(57)【要約】【課題】  胃癌または食道癌を検出するための技術を提供すること。【解決手段】以下からなる群より選択される癌マーカー：（I）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；（II）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；（III）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である、胃癌を検出するための癌マーカー；（IV）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である、胃癌を検出するための癌マーカー；および（V）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。【選択図】      なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下からなる群より選択される癌マーカー：
（I）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（II）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（III）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である、胃癌を検出するための癌マーカー；
（IV）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（V）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
【請求項２】
前記癌マーカーが、以下の癌マーカーである請求項１に記載の癌マーカー：
（I）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー。
【請求項３】
前記癌マーカーが、以下の癌マーカーである請求項１に記載の癌マーカー：
（II）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー。
【請求項４】
前記癌マーカーが、以下の癌マーカーである請求項１に記載の癌マーカー：
（III）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である、胃癌を検出するための癌マーカー。
【請求項５】
前記癌マーカーが、以下の癌マーカーである請求項１に記載の癌マーカー：
（IV）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
【請求項６】
前記癌マーカーが、以下の癌マーカーである請求項１に記載の癌マーカー：
（V）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
【請求項７】
前記癌マーカーが、以下からなる群より選択される請求項１に記載の癌マーカー：
（i）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（ii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（iii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；
（iv）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（v）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
【請求項８】
以下からなる群より選択される癌マーカーに特異的に結合可能な核酸である癌検出用プローブ：
（i）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（ii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（iii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；
（iv）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（v）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
【請求項９】
請求項８に記載のプローブの少なくとも一つを含む癌検出用キット。
【請求項１０】
請求項８に記載のプローブの少なくとも一つを含む癌検出用デバイス。
【請求項１１】
被検体に由来する生体サンプルにおいて請求項１〜７の何れか１項に記載の癌マーカーの少なくとも一つの発現量を測定すること、および
前記発現量または前記発現量から算出されるスコアを、予め決定された基準と比較すること
を含む、胃癌または食道癌の検出方法。
【請求項１２】
前記測定が、次世代シーケンサーを用いて行われる請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記測定が、請求項９に記載のキットまたは請求項１０に記載のデバイスを用いて行われる請求項１１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、胃癌または食道癌を検出するための技術に関する。
【背景技術】
【０００２】
マイクロＲＮＡ（以下、ｍｉＲＮＡともいう）は、生体内で細胞の癌化と関連していることが知られており、癌診断のためのバイオマーカーとして期待されている。例えば、非特許文献１は、卵巣癌患者、健常者、および他の癌患者のｍｉＲＮＡを網羅的に解析して卵巣癌マーカーを同定したことを報告する。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００３】
【非特許文献１】A. Yokoi et al., Integrated extracellular microRNA profiling for ovarian cancer screening, Nature Communications 2018; 9 (1) 4319
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
本発明は、胃癌または食道癌を検出するための技術を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
一つの側面によれば、以下からなる群より選択される癌マーカー：
（I）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（II）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（III）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である、胃癌を検出するための癌マーカー；
（IV）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（V）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー
が提供される。
【０００６】
別の側面によれば、以下からなる群より選択される癌マーカーに特異的に結合可能な核酸である癌検出用プローブ：
（i）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（ii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（iii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；
（iv）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（v）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー
が提供される。
【０００７】
更に別の側面によれば、上記プローブを含む癌検出用キットが提供される。
更に別の側面によれば、上記プローブを含む癌検出用デバイスが提供される。
【０００８】
更に別の側面によれば、
被検体に由来する生体サンプルにおいて上記癌マーカーの少なくとも一つの発現量を測定すること、および
前記発現量または前記発現量から算出されるスコアを、予め決定された基準と比較すること
を含む、胃癌または食道癌の検出方法が提供される。
【発明の効果】
【０００９】
本発明によれば、胃癌または食道癌を検出するための技術が提供される。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００およびｈｓａ−ｍｉｒ−５１００の塩基配列を示す図。
【図２】ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０およびｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０の塩基配列を示す図。
【図３】ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐおよびｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３の塩基配列を示す図。
【図４】ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐおよびｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７の塩基配列を示す図。
