(57)【要約】      （修正有）【課題】データ収集及び配信のための方法を提供する。【解決手段】調査を行う方法であって、収集されたデータおよび試料に早期にアクセスすることにより、参画を動機づける。方法は、調査を行い、調査の資金を提供し、調査データを収集および／または配信する。調査は、疾患調査を支援し、薬剤開発を推進および／または処置の有効性を改善するための、長期的研究を含む。【選択図】図１
2020035463.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
本明細書に記載の発明。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
この出願は、２０１１年７月１３日に出願された米国仮出願第６１／５０７，５３１号および２０１２年３月１４日に出願された米国仮出願第６１／６１０，８０７号（これらの各々は、それらの全体が参考として本明細書に援用される）の利益を主張する。
【背景技術】
【０００２】
多発性骨髄腫は、骨髄におけるプラズマ細胞のがんである。
【０００３】
患者を延命し、治癒をもたらす、次世代の多発性骨髄腫処置を開発する必要性がある。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
本願明細書では、１人または複数の被験体を登録する工程であって、少なくとも１人の該被験体が、疾患を有すると診断される工程；少なくとも１人の該被験体から、１つまたは複数の生体試料および臨床データを収集する工程；少なくとも１つの該生体試料の一部分を分析して少なくとも１人の該被験体のプロファイルを生成する工程；該臨床データおよび該プロファイルを、データリポジトリに保存する工程；ならびに、支援の見返りに、第１の期間にわたって利害関係者に対して、データリポジトリアクセスを許可し、それによって調査を実施する工程であって、該支援が、資金提供、参画および／またはそれらの組み合わせを含む工程を含む、調査方法が開示される。一部の実施形態では、前記登録する工程は、１つまたは複数の登録サイトで起こる。一部の実施形態では、前記登録サイトは、病院、アカデミックメディカルセンター、地域医療センター、政府機関、政府出資医療センターおよび／またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記登録サイトは、科学諮問委員会により選択される。一部の実施形態では、前記科学諮問委員会は、非営利組織もしくはそのメンバー、非営利研究者、大学研究者またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記被験体各々は、前記疾患を有すると診断される。一部の実施形態では、少なくとも１人の前記被験体が、前記疾患を有すると新たに診断される。一部の実施形態では、前記被験体各々は、前記疾患を有すると新たに診断される。一部の実施形態では、前記疾患は、がんである。一部の実施形態では、前記疾患は、骨髄腫である。一部の実施形態では、前記疾患は、多発性骨髄腫である。一部の実施形態では、前記疾患は、骨疾患である。一部の実施形態は、前記被験体各々から、前記生体試料および前記臨床データを収集する工程をさらに含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの前記生体試料は、血液試料、血漿試料、骨髄試料、骨髄吸引物、毛髪試料、尿試料、糞便試料、呼気試料、皮膚試料、細針吸引物、組織生検物、髄液試料、涙液試料、粘液試料、羊水試料、精液試料、組織試料またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記生体試料は、血液試料および骨髄試料を含む。一部の実施形態では、前記臨床データは、患者の報告データ、バイタルサイン、医用画像および／またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記医用画像は、ｘ線画像、磁気共鳴画像、コンピュータ体軸断層撮影画像、ポジトロン放出断層撮影画像、単光子放出コンピュータ断層撮影画像、超音波画像、蛍光透視画像、サーモグラフィー画像、シンチグラフィー画像、ラジオアイソトープ画像、光音響画像および／またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記生体試料および臨床データは、前記疾患に関する一連の処置を通して収集される。一部の実施形態では、前記収集は、最初の処置前に行われる。一部の実施形態では、前記収集は、前記一連の処置における、１つの処置の前、１つの処置の最中または１つの処置の後に行われる。一部の実施形態では、前記収集は、前記一連の処置における、各処置の前、各処置の最中または各処置の後に行われる。一部の実施形態では、前記収集は、前記一連の処置後に行われる。一部の実施形態では、前記収集は、前記疾患の再発後に行われる。一部の実施形態では、前記疾患に関する前記一連の処置は、前記被験体各々について個々に決定される。一部の実施形態では、前記一連の処置は、かかりつけの医師により決定される。一部の実施形態では、前記疾患に関する前記一連の処置は、実験薬を使用しない。一部の実施形態では、前記一連の処置は、前記疾患に関して表示の適応を有する薬剤を含む。一部の実施形態では、前記一連の処置は、前記疾患に関して適応外使用の薬剤を含む。一部の実施形態は、前記生体試料各々の一部分を分析して該生体試料が収集された前記被験体各々のプロファイルを生成する工程をさらに含む。一部の実施形態では、前記分析する工程は、第三者機関により行われる。一部の実施形態では、前記第三者機関は、非営利組織、営利組織、生物医学研究施設、病院、製薬会社、バイオテクノロジー企業、研究室またはそれらの組み合わせである。一部の実施形態では、前記分析する工程は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、細胞、組織またはそれらの組み合わせの分析を含む。一部の実施形態では、前記分析する工程は、チェーンターミネーション法、ダイターミネーター法、ハイブリダイゼーション法による配列決定、合成法による配列決定または高解像顕微鏡法ベースの技術を使用して、１つまたは複数のポリヌクレオチドを配列決定する工程を含む。一部の実施形態では、前記プロファイルは、ポリヌクレオチド配列、ポリペプチド配列、ｍＲＮＡの発現レベル、タンパク質の発現レベル、細胞の形態、核型、腫瘍サイズ、腫瘍密度またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記データリポジトリは、インターネットアクセス可能である。一部の実施形態では、前記データリポジトリは、研究者ポータルからアクセスされる。一部の実施形態では、前記研究者ポータルは、前記データが検索されること、ソートされること、分類されること、集約されること、ダウンロードされること、かつ／または分析されることを可能にする、ウェブインターフェイスである。一部の実施形態では、前記利害関係者は、営利企業を含む。一部の実施形態では、前記支援は、資金提供である。一部の実施形態では、前記利害関係者は、少なくとも１つの前記登録サイトを含む。一部の実施形態では、前記支援は、参画である。一部の実施形態では、前記第１の期間は、約１か月から約３年である。一部の実施形態では、前記第１の期間は、約５か月、約６か月または約９か月である。一部の実施形態は、第２の期間に第２の利害関係者に対して、データリポジトリアクセスを広げる工程をさらに含む。一部の実施形態では、前記第２の利害関係者は、少なくとも１つの前記登録サイトを含む。一部の実施形態では、前記支援は、参画である。一部の実施形態では、前記第２の期間は、前記第１の期間後に開始する。一部の実施形態では、前記第２の期間は、約１か月から約２年である。一部の実施形態では、前記第２の期間は、約１か月または約３か月である。一部の実施形態は、前記第１の期間後に、すべての人に対してデータリポジトリアクセスを許可する工程をさらに含む。一部の実施形態は、前記第２の期間後に、すべての人にデータリポジトリアクセスを許可する工程をさらに含む。一部の実施形態は、前記生体試料を、組織バンクに保存する工程をさらに含む。一部の実施形態では、前記組織バンクへのアクセスは、前記患者のデータリポジトリへのアクセスとともに許可される。一部の実施形態では、前記組織バンクへのアクセスは、組織バンク利用委員会により許可される。一部の実施形態では、前記調査は、長期的研究の一部であり、前記生体試料および／または前記臨床データは、２つまたはそれより多くの時点で収集される。一部の実施形態では、前記２つまたはそれより多くの時点は、一連の処置を開始する前の１つまたは複数の時点、一連の処置中の１つまたは複数の時点、一連の処置後の１つまたは複数の時点、再発事象後の１つまたは複数の時点、またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記２つまたはそれより多くの時点で収集された臨床データは、処置結果を評価するのに使用される。一部の実施形態では、前記処置結果および前記プロファイルは、予後指標またはセラノスティック指標を確認するのに使用される。
【０００５】
本願明細書では、（ｉ）１人または複数の被験体から収集された臨床データであって、少なくとも１人の該被験体が、疾患を有すると診断されるデータ、（ｉｉ）少なくとも１人の該被験体から収集された１つまたは複数の生体試料の分析により生成されたプロファイルデータ、を含むデータリポジトリを提供する工程；支援の見返りに、利害関係者に対して、前記データリポジトリへのアクセスを許可する工程であって、該支援が、前記提供する工程のための資金提供、前記提供する工程における参画またはそれらの組み合わせであり、前記アクセスが、該被験体の１人、該被験体の１人または複数、該被験体の全てからの、該臨床データ、該プロファイルデータまたは両方に対するものである工程；ならびに、該利害関係者が、該被験体の１人、該被験体の１人または複数または該被験体の全てからの、該臨床データ、該プロファイルデータまたは両方を削除し、それによりデータを配信することを可能にする工程を含む、データを配信する方法も開示される。一部の実施形態では、前記データリポジトリは、インターネットアクセス可能である。一部の実施形態では、前記削除されたデータは、前記データのコピーである。一部の実施形態では、前記臨床データは、患者の報告データ、バイタルサイン、医用画像またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記医用画像は、ｘ線画像、磁気共鳴画像、コンピュータ体軸断層撮影画像、ポジトロン放出断層撮影画像、単光子放出コンピュータ断層撮影画像、超音波画像、蛍光透視画像、サーモグラフィー画像、シンチグラフィー画像、ラジオアイソトープ画像、光音響画像またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記プロファイルデータは、ポリヌクレオチド配列、ポリペプチド配列、ｍＲＮＡの発現レベル、タンパク質の発現レベル、細胞の形態、核型、腫瘍サイズ、腫瘍密度またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記分析は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、細胞、組織またはそれらの組み合わせの分析を含む。一部の実施形態では、前記参画は、少なくとも１人の前記被験体を登録すること、前記臨床データを収集すること、少なくとも１つの生体標本を収集すること、少なくとも１つの前記生体標本を分析すること、またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記アクセスは、前記利害関係者に対して、第１の期間にわたって許可される。一部の実施形態では、前記利害関係者は、営利企業を含む。一部の実施形態では、前記支援は、前記提供する工程のための資金提供である。一部の実施形態では、前記アクセスは、第２の利害関係者に対して、第２の期間にわたって許可される。一部の実施形態では、前記第２の期間は、前記第１の期間後に開始する。一部の実施形態では、前記支援は、前記提供する工程における参画である。一部の実施形態は、一定期間後に誰に対してもアクセスを許可する工程をさらに含む。一部の実施形態では、前記臨床データおよびプロファイルデータは、長期的研究の一部として収集され、前記生体試料および／または前記臨床データは、２つまたはそれより多くの時点で収集された。一部の実施形態では、前記２つまたはそれより多くの時点は、一連の処置を開始する前の１つまたは複数の時点、一連の処置中の１つまたは複数の時点、一連の処置後の１つまたは複数の時点、再発事象後の１つまたは複数の時点、またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記２つまたはそれより多くの時点で収集された臨床データは、処置結果を評価するのに使用される。一部の実施形態では、前記処置結果および前記プロファイルデータは、予後指標またはセラノスティック指標を確認するのに使用される。
【０００６】
本願明細書では、１人または複数の被験体を登録する工程であって、該１人または複数の被験体が、疾患を有すると診断される工程；該１人または複数の被験体各々から、１つまたは複数の時点で、１つまたは複数の生体試料を収集する工程；少なくとも１つの該生体試料の一部分を分析して該１人または複数の被験体各々に関するプロファイルを生成する工程；２つまたはそれより多くの時点で、該１人または複数の被験体各々から、臨床データを収集する工程；ならびに、該臨床データと該プロファイルとを関連付けて、予後指標またはセラノスティック指標を確認し、それによって長期的調査研究を行う工程を含む、長期的調査研究を行う方法も開示される。一部の実施形態は、前記臨床データおよび前記プロファイルを、データリポジトリに保存する工程をさらに含む。一部の実施形態は、支援の見返りに、第１の期間にわたって利害関係者に対して、データリポジトリアクセスを許可する工程であって、前記支援は、資金提供、参画および／またはそれらの組み合わせを含む工程をさらに含む。一部の実施形態では、前記１つまたは複数の生体試料は、前記疾患に関する一連の処置の開始前に、前記１人または複数の被験体から収集される。一部の実施形態では、前記２つまたはそれより多くの時点は、前記疾患に関する一連の処置を開始する前の１つまたは複数の時点、該疾患に関する一連の処置中の１つまたは複数の時点、該疾患に関する一連の処置後の１つまたは複数の時点、該疾患の再発後の１つまたは複数の時点、またはそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、前記関連付ける工程は、コンピュータ実行可能なコードを使用して行われる。
【０００７】
参照による組み込み
本願明細書で言及される全ての刊行物、特許および特許出願は、各個々の刊行物、特許または特許出願が、あたかも具体的にかつ個別に示されて参照により組み込まれるかのように、同程度に、参照により本願明細書に組み込まれる。
【０００８】
本発明の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲に詳細に記載される。本発明の特徴および利点のより良好な理解は、本発明の原理を使用する例示となる実施形態、および添付の図面を説明する、下記の詳細な説明を参照することにより得られる。
例えば、本発明は、以下の項目を提供する：
（項目１）
１人または複数の被験体を登録する工程であって、該少なくとも１人の被験体が、疾患を有すると診断される工程；
該少なくとも１人の被験体から、１つまたは複数の生体試料および臨床データを収集する工程；
少なくとも１つの該生体試料の一部分を分析して該少なくとも１人の被験体のプロファイルを生成する工程；
該臨床データおよび該プロファイルを、データリポジトリに保存する工程；ならびに、
支援の見返りに、第１の期間にわたって利害関係者に対して、データリポジトリアクセスを許可し、それによって調査を実施する工程であって、該支援が、資金提供、参画および／またはそれらの組み合わせを含む工程を含む、
調査方法。
（項目２）
上記登録する工程が、１つまたは複数の登録サイトで起こる、項目１に記載の方法。
（項目３）
上記登録するサイトが、病院、アカデミックメディカルセンター、地域医療センター、政府機関、政府出資医療センターおよび／またはそれらの組み合わせを含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
上記登録するサイトが、科学諮問委員会により選択される、項目２に記載の方法。
（項目５）
上記科学諮問委員会が、非営利組織もしくはそのメンバー、非営利研究者、大学研究者またはそれらの組み合わせを含む、項目４に記載の方法。
（項目６）
上記被験体各々が、上記疾患を有すると診断される、項目１に記載の方法。
（項目７）
少なくとも１人の上記被験体が、上記疾患を有すると新たに診断される、項目１に記載の方法。
（項目８）
上記被験体各々が、上記疾患を有すると新たに診断される、項目１に記載の方法。
（項目９）
上記疾患が、がんである、項目１に記載の方法。
（項目１０）
上記疾患が、骨髄腫である、項目１に記載の方法。
（項目１１）
上記疾患が、多発性骨髄腫である、項目１に記載の方法。
（項目１２）
上記疾患が、骨疾患である、項目１に記載の方法。
（項目１３）
上記被験体各々から、上記生体試料および上記臨床データを収集する工程をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１４）
少なくとも１つの上記生体試料が、血液試料、血漿試料、骨髄試料、骨髄吸引物、毛髪試料、尿試料、糞便試料、呼気試料、皮膚試料、細針吸引物、組織生検物、髄液試料、涙液試料、粘液試料、羊水試料、精液試料、組織試料またはそれらの組み合わせを含む、項目１に記載の方法。
（項目１５）
上記生体試料が、血液試料および骨髄試料を含む、項目１に記載の方法。
（項目１６）
上記臨床データが、患者の報告データ、バイタルサイン、医用画像および／またはそれらの組み合わせを含む、項目１に記載の方法。
（項目１７）
上記医用画像が、ｘ線画像、磁気共鳴画像、コンピュータ体軸断層撮影画像、ポジトロン放出断層撮影画像、単光子放出コンピュータ断層撮影画像、超音波画像、蛍光透視画像、サーモグラフィー画像、シンチグラフィー画像、ラジオアイソトープ画像、光音響画像および／またはそれらの組み合わせを含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
上記生体試料および臨床データが、上記疾患に関する一連の処置を通して収集される、項目１に記載の方法。
（項目１９）
上記収集する工程が、最初の処置前に行われる、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
上記収集する工程が、上記一連の処置における、１つの処置の前、１つの処置の最中または１つの処置の後に行われる、項目１８に記載の方法。
（項目２１）
上記収集する工程が、上記一連の処置における、各処置の前、各処置の最中または各処置の後に行われる、項目１８に記載の方法。
（項目２２）
上記収集する工程が、上記一連の処置の後に行われる、項目１８に記載の方法。
（項目２３）
上記収集する工程が、上記疾患の再発後に行われる、項目１８に記載の方法。
（項目２４）
上記疾患に関する上記一連の処置が、上記被験体各々について個々に決定される、項目１８に記載の方法。
（項目２５）
上記一連の処置が、かかりつけの医師により決定される、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
上記疾患に関する上記一連の処置が、実験薬を使用しない、項目１８に記載の方法。
（項目２７）
上記一連の処置が、上記疾患に関して表示の適応を有する薬剤を含む、項目１８に記載の方法。
（項目２８）
上記一連の処置が、上記疾患に関して適応外使用の薬剤を含む、項目１８に記載の方法。
（項目２９）
上記生体試料各々の一部分を分析して該生体試料が収集された上記被験体各々のプロファイルを生成する工程をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３０）
上記分析する工程が、第三者機関により行われる、項目１に記載の方法。
（項目３１）
上記第三者機関が、非営利組織、営利組織、生物医学研究施設、病院、製薬会社、バイオテクノロジー企業、研究室またはそれらの組み合わせである、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
上記分析する工程が、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、細胞、組織またはそれらの組み合わせの分析を含む、項目１に記載の方法。
（項目３３）
上記分析する工程が、チェーンターミネーション法、ダイターミネーター法、ハイブリダイゼーション法による配列決定、合成法による配列決定または高解像顕微鏡法ベースの技術を使用して、１つまたは複数のポリヌクレオチドを配列決定する工程を含む、項目１に記載の方法。
（項目３４）
上記プロファイルが、ポリヌクレオチド配列、ポリペプチド配列、ｍＲＮＡの発現レベル、タンパク質の発現レベル、細胞の形態、核型、腫瘍サイズ、腫瘍密度またはそれらの組み合わせを含む、項目１に記載の方法。
（項目３５）
上記データリポジトリが、インターネットアクセス可能である、項目１に記載の方法。
（項目３６）
上記データリポジトリが、研究者ポータルからアクセスされる、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
上記研究者ポータルが、上記データが検索されること、ソートされること、分類されること、集約されること、ダウンロードされること、かつ／または分析されることを可能にする、ウェブインターフェイスである、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
上記利害関係者が、営利企業を含む、項目１に記載の方法。
（項目３９）
上記支援が、資金提供である、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
上記利害関係者が、少なくとも１つの上記登録サイトを含む、項目１に記載の方法。
（項目４１）
上記支援が、参画である、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
上記第１の期間が、約１か月から約３年である、項目１に記載の方法。
（項目４３）
上記第１の期間が、約５か月、約６か月または約９か月である、項目１に記載の方法。
（項目４４）
第２の期間に第２の利害関係者に対して、データリポジトリアクセスを広げる工程をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目４５）
上記第２の利害関係者が、少なくとも１つの上記１つの登録サイトを含む、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
上記支援が、参画である、項目４４に記載の方法。
（項目４７）
上記第２の期間が、上記第１の期間後に開始する、項目４４に記載の方法。
（項目４８）
上記第２の期間が、約１か月から約２年である、項目４４に記載の方法。
（項目４９）
上記第２の期間が、約１か月または約３か月である、項目４４に記載の方法。
（項目５０）
上記第１の期間後に、すべての人にデータリポジトリアクセスを許可する工程をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目５１）
上記第２の期間後に、すべての人にデータリポジトリアクセスを許可する工程をさらに含む、項目４４に記載の方法。
（項目５２）
上記生体試料を、組織バンクに保存する工程をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目５３）
上記組織バンクへのアクセスが、上記患者のデータリポジトリへのアクセスとともに許可される、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
上記組織バンクへのアクセスが、組織バンク利用委員会により許可される、項目５２に記載の方法。
（項目５５）
上記調査が、長期的研究の一部であり、上記生体試料および／または上記臨床データが、２つまたはそれより多くの時点で収集される、項目１に記載の方法。
（項目５６）
上記２つまたはそれより多くの時点が、一連の処置を開始する前の１つまたは複数の時点、一連の処置中の１つまたは複数の時点、一連の処置後の１つまたは複数の時点、再発事象後の１つまたは複数の時点、またはそれらの組み合わせを含む、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
２つまたはそれより多くの時点で収集された上記臨床データが、処置結果を評価するのに使用される、項目５５に記載の方法。
（項目５８）
上記処置結果および上記プロファイルが、予後指標またはセラノスティック指標を確認するのに使用される、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
（ｉ）１人または複数の被験体から収集された臨床データであって、少なくとも１人の該被験体が、疾患を有すると診断されるデータ、
（ｉｉ）プロファイルデータであって、少なくとも１人の該被験体から収集された１つまたは複数の生体試料の分析により生成されたプロファイルデータ、を含むデータリポジトリを提供する工程；
支援の見返りに、利害関係者に対して、該データリポジトリへのアクセスを許可する工程であって、該支援が、該提供する工程のための資金提供、該提供する工程における参画またはそれらの組み合わせであり、該アクセスが、該被験体の１人、該被験体の１人または複数または該被験体の全てからの、該臨床データ、該プロファイルデータまたは両方に対するものである工程；ならびに、
該利害関係者が、該被験体の１人、該被験体の１人または複数、該被験体の全てからの、該臨床データ、該プロファイルデータまたは両方を削除し、それによってデータを配信することを可能にする工程を含む、
データを配信する方法。
（項目６０）
上記データリポジトリが、インターネットアクセス可能である、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
上記削除されたデータが、上記データのコピーである、項目５９に記載の方法。
（項目６２）
上記臨床データが、患者の報告データ、バイタルサイン、医用画像またはそれらの組み合わせを含む、項目５９に記載の方法。
（項目６３）
上記医用画像が、ｘ線画像、磁気共鳴画像、コンピュータ体軸断層撮影画像、ポジトロン放出断層撮影画像、単光子放出コンピュータ断層撮影画像、超音波画像、蛍光透視画像、サーモグラフィー画像、シンチグラフィー画像、ラジオアイソトープ画像、光音響画像またはそれらの組み合わせを含む、項目５９に記載の方法。
（項目６４）
上記プロファイルデータが、ポリヌクレオチド配列、ポリペプチド配列、ｍＲＮＡの発現レベル、タンパク質の発現レベル、細胞の形態、核型、腫瘍サイズ、腫瘍密度またはそれらの組み合わせを含む、項目５９に記載の方法。
（項目６５）
上記分析が、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、細胞、組織またはそれらの組み合わせの分析を含む、項目５９に記載の方法。
（項目６６）
上記参画が、少なくとも１人の上記被験体を登録すること、上記臨床データを収集すること、少なくとも１つの上記生体標本を収集すること、少なくとも１つの該生体標本を分析すること、またはそれらの組み合わせを含む、項目５９に記載の方法。
（項目６７）
上記アクセスが、上記利害関係者に対して、第１の期間にわたって許可される、項目５９に記載の方法。
（項目６８）
上記利害関係者が、営利企業を含む、項目５９に記載の方法。
（項目６９）
上記支援が、上記提供する工程のための資金提供である、項目５９に記載の方法。
（項目７０）
上記アクセスが、第２の利害関係者に対して、第２の期間にわたって許可される、項目６７に記載の方法。
（項目７１）
上記第２の期間が、上記第１の期間後に開始する、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
上記支援が、上記提供する工程における参画である、項目７０に記載の方法。
（項目７３）
一定期間後にすべての人にアクセスを許可する工程をさらに含む、項目５９に記載の方法。
（項目７４）
上記臨床データおよびプロファイルデータが、長期的研究の一部として収集され、上記生体試料および／または上記臨床データが、２つまたはそれより多くの時点で収集された、項目５９に記載の方法。
（項目７５）
上記２つまたはそれより多くの時点が、一連の処置を開始する前の１つまたは複数の時点、一連の処置中の１つまたは複数の時点、一連の処置後の１つまたは複数の時点、再発事象後の１つまたは複数の時点、またはそれらの組み合わせを含む、項目７４に記載の方法。
（項目７６）
上記２つまたはそれより多くの時点で収集された上記臨床データが、処置結果を評価するのに使用される、項目７４に記載の方法。
（項目７７）
上記処置結果および上記プロファイルデータが、予後指標またはセラノスティック指標を確認するのに使用される、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
１人または複数の被験体を登録する工程であって、該１人または複数の被験体が、疾患を有すると診断される工程；
該１人または複数の被験体各々から、１つまたは複数の時点で、１つまたは複数の生体試料を収集する工程；
少なくとも１つの該生体試料の一部分を分析して該１人または複数の被験体各々に関するプロファイルを生成する工程；
２つまたはそれより多くの時点で、該１人または複数の被験体各々から、臨床データを収集する工程；ならびに、
該臨床データと該プロファイルとを関連付けて、予後指標またはセラノスティック指標を確認し、それによって長期的調査研究を行う工程を含む、
長期的調査研究を行う方法。
（項目７９）
上記臨床データおよび上記プロファイルを、データリポジトリに保存する工程をさらに含む、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
支援の見返りに、第１の期間にわたって利害関係者に対して、データリポジトリアクセスを許可する工程であって、該支援が、資金提供、参画および／またはそれらの組み合わせを含む工程をさらに含む、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
上記１つまたは複数の生体試料が、上記疾患に関する一連の処置の開始前に、上記１人または複数の被験体から収集される、項目７８に記載の方法。
（項目８２）
上記２つまたはそれより多くの時点が、上記疾患に関する一連の処置を開始する前の１つまたは複数の時点、該疾患に関する一連の処置中の１つまたは複数の時点、該疾患に関する一連の処置後の１つまたは複数の時点、該疾患の再発後の１つまたは複数の時点、またはそれらの組み合わせを含む、項目７８に記載の方法。
（項目８３）
上記関連付ける工程が、コンピュータ実行可能なコードを使用して行われる、項目７８に記載の方法。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
【図１】図１は、情報技術プラットフォームの実施形態の概要を説明する：縦のカラムは、枠で囲まれた主要な機能要素を有するユーザウェブサイトを表わし；前記サイト下部の要素は、データベース、分析パイプラインおよびデータ入力／出力を表わし；要素間の表示は、データフローを表わす。
【図２】図２は、観察研究プラットフォームの理論型アーキテクチャ図を説明する。
【図３】図３は、コミュニティポータルの理論型アーキテクチャ図を説明する。
【図４】図４は、患者データリポジトリにおけるデータ統合を説明する。
【図５】図５は、患者データリポジトリの理論型アーキテクチャ図を説明する。
【図６】図６は、研究者ポータルの理論型アーキテクチャ図を説明する。
【図７】図７は、入力データプロセッサの理論型アーキテクチャ図を説明する。
【図８】図８は、バイオバンク−独立研究室の理論型アーキテクチャ図を説明する。
【図９】図９は、個人の健康記録の理論型アーキテクチャ図を説明する。
【図１０】図１０は、データアクセスに関する、アクセス階層およびタイムラインを説明する。
【図１１Ａ】図１１Ａは、典型的なデータ収集スケジュールを説明する。
【図１１Ｂ】図１１Ｂは、典型的なデータ収集スケジュールを説明する。
【図１２】図１２は、調査研究コンポーネントの典型的な構成を説明する。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
一態様おいて、本願明細書では、調査を行う方法、調査の資金提供および実行をする方法ならびに、調査データを収集および／または配信する方法が開示される。前記調査は、疾患調査を支援し、薬剤開発を推進し、および／または、処置の有効性を改善するための、長期的研究を含み得る。本願明細書に開示の方法に含まれ得る１つの特徴は、集中型の患者データベース（「患者データリポジトリ」および組織試料リポジトリ（「バイオバンク」）の構築である。前記患者データリポジトリは、例えば、臨床データおよび分子データを含み得ることに加えて、前記バイオバンクとともに、個別化医療の調査および開発を支援するのに使用され得る。本願明細書に開示の方法は、利害関係者、例えば、患者および患者団体、地域医療提供者（例えば、地域医療センター、無料診療所、病院等）、産業開発者（例えば、営利企業、例えば、製薬会社およびバイオテクノロジー企業）、大学研究者（例えば、アカデミックメディカルセンター、教育病院、研究施設、大学等）ならびに支払人（例えば、保険会社）の多様な集団間の協力を支援し得る。本願明細書に開示の方法は、階層化されたデータアクセスのシステムを通して、利害関係者の参画を推進し得る。それによって、研究中に収集された患者データおよび試料への、早期の非競合的なアクセスが、参画レベル（例えば、資金提供レベル、患者の登録レベル等）に基づいて許可され得る。多発性骨髄腫は、本願開示の方法に関する典型的な疾患として提示される。ただし、このことは、本願明細書に開示の方法を、なんらの特定の実施形態にも、限定することを意図しない。
【００１１】
本願明細書では、新たに診断された患者が、１つまたは複数の国にわたり、１つまたは複数のサイト（例えば、病院、アカデミックメディカルセンターおよび他の地域医療センター）を通して登録され得る、個別化医療の取り組み（ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ）が開示される。臨床データおよび／または生体試料（例えば、組織試料、例えば、血液および骨髄試料）は、前記患者から、その患者らの一連の処置にわたって、１つまたは複数の時点で取得され得る。前記１つまたは複数の時点は、処置前、処置中、処置後、再発後またはそれらの組み合わせであり得る。各患者に関する標準医療（例えば、薬剤および処置）は、このような患者のかかりつけの医師により決定され得る。前記標準医療は、実験的または既知の処置を含み得る。一実施形態では、承認された処置（例えば、薬剤）のみが使用される。収集された前記生体試料は、バイオバンクに置かれ得る。実験室検査が、前記登録された被験体または患者の全部または部分集合についての、分子プロファイルおよび／またはゲノムプロファイルを生成するために、収集された前記試料の全部または部分集合の、全部または一部について行われ得る。一実施形態では、関連のない、第三者の、非営利の生物医学研究施設が、前記実験室検査を行う。
【００１２】
