特許文献８】K. Ohshima, M. Hattori, T. Yada, Gojobori, Y. Sakaki, N. Okada, Whole-genome screening indicates a possible burst of formation of processed pseudogenes and Alu repeats by particular L1 subfamilies in ancestral primates. Genome Biol. 4, R74 (2003).
【非特許文献９】G. J. Faulkner, J. L. Garcia-Perez, L1 Mosaicism in mammals: extent, effects, and evolution. Trends Genet. 33, 802 - 816 (2017) .
【非特許文献１０】D. Soll, U. L. RajBhandary, Ed., tRNA: Structure, biosynthesis, and function. ASM Press (1995)
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本出願の目的は、新型コロナウイルスＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２による感染症の診断、予防、および治療に有用な技術情報を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明者は、非特許文献３〜４のデータベースと方法論を用いて、ヒトゲノム、および新型コロナウイルスを含めたヒト以外のゲノムにおけるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子を探索した。その結果、コロナウイルスＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２のゲノムに相補的な配列で、ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡのオーカー遺伝子を見出した。
【０００８】
すなわち、本発明は、被験者の生体サンプルに含まれるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の発現量を測定する工程、対照者の生体サンプルに含まれるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の発現量を測定する工程、および、被験者における発現量が、対照者における発現量と比較して５％以上変動しているときに、新型コロナウイルスに感染していると判定する工程を含む、新型コロナウイルス感染の判定方法に関する。
【０００９】
また、本発明は、ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）に相補的な配列を有する核酸を含む、新型コロナウイルス用ワクチン組成物に関する。
【００１０】
また、本発明は、ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）に相補的な配列を有する核酸を含む、新型コロナウイルス増殖抑制組成物に関する。
【発明の効果】
【００１１】
本発明は、新型コロナウイルスＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２による感染症の診断、予防、および治療の研究及び開発に資することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】ヒトゲノム中のｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子のクローバーリーフモデルを示す。
【図２Ａ】ＳＡＲＳ‐ＣｏＶ２ゲノムの相補鎖に存在するｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子を示す。
【図２Ｂ】ＳＡＲＳ‐ＣｏＶゲノムの相補鎖に存在するｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子を示す。
【図３】インフルエンザゲノムに存在するｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子を示す。
【図４】ＨＩＶ−１ゲノムに存在するｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
まず、新しいｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）オーカー遺伝子がヒトゲノムに存在すること、及び、この遺伝子の類似配列が、世界的に流行しているＣＯＶＩＤ−１９の病原ウイルスである新型コロナウイルス（ＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２）の一本鎖ＲＮＡゲノムと相補的な配列で見出されたことを報告する。  
【００１４】
１．ヒトゲノムにおけるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子の同定
ｔＲＮＡ  ｓｃａｎ‐ＳＥ  ｖ２．０（非特許文献５）、ＡＲＡＧＯＲＮ  ｖ１．２．３８（非特許文献６）、およびｔＲＮＡｆｉｎｄｅｒ  ｖ１．４（非特許文献７）を組み合わせて用いて、ヒトゲノム（ＧＲＣｈ３８）中のｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子を探索した。３つのプログラムすべてを用いて検索することにより検出可能な遺伝子を、真のｔＲＮＡ遺伝子として指定して廃棄し、１つまたは２つのプログラムのみで検出された遺伝子をｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子と指定した。候補遺伝子を、表１に示すようにアンチコドンによって分類し、配列した。