【図５】ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７およびｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７の塩基配列を示す図。
【図６Ａ】ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量に基づいて胃癌患者および健常者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図６Ｂ】ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量に基づいて胃癌患者および乳癌患者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図６Ｃ】７種類のｍｉＲＮＡの発現量に基づいて胃癌患者および他の群（健常者および他の癌患者）について判別分析を行った結果を示す図。
【図６Ｄ】７種類のｍｉＲＮＡの診断精度を示す図。
【図７Ａ】ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量に基づいて胃癌患者および健常者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図７Ｂ】ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量に基づいて胃癌患者および乳癌患者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図８Ａ】ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量に基づいて胃癌患者および健常者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図８Ｂ】ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量に基づいて胃癌患者および乳癌患者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図８Ｃ】１０種類のｍｉＲＮＡの発現量に基づいて胃癌患者および他の群（健常者および他の癌患者）について判別分析を行った結果を示す図。
【図８Ｄ】１０種類のｍｉＲＮＡの診断精度を示す図。
【図９Ａ】ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量に基づいて胃癌患者および健常者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図９Ｂ】ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量に基づいて胃癌患者および乳癌患者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図１０Ａ】ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量に基づいて胃癌患者および健常者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図１０Ｂ】ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量に基づいて胃癌患者および乳癌患者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図１１Ａ】ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量に基づいて食道癌患者および健常者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図１１Ｂ】ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量に基づいて食道癌患者および乳癌患者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図１１Ｃ】１０種類のｍｉＲＮＡの発現量に基づいて食道癌患者および他の群（健常者および他の癌患者）について判別分析を行った結果を示す図。
【図１１Ｄ】１０種類のｍｉＲＮＡの診断精度を示す図。
【図１２Ａ】ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量に基づいて食道癌患者および健常者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【図１２Ｂ】ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量に基づいて食道癌患者および乳癌患者について判別分析を行った結果および診断精度を示す図。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
以下、本発明を詳細に説明するが、以下の説明は、本発明を説明することを目的とし、本発明を限定することを意図していない。
【００１２】
１．癌マーカー
胃癌または食道癌を検出するための癌マーカーは、以下からなる群より選択される：
（I）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（II）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（III）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である、胃癌を検出するための癌マーカー；
（IV）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（V）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
【００１３】
以下、（I）〜（V）の癌マーカーについて順に説明する。
【００１４】
（I）の癌マーカーは、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００であり、好ましくはｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である。（I）の癌マーカーは、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカーである。「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００」は、成熟型のｍｉＲＮＡであり、図１および配列番号１に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．はＭＩＭＡＴ００２２２５９である。「ｈｓａ−ｍｉｒ−５１００」は、「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００」の前駆体であり、ステムループ構造を有する。具体的には、「ｈｓａ−ｍｉｒ−５１００」は、図１および配列番号２に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．はＭＩ００１９１１６である。
【００１５】
（II）の癌マーカーは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０であり、好ましくはｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である。（II）の癌マーカーは、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカーである。「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０」は、成熟型のｍｉＲＮＡであり、図２および配列番号３に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．はＭＩＭＡＴ０００５８８０である。「ｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０」は、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０」の前駆体であり、ステムループ構造を有する。具体的には、「ｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０」は、図２および配列番号４に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．はＭＩ０００６３５２である。
【００１６】
（III）の癌マーカーは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３であり、好ましくはｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである。（III）の癌マーカーは、胃癌を検出するための癌マーカーである。「ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ」は、成熟型のｍｉＲＮＡであり、図３および配列番号５に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．はＭＩＭＡＴ００１９７７６である。「ｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３」は、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ」の前駆体であり、ステムループ構造を有する。具体的には、「ｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３」は、図３および配列番号６に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．はＭＩ００１７３２０である。