前記調査研究の目的は、下記の通りであり得る：「この長期的研究の目的は、分子プロファイリングおよび臨床的特徴により規定される、患者の部分集合および表現型を特定することである。これらのプロファイルは、疾患のメカニズム、薬剤応答および患者の再発における、より良好な理解を可能にする。究極的には、前記研究は、多発性骨髄腫における、成功した薬剤開発および患者医療を、推進することを意図される。」。基本的には、個別化医療の手法は、個々の遺伝子構成を検査し、前記患者の遺伝情報に基づいて、医師が、正しい薬剤を、正しい投与量で、正しい患者に、正しい時間に与えることを可能にする。すなわち、前記調査研究の究極の目的は、患者のゲノムデータに基づいて、疾患（例えば、多発性骨髄腫）に関する標準医療モデルを提案することであり得る。前記調査研究は、予後指標および／またはセラノスティック指標を確認するのに使用され得る。予後指標は、疾患の起こり得る結果（例えば、予期される腫瘍増殖速度、予期される寿命等）を予測する因子（例えば、生物学的マーカー、遺伝子マーカー等）を含み得る。セラノスティック指標は、処置の起こり得る結果（例えば、予期される副作用、予期される治癒率、予期される寛解率等）を予測する因子（例えば、生物学的マーカー、遺伝子マーカー等）を含み得る。
【００１３】
特定の数（例えば、約１から約５００、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、４００、５００またはそれより多く）の患者の情報が収集され、前記第三者により実施された、前記実験室検査から生成された前記ゲノムデータ、前記分子データおよび／またはゲノムデータならびに、収集された臨床データは、１つの大きなデータベース（例えば、分子データおよび／またはゲノムデータならびに臨床データの両方を含むデータベース）（前記「患者データリポジトリ」）に置かれ得る。ついで、前記患者データリポジトリは、研究者に対して、インターネットを介して、アクセス可能となり得る。
【００１４】
本願明細書で使用する場合、「約」の用語は、記載の値の＋または−１０％の値を意味する。例えば、約１００の用語は、９０から１１０を包含することを意味する。別段示されない限り、列挙される全ての数は、約の用語で前置きされると解釈されるべきである。
【００１５】
患者の生体試料が分析され、分子情報および／またはゲノム情報が導出される（例えば、約５０、１００、１５０、２００等）新たなマイルストーンの数ごとに、関連する患者の臨床データに加えてこのような情報は、前記患者データリポジトリに掲示され、アクセスが、利害関係者（例えば、研究者）の１つまたは複数のグループに許可され得る。
【００１６】
前記患者データリポジトリに収集された、分子データおよび／またはゲノムデータならびに臨床データのリリースは、時間依存でもあり得る。例えば、リリースされない分子データおよび／またはゲノムデータならびに臨床データは、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８か月毎に、アクセス可能にされ得る（例えば、掲示され、またはリリースされる）。一実施形態では、リリースされないゲノムデータおよび／または臨床データは、６か月毎にアクセス可能にされ得る。
【００１７】
前記患者データリポジトリに掲示される情報へのアクセスは、下記の通り起こり得る：前記患者データリポジトリへの情報の任意の掲示後に、利害関係者のグループ（例えば、プログラム、主要なアカデミックメディカルセンターからの多発性骨髄腫調査における特定の主任研究者、前記調査研究に患者を登録した特定のサイト（例えば、登録が多いサイト）、特定の製薬会社およびバイオテクノロジー企業、またはそれらの組み合わせ）は、各情報の掲載後、第１の期間（例えば、約１か月から約１２か月、例えば、１−１２か月、１−９か月、１−６か月、１−３か月、３−１２か月、３−９か月、３−６か月、６−１２か月、６−９か月、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２か月）、前記情報へのアクセスを許可され得る。一実施形態では、前記第１の期間は、５か月である。それぞれは、前記第１の期間中および／または該期間が満了後に、（例えば、科学ジャーナル、論文等に）その所見を公表する権利を有し得る。または、所見を公表する権利は、制限され得ない。
【００１８】
情報の任意の掲載後における前記第１の期間後に、前記患者データリポジトリ中の掲載情報に未だにアクセスしていなかった、前記調査研究に関与した、第２グループの利害関係者（例えば、研究者、登録サイト、医療研究センター、非営利研究センター、製薬会社、バイオテクノロジー企業またはそれらの組み合わせ）は、第２の期間に、アクセスを許可され得る。前記第２グループの利害関係者は、前記第２の期間中またはその後に、その所見を公表する権利を有し得る。前記第２の期間は、例えば、約１か月から約１２か月、例えば、１−１２か月、１−９か月、１−６か月、１−３か月、３−１２か月、３−９か月、３−６か月、６−１２か月、６−９か月、例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２か月であり得る。一実施形態では、前記第２の期間は、１か月であり得る。任意の掲載から前記第２の期間の終了時点において、このような掲載に含まれる情報は、調査、教育および出版に関する、関心のある一般人に利用可能になり得る。
【００１９】
前記調査研究に関する最初の資金提供は、複数の製薬会社およびバイオテクノロジー企業からであり得る。一実施形態では、これらの企業は、プロトコル設計に関して、前記患者データリポジトリに掲載される情報にアクセスし得る者に関して、前記患者データリポジトリに掲載される情報の内容に関して、または、患者組織にアクセスし得る者に関して何らの意思決定権限を有していない。前記登録サイトの選定は、プログラム、非営利組織、非営利調査組織の独自の裁量においてであり得る。科学的な決定は、科学諮問委員会によりなされ得る。前記科学諮問委員会は、非産業界の科学者および研究者を含み得る。前記科学諮問委員会は、非営利組織、非営利調査組織またはそれらのメンバーを含み得る。
【００２０】
前記調査研究における前記患者からの生体試料は、前記患者データリポジトリにアクセスしている利害関係者に対して、利用可能にされ得る。一実施形態では、前記調査研究に直接的に参画し、前記疾患（例えば、多発性骨髄腫）に関するさらなる治癒に対して、前記患者データリポジトリに掲載される情報と併せて、前記試料を最も効率的におよび効果的に使用し得る、前記利害関係者に、対価が許可され得る。生体試料へのアクセスは、前記患者データリポジトリへのアクセスを許可されている利害関係者に限定される必要はない。例えば、生体試料へのアクセスは、誰にでも許可され得る。一部の実施形態では、生体試料へのアクセスは、組織利用委員会により決定される。
【００２１】
疾患
いくつもの疾患が、本願明細書に開示の方法に従って、有利に研究され得る。このような疾患の１つは、多発性骨髄腫である。
【００２２】
多発性骨髄腫
多発性骨髄腫は、血液系（血液）がんであり得る。多発性骨髄腫は、非ホジキンリンパ腫についで、２番目に最も一般的な血液がんであり得る。米国がん協会は、２０１０年に、新たに２０，１８０件の多発性骨髄腫が診断されたと推定している。特定の期間で報告された骨髄腫の症例数（有病率）は、性別、年齢および人種／民族によって変動し得る。例えば、多発性骨髄腫は、白人における全てのがんのおおよそ１％、および、黒人における全てのがんの２％を占め得る。多発性骨髄腫は、女性より男性により一般的でもあり、加齢によってより頻繁に発生し得る。
【００２３】
多発性骨髄腫は、骨髄、具体的には、最も活性を有する骨髄（例えば、脊髄、骨盤骨、肋骨、肩または尻における骨髄）において発生し得る。骨髄腫は、主にプラズマ細胞に影響を与え得る。前記プラズマ細胞は、感染および疾患と戦うのに役立つ、免疫グロブリン（抗体）を生成する細胞であり得る。多発性骨髄腫では、正常なプラズマ細胞が、悪性の骨髄腫細胞に形質転換し、モノクローナル（Ｍ）タンパク質と呼ばれる、異常な免疫グロブリンを大量に産生し得る。前記悪性の細胞は、骨髄における正常な血球および抗体の生成を押しのけ、阻害し得る。さらに、骨髄腫細胞群は、骨髄における他の細胞に骨の固体部分を除去させ、前記骨に軟性斑（ｓｏｆｔ  ｓｐｏｔ）を生じさせ得る。溶骨性病変とも呼ばれ得る、これらの軟性斑および骨量の減少の他の兆候は一般的であるが、骨髄腫を有する全ての個体において発生する訳ではない。
【００２４】
骨髄腫の発生
プラズマ細胞は、白血球の一種であるＢリンパ球（Ｂ細胞）から発達し得る。通常、Ｂ細胞は、骨髄における全ての細胞の約５％を構成し得る。プラズマ細胞の発生は、骨髄の外側のリンパ節において、主に起こり得る。
【００２５】
Ｂ細胞／プラズマ細胞から骨髄腫細胞への形質転換は、多段階の過程であり得る。早い段階で、骨髄腫細胞は、骨髄における間質（支持）細胞に付着し得る。付着した細胞は、サイトカインおよび増殖因子（例えば、インターロイキン−６（ＩＬ−６）、インターロイキン１ベータ（ＩＬ−１β）、腫瘍壊死因子ベータ（ＴＮＦ−β）、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）等）を産生し得る。前記サイトカインは、骨髄腫細胞の制御されない増殖をもたらし、破骨細胞と呼ばれる細胞による骨の分解を刺激する、骨髄内での微小環境を作製し得る。前記破骨細胞は、溶骨性病変の発生に寄与する因子であり得る。ＶＥＧＦ等の増殖因子は、継続成長のための酸素および栄養素を、初期腫瘍に供給し得る新脈管形成（血管成長）を刺激し得る。
【００２６】
プラズマ細胞が悪性となる場合、急速に分裂することにより制御不能に増殖し得る。すぐに、悪性の細胞が多くなり過ぎ得、前記悪性細胞は、骨髄における正常な細胞を押しのけ始め得る。悪性細胞は、骨の外側の硬い部分を侵食し、ついで、身体における大型の骨の腔内に広がり、腫瘍を形成し得る。１つの腫瘍のみが形成される場合、前記腫瘍は、孤立型形質細胞種と呼ばれ得る。複数の小さな腫瘍が形成される場合、その疾患は、多発性骨髄腫であり得る。
【００２７】
血液における高レベルのＭタンパク質は、骨髄腫の特徴であり得る。骨髄腫細胞は、互いに同一であり、特異的な同じＭタンパク質（例えば、ＩｇＧまたはＩｇＡ）を大量に産生し得る。この異常な免疫グロブリンは、身体において既知の利益を有しない。Ｍタンパク質の量が増えた場合、正常に機能する免疫グロブリンを押しのけ得る。結果として、正常な免疫グロブリンのレベルは、多発性骨髄腫を有する個体において、より低くなり得る。骨髄腫は、産生されるＭタンパク質の種類により特徴付けられ得る。
【００２８】
発生率
１９９５年から２００６年に、北米がんがん中央登録所協会（ＮＡＡＣＣＲ）から得られた割合に基づいて、２０１０年では、男性１１，１７０名および女性９，０１０名の２０，１８０症例の新たな多発性骨髄腫があると推定された。前記ＮＡＡＣＣＲは、約８９％が米国の住民であると示している。多発性骨髄腫の発生率は、加齢により増加し、概して５５歳以上の中では、２０％を超える割合で見出される。２００３年−２００７年の期間に、６５歳未満の人々に関する年齢調整発生率は、６５歳以上の人々に関する、２９．８／１００，０００と比較して、２．１／１００，０００であった。２００４年−２００８年に関する、全体の年齢調整発生率は、１年あたり、１００，０００人あたり５．７人であった。年齢調整発生率は、女性（４．６／１００，０００）より、男性でより高かった（７．２／１００，０００）。１９９９年から２００８年の、骨髄腫の発生率における年齢調整年変化率（ＡＰＣ）は、−０．３％であり、男性（−０．２％）と比較して、女性に関してより大きく低下した（−０．４％）。負号は減少傾向を示唆するが、これらのＡＰＣの評価は、ゼロとの有意差はなかったため、前記傾向は、安定であると解釈されなければならない。両性別が組み合わせられた場合、多発性骨髄腫は、２００３年−２００７年の期間に、黒人患者の間においてのみ、年齢調整発生率に関してトップ１５のがん部位（ｃａｎｃｅｒ  ｓｉｔｅ）に入った（１１．７／１００，０００）。男性においては、骨髄腫は、組み合わせられた全ての人種／民族の群に関してトップ１５のがん部位に入り、また、白人（６．７／１００，０００）、黒人（１４．３／１００，０００）、アジア系／太平洋諸島系（４．０／１００，０００）、アメリカ先住民／アラスカ先住民（４．８／１００，０００）およびヒスパニック系（６．３／１００，０００）に関して、トップ１５のままであった。骨髄腫の発生率は、黒人患者の中でのみ女性に関するトップ１５のがん部位に含まれた（１０．０／１００，０００）。前記推定値は、ゼロとの有意差はないものの、前記ＡＰＣは、黒人患者に関する０．４と比較して、白人患者に関して−０．４％であった。
【００２９】
有病数
２００８年１月１日において、骨髄腫の米国の推定有病数は、６４，６１５名であった。前記有病数は、女性（２９，１７０名）と比較して、男性でより多く（３５，４４５名）、両性別に関して、加齢により増加した。年齢調整有病数は、白人と比較して黒人に関して、より多かった。
【００３０】
死亡者数
１９６９年−２００７年の米国死亡者数データに基づいて、２０１０年における骨髄腫による死者は、合計１０，６５０名と推定された。男性および女性の推定死者数は、それぞれ、５，７６０名および４，８９０名であった。２００３年−２００７年の期間、骨髄腫は、年齢調整死亡率に関して、全ての人種の組み合わせ（３．６／１００，０００）、および白人（３．３／１００，０００）、黒人（６．７／１００，０００）、アジア系／太平洋諸島系（１．７／１００，０００）、アメリカ先住民／アラスカ先住民（３．５／１００，０００）およびヒスパニック系（２．９／１００，０００）について、トップ１５のがん部位に入った。骨髄腫は、全ての人種を組み合わせた男性および女性、ならびに、個々の人種／民族の群の各々に関して、年齢調整死亡率についてのトップ１５のがん部位のままであり、黒人の男性（８．１／１００，０００）および女性（５．８／１００，０００）に関しては最も高い割合が報告された。１９９８年から２００７年では、骨髄腫による死亡率の年齢調整年変化率は、−１．３％であった。この傾向は、ゼロとの有意差があり（ｐ＜０．０５）、この期間にわたる死亡率の実際の減少を示唆していた。より高い減少は、男性（−１．０％）と比較して、女性に関して報告された（−１．８％）。死亡率の減少は、全ての人種／民族の群に関して言及されたが、常にゼロとの有意差があるわけではなかった。発生件数の年齢分布を考慮して予測され得るように、骨髄腫による死亡は、加齢により増加する。２００３年−２００７年の期間、６５歳未満の人々に関する年齢調整死亡率は、６５歳以上の人々に関する、２２．０／１００，０００と比較して、０．９／１００，０００であった。骨髄腫に関する死亡における年齢の中央値は、７５歳であった。前記２００３年−２００７年の期間において、骨髄腫による最も高い年齢調整死亡率を有する５つの米国の州は、アラバマ（４．３／１００，０００）、サウスカロライナ（４．３１／１００，０００）、テネシー（４．１５／１００，０００）、ノースカロライナ（４．１３／１００，０００）およびルイジアナ（４．０８／１００，０００）であった。ワシントンＤ．Ｃ．は、５．０８／１００，０００で、最も高い死亡率を有した。最も低い死亡率を有する５つの州は、フロリダ（３．０９／１００，０００）、アリゾナ（３．０９／１００，０００）、アラスカ（２．９０／１００，０００）、ネバダ（２．８７／１００，０００）およびハワイ（２．３９／１００，０００）を含んだ。
【００３１】
生存率
１９７５年から２００６年において、１年生存率は、６９から７４パーセントの範囲で、むしろ安定したままであった。ただし、骨髄腫に関する５年相対生存率は、１９５０年−１９５４年における６パーセントから、２００１年―２００７年に関する、おおよそ４１．５パーセントに向上した。相対生存率は、所定の時間間隔内において、患者が、診断されたがんにより死亡しない確率に近似する。年齢調整５年相対生存率は、女性（３８．６％）より、男性に関してわずかに高かったが（４０．６％）、白人と黒人との患者間であまり異ならなかった（白人および黒人に関して、おおよそ３９％）。診断時に、症例の大半（９５％）は、遠隔（がんが転移している）として、病期分類され、残りの症例（５％）は、限局性（原発部位に制限されている）として、病期分類される。少しのバリエーションをともない、この病期分類分布は、男性と女性および白人と黒人に関して当てはまる。限局性の疾患を有する患者に関する５年相対生存率は、遠隔の病期分類の患者に関して３６．４％しかないのと比較して、７０．６％である。遠隔の病期分類の患者に関する５年相対生存率は、男性と女性および白人と黒人に関して同様である。限局性の疾患を有する患者の中でも、前記５年相対生存率は、女性より男性に関して高く、黒人と比較して白人に関してより高い。
【００３２】
原因およびリスクファクター
骨髄腫に関する単一の原因は、特定されておらず、リスクファクターは、多発性骨髄腫が、複数の要因の集合から生じ得ることを示唆する。多発性骨髄腫は、免疫系機能の低下、特定の職業、特定の化学物質への曝露および／または放射線への曝露に関連し得る。例えば、多発性骨髄腫の尤度は、農業の職業の人々、石油労働者、革業界の労働者および／または美容師において、平均より高くあり得る。除草剤、殺虫剤、石油生成物、重金属、プラスチックおよび種々の塵、例えば、アスベストへの曝露も、前記疾患に関するリスクファクターであり得る。ただし、多発性骨髄腫は、既知のリスクファクターを有さない個体において発生し得る。
【００３３】
遺伝因子も、多発性骨髄腫の発生に関与し得る。しかしながら、遺伝因子は、家族の２人以上において骨髄腫が発生するのは、まれであり得、このことは、基礎をなす遺伝的特性が複雑であり得ることを示唆している。アフリカ系人種における前記疾患の家族集積性およびより高い発生率は、常染色体優性遺伝パターンの可能性を含む、多発性骨髄腫に対する遺伝要素を示唆し得る。特定の家系におけるＢ細胞の血液系悪性腫瘍の集積も、遺伝要素の可能性を示唆し得る。
【００３４】
高感度検査、例えば、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）の使用は、ほとんど全ての多発性骨髄腫の患者における遺伝的異常の検出をもたらしてきた。１３番染色体の異常は、約３３−５２％の患者に見出される。Ｋｙｌｅらによるレビュー（Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｖ．（２００３）Ａｕｇ；１９４：１１２−３９）において、１０２７名の患者の４２％は、悪性腫瘍の家族歴を有した。例えば、６％が血液系悪性腫瘍を有し、２％が骨髄腫を有した。家族性骨髄腫の遺伝的基礎は、ほとんど理解されていない。多くの疫学研究が、骨髄腫に関連する各種の可能性を取り上げてきたが、これらの研究は、一般的に、小規模であるか、または、批判にさらされてきた。骨髄腫に関する明確なリスクファクターは、加齢、黒人の民族、男性、リンパ性悪性腫瘍の家族歴および意義未確定の単クローン性高ガンマグロブリン血症（ＭＧＵＳ）の診断のみである。
【００３５】
９６％の症例が４５歳を上回る人々で診断され、７５％超が７０歳を上回る人々で診断されるように、多発性骨髄腫に関する最も顕著なリスクファクターは、年齢であり得る。このため、骨髄腫に対する感受性は、加齢の進行とともに増加し得る。
【００３６】
身体における骨髄腫の影響
多発性骨髄腫の主な影響は、骨においてであり得る。血液および腎臓も影響を受け得る。
【００３７】
骨
骨髄腫細胞により引き起こされる損傷は、２つの方法で、骨量の減少をもたらし得る。第１に、前記細胞は蓄積して、骨髄において、周辺の骨の正常な構造を破壊し得る塊を形成し得る。第２に、骨髄腫細胞は、骨の修復および成長の正常な過程を妨害し得る物質（例えば、サイトカイン）を分泌し得る。骨は、破骨細胞および骨芽細胞と呼ばれる細胞により、絶えず破壊され、および、修復され得る。通常、骨芽細胞による骨の構築と破骨細胞による骨の破壊とのバランスが存在するが、骨髄腫において分泌されたサイトカインは、前記バランスを狂わせる、破骨細胞の発達を刺激し得る。骨髄腫を有する個体では、前記骨構造に対する損傷は、軟性斑または溶骨病変をもたらし得る。これらの軟性斑は、標準的な骨のＸ線上に、「孔」として表れ得る。これらの病変は、骨を弱くし、痛みの原因となり、骨折のリスクを増大させ得る。患部の骨は、脊椎、骨盤および肋骨籠（ｒｉｂ  ｃａｇｅ）を含み得る。多発性骨髄腫において認められ得る、増大した骨の破壊は、血流中におけるカルシウムレベルが上昇する、高カルシウム血症と呼ばれる状態を引き起こし得る。前記高カルシウム血症は、多発性骨髄腫の一部の症状と関連し得る。
【００３８】
血液
プラズマ細胞の制御されない増殖は、相応した他の血球種の減少を引き起こし得、多くの二次的な状態／症状の発生をもたらし得る。白血球減少症として知られる状態である、白血球数の減少は、感染のリスクを増大させ得る。赤血球の減少したレベルは、貧血をもたらし得る。血小板減少症として知られる、血小板の減少は、正常な血液凝固を妨げ、個体に容易に挫傷を引き起こし得る。さらに、高レベルのＭタンパク質および軽鎖（Ｂｅｎｃｅ  Ｊｏｎｅｓタンパク質）は、正常な機能の免疫グロブリンを押しのけ、血液を「どろどろにし（ｔｈｉｃｋｅｎ）」、更なる症状の原因となり得る。
【００３９】
腎臓
血液における、過剰のＭタンパク質およびカルシウムは、血液をろ過する腎臓を過度に働かせ得る。生成される尿の量が増大し得る。前記腎臓は、正常な機能を損ない得る。増加した骨吸収により引き起こされ得る高カルシウム血症は、多発性骨髄腫患者において、腎不全の原因にもなり得る。
【００４０】
症状／臨床症状
初期ステージの多発性骨髄腫は、無症候性であり得る。疾患が進行すると、多くの一次的および二次的症状を、患者が経験し得る。典型的な症状は、表１に見出され得る。
【００４１】
【表１】
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骨髄腫の臨床症状および関連する状態は、変化し得る。一部または全てのその兆候または症状は、他の疾患または障害を示し得る。このことは、診断遅延をもたらし得る。状態のパターンは、診断が、ほとんど進行していない疾患を有する患者に次第になされるにつれて、変化し得る。患者は、診断の時点で症状がないことがあり、前記疾患は、日常的な血液検査を使用して検出され得る。
【００４２】
患者は、典型的には：
・進行性の溶骨性の骨破壊；共通して表れる特徴としては、骨関連症状、例えば、腰部、長骨、頭がい骨、肋骨または骨盤における圧痛または疼痛が挙げられる。より進行した症例では、脊椎の異常な弯曲、椎骨虚脱（ｖｅｒｔｅｂｒａｌ  ｃｏｌｌａｐｓｅ）または病的骨折が生じ得る。脊椎合併症は、多くの場合、脊髄または神経根の圧迫による、神経系の問題、例えば、脱力感、下肢における感覚喪失、および膀胱調整の低下に伴って起こる。
・正常な造血を損なう骨髄の病的な浸潤；貧血が、疲労の主状態、乏しい運動耐性および軽い身体運度後でさえも息切れをもたらし得る。多くの場合、発見が遅れる血小板減少症は、異常な紫斑および、特に歯磨き後の歯肉からの出血を引き起こし得る。
・血液粘度の増大および腎不全を伴う高レベルの循環Ｍタンパク質；Ｍタンパク質の蓄積が、過粘稠（特にＩｇＡおよびＩｇＭポリマー）または、尿細管における前記タンパクの蓄積をもたらし、腎不全をもたらし得る。
・高カルシウム血症の特徴、例えば、便秘および精神状態の変化
・正常な免疫機能の減退；頻繁で持続的または再発する感染症、特に呼吸器感染症は、骨髄腫において非常に一般的であり、免疫不全の結果である。
・骨髄腫の存在を示し得る他の非特異的な症状としては、混乱、頭痛、一過性のかすみ目、発熱および体重減少が挙げられる
による症状を示す。
【００４３】
診断および分類
初期ステージの骨髄腫では、症状が存在しない可能性があるため、骨髄腫の診断は、多くの場合、他の状態に関する日常的な血液検査において、付随的になされる。例えば、血液試料の評価は、少ない赤血球（貧血）および高いレベルの血清タンパク質を示し得、これにより、骨髄腫が存在するかを決定する更なる検査が促され得る。
【００４４】
診断基準
多発性骨髄腫の診断は、任意の単独の検査室検査の結果に基づいて行うことが困難であり得る。診断結果を得るために、複数の更なる要因、例えば、身体検査における所見、ならびに、全病歴（ｔｈｏｒｏｕｇｈ  ｈｉｓｔｏｒｙ）および症状の評価が、考慮され得る。
【００４５】
診断に関する基準は、骨髄腫の兆候または症状を有する個体において、１つの大基準および１つの小基準、または、３つの小基準の確認を必要とし得る（表２を参照のこと。）。
【００４６】
【表２】
2020035463.tif 000004
約７０％の患者は、診断の時点で、正血球性貧血、正色素性貧血を有し得るが、最終的には、ほとんど全ての患者は、この症状を発症し得る。上昇した血清カルシウムレベルは、受診の時点で１５〜２０％の患者に見出され、腎機能不全の重要な処置可能な要因であり得る。血清クレアチニンレベルは、診断時に、２０％の患者において、１７．３μＭ／ｄＬ以上である。従来のＸ線写真は、診断時に、８０％以下の患者において、ほとんどの場合関与する脊椎、頭がい骨、胸郭、骨盤、近位上腕骨、近位大腿骨での、溶骨性病変、骨粗しょう症または骨折からなる異常を示し得る。
【００４７】
骨髄腫の鑑別診断は、ＭＧＵＳ、ＡＬアミロイド症、Ｂ細胞ホジキンリンパ腫（例えば、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症）、慢性リンパ性白血病および／または結合組織障害を含み得る。
【００４８】
患者における最初の診断的なワークアップは、病歴および身体検査ならびに、国際骨髄腫ワーキンググループ（ＩＭＷＧ）の推奨に基づく１つまたは複数の下記の基本的な研究：白血球分類および赤血球沈降速度（ＥＳＲ）または血症粘度（ＰＶ）のいずれかによる全血球算定（ＣＢＣ）；末梢血塗抹標本；骨髄吸引および生検；臨床化学検査、例えば、血液尿素窒素（ＢＵＮ）、血清クレアチニン、電解質、カルシウム、ホスフェート、総タンパク質、アルブミン、グロブリン、β２−ミクログロブリンおよび乳酸脱水素酵素；血清タンパク質電気泳動（ＳＰＥＰ）および、尿タンパク質電気泳動（ＵＰＥＰ）および免疫固定のための２４時間収集；血清免疫グロブリンの比濁分析定量化；無血清軽鎖の測定；細胞遺伝学（中期核型およびＦＩＳＨ）；脊椎、胸郭、骨盤、頭がい骨、上腕骨および大腿骨を含む骨格検査；ならびに、磁気共鳴画像法または他の画像研究を含み得る。
【００４９】
一部の患者では、補足の検査が、前記診断を確認するため、または処置を指導するためのより詳細情報を提供するために使用され得る。例えば、細胞遺伝学およびＦＩＳＨの両方の使用は、リスク階層化に重要な役割を果たし得る。前記リスク階層化を使用して、処置戦略を明確にし、結果を比較し、診断の時点からの生存を予測することができる。
【００５０】
検査は、これらの基準が存在するかを決定するために、生体試料（例えば、血液、尿、骨および／または骨髄の標本）において行われ得る。これらの検査は、骨髄腫が存在するかを決定する、および／または、疾患の程度を評価するのに行われ得る。このため、前記検査は、前記疾患（上掲）の分類および病期分類に役立ち得る。
【００５１】
診断的血液検査
全血球算定（ＣＢＣ）は、血中の赤血球、白血球および血小板の数、ならびに、存在する種々の型の白血球の数または相対割合を測定するのに行われ得る。この検査の結果は、骨髄腫が正常な血球の産生に影響を与えている度合いを示し得る。
【００５２】
化学プロファイルは、アルブミン、血中尿素窒素（ＢＵＮ）、カルシウム、クレアチニンおよび乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）のような物質のレベルを提供し得る。これらのレベルは、全身の健康状態および疾患の度合いの評価を提供するのに役立ち得る。異常なレベルは、腎臓機能の低下および腫瘍のサイズおよび／または数の増大を示し得る。
【００５３】
β−２ミクログロブリン（β２−Ｍ）レベルは、多発性骨髄腫における、腫瘍量（疾患の程度）の尺度であり得る。
【００５４】
Ｃ−反応性タンパク質レベルは、骨髄腫細胞の増殖に関与し得る増殖因子である、インターロイキン（ＩＬ）−６のレベルを反映し得る。しがたって、前記レベルは、骨髄腫細胞の数および／または腫瘍（複数可）のサイズの間接的な測定値であり得る。
【００５５】
定量的免疫グロブリン（ＱＩＧ）検査は、骨髄腫細胞により産生され得る、種々の型の免疫グロブリン（抗体）のレベルの測定値を提供し得る。アッセイされ得る前記免疫グロブリンとしては、ＩｇＧ、ＩｇＡおよびＩｇＭが挙げられる。
【００５６】
血清タンパク質電気泳動法（ＳＰＥＰ）は、Ｍタンパク質を含む、血中における種々のタンパク質の存在および／またはレベルを検出するのに使用され得る。より高いレベルのＭタンパク質は、より進展型疾患を示し得る。
【００５７】
免疫固定電気泳動法（ＩＦＥ）または免疫電気泳動法は、異常な免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＡまたはＩｇＭ）の型に関してＳＰＥＰよりも、明確な情報を提供するのに使用され得る。
【００５８】
Ｆｒｅｅｌｉｔｅ（商標）の検査は、遊離の軽鎖（完全な免疫グロブリンと関係のないもの）を検出および定量化するのに使用され得る。この検査は、非分泌性の骨髄腫を有する個体において、Ｍタンパク質または軽鎖の存在を検出するのに使用され得る。
【００５９】
診断的な尿検査
検尿が、腎機能を評価するのに行われ得る。
【００６０】
尿の２４時間標本におけるＢｅｎｃｅ  Ｊｏｎｅｓタンパク質量の測定は、前記疾患の存在を決定するために行われ得、ここで、より高いレベルのＢｅｎｃｅ  Ｊｏｎｅｓタンパク質は、より進展型の疾患（ｍｏｒｅ  ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ  ｄｉｓｅａｓｅ）を表わし得る。
【００６１】
尿タンパク質電気泳動法（ＵＰＥＰ）は、尿における特定のタンパク質、例えば、Ｍタンパク質およびＢｅｎｃｅ  Ｊｏｎｅｓタンパク質の存在および／またはレベルを決定するために行われ得る。両タンパク質は、骨髄腫の指標である。
【００６２】
骨／骨髄の診断的な検査
骨格検査は、脊椎、腕、肋骨、骨盤および脚における、一連のｘ線であり得る。骨格検査は、多発性骨髄腫を有する被験体における骨の病変および／または、骨の構造もしくは密度の変化を検出するのに使用され得る。他の画像研究、例えば、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、コンピュータ断層撮影法（ＣＴ）およびポジトロン放出断層撮影法（ＰＥＴ）は、骨構造における変化を評価し、骨における腫瘍の数およびサイズを決定することができる、更なる検査である。
【００６３】
骨組織または骨髄の生検は、骨髄における正常および悪性のプラズマ細胞の数および割合を決定するのに有用であり得る。骨髄腫の診断は、例えば、骨髄試料における１０％またはそれより多くの細胞が、プラズマ細胞であるかがほぼ確実であると、みなされ得る（表２を参照のこと。）。
【００６４】
プラズマ細胞表示指標（ＰＣＬＩ）は、フローサイトメトリー技術を使用して決定され得、活発に増殖しているプラズマ細胞の相対的な割合を規定し得る。参照値を上回る、典型的には、約１％のＰＣＬＩを有する、単一型のプラズマ細胞集団を有する試料は、約９０％より高い疾患の確率を有するとみなすことができる。この技術は、多発性骨髄腫を有する被験体についての、生存予後を決定するのにも使用され得る。
【００６５】
細胞遺伝学的分析（例えば、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション［ＦＩＳＨ］）が、染色体の数および常態を評価し、染色体転座の存在を特定するのに行われ得る。
【００６６】
骨髄腫の分類
骨髄腫は、３つのカテゴリー：意義不確定の単クローン性高ガンマグロブリン血症（ＭＧＵＳ）、無症候性骨髄腫（さらに、くすぶり型骨髄腫または無痛性骨髄腫に細分される）および症候性骨髄腫の内の１つに分類され得る。前記骨髄腫型の分類は、一連の処置を決定するのに使用され得る。一部の症例では、即時疾患−指向処置（ｉｍｍｅｄｉａｔｅ
ｄｉｓｅａｓｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）は、症候性骨髄腫を有する被験体のみに与えられ得る。一部の症例では、遅延処置が、化学療法に関連し得る副作用を避けるのに役立ち得る。前記骨髄腫に向けられた処置が該疾患の一部の型に対して延期され得うるが、支持的医療が、症状および合併症を防止および／または管理をするために与えられ得る。国際骨髄腫ワーキンググループ（ＩＭＷＧ）は、血清Ｍタンパク質のレベル／濃度、骨髄プラズマ細胞の割合、および骨髄腫に関連する器官もしくは組織の障害の有無に基づいて、骨髄腫を分類する。
【００６７】
意義不確定の単クローン性高ガンマグロブリン血症（ＭＧＵＳ）
ＭＧＵＳは、１つまたは複数の下記：過剰のＭタンパク質、プラズマ細胞腫瘍もしくは多発性病変の非存在、症状の欠如および／または骨髄腫診断に関する他の基準の非存在により、特徴付けられ得る。ＭＧＵＳは、一般集団の約１％、および、７０歳を超える健康な個体の約３％に起こり得る。ＭＧＵＳは、約３ｇ／ｄＬ未満の血清Ｍタンパク質レベル；骨髄における約１０％未満のプラズマ細胞；および、貧血、腎不全、高カルシウム血症および溶骨性病変の非存在により特徴付けられ得る。
【００６８】
ＭＧＵＳについては、処置が提供されなくともよい。ＭＧＵＳは、無症候性であり、身体に害をなさない可能性があるためである。しかしながら、ＭＧＵＳを有する個体の約２０から２５％は、その生涯の間に、多発性骨髄腫または別の悪性プラズマ細胞疾患を有すると診断され得る。
【００６９】
無症候性／くすぶり型骨髄腫
無症候性骨髄腫を有する個体は、わずかに上昇したレベルのＭタンパク質および／または、骨髄におけるわずかに増加した数のプラズマ細胞を有し得る。前記個体は、軽い貧血および／または少しの骨病変を有し得るが、前記疾患の活動型を特徴付けし得る、腎不全または頻繁な感染を有していない場合がある。無症候性骨髄腫は、数か月または数年間、静的であることができ、および、進行しない場合がある。無症候性多発性骨髄腫は、くすぶり型多発性骨髄腫および無痛性多発性骨髄腫の両方を含み得る。
【００７０】
くすぶり型骨髄腫は、約３ｇ／ｄＬより多いかそれに等しいＭタンパク質レベル、および／または、骨髄における約１０％より多いかそれに等しいプラズマ細胞；わずかな貧血もしくは貧血がない；ならびに、腎不全、高カルシウム血症および／または溶骨性病変の非存在により特徴付けられ得る。
【００７１】
無痛性骨髄腫は、約３ｇ／ｄＬより多いかそれに等しい血清および／もしくは尿における安定したレベルのＭタンパク質；骨髄における約３０％より多いプラズマ細胞レベル；軽い貧血もしくは少しの小さな溶骨性病変；ならびに／または、症状の非存在により特徴付けられ得る。
【００７２】
無症候性多発性骨髄腫を有する個体は、約３か月毎に医師来診によりモニターされ、および／または、検査され得る。処置は、溶骨性病変、骨粗しょう症または骨減少を防ぐために、ビスホスホネート投与に限定され得る。
【００７３】
ＩＭＷＧによれば、くすぶり型（無症候性）多発性骨髄腫（ＳＭＭ）の診断は、血清（＞３ｇ／ｄＬ）もしくは尿におけるＭタンパク質が実証され、かつ／または、骨髄における＞１０％のプラズマ細胞の存在が実証されるが、下記の証拠：上昇したカルシウムレベル（補正した血清カルシウムが、＞０．２５ｍｍｏｌ／ｄＬだけ正常の上限を上回る、または＞．２７５ｍｍｏｌ／ｄＬである）；腎臓の機能不全（骨髄腫に起因）；貧血（Ｈｂが、２ｇ／ｄＬだけ正常の下限を下回る、または＜１０ｇ／ｄＬである）；骨病変（圧迫骨折を伴う溶解性病変もしくは全身性骨粗しょう症）またはその他（症候性過粘稠、アミロイド症、再発する細菌感染症（１２か月間に＞２回のエピソード）がないことに基づき得る。
【００７４】
症候性多発性骨髄腫
症候性多発性骨髄腫は、血清および／もしくは尿における上昇したレベルのＭタンパク質；骨髄細胞の３０％超をプラズマ細胞として同定；ならびに／または貧血、腎不全、高カルシウム症および／もしくは溶骨性病変の存在により特徴付けられ得る。
【００７５】
ＩＭＷＧによれば、症候性骨髄腫の診断は、３つの基準：血清および／もしくは尿におけるＭタンパク質の同定（診断に関して特定のレベルは必要ないが、６０％の患者は、＞３ｇ／ｄＬの血清Ｍタンパク質を有する。）；骨髄におけるプラズマ細胞のクローン増殖の存在（９５％の患者は、骨髄において、＞１０％のモノクローナルプラズマ細胞を有するが、診断レベルは特定されない。）および／もしくは、生検により証明された形質細胞腫；ならびに、ＣＲＡＢ（カルシウム、腎不全、貧血および骨疾患）のいずれかの明確な証拠を必要とし得る。
【００７６】
現在、症候性多発性骨髄腫についての、単独での標準的な治療法は存在しない。
