(57)【要約】【課題】組換えＡＡＶ粒子の生産効率を高めるための方法を提供すること。【解決手段】少なくとも以下の塩基配列を含む核酸分子；（ａ）ＡＡＶのＲｅｐ蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，（ｂ）ＡＡＶのＣａｐ蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，（ｃ）第一のＡＡＶの逆方向末端反復（ＩＴＲ）又はその機能的等価物を含む塩基配列，（ｄ）第二のＡＡＶの逆方向末端反復（ＩＴＲ）又はその機能的等価物を含む塩基配列，（ｅ）第一のＩＴＲと第二のＩＴＲとの間に位置する，外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列，（ｆ）アデノウイルスのＥ２Ａ領域又はその機能的等価物を含む塩基配列，（ｇ）アデノウイルスのＥ４領域又はその機能的等価物を含む塩基配列，及び（ｈ）アデノウイルスのＶＡ１  ＲＮＡ領域又はその機能的等価物を含む塩基配列。【選択図】図１１
2020188763.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも以下の塩基配列を含む核酸分子；
（ａ）アデノ随伴ウイルスのＲｅｐ蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，
（ｂ）アデノ随伴ウイルスのＣａｐ蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，
（ｃ）第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（第一のＩＴＲ）又はその機能的等価物を含む塩基配列，
（ｄ）第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（第二のＩＴＲ）又はその機能的等価物を含む塩基配列，
（ｅ）第一のＩＴＲと第二のＩＴＲとの間に位置する，外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列，
（ｆ）アデノウイルスのＥ２Ａ領域又はその機能的等価物を含む塩基配列，
（ｇ）アデノウイルスのＥ４領域又はその機能的等価物を含む塩基配列，及び
（ｈ）アデノウイルスのＶＡ１  ＲＮＡ領域又はその機能的等価物を含む塩基配列。
【請求項２】
該Ｒｅｐ蛋白質の発現を制御する第１の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，
該Ｃａｐ蛋白質の発現を制御する第２の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，及び
該外来の蛋白質の発現を制御する第３の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，を更に含むものである請求項１の核酸分子。
【請求項３】
薬剤耐性遺伝子を含む塩基配列を更に含むものである，請求項１又は２の核酸分子。
【請求項４】
該第１の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列の下流に，
該Ｒｅｐ蛋白質をコードする塩基配列，
更に下流に該第２の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，及び
更に下流に該Ｃａｐ蛋白質をコードする塩基配列，を含むものである，
請求項２又は３の核酸分子。
【請求項５】
該第一のＩＴＲを含む塩基配列の下流に，
該第３の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，
更に下流に該外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び該外来の蛋白質をコードする塩基配列，
更に下流に該第二のＩＴＲを含む塩基配列，を含むものである，
請求項２〜４の何れかの核酸分子。
【請求項６】
該アデノウイルスのＥ２Ａ領域又はその機能的等価物の塩基配列の下流に，
該アデノウイルスのＥ４領域又はその機能的等価物の塩基配列，
更に下流に該アデノウイルスＶＡ１  ＲＮＡ領域又はその機能的等価物の塩基配列，を含むものである，
請求項２〜５の何れかの核酸分子。
【請求項７】
該Ｃａｐ蛋白質をコードする塩基配列の下流に，
該第一の逆方向末端反復（ＩＴＲ）を含む塩基配列，
更に下流に該第３の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，
更に下流に該外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び該外来の蛋白質をコードする塩基配列，
更に下流に該第二の逆方向末端反復（ＩＴＲ）を含む塩基配列，を含むものである，
請求項４の核酸分子。
【請求項８】
該第二の逆方向末端反復（ＩＴＲ）を含む塩基配列の下流に，
該アデノウイルスのＥ２Ａ領域又はその機能的等価物の塩基配列，
更に下流に該アデノウイルスのＥ４領域又はその機能的等価物の塩基配列，
更に下流に該アデノウイルスＶＡ１ ＲＮＡ領域又はその機能的等価物の塩基配列，を含むものである，
請求項７の核酸分子。
【請求項９】
薬剤耐性遺伝子を含む塩基配列を更に含むものである，請求項１〜８の何れかの核酸分子。
【請求項１０】
薬剤耐性遺伝子を含む塩基配列を，該Ｃａｐ蛋白質をコードする塩基配列の下流であって，該第一のＩＴＲを含む塩基配列の上流に含むものである，請求項９の核酸分子。
【請求項１１】
該Ｃａｐ蛋白質をコードする塩基配列の下流に，Ｒｅｐ蛋白質及びＣａｐ蛋白質の発現量を高めるエンハンサー機能を有する塩基配列を含むものである，請求項１〜１０の何れかの核酸分子。
【請求項１２】
該Ｒｅｐ蛋白質が，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０及び１１のアデノ随伴ウイルスからなる群から選択されるものである，請求項１〜１１の何れかの核酸分子。
【請求項１３】
該Ｒｅｐ蛋白質が，Ｒｅｐ６８又は／及びＲｅｐ７８を含むものである，請求項１２の核酸分子。
【請求項１４】
該Ｃａｐ蛋白質が，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０及び１１のアデノ随伴ウイルスからなる群から選択されるものである，請求項１〜１３の何れかの核酸分子。
【請求項１５】
該Ｃａｐ蛋白質が，ＶＰ１を含むものである，請求項１４の核酸分子。
【請求項１６】
該第１の遺伝子発現制御部位が，該アデノウイルスのＥ２Ａ領域又はその機能的等価物によって制御されるものである，請求項２〜１５の何れかの核酸分子。
【請求項１７】
該第１の遺伝子発現制御部位が，アデノ随伴ウイルスのＰ５プロモーターである，請求項１６の核酸分子。
【請求項１８】
該第２の遺伝子発現制御部位が，アデノウイルスのＶＡ１  ＲＮＡ又はその機能的等価物によって制御されるものである，請求項２〜１７の何れかの核酸分子。
【請求項１９】
該第２の遺伝子発現制御部位が，アデノ随伴ウイルスのＰ４０プロモーターである，請求項１８の核酸分子。
【請求項２０】
該ＩＴＲのアデノ随伴ウイルス血清型が，１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０及び１１からなる群から選択されるものである，請求項１〜１９の何れかの核酸分子。
【請求項２１】
該ＩＴＲのアデノ随伴ウイルス血清型が２である，請求項１〜１９の何れかの核酸分子。
【請求項２２】
該外来の蛋白質をコードするための塩基配列が，マルチクローニングサイトを含むものである，請求項１〜２１の何れかの核酸分子。
【請求項２３】
該アデノウイルスの血清型が，２，１，５，６，１９，３，１１，７，１４，１６，２１，１２，１８，３１，８，９，１０，１３，１５，１７，１９，２０，２２，２３，２４〜３０，３７，４０，４１，ＡｄＨｕ２，ＡｄＨｕ３，ＡｄＨｕ４，ＡｄＨｕ２４，ＡｄＨｕ２６，ＡｄＨｕ３４，ＡｄＨｕ３５，ＡｄＨｕ３６，ＡｄＨｕ３７，ＡｄＨｕ４１，ＡｄＨｕ４８，ＡｄＨｕ４９，ＡｄＨｕ５０，ＡｄＣ６，ＡｄＣ７，ＡｄＣ６９，ウシＡｄ３型，イヌＡｄ２型，ヒツジＡｄ，及びブタＡｄ３型からなる群から選択されるものである，
請求項１〜２２の何れかの核酸分子。
【請求項２４】
該アデノウイルスのＥ２Ａ領域の機能的等価物が，単純ヘルペスウイルス，ワクシニアウイルス，サイトメガロウイルス，及び仮性狂犬病ウイルスからなる群から選択される何れかに由来するものである，請求項１〜２３の何れかの核酸分子。
【請求項２５】
該アデノウイルスのＥ４領域の機能的等価物が，単純ヘルペスウイルス，ワクシニアウイルス，サイトメガロウイルス，及び仮性狂犬病からなる群から選択される何れかに由来するものである，請求項１〜２４の何れかの核酸分子。
【請求項２６】
該アデノウイルスのＶＡ１ ＲＮＡ領域の機能的等価物が，単純ヘルペスウイルス，ワクシニアウイルス，サイトメガロウイルス，及び仮性狂犬病ウイルスからなる群から選択される何れかに由来するものである，請求項１〜２５の何れかの核酸分子。
【請求項２７】
該アデノウイルスのＥ２Ａ領域が，該アデノウイルスのＥ１Ｂ又はその機能的等価物によって制御されるものである，請求項２〜２６の何れかの核酸分子。
【請求項２８】
該アデノウイルスのＥ４領域が，該アデノウイルスのＥ１Ｂ又はその機能的等価物によって制御されるものである，請求項２〜２７の何れかの核酸分子。
【請求項２９】
該薬剤耐性遺伝子が，該薬剤耐性遺伝子に対応する薬剤への耐性を，原核細胞に付与するものである，請求項９〜２８の何れかの核酸分子。
【請求項３０】
該第３の遺伝子発現制御部位が，サイトメガロウイルス由来のプロモーター，ＳＶ４０初期プロモーター，ヒト伸長因子−１アルファ（ＥＦ−１α）プロモーター，ヒトユビキチンＣプロモーター，β-アクチンプロモーター，配列番号４７で示される塩基配列を含むプロモーター，及び配列番号４７で示される塩基配列を含むプロモーターの下流に配列番号３９で示される塩基配列を含むもの，からなる群から選択されるものである，
請求項２〜２９の何れかの核酸分子。
【請求項３１】
該エンハンサー機能を有する塩基配列が，アデノ随伴ウイルスのＰ５プロモーター又はその機能的等価物である，請求項１１〜３０の何れかの核酸分子。
【請求項３２】
該外来の蛋白質がヒトのものである，請求項１〜３１の何れかの核酸分子。
【請求項３３】
該外来の蛋白質が，マウス抗体，ヒト化抗体，ヒト・マウスキメラ抗体，及びヒト抗体からなる群から選択されるものである，請求項１〜３１の何れかの核酸分子。
【請求項３４】
該外来の蛋白質が，成長ホルモン，リソソーム酵素，ソマトメジン，インスリン，グルカゴン，リソソーム酵素，サイトカイン，リンホカイン，血液凝固因子，抗体，抗体と他の蛋白質との融合蛋白質，顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ），顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ），マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ），エリスロポエチン，ダルベポエチン，組織プラスミノーゲンアクチベーター（ｔ-PA），トロンボモジュリン，卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ），性腺刺激ホルモン放出ホルモン（ＧｎＲＨ），ゴナドトロピン，ＤＮａｓｅｌ，甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ），神経成長因子（ＮＧＦ），毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ），グリア細胞株神経栄養因子（ＧＤＮＦ），ニューロトロフィン３，ニューロトロフィン４／５，ニューロトロフィン６，ニューレグリン１，アクチビン，塩基性線維芽細胞成長因子（ｂＦＧＦ），線維芽細胞成長因子２（ＦＧＦ２），上皮細胞増殖因子（ＥＧＦ），血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ），インターフェロンα，インターフェロンβ，インターフェロンγ，インターロイキン６，ＰＤ−１，ＰＤ−１リガンド，腫瘍壊死因子α受容体（ＴＮＦ-α受容体），ベータアミロイドを分解する活性を有する酵素，エタネルセプト，ペグビソマント，メトレレプチン，アバタセプト，アスホターゼ，及びＧＬＰ−１受容体アゴニストからなる群から選択されるものである，
請求項１〜３２の何れかの核酸分子。
【請求項３５】
該外来の蛋白質がリソソーム酵素であり，該リソソーム酵素が，α−Ｌ−イズロニダーゼ，イズロン酸−２−スルファターゼ，グルコセレブロシダーゼ，β−ガラクトシダーゼ，ＧＭ２活性化蛋白質，β−ヘキソサミニダーゼＡ，β−ヘキソサミニダーゼＢ，Ｎ−アセチルグルコサミン−１−フォスフォトランスフェラーゼ，α−マンノシダーゼ，β−マンノシダーゼ，ガラクトシルセラミダーゼ，サポシンＣ，アリールスルファターゼＡ，α−Ｌ−フコシダーゼ，アスパルチルグルコサミニダーゼ，α−Ｎ−アセチルガラクトサミニダーゼ，酸性スフィンゴミエリナーゼ，α−ガラクトシダーゼ  Ａ，β−グルクロニダーゼ，ヘパランＮ−スルファターゼ，α−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ，アセチルＣｏＡα−グルコサミニドＮ−アセチルトランスフェラーゼ，Ｎ−アセチルグルコサミン−６−硫酸スルファターゼ，酸性セラミダーゼ，アミロ−１，６−グルコシダーゼ，シアリダーゼ，パルミトイル蛋白質チオエステラーゼ−１，トリペプチジルペプチダーゼ−１，ヒアルロニダーゼ−１，ＣＬＮ１及びＣＬＮ２からなる群から選択されるものである，
請求項１〜３２の何れかの核酸分子。
【請求項３６】
該外来の蛋白質が，抗ＩＬ−６抗体，抗ベータアミロイド抗体，抗ＢＡＣＥ抗体，抗ＥＧＦＲ抗体，抗ＰＤ−１抗体，抗ＰＤ−Ｌ１抗体，抗ＨＥＲ２抗体，抗ＰＣＳＫ９抗体，抗ＴＮＦ-α抗体，及び血管内皮細胞の表面に存在する蛋白質に対して親和性を有する抗体からなる群から選択されるものである，請求項１〜３３の何れかの核酸分子。
【請求項３７】
該血管内皮細胞の表面に存在する蛋白質が，トランスフェリン受容体，インスリン受容体，レプチン受容体，インスリン様成長因子I受容体，インスリン様成長因子II受容体，リポ蛋白質受容体，ブドウ糖輸送担体１，有機アニオントランスポーター，モノカルボン酸トランスポーター，低密度リポ蛋白質受容体関連蛋白質１，低密度リポ蛋白質受容体関連蛋白質８，及びヘパリン結合性上皮成長因子様成長因子の膜結合型前駆体からなる群から選択されるものである，請求項３６の核酸分子。
【請求項３８】
該外来の蛋白質が，抗体と他の蛋白質との融合蛋白質であり，
該抗体が，マウス抗体，ヒト化抗体，ヒト・マウスキメラ抗体，及びヒト抗体からなる群から選択されるものであり，及び
該他の蛋白質が，成長ホルモン，リソソーム酵素，サイトカイン，リンホカイン，血液凝固因子，抗体，抗体と他の蛋白質との融合蛋白質，顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ），顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ），マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ），エリスロポエチン，ダルベポエチン，組織プラスミノーゲンアクチベーター（ｔ-PA），トロンボモジュリン，卵胞刺激ホルモン，ＤＮａｓｅｌ，甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ），神経成長因子（ＮＧＦ），毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ），グリア細胞株神経栄養因子（ＧＤＮＦ），ニューロトロフィン３，ニューロトロフィン４／５，ニューロトロフィン６，ニューレグリン１，アクチビン，塩基性線維芽細胞成長因子（ｂＦＧＦ），線維芽細胞成長因子２（ＦＧＦ２），上皮細胞増殖因子（ＥＧＦ），血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ），インターフェロンα，インターフェロンβ，インターフェロンγ，インターロイキン６，ＰＤ−１，ＰＤ−１リガンド，腫瘍壊死因子α受容体（ＴＮＦ-α受容体），及びベータアミロイドを分解する活性を有する酵素からなる群から選択されるものである，
請求項１〜３１の何れかの核酸分子。
【請求項３９】
該外来の蛋白質が，抗体と他の蛋白質との融合蛋白質であり，
該抗体が，マウス抗体，ヒト化抗体，ヒト・マウスキメラ抗体，及びヒト抗体からなる群から選択されるものであり，及び
他の蛋白質がリソソーム酵素であり，該リソソーム酵素が，α−Ｌ−イズロニダーゼ，イズロン酸−２−スルファターゼ，グルコセレブロシダーゼ，β−ガラクトシダーゼ，ＧＭ２活性化蛋白質，β−ヘキソサミニダーゼＡ，β−ヘキソサミニダーゼＢ，Ｎ−アセチルグルコサミン−１−フォスフォトランスフェラーゼ，α−マンノシダーゼ，β−マンノシダーゼ，ガラクトシルセラミダーゼ，サポシンＣ，アリールスルファターゼＡ，α−Ｌ−フコシダーゼ，アスパルチルグルコサミニダーゼ，α−Ｎ−アセチルガラクトサミニダーゼ，酸性スフィンゴミエリナーゼ，α−ガラクトシダーゼ  Ａ，β−グルクロニダーゼ，ヘパランＮ−スルファターゼ，α−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ，アセチルＣｏＡα−グルコサミニドＮ−アセチルトランスフェラーゼ，Ｎ−アセチルグルコサミン−６−硫酸スルファターゼ，酸性セラミダーゼ，アミロ−１，６−グルコシダーゼ，シアリダーゼ，パルミトイル蛋白質チオエステラーゼ−１，トリペプチジルペプチダーゼ−１，ヒアルロニダーゼ−１，ＣＬＮ１及びＣＬＮ２からなる群から選択されるものである，
請求項１〜３１の何れかの核酸分子。
【請求項４０】
該他の蛋白質が，ヒトのものである，請求項３８又は３９の核酸分子。
【請求項４１】
該抗体が，血管内皮細胞の表面に存在する蛋白質に対して親和性を有するものである，
請求項３８〜４０の何れかの核酸分子。
【請求項４２】
該血管内皮細胞の表面に存在する蛋白質が，トランスフェリン受容体，インスリン受容体，レプチン受容体，インスリン様成長因子I受容体，インスリン様成長因子II受容体，リポ蛋白質受容体，ブドウ糖輸送担体１，有機アニオントランスポーター，モノカルボン酸トランスポーター，低密度リポ蛋白質受容体関連蛋白質１，低密度リポ蛋白質受容体関連蛋白質８，及びヘパリン結合性上皮成長因子様成長因子の膜結合型前駆体からなる群から選択されるものである，請求項４１の核酸分子。
【請求項４３】
環状プラスミドである，請求項１〜４２の何れかの核酸分子。
【請求項４４】
請求項１〜４３の何れかの核酸分子を宿主細胞に導入する工程を含む，組換えＡＡＶ粒子の製造方法。
【請求項４５】
該宿主細胞のゲノムが，アデノウイルスのＥ１Ａ領域及びＥ１Ｂ領域を含む塩基配列を含むものである，請求項４４の製造法。
【請求項４６】
該宿主細胞が，ＨＥＫ２９３細胞である，請求項４５の製造法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は，その一実施形態において，遺伝子治療に用いることのできる組換えアデノ随伴ウイルス（rAAV）ビリオンの分野に関し，詳しくは，rAAVビリオンを製造するために用い得る核酸分子及び当該核酸分子を用いたrAAVビリオンの製造方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
アデノ随伴ウイルス（AAV: adeno-associated virus）は，自然界に存在するウイルスの中で最も小さい部類の直鎖一本鎖DNAウイルスであるパルボウイルス科に属し，そのウイルスゲノムは約4.7 kbである。AAVはエンベロープを持たず，直径約22 nmの正二十面体粒子を形成する。AAVはまた，単独感染では増殖することのできない欠損ウイルスであるディペンドウイルス属に分類され，動物細胞内で効率的に複製が行われるためには，AAVの複製を補助するヘルパーウイルスとの同時感染が必要である。AAVの複製を補助するヘルパーウイルスには，例えばアデノウイルス，又はヘルペスウイルスがある。ヘルパーウイルスの非存在下では，AAVの複製は認められず，AAVゲノムは宿主ゲノムに組込まれる。
【０００３】
野生型のAAVが宿主細胞のヒト細胞に単独で感染すると，ウイルスゲノムは，ウイルスゲノムの両端に存在する逆方向末端反復（ITR）を介して，第１９番染色体に部位特異的に組み込まれる。宿主細胞のゲノム中に取り込まれたウイルスゲノムの遺伝子はほとんど発現しないが，細胞がヘルパーウイルスに感染するとAAVは宿主ゲノムから切り出され，感染性ウイルスの複製が開始される。ヘルパーウイルスがアデノウイルスの場合，ヘルパー作用を担う遺伝子はE1A，E1B，E2A，VA1，及びE4である。ここで，宿主細胞が，アデノウイルスのE1A，E1Bでトランスフォームしたヒト胎児腎組織由来細胞であるHEK293細胞の場合にあっては，E1A及びE1B遺伝子は，宿主細胞において元々発現している。
【０００４】
また，AAVゲノムは2つの遺伝子rep及びcapを含む。rep遺伝子から産生されるrep蛋白質（rep78，rep68，rep52及びrep40）は，カプシド形成に必須であるとともに，ウイルスゲノムの染色体への組み込みに介在する。cap遺伝子は3つのカプシド蛋白質（VP1，VP2及びVP3）の産生を担う。
【０００５】
野生型AAVのゲノムでは，両端にITRが存在し，ITRの間にrep遺伝子及びcap遺伝子が存在する。組換AAVビリオン（rAAVビリオン）は，rep遺伝子及びcap遺伝子を含む領域を，外来の蛋白質をコードする遺伝子で置換したものが，カプシドに内包されたものである。
【０００６】
rAAVビリオンは，遺伝子治療において外因性の遺伝子を細胞に送達するためのベクターとして用いられ，これまで治癒することのできなかった疾患に治療選択肢を与える能力がある。
【０００７】
rAAVビリオンを生産するためには，一般に3種類のプラスミドが用いられる。すなわち，ITRに挟まれた外来の蛋白質をコードする遺伝子を含むプラスミド（特許文献１），Rep蛋白質をコードする遺伝子とCap蛋白質をコードする遺伝子を含むプラスミド（特許文献２），及びアデノウイルス由来E2A，E4，及びVA1 RNAをコードする遺伝子を含むプラスミド（特許文献３），である。遺伝子導入した細胞内で目的遺伝子を内包したrAAVビリオンを生産させるためには，これら3種類のプラスミドをHEK293細胞等の宿主細胞に導入する必要がある。rAAVビリオンは3種類のプラスミドが導入された宿主細胞内で合成される。このとき，宿主細胞内ではrAAVビリオンに加えて，DNAを内包しない空の粒子が発生する。プラスミドDNAの一過性発現系では80%近くがDNAを内包しない空の粒子であるとの報告もある。(非特許文献１)
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００８】
【特許文献１】国際公開第９５／３４６７０号
【特許文献２】国際公開第９７／０６２７２号
【特許文献３】国際公開第９７／１７４５８号
【非特許文献】
【０００９】
【非特許文献１】Maria S. et al., HUMAN GENE THERAPY METHODS, 28, 101-108 (2017)
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
本発明の目的は，その一実施形態において，遺伝子治療等に使用できる，外来の蛋白質をコードする塩基配列を含む核酸配列がAAVのカプシドにパッケージされたrAAVビリオンを効率よく生産するために用いられる核酸分子及び，かかるrAAVビリオンの製造方法に関する。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
