【事件の表示】
　特許第６６９２８５６号発明「ＲＮＡ依存性標的ＤＮＡ修飾およびＲＮＡ依存性転写調節のための方法および組成物」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。
【結　論】
　特許第６６９２８５６号の請求項１、２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２、２５〜２９、３２〜４２、４４、４５、４８、５１、５２、５５〜６１、６４〜６６、６９、７２、７３、７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５に係る特許を維持する。
【理　由】
第１　手続きの経緯
　特許第６６９２８５６号の請求項１〜１１１に係る特許についての出願は、平成２５年３月１５日（パリ条約による優先権主張　２０１２年５月２５日　米国（ＵＳ）、２０１２年１０月１９日　米国（ＵＳ）、２０１３年１月２８日　米国（ＵＳ）、２０１３年２月１５日　米国（ＵＳ））を国際出願日とする特許出願である特願２０１５−５１４０１５号の一部を、平成３０年５月２１日に新たな特許出願としたものであって、令和２年４月１７日にその特許権の設定登録がされ、令和２年５月１３日に特許公報が発行された。
　そして、その請求項１、２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２、２５〜２９、３２〜４２、４４、４５、４８、５１、５２、５５〜６１、６４〜６６、６９、７２、７３、７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５に係る特許に対し、令和２年１１月１３日に特許異議申立人小林裕之（以下「申立人」という。）により特許異議の申立てがなされた。
第２　本件発明
　特許第６６９２８５６号の請求項１〜１１１の特許に係る発明は、それぞれ、その特許請求の範囲の請求項１〜１１１に記載された事項により特定される次のとおりのものである。
「【請求項１】
　標的ＤＮＡを修飾する方法であって、
　細胞内で該標的ＤＮＡを複合体と接触させることを含み、
　該複合体は、
（ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド並びに
（ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡであって、
　　（ｉ）該標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメント；および
　　（ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する、２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む、該タンパク質結合セグメント
　を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ
　を含む複合体であり、
　該細胞は、植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物であり、
　該細胞は、インビボのヒト細胞ではなく、ヒト生殖細胞ではなく、およびヒト胚細胞ではなく、
　該修飾は標的ＤＮＡの切断である、
　前記標的ＤＮＡを修飾する方法。
【請求項２】
　前記細胞が動物細胞であり、該動物細胞が哺乳類細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
　前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８〜１５塩基対を形成する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
　前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして１５〜１８塩基対を形成する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項５】
　前記ハイブリダイズして前記タンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡを形成するヌクレオチド間の相補性が７０％よりも大きい、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
　前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、修飾ヌクレオチド塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、ホスホロチオエート、ホスホルアミダート、非リン酸ジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホネート、５’−アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’−アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（ｉ）ホスホロチオエート、逆の極性を有する連結および脱塩基性ヌクレオシド連結から選択される、非天然ヌクレオシド間連結、
（ｉｉ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、並びに
（ｉｉｉ）２’‐Ｏ‐メトキシメチル、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される修飾された糖部分、
　の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−ジメチルアミノオキシエトキシ、２’−ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される、修飾された糖部分の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　５−メチルシトシン、５−ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニンの６−メチル誘導体、グアニンの６−メチル誘導体、アデニンの２−プロピル誘導体、グアニンの２−プロピル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン、２−チオシトシン、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４−チオウラシル、８−ハロアデニン、８−アミノアデニン、８−チオールアデニン、８−チオアルキルアデニン、８−ヒドロキシルアデニン、８−ハログアニン、８−アミノグアニン、８−チオールグアニン、８−チオアルキルグアニン、８−ヒドロキシルグアニン、５−ハロウラシル、５−ブロモウラシル、５−トリフルオロメチルウラシル、５−ハロシトシン、５−ブロモシトシン、５−トリフルオロメチルシトシン、５−置換ウラシル、５−置換シトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニン、８−アザアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、２−ピリドン、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、Ｎ−２、Ｎ−６もしくはＯ−６置換プリン、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシンから選択される、核酸塩基の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに、取り込み、分布、代謝または排出を向上させる部分、から選択される部分に結合されている、
　請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、１つまたはそれ以上の部分又は結合体に化学的に連結されている、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、介在ヌクレオチドによって共有結合されていない、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
　前記接触が、
（ａ）前記Ｃａｓ９ポリペプチド又は前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および
（ｂ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡまたは前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド
　を前記細胞に導入することを含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド：の１つまたはそれ以上が、組み換え発現ベクターである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
　前記組み換え発現ベクターが、ウイルスベクターである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
　前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターからなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
　前記組み換え発現ベクターが、プラスミドベクター、コスミドベクター、ミニサークルベクター、ファージベクターおよびウイルスベクターからなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
　さらに、ドナーポリヌクレオチドを細胞に導入することを含む、請求項１５〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの前記細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドのカルボキシル末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの前記細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９タンパク質に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
　前記標的ＤＮＡが、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）修復機構により編集される、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
　前記標的ＤＮＡが、相同組換え修復（ＨＤＲ）機構により編集される、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
　前記標的ＤＮＡが、ドナーポリヌクレオチドの配列を、該標的ＤＮＡ分子の切断された鎖に挿入することにより編集される、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
　組成物であって、
　（ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド、または該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びに
　（ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチドを含み、
　該ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、
　（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含む、ＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および
　（ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント
　を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡである、
　前記組成物であって、
　真核生物細胞内で、該標的ＤＮＡを、前記Ｃａｓ９ポリペプチドと前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡを含む複合体と接触させることにより、前記Ｃａｓ９ポリペプチドを標的ＤＮＡへと導くための組成物。
【請求項２９】
　組成物であって、
　（ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド、または該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びに
　（ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチドを含み、
　該ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、
　（ｉ）標的ＤＮＡ内の１８〜２５ヌクレオチド長の標的配列に対して、１００％の相補性を有するヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および
　（ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント
　を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡである、
　前記組成物。
【請求項３０】
　組成物であって、
　（ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド、または該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びに
　（ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチドを含み、
　該ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、
　（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含む、ＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および
　（ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント
　を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、
　以下の（Ａ）〜（Ｄ）
（Ａ）前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８〜１５塩基対または１５〜１８塩基対を形成すること：
（Ｂ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、該Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進すること：
（Ｃ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドのカルボキシル末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進すること：
（Ｄ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド：の１つまたはそれ以上が、ウイルス発現ベクターであること：
の少なくとも一つの特徴を有する、前記組成物。
【請求項３１】
　前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８〜１５塩基対または１５〜１８塩基対を形成する、請求項２８〜３０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３２】
　前記ハイブリダイズして前記タンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡを形成するヌクレオチド間の相補性が７０％よりも大きい、請求項２８〜３１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３３】
　前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項２８〜３２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３４】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、該Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項２８〜３３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３５】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドのカルボキシル末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項２８〜３３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３６】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドと前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、インビボのヒト細胞、ではない真核生物細胞中に存在する、請求項２８〜３５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３７】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、修飾ヌクレオチド塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む、請求項２８〜３６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３８】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、ホスホロチオエート、ホスホルアミダート、非リン酸ジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホネート、５’−アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’−アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む、請求項２８〜３６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３９】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（ｉ）ホスホロチオエート、逆の極性を有する連結および脱塩基性ヌクレオシド連結から選択される、非天然ヌクレオシド間連結、