【００１５】
【表１】
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【００１６】
アンチコドンＴＴＡを含む配列が多数あることに注目し、候補遺伝子をイントロンの塩基数（０〜３ｋｂ塩基）で分類した（表２）。
【００１７】
【表２】
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【００１８】
図１は、ヒトゲノム中に検出されるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子のクローバーリーフモデルを示す。コンピュータプログラムでモデルを作成後、基本構造を考慮しながらイントロンの位置を目視で修正した。この配列（配列表の配列番号１）は、ＮＣ＿０００００１．１１の６０，６４４，９５３から６０，６４５，４６９までのヌクレオチドに対応する。クローバーリーフモデルは通常ＲＮＡ表記法で表されるが、ここではＤＮＡを構成する塩基として表し、ＵはすべてＴとして示した（配列番号２）。モデル中の全ての数字・略称は、いずれも非特許文献１０に基づく。ワトソン−クリック型の塩基対は「−」と表示し、ｔＲＮＡ構造でよく見られる弱い塩基対は「＋」と表示する。
【００１９】
図１には以下の特徴がみられる。
（１）リボシルチミン（Ｔ）アームにはＧＴＴＣコンセンサス配列は存在しないが、その代わりにＧＴＧＧＡＡＧＮＣのＴループ配列が存在する。
（２）ジヒドロウリジン（Ｄ）ステムは４２５塩基長のイントロンを有する。  
（３）アンチコドンは終止コドンに対応するＴＴＡである。３３位は常にＴであるが、３７位はプリン塩基ではなくＣである。  
（４）アミノ酸アクセプター（ＡＡ）ステムにはＣＣＡ配列は存在しない。識別塩基（７３位）はＴである。
（５）アミノ酸アクセプター（ＡＡ）ステムの３−７０位および５−６８位でミスマッチが見出されるが、他の位置では見出されない。  
（６）アンチコドン（ＡＣ）−ステムの３１−３９位はＣ−Ｃミスマッチである。  
（７）ＤループのＧＧ配列は中心ではなく５’側にシフトしている。ＧＧの３’末端方向に続く配列は逆方向反復配列（ｉｎｖｅｒｔｅｄ  ｒｅｐｅａｔ）である。  
（８）可変領域（２４塩基長）は塩基対を形成することができる。この領域に見られる塩基置換は、対合を可能にする方向にあるようである（データは未掲示）。  
【００２０】
次に、「ｂｌａｓｔｎ」および「ｍｅｇａｂｌａｓｔ」をデフォルトのオプションとして選択し、ヒト染色体のヌクレオチド配列データおよび上述のｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の５１７塩基長をクエリー配列として使用して、ＮＣＢＩ  Ｗｅｂ  ＢＬＡＳＴ（Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）を実行した。
【００２１】
表３に示すように、２４本の染色体（２２の常染色体とＸおよびＹ染色体）で多数の一致がみられた。短い領域の一致も含まれていたので、同一性の値は小数点以下を切り捨て、９９％以上の一致を有する配列のみを分析した。これにより、ｔＲＮＡ予測プログラムによって見出された数よりも多い、合計４１２のクローバーリーフ形状を形成し得る遺伝子が見出された。
【００２２】
【表３】
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【００２３】
これらのプログラムの目的は、クローバーリーフ構造情報とコンセンサス配列に基づいてｔＲＮＡ遺伝子を確実に予測することであるため、ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子は一般に過小評価されている。しかし、ヒトゲノムに多数のｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子が存在することは間違いない。ヒトゲノムにはＳＩＮＥ（Ｓｈｏｒｔ  Ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ  Ｅｌｅｍｅｎｔｓ）とＬＩＮＥ（Ｌｏｎｇ  Ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ  Ｅｌｅｍｅｎｔｓ）などの反復配列があることが知られている。ｔＲＮＡ様構造はＳＩＮＥにおいて報告されている（非特許文献８〜９）。ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子はＬＩＮＥに関連しているか、あるいはそれ自身がＬＩＮＥである可能性がある。
【００２４】
ヒト以外のゲノムにおいて、前述した５１７塩基長のｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子の予備的探索を行った。その結果、酵母、線虫、シロイヌナズナ、イネ、げっ歯類、イヌのゲノムでは検出されなかったが、チンパンジーとオランウータンのゲノムでは検出された。
【００２５】
２．コロナウイルスゲノムにおけるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子の同定