【００７７】
多発性骨髄腫の処置
多発性骨髄腫の病期分類
多発性骨髄腫を病期分類する過程は、効果的な処置計画を展開するのに重要であり得る。１９７５年から最も広く使用されている病期分類システムは、Ｄｕｒｉｅ−Ｓａｌｍｏｎシステムである。このシステムによれば、多発性骨髄腫は、４つの測定値：Ｍタンパク質のレベル、溶骨性の骨病変の数、ヘモグロビンレベルおよび血清カルシウムレベルに基づいて、ステージＩ、ＩＩまたはＩＩＩとして規定される。各ステージは、さらに、腎機能に応じて、ＡまたはＢと分類され得る。
【００７８】
使用され得る代替となる病期分類システムは、国際病期分類基準（ＩＳＳ）である。前記ＩＳＳは、２つの血液検査の結果である、ベータ２−ミクログロブリン（β２−Ｍ）およびアルブミンの評価に基づいている。β２−Ｍは、疾患の程度を示し得るタンパク質である。アルブミンは、全体的な健康状態の指標であり得る。前記ＩＳＳは、前記Ｄｕｒｉｅ−Ｓａｌｍｏｎシステムより、骨髄腫のステージ間における、良好な区別が可能であり得る。前記ＩＳＳにおける３つのステージは、処置の意思決定に役立ち得る、異なるレベルの予測生存期間を示し得る。両病期分類システムに関する基準は、表３に見出され得る。
【００７９】
多発性骨髄腫を病期分類するための前記Ｄｕｒｉｅ−Ｓａｌｍｏｎシステムおよび／または前記ＩＳＳシステムは、多発性骨髄腫を有すると診断された被験体に関する、一連の処置を決定するのに使用され得る。
【００８０】
【表３】
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予後指標
予後指標は、腫瘍がどのような速さで増殖しているか、疾患の程度、腫瘍の生物学的構成、治療に対する応答および個体の全体的な健康状態を決定し得る。予後指標は、処置をいつ開始すべきか、および、再発に関する個人の個々のリスクによって、最も良好な処置は何か、を決定するのに役立ち得る。
【００８１】
前記疾患の経過において、早期に、これらの予後検査のレベルを決定することは、疾患の進行および治療に対する応答がそれに対して測定され得るベースラインを提供し得るので、重要であり得る。予後検査および指標の例は、表４に見出され得る。
【００８２】
【表４】
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多発性骨髄腫の治療
骨髄腫は、処置可能であり得るが、究極的には不治の疾患であり得る。従来の処置は、応答を誘導し得るが、繰り返す再発は免れ得ない。最初の（または第一選択の（ｆｒｏｎｔｌｉｎｅ））処置に応答しない患者は、原発性の難治性疾患を有すると考えられ得る。処置に対して最初に応答するが、後に再発する患者は、再発性疾患を有すると言われ得る。処置中または処置中断の短い期間内で、再発が起こる場合、その処置に対して更に応答することはありそうもなく、再発性の難治性疾患を有すると考えられ得る。
【００８３】
繰り返される再発が後に続く処置応答のこの特徴的なパターンのために、骨髄腫処置は、持続的な応答の達成を目指した一連の治療、および、後の一連の処置による再発性の疾患の処置に集中され得る。
【００８４】
しかしながら、最終的には、全ての患者は、更なる治療に対して難治性の疾患再発を有し得る。再発−難治性多発性骨髄腫を有する患者は、６−９か月しか、生存期間中央値を有し得ず、このステージでの処置は、主に待機療法であり、疾患に関連する症状を減らすことを目的と得る。
【００８５】
最初の再発時点の骨髄腫の処置における目的は、延命、症状の低減および生活の質の改善をもたらす、高品質の応答を誘導することであり得る。後の再発および高まる処置抵抗性（不応性）により、前記目的は、生活の質を改善し、最少の毒性で症状を低減する応答を達成する方向へ、徐々にシフトし得る。
【００８６】
自己ＨＳＣＴ（造血幹細胞移植）に関する候補者である患者についての最初の処置は、コルチコステロイドであるデキサメタゾンとの組み合わせにおける、免疫調節剤（レナリドマイドもしくはサリドマイド）ならびに／または、プロテアソーム阻害剤（ボルテゾミブ）による誘導治療からなり得る。年齢または共存症により、ＨＳＣＴの被験体外であると考えられる患者において、メルファランが、サリドマイドまたはボルテゾミブおよびプレドニゾンとの組み合わせで使用され得る。これらの患者に関する別の選択肢は、レナリドマイドに加えてデキサメタゾンであり得る。
【００８７】
最初の再発処置を選択する際に使用され得る考察としては、第一選択に使用される処置の種類ならびに、得られる応答の質および期間が挙げられる。第一選択の治療に応答を示さない患者は、最初の処置抵抗性を有し、代替となる第二選択の処置を提案され得る。第一選択の治療に応答する患者に関して、早期の再発（＜６か月）は、予後不良を示し得、代替となる第二選択の処置が提案され得る。このような患者は、浸潤性の疾患を有し得、従来の治療に対してほとんど反応しない可能性がある。一方、より長いプラトー相（＞６か月）後に再発する患者は、以前使用されたのと同じ投薬計画でも、更なる処置に対して、おそらく十分に応答し得る。
【００８８】
症候性多発性骨髄腫を有する被験体についての前記第一選択の治療は、前記患者が、幹細胞移植に関する候補者であるかどうかに依存し得る。潜在的候補者は、適正な腎臓、肺および心臓の機能を有する良好な身体的状態にある、６５歳未満の患者を含み得る。自己幹細胞移植では、高用量化学療法に続き、前記被験体自身の幹細胞が採取および再導入される。同種異系の幹細胞移植では、適合するドナーが、幹細胞のソースとして使用される。幹細胞は、末梢血から採取され得る。移植候補者は、高用量の化学療法剤（例えば、サリドマイド−デキサメタゾン、ボルテゾミブ、レナリドマイド−デキサメタゾン等）を、移植前に与えられ得る。移植候補者の高用量化学療法のサイクル数は、約１から約１５；例えば、約１−１５、１−１０、１−７、１−５、１−４、１−３、１−２、２−１５、２−１０、２−７、２−５、２−４、２−３、３−１５、３−１０、３−７．３−５、３−４、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５であり得る。一実施形態では、前記移植候補者の高用量化学療法のサイクル数は、約３−４であり得る。非移植候補者は、化学療法薬を投与され得る。前記化学療法薬は、メルファランおよび、プレドニゾン、ボルテゾミブ、サリドマイド、レナリドマイドまたはそれらの組み合わせであり得る。前記非移植候補者の化学療法のサイクル数は、約１から約３０サイクル；例えば、約１−３０、１−２０、１−１５、１−１２、１−９、１−５、５−３０、５−２０、５−１５、５−１２、５−９、９−３０、９−２０、９−１５、９−１２、１２−３０、１２−２０、１２−１５、１５−３０、１５−２０、２０−３０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９または３０サイクルであり得る。一実施形態では、前記非移植候補者の化学療法のサイクル数は、９から約１２である。前記第一選択の処置後に再発が起こる場合、または、前記疾患が、前記第一選択の処置に対して不応性である場合、前記第二選択の治療は、前記第一選択治療の繰り返し、代替となる第一選択治療または、ボルテゾミブとの組み合わせでドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射を含む治療を含み得る。臨床試験治療は、多発性骨髄腫に関する任意のステージの処置に使用され得る。
【００８９】
多発性骨髄腫に関する治療の例は、表５に見出され得る。
【００９０】
【表５】
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ＥＢＭＴ（欧州血液骨髄移植学会議）、ＩＢＭＴＲ（骨髄移植国際登録機構）、ＡＢＭＴＲ（自家移植血液骨髄移植登録機構（Ａｕｔｏｌｏｇｏｕｓ  Ｂｌｏｏｄ  ａｎｄ  Ｍａｒｒｏｗ  Ｔｒａｎｓｏｐｌａｎｔ  Ｒｅｓｉｓｔｒｙ）；ｂｌａｄｅ基準）およびＩＭＷＧ（国際骨髄腫ワーキンググループ；統一された応答基準）は、処置結果を分類するために、基準を発展させてきた。これらの基準は、本願明細書に開示の方法に従って、多発性骨髄腫に関する任意の処置計画を評価するのに使用され得る。基準のまとめは、表６に見出され得る。
【００９１】
【表６】
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ゲノムデータは、骨髄腫治療に顕著に貢献する潜在性を有する。ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏ研究は、ＭＭ細胞と骨髄微小環境との相互作用を実証し、増殖、生存、薬物抵抗性および遊走を制御し得る、シグナル伝達経路および細胞外シグナルを表してきた。これらのメカニズムは、潜在的な新規な治療ターゲットを特定するのに使用され得る。遺伝研究は、これらのターゲットに向けられる薬剤の重要性および効果を確認してきた。分子研究は、患者の結果に明らかに影響を与え得る予後因子を特定し得る。
【００９２】
一態様では、本願明細書に開示の方法は、個別化治療の開発に潜在的につながる、患者または被験体の、基礎をなす遺伝的および後成的な特徴および分類、微小環境を標的とする次世代の新規な治療、免疫治療ならびに、潜在的な相乗効果を有する複数のメカニズムを標的にし得る組み合わせの治療を、特定するのに使用され得る。
【００９３】
他の疾患
自己免疫性疾患
自己免疫性疾患は、本願明細書に記載の方法を使用して有利に研究され得る種類の疾患である。適切な自己免疫性疾患の例は、急性播種性脳脊髄炎、急性出血性白質脳炎、アジソン病、無ガンマグロブリン血症、円形脱毛症、筋萎縮性側索硬化症、硬直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群、抗合成酵素症候群、アトピー性アレルギー、アトピー性皮膚炎、自己免疫性再生不良性貧血、自己免疫性心筋症、自己免疫性腸症、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患、自己免疫性リンパ増殖性症候群、自己免疫性末梢ニューロパチー、自己免疫性膵炎、自己免疫性多内分泌症候群、自己免疫性プロゲステロン皮膚炎、自己免疫性血小板減少性紫斑病、自己免疫性じんましん、自己免疫性ブドウ膜炎、バロー病、バロー同心円性硬化症、ベーチェット症候群、ベルガー病、ビッカースタッフ脳炎、ブラウ症候群、水疱性類天疱瘡、キャッスルマン病、セリアック病、慢性炎症性脱髄性ポリニューロパチー、慢性再発性多病巣性骨髄炎、チャーグ−ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡、コーがん症候群、寒冷凝集素症、補体成分２欠損症、頭部動脈炎、クレスト症候群、クローン病、クッシング症候群、皮膚白血球破砕性血管炎、デゴス病、ダーカム病、疱疹状皮膚炎、皮膚筋症、Ｉ型糖尿病、びまん性皮膚全身性硬化症、ドレスラー症候群、円盤状エリテマトーデス、湿疹、腱付着部炎関連関節炎、好酸球性筋膜炎、好酸球性胃腸炎、後天性表皮水疱症、結節性紅斑、本態性混合型クリオグロブリン血症、エバンス症候群、進行性骨化性線維形成異常症、線維化性肺胞炎、胃炎、胃腸類天疱瘡、巨細胞性動脈炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群（ＧＢＳ）、橋本脳炎、橋本甲状腺炎、溶血性貧血、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、妊娠性疱疹、低ガンマグロブリン血症、特発性炎症性脱髄疾患、特発性肺線維症、特発性血小板減少性紫斑病、ＩｇＡニューロパチー、封入体筋炎、炎症性脱髄性多発ニューロパチー、間質性膀胱炎、若年性特発性関節炎、若年性関節リウマチ、川崎病、ランバート・イートン筋無力症候群、白血球破砕性脈管炎、扁平苔癬、硬化性苔癬、線状ＩｇＡ病（ＬＡＤ）、ルーゲーリック病（筋委縮性側索硬化症ともいう）、ルポイド肝炎、エリテマトーデス、マジード症候群、メニエール病、顕微鏡的多発血管炎、ミラー−フィッシャー症候群、混合型結合組織疾患、モルフェア、ムッカ−ハーベルマン病、多発性硬化症、重症筋無力症、筋炎、視神経脊髄炎（デビック病ともいう）、神経ミオトニー、眼部瘢痕性類天疱瘡、オプロクローヌス・ミオクローヌス症候群、オード甲状腺炎、回帰性リウマチ、ＰＡＮＤＡＳ（連鎖球菌に関連する小児自己免疫性神経精神障害）、傍腫瘍性小脳変性症、発作性夜間血色素尿症（ＰＮＨ）、パリー・ロンベルク症候群、パーソネージ−ターナー症候群、扁平部炎、天疱瘡、尋常性天疱瘡、悪性貧血、静脈周囲脳脊髄炎、ＰＯＥＭＳ症候群、結節性多発動脈炎、リウマチ性多発筋痛症、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、進行性炎症性ニューロパチー、乾癬、乾癬性関節炎、壊疽性膿皮症、赤芽球癆、ラスムッセン脳炎、レイノー現象、再発性多発軟骨炎、ライター症候群、むずむず脚症候群、後腹膜線維症、関節リウマチ、リウマチ熱、サルコイドーシス、シュミット症候群、シュニッツラー症候群、強膜炎、強皮症、シェーグレン症候群、脊椎関節症、スティルス病、スティッフパーソン症候群、亜急性細菌性心内膜炎（ＳＢＥ）、スザック症候群、スイート症候群、シデナム舞踏病、交感性眼炎、高安動脈炎、側頭動脈炎（「巨細胞性動脈炎」としても知られる）、トローザ・ハント症候群、体軸性脊髄炎、潰瘍性大腸炎、未分化結合組織疾患、未分化脊椎関節症、脈管炎、白斑またはヴェーゲナー肉芽腫症を含み得る。
【００９４】
欠乏性疾患
本願明細書に開示の方法は、欠乏性疾患、例えば、クワシオルコル、消耗症、骨粗しょう症、くる病、テタニー、甲状腺腫、ケシャン病、鉄欠乏性貧血、脚気、ペラグラまたは壊血病の研究に有用であり得る。
【００９５】
腸の疾患および障害
腸の疾患および障害は、本願明細書に開示の方法を使用して研究され得る。腸疾患の例は、胃腸炎、イレウス、回腸炎、大腸炎、虫垂炎、セリアック病、クローン病、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、憩室疾患、子宮内膜症、血管形成異常、慢性機能性腹痛、便秘、下痢、ヒルシュスプルング病（神経節細胞欠損）、腸重積症、ポリープ、偽膜性大腸炎または中毒性巨大結腸症を含み得る。
【００９６】
精神疾患または障害
精神疾患および／または障害は、本願明細書に開示の方法に従って、有利に研究され得る。前記精神疾患または障害は、その状態の遺伝的、発生的、環境的または代謝的基礎を特定するのに研究され得る。前記精神疾患または障害は、患者のプロファイルに基づく処置結果を評価するのにも研究され得る。本願明細書に開示の方法に従って研究され得る典型的な精神疾患または障害は、急性ストレス障害、適応障害、思春期の反社会的行為、成人の反社会的行為、他に特定されない薬物治療の有害作用、加齢関連認知低下、アルコール関連障害、アルツハイマー病、健忘障害、アンフェタミン（もしくはアンフェタミン様）関連障害、神経性無食欲症、反社会的人格障害、不安障害、抗不安薬関連障害、アスペルガー症候群、注意欠陥／多動性障害、非定型自閉症、自閉症、自食症、回避性人格障害、死別、蔵書癖、過食症、双極性障害、身体醜形障害、境界知能、境界性人格障害、呼吸関連睡眠障害、短期精神病的障害、神経性過食症、カフェイン関連障害、大麻関連障害、緊張病性障害、緊張型統合失調症、小児期反社会的行為、小児期崩壊性障害、慢性運動性または音声チック障害、概日リズム睡眠障害、臨床的うつ病、コカイン関連障害、認知障害、コミュニケーション障害、行為障害、転換性障害、離人性障害、現実感喪失障害、他に特定されない摂食障害、反響言語、反響動作、情緒障害、便失禁、夜尿症（全身病状によらない）、露出症、表出性言語障害、虚偽性障害、フレゴリの錯覚、がんザー症候群、性同一性障害、全般性不安障害、汎適応症候群、幻覚剤関連障害、演技性人格障害、ハンチントン病、軽躁エピソード、衝動調節障害、他に分類されない衝動調節障害、吸入剤関連障害、全身病状による不眠症、間欠性爆発性障害、ジュベール症候群、窃盗癖、学習障害、大うつ病性障害、大うつ病エピソード、男性の勃起障害、詐病、躁病エピソード、算数障害、薬物関連障害、誇大妄想症、うつ病、全身病状による他に特定されない精神障害、精神遅滞、混合型エピソード、受容−表出混合性言語障害、気分障害、気分エピソード、運動技能障害、ミュンヒハウゼン症候群、代理ミュンヒハウゼン症候群、多重人格障害（解離性同一性障害としてよりよく知られる）、自己愛性人格障害、ナルコレプシー、育児放棄、神経安定薬関連障害（ｎｅｕｒｏｌｅｐｔｉｃ−ｒｅｌａｔｅｄ  ｄｉｓｏｒｄｅｒ）、ニコチン関連障害、悪夢障害、強迫性障害、（ＯＣＤ）、強迫性人格障害（ＯＣＰＤ）、労働問題、夢幻精神病、オピオイド関連障害、反抗的行為障害（ＯＤＤ）、疼痛性障害、パニック障害、妄想性人格障害、睡眠時異常行動、親子関係問題、パートナー関係問題、病的賭博、完璧主義、全身病状による人格変化、人格障害、広汎性発達障害（ＰＤＤ）、生活相問題、フェンシクリジン（もしくはフェンシクリジン様）関連障害、音韻障害、身体的虐待、異食症、多物質関連障害、外傷後憤慨障害（ＰＴＥＤ）、外傷後ストレス障害（ＰＴＳＤ）、早漏、原発性過眠症、原発性不眠症、病状に影響する心理的要因、精神異常、放火狂、乳児期もしくは幼児期の反応性アタッチメント障害、読書障害、関係障害、関係問題、宗教もしくは精神的問題、残遺型統合失調症、レット障害、反芻症候群、統合失調���障害、統合失調質人格障害、統合失調症、統合失調症様障害、統合失調症性人格障害、鎮静剤−、睡眠剤−もしくは抗不安剤関連障害、選択的無言症、分離不安障害、重度精神遅滞、共有精神病性障害、兄弟関係問題、睡眠障害、夜驚症、夢遊病、身体化障害、身体表現性障害、常同運動障害、吃音、物質関連障害、遅発性ジスキネジア、チック障害、トゥレット症候群、一過性チック障害または抜毛症を含み得る。
【００９７】
神経障害
神経障害も、本願明細書に開示の方法に従って研究され得る。神経障害は、圧覚喪失、後天性てんかん性失語症、急性播種性脳脊髄炎、副腎白質ジストロフィ、脳梁欠損症、失認症、アイカルディ症候群、静座不能、アレキサンダー病、他人の手症候群、感覚体側逆転（ａｌｌｏｃｈｉｒｉａ）、アルパース病、交代性片まひ、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、無脳症、アンジェルマン症候群、血管腫症、酸素欠乏症、失語症、失行症、くも膜嚢胞、くも膜炎、アーノルド−キアリ奇形、動静脈奇形、毛細血管拡張性運動失調、注意欠陥過活動性障害、聴覚処理障害、自律機能不全、背部痛、バッテン病、ベーチェット病、ベルまひ、良性本態性眼瞼けいれん、良性頭蓋内圧亢進、両側前頭頭頂多小脳回症、ビンズワンガー病、眼瞼けいれん、ブロッホ−サルツバーガー症候群、上腕神経叢損傷、脳膿瘍、脳傷害、脳損傷、脳腫瘍、ブラウン−セカール症候群、カナバン病、手根管症候群、灼熱痛、中枢性疼痛症候群、橋中央ミエリン溶解、中心核ミオパチー、頭部障害、脳動脈瘤、脳動脈硬化症、脳萎縮症、脳性巨人症、脳性まひ、脳血管炎、頸部脊柱管狭窄症、シャルコー−マリー−ツース病、キアリ奇形、舞踏病、慢性疲労症候群、慢性炎症性脱髄性多発神経障害（ＣＩＤＰ）、慢性疼痛、コフィン・ローリー症候群、昏睡、複合性局所疼痛症候群、圧迫性神経障害、先天性顔面両側まひ（ｃｏｎｇｅｎｉｔａｌ  ｆａｃｉａｌ  ｄｉｐｌｅｇｉａ）、大脳皮質基底核変性症、頭部動脈炎、頭がい骨癒合症、クロイツフェルト−ヤコブ病、蓄積外傷障害、クッシング症候群、巨大細胞性封入体症（ＣＩＢＤ）、サイトメガロウイルス感染、ダンディ−ウォーカー症候群、ドーソン病、ド・モルシア（Ｄｅ  Ｍｏｒｓｉｅｒ）症候群、デジュリン・クルンプケ（Ｄｅｊｅｒｉｎｅ−Ｋｌｕｍｐｋｅ）まひ、デジェリン−ソッタ病、睡眠相後退症候群、認知症、皮膚筋炎、発達性協調運動障害、糖尿病性ニューロパチー、広汎性硬化症、ドラベ症候群、自立神経障害、計算力障害、書字障害、失読症、筋失調症、エンプティセラ症候群、脳炎、脳瘤、脳三叉神経領域血管腫症、便失禁、てんかん、エルブまひ、肢端紅痛症、本態性振戦、ファブリー病、ファール（Ｆａｈｒ）症候群、意識消失、家族性痙性まひ、熱性痙攣、フィッシャー症候群、フリードライヒ失調症、線維筋痛症、ゴーシェ病、ゲルストマン症候群、巨細胞性動脈炎、巨細胞性封入体病、球様細胞白質萎縮症、異所性灰白質、ギラン−バレー症候群、ＨＴＬＶ−１関連脊髄症、ハレルフォルデン−スパッツ病、頭部損傷、頭痛、片側顔面まひ、遺伝性痙性対まひ、遺伝性多発性神経炎失調、耳帯状疱疹、帯状疱疹、平山症候群、全前脳症、ハンチントン病、水無脳症、脳水腫、副腎皮質ホルモン過剰症（ｈｙｐｅｒｃｏｒｔｉｓｏｌｉｓｍ）、低酸素症、免疫媒介性脳脊髄炎、封入体筋炎、色素失調症、乳児フィタン酸蓄積症、乳児レフサム病、乳児痙攣、炎症性ミオパチー、頭蓋内嚢胞、頭蓋内圧亢進、ジュベール症候群、Ｋａｒａｋ症候群、キーンズ−セイアー症候群、ケネディ病、キンスボーン（Ｋｉｎｓｂｏｕｒｎｅ）症候群、クリペル−ファイル症候群、クラッベ病、クーゲルバーグ−ウェランダー病、クールー病、ラフォーラ病、ランバート・イートン筋無力症候群、ランドー−クレフナー症候群、外側髄（ワレンベルグ）症候群、学習障害、リー病、レノックス−ガストー症候群、レッシュ−ナイハン症候群、白質萎縮症、レビー小体認知症、脳回欠損、閉じ込め症候群、ルーゲーリック病、椎間板病、腰部脊椎管狭窄症、ライム病−神経学的後遺症、マジャド−ジョセフ病（３型脊髄小脳失調）、大脳症、大視症、巨大脳髄症、メルカーソン−ローゼンタール症候群、メニエール病、髄膜炎、メンケス病、異染性白質ジストロフィ、小頭症、小視症、片頭痛、ミラー−フィッシャー症候群、軽度の脳卒中（一過性虚血性発作）、ミトコンドリア・ミオパチー、メビウス症候群、単肢筋萎縮症、運動ニューロン疾患、運動技能障害、モヤモヤ病、ムコ多糖症、多発脳梗塞性認知症、多巣性運動ニューロパチー、多発性硬化症、多系統萎縮症、筋ジストロフィ、筋痛性脳脊髄炎、重症筋無力症、ミエリン破砕性びまん性硬化症、乳児の間代性筋痙攣脳症、間代性筋痙攣、ミオパチー、筋細管ミオパチー、先天性ミオトニー、ナルコレプシー、神経線維腫症、神経遮断薬悪性症候群、ＡＩＤＳの神経学的症状、狼瘡の神経学的後遺症、神経ミオトニー、神経セロイドリポフスチン症、ニューロン移動障害、ニーマン−ピック病、非２４時間睡眠−覚醒症候群、非言語学習障害、オサリバン−マクラウド症候群、後頭神経痛、潜在性二分脊椎症、大田原症候群、オリーブ橋小脳萎縮症、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群、視神経炎、体位性低血圧、使いすぎ症候群、反復視、知覚障害、パーキンソン病、先天性パラミオトニア、腫瘍随伴病、発作、パリー−ロンベルク症候群、ペリツェウス−メルツバッハー病、周期性四肢まひ、末梢ニューロパチー、遷延性植物状態、広汎性発達障害、光くしゃみ反射、フィタン酸蓄積症、ピック病、圧迫神経、下垂体腫瘍、ＰＭＧ、ポリオ、多小脳回症、多発性筋炎、孔脳症、ポリオ後症候群、ヘルペス後神経痛（ＰＨＮ）、感染後脳脊髄炎、体位性低血圧、プラダー−ウィリ症候群、原発性側索硬化症、プリオン病、進行性片顔面萎縮、進行性多巣性白質脳症、進行性核上性まひ、偽脳腫瘍、狂犬病、Ｉ型ラムゼイ・ハント症候群、ＩＩ型ラムゼイ・ハント症候群、ＩＩＩ型ラムゼイ・ハント症候群、ラスムッセン脳炎、反射性神経血管ジストロフィ、レフサム病、反復性ストレス障害、むずむず脚症候群、レトロウイルス関連脊髄症、レット障害、ライ症候群、律動性運動障害、ロンベルク症候群、舞踏病、サンドホフ病、統合失調症、シルダー病、裂脳症、感覚統合不全、透明中隔−視神経異形成症、揺さぶられっ子症候群、帯状疱疹、シャイ−ドレーガー症候群、シェーグレン症候群、睡眠時無呼吸、睡眠病、くしゃみ病（ｓｎａｔｉａｔｉｏｎ）、ソトス症候群、痙縮、二分脊椎、脊髄損傷、脊髄腫瘍、脊髄性筋萎縮症、脊髄小脳失調、スティール−リチャードソン−オルゼウスキー症候群、スティッフパーソン症候群、脳卒中、スタージ−ウェーバー症候群、亜急性硬化性全脳炎、皮質下動脈硬化性脳症、表在性鉄沈着症、シドナム舞踏病、意識消失、共感覚、脊髄空洞症、足根管症候群、遅発性ジスキネジア、遅発性ジスフレニア、ターロブ嚢胞、テイ−サックス病、側頭動脈炎、破傷風、脊髄係留症候群、トムゼン病、胸郭出口症候群、疼痛性チック、トッドまひ、トゥレット症候群、中毒性脳症、一過性脳虚血発作、伝達性海綿状脳症、体軸性脊髄炎、外傷性脳損傷、振戦、三叉神経痛、熱帯性痙性不全対まひ症、トリパノソーマ症、結節性硬化症、フォン・ヒッペル−リンダウ病（ＶＨＬ）、ビリウスク脳脊髄炎（ＶＥ）、ワレンベルグ症候群、ウェルドニッヒ−ホフマン病、ウェスト症候群、むち打ち症、ウィリアムズ症候群またはウィルソン病であり得る。
【００９８】
病原性疾患
本願明細書に開示の方法は、病原体により引き起こされる疾患の研究にも使用され得る。これらの疾患は、アシネトバクター感染、アクチノミセス症、アフリカ睡眠症（アフリカトリパノソーマ症）、ＡＩＤＳ（後天性免疫不全症候群）、アメーバ症、アナプラズマ病、炭疽病、アルカノバクテリウムヘモリティカム感染、アルゼンチン出血熱、回虫病、アスペルギルス症、アストロウイルス感染、バベシア症、バシルスセレウス感染、細菌性肺炎、細菌性膣炎（ＢＶ）、バクテロイデス感染、バランチジウム症、バイリスアスカリス感染、ＢＫウイルス感染、黒色砂毛症、ブラストシスチスホミニス感染、ブラストミセス症、ボリビア出血熱、ボレリア感染、ボツリヌス中毒（および乳児ボツリヌス中毒）、ブラジル出血熱、ブルセラ症、バークホルデリア感染、ブルーリ潰瘍、カリシウイルス感染（ノロウイルスおよびサポウイルス）、カンピロバクター症、カンジダ症（モニリア疹；鵞口瘡）、ネコ引っ掻き病、小胞炎、シャガス病（アフリカトリパノソーマ症）、軟性下疳、水痘、クラミジア、クラミドフィラニューモニア感染、コレラ、クロモブラストミコーシス、肝吸虫症、クロストリジウム・ディフィシレ感染、コクシジオイデス真菌症、コロラドダニ熱（ＣＴＦ）、感冒（急性ウイルス性鼻咽頭炎；急性鼻感冒）クロイツフェルト−ヤコブ病（ＣＪＤ）、クリミア−コンゴ出血熱（ＣＣＨＦ）、クリプトコッカス症、クリプトスポリジウム症、皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ）、シクロスポラ症（ｃｙｃｌｏｓｐｏｒｉａｓｉｓ）、嚢虫症、サイトメガロウイルス感染、デング熱、二核アメーバ症、ジフテリア、裂頭条虫症、メジナ虫症、エボラ出血熱、エキノコックス症、エールリヒア症、蟯虫症（蟯虫感染）、腸球菌感染、エンテロウイルス感染、発疹チフス、伝染性紅斑（第五病）、突発性発疹、肥大吸虫症、肝蛭症（ｆａｓｃｉｏｌｏｓｉｓ）、致死性家族性不眠症（ＦＦＩ）、フィラリア症、ウェルシュ菌による食中毒、自由生活性アメーバ感染、フソバクテリウム感染、ガス壊疽（ガス壊疽（ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌ  ｍｙｏｎｅｃｒｏｓｉｓ））、ゲオトリクム症、ゲルストマン−ストロイスラー−シャインカー症候群（ＧＳＳ）、ランブル鞭毛虫症、鼻疽、顎口虫症、淋病、鼠径部肉芽腫（ドノヴァン症）、Ａ群連鎖球菌感染、Ｂ群連鎖球菌感染、ヘモフィルスインフルエンザ感染、手足口病（ＨＦＭＤ）、ハンタウイルス肺症候群（ＨＰＳ）、ヘリコバクター・ピロリ感染、溶血性尿毒症症候群（ＨＵＳ）、腎症状に伴う出血熱（ＨＦＲＳ）、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、Ｄ型肝炎、Ｅ型肝炎、単純ヘルペス、ヒストプラズマ症、鉤虫感染、ヒトボカウイルス感染、ヒト顆粒球エーリヒア症、ヒト顆粒球アナプラズマ病（ＨＧＡ）、ヒトメタ肺炎ウイルス感染、ヒト単球エーリヒア症、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染、ヒトパラインフルエンザウイルス感染、膜様条虫症、エプスタイン−バーウイルス感染性単核細胞症（Ｍｏｎｏ）、インフルエンザ（ｆｌｕ）、イソスポーラ症、川崎病、角膜炎、キンゲラ・キンゲ感染、クールー病、ラッサ熱、レジオネラ症（在郷軍人病）、レジオネラ症（ポンティアック熱）、リーシュマニア症、ハンセン病、レプトスピラ症、リステリア症、ライム���（ライムボレリア症）、リンパ管フィラリア症（象皮病）、リンパ球性脈絡髄膜炎、マラリア、マールブルク出血熱（ＭＨＦ）、はしか、類鼻疽（ホイットモア病）、髄膜炎、髄膜炎菌性疾患、横川吸虫症（ｍｅｔａｇｏｎｉｍｉａｓｉｓ）、微胞子虫症、伝染性軟属腫（ＭＣ）、おたふく風邪、ネズミチフス（発疹熱）、マイコプラズマ肺炎、菌腫、ハエウジ病、新生児結膜炎（新生児眼炎）、（新）変異型クロイツフェルト−ヤコブ病（ｖＣＪＤ、ｎｖＣＪＤ）、ノカルジア症、オンコセルカ症（眼オンコセルカ症）パラコクシジオイドミコーシス（南アメリカブラストミセス症）、肺吸虫症、パスツレラ症、アタマジラミ寄生症（アタマジラミ）、コロモジラミ寄生症（コロモジラミ）、ケジラミ寄生症（ケジラミ（ｐｕｂｌｉｃ  ｌｉｃｅ）、ケジラミ（ｃｒａｂ  ｌｉｃｅ））、骨盤感染症（ＰＩＤ）、百日咳（百日咳）、悪疫、肺炎球菌感染、ニューモシスティス肺炎（ＰＣＰ）、肺炎、ポリオ、プレボテラ感染、原発性アメーバ性髄膜脳炎（ＰＡＭ）、進行性多巣性白質脳症、オウム病、Ｑ熱、狂犬病、鼡咬熱、呼吸器合胞体ウイルス感染、リノスポリジウム症、リノウイルス感染、リケッチア感染、リケッチア痘、リフトバレー熱（ＲＶＦ）、ロッキー山斑点熱（ＲＭＳＦ）、ロタウイルス感染、風疹、サルモネラ症、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）、疥癬、住血吸虫症、敗血症、細菌性赤痢（細菌性赤痢）、帯状疱疹（帯状疱疹）、天然痘（痘瘡）、スポロトリクス症、ブドウ球菌食中毒、ブドウ球菌感染、糞線虫症、梅毒、条虫症、破傷風（開口障害）、須毛白癬（床屋かゆみ）、頭部白癬（頭部白癬）、体部白癬（体部白癬）、下腿白癬（頑癬）、手白癬（ｔｉｎｅａ  ｍａｎｕｕｍ）（手白癬）、黒癬、足白癬（汗疱状白癬）、爪白癬（爪甲真菌症）、癜風（癜風）、トキソカラ症（眼幼虫移行症（ＯＬＭ））、トキソカラ症（内臓幼虫移行症（ＶＬＭ））、トキソプラズマ症、旋毛虫症、トリコモナス症、鞭虫症（鞭虫感染）、結核、野兎病、ウレアプラズマ・ウレアリチカム感染、ベネズエラウマ脳炎、ベネズエラ出血熱、ウイルス性肺炎、ウエストナイル熱、白色砂毛（白癬ブランカ）、仮性結核エルジニア菌感染、エルシニア症、黄熱または接合真菌症を含み得る。
【００９９】
骨疾患
本願明細書に開示の方法は、骨疾患の研究に有用であり得る。骨疾患は、制限されず、骨棘、頭がい骨癒合症、コフィン−ローリー症候群、進行性骨化性線維形成異常症、線維性骨形成障害、Ｆｏｎｇ病、骨の巨細胞腫瘍、若木骨折、低ホスファターゼ血症、クリペル−ファイル症候群、代謝性骨疾患、爪−膝蓋骨症候群、変形性関節症、変形性骨炎、パジェット病、嚢胞性線維性骨炎、線維性骨炎、フォン・レックリングハウゼン病、恥骨骨炎、硬化性骨炎、硬化性骨炎、硬化性腸骨骨炎、離断性骨軟骨炎、骨軟骨腫、骨形成不全症、骨軟化症、骨髄炎、骨減少、大理石骨病、骨粗しょう症、骨肉腫、骨壊死、骨萎縮性骨化過剰症、原発性副甲状腺機能亢進症、腎性骨ジストロフィ、ソルター−ハリス骨折および膝にたまった水を含み得る。
【０１００】
がん
本願明細書に開示の方法は、がんの研究に有用であり得る。がんは、急性リンパ芽球性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、成人急性骨髄性白血病、成人悪性中皮腫、エイズ関連がん、エイズ関連リンパ腫、肛門がん、虫垂がん、基底細胞癌、膀胱がん、骨がん、脳腫瘍、脳幹グリオーマ、乳がん、気管支腺腫、気管支カルチノイド、バーキットリンパ腫、癌、小脳星細胞腫脳腫瘍、大脳星細胞腫脳腫瘍、子宮頸がん、小児急性骨髄性白血病、小児がん、小児カルチノイド腫瘍、小児小脳星細胞腫、小児大脳星細胞腫、小児大脳星細胞グリオーマ、小児頭がい外胚細胞腫瘍、小児視床下部および視経路グリオーマ、小児悪性グリオーマ、小児髄芽腫、小児中皮腫、小児多発性内分泌腫瘍症候群、小児松果体芽細胞腫およびテント上未分化神経外胚葉性腫瘍、小児横紋筋肉腫、小児テント上未分化神経外胚葉性腫瘍、小児胸腺腫、小児甲状腺がん、小児視経路および視床下部グリオーマ、小児ウィルムス腫瘍（腎臓がん）、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖性障害、結腸がん、皮膚Ｔ細胞性リンパ腫、線維形成性小円形細胞腫、子宮内膜がん、子宮内膜性子宮がん、上衣腫、上衣腫脳腫瘍、食道がん、ユーイングファミリー肉腫、頭がい外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管がん、胆嚢がん、胃（ｇａｓｔｒｉｃ）（胃（ｓｔｏｍａｃｈ））がん、胃カルチノイド、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ｇｉｓｔ）、妊娠性絨毛腫瘍、脳幹のグリオーマ、ヘアリー細胞白血病、頭頸部がん、心臓がん、肝細胞（肝）がん、ホジキンリンパ腫、下咽頭がん、眼内メラノーマ眼がん、島細胞癌、膵島細胞がん、カポジ肉腫、腎臓がん、咽頭がん、白血病、唇および口腔がん、脂肪肉腫、肝臓がん（原発性）、原発性中枢神経系リンパ腫、リンパ腫、悪性線維性組織球腫、骨の悪性線維性組織球腫、骨の悪性線維性組織球腫／骨肉腫、悪性グリオーマ脳腫瘍、髄芽腫脳腫瘍、メラノーマ、メルケル細胞皮膚癌、原発巣が不明の転移性扁平上皮性頸部がん、口腔がん、多発性骨髄腫、菌状息肉腫、骨髄異形成疾患、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性疾患、鼻腔および副鼻腔がん、鼻咽頭癌、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、非メラノーマ皮膚がん、非小細胞肺がん、口腔がん、口腔咽頭がん、骨肉腫、卵巣がん、上皮性卵巣がん（表面上皮−間質性腫瘍）、卵巣胚細胞腫瘍、境界悪性卵巣腫瘍、膵臓がん、副鼻腔および鼻腔がん、副甲状腺がん、陰茎がん、咽頭がん、褐色細胞腫、松果体星細胞腫、松果体胚細胞腫、下垂体腺腫、プラズマ細胞新形成、プラズマ細胞新生物、胸膜肺芽腫、原発性中枢神経系リンパ腫、前立腺がん、腎臓がん、腎細胞がん、腎細胞癌、網膜芽腫、唾液腺がん、セザリー症候群、小細胞肺がん、小腸がん、軟組織肉腫、扁平上皮癌、胃がん、テント上未分化神経外胚葉性腫瘍脳腫瘍、精巣がん、咽喉がん、胸腺癌、胸腺腫癌、甲状腺がん、尿管および腎盂の移行細胞がん、尿道がん、子宮肉腫、膣がん、視経路および視床下部グリオーマ脳腫瘍、外陰がん、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症であり得る。一実施形態では、研究される前記疾患は、がんである。一実施形態では、前記がんは、骨髄腫である。一実施形態では、前記がんは、多発性骨髄腫である。
【０１０１】
利害関係者
利害関係者は、本願明細書に開示の方法に従って行われる調査研究において生成されるデータおよび試料に、早期アクセスを許可される、任意の個人または機関であり得る。利害関係者は、第１グループを含み得る。前記第１グループは、収集されたデータおよび／または試料に、第１の期間において、早期アクセスを許可される。早期アクセスは、目的の表現型を有する被験体と接触できることも含み得る。前記第１グループの利害関係者は、営利調査会社；非限定的な例として、例えば、製薬会社、バイオテクノロジー企業および／または遺伝子検査会社およびそれらの従業員を含み得る。前記第１グループの利害関係者は、大学または非営利のメンバーを含み得る。前記第１グループにおける会員は、支援；例えば、前記調査研究における金銭的支援または参画の見返りに、許可され得る。一実施形態では、前記第１グループにおける会員は、金銭的支援の見返りに、許可され得る。別の実施形態では、前記第１グループは、競争前段階のコンソーシアム（図１２）または個別化医療イニシアチブ共同体（Ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ）（ＰＭＩＣ）である。
【０１０２】