（ｉｉ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、並びに
（ｉｉｉ）２’‐Ｏ‐メトキシメチル、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される修飾された糖部分、
　の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項２８〜３６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４０】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−ジメチルアミノオキシエトキシ、２’−ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される、修飾された糖部分の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項２８〜３６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４１】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　５−メチルシトシン、５−ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニンの６−メチル誘導体、グアニンの６−メチル誘導体、アデニンの２−プロピル誘導体、グアニンの２−プロピル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン、２−チオシトシン、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４−チオウラシル、８−ハロアデニン、８−アミノアデニン、８−チオールアデニン、８−チオアルキルアデニン、８−ヒドロキシルアデニン、８−ハログアニン、８−アミノグアニン、８−チオールグアニン、８−チオアルキルグアニン、８−ヒドロキシルグアニン、５−ハロウラシル、５−ブロモウラシル、５−トリフルオロメチルウラシル、５−ハロシトシン、５−ブロモシトシン、５−トリフルオロメチルシトシン、５−置換ウラシル、５−置換シトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニン、８−アザアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、２−ピリドン、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、Ｎ−２、Ｎ−６もしくはＯ−６置換プリン、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシンから選択される、核酸塩基の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項２８〜３６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４２】
　該ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに、取り込み、分布、代謝または排出を向上させる部分、から選択される部分に結合されている、
　請求項２８〜４１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４３】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、１つまたはそれ以上の部分又は結合体に化学的に連結されている、請求項２８〜４１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４４】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、介在ヌクレオチドによって共有結合されていない、請求項２８〜４２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４５】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド：の１つまたはそれ以上が、組み換え発現ベクターである、請求項２８〜４４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４６】
　前記組み換え発現ベクターが、ウイルスベクターである、請求項４５に記載の組成物。
【請求項４７】
　前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターからなる群から選択される、請求項４６に記載の組成物。
【請求項４８】
　前記組み換え発現ベクターが、プラスミドベクター、コスミドベクター、ミニサークルベクター、ファージベクターおよびウイルスベクターからなる群から選択される、請求項４５に記載の組成物。
【請求項４９】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む、請求項２８〜４８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５０】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９タンパク質に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する、請求項２８〜４９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５１】
　ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドを含有する組成物であって、
　該ＤＮＡ標的化ＲＮＡが
（ａ）標的ＤＮＡ内の標的配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含む、ＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および
（ｂ）Ｃａｓ９タンパク質と相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含むタンパク質結合セグメント
　を含み、
　真核生物細胞内で、該標的ＤＮＡを、前記Ｃａｓ９ポリペプチドと前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡを含む複合体と接触させることにより、前記Ｃａｓ９ポリペプチドを標的ＤＮＡへと導くための組成物。
【請求項５２】
　ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドであって、
　該ＤＮＡ標的化ＲＮＡが
（ａ）標的ＤＮＡ内の１８〜２５ヌクレオチド長の標的配列に対して、１００％の相補性を有するヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および
（ｂ）Ｃａｓ９タンパク質と相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含むタンパク質結合セグメント
　を含む、前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。
【請求項５３】
　ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドであって、
　該ＤＮＡ標的化ＲＮＡが
（ａ）標的ＤＮＡ内の標的配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含む、ＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および
（ｂ）Ｃａｓ９タンパク質と相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含むタンパク質結合セグメント
　を含み、
　以下の（Ａ）および（Ｂ）
（Ａ）前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８〜１５塩基対または１５〜１８塩基対を形成すること：
（Ｂ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドが、ウイルス発現ベクターであること：
の少なくとも一つの特徴を有する、前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。
【請求項５４】
　前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８〜１５塩基対または１５〜１８塩基対を形成する、請求項５１に記載の組成物、または、請求項５２または５３に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡもしくは該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。
【請求項５５】
　前記ハイブリダイズして前記タンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡを形成するヌクレオチド間の相補性が７０％よりも大きい、請求項５１または５４に記載の組成物、または、請求項５２〜５４のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡもしくは該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。
【請求項５６】
　前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項５１、５４〜５５のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２〜５５のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡもしくは該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。
【請求項５７】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、修飾ヌクレオチド塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む、請求項５１、５４〜５６のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２〜５６のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
【請求項５８】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、ホスホロチオエート、ホスホルアミダート、非リン酸ジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホネート、５’−アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’−アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む、請求項５１、５４〜５６のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２〜５６のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
【請求項５９】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（ｉ）ホスホロチオエート、逆の極性を有する連結および脱塩基性ヌクレオシド連結から選択される、非天然ヌクレオシド間連結、
（ｉｉ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、並びに
（ｉｉｉ）２’‐Ｏ‐メトキシメチル、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される修飾された糖部分、
　の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項５１、５４〜５６のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２〜５６のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
【請求項６０】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−ジメチルアミノオキシエトキシ、２’−ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される、修飾された糖部分の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項５１、５４〜５６のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２〜５６のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
【請求項６１】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　５−メチルシトシン、５−ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニンの６−メチル誘導体、グアニンの６−メチル誘導体、アデニンの２−プロピル誘導体、グアニンの２−プロピル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン、２−チオシトシン、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４−チオウラシル、８−ハロアデニン、８−アミノアデニン、８−チオールアデニン、８−チオアルキルアデニン、８−ヒドロキシルアデニン、８−ハログアニン、８−アミノグアニン、８−チオールグアニン、８−チオアルキルグアニン、８−ヒドロキシルグアニン、５−ハロウラシル、５−ブロモウラシル、５−トリフルオロメチルウラシル、５−ハロシトシン、５−ブロモシトシン、５−トリフルオロメチルシトシン、５−置換ウラシル、５−置換シトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニン、８−アザアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、２−ピリドン、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、Ｎ−２、Ｎ−６もしくはＯ−６置換プリン、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシンから選択される、核酸塩基の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項５１、５４〜５６のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２〜５６のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
【請求項６２】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに、取り込み、分布、代謝または排出を向上させる部分、から選択される部分に結合されている、
　請求項５１、５４〜６１のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２〜６１のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
【請求項６３】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、１つまたはそれ以上の部分又は結合体に化学的に連結されている、請求項５１、５４〜６１のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２〜６１のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。
【請求項６４】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、介在ヌクレオチドによって共有結合されていない、請求項５１、５４〜６２のいずれか一項に記載の組成物、請求項５２〜６２のいずれか１項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または請求項５２〜５６のいずれか一項に記載の、前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。
【請求項６５】
　１つまたはそれ以上の核酸であって、
　（ａ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする、１つまたはそれ以上のヌクレオチド配列を含み、該ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、
　（ｉ）標的ＤＮＡ内の標的配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメント、および
　（ｉｉ）Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント
　を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、
　前記１つまたはそれ以上のヌクレオチド配列は、真核生物細胞において機能的な１つまたはそれ以上のプロモーターに作動可能に連結しており、並びに、
（ｂ）Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、真核生物細胞において機能的なプロモーターに作動可能に連結している、ヌクレオチド配列、
　を含んでもよい、
　前記１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項６６】
　前記核酸は１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターである、請求項６５に記載の１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項６７】