上記目的に向けた研究において，本発明者らは，鋭意検討を重ねた結果，アデノ随伴ウイルスのRep蛋白質をコードする塩基配列，アデノ随伴ウイルスのCap蛋白質をコードする塩基配列，第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）を含む塩基配列，第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）を含む塩基配列，アデノウイルスのＥ２Ａ領域を含む塩基配列，アデノウイルスのＥ４領域を含む塩基配列，及びアデノウイルスのＶＡ１ ＲＮＡ領域を含む塩基配列，及び，核酸分子の第一と第二のITRとの間に外来の蛋白質をコードする塩基配列を含む核酸分子を，宿主細胞に導入することにより，rAAVビリオンを効率よく製造できることを見出し，本発明を完成した。すなわち，本発明は以下を含むものである。
１．少なくとも以下の塩基配列を含む核酸分子；
（ａ）アデノ随伴ウイルスのＲｅｐ蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，
（ｂ）アデノ随伴ウイルスのＣａｐ蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，
（ｃ）第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ＩＴＲ）又はその機能的等価物を含む塩基配列，
（ｄ）第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ＩＴＲ）又はその機能的等価物を含む塩基配列，
（ｅ）第一のＩＴＲと第二のＩＴＲとの間に位置する，外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列，
（ｆ）アデノウイルスのＥ２Ａ領域又はその機能的等価物を含む塩基配列，
（ｇ）アデノウイルスのＥ４領域又はその機能的等価物を含む塩基配列，及び
（ｈ）アデノウイルスのＶＡ１ ＲＮＡ領域又はその機能的等価物を含む塩基配列。
２．該Ｒｅｐ蛋白質の発現を制御する第１の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，
該Ｃａｐ蛋白質の発現を制御する第２の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，及び
該外来の蛋白質の発現を制御する第３の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，を更に含むものである上記１の核酸分子。
３．薬剤耐性遺伝子を含む塩基配列を更に含むものである，上記１又は２の核酸分子。
４．該第１の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列の下流に，該Ｒｅｐ蛋白質をコードする塩基配列，更に下流に該第２の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，及び更に下流に該Ｃａｐ蛋白質をコードする塩基配列，を含むものである，上記２又は３の核酸分子。
５．該第一の逆方向末端反復（ＩＴＲ）を含む塩基配列の下流に，該第３の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，更に下流に該外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び該外来の蛋白質をコードする塩基配列，更に下流に該第二の逆方向末端反復（ＩＴＲ）を含む塩基配列，を含むものである，上記２〜４の何れかの核酸分子。
６．該アデノウイルスのＥ２Ａ領域又はその機能的等価物の塩基配列の下流に，該アデノウイルスのＥ４領域又はその機能的等価物の塩基配列，更に下流に該アデノウイルスＶＡ１ ＲＮＡ領域又はその機能的等価物の塩基配列，を含むものである，上記２〜５の何れかの核酸分子。
７．該Ｃａｐ蛋白質をコードする塩基配列の下流に，該第一の逆方向末端反復（ＩＴＲ）を含む塩基配列，更に下流に該第３の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，更に下流に該外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び該外来の蛋白質をコードする塩基配列，更に下流に該第二の逆方向末端反復（ＩＴＲ）を含む塩基配列，を含むものである，上記４の核酸分子。
８．該第二の逆方向末端反復（ＩＴＲ）を含む塩基配列の下流に，該アデノウイルスのＥ２Ａ領域又はその機能的等価物の塩基配列，更に下流に該アデノウイルスのＥ４領域又はその機能的等価物の塩基配列，更に下流に該アデノウイルスＶＡ１ ＲＮＡ領域又はその機能的等価物の塩基配列，を含むものである，上記７の核酸分子。
９．薬剤耐性遺伝子を含む塩基配列を更に含むものである，上記１〜８の何れかの核酸分子。
１０．薬剤耐性遺伝子を含む塩基配列を，該Ｃａｐ蛋白質をコードする塩基配列の下流であって，該第一のＩＴＲを含む塩基配列の上流に含むものである，上記９の核酸分子。
１１．該Ｃａｐ蛋白質をコードする塩基配列の下流に，Ｒｅｐ蛋白質及びＣａｐ蛋白質の発現量を高めるエンハンサー機能を有する塩基配列を含むものである，上記１〜１０の何れかの核酸分子。
１２．該Ｒｅｐ蛋白質が，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０及び１１のアデノ随伴ウイルスからなる群から選択されるものである，上記１〜１１の何れかの核酸分子。
１３．該Ｒｅｐ蛋白質が，Ｒｅｐ６８又は／及びＲｅｐ７８を含むものである，上記１２の核酸分子。
１４．該Ｃａｐ蛋白質が，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０及び１１のアデノ随伴ウイルスからなる群から選択されるものである，上記１〜１３の何れかの核酸分子。
１５．該Ｃａｐ蛋白質が，ＶＰ１を含むものである，上記１４の核酸分子。
１６．該第１の遺伝子発現制御部位が，該アデノウイルスのＥ２Ａ領域又はその機能的等価物によって制御されるものである，上記２〜１５の何れかの核酸分子。
１７．該第１の遺伝子発現制御部位が，アデノ随伴ウイルスのｐ５プロモーターである，上記１６の核酸分子。
１８．該第２の遺伝子発現制御部位が，アデノウイルスのＶＡ１ ＲＮＡ又はその機能的等価物によって制御されるものである，上記２〜１７の何れかの核酸分子。
１９．該第２の遺伝子発現制御部位が，アデノ随伴ウイルスのｐ４０プロモーターである，上記１８の核酸分子。
２０．該第一及び第二のＩＴＲのアデノ随伴ウイルス血清型が，１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０及び１１からなる群から選択されるものである，上記１〜１９の何れかの核酸分子。
２１．該ＩＴＲのアデノ随伴ウイルス血清型が２である，上記１〜１９の何れかの核酸分子。
２２．該外来の蛋白質をコードするための塩基配列が，マルチクローニングサイトを含むものである，上記１〜２１の何れかの核酸分子。
２３．該アデノウイルスの血清型が，２，１，５，６，１９，３，１１，７，１４，１６，２１，１２，１８，３１，８，９，１０，１３，１５，１７，１９，２０，２２，２３，２４〜３０，３７，４０，４１，ＡｄＨｕ２，ＡｄＨｕ３，ＡｄＨｕ４，ＡｄＨｕ２４，ＡｄＨｕ２６，ＡｄＨｕ３４，ＡｄＨｕ３５，ＡｄＨｕ３６，ＡｄＨｕ３７，ＡｄＨｕ４１，ＡｄＨｕ４８，ＡｄＨｕ４９，ＡｄＨｕ５０，ＡｄＣ６，ＡｄＣ７，ＡｄＣ６９，ウシＡｄ３型，イヌＡｄ２型，ヒツジＡｄ，及びブタＡｄ３型からなる群から選択されるものである，上記１〜２２の何れかの核酸分子。
２４．該アデノウイルスのＥ２Ａ領域の機能的等価物が，単純ヘルペスウイルス，ワクシニアウイルス，サイトメガロウイルス，及び仮性狂犬病ウイルスからなる群から選択される何れかに由来するものである，上記１〜２３の何れかの核酸分子。
２５．該アデノウイルスのＥ４領域の機能的等価物が，単純ヘルペスウイルス，ワクシニアウイルス，サイトメガロウイルス，及び仮性狂犬病からなる群から選択される何れかに由来するものである，上記１〜２４の何れかの核酸分子。
２６．該アデノウイルスのＶＡ１ ＲＮＡ領域の機能的等価物が，単純ヘルペスウイルス，ワクシニアウイルス，サイトメガロウイルス，及び仮性狂犬病ウイルスからなる群から選択される何れかに由来するものである，上記１〜２５の何れかの核酸分子。
２７．該アデノウイルスのＥ２Ａ領域が，該アデノウイルスのＥ１Ｂ又はその機能的等価物によって制御されるものである，上記２〜２６の何れかの核酸分子。
２８．該アデノウイルスのＥ４領域が，該アデノウイルスのＥ１Ｂ又はその機能的等価物によって制御されるものである，上記２〜２７の何れかの核酸分子。
２９．該薬剤耐性遺伝子が，該薬剤耐性遺伝子に対応する薬剤への耐性を，原核細胞に付与するものである，上記９〜２８の何れかの核酸分子。
３０．該第３の遺伝子発現制御部位が，サイトメガロウイルス由来のプロモーター，ＳＶ４０初期プロモーター，ヒト伸長因子−１アルファ（ＥＦ−１α）プロモーター，ヒトユビキチンＣプロモーター，及びβ-アクチンプロモーター，配列番号４７で示される塩基配列を含むプロモーター，配列番号４７で示される塩基配列を含むプロモーターの下流に配列番号３９で示される塩基配列を含むもの，からなる群から選択されるものである，上記２〜２９の何れかの核酸分子。
３１．該エンハンサー機能を有する塩基配列が，アデノ随伴ウイルスのｐ５プロモーター又はその機能的等価物である，上記１１〜３０の何れかの核酸分子。
３２．該外来の蛋白質がヒトのものである，上記１〜３１の何れかの核酸分子。
３３．該外来の蛋白質が，マウス抗体，ヒト化抗体，ヒト・マウスキメラ抗体，及びヒト抗体からなる群から選択されるものである，上記１〜３１の何れかの核酸分子。
３４．該外来の蛋白質が，成長ホルモン，リソソーム酵素，ソマトメジン，インスリン，グルカゴン，リソソーム酵素，サイトカイン，リンホカイン，血液凝固因子，抗体，抗体と他の蛋白質との融合蛋白質，顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ），顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ），マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ），エリスロポエチン，ダルベポエチン，組織プラスミノーゲンアクチベーター（ｔ-PA），トロンボモジュリン，卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ），性腺刺激ホルモン放出ホルモン（ＧｎＲＨ），ゴナドトロピン，ＤＮａｓｅｌ，甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ），神経成長因子（ＮＧＦ），毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ），グリア細胞株神経栄養因子（ＧＤＮＦ），ニューロトロフィン３，ニューロトロフィン４／５，ニューロトロフィン６，ニューレグリン１，アクチビン，塩基性線維芽細胞成長因子（ｂＦＧＦ），線維芽細胞成長因子２（ＦＧＦ２），上皮細胞増殖因子（ＥＧＦ），血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ），インターフェロンα，インターフェロンβ，インターフェロンγ，インターロイキン６，ＰＤ−１，ＰＤ−１リガンド，腫瘍壊死因子α受容体（ＴＮＦ-α受容体），ベータアミロイドを分解する活性を有する酵素，エタネルセプト，ペグビソマント，メトレレプチン，アバタセプト，アスホターゼ，及びＧＬＰ−１受容体アゴニストからなる群から選択されるものである，上記１〜３２の何れかの核酸分子。
３５．該外来の蛋白質がリソソーム酵素であり，該リソソーム酵素が，α−Ｌ−イズロニダーゼ，イズロン酸−２−スルファターゼ，グルコセレブロシダーゼ，β−ガラクトシダーゼ，ＧＭ２活性化蛋白質，β−ヘキソサミニダーゼＡ，β−ヘキソサミニダーゼＢ，Ｎ−アセチルグルコサミン−１−フォスフォトランスフェラーゼ，α−マンノシダーゼ，β−マンノシダーゼ，ガラクトシルセラミダーゼ，サポシンＣ，アリールスルファターゼＡ，α−Ｌ−フコシダーゼ，アスパルチルグルコサミニダーゼ，α−Ｎ−アセチルガラクトサミニダーゼ，酸性スフィンゴミエリナーゼ，α−ガラクトシダーゼ  Ａ，β−グルクロニダーゼ，ヘパランＮ−スルファターゼ，α−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ，アセチルＣｏＡα−グルコサミニドＮ−アセチルトランスフェラーゼ，Ｎ−アセチルグルコサミン−６−硫酸スルファターゼ，酸性セラミダーゼ，アミロ−１，６−グルコシダーゼ，シアリダーゼ，パルミトイル蛋白質チオエステラーゼ−１，トリペプチジルペプチダーゼ−１，ヒアルロニダーゼ−１，ＣＬＮ１及びＣＬＮ２からなる群から選択されるものである，上記１〜３２の何れかの核酸分子。
３６．該外来の蛋白質が，抗ＩＬ−６抗体，抗ベータアミロイド抗体，抗ＢＡＣＥ抗体，抗ＥＧＦＲ抗体，抗ＰＤ−１抗体，抗ＰＤ−Ｌ１抗体，抗ＨＥＲ２抗体，抗ＰＣＳＫ９抗体，抗ＴＮＦ-α抗体，及び血管内皮細胞の表面に存在する蛋白質に対して親和性を有する抗体からなる群から選択されるものである，上記１〜３３の何れかの核酸分子。
３７．該血管内皮細胞の表面に存在する蛋白質が，トランスフェリン受容体，インスリン受容体，レプチン受容体，インスリン様成長因子I受容体，インスリン様成長因子II受容体，リポ蛋白質受容体，ブドウ糖輸送担体１，有機アニオントランスポーター，モノカルボン酸トランスポーター，低密度リポ蛋白質受容体関連蛋白質１，低密度リポ蛋白質受容体関連蛋白質８，及びヘパリン結合性上皮成長因子様成長因子の膜結合型前駆体からなる群から選択されるものである，上記３６の核酸分子。
３８．該外来の蛋白質が，抗体と他の蛋白質との融合蛋白質であり，該抗体が，マウス抗体，ヒト化抗体，ヒト・マウスキメラ抗体，及びヒト抗体からなる群から選択されるものであり，及び，該他の蛋白質が，成長ホルモン，リソソーム酵素，サイトカイン，リンホカイン，血液凝固因子，抗体，抗体と他の蛋白質との融合蛋白質，顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ），顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ），マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ），エリスロポエチン，ダルベポエチン，組織プラスミノーゲンアクチベーター（ｔ-PA），トロンボモジュリン，卵胞刺激ホルモン，ＤＮａｓｅｌ，甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ），神経成長因子（ＮＧＦ），毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ），グリア細胞株神経栄養因子（ＧＤＮＦ），ニューロトロフィン３，ニューロトロフィン４／５，ニューロトロフィン６，ニューレグリン１，アクチビン，塩基性線維芽細胞成長因子（ｂＦＧＦ），線維芽細胞成長因子２（ＦＧＦ２），上皮細胞増殖因子（ＥＧＦ），血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ），インターフェロンα，インターフェロンβ，インターフェロンγ，インターロイキン６，ＰＤ−１，ＰＤ−１リガンド，腫瘍壊死因子α受容体（ＴＮＦ-α受容体），及びベータアミロイドを分解する活性を有する酵素からなる群から選択されるものである，上記１〜３１の何れかの核酸分子。
３９．該外来の蛋白質が，抗体と他の蛋白質との融合蛋白質であり，該抗体が，マウス抗体，ヒト化抗体，ヒト・マウスキメラ抗体，及びヒト抗体からなる群から選択されるものであり，及び他の蛋白質がリソソーム酵素であり，該リソソーム酵素が，α−Ｌ−イズロニダーゼ，イズロン酸−２−スルファターゼ，グルコセレブロシダーゼ，β−ガラクトシダーゼ，ＧＭ２活性化蛋白質，β−ヘキソサミニダーゼＡ，β−ヘキソサミニダーゼＢ，Ｎ−アセチルグルコサミン−１−フォスフォトランスフェラーゼ，α−マンノシダーゼ，β−マンノシダーゼ，ガラクトシルセラミダーゼ，サポシンＣ，アリールスルファターゼＡ，α−Ｌ−フコシダーゼ，アスパルチルグルコサミニダーゼ，α−Ｎ−アセチルガラクトサミニダーゼ，酸性スフィンゴミエリナーゼ，α−ガラクトシダーゼ  Ａ，β−グルクロニダーゼ，ヘパランＮ−スルファターゼ，α−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ，アセチルＣｏＡα−グルコサミニドＮ−アセチルトランスフェラーゼ，Ｎ−アセチルグルコサミン−６−硫酸スルファターゼ，酸性セラミダーゼ，アミロ−１，６−グルコシダーゼ，シアリダーゼ，パルミトイル蛋白質チオエステラーゼ−１，トリペプチジルペプチダーゼ−１，ヒアルロニダーゼ−１，ＣＬＮ１及びＣＬＮ２からなる群から選択されるものである，上記１〜３１の何れかの核酸分子。
４０．該他の蛋白質が，ヒトのものである，上記３８又は３９の核酸分子。
４１．該抗体が，血管内皮細胞の表面に存在する蛋白質に対して親和性を有するものである，上記３８〜４０の何れかの核酸分子。
４２．該血管内皮細胞の表面に存在する蛋白質が，トランスフェリン受容体，インスリン受容体，レプチン受容体，インスリン様成長因子I受容体，インスリン様成長因子II受容体，リポ蛋白質受容体，ブドウ糖輸送担体１，有機アニオントランスポーター，モノカルボン酸トランスポーター，低密度リポ蛋白質受容体関連蛋白質１，低密度リポ蛋白質受容体関連蛋白質８，及びヘパリン結合性上皮成長因子様成長因子の膜結合型前駆体からなる群から選択されるものである，上記４１の核酸分子。
４３．環状プラスミドである，上記１〜４２の何れかの核酸分子。
４４．上記１〜４３の何れかの核酸分子を宿主細胞に導入する工程を含む，組換えＡＡＶビリオンの製造方法。
４５．該宿主細胞のゲノムが，アデノウイルスのＥ１Ａ領域及びＥ１Ｂ領域を含む塩基配列を含むものである，上記４４の製造法。
４６．該宿主細胞が，ＨＥＫ２９３細胞である，上記４５の製造法。
【発明の効果】
【００１２】
本発明の一実施形態によれば，遺伝子治療等に使用できる，外来の蛋白質をコードする塩基配列を含む核酸配列がパッケージされたrAAVビリオンを効率よく生産することができるので，rAAVビリオンが安価に供給できるようになり，遺伝子治療に必要な医療費を削減できる。
【図面の簡単な説明】
【００１３】
【図１】pHelper(mod)ベクターの構造を示す模式図。
【図２】pAAV-CMV-GFP(mod)ベクターの構造を示す模式図。
【図３】pR2(mod)C6ベクターの構造を示す模式図。
【図４】pR2(mod)C9ベクターの構造を示す模式図。
【図５】pHelper-ITR/CMV/GFPベクターの構造を示す模式図。
【図６】pHelper-R2(mod)C6ベクターの構造を示す模式図。
【図７】pHelper-R2(mod)C9ベクターの構造を示す模式図。
【図８】pR2(mod)C6-ITR/CMV/GFPベクターの構造を示す模式図。
【図９】pR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターの構造を示す模式図。
【図１０】pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクターの構造を示す模式図。
【図１１】pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターの構造を示す模式図。
【図１２】図１２は，実施例１６で得られた，培養上清中に含まれるrAAVゲノム量と総カプシド量の測定の結果を表す図である。縦軸はrAAVゲノム量（x1011）又は総カプシド量（x1011）を示す。黒棒はrAAVゲノム量，白棒は総カプシド量を示す。左から順に，（1）: pHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（2）: pHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（3）: pR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（4）: pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合，及び（5）: pHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合のそれぞれについての測定結果を示す。測定結果はrAAV9についてのみ示す。
【図１３】図１３は，実施例１８で得られた精製した細胞溶解物溶液中に含まれるrAAVゲノム量と総カプシド量の測定の結果を表す図である。縦軸はrAAVゲノム量（x1011）又は総カプシド量（x1011）を示す。黒棒はrAAVゲノム量，白棒は総カプシド量を示す。左から順に，（1）: pHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（2）: pHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（3）: pR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（4）: pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合及び（5）: pHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合のそれぞれについての測定結果を示す。測定結果はrAAV9についてのみ示す。
【図１４】図１４は，実施例１９で得られたrAAVビリオンの総カプシド中における存在比率の算出の結果を表す図である。縦軸は存在比率（％）を示す。左から順に，（1）: pHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（2）: pHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（3）: pR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（4）: pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合，及び（5）: pHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合のそれぞれについての値を示す。測定結果はrAAV9についてのみ示す。
【図１５】図１５は，実施例２０で得られた細胞溶解物溶液から精製したrAAV6ビリオンの感染能測定の結果を表す図である。縦軸はGFP陽性細胞の割合すなわちrAAV6ビリオンの感染効率（％）を示す。左から順に，（1）: pHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpRC6ベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（2）: pHelper-R2(mod)C6ベクターとpAAV-CMV-GFPベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（3）: pR2(mod)C6-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（4）: pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクターを導入した場合，及び（5）: pHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpRC6ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合のそれぞれについて，黒棒は1 wellあたりに感染させたrAAVゲノム量が2x108 vg（すなわちrAAVビリオン量が2x108個）の場合，白棒は1 wellあたりに感染させたrAAVゲノム量が2x109 vg（すなわちrAAVビリオン量が2x109個）の場合を示す。