【００１７】
（IV）の癌マーカーは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７であり、好ましくはｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである。（IV）の癌マーカーは、胃癌を検出するための癌マーカーである。「ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ」は、成熟型のｍｉＲＮＡであり、図４および配列番号７に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．はＭＩＭＡＴ００２７６５４である。「ｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７」は、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ」の前駆体であり、ステムループ構造を有する。具体的には、「ｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７」は、図４および配列番号８に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．はＭＩ００２２７２４である。
【００１８】
（V）の癌マーカーは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７であり、好ましくはｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である。（V）の癌マーカーは、胃癌を検出するための癌マーカーである。「ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７」は、成熟型のｍｉＲＮＡであり、図５および配列番号９に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．はＭＩＭＡＴ００２３７１２である。「ｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７」は、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７」の前駆体であり、ステムループ構造を有する。具体的には、「ｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７」は、図５および配列番号１０に記載の塩基配列により表され、ｍｉＲＢａｓｅ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．はＭＩ００２０３６４である。
【００１９】
（I）〜（V）の癌マーカーは、検出対象の癌に罹患した患者において、健常者と比べてその発現量が変化している。具体的には、（I）および（II）の癌マーカーは、胃癌患者および食道癌患者において、健常者と比べてその発現量が増大しており、（III）および（IV）の癌マーカーは、胃癌患者において、健常者と比べてその発現量が増大しており、（V）の癌マーカーは、胃癌患者において、健常者と比べてその発現量が減少している。（I）〜（V）の癌マーカーを使用した胃癌または食道癌の診断は、診断精度が高いことが後述の実施例で実証されているため、これら癌マーカーは、胃癌または食道癌のマーカーとして有用である。（I）〜（V）の癌マーカーは、胃癌または食道癌の診断のために、単独で使用してもよいし、「他の癌マーカー」と組み合わせて使用してもよい。「他の癌マーカー」の例を以下に記載する。
【００２０】
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）」は、胃癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（配列番号９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６（配列番号１１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３（配列番号１２）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ（配列番号１３）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ（配列番号１４）
と組み合わせて使用することができる。
【００２１】
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）」は、胃癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（配列番号９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６（配列番号１１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３（配列番号１２）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ（配列番号１３）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ（配列番号１４）
と組み合わせて使用することができる。
【００２２】
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ（配列番号５）」は、胃癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ（配列番号７）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（配列番号９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ（配列番号１４）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８４５−５ｐ（配列番号１５）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４６８７−３ｐ（配列番号１６）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７９９−５ｐ（配列番号１７）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ（配列番号１８）
と組み合わせて使用することができる。
【００２３】
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ（配列番号７）」は、胃癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ（配列番号５）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（配列番号９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ（配列番号１４）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８４５−５ｐ（配列番号１５）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４６８７−３ｐ（配列番号１６）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７９９−５ｐ（配列番号１７）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ（配列番号１８）
と組み合わせて使用することができる。
【００２４】
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（配列番号９）」は、胃癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６（配列番号１１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３（配列番号１２）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ（配列番号１３）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ（配列番号１４）
と組み合わせて使用することができる。
【００２５】