パンデミック疾患ＣＯＶＩＤ−１９を引き起こすコロナウイルス、すなわちＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２の一本鎖ＲＮＡゲノムに相補的な配列に、同タイプのｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ  （ＴＴＡ）遺伝子が存在することが明らかになった。
【００２６】
図２ＡはＳＡＲＳ‐ＣｏＶ２のゲノムに相補的な配列に存在するｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子を示す。また、一次転写産物を配列番号３、スプライシングを経た成熟ＲＮＡを配列番号４に示す。
【００２７】
図２ＢはＳＡＲＳ‐ＣｏＶのゲノムに相補的な配列に存在するｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子を示す。また、一次転写産物を配列番号５、スプライシングを経た成熟ＲＮＡを配列番号６に示す。
【００２８】
図２Ａ〜Ｂにおいて、ｔＲＮＡの５’末端と３’末端は、対応するｔＲＮＡと線で連結して表示する。ｔＲＮＡモデルのエキソン部分は、ゲノム配列中で太字で表示する。ワトソン−クリック型の塩基対は黒丸で示し、ｔＲＮＡ構造によく見られる弱い塩基対は白丸で示す。ｔＲＮＡの構造上重要な塩基にはヌクレオチド番号を付加した。
【００２９】
図２Ａに示すクローバーリーフモデルは、ヒトのクローバーリーフモデルを参照して、コロナウイルスゲノムの配列に相補的な配列を目視検査することによって発見された。ヒトのクローバーリーフモデルと比較して以下の特徴を有する。
（１）Ｔループの配列は全く異なる。
（２）ループ側のＴステム末端の塩基対はＧ−ＣではなくＣ−Ｇであるが、強固に閉じられている。
（３）イントロンは４２５塩基長から３３０塩基長に短縮されている。
（４）可変領域の長さは５塩基長である。
（５）Ｄループも９塩基長から６塩基長に短縮されている。
【００３０】
これらの違いにもかかわらず、両者はアンチコドンがＴＴＡであり、イントロンをもち、挿入部位は同じＤステムである。したがって、これら二つは同じタイプのｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子であると考えられる。  
【００３１】
ＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２由来のｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（図２Ａ）とＳＡＲＳ‐ＣｏＶ由来のｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（図２Ｂ）を比較すると、両者の完全長クローバーリーフモデルの基本形状は同じであるが、ステム構造の塩基対形成が相違する。すなわち、ＳＡＲＳ−ＣｏＶゲノムに相補的な配列において、ＡＡ−ステムの１−７２位、Ｄ−ステムの１２−２３位、ＡＣ−ステムの２７−４３位および２８−４２位、およびＴ−ステムの５１−６３位はミスマッチである。一方、ＳＡＲＳ−ＣｏＶ−２に相補的な配列において、これらの塩基対はすべて一致する。ＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２のウイルス毒性は、このｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子の構造に起因する可能性がある。なお、ＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２で見られる上述のｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子は、ＴＴＡアンチコドンを有するため、通常のタンパク質生合成には関与しないと推測される。
【００３２】
図３はインフルエンザゲノム（ＮＣ＿００７３７６．１）の９６３〜１，５６０塩基に見いだされるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子のクローバーリーフモデルを示す。図４はＡＩＤＳウイルスＨＩＶ−１ゲノム（ＮＣ＿００１８０２．１）の２，１９１〜２，６７４塩基に見いだされるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子のクローバーリーフモデルを示す。ＳＡＲＳ‐ＣｏＶ‐２で見られる上述のｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子はインフルエンザウイルスおよびＨＩＶ−１ウイルスのＲＮＡゲノムにも存在する。
【００３３】
３．ヒト遺伝子中の、コロナウイルスｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子と類似する配列の探索
表４は、コロナウイルスのｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）オーカー遺伝子と類似性を有する、ヒト染色体における類似部位（「Ｎｕｍｂｅｒ  ｏｆ  Ｍａｔｃｈｅｓ」；ＮＣＢＩデータベースのブラストサーチ）のリストである。Ｂｌａｓｔを含むすべてのデータと分析ツールはＮＣＢＩウェブサイトとそのデータベースから入手した。
【００３４】
【表４】
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【００３５】
表４において、「Ｎｕｍｂｅｒ  ｏｆ  ｍａｔｃｈｅｓ」の値は各染色体の大きさにほぼ対応しているが、１１番、１２番、１３番染色体では例外的に多く、２３番染色体（Ｘ）ではほとんどみられない。この理由は現在のところ不明であるが、各染色体のＧＣ含量とは無関係である。類似配列が遺伝子内にあるか（表４のＢ欄）、遺伝子間にあるか（Ｃ欄）を調べたところ、各染色体のＢ欄とＣ欄の数値の比にいくつかの違いがみられたが、全体の比が約１：１であることを除いて、特に有意義な情報は見出せなかった。