【図１６】図１６は，実施例２１で得られた細胞溶解物溶液から精製したrAAV9ビリオンの感染能測定の結果を表す図である。縦軸はGFP陽性細胞の割合すなわちrAAV9ビリオンの感染効率（％）を示す。左から順に，（1）: pHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（2）: pHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（3）: pR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（4）:統合rAAVプラスミド（pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクター）を導入した場合，及び（5）: pHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合のそれぞれについて，黒棒は1 wellあたりに感染させたrAAVゲノム量が2x109 vg（すなわちrAAVビリオン量が2x109個）の場合，白棒は1 wellあたりに感染させたrAAVゲノム量が1x1010 vg（すなわちrAAVビリオン量が2x1010個）の場合を示す。
【図１７】図１７は，実施例２２で得られたrAAV6ビリオンのTransducing Unitの算出の結果を表す図である。縦軸はTransducing Unitの値（x105）を示す。左から順に，（1）: pHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpRC6ベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（2）: pHelper-R2(mod)C6ベクターとpAAV-CMV-GFPベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（3）: pR2(mod)C6-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（4）: 統合rAAVプラスミド（pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクター）を導入した場合，及び（5）: pHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpRC6ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合のそれぞれについて，Transducing Unitの値を示す。
【図１８】図１８は，実施例２２で得られたrAAV9ビリオンのTransducing Unitの算出の結果を表す図である。縦軸はTransducing Unitの値（x105）を示す。左から順に，（1）: pHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（2）: pHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（3）: pR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類のプラスミドを導入した場合，（4）: 統合rAAVプラスミド（pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクター）を導入した場合，及び（5）: pHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合のそれぞれについて，Transducing Unitの値を示す。
【図１９】pAAV-CBA(BAM)-I2Sベクターの構造を示す模式図。
【図２０】pHelper-ITR/CBA(BAM)/I2S-R2(mod)C9ベクターの構造を示す模式図。
【発明を実施するための形態】
【００１４】
外来の遺伝子を細胞，組織，又は生体内に導入するために用いられる組換えアデノ随伴ウイルス（rAAV）ビリオンの生産には，通常，（１）AAV等のウイルスに由来する第一の逆方向末端反復（ITR）を含む塩基配列と第二の逆方向末端反復（ITR）を含む塩基配列，及びこれら2つのITRの間に配置された所望の蛋白質をコードする遺伝子を含む構造を有するプラスミド（プラスミド１），（２）前記ITR配列に挟まれた領域（ITR配列を含む）の塩基配列を宿主細胞のゲノム中に組み込むために必要な機能を有するAAV Rep遺伝子と，AAVのカプシド蛋白質をコードする遺伝子とを含むプラスミド（プラスミド２），及び（３）アデノウイルスのE2A領域，E4領域，及びＶＡ１ ＲＮＡ領域を含むプラスミド（プラスミド３）の3種類のプラスミドが用いられる。
【００１５】
一般に，組換えアデノ随伴ウイルス（rAAV）ビリオンの生産には，まず，これら3種類のプラスミドが，アデノウイルスのE1a遺伝子とE1b遺伝子がゲノム中に組み込まれたHEK293細胞等の宿主細胞に導入される。そうすると第一の逆方向末端反復（ITR）を含む塩基配列と第二の逆方向末端反復（ITR）を含む塩基配列，及びこれら2つのITRの間に配置された所望の蛋白質をコードする遺伝子を含む領域が宿主細胞のゲノムに組み込まれる。この領域から1本鎖DNAが複製され，AAVのカプシド蛋白質にパッケージングされて，組換えアデノ随伴ウイルス（rAAV）ビリオンが形成される。この組換えアデノ随伴ウイルス（rAAV）ビリオンは，感染力を有するので，外来の遺伝子を細胞，組織，又は生体内に導入するために用いることができる。
【００１６】
本発明は，その一実施形態において，組換えアデノ随伴ウイルス（rAAV）ビリオンの生産に必要な，上記のプラスミド１〜３の３種類のプラスミドの構成要素，すなわち（ａ）アデノ随伴ウイルスのRep蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，（ｂ）アデノ随伴ウイルスのCap蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，（ｃ）第一の逆方向末端反復（ITR）を含む塩基配列，（ｄ）第二の逆方向末端反復（ITR）を含む塩基配列，（ｅ）第一のITRと第二のITRとの間に位置する，外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列，（ｆ）アデノウイルスのE2A蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，（ｇ）アデノウイルスのE4蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，及び（ｈ）アデノウイルスのＶＡ１ ＲＮＡ又はその機能的等価物をコードする塩基配列を含む核酸分子に関する。
【００１７】
本発明の一実施形態において，統合rAAVプラスミドというときは，上記（ａ）〜（ｈ）の構成要素を含むプラスミドのことをいう。統合rAAVプラスミドは直鎖状であってもよく，環状であってもよい。
【００１８】
更に，本発明は，その一実施形態において，該Rep蛋白質の発現を制御する第１の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，該Cap蛋白質の発現を制御する第２の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，及び，該外来の蛋白質の発現を制御する第３の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列を含む塩基配列を更に含む核酸分子に関する。
【００１９】
アデノ随伴ウイルス（AAV）のRep蛋白質は，AAVのrep遺伝子にコードされる。Rep蛋白質は，例えばAAVゲノムを，当該ゲノム中に存在するITRを介して，宿主細胞のゲノム中に組み込むために必要な機能を有する。Rep蛋白質は複数のサブタイプが存在するが，AAVゲノムの宿主細胞のゲノムへの組み込みには，Rep68とRep78の2種類が必要とされる。Rep68とRep78は，同一の遺伝子から選択的スプライシングにより転写される2種類のmRNAの翻訳産物である。本発明においてAAVのRep蛋白質というときは，少なくともRep68とRep78の2種類の蛋白質を含むものである。
【００２０】
本発明の一実施形態において，アデノ随伴ウイルスのRep蛋白質をコードする塩基配列というときは，少なくともRep68とRep78をコードする塩基配列，又はこれに変異を加えた塩基配列のことをいう。Rep蛋白質は，好ましくは血清型2のAAVのものであることが好ましいが，これに限定されることはなく，血清型１，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れのものであってもよい。野生型の血清型2のAAVのRep蛋白質をコードする塩基配列は配列番号１で示される塩基配列を有する。野生型の血清型2のAAVのRep68及びRep78は，それぞれ配列番号２及び配列番号３で示されるアミノ酸配列を有する。
【００２１】
また，Rep68は，その機能を発揮する限り，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れかのAAVの野生型のRep68のアミノ酸配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものであってもよい。本発明において，これら変異を加えたRep68も，Rep68に含まれる。
【００２２】
野生型のRep68のアミノ酸配列中のアミノ酸を他のアミノ酸で置換する場合，置換するアミノ酸の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。野生型のRep68のアミノ酸配列中のアミノ酸を欠失させる場合，欠失させるアミノ酸の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。また，これらアミノ酸の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたRep68も，Rep68である。アミノ酸を付加する場合，野生型のRep68のアミノ酸配列中若しくはＮ末端又はＣ末端に，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個のアミノ酸を付加する。これらアミノ酸の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたRep68も，Rep68に含まれる。変異を加えたRep68のアミノ酸配列は，野生型のRep68のアミノ酸配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００２３】
また，Rep78は，その機能を発揮する限り，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れかのAAVの野生型のRep78のアミノ酸配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものであってもよい。本発明において，これら変異を加えたRep78も，Rep78に含まれる。
【００２４】
野生型のRep78のアミノ酸配列中のアミノ酸を他のアミノ酸で置換する場合，置換するアミノ酸の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。野生型のRep78のアミノ酸配列中のアミノ酸を欠失させる場合，欠失させるアミノ酸の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。また，これらアミノ酸の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたRep78も，Rep78である。アミノ酸を付加する場合，野生型のRep78のアミノ酸配列中若しくはＮ末端又はＣ末端に，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個のアミノ酸を付加する。これらアミノ酸の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたRep78も，Rep78に含まれる。変異を加えたRep78のアミノ酸配列は，野生型のRep78のアミノ酸配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００２５】
AAVのRep蛋白質の機能的等価物とは，Rep68にあっては，機能的にRep68に代えて用いることができるものをいい，Rep78にあっては，機能的にRep78に代えて用いることができるものをいう。
【００２６】
配列番号１で示される塩基配列は，機能的なRep68及びRep78をコードするものである限り，置換，欠失，付加等の改変を加えることができる。配列番号１で示される塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。配列番号１で示される塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Rep蛋白質をコードする塩基配列として使用できる。塩基を付加する場合，配列番号１で示される塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Rep蛋白質をコードする核酸分子として使用できる。変異を加えた塩基配列は，配列番号１で示される塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。但し，これら変異を加える場合において，Rep蛋白質のRep68とRep78とをコードする遺伝子の開始コドンをACGとすることが好ましい。
【００２７】
本発明の好ましい一実施形態における，Rep蛋白質をコードする核酸分子として，配列番号４で示される塩基配列を含むものが挙げられる。この核酸分子は，配列番号２で示されるアミノ酸配列を有するRep蛋白質のRep68と，配列番号３で示されるアミノ酸配列を有するRep蛋白質のRep78とをコードする。また，この核酸分子において，Rep蛋白質のRep68とRep78とをコードする遺伝子の開始コドンはACGである。この塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものも，Rep蛋白質をコードするものである限り，Rep蛋白質をコードする核酸分子である。
【００２８】
本発明の一実施形態においてアデノ随伴ウイルスのCap蛋白質をコードする塩基配列というときは，少なくともAAVのカプシドを構成する蛋白質の一種であるVP1をコードする塩基配列，又はこれに変異を加えた塩基配列を含む塩基配列のことをいう。VP1は，好ましくは血清型9のAAVのものであることが好ましいが，これに限定されることはなく，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，１０又は１１の何れのものであってもよい。野生型の血清型6のAAVのVP1をコードする塩基配列は配列番号５で示される塩基配列を有する。野生型の血清型6のAAVのVP1は，配列番号６で示されるアミノ酸配列を有する。野生型の血清型9のAAVのVP1をコードする塩基配列は配列番号７で示される塩基配列を有する。野生型の血清型9のAAVのVP1は，配列番号８で示されるアミノ酸配列を有する。
【００２９】
また，VP1は，その機能を発揮する限り，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れかのAAVの野生型のVP1のアミノ酸配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものであってもよい。本発明の一実施形態において，これら変異を加えたVP1も，VP1に含まれる。
【００３０】
野生型のVP1のアミノ酸配列中，例えば配列番号６で示される野生型の血清型6のAAVのVP1のアミノ酸配列又は配列番号９で示される野生型の血清型9のAAVのVP1のアミノ酸配列，のアミノ酸を他のアミノ酸で置換する場合，置換するアミノ酸の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。野生型のVP1のアミノ酸配列中のアミノ酸を欠失させる場合，欠失させるアミノ酸の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。また，これらアミノ酸の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたVP1も，VP1である。アミノ酸を付加する場合，野生型のVP1のアミノ酸配列中若しくはＮ末端又はＣ末端に，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個のアミノ酸を付加する。これらアミノ酸の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたVP1も，VP1に含まれる。変異を加えたVP1のアミノ酸配列は，野生型のVP1のアミノ酸配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００３１】
AAVのVP1の機能的等価物とは，機能的にVP1に代えて用いることができるものをいう。
【００３２】
本発明の好ましい一実施形態におけるCap蛋白質をコードする核酸分子として，配列番号５又は７で示される塩基配列を含むものが挙げられる。これらの核酸分子は，それぞれ，野生型の血清型6のAAVのVP1をコードする塩基配列と野生型の血清型9型のAAVのVP1をコードする塩基配列である。これら塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものも，機能的なVP1をコードするものである限り，Cap蛋白質をコードする核酸分子である。
【００３３】
配列番号５又は７で示される塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。配列番号５又は７で示される塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Cap蛋白質をコードする塩基配列として使用できる。塩基を付加する場合，配列番号５又は７で示される塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Cap蛋白質をコードする核酸分子として使用できる。変異を加えた塩基配列は，配列番号５又は７で示される塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００３４】
本発明の一実施形態において，アデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）というときは，宿主細胞のゲノム配列中に非相同組換えによりアデノ随伴ウイルスの遺伝子が組み込まれるために必須の塩基配列のことをいう。本発明の一実施形態において，核酸分子中には，アデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）が２つ存在し，それぞれ第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR），第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）という。ここで，２つのITRの間に，外来の蛋白質をコードする遺伝子を配置したときに，5’側に位置するITRを第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）といい，3’側に位置するITRを第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）という。
【００３５】
逆方向末端反復（ITR）は，好ましくは血清型2のAAVのものであることが好ましいが，これに限定されることはなく，血清型１，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れのものであってもよい。血清型2のAAVの逆方向末端反復（ITR）は，第一のITRが配列番号９で示される塩基配列を含み，第二のITRが配列番号１０で示される塩基配列を含む。
【００３６】
また，逆方向末端反復（ITR）は，その機能を発揮する限り，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れかのAAVの野生型のITRの塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものであってもよい。これら変異を加えたITRも，ITRに含まれる。
【００３７】
野生型のITRの塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。ITRの塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたITRも，ITRである。塩基を付加する場合，野生型のITRの塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたITRも，ITRに含まれる。変異を加えたITRの塩基配列は，野生型のITRの塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００３８】
AAVのITRの機能的等価物とは，機能的にAAVのITRに代えて用いることができるものをいう。また，AAVのITRに基づいて人工的に構築されたITRも，AAVのITRを代替することができるものである限り，AAVのITRの機能的等価物である。
【００３９】
かかる人工的に構築された第１の逆方向末端反復（第一のITR）として，配列番号１１で示される塩基配列を有するものが挙げられる。この配列番号１１で示される塩基配列に，置換，欠失，変異を加えたものも，機能的にAAVのITRに代えて用いることができるものである限り，AAVのITRの機能的等価物に含まれる。配列番号１１で示される塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。配列番号１１で示される塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたITRも，第一のITRである。配列番号１１で示される塩基配列に塩基を付加する場合，当該塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたITRも，第一のITRに含まれる。変異を加えたITRの塩基配列は，配列番号１１で示される塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００４０】
また，かかる人工的に構築された第２の逆方向末端反復（第二のITR）として，配列番号１２で示される塩基配列を有するものが挙げられる。この配列番号１２で示される塩基配列に，置換，欠失，変異を加えたものも，機能的にAAVのITRに代えて用いることができるものである限り，AAVのITRの機能的等価物に含まれる。配列番号１２で示される塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。配列番号１２で示される塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたITRも，第二のITRである。配列番号１２で示される塩基配列に塩基を付加する場合，当該塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたITRも，第二のITRに含まれる。変異を加えたITRの塩基配列は，配列番号１２で示される塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００４１】
本発明の一実施形態において，第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）と，第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）との間には，外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列が存在する。