利害関係者は、第２グループも含み得る。前記第２グループは、前記第１グループ後に、前記調査研究において生成されたデータおよび試料へのアクセスを許可される。前記第２グループは、営利および／または非営利調査会社を含み得る。前記第２グループは、大学調査施設（例えば、アカデミックメディカルセンター、教育病院、調査施設、大学等）を含み得る。前記第２グループは、地域医療従事者（例えば、地域医療センター、無料診療所、病院等）を含み得る。前記第２グループは、登録サイトを含み得る。前記第２グループは、分子検査センター、バイオリポジトリ（バイオバンク）提供者および／または分子分析パイプライン提供者を含み得る。前記第２グループは、営利調査会社（例えば、製薬会社、バイオテクノロジー企業、遺伝子検査会社等）を含み得る。前記第２グループの会員は、支援の見返りに許可され得る。支援は、金銭的、参画または両方であり得る。一実施形態では、前記第２グループの会員は、前記調査研究における参画の見返りであり得る。別の実施形態では、前記第２グループの会員は、前記第１グループにおける会員に要求されるより少ないレベルでの、資金提供の見返りに許可され得る。
【０１０３】
被験体の登録
本願明細書に開示の方法の一態様は、疾患または障害の研究（例えば、調査研究、臨床試験、長期的研究等）における、被験体の登録である。前記疾患の研究に登録された被験体は、健常対照である、前記疾患を生じるリスクがある、前記疾患を有すると新たに診断されている、前記疾患の進行型を有すると新たに診断されている、前記疾患の処置をまさに受けようとしている、疾患の処置を現在受けている、前記疾患について既に処置されている、または、前記疾患の再発に関する処置をまさに再開しようとしている被験体であり得る。一実施形態では、登録された少なくとも１人の被験体が、疾患を有すると新たに診断される。一実施形態では、前記研究において、全てまたは実質的に全ての登録された被験体が、前記疾患を有すると新たに診断される。
【０１０４】
前記研究において登録された被験体は、前記研究に参加するための承諾書を提供することを要求され得る。前記承諾書は、任意および全ての収集された試料、例えば、それらから生成されたデータおよび／または産物の所有権を、前記研究のスポンサーまたは前記研究に関わる組織に引き渡すための規定を含み得る。前記承諾書は、一連の研究中での被験体が経験する任意の有害作用に関する法的責任を追及しないための規定を含み得る。有害作用は、にきび、高血圧、急性腎不全、じんましん、嗜癖、嗄声、顆粒球減少、高血糖、アレルギー反応、低血糖、健忘、食欲亢進、貧血、唾液の増加、不安、感染症、出生時欠損、炎症、鼓脹、炎症性腸疾患、血液凝固、不眠、流血（ｂｌｏｏｄｙ）、黒色もしくはタール状便、不規則な心拍、かすみ目、かゆみ、乳房の圧痛、黄疸、呼吸困難、関節痛、挫傷、腎不全、がん、乳酸アシドーシス、心血管疾患、肝不全および肝傷害、味覚の変化もしくは喪失、食欲減退、胸痛、月経周期の消失もしくは変化、混乱、低血圧、結膜炎、腰痛、便秘、黒皮症、クローン病、気分変動、性欲減退、口のびらん、排尿減少、筋肉痛、脱水、悪心、認知症、神経質、抑うつ、白質便、糖尿病、発疹、下痢、呼吸器感染、めまい、情動不安、眠気、発作、ドライアイ、光に対する過敏症、ドライマウス、咽喉痛、ジストニー、胃痛、浮腫、脳卒中、勃起不全、自殺、顔面筋痙攣、発汗、疲労、腫れ、発熱、遅発性ジスキネジア、インフルエンザおよび風邪の症状、のどの渇き、顔面潮紅、血栓症、胆石、耳鳴り、緑内障、潰瘍性大腸炎、脱毛、嘔吐、幻覚、体重増加、頭痛、体重減少、心臓発作、喘鳴、胸やけ／ガス／消化不良、口もしくはのどにおける白斑、死亡またはそれらの組み合わせを含み得る。
【０１０５】
被験体は、前記研究において、登録に関して補償され得る。一実施形態では、被験体は、前記研究において、登録に関して補償されない。前記補償は、金銭、実験的もしくは利用が制限されている処置へのアクセス、無料もしくは値引きされた処置へのアクセス、前記研究における全部もしくは一部の期間における、無料もしくは値引きされた住居へのアクセス、研究結果へのアクセスまたはそれらの組み合わせを含み得る。
【０１０６】
被験体は、１つまたは複数の登録サイトで、前記研究において登録され得る。任意の数の登録サイトが、前記調査に使用され得る。例えば、約１−１００、１−９０、１−８０、１−７０、１−６０、１−５０、１−４０、１−３０、１−２０、１−１０、１０−１００、１０−９０、１０−８０、１０−７０、１０−６０、１０−５０、１０−４０、１０−３０、１０−２０、２０−１００、２０−９０、２０−８０、２０−７０、２０−６０、２０−５０、２０−４０、２０−３０、３０−１００、３０−９０、３０−８０、３０−７０、３０−６０、３０−５０、３０−４０、４０−１００、４０−９０、４０−８０、４０−７０、４０−６０、４０−５０、５０−１００、５０−９０、５０−８０、５０−７０、５０−６０、６０−１００、６０−９０、６０−８０、６０−７０、７０−１００、７０−９０、７０−８０、８０−１００、８０−９０、９０−１００、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００またはそれより多くの登録サイトが、前記研究に使用され得る。前記登録サイトの数は、一連の研究を通して変動し得る。前記調査は、最初は、少数の登録サイトを使用し、ついで、研究の進展およびまたは拡大のときに、登録サイトの数を増加させ得る。前記登録サイトは、非営利の病院、営利の病院、アカデミックメディカルセンター、地域医療センター、医院、無料の医療診療所、外来患者処置施設、入院患者処置施設、臨床試験サイト、政府機関、国営もしくは政府出資医療センター（例えば、退役軍人病院）またはそれらの組み合わせを含み得る。前記登録サイトの選択は、非営利組織または非営利調査組織によるものであってよい。前記登録サイトの選択は、科学諮問委員会によりなされ得る。前記科学諮問委員会は、非産業界の科学者および研究者を含み得る。前記科学諮問委員会は、非営利組織、非営利調査組織またはそれらのメンバーを含み得る。
【０１０７】
被験体は、任意の期間：例えば、約１−１００、１−９０、１−８０、１−７０、１−６０、１−５０、１−４０、１−３０、１−２０、１−１０、１０−１００、１０−９０、１０−８０、１０−７０、１０−６０、１０−５０、１０−４０、１０−３０、１０−２０、２０−１００、２０−９０、２０−８０、２０−７０、２０−６０、２０−５０、２０−４０、２０−３０、３０−１００、３０−９０、３０−８０、３０−７０、３０−６０、３０−５０、３０−４０、４０−１００、４０−９０、４０−８０、４０−７０、４０−６０、４０−５０、５０−１００、５０−９０、５０−８０、５０−７０、５０−６０、６０−１００、６０−９０、６０−８０、６０−７０、７０−１００、７０−９０、７０−８０、８０−１００、８０−９０、９０−１００、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００年またはそれより長い期間、登録され得る。被験体は、約１−１２か月間、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２か月間、登録され得る。被験体は、生涯登録され得る。一実施形態では、被験体は、死亡を除いて約５年の期間、登録される。
【０１０８】
調査研究において登録される被験体の数は、研究の性質および被験体の可用性により変動し得る。登録される被験体の数は、約１−１００００、１−８０００、１−６０００、１−４０００、１−２０００、１−１５００、１−１０００、１−８００、１−６００、１−５００、１−４００、１−３００、１−２００、１−１００、１−５０、５０−１００００、５０−８０００、５０−６０００、５０−４０００、５０−２０００、５０−１５００、５０−１０００、５０−８００、５０−６００、５０−５００、５０−４００、５０−３００、５０−２００、５０−１００、１００−１００００、１００−８０００、１００−６０００、１００−４０００、１００−２０００、１００−１５００、１００−１０００、１００−８００、１００−６００、１００−５００、１００−４００、１００−３００、１００−２００、２００−１００００、２００−８０００、２００−６０００、２００−４０００、２００−２０００、２００−１５００、２００−１０００、２００−８００、２００−６００、２００−５００、２００−４００、２００−３００、３００−１００００、３００−８０００、３００−６０００、３００−４０００、３００−２０００、３００−１５００、３００−１０００、３００−８００、３００−６００、３００−５００、３００−４００、４００−１００００、４００−８０００、４００−６０００、４００−４０００、４００−２０００、４００−１５００、４００−１０００、４００−８００、４００−６００、４００−５００、５００−１００００、５００−８０００、５００−６０００、５００−４０００、５００−２０００、５００−１５００、５００−１０００、５００−８００、５００−６００、６００−１００００、６００−８０００、６００−６０００、６００−４０００、６００−２０００、６００−１５００、６００−１０００、６００−８００、８００−１００００、８００−８０００、８００−６０００、８００−４０００、８００−２０００、８００−１５００、８００−１０００、１０００−１００００、１０００−８０００、１０００−６０００、１０００−４０００、１０００−２０００、１０００−１５００、１５００−１００００、１５００−８０００、１５００−６０００、１５００−４０００、１５００−２０００、２０００−１００００、２０００−８０００、２０００−６０００、２０００−４０００、４０００−１００００、４０００−８０００、４０００−６０００、６０００−１００００、６０００−８０００または８０００−１００００；例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００、８１０、８２０、８３０、８４０、８５０、８６０、８７０、８８０、８９０、９００、９１０、９２０、９３０、９４０、９５０、９６０、９７０、９８０、９９０、１０００、１０５０、１１００、１１５０、１２００、１２５０、１３００、１３５０、１４００、１４５０、１５００、１５５０、１６００、１６５０、１７００、１７５０、１８００、１８５０、１９００、１９５０、２０００、２０５０、２１００、２１５０、２２００、２２５０、２３００、２３５０、２４００、２４５０、２５００、２５５０、２６００、２６５０、２７００、２７５０、２８００、２８５０、２９００、２９５０、３０００、３０５０、３１００、３１５０、３２００、３２５０、３３００、３３５０、３４００、３４５０、３５００、３５５０、３６００、３６５０、３７００、３７５０、３８００、３８５０、３９００、３９５０、４０００、４０５０、４１００、４１５０、４２００、４２５０、４３００、４３５０、４４００、４４５０、４５００、４５５０、４６００、４６５０、４７００、４７５０、４８００、４８５０、４９００、４９５０、５０００、５１００、５２００、５３００、５４００、５５００、５６００、５７００、５８００、５９００、６０００、６１００、６２００、６３００、６４００、６５００、６６００、６７００、６８００、６９００、７０００、７１００、７２００、７３００、７４００、７５００、７６００、７７００、７８００、７９００、８０００、８１００、８２００、８３００、８４００、８５００、８６００、８７００、８８００、８９００、９０００、９１００、９２００、９３００、９４００、９５００、９６００、９７００、９８００、９９００、１００００またはそれより多くの被験体または、任意の間にある整数であり得る。一実施形態では、約５００から１５００またはそれより多くの被験体が、登録され得る。
【０１０９】
生体試料
本願明細書に開示の方法に従って、生体試料は、研究において登録されている被験体から取得され得る。試料は、処置前、処置中、処置後、再発後および／または死後に、前記被験体から取得され得る。試料は、前記研究を通して、任意の回数；例えば、約１−５０、１−４０、１−３０、１−２０、１−１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０回またはそれより多く、被験体から取得され得る。２つまたはそれより多くの試料が、任意の所定の時間に、被験体から取得され得る。例えば、約１−５０、１−４０、１−３０、１−２０、１−１０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０個またはそれより多くの試料が、所定の時間に、被験体から取得され得る。
【０１１０】
生体試料は、血液、血清、体液および組織の試料を含み得る。生体試料は、血液、血清、体液および組織の試料由来の任意の具体的な材料（例えば、ポリペプチド、ポリペプチド配列、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチド配列、遺伝子、遺伝子断片、遺伝子配列、タンパク質、タンパク質断片、タンパク質配列、プローブ、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡライブラリ、プラスミド、ベクター、発現系、細胞、細胞系、有機体、組織スライド、抗体または他の生物学的物質；および、任意の構成成分（ｃｏｎｓｔｉｔｕｅｎｔ）、子孫、変異体、バリアント、非修飾の派生体、複製物、試薬またはそれもしくはそれ由来の化学的な化合物）を含み得る。体液または組織の試料は、腫瘍、疾患組織、健常組織またはそれらの組み合わせから取得され得る。体液試料は、精液試料、涙液試料、尿試料、髄液試料、粘液試料、羊水試料、膣分泌物またはそれらの組み合わせであり得る。生体試料は、呼気試料、毛髪試料、糞便試料またはそれらの組み合わせも含み得る。組織試料は、生検試料であり得る。生検は、切開生検、コア生検、針吸引生検またはそれらの組み合わせであり得る。生検は、骨髄生検であり得る。骨髄生検は、トレフィン生検、骨髄吸引またはそれらの組み合わせであり得る。生検は、消化管生検（例えば、食道、胃、十二指腸、空腸回腸、盲腸、結腸または直腸の生検）であり得る。消化管生検は、フレキシブル内視鏡で行われ得る。膵臓の針コア生検または吸引生検も、胃または十二指腸から行われ得る。生検は、肺生検、肝臓生検、前立腺生検、神経系生検、泌尿生殖器生検、乳房生検、リンパ節生検、筋肉生検または皮膚生検であり得る。前記前立腺生検は、経直腸生検、経尿道生検またはそれらの組み合わせを含み得る。前記神経系生検は、脳生検、神経生検、髄膜生検またはそれらの組み合わせを含み得る。前記泌尿生殖器生検は、腎臓生検、子宮内膜生検、頸部円錐切除生検またはそれらの組み合わせを含み得る。一実施形態では、被験体から収集された生体試料は、血液試料、骨髄試料（例えば、骨髄吸引物）またはそれらの組み合わせを含む。一実施形態では、前記生体試料は、一連の処置を開始する前に収集される。本願明細書に開示の方法に従って収集された生体試料は、上掲で記載した通り、バイオバンクまたは組織リポジトリに保存され得る。
【０１１１】
生体試料（例えば、骨髄吸引物）は、前記試料を保存するために、化学薬品で処理され得る。前記化学薬品は、抗凝固剤であり得る。適切な抗凝固剤としては、制限されず、ＥＤＴＡ（エチレンジアミン四酢酸）、ヘパリン、クエン酸ナトリウム、ＡＣＤ（クエン酸デキストロース溶液）およびオキザラートが挙げられる。
【０１１２】
試料分析およびプロファイル生成
本願明細書に開示の方法の一態様は、生体試料の分析である。試料分析は、任意の有用な調査技術：例えば、ゲノミクス／配列決定、組織学的分析、フローサイトメトリー、マイクロアレイ分析、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、質量分析等を含み得る。生体試料は、不均一試料から１つまたは複数の細胞種の単離、核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ）の精製、１つまたは複数のタンパク質の抽出等をするために、処理することもできる。生体試料は、細胞系、例えば、初代細胞系または不死化細胞系を確立するのに使用され得る。試料分析は、独立研究室により行われ得る。試料分析は、（上掲で記載の）バイオバンクで行われ得る。
【０１１３】
プラズマ細胞の単離
骨髄試料（例えば、骨髄吸引物）からプラズマ細胞および／またはがん性のプラズマ細胞（例えば、ＣＤ１３８＋プラズマ細胞）を単離するための方法は、参照によりその全体が本願明細書に組み込まれる、Ａｈｍａｎｎら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ  Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ  Ｐｒｅｖ  ２００８；１７：６６６−６７３に開示された。簡潔には、プラズマ細胞は、免疫磁性ビーズ選択を使用して（例えば、モノクローナルマウス抗ヒトＣＤ１３８＋抗体マイクロビーズおよびＡｕｔｏＭＡＣＳ細胞分離器（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）を使用して）、全骨髄から単離され得る。骨髄試料中の赤血球は、例えば、塩化アンモニウム溶解手順を使用して溶解され得る。細胞数は、コールターカウンターを使用して行われ得る。抗体ビーズコンジュゲートは、インキュベートされ、前記細胞は、２％ウシ血清アルブミンおよび１ｍｍｏｌ／Ｌ  ＥＤＴＡを含むリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）（ビーズバッファー）を使用して洗浄され得る。細胞は、ビーズバッファー（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０ｍＬまたはそれより多いビーズバッファー）の体積に再懸濁され得る。前記再懸濁された細胞は、ＡｕｔｏＭＡＣＳ細胞分離器（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）に載せられ得る。一部のプラズマ細胞を犠牲にして、前記プラズマ細胞の純度を向上するための２つのカラムを使用するプログラムである、ＰＯＳＳＥＬＤＳが使用され得る。前記細胞は、例えば、ＰＯＳ２ポートから、除去または回収され得る。その回収されたプラズマ細胞は、例えば、コールターカウンターを使用して計測され得る。前記回収されたプラズマ細胞は、１つまたは複数の精製または分析法；例えば、細胞計測、フローサイトメトリー、核酸抽出／精製、タンパク質抽出／精製；細胞系の確立等を使用して、下流の処理のために等分され得る。単離されたプラズマ細胞の全部または一部は、Ｔｒｉｚｏｌに入れられ得る。Ｔｒｉｚｏｌ（登録商標）中の前記プラズマ細胞の濃度は、約１０００万個／ｍＬの濃度であり得る。Ｔｒｉｚｏｌ（登録商標）中のプラズマ細胞は、保存または輸送のために、（例えば、約−２００℃、−１８０℃、−１６０℃、−１４０℃、−１２０℃、−１００℃、−８０℃、−６０℃、−４０℃、−２０℃または０℃）で凍結され得る。プラズマ細胞を単離する別の適切な方法は、参照によりその全体が本願明細書に組み込まれる、Ｍｉｎｇｅｓ  Ｗｏｌｓ  ａｎｄ  Ｗｉｔｔｅ，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ（２００８）３２９（１−２）：２１９−２２４に開示されている。
【０１１４】
生体試料から単離された細胞集団（例えば、単離画分）の純度は、評価され得る。一例では、骨髄試料（例えば、骨髄吸引物）のプラズマ細胞画分は、純度に関して評価され得る。純度は、例えば、３色免疫蛍光スライドベースの方法を使用して、評価または確認され得る。簡潔には、細胞集団（例えば、約１００から約１００，０００個の細胞、例えば、約１０，０００個の細胞）が、前記単離画分から取り出され、スライド上に堆積され得る。例えば、前記細胞集団は、サイトスピン遠心分離を使用して、スライド上に広げられ得る。前記スライドは、空気乾燥され得る。Ｓｕｐｅｒ  ＰＡＰ  Ｐｅｎ（Ｔｈｅ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｓｉｔｅ）を使用して、前記細胞周辺に、円が描かれ、乾燥させられ、９５％エタノールを含むコプリンジャーに５分間入れられ得る。つぎに、前記スライドは、取り出され、乾燥させられ、例えば、ＡＰＫ洗浄溶液（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）を含む新たなコプリンジャーに入れられ得る。前記スライドは、取り出され、乾燥（例えば、空気乾燥）させられ得る。細胞種を同定する抗体（例えば、約１０μＬ  抗−κ−ＡＭＣＡ、１０μＬ  抗−λ−ＦＩＴＣおよび、１０％  ＦＣＳを含む８０μＬ  ＲＰＭＩ）を含む、抗体溶液の体積（例えば、約１０μＬおよび１０００μＬ、例えば、約１００μＬ）が、各スライドに添加され、一定期間（約５分間から約２４時間、例えば、約３０分間）、既知の温度（例えば、室温、４℃等）において、暗所でインキュベートされ得る。前記スライドは、ＡＰＫを含むコプリンジャーに前記スライドを置き、温和に振とうすることにより、１回もしくは複数可（例えば、３回）、一定期間（例えば、３分間／洗浄）洗浄され得る。最後の洗浄後、前記スライドは、乾燥（例えば、空気乾燥）され得る。画像化媒体（例えば、ヨウ化プロピジウムを含む、約１０μＬ  Ａｎｔｉｆａｄｅ（Ｖｅｃｔｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ））の量が、カバーガラスを追加する前に添加され得る。細胞集団（例えば、約５から約１０００個またはそれより多くの細胞、例えば、約１００個の細胞）が、適切なフィルタセット（例えば、トリプル−パスフィルタ）を備える蛍光顕微鏡を使用して、数えられ得る。ポジティブに染色された細胞（例えば、ＦＩＴＣ−陽性、ＡＭＣＡ−陽性およびヨウ化プロピジウム−陽性の細胞のみ）の百分率が記録され、既知のアイソタイプに対してチェックされて、前記試料の純度を評価し得る。
【０１１５】
フローサイトメトリー
フローサイトメトリーは、本願明細書に開示の方法に従って使用され得る、有用な生体試料分析技術である。フローサイトメトリーは、微視的な粒子（例えば、細胞、染色体等）を計測および／または試験するのに使用され得る。フローサイトメトリーは、細胞の体積および／または形態学的複雑性を測定する；（例えば、細胞周期分析、細胞動態、増殖等における）細胞の総ＤＮＡ含量を測定する；細胞のトータルＲＮＡ含量を測定する；（例えば、フロー−ＦＩＳＨもしくはＢＡＣ−ｏｎ−Ｂｅａｄ技術を使用することにより、）試料におけるＤＮＡコピー数変化を定量化する；染色体分析およびソーティングを実行する；タンパク質の発現および局在化を決定する；タンパク質修飾（例えば、ホスホ−タンパク質）を同定する；ｉｎ  ｖｉｖｏでの遺伝子導入生成物、具体的には、緑色蛍光タンパク質もしくは関連する蛍光細胞表面の抗原を定量化する；細胞内抗原（例えば、種々のサイトカイン、二次メディエータ等）を定量化する；核抗原を定量化する；酵素活性を測定する；ｐＨ、細胞内イオン化カルシウム、マグネシウムもしくは膜電位を測定する；膜流動性を測定する；（例えば、ＤＮＡ分解、ミトコンドリア膜電位、透過性の変化および／もしくはカスパーゼ活性を測定することにより、）試料におけるアポトーシスの程度を測定する；細胞生存度を決定する；細胞の電気透過性をモニターする；酸化的バーストを測定する；がん細胞における多剤耐性（ＭＤＲ）を特徴付けする；グルタチオンを測定する；細胞接着（例えば、病原体−宿主細胞の接着）を測定する；または、それらの任意の組み合わせをするために、使用され得る。蛍光活性化細胞ソーティングと呼ばれるフローサイトメトリー技術は、細胞の不均一集団を含む生体試料から、特定の細胞集団を、分離、ソートおよび／または単離するのに使用され得る。これは、例えば、単一の試料に由来する１つまたは複数の細胞集団を比較するのが望まれる状況において、有益であり得る。
【０１１６】
生体試料は、フローサイトメトリーを使用して；例えば、参照によりその全体が本願明細書に組み込まれる、Ａｈｍａｎｎら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ  Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ  Ｐｒｅｖ  ２００８；１７：６６６−６７３に開示の方法を使用して、生存度について評価され得る。生存度は、フローサイトメトリーを使用して、前記生体試料中の、生きている、アポトーシスおよび／または死んだ細胞の百分率を決定することにより、評価され得る。前記生体試料は、骨髄試料（例えば、骨髄吸引物）であり得る。前記骨髄試料は、全骨髄試料、塩化アンモニウムに溶解した全骨髄試料または、単離した、プラズマ細胞画分もしくは悪性のプラズマ細胞画分（例えば、ＣＤ１３８＋細胞画分）であり得る。生きている、アポトーシスおよび／または死んだ細胞の百分率は、（例えば、参照によりその全体が本願明細書に組み込まれる、Ｗｉｔｚｉｇら、Ｂｒ  Ｊ  Ｈａｅｍａｔｏｌ  １９９９；１０４：１３１−１３７に記載のとおりの）３色アポトーシスアッセイを使用して決定され得る。簡潔には、前記アポトーシス／死んだ画分を同定するための、前記プラズマ細胞（４５−／ｄｉｍ３８＋＋）および７−ＡＡＤ（７−アミノ−アクチノマイシンＤ）を同定するために、細胞は、ＦＩＴＣにコンジュゲートされたＣＤ４５抗体（ＣＤ４５−ＦＩＴＣ；Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）およびフィコエリトリンにコンジュゲートされたＣＤ３８抗体（ＣＤ３８−ＰＥ；Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を使用して染色され得る。染色された試料は、フローサイトメーター（例えば、ＢＤ
ＦＡＣＳｃａｎフローサイトメーター（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）または同等の機器）を使用して実行され得る。データは、ソフトウェアプログラム（例えば、Ｃｅｌｌ  Ｑｕｅｓｔソフトウェアプログラム、Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を使用して分析され得る。３つの可能性のある集団：生存、死亡またはアポトーシスのそれぞれにおける、細胞の百分率を確認するために、領域が描かれ得る。７−ＡＡＤについて陰性であるプラズマ細胞は、膜が前記色素を排除するのに十分無傷であったために、生存していると考えられ得る。明るい７−ＡＡＤ陽性である細胞は、死んでおり、前記色素に対して非常に透過性であると考えられ得る。アポトーシスを受けている細胞は、これらの２つの値の間の７−ＡＡＤ染色を有するとして同定され得る。各画分の百分率は、前記ソフトウェアプログラム（例えば、Ｃｅｌｌ  Ｑｕｅｓｔソフトウェアプログラム、Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）により、算出され得る。
【０１１７】
核酸の単離
核酸（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ）は、生体試料の全部、一部または部分集団から単離され得る。例えば、核酸（例えば、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡ）は、生体試料（例えば、骨髄試料、例えば、骨髄吸引物）から単離され得る。前記生体試料は、保存され、または、Ｔｒｉｚｏｌ（登録商標）に入れられ得る。ＲＮＡは、（例えば、参照によりその全体が本願明細書に組み込まれる、Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１９８７；１６２：１５６−１５９に開示のとおり）クロロホルム抽出プロトコルを使用して、Ｔｒｉｚｏｌ中の前記生体試料から単離または精製され得る。簡潔には、Ｔｒｉｚｏｌ（登録商標）試料は、ニードル（例えば、２０−ゲージニードル）を使用してホモジナイズされた後、クロロホルムが添加され得る。遠心分離後に、ＲＮＡを含む水相が、取り出され、イソプロピルアルコールが添加されて、前記ＲＮＡを沈殿させ得る。前記ＲＮＡのペレットは、７５％エタノールで洗浄され、乾燥され得る。ついで、前記乾燥したＲＮＡペレットは、ＲＮａｓｅを含まない水に懸濁され得る。さらに、前記ＲＮＡは、キットを使用して（例えば、Ｑｉａｇｅｎ  ＲＮｅａｓｙカラムを使用して）、「洗浄」され得る。前記ＲＮＡの濃度は、分光光度計で、２８０ｎｍでの吸光（Ａ２８０）を有するタンパク質に対する、２６０ｎｍでの核酸の吸光（Ａ２６０）の比を使用することにより決定され得る。前記ＲＮＡの完全性は、機器（例えば、Ａｇｉｌｅｎｔ２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ））を使用して評価され得る。高品質のトータルＲＮＡ試料は、多くの要素、例えば、１８Ｓおよび２８Ｓのリボソームピークにより、区別され得る。高品質のトータルＲＮＡ（例えば、遺伝子発現プロファイリングに適したＲＮＡ）は、１．０より大きい２８Ｓ／１８Ｓ比を有するとして、同定され得る。高品質のトータルＲＮＡは、２９Ｓおよび１８Ｓのリボソームピークの間の比較的平坦はベースラインを有するとし、ならびに／または、２９Ｓおよび１８Ｓのリボソームピークの間の十分に規定されたピークを有していないことにより、特徴付けられ得る。
【０１１８】
ゲノミクス／配列決定
生体試料由来のポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ等）は、任意の公知または将来の配列決定技術に従って配列決定され得る。ＲＮＡ（例えば、トータルＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｐｉＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ等）は、直接、または、逆転写によりｃＤＮＡへの変換後に配列決定され得る。使用される前記配列決定技術は、例えば、チェーンターミネーション法、ダイターミネーター法、ハイブリダイゼーション法による配列決定、合成法による配列決定または高解像顕微鏡法ベースの技術（例えば、原子間力顕微鏡法もしくは透過電子顕微鏡法ベースの方法）であり得る。使用される前記配列決定技術は、ハイスループット配列決定技術であり得る。前記ハイスループット配列決定技術は、大規模並列シグネチャシーケンシング、ポロニーシーケンシング、４５４パイロシーケンシング、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシング、ＳＯＬｉＤシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、ＤＮＡナノボールシーケンシングまたはそれらの組み合わせであり得る。ハイスループット配列決定法は、数十万から数十億もの短い読み取り物（ｒｅａｄ）を生成する。ついで、前記読み取り物は、１つまたは複数のコンピュータプログラムを使用して、１つの配列に組み立てられる。前記配列決定技術は、Ｄｉｒｅｃｔ  ＲＮＡ  Ｓｑｕｅｎｃｉｎｇ（ＤＲＳ（商標））配列決定技術であり得る。本願明細書に記載の方法に従って、スピードおよび／または正確な配列組み立てを向上するために、ペア末端タグライブラリが、生体試料由来のポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ等）から構築され、前記ハイスループット配列決定技術に使用され得る。ヌクレオチドは、捕捉ベースの技術を使用して配列決定され得る。あるいは、ヌクレオチドは、ＰＣＲによる増幅後に配列決定され得る。ヌクレオチドは、メチル化された配列を同定するために、配列決定前に、亜硫酸水素塩で処理され得る。メチル化特異的ＰＣＲは、特定の部位がメチル化されているかどうかを決定するために、配列決定前に使用され得る。生体試料由来のポリヌクレオチドは、ペア末端ホールエキソームシーケンシング（ＷＥＳ）、浅いメート末端ホールゲノムシーケンシング（ｓＭＰ−ＷＧＳ）および／または、ペア末端ＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡｓｅｑ）を使用する配列であり得る。生体試料由来のポリヌクレオチドは、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシングを使用して、配列決定され得る。
【０１１９】
チェーンターミネーション法は、Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ  Ｓａｎｇｅｒにより最初に開発され、サンガー配列決定法と呼ばれ得る。チェーンターミネーション法では、４つのＰＣＲ反応が行われ、各反応は、１つのジデオキシヌクレオチド（ｄｄＮＴＰ）を添加される。前記ｄｄＮＴＰは、３’ヒドロキシル基を欠いているヌクレオチド（例えば、ｄｄＡＴＰ、ｄｄＴＴＰ、ｄｄＣＴＰ、ｄｄＧＴＰ）である。ｄｄＮＴＰが、ＤＮＡの初期の鎖に取り込まれた場合、前記初期の鎖の合成は、停止される。これにより、例えば、スラブゲルまたはキャピラリーにおける、ＤＮＡ電気泳動を使用して、サイズにより分離され得る、種々の長さのオリゴヌクレオチドの混合物が生成される。幾つもの検出法、例えば、オートラジオグラフィー、ＵＶ光検出または蛍光色素検出が、４つの反応のそれぞれにおいて、オリゴヌクレオチドの相対的な長さにより決定されるごとく、ＤＮＡ配列を読むのに使用され得る。ダイターミネーター法は、各種のｄｄＮＴＰ（例えば、ｄｄＡＴＰ、ｄｄＴＴＰ、ｄｄＣＴＰ、ｄｄＧＴＰ）が、種々の色の蛍光色素で標識されることによる、チェーンターミネーション法のバリエーションである。これにより、単独のＰＣＲ反応で、ＤＮＡを配列決定することが可能である。
【０１２０】
大規模並列シグネチャシーケンシング（ＭＰＳＳ）は、本願明細書に開示の方法に使用され得る、ハイスループット配列決定法である。前記ＭＰＳＳは、生成された数十万もの短いＤＮＡ配列に対して、アダプタライゲーションが使用され、続けて、アダプタを解読する、ビーズベースの方法である。この技術についての更なる情報は、参照によりその全体が本願明細書にそれぞれ組み込まれる、Ｂｒｅｎｎｅｒ  Ｓら、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０００  Ｊｕｎ；１８（６）：６３０−４；Ｒｅｉｎａｒｔｚ  Ｊら、Ｂｒｉｅｆ  Ｆｕｎｃｔ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃ．２００２  Ｆｅｂ；１（１）：９５−１０４；および、米国特許第６０１３４４５号明細書に見出され得る。
【０１２１】
ポロニーシーケンシングは、本願明細書に開示の方法に従って使用され得る、別のハイスループット配列決定技術である。ポロニーシーケンシングは、エマルジョンＰＣＲ、自動化顕微鏡およびライゲーションベースの配列決定化学を組み合わせる。この技術についての更なる情報は、参照によりその全体が本願明細書にそれぞれ組み込まれる、付与前の米国特許公開第２００９／０３１８２９８Ａ１、２０１１／０１７２１２７Ａ１、２０１０／００４７８７６Ａ１および２００９／００９９０４１Ａ１号明細書ならびに、米国特許第７４２５４３１号明細書に見出され得る。
【０１２２】
４５４パイロシーケンシングは、本願明細書に開示の方法に使用され得る、ハイスループット配列決定法である。４５４パイロシーケンシングでは、ＤＮＡは、油剤中の水滴内で増幅される（エマルジョンＰＣＲ）。各滴は、単一のプライマーでコートされたビーズに付着される、単一のＤＮＡテンプレートを含み、クローンコロニーを形成する。シークエンシングマシーンは、多数のピコリットル体積のウェルを含み、それぞれが、単一のビーズおよび配列決定酵素を含む。ルシフェラーゼ生成光が、初期のＤＮＡに添加された個々のヌクレオチドを検出するのに使用される。組み合わせられたデータは、配列読み出しの生成に使用される。この技術についての更なる情報は、参照によりその全体が本願明細書にそれぞれ組み込まれる、米国特許第６２１０８９１および７６４８８２４号明細書に見出され得る。
【０１２３】