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）」は、食道癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７９−５ｐ（配列番号１９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７８７−５ｐ（配列番号２０）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８８（配列番号２１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７５２−５ｐ（配列番号２２）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４４１７（配列番号２３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−９２ｂ−５ｐ（配列番号２４）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７４６−５ｐ（配列番号２５）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ（配列番号１８）
と組み合わせて使用することができる。
【００２６】
一つの態様において、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（配列番号３）」は、食道癌の診断のために、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（配列番号１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７９−５ｐ（配列番号１９）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７８７−５ｐ（配列番号２０）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８８（配列番号２１）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７５２−５ｐ（配列番号２２）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−４４１７（配列番号２３）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−９２ｂ−５ｐ（配列番号２４）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６７４６−５ｐ（配列番号２５）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ（配列番号１８）
と組み合わせて使用することができる。
【００２７】
本明細書において、癌マーカーの診断精度を表す指標として、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、正確度（Accuracy）および「ＡＵＣ（Area Under Curve）」が使用される。
【００２８】
「感度」は、（真陽性の数）／（真陽性の数＋偽陰性の数）を指す。したがって、感度が高ければ、検出対象の癌に罹患した患者のなかで陰性を示す人（偽陰性者）が少なく、検出対象の癌に罹患した患者を高い確率で陽性と判定することができる。「特異度」は、（真陰性の数）／（真陰性の数＋偽陽性の数）を指す。したがって、特異度が高ければ、健常者のなかで陽性を示す人（偽陽性者）が少なく、健常者を高い確率で陰性と判定することができる。「正確度」は、（真陽性の数＋真陰性の数）／（全症例数）を指す。したがって、正確度が高ければ、偽陰性者および偽陽性者が少なく、癌患者および健常者の両者を高い確率で正しく検査することができる。「ＡＵＣ（Area Under Curve）」は、ＲＯＣ曲線（横軸：（１−特異度）；縦軸：感度）下の面積を指し、ＡＵＣの値が高ければ、診断精度が高いことを示す。
【００２９】
２．癌検出用プローブ
別の側面によれば、上述の癌マーカーに特異的に結合可能な核酸が、癌検出用プローブとして提供される。具体的には、癌検出用プローブ（以下、単にプローブともいう）は、以下からなる群より選択される癌マーカーに特異的に結合可能な核酸である：
（i）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（ii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（iii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；
（iv）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（v）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
【００３０】
癌検出用プローブは、検出対象のｍｉＲＮＡに特異的に結合可能な核酸、すなわち、被検体に由来するｍｉＲＮＡ含有サンプルと反応させたときに、検出対象のｍｉＲＮＡにのみ結合することができ、他のｍｉＲＮＡに結合することができない核酸である。あるいは、癌検出用プローブは、検出対象のｍｉＲＮＡに相補的な塩基配列を有するｃＤＮＡ（以下、検出対象のｃＤＮＡという）に特異的に結合可能な核酸、すなわち、被検体に由来するｃＤＮＡ含有サンプルと反応させたときに、検出対象のｃＤＮＡにのみ結合することができ、他のｃＤＮＡに結合することができない核酸であってもよい。癌検出用プローブは、ＤＮＡであってもよいし、ＲＮＡであってもよい。
【００３１】
具体的には、癌検出用プローブは、検出対象のｍｉＲＮＡを構成する塩基配列または検出対象のｃＤＮＡを構成する塩基配列と、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドとすることができる。「ストリンジェントな条件」とは、特異的な結合のみが起こり、非特異的な結合が起こらない条件をいう。
【００３２】
好ましくは、癌検出用プローブは、検出対象のｍｉＲＮＡを構成する１５以上の連続ヌクレオチドまたは検出対象のｃＤＮＡを構成する１５以上の連続ヌクレオチドの何れかに相補的な塩基配列を有するポリヌクレオチド、あるいは、当該ポリヌクレオチドに対して９０％以上（好ましくは９５％以上）の配列相同性を有するポリヌクレオチドとすることができる。より好ましくは、癌検出用プローブは、検出対象のｍｉＲＮＡを構成する１７以上の連続ヌクレオチドまたは検出対象のｃＤＮＡを構成する１７以上の連続ヌクレオチドの何れかに相補的な塩基配列を有するポリヌクレオチド、あるいは、当該ポリヌクレオチドに対して９０％以上（好ましくは９５％以上）の配列相同性を有するポリヌクレオチドとすることができる。
【００３３】
ｍｉＲＮＡの発現を解析するためのプローブは、当該技術分野で公知である。例えば、成熟型のｍｉＲＮＡを検出するプローブとして、検出対象のｍｉＲＮＡに相補的な配列と、相補的な配列の一方の端に連結したリンカー配列と、相補的な配列の他方の端に連結した、ヘアピンキャップ構造を形成するための配列とから構成されるプローブが知られている（アジレント・テクノロジー株式会社）。
【００３４】
プローブの設計は、市販のプローブ設計ソフトを用いて行うことができる。
【００３５】
癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００に特異的に結合可能な核酸」である場合、癌検出用プローブは、胃癌または食道癌を検出するためのプローブである。癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０に特異的に結合可能な核酸」である場合、癌検出用プローブは、胃癌または食道癌を検出するためのプローブである。癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐに特異的に結合可能な核酸」である場合、癌検出用プローブは、胃癌を検出するためのプローブである。癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐに特異的に結合可能な核酸」である場合、癌検出用プローブは、胃癌を検出するためのプローブである。癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７に特異的に結合可能な核酸」である場合、癌検出用プローブは、胃癌を検出するためのプローブである。
【００３６】
３．キットおよびデバイス
別の側面によれば、上述の癌検出用プローブの少なくとも一つを含む癌検出用キットが提供される。更に別の側面によれば、上述の癌検出用プローブの少なくとも一つを含む癌検出用デバイスが提供される。
【００３７】
癌検出用キット（以下、単にキットともいう）は、上述の癌検出用プローブの少なくとも一つを含むが、これに加えて、追加の核酸プローブを含んでいてもよい。追加の核酸プローブは、被検体が、検出対象の癌以外の癌に罹患していないことを検出するための核酸プローブであってもよい。かかる追加の核酸プローブをキットに含めることにより、被検体が、他の癌ではなく検出対象の癌に罹患していることを診断することができる。
【００３８】
キットは、上述の癌検出用プローブの少なくとも一つ、被検体の生体サンプルから核酸（例えば、トータルＲＮＡ）を抽出するための試薬、標識用蛍光物質、マイクロアレイ、緩衝液、使用説明書などを含むことができる。
【００３９】
癌検出用デバイス（以下、単にデバイスともいう）は、典型的には、上述の癌検出用プローブの少なくとも一つが支持体上に結合したデバイスである。上述のとおり、デバイスは、追加の核酸プローブを更に含んでいてもよい。デバイスは、例えば、ＤＮＡマイクロアレイまたはＲＮＡマイクロアレイなどの核酸アレイである。
【００４０】
上述の癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００に特異的に結合可能な核酸」である場合、キットは、胃癌または食道癌を検出するためのキットであり、デバイスは、胃癌または食道癌を検出するためのデバイスである。