　前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターが、１つまたはそれ以上のウイルスベクターである、請求項６６に記載の１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項６８】
　前記１つまたはそれ以上のウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターからなる群から選択される、請求項６７に記載の１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項６９】
　前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターが、プラスミドベクター、コスミドベクター、ミニサークルベクター、ファージベクターおよびウイルスベクターからなる群から選択される、請求項６６に記載の１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項７０】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に共有結合的に連結された、タンパク質形質導入ドメインをコードし、ここで、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの前記真核生物細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項６５〜６９のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項７１】
　前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８〜１５塩基対または１５〜１８塩基対を形成する、請求項６５〜７０のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項７２】
　前記ハイブリダイズして前記タンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡを形成するヌクレオチド間の相補性が７０％よりも大きい、請求項６５〜７１のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項７３】
　前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項６５〜７２のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項７４】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む、請求項６５〜７３のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項７５】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９タンパク質に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する、請求項６５〜７４のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。
【請求項７６】
　キットであって、
（ａ）Ｃａｓ９ポリペプチドまたは該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードする核酸、並びに
（ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上の核酸を含み、
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、
　（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および
　（ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、該ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント
　を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、
（ａ）および（ｂ）は単一のまたは別々の容器中に存在する、
　前記キットであって、
　真核生物細胞内で、該標的ＤＮＡを、前記Ｃａｓ９ポリペプチドと前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡを含む複合体と接触させることにより、前記Ｃａｓ９ポリペプチドを標的ＤＮＡへと導くためのキット。
【請求項７７】
　キットであって、
（ａ）Ｃａｓ９ポリペプチドまたは該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードする核酸、並びに
（ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上の核酸を含み、
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、
　（ｉ）標的ＤＮＡ内の１８〜２５ヌクレオチド長の標的配列に対して、１００％の相補性を有するヌクレオチドを含むＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および
　（ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、該ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント
　を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、
（ａ）および（ｂ）は単一のまたは別々の容器中に存在する、
　前記キット。
【請求項７８】
　キットであって、
（ａ）Ｃａｓ９ポリペプチドまたは該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードする核酸、並びに
（ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上の核酸を含み、
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、
　（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および
　（ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、該ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント
　を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、
（ａ）および（ｂ）は単一のまたは別々の容器中に存在する、
　前記キットであり、
　以下の（Ａ）および（Ｂ）
（Ａ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド：の１つまたはそれ以上が、ウイルス発現ベクターであること：
（Ｂ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドのカルボキシル末端またはアミノ末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進すること：
の少なくとも一つの特徴を有する、前記キット。
【請求項７９】
　前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項７６〜７８のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８０】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む前記核酸、および前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含む前記１つまたはそれ以上の核酸：の１つまたはそれ以上が、組み換え発現ベクターである、請求項７６〜７９のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８１】
　前記組み換え発現ベクターが、ウイルスベクターである、請求項８０に記載のキット。
【請求項８２】
　前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターからなる群から選択される、請求項８１に記載のキット。
【請求項８３】
　前記組み換え発現ベクターが、プラスミドベクター、コスミドベクター、ミニサークルベクター、ファージベクターおよびウイルスベクターからなる群から選択される、請求項８０に記載のキット。
【請求項８４】
　タンパク質形質導入ドメインが、前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に共有結合的に連結されており、ここで、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項７６〜８３のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８５】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、修飾ヌクレオチド塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む、請求項７６〜８４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８６】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、ホスホロチオエート、ホスホルアミダート、非リン酸ジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホネート、５’−アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’−アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む、請求項７６〜８４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８７】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（ｉ）ホスホロチオエート、逆の極性を有する連結および脱塩基性ヌクレオシド連結から選択される、非天然ヌクレオシド間連結、
（ｉｉ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、並びに
（ｉｉｉ）２’‐Ｏ‐メトキシメチル、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される修飾された糖部分、
　の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項７６〜８４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８８】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−ジメチルアミノオキシエトキシ、２’−ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される、修飾された糖部分の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項７６〜８４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項８９】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　５−メチルシトシン、５−ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニンの６−メチル誘導体、グアニンの６−メチル誘導体、アデニンの２−プロピル誘導体、グアニンの２−プロピル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン、２−チオシトシン、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４−チオウラシル、８−ハロアデニン、８−アミノアデニン、８−チオールアデニン、８−チオアルキルアデニン、８−ヒドロキシルアデニン、８−ハログアニン、８−アミノグアニン、８−チオールグアニン、８−チオアルキルグアニン、８−ヒドロキシルグアニン、５−ハロウラシル、５−ブロモウラシル、５−トリフルオロメチルウラシル、５−ハロシトシン、５−ブロモシトシン、５−トリフルオロメチルシトシン、５−置換ウラシル、５−置換シトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニン、８−アザアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、２−ピリドン、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、Ｎ−２、Ｎ−６もしくはＯ−６置換プリン、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシンから選択される、核酸塩基の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項７６〜８４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９０】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに、取り込み、分布、代謝または排出を向上させる部分、から選択される部分に結合されている、
　請求項７６〜８９のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９１】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、１つまたはそれ以上の部分又は結合体に化学的に連結されている、請求項７６〜８９のいずれか１項に記載のキット。
【請求項９２】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、介在ヌクレオチドによって共有結合されていない、請求項７６〜９０のいずれか１項に記載のキット。
【請求項９３】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む、請求項７６〜９２のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９４】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９タンパク質に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する、請求項７６〜９３のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９５】
　患者の治療的な処置方法において用いるための、請求項２８〜６４のいずれか一項に記載の組成物、請求項５２〜６４のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ、請求項５２〜５６、６４のいずれか一項に記載の、前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド、請求項６５〜７５のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸、または請求項７６〜９４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項９６】
　遺伝子改変された真核生物細胞であって、
　１つまたはそれ以上の
（ａ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡおよび／または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする核酸であって、該ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、
　（ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメント、および
　（ｉｉ）Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、該ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む前記タンパク質結合セグメント
　を含む単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、並びに、
（ｂ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドおよび／またはＣａｓ９ポリペプチドをコードする核酸
　を含む前記遺伝子改変された真核生物細胞であって、
　インビボのヒト細胞ではなく、ヒト生殖細胞ではなく、およびヒト胚細胞ではない、前記遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項９７】
　前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８〜１５塩基対または１５〜１８塩基対を形成する、請求項９６に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項９８】
　該ハイブリダイズして該タンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡを形成するヌクレオチド間の相補性が７０％よりも大きい、請求項９６または９７に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項９９】
　前記標的ＤＮＡが前記真核生物細胞の染色体ＤＮＡである、請求項９６〜９８のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１００】