本願明細書に開示の方法に有用であり得る、ハイスループット配列決定法は、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシング法である。前記Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシングは、可逆的なダイターミネーターを使用する。まず、一本鎖ポリヌクレオチドが、スライド上のプライマーに結合され、ローカルクローンコロニーが形成されるように増幅される。４つの差次的に標識されたｄｄＮＴＰが添加されて、初期のポリオリゴヌクレオチドを１塩基対単位で伸長する。その後、取り込まれていないヌクレオチドが、洗浄して除かれる。前記スライドの画像が記録され、各初期のＤＮＡ分子に関する末端ヌクレオチドは、蛍光シグナルの色に基づいて決定される。ついで、前記色素および末端の３’ブロッカーが、前記ＤＮＡから化学的に除去され、次のサイクルを可能にする。この技術についての更なる情報は、参照によりその全体が本願明細書にそれぞれ組み込まれる、米国特許第７９８５５６５、７１１５４００、７９７２８２０および７７９０４１８号明細書ならびに、付与前の米国特許公開第２００８／０２８６７９５Ａ１、２００２／００５５１００Ａ１および２００７／００１５２００Ａ１号明細書に見出され得る。
【０１２４】
ＳＯＬｉＤ（オリゴヌクレオチドのライゲーションおよび検出による配列決定）シーケンシングは、本願明細書に開示の方法に使用され得る、別のハイスループット配列決定法である（ｗｗｗ．ａｐｐｌｉｅｄｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ．ｃｏｍ／ａｂｓｉｔｅ／ｕｓ／ｅｎ／ｈｏｍｅ／ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ−ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／ｓｏｌｉｄ−ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ−ｓｅｑｕｅｎｓｉｎｇ／ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ−ｓｙｓｔｅｍｓ／ｓｏｌｉｄ−ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ．ｈｔｍｌを参照のこと）。この方法は、ライゲーションによる複数ラウンドの配列決定を含み、各ライゲーションプローブは、８塩基長であり、各塩基が、２つのライゲーション反応において、効果的に探索される。塩基の読み上げは、カメラにより捕捉された蛍光データに基づいてなされる。この技術についての更なる情報は、参照によりその全体が本願明細書にそれぞれ組み込まれる、付与前の米国特許公開第２００９／０１８１８６０Ａ１号明細書および米国特許第７８５１１５８号明細書に見出され得る。
【０１２５】
イオン半導体シーケンシングは、本願明細書に開示の方法に従う、有用なハイスループット配列決定技術であり得る。イオン半導体シーケンシングでは、ＤＮＡの重合中に放出される水素イオンが検出される。単一のテンプレートＤＮＡ鎖を含むマイクロウェルが、単一のポリヌクレオチドで満たされる。前記ポリヌクレオチドは、前記テンプレート鎖のリーディングヌクレオチドに相補的である場合、ＤＮＡの初期の鎖に包含される。検出された水素レベルは、例えば、ポリヌクレオチド繰り返しの領域における、２つ以上のヌクレオチドの挿入を検出するのに使用され得る。この技術についての更なる情報は、参照によりその全体が本願明細書にそれぞれ組み込まれる、米国特許第７２４２２４１、７８８８０１５、７６４９３５８、７６８６９２９および８１１４５９１号明細書ならびに、付与前の米国特許公開第２０１０／０１５９４６１Ａ１号明細書に見出され得る。
【０１２６】
ＤＮＡナノボールシーケンシングは、本願明細書に開示の方法に使用され得る、別の有用なハイスループット配列決定技術である。この技術では、ローリングサークル複製が、ＤＮＡ断片からＤＮＡナノボールを生成するのに使用される。ついで、ＤＮＡナノボールは、マイクロアレイフローセル中に固定され得、ライゲーションによる非連鎖配列決定と呼ばれる方法が、長さ約１０ｂｐの読み出しを生成するのに使用される（ｗｗｗ．ｃｏｍｐｌｅｔｅｇｅｎｏｍｉｃｓ．ｃｏｍ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ／ｄｅｔａｉｌｓ／を参照のこと）。更なる情報は、参照によりその全体が本願明細書にそれぞれ組み込まれる、付与前の米国特許公開第２００９／００１１９４３Ａ１、２００９／０２７０２７３Ａ１、２０１１／０２６８３４７Ａ１および２００９／０２６４２９９Ａ１号明細書に見出され得る。
【０１２７】
真のＳｉｎｇｌｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ｔＳＭＳ（商標））および／またはＤｉｒｅｃｔ  ＲＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ＤＲＳ（商標））は、本願明細書に開示の方法に使用され得る、有用な技術である。合成技術によるこれらの配列決定は、増幅工程または逆転写工程を必要とせずに、生体試料由来のポリヌクレオチドについて行われ得る。これらの技術は、参照によりその全体が本願明細書にそれぞれ組み込まれる、米国特許公開第２００８／００８１３３０Ａ１、２００９／０１６３３６６Ａ１、２００８／０２１３７７０Ａ１、２０１０／０１８４０４５Ａ１、２０１０／０１７３３６３Ａ１、２０１０／０２２７３２１Ａ１、２００８／０２１３７７０Ａ１および２００８／０１０３０５８Ａ１号明細書；米国特許第７６６６５９３、７７６７４００、７５０１２４５および７５９３１０９号明細書；ならびに、Ｏｚｓｏｌａｋら、Ｎａｔｕｒｅ  ４６１，８１４−８１８（２００９年１０月８日）に、さらに記載されている。
【０１２８】
組織学的分析
試料分析は、組織学的分析を含み得る。組織学は、細胞および組織の微視的な解剖学的構造を研究するのに使用され得る。組織学は、健常および疾患の試料を比較するのに使用され得る。組織学は、疾患の病期分類を補助するのに使用され得る。例えば、組織学は、骨髄腫または他のがんを病期分類するのに使用され得る。組織学的分析は、光学顕微鏡または電子顕微鏡を使用して行われ得る。光学顕微鏡法は、明視野顕微鏡法、暗視野顕微鏡法、位相差顕微鏡法、微分干渉コントラスト顕微鏡法、干渉反射顕微鏡法、蛍光顕微鏡法、干渉反射顕微鏡法または任意の他の光学顕微鏡法技術を含み得る。光学顕微鏡法は、コントラストを向上するために、染色、例えば、ヘマトキシリン染色、エオシン染色、トルイジンブルー染色、マッソン・トリクロム染色、マロリー・トリクロム染色、ワイゲルト弾性染色、ハイデンハインＡＺＡＮトリクロム染色、銀染色、ライト染色、オルセイン染色、過ヨウ素酸−シッフ染色等を使用し得る。光学顕微鏡法は、複合顕微鏡、解剖顕微鏡、共焦点顕微鏡（例えば、回転盤共焦点、レーザー走査共焦点、スリット走査共焦点等）、総内部反射蛍光顕微鏡または任意の他の有用な顕微鏡法のプラットフォーム／技術を使用して行われ得る。電子顕微鏡法は、透過電子顕微鏡または走査電子顕微鏡を使用して行われ得る。顕微鏡法画像は、デジタルに捕捉され得るか、または、フィルム上に捕捉され得る。一実施形態では、デジタル顕微鏡法画像は、上掲に記載の患者データリポジトリに保存され得る。一実施形態では、組織学試料調製物は、（上掲に記載の）バイオバンクに、保存および保管され得る。
【０１２９】
マイクロアレイ分析
マイクロアレイ分析は、前記研究において収集された生体試料について行われ得る。マイクロアレイは、ＤＮＡマイクロアレイ、マイクロＲＮＡアレイ、タンパク質マイクロアレイ、組織マイクロアレイ、細胞マイクロアレイ（例えば、トランスフェクションマイクロアレイ）、化合物マイクロアレイ、抗体マイクロアレイまたは糖質マイクロアレイであり得る。前記ＤＮＡマイクロアレイは、遺伝子発現プロファイリング；ゲノム全体を通したＤＮＡ結合タンパク質の占有率を特定するためのチップ（ＣｈＩＰ−チップ）上でのクロマチン免疫沈降；ゲノム内のタンパク質結合部位を同定するのに使用され得るＤａｍＩＤ；ＳＮＰ（一塩基多型）検出；選択的スプライシング検出；融合転写物検出に使用することができ、かつ／または、公知ではなく、（例えば、タイリングアレイを使用して）予測され得ない、転写物の発現または選択的スプライシング形態を検出することができる。タイリングアレイは、マイクロアレイ試験によるＤＮＡの再配列決定にも使用され得る。マイクロＲＮＡアレイは、非コードマイクロＲＮＡにおける発現を検出するのに使用され得る。タンパク質マイクロアレイは、生体試料由来の細胞ライゼートにおけるタンパク質−タンパク質結合活性を、分析するのに使用され得る。抗体マイクロアレイは、特別な種類のタンパク質マイクロアレイであり、生体試料由来の細胞ライゼートを使用してタンパク質発現を検出するのに使用され得る。組織マイクロアレイは、複合組織学的分析を行うのに使用され得る。この技術は、試料組織内において、タンパク質またはヌクレオチドを局在化させるために、免疫組織化学または蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションと組み合わせることができる。化合物マイクロアレイは、低分子に結合可能なタンパク質に関して、細胞ライゼートをスクリーニングするのに使用され得る。これは、例えば、正常な細胞ライゼートより、疾患を有する細胞ライゼートについて、より高い結合活性を有する低分子を同定するのに使用され得る。
【０１３０】
遺伝子発現プロファイリング
遺伝子発現分析は、マイクロアレイを使用して行われ得る。一例では、遺伝子発現分析は、骨髄試料から単離されたＲＮＡ、または、骨髄試料から単離された細胞集団から単離されたＲＮＡ（例えば、ＣＤ１３８＋選択プラズマ細胞からのＲＮＡ）について行われ得る。遺伝子発現分析は、市販のマイクロアレイ（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｕ１３３Ａチップ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ））またはカスタムマイクロアレイを使用して行われ得る。マイクロアレイハイブリダイゼーションは、参照によりその全体が本願明細書に組み込まれる、Ａｂｒａｈａｍら、Ｂｌｏｏｄ  ２００５；１０５：７９４−８０３に開示の方法に従って行われ得る。プローブレベルデータは、市販のアルゴリズム（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  Ｓｕｉｔｅ５．０アルゴリズム）またはカスタムアルゴリズムを使用して、正規化され得る。遺伝子発現強度値は、市販のプログラム（例えば、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ  ７．３．１  ＧＸ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｄ））またはカスタムアルゴリズムを使用して、ｌｏｇ変換され、中央値化され、かつ／または、分析され得る。数多くの要素が、前記遺伝子発現分析の品質；例えば、ＧＡＰＤＨ  ３’／５’比およびアクチン３’／５’比を評価するのに使用され得る。低品質の結果の試料は、約１．２５より高いＧＡＰＤＨ  ３’／５’比、および／または、約３．０より高いアクチン３’／５’比を有するとして、規定され得る。
【０１３１】
生体試料または条件間の遺伝子発現バリエーションを同定するために、任意の数の方法が使用され得る。例えば、試料間の遺伝子発現におけるバリエーションは、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ内で利用可能な、１からのずれに基づく遺伝子間エラーモデルを適用することにより計算される分散を使用する、ＷｅｌｃｈのＡＮＯＶＡを使用して同定され得る。これは、個々の試料に関連する反復および分散の欠陥を克服し、分散フィルタリングと原理が似ていると考えられ得る。教師なしクラスタリングは、階層凝集アルゴリズムを使用して行われ得る。ピアソン相関係数および重心連結法が、類似および連結法として、それぞれ使用され得る。試料間における可能性のある差を検出するために、遺伝子が、条件／試料間の発現において、１．５倍の差を有し、および／または、Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ多重検定補正を用いるスチューデントｔ−検定による、０．０５の補正Ｐ値において、統計的に有意であったデータセットから抽出され得る。差示的に発現された遺伝子は、（例えば、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇを使用して、）ジーン・オンコロジー（ＧＯ）エンリッチメントに関して評価され得る。
【０１３２】
蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション
蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）は、本願明細書に開示の方法に従って収集された試料を分析するのに使用され得る技術である。ＦＩＳＨでは、蛍光タグが付された核酸プローブが、試料内の特定の核酸を、（例えば、染色体上、細胞中等）に局在化するのに使用される。ＦＩＳＨは、細胞または組織内のｍＲＮＡを局在化することにより、遺伝子発現を検出するのに使用され得る。ＦＩＳＨは、染色体上の配列を局在化するのに使用され得る。この技術は、染色体材料の取得または喪失による、コピー数のバリエーションの検出を可能にする、核型分析に使用され得る。前記ＦＩＳＨ技術は、マイクロアレイまたはフローサイトメトリー技術と組み合わせられ得る。伝統的なＦＩＳＨは、マイクロアレイまたはフローサイトメトリーＦＩＳＨから得られた結果を検証するために行われ得る。
【０１３３】
質量分析法
質量分析法は、荷電粒子の質量対荷電比を測定する実験的な技術である。質量分析法は、生体試料から単離されたタンパク質を、特徴付け、および／または、配列決定するのに使用され得る。質量分析法は、本願明細書に開示の方法に従って、被験体の処置に使用される薬剤の薬物動態を分析するのに使用され得る。
【０１３４】
細胞系
本願明細書に開示の方法に従って収集された生体試料は、更なる調査のための細胞系を樹立するのに使用され得る。細胞系は、疾患を有する試料および正常な試料の両方に由来され得る。生成された細胞系は、初代細胞系または不死化細胞系であり得る。試料から生成された細胞系は、（上掲で記載された）バイオバンクに保存され、研究者に利用可能にされ得る。細胞系は、細胞移動アッセイ、接触阻害アッセイまたは任意の他の種類の有用なアッセイに使用され得る。細胞系は、本願明細書に開示の他の分析技術のいずれかのための、材料を提供するのに使用され得る。
【０１３５】
臨床データ
本願明細書に開示の方法の一態様は、登録された被験体からの臨床データの収集である。臨床データは、医療提供者により収集された任意のデータを含み得る。臨床データは、診断検査から生成された任意のデータを含み得る。臨床データは、患者報告の結果データを含み得る。臨床データは、前記研究全体を通して、複数点で収集され得る。臨床データは、人口統計データ、病歴および共存症データ、処置および／または薬物治療データ、症状報告データ、全血球算定（ＣＢＣ）データ、臨床化学データ（例えば、グルコースレベル、カルシウムレベル、血中尿素窒素（ＢＵＮ）レベル、クレアチニンレベル、総タンパク質レベル、アルブミンレベル、乳酸脱水素酵素レベル等）、血清免疫学検査データ（例えば、Ｍタンパク質レベル、定量的免疫グロブリン、遊離軽鎖（ＦＬＣ）レベル、ベータ−２−ミクログロブリンレベル、Ｃ−反応性タンパク質レベル等）、尿免疫学検査データ（例えば、２４時間総タンパク質レベル、Ｍタンパク質レベル等）またはそれらの組み合わせを含み得る。臨床データは、骨の評価を含み得る。骨の評価は、骨格の調査を含み得る。前記骨格の調査は、一連のｘ線であり得る。骨の評価は、骨構造の変化を評価し、かつ／または、骨の病変または腫瘍の数およびサイズを決定し得る。臨床データは、他の医療画像データ；例えば、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）および／またはポジトロン放出断層撮影（ＰＥＴ）を含み得る。臨床データは、疾患病期分類データ（例えば、多発性骨髄腫の疾患病期分類）を含み得る。臨床データは、処置応答の評価を含み得る。臨床データは、資源活用；例えば、診察回数、診察あたりに費やした時間、入院期間の合計、入院回数、外来医療施設の利用等の記録を含み得る。臨床データは、例えば、処置による、有害作用の情報を含み得る。臨床データは、生存情報を含み得る。臨床データは、細胞遺伝学的分析を含み得る（例えば、ＦＩＳＨは、染色体の数および／もしくは常態を評価するのに、または、染色体転座事象を同定するのに行われ得る。）。一実施形態では、臨床データは、図１１Ａ＆Ｂに概要を記載したスケジュールに従って収集される。
【０１３６】
情報技術プラットフォーム
一態様において、本願明細書では、調査研究において収集されたデータと、種々のユーザグループに前記データを配信するための手段との統合を提供し得る、情報技術（ＩＴ）プラットフォームが開示される。
【０１３７】
典型的なＩＴプラットフォームは、図１に説明される。前記ＩＴプラットフォームは、１つまたは複数のユーザ固有のアクセスポイントを含み得る。前記ＩＴプラットフォームは、１つまたは複数の下記要素：観察研究プラットフォーム（ＯＳＰ；２００）、コミュニティポータル（ＣＰ；３００）、スポンサーウェブサイト（ＳＷ；４００）（例えば、患者の支援団体ウェブサイト）、患者データリポジトリ（ＰＤＲ；５００）、研究者ポータル（ＲＰ；６００）、バイオリポジトリ研究室情報管理システム（ＬＩＭＳ；８００）またはそれらの組み合わせを含み得る。
【０１３８】
図１に示すように、前記ＯＳＰは、調査研究（例えば、長期的調査研究）中に収集された臨床データ（１１０）を収集および管理をするための機能性を含み、例えば、電子患者報告結果ファイル（ｅＰＲＯ；２０１）、電子症例報告フォーム（ｅＣＲＦ；２０２）、訪問スケジュール（２０３）および／または治験実施報告（２０４）を含み得る。
【０１３９】
図１に示すように、前記コミュニティポータル（ＣＰ）は、患者および／または介護者が、（例えば、患者プロファイル；１２０中の）健康データの調査および入力をし、調査研究（例えば、長期的調査研究、臨床試験等）および一般的な疾患情報へのアクセスを獲得し、医師と連絡をし、ならびに／または、患者のコミュニティに他の方法で参加する機能性を含み得る。前記ＣＰは、被験体が、類似する患者を発見し（類似する患者を発見する；３０１）、コミュニティフォーラム（３０２）に参加する、個人の病歴（３０３）を読み込むもしくは共有する、ならびに／または、健康情報、例えば、バイタルサイン（健康指標トラッカ；３０４）を自己報告することを可能にし得る。情報は、前記健康指標トラッカと個人の健康状態記録（ＰＨＲ；１５０）との間で交換され得る。
【０１４０】
図１に示すように、前記スポンサーウェブサイト（ＳＷ）は、ニュース（４０１）、例えば、疾患関連ニュースへのアクセスを可能にし得る。前記ＳＷは、イベントカレンダー（４０２）を含み得る。前記ＳＷは、ユーザが疾患情報（４０３）にアクセスするのを可能にし得る。前記ＳＷは、ユーザ登録（４０４）を可能にし得る。前記ＳＷは、ユーザが、医師または処置センターを検索する（ＭＤ／センター検索；４０５）のを可能にし得る。前記ＳＷは、ユーザが、臨床試験（４０６）を検索するのを可能にし得る。前記ＳＷは、参照ガイド（４０７）を含み得る。
【０１４１】
図１に示すように、前記研究ポータルは、研究者が、ニュースフィード（６０１）にアクセスし、もしくは、ニュースフィード（６０１）を掲示すること、刊行物（６０２）にアクセスすること、もしくは、刊行物（６０２）を掲示すること、データを照会／ダウンロードすること（６０３）、データについて分析（６０４）を実行すること、ならびに／または、フォーラム（６０５）を読み込む、もしくは、フォーラム（６０５）を掲載することを可能にし得る。研究者がアクセス可能な患者データ（１４０）は、所定の研究者に対して固有であり得る。登録されたユーザに関連する情報は、構成リポジトリ（１３０）に保存され得る。
【０１４２】
図１に示すように、前記ＯＳＰにより収集された臨床データ（１１０）、前記ＣＰにより収集された患者プロファイル情報および／または前記ＳＷにより収集された構成リポジトリ情報は、被験体に関して同期化され得る（ユーザ同期；１０５）。臨床データ（例えば、ｅＰＲＯおよび／またはｅＣＲＦ）は、患者データリポジトリ（ＰＤＲ；５００）に保存され得る。前記ＰＤＲは、前記ＰＨＲ（１５０）からの情報も含み得る。前記ＰＤＲは、分析パイプライン（１７０）からの、要約され、かつ／または、解釈されたデータも含み得る。前記分析パイプラインは、分子検査センター（１６０）（例えば、バイオバンク／独立研究室）から、未加工の分子データを供給され得る。試料／検査情報は、前記分子検査センター（１６０）とバイオリポジトリＬＩＭＳ（８００）との間で交換され得る。検査結果および試料ステータスは、前記ＰＤＲと前記バイオリポジトリＬＩＭＳとの間で交換され得る。前記ＩＴプラットフォームは、外部データソースおよび／または分析スートが、前記ＰＲＤ（５００）と情報を交換することも可能に得る。前記ＩＴプラットフォームは、前記含まれる要素（例えば、前記観察研究プラットフォーム、前記コミュニティポータル、前記研究者ポータル等）における情報の流れを支援する、統合されたデータシステムであり得る。
【０１４３】
前記ＩＴプラットフォームは、前記研究において収集されたデータへのアクセスを提供し得る。前記研究において収集されたデータへのアクセスは、セキュリティまたはプライバシーの配慮により、調節され得る。前記ＩＴプラットフォームは、フレキシブルな枠組みを含み得る。前記フレキシブルな枠組みは、前記データセットにリンクされる、新規または漸進性で、より詳細な分析を可能にする。前記フレキシブルな枠組みは、コミュニティにより寄与されるコンテンツを支援し得る。前記ＩＴプラットフォームは、外部データソースおよび／または分析プラットフォームとの統合を支援し得る。図１に示すように、前記ＩＴプラットフォームは、シングルサインオン（ＳＳＯ）ポータル（１００）を含み得る。前記ＳＳＯポータルは、ＩＴプラットフォームの要素（例えば、種々のウェブサイトまたはユーザポータル）間のシームレスな統合を可能にし得る。前記ＳＳＯポータルは、前記ＩＴプラットフォームにおける全てのプラットフォームにわたって、ユーザを認証し得る。前記ＳＳＯは、ユーザがログインすることを可能にするための、ウェブインターフェイス（例えば、ＨＴＴＰＳインターフェイス）を使用し得る。
【０１４４】
観察研究プラットフォーム
前記ＩＴプラットフォームは、観察研究プラットフォーム（ＯＳＰ）を含み得る。
【０１４５】
前記ＯＳＰは、長期的研究からのデータ収集を支援し得る。前記ＯＳＰは、前記長期的研究における、参加者の臨床情報を収集するシステムであり得る。前記ＯＳＰは、臨床データ管理システムを含み得る。前記ＯＳＰは、電子データキャプチャ（ＥＤＣ）システムを含み得る。前記ＯＳＰは、ウェブインターフェイス、例えば、ウェブサイトを含み得る。前記ＯＳＰは、前記研究中において、登録された患者について収集された、前記臨床データおよびｅＰＲＯデータにアクセスするための、インターフェイスを提供し得る。
【０１４６】
前記ＯＳＰは、ユーザが、臨床データを入力し、かつ／または臨床データにアクセスするための安全なポータル、例えば、安全なウェブサイトまたはウェブページを含み得る。ユーザは、例えば、臨床調査サイトにおいて処置している研究者であり得る。個々の被験体からの臨床データは、電子症例報告フォーム（ｅＣＲＦ）に保存され得る。研究中に収集された患者報告データは、電子患者報告結果（ｅＰＲＯ）ファイルに保存され得る。
【０１４７】
前記ＯＳＰは、ユーザおよびプロファイルを管理するためのモジュールを含み得る。前記モジュールは、ユーザ（例えば、臨床調査サイトにおいて処置している研究者）を認証するための手段を含み得る。前記モジュールは、ユーザが新たなプロファイルを作製するのを可能にし得る。前記モジュールは、既存のプロファイルをアップデートするための手段を含み得る。前記モジュールは、ユーザが、既存のプロファイル情報を調べるのを防止し得る。前記モジュールは、市販のモジュールであり得る。
【０１４８】
前記観察研究プラットフォームは、前記ＩＴプラットフォームの別の要素（例えば、前記患者データリポジトリ）に、データを自動的に転送するためのモジュールを含み得る。そのエクスポートされるデータは、ＯＤＭ  ＸＭＬ（Ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌ  Ｄａｔａ  Ｍｏｄｅｌ）フォーマットされたファイル中に存在し得る。
【０１４９】
観察研究プラットフォーム（ＯＳＰ）に関する典型的な理論型アーキテクチャ図は、図２に提供される。前記ＯＳＰ（２００）は、２つの要素：統合されたデータキャプチャモジュール（２３０）および自動化されたエクスポートおよび転送モジュール（２４０）を実装され得る。前記統合されたデータキャプチャモジュールは、ウェブベースのユーザインターフェイス（ウェブＵＩ；２２０）と相互作用し得る。前記ウェブＵＩは、プロトコル、例えば、ＨＴＴＰＳ（２１０）を使用して、外部から見える安全なウェブインターフェイスを通して、アクセスされ得る。前記安全なウェブインターフェイスは、臨床データ、患者報告結果、訪問スケジュール、治験実施報告または、被験体の処置に関する任意の他の種類のデータを入力するのに使用され得る。前記統合されたデータキャプチャモジュールは、ユーザおよびプロファイルを管理するためのＲＥＳＴスタイルインターフェイスであり得る、研究管理サービス（２５０）を使用し得る研究管理モジュール（２４０）とも連携し得る。前記統合されたキャプチャモジュールは、自動化されたエクスポートおよび転送モジュール（２６０）に送られ得る、研究データファイル（例えば、ｅＣＲＦ、ｅＰＲＯ等）を生成する。前記自動化されたエクスポートおよび転送モジュールは、前記ＰＤＲ（図５；５８０）におけるＳＦＴＰサーバに、収集された情報を転送するための、安全なＦＴＰ（ＳＦＴＰ）クライアント（２８０）を使用し得る、ＯＤＭエクスポートモジュール（２７０）を介して、前記研究データファイルの危険のない（ｕｎａｔｔｅｎｄｅｄ）エクスポートおよび転送を実行し得る。
【０１５０】
コミュニティポータル
前記ＩＴプラットフォームは、コミュニティポータル、例えば、患者コミュニティポータルを含み得る。前記コミュニティポータルは、患者および介護者−中心領域であり、患者およびその介護者が、健康データの調査および入力をし、研究および一般的な疾患情報へのアクセスを獲得し、彼らの医師と連絡をし、および、疾患を患うコミュニティに他の方法で参加することを可能にし得る。前記コミュニティポータルは、ウェブインターフェイス、例えば、ウェブサイトを含み得る。前記コミュニティポータルは、情報、臨床試験情報および／または、彼らの健康および処置を追跡する手段へのアクセスにより、患者（例えば、骨髄腫の患者）を支援得る。前記コミュニティポータルは、患者のコラボレーションに焦点を合わせ得る。前記コミュニティポータルは、コミュニティフォーラムを含み得る。前記コミュニティフォーラムは、コミュニティ掲示板であり得る。前記コミュニティポータルは、患者が他の類似する患者を見出し、および／または他の類似する患者と接触するための手段を含み得る。患者との接触は、盲検的な双方向であり得る。患者との接触は、患者間での自発的な情報共有を支援し得る。前記コミュニティポータルは、患者が、個人の病歴を共有するのを可能にし得る。前記コミュニティポータルは、患者が、彼らの情報を医師と共有することを可能にし得る。前記コミュニティポータルは、健康指標トラッカの要素を含み得る。前記健康指標トラッカは、個人の健康情報（例えば、臨床情報、検査結果および／または任意の他の関連する健康情報）を入力および管理するための手段を、被験体に提供し得る。前記健康指標トラッカに入力された情報は、個人の健康記録（ＰＨＲ）として保存され得る。前記ＰＨＲは、市販のＰＨＲであり得る。前記ＰＨＲは、カスタムフォーマットであり得る。前記健康指標トラッカは、医師が、患者情報を入力することを可能にし得る。医師が入力した情報は、ＰＨＲに保存され得る。前記健康指標トラッカは、前記研究の間において、被験体から収集された前記臨床データを調べるための手段を、該被験体に提供し得る。前記健康指標トラッカは、臨床試験を検索するための手段を、患者に提供し得る。前記健康指標トラッカは、患者の健康プロファイルに基づき、適格とする臨床試験を検索するための手段を、患者に提供し得る。前記健康指標トラッカは、前記研究において、自身と他の患者（例えば、類似または同一の処置計画、類似の診断、類似の症状等を有する他の患者）とを比較するための手段を、患者に提供し得る。
【０１５１】
コミュニティポータルに関する典型的な理論型アーキテクチャ図は、図３に提供される。前記コミュニティポータル（ＣＰ；３００）は、健康管理トラッカ（３１０）を含み得る。前記健康管理トラッカは、ユーザが、健康情報（例えば、バイタルサイン）を自己報告するのを可能にし得る。前記健康管理トラッカは、以前に記載の健康指標トラッカであり得る。前記健康管理トラッカは、ＰＨＲ統合モジュール（３１５）を介して、収集された情報（例えば、自己報告健康情報、例えば、バイタルサイン、処置の副作用等）を保存するために、上記の個人の健康報告（ＰＨＲ；１５０）と直接統合され得る。前記健康管理トラッカは、適切なアプリケーションプログラミングインターフェイス（ＡＰＩ）、例えば、ＳＯＰまたはＲＥＳＴ  ＡＰＩを使用する、ＰＤＲ統合モジュール（３２５）と、ＰＤＲ／ＰＨＲアダプタモジュール（３３０）上の研究データサービスモジュール（３３５）との間の連絡を通した、研究データインポートモジュール（３２０）を使用して、上記患者データリポジトリから、データをインポートし得る。前記研究データインポートモジュールは、前記ＰＨＲ（１５０）をアップデートし得る。前記コミュニティポータルは、コンテントリポジトリ（３４０）を含み得る。前記コンテントリポジトリは、前記研究に関連する種々のドキュメントおよびアーティファクト、ならびに、一般的な健康および疾患の情報を、前記ユーザに提示し得る。前記コンテントリポジトリは、例えば、ＨＴＴＰＳプロトコル（３５５）を使用する、安全なウェブインターフェイスから、アクセスすることができ、アダプタを介して、前記健康管理トラッカ／健康指標トラッカ（３１０）を介して収集されたデータを取り込み得る。前記コミュニティポータルは、ユーザインターフェイス（ＵＩ層；３５０）、ビジネス（３６０）および／またはデータベースの層（３７０）を含み得る。前記コンテントリポジトリおよび前記健康管理トラッカからのドキュメントおよび統計資料を提示することに加えて、これらの要素は、前記コミュニティポータル用に開発されたカスタム機能に関する、ＵＩ、ロジックおよびデータバックエンドを提供し得る。カスタム機能は、医師および研究管理者との連絡のための、安全なメッセージ機能（ｍｅｓｓａｇｉｎｇ  ｆａｃｉｌｉｔｙ）を含み得る。前記コミュニティポータルは、ＳＳＯ＿ＡＰＩ（３８０）を通して、シングルサインオン（ＳＳＯ）ポータル（図１；１００）と統合され得る。前記ＳＳＯ＿ＡＰＩは、ＨＴＴＰＳウェブサービス（３８５）を通してアクセスされ得る。前記ＳＳＯ＿ＡＰＩは、例えば、ＳＯＡＰまたはＲＥＳＴ  ＡＰＩであり得る。前記ＳＳＯ＿ＡＰＩは、前記ＳＳＯポータルを通して、ユーザ管理および／またはユーザ認証に使用され得る。
【０１５２】
スポンサーウェブサイト
研究スポンサーのウェブサイトは、前記ＩＴプラットフォーム全体に統合され得る。前記研究スポンサーは、患者の支援団体であり得る。前記ウェブサイトは、ニュースセクション、イベントカレンダー、疾患情報、ユーザ登録、医師もしくは医療センター検索機能、臨床試験検索機能、参照ガイドまたは任意の他の有用な機能を含み得る。前記ウェブサイトは、シングルサインオン機能を含み得る。前記ウェブサイトは、構成リポジトリを含み得る。前記スポンサーウェブサイトは、ドナー／支援データベースに基づいて、資金調達キャンペーン用のｅメールを自動的に生成するための機能を含み得る。前記スポンサーウェブサイトは、寄付を追跡するための機能を含み得る。前記研究データの移入要素は、（例えば、前記ＰＤＲ／ＰＨＲアダプタを介して、）前記ＰＤＲから、研究情報を取り出し、前記研究におけるＣＰメンバーに関する前記ＰＨＲをアップデートし得る。
【０１５３】
患者データリポジトリ
本願明細書に開示の方法の一態様は、集中型の患者データリポジトリの開発であり得る。前記患者データリポジトリは、情報を保存するためのデータベースを含み得る。前記患者データリポジトリは、どのようにして情報が前記データベースに送信され、前記データベースから引き出されるかを規定するためのインターフェイスのセットを含み得る。前記ＰＤＲは、種々のソースからの情報をまとめ得る。前記患者データリポジトリは、前記ＩＴプラットフォームの他の要素または前記研究に関与する他のサイト；例えば、観察研究プラットフォーム、バイオバンク、分子検査センター、個人の健康記録（ＰＨＲ）システム等（図４）からのデータを、受け取り、検証し、パッケージし、かつ／もしくは保存し得る。前記ＰＤＲは、症例報告フォーム（ＣＲＦ）および患者報告結果（ＰＲＯ）データを、前記観察研究プラットフォームから受け取り得る。前記ＰＤＲは、未加工もしくは分析されたデータ、例えば、配列データ、発現プロファイリングデータ、一塩基多型（ＳＮＰ）データもしくは任意の他の種類のデータを、分子検査センターから受け取り得る。前記ＰＤＲは、標本可用性の情報を、バイオバンクから受け取り得る。前記ＰＤＲは、コミュニティポータルまたは他のウェブサイトと、個人の健康記録を交換し得る。前記ＰＤＲは、前記研究者ポータル用のデータリポジトリとして機能し得る。前記ＰＤＲは、ＰＨＲ情報用の統合ポイントとして機能し得る。前記ＰＤＲは、データおよび／またはデータアクセスが、患者のプライバシー基準に従うことを確保し得る。前記ＰＤＲ中のデータは、患者ＩＤナンバーにより注釈を付けられ得る。前記ＰＤＲは、前記ＩＴプラットフォームを横断するデータインターオペラビリティを確保するための手段を含み得る。例えば、前記ＰＤＲは、ローディングにおける標準品ベースのマッピング（ｓｔａｎｄａｒｄｓ  ｂａｓｅｄ  ｍａｐｐｉｎｇ  ｏｎ  ｌｏａｄｉｎｇ）を含み得る。前記ＰＤＲは、安全で確かなデータ保存を確保するための手段を含み得る。
【０１５４】
患者データリポジトリ（ＰＤＲ）に関する典型的な理論型アーキテクチャ図は、図５に提供される。前記ＰＤＲは、分析パイプラインモジュール（５１０）を含み得る。前記分析パイプラインは、独立研究室（８００）から受け取られた分子結果を処理し得る。分子データは、分子結果データエクスポートモジュール（８０５）を通して、前記独立研究室（８００）からエクスポートされ、ＳＦＴＰを使用する分子結果データインポートモジュール（５１５）通して、分析パイプライン（５０１）にインポートされ得る。前記分子結果データインポートモジュール（５１５）は、外部データソースまたは分析スート（７００）の分子エクスポートモジュール（７１５）からのデータも、受け取り得る。前記分析パイプラインは、分析事前計算モジュール（５２０）、メタデータ抽出モジュール（５３０）、全体分析モジュール（５４０）またはそれらの組み合わせを含み得る。前記分析パイプラインモジュールは、前記ＰＤＲデータベース（５５０）へと受け取られたファイルの保存を担い得る。前記分析パイプラインは、全体分析モジュールまたはサブコンポーネント（５４０）を含むことができ、これにより全体的なＰＣＡおよび全体的なＨＣＡアルゴリズムの実行を担うことができ、前記ＰＤＲデータベースにおけるデータセット全体に働く。全体分析は、（例えば、前記独立研究室からの新たな分子データの追加により始動される）同期した様式で実行し得る。全体分析は、計画的な根拠に基づいて実行され得る。前記分析パイプライン（５１０）の結果は、ＰＤＲデータベース（５５０）に保存され得る。
【０１５５】
前記ＰＤＲは、研究者ポータルリリースマネージャ（５６０）を含むことができ、そして／または、使用することができる。前記研究者ポータルリリースマネージャは、例えば、ＵＩ入力に応答して、研究者ポータルエクスポートモジュール（５６５）を介して、前記ＰＤＲによって、前記研究者ポータル（５６０）のデータ送信モジュール（６０７）へプッシュされ得るデータ送信を作成し得る。前記データ送信は、患者コホートならびに／または、臨床データおよび／もしくは分子データの新たなセットを生成し得る。前記データ送信は、階層化されたデータアクセス戦略に従って、研究者に利用可能にされ得る。リリースは、患者グループから構成され得る。リリースにおける患者の数は、分子データを有するそれらの患者を、まさにカウントすることにより適正化され得る。リリースは、それによりアクセスが種々の利害関係者（例えば、競争前段階のコンソーシアム（ＰＣＣ）の研究者、長期的研究の研究者、公的な研究者等）について管理され得るメカニズムであり得る。リリースは、該リリースへのアクセスが、その時間内においては特権的なアクセスを有するユーザに限定される、任意選択の時間設定された要素を有し得る。リリースは、指定されたユニットとして、研究者に利用可能にされ得る。リリースは、付加的であると考えられ得る。