【００４２】
本発明の一実施形態において，外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列というときは，制限酵素で特異的に切断することのできる塩基配列を含む塩基配列のことをいう。いわゆるマルチクローニングサイトもこれに含まれる。この塩基配列を制限酵素で切断し，この切断箇所に所望の外来の蛋白質をコードする核酸分子を挿入することができる。
【００４３】
本発明の一実施形態において，核酸分子中にコードされることのできる外来の蛋白質に特に制限はない。外来の蛋白質が特定の生物種に由来するものである場合，その生物種に特に制限はなく，原核細胞，真核細胞のゲノムにコードされる蛋白質の何れであってもよい。ここで真核細胞は，例えば，真菌類，酵母，昆虫，原虫，両生類，爬虫類，鳥類，哺乳動物，植物である。また，生物種が哺乳動物である場合，例えば，ヒト，ヒト以外の霊長類，ウシ，ウマ，ブタ，ヒツジ等の家畜，ネコ，イヌ等の愛玩動物である。また，外来の蛋白質は，特定の生物種に由来する野生型の蛋白質のアミノ酸配列に，置換，欠失，付加等の変異を加えたものであってもよい。また，外来の蛋白質は，天然には存在しないアミノ酸配列を含む，人工的な蛋白質であってもよい。
【００４４】
外来の蛋白質が，野生型の蛋白質のアミノ酸配列中のアミノ酸を他のアミノ酸で置換する場合，置換するアミノ酸の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。野生型の蛋白質のアミノ酸配列中のアミノ酸を欠失させる場合，欠失させるアミノ酸の個数は，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個である。また，これらアミノ酸の置換と欠失を組み合わせた変異を加えることもできる。アミノ酸を付加する場合，野生型の蛋白質のアミノ酸配列中若しくはＮ末端又はＣ末端に，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個のアミノ酸を付加する。これらアミノ酸の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えることもできる。変異が加えられた蛋白質のアミノ酸配列は，対応する野生型の蛋白質のアミノ酸配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００４５】
本発明の一実施形態において，外来の蛋白質に特に制限はないが，例えば，遺伝子疾患において一部又は全部が機能的に欠損している蛋白質が挙げられる。かかる遺伝子疾患としては，ライソソーム病，嚢胞性繊維症，血友病が例示できる。その他，外来の蛋白質として，成長ホルモン，ソマトメジン，インスリン，グルカゴン，リソソーム酵素，サイトカイン，リンホカイン，血液凝固因子，抗体，抗体と他の蛋白質との融合蛋白質，顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ），顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ），マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ），エリスロポエチン，ダルベポエチン，組織プラスミノーゲンアクチベーター（ｔ-PA），トロンボモジュリン，卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ），性腺刺激ホルモン放出ホルモン（ＧｎＲＨ），ゴナドトロピン，ＤＮａｓｅｌ，甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ），神経成長因子（ＮＧＦ），毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ），グリア細胞株神経栄養因子（ＧＤＮＦ），ニューロトロフィン３，ニューロトロフィン４／５，ニューロトロフィン６，ニューレグリン１，アクチビン，塩基性線維芽細胞成長因子（ｂＦＧＦ），線維芽細胞成長因子２（ＦＧＦ２），上皮細胞増殖因子（ＥＧＦ），血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ），インターフェロンα，インターフェロンβ，インターフェロンγ，インターロイキン６，ＰＤ−１，ＰＤ−１リガンド，腫瘍壊死因子α受容体（ＴＮＦ-α受容体），ベータアミロイドを分解する活性を有する酵素，エタネルセプト，ペグビソマント，メトレレプチン，アバタセプト，アスホターゼ，及びＧＬＰ−１受容体アゴニストが例示できる。
【００４６】
また，外来の蛋白質として，マウス抗体，ヒト化抗体，ヒト・マウスキメラ抗体，及びヒト抗体が例示できる。更に，外来の蛋白質として，抗ＩＬ−６抗体，抗ベータアミロイド抗体，抗ＢＡＣＥ抗体，抗ＥＧＦＲ抗体，抗ＰＤ−１抗体，抗ＰＤ−Ｌ１抗体，抗ＨＥＲ２抗体，抗ＰＣＳＫ９抗体，及び抗ＴＮＦ-α抗体が例示できる。
【００４７】
外来の蛋白質がリソソーム酵素である場合にあっては，外来の蛋白質の遺伝子として，α−Ｌ−イズロニダーゼ，イズロン酸−２−スルファターゼ，グルコセレブロシダーゼ，β−ガラクトシダーゼ，ＧＭ２活性化蛋白質，β−ヘキソサミニダーゼＡ，β−ヘキソサミニダーゼＢ，Ｎ−アセチルグルコサミン−１−フォスフォトランスフェラーゼ，α−マンノシダーゼ，β−マンノシダーゼ，ガラクトシルセラミダーゼ，サポシンＣ，アリールスルファターゼＡ，α−Ｌ−フコシダーゼ，アスパルチルグルコサミニダーゼ，α−Ｎ−アセチルガラクトサミニダーゼ，酸性スフィンゴミエリナーゼ，α−ガラクトシダーゼ  Ａ，β−グルクロニダーゼ，ヘパランＮ−スルファターゼ，α−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ，アセチルＣｏＡα−グルコサミニドＮ−アセチルトランスフェラーゼ，Ｎ−アセチルグルコサミン−６−硫酸スルファターゼ，酸性セラミダーゼ，アミロ−１，６−グルコシダーゼ，シアリダーゼ，パルミトイル蛋白質チオエステラーゼ−１，トリペプチジルペプチダーゼ−１，ヒアルロニダーゼ−１，ＣＬＮ１及びＣＬＮ２が例示できる。
【００４８】
外来の蛋白質は，抗体と他の蛋白質との融合蛋白質であってもよい。かかる融合蛋白質としては，抗体が，マウス抗体，ヒト化抗体，ヒト・マウスキメラ抗体，及びヒト抗体の何れかであり，そして他の蛋白質が，成長ホルモン，リソソーム酵素，サイトカイン，リンホカイン，血液凝固因子，抗体，抗体と他の蛋白質との融合蛋白質，顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ），顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ），マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ），エリスロポエチン，ダルベポエチン，組織プラスミノーゲンアクチベーター（ｔ-PA），トロンボモジュリン，卵胞刺激ホルモン，ＤＮａｓｅｌ，甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ），神経成長因子（ＮＧＦ），毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ），グリア細胞株神経栄養因子（ＧＤＮＦ），ニューロトロフィン３，ニューロトロフィン４／５，ニューロトロフィン６，ニューレグリン１，アクチビン，塩基性線維芽細胞成長因子（ｂＦＧＦ），線維芽細胞成長因子２（ＦＧＦ２），上皮細胞増殖因子（ＥＧＦ），血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ），インターフェロンα，インターフェロンβ，インターフェロンγ，インターロイキン６，ＰＤ−１，ＰＤ−１リガンド，腫瘍壊死因子α受容体（ＴＮＦ-α受容体），及びベータアミロイドを分解する活性を有する酵素の何れかであるものが例示できる。
【００４９】
外来の蛋白質は，抗体とリソソーム酵素との融合蛋白質であってもよい。かかる融合蛋白質としては，抗体が，マウス抗体，ヒト化抗体，ヒト・マウスキメラ抗体，及びヒト抗体の何れかであり，そしてリソソーム酵素が，α−Ｌ−イズロニダーゼ，イズロン酸−２−スルファターゼ，グルコセレブロシダーゼ，β−ガラクトシダーゼ，ＧＭ２活性化蛋白質，β−ヘキソサミニダーゼＡ，β−ヘキソサミニダーゼＢ，Ｎ−アセチルグルコサミン−１−フォスフォトランスフェラーゼ，α−マンノシダーゼ，β−マンノシダーゼ，ガラクトシルセラミダーゼ，サポシンＣ，アリールスルファターゼＡ，α−Ｌ−フコシダーゼ，アスパルチルグルコサミニダーゼ，α−Ｎ−アセチルガラクトサミニダーゼ，酸性スフィンゴミエリナーゼ，α−ガラクトシダーゼ  Ａ，β−グルクロニダーゼ，ヘパランＮ−スルファターゼ，α−Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼ，アセチルＣｏＡα−グルコサミニドＮ−アセチルトランスフェラーゼ，Ｎ−アセチルグルコサミン−６−硫酸スルファターゼ，酸性セラミダーゼ，アミロ−１，６−グルコシダーゼ，シアリダーゼ，パルミトイル蛋白質チオエステラーゼ−１，トリペプチジルペプチダーゼ−１，ヒアルロニダーゼ−１，ＣＬＮ１及びＣＬＮ２の何れかであるものが例示できる。
【００５０】
外来の蛋白質が抗体と他の蛋白質との融合蛋白質又は抗体とリソソーム酵素との融合蛋白質である場合の抗体は，例えば，血管内皮細胞の表面に存在する蛋白質に対して特異的な親和性を有する抗体である。かかる蛋白質としては，トランスフェリン受容体，インスリン受容体，レプチン受容体，インスリン様成長因子I受容体，インスリン様成長因子II受容体，リポ蛋白質受容体，ブドウ糖輸送担体１，有機アニオントランスポーター，モノカルボン酸トランスポーター，低密度リポ蛋白質受容体関連蛋白質１，低密度リポ蛋白質受容体関連蛋白質８，及びヘパリン結合性上皮成長因子様成長因子の膜結合型前駆体が例示できる。更に，有機アニオントランスポーターとしてはＯＡＴＰ−Ｆが，モノカルボン酸トランスポーターとしてはＭＣＴ−８が例示できる。
【００５１】
第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，及び第一のITRと第二のITRとの間に位置する，外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列を含む領域をトランスファー領域という。
【００５２】
アデノウイルスは，宿主細胞中でAAVのゲノムが複製されてカプシドにパッケージングされてウイルスビリオンを形成するために必要な機能を提供する。この機能は，アデノウイルスゲノムのＥ１領域，E2A領域，E4領域，及びＶＡ１ ＲＮＡ領域により発揮される。
【００５３】
本発明の一実施形態において，組換えAAVビリオン（rAAVビリオン）というときは，AAVのカプシド蛋白質（その機能的等価物を含む）に，野生型のAAVのゲノムに改変が加えられた核酸分子，例えばrAAVゲノムがパッケージングされたものをいう。ここで，rAAVゲノム（組換えAAVゲノム）というときは，野生型のAAVのゲノムに改変が加えられた核酸分子のことをいう。rAAVビリオンにパッケージングされるrAAVゲノムは１本鎖DNAである。かかる核酸分子としては，５’末端から側から，第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，外来の蛋白質をコードする塩基配列を含む領域，及び第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）を含む１本鎖DNAがある。但し，rAAVビリオンにパッケージングされていない当該核酸分子も，rAAVゲノムということができる。従って，rAAVゲノムは一本鎖DNAであっても二本鎖DNAであってもよい。
【００５４】
本発明の一実施形態において，rAAVゲノム量とは，rAAVゲノムの個数のことを意味し，その単位はvgである。
【００５５】
本発明の一実施形態において，空カプシドとは，rAAVゲノムがパッケージングされていないカプシド蛋白質で構成されている粒子のことをいう。また，総カプシドとは空カプシドとrAAVビリオンの総称であり，総カプシド量とは空カプシドとrAAVビリオンの個数を足しあわせた個数のことである。
【００５６】
また，組換えAAVビリオンにおいて，そのカプシド蛋白質が血清型6のAAVに由来するものであるときは組み換えAAV6ビリオン（rAAV6ビリオン）ということができ，カプシド蛋白質が血清型9のAAVに由来するときは組み換えAAV9ビリオン（rAAV9ビリオン）ということができるものとする。その他の血清型のAAVについても同様とする。
【００５７】
更に，かかる核酸分子としては，５’末端から側から第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，該外来の蛋白質の発現を制御する遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，外来の蛋白質をコードする塩基配列を含む領域，及び第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）を含む１本鎖DNAがある。
【００５８】
更に，かかる核酸分子としては，５’末端から側から第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，該外来の蛋白質の発現を制御する遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，イントロン配列，外来の蛋白質をコードする塩基配列を含む領域，ポリＡ配列，及び第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）を含む１本鎖DNAがある。ここで，イントロン配列として用い得る塩基配列に，特に制限はないが，ヒトβグロビン遺伝子に変異を導入した合成ヒトβグロビンイントロン，例えば，配列番号２５で示される塩基配列を含むイントロンが好適に使用し得る。また，ポリアデニレーションシグナル配列（ポリＡ配列）として用い得る塩基配列に，特に制限はないが，配列番号２６で示される塩基配列を含む合成ポリアデニレーションシグナル配列（合成ポリＡ配列）の塩基配列がある。
【００５９】
宿主細胞中で，組換えAAVビリオンが形成されるためには，アデノウイルスのＥ１領域が有する機能が必要とされる。一般に，組換えAAVビリオンの作製は，E1領域の全部又はその一部を有する宿主細胞が用いられる。かかる細胞として，HEK293細胞が知られている。HEK293細胞のゲノム中には，E1A及びE1Bのコーディング領域が少なくとも含まれている。
【００６０】
Ｅ１領域の全部又はその一部を有する宿主細胞を用いる場合に，AAVのゲノムが複製されてカプシドにパッケージングされてウイルスビリオンを形成するために必要なアデノウイルスゲノムの領域は，E2A領域，E4領域，及びVA1 RNA領域である。これらの領域は，AAV複製のために必要とされる蛋白質及びRNAをコードしている。E4領域によって提供される機能に関しては，E4領域のオープンリーディングフレーム６(ORF6)によってコードされるE4 34kD蛋白質がAAVの複製に必要とされる。
【００６１】
本発明の一実施形態における，E2A領域は，AAV複製のために必要とされる本来の機能を発揮するものである限り，血清型が２，１，５，６，１９，３，１１，７，１４，１６，２１，１２，１８，３１，８，９，１０，１３，１５，１７，１９，２０，２２，２３，２４〜３０，３７，４０，４１，ＡｄＨｕ２，ＡｄＨｕ３，ＡｄＨｕ４，ＡｄＨｕ２４，ＡｄＨｕ２６，ＡｄＨｕ３４，ＡｄＨｕ３５，ＡｄＨｕ３６，ＡｄＨｕ３７，ＡｄＨｕ４１，ＡｄＨｕ４８，ＡｄＨｕ４９，ＡｄＨｕ５０，ＡｄＣ６，ＡｄＣ７，ＡｄＣ６９，ウシＡｄ３型，イヌＡｄ２型，ヒツジＡｄ，又はブタＡｄ３型の何れのアデノウイルスのものであってもよい。血清型２であるアデノウイルスのE2A領域は，本発明において好適なものの一つである。血清型２であるアデノウイルスのE2A領域は配列番号１３で示される塩基配列を含む。
【００６２】
また，E2A領域として，当該領域が本来有する機能を発揮するものである限り，野生型のアデノウイルスのE2A領域に，置換，欠失，付加等の改変がなされたものを使用することもできる。本発明の一実施形態において，これら変異を加えたE2A領域も，E2A領域に含まれる。
【００６３】
野生型のE2A領域の塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。E2A領域の塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたE2A領域も，E2A領域である。塩基を付加する場合，野生型のE2A領域の塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたE2A領域も，E2A領域に含まれる。変異を加えたE2A領域の塩基配列は，野生型のE2Aの塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００６４】
本発明の一実施形態における，E4領域は，AAV複製のために必要とされる本来の機能を発揮するものである限り，血清型が２，１，５，６，１９，３，１１，７，１４，１６，２１，１２，１８，３１，８，９，１０，１３，１５，１７，１９，２０，２２，２３，２４〜３０，３７，４０，４１，ＡｄＨｕ２，ＡｄＨｕ３，ＡｄＨｕ４，ＡｄＨｕ２４，ＡｄＨｕ２６，ＡｄＨｕ３４，ＡｄＨｕ３５，ＡｄＨｕ３６，ＡｄＨｕ３７，ＡｄＨｕ４１，ＡｄＨｕ４８，ＡｄＨｕ４９，ＡｄＨｕ５０，ＡｄＣ６，ＡｄＣ７，ＡｄＣ６９，ウシＡｄ３型，イヌＡｄ２型，ヒツジＡｄ，又はブタＡｄ３型の何れのアデノウイルスのものであってもよい。血清型２であるアデノウイルスのE4領域は，本発明において好適なものの一つである。血清型２であるアデノウイルスのE4領域は配列番号１４で示される塩基配列を含む。
【００６５】
また，E4領域として，当該領域が本来有する機能を発揮するものである限り，野生型のアデノウイルスのE4領域に，置換，欠失，付加等の改変がなされたものを使用することもできる。本発明の一実施形態において，これら変異を加えたE4領域も，E4領域に含まれる。
【００６６】
野生型のE4領域の塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。E4領域の塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたE4領域も，E4領域である。塩基を付加する場合，野生型のE4の塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたE4も，E4に含まれる。変異を加えたE4の塩基配列は，野生型のE4の塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００６７】
E4領域の好適な一例として，配列番号１５で示される塩基配列を含むものがある。この配列番号１５で示される塩基配列に，置換，欠失，付加等の改変がなされたものも，当該領域が本来有する機能を発揮するものである限り，E4領域として使用できる。
【００６８】
配列番号１５で示される塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。E4領域の塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えることもできる。塩基を付加する場合，配列番号１５で示される塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えることもできる。変異を加えた塩基配列は，配列番号１５で示される塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。これらの変異を加えたものも，E4領域である。
【００６９】
本発明の一実施形態における，VA1 RNA領域は，AAV複製のために必要とされる本来の機能を発揮するものである限り，血清型が２，１，５，６，１９，３，１１，７，１４，１６，２１，１２，１８，３１，８，９，１０，１３，１５，１７，１９，２０，２２，２３，２４〜３０，３７，４０，４１，ＡｄＨｕ２，ＡｄＨｕ３，ＡｄＨｕ４，ＡｄＨｕ２４，ＡｄＨｕ２６，ＡｄＨｕ３４，ＡｄＨｕ３５，ＡｄＨｕ３６，ＡｄＨｕ３７，ＡｄＨｕ４１，ＡｄＨｕ４８，ＡｄＨｕ４９，ＡｄＨｕ５０，ＡｄＣ６，ＡｄＣ７，ＡｄＣ６９，ウシＡｄ３型，イヌＡｄ２型，ヒツジＡｄ，又はブタＡｄ３型の何れのアデノウイルスのものであってもよい。血清型２であるアデノウイルスのVA1 RNA領域は，本発明において好適なものの一つである。血清型２であるアデノウイルスのVA1 RNA領域は配列番号１６で示される塩基配列を含む。
【００７０】
また，VA1 RNA領域として，当該領域が本来有する機能を発揮するものである限り，野生型のアデノウイルスのVA1 RNA領域に，置換，欠失，付加等の改変がなされたものを使用することもできる。本発明の一実施形態において，これら変異を加えたVA1 RNA領域も，VA1 RNA領域に含まれる。
【００７１】
野生型のVA1 RNA領域の塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。VA1 RNA領域の塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたVA1 RNA領域も，VA1 RNA領域である。塩基を付加する場合，野生型のVA1 RNA領域の塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜１０個，より好ましくは１〜５個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたVA1 RNA領域も，VA1 RNA領域に含まれる。変異を加えたVA1 RNA領域の塩基配列は，野生型のVA1 RNA領域の塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００７２】
本発明の好ましい一実施形態において，E2A領域とE4領域とVA1 RNA領域は如何なる順で位置してもよい。E2A領域，E4領域及びVA1 RNA領域を含む塩基配列をヘルパー領域という。
【００７３】
ヘルパー領域の好ましい一実施形態として，E2A領域の下流にE4領域，更に下流にVA1 RNA領域が位置する，配列番号１７で示される塩基配列を含むものが挙げられる。この塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものも，E2A領域，E4領域及びVA1 RNA領域のそれぞれの領域が本来の機能を発揮するものである限り，ヘルパー領域として使用できる。
【００７４】
配列番号１７で示される塩基配列を含むヘルパー領域の塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜６０個，より好ましくは１〜３０個，更に好ましくは１〜１０個である。配列番号１７で示される塩基配列を含むヘルパー領域の塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜６０個，より好ましくは１〜３０個，更に好ましくは１〜１０個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたものも，ヘルパー領域として使用できる。塩基を付加する場合，配列番号１７で示される塩基配列を含むヘルパー領域の塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜６０個，より好ましくは１〜３０個，更に好ましくは１〜１０個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたものも，ヘルパー領域として使用できる。変異を加えたヘルパー領域の塩基配列は，配列番号１７で示される塩基配列を含むヘルパー領域の塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００７５】