　タンパク質形質導入ドメインが、前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に共有結合的に連結されており、ここで、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞基質から細胞小器官内への移行を促進する、請求項９６〜９９のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１０１】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、修飾ヌクレオチド塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む、請求項９６〜１００のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１０２】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、ホスホロチオエート、ホスホルアミダート、非リン酸ジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホネート、５’−アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’−アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む、請求項９６〜１００のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１０３】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
（ｉ）ホスホロチオエート、逆の極性を有する連結および脱塩基性ヌクレオシド連結から選択される、非天然ヌクレオシド間連結、
（ｉｉ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、並びに
（ｉｉｉ）２’‐Ｏ‐メトキシメチル、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される修飾された糖部分、
　の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項９６〜１００のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１０４】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）、２’−ジメチルアミノオキシエトキシ、２’−ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される、修飾された糖部分の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項９６〜１００のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１０５】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　５−メチルシトシン、５−ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニンの６−メチル誘導体、グアニンの６−メチル誘導体、アデニンの２−プロピル誘導体、グアニンの２−プロピル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン、２−チオシトシン、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４−チオウラシル、８−ハロアデニン、８−アミノアデニン、８−チオールアデニン、８−チオアルキルアデニン、８−ヒドロキシルアデニン、８−ハログアニン、８−アミノグアニン、８−チオールグアニン、８−チオアルキルグアニン、８−ヒドロキシルグアニン、５−ハロウラシル、５−ブロモウラシル、５−トリフルオロメチルウラシル、５−ハロシトシン、５−ブロモシトシン、５−トリフルオロメチルシトシン、５−置換ウラシル、５−置換シトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノ−アデニン、８−アザグアニン、８−アザアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジン、２−ピリドン、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、Ｎ−２、Ｎ−６もしくはＯ−６置換プリン、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシルおよび５−プロピニルシトシンから選択される、核酸塩基の１つまたはそれ以上を含む、
　請求項９６〜１００のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１０６】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、
　ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに、取り込み、分布、代謝または排出を向上させる部分、から選択される部分に結合されている、
　請求項９６〜１０５のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１０７】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、１つまたはそれ以上の部分又は結合体に化学的に連結されている、請求項９６〜１０５のいずれか１項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１０８】
　前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、介在ヌクレオチドによって共有結合されていない、請求項９６〜１０６のいずれか１項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１０９】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つ以上の変異を含む、請求項９６〜１０８のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１１０】
　前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９タンパク質に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する、請求項９６〜１０９のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。
【請求項１１１】
　前記遺伝子改変された真核生物細胞が、インビボのヒト細胞ではない、請求項９６〜１１０のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。」
　なお、「第３　特許異議申立理由の概要」以降では、「特許第６６９２８５６号の請求項１〜１１１に係る特許」を「本件特許」ということとする。
　また、請求項１に記載された事項により特定される発明を「本件発明１」、請求項９５に記載された事項により特定される発明を「本件発明９５」などと、請求項ｎに記載された事項により特定される発明を、その請求項の番号を用いて「本件発明ｎ」といい、さらに、請求項１〜１１１に記載された事項により特定される発明全体を「本件発明」という。
第３　異議申立理由の概要
１　異議申立理由１（甲１又は甲２に基づく新規性、進歩性欠如）
（１）本件発明の優先日について
　本件特許は、２０１２年５月２５日、２０１２年１０月１９日、２０１３年１月２８日及び２０１３年２月１５日を優先日とする優先権を主張するものである（以下、各優先権を、優先日の早い順に「本件優先１」、「本件優先２」などといい、各優先日を「本件優先１の優先日」、「本件優先２の優先日」などといい、各優先権書類を「本件優先１の明細書」、「本件優先２の明細書」などという。）。
　しかし、本件優先１の明細書及び本件優先２の明細書には、本件特許明細書に記載の実施例２に相当する部分（Ｃａｓ９ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを用いた標的ＤＮＡ修飾が真核細胞で作用することを実験的に示した部分）が記載されていないから、当該部分については、本件優先１及び本件優先２の主張の利益を享受することができない。
　したがって、本件発明の新規性及び進歩性の判断の基準日は、早くとも本件優先３の優先日である２０１３年１月２８日である。
（２）甲１に基づく新規性、進歩性欠如
　本件発明１、２、５、６、１４〜１６、１９〜２２、２５〜２９、３２〜３６、４４、４５、４８、５１、５２、５５、５６、６４〜６６、６９、７２及び７３は、本件優先３の優先日（２０１３年１月２８日）より前に頒布又は公衆に利用可能となった甲１に記載された発明であるから、特許法２９条１項３号に該当し、特許を受けることができない。
　また、本件発明１、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２、２５〜２９、３２〜４２、４４、４５、４８、５１、５２、５５〜６１、６４、６６、６９、７２、７３、７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５は、甲１に記載された発明に基づいて、本件優先３の優先日前に当業者が容易に発明をすることができたものであるから、同法２９条２項の規定により、特許を受けることができない。
　したがって、これらの発明に係る特許は、同法１１３条２号の規定により取り消されるべきものである。
（３）甲２に基づく新規性、進歩性欠如
　本件発明１、２、６、１５、１６、１９〜２２、２５〜２９、３３〜３６、４５、４８、５１、５２、５５、５６、６５、６６、６９及び７３は、本件優先３の優先日（２０１３年１月２８日）より前に頒布又は公衆に利用可能となった甲２に記載された発明であるから、特許法２９条１項３号に該当し、特許を受けることができない。
　また、本件発明１、６〜１２、１５、１６、１９〜２２、２５〜２９、３３〜４２、４５、４８、５１、５２、５６〜６１、６６、６９、７３、７６〜８０、８３〜８９及び９５は、甲２に記載された発明に基づいて、本件優先３の優先日前に当業者が容易に発明をすることができたものであるから、同法２９条２項の規定により、特許を受けることができない。
　したがって、これらの発明に係る特許は、同法１１３条２号の規定により取り消されるべきものである。
２　異議申立理由２（甲３に基づく進歩性欠如）
　本件発明１、２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２、２５〜２９、３２〜４２、４４、４５、４８、５１、５２、５５〜６１、６４〜６６、６９、７２、７３、７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５は、本件優先１の優先日（２０１２年　5月２５日）より前に頒布又は公衆に利用可能となった甲３に記載された発明、並びに甲４、５及び７〜１３に記載された事項に基づいて、本件優先１の優先日前に当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により、特許を受けることができない。
　したがって、これらの発明に係る特許は、同法１１３条２号の規定により取り消されるべきものである。
３　異議申立理由３（甲６出願に基づく拡大先願）
　本件発明１、２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２、２５〜２９、３２〜４２、４４、４５、４８、５１、５２、５５〜６１、６４〜６６、６９、７２、７３、７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５は、その出願の日前の外国語特許出願（特許法１８４条の４第３項の規定により取り下げられたものとみなされたものを除く。）であって、その出願後に国際公開がされた甲６出願の国際出願日における国際出願の明細書、請求の範囲又は図面に記載された発明と同一であり、しかも、この出願の発明者が甲６出願に係る上記の発明をした者と同一ではなく、またこの出願の時において、その出願人が甲６出願の出願人と同一でもないので、同法２９条の２の規定により、特許を受けることができない（同法１８４条の１３参照）。
　したがって、これらの発明に係る特許は、同法１１３条２号の規定により取り消されるべきものである。
４　異議申立理由４（サポート要件違反、実施可能要件違反）
　本件特許の明細書の発明の詳細な説明は、真核細胞におけるゲノム編集が裏付けを伴って記載されているとはいえず、本件発明１、２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２、２５〜２９、３２〜４２、４４、４５、４８、５１、５２、５５〜６１、６４〜６６、６９、７２、７３、７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５の範囲まで、発明の詳細な説明に開示された内容を拡張ないし一般化できるとはいえないから、これらの発明は、発明の詳細な説明に記載したものでなく、本件特許の特許請求の範囲の記載は、特許法３６条６項１号に規定する要件を満たしていない。また、本件特許の発明の詳細な説明は、当業者が、これらの発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されたものでないから、同法３６条４項１号に規定する要件を満たしていない。
　よって、これらの発明に係る特許は、同法１１３条４号の規定により取り消されるべきものである。
第４　証拠
　申立人が提出した甲１〜甲１９は次のとおりである。
　　甲１：Congら, 2013, Science, 339(6121):819-823
　　　　　 Supplementary Materials
　　甲２：Maliら, 2013, Science, 339(6121):823-826 
　　　　　 Supplementary Materials
　　甲３：Sapranauskasら, 2011, Nucleic Acids Res., 
　　　　　39(21):9275-9282  Supplementary Data
　　甲４：Deltchevaら, 2011, Nature, 471(7340):602-607 
　　　　　 Supplementary Information
　　甲５：iGEM 2011南北アメリカ大会でアリゾナ州立大学（ASU）により
　　　　　発表されたポスター及びそのスケジュール
　　甲６：特表２０１５−５１０７７８号公報
　　甲７：国際公開第２０１１／０７２２４６号公報
　　甲８：Inoueら, 1987, Nucleic Acids Res., 15(15):6131-6148
　　甲９：Ruckmanら, 1998, J Biol Chem, 273(32):20556-20567
　　甲１０：Matsukuraら, 1989, Proc Natl Acad Sci USA, 
　　　　　　86(11):4244-4248
　　甲１１：Steinら, 1988, Nucleic Acids Res 16(8): 3209-3221
　　甲１２：Matsukuraら, 1987, Proc Natl Acad Sci USA, 
　　　　　　84(21): 7706-7710
　　甲１３：Inoue, 2016, Drug Delivery System, 31-1; 10-23
　　甲１４：Jinekら, 2013, eLIFE, 2:e00471
　　甲１５：Jinekら, 2012, Science, 337(6096):816-821
　　甲１６：Catalyst Magazine, 2014, 9(1):18-20
　　甲１７：米国仮特許出願第６１／６１３，３７３号明細書
　　甲１８：Doudnaら, 2014, Science, 28;346(6213):1258096
　　甲１９：Nishimasuら, 2014, Cell, 156(5):935-949
　また、申立人が提出したものではないが、異議申立理由の判断に必要と認められるため、当審で参照する文献Ａ〜文献Ｃは次のとおりである。
　　文献Ａ：米国仮特許出願第６１／６５２，０８６号明細書
　　　　　（本件優先１の明細書）
　　文献Ｂ：米国仮特許出願第６１／６１３，３７３号明細書
　　　　　（甲６優先１の明細書）
　　文献Ｃ：米国仮特許出願第６１／６２５，４２０号明細書
　　　　　（甲６優先２の明細書）
第５　当審の判断
１　異議申立理由１（甲１又は甲２に基づく新規性、進歩性欠如）について
（１）本件発明の優先日について
ア　申立人の主張
　申立人は、異議申立理由１の前提として、本件優先１の明細書及び本件優先２の明細書には、本件特許明細書に記載の実施例２に相当する部分（Ｃａｓ９ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを用いた標的ＤＮＡ修飾が真核細胞で作用することを実験的に示した部分）が記載されていないから、当該部分については、本件優先１及び本件優先２の主張の利益を享受することができず、本件発明の新規性及び進歩性の判断の基準日は、早くとも本件優先３の優先日である２０１３年１月２８日である旨主張するので、以下で検討する。
イ　本件優先１の明細書の記載事項
　本件優先１の明細書には、次の事項が記載されている（なお、英語で記載されているので、当審による翻訳文で示す。）。
（Ａ−１）「［請求項５４］　標的ＤＮＡの部位特異的修飾の方法であって、前記標的ＤＮＡを、
（ｉ）前記標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、又はそれをコードするＤＮＡポリヌクレオチド；並びに
（ｉｉ）部位特異的酵素活性を示す部位特異的修飾ポリペプチド、又はそれをコードするポリヌクレオチド
を含む複合体と接触させることを含む、上記方法。
…
［請求項５６］　前記標的ＤＮＡがインビトロにおける染色体の一部である、請求項５４に記載の方法。
［請求項５７］　前記標的ＤＮＡがインビボにおける染色体の一部である、請求項５４に記載の方法。
［請求項５８］　前記標的ＤＮＡが細胞内の染色体の一部である、請求項５４に記載の方法。
…
［請求項６１］　前記細胞が、単細胞真核生物である、請求項５８に記載の方法。
…
［請求項６５］　前記細胞が、植物細胞である、請求項５８に記載の方法。
［請求項６６］　前記細胞が、動物細胞である、請求項５８に記載の方法。
［請求項６７］　前記細胞が、脊椎動物細胞である、請求項６６に記載の方法。
［請求項６８］　前記細胞が、哺乳動物細胞である、請求項６７に記載の方法。
［請求項６９］　前記細胞が、ヒト細胞である、請求項６８に記載の方法。」