【０１５６】
前記ＰＤＲは、インポートエクスポートプロセッサ（５７０）を含むことができ、および／または、使用することができる。前記インポートエクスポートプロセッサは、前記ＰＤＲデータベース（５５０）からのデータを、インポートおよびエクスポートし得る。前記インポートエクスポートプロセッサにより実行され得る機能は、データファイルの検証、エラーへの対処、監査、用語集マッピング、ＯＤＭプロトコルの管理またはそれらの組み合わせを含み得る。一実施形態では、前記ＯＤＭ  ＸＭＬフォーマットは、前記インポートエクスポートプロセッサにおける入力および出力に使用され得る。前記ＰＤＲは、前記ＯＤＭ  ＸＭＬフォーマットにおけるデータを受け取り得る。前記ＰＤＲは、前記データを構文解析することができ、前記ＰＤＲデータベースをアップデートする。一実施形態では、明示的なユーザアクションが、前記送信を処理し、前記データストアにおいて、それを受け付けるために必要とされ得る。必要に応じて、前記インポートエクスポートプロセッサを使用して、前記ＰＤＲは、前記観察研究プラットフォーム（２００）における、ＯＤＭエクスポートモジュール（２７０）、外部データソースもしくは分析スート（７００）のデータエクスポートモジュール（７０５）、ＰＤＲ／ＰＨＲアダプタ（３００）のデータエクスポートモジュール（３３１）および／または、独立研究室（８００）の臨床データエクスポートモジュール（８１５）の１つまたは複数から、ＰＤＲインポートモジュール（５８０）を通して、データを受け取り得る。必要に応じて、前記インポートエクスポートプロセッサを使用して、前記ＰＤＲは、ＰＤＲエクスポートモジュール（５７５）を通じて、外部データソースもしくは分析スート（７００）のデータインポートモジュール（７１０）、ＰＤＲ／ＰＨＲアダプタ（３３０）のデータインポートモジュール（３３２）および／または、独立研究室（８００）のＯＤＭインポートモジュール（８１０）の１つまたは複数に、データをエクスポートし得る。前記インポートエクスポートプロセッサ（５７０）によるデータのインポートまたはエクスポートは、ＳＦＴＰクライアントおよびサーバを介することができる。
【０１５７】
データは、ＨＴＴＰＳウェブサービス、ＳＦＴＰサーバまたは、電子データを送信する任意の他の公知の手段の使用により、前記ＰＤＲに送信することができ、および、前記ＰＤＲから送信されることできる。
【０１５８】
前記ＰＤＲは、ＰＤＲデータベース（５５０）を含み得る。前記ＰＤＲデータベースは、前記ＰＤＲの永続的なデータストアとして機能し得る。前記ＰＤＲデータベースは、臨床データおよび分子データを含み得る。前記ＰＤＲデータベースは、データウェアハウスであり得る。
【０１５９】
前記ＰＤＲは、ユーザインターフェイス（ＵＩ）層（５９０）を含み得る。前記ＵＩ層は、前記研究者ポータルリリースマネージャにおける、安全なウェブベース（ＨＴＴＰＳ）のユーザインターフェイス（ＵＩ；５９５）を提供し得る。前記ＵＩ層は、ユーザがリリースを構成するのを可能にし得る。
【０１６０】
患者データ記録
患者データ記録は、前記ＰＤＲに保存され得る。患者データ記録は、数多くのソースからの情報を含み得る。患者データ記録は、前記観察研究プラットフォームから受け取られる、ｅＣＲＦおよびｅＰＲＯファイルを含み得る。患者データ記録は、分子検査センター（例えば、独立研究室）から受け取られる、ヌクレオチド配列データ、遺伝子発現プロファイル、一塩基多型データ等を含み得る。患者データ記録は、前記コミュニティポータルまたは他のウェブサイトから受け取られた、個人の健康記録（ＰＨＲ）を含み得る。患者データ記録は、前記バイオバンクからの標本可用性に関する情報を含み得る。患者データ記録におけるデータは、任意のコンピュータ可読の媒体上に、任意の有用なファイルフォーマットで、デジタル的に保存され得る。データは、任意の有用なファイルフォーマット（例えば、ＢＥＤフォーマット、ｂｉｇＢｅｄフォーマット、ＢＥＤｄｅｔａｉｌフォーマット、ＰＳＬフォーマット、ＧＦＦフォーマット、ＧＴＦフォーマット、ＭＡＦフォーマット、ＢＡＭフォーマット、ＷＩＧフォーマット、ｂｉｇＷｉｇフォーマット、ＢｅｄＧｒａｐｈフォーマット、ＢＥＤ１５、ｃｈａｉｎフォーマット、Ｎｅｔフォーマット、Ａｘｔフォーマット、．２ｂｉｔフォーマット、．ｎｉｂフォーマット、ＧｅｎｅＰｒｅｄテーブルフォーマット、Ｐｅｒｓｏｎａｌ  Ｇｅｎｏｍｅ  ＳＮＰフォーマット、ＯＤＸ  ＸＭＬフォーマット、ＣＣＲフォーマット、ＣＣＤフォーマット、ＶＣＦフォーマット、ＧＥＰフォーマット、ＰＨＲ等）を使用して、保存、調査、アップロードまたはダウンロードされ得る。
【０１６１】
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの配列データは、前記ＰＤＲに保存され得る。前記ＢＥＤフォーマットは、配列データの注釈付きトラックにおけるデータを規定するための、フレキシブルな方法であり得る（ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ＦＡＱ／ＦＡＱｆｏｒｍａｔ．ｈｔｍｌを参照のこと。）。前記患者データリポジトリに保存された患者データ記録における配列データは、前記ＢＥＤフォーマットを使用して注釈付けされ得る。配列データは、ＢＥＤフォーマットで、前記患者データリポジトリにも送られ得る。前記ＢＥＤフォーマットの任意の拡張（例えば、ＢＥＤｄｅｔａｉｌ）は、前記患者データリポジトリにデータを保存する、または、前記患者データリポジトリにデータを送るのにも使用され得る。
【０１６２】
前記ｂｉｇＢｅｄフォーマットは、大きなデータセットを扱う際に有用であり得る、索引付のバイナリーフォーマットである（ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ｇｏｌｄｅｎＰａｔｈ／ｈｅｌｐ／ｂｉｇＢｅｄ．ｈｔｍｌを参照のこと。）。ｂｉｇＢｅｄファイルは、ＢＥＤファイルから作製され得る。前記患者データリポジトリは、前記ｂｉｇＢｅｄフォーマットでのファイルを含み得る。前記ｂｉｇＢｅｄフォーマットを使用するデータファイルは、前記患者データリポジトリに送ることもできる。
【０１６３】
ＰＳＬは、配列決定および／またはアライメントデータに関する情報を、調査する、保存する、分析する、または検索するための、別の有用なフォーマットであり、本願明細書に開示の方法に使用され得る（ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ＦＡＱ／ＦＡＱｆｏｒｍａｔ．ｈｔｍｌを参照のこと。）。
【０１６４】
ＧＦＦ（Ｇｅｎｅ  ＦｉｎｄｉｎｇフォーマットまたはＧｅｎｅ  Ｆｅａｔｕｒｅフォーマット）は、遺伝子および、ＤＮＡ、ＲＮＡおよびタンパク質配列に関連する他の特徴を記述するのに有用なファイルフォーマットであり、本願明細書に開示の方法に使用され得る（ｗｗｗ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／ｇｆｆ／ｓｐｅｃ．ｈｔｍｌを参照のこと。）。ＧＦＦに基づいている、前記Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒフォーマット（ＧＴＦ）は、配列データを保存、送信および／または記述するための別の有用なフォーマットであり、本願明細書に開示の方法に使用され得る（ｍｂｌａｂ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／ＧＴＦ２．ｈｔｍｌを参照のこと。）。
【０１６５】
前記Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔフォーマット（ＭＡＦ）は、本願明細書に開示の方法に使用され得る、別のデータファイルフォーマットである。このフォーマットは、全ゲノム間におけるＤＮＡレベルにおける複数のアライメントを保存するのに使用され得る（ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ＦＡＱ／ＦＡＱｆｏｒｍａｔ．ｈｔｍｌを参照のこと。）。
【０１６６】
Ｖａｒｉａｎｔ  Ｃａｌｌフォーマット（ＶＣＦ）は、豊富な注釈と一緒に、最も優勢な種類の配列バリエーション、例えば、ＳＮＰ、インデル（ｉｎｄｅｌ）（挿入もしくは欠失）およびより大きな構造的なバリアントを保存するための、標準化フォーマットである。ＶＣＦは、圧縮して保存され得、参照ゲノム上での位置の範囲からの、バリアントの素早いデータ検索のために、索引を付けられ得る（ｖｃｆｔｏｏｌｓ．ｓｏｕｒｃｅｆｏｒｇｅ．ｎｅｔを参照のこと。）。前記患者データリポジトリは、ＶＣＦファイルを含み得る。データは、ＶＣＦファイルにおいて、前記患者データリポジトリに送ることもできる。
【０１６７】
Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ／Ｍａｐ（ＳＡＭ）フォーマットは、配列アライメント情報の保存用の標準化フォーマットである（ｓａｍｔｏｏｌｓ．ｓｏｕｒｃｅｆｏｒｇｅ．ｎｅｔ／ＳＡＭ１．ｐｄｆを参照のこと。）。前記ＳＡＭフォーマットは、任意選択のヘッダーセクションおよびアライメントセクションからなるＴＡＢ区切りテキストフォーマットである。前記患者データリポジトリは、ＳＡＭファイルにおいて保存された被験体データを含み得る。ＳＭＡフォーマットにおける被験体データは、前記患者データリポジトリに送ることもできる。
【０１６８】
Ｂｉｎａｒｙ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ／Ｍａｐ（ＢＡＭ）は、前記ＳＡＭフォーマットの圧縮されたバイナリーバージョンである。前記ＢＡＭは、ヌクレオチド配列アライメントのコンパクトで、索引付け可能な表現である。ＳＡＭファイルは、ＢＡＭファイルに変換され得る。前記ＢＡＭファイルは、データセット全体をダウンロードする必要なしに、インターネットを通して、大きなデータセット内の目的の領域がアクセスされることを可能にし得る（ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ｇｏｌｄｅｎＰａｔｈ／ｈｅｌｐ／ｂａｍ．ｈｔｍｌを参照のこと。）。前記患者データリポジトリは、ＢＡＭファイルにおける情報を含み得る。前記患者データリポジトリに送られるデータは、前記ＢＡＭフォーマットを使用し得る。これにより、インターネットを介して、前記患者データリポジトリ中の患者データの双方向のアクセスをスピードアップし得る。
【０１６９】
前記ｗｉｇｇｌｅ（ＷＩＧ）フォーマットは、高密度で、連続的なデータ、例えば、ＧＣ百分率、確率スコア、トランスクリプトームデータを表示するのに使用され得、本願明細書に開示の方法に使用され得る（ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ｇｏｌｄｅｎＰａｔｈ／ｈｅｌｐ／ｗｉｇｇｌｅ．ｈｔｍｌを参照のこと。）。ＷＩＧデータは、スピードおよび効率のために圧縮される。前記圧縮は、データがエクスポートされる際に、小さな精度損失を引き起こし得る。本願明細書に開示の方法にも使用され得る別のファイルフォーマットは、ｂｅｄＧｒａｐｈフォーマットである（ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ｇｏｌｄｅｎＰａｔｈ／ｈｅｌｐ／ｂｅｄｇｒａｐｈ．ｈｔｍｌを参照のこと。）。前記ｂｅｄＧｒａｐｈフォーマットは、データ圧縮による何らの精度損失もなく、トラックフォーマットにおける連続的な価値のあるデータ（例えば、確率スコア、トランスクリプトームデータ等）を表示するのに使用され得る。ＢｉｇＷｉｇファイルは、ＷＩＧタイプまたはｂｅｄＧｒａｐｈタイプのファイルから作製され得（ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ｇｏｌｄｅｎＰａｔｈ／ｈｅｌｐ／ｂｉｇＷｉｇ．ｈｔｍｌを参照のこと。）、本願明細書に開示の方法に使用され得る。前記ｂｉｇＷｉｇフォーマットは、索引付きのバイナリーフォーマットであり、大きなデータセットへの双方向のアクセスをスピードアップし得る。
【０１７０】
本願明細書に開示の方法では、マイクロアレイと、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの配列データとをリンクするのが有用であり得る。前記ＢＥＤ１５フォーマットは、配列決定データ、例えば、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの配列決定データとあわせて、マイクロアレイデータを表示するのに有用なファイルフォーマットであり得る（ｇｅｎｏｍｅｗｉｋｉ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ｉｎｄｅｘ．ｐｈｐ／Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ＿ｔｒａｃｋを参照のこと。）。
【０１７１】
複数のＤＮＡ配列は、．２ｂｉｔファイルにおいて保存され得る。前記．２ｂｉｔファイルは、コンパクトで、ランダムアクセス可能なフォーマットである。前記．２ｂｉｔファイルフォーマットは、例えば、配列情報の保存、アップロードまたはダウンロードするための、本願明細書に開示の方法に使用され得る。前記．ｎｉｂフォーマットは、ポリヌクレオチド配列情報に使用され得る別のフォーマットである。前記．ｎｉｂフォーマットは、１つのファイルに１つの配列のみが保存され得る点で、前記．２ｂｉｔフォーマットとは異なる（ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ＦＡＱ／ＦＡＱｆｏｒｍａｔ．ｈｔｍｌ＃ｆｏｒｍａｔ６を参照のこと。）。
【０１７２】
前記ｇｅｎｅＰｒｅｄフォーマットおよびその変形物（例えば、ｇｅｎｅＰｒｅｄＥｘｔ、ｒｅｆＦｌａｔ等）は、遺伝子予測情報、遺伝子スプライシング情報（ｇｅｎｅ  ｓｌｉｃｉｎｇ  ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）および／または配列データを含む遺伝子名等の情報をリンクするのに使用され得る、テーブルフォーマットである。任意のｇｅｎｅＰｒｅｄフォーマットは、例えば、前記患者データリポジトリに保存された患者データファイル中のデータを表示する、保存する、検索する、アップロードする、ダウンロードする、または、前記データと相互作用する、本願明細書に開示の方法に使用され得る。
【０１７３】
参照配列を含む個人のゲノムからの一塩基多型を表示／比較するのに有用なファイルフォーマットは、Ｐｅｒｓｏｎａｌ  Ｇｅｎｏｍｅ  ＳＮＰフォーマットであり得る。このフォーマットは、例えば、前記患者データリポジトリに保存された患者データ記録中のデータを表示する、保存する、検索する、アップロードする、ダウンロードする、または、前記データと相互作用するのに使用され得る。
【０１７４】
前記Ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌ  Ｄａｔａ  Ｍｏｄｅｌ（ＯＤＭ）  ＸＭＬファイルフォーマットは、臨床調査に関するメタデータおよびデータをアーカイブおよび交換するのを容易にするのに使用され得る（ｗｗｗ．ｃｄｉｓｃ．ｏｒｇ／ｏｄｍを参照のこと。）。
【０１７５】
前記Ｃｏｎｔｉｎｕｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｒｅ  Ｒｅｃｏｒｄ（ＣＣＲ）フォーマットは、ＡＳＴＭにより開発されたＸＭＬベースの基準である。前記ＣＣＲフォーマットは、患者についての重要な臨床および人口統計データを捕捉する、このような目的のために、本願明細書に開示の方法に使用され得る（ｗｗｗ．ａｓｔｍ．ｏｒｇ／Ｓｔａｎｄａｒｄｓ／Ｅ２３６９．ｈｔｍを参照のこと。）。
前記Ｃｏｎｔｉｎｕｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｒｅ  Ｄｏｃｕｍｅｎｔ（ＣＣＤ）は、ＨＬ７のＣＤＡアーキテクチャに基づく、修正ファイルフォーマットである。前記ＣＣＤは、前記ＣＣＲフォーマットと同じセットの情報を捕捉するのに使用され得る（ｗｗｗ．ｈｌ７．ｏｒｇ／ｉｍｐｌｅｍｅｎｔ／ｓｔａｎｄａｒｄｓ／ｃｄａ．ｃｆｍを参照のこと。）。
【０１７６】
前記Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｐｒｏｆｉｌｅ（ＧＥＰ）フォーマットは、遺伝子発現プロファイリングアッセイの出力を捕捉するために、本願明細書に開示の方法に従って使用され得る。
【０１７７】
Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  ＨｅａｌｔｈＶａｕｌｔ  ＸＭＬおよびＨｅａｌｔｈＶａｕｌｔ，ＮＥＴは、ＭＳ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｖａｕｌｔが、上記の個人の健康ファイル機能に使用され得る、実施形態に関連して使用され得るファイルタイプである（ｍｓｄｎ．ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ．ｃｏｍ／ｅｎ−ｕｓ／ｈｅａｌｔｈｖａｕｌｔ／ｃｃ４５１９２９を参照のこと。）。
【０１７８】
研究者ポータル
前記ＩＴプラットフォームは、例えば、前記研究からの患者データへのアクセスを、研究者に提供する、研究者ポータルを含み得る。前記研究者ポータルは、ウェブインターフェイス、例えば、ウェブサイトを含み得る。前記研究者ポータルは、調査の刊行物にアクセスするための手段を含み得る。前記研究者ポータルは、ユーザが、前記患者データリポジトリ中の情報を、検索する、分析する、かつ／または前記情報と相互作用するのを可能にし得る。前記研究者ポータルは、研究者が、仮説を生成および／または試験するのを可能にし得る。前記研究ポータルは、ユーザが、種々のレベルの要約（例えば、ビジュアル形式および／または表形式）における、前記患者データリポジトリ中の全てのデータ（例えば、臨床データ、分子データ、試料情報、バイオインフォマティックス分析結果等）を利用可能にさせるのを可能にし得る。前記研究者ポータルは、データアクセスの階層化されたシステムを支援する手段を含み得る。前記研究ポータルは、対応するデータのダウンロード、視覚化および分析のツールにより、医師から基礎科学研究者、バイオインフォマティックス科学者までの全範囲の研究者の役に立ち得る、検索／ブラウズインターフェイスを提供し得る。前記研究ポータルは、これらの特有の能力により、前記サイトにおける参加を促進し得る、最先端の分析および視覚化ツールを有するプラットフォームを提供し得る。前記研究ポータルは、質問、争点、仮説、提案、計画等が議論され、連絡され得るプラットフォームを提供し得る。例えば、前記研究者ポータルは、質問および／またはデータセットへのアクセスをセーブおよび／または許可するための手段を含み得る。
【０１７９】
前記研究者ポータルは、研究者が、生存結果を比較する、患者の部分集合を作製する、患者集合の要約統計資料を調べる、特定の表現型を調査する、特定の患者を調査する、確立された分子検査により照会する、試料セットにおける遺伝子もしくは遺伝子セットを調査する、高レベルの分子データを調査する、未加工データをダウンロードする、またはそれらの組み合わせを可能にし得る。前記研究者ポータルは、オープンアクセスソフトウェアを含み得る。前記研究者ポータルは、ユーザまたは研究者が、前記利用可能な分析ツールを提案する、アップロードする、試験する、証明する、または別の方法でカスタマイズをすることを可能にし得る。
【０１８０】
生存結果の比較
前記研究者ポータルは、ユーザが、生存結果を比較するのを可能にし得る。これは、前記データの２つまたはそれより多くの部分集合を生成し、ついで、適切な統計（例えば、ＫＭプロット、ｔ−検定等）を使用して、前記部分集合を比較することを含み得る。前記研究ポータルは、必要に応じて、仮説の試験に使用されるデータセットのダウンロードを可能にし得る。前記２つまたはそれより多くの部分集合は、遺伝子型、表現型、処置計画、処置の時間、分子マーカーまたは任意の他のグループ化特性に基づき得る。
【０１８１】
患者の部分集合の作製
前記研究者ポータルは、ユーザが、基準の特定のセット（表現型、遺伝子型、処置計画、処置の時間、分子マーカー、年齢、性別、症状もしくは任意の他の基準またはそれらの組み合わせ）に従って患者の部分集合を見出す、かつ／または作製するために、前記患者データリポジトリを検索することを可能にし得る。前記患者の部分集合は、後で使用するためにセーブされ得る。前記患者の部分集合は、前記部分集合内の患者に関する、より詳細なデータ（例えば、完全な臨床データ、分子データ、配列決定データ、遺伝子型データ等）に関して照会する、かつ／または、前記より詳細なデータをダウンロードするのに使用され得る。前記部分集合は、更なる照会、例えば、生存結果の比較に使用され得る。
【０１８２】
患者集合の要約統計資料の調査
前記研究者ポータルは、患者集合の要約統計資料を調べるための手段を含み得る。前記手段は、種々の視覚化手段（例えば、表、グラフ等）を含み得る。
【０１８３】
特定の表現型の調査
前記研究者ポータルは、ユーザが、特定の表現型を有する、登録されている患者の数をモニターするのを可能にし得る。前記研究者ポータルは、特定の表現型を有する患者からのデータが、リリースされ、研究者に利用可能となった際に、該研究者に自動的に通知し得る。
【０１８４】
特定の患者の調査
前記研究者ポータルは、ユーザが、特定の患者に関する全ての利用可能な情報にアクセスすることを可能にし得る。前記患者は、患者ＩＤナンバーにより参照され得る。前記患者は、検索、例えば、特定の表現型に関する検索において、特定され得る。前記研究者ポータルは、ユーザが、例えば、時系列により、特定の患者を追跡することを可能にし得る。
【０１８５】
確立された分子検査による照会
前記研究者ポータルは、ユーザが、確立された分子検査（例えば、７０−遺伝子インデックス、増殖特性等）に従って患者記録を検索することを可能にし得る。前記分子検査は、分子データの操作に基づき得る。前記研究者ポータルは、ユーザが、新たな試験を提出することを可能にし得る。
【０１８６】
試料セットにおける遺伝子または遺伝子セットの調査
前記研究者ポータルは、ユーザが、試料セットにおける遺伝子または遺伝子セットを調査するのを可能にし得る。前記遺伝子（複数可）は、任意の標準化された方法（例えば、遺伝子名、ＨＵＧＯ  ＩＤ、ＲｅｆＳｅｑ  ＩＤ、Ｅｎｓｅｍｂｌ  ＩＤ等）で確認され得る。前記遺伝子（複数可）は、経路（例えば、Ｋｅｇｇ  ＩＤ）に従って確認され得る。前記遺伝子（複数可）は、遺伝子オントロジー識別子に従って確認され得る。前記試料は、全データベースを含み得る。前記試料セットは、前記データベースの部分集合、例えば、患者の部分集合の作製機能を使用して確認される部分集合を含み得る。前記研究者ポータルは、前記結果を視覚化するための手段を含み得る。遺伝子または分子の結果におけるリストは、分子結果の値によりコードされた遺伝子および／または患者の色を含むヒートマップ図を使用して、表示され得る。単一の遺伝子が、患者にわたる遺伝子情報および分子結果を表示する、Ｅｎｔｒｅｚ様ページまたはポップアップに従って表示され得る。前記研究者ポータルは、ユーザが、例えば、ダウンロードナウリンク（ｄｏｗｎｌｏａｄ
ｎｏｗ  ｌｉｎｋ）を使用して、遺伝子および／または患者の部分集合に関する分子データをダウンロードすることを可能にし得る。前記研究者ポータルは、ユーザが、後で使用するために、前記調査結果をセーブするのを可能にし得る。
【０１８７】
高レベルの分子データの調査
前記研究者ポータルは、分子データの高レベルの要約を調べるための手段を含み得る。複数の異なる分析タイプ、例えば、主成分分析、階層クラスタリングおよびゲノムブラウジングは、この種の調査自体に適している。前記データの調査は、後で使用するために、患者または遺伝子の部分集合を選択するのに使用され得る。
【０１８８】
外部分析に関するデータの縮小
前記研究者ポータルは、ユーザが、例えば、ＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ、Ｓｐｏｔｆｉｒｅ、Ｅｘｃｅｌ、ＧｅｎｅＰａｔｔｅｒｎ等のツールにより、外部分析のためのデータセットを縮小することを可能にし得る。前記研究者ポータルは、前記目的の分析ツールに従ってデータをフィルタするための手段を含み得る。前記研究者ポータルは、ユーザ固有の基準に従って、データをフィルタするための手段を含み得る。前記研究者ポータルは、先に同定された部分集合におけるデータをフィルタするための手段を含み得る。
【０１８９】
未加工のデータのダウンロード
前記研究者ポータルは、未加工のデータをダウンロードするための手段を含み得る。これは、例えば、分析方法を検査し、または、前記データの詳細な再分析を行うのに使用され得る。前記研究者ポータルは、データファイルにアクセスするためのＦＴＰサイトを提供し得る。前記ＦＴＰサイトにおけるデータファイルは、アッセイの種類、患者、試料の種類または、任意の他の有用な構成スキームにより構成され得る。前記ＦＴＰサイトは、研究者が、未加工の次世代配列決定読み取り、整列した配列決定読み取り、マイクロアレイの結果（例えば、ＣＥＬファイルまたはその同等物）、画像ファイル（例えば、ＦＩＳＨ画像、ＩＨＣ画像、ヒストロジー画像等）または、任意の他の有用なデータにアクセスするのを可能にし得る。ダウンロードに利用可能なデータは、非特定データであり得る。
【０１９０】
前記研究者ポータルは、研究者が、所望の基準に合致する患者コホートを構築する、それらのコホートに関する臨床および分子データのデータセットを設計する、かつ、オフライン処理のために、このデータのダウンロードを要求するか、または、各種の内臓型オンラインツールを使用して、このデータを調査する、視覚化する、分析するかのいずれかを可能にし得る。第１グループの利害関係者における研究者（例えば、競争前段階のコンソーシアム（ＰＣＣ）のメンバー）は、前記患者データリポジトリから入って来る（例えば、データリリースまたは差分（ｄｅｌｔａ））、患者データ−臨床および分子データ−への特権的な早期のアクセスを許可され得る。特権的な研究者は、すぐにこのデータを見ることが可能であり得る。一実施形態では、第２グループの利害関係者（例えば、長期的研究の研究者）は、前記第１グループの後に、前記データへのアクセスを許可され得る。このアクセスは、例えば、前記第１グループの後の５か月で許可され得る。一実施形態では、第３グループ（例えば、一般的なアクセス研究者）は、前記第１および第２グループ後に、例えば、前記第１グループがアクセスを許可された後の６か月で、前記データへのアクセスを許可される。この区別は、前記研究者ポータルのユーザインターフェイスにおける全ての局面を通して維持され得、例えば、全ての調査および機能が、この制約に関して合致し得る。前記研究者ポータルは、管理されたデータセットおよび／または公けのデータセット（例えば、非特定のデータセット）へのアクセスを許可し得る。一実施形態では、アクセスを許可された任意の研究者は、前記公けのデータセットにアクセス可能である。前記公けのデータセットは、ＨＩＰＡＡ制限されたデータフィールド、および、同様に感知可能な（ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ）分子データフィールドを省略する。一実施形態では、資格を有する研究者は、前記管理されたデータセットへのアクセスを許可され得る。前記管理されたデータセットは、前記公けのデータセットからのデータ要素に加えて、ＨＩＰＡＡにより制限されたと考えられる日付フィールドに関する正確な日付を含む。前記研究者ポータルは、コホートを同定するのに使用され、コホートにロックされる基準間を識別し得る。研究者は、コホート選択基準セットを構築し得るが、前記コホートにおいてロックするための準備がまだである。例えば、前記基準に合致する患者が十分でないためである。前記研究者は、前記基準セットをセーブすることができ、それに合致する患者の最新のセットを定期的にチェックし得る。前記研究者ポータルは、前記基準に合致する患者のセットが変化する場合に、前記研究者に通知するための手段を含み得る。一実施形態では、コホートが一部の基準に基づいて作製された時点で、前記コホート内の患者のセットは、決して変化しない。
【０１９１】
データ（例えば、患者および／または分子データ）は、分散型の差分またはリリースにおいて、前記研究者ポータルへとリリースされ得る。差分またはリリースは、新たな患者のセット、それらの患者に関する、新たなもしくは最新の臨床データ、および／または、新たな分子アッセイデータを含み得る。新たな患者、臨床データおよび分子データの組み合わせが可能である。一実施形態では、差分またはリリースの時間および頻度は、制限されない。新たな差分が受け取られた場合、前記差分におけるデータは、（特権的／一般的、および、管理された／公けのフィルタリング制限に供する）前記ポータルにおいて、研究者に直ちに利用可能となり得る。別の実施形態では、新たな差分は、時間設定されたスケジュールに従ってリリースされる。例えば、新たな差分は、１から１２か月毎（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２か月毎等）にリリースされ得る。一実施形態では、新たな差分は、６か月毎にリリースされる。
【０１９２】
「リリース」は、１人または複数の被験体（例えば、患者のグループ）に関連するデータ（例えば、分子データ、臨床データ）から構成され得る。リリースにおける患者の数は、分子データを有するそれらの患者を、まさにカウントすることにより適正化され得る。リリースは、それによりアクセスが、階層的なデータアクセスについて管理されるメカニズムであり得る。リリースは、その時間内においては特権的なアクセスを有するユーザに、該リリースへのアクセスを限定する、任意選択の時間設定された要素を有し得る。リリースは、指定されたユニットとして、研究者に利用可能にされ得る。リリースは、付加的であり得る。最新のリリースに加えて、以前のリリースも、前記研究者ポータルデータストアにおいて、利用可能であり続け得る。研究者は、そのリリースの文脈内のデータセットを取得するために、任意のリリースに対して、患者フィルタおよびデータセット仕様を適用可能であり得る。リリースは、任意の数の患者からの情報を含み得る。リリースは、約１から約５００名の患者、例えば、約１−５００、１−２５０、１−１００、１−７５、１−５０、１−４０、１−３０、１−２０、１−１５、１−１０、１−５、５−５００、５−２５０、５−１００、５−７５、５−５０、５−４０、５−３０、５−２０、５−１５、５−１０、１０−５００、１０−２５０、１０−１００、１０−７５、１０−５０、１０−４０、１０−３０、１０−２０、１０−１５、１５−５００、１５−２５０、１５−１００、１５−７５、１５−５０、１５−４０、１５−３０、１５−２０、２０−５００、２０−２５０、２０−１００、２０−７５、２０−５０、２０−４０、２０−３０、３０−５００、３０−２５０、３０−１００、３０−７５、３０−５０、３０−４０、４０−５００、４０−２５０、４０−１００、４０−７５、４０−５０、５０−５００、５０−２５０、５０−１００、５０−７５、７５−５００、７５−２５０、７５−１００、１００−５００、１００−２５０、２５０−５００名の患者、または、任意の含まれる部分範囲もしくは整数を含み得る。リリースは、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００名またはそれより多くの患者を含み得る。
【０１９３】
未加工の分子データは、前記研究者ポータルの外側で保存され得る。一実施形態では、前記研究者ポータルは、（管理されたデータセット制限に供する）患者の臨床データおよび２次レベルもしくは要約された分子データのみを保存する。基礎をなす未加工の分子データ（例えば、未加工の読み取り）は、前記バイオバンクまたは独立研究室に保存され得、必要に応じて取り出され得る。未加工の分子データは、初期の分析パイプライン処理のためにアクセスされて、バンドルアッセンブリをダウンロードし、かつ／または、ゲノムブラウザにおいて、整列された読み取りに関する配列ファイル（例えば、ＢＡＭファイル）へのウインドウ化されたアクセスを提供し得る。ウインドウ化されたアクセスの外側では、読み取りデータのサイズは、大きなデータ全体について実行するアルゴリズムが、前記データと共配置されなければならないことを意味し得る。一実施形態では、未加工の分子データを含むデータベース（例えば、前記バイオバンクまたは独立研究室におけるデータベース）は、分析のサーバ側要素をインストールおよび実行し、または、スートを表示し得る。前記研究者ポータルは、例えば、プロキシを介して安全なトンネルを越えて、または、ＩＧＶセッション機能を使用することにより、前記データが安全に送られ得ることを保証するための手段を含み得る。データは、ハードドライブ輸送の手段によっても送達され得る。
【０１９４】
研究者ポータルにおける典型的なＩＴアーキテクチャの理論型アーキテクチャ図は、図６および図７に提供される。
【０１９５】
前記研究者ポータルは、入力データプロセッササブシステム（６１０）を含み得る。前記入力データプロセッサおよびその関連するストアは、前記患者データリポジトリ（５００）の研究者ポータルエクスポートモジュール（５６５）から、前記研究者ポータル（６００）のデータ送信モジュール（６０７）に入ってくるデータ（例えば、差分）に関する待ち行列を実行し得る。入力データは、処理のために、入力データストア（６２０）に保存され得る。前記入力データプロセッサ（６１０）は、スナップショット・アセンブラ（６１５）を含み得る。前記スナップショット・アセンブラは、前記ストアを定期的にポーリングし、任意の完了した差分を処理し得る。完了した差分は、スナップショット作製モジュール（６１７）を通して、ビジネス層モジュール（６３０）に送られ得、新たなリリースを作製するために、研究者ポータルデータストア（６７０）にセーブされ得る。完了した差分は、前記待ち行列から削除され得る。
【０１９６】
前記研究者ポータルは、研究者ポータルデータストア（６７０）を含み得る。前記研究者ポータルデータストアは、ユーザに利用可能にされた、任意の臨床データまたは分子データを保存するのに使用され得る。前記研究者ポータルデータストアは、クエリ、コホート、リストおよび／またはユーザグループメンバーシップをセーブし得る。一実施形態では、前記管理されたデータセットからのデータのみが、前記研究者ポータルデータストアに保存される。前記研究者ポータルデータストア中の要約レベルのデータは、バイオバンク／独立研究室（８８０）における読み取りレベルのデータにリンクされ得る。
【０１９７】
前記研究者ポータルは、リクルートメントエージェント（６４０）を含み得る。前記リクルートメントエージェントは、新たな患者が、研究者が設定したコホート選択基準に入るかまたはそれから出る場合、研究者に通知するための機能を含み得る。前記エージェントは、定期的に行われ得る。前記エージェントは、合致した患者のセットが変化した場合、簡易メール転送プロトコル（ＳＭＴＰ）を使用して、ｅメール通知（６４５）を生成し得る。前記ｅメール通知は、前記研究者が、前記セットの変化を調べるのを可能にするリンクを含み得る。
【０１９８】
前記研究者ポータルは、オンデマンド式分析（ＡＯＤ）要素（６８０）を含み得る。前記ＡＯＤ要素は、前記研究者により行われ得る、分析機能を提供し得る。前記ＡＯＤは、分析エンジン（６８４）を含み得る。前記分析エンジンは、分析パラメータを受け取り得、分析ジョブを形成し得る。前記ＡＯＤは、コア分析要素と通信するための分析アダプタ（６８６）を含み得る。ＡＯＤを有する前記研究者ポータルは、分析表示モジュール（６８２）を含み得る。前記分析表示モジュールは、分析ＵＩ（ユーザインターフェイス）を含み得る。典型的な分析機能は、表７に見出され得る。