ヘルパー領域に含まれる，E2A領域，E4領域及びVA1 RNA領域のそれぞれにおける改変については，上記のルールが適用される。
【００７６】
本発明の一実施形態において，Rep蛋白質の発現を制御する第１の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列として用いることのできる塩基配列に，それがE2A領域，E4領域，及びVA1 RNA領域を含む領域にコードされる蛋白質及びＲＮＡによって制御されるものである限り，特に制限はないが，好ましくは，AAVのp5プロモーターである。第１の遺伝子発現制御部位がAAVのp5プロモーターである場合，血清型２であるAAVのp5プロモーターであることが好ましいが，これに限定されることはなく，血清型１，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れのものであってもよい。血清型２のAAVのp5プロモーターは配列番号１８で示される塩基配列を含む。
【００７７】
また，AAVのp5プロモーターは，その機能を発揮するものである限り，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れかのAAVの野生型のp5プロモーターの塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものであってもよい。本発明の一実施形態において，これら変異を加えたp5プロモーターも，p5プロモーターに含まれる。
【００７８】
配列番号１８で示される野生型のp5プロモーターの塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。配列番号１８で示される塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたp5プロモーターも，p5プロモーターである。塩基を付加する場合，配列番号１８で示される塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたp5プロモーターも，p5プロモーターに含まれる。変異を加えたp5プロモーターの塩基配列は，野生型のp5プロモーターの塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００７９】
血清型２であるAAVのp5プロモーターを改変したp5プロモーターの例として配列番号１９で示される塩基配列を含むものが挙げられる。このp5プロモーターの塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものも，p5プロモーターの本来の機能を発揮するものである限り，p5プロモーター又はその機能的等価物たり得る。
【００８０】
配列番号１９で示される塩基配列を含むp5プロモーターの塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。配列番号１９で示される塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたものも，p5プロモーター又はその機能的等価物として使用できる。塩基を付加する場合，配列番号１９で示される塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたものも，p5プロモーター又はその機能的等価物として使用できる。変異を加えたp5プロモーターの塩基配列は，配列番号１９で示される塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００８１】
p5プロモーター又はその機能的等価物は，通常，アデノ随伴ウイルスのRep蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列の上流に位置する。
【００８２】
p5プロモーター又はその機能的等価物とアデノ随伴ウイルスのRep蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列とを含む領域を，Rep領域という。Rep領域の好ましい一実施形態として，配列番号２０で示される塩基配列を含むものが挙げられる。この配列番号２０で示される塩基配列は，配列番号１９で示される塩基配列の下流に，配列番号４で示される塩基配列を含むものである。すなわち，この配列番号２０で示される塩基配列は，配列番号２で示されるアミノ酸配列を有する血清型2のAAVのRep68と，配列番号３で示されるアミノ酸配列を有する血清型2のAAVのRep78とをコードする。
【００８３】
配列番号２０で示される塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものも，Ｒｅｐ領域の本来の機能を発揮するものである限り，Rep領域として使用できる。
【００８４】
配列番号２０で示される塩基配列を含むRep領域の塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。配列番号２０で示される塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Rep領域として使用できる。塩基を付加する場合，配列番号２０で示される塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Rep領域として使用できる。変異を加えたRep領域の塩基配列は，配列番号２０で示される塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００８５】
本発明の一実施形態において，Cap蛋白質の発現を制御する第２の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列として用いることのできる塩基配列に，それがE2A領域，E4領域，及びVA1 RNA領域を含む領域にコードされる蛋白質及びＲＮＡによって制御されるものである限り，特に制限はないが，好ましくは，AAVのp40プロモーターである。AAVのp40プロモーターである場合，血清型２であるAAVのp40プロモーターであることが好ましいが，これに限定されることはなく，血清型１，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れのものであってもよい。
【００８６】
また，AAVのp40プロモーターは，その機能を発揮するものである限り，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れかのAAVの野生型のp40プロモーターの塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものであってもよい。本発明の一実施形態において，これら変異を加えたp40プロモーターも，p40プロモーターに含まれる。野生型のp40プロモーターの塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。野生型のp40プロモーターの塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたp40プロモーターも，p40プロモーターである。塩基を付加する場合，野生型のp40プロモーターの塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたp40プロモーターも，p40プロモーターに含まれる。変異を加えたp40プロモーターの塩基配列は，野生型のp40プロモーターの塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００８７】
p40プロモーター又はその機能的等価物は，通常，アデノ随伴ウイルスのCap蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列の上流に位置する。
【００８８】
p40プロモーター又はその機能的等価物とアデノ随伴ウイルスのCap蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列とを含む領域を，Cap領域という。
【００８９】
Cap領域の好ましい一実施形態として，配列番号２１で示される塩基配列を含むものが挙げられる。このCap領域は，配列番号７で示される塩基配列を有する血清型9のAAVのVP1をコードする塩基配列を含み，配列番号８で示されるアミノ酸配列を有する血清型9のAAVのVP1をコードする。このCap領域は，配列番号７で示される塩基配列を有する血清型9のAAVのVP1をコードする塩基配列に代えて，配列番号５で示される塩基配列を有する血清型6のAAVのVP1をコードする塩基配列を含むものとすることもできる。これら塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものも，Cap領域の本来の機能を発揮するものである限り，Cap領域として使用できる。
【００９０】
Cap領域の塩基配列中の配列番号２１で示される塩基配列の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。配列番号２１で示される塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Cap領域として使用できる。塩基を付加する場合，配列番号２１で示される塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Cap領域として使用できる。変異を加えたCap領域の塩基配列は，配列番号２１で示される塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。配列番号７で示される塩基配列を配列番号５で示される塩基配列に代えたものについても同様である。
【００９１】
本発明の好ましい一実施形態において，Rep領域はCap領域の上流に位置してもよく，又下流に位置してもよい。Rep領域とCap領域を含む領域をRep-Cap領域という。
【００９２】
Rep-Cap領域の好ましい一実施形態として，Rep領域がCap領域の上流に位置する，配列番号２２で示される塩基配列を含むものが挙げられる。このRep-Cap領域は，配列番号１９で示される塩基配列の下流に配列番号２０で示される塩基配列，更に下流に配列番号２１で示される塩基配列を含む。このRep-Cap領域は，配列番号７で示される塩基配列を有する血清型9のAAVのVP1をコードする塩基配列を含み，配列番号８で示されるアミノ酸配列を有する血清型9型のAAVのVP1をコードする。このRep-Cap領域は，配列番号７で示される塩基配列を有する血清型9のAAVのVP1をコードする塩基配列に代えて，配列番号５で示される塩基配列を有する血清型6のAAVのVP1をコードする塩基配列を含むものとすることもできる。これらの塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものも，Rep-Cap領域の本来の機能を発揮するものである限り，Rep-Cap領域として使用できる。
【００９３】
配列番号２２で示される塩基配列を含むRep-Cap領域の塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。配列番号２２で示される塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Rep-Cap領域として使用できる。塩基を付加する場合，配列番号２２で示される塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Rep-Cap領域として使用できる。変異を加えたRep-Cap領域の塩基配列は，配列番号２２で示される塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００９４】
Rep-Cap領域の下流に，Rep蛋白質又は／及びCap蛋白質の発現量を高める機能を有するエンハンサー配列を配置することもできる。ここで，かかるエンハンサー配列に特に制限はないが，AAVのp5プロモーター又はその機能的等価物をエンハンサーとして使用することができる。ここで用いられるp5プロモーターのAAVの血清型に特に限定はなく，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れのAAVのp5プロモーターであってもよいが，好ましくは血清型2であるAAV p5プロモーターである。血清型2のAAVのp5プロモーターは配列番号１８で示される塩基配列を含む。
【００９５】
また，Rep-Cap領域の下流に配置されるAAVのP5プロモーターは，血清型１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０又は１１の何れかのAAVの野生型のp5プロモーターの塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものであってもよい。これら変異を加えたp5プロモーターも，P5プロモーターに含まれる。
【００９６】
ここで，野生型のP5プロモーターの塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。野生型のp5プロモーターの塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたp5プロモーターも，P5プロモーターである。塩基を付加する場合，野生型のP5プロモーターの塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたP5プロモーターも，P5プロモーターに含まれる。変異を加えたp5プロモーターの塩基配列は，野生型のP5プロモーターの塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００９７】
血清型2のAAVのp5プロモーターを改変したp5プロモーターの例として配列番号１９で示される塩基配列を含むものが挙げられる。このp5プロモーターの塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものも，p5プロモーターに含まれる。
【００９８】
配列番号１９で示される塩基配列を含むp5プロモーターの塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。配列番号１９で示される塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたものも，p5プロモーター又はその機能的等価物として使用できる。塩基を付加する場合，配列番号１９で示される塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたものも，p5プロモーター又はその機能的等価物として使用できる。変異を加えたp5プロモーターの塩基配列は，配列番号１９で示される塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【００９９】
Rep-Cap領域の下流にAAVのp5プロモーター又はその機能的等価物の塩基配列が配置される場合，このAAVのp5プロモーター又はその機能的等価物の塩基配列を含めた領域を，Rep-Cap領域ということもできる。かかるRep-Cap領域の好ましい一実施形態として，配列番号２３で示される塩基配列を含むものが挙げられる。このRep-Cap領域は，配列番号１９で示される塩基配列の下流に配列番号２０で示される塩基配列，更に下流に配列番号２１で示される塩基配列，更に下流に配列番号１９で示される塩基配列を含む。この塩基配列に置換，欠失，付加等の改変がなされたものも，Rep-Cap領域の本来の機能を発揮するものである限り，Rep-Cap領域とすることができる。
【０１００】
配列番号２３で示される塩基配列を含むRep-Cap領域の塩基配列中の塩基を他の塩基で置換する場合，置換する塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。配列番号２３で示される塩基配列中の塩基を欠失させる場合，欠失させる塩基の個数は，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個である。また，これら塩基の置換と欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Rep-Cap領域として使用できる。塩基を付加する場合，配列番号２３で示される塩基配列中若しくは５’末端又は３’末端に，好ましくは１〜２０個，より好ましくは１〜１０個，更に好ましくは１〜３個の塩基を付加する。これら塩基の付加，置換及び欠失を組み合わせた変異を加えたものも，Rep-Cap領域として使用できる。変異を加えたRep-Cap領域の塩基配列は，配列番号２３で示される塩基配列と，好ましくは８５％以上の相同性を示し，より好ましくは９０％以上の相同性を示し，更に好ましくは，９５％以上の相同性を示し，更により好ましくは９８％以上の相同性を示す。
【０１０１】
本発明の一実施形態において，外来の蛋白質の発現を制御する第３の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列として用いることのできる塩基配列に，それがこの外来の蛋白質をコードする遺伝子が導入される先の細胞，組織又は生体内で，この外来の蛋白質を発現させることができるものである限り，特に制限はないが，サイトメガロウイルス由来のプロモーター（任意選択でエンハンサーを含む），ＳＶ４０初期プロモーター，ヒト伸長因子−１α（ＥＦ−１α）プロモーター，ヒトユビキチンＣプロモーター，レトロウイルスのラウス肉腫ウイルスLTRプロモーター，ジヒドロ葉酸還元酵素プロモーター，β-アクチンプロモーター，ホスホグリセリン酸キナーゼ（PGK）プロモーターを含むものが好適である。β-アクチンプロモーターとしては配列番号３８で示される塩基配列を有するニワトリβ-アクチンプロモーターが好適である。この他，ヒトCMVエンハンサーの下流にニワトリβ-アクチンプロモーターが結合した配列番号４７で示される塩基配列を有するプロモーターが第３の遺伝子発現制御部位として好適に利用できる。
【０１０２】
外来の蛋白質の発現量を増加させるため，第３の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列と外来の蛋白質をコードする塩基配列との間，又は外来の蛋白質をコードする塩基配列の下流に，イントロン配列が存在してもよい。例えば，ヒトCMVエンハンサーの下流にニワトリβ-アクチンプロモーター，その下流に配列番号３９で示される塩基配列を有するニワトリβアクチン/MVMキメライントロンが結合したものは，第３の遺伝子発現制御部位として好適に利用できる。ここでMVMはMinute virus of miceの略号である。
【０１０３】
外来の蛋白質の下流にはポリアデニレーション配列（polyA配列）が配置される。polyA配列として用いることのできる塩基配列に，それが外来の蛋白質をコードする遺伝子が導入される先の細胞，組織又は生体内で本来の機能を発揮できるものである限り，特に制限はないが，ヒト成長ホルモンpolyA配列，配列番号４０で示される塩基配列を有する成長ウシ成長ホルモンpolyA配列が好適に利用できる。
【０１０４】
本発明の一実施形態である核酸分子は，環状のプラスミドとすることができる。
【０１０５】
本発明の一実施形態において，核酸分子が環状のプラスミドであるとき，Rep-Cap領域，トランスファー領域，ヘルパー領域は，如何なる順で位置してもよい。
【０１０６】
本発明の好適な一実施形態において，Rep-Cap領域の下流にトランスファー領域，その下流にヘルパー領域が位置する。例えば，Rep領域の下流にCap領域，その下流にトランスファー領域，その下流にE2A領域，その下流にE4領域，その下流にVA1 RNA領域が位置する。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。
【０１０７】
本発明の更なる一実施形態において，アデノ随伴ウイルスのRep蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，アデノ随伴ウイルスのCap蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列，第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，アデノウイルスのE2A領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列，アデノウイルスのE4領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列，及びアデノウイルスのVA1 RNA領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列は，如何なる順で位置してもよい。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。この核酸分子の任意の位置に，更に，薬剤耐性遺伝子を組み込むこともできる。また，この核酸分子の任意の位置に，更に，宿主細胞中でプラスミドが複製するために必要な複製開始点を組み込むこともできる。宿主細胞である場合の複製開始点としては，Coli E1が好適に使用できる。外来の蛋白質をコードする塩基配列の下流には通常polyA配列がある。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。
【０１０８】
但し，アデノ随伴ウイルスのRep蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列は，アデノ随伴ウイルスのCap蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列の５’側に位置することが好ましい。また，アデノウイルスのE2A領域又はその機能的等価物の塩基配列は，アデノウイルスのE4領域又はその機能的等価物の塩基配列の５’側に位置することが好ましい。また更に，アデノウイルスのE4領域又はその機能的等価物の塩基配列は，アデノウイルスのVA1 RNA領域又はその機能的等価物の塩基配列の５’側に位置することが好ましい。また更に，アデノウイルスのE2A領域又はその機能的等価物の塩基配列の３’側に，アデノウイルスのE4領域又はその機能的等価物の塩基配列，更にその下流にアデノウイルスのVA1 RNA領域又はその機能的等価物の塩基配列が位置することが好ましい。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。この核酸分子の任意の位置に，更に，薬剤耐性遺伝子を組み込むこともできる。また，この核酸分子の任意の位置に，更に，宿主細胞中でプラスミドが複製するために必要な複製開始点を組み込むこともできる。宿主細胞である場合の複製開始点としては，Coli E1が好適に使用できる。外来の蛋白質をコードする塩基配列の下流には通常polyA配列がある。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。
【０１０９】