（Ａ−２）「［０００４］　図１Ａ及び１Ｂは、二つの例示的な主題のＤＮＡ標的化ＲＮＡの略図を提供し、それぞれ、部位特異的修飾ポリペプチド及び標的ＤＮＡに関連する。ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、一本鎖の「ＤＮＡ標的化セグメント」及び「タンパク質結合セグメント」を含み、また、二本鎖ＲＮＡ伸長部分を含む。（Ａ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、２つの別々のＲＮＡ分子（「二重分子」又は「二分子」ＤＮＡ標的化ＲＮＡという。）を含み得る。二重分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡは「ターゲッターＲＮＡ」及び「活性化ＲＮＡ」を含む。（Ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、単一のＲＮＡ分子（「単一分子」ＤＮＡ標的化ＲＮＡという。）を含み得る。単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡは「リンカーヌクレオチド」を含む。」
（Ａ−３）「［０００７］　図４は、Ｃａｓ９／Ｃｓｎ１部位特異的修飾ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを使用して導入された二本鎖ＤＮＡ切断による標的ＤＮＡ編集を図示する。」
（Ａ−４）「
ＤＮＡ標的化ＲＮＡ
［００７３］　本開示は、標的ＤＮＡ内の特定の標的配列に対し、結合したポリペプチド（例えば、部位特異的修飾ポリペプチド）の活性を向ける、ＤＮＡ標的化ＲＮＡを提供する。主題のＤＮＡ標的化ＲＮＡは、第一セグメント（本明細書では「ＤＮＡ標的化セグメント」又は「ＤＮＡ標的化配列」とも称される。）及び第二セグメント（本明細書では「タンパク質結合セグメント」又は「タンパク質結合配列」とも称される。）を含む。
ＤＮＡ標的化ＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメント
［００７４］　主題のＤＮＡ標的化ＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントは、標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む。言い換えれば、主題のＤＮＡ標的化ＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントは、ハイブリダイゼーション（すなわち、塩基対形成）を介して配列特異的に標的ＤＮＡと相互作用する。従って、ＤＮＡ標的化セグメントのヌクレオチド配列は変動してもよく、ＤＮＡ標的化ＲＮＡおよび標的ＤＮＡが相互作用する標的ＤＮＡ内の位置を決定する。主題のＤＮＡ標的化ＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントは、標的ＤＮＡ内のいかなる所望の配列にもハイブリダイズするように、（例えば、遺伝子操作によって）修飾することができる。
…
ＤＮＡ標的化ＲＮＡのタンパク質結合セグメント
［００７６］　主題のＤＮＡ標的化ＲＮＡのタンパク質結合セグメントは、部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する。主題のＤＮＡ標的化ＲＮＡは、結合したポリペプチドを上記のＤＮＡ標的化セグメントを介して標的ＤＮＡ内の特定のヌクレオチド配列に導く。主題のＤＮＡ標的化ＲＮＡのタンパク質結合セグメントは、互いに相補的な２本のヌクレオチド鎖を含む。タンパク質結合セグメントの相補的ヌクレオチドは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ二本鎖（ｄｓＲＮＡ）を形成する（図１Ａおよび図１Ｂを参照）。
…
［００８３］　例示的な二分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、ｃｒＲＮＡ様（「ＣＲＩＳＰＲ　ＲＮＡ」又は「標的化ＲＮＡ」又は「ｃｒＲＮＡ」又は「ｃｒＲＮＡリピート」）分子及び対応するｔｒａｃｒＲＮＡ様（「トランス活性化ＣＲＩＳＰＲ　ＲＮＡ」又は「活性化ＲＮＡ」又は「ｔｒａｃｒＲＮＡ」）分子を含む（図１Ａ参照）。ｃｒＲＮＡ様分子（標的化ＲＮＡ）は、ＤＮＡ標的化ＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメント（一本鎖）及びＤＮＡ標的化ＲＮＡのタンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡ二本鎖の半分を形成するヌクレオチド鎖（「二本鎖形成セグメント」）の両方を含む。対応するｔｒａｃｒＲＮＡ様分子（活性化ＲＮＡ）は、ＤＮＡ標的化ＲＮＡのタンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡ二本鎖のもう半分を形成するヌクレオチド鎖（二本鎖形成セグメント）を含む（図１Ａ参照）。…したがって、ｃｒＲＮＡ様分子及びｔｒａｃｒＲＮＡ様分子は（対応する対として）ハイブリダイズしてＤＮＡ標的化ＲＮＡを形成する（図１Ａ参照）。所与のｃｒＲＮＡ分子又はｔｒａｃｒＲＮＡ分子の正確な配列は、ＲＮＡ分子が存在する種類に特有である。様々なｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡが図６〜９の対応する相補的対合に示されている。主題の二重分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、いかなる対応するｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡ対を含んでいてもよい。
…
【００８７】　例示的な単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡ二本鎖を形成する２つの相補的なヌクレオチド鎖を含む。いくつかの実施形態において、単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡの２つの相補的なヌクレオチド鎖の一方（又はその配列をコードするＤＮＡ）は、図６、８及び９に示される活性化ＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）分子のうちの１つに対して、一連の少なくとも２５個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも約６０％同一である。例えば、単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡの２本の相補的なヌクレオチド鎖の一方（又はその配列をコードするＤＮＡ）は、図６、８及び９に示されるｔｒａｃｒＲＮＡ配列のうちの１つに対して、一連の少なくとも２５個の連続ヌクレオチドにわたって、少なくとも約６５％同一、…少なくとも約９９％同一又は１００％同一である。」
（Ａ−５）「
部位特異的修飾ポリペプチド
［００８９］　主題のＤＮＡ標的化ＲＮＡおよび主題の部位特異的修飾ポリペプチドは複合体を形成する。ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、（上記で言及したように）標的ＤＮＡの配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含むことにより複合体に標的特異性を与える。複合体の部位特異的修飾ポリペプチドは部位特異的活性を与える。言い換えれば、部位特異的修飾ポリペプチドは、それがＤＮＡ標的化ＲＮＡの少なくともタンパク質結合セグメントと結合することにより、ＤＮＡ配列（例えば、染色体配列または染色体外配列、例えば、エピソーム配列、ミニサークル配列、ミトコンドリア配列、葉緑体配列等）に誘導される（上記）。
…
例示的な部位特異的修飾ポリペプチド
［００９６］　いくつかの例において、部位特異的修飾ポリペプチドは、図２に示されるＣａｓ９／Ｃｓｎ１アミノ酸配列のアミノ酸７〜１６６若しくは７３１〜１００３に対して、又は図１２に示されるアミノ酸配列のうちのいずれかにおける対応部分に対して、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％、または１００％のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。」
（Ａ−６）「
実施例１：
［００２４８］　ストレプトコッカス　ピオゲネスのＣａｓ９／Ｃｓｎ１エンドヌクレアーゼの配列に基づいた組換えＤＮＡ標的化ポリペプチドは、大腸菌で異種発現され、この分野の標準操作法によるアフィニティー、イオン交換及びゲルろ過クロマトグラフィー工程の組み合わせによって精製された。…標的化ＲＮＡは、標準的なプロトコールに従って、化学合成（二重分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡのターゲッター及び活性化セグメントＲＮＡ）又はＴ７ＲＮＡポリメラーゼを用いたインビトロ転写（）によって得られた。標的ＤＮＡは、個々の一本鎖の化学合成によって得られた。…
［００２４９］　ＤＮＡ切断は、上記ＤＮＡ標的化ポリペプチド（最終濃度５００　ｎＭ）を、ＤＮＡ標的化ＲＮＡ（濃度５００　ｎＭ）及び標的ＤＮＡ（１０　ｎＭ）と一緒に、…切断バッファー中で総量１０μｌでインキュベートすることにより行われた。二重分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって誘導される反応では、ターゲッターＲＮＡと活性化ＲＮＡを等モル量で混合し、９５℃で１分間加熱し、室温まで徐冷してアニーリングさせてから、ＤＮＡ標的化ポリペプチドに添加した。　ＤＮＡ標的化ＲＮＡ　／ポリペプチド複合体は、切断バッファー中で室温で１５分間インキュベートすることにより構築された。続いて、構築された複合体を標的ＤＮＡに添加し、３７°Ｃで１時間インキュベートした。２０μｌのホルムアミドクエンチバッファー…の添加により反応を止め、続いて１２％ポリアクリルアミド、７Ｍ尿素変性ゲルで分離した。切断物は、標準的な手順に従ってホスホイメージングによって視覚化された。
［００２５０］　結果を図３及び５に示す。
［００２５１］　図３Ａ〜Ｃは、ＤＮＡ標的化ＲＮＡにより方向付けられた、部位特異的修飾ポリペプチド（ストレプトコッカス　ピオゲネスのＣａｓ９／Ｃｓｎ１タンパク質によって例示される）による標的ＤＮＡ切断を示す。（Ａ）放射性標識された標的ＤＮＡは、Ｃａｓ９／Ｃｓｎ１及び（図示された）様々なＤＮＡ標的化ＲＮＡ種の存在下でインキュベートされた。切断産物は、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動で分離され、ホスホイメージングによって視覚化された。（Ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドＣａｓ９／Ｃｓｎ１と組み合わせて使用されたＤＮＡ標的化ＲＮＡの概略図。テストされた単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡの１つ（ＲＮＡキメラＡ）は効率的なターゲットＤＮＡ切断をサポートしたが、他の単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡ（ＲＮＡキメラＢ）はそうではなかった。（Ｃ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡの配列とＤＮＡの標的の概略図。
［００２５２］図５Ａ及び５Ｂは、標的ＤＮＡの切断を示している。図５Ａ．様々な異なる種に由来する部位特異的修飾ポリペプチドＣａｓ９／Ｃｓｎ１（配列は図１２に示される。）とＤＮＡ標的化ＲＮＡとを用いた標的ＤＮＡ切断。この実験は、様々な部位特異的修飾ポリペプチドＣａｓ９／Ｃｓｎ１が、同じＤＮＡ標的化ＲＮＡを利用できることを示す。Ｂ．図５Ａで用いたＤＮＡ標的化ＲＮＡの概略図。
（Ａ−７）「
」
（Ａ−８）「
」
（Ａ−９）「
」
（Ａ−１０）「
」
（Ａ−１１）「
」
ウ　当審の判断
　摘記事項（Ａ−１）からみて、本件優先１の明細書には、ＤＮＡ標的化ＲＮＡと部位特異的修飾ポリペプチドとを用いて、標的ＤＮＡの部位特異的修飾を行うこと、当該標的ＤＮＡの部位特異的修飾を、単細胞真核生物、植物細胞、動物細胞、ヒト細胞などの細胞内の染色体に対して行うことが記載されている。
　そして、摘記事項（Ａ−２）、（Ａ−４）及び（Ａ−７）からみて、本件優先１の明細書には、ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む一本鎖のＤＮＡ標的化セグメント、部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する一本鎖のタンパク質結合セグメント、及び二本鎖ＲＮＡ伸長部分を含むことが記載されている。また、上記摘記事項からみて、本件優先１の明細書には、二重分子及び単一分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡが記載されており、二重分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡはｃｒＲＮＡ様分子及び対応するｔｒａｃｒＲＮＡ様分子を含み、両者がハイブリダイズしてＤＮＡ標的化ＲＮＡを形成し、単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡは２つの相補的なヌクレオチド鎖を含み、その一方はｔｒａｃｒＲＮＡ分子のうちの１つに対して、一連の少なくとも２５個の連続ヌクレオチドにわたって約６０〜１００％同一であり、当該２つの相補的なヌクレオチド鎖はハイブリダイズしてｄｓＲＮＡ二本鎖を形成することが記載されている。さらに、摘記事項（Ａ−４）及び（Ａ−７）からみて、本件優先１の明細書には、ＤＮＡ標的化セグメントがｃｒＲＮＡ様分子を含み、タンパク質結合セグメントが対応するｔｒａｃｒＲＮＡ様分子を含むものであることが記載されていると認める。
　また、摘記事項（Ａ−５）及び（Ａ−７）からみて、本件優先１の明細書には、部位特異的修飾ポリペプチドが、ＤＮＡ標的化ＲＮＡと複合体を形成すること、並びにＤＮＡ標的化ＲＮＡが標的特異性を、及び部位特異的修飾ポリペプチドが部位特異的活性を当該複合体に与えることが記載されている。そして、上記摘記事項（Ａ−５）及び（Ａ−８）からみて、本件優先１の明細書には、部位特異的修飾ポリペプチが、図２に示されるストレプトコッカス　ピオゲネスのＣａｓ９／Ｃｓｎ１などに基づくものであることが記載されている。
　さらに、摘記事項（Ａ−６）、（Ａ−９）及び（Ａ−１１）からみて、本件優先１の明細書には、部位特異的修飾ポリペプチドとしてストレプトコッカス　ピオゲネスのＣａｓ９／Ｃｓｎ１タンパク質を用いて、二重分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡ又は単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡと組み合わせて、実際に標的ＤＮＡを切断したことが記載されているといえる。
　加えて、摘記事項（Ａ−３）及び（Ａ−１０）からみて、本件優先１の明細書には、標的ＤＮＡの切断後に、非相同性末端結合（ＮＨＥＪ）及び相同組み換え修復（ＨＤＲ）を利用して標的ＤＮＡを編集することが記載されている。
　以上からみて、本件優先１の明細書には、ｃｒＲＮＡ様分子を含むＤＮＡ標的化セグメント及び対応するｔｒａｃｒＲＮＡ様分子を含むタンパク質結合セグメントを含む、二重分子又は単一分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡと、部位特異的修飾ポリペプチドであるストレプトコッカス　ピオゲネスのＣａｓ９／Ｃｓｎ１タンパク質すなわちＣａｓ９タンパク質との複合体を用いて、実際に標的ＤＮＡを切断したことが記載されているとともに、そのような複合体を用いて、植物細胞、動物細胞、単細胞真核生物の染色体ＤＮＡを切断し、それに続くＮＨＥＪやＨＤＲを利用して、当該染色体ＤＮＡを修飾することが明記されているといえる。
　ここで、本件優先１の明細書には、Ｃａｓ９タンパク質とＤＮＡ標的化ＲＮＡとの複合体が真核細胞で作用することを実際に示した本件特許の明細書の実施例２に相当する記載はなく、当該実施例２で用いられたＣａｓ９タンパク質に核局在シグナル（ＮＬＳ）を融合させることも記載されていない。また、本件優先１の明細書には、当該複合体が標的ＤＮＡを切断するときに、標的部位の位置決定に必須の構成であるプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）についての記載もない。
　しかし、分子量が４０ｋＤａ以上のタンパク質の核内移行にＮＬＳが必要であることは本件優先１の優先日前の技術常識であり（DAVIS, L. I., Annu. Rev. Biochem., 1995, Vol.64, pp. 865-869の８６６頁２１〜２３行）、ある程度大きな分子量を有するタンパク質等を真核細胞の核内に輸送するためにＮＬＳを融合させることも本件優先１の優先日前の周知技術である。また、Ｃａｓ９タンパク質を用いる系によるＤＮＡ切断にＰＡＭが必要であることも本件優先１の優先日前の技術常識であり、本件優先１の明細書の実施例で実際に用いられているストレプトコッカス　ピオゲネスの系を含む、Ｃａｓ９タンパク質を用いる種々の系のＰＡＭの配列も、本件優先１の優先日前に知られていた（甲３の９２７６頁左欄３〜２９行、９２７９頁左欄３〜２９行、図３、及びMOJICA, F. J. et al., Microbiology, 2009, Vol.155, pp.733-740の７３５頁左欄２５〜５５行、７３６頁左欄７行〜右欄４行、図１、Ｓ２、表Ｓ３）。
　そうすると、植物細胞、動物細胞、単細胞真核生物などの真核細胞内でＣａｓ９タンパク質とＤＮＡ標的化ＲＮＡとの複合体を用いて標的ＤＮＡを修飾することに係る本件発明は、本件優先１の明細書に文言上記載されていただけではなく、その記載及び本件優先１の優先日当時の技術常識に基づいて当業者が実施をすることができたといえ、本件優先１の明細書に記載した事項の範囲内のものであるといえる。
エ　申立人の主張について
　申立人は、本件優先１及び２の明細書のいずれにも、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系がヒト細胞で作用することを実験的に示した本件実施例２に相当する部分は記載されておらず、インビトロ（無細胞系）での部位特異的な標的ＤＮＡの切断しか実証されていないところ、インビトロとインビボの環境の違いや、原核細胞と真核細胞の核膜の有無等や、単一分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡと二重分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡの構造の違いや、甲１４、甲１６などで示された本件特許の発明者であるダウドナ氏の言葉を列挙した上で、本件発明の新規性及び進歩性の判断の基準日は、早くとも本件優先３の優先日である２０１３年１月２８日である旨主張する。