【００４１】
上述の癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０に特異的に結合可能な核酸」である場合、キットは、胃癌または食道癌を検出するためのキットであり、デバイスは、胃癌または食道癌を検出するためのデバイスである。
【００４２】
上述の癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐに特異的に結合可能な核酸」である場合、キットは、胃癌を検出するためのキットであり、デバイスは、胃癌を検出するためのデバイスである。
【００４３】
上述の癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐに特異的に結合可能な核酸」である場合、キットは、胃癌を検出するためのキットであり、デバイスは、胃癌を検出するためのデバイスである。
【００４４】
上述の癌検出用プローブが、「ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７に特異的に結合可能な核酸」である場合、キットは、胃癌を検出するためのキットであり、デバイスは、胃癌を検出するためのデバイスである。
【００４５】
４．胃癌または食道癌の検出方法
別の側面によれば、胃癌または食道癌の検出方法が提供される。胃癌または食道癌の検出方法は、
被検体に由来する生体サンプルにおいて上述の癌マーカーの少なくとも一つの発現量を測定すること、および
前記発現量または前記発現量から算出されるスコアを、予め決定された基準と比較すること
を含む。以下、上記方法を各工程順に説明する。
【００４６】
（測定工程）
「被検体」は、哺乳動物、例えば、ヒト、サル、マウス、ラットなどであり、好ましくはヒトである。「生体サンプル」は、生体組織（例えば、胃癌の検出の場合は胃組織、食道癌の検出の場合は食道組織）、体液（例えば、血液、尿もしくは唾液）、または血液から調製された血清もしくは血漿などを挙げることができる。あるいは、「生体サンプル」としては、上記の生体サンプルからトータルＲＮＡを抽出することにより得られたＲＮＡ含有サンプルを使用することもできる。あるいは、「生体サンプル」としては、上記のＲＮＡ含有サンプルから逆転写反応により調製したｃＤＮＡ含有サンプルを使用することもできる。
【００４７】
測定対象の癌マーカー、すなわち「上述の癌マーカーの少なくとも一つ」は、以下からなる群より選択される少なくとも一つである：
（I）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（II）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（III）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である、胃癌を検出するための癌マーカー；
（IV）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（V）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
【００４８】
「上述の癌マーカーの少なくとも一つ」は、好ましくは、以下からなる群より選択される少なくとも一つである：
（i）ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（ii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０である、胃癌または食道癌を検出するための癌マーカー；
（iii）ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；
（iv）ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐである、胃癌を検出するための癌マーカー；および
（v）ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７である、胃癌を検出するための癌マーカー。
【００４９】
上述の「１．癌マーカー」の欄で述べたとおり、（I）〜（V）の癌マーカー（好ましくは（i）〜（v）の癌マーカー）は、胃癌または食道癌の診断のために、単独で使用してもよいし、「他の癌マーカー」と組み合わせて使用してもよい。したがって、この測定工程は、「上述の癌マーカーの少なくとも一つ」の発現量の測定に加えて、「他の癌マーカー」の発現量の測定を含んでいてもよい。
【００５０】
上述の癌マーカーの発現量の測定は、公知のｍｉＲＮＡ定量法により、例えば、定量リアルタイムＰＣＲ（qRT-PCR）、核酸アレイ、次世代シーケンサーなどにより行うことができる。一つの態様において、上述の癌マーカーの発現量の測定は、上述のキットまたは上述のデバイス用いて行うことができる。あるいは、別の態様において、上述の癌マーカーの発現量の測定は、次世代シーケンサーを用いて行うことができる。
【００５１】
次世代シーケンサーは、シーケンシング反応を同時に並行して実行することにより、塩基配列の解析スピードを飛躍的に向上させた塩基配列解析装置である。次世代シーケンサーは、サンガー法を利用した従来型のシーケンサーに対比して使用される用語である。Illumina社（例えば、Hiseq 2500、NextSeq 500）、Roche社（例えば、GS FLX+ System）、Thermo Fisher Scientific社（例えば、Ion Proton System）などのメーカーから次世代シーケンサーが販売されている。次世代シーケンサーは、既存のシーケンサーだけでなく、同様のシーケンシング原理を利用した今後発売される装置や大量のＤＮＡ分子の塩基配列を並列的に解析することが可能な今後開発される装置も含む。
【００５２】
（比較工程）
次いで、測定された被検体の発現量または当該発現量から算出されるスコアを、予め決定された基準と比較する。ここで「基準」は、検出対象の癌に罹患している人々の発現量のデータと、健常な人々の発現量のデータとを集積し、これら集積データに基づいて予め決定することができる。
【００５３】
この比較工程は、例えば、測定された被検体の発現量を、集積データに基づいて予め決定された発現量の閾値と比較することにより行うことができる。測定工程で２種類以上の癌マーカーの発現量が測定された場合、この比較工程は、それぞれの癌マーカーの発現量を、それぞれの癌マーカーについて予め決定された閾値と比較することにより行うことができる。
【００５４】
あるいは、この比較工程は、集積データを教師サンプルとして判別式を作成し、被検体の発現量の測定値を判別式に代入して判別スコアを算出し、判別スコアを基準と比較することにより行うことができる。癌患者の発現量を判別式に代入すると正の値を示し、健常者の発現量を判別式に代入すると負の値を示すように判別式を作成した場合、この場合の「基準」はゼロである。測定工程で２種類以上の癌マーカーの発現量が測定された場合、この比較工程は、例えばFisherの線形判別分析により行うことができる。
【００５５】
この比較工程により、被検体が検出対象の癌に罹患しているか否かを判断するための情報を取得することができる。かかる情報に基づいて、医師は、被検体が胃癌または食道癌に罹患しているか否かを判断することができる。
【００５６】
上述の検出方法は、使用する癌マーカーの診断精度が高いため、癌の検出精度が高い。また、上述の検出方法は、被検体から生体サンプルを取得することにより実施できるため、侵襲性が低い点で優れている。上述の検出方法は、超音波検査、ＣＴ検査、ＭＲＩ検査、血管造影検査などの画像検査と組合せて行ってもよい。
【００５７】
癌マーカーがｈｓａ−ｍｉＲ−５１００またはｈｓａ−ｍｉｒ−５１００である場合、上記方法は、胃癌または食道癌の検出方法である。癌マーカーがｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０またはｈｓａ−ｍｉｒ−１２９０である場合、上記方法は、胃癌または食道癌の検出方法である。癌マーカーが、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−１３４３である場合、上記方法は、胃癌の検出方法である。癌マーカーが、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐまたはｈｓａ−ｍｉｒ−６８７７である場合、上記方法は、胃癌の検出方法である。癌マーカーが、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７またはｈｓａ−ｍｉｒ−６０８７である場合、上記方法は、胃癌の検出方法である。
【００５８】
「胃癌または食道癌の検出方法」は、「胃癌または食道癌の検査方法」または「胃癌または食道癌の診断を補助する方法」と言い換えることもできる。
【００５９】
また、別の側面によれば、胃癌または食道癌の診断方法が提供される。胃癌または食道癌の診断方法は、
被検体に由来する生体サンプルにおいて上述の癌マーカーの少なくとも一つの発現量を測定すること
前記発現量または前記発現量から算出されるスコアを、予め決定された基準と比較すること、および
得られた比較結果に基づいて、前記被検体が胃癌または食道癌に罹患しているか否かを判断すること
を含む。
【００６０】
かかる診断方法は、得られた比較結果に基づいて、被検体が癌に罹患しているか否かを判断することを更に含む点においてのみ、上述の検出方法とは異なる。したがって、かかる診断方法は、上述の検出方法と同様に実施することができる。