本発明の更なる好ましい一実施形態として，アデノ随伴ウイルスのRep蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列の下流に，アデノ随伴ウイルスのCap蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流に第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，更に下流に外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列，更に下流に第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，更に下流にアデノウイルスのE2A領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流にアデノウイルスのE4領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流にアデノウイルスのVA1 RNA領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列が位置する核酸分子が挙げられる。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。この核酸分子の任意の位置に，更に，薬剤耐性遺伝子を組み込むこともできる。また，この核酸分子の任意の位置に，更に，宿主細胞中でプラスミドが複製するために必要な複製開始点を組み込むこともできる。宿主細胞である場合の複製開始点としては，Coli E1が好適に使用できる。外来の蛋白質をコードする塩基配列の下流には通常polyA配列がある。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。
【０１１０】
本発明の更なる好ましい一実施形態として，アデノ随伴ウイルスのRep蛋白質の発現を制御する第１の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列の下流に，Rep蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，その下流にアデノ随伴ウイルスのCap蛋白質の発現を制御する第２の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，その下流にアデノ随伴ウイルスのCap蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流に第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，更に下流に外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列，更に下流に第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，更に下流にアデノウイルスのE2A領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流にアデノウイルスのE4領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流にアデノウイルスのＶＡ１ ＲＮＡ領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列が位置する核酸分子が挙げられる。更に複製開始点を含んでもよく，付随的に薬剤耐性遺伝子を組み込んでもよい。外来の蛋白質をコードする塩基配列の下流には通常polyA配列がある。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。
【０１１１】
本発明の更なる好ましい一実施形態として，アデノ随伴ウイルスのRep蛋白質の発現を制御する第１の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列の下流に，Rep蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，その下流にアデノ随伴ウイルスのCap蛋白質の発現を制御する第２の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，その下流にアデノ随伴ウイルスのCap蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流にAAVのp5プロモーター又はその等価物の塩基配列，更に下流に第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，更に下流に外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列，更に下流に第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，更に下流にアデノウイルスのE2A領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流にアデノウイルスのE4領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流にアデノウイルスのVA1 RNA領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列が位置する核酸分子が挙げられる。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。この核酸分子の任意の位置に，更に，薬剤耐性遺伝子を組み込むこともできる。また，この核酸分子の任意の位置に，更に，宿主細胞中でプラスミドが複製するために必要な複製開始点を組み込むこともできる。宿主細胞である場合の複製開始点としては，Coli E1が好適に使用できる。外来の蛋白質をコードする塩基配列の下流には通常polyA配列がある。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。
【０１１２】
本発明の更なる好ましい一実施形態として，アデノ随伴ウイルスのRep蛋白質の発現を制御する第１の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列の下流に，Rep蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，その下流にアデノ随伴ウイルスのCap蛋白質の発現を制御する第２の遺伝子発現制御部位を含む塩基配列，その下流にアデノ随伴ウイルスのCap蛋白質又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流にAAVのp5プロモーター又はその等価物の塩基配列，更に下流に複製開始点，更に下流に薬剤耐性遺伝子，更に下流に第一のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，更に下流に外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列，更に下流に第二のアデノ随伴ウイルスの逆方向末端反復（ITR）又はその機能的等価物を含む塩基配列，更に下流にアデノウイルスのE2A領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流にアデノウイルスのE4領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列，更に下流にアデノウイルスのVA1 RNA領域又はその機能的等価物をコードする塩基配列が位置する核酸分子が挙げられる。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。
【０１１３】
本発明の更なる好ましい一実施形態として，血清型2のAAVのRep蛋白質をコードする塩基配列を含むRep領域，その下流に血清型6又は9のAAVのCap蛋白質をコードする塩基配列を含むCap領域，更に下流にエンハンサーとしてp5プロモーター，更に下流に第一のITR，更に下流にサイトメガロウイルス由来のプロモーター，更に下流に合成ヒトβグロビンイントロン，更に下流に外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列，更に下流に合成polyA配列，更に下流に第二のITR，更に下流にアデノウイルスのE2A領域，更に下流にアデノウイルスのE4領域，更に下流にアデノウイルスのＶＡ１ ＲＮＡ領域が位置する核酸分子が挙げられる。更に複製開始点を含んでもよく，その場合，複製開始点は好ましくはp5プロモーターの下流に位置する。付随的に薬剤耐性遺伝子を組み込んでもよく，その場合，薬剤耐性遺伝子は好ましくは第一のITRの上流に位置する。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。
【０１１４】
本発明の更なる好ましい一実施形態として，血清型2のAAVのRep蛋白質をコードする塩基配列を含むRep領域，その下流に血清型6又は9のAAVのCap蛋白質をコードする塩基配列を含むCap領域，更に下流にエンハンサーとしてp5プロモーター，更に下流に第一のITR，更に下流にヒトCMVエンハンサー，更に下流にニワトリβアクチンプロモーター，更に下流にニワトリβアクチン/MVMキメライントロン，更に下流に外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列又は／及び外来の蛋白質をコードする塩基配列，更に下流にウシ又はヒト成長ホルモンpolyA配列，更に下流に第二のITR，更に下流にアデノウイルスのE2A領域，更に下流にアデノウイルスのE4領域，更に下流にアデノウイルスのＶＡ１ ＲＮＡ領域が位置する核酸分子が挙げられる。更に複製開始点を含んでもよく，その場合，複製開始点は好ましくはp5プロモーターの下流に位置する。付随的に薬剤耐性遺伝子を組み込んでもよく，その場合，薬剤耐性遺伝子は好ましくは第一のITRの上流に位置する。核酸分子が環状のプラスミドである場合も同様である。
【０１１５】
本発明の一実施形態の核酸分子を用いた，組換えアデノ随伴ウイルスビリオンの製造法について，配列番号２４で示される塩基配列を含む核酸分子を例にとって以下に説明する。
【０１１６】
配列番号２４で示される核酸分子は，血清型2のAAVのRep蛋白質をコードする塩基配列を含むRep領域，その下流に血清型9のAAVのCap蛋白質をコードする塩基配列を含むCap領域，更に下流にエンハンサーとしてp5プロモーター，更に下流に複製開始点，更に下流にアンピシリン耐性遺伝子，更に下流に第一のITR，更に下流にサイトメガロウイルス由来のプロモーター，更に下流に合成ヒトβグロビンイントロン，更に下流に外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列，更に下流に合成polyA配列，更に下流に第二のITR，更に下流にアデノウイルスのE2A領域，更に下流にアデノウイルスのE4領域，更に下流にアデノウイルスのＶＡ１ ＲＮＡ領域が位置する核酸分子である。配列番号２４には示されていないが，外来の蛋白質をコードする塩基配列を挿入するための塩基配列（配列番号２４で示される塩基配列中の8116bp〜8147bpに存在する制限酵素サイトの何れか）には，所望の蛋白質をコードする塩基配列が導入されているものとする。この配列番号２４で示される核酸分子は，組換えAAVビリオンを作製するために用い得る核酸分子の好適な一例である。配列番号２４で示される核酸分子は，図１１で示されるpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターから，GFP遺伝子を除いたものに相当する構造を有する。
【０１１７】
配列番号２４で示される塩基配列を有する核酸分子は，環状プラスミドとして一般的な遺伝子工学的手法を用いて合成することができる。この環状プラスミドには，薬剤耐性遺伝子がコードされている。また，大腸菌で複製されるための複製開始点を有する。従って，この環状プラスミドは大腸菌に導入することによって増幅させることができ，容易に大量に調製することができる。
【０１１８】
調製した環状プラスミドは，アデノウイルスのE1A領域及びE1B領域がゲノムに組み込まれた宿主細胞に導入される。かかる宿主細胞として，アデノウイルスのE1A遺伝子，及びE1B遺伝子でトランスフォームしたヒト胎児腎組織由来細胞であるHEK293細胞が好適に使用できる。
【０１１９】
宿主細胞に環状プラスミドが導入されると，第一のITRから第二のITRに至る領域が宿主細胞に非相同組換えによって組み込まれる。ついで，この宿主細胞に組み込まれた領域から，１本鎖DNAが複製されて，これがカプシドにパッケージングされて組換えAAVビリオンが形成される。組換えAAVビリオンは，培養液中に放出されるか，又は宿主細胞内に蓄積する。従って，宿主細胞の培養上清を回収することにより，又は宿主細胞を回収しこれを破壊することにより，組換えAAVビリオンを回収することができる。
【０１２０】
通常，組換えAAVビリオンを製造するためには，ITRに挟まれた所望の蛋白質をコードする塩基配列を含むプラスミド，Rep蛋白質をコードする塩基配列及びCap蛋白質をコードする塩基配列を含むプラスミド，及びアデノウイルス由来E2A，E4，及びVA1 RNA配列を含むプラスミドの３種類のプラスミドを同時に宿主細胞に導入する必要がある。宿主細胞の中で，３種類のプラスミドが導入される細胞の比率は低く，これにより組換えAAVビリオンの製造効率は低下する。また，３種類のプラスミドの中で，ITRに挟まれた所望の蛋白質をコードする塩基配列を含むプラスミドが導入されず，他の２種のプラスミドのみが導入された宿主細胞では，rAAVゲノムを含まない空のウイルス粒子（空カプシド）が産生されることになるので，更に製造効率は低下する。
【０１２１】
本発明の好適な実施例の一つである配列番号２４で示される塩基配列を有する環状プラスミドは，これら３種類のプラスミドの機能を全て有する。従って，この環状プラスミドを用いて宿主細胞を形質転換することにより，rAAVビリオンの細胞中での産生に必要なすべての要素が細胞に同時に導入されることになるので，rAAVビリオンの生産量が上昇させることができるのみならず，空カプシドの発生を抑制することもできる。総カプシドに占める空カプシドの比率が高いほど，rAAVビリオンの品質は低下することになるので，この環状プラスミドを用いることにより，空カプシドの比率の低い高品質のrAAVビリオンを効率よく製造できる。これに限らず，統合rAAVプラスミドを用いて宿主細胞を形質転換することにより，空カプシドの比率の低い高品質のrAAVビリオンを効率よく製造できる。
【実施例】
【０１２２】
以下，実施例を参照して本発明を更に詳細に説明するが，本発明が実施例に限定されることは意図しない。
【０１２３】
〔実施例１〕pHelper(mod)ベクターの構築
5’側より，SalIサイト，RsrIIサイト，複製開始点（ColE1 ori），アンピシリン耐性遺伝子，BsiWIサイト，BstZ17Iサイト，及びBsrGIサイトを含む配列番号２７で示される塩基配列を含むDNA断片を合成した。このDNA断片をSalIとBsrGIで消化した。pHelperベクター（タカラバイオ社）をSalIとBsrGIで消化し，これに，上記の制限酵素処理したDNA断片を挿入した。得られたプラスミドをpHelper(mod)ベクターとした（図１）。
【０１２４】
〔実施例２〕pAAV-CMV-GFPベクター及びpAAV-CMV-GFP(mod) ベクターの構築
5’側より，EcoRIサイト，MluIサイト，GFP遺伝子（緑色蛍光蛋白質遺伝子），NotIサイト，及びBamHIサイトを含む配列番号２８で示される塩基配列を含むDNA断片を合成した。このDNA断片をEcoRIとBamHIで消化した。pAAV-CMVベクター（タカラバイオ社）をEcoRIとBamHIで消化し，これに上記の制限酵素処理したDNA断片を挿入した。得られたプラスミドをpAAV-CMV-GFPベクターとした。pAAV-CMV-GFPベクターのPciIサイトに，配列番号２９で示される塩基配列を有する，BsiWIサイトとAvrIIサイトを含むマルチクローニングサイト１を挿入し，更に，SfoIサイト，配列番号３０で示される塩基配列を有する，BsrGIサイト，AgeIサイト，及びBstZ17Iサイトを含むマルチクローニングサイト２を挿入した。得られたプラスミドをpAAV-CMV-GFP(mod)ベクターとした（図２）。
【０１２５】
〔実施例３〕pR2(mod)C6ベクターの構築
5’側より，AfeIサイト，RsrIIサイト，BsrGIサイト，AvrIIサイト，アンピシリン耐性遺伝子サイト，複製開始点（ColE1 ori），RsrIIサイト，AAV2 Rep領域の5’部分（p5プロモーターを含む），及びSacIIサイトを含む配列番号３１で示される塩基配列を含むDNA断片を合成した。このDNA断片をAfeIとSacIIで消化した。pRC6ベクター（タカラバイオ社）をAfeIとSacIIで消化し，これに上記の制限処理した合成遺伝子を挿入した。得られたプラスミドをpR2(mod)C6ベクターとした（図３）。
【０１２６】
〔実施例４〕pR2(mod)C9ベクターの構築
5’側より，HindIIIサイト，AAV2 Rep領域の3’部分，AAV9 Cap領域，p5プロモーター，RsrIIサイト，及びBsrGIサイトを含む配列番号３２で示される塩基配列を含むDNA断片を合成した。このDNA断片をHindIIIとBsrGIで消化した。pR2(mod)C6ベクターをHindIIIとBsrGIで消化し，これに上記の制限酵素処理した合成遺伝子を挿入した。得られたプラスミドをpR2(mod)C9ベクターとした（図４）。
【０１２７】
〔実施例５〕pHelper-ITR/CMV/GFPベクターの構築
pAAV-CMV-GFP(mod)ベクターをBsiWIとBstZ17Iで消化し，ITR-CMVプロモーター，ヒトβグロビンイントロン，GFP遺伝子，合成ポリA配列，及びITRを含むDNA断片を切り出した。pHelper(mod)ベクターをBsiWIとBstZ17Iで消化し，これに切り出したDNA断片を挿入した。得られたプラスミドをpHelper-ITR/CMV/GFPベクターとした（図５）。
【０１２８】
〔実施例６〕pHelper-R2(mod)C6ベクターの構築
pR2(mod)C6ベクターをRsrIIで消化し，AAV2 Rep領域（p5プロモーターを含む），AAV6 Cap領域-p5プロモーターを含む配列を切り出した。別にpHelper(mod)ベクターをRsrIIで消化した。これに切り出したDNA断片を挿入し，pHelper-R2(mod)C6ベクターとした（図６）。
【０１２９】
〔実施例７〕pHelper-R2(mod)C9ベクターの構築
pR2(mod)C9ベクターをRsrIIで消化し，p5 promoter-Rep2-AAV9 VP1-p5 promoterを含む配列を切り出した。pHelper(mod)ベクターをRsrIIで消化した。これに切り出したDNA断片を挿入し，pHelper-R2(mod)C9ベクターとした（図７）。
【０１３０】
〔実施例８〕pR2(mod)C6-ITR/CMV/GFPベクターの構築
pAAV-CMV-GFP(mod)ベクターをAvrIIとBsrGIで消化し，ITR- CMVプロモーター-ヒトβグロビンイントロン-GFP-合成ポリA配列-ITRを含む配列を切り出した。pR2(mod)C6ベクターをAvrIIとBsrGIで消化した。これに切り出したDNA断片を挿入し，pR2(mod)C6-ITR/CMV/GFPベクターとした（図８）。
【０１３１】
〔実施例９〕pR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターの構築
pAAV-CMV-GFP(mod)ベクターをAvrIIとBsrGIで消化し，ITR-CMVプロモーター-ヒトβグロビンイントロン-GFP-合成ポリA配列-ITRを含むDNA断片を切り出した。別に，pR2(mod)C9ベクターをAvrIIとBsrGIで消化した。これに切り出したDNA断片を挿入し，pR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとした（図９）。
【０１３２】
〔実施例１０〕pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクターの構築
pR2(mod)C6ベクターをRsrIIで消化してAAV2 Rep領域（p5プロモーターを含む），AAV6 Cap領域，及びエンハンサーとして機能するp5プロモーターを含む配列を切り出した。別に，pHelper-ITR/CMV/GFPベクターをRsrIIで消化した。これに上記で切り出した配列を挿入し，pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクターとした。（図１０）
【０１３３】
〔実施例１１〕pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターの構築
pR2(mod)C9ベクターをRsrIIで消化してAAV2 Rep領域（p5プロモーターを含む），AAV9 Cap領域，及びエンハンサーとして機能するp5プロモーターを含むDNA断片を切り出した。別にpHelper-ITR/CMV/GFPベクターをRsrIIで消化した。これに切り出したDNA断片を挿入し，pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターとした（図１１）。
【０１３４】
〔実施例１２〕3種類のプラスミドの一過性発現によるrAAVビリオンの産生
SV40ウイルスのlarge T抗原遺伝子を発現させたヒト胎児腎臓細胞由来の細胞株である，HEK293T細胞を宿主細胞として用いた。HEK293T細胞を，1.65×107個/ディッシュの濃度で15cmディッシュに播種し，10% FBS含有DMEM/High Glucose培地（Thermo Fisher Scientific社）で37℃，5% CO2存在下で16時間培養した。トランスフェクション用のDNAとして，下記の（１）〜（２）の組み合わせのプラスミドを含む溶液を作製した；
（１）pHelperベクター（タカラバイオ社）とpAAV-CMV-GFPベクターとpRC6ベクター（タカラバイオ社），
（２）pHelperベクター（タカラバイオ社）とpAAV-CMV-GFPベクターとpR2(mod)C9ベクター。
それぞれの溶液は，3種類のプラスミドが等モル濃度で含まれる，DNA濃度が4 μg/mLである溶液となるように調製した。この溶液に，ポリエチレンイミンとFBSを，濃度がそれぞれ12 μg/mLと1.3% (v/v)となるように添加し，更にDMEM/High Glucose培地を加えて液量を30 mLに調整したものをトランスフェクション用溶液とした。15cmディッシュに播種した細胞の培養上清を全て除去した後，30 mLのトランスフェクション用溶液を全量添加し，37℃，5% CO2存在下で3日間培養して，rAAVビリオンを産生させた。宿主細胞中で産生されたrAAVビリオンは，一部が培養上清中に放出され，一部が宿主細胞内に留まる。実施例１３及び１４においても同様である。
【０１３５】
〔実施例１３〕2種類のプラスミドの一過性発現によるrAAVビリオンの産生
HEK293T細胞を1.65×107個/ディッシュの濃度で15cmディッシュに播種し，10% FBS含有DMEM/High Glucose培地で37℃，5% CO2存在下で16時間培養した。トランスフェクション用のDNA溶液として，下記の（１）〜（６）の組み合わせのプラスミドを含む溶液を作製した；
（１）pHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpRC6ベクター（タカラバイオ社），
（２）pHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクター，
（３）pHelper-R2(mod)C6ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，
（４）pHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，
（５）pR2(mod)C6-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクター（タカラバイオ社），
（６）pR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelper（タカラバイオ社）ベクター。