　しかし、申立人が列挙する上記事項は、本件優先１の明細書に記載されたＣａｓ９タンパク質及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを真核細胞に適用する際に考慮すべき事項や、本件特許の発明者の主観に係る事項を示すに留まるものであって、本件優先１の優先日当時、本件優先１の明細書に記載されたＣａｓ９タンパク質及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを真核細胞に適用することが技術的に不可能であったことを示すものでも、当該適用の際に当業者の過度の負担を実際に伴うものであったことを示すものでもない。そして、前記ウで検討したとおり、本件発明は、本件優先１の明細書に記載した事項の範囲内のものであるというべきであるから、申立人の上記主張は採用できない。
オ　小括
　以上からみて、本件発明は、本件優先１の明細書に記載した事項の範囲内のものであり、本件優先１の優先権主張の利益を享受できるから、本件発明についての新規性、進歩性等の判断基準日は、本件優先１の優先日である２０１２年５月２５日となる。
（２）甲１及び甲２に基づく新規性、進歩性欠如について
　前記（１）で検討したとおり、本件発明は、本件優先１の優先権主張の利益を享受できるから、本件発明についての新規性、進歩性等判断基準日は、本件優先１の優先日である。
　これに対して、甲１及び甲２は、本件優先１の優先日である２０１２年５月２５日よりも後の２０１３年１月３日に頒布又は公衆に利用可能となったものであるから、本件発明が新規性及び進歩性を欠如することの根拠とすることはできない。
　したがって、特許異議申立理由１は理由がない。
２　特許異議申立理由２（甲３に基づく進歩性欠如）について
（１）甲３の記載事項
　本件優先１の優先日よりも前に頒布又は公衆に利用可能となった甲３は「ストレプトコッカス　サーモフィルスのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系は大腸菌に免疫力を提供する」と題する学術論文であって、以下の事項が記載されている（なお、英語で記載されているので、当審による翻訳文で示す。また、下線は当審により付与した。）。
（３−１）「ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ適応免疫システムは、ファージや、古細菌及び細菌のプラスミドに対する抵抗力を提供する。ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座は、侵入してきた遺伝子要素由来の短いＤＮＡ配列を統合し、その後、適合する核酸にさらされた際に、低分子ＲＮＡを介した干渉を行う。…
ここでは、Ｓ．サーモフィルスのＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系が大腸菌に移植され、プラスミドによる形質転換やファージの感染に対して異種防御を行うことができることを示す
これらの結果から、活性を有するＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系は、遠縁の属間で移植され得、侵入した核酸に対して異種の干渉を与えることができることがわかった。これを利用して、ファージの攻撃に対してより頑強な株や、プラスミドにコードされた望ましくない遺伝要素を取り込み拡散する可能性が低い安全な微生物を開発することができる
（３−２）「
本研究では、機能的なＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を異種の細菌属にクローニングし、異種発現させたことを初めて報告する
（３−３）「
図２　Ｓ．サーモフィルスのＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系は、大腸菌でのプラスミドによる形質転換に対する免疫力を提供する。Ａ）ＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系のクローニングと、干渉アッセイ用プラスミドの構築を模式的に示したもの。ストレプトコッカス　サーモフィルスのＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系を大腸菌プラスミドｐＡＣＹＣ１８４にクローニングした。ｐＵＣ１８プラスミドにプロトスペーサーとＰＡＭを挿入して干渉アッセイ用プラスミドを得た。Ｂ）プラスミド形質転換干渉アッセイの模式図。Ｓ．サーモフィルスＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系を有する又は有さない、プラスミドｐＣＲＩＳＰＲ３又はｐＡＣＹＣ１８４のいずれかを有する大腸菌ＲＲ１受容株を、プロトスペーサー及びＰＡＭを有するプラスミドｐＳＰ１及びｐＳＰ２、又はｐＵＣ１８で形質転換した。Ｃ）大腸菌細胞でのＳ．サーモフィルスＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系によるプラスミド形質転換の妨害。形質転換効率は、プラスミドＤＮＡのナノグラムあたりのｃｆｕとして表した（平均±ＳＤ）。」（図２及びその脚注）
（３−４）「異種の大腸菌宿主におけるＣＲＩＳＰＲ３系の機能的活性を調べるために、プラスミドＤＮＡ形質転換アッセイを用いた（「材料と方法」の項を参照）。大腸菌のｐＡＣＹＣ１８４と互換性のあるｐＵＣ１８を用いて、ＣＲＩＳＰＲ３アレイのスペーサーＳＰ１及びＳＰ２と同一のプロトスペーサー配列を含むｐＳＰ１及びｐＳＰ２（図２）を、プロトスペーサー配列の下流に対応するＰＡＭ　５′−ＴＧＧＴＧ−３′とともに調製し（補足表Ｓ１）、ｐＣＲＩＳＰＲ３又はｐＡＣＹＣ１８４のいずれかを保有するレシピエント大腸菌細胞におけるプラスミドの形質転換効率を試験した（図２Ｂ）。通常、ＬＢ培地（ＯＤ６００＝０．４）での大腸菌培養液１ｍｌあたり１ｎｇのプラスミドＤＮＡを形質転換に用いた。ｐＡＣＹＣ１８４プラスミドを保有するレシピエント株をｐＳＰ１、ｐＳＰ２又はｐＵＣ１８を用いて形質転換した場合、形質転換体の数は１０３コロニー形成単位（ｃｆｕ）を超えた（図２Ｃ）。しかし、ｐＣＲＩＳＰＲ３プラスミドを保有するレシピエント株を同じセットのプラスミドで形質転換したところ、ｐＳＰ１及びｐＳＰ２プラスミドではコロニーは得られなかったが（図２Ｃ）、プロトスペーサーを欠くコントロールプラスミド（ｐＵＣ１８）では１０３ｃｆｕが得られた。これは、ｐＣＲＩＳＰＲ３プラスミドのスペーサーＳＰ１及びＳＰ２に対するＣＲＩＳＰＲにコードされた特異的免疫の存在と一致する。興味深いことに、ｐＵＣ１８には、ＣＲＩＳＰＲ３系のＰＡＭに対応する５′−ＧＧＴＧ−３′配列が９５個追加されているが、対応するプロトスペーサー配列はない。このことは、ＣＲＩＳＰＲにコードされた免疫が生じるために、プロトスペーサーと隣接するＰＡＭの両方が必要であることと一致している。要するに、これらの結果は、異種のプラスミドｐＣＲＩＳＰＲ３が、対応するプロトスペーサー及びＰＡＭの両方を保有しているｐＳＰ１およびｐＳＰ２プラスミドの形質転換に干渉し、対照のｐＵＣ１８プラスミドには干渉しないことを示す。」（９２７８頁「The CRISPR3/Cas system prevents plasmid transformation in E.coli」欄の２８〜３５行）
（３−５）「
グラム陽性菌であるＳ．サーモフィルス種のＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系をプラスミドにクローニングして、グラム陰性菌である大腸菌の宿主に移すことができることを、ここで初めて実験的に証明した
さらに、この異種システムは、一致するプロトスペーサー配列やＰＡＭを持つプラスミドやファージが入ってきても耐性を発揮することを示している
特に、細菌に、ウイルスやプラスミドに対するワクチンを接種するために、種間で活性型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を移すことの実用化に向けた新たな可能性を開く
（２）甲３発明
　摘記事項（３−３）及び（３−４）からみて、甲３には、Ｓ．サーモフィルスのＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系をプラスミドｐＡＣＹＣ１８４にクローニングしてプラスミドｐＣＲＩＳＰＲ３を得たこと、ＣＲＩＳＰＲ３アレイのスペーサー１及びスペーサー２と同一のプロトスペーサー１及び２のいずれかとＰＡＭとをプラスミドｐＵＣ１８に挿入して２種類の干渉アッセイ用プラスミドｐＳＰ１及びｐＳＰ２を得たこと、ＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系を有するｐＣＲＩＳＰＲ３又は当該系を有さないｐＡＣＹＣ１８４のいずれかを有する大腸菌を、ｐＳＰ１、ｐＳＰ２又はｐＵＣ１８で形質転換したことが記載されているとともに、ｐＣＲＩＳＰＲ３を有する大腸菌では、ｐＳＰ１又はｐＳＰ２での形質転換が干渉された一方、ｐＵＣ１８での形質転換は干渉されなかったこと、ｐＡＣＹＣ１８４を有する大腸菌では、ｐＳＰ１、ｐＳＰ２及びｐＵＣ１８いずれのプラスミドでの形質転換も干渉されなかったことが記載されている。
　以上からみて、甲３には、Ｓ．サーモフィルスのＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系がクローニングされたプラスミドｐＣＲＩＳＰＲ３が導入された大腸菌では、プロトスペーサーとＰＡＭとが挿入されたプラスミドによる形質転換が干渉される、すなわち形質転換に対する免疫力が提供されることが具体的に記載されているといえるから、甲３には、以下の発明（以下「甲３発明」という。）が記載されていると認める。
「Ｓ．サーモフィルスのＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系がクローニングされたプラスミドｐＣＲＩＳＰＲ３を大腸菌に導入することにより、大腸菌に、プロトスペーサー及びＰＡＭを有するプラスミドによる形質転換に対する免疫力を提供する方法。」
（３）本件発明１について
ア　甲３発明との対比
（ア）そのタイトル、摘記事項（３−２）及び（３−５）からみて、甲３は、ＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系を、その由来となった細菌とは異種の細菌において、ファージやプラスミドに対するワクチンとして用いて、当該異種の細菌に、ファージの攻撃や望まないプラスミドによる形質転換に対する免疫力を提供することを主題とする文献であるといえる。
　そして、そこから認定される甲３発明は、上述のとおり、細菌にとって異物というべきファージやプラスミドに対する免疫力を提供することに関する発明である。一方、本件発明１は、植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物という真核細胞内で標的ＤＮＡを修飾することに関する発明である。そして、発明の目的が、甲３発明はファージやプラスミドに対する免疫力の提供であるところ、本件発明１は細胞内標的ＤＮＡの修飾であり、また、発明の適用対象も、甲３発明は細菌（原核細胞）であるところ、本件発明１は真核細胞であるから、甲３発明は本件発明１と技術分野が関連しているとはいえず、甲３発明が本件発明１の技術分野における当業者が検討対象とする範囲内のものとはいえない。
　したがって、甲３発明は、そもそも本件発明１と対比すべき、特許法２９条１項３号の発明であるとはいえず、甲３発明を、本件発明１の進歩性を欠如することの根拠とすることはできないというべきである。
　よって、本件発明１は、甲３発明に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえないというべきである。
（イ）前記（ア）で検討したとおり、甲３発明を、本件発明１の進歩性を欠如することの根拠とすることはできないものの、仮に、本件発明１と甲３発明とを対比した場合は、以下のとおりである。
　本件優先１の優先日当時の技術常識からみて、甲３発明の「Ｓ．サーモフィルスのＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系がクローニングされたプラスミドｐＣＲＩＳＰＲ３」には、本件発明１でいう「Ｃａｓ９ポリペプチド」をコードするＤＮＡが含まれるとともに、「ＤＮＡ標的化ＲＮＡ」すなわち「標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメント」及び「Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメント」を含むＲＮＡをコードするＤＮＡが含まれているといえ、また、当該タンパク質結合セグメントは、「ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する、２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含」んでいるといえる。そして、本件優先１の優先日当時の技術常識からみて、「Ｃａｓ９ポリペプチド」と「ＤＮＡ標的化ＲＮＡ」とが複合体を形成することは明らかである。
　また、本件優先１の優先日当時の技術常識からみて、甲３発明において、「プロトスペーサー及びＰＡＭを有するプラスミドによる形質転換に対する免疫力」は、ＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系により当該プロトスペーサーが切断されることにより発揮されるといえるから、甲３発明の「プロトスペーサー及びＰＡＭを有するプラスミド」における「プロトスペーサー」が、本件発明１において、Ｃａｓ９ポリペプチドとＤＮＡ標的化ＲＮＡとが形成する複合体が切断する「標的ＤＮＡ」に一応相当するものであるといえる。
　以上からみて、本件発明１と甲３発明とは、
「細胞内で標的ＤＮＡを複合体と接触させることを含み、
該複合体は、
（ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド並びに
（ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡであって、
 （ｉ）該標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメント；および
 （ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する、２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む、該タンパク質結合セグメント
を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ
を含む複合体であり、
該標的ＤＮＡは切断される、方法」
である点で一応一致し、次の相違点１及び２で相違する。
（相違点１）標的ＤＮＡを切断することにより、本件発明１は「標的ＤＮＡを修飾」するものであるのに対し、甲３発明は「大腸菌」に「免疫力を提供する」ものである点。
（相違点２）細胞が、本件発明１は「植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物であり、該細胞は、インビボのヒト細胞ではなく、ヒト生殖細胞ではなく、およびヒト胚細胞ではな」いと特定されているのに対し、甲３発明は「大腸菌」である点。
イ　判断
　まず、相違点２について検討する。前記ア（ア）で検討したとおり、甲３は、ＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系を、その由来となった細菌とは異種の細菌に導入することにより、ファージやプラスミドに対するワクチンとして用いて、当該異種の細菌に、ファージの攻撃や望まないプラスミドによる形質転換に対する免疫力を提供することができたことを報告する文献であって、ＣＲＩＳＰＲ３／Ｃａｓ系を導入する先は細菌にとどまり、それ以外の細胞におけるワクチンとして用いることは記載されてはおらず、そのようなことを示唆する記載もないから、甲３の記載からは、甲３発明を細菌以外の細胞に適用する動機付けを見出すことはできず、ましてや、原核生物である細菌とは大きく異なる真核細胞を選択する動機付けを見出すことはできない。
　ここで、申立人が提出した甲４には、ストレプトコッカス　ピオゲネスのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系におけるｔｒａｃｒＲＮＡの役割を同定したことが記載されてはいるものの、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞に適用することは記載も示唆もされていない。また、申立人が提出した甲５には、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を遺伝子工学技術に利用することが例示されてはいるものの、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞に適用することは記載も示唆もされていない。
　そうすると、甲３発明を真核細胞に適用する動機付けを、甲３〜５の記載から見出すことはできない。したがって、相違点２を容易想到とはいえないから、相違点１について検討するまでもなく、本件発明１は、甲３発明及び甲３〜５の記載に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
ウ　申立人の主張について
　申立人は、要するに、ゲノム編集を哺乳類細胞、特にヒト細胞で行う方法の開発の重要性は本件優先１の優先日において周知であり（例えば、甲７）、かかる開発に対して強い動機付けがあったといえるところ、甲３に開示されたｐＣＲＩＳＰＲ３プラスミドにおいて、プロモーターを真核細胞での発現に適したものに置き換えたものを真核細胞に導入することで、大腸菌で実証されたのと同様にプラスミド干渉が生じることは、当然に期待されるものであったから、本件発明１は、甲３発明並びに甲４、５及び７の記載から、本件優先１の優先日前に当業者が容易に想到し得るものであると主張する。
　しかし、上述のとおり、そもそも甲３は細菌の免疫を異種の細菌に移入することができたことを報告する文献であってゲノム編集とは関係がないのだから、たとえゲノム編集を哺乳類細胞で行う方法の開発の重要性が周知であったとしても、甲３に開示されたＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞に適用する動機付けを見出すことはできない。念のため甲７を検討してみても、甲７はＴＡＬＥＮを真核細胞に適用することが記載されているものであり、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞に適用することは記載も示唆もされておらず、甲７の記載から、甲３発明を真核細胞に適用する動機付けを見出すことはできない。そして、申立人の提出したその余の証拠をみても、本件優先１の優先日前に、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞に適用することを記載あるいは示唆するものは見出せない。また、前記アで検討したとおり、甲３〜甲５の記載からは、甲３発明を真核細胞に適用する動機付けを見出すことはできないというべきである。