【０１９９】
【表７】
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前記研究者ポータルは、ゲノムブラウザ（６５０）を含み得る。前記ゲノムブラウザは、ユーザが、配列決定データを視覚化するのを可能にし得る。前記配列決定データは、未加工の配列決定データを含み得る。前記未加工の配列決定データは、ゲノムに対して整列され得る（例えば、ヒトゲノム型）。前記ゲノムブラウザは、第三者のゲノムブラウザであり得る。前記ゲノムブラウザは、ＵＣＳＣゲノムブラウザであり得る。前記ゲノムブラウザは、内臓型のゲノムビューアであり得る。前記ゲノムブラウザは、前記研究者ポータルのビジネス層要素からのデータを要求し得る。前記ゲノムブラウザは、未加工の配列決定データ読み取りへのウインドウ化されたアクセスを使用し得る。前記未加工の配列決定データ読み取りは、バイオバンク／独立研究室（８８５）により提供され得る。前記未加工の配列決定データ読み取りは、ＢＡＭファイルであり得る。
【０２００】
前記研究者ポータルは、ビジネス層（６３０）を含み得る。前記ビジネス層は、前記研究者ポータルに複数の機能を提供し得る。前記ビジネス層は、試料可用性についての情報を提供し得る。前記ビジネス層は、前記バイオバンクからの試料を要求するための手段を含み得る。前記ビジネス層は、前記バイオバンクからの試料を直接要求するための命令を含み得る。前記ビジネス層（６３０）は、データ遂行モジュール（６３５）を通して、データ（例えば、試料可用性データまたは分子データ、例えば、未加工の配列データ読み取り等）に関して、バイオバンク／独立研究室に照会し得る。前記データ遂行モジュールは、バイオバンク／独立研究室（８００）のデータリクエスト遂行モジュール（８８５）と通信し得る。前記ビジネス層は、ＳＦＴＰを使用して、データダウンロードモジュール（６３７）からの情報も受け取り得る。
【０２０１】
前記ビジネス層は、データアクセスコントロールモジュール（６３４）を含み得る。前記データアクセスコントロールモジュールは、ＲＰユーザのグループ化およびデータへのアクセスグループの許可を取扱い得る。データへのアクセス制限は、２つの段階において起こり得る。前記研究者ポータルデータストア（６７０）では、データは、各研究被験体に関する、未同定のＩＤ、完全なデータ、臨床および分子データを有すると考えられ得る。適用され得る第１のフィルタは、階層化されたアクセスシステム内のアクセスレベルに関する。例えば、研究者が一般的なアクセスグループである場合、前記一般的なアクセスグループに対して利用可能にさせている患者のみが、利用可能である。第２のフィルタは、アクセスを許可され得る研究者に対する、データの細分性に関連して適用され得る（例えば、ユーザが前記管理されたデータセットまたは前記公けのデータセットへのアクセスを有し得るかどうかに基づくフィルタ）。例えば、研究者が前記公けのデータセットのみへのアクセスを有する場合、前記第２のフィルタは、処置日等の情報を除去し得る。
【０２０２】
前記研究者ポータルのビジネス層は、ダッシュボードジェネレータ（６３２）を含み得る。前記ダッシュボードジェネレータは、寄与しているサイトについての統計資料を作製し、前記ユーザにそれを表示し得る。統計資料は、任意の従来のフォーマット（例えば、円グラフ）を使用して表示され得る。一実施形態では、前記寄与しているサイトのデータは、前記ＳＤＴＭフォーマット中のＳＩＴＥ  ＩＤまたは患者についての臨床注釈のいずれかとして、前記ＰＤＲから前記ＰＲ内に到着する。一実施形態では、前記サイトデータは、前記研究者ポータルデータストア（６７０）に保存される。前記ＵＩ層（６６０）は、安全なウェブベースのユーザインターフェイス（６６５）を提供し得る。前記ＵＩ層は、前記ビジネス層（６３０）からのダッシュボード情報を、前記研究者にそれを表示するために取得し得る。
【０２０３】
組織バンク／バイオバンク／独立研究室
本願明細書に開示の方法に従って収集された試料は、組織バンク／バイオバンクに保存され得る。前記組織バンクおよびバイオバンクの用語は、互換的に使用される。組織試料は、サンプルキットを使用して保存およびまたは処理され得る。収集された試料は、試料ＩＤにより同定され得る。試料ＩＤは、患者ＩＤに関連付けられ得る。前記試料および患者ＩＤの使用は、複数の試料（および、前記試料の分析に由来する任意の情報）が１名の患者に結び付けられ、前記患者が複数の試料を提供することを可能にし得る。一実施形態では、標本収集サイトでは、人間が、前記試料キットに患者ＩＤを記入し得る。前記患者ＩＤは、前記観察研究プラットフォーム内で生成され得る。前記収集サイトは、前記キットを前記バイオバンクに送付し得る。前記バイオバンクは前記キットを受け取り、トラッキングシステム内に２つのＩＤを入力し得る。一実施形態では、前記バイオバンクによりエクスポートされた全てのデータは、前記患者ＩＤに同期された前記試料ＩＤを有する。
【０２０４】
一実施形態では、前記バイオバンクは、収集された試料の分析を行う。一実施形態では、前記試料は、独立研究室により分析される。バイオバンク／独立研究室に関する典型的なＩＴアーキテクチャの理論アーキテクチャ図は、図８に提供される。前記バイオバンク／独立研究室（８００）は、未加工の分析データのデータベース（分子データストア；８４０）を含み得る。前記未加工の分析データは、分子データ（例えば、配列決定データ、ＦＩＳＨデータ等）を含み得る。前記バイオバンクは、前記研究者ポータルからのデータ要求を受け取るためのインターフェイス（データ要求遂行；８３５）を含み得る。前記データ要求インターフェイスは、ＨＴＴＰＳプロトコルを使用するウェブサービス、ｅメールサービスまたはＲＥＳＴ  ＡＰＩプロトコルを使用するウェブサービスであり得る。データ要求は、データ要求プロセッサ（８３０）により処理され得る。前記研究者ポータルからのデータ要求は、ＳＦＴＰサーバ（８５０）または他のファイルサーバ（例えば、Ａｓｐｅｒａサーバ；８５０）を使用して遂行され得る。前記バイオバンク／独立研究室は、例えば、Ａｓｐｅｒａサーバ（８５０）および／またはＳＦＴＰサーバ（８６０）を使用し、データ遂行モジュール（８８５）を通して、前記研究者ポータルに、ファイルを転送し得る。前記Ａｓｐｅｒａサーバは、大きい（例えば、約５ギガバイトより大きい）未加工の分子データファイル（例えば、ＢＡＭファイル、ＶＣＦファイル、ＧＥＰファイル等）に使用され得る。前記Ａｓｐｅｒａサーバは、Ａｓｐｅｒａクライアントのユーザインターフェイスにより、および／または、アプリケーションプログラミングインターフェイスを介してアクセスさせ得る。前記ＳＦＰＴサーバは、より小さい（例えば、約５ギガバイト未満の）未加工の分子データファイル（例えば、ＢＡＭファイル、ＶＣＦファイル、ＧＥＰファイル等）に使用され得る。前記ＳＦＰＴサーバは、ＢＡＭファイル（例えば、前記研究者ポータル）へのウインドウ化されたアクセスを提供し得る。前記データ遂行モジュールは、安全なファイル転送プロトコル（ＳＦＴＰ）サーバ、ファイルサーバ（例えば、Ａｓｐｅｒａサーバ）、ハードドライブ輸送またはそれらの組み合わせを使用し得る。一実施形態では、大きなファイル（例えば、５ギガビットより大きいファイル）は、前記ファイルサーバ（例えば、Ａｓｐｅｒａサーバ）を使用して転送され得る。一実施形態では、大きいファイルは、ハードドライブ輸送の手段により転送され得る。
【０２０５】
前記バイオバンクは、前記ＰＤＲおよび／または前記ＯＳＰから、臨床データを受け取るための、ＯＤＭインポートモジュール（８１０）を含み得る。臨床データは、ＯＤＭ  ＸＭＬファイルとして伝達され得る。臨床データは、ＳＦＴＰサーバまたは他のファイルサーバ（例えば、Ａｓｐｅｒａサーバ）を介して転送され得る。前記バイオバンクは、例えば、前記ＰＤＲに、臨床データをエクスポートするための手段を含み得る。臨床データのエクスポートは、ＳＦＴＰクライアントを使用する、臨床データエクスポートモジュール（８１５）を介し得る。前記バイオバンク／独立研究室は、標本およびデータトラッカモジュール（８７０）を含み得る。
【０２０６】
前記バイオバンクは、前記患者データリポジトリに、分子結果をエクスポートするためのＳＦＴＰサーバを使用する、結果計算パイプライン（８２０）および分子結果データエクスポートモジュール（８０５）を含み得る。前記バイオバンク／独立研究室は、分析ツールへのアクセスを可能にするＨＴＴＰＳを使用する、安全なウェブインターフェイス（ウェブ  ＵＩ；８７５）を含み得る。
【０２０７】
個人の健康記録
個人の健康記録（ＰＨＲ）は、被験体に関する健康データの患者集中型リポジトリであり得る。前記ＰＨＲは、健康計量データ（ｈｅａｌｔｈ  ｍｅｔｒｉｃｓ  ｄａｔａ）、例えば、患者入力の健康データに関する補助ストアとしての役割を果たし得る。前記健康データは、前記コミュニティポータルを通して入力され得る。前記ＰＨＲは、図９の典型的な理論アーキテクチャ図に従い、前記ＩＴプラットフォーム（図１）へと統合され得る。前記ＰＨＲ（１５０）は、前記ＰＤＲ中の他の臨床データと統合され得る。前記ＰＨＲは、研究データ、例えば、任意の検査結果を保存するのに使用され得る。前記ＰＨＲは、前記研究中に収集された観察結果および検査結果にアクセスするために、被験体により使用され得る。前記ＰＨＲは、市販のデータベース（１５５）、例えば、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｖａｕｌｔを使用して、実行され得る。前記ＰＤＲ／ＰＨＲアダプタ（３３０）は、前記コミュニティポータル（３００）と前記ＰＤＲ（５００）との間の媒介として機能し得る。前記ＰＤＲ／ＰＨＲアダプタは、前記ＣＰが、前記ＰＨＲへの単一の認証されたインターフェイスであることを可能にし得る。前記ＰＤＲは、前記ＰＤＲ／ＰＨＲアダプタに、患者に関する研究データをエクスポートし得る。前記ＰＤＲ／ＰＨＲアダプタは、前記ＣＰに前記データを転送し得る。前記ＣＰは、前記患者ＰＨＲへと、前記データを転送し得る。
【０２０８】
階層化されたデータアクセス
本願明細書では、調査を行う方法、資金調達し調査を実行をする方法、ならびに、調査データを収集し、かつ／または配信する方法が開示される。前記方法において、利害関係者の参画は、階層化されたデータアクセスのシステムにより動機づけられ得る。これにより、前記研究中に収集された患者データおよび試料への早期の競争前段階のアクセスが、参画レベル（例えば、資金拠出レベル、患者登録レベル等）に基づいて許可され得る。前記管理されたデータセットへの特権的なアクセスは、特定の利害関係者に許可され得る（図１０）。利害関係者は、資金拠出パートナーまたは資金拠出パートナーにより雇用された研究者を含み得る。利害関係者は、競争前段階のコンソーシアム（ＰＣＣ）または個別化医療イニシアチブ共同体（ＰＭＩＣ）を含み得る。前記ＰＣＣは、１つまたは複数の製薬会社を含み得る。特権的なデータアクセスは、一定期間の排他的なアクセスであり得る。特権的なアクセスを許可された利害関係者の研究者は、データアクセス要求フォームを提出することが求められ得る。前記データアクセス要求フォームは、データアクセス委員会により評価され得る。特権的なアクセスを許可された利害関係者のユーザ（例えば、研究者）は、データ利用合意に署名することを求められ得る。前記特権的な利害関係者は、前記合意に連署することを求められ得る。特権的なアクセス期間後に、前記公けのデータセットおよび／または管理されたデータセットは、前記調査コミュニティに対して、一般に利用可能になり得る。
【０２０９】
特権的なデータアクセスは、データリリース後の一定期間許可され得る。前記期間は、約１か月から約５年；例えば、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１年、２年、３年、４年、５年またはそれより長い期間、あるいは任意の間にある期間であり得る。一実施形態では、特権的なアクセスの期間は、９か月である。別の実施形態では、特権的なアクセスの期間は、６か月である。別の実施形態では、特権的なアクセスの期間は、５か月である。
【０２１０】
前記データ利用合意は、任意の研究的発見を一定期間公表しないことの合意を含み得る。前記非公表期間は、約１か月から約５年；例えば、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１年、２年、３年、４年、５年またはそれより長い期間、あるいは任意の間にある期間であり得る。一実施形態では、非公表期間は、特権的なアクセスの期間と同じである。一実施形態では、非公表期間は、３か月である。別の実施形態では、非公表期間は、約５か月である。別の実施形態では、非公表期間は、６か月である。別の実施形態では、非公表期間は、９か月である。前記データ利用合意は規定を含み得、該規定によって、前記研究スポンサーが、公表前の任意の刊行物へのアクセスを許可される。一実施形態では、潜在的な刊行物へのアクセスは、３０日の期間許可され得る。
【０２１１】
前記データ利用合意は、研究データの使用に起因する、任意の発明に由来する知的財産権を求めないことの合意を含み得る。「発明」は、ＰＭＩＣ結果および／または長期的研究材料を使用する結果として実践するために、創作され、計画され、まとめられたあらゆる発見または発明（州法、連邦法または外国の知的財産権法に基づいて保護可能であるかの有無問わず）、例えば、このような発見または発明に固有である全ての知的財産権を意味し得る。前記データ利用合意は、任意の発明に対する、完全に支払われ、世界的で、ロイヤリティフリーで、および／または、非排他的なライセンスを許可することの合意を含み得る。
【０２１２】
前記研究に関する支援は、金銭的な支援を含み得る。金銭的な支援は、最初の支援を含み得る。前記最初の支援は、約＄１００，０００から約５０００万ドル；例えば、＄１００，０００；＄２００，０００；＄３００，０００；＄４００，０００；＄５００，０００；＄６００，０００；＄７００，０００；＄８００，０００；＄９００，０００；＄１，０００，０００；１５０万ドル；２００万ドル；３００万ドル；４００万ドル；５００万ドル；６００万ドル；７００万ドル；８００万ドル；９００万ドル；１０００万ドル；１１００万ドル；１２００万ドル；１３００万ドル；１４００万ドル；１５００万ドル；１６００万ドル；１７００万ドル；１８００万ドル；１９００万ドル；２０００万ドル；２１００万ドル；２２００万ドル；２３００万ドル；２４００万ドル；２５００万ドル；２６００万ドル；２７００万ドル；２８００万ドル；２９００万ドル；３０００万ドル；３１００万ドル；３２００万ドル；３３００万ドル；３４００万ドル；３５００万ドル；３６００万ドル；３７００万ドル；３８００万ドル；３９００万ドル；４０００万ドル；４１００万ドル；４２００万ドル；４３００万ドル；４４００万ドル；４５００万ドル；４６００万ドル；４７００万ドル；４８００万ドル；４９００万ドル；５０００万ドルまたはそれより多い金額、あるいは任意の間にある額であり得る。金銭的な支援は、年会費を含み得る。年会費は、約＄１００，０００から約５０００万ドル；例えば、＄１００，０００；＄２００，０００；＄３００，０００；＄４００，０００；＄５００，０００；＄６００，０００；＄７００，０００；＄８００，０００；＄９００，０００；＄１，０００，０００；１５０万ドル；２００万ドル；３００万ドル；４００万ドル；５００万ドル；６００万ドル；７００万ドル；８００万ドル；９００万ドル；１０００万ドル；１１００万ドル；１２００万ドル；１３００万ドル；１４００万ドル；１５００万ドル；１６００万ドル；１７００万ドル；１８００万ドル；１９００万ドル；２０００万ドル；２１００万ドル；２２００万ドル；２３００万ドル；２４００万ドル；２５００万ドル；２６００万ドル；２７００万ドル；２８００万ドル；２９００万ドル；３０００万ドル；３１００万ドル；３２００万ドル；３３００万ドル；３４００万ドル；３５００万ドル；３６００万ドル；３７００万ドル；３８００万ドル；３９００万ドル；４０００万ドル；４１００万ドル；４２００万ドル；４３００万ドル；４４００万ドル；４５００万ドル；４６００万ドル；４７００万ドル；４８００万ドル；４９００万ドル；５０００万ドルまたはそれより多い金額、あるいは任意の間にある額であり得る。年会費は、前記研究の存続期間中に必要とされ得る。
【０２１３】
本願明細書に開示の方法に従って、データアクセスの第２階層は、それによって第２グループの利害関係者が、第２の期間に、研究材料および／またはデータへのアクセスを許可されることが含まれ得る。前記第２の期間は、特権的なアクセスの第１の期間後に開始し得る。前記第２の期間は、約１か月から約５年；例えば、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１年、２年、３年、４年、５年またはそれより長い期間、あるいは任意の間にある期間であり得る。一実施形態では、前記第２の期間は、約１か月である。別の実施形態では、前記第２の期間は、３か月である。前記第２グループの利害関係者は、研究登録サイトにおける研究者または非営利の研究施設を含み得る。
【０２１４】
研究に関する支援は、（例えば、被験体を登録することによる）参画を含み得る。ある登録サイトで登録される被験体の数は、その登録サイトが前記データリポジトリへの早期のアクセスが許可されるかどうかを決定し得る。例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２５、１５０、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００人またはそれより多い被験体を登録した登録サイトが、研究材料および／またはデータへのアクセスを許可され得る。
【０２１５】
データ分析
一態様おいて、本願明細書では、調査データを分析する方法が開示される。調査データは、長期的調査研究に由来し得る。調査データは、臨床データを含み得る。調査データは、分子データを含み得る。データ分析は、例えば、予後指標またはセラノスティック指標を確認するのに行われ得る。例えば、臨床データおよび分子データは、予後指標またはセラノスティック指標を確認するために関連付けられ得る。ベースライン変数と処置結果との間の関連付けまたは相関は、予後指標またはセラノスティック確認を特定するのに使用され得る。ベースライン変数は、人口統計情報（例えば、年齢、性別、人種、体重、喫煙習慣、飲酒習慣、薬物使用等）、分子データ（例えば、ゲノムデータ、例えば、変異データ）、疾患の病期分類、処置方法等を含み得る。処置結果は、無進行生存、処置応答率、生存率、経時的な臨床データまたは分子データにおける変化等を含み得る。
【０２１６】
記述的統計資料は、調査研究において評価される全ての変数に関して提供され得る。下記の典型的な要約統計資料：（ａ）連続型変数に関する範囲、平均値、中央値および標準偏差；（ｂ）カテゴリー変数に関する合計（ｃｏｕｎｔ）および割合；（ｃ）時間対事象変数に関する発生率およびカプラン−マイヤー曲線が、算出され得る。適切な場合、９５％信頼区間が提供され得る。
【０２１７】
患者は、例えば、臨床疾患の特徴および／または分子プロファイルにより、グループ化され得る。これらのグループは、例えば、連続型変数に関するｔ−検定、カテゴリー変数に関するカイ二乗検定もしくは正確確率検定（ｅｘａｃｔ  ｔｅｓｔ）、および／または、時間対事象変数に関するログランク検定を使用して比較され得る。
【０２１８】
ベースライン変数（例えば、人口統計、分子プロファイル）と結果との間の関連付けまたはは、多くの重回帰法、例えば、（長期的データに関する）一般化線形モデル、混合効果および周辺モデル、ならびに／または、（時間対事象データに関する）比例ハザードモデルを使用して、研究され得る。
【０２１９】
分子データは、高次元の性質であり得る。ランダムフォレストが、変数を選択し、かつ分類するのに使用され得る。他の変数減少法、例えば、主成分分析および階層クラスタリングが使用され得る。これらの種類のデータに関する複数の検定問題は、偽発見率（ＦＤＲ）に基づく方法を使用して処理され得る。共変量調整は、例えば、ベースラインからの変化量におけるバイアスおよび交絡因子に関して調節するためになされ得る。これは、観察研究または、ランダム化を欠いている任意の他の研究に有用であり得る。それは、コホート間差が、ベースラインで発生する差であり得るためである。選択バイアスに関する調節は、傾向スコアの使用により提供され得る。ベースラインスコアは、そのスコアのベースラインからの変化が分析される際に、共変量として含まれ得る。
【０２２０】
データ分析は、コンピュータ実行可能なコードを使用して行われ得る。コンピュータ実行可能なコードは、コンピュータシステムまたはマルチプロセッサコンピュータシステム上で実行され得る。
【０２２１】
コンピュータシステム
データ分析の方法は、コンピュータシステムを使用して実行され得る。前記コンピュータシステムは、前記情報技術プラットフォームの一部であり得、前記情報技術プラットフォームにアクセスし得るか、または、前記情報技術プラットフォームから独立し得る。さらに、前記情報技術プラットフォームの種々の態様が、本願明細書に開示のそれらに類似の、それらに匹敵するまたは、本願明細書に開示のそれらに類似する機能を提供するコンピュータシステムを使用して実行され得る。
【０２２２】
前記コンピュータシステムは、処理命令用のプロセッサを含み得る。プロセッサの非限定的な例としては、Ｉｎｔｅｌ  Ｘｅｏｎ（商標）プロセッサ、ＡＭＤ  Ｏｐｔｅｒｏｎ（商標）プロセッサ、Ｓａｍｓｕｎｇ  ３２ビット  ＲＩＳＣ  ＡＲＭ  １１７６ＪＺ（Ｆ）−Ｓ  ｖ１．０（商標）プロセッサ、ＡＲＭ  Ｃｏｒｔｅｘ−Ａ８  Ｓａｍｓｕｎｇ
Ｓ５ＰＣ１００（商標）プロセッサ、ＡＲＭ  Ｃｏｒｔｅｘ−Ａ８  Ａｐｐｌｅ  Ａ４（商標）プロセッサ、Ｍａｒｖｅｌｌ  ＰＸＡ９３０（商標）プロセッサまたは、機能的に同等のプロセッサが挙げられる。実行の複数のスレッドが平行処理に使用され得る。単独のコンピュータシステムにおいて、クラスターにおいて、または、複数のコンピュータもしくは他のプロセッサ含有デバイス（例えば、携帯電話および／または携帯情報端末デバイス）を含むネットワーク上の分散型アクロスシステムにおいてであろうと、複数のプロセッサまたは複数コアを有するプロセッサも使用され得る。
【０２２３】
前記コンピュータシステムは、前記プロセッサに接続されるか、または、前記プロセッサに包含されて、プロセッサにより現在使用されているか、または、頻繁に使用される命令またはデータに関する、高速メモリを提供し得る、高速キャッシュを含み得る。前記プロセッサは、プロセッサバスにより、ノースブリッジに接続され得る。前記ノースブリッジは、メモリバスにより、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）に接続され得、前記プロセッサによる前記ＲＡＭへのアクセスを管理し得る。前記ノースブリッジは、チップセットバスにより、サウスブリッジにも接続され得る。つぎに、前記サウスブリッジは、周辺バスに接続され得る。前記周辺バスは、例えば、ＰＣＩ、ＰＣＩ−Ｘ、ＰＣＩ  Ｅｘｐｒｅｓｓまたは任意の他の周辺バスであり得る。前記ノースブリッジおよびサウスブリッジは、プロセッサチップセットと呼ばれ得、前記プロセッサ、ＲＭＡおよび、前記周辺バスにおける周辺要素間でのデータ転送を管理し得る。前記ノースブリッジの機能は、別々のノースブリッジチップを使用する代わりに、前記プロセッサ内に組み込まれ得る。
【０２２４】
前記コンピュータシステムは、前記周辺バスに取り付けられるアクセレレータカードを含み得る。前記アクセレレータは、フィールドプログラマブルゲートアレイ（ＦＰＧＡ）または、特定の処理を促進するための他のハードウェアを含み得る。例えば、アクセレレータは、適応データの再構築に使用され得るか、または、拡張セット処理に使用される代数式を評価するのに使用され得る。
【０２２５】
ソフトウェアおよびデータは、外部ストレージに保存され得、前記プロセッサによる使用のために、ＲＡＭおよび／またはキャッシュにロードされ得る。前記コンピュータシステムは、システムリソースを管理するためのオペレーティングシステムを含み得る。オペレーティングシステムの非限定的な例としては、ＵＮＩＸ（登録商標）、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）、Ｗｉｎｄｗｓ（商標）、ＭＡＣＯＳ（商標）、ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ  ＯＳ（商標）、ｉＯＳ（商標）および他の機能的に同等のオペレーティングシステム、ならびに、前記オペレーティングシステム上で動作するアプリケーションソフトウェアが挙げられる。
【０２２６】
コンピュータシステムは、外部ストレージ、例えば、ネットワークアタッチドストレージ（ＮＡＳ）および、分散型周辺処理に使用され得る他のコンピュータシステムに対するネットワークインターフェイスを提供するために、前記周辺バスに接続されるネットワークインターフェイスカード（ＮＩＣ）も含み得る。
【０２２７】
マルチプロセッサコンピュータシステムは、本願明細書に開示の方法またはシステムのいずれかを実行するのに使用され得る。前記マルチプロセッサコンピュータシステムは、仮想共有メモリアドレス空間を使用し得る。前記マルチプロセッサコンピュータシステムは、共有メモリサブシステムにアクセスし得る、複数のプロセッサを含み得る。前記マルチプロセッサコンピュータシステムは、前記メモリサブシステムにおいて、複数のプログラマブルハードウェアメモリアルゴリズムプロセッサ（ＭＡＰ）を組み込み得る。各ＭＡＰは、メモリおよび、１つまたは複数のフィールドプログラマブルゲートアレイ（ＦＰＧＡ）を含み得る。前記ＭＡＰは、構成可能な機能ユニットを提供し得る。特定のアルゴリズムまたはアルゴリズムの一部は、各プロセッサとの緊密な連携を処理するため前記ＦＰＧＡに提供され得る。例えば、前記ＭＡＰは、前記データモデルに関する代数式を評価するのに使用され、適応データ再構築を行うことができる。各ＭＡＰは、これらの目的に関する全てのプロセッサにより、全体的にアクセス可能であり得る。一構成では、各ＭＡＰは、前記各ＭＡＰが、各マイクロプロセッサとは無関係に、および、各マイクロプロセッサから非同期的にタスクを実行することを可能にして、関連するメモリにアクセスするための直接メモリアクセス（ＤＭＡ）を使用し得る。この構成では、ＭＡＰは、アルゴリズムのパイプライニング（ｐｉｐｅｌｉｎｉｎｇ）および平行実行用の別のＭＡＰに直接結果を供給し得る。
【０２２８】
上記コンピュータアーキテクチャおよびシステムは、例示のみであり、幅広い各種の他のコンピュータまたは他のプロセッサ含有デバイス（例えば、携帯電話および携帯情報端末）アーキテクチャおよびシステム、例えば、一般的なプロセッサ、コプロセッサ、ＦＰＧＡおよび他のプログラマブルロジックデバイス、システムオンチップ（ＳＯＣ）、特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）ならびに他の処理およびロジック要素の任意の組み合わせを使用するシステムが、本願明細書に開示の方法およびシステムに関連して使用され得る。一部の実施形態では、本願明細書に開示のシステムまたは方法の全部または一部は、ソフトウェアまたはハードウェアにおいて実行され得る。任意の各種のデータストレージ媒体、例えば、ランダムアクセスメモリ、ハードドライブ、フラッシュメモリ、テープデバイス、ディスクアレイ、ネットワークアタッチドストレージ（ＮＡＳ）ならびに、他のローカル型もしくは分散型のデータストレージデバイスおよびシステムが使用され得る。
【０２２９】
例示の実施形態では、前記データ管理および最適化システムは、上記または他のコンピュータアーキテクチャおよびシステムのいずれか上で実行する、ソフトウェアモジュールを使用して実行され得る。他の実施形態では、前記システムの機能は、ファームウェア、プログラマブルロジックデバイス、例えば、フィールドプログラマブルゲートアレイ（ＦＰＧＡ）、システムオンチップ（ＳＯＣ）、特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）または他の処理およびロジック要素において、部分的にまたは完全に実行され得る。
【実施例】
【０２３０】
実施例１：患者の結果、処置計画および分子プロファイル間の関連を評価するための、新たに診断される多発性骨髄腫（ＭＭ）患者における、前向きの長期的観察研究
臨床研究の論理的根拠
がんの分子基盤を理解することは、個人としての患者の最も効果的な処置の立案に向けた重要なステップである。分子を標的とした治療の有望性および個別化したがん医療は、乳がんおよび肺がんならびに慢性骨髄性白血病において実証されてきた。しかしながら、多発性骨髄腫における同様の成功例は、大規模な基礎研究および臨床的進歩にも関わらず達成されてこなかった。骨髄腫が、大きな遺伝的および後生的複雑性を有する異質性の疾患であることは、十分理解されている。このため、近年の患者医療の事情における骨髄腫患者の生物学を理解することの重要な必要性が残っている。この長期的研究の目的は、分子プロファイリングおよび臨床的特徴により規定される、患者の部分集合および表現型を特定することである。これらのプロファイルは、疾患のメカニズム、薬剤応答および患者の再発を、より良好に理解することを可能にし得る。前記研究は、多発性骨髄腫における、良好な薬剤開発および患者の医療も推進し得る。
【０２３１】
研究の目的は、個別化医療の開発、微小環境を標的にする次世代の新たな治療、免疫療法ならびに、潜在的な相乗的効果を有する複数のメカニズムを標的とする組み合わせ治療の開発を潜在的にもたらす、基礎をなす遺伝的および後生的特徴ならびに患者の分類を、さらに特定することを意図している。
【０２３２】
臨床研究の目的
この観察研究の第１の目的は、最初の診断のときおよび疾患の再発のときにおける、骨髄腫患者の部分集合を規定する、分子プロファイルおよび臨床的特徴を特定することであり得る。
【０２３３】
この研究の第２の目的は、
・臨床的利益（骨髄腫における、奏功率、無進行性生存［ＰＦＳ］および全生存［ＯＳ］）の予測因子としての分子プロファイルおよび臨床的特徴の実用性を評価すること；
・治療に対する応答および疾患の再発を評価するための、血液試料および骨髄試料からの潜在的なバイオマーカーの実用性を評価すること；
・新規な骨髄腫治療薬の潜在的な標的を同定すること；
・骨髄腫のゲノム的に規定された部分集合における、骨疾患および骨に向けられた治療に対する応答の特徴付け；
・患者から報告された、健康に関する生活の質（ＨＲＱｏＬ）および、骨髄腫のゲノム的に規定された部分集合にわたって観察される資源活用を評価すること；ならびに、
・重度／ＣＴＣＡＥグレード３−４の有害事象を測定すること、および、骨髄腫のゲノム的に規定された部分集合にわたって観察すること、を含み得る。
【０２３４】
臨床研究設計
これは、症候性多発性骨髄腫を有し、その疾患に関して未だに治療が開始されていない患者における、前向きの観察研究である。前記研究は、新たに診断された症候性ＭＭ患者を、その疾患に関する第一選択の治療の開始前の３０日以内に登録し得る。前記研究は、積極的な評価スケジュール、骨髄および末梢血試料の収集、ならびに、処置計画と患者の結果との間の関係を評価するための分子プロファイリングを含み得る。観察期間中に施される治療は、処置している医師の裁量しだいであり得る。前記最初の処置計画は、ＩＭｉＤ（登録商標）（Ｃｅｌｇｅｎｅが専売の免疫調節剤）およびまたはプロテアソーム阻害剤を含むことを必要とし得る。最後に登録され、生きている患者が、死亡することなく５年を完了するまで、登録された患者に関して、前向きの観察データが獲得され得る。データ収集は、死亡していない全ての患者に関して、少なくとも５年の期間、電子データキャプチャー（ｅＤＣ）を介して、（標準医療の基準でそろえた）ベースラインおよび３か月ごとの、スクリーニングにおいて起こり得る。前記研究に関して収集された全てのデータの書面による記録が、ソースドキュメントの再調査に利用可能であり得る。書面による記録が必要であり得る。前記臨床サイトは、患者が前記研究に関して正しく同意している確認書を有する、独立研究室および協力会社を提供することを必要とされ得る。専門家委員会、例えば、科学諮問委員会（ＳＡＢ）は、この研究を監督し、患者データの分析および刊行物についてのアドバイスを提供するために形成され得る。全体的な先導する研究者は、プロトコルおよび任意の可能性のある修正を破棄し得る。
【０２３５】
研究母集団
この研究に関する目的母集団は、症候性多発性骨髄腫を有すると新たに診断された患者であり得る。前記目的母集団は、ＩＭｉＤ（登録商標）および／またはプロテアソーム阻害剤を含む薬物計画に関する候補者であり得る。くすぶり型多発性骨髄腫を有する患者は、骨髄試料および血清試料を提供することに同意し得、症候性ＭＭに転換した場合には登録することに関して考慮され得る。
【０２３６】
包括基準
この研究に関する包括基準は、制限されず、下記を含み得る：
１．患者は、少なくとも１８歳である。
【０２３７】
２．患者は、少なくとも下記の１つ：
ａ．血清Ｍタンパク質≧１ｇ／ｄｌ
ｂ．尿Ｍタンパク質≧２００ｍｇ／２４時間
ｃ．関連する遊離軽鎖レベル≧１０ｍｇ／ｄｌおよび異常な血清遊離軽鎖比（＜０．２６または＞１．６５）を含む、測定可能な疾患を有する症候性ＭＭを有すると診断されている。
【０２３８】
３．前記患者は、最初の計画の一部として、ＩＭｉＤ（登録商標）（例えば、レナリドマイド、ポマリドマイド、サリドマイド）および／またはプロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ）を含む全身治療に関する候補者である。
【０２３９】
４．第一選択の治療を開始するためのこのプロトコルによる、ベースライン骨髄評価から３０日以内である。
【０２４０】
５．患者は、インフォームド・コンセントを読み、理解し、署名している。
【０２４１】
除外基準
この研究に関する除外基準は、制限されず、下記を含み得る：
１．患者は、ＭＭに関する全身治療をすでに受けている（ビスホスホネートの単独投与および合計１００ｍｇ以下の用量のデキサメタゾンまたは同等の副腎皮質ホルモンが、研究への登録前に許容される）。
【０２４２】
２．患者は、最近５年以内に他の悪性腫瘍を有した（基底細胞癌もしくは扁平上皮細胞の癌または頸部の上皮内がんを除く）。
【０２４３】
３．患者が、多発性骨髄腫の第一選択の処置に関する盲検的な臨床試験に登録されている。このプロトコルにより、データおよび組織への継続的なアクセスが禁止されないかぎり、患者は、つぎの臨床試験に登録され得る。
【０２４４】
多発性骨髄腫の処置
前記患者に関して選択される処置計画は、処置している研究者の裁量であり得る。ただし、前記最初の計画は、ＩＭｉＤ（登録商標）（例えば、レナリドマイド、ポマリドマイドもしくはサリドマイド）および／またはプロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ）を含むことが必要され得る。前記研究は、用量、スケジュールまたは、任意の他の特定の処置要件を必要としない。
【０２４５】
ＭＭの処置のために開始された全ての治療法は、この研究の一部として記録され得る。全ての支持療法（例えば、整形外科手術、椎骨形成、放射線治療、透析）も記録され得る。前記研究は、前記観察期間全体において、受動的に、観察し、用量、頻度および治療の存続期間ならびに治療応答を収集し得る。
【０２４６】
多発性骨髄腫に特異的な処置および薬物治療、ならびに、多発性骨髄腫の支持的医療は、予め規定されたチェックリストフォーマットで、ベースラインおよび追跡調査において記録され得る。最近５年以内に前の悪性腫瘍を有した患者（基底細胞癌もしくは扁平上皮癌または頸部の上皮内がんを除く）は、前記研究から除外され得る。この場合、ベースラインでの任意の骨髄腫でないがんの処置を受ける患者はいないことになる。ベースライン後、多発性骨髄腫に特異的な全ての処置または治療、ならびに、多発性骨髄腫の支持的医療（ビスホスホネート、顆粒球コロニー刺激因子、組換えエリスロポエチン、血小板および赤血球の輸血、予防的制吐薬、抗新生物形成療法ならびに非ステロイド性抗炎症剤を含む）が観察され、記録され得る。
【０２４７】
観察計画／研究評価
各研究訪問での評価