それぞれの溶液は，2種類のプラスミドが等モル濃度で含まれる，DNA濃度が3.5〜3.6 μg/mLである溶液となるように調製した。この溶液に，ポリエチレンイミンとFBSを，濃度がそれぞれ12 μg/mLと1.3% (v/v)となるように添加し，更にDMEM/High Glucose培地を加えて液量を30 mLに調整したものをトランスフェクション用溶液とした。15 cmディッシュに播種した細胞の培養上清を全て除去した後，30 mLのトランスフェクション用溶液を全量添加し，37℃，5% CO2存在下で3日間培養して，rAAVビリオンを産生させた。
【０１３６】
〔実施例１４〕統合rAAVプラスミドの一過性発現によるrAAVビリオンの産生
HEK293T細胞を1.65×107個/ディッシュの濃度で15cmディッシュに播種し，10% FBS含有DMEM/High Glucose培地で37℃，5% CO2存在下で16時間培養した。トランスフェクション用のDNA溶液として，pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクター又はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターが3.2 μg/mLの濃度で含まれる溶液を調製した。この溶液に，ポリエチレンイミンとFBSを，濃度がそれぞれ12 μg/mLと1.3% (v/v)となるように添加し，更にDMEM/High Glucose培地を加えて液量を30 mLに調整したものをトランスフェクション用溶液とした。15cmディッシュに播種した細胞の培養上清を全て除去した後，30 mLのトランスフェクション用溶液を全量添加し，37℃，5% CO2存在下で3日間培養して，rAAV6ビリオンとrAAV9ビリオンとをそれぞれ産生させた。
【０１３７】
〔実施例１５〕培養上清の回収
実施例１２〜１４の培養終了後，細胞培養液を50 mL遠心チューブに移し，3000×gで10分間遠心して，培養上清を回収した。また，遠心して沈殿させた細胞は，実施例１７の細胞溶解物溶液の調製に用いた。
【０１３８】
〔実施例１６〕培養上清中に含まれるrAAVゲノム量と総カプシド量の測定
培養上清中のウイルスゲノム含有量はAAVpro Titration Kit for Real Time PCR Ver.2 (タカラバイオ社)を用い，キットに添付のプロトコールに準じて，概ね下記の方法で測定した。実施例１５で回収した2 μLの培養上清に，2 μLの10×DNaseI Buffer，1 μLのDNaseI，及び15 μLの純水を添加して混合し，37℃で1時間インキュベートした。95℃で10分間熱処理してDNaseIを失活させ，次いで20 μLのLysis Bufferを添加して70℃で10分間熱処理を行った。熱処理後の溶液をEASY Dilution （タカラバイオ社）で100倍希釈し，リアルタイムPCR用サンプル溶液とした。
【０１３９】
リアルタイムPCR用サンプル溶液と検量線用スタンダードプラスミド溶液（pAAV-CMV-GFPベクターを直鎖化したもの）のそれぞれ5 μLに，12.5 μLのTB Green Premix Ex TaqII，0.6 μLの10 μM 順方向プライマー (プライマー１，配列番号３３)，0.6 μLの10 μM 逆方向プライマー(プライマー２，配列番号３４)，0.08 μLのROX Reference Dye II，及び6.5 μLの水を加えた。リアルタイムPCR反応は変性条件（95℃，2分）の後35サイクルの2ステップPCR（95℃，5秒→60℃，30秒）を行った。得られた検量線に，検体の測定値を内挿し，検体に含まれるrAAVゲノム量（個数）を求めた。このPCRにおいて複製される領域は，ITRの内部領域である。
【０１４０】
培養上清中の総カプシド量はAAV Titration ELISA Kit (PROGEN社)を用い，キットに添付のプロトコールに準じて，概ね下記の方法で測定した。マウス抗AAV9モノクローナル抗体が固定化されたプレートに1×Assay Bufferで希釈した実施例１５で回収した培養上清（検体サンプル）を100 μLずつ添加し，37℃で1時間静置した。1.3×109〜1.0×107 カプシド数/mLの濃度に1×Assay Bufferで希釈したKit Controlを標準溶液として検体サンプルと同様にプレートに加えて静置した。プレートを1×Assay Bufferで3回洗浄後，ビオチン標識されたマウス抗AAV9抗体又はマウス抗AAV6抗体を加え，37℃で1時間静置した。プレートを1×Assay Bufferで3回洗浄後，HRP標識ストレプトアビジンを加え，37℃で1時間静置した。プレートを1×Assay Bufferで3回洗浄後，HRP基質を加え，室温で15分間静置した後，硫酸を加えて反応を停止した。標準溶液の吸光度の測定値から得られた検量線に，検体の測定値を内挿し，検体に含まれる総カプシド量（個数）を求めた。
【０１４１】
〔実施例１７〕細胞溶解物溶液の調製
実施例１５で細胞培養液を遠心して沈殿させた細胞に，1% TritonX-100，4 mM MgCl2，50U/mL Turbonuclease（Accelagen社），及び4×Protease Inhibitor Cocktail（シグマ社）を含有するクエン酸緩衝液（32 mM クエン酸ナトリウム）を加え，37℃で1.5時間静置した。4 mM MgCl2含有クエン酸緩衝液（68 mM クエン酸）を添加して中和後，6000×g，4℃で10分間遠心した。これに0.25% TritonX-100，4 mM MgCl2，12.5U/mL Turbonuclease（Accelagen社），及び1×Protease Inhibitor Cocktail（シグマ社）を含有する25 mMクエン酸緩衝液（pH 3.6，8 mM クエン酸ナトリウム＋17 mM クエン酸）を2倍量添加して細胞溶解物とした。
【０１４２】
SP-Sepharose 1 mLカラム（GEヘルスケア社）を，4 mM MgCl2を含有する25 mM クエン酸緩衝液（pH 3.6，8 mM クエン酸ナトリウム＋17 mM クエン酸）で平衡化し，これに細胞溶解物を供した。4 mM MgCl2，500 mM NaClを含有する50 mM クエン酸緩衝液（pH 5.18，40.2 mM クエン酸ナトリウム＋9.8 mM クエン酸）で溶出後，最終濃度が50 mMとなるように1M Tris緩衝液を添加して溶出液を中和した。中和サンプルをVivaspin-500 100K MWCO（Vivaproducts社）に入れ，3000×g，4℃で10分間遠心後，180 mM NaCl，0.001% F68含有PBSを入れてさらに3000×g，4℃で10分間遠心して緩衝液を置換した。得られた溶液を細胞溶解物溶液とした。
【０１４３】
〔実施例１８〕細胞溶解物溶液中に含まれるrAAVゲノム量と総カプシド量の測定
精製した細胞溶解物溶液中のウイルスゲノム含有量はAAVpro Titration Kit for Real Time PCR Ver.2 (タカラバイオ社)を用い，キットに添付のプロトコールに準じて，概ね下記の方法で測定した。実施例１７で調製した2 μLの細胞溶解物溶液サンプルに，2 μLの10×DNaseI Buffer，1 μLのDNaseI，及び15 μLの純水を添加して混合し，37℃で1時間インキュベートした。95℃で10分間熱処理してDNaseIを失活させ，次いで20 μLのLysis Bufferを添加して70℃で10分間熱処理を行った。熱処理後の溶液をEASY Dilution（タカラバイオ社）で100倍希釈したものをリアルタイムPCR用のサンプル溶液とした。
【０１４４】
リアルタイムPCR用サンプル溶液と検量線用スタンダードプラスミド溶液（pAAV-CMV-GFPベクターを直鎖化したもの）のそれぞれ5 μLに，12.5 μLのTB Green Premix Ex TaqII，0.6 μLの10 μM順方向プライマー (プライマー１，配列番号３３)，0.6 μLの10 μM 逆方向プライマー (プライマー２，配列番号３４)，0.08 μLのROX Reference Dye II，及び6.5 μLの水を加えた。リアルタイムPCR反応は変性条件（95℃, 2分）の後35サイクルの2ステップPCR（95℃, 5秒→60℃, 30秒）を行った。得られた検量線に，検体の測定値を内挿し，検体に含まれるAAVウイルスゲノム量（vg）を求めた。ここでvgはAAVウイルスゲノムの個数を示す単位である。このPCRにおいて複製される領域は，ITRの内部領域である。
【０１４５】
細胞溶解物溶液中の総カプシド量はAAV Titration ELISA Kit (PROGEN社)を用い，キットに添付のプロトコールに準じて，概ね下記方法で測定した。マウス抗AAV9モノクローナル抗体が固定化されたプレートに1×Assay Bufferで希釈した実施例１７で調製した細胞溶解物溶液（検体サンプル）を100 μLずつ添加し，37℃で1時間静置した。1.3×109〜1.0×107 カプシド数/mLの濃度に1×Assay Bufferで希釈したKit Controlを標準溶液として検体サンプルと同様にプレートに加えて静置した。プレートを1×Assay Bufferで3回洗浄後，ビオチン標識されたマウス抗AAV9抗体又はマウス抗AAV6抗体を加え，37℃で1時間静置した。プレートを1×Assay Bufferで3回洗浄後，HRP標識ストレプトアビジンを加え，37℃で1時間静置した。プレートを1×Assay Bufferで3回洗浄後，HRP基質を加え，室温で15分間静置した後，硫酸を加えて反応を停止した。標準溶液の吸光度の測定値から得られた検量線に，検体の測定値を内挿し，検体に含まれる総カプシド量（個数）を求めた。
【０１４６】
〔実施例１９〕rAAVビリオンの総カプシド中における存在比率の算出
実施例１８で測定した細胞溶解物溶液中に含まれるrAAVゲノム量の測定結果と総カプシド量の測定結果からrAAVゲノムを含む組換えAAVビリオン（rAAVビリオン）と空カプシドの量を，それぞれ算出した。rAAVビリオンの量は，rAAVゲノムが全てカプシドにパッケージングされてビリオンを形成したものとみなして，rAAVゲノム量（vg）をrAAVビリオンの量（個数）とした。（rAAVビリオンの量／総カプシド量）X100%を，rAAVビリオンの総カプシド中における存在比率として算出した。なお，総カプシド量（個数）の測定値からrAAVビリオンの量（個数）を減ずると空カプシド量（個数）が算出される。
【０１４７】
〔実施例２０〕細胞溶解物溶液に含まれるrAAV6ビリオンの感染能測定
HEK293T細胞を1×105個/ウェルの濃度で24ウェルプレートに播種し，10% FBS含有DMEM/High Glucose培地で37℃，8% CO2存在下で16時間培養した。実施例１８で調製したrAAV6ビリオンを含む細胞溶解物溶液を，2% FBSを含む1 mLのDMEM/High Glucose培地に添加し，トランスダクション用溶液を調製した。トランスダクション用溶液は，rAAV6ビリオンが，2x108 個と2x109個含まれるものをそれぞれ調製した。24ウェルプレートの培養上清を全て除いた後，トランスダクション用溶液を添加し，37℃，8% CO2存在下で3日間培養した。
【０１４８】
3日後に24ウェルプレートの培養上清を全て除き，PBSで洗浄後20 μLのTrypLETM（トリプシン様活性を有する酵素溶液：Thermo Fisher Scientific社）を添加して37℃で2分間静置した。その後，1 mLのPBSで再び懸濁し，このうち65 μLを用いてMOXI-GO II（ORFLO社）でGFP陽性細胞の割合を測定した。
【０１４９】
〔実施例２１〕細胞溶解物溶液に含まれるrAAV9ビリオンの感染能測定
HEK293T細胞を1×105個/ウェルの濃度で24ウェルプレートに播種し， 10% FBS含有DMEM/High Glucose培地で37℃，8% CO2存在下で16時間培養した。実施例１８で調製したrAAV9ビリオンを含む細胞溶解物溶液を，2% FBSを含む1 mLのDMEM/High Glucose培地に添加し，トランスダクション用溶液を調製した。トランスダクション用溶液は，rAAV6ビリオンが，2x108個と2x109個含まれるものをそれぞれ調製した。24ウェルプレートの培養上清を全て除いた後，トランスダクション用溶液を添加し，37℃，8% CO2存在下で3日間培養した。
【０１５０】
3日後に24ウェルプレートの培養上清を全て除き，PBSで洗浄後20 μLのTrypLE TM（トリプシン様活性を有する酵素溶液：Thermo Fisher Scientific社）を添加して37℃で2分間静置した。その後，1 mLのPBSで再び懸濁し，このうち65 μLを用いてMOXI-GO II（ORFLO社）でGFP陽性細胞の割合を測定した。
【０１５１】
〔実施例２２〕Transducing Unitの算出
Transducing Unitを以下の計算式で算出した。ここでTransducing Unitは，細胞溶解物溶液の全量を用いて宿主細胞を感染させたときに得られる，GFP陽性細胞数（rAAVビリオンで感染した細胞数）を意味する。（[ウェル内の総細胞数]×[GFP陽性細胞の割合(%)]/100）×（[rAAVビリオンサンプル総量(mL)]/[各ウェルに投入したrAAVビリオンサンプル量(mL)]）
【０１５２】
〔実施例２３〕結果（培養上清中に含まれるrAAVゲノム量と総カプシド量の測定）
実施例１５で得た培養上清中に含まれるrAAVゲノム量の測定結果を図１２に黒バーで示す。，図中(1)はpHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクター，(2)はpHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，(3)はpR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合の結果を示し，rAAVゲノム量は，それぞれ2.6×1011 vg，7.2×1011 vg，11.1×1011 vgであった。(5)はpHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合の結果を示し，rAAVゲノム量は15.6×1011 vgであった。これに対して，(4)はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合の結果を示し，rAAVゲノム量は35.0×1011 vgであった。
【０１５３】
また，総カプシド量の測定結果を図１２に白バーで示す。図中(1)はpHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクター，(2)はpHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，(3)はpR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合の結果を示し，総カプシド量はそれぞれ2.6×1012 capsids，5.6×1012 capsids，5.9×1012 capsidsであった。(5)はpHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合の結果を示し，総カプシド量は3.6×1012 capsidsであった。これに対して(4)%はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合の結果を示し，総カプシド量は6.6×1012 capsidsであった。rAAVゲノム量と総カプシド量のいずれの結果も，統合rAAVプラスミド，すなわちpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した時に最も発現量が高い結果となった（図１２）。
【０１５４】
〔実施例２４〕結果（細胞溶解物溶液中に含まれるrAAV量の測定）
実施例１７で調製した細胞溶解物溶液中に含まれるrAAVゲノム量の測定結果を図１３に黒バーで示す。図中(1)はpHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクター，(2)はpHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，(3)はpR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合の結果を示し，rAAVゲノム量はそれぞれ2.5×1011 vg，23.1×1011 vg，22.0×1011 vgであった。(5)はpHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合の結果を示し，rAAVゲノム量は6.8×1011 vgであった。これに対して，(4)はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合の結果を示し，rAAVゲノム量は29.7×1011 vgであった（図１３）。
【０１５５】
また，総カプシド量の測定結果を図１３に白バーで示す。図中(1)はpHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクター，(2)はpHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，(3)はpR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合の結果を示し，総カプシド量はそれぞれ3.3×1012 capsids，5.3×1012 capsids，5.3×1012 capsidsであった。(5)はpHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合の結果を示し，rAAVゲノム量は3.8×1012 capsidsであった。これに対して，(4)はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合の結果を示し，rAAVゲノム量は6.1×1012 capsidsであった。rAAVゲノム量と総カプシド量のいずれの結果も統合rAAVプラスミド，すなわちpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した時に最も発現量が高い結果となった（図１３）。
【０１５６】
〔実施例２５〕結果（rAAVビリオンの総カプシド中における存在比率）
実施例１７で算出した細胞溶解物溶液のrAAVゲノム量と総カプシド量から求めた，理論上，空カプシドが存在せず，全てのカプシドがrAAVを含むrAAVビリオンである場合，rAAVゲノム量と総カプシド量の存在比率は1:1となる。rAAVビリオン（rAAVビリオン）の総カプシド中における存在比率を図１４に示す。図中(1)はpHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクター，(2)はpHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，(3)はpR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合の結果を示し，存在比率はそれぞれ7.5%，43.5%，41.5%であった。(5)はpHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合の結果を示し，存在比率は17.8%であった。これに対して，(4)はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合の結果を示し，存在比率は48.6%であった（図１４）。この結果より，pHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，pR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合と，pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合に，空カプシドの割合が少ないことが示された。
【０１５７】
〔実施例２６〕結果（細胞溶解物溶液に含まれるrAAV6ビリオンの感染能測定）
実施例１７で調製した細胞溶解物溶液に含まれるrAAV6ビリオンの感染能測定結果を図１５に示す。図中黒バーは2×108 個のrAAV6ビリオンを感染させた場合の結果を示す。図中(1)は，pHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpRC6ベクター，(2)はpHelper-R2(mod)C6ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，(3)はpR2(mod)C6-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合の結果を示し，GFP陽性細胞の割合はそれぞれ1.5%，9.3%，5%であった。(5)はpHelperベクター，pAAV-CMV-GFPベクター及びpRC6ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合の結果を示し，GFP陽性細胞の割合は0.6%であり，(4)はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクターを導入した場合の結果を示しGFP陽性細胞の割合は11.2%であった。
【０１５８】
また，図１５において，白バーは2×109個のrAAV6ビリオンを感染させた場合の結果を示す。図中(1)はpHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpRC6ベクター，(2)はpHelper-R2(mod)C6ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，(3)はpR2(mod)C6-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合の結果を示し，GFP陽性細胞の割合は，それぞれ23.2%，70.5%，53.6%であった。(5)はpHelperベクターとpAAV-CMV-GFPベクターとpRC6ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合の結果を示し，GFP陽性細胞の割合は12.6%であり，(4)はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクターを導入した場合の結果を示し，GFP陽性細胞の割合は71.1%であった。
【０１５９】
これらの結果は，pHelper-R2(mod)C6ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，又はpR2(mod)C6-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを用いるか，若しくはpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクターを用いることにより，高い感染能を有するrAAV6ビリオン溶液を得られることを示す。
【０１６０】
〔実施例２７〕結果（細胞溶解物溶液に含まれるrAAV9ビリオンの感染能測定）
実施例１７で調製した細胞溶解物溶液に含まれるrAAV9ビリオンの感染能測定結果を図１６に示す。図中黒バーは2×108個のrAAV9ビリオンを感染させた場合の結果を示す。図中(1)はpHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクター，(2)はpHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，(3)はpR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合の結果を示し，GFP陽性細胞の割合は，それぞれ0.8%, 0.3%, 2%であった。(5)pHelperベクターとpAAV-CMV-GFPベクターとpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合の結果を示し，GFP陽性細胞の割合は3.5%であり，(4)はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合の結果を示し，GFP陽性細胞の割合は7.3%であった。