　よって、申立人の上記主張は採用できない。
ウ　小括
　以上のとおりであるから、本件発明１は、甲３発明及び甲３〜５及び７の記載に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
（４）本件発明２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２及び２５〜２７について
　本件発明２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２及び２５〜２７は、前記第２で示すとおりである。
　そして、前記（３）ア（ア）で検討したことと同様の理由により、甲３発明は、これらの発明とは、その技術分野も、発明が解決しようとしている課題も大きく相違しているといえるから、甲３発明は、これらの発明と対比し得る発明とはいえず、甲３発明を、これらの発明の進歩性を欠如することの根拠とすることはできない。
　また、本件発明１の発明特定事項を全て含み、本件発明１の発明特定事項をさらに限定するものであるから、前記（３）ア（イ）以降で検討したことと同様の理由により、本件発明２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２及び２５〜２７は、甲３発明及び甲３〜５及び７の記載に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
（５）本件発明２８、２９、３２〜４２、４４、４５及び４８について
　本件発明２８、２９、３２〜４２、４４、４５及び４８は、前記第２で示すとおりである。
　そして、前記（３）ア（ア）で検討したことと同様の理由により、甲３発明は、これらの発明とは、その技術分野も、発明が解決しようとしている課題も大きく相違しているといえるから、甲３発明は、これらの発明と対比し得る発明とはいえず、甲３発明を、これらの発明の進歩性を欠如することの根拠とすることはできない。
　また、仮に、これらの発明と甲３発明とを対比した場合は、以下のとおりである。
　本件発明２８及び２９は組成物に係る発明であるところ、これらの発明は、要するに、（ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド、または該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びに（ｂ）（ｉ）ＤＮＡ標的化セグメント、及び（ｉｉ）タンパク質結合セグメントを含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、又は該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチドを含む組成物であって、ＤＮＡ標的化セグメントが、植物細胞、動物細胞又は単細胞真核生物内に存在するＤＮＡを標的とする点で本件発明１と共通している。すなわち、本件発明２８及び２９は、いわゆるＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞に適用することに関する発明であるといえる。
　ここで、前記（３）ア（イ）以降で検討したとおり、甲３発明を真核細胞に適用する動機付けを、甲３〜５及び７の記載から見出すことはできないのであるから、同様の理由により、本件発明２８及び２９は、甲３発明及び甲３〜５及び７の記載に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
　また、本件発明３２〜４２、４４、４５及び４８は、本件発明２８又は２９の発明特定事項を全て含み、本件発明２８又は２９の発明特定事項をさらに限定するものであるから、同様の理由により、甲３発明及び甲３〜５及び７の記載に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
（６）本件発明５１、５２、５５〜６１及び６４について
　本件発明５１、５２、５５〜６１及び６４は、前記第２で示すとおりである。
　そして、前記（３）ア（ア）で検討したことと同様の理由により、甲３発明は、これらの発明とは、その技術分野も、発明が解決しようとしている課題も大きく相違しているといえるから、甲３発明は、これらの発明と対比し得る発明とはいえず、甲３発明を、これらの発明の進歩性を欠如することの根拠とすることはできない。
　また、仮に、これらの発明と甲３発明とを対比した場合は、以下のとおりである。
　本件発明５１は、ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、又は該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドを含有する組成物に係るものであり、本件発明５２は、ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、又は該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドに係るものであるところ、これらの発明は、要するに、（ａ）ＤＮＡ標的化セグメント及び（ｂ）タンパク質結合セグメントを含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、又は該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドを含み、ＤＮＡ標的化セグメントが、植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡを標的とする点で本件発明１と共通している。すなわち、本件発明５１及び５２も、いわゆるＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞に適用することに関する発明であるといえる。
　ここで、前記（３）ア（イ）以降で検討したとおり、甲３発明を真核細胞に適用する動機付けを、甲３〜５及び７の記載から見出すことはできないのであるから、同様の理由により、本件発明５１及び５２は、甲３発明及び甲３〜５及び７の記載に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
　また、本件発明５５〜６１及び６４は、本件発明５１又は５２の発明特定事項を全て含み、本件発明５１又は５２の発明特定事項をさらに限定するものであるから、同様の理由により、甲３発明及び甲３〜５及び７の記載に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
（７）本件発明６５、６６、７２及び７３について
　本件発明６５、６６、７２及び７３は、前記第２で示すとおりである。
　そして、前記（３）ア（ア）で検討したことと同様の理由により、甲３発明は、これらの発明とは、その技術分野も、発明が解決しようとしている課題も大きく相違しているといえるから、甲３発明は、これらの発明と対比し得る発明とはいえず、甲３発明を、これらの発明の進歩性を欠如することの根拠とすることはできない。
　また、仮に、これらの発明と甲３発明とを対比した場合は、以下のとおりである。
　本件発明６５は、（ｉ）ＤＮＡ標的化セグメント及び（ｉｉ）タンパク質結合セグメントを含むＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含み、当該ヌクレオチド配列が、真核生物細胞において機能的なプロモーターに作動可能に連結している、核酸に係るものであるところ、この発明は、要するに、ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を、真核生物細胞において機能的なプロモーターにより転写することを意図したものであるから、本件発明６５も、いわゆるＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞に適用することに関する発明であるといえる。
　ここで、前記（３）ア（イ）以降で検討したとおり、甲３発明を真核細胞に適用する動機付けを、甲３〜５及び７の記載から見出すことはできないのであるから、同様の理由により、本件発明６５は、甲３発明及び甲３〜５及び７の記載に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
　また、本件発明６６、７２及び７３は、本件発明６５の発明特定事項を全て含み、本件発明６５の発明特定事項をさらに限定するものであるから、同様の理由により、甲３発明及び甲３〜５及び７の記載に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
（８）本件発明７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５について
　本件発明７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５前記第２で示すとおりである。
　そして、前記（３）ア（ア）で検討したことと同様の理由により、甲３発明は、これらの発明とは、その技術分野も、発明が解決しようとしている課題も大きく相違しているといえるから、甲３発明は、これらの発明と対比し得る発明とはいえず、甲３発明を、これらの発明の進歩性を欠如することの根拠とすることはできない。
　また、仮に、これらの発明と甲３発明とを対比した場合は、以下のとおりである。
　本件発明７６〜７８はキットに係る発明であるところ、これらの発明は、要するに、（ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド、または該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びに（ｂ）（ｉ）ＤＮＡ標的化セグメント、及び（ｉｉ）タンパク質結合セグメントを含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、又は該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチドを含む組成物であって、ＤＮＡ標的化セグメントが、植物細胞、動物細胞又は単細胞真核生物内に存在するＤＮＡを標的とする点で本件発明１と共通している。すなわち、本件発明７６〜７８は、いわゆるＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞に適用することに関する発明であるといえる。
　ここで、前記（３）ア（イ）以降で検討したとおり、甲３発明を真核細胞に適用する動機付けを、甲３〜５及び７の記載から見出すことはできないのであるから、同様の理由により、本件発明７６〜７８は、甲３発明及び甲３〜５及び７の記載に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
　また、本件発明７９、８０、８３〜８９、９２及び９５はは、本件発明７６〜７８おいずれかの発明特定事項を全て含み、本件発明７６〜７８の発明特定事項をさらに限定するものであるから、同様の理由により、甲３発明及び甲３〜５及び７の記載に基づいて、当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
（９）まとめ
　前記（３）〜（８）で検討したとおりであるから、甲３発明を、本件発明１、２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２、２５〜２９、３２〜４２、４４、４５、４８、５１、５２、５５〜６１、６４〜６６、６９、７２、７３、７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５の進歩性を欠如することの根拠とすることはできず、これらの発明は、甲３発明に基づいて当業者が容易に想到し得るものとはいえず、また、仮に甲３発明と対比したとしても、これらの発明は、甲３発明及び甲３〜５及び７の記載に基づいて当業者が容易に想到し得るものとはいえない。
　したがって、特許異議申立理由２は理由がない。
３　特許異議申立理由３（甲６出願に基づく拡大先願）について
（１）前提
　２０１３年３月２０日に出願された甲６出願は、２０１２年３月２０日及び２０１２年４月１７を優先日とする優先権主張を伴うものであるから（以下、各優先権を、優先日の早い順に「甲６優先１」及び「甲６優先２」といい、各優先日を「甲６優先１の優先日」及び「甲６優先２の優先日」といい、各優先権書類を「甲６優先１の明細書」、「甲６優先２の明細書」という。）、甲６出願の国際出願日における国際出願の明細書、請求の範囲又は図面（以下「当初明細書等」という。）に記載された発明であって、甲６優先１の明細書（文献Ｂ）又は甲６優先２の明細書（文献Ｃ）に共通して記載された発明であれば、当該発明は甲６優先１又は２の優先権主張の利益を享受することができることになる。
（２）甲６発明の優先日について
ア　申立人の主張
　申立人は、要するに、甲６出願の当初明細書等には、本件発明と同様の、
　Ａ）標的ＤＮＡを修飾する方法であって、
　Ｂ）該細胞内で該標的ＤＮＡを複合体と接触させることを含み、
　Ｃ）該複合体は、
　　Ｃ−１）（ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド並びに
　　Ｃ−２）（ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ
　を含む複合体であり、
　Ｄ、Ｅ）該細胞は、哺乳動物細胞であり、該細胞はインビボのヒト細胞でなく、
　Ｆ）該修飾は標的ＤＮＡの切断である、
　前記標的ＤＮＡを修飾する方法
に係る発明（以下「甲６発明」という。）が記載されており、かつ、甲６発明は、甲６優先１の明細書に記載されているか、記載されているに等しいものであるから、甲６発明は、甲６優先１の優先権主張の利益を享受することができると主張するので、以下で検討する。
イ　甲６優先１の明細書の記載事項
　甲６優先１の明細書（甲１７及び文献Ｂ）には、次の事項が記載されている（なお、英語で記載されているので、当審による翻訳文で示す。）。
（Ｂ−１）「［請求項１］　標的ＤＮＡ分子を部位特異的に修飾するための方法であって、
適した条件下で、
　標的ＤＮＡ分子と
　ＲＮＡ配列並びに少なくとも１つのＲｕｖＣ活性部位モチーフ及びＨＮＨ活性部位モチーフを含むＲＮＡ誘導性ＤＮＡエンドヌクレアーゼと
を接触させて、
その結果、ＲＮＡ配列と標的ＤＮＡ分子の相補的結合によって決定される領域において修飾された標的ＤＮＡ分子を得る工程を含む、方法。
［請求項２］　ａ）配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも８０％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドと、
　ｂ）ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座を有する微生物中に存在する少なくとも２２ヌクレオチドのリピートを含む３′領域と、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座中のリピートのすぐ下流の少なくとも２０ヌクレオチドのスペーサー配列を含む５′領域とを含む３′及び５′領域を含むポリリボヌクレオチドとを含む、タンパク質−ＲＮＡ複合体。（当審注：請求項２中に記載の「ＳＥＱ＃１Ｃａｓ９＿ＣＲＩＳＰＲ３＿Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ＿ＤＧＣＣ７７１０」のアミノ酸配列の摘記は省略。）
…
［請求項１４］　請求項２に記載の前記ポリペプチド及びポリヌクレオチド複合体を組み立てるのに必要な、請求項２に記載の前記複合体中の前記ポリペプチド、ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｃｒＲＮＡをインビボで得るための方法であって、
ここで、ｔｒａｃｒＲＮＡは、Ｓ．サーモフィルスＤＧＣＣ７７１０　ＣＲＩＳＰＲ３系ステムに由来するリピート領域及び下流の領域と少なくとも８０％の相補性を示す配列を含むポリヌクレオチドであり、及びＣＲＩＳＰＲ　ＲＮＡは、スペーサー及び両端に位置するリピート配列からなるポリヌクレオチドであり、
請求項２に記載の前記ポリペプチド及びポリリボヌクレオチド、並びにｔｒａｃｒＲＮＡが、遺伝子改変された微生物の少なくとも１つのプラスミド中にコードされており、
前記プラスミドは、遺伝子改変された微生物の宿主プロモーター又は本来の宿主のプロモーターを含んでいる、
前記方法。
…
［請求項１９］　ヌクレオチド配列を切断するための方法であって：
　ＤＮＡ切断に適した条件下で、請求項２の複合体を標的ＤＮＡとインキュベートする工程であって、
標的ＤＮＡは
　複合体のポリリボヌクレオチドのスペーサー配列に少なくとも８０％相補的なプロトスペーサー配列、及び
　プロトスペーサー配列の下流のプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列であるＮＧＧＮＧを含み、
ポリペプチドは、ＰＡＭ配列の４ｎｔ上流に位置する切断部位で両方の標的ＤＮＡ鎖を切断して、平滑末端を作製する、ヌクレオチド配列を切断するための方法。
…
［請求項３１］　Ｃａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体をインビボで組み立てる方法。
［請求項３２］　Ｃａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体をインビトロで組み立てる方法。
［請求項３３］　インビボ又はインビトロで組み立てられたＣａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体による二本鎖ＤＮＡ及び一本鎖ＤＮＡの部位特異的切断の方法。」
（Ｂ−２）「ストレプトコッカス　ピオゲネスのタイプＩＩＡ　ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系では、トランスエンコードされた低分子ＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）と細菌のＲＮａｓｅｌｌｌがｃｒＲＮＡの生成に関与していることが示されている（Ｄｅｌｔｃｈｅｖａ　ｅｔ　ａｌ，　２０１１）」（５頁最終段落２〜４行）
（Ｂ−３）「触媒能力を有するＣａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体のインビトロでの組み立てでは、（Ｈｉｓ）６タグ付きＣａｓ９タンパク質を、ＣＲＩＳＰＲ　ＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡ転写産物と、１：０．５：１のモル比で混合し、１０　ｍＭ　Ｔｒｉｓ−ＨＣＩ（３７℃、ｐＨ７．５）、１００ｍＭ　ＮａＣｌを含むバッファーで、３７℃で３０分間プレインキュベートし、次いで、ＲＮＡｓｅ　ＩＩＩ（Ａｍｂｉｏｎ）、ＭｇＣｌ２、ＤＴＴを添加し、さらに３０分間インキュベートした。」（３０頁２０〜２３行）