図１１Ａおよび１１Ｂにおける事象の患者スケジュールは、この研究に関する、典型的な患者評価および訪問スケジュールを列記する。実施形態に従って、全ての患者が少なくとも５年の追跡調査を経験した場合、前記研究は終了する。５年より長く続く患者の評価スケジュールは、前年と同様に継続し得る。予定外の訪問で収集される典型的なデータは、３、６および９か月での訪問に関する列に示される通りであり得る。
【０２４８】
診断の検証
スクリーニングおよびベースライン訪問のときに、前記研究者は、測定可能な疾患を有する症候性多発性骨髄腫の診断が、例えば、臨床評価、研究室評価および／または骨髄評価によりなされていることを検証し得る。除外され得る典型的な状態としては、ａ）意義不確定の単クローン性高ガンマグロブリン血症（ＭＧＵＳ）；ｂ）全身性の抗骨髄腫処置を必要としない、くすぶり型（無症候性）ＭＭ；ｃ）骨髄腫が存在しない全身性アミロイド血症；ｄ）ＰＯＥＭＳ（多発性神経障害、臓器肥大症、内分泌障害、単クローン性高ガンマグロブリン血症および皮膚変化）症候群：ならびに、ｅ）孤立型形質細胞種が挙げられる。
【０２４９】
人口統計および家族歴
ベースラインのときに収集された患者データは、年齢、性別、人種、民族および／または、がんの家族歴を含み得る。
【０２５０】
ＭＭ治療および薬物治療
多発性骨髄腫に特異的な治療および薬物治療、ならびに、多発性骨髄腫の支持的医療は、前記研究中に、各患者に関して記録され得る。
【０２５１】
健康に関する生活の質の尺度
患者が報告した健康に関する生活の質（ＨＲＱｏＬ）データは、例えば、ＥＯＲＴＣ  ＱＬＱ−Ｃ３０およびＭＹ２０により収集され得る。前記Ｃ３０は、がん患者の生活の質を評価するために開発された、欧州がん研究治療機関からの質問表である。前記ＭＹ２０は、多発性骨髄腫に関して特異的に付け加えられた基準単位（ｍｏｄｕｌｅ）である。前記質問表は、表８における質問表の全部または一部に従い得る。
【０２５２】
【表８−１】
2020035463.tif 000010
【０２５３】
【表８−２】
2020035463.tif 000011
【０２５４】
【表８−３】
2020035463.tif 000012
処置応答の評価
処置応答は、前記研究中に評価され得る。処置応答を決定するためのスケジュールは、図１１Ａによることができる。処置応答は、完全な奏功（ＣＲ）、非常に良好な部分奏功（ＶＧＰＲ）、部分奏功（ＰＲ）、安定病態または進行性病態として、ランク付けされ得る。処置応答は、例えば、表９のように、ＩＭＷＧ基準に従って評価され得る。
【０２５５】
【表９−１】
2020035463.tif 000013
【０２５６】
【表９−２】
2020035463.tif 000014
全ての応答カテゴリー（ＣＲ、ｓＣＲ、ＶＧＰＲおよびＰＤ）は、任意の新たな治療の制定前の任意の時間になされた、２つの継続的な評価を必要とし得る。ＣＲ、ｓＣＲ、ＶＧＰＲ、ＰＲおよびＳＤのカテゴリーは、放射線研究が行われる場合、進行性または新たな骨病変の未知の証拠も必要とし得る。ＶＧＰＲおよびＣＲのカテゴリーは、ベースラインでの疾患が血清、尿、または両方で測定可能、または両方で測定不能であったかに関わらず、血清および尿の研究を必要とし得る。放射線研究は、必要に応じて、これらの応答の要件を満たすことを必要としない。骨髄の評価は、必要に応じて、確認される必要はない。
【０２５７】
進行性病態に関して、２１ｇ／ｄＬの血清Ｍ成分の上昇は、開始時のＭ成分が２５ｇ／ｄＬである場合、応答を規定するのに十分であり得る。
【０２５８】
資源活用
資源活用は、文書で記録され得る。典型的な書面による記録は、入院および緊急治療室の来診を含み得る。
【０２５９】
有害事象
有害事象（ＡＥ）は、任意の好ましくなく、意図的でない兆候（例えば、異常な検査所見）、症状または、医療的な処置もしくは手順に関すると考えられ得るか、もしくは、考えられ得ない、医療的な処置または手順の使用に一時的に関連する疾患であり得る。
【０２６０】
重度（ＣＴＣＡＥグレード３）ＡＥは、下記：医療的に重大であるが、直ちに生命を脅かすものでない；入院もしくは入院の長期化が示されている；不具；日常生活（例えば、入浴、身支度および脱衣、自立した食事、トイレの使用、薬物摂取および寝たきりでない）の自己ケア活動の制限、として特徴付けられ得る。
【０２６１】
生命を脅かす（グレード４）ＡＥは、緊急のインターベンションを必要とするとして特徴付けられる。
【０２６２】
有害事象は、例えば、チェックリストを使用して、文書で記録され得る。実施形態に従って、重度または生命を脅かす事象のみが、記録される。誘発される有害事象は、以下のリストに従い得る。アスタリスクでマークされた事象は、有害事象共通用語基準（ＣＴＣＡＥ）バージョン４．０に対応する項目を有しておらず、ガイダンスに関する上記記載を使用して重症度に関して評価され得る。
【０２６３】
処置に関する二次的な悪性腫瘍：骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）；膵臓；急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）；結腸；皮膚；前立腺；転移性メラノーマ；等。
【０２６４】
心臓：急性冠動脈症候群；徐脈＊；心不整脈＊；心不全。
【０２６５】
皮膚：発疹斑−丘疹；スティーブンス−ジョンソン症候群；中毒性表皮壊死症、水痘帯状疱疹感染＊。
【０２６６】
内分泌：甲状腺機能低下症。
【０２６７】
胃腸：便秘；下痢；悪心；嘔吐。
【０２６８】
全身性障害：四肢浮腫；疲労；発熱；インフルエンザ様症状。
【０２６９】
血液系：貧血；好中球数減少；血小板数減少。
【０２７０】
代謝：高血糖；高カリウム血症；高リン酸血症＊；高尿酸血症；低カルシウム血症。
【０２７１】
筋骨格：骨痛；全身筋力低下；筋肉痛；筋炎；顎の骨壊死。
【０２７２】
神経：めまい；頭痛；不眠症；知覚障害；末梢運動神経障害；末梢感覚神経障害；可逆性後白質脳症症候群；発作；眠気；振戦。
【０２７３】
呼吸器：咳；呼吸困難。
【０２７４】
血管：血栓塞栓性事象（例えば、深部静脈血栓症＊；肺動脈塞栓；動脈）；低血圧；高血圧。
【０２７５】
骨の評価
骨髄腫関連疾患に関する骨の評価結果は、記録され得る。前記骨の評価は、医療画像；例えば：骨格検査、ＣＴ、ＭＲＩ等を使用してなされ得る。
【０２７６】
骨髄の試験
骨髄吸引標本は、定期的な血液病理学評価に提出され得る。試料は、分子およびゲノム検査用の末梢血試料と併せて、前記組織バンクに送られ得る。前記ローカルサイトは、全ての定期的な骨髄および血液の評価を担い得る。
【０２７７】
骨髄吸引は、ベースライン時、疑わしいＣＲ時ならびに／または、疾患の再発もしくは進行時に、必要とされ得る。一部の場合では、再発／進行の２回目の状態までおよび前記２回目の状態を含み、必要とされ得る。再発／進行時の骨髄試料は、新たな治療計画が開始される前に取得され得る。診断標本が取得された直後に、１０ｍｌの試料が吸引され得る。
【０２７８】
一部の場合では、骨髄生検は、この研究において必要とされないが、この手順が行われる場合、その結果は、記録され得る。
【０２７９】
将来の調査
分子検査後に残った任意の組織は、将来の調査のために、前記組織バンクにより保有され得る。運営委員会は、科学的利点に関する調査企画書を、評価および承認するのに使用され得る。手順および要求は、研究者に標本を配布するために開発され得る。
【０２８０】
研究終了フォーム
患者の最後の研究訪問時または早期終了後に、研究者は、適切な場合、中止するための理由を含む前記研究終了フォームを完了し得る。
【０２８１】
個々の患者の中止
患者は、任意の時点で、研究から退場し得る。研究者も、任意の時点で、前記研究を中止することを選択し得る。
【０２８２】
前記研究者は、下記の理由：研究手順の不履行；患者同意の取り下げ；研究評価を妨げる併発疾患；患者の行方が不明になり追跡調査を損なうこと（例えば、患者が、１２週の期間にわたって３回の別々の機会に接触ができない）に関して、前記研究から患者を除いてもよい。
【０２８３】
登録された各研究参加者は、理由を提供することなく、任意の時点で、前記研究における更なる参画を取りやめる権利を有し得る。研究参加者の参画は、彼／彼女の要求により直ちに終了され得る。前記研究者は、取りやめる任意の研究参加者に関する、前記研究終了フォームを完了するためのあらゆる努力を成し得る。前記研究終了フォームは、参加者の取りやめる理由を含み得る。患者が先に同意を提供していた場合、研究者は、前記研究の終了時に、生存データを取得することを試み得る。
【０２８４】
統計的方法および試料サイズ
統計的および分析的計画
全ての統計的方法論を含む統計解析計画書（ＳＡＰ）が開発される。前記ＳＡＰの付属文書では、テーブルシェルは、実行される分析および、結果が提示される方法を詳細に説明し得る。
【０２８５】
記述的統計資料が、この予備的な研究において評価される全ての変数に関して提供され得る。下記の典型的な要約統計資料は、算出された：（ａ）連続型変数に関する範囲、平均、中央値および標準偏差；（ｂ）カテゴリー変数に関する合計および百分率；（ｃ）時間対事象変数に関する発生率およびカプラン−マイヤー曲線であり得る。適切な場合、９５％信頼区間が提供され得る。
【０２８６】
患者は、例えば、臨床疾患の特徴および／または分子プロファイルにより、グループ化され得る。これらのグループは、例えば、連続型変数に関するｔ−検定、カテゴリー変数に関するカイ二乗検定もしくは直接検定、および／または、時間対事象変数に関するログランク検定を使用して比較され得る。
【０２８７】
ベースライン変数（例えば、人口統計、分子プロファイル）と患者の結果との間の関連付けまたは相関は、多くの重回帰法、例えば、（長期的データに関する）一般化線形モデル、混合効果および周辺モデル、ならびに／または、（時間対事象データに関する）比例ハザードモデルを使用して、研究され得る。
【０２８８】
分子データは、高次元の性質であり得るため、適切な場合、ランダムフォレストが、変数を選択および分類するのに使用され得る。必要であれば、他の変数減少法、例えば、主成分分析および階層クラスタリングが使用され得る。これらのデータに関する複数の検査問題は、偽陽性率（ＦＤＲ）に基づく方法を使用して解決され得る。高次元データの分析は、統計調査の活発な分野であり、より新しい方法が、開発および検証されて、使用され得る。
【０２８９】
この研究は、実際は、観察的であり、このため、ランダム化を欠き得ることから、コホート間差が、ベースラインで発生する差に起因し得るため、共変量調整が、全てのベースラインからの変化量におけるバイアスおよび交絡因子の調節に関してなされ得る。選択バイアスに関する更なる調節は、傾向スコアの使用により提供され得る。ベースラインスコアは、そのスコアのベースラインからの変化が分析される際に、共変量として含まれ得る。
【０２９０】
行方が不明になり追跡調査を損なうか、または、前記研究を脱落したそれらの患者に関して、最新の生存ステータスを取得するための努力がなされ得る。前記分析は、最後のデータ収集の時点までの全てのデータを含み得る。必要であれば、欠測データに関して、複数の帰属技術が使用され得る。
【０２９１】
暫定的な統計分析は、例えば、最初の患者が登録された後、６、１２、１８、２４、３０および３６か月で行われ得る。暫定的な統計分析は、前記研究の期間中、毎年行われ得る。処置パターンおよび遺伝的特徴の分布が分析され得る。これらの分析が、１つまたは複数の部分集合において、より高い百分率の患者が必要とされることが示唆する場合、それに応じて、募集が調整され得る。
【０２９２】
臨床的に意味のある結果を検出するための、前記研究の統計的な仮定および検出力は、任意の時間に、再評価され得る。再評価は、例えば、２４−、３０−および３６−か月の暫定分析時に起こり得る。再評価は、例えば、最低１００、３００、５００名以上の患者が、前記研究の一部を完了した後に；例えば、１年の追跡調査を通して、起こり得る。これらの再評価は、募集戦略の任意の変更を通知し得る。
【０２９３】
検出力および試料サイズ
この研究における分析用に提出される試料サイズは、任意の数、例えば、評価可能な臨床的およびベースラインの分子データを有する、１０００名の患者であり得る。この目的を達成するために、例えば、不適切な骨髄試料、くすぶり型ＭＭおよび／または不適切な臨床データを有する患者を説明するために、より多くの患者がスクリーニングされ得る。前記プロトコルは、ＳＭＭを有する多くの患者、例えば、２００名以上の患者を許可し得る。
【０２９４】
前記研究は、最終的には、予備的であり、暫定統計分析後に、試料サイズの再評価を許可し得る。例えば、特定のコホートが拡張されるべきであることを、強い傾向が示唆する場合、全ての研究試料サイズが、増加され、および／または、他のコホートへの後の登録が制限され得る。
【０２９５】
下記の２つのセクションにおける検出力算出の目的に関して、１００名の患者のクラスターが、その分子プロファイルに基づいて形成されること、および、前記クラスター内の２つの処置間における差異が、検証されることが仮定される。
【０２９６】
実施例：無進行性生存
この実施例に関して、結果の測定は、無進行性生存であること、および、全体の脱落率が５年の追跡調査時に１０％であること（再発時に脱落した患者は、無進行性生存の結果を有していたこと）が仮定される。表１０は、種々の生存率に関する３０％の処置差を検出するための検出力を示す。Ｉ型エラー率（α）＝０．０５、両側ログランク検定および等しいグループサイズが仮定される。この表は、リスクカテゴリーの範囲にわたって、生存率における３０％以上の差異を検出する高い可能性があることを説明する。
【０２９７】
【表１０】
2020035463.tif 000015
実施例：応答率
この実施例に関して、前記結果の測定が、最初のＣＲ／ＶＧＰＲの応答率であること、および、応答情報が、約９５％の患者に利用可能であることが仮定される。このため、各クラスターにおける患者の総数が９４名であると仮定される。表１１は、種々の応答率に関する３０％の処置差を検出するための検出力を示す。Ｉ型エラー率（α）＝０．０５、両側継続性調整カイ二乗検定、および等しいグループサイズが仮定される。この表は、リスクカテゴリーの範囲にわたって、応答率における３０％以上の差異を検出する高い可能性があることを説明する。
【０２９８】
【表１１】
2020035463.tif 000016
実施例：高リスクグループ内の生存
この実施例に関して、３年の全体生存期間の中央値（５年生存＝〜３１％）を有する高リスクグループにおける１５０名の患者が研究されることが仮定され、また、この高リスクグループが、複数の等しいサイズの部分集合を含み、１つの部分集合が、組み合わせられた他の部分集合より３０％高い、５年生存率を有するということを検出することが目的である、と仮定される。脱落率が、５年の追跡調査にわたって１０％であること、部分集合の比較は、両側ログランク検定を使用してなされること、ボンフェローニ補正が、ｎ−１比較に関してなされることも仮定される。ｎは、仮定の部分集合数である。これらの仮定において、部分集合が３つの場合、検出力は、９１％であり、部分集合が４つの場合、８０％である。すなわち、この研究において予想される高リスク患者の数に関して、３つの処置の間の処置差を検出するための優れた検出力、および、４つの処置の間の処置差を検出するための良好な検出力が存在する。
【０２９９】
倫理
治験審査委員会または独立倫理委員会
医薬品の臨床試験の実施の基準（ＧＣＰ）は、臨床プロトコル、任意のプロトコル修正、インフォームド・コンセントおよび、前記研究に関する患者情報の全ての他のフォーム（例えば、患者を募集するのに使用される広告）ならびに、任意の他の必要な書類が、ＩＲＢ／ＩＥＣにより審査されることを要求し得る。前記プロトコル、インフォームド・コンセントおよび患者情報ならびに／または関連性のある広告のＩＲＢ／ＩＥＣの承認は、研究開始前に取得され得る。前記プロトコルの任意の修正は、研究設計になされる任意の変更の実行前に、ＩＥＣ／ＩＲＢの承認を必要とし得る。
【０３００】
前記研究における道義的行為
前記研究は、前記プロトコル、ＩＣＨガイドライン、臨床研究の実施を管理する当てはまる規制およびガイドライン、ならびに、ヘルシンキ宣言にその起源を有する倫理原則に基づいて行われ得る。
【０３０１】
患者情報および同意
インフォームド・コンセントは、任意の研究に関する評価の実施前に、患者から取得され得る。前記研究者または彼／彼女の代理人は、前記研究の性質を患者に説明し、この研究に関する全ての質問に答え得る。前記インフォームド・コンセントの過程は、ＩＲＢ／ＩＥＣ承認の同意の使用により、前記患者または前記患者の法的に正式な代理人により署名され、日付が付されて文書として記録され得る。前記署名されたインフォームド・コンセントのコピーが、前記患者に提供され得る。原本は、前記研究者により保有され、調査に利用可能である。
【０３０２】
この研究の一部として取得された患者の医療情報は、秘密に保たれ得る。これは、第三者への非開示を含み得る。前記患者は、その医療情報が、彼／彼女のかかりつけの医師に与えることを書面で要求することができる。
【０３０３】
研究者／施設は、ソースデータおよび文書への直接的なアクセスを、研究スポンサー、その指名者、ＦＤＡおよび／または他の当てはまる監督当局に許可し得る。前記アクセスは、治験に関するモニタリング、監査、ＩＲＢ／ＩＥＣの審査および／またはＦＤＡ／監督当局の検査からなり得る。
【０３０４】
研究結果のリリースは、医療情報のプライバシーを保護し、保健社会福祉省の個人特定可能医療情報のプライバシーに関する基準、４５  ＣＦＲ  １６４．５０８に基づいて行われ得る。
【０３０５】
ソースドキュメントおよび症例報告フォームの終了
ソースドキュメント
ソースドキュメントは、オリジナルの文書、データおよび／または記録として規定され得る。記録は、入院記録、臨床およびオフィスのチャート、検査データ／情報、患者の日記または評価チェックリスト、調剤薬局および他の記録、自動化機器からの記録データ、マイクロフィッシュ、写真ネガ、マイクロフィルムもしくは磁気媒体ならびに／またはｘ線を含み得る。この研究中に収集されたデータは、適切なソースドキュメント上に記録され得る。
【０３０６】
症例報告フォーム
ソースドキュメントにおいて、前記研究中に収集された情報は、ｅＣＲＦデータキャプチャシステム内に入力され得る。ｅＣＲＦは、この研究において同意した各患者に関して終了され得る。前記ｅＣＲＦは、スポンサー（またはその代理人）により、網羅性および受容性に関して、定期的に見直され得る。前記スポンサー（またはその代理人）は、症例報告フォームの入力を検証するために、全てのソースドキュメントへのアクセスを許可され得る。
【０３０７】
記録の達成
２１  ＣＦＲ  ３１２．６２Ｉに基づいて、サイトの研究者は、前記研究が終了し、ＦＤＡまたは当てはまる監督当局が通知を受けてから２年の期間、この部分に基づいて維持されることが必要とされる記録を保有する。
【０３０８】
前記サイトの研究者は、プロトコル、修正、ＩＲＢ／ＩＥＣの承認、署名され、日付を付された同意書、医療記録、症例報告フォーム、全ての対応物および、前記研究の実施に関する任意の他の文書を保有しなければならない。
【０３０９】
データの品質保証
品質管理に関する手順を含み得るデータ管理計画（ＤＭＰ）は、統括するデータ管理者の監督に基づいて開発され、統括するバイオ統計学者からの入力を含み得る。
【０３１０】
前記参加者のデータは、ソースドキュメントから取得され得る。前記ソースドキュメントは、制限されず、入院記録、臨床およびオフィスのチャート、研究室および薬局の記録ならびに／または対応物を含み得る。前記臨床サイトは、前記電子データキャプチャ（ｅＤＣ）システム内にデータを入力し得る。電子的なエラーおよび論理チェックは、例えば、不明、無効および／または範囲外の値を同定するために、前記データをスキャンするのに使用され得る。データエラー報告が、臨床データマネージャにより、生成および見直しをされ得る。特定のデータは、データ管理計画（ＤＭＰ）に規定のように、照会され得る。
【０３１１】
データの取り扱い：確立された処理ガイドラインからの任意の偏りは、データ取扱い報告（ＤＨＲ）において、文書として記録され得る。前記バイオ統計学者は、前記ＤＨＲを見直し、データベースのロック前に、統計分析の目的で解決されるのが必要とされる、任意のデータ取扱いの問題点を同定し得る。
【０３１２】
記録の維持：ドキュメント管理者または指名者は、追跡システム内に、全ての研究データのドキュメントの記録を取り得る。
【０３１３】
前記研究者は、治験に関するモニタリング、監査およびＩＲＢ／ＩＥＣの見直しを、ソースデータ／ドキュメントへの直接的なアクセスを提供することにより、許可し得る。前記研究者および研究スタッフ／研究アシスタントは、前記スポンサーの代理人による、任意の時間での検査に適した、全ての研究に関する（必須の）証拠書類の、総合的で、集中型のファイリングシステムの維持を担い得る。前記研究者は、前記研究記録を別の団体に譲渡することができ、および／または、それを他の場所に移動することができる。これは、新たな責任者および／または新たな場所の、書面によるＣＲＯ（開発業務受託機関）の通知を必要とし得る。
【０３１４】
データ品質は、標準化されたｅＣＲＦ、ｅＣＲＦ終了ガイドラインおよびプログラム化された編集チェックの使用により、前記研究全体を通して保証され得る。全てのサイトは、同じ訓練および患者教育材料を受け取り得る。前記ＣＲＯの臨床研究アソーシエイトは、患者の守秘義務が順守される、提供された治験における種々の記録を検査する目的のために、前記研究者をモニターする責任を有し得る。モニターは、前記プロトコルへの順守を検証し、ならびに、データの完全性、正確性および一貫性に関して前記サイトをモニターし得る。前記モニターは、ＣＲＯデータベースにおいて収集されたデータを検証することが必要とされる、患者データドキュメントへのアクセスを有し得る。前記研究者は、一連のこれらのモニタリング訪問において検出された任意の問題が解決されることを確保するための、前記モニターに協力することを必要とされ得る。この研究に関するソースドキュメントの検証は、各サイトでの患者の部分集合に限定され得る。更なるサイトのモニタリングが、必要と考えられ得る。更なるサイトのモニタリングは、前記スポンサーの裁量および承認であり得る。
【０３１５】
実施例２：実験的プロトコル
独立研究室および任意の協力会社により行われる調査は、前記長期的研究（実施例１）の目的を支援するための完全に統合されたモデルを表わす。前記モデルは、２つの段階で実行され得る。第１段階は、従事している施設および処置している医師に報告を返し得る、ＣＬＩＡ−公認の環境における、限られた数の検査からなる。最新の分子技術を使用する次の検査は、前記研究の最初の年に収集された試料からの、処置への応答に関する新たな部分集合およびマーカーを同定する目的を有する、ＣＬＩＡ環境の外側で行われ得る。第２段階では、全パイプラインの検査が、ＣＬＩＡのもとにおいて行われることができ、任意の臨床的にすぐに使用可能な結果が、ホスト施設および処置している医師に戻され得る。
【０３１６】
独立研究室の義務
独立研究室の義務は、以下に列記された責任のいずれか、もしくは全てを含むか、または、１つも含まないことができる。
【０３１７】
１）前記バイオリポジトリ／バイオバンクから、検体（例えば、全身のＤＮＡ、腫瘍のＤＮＡおよび腫瘍のＲＮＡからなる診断試料セット、または、腫瘍のＤＮＡおよび腫瘍のＲＮＡからなる再発試料セット）を、例えば、１つにつき１６名の患者のバッチで受け取ること。
【０３１８】
２）分子の特徴付けのために、前記バイオリポジトリにより提供された適切なＤＮＡおよびＲＮＡ試料からの、次世代配列決定（ＮＧＳ）ライブラリを生成すること。ＮＧＳは、下記の方法のいずれかまたは全てを含み得る：
ａ．ペア末端ホールエキソームシーケンシング（ＷＥＳ）
ｂ．浅いメート末端ホールゲノムシーケンシング（ｓＭＰ−ＷＧＳ）
ｃ．ペア末端ＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡｓｅｑ）
３）ＮＧＳデータを処理および分析して、関連する体性のゲノム／トランスクリプトームプロファイルを生成すること。典型的なプロファイルは、下記を含み得る：
ａ．ＷＥＳ−注釈を付けられた体性のコーディング点変異および小さい挿入および欠失（インデル）
ｂ．ｓＭＰ−ＷＧＳ−注釈を付けられた体性の構造変異体、例えば、染色体内再配列（大きな欠失／挿入および挿入）ならびに転座
ｃ．ＲＮＡｓｅｑ−遺伝子およびその特異的な転写変異体の注釈を付けられた転写発現レベル、発現された融合転写物およびＲＮＡ編集事象、および、変異対立遺伝子の発現を確認すること。
【０３１９】
４）各被験体に関するＮＧＳデータからの分子プロファイル報告を、ｖａｒｉａｎｔ  ｃａｌｌフォーマット（ＶＣＦ）ファイルで生成すること、および、配布のためのｂｉｎａｒｙ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ／ｍａｐ（ＢＡＭ）ファイルのストレージを作成すること。
【０３２０】
５）プロジェクトのタイムラインおよび予算およびワークフローを監督するために、集中型のプロジェクト管理チームを提供すること。
【０３２１】
上記義務および仕事は、各患者および再発患者に関して一度行われ得る。義務は、患者の発生および資源の利用可能性に基づいて、必要とされ、または、適切である場合、前記独立研究室と任意の協力会社との間で移動または共有され得る。
【０３２２】
提出書類
生成された配列決定データは、参照ゲノム配列に整列され得る。参照ゲノム配列は、任意のヒトゲノム型である。前記参照配列は、ヒトゲノム型３７（ＧＲＣｈ３７）であり得る。これらのアライメントファイルは、ダウンロード用に提示され、統合されたゲノムビューアを使用して遠隔透視され得る。前記ＤＮＡアライメントファイルから、体性変異が、同定され得る（例えば、ＳＮＶ、欠失、挿入、転移、転座等）。各試料に関して検出された異常を示す標準的なＶＣＦファイルが、生成され得る。ｓＭＰ−ＷＧＳ、ＲＮＡ編集事象および／またはＷＥＳにより検出された変異対立遺伝子の発現により予測された、遺伝子および転写発現レベル、融合転写物は、ＲＮＡアライメントファイルから同定され得る。前記発現の推定値は、１つのテキストファイルとして報告され得る。他のＲＮＡｓｅｑ結果は、ＶＣＦファイルとして報告され得る。
【０３２３】
ゲノム特徴付けの結果は、品質管理マトリクス、合否判定方式ステータスおよび基準ならびに試料トリアージに関する論理的根拠と共に、データファイル、例えば、患者データ記録に捕捉され得る。
【０３２４】
実施例Ｃ：データ利用の枠組み
データ利用の枠組みは、利用可能なデータおよび試料、前記データおよび試料へのアクセスを得るための過程および手順、データおよび試料収集に関する同意に関係する法的取り決め、ならびに／または、前記データおよび試料の研究から生じる知的財産権の譲渡および帰属を規定し得る。データのパッケージ化の詳細およびアクセスメカニズムは、下記法律：医療保険の携行性と責任に関する法律（ＨＩＰＡＡ）；遺伝子情報差別禁止法（ＧＩＮＡ）、経済的および臨床的健全性のための医療情報技術に関する法律（ＨＩＴＥＣＨ法または「前記法律」）で説明されているガイドラインに従い得る。この法律は、前記長期的研究において収集される具体的なデータ、具体的には、前記次世代配列決定プラットフォームから生成されるゲノムデータについての詳細なレベルを含まない可能性がある。前記データ利用の枠組みは、患者のプライバシーを保護し、前記データの合理的な使用により研究を促進し得る。
【０３２５】
データセット定義
３種類のデータ−完全に特定されたデータ、管理されたデータおよび非特定のデータが、このシステムをフロースルーし得る。非特定のデータセットの前記ＨＩＰＡＡの定義は、表１２に見出され得る臨床データ上の１８個の具体的なデータ要素を除外する。アクセス管理の目的で、この研究から収集されたデータは、２つのデータセット：臨床データに関する前記ＨＩＰＡＡの定義と合致し、潜在的に個人を特定可能なゲノムデータを含む、管理されたデータセット、および、個人を特定できないゲノムデータを含む、公けのデータセットに体系化され得る。このため、前記２つのデータセットは、それらデータセットが含むＨＩＰＡＡ保護の健康情報（ＰＨＩ）のデータ要素の点で、また、それらデータセットがリンクされるゲノムデータの点で異なり得る。各データセット内では、全ての許可され得るソースからのデータが、前記研究プロトコルごとにリンクされ得る（例えば、所定の患者に関して、全てのソースからのデータ、臨床データ、検査データ、分子データおよび患者報告結果が、リンクされ、および、前記研究プロトコルにおける全ての訪問からのデータがリンクされ得る）。前記データは、前記研究プロトコルのレベルにおいて、精密さを有し得る（例えば、全てのデータ要素は、参加者、訪問および検査へとたどることができる）。前記管理されたデータセットは、前記リンクされたデータにおけるデータ情報を含み得る。前記公けのデータセットは、時間情報の精度を、その年に制限し得る。
【０３２６】
【表１２−１】
2020035463.tif 000017
【０３２７】
【表１２−２】
2020035463.tif 000018
再特定から個人のプライバシーを保護するための更なるＨＩＰＡＡ標準および基準も存在する。データセットにおける識別子を交換するのに使用される任意のコードは、個々のコードおよびマスターコードに関する任意の情報に由来することはできず、前記コードを導き出す方法も開示され得ない。例えば、被験体のイニシャルは、そのデータをコードするのに使用され得ない。なぜなら、前記イニシャルは、その氏名に由来するためである。さらに、前記研究者は、研究対象が、前記調査研究で使用される前記ＰＨＩにおける、残った識別子から再特定され得るような、実際の知識を有するべきではない。すなわち、情報がなお特定可能であると考えられるということは、前記１８個の識別子の全てが除去されたとしても、個人を特定するための方法が存在した場合のことである。
【０３２８】
完全に特定されたデータ
完全に特定されたデータは、前記臨床データ管理システムおよび前記健康指標トラッカに存在し得る。一実施形態では、完全に特定されたデータは、前記患者データリポジトリ（ＰＤＲ）自体には、決して保存されない。データは、前記ＰＤＲでの保存前に、少なくとも管理されたレベルにまで、非特定にされ得る。
【０３２９】
管理されたデータ
前記管理されたデータセットは、前記公けのデータセットにおける全ての情報を含み得る。前記管理されたデータセットは、さらに、日付、市および郵便番号の全ての要素を含み得る。前記管理されたデータセットは、配列読み取りファイル等からのゲノムデータの完全なスートも含み得る。どのようなゲノムデータがこのデータセットに含まれるかについてのさらなる詳細は、表１３に特定される。
【０３３０】
公けのデータ
前記公けのデータセットは、前記１８個のＰＨＩ識別子を除外し得る。前記公けのデータセットは、配列レベルまたは他の潜在的に個人を特定可能なゲノムデータを除外し得る。
【０３３１】
前記公けのデータセットに存在し得る情報の例としては、例えば、病状報告、ＨＩＰＡＡ非特定臨床データ、患者報告結果、臨床検査試験結果、細胞遺伝学結果、遺伝子発現データ、後生的データおよび／またはゲノムデータ分析からの要約（例えば、コピー数のバリエーション）が挙げられる。
【０３３２】
前記管理されたデータセットおよび公けのデータセットは、表１３に規定の通りであり得る。
【０３３３】
【表１３−１】
2020035463.tif 000019
【表１３−２】
2020035463.tif 000020
注：前記管理されたカテゴリーおよび公けのカテゴリーにおけるデータは、対応するＨＩＰＡＡの定義を遵守するために、既にフィルタされていると仮定される。このため、前記管理されたカテゴリーにおける病歴は、１６個の前記ＨＩＰＡＡ識別子を除かれ、前記公けのカテゴリーでは、１８個の前記ＨＩＰＡＡ識別子を除かれる。同様に、前記ＣＢＣ検査についてのメタデータは、前記管理されたデータセットに関する１６個の前記ＨＩＰＡＡ識別子を除かれ、公けのデータに関する全１８個のＨＩＰＡＡ識別子を除かれる。
【０３３４】
アクセス管理
アクセス階層
データポータルは、データへの階層化されたアクセスを支援し得る。例えば、２つの階層のデータアクセス、例えば、公けのアクセスおよび制限されたアクセスが存在し得る。公けのアクセスは、無制限であり得る。
【０３３５】
前記公けのデータセットは、公けのアクセスに対してオープンであり得る。一実施形態では、ユーザは、登録を求められない。一実施形態では、ユーザの身元は、決して検査されない。前記データへのアクセスは、完全にオープンであり得る。
【０３３６】
前記管理されたデータセットは、制限されたアクセスを受け得る。アクセスは、例えば、研究スポンサーによる登録を必要とし得る。アクセスは、データアクセス要求フォームを必要とし得る。前記データアクセス要求フォームは、データアクセス委員会により評価され得る。ユーザは、データ利用同意に署名することを必要とされ得る。研究施設におけるユーザは、該研究施設に、前記同意に共署名させることを要求され得る。
【０３３７】
特権的なデータアクセス
前記管理されたデータセットへの特権的なアクセスは、特定の利害関係者に許可され得る（図１０）。利害関係者は、資金拠出パートナーを含み得る。利害関係者は、競争前段階のコンソーシアム（ＰＣＣ）を含み得る。特権的なデータアクセスは、一定期間の排他的なアクセスであり得る。特権的なアクセスを許可された利害関係者からの研究者は、データアクセス要求フォームを提出することを必要とされ得る。前記データアクセス要求フォームは、データアクセス委員会により評価され得る。特権的なアクセスを許可された利害関係者からのユーザは、データ利用同意に署名することを必要とされ得る。前記特権的な利害関係者は、前記同意に共署名することを必要とされ得る。排他的なアクセス期間後に、前記公けのデータセットおよび／または管理されたデータセットが、一般に、前記研究コミュニティに利用可能となり得る。
【０３３８】
表１４は、前記研究において生成されるデータの典型的なユーザグループを詳しく説明する
【０３３９】
【表１４】
2020035463.tif 000021
前記データの普及は、種々のグループのユーザに関して、異なる時間スケールをたどり得る。前記ＰＣＣは、データがリリースされるとすぐに、該データをダウンロードすることが可能となり得る。長期的研究の研究者は、リリースの日付から一定期間（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２か月）後に、データをダウンロードすることが可能となり得る。公けのアクセスは、前記リリースの日付から第２の期間後（例えば、６か月、１年）に許可され得る。前記「データ」の用語は、前記リリースにおける患者に関連する全てのデータ、例えば、前記リリースの日付後、または、第１もしくは第２の期間後において、収集されたデータでさえも意味し得る。
【０３４０】
本願明細書では、本発明の好ましい実施形態が示され、記載されているが、このような実施形態は、例としてのみ提供されることは、当業者に明らかである。多くのバリエーション、変更および置換は、本発明から逸脱することなく、直ちに当業者に思い当たる。本願明細書に記載の本発明の実施形態に対する種々の代替手段が、本発明の実施に使用されてもよいことが、理解されるべきである。下記特許請求の範囲が、本発明の範囲を規定し、これらの特許請求の範囲の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物が、それによりカバーされていることが意図される。
【図１】
2020035463.tif 000022
【図２】
2020035463.tif 000023
【図３】
2020035463.tif 000024
【図４】
2020035463.tif 000025
【図５】
2020035463.tif 000026
【図６】
2020035463.tif 000027
【図７】
2020035463.tif 000028
【図８】
2020035463.tif 000029
【図９】
2020035463.tif 000030
【図１０】
2020035463.tif 000031
【図１１Ａ】
2020035463.tif 000032
【図１１Ｂ】
2020035463.tif 000033
【図１２】
2020035463.tif 000034
【外国語明細書】
2020035463000001.pdf