【実施例】
【００６１】
［実施例１］  癌マーカーの同定
実施例１では、ＮＣＢＩデータベース、Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．ＧＳＥ１０６８１７を使用して、胃癌マーカーおよび食道癌マーカーの同定を行った。このデータベースは、以下の種々の癌患者および健常者の血中マイクロＲＮＡの発現量を網羅的に測定したデータベースである。
【００６２】
胃癌患者（Gastric Cancer）１１５人、
食道癌患者（Esophageal Cancer）８８人、
乳癌患者（Breast Cancer）１１５人、
肉腫患者（Sarcoma）１１５人、
肝細胞癌患者（Hepatocellular Carcinoma）８１人、
膵癌患者（Pancreatic Cancer）１１５人、
境界悪性卵巣腫瘍患者（Borderline Ovarian Tumor）６６人、
卵巣癌患者（Ovarian Cancer）３２０人、
良性卵巣腫瘍患者（Benign Ovarian Tumor）２９人、
非上皮性卵巣癌患者（Non-epithelial Ovarian Cancer）１３人
大腸癌患者（Colorectal Cancer）１１５人、
肺癌患者（Lung Cancer）１１５人、および
健常者（non-Cancer）２０９人
【００６３】
データベースのサンプルを、学習検体群（Training Set）とテスト検体群（Test Set）に無作為に分けた。学習検体群（Training Set）は、癌患者（胃癌５７人、食道癌４４人、乳癌５７人、肉腫５７人、肝細胞癌４０人、膵癌５７人、境界悪性卵巣腫瘍３３人、卵巣癌１６０人、良性卵巣腫瘍１４人、非上皮性卵巣癌６人、大腸癌５７人、肺癌５７人）および健常者１０４人から構成される。テスト検体群（Test Set）は、癌患者（胃癌５８人、食道癌４４人、乳癌５８人、肉腫５８人、肝細胞癌４１人、膵癌５８人、境界悪性卵巣腫瘍３３人、卵巣癌１６０人、良性卵巣腫瘍１５人、非上皮性卵巣癌７人、大腸癌５８人、肺癌５８人）および健常者１０５人から構成される。
【００６４】
学習検体群（Training Set）のデータを、胃癌マーカーおよび食道癌マーカーの同定のために以下のとおり解析した。
【００６５】
２５６５種類のｍｉＲＮＡのうち、全サンプルの半分以上において、信号値が２６より大きい３０５種類のｍｉＲＮＡをマーカー候補として絞り込んだ。絞り込んだそれぞれのｍｉＲＮＡに対してフィッシャーの線形判別法を適用し、胃癌と健常者を識別する関数を算出した。３０５種類のうち、判別性能が高い５種類のｍｉＲＮＡを胃癌マーカーとして選択した。
【００６６】
上記の胃癌マーカーに対してフィッシャーの線形判別法を適用し、食道癌と健常者を識別する関数を算出した。判別性能が高い２種類のｍｉＲＮＡを食道癌マーカーとして選択した。
【００６７】
上記解析により、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（図６Ａおよび６Ｂ参照）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（図７Ａおよび７Ｂ参照）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ（図８Ａおよび８Ｂ参照）、
ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ（図９Ａおよび９Ｂ参照）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７（図１０Ａおよび１０Ｂ参照）
が、胃癌マーカーとして同定され、
ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００（図１１Ａおよび１１Ｂ参照）、および
ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０（図１２Ａおよび１２Ｂ参照）
が、食道癌マーカーとして同定された。
【００６８】
［実施例２］  胃癌マーカー
実施例２では、同定された胃癌マーカーの有効性を検証するために、テスト検体群（Test Set）の胃癌マーカーの発現量データを、実施例１で記載したのと同じ手法により解析した。
【００６９】
２−１．胃癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−５１００
テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図６Ａに示す。図６Ａは、胃癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【００７０】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図６Ａに示す。図６Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の診断精度が高いことを示す。
【００７１】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図６Ｂに示す。図６Ｂは、胃癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【００７２】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図６Ｂに示す。図６Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の診断精度が高いことを示す。
【００７３】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６、ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。なお、サンプル数の不均衡の影響を排除するためにアンダーサンプリングを行った。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図６Ｃに示す。図６Ｃは、胃癌患者の判別スコアが、健常者および他の癌患者の判別スコアと有意に分離したことを示す。
【００７４】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者の７種類のｍｉＲＮＡの発現量データを用いて、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を図６Ｄに示す。図６Ｄは、７種類のｍｉＲＮＡの診断精度が高いことを示す。
【００７５】
図６Ａ〜６Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、胃癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、単独で使用しても、被検者が胃癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく胃癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。
【００７６】
２−２．胃癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０
テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図７Ａに示す。図７Ａは、胃癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【００７７】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図７Ａに示す。図７Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の診断精度が高いことを示す。
【００７８】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図７Ｂに示す。図７Ｂは、胃癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【００７９】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図７Ｂに示す。図７Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の診断精度が高いことを示す。
【００８０】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６、ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。また、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。ここで得られる結果は、使用した７種類のｍｉＲＮＡの組合せが同じため、図６Ｃおよび６Ｄに示される結果と同じであった。
【００８１】
図７Ａ、７Ｂ、６Ｃおよび６Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、胃癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、単独で使用しても、被検者が胃癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく胃癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。
【００８２】