ウ　当審の判断
　摘記事項（Ｂ−１）及び（Ｂ−２）からみて、甲６優先１の明細書には、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座に由来するリピート配列を３′領域に含み、スペーサー配列を５′領域に含むＲＮＡと、ストレプトコッカス　ピオゲネスなどのＣａｓ９タンパク質との複合体を用いて、標的ＤＮＡを部位特異的に修飾することが記載されている。また、摘記事項（Ｂ−１）からみて、甲６優先１の明細書には、ＤＮＡの部位特異的切断に用いるＣａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体を、インビボ又はインビトロで組み立てることが記載されている。さらに、摘記事項（Ｂ−３）からみて、甲６優先１の明細書には、Ｃａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体を、（Ｈｉｓ）６タグ付きＣａｓ９タンパク質を、ＣＲＩＳＰＲ　ＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡ転写産物と混合、インキュベート等することによりインビトロで組み立てたことが記載されている。
　以上からみて、甲６優先１の明細書には、Ｃａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体をインビボ及びインビトロで組み立てることが記載されているとともに、実際に当該Ｃａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体をインビトロで組み立てたことが記載されているといえる。しかし、甲６優先１の明細書には、当該Ｃａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体を、哺乳動物細胞などの真核細胞内の標的ＤＮＡと接触させることや、当該標的ＤＮＡを切断することについては記載されておらず、そのようなことを示唆する記載もない。甲６優先２の明細書である文献Ｃをみても同様である。
　したがって、哺乳動物細胞内で標的ＤＮＡをＣａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体と接触させることにより、標的ＤＮＡを切断して修飾する方法に係る甲６発明は、甲６優先１及び２の明細書に記載した事項の範囲内のものであるとはいえず、甲６発明は、甲６優先１及び２の優先権主張の利益を享受することはできない。
エ　申立人の主張について
　申立人は、要するに、甲６優先１の明細書（甲１７）にも、インビボ又はインビトロで組み立てられたＣａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体による標的ＤＮＡの部位特異的切断の方法などが記載されているとともに、原核細胞内でＣａｓ９、ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡを組み立てることで、部位特異的な標的ＤＮＡ分子の修飾が可能となることが、原核生物を用いたデータとともに裏付けを伴って記載されていること、及び、インビボとして用いられる細胞には原核細胞だけでなく真核細胞もあり、真核細胞の核内に輸送するためにＮＬＳを融合することも甲６優先１の優先日当時の周知技術であることから、甲６発明は、甲６優先１の明細書に記載されているか、記載されているに等しいものであって、甲６優先１の優先権主張の利益を享受することができると主張する。
　しかし、前記ウで検討したとおり、甲６優先１の明細書には、Ｃａｓ９−ｃｒＲＮＡ複合体を、哺乳動物細胞などの真核細胞内の標的ＤＮＡと接触させることや、当該標的ＤＮＡを切断することについては記載されておらず、そのようなことを示唆する記載もないから、甲６発明は、甲６優先１の優先権主張の利益を享受することはできないというべきであり、申立人の上記主張は採用できない。
（３）甲６出願に基づく拡大先願について
　前記（２）で検討したとおり、甲６発明は、甲６優先１及び２の優先権主張の利益を享受することはできず、甲６発明についての拡大先願の地位は、甲６出願の出願日である２０１３年３月２０日となるところ、本件特許の出願日は、それより前の２０１３年３月１５日であるから、甲６発明は、本件発明を拡大先願に基づいて拒絶することの根拠とすることはできない。
　したがって、特許異議申立理由３は理由がない。
４　特許異議申立理由４（サポート要件違反、実施可能要件違反）について
（１）申立人の主張
　申立人は、本件特許の明細書の発明の詳細な説明は、真核細胞におけるゲノム編集が裏付けを伴って記載されているとはいえないから、本件特許の特許請求の範囲の記載はサポート要件に違反し、また、本件特許の明細書の発明の詳細な説明は、実施可能要件に違反すると主張しているので、検討する。
（２）判断
　本件発明１、２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２、２５〜２９、３２〜４２、４４、４５、４８、５１、５２、５５〜６１、６４〜６６、６９、７２、７３、７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５が、前記２（３）〜（８）で検討したとおり、いずれもＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞に適用することに関する発明であることと、本件特許の明細書【０００８】の記載とを併せ考慮すれば、本件発明の解決しようとする課題は、真核細胞内の標的ＤＮＡを部位特異的に修飾するための方法、並びにそれに用いる部位特異的修飾ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを提供することであり、本件発明は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞内の標的ＤＮＡの修飾に利用することを見出して、その課題を解決したものであるといえる。
　ここで、本件発明は、前記第２に示されるとおり、全ての発明において、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を構成する部位特異的修飾ポリペプチドについては「Ｃａｓ９ポリペプチド」に特定されており、また、「ＤＮＡ標的化ＲＮＡ」については、「標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメント」及び「Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する、２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む、該タンパク質結合セグメント」を含むものであることが特定されている。
　そして、Ｃａｓ９ポリペプチドについては、種々のものが、本件特許の明細書【０２００】〜【０２０２】、図３、図５などに相当程度詳細に記載されており、その精製方法も【０４５２】、【０４５３】などに具体的に記載されており、ＤＮＡ標的化ＲＮＡについても、二重分子の場合と単一分子の場合とについて、本件特許の明細書の【００７４】〜【００８２】、【０１１３】〜【０１２８】、図１、図９、図１９−２，図２８−２、図２９−２などに相当程度詳細に記載されている。また、本件特許の明細書の実施例１には、部位特異的修飾ポリペプチドであるＳ．ピオゲネスのＣａｓ９ポリペプチドを、上記特定のとおりの構造を有する二重分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡ又は単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡと組み合わせて、実際に標的ＤＮＡを切断したことが記載されている（特に図１４）。
　以上からみて、本件特許の明細書には、Ｃａｓ９ポリペプチドと、上記特定のとおりの構造を有する単一分子及び二重分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡとを組み合わせて、真核細胞内の標的ＤＮＡを部位特異的に修飾するための方法、並びにそれに用いる部位特異的修飾ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡが具体的かつ詳細に記載されているといえるから、当業者であれば、本件特許の明細書の記載から本件発明が上記課題を解決できることを認識できるといえる。さらにいえば、本件特許の明細書の実施例２には、Ｓ．ピオゲネスのＣａｓ９ポリペプチドと、単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡとを組み合わせて、真核細胞において実際に標的ＤＮＡを切断したことが記載されているところ、これは、本件特許の明細書の記載にしたがって行った結果、実際に真核細胞内の標的ＤＮＡを部位特異的に修飾できることを示したものということになる。
　したがって、本件発明は本件特許の明細書に記載した範囲内のものといえるから、本件発明はサポート要件に適合していることになる。また、本件特許の明細書は、本件発明に関する事項にについて具体的かつ詳細に記載されており、本件発明を当業者が実施することができる程度に明確かつ十分に記載されているといえるから、本件特許の明細書は実施可能要件に適合していることになる。
（３）申立人の主張について
　申立人は、要するに、以下のア〜カの点で特許請求の範囲の記載が広範すぎることから、本件特許はサポート要件及び実施可能要件に違反する旨主張する。
ア　ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系によるＤＮＡ切断にはＰＡＭ配列が必須であるところ、本件発明において、標的ＤＮＡ内の配列におけるＰＡＭ配列の存在が特定されていない。
イ　本件発明の標的ＤＮＡとしてはミトコンドリア内や葉緑体内の配列も包含されるが、本件特許の明細書には、これらの細胞小器官においても同様にゲノム編集が行えることが何ら裏付けを伴って記載されておらず、また、本件発明において、標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡであることが特定されていない。
ウ　真核細胞の染色体ゲノムＤＮＡの切断には核移行シグナル（ＮＬＳ）が必須であるところ、本件発明において、Ｃａｓ９ポリペプチドにＮＬＳが結合されていることが特定されていない。
エ　本件発明において、Ｃａｓ９ポリペプチドが限定されていないから、本件特許の明細書の【０００９】からみて、本件発明におけるＣａｓ９ポリペプチドには、ヌクレアーゼ活性やｔｒａｃｒＲＮＡとの結合能を欠失したものも包含されている。
オ　部位特異的な標的ＤＮＡの切断において、Ｃａｓ９ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡの由来が同一あるいは近縁種であることが必要であるが、本件発明には、かかる組み合わせが特定されていない。
カ　甲１９からみて、ｓｇＲＮＡのステムループ１が機能的なＣａｓ９−ｓｇＲＮＡ複合体の形成に不可欠であるにもかかわらず、本件発明の「タンパク質結合セグメント」の特にｄｓＲＮＡを形成する領域部分に関する構造的な特定がなされていない。
　そこで、申立人の上記主張ア〜カについて検討する。
　まず、前記（２）で検討したとおり、本件発明の課題は、真核細胞内の標的ＤＮＡを部位特異的に修飾するための方法、並びにそれに用いる部位特異的修飾ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを提供することであり、本件発明は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞内の標的ＤＮＡの修飾に利用することを見出して、その課題を解決したものである。
　ここで、主張ア及びウについて検討すると、前記１（１）ウで検討したとおり、Ｃａｓ９ポリペプチドを用いる系によるＤＮＡ切断にＰＡＭが必要であることは本件特許の出願日前の技術常識であり、また、ある程度大きな分子量を有するタンパク質を真核細胞の核内に輸送するためにＮＬＳを融合させることも本件特許の出願日前の周知技術であり、さらにいえば、本件特許の明細書の【０２００】、【０２０１】などには種々のＰＡＭが例示されており、本件特許の明細書の【０２０９】にはＮＬＳを用いることが記載されているから、本件発明の課題を解決するために、本件発明において、ＰＡＭ配列を考慮することやＮＬＳを用いることは当業者にとって明らかなことである。したがって、本件発明において、ＰＡＭ配列の存在や、ＮＬＳの結合についての特定がないことは、本件のサポート要件及び実施可能要件の判断を左右するものではない。よって、申立人の主張ア及びウは採用できない。
　次に、主張イについて検討する。上記したとおり、本件発明は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を真核細胞内の標的ＤＮＡの修飾に利用することを見出して、その課題を解決したものである。そして、前記（２）で検討したとおり、本件特許の明細書には、真核細胞内の標的ＤＮＡに、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を作用させるための手段が開示されているのだから、本件はサポート要件及び実施可能要件に適合しているというべきである。申立人は、ミトコンドリア内や葉緑体内のＤＮＡを問題視するが、本件発明において標的ＤＮＡがミトコンドリア内や葉緑体内のものであることが特定されているわけではないから、本件のサポート要件及び実施可能要件の判断を左右するものではない。さらにいえば、ミトコンドリア内や葉緑体内のＤＮＡを標的とすることに関し、本件特許の明細書の【０２０９】にはミトコンドリア局在化シグナルや葉緑体局在化シグナルを用いることが記載されており、また、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系は原核細胞に由来するところ、ミトコンドリア内や葉緑体内のＤＮＡは原核細胞内のＤＮＡと同様の存在形態のものであるから、当業者であれば、ミトコンドリア内や葉緑体内のＤＮＡにもＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系は作用し得ると認識すると認められ、サポート要件及び実施可能要件に適合するといえる。よって、申立人の主張イは採用できない。
　次に、主張エについて検討する。申立人がいう本件特許の明細書の【０００９】は、「部位特異的修飾ポリペプチド」について説明するものであるところ、本件発明は、当該「部位特異的修飾ポリペプチド」が「Ｃａｓ９ポリペプチド」に特定されているのであるから、申立人の主張エは失当である。また、本件特許の出願日前から種々の細菌に由来する様々なＣａｓ９が当業者に周知であり、本件特許の明細書にもそれらが記載されているから、上記した本件発明の課題を解決する手段として、それらの中から必要に応じて本件発明における「Ｃａｓ９ポリペプチド」を採用することは当業者にとって明らかである。したがって、本件発明において、Ｃａｓ９ポリペプチドが限定されていないことは、本件のサポート要件及び実施可能要件の判断を左右するものではない。よって、申立人の主張エは採用できない。
　次に、主張オについて検討する。上記したように、本件特許の出願日前から種々の細菌に由来する様々なＣａｓ９が当業者に周知であり、それと組み合わせるＤＮＡ標的化ＲＮＡは同一又は近縁のものを採用することも当業者に周知であったから、本件発明の課題を解決する手段として、本件発明におけるＤＮＡ標的化ＲＮＡとして、用いる「Ｃａｓ９ポリペプチド」の由来に応じたものを採用することは当業者にとって明らかである。したがって、本件発明において、Ｃａｓ９ポリペプチドとＤＮＡ標的化ＲＮＡとの由来が同一又は近縁種であることが特定されていないことは、本件のサポート要件及び実施可能要件の判断を左右するものではない。よって、申立人の主張オは採用できない。
　最後に、主張カについて検討する。前記（２）で検討したとおり、本件特許の明細書には、Ｃａｓ９ポリペプチドと、単一分子及び二重分子のＤＮＡ標的化ＲＮＡとを組み合わせて、真核細胞内の標的ＤＮＡを部位特異的に修飾するための方法や、それに用いるＤＮＡ標的化ＲＮＡについて、具体的かつ詳細に記載されているといえる。そして、本件発明において、本件発明の課題を解決する手段として、ＤＮＡ標的化ＲＮＡのｄｓＲＮＡ構造として、Ｃａｓ９ポリペプチドと複合体を形成し、標的ＤＮＡを修飾することが可能なものを採用することは当業者にとって明らかである。したがって、本件発明の「タンパク質結合セグメント」の特にｄｓＲＮＡを形成する領域部分に関する構造的な特定がなされていないことは、本件のサポート要件及び実施可能要件の判断を左右するものではない。また、実施可能要件の判断についても同様である。さらにいえば、申立人が主張の根拠とする甲１９は本件特許の出願日より後に頒布又は公衆に利用可能となったものであるところ、サポート要件は、特許請求の範囲の範囲と明細書の記載を対比し、特許請求の範囲に記載された発明が、明細書に記載された発明であり、明細書の記載、その示唆又は出願時の技術常識により当業者が発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否かについて、出願時の技術水準により判断されるべきものであって、甲１９のような出願後の研究結果により左右されるものではない。また、実施可能要件についても、当業者が、明細書に記載された発明の実施についての説明と出願時の技術常識に基づいて、発明をどのように実施するかを理解できるか否かについて、出願時の技術水準により判断されるべきものであって、出願後の研究結果により左右されるものではない。以上からみて、申立人の主張カは採用できない。
（４）まとめ
　以上のとおりであるから、本件発明はサポート要件に適合しており、また、本件発明について、本件特許の明細書は実施可能要件に適合しているから、特許異議申立理由４は理由がない。
第６　むすび
　以上のとおりであるから、特許異議の申立ての理由及び証拠によっては、請求項１、２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２、２５〜２９、３２〜４２、４４、４５、４８、５１、５２、５５〜６１、６４〜６６、６９、７２、７３、７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５に係る特許を取り消すことはできない。
　また、他に請求項１、２、５〜１２、１４〜１６、１９〜２２、２５〜２９、３２〜４２、４４、４５、４８、５１、５２、５５〜６１、６４〜６６、６９、７２、７３、７６〜８０、８３〜８９、９２及び９５に係る特許を取り消すべき理由は発見しない。
　よって、結論のとおり決定する。
【異議決定日】
令和３年３月３０日（２０２１．３．３０）