【０１６１】
また，図１６において，白バーは2×109個のrAAV9ビリオンを感染させた場合の結果を示す。図中(1)はpHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクター，(2)はpHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，(3)はpR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合の結果を示し，GFP陽性細胞の割合は，それぞれ4.6%，1%，11.4%であった。(5)はpHelperベクターとpAAV-CMV-GFPベクターとpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合の結果を示し，GFP陽性細胞の割合は21.7%であり，(4)はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合の結果を示し，GFP陽性細胞の割合は50.3%であった。
【０１６２】
これらの結果は，pHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを用いることにより，高い感染能を有するrAAV9ビリオン溶液を得られることを示す。
【０１６３】
〔実施例２８〕結果（Transducing Unitの算出）
実施例１７で調製した細胞溶解物溶液に含まれるrAAV6ビリオンの感染能測定結果を図１７に示す。図中(1)は，pHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpRC6ベクター，(2)はpHelper-R2(mod)C6ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，(3)はpR2(mod)C6-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合の結果を示す。また，(5)はpHelperベクターとpAAV-CMV-GFPベクターとpRC6ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合の結果を示す。また，(4)はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクターを導入した場合の結果を示す。
【０１６４】
実施例１７で調製した細胞溶解物溶液に含まれるrAAV9ビリオンの感染能測定結果を図１８に示す。図中(1)は，(1)はpHelper-ITR/CMV/GFPベクターとpR2(mod)C9ベクター，(2)はpHelper-R2(mod)C9ベクターとpAAV-CMV-GFPベクター，(3)はpR2(mod)C9-ITR/CMV/GFPベクターとpHelperベクターの2種類ずつのプラスミドを導入した場合の結果を示す。また，(5)pHelperベクターとpAAV-CMV-GFPベクターとpR2(mod)C9ベクターの3種類のプラスミドを導入した場合の結果を示す。また，(4)はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを導入した場合の結果を示す。
【０１６５】
これらの結果は，統合rAAVプラスミド，すなわちpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクター又はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターを用いて宿主細胞への導入を行うことにより，より感染能の高いrAAV6ビリオン又はrAAV9ビリオンをそれぞれ製造できることを示す。
【０１６６】
〔実施例２９〕pAAV-CBA(BAM)-I2Sベクターの構築
実施例２８までのpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクター又はpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターの2種類のベクターについての実験結果から，統合rAAVプラスミドを用いることにより感染能の高いrAAV6ビリオン又はrAAV9ビリオンを製造できることがわかった。この統合rAAVプラスミドの感染能の高さは，rAAVビリオンの総カプシド中における存在比率が高いことに起因するものと考えられる。そこで結果を更に検証するために，異なる構造を有する統合rAAVプラスミドを構築して，rAAVビリオンの総カプシド中における存在比率を以下の実験により確認した。
【０１６７】
5’側より，ヒトCMVエンハンサー，ニワトリβアクチンプロモーター，ニワトリβアクチン/MVMキメライントロン，ヒトI2S遺伝子，及びウシ成長ホルモンpolyA配列を含む配列番号３５で示される塩基配列を含むDNA断片を合成した。このDNA断片を鋳型としてプライマー７（配列番号４８）とプライマー８（配列番号４９）を用いて，PCR反応を行った。実施例２で構築したpAAV-CMV-GFP(mod)ベクターを制限酵素（HindIII / BglII）で消化し,これに上記PCR反応で得られたDNA断片を混合し,両者をin fusion HD cloning Kit(タカラバイオ社)を用いて融合させた。得られたプラスミドをpAAV-CBA(BAM)-I2Sベクターとした（図１９）。ここで，ヒトI2S遺伝子は配列番号３６で示されるアミノ酸配列を含むヒトIDSをコードする（実施例３０に同じ）。また，ヒトCMVエンハンサーは配列番号３７で示される塩基配列，ニワトリβアクチンプロモーターは配列番号３８で示される塩基配列，ニワトリβアクチン/MVMキメライントロンは配列番号３９で示される塩基配列，及びウシ成長ホルモンpolyA配列は配列番号４０で示される塩基配列を含む。
【０１６８】
〔実施例３０〕pHelper-ITR/CBA(BAM)/I2S-R2(mod)C9ベクターの構築
5’側より，ITR，ヒトCMVエンハンサー，ニワトリβアクチンプロモーター，ニワトリβアクチン/MVMキメライントロン，ウシ成長ホルモンポリA配列，及びITRを含む配列番号５０で示される塩基配列を有するDNA断片を合成した。このDNA断片をBsiWIとBstZ17Iで消化し，実施例１で構築したpHelper(mod)のBsiWIサイトとBstZ17Iサイトの間に挿入した。得られたプラスミドをpHelper-ITR/CBA(BAM)ベクターとした。
【０１６９】
pHelper-ITR/CBA(BAM)ベクターをRsrIIで消化し，これに実施例４で構築したpR2(mod)C9をRsrIIで消化して得たAAV9 Cap領域を含むDNA断片を挿入した。得られたプラスミドをpHelper-ITR/CBA(BAM)/-R2(mod)C9ベクターとした。
【０１７０】
ヒトIDS遺伝子を含む配列番号５１で示される塩基配列を有するDNA断片を合成した。このDNA断片をPacIとNotIで消化し，PacIとNotIで消化したpHelper-ITR/CBA(BAM)/-R2(mod)C9ベクターに挿入した。得られたプラスミドをpHelper-ITR/CBA(BAM)/I2S-R2(mod)C9ベクターとした（図２０）。
【０１７１】
〔実施例３１〕3種類のプラスミドの一過性発現によるrAAVビリオンの産生（２）
HEK293T細胞を，2.5×106個/フラスコの濃度でT-25フラスコに播種し，10% FBS含有MEM培地（シグマ社）で37℃，5% CO2存在下で16時間培養した。トランスフェクション用のDNAとして，pHelperベクター（タカラバイオ社），pAAV-CBA(BAM)-I2Sベクター，及びpR2(mod)C9ベクターを含む溶液を作製した。この溶液は，3種類のプラスミドが等モル濃度で含まれる，DNA濃度が2.9〜3.9 μg/mLである溶液となるように調製した。この溶液に，ポリエチレンイミンを，濃度比がDNA(μg)：ポリエチレンイミン(μg)＝1：3となるように添加し，更にMEM培地を加えて液量を5 mLに調整したものをトランスフェクション用溶液とした。T-25フラスコに播種した細胞の培養上清を全て除去した後，5 mLのトランスフェクション用溶液を全量添加し，37℃，5% CO2存在下で5日間培養して，rAAVビリオンを産生させた。宿主細胞中で産生されたrAAVビリオンは，一部が培養上清中に放出され，一部が宿主細胞内に留まる。実施例３２においても同様である。
【０１７２】
〔実施例３２〕統合プラスミドの一過性発現によるrAAVビリオンの産生（２）
HEK293T細胞を，2.5×106 個/フラスコの濃度でT-25フラスコに播種し，10% FBS含有MEM培地（シグマ社）で37℃，5% CO2存在下で16時間培養した。トランスフェクション用のDNAとして，pHelper-ITR/CBA(BAM)/I2S-R2(mod)C9ベクターが2.9〜3.9 μg/mL含まれる溶液を調製した。この溶液に，ポリエチレンイミンを，濃度比がDNA(μg)：ポリエチレンイミン(μL)＝1：3となるように添加し，更にMEM培地を加えて液量を5 mLに調整したものをトランスフェクション用溶液とした。T-25フラスコに播種した細胞の培養上清を全て除去した後，5 mLのトランスフェクション用溶液を全量添加し，37℃，5% CO2存在下で5日間培養して，rAAVビリオンを産生させた。
【０１７３】
〔実施例３３〕培養上清の回収
実施例３１及び３２の培養終了後，細胞培養液を15 mL遠心チューブに移し，4℃，5800×gで5分間遠心して，培養上清を回収した。
【０１７４】
〔実施例３４〕培養上清からのrAAVビリオン溶液の調製
実施例３３で回収した培養上清に，エンドヌクレアーゼであるベンゾナーゼTM（Merck名）を濃度が14 U/mLとなるように添加して混合し，37℃で2時間インキュベートした。AAV9に対し特異的な親和性を有する樹脂が充填されたカラムであるPOROSTM CaptureSelectTM AAV9 Affinity Resin（Thermo Fisher Scientific社）0.15 mLを結合バッファー（20mM Tris-HCl，150mM NaCl及び4 mM MgCl2含有，pH 7.5）で平衡化させ，これにエンドヌクレアーゼ処理した培養上清を負荷した。カラムを結合バッファーで洗浄した後，0.5 mL溶出バッファー（0.1 Mクエン酸含有，pH 2.06）を通じてrAAVビリオンを含む溶液を溶出させた。得られた溶出液を150 mM NaCl及び0.001% F68を含有するPBSで予め平衡化したPD MiniTrapTM G-25（GE Healthcare社）に通じrAAVビリオンをカラムに結合させた。次いで，150 mM NaCl及び0.001% F68を含有する1 mL PBSによりrAAVビリオンを溶出させた。これをビバスピンTM ターボ 15（100K MWCO，PES，Sartorius社）を用いて4℃，2000×gで3分間遠心して濃縮した。得られた溶液をrAAVビリオン溶液とした。
【０１７５】
〔実施例３５〕rAAVビリオン溶液中に含まれるrAAVゲノム量と総カプシド量の測定
実施例３４で得られたrAAVビリオン溶液中のウイルスゲノム含有量をAAVpro Titration Kit for Real Time PCR Ver.2 (タカラバイオ社)を用い，キットに添付のプロトコールに準じて，概ね下記の方法でリアルタイムPCR測定した。実施例３４で調製した2 μLのrAAVビリオン溶液に，2 μLの10×DNaseI Buffer，1 μLのDNaseI，及び15 μLの純水を添加して混合し，37℃で30分間インキュベートした。95℃で10分間熱処理してDNaseIを失活させ，次いで20 μLのLysis Bufferを添加して70℃で10分間熱処理を行った。熱処理後の溶液をEASY Dilution（タカラバイオ社）で50倍希釈したものをリアルタイムPCR用サンプル溶液とした。リアルタイムPCR用サンプル溶液と，2×102〜2×107 ゲノムコピー数/μLの濃度にEASY Dilution（タカラバイオ社）で希釈した検量線用Kit control溶液のそれぞれ5 μLに，12.5 μLのTB Green Premix Ex TaqII，0.6 μLの10 μM 順方向プライマー (プライマー１，配列番号３３)，0.6 μLの10 μM 逆方向プライマー(プライマー２，配列番号３４)，0.08 μLのROX Reference Dye II，及び6.5 μLの水を加えた。リアルタイムPCR反応は変性条件（95℃，2分）の後35サイクルの2ステップPCR（95℃，5秒→60℃，30秒）を行った。得られた検量線に，検体の測定値を内挿し，検体に含まれるrAAVゲノム量（個数）を求めた。このPCRにおいて複製される領域は，ITRの内部領域である。
【０１７６】
また，上記リアルタイムPCR法に加えて，補助的に，rAAVビリオン溶液中のウイルスゲノム含有量を，ドロップレットデジタルPCR法によっても測定した。rAAVビリオン溶液2 μLに1 μLのDNaseI（タカラバイオ社），2 μLの10× DNaseI Buffer（タカラバイオ社），及び15 μLの0.05% F-68含有水を加え，37℃で30分間インキュベートし，rAAVビリオン外のDNAを消化した。
【０１７７】
DNaseI処理を行ったrAAVビリオン溶液を0.05% F-68含有TEバッファーを用いて適宜希釈し，ドロップレットデジタルPCR用サンプル溶液を調製した。1.0 μM 順方向プライマー（プライマー３，配列番号４１），1.0 μM 逆方向プライマー（プライマー４，配列番号４２），及び0.25 μM プローブ（プローブ１，配列番号４３の5’末端にレポーター色素としてFAMを，3’末端にクエンチャー色素としてBHQ1を，それぞれ修飾したもの）を含むFAM標識20×プライマー/プローブミックスを調製した。また，1.0 μM 順方向プライマー（プライマー５，配列番号４４），1.0 μM 逆方向プライマー（プライマー６，配列番号４５），及び0.25 μMプローブ（プローブ２，配列番号４６の5’末端にレポーター色素としてHEXを，3’末端にクエンチャー色素としてBHQ1を，それぞれ修飾したもの）を含むHEX標識20×プライマー/プローブミックスを調製した。
【０１７８】
ドロップレットデジタルPCR用サンプル溶液1 μLに，10 μLのddPCR Supermix for probes (no dUTP) （BioRad社），1 μLのFAM標識20×プライマー/プローブミックス，1 μLのHEX標識20×プライマー/プローブミックス，2 μLの5M ベタイン溶液（Sigma社），及び5 μLの0.05% F-68含有水を加え，PCR反応液を調製した。Droplet generator（BioRad社）を用いて，PCR反応液20 μLとDroplet Generator オイル for Probes（BioRad社）70 μLの懸濁液（ドロップレット）を調製した。このドロップレットを用いてPCR反応を行った。PCR反応は変性条件（95℃，10分）の後40サイクルの3ステップPCR（95℃，30秒→60℃，1分→72℃，15秒）を行い，次いでPCR酵素の不活化処理（98℃，10分）を行った。ドロップレットの解析はQX200 Droplet Digital PCRシステム（BioRad社）を用い，FAM/HEXダブルポジティブドロップレットをもとに，rAAVゲノム量（個数）を求めた。このPCRにおいて複製される領域は，ウシ成長ホルモンpolyA，及びITRの内部領域である。
【０１７９】
培養上清中の総カプシド量はAAV Titration ELISA Kit（PROGEN社）を用い，キットに添付のプロトコールに準じて，概ね下記の方法で測定した。マウス抗AAV9モノクローナル抗体が固定化されたプレートに1×Assay Bufferで希釈した実施例３４で調製したrAAVビリオン溶液を100 μLずつ添加し，37℃で1時間静置した。1.0×107〜1.3×109 カプシド数/mLの濃度に1×Assay Bufferで希釈した既知量のAAV9空カプシドを標準溶液として検体サンプルと同様にプレートに加えて静置した。プレートを1×Assay Bufferで3回洗浄後，ビオチン標識されたマウス抗AAV9抗体を加え，37℃で1時間静置した。プレートを1×Assay Bufferで3回洗浄後，HRP標識ストレプトアビジンを加え，37℃で1時間静置した。プレートを1×Assay Bufferで3回洗浄後，HRP基質を加え，室温で15分間静置した後，硫酸を加えて反応を停止した。標準溶液の吸光度の測定値から得られた検量線に，検体の測定値を内挿し，検体に含まれる総カプシド量（個数）を求めた。
【０１８０】
〔実施例３６〕結果（rAAVビリオン溶液中に含まれるrAAVゲノム量と総カプシド量の測定）
実施例３４で調製したrAAVビリオン溶液中に含まれるrAAVゲノム量の測定結果を表１に示す。
【０１８１】
【表１】
2020188763.tif 000003
【０１８２】
理論上，空カプシドが存在せず，全てのカプシドがrAAVゲノムを含むrAAVビリオンである場合，rAAVゲノム量と総カプシド量の存在比率は1:1となる。rAAVゲノムが全てカプシドにパッケージングされてビリオンを形成したものとみなして，rAAVゲノム量（vg）をrAAVビリオンの量（個数）とした。（rAAVビリオンの量（個数）／総カプシド量（個数））X100（%）を，rAAVビリオンの総カプシド中における存在比率として，リアルタイムPCR法で求められたrAAVゲノム量を用いて存在比率を算出すると，3種類のプラスミドを用いた場合は12.7%であることころ，統合rAAVプラスミドを用いた場合は62.2%であった。すなわちpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C6ベクター及びpHelper-ITR/CMV/GFP-R2(mod)C9ベクターと同様に，pHelper-ITR/CBA(BAM)/I2S-R2(mod)C9ベクターの場合も，統合rAAVプラスミドを用いることによりrAAVビリオンの総カプシド中における存在比率を高めることができることが検証された。また，rAAVビリオンの量（vg）をrAAVビリオンの量（個数）とすると，統合rAAVプラスミドを用いることにより，3種類のプラスミドを用いる場合と比較して，8倍以上のrAAVビリオンが得られることなるので，統合rAAVプラスミドをrAAVビリオンの製造に用いることによりrAAVビリオンの生産量効率を大幅に上昇されることができる。補助的に行ったドロップレットデジタルPCR法によるrAAVゲノム量の定量結果からも同様の結論が得られる。
【産業上の利用可能性】
【０１８３】
本発明の一実施形態によれば，遺伝子治療等に使用できる，外来の蛋白質をコードする塩基配列を含む核酸配列がパッケージされたrAAVビリオンを効率よく生産することができるので，かかるrAAVビリオンを医療機関に安定的に供給することができる。
【配列表フリーテキスト】
【０１８４】
配列番号１：血清型2のAAVのRep蛋白質をコードする塩基配列，野生型
配列番号２：血清型2のAAVのRep68のアミノ酸配列，野生型
配列番号３：血清型2のAAVのRep78のアミノ酸配列，野生型
配列番号４：血清型2のAAVのRep蛋白質をコードする塩基配列の好ましい一例，合成配列
配列番号５：血清型6のAAVのVP1をコードする塩基配列，野生型
配列番号６：血清型6のAAVのVP1のアミノ酸配列，野生型
配列番号７：血清型9のAAVのVP1をコードする塩基配列，野生型
配列番号８：血清型9のAAVのVP1のアミノ酸配列，野生型
配列番号９：血清型2のAAVの第一の逆方向末端反復（第一のITR）の塩基配列，野生型
配列番号１０：血清型2のAAVの第一の逆方向末端反復（第二のITR）の塩基配列，野生型
配列番号１１：第一の逆方向末端反復（第一のITR）の塩基配列の好適な一例，合成配列
配列番号１２：第二の逆方向末端反復（第二のITR）の塩基配列の好適な一例，合成配列
配列番号１５：E4領域の塩基配列の好適な一例，合成配列
配列番号１７：ヘルパー領域の塩基配列の好適な一例，合成配列
配列番号１９：第１の遺伝子発現制御部に含まれる塩基配列の好適な一例，合成配列
配列番号２０：Rep領域の塩基配列の好適な一例，合成配列
配列番号２１：Cap領域の塩基配列の好適な一例，合成配列
配列番号２２：Rep-Cap領域の塩基配列の好適な一例，合成配列
配列番号２３：Rep-Cap領域の塩基配列の好適な一例（２），合成配列
配列番号２４：組換えAAVビリオンを作製するために使用される核酸分子の塩基配列の好適な一例，合成配列
配列番号２５：合成ヒトβグロビンイントロンの塩基配列，合成配列
配列番号２６：合成ポリアデニレーションシグナル配列の塩基配列，合成配列
配列番号２７：SalIサイト，RsrIIサイト，ColE1 ori，アンピシリン耐性遺伝子，BsiWIサイト，BstZ17Iサイト，及びBsrGIサイトを含む塩基配列，合成配列
配列番号２８：EcoRIサイト，MluIサイト，GFP遺伝子，NotIサイト，及びBamHIサイトを含む塩基配列，合成配列
配列番号２９：マルチクローニングサイト１の塩基配列，合成配列
配列番号３０：マルチクローニングサイト２の塩基配列，合成配列
配列番号３１：AfeIサイト，RsrIIサイト，BsrGIサイト，AvrIIサイト，アンピシリン耐性遺伝子，ColE1 ori，RsrIIサイト，血清型2の Rep領域の5’部分（p5プロモーターを含む），及びSacIIサイトを含む塩基配列，合成配列
配列番号３２：HindIIIサイト，血清型2のAAVのRep領域の3’部分，血清型9のCap領域，p5プロモーター，RsrIIサイト，及びBsrGIサイトを含む塩基配列，合成配列
配列番号３３：順方向プライマー，プライマー１の塩基配列，合成配列
配列番号３４：逆方向プライマー，プライマー２の塩基配列，合成配列
配列番号３５：ヒトCMVエンハンサー，ニワトリβアクチンプロモーター，ニワトリβアクチン/MVMキメライントロン，ヒトI2S遺伝子，及びウシ成長ホルモンpolyA配列を含む塩基配列，合成配列
配列番号３６：ヒトIDSのアミノ酸配列
配列番号３７：ヒトCMVエンハンサーの塩基配列
配列番号３８：ニワトリβアクチンプロモーターの塩基配列
配列番号３９：ニワトリβアクチン/MVMキメライントロンの塩基配列，合成配列
配列番号４０：ウシ成長ホルモンpolyA配列の塩基配列
配列番号４１：プライマー３の塩基配列，合成配列
配列番号４２：プライマー４の塩基配列，合成配列
配列番号４３：プローブ１の塩基配列，合成配列
配列番号４４：プライマー５の塩基配列，合成配列
配列番号４５：プライマー６の塩基配列，合成配列
配列番号４６：プローブ２の塩基配列，合成配列
配列番号４７：ヒトCMVエンハンサー及びニワトリβアクチンプロモーターを含む塩基配列，合成配列
配列番号４８：プライマー７の塩基配列，合成配列
配列番号４９：プライマー８の塩基配列，合成配列
配列番号５０：ヒトCMVエンハンサー，ニワトリβアクチンプロモーター，ニワトリβアクチン/MVMキメライントロン，及びウシ成長ホルモンポリA配列を含む塩基配列，合成配列
配列番号５１：ヒトIDS遺伝子を含む塩基配列，合成配列
【図１】
2020188763.tif 000004
【図２】
2020188763.tif 000005
【図３】
2020188763.tif 000006
【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
2020188763.tif 000010
【図８】
2020188763.tif 000011
【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【配列表】
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