２−３．胃癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ
テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図８Ａに示す。図８Ａは、胃癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【００８３】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図８Ａに示す。図８Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの診断精度が高いことを示す。
【００８４】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図８Ｂに示す。図８Ｂは、胃癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【００８５】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図８Ｂに示す。図８Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの診断精度が高いことを示す。
【００８６】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐの発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８４５−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４６８７−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７９９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。なお、サンプル数の不均衡の影響を排除するためにアンダーサンプリングを行った。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図８Ｃに示す。図８Ｃは、胃癌患者の判別スコアが、健常者および他の癌患者の判別スコアと有意に分離したことを示す。
【００８７】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者の１０種類のｍｉＲＮＡの発現量データを用いて、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を図８Ｄに示す。図８Ｄは、１０種類のｍｉＲＮＡの診断精度が高いことを示す。
【００８８】
図８Ａ〜８Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐは、胃癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐは、単独で使用しても、被検者が胃癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐは、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく胃癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。
【００８９】
２−４．胃癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐ
テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図９Ａに示す。図９Ａは、胃癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【００９０】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図９Ａに示す。図９Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの診断精度が高いことを示す。
【００９１】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図９Ｂに示す。図９Ｂは、胃癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【００９２】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図９Ｂに示す。図９Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの診断精度が高いことを示す。
【００９３】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐの発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０、ｈｓａ−ｍｉＲ−１３４３−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８４５−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４６８７−３ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７９９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。また、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。ここで得られる結果は、使用した１０種類のｍｉＲＮＡの組合せが同じため、図８Ｃおよび８Ｄに示される結果と同じであった。
【００９４】
図９Ａ、９Ｂ、８Ｃおよび８Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐは、胃癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐは、単独で使用しても、被検者が胃癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７７−５ｐは、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく胃癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。
【００９５】
２−５．胃癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７
テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１０Ａに示す。図１０Ａは、胃癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【００９６】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１０Ａに示す。図１０Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の診断精度が高いことを示す。
【００９７】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１０Ｂに示す。図１０Ｂは、胃癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【００９８】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１０Ｂに示す。図１０Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の診断精度が高いことを示す。
【００９９】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる胃癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７の発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７０６、ｈｓａ−ｍｉＲ−８０７３、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７３７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４７２８−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。また、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。ここで得られる結果は、使用した７種類のｍｉＲＮＡの組合せが同じため、図６Ｃおよび６Ｄに示される結果と同じであった。
【０１００】
図１０Ａ、１０Ｂおよび６Ｃおよび６Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７は、胃癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７は、単独で使用しても、被検者が胃癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８７は、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく胃癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。
【０１０１】
［実施例３］  食道癌マーカー