【００３６】
表５は、表４のＢ欄に示した、１７番染色体上の１０個の遺伝子を示す。Ｂｌａｓｔｎサーチは対象配列全体にわたって類似配列を探索するだけでなく、１０塩基前後の短い配列も探索する。したがって、同じ配列（３３０塩基長）を用いて染色体ではなく、それぞれの遺伝子についてｂｌａｓｔｎ検索を再度試みた。
【００３７】
【表５】
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【００３８】
表５の右側の太字で示した「Ｎｕｍｂｅｒ  ｏｆ  Ｍａｔｃｈｅｓ」の値は遺伝子間で全く異なっている。この差異はエキソンの数や遺伝子の大きさとは関係がない。ＯＲ３Ａ１遺伝子とＴＡＯＫ１遺伝子では高い値となっている。つまり、新型コロナウイルスのｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子の一部の領域が、特定のヒト遺伝子の一部と類似している。
【００３９】
新型コロナウイルス感染者が、味覚や嗅覚を失うことが報じられている。そこで、嗅覚受容体遺伝子ＯＲ３Ａ１に注目した。嗅覚受容体遺伝子のＢｌａｓｔｎ検索の結果を表６に示す。
【００４０】
【表６】
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【００４１】
表６に示すように、嗅覚受容体遺伝子ファミリーの中でも、「Ｎｕｍｂｅｒ  ｏｆ  Ｍａｔｃｈｅｓ」は個々の遺伝子間で大きく異なる。この差異はエキソンの数や遺伝子の大きさとは関係がない。しかし、新型コロナウイルスのｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子の一部の領域が、特定の嗅覚受容体遺伝子と類似している。
【００４２】
なお、「類似性」（ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ）は、核酸塩基ＡとＴの対合、ならびにＧとＣの対合を意味する。コロナウイルスのｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子とヒト遺伝子との類似性は、遺伝情報の伝達に影響するのではなく、単純な塩基対形成とみなすべきである。コロナウイルスのｐｓｅｕｄ−ｔＲＮＡ遺伝子とヒト遺伝子との類似性の生理学的な意味や、コロナウイルスのゲノムと宿主遺伝子との間の類似性の生理学的な意味は現時点では不明であるが、コロナウイルスが、ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子を宿主のゲノムに導入するか、またはｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ自体が宿主のゲノムやｍＲＮＡに結合することにより、宿主における遺伝子発現を損なうモデルが考えられる。
【００４３】
コロナウイルスのｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子と類似する領域を持つヒト遺伝子は、コロナウイルスの感染や病態に関与している可能性がある。このようなヒト遺伝子を探索するために、ヒト遺伝子の中でＮｕｍｂｅｒ  Ｍａｔｃｈｅｓの値の高いものを、表５と同じ手順によって得た。なお、特性が明らかにされていない遺伝子と、遺伝子間配列は排除した。合計３１８の遺伝子がコロナウイルスのｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）のオーカー遺伝子の３３０塩基に類似していた。表７では最も類似性が高く、「Ｎｕｍｂｅｒ  ｏｆ  Ｍａｔｃｈｅｓ」が１１以上である４０の遺伝子のみを記載した。
【００４４】
【表７】
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【００４５】
嗅覚受容体遺伝子ＯＲ２Ｌ１３とＯＲ３Ａ１は、それぞれ１番染色体と１７番染色体上に存在する。「Ｍａｔｃｈｅｓ」で表される最も高い類似性を有する遺伝子は、ＦＢＸＷ７（４番染色体）、Ｆ−ｂｏｘおよびＷＤ  ｒｅｐｅａｔ  ｄｏｍａｉｎ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ７遺伝子（５番染色体）である。溶質キャリアー遺伝子ファミリーに含まれるＳＬＣ９Ａ（３番染色体）とＳＬＣ３８４（１２番染色体）も見出された。興味深いことに、表７に挙げた遺伝子の多くが脳で発現している。
【００４６】
これまで、核酸配列の類似性は、塩基対形成の原理とともに、多くの生理学的事象の理解と解釈に貢献してきた。新型コロナウイルスのｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子と類似の配列が一部のヒト遺伝子に存在するという知見が、新型コロナウイルスへの対策のヒントになることを期待する。
【００４７】
４．新型コロナウイルス感染の判定方法
以上の知見を踏まえて、新型コロナウイルス感染の判定方法を提供する。本発明の判定方法は、（１）被験者の生体サンプルに含まれるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の発現量を測定する工程、（２）対照者の生体サンプルに含まれるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の発現量を測定する工程、および、（３）被験者における発現量が、対照者における発現量と比較して５％以上変動しているときに、新型コロナウイルスに感染していると判定する工程を含むことを特徴とする。
【００４８】
第１工程では、被験者の生体サンプルに含まれるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の発現量を測定する。生体サンプルとしては、血液、鼻腔粘膜、口腔粘膜、嗅覚上皮が挙げられる。ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の発現量は、例えば、生体サンプルからＲＮＡを回収し、その中に含まれるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の量を、内部標準（ＧＡＰＤＨのｍＲＮＡなど）と比較することにより測定できる。
【００４９】
ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の発現量は、質量分析法、マイクロＲＮＡチップ等により測定できる。液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ−ＭＳ）などの質量分析法は、従来、タンパク質の詳細な構造解析や、プロテオミクスのために用いられている。本発明では、RNAを質量分析法で解析することにより、精密な測定が可能となる。マイクロＲＮＡチップは、従来、マイクロＲＮＡの網羅的な定量に用いられており、本発明においても使用できる。
【００５０】
ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）としては、配列番号２と９５％以上の配列同一性を有するものが好ましく、１００％の配列同一性を有するものがより好ましい。なお、ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）は、最初はイントロンを含む配列番号１の塩基配列（５１７塩基長）として転写され、スプライシングを受けて配列番号２の成熟ＲＮＡとなる。
【００５１】
第２工程では、対照者の生体サンプルに含まれるｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）の発現量を測定する。対照者は、新型コロナウイルスに感染していないことが既に確認されている者である。生体サンプル、および発現量の測定法は、第１工程と同じである。
【００５２】
第３工程では、被験者における発現量が、対照者における発現量と比較して５％以上変動しているときに、新型コロナウイルスに感染していると判定する。感染と判定する基準は５％以上であるが、判定の信頼性を上げる必要がある場合には、例えば１０％以上としてもよい。
【００５３】
５．新型コロナウイルス用ワクチン組成物
また、ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）に相補的な配列を有する核酸を含む、新型コロナウイルス用ワクチン組成物を提供する。
【００５４】
エボラウイルスゲノム（ＮＣＢＩデータベース；Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ／ＭＫ６７２，８２４．１）には、ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子（ＭＫ６７２，８２４．１  ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ；１７，１１３−１７３４６）が存在する。このｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子は、Ｅｂｏｌａ＿ＮＰ  ｐｆａｍ  ０５５０５と命名されているタンパク質（７３９アミノ酸）の（−）鎖に存在する。Ｅｂｏｌａ＿ＮＰ  ｐｆａｍ  ０５５０５が属する遺伝子ファミリーは、ゲノムＲＮＡをウイルス殻に包み込む（ｅｎｃａｐｓｉｄａｔｉｏｎ）ことに関与するタンパク質をコードしており、このタンパク質は核酸と複合体（ヌクレオプロテイン）を形成して機能する。このヌクレオタンパク質ＤＮＡワクチンはウイルス防御に有用であることが知られている。
【００５５】
したがって、新型コロナウイルスのｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ遺伝子（プラス鎖のタンパク質、ヌクレオプロテイン）のＤＮＡワクチンは、コロナウイルスへの免疫に効果があると期待される。
【００５６】
６．新型コロナウイルス増殖抑制組成物
また、上記の知見を踏まえて、ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）に相補的な配列を有する核酸を含む、新型コロナウイルス増殖抑制組成物を提供する。このワクチン組成物を投与すると、新型コロナウイルスゲノムから発現されたｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）に相補的に結合して不活化することにより、新型コロナウイルスの生体内での増殖を抑制できる。
【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図３】
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【図４】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】令和2年9月2日(2020.9.2)
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００１】
本発明は、新型コロナウイルスゲノムにおける新規ｐｓｅｕｄｏ−ｔＲＮＡ（ＴＴＡ）遺伝子の新たな知見に基づく、新型コロナウイルス感染症の診断方法に関する。