実施例３では、同定された食道癌マーカーの有効性を検証するために、テスト検体群（Test Set）の食道癌マーカーの発現量データを、実施例１で記載したのと同じ手法により解析した。
【０１０２】
３−１．食道癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−５１００
テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１１Ａに示す。図１１Ａは、食道癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【０１０３】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１１Ａに示す。図１１Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の診断精度が高いことを示す。
【０１０４】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１１Ｂに示す。図１１Ｂは、食道癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【０１０５】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１１Ｂに示す。図１１Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の診断精度が高いことを示す。
【０１０６】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−５１００の発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７８７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８８、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７５２−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４４１７、ｈｓａ−ｍｉＲ−９２ｂ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７４６−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。なお、サンプル数の不均衡の影響を排除するためにオーバーサンプリングを行った。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１１Ｃに示す。図１１Ｃは、食道癌患者の判別スコアが、健常者および他の癌患者の判別スコアと有意に分離したことを示す。
【０１０７】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者、健常者、および他の癌患者の１０種類のｍｉＲＮＡの発現量データを用いて、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を図１１Ｄに示す。図１１Ｄは、１０種類のｍｉＲＮＡの診断精度が高いことを示す。
【０１０８】
図１１Ａ〜１１Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、食道癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、単独で使用しても、被検者が食道癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００は、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく食道癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。
【０１０９】
３−２．食道癌マーカーｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０
テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１２Ａに示す。図１２Ａは、食道癌患者と健常者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【０１１０】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および健常者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１２Ａに示す。図１２Ａは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の診断精度が高いことを示す。
【０１１１】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて判別スコアを算出した。得られた判別スコアを診断インデックス（Diagnostic index）として図１２Ｂに示す。図１２Ｂは、食道癌患者と乳癌患者の判別スコアが有意に分離したことを示す。
【０１１２】
更に、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者および乳癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量データを用いて、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。これらの結果を併せて図１２Ｂに示す。図１２Ｂは、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の診断精度が高いことを示す。
【０１１３】
また、テスト検体群（Test Set）に含まれる食道癌患者、健常者、および他の癌患者のｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０の発現量を、他のｍｉＲＮＡマーカー（ｈｓａ−ｍｉＲ−５１００、ｈｓａ−ｍｉＲ−６８７９−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７８７−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６０８８、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７５２−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−４４１７、ｈｓａ−ｍｉＲ−９２ｂ−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−６７４６−５ｐ、ｈｓａ−ｍｉＲ−９３９−５ｐ）の発現量と組み合わせて使用して判別式を作成し、判別スコアを算出した。また、感度（Sensitivity）、特異度（Specificity）、ＡＵＣおよび正確度（Accuracy）を算出した。ここで得られる結果は、使用した１０種類のｍｉＲＮＡの組合せが同じため、図１１Ｃおよび１１Ｄに示される結果と同じであった。
【０１１４】
図１２Ａ、１２Ｂ、１１Ｃおよび１１Ｄの結果より、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、食道癌マーカーとして有効であることが検証された。ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、単独で使用しても、被検者が食道癌に罹患していることを高い診断精度で判断することができる。また、ｈｓａ−ｍｉＲ−１２９０は、他のｍｉＲＮＡマーカーと組み合わせて使用すると、被検者が、他の癌ではなく食道癌に罹患していることを高い診断精度で診断することができる。
【図１】
2020188683.tif 000002
【図２】
2020188683.tif 000003
【図３】
2020188683.tif 000004
【図４】
2020188683.tif 000005
【図５】
2020188683.tif 000006
【図６Ａ】
2020188683.tif 000007
【図６Ｂ】
2020188683.tif 000008
【図６Ｃ】
2020188683.tif 000009
【図６Ｄ】
2020188683.tif 000010
【図７Ａ】
2020188683.tif 000011
【図７Ｂ】
2020188683.tif 000012
【図８Ａ】
2020188683.tif 000013
【図８Ｂ】
2020188683.tif 000014
【図８Ｃ】
2020188683.tif 000015
【図８Ｄ】
2020188683.tif 000016
【図９Ａ】
2020188683.tif 000017
【図９Ｂ】
2020188683.tif 000018
【図１０Ａ】
2020188683.tif 000019
【図１０Ｂ】
2020188683.tif 000020
【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ】
2020188683.tif 000022
【図１１Ｃ】
2020188683.tif 000023
【図１１Ｄ】
2020188683.tif 000024
【図１２Ａ】
2020188683.tif 000025
【図１２Ｂ】
2020188683.tif 000026
【配列